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T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7701;QD=39.2046;RBI=0.113841;REFB=0;REVB=-0.0247188;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00840053;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 900972 . T G 990.85 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0495991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5268;QD=57.4407;RBI=0.0659298;REFB=0.00182701;REVB=-0.0434357;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00091111;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:0:1:38:30:0:1 chr1 901023 . T C 767.5 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712219;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0983;QD=56.8518;RBI=0.0762257;REFB=0;REVB=0.0271626;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432289;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr1 906272 . A C 129.76 PASS AF=0.384615;AO=12;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0155965;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.555;QD=13.3089;RBI=0.016686;REFB=-0.0286861;REVB=0.00593053;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287716;STB=0.586967;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0436947;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:24:12:15:0.384615:10:2:4:18:13:2:5:19 chr1 909238 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.714;QD=56.1916;RBI=0.0449844;REFB=0;REVB=0.0234897;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019267;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 909768 . A G 2064.27 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.66892e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.649;QD=62.5536;RBI=0.0121808;REFB=0;REVB=-0.0121806;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13094e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:72:58:0:0:74:58:0:0 chr1 911595 . A C,G 1490.51 PASS AF=0.038835,0.961165;AO=4,98;DP=103;FAO=4,99;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=4,34;FSAR=0,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555942,0.0717525;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.973,77.2202;QD=57.8841;RBI=0.00880775,0.0718446;REFB=0,0;REVB=-0.00683149,-0.00363534;RO=0;SAF=4,33;SAR=0,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0234325,-0.000147602;OID=.,.;OPOS=911595,911595;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:103:103:0:0:4,98:4,99:0.038835,0.961165:0,65:4,33:0:0:0,65:4,34:0:0 chr1 914333 . C G 428.37 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.986;QD=51.9236;RBI=0.0347705;REFB=-0.217465;REVB=0.0255408;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490246;STB=0.515213;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00146712;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:33:1:2:31:31:0.939394:22:9:1:0:22:9:1:1 chr1 914852 . G C 487.26 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8218;QD=57.3246;RBI=0.152579;REFB=0;REVB=0.148434;RO=0;SAF=27;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00521587;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:6:27:0:0:7:27:0:0 chr1 914876 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.429;QD=57.1062;RBI=0.0189609;REFB=0;REVB=0.0189167;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49509e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:14:41:0:0:14:41:0:0 chr1 914940 . T C 831.82 PASS AF=1;AO=33;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117723;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7071;QD=54.5454;RBI=0.121676;REFB=0;REVB=0.0307634;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012052;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:33:61:1:28:5:0:0:32:29:0:0 chr1 915227 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.29;QD=37.4885;RBI=0.0470758;REFB=0;REVB=0.0447374;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108421;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 916549 . A G 1324.0 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691264;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3733;QD=62.306;RBI=0.0730153;REFB=0;REVB=-0.023511;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129903;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr1 948921 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0905;QD=61.3356;RBI=0.0442434;REFB=0;REVB=-0.0203713;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000745118;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 949654 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.328;QD=60.6094;RBI=0.00770153;REFB=0;REVB=0.00252913;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110933;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr1 981931 . A G 239.18 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5338;QD=50.3539;RBI=0.0360872;REFB=0;REVB=-0.0323931;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528297;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 982994 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3688;QD=56.1863;RBI=0.0829321;REFB=0;REVB=-0.0767454;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239468;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 984302 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=64;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.78;QD=56.6222;RBI=0.0619401;REFB=-0.022858;REVB=0.0257894;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000428377;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:64:63:0.984375:36:28:0:0:36:27:1:0 chr1 986443 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.237;QD=40.7629;RBI=0.0236564;REFB=0;REVB=0.0209978;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116456;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 987200 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.296;QD=59.3226;RBI=0.021791;REFB=0;REVB=0.00845719;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79832e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr1 990280 . C G,T 1022.17 PASS AF=0.0958904,0.90411;AO=5,65;DP=72;FAO=7,66;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=2,37;FSAR=5,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197478,0.0787182;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.3458,65.109;QD=56.0094;RBI=0.0397456,0.0906162;REFB=0,0;REVB=0.0344926,0.0448858;RO=0;SAF=1,37;SAR=4,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.99207e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.101949,-0.000585666;OID=.,.;OPOS=990280,990280;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:72:73:0:0:5,65:7,66:0.0958904,0.90411:4,28:1,37:0:0:5,29:2,37:0:0 chr1 990806 . G A 504.29 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0263706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.106;QD=50.4291;RBI=0.0732734;REFB=-0.0411383;REVB=0.0683637;RO=2;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622689;STB=0.511621;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00195441;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:40:2:4:36:36:0.9:14:22:0:2:14:22:2:2 chr1 1026670 . G A 107.12 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0196176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.158;QD=12.2417;RBI=0.0329024;REFB=-0.0135746;REVB=0.0264143;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621805;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195284;OID=.;OPOS=1026670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:10:3:4:17:10:3:5:17 chr1 1026707 . C A 877.0 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00589068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.836;QD=54.8124;RBI=0.00975649;REFB=-0.151693;REVB=0.00777747;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.512496;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-3.82054e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:39:23:0:1:39:23:0:2 chr1 1078138 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00110849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.598;QD=6.5447;RBI=0.00345182;REFB=-0.0131145;REVB=0.00326899;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35933e-08;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0274848;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:15:9:3:5:15:9 chr1 1116231 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=7;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9027;QD=28.6826;RBI=0.00305005;REFB=-0.0556471;REVB=0.00305005;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151004;OID=.;OPOS=1116231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:7:9:0.818182:7:0:0:1:9:0:0:2 chr1 1118275 . C T 549.58 PASS AF=0.548387;AO=49;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00195186;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.388;QD=23.638;RBI=0.0152192;REFB=-0.0260529;REVB=0.0150935;RO=41;SAF=28;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109988;STB=0.554317;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0160609;OID=.;OPOS=1118275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:41:42:49:51:0.548387:21:28:18:23:23:28:18:24 chr1 1120431 . G A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0168341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.861;QD=16.4435;RBI=0.0608285;REFB=0.00534988;REVB=0.0584527;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100122;STB=0.557503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00585792;OID=.;OPOS=1120431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:15:12:7:13:15:12 chr1 1147422 . C T 290.63 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.83;QD=52.8416;RBI=0.0365696;REFB=0;REVB=0.0340723;RO=0;SAF=18;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112641;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:1:18:0:0:4:18:0:0 chr1 1156131 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.564;QD=57.198;RBI=0.0381586;REFB=0;REVB=-0.0380993;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001923;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr1 1158631 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.11;QD=57.2372;RBI=0.0324567;REFB=0;REVB=0.00244783;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81126e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:15:40:0:0:16:40:0:0 chr1 1179827 . C G 300.63 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00804823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3631;QD=21.4738;RBI=0.00977381;REFB=-0.019836;REVB=-0.00554557;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783499;STB=0.533925;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0109643;OID=.;OPOS=1179827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:15:16:10:14:15:16:11:14 chr1 1190661 . C T 47.92 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0164772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6104;QD=3.04234;RBI=0.0324922;REFB=-0.00155087;REVB=0.0280044;RO=54;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140937;STB=0.599772;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0241842;OID=.;OPOS=1190661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:6:3:24:30:6:3:24:30 chr1 1216877 . C T 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0906597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8408;QD=22.7228;RBI=0.0906712;REFB=0.0227591;REVB=-0.00144173;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122137;STB=0.568679;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.015035;OID=.;OPOS=1216877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:9:7:6:14:9:7 chr1 1220954 . G A 2271.22 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322469;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0672;QD=59.3783;RBI=0.0628567;REFB=-0.127679;REVB=0.0539546;RO=2;SAF=91;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253526;STB=0.504132;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00109942;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:154:153:2:1:152:152:0.993464:61:91:1:1:60:92:0:1 chr1 1222267 . G C 687.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.693;QD=62.5434;RBI=0.00817945;REFB=0;REVB=0.00817945;RO=0;SAF=0;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55413e-06;OID=.;OPOS=1222267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:42:0:0:0:44:0:0:0 chr1 1223385 . G C 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655436;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.9;QD=58.2601;RBI=0.0664137;REFB=0;REVB=-0.0107147;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13267e-05;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr1 1226292 . G A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00399714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.279;QD=11.8145;RBI=0.00438939;REFB=0.000210891;REVB=0.00181373;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560947;STB=0.533282;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.000407291;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:13:10:5:8:13:10 chr1 1226348 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.406;QD=51.1846;RBI=0.0261879;REFB=0;REVB=0.0194925;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120415;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 1242468 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00339303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.898;QD=44.6063;RBI=0.0255982;REFB=-0.0569481;REVB=0.0253724;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.510907;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00958226;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:13:8:0:1:13:8:1:1 chr1 1246004 . A G 1092.27 PASS AF=1;AO=63;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.454;QD=59.8505;RBI=0.0337551;REFB=0;REVB=0.0266056;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176389;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:63:73:1:26:37:0:0:28:45:0:0 chr1 1246005 . T G 57.1 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0187073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.43;QD=3.12903;RBI=0.0220914;REFB=-0.0145956;REVB=0.0117502;RO=62;SAF=8;SAR=3;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177509;STB=0.623717;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00387927;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:62:62:11:11:0.150685:3:8:37:25:3:8:37:25 chr1 1247866 . G A 300.41 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0147857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.933;QD=30.8107;RBI=0.0241297;REFB=-0.0101471;REVB=0.019069;RO=13;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161857;STB=0.588015;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00425471;OID=.;OPOS=1247866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:19:7:1:12:19:7:1:12 chr1 1254436 . A G 1396.45 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.417;QD=62.7617;RBI=0.0190903;REFB=0;REVB=0.0188678;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18146e-05;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:42:47:0:0 chr1 1254443 . G A,C 1243.93 PASS AF=0.939759,0.060241;AO=77,5;DP=82;FAO=78,5;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=32,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159192,0.0183073;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=157.091,12.6472;QD=59.9485;RBI=0.0214727,0.0448702;REFB=0,0;REVB=0.0144103,-0.0409656;RO=0;SAF=46,0;SAR=31,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.64555e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=6.57307e-05,0.146315;OID=.,.;OPOS=1254443,1254443;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:82:83:0:0:77,5:78,5:0.939759,0.060241:31,5:46,0:0:0:32,5:46,0:0:0 chr1 1254841 . C G 220.41 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5418;QD=48.9799;RBI=0.0219737;REFB=0;REVB=-0.00609874;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000884926;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr1 1262966 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9908;QD=48.7327;RBI=0.148026;REFB=0;REVB=-0.0151376;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428541;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr1 1263144 . G A 672.0 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0278927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.564;QD=52.7058;RBI=0.0515537;REFB=-0.0963217;REVB=0.0433565;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313537;STB=0.51666;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00173026;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:0:2:29:20:0:2 chr1 1269554 . T C 754.74 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.768;QD=56.9614;RBI=0.0625206;REFB=0;REVB=0.0602849;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251051;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:33:20:0:0 chr1 1273116 . A G 1752.24 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240205;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4432;QD=60.422;RBI=0.0332657;REFB=0;REVB=-0.0230135;RO=0;SAF=38;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250193;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:114:116:1:76:38:0:0:77:39:0:0 chr1 1277533 . T C 700.22 PASS AF=0.811594;AO=52;DP=68;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0134811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3919;QD=40.5927;RBI=0.0194053;REFB=-0.0391904;REVB=0.013958;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.618139;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00446433;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:69:0:13:52:56:0.811594:20:32:0:0:21:35:0:13 chr1 1310074 . C G 489.11 PASS AF=1;AO=22;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.624;QD=59.2856;RBI=0.100822;REFB=0;REVB=0.0664313;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483374;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:22:33:1:6:16:0:0:13:20:0:0 chr1 1361544 . G A 174.93 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00742009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.275;QD=19.9914;RBI=0.00851583;REFB=-0.0321897;REVB=0.00417872;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018107;STB=0.512806;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0336006;OID=.;OPOS=1361544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:17:18:18:0.514286:8:10:8:7:8:10:9:8 chr1 1361633 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.502;QD=43.4852;RBI=0.088602;REFB=0;REVB=0.00464729;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582227;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 1361641 . C T 66.48 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104772;FXX=0.124844;HRUN=5;LEN=1;MLLD=66.2284;QD=37.9912;RBI=0.148267;REFB=0;REVB=-0.10491;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0159212;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 1375810 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.993;QD=40.7603;RBI=0.0236311;REFB=0;REVB=0.0230454;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251409;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr1 1375947 . T G 112.5 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0229696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1002;QD=9.18368;RBI=0.0265657;REFB=0.0176262;REVB=0.0133467;RO=35;SAF=12;SAR=2;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468804;STB=0.791196;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0448863;OID=.;OPOS=1375947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:2:12:18:17:2:12:18:17 chr1 1376214 . C G 280.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.656;QD=50.9904;RBI=0.0313078;REFB=0;REVB=0.0109968;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057434;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr1 1376567 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0206053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.578;QD=16.1069;RBI=0.0231986;REFB=-0.0339731;REVB=0.0106581;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10871;STB=0.583226;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.03954;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:14:3:5:15:14:3:6:16 chr1 1377535 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0426994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0908;QD=23.6744;RBI=0.0428358;REFB=-0.0190969;REVB=0.0034155;RO=14;SAF=2;SAR=18;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190619;STB=0.647558;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.015029;OID=.;OPOS=1377535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:16:20:21:0.567568:18:2:3:11:19:2:4:12 chr1 1378173 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0202667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.505;QD=15.8821;RBI=0.0285018;REFB=-0.000211056;REVB=-0.0200404;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000189357;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:5:5:6:4:5:5 chr1 1387764 . G A 990.35 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0232455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.759;QD=55.0197;RBI=0.0275634;REFB=-0.164286;REVB=0.0148118;RO=3;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410516;STB=0.521733;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000826976;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:3:3:69:69:0.958333:33:36:0:3:33:36:0:3 chr1 1390875 . C T 622.87 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0470344;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.029;QD=59.3212;RBI=0.0470917;REFB=-0.147603;REVB=0.00232399;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000692453;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:13:28:0:0:13:28:1:0 chr1 1479333 . A G 446.56 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4681;QD=57.6212;RBI=0.161175;REFB=0;REVB=0.16041;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746263;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:25:31:1:6:19:0:0:12:19:0:0 chr1 1510801 . C T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8106;QD=55.0899;RBI=0.0508565;REFB=0;REVB=0.0397554;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756778;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 1511104 . G C 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2962;QD=53.2633;RBI=0.031186;REFB=0;REVB=-0.0292259;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108279;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr1 1558792 . T C 122.68 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0835045;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.422;QD=14.4334;RBI=0.0836161;REFB=-0.0231789;REVB=-0.00431855;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324157;STB=0.689378;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0219895;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:12:8:10:4:12:8 chr1 1562437 . C G 178.86 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0424004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6344;QD=15.8989;RBI=0.0519642;REFB=-0.0402822;REVB=-0.0300414;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303363;STB=0.674343;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0685241;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:6:13:10:16:6:13:10:16 chr1 1562536 . G A 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0138429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.03;QD=13.9464;RBI=0.0167786;REFB=-0.00237696;REVB=-0.00948138;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905827;STB=0.562091;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00161825;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:9:8:10:16:9:8:10:17 chr1 1571829 . A G 264.16 PASS AF=0.240223;AO=32;DP=174;FAO=43;FDP=179;FR=.;FRO=136;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=83;FWDB=-0.00940891;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.669;QD=5.9029;RBI=0.00995248;REFB=-0.00834068;REVB=-0.00324412;RO=124;SAF=14;SAR=18;SRF=47;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769355;STB=0.575233;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0335487;OID=.;OPOS=1571829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:124:136:32:43:0.240223:18:14:47:77:22:21:53:83 chr1 1571841 . A C 208.41 PASS AF=0.210843;AO=35;DP=166;FAO=35;FDP=166;FR=.;FRO=131;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=78;FWDB=0.00364161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.701;QD=5.02191;RBI=0.00396949;REFB=-0.00333945;REVB=-0.00157971;RO=130;SAF=16;SAR=19;SRF=52;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740954;STB=0.542065;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0126916;OID=.;OPOS=1571841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:130:131:35:35:0.210843:19:16:52:78:19:16:53:78 chr1 1573181 . C A 74.66 PASS AF=0.115385;AO=18;DP=156;FAO=18;FDP=156;FR=.;FRO=138;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=-0.0108343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4423;QD=1.91441;RBI=0.0116934;REFB=-0.00350349;REVB=-0.0043994;RO=138;SAF=7;SAR=11;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669822;STB=0.548333;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0318968;OID=.;OPOS=1573181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:156:156:138:138:18:18:0.115385:11:7:61:77:11:7:61:77 chr1 1586855 . G A 155.39 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00521978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.352;QD=7.57986;RBI=0.00997166;REFB=-0.00164402;REVB=0.00849635;RO=60;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300847;STB=0.680187;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0045816;OID=.;OPOS=1586855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:8:14:23:37:8:14:23:37 chr1 1599812 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.75;QD=39.2068;RBI=0.0187613;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364655;OID=.;OPOS=1599812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr1 1599888 . A G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6788;QD=53.9031;RBI=0.0304537;REFB=0;REVB=0.0259625;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985803;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 1604499 . G A 125.81 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0358941;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.484;QD=15.2494;RBI=0.0404873;REFB=0.00230004;REVB=0.0187307;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300736;STB=0.675417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00701336;OID=.;OPOS=1604499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:8:11:4:10:8:11 chr1 1635565 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6715;QD=57.2018;RBI=0.0626919;REFB=0;REVB=0.00019721;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589168;OID=.;OPOS=1635565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr1 1635928 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.279;QD=40.7629;RBI=0.029221;REFB=0;REVB=0.025474;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014758;OID=.;OPOS=1635928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 1635979 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.915;QD=40.763;RBI=0.0377731;REFB=0;REVB=0.00494396;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245165;OID=.;OPOS=1635979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 1636044 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000690177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.666;QD=37.4885;RBI=0.0815364;REFB=0;REVB=0.0815335;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121546;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 1638925 . C T 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7336;QD=51.9036;RBI=0.0566169;REFB=0;REVB=-0.0374673;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09874e-05;OID=.;OPOS=1638925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 1638993 . C CT 71.77 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10172;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.916;QD=35.8865;RBI=0.140904;REFB=0;REVB=-0.0975038;RO=6;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00964413;OID=.;OPOS=1638994;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:9:8:8:0:5:3:0:0:4:6:2:0:3:3 chr1 1638994 . C T 32.87 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0344335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.323;QD=16.4355;RBI=0.0357051;REFB=-0.105072;REVB=0.00944385;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00476653;OID=.;OPOS=1638994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:8:8:2:3:5:5:0.625:3:2:2:0:3:2:3:0 chr1 1647814 . T C 501.71 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=166;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.0262876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.244;QD=12.0895;RBI=0.0271529;REFB=-0.00834048;REVB=-0.00680017;RO=105;SAF=36;SAR=25;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199499;STB=0.613239;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0146811;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:105:105:61:61:0.36747:25:36:43:62:25:36:43:62 chr1 1647871 . T C 484.5 PASS AF=0.371622;AO=55;DP=148;FAO=55;FDP=148;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.0356518;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6809;QD=13.0945;RBI=0.0357027;REFB=-0.0128019;REVB=0.00190588;RO=92;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107979;STB=0.556926;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0234157;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:92:93:55:55:0.371622:30:25:33:59:30:25:34:59 chr1 1647893 . C CTTTCTT 238.2 PASS AF=0.290598;AO=27;DP=125;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.00835018;FXX=0.0330551;HRUN=3;LEN=6;MLLD=176.514;QD=8.14341;RBI=0.0268969;REFB=-0.0178198;REVB=-0.0255679;RO=86;SAF=10;SAR=17;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230143;STB=0.540378;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=0.038611;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290598:27:125:34:117:83:15:19:32:51:99:86:10:17:32:54 chr1 1650787 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00444873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.56;QD=13.6607;RBI=0.00533427;REFB=-0.0249766;REVB=0.00294335;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0495527;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:15:6:4:10:15:6 chr1 1650797 . A G 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0111978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.694;QD=13.848;RBI=0.0143944;REFB=-0.0192134;REVB=0.00904479;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703055;STB=0.581981;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00690533;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:25:16:16:0.390244:4:12:16:7:4:12:16:9 chr1 1650801 . T C 151.02 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.001584;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.308;QD=12.5846;RBI=0.00938441;REFB=-0.0175882;REVB=-0.00924976;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284249;STB=0.660812;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0246763;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:4:13:16:14:4:13:17:14 chr1 1650832 . A G 287.57 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0157343;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.699;QD=15.7573;RBI=0.0254054;REFB=-0.000619926;REVB=-0.0199466;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173843;STB=0.598334;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000718448;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:20:21:11:21:20:21 chr1 1666175 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0113866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.914;QD=5.19182;RBI=0.0325857;REFB=-0.00841131;REVB=-0.0305316;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130174;STB=0.585962;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0242004;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:14:12:4:3:14:12 chr1 1847979 . T C 526.69 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0055;QD=58.5209;RBI=0.0573406;REFB=0;REVB=0.0151894;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026168;OID=.;OPOS=1847979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr1 1849530 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.751;QD=64.1531;RBI=0.018913;REFB=0;REVB=0.00880991;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29429e-05;OID=.;OPOS=1849530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr1 1849744 . G A 279.89 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0469956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2133;QD=48.6756;RBI=0.104622;REFB=-0.188024;REVB=0.0934729;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0104108;OID=.;OPOS=1849744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr1 1854109 . A G 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00710672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.667;QD=54.4805;RBI=0.0165373;REFB=-0.0784881;REVB=-0.0149325;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00194104;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:18:13:0:0:18:13:1:0 chr1 1854546 . C T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5768;QD=46.8436;RBI=0.159349;REFB=0;REVB=0.0842712;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00898838;OID=.;OPOS=1854546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr1 1855319 . C T 701.55 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0592389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9661;QD=57.2693;RBI=0.06008;REFB=-0.0752291;REVB=0.0100179;RO=3;SAF=20;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269969;STB=0.523799;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00977144;OID=.;OPOS=1855319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:3:2:46:47:0.959184:26:20:2:1:27:20:2:0 chr1 1858161 . C T 145.38 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.525;QD=44.7329;RBI=0.0768926;REFB=0;REVB=0.000146816;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885003;OID=.;OPOS=1858161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr1 1859176 . T C 626.92 PASS AF=0.923077;AO=40;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0627493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3662;QD=48.2248;RBI=0.0674736;REFB=-0.00356315;REVB=0.0248035;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516174;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00338187;OID=.;OPOS=1859176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:52:0:4:40:48:0.923077:24:16:0:0:26:22:1:3 chr1 1861694 . C T 206.38 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0652641;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0247;QD=14.7414;RBI=0.0653616;REFB=-0.0218802;REVB=0.00356843;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157233;STB=0.582208;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0166001;OID=.;OPOS=1861694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:32:24:24:0.428571:16:8:15:16:16:8:15:17 chr1 1873514 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9643;QD=57.2017;RBI=0.0195675;REFB=0;REVB=-0.010584;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431036;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr1 1873525 . T C 433.22 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192367;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4663;QD=57.7623;RBI=0.022715;REFB=0;REVB=0.0120797;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00240871;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 1886863 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.033;QD=26.0262;RBI=0.0257758;REFB=-0.0570473;REVB=0.0212619;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.013057;OID=.;OPOS=1886863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:5:1:0:0:5:1:1:0 chr1 1887019 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.698;QD=46.848;RBI=0.0218991;REFB=0;REVB=0.000470874;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38981e-05;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 1896440 . G A 447.6 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0300256;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6836;QD=23.5578;RBI=0.0318921;REFB=-0.0293249;REVB=0.0107504;RO=34;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300702;STB=0.511036;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.032722;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:33:43:43:0.565789:18:25:21:13:18:25:20:13 chr1 1900106 . T TCTC 304.87 PASS AF=0.345133;AO=37;DP=117;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00838102;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.179;QD=10.7918;RBI=0.0261553;REFB=-0.0146512;REVB=-0.0247762;RO=74;SAF=23;SAR=14;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157725;STB=0.568126;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.0178822;OID=.;OPOS=1900107;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345133:37:117:39:113:74:23:16:36:38:99:74:23:14:36:38 chr1 1905565 . C T 334.63 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=35;FWDB=-0.0238332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.099;QD=16.9431;RBI=0.0285864;REFB=-0.0125384;REVB=0.0157848;RO=42;SAF=3;SAR=33;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250672;STB=0.640118;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0132817;OID=.;OPOS=1905565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:33:3:8:34:33:3:8:35 chr1 1916890 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0108813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.544;QD=16.755;RBI=0.0122798;REFB=-0.0120526;REVB=-0.00569128;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137635;STB=0.588161;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0297677;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:15:9:14:13:15:9:15:13 chr1 1960674 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0308866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1864;QD=16.9229;RBI=0.0332946;REFB=0.00327101;REVB=-0.0124317;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206781;STB=0.51162;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00197031;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:20:10:12:22:20:10:12:22 chr1 1987993 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.879;QD=55.0969;RBI=0.0574932;REFB=0;REVB=0.00349208;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327003;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 2005740 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1338;QD=42.1826;RBI=0.0645383;REFB=0;REVB=0.0642587;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003127;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 2113285 . G A 200.5 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00263457;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.22;QD=20.0503;RBI=0.0127713;REFB=-0.00908539;REVB=0.0124966;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370339;STB=0.710307;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00641067;OID=.;OPOS=2113285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:20:18:20:0.5:13:5:14:7:15:5:13:7 chr1 2116779 . G A 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00108984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.574;QD=4.53683;RBI=0.0167534;REFB=-0.00245496;REVB=0.0167179;RO=36;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424571;STB=0.781939;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0192445;OID=.;OPOS=2116779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:2:6:14:22:2:6:14:22 chr1 2144788 . A G 316.3 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00493018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.545;QD=31.6303;RBI=0.0137368;REFB=0.0118895;REVB=0.0128215;RO=13;SAF=23;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225917;STB=0.625272;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00239864;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:4:23:8:5:4:23:8:5 chr1 2144982 . G C,T 691.27 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,41;DP=44;FAO=3,42;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404566,0.065969;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.708,130.43;QD=61.4459;RBI=0.0605223,0.086002;REFB=0,0;REVB=0.0450135,0.0551765;RO=0;SAF=2,22;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.098814,0.00164285;OID=.,.;OPOS=2144982,2144982;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:44:45:0:0:3,41:3,42:0.0666667,0.933333:1,19:2,22:0:0:1,19:2,23:0:0 chr1 2145524 . G A 127.82 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0593285;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.972;QD=17.0429;RBI=0.0613696;REFB=-0.0154821;REVB=-0.0156958;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162718;STB=0.633156;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.014473;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:16:14:14:0.466667:7:7:4:9:7:7:4:12 chr1 2289013 . A C 708.04 PASS AF=0.492958;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.014821;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.287;QD=19.9449;RBI=0.0167094;REFB=-0.0112103;REVB=0.00771645;RO=73;SAF=31;SAR=38;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917785;STB=0.535848;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0110621;OID=.;OPOS=2289013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:73:72:69:70:0.492958:38:31:40:33:38:32:38:34 chr1 2317332 . G A 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0117389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.144;QD=2.09324;RBI=0.0313755;REFB=-0.00203024;REVB=-0.0290968;RO=56;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420698;STB=0.540424;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00845144;OID=.;OPOS=2317332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:56:57:7:7:0.109375:3:4:30:26:3:4:30:27 chr1 2333711 . C T 78.77 PASS AF=0.137097;AO=17;DP=124;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=36;FWDB=-0.0087002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.801;QD=2.54104;RBI=0.02172;REFB=-0.00173012;REVB=0.0199014;RO=106;SAF=8;SAR=9;SRF=70;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239567;STB=0.66369;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0120831;OID=.;OPOS=2333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:124:124:106:107:17:17:0.137097:9:8:70:36:9:8:71:36 chr1 2340200 . T C 304.11 PASS AF=0.5625;AO=28;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0603414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6329;QD=25.3425;RBI=0.0739553;REFB=-0.032693;REVB=-0.0427587;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454625;STB=0.534858;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0191961;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:28:27:0.5625:15:13:10:9:15:12:11:10 chr1 2399119 . A G 211.74 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0035988;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.073;QD=14.859;RBI=0.00650379;REFB=0.00247502;REVB=-0.00541737;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262251;STB=0.649889;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0037347;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:32:23:25:0.438596:12:11:21:7:13:12:24:8 chr1 2428418 . G A 231.46 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00592426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0021;QD=12.3443;RBI=0.00977474;REFB=0.010172;REVB=0.00777488;RO=45;SAF=21;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305543;STB=0.690504;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0108659;OID=.;OPOS=2428418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:47:28:28:0.373333:7:21:22:23:7:21:22:25 chr1 2430617 . C T 587.53 PASS AF=0.568627;AO=56;DP=101;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0159696;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.977;QD=23.0402;RBI=0.0167486;REFB=-0.0174586;REVB=0.00504849;RO=44;SAF=24;SAR=32;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094382;STB=0.557357;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0125874;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:44:44:56:58:0.568627:32:24:24:20:34:24:24:20 chr1 2433900 . C T 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.019679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.135;QD=26.6372;RBI=0.0249226;REFB=-0.0148757;REVB=-0.015293;RO=8;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168034;STB=0.592916;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0139475;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:6:10:7:1:6:10:7:1 chr1 2444414 . G A 645.41 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0124292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.764;QD=18.3095;RBI=0.040784;REFB=-0.0462519;REVB=0.0388439;RO=74;SAF=30;SAR=36;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434984;STB=0.527805;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0424088;OID=.;OPOS=2444414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:75:66:66:0.468085:36:30:37:37:36:30:38:37 chr1 2446818 . G C 332.06 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0209488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2549;QD=14.5961;RBI=0.0499405;REFB=-0.0462051;REVB=0.0453344;RO=53;SAF=13;SAR=24;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24434;STB=0.6334;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.062994;OID=.;OPOS=2446818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:37:37:0.406593:24:13:31:22:24:13:31:23 chr1 2452569 . T C 495.16 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0318988;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2394;QD=16.2348;RBI=0.0646293;REFB=-0.0128202;REVB=-0.0562087;RO=68;SAF=35;SAR=19;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943903;STB=0.552849;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0156135;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:19:35:38:30:19:35:38:30 chr1 2490898 . C A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0220968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.679;QD=20.8927;RBI=0.0262605;REFB=-0.0494406;REVB=0.0141897;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10769;STB=0.562362;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0256872;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:1:9:5:1:1:9:5:1 chr1 2490942 . C A 168.29 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0174238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4822;QD=18.6986;RBI=0.0254718;REFB=-0.0205099;REVB=0.0185803;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202772;STB=0.615253;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0781371;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:8:10:6:12:8:10 chr1 2491205 . C T 383.66 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00310322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.906;QD=20.1928;RBI=0.0100474;REFB=-0.0338696;REVB=0.00955615;RO=37;SAF=15;SAR=24;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318479;STB=0.675749;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0173189;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:24:15:28:9:24:15:28:9 chr1 2526746 . A G 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493605;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.814;QD=48.8435;RBI=0.01416;REFB=0;REVB=0.0132718;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138719;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr1 2535613 . C A 753.2 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224693;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.693;QD=56.845;RBI=0.0529534;REFB=0;REVB=0.0479498;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033484;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:26:27:0:0 chr1 2541269 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3742;QD=60.6077;RBI=0.0192386;REFB=0;REVB=-0.00344205;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172034;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr1 2573199 . A G 1512.55 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.649;QD=59.9031;RBI=0.0140674;REFB=0;REVB=0.0131169;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75763e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:64:37:0:0:64:37:0:0 chr1 2984087 . C A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.444;QD=61.6806;RBI=0.100643;REFB=0;REVB=0.0205413;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335698;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr1 2985885 . C G 176.14 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2297;QD=46.9699;RBI=0.210165;REFB=0;REVB=-0.0259178;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00710956;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:10:3:0:0:10:5:0:0 chr1 3301721 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.651;QD=59.8394;RBI=0.0252241;REFB=0;REVB=0.0161144;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016372;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 3312914 . T G 323.67 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.594;QD=53.9456;RBI=0.0338287;REFB=0;REVB=0.0334714;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53958e-05;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr1 3347611 . G A 39.2 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00622591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.993;QD=2.37561;RBI=0.0170573;REFB=-0.00943588;REVB=0.0158805;RO=58;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622184;STB=0.545344;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0712087;OID=.;OPOS=3347611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:5:3:19:39:5:3:19:39 chr1 3352009 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0705698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.03;QD=54.6514;RBI=0.071511;REFB=-0.0202061;REVB=0.0115637;RO=1;SAF=6;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101327;STB=0.505374;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000518779;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:46:6:0:1:46:6:0:1 chr1 3353890 . AT GC,GT 970.29 PASS AF=0.0746269,0.925373;AO=5,60;DP=68;FAO=5,62;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=5,25;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236423,0.0467112;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=54.525,96.0277;QD=57.9279;RBI=0.0238755,0.0473665;REFB=0,0;REVB=-0.00332896,-0.00785185;RO=0;SAF=5,24;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.9695e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00610227,0.00145338;OID=.,.;OPOS=3353890,3353890;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:68:67:0:0:5,60:5,62:0.0746269,0.925373:0,36:5,24:0:0:0,37:5,25:0:0 chr1 3353949 . A G 1162.1 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233445;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.502;QD=60.3686;RBI=0.0351484;REFB=-0.0381639;REVB=-0.0262763;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119388;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr1 3354595 . T C 1055.14 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=87;FAO=74;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0583142;FXX=0.0384566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.844;QD=56.2743;RBI=0.062012;REFB=-0.0103881;REVB=0.0210936;RO=2;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225169;STB=0.505375;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00108624;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:75:2:1:74:74:0.986667:41:33:0:2:46:28:0:1 chr1 3354615 . T C 1311.94 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0160492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.122;QD=59.6338;RBI=0.016671;REFB=-0.100393;REVB=0.00451064;RO=2;SAF=33;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278451;STB=0.514702;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-5.28435e-05;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:53:33:2:0:53:33:2:0 chr1 3383898 . A G 192.21 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0256613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.722;QD=9.85717;RBI=0.0299356;REFB=-0.00441396;REVB=-0.0154155;RO=53;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09941;STB=0.558236;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0108481;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:12:13:23:30:12:13:23:30 chr1 3389727 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0211306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.973;QD=18.5413;RBI=0.023961;REFB=-0.00713496;REVB=0.0112972;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122768;STB=0.506845;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00706913;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:19:16:16:18:19:16 chr1 3394456 . T C 922.97 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461021;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.906;QD=58.6012;RBI=0.00917894;REFB=0;REVB=0.00793719;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56224e-06;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr1 3395039 . G A 177.52 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0104557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.701;QD=14.4916;RBI=0.0115062;REFB=-0.0159515;REVB=0.00480311;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24096;STB=0.627776;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0230181;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:19:19:0.387755:8:11:10:19:8:11:11:19 chr1 3395174 . C A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.011421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.41;QD=15.8821;RBI=0.0140133;REFB=-0.0341736;REVB=0.00811998;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030154;OID=.;OPOS=3395174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:2:8:8:2:2:8 chr1 3410397 . C T 117.8 PASS AF=0.154362;AO=23;DP=149;FAO=23;FDP=149;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=0.0787263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5193;QD=3.16233;RBI=0.0821245;REFB=-0.00915565;REVB=0.0233794;RO=126;SAF=10;SAR=13;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132858;STB=0.588091;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0529532;OID=.;OPOS=3410397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:126:126:23:23:0.154362:13:10:68:58:13:10:68:58 chr1 3414105 . C T 232.61 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0015568;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.7676;QD=16.9172;RBI=0.00989498;REFB=-0.0115925;REVB=-0.00977174;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753369;STB=0.534857;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0197035;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:29:25:26:0.472727:9:16:14:11:10:16:16:13 chr1 3416449 . C A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.878;QD=52.6065;RBI=0.111478;REFB=0;REVB=0.10584;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163909;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 3417275 . C T 525.26 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.042175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.654;QD=18.9281;RBI=0.0424859;REFB=-0.0101329;REVB=-0.00513054;RO=55;SAF=22;SAR=33;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.560417;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0100498;OID=.;OPOS=3417275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:56:55:55:0.495495:33:22:29:26:33:22:29:27 chr1 3418391 . C T 320.52 PASS AF=0.350427;AO=40;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0573662;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6955;QD=10.958;RBI=0.0757003;REFB=-0.00885406;REVB=0.049393;RO=74;SAF=26;SAR=14;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828397;STB=0.546626;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0133459;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:76:40:41:0.350427:14:26:43:31:15:26:43:33 chr1 3496479 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.489;QD=57.6807;RBI=0.0302527;REFB=0;REVB=0.0218622;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144129;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr1 3548136 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.822;QD=61.684;RBI=0.0288647;REFB=0;REVB=0.0198211;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55671e-05;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:35:41:1:16:19:0:0:20:21:0:0 chr1 3551792 . G A 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.873;QD=56.1802;RBI=0.0527097;REFB=0;REVB=0.025036;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509462;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 3607520 . G A 996.89 PASS AF=0.446809;AO=105;DP=235;FAO=105;FDP=235;FR=.;FRO=130;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=-0.0184342;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.863;QD=16.9683;RBI=0.0285173;REFB=-0.00998322;REVB=0.0217581;RO=130;SAF=51;SAR=54;SRF=52;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858722;STB=0.547575;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0113495;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:130:130:105:105:0.446809:54:51:52:78:54:51:52:78 chr1 3638674 . C T 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00431116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.534;QD=7.34938;RBI=0.0086006;REFB=-0.0132951;REVB=0.00744206;RO=39;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306141;STB=0.69275;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0381419;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:10:3:18:21:10:3:18:21 chr1 3743319 . G A 987.82 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.61;QD=58.9741;RBI=0.0726082;REFB=0;REVB=0.052816;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349777;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:59:67:1:37:22:0:0:39:28:0:0 chr1 3745924 . G A 1011.71 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148196;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6257;QD=59.5125;RBI=0.0238126;REFB=0;REVB=-0.0186392;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44422e-05;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 3786245 . G A 407.79 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0155289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9981;QD=14.3083;RBI=0.0688661;REFB=-0.00886233;REVB=0.0670925;RO=67;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170878;STB=0.596114;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0133586;OID=.;OPOS=3786245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:21:26:26:41:21:26:26:41 chr1 3801973 . T C 97.75 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0288087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.233;QD=18.6192;RBI=0.0302688;REFB=0.0110265;REVB=0.00928749;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00718571;OID=.;OPOS=3801973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:8:9:11:12:0.571429:7:4:4:4:7:5:5:4 chr1 3807258 . G C 309.58 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=0.00372049;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6244;QD=15.8759;RBI=0.0493456;REFB=0.00734662;REVB=-0.0492051;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330632;STB=0.692209;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00839291;OID=.;OPOS=3807258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:44:34:34:0.435897:18:16:36:9:18:16:36:8 chr1 3807450 . C A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0464218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.227;QD=23.3999;RBI=0.0476216;REFB=0.00614872;REVB=-0.0106224;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.615125;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00239796;OID=.;OPOS=3807450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:0:3:5:3:0:3 chr1 4772682 . G A 55.11 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00739138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.063;QD=4.08237;RBI=0.0140696;REFB=-0.000304316;REVB=-0.0119717;RO=45;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294311;STB=0.698367;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00245415;OID=.;OPOS=4772682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:3:6:19:26:3:6:19:26 chr1 4772717 . G A 397.13 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0069451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.038;QD=23.3605;RBI=0.0404191;REFB=-0.0029975;REVB=0.0398179;RO=28;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176914;STB=0.606956;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0027564;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:29:38:39:0.573529:21:17:19:9:22:17:20:9 chr1 4842988 . C T 671.1 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00441165;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.037;QD=19.7383;RBI=0.0149671;REFB=-0.0027432;REVB=0.0143022;RO=63;SAF=29;SAR=38;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382764;STB=0.514019;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00288032;OID=.;OPOS=4842988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:63:69:67:67:0.492647:38:29:27:36:38:29:28:41 chr1 5624154 . G A 458.94 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.000396317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.629;QD=20.8609;RBI=0.0144986;REFB=-0.029719;REVB=0.0144932;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110905;STB=0.561155;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0257337;OID=.;OPOS=5624154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:19:26:30:13:19:26:30:13 chr1 5935162 . A T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0553006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7958;QD=12.0156;RBI=0.0706522;REFB=-0.0748686;REVB=0.0439723;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360263;STB=0.705426;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0650281;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:0:7:5:1:0:7 chr1 5937168 . G A 816.88 PASS AF=0.534722;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00756449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6098;QD=22.691;RBI=0.0231844;REFB=-0.0312951;REVB=0.0219156;RO=66;SAF=47;SAR=30;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954616;STB=0.549236;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0206723;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:66:67:77:77:0.534722:30:47:33:33:30:47:34:33 chr1 5948677 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.695;QD=63.872;RBI=0.0525021;REFB=0;REVB=-0.0190554;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64203e-05;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr1 5965384 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00649449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.145;QD=18.9664;RBI=0.00662598;REFB=-0.0150802;REVB=-0.0013135;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113601;STB=0.564456;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0148066;OID=.;OPOS=5965384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:13:12:8:14:13:12 chr1 6157434 . C T 461.95 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00915972;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6554;QD=21.4861;RBI=0.00943411;REFB=-0.00228887;REVB=0.00225878;RO=42;SAF=19;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478644;STB=0.531711;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00218769;OID=.;OPOS=6157434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:41:45:45:0.523256:26:19:20:22:26:19:20:21 chr1 6158562 . A G 744.11 PASS AF=0.653846;AO=67;DP=104;FAO=68;FDP=104;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00718682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8958;QD=28.6197;RBI=0.00905044;REFB=-0.0195892;REVB=-0.00550092;RO=36;SAF=32;SAR=35;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395398;STB=0.518766;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00899273;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:36:36:67:68:0.653846:35:32:15:21:36:32:15:21 chr1 6162054 . T C 136.06 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0262399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0922;QD=28.6447;RBI=0.0279235;REFB=-0.0310737;REVB=-0.00954939;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157777;STB=0.566831;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0474493;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:18:19:5:5:13:14:0.736842:9:4:3:2:9:5:3:2 chr1 6162355 . A T 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00593554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8243;QD=27.652;RBI=0.0108269;REFB=0.0655228;REVB=0.00905489;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161258;STB=0.601706;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00803479;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:8:9:18:18:0.666667:7:11:7:1:7:11:8:1 chr1 6162407 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.158;QD=51.9164;RBI=0.0429875;REFB=0;REVB=0.0215626;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195637;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 6163065 . G A 238.92 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0767983;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.467;QD=13.6526;RBI=0.0768319;REFB=-0.00834903;REVB=0.00227315;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175886;STB=0.592041;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0172898;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:42:28:28:0.4:13:15:15:26:13:15:16:26 chr1 6165419 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0184316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.733;QD=13.0911;RBI=0.0242598;REFB=-0.0244783;REVB=-0.0157739;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220785;STB=0.629432;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0276058;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:12:8:8:5:12:8 chr1 6184092 . A G 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.491;QD=54.5031;RBI=0.0171444;REFB=0;REVB=0.00837892;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75756e-05;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:3:22:0:0:3:22:0:0 chr1 6190315 . C T 469.39 PASS AF=0.494624;AO=45;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0120084;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.493;QD=20.189;RBI=0.0142017;REFB=-0.0156824;REVB=0.00758198;RO=46;SAF=27;SAR=18;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151406;STB=0.59318;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0156182;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:45:46:0.494624:18:27:20:26:18:28:20:27 chr1 6196869 . A G 754.55 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0867149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4518;QD=54.8763;RBI=0.0901748;REFB=0.031251;REVB=-0.0247391;RO=1;SAF=19;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00401321;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:35:19:1:0:35:19:1:0 chr1 6202245 . G A 464.65 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00315458;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.998;QD=19.1609;RBI=0.0145677;REFB=-0.007282;REVB=-0.0142221;RO=50;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562023;STB=0.536067;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0130638;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:51:46:46:0.474227:23:23:22:28:23:23:22:29 chr1 6209363 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4276;QD=50.4104;RBI=0.0414094;REFB=0;REVB=-0.038308;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177838;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 6211183 . G A 1211.95 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7632;QD=59.8494;RBI=0.0654517;REFB=-0.0724831;REVB=0.0417896;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00142951;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:0:1:79:80:0.987654:46:33:0:0:46:34:1:0 chr1 6313938 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.141;QD=57.1762;RBI=0.0122721;REFB=0;REVB=0.0117936;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2309e-05;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 6314822 . T C 960.27 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219787;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.804;QD=59.0935;RBI=0.05975;REFB=0;REVB=0.0555607;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624238;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr1 6399594 . A G 32.32 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0110851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.748;QD=2.93779;RBI=0.0637374;REFB=-0.00698754;REVB=-0.062766;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492277;STB=0.580369;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.056231;OID=.;OPOS=6399594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:35:38:6:6:0.136364:4:2:13:22:4:2:16:22 chr1 6614230 . G A 50.82 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0223168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6929;QD=5.21217;RBI=0.103374;REFB=-0.00512337;REVB=0.100937;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453414;STB=0.788911;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0332657;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:5:3:23:7:5:3:24:7 chr1 6614535 . G A 197.71 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00823826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0049;QD=22.5959;RBI=0.136201;REFB=-0.00583438;REVB=0.135952;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115419;STB=0.58612;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00398937;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:15:19:20:0.571429:11:8:9:7:12:8:9:6 chr1 6615469 . G C 352.62 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0134482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.96;QD=21.6999;RBI=0.013452;REFB=-0.0391666;REVB=-0.000321348;RO=28;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115181;STB=0.56069;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0272651;OID=.;OPOS=6615469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:29:35:36:0.553846:20:15:16:12:21:15:16:13 chr1 6631063 . A G 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00735103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.81;QD=18.4945;RBI=0.0182509;REFB=-0.013439;REVB=-0.0167051;RO=30;SAF=23;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246377;STB=0.638789;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0194843;OID=.;OPOS=6631063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:7:23:16:14:7:23:16:14 chr1 6635231 . A G 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3381;QD=54.5086;RBI=0.0317061;REFB=0;REVB=-0.0291725;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427554;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 121.87 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00572054;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=9;MLLD=287.521;QD=8.55233;RBI=0.0189579;REFB=-0.0103853;REVB=0.0180742;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897061;STB=0.573288;STBP=0.452;TYPE=del;VARB=0.0173457;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:21:56:21:57:36:11:10:23:13:99:26:11:10:16:10 chr1 6659505 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.02879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.29;QD=10.3903;RBI=0.029034;REFB=-0.0217055;REVB=-0.00375672;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0367467;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:3:8:3:4:3:8 chr1 6693097 . A G 90.81 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0473339;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.683;QD=15.1342;RBI=0.0473415;REFB=-0.0126252;REVB=-0.000847795;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165392;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0130213;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:7:6:7:4:7:6 chr1 6695244 . A G 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0364632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0404;QD=26.0483;RBI=0.0803987;REFB=-0.0270501;REVB=-0.0716546;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.521702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00581172;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:2:3:8:4:2:3 chr1 6704635 . A G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00629125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9252;QD=24.2039;RBI=0.00856134;REFB=-0.0176737;REVB=0.00580661;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596025;STB=0.533296;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.012591;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:5:7:9:9:5:7 chr1 6711146 . T C 111.38 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0609337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3913;QD=15.9114;RBI=0.0615375;REFB=-0.05141;REVB=0.00859915;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0679276;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:7:8:6:7:7:8 chr1 7723588 . C T 598.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353136;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.646;QD=61.3892;RBI=0.0353219;REFB=0;REVB=-0.000761109;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197099;OID=.;OPOS=7723588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr1 7723957 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.571;QD=40.763;RBI=0.0573757;REFB=0;REVB=0.00492879;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919747;OID=.;OPOS=7723957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr1 7792603 . G A 233.45 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0291162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.961;QD=16.978;RBI=0.0295278;REFB=-0.0415512;REVB=0.00491287;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807452;STB=0.54542;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0409816;OID=.;OPOS=7792603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:12:17:13:13:12:17 chr1 7811014 . G A 1357.47 PASS AF=0.988764;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.121;QD=61.0098;RBI=0.0359404;REFB=-0.101312;REVB=0.0331216;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000298568;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:89:0:1:83:88:0.988764:52:31:0:0:53:35:0:1 chr1 7870048 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9681;QD=57.2356;RBI=0.0415086;REFB=0;REVB=-0.00252571;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425292;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr1 7887248 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0334282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.56;QD=20.274;RBI=0.033494;REFB=-0.017318;REVB=-0.00209897;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171115;STB=0.596247;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0218266;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:15:9:13:10:15:9 chr1 7887493 . T C 970.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.752;QD=57.9498;RBI=0.0705233;REFB=0;REVB=0.0690768;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275028;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:42:25:0:0 chr1 7904699 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000664816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.941;QD=13.0366;RBI=0.0279614;REFB=-0.0158075;REVB=-0.0279535;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00769751;STB=0.504499;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0313463;OID=.;OPOS=7904699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:18:14:8:10:18:14 chr1 7906476 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.16;QD=48.7373;RBI=0.00697322;REFB=0;REVB=-0.00310117;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217067;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 7913029 . A G 195.87 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00521212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6139;QD=25.2735;RBI=0.0641503;REFB=-0.0207723;REVB=0.0639382;RO=11;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211577;STB=0.60618;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0376466;OID=.;OPOS=7913029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:5:14:5:6:5:14:6:6 chr1 7913430 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0269171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.486;QD=18.4435;RBI=0.0475796;REFB=-0.00372156;REVB=-0.0392338;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449088;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr1 7913445 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0120786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.216;QD=14.0792;RBI=0.0222783;REFB=-0.0250763;REVB=0.0187198;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122388;STB=0.571312;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0300175;OID=.;OPOS=7913445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:6:10:6:6:6:10 chr1 7990367 . G A 63.65 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0173297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5026;QD=9.43024;RBI=0.0268802;REFB=-0.00494814;REVB=0.0205481;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128484;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0128989;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:8:10:6:3:8:10 chr1 8073430 . AAT A,ATT 130.32 PASS AF=0.255319,0.148936;AO=11,7;DP=52;FAO=12,7;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9,5;FSAR=3,2;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0521153,-0.0216353;FXX=0.040808;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=17.2805,17.3803;QD=11.0908;RBI=0.0656454,0.0586026;REFB=-0.0759075,0.0242782;REVB=0.0399164,-0.0544627;RO=26;SAF=9,5;SAR=2,2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.504774,0.381282;STB=0.785265,0.788743;STBP=0.031,0.121;TYPE=del,snp;VARB=0.182192,-0.131525;OID=.,.;OPOS=8073431,8073431;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319,0.148936:11,7:52:12,7:47:28:9,5:3,2:9:19:73:26:9,5:2,2:10:16 chr1 8352240 . C T 130.22 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00661635;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.61;QD=20.8355;RBI=0.00868748;REFB=-0.0366451;REVB=0.00562994;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0319105;OID=.;OPOS=8352240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:8:6:6:5:8:6:6:5 chr1 8388200 . T C 528.67 PASS AF=0.561798;AO=48;DP=87;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0167832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.085;QD=23.7605;RBI=0.0264314;REFB=-0.036111;REVB=-0.0204192;RO=39;SAF=19;SAR=29;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764442;STB=0.52991;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0312982;OID=.;OPOS=8388200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:39:39:48:50:0.561798:29:19:19:20:29:21:19:20 chr1 8390384 . G C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9691;QD=64.1535;RBI=0.0289345;REFB=0;REVB=-0.0235508;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05107e-05;OID=.;OPOS=8390384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 8390495 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.438;QD=39.2067;RBI=0.031909;REFB=0;REVB=0.0288767;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355557;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 8395560 . G T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.74;QD=61.3334;RBI=0.0471264;REFB=0;REVB=0.0124203;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313184;OID=.;OPOS=8395560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 8412989 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.01;QD=56.9569;RBI=0.00696956;REFB=0;REVB=0.00677484;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37073e-06;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:40:12:0:0:40:12:0:0 chr1 8413317 . A C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.737;QD=35.5738;RBI=0.0297755;REFB=0;REVB=-0.0127208;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554365;OID=.;OPOS=8413317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 8418644 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.435;QD=48.7373;RBI=0.0855685;REFB=0;REVB=0.0843292;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487787;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 8418649 . CT C,CC 188.69 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,14;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337245,0.0219369;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.551,222.814;QD=47.1716;RBI=0.0471891,0.0309774;REFB=0,0;REVB=0.0330071,0.0218717;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00908235,0.000375212;OID=.,.;OPOS=8418650,8418650;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:2,14:16:1,15:16:0:0,7:1,8:0:0:5:0:0,7:2,7:0:0 chr1 8425900 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.418;QD=59.9957;RBI=0.0502909;REFB=0;REVB=0.0477452;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5024e-05;OID=.;OPOS=8425900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:65:41:0:0:65:41:0:0 chr1 9009444 . A C 323.33 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0596;QD=53.8888;RBI=0.0144454;REFB=0;REVB=0.0113907;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204899;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr1 9009451 . G C 56.84 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0396126;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0561;QD=10.3342;RBI=0.049482;REFB=-0.00203426;REVB=-0.0296531;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354271;STB=0.723463;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00184488;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:5:9:7:1:5:9 chr1 9009470 . G C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00567279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.028;QD=9.19977;RBI=0.0125887;REFB=0.00529451;REVB=0.0112381;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413297;STB=0.762764;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.010194;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:6:7:6:1:6:7 chr1 9011586 . T G 237.78 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.020391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.833;QD=16.121;RBI=0.0383377;REFB=-0.0130422;REVB=0.0324651;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.560929;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00917593;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:32:25:27:0.457627:7:18:18:14:9:18:18:14 chr1 9011627 . G A 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00176784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.95;QD=17.9506;RBI=0.00389235;REFB=-0.00299044;REVB=0.00346773;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184807;STB=0.603747;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00235211;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:10:17:12:16:10:17:12:16 chr1 9011722 . G T 247.05 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0205637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.308;QD=24.7047;RBI=0.0208464;REFB=-0.00871413;REVB=0.00342152;RO=17;SAF=18;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32664;STB=0.68337;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00800913;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:5:18:7:10:5:18:7:10 chr1 9017204 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00599279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.74;QD=14.1956;RBI=0.0525208;REFB=-0.0125528;REVB=-0.0521778;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892121;STB=0.551657;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0185853;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:15:7:6:9:15:7 chr1 9034421 . G A 107.36 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0206112;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.656;QD=11.6068;RBI=0.023812;REFB=-0.00923252;REVB=-0.0119243;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075912;STB=0.506598;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0169565;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:8:5:9:14:8:5:9:15 chr1 9039704 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.998;QD=42.1808;RBI=0.0899966;REFB=0;REVB=0.0688244;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240612;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 9165669 . G A 655.25 PASS AF=0.714286;AO=55;DP=78;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0281575;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4667;QD=34.0391;RBI=0.0902576;REFB=-0.0451871;REVB=0.0857531;RO=21;SAF=30;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600846;STB=0.526057;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0192255;OID=.;OPOS=9165669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:21:22:55:55:0.714286:25:30:9:12:25:30:10:12 chr1 9307033 . G A 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0161504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.466;QD=24.2021;RBI=0.0187327;REFB=-0.0340571;REVB=0.00949099;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817516;STB=0.54575;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0263991;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:6:6:7:11:6:6 chr1 9307138 . T C 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0156155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3679;QD=31.8499;RBI=0.0191546;REFB=-0.0255572;REVB=-0.0110929;RO=9;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169481;STB=0.59294;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.012244;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:12:10:7:2:12:10:7:2 chr1 9323910 . G A 253.24 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0208536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.789;QD=28.1375;RBI=0.0228807;REFB=-0.00584548;REVB=0.00941564;RO=12;SAF=1;SAR=21;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120813;STB=0.56404;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00290705;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:12:13:22:23:0.638889:21:1:1:11:22:1:1:12 chr1 9324571 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00544108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.681;QD=16.1155;RBI=0.0143075;REFB=-0.0035259;REVB=0.0132325;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00437292;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:17:12:12:12:17:12 chr1 9324670 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0195303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.805;QD=17.2469;RBI=0.0279183;REFB=0.0017287;REVB=0.01995;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259962;STB=0.646929;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0035173;OID=.;OPOS=9324670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:7:20:10:11:7:20 chr1 9416151 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0261547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8994;QD=7.79728;RBI=0.0263324;REFB=-0.0028948;REVB=-0.00305351;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482003;STB=0.798019;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0177576;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:15:8:7:2:15:8 chr1 9427842 . A G 1159.45 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659063;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.86;QD=61.0236;RBI=0.0659332;REFB=0;REVB=-0.00188471;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358569;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:37:38:0:0:37:39:0:0 chr1 9427869 . G A 919.19 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.967;QD=58.3616;RBI=0.0652797;REFB=0;REVB=0.0196048;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181665;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr1 9780287 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0123174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.009;QD=21.1692;RBI=0.0139647;REFB=-0.0179831;REVB=-0.00657977;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2378;STB=0.636015;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00723673;OID=.;OPOS=9780287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:3:0:3:4:3:0 chr1 9784423 . C T 376.25 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0112024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.382;QD=21.1969;RBI=0.0281329;REFB=-0.0151874;REVB=-0.0258064;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186699;STB=0.602889;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0109067;OID=.;OPOS=9784423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:18:20:10:23:18:20:10:23 chr1 9804693 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0335572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.942;QD=27.4994;RBI=0.0496541;REFB=-0.0176741;REVB=0.0365984;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114061;STB=0.506323;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0143077;OID=.;OPOS=9804693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:13:6:3:7:13:6:3:7 chr1 9811541 . A G 616.09 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00780332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.503;QD=23.4701;RBI=0.053234;REFB=-0.000444228;REVB=-0.0526589;RO=45;SAF=37;SAR=23;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609249;STB=0.533232;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000136259;OID=.;OPOS=9811541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:23:37:31:14:23:37:31:14 chr1 9888202 . C T 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1022;QD=53.2715;RBI=0.012906;REFB=0;REVB=-0.00965281;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01941e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr1 9910357 . AT TC 62.43 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0345529;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.396;QD=10.405;RBI=0.0383518;REFB=-0.00173447;REVB=0.0166421;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494917;STB=0.777415;STBP=0.219;TYPE=mnp;VARB=0.00876196;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:23:24:15:15:8:9:0.375:6:2:0:15:6:3:0:15 chr1 10190575 . G C 569.14 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00586431;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.302;QD=20.1467;RBI=0.0228626;REFB=-0.0197847;REVB=0.0220977;RO=55;SAF=23;SAR=35;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363933;STB=0.520069;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0153832;OID=.;OPOS=10190575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:55:55:58:58:0.513274:35:23:24:31:35:23:24:31 chr1 10218439 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00915953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3741;QD=18.4833;RBI=0.025645;REFB=0.0323215;REVB=-0.0239535;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913696;STB=0.55155;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0349791;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:5:14:17:4:5:14:17:4 chr1 10318652 . C G 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00270191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.521;QD=14.3989;RBI=0.025026;REFB=-0.0189165;REVB=-0.0248797;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059742;STB=0.533954;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0223974;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:21:13:11:14:21:13 chr1 10339129 . G A 253.53 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00873027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.213;QD=21.1274;RBI=0.0116061;REFB=-0.0217861;REVB=0.00764753;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425359;STB=0.521035;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0209739;OID=.;OPOS=10339129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:24:24:24:0.5:13:11:9:13:13:11:10:14 chr1 10339209 . CAT C 170.81 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0076251;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.37;QD=16.2676;RBI=0.00966619;REFB=-0.0124366;REVB=0.0059408;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924797;STB=0.547567;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=0.0179503;OID=.;OPOS=10339210;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:18:42:18:42:24:9:9:14:10:99:20:9:9:12:8 chr1 10342522 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0345685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.646;QD=15.1561;RBI=0.0370058;REFB=-0.0111064;REVB=0.0132077;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066703;STB=0.528729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0112288;OID=.;OPOS=10342522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:12:13:14:17:12:13:15:17 chr1 10366692 . C G 816.91 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.164;QD=57.3273;RBI=0.062506;REFB=0;REVB=0.0601115;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96461e-05;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:24:30:0:0:26:31:0:0 chr1 10386322 . C T 365.15 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0166036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0297;QD=26.5562;RBI=0.0207504;REFB=2.83177e-05;REVB=0.012446;RO=20;SAF=15;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538097;STB=0.529395;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000492916;OID=.;OPOS=10386322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:20:15:7:13:20:15:7:13 chr1 10397567 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00589617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.484;QD=15.1604;RBI=0.00596212;REFB=-0.0129504;REVB=-0.000884325;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395726;STB=0.729436;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00727977;OID=.;OPOS=10397567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:14:8:12:4:14:8 chr1 10428592 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0308109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.882;QD=19.9285;RBI=0.0358739;REFB=0.00758129;REVB=0.0183746;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313723;STB=0.666349;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00375907;OID=.;OPOS=10428592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:10:2:4:4:10:2:4:5 chr1 10435324 . C A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0234269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.397;QD=16.1562;RBI=0.0245601;REFB=-0.0105393;REVB=0.00737394;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484632;STB=0.543827;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.011024;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:14:13:16:14:14:13:18:14 chr1 10460485 . T C 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0100745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.148;QD=30.3962;RBI=0.0120071;REFB=-0.0406421;REVB=0.0065327;RO=16;SAF=19;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187561;STB=0.603102;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0219901;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:10:19:6:10:10:19:6:10 chr1 10473196 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.244;QD=59.016;RBI=0.0311976;REFB=0;REVB=-0.0302984;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185644;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 10473200 . G A 206.67 PASS AF=0.625;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0147815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.604;QD=25.8337;RBI=0.0900749;REFB=-0.0317805;REVB=-0.0888538;RO=10;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103167;STB=0.549948;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0143317;OID=.;OPOS=10473200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:10:12:19:20:0.625:5:14:6:4:6:14:7:5 chr1 10479791 . G A 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.004008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.27;QD=12.0969;RBI=0.0155048;REFB=-0.012441;REVB=-0.0149778;RO=46;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125854;STB=0.572543;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0226644;OID=.;OPOS=10479791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:11:16:22:24:11:16:22:24 chr1 10511544 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0184919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.01;QD=18.6371;RBI=0.0199855;REFB=-0.020332;REVB=0.0075807;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229204;STB=0.630978;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0177731;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:9:7:11:5:9:7 chr1 10511589 . T C 575.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.342;QD=60.5404;RBI=0.0405307;REFB=0;REVB=0.0307338;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143239;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr1 10596341 . C T 120.08 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0107783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0084;QD=14.1271;RBI=0.0166593;REFB=-0.0123429;REVB=-0.0127028;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479278;STB=0.517217;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0184904;OID=.;OPOS=10596341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:20:13:14:0.411765:5:8:12:9:6:8:12:8 chr1 10713765 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0626848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8563;QD=9.44513;RBI=0.0894655;REFB=-0.0326296;REVB=-0.0638332;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0378134;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:3:3:3:6:3:3:3:7 chr1 11008102 . G A 451.59 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0119547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9187;QD=16.1284;RBI=0.0887005;REFB=0.00254966;REVB=0.0878912;RO=61;SAF=26;SAR=24;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236758;STB=0.634769;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00292776;OID=.;OPOS=11008102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:62:50:50:0.446429:24:26:17:44:24:26:17:45 chr1 11008496 . AG A,AC 727.25 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=8,44;DP=53;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664713,0.0780822;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.64,131.22;QD=55.9426;RBI=0.0668021,0.0815603;REFB=0,0;REVB=0.00663989,0.0235639;RO=0;SAF=8,9;SAR=0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0497463,0.00863184;OID=.,.;OPOS=11008497,11008497;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:8,44:53:2,50:52:0:2,15:0,35:0:0:5:0:8,9:0,35:0:0 chr1 11008594 . A T 211.99 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.02036;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.941;QD=17.6661;RBI=0.0283033;REFB=-0.0152317;REVB=-0.0196608;RO=27;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237614;STB=0.636861;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0180506;OID=.;OPOS=11008594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:16:5:12:15:16:5:12:15 chr1 11008695 . T C 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00203666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.29;QD=22.881;RBI=0.00350293;REFB=-0.0262175;REVB=-0.00285001;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407811;STB=0.522459;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0206926;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:18:17:14:12:18:17:14:12 chr1 11009679 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0104003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.104;QD=13.8994;RBI=0.0207124;REFB=-0.00554105;REVB=0.0179119;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022406;STB=0.51281;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00848036;OID=.;OPOS=11009679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:16:8:12:22:16:8:12:22 chr1 11009703 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0219285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.14;QD=15.914;RBI=0.0346104;REFB=-0.0395158;REVB=0.0267771;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874102;STB=0.549454;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0296733;OID=.;OPOS=11009703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:14:23:21:9:14:23 chr1 11014118 . C T 180.74 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.010883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1562;QD=13.9027;RBI=0.0437717;REFB=-0.00649051;REVB=-0.0423972;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240398;STB=0.62691;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00723661;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:12:9:20:10:12:9:20:11 chr1 11015165 . A G 504.07 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00944085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.877;QD=18.8437;RBI=0.0151804;REFB=-0.0149806;REVB=0.0118876;RO=54;SAF=34;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100097;STB=0.555493;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0134382;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:19:34:29:25:19:34:29:25 chr1 11018765 . G A 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0427506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.537;QD=19.9754;RBI=0.0453665;REFB=-0.00301225;REVB=-0.0151825;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330493;STB=0.683093;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00480743;OID=.;OPOS=11018765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:2:18:11:9:2:18 chr1 11087524 . G A 266.13 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0588738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.074;QD=21.2906;RBI=0.0664037;REFB=0.0043793;REVB=0.0307137;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036776;STB=0.520644;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00420545;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:14:11:10:15:14:11 chr1 11090916 . C A 151.33 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.015495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.596;QD=20.1773;RBI=0.0286265;REFB=-0.0455767;REVB=-0.0240703;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282995;STB=0.529375;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0374758;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:7:8:7:7:7:9:7:7 chr1 11137661 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00141621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.515;QD=27.8593;RBI=0.00997105;REFB=-0.00470434;REVB=-0.00986996;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120543;STB=0.54994;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00206109;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:7:8:17:17:0.68:6:11:3:4:6:11:4:4 chr1 11140620 . A C 82.53 PASS AF=0.923077;AO=3;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0848187;FXX=0.133244;HRUN=11;LEN=1;MLLD=21.8676;QD=25.3939;RBI=0.0848574;REFB=-0.040528;REVB=-0.00256224;RO=2;SAF=3;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426694;OID=.;OPOS=11140620;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:14:13:2:1:3:12:0.923077:0:3:2:0:0:12:1:0 chr1 11141187 . C G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0904929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6002;QD=18.8203;RBI=0.0917548;REFB=0.00881078;REVB=-0.015165;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530587;STB=0.805912;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00192828;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:10:2:8:2:10:2:8:2 chr1 11150682 . C T 167.32 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0521665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1305;QD=16.3241;RBI=0.161014;REFB=-0.0353983;REVB=-0.152329;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059041;STB=0.655563;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.043645;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:23:18:18:0.439024:6:12:9:6:6:12:9:14 chr1 11159823 . T C 536.56 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00857497;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.475;QD=23.3288;RBI=0.0120247;REFB=-0.0184638;REVB=0.0084299;RO=43;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990212;STB=0.561301;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0163939;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:43:42:50:50:0.543478:22:28:29:14:22:28:29:13 chr1 11166713 . T C 409.62 PASS AF=0.661017;AO=37;DP=58;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00409372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2488;QD=27.7706;RBI=0.0671112;REFB=-0.0429381;REVB=-0.0669863;RO=21;SAF=14;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349956;STB=0.523149;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0160161;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:20:37:39:0.661017:23:14:9:12:24:15:9:11 chr1 11167146 . G A 407.19 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00320922;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4547;QD=22.3116;RBI=0.0265736;REFB=0.00315677;REVB=0.0263791;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696398;STB=0.531812;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00333728;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:39:40:0.547945:21:18:18:15:21:19:18:15 chr1 11171226 . C T 121.0 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0779165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5854;QD=14.6663;RBI=0.0875691;REFB=-0.0077465;REVB=-0.039967;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345886;STB=0.672041;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0136945;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:8:5:14:5:8:6:14:5 chr1 11181327 . C T 236.23 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0181756;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1901;QD=19.2841;RBI=0.020518;REFB=0.0118578;REVB=-0.00952035;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659676;STB=0.503728;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0111752;OID=.;OPOS=11181327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:10:16:14:9:10:16 chr1 11190646 . G A 414.0 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00859764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8001;QD=15.9231;RBI=0.0288991;REFB=-0.0466393;REVB=0.0275905;RO=58;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827879;STB=0.505165;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0754354;OID=.;OPOS=11190646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:57:46:47:0.451923:25:21:26:32:26:21:26:31 chr1 11212458 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.019637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.328;QD=5.90506;RBI=0.0208843;REFB=-0.00181989;REVB=-0.00710919;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220317;STB=0.51425;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00529785;OID=.;OPOS=11212458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:14:13:4:4:14:13 chr1 11255008 . T C 61.96 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0201602;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1427;QD=6.35497;RBI=0.0357491;REFB=-0.00698168;REVB=-0.0295223;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666862;STB=0.542762;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0188042;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:15:15:4:5:15:15 chr1 11288758 . G A 34.39 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.029776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4576;QD=7.24016;RBI=0.0573588;REFB=-0.00708163;REVB=0.0490247;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06903;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0157015;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:19:19:13:13:5:6:0.315789:2:3:7:6:3:3:7:6 chr1 11301714 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0398764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.543;QD=16.7314;RBI=0.0565625;REFB=-0.035808;REVB=-0.0401146;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838001;STB=0.547139;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0360517;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:19:12:17:19:19:12:17:19 chr1 11579504 . G C 142.29 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0538216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2779;QD=9.81337;RBI=0.0675788;REFB=-0.0116512;REVB=-0.0408672;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230281;STB=0.653466;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0261161;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:39:19:19:0.327586:6:13:18:19:6:13:18:21 chr1 11589911 . G A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00728894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.547;QD=17.791;RBI=0.0126009;REFB=-0.0106744;REVB=0.0102788;RO=33;SAF=7;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193237;STB=0.609061;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00701833;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:24:7:13:20:24:7:13:20 chr1 11710561 . T G 188.08 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0224737;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.907;QD=12.7513;RBI=0.0248046;REFB=-0.0210421;REVB=-0.0104977;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040102;STB=0.52308;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0307368;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:36:23:23:0.389831:13:10:17:19:13:10:17:19 chr1 11810765 . T A 850.21 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347827;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.552;QD=57.6413;RBI=0.0353822;REFB=0;REVB=-0.00648529;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027575;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:40:18:0:0:41:18:0:0 chr1 11826630 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488842;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.74;QD=40.7629;RBI=0.0489255;REFB=0;REVB=-0.00200912;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173676;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 11827304 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.697;QD=33.4285;RBI=0.0377248;REFB=0;REVB=0.0376595;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418895;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 11828238 . G A 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.881;QD=51.8994;RBI=0.0463732;REFB=0;REVB=0.0439815;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187033;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 11828319 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.291;QD=51.1846;RBI=0.0772894;REFB=0;REVB=0.0388489;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454115;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr1 11831615 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.985;QD=57.6806;RBI=0.0341744;REFB=0;REVB=0.0160562;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011033;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 11832311 . G C 695.46 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0409392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2138;QD=52.4878;RBI=0.138969;REFB=-0.113687;REVB=0.132802;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361769;STB=0.519223;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00365701;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:25:25:2:0:26:25:2:0 chr1 11836628 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000719359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.318;QD=60.51;RBI=0.00431947;REFB=0.0323661;REVB=0.00425915;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000134149;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:45:45:0.978261:15:30:0:0:15:30:1:0 chr1 11836682 . C T 501.39 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.181;QD=58.9876;RBI=0.0526212;REFB=0;REVB=-0.00453744;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381445;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 11838848 . G T 1396.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.067;QD=62.7588;RBI=0.041593;REFB=0;REVB=0.0333647;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134118;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:44:45:0:0 chr1 11839966 . G A 482.19 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0597023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2687;QD=53.5771;RBI=0.0727042;REFB=-0.126816;REVB=0.0414913;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488373;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00509698;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:15:18:1:1:15:19:1:1 chr1 11839998 . T C 468.85 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135071;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.365;QD=58.606;RBI=0.033342;REFB=0;REVB=0.0304836;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121747;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr1 11844330 . C T 1230.63 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00732474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.643;QD=60.0308;RBI=0.0103679;REFB=-0.0209322;REVB=0.00733763;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.50769;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000143573;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:49:32:0:0:49:32:1:0 chr1 11844369 . C CG 39.42 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0514221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5514;QD=1.83333;RBI=0.0751974;REFB=0.00651855;REVB=0.0548672;RO=70;SAF=8;SAR=8;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.592911;STBP=0.442;TYPE=ins;VARB=-0.0324811;OID=.;OPOS=11844370;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047:16:88:16:86:70:8:8:27:43:39:70:8:8:28:42 chr1 11849447 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.014;QD=58.1417;RBI=0.0112049;REFB=0;REVB=0.0107993;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23787e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr1 11854457 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.361;QD=62.349;RBI=0.0201134;REFB=0;REVB=-0.00329972;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86097e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 11856378 . G A 478.79 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0162916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.687;QD=25.1993;RBI=0.0188436;REFB=-0.00250956;REVB=0.00946928;RO=31;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760925;STB=0.541599;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00189643;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:23:22:12:19:23:22:12:19 chr1 11884555 . A G 479.58 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.541;QD=58.1311;RBI=0.0116856;REFB=0;REVB=0.00938002;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35402e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:20:13:0:0 chr1 11968230 . T C 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0318416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.364;QD=18.5768;RBI=0.0318423;REFB=-0.0125667;REVB=-0.00021233;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259957;STB=0.645068;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0176561;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:11:20:11:20:11:20:11:20 chr1 11968273 . A G 258.57 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0275545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7436;QD=16.4174;RBI=0.0335123;REFB=-0.00296182;REVB=0.0190742;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208662;STB=0.609046;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00466649;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:12:17:12:21:12:17:13:21 chr1 11968316 . T TA 242.95 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=58;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0087267;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=291.093;QD=17.3534;RBI=0.00969114;REFB=0.000534539;REVB=-0.0042146;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223684;STB=0.643217;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=-0.000626826;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482143:24:58:27:56:29:16:11:9:20:99:31:14:10:11:20 chr1 11969917 . A G 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0478017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.873;QD=14.0944;RBI=0.0560821;REFB=-0.0214856;REVB=0.029329;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154773;STB=0.509074;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0154821;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:4:10:8:3:4:10 chr1 12009955 . C T 223.79 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00328515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.162;QD=19.4602;RBI=0.0145238;REFB=-0.000415921;REVB=-0.0141474;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384446;STB=0.521719;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000663527;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:11:13:11:11:11:13 chr1 12024235 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0266199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3669;QD=13.5052;RBI=0.102806;REFB=0.000471662;REVB=0.0993002;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317828;STB=0.695836;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00502022;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:7:5:12:4:7:5:13:4 chr1 12082926 . A G 215.64 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0305694;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.615;QD=21.0384;RBI=0.0421823;REFB=-0.0330463;REVB=-0.0290665;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0265832;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:10:10:10:11:10:10 chr1 12164437 . C T 406.74 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00211772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.911;QD=17.4942;RBI=0.0162109;REFB=-0.0142001;REVB=0.0160719;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524088;STB=0.529157;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0200176;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:51:42:42:0.451613:22:20:26:23:22:20:27:24 chr1 12175729 . C T 697.08 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0388252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.598;QD=56.9048;RBI=0.044441;REFB=-0.166784;REVB=0.021624;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.50373;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.000946455;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:0:3:46:46:0.938776:18:28:0:0:18:28:2:1 chr1 12186058 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=24;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0101796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.178;QD=22.6;RBI=0.0451159;REFB=-0.0208123;REVB=-0.0439525;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197862;STB=0.619729;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0193093;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:20:24:23:0.534884:8:16:7:10:8:15:8:12 chr1 12198297 . T C 753.32 PASS AF=0.40566;AO=87;DP=214;FAO=86;FDP=212;FR=.;FRO=126;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.031716;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.545;QD=14.2136;RBI=0.0471526;REFB=-0.0413479;REVB=-0.0348921;RO=122;SAF=41;SAR=46;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214754;STB=0.516054;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0616224;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:122:126:87:86:0.40566:46:41:60:62:46:40:62:64 chr1 12198324 . G A 132.33 PASS AF=0.136364;AO=30;DP=220;FAO=30;FDP=220;FR=.;FRO=190;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=91;FSRR=99;FWDB=-0.0283311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.181;QD=2.406;RBI=0.0349786;REFB=-0.00670254;REVB=0.0205146;RO=188;SAF=14;SAR=16;SRF=91;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221226;STB=0.510631;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0375962;OID=.;OPOS=12198324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:188:190:30:30:0.136364:16:14:91:97:16:14:91:99 chr1 12252955 . T G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00220402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.123;QD=20.7542;RBI=0.0155606;REFB=-0.0184773;REVB=0.0154037;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156055;STB=0.58812;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0147918;OID=.;OPOS=12252955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:8:4:8:7:8:4 chr1 12339619 . A T 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0130684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.25;QD=16.041;RBI=0.0137067;REFB=-0.0148348;REVB=0.00413408;RO=26;SAF=3;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451838;STB=0.763731;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0291537;OID=.;OPOS=12339619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:16:3:14:12:16:3:14:12 chr1 12343459 . C T 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0156949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.094;QD=15.6986;RBI=0.0274246;REFB=-3.60066e-05;REVB=0.0224895;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000141761;OID=.;OPOS=12343459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:9:10:6:9:9:10 chr1 12401868 . A C 603.2 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.227;QD=60.3195;RBI=0.0609491;REFB=0;REVB=0.0386277;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203021;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:32:40:1:16:16:0:0:19:21:0:0 chr1 12628188 . T C 104.65 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0138384;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.828;QD=9.96689;RBI=0.0357789;REFB=-0.00735696;REVB=0.0329944;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102844;STB=0.561949;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0157149;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:13:16:6:7:13:16 chr1 12628459 . G A 300.32 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0725577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5694;QD=30.802;RBI=0.0877024;REFB=-0.0309007;REVB=0.0492656;RO=13;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796609;STB=0.543592;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0348111;OID=.;OPOS=12628459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:17:9:3:10:17:9:3:10 chr1 12638964 . T C 565.15 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295589;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6102;QD=61.0974;RBI=0.0360689;REFB=0;REVB=0.0206697;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133064;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr1 12639168 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.893;QD=51.1846;RBI=0.0426154;REFB=0;REVB=0.0302865;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68624e-06;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 12639309 . G C 490.75 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0154961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.228;QD=22.3069;RBI=0.0155369;REFB=-0.0136518;REVB=-0.00112457;RO=39;SAF=29;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067242;STB=0.550428;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0129592;OID=.;OPOS=12639309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:41:47:47:0.534091:18:29:21:18:18:29:21:20 chr1 12726318 . G A 83.85 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0557087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2757;QD=10.1632;RBI=0.0557192;REFB=-0.0136708;REVB=0.00108129;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37774;STB=0.714688;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0333048;OID=.;OPOS=12726318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:8:3:13:8:8:3:13:9 chr1 12776344 . A T 224.75 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0187749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.292;QD=13.0292;RBI=0.0267494;REFB=-0.00233004;REVB=-0.0190535;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056062;STB=0.532035;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00162534;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:11:16:27:15:11:16:27:15 chr1 12779560 . T C 401.28 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.011435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.519;QD=18.8837;RBI=0.0158706;REFB=-0.00345786;REVB=0.0110054;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162665;STB=0.599953;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00461516;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:44:41:41:0.482353:21:20:28:14:21:20:30:14 chr1 12779618 . T C 509.03 PASS AF=0.505155;AO=45;DP=93;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0166803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.631;QD=20.991;RBI=0.0190606;REFB=-0.0224989;REVB=0.00922358;RO=48;SAF=24;SAR=21;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105955;STB=0.557612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0256926;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:48:48:45:49:0.505155:21:24:31:17:23:26:31:17 chr1 12785494 . G T 152.85 PASS AF=0.261905;AO=8;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=25;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00994867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.089;QD=14.5569;RBI=0.0174338;REFB=0.000843195;REVB=0.0143164;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.5998;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0184766;OID=.;OPOS=12785494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:42:42:15:25:8:11:0.261905:6:2:5:10:9:2:7:18 chr1 12799736 . C T 150.39 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0156339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.624;QD=8.24046;RBI=0.0333849;REFB=-0.0197476;REVB=-0.029498;RO=51;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225767;STB=0.638586;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0429879;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:52:21:21:0.287671:10:11:17:34:10:11:17:35 chr1 12820870 . T C 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00272749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.655;QD=30.6481;RBI=0.0196388;REFB=-0.0337256;REVB=0.0194485;RO=14;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777349;STB=0.542618;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0179692;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:14:13:5:9:14:13:5:9 chr1 12835868 . T C 401.51 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0128473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.652;QD=18.8947;RBI=0.0168449;REFB=-0.0166539;REVB=0.0108949;RO=43;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860115;STB=0.541527;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0170003;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:20:21:18:25:20:21:19:25 chr1 12837634 . T A 607.55 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00623962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5075;QD=22.5019;RBI=0.0733679;REFB=0.0117395;REVB=-0.0731021;RO=47;SAF=34;SAR=26;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163599;STB=0.593719;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0168153;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:48:60:60:0.555556:26:34:17:30:26:34:17:31 chr1 12854428 . C T 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00731945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.089;QD=6.01504;RBI=0.0221475;REFB=-0.00228162;REVB=0.0209031;RO=44;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577276;STB=0.536177;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00757098;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:8:5:15:29:8:5:15:29 chr1 12854530 . C G 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0343683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9626;QD=2.85571;RBI=0.0362195;REFB=0.00480608;REVB=0.0114312;RO=61;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210408;STB=0.646125;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0293132;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:4:6:26:35:4:6:26:35 chr1 12854544 . T C 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0240819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.2;QD=6.90927;RBI=0.0244039;REFB=-0.00519951;REVB=0.00395128;RO=49;SAF=6;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193764;STB=0.618733;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0104396;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:11:6:25:24:11:6:25:24 chr1 12855835 . C G 305.55 PASS AF=0.96;AO=17;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0813764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7298;QD=48.8883;RBI=0.170585;REFB=-0.186039;REVB=0.149924;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0158024;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:17:24:0.96:9:8:0:0:14:10:1:0 chr1 12855845 . G C 296.35 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0683222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4837;QD=49.3908;RBI=0.0784515;REFB=-0.0317989;REVB=-0.038558;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000611804;OID=.;OPOS=12855845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:13:10:0:0:13:10:0:1 chr1 12855878 . A C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.045291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.465;QD=5.68934;RBI=0.0466673;REFB=-0.0148071;REVB=-0.01125;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444608;STB=0.529312;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.053332;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:7:12:4:2:7:12 chr1 12855897 . GC G 60.09 PASS AF=0.5;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00278586;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5997;QD=10.9252;RBI=0.0590621;REFB=-0.0577365;REVB=-0.0589964;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.526832;STB=0.822802;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.067113;OID=.;OPOS=12855898;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:23:11:22:11:1:10:6:5:59:11:1:9:6:5 chr1 12856010 . C G 48.37 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0375312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2224;QD=12.898;RBI=0.0391504;REFB=-0.00378914;REVB=-0.0111427;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.673053;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00744283;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:8:7:7:0.466667:3:4:5:1:3:4:7:1 chr1 12856111 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.036846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.13;QD=7.32292;RBI=0.0381388;REFB=-0.010213;REVB=0.0098461;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187917;STB=0.620278;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0269622;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:7:7:4:2:7:7 chr1 12887549 . T C 1190.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2012;QD=61.041;RBI=0.0433502;REFB=0;REVB=-0.0310908;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512933;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr1 12907379 . T C 167.44 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00730191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.893;QD=23.0946;RBI=0.0286941;REFB=-0.00966314;REVB=-0.0277494;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00645286;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:6:6:8:9:6:6 chr1 12907777 . T C 103.53 PASS AF=0.163934;AO=18;DP=120;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0148072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1833;QD=3.39452;RBI=0.05639;REFB=0.0102386;REVB=0.0544112;RO=100;SAF=7;SAR=11;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789467;STB=0.507455;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0234719;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:100:102:18:20:0.163934:11:7:45:55:11:9:45:57 chr1 12907781 . T C 122.12 PASS AF=0.184874;AO=21;DP=118;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0096487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.208;QD=4.10472;RBI=0.036514;REFB=-0.00648089;REVB=-0.0352161;RO=97;SAF=10;SAR=11;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552991;STB=0.554573;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0199461;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:97:97:21:22:0.184874:11:10:42:55:11:11:42:55 chr1 12907798 . A C 134.71 PASS AF=0.201754;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0352522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.059;QD=4.72671;RBI=0.0353397;REFB=-0.00953508;REVB=-0.00248494;RO=88;SAF=12;SAR=11;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185565;STB=0.608539;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0372752;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:88:91:23:23:0.201754:11:12:33:55:11:12:35:56 chr1 12907802 . CC TT 135.47 PASS AF=0.20354;AO=22;DP=112;FAO=23;FDP=113;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.0308098;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.285;QD=4.7952;RBI=0.0308233;REFB=-0.00569351;REVB=-0.000910564;RO=89;SAF=12;SAR=10;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219863;STB=0.613646;STBP=0.239;TYPE=mnp;VARB=0.0265204;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:89:90:22:23:0.20354:10:12:33:56:11:12:34:56 chr1 12907837 . C T 388.38 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00461855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.608;QD=13.0547;RBI=0.0286281;REFB=-0.0146853;REVB=-0.0282531;RO=73;SAF=28;SAR=18;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184382;STB=0.60464;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0200173;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:73:46:46:0.386555:18:28:32:41:18:28:32:41 chr1 12907885 . T C 601.82 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0080891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.812;QD=18.8069;RBI=0.0132567;REFB=0.000409384;REVB=-0.0105027;RO=66;SAF=30;SAR=32;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854767;STB=0.547269;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000490539;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:32:30:38:28:32:30:38:28 chr1 12918963 . G T 416.25 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0108641;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.325;QD=19.1379;RBI=0.0123061;REFB=-0.0164046;REVB=-0.00578012;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340984;STB=0.518978;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0173031;OID=.;OPOS=12918963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:45:45:42:42:0.482759:23:19:22:23:23:19:22:23 chr1 12919064 . T G 210.48 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.027808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.533;QD=14.0323;RBI=0.0298113;REFB=-0.0198471;REVB=-0.0107437;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428441;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0320649;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:24:25:0.416667:13:11:17:17:13:12:18:17 chr1 12919079 . C G 248.78 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00255946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.703;QD=16.3133;RBI=0.00799641;REFB=-0.0292161;REVB=-0.00757574;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197961;STB=0.511155;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0219713;OID=.;OPOS=12919079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:16:17:15:13:16:17 chr1 12919587 . T C 30.65 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000637858;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.792;QD=7.66189;RBI=0.0177085;REFB=-0.0108495;REVB=0.0176971;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059321;STB=0.538306;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00948191;OID=.;OPOS=12919587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:11:11:5:5:0.3125:3:2:5:6:3:2:5:6 chr1 12919623 . CC TG 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0117138;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=228.264;QD=9.76019;RBI=0.0233298;REFB=-0.0103221;REVB=-0.0201759;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=mnp;VARB=0.0196477;OID=.;OPOS=12919623;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:6:6:5:2:6:6 chr1 12919928 . A G 309.23 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00484589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9748;QD=16.0639;RBI=0.0684696;REFB=-0.00796011;REVB=-0.0682979;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017668;STB=0.509948;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00839258;OID=.;OPOS=12919928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:21:22:18:16:21:22 chr1 12919934 . A G 293.4 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0242948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1751;QD=14.8555;RBI=0.0243054;REFB=-0.00191063;REVB=-0.000715253;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382793;STB=0.50882;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00366037;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:46:33:33:0.417722:17:16:23:21:17:16:23:23 chr1 12919963 . T G 215.44 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.02015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9428;QD=13.0571;RBI=0.0287276;REFB=-0.0120067;REVB=0.0204757;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040757;STB=0.523346;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0193335;OID=.;OPOS=12919963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:20:20:14:12:20:20 chr1 12920067 . C G 87.82 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00874943;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.397;QD=12.5452;RBI=0.0223327;REFB=0.00650066;REVB=-0.0205474;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0101745;OID=.;OPOS=12920067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:9:8:5:6:9:8 chr1 12921110 . A G 156.85 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00194447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.433;QD=16.0867;RBI=0.0193184;REFB=-0.000151235;REVB=0.0192203;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356102;STB=0.703261;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000878719;OID=.;OPOS=12921110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:16:6:11:6:16:6 chr1 12921127 . A G 165.33 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0155278;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.07;QD=13.4965;RBI=0.0281198;REFB=-0.000971475;REVB=0.0234438;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449913;STB=0.774739;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0044196;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:31:17:18:0.367347:11:6:25:7:12:6:25:6 chr1 12921132 . A G 164.24 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00571886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.458;QD=12.8814;RBI=0.00632042;REFB=-0.00960759;REVB=0.00269116;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433459;STB=0.726347;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0162692;OID=.;OPOS=12921132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:12:6:24:8:12:7:24:8 chr1 12921332 . TG CA,CG 222.62 PASS AF=0.473684,0.105263;AO=18,4;DP=38;FAO=18,4;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=8,2;FSAR=10,2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0123693,0.00888836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=154.662,99.9335;QD=23.4338;RBI=0.0236415,0.0184735;REFB=-0.0137748,-0.0236348;REVB=0.0201475,-0.0161947;RO=15;SAF=8,2;SAR=10,2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0920302,0.191181;STB=0.533297,0.599521;STBP=0.706,0.657;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0140151,0.00383024;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:18,4:18,4:0.473684,0.105263:10,2:8,2:5:10:10,2:8,2:6:10 chr1 12939664 . A T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0400812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.995;QD=16.4528;RBI=0.0412152;REFB=-0.0219597;REVB=0.00960169;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0227066;OID=.;OPOS=12939664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr1 12939674 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0188129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4666;QD=16.4544;RBI=0.0240934;REFB=0.0160601;REVB=-0.0150521;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0173079;OID=.;OPOS=12939674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr1 13001312 . C G 38.76 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0198571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.353;QD=2.31417;RBI=0.0233523;REFB=-0.00484523;REVB=-0.0122893;RO=59;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050472;STB=0.537221;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.03617;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:4:4:27:32:4:4:27:32 chr1 13052907 . T C 393.13 PASS AF=0.274112;AO=54;DP=197;FAO=54;FDP=197;FR=.;FRO=143;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=0.00108855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.895;QD=7.98238;RBI=0.0065083;REFB=-0.00776315;REVB=-0.00641662;RO=142;SAF=33;SAR=21;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12962;STB=0.574269;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0172254;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:142:143:54:54:0.274112:21:33:72:70:21:33:73:70 chr1 13183222 . ATTTTTC ATTCTTT 33.56 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0360659;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=132.371;QD=3.53233;RBI=0.0457019;REFB=-0.00805025;REVB=-0.0280698;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431897;STB=0.792854;STBP=0.167;TYPE=mnp;VARB=0.0442412;OID=.;OPOS=13183225;OREF=TTTC;OALT=CTTT;OMAPALT=ATTCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:6:38:6:38:32:2:4:23:9:33:28:2:4:20:8 chr1 13183243 . T C 34.48 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0196373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.565;QD=4.30955;RBI=0.0318784;REFB=-0.0285131;REVB=-0.0251119;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455768;STB=0.531146;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0329333;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:14:12:3:3:14:12 chr1 13183248 . TC AA 44.07 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0223299;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.395;QD=5.68591;RBI=0.0248178;REFB=-0.00214736;REVB=0.0108305;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132954;STB=0.586909;STBP=0.623;TYPE=mnp;VARB=0.010747;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:32:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:13:11:4:3:13:11 chr1 13183422 . T C 156.78 PASS AF=0.179012;AO=29;DP=162;FAO=29;FDP=162;FR=.;FRO=133;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=83;FWDB=-0.0241785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.682;QD=3.87099;RBI=0.033103;REFB=-0.00801339;REVB=-0.0226099;RO=132;SAF=13;SAR=16;SRF=49;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101748;STB=0.560744;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0365512;OID=.;OPOS=13183422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:132:133:29:29:0.179012:16:13:49:83:16:13:50:83 chr1 13183439 . T C 1624.99 PASS AF=0.767857;AO=129;DP=168;FAO=129;FDP=168;FR=.;FRO=39;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0291434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.647;QD=38.6903;RBI=0.035803;REFB=0.00485295;REVB=0.0207971;RO=39;SAF=49;SAR=80;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373975;STB=0.519931;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00100725;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:39:39:129:129:0.767857:80:49:18:21:80:49:18:21 chr1 13183511 . T C 672.61 PASS AF=0.450617;AO=72;DP=161;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.013056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.196;QD=16.6077;RBI=0.023544;REFB=-0.013864;REVB=-0.0195924;RO=89;SAF=21;SAR=51;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217894;STB=0.623926;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0175122;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:89:89:72:73:0.450617:51:21:44:45:52:21:44:45 chr1 13183528 . A C 492.55 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0261405;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.101;QD=13.0476;RBI=0.0270235;REFB=-0.00724968;REVB=-0.00685158;RO=90;SAF=18;SAR=40;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180441;STB=0.600949;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0137918;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:90:93:58:58:0.384106:40:18:42:48:40:18:43:50 chr1 13183532 . CC TT 499.18 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0195235;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.737;QD=13.8661;RBI=0.0198684;REFB=-0.00800597;REVB=0.00368593;RO=88;SAF=16;SAR=40;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188145;STB=0.607024;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.0132626;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:88:88:56:56:0.388889:40:16:39:49:40:16:39:49 chr1 13183567 . C T 258.3 PASS AF=0.28125;AO=36;DP=128;FAO=36;FDP=128;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0304133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.817;QD=8.07196;RBI=0.0324401;REFB=-0.0261744;REVB=-0.0112869;RO=92;SAF=13;SAR=23;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936309;STB=0.555575;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.034852;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:92:92:36:36:0.28125:23:13:40:52:23:13:40:52 chr1 13183573 . G T 202.52 PASS AF=0.26087;AO=30;DP=115;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00197307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.75;QD=7.04404;RBI=0.0125781;REFB=5.84512e-05;REVB=-0.0124224;RO=85;SAF=10;SAR=20;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118346;STB=0.57138;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.000284651;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:85:85:30:30:0.26087:20:10:36:49:20:10:36:49 chr1 13183590 . C T 58.05 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=-0.0180736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.77;QD=2.58007;RBI=0.0256161;REFB=-0.00325359;REVB=-0.0181529;RO=78;SAF=4;SAR=8;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0544635;OID=.;OPOS=13183590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:78:78:12:12:0.133333:8:4:26:52:8:4:26:52 chr1 13219048 . T G 159.4 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.015896;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8838;QD=24.5233;RBI=0.0183559;REFB=0.00504816;REVB=0.00917908;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201004;STB=0.613484;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00151937;OID=.;OPOS=13219048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:10:10:16:16:0.615385:12:4:5:5:12:4:5:5 chr1 13219469 . GTT GTG,GT 212.94 PASS AF=0.46875,0.34375;AO=11,10;DP=33;FAO=15,11;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=9,7;FSAR=6,4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0235093,0.116577;FXX=0.0302939;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=204.491,7.53927;QD=26.6179;RBI=0.0295838,0.436846;REFB=-0.00728272,0.0448884;REVB=0.0179588,0.421004;RO=4;SAF=9,7;SAR=2,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0.442478;SSEP=0,0.347107;SSSB=0.335749,0.23879;STB=0.57682,0.608495;STBP=0.319,0.266;TYPE=snp,del;VARB=-0.00879978,0.164715;OID=.,.;OPOS=13219471,13219470;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.46875,0.34375:11,10:33:15,11:32:6:9,7:6,4:2:4:64:4:9,7:2,3:1:3 chr1 13219498 . C G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00598866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.306;QD=5.21556;RBI=0.0310359;REFB=-0.010533;REVB=-0.0304527;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442528;STB=0.798935;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0186224;OID=.;OPOS=13219498;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:11:10:5:1:11:10 chr1 13448283 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.767;QD=43.4861;RBI=0.0836345;REFB=0;REVB=0.0830044;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160219;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 13448303 . A C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=1.05949e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.26;QD=20.8976;RBI=0.00290757;REFB=0.00979074;REVB=-0.00290755;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788369;STB=0.545344;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00390781;OID=.;OPOS=13448303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:3:1:3:5:3:1 chr1 13695787 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.559;QD=40.7629;RBI=0.013711;REFB=0;REVB=-0.00251991;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100604;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr1 13695816 . G A 207.04 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.394;QD=48.7163;RBI=0.0402921;REFB=0;REVB=0.0393327;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184158;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr1 13802325 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.587;QD=60.5472;RBI=0.0543349;REFB=0;REVB=0.0120202;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106237;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr1 13802437 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0145299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.742;QD=16.8241;RBI=0.0185963;REFB=-0.00687545;REVB=-0.0116062;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242292;STB=0.638754;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0190814;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:12:16:7:14:12:16 chr1 13940864 . C G 1528.29 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.476;QD=63.6787;RBI=0.0119489;REFB=0;REVB=0.00622611;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20481e-06;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:43:52:0:0:43:53:0:0 chr1 13944235 . AC ACTT,TT 435.63 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=28,3;DP=31;FAO=28,3;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17,3;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394712,-0.0232563;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=43.301,195.093;QD=56.21;RBI=0.0522949,0.0254495;REFB=0,0;REVB=0.0521457,0.0103356;RO=0;SAF=17,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31638e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00180572,0.0320874;OID=.,.;OPOS=13944237,13944235;OREF=-,AC;OALT=TT,TT;OMAPALT=ACTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:31:31:0:0:28,3:28,3:0.903226,0.0967742:11,0:17,3:0:0:11,0:17,3:0:0 chr1 14105139 . T A 105.36 PASS AF=0.325;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0333223;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.942;QD=10.5361;RBI=0.0387105;REFB=-0.0453849;REVB=0.019701;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139465;STB=0.539476;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0704702;OID=.;OPOS=14105139;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:12:13:0.325:9:3:7:20:9:4:7:20 chr1 14106394 . A ACTC,C 243.96 PASS AF=0.468085,0.0425532;AO=22,2;DP=47;FAO=22,2;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10,2;FSAR=12,0;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0064414,-0.0297083;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=193.825,51.6294;QD=20.7621;RBI=0.0122268,0.0315764;REFB=-0.0284422,-0.00321855;REVB=-0.0103925,0.0106998;RO=22;SAF=10,2;SAR=12,0;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.199884,0.431599;STB=0.621408,0.992878;STBP=0.152,0.31;TYPE=ins,snp;VARB=0.0312306,-0.0202791;OID=.,.;OPOS=14106395,14106394;OREF=-,A;OALT=CTC,C;OMAPALT=ACTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:22,2:22,2:0.468085,0.0425532:12,0:10,2:15:7:12,0:10,2:16:7 chr1 14150709 . C T 470.02 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00149135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.927;QD=20.6601;RBI=0.00726093;REFB=-0.0150177;REVB=-0.00710612;RO=45;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166663;STB=0.592235;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0195516;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:27:19:27:18:27:19:27:18 chr1 14150714 . G A 434.29 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0195264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6055;QD=18.882;RBI=0.0588986;REFB=-0.0297513;REVB=0.0555676;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155536;STB=0.568151;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.023737;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:48:43:44:0.478261:24:19:27:17:25:19:27:21 chr1 14150740 . G T 487.69 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00608979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.917;QD=24.3844;RBI=0.00861801;REFB=-0.00430991;REVB=-0.00609792;RO=34;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198238;STB=0.608648;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00419579;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:28:18:22:12:28:18:22:12 chr1 14150992 . T C 338.68 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00119548;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.705;QD=12.2048;RBI=0.0178295;REFB=-0.00428081;REVB=0.0177894;RO=67;SAF=16;SAR=25;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208146;STB=0.63092;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00982342;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:67:70:41:41:0.369369:25:16:39:28:25:16:42:28 chr1 14220216 . A G 558.95 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00661531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.34;QD=20.5118;RBI=0.0291191;REFB=-0.0171978;REVB=-0.0283577;RO=52;SAF=30;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228331;STB=0.512568;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0267476;OID=.;OPOS=14220216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:27:30:26:26:27:30:26:26 chr1 14450771 . G A 975.98 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00103814;FXX=0.0694348;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.665;QD=58.2677;RBI=0.00961064;REFB=-0.0186902;REVB=-0.00955441;RO=1;SAF=16;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286092;STB=0.515147;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000769368;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:50:16:1:0:50:16:1:0 chr1 15438990 . G A 958.79 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8594;QD=57.2414;RBI=0.0627961;REFB=-0.122623;REVB=0.0605609;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125996;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00102974;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:37:29:0:1:37:29:0:1 chr1 15490865 . T A 1244.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.278;QD=61.4557;RBI=0.0519912;REFB=0;REVB=0.0222647;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40045e-05;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:26:54:0:0:26:55:0:0 chr1 15497727 . T C 556.85 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.909;QD=60.2002;RBI=0.0355193;REFB=0;REVB=0.0201351;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237109;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:14:21:0:0:16:21:0:0 chr1 15702130 . A G 271.51 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0213065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.76;QD=20.8853;RBI=0.0252419;REFB=0.00550841;REVB=0.0135346;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527817;STB=0.52939;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00386591;OID=.;OPOS=15702130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:10:14:18:10:10:14 chr1 15708540 . A G 172.01 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00309844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.142;QD=26.4632;RBI=0.00764546;REFB=-0.028546;REVB=0.00698947;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219412;STB=0.528269;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0198852;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:8:9:17:17:0.653846:10:7:3:5:10:7:3:6 chr1 15710411 . G C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0536803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0517;QD=15.7843;RBI=0.0546695;REFB=0.00296981;REVB=-0.0103528;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00121556;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:10:7:6:8:10:7 chr1 15714842 . G C 49.53 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0431892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1712;QD=15.2393;RBI=0.0502105;REFB=-0.036616;REVB=-0.0256082;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563064;STB=0.836194;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0217118;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:1:5:1:6:1:5 chr1 15723843 . G A 509.83 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.035592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.146;QD=21.024;RBI=0.0359284;REFB=-0.0329403;REVB=-0.00490516;RO=47;SAF=20;SAR=29;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184342;STB=0.606651;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0245077;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:48:49:49:0.505155:29:20:29:18:29:20:30:18 chr1 15754484 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.477;QD=60.7162;RBI=0.0320025;REFB=0;REVB=0.0287186;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76036e-05;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:36:40:0:0 chr1 15768997 . C T 853.4 PASS AF=0.527607;AO=85;DP=163;FAO=86;FDP=163;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0152819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.456;QD=20.9424;RBI=0.0172967;REFB=-0.00135908;REVB=-0.00810182;RO=78;SAF=37;SAR=48;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569389;STB=0.536359;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00112434;OID=.;OPOS=15768997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:78:77:85:86:0.527607:48:37:39:39:49:37:39:38 chr1 15788269 . A C 1014.86 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201232;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6131;QD=59.6974;RBI=0.0203894;REFB=0;REVB=-0.00328402;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153565;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr1 15808198 . C T 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0443689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5772;QD=18.055;RBI=0.0564813;REFB=-0.0216688;REVB=-0.0349505;RO=35;SAF=23;SAR=10;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352343;STB=0.69685;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0135212;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:10:23:11:24:10:23:11:24 chr1 15808767 . G A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00440064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.05;QD=20.4363;RBI=0.0231437;REFB=-0.00406765;REVB=0.0227214;RO=26;SAF=24;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084799;STB=0.547335;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00354077;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:6:24:19:7:6:24:19:7 chr1 15808872 . G A 383.66 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.0388629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.874;QD=20.1925;RBI=0.0409554;REFB=-0.00305041;REVB=0.0129236;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229387;STB=0.626004;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00238824;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:17:22:30:7:17:22:30:7 chr1 15809876 . G A 43.85 PASS AF=0.25;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0109309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.656;QD=6.26374;RBI=0.0261598;REFB=-0.0225952;REVB=-0.0237666;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0596258;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:20:21:7:7:0.25:5:2:6:14:5:2:6:15 chr1 15812432 . A G 966.54 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.259;QD=58.5779;RBI=0.0167845;REFB=0;REVB=0.00114749;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37579e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:30:36:0:0 chr1 15832543 . T C 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1749;QD=61.3216;RBI=0.0461727;REFB=0;REVB=-0.0231825;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053688;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 15844615 . A G 958.77 PASS AF=0.985507;AO=63;DP=64;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356635;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6797;QD=55.5811;RBI=0.0384347;REFB=-0.0899353;REVB=0.0143296;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00356872;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:69:1:1:63:68:0.985507:34:29:0:1:34:34:0:1 chr1 15850613 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.314;QD=46.8478;RBI=0.0677174;REFB=0;REVB=0.0545494;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116292;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr1 15894397 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0155949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.003;QD=5.21557;RBI=0.0243123;REFB=-0.00595661;REVB=-0.0186518;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171939;STB=0.614991;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0327271;OID=.;OPOS=15894397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:11:10:2:4:11:10 chr1 15909850 . C G 786.59 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00133802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7777;QD=55.1989;RBI=0.0251814;REFB=-0.128799;REVB=0.0251459;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000364619;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:25:31:0:0:25:31:0:1 chr1 16069644 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.029329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.905;QD=16.7846;RBI=0.0494684;REFB=-0.0318857;REVB=0.0398364;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382178;STB=0.711092;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0118966;OID=.;OPOS=16069644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:19:10:24:7:19:10:25:8 chr1 16070817 . GCCCG GCC,GCCG 93.28 PASS AF=0,0.882353;AO=2,7;DP=18;FAO=0,15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=0,10;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.12366,0.109908;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=10.9136,11.1589;QD=21.9486;RBI=0.125519,0.145931;REFB=-0.0591963,-0.0500094;REVB=0.0215233,-0.0960012;RO=7;SAF=2,5;SAR=0,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.577625,0.135151;STB=0.5,0.583219;STBP=1,0.112;TYPE=del,del;VARB=0,0.0261771;OID=.,.;OPOS=16070820,16070818;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.882353:2,7:18:0,15:17:2:0,10:0,5:0:2:9:7:2,5:0,2:4:3 chr1 16091634 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0804212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.24;QD=12.0157;RBI=0.0809877;REFB=-0.00299847;REVB=0.00956209;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00623869;OID=.;OPOS=16091634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr1 16096934 . C T 96.55 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00773384;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.4518;QD=27.5855;RBI=0.170243;REFB=-0.149795;REVB=0.170067;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.567442;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0583531;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:14:3:3:10:11:0.785714:6:4:1:2:7:4:2:1 chr1 16199376 . TTG T 49.64 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0116437;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=272.991;QD=2.42123;RBI=0.0215722;REFB=-0.00536332;REVB=-0.01816;RO=64;SAF=9;SAR=6;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00813574;STB=0.502535;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=0.0221026;OID=.;OPOS=16199377;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.182927:15:81:15:82:67:9:6:40:27:49:64:9:6:38:26 chr1 16242620 . C A 309.6 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00469287;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.064;QD=15.8771;RBI=0.00469456;REFB=-0.00283047;REVB=-0.000125857;RO=45;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593225;STB=0.54184;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00462823;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:44:34:34:0.435897:14:20:29:16:14:20:29:15 chr1 16255644 . C T 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0209324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2644;QD=17.0972;RBI=0.102612;REFB=0.0106183;REVB=-0.100455;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221621;STB=0.635671;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0145097;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:9:5:2:12:9:5:2:13 chr1 16256007 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0312669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.002;QD=18.8866;RBI=0.0343439;REFB=-0.0172751;REVB=0.0142085;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00832226;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr1 16259813 . A G 225.23 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0638621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8104;QD=27.3001;RBI=0.0640809;REFB=-0.0349134;REVB=-0.00529036;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798276;STB=0.504421;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0140739;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:5:7:12:9:5:7 chr1 16260916 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.026286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.177;QD=12.8973;RBI=0.0277521;REFB=-0.00743467;REVB=0.00890078;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428607;STB=0.50251;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0147391;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:16:14:8:9:16:14 chr1 16262404 . C T 126.48 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.02817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.863;QD=9.19881;RBI=0.0301294;REFB=0.0101571;REVB=-0.0106878;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308166;STB=0.68162;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0128416;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:7:10:12:26:7:10:12:26 chr1 16269040 . G C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0388565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6412;QD=14.6511;RBI=0.0660392;REFB=0.0137638;REVB=0.053398;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344857;STB=0.70522;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0117588;OID=.;OPOS=16269040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:4:1:4:2:4:1 chr1 16272250 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0252115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.987;QD=19.5231;RBI=0.0257367;REFB=-0.0200019;REVB=0.00517275;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256667;STB=0.646839;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0238008;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:4:10:5:7:4:10:5:7 chr1 16274769 . C T 203.04 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0386031;FXX=0.0476077;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.398;QD=20.3044;RBI=0.0406835;REFB=-0.00637776;REVB=-0.0128431;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636185;STB=0.55097;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00960217;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:20:20:20:0.5:11:9:8:13:11:9:7:13 chr1 16330816 . C T 176.15 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0103812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.911;QD=14.0917;RBI=0.0175869;REFB=-0.00985934;REVB=-0.0141962;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101845;STB=0.593448;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0200509;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:31:18:19:0.38:7:11:15:14:7:12:15:16 chr1 16332679 . T C 306.94 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0214037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.069;QD=18.0551;RBI=0.0267741;REFB=-0.017652;REVB=-0.0160852;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632413;STB=0.528042;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0163927;OID=.;OPOS=16332679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:32:33:0.485294:18:14:13:22:19:14:13:22 chr1 16341649 . C T 748.43 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263878;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.814;QD=55.4391;RBI=0.0807642;REFB=-0.0668154;REVB=0.0763318;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326005;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:1:0:53:54:1:16:37:0:1:17:37:0:0 chr1 16341733 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.367;QD=57.0006;RBI=0.0262699;REFB=0;REVB=0.0173792;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0305e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 16342237 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.792;QD=62.3506;RBI=0.0083454;REFB=0;REVB=0.00361661;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45106e-05;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr1 16344360 . A G 2548.34 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.236;QD=61.4058;RBI=0.0562727;REFB=0;REVB=0.0502738;RO=0;SAF=82;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97123e-05;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:166:0:0:161:166:1:79:82:0:0:81:85:0:0 chr1 16344402 . G A 2525.69 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.781;QD=60.4956;RBI=0.106428;REFB=-0.0589734;REVB=0.0410791;RO=1;SAF=71;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127699;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:167:1:0:164:167:1:93:71:1:0:93:74:0:0 chr1 16344494 . G A 824.72 PASS AF=0.952381;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0304526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5234;QD=52.3632;RBI=0.13832;REFB=-0.184519;REVB=0.134927;RO=3;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463215;STB=0.523069;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0114529;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:60:63:3:3:57:60:0.952381:29:28:0:3:31:29:0:3 chr1 16344625 . C G 784.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3258;QD=57.0778;RBI=0.0500356;REFB=0;REVB=0.0461123;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256808;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr1 16344664 . G A 274.08 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0118956;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.076;QD=17.4018;RBI=0.0335612;REFB=-0.0118922;REVB=0.0313823;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809185;STB=0.545424;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0166353;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:16:17:18:12:16:17 chr1 16344683 . C T 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0142048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.898;QD=17.5672;RBI=0.0203855;REFB=-0.0183151;REVB=0.0146217;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756773;STB=0.549262;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.021704;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:16:13:11:19:16:13:11:20 chr1 16345735 . C T 341.03 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0100731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.414;QD=20.9863;RBI=0.0161674;REFB=-0.0159757;REVB=-0.0126459;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766343;STB=0.542349;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0142882;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:16:19:19:11:16:19:19:11 chr1 16351275 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.429;QD=57.0007;RBI=0.0173619;REFB=0;REVB=0.0101862;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38906e-06;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr1 16356501 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9629;QD=57.6803;RBI=0.0797519;REFB=0;REVB=0.014524;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181941;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 16358932 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.614;QD=59.4356;RBI=0.0317947;REFB=0;REVB=0.0317682;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04104e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr1 16361916 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=35.5743;RBI=0.0453505;REFB=0;REVB=0.0439225;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475335;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 16371067 . G T 319.9 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0552653;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.293;QD=17.5288;RBI=0.0554103;REFB=-0.0160136;REVB=-0.0040058;RO=39;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652383;STB=0.544978;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0131424;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:33:34:0.465753:19:14:14:25:19:15:14:25 chr1 16373124 . A G 803.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.09;QD=57.3797;RBI=0.0861412;REFB=0;REVB=0.0345792;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164552;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:56:0:0:50:56:1:30:20:0:0:31:25:0:0 chr1 16374533 . G C 826.84 PASS AF=0.810127;AO=64;DP=79;FAO=64;FDP=79;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.023212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.652;QD=41.8653;RBI=0.0258526;REFB=-0.0491878;REVB=-0.0113825;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.546929;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000887934;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:79:79:0:15:64:64:0.810127:37:27:0:0:37:27:10:5 chr1 16374994 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00939524;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.159;QD=51.5087;RBI=0.0232448;REFB=-0.017903;REVB=0.0212614;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.516117;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000920687;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:1:0:11:15:1:0 chr1 16375063 . CA GC 329.66 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.170217;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.074;QD=47.0939;RBI=0.205208;REFB=-0.137345;REVB=0.114615;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=mnp;VARB=0.00467864;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:14:12:1:0:15:12:1:0 chr1 16376191 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000531455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6169;QD=60.2305;RBI=0.0659527;REFB=0;REVB=-0.0659505;RO=0;SAF=36;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109847;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:1:36:0:0:1:36:0:0 chr1 16376319 . T C 866.03 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4223;QD=56.7891;RBI=0.00505442;REFB=0;REVB=0.00399943;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29245e-05;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:1:0:57:61:1:28:29:0:1:30:31:0:0 chr1 16380196 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.3;QD=57.7118;RBI=0.0303334;REFB=0;REVB=0.030183;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010409;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr1 16380243 . A G 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0124884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.136;QD=53.466;RBI=0.0466431;REFB=0.000948274;REVB=-0.0449402;RO=2;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428023;STB=0.522719;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-5.57455e-05;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:21:35:0:2:21:35:0:2 chr1 16380252 . C T 179.33 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0476676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5232;QD=13.2835;RBI=0.0719609;REFB=-0.0142034;REVB=-0.053909;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616319;STB=0.546057;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0182876;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:8:13:18:14:8:14:18:14 chr1 16383682 . G C 207.76 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0255159;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8721;QD=9.13223;RBI=0.0487523;REFB=-0.00971534;REVB=0.0415419;RO=65;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320586;STB=0.684163;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0267457;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:65:64:27:27:0.296703:10:17:23:42:10:17:23:41 chr1 16383742 . C G 473.81 PASS AF=0.430894;AO=52;DP=124;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0284952;FXX=0.0314936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3781;QD=15.4085;RBI=0.033082;REFB=-0.0148021;REVB=-0.0168059;RO=69;SAF=23;SAR=29;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110168;STB=0.562016;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0217811;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:69:70:52:53:0.430894:29:23:38:31:30:23:38:32 chr1 16385042 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.012021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.205;QD=19.1336;RBI=0.012021;REFB=0.00916978;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00737094;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr1 16385175 . G A 242.39 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0116064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.245;QD=29.3808;RBI=0.0261364;REFB=0.0030136;REVB=0.023418;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27252;STB=0.650138;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00209775;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:14:8:9:2:14:8:9:2 chr1 16386008 . T C 493.04 PASS AF=1;AO=21;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3883;QD=58.0044;RBI=0.231913;REFB=0;REVB=0.23097;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072464;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:21:34:1:13:8:0:0:24:10:0:0 chr1 16386416 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1784;QD=51.1837;RBI=0.0395211;REFB=0;REVB=0.0175933;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127065;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 16386447 . G C 256.46 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8708;QD=51.2921;RBI=0.155048;REFB=0;REVB=0.134256;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00668216;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:5:13:0:0:5:15:0:0 chr1 16386495 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0386735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.269;QD=17.6438;RBI=0.0925546;REFB=-0.0406081;REVB=-0.0840875;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249071;STB=0.648255;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0233358;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:1:8:5:2:1:8:5:2 chr1 16388646 . T C 1274.61 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.574;QD=60.6959;RBI=0.0172436;REFB=-0.0267142;REVB=0.0130678;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221918;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:84:0:0:82:84:1:34:48:0:0:35:49:0:0 chr1 16389026 . T C 121.39 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0173154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.458;QD=15.6629;RBI=0.0173729;REFB=-0.00346324;REVB=0.00141286;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.531973;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00988005;OID=.;OPOS=16389026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:5:9:9:7:5:9:10:7 chr1 16464681 . C G 48.99 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.128405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.737;QD=5.02419;RBI=0.13566;REFB=-0.00281677;REVB=-0.0437682;RO=29;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427706;STB=0.776956;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0590058;OID=.;OPOS=16464681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:38:39:29:31:8:8:0.205128:1:7:17:12:1:7:19:12 chr1 16529055 . G A 77.27 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0162079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.784;QD=6.06053;RBI=0.0226396;REFB=-0.00101988;REVB=0.0158067;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139323;STB=0.589578;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0029308;OID=.;OPOS=16529055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:4:7:21:19:4:7:21:19 chr1 16533022 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=11;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2612;QD=18.0502;RBI=0.0410066;REFB=-0.0129889;REVB=0.0410066;RO=7;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013354;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:11:10:0.555556:11:0:0:7:10:0:0:8 chr1 16577794 . C T 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0265681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0984;QD=8.43568;RBI=0.0279685;REFB=0.00198383;REVB=-0.00873923;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404734;STB=0.746806;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00612337;OID=.;OPOS=16577794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:5:12:14:26:5:12:14:27 chr1 16577908 . G C 253.42 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0101425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.653;QD=9.84156;RBI=0.0177612;REFB=-0.0024251;REVB=-0.0145805;RO=70;SAF=20;SAR=13;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157732;STB=0.59201;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00972026;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:70:70:33:33:0.320388:13:20:33:37:13:20:33:37 chr1 16641899 . C T 308.33 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0286855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.526;QD=28.0302;RBI=0.0288337;REFB=-0.0150543;REVB=0.00291969;RO=17;SAF=5;SAR=22;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266165;STB=0.648403;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00618911;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:22:5:8:9:22:5:8:9 chr1 16723084 . G A 332.77 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=0.013446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.157;QD=16.433;RBI=0.0152054;REFB=-0.015086;REVB=0.00709998;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19004;STB=0.617519;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0213396;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:45:36:36:0.444444:23:13:8:34:23:13:8:37 chr1 16840730 . C T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=3.4462e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.715;QD=8.64049;RBI=0.0139864;REFB=-0.0096588;REVB=-0.0139863;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800272;STB=0.548944;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0227159;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:18:16:7:6:18:16 chr1 16858909 . G C 378.03 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00464439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.899;QD=18.9015;RBI=0.0654245;REFB=-0.00678931;REVB=-0.0652594;RO=41;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199556;STB=0.511105;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00507433;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:22:17:17:24:22:17:17:24 chr1 16860633 . G A 63.83 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.0141977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.788;QD=2.05901;RBI=0.0909143;REFB=-0.0176377;REVB=-0.0897989;RO=108;SAF=9;SAR=6;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558976;STB=0.536375;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.128028;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:124:124:108:109:15:15:0.120968:6:9:60:48:6:9:61:48 chr1 16860652 . A C 171.0 PASS AF=0.212121;AO=28;DP=132;FAO=28;FDP=132;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=0.0179519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1058;QD=5.18175;RBI=0.0190146;REFB=-0.00236461;REVB=0.00626753;RO=104;SAF=17;SAR=11;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271379;STB=0.51688;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00780514;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:104:104:28:28:0.212121:11:17:61:43:11:17:61:43 chr1 16860705 . C T 67.78 PASS AF=0.122137;AO=16;DP=131;FAO=16;FDP=131;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=0.0844016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3702;QD=2.06968;RBI=0.084417;REFB=-0.00575873;REVB=0.00161327;RO=111;SAF=10;SAR=6;SRF=68;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162422;STB=0.507091;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0439757;OID=.;OPOS=16860705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:131:131:111:115:16:16:0.122137:6:10:68:43:6:10:71:44 chr1 16861772 . A G 946.35 PASS AF=0.608696;AO=84;DP=138;FAO=84;FDP=138;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0150156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.97;QD=27.4305;RBI=0.0280948;REFB=0.00350677;REVB=-0.0237455;RO=54;SAF=45;SAR=39;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109536;STB=0.559273;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00279112;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:54:54:84:84:0.608696:39:45:37:17:39:45:37:17 chr1 16861804 . G A 157.63 PASS AF=0.192857;AO=27;DP=140;FAO=27;FDP=140;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0460642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.276;QD=4.50382;RBI=0.0473831;REFB=-0.0194743;REVB=0.0111016;RO=113;SAF=12;SAR=15;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541415;STB=0.534265;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0583158;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:113:113:27:27:0.192857:15:12:55:58:15:12:55:58 chr1 16861847 . A T 532.26 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=0.0027542;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.807;QD=15.2073;RBI=0.015145;REFB=-0.0164438;REVB=-0.0148925;RO=82;SAF=27;SAR=31;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144892;STB=0.581054;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0199497;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:82:82:58:58:0.414286:31:27:27:55:31:27:27:55 chr1 16861849 . A G 520.2 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.00418583;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.954;QD=14.9697;RBI=0.0351728;REFB=-0.0102347;REVB=-0.0349228;RO=81;SAF=26;SAR=31;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131378;STB=0.576411;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.038074;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:81:82:57:57:0.410072:31:26:27:54:31:26:27:55 chr1 16862282 . G A 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0462833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.488;QD=4.87898;RBI=0.0657895;REFB=-0.00767189;REVB=-0.0467559;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226647;STB=0.655784;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0309402;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:38:39:9:9:0.1875:5:4:24:14:5:4:25:14 chr1 16862296 . G C 170.31 PASS AF=0.375;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0332221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9133;QD=12.1649;RBI=0.0442836;REFB=0.00383613;REVB=-0.0292801;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715477;STB=0.581314;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00853993;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:32:35:21:21:0.375:6:15:21:11:6:15:21:14 chr1 16862340 . G A 77.6 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.000481959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.983;QD=3.83187;RBI=0.025404;REFB=-0.00905932;REVB=-0.0253994;RO=67;SAF=9;SAR=5;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117485;STB=0.577868;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0571954;OID=.;OPOS=16862340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:5:9:37:30:5:9:37:30 chr1 16862454 . T G 892.83 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.00215578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.634;QD=22.6033;RBI=0.0192025;REFB=-0.0103735;REVB=0.0190811;RO=64;SAF=42;SAR=45;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11056;STB=0.580164;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.022509;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:64:71:87:87:0.550633:45:42:40:24:45:42:47:24 chr1 16862461 . T A 1151.15 PASS AF=0.660131;AO=100;DP=145;FAO=101;FDP=153;FR=.;FRO=52;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00374272;FXX=0.0437473;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.377;QD=30.0955;RBI=0.00901566;REFB=-0.0295787;REVB=0.00820208;RO=45;SAF=53;SAR=47;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109469;STB=0.501881;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00414749;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:153:45:52:100:101:0.660131:47:53:23:22:48:53:27:25 chr1 16862472 . G C 75.65 PASS AF=0.108108;AO=20;DP=185;FAO=20;FDP=185;FR=.;FRO=165;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=77;FSRR=88;FWDB=-0.0250987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.77;QD=1.63569;RBI=0.0295655;REFB=-0.00330087;REVB=-0.0156261;RO=165;SAF=15;SAR=5;SRF=77;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345207;STB=0.751771;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0275766;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:185:185:165:165:20:20:0.108108:5:15:77:88:5:15:77:88 chr1 16862502 . A G 2096.89 PASS AF=0.698413;AO=175;DP=251;FAO=176;FDP=252;FR=.;FRO=76;FSAF=90;FSAR=86;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00293095;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3388;QD=33.284;RBI=0.0516791;REFB=-0.00638188;REVB=-0.051596;RO=76;SAF=90;SAR=85;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142754;STB=0.508484;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00334963;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:76:76:175:176:0.698413:85:90:41:35:86:90:41:35 chr1 16862566 . G A 91.15 PASS AF=0.0962199;AO=28;DP=289;FAO=28;FDP=291;FR=.;FRO=263;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=137;FSRR=126;FWDB=-0.0128718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.489;QD=1.25287;RBI=0.0426962;REFB=-0.0056916;REVB=-0.0407097;RO=261;SAF=16;SAR=12;SRF=137;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564606;STB=0.545961;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.042794;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:289:291:261:263:28:28:0.0962199:12:16:137:124:12:16:137:126 chr1 16863304 . T C 58.55 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.00961514;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.591;QD=2.16843;RBI=0.0117792;REFB=-0.00106539;REVB=-0.00680424;RO=96;SAF=5;SAR=8;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917134;STB=0.561308;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00716888;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:109:108:96:95:13:13:0.12037:8:5:44:52:8:5:43:52 chr1 16863308 . G T 59.76 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0128051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6364;QD=2.25528;RBI=0.0136669;REFB=-0.00471397;REVB=0.00477616;RO=93;SAF=5;SAR=8;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838855;STB=0.560264;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0282039;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:106:93:93:13:13:0.122642:8:5:42:51:8:5:42:51 chr1 16863313 . CA CG,TG 52.52 PASS AF=0.047619,0.0761905;AO=5,8;DP=105;FAO=5,8;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=2,3;FSAR=3,5;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.00478632,0.0130609;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=234.863,125.157;QD=2.00079;RBI=0.00735549,0.0130782;REFB=0.00103136,0.00350242;REVB=-0.00558519,0.000673745;RO=92;SAF=2,3;SAR=3,5;SRF=43;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0631533,-0.103321;STB=0.564592,0.586515;STBP=0.751,0.647;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.038795,-0.0157518;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:105:105:92:92:5,8:5,8:0.047619,0.0761905:3,5:2,3:43:49:3,5:2,3:43:49 chr1 16863328 . T G 99.33 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0440798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.525;QD=3.74844;RBI=0.0440968;REFB=-0.00902986;REVB=-0.00122282;RO=88;SAF=6;SAR=12;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173181;STB=0.614249;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0382582;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:88:88:18:18:0.169811:12:6:41:47:12:6:41:47 chr1 16863352 . C T 138.5 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=103;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0109913;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6899;QD=5.37876;RBI=0.0328778;REFB=-0.00672198;REVB=-0.0309862;RO=80;SAF=6;SAR=16;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268754;STB=0.673992;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.031811;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:81:22:22:0.213592:16:6:38:42:16:6:39:42 chr1 16872419 . T G 171.48 PASS AF=0.328571;AO=21;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00507242;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.002;QD=9.79855;RBI=0.00522483;REFB=-0.00135759;REVB=-0.00125277;RO=47;SAF=18;SAR=3;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542934;STB=0.780558;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00261584;OID=.;OPOS=16872419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:47:47:21:23:0.328571:3:18:20:27:4:19:21:26 chr1 16872432 . C T 146.21 PASS AF=0.259259;AO=20;DP=82;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00440864;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.672;QD=7.22047;RBI=0.0061529;REFB=-0.00640624;REVB=-0.00429209;RO=62;SAF=3;SAR=17;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570594;STB=0.8598;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00990769;OID=.;OPOS=16872432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:62:60:20:21:0.259259:17:3:38:24:18:3:38:22 chr1 16874206 . A C 118.51 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0580505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6339;QD=7.77079;RBI=0.058978;REFB=0.0100599;REVB=-0.010418;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791199;STB=0.547888;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0174362;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:10:7:21:23:10:7:21:23 chr1 16890441 . C T 83.24 PASS AF=0.141732;AO=17;DP=125;FAO=18;FDP=127;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.0156604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.991;QD=2.62165;RBI=0.0561315;REFB=-0.00578171;REVB=-0.0539026;RO=108;SAF=9;SAR=8;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117636;STB=0.55899;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0213846;OID=.;OPOS=16890441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:125:127:108:109:17:18:0.141732:8:9:47:61:9:9:47:62 chr1 16890484 . G C 125.37 PASS AF=0.141361;AO=27;DP=191;FAO=27;FDP=191;FR=.;FRO=164;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=87;FWDB=-0.0194304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4433;QD=2.62551;RBI=0.0249605;REFB=-0.000890618;REVB=-0.0156679;RO=163;SAF=15;SAR=12;SRF=77;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105435;STB=0.573526;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00680911;OID=.;OPOS=16890484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:163:164:27:27:0.141361:12:15:77:86:12:15:77:87 chr1 16890566 . T C 135.33 PASS AF=0.150538;AO=28;DP=186;FAO=28;FDP=186;FR=.;FRO=158;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.0183632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.67;QD=2.91027;RBI=0.0199359;REFB=-0.00261016;REVB=0.00776082;RO=157;SAF=13;SAR=15;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171885;STB=0.514243;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0112125;OID=.;OPOS=16890566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:157:158:28:28:0.150538:15:13:75:82:15:13:76:82 chr1 16890598 . T A 1424.28 PASS AF=0.761589;AO=115;DP=151;FAO=115;FDP=151;FR=.;FRO=36;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00151831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.274;QD=37.7293;RBI=0.00787513;REFB=-0.0128633;REVB=0.00772738;RO=36;SAF=56;SAR=59;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554524;STB=0.529569;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00380286;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:36:36:115:115:0.761589:59:56:22:14:59:56:22:14 chr1 16890602 . T G 781.89 PASS AF=0.510204;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0132404;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.065;QD=21.2758;RBI=0.0157549;REFB=-0.0276615;REVB=-0.00853874;RO=72;SAF=38;SAR=37;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435856;STB=0.523959;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0264517;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:72:72:75:75:0.510204:37:38:40:32:37:38:40:32 chr1 16890607 . G A 59.28 PASS AF=0.107914;AO=15;DP=138;FAO=15;FDP=139;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=0.000227819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.913;QD=1.70587;RBI=0.0171359;REFB=-0.000711003;REVB=-0.0171344;RO=123;SAF=11;SAR=4;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257131;STB=0.694816;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0157561;OID=.;OPOS=16890607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:138:139:123:124:15:15:0.107914:4:11:65:58:4:11:65:59 chr1 16890639 . C T 194.39 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.022823;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.214;QD=8.27205;RBI=0.031757;REFB=-0.00590325;REVB=-0.0220821;RO=68;SAF=14;SAR=12;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429056;STB=0.5256;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0140817;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:26:26:0.276596:12:14:39:29:12:14:39:29 chr1 16890644 . C T 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0041382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.411;QD=18.0354;RBI=0.00878993;REFB=-0.0181318;REVB=-0.00775488;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304775;STB=0.524038;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0208381;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:16:23:24:19:16:23:24:20 chr1 16890671 . TG CA 451.87 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00525732;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.545;QD=38.4566;RBI=0.0100214;REFB=-0.0204549;REVB=0.00853168;RO=12;SAF=19;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595591;STB=0.532259;STBP=0.489;TYPE=mnp;VARB=0.00685009;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:12:12:35:35:0.744681:16:19:5:7:16:19:5:7 chr1 16893721 . A C 167.6 PASS AF=0.102;AO=51;DP=500;FAO=51;FDP=500;FR=.;FRO=449;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=233;FSRR=216;FWDB=0.00737666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.3;QD=1.3408;RBI=0.00790168;REFB=0.000990564;REVB=0.0028322;RO=448;SAF=28;SAR=23;SRF=233;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356929;STB=0.527126;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00866797;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:500:448:449:51:51:0.102:23:28:233:215:23:28:233:216 chr1 16901668 . T C 33.03 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0260432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.279;QD=3.14606;RBI=0.0276628;REFB=-0.00556214;REVB=-0.00932653;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707917;STB=0.551548;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0303023;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:2:4:22:14:2:4:22:14 chr1 16907303 . C T 39.27 PASS AF=0.0529412;AO=27;DP=511;FAO=27;FDP=510;FR=.;FRO=483;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=245;FSRR=238;FWDB=-0.0173693;FXX=0.00195691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.82;QD=0.307966;RBI=0.0277305;REFB=-1.63991e-05;REVB=-0.0216169;RO=483;SAF=13;SAR=14;SRF=244;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237546;STB=0.524372;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00818006;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:511:510:483:483:27:27:0.0529412:14:13:244:239:14:13:245:238 chr1 16907328 . G T 1475.19 PASS AF=0.391608;AO=168;DP=429;FAO=168;FDP=429;FR=.;FRO=261;FSAF=90;FSAR=78;FSRF=129;FSRR=132;FWDB=0.00102648;FXX=0.00232553;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.455;QD=13.7547;RBI=0.0102013;REFB=-0.00281338;REVB=-0.0101496;RO=260;SAF=90;SAR=78;SRF=129;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429541;STB=0.52526;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00340585;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:260:261:168:168:0.391608:78:90:129:131:78:90:129:132 chr1 16909052 . C T 1153.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.051;QD=60.7214;RBI=0.0253081;REFB=0;REVB=0.0133057;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79571e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:32:42:0:0:32:44:0:0 chr1 16913584 . A C 109.7 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00285783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5724;QD=4.82187;RBI=0.041757;REFB=0.0021774;REVB=0.0416591;RO=73;SAF=12;SAR=6;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221705;STB=0.641631;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00830452;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:18:18:0.197802:6:12:36:37:6:12:36:37 chr1 16913612 . G A 94.34 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0114185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7808;QD=3.66381;RBI=0.0225856;REFB=-0.000105095;REVB=0.0194867;RO=85;SAF=11;SAR=6;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166495;STB=0.605969;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00119645;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:103:103:85:86:17:17:0.165049:6:11:44:41:6:11:45:41 chr1 16913644 . T C 968.35 PASS AF=0.802198;AO=73;DP=91;FAO=73;FDP=91;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00410563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.672;QD=42.5646;RBI=0.0304091;REFB=-0.0408157;REVB=0.0301306;RO=18;SAF=36;SAR=37;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00253802;STB=0.501355;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0075127;OID=.;OPOS=16913644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:18:18:73:73:0.802198:37:36:9:9:37:36:9:9 chr1 16914252 . C T 503.32 PASS AF=0.276;AO=69;DP=250;FAO=69;FDP=250;FR=.;FRO=181;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=96;FSRR=85;FWDB=-0.0506397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2819;QD=8.05319;RBI=0.0558365;REFB=-0.00744293;REVB=0.0235231;RO=181;SAF=31;SAR=38;SRF=96;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996888;STB=0.558613;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0186533;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:181:181:69:69:0.276:38:31:96:85:38:31:96:85 chr1 16915357 . C T 91.92 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0183196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.383;QD=8.96797;RBI=0.0223875;REFB=-0.0139296;REVB=-0.0128683;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619944;STB=0.561298;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.031407;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:41:29:29:11:12:0.292683:4:7:17:12:4:8:17:12 chr1 16918498 . G A 89.08 PASS AF=0.0936455;AO=28;DP=299;FAO=28;FDP=299;FR=.;FRO=271;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=120;FSRR=151;FWDB=-0.0386065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.447;QD=1.19177;RBI=0.0402398;REFB=-0.00119815;REVB=-0.0113479;RO=271;SAF=15;SAR=13;SRF=120;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111035;STB=0.583571;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0117035;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:299:299:271:271:28:28:0.0936455:13:15:120:151:13:15:120:151 chr1 16918502 . A G 1110.58 PASS AF=0.441176;AO=116;DP=267;FAO=120;FDP=272;FR=.;FRO=152;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=67;FSRR=85;FWDB=0.0244193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.974;QD=16.332;RBI=0.0247901;REFB=-0.00545932;REVB=0.00427143;RO=148;SAF=54;SAR=62;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198884;STB=0.509887;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00655417;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:272:148:152:116:120:0.441176:62:54:66:82:65:55:67:85 chr1 17004770 . G T 120.82 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00856071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.954;QD=14.6442;RBI=0.0207631;REFB=0.0263881;REVB=0.0189161;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236955;STB=0.636183;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0159951;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:14:5:7:7:14:5 chr1 17004785 . A C 194.28 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0227225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2654;QD=24.2847;RBI=0.0448082;REFB=-0.0153551;REVB=-0.0386195;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225502;STB=0.626724;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00621947;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:5:14:6:7:5:14:6:7 chr1 17004794 . T C 197.86 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00884112;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.607;QD=25.5301;RBI=0.0156691;REFB=-0.0352012;REVB=0.0129366;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127272;STB=0.609988;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0202005;OID=.;OPOS=17004794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:31:12:12:18:19:0.612903:6:12:6:6:6:13:5:7 chr1 17017717 . C T 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000497538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.841;QD=4.28887;RBI=0.0216418;REFB=-0.00467656;REVB=-0.0216361;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422218;STB=0.805751;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.022707;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:31:32:7:7:0.179487:1:6:17:14:1:6:17:15 chr1 17022952 . C A 481.95 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.162;QD=58.4177;RBI=0.0445454;REFB=0;REVB=0.0436924;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386484;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr1 17023110 . G A 148.3 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0294612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2961;QD=7.8052;RBI=0.0358811;REFB=-0.00403416;REVB=0.0204814;RO=54;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193585;STB=0.505742;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00910106;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:55:21:21:0.276316:12:9:24:30:12:9:24:31 chr1 17023143 . C T 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00258623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.133;QD=19.9055;RBI=0.00735593;REFB=-0.0287773;REVB=-0.00688629;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148374;STB=0.573402;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0263085;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:14:17:10:17:14:17:11:17 chr1 17023182 . C G 486.1 PASS AF=0.763636;AO=42;DP=55;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00440701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9038;QD=35.3527;RBI=0.0192214;REFB=-0.0114386;REVB=-0.0187094;RO=13;SAF=24;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147145;STB=0.507933;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00604357;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:13:13:42:42:0.763636:18:24:7:6:18:24:7:6 chr1 17023376 . C T 284.7 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0325905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.904;QD=12.9407;RBI=0.0521706;REFB=-0.0249792;REVB=0.0407386;RO=53;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116248;STB=0.580595;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.039018;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:55:33:33:0.375:22:11:23:30:22:11:25:30 chr1 17023403 . G A 90.38 PASS AF=0.205479;AO=14;DP=75;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0116962;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1721;QD=4.9522;RBI=0.0117434;REFB=-0.00158358;REVB=0.00105227;RO=57;SAF=4;SAR=10;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183429;STB=0.64424;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00336571;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:75:73:57:58:14:15:0.205479:10:4:24:33:11:4:25:33 chr1 17026043 . G A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0321091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.595;QD=28.6824;RBI=0.111353;REFB=-0.0439426;REVB=0.106623;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990128;STB=0.555441;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0157799;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:2:0:1:8:2:0 chr1 17026087 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0183443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.031;QD=22.9566;RBI=0.0259751;REFB=-5.23176e-05;REVB=0.01839;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102808;STB=0.558063;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000236323;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:7:4:4:12:7:4 chr1 17029462 . A G 190.14 PASS AF=0.284211;AO=26;DP=88;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.108618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0203;QD=8.00593;RBI=0.149155;REFB=-0.0399056;REVB=-0.102221;RO=60;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454965;STB=0.523755;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0928834;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:60:68:26:27:0.284211:12:14:30:30:13:14:33:35 chr1 17030504 . T A 196.47 PASS AF=0.154717;AO=41;DP=266;FAO=41;FDP=265;FR=.;FRO=224;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=122;FSRR=102;FWDB=-0.0340393;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.501;QD=2.96554;RBI=0.0340535;REFB=-0.00906601;REVB=0.000982534;RO=223;SAF=21;SAR=20;SRF=121;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392399;STB=0.527467;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.027562;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:223:224:41:41:0.154717:20:21:121:102:20:21:122:102 chr1 17030515 . G A 199.73 PASS AF=0.157303;AO=42;DP=267;FAO=42;FDP=267;FR=.;FRO=225;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=119;FSRR=106;FWDB=-0.0221793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7261;QD=2.99215;RBI=0.0282988;REFB=-0.00485641;REVB=-0.0175756;RO=225;SAF=22;SAR=20;SRF=119;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656072;STB=0.50429;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0451712;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:225:225:42:42:0.157303:20:22:119:106:20:22:119:106 chr1 17030518 . CT TG 173.62 PASS AF=0.144487;AO=38;DP=267;FAO=38;FDP=263;FR=.;FRO=225;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=117;FSRR=108;FWDB=-0.0581816;FXX=0.0149807;HRUN=1;LEN=2;MLLD=89.796;QD=2.64053;RBI=0.0744934;REFB=-0.0039204;REVB=-0.0465206;RO=216;SAF=21;SAR=17;SRF=116;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201678;STB=0.528048;STBP=0.701;TYPE=mnp;VARB=0.0260878;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:263:216:225:38:38:0.144487:17:21:116:100:17:21:117:108 chr1 17030590 . G A 294.53 PASS AF=0.233161;AO=45;DP=193;FAO=45;FDP=193;FR=.;FRO=148;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=0.0147497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.111;QD=6.10413;RBI=0.0208253;REFB=-0.0110742;REVB=0.0147017;RO=148;SAF=18;SAR=27;SRF=76;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144138;STB=0.587461;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0307379;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:148:148:45:45:0.233161:27:18:76:72:27:18:76:72 chr1 17033805 . C T 169.03 PASS AF=0.215385;AO=28;DP=131;FAO=28;FDP=130;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.000652026;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.636;QD=5.20076;RBI=0.0247483;REFB=-0.010479;REVB=-0.0247397;RO=99;SAF=19;SAR=9;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339853;STB=0.711084;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0313188;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:99:102:28:28:0.215385:9:19:40:59:9:19:41:61 chr1 17033854 . C T 888.76 PASS AF=0.716981;AO=76;DP=107;FAO=76;FDP=106;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0301849;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.593;QD=33.538;RBI=0.0301873;REFB=-0.0234104;REVB=-0.000376604;RO=30;SAF=36;SAR=40;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14615;STB=0.578293;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00931322;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:30:30:76:76:0.716981:40:36:6:24:40:36:6:24 chr1 17034041 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.97;QD=33.4285;RBI=0.0625645;REFB=0;REVB=0.0574807;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176918;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00567809;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=342.656;QD=6.30287;RBI=0.0214977;REFB=-0.00692912;REVB=0.0207343;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578966;STB=0.53668;STBP=0.837;TYPE=del;VARB=0.0247981;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226415:12:53:12:53:41:5:7:19:22:83:41:5:7:19:22 chr1 17046456 . T C 301.96 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0112568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.477;QD=14.3789;RBI=0.0479889;REFB=-0.0015988;REVB=-0.04665;RO=50;SAF=9;SAR=25;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119332;STB=0.56814;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00223288;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:25:9:18:32:25:9:18:32 chr1 17053766 . G A 769.21 PASS AF=0.7;AO=62;DP=88;FAO=63;FDP=90;FR=.;FRO=27;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0177507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.735;QD=34.1873;RBI=0.0196619;REFB=-0.0523722;REVB=0.00845599;RO=25;SAF=39;SAR=23;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628291;STB=0.50171;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0176624;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:25:27:62:63:0.7:23:39:16:9:23:40:17:10 chr1 17053769 . G A 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0199627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.325;QD=2.2118;RBI=0.0425019;REFB=-0.00451371;REVB=-0.037522;RO=80;SAF=8;SAR=3;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154507;STB=0.613777;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0317781;OID=.;OPOS=17053769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:80:80:11:11:0.120879:3:8:49:31:3:8:49:31 chr1 17053782 . C A,G 1392.17 PASS AF=0.297872,0.691489;AO=28,65;DP=94;FAO=28,65;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=17,39;FSAR=11,26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197723,-0.0313305;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=119.091,74.704;QD=59.2411;RBI=0.0240163,0.0663865;REFB=-0.0545674,0.00197356;REVB=-0.0136324,-0.0585284;RO=0;SAF=17,39;SAR=11,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31638e-08,-5.10038e-08;STB=0.521723,0.509431;STBP=0.293,0.289;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000623356,0.00192711;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:94:94:0:1:28,65:28,65:0.297872,0.691489:11,26:17,39:0:0:11,26:17,39:0:1 chr1 17053809 . C T 217.48 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0137981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.456;QD=9.35399;RBI=0.0319441;REFB=-0.0270115;REVB=-0.0288103;RO=65;SAF=14;SAR=14;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273434;STB=0.516118;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0573485;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:65:28:28:0.301075:14:14:34:31:14:14:34:31 chr1 17053834 . A AC 233.36 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0015069;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=320.131;QD=12.282;RBI=0.00231608;REFB=-0.00518381;REVB=-0.00175883;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117207;STB=0.555523;STBP=0.384;TYPE=ins;VARB=0.00574021;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460526:35:79:35:76:41:12:23:18:23:99:44:12:23:20:24 chr1 17053861 . C T 479.45 PASS AF=0.656716;AO=41;DP=64;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0308885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.487;QD=28.6239;RBI=0.0326495;REFB=-0.0103067;REVB=0.0105779;RO=23;SAF=14;SAR=27;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966928;STB=0.541528;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00614709;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:23:23:41:44:0.656716:27:14:11:12:28:16:11:12 chr1 17083776 . C A 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0110156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.252;QD=4.28153;RBI=0.0144599;REFB=-0.0103387;REVB=-0.00936721;RO=53;SAF=10;SAR=2;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30134;STB=0.704308;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0562021;OID=.;OPOS=17083776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:2:10:34:19:2:10:34:19 chr1 17084510 . G A 84.71 PASS AF=0.140625;AO=18;DP=128;FAO=18;FDP=128;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.00820887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7448;QD=2.64709;RBI=0.0405855;REFB=-0.00135284;REVB=0.0397467;RO=110;SAF=8;SAR=10;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585204;STB=0.540025;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0111119;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:128:128:110:110:18:18:0.140625:10:8:54:56:10:8:54:56 chr1 17084968 . G C 222.69 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00602118;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.233;QD=10.2387;RBI=0.0109482;REFB=-0.00882433;REVB=-0.00914377;RO=57;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297669;STB=0.527735;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0197469;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:59:28:28:0.321839:15:13:25:32:15:13:25:34 chr1 17085412 . C T 144.0 PASS AF=0.140426;AO=32;DP=236;FAO=33;FDP=235;FR=.;FRO=202;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=75;FSRR=127;FWDB=0.00601749;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.033;QD=2.451;RBI=0.00911469;REFB=-0.0110012;REVB=-0.00684598;RO=199;SAF=10;SAR=22;SRF=72;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699102;STB=0.597271;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0622079;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:199:202:32:33:0.140426:22:10:72:127:24:9:75:127 chr1 17085427 . T C 154.59 PASS AF=0.139918;AO=34;DP=244;FAO=34;FDP=243;FR=.;FRO=209;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=80;FSRR=129;FWDB=-0.0234162;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.131;QD=2.54461;RBI=0.0242011;REFB=-0.00300398;REVB=0.00611341;RO=208;SAF=11;SAR=23;SRF=80;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847668;STB=0.555876;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0203146;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:208:209:34:34:0.139918:23:11:80:128:23:11:80:129 chr1 17085502 . T C 567.95 PASS AF=0.495868;AO=56;DP=115;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0609137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.316;QD=18.7751;RBI=0.0609149;REFB=-0.021952;REVB=-0.000389198;RO=59;SAF=21;SAR=35;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111386;STB=0.546707;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0151189;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:59:61:56:60:0.495868:35:21:29:30:35:25:31:30 chr1 17085834 . G T 370.46 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0149582;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.543;QD=30.2414;RBI=0.016751;REFB=-0.050408;REVB=0.00753976;RO=18;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920303;STB=0.550499;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0288148;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:18:31:31:0.632653:18:13:10:8:18:13:10:8 chr1 17086941 . C T 65.87 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00540042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.084;QD=2.92754;RBI=0.0313406;REFB=-0.00244346;REVB=-0.0308718;RO=77;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244552;STB=0.66642;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0170639;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:77:77:13:13:0.144444:5:8:32:45:5:8:32:45 chr1 17087262 . C T 50.36 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=66;FWDB=0.0677345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4578;QD=2.21363;RBI=0.0925469;REFB=0.00215102;REVB=0.0630632;RO=80;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141356;STB=0.510186;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00854312;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:80:80:11:11:0.120879:9:2:14:66:9:2:14:66 chr1 17087365 . C G 1357.95 PASS AF=0.850394;AO=80;DP=126;FAO=108;FDP=127;FR=.;FRO=19;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0349961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.954;QD=42.7702;RBI=0.0441803;REFB=-0.0415682;REVB=0.026966;RO=17;SAF=41;SAR=39;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102779;STB=0.559585;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0095886;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:126:127:17:19:80:108:0.850394:39:41:14:3:65:43:15:4 chr1 17087465 . G A 475.18 PASS AF=0.327869;AO=60;DP=183;FAO=60;FDP=183;FR=.;FRO=123;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.0171639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.686;QD=10.3865;RBI=0.0175396;REFB=-0.0178971;REVB=0.00361101;RO=123;SAF=29;SAR=31;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431364;STB=0.524842;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0390087;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:123:123:60:60:0.327869:31:29:64:59:31:29:64:59 chr1 17087541 . GGTGCT G 111.17 PASS AF=0.212903;AO=32;DP=156;FAO=33;FDP=155;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.00382496;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=5;MLLD=275.134;QD=2.86893;RBI=0.0124125;REFB=-0.00423774;REVB=-0.0118085;RO=121;SAF=6;SAR=26;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355608;STB=0.695247;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0182726;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212903:32:156:33:155:122:7:26:52:70:99:121:6:26:52:69 chr1 17087582 . G A 239.83 PASS AF=0.25;AO=35;DP=140;FAO=35;FDP=140;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.0134672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.987;QD=6.85226;RBI=0.0155638;REFB=-0.0100859;REVB=0.00780178;RO=105;SAF=7;SAR=28;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319884;STB=0.696122;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0269575;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:105:105:35:35:0.25:28:7:44:61:28:7:44:61 chr1 17185437 . C T 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00758639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.018;QD=2.60625;RBI=0.0748832;REFB=-0.00224905;REVB=-0.0744979;RO=65;SAF=3;SAR=7;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289681;STB=0.705162;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0113585;OID=.;OPOS=17185437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:7:3:35:30:7:3:35:30 chr1 17186685 . T C 190.76 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.00544841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6565;QD=7.19828;RBI=0.0409965;REFB=-0.0144087;REVB=0.0406329;RO=78;SAF=11;SAR=17;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267827;STB=0.659758;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0429807;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:17:11:48:30:17:11:48:30 chr1 17186719 . T G 265.65 PASS AF=0.276119;AO=37;DP=134;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.0107794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9602;QD=7.9298;RBI=0.0316868;REFB=-0.00142628;REVB=0.029797;RO=97;SAF=12;SAR=25;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284776;STB=0.669008;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00507995;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:97:97:37:37:0.276119:25:12:54:43:25:12:54:43 chr1 17197571 . G A 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0214289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.755;QD=1.39744;RBI=0.0230987;REFB=0.000107391;REVB=0.00862275;RO=81;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350028;STB=0.52802;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00532645;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:4:4:38:43:4:4:38:43 chr1 17197615 . C A 54.09 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0128358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.513;QD=2.14206;RBI=0.0155354;REFB=-0.00614447;REVB=-0.00875162;RO=86;SAF=6;SAR=6;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141857;STB=0.504942;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0269058;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:100:101:86:89:12:12:0.118812:6:6:42:44:6:6:44:45 chr1 17197619 . A G 54.75 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.00829687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.138;QD=2.16832;RBI=0.00829687;REFB=-0.00262273;REVB=4.17786e-06;RO=86;SAF=6;SAR=6;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141857;STB=0.514827;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0151851;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:86:89:12:12:0.118812:6:6:42:44:6:6:43:46 chr1 17199074 . T C 123.13 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00811352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7467;QD=37.8874;RBI=0.13518;REFB=0.0255071;REVB=0.134936;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00126614;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr1 17199076 . T A 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.109;QD=37.8907;RBI=0.0555191;REFB=0.0320544;REVB=0.0539067;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.000479396;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr1 17199123 . G C 50.51 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0136006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0315;QD=16.8353;RBI=0.0439604;REFB=0.00210638;REVB=-0.0418036;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175667;STB=0.666109;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0112204;OID=.;OPOS=17199123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:12:3:5:7:7:0.583333:1:6:3:0:1:6:3:2 chr1 17200206 . C CT 63.68 PASS AF=0.196581;AO=15;DP=118;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0433207;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4296;QD=2.17709;RBI=0.0604132;REFB=-0.0173328;REVB=0.0421078;RO=100;SAF=9;SAR=6;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148598;STB=0.57771;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.0382788;OID=.;OPOS=17200207;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196581:15:118:23:117:94:13:10:44:50:63:100:9:6:48:52 chr1 17200217 . G A 307.33 PASS AF=0.263158;AO=45;DP=171;FAO=45;FDP=171;FR=.;FRO=126;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=-0.00998117;FXX=0.00581362;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9216;QD=7.18905;RBI=0.062633;REFB=-0.0129118;REVB=0.0618326;RO=126;SAF=32;SAR=13;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341953;STB=0.703758;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.025961;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:126:126:45:45:0.263158:13:32:55:71:13:32:55:71 chr1 17200270 . T G 2239.48 PASS AF=0.606061;AO=199;DP=330;FAO=200;FDP=330;FR=.;FRO=130;FSAF=104;FSAR=96;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=0.0201215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0351;QD=27.1452;RBI=0.0588858;REFB=-0.038245;REVB=0.0553413;RO=129;SAF=104;SAR=95;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249801;STB=0.507886;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0285074;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:129:130:199:200:0.606061:95:104:63:66:96:104:65:65 chr1 17200289 . C T 2566.12 PASS AF=0.63662;AO=205;DP=333;FAO=226;FDP=355;FR=.;FRO=129;FSAF=120;FSAR=106;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=-0.00350147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1777;QD=28.914;RBI=0.110286;REFB=-0.0626074;REVB=0.11023;RO=128;SAF=120;SAR=85;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675677;STB=0.512691;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0373571;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:355:128:129:205:226:0.63662:85:120:63:65:106:120:64:65 chr1 17216233 . C A 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00550808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.866;QD=15.0178;RBI=0.0158801;REFB=-0.0148841;REVB=-0.0148942;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200762;STB=0.613561;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0175008;OID=.;OPOS=17216233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:12:18:16:24:12:18:16:24 chr1 17248532 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.313;QD=33.4285;RBI=0.0307742;REFB=0;REVB=0.030577;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219977;OID=.;OPOS=17248532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 17270751 . G A 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00237374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1506;QD=15.2913;RBI=0.0325336;REFB=0.0257982;REVB=0.0324469;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0159143;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr1 17295679 . T C 327.53 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266466;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.193;QD=54.589;RBI=0.0643328;REFB=0;REVB=0.0585548;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459841;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr1 17296361 . C G 279.54 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00579665;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.897;QD=18.6361;RBI=0.0194556;REFB=-0.0145262;REVB=-0.018572;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218983;STB=0.599054;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.011939;OID=.;OPOS=17296361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:31:30:30:30:0.5:17:13:21:10:17:13:19:11 chr1 17301448 . C T 138.25 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00750356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.632;QD=39.4996;RBI=0.0785119;REFB=-0.173984;REVB=0.0781526;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00312264;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr1 17312743 . C T 169.66 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.133674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4351;QD=33.9319;RBI=0.133907;REFB=-0.135225;REVB=-0.00789391;RO=4;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.571347;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0143848;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:12:4:0:4:12:4:0:4 chr1 17313042 . C T 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0835415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7289;QD=12.9734;RBI=0.0838465;REFB=-0.0165757;REVB=-0.0071447;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468697;STB=0.792157;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.017512;OID=.;OPOS=17313042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:10:2:10:7:10:2:11:7 chr1 17313453 . T TA 266.42 PASS AF=1;AO=4;DP=24;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803541;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=221.631;QD=50.7465;RBI=0.080518;REFB=0;REVB=0.00513443;RO=19;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000247524;OID=.;OPOS=17313454;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:24:21:21:0:9:12:0:0:4:19:1:3:8:11 chr1 17313454 . G A 219.08 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0107092;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.353;QD=38.1013;RBI=0.0126214;REFB=-0.161813;REVB=0.00667931;RO=4;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563143;STB=0.530774;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00425966;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:23:23:4:4:19:19:0.826087:11:8:1:3:11:8:1:3 chr1 17314702 . C T 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.933;QD=62.6664;RBI=0.0292939;REFB=0;REVB=0.025395;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95374e-05;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 17380497 . G T 1368.4 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0662243;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.557;QD=61.5013;RBI=0.06675;REFB=-0.0285738;REVB=0.00836104;RO=1;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126348;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000345478;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:88:88:0.988764:37:51:0:1:37:51:0:1 chr1 17394613 . T C 737.44 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.847;QD=62.7605;RBI=0.00763879;REFB=0;REVB=0.00128911;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00086e-05;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr1 17394623 . C T 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.658;QD=62.6666;RBI=0.0329726;REFB=0;REVB=-0.00600908;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157938;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 17395480 . G A 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0186702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.513;QD=20.9182;RBI=0.0277576;REFB=-0.0279028;REVB=0.0205404;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927657;STB=0.551525;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0191239;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:11:20:14:12:11:20:14:12 chr1 17395521 . G A 454.29 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00626335;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.928;QD=22.1607;RBI=0.0976508;REFB=-0.0231071;REVB=0.0974497;RO=29;SAF=28;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116174;STB=0.528289;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0140814;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:29:38:44:44:0.536585:16:28:14:15:16:28:22:16 chr1 17396703 . T C 286.78 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0275669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.054;QD=31.0029;RBI=0.0288506;REFB=-0.00558596;REVB=-0.00851013;RO=12;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109915;STB=0.560391;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00272137;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:10:15:5:7:10:15:5:7 chr1 17402255 . C T 161.64 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0980327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.063;QD=23.9466;RBI=0.0980465;REFB=-0.0395978;REVB=0.0016433;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432421;STB=0.533294;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0166395;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:16:17:0.62963:9:7:5:5:10:7:5:5 chr1 17405809 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00521732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.568;QD=15.2375;RBI=0.0151711;REFB=-0.0162205;REVB=0.0142458;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229566;STB=0.621865;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0192893;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:17:11:22:13:17:11:22:14 chr1 17413121 . A C 160.19 PASS AF=0.369565;AO=14;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0252538;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.018;QD=13.9293;RBI=0.0348684;REFB=-0.0243409;REVB=-0.0240426;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23878;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0369875;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:28:14:17:0.369565:10:4:11:11:10:7:11:17 chr1 17419024 . G A 208.32 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00248673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2118;QD=25.2511;RBI=0.0324093;REFB=-0.00968086;REVB=0.0323137;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485512;STB=0.514836;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0113775;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:13:7:5:7:13:7:5:8 chr1 17420122 . G A 142.91 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.000282326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.679;QD=6.72511;RBI=0.00563288;REFB=-0.00645373;REVB=-0.0056258;RO=64;SAF=10;SAR=11;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285386;STB=0.517419;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0213778;OID=.;OPOS=17420122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:64:21:21:0.247059:11:10:29:35:11:10:29:35 chr1 17550121 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000384955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.284;QD=10.4742;RBI=0.00320598;REFB=-0.00868031;REVB=-0.00318278;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01441;STB=0.508466;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.017568;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:19:18:9:10:19:18 chr1 17557133 . A C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00363588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.481;QD=10.9409;RBI=0.0077578;REFB=-0.00312131;REVB=0.00685302;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762243;STB=0.545375;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00556744;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:14:6:4:7:14:6 chr1 17609448 . G T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9843;QD=57.5437;RBI=0.0186297;REFB=0;REVB=0.00636949;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139011;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr1 17657534 . G A 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0211352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.936;QD=10.473;RBI=0.0218916;REFB=-0.00550608;REVB=-0.00570461;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102356;STB=0.506018;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0103382;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:14:5:10:27:14:5:10:27 chr1 17657616 . T C 183.0 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00324258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.314;QD=17.4288;RBI=0.00342637;REFB=-0.0150204;REVB=-0.0011071;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164873;STB=0.59313;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0244323;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:5:18:12:7:5:18 chr1 17660499 . G C 177.67 PASS AF=0.387755;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.095434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.5;QD=14.5034;RBI=0.0960823;REFB=-0.00347873;REVB=-0.0111426;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173705;STB=0.70347;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00610846;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:30:17:19:0.387755:13:4:9:15:15:4:15:15 chr1 17661128 . A C 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0817471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4163;QD=16.4536;RBI=0.0927256;REFB=-0.0173344;REVB=0.0437659;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0241084;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr1 17662639 . T C 174.12 PASS AF=0.68;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00352407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1803;QD=27.8586;RBI=0.0139511;REFB=0.0302031;REVB=-0.0134986;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144208;STB=0.612316;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00781946;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:9:8:16:17:0.68:9:7:2:7:9:8:1:7 chr1 17662662 . T C 306.51 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0055019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3699;QD=27.2452;RBI=0.0203617;REFB=-0.0113911;REVB=-0.0196043;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307799;STB=0.507903;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0101237;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:27:27:0.6:17:10:7:10:17:10:7:11 chr1 17707601 . T C 277.67 PASS AF=0.5;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00764151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.331;QD=18.5116;RBI=0.0308639;REFB=-0.0295331;REVB=0.029903;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274595;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:30:30:0.5:17:13:13:16:17:13:13:17 chr1 17718671 . AG A 560.96 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.4605;QD=46.7463;RBI=0.170747;REFB=0;REVB=0.155518;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0055703;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:48:48:48:0:28:20:0:0:10:0:28:19:0:0 chr1 17720545 . C T 212.31 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0550667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.332;QD=18.0692;RBI=0.0573902;REFB=-0.0151219;REVB=0.0161646;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150411;STB=0.548342;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.01443;OID=.;OPOS=17720545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:25:21:22:0.468085:15:6:11:15:15:7:10:15 chr1 17733267 . ATGT A 1436.24 PASS AF=1;AO=84;DP=99;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010393;FXX=0.0612182;HRUN=1;LEN=3;MLLD=186.96;QD=62.4452;RBI=0.0114701;REFB=0;REVB=0.00485269;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.97108e-05;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:99:92:92:0:49:43:0:0:8:0:47:37:0:0 chr1 17733996 . G A 92.3 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0424496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8855;QD=18.4593;RBI=0.0598986;REFB=-0.0148554;REVB=0.0422596;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219426;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:4:5:6:5:4:5 chr1 17914122 . G A 198.16 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00311404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5175;QD=13.2108;RBI=0.00543929;REFB=-0.0077241;REVB=0.00445966;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014609;STB=0.508373;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0112038;OID=.;OPOS=17914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:19:17:11:13:19:17 chr1 17991052 . T C 236.78 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.328;QD=49.8488;RBI=0.0202803;REFB=0;REVB=0.0133669;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89097e-05;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr1 18021406 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.435;QD=33.4285;RBI=0.0326983;REFB=0;REVB=0.0230377;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92757e-06;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 18023365 . C T 738.45 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158738;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.892;QD=62.8464;RBI=0.031723;REFB=0;REVB=0.0274658;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8929e-05;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:19:28:0:0 chr1 18023509 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.68;QD=64.4149;RBI=0.0275545;REFB=0;REVB=-0.0206043;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84903e-06;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr1 18023690 . A G 455.22 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065108;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.84;QD=56.903;RBI=0.00830271;REFB=0;REVB=0.00515213;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990149;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chr1 18149510 . G T 116.86 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0343867;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.854;QD=11.13;RBI=0.0364637;REFB=-0.0171458;REVB=0.0121308;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799514;STB=0.547552;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0416713;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:16:12:7:7:16:12 chr1 18149566 . C A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0123206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.956;QD=14.3998;RBI=0.0134956;REFB=-0.0216317;REVB=0.00550767;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954085;STB=0.50543;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0340963;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:16:18:13:12:16:18 chr1 18807897 . C G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.39;QD=34.6655;RBI=0.0147236;REFB=-0.0459397;REVB=-0.0107915;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00326539;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr1 18807938 . C A 145.5 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152;QD=44.77;RBI=0.0208771;REFB=0;REVB=0.0207792;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008838;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr1 18808291 . GC G,GA 250.98 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,18;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361078,0.0225347;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.389,155.527;QD=50.1952;RBI=0.0383952,0.0243285;REFB=0,0;REVB=0.0130546,0.00916855;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0317919,-0.00767928;OID=.,.;OPOS=18808292,18808292;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,18:20:2,18:20:0:2,7:0,11:0:0:8:0:2,7:0,11:0:0 chr1 18808465 . T A 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.196;QD=58.598;RBI=0.03851;REFB=0;REVB=0.0224367;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26365e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr1 18808526 . A C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.367;QD=58.7812;RBI=0.0194197;REFB=0;REVB=-0.0175996;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89586e-06;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr1 18808711 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.861;QD=48.7373;RBI=0.0384631;REFB=0;REVB=0.00610648;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172968;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 18809896 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.757;QD=56.706;RBI=0.0262018;REFB=0;REVB=-0.0235389;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08915e-05;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 18810344 . G T 657.67 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0535944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.151;QD=59.7882;RBI=0.0697708;REFB=-0.0410373;REVB=0.0446722;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000674995;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:28:15:0:0:28:15:0:1 chr1 18810484 . G A 731.34 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.36;QD=63.5948;RBI=0.0927399;REFB=0;REVB=0.0242699;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247235;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:41:46:1:30:11:0:0:31:15:0:0 chr1 18810486 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.264;QD=63.2868;RBI=0.0111928;REFB=0;REVB=0.00938402;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86701e-06;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr1 19027239 . A G 431.66 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155324;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2114;QD=57.5554;RBI=0.156449;REFB=0;REVB=-0.0187294;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261508;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:23:6:0:0:23:7:0:0 chr1 19166294 . G A 56.8 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00939053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.148;QD=11.957;RBI=0.00955549;REFB=-0.0097343;REVB=0.00176786;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424693;STB=0.762848;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0186078;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:5:6:7:1:5:6 chr1 19186129 . G C 923.76 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.655;QD=56.8468;RBI=0.0452102;REFB=-0.115763;REVB=-0.0159687;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.509088;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000621404;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:37:27:0:0:37:27:1:0 chr1 19201956 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0275728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.052;QD=17.9525;RBI=0.0432575;REFB=-0.0198597;REVB=-0.033331;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853658;STB=0.547909;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0285993;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:14:14:16:11:14:14 chr1 19202896 . G A 177.52 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.000759726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.419;QD=14.4914;RBI=0.009277;REFB=-0.00804858;REVB=0.00924584;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221481;STB=0.627776;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00547472;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:19:11:11:8:19:11 chr1 19202917 . T C 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0844815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.548;QD=10.7514;RBI=0.0854826;REFB=-0.00241568;REVB=-0.0130444;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151886;STB=0.60141;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00496579;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:7:6:15:10:7:6:16:10 chr1 19202926 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0095747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.199;QD=9.82163;RBI=0.0130947;REFB=-0.0230232;REVB=0.00893281;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174165;STB=0.604217;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0457075;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:16:7:5:6:16:7 chr1 19216560 . G A 113.95 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.00683111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.258;QD=4.22019;RBI=0.0172121;REFB=-0.00456991;REVB=0.0157985;RO=86;SAF=11;SAR=9;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404304;STB=0.524412;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0160242;OID=.;OPOS=19216560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:86:88:20:20:0.185185:9:11:50:36:9:11:51:37 chr1 19401405 . G A 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0144607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.163;QD=23.5977;RBI=0.020679;REFB=-0.0196444;REVB=-0.0147821;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191181;STB=0.606136;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0200938;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:15:6:13:12:15:6 chr1 19408294 . G C,GC 45.53 PASS AF=0,0.380952;AO=2,3;DP=21;FAO=0,8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.107688,0.0974403;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=30.9671,22.9602;QD=8.67302;RBI=0.116393,0.102174;REFB=0.0146799,0.0339423;REVB=-0.0441644,-0.0307399;RO=16;SAF=2,2;SAR=0,1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.560396,0.248148;STB=0.5,0.863255;STBP=1,0.016;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0374055;OID=.,.;OPOS=19408294,19408295;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:21:21:16:13:2,3:0,8:0,0.380952:0,1:2,2:7:9:0,1:0,7:4:9 chr1 19411129 . A G 816.94 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1498;QD=57.3287;RBI=0.0456838;REFB=0;REVB=-0.0387927;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053875;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:21:36:0:0 chr1 19413261 . T A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.505;QD=61.2131;RBI=0.029754;REFB=0;REVB=0.00694278;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82652e-05;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr1 19415304 . C T 1518.69 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.059022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.282;QD=58.4112;RBI=0.0628973;REFB=0.00223395;REVB=0.0217365;RO=0;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30493e-08;STB=0.503816;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000152444;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:0:1:102:103:0.990385:38:64:0:0:38:65:1:0 chr1 19433449 . A G 141.64 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00441373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8692;QD=13.1755;RBI=0.00654371;REFB=-0.0194207;REVB=-0.00483106;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395217;STB=0.722604;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00921062;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:12:4:16:10:12:4:16:11 chr1 19447843 . C G 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.095443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3372;QD=21.5104;RBI=0.0957519;REFB=-0.00893627;REVB=-0.00768615;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468431;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00684418;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:8:11:11:10:8:11 chr1 19481474 . G A 390.97 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00728304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.816;QD=17.3763;RBI=0.0290906;REFB=-0.0069952;REVB=0.0281642;RO=47;SAF=15;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205863;STB=0.596066;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00764108;OID=.;OPOS=19481474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:47:49:39:41:0.455556:24:15:28:19:24:17:29:20 chr1 19510394 . A G 565.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.372;QD=59.564;RBI=0.0220775;REFB=0;REVB=-0.0119313;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454294;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr1 19565344 . C G 390.27 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9549;QD=55.7523;RBI=0.152169;REFB=0;REVB=0.00413322;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369551;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:14:10:0:0:16:12:0:0 chr1 19593851 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0156509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.566;QD=16.6157;RBI=0.0191261;REFB=-0.0083594;REVB=-0.0109935;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308395;STB=0.517664;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.010104;OID=.;OPOS=19593851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:13:8:7:10:13:8 chr1 19595137 . C T 698.83 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0814957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5823;QD=54.8098;RBI=0.0835997;REFB=-0.00425704;REVB=0.0186373;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000853089;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:29:21:0:0:29:21:1:0 chr1 19596124 . C T 1271.42 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231321;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2668;QD=60.5437;RBI=0.0334744;REFB=-0.145474;REVB=-0.0241958;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00111133;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:82:83:0.988095:42:40:0:0:42:41:0:1 chr1 19596156 . G T 1014.44 PASS AF=0.96;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0232172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2206;QD=54.1037;RBI=0.0916199;REFB=-0.0219685;REVB=0.0886294;RO=3;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175625;STB=0.508378;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00313336;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:75:3:3:70:72:0.96:39:31:2:1:39:33:2:1 chr1 19609254 . T C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.835;QD=56.9544;RBI=0.0580099;REFB=0;REVB=0.0568768;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03732e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr1 19611241 . T C 746.93 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3844;QD=63.5682;RBI=0.0387597;REFB=0;REVB=-0.024999;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35657e-05;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:29:18:0:0 chr1 19612477 . C T 650.82 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4436;QD=59.1653;RBI=0.115544;REFB=-0.140181;REVB=0.0430814;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00639838;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:44:1:1:42:43:0.977273:20:22:1:0:20:23:1:0 chr1 19631656 . A G 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0411635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3914;QD=23.0014;RBI=0.043196;REFB=-0.00741441;REVB=-0.0130945;RO=22;SAF=5;SAR=24;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258428;STB=0.644801;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00561086;OID=.;OPOS=19631656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:24:5:9:13:24:5:9:13 chr1 19684006 . G C 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00735815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.346;QD=31.6788;RBI=0.0110252;REFB=-0.012552;REVB=0.00821056;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102225;STB=0.556041;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00518676;OID=.;OPOS=19684006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:13:6:1:6:13:6:1:6 chr1 19810810 . G GC 88.48 PASS AF=0.575;AO=18;DP=43;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0261955;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.1214;QD=8.84765;RBI=0.0261956;REFB=-0.03344;REVB=6.44315e-05;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212567;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=ins;VARB=0.0564566;OID=.;OPOS=19810811;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575:18:43:23:40:17:11:12:7:10:53:23:9:9:11:12 chr1 19953118 . G T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.744;QD=63.2859;RBI=0.0330457;REFB=0;REVB=0.0269012;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95235e-05;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 20020993 . AC GT 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.000502821;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.917;QD=14.4906;RBI=0.0156293;REFB=-0.0110152;REVB=-0.0156212;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363759;STB=0.709869;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.0231591;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:20:10:13:6:20:10 chr1 20097941 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.63;QD=49.5992;RBI=0.0320789;REFB=0;REVB=0.0177154;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323392;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 20304962 . C G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0218923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.129;QD=21.6303;RBI=0.0235479;REFB=-0.00779755;REVB=0.00867353;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240585;STB=0.633765;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00802509;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:21:9:14:10:21:9:14:10 chr1 20442054 . T C 301.22 PASS AF=0.4;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00393902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.312;QD=14.1751;RBI=0.0236213;REFB=0.000494606;REVB=0.0232905;RO=50;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215939;STB=0.616371;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.000558837;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:51:34:34:0.4:14:20:19:31:14:20:20:31 chr1 20490518 . T C 704.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.282;QD=62.5934;RBI=0.0129046;REFB=0;REVB=-0.0108007;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75455e-05;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:20:25:0:0 chr1 20501582 . G A 147.86 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0159357;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.635;QD=16.4285;RBI=0.063895;REFB=-0.0180476;REVB=0.0618759;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252887;STB=0.642704;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00560085;OID=.;OPOS=20501582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:17:3:6:10:17:3 chr1 20519808 . G A 147.46 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0278087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.701;QD=14.0438;RBI=0.0348495;REFB=-0.00360925;REVB=0.021004;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861018;STB=0.55301;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00900524;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:16:17:0.404762:8:8:10:14:8:9:11:14 chr1 20520732 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.047089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.287;QD=21.3769;RBI=0.0476944;REFB=-0.0265823;REVB=-0.00757485;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137196;STB=0.576857;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0284136;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:8:14:11:12:8:14 chr1 20656824 . A G 1138.6 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00573233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.418;QD=59.1479;RBI=0.0364424;REFB=-0.0925649;REVB=0.0359887;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119796;STB=0.506327;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00518259;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:39:37:0:1:39:37:0:1 chr1 20662938 . A G 524.77 PASS AF=0.95;AO=36;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00619047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.609;QD=52.477;RBI=0.0221239;REFB=-0.0273675;REVB=0.0212402;RO=3;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460087;STB=0.516121;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00165961;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:40:40:3:2:36:38:0.95:29:7:0:3:30:8:0:2 chr1 20671961 . G A 556.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.089;QD=60.1703;RBI=0.0509321;REFB=0;REVB=0.0495558;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223447;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr1 20680718 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1418;QD=40.7627;RBI=0.0992923;REFB=0;REVB=-0.000400454;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362209;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr1 20972048 . G A 514.92 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00132099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4973;QD=55.6671;RBI=0.0275221;REFB=-0.0527317;REVB=0.0274904;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00398498;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:35:36:0.972973:21:14:0:0:22:14:0:1 chr1 20972111 . G A 220.24 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00432859;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.06;QD=16.0175;RBI=0.0362833;REFB=-0.0147975;REVB=-0.0360242;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652503;STB=0.50369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.018874;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:13:17:14:11:13:17 chr1 20977000 . A C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00156812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.735;QD=12.6376;RBI=0.0161702;REFB=-0.0170086;REVB=0.016094;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26162;STB=0.673286;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0286696;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:10:3:9:11:10:3:10:11 chr1 20987873 . G C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.103;QD=64.1537;RBI=0.0516602;REFB=0;REVB=0.0179061;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021685;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr1 20990904 . C T 154.42 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0504409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5749;QD=14.3648;RBI=0.0507017;REFB=-0.0949583;REVB=-0.00513629;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355307;STB=0.715196;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0839186;OID=.;OPOS=20990904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:5:12:9:16:5:12:9:17 chr1 20992819 . G C 231.24 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0200321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9934;QD=14.682;RBI=0.0202632;REFB=-0.0110089;REVB=0.00305132;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176565;STB=0.60016;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0142931;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:11:16:15:21:11:16:15:21 chr1 21011346 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.252;QD=54.5152;RBI=0.0157807;REFB=0;REVB=-0.012733;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58948e-05;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 21011622 . C CGACA 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0399993;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=307.08;QD=36.3121;RBI=0.0407956;REFB=-0.0167032;REVB=0.00802081;RO=6;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513498;STB=0.583245;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.00471376;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:18:24:18:22:4:8:10:0:4:20:6:8:10:2:4 chr1 21024901 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.836;QD=54.5164;RBI=0.0422746;REFB=0;REVB=0.028705;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05338e-05;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 21031046 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0130166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.034;QD=19.4775;RBI=0.0334162;REFB=-0.0101834;REVB=-0.0307768;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327678;STB=0.518205;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0097535;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:20:21:20:22:20:21:20:22 chr1 21042094 . G A 1540.52 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.4;QD=59.8261;RBI=0.0516172;REFB=0;REVB=0.0129192;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133941;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:59:42:0:0:59:44:0:0 chr1 21044161 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.62;QD=44.689;RBI=0.0276152;REFB=0;REVB=-0.00466911;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245828;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 21050958 . C T 810.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.946;QD=56.8885;RBI=0.0532339;REFB=0;REVB=0.0530275;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137642;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr1 21167404 . A G 529.38 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.598;QD=58.82;RBI=0.0272082;REFB=0;REVB=0.0167504;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010419;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:8:27:0:0:9:27:0:0 chr1 21795388 . A G 1102.53 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.319;QD=58.8017;RBI=0.0149358;REFB=-0.0800973;REVB=0.00500813;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150156;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-4.0901e-05;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:43:31:1:0:43:31:1:0 chr1 21808159 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0351837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1091;QD=21.9705;RBI=0.0415837;REFB=-0.0189233;REVB=-0.0221656;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209279;STB=0.615288;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00930416;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:16:1:4:16:16:1 chr1 21808207 . A C 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0151505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.784;QD=16.1947;RBI=0.0425714;REFB=-0.0121811;REVB=-0.0397843;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00971442;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr1 21809750 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.435;QD=33.4285;RBI=0.134391;REFB=0;REVB=0.0483139;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00548158;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 21889635 . T C 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6486;QD=62.9702;RBI=0.035336;REFB=0;REVB=-0.0143029;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512262;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 21894735 . T C 230.84 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00114611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.342;QD=17.7572;RBI=0.0255427;REFB=-0.0127241;REVB=0.025517;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193697;STB=0.615995;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00859191;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:24:25:0.480769:11:13:9:18:11:14:9:18 chr1 21900171 . A G 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00583903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.565;QD=8.68685;RBI=0.0105265;REFB=-0.0060092;REVB=-0.00875864;RO=38;SAF=13;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153156;STB=0.599874;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00754115;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:40:17:17:0.298246:4:13:25:13:4:13:26:14 chr1 21904129 . C G 214.58 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0324532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.095;QD=28.6102;RBI=0.0325171;REFB=-0.0222487;REVB=-0.00203849;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147618;STB=0.586717;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00689372;OID=.;OPOS=21904129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:7:12:4:6:7:13:4:6 chr1 21904267 . A G 1634.61 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0105367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.938;QD=57.3547;RBI=0.0142135;REFB=-0.000844781;REVB=-0.00953944;RO=3;SAF=69;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157622;STB=0.508031;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=9.06261e-05;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:3:3:110:111:0.973684:41:69:1:2:42:69:1:2 chr1 21935433 . G T 466.63 PASS AF=0.918919;AO=32;DP=36;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0247902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.572;QD=50.4465;RBI=0.0455713;REFB=-0.0488021;REVB=0.0382387;RO=3;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900666;STB=0.545428;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00145234;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:37:3:3:32:34:0.918919:14:18:0:3:15:19:0:3 chr1 21940555 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0161705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1964;QD=9.10929;RBI=0.0163326;REFB=-0.00818575;REVB=0.00229571;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142058;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:10:6:3:5:10:6 chr1 21943820 . G A 306.68 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0260247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.074;QD=18.0399;RBI=0.0260852;REFB=0.00229548;REVB=0.00177444;RO=34;SAF=25;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240917;STB=0.6449;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00249443;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:8:25:18:16:8:25:18:17 chr1 22050649 . C A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00122343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.133;QD=9.49166;RBI=0.0167731;REFB=-0.0113313;REVB=-0.0167284;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42639;STB=0.770349;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0315478;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:7:11:8:1:7:11 chr1 22109370 . G A 358.05 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.032946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.953;QD=31.1351;RBI=0.0362898;REFB=-0.0267467;REVB=0.0152154;RO=16;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182449;STB=0.599933;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0137842;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:18:12:11:5:18:12:11:5 chr1 22141030 . C T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0465398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.623;QD=32.9737;RBI=0.0466316;REFB=-0.0400467;REVB=0.00292401;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787256;STB=0.543427;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0101985;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:10:7:3:2:10:7:3:2 chr1 22149935 . T C 293.68 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00199291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.554;QD=19.9102;RBI=0.00968056;REFB=-0.00549115;REVB=-0.00947321;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271788;STB=0.50606;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00447396;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:30:31:0.525424:13:17:15:13:14:17:15:13 chr1 22157780 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0160555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.241;QD=19.3696;RBI=0.0307562;REFB=-0.0054235;REVB=0.0262329;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137869;STB=0.578413;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00589659;OID=.;OPOS=22157780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:8:7:10:6:8:7 chr1 22163453 . C T 105.28 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0284105;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.176;QD=7.52003;RBI=0.0288219;REFB=-0.0201013;REVB=0.00485247;RO=40;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491544;STB=0.523777;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0527435;OID=.;OPOS=22163453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:11:4:12:28:11:4:12:29 chr1 22191454 . G A 632.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.548;QD=61.679;RBI=0.0879936;REFB=0;REVB=0.0752799;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636402;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr1 22206649 . T C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8026;QD=53.9314;RBI=0.0460692;REFB=0.05996;REVB=0.0445026;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000939723;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:1:0:11:19:1:0 chr1 22206942 . G A 734.25 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.936;QD=61.1872;RBI=0.038028;REFB=-0.00966878;REVB=0.0364667;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000125737;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr1 22207235 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.474;QD=60.2306;RBI=0.0113776;REFB=0;REVB=-0.00337985;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07977e-05;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 22214127 . A G 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.209;QD=62.4641;RBI=0.0782653;REFB=0;REVB=-0.0687245;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65638e-05;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr1 22217108 . G A 898.98 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8421;QD=57.9989;RBI=0.0228032;REFB=0;REVB=0.0226701;RO=0;SAF=13;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197817;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:49:13:0:0:49:13:0:0 chr1 22303509 . C A 226.75 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0182961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.858;QD=9.25528;RBI=0.0187604;REFB=-0.00759849;REVB=-0.00414814;RO=67;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952027;STB=0.544139;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0158476;OID=.;OPOS=22303509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:69:29:29:0.295918:15:14:27:40:15:14:29:40 chr1 22303524 . G A 70.1 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.034469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2604;QD=2.80418;RBI=0.0344832;REFB=-0.00231743;REVB=-0.000989762;RO=85;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125505;STB=0.589876;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0139631;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:85:86:14:14:0.14:7:7:34:51:7:7:34:52 chr1 22307340 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.467;QD=39.2065;RBI=0.0523018;REFB=0;REVB=-0.0375054;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76363e-05;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 22307358 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7343;QD=42.1826;RBI=0.0801335;REFB=0;REVB=-0.0792492;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228098;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 22307538 . C T 1007.18 PASS AF=0.972973;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.032942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.843;QD=54.442;RBI=0.0338526;REFB=-0.241979;REVB=-0.00779885;RO=3;SAF=35;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388128;STB=0.513154;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00172342;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:74:74:3:2:70:72:0.972973:35:35:3:0:35:37:2:0 chr1 22307552 . G T 126.42 PASS AF=0.24359;AO=18;DP=77;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0300359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6672;QD=6.483;RBI=0.0985188;REFB=0.00626188;REVB=0.0938286;RO=59;SAF=11;SAR=7;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189357;STB=0.591302;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.01523;OID=.;OPOS=22307552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:59:59:18:19:0.24359:7:11:27:32:8:11:27:32 chr1 22310190 . T C 169.33 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00493311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8884;QD=16.5196;RBI=0.0216465;REFB=-0.043855;REVB=0.0210769;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172961;STB=0.599344;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0349742;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:7:11:9:12:7:11:10:13 chr1 22310262 . G C 972.45 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1126;QD=58.9364;RBI=0.0210608;REFB=0;REVB=-0.0198807;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270334;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:36:30:0:0 chr1 22310725 . G C 795.46 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2671;QD=54.8593;RBI=0.128042;REFB=-0.0907225;REVB=0.127152;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072196;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:58:1:0:53:58:1:21:32:1:0:24:34:0:0 chr1 22310824 . T C 770.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010665;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.371;QD=64.196;RBI=0.0200789;REFB=0;REVB=0.0170124;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78296e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 22313161 . T C 519.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.902;QD=59.4147;RBI=0.0303467;REFB=0;REVB=0.0171694;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241626;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr1 22314015 . GA G 197.54 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0331495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.042;QD=43.8972;RBI=0.0561381;REFB=0.112117;REVB=0.0453056;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180145;STB=0.571337;STBP=0.104;TYPE=del;VARB=-0.00538788;OID=.;OPOS=22314016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:15:17:17:18:1:3:14:1:0:6:1:2:13:1:0 chr1 22314240 . A T 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0216;QD=33.3934;RBI=0.0444704;REFB=0;REVB=-0.030981;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106403;OID=.;OPOS=22314240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 22315738 . C T 81.69 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0226048;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=157.479;QD=21.7834;RBI=0.0463227;REFB=-0.0340883;REVB=-0.0404328;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.659985;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00352817;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:16:15:7:5:7:8:0.533333:3:4:3:4:3:5:1:4 chr1 22324705 . T C 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.393;QD=56.9466;RBI=0.0115631;REFB=-0.0201302;REVB=0.00481095;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00119668;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr1 22328228 . C G 237.58 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0223847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2398;QD=18.634;RBI=0.0383576;REFB=-0.016091;REVB=0.0311485;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199228;STB=0.611029;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0330748;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:6:20:14:11:6:20 chr1 22329041 . GC G 87.84 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0684519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.5013;QD=10.9794;RBI=0.0801106;REFB=-0.0163711;REVB=-0.0416179;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210525;STB=0.656949;STBP=0.171;TYPE=del;VARB=0.021827;OID=.;OPOS=22329042;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:12:30:14:32:18:6:8:3:15:87:18:4:8:3:15 chr1 22329062 . CC GT 199.92 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0190164;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=2;MLLD=158.724;QD=18.5975;RBI=0.0228491;REFB=-0.0195196;REVB=0.0126671;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258183;STB=0.632536;STBP=0.153;TYPE=mnp;VARB=0.0157978;OID=.;OPOS=22329062;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:23:23:19:20:0.465116:11:8:4:19:12:8:4:19 chr1 22329083 . G A 36.31 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0612136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7058;QD=1.98973;RBI=0.0631683;REFB=-0.0234704;REVB=-0.0155924;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182288;STB=0.616163;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.101307;OID=.;OPOS=22329083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:63:65:8:8:0.109589:4:4:22:41:4:4:24:41 chr1 22332008 . T C 39.32 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00813868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.586;QD=3.02441;RBI=0.00888778;REFB=-0.000238084;REVB=0.00357135;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229171;STB=0.662665;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00161949;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:3:4:17:28:3:4:17:28 chr1 22336277 . C G 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7954;QD=60.2206;RBI=0.0359475;REFB=0;REVB=-0.00397084;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682186;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr1 22336305 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0256046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.47;QD=16.6156;RBI=0.0264441;REFB=-0.0120688;REVB=-0.00661041;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095668;STB=0.555093;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0241263;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:13:8:5:12:13:8 chr1 22336308 . G A 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0286499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.645;QD=17.1561;RBI=0.0296111;REFB=-0.00328378;REVB=0.00748351;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113332;STB=0.565138;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00629655;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:5:12:12:8:5:12:12:8 chr1 22337430 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.417;QD=35.5759;RBI=0.00947728;REFB=0;REVB=0.00427298;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93164e-05;OID=.;OPOS=22337430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 22835677 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.021;QD=64.2852;RBI=0.0332948;REFB=0;REVB=0.0315544;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40544e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr1 22846709 . G A 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.29;QD=62.6614;RBI=0.0337123;REFB=0;REVB=0.0178861;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144263;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 22852715 . G C 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0251339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.582;QD=17.3193;RBI=0.0402592;REFB=-0.0147379;REVB=-0.0314498;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133138;STB=0.576514;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0160793;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:10:8:5:11:10:8 chr1 22853141 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0128416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6744;QD=24.03;RBI=0.0143191;REFB=0.0134761;REVB=0.00633479;RO=9;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996717;STB=0.555487;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00519709;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:12:3:1:8:12:3:1:8 chr1 22854070 . A G 546.06 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00802583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.224;QD=18.8297;RBI=0.0207585;REFB=0.00079979;REVB=0.0191443;RO=58;SAF=21;SAR=36;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200742;STB=0.607138;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00104324;OID=.;OPOS=22854070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:59:57:57:0.491379:36:21:34:24:36:21:34:25 chr1 22925410 . A G 34.03 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0453778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.754;QD=1.72315;RBI=0.0590766;REFB=-0.00495973;REVB=-0.0378272;RO=69;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267575;STB=0.687628;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.058012;OID=.;OPOS=22925410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:69:71:8:8:0.101266:3:5:27:42:3:5:29:42 chr1 23101688 . T G 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0015401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6685;QD=18.0544;RBI=0.0235087;REFB=0.0018318;REVB=0.0234582;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198922;STB=0.511104;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00211636;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:22:11:11:24:22:11:11:24 chr1 23219493 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.676;QD=60.2276;RBI=0.0531462;REFB=0;REVB=0.045813;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86103e-05;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr1 23241193 . C T 182.13 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.000973852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.113;QD=16.9424;RBI=0.00398842;REFB=0.000610699;REVB=-0.0038677;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167139;STB=0.509544;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000442689;OID=.;OPOS=23241193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:5:14:18:6:5:14:18:6 chr1 23280424 . G T 336.89 PASS AF=0.611111;AO=31;DP=52;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00746836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.299;QD=24.9548;RBI=0.0541397;REFB=-0.00820112;REVB=0.0536221;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313126;STB=0.674546;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00783389;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:21:21:31:33:0.611111:18:13:18:3:20:13:18:3 chr1 23413027 . T C 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0140383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.061;QD=28.0797;RBI=0.0166682;REFB=-0.00687663;REVB=-0.00898628;RO=15;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234302;STB=0.630219;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.003818;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:19:6:8:7:19:6:8:7 chr1 23418153 . C T 265.12 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0208086;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2376;QD=15.3693;RBI=0.0567516;REFB=-0.00494268;REVB=-0.0527991;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170688;STB=0.51615;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00582553;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:39:30:30:0.434783:13:17:22:18:13:17:21:18 chr1 23419261 . G A 190.76 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0386337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.642;QD=30.5211;RBI=0.0402503;REFB=-0.00728872;REVB=0.011293;RO=7;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168975;STB=0.593799;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00172367;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:13:5:4:3:13:5:4:3 chr1 23419374 . G T 511.72 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0186623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1639;QD=24.0808;RBI=0.0199552;REFB=0.0150646;REVB=-0.00706595;RO=37;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652786;STB=0.535804;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0162588;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:26:22:20:17:26:22:20:17 chr1 23419383 . C T 528.47 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00962664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.237;QD=24.8691;RBI=0.0310774;REFB=-0.0025584;REVB=-0.0295488;RO=36;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508249;STB=0.52782;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0015969;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:25:24:20:16:25:24:20:16 chr1 23419855 . T C 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0319919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.537;QD=9.91505;RBI=0.0416836;REFB=-0.0171443;REVB=0.0267216;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21557;STB=0.629974;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0423933;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:6:11:4:5:6:11 chr1 23519633 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0105684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.142;QD=16.4169;RBI=0.0212891;REFB=-0.000404314;REVB=0.0184806;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123893;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000508333;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:9:7:8:6:9:7 chr1 23688933 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0249833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.846;QD=12.3285;RBI=0.0267607;REFB=-7.66421e-06;REVB=0.00959007;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.615182;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.000811462;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:5:6:6:9:5:6:6:11 chr1 23696152 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00899191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.854;QD=15.8821;RBI=0.0297384;REFB=-0.0227182;REVB=0.0283464;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0235991;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:6:4:3:7:6:4 chr1 23710805 . A G 172.08 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0160786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.801;QD=18.1136;RBI=0.0176091;REFB=-0.029315;REVB=0.00718056;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185717;STB=0.605151;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0257785;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:6:14:9:9:6:14 chr1 23833611 . G T 405.21 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0112009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.856;QD=22.203;RBI=0.0112121;REFB=-0.00316753;REVB=-0.000500641;RO=32;SAF=24;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205678;STB=0.619506;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00265418;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:16:24:11:21:16:24:11:22 chr1 23835794 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00126253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.536;QD=19.1801;RBI=0.00969574;REFB=-0.029144;REVB=0.00961319;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208059;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:5:6:7:6:5:6 chr1 23836364 . A G 46.33 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0231836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.338;QD=9.75414;RBI=0.0365882;REFB=-0.00520697;REVB=0.0283058;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384023;STB=0.734638;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0127016;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:8:4:5:2:8:4 chr1 23847464 . C A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0218489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.025;QD=16.4805;RBI=0.0258613;REFB=-0.00164348;REVB=0.0138359;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38058;STB=0.718591;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00381979;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:16:9:14:5:16:9 chr1 23885498 . T C 1143.82 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.942;QD=59.4194;RBI=0.0215364;REFB=-0.0913597;REVB=0.0164918;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582984;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:76:77:1:46:30:0:0:47:30:0:0 chr1 23965704 . A C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000496076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.384;QD=60.2036;RBI=0.0106365;REFB=0;REVB=0.0106249;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58583e-05;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr1 23966894 . T TAAG 403.62 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00740128;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=173.799;QD=53.8166;RBI=0.034917;REFB=0.00114014;REVB=-0.0341236;RO=3;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236751;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=-0.000269682;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667:28:31:29:30:1:13:16:0:1:5:3:13:15:1:2 chr1 24018277 . C G 1147.91 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0257;QD=60.4162;RBI=0.0159466;REFB=0;REVB=0.0158964;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75253e-05;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:39:37:0:0 chr1 24201162 . G A 742.15 PASS AF=0.979592;AO=42;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0652561;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.695;QD=60.5833;RBI=0.0658522;REFB=-0.0547452;REVB=0.0088403;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00104015;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:42:48:0.979592:28:14:0:1:27:21:0:1 chr1 24288404 . A G 253.09 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0274199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6492;QD=15.1101;RBI=0.0317045;REFB=0.00914098;REVB=0.0159162;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000918638;STB=0.50052;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0113675;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:16:13:17:21:16:13:17:21 chr1 24288432 . C T 253.95 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0248339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.155;QD=14.7217;RBI=0.0353966;REFB=-0.0159684;REVB=-0.025223;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748008;STB=0.50602;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0305348;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:38:39:29:30:0.434783:17:12:16:22:18:12:16:23 chr1 24288476 . T C 357.15 PASS AF=0.560606;AO=21;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00672789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.841;QD=21.6452;RBI=0.00959464;REFB=-0.0207734;REVB=0.00684051;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386554;STB=0.507074;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0467096;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:29:21:37:0.560606:9:12:10:9:21:16:13:16 chr1 24288529 . TAAAC T,TAACT 323.8 PASS AF=0.538462,0.0769231;AO=28,3;DP=54;FAO=28,4;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=11,4;FSAR=17,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00294322,0.0304103;FXX=0.0370302;HRUN=3,3;LEN=4,2;MLLD=219.715,35.5082;QD=24.9075;RBI=0.00395779,0.0304791;REFB=0.00971169,0.0393149;REVB=-0.00264604,0.00204676;RO=17;SAF=11,3;SAR=17,0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.095855,0.599987;STB=0.566618,0.996886;STBP=0.299,0.056;TYPE=del,mnp;VARB=0.00378108,-0.139367;OID=.,.;OPOS=24288530,24288532;OREF=AAAC,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=T,TAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0.0769231:28,3:54:28,4:52:20:11,4:17,0:11:9:99:17:11,3:17,0:9:8 chr1 24289057 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0744323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.81;QD=11.4392;RBI=0.0744512;REFB=-0.00704365;REVB=-0.00167641;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310035;STB=0.685308;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0125229;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:5:9:3:6:5:9 chr1 24406647 . G A 182.99 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0075619;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.219;QD=14.3521;RBI=0.00785509;REFB=0.00032746;REVB=-0.00212607;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441393;STB=0.525304;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.000486297;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:13:17:11:10:13:17 chr1 24409191 . C T 451.07 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0090043;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.941;QD=21.4794;RBI=0.0173217;REFB=-0.0151818;REVB=-0.0147974;RO=38;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578395;STB=0.532772;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0107315;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:40:44:44:0.52381:25:19:19:19:25:19:20:20 chr1 24413159 . T C 152.03 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00843289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.155;QD=16.4354;RBI=0.0277099;REFB=-0.0294912;REVB=-0.0263956;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.692003;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0358834;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:15:15:0.405405:2:13:13:6:2:13:13:7 chr1 24416059 . T C 1004.51 PASS AF=1;AO=58;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100471;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.303;QD=59.0885;RBI=0.104058;REFB=0;REVB=0.0270842;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150582;OID=.;OPOS=24416059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:58:68:1:41:17:0:0:44:24:0:0 chr1 24416070 . G C 1016.34 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0296073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.035;QD=54.2046;RBI=0.0411557;REFB=-0.154722;REVB=0.0285867;RO=1;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995636;STB=0.524157;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000585956;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:75:1:4:71:71:0.946667:47:24:0:1:47:24:3:1 chr1 24418768 . T C 126.61 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0203694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8897;QD=18.7571;RBI=0.0376458;REFB=-0.0767261;REVB=0.0316591;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.559922;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0692467;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:9:12:13:15:0.555556:6:7:6:3:7:8:8:4 chr1 24419496 . A G 228.78 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0910384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.121;QD=16.3416;RBI=0.0926668;REFB=-0.00908835;REVB=-0.0172957;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25237;STB=0.607064;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0182882;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:28:30:25:26:0.464286:12:13:7:21:13:13:9:21 chr1 24421474 . G A 265.46 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0137186;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.558;QD=20.0345;RBI=0.0226159;REFB=-0.00935142;REVB=0.0179799;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127898;STB=0.541517;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0148484;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:25:27:28:0.528302:9:18:12:11:10:18:14:11 chr1 24421950 . C G 238.12 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00715571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5276;QD=21.6471;RBI=0.0106022;REFB=0.0132052;REVB=-0.00782321;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176574;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.016074;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:11:10:11:12:11:10 chr1 24447468 . G C 699.41 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0197249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2985;QD=48.2348;RBI=0.0429088;REFB=-0.225001;REVB=0.0381063;RO=5;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681328;STB=0.536218;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0139676;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:58:58:5:5:53:53:0.913793:32:21:0:5:32:21:0:5 chr1 24465113 . C T 917.6 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.439;QD=58.2603;RBI=0.0185754;REFB=0;REVB=0.016623;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92193e-05;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr1 24658063 . C G 450.61 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0430409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.309;QD=21.7159;RBI=0.0431488;REFB=-0.0193127;REVB=-0.00304937;RO=39;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794288;STB=0.543782;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.014987;OID=.;OPOS=24658063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:21:23:24:15:21:23:24:15 chr1 24680915 . C T 753.88 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833317;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0123;QD=61.5411;RBI=0.0930901;REFB=0;REVB=0.0414921;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442489;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:1:0:44:49:1:19:25:1:0:20:29:0:0 chr1 24706113 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9785;QD=59.3216;RBI=0.0116693;REFB=0;REVB=0.000114374;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48187e-05;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr1 24706269 . A G 836.1 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000659836;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.967;QD=53.0857;RBI=0.0185799;REFB=-0.0305771;REVB=0.0185682;RO=3;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349287;STB=0.518512;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00215419;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:3:3:60:60:0.952381:39:21:0:3:39:21:0:3 chr1 24706292 . T C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0541528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.279;QD=61.8143;RBI=0.0544448;REFB=-0.0127614;REVB=0.00563111;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136428;STB=0.507243;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000387095;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:34:15:0:1:34:15:0:1 chr1 24718075 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9637;QD=60.6059;RBI=0.0574688;REFB=0;REVB=0.0450448;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114208;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 24782710 . C T 416.22 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=133;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00343601;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.054;QD=12.6126;RBI=0.00999313;REFB=-0.0015478;REVB=-0.00938384;RO=79;SAF=26;SAR=23;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108657;STB=0.55317;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00252547;OID=.;OPOS=24782710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:79:83:49:49:0.371212:23:26:34:45:23:26:37:46 chr1 24785393 . C T 404.07 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00525156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0211;QD=32.3253;RBI=0.0252786;REFB=-0.0208973;REVB=0.0247271;RO=17;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269163;STB=0.514697;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.011526;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:15:18:10:7:15:18:10:7 chr1 24859617 . G A 601.03 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.167;QD=60.1029;RBI=0.0752061;REFB=0;REVB=0.0720196;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177879;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr1 24859665 . G A 612.18 PASS AF=0.90566;AO=47;DP=52;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.018999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.595;QD=46.2026;RBI=0.0191133;REFB=-0.0166419;REVB=-0.00208704;RO=2;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426994;STB=0.503596;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00183809;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:53:2:5:47:48:0.90566:21:26:0:2:21:27:3:2 chr1 24861704 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.814;QD=44.6898;RBI=0.0207497;REFB=0;REVB=-0.0202784;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206268;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 25634143 . T C 91.43 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0346995;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.006;QD=15.9002;RBI=0.0844588;REFB=-0.02711;REVB=0.0770016;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398606;STB=0.515124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0266234;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:13:12:11:11:0.478261:8:3:4:9:8:3:3:9 chr1 26131654 . G A 777.82 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1993;QD=55.5586;RBI=0.0495773;REFB=-0.0547542;REVB=0.0489331;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155845;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:21:33:0:0:22:34:0:0 chr1 26138262 . T C 421.11 PASS AF=0.967742;AO=19;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.242807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3491;QD=54.3371;RBI=0.245758;REFB=-0.118474;REVB=0.0379728;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0122044;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:19:30:0.967742:12:7:0:1:13:17:0:1 chr1 26140573 . C A 556.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2527;QD=60.1368;RBI=0.0448367;REFB=0;REVB=0.0184527;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102067;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr1 26144674 . G A 275.66 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0137074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.783;QD=18.0761;RBI=0.0140648;REFB=-0.00983073;REVB=0.00315043;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305682;STB=0.678808;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0129564;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:21:9:19:11:21:9:20:11 chr1 26146884 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.119;QD=35.5759;RBI=0.0285806;REFB=0;REVB=-0.02445;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351554;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 26158962 . A G 239.26 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.413;QD=50.3708;RBI=0.0369171;REFB=0;REVB=0.0194497;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437166;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 26290745 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.68;QD=49.5997;RBI=0.0273382;REFB=0;REVB=0.0272375;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119027;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr1 26357656 . C A 248.09 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=60;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0116021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.904;QD=16.0056;RBI=0.0161437;REFB=-0.0166673;REVB=0.0112254;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327553;STB=0.53569;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0206845;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:33:27:29:0.467742:14:13:17:16:16:13:17:16 chr1 26357667 . G A 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00775997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.438;QD=20.9873;RBI=0.0231397;REFB=-0.0033908;REVB=-0.0217998;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951301;STB=0.552602;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00121997;OID=.;OPOS=26357667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:17:18:12:18:17:18:12:18 chr1 26378002 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00594751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.247;QD=19.5231;RBI=0.00888754;REFB=0.0010093;REVB=-0.0066042;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179781;STB=0.601134;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00142468;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:10:2:5:9:10:2 chr1 26385003 . T C 346.96 PASS AF=0.45122;AO=35;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0235515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4826;QD=16.9249;RBI=0.157546;REFB=0.0105575;REVB=-0.155776;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811517;STB=0.598345;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0148;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:45:35:37:0.45122:12:23:17:13:14:23:20:25 chr1 26450714 . A G 143.3 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00955675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.61;QD=9.88284;RBI=0.0165949;REFB=-0.00303548;REVB=0.0135668;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445678;STB=0.526288;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0104743;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:20:19:10:9:20:19 chr1 26488019 . G A 206.96 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.751;QD=48.6963;RBI=0.166264;REFB=0;REVB=0.166216;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763503;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr1 26496651 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.382;QD=45.8068;RBI=0.0355731;REFB=0;REVB=0.0345978;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570304;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 26504035 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0246121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.779;QD=25.3616;RBI=0.0530923;REFB=-0.00242561;REVB=0.047043;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32837;STB=0.681602;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00184792;OID=.;OPOS=26504035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:8:0:8:7:8:0 chr1 26691174 . C A 148.06 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0666466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.055;QD=17.9464;RBI=0.0696316;REFB=-0.0204794;REVB=0.020169;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206431;STB=0.61832;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.022123;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:8:9:5:11:8:9 chr1 26694136 . C T 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00996114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.205;QD=15.9778;RBI=0.0128907;REFB=-0.014183;REVB=-0.00818209;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.566625;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0190018;OID=.;OPOS=26694136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:19:21:13:19:19:21 chr1 26694245 . T C 177.04 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0109496;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.647;QD=19.6713;RBI=0.0152058;REFB=-0.0317991;REVB=-0.0105509;RO=18;SAF=3;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324886;STB=0.687261;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0353782;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:15:3:8:10:15:3:8:10 chr1 26694260 . T C 189.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0518779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.005;QD=21.0051;RBI=0.0556673;REFB=0.0182532;REVB=0.0201873;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237147;STB=0.634001;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0071143;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:10:7:13:6:10:7 chr1 26700795 . T C 481.89 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.8;QD=58.4113;RBI=0.0695552;REFB=0;REVB=0.0413111;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110894;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:20:7:0:0:23:10:0:0 chr1 26755919 . A G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0042359;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.566;QD=50.8367;RBI=0.0225326;REFB=-0.00780202;REVB=0.0221309;RO=1;SAF=21;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215721;STB=0.511102;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=7.27129e-05;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:3:21:1:0:3:22:1:0 chr1 26786627 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.89;QD=56.1905;RBI=0.0352584;REFB=0;REVB=0.0274023;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6545e-05;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 26879920 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.333;QD=56.7066;RBI=0.0273307;REFB=0;REVB=0.0256223;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88389e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 26883511 . A C 171.28 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0018826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.612;QD=12.4567;RBI=0.00252831;REFB=-0.0066459;REVB=-0.00168765;RO=34;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244874;STB=0.641838;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00815176;OID=.;OPOS=26883511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:7:14:15:19:7:14:15:19 chr1 26887592 . T C 154.98 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0387533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.733;QD=22.9592;RBI=0.0391723;REFB=-0.0121579;REVB=0.00571449;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125162;STB=0.507033;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00967713;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:5:6:9:7:5:6 chr1 26900735 . C G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0245093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8682;QD=25.1494;RBI=0.0455456;REFB=-0.0153233;REVB=0.0383887;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613131;STB=0.533956;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0116245;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:16:11:7:14:16:11:7:14 chr1 26901319 . G A 197.45 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.105654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1227;QD=18.3676;RBI=0.106082;REFB=-0.00733466;REVB=0.00951703;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201114;STB=0.632897;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00542436;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:18:20:0.465116:8:10:8:15:8:12:8:15 chr1 27210721 . T C 524.63 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361827;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.515;QD=59.9579;RBI=0.0364796;REFB=0;REVB=0.00464444;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37009e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 27237687 . G T 38.73 PASS AF=0.104651;AO=10;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.166834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7034;QD=1.80119;RBI=0.176956;REFB=-0.0273546;REVB=-0.058989;RO=61;SAF=9;SAR=1;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56461;STB=0.8512;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.128471;OID=.;OPOS=27237687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:61:77:10:9:0.104651:1:9:27:34:1:8:42:35 chr1 27426796 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6333;QD=60.6067;RBI=0.0348797;REFB=0;REVB=-0.0181608;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650096;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 27427041 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4904;QD=41.8671;RBI=0.0339559;REFB=-0.0194181;REVB=-0.0285364;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0078654;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:14:15:0.9375:10:4:1:0:10:5:1:0 chr1 27428621 . C T 209.52 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0231051;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5904;QD=14.9654;RBI=0.0509406;REFB=-0.0121401;REVB=0.0453993;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416666;STB=0.511619;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.01989;OID=.;OPOS=27428621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:31:23:25:0.446429:12:11:14:18:14:11:13:18 chr1 27688633 . G A 555.34 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00848805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.175;QD=27.7668;RBI=0.0221351;REFB=-0.030619;REVB=0.020443;RO=29;SAF=26;SAR=24;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094749;STB=0.557305;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0165626;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:30:50:50:0.625:24:26:11:18:24:26:11:19 chr1 27709020 . T C 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00858461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.715;QD=15.4189;RBI=0.0133118;REFB=-0.0332761;REVB=0.0101739;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116466;STB=0.506575;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0426699;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:21:11:14:28:21:11:14:28 chr1 27875824 . C T 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8781;QD=39.1852;RBI=0.112358;REFB=0;REVB=0.03485;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369029;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 27876482 . C A 1178.09 PASS AF=0.952381;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0669269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8794;QD=56.0994;RBI=0.0677793;REFB=-0.070588;REVB=0.0107161;RO=4;SAF=11;SAR=68;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649772;STB=0.534556;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00112234;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:84:4:4:79:80:0.952381:68:11:2:2:69:11:2:2 chr1 28020307 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6502;QD=46.848;RBI=0.0555497;REFB=0;REVB=0.054075;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166892;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 28209305 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.014476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.186;QD=20.3167;RBI=0.0147513;REFB=-0.0246655;REVB=-0.00283672;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863395;STB=0.54854;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0199748;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:13:5:7:12:13:5 chr1 28209362 . T C 146.23 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0555419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.438;QD=16.7117;RBI=0.0581907;REFB=-0.017339;REVB=-0.0173565;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747001;STB=0.542804;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0160543;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:11:8:8:8:11:8 chr1 28209366 . A G 147.97 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0438036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4775;QD=17.9359;RBI=0.114902;REFB=-0.000155605;REVB=-0.106225;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193565;STB=0.610548;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00553626;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:10:7:10:6:10:7 chr1 28268835 . A C 215.75 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.02821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5127;QD=17.2602;RBI=0.0333339;REFB=0.000877195;REVB=-0.017758;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27188;STB=0.654537;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00151026;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:18:10:14:8:18:10 chr1 28282292 . T C 317.78 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00808429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.911;QD=15.5015;RBI=0.00834068;REFB=-0.00572736;REVB=-0.00205215;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235125;STB=0.514278;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00925982;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:47:35:35:0.426829:20:15:19:23:20:15:19:28 chr1 28422847 . C T 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6624;QD=54.634;RBI=0.124911;REFB=-0.123916;REVB=0.0448351;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00522539;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:30:21:0:1:30:21:0:1 chr1 28638859 . A T 1510.25 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0153605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.444;QD=56.458;RBI=0.0293439;REFB=-0.0379665;REVB=0.0250024;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.503358;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000661687;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:107:0:3:103:104:0.971963:56:47:0:0:57:47:1:2 chr1 28815674 . AT A 43.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0238614;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.3858;QD=3.95693;RBI=0.14716;REFB=-0.015455;REVB=-0.145213;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102844;STB=0.636116;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.0362618;OID=.;OPOS=28815675;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:44:11:44:33:4:7:18:15:43:29:6:7:16:13 chr1 28825129 . CT C 39.7 PASS AF=0.243902;AO=25;DP=82;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.157137;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.50282;QD=1.93637;RBI=0.157356;REFB=-0.030268;REVB=-0.00830202;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342814;STB=0.524366;STBP=0.817;TYPE=del;VARB=-0.0364586;OID=.;OPOS=28825130;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:25:82:20:82:62:10:10:33:29:39:49:12:13:25:24 chr1 29138975 . G T 72.55 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.605;QD=36.2752;RBI=0.0612592;REFB=0;REVB=0.061206;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593151;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr1 29189597 . C T 340.06 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0269347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.611;QD=22.2988;RBI=0.0274905;REFB=-0.0284142;REVB=0.00549967;RO=24;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940416;STB=0.538799;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0226871;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:26:34:35:0.57377:17:17:15:9:18:17:15:11 chr1 29476693 . C T 113.39 PASS AF=0.176471;AO=22;DP=120;FAO=21;FDP=119;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.0310903;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.324;QD=3.81142;RBI=0.0436982;REFB=-0.00542615;REVB=0.0307071;RO=98;SAF=9;SAR=13;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179243;STB=0.591799;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0381443;OID=.;OPOS=29476693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:98:98:22:21:0.176471:13:9:54:44:12:9:53:45 chr1 31194429 . G A 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00455054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.473;QD=3.96472;RBI=0.0132496;REFB=-0.00327294;REVB=0.0124436;RO=48;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228343;STB=0.647381;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0148435;OID=.;OPOS=31194429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:58:59:48:49:10:10:0.169492:3:7:25:23:3:7:26:23 chr1 31215364 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.36;QD=56.1916;RBI=0.0284822;REFB=0;REVB=-0.0124953;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172916;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 31230532 . T C 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0130017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.541;QD=20.0161;RBI=0.0161018;REFB=-0.0171366;REVB=0.00949861;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804767;STB=0.545405;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0168255;OID=.;OPOS=31230532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:11:6:8:10:11:6 chr1 31346057 . A G 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0145197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.674;QD=28.8055;RBI=0.0247076;REFB=-0.00516588;REVB=0.0199911;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957971;STB=0.552595;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00234799;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:12:16:12:5:12:16:12:5 chr1 31346199 . G A 91.25 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.012341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2348;QD=12.5868;RBI=0.0298043;REFB=-0.0700502;REVB=0.0271293;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0643163;OID=.;OPOS=31346199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:27:29:13:17:11:12:0.413793:6:5:3:10:6:6:6:11 chr1 31347320 . G A 229.56 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00201959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.52;QD=16.3974;RBI=0.0306893;REFB=-0.0217273;REVB=0.0306228;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337527;STB=0.531226;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0324757;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:10:15:19:11:11:15:19:11 chr1 31351513 . G A 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00987684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.39;QD=15.575;RBI=0.0261286;REFB=-0.0197922;REVB=0.02419;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147383;STB=0.590838;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0273951;OID=.;OPOS=31351513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:13:12:19:11:13:12:20:11 chr1 31445932 . C A,G 1101.37 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,70;DP=74;FAO=2,72;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2,46;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163479,0.026128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.403,75.6078;QD=59.5337;RBI=0.0163604,0.055234;REFB=0,0;REVB=0.000639611,0.0486633;RO=0;SAF=3,45;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.125099,0.000466651;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:74:74:0:0:4,70:2,72:0.027027,0.972973:1,25:3,45:0:0:0,26:2,46:0:0 chr1 31653733 . T C 740.55 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491466;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.065;QD=56.965;RBI=0.0728446;REFB=0;REVB=0.0537675;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268076;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 31740706 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.069;QD=53.2767;RBI=0.0877872;REFB=0;REVB=0.0563148;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700293;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 31882665 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0164578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.481;QD=11.596;RBI=0.0290841;REFB=-0.00375852;REVB=-0.0239798;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396511;STB=0.523521;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00727439;OID=.;OPOS=31882665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:13:8:5:7:13:8 chr1 31883295 . T C 1376.72 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1835;QD=62.5784;RBI=0.0503079;REFB=0;REVB=0.0473237;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384768;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:51:34:0:0:53:35:0:0 chr1 31907457 . A G 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183764;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5302;QD=58.4361;RBI=0.0312696;REFB=0;REVB=-0.0253002;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186115;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 32085143 . C T 604.83 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0120602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.862;QD=24.4374;RBI=0.0124631;REFB=-0.0185082;REVB=-0.00314331;RO=44;SAF=34;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153474;STB=0.584205;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.015772;OID=.;OPOS=32085143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:21:34:19:25:21:34:19:25 chr1 32118160 . CA C 35.05 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0674755;FXX=0.108672;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.29291;QD=3.41953;RBI=0.14192;REFB=-0.0412651;REVB=0.124854;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100301;STB=0.56475;STBP=0.605;TYPE=del;VARB=0.0306791;OID=.;OPOS=32118161;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:13:46:13:41:28:9:4:17:11:35:23:9:4:14:9 chr1 32127953 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.061;QD=60.9784;RBI=0.0259203;REFB=0;REVB=0.00554461;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104106;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 32148571 . A G 361.62 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00116728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.156;QD=49.8783;RBI=0.0305996;REFB=-0.0260707;REVB=0.0305774;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000867584;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:14:14:1:0 chr1 32193613 . CG CC,C 86.43 PASS AF=0.235294,0.647059;AO=4,5;DP=17;FAO=4,11;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=2,7;FSAR=2,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.201136,0.248836;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=17.0636,9.9444;QD=20.3368;RBI=0.238943,0.338295;REFB=0.029994,-0.0178782;REVB=0.128987,0.229181;RO=6;SAF=2,4;SAR=2,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0.541667;SSEP=0,0.610169;SSSB=0,0.308675;STB=0.5,0.522347;STBP=1,0.798;TYPE=snp,del;VARB=-0.100794,0.0667933;OID=.,.;OPOS=32193614,32193614;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.647059:4,5:17:4,11:17:2:2,7:2,4:1:1:25:6:2,4:2,1:3:3 chr1 32197705 . G A 122.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.050545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.081;QD=15.7795;RBI=0.0831766;REFB=-0.0391261;REVB=-0.0660572;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232012;STB=0.599845;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0413928;OID=.;OPOS=32197705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:14:17:14:14:0.451613:11:3:6:8:11:3:6:11 chr1 32280610 . T C 574.68 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0539153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.536;QD=19.6472;RBI=0.0707375;REFB=-0.00766106;REVB=-0.0457923;RO=57;SAF=29;SAR=30;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000264987;STB=0.504346;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00922236;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:57:58:59:59:0.504274:30:29:28:29:30:29:28:30 chr1 32544768 . A G 70.91 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0154694;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.387;QD=14.9275;RBI=0.0243367;REFB=-0.000627402;REVB=-0.0187875;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040409;STB=0.523757;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00338369;OID=.;OPOS=32544768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:6:4:4:5:6:4 chr1 32557486 . A G 346.99 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0637179;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3834;QD=22.0314;RBI=0.0817112;REFB=-0.0431427;REVB=-0.0511541;RO=27;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124283;STB=0.576879;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0332799;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:27:28:35:35:0.555556:21:14:15:12:21:14:16:12 chr1 32672908 . T G 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00624678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.346;QD=12.0229;RBI=0.0425371;REFB=-0.0102081;REVB=-0.0420759;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212814;STB=0.624805;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0123099;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:6:14:6:6:6:14 chr1 32672932 . G A 161.58 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0730989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9261;QD=19.0093;RBI=0.0749332;REFB=-0.0196365;REVB=0.0164784;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187386;STB=0.534371;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0283377;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:12:5:5:11:12:5:6:11 chr1 32674811 . C T 306.87 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0156558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2797;QD=18.0514;RBI=0.0270812;REFB=0.0402244;REVB=0.0220973;RO=35;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200227;STB=0.612175;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0417163;OID=.;OPOS=32674811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:11:22:16:19:11:22:16:19 chr1 32694819 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0365591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6315;QD=14.1698;RBI=0.0451663;REFB=0.0124807;REVB=-0.0265222;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0191035;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:6:6:4:6:6:6 chr1 32706791 . G T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00701864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.834;QD=25.8143;RBI=0.0212888;REFB=-0.0240493;REVB=0.0200985;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129055;STB=0.571376;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0145368;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:14:13:13:7:14:13:13:7 chr1 32713199 . A G 111.04 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0184139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1272;QD=15.863;RBI=0.0546533;REFB=-0.0055734;REVB=-0.0514578;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288924;STB=0.643036;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00426626;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:11:3:7:6:11:4 chr1 32860028 . A T 80.54 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0202476;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2743;QD=15.3406;RBI=0.0211402;REFB=-0.0250802;REVB=0.00607799;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22222;STB=0.666296;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0297145;OID=.;OPOS=32860028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:11:10:10:0.47619:8:2:4:6:8:2:5:6 chr1 33065947 . G C 382.64 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.584;QD=52.7785;RBI=0.0152151;REFB=-0.0181727;REVB=0.0100127;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000218662;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:1:0 chr1 33133968 . T C 385.69 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0131062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.886;QD=48.2107;RBI=0.0135277;REFB=-0.112816;REVB=-0.00335049;RO=2;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927899;STB=0.571378;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00122669;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:2:3:29:29:0.90625:9:20:0:2:9:20:0:3 chr1 33160878 . C T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.406;QD=45.1041;RBI=0.0324491;REFB=-0.0577038;REVB=0.02996;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00208803;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:0:1:7:11:0:1 chr1 33161212 . T C 946.59 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.073;QD=56.5127;RBI=0.0576324;REFB=-0.112301;REVB=0.0496761;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00147583;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:67:0:1:63:66:0.985075:21:42:0:0:24:42:0:1 chr1 33299673 . TAAAC TAAC,TAACA,TAATA 356.23 PASS AF=0.756098,0.146341,0;AO=19,5,3;DP=39;FAO=31,6,0;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=22,0,0;FSAR=9,6,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.228344,0.100463,-0.0202173;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,2;MLLD=14.5767,13.3427,146.303;QD=34.7542;RBI=0.265775,0.101459,0.229692;REFB=-0.0668951,0.00672996,0.0126072;REVB=0.135997,-0.0141778,-0.2288;RO=11;SAF=15,0,0;SAR=4,5,3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0290455,-0.795443,-0.754318;STB=0.528366,0.997317,0.5;STBP=0.379,0.063,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0905714,-0.0367969,0;OID=.,.,.;OPOS=33299674,33299676,33299676;OREF=A,AC,AC;OALT=-,CA,TA;OMAPALT=TAAC,TAACA,TAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.756098,0.146341,0:19,5,3:39:31,6,0:41:4:22,0,0:9,6,0:2:2:19:11:15,0,0:4,5,3:9:2 chr1 33328165 . G A 1760.57 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00190035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.319;QD=58.2008;RBI=0.0100823;REFB=-0.0451924;REVB=0.00990162;RO=2;SAF=64;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146097;STB=0.511449;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=6.53599e-05;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:2:3:118:118:0.975207:54:64:2:0:54:64:3:0 chr1 33646950 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2515;QD=49.5989;RBI=0.031051;REFB=0;REVB=-0.0234932;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41228e-05;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr1 33789588 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00318158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.439;QD=25.2554;RBI=0.0144787;REFB=-0.0567049;REVB=0.0141248;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125498;STB=0.570092;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0298941;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:4:6:7:10:4:6 chr1 33820033 . C T 89.1 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0013009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.17;QD=14.8501;RBI=0.0183309;REFB=-0.0178356;REVB=-0.0182847;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.029592;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:24:12:13:10:11:0.458333:4:6:5:7:4:7:5:8 chr1 33832865 . A G 330.19 PASS AF=0.4625;AO=27;DP=70;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0116939;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.947;QD=16.5094;RBI=0.0138578;REFB=-0.0358113;REVB=0.00743588;RO=43;SAF=6;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19993;STB=0.546278;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0396008;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:80:43:43:27:37:0.4625:21:6:16:27:26:11:16:27 chr1 33957130 . C A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0198818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.301;QD=16.9415;RBI=0.0216383;REFB=-0.0134067;REVB=0.00853985;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241597;STB=0.635394;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00905512;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:21:3:6:13:21:3 chr1 33957152 . TA AG,GA 721.31 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,46;DP=48;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653444,-0.0287911;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=44.5999,108.741;QD=56.5734;RBI=0.0853265,0.079201;REFB=0,0;REVB=0.05487,0.0737826;RO=0;SAF=0,35;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.31358e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0366541,0.00502691;OID=.,.;OPOS=33957152,33957152;OREF=TA,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:48:51:0:0:2,46:1,50:0.0196078,0.980392:2,11:0,35:0:0:1,15:0,35:0:0 chr1 33960062 . A G 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0071164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.811;QD=20.7383;RBI=0.0146696;REFB=-0.0339621;REVB=-0.0128279;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808369;STB=0.545406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0240265;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:4:12:12:6:4:12 chr1 33960502 . C A 63.02 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00199845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.947;QD=4.00135;RBI=0.00687896;REFB=-0.000188638;REVB=-0.00658227;RO=52;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127215;STB=0.584376;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00112776;OID=.;OPOS=33960502;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:52:52:11:11:0.174603:5:6:23:29:5:6:23:29 chr1 33961722 . C T 273.81 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.011691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3067;QD=24.3384;RBI=0.0256838;REFB=0.0102737;REVB=0.0228687;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261468;STB=0.650151;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0088257;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:16:8:13:7:17:8:13:7 chr1 33981769 . C T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00114929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.305;QD=18.29;RBI=0.0051378;REFB=-0.0178825;REVB=0.00500761;RO=33;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14076;STB=0.578896;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0195288;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:10:22:18:15:10:22:18:15 chr1 34024928 . T C 277.28 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00359984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.254;QD=18.4853;RBI=0.0288915;REFB=0.00466539;REVB=-0.0286664;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157407;STB=0.588175;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0056365;OID=.;OPOS=34024928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:20:10:15:15:20:10:15:15 chr1 34025030 . A G 410.82 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0131994;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.538;QD=23.4757;RBI=0.0140249;REFB=-0.0137085;REVB=-0.00474058;RO=31;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115445;STB=0.555527;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00757412;OID=.;OPOS=34025030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:30:40:40:0.571429:25:15:16:15:25:15:15:15 chr1 34038214 . T C 292.75 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0484843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0091;QD=17.2208;RBI=0.0503927;REFB=-0.00477283;REVB=-0.0137366;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08181;STB=0.545843;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00593067;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:16:20:15:17:16:20 chr1 34071525 . C T 100.77 PASS AF=0.48;AO=9;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0142017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.786;QD=16.1231;RBI=0.0213047;REFB=-0.000143585;REVB=0.0158808;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00237927;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:25:25:13:13:9:12:0.48:4:5:7:6:5:7:7:6 chr1 34090751 . T A 720.58 PASS AF=0.435754;AO=77;DP=179;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=40;FWDB=-0.0481401;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5756;QD=16.1022;RBI=0.0513666;REFB=-0.0268333;REVB=-0.0179179;RO=101;SAF=48;SAR=29;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102738;STB=0.506786;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0372617;OID=.;OPOS=34090751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:101:101:77:78:0.435754:29:48:62:39:30:48:61:40 chr1 34112303 . G A 325.08 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00205365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.767;QD=19.702;RBI=0.0415894;REFB=-0.0242751;REVB=0.0415386;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150352;STB=0.573433;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0170631;OID=.;OPOS=34112303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:33:34:0.515152:13:20:14:18:14:20:14:18 chr1 34270498 . G A,C 791.04 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=53,2;DP=55;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031448,-0.0119073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.329,101.241;QD=56.5031;RBI=0.0342234,0.0183924;REFB=0,0;REVB=0.0135004,-0.0140177;RO=0;SAF=25,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000125208,0.150131;OID=.,.;OPOS=34270498,34270498;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:56:0:0:53,2:55,1:0.982143,0.0178571:28,1:25,1:0:0:28,1:27,0:0:0 chr1 34285342 . G A 784.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8862;QD=57.045;RBI=0.0295117;REFB=0;REVB=0.0183854;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485888;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr1 34285381 . C T 867.87 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9546;QD=57.8582;RBI=0.0198407;REFB=0;REVB=0.0189663;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10659e-05;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:22:35:0:0:22:38:0:0 chr1 34329897 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.988;QD=60.9786;RBI=0.00423136;REFB=0;REVB=0.0039891;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45529e-06;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 34330067 . A C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0132247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.633;QD=12.7374;RBI=0.0347685;REFB=-0.0233521;REVB=0.0321552;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899355;STB=0.552567;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0286584;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:18:10:7:9:18:10 chr1 34578613 . A G 400.75 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.847;QD=55.2752;RBI=0.029423;REFB=0;REVB=-0.0125136;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153904;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:21:6:0:0:22:7:0:0 chr1 35184033 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.247;QD=55.0986;RBI=0.0491874;REFB=0;REVB=0.0297205;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29554e-05;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 35227164 . C T 32.47 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0163351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.033;QD=2.70552;RBI=0.0225133;REFB=-0.00163534;REVB=-0.0154923;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839715;STB=0.562295;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0377541;OID=.;OPOS=35227164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:3:3:24:18:3:3:24:18 chr1 35227362 . C G 320.88 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.247;QD=49.3655;RBI=0.085468;REFB=0.125224;REVB=-0.0756709;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00427497;OID=.;OPOS=35227362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:26:1:1:23:25:0.961538:14:9:1:0:14:11:1:0 chr1 35228604 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.867;QD=45.8068;RBI=0.0726891;REFB=0;REVB=-0.000580177;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539182;OID=.;OPOS=35228604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 35250720 . C T 106.09 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441573;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.077;QD=42.437;RBI=0.0256802;REFB=0;REVB=0.0252977;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142862;OID=.;OPOS=35250720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 35251545 . G C 538.58 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.798;QD=59.8418;RBI=0.111194;REFB=0;REVB=0.111189;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538463;OID=.;OPOS=35251545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr1 35251735 . G C 1045.82 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0241755;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.562;QD=55.0431;RBI=0.045936;REFB=-0.207302;REVB=0.0390597;RO=3;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577778;STB=0.514951;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00108007;OID=.;OPOS=35251735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:76:3:3:72:73:0.960526:23:49:0:3:24:49:1:2 chr1 35259961 . A G 1507.63 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7452;QD=62.1703;RBI=0.0267417;REFB=-0.113277;REVB=0.0213891;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957941;STB=0.505049;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000241802;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:49:46:0:1:49:47:0:1 chr1 35260929 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.876;QD=58.9627;RBI=0.0267291;REFB=0;REVB=0.0114833;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69739e-05;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr1 35261044 . CAG C 544.32 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515296;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.92;QD=60.4803;RBI=0.0321027;REFB=0;REVB=0.0316865;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000300345;OID=.;OPOS=35261045;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:37:36:36:0:19:17:0:0:4:0:19:17:0:0 chr1 35261232 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.271;QD=64.4141;RBI=0.0443327;REFB=0;REVB=0.0267351;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514921;OID=.;OPOS=35261232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 35321242 . A C 445.66 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0471845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9863;QD=18.1903;RBI=0.048352;REFB=0.00629128;REVB=0.010561;RO=53;SAF=25;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394401;STB=0.527177;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00845881;OID=.;OPOS=35321242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:44:45:0.459184:19:25:28:25:19:26:28:25 chr1 35562965 . G A 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0188695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.668;QD=23.3805;RBI=0.0250655;REFB=0.0176584;REVB=0.0164991;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157268;STB=0.588141;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00422098;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:6:8:7:12:6:8 chr1 35563206 . C G 144.44 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0635403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.049;QD=16.9923;RBI=0.0638243;REFB=-0.00483059;REVB=0.00601385;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556387;STB=0.557967;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0101238;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:11:4:4:14:11:5:4:14 chr1 35757843 . A T 462.95 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0253597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2802;QD=52.9087;RBI=0.025376;REFB=-0.098903;REVB=0.000909996;RO=2;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825435;STB=0.504422;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0138308;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:19:14:1:1:19:14:1:1 chr1 35864571 . A G 318.81 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0105039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1605;QD=26.5678;RBI=0.0431041;REFB=0.0381659;REVB=-0.0418047;RO=20;SAF=21;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256485;STB=0.642748;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0305777;OID=.;OPOS=35864571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:7:21:9:11:7:21:9:11 chr1 35900615 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.393;QD=59.3229;RBI=0.0309586;REFB=0;REVB=0.0236412;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133312;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 36031342 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.946;QD=47.8221;RBI=0.0190361;REFB=0;REVB=0.0190361;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06218e-05;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr1 36209044 . C A 31.65 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0353697;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.865;QD=2.43453;RBI=0.0355412;REFB=-0.00528019;REVB=-0.00348707;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400469;STB=0.809728;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0456212;OID=.;OPOS=36209044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:52:46:46:6:6:0.115385:1:5:23:23:1:5:23:23 chr1 36225948 . T C 1342.91 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.804;QD=61.0413;RBI=0.0271902;REFB=-0.0924717;REVB=0.0239846;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000544558;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:0:1:38:49:0:1 chr1 36359669 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.425;QD=58.5878;RBI=0.0230838;REFB=0;REVB=-0.0206026;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49985e-05;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr1 36385167 . C G 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0213267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.601;QD=6.20658;RBI=0.0271186;REFB=0.00616134;REVB=0.0167509;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135046;STB=0.508651;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0161679;OID=.;OPOS=36385167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:13:17:5:4:13:17 chr1 36553673 . A G 629.72 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0549783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.737;QD=57.2473;RBI=0.0552931;REFB=-0.149051;REVB=0.00589188;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.531235;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00276336;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:42:42:0.954545:15:27:0:0:15:27:0:2 chr1 36557619 . G A 471.46 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00256199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9564;QD=23.5728;RBI=0.00693832;REFB=-0.000330249;REVB=-0.00644798;RO=35;SAF=25;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559132;STB=0.530713;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.000162189;OID=.;OPOS=36557619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:20:25:17:18:20:25:17:18 chr1 36563797 . C G,T 120.36 PASS AF=0.153846,0.769231;AO=2,10;DP=13;FAO=2,10;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=0,9;FSAR=2,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00497764,0.0522993;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=66.5414,48.8945;QD=37.0323;RBI=0.107834,0.0751351;REFB=0.0203496,-0.0139303;REVB=0.107719,0.0539451;RO=1;SAF=0,9;SAR=2,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0471711;STB=0.993266,0.526264;STBP=0.232,0.652;TYPE=snp,snp;VARB=0.0847108,-0.000980611;OID=.,.;OPOS=36563797,36563797;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:13:1:1:2,10:2,10:0.153846,0.769231:2,1:0,9:1:0:2,1:0,9:1:0 chr1 36565739 . C T 369.69 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0634751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.584;QD=22.4057;RBI=0.0643147;REFB=-0.0249749;REVB=0.0103585;RO=27;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116031;STB=0.504948;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0167376;OID=.;OPOS=36565739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:37:37:0.560606:20:17:12:15:20:17:13:16 chr1 36642420 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.88;QD=60.6099;RBI=0.0393149;REFB=0;REVB=0.0263495;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143087;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr1 36752433 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.043;QD=51.9167;RBI=0.0272734;REFB=0;REVB=0.0263825;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118746;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr1 36773405 . T G 1585.73 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.547;QD=59.2796;RBI=0.0594507;REFB=0;REVB=0.0501702;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24749e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:103:107:1:44:59:0:0:47:60:0:0 chr1 36794192 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8511;QD=37.4885;RBI=0.0466918;REFB=0;REVB=0.0408569;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878694;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 36888462 . A G 351.43 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0160432;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6317;QD=33.4694;RBI=0.0683391;REFB=-0.0101106;REVB=0.0664293;RO=13;SAF=19;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202406;STB=0.610751;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00443842;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:13:13:29:29:0.690476:10:19:4:9:10:19:4:9 chr1 36889005 . G A 311.47 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00480938;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.69;QD=21.4805;RBI=0.00698084;REFB=-0.00489533;REVB=0.00505984;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056437;STB=0.53123;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00446063;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:32:32:0.551724:15:17:12:14:15:17:12:14 chr1 36893968 . A G 189.82 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00266662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2007;QD=21.6934;RBI=0.0447612;REFB=-0.0265494;REVB=0.0446817;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210827;STB=0.618918;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.036802;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:9:7:13:6:9:7 chr1 36927733 . G A 910.7 PASS AF=0.969697;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-3.53933e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4907;QD=55.1941;RBI=0.0705433;REFB=-0.0395238;REVB=0.0705433;RO=2;SAF=42;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119127;STB=0.50588;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00195012;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:66:2:2:62:64:0.969697:20:42:1:1:21:43:1:1 chr1 37346428 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0274336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8094;QD=18.1541;RBI=0.0352477;REFB=-0.0121136;REVB=-0.0221313;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497351;STB=0.528275;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00650293;OID=.;OPOS=37346428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:12:13:12:9:12:13 chr1 37948137 . C T 178.91 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0298816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7403;QD=15.226;RBI=0.0299709;REFB=-0.0138527;REVB=0.00231066;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948502;STB=0.5544;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0300783;OID=.;OPOS=37948137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:20:8:7:12:20:8 chr1 38006359 . A G 517.82 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.8147;QD=59.1799;RBI=0.0382717;REFB=0;REVB=-0.0327716;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000478932;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr1 38019747 . C T 182.02 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000698066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.352;QD=33.0937;RBI=0.0599221;REFB=-0.0247271;REVB=0.059918;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11288;STB=0.562091;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00451966;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:22:22:5:5:17:17:0.772727:9:8:1:4:9:8:1:4 chr1 38077414 . ACGC AGC,ATAG,CCTC 142.42 PASS AF=0,0.833333,0.166667;AO=4,10,2;DP=16;FAO=0,10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,2;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170439,-0.00714298,0.00672474;FXX=0.249844;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,3;MLLD=38.9031,266.404,65.3625;QD=47.4719;RBI=0.0170439,0.00714298,0.00672474;REFB=0,0,0;REVB=0,0,0;RO=0;SAF=4,10,2;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0,0.00968628,0.0411469;OID=.,.,.;OPOS=38077415,38077415,38077414;OREF=C,CGC,ACG;OALT=-,TAG,CCT;OMAPALT=AGC,ATAG,CCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:16:12:0:0:4,10,2:0,10,2:0,0.833333,0.166667:0,0,0:4,10,2:0:0:0,0,0:0,10,2:0:0 chr1 38077420 . A ACC,C 249.28 PASS AF=0.25,0.75;AO=5,14;DP=19;FAO=5,15;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5,15;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000728692,-0.0181576;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=293.22,111.482;QD=49.856;RBI=0.000728692,0.0181576;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=5,14;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0156528,-0.0247251;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:19:20:0:0:5,14:5,15:0.25,0.75:0,0:5,14:0:0:0,0:5,15:0:0 chr1 38148765 . A G 1235.28 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284751;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9582;QD=61.764;RBI=0.0295314;REFB=0;REVB=0.00782751;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141869;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:45:34:0:0:45:35:0:0 chr1 38173982 . TTTTC T,TT 102.95 PASS AF=0.105263,0.315789;AO=5,8;DP=38;FAO=4,12;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3,6;FSAR=1,6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00672999,-0.0055253;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,3;MLLD=202.277,209.071;QD=10.8363;RBI=0.0244295,0.0333759;REFB=0.00397047,0.00351832;REVB=-0.0234842,-0.0329154;RO=19;SAF=4,5;SAR=1,3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.343502,0.113905;STB=0.748753,0.529363;STBP=0.374,0.82;TYPE=del,del;VARB=-0.0237557,0.00646003;OID=.,.;OPOS=38173983,38173984;OREF=TTTC,TTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.315789:5,8:38:4,12:38:22:3,6:1,6:10:12:56:19:4,5:1,3:10:9 chr1 38215918 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0135171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.689;QD=23.2631;RBI=0.0139029;REFB=-0.0124037;REVB=0.00325264;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158497;STB=0.588401;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0112674;OID=.;OPOS=38215918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:12:7:13:10:12:7 chr1 38266725 . AACTG A 173.99 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-3.52992e-05;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=4;MLLD=300.324;QD=7.90858;RBI=0.00832975;REFB=-0.0129556;REVB=-0.00832968;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989279;STB=0.562461;STBP=0.398;TYPE=del;VARB=0.0199724;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:32:86:32:88:56:18:14:26:30:99:49:18:14:23:26 chr1 38279520 . A AAC 50.54 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=0.0081786;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.617;QD=3.42623;RBI=0.0157204;REFB=-0.00840608;REVB=-0.0134254;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209339;STB=0.594404;STBP=0.628;TYPE=ins;VARB=0.0495379;OID=.;OPOS=38279521;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152542:9:60:9:59:50:6:3:38:12:50:50:6:3:40:10 chr1 38327935 . CAG C 312.12 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00458798;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.995;QD=12.2402;RBI=0.00482422;REFB=0.00832719;REVB=-0.00149114;RO=64;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835874;STB=0.540172;STBP=0.588;TYPE=del;VARB=-0.0106289;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549:37:102:38:102:64:16:22:23:41:99:64:16:21:23:41 chr1 38327982 . G T 329.71 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0490854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8109;QD=13.4576;RBI=0.0608522;REFB=-0.0160307;REVB=0.0359669;RO=61;SAF=12;SAR=25;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245162;STB=0.514011;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0284355;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:25:12:21:40:25:12:21:40 chr1 38338795 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.035112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.795;QD=20.6005;RBI=0.0370149;REFB=-0.0135586;REVB=0.0117153;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679889;STB=0.538422;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00848167;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:7:12:14:6:7:12 chr1 38423853 . G C 1260.67 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.68;QD=60.7554;RBI=0.0473843;REFB=0;REVB=-0.00407765;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310823;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:47:34:0:0:48:35:0:0 chr1 38442547 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4888;QD=54.5175;RBI=0.0218079;REFB=0;REVB=-0.00543986;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381895;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 38449910 . T C 191.41 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0254157;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8085;QD=20.693;RBI=0.0387019;REFB=0.00516836;REVB=-0.0291869;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303562;STB=0.518499;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00640468;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:20:18:19:19:0.513514:12:7:8:12:12:7:6:12 chr1 38450367 . A G 395.79 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0408;QD=54.5914;RBI=0.106102;REFB=0;REVB=0.0313108;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072692;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:14:12:0:0:14:15:0:0 chr1 38462898 . T A 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.717;QD=26.0256;RBI=0.0412099;REFB=0.0279389;REVB=-0.0380824;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000622573;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr1 38462905 . C G 74.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000951393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4978;QD=37.1243;RBI=0.253505;REFB=0;REVB=0.253503;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192339;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:1:7:0:0 chr1 38463504 . C T 248.43 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0107663;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7488;QD=23.6602;RBI=0.0112306;REFB=-0.00464001;REVB=0.00319604;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369764;STB=0.506324;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00148073;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:10:13:11:7:10:13:11:8 chr1 38862336 . T A 340.15 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4713;QD=54.4234;RBI=0.0954324;REFB=0;REVB=-0.0860072;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00318964;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr1 39339449 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0311503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.067;QD=18.9387;RBI=0.0359297;REFB=-0.0287752;REVB=-0.0179052;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455696;STB=0.525407;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.023481;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:15:15:16:13:15:15:16:13 chr1 39340282 . C T 456.08 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0212474;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.359;QD=19.8295;RBI=0.0241505;REFB=-0.00863983;REVB=-0.0114801;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010123;STB=0.511106;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0119417;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:46:47:45:45:0.48913:23:22:23:23:23:22:24:23 chr1 39352083 . T G 134.26 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0412101;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.912;QD=15.3441;RBI=0.0414023;REFB=-0.00343328;REVB=-0.00398473;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868987;STB=0.530081;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00765344;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:20:15:15:0.428571:6:9:13:6:6:9:13:7 chr1 39352271 . G T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00745922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.134;QD=14.6538;RBI=0.0262921;REFB=-0.00407669;REVB=-0.0252118;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335325;STB=0.699474;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00239354;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:5:3:6:2:5:3 chr1 39696882 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0139098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.643;QD=9.85815;RBI=0.0140373;REFB=-0.00757387;REVB=0.00188751;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442887;STB=0.768817;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0150092;OID=.;OPOS=39696882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:28:29:12:13:0.309524:9:3:18:10:10:3:18:11 chr1 39748921 . G A 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4967;QD=58.5804;RBI=0.0846334;REFB=0;REVB=0.0297075;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197536;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 39789938 . C T 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0351178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0418;QD=12.5655;RBI=0.0352615;REFB=-0.00223589;REVB=-0.00317998;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214105;STB=0.512305;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0039474;OID=.;OPOS=39789938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:20:20:13:12:20:20 chr1 39806610 . C T 87.28 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0816564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.897;QD=13.9653;RBI=0.081895;REFB=-0.0240862;REVB=-0.00624624;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134192;STB=0.578801;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0361136;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:7:7:4:7:7:7 chr1 39812822 . C A 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0228221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5803;QD=19.5221;RBI=0.042089;REFB=0.031077;REVB=0.0353644;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204611;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0249555;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:8:6:5:6:8:6:6:6 chr1 39988145 . T C 210.27 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0159153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.041;QD=9.7802;RBI=0.0163558;REFB=-0.0112692;REVB=-0.00377038;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320632;STB=0.678272;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0310081;OID=.;OPOS=39988145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:59:27:27:0.313953:12:15:16:42:12:15:17:42 chr1 40030193 . G A 83.5 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0388655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.396;QD=6.30204;RBI=0.0405651;REFB=-0.00527411;REVB=-0.0116187;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225689;STB=0.644902;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0271863;OID=.;OPOS=40030193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:9:3:17:24:9:3:17:24 chr1 40098328 . T C 246.68 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027753;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.716;QD=46.9857;RBI=0.0278337;REFB=-0.0398733;REVB=0.00211804;RO=1;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182146;STB=0.599885;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00285797;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:18:2:1:0:18:2:1:0 chr1 40145297 . C T 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.587;QD=58.5753;RBI=0.039822;REFB=0;REVB=-0.0266528;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26753e-05;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 40149642 . G T 2312.41 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191432;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.824;QD=63.7906;RBI=0.0455033;REFB=0;REVB=0.0412807;RO=0;SAF=75;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76753e-05;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:145:0:0:141:145:1:66:75:0:0:69:76:0:0 chr1 40236074 . A C 198.39 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5847;QD=44.0869;RBI=0.0392485;REFB=-0.0339352;REVB=-0.0373444;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00885911;OID=.;OPOS=40236074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr1 40315888 . A T 138.35 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00131372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.143;QD=11.7748;RBI=0.0501782;REFB=-0.00814508;REVB=-0.050161;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3498;STB=0.714025;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0268498;OID=.;OPOS=40315888;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:31:16:16:0.340426:11:5:19:11:11:5:20:11 chr1 40349131 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.355;QD=57.6793;RBI=0.0542523;REFB=0;REVB=0.0368793;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00441e-05;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 40363054 . G C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4447;QD=55.0954;RBI=0.0844107;REFB=0;REVB=0.0434111;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258392;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 40533266 . T G 302.83 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.828;QD=52.6667;RBI=0.03741;REFB=0;REVB=0.0281368;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410662;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:18:5:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 181.13 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,14;DP=16;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.1307,66.8878;QD=45.2818;RBI=0.0169162,0.00658464;REFB=0,0;REVB=0.0169162,0.00658464;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0794069,-0.00367602;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:2,14:16:2,14:16:0:0,0:2,14:0:0:9:0:0,0:2,14:0:0 chr1 40533315 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.977;QD=48.7373;RBI=0.00759969;REFB=0;REVB=-0.00759969;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59774e-05;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:17:0:0:0:17:0:0:0 chr1 40533320 . T G 175.54 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4762;QD=46.8104;RBI=0.00990085;REFB=0;REVB=0.00990085;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174367;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr1 40533326 . T G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7741;QD=47.8208;RBI=0.051617;REFB=0;REVB=0.051617;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192711;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr1 40533347 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.372;QD=49.5991;RBI=0.0713072;REFB=0;REVB=0.0657447;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657589;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr1 40537208 . G A 107.42 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00668751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.34;QD=13.0207;RBI=0.0287828;REFB=-0.0105713;REVB=0.0279951;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21057;STB=0.655478;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0172098;OID=.;OPOS=40537208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:20:20:11:13:0.393939:8:3:9:11:10:3:9:11 chr1 40555274 . C G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0147823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8837;QD=12.4808;RBI=0.0206557;REFB=0.00147513;REVB=-0.0144271;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00809886;OID=.;OPOS=40555274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:12:7:4:8:12:7 chr1 40737589 . T C 191.15 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00123256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9455;QD=13.4143;RBI=0.0812425;REFB=-0.0303055;REVB=0.0812331;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838897;STB=0.540947;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0401541;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:8:15:19:14:8:15:20:14 chr1 40773149 . T C 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00457237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.386;QD=18.1591;RBI=0.00571746;REFB=-0.0202258;REVB=-0.0034326;RO=37;SAF=26;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160425;STB=0.593854;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0227264;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:39:36:36:0.48:10:26:21:16:10:26:22:17 chr1 40776752 . C A 313.49 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.945;QD=50.1584;RBI=0.0626705;REFB=-0.0691053;REVB=0.053151;RO=1;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250636;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000933427;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:18:6:0:1:18:6:0:1 chr1 40777800 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3474;QD=49.5992;RBI=0.0716756;REFB=0;REVB=-0.0602574;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698316;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 40840353 . A G 106.23 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0493808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5266;QD=11.803;RBI=0.069411;REFB=-0.0324641;REVB=-0.0487793;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194513;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.025372;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:13:10:8:5:13:10 chr1 40881041 . C G 1143.66 PASS AF=0.909091;AO=80;DP=88;FAO=80;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0379893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9909;QD=51.9844;RBI=0.107139;REFB=-0.0926418;REVB=0.100177;RO=8;SAF=30;SAR=50;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230157;STB=0.512192;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0265142;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:8:8:80:80:0.909091:50:30:2:6:50:30:2:6 chr1 40980731 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.043;QD=40.7629;RBI=0.0457327;REFB=0;REVB=0.0148258;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289872;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 41013015 . C T 289.53 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00112484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.193;QD=46.3242;RBI=0.0181507;REFB=-0.111915;REVB=-0.0181158;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578146;STB=0.531223;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00175951;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:0:2:15:8:0:2 chr1 41304093 . C G 161.85 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0213882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.376;QD=11.989;RBI=0.039863;REFB=-0.0140881;REVB=0.0336393;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179928;STB=0.611005;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0239071;OID=.;OPOS=41304093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:10:10:11:22:10:10:11:23 chr1 41326886 . C G 815.01 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4806;QD=57.194;RBI=0.0626011;REFB=0;REVB=-0.00829175;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678247;OID=.;OPOS=41326886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:1:0:56:57:1:29:27:0:1:30:27:0:0 chr1 41474400 . C G 304.73 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0248397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4532;QD=19.0459;RBI=0.0248903;REFB=0.0228241;REVB=-0.00158692;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142445;STB=0.576225;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0214543;OID=.;OPOS=41474400;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:32:33:0.515625:17:15:19:11:18:15:19:12 chr1 41827815 . C T 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0231371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5937;QD=21.5317;RBI=0.0231455;REFB=-0.0391363;REVB=0.000623888;RO=30;SAF=26;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301736;STB=0.503815;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0269895;OID=.;OPOS=41827815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:11:26:22:8:11:26:22:9 chr1 41976017 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.471;QD=61.3344;RBI=0.0465699;REFB=0;REVB=0.0462555;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216652;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 41978566 . T G 1830.24 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143309;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8068;QD=61.0079;RBI=0.151995;REFB=0;REVB=0.0506435;RO=0;SAF=39;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100323;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:120:0:0:111:120:1:72:39:0:0:74:46:0:0 chr1 41978825 . C G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.692;QD=56.9383;RBI=0.0444962;REFB=0;REVB=0.0384398;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14697e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr1 41990461 . G A 417.48 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0198353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9338;QD=22.5665;RBI=0.0569786;REFB=-0.0246693;REVB=0.0534147;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762535;STB=0.541949;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0208401;OID=.;OPOS=41990461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:21:20:13:20:21:20:13:20 chr1 42045747 . T C 511.55 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00611529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.671;QD=21.3145;RBI=0.0227525;REFB=0.00351188;REVB=0.0219153;RO=45;SAF=28;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499963;STB=0.501519;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00456112;OID=.;OPOS=42045747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:47:48:49:0.510417:20:28:26:19:21:28:27:20 chr1 42047208 . C G 180.03 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0179861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4062;QD=23.23;RBI=0.0266834;REFB=-0.00430578;REVB=-0.0197104;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127272;STB=0.55876;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00232743;OID=.;OPOS=42047208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:17:18:0.580645:9:8:4:9:10:8:4:9 chr1 42048745 . T C 519.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.099;QD=59.4043;RBI=0.0308271;REFB=0;REVB=0.0194324;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393707;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr1 42049032 . G A 2219.33 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4188;QD=62.5164;RBI=0.0578392;REFB=-0.0314967;REVB=0.043947;RO=1;SAF=95;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497932;STB=0.502617;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000381204;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:46:95:1:0:46:95:1:0 chr1 42049140 . C G 1791.93 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.224;QD=60.2331;RBI=0.0568498;REFB=-0.0791835;REVB=0.0149386;RO=1;SAF=71;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664312;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158976;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:119:1:0:118:119:1:47:71:1:0:47:72:0:0 chr1 42050366 . C T 187.58 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.013023;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.352;QD=14.7121;RBI=0.110967;REFB=-0.0144128;REVB=-0.1102;RO=29;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135565;STB=0.586123;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0220888;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:29:21:22:0.431373:5:16:19:10:5:17:19:10 chr1 42619139 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.323;QD=58.0607;RBI=0.0329984;REFB=0;REVB=0.0252005;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02332e-06;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr1 42693597 . A G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.517;QD=59.8536;RBI=0.0148192;REFB=0;REVB=-0.0127473;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07778e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr1 42880516 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.05192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6795;QD=8.69804;RBI=0.0523292;REFB=0.000909229;REVB=0.00653156;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527602;STB=0.844052;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0060885;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:6:1:8:5:6:1:9:5 chr1 42898843 . A G 563.83 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00438187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.011;QD=57.8283;RBI=0.00536115;REFB=-0.0218588;REVB=0.00308887;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000172463;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:9:29:0:0:9:29:1:0 chr1 42915727 . C G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00717725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.024;QD=9.1;RBI=0.0101371;REFB=-0.0103081;REVB=0.00715877;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.624732;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0239591;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:4:5:6:12:4:5:7:12 chr1 42925688 . T A,G 770.74 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,51;DP=53;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162818,-0.0110737;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.432,69.0859;QD=56.0541;RBI=0.0192403,0.0662357;REFB=0,0;REVB=-0.0102516,0.0653035;RO=0;SAF=1,20;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.13361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0526851,0.00892332;OID=.,.;OPOS=42925688,42925688;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:55:0:0:2,51:1,54:0.0181818,0.981818:1,31:1,20:0:0:0,34:1,20:0:0 chr1 42986956 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00768449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.5;QD=11.9197;RBI=0.02337;REFB=-0.0329502;REVB=-0.0220705;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263271;STB=0.6599;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0376456;OID=.;OPOS=42986956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:4:5:2:5:4:5 chr1 43034740 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00090764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4139;QD=48.7371;RBI=0.0374163;REFB=0;REVB=0.0374052;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128252;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 43042703 . C T 109.89 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.016757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.255;QD=14.6514;RBI=0.0287432;REFB=-0.000408476;REVB=0.0233532;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328858;STB=0.519097;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000842241;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:6:11:8:5:6:11 chr1 43047057 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0179522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.718;QD=14.1389;RBI=0.0239003;REFB=-0.0168704;REVB=0.015778;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328654;STB=0.693872;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0201868;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:3:11:10:10:3:11:10:10 chr1 43108188 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00438034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.586;QD=11.0866;RBI=0.0171296;REFB=-0.0037824;REVB=-0.0165601;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430031;STB=0.761917;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00743917;OID=.;OPOS=43108188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:2:11:13:12:2:11:13:12 chr1 43119855 . A C 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00237647;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.676;QD=16.8943;RBI=0.00851644;REFB=-0.0123523;REVB=0.00817816;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000836016;STB=0.500469;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0157675;OID=.;OPOS=43119855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:15:22:19:13:15:22 chr1 43131653 . G A 370.51 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0101123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6127;QD=17.233;RBI=0.0110037;REFB=-0.021528;REVB=0.00433864;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102928;STB=0.505765;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0314361;OID=.;OPOS=43131653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:20:27:22:17:20:27 chr1 43201534 . G A 198.37 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.855;QD=44.0826;RBI=0.0225381;REFB=-0.165047;REVB=0.0123473;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00534918;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr1 43212111 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.344;QD=50.4121;RBI=0.0632545;REFB=0;REVB=0.0607314;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012836;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 43212431 . A G 1546.69 PASS AF=0.990826;AO=80;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228838;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.656;QD=56.7593;RBI=0.0515606;REFB=0;REVB=0.0462042;RO=0;SAF=57;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401887;OID=.;OPOS=43212431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:109:0:0:80:108:0.990826:23:57:0:0:37:71:0:0 chr1 43212869 . A T 621.23 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0494878;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.402;QD=59.1651;RBI=0.049771;REFB=-0.0017238;REVB=0.00530174;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000105659;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:0:1:18:23:0:1 chr1 43215571 . A G 988.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.329;QD=58.1207;RBI=0.0954999;REFB=0;REVB=0.0954495;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112308;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:31:34:0:0:34:34:0:0 chr1 43305753 . G A 219.73 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00669414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.847;QD=9.76596;RBI=0.00688112;REFB=-0.00440669;REVB=0.00159322;RO=62;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149578;STB=0.50878;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0101151;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:15:13:28:34:15:13:28:34 chr1 43309842 . G C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.641;QD=60.6093;RBI=0.0403683;REFB=0;REVB=0.0291022;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63715e-06;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr1 43408966 . G A 290.08 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0198141;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.218;QD=16.3424;RBI=0.0206369;REFB=-0.0187896;REVB=-0.0057691;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112775;STB=0.563341;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0224135;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:24:15:16:16:24:15 chr1 43457170 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.792;QD=53.2772;RBI=0.018706;REFB=0;REVB=-0.0119597;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61357e-05;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr1 43675467 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4437;QD=55.654;RBI=0.0966028;REFB=0;REVB=0.0875718;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251917;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 43719778 . G A 279.35 PASS AF=0.392857;AO=31;DP=82;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00916269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9834;QD=13.3022;RBI=0.0142543;REFB=-0.029684;REVB=-0.0109192;RO=51;SAF=21;SAR=10;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603497;STB=0.505824;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0447586;OID=.;OPOS=43719778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:51:51:31:33:0.392857:10:21:32:19:12:21:32:19 chr1 43738420 . A T 225.89 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00723977;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.429;QD=12.908;RBI=0.0144006;REFB=-0.0117007;REVB=-0.0124484;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716096;STB=0.541371;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0195501;OID=.;OPOS=43738420;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:41:43:27:27:0.385714:12:15:20:21:12:15:21:22 chr1 43771016 . TA T 369.07 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0943868;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.0289;QD=46.1338;RBI=0.0962145;REFB=0;REVB=-0.0186643;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00399926;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:32:32:32:0:8:24:0:0:7:0:7:23:0:0 chr1 43779564 . T C 1510.71 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.297;QD=63.6089;RBI=0.0169523;REFB=0;REVB=0.0162914;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65183e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:61:33:0:0:61:34:0:0 chr1 43900125 . G A 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0237575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.537;QD=5.06388;RBI=0.0610124;REFB=-0.00380215;REVB=0.056197;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174407;STB=0.617332;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0336303;OID=.;OPOS=43900125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:6:2:12:20:6:2:12:20 chr1 44035352 . C T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0405479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.426;QD=54.5123;RBI=0.0716533;REFB=-0.0782332;REVB=0.0590768;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467499;STB=0.524986;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00611898;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:2:0:17:19:2:0 chr1 44056806 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00867764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.77;QD=11.4398;RBI=0.0295328;REFB=-0.0137794;REVB=-0.0282291;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310035;STB=0.685308;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0145645;OID=.;OPOS=44056806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:5:9:3:6:5:9 chr1 44058265 . C A 676.47 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00610292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.83;QD=49.198;RBI=0.0709371;REFB=-0.190958;REVB=0.0706741;RO=3;SAF=29;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104534;STB=0.513489;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00186576;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:55:55:3:4:51:51:0.927273:22:29:2:1:22:29:3:1 chr1 44071221 . G A,C 715.66 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=48,2;DP=50;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093386,-0.00269129;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.768,141.126;QD=56.1305;RBI=0.0353358,0.00613666;REFB=0,0;REVB=0.0340795,0.00551503;RO=0;SAF=26,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00514381,0.0638511;OID=.,.;OPOS=44071221,44071221;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:51:0:0:48,2:48,3:0.941176,0.0588235:22,1:26,1:0:0:22,2:26,1:0:0 chr1 44072018 . C T 2099.3 PASS AF=0.945578;AO=140;DP=147;FAO=139;FDP=147;FR=.;FRO=8;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00946317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3306;QD=57.1238;RBI=0.01331;REFB=-0.108403;REVB=-0.00935976;RO=7;SAF=78;SAR=62;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275748;STB=0.517743;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00423682;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:147:147:7:8:140:139:0.945578:62:78:6:1:62:77:7:1 chr1 44072066 . C T 1917.67 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0251681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.519;QD=60.8783;RBI=0.0291549;REFB=0.0205582;REVB=0.0147163;RO=1;SAF=66;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714507;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000107313;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:59:66:1:0:59:66:1:0 chr1 44083507 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.343;QD=61.6839;RBI=0.0512154;REFB=0;REVB=0.0360361;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48777e-07;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 44083519 . G A 647.67 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0236109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0244;QD=57.5709;RBI=0.0293531;REFB=-0.0269558;REVB=0.0174393;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034762;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0126759;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:26:17:0:2:26:17:0:2 chr1 44084739 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.069;QD=52.6132;RBI=0.0168081;REFB=0;REVB=-0.00295558;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248602;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr1 44086831 . C T 244.97 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373402;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.012;QD=51.5724;RBI=0.0684214;REFB=0;REVB=-0.057334;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15949e-05;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 44137257 . C A 690.59 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.243;QD=60.0515;RBI=0.0444207;REFB=-0.11403;REVB=0.0304545;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000863501;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:1:0:23:22:1:0 chr1 44395786 . C T 744.12 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622015;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.478;QD=63.329;RBI=0.0629449;REFB=0;REVB=0.00964549;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619296;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr1 44401384 . A G 901.57 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.037;QD=58.1658;RBI=0.0994773;REFB=0;REVB=0.0884543;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510661;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:31:28:0:0:34:28:0:0 chr1 44415415 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.367;QD=53.9107;RBI=0.00871975;REFB=0;REVB=0.000723573;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58507e-05;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 44457305 . G A 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.005;QD=55.6048;RBI=0.0362844;REFB=0.0154867;REVB=0.0345169;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=1.66276e-06;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:20:38:1:0:20:38:1:0 chr1 44595047 . T A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.819;QD=59.0178;RBI=0.0395811;REFB=0;REVB=0.0309957;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188277;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 44595113 . G C 1060.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.68;QD=59.75;RBI=0.0427946;REFB=0;REVB=0.02846;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188932;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:34:33:0:0:35:36:0:0 chr1 44788398 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.17;QD=50.4132;RBI=0.0805066;REFB=0;REVB=-0.0732787;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255598;OID=.;OPOS=44788398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 45187478 . T C 56.94 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0685459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4343;QD=7.34763;RBI=0.0696127;REFB=-0.0376008;REVB=0.0121401;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286369;STB=0.699421;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0438052;OID=.;OPOS=45187478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:31:17:22:6:7:0.225806:2:4:7:10:2:5:10:12 chr1 45285631 . G A 235.72 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0584724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9856;QD=20.0614;RBI=0.066826;REFB=-0.000891955;REVB=0.0323526;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136145;STB=0.578249;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00430624;OID=.;OPOS=45285631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:24:21:23:0.489362:13:8:6:18:14:9:6:18 chr1 45285664 . G A 464.07 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116515;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.736;QD=56.2506;RBI=0.0173884;REFB=-0.0784897;REVB=0.0129073;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331169;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:22:11:0:0 chr1 45340477 . C A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0351293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2435;QD=7.27123;RBI=0.0920393;REFB=0.00710337;REVB=-0.0850716;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348376;STB=0.716524;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0256348;OID=.;OPOS=45340477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:16:9:6:3:16:9 chr1 45446819 . T A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00992451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.204;QD=23.8999;RBI=0.0100181;REFB=-0.0347886;REVB=-0.00136643;RO=23;SAF=8;SAR=19;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813857;STB=0.545088;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0307957;OID=.;OPOS=45446819;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:19:8:5:18:19:8:5:18 chr1 45475796 . A G 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0366418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.148;QD=18.8225;RBI=0.0483391;REFB=-0.034595;REVB=0.0315285;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0216406;OID=.;OPOS=45475796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:6:4:5:7:6:4 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1042.94 PASS AF=0,0.982609;AO=35,58;DP=106;FAO=0,113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=0,76;FSAR=0,37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0467969,-0.208609;FXX=0.00861995;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=170.318,15.9861;QD=36.2762;RBI=0.0468721,0.232758;REFB=0.0469039,-0.146089;REVB=-0.00265318,0.103241;RO=8;SAF=27,46;SAR=8,12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.220583,0.167597;STB=0.5,0.506492;STBP=1,0.406;TYPE=del,del;VARB=0,0.0272792;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.982609:35,58:106:0,113:115:2:0,76:0,37:2:0:10:8:27,46:8,12:2:6 chr1 45797505 . C G 364.44 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0215763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.241;QD=23.8979;RBI=0.0396131;REFB=-0.0288527;REVB=-0.0332214;RO=25;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863058;STB=0.547419;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0237943;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:20:16:14:11:20:16:14:11 chr1 45805566 . G C 712.53 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.222;QD=61.9591;RBI=0.0410679;REFB=0;REVB=0.0048413;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161238;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:41:46:1:32:9:0:0:34:12:0:0 chr1 45807734 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0374896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8086;QD=19.0003;RBI=0.0397753;REFB=-0.018377;REVB=-0.0132895;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527849;STB=0.53;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00890042;OID=.;OPOS=45807734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:8:9:10:7:8:9 chr1 45810091 . A G 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0231692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.976;QD=28.2834;RBI=0.0266971;REFB=-0.00316495;REVB=-0.0132636;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160048;STB=0.588157;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00148563;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:11:11:3:9:11:11:3:9 chr1 45810923 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0216601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.254;QD=21.6303;RBI=0.0404767;REFB=0.00225913;REVB=-0.0341936;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481689;STB=0.5267;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00215286;OID=.;OPOS=45810923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:12:18:13:11:12:18:13:11 chr1 45962137 . T C 234.57 PASS AF=0.5;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0271803;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.684;QD=18.0434;RBI=0.0383829;REFB=-0.0285616;REVB=0.0271012;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753369;STB=0.541369;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0322676;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:26:25:26:0.5:16:9:11:14:17:9:11:15 chr1 45973928 . G A 62.6 PASS AF=0.36;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0762689;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.04;QD=10.0165;RBI=0.0765906;REFB=-0.00437757;REVB=-0.00701274;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.529345;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00864238;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:25:25:15:16:8:9:0.36:6:2:6:9:6:3:6:10 chr1 46073489 . G A 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0673657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8382;QD=9.82052;RBI=0.0750305;REFB=-0.0035971;REVB=0.0330369;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223153;STB=0.513489;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0102145;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:10:13:6:5:10:13 chr1 46086077 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0215348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.368;QD=17.2298;RBI=0.0273656;REFB=0.0134801;REVB=-0.0168858;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0075634;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:1:5:5:3:1:5 chr1 46087577 . G A 390.1 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0134911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.636;QD=21.6724;RBI=0.0288085;REFB=-0.0192785;REVB=0.0254542;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955259;STB=0.565924;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0146485;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:33:39:39:0.541667:18:21:13:18:18:21:13:20 chr1 46094027 . A G 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0542084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6405;QD=12.6179;RBI=0.0616509;REFB=0.0165541;REVB=-0.0293646;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115418;STB=0.555965;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0326759;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:11:13:24:13:11:13:24:14 chr1 46095272 . T C 175.11 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0464909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0578;QD=20.0128;RBI=0.0465476;REFB=-0.0269569;REVB=0.00229511;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133395;STB=0.575083;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0232238;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:12:5:8:10:12:5 chr1 46159001 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0436965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1572;QD=19.8255;RBI=0.0483814;REFB=-0.0241105;REVB=0.0207695;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132525;STB=0.5741;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0158827;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:10:17:12:13:10:17:12:13 chr1 46195375 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00542952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.806;QD=17.7534;RBI=0.0207617;REFB=-0.0151432;REVB=0.0200391;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177543;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0131127;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:16:11:15:10:16:11 chr1 46379518 . A G 929.02 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.282;QD=55.4639;RBI=0.0252233;REFB=0.0358355;REVB=-0.00365218;RO=2;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314649;STB=0.516661;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00271537;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:29:36:0:2:29:36:0:2 chr1 46476587 . T G 575.17 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128832;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5792;QD=60.5446;RBI=0.0435004;REFB=0;REVB=0.0415489;RO=0;SAF=2;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174987;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:34:2:0:0:36:2:0:0 chr1 46493460 . T G 395.22 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0266913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6307;QD=13.9902;RBI=0.0422036;REFB=0.00906121;REVB=0.0326912;RO=67;SAF=32;SAR=14;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14815;STB=0.584003;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0175875;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:14:32:38:29:14:32:38:29 chr1 46496709 . A G 390.96 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.01317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.266;QD=16.6367;RBI=0.0205004;REFB=-0.0140575;REVB=-0.0157104;RO=53;SAF=21;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277158;STB=0.501557;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0193673;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:20:21:27:26:20:21:27:26 chr1 46498375 . A G 300.29 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0248037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.26;QD=24.5137;RBI=0.0599096;REFB=-0.0149926;REVB=-0.0545338;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124756;STB=0.580684;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0155991;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:10:17:10:11:10:17:10:12 chr1 46500744 . G C 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00742533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.646;QD=16.7551;RBI=0.00913666;REFB=-0.00554365;REVB=-0.0053238;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882001;STB=0.549958;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00655772;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:13:15:15:9:13:15 chr1 46521517 . G A 190.82 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0498699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9087;QD=18.1735;RBI=0.0508494;REFB=-0.00892577;REVB=0.00993259;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129545;STB=0.573387;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0171887;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:9:13:9:11:9:13 chr1 46521559 . A T 197.72 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.015852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.809;QD=18.8303;RBI=0.0208499;REFB=-0.0118544;REVB=-0.0135438;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197257;STB=0.62252;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00913038;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:8:12:8:13:8:12:8:14 chr1 46655158 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.435;QD=60.2041;RBI=0.0251096;REFB=0;REVB=0.0243697;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02859e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:25:48:0:0:25:48:0:0 chr1 46658910 . G A 96.0 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0415612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8229;QD=12.0001;RBI=0.0416051;REFB=-0.0218401;REVB=-0.00191139;RO=20;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492362;STB=0.794926;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0234503;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:2:10:8:12:2:10:8:12 chr1 46743900 . C T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0166098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.298;QD=15.0641;RBI=0.0278504;REFB=-0.0139567;REVB=0.0223553;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192231;STB=0.607996;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0161907;OID=.;OPOS=46743900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:16:11:20:13:16:11:21:14 chr1 46746164 . C T 224.87 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0264938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.543;QD=19.9881;RBI=0.0268564;REFB=-0.0181899;REVB=0.0043978;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404908;STB=0.534382;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0161992;OID=.;OPOS=46746164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:22:22:0.488889:12:10:11:11:12:10:12:11 chr1 46807711 . C T 139.79 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0306854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4647;QD=12.7079;RBI=0.0306854;REFB=0.010862;REVB=2.37987e-05;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138288;STB=0.581292;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0199792;OID=.;OPOS=46807711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:14:14:6:10:14:14 chr1 46808042 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0481729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.809;QD=9.56963;RBI=0.0488827;REFB=-0.0129516;REVB=0.00830035;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.023446;OID=.;OPOS=46808042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:5:10:6:2:5:10 chr1 46810530 . A G 208.56 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0340905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8577;QD=33.3701;RBI=0.03638;REFB=-0.00617971;REVB=-0.0127021;RO=6;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840344;STB=0.54617;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000454641;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:9:10:2:4:9:10:2:4 chr1 46827456 . A G 451.86 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00764293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.299;QD=19.8618;RBI=0.00770039;REFB=-0.0266595;REVB=-0.000938973;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010123;STB=0.505615;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0284938;OID=.;OPOS=46827456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:23:23:23:22:23:23 chr1 46828360 . C T 261.04 PASS AF=0.32;AO=31;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0104444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.126;QD=10.4414;RBI=0.0108001;REFB=-0.0027172;REVB=-0.00274906;RO=62;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185381;STB=0.612833;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00531998;OID=.;OPOS=46828360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:62:68:31:32:0.32:12:19:28:34:13:19:29:39 chr1 46871986 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2293;QD=60.6078;RBI=0.0516477;REFB=0;REVB=0.00981797;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951529;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr1 46978076 . C A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00437607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.007;QD=14.8342;RBI=0.0134923;REFB=-0.00463238;REVB=0.0127629;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213502;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00650153;OID=.;OPOS=46978076;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:9:21:15:7:9:21 chr1 47013180 . A G 295.9 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000362713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.185;QD=23.6717;RBI=0.0171914;REFB=-0.016086;REVB=-0.0171876;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957823;STB=0.553344;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0142048;OID=.;OPOS=47013180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:12:11:16:11:12:11 chr1 47013311 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0279924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.25;QD=23.088;RBI=0.042705;REFB=-0.0325426;REVB=0.0322513;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228676;OID=.;OPOS=47013311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:9:9:11:11:9:9 chr1 47013364 . T C 370.68 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000165061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.686;QD=54.9162;RBI=0.0221994;REFB=0;REVB=0.0221988;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191595;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:10:13:0:0:13:14:0:0 chr1 47059934 . T C 1163.51 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3976;QD=58.1756;RBI=0.0328278;REFB=-0.045677;REVB=0.0274569;RO=2;SAF=29;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647946;STB=0.503424;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00200484;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:49:29:1:1:49:29:1:1 chr1 47078637 . T C 1498.81 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440076;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.686;QD=59.9525;RBI=0.0488126;REFB=0;REVB=0.0211189;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113636;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:61:39:0:0:61:39:0:0 chr1 47080679 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1179;QD=54.5151;RBI=0.0146858;REFB=0;REVB=-0.00642492;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479573;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 47101015 . C A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0108304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.491;QD=14.3921;RBI=0.0142533;REFB=0.000272646;REVB=-0.00926604;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981691;STB=0.505573;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.000436998;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:19:17:25:29:19:17:25:29 chr1 47131319 . A T 413.02 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00783185;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.416;QD=17.2093;RBI=0.0199842;REFB=-0.00038395;REVB=-0.0183856;RO=53;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232639;STB=0.624342;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0007334;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:42:43:0.447917:17:25:19:34:17:26:20:33 chr1 47138819 . T G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0619883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4458;QD=9.20004;RBI=0.0636374;REFB=-0.01119;REVB=-0.0143935;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473679;STB=0.79904;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0321758;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:7:6:6:1:7:6 chr1 47279175 . C T 419.66 PASS AF=0.421488;AO=41;DP=115;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00918204;FXX=0.0396794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.32;QD=13.8731;RBI=0.0726871;REFB=-0.0193815;REVB=0.0721048;RO=64;SAF=30;SAR=11;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285083;STB=0.584193;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0222596;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:64:70:41:51:0.421488:11:30:31:33:21:30:31:39 chr1 47280746 . GAT G 200.79 PASS AF=0.5;AO=18;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00228772;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.88;QD=20.0792;RBI=0.0361927;REFB=-0.0209027;REVB=0.0361203;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673869;STB=0.574553;STBP=0.385;TYPE=del;VARB=0.0188549;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:40:20:40:20:9:11:12:8:99:21:9:9:12:9 chr1 47280859 . G A 683.2 PASS AF=0.527559;AO=65;DP=124;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00631556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.536;QD=21.518;RBI=0.0116103;REFB=-0.0254075;REVB=-0.00974229;RO=59;SAF=39;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110262;STB=0.555012;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0205653;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:59:60:65:67:0.527559:26:39:28:31:28:39:28:32 chr1 47280884 . C T 689.28 PASS AF=0.53125;AO=66;DP=126;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.000673371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.28;QD=21.54;RBI=0.0208435;REFB=-0.00385672;REVB=0.0208326;RO=60;SAF=42;SAR=24;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16553;STB=0.587627;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00689293;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:60:60:66:68:0.53125:24:42:27:33:25:43:27:33 chr1 47282772 . C T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0111541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.357;QD=8.99487;RBI=0.0137379;REFB=-0.00736054;REVB=-0.00801984;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140543;STB=0.585228;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0184218;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:18:11:6:6:18:11 chr1 47395973 . G A 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0322886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6545;QD=15.0645;RBI=0.0325784;REFB=-0.00565745;REVB=-0.00433581;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110481;STB=0.562455;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.011451;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:22:13:13:14:22:13 chr1 47398496 . A G 211.45 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=81;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0300906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8234;QD=10.3147;RBI=0.0301899;REFB=-0.017042;REVB=0.00244668;RO=55;SAF=16;SAR=10;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01871;STB=0.521057;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0263214;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:55:55:26:27:0.329268:10:16:33:22:10:17:33:22 chr1 47399967 . G A 108.6 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0655436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7862;QD=13.5745;RBI=0.0716683;REFB=-0.0159147;REVB=0.0289893;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600117;STB=0.507235;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0326658;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:7:5:9:10:7:6:9:10 chr1 47571902 . C T 332.63 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.001;QD=53.2206;RBI=0.01138;REFB=0;REVB=0.00510504;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011824;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr1 47571905 . C T 254.16 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0314509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6465;QD=44.2022;RBI=0.0349822;REFB=-0.0857095;REVB=-0.0153165;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767822;STB=0.541627;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00949303;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:2:0:10:11:2:0 chr1 47607281 . C T 375.87 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=7.88979e-05;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.35;QD=18.335;RBI=0.00701691;REFB=-0.0045489;REVB=-0.00701646;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407423;STB=0.522716;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00472548;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:21:18:18:25:21:18:18:25 chr1 47607785 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0111622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.855;QD=22.831;RBI=0.0284882;REFB=0.00406682;REVB=0.0262103;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142995;STB=0.580537;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00407159;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:4:6:6:9:4:6 chr1 47607851 . A T 340.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.767;QD=54.4898;RBI=0.0216624;REFB=0;REVB=0.0095427;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127856;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 47608983 . G T 109.38 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0335668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3666;QD=14.114;RBI=0.0341216;REFB=0.0257632;REVB=-0.00612779;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904412;STB=0.552988;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0372019;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:7:11:9:4:7:11 chr1 47609489 . T C 963.09 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.044;QD=58.3692;RBI=0.0540366;REFB=0;REVB=-0.033881;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331309;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:31:31:0:0:31:35:0:0 chr1 47610065 . A C 265.84 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00427432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2496;QD=15.871;RBI=0.0133279;REFB=-0.0120719;REVB=0.0126239;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1436;STB=0.581339;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0119089;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:16:21:21:9:16:21 chr1 47610293 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0434088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7815;QD=15.6255;RBI=0.0489509;REFB=0.00538321;REVB=-0.0226244;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158338;STB=0.590816;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0107296;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:10:17:9:10:10:17 chr1 47611598 . T C 813.32 PASS AF=0.621849;AO=73;DP=119;FAO=74;FDP=119;FR=.;FRO=45;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00632681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.724;QD=27.3386;RBI=0.00796653;REFB=-0.0286527;REVB=-0.00484119;RO=45;SAF=43;SAR=30;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405817;STB=0.519691;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0108315;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:45:45:73:74:0.621849:30:43:29:16:30:44:29:16 chr1 47614434 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0832964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.986;QD=10.5424;RBI=0.0832995;REFB=-0.0157148;REVB=0.000722318;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315377;STB=0.697225;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0387208;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:10:1:5:16:10:1:5:16 chr1 47653037 . C T 165.04 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0422127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1531;QD=14.0455;RBI=0.0740842;REFB=0.00637796;REVB=0.0608816;RO=29;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104275;STB=0.572241;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00647506;OID=.;OPOS=47653037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:4:13:20:9:4:14:20:9 chr1 47685455 . T C 310.08 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029137;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.977;QD=53.9269;RBI=0.0513946;REFB=0;REVB=-0.0423372;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459151;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 47717189 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00103955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.466;QD=9.47556;RBI=0.00104519;REFB=-0.00984133;REVB=0.00010842;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257359;STB=0.657393;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0157688;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:10:11:3:7:10:11 chr1 47767914 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0335571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.133;QD=15.7729;RBI=0.0394318;REFB=-0.000471865;REVB=0.0207072;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766816;STB=0.543364;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000350629;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:16:17:16:11:16:17 chr1 47799639 . G C 456.65 PASS AF=0.656716;AO=40;DP=63;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0199549;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2558;QD=27.2624;RBI=0.039417;REFB=-0.115449;REVB=-0.0339927;RO=23;SAF=25;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194992;STB=0.502636;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0469468;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:23:23:40:44:0.656716:15:25:15:8:15:29:15:8 chr1 47842431 . G A 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0419;QD=64.1424;RBI=0.0404919;REFB=0;REVB=-0.00684923;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041287;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 772.36 PASS AF=0.0163934,0,0.983607;AO=10,6,39;DP=59;FAO=1,0,60;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,25;FSAR=1,0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.137943,-0.21068,0.0960881;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=17.9357,6.2884,22.349;QD=50.6465;RBI=0.211642,0.216827,0.140447;REFB=0,0,0;REVB=-0.160512,-0.0512668,-0.102432;RO=1;SAF=6,5,12;SAR=4,1,27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0990155,0.281147,0.0170496;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0549192,0.0339311,0.0400871;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0163934,0,0.983607:10,6,39:59:1,0,60:61:0:0,0,25:1,0,35:0:0:7:1:6,5,12:4,1,27:0:1 chr1 47883024 . A G 343.07 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387464;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3853;QD=54.891;RBI=0.0451183;REFB=0;REVB=0.0231166;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768027;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:21:25:1:16:5:0:0:18:7:0:0 chr1 47906338 . G A 1640.84 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107433;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.224;QD=60.2143;RBI=0.0210277;REFB=0;REVB=0.0180761;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67297e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr1 48459907 . C T 117.12 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0714279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.548;QD=6.16399;RBI=0.0714355;REFB=-0.016879;REVB=0.00104123;RO=57;SAF=13;SAR=5;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150671;STB=0.588822;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0639641;OID=.;OPOS=48459907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:58:18:18:0.236842:5:13:35:22:5:13:36:22 chr1 48697733 . T G 1441.45 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.319;QD=61.998;RBI=0.0182628;REFB=-0.0801791;REVB=0.0121675;RO=1;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123103;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139077;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:93:1:0:91:93:1:38:53:0:1:39:54:0:0 chr1 48713394 . C T 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.141;QD=59.7968;RBI=0.0333751;REFB=0.0642256;REVB=0.0292566;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000362586;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr1 48764419 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=6.35909e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.591;QD=13.9183;RBI=0.00854728;REFB=-0.00399073;REVB=-0.00854704;RO=37;SAF=6;SAR=20;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214114;STB=0.512186;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00388917;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:20:6:8:29:20:6:8:29 chr1 48918749 . A G 484.41 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0612082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.506;QD=21.0613;RBI=0.0612131;REFB=0.00326253;REVB=-0.00077514;RO=43;SAF=15;SAR=31;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669594;STB=0.520073;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00244492;OID=.;OPOS=48918749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:43:45:46:47:0.51087:31:15:17:26:31:16:17:28 chr1 49113319 . T C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.000413703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.465;QD=21.0154;RBI=0.014655;REFB=-0.0147034;REVB=-0.0146491;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.612628;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0192037;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:4:9:7:9:4:9 chr1 49224584 . G T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.022;QD=58.587;RBI=0.037867;REFB=0;REVB=0.0292759;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181009;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr1 49511424 . A G 848.85 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2188;QD=57.549;RBI=0.0228032;REFB=0;REVB=-0.0185339;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14543e-05;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr1 49511474 . TAAA TAA,TAAAT 54.34 PASS AF=0.21875,0.125;AO=7,4;DP=32;FAO=7,4;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1,2;FSAR=6,2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.020617,-0.0126282;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=17.2508,247.409;QD=6.79271;RBI=0.122486,0.0547871;REFB=-0.00918421,0.00443794;REVB=-0.120739,-0.0533118;RO=19;SAF=1,2;SAR=6,2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0.319018,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.55839,-0.151867;STB=0.856123,0.599521;STBP=0.051,0.682;TYPE=del,ins;VARB=-0.0723104,0.0485754;OID=.,.;OPOS=49511475,49511478;OREF=A,-;OALT=-,T;OMAPALT=TAA,TAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875,0.125:7,4:32:7,4:32:21:1,2:6,2:13:8:32:19:1,2:6,2:12:7 chr1 50661411 . C T 615.65 PASS AF=0.888889;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0724636;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.521;QD=45.6039;RBI=0.0744621;REFB=-0.068096;REVB=0.017136;RO=6;SAF=11;SAR=36;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16024;STB=0.57951;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00196792;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:53:54:6:6:47:48:0.888889:36:11:5:1:36:12:5:1 chr1 50666515 . C T 1441.3 PASS AF=0.989796;AO=92;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0562689;FXX=0.0101;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.6095;QD=58.8286;RBI=0.0634682;REFB=-0.102075;REVB=0.0293603;RO=3;SAF=38;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155987;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0050079;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:98:3:1:92:97:0.989796:54:38:2:1:54:43:0:1 chr1 50884514 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.141197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1789;QD=11.0196;RBI=0.146018;REFB=0.00865816;REVB=0.0372083;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542893;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00432047;OID=.;OPOS=50884514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:6:2:5:1:6:2 chr1 51760160 . T G 42.46 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0127082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7443;QD=8.49284;RBI=0.0171355;REFB=-0.0371293;REVB=0.0114947;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275446;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0971933;OID=.;OPOS=51760160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:7:6:5:2:7:6 chr1 51873951 . G A 1215.05 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116933;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.2;QD=61.5215;RBI=0.0234547;REFB=0;REVB=0.0203319;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6807e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr1 52266242 . G A 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0451646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.098;QD=56.9472;RBI=0.0487522;REFB=-0.0951118;REVB=-0.0183557;RO=1;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148651;STB=0.507932;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00384914;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:31:5:0:1:31:5:0:1 chr1 52290984 . T G 1428.93 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3567;QD=62.8101;RBI=0.176414;REFB=0;REVB=0.0234462;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131015;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:42:47:0:0:42:49:0:0 chr1 52439128 . G GT 482.05 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00138604;FXX=0.0396;HRUN=0;LEN=1;MLLD=195.708;QD=19.8783;RBI=0.00361863;REFB=-0.0219337;REVB=0.00334266;RO=50;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139082;STB=0.566668;STBP=0.218;TYPE=ins;VARB=0.0295241;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505155:49:102:49:97:48:20:29:26:22:99:50:20:29:28:22 chr1 52498370 . C T 244.34 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0267419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4087;QD=17.4526;RBI=0.0268698;REFB=0.00853381;REVB=-0.00261882;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208128;STB=0.617195;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0130114;OID=.;OPOS=52498370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:13:16:9:18:13:16 chr1 52703169 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00921981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.126;QD=16.4078;RBI=0.00926394;REFB=-0.00757132;REVB=0.000903217;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348623;STB=0.519981;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0108427;OID=.;OPOS=52703169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:17:12:8:13:17:12 chr1 52704109 . T A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0136541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.131;QD=15.7844;RBI=0.0277659;REFB=-0.00826757;REVB=0.0241767;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205028;STB=0.618017;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00938473;OID=.;OPOS=52704109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:11:6:8:6:11:6 chr1 52821898 . G A 370.32 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0724822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8626;QD=36.1283;RBI=0.126174;REFB=0.047229;REVB=0.103277;RO=11;SAF=23;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363015;STB=0.519709;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0118306;OID=.;OPOS=52821898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:41:41:11:11:30:30:0.731707:7:23:9:2:7:23:9:2 chr1 52823546 . C G 83.91 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00168973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0676;QD=10.1706;RBI=0.0209484;REFB=-0.02209;REVB=-0.0208801;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202168;STB=0.621998;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0214329;OID=.;OPOS=52823546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:10:12:4:7:10:12 chr1 52839012 . C T 416.64 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.011604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8761;QD=19.6066;RBI=0.0250626;REFB=-0.00131583;REVB=-0.0222144;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310908;STB=0.517253;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0014828;OID=.;OPOS=52839012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:25:17:16:27:25:17:16:27 chr1 52882406 . A G 455.1 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0224488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.151;QD=18.0237;RBI=0.0264975;REFB=-0.00653669;REVB=0.0140773;RO=53;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145921;STB=0.513854;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00676708;OID=.;OPOS=52882406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:47:48:0.475248:25:22:24:29:25:23:24:29 chr1 52940771 . C T 281.9 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0263901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1979;QD=14.6441;RBI=0.0310744;REFB=0.0100403;REVB=-0.0164067;RO=44;SAF=25;SAR=7;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261827;STB=0.645382;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0138581;OID=.;OPOS=52940771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:7:25:25:19:7:25:26:19 chr1 53072454 . T C 772.31 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00111042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.325;QD=61.7845;RBI=0.0111189;REFB=0.0618242;REVB=-0.0110633;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000121453;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:0:1:30:19:0:1 chr1 53122468 . A G 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00143864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.702;QD=6.44006;RBI=0.00827919;REFB=-0.00352905;REVB=-0.00815324;RO=43;SAF=12;SAR=2;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434811;STB=0.78525;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0104821;OID=.;OPOS=53122468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:43:44:14:14:0.241379:2:12:24:19:2:12:24:20 chr1 53250650 . G A 247.76 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00708751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8046;QD=16.2466;RBI=0.0601233;REFB=0.00326564;REVB=0.0597041;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12803;STB=0.571888;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00235534;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:11:22:15:13:11:22 chr1 53320274 . G T 333.58 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0663075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.484;QD=21.8742;RBI=0.0672559;REFB=-0.0187182;REVB=-0.0112549;RO=26;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584593;STB=0.509549;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.013175;OID=.;OPOS=53320274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:12:22:17:9:12:22:18:9 chr1 53380922 . T G 96.14 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0128454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.74;QD=12.0172;RBI=0.0257855;REFB=-0.00533951;REVB=0.0223582;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18246;STB=0.608509;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0100292;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:10:10:8:4:10:10 chr1 53519270 . C T 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0233699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1677;QD=10.6445;RBI=0.0408328;REFB=0.0100885;REVB=-0.0334837;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230076;STB=0.633771;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0189322;OID=.;OPOS=53519270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:13:25:9:11:13:25 chr1 53532535 . G C 306.88 PASS AF=0.411765;AO=32;DP=82;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0189602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.575;QD=14.4413;RBI=0.0466762;REFB=0.00518675;REVB=0.0426518;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329746;STB=0.52015;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00827255;OID=.;OPOS=53532535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:48:50:32:35:0.411765:15:17:24:24:18:17:26:24 chr1 53535478 . G A 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00664051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2427;QD=13.7517;RBI=0.0518096;REFB=0.00166291;REVB=0.0513823;RO=22;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295199;STB=0.668307;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00184161;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:15:15:0.394737:2:13:15:7:2:13:16:7 chr1 53537266 . G A 794.86 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0451301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9607;QD=54.818;RBI=0.0634402;REFB=-0.0971307;REVB=0.0445862;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229889;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00345618;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:20:36:0:1:21:36:0:1 chr1 53544289 . C T 61.11 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0172346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.91;QD=17.459;RBI=0.0460321;REFB=-0.0227271;REVB=-0.042684;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0108829;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:14:14:4:6:8:8:0.571429:2:6:3:1:2:6:3:3 chr1 53544439 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=19;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00500508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.2;QD=17.6173;RBI=0.00558771;REFB=-0.0465934;REVB=-0.00248428;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253546;STB=0.634035;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0464818;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:27:19:24:0.470588:9:10:6:17:9:15:10:17 chr1 53544513 . C T 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0528211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9486;QD=20.5999;RBI=0.0759689;REFB=-0.0121872;REVB=0.0546004;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119074;STB=0.566864;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0133822;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:6:13:11:9:6:13 chr1 53544597 . T C 239.58 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0583473;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.313;QD=18.0816;RBI=0.0583474;REFB=-0.0194029;REVB=-0.000130552;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240382;STB=0.513503;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0306676;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:17:9:10:17:17:9:10:17 chr1 53553702 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.035;QD=57.1052;RBI=0.0106768;REFB=0;REVB=-0.00735659;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72165e-06;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr1 53553754 . T C 313.1 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00528664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.163;QD=19.8791;RBI=0.0277295;REFB=-0.0218596;REVB=0.0272208;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547552;STB=0.536492;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.026262;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:18:14:15:15:19:14:15:15 chr1 53558270 . A G 919.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7111;QD=58.3998;RBI=0.123093;REFB=0;REVB=0.105123;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411702;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr1 53558366 . T C 271.92 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0348943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.557;QD=19.4225;RBI=0.0378946;REFB=-0.0138786;REVB=-0.014778;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.550985;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0129831;OID=.;OPOS=53558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:18:10:13:14:18:11:13:14 chr1 53600078 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00279752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.811;QD=11.2959;RBI=0.0224635;REFB=0.00365622;REVB=-0.0222886;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144127;STB=0.593118;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0077685;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:10:8:19:14:10:8:20:14 chr1 53676448 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00364383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.852;QD=14.6539;RBI=0.0195971;REFB=-0.0135189;REVB=-0.0192553;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0119443;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:6:2:3:5:6:2 chr1 53684524 . GC G,GG 286.13 PASS AF=0.272727,0.727273;AO=9,11;DP=20;FAO=6,16;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111941,0.00729199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.222,222.911;QD=52.0233;RBI=0.0805691,0.0787019;REFB=0,0;REVB=0.0797877,0.0783634;RO=0;SAF=3,7;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00493391,0.0051905;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.727273:9,11:20:6,16:22:0:3,7:3,9:0:0:18:0:3,7:6,4:0:0 chr1 53716416 . G A 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0179667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.32;QD=12.1823;RBI=0.0310851;REFB=-0.0174137;REVB=0.025367;RO=50;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176353;STB=0.601996;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0272467;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:9:20:27:23:9:20:27:23 chr1 53732315 . G T 387.81 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00932912;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.647;QD=21.2499;RBI=0.0237827;REFB=-0.0127922;REVB=0.0218766;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597978;STB=0.519653;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0104912;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:34:38:39:0.534247:20:18:19:16:20:19:18:16 chr1 53792651 . A C 406.88 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0224425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.556;QD=20.0926;RBI=0.0249351;REFB=-0.0172533;REVB=-0.0108671;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770139;STB=0.542699;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00896368;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:22:18:22:19:22:18 chr1 53995515 . G A 473.96 PASS AF=0.577465;AO=37;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0248953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5293;QD=26.7021;RBI=0.162959;REFB=0.0269533;REVB=0.161046;RO=13;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882973;STB=0.509859;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00485151;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:13:25:37:41:0.577465:21:16:8:5:24:17:11:14 chr1 54354658 . T G 223.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1271;QD=49.5758;RBI=0.0787099;REFB=0;REVB=0.0405911;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101785;OID=.;OPOS=54354658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:12:6:0:0 chr1 54605319 . G GC 243.68 PASS AF=0.958333;AO=17;DP=26;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00884972;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.388;QD=40.613;RBI=0.135202;REFB=-0.0322796;REVB=-0.134912;RO=9;SAF=15;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526039;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=ins;VARB=0.00199179;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:17:26:23:24:1:14:9:1:0:4:9:15:2:2:7 chr1 54606804 . C T 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.126;QD=55.6498;RBI=0.0561239;REFB=0;REVB=0.0543061;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336743;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 54607051 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.258;QD=55.098;RBI=0.0153563;REFB=0;REVB=-0.00224129;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90395e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 54637167 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.209;QD=57.6805;RBI=0.0659082;REFB=0;REVB=-0.00211587;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487337;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 54637417 . G A 937.39 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.057;QD=58.5866;RBI=0.0785512;REFB=0;REVB=0.0386495;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2013e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr1 54637697 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.417;QD=64.1532;RBI=0.0343432;REFB=0;REVB=0.0245142;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010893;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 54637915 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.118;QD=43.4854;RBI=0.0508819;REFB=0;REVB=0.0277169;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048471;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr1 54683856 . C G 1285.87 PASS AF=0.966667;AO=84;DP=87;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0541058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0092;QD=57.1497;RBI=0.0670371;REFB=-0.0656938;REVB=0.0395795;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919817;STB=0.508659;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0146718;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:90:1:3:84:87:0.966667:33:51:1:0:36:51:1:2 chr1 54686374 . T C 728.51 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5797;QD=62.001;RBI=0.0398212;REFB=0;REVB=-0.0351906;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14931e-05;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:26:20:1:0:26:21:0:0 chr1 54686413 . C G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0198779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.569;QD=17.588;RBI=0.0282031;REFB=-0.0128727;REVB=0.0200072;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321393;STB=0.680703;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0170055;OID=.;OPOS=54686413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:6:22:10:12:6:22 chr1 54686455 . A G 192.93 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=52;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0142898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.899;QD=14.2912;RBI=0.0159614;REFB=-0.0141712;REVB=0.00711112;RO=31;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221624;STB=0.642721;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0147208;OID=.;OPOS=54686455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:31:31:21:23:0.425926:16:5:13:18:18:5:13:18 chr1 54686464 . C T 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00659909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6039;QD=13.7477;RBI=0.0103493;REFB=-0.0324005;REVB=-0.00797249;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164564;STB=0.609597;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0230184;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:17:5:11:20:17:5:12:20 chr1 54690954 . T C 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.112605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8938;QD=14.7965;RBI=0.120416;REFB=-0.0128396;REVB=-0.0426625;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336685;STB=0.709789;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.010751;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:12:13:11:11:0.458333:4:7:3:9:4:7:3:10 chr1 54703768 . G A 846.07 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.00561694;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.876;QD=19.2289;RBI=0.00563872;REFB=-0.0202263;REVB=0.000495137;RO=91;SAF=44;SAR=42;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262017;STB=0.511625;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0229016;OID=.;OPOS=54703768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:91:90:86:86:0.488636:42:44:44:47:42:44:44:46 chr1 54704567 . A G 71.04 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8099;QD=35.5207;RBI=0.0287934;REFB=0;REVB=0.0258999;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153956;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr1 54704629 . C T 357.5 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00784267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.086;QD=49.3107;RBI=0.0360318;REFB=-0.231855;REVB=-0.0351679;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526297;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00252022;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:0:2:27:27:0.931034:18:9:0:0:18:9:0:2 chr1 55060251 . C T 1381.45 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.642;QD=61.3979;RBI=0.0525886;REFB=-0.0944957;REVB=0.0498798;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0022343;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:39:50:0:0:39:50:1:0 chr1 55064980 . G A 1694.42 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191772;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.937;QD=58.9365;RBI=0.0742288;REFB=-0.0912338;REVB=0.0717088;RO=0;SAF=81;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679641;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:115:0:0:112:115:1:31:81:0:0:32:83:0:0 chr1 55075062 . C T 439.2 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00825767;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.34;QD=54.8999;RBI=0.0156223;REFB=-0.156213;REVB=0.0132615;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00383619;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:32:1:1:30:31:0.96875:10:20:0:1:11:20:0:1 chr1 55075122 . C G 737.22 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0302328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7366;QD=58.9776;RBI=0.0384651;REFB=0.108211;REVB=-0.0237811;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348091;STB=0.518511;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0409536;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:26:21:0:2:26:22:0:2 chr1 55118566 . C G 773.69 PASS AF=1;AO=41;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.239;QD=57.31;RBI=0.0574577;REFB=0;REVB=0.0351138;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217642;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:41:54:1:19:22:0:0:23:31:0:0 chr1 55119515 . T G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.542;QD=59.3224;RBI=0.0493283;REFB=0;REVB=0.0399878;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161051;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr1 55119545 . GA G,GG 937.96 PASS AF=0.2,0.8;AO=13,49;DP=62;FAO=13,52;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=12,20;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487615,0.0544071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.794,245.872;QD=57.7203;RBI=0.0632525,0.0683575;REFB=0,0;REVB=0.040289,0.0413838;RO=0;SAF=10,18;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.58521e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.028946,0.00522287;OID=.,.;OPOS=55119546,55119546;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:13,49:62:13,52:65:0:12,20:1,32:0:0:51:0:10,18:3,31:0:0 chr1 55136529 . T C 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024127;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.106;QD=62.3128;RBI=0.0845389;REFB=0;REVB=0.0810229;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443221;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:55:31:0:0:55:31:0:0 chr1 55139741 . A G 989.86 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00076163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.287;QD=59.0958;RBI=0.0187973;REFB=0;REVB=0.0187819;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54562e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr1 55144466 . A G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0594026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5457;QD=13.2116;RBI=0.063067;REFB=0.00987807;REVB=-0.0211846;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473803;STB=0.527738;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0188224;OID=.;OPOS=55144466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:12:10:7:7:12:10 chr1 55167773 . T A 1528.63 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440963;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5933;QD=59.9463;RBI=0.0791739;REFB=0;REVB=0.079051;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303969;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:100:102:1:54:46:0:0:56:46:0:0 chr1 55181650 . C T 316.77 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0271282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.709;QD=20.4364;RBI=0.0585668;REFB=-0.0222415;REVB=-0.051905;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819199;STB=0.545427;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0197349;OID=.;OPOS=55181650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:15:18:13:16:15:18:13:16 chr1 55182300 . T A 806.57 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9156;QD=56.6015;RBI=0.0194572;REFB=0;REVB=-0.0181211;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023621;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr1 55224232 . G A 115.98 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0185256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.001;QD=5.94742;RBI=0.0299591;REFB=-0.00758522;REVB=0.0235446;RO=59;SAF=12;SAR=6;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240118;STB=0.643317;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0261965;OID=.;OPOS=55224232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:60:18:18:0.230769:6:12:28:31:6:12:29:31 chr1 55251689 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.284;QD=55.8046;RBI=0.0397998;REFB=0.0215016;REVB=0.0299882;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.509801;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000190494;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:25:34:0:1:25:34:0:1 chr1 55266600 . C T 309.21 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00501341;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.232;QD=27.4853;RBI=0.0331329;REFB=-0.015658;REVB=0.0327514;RO=18;SAF=22;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335322;STB=0.687344;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00394999;OID=.;OPOS=55266600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:18:27:27:0.6:5:22:8:10:5:22:8:10 chr1 55271845 . C T 595.04 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=161;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=26;FWDB=0.0221801;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4828;QD=14.876;RBI=0.0295258;REFB=-0.00112277;REVB=-0.0194889;RO=88;SAF=42;SAR=25;SRF=63;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998553;STB=0.559876;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0025841;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:88:93:67:67:0.41875:25:42:63:25:25:42:67:26 chr1 55277514 . C T 351.16 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0284598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3889;QD=23.4104;RBI=0.0290853;REFB=-0.015409;REVB=-0.0059998;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130911;STB=0.507201;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00679165;OID=.;OPOS=55277514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:14:11:16:19:14:11 chr1 55277599 . T C 803.62 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0481306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8105;QD=55.4221;RBI=0.157182;REFB=-0.0697134;REVB=-0.149631;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000998638;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:23:34:0:0:23:34:1:0 chr1 55280690 . G A 119.34 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00254288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.122;QD=12.9015;RBI=0.00996833;REFB=-0.017645;REVB=0.00963854;RO=18;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301885;STB=0.655506;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0383969;OID=.;OPOS=55280690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:23:12:14:0.378378:2:10:11:7:4:10:11:12 chr1 55307332 . G T 286.98 PASS AF=0.26087;AO=21;DP=90;FAO=24;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0862782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.2022;QD=12.4773;RBI=0.0898572;REFB=0.00412099;REVB=0.0251076;RO=47;SAF=3;SAR=18;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573529;STB=0.76449;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0299207;OID=.;OPOS=55307332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:47:51:21:24:0.26087:18:3:29:18:18:6:33:18 chr1 55307501 . A G 136.51 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0232835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7611;QD=18.2013;RBI=0.0502208;REFB=0.00759021;REVB=-0.0444972;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0109511;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:8:7:9:6:8:7 chr1 55446697 . G A 320.92 PASS AF=0.7;AO=27;DP=39;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00889991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.672;QD=32.0918;RBI=0.0413228;REFB=-0.0567969;REVB=0.040353;RO=12;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571989;STB=0.524982;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0259569;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:40:12:12:27:28:0.7:14:13:7:5:14:14:7:5 chr1 55457710 . G A 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00322168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.793;QD=21.0496;RBI=0.00665291;REFB=-0.0111667;REVB=-0.00582082;RO=31;SAF=6;SAR=30;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231357;STB=0.629548;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00933371;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:30:6:11:20:30:6:11:20 chr1 55464986 . G A 249.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0636806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4017;QD=20.3794;RBI=0.0928348;REFB=0.00122895;REVB=0.0675506;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625897;STB=0.55156;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00100362;OID=.;OPOS=55464986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:25:24:24:0.489796:10:14:15:8:10:14:17:8 chr1 55523033 . A G 1936.09 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.238;QD=60.9792;RBI=0.0546908;REFB=-0.0176836;REVB=-0.05101;RO=1;SAF=69;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068371;STB=0.503597;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000525276;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:57:69:1:0:57:69:1:0 chr1 55524197 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.852;QD=56.9563;RBI=0.0141019;REFB=0;REVB=-0.00429859;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6164e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 55524237 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.774;QD=59.3225;RBI=0.0378019;REFB=0;REVB=0.037594;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118898;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr1 55529187 . G A 1520.85 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0447683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.853;QD=61.4484;RBI=0.0464108;REFB=-0.113504;REVB=0.0122378;RO=1;SAF=43;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109017;STB=0.511361;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000880251;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:54:43:1:0:54:43:2:0 chr1 55541174 . A G 561.13 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977534;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.954;QD=60.663;RBI=0.0362349;REFB=0;REVB=0.0348914;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041874;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 55545230 . C G 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0285444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.201;QD=17.4085;RBI=0.0299368;REFB=-0.0263798;REVB=-0.00902381;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128304;STB=0.575574;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.03462;OID=.;OPOS=55545230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:16:24:34:13:16:24:35:13 chr1 55591113 . T C 228.93 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00390471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.713;QD=16.0656;RBI=0.0185784;REFB=-0.0159009;REVB=-0.0181634;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961627;STB=0.505431;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0334066;OID=.;OPOS=55591113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:14:12:14:17:14:12:14:17 chr1 55638075 . G A 1401.53 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309947;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.201;QD=62.9899;RBI=0.0313487;REFB=0;REVB=0.00469786;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68367e-05;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:40:48:0:0:40:49:0:0 chr1 55842312 . G C 131.62 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0091248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.947;QD=9.0771;RBI=0.0150063;REFB=-0.00546667;REVB=0.0119133;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579505;STB=0.534445;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0120457;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:9:9:18:22:9:9:18:22 chr1 55864258 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9557;QD=57.3853;RBI=0.0207294;REFB=0;REVB=-0.0199156;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154767;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr1 57158051 . G A 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0028683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.306;QD=18.4128;RBI=0.0225612;REFB=-0.000374314;REVB=0.0223781;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148753;STB=0.582982;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000639948;OID=.;OPOS=57158051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:14:20:14:19:14:20 chr1 57158150 . C T 304.06 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00828554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2297;QD=14.8319;RBI=0.0465315;REFB=-0.0191621;REVB=-0.0457879;RO=48;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27927;STB=0.658027;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0269752;OID=.;OPOS=57158150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:12:22:18:30:12:22:18:30 chr1 57180867 . A G 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0318434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.495;QD=27.2773;RBI=0.031927;REFB=-0.033649;REVB=0.00230888;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192606;STB=0.510631;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.022453;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:10:9:14:14:10:9 chr1 57254697 . G A 858.25 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00814488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1386;QD=23.0402;RBI=0.0603504;REFB=-0.0293897;REVB=0.0597982;RO=69;SAF=44;SAR=36;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240803;STB=0.513181;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0315357;OID=.;OPOS=57254697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:69:69:80:80:0.536913:36:44:36:33:36:44:36:33 chr1 57340727 . C A 444.74 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0345965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.82;QD=20.4478;RBI=0.034841;REFB=-0.00928097;REVB=0.00412075;RO=43;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143287;STB=0.507933;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0114006;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:28:16:15:28:28:16:15:28 chr1 57383358 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.042131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.081;QD=20.7546;RBI=0.0432594;REFB=-0.0483571;REVB=-0.00981634;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262026;STB=0.514832;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0389065;OID=.;OPOS=57383358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:6:6:8:7:6:6 chr1 57422484 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.479;QD=54.7458;RBI=0.0117864;REFB=-0.0594562;REVB=0.00396292;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000369445;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr1 58939634 . G A 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.9;QD=59.8332;RBI=0.0273488;REFB=0;REVB=0.00549753;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10041e-05;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr1 59127086 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00222901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.035;QD=16.884;RBI=0.0218231;REFB=-0.0122536;REVB=0.021709;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458804;STB=0.526281;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0119083;OID=.;OPOS=59127086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:11:6:6:9:11:6 chr1 59142713 . T C 403.35 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00196289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.968;QD=16.806;RBI=0.0133549;REFB=0.00343925;REVB=0.0132098;RO=54;SAF=14;SAR=28;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19297;STB=0.608642;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00247345;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:28:14:28:26:28:14:28:26 chr1 59147926 . T C 263.91 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0164828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.703;QD=15.299;RBI=0.0746728;REFB=-0.011036;REVB=0.0728309;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135881;STB=0.584848;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.012193;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:11:19:19:19:11:19:19:20 chr1 59160885 . A G 337.86 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.017386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1538;QD=22.9059;RBI=0.0376428;REFB=-0.0236087;REVB=0.0333873;RO=24;SAF=6;SAR=28;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039921;STB=0.543662;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0269867;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:28:6:5:19:28:6:6:19 chr1 59248813 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.442;QD=40.7627;RBI=0.0579353;REFB=0;REVB=0.0352344;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023995;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 59249031 . T G 2193.1 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.376;QD=63.1109;RBI=0.0494577;REFB=0;REVB=0.0363303;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32839e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:139:0:0:134:139:1:58:76:0:0:61:78:0:0 chr1 59249347 . G C 3801.01 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.508;QD=63.6152;RBI=0.0270342;REFB=0;REVB=-0.00234864;RO=0;SAF=134;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93851e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:239:0:0:239:239:1:105:134:0:0:105:134:0:0 chr1 59364918 . G A 241.46 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0222334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0601;QD=16.9444;RBI=0.0387537;REFB=-0.043933;REVB=0.0317415;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207031;STB=0.617552;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0300028;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:21:6:12:18:21:6:12:18 chr1 60466814 . T C 922.33 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.039907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8598;QD=56.7587;RBI=0.039907;REFB=-0.155241;REVB=1.61333e-05;RO=1;SAF=7;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836024;STB=0.504346;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00269258;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:56:7:0:1:57:7:0:1 chr1 61798200 . G T 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00814452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.952;QD=2.60638;RBI=0.0125782;REFB=-0.00224291;REVB=0.0095853;RO=65;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741162;STB=0.553082;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.015626;OID=.;OPOS=61798200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:7:3:23:42:7:3:23:42 chr1 61869783 . G A 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9235;QD=57.1004;RBI=0.0267076;REFB=0;REVB=0.00658611;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224629;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 62232031 . C T 1610.84 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02782;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.23;QD=60.2181;RBI=0.031323;REFB=0;REVB=0.0143936;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66905e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:61:46:0:0:61:46:0:0 chr1 62261168 . A G 1539.02 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0548385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1538;QD=62.1827;RBI=0.0548659;REFB=-0.0417774;REVB=-0.00173413;RO=1;SAF=27;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672804;STB=0.503496;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000504948;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:70:27:0:1:71:27:0:1 chr1 62318192 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.944;QD=51.1827;RBI=0.073398;REFB=0;REVB=-0.00666543;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729351;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 62330080 . T G 685.96 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0251927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.442;QD=58.3797;RBI=0.0335498;REFB=-0.116739;REVB=0.0221567;RO=2;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00449187;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00187336;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:25:20:1:1:25:20:1:1 chr1 62380270 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0112132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.224;QD=7.32267;RBI=0.0240004;REFB=-0.0104902;REVB=-0.0212198;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34828;STB=0.728298;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.012642;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:6:8:5:1:6:8 chr1 62456014 . G A 296.4 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.107;QD=49.4;RBI=0.0459323;REFB=-0.154662;REVB=0.0227056;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00325529;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:13:10:0:0:13:10:0:1 chr1 62516683 . G C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0100859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.67;QD=14.6857;RBI=0.0144617;REFB=-0.0115961;REVB=0.0103642;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522198;STB=0.529598;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.014387;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:15:16:20:23:15:16:20:23 chr1 62538252 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0236207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.483;QD=16.034;RBI=0.0271512;REFB=-0.0104386;REVB=0.0133885;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220443;STB=0.512646;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0141364;OID=.;OPOS=62538252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:12:16:11:9:12:16 chr1 62538372 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0218484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.597;QD=9.10954;RBI=0.0218569;REFB=-0.0206922;REVB=-0.000608798;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135949;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.031807;OID=.;OPOS=62538372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:10:6:4:4:10:6 chr1 62579823 . G A 291.93 PASS AF=0.434211;AO=31;DP=72;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0502801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8502;QD=15.3648;RBI=0.060903;REFB=-0.0334056;REVB=0.034367;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128141;STB=0.536701;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0528178;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:41:43:31:33:0.434211:12:19:20:21:14:19:22:21 chr1 62579907 . C T 199.67 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0300684;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.792;QD=13.0932;RBI=0.0300684;REFB=-0.0167142;REVB=-6.67413e-05;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209876;STB=0.629104;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0156711;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:23:24:0.393443:15:8:20:17:16:8:20:17 chr1 62594593 . C T 337.98 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0403764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2741;QD=28.7641;RBI=0.0456838;REFB=0.00237874;REVB=-0.021372;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891404;STB=0.549015;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00157109;OID=.;OPOS=62594593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:15:14:11:7:15:14:11:7 chr1 62603421 . C T 540.33 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.0206082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.356;QD=16.6255;RBI=0.0270759;REFB=-0.0040712;REVB=-0.0175616;RO=72;SAF=23;SAR=35;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518477;STB=0.528874;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00453933;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:35:23:25:47:35:23:25:47 chr1 62603544 . C T 374.22 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0439004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5999;QD=18.0346;RBI=0.0439005;REFB=0.00813205;REVB=0.000102722;RO=44;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605292;STB=0.533881;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00851348;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:27:12:16:28:27:12:16:28 chr1 62644118 . A G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00224835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.093;QD=13.458;RBI=0.0100357;REFB=-0.00768747;REVB=0.0097806;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533805;STB=0.53121;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00510705;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:11:15:10:6:11:15 chr1 62672546 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010489;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=353.244;QD=45.8066;RBI=0.0114066;REFB=0;REVB=0.00448246;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8491e-06;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 62673037 . T C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00426267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.636;QD=12.0147;RBI=0.0111572;REFB=-0.00744829;REVB=-0.0103108;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109787;STB=0.563845;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.026116;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:17:17:12:8:17:17 chr1 62673225 . G A 154.12 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0645774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.41;QD=14.3365;RBI=0.0693682;REFB=-0.00525565;REVB=-0.0253319;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132375;STB=0.576832;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0052367;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:14:12:10:7:14:12 chr1 62675619 . C T 689.75 PASS AF=0.5;AO=70;DP=143;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.00792382;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6983;QD=19.1598;RBI=0.0105629;REFB=-0.032532;REVB=-0.00698482;RO=70;SAF=30;SAR=40;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399602;STB=0.521577;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0358988;OID=.;OPOS=62675619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:70:72:70:72:0.5:40:30:27:43:42:30:27:45 chr1 62676091 . C A 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0205251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.781;QD=13.4408;RBI=0.0596484;REFB=-0.0247507;REVB=0.0560058;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036821;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0359867;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:7:6:5:5:7:6 chr1 62676612 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0673322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.737;QD=7.76206;RBI=0.0917343;REFB=0.0100462;REVB=0.0623021;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439476;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0210006;OID=.;OPOS=62676612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:7:6:5:1:7:6 chr1 62713224 . C G 2257.29 PASS AF=0.987097;AO=151;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00609568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.451;QD=58.2527;RBI=0.0178103;REFB=-0.0438714;REVB=0.0167347;RO=4;SAF=84;SAR=67;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279605;STB=0.505882;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000815458;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:155:4:2:151:153:0.987097:67:84:2:2:69:84:2:0 chr1 62728784 . A G 235.64 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.033112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2383;QD=11.0891;RBI=0.0564049;REFB=-0.0175053;REVB=-0.0456631;RO=56;SAF=21;SAR=8;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108243;STB=0.563173;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0310261;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:8:21:36:20:8:21:36:20 chr1 62728838 . T C 455.02 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0167702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1262;QD=16.5463;RBI=0.0168944;REFB=-0.0153233;REVB=-0.0020442;RO=59;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576031;STB=0.536349;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0190013;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:60:50:50:0.454545:25:25:33:26:25:25:34:26 chr1 62728861 . T C 417.41 PASS AF=0.428571;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0183065;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9189;QD=14.9076;RBI=0.0383163;REFB=-0.0171746;REVB=-0.0336602;RO=61;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306012;STB=0.508925;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0194207;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:61:64:47:48:0.428571:23:24:33:28:24:24:33:31 chr1 62728918 . G A 365.1 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.000305961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.054;QD=16.0485;RBI=0.0359339;REFB=-0.0143928;REVB=0.0359326;RO=51;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340198;STB=0.523454;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.015463;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:52:39:39:0.428571:24:15:18:33:24:15:18:34 chr1 62732421 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0241303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.094;QD=7.32289;RBI=0.0346549;REFB=-0.0150812;REVB=-0.0248735;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.571184;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0275698;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:8:6:2:4:8:6 chr1 62738904 . T C 405.72 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0185506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.246;QD=17.2647;RBI=0.022949;REFB=-0.030452;REVB=0.0135104;RO=51;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179564;STB=0.505105;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0275041;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:23:19:24:27:23:19:24:28 chr1 62740446 . T C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00871228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.819;QD=9.58971;RBI=0.0239704;REFB=-0.00138979;REVB=-0.0223311;RO=30;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302151;STB=0.685176;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00378246;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:3:10:16:14:3:10:16:14 chr1 62740449 . T C 102.99 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00837317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4485;QD=9.58014;RBI=0.0117481;REFB=-0.0171646;REVB=-0.00824057;RO=30;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302151;STB=0.685176;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0235743;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:3:10:16:14:3:10:16:14 chr1 63881552 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00254148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.199;QD=15.7844;RBI=0.00925714;REFB=-0.0149498;REVB=0.00890143;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205028;STB=0.618017;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0119303;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:11:6:8:6:11:6 chr1 63991267 . T C 278.91 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00820425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7359;QD=16.4062;RBI=0.0336758;REFB=-0.0131065;REVB=-0.0326611;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133124;STB=0.570138;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0234071;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:30:31:0.455882:11:19:18:18:12:19:18:19 chr1 64015217 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0126127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1204;QD=16.9413;RBI=0.0169552;REFB=-0.00749277;REVB=0.0113313;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00903042;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:14:10:8:11:14:10 chr1 64097432 . C T 223.14 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.030682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.217;QD=16.5286;RBI=0.0331826;REFB=-0.00680107;REVB=-0.0126373;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133372;STB=0.575162;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00950798;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:18:11:13:12:18:11 chr1 64515379 . C T 510.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6874;QD=58.2864;RBI=0.114761;REFB=0;REVB=0.099889;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267927;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr1 64608329 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.983;QD=53.2771;RBI=0.0519779;REFB=0;REVB=0.014108;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246799;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 65016349 . A T 579.28 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679036;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6027;QD=60.9771;RBI=0.0841552;REFB=0;REVB=0.0497111;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152559;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 65113568 . T C 2011.43 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00414093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0524;QD=61.4176;RBI=0.0318197;REFB=-0.119964;REVB=0.0315491;RO=0;SAF=53;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15489e-08;STB=0.504672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000468027;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:77:53:0:0:77:53:1:0 chr1 65158724 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.965;QD=60.3767;RBI=0.017969;REFB=0;REVB=0.0117329;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32105e-06;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr1 65311262 . G A 1274.14 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308391;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.713;QD=62.1529;RBI=0.0380309;REFB=0;REVB=0.0222553;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251255;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr1 65591719 . GC G 249.59 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0911237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.7595;QD=43.4077;RBI=0.222962;REFB=0;REVB=-0.203491;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0152861;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:23:23:0:15:8:0:0:5:0:13:7:0:0 chr1 65690461 . G A 345.41 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00227157;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.729;QD=16.4481;RBI=0.0127806;REFB=-0.014026;REVB=0.0125771;RO=47;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930775;STB=0.552316;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.017891;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:47:37:37:0.440476:17:20:21:26:17:20:21:26 chr1 65858151 . C T 940.77 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.20848e-05;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.912;QD=58.7983;RBI=0.00411631;REFB=0;REVB=0.00411584;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14883e-05;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr1 65860660 . T C 1491.39 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1243;QD=63.4635;RBI=0.0268318;REFB=0;REVB=-0.00456174;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130803;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:35:59:0:0:35:59:0:0 chr1 65860687 . A C 1232.46 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0188086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5636;QD=56.6646;RBI=0.0313961;REFB=-0.0236037;REVB=-0.0251387;RO=4;SAF=50;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363921;STB=0.519226;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00971592;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:4:4:83:83:0.954023:33:50:4:0:33:50:4:0 chr1 65867519 . G A 1036.78 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421972;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.7;QD=59.2446;RBI=0.0459242;REFB=0;REVB=0.0181228;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154871;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:62:70:1:46:16:0:0:47:23:0:0 chr1 65879252 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3024;QD=60.6085;RBI=0.0568956;REFB=0;REVB=0.051503;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012345;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 65886398 . T C 853.88 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674568;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.552;QD=57.8902;RBI=0.0279639;REFB=0;REVB=0.0271381;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37685e-06;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:16:43:0:0:16:43:0:0 chr1 65886448 . T C 1540.47 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.951;QD=59.8243;RBI=0.0596756;REFB=0;REVB=-0.0577858;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06891e-05;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:42:61:0:0:42:61:0:0 chr1 66036441 . A G 162.29 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0108405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7183;QD=19.6715;RBI=0.0275749;REFB=-0.014177;REVB=-0.0253546;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589725;STB=0.51611;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0114802;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:8:9:9:6:8:9:9:7 chr1 66058513 . A G 1107.44 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.769;QD=59.8617;RBI=0.02383;REFB=0;REVB=-0.0150996;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63395e-06;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr1 66067109 . T C 261.12 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00215168;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.015;QD=14.5065;RBI=0.0272824;REFB=-0.0181474;REVB=0.0271974;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189042;STB=0.607073;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0235975;OID=.;OPOS=66067109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:42:30:30:0.416667:17:13:26:16:17:13:26:16 chr1 66102257 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.267;QD=55.0983;RBI=0.0234036;REFB=0;REVB=-0.0208833;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96025e-05;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr1 67209562 . T C 390.96 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0171817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.294;QD=16.6367;RBI=0.0172235;REFB=-0.00995079;REVB=0.00119906;RO=53;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135146;STB=0.575753;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.01647;OID=.;OPOS=67209562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:20:21:20:33:20:21:20:33 chr1 67236097 . A T 95.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0101705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5204;QD=7.34845;RBI=0.0213087;REFB=-0.00626847;REVB=-0.018725;RO=39;SAF=3;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524345;STB=0.819229;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0366316;OID=.;OPOS=67236097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:10:3:27:12:10:3:27:12 chr1 67242087 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0148361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.555;QD=18.4263;RBI=0.0149456;REFB=-0.000804047;REVB=-0.00180592;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116709;OID=.;OPOS=67242087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:17:11:11:17:17:11 chr1 67266756 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0757;QD=60.2299;RBI=0.00241542;REFB=0;REVB=-0.00146798;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9359e-06;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr1 67288045 . C T 191.06 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0128977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.742;QD=11.5793;RBI=0.0250367;REFB=-0.00670725;REVB=0.0214589;RO=39;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198356;STB=0.626938;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0133594;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:42:24:24:0.363636:17:7:18:21:17:7:20:22 chr1 67299380 . C T 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0706844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.043;QD=3.33223;RBI=0.0724975;REFB=0.00294523;REVB=-0.0161123;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172214;STB=0.620415;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0274816;OID=.;OPOS=67299380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:3:6:27:24:3:6:27:24 chr1 67390416 . G C 1381.41 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00983556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.956;QD=61.3959;RBI=0.00989905;REFB=-0.00853167;REVB=0.00111935;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=6.76018e-05;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:0:1:88:89:0.988889:36:52:0:0:36:53:1:0 chr1 67390468 . C G 1056.51 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0192763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.974;QD=56.3473;RBI=0.021425;REFB=-0.207781;REVB=0.00935155;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255483;STB=0.513154;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000729809;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:72:73:0.973333:36:36:2:0:36:37:2:0 chr1 67558739 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5366;QD=58.5867;RBI=0.0601802;REFB=0;REVB=-0.0597889;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095768;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 67558756 . C T 308.21 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00466722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.067;QD=28.0187;RBI=0.0173088;REFB=-0.0298494;REVB=-0.0166677;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156018;STB=0.586142;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0268966;OID=.;OPOS=67558756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:7:10:10:17:7:10 chr1 67558763 . A G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00178302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.084;QD=23.0007;RBI=0.0344404;REFB=-0.00627491;REVB=0.0343942;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971037;STB=0.553808;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00545537;OID=.;OPOS=67558763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:11:18:11:11:11:18:11:11 chr1 67560956 . C T 1989.13 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.533;QD=62.1602;RBI=0.0591953;REFB=0;REVB=-0.0180394;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50619e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:60:67:0:0:61:67:0:0 chr1 67561090 . T C 351.2 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0104332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.77;QD=18.0104;RBI=0.0104342;REFB=0.005801;REVB=0.000142219;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024182;STB=0.513506;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00475219;OID=.;OPOS=67561090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:21:20:19:18:21:20 chr1 67568351 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.007478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.521;QD=26.3155;RBI=0.0116013;REFB=0.00300053;REVB=0.00886956;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252148;STB=0.638772;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00208432;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:11:11:2:12:11:11:2:12 chr1 67579386 . A G 418.28 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4686;QD=53.9718;RBI=0.0403309;REFB=-0.0560201;REVB=0.0305764;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53331;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00117683;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:23:7:0:0:23:7:1:0 chr1 67579395 . C T 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00765218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.125;QD=10.1667;RBI=0.0524089;REFB=0.00574557;REVB=-0.0518472;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659959;STB=0.539499;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.017656;OID=.;OPOS=67579395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:5:17:8:3:5:17 chr1 67633812 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.867;QD=56.1916;RBI=0.0107986;REFB=0;REVB=-0.00276054;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8732e-05;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr1 67685387 . T C 360.48 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.767;QD=51.4967;RBI=0.0192678;REFB=0.000383342;REVB=0.0153597;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000144299;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:12:14:1:0:12:15:1:0 chr1 67733346 . G A 583.67 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.104;QD=59.8634;RBI=0.00775667;REFB=0;REVB=-0.000229632;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233024;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:27:12:0:0 chr1 67795319 . T C 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0130819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.809;QD=11.6277;RBI=0.0146349;REFB=-0.0231848;REVB=-0.00656067;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109975;STB=0.569392;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0326701;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:13:13:27:18:13:13:28:18 chr1 67852335 . G A 95.16 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0233476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.09;QD=11.195;RBI=0.0235152;REFB=-0.00121634;REVB=0.00280282;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765938;STB=0.545382;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00160028;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:6:16:8:4:6:16 chr1 68006815 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.317;QD=43.4862;RBI=0.0153105;REFB=0;REVB=0.0108719;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26884e-06;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 68462247 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.655;QD=61.684;RBI=0.0292826;REFB=0;REVB=0.0237562;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105563;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr1 68591253 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00114875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.592;QD=17.4542;RBI=0.00139603;REFB=-0.0276656;REVB=-0.000793275;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195421;STB=0.609643;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0147939;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:11:18:11:16:11:18 chr1 68903942 . C T 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00816771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9036;QD=12.3179;RBI=0.0118165;REFB=0.0170815;REVB=0.00853927;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562638;STB=0.53235;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0075396;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:13:14:21:24:13:14:21:24 chr1 68940883 . T TTA 871.8 PASS AF=0.451923;AO=90;DP=224;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.0124374;FXX=0.0325566;HRUN=3;LEN=2;MLLD=219.624;QD=16.7654;RBI=0.0166862;REFB=-0.0109782;REVB=-0.0111239;RO=128;SAF=35;SAR=55;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943679;STB=0.536686;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.013095;OID=.;OPOS=68940884;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451923:90:224:94:208:114:36:58:51:63:99:128:35:55:61:67 chr1 68940982 . T C 1106.37 PASS AF=0.482906;AO=113;DP=235;FAO=113;FDP=234;FR=.;FRO=121;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.0121915;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.641;QD=18.9123;RBI=0.0166516;REFB=-0.0111474;REVB=0.0113421;RO=121;SAF=43;SAR=70;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563392;STB=0.531052;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0127925;OID=.;OPOS=68940982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:121:121:113:113:0.482906:70:43:53:68:70:43:53:68 chr1 68948280 . A C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0231054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8286;QD=22.3977;RBI=0.0313538;REFB=-0.00236179;REVB=0.0211943;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537294;STB=0.529999;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00235265;OID=.;OPOS=68948280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:15:7:5:14:15:7:5:14 chr1 68960134 . T C 95.83 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.000467274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.499;QD=4.56356;RBI=0.0119928;REFB=-0.0036552;REVB=0.0119837;RO=65;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291298;STB=0.695666;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00950705;OID=.;OPOS=68960134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:83:84:65:67:17:17:0.202381:5:12:31:34:5:12:31:36 chr1 68960349 . T C 203.16 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0284652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.935;QD=21.9631;RBI=0.0313514;REFB=-0.0173532;REVB=-0.0131394;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.586736;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0166201;OID=.;OPOS=68960349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:8:9:14:6:8:9 chr1 70034372 . G A 422.19 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0634223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.952;QD=44.441;RBI=0.0658298;REFB=-0.0170317;REVB=0.0176402;RO=6;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586899;STB=0.531579;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000617444;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:21:11:1:5:21:11:1:5 chr1 70345344 . A G 758.85 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0324099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0978;QD=53.2525;RBI=0.0382352;REFB=-0.0313066;REVB=-0.0202861;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348843;STB=0.518512;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000700128;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:26:29:0:2:26:29:0:2 chr1 70611347 . A G 885.47 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.558;QD=58.0639;RBI=0.0199364;REFB=0;REVB=0.0196877;RO=0;SAF=43;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1118e-05;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:17:43:0:0:18:43:0:0 chr1 70646053 . A G 285.19 PASS AF=0.577778;AO=23;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0549342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4005;QD=25.35;RBI=0.0594783;REFB=-0.00442671;REVB=0.0228014;RO=14;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151447;STB=0.549963;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00299086;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:14:19:23:26:0.577778:7:16:10:4:8:18:15:4 chr1 70820008 . C T 147.15 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0016096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.99;QD=17.312;RBI=0.0579818;REFB=-0.00878356;REVB=0.0579595;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843742;STB=0.521712;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0184633;OID=.;OPOS=70820008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:5:11:13:4:5:11:13:5 chr1 70820799 . G T 317.2 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0162891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.581;QD=25.8942;RBI=0.0342844;REFB=-0.00336273;REVB=0.0301676;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104019;STB=0.557338;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00263808;OID=.;OPOS=70820799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:10:18:16:5:10:18:16:5 chr1 70820880 . G A 112.13 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0616058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.767;QD=16.6122;RBI=0.0655455;REFB=0.00217269;REVB=-0.0223816;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103812;STB=0.559354;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00117605;OID=.;OPOS=70820880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:11:3:4:9:11:3 chr1 70831841 . C T 223.32 PASS AF=0.481481;AO=22;DP=50;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0317347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.965;QD=16.5418;RBI=0.0323561;REFB=-0.00517761;REVB=-0.00631043;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801686;STB=0.576269;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0212165;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:28:28:22:26:0.481481:15:7:7:21:16:10:7:21 chr1 70899534 . G A 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00307298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.733;QD=12.724;RBI=0.0115575;REFB=-0.0182777;REVB=-0.0111415;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127757;STB=0.573466;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0241403;OID=.;OPOS=70899534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:16:20:10:13:16:20 chr1 71331497 . GA G,GG 334.83 PASS AF=0.08,0.92;AO=3,22;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388893,0.0349921;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.586,259.03;QD=53.5734;RBI=0.0398193,0.0370747;REFB=0,0;REVB=-0.00855562,-0.0122508;RO=0;SAF=1,18;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0571775,0.00134222;OID=.,.;OPOS=71331498,71331498;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.08,0.92:3,22:25:2,23:25:0:0,19:2,4:0:0:7:0:1,18:2,4:0:0 chr1 71419499 . C T 632.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.668;QD=61.6875;RBI=0.0551856;REFB=0;REVB=0.0548632;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244994;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr1 71536574 . G C 490.94 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00638193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.439;QD=19.2526;RBI=0.0165172;REFB=-0.0169287;REVB=-0.0152344;RO=51;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540249;STB=0.52986;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.021649;OID=.;OPOS=71536574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:28:23:20:31:28:23:20:31 chr1 72058552 . G A 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.648;QD=59.1364;RBI=0.101607;REFB=0;REVB=-0.101548;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000958408;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr1 74506942 . G A 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0136361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.206;QD=8.55718;RBI=0.0184449;REFB=0.00475314;REVB=-0.0124206;RO=50;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353154;STB=0.7089;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0186163;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:7:14:18:32:7:14:18:32 chr1 74507315 . C T 281.99 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0152794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7822;QD=17.9042;RBI=0.0199963;REFB=-0.00199653;REVB=-0.0128993;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398906;STB=0.506845;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00314648;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:32:29:31:0.492063:13:16:19:13:13:18:19:13 chr1 74575182 . C T 503.75 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0146762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.897;QD=22.389;RBI=0.0150296;REFB=-0.0129377;REVB=0.00324024;RO=41;SAF=31;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217149;STB=0.614682;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0123497;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:42:48:48:0.533333:17:31:16:25:17:31:17:25 chr1 74648408 . C T 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0231763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4204;QD=19.5009;RBI=0.0381638;REFB=0.00134913;REVB=-0.0303205;RO=35;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626029;STB=0.534826;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00226996;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:14:22:19:16:14:22:19:16 chr1 75035240 . C T 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.015473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.496;QD=9.74841;RBI=0.0189211;REFB=-0.00813576;REVB=-0.01089;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567431;STB=0.533306;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0114633;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:12:12:23:28:12:12:23:28 chr1 75036812 . C T 1204.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.43;QD=60.9777;RBI=0.0430269;REFB=0;REVB=0.0429446;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00684e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:35:44:0:0 chr1 75037845 . A G 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0381296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3743;QD=24.0649;RBI=0.0612411;REFB=-0.00873137;REVB=-0.0479228;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558137;STB=0.531212;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0158442;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:3:7:10:6:3:7 chr1 75037857 . CCCT C 56.09 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00270062;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=281.784;QD=9.75552;RBI=0.0104869;REFB=-0.0366536;REVB=-0.0101332;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319625;STB=0.604686;STBP=0.489;TYPE=del;VARB=0.0585771;OID=.;OPOS=75037858;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:7:21:9:23:14:2:7:5:9:56:14:1:6:5:9 chr1 75038228 . A C 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0620872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.941;QD=10.3804;RBI=0.0680986;REFB=-0.0143276;REVB=-0.0279749;RO=36;SAF=2;SAR=16;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239179;STB=0.64497;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0460182;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:16:2:8:28:16:2:8:28 chr1 75055419 . T C 212.39 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.011752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7208;QD=14.3995;RBI=0.0118664;REFB=-0.0036813;REVB=-0.00164371;RO=33;SAF=3;SAR=21;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216672;STB=0.572664;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00484108;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:24:25:0.423729:21:3:8:25:21:4:8:26 chr1 75175886 . T C 763.98 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.178;QD=62.3658;RBI=0.0137664;REFB=0;REVB=0.000630757;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624881;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:40:49:1:25:15:0:0:28:21:0:0 chr1 75190452 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.183;QD=61.3356;RBI=0.0538651;REFB=0;REVB=-0.0525402;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66069e-05;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr1 75214441 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.484;QD=57.2022;RBI=0.0326274;REFB=0;REVB=0.0080836;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174286;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr1 75622616 . C T 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00170771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.532;QD=17.9773;RBI=0.00469646;REFB=-0.00665707;REVB=-0.00437499;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227624;STB=0.631011;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00824396;OID=.;OPOS=75622616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:26:19:35:18:26:19:36:18 chr1 75672376 . A G 1531.77 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.487;QD=63.1658;RBI=0.0595784;REFB=0;REVB=-0.00853689;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00998e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:57:37:0:0:58:39:0:0 chr1 75681511 . T C 1044.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.474;QD=59.6725;RBI=0.0373518;REFB=0;REVB=0.0108438;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr1 75716925 . C T 1247.32 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5313;QD=60.845;RBI=0.181754;REFB=0;REVB=-0.00518302;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804655;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr1 76143505 . T C 73.08 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.479;QD=36.5391;RBI=0.0529623;REFB=0;REVB=0.0432155;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464324;OID=.;OPOS=76143505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr1 76257892 . A T 754.63 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00101308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.449;QD=54.8823;RBI=0.0467008;REFB=0.0413471;REVB=-0.0466898;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00219858;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:25:28:0:1:25:29:0:1 chr1 76344705 . T C 637.98 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175848;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.453;QD=62.2423;RBI=0.0236003;REFB=0;REVB=0.0157401;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14946e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr1 76344711 . A T 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.811;QD=62.337;RBI=0.0252477;REFB=0;REVB=-0.00712926;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74547e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr1 76397972 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.366;QD=35.5758;RBI=0.109376;REFB=0;REVB=-0.0170105;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157695;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 77555481 . C T 252.19 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0290813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9026;QD=19.0332;RBI=0.0379584;REFB=-0.0048698;REVB=-0.0243951;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122157;STB=0.514275;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00430455;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:26:26:27:0.509434:9:17:16:8:9:18:18:8 chr1 77634948 . G A,T 694.62 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031498,0.0113181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.461,43.2594;QD=61.7436;RBI=0.0333154,0.0326259;REFB=0,0;REVB=-0.0331662,-0.0305999;RO=0;SAF=28,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0025853,0.0491995;OID=.,.;OPOS=77634948,77634948;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:15,2:28,0:0:0:15,2:28,0:0:0 chr1 77763542 . G A 1101.83 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01372;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.53;QD=60.3742;RBI=0.0196705;REFB=0;REVB=0.0140957;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321902;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:70:73:1:36:34:0:0:37:36:0:0 chr1 78024284 . T C 163.61 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0379832;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.888;QD=18.698;RBI=0.0380333;REFB=-0.00857825;REVB=0.00195159;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18715;STB=0.606768;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0135916;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:8:10:6:11:8:10 chr1 78024345 . C CTAT 259.56 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0059836;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.622;QD=16.7458;RBI=0.0169044;REFB=-0.00459686;REVB=0.0158099;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143705;STB=0.594371;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=0.00464571;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467742:28:62:29:62:33:19:10:16:17:99:34:18:10:17:17 chr1 78111153 . A G 150.91 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00936192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.55;QD=12.8433;RBI=0.0126916;REFB=-0.0081149;REVB=-0.00856921;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428749;STB=0.746815;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0070589;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:7:23:6:11:7:23 chr1 78184325 . A G 585.73 PASS AF=0.408537;AO=67;DP=164;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00423719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.863;QD=14.2861;RBI=0.00887061;REFB=-0.0101102;REVB=-0.0077932;RO=95;SAF=46;SAR=21;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179201;STB=0.595966;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0215902;OID=.;OPOS=78184325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:95:97:67:67:0.408537:21:46:50:45:21:46:52:45 chr1 78201745 . G T 203.86 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.03063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9664;QD=10.4542;RBI=0.0635203;REFB=-0.00541627;REVB=-0.0556474;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914088;STB=0.538432;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0104719;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:52:25:26:0.333333:11:14:25:27:12:14:25:27 chr1 78511960 . C T 265.27 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0335439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9027;QD=17.9846;RBI=0.0360242;REFB=0.0381032;REVB=0.0131359;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107321;STB=0.560052;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0382396;OID=.;OPOS=78511960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:17:13:16:13:17:13 chr1 78560583 . G A 351.37 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0483443;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.341;QD=15.2771;RBI=0.0498927;REFB=-0.0147587;REVB=-0.0123333;RO=53;SAF=25;SAR=13;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216147;STB=0.617584;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0286339;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:53:54:38:38:0.413043:13:25:24:29:13:25:25:29 chr1 78585086 . T C 123.22 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0158532;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.461;QD=15.4025;RBI=0.0267398;REFB=-0.0254313;REVB=0.0215336;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0522171;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:6:12:8:6:6:12 chr1 79093818 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.062;QD=61.684;RBI=0.0069323;REFB=0;REVB=-0.00195588;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14464e-05;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 79094081 . T A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.363;QD=55.5199;RBI=0.0154521;REFB=-0.0485582;REVB=0.00920148;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000218983;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:1:0:18:15:1:0 chr1 79095526 . G A 292.33 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00867674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.581;QD=14.6166;RBI=0.0102952;REFB=-0.0185712;REVB=-0.00554118;RO=47;SAF=20;SAR=13;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829888;STB=0.546898;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0287628;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:13:20:32:15:13:20:32:15 chr1 79095581 . T C 373.03 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00781145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5164;QD=20.4401;RBI=0.0159434;REFB=-0.0431767;REVB=0.0138987;RO=35;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212128;STB=0.511745;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0380299;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:15:23:22:13:15:23:22:13 chr1 79102726 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00719601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.79;QD=12.8691;RBI=0.0077102;REFB=-0.00649598;REVB=-0.00276851;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143835;STB=0.610474;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00928566;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:3:8:9:6:3:8:9:7 chr1 79128570 . G GT 296.05 PASS AF=0.426087;AO=46;DP=119;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0139535;FXX=0.0170926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.642;QD=10.2974;RBI=0.0187893;REFB=-0.0175735;REVB=-0.0125832;RO=70;SAF=29;SAR=17;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030861;STB=0.511712;STBP=0.827;TYPE=ins;VARB=0.0201246;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426087:46:119:49:115:66:31:18:43:23:99:70:29:17:46:24 chr1 79357360 . G C 450.59 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0858825;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.166;QD=18.9724;RBI=0.0869166;REFB=-0.0343108;REVB=0.0133675;RO=50;SAF=16;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122939;STB=0.568596;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0360277;OID=.;OPOS=79357360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:50:45:45:0.473684:29:16:24:26:29:16:24:26 chr1 79392756 . C A 107.64 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0244732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.062;QD=13.0477;RBI=0.0274279;REFB=-0.0259519;REVB=0.0123835;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18246;STB=0.623565;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0447601;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:4:8:10:10:4:9:10:10 chr1 79470895 . G A 73.46 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0184606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2612;QD=9.79411;RBI=0.0563026;REFB=-0.0242826;REVB=-0.0531901;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105067;STB=0.5998;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00975102;OID=.;OPOS=79470895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:18:20:11:10:0.333333:5:6:8:10:4:6:9:11 chr1 82421596 . C T 379.95 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364828;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.962;QD=56.2883;RBI=0.0581927;REFB=0;REVB=0.0453365;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265717;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr1 82457662 . G A 839.53 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122963;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.578;QD=55.9688;RBI=0.0266643;REFB=-0.120521;REVB=-0.0236598;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00105903;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:0:1:28:31:0:1 chr1 84335412 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00732563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.378;QD=12.1432;RBI=0.0137526;REFB=-0.00506483;REVB=-0.0116391;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10295;STB=0.560018;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0101104;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:16:17:8:11:16:17 chr1 84365893 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0140102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.544;QD=11.9536;RBI=0.028172;REFB=0.00195633;REVB=0.0244413;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00271151;OID=.;OPOS=84365893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr1 84640691 . T G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000489966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.034;QD=19.9285;RBI=0.000983115;REFB=-0.0163195;REVB=0.000852319;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902331;STB=0.551636;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.011254;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:5:4:4:8:5:4 chr1 84810815 . A G 264.62 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00110415;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.75;QD=25.202;RBI=0.00640786;REFB=-0.0218892;REVB=-0.00631202;RO=20;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223404;STB=0.599914;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00781233;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:20:18:24:24:0.571429:8:16:8:12:8:16:8:10 chr1 84853957 . A T 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0993;QD=56.9544;RBI=0.0548402;REFB=0;REVB=0.0423445;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815041;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 84853981 . G A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0147677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.894;QD=13.9955;RBI=0.0148725;REFB=-0.00552987;REVB=-0.0017624;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179158;STB=0.510197;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00892393;OID=.;OPOS=84853981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:15:14:21:21:15:14:21:21 chr1 84855497 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00687605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.682;QD=13.9591;RBI=0.0956271;REFB=0.0185382;REVB=0.0953795;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161108;STB=0.594352;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0172215;OID=.;OPOS=84855497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:6:1:2:5:6:1 chr1 84944989 . A G 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000864948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.54;QD=57.878;RBI=0.0265069;REFB=0;REVB=0.0264928;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149772;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr1 85113203 . T C 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5802;QD=64.2839;RBI=0.0277701;REFB=0;REVB=-0.0023326;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107804;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr1 85113229 . A G 1517.92 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232439;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9009;QD=63.9123;RBI=0.0262458;REFB=0;REVB=-0.0121887;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44579e-05;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr1 85121255 . A G 1695.08 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000674892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.066;QD=60.5384;RBI=0.0124367;REFB=0;REVB=0.0124184;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12058e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:53:59:0:0:53:59:0:0 chr1 85488030 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0353212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0358;QD=13.091;RBI=0.0464806;REFB=-0.0155565;REVB=-0.0302135;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26162;STB=0.655478;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0269937;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:10:3:9:11:10:3:9:11 chr1 85537655 . C CA 36.45 PASS AF=0.144737;AO=16;DP=78;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00342826;FXX=0.0256377;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.3652;QD=1.91816;RBI=0.00884335;REFB=-0.00193757;REVB=-0.0081518;RO=60;SAF=2;SAR=14;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648015;STB=0.928034;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.144814;OID=.;OPOS=85537656;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144737:16:78:11:76:65:1:10:42:23:36:60:2:14:41:19 chr1 85548077 . A T 199.53 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0176844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.141;QD=13.5273;RBI=0.0190027;REFB=-0.00753569;REVB=-0.00695441;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130998;STB=0.558356;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.015476;OID=.;OPOS=85548077;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:24:24:0.40678:14:10:18:15:14:10:18:17 chr1 85589842 . A G 494.4 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00826034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.703;QD=18.8343;RBI=0.0277626;REFB=-0.0194075;REVB=0.0265053;RO=53;SAF=32;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645265;STB=0.535755;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0209452;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:20:32:29:24:20:32:29:24 chr1 85594392 . T C 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0302196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9182;QD=14.0943;RBI=0.0304013;REFB=-0.00566077;REVB=0.00331911;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166702;STB=0.596848;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0124492;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:10:4:5:6:10:4 chr1 85624549 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000180087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.496;QD=57.5442;RBI=0.00949346;REFB=0;REVB=-0.00949175;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46132e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 85624864 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.836;QD=63.2868;RBI=0.0231329;REFB=0;REVB=0.0218112;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39376e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr1 85648620 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.469;QD=64.4138;RBI=0.0234873;REFB=0;REVB=0.003641;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69757e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 85655916 . G A 338.94 PASS AF=0.530303;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0158793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6129;QD=20.5415;RBI=0.0208496;REFB=-0.012199;REVB=0.0135112;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108435;STB=0.555523;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00976253;OID=.;OPOS=85655916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:31:31:33:35:0.530303:20:13:16:15:21:14:16:15 chr1 85666156 . T G 404.16 PASS AF=0.493976;AO=42;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.010949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.331;QD=19.4775;RBI=0.013159;REFB=-0.00156394;REVB=0.0072992;RO=41;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057626;STB=0.542475;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00144403;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:42:41:0.493976:24:18:15:26:23:18:15:27 chr1 85785751 . T C 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=0.00182351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.557;QD=18.8349;RBI=0.0243699;REFB=-0.00856515;REVB=0.0243016;RO=53;SAF=29;SAR=23;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263465;STB=0.645085;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104652;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:23:29:14:39:23:29:14:39 chr1 85870024 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0100849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.633;QD=14.1389;RBI=0.0141412;REFB=-0.00385265;REVB=0.00991311;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822685;STB=0.547759;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00532087;OID=.;OPOS=85870024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:13:7:6:8:13:7 chr1 86173791 . A G 35.93 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0319248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.761;QD=6.24796;RBI=0.0424673;REFB=-0.0192069;REVB=-0.028005;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238903;STB=0.651714;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0442854;OID=.;OPOS=86173791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:12:5:3:3:12:5 chr1 86202016 . C T 937.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.349;QD=58.5927;RBI=0.0250104;REFB=0;REVB=0.0141041;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117353;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr1 86202102 . C A 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.443;QD=61.5105;RBI=0.0375804;REFB=-0.0281816;REVB=-0.00393076;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.507933;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000113941;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:31:17:0:1:31:17:0:1 chr1 86227122 . TAA TAAA,TA,T 31.87 PASS AF=0,0.423077,0.0769231;AO=3,8,5;DP=26;FAO=0,11,2;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=0,8,1;FSAR=0,3,1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0351854,0.048525,0.0231413;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=4.88844,7.26114,13.9139;QD=4.90258;RBI=0.106058,0.105852,0.0565161;REFB=-0.0469171,0.0457174,0.0224889;REVB=0.100051,-0.0940747,-0.0515611;RO=9;SAF=2,6,3;SAR=1,2,2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.448805,0.458547,0.371228;STB=0.5,0.692551,0.599045;STBP=1,0.113,0.786;TYPE=ins,del,del;VARB=0.12574,-0.128522,0.0993349;OID=.,.,.;OPOS=86227123,86227123,86227123;OREF=-,A,AA;OALT=A,-,-;OMAPALT=TAAA,TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.423077,0.0769231:3,8,5:26:0,11,2:26:13:0,8,1:0,3,1:5:8:20:9:2,6,3:1,2,2:2:7 chr1 86282500 . T A 34.26 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0637496;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.4051;QD=1.87742;RBI=0.106355;REFB=-0.0321749;REVB=-0.0851313;RO=48;SAF=3;SAR=6;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345909;STB=0.660193;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.242263;OID=.;OPOS=86282500;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:74:73:48:64:9:9:0.123288:6:3:30:18:6:3:33:31 chr1 86375654 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.357;QD=59.6795;RBI=0.0174741;REFB=0;REVB=-0.00749944;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07383e-06;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr1 86487914 . C A 262.74 PASS AF=0.390244;AO=30;DP=79;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00781227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.72;QD=12.8164;RBI=0.00782208;REFB=-0.00674702;REVB=-0.000391576;RO=47;SAF=7;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347329;STB=0.690664;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0114263;OID=.;OPOS=86487914;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:47:50:30:32:0.390244:23:7:25:22:24:8:27:23 chr1 86487981 . G A 1058.06 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.987;QD=59.6088;RBI=0.0441297;REFB=0;REVB=0.0157565;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16246e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:43:26:0:0:44:27:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 439.89 PASS AF=0.735849;AO=38;DP=56;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0281671;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=4;MLLD=274.948;QD=33.1993;RBI=0.0282011;REFB=-0.0207224;REVB=-0.00138465;RO=16;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197991;STB=0.527763;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=0.00738632;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.735849:38:56:39:53:14:13:26:6:8:99:16:13:25:6:10 chr1 86512536 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.013836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.681;QD=20.2097;RBI=0.032818;REFB=-0.0321035;REVB=-0.0297588;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691362;STB=0.503931;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267714;OID=.;OPOS=86512536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:3:7:9:4:3:7 chr1 86590915 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.171;QD=56.1914;RBI=0.0257273;REFB=0;REVB=0.0160134;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34361e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 86591141 . A G 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0166834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.946;QD=24.707;RBI=0.0174241;REFB=-0.00290862;REVB=-0.00502645;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726852;STB=0.540446;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00382794;OID=.;OPOS=86591141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:8:9:10:13:8:9 chr1 86591837 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00897579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.577;QD=8.81104;RBI=0.0352097;REFB=0.0028684;REVB=-0.0340464;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00615985;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:3:7:4:2:3:8 chr1 86818572 . T C 102.66 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0120167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.256;QD=9.3325;RBI=0.0307119;REFB=-0.00461297;REVB=0.0282634;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3491;STB=0.711021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.01152;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:19:12:9:4:19:12 chr1 86820267 . C T 434.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0300029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.66;QD=18.2936;RBI=0.0535994;REFB=-0.00843717;REVB=-0.0444153;RO=51;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366443;STB=0.520429;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00800511;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:26:18:19:32:26:18:19:32 chr1 86822231 . A G 295.73 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0284255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6057;QD=20.395;RBI=0.030061;REFB=0.0169138;REVB=-0.00978036;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375712;STB=0.520843;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0170398;OID=.;OPOS=86822231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:16:11:14:17:16:11 chr1 86838158 . C T 1450.93 PASS AF=0.471698;AO=150;DP=320;FAO=150;FDP=318;FR=.;FRO=168;FSAF=98;FSAR=52;FSRF=114;FSRR=54;FWDB=-0.0047334;FXX=0.0062498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.404;QD=18.2506;RBI=0.00498744;REFB=-0.00946665;REVB=-0.00157146;RO=168;SAF=98;SAR=52;SRF=114;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269823;STB=0.51485;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00825104;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:318:168:168:150:150:0.471698:52:98:114:54:52:98:114:54 chr1 86847955 . G A 442.46 PASS AF=0.420168;AO=47;DP=116;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.00544062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.876;QD=14.8727;RBI=0.00757795;REFB=-0.0187109;REVB=-0.00527495;RO=68;SAF=27;SAR=20;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790136;STB=0.522959;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.024931;OID=.;OPOS=86847955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:68:69:47:50:0.420168:20:27:44:24:20:30:44:25 chr1 86900332 . T C 330.73 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00374659;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5617;QD=20.9986;RBI=0.00489342;REFB=-0.02412;REVB=0.0031478;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267404;STB=0.512813;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0178957;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:33:34:0.539683:19:14:11:17:19:15:12:17 chr1 86900372 . C G 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0509838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.104;QD=23.616;RBI=0.0511438;REFB=-0.0039285;REVB=-0.00404197;RO=23;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252602;STB=0.513896;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00332257;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:19:14:9:14:19:14:9:14 chr1 86939130 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0118904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.584;QD=11.8817;RBI=0.0143155;REFB=-0.013285;REVB=-0.00797203;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.634737;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.02645;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:15:13:10:5:15:13 chr1 86947975 . A T 570.19 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0250421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.133;QD=22.8074;RBI=0.0371822;REFB=-0.000385408;REVB=0.0274847;RO=47;SAF=32;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153345;STB=0.584443;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000566442;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:21:32:20:27:21:32:20:27 chr1 86952324 . A G 1113.98 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0491283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9564;QD=56.4041;RBI=0.0552922;REFB=-0.160254;REVB=0.0253699;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.505346;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00481192;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:0:3:76:76:0.962025:40:36:0:0:40:36:1:2 chr1 86959173 . T C 2752.63 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.039;QD=62.5597;RBI=0.0167653;REFB=0;REVB=-0.0139271;RO=0;SAF=82;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25617e-06;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:94:82:0:0:94:82:0:0 chr1 86965419 . T C 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0121324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.169;QD=25.244;RBI=0.0122218;REFB=-0.00997793;REVB=0.00147594;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135851;STB=0.575231;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00964856;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:15:13:14:8:15:13:14:8 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 166.03 PASS AF=0.294118,0.0980392;AO=13,8;DP=53;FAO=15,5;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6,1;FSAR=9,4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0251917,-0.024513;FXX=0.0192271;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=247.355,169.266;QD=13.0221;RBI=0.0252518,0.0396995;REFB=-0.0097837,-0.0156122;REVB=0.00174193,-0.0312276;RO=30;SAF=4,3;SAR=9,5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.334272,-0.26565;STB=0.62053,0.815983;STBP=0.261,0.195;TYPE=del,snp;VARB=0.0160323,0.0337154;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.0980392:13,8:53:15,5:51:31:6,1:9,4:18:13:99:30:4,3:9,5:18:12 chr1 87101375 . C G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0246558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.513;QD=14.0792;RBI=0.0313684;REFB=-0.00243694;REVB=0.0193924;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00301525;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:8:8:5:7:8:8 chr1 87599697 . G A 827.58 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.566;QD=55.1719;RBI=0.025318;REFB=0.056033;REVB=0.0217002;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140815;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000245595;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:25:33:1:0:25:34:1:0 chr1 89225976 . T C 321.04 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0427579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8366;QD=21.4024;RBI=0.0899459;REFB=0.00909134;REVB=0.0791329;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187495;STB=0.607935;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00549619;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:32:33:0.55:18:14:18:9:19:14:18:9 chr1 89287606 . A G 260.14 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0244778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.349;QD=16.7829;RBI=0.0247875;REFB=-0.0159267;REVB=0.00390563;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330097;STB=0.53569;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0172431;OID=.;OPOS=89287606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:13:16:16:15:13:16:16:17 chr1 89301123 . C T 316.8 PASS AF=0.448718;AO=32;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0115212;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9695;QD=16.2461;RBI=0.0278217;REFB=-0.0017336;REVB=0.0253241;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782704;STB=0.571388;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00499306;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:43:32:35:0.448718:15:17:20:24:15:20:19:24 chr1 89322982 . G A 479.5 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.402;QD=58.1213;RBI=0.0249003;REFB=0;REVB=0.00374657;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01906e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:13:20:0:0 chr1 89426902 . G A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.133;QD=58.5996;RBI=0.0197721;REFB=0;REVB=-0.00148638;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12609e-05;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr1 89449390 . T C 117.77 PASS AF=0.138298;AO=26;DP=188;FAO=26;FDP=188;FR=.;FRO=162;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.00392547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4629;QD=2.50581;RBI=0.00392562;REFB=0.000633855;REVB=3.42744e-05;RO=162;SAF=11;SAR=15;SRF=89;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159061;STB=0.607698;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00572187;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:162:162:26:26:0.138298:15:11:89:73:15:11:89:73 chr1 89449399 . T C 116.24 PASS AF=0.143678;AO=25;DP=173;FAO=25;FDP=174;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=65;FWDB=-0.0098681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.397;QD=2.67212;RBI=0.0110257;REFB=-0.00118297;REVB=0.00491797;RO=148;SAF=11;SAR=14;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152544;STB=0.604738;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00636308;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:148:149:25:25:0.143678:14:11:83:65:14:11:84:65 chr1 89449434 . T C 61.83 PASS AF=0.114504;AO=15;DP=130;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=74;FSRR=42;FWDB=0.000607993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.865;QD=1.88796;RBI=0.00864482;REFB=6.22081e-05;REVB=-0.00862341;RO=115;SAF=9;SAR=6;SRF=73;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450731;STB=0.535438;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.000554256;OID=.;OPOS=89449434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:130:131:115:116:15:15:0.114504:6:9:73:42:6:9:74:42 chr1 89449483 . C G 51.25 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=27;FWDB=0.0107293;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.731;QD=1.88086;RBI=0.0169984;REFB=-0.00281966;REVB=-0.0131843;RO=91;SAF=6;SAR=6;SRF=69;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334907;STB=0.69697;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0240335;OID=.;OPOS=89449483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:109:91:97:12:12:0.110092:6:6:69:22:6:6:70:27 chr1 89449675 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0479428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.432;QD=13.2053;RBI=0.0550692;REFB=2.33306e-05;REVB=0.0270943;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437187;OID=.;OPOS=89449675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:1:5:5:1:1:5 chr1 89474818 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0200403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.701;QD=13.0603;RBI=0.0210304;REFB=-0.00642163;REVB=-0.00637672;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121228;STB=0.562013;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0153439;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:11:15:18:21:11:15:19:21 chr1 89475135 . C T 149.59 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0135338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.364;QD=11.967;RBI=0.0194716;REFB=-0.00480312;REVB=-0.0139992;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159798;STB=0.509423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0134109;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:9:8:16:17:9:8:16:17 chr1 89479063 . G A 275.18 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00995308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.751;QD=13.1038;RBI=0.0200214;REFB=-0.00565411;REVB=0.0173722;RO=51;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119729;STB=0.574138;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0062664;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:18:14:28:23:18:14:29:23 chr1 89479074 . C T 240.68 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0140191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.279;QD=12.1862;RBI=0.0140885;REFB=-0.0122811;REVB=0.00139613;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156852;STB=0.592271;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0237793;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:50:28:29:0.367089:16:12:28:21:17:12:28:22 chr1 89479758 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.06;QD=62.022;RBI=0.05694;REFB=0;REVB=0.0492853;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162148;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr1 89486037 . C T 357.27 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8251;QD=54.9639;RBI=0.0436055;REFB=0;REVB=-0.00672629;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912922;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 89518623 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0061109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.299;QD=21.227;RBI=0.012757;REFB=-0.0160835;REVB=-0.0111981;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762923;STB=0.542344;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0130074;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:13:16:11:13:13:16:11:13 chr1 89521841 . G C 593.54 PASS AF=0.551402;AO=57;DP=105;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0112727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.187;QD=22.1884;RBI=0.0149358;REFB=-0.018782;REVB=0.00979808;RO=48;SAF=29;SAR=28;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149696;STB=0.587649;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0117277;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:48:48:57:59:0.551402:28:29:33:15:30:29:33:15 chr1 89522646 . G C 1451.71 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0337688;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.225;QD=55.3031;RBI=0.0356057;REFB=0.00767569;REVB=0.0112886;RO=4;SAF=49;SAR=52;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107314;STB=0.500566;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-3.45775e-05;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:105:4:4:101:101:0.961905:52:49:2:2:52:49:2:2 chr1 89579941 . T C 458.95 PASS AF=0.443478;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0340102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.558;QD=15.9636;RBI=0.0438803;REFB=-0.0194977;REVB=-0.027727;RO=63;SAF=28;SAR=22;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115747;STB=0.505393;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0234203;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:63:64:50:51:0.443478:22:28:36:27:22:29:37:27 chr1 89582690 . G C 449.01 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0129053;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.754;QD=18.5157;RBI=0.017545;REFB=-0.00921309;REVB=0.0118861;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442185;STB=0.517898;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00892557;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:44:45:0.463918:20:24:26:26:21:24:26:26 chr1 89599013 . G T 250.19 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0201822;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.412;QD=11.9136;RBI=0.0311704;REFB=-0.0142203;REVB=-0.0237544;RO=54;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133158;STB=0.576871;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.025205;OID=.;OPOS=89599013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:54:54:30:30:0.357143:12:18:26:28:12:18:26:28 chr1 89613280 . G A 417.06 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0141316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.797;QD=17.1985;RBI=0.0207705;REFB=-0.016876;REVB=-0.015222;RO=54;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497044;STB=0.52782;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0242891;OID=.;OPOS=89613280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:25:18:20:34:25:18:20:34 chr1 89637578 . G A 399.17 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0189241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.725;QD=18.5659;RBI=0.0189496;REFB=-0.0114783;REVB=0.0009823;RO=45;SAF=14;SAR=27;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146203;STB=0.508152;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00948083;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:27:14:16:29:27:14:16:29 chr1 89652078 . A T 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0469815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.876;QD=8.25109;RBI=0.0501486;REFB=-0.00674873;REVB=-0.0175392;RO=57;SAF=9;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141631;STB=0.590829;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0395886;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:58:23:23:0.283951:14:9:29:28:14:9:30:28 chr1 89652087 . CC TG 156.62 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0134137;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.731;QD=7.83094;RBI=0.0285081;REFB=-0.00159439;REVB=-0.0251552;RO=58;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1875;STB=0.612799;STBP=0.24;TYPE=mnp;VARB=0.00437991;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:14:8:30:28:14:8:30:28 chr1 89652090 . T G 178.43 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00373518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5381;QD=8.81148;RBI=0.00447046;REFB=-0.0217566;REVB=0.00245631;RO=57;SAF=10;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109794;STB=0.565163;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0407675;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:14:10:29:28:14:10:29:28 chr1 89652094 . G A 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0531886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.93;QD=8.81186;RBI=0.0532761;REFB=-0.00875536;REVB=-0.00305062;RO=57;SAF=10;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109794;STB=0.565163;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0298374;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:14:10:29:28:14:10:29:28 chr1 89652097 . C T 201.17 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00924978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.801;QD=9.81327;RBI=0.0115305;REFB=-0.0083424;REVB=-0.00688436;RO=56;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448051;STB=0.526296;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0225562;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:14:12:28:28:14:12:28:28 chr1 89652102 . A T 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00594851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.624;QD=13.1805;RBI=0.00599516;REFB=-0.0069424;REVB=0.000746386;RO=54;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043667;STB=0.536772;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0130809;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:56:34:34:0.377778:19:15:26:28:19:15:28:28 chr1 89655787 . T C 137.42 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0685448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2569;QD=12.7835;RBI=0.0891557;REFB=-0.0130469;REVB=0.0570119;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200637;STB=0.581296;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0394277;OID=.;OPOS=89655787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:26:27:15:16:0.372093:7:8:9:17:8:8:10:17 chr1 89655994 . C T 71.38 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0499709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1601;QD=8.65229;RBI=0.0532032;REFB=-0.00554421;REVB=0.0182614;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106085;STB=0.506316;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0117991;OID=.;OPOS=89655994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:13:9:4:6:14:9 chr1 89847372 . G T 169.14 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0324929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.41;QD=12.0812;RBI=0.0363512;REFB=-0.0165541;REVB=-0.0162978;RO=35;SAF=3;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346764;STB=0.705652;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0272773;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:18:3:13:22:18:3:13:22 chr1 89847411 . C T 193.35 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00948619;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2029;QD=16.1121;RBI=0.0202977;REFB=-0.000913952;REVB=0.0179446;RO=27;SAF=1;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633649;STB=0.875381;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00117339;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:19:1:12:15:19:1:12:16 chr1 89847444 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0274137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.819;QD=16.5356;RBI=0.0305166;REFB=-0.00234695;REVB=0.0134072;RO=23;SAF=1;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576406;STB=0.84525;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00423464;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:17:1:9:14:17:1:9:14 chr1 89849742 . A T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00410599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.705;QD=20.0173;RBI=0.0249501;REFB=-0.0265287;REVB=0.02461;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133395;STB=0.575083;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0305043;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:12:5:8:10:12:5 chr1 90048248 . C T 193.0 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00948383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.106;QD=10.0257;RBI=0.0104171;REFB=-0.0109826;REVB=-0.0043096;RO=52;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207591;STB=0.62175;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0187818;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:9:16:24:28:9:16:24:28 chr1 90049952 . GA G 101.44 PASS AF=0.357143;AO=28;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=-0.0713772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.2053;QD=5.79666;RBI=0.0720444;REFB=-0.0276056;REVB=0.0097823;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113679;STB=0.608616;STBP=0.216;TYPE=del;VARB=0.0447222;OID=.;OPOS=90049953;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:28:70:25:70:45:15:10:34:11:99:42:18:10:31:11 chr1 90171835 . C T 737.98 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3205;QD=62.8071;RBI=0.053573;REFB=0;REVB=0.050763;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215761;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:16:30:0:0:17:30:0:0 chr1 90178743 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.001;QD=53.2766;RBI=0.107749;REFB=0;REVB=-0.0539556;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990215;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 90486412 . T G 1305.79 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.139;QD=60.7346;RBI=0.0237668;REFB=0.0223883;REVB=0.0128641;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108888;STB=0.505617;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000439485;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:41:43:1:0:41:44:1:0 chr1 90493026 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.998;QD=42.1769;RBI=0.0536498;REFB=0;REVB=0.0198784;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036916;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr1 91381679 . G A 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.401;QD=53.2692;RBI=0.0677829;REFB=0;REVB=-0.0661378;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315923;OID=.;OPOS=91381679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr1 91728053 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.297;QD=60.6102;RBI=0.0255501;REFB=0;REVB=0.0248797;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54343e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 91781413 . T G 1396.15 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.073;QD=62.7484;RBI=0.0874077;REFB=0;REVB=0.00217917;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207994;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:54:35:0:0:54:35:0:0 chr1 91844045 . GA G 124.65 PASS AF=0.517647;AO=32;DP=88;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.136399;FXX=0.034087;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.87149;QD=5.86584;RBI=0.183207;REFB=-0.0261471;REVB=0.122312;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434437;STB=0.516122;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=0.0678338;OID=.;OPOS=91844046;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517647:32:88:44:85:41:20:24:20:21:99:40:15:17:17:23 chr1 91851253 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.005;QD=59.4356;RBI=0.0192537;REFB=0;REVB=0.0178791;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86111e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 91853111 . A C 4174.7 PASS AF=0.981884;AO=266;DP=277;FAO=271;FDP=276;FR=.;FRO=5;FSAF=157;FSAR=114;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0339509;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.741;QD=60.5029;RBI=0.0400012;REFB=0.105842;REVB=0.0211526;RO=3;SAF=153;SAR=113;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925542;STB=0.507836;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0040094;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:277:276:3:5:266:271:0.981884:113:153:3:0:114:157:5:0 chr1 91859795 . T C 1069.69 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6867;QD=58.613;RBI=0.0954352;REFB=-0.100137;REVB=0.0299241;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469643;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:0:0:72:73:1:49:23:0:0:49:24:0:0 chr1 92107937 . C T 295.11 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0278558;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7943;QD=15.3304;RBI=0.0282876;REFB=-0.0020062;REVB=0.00492398;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220618;STB=0.630252;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00138648;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:44:32:33:0.428571:12:20:18:26:12:21:18:26 chr1 92108119 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0601629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.045;QD=9.91653;RBI=0.0608545;REFB=-0.0142061;REVB=-0.0091487;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153571;STB=0.593016;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0364912;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:7:10:4:5:7:10 chr1 92108899 . C T 539.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.362;QD=59.8936;RBI=0.0191232;REFB=0;REVB=-0.0102345;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85457e-05;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr1 92174260 . A G 516.57 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00049798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.05;QD=22.4595;RBI=0.00872368;REFB=-0.00362414;REVB=-0.00870946;RO=41;SAF=15;SAR=33;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219238;STB=0.625124;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00244364;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:41:43:48:49:0.532609:33:15:23:18:34:15:24:19 chr1 92177938 . A G 617.24 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0321254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9692;QD=17.5105;RBI=0.0397826;REFB=0.0164775;REVB=-0.0234651;RO=77;SAF=43;SAR=21;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232867;STB=0.629851;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0199761;OID=.;OPOS=92177938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:21:43:34:43:21:43:34:43 chr1 92185657 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0119399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.202;QD=18.6423;RBI=0.0123128;REFB=0.00646235;REVB=0.00300745;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145018;STB=0.5822;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00653417;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:14:10:12:9:14:10 chr1 92262874 . T C 155.71 PASS AF=0.313433;AO=19;DP=65;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.010596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.943;QD=9.2959;RBI=0.0152801;REFB=-0.0175109;REVB=-0.0110093;RO=46;SAF=3;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330899;STB=0.659719;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0344906;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:46:46:19:21:0.313433:16:3:17:29:17:4:17:29 chr1 92295565 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00129703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.91;QD=21.5456;RBI=0.0107645;REFB=-0.0195309;REVB=0.0106861;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160726;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:14:14:0.583333:7:7:4:5:7:7:5:5 chr1 92428495 . C A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.49;QD=60.3767;RBI=0.0152443;REFB=0;REVB=0.01179;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68023e-06;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr1 92457843 . C T 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.479;QD=62.907;RBI=0.0133292;REFB=0;REVB=0.00604973;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62735e-05;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr1 92646021 . G A 410.79 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.29;QD=56.6605;RBI=0.0510217;REFB=0;REVB=-0.00113245;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317803;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:18:7:0:0:18:11:0:0 chr1 92647223 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.58;QD=52.6131;RBI=0.038502;REFB=0;REVB=0.0373091;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113175;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 92647532 . C A 593.08 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1862;QD=60.8292;RBI=0.0255939;REFB=0;REVB=0.0255676;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12327e-05;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr1 92889408 . C T 561.34 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245998;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8656;QD=57.5732;RBI=0.0295147;REFB=-0.105153;REVB=-0.0163085;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000894994;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:1:0:24:14:1:0 chr1 92946479 . G A 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9932;QD=50.4019;RBI=0.0684299;REFB=0;REVB=0.0621102;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195836;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr1 92974595 . G A 1218.92 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00888911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.437;QD=58.7431;RBI=0.0101259;REFB=-0.0238602;REVB=-0.00484942;RO=2;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000281591;STB=0.500149;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=5.47994e-06;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:40:41:1:1:40:41:1:1 chr1 92979124 . G A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1554;QD=42.1751;RBI=0.0778156;REFB=0;REVB=-0.0579954;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00392546;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 92979354 . A G 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.841;QD=62.3449;RBI=0.0366915;REFB=0;REVB=-0.0110213;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118471;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:37:6:0:0:37:6:0:0 chr1 93089823 . T C 658.09 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.055751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8583;QD=59.8261;RBI=0.0919186;REFB=-0.120434;REVB=0.0730812;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00738977;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:0:1:44:43:0.977273:19:25:0:0:18:25:0:1 chr1 93160902 . T C 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9676;QD=53.8991;RBI=0.0776581;REFB=0;REVB=0.0329518;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183027;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr1 93306317 . G A 920.61 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3305;QD=58.4517;RBI=0.0713623;REFB=0;REVB=0.0708327;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408169;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:33:28:0:0:35:28:0:0 chr1 93307908 . T A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2319;QD=62.6691;RBI=0.0279612;REFB=0;REVB=0.0264571;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226493;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 93311708 . G A 1398.91 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7733;QD=61.4904;RBI=0.0325615;REFB=0;REVB=-0.0318707;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428934;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:89:91:1:34:55:0:0:34:57:0:0 chr1 93440474 . T C 306.78 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.258;QD=53.3532;RBI=0.0528289;REFB=0;REVB=0.0136137;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175441;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr1 93580581 . G C 1026.98 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.641;QD=59.5348;RBI=0.0408664;REFB=0;REVB=0.038818;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90458e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:32:35:0:0:33:36:0:0 chr1 93581024 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00108555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.382;QD=16.9312;RBI=0.0187356;REFB=-0.0340077;REVB=0.0187042;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784743;STB=0.545377;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0378224;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:7:5:4:8:7:5 chr1 93603183 . C CAT,T 333.42 PASS AF=0.450704,0.056338;AO=30,6;DP=71;FAO=32,4;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14,0;FSAR=18,4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0285215,-0.0326921;FXX=0.013887;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=113.544,41.9053;QD=18.7844;RBI=0.0314566,0.136662;REFB=-0.0400837,-0.0190254;REVB=-0.0132681,-0.132694;RO=34;SAF=14,0;SAR=16,6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142097,-0.707689;STB=0.584363,0.997699;STBP=0.223,0.016;TYPE=ins,snp;VARB=0.0509968,-0.00772131;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:30,6:32,4:0.450704,0.056338:16,6:14,0:21:13:18,4:14,0:21:14 chr1 93617546 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4453;QD=60.6099;RBI=0.0948021;REFB=0;REVB=0.0906742;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193279;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 93620393 . G A 79.94 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00752819;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.322;QD=13.3236;RBI=0.0135215;REFB=-0.0208729;REVB=0.011232;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.624739;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0358376;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:24:13:14:10:10:0.416667:3:7:6:7:3:7:7:7 chr1 93646433 . T C 186.65 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00194663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.462;QD=27.6514;RBI=0.00458424;REFB=-0.0184277;REVB=0.00415041;RO=6;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751155;STB=0.523535;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0089959;OID=.;OPOS=93646433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:6:9:17:18:0.666667:12:5:1:5:13:5:2:7 chr1 93672688 . C T 68.62 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00387941;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.128;QD=8.5774;RBI=0.0079191;REFB=-0.00392522;REVB=0.00690379;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140769;STB=0.514676;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00936386;OID=.;OPOS=93672688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:33:32:22:22:9:10:0.3125:2:7:15:7:3:7:15:7 chr1 93672723 . A C 546.64 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0221034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.6492;QD=48.5905;RBI=0.0479249;REFB=-0.0222063;REVB=0.0425234;RO=6;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132903;STB=0.571391;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000648957;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:6:6:39:39:0.866667:13:26:1:5:13:26:1:5 chr1 93720070 . C G 225.56 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.01146;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.332;QD=19.6141;RBI=0.0134706;REFB=-0.00560006;REVB=-0.00707993;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171306;STB=0.588532;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0056661;OID=.;OPOS=93720070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:24:22:22:0.478261:9:13:19:6:9:13:18:6 chr1 93851295 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.138;QD=60.6082;RBI=0.0233654;REFB=0;REVB=0.0147588;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229557;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 93989028 . C A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0858928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.167;QD=21.9445;RBI=0.0864575;REFB=-0.0196022;REVB=0.00986582;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883617;STB=0.549936;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00742449;OID=.;OPOS=93989028;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:5:7:11:5:5:7 chr1 94037329 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0240356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.216;QD=16.0643;RBI=0.0247608;REFB=-0.0284221;REVB=0.00594861;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607659;STB=0.534221;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0243382;OID=.;OPOS=94037329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:17:9:9:22:17:9:9:22 chr1 94054578 . G A 116.41 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00414072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.833;QD=4.39288;RBI=0.009547;REFB=-0.00415599;REVB=0.00860231;RO=86;SAF=15;SAR=5;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277817;STB=0.680221;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0133694;OID=.;OPOS=94054578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:86:86:20:20:0.188679:5:15:47:39:5:15:47:39 chr1 94341267 . A G 183.83 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0036873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.476;QD=17.9348;RBI=0.00819881;REFB=-0.0196234;REVB=-0.00732286;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517297;STB=0.529381;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0211227;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:7:15:12:7:7:15 chr1 94342564 . C A 187.62 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00527144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.109;QD=12.72;RBI=0.0141554;REFB=-0.0131492;REVB=0.0131373;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193169;STB=0.612608;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0171911;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:22:23:0.389831:14:8:19:16:15:8:19:17 chr1 94343023 . A G 358.74 PASS AF=0.571429;AO=34;DP=61;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0156313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.383;QD=22.7774;RBI=0.0157542;REFB=-0.00354131;REVB=0.00196439;RO=27;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210469;STB=0.511951;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00255654;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:27:27:34:36:0.571429:16:18:15:12:17:19:15:12 chr1 94343233 . T C 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0115178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.507;QD=15.8864;RBI=0.0138137;REFB=-0.0257982;REVB=-0.00762616;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130681;STB=0.573725;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0281631;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:13:20:20:22:13:20:20:22 chr1 94344716 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0171939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.961;QD=17.1565;RBI=0.0206625;REFB=-0.0290624;REVB=0.0114589;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.506571;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0313785;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:12:8:7:10:12:8 chr1 94471075 . A G 927.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155679;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9075;QD=58.8604;RBI=0.0499143;REFB=0;REVB=0.0474244;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165544;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr1 94484123 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0103142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.305;QD=20.274;RBI=0.0184437;REFB=0.00401569;REVB=0.0152901;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174666;STB=0.598427;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00680888;OID=.;OPOS=94484123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:14:10:14:9:14:10 chr1 94578548 . T C 429.38 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.333;QD=57.2502;RBI=0.0891604;REFB=0;REVB=-0.00360516;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972022;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:17:10:0:0:20:10:0:0 chr1 94639337 . A G 223.32 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.679;QD=49.6255;RBI=0.0184435;REFB=0;REVB=-0.000221969;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86013e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:6:12:0:0 chr1 94639447 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.275;QD=45.8066;RBI=0.0233781;REFB=0;REVB=0.016893;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36673e-06;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr1 95001600 . A C 872.64 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657343;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.042;QD=58.1761;RBI=0.0123878;REFB=0;REVB=0.0104999;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123623;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr1 95330372 . G A 1175.3 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239873;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.338;QD=61.0548;RBI=0.0248783;REFB=0;REVB=0.00659834;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70715e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr1 95709821 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1135;QD=62.019;RBI=0.0737136;REFB=0;REVB=0.0585931;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147978;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr1 95709939 . T G 349.84 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0265449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.698;QD=17.7132;RBI=0.0272475;REFB=-0.0154537;REVB=-0.00614761;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386384;STB=0.521608;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0151353;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:17:20:21:21:17:20:21:21 chr1 97189091 . G A 785.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4103;QD=56.1;RBI=0.010616;REFB=0;REVB=-0.00935189;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42587e-05;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:20:34:0:0:21:35:0:0 chr1 97272456 . A G 412.89 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00740339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.423;QD=21.449;RBI=0.00742503;REFB=-0.00367851;REVB=-0.000566438;RO=34;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231943;STB=0.628036;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00225794;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:36:41:41:0.532468:26:15:22:12:26:15:23:13 chr1 97915624 . A G 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0243695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1112;QD=18.3349;RBI=0.116837;REFB=-0.00339753;REVB=-0.114267;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205772;STB=0.624931;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000300829;OID=.;OPOS=97915624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:33:37:35:35:0.486111:15:20:11:22:15:20:12:25 chr1 98348885 . G A 593.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00498158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.019;QD=24.7144;RBI=0.0217364;REFB=-0.015599;REVB=0.0211578;RO=42;SAF=25;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106104;STB=0.505812;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0157766;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:29:25:20:22:29:25:20:22 chr1 99127392 . T C 280.97 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6754;QD=51.0858;RBI=0.108717;REFB=0;REVB=0.103904;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361987;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:8:14:0:0 chr1 99156634 . T A 479.98 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.034314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.762;QD=17.142;RBI=0.0358571;REFB=-0.015988;REVB=-0.010406;RO=60;SAF=30;SAR=21;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455949;STB=0.52084;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0130575;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:60:51:52:0.464286:21:30:38:22:21:31:38:22 chr1 99225627 . G A 1060.75 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100834;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.626;QD=59.7608;RBI=0.0174429;REFB=0;REVB=-0.014233;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00324e-05;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:42:27:0:0:44:27:0:0 chr1 100155217 . TCC TC,TCT 36.94 PASS AF=0.212766,0.0425532;AO=12,2;DP=47;FAO=10,2;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=9,1;FSAR=1,1;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00227856,-0.0527185;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.497,186.44;QD=3.1442;RBI=0.130025,0.0599668;REFB=-0.0418609,-0.00788641;REVB=0.130005,0.0285794;RO=31;SAF=11,1;SAR=1,1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.555393,-0.0426356;STB=0.831578,0.56691;STBP=0.032,0.836;TYPE=del,snp;VARB=0.0738964,0.0506335;OID=.,.;OPOS=100155218,100155219;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766,0.0425532:12,2:47:10,2:47:35:9,1:1,1:20:15:28:31:11,1:1,1:17:14 chr1 100203648 . C T 486.8 PASS AF=0.473684;AO=51;DP=111;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0263025;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4603;QD=17.0806;RBI=0.0291936;REFB=-0.00947891;REVB=-0.0126667;RO=60;SAF=33;SAR=18;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490812;STB=0.538447;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0261668;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:60:60:51:54:0.473684:18:33:36:24:18:36:36:24 chr1 100203693 . G A 558.98 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0324291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8671;QD=17.468;RBI=0.0340601;REFB=-0.017061;REVB=-0.0104138;RO=69;SAF=39;SAR=20;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996371;STB=0.555536;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0216464;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:20:39:39:30:20:39:39:30 chr1 100336361 . C T 456.36 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0009753;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.788;QD=20.0598;RBI=0.00235916;REFB=-0.00767819;REVB=-0.00214812;RO=45;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199606;STB=0.615669;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00735667;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:46:45:45:0.494505:27:18:28:17:27:18:29:17 chr1 100340787 . G A 222.74 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0383761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3842;QD=18.9563;RBI=0.0606655;REFB=-0.0359551;REVB=-0.0469848;RO=25;SAF=17;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158474;STB=0.590482;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0365021;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:5:17:16:9:5:17:16:9 chr1 100598866 . GC AT 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514728;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.921;QD=63.583;RBI=0.0174882;REFB=0;REVB=0.0167136;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.9758e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 100672060 . T C 1660.03 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.522;QD=60.3645;RBI=0.035811;REFB=0;REVB=0.0313595;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23762e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:50:58:0:0:51:59:0:0 chr1 100985518 . A G 39.99 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.00774871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.176;QD=1.55303;RBI=0.0164507;REFB=-0.00444558;REVB=-0.0145115;RO=92;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767232;STB=0.556175;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0314617;OID=.;OPOS=100985518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:103:103:92:93:10:10:0.0970874:7:3:33:59:7:3:33:60 chr1 101005855 . T C 1090.36 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.074;QD=57.3875;RBI=0.0181408;REFB=-0.00118204;REVB=0.0136039;RO=2;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342327;STB=0.50181;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=4.68499e-05;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:42:32:1:1:42:32:1:1 chr1 101006577 . A G 736.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6407;QD=62.6643;RBI=0.0937864;REFB=0;REVB=-0.0149334;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225901;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr1 101007036 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00716838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.064;QD=14.8514;RBI=0.00958715;REFB=-0.00817171;REVB=0.00636615;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179564;STB=0.627448;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0131105;OID=.;OPOS=101007036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:13:6:13:14:13:6:15:14 chr1 101007055 . C T 632.22 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.151;QD=61.6801;RBI=0.0446274;REFB=0;REVB=-0.0223022;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13337e-05;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr1 101203827 . G A 944.42 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127605;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.139;QD=57.2375;RBI=0.018678;REFB=-0.0844148;REVB=0.0136396;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013692;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000446822;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:34:31:0:1:34:31:0:1 chr1 103352451 . A G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00495326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9662;QD=16.5611;RBI=0.013591;REFB=0.00120434;REVB=0.0126562;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591833;STB=0.533309;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00124516;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:18:13:13:14:18:13 chr1 103354115 . T C 486.22 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0304125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0518;QD=21.3722;RBI=0.0326384;REFB=-0.0022879;REVB=-0.0118468;RO=44;SAF=27;SAR=20;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559622;STB=0.530875;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00287972;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:20:27:28:16:20:27:28:16 chr1 103354138 . A G 492.37 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00356655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.744;QD=17.4291;RBI=0.0198309;REFB=-0.0150465;REVB=0.0195075;RO=60;SAF=33;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104424;STB=0.558141;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0139807;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:20:33:31:29:20:33:31:29 chr1 103354428 . A G 254.38 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.009193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.371;QD=13.0449;RBI=0.00931104;REFB=-0.00306353;REVB=0.00147787;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223938;STB=0.512812;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00464263;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:15:15:23:25:15:15:23:25 chr1 103379918 . G A 613.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0874727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.822;QD=61.3149;RBI=0.121487;REFB=0;REVB=0.0843067;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85038e-05;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 103444679 . T G 680.94 PASS AF=0.945455;AO=50;DP=54;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0454119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.509;QD=49.5229;RBI=0.0454163;REFB=-0.0707309;REVB=0.000629919;RO=4;SAF=32;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209902;STB=0.519077;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0025125;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:54:55:4:3:50:52:0.945455:18:32:2:2:18:34:1:2 chr1 103471456 . CCAT C 522.12 PASS AF=0.537313;AO=78;DP=174;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=71;FSRF=10;FSRR=52;FWDB=-0.0288346;FXX=0.439312;HRUN=2;LEN=3;MLLD=233.738;QD=15.5857;RBI=0.030203;REFB=-0.0244624;REVB=-0.00898823;RO=14;SAF=32;SAR=46;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067825;STB=0.863775;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.026011;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537313:78:174:72:134:62:1:71:10:52:99:14:32:46:9:5 chr1 104076462 . C T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00606311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.344;QD=13.5806;RBI=0.0178668;REFB=0.00227271;REVB=-0.0168066;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350703;STB=0.70154;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00549686;OID=.;OPOS=104076462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:21:7:10:7:21:7 chr1 104079968 . A T 287.47 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00675239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.984;QD=16.9102;RBI=0.0360713;REFB=-0.0304529;REVB=-0.0354337;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110374;STB=0.550435;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0241799;OID=.;OPOS=104079968;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:12:19:18:18:13:19:18:18 chr1 107347089 . T C 1060.93 PASS AF=0.531579;AO=101;DP=190;FAO=101;FDP=190;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=0.000896409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2098;QD=22.3353;RBI=0.0918525;REFB=-0.0109224;REVB=0.0918481;RO=89;SAF=49;SAR=52;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108228;STB=0.55908;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0105264;OID=.;OPOS=107347089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:89:89:101:101:0.531579:52:49:32:57:52:49:32:57 chr1 107600869 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0100373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.605;QD=13.0149;RBI=0.0100842;REFB=-0.00459163;REVB=0.000971555;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17012;STB=0.5877;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00621678;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:11:9:19:12:11:9:19:13 chr1 107979396 . A C 2667.43 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365824;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.864;QD=62.0333;RBI=0.0261657;REFB=0;REVB=0.0259087;RO=0;SAF=88;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91478e-06;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:172:0:0:170:172:1:82:88:0:0:83:89:0:0 chr1 108113438 . A C 33.86 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0344316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.472;QD=3.76252;RBI=0.0440919;REFB=-0.0125668;REVB=-0.0275419;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200694;STB=0.641031;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0577367;OID=.;OPOS=108113438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:15:15:2:4:15:15 chr1 108113449 . C T 33.74 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0305866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2632;QD=3.74896;RBI=0.050125;REFB=-0.00420658;REVB=-0.0397112;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163179;STB=0.614991;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0185403;OID=.;OPOS=108113449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:16:14:2:4:16:14 chr1 108113510 . G T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.000622553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.702;QD=8.69804;RBI=0.00513608;REFB=-0.0132839;REVB=-0.00509821;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301111;STB=0.68373;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0238689;OID=.;OPOS=108113510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:4:10:3:4:4:10 chr1 108113526 . C G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9339;QD=48.7236;RBI=0.204238;REFB=0;REVB=0.00278418;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391293;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 108113856 . G A 160.67 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0279154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.707;QD=8.68465;RBI=0.0453213;REFB=-0.0171249;REVB=-0.0357036;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23081;STB=0.629425;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0226663;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:51:52:22:22:0.297297:13:9:31:20:13:9:31:21 chr1 108113865 . G A 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0128544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.139;QD=8.26655;RBI=0.0268254;REFB=-0.0144074;REVB=-0.023545;RO=49;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143327;STB=0.585527;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0263081;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:11:9:28:21:11:9:28:21 chr1 108115145 . T C 1395.66 PASS AF=0.978723;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0359386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5445;QD=59.3896;RBI=0.0392279;REFB=-0.0408218;REVB=0.015724;RO=1;SAF=52;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902668;STB=0.501411;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0104926;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:94:1:2:88:92:0.978723:36:52:1:0:40:52:1:1 chr1 108313258 . C T 177.32 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0265101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8281;QD=14.4749;RBI=0.0439674;REFB=0.0274307;REVB=-0.0350763;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154777;STB=0.608398;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0239966;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:30:19:19:0.387755:11:8:16:12:11:8:18:12 chr1 109173710 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0572765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9027;QD=15.6995;RBI=0.0836633;REFB=0.0221425;REVB=-0.0609832;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577205;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0813696;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:10:5:7:11:10:5:7:12 chr1 109265029 . G T 359.94 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00999988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9886;QD=13.844;RBI=0.0121728;REFB=-0.00315131;REVB=-0.00694119;RO=58;SAF=17;SAR=25;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993941;STB=0.548018;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00498058;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:58:62:42:42:0.403846:25:17:29:29:25:17:30:32 chr1 109268573 . T C 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00788317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.353;QD=13.5533;RBI=0.0209883;REFB=-0.0159631;REVB=0.0194516;RO=40;SAF=7;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275388;STB=0.658412;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0161819;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:20:7:20:20:20:7:20:20 chr1 109351501 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00820949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.782;QD=9.91657;RBI=0.0219771;REFB=0.00299882;REVB=0.0203862;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00718442;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:10:7:3:6:10:7 chr1 109369915 . G T 323.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.168;QD=53.8757;RBI=0.0606654;REFB=0;REVB=0.0210832;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73749e-05;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr1 109380200 . G T 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00491695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5238;QD=17.7512;RBI=0.00940339;REFB=-0.0304626;REVB=0.00801544;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0252711;OID=.;OPOS=109380200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:14:13:12:13:14:13 chr1 109394593 . A C 314.4 PASS AF=0.515152;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00447563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.725;QD=19.0548;RBI=0.0119607;REFB=-0.0297188;REVB=0.0110917;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174395;STB=0.589595;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0140489;OID=.;OPOS=109394593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:32:32:34:0.515152:21:11:17:15:22:12:17:15 chr1 109394609 . T A 214.12 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00463096;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.873;QD=14.7667;RBI=0.0056986;REFB=-0.0144225;REVB=0.00332089;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159476;STB=0.590835;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0207882;OID=.;OPOS=109394609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:16:9:17:16:16:9:17:16 chr1 109395105 . C T 303.31 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00780523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.156;QD=25.8135;RBI=0.0140995;REFB=-0.0242588;REVB=-0.011742;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579177;STB=0.541033;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.019468;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:12:15:12:7:12:15:13:7 chr1 109461341 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00362494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.984;QD=12.7913;RBI=0.011082;REFB=-0.0103174;REVB=-0.0104723;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229769;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0278456;OID=.;OPOS=109461341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:12:11:7:7:12:11 chr1 109465165 . ACTT A 375.65 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00202161;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.932;QD=18.1034;RBI=0.0173479;REFB=-0.00321375;REVB=0.0172298;RO=41;SAF=28;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139678;STB=0.577483;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.00298047;OID=.;OPOS=109465166;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46988:39:83:39:83:44:28:11:26:18:99:41:28:11:24:17 chr1 109466858 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0566816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.334;QD=10.0747;RBI=0.0568266;REFB=-0.000175571;REVB=0.0040563;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.000100189;OID=.;OPOS=109466858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:6:8:5:3:6:8 chr1 109472773 . G A 1455.1 PASS AF=0.969072;AO=92;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0429918;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5191;QD=60.004;RBI=0.0679816;REFB=-0.0405105;REVB=0.0526612;RO=3;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026563;STB=0.513511;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00181935;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:92:94:0.969072:52:40:0:3:54:40:0:3 chr1 109479978 . G T 105.08 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0375759;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5628;QD=10.2517;RBI=0.0431607;REFB=0.00822359;REVB=-0.0212344;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204435;STB=0.622042;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0157863;OID=.;OPOS=109479978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:10:18:6:7:10:18 chr1 109486196 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.383;QD=57.6805;RBI=0.080359;REFB=0;REVB=0.0404149;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702597;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 109486222 . G A 79.91 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.013262;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.011;QD=14.5289;RBI=0.0292796;REFB=-0.0406047;REVB=-0.0261039;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.660047;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0478197;OID=.;OPOS=109486222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:13:12:9:10:0.454545:3:6:6:7:3:7:5:7 chr1 109493033 . T C 298.42 PASS AF=0.65;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.025392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.641;QD=29.842;RBI=0.0340788;REFB=-0.020122;REVB=0.0227291;RO=13;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123377;OID=.;OPOS=109493033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:14:26:26:0.65:13:13:6:7:13:13:7:7 chr1 109656946 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.049;QD=61.0491;RBI=0.0532045;REFB=0;REVB=0.0529745;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41164e-05;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr1 109704618 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.867;QD=40.7628;RBI=0.0623898;REFB=0;REVB=-0.0154972;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252584;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 109735298 . T C 567.46 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217897;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.133;QD=58.2015;RBI=0.022606;REFB=-0.0920772;REVB=0.00602027;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=4.37682e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr1 109735416 . A C 569.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.594;QD=59.9793;RBI=0.0814612;REFB=0;REVB=0.00718817;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120108;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:23:12:0:0:23:15:0:0 chr1 109737063 . C T 68.02 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.026151;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.692;QD=10.077;RBI=0.0565554;REFB=-0.0298676;REVB=0.0501462;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356588;STB=0.705928;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0497608;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:27:27:17:18:9:9:0.333333:7:2:9:8:7:2:9:9 chr1 109737090 . G A 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0720468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6527;QD=12.481;RBI=0.0720489;REFB=0.00715517;REVB=-0.000541647;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857274;STB=0.550932;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0102189;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:6:13:9:3:6:13 chr1 109737132 . T C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0145581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.718;QD=18.3009;RBI=0.0145654;REFB=0.0033452;REVB=-0.000461352;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141289;STB=0.579876;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00416565;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:7:16:11:9:7:16 chr1 109737172 . C T 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0269042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.945;QD=17.427;RBI=0.0283306;REFB=-0.0214943;REVB=0.00887602;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211944;STB=0.620226;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0137611;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:7:16:9:10:7:16 chr1 109742485 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.17;QD=60.2306;RBI=0.0206572;REFB=0;REVB=0.015139;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22408e-05;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr1 109745618 . T C 1396.39 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.784;QD=62.7593;RBI=0.0499521;REFB=0;REVB=0.0149377;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144046;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:56:31:0:0:57:32:0:0 chr1 109771063 . T C 824.33 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.712;QD=56.8501;RBI=0.111253;REFB=0;REVB=0.111195;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076769;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr1 109794252 . T C 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3676;QD=57.8713;RBI=0.0481963;REFB=0;REVB=0.028629;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6695e-05;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr1 109795608 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9125;QD=51.9119;RBI=0.0688482;REFB=0;REVB=-0.00915326;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204493;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 109806834 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0174535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.99;QD=14.0966;RBI=0.0191576;REFB=-0.0056151;REVB=0.00789867;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00668825;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:8:6:3:8:8:6 chr1 109807099 . G A 427.96 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0129052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.114;QD=19.4529;RBI=0.0140043;REFB=-0.00609769;REVB=0.00543839;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199886;STB=0.511106;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0056005;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:21:22:24:21:21:22:24:21 chr1 109810544 . C A 375.23 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0196753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.817;QD=12.6126;RBI=0.0260647;REFB=-0.0182375;REVB=-0.0170955;RO=70;SAF=18;SAR=27;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629054;STB=0.546371;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0355751;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:74:45:45:0.378151:27:18:32:38:27:18:35:39 chr1 109816176 . AG CG,GC 199.11 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=14,2;DP=16;FAO=14,3;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=11,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137234,-0.0102165;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=147.581,123.064;QD=46.8501;RBI=0.0147584,0.0108398;REFB=0,0;REVB=-0.00542926,-0.00362258;RO=0;SAF=3,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00144382,0.0143546;OID=.,.;OPOS=109816176,109816176;OREF=A,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:16:17:0:0:14,2:14,3:0.823529,0.176471:11,2:3,0:0:0:11,3:3,0:0:0 chr1 109818263 . G A 1591.13 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200986;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.282;QD=64.2881;RBI=0.0221912;REFB=0;REVB=0.00940708;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72243e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr1 109825360 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.863;QD=57.2026;RBI=0.0141981;REFB=0;REVB=0.011984;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49905e-05;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr1 109836842 . C G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00724347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.866;QD=11.1314;RBI=0.0390609;REFB=-0.00552756;REVB=-0.0383834;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.683837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00970012;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:10:7:7:3:10:7 chr1 109838918 . C T 236.46 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00272689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0089;QD=15.7641;RBI=0.0565233;REFB=-0.0328291;REVB=0.0564575;RO=30;SAF=19;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406754;STB=0.504421;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0283661;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:33:27:27:0.45:8:19:20:10:8:19:23:10 chr1 109839433 . A G 1679.22 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617739;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.655;QD=60.5124;RBI=0.00846177;REFB=0;REVB=0.00578286;RO=0;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05581e-05;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:70:40:0:0:71:40:0:0 chr1 109856306 . G A 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4558;QD=60.5442;RBI=0.0486238;REFB=0;REVB=0.0402811;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106945;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr1 109856384 . CAA C 487.67 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145768;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=24.7764;QD=44.3337;RBI=0.155305;REFB=0;REVB=-0.053585;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000109416;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:38:44:44:0:19:25:0:0:9:0:15:20:0:0 chr1 109884775 . T G 1571.77 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9146;QD=59.8769;RBI=0.0672558;REFB=0;REVB=0.0546078;RO=0;SAF=30;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519742;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:75:30:0:0:75:30:0:0 chr1 109897103 . A G 944.04 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9088;QD=58.0946;RBI=0.0346624;REFB=0;REVB=0.0310593;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250877;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:35:30:0:0 chr1 110089102 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00594373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8266;QD=14.9787;RBI=0.0090907;REFB=0.00940287;REVB=-0.00687844;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289235;STB=0.66637;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0097758;OID=.;OPOS=110089102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:9:2:5:5:9:2 chr1 110134183 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00251748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.791;QD=11.0866;RBI=0.00265922;REFB=-0.00228062;REVB=-0.000856594;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242723;STB=0.645339;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0102801;OID=.;OPOS=110134183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:12:13:4:9:12:13 chr1 110134217 . C T 144.82 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0137381;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.504;QD=14.8529;RBI=0.0167842;REFB=-0.00630933;REVB=-0.00964224;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131994;STB=0.562834;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00876748;OID=.;OPOS=110134217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:23:16:16:0.410256:6:10:12:12:6:10:12:11 chr1 110136458 . A G 271.25 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0103099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.465;QD=23.5869;RBI=0.012986;REFB=-0.0144286;REVB=0.00789574;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149847;STB=0.516683;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0117507;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:24:25:0.543478:13:11:10:11:14:11:10:11 chr1 110148974 . C T 413.82 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0206207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.328;QD=19.026;RBI=0.030809;REFB=-0.00805069;REVB=-0.0228906;RO=44;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209082;STB=0.505744;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0092789;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:21:21:21:23:21:21:22:23 chr1 110170896 . T C 771.95 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000620141;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.224;QD=57.1816;RBI=0.0161769;REFB=0;REVB=0.016165;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311359;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:35:18:0:0:36:18:0:0 chr1 110173775 . G T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00210695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.155;QD=9.9165;RBI=0.0111921;REFB=-0.00967582;REVB=0.010992;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175982;STB=0.608434;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0240153;OID=.;OPOS=110173775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:6:11:7:2:6:11 chr1 110201699 . T C 451.06 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00656273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3044;QD=17.0213;RBI=0.0768616;REFB=0.0126407;REVB=-0.0765809;RO=56;SAF=28;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141216;STB=0.578481;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0155108;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:22:28:23:33:22:28:23:33 chr1 110201809 . G T 408.41 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00638189;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.204;QD=17.3792;RBI=0.0204918;REFB=-0.0066512;REVB=-0.0194727;RO=52;SAF=15;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887335;STB=0.549815;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0174712;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:52:52:42:42:0.446809:27:15:23:29:27:15:23:29 chr1 110201812 . A G 401.36 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.011455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.392;QD=16.3821;RBI=0.0115704;REFB=-0.0189105;REVB=0.00163003;RO=56;SAF=15;SAR=27;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113865;STB=0.564189;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0370559;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:27:15:26:30:27:15:26:30 chr1 110210780 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.228;QD=40.7629;RBI=0.090815;REFB=0;REVB=0.0701457;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110788;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 110279701 . C T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000708339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.937;QD=25.3679;RBI=0.0297346;REFB=-0.0323728;REVB=-0.0297262;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276164;STB=0.653698;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0386053;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:14:7:10:4:14:7:10:4 chr1 110282972 . G T 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0303731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.563;QD=13.036;RBI=0.0305478;REFB=0.00400136;REVB=0.00326219;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193956;STB=0.614294;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00698018;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:14:18:13:5:14:18 chr1 110295772 . T C 651.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000381003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.565;QD=62.0848;RBI=0.0768188;REFB=0;REVB=0.0768178;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171844;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr1 110300441 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.091;QD=59.3228;RBI=0.0049927;REFB=0;REVB=-0.00438887;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6143e-05;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr1 110300504 . A G 1026.11 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6677;QD=59.4844;RBI=0.0419721;REFB=0;REVB=-0.0380036;RO=0;SAF=55;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468111;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:14:55:0:0:14:55:0:0 chr1 110301260 . C T 333.83 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0845561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8531;QD=26.7064;RBI=0.0849133;REFB=-0.0181802;REVB=-0.00778007;RO=20;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371867;STB=0.505356;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0140924;OID=.;OPOS=110301260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:19:10:6:14:19:10:7:14 chr1 110466338 . C A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00185347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.185;QD=20.8931;RBI=0.0178605;REFB=-0.0449549;REVB=-0.0177641;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256073;STB=0.514676;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0179464;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:2:4:7:3:2:4 chr1 110466466 . T C 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0302942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4331;QD=13.6611;RBI=0.0873449;REFB=-0.0395329;REVB=-0.0819231;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146058;STB=0.585244;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0270622;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:12:9:8:6:12:9 chr1 110466555 . G A 358.83 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00538237;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.01;QD=17.0873;RBI=0.00634753;REFB=-0.013818;REVB=0.00336471;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220208;STB=0.620287;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0204767;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:46:38:38:0.452381:20:18:31:13:20:18:32:14 chr1 110466709 . T C 3219.52 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1456;QD=61.9138;RBI=0.0144013;REFB=0;REVB=0.00199707;RO=0;SAF=100;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73815e-05;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:108:100:0:0:108:100:0:0 chr1 110466810 . C A 673.35 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0415046;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.817;QD=19.9512;RBI=0.0462867;REFB=-0.012136;REVB=0.0204897;RO=67;SAF=36;SAR=31;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134697;STB=0.57756;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0189452;OID=.;OPOS=110466810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:67:68:67:67:0.496296:31:36:26:41:31:36:26:42 chr1 110467745 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.251;QD=57.1062;RBI=0.0186234;REFB=0;REVB=-0.0183632;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76586e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr1 110738296 . G A 488.34 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0080973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.744;QD=15.3809;RBI=0.0238074;REFB=-0.0183448;REVB=0.0223881;RO=73;SAF=23;SAR=31;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111341;STB=0.562459;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0297465;OID=.;OPOS=110738296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:31:23:39:34:31:23:39:34 chr1 110742085 . T C 528.22 PASS AF=0.478632;AO=54;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0024903;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.884;QD=18.0589;RBI=0.00269883;REFB=0.000506047;REVB=-0.00104022;RO=60;SAF=24;SAR=30;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106743;STB=0.510674;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.000596925;OID=.;OPOS=110742085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:61:54:56:0.478632:30:24:26:34:31:25:26:35 chr1 110882444 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.791;QD=51.9153;RBI=0.0496162;REFB=0;REVB=0.0366925;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359079;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 110883569 . A T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.032526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3824;QD=8.81168;RBI=0.0414211;REFB=0.0050779;REVB=-0.0256469;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585383;STB=0.50359;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0142669;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:7:16:7:3:7:16 chr1 110883917 . A G 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0161041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.24;QD=14.4117;RBI=0.0164549;REFB=-0.00447092;REVB=-0.00337946;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262362;STB=0.651495;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0104124;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:10:18:7:11:10:18 chr1 110884840 . AG A 465.52 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200618;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.532;QD=35.1337;RBI=0.226054;REFB=0;REVB=0.104177;RO=3;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.285418;SSSB=0.00507687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00839087;OID=.;OPOS=110884841;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:48:53:53:0:17:36:0:0:10:3:16:27:1:2 chr1 110924353 . G A 95.45 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00195913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3627;QD=11.2289;RBI=0.032542;REFB=0.0149055;REVB=0.0324829;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248495;STB=0.60854;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0142356;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:20:22:12:12:0.352941:9:3:2:18:9:3:3:19 chr1 110949720 . C T 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0205278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2992;QD=19.5182;RBI=0.0206832;REFB=-0.0017124;REVB=-0.00253118;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20728;STB=0.614788;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00224385;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:20:6:13:15:20:6 chr1 110998854 . G A,C 879.87 PASS AF=0.921875,0.0625;AO=59,4;DP=64;FAO=59,4;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32,4;FSAR=27,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153048,0.0128292;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=136.436,150.389;QD=54.9919;RBI=0.0595161,0.0235719;REFB=-0.11734,-0.086963;REVB=0.0575146,0.019775;RO=0;SAF=32,4;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.96591e-08,0;STB=0.50769,0.5;STBP=0.516,1;TYPE=snp,snp;VARB=-1.7207e-05,0.156303;OID=.,.;OPOS=110998854,110998854;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:64:64:0:1:59,4:59,4:0.921875,0.0625:27,0:32,4:0:0:27,0:32,4:1:0 chr1 111060669 . T C 1064.7 PASS AF=1;AO=58;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167191;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.226;QD=59.983;RBI=0.0299951;REFB=0;REVB=0.0249034;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94145e-05;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:58:71:1:39:19:0:0:40:31:0:0 chr1 111061011 . C A 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00551414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.218;QD=12.3176;RBI=0.00657823;REFB=-0.014045;REVB=0.00358712;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216463;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:12:15:25:20:12:15:25:20 chr1 111061062 . T C 1236.32 PASS AF=0.923077;AO=87;DP=94;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000869364;FXX=0.0319115;HRUN=6;LEN=1;MLLD=358.591;QD=54.3436;RBI=0.00987566;REFB=-0.00713587;REVB=-0.00983732;RO=6;SAF=43;SAR=44;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210269;STB=0.504581;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.000581059;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:94:91:6:7:87:84:0.923077:44:43:4:2:41:43:4:3 chr1 111441829 . C T 328.96 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0436755;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.622;QD=15.3003;RBI=0.103137;REFB=0.0133534;REVB=-0.0934325;RO=51;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030457;STB=0.523243;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0196127;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:50:36:36:0.418605:18:18:24:27:18:18:23:27 chr1 111584463 . G GT 118.48 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0297026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.3259;QD=7.52248;RBI=0.0338429;REFB=0.0309194;REVB=0.0162201;RO=41;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880844;STB=0.551467;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=-0.0552221;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349206:22:63:22:63:41:14:8:23:18:99:41:14:8:23:18 chr1 111584509 . G A 201.21 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0154819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7321;QD=12.1947;RBI=0.051758;REFB=-0.00136602;REVB=0.0493882;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126174;STB=0.555511;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00366097;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:41:24:25:0.378788:15:9:20:21:15:10:20:21 chr1 111726869 . G A 316.62 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0201297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5305;QD=17.8375;RBI=0.022675;REFB=-0.0362491;REVB=-0.0104379;RO=36;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154837;STB=0.601477;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0448528;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:33:34:0.478873:9:24:21:15:9:25:21:16 chr1 111773568 . G C 207.83 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0408932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7206;QD=17.3188;RBI=0.0442188;REFB=-0.000894903;REVB=0.016824;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368808;STB=0.523787;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00269276;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:20:21:0.4375:14:6:7:19:14:7:8:19 chr1 111783982 . C A 589.63 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0178914;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.333;QD=25.9177;RBI=0.0469238;REFB=-0.0127648;REVB=-0.043379;RO=37;SAF=24;SAR=29;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503132;STB=0.508769;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00800421;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:37:38:53:53:0.582418:29:24:17:20:29:24:18:20 chr1 111783996 . A G 1483.1 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157697;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.853;QD=62.4464;RBI=0.023626;REFB=0.0534397;REVB=0.0175928;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938906;STB=0.504949;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-6.96548e-08;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:1:1:94:94:0.989474:50:44:0:1:50:44:0:1 chr1 111833488 . C CCT 384.93 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0133032;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=267.073;QD=13.7477;RBI=0.0142199;REFB=-0.0213243;REVB=-0.00502294;RO=66;SAF=25;SAR=20;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215888;STB=0.520375;STBP=0.742;TYPE=ins;VARB=0.0278884;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401786:45:112:45:112:67:24:21:38:29:99:66:25:20:38:28 chr1 111833517 . G A 451.32 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00716512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.984;QD=16.1186;RBI=0.0415435;REFB=0.00151054;REVB=0.0409209;RO=61;SAF=23;SAR=26;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385176;STB=0.519992;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.003542;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:61:62:49:50:0.446429:26:23:31:30:26:24:32:30 chr1 111857154 . T C 586.32 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00301886;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.744;QD=25.492;RBI=0.0139643;REFB=-0.00477839;REVB=0.0136341;RO=38;SAF=33;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055992;STB=0.537261;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00359085;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:38:39:53:53:0.576087:20:33:21:17:20:33:21:18 chr1 111857951 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0152519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.523;QD=22.9824;RBI=0.0214984;REFB=-0.0151121;REVB=0.0151513;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835506;STB=0.546724;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0098179;OID=.;OPOS=111857951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:12:10:9:16:12:10 chr1 111858444 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0102856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.264;QD=11.1975;RBI=0.0514223;REFB=-0.00205903;REVB=-0.0503831;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187185;STB=0.612053;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00248767;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:11:11:4:8:11:11 chr1 111861841 . A G 449.25 PASS AF=0.581081;AO=42;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0204688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.684;QD=24.2836;RBI=0.0274125;REFB=-0.00745398;REVB=0.0182339;RO=31;SAF=16;SAR=26;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570093;STB=0.524387;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00636919;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:31:31:42:43:0.581081:26:16:14:17:26:17:14:17 chr1 111861974 . T C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0115486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.87;QD=15.1533;RBI=0.015413;REFB=-0.0160985;REVB=0.0102075;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751656;STB=0.542446;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0223455;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:15:17:26:17:15:17:26:17 chr1 111862952 . T G 493.87 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.078972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9737;QD=22.9706;RBI=0.079134;REFB=-0.0230592;REVB=0.00506031;RO=39;SAF=24;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179951;STB=0.50099;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0165675;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:23:24:20:19:23:24:20:19 chr1 111957097 . C G 336.16 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0124272;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9723;QD=22.0431;RBI=0.0270113;REFB=-0.00746796;REVB=0.0239829;RO=27;SAF=25;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135734;STB=0.575327;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00594327;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:27:34:34:0.557377:9:25:16:11:9:25:16:11 chr1 111957245 . G A 400.02 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=69;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0129004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.9511;QD=22.8582;RBI=0.0265209;REFB=-0.00998383;REVB=-0.023172;RO=29;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974507;STB=0.503648;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00894792;OID=.;OPOS=111957245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:29:30:39:40:0.571429:22:17:13:16:23:17:13:17 chr1 111957517 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0094792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.88;QD=14.0966;RBI=0.0107226;REFB=-0.0235199;REVB=0.00501196;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166702;STB=0.596848;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.033725;OID=.;OPOS=111957517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:4:10:6:5:4:10 chr1 111957553 . GG TA 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00428091;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=219.924;QD=6.57341;RBI=0.0133244;REFB=-0.0039233;REVB=0.0126179;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873336;STB=0.571206;STBP=0.752;TYPE=mnp;VARB=0.013511;OID=.;OPOS=111957553;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:4:11:4:2:4:12 chr1 111957558 . T G 45.38 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0178989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.9488;QD=7.56276;RBI=0.0179495;REFB=-0.0215192;REVB=-0.00134649;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236049;STB=0.645204;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0316555;OID=.;OPOS=111957558;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:4:13:4:3:4:13 chr1 111957563 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00817623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.726;QD=10.6348;RBI=0.0288727;REFB=-0.0150325;REVB=-0.0276908;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267229;STB=0.657205;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0327706;OID=.;OPOS=111957563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:2:11:5:3:2:11 chr1 111957570 . G C 65.76 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0395227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.244;QD=11.4369;RBI=0.0397982;REFB=-0.00985848;REVB=-0.00467479;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244457;STB=0.64259;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0294411;OID=.;OPOS=111957570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:2:12:6:3:2:12 chr1 111957583 . A G 113.07 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0524488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1391;QD=17.3953;RBI=0.100989;REFB=-0.0314245;REVB=-0.0863013;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100943;STB=0.55744;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0276519;OID=.;OPOS=111957583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:2:11:10:3:2:11 chr1 111957592 . A G 111.32 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0126424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.379;QD=17.1264;RBI=0.0325491;REFB=-0.0223671;REVB=-0.0299935;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198033;STB=0.596881;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0277457;OID=.;OPOS=111957592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:8:4:2:11:9:4:2:11 chr1 111957693 . A G 430.02 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00896683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.51;QD=24.2263;RBI=0.0157768;REFB=0.017221;REVB=-0.0129809;RO=29;SAF=17;SAR=24;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524362;STB=0.522438;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0102096;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:41:42:0.591549:24:17:14:15:24:18:14:15 chr1 112029193 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00691797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.107;QD=11.6334;RBI=0.0106435;REFB=-0.00983699;REVB=-0.00808861;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0105438;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:5:11:4:6:5:11 chr1 112033285 . G C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.029616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9196;QD=14.1954;RBI=0.0348787;REFB=-0.0156242;REVB=-0.0184231;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402526;STB=0.522949;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0207748;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:10:22:15:8:10:22 chr1 112042632 . A G 385.42 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0045728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6658;QD=20.8336;RBI=0.0577263;REFB=-0.0385648;REVB=0.0575449;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502107;STB=0.527764;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0400574;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:19:20:20:15:19:20:20:15 chr1 112045886 . C T 375.26 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=80;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0101127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.597;QD=18.3055;RBI=0.0101216;REFB=-0.0065473;REVB=0.000425529;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229167;STB=0.623091;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00650499;OID=.;OPOS=112045886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:43:43:37:39:0.47561:16:21:14:29:17:22:14:29 chr1 112269872 . G A 802.78 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.926;QD=64.2225;RBI=0.0958244;REFB=0;REVB=0.0932143;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302525;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:42:50:1:16:26:0:0:19:31:0:0 chr1 112298373 . ATTTTTTG ATTTTGTG,ATTTTTG,ATTTTTGT 348.19 PASS AF=0.0487805,0.95122,0;AO=2,15,14;DP=42;FAO=2,39,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,37,0;FSAR=0,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731887,-0.0695899,-0.272276;FXX=0.0238039;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=136.651,10.655,6.74436;QD=33.9695;RBI=0.0742869,0.252775,0.288729;REFB=0,0,0;REVB=0.0127261,0.243007,0.0960718;RO=1;SAF=2,15,14;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.697199,0.844787,0.840867;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.111355,0.00305738,0;OID=.,.,.;OPOS=112298378,112298374,112298379;OREF=T,T,TG;OALT=G,-,GT;OMAPALT=ATTTTGTG,ATTTTTG,ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0487805,0.95122,0:2,15,14:42:2,39,0:41:0:2,37,0:0,2,0:0:0:9:1:2,15,14:0,0,0:0:1 chr1 112308953 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0108422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.794;QD=10.1733;RBI=0.01406;REFB=0.00566868;REVB=0.00895157;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00601396;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr1 112308972 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00400059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.083;QD=9.44485;RBI=0.00755863;REFB=0.0101059;REVB=-0.00641312;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203317;STB=0.624609;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0152587;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:7:3:3:3:7:3 chr1 112524974 . C T 282.41 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0029653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.381;QD=12.4137;RBI=0.00698218;REFB=-0.00909031;REVB=0.00632122;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128067;STB=0.57527;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0158944;OID=.;OPOS=112524974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:58:33:33:0.362637:16:17:21:32:16:17:23:35 chr1 112539061 . A G 167.11 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00736707;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3749;QD=14.531;RBI=0.01029;REFB=-0.0203405;REVB=0.00718403;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173827;STB=0.599896;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0435131;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:8:20:10:8:8:20 chr1 112991698 . T C 192.13 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0396232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.684;QD=22.6036;RBI=0.040097;REFB=-0.0104501;REVB=0.00614554;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940499;STB=0.514836;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00828879;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:7:11:9:6:7:12:9:6 chr1 112999227 . G A 805.69 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7155;QD=64.4549;RBI=0.0681407;REFB=0;REVB=-0.0563762;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012245;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:20:30:0:0 chr1 112999495 . G T 135.24 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0292602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2431;QD=20.0362;RBI=0.0390781;REFB=-0.0303367;REVB=-0.0259025;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296594;OID=.;OPOS=112999495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:5:9:8:4:5:10:8:4 chr1 113000565 . A G 193.12 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00392896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.315;QD=13.794;RBI=0.00418339;REFB=-0.0346209;REVB=0.00143665;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625972;STB=0.520176;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0444382;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:33:23:23:0.410714:9:14:17:14:9:14:19:14 chr1 113000946 . GGTCA G 442.64 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0407228;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=4;MLLD=272.369;QD=40.2402;RBI=0.0450882;REFB=-0.0307206;REVB=0.0193546;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505718;STBP=0.821;TYPE=del;VARB=0.00215237;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931818:39:42:41:44:3:17:24:1:2:6:0:15:24:0:0 chr1 113063125 . A G 403.9 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00763408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.998;QD=31.6782;RBI=0.0181657;REFB=-0.045136;REVB=-0.0164837;RO=15;SAF=23;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060718;STB=0.533006;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0176719;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:13:23:8:7:13:23:8:7 chr1 113083439 . C T 55.74 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00950669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.223;QD=10.6168;RBI=0.0298846;REFB=-0.0171307;REVB=-0.0283322;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0196373;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:21:12:13:6:8:0.380952:4:2:4:8:5:3:5:8 chr1 113093294 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0177194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.836;QD=17.0332;RBI=0.0204631;REFB=-0.0151532;REVB=-0.0102353;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203;STB=0.511615;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0203304;OID=.;OPOS=113093294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:13:9:7:11:13:9 chr1 113232232 . C T 459.49 PASS AF=0.571429;AO=34;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0696454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.006;QD=23.8693;RBI=0.0703405;REFB=-0.00421861;REVB=-0.00986408;RO=33;SAF=7;SAR=27;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120218;STB=0.528485;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00410089;OID=.;OPOS=113232232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:34:44:0.571429:27:7:10:23:28:16:10:23 chr1 113236681 . C T 354.38 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.019063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.233;QD=21.4775;RBI=0.0201047;REFB=-0.00964674;REVB=-0.00638775;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140553;STB=0.507768;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0105249;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:15:21:17:13:15:21:17:13 chr1 113237171 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0553024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.917;QD=12.0517;RBI=0.0557632;REFB=0.00568067;REVB=0.00715441;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.599782;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00339606;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:5:4:7:5:5:4:8:5 chr1 113239382 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00541047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.04;QD=16.5778;RBI=0.00706737;REFB=-0.0204442;REVB=-0.00454693;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685169;STB=0.538438;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0228601;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:24:14:14:18:24:14 chr1 113241052 . T C 465.33 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00793812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.803;QD=26.5905;RBI=0.0120349;REFB=-0.0203999;REVB=0.00904577;RO=26;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179377;STB=0.599956;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0131592;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:26:26:43:44:0.628571:21:22:20:6:22:22:20:6 chr1 113243048 . C T 584.62 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0452545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.786;QD=22.2713;RBI=0.0452547;REFB=-0.0178559;REVB=0.000135644;RO=46;SAF=31;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103309;STB=0.510705;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0158762;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:46:47:58:58:0.552381:27:31:24:22:27:31:24:23 chr1 113255389 . C T 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000179215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.636;QD=58.777;RBI=0.0080592;REFB=0;REVB=0.00805721;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15899e-06;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr1 113456546 . A T 457.21 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0143015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.917;QD=15.4986;RBI=0.0419441;REFB=-0.0308858;REVB=-0.0394306;RO=67;SAF=35;SAR=16;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067722;STB=0.538042;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0360775;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:16:35:42:25:16:35:42:25 chr1 113657092 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.519;QD=44.6898;RBI=0.0177257;REFB=0;REVB=-0.0150712;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09196e-05;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 114301256 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAA,TAAAAAAT 382.44 PASS AF=0.766234,0.181818,0.038961;AO=32,22,3;DP=80;FAO=59,14,3;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44,8,1;FSAR=15,6,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0239411,-0.0125069,-0.0319398;FXX=0.0722804;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.82222,9.43984,192.115;QD=19.8671;RBI=0.0971358,0.0452631,0.0466866;REFB=0.0303525,0.0180153,0.000844496;REVB=-0.0941392,-0.0435009,-0.0340512;RO=11;SAF=31,11,1;SAR=1,11,2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.592752,-0.0274561,-0.228941;STB=0.505616,0.52937,0.665547;STBP=0.645,0.52,0.558;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0492969,0.0483669,0.0455632;OID=.,.,.;OPOS=114301257,114301257,114301263;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.766234,0.181818,0.038961:32,22,3:80:59,14,3:77:1:44,8,1:15,6,2:1:0:19:11:31,11,1:1,11,2:6:5 chr1 114301335 . C T 575.38 PASS AF=0.438849;AO=60;DP=138;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.0231398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.097;QD=16.5577;RBI=0.0246476;REFB=-0.0249937;REVB=-0.00848855;RO=78;SAF=44;SAR=16;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970859;STB=0.557457;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0294053;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:78:78:60:61:0.438849:16:44:51:27:16:45:51:27 chr1 114377568 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.694;QD=51.9165;RBI=0.0358358;REFB=0;REVB=0.00864781;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235249;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 114424601 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1381;QD=60.6091;RBI=0.0906766;REFB=0;REVB=0.0905482;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150773;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr1 114443899 . G A 188.71 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0411188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.466;QD=14.2421;RBI=0.0539072;REFB=-0.00995683;REVB=-0.0348603;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630218;STB=0.517226;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0171104;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:22:22:0.415094:12:10:13:16:12:10:15:16 chr1 114448389 . C T 422.9 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0159717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.972;QD=13.642;RBI=0.0185359;REFB=-0.00517182;REVB=0.0094067;RO=75;SAF=19;SAR=30;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867407;STB=0.549132;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0103341;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:75:49:49:0.395161:30:19:35:40:30:19:35:40 chr1 114449662 . T C 333.17 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0128963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.138;QD=16.4526;RBI=0.0205677;REFB=-0.00957303;REVB=0.0160224;RO=45;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183381;STB=0.603389;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0122705;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:12:24:22:23:12:24:22:23 chr1 114455715 . G A 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0125462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.752;QD=19.9562;RBI=0.0157983;REFB=0.00386056;REVB=0.009601;RO=51;SAF=25;SAR=29;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109958;STB=0.56061;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00318028;OID=.;OPOS=114455715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:29:25:30:21:29:25:30:21 chr1 114505000 . G A 242.12 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0346648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6395;QD=16.9906;RBI=0.0359938;REFB=-0.00469273;REVB=-0.00969077;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110609;STB=0.562131;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00312858;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:12:18:13:14:12:18 chr1 114632114 . TTA T,TT 176.9 PASS AF=0.241379,0.517241;AO=12,14;DP=75;FAO=14,30;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=11,12;FSAR=3,18;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.192408,-0.0338012;FXX=0.226636;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=12.7137,7.79683;QD=12.2003;RBI=0.194348,0.102191;REFB=-0.0840482,-0.0898726;REVB=0.0273904,-0.096439;RO=9;SAF=8,1;SAR=4,13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=0.174365,-0.483655;STB=0.670464,0.532688;STBP=0.109,0.597;TYPE=del,del;VARB=0.00572456,0.0979829;OID=.,.;OPOS=114632115,114632116;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.241379,0.517241:12,14:75:14,30:58:14:11,12:3,18:7:7:32:9:8,1:4,13:4:5 chr1 114680540 . C T 343.18 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0413321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.553;QD=24.0828;RBI=0.0440095;REFB=0.00321168;REVB=-0.0151161;RO=23;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026417;STB=0.514514;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00267264;OID=.;OPOS=114680540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:18:16:10:13:18:16:10:13 chr1 114948281 . A G 179.67 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00371906;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.87;QD=14.9723;RBI=0.00438939;REFB=-0.000160328;REVB=0.00233136;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158338;STB=0.588144;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00014962;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:29:19:19:0.395833:10:9:17:10:10:9:18:11 chr1 115119392 . T C 77.61 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=2.63785e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.047;QD=10.0143;RBI=0.0252126;REFB=-0.0155315;REVB=0.0252126;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35761;STB=0.686764;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0142321;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:31:31:18:20:11:11:0.354839:3:8:7:11:3:8:9:11 chr1 115168097 . T C 308.15 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0123594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0979;QD=18.3969;RBI=0.0165836;REFB=-0.00473114;REVB=0.0110571;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147982;STB=0.582299;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00280234;OID=.;OPOS=115168097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:23:11:16:17:23:11 chr1 115220086 . C T 388.38 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0862085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.135;QD=31.7047;RBI=0.086634;REFB=0.00524218;REVB=0.00857659;RO=16;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225787;STB=0.6315;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00378442;OID=.;OPOS=115220086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:17:32:32:0.653061:14:18:3:13:14:18:3:14 chr1 115401317 . C A,CA 46.55 PASS AF=0,0.45;AO=2,7;DP=20;FAO=0,9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000960118,-0.0794196;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=33.5072,16.8616;QD=9.31017;RBI=0.157198,0.165977;REFB=0.0035725,-0.0682014;REVB=-0.157195,-0.145742;RO=11;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.552517,-0.396358;STB=0.5,0.77345;STBP=1,0.073;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0110212;OID=.,.;OPOS=115401317,115401318;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:20:20:11:11:2,7:0,9:0,0.45:2,6:0,1:5:6:0,8:0,1:5:6 chr1 115428179 . C T 169.44 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00480144;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.304;QD=23.3713;RBI=0.0394585;REFB=-0.0694449;REVB=-0.0391653;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39236;STB=0.719745;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00856354;OID=.;OPOS=115428179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:12:12:17:17:0.586207:5:12:2:10:5:12:2:10 chr1 115537933 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0141;QD=60.2301;RBI=0.03364;REFB=0;REVB=-0.00134868;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534075;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr1 115576023 . A G 920.0 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6936;QD=58.4128;RBI=0.0539982;REFB=0;REVB=0.0533878;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030649;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:27:34:0:0:29:34:0:0 chr1 115590998 . T C 3057.92 PASS AF=0.994845;AO=191;DP=192;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0748934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8449;QD=63.05;RBI=0.105183;REFB=-0.0624367;REVB=0.0738542;RO=1;SAF=108;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570284;STB=0.502924;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000855305;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:194:1:1:191:193:0.994845:83:108:0:1:85:108:0:1 chr1 115604798 . C T 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.912;QD=56.9542;RBI=0.0335725;REFB=0;REVB=0.0267295;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166966;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr1 116149152 . G A 1122.49 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0168564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.843;QD=59.0786;RBI=0.0479408;REFB=-0.163907;REVB=0.0448797;RO=1;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108773;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000759781;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:1:1:75:75:0.986842:43:32:0:1:43:32:0:1 chr1 116206718 . G A 416.11 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00652431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.835;QD=16.1596;RBI=0.0082717;REFB=0.00340225;REVB=-0.00508472;RO=57;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124622;STB=0.569493;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00445522;OID=.;OPOS=116206718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:25:21:19:38:25:21:19:38 chr1 116234313 . A G 647.72 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.411;QD=61.6877;RBI=0.0364716;REFB=0;REVB=0.002921;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001645;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 116234505 . A G 1062.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.965;QD=59.852;RBI=0.083563;REFB=0;REVB=-0.0247848;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160157;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:40:31:0:0 chr1 116236351 . T G 346.82 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00268884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.517;QD=22.3754;RBI=0.00359449;REFB=-0.00967517;REVB=-0.00238547;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210469;STB=0.505573;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00719161;OID=.;OPOS=116236351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:34:35:0.564516:18:16:12:15:19:16:12:15 chr1 116239633 . T G 521.13 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0143683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2924;QD=19.6651;RBI=0.0526663;REFB=-0.0202552;REVB=0.0506684;RO=52;SAF=24;SAR=30;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367075;STB=0.520248;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0218259;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:30:24:21:31:30:24:21:31 chr1 116239751 . A G 560.32 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0655273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.039;QD=17.648;RBI=0.0657584;REFB=-0.013517;REVB=-0.00550815;RO=67;SAF=24;SAR=35;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691861;STB=0.542843;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.014591;OID=.;OPOS=116239751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:68:59:59:0.464567:35:24:32:35:35:24:33:35 chr1 116260532 . A T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00382562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.281;QD=17.167;RBI=0.00799528;REFB=-0.0162119;REVB=0.00702062;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1617;STB=0.59049;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0174905;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:21:11:15:14:21:11 chr1 116382147 . G A 579.33 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00140633;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.412;QD=26.9458;RBI=0.0174093;REFB=-0.0143962;REVB=0.0173524;RO=34;SAF=25;SAR=27;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565392;STB=0.530819;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00586593;OID=.;OPOS=116382147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:34:34:52:52:0.604651:27:25:19:15:27:25:19:15 chr1 116382318 . A G 990.58 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000726702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8077;QD=59.1389;RBI=0.0416756;REFB=0;REVB=-0.0416693;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324171;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:42:25:0:0 chr1 116382511 . A T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.649;QD=62.3493;RBI=0.0296365;REFB=0;REVB=0.00948322;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232046;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 116382778 . T C 1153.44 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4362;QD=60.7074;RBI=0.0577354;REFB=0;REVB=0.0470964;RO=0;SAF=20;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608299;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:55:20:0:0:55:21:0:0 chr1 116383300 . T C 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4583;QD=30.7886;RBI=0.0283401;REFB=0.0347405;REVB=0.018844;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00430019;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr1 116384534 . C T 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00260817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.969;QD=20.4403;RBI=0.0141797;REFB=0.00207741;REVB=-0.0139377;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030831;STB=0.509126;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00230042;OID=.;OPOS=116384534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:21:17:14:20:21:17:15:20 chr1 116384580 . C T 392.61 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0109827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6985;QD=22.4349;RBI=0.0117096;REFB=-0.0277102;REVB=-0.00406128;RO=30;SAF=15;SAR=24;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720319;STB=0.545001;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0212521;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:31:39:39:0.557143:24:15:9:21:24:15:9:22 chr1 116385122 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0521735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9816;QD=18.0506;RBI=0.0529676;REFB=-0.0312074;REVB=-0.00913757;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0201401;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:3:5:5:5:3:5 chr1 116385288 . C T 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00525698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.077;QD=18.3405;RBI=0.0424285;REFB=-0.0354982;REVB=-0.0421016;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150899;STB=0.58636;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0348634;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:5:12:10:8:5:12:10:8 chr1 116385467 . A G 185.79 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0094284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.365;QD=19.0554;RBI=0.0135783;REFB=-0.00978256;REVB=-0.00977109;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438188;STB=0.74641;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0178582;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:19:19:0.487179:14:5:14:4:14:5:15:5 chr1 116386098 . C T 568.56 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0157664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7168;QD=17.2292;RBI=0.0949805;REFB=0.00621813;REVB=-0.0936628;RO=71;SAF=33;SAR=27;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027115;STB=0.510733;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00749026;OID=.;OPOS=116386098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:72:60:60:0.454545:27:33:41:30:27:33:41:31 chr1 116386139 . G A 2495.59 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5045;QD=60.868;RBI=0.0398491;REFB=0;REVB=0.0377966;RO=0;SAF=89;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659664;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:156:164:0:0:156:164:1:67:89:0:0:75:89:0:0 chr1 116605423 . C T 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2506;QD=56.9915;RBI=0.0396354;REFB=0;REVB=-0.039621;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429709;OID=.;OPOS=116605423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr1 116610388 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1771;QD=63.5809;RBI=0.0204295;REFB=0;REVB=-0.0189277;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014074;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 116670774 . A G 505.62 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018414;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.34;QD=59.4847;RBI=0.0339501;REFB=0;REVB=0.0285226;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294593;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 117102649 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4481;QD=55.656;RBI=0.0176258;REFB=0;REVB=0.00567945;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248062;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 117122130 . T C 661.24 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=7.40689e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.936;QD=48.9808;RBI=0.0284792;REFB=-0.0398516;REVB=0.0284791;RO=4;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816109;STB=0.543461;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000786619;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:54:54:4:4:50:50:0.925926:21:29:0:4:21:29:0:4 chr1 117142613 . C T 88.76 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0281411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2917;QD=6.4552;RBI=0.0408604;REFB=0.00244596;REVB=0.0296251;RO=42;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469043;STB=0.529366;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00953378;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:6:7:21:21:6:7:21:21 chr1 117142641 . G A 391.68 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00551859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.173;QD=16.8464;RBI=0.00555308;REFB=-0.0101314;REVB=0.000617947;RO=52;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173499;STB=0.509737;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0121103;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:19:22:27:25:19:22:27:25 chr1 117142700 . C A 785.45 PASS AF=0.519737;AO=79;DP=153;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.000662958;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.681;QD=20.6697;RBI=0.0322748;REFB=-0.0205554;REVB=0.032268;RO=72;SAF=42;SAR=37;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636949;STB=0.538183;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0205513;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:72:73:79:79:0.519737:37:42:33:39:37:42:33:40 chr1 117142736 . A G 849.2 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0108729;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.067;QD=20.5866;RBI=0.0145781;REFB=-0.0186964;REVB=-0.00971091;RO=82;SAF=42;SAR=43;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492873;STB=0.533535;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0161421;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:82:80:85:85:0.515152:43:42:36:46:43:42:34:46 chr1 117142855 . C T 480.71 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.019136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7362;QD=17.3229;RBI=0.0228147;REFB=-0.0108623;REVB=-0.0124228;RO=59;SAF=19;SAR=33;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249757;STB=0.513899;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0142907;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:33:19:23:36:33:19:23:36 chr1 117142868 . CA TG 389.37 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0130889;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=176.437;QD=15.7321;RBI=0.0188289;REFB=-0.0125275;REVB=0.0135355;RO=55;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058722;STB=0.535546;STBP=0.609;TYPE=mnp;VARB=0.0209052;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:56:36:37:0.373737:21:15:20:35:21:16:21:35 chr1 117146504 . G A 58.1 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0200973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.997;QD=3.27308;RBI=0.0223542;REFB=-0.00126533;REVB=0.00978816;RO=60;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567339;STB=0.503869;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00761589;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:6:5:27:33:6:5:27:33 chr1 117146563 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.000310761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.373;QD=3.44837;RBI=0.00429991;REFB=-0.00669665;REVB=0.00428866;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177713;STB=0.624688;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0527619;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:5:3:24:22:5:3:24:22 chr1 117146571 . A G 39.72 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0383163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1042;QD=3.11504;RBI=0.0798125;REFB=-0.00429859;REVB=-0.0700136;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284675;STB=0.705622;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0253236;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:5:2:23:21:5:2:23:21 chr1 117150736 . C G 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0339727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.572;QD=2.09265;RBI=0.035223;REFB=-0.00280029;REVB=-0.0093016;RO=69;SAF=8;SAR=1;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427874;STB=0.83248;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0196654;OID=.;OPOS=117150736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:1:8:40:29:1:8:40:29 chr1 117150928 . C T 255.11 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0301566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.775;QD=15.9442;RBI=0.0308778;REFB=-0.0298349;REVB=0.00663454;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147523;STB=0.591505;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.035672;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:12:16:25:10:13:16:25:10 chr1 117150933 . G A 222.93 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0184467;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.26;QD=16.5135;RBI=0.0196108;REFB=-0.0534976;REVB=-0.00665597;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164096;STB=0.591931;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0149699;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:22:7:10:15:22:7 chr1 117156459 . C T 238.49 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0389651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5628;QD=14.0288;RBI=0.0443983;REFB=-0.0186169;REVB=-0.021282;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805641;STB=0.504584;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0261513;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:10:18:26:14:10:18:26:14 chr1 117156490 . T C 230.06 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0187575;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.875;QD=11.7981;RBI=0.055647;REFB=-0.0193398;REVB=-0.0523903;RO=49;SAF=18;SAR=10;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362776;STB=0.52939;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0545862;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:50:28:28:0.358974:10:18:30:19:10:18:30:20 chr1 117156584 . TG CA 38.06 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0306879;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.873;QD=2.23858;RBI=0.0645757;REFB=-0.0102337;REVB=-0.0568179;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158402;STB=0.5533;STBP=0.812;TYPE=mnp;VARB=0.0628307;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:42:60:8:8:0.117647:3:5:31:11:3:5:34:26 chr1 117487710 . AT GA 313.75 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339312;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.866;QD=52.2912;RBI=0.00705837;REFB=0;REVB=-0.00618929;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00119127;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr1 117529458 . G A 1473.34 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00640542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.344;QD=62.0355;RBI=0.0213093;REFB=-0.0793009;REVB=0.0203238;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957862;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000214114;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:45:49:1:0:45:49:1:0 chr1 117530273 . A G 442.71 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.113;QD=57.124;RBI=0.0559478;REFB=0;REVB=0.0274476;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121701;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:12:19:0:0 chr1 117532291 . A G 318.94 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0116385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.907;QD=15.7502;RBI=0.0119343;REFB=-0.00784565;REVB=-0.00264086;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213681;STB=0.51205;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.011757;OID=.;OPOS=117532291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:19:16:22:24:19:16:22:24 chr1 117532790 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00107493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.706;QD=19.4668;RBI=0.00360987;REFB=-0.000756673;REVB=0.00344611;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108138;STB=0.551819;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00079222;OID=.;OPOS=117532790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:14:8:11:12:14:8:11:13 chr1 117532798 . C G 212.66 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0146932;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.551;QD=18.9032;RBI=0.0154375;REFB=0.0134755;REVB=0.00473555;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592807;STB=0.519981;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0293488;OID=.;OPOS=117532798;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:24:20:21:0.466667:12:8:8:9:13:8:10:14 chr1 117559726 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.33;QD=64.4152;RBI=0.0258397;REFB=0;REVB=-0.0178783;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144638;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 117560818 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0524;QD=53.2726;RBI=0.0355979;REFB=0;REVB=-0.032914;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120471;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr1 117560929 . C A 463.37 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0184701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.792;QD=21.8058;RBI=0.0206553;REFB=-0.00804046;REVB=-0.00924642;RO=40;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476665;STB=0.526304;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0070982;OID=.;OPOS=117560929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:25:20:20:20:25:20:20:20 chr1 117602960 . C A 737.81 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5905;QD=54.6524;RBI=0.0462413;REFB=-0.11629;REVB=-0.0020033;RO=1;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125628;STB=0.506664;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00343662;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:37:15:0:1:37:16:0:1 chr1 117616324 . G A 415.43 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00603488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.366;QD=19.3222;RBI=0.00610519;REFB=-0.0224229;REVB=-0.00092389;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16758;STB=0.592916;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0189631;OID=.;OPOS=117616324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:20:22:15:29:20:22:15:29 chr1 117617705 . A G 489.43 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3549;QD=57.5795;RBI=0.0844911;REFB=0;REVB=0.0809523;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276754;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr1 117618067 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.835;QD=33.4285;RBI=0.104795;REFB=0;REVB=-0.0596832;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489161;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 117715026 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.381;QD=62.6711;RBI=0.0176233;REFB=0;REVB=-0.00166298;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23261e-05;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 117785931 . G A,T 549.61 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=35,2;DP=37;FAO=36,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395291,0.0155731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.5711,62.1206;QD=59.4173;RBI=0.0397473,0.0441041;REFB=0,0;REVB=0.0395502,-0.0412632;RO=0;SAF=20,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00112143,0.0317594;OID=.,.;OPOS=117785931,117785931;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:37:0:0:35,2:36,1:0.972973,0.027027:15,1:20,1:0:0:15,1:21,0:0:0 chr1 117785979 . T C 437.29 PASS AF=0.914286;AO=33;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00815998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0844;QD=49.9756;RBI=0.0363762;REFB=-0.0486128;REVB=0.0354492;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466723;STB=0.538438;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00746425;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:33:32:0.914286:14:19:2:0:14:18:3:0 chr1 118065841 . A G 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.499;QD=61.2604;RBI=0.0268465;REFB=0;REVB=0.0136877;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13657e-05;OID=.;OPOS=118065841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:62:57:0:0:62:57:0:0 chr1 118165577 . C G 557.03 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0163886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8114;QD=20.2557;RBI=0.0200721;REFB=0.0145796;REVB=-0.0115888;RO=53;SAF=26;SAR=31;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631955;STB=0.534812;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0113682;OID=.;OPOS=118165577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:31:26:28:25:31:26:28:25 chr1 118165691 . C G 268.02 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.019519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.742;QD=16.2438;RBI=0.0361249;REFB=-0.0110648;REVB=0.0303976;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041025;STB=0.530283;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0144455;OID=.;OPOS=118165691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:15:15:19:16:15:15:20:16 chr1 118165973 . C T 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00852291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.966;QD=15.6168;RBI=0.00898559;REFB=-0.00508931;REVB=-0.00284618;RO=53;SAF=26;SAR=13;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701938;STB=0.54685;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0108182;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:13:26:32:21:13:26:32:22 chr1 118166750 . A G 54.67 PASS AF=0.257143;AO=6;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0533288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1326;QD=6.24829;RBI=0.054223;REFB=0.00587036;REVB=0.009807;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499925;STB=0.869639;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00460104;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:35:35:23:26:6:9:0.257143:2:4:5:18:2:7:5:21 chr1 118166904 . CCT C 135.73 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0302106;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.677;QD=10.2438;RBI=0.0302119;REFB=-0.0176614;REVB=-0.000278342;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104078;STB=0.559388;STBP=0.511;TYPE=del;VARB=0.0283778;OID=.;OPOS=118166905;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:22:53:22:53:31:10:12:11:20:99:31:10:12:11:20 chr1 118167653 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00109506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.623;QD=19.7014;RBI=0.00692242;REFB=0.00954272;REVB=-0.00683526;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116617;STB=0.565539;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00371081;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:5:12:13:3:5:12:13:3 chr1 118168234 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTC 143.31 PASS AF=0.470588,0.161765;AO=23,13;DP=68;FAO=32,11;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=21,6;FSAR=11,5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0507003,0.0537794;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.64036,10.2707;QD=8.43002;RBI=0.119803,0.105144;REFB=-0.0168838,-0.0187894;REVB=-0.108546,-0.0903497;RO=19;SAF=16,7;SAR=7,6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150556,0.0123637;STB=0.545426,0.510186;STBP=0.471,0.953;TYPE=del,snp;VARB=0.0481437,-0.000173756;OID=.,.;OPOS=118168235,118168242;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0.161765:23,13:68:32,11:68:25:21,6:11,5:14:11:63:19:16,7:7,6:10:9 chr1 118168611 . GC AA,GCAAA 302.97 PASS AF=0.12766,0.468085;AO=6,22;DP=47;FAO=6,22;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=1,10;FSAR=5,12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0280009,0.00637444;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=2,3;MLLD=206.058,51.9429;QD=25.7846;RBI=0.0284597,0.00693401;REFB=0.00221404,-0.00812091;REVB=-0.00508946,0.00272892;RO=18;SAF=1,10;SAR=5,12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.420114,-0.0367314;STB=0.796042,0.533303;STBP=0.119,0.713;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0207597,0.0104602;OID=.,.;OPOS=118168611,118168613;OREF=GC,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=AA,GCAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:47:18:19:6,22:6,22:0.12766,0.468085:5,12:1,10:9:9:5,12:1,10:10:9 chr1 118449215 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0101439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.446;QD=22.9576;RBI=0.0321077;REFB=-0.0197737;REVB=0.0304632;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176453;STB=0.599867;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0134243;OID=.;OPOS=118449215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:5:6:12:4:5:6 chr1 118483474 . C G 400.46 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00178299;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.809;QD=18.4118;RBI=0.0106641;REFB=-0.000782045;REVB=0.010514;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856586;STB=0.547843;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000907683;OID=.;OPOS=118483474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:46:41:41:0.471264:16:25:24:22:16:25:24:22 chr1 118491102 . G A 257.91 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0131169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.804;QD=19.8395;RBI=0.0147442;REFB=-0.0146736;REVB=0.00673347;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132205;STB=0.573833;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0150196;OID=.;OPOS=118491102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:11:16:11:14:11:16:11:14 chr1 118495153 . T G 139.03 PASS AF=0.576923;AO=12;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0133278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.792;QD=21.3897;RBI=0.0383088;REFB=-0.00715208;REVB=0.0359157;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795217;STB=0.575663;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00297603;OID=.;OPOS=118495153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:26:11:11:12:15:0.576923:3:9:9:2:5:10:9:2 chr1 118509278 . G A 371.13 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0064764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.089;QD=22.8388;RBI=0.0261045;REFB=-0.00647784;REVB=0.0252884;RO=27;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513413;STB=0.526032;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00250196;OID=.;OPOS=118509278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:36:37:0.569231:15:21:14:13:15:22:15:13 chr1 118509284 . G T 385.82 PASS AF=0.584615;AO=36;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0308308;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.853;QD=23.7425;RBI=0.03094;REFB=-0.0121984;REVB=0.0025978;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861904;STB=0.549126;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00902411;OID=.;OPOS=118509284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:27:36:38:0.584615:13:23:15:13:14:24:14:13 chr1 118516082 . A T 810.92 PASS AF=0.491124;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0189064;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.271;QD=19.1934;RBI=0.0191417;REFB=0.0108301;REVB=-0.00299257;RO=86;SAF=43;SAR=40;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123743;STB=0.568104;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0146292;OID=.;OPOS=118516082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:86:86:83:83:0.491124:40:43:33:53:40:43:33:53 chr1 118530796 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0105143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.432;QD=21.8982;RBI=0.0124791;REFB=-0.00184353;REVB=-0.00672143;RO=26;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325299;STB=0.51796;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00140981;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:14:19:16:10:14:19:16:10 chr1 118537074 . A G 446.76 PASS AF=0.475248;AO=45;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00269641;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.007;QD=17.6936;RBI=0.00706117;REFB=-0.0138962;REVB=0.00652606;RO=55;SAF=25;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280433;STB=0.507051;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0150191;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:53:45:48:0.475248:20:25:29:26:22:26:28:25 chr1 118624123 . C T 219.8 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0401355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.656;QD=14.6533;RBI=0.0401587;REFB=-0.00755845;REVB=-0.00136526;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954085;STB=0.516654;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00734886;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:13:12:16:18:13:13:16:18 chr1 118629599 . G A 286.93 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0077889;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.519;QD=17.6574;RBI=0.00817863;REFB=-0.0078602;REVB=-0.00249457;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586805;STB=0.540729;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00874763;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:14:17:16:17:14:17:16:18 chr1 118644430 . A G 544.18 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00877419;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5184;QD=25.6086;RBI=0.0133241;REFB=-0.0131839;REVB=-0.0100272;RO=35;SAF=23;SAR=26;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974868;STB=0.548907;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00828123;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:35:35:49:50:0.588235:26:23:12:23:27:23:12:23 chr1 118657952 . C T 358.37 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.00789508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.088;QD=17.9185;RBI=0.0150306;REFB=-0.0279849;REVB=-0.0127901;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276441;STB=0.65031;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0173934;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:37:38:0.475:21:16:30:11:22:16:30:12 chr1 118807059 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000799514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.445;QD=62.9826;RBI=0.00738491;REFB=0;REVB=0.00734151;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51003e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr1 119575818 . C G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.014801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1084;QD=23.2356;RBI=0.0812164;REFB=0.029035;REVB=-0.0798564;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0223023;OID=.;OPOS=119575818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:7:6:9:9:7:6 chr1 120164738 . C T 520.83 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0176184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3903;QD=23.946;RBI=0.0797902;REFB=-0.00111475;REVB=0.0778207;RO=36;SAF=24;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566722;STB=0.518546;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00157759;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:36:38:49:49:0.563218:25:24:15:21:25:24:17:21 chr1 120166681 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0177936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.477;QD=25.2554;RBI=0.0206735;REFB=0.00904529;REVB=0.0105252;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033726;STB=0.518845;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00462979;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:4:6:11:6:4:6 chr1 120168654 . A C 312.61 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.018105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.578;QD=12.1402;RBI=0.0208852;REFB=-0.0143615;REVB=-0.0104115;RO=65;SAF=21;SAR=17;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157674;STB=0.509021;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.023464;OID=.;OPOS=120168654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:17:21:35:30:17:21:35:30 chr1 120267544 . C T 205.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0362775;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7452;QD=22.1875;RBI=0.0365693;REFB=0.00177608;REVB=0.00461055;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.563279;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00315956;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:7:10:9:11:7:10 chr1 120285546 . G A 2277.2 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00472956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.495;QD=62.8193;RBI=0.0240258;REFB=-0.0945701;REVB=0.0235557;RO=1;SAF=66;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715074;STB=0.503759;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=1.44629e-05;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:78:66:1:0:78:66:1:0 chr1 120291672 . TC T 100.81 PASS AF=0.647059;AO=19;DP=35;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0235623;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.571;QD=11.8601;RBI=0.235947;REFB=-0.121228;REVB=0.234767;RO=14;SAF=19;SAR=0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.830607;STB=0.78322;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.103711;OID=.;OPOS=120291673;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:19:35:22:34:12:21:1:8:4:45:14:19:0:9:5 chr1 120291724 . G A 650.5 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.945;QD=61.9521;RBI=0.150597;REFB=0;REVB=0.148872;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768165;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr1 120378678 . C T 1418.89 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0129;QD=61.6909;RBI=0.0199578;REFB=0.0472409;REVB=0.0147831;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977343;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=1.0073e-05;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:43:48:1:0:43:48:1:0 chr1 120384205 . A G 1286.93 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4633;QD=60.5614;RBI=0.0403237;REFB=-0.0881382;REVB=-0.024497;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.506023;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00235815;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:43:40:1:0:43:41:1:0 chr1 120387046 . A G 371.3 PASS AF=0.333333;AO=46;DP=138;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=-0.0134366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.364;QD=10.7624;RBI=0.0219068;REFB=0.00114999;REVB=-0.0173022;RO=92;SAF=18;SAR=28;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259719;STB=0.649287;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00223573;OID=.;OPOS=120387046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:92:92:46:46:0.333333:28:18:57:35:28:18:57:35 chr1 120387120 . G A 1433.88 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1473;QD=63.0277;RBI=0.0704451;REFB=0;REVB=-0.024864;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276776;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:47:44:0:0 chr1 120468425 . G A 683.0 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.010965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.432;QD=52.5383;RBI=0.0128461;REFB=0.00487863;REVB=0.00669249;RO=2;SAF=10;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085228;STB=0.545435;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000163367;OID=.;OPOS=120468425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:49:50:0.961538:39:10:2:0:40:10:2:0 chr1 120539331 . C T 654.04 PASS AF=0.551724;AO=64;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0112526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.259;QD=22.5532;RBI=0.0193605;REFB=-0.019228;REVB=0.0157546;RO=52;SAF=38;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204067;STB=0.501117;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.014408;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:52:52:64:64:0.551724:26:38:31:21:26:38:31:21 chr1 120611554 . TT CG 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00167614;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=296.224;QD=4.01765;RBI=0.0173453;REFB=-0.00671904;REVB=-0.0172641;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450998;STB=0.815235;STBP=0.152;TYPE=mnp;VARB=0.042175;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:15:13:5:1:15:13 chr1 121116688 . A G 401.16 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.049549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2197;QD=30.2763;RBI=0.0725351;REFB=-0.0403479;REVB=0.0529739;RO=16;SAF=19;SAR=17;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127341;STB=0.571683;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0135395;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:36:37:0.698113:17:19:12:4:18:19:12:4 chr1 121116733 . A G 76.58 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0249378;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.449;QD=4.57185;RBI=0.0364483;REFB=-0.00328647;REVB=-0.0265816;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195846;STB=0.734756;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0203437;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:68:67:39:54:13:13:0.19403:4:9:21:18:4:9:21:33 chr1 143663602 . G A 47.06 PASS AF=0.0433333;AO=12;DP=299;FAO=13;FDP=300;FR=.,HEALED;FRO=276;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=160;FSRR=116;FWDB=0.00842644;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.195;QD=0.627497;RBI=0.0132229;REFB=0.0032167;REVB=0.0101902;RO=242;SAF=11;SAR=1;SRF=152;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321283;STB=0.890173;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0156504;OID=.;OPOS=143663602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:299:300:242:276:12:13:0.0433333:1:11:152:90:1:12:160:116 chr1 143879823 . T G 91.81 PASS AF=0.122905;AO=22;DP=180;FAO=22;FDP=179;FR=.;FRO=157;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=70;FWDB=-0.0246393;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.124;QD=2.05155;RBI=0.0280333;REFB=0.00100274;REVB=-0.0133706;RO=155;SAF=13;SAR=9;SRF=86;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459233;STB=0.532923;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0123395;OID=.;OPOS=143879823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:180:179:155:157:22:22:0.122905:9:13:86:69:9:13:87:70 chr1 143879873 . G A 94.56 PASS AF=0.127907;AO=22;DP=173;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=-0.0219583;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.41;QD=2.19915;RBI=0.0234428;REFB=-0.00278669;REVB=-0.00820964;RO=150;SAF=11;SAR=11;SRF=83;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669643;STB=0.54647;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00669131;OID=.;OPOS=143879873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:173:172:150:150:22:22:0.127907:11:11:83:67:11:11:83:67 chr1 143879895 . G A 74.13 PASS AF=0.11465;AO=18;DP=157;FAO=18;FDP=157;FR=.;FRO=139;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=64;FWDB=-0.00796977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.247;QD=1.88854;RBI=0.026324;REFB=-0.00248057;REVB=-0.0250886;RO=137;SAF=11;SAR=7;SRF=75;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799796;STB=0.564642;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0353492;OID=.;OPOS=143879895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:157:157:137:139:18:18:0.11465:7:11:75:62:7:11:75:64 chr1 144014051 . G A 361.73 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0252092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2827;QD=14.0477;RBI=0.0382357;REFB=-0.00413729;REVB=0.0287483;RO=59;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756748;STB=0.542784;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00654431;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:61:42:42:0.407767:23:19:31:28:23:19:32:29 chr1 144014068 . T C 655.44 PASS AF=0.674699;AO=56;DP=83;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00956061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.653;QD=31.5874;RBI=0.0240831;REFB=-0.0184892;REVB=0.0221041;RO=27;SAF=28;SAR=28;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557005;STB=0.53011;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00786035;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:27:27:56:56:0.674699:28:28:16:11:28:28:16:11 chr1 144534038 . A G 262.41 PASS AF=0.214286;AO=42;DP=197;FAO=42;FDP=196;FR=.;FRO=154;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=94;FSRR=60;FWDB=0.000387224;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.203;QD=5.35523;RBI=0.0186877;REFB=-0.00636265;REVB=-0.0186837;RO=152;SAF=26;SAR=16;SRF=92;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018507;STB=0.507183;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0280932;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:152:154:42:42:0.214286:16:26:92:60:16:26:94:60 chr1 144534045 . T C 1490.89 PASS AF=0.614679;AO=133;DP=217;FAO=134;FDP=218;FR=.;FRO=84;FSAF=80;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.00348512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.084;QD=27.3558;RBI=0.0348866;REFB=-0.0294845;REVB=0.0347121;RO=83;SAF=80;SAR=53;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825372;STB=0.500711;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0184095;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:83:84:133:134:0.614679:53:80:49:34:54:80:50:34 chr1 144534076 . G A 447.44 PASS AF=0.232558;AO=69;DP=304;FAO=70;FDP=301;FR=.;FRO=231;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=136;FSRR=95;FWDB=0.000638299;FXX=0.0098681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.606;QD=5.94607;RBI=0.00437176;REFB=-0.00388566;REVB=-0.00432491;RO=221;SAF=39;SAR=30;SRF=134;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535543;STB=0.524705;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0114651;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:301:221:231:69:70:0.232558:30:39:134:87:31:39:136:95 chr1 144534082 . TC CT,TT 3879.65 PASS AF=0.166124,0.752443;AO=51,217;DP=315;FAO=51,231;FDP=307;FR=.;FRO=25;FSAF=34,137;FSAR=17,94;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00116183,-0.0133721;FXX=0.025396;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=227.397,46.0367;QD=50.5491;RBI=0.0417768,0.0133909;REFB=0.0118429,-0.0121381;REVB=-0.0417607,0.000709541;RO=24;SAF=34,134;SAR=17,83;SRF=8;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.204837,0.0560061;STB=0.618134,0.527341;STBP=0.004,0.017;TYPE=mnp,snp;VARB=0.014189,0.0113538;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:315:307:24:25:51,217:51,231:0.166124,0.752443:17,83:34,134:8:16:17,94:34,137:8:17 chr1 144534084 . C G 30.21 PASS AF=0.0573248;AO=18;DP=313;FAO=18;FDP=314;FR=.;FRO=296;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=175;FSRR=121;FWDB=-0.00606765;FXX=0.0125782;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.98;QD=0.384892;RBI=0.0304271;REFB=-0.000422644;REVB=-0.029816;RO=288;SAF=6;SAR=12;SRF=171;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264896;STB=0.822392;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.126052;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:313:314:288:296:18:18:0.0573248:12:6:171:117:14:4:175:121 chr1 144534092 . G A 2790.4 PASS AF=0.673295;AO=236;DP=353;FAO=237;FDP=352;FR=.;FRO=115;FSAF=133;FSAR=104;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=0.00325945;FXX=0.00283278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.904;QD=31.7091;RBI=0.0054403;REFB=-0.0126874;REVB=-0.00435578;RO=95;SAF=133;SAR=103;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199797;STB=0.501545;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0147784;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:95:115:236:237:0.673295:103:133:57:38:104:133:64:51 chr1 144534096 . T C 2906.95 PASS AF=0.673077;AO=247;DP=367;FAO=245;FDP=364;FR=.;FRO=119;FSAF=140;FSAR=105;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.00053019;FXX=0.0135498;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.838;QD=31.9445;RBI=0.00166592;REFB=-0.012779;REVB=-0.0015793;RO=112;SAF=140;SAR=107;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785035;STB=0.513965;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00781048;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:364:112:119:247:245:0.673077:107:140:62:50:105:140:63:56 chr1 144534186 . TCG T 479.89 PASS AF=0.205955;AO=77;DP=412;FAO=83;FDP=403;FR=.;FRO=320;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=148;FSRR=172;FWDB=-0.019769;FXX=0.0218441;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.851;QD=4.7632;RBI=0.0232656;REFB=-0.00586588;REVB=-0.0122669;RO=297;SAF=35;SAR=42;SRF=139;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174755;STB=0.50373;STBP=0.929;TYPE=del;VARB=0.0266237;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205955:77:412:83:403:320:38:45:148:172:99:297:35:42:139:158 chr1 144534195 . C T 155.12 PASS AF=0.108374;AO=43;DP=411;FAO=44;FDP=406;FR=.;FRO=362;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=163;FSRR=199;FWDB=-0.00715447;FXX=0.0169487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.339;QD=1.52825;RBI=0.0140196;REFB=-0.000423638;REVB=-0.0120566;RO=362;SAF=20;SAR=23;SRF=165;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115811;STB=0.524163;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00362125;OID=.;OPOS=144534195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:406:362:362:43:44:0.108374:23:20:165:197:23:21:163:199 chr1 144615237 . T G 131.07 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00584239;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.553;QD=20.1644;RBI=0.00614701;REFB=-0.00881734;REVB=-0.00191108;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191435;STB=0.609591;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00210955;OID=.;OPOS=144615237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:6:6:10:4:6:6 chr1 144615251 . AT A 180.21 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.463;QD=40.0461;RBI=0.0205431;REFB=-0.0287107;REVB=-0.0106448;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=del;VARB=0.00434516;OID=.;OPOS=144615252;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:16:18:17:18:1:7:10:1:0:7:2:6:10:2:0 chr1 144617251 . A G 919.91 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.64;QD=58.4069;RBI=0.0167336;REFB=0;REVB=0.00796874;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63206e-05;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 144618123 . C T 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.00761356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.445;QD=2.54987;RBI=0.024511;REFB=-0.00767035;REVB=-0.0232986;RO=64;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236188;STB=0.644472;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0449714;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:64:66:10:10:0.131579:5:5:20:44:5:5:22:44 chr1 144618144 . A G 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.83;QD=54.6364;RBI=0.0235283;REFB=-0.0663796;REVB=0.0122738;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.507933;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000381803;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:31:20:0:0:31:20:0:1 chr1 144619346 . G A 1179.72 PASS AF=0.94186;AO=69;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00834497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.432;QD=54.8706;RBI=0.043918;REFB=-0.048781;REVB=0.0431179;RO=5;SAF=27;SAR=42;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277267;STB=0.513282;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00507285;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:86:5:5:69:81:0.94186:42:27:3:2:50:31:3:2 chr1 144619354 . C T 1281.18 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0374276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.115;QD=56.3158;RBI=0.0377234;REFB=-0.0278251;REVB=0.00471525;RO=5;SAF=33;SAR=53;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236145;STB=0.512487;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000481775;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:91:91:5:5:86:86:0.945055:53:33:3:2:53:33:3:2 chr1 144811827 . G A 51.35 PASS AF=0.2;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0300057;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9085;QD=5.13505;RBI=0.0300091;REFB=-0.00704316;REVB=0.000451876;RO=33;SAF=7;SAR=1;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347945;STB=0.725734;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0203665;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:41:40:33:32:8:8:0.2:1:7:22:11:1:7:22:10 chr1 144811836 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.306;QD=55.6055;RBI=0.068956;REFB=-0.0460904;REVB=0.0678098;RO=1;SAF=42;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111015;STB=0.50588;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0030049;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:16:42:1:0:16:42:1:0 chr1 144811924 . T G 2166.72 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209039;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3013;QD=63.2618;RBI=0.0326936;REFB=0;REVB=-0.0251376;RO=0;SAF=87;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00311e-05;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:50:87:0:0:50:87:0:0 chr1 144852390 . C T 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0140607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.536;QD=2.79773;RBI=0.0170994;REFB=-0.00268827;REVB=0.00973069;RO=57;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133445;STB=0.595526;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0223874;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:6:3:25:32:6:3:25:32 chr1 144852476 . T C 237.28 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0101343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.176;QD=15.5591;RBI=0.0180475;REFB=0.00608395;REVB=-0.0149334;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110187;STB=0.569175;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0096739;OID=.;OPOS=144852476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:24:24:0.393443:14:10:10:22:14:10:10:23 chr1 144854180 . T C 358.07 PASS AF=0.23431;AO=55;DP=238;FAO=56;FDP=239;FR=.;FRO=183;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=94;FSRR=89;FWDB=-0.00695011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.898;QD=5.99271;RBI=0.00806593;REFB=-0.0110604;REVB=0.00409331;RO=182;SAF=34;SAR=21;SRF=93;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13803;STB=0.586948;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0366734;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:182:183:55:56:0.23431:21:34:93:89:21:35:94:89 chr1 144854528 . A G 84.95 PASS AF=0.126667;AO=19;DP=148;FAO=19;FDP=150;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.0075531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.824;QD=2.26524;RBI=0.00796747;REFB=-0.00351311;REVB=-0.00253599;RO=129;SAF=5;SAR=14;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255359;STB=0.687294;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0270089;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:148:150:129:131:19:19:0.126667:14:5:59:70:14:5:61:70 chr1 144854537 . T C 83.09 PASS AF=0.123377;AO=19;DP=154;FAO=19;FDP=154;FR=.;FRO=135;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=-0.023819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.818;QD=2.15823;RBI=0.0325534;REFB=-0.00622546;REVB=-0.0221897;RO=135;SAF=5;SAR=14;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264214;STB=0.688649;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0620684;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:154:154:135:135:19:19:0.123377:14:5:63:72:14:5:63:72 chr1 144854565 . T G 193.29 PASS AF=0.177665;AO=35;DP=198;FAO=35;FDP=197;FR=.;FRO=162;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=0.0864625;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8729;QD=3.92468;RBI=0.0873343;REFB=0.00109759;REVB=-0.0123088;RO=163;SAF=17;SAR=18;SRF=73;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488683;STB=0.534012;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00468007;OID=.;OPOS=144854565;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:163:162:35:35:0.177665:18:17:73:90:18:17:72:90 chr1 144854581 . T C 122.37 PASS AF=0.132701;AO=28;DP=211;FAO=28;FDP=211;FR=.;FRO=183;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=98;FWDB=0.0515548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1988;QD=2.31989;RBI=0.0561564;REFB=-0.0104236;REVB=-0.0222632;RO=183;SAF=10;SAR=18;SRF=85;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13898;STB=0.595749;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0739549;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:183:183:28:28:0.132701:18:10:85:98:18:10:85:98 chr1 144854594 . G T 133.16 PASS AF=0.140097;AO=29;DP=207;FAO=29;FDP=207;FR=.;FRO=178;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=82;FSRR=96;FWDB=-0.0431317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.709;QD=2.57322;RBI=0.0520826;REFB=-0.0105023;REVB=-0.0291934;RO=178;SAF=11;SAR=18;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105641;STB=0.571671;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0568262;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:178:178:29:29:0.140097:18:11:82:96:18:11:82:96 chr1 144854597 . TC CC,CT 424.43 PASS AF=0.432749,0.0116959;AO=26,83;DP=195;FAO=74,2;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=38,1;FSAR=36,1;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0591198,-0.0718193;FXX=0.161757;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.9871,117.598;QD=9.92825;RBI=0.059294,0.0759716;REFB=-0.0547238,-0.0152678;REVB=-0.00454059,-0.0247723;RO=83;SAF=10,33;SAR=16,50;SRF=36;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0633714,-0.0339914;STB=0.504639,0.505104;STBP=0.91,0.857;TYPE=snp,mnp;VARB=0.10463,0.159454;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:171:83:95:26,83:74,2:0.432749,0.0116959:16,50:10,33:36:47:36,1:38,1:48:47 chr1 144865850 . G T 984.58 PASS AF=0.478873;AO=102;DP=213;FAO=102;FDP=213;FR=.;FRO=111;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.0117679;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.127;QD=18.4897;RBI=0.0130334;REFB=-0.00155015;REVB=-0.00560219;RO=111;SAF=50;SAR=52;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120269;STB=0.506631;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00208776;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:111:111:102:102:0.478873:52:50:53:58:52:50:53:58 chr1 144866643 . G A 510.58 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=121;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00142958;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.843;QD=16.7401;RBI=0.0145454;REFB=-0.023484;REVB=0.014475;RO=67;SAF=34;SAR=20;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23906;STB=0.625845;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0205746;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:67:54:55:0.45082:20:34:26:41:21:34:26:41 chr1 144866662 . T C 531.92 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0317325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.654;QD=18.9972;RBI=0.0324151;REFB=-0.0253993;REVB=-0.00661734;RO=56;SAF=34;SAR=22;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209284;STB=0.615588;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0283851;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:22:34:21:35:22:34:21:35 chr1 144868170 . C T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00173177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.412;QD=12.5457;RBI=0.00748959;REFB=-0.00661005;REVB=-0.00728663;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265874;STB=0.653275;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.015404;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:18:8:23:19:18:8:23:19 chr1 144871738 . C A 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00187527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.665;QD=15.7524;RBI=0.00979503;REFB=-0.00922074;REVB=-0.00961385;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115855;STB=0.565334;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0173176;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:20:15:25:21:20:15:25:21 chr1 144871755 . A T 193.02 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00139289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.062;QD=12.0639;RBI=0.00492855;REFB=-0.0161557;REVB=-0.00472763;RO=39;SAF=4;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434923;STB=0.761951;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0311563;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:20:4:20:19:20:4:21:19 chr1 144871782 . A G 275.78 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0102217;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.878;QD=16.9713;RBI=0.0106743;REFB=-0.0323803;REVB=-0.00307549;RO=33;SAF=7;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32472;STB=0.657035;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0284044;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:30:31:0.476923:23:7:18:15:23:8:18:16 chr1 144871837 . C A 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.0433152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.219;QD=5.8317;RBI=0.0454573;REFB=-0.00308936;REVB=-0.0137898;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777225;STB=0.555461;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0354347;OID=.;OPOS=144871837;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:51:52:40:41:11:11:0.211538:8:3:9:31:8:3:9:32 chr1 144873887 . C T 607.27 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=22;FWDB=-0.023277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9823;QD=15.8763;RBI=0.0266617;REFB=-0.0231225;REVB=0.013001;RO=78;SAF=48;SAR=19;SRF=61;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816685;STB=0.519526;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0326548;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:86:67:67:0.437908:19:48:61:17:19:48:64:22 chr1 144874760 . T C 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0143244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.327;QD=18.8952;RBI=0.0193533;REFB=-0.0138435;REVB=0.0130139;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243025;STB=0.634553;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0193812;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:22:19:32:12:22:19:32:12 chr1 144874815 . T C 399.0 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0237948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.301;QD=18.3449;RBI=0.0251465;REFB=-0.0161385;REVB=0.00813346;RO=46;SAF=21;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13353;STB=0.574289;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0205275;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:20:21:30:16:20:21:30:16 chr1 144875979 . G C 604.94 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.031718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.749;QD=24.4419;RBI=0.036651;REFB=-0.00355831;REVB=-0.0183648;RO=44;SAF=15;SAR=40;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225432;STB=0.624182;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00241055;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:40:15:23:21:40:15:23:21 chr1 144877176 . C T 293.74 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=114;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00643097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.744;QD=10.3065;RBI=0.0228591;REFB=0.000996199;REVB=-0.0219359;RO=75;SAF=18;SAR=20;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225814;STB=0.508784;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00219943;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:76:38:38:0.333333:20:18:37:38:20:18:37:39 chr1 144879264 . A G 2225.1 PASS AF=1;AO=129;DP=133;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.585;QD=62.6788;RBI=0.0491694;REFB=0;REVB=0.0371974;RO=0;SAF=50;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0616e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:142:0:0:129:142:1:79:50:0:0:88:54:0:0 chr1 144879375 . T C 559.0 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0950675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6212;QD=17.4688;RBI=0.0960045;REFB=-0.0057375;REVB=0.0133802;RO=67;SAF=16;SAR=43;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177033;STB=0.609246;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00476827;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:69:59:59:0.460938:43:16:29:38:43:16:31:38 chr1 144882581 . A G 721.41 PASS AF=0.493056;AO=70;DP=143;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00239131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1908;QD=20.0392;RBI=0.0233792;REFB=-0.0142487;REVB=-0.0232566;RO=73;SAF=31;SAR=39;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170866;STB=0.513365;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0128645;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:73:73:70:71:0.493056:39:31:31:42:39:32:31:42 chr1 144882823 . C T 394.72 PASS AF=0.396552;AO=47;DP=117;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0150829;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.42;QD=13.6109;RBI=0.0152343;REFB=-0.0141902;REVB=-0.00214198;RO=68;SAF=13;SAR=34;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226511;STB=0.540169;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0209304;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:68:70:47:46:0.396552:34:13:20:48:34:12:22:48 chr1 144886197 . A T 574.65 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00524415;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.42;QD=23.4551;RBI=0.0061948;REFB=-0.0114272;REVB=-0.00329764;RO=45;SAF=24;SAR=29;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828179;STB=0.545438;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0121046;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:45:45:53:53:0.540816:29:24:16:29:29:24:16:29 chr1 144892089 . G T 367.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00376751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8377;QD=19.076;RBI=0.0440083;REFB=-0.00617446;REVB=-0.0438468;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164896;STB=0.596965;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00454807;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:20:18:25:13:20:18:26:13 chr1 144892149 . G A 422.41 PASS AF=0.505882;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0461611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.404;QD=19.8781;RBI=0.0506326;REFB=-0.0164882;REVB=-0.0208041;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165084;STB=0.587747;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0174023;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:42:41:43:0.505882:22:19:26:14:22:21:28:14 chr1 144906508 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00213791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.179;QD=15.643;RBI=0.00223391;REFB=-0.00165218;REVB=0.000647817;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357168;STB=0.70294;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00499124;OID=.;OPOS=144906508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:22:7:12:8:22:7 chr1 144912153 . A G 2232.32 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193597;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.515;QD=63.3283;RBI=0.0392296;REFB=0;REVB=0.0391818;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53739e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:139:141:1:72:67:0:0:74:67:0:0 chr1 144912233 . C T 642.44 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.01615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.461;QD=19.3214;RBI=0.0172996;REFB=-0.00188666;REVB=0.00620126;RO=68;SAF=21;SAR=44;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046202;STB=0.52557;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00164852;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:44:21:25:43:44:21:25:43 chr1 144915561 . G A 920.73 PASS AF=0.465;AO=93;DP=200;FAO=93;FDP=200;FR=.;FRO=107;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.0115402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.786;QD=18.4146;RBI=0.0118887;REFB=-0.0113802;REVB=0.00285721;RO=107;SAF=47;SAR=46;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027787;STB=0.51537;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0116722;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:107:107:93:93:0.465:46:47:51:56:46:47:51:56 chr1 144915623 . AG A 643.02 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0116632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.533;QD=17.2623;RBI=0.0213644;REFB=-0.0191744;REVB=-0.0179;RO=81;SAF=32;SAR=35;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205503;STB=0.507832;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.0232536;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449664:67:149:67:149:82:32:35:38:44:99:81:32:35:37:44 chr1 144916748 . C G 513.26 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0343526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7148;QD=21.8409;RBI=0.0343534;REFB=-0.035243;REVB=-0.000243977;RO=45;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112943;STB=0.562259;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0441011;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:26:23:27:18:26:23:27:18 chr1 144917546 . A G 338.63 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0116823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9216;QD=15.2194;RBI=0.0386211;REFB=-0.0241134;REVB=-0.0368119;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364994;STB=0.514591;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0360721;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:18:19:28:23:18:19:28:24 chr1 144917841 . T C 581.69 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0192884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.136;QD=20.5909;RBI=0.0193004;REFB=-0.0200484;REVB=0.000680551;RO=54;SAF=37;SAR=22;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177274;STB=0.59765;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0213479;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:22:37:23:31:22:37:23:31 chr1 144918957 . T A 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0130774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.332;QD=17.0586;RBI=0.0187685;REFB=-0.011508;REVB=0.0134624;RO=38;SAF=10;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151342;STB=0.585243;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0175461;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:23:10:17:21:23:10:17:21 chr1 144921924 . G A 1131.93 PASS AF=0.555556;AO=105;DP=191;FAO=105;FDP=189;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0172726;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9851;QD=23.9561;RBI=0.0314379;REFB=-0.0193187;REVB=0.0262679;RO=81;SAF=52;SAR=53;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778964;STB=0.544402;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0144427;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:81:84:105:105:0.555556:53:52:48:33:53:52:50:34 chr1 144922583 . G A 476.71 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0163285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9751;QD=16.7267;RBI=0.0225394;REFB=-0.0174165;REVB=-0.0155372;RO=60;SAF=27;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458205;STB=0.524703;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0158734;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:60:62:52:52:0.45614:25:27:34:26:25:27:35:27 chr1 144923728 . GT G 616.76 PASS AF=0.5;AO=92;DP=191;FAO=93;FDP=186;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0547477;FXX=0.0261766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8333;QD=13.2637;RBI=0.0617099;REFB=0.00110947;REVB=-0.0284746;RO=92;SAF=43;SAR=49;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198826;STB=0.50541;STBP=0.891;TYPE=del;VARB=-0.00012138;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:92:191:93:186:93:43:50:42:51:99:92:43:49:41:51 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 955.11 PASS AF=1;AO=61;DP=114;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157095;FXX=0.252982;HRUN=1;LEN=14;MLLD=315.265;QD=61.6201;RBI=0.0199594;REFB=0;REVB=0.0123123;RO=41;SAF=25;SAR=36;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.44943e-06;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:114:62:62:0:25:37:0:0:5:41:25:36:27:14 chr1 144930596 . C A 476.92 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00179855;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.679;QD=17.8289;RBI=0.00891719;REFB=-0.0253434;REVB=-0.00873393;RO=43;SAF=41;SAR=9;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707431;STB=0.636216;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0250588;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:56:50:51:0.476636:9:41:33:10:10:41:34:22 chr1 144930940 . T C 403.45 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0637995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8574;QD=22.1069;RBI=0.0717743;REFB=-0.0157064;REVB=0.0328812;RO=33;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164757;STB=0.509086;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0115129;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:15:25:20:13:15:25:20:13 chr1 144931330 . C T 600.25 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0112991;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.223;QD=21.4374;RBI=0.0254124;REFB=-0.0134376;REVB=0.0227623;RO=52;SAF=39;SAR=21;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116568;STB=0.564129;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0115529;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:52:52:60:60:0.535714:21:39:27:25:21:39:27:25 chr1 144931392 . G A 628.67 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00968095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.333;QD=19.0506;RBI=0.0218301;REFB=-0.00782315;REVB=-0.0195661;RO=68;SAF=43;SAR=21;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996422;STB=0.555251;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00839541;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:21:43:39:29:21:43:39:29 chr1 144931517 . G A 71.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0046886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0545;QD=5.17445;RBI=0.0551811;REFB=-0.00672568;REVB=0.0549815;RO=44;SAF=7;SAR=4;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621607;STB=0.540075;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0265678;OID=.;OPOS=144931517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:4:7:30:14:4:7:30:14 chr1 144944655 . T G 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00745099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.436;QD=5.15552;RBI=0.0131077;REFB=0.0027353;REVB=0.010784;RO=53;SAF=5;SAR=10;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17724;STB=0.634433;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00958301;OID=.;OPOS=144944655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:53:56:15:15:0.211268:10:5:25:28:10:5:28:28 chr1 144952220 . C T 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00182942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.502;QD=9.89824;RBI=0.00587597;REFB=-0.00737089;REVB=-0.00558393;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993531;STB=0.55936;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0144435;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:23:9:5:9:23:9 chr1 144994658 . C A 782.23 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0171575;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.952;QD=19.6787;RBI=0.021931;REFB=-0.00494698;REVB=0.0136597;RO=78;SAF=35;SAR=45;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158792;STB=0.584029;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00344612;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:78:79:80:80:0.503145:45:35:48:30:45:35:48:31 chr1 145014103 . G C 110.87 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00825292;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.854;QD=8.36715;RBI=0.0102413;REFB=0.00207187;REVB=0.00606407;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394203;STB=0.523898;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00630015;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:38:38:15:15:0.283019:8:7:19:19:8:7:19:19 chr1 145014263 . C T 218.69 PASS AF=0.380282;AO=24;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0734458;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4043;QD=12.3208;RBI=0.0767755;REFB=-0.0160686;REVB=0.0223649;RO=45;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322006;STB=0.650724;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0523037;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:44:24:27:0.380282:10:14:13:32:13:14:12:32 chr1 145018023 . G T 280.54 PASS AF=0.463768;AO=29;DP=67;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0121034;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.684;QD=16.2634;RBI=0.0744521;REFB=-0.035059;REVB=0.0734617;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199146;STB=0.614569;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.045184;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:37:37:29:32:0.463768:19:10:20:17:22:10:19:18 chr1 145021126 . G A 66.15 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=0.0229235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.302;QD=1.90356;RBI=0.0232791;REFB=-0.00204112;REVB=-0.00405361;RO=120;SAF=4;SAR=12;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322309;STB=0.735964;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0160746;OID=.;OPOS=145021126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:120:123:16:16:0.115108:12:4:61:59:12:4:63:60 chr1 145038889 . G A 67.75 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=69;FWDB=-0.0285742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.03;QD=2.31629;RBI=0.0398439;REFB=-0.00485108;REVB=-0.0277678;RO=102;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838741;STB=0.559752;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0420318;OID=.;OPOS=145038889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:102:102:15:15:0.128205:11:4:33:69:11:4:33:69 chr1 145038952 . C T 456.97 PASS AF=0.369128;AO=50;DP=145;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=-0.00127083;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.747;QD=12.2676;RBI=0.00737404;REFB=-0.0170013;REVB=0.00726371;RO=94;SAF=22;SAR=28;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10454;STB=0.544121;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0271405;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:94:94:50:55:0.369128:28:22:33:61:32:23:33:61 chr1 145038954 . G T 209.76 PASS AF=0.22;AO=33;DP=146;FAO=33;FDP=150;FR=.;FRO=117;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=76;FWDB=-0.00514761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1905;QD=5.5936;RBI=0.0503769;REFB=-0.0122196;REVB=0.0501132;RO=113;SAF=15;SAR=18;SRF=38;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154617;STB=0.583078;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0452106;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:113:117:33:33:0.22:18:15:38:75:18:15:41:76 chr1 145039562 . C T 262.78 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0384368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.872;QD=15.0161;RBI=0.039216;REFB=-0.0189292;REVB=-0.00777841;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461722;STB=0.535187;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0274801;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:19:11:16:23:19:11:17:23 chr1 145075683 . C T 328.84 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0270262;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.818;QD=30.59;RBI=0.0270566;REFB=-0.0937137;REVB=0.00128055;RO=14;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671388;STB=0.550219;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0462859;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:11:17:7:7:11:17:7:8 chr1 145075854 . G C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00193472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.149;QD=21.3532;RBI=0.00757017;REFB=-0.0125644;REVB=0.00731877;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278387;STB=0.657299;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0117754;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:7:2:8:5:7:2 chr1 145103928 . G A 281.05 PASS AF=0.265306;AO=39;DP=147;FAO=39;FDP=147;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0438386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.62;QD=7.6477;RBI=0.0472621;REFB=-0.00368876;REVB=-0.0176602;RO=108;SAF=15;SAR=24;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121617;STB=0.572612;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00755316;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:108:108:39:39:0.265306:24:15:52:56:24:15:52:56 chr1 145103947 . T C 293.12 PASS AF=0.273973;AO=40;DP=146;FAO=40;FDP=146;FR=.;FRO=106;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0197791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.596;QD=8.03077;RBI=0.0326318;REFB=-0.00703815;REVB=0.0259543;RO=103;SAF=15;SAR=25;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16037;STB=0.585621;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0213567;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:103:106:40:40:0.273973:25:15:52:51:25:15:52:54 chr1 145109549 . G T 432.42 PASS AF=0.203252;AO=73;DP=369;FAO=75;FDP=369;FR=.;FRO=294;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=120;FSRR=174;FWDB=-0.00189882;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.402;QD=4.68743;RBI=0.0035858;REFB=-0.00112716;REVB=0.00304178;RO=293;SAF=47;SAR=26;SRF=120;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297115;STB=0.680157;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0049405;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:293:294:73:75:0.203252:26:47:120:173:27:48:120:174 chr1 145109583 . C A 1252.41 PASS AF=0.3675;AO=146;DP=398;FAO=147;FDP=400;FR=.;FRO=253;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=94;FSRR=159;FWDB=-0.00737284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2954;QD=12.5241;RBI=0.0542921;REFB=-0.00480069;REVB=0.0537892;RO=250;SAF=81;SAR=65;SRF=94;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198042;STB=0.616195;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00942773;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:400:250:253:146:147:0.3675:65:81:94:156:65:82:94:159 chr1 145109661 . G A 114.85 PASS AF=0.10241;AO=34;DP=332;FAO=34;FDP=332;FR=.;FRO=298;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=112;FSRR=186;FWDB=-0.00746254;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.175;QD=1.38367;RBI=0.00959125;REFB=-0.00130217;REVB=0.00602517;RO=296;SAF=18;SAR=16;SRF=112;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185975;STB=0.636034;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0120244;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:296:298:34:34:0.10241:16:18:112:184:16:18:112:186 chr1 145112414 . T C 92.21 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0221984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.571;QD=4.14438;RBI=0.022562;REFB=-0.00827267;REVB=0.00403405;RO=72;SAF=5;SAR=11;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158023;STB=0.598964;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0223256;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:89:89:72:73:16:16:0.179775:11:5:31:41:11:5:31:42 chr1 145112428 . C T 110.57 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0268151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.84;QD=4.96922;RBI=0.0284;REFB=-0.00353865;REVB=-0.00935468;RO=71;SAF=5;SAR=13;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198665;STB=0.627437;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0136301;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:71:71:18:18:0.202247:13:5:30:41:13:5:30:41 chr1 145112485 . C T 71.05 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0197074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.545;QD=4.51132;RBI=0.0246341;REFB=-0.00362451;REVB=0.0147803;RO=51;SAF=2;SAR=10;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452506;STB=0.799467;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0149553;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:10:2:26:25:10:2:26:25 chr1 145112501 . C T 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0226399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.423;QD=2.84361;RBI=0.0364995;REFB=-0.0143284;REVB=-0.0286295;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10641;STB=0.586676;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0586421;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:39:40:6:6:0.130435:3:3:16:23:3:3:16:24 chr1 145115810 . A G 830.63 PASS AF=0.386831;AO=93;DP=242;FAO=94;FDP=243;FR=.;FRO=149;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=82;FWDB=-0.00126689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.335;QD=13.6729;RBI=0.0157715;REFB=-0.00699995;REVB=-0.0157206;RO=148;SAF=53;SAR=40;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127693;STB=0.576463;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00896654;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:148:149:93:94:0.386831:40:53:67:81:40:54:67:82 chr1 145115820 . T C 71.3 PASS AF=0.0932203;AO=22;DP=235;FAO=22;FDP=236;FR=.;FRO=214;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=108;FSRR=106;FWDB=-0.0168669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.942;QD=1.20842;RBI=0.0250567;REFB=0.000220711;REVB=0.0185296;RO=213;SAF=10;SAR=12;SRF=107;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569184;STB=0.545413;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00561073;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:235:236:213:214:22:22:0.0932203:12:10:107:106:12:10:108:106 chr1 145116100 . G A 63.86 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=26;FWDB=-0.0137719;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.109;QD=2.63326;RBI=0.0252236;REFB=0.000846825;REVB=-0.0211321;RO=84;SAF=11;SAR=2;SRF=58;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259958;STB=0.690243;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00978248;OID=.;OPOS=145116100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:97:84:84:13:13:0.134021:2:11:58:26:2:11:58:26 chr1 145116147 . T TA 144.18 PASS AF=0.272059;AO=32;DP=136;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=0.0303832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1953;QD=4.24055;RBI=0.0706915;REFB=0.00296689;REVB=-0.0638291;RO=101;SAF=18;SAR=14;SRF=67;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131721;STB=0.567154;STBP=0.371;TYPE=ins;VARB=-0.0154068;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272059:32:136:37:136:99:21:16:65:34:99:101:18:14:67:34 chr1 145116192 . TG T 48.48 PASS AF=0.19403;AO=28;DP=134;FAO=26;FDP=134;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=0.084574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8368;QD=1.44704;RBI=0.108018;REFB=0.00331284;REVB=-0.0671946;RO=98;SAF=11;SAR=17;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283562;STB=0.663556;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=-0.108049;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19403:28:134:26:134:108:10:16:64:44:48:98:11:17:61:37 chr1 145116310 . TG GT,TT 94.06 PASS AF=0.0714286,0.357143;AO=2,5;DP=24;FAO=2,10;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1,9;FSAR=1,1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.253481,0.0367762;FXX=0;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=20.1018,167.977;QD=13.4368;RBI=0.258235,0.0379669;REFB=0.0597879,-0.0296641;REVB=0.0493227,0.00943401;RO=14;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.22986,0.130656;STB=0.665192,0.729156;STBP=0.732,0.143;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00464781,0.0438574;OID=.,.;OPOS=145116310,145116311;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:24:28:14:16:2,5:2,10:0.0714286,0.357143:1,1:1,4:10:4:1,1:1,9:11:5 chr1 145116327 . G GT,GTTT,T 181.32 PASS AF=0.448276,0.137931,0.344828;AO=6,3,8;DP=26;FAO=13,4,10;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9,2,9;FSAR=4,2,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0441859,0.0155928,0.0148362;FXX=0.0333222;HRUN=8,8,1;LEN=1,3,1;MLLD=5.67229,10.8032,208.769;QD=25.0094;RBI=0.111141,0.0220691,0.0154381;REFB=-0.0803745,-0.0520397,-0.0166253;REVB=0.10198,0.0156176,-0.00426844;RO=8;SAF=5,2,5;SAR=1,1,3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.074933,-0.294841,-0.246848;STB=0.549926,0.66592,0.549906;STBP=0.428,0.375,0.636;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.015159,0.135261,0.0302484;OID=.,.,.;OPOS=145116328,145116328,145116327;OREF=-,-,G;OALT=T,TTT,T;OMAPALT=GT,GTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:75:26:29:8:2:6,3,8:13,4,10:0.448276,0.137931,0.344828:1,1,3:5,2,5:7:1:4,2,1:9,2,9:2:0 chr1 145273302 . A G 642.94 PASS AF=0.373786;AO=77;DP=206;FAO=77;FDP=206;FR=.;FRO=129;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=-0.00149248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.201;QD=12.4842;RBI=0.0325734;REFB=-0.00984753;REVB=-0.0325392;RO=129;SAF=45;SAR=32;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107042;STB=0.560625;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0166611;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:129:129:77:77:0.373786:32:45:63:66:32:45:63:66 chr1 145273345 . T C 702.47 PASS AF=0.334586;AO=89;DP=266;FAO=89;FDP=266;FR=.;FRO=177;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=79;FSRR=98;FWDB=-0.0137893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.313;QD=10.5635;RBI=0.0283307;REFB=-0.0142299;REVB=0.0247485;RO=177;SAF=48;SAR=41;SRF=79;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107778;STB=0.56165;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0240895;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:177:177:89:89:0.334586:41:48:79:98:41:48:79:98 chr1 145273431 . A G 404.93 PASS AF=0.279412;AO=57;DP=204;FAO=57;FDP=204;FR=.;FRO=147;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.0537211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4167;QD=7.93981;RBI=0.0621403;REFB=-0.00489135;REVB=-0.0312325;RO=145;SAF=25;SAR=32;SRF=66;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204869;STB=0.50758;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0138268;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:145:147:57:57:0.279412:32:25:66:79:32:25:66:81 chr1 145277370 . C T 110.93 PASS AF=0.18018;AO=20;DP=111;FAO=20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.00253457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.703;QD=3.9976;RBI=0.0232599;REFB=-0.00227035;REVB=-0.0231214;RO=91;SAF=12;SAR=8;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581737;STB=0.503756;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0113913;OID=.;OPOS=145277370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:91:91:20:20:0.18018:8:12:55:36:8:12:55:36 chr1 145281408 . C T 267.88 PASS AF=0.245509;AO=41;DP=167;FAO=41;FDP=167;FR=.;FRO=126;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=-0.0200369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.083;QD=6.41626;RBI=0.0248087;REFB=-0.0125081;REVB=-0.0146286;RO=126;SAF=23;SAR=18;SRF=76;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541761;STB=0.532561;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0392522;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:126:126:41:41:0.245509:18:23:76:50:18:23:76:50 chr1 145281543 . C T 299.41 PASS AF=0.294118;AO=40;DP=136;FAO=40;FDP=136;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.00714371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.282;QD=8.80605;RBI=0.0102514;REFB=-0.0196934;REVB=-0.00735247;RO=96;SAF=17;SAR=23;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010265;STB=0.506026;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0343991;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:96:96:40:40:0.294118:23:17:40:56:23:17:40:56 chr1 145281613 . C A 154.93 PASS AF=0.227723;AO=23;DP=101;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0287428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4039;QD=6.13563;RBI=0.0287703;REFB=-0.0139433;REVB=-0.00125802;RO=78;SAF=6;SAR=17;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177267;STB=0.610676;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0277351;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:78:78:23:23:0.227723:17:6:30:48:17:6:30:48 chr1 145281633 . C A 142.17 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00752595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.386;QD=5.57534;RBI=0.020577;REFB=-0.0119997;REVB=-0.0191513;RO=80;SAF=8;SAR=14;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484503;STB=0.530275;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0425171;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:80:80:22:22:0.215686:14:8:32:48:14:8:32:48 chr1 145281656 . A T 138.65 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0044076;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9619;QD=5.71761;RBI=0.03587;REFB=-0.0211965;REVB=-0.0355981;RO=76;SAF=7;SAR=14;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117108;STB=0.573457;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0762328;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:76:76:21:21:0.216495:14:7:32:44:14:7:32:44 chr1 145290409 . G A 109.5 PASS AF=0.15942;AO=21;DP=138;FAO=22;FDP=138;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0287803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.948;QD=3.174;RBI=0.0287806;REFB=-0.00185228;REVB=0.000133911;RO=113;SAF=7;SAR=14;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166563;STB=0.595054;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00693266;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:113:116:21:22:0.15942:14:7:52:61:14:8:55:61 chr1 145290498 . T G 51.55 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0478167;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.668;QD=2.29107;RBI=0.0478427;REFB=-0.00454756;REVB=0.00157705;RO=78;SAF=3;SAR=8;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211504;STB=0.660563;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0439095;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:90:90:78:79:11:11:0.122222:8:3:34:44:8:3:35:44 chr1 145293425 . C A 261.15 PASS AF=0.213198;AO=42;DP=197;FAO=42;FDP=197;FR=.;FRO=155;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=102;FSRR=53;FWDB=0.00107698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.891;QD=5.30261;RBI=0.0033545;REFB=-0.00353735;REVB=-0.00317691;RO=148;SAF=30;SAR=12;SRF=96;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963496;STB=0.551757;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.014551;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:148:155:42:42:0.213198:12:30:96:52:12:30:102:53 chr1 145293428 . G C 299.4 PASS AF=0.230392;AO=47;DP=204;FAO=47;FDP=204;FR=.;FRO=157;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=103;FSRR=54;FWDB=-0.0214577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.131;QD=5.87053;RBI=0.028525;REFB=0.000748777;REVB=0.0187947;RO=157;SAF=31;SAR=16;SRF=103;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00495994;STB=0.503012;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00309288;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:157:157:47:47:0.230392:16:31:103:54:16:31:103:54 chr1 145293469 . G C 327.62 PASS AF=0.165394;AO=65;DP=393;FAO=65;FDP=393;FR=.;FRO=328;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=173;FSRR=155;FWDB=-0.0033439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.17;QD=3.33456;RBI=0.0162007;REFB=-0.00182828;REVB=-0.0158518;RO=327;SAF=45;SAR=20;SRF=172;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223357;STB=0.6436;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.012052;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:327:328:65:65:0.165394:20:45:172:155:20:45:173:155 chr1 145293490 . G C 274.57 PASS AF=0.142202;AO=63;DP=436;FAO=62;FDP=436;FR=.;FRO=374;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=199;FSRR=175;FWDB=-0.0384015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2515;QD=2.51897;RBI=0.0412784;REFB=-0.0025459;REVB=-0.0151404;RO=367;SAF=44;SAR=19;SRF=196;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220418;STB=0.659981;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.018627;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:436:367:374:63:62:0.142202:19:44:196:171:18:44:199:175 chr1 145293498 . G C 285.13 PASS AF=0.146172;AO=63;DP=433;FAO=63;FDP=431;FR=.;FRO=368;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=195;FSRR=173;FWDB=-0.0117597;FXX=0.00919519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.393;QD=2.64619;RBI=0.0165254;REFB=-0.00521905;REVB=0.0116103;RO=358;SAF=43;SAR=20;SRF=191;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199229;STB=0.635456;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0219202;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:431:358:368:63:63:0.146172:20:43:191:167:20:43:195:173 chr1 145293510 . C G 294.67 PASS AF=0.150115;AO=64;DP=432;FAO=65;FDP=433;FR=.;FRO=368;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=197;FSRR=171;FWDB=-0.0129749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2011;QD=2.72216;RBI=0.014286;REFB=-0.011531;REVB=0.00597865;RO=365;SAF=44;SAR=20;SRF=194;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208575;STB=0.639702;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0712691;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:433:365:368:64:65:0.150115:20:44:194:171:20:45:197:171 chr1 145293515 . A G 306.72 PASS AF=0.154762;AO=65;DP=421;FAO=65;FDP=420;FR=.;FRO=355;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=207;FSRR=148;FWDB=-0.00996723;FXX=0.00237524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.705;QD=2.92111;RBI=0.0133946;REFB=-0.00612174;REVB=-0.00894814;RO=353;SAF=26;SAR=39;SRF=206;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234302;STB=0.651399;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0331536;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:420:353:355:65:65:0.154762:39:26:206:147:39:26:207:148 chr1 145293566 . G A 567.29 PASS AF=0.246377;AO=85;DP=345;FAO=85;FDP=345;FR=.;FRO=260;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=142;FSRR=118;FWDB=-0.00801505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.575;QD=6.57726;RBI=0.00866744;REFB=-0.00245491;REVB=0.00329901;RO=258;SAF=47;SAR=38;SRF=140;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131168;STB=0.505166;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00793076;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:258:260:85:85:0.246377:38:47:140:118:38:47:142:118 chr1 145296372 . A G 291.16 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0407279;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.992;QD=14.0319;RBI=0.0417974;REFB=-0.0164963;REVB=-0.00939454;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524651;STB=0.534502;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0220816;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:20:13:17:32:20:13:17:33 chr1 145296478 . G T 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0812374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.685;QD=52.1517;RBI=0.0829108;REFB=0.0899462;REVB=0.0165733;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0018233;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr1 145311083 . A C 256.13 PASS AF=0.21028;AO=41;DP=211;FAO=45;FDP=214;FR=.;FRO=169;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=134;FSRR=35;FWDB=0.00563771;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.255;QD=4.78749;RBI=0.00592033;REFB=-0.00884986;REVB=0.00180735;RO=165;SAF=32;SAR=9;SRF=134;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623825;STB=0.563687;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0315806;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:214:165:169:41:45:0.21028:9:32:134:31:12:33:134:35 chr1 145311110 . G C 38.46 PASS AF=0.0700935;AO=15;DP=214;FAO=15;FDP=214;FR=.;FRO=199;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=156;FSRR=43;FWDB=-0.00114573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.816;QD=0.718836;RBI=0.00382781;REFB=-0.00395746;REVB=-0.00365232;RO=195;SAF=10;SAR=5;SRF=153;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169015;STB=0.633436;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0288521;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:214:214:195:199:15:15:0.0700935:5:10:153:42:5:10:156:43 chr1 145311828 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000726356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.284;QD=50.4121;RBI=0.00965863;REFB=0;REVB=-0.00963128;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117748;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 145368461 . A C 143.88 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.000329574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.681;QD=5.04839;RBI=0.00775644;REFB=-0.0113813;REVB=-0.00774944;RO=90;SAF=7;SAR=17;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136713;STB=0.586132;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0412569;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:90:90:24:24:0.210526:17:7:35:55:17:7:35:55 chr1 145368518 . C T 33.15 PASS AF=0.0710059;AO=12;DP=169;FAO=12;FDP=169;FR=.;FRO=157;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=-0.015211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2374;QD=0.784718;RBI=0.0343799;REFB=-0.00136527;REVB=-0.0308318;RO=156;SAF=5;SAR=7;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354614;STB=0.533545;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0136195;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:169:169:156:157:12:12:0.0710059:7:5:70:86:7:5:71:86 chr1 145395604 . T C 541.03 PASS AF=0.609756;AO=49;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0594768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.5;QD=26.3918;RBI=0.0596404;REFB=-0.00758248;REVB=0.00441479;RO=31;SAF=19;SAR=30;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161677;STB=0.576324;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00472285;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:32:49:50:0.609756:30:19:19:12:30:20:19:13 chr1 145397942 . A T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0146452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.087;QD=18.4438;RBI=0.0146627;REFB=0.00302311;REVB=0.000714623;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00240008;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:3:6:7:4:3:6 chr1 145397947 . A G 223.1 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7142;QD=49.5776;RBI=0.0650389;REFB=0;REVB=0.0247831;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021059;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 145399229 . C T 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0117849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.274;QD=16.0419;RBI=0.0315591;REFB=-0.0106589;REVB=-0.0292761;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266345;STB=0.641712;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0187126;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:12:7:16:9:12:7:16:10 chr1 145415826 . C T 96.68 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=0.0576109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4897;QD=5.02218;RBI=0.0585834;REFB=-0.00711733;REVB=-0.0106301;RO=61;SAF=11;SAR=5;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505843;STB=0.531876;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0413878;OID=.;OPOS=145415826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:77:77:61:61:16:16:0.207792:5:11:44:17:5:11:44:17 chr1 145442254 . G C 263.26 PASS AF=0.5;AO=25;DP=54;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0506061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.312;QD=18.1556;RBI=0.0506063;REFB=-0.0260801;REVB=0.000133036;RO=29;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19726;STB=0.632931;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0479957;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:29:29:25:29:0.5:8:17:14:15:8:21:14:15 chr1 145532549 . T C 854.38 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294646;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.184;QD=56.0252;RBI=0.0294647;REFB=0.0319212;REVB=-0.000101098;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000312661;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr1 145536082 . G A 348.91 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0220938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.114;QD=22.8795;RBI=0.0224416;REFB=-0.0145725;REVB=-0.00393589;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925284;STB=0.550953;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0201192;OID=.;OPOS=145536082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:19:16:15:11:19:16:15:11 chr1 145542281 . G A 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00380351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6754;QD=24.7071;RBI=0.00927703;REFB=-0.0300223;REVB=-0.00846147;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310688;STB=0.653704;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0382201;OID=.;OPOS=145542281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:17:23:23:0.575:17:6:10:5:17:6:10:7 chr1 145561594 . C T 203.1 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314479;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.372;QD=47.7888;RBI=0.0563244;REFB=0;REVB=0.0467275;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17496e-05;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:17:0:0:15:17:1:3:12:0:0:4:13:0:0 chr1 145562881 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6353;QD=58.0595;RBI=0.0156205;REFB=0;REVB=0.0108783;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72793e-06;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr1 145586309 . C T 1476.47 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.067;QD=62.167;RBI=0.0385013;REFB=-0.0713401;REVB=0.0364518;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938906;STB=0.504949;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00157203;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:44:50:1:0:44:50:1:0 chr1 145586403 . G T 1940.82 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114175;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.336;QD=62.1062;RBI=0.0227833;REFB=0;REVB=0.0227547;RO=0;SAF=60;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151011;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:0:0:126:125:1:66:60:0:0:66:59:0:0 chr1 146395447 . A G 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0109742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.298;QD=4.55126;RBI=0.0198967;REFB=-0.00578842;REVB=-0.0165966;RO=44;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228475;STB=0.636111;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.038281;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:5:5:30:14:5:5:30:15 chr1 146672906 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.386;QD=61.5361;RBI=0.0444108;REFB=0;REVB=-0.0421957;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08016e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr1 146714392 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.255;QD=51.9167;RBI=0.026374;REFB=0;REVB=-0.0146642;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61343e-05;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 146728162 . T TA 293.54 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5393;QD=45.1594;RBI=0.0946625;REFB=0;REVB=-0.0937601;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00490788;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:26:26:26:0:10:16:0:0:5:0:10:16:0:0 chr1 146751782 . A C 1097.16 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.995;QD=60.1181;RBI=0.0294784;REFB=0;REVB=0.0289812;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52829e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:34:39:0:0 chr1 146767149 . G T 1234.18 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126502;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.229;QD=61.7088;RBI=0.017096;REFB=0;REVB=-0.0114997;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72048e-07;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr1 147096015 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0225689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0468;QD=10.1724;RBI=0.0316536;REFB=0.00877852;REVB=0.0221945;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0142852;OID=.;OPOS=147096015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:7:9:6:6:0.4:5:1:2:5:5:1:3:6 chr1 147121977 . C T 1338.92 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0852;QD=62.2752;RBI=0.0287561;REFB=0;REVB=0.0264256;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4822e-05;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr1 147124310 . T G 439.04 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0478826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0662;QD=22.8075;RBI=0.0700597;REFB=-0.035496;REVB=0.0511431;RO=30;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506517;STB=0.54692;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0223662;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:30:34:42:43:0.558442:21:21:17:13:21:22:21:13 chr1 147229299 . G A 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7045;QD=45.7919;RBI=0.0820975;REFB=0;REVB=0.0737546;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163371;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 147716794 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.013962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.676;QD=7.1242;RBI=0.0210546;REFB=0.00177958;REVB=0.0157594;RO=41;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101112;STB=0.562411;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0063409;OID=.;OPOS=147716794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:8:6:21:20:8:6:21:20 chr1 147735828 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8665;QD=59.0185;RBI=0.0780037;REFB=0;REVB=-0.0270204;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172628;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 147781062 . A G 799.47 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.513;QD=57.1049;RBI=0.0287916;REFB=0;REVB=0.00497911;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105935;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr1 147806874 . G C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.997;QD=57.7124;RBI=0.0268901;REFB=0;REVB=-0.011712;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13366e-05;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr1 147806880 . T C 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.109;QD=57.3795;RBI=0.0683088;REFB=0;REVB=0.0636736;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308305;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr1 147825769 . G A 202.5 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000427331;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.024;QD=15.5769;RBI=0.00305821;REFB=-0.0161053;REVB=0.0030282;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.527003;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0225516;OID=.;OPOS=147825769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:14:15:13:10:14:15 chr1 148009507 . C T 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0145949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.771;QD=2.84374;RBI=0.0207485;REFB=-0.00422344;REVB=0.0147475;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293755;STB=0.521667;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0193847;OID=.;OPOS=148009507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:3:3:21:19:3:3:21:19 chr1 148009510 . G A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00234016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.339;QD=3.07319;RBI=0.0127395;REFB=-0.00350784;REVB=-0.0125227;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658572;STB=0.534768;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0141345;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:3:3:20:16:3:3:20:17 chr1 148342488 . T C 126.02 PASS AF=0.152941;AO=26;DP=170;FAO=26;FDP=170;FR=.;FRO=144;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=-0.00223528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.169;QD=2.96514;RBI=0.0160785;REFB=-0.00230167;REVB=-0.0159224;RO=142;SAF=14;SAR=12;SRF=82;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504265;STB=0.526488;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00898924;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:142:144:26:26:0.152941:12:14:82:60:12:14:82:62 chr1 149211947 . C G 82.6 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0379784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2063;QD=4.65367;RBI=0.0698202;REFB=0.0101077;REVB=-0.0585875;RO=57;SAF=4;SAR=10;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323316;STB=0.708203;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0395831;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:57:57:14:14:0.197183:10:4:31:26:10:4:31:26 chr1 149211962 . T C 118.64 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0116783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.464;QD=5.10259;RBI=0.0137061;REFB=-0.013285;REVB=-0.00717458;RO=74;SAF=7;SAR=12;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134484;STB=0.585275;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0170084;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:74:19:19:0.204301:12:7:35:39:12:7:35:39 chr1 149211967 . G A 117.77 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0340746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.805;QD=4.95887;RBI=0.034114;REFB=-0.0142799;REVB=-0.00163906;RO=74;SAF=7;SAR=12;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151055;STB=0.586271;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0243903;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:74:76:19:19:0.2:12:7:36:38:12:7:36:40 chr1 149211975 . C A 152.0 PASS AF=0.228571;AO=23;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0230734;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4096;QD=5.79059;RBI=0.0234367;REFB=0.00176891;REVB=-0.00411066;RO=82;SAF=11;SAR=12;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333878;STB=0.52379;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00456608;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:81:23:24:0.228571:12:11:39:43:12:12:38:43 chr1 149211992 . G A 316.27 PASS AF=0.311111;AO=41;DP=134;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0201157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.382;QD=9.37082;RBI=0.0206734;REFB=-0.00866407;REVB=-0.00476936;RO=91;SAF=27;SAR=14;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247972;STB=0.656641;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0147031;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:91:93:41:42:0.311111:14:27:41:50:14:28:41:52 chr1 149211998 . T G 332.67 PASS AF=0.307143;AO=43;DP=140;FAO=43;FDP=140;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0264494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.048;QD=9.5049;RBI=0.035234;REFB=-0.00291068;REVB=-0.023278;RO=96;SAF=29;SAR=14;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260016;STB=0.655239;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00911751;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:96:97:43:43:0.307143:14:29:44:52:14:29:44:53 chr1 149224135 . G C 85.92 PASS AF=0.124224;AO=20;DP=161;FAO=20;FDP=161;FR=.;FRO=141;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=-0.0398344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.473;QD=2.13478;RBI=0.043932;REFB=-0.00219776;REVB=-0.0185267;RO=140;SAF=11;SAR=9;SRF=82;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04537;STB=0.528048;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.01453;OID=.;OPOS=149224135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:161:161:140:141:20:20:0.124224:9:11:82:58:9:11:82:59 chr1 149224148 . G A 117.81 PASS AF=0.150943;AO=24;DP=159;FAO=24;FDP=159;FR=.;FRO=135;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=-0.00993366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.138;QD=2.96388;RBI=0.0131951;REFB=-0.00386675;REVB=-0.00868525;RO=135;SAF=14;SAR=10;SRF=78;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725297;STB=0.50484;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0215285;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:135:135:24:24:0.150943:10:14:78:57:10:14:78:57 chr1 149224185 . C A 527.49 PASS AF=0.311594;AO=42;DP=139;FAO=43;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0121491;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.818;QD=15.2895;RBI=0.0140121;REFB=-0.00686707;REVB=-0.00698125;RO=62;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00742317;STB=0.523231;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00144945;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:62:71:42:43:0.311594:24:18:27:35:24:19:34:37 chr1 149278870 . C A 122.78 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00791983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.209;QD=5.84659;RBI=0.0131777;REFB=-0.00403317;REVB=-0.0105323;RO=65;SAF=12;SAR=7;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613569;STB=0.538218;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0191806;OID=.;OPOS=149278870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:7:12:38:27:7:12:38:27 chr1 149286469 . C G 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.015788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.059;QD=7.6788;RBI=0.018661;REFB=-0.00428239;REVB=0.00994849;RO=31;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353589;STB=0.731174;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00931558;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:10:1:8:23:10:1:8:23 chr1 149287392 . T G 258.5 PASS AF=0.274809;AO=36;DP=131;FAO=36;FDP=131;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0285408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.058;QD=7.89298;RBI=0.0313879;REFB=-0.00463018;REVB=-0.0130623;RO=93;SAF=14;SAR=22;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155923;STB=0.600115;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0102502;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:93:95:36:36:0.274809:22:14:48:45:22:14:50:45 chr1 149294658 . G A 379.58 PASS AF=0.356522;AO=34;DP=116;FAO=41;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00977386;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.336;QD=13.2029;RBI=0.0102345;REFB=-0.00649699;REVB=-0.00303593;RO=69;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778141;STB=0.509345;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0153647;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:69:69:34:41:0.356522:20:14:33:36:22:19:33:36 chr1 149294693 . G C 365.24 PASS AF=0.37931;AO=41;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0082177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.712;QD=12.5944;RBI=0.0116623;REFB=-0.0099107;REVB=-0.00827519;RO=71;SAF=18;SAR=23;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506607;STB=0.546509;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0167741;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:72:41:44:0.37931:23:18:28:43:23:21:29:43 chr1 149298542 . CAAA C 106.43 PASS AF=0.7;AO=9;DP=21;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0767641;FXX=0.230681;HRUN=8;LEN=3;MLLD=34.9812;QD=21.2869;RBI=0.0867304;REFB=-0.0415552;REVB=-0.0403664;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12236;STB=0.517216;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.0295883;OID=.;OPOS=149298543;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:9:21:14:20:6:4:10:2:4:37:5:1:8:1:4 chr1 149298554 . C A 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.029334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4398;QD=27.4992;RBI=0.0298833;REFB=-0.0264254;REVB=0.00570354;RO=10;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365188;STB=0.705631;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0157163;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:16:3:6:4:16:3:6:4 chr1 149298562 . GC AT 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0201655;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.093;QD=20.4561;RBI=0.0262595;REFB=-0.00540489;REVB=-0.0168201;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312561;STB=0.679372;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.0116673;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:14:3:7:8:14:3:7:8 chr1 149298603 . G A 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0380619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.712;QD=24.7083;RBI=0.0382605;REFB=-0.00823584;REVB=0.0038931;RO=17;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253676;STB=0.642936;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00634085;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:19:4:7:10:19:4:7:10 chr1 149334339 . G C 688.7 PASS AF=0.29375;AO=94;DP=320;FAO=94;FDP=320;FR=.;FRO=226;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=164;FWDB=0.00398937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.889;QD=8.60875;RBI=0.00443321;REFB=-0.000291777;REVB=0.00193347;RO=224;SAF=32;SAR=62;SRF=62;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892203;STB=0.553741;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000819097;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:224:226:94:94:0.29375:62:32:62:162:62:32:62:164 chr1 149398890 . G T 70.03 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0260295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.088;QD=10.7744;RBI=0.0266652;REFB=-0.0291529;REVB=0.00578767;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0381206;OID=.;OPOS=149398890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:24:26:16:16:8:10:0.384615:5:3:8:8:5:5:8:8 chr1 149664423 . A G 610.63 PASS AF=0.571429;AO=54;DP=97;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0195988;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.502;QD=24.9235;RBI=0.0292331;REFB=-0.0123605;REVB=-0.0216901;RO=40;SAF=21;SAR=33;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493642;STB=0.50788;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0125409;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:40:42:54:56:0.571429:33:21:18:22:33:23:18:24 chr1 149676401 . A G 201.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0248416;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.204;QD=16.1457;RBI=0.0302408;REFB=-0.0132621;REVB=-0.0172453;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149144;STB=0.584761;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.015813;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:12:10:17:11:12:10:17:11 chr1 149680227 . A G 765.75 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0129329;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.942;QD=53.7371;RBI=0.0133295;REFB=0.0665843;REVB=0.00322736;RO=2;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687472;STB=0.503648;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000123772;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:33:22:1:1:33:22:1:1 chr1 149680293 . A C 39.69 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0405872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4017;QD=3.1132;RBI=0.0516202;REFB=0.000512202;REVB=-0.0318955;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121134;STB=0.557979;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00951988;OID=.;OPOS=149680293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:42:44:7:7:0.137255:4:3:14:28:4:3:16:28 chr1 149684085 . T C 75.81 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0575951;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7919;QD=21.6596;RBI=0.0629423;REFB=-0.0113306;REVB=0.0253877;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258094;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0122387;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:5:5:7:9:0.642857:3:4:1:4:3:6:1:4 chr1 149684119 . TA T 568.42 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.73;QD=59.8335;RBI=0.0300369;REFB=0;REVB=-0.0132789;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000657383;OID=.;OPOS=149684120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:38:38:38:0:18:20:0:0:4:0:18:19:0:0 chr1 149684166 . G A 178.28 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.016182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5968;QD=14.8564;RBI=0.0591625;REFB=-0.0188546;REVB=-0.0569065;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289935;STB=0.516761;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0296785;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:13:16:11:8:13:16 chr1 149684169 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.034013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.335;QD=16.0335;RBI=0.0353487;REFB=-0.0138945;REVB=-0.00962522;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.538423;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0227476;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:13:15:12:8:13:15 chr1 149684171 . A T 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00324899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.997;QD=16.0313;RBI=0.0330896;REFB=-0.0263974;REVB=0.0329297;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.538423;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0165144;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:13:15:12:8:13:15 chr1 149711815 . G A 31.41 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00168853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.406;QD=1.82085;RBI=0.00593837;REFB=-0.00424053;REVB=0.00569325;RO=58;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287648;STB=0.719541;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0477833;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:58:62:7:7:0.101449:2:5:27:31:2:5:29:33 chr1 149711845 . C A 30.97 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.019502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1378;QD=1.76955;RBI=0.0398988;REFB=-0.000404673;REVB=0.0348079;RO=63;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352903;STB=0.768522;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00425906;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:70:63:63:7:7:0.1:2:5:25:38:2:5:25:38 chr1 149858223 . G GA 38.19 PASS AF=0.292683;AO=9;DP=44;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.100231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6124;QD=3.7262;RBI=0.168661;REFB=0.00463374;REVB=0.135648;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137913;STB=0.571309;STBP=0.6;TYPE=ins;VARB=0.00798085;OID=.;OPOS=149858224;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:9:44:12:41:29:5:7:15:14:38:34:5:4:15:19 chr1 149895842 . G T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00295124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.958;QD=15.8391;RBI=0.00588086;REFB=-0.0082938;REVB=-0.00508672;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363249;STB=0.705493;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00510495;OID=.;OPOS=149895842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:7:0:3:5:7:0 chr1 149905591 . G A 101.15 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0355747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4154;QD=8.42947;RBI=0.0441234;REFB=-0.00214793;REVB=-0.0261021;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541287;STB=0.533282;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00244789;OID=.;OPOS=149905591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:5:8:20:15:5:8:20:15 chr1 149908108 . A G 156.63 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0052944;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8876;QD=10.9918;RBI=0.0067434;REFB=-0.00398842;REVB=-0.00417646;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492397;STB=0.506189;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00799994;OID=.;OPOS=149908108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:37:20:20:0.350877:11:9:15:18:11:9:17:20 chr1 149908123 . CTT C 241.98 PASS AF=0.625;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0187681;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.2028;QD=20.1649;RBI=0.0232061;REFB=0.0380052;REVB=-0.0136485;RO=17;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111503;STB=0.55229;STBP=0.391;TYPE=del;VARB=-0.0219171;OID=.;OPOS=149908124;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:30:49:30:48:18:11:19:9:9:99:17:11:19:9:8 chr1 149914680 . AGGG AAGG,AGG,AGGA 170.89 PASS AF=0.0666667,0,0.933333;AO=2,4,5;DP=15;FAO=1,0,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6;FSAR=1,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258501,0.0153196,0.0181238;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=8.68258,25.4305,30.1049;QD=45.5699;RBI=0.129328,0.0765779,0.062351;REFB=0,0,0;REVB=-0.126718,-0.0750299,-0.0596588;RO=0;SAF=1,1,3;SAR=1,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.460204,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.0757703,0,0.0193253;OID=.,.,.;OPOS=149914681,149914681,149914683;OREF=G,G,G;OALT=A,-,A;OMAPALT=AAGG,AGG,AGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0666667,0,0.933333:2,4,5:15:1,0,14:15:0:0,0,6:1,0,8:0:0:6:0:1,1,3:1,3,2:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 84.36 PASS AF=0.194444,0.138889;AO=6,4;DP=39;FAO=7,5;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3,5;FSAR=4,0;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.046984,-0.0473558;FXX=0.099975;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=153.143,45.8196;QD=9.37333;RBI=0.0469899,0.0476074;REFB=-0.0225466,-0.0349542;REVB=-0.000748044,-0.00488782;RO=24;SAF=3,4;SAR=3,0;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25301,0.565507;STB=0.707442,0.996974;STBP=0.29,0.097;TYPE=del,snp;VARB=0.0869611,0.131331;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444,0.138889:6,4:39:7,5:36:24:3,5:4,0:17:7:49:24:3,4:3,0:17:7 chr1 150241190 . GAAAAA AGAAAA,GAAAA,GAAAAC 36.53 PASS AF=0,0.234568,0;AO=3,25,3;DP=82;FAO=0,19,0;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=0,11,0;FSAR=0,8,0;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.0113914,-0.128457,-0.0828702;FXX=0.0121936;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=177.411,9.34723,26.7575;QD=1.80375;RBI=0.0122846,0.153889,0.089887;REFB=-0.0071305,-0.109948,-0.0572083;REVB=-0.00459865,0.0847376,0.0348167;RO=46;SAF=3,14,3;SAR=0,11,0;SRF=9;SRR=37;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.669457,0.398887,0.669457;STB=0.5,0.711247,0.5;STBP=1,0.061,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.154524,0.0605473;OID=.,.,.;OPOS=150241190,150241191,150241195;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,C;OMAPALT=AGAAAA,GAAAA,GAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:82:81:46:62:3,25,3:0,19,0:0,0.234568,0:0,11,0:3,14,3:9:37:0,8,0:0,11,0:18:44 chr1 150257054 . C T 233.56 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0133343;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.92;QD=23.9545;RBI=0.0160315;REFB=-0.0140683;REVB=-0.00889983;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136077;STB=0.583259;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00800685;OID=.;OPOS=150257054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:21:22:0.564103:10:11:6:11:10:12:6:11 chr1 150278741 . G GTC 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0121523;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.168;QD=22.5856;RBI=0.0210153;REFB=-0.0257372;REVB=-0.0171453;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117729;STB=0.604217;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=0.00442104;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:11:18:11:17:6:6:5:5:1:37:7:6:5:5:2 chr1 150485273 . C T 42.77 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00480994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.651;QD=5.70262;RBI=0.00739453;REFB=-0.0226267;REVB=0.00561636;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362177;STB=0.666222;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0813892;OID=.;OPOS=150485273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:29:30:23:23:6:7:0.233333:2:4:8:15:3:4:8:15 chr1 150526044 . G C 210.88 PASS AF=0.512195;AO=22;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0180081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4035;QD=20.574;RBI=0.0196891;REFB=-0.0144319;REVB=0.0079605;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224919;STB=0.610062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0144345;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:22:21:0.512195:7:15:8:11:7:14:9:11 chr1 150531008 . T C 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.774;QD=58.1351;RBI=0.0482397;REFB=0;REVB=0.0471827;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192103;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr1 150531049 . CG AC,CA 711.51 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,24;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339796,0.0339399;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=57.6965,87.2183;QD=61.8701;RBI=0.0547769,0.16145;REFB=0,0;REVB=0.0429639,0.157842;RO=0;SAF=1,18;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0864476,0.00636817;OID=.,.;OPOS=150531049,150531050;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:46:46:0:0:2,24:2,44:0.0434783,0.956522:1,6:1,18:0:0:1,19:1,25:0:0 chr1 150531170 . C T 667.53 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.698;QD=62.0956;RBI=0.0151668;REFB=0;REVB=0.00599913;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87209e-05;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 150548887 . C CCTAT 50.11 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391651;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=323.081;QD=33.4037;RBI=0.0179216;REFB=0;REVB=0.0174884;RO=1;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000125624;OID=.;OPOS=150548888;OREF=-;OALT=CTAT;OMAPALT=CCTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:6:6:6:0:4:2:0:0:4:1:4:0:0:1 chr1 150679033 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5563;QD=62.0213;RBI=0.0442619;REFB=0;REVB=0.0164404;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024017;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 150727539 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4914;QD=55.6552;RBI=0.0640997;REFB=0;REVB=-0.0268522;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192591;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 150771703 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.218;QD=60.3766;RBI=0.0230476;REFB=0;REVB=-0.00711732;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04679e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr1 150779755 . C T 1324.81 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00225612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6341;QD=60.9109;RBI=0.0213905;REFB=-0.0590284;REVB=-0.0212712;RO=1;SAF=43;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010891;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00278073;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:43:43:1:0:43:43:1:0 chr1 150808889 . C G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.81;QD=59.836;RBI=0.0242837;REFB=0;REVB=0.013863;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178844;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr1 150937766 . ATTTTT AATTTT,ATTTT,ATTTTA 1907.09 PASS AF=0,1,0;AO=11,54,62;DP=161;FAO=0,163,0;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=0,96,0;FSAR=0,67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512249,0.0549652,-0.237449;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=5.36121,17.1845,14.1788;QD=46.7998;RBI=0.0538498,0.124957,0.243468;REFB=-0.0353765,-0.0157763,-0.0839417;REVB=0.0166073,0.112219,-0.0538029;RO=3;SAF=4,29,44;SAR=7,25,18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.158276,0.0532554,0.0724137;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0491518,0.00330164,0;OID=.,.,.;OPOS=150937767,150937767,150937771;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,54,62:161:0,163,0:163:0:0,96,0:0,67,0:0:0:8:3:4,29,44:7,25,18:0:3 chr1 150940357 . GC TT 92.44 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219938;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.666;QD=41.086;RBI=0.00724037;REFB=0;REVB=0.00689824;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000168659;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 150960350 . A C 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00717069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.171;QD=19.156;RBI=0.0226944;REFB=-0.018017;REVB=-0.0215318;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308939;STB=0.675503;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0288379;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:6:15:9:14:6:15:9:14 chr1 150969567 . A G 570.07 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.96;QD=57.0068;RBI=0.0222041;REFB=-0.0294859;REVB=-0.00193538;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00127809;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:21:17:1:0:21:18:1:0 chr1 150969992 . T C 231.73 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.678;QD=48.7844;RBI=0.0453378;REFB=0;REVB=0.0297912;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012325;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr1 150970577 . G T 312.01 PASS AF=0.96;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9269;QD=49.9222;RBI=0.0535878;REFB=-0.0485465;REVB=0.0403103;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.526294;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00278727;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:25:0:1:22:24:0.96:9:13:0:0:9:15:0:1 chr1 150975108 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.065;QD=53.2733;RBI=0.032603;REFB=0;REVB=-0.00200453;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011766;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 150999737 . A G 339.36 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0629064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6154;QD=29.5096;RBI=0.0635784;REFB=0.00548585;REVB=0.00921952;RO=17;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104042;STB=0.557235;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00192566;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:11:18:8:9:11:18:8:9 chr1 151006537 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00671327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.716;QD=13.4556;RBI=0.00837533;REFB=0.000618349;REVB=-0.00500781;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0015153;OID=.;OPOS=151006537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr1 151006539 . C A 342.13 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5073;QD=54.7408;RBI=0.131301;REFB=0;REVB=0.130202;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285036;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:10:11:0:0:14:11:0:0 chr1 151019180 . A G 383.0 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00576683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5548;QD=52.8279;RBI=0.0570707;REFB=-0.144664;REVB=0.0567786;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0071991;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:1:0:16:12:1:0 chr1 151040435 . G A 245.65 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00838066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.703;QD=16.3763;RBI=0.0175486;REFB=-0.0048569;REVB=-0.0154181;RO=32;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339075;STB=0.696281;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0133147;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:20:7:19:13:21:7:19:13 chr1 151104950 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.395;QD=46.848;RBI=0.0820948;REFB=0;REVB=0.0818584;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033715;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr1 151108137 . T G 368.66 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8998;QD=54.6158;RBI=0.0684112;REFB=0;REVB=-0.0207634;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016537;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:20:7:0:0 chr1 151140731 . C T 110.66 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0194728;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.887;QD=14.279;RBI=0.0327055;REFB=-0.0300737;REVB=-0.0262766;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337047;STB=0.71668;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0368103;OID=.;OPOS=151140731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:18:13:13:0.419355:5:8:4:12:5:8:4:14 chr1 151144769 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0489089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.434;QD=14.0975;RBI=0.057776;REFB=-0.0188271;REVB=0.0307569;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248656;STB=0.646813;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0229056;OID=.;OPOS=151144769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:10:8:3:10:10:8 chr1 151209063 . C T 506.55 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992448;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.329;QD=59.5945;RBI=0.0485703;REFB=0;REVB=-0.0475456;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159619;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr1 151239051 . T C 684.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.03;QD=60.8712;RBI=0.0536554;REFB=0;REVB=0.039863;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520755;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:28:14:0:0:29:16:0:0 chr1 151254041 . T C 727.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.847;QD=63.2637;RBI=0.0710932;REFB=0;REVB=0.0324649;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208763;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 151260040 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000160517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.296;QD=11.0924;RBI=0.00532334;REFB=-0.00510433;REVB=0.00532092;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0240526;OID=.;OPOS=151260040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chr1 151288171 . T TA 136.65 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571331;FXX=0.222099;HRUN=0;LEN=1;MLLD=146.514;QD=39.0415;RBI=0.0390102;REFB=0;REVB=0.0385896;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00014411;OID=.;OPOS=151288172;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:14:14:0:2:12:0:0:3:16:0:2:3:13 chr1 151288172 . G A 173.14 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0147922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.945;QD=36.4511;RBI=0.0487362;REFB=-0.140645;REVB=0.0464372;RO=3;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1013;STB=0.551664;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00390932;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:15:16:0.842105:12:3:0:3:13:3:0:3 chr1 151288391 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.151;QD=62.6673;RBI=0.0311291;REFB=0;REVB=0.000389852;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152704;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 151316161 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.158;QD=37.4885;RBI=0.0454532;REFB=0;REVB=0.0445872;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212847;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 151376067 . A G 562.57 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=53;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00576676;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.6449;QD=43.2744;RBI=0.00580367;REFB=-0.0326979;REVB=-0.000653464;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.556135;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00440857;OID=.;OPOS=151376067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:52:0:7:45:45:0.865385:34:11:0:0:34:11:4:3 chr1 151376075 . T C 681.21 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4499;QD=53.4283;RBI=0.0268253;REFB=-0.063503;REVB=-0.0264487;RO=1;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435709;OID=.;OPOS=151376075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:1:0:49:51:1:33:16:0:1:35:16:0:0 chr1 151377407 . A C 1011.77 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606152;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.556;QD=59.5157;RBI=0.068407;REFB=0;REVB=0.0317067;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245885;OID=.;OPOS=151377407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:47:21:0:0:47:21:0:0 chr1 151504960 . G A 31.16 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00768173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.681;QD=2.35147;RBI=0.0165117;REFB=-0.00340763;REVB=-0.0146159;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326375;STB=0.737367;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0381217;OID=.;OPOS=151504960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:53:45:47:6:6:0.113208:2:4:17:28:2:4:18:29 chr1 151667442 . GA G,GG 74.04 PASS AF=0.313253,0.0481928;AO=25,4;DP=84;FAO=26,4;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13,2;FSAR=13,2;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.020158,0.022186;FXX=0.0348797;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.72674,26.1817;QD=3.56842;RBI=0.034718,0.0386615;REFB=-0.0891802,-0.0424758;REVB=-0.0282666,0.0316622;RO=39;SAF=12,2;SAR=13,2;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0196433,0.0414411;STB=0.54427,0.561102;STBP=0.586,0.818;TYPE=del,snp;VARB=0.0865462,-0.0256878;OID=.,.;OPOS=151667443,151667443;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313253,0.0481928:25,4:84:26,4:83:53:13,2:13,2:23:30:54:39:12,2:13,2:18:21 chr1 151670590 . CAG CA,C 317.63 PASS AF=0.030303,0.5;AO=7,25;DP=67;FAO=2,33;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=2,14;FSAR=0,19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.053129,-0.00792057;FXX=0.0149231;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=6.92515,233.761;QD=19.2501;RBI=0.309586,0.0312647;REFB=-0.0840483,-0.0240398;REVB=0.304993,0.0302447;RO=21;SAF=6,13;SAR=1,12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0.672727,0;SSEP=0.648649,0;SSSB=0.518359,0.074737;STB=0.994892,0.529281;STBP=0.187,0.687;TYPE=del,del;VARB=0.100728,0.0161386;OID=.,.;OPOS=151670592,151670591;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.030303,0.5:7,25:67:2,33:66:31:2,14:0,19:15:16:99:21:6,13:1,12:9:12 chr1 151675414 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8883;QD=49.5903;RBI=0.015442;REFB=0;REVB=0.012449;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069236;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 151686983 . T A 736.28 PASS AF=1;AO=37;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1763;QD=61.3563;RBI=0.113317;REFB=0;REVB=0.0312654;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432612;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:37:48:1:20:17:0:0:25:23:0:0 chr1 151733335 . T G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0357316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5543;QD=21.1693;RBI=0.0484201;REFB=-0.0040548;REVB=0.0326766;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368547;STB=0.719257;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00153467;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:2:1:6:1:2:1 chr1 151735545 . A G 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0186159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.548;QD=21.1293;RBI=0.0236472;REFB=0.000341983;REVB=-0.0145822;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101306;STB=0.55691;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.000635157;OID=.;OPOS=151735545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:9:12:10:12:9:12 chr1 151740666 . T C 1044.15 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.903;QD=59.6657;RBI=0.0608465;REFB=0;REVB=0.0380916;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079533;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr1 151747970 . A G 312.87 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0438754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0272;QD=14.3849;RBI=0.0460386;REFB=-0.0193994;REVB=-0.0139465;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140556;STB=0.579433;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0249664;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:16:19:35:17:16:19:35:17 chr1 151801951 . G A 189.39 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0293638;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.17;QD=13.0616;RBI=0.0389598;REFB=-0.0123862;REVB=-0.0256054;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183491;STB=0.599917;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0335178;OID=.;OPOS=151801951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:35:23:23:0.396552:11:12:23:10:11:12:24:11 chr1 151814234 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.251;QD=56.7065;RBI=0.045163;REFB=0;REVB=0.0117179;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310315;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 151820298 . G C 916.73 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132588;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8828;QD=57.2959;RBI=0.0648932;REFB=0;REVB=0.0635242;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118939;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:1:0:61:64:1:24:37:0:1:26:38:0:0 chr1 151820324 . T C 828.23 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243397;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1056;QD=57.1196;RBI=0.0731776;REFB=0;REVB=0.0690111;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679987;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:24:31:0:0:25:33:0:0 chr1 151825991 . G T 646.77 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00872096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.443;QD=50.7273;RBI=0.0314843;REFB=-0.139728;REVB=0.0302524;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218744;STB=0.513642;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00123859;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:1:3:48:48:0.941176:21:27:0:1:21:27:1:2 chr1 151845569 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=28;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.847;QD=62.6705;RBI=0.0477713;REFB=0;REVB=0.0384408;RO=0;SAF=27;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223403;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:28:44:1:1:27:0:0:17:27:0:0 chr1 151845650 . G C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6959;QD=56.1882;RBI=0.0275712;REFB=0;REVB=-0.00376915;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482933;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 151862661 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.19;QD=44.6898;RBI=0.0360169;REFB=0;REVB=0.0205216;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898597;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr1 151867560 . G A 871.31 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.002;QD=56.2138;RBI=0.0133531;REFB=-0.0741467;REVB=-0.00776009;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000397084;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr1 152058192 . G A 1175.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.947;QD=59.5354;RBI=0.0435039;REFB=-0.0838168;REVB=0.0278697;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000535559;OID=.;OPOS=152058192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:36:42:0:0:36:42:1:0 chr1 152079989 . T G 1012.2 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.779;QD=57.84;RBI=0.0244912;REFB=-0.140769;REVB=0.00201785;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000358032;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:27:42:1:0:27:42:1:0 chr1 152081921 . G C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.026;QD=63.8688;RBI=0.0359137;REFB=0;REVB=0.0348224;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205155;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:14:34:0:0:14:34:0:0 chr1 152085505 . A C 824.93 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0335606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.385;QD=54.0938;RBI=0.0863453;REFB=-0.0819982;REVB=0.0795562;RO=2;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277382;STB=0.514701;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00991727;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:33:26:0:2:33:26:0:2 chr1 152129087 . T C 602.56 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0765902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.617;QD=54.7781;RBI=0.0974942;REFB=-0.189267;REVB=0.0603247;RO=1;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148996;STB=0.523066;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00303098;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:1:3:41:41:0.931818:31:10:0:1:31:10:0:3 chr1 152129094 . A G 634.8 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.9;QD=61.9313;RBI=0.113481;REFB=0;REVB=0.0673634;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663046;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:36:41:1:29:7:0:0:34:7:0:0 chr1 152185750 . G A 1407.9 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0525667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3534;QD=60.5549;RBI=0.0592687;REFB=-0.123429;REVB=0.0273774;RO=2;SAF=67;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139384;STB=0.507245;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00216603;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:93:2:2:90:91:0.978495:23:67:2:0:23:68:2:0 chr1 152188413 . C T 261.52 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00607221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.953;QD=17.1489;RBI=0.018311;REFB=-0.0194827;REVB=0.0172749;RO=31;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172252;STB=0.590341;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0186006;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:9:20:16:15:9:20:17:15 chr1 152190835 . G A 223.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.35;QD=49.5784;RBI=0.149732;REFB=0;REVB=0.147651;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172974;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr1 152190945 . C T 1712.5 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.921;QD=60.6195;RBI=0.028371;REFB=0;REVB=0.0243227;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06418e-05;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:63:49:0:0:64:49:0:0 chr1 152192555 . T C 1034.88 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00787881;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.112;QD=57.4934;RBI=0.0658171;REFB=-0.0510804;REVB=0.0653439;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000726839;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:35:35:0:1:36:35:0:1 chr1 152192687 . T C 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.086;QD=63.052;RBI=0.0525175;REFB=0;REVB=0.0506234;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100929;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr1 152192978 . T C 1574.29 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236762;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.214;QD=59.9728;RBI=0.0517494;REFB=0;REVB=-0.0460156;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66595e-05;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr1 152193052 . A G 1419.78 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488039;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4818;QD=63.1013;RBI=0.00502608;REFB=0;REVB=-0.00120136;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346994;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:56:34:0:0:56:34:0:0 chr1 152193547 . G A 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.285;QD=58.032;RBI=0.0436335;REFB=-0.0729273;REVB=0.0386863;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000859924;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:38:32:0:0:38:32:0:1 chr1 152275453 . G A 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.752;QD=47.8071;RBI=0.0530627;REFB=0;REVB=0.0148503;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283076;OID=.;OPOS=152275453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr1 152276149 . C T 1493.61 PASS AF=0.989796;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.275;QD=60.9637;RBI=0.0300641;REFB=-0.0655897;REVB=0.0256963;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00109862;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:98:1:1:93:97:0.989796:52:41:0:1:56:41:0:1 chr1 152276659 . TG CC 336.98 PASS AF=0.818182;AO=26;DP=32;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00851942;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.354;QD=40.8461;RBI=0.00858462;REFB=-0.0200811;REVB=0.00105604;RO=6;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574782;STB=0.524922;STBP=0.561;TYPE=mnp;VARB=0.00462909;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:33:6:6:26:27:0.818182:17:9:3:3:17:10:3:3 chr1 152276671 . C T 600.31 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00571363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.735;QD=45.3063;RBI=0.0147876;REFB=-0.0486378;REVB=0.0136391;RO=6;SAF=15;SAR=32;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433206;STB=0.523151;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0173425;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:32:15:3:3:32:15:3:3 chr1 152276772 . C A 2297.86 PASS AF=0.987097;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.032115;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.663;QD=59.2997;RBI=0.0921583;REFB=-0.0757751;REVB=0.0863816;RO=2;SAF=68;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124716;STB=0.500726;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000160224;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:155:2:2:151:153:0.987097:83:68:1:1:85:68:1:1 chr1 152276871 . A G 1859.27 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.212;QD=61.4633;RBI=0.0430545;REFB=0;REVB=-0.00421983;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32673e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:59:62:0:0:59:62:0:0 chr1 152276889 . A G 1737.71 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00654214;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.857;QD=59.9212;RBI=0.0218065;REFB=-0.0232167;REVB=-0.020802;RO=1;SAF=60;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078492;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-2.80844e-05;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:115:115:0.991379:55:60:1:0:55:60:1:0 chr1 152277055 . C G 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0372322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.365;QD=55.0345;RBI=0.0401383;REFB=-0.0867081;REVB=0.0149948;RO=2;SAF=17;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168132;STB=0.508909;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00141091;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:46:17:1:1:46:17:1:1 chr1 152277168 . A G 1568.38 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.489;QD=64.0154;RBI=0.0553146;REFB=0;REVB=0.0501931;RO=1;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39289e-05;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:1:0:96:98:1:52:44:0:1:53:45:0:0 chr1 152277345 . C T 1083.19 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7189;QD=58.5511;RBI=0.102045;REFB=-0.113671;REVB=-0.000452672;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00257483;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:1:0:31:42:1:0 chr1 152277396 . T C 871.42 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0392818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7224;QD=55.3283;RBI=0.0472668;REFB=-0.00560996;REVB=0.0262886;RO=2;SAF=32;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285886;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00057186;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:29:32:2:0:29:33:1:0 chr1 152277717 . C A 791.84 PASS AF=1;AO=48;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626767;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.425;QD=57.588;RBI=0.0756393;REFB=0;REVB=0.042343;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033409;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:0:0:48:55:1:22:26:0:0:21:34:0:0 chr1 152278555 . T C 257.93 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0437764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6229;QD=18.4233;RBI=0.0491033;REFB=-0.0320035;REVB=-0.0222433;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0355437;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:8:20:20:8:8:20:20:8 chr1 152278689 . C A 3622.68 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.417;QD=63.0031;RBI=0.0484036;REFB=0;REVB=0.0295673;RO=0;SAF=119;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86301e-05;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:214:230:0:0:214:230:1:95:119:0:0:98:132:0:0 chr1 152278814 . C T 92.65 PASS AF=0.10917;AO=25;DP=229;FAO=25;FDP=229;FR=.;FRO=204;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=108;FSRR=96;FWDB=-0.0405401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.602;QD=1.61834;RBI=0.0412029;REFB=-0.0043799;REVB=-0.00736062;RO=203;SAF=17;SAR=8;SRF=108;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187093;STB=0.638615;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.036575;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:229:229:203:204:25:25:0.10917:8:17:108:95:8:17:108:96 chr1 152278856 . T G 531.06 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.00041801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.41;QD=15.1732;RBI=0.018978;REFB=-0.0187757;REVB=-0.0189734;RO=82;SAF=29;SAR=29;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153041;STB=0.585686;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0339358;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:29:29:53:29:29:29:53:29 chr1 152279019 . G A 181.14 PASS AF=0.303797;AO=22;DP=78;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00196645;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.618;QD=9.17173;RBI=0.00477755;REFB=-0.0076091;REVB=0.00435408;RO=54;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206205;STB=0.528258;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0155991;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:54:55:22:24:0.303797:13:9:23:31:13:11:23:32 chr1 152279729 . C T 2933.6 PASS AF=0.984293;AO=188;DP=191;FAO=188;FDP=191;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.039841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.503;QD=61.4366;RBI=0.0402655;REFB=-0.155562;REVB=0.00583116;RO=1;SAF=98;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483427;STB=0.507537;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00159496;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:191:1:3:188:188:0.984293:90:98:1:0:90:98:3:0 chr1 152279841 . G C 1395.05 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00185832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7519;QD=61.3211;RBI=0.0838706;REFB=-0.132063;REVB=0.08385;RO=1;SAF=49;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957431;STB=0.505049;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000979708;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:40:49:1:0:41:49:1:0 chr1 152279920 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.903;QD=58.0586;RBI=0.0363549;REFB=0;REVB=0.00322811;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132395;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:42:18:0:0:42:19:0:0 chr1 152280032 . T C 1878.95 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128082;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.289;QD=61.1042;RBI=0.0800426;REFB=0;REVB=0.0790112;RO=1;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413689;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:125:123:1:0:122:123:1:63:59:0:1:64:59:0:0 chr1 152280170 . C G 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6314;QD=61.5331;RBI=0.0671275;REFB=0;REVB=-0.000800478;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497957;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chr1 152280372 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.885;QD=33.4285;RBI=0.0565276;REFB=0;REVB=-0.0542177;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228522;OID=.;OPOS=152280372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 152280471 . C G 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0172778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6909;QD=5.7482;RBI=0.0493131;REFB=0.00100147;REVB=-0.0461872;RO=48;SAF=10;SAR=4;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295998;STB=0.68693;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00618696;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:4:10:23:25:4:10:23:25 chr1 152280736 . T C 112.13 PASS AF=0.143713;AO=24;DP=167;FAO=24;FDP=167;FR=.;FRO=143;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=62;FWDB=-0.0069632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.131;QD=2.68566;RBI=0.0218873;REFB=-0.00486916;REVB=-0.0207501;RO=142;SAF=13;SAR=11;SRF=81;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369542;STB=0.521414;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0292755;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:142:143:24:24:0.143713:11:13:81:61:11:13:81:62 chr1 152280759 . A G 250.91 PASS AF=0.257143;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=140;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=-0.00146619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.013;QD=7.16882;RBI=0.026518;REFB=-0.00273304;REVB=-0.0264775;RO=103;SAF=14;SAR=22;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248132;STB=0.644453;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00712058;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:103:104:36:36:0.257143:22:14:61:42:22:14:61:43 chr1 152280782 . A G 1730.91 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123545;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6974;QD=60.7339;RBI=0.0201198;REFB=0;REVB=-0.01588;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291471;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:113:114:1:57:56:0:0:58:56:0:0 chr1 152280788 . T G 291.73 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=111;FAO=37;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0445425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.61;QD=10.5129;RBI=0.0450746;REFB=-0.0232356;REVB=-0.0069049;RO=55;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383396;STB=0.536043;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0344825;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:74:36:37:0.333333:19:17:24:31:20:17:38:36 chr1 152280864 . A G 1327.33 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221459;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.454;QD=62.4628;RBI=0.0285903;REFB=0;REVB=0.0180822;RO=0;SAF=17;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1067e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:66:17:0:0:68:17:0:0 chr1 152280900 . T G 669.98 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-2.69606e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.116;QD=23.1027;RBI=0.0250769;REFB=0.0104821;REVB=-0.0250768;RO=51;SAF=27;SAR=38;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856547;STB=0.546727;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00693989;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:38:27:16:35:38:27:16:35 chr1 152281007 . AA GG 1347.24 PASS AF=0.533333;AO=127;DP=238;FAO=128;FDP=240;FR=.;FRO=112;FSAF=80;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.00151703;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.0219;QD=22.454;RBI=0.0225764;REFB=-0.0256791;REVB=-0.0225253;RO=110;SAF=80;SAR=47;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832185;STB=0.547715;STBP=0.124;TYPE=mnp;VARB=0.0229765;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:240:110:112:127:128:0.533333:47:80:59:51:48:80:59:53 chr1 152281039 . G A 1287.9 PASS AF=0.460208;AO=133;DP=289;FAO=133;FDP=289;FR=.;FRO=156;FSAF=85;FSAR=48;FSRF=80;FSRR=76;FWDB=0.0046953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.718;QD=17.8257;RBI=0.0518745;REFB=-0.0238943;REVB=0.0516616;RO=155;SAF=85;SAR=48;SRF=80;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124657;STB=0.570953;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0211996;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:155:156:133:133:0.460208:48:85:80:75:48:85:80:76 chr1 152281228 . C G 440.78 PASS AF=0.352564;AO=55;DP=157;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.0847206;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2398;QD=11.3022;RBI=0.0879499;REFB=-0.0358012;REVB=-0.0236137;RO=96;SAF=29;SAR=26;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161263;STB=0.517679;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0593091;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:96:101:55:55:0.352564:26:29:52:44:26:29:56:45 chr1 152281290 . A G 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0109945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.846;QD=18.1594;RBI=0.0181327;REFB=-0.0160753;REVB=-0.0144192;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419001;STB=0.502339;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0225419;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:14:22:24:15:14:22:24:15 chr1 152281304 . A C 336.01 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0328932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.74;QD=19.7651;RBI=0.0329034;REFB=-0.0282556;REVB=-0.000818107;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024417;STB=0.532449;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0209102;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:33:35:35:0.514706:15:20:18:12:15:20:21:12 chr1 152281479 . G T 3018.56 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189885;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.476;QD=63.216;RBI=0.0503398;REFB=-0.0834953;REVB=0.0466212;RO=0;SAF=109;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013638;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:190:191:0:0:189:191:1:80:109:0:0:81:110:0:0 chr1 152281523 . A C 721.07 PASS AF=0.403846;AO=83;DP=204;FAO=84;FDP=208;FR=.;FRO=124;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=74;FSRR=50;FWDB=0.00671793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1124;QD=13.8668;RBI=0.0156484;REFB=-0.00182398;REVB=-0.0141331;RO=121;SAF=48;SAR=35;SRF=74;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363209;STB=0.508263;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00251211;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:208:121:124:83:84:0.403846:35:48:74:47:35:49:74:50 chr1 152281534 . A T 653.79 PASS AF=0.375;AO=78;DP=208;FAO=78;FDP=208;FR=.;FRO=130;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=79;FSRR=51;FWDB=0.00119869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.975;QD=12.5729;RBI=0.00678027;REFB=-3.28783e-07;REVB=-0.00667347;RO=126;SAF=46;SAR=32;SRF=76;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152323;STB=0.511637;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.000376792;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:126:130:78:78:0.375:32:46:76:50:32:46:79:51 chr1 152281690 . C T 3149.04 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316739;FXX=0.00485413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.447;QD=61.4447;RBI=0.0318646;REFB=-0.0855199;REVB=0.00348116;RO=0;SAF=102;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03006e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45877e-05;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:205:0:0:205:205:1:103:102:0:0:103:102:0:0 chr1 152281948 . G A 1625.86 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.672;QD=59.1222;RBI=0.0521636;REFB=0.0197558;REVB=0.0381278;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724762;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=2.16866e-05;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:65:44:0:1:65:44:0:1 chr1 152282267 . G A 859.32 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291244;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.553;QD=58.2592;RBI=0.0585339;REFB=0;REVB=0.0507739;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318703;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr1 152282311 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2984;QD=63.5826;RBI=0.0388899;REFB=0;REVB=-0.00276396;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035319;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr1 152282917 . G T 1529.56 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.94;QD=58.8292;RBI=0.0262926;REFB=-0.0676136;REVB=0.0156314;RO=0;SAF=39;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191235;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:104:104:0:0:103:104:1:64:39:0:0:65:39:0:0 chr1 152283236 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.124;QD=64.4149;RBI=0.0649499;REFB=0;REVB=0.0620216;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238953;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr1 152283283 . C T 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.512;QD=64.1481;RBI=0.0349255;REFB=0;REVB=-0.0135557;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03812e-05;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr1 152283862 . G C 946.76 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0185199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.722;QD=55.6918;RBI=0.0348075;REFB=0.0485196;REVB=0.0294716;RO=2;SAF=17;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523785;STB=0.527769;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000809483;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:65:66:0.970588:48:17:2:0:49:17:2:0 chr1 152283975 . A G 1498.91 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.441;QD=63.1121;RBI=0.0530537;REFB=0;REVB=0.0481069;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304974;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:91:95:1:44:47:0:0:45:50:0:0 chr1 152284262 . C A 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0287271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.925;QD=7.89732;RBI=0.0297067;REFB=-0.00734894;REVB=0.00756583;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169007;STB=0.605857;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0172386;OID=.;OPOS=152284262;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:3:8:18:12:3:8:18:12 chr1 152284854 . A G 1816.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.566;QD=61.0512;RBI=0.0247172;REFB=0;REVB=0.0208552;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22355e-05;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:119:0:0:112:119:1:64:48:0:0:64:55:0:0 chr1 152285099 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.502;QD=60.5471;RBI=0.0331824;REFB=0;REVB=0.0243393;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54424e-05;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:51:23:0:0:52:23:0:0 chr1 152285930 . G A 2351.93 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000905831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.288;QD=61.089;RBI=0.00607206;REFB=0;REVB=0.00600412;RO=0;SAF=92;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21251e-06;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:62:92:0:0:62:92:0:0 chr1 152286002 . T C 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3266;QD=63.8857;RBI=0.0336296;REFB=0;REVB=-0.0112122;RO=0;SAF=72;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121659;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:25:72:0:0:25:72:0:0 chr1 152286032 . C T 1784.83 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0292556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.753;QD=58.5189;RBI=0.0337666;REFB=0.0235551;REVB=-0.0168611;RO=2;SAF=56;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000926437;STB=0.500549;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000107881;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:122:122:2:2:119:120:0.983607:63:56:1:1:64:56:1:1 chr1 152286367 . C A 1011.82 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.53;QD=57.8181;RBI=0.0413538;REFB=0.0941633;REVB=0.0257689;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178329;STB=0.509431;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000196488;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:26:43:0:1:26:43:0:1 chr1 152323132 . G T 1379.3 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00151973;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.067;QD=59.3246;RBI=0.0077244;REFB=0.00314688;REVB=0.00757342;RO=3;SAF=54;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256027;STB=0.513511;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=1.42229e-05;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:93:3:3:90:90:0.967742:36:54:3:0:36:54:3:0 chr1 152324464 . C T 301.05 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0266954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1366;QD=14.1671;RBI=0.0267157;REFB=-0.0224022;REVB=0.00104339;RO=51;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742984;STB=0.542144;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0338621;OID=.;OPOS=152324464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:19:15:19:32:19:15:19:32 chr1 152325732 . G A 1480.42 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00619639;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.77;QD=62.3337;RBI=0.0147739;REFB=0.0122002;REVB=0.0134117;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108981;STB=0.505746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-2.29565e-05;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:1:1:93:94:0.989474:50:43:1:0:51:43:1:0 chr1 152326843 . C T 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.684;QD=58.7746;RBI=0.0421215;REFB=0;REVB=-0.0265304;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66075e-05;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr1 152327469 . C T 356.8 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.399;QD=54.8924;RBI=0.0577313;REFB=0;REVB=0.0462536;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756881;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr1 152327502 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.209;QD=42.1826;RBI=0.0296554;REFB=0;REVB=0.0211451;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429913;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 152327652 . G T 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842478;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=392.27;QD=39.6154;RBI=0.00864813;REFB=0;REVB=0.00195274;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60005e-05;OID=.;OPOS=152327652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 152327656 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.216;QD=39.2068;RBI=0.0227055;REFB=0;REVB=-0.0143735;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42565e-05;OID=.;OPOS=152327656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 152327658 . T A,C 86.91 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=7,2;DP=9;FAO=7,2;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335412,0.0521484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.217,197.089;QD=38.6274;RBI=0.034852,0.0535307;REFB=0,0;REVB=-0.00946846,-0.0120866;RO=0;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0180165,0.0772097;OID=.,.;OPOS=152327658,152327658;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:9:9:0:0:7,2:7,2:0.777778,0.222222:3,0:4,2:0:0:3,0:4,2:0:0 chr1 152327667 . C T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00953347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.248;QD=44.6066;RBI=0.0163697;REFB=-0.0395419;REVB=0.0133071;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918973;STB=0.545411;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000607042;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:23:2:2:20:21:0.913043:11:9:2:0:11:10:2:0 chr1 152328411 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.284;QD=56.1916;RBI=0.035755;REFB=0;REVB=0.01538;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156233;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 152329435 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.728;QD=59.0178;RBI=0.00691008;REFB=0;REVB=0.00441117;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04668e-05;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr1 152331240 . G A 1189.98 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.18;QD=61.0244;RBI=0.0225439;REFB=0;REVB=0.021052;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85355e-05;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:38:38:0:0:39:39:0:0 chr1 152382120 . C T 417.89 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0591044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0002;QD=53.9214;RBI=0.0593696;REFB=-0.0825316;REVB=-0.00560487;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0191971;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:1:0:12:18:1:0 chr1 152484129 . G A 204.09 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=45;FWDB=-0.0197;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.981;QD=10.4659;RBI=0.0260963;REFB=-0.0101972;REVB=0.017115;RO=49;SAF=2;SAR=24;SRF=6;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150157;STB=0.61007;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0160986;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:52:26:26:0.333333:24:2:6:43:24:2:7:45 chr1 152487979 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0492683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3755;QD=16.1979;RBI=0.0492683;REFB=-0.0207597;REVB=5.4665e-05;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.041581;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:1:2:1:4:1:2 chr1 152488063 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0145884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0375;QD=9.25808;RBI=0.0274274;REFB=0.00556981;REVB=0.0232259;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307691;STB=0.688856;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0135408;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:3:9:14:14:3:9:14:14 chr1 152488146 . G A 255.65 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.011032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.091;QD=29.2174;RBI=0.0390782;REFB=-0.0210536;REVB=0.0374887;RO=12;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114747;STB=0.506324;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00775134;OID=.;OPOS=152488146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:13:10:5:7:13:10:5:7 chr1 152488428 . T C 282.03 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.017856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4764;QD=23.5028;RBI=0.0333884;REFB=0.0201238;REVB=0.0282125;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123433;STB=0.514695;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00842187;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:11:14:12:10:11:15:12:10 chr1 152552285 . C A 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00788298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.8323;QD=18.64;RBI=0.0588178;REFB=-0.00918255;REVB=0.0582872;RO=23;SAF=17;SAR=4;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252707;STB=0.521107;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.027564;OID=.;OPOS=152552285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:4:17:19:4:4:17:20:4 chr1 152659471 . T G 206.67 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0336215;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.125;QD=15.0307;RBI=0.0431433;REFB=-0.0287096;REVB=0.0270359;RO=29;SAF=4;SAR=20;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660288;STB=0.555506;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0351298;OID=.;OPOS=152659471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:29:31:24:24:0.436364:20:4:6:23:20:4:7:24 chr1 152671913 . C G 58.6 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0878098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.489;QD=14.6509;RBI=0.0882415;REFB=-0.00846213;REVB=-0.00871715;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323874;STB=0.687096;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0106169;OID=.;OPOS=152671913;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:7:1:4:4:7:1 chr1 152692512 . G A 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0100541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3396;QD=11.633;RBI=0.0210835;REFB=0.000498693;REVB=-0.0185318;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194738;STB=0.615166;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00131054;OID=.;OPOS=152692512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:11:5:5:5:11:5 chr1 152732174 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00236694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.989;QD=17.56;RBI=0.00454095;REFB=-0.00379965;REVB=-0.00387528;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560012;STB=0.53188;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00511366;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:14:7:7:11:14:7 chr1 152732436 . G C 180.82 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0234784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.182;QD=12.9157;RBI=0.0311341;REFB=-0.0326446;REVB=-0.0204474;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0665687;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:17:17:11:11:17:17 chr1 152732567 . G A 191.04 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0515746;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.64;QD=21.2261;RBI=0.0590094;REFB=-0.0199624;REVB=0.0286736;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720853;STB=0.553879;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.015494;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:10:9:9:7:10:9:10:7 chr1 152733301 . T A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00319295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.192;QD=20.838;RBI=0.0191203;REFB=-0.00341465;REVB=-0.0188518;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234244;STB=0.631339;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00268615;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:5:0:2:7:5:0 chr1 152734390 . C T 261.01 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0331476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.535;QD=16.0623;RBI=0.0366465;REFB=-0.0212726;REVB=-0.015627;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331988;STB=0.51162;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0235819;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:19:10:11:24:20:10:11:24 chr1 152760352 . T A 207.56 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.025396;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.287;QD=10.9244;RBI=0.0281506;REFB=-0.00885823;REVB=0.012145;RO=49;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527859;STB=0.53788;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0192972;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:49:50:26:26:0.342105:11:15:26:23:11:15:26:24 chr1 152760558 . G T 71.26 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00502269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.437;QD=4.59728;RBI=0.0177548;REFB=-0.00523978;REVB=-0.0170295;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149985;STB=0.596619;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0214254;OID=.;OPOS=152760558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:6:6:19:31:6:6:19:31 chr1 152760628 . T C 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0177105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.797;QD=8.12767;RBI=0.0259417;REFB=-0.00442912;REVB=-0.0189555;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182126;STB=0.612696;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0106342;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:15:14:7:4:15:14 chr1 152760642 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00502667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.79;QD=7.96581;RBI=0.0149088;REFB=-0.00654435;REVB=-0.0140358;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246612;STB=0.65188;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.011024;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:16:10:6:4:16:10 chr1 152760644 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00131345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.857;QD=7.96581;RBI=0.0204017;REFB=-0.00857915;REVB=-0.0203593;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246612;STB=0.65188;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0139854;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:16:10:6:4:16:10 chr1 152760647 . C A 71.67 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0061441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7783;QD=7.96333;RBI=0.00641664;REFB=0.00487057;REVB=-0.00185021;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246612;STB=0.65188;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00233619;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:16:10:6:4:16:10 chr1 152760651 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0266275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.75;QD=6.8072;RBI=0.0266408;REFB=0.0175202;REVB=-0.000839454;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216967;STB=0.636074;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0202722;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:17:10:5:4:17:10 chr1 152770521 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0181021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.141;QD=26.5702;RBI=0.0544375;REFB=-0.0427545;REVB=0.0513396;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179011;STB=0.555457;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00341202;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:3:4:11:11:0.733333:5:6:3:0:5:6:3:1 chr1 152770533 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0245411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.187;QD=12.7383;RBI=0.0248389;REFB=-0.0125425;REVB=0.00383465;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00567862;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:8:2:4:4:8:2 chr1 152770589 . A G 234.08 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00311433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.222;QD=24.6402;RBI=0.00358538;REFB=-0.0238729;REVB=0.00177649;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198021;STB=0.599916;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00840205;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:9:12:13:3:9:13:13:3 chr1 152771293 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0263605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.843;QD=13.8496;RBI=0.0278171;REFB=-0.0364286;REVB=0.00888349;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147043;STB=0.585262;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0511725;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:16:9:8:8:16:9 chr1 152771360 . A T 167.35 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0159196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8544;QD=10.1422;RBI=0.0505624;REFB=-0.0225922;REVB=-0.0479909;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516989;STB=0.530276;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0289154;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:11:11:24:20:11:11:24:20 chr1 152777908 . C T 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0383995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3038;QD=12.7272;RBI=0.0383995;REFB=-0.0213147;REVB=0;RO=12;SAF=9;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260223;OID=.;OPOS=152777908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:0:9:12:0:0:9:12:0 chr1 152882610 . A G 57.27 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00363027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.014;QD=12.7263;RBI=0.0480018;REFB=-0.00757428;REVB=-0.0478644;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418021;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0424995;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:7:3:6:2:7:3 chr1 152883680 . A G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0650464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.958;QD=18.7662;RBI=0.065334;REFB=-0.0492888;REVB=0.00612329;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0212665;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chr1 152884111 . G A 177.64 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0370332;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2484;QD=14.2108;RBI=0.0461019;REFB=-0.00220153;REVB=-0.0274578;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176904;STB=0.593266;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00305569;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:30:20:20:0.4:7:13:14:15:7:13:15:15 chr1 152884246 . GA TG 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0070374;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.758;QD=15.5715;RBI=0.0267496;REFB=-0.0168592;REVB=-0.0258073;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114818;STB=0.566257;STBP=0.654;TYPE=mnp;VARB=0.0222528;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:3:9:7:4:3:9 chr1 152944594 . C T 277.8 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0105332;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.204;QD=20.5774;RBI=0.0201591;REFB=-0.00587131;REVB=0.0171884;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714065;STB=0.549771;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00883251;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:17:12:12:12:17:12:13:12 chr1 152957887 . G A 121.54 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0137657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.313;QD=22.0977;RBI=0.0139579;REFB=-0.000115156;REVB=0.00230829;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466193;STB=0.543418;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000253223;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:22:8:8:13:14:0.636364:4:9:6:2:5:9:6:2 chr1 152958238 . A G 465.52 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0244772;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1912;QD=24.8276;RBI=0.0485998;REFB=-0.0336858;REVB=-0.0419858;RO=32;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828815;STB=0.538817;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0299844;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:31:44:44:0.586667:24:20:18:14:24:20:17:14 chr1 152958267 . T C 384.98 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0338164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.824;QD=26.1005;RBI=0.0542121;REFB=-0.0330504;REVB=-0.0423722;RO=22;SAF=17;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661929;STB=0.536159;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0184832;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:20:17:8:14:20:17:8:14 chr1 152975495 . G A 205.23 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0247332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1293;QD=23.4543;RBI=0.0250969;REFB=7.17969e-05;REVB=0.00425714;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890192;STB=0.558081;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000707872;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:8:11:7:8:8:12:7:8 chr1 152975715 . C T 86.6 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0795135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6893;QD=24.7441;RBI=0.0884785;REFB=-0.0353922;REVB=0.0388077;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434082;STB=0.749463;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0147666;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:14:4:4:9:10:0.714286:2:7:0:4:2:8:0:4 chr1 152975936 . C G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.015872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.638;QD=6.52638;RBI=0.107501;REFB=0.00111076;REVB=0.106323;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195617;STB=0.624653;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00355166;OID=.;OPOS=152975936;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:12:8:4:3:12:8 chr1 152975941 . C G 45.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00395481;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.293;QD=6.97383;RBI=0.112888;REFB=-0.00449595;REVB=-0.112818;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195617;STB=0.60839;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0114696;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:20:19:7:7:0.269231:4:3:12:8:4:3:11:8 chr1 152976108 . C T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00751643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.24;QD=18.7116;RBI=0.0311924;REFB=-0.0152302;REVB=-0.0302732;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179615;STB=0.510193;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00858921;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:13:6:6:12:13:6 chr1 152976114 . G C 186.77 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00726229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1175;QD=19.6594;RBI=0.0411137;REFB=-0.083508;REVB=-0.0404672;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708919;STB=0.528671;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0146668;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:7:11:13:6:7:12:13:6 chr1 152976306 . T G 157.65 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00342095;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.606;QD=11.2608;RBI=0.00351065;REFB=-0.0217694;REVB=0.000788504;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146072;STB=0.585022;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0469842;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:21:15:11:9:21:15 chr1 153005156 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0891357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1415;QD=17.4014;RBI=0.0913668;REFB=-0.00315177;REVB=-0.0200683;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.576354;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00677198;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:6:7:4:8:6:7:5:8 chr1 153066072 . T C 387.86 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=39;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0254297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.956;QD=18.4696;RBI=0.0254298;REFB=-0.00112234;REVB=-7.2692e-05;RO=43;SAF=39;SAR=1;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645055;STB=0.876875;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0017407;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:1:39:31:12:1:39:32:12 chr1 153085029 . G T 813.13 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=151;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=19;FWDB=0.010612;FXX=0.00662208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.017;QD=21.6834;RBI=0.024202;REFB=-0.0153466;REVB=-0.0217514;RO=70;SAF=49;SAR=31;SRF=51;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107279;STB=0.558545;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0120793;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:70:70:80:80:0.533333:31:49:51:19:31:49:51:19 chr1 153113139 . G A 92.54 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0563028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3105;QD=18.5072;RBI=0.162698;REFB=-0.0579844;REVB=0.152645;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252049;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0588923;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:20:9:9:10:11:0.55:8:2:4:5:9:2:4:5 chr1 153277423 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0232;QD=60.7156;RBI=0.0109404;REFB=0;REVB=0.00498178;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.795e-05;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr1 153314153 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.454;QD=63.2868;RBI=0.0245533;REFB=0;REVB=0.0198053;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33546e-05;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 153315579 . A G 409.93 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00308374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.409;QD=51.2417;RBI=0.0123775;REFB=-0.155166;REVB=-0.0119872;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.527759;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00224882;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:13:17:1:0:13:17:2:0 chr1 153320334 . T C 499.65 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00511355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.181;QD=54.0161;RBI=0.00928286;REFB=-0.0718971;REVB=0.00774746;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.507409;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000266237;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:13:22:0:1:13:22:1:1 chr1 153320372 . T G 602.47 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270812;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.678;QD=61.7918;RBI=0.0036354;REFB=0;REVB=0.00242533;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398621;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 153410822 . C A 322.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.154;QD=53.72;RBI=0.0407336;REFB=0;REVB=-0.0406782;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94861e-05;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr1 153412392 . T A,G 437.7 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000263879,-0.0233806;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.306,187.777;QD=56.4775;RBI=0.0102701,0.0323092;REFB=0,0;REVB=-0.0102667,0.0222988;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0595473,-0.00576146;OID=.,.;OPOS=153412392,153412392;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:0,9:2,20:0:0:0,9:2,20:0:0 chr1 153431406 . C G 1133.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9852;QD=60.4593;RBI=0.061918;REFB=0;REVB=-0.0305643;RO=0;SAF=18;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162897;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:57:18:0:0:57:18:0:0 chr1 153588279 . G A 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0128226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.788;QD=28.7489;RBI=0.0527203;REFB=-0.0207903;REVB=0.0511372;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150516;STB=0.590014;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00942032;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:19:30:30:0.612245:17:13:4:14:17:13:4:15 chr1 153588340 . C T 170.84 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000467132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.889;QD=16.6672;RBI=0.00523164;REFB=-0.0214233;REVB=0.00521074;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264764;STB=0.644561;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0240186;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:14:4:10:12:14:4:10:13 chr1 153591405 . C T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0449758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7765;QD=6.25239;RBI=0.0524615;REFB=-0.0103006;REVB=0.0270071;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230116;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.03615;OID=.;OPOS=153591405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:6:5:17:22:6:5:17:22 chr1 153604029 . C T 275.04 PASS AF=1;AO=16;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.6608;QD=45.8406;RBI=0.239353;REFB=0;REVB=0.0638076;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125243;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:2:0:16:24:1:10:6:2:0:10:14:0:0 chr1 153676713 . C A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.381;QD=58.2386;RBI=0.0307722;REFB=0;REVB=0.027101;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24279e-05;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 153743234 . T C 183.06 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.071353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.053;QD=25.2494;RBI=0.0720125;REFB=-0.039228;REVB=-0.00972377;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229477;STB=0.512806;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0177591;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:12:6:4:7:12:6:4:7 chr1 153913770 . A G 834.92 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355526;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6196;QD=57.5807;RBI=0.0899582;REFB=0;REVB=0.0826347;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131904;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:1:0:57:58:1:24:33:1:0:25:33:0:0 chr1 153923986 . G A 184.77 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00485509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.228;QD=26.3957;RBI=0.061708;REFB=0.0018795;REVB=0.0615167;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28735;STB=0.65875;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.000892212;OID=.;OPOS=153923986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:9:1:10:8:9:1 chr1 154089438 . T C 295.15 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0171021;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8027;QD=14.5753;RBI=0.0309663;REFB=-0.00481978;REVB=0.0258152;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033735;STB=0.508016;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00668823;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:48:33:33:0.407407:14:19:25:21:14:19:27:21 chr1 154108387 . G A 790.2 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602512;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.243;QD=57.4689;RBI=0.0603796;REFB=0;REVB=-0.00393598;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106429;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr1 154144681 . A T 37.5 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00284493;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=214.61;QD=8.82326;RBI=0.011825;REFB=-0.00243231;REVB=-0.0114777;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00334414;OID=.;OPOS=154144681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr1 154144853 . C T 255.11 PASS AF=0.793103;AO=20;DP=27;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0735746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3344;QD=35.1873;RBI=0.111484;REFB=-0.00918666;REVB=0.0837584;RO=7;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101116;STB=0.530094;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0102038;OID=.;OPOS=154144853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:29:7:6:20:23:0.793103:10:10:5:2:11:12:4:2 chr1 154192322 . T C 69.28 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0337192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.709;QD=2.69066;RBI=0.0339222;REFB=-0.000559435;REVB=0.00370574;RO=89;SAF=4;SAR=10;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289535;STB=0.701955;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00438684;OID=.;OPOS=154192322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:89:89:14:14:0.135922:10:4:46:43:10:4:46:43 chr1 154243245 . TG T,TT 59.44 PASS AF=0.428571,0.142857;AO=2,5;DP=12;FAO=6,2;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5,1;FSAR=1,1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00294807,0.00246143;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.424,281.963;QD=16.9834;RBI=0.0770958,0.0820751;REFB=0.00410663,0.00330927;REVB=0.0770395,0.0820382;RO=4;SAF=2,4;SAR=0,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.28673;STB=0.687061,0.873328;STBP=0.76,0.771;TYPE=del,snp;VARB=-0.00535682,-0.000248589;OID=.,.;OPOS=154243246,154243246;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.142857:2,5:12:6,2:14:6:5,1:1,1:6:0:27:4:2,4:0,1:4:0 chr1 154270155 . A G 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00559936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.443;QD=19.6989;RBI=0.0306903;REFB=-0.0333236;REVB=-0.0301752;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.030086;OID=.;OPOS=154270155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr1 154293675 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0014739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.292;QD=9.49165;RBI=0.00585532;REFB=-0.0131696;REVB=-0.00566678;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0264904;OID=.;OPOS=154293675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:8:9:0.333333:3:5:12:6:3:6:12:6 chr1 154295592 . C T 440.69 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0523093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.035;QD=19.586;RBI=0.0531263;REFB=-0.0140276;REVB=-0.00928096;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308324;STB=0.522717;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0149924;OID=.;OPOS=154295592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:23:21:23:22:23:21:24:22 chr1 154296076 . T C 301.3 PASS AF=0.52459;AO=30;DP=63;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0305317;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.474;QD=19.7574;RBI=0.0332986;REFB=-0.000701587;REVB=0.0132895;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264423;STB=0.511475;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00161052;OID=.;OPOS=154296076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:27:29:30:32:0.52459:12:18:17:10:14:18:17:12 chr1 154303976 . T C 211.04 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0168329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.001;QD=9.93146;RBI=0.0192756;REFB=-0.00439706;REVB=0.00939144;RO=57;SAF=6;SAR=21;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116584;STB=0.579247;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.014288;OID=.;OPOS=154303976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:58:27:27:0.317647:21:6:17:40:21:6:18:40 chr1 154313689 . G A 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0204566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.773;QD=21.2274;RBI=0.0204802;REFB=-0.0170618;REVB=-0.00098354;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310924;STB=0.52664;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0195838;OID=.;OPOS=154313689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:14:15:11:12:14:15:11:13 chr1 154316434 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00752971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.698;QD=12.0206;RBI=0.020962;REFB=-0.0114013;REVB=-0.0195629;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221229;STB=0.630808;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0126022;OID=.;OPOS=154316434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:11:14:5:9:11:14 chr1 154320942 . A G 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00773919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.022;QD=19.6912;RBI=0.0112308;REFB=-0.0361745;REVB=0.00813858;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162916;STB=0.590703;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0234129;OID=.;OPOS=154320942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:18:7:12:14:18:7 chr1 154322473 . A G 46.66 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0112556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.329;QD=9.8224;RBI=0.0112943;REFB=0.000354413;REVB=0.000934612;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.562327;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.000489728;OID=.;OPOS=154322473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:10:12:7:7:0.368421:4:3:4:6:4:3:4:8 chr1 154323598 . T TTA 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0161655;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.211;QD=15.2589;RBI=0.0794537;REFB=-0.0626575;REVB=-0.0777918;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561098;STB=0.788535;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0244752;OID=.;OPOS=154323599;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:7:15:7:13:6:6:1:2:4:38:8:6:1:2:6 chr1 154474131 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.896;QD=51.1846;RBI=0.0142919;REFB=0;REVB=0.00323483;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.874e-05;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 154516571 . T C 219.42 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.59;QD=48.7595;RBI=0.0280282;REFB=0;REVB=0.0115431;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051322;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr1 154516578 . G A 221.7 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.046;QD=49.2661;RBI=0.0541515;REFB=0;REVB=0.0287794;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334483;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:16:18:1:10:6:0:0:11:7:0:0 chr1 154556663 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.555;QD=60.2307;RBI=0.0662088;REFB=0;REVB=0.0374425;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243511;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 154573967 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.157;QD=54.5177;RBI=0.00461173;REFB=0;REVB=0.00365846;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42216e-05;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr1 154574820 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.465;QD=57.1062;RBI=0.0045968;REFB=0;REVB=0.00395402;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32121e-06;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr1 154575040 . C T 771.53 PASS AF=0.867647;AO=58;DP=67;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0812421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.441;QD=45.3844;RBI=0.0855684;REFB=-0.0714553;REVB=0.0268639;RO=5;SAF=11;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134415;STB=0.620008;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00553856;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:67:68:5:9:58:59:0.867647:47:11:4:1:47:12:8:1 chr1 154600372 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.753;QD=42.1826;RBI=0.120035;REFB=0;REVB=0.0134307;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137921;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr1 154744807 . C G 310.51 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0125107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.618;QD=25.8754;RBI=0.0129828;REFB=-0.0413231;REVB=0.00346929;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213479;STB=0.617566;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0176981;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:15:13:15:5:15:13:15:5 chr1 154744852 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.812;QD=54.5164;RBI=0.123272;REFB=0;REVB=0.0131288;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142579;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 154917314 . G A 871.01 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00297285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.179;QD=56.1941;RBI=0.00645462;REFB=-0.0871916;REVB=0.00572925;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=2.453e-05;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:0:1:29:32:0:1 chr1 154919080 . C T 677.22 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00738713;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.295;QD=54.1779;RBI=0.0336955;REFB=-0.0616002;REVB=0.0328758;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000725274;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:20:28:1:0:20:29:1:0 chr1 154931757 . T A 568.23 PASS AF=0.55102;AO=51;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00164034;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.608;QD=23.1929;RBI=0.00615845;REFB=-0.0334778;REVB=-0.00593598;RO=43;SAF=31;SAR=20;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175871;STB=0.509816;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0202832;OID=.;OPOS=154931757;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:44:51:54:0.55102:20:31:27:16:22:32:27:17 chr1 154987526 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5644;QD=53.9106;RBI=0.068885;REFB=0;REVB=0.068762;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181568;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 154988957 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.813;QD=47.82;RBI=0.078247;REFB=0;REVB=-0.00113729;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039726;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr1 155006091 . A G 193.21 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0392125;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.354;QD=13.8003;RBI=0.0392359;REFB=-0.0100848;REVB=0.00135576;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224511;STB=0.627587;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0169583;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:23:10:12:11:23:10 chr1 155019710 . A C 211.09 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0126131;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.674;QD=11.5666;RBI=0.0233223;REFB=-0.0107125;REVB=-0.0196173;RO=45;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199304;STB=0.59909;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0248877;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:47:26:26:0.356164:12:14:16:29:12:14:18:29 chr1 155026942 . A C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.708;QD=59.0172;RBI=0.0419816;REFB=0;REVB=0.00491556;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319322;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 155033317 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.811;QD=55.0987;RBI=0.0486733;REFB=0;REVB=-0.0267255;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68913e-05;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 155057574 . C T 135.18 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.00462196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.069;QD=6.75907;RBI=0.0213642;REFB=-0.00384747;REVB=-0.0208582;RO=59;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235478;STB=0.64692;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0140914;OID=.;OPOS=155057574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:60:20:20:0.25:9:11:21:38:9:11:21:39 chr1 155059851 . A G 601.62 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0193767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.024;QD=53.4775;RBI=0.0295727;REFB=-0.156643;REVB=0.0223403;RO=4;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116714;STB=0.545433;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00242945;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:45:45:4:3:41:42:0.933333:14:27:0:4:15:27:0:3 chr1 155106697 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.406;QD=54.5166;RBI=0.0165914;REFB=0;REVB=0.0109201;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45904e-06;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr1 155149718 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0242666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.75;QD=26.8493;RBI=0.0363252;REFB=-0.0411101;REVB=0.0270305;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016877;STB=0.509421;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0164107;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:3:4:9:6:3:4 chr1 155162067 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.312;QD=48.7373;RBI=0.0241662;REFB=0;REVB=-0.0187155;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84533e-05;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr1 155178782 . A T 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7165;QD=64.4044;RBI=0.0264297;REFB=0;REVB=0.0192918;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336762;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr1 155186729 . T C 2253.36 PASS AF=0.973333;AO=142;DP=146;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0589792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2283;QD=60.0897;RBI=0.0631786;REFB=0.0291629;REVB=0.0226492;RO=2;SAF=74;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00055898;STB=0.500549;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00445993;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:146:150:2:4:142:146:0.973333:68:74:1:1:70:76:2:2 chr1 155186742 . G A 771.22 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=142;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00446852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.699;QD=21.7246;RBI=0.0719925;REFB=-0.0118078;REVB=0.0718536;RO=68;SAF=43;SAR=31;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716478;STB=0.539356;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00825422;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:68:68:74:74:0.521127:31:43:34:34:31:43:34:34 chr1 155217436 . GGA ATT 423.66 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340406;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=3;MLLD=184.422;QD=54.6662;RBI=0.101887;REFB=0;REVB=0.0960328;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00175945;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27:31:1:13:14:0:0:16:15:0:0 chr1 155230131 . C T 518.14 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00874478;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.331;QD=54.5409;RBI=0.0212377;REFB=-0.0929191;REVB=0.0193538;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519265;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00036597;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:0:2:17:19:0:2 chr1 155258752 . G A 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3158;QD=60.6022;RBI=0.0517525;REFB=0;REVB=0.0160404;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283441;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 155258756 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.72;QD=61.6817;RBI=0.0223044;REFB=0;REVB=0.019971;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104598;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 155260383 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.901;QD=51.1842;RBI=0.0595199;REFB=0;REVB=0.0249066;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384389;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 155279629 . GCCCCCT CCGCCCT,CGCCCCT,GCCCCT,GCCCCTC 33.67 PASS AF=0.047619,0.0714286,0.166667,0;AO=2,4,7,2;DP=44;FAO=2,3,7,0;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=0,0,4,0;FSAR=2,3,3,0;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.014335,-0.00978889,-0.0247796,-0.0364888;FXX=0;HRUN=1,1,5,5;LEN=3,2,1,2;MLLD=116.239,95.1977,15.2648,95.5841;QD=3.20627;RBI=0.0353218,0.0603686,0.119514,0.0421451;REFB=-0.0175581,-0.0106916,-0.0740379,-0.00924504;REVB=0.0322821,0.0595696,0.116917,-0.0210898;RO=27;SAF=0,0,6,0;SAR=2,4,1,2;SRF=26;SRR=1;SSEN=0,0,0.53125,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.821807,-0.849906,-0.378986,-0.821807;STB=0.998125,0.998585,0.762206,0.5;STBP=0.01,0,0.276,1;TYPE=mnp,mnp,del,mnp;VARB=0.0856254,0.0763982,0.1544,0;OID=.,.,.,.;OPOS=155279629,155279629,155279630,155279634;OREF=GCC,GC,C,CT;OALT=CCG,CG,-,TC;OMAPALT=CCGCCCT,CGCCCCT,GCCCCT,GCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:15:44:42:27:30:2,4,7,2:2,3,7,0:0.047619,0.0714286,0.166667,0:2,4,1,2:0,0,6,0:26:1:2,3,3,0:0,0,4,0:26:4 chr1 155294274 . A G 344.74 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973451;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.87;QD=55.1587;RBI=0.0179545;REFB=0;REVB=0.0150865;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40114e-05;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 155408635 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4584;QD=60.9756;RBI=0.0971943;REFB=0;REVB=0.0939062;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191494;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 155581311 . T C 227.58 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107448;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.551;QD=50.5734;RBI=0.0174222;REFB=0;REVB=0.0137143;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243203;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 155583937 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.372;QD=48.737;RBI=0.0218387;REFB=0;REVB=0.0218387;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142639;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:14:17:1:14:0:0:0:17:0:0:0 chr1 155658085 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.792;QD=60.9786;RBI=0.00796037;REFB=0;REVB=7.52135e-06;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.083e-05;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 155735012 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.691;QD=59.4283;RBI=0.0236938;REFB=0;REVB=0.023225;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14664e-05;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 155755097 . G A 546.82 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0168156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2094;QD=53.3479;RBI=0.0225273;REFB=0.0241806;REVB=-0.0149906;RO=3;SAF=19;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684162;STB=0.536566;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000962372;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:19:19:3:0:19:19:3:0 chr1 155837865 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1974;QD=60.2304;RBI=0.0444868;REFB=0;REVB=0.0339659;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112035;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 155838267 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.16;QD=55.6555;RBI=0.0570616;REFB=0;REVB=0.0353072;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99668e-05;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 155880573 . C G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.044;QD=60.9778;RBI=0.0589902;REFB=0;REVB=0.0551223;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35498e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 155904177 . T C 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.112;QD=60.0243;RBI=0.026253;REFB=0;REVB=0.0212226;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19133e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr1 155912321 . T C 405.92 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0137827;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.378;QD=15.1744;RBI=0.0148962;REFB=-0.0115412;REVB=0.00565113;RO=61;SAF=22;SAR=24;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530818;STB=0.529783;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0153493;OID=.;OPOS=155912321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:61:61:46:46:0.429907:24:22:26:35:24:22:26:35 chr1 155912486 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1102;QD=47.8146;RBI=0.0470094;REFB=0;REVB=-0.0417257;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0023543;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 156146218 . C T 700.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.689;QD=62.2538;RBI=0.0254163;REFB=0;REVB=0.0174593;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78352e-05;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr1 156180893 . T G 57.53 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00941791;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.1436;QD=6.76839;RBI=0.0352314;REFB=-0.0352868;REVB=-0.0339493;RO=24;SAF=0;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679442;STB=0.631236;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.110648;OID=.;OPOS=156180893;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:35:34:24:25:8:9:0.264706:8:0:5:19:8:1:5:20 chr1 156202173 . A G 143.46 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0120365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.42;QD=14.7143;RBI=0.0161841;REFB=-0.0294869;REVB=0.0108188;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234155;STB=0.512805;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0282172;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:21:23:16:16:0.410256:8:8:11:10:8:8:12:11 chr1 156215899 . G A 1556.06 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0966;QD=62.871;RBI=0.0512121;REFB=-0.117013;REVB=0.0465559;RO=1;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522582;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:99:1:0:96:99:1:54:42:0:1:57:42:0:0 chr1 156220056 . T C 306.23 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0221588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.703;QD=47.1124;RBI=0.0323004;REFB=-0.0453795;REVB=0.0235011;RO=2;SAF=16;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544278;STB=0.527755;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00952711;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:23:24:0.923077:7:16:2:0:7:17:2:0 chr1 156233189 . C T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.696;QD=56.1833;RBI=0.103221;REFB=0;REVB=0.0498819;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109195;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 156255456 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.93;QD=44.6893;RBI=0.0328998;REFB=0;REVB=0.0203075;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535376;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 156256234 . C A 103.55 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00995756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.404;QD=7.2665;RBI=0.0134843;REFB=-0.007497;REVB=-0.00909254;RO=42;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092471;STB=0.556884;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0470802;OID=.;OPOS=156256234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:5:10:25:17:5:10:25:17 chr1 156262892 . G A 68.74 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0413305;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8989;QD=3.16049;RBI=0.0658998;REFB=-0.00509296;REVB=-0.0513281;RO=66;SAF=4;SAR=9;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361839;STB=0.725223;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0543249;OID=.;OPOS=156262892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:87:87:66:74:13:13:0.149425:9:4:40:26:9:4:43:31 chr1 156263940 . T C 817.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000625304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.999;QD=57.3486;RBI=0.0033363;REFB=0;REVB=-0.00327718;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.40889e-06;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:34:23:0:0 chr1 156264000 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.859;QD=53.277;RBI=0.0317574;REFB=0;REVB=0.0178258;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159036;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 156265400 . GCC G,GC 1086.0 PASS AF=0,1;AO=23,117;DP=189;FAO=0,190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=0,87;FSAR=0,103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856698,0.168225;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=8.16842,9.1401;QD=22.8631;RBI=0.138935,0.270228;REFB=0.0149236,0.0123575;REVB=-0.109379,-0.211479;RO=19;SAF=0,63;SAR=23,54;SRF=7;SRR=12;SSEN=0.366667,0.366667;SSEP=0,0;SSSB=-0.836297,0.0449283;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0143646;OID=.,.;OPOS=156265401,156265401;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:23,117:189:0,190:190:0:0,87:0,103:0:0:16:19:0,63:23,54:7:12 chr1 156280969 . G A 246.5 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.100633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9308;QD=46.9531;RBI=0.101107;REFB=-0.0817893;REVB=0.00978261;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834715;STB=0.545407;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00311879;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:1:0:15:5:1:0 chr1 156280971 . G A 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4947;QD=51.8982;RBI=0.0607665;REFB=0;REVB=0.0166263;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121874;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr1 156347834 . T A 527.33 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0713275;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3712;QD=19.003;RBI=0.105033;REFB=-0.0124045;REVB=0.0770992;RO=56;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523548;STB=0.532789;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0142885;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:56:56:54:55:0.495495:31:23:27:29:32:23:27:29 chr1 156348054 . C T 559.8 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0333145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.594;QD=28.7076;RBI=0.060261;REFB=-0.0165761;REVB=0.0502148;RO=28;SAF=32;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483693;STB=0.526305;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00887197;OID=.;OPOS=156348054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:18:32:16:12:18:32:16:12 chr1 156351699 . G A 352.17 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00711132;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.261;QD=13.8105;RBI=0.0106859;REFB=-0.0310167;REVB=0.00797601;RO=60;SAF=22;SAR=19;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103246;STB=0.562319;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0486415;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:19:22:38:22:19:22:39:22 chr1 156354293 . A G 346.32 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00510604;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.021;QD=19.5108;RBI=0.00643934;REFB=-0.0175484;REVB=0.00392345;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474912;STB=0.523102;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0140347;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:35:36:36:0.507042:15:21:21:12:15:21:22:13 chr1 156354367 . A G 468.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512746;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.532;QD=58.6114;RBI=0.0632829;REFB=0;REVB=-0.0370896;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026315;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 156446903 . T C 436.54 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1537;QD=56.3276;RBI=0.053896;REFB=0;REVB=0.0148691;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602267;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr1 156450740 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.307;QD=48.737;RBI=0.0286961;REFB=0;REVB=0.0102557;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196992;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 156499969 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.028;QD=57.5425;RBI=0.0601535;REFB=0;REVB=0.0440738;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47622e-05;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 156510508 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0209908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.126;QD=2.64347;RBI=0.0321526;REFB=-0.00692089;REVB=-0.0243552;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407581;STB=0.530511;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.034294;OID=.;OPOS=156510508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:20:23:3:3:20:23 chr1 156518379 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.578;QD=62.3487;RBI=0.015217;REFB=0;REVB=-0.0105743;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8631e-06;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr1 156526444 . T C 834.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.797;QD=57.5537;RBI=0.0622064;REFB=0;REVB=0.0615228;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24594e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr1 156532977 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2525;QD=53.9073;RBI=0.032957;REFB=0;REVB=-0.00547946;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940036;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 156536221 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.475;QD=57.8843;RBI=0.00807613;REFB=0;REVB=-0.00785329;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24726e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr1 156536251 . T C 889.78 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765867;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.53;QD=58.3465;RBI=0.0159056;REFB=0;REVB=0.0139404;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19977e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr1 156556321 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.955;QD=50.8368;RBI=0.0215399;REFB=-0.0768548;REVB=0.0117717;RO=1;SAF=21;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215948;STB=0.511619;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00113314;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:4:21:1:0:4:21:1:0 chr1 156561651 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.309;QD=39.2068;RBI=0.108268;REFB=0;REVB=0.101931;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540206;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 156563375 . G A 327.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132231;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.041;QD=54.5623;RBI=0.0563601;REFB=0;REVB=0.054787;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210638;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr1 156563726 . A C 1606.95 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6469;QD=64.2782;RBI=0.0489758;REFB=0;REVB=-0.038561;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298258;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr1 156563813 . G A 1274.5 PASS AF=0.987952;AO=77;DP=86;FAO=82;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.484;QD=61.4218;RBI=0.0698421;REFB=0;REVB=0.0272665;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916842;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:83:0:0:77:82:0.987952:36:41:0:0:35:47:0:0 chr1 156563852 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2048;QD=57.1042;RBI=0.0116477;REFB=0;REVB=-0.00241948;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40908e-05;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 156565049 . A AAC,AC 467.88 PASS AF=1,0;AO=23,6;DP=33;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352864,-0.0213238;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=319.731,301.682;QD=58.4852;RBI=0.018289,0.0288278;REFB=0,0;REVB=0.0179453,0.0193995;RO=3;SAF=7,6;SAR=16,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162133,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000108867,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,6:33:32,0:32:0:15,0:17,0:0:0:4:3:7,6:16,0:3:0 chr1 156571188 . G A 386.37 PASS AF=0.353383;AO=46;DP=132;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.000317685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0494;QD=11.6203;RBI=0.0107049;REFB=-0.0104907;REVB=0.0107002;RO=86;SAF=18;SAR=28;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090564;STB=0.513851;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0216279;OID=.;OPOS=156571188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:86:86:46:47:0.353383:28:18:33:53:28:19:33:53 chr1 156595447 . G A 939.61 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00850151;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.682;QD=50.1124;RBI=0.0193736;REFB=-0.162125;REVB=0.0174087;RO=6;SAF=53;SAR=15;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505689;STB=0.530965;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000999932;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:75:75:6:7:68:68:0.906667:15:53:6:0:15:53:7:0 chr1 156627996 . T C 200.23 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0229854;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7674;QD=15.1113;RBI=0.0321871;REFB=-0.0353393;REVB=0.0225318;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216143;STB=0.512305;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0387098;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:15:15:12:11:15:15 chr1 156628493 . GC G,GG 115.08 PASS AF=0.666667,0.037037;AO=15,2;DP=27;FAO=18,1;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=3,0;FSAR=15,1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0306768,0.123386;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.7364,23.5835;QD=17.0489;RBI=0.149644,0.128342;REFB=-0.111937,-0.0853621;REVB=0.146466,0.0353187;RO=10;SAF=3,0;SAR=12,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.846154,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190814,-0.542827;STB=0.647961,0.989059;STBP=0.079,0.501;TYPE=del,snp;VARB=0.0838558,0.0297693;OID=.,.;OPOS=156628494,156628494;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.037037:15,2:27:18,1:27:8:3,0:15,1:4:4:33:10:3,0:12,2:4:6 chr1 156639636 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0360379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.423;QD=20.5466;RBI=0.0370372;REFB=-0.0244511;REVB=0.00854539;RO=22;SAF=4;SAR=18;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643273;STB=0.536389;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0172792;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:18:4:5:17:18:4:5:17 chr1 156639753 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.944;QD=46.848;RBI=0.00812882;REFB=0;REVB=0.00737017;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5521e-05;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 156640156 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00850115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.611;QD=44.607;RBI=0.0130106;REFB=0.0471261;REVB=0.00984923;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837164;STB=0.545411;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000350817;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:11:10:2:0:11:10:2:0 chr1 156640308 . C T 206.51 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00353448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.466;QD=18.7739;RBI=0.0161757;REFB=-0.0240628;REVB=-0.0157848;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215333;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0286543;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:20:21:0.477273:10:10:11:10:11:10:12:11 chr1 156640503 . C T 430.52 PASS AF=0.444444;AO=46;DP=107;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.12437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4554;QD=15.945;RBI=0.131962;REFB=-0.000567201;REVB=0.0441162;RO=61;SAF=19;SAR=27;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137597;STB=0.511788;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00285281;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:60:46:48:0.444444:27:19:26:35:27:21:25:35 chr1 156640678 . G A 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.9199;QD=63.8611;RBI=0.00536832;REFB=0;REVB=0.00536832;RO=0;SAF=0;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98626e-05;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:48:0:0:0:48:0:0:0 chr1 156705593 . G C 1246.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.924;QD=61.5507;RBI=0.0771198;REFB=0;REVB=0.0234496;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186061;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:36:44:0:0:36:45:0:0 chr1 156713512 . C T 497.18 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982797;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3195;QD=58.4921;RBI=0.103787;REFB=0;REVB=0.0333601;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298837;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:1:0:30:34:1:18:12:0:1:19:15:0:0 chr1 156752048 . C G 556.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0845;QD=60.2009;RBI=0.0109231;REFB=0;REVB=-0.00395328;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102652;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 156760887 . C A 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0121488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.826;QD=12.8338;RBI=0.0140471;REFB=-0.0230807;REVB=-0.00705174;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112981;STB=0.564663;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0289202;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:16:14:28:21:16:14:28:21 chr1 156779195 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0301942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8358;QD=22.6785;RBI=0.0448088;REFB=0.0199393;REVB=0.033108;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.011213;OID=.;OPOS=156779195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:2:8:4:1:2:8:4:1 chr1 156784982 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.433;QD=60.9738;RBI=0.0602379;REFB=0;REVB=0.0268045;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225069;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr1 156785617 . G A 817.79 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.895;QD=56.3993;RBI=0.0670777;REFB=0;REVB=0.0248785;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014218;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:57:58:1:28:29:0:1:29:29:0:0 chr1 156814027 . G A 503.65 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.023358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9885;QD=22.3844;RBI=0.0414391;REFB=0.0026917;REVB=0.0342287;RO=39;SAF=22;SAR=26;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184614;STB=0.514013;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00229276;OID=.;OPOS=156814027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:39:42:48:48:0.533333:26:22:17:22:26:22:18:24 chr1 156874553 . A G 53.11 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0336453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0621;QD=7.58727;RBI=0.0446006;REFB=-0.00332856;REVB=-0.0292781;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21811;STB=0.659573;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.018854;OID=.;OPOS=156874553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:6:2:8:11:6:2:9:11 chr1 156877457 . T C 600.89 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.026846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4897;QD=54.6261;RBI=0.0368381;REFB=-0.0145033;REVB=0.0252258;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446315;STB=0.534867;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0105985;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:44:2:3:41:41:0.931818:21:20:2:0:21:20:3:0 chr1 156883493 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0138352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.619;QD=11.2612;RBI=0.02428;REFB=-0.0197629;REVB=-0.0199527;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076315;STB=0.545393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.033333;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:16:14:6:9:16:14 chr1 156883546 . A G 631.69 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5676;QD=61.6279;RBI=0.0043582;REFB=0;REVB=-0.00397594;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92282e-05;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 156902259 . G A 554.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.869;QD=59.9865;RBI=0.0420959;REFB=0;REVB=0.0372772;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013023;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr1 156907081 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.54;QD=50.4134;RBI=0.0660751;REFB=0;REVB=0.0569511;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115632;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 156907115 . T C 357.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5702;QD=55.0248;RBI=0.142771;REFB=0;REVB=0.138379;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017396;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:8:18:0:0 chr1 157068999 . G A 112.48 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=0.0471497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5363;QD=5.35611;RBI=0.0471849;REFB=0.000675699;REVB=0.00182126;RO=65;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349162;STB=0.718375;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000510962;OID=.;OPOS=157068999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:66:18:18:0.214286:7:11:21:44:7:11:21:45 chr1 157069154 . A G 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0993671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8394;QD=12.0138;RBI=0.100652;REFB=0.00474774;REVB=-0.0160332;RO=34;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29573;STB=0.673285;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0172857;OID=.;OPOS=157069154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:15:5:17:17:15:5:17:17 chr1 157095470 . A G 299.78 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00771267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.611;QD=16.4261;RBI=0.0539681;REFB=-0.016379;REVB=-0.0534141;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165841;STB=0.516363;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0190274;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:36:40:33:33:0.452055:18:15:17:19:18:15:17:23 chr1 157497597 . C T 187.22 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0344308;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.211;QD=18.265;RBI=0.0344513;REFB=-0.0286052;REVB=0.00118775;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141973;STB=0.556761;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0295147;OID=.;OPOS=157497597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:18:22:19:19:0.463415:12:7:4:14:12:7:6:16 chr1 157508882 . C T 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000784684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.811;QD=6.81287;RBI=0.0273737;REFB=-0.00405254;REVB=-0.0273624;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227677;STB=0.64662;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0146034;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:9:10:5:2:9:10 chr1 157509025 . C T 293.26 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00293246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.531;QD=23.001;RBI=0.0208565;REFB=-0.00796393;REVB=-0.0206493;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189408;STB=0.592528;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00510793;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:10:18:9:13:11:18:9:13 chr1 157514097 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.944;QD=58.0607;RBI=0.0482244;REFB=0;REVB=0.0201479;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150001;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr1 157557701 . G A 67.6 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00698128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.757;QD=13.5207;RBI=0.0297808;REFB=-0.0228591;REVB=-0.028951;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0207753;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:10:11:9:9:0.45:5:4:3:7:5:4:4:7 chr1 157567751 . A G 268.34 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.011;QD=51.1131;RBI=0.0939173;REFB=0;REVB=0.0906189;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104984;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:9:8:0:0:12:9:0:0 chr1 157668390 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4838;QD=62.0209;RBI=0.0921853;REFB=0;REVB=0.0844492;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177239;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 157670290 . C G 734.33 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00274682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5129;QD=49.7853;RBI=0.0248599;REFB=-0.0573814;REVB=-0.0247077;RO=4;SAF=20;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186785;STB=0.50993;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.043195;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:35:20:2:2:35:20:2:2 chr1 157768000 . G C 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00779865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.68;QD=10.3431;RBI=0.0078051;REFB=-0.0145288;REVB=-0.000317162;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733167;STB=0.542817;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0324652;OID=.;OPOS=157768000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:9:12:26:15:9:12:26:15 chr1 157802979 . C T 283.14 PASS AF=0.625;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00738713;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.593;QD=28.3138;RBI=0.0180491;REFB=0.00527755;REVB=0.0164682;RO=15;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197832;STB=0.510908;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00252175;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:15:15:25:25:0.625:16:9:5:10:16:9:5:10 chr1 158059348 . C T 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0137505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.106;QD=6.06081;RBI=0.0137688;REFB=-0.0136228;REVB=-0.000710185;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777225;STB=0.549211;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0434952;OID=.;OPOS=158059348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:8:3:9:31:8:3:9:31 chr1 158066834 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.379;QD=51.1837;RBI=0.0448367;REFB=0;REVB=0.00710915;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146868;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 158324425 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.879;QD=61.684;RBI=0.036261;REFB=0;REVB=-0.0188686;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77154e-05;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr1 158368315 . G A 120.27 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0153505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.864;QD=24.0538;RBI=0.0319331;REFB=-0.0376449;REVB=0.0280015;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14113;STB=0.54775;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0188083;OID=.;OPOS=158368315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:7:7:12:13:0.65:9:3:3:4:9:4:3:4 chr1 158368541 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.021411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.726;QD=22.9821;RBI=0.0252846;REFB=-0.0375211;REVB=-0.0134493;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122149;STB=0.568328;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.015485;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:11:11:9:16:11:11 chr1 158368846 . T C 166.26 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0335326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.917;QD=14.7788;RBI=0.0380096;REFB=-0.00176642;REVB=-0.0178968;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274946;STB=0.663056;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00469404;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:10:8:5:21:10:8:5:22 chr1 158390252 . T G 317.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00815535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.466;QD=26.4871;RBI=0.0103632;REFB=-0.0294994;REVB=0.00639428;RO=20;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182469;STB=0.601191;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0169484;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:19:9:11:9:19:9:11:9 chr1 158390501 . G A 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0122915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.679;QD=16.1161;RBI=0.0236146;REFB=-0.0273057;REVB=-0.0201636;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10868;STB=0.562401;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0316187;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:3:10:8:4:3:10 chr1 158436299 . T C 817.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.264;QD=57.3794;RBI=0.0450866;REFB=0;REVB=0.0450413;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12385e-05;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr1 158450238 . G A 192.82 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0253206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.772;QD=14.832;RBI=0.0436226;REFB=-0.0105871;REVB=0.0355218;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117181;STB=0.566609;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0119232;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:9:21:13:9:9:21 chr1 158450314 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9416;QD=55.6544;RBI=0.0706665;REFB=0;REVB=-0.0653312;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000853043;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr1 158450382 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.639;QD=62.022;RBI=0.0247537;REFB=0;REVB=0.0166479;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13832e-05;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr1 158517142 . C T 121.64 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.017597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.757;QD=15.2048;RBI=0.0217916;REFB=-0.0125178;REVB=-0.0128538;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174377;STB=0.562412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.017286;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:18:14:14:0.4375:7:7:11:5:7:7:11:7 chr1 158517353 . G A 161.86 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0111321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.327;QD=19.0426;RBI=0.0169849;REFB=-0.0165071;REVB=-0.0128283;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128295;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:9:8:8:9:9:8 chr1 158533140 . A G 487.66 PASS AF=0.945946;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0530534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3436;QD=52.7202;RBI=0.0559407;REFB=-0.0446824;REVB=-0.0177398;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0163508;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:37:1:2:33:35:0.945946:14:19:1:0:16:19:1:1 chr1 158533224 . A G 354.81 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0805;QD=52.5639;RBI=0.112042;REFB=-0.045191;REVB=-0.0514871;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243618;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:26:27:1:9:17:1:0:9:18:0:0 chr1 158549264 . G A 574.26 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.713;QD=60.4487;RBI=0.0174205;REFB=0;REVB=0.0163567;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158572;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr1 158549420 . C T 654.37 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0109917;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.753;QD=54.5305;RBI=0.0244516;REFB=-0.123416;REVB=-0.0218418;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302851;STB=0.508471;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00543576;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:1:4:44:44:0.916667:29:15:1:0:29:15:1:3 chr1 158549492 . C T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00470274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.146;QD=61.5112;RBI=0.02586;REFB=-0.0776907;REVB=0.0254288;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.513508;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00252086;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:1:0:30:18:1:0 chr1 158549511 . A G 670.32 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.201;QD=62.3551;RBI=0.0085737;REFB=0;REVB=0.00693665;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00654e-05;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr1 158582646 . T C 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00395403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.307;QD=18.4129;RBI=0.0188551;REFB=-0.0246734;REVB=-0.0184358;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177099;STB=0.598851;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0268136;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:13:20:14:20:13:20:14:20 chr1 158584091 . A G 178.58 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00280557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.76;QD=15.1986;RBI=0.00620837;REFB=0.00128565;REVB=-0.00553829;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231537;STB=0.63461;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00222594;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:5:14:15:13:5:14:15:13 chr1 158587390 . C T 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00050198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.084;QD=22.4045;RBI=0.014452;REFB=-0.0171979;REVB=-0.0144433;RO=29;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242286;STB=0.513362;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0118464;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:13:24:18:11:13:24:18:11 chr1 158587858 . G A 168.64 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0220578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.498;QD=16.0614;RBI=0.0384185;REFB=0.0142035;REVB=-0.0314552;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711626;STB=0.540938;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0200124;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:13:11:7:11:13:11 chr1 158592935 . G A 145.67 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00569154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.809;QD=16.1856;RBI=0.0159149;REFB=-0.000185054;REVB=0.0148624;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000119338;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr1 158597507 . G C 252.53 PASS AF=0.518519;AO=24;DP=50;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0105096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.936;QD=18.7059;RBI=0.0125282;REFB=-0.0193647;REVB=0.00681939;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2426;STB=0.590098;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0159476;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:26:26:24:28:0.518519:17:7:14:12:18:10:14:12 chr1 158606449 . G T 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0212713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.355;QD=21.1966;RBI=0.0213889;REFB=-0.0149055;REVB=0.00223993;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718501;STB=0.539662;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0137619;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:17:21:21:12:17:21:21:12 chr1 158612236 . A G 1158.93 PASS AF=0.487395;AO=116;DP=238;FAO=116;FDP=238;FR=.;FRO=122;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=0.00673908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.427;QD=19.4779;RBI=0.0118441;REFB=-0.0154978;REVB=0.00973996;RO=120;SAF=60;SAR=56;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313609;STB=0.521433;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0145771;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:120:122:116:116:0.487395:56:60:58:62:56:60:58:64 chr1 158619728 . A C 1513.84 PASS AF=0.989691;AO=78;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.057;QD=62.4262;RBI=0.0176131;REFB=-0.00136927;REVB=0.0142697;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=2.46231e-05;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:78:96:0.989691:39:39:0:0:55:41:0:1 chr1 158647495 . A T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.512;QD=59.8393;RBI=0.0096291;REFB=0;REVB=-0.00754297;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15252e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 158647522 . A G 263.5 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00480761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.415;QD=26.3496;RBI=0.0373189;REFB=-0.016191;REVB=0.0370079;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117875;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:9:15:10:6:9:15:10:6 chr1 158655036 . G A 967.0 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6811;QD=57.7316;RBI=0.0942328;REFB=0;REVB=0.00149697;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111661;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:62:67:1:40:22:0:0:40:27:0:0 chr1 158656281 . T C 1157.84 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00472444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.485;QD=59.3765;RBI=0.0079898;REFB=-0.13644;REVB=0.00644334;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000265767;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:32:45:0:0:32:45:0:1 chr1 158687163 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00248811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.246;QD=18.9136;RBI=0.00947909;REFB=0.0112066;REVB=0.00914671;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123256;STB=0.560398;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0112026;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:29:29:0.508772:17:12:15:12:17:12:15:13 chr1 158687224 . G A 88.0 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00622365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3937;QD=14.0803;RBI=0.0221066;REFB=-0.0166602;REVB=-0.0212124;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471785;STB=0.778985;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0164437;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:9:5:9:2:9:5 chr1 158735595 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0046039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.507;QD=11.336;RBI=0.012029;REFB=-0.0115286;REVB=0.0111131;RO=43;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235996;STB=0.619067;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0133432;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:43:23:24:0.358209:9:14:17:26:10:14:17:26 chr1 158735691 . T C 282.78 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00965903;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.448;QD=14.5017;RBI=0.0170982;REFB=0.00431614;REVB=-0.0141085;RO=45;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340503;STB=0.69829;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0112573;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:46:32:32:0.410256:10:22:16:29:10:22:16:30 chr1 158735740 . A G 371.44 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00441934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9683;QD=17.4795;RBI=0.0905783;REFB=-0.00232678;REVB=-0.0904704;RO=45;SAF=27;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227799;STB=0.623011;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00193161;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:12:27:21:24:12:27:22:24 chr1 158735892 . A G 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0383703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6754;QD=18.1162;RBI=0.0428296;REFB=0.00445623;REVB=-0.0190288;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167808;STB=0.60682;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0132727;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:8:10:7:12:8:10:7:13 chr1 158736215 . G A 322.96 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0796905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5163;QD=28.7075;RBI=0.0844012;REFB=-0.0348897;REVB=-0.0278026;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398543;STB=0.515902;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0272438;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:17:27:28:0.622222:11:16:11:6:11:17:11:6 chr1 158736445 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.000998599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.747;QD=19.7626;RBI=0.011566;REFB=-0.00835229;REVB=0.0115228;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19247;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0116179;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:15:10:14:9:15:10 chr1 158746678 . T C 312.82 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00325677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.012;QD=21.9522;RBI=0.00984953;REFB=-0.0202104;REVB=0.00929551;RO=25;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15095;STB=0.588181;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0234997;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:14:17:9:16:14:18:9:16 chr1 158746847 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00655874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.011;QD=21.0154;RBI=0.016274;REFB=-0.0203038;REVB=-0.0148938;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129371;STB=0.573365;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0119087;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:6:7:11:5:6:7 chr1 158813819 . A G 278.2 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0100252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.842;QD=33.7215;RBI=0.0257745;REFB=-0.0120326;REVB=0.0237449;RO=9;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631121;STB=0.534498;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00325121;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:11:13:6:3:11:13:6:3 chr1 158986477 . G C 303.62 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0803547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6945;QD=18.4012;RBI=0.0809892;REFB=-0.0318768;REVB=-0.0101184;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022973;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:19:13:14:19:19:14:14:19 chr1 158990247 . A G 320.83 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0136433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.33;QD=21.3889;RBI=0.0138653;REFB=-0.0251754;REVB=-0.00247127;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565838;STB=0.521459;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0201963;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:18:15:10:16:18:15:11:16 chr1 159002377 . C A 313.02 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0091567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9462;QD=16.9202;RBI=0.016128;REFB=-0.00175047;REVB=-0.0132766;RO=39;SAF=24;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043995;STB=0.535295;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00163413;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:10:24:26:13:10:24:26:14 chr1 159002389 . T A 316.92 PASS AF=0.466667;AO=33;DP=73;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0015998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.79;QD=16.9021;RBI=0.0022232;REFB=-0.0116089;REVB=-0.00154379;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144221;STB=0.504213;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0135819;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:40:40:33:35:0.466667:12:21:26:14:12:23:26:14 chr1 159021475 . C T 54.9 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.002724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.887;QD=2.81528;RBI=0.0360588;REFB=3.03396e-05;REVB=-0.0359558;RO=65;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108568;STB=0.584578;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.000670847;OID=.;OPOS=159021475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:76:78:65:67:11:11:0.141026:6:5:24:41:6:5:24:43 chr1 159169641 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.6;QD=56.4871;RBI=0.0206302;REFB=0.0502749;REVB=-0.00407608;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.001911;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr1 159175354 . G A 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00172162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.924;QD=15.8122;RBI=0.0185928;REFB=-0.0155757;REVB=-0.0185129;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286696;STB=0.660703;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0266513;OID=.;OPOS=159175354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:20:14:31:13:20:14:31:13 chr1 159409734 . G T 817.26 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0874;QD=57.3515;RBI=0.0843819;REFB=0;REVB=-0.0597598;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136555;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr1 159409857 . A G 120.78 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0379009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9045;QD=14.6397;RBI=0.0436434;REFB=-0.0275929;REVB=0.0216395;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253924;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0334172;OID=.;OPOS=159409857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:12:6:5:9:13:6 chr1 159409884 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.000144825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.573;QD=23.6749;RBI=0.0334059;REFB=0.00337672;REVB=-0.0334056;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128189;STB=0.571362;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00350744;OID=.;OPOS=159409884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:11:5:10:11:11:5 chr1 159505297 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.116;QD=57.2371;RBI=0.0434606;REFB=0;REVB=-0.0384249;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04316e-05;OID=.;OPOS=159505297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 159505657 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0107828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.946;QD=17.2299;RBI=0.0176179;REFB=-0.0164779;REVB=0.0139327;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0127759;OID=.;OPOS=159505657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr1 159558150 . G A 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0527858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.725;QD=19.6961;RBI=0.0532582;REFB=-0.00400415;REVB=-0.00707811;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146473;STB=0.582703;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0044747;OID=.;OPOS=159558150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:13:9:12:9:13:9 chr1 159558258 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.563;QD=56.938;RBI=0.0157953;REFB=0;REVB=-0.0103599;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9054e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr1 159752066 . G A 465.9 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00318588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.653;QD=19.8255;RBI=0.00696993;REFB=-0.0096626;REVB=-0.0061992;RO=48;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115142;STB=0.563802;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00866393;OID=.;OPOS=159752066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:23:23:30:18:23:23:30:18 chr1 159776366 . G A 336.1 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0136727;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.11;QD=19.484;RBI=0.0223071;REFB=-0.00550811;REVB=0.0176257;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141163;STB=0.578468;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00487327;OID=.;OPOS=159776366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:20:15:20:14:20:15:20:14 chr1 159778910 . G A 409.58 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000121114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.643;QD=20.7383;RBI=0.0134435;REFB=-0.0088097;REVB=0.0134429;RO=37;SAF=14;SAR=27;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177545;STB=0.592977;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0164283;OID=.;OPOS=159778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:27:14:20:17:27:14:20:18 chr1 159778983 . T C 393.83 PASS AF=0.488095;AO=37;DP=80;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0288049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.187;QD=18.7538;RBI=0.0291303;REFB=-0.020135;REVB=-0.00434149;RO=43;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501611;STB=0.537365;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0183118;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:43:43:37:41:0.488095:20:17:22:21:23:18:22:21 chr1 159785413 . C T 313.9 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00416415;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.979;QD=16.5208;RBI=0.00617227;REFB=-0.0155547;REVB=-0.00455597;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901742;STB=0.522966;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.025945;OID=.;OPOS=159785413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:42:34:34:0.447368:20:14:16:22:20:14:19:23 chr1 159785425 . A G 383.25 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0472496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.063;QD=20.716;RBI=0.0480796;REFB=-0.00871121;REVB=-0.0088948;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496435;STB=0.535619;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0177251;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:24:15:15:19:24:15:16:19 chr1 159796752 . T A 270.02 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.031607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.641;QD=22.9808;RBI=0.0316429;REFB=-0.00419425;REVB=-0.00150667;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319934;STB=0.517843;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00305407;OID=.;OPOS=159796752;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:14:8:10:15:14:8 chr1 159799839 . G A 442.11 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0140827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.998;QD=19.8701;RBI=0.0152885;REFB=-0.01641;REVB=0.00595117;RO=43;SAF=15;SAR=29;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296493;STB=0.664048;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.009741;OID=.;OPOS=159799839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:45:44:44:0.494382:29:15:29:14:29:15:30:15 chr1 159824967 . G C 1529.44 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.035;QD=63.7266;RBI=0.0606881;REFB=0;REVB=0.0594614;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201497;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr1 159850401 . C G 437.1 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0112209;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.906;QD=26.8981;RBI=0.013625;REFB=-0.0093262;REVB=-0.00772864;RO=24;SAF=23;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698048;STB=0.538095;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00383535;OID=.;OPOS=159850401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:24:24:41:41:0.630769:18:23:11:13:18:23:11:13 chr1 159897132 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00603303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.285;QD=8.24629;RBI=0.0611306;REFB=-0.00603385;REVB=-0.0608321;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365691;STB=0.736049;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0152367;OID=.;OPOS=159897132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:9:6:1:6:9:6 chr1 159897638 . T C 1057.04 PASS AF=0.512077;AO=106;DP=208;FAO=106;FDP=207;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0120008;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.242;QD=20.4259;RBI=0.0120914;REFB=0.00230094;REVB=0.00147778;RO=101;SAF=40;SAR=66;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903223;STB=0.54467;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00187024;OID=.;OPOS=159897638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:101:101:106:106:0.512077:66:40:48:53:66:40:47:54 chr1 159898100 . A G 208.8 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0199762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.503;QD=25.309;RBI=0.0932935;REFB=-0.0258941;REVB=-0.0911297;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448418;STB=0.524975;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0202239;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:7:6:8:12:7:6 chr1 159898496 . TGC GCC,TG 106.45 PASS AF=0.0869565,0.608696;AO=2,13;DP=23;FAO=2,14;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=2,11;FSAR=0,3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00874809,0.0134677;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=244.365,13.1101;QD=18.513;RBI=0.0556746,0.195658;REFB=0.00497757,-0.0878337;REVB=-0.0549831,0.195194;RO=7;SAF=2,11;SAR=0,2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0.306306;SSEP=0,0;SSSB=0.732272,0.499997;STB=0.996662,0.732977;STBP=0.042,0.005;TYPE=mnp,del;VARB=0.107654,0.16717;OID=.,.;OPOS=159898496,159898498;OREF=TG,C;OALT=GC,-;OMAPALT=GCC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:23:23:7:7:2,13:2,14:0.0869565,0.608696:0,2:2,11:1:6:0,3:2,11:1:6 chr1 159923111 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.22;QD=63.5829;RBI=0.0411038;REFB=0;REVB=0.0358279;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010985;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr1 160062472 . C T 391.53 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.115576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8035;QD=50.5201;RBI=0.130104;REFB=-0.109709;REVB=0.0597443;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581366;STB=0.531229;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0487639;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:15:14:0:2:15:14:0:2 chr1 160062727 . A G 1764.23 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.702;QD=60.3154;RBI=0.0139296;REFB=0;REVB=-0.0033161;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015559;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:115:117:1:54:61:0:0:56:61:0:0 chr1 160124875 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0568971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.862;QD=18.6449;RBI=0.0586815;REFB=0.0182751;REVB=0.014361;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224043;STB=0.512802;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.012163;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:4:9:10:4:4:9 chr1 160134205 . C T 250.99 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=41;FWDB=-0.0166348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.635;QD=12.3945;RBI=0.0593377;REFB=-1.10321e-05;REVB=-0.0569582;RO=50;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238636;STB=0.623157;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000527661;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:19:11:9:41:19:11:10:41 chr1 160134210 . T C 62.52 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0406521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7644;QD=3.20625;RBI=0.0406803;REFB=-0.00559284;REVB=0.00151503;RO=66;SAF=1;SAR=11;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412707;STB=0.80144;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0510401;OID=.;OPOS=160134210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:11:1:20:46:11:1:20:46 chr1 160141171 . T G 435.08 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00105653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.46;QD=29.4969;RBI=0.0124302;REFB=-0.00771083;REVB=0.0123852;RO=19;SAF=23;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607722;STB=0.533031;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00303734;OID=.;OPOS=160141171;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:40:40:0.677966:17:23:9:10:17:23:9:10 chr1 160141196 . C T 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7513;QD=57.1645;RBI=0.0373255;REFB=0;REVB=-0.00857817;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252368;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 160303416 . G A 197.66 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00197547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.209;QD=18.8246;RBI=0.0156183;REFB=-0.0299735;REVB=0.0154929;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872089;STB=0.504946;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0256125;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:13:9:8:12:13:9 chr1 160341142 . T C 52.08 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0742432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.093;QD=10.9634;RBI=0.0742452;REFB=0.00822373;REVB=-0.000537515;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00615185;OID=.;OPOS=160341142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:19:19:10:11:7:8:0.421053:4:3:4:6:4:4:5:6 chr1 160342015 . T G 219.19 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00978096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.363;QD=13.9169;RBI=0.02515;REFB=-0.0170792;REVB=-0.0231701;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025499;STB=0.520818;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0165199;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:10:16:23:13:10:16:24:13 chr1 160393905 . A G 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00328134;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.052;QD=15.4997;RBI=0.0266386;REFB=-0.00808811;REVB=-0.0264357;RO=40;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732603;STB=0.541375;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00896014;OID=.;OPOS=160393905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:14:17:19:21:14:17:19:21 chr1 160396221 . T C 234.2 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00592071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.478;QD=20.8174;RBI=0.0407082;REFB=-0.0296752;REVB=0.0402753;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287078;STB=0.514273;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0257302;OID=.;OPOS=160396221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:22:23:0.511111:14:8:7:14:14:9:8:14 chr1 160585554 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.862;QD=50.4134;RBI=0.029234;REFB=0;REVB=-0.0103668;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242176;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 160650911 . GAAT G,GAGT 466.6 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=4,27;DP=34;FAO=4,29;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000997169,0.0138596;FXX=0.0294031;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=175.126,47.3935;QD=56.5569;RBI=0.000997752,0.0142513;REFB=0,0;REVB=3.41097e-05,0.00331817;RO=0;SAF=0,14;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.15271,0.00579827;OID=.,.;OPOS=160650912,160650913;OREF=AAT,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.121212,0.878788:4,27:34:4,29:33:0:0,15:4,14:0:0:20:0:0,14:4,13:0:0 chr1 160793442 . A G 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.000582555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7535;QD=9.60009;RBI=0.0162062;REFB=-0.000628481;REVB=-0.0161958;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127291;STB=0.563803;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00141537;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:8:9:23:13:8:9:23:14 chr1 160793560 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0129578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.607;QD=15.4097;RBI=0.0167432;REFB=-0.00874124;REVB=0.0106032;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873435;STB=0.54926;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00893574;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:11:16:23:11:11:16:23:11 chr1 160793962 . G C 357.93 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0115771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.059;QD=22.3703;RBI=0.0188174;REFB=-0.00202951;REVB=0.0148346;RO=28;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178587;STB=0.598391;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000990724;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:15:21:10:18:15:21:10:18 chr1 160850433 . G T 464.8 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.011643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3214;QD=22.1335;RBI=0.0260111;REFB=-0.0126183;REVB=-0.0232598;RO=39;SAF=28;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138332;STB=0.576347;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0109835;OID=.;OPOS=160850433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:17:28:18:21:17:28:18:21 chr1 160851826 . A T 1227.12 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.814;QD=61.3559;RBI=0.0554299;REFB=0;REVB=-0.05445;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293213;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr1 160851894 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.946;QD=59.1429;RBI=0.059612;REFB=0;REVB=-0.00122184;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369602;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr1 160920966 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.303;QD=56.9382;RBI=0.0639313;REFB=0;REVB=0.00167802;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140115;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 160968609 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.000505492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.23;QD=22.9576;RBI=0.00282006;REFB=-0.022484;REVB=-0.00277438;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180541;STB=0.601858;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0153032;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:5:6:5:11:5:6 chr1 160971146 . A G 306.2 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2971;QD=53.2517;RBI=0.0814777;REFB=0;REVB=-0.0543353;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32661e-05;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 160971155 . G C 80.84 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0373481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7549;QD=14.0583;RBI=0.0379603;REFB=-0.0225186;REVB=0.00679;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0173213;OID=.;OPOS=160971155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:23:12:12:9:11:0.478261:4:5:6:6:4:7:6:6 chr1 160990875 . TC CA 143.84 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0107711;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=99.4372;QD=15.9824;RBI=0.0724089;REFB=-0.00730691;REVB=-0.0716033;RO=20;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299422;STB=0.628859;STBP=0.196;TYPE=mnp;VARB=0.00816388;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:3:12:11:9:4:12:11:9 chr1 160990878 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00842937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.562;QD=16.1724;RBI=0.012732;REFB=-0.0239307;REVB=-0.00954204;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222029;STB=0.628859;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0233903;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:4:12:11:9:4:12:11:9 chr1 161044057 . C T 169.71 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00516893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.763;QD=16.5568;RBI=0.0200093;REFB=-0.0392566;REVB=-0.0193302;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149345;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0443464;OID=.;OPOS=161044057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:15:8:9:9:15:8 chr1 161068836 . A C 257.37 PASS AF=0.41791;AO=21;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0460553;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.923;QD=15.3651;RBI=0.0465674;REFB=-0.0365464;REVB=-0.00688701;RO=34;SAF=16;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364487;STB=0.707162;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0370609;OID=.;OPOS=161068836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:34:37:21:28:0.41791:5:16:15:19:7:21:15:22 chr1 161141432 . C G 137.84 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00700621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.993;QD=19.0129;RBI=0.012866;REFB=0.0118079;REVB=-0.010791;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247399;STB=0.642646;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0132863;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:6:8:12:3:6:8 chr1 161163037 . T C 248.87 PASS AF=0.508475;AO=24;DP=54;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0172672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.295;QD=16.8725;RBI=0.0172732;REFB=-0.0287941;REVB=0.000456027;RO=29;SAF=19;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281491;STB=0.581076;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0249573;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:29:29:24:30:0.508475:5:19:16:13:9:21:16:13 chr1 161183516 . C T 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0106148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.724;QD=20.8551;RBI=0.0107191;REFB=-0.00938603;REVB=-0.00149124;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781295;STB=0.543189;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00957204;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:21:21:16:23:21:21:16:23 chr1 161202605 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.595;QD=45.8068;RBI=0.0174348;REFB=0;REVB=0.0159268;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125881;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr1 161276561 . C T 93.37 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0113557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.564;QD=6.43903;RBI=0.0164139;REFB=-0.00580267;REVB=-0.0118518;RO=44;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141851;STB=0.58811;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0256735;OID=.;OPOS=161276561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:6:8:20:24:6:8:20:24 chr1 161284224 . A AGT 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00307375;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.85;QD=12.7914;RBI=0.0196811;REFB=-0.00692264;REVB=-0.0194395;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115187;STB=0.567473;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=0.0133908;OID=.;OPOS=161284225;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:14:37:14:37:23:7:7:14:9:99:23:7:7:14:9 chr1 161332608 . G A 96.02 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0302728;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.03;QD=22.5934;RBI=0.0302728;REFB=-0.0249074;REVB=0;RO=5;SAF=11;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122704;OID=.;OPOS=161332608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:11:11:0.647059:0:11:5:0:0:11:6:0 chr1 161333191 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.030887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.041;QD=16.199;RBI=0.0340274;REFB=-0.0395965;REVB=0.0142779;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0211644;OID=.;OPOS=161333191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr1 161337604 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0206259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.515;QD=12.3287;RBI=0.0364956;REFB=-0.000947012;REVB=0.0301082;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792561;STB=0.54668;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0012191;OID=.;OPOS=161337604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:5:12:7:4:5:12 chr1 161369479 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0907471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.615;QD=8.40195;RBI=0.0913649;REFB=-0.0169454;REVB=-0.0106072;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168149;STB=0.604412;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0205519;OID=.;OPOS=161369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:10:11:6:3:10:11 chr1 161390656 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0428765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.081;QD=15.6169;RBI=0.0452967;REFB=0.00160759;REVB=-0.0146081;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230836;STB=0.63055;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00348586;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:11:22:19:24:11:22:19:24 chr1 161410044 . G A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.214;QD=32.822;RBI=0.0325053;REFB=0.0214263;REVB=0.00362443;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0025279;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr1 161479745 . A G 244.43 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.000339558;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.763;QD=12.8645;RBI=0.0180334;REFB=-0.0127215;REVB=0.0180302;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181184;STB=0.595604;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0408776;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:47:29:29:0.381579:15:14:30:16:15:14:30:17 chr1 161487863 . C T 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00847933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.322;QD=18.4264;RBI=0.0144735;REFB=0.00214151;REVB=-0.0117296;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203004;OID=.;OPOS=161487863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:11:17:17:10:11:17:17:11 chr1 161488017 . T C 163.62 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00904987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.263;QD=20.4521;RBI=0.0161784;REFB=-0.0139945;REVB=-0.0134105;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0306172;OID=.;OPOS=161488017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:7:8:9:8:7:8 chr1 161495040 . C T 145.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0100789;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.056;QD=15.3239;RBI=0.0162509;REFB=-0.0127062;REVB=-0.0127478;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629161;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0148279;OID=.;OPOS=161495040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:11:11:7:9:11:11 chr1 161495477 . A T 654.76 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188268;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2556;QD=62.3577;RBI=0.0219515;REFB=0;REVB=-0.0112879;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454418;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr1 161495885 . T C 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2334;QD=50.3977;RBI=0.0368797;REFB=0;REVB=-0.0343772;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738519;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr1 161500130 . A G 110.57 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0578021;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0639;QD=13.8215;RBI=0.0579364;REFB=-0.0101802;REVB=0.00394242;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180198;STB=0.606048;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.008835;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:10:9:4:9:10:9 chr1 161500975 . A G 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00426609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8209;QD=14.6967;RBI=0.020114;REFB=-0.00538324;REVB=-0.0196564;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395583;STB=0.522705;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0052332;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:16:14:9:12:16:14 chr1 161514542 . A C 288.38 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0047442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=346.764;QD=13.7323;RBI=0.00617606;REFB=0.00368589;REVB=-0.00395427;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165901;STB=0.594576;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00601207;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:20:13:28:23:20:13:28:23 chr1 161518336 . C T 92.71 PASS AF=0.116162;AO=23;DP=198;FAO=23;FDP=198;FR=.;FRO=175;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=88;FSRR=87;FWDB=-0.015497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.967;QD=1.87288;RBI=0.033959;REFB=-0.00246908;REVB=-0.0302168;RO=175;SAF=12;SAR=11;SRF=88;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233992;STB=0.516681;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0346427;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:198:198:175:175:23:23:0.116162:11:12:88:87:11:12:88:87 chr1 161561151 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00166802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.275;QD=13.4414;RBI=0.0494733;REFB=-0.00275741;REVB=0.0494452;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198747;STB=0.599791;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00332403;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:6:6:3:7:7:6 chr1 161565408 . T C 81.97 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0358364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3477;QD=8.62821;RBI=0.0489924;REFB=0.00355205;REVB=0.0334067;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554208;STB=0.533919;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0143551;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:11:16:6:5:11:16 chr1 161565479 . G A 155.47 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0356872;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.969;QD=14.4625;RBI=0.0517883;REFB=-0.0128858;REVB=-0.0375294;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265522;STB=0.528892;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0174426;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:26:16:17:0.395349:9:7:11:14:9:8:11:15 chr1 161565604 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.189;QD=49.5981;RBI=0.17372;REFB=0;REVB=0.0279562;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000812422;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 161565705 . A G 129.7 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8856;QD=43.2324;RBI=0.202937;REFB=0;REVB=0.202922;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00829342;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr1 161574654 . G A 804.68 PASS AF=0.951613;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0249941;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.578;QD=51.9149;RBI=0.0321952;REFB=-0.0185656;REVB=0.0202934;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.521732;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000319197;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:59:62:1:3:57:59:0.951613:33:24:0:1:33:26:0:3 chr1 161591542 . G A 126.01 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0600202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1459;QD=10.9578;RBI=0.0605962;REFB=-0.0130782;REVB=0.00833466;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991377;STB=0.510624;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0603209;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:25:29:15:15:0.326087:7:8:11:14:7:8:15:14 chr1 161591548 . C T 680.86 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.079;QD=61.8961;RBI=0.0305748;REFB=0;REVB=0.00723269;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135352;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:20:22:0:0:20:24:0:0 chr1 161599693 . T C 591.75 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3802;QD=56.3575;RBI=0.0565998;REFB=0.00174914;REVB=0.0550272;RO=2;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146324;STB=0.507809;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0006622;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:26:14:1:1:26:14:1:1 chr1 161600995 . C T 307.05 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0439464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.578;QD=18.0618;RBI=0.0442489;REFB=-0.028961;REVB=0.00516514;RO=34;SAF=9;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297233;STB=0.677854;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0213782;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:32:33:0.485294:23:9:20:14:24:9:21:14 chr1 161643269 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0037928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.176;QD=7.83715;RBI=0.0126762;REFB=-0.00572794;REVB=-0.0120955;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.59233;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.017749;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:9:7:4:3:9:7 chr1 161681780 . A C,G 512.5 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=2,33;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387725,0.0268943;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=5.78891,49.9646;QD=58.5713;RBI=0.0506692,0.0276008;REFB=0,0;REVB=-0.0326199,-0.00620491;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00853345,0.000402569;OID=.,.;OPOS=161681780,161681780;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:0:2,33:1,34:0.0285714,0.971429:0,23:2,10:0:0:0,23:1,11:0:0 chr1 161695639 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.257;QD=51.1845;RBI=0.0724339;REFB=0;REVB=0.07184;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101009;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 161696088 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.097;QD=33.4285;RBI=0.0383926;REFB=0;REVB=-0.0156398;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011578;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 161697072 . G C 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2642;QD=59.3165;RBI=0.0528667;REFB=0;REVB=-0.0209709;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424769;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 161697149 . G T 1245.85 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.714;QD=61.5233;RBI=0.019947;REFB=0;REVB=0.0104862;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79997e-05;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:52:28:0:0:53:28:0:0 chr1 161705871 . C G 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9179;QD=51.176;RBI=0.0996882;REFB=0;REVB=-0.0996549;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00312573;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr1 161721707 . C T 240.71 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0200623;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4244;QD=20.4855;RBI=0.0564469;REFB=-0.0351517;REVB=-0.0527613;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950555;STB=0.55339;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0189999;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:8:16:13:10:8:16 chr1 161722204 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0171777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.229;QD=14.6657;RBI=0.0332012;REFB=-0.0049855;REVB=-0.0284121;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151265;STB=0.50876;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00631522;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:4:17:12:3:4:17 chr1 161751741 . A G 394.94 PASS AF=0.512821;AO=41;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00687883;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.417;QD=20.2533;RBI=0.0155248;REFB=-0.0265412;REVB=0.0139177;RO=38;SAF=13;SAR=28;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147191;STB=0.593172;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0215355;OID=.;OPOS=161751741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:38:41:40:0.512821:28:13:18:20:28:12:18:20 chr1 161823011 . T A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00856914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.601;QD=22.831;RBI=0.0278001;REFB=-0.00934368;REVB=0.0264464;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327413;STB=0.683968;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00671961;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:8:2:10:5:8:2 chr1 161928327 . A G 833.82 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.673;QD=57.5047;RBI=0.0411215;REFB=0;REVB=-0.0175405;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41484e-05;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr1 161953402 . G A 302.26 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0108971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.039;QD=19.5004;RBI=0.0110661;REFB=-0.0344117;REVB=-0.00192647;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631941;STB=0.535102;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0431682;OID=.;OPOS=161953402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:19:11:14:18:19:11 chr1 161967681 . A G 247.52 PASS AF=0.446154;AO=25;DP=62;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0143636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2483;QD=15.232;RBI=0.0180954;REFB=-0.0259076;REVB=-0.0110058;RO=36;SAF=19;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874486;STB=0.524417;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0292459;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:36:36:25:29:0.446154:6:19:25:11:10:19:25:11 chr1 161976234 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0338937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.463;QD=12.8607;RBI=0.0368716;REFB=-0.0218395;REVB=-0.0145164;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0145943;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:4:4:4:3:4:4 chr1 162313735 . C T 555.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.618;QD=60.1061;RBI=0.0833562;REFB=0;REVB=0.0583959;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466195;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr1 162344102 . C T 1449.22 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0325274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.18;QD=57.3947;RBI=0.0363293;REFB=-0.0903069;REVB=0.0161797;RO=2;SAF=45;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020611;STB=0.510636;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000491125;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:98:99:0.980198:53:45:2:0:53:46:2:0 chr1 162345091 . G A 1589.82 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.896;QD=59.9933;RBI=0.0908578;REFB=0;REVB=0.0833553;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036365;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:48:58:0:0:48:58:0:0 chr1 162467014 . C G 435.67 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0445601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.771;QD=18.5393;RBI=0.0448406;REFB=-0.0102792;REVB=0.0050073;RO=50;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549206;STB=0.530598;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0141217;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:21:23:29:21:21:23:29:21 chr1 162493009 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0995698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.457;QD=11.1976;RBI=0.105417;REFB=-0.0200148;REVB=-0.034621;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287461;STB=0.67534;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0436848;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:8:14:10:2:8:14 chr1 162737116 . C G 365.18 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.024479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3566;QD=26.5587;RBI=0.0365764;REFB=-0.00391484;REVB=-0.0271774;RO=20;SAF=11;SAR=24;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134365;STB=0.573023;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00243044;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:24:11:3:17:24:11:3:17 chr1 162740313 . T C 357.91 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0152587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1629;QD=19.6117;RBI=0.0153462;REFB=-0.0293919;REVB=-0.00163639;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.629614;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0341069;OID=.;OPOS=162740313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:24:13:22:14:24:13:22:14 chr1 162740327 . T C 905.14 PASS AF=1;AO=62;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9546;QD=54.8568;RBI=0.060172;REFB=0;REVB=0.0563129;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010331;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:62:66:1:30:32:0:0:34:32:0:0 chr1 162760622 . G C 419.35 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0107331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.911;QD=20.2096;RBI=0.0158271;REFB=-0.0172202;REVB=0.0116317;RO=40;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023146;STB=0.518424;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.012058;OID=.;OPOS=162760622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:22:20:18:22:22:20:18:23 chr1 162765475 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.187;QD=48.7373;RBI=0.0256127;REFB=0;REVB=0.0251761;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210748;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 163479278 . G A 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0208534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.544;QD=20.0309;RBI=0.0209596;REFB=-0.00596365;REVB=-0.00210661;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209812;STB=0.511635;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00527228;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:21:22:23:20:21:22:23:20 chr1 164529120 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.75;QD=47.8224;RBI=0.00575588;REFB=0;REVB=-0.00391388;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04714e-06;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr1 164608825 . G A 946.83 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.998;QD=58.2664;RBI=0.0287411;REFB=0;REVB=0.0275326;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20182e-05;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:31:34:0:0 chr1 165173216 . A G 556.66 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3723;QD=60.1795;RBI=0.0255952;REFB=0;REVB=-0.00754284;RO=0;SAF=35;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205361;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:2:35:0:0:2:35:0:0 chr1 165218792 . G A 1054.74 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3892;QD=59.4222;RBI=0.0379942;REFB=0;REVB=0.0105038;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226183;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:37:34:0:0 chr1 165377552 . G A 1135.11 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0353;QD=60.5389;RBI=0.067322;REFB=0;REVB=-0.0396868;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007673;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr1 165389129 . G A 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00452581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.879;QD=17.1583;RBI=0.0108933;REFB=-0.0115951;REVB=0.00990861;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123023;STB=0.568826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0159111;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:19:18:27:17:19:18:27:17 chr1 165513717 . G A 557.12 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00151207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.266;QD=21.4276;RBI=0.0175122;REFB=-0.00204348;REVB=0.0174468;RO=48;SAF=40;SAR=16;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163198;STB=0.590028;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00133903;OID=.;OPOS=165513717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:48:56:56:0.538462:16:40:26:22:16:40:26:22 chr1 165601466 . G A 960.88 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.012445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.305;QD=54.1338;RBI=0.0128981;REFB=-0.132141;REVB=-0.00338877;RO=3;SAF=20;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657602;STB=0.533323;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000725794;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:71:3:3:67:68:0.957746:47:20:3:0:47:21:3:0 chr1 165624799 . G T 193.98 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0607404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0761;QD=16.8676;RBI=0.0611928;REFB=-0.0109253;REVB=0.00742645;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.559942;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0336909;OID=.;OPOS=165624799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:17:9:9:11:17:9 chr1 165630698 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8816;QD=57.6792;RBI=0.0192439;REFB=0;REVB=-0.0178349;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219246;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 165652273 . A G 715.65 PASS AF=0.94;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0645862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2217;QD=57.2522;RBI=0.0732749;REFB=0.0884623;REVB=-0.0346096;RO=3;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598971;STB=0.531901;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0136981;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:50:3:3:46:47:0.94:22:24:0:3:22:25:0:3 chr1 165737704 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.655;QD=55.6561;RBI=0.0248702;REFB=0;REVB=-0.0150636;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71865e-05;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr1 166591271 . T C 532.81 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0573976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5727;QD=23.1656;RBI=0.0804493;REFB=-0.0159447;REVB=0.0563702;RO=41;SAF=19;SAR=31;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711328;STB=0.534469;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0146211;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:31:19:19:22:31:19:19:23 chr1 166818566 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.217;QD=63.5827;RBI=0.0124733;REFB=0;REVB=0.0123869;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48738e-05;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr1 166822566 . A G 469.76 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.000627806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3079;QD=20.4244;RBI=0.000759347;REFB=-0.00688353;REVB=0.000427161;RO=45;SAF=20;SAR=26;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204877;STB=0.617844;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00327011;OID=.;OPOS=166822566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:26:20:30:15:26:20:31:15 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00634818;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=306.414;QD=12.5628;RBI=0.0155799;REFB=-0.0107355;REVB=-0.0142279;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27135;STB=0.664974;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.0158708;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:22:58:22:57:35:9:13:24:11:99:36:9:13:24:12 chr1 166958601 . T C 416.63 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0292532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.688;QD=14.2438;RBI=0.0298561;REFB=-0.00886349;REVB=0.00596985;RO=68;SAF=26;SAR=22;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646723;STB=0.540056;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0101193;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:69:48:48:0.410256:22:26:41:27:22:26:42:27 chr1 166958710 . T G 358.04 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0325408;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.652;QD=12.674;RBI=0.034982;REFB=-0.0159144;REVB=-0.0128389;RO=70;SAF=26;SAR=17;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847298;STB=0.548269;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0280257;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:70:70:43:43:0.380531:17:26:37:33:17:26:37:33 chr1 167038265 . G T 334.12 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0261622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8164;QD=12.8507;RBI=0.0455717;REFB=0.00732847;REVB=0.0373137;RO=64;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191923;STB=0.609141;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0128995;OID=.;OPOS=167038265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:16:24:27:37:16:24:27:37 chr1 167059462 . G C 289.63 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0312174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2682;QD=18.992;RBI=0.0475199;REFB=0.00235903;REVB=-0.0358276;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163053;STB=0.509085;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00208413;OID=.;OPOS=167059462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:17:13:14:17:17:13 chr1 167095163 . G C 463.22 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.032237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4161;QD=16.5437;RBI=0.0400908;REFB=-0.0188575;REVB=0.0238338;RO=60;SAF=17;SAR=34;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20127;STB=0.608652;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0169236;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:61:51:51:0.455357:34:17:32:28:34:17:32:29 chr1 167095765 . G A 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00295408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.48;QD=22.404;RBI=0.0366333;REFB=-0.0209167;REVB=-0.036514;RO=29;SAF=24;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191999;STB=0.606002;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0138404;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:13:24:12:17:13:24:12:17 chr1 167095881 . G A 362.66 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0401434;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.433;QD=20.4313;RBI=0.0434714;REFB=-0.0336809;REVB=0.0166813;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746419;STB=0.541277;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0275454;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:34:37:37:0.521127:22:15:11:23:22:15:11:23 chr1 167097739 . C A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00890225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.015;QD=10.0339;RBI=0.0365235;REFB=-0.0142317;REVB=0.035422;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0320008;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:4:1:2:4:4:1:2:5 chr1 167510996 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.446;QD=59.0185;RBI=0.0434771;REFB=0;REVB=0.0350065;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63856e-05;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 167511035 . C G 118.94 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.036203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1838;QD=13.2152;RBI=0.0424801;REFB=0.000627976;REVB=0.0222239;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372057;STB=0.715623;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000982919;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:16:6:9:5:16:6 chr1 167815030 . A G 152.76 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0144612;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8699;QD=11.5293;RBI=0.0239571;REFB=-0.0187972;REVB=-0.0191002;RO=35;SAF=2;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465251;STB=0.770041;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0303252;OID=.;OPOS=167815030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:35:34:19:19:0.358491:17:2:14:21:17:2:13:21 chr1 167817639 . A G 728.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.888;QD=57.1675;RBI=0.0267095;REFB=0;REVB=-0.0119974;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158125;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr1 167825485 . T C 941.73 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172588;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5664;QD=58.858;RBI=0.0209438;REFB=0;REVB=-0.0118649;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570284;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr1 167825606 . A G 255.1 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00503536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0378;QD=22.183;RBI=0.0279278;REFB=-0.0326684;REVB=-0.0274701;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162829;STB=0.590669;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0304259;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:6:16:13:11:6:16 chr1 167906239 . A C 954.16 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462117;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.784;QD=58.7176;RBI=0.0316762;REFB=0;REVB=0.0313373;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84475e-05;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:33:32:0:0 chr1 168013850 . T C 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00405551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.973;QD=25.3399;RBI=0.0288959;REFB=0.00681715;REVB=0.0286099;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372975;STB=0.5205;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0032811;OID=.;OPOS=168013850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:17:14:8:12:17:14:8:12 chr1 168511284 . T C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0149758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.677;QD=10.1699;RBI=0.0150538;REFB=-0.00426222;REVB=0.00153054;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178214;STB=0.619356;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0100173;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:13:8:6:5:14:8 chr1 168513129 . C T 316.22 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.00990559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.123;QD=15.0581;RBI=0.0181492;REFB=-0.0129092;REVB=0.0152077;RO=48;SAF=25;SAR=9;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197415;STB=0.506191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0166191;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:34:35:0.416667:9:25:36:12:9:26:36:13 chr1 168545949 . G A 391.95 PASS AF=0.512821;AO=37;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0125679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.442;QD=20.0998;RBI=0.0178216;REFB=-0.0046789;REVB=0.0126356;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12261;STB=0.549975;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00489076;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:38:37:40:0.512821:15:22:17:20:18:22:17:21 chr1 168683476 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0034749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.431;QD=11.8305;RBI=0.0160306;REFB=-0.0270458;REVB=-0.0156494;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105067;STB=0.562387;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0541429;OID=.;OPOS=168683476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:10:8:6:5:10:8 chr1 169101935 . C T 348.98 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0224042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.596;QD=21.476;RBI=0.0245771;REFB=-0.0184036;REVB=-0.0101038;RO=27;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821821;STB=0.555524;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0267902;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:29:35:36:0.553846:24:11:11:16:24:12:13:16 chr1 169272451 . A T 1366.12 PASS AF=0.938144;AO=90;DP=97;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0557009;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.0244;QD=56.3349;RBI=0.0558837;REFB=-0.073717;REVB=0.00451638;RO=4;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184024;STB=0.508642;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00483183;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:97:97:4:6:90:91:0.938144:47:43:1:3:48:43:2:4 chr1 169272453 . G A 1406.37 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0285002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3407;QD=60.489;RBI=0.0285079;REFB=0.0632433;REVB=0.000661449;RO=2;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197417;STB=0.510414;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00137101;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:47:44:0:2:47:44:0:2 chr1 169293721 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.000895877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0106;QD=22.144;RBI=0.0150488;REFB=-0.06549;REVB=-0.0150221;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159532;STB=0.541616;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.01215;OID=.;OPOS=169293721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:12:13:16:17:0.566667:13:3:4:8:13:4:4:9 chr1 169345868 . A G 256.44 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0330188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6914;QD=22.7946;RBI=0.0331027;REFB=0.00218679;REVB=-0.00235552;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387692;STB=0.530587;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00122489;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:11:12:10:11:11:13:10:11 chr1 169366516 . G A 907.32 PASS AF=0.475;AO=77;DP=184;FAO=95;FDP=200;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=0.0329363;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.999;QD=18.1463;RBI=0.0439103;REFB=-0.0154805;REVB=0.0290399;RO=106;SAF=31;SAR=46;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20699;STB=0.576915;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0164268;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:200:106:105:77:95:0.475:46:31:64:42:52:43:63:42 chr1 169391154 . A G 1471.09 PASS AF=0.962264;AO=101;DP=107;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0139184;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.222;QD=55.5129;RBI=0.0139942;REFB=-0.015682;REVB=0.00145481;RO=2;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215516;STB=0.502637;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=1.93912e-05;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:106:2:4:101:102:0.962264:43:58:0:2:44:58:2:2 chr1 169435027 . C T 817.7 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3734;QD=57.3821;RBI=0.0473632;REFB=0;REVB=0.0156444;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406671;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr1 169510139 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0136825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.844;QD=13.4559;RBI=0.0435206;REFB=-0.018607;REVB=0.0413138;RO=15;SAF=10;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780997;STB=0.545377;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0224198;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:1:10:14:1:1:10:14:1 chr1 169510475 . G T 47.42 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0918767;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.169;QD=9.48358;RBI=0.0933603;REFB=-0.0755638;REVB=-0.0165779;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439197;STB=0.79904;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0424927;OID=.;OPOS=169510475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:20:12:13:7:7:0.35:6:1:6:6:6:1:7:6 chr1 169519049 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.076;QD=57.3854;RBI=0.0337409;REFB=0;REVB=0.0201875;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150392;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr1 169519112 . C T 273.44 PASS AF=0.405063;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00190059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.439;QD=13.845;RBI=0.00327815;REFB=-0.00865617;REVB=0.00267096;RO=46;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128249;STB=0.546313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.016159;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:46:47:30:32:0.405063:16:14:16:30:18:14:17:30 chr1 169521849 . T C 513.97 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=81;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0450707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8786;QD=25.0717;RBI=0.0450824;REFB=-0.0019658;REVB=-0.00102798;RO=34;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136549;STB=0.569303;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00187333;OID=.;OPOS=169521849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:34:47:48:0.585366:25:22:22:12:25:23:22:12 chr1 169529826 . C A 1628.86 PASS AF=1;AO=90;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.02957e-06;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.671;QD=59.2313;RBI=0.0273225;REFB=0;REVB=0.0273225;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65327e-05;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:90:110:1:45:45:0:0:51:59:0:0 chr1 169529973 . C T 1478.51 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174654;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.81;QD=58.5548;RBI=0.0208735;REFB=-0.134642;REVB=0.0114307;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00056088;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:101:0:1:100:100:0.990099:50:50:0:0:50:50:1:0 chr1 169562904 . C T 651.8 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.564;QD=62.076;RBI=0.0908389;REFB=0;REVB=0.00424524;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551957;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr1 169566313 . C T 1534.58 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.296;QD=62.6358;RBI=0.0117442;REFB=-0.00272089;REVB=0.00121103;RO=1;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735314;STB=0.503875;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=3.18045e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:64:32:0:1:64:33:0:1 chr1 169580884 . AC A,AT 250.74 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,18;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0915372,-0.0428128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.9503,84.8198;QD=50.1472;RBI=0.0950929,0.0655968;REFB=0,0;REVB=0.0257603,0.0496991;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0184055,0.00156026;OID=.,.;OPOS=169580885,169580885;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,18:20:2,18:20:0:1,10:1,8:0:0:9:0:1,10:1,8:0:0 chr1 169828220 . GC CG 34.36 PASS AF=0.0947368;AO=8;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.00146083;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=57.6959;QD=1.44656;RBI=0.0342254;REFB=-0.0349913;REVB=-0.0341942;RO=83;SAF=8;SAR=0;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647842;STB=0.912506;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.13986;OID=.;OPOS=169828220;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:95:95:83:86:8:9:0.0947368:0:8:32:51:1:8:33:53 chr1 169847822 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00379085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.436;QD=12.7298;RBI=0.0259449;REFB=0.00915183;REVB=-0.0256665;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0150533;OID=.;OPOS=169847822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:6:6:4:5:6:6 chr1 169927228 . T G,TG 659.77 PASS AF=0,1;AO=3,39;DP=45;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488591,0.108538;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.11,29.975;QD=61.3742;RBI=0.0497666,0.227708;REFB=0,0;REVB=0.009461,0.200176;RO=3;SAF=3,33;SAR=0,6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.664835,0.044443;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00857384;OID=.,.;OPOS=169927228,169927229;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:45:43:3:0:3,39:0,43:0,1:0,6:3,33:2:1:0,6:0,37:0:0 chr1 169951997 . C T 802.77 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.749;QD=55.3636;RBI=0.0242481;REFB=-0.165241;REVB=0.00837083;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000649153;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:57:57:0.982759:29:28:0:0:29:28:0:1 chr1 170501385 . A C 722.53 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.741;QD=61.4921;RBI=0.0501744;REFB=0;REVB=0.0368101;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646702;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:16:29:0:0:17:30:0:0 chr1 170521376 . G A 694.2 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8221;QD=60.3656;RBI=0.0313302;REFB=-0.108892;REVB=-0.0184355;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00509946;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:45:45:0.978261:31:14:0:0:31:14:0:1 chr1 170705685 . CTATATATATA CA,C 609.32 PASS AF=0.234043,0.404255;AO=8,48;DP=71;FAO=22,38;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=0,21;FSAR=22,17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0392631,0.0643764;FXX=0.113197;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=237.231,310.774;QD=25.9286;RBI=0.0523987,0.0673658;REFB=-0.0294486,-0.0252415;REVB=0.0346991,0.0198451;RO=0;SAF=0,23;SAR=8,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.999432,0.531234;STBP=0,0.594;TYPE=del,del;VARB=0.0250923,0.0054114;OID=.,.;OPOS=170705686,170705686;OREF=TATATATAT,TATATATATA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.234043,0.404255:8,48:71:22,38:94:34:0,21:22,17:21:13:99:0:0,23:8,25:0:0 chr1 170916646 . G T 211.26 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0186807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.053;QD=12.0718;RBI=0.0191293;REFB=-0.00465311;REVB=0.00411825;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923067;STB=0.566689;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00876501;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:44:26:26:0.371429:12:14:19:23:12:14:19:25 chr1 170928671 . T C 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0170193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5354;QD=18.495;RBI=0.0170454;REFB=-0.0500778;REVB=0.000943354;RO=27;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404491;STB=0.522597;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0419158;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:19:8:7:20:19:8:7:20 chr1 171076966 . G A 481.32 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.017235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.164;QD=20.702;RBI=0.0172356;REFB=-0.00479469;REVB=-0.000138538;RO=46;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785014;STB=0.537811;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00397073;OID=.;OPOS=171076966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:46:46:46:47:0.505376:23:23:27:19:23:24:27:19 chr1 171112490 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00105385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.611;QD=12.0202;RBI=0.0264867;REFB=0.00258796;REVB=-0.0264657;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496186;STB=0.529369;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00656218;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:10:15:9:5:10:15 chr1 171130236 . G A 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0365918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.8;QD=19.8666;RBI=0.0369249;REFB=-0.0193684;REVB=0.00494863;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103024;STB=0.557112;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.021069;OID=.;OPOS=171130236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:18:18:13:21:18:18:13:21 chr1 171130346 . G A 431.66 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00235954;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3724;QD=18.3685;RBI=0.0255807;REFB=0.00333019;REVB=0.0254716;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806442;STB=0.510633;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00181205;OID=.;OPOS=171130346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:43:44:0.468085:22:21:24:26:22:22:24:26 chr1 171168584 . CA TG 181.19 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.000111037;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=352.918;QD=15.7557;RBI=0.00565625;REFB=0.000613095;REVB=0.00565516;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420839;STB=0.524246;STBP=0.809;TYPE=mnp;VARB=-0.000789984;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:11:16:12:7:11:16 chr1 171174531 . A G 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00042151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.007;QD=12.3516;RBI=0.00707695;REFB=-0.00816109;REVB=-0.00706439;RO=56;SAF=8;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301758;STB=0.674884;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.016171;OID=.;OPOS=171174531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:24:8:28:28:24:8:28:28 chr1 171223134 . G A 216.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0364353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.394;QD=22.1864;RBI=0.0424797;REFB=-0.0117601;REVB=-0.0218402;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2338;STB=0.630944;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00716931;OID=.;OPOS=171223134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:6:12:8:13:6:12 chr1 171461787 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.286;QD=54.5145;RBI=0.0260735;REFB=0;REVB=-0.013304;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80027e-05;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 171509327 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0692;QD=51.9153;RBI=0.111233;REFB=0;REVB=-0.0428382;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00436912;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 171511039 . C G 357.3 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0143407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5095;QD=49.2827;RBI=0.0146761;REFB=0.0287739;REVB=-0.00311988;RO=2;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772824;STB=0.541636;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00306636;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:11:16:0:2:11:16:0:2 chr1 171514731 . C G 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118281;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.193;QD=62.0377;RBI=0.0233397;REFB=0;REVB=0.0233097;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4856e-05;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr1 171526570 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.406;QD=53.2767;RBI=0.025918;REFB=0;REVB=0.0246319;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44008e-05;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 171526765 . A T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.016033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.046;QD=15.8821;RBI=0.0190454;REFB=-0.0378265;REVB=-0.0102795;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190473;STB=0.613371;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0353744;OID=.;OPOS=171526765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:9:1:2:8:9:1:2:8 chr1 171556165 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.751;QD=56.7066;RBI=0.0174903;REFB=0;REVB=0.000722743;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39046e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 171558516 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.938;QD=60.6103;RBI=0.0322162;REFB=0;REVB=0.0258235;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104485;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 171621525 . C T 178.2 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0147089;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.052;QD=20.9641;RBI=0.0219926;REFB=-0.0281985;REVB=-0.0163499;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270647;STB=0.612117;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0197364;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:16:17:18:0.529412:12:5:10:7:12:6:9:7 chr1 171810960 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.822;QD=62.9826;RBI=0.0492889;REFB=0;REVB=-0.00810224;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89696e-05;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr1 172157585 . C A 145.96 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0221561;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.41;QD=14.9703;RBI=0.0319355;REFB=-0.0287985;REVB=-0.0229996;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146586;STB=0.564024;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0459077;OID=.;OPOS=172157585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:8:7:14:9:8:8:14:9 chr1 172308238 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0149344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.72;QD=16.4202;RBI=0.017575;REFB=-0.00624501;REVB=-0.00926513;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154286;STB=0.586491;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00719852;OID=.;OPOS=172308238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:11:23:15:14:11:23 chr1 172356437 . A G 1286.51 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.695;QD=60.5415;RBI=0.031323;REFB=-0.0823475;REVB=-0.0122337;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000578884;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:83:84:0.988235:51:32:0:0:52:32:1:0 chr1 172410967 . G A 598.86 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0845669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9916;QD=59.8861;RBI=0.102813;REFB=0;REVB=0.0584711;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62467e-05;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:34:40:1:20:14:0:0:24:16:0:0 chr1 172411496 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.732;QD=35.5758;RBI=0.112276;REFB=0;REVB=-0.00952201;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026992;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 172412995 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0135;QD=60.3744;RBI=0.0437628;REFB=0;REVB=-0.00683513;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314991;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr1 172425640 . G A 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00418682;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.287;QD=15.8385;RBI=0.02369;REFB=-0.0267046;REVB=0.0233171;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45905;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0257805;OID=.;OPOS=172425640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:4:3:7:1:4:3 chr1 172434812 . C T 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.683;QD=48.6088;RBI=0.0172185;REFB=0.0665877;REVB=0.00466654;RO=2;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223251;STB=0.512039;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00054904;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:17:9:1:1:17:9:1:1 chr1 172437592 . G A 1332.84 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.801;QD=61.2801;RBI=0.0514201;REFB=0;REVB=0.0129271;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545335;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:82:87:1:37:45:0:0:41:46:0:0 chr1 172501643 . T C 235.89 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.020487;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.297;QD=15.4679;RBI=0.0222226;REFB=-0.00643746;REVB=-0.00860966;RO=33;SAF=21;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296821;STB=0.647458;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00969531;OID=.;OPOS=172501643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:34:27:27:0.442623:6:21:17:16:6:21:19:15 chr1 172502479 . T C 644.03 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00133926;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4805;QD=19.3692;RBI=0.0510085;REFB=0.0142973;REVB=-0.0509909;RO=69;SAF=35;SAR=30;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291558;STB=0.512191;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0158987;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:69:68:65:65:0.488722:30:35:35:34:30:35:35:33 chr1 172547465 . A G 538.52 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0298757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.516;QD=16.1961;RBI=0.0303707;REFB=-0.0128678;REVB=-0.00546094;RO=75;SAF=30;SAR=28;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050973;STB=0.528488;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0175335;OID=.;OPOS=172547465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:28:30:35:40:28:30:35:40 chr1 172634889 . C T 497.52 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00660933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.363;QD=26.5343;RBI=0.0288815;REFB=-0.00416993;REVB=-0.0281151;RO=29;SAF=28;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348715;STB=0.51901;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00189129;OID=.;OPOS=172634889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:18:28:19:10:18:28:19:10 chr1 173429995 . G A 355.14 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0165779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.826;QD=18.9406;RBI=0.017638;REFB=-0.00833511;REVB=0.00602278;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352982;STB=0.51964;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00879029;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:20:17:16:22:20:17:16:22 chr1 173457017 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00291754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.265;QD=19.4776;RBI=0.00601804;REFB=-0.0119582;REVB=0.00526353;RO=42;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143001;STB=0.579466;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0116528;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:24:17:24:18:24:17:24:18 chr1 173474429 . T C 411.04 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1424;QD=56.6944;RBI=0.0338552;REFB=0;REVB=0.0187557;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955375;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr1 173516871 . G C 698.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051562;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.735;QD=62.0642;RBI=0.0571484;REFB=0;REVB=0.0246434;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456625;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr1 173516903 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.659;QD=59.839;RBI=0.125665;REFB=0;REVB=0.014997;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162344;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 173878832 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00270944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9675;QD=18.4889;RBI=0.00668348;REFB=-0.00157985;REVB=-0.00610965;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242899;STB=0.513767;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00118813;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:16:10:9:13:16:10 chr1 173878862 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00249004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.099;QD=16.6187;RBI=0.00427189;REFB=-0.0396017;REVB=-0.00347112;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726467;STB=0.541264;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0293037;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:15:13:9:14:15:13 chr1 174959108 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0175795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.676;QD=14.3348;RBI=0.0182327;REFB=-0.0107487;REVB=0.00483643;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717456;STB=0.541499;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0241531;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:9:17:10:7:9:17 chr1 175049453 . G A 50.65 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0427702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.918;QD=5.06505;RBI=0.0441174;REFB=-0.01308;REVB=-0.0108194;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037728;STB=0.524938;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0542972;OID=.;OPOS=175049453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:15:17:4:4:15:17 chr1 175087884 . CA TG 443.23 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.000754809;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.337;QD=17.3815;RBI=0.0190737;REFB=-0.0135705;REVB=-0.0190588;RO=51;SAF=14;SAR=33;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158356;STB=0.590454;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=0.0188702;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:54:47:48:0.470588:33:14:23:28:34:14:24:30 chr1 175092674 . C G,T 819.27 PASS AF=0.0666667,0.916667;AO=5,55;DP=60;FAO=4,55;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=1,32;FSAR=3,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159227,0.0245747;FXX=0.0163908;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.139,205.097;QD=54.618;RBI=0.0232628,0.026699;REFB=0.121077,0.0720799;REVB=-0.0169595,0.0104364;RO=0;SAF=2,31;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.571096,0.510634;STBP=0.672,0.324;TYPE=snp,snp;VARB=0.102775,-0.0011513;OID=.,.;OPOS=175092674,175092674;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:60:60:0:1:5,55:4,55:0.0666667,0.916667:3,24:2,31:0:0:3,23:1,32:0:1 chr1 175113578 . T C 1497.59 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00906013;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.881;QD=62.3996;RBI=0.0346358;REFB=-0.0362276;REVB=0.0334298;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.504273;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=5.50054e-06;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:0:1:95:95:0.989583:58:37:0:0:58:37:0:1 chr1 175129946 . C T 315.24 PASS AF=0.4375;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00317929;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.841;QD=15.7618;RBI=0.00553474;REFB=-0.0558095;REVB=0.00453051;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769511;STB=0.548012;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0549782;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:45:33:35:0.4375:12:21:26:20:12:23:26:19 chr1 175299245 . T C 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00173178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.037;QD=6.01483;RBI=0.00561285;REFB=-0.000347798;REVB=0.00533901;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134997;STB=0.585662;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00155546;OID=.;OPOS=175299245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:9:4:18:26:9:4:18:26 chr1 175299301 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8974;QD=58.5875;RBI=0.0234091;REFB=0;REVB=-0.0129499;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00063699;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr1 175324651 . A G 640.82 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148902;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.62;QD=62.5194;RBI=0.0178558;REFB=0;REVB=-0.00985453;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155351;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr1 175348723 . C T 1834.54 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.9625;QD=59.6599;RBI=0.0995091;REFB=0.00563202;REVB=-0.0988237;RO=2;SAF=67;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139678;STB=0.503649;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000348076;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:123:2:1:121:122:0.99187:54:67:2:0:54:68:1:0 chr1 175355391 . A G 1532.29 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0577029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0973;QD=62.5426;RBI=0.0597982;REFB=-0.0925127;REVB=0.0156909;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000936721;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:98:0:1:96:97:0.989796:54:42:0:0:55:42:0:1 chr1 175375469 . C A 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.599;QD=60.2546;RBI=0.013713;REFB=0;REVB=0.0132985;RO=0;SAF=67;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88648e-06;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:42:67:0:0:42:67:0:0 chr1 175375683 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.499;QD=63.5829;RBI=0.0384081;REFB=0;REVB=0.0258458;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10827e-06;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 175375802 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.139;QD=64.4152;RBI=0.0140279;REFB=0;REVB=0.013812;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45756e-05;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr1 176102974 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0273936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.493;QD=12.1199;RBI=0.0337338;REFB=0.00363566;REVB=-0.0196867;RO=38;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138502;STB=0.580369;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00774501;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:16:7:16:22:16:7:16:22 chr1 176103053 . TAC T 161.35 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0198118;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.728;QD=17.9278;RBI=0.0251271;REFB=-0.013413;REVB=-0.0154552;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230665;STB=0.63985;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.0120393;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:17:37:17:36:19:8:9:4:15:99:18:8:9:4:14 chr1 176118219 . G A 134.52 PASS AF=0.390244;AO=12;DP=38;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00489339;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.882;QD=13.1235;RBI=0.0102279;REFB=-0.0167208;REVB=0.00898131;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373322;STB=0.584608;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0395736;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:25:25:12:16:0.390244:10:2:11:14:11:5:11:14 chr1 176525540 . T G 67.46 PASS AF=0.117647;AO=16;DP=137;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=51;FWDB=-0.00467184;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.222;QD=1.98411;RBI=0.0178872;REFB=-0.00211317;REVB=-0.0172664;RO=118;SAF=7;SAR=9;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180008;STB=0.61942;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.017965;OID=.;OPOS=176525540;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:137:136:118:120:16:16:0.117647:9:7:69:49:9:7:69:51 chr1 176526147 . G C 325.97 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.024689;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5273;QD=20.0599;RBI=0.0289982;REFB=-0.0185706;REVB=0.0152102;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100415;STB=0.538439;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.018405;OID=.;OPOS=176526147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:31:34:34:0.523077:17:17:18:11:17:17:18:13 chr1 176833497 . G C 540.69 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0804865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.026;QD=27.7275;RBI=0.0839815;REFB=0.012785;REVB=-0.0239751;RO=29;SAF=31;SAR=18;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686774;STB=0.537299;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00893061;OID=.;OPOS=176833497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:18:31:21:8:18:31:21:8 chr1 176863836 . G C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4893;QD=55.648;RBI=0.0358511;REFB=0;REVB=0.0207526;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109469;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 176863842 . C T 137.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0557755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4376;QD=19.0143;RBI=0.0612466;REFB=-0.0454217;REVB=0.0253031;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112427;STB=0.585249;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0489406;OID=.;OPOS=176863842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:5:10:7:6:5:10:7:7 chr1 176863867 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3606;QD=56.706;RBI=0.0731158;REFB=0;REVB=0.0452526;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023727;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 177901713 . T C 570.23 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0181224;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2394;QD=25.065;RBI=0.020834;REFB=-0.00199198;REVB=0.0102779;RO=39;SAF=23;SAR=29;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755279;STB=0.54135;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00081539;OID=.;OPOS=177901713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:39:39:52:52:0.571429:29:23:21:18:29:23:21:18 chr1 177902753 . G C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00280506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.427;QD=16.884;RBI=0.00873368;REFB=-0.0137528;REVB=-0.00827096;RO=17;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247789;STB=0.645164;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0120406;OID=.;OPOS=177902753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:13:2:5:12:13:2:5:12 chr1 177908852 . C T 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00384622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.458;QD=18.1915;RBI=0.00790055;REFB=-0.00145167;REVB=0.0069011;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999702;STB=0.555789;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00175374;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:25:20:22:18:25:20 chr1 177915474 . A C 262.93 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0340402;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.481;QD=24.4585;RBI=0.0345701;REFB=-0.017483;REVB=0.00602954;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.627807;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00986817;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:14:19:23:24:0.55814:11:12:10:4:12:12:15:4 chr1 177929521 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.00310434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.249;QD=23.1237;RBI=0.00625376;REFB=-0.00524872;REVB=-0.00542886;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398142;STB=0.718159;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00324404;OID=.;OPOS=177929521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:11:19:2:20:11:19:2:20 chr1 177929554 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0720231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7392;QD=15.229;RBI=0.0722265;REFB=-0.0144291;REVB=0.00541692;RO=28;SAF=2;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619886;STB=0.862521;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0145887;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:17:2:18:10:17:2:18:10 chr1 177929987 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8798;QD=57.6802;RBI=0.02623;REFB=0;REVB=0.0257376;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412706;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 177935050 . T A 173.42 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0275683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.854;QD=13.6014;RBI=0.032361;REFB=-0.0096671;REVB=0.0169476;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329387;STB=0.683625;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0193079;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:31:19:20:0.392157:11:8:4:25:11:9:5:26 chr1 177937009 . G A 346.02 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.0135786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1195;QD=14.7243;RBI=0.035193;REFB=-0.0192989;REVB=0.032468;RO=54;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281046;STB=0.665493;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0332859;OID=.;OPOS=177937009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:56:38:38:0.404255:17:21:15:39:17:21:15:41 chr1 178062359 . G A 305.12 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0476175;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.948;QD=26.5325;RBI=0.0476218;REFB=-0.00424433;REVB=-0.000642118;RO=19;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999618;STB=0.555513;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00178682;OID=.;OPOS=178062359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:19:27:27:0.586957:20:7:7:12:20:7:7:12 chr1 178514165 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.154;QD=51.1839;RBI=0.0527978;REFB=0;REVB=0.010498;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194982;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 178514559 . GA AT,GAT 337.23 PASS AF=0,1;AO=2,25;DP=30;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153296,-0.0330402;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=62.3468,16.718;QD=44.9635;RBI=0.0538318,0.173758;REFB=0,0;REVB=0.051603,0.170588;RO=2;SAF=2,17;SAR=0,8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727176,0.102655;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00522095;OID=.,.;OPOS=178514559,178514561;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:30:30:2:0:2,25:0,30:0,1:0,8:2,17:0:2:0,11:0,19:0:0 chr1 178646884 . C T 349.82 PASS AF=0.536232;AO=33;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0133515;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.988;QD=20.2793;RBI=0.0143695;REFB=-0.0260058;REVB=-0.00531241;RO=32;SAF=25;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113338;STB=0.559407;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0287231;OID=.;OPOS=178646884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:33:37:0.536232:8:25:21:11:9:28:21:11 chr1 178820159 . C A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1055;QD=63.2861;RBI=0.0480942;REFB=0;REVB=-0.0412505;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000898323;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr1 179044723 . A G 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0277997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.898;QD=18.6387;RBI=0.0434086;REFB=-0.00969484;REVB=-0.0333389;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518891;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00946271;OID=.;OPOS=179044723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:9:15:12:9:9:15 chr1 179055020 . C T 191.94 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0169515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1381;QD=14.765;RBI=0.0206354;REFB=-0.00746228;REVB=0.0117672;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092918;STB=0.553143;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00870661;OID=.;OPOS=179055020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:15:15:9:13:15:15 chr1 179068851 . A G 46.93 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0146489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.737;QD=11.042;RBI=0.0451798;REFB=0.0497028;REVB=0.0427391;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328854;STB=0.708624;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.07376;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:1:8:4:3:1:9 chr1 179072728 . T C 335.38 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00508709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.464;QD=16.9814;RBI=0.0105729;REFB=-0.00101957;REVB=0.00926869;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213663;STB=0.511976;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00149789;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:15:21:26:17:15:21:26:17 chr1 179086419 . TA AT 50.78 PASS AF=0.32;AO=2;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0250571;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=25.2559;QD=8.12424;RBI=0.180631;REFB=-0.0627291;REVB=0.178885;RO=6;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168213;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=mnp;VARB=0.0555675;OID=.;OPOS=179086419;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:25:25:6:9:2:8:0.32:1:1:2:4:2:6:4:5 chr1 179095548 . C T 596.76 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00356783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.129;QD=23.4023;RBI=0.00998614;REFB=-0.0157662;REVB=0.00932703;RO=44;SAF=21;SAR=37;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184218;STB=0.600863;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0158086;OID=.;OPOS=179095548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:37:21:26:18:37:21:26:18 chr1 179170643 . A G 344.64 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00410579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.771;QD=19.1466;RBI=0.030084;REFB=-0.00477268;REVB=-0.0298025;RO=36;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249528;STB=0.513881;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00501438;OID=.;OPOS=179170643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:18:18:17:19:18:18:17:19 chr1 179310262 . C T 226.95 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0107264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.608;QD=15.6518;RBI=0.0313537;REFB=0.0289889;REVB=0.0294618;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981343;STB=0.54542;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0357111;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:25:26:0.448276:14:11:11:21:15:11:11:21 chr1 179312752 . C T 267.18 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0170566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.763;QD=18.4259;RBI=0.0183529;REFB=-0.0270249;REVB=0.00677525;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615989;STB=0.534418;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0229399;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:16:13:15:14:16:13 chr1 179319541 . C G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00575388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.306;QD=17.5686;RBI=0.0234795;REFB=-0.0334372;REVB=-0.0227635;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226798;STB=0.618102;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0216944;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:12:17:10:20:12:17:11:20 chr1 179347832 . T C 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00762923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.147;QD=14.2591;RBI=0.0143318;REFB=-0.00612842;REVB=-0.0121324;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05539;STB=0.531474;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00815997;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:14:15:19:22:14:15:19:22 chr1 179363143 . G T 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00486662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.111;QD=10.7157;RBI=0.0115864;REFB=0.00674408;REVB=-0.0105148;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0127638;OID=.;OPOS=179363143;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:10:4:8:20:10:4:9:20 chr1 179398730 . T C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0272103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7954;QD=20.7378;RBI=0.0272193;REFB=-0.0126954;REVB=-0.000701246;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303894;STB=0.672214;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00755859;OID=.;OPOS=179398730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:10:6:13:5:10:6 chr1 179504043 . C G 95.16 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4612;QD=38.0641;RBI=0.22506;REFB=0;REVB=0.0669636;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172908;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr1 179504130 . G A 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0070974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.354;QD=51.8345;RBI=0.00772417;REFB=-0.0119112;REVB=0.0030479;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933164;STB=0.505007;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000750552;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:18:13:1:1:18:13:1:1 chr1 179520151 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.163;QD=58.7812;RBI=0.0511628;REFB=0;REVB=0.00826317;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152619;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr1 179520506 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.535;QD=53.277;RBI=0.0421475;REFB=0;REVB=0.0106753;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548672;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 179562740 . G C 472.97 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.000569917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.304;QD=17.5174;RBI=0.00357602;REFB=-0.0109884;REVB=-0.00353031;RO=57;SAF=29;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406567;STB=0.52261;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.010668;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:22:29:30:27:22:29:30:27 chr1 179604864 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.345;QD=56.9381;RBI=0.0212486;REFB=0;REVB=0.0190925;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75325e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr1 179852074 . T C 193.18 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0337119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.813;QD=16.4406;RBI=0.0352787;REFB=-0.0114675;REVB=-0.0103967;RO=27;SAF=3;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273932;STB=0.660009;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0191695;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:17:3:9:18:17:3:9:18 chr1 179858444 . G A 392.01 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00741251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.857;QD=16.8606;RBI=0.0372731;REFB=-0.0121008;REVB=0.0365286;RO=52;SAF=23;SAR=18;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357625;STB=0.520054;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.020925;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:18:23:31:21:18:23:31:21 chr1 179876988 . C G 431.39 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00669644;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.217;QD=19.8341;RBI=0.00685635;REFB=-0.00296163;REVB=-0.00147219;RO=35;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151374;STB=0.541044;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00248839;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:35:44:43:43:0.494253:19:24:13:22:19:24:21:23 chr1 179883190 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0151716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.881;QD=12.8368;RBI=0.0211137;REFB=-0.0120512;REVB=-0.0146837;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119755;STB=0.584837;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0216397;OID=.;OPOS=179883190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:15:10:19:18:15:10:21:18 chr1 179887125 . G A 283.6 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0351882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9515;QD=23.151;RBI=0.0436167;REFB=0.00833181;REVB=0.0257722;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123281;STB=0.568698;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00569976;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:9:14:12:14:9:14 chr1 180010911 . A G 155.48 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0105933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3457;QD=15.5478;RBI=0.0244255;REFB=-0.0382978;REVB=-0.0220088;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110527;STB=0.563723;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0476259;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:12:11:10:7:12:11 chr1 180034320 . G A 279.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0558104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4783;QD=18.9372;RBI=0.0562518;REFB=-0.0011311;REVB=-0.00703367;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077839;STB=0.54335;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000610375;OID=.;OPOS=180034320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:11:18:16:14:11:18 chr1 180145088 . A G 1283.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.036;QD=61.8493;RBI=0.0491589;REFB=0;REVB=-0.0476445;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449689;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr1 180167414 . C G 397.84 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0208816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8314;QD=18.0838;RBI=0.0209695;REFB=-0.018489;REVB=-0.00191773;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571803;STB=0.531899;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0189235;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:19:22:28:19:19:22:28:19 chr1 180243524 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.904;QD=58.7816;RBI=0.0437831;REFB=0;REVB=-0.00221365;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.615e-05;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr1 180854067 . A G 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.228;QD=62.6649;RBI=0.0385853;REFB=0;REVB=0.0373679;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46935e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 180885430 . T C 798.32 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.5;QD=56.0223;RBI=0.0208168;REFB=0;REVB=0.0105552;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015107;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:52:57:1:26:26:0:0:27:30:0:0 chr1 180897569 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.935;QD=61.6838;RBI=0.0650889;REFB=0;REVB=0.0631097;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143595;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr1 180905294 . C T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0242356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.938;QD=25.2543;RBI=0.0421292;REFB=-0.00403462;REVB=0.0344602;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211248;STB=0.618896;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00143893;OID=.;OPOS=180905294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:5:5:13:4:5:5 chr1 180905694 . C T 159.8 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0977631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9989;QD=26.6331;RBI=0.0979806;REFB=0.00882396;REVB=0.00652417;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643111;STB=0.535672;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00777158;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:13:3:1:7:13:3:1:7 chr1 180913597 . A G 394.65 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.579;QD=52.6195;RBI=0.106144;REFB=-0.0962649;REVB=-0.0939598;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00639985;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:30:0:1:27:29:0.966667:17:10:0:0:17:12:1:0 chr1 180944532 . T TA,TAA 497.06 PASS AF=0,1;AO=5,32;DP=44;FAO=0,40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.073887,-0.0387135;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=20.9462,33.8525;QD=49.7059;RBI=0.231037,0.116727;REFB=0,0;REVB=0.218903,0.11012;RO=5;SAF=1,17;SAR=4,15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.596316,-0.119227;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0175969,0.0029309;OID=.,.;OPOS=180944533,180944533;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,32:44:0,40:40:0:0,21:0,19:0:0:8:5:1,17:4,15:5:0 chr1 180953853 . A G 788.06 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.632;QD=55.3026;RBI=0.0194377;REFB=-0.14878;REVB=0.0164158;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00128721;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:0:1:27:29:0:1 chr1 181059822 . T C 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0168944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.516;QD=9.10911;RBI=0.0292428;REFB=-0.00465993;REVB=-0.0238688;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205275;STB=0.624707;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0107885;OID=.;OPOS=181059822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:5:11:4:4:5:11 chr1 181701778 . TGGGGGGT GTGGGGGT,TGGGGGTC 34.85 PASS AF=0.0952381,0;AO=4,2;DP=43;FAO=4,0;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=3,0;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0200322,-0.0758721;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,2;MLLD=22.6957,21.862;QD=3.31888;RBI=0.0465023,0.111493;REFB=-0.040518,-0.0442972;REVB=0.0419663,0.0816958;RO=22;SAF=1,2;SAR=3,0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.292336,0.498236;STB=0.670731,0.5;STBP=0.566,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.124547,0.0801831;OID=.,.;OPOS=181701778,181701784;OREF=TG,GT;OALT=GT,TC;OMAPALT=GTGGGGGT,TGGGGGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:42:22:33:4,2:4,0:0.0952381,0:3,0:1,2:11:11:3,0:1,0:14:19 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=62;DP=73;LEN=5;RO=11;SAF=35;SAR=28;SRF=7;SRR=3;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:73:11:62:28:35:7:3 chr1 181768186 . T C 149.61 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0657873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8775;QD=11.969;RBI=0.0662448;REFB=-0.0120115;REVB=-0.00777259;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159798;STB=0.509423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0266651;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:9:8:16:17:9:8:16:17 chr1 182026813 . G C 126.32 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0587489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.009;QD=31.5796;RBI=0.0618844;REFB=-0.030822;REVB=0.0194485;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.010027;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:16:3:3:12:13:0.8125:8:4:1:2:9:4:1:2 chr1 182027022 . C T 623.95 PASS AF=0.594059;AO=59;DP=99;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0379586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4184;QD=24.711;RBI=0.043821;REFB=-0.0159353;REVB=0.0218958;RO=40;SAF=31;SAR=28;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373991;STB=0.518512;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00913341;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:40:41:59:60:0.594059:28:31:19:21:28:32:20:21 chr1 182356399 . A G 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7089;QD=62.0044;RBI=0.0637443;REFB=0;REVB=0.0246891;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267059;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr1 182369078 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.956;QD=58.5878;RBI=0.0199476;REFB=0;REVB=0.0197196;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0673e-05;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 182369233 . A G 481.28 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00576597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4288;QD=53.4756;RBI=0.00958681;REFB=-0.142311;REVB=0.00765902;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518702;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00684415;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:17:17:0:2:17:17:0:2 chr1 182496829 . A G 484.48 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0247821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9643;QD=29.3624;RBI=0.0350952;REFB=0.0104163;REVB=0.0248499;RO=22;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125118;STB=0.567871;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0038219;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:44:44:0.666667:23:21:15:7:23:21:15:7 chr1 182551337 . A C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.979;QD=59.855;RBI=0.0165312;REFB=0;REVB=0.0130282;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99854e-05;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr1 182554557 . C T 2160.83 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.109;QD=62.6327;RBI=0.0140333;REFB=0;REVB=0.00854542;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75558e-05;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:135:138:1:68:67:0:0:71:67:0:0 chr1 182568204 . G C 1100.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217453;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.454;QD=60.3103;RBI=0.0261435;REFB=0;REVB=0.0145129;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36546e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr1 182569626 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1202;QD=60.2288;RBI=0.0321924;REFB=0;REVB=-0.000907186;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363081;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr1 182778367 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.497;QD=59.8394;RBI=0.0198022;REFB=0;REVB=0.0168355;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50332e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 182850727 . T C 1104.48 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0738865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2835;QD=56.6401;RBI=0.131042;REFB=-0.0226245;REVB=0.108225;RO=2;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242497;STB=0.512817;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00572382;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:75:76:0.974359:38:37:0:2:38:38:0:2 chr1 183105534 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00648271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.517;QD=11.1039;RBI=0.0117211;REFB=-0.0420552;REVB=-0.00976514;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0607424;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr1 183112041 . G C 384.13 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00127927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0666;QD=17.661;RBI=0.0145864;REFB=-0.0202901;REVB=-0.0145301;RO=47;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255562;STB=0.633834;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0203323;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:17:22:14:33:18:22:14:33 chr1 183112412 . A G 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0564422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.538;QD=12.7236;RBI=0.0572824;REFB=0.00557233;REVB=-0.00977532;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169778;STB=0.597282;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0119692;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:11:12:13:23:11:12:13:23 chr1 183112505 . T C 306.14 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0190094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.8;QD=15.307;RBI=0.0194197;REFB=-0.00514685;REVB=-0.00397076;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590164;STB=0.533314;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0175657;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:16:18:27:19:16:18:27:19 chr1 183112566 . T C 328.72 PASS AF=0.472973;AO=36;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000720959;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.015;QD=17.7685;RBI=0.0036103;REFB=-0.00345618;REVB=0.00353758;RO=39;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16919;STB=0.589853;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00424907;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:39:36:35:0.472973:13:23:18:21:13:22:18:21 chr1 183112764 . A G 325.89 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00354913;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.079;QD=19.7507;RBI=0.0122906;REFB=-0.000336864;REVB=0.011767;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822091;STB=0.532768;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000371427;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:32:34:34:0.515152:15:19:19:10:15:19:20:12 chr1 183114634 . G A 368.06 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00784139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.876;QD=16.7298;RBI=0.00804815;REFB=-0.0173893;REVB=-0.00181256;RO=48;SAF=12;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523084;STB=0.537829;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0243735;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:39:39:0.443182:27:12:17:31:27:12:18:31 chr1 183155482 . C A 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00462921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.533;QD=26.5591;RBI=0.00936463;REFB=-0.0196337;REVB=-0.00814043;RO=20;SAF=30;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270465;STB=0.649901;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00883926;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:5:30:12:8:5:30:12:8 chr1 183194780 . C T 161.26 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0205987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.852;QD=7.08838;RBI=0.0301504;REFB=-0.00584664;REVB=-0.0220169;RO=68;SAF=9;SAR=14;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187592;STB=0.613819;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0226897;OID=.;OPOS=183194780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:68:23:23:0.252747:14:9:37:31:14:9:37:31 chr1 183206573 . G A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0104747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.251;QD=25.3677;RBI=0.017051;REFB=-0.0259027;REVB=0.0134543;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267081;STB=0.519981;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.020319;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:13:8:5:8:13:8:6:8 chr1 183212548 . T G 105.34 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0406471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0167;QD=11.3884;RBI=0.0590826;REFB=0.00142777;REVB=-0.0428785;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602297;STB=0.535661;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0039237;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:16:8:5:8:16:8 chr1 183486859 . G A 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.081;QD=60.7474;RBI=0.0184287;REFB=0;REVB=0.0174247;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14967e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr1 183542387 . T C 331.64 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0232162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.42;QD=18.684;RBI=0.0268611;REFB=-0.0179808;REVB=0.0135103;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104281;STB=0.551694;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0174814;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:21:14:18:17:21:14:18:18 chr1 183592594 . A G 362.63 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00824944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.076;QD=20.7218;RBI=0.0288159;REFB=-0.0383008;REVB=-0.0276098;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494488;STB=0.518567;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0358606;OID=.;OPOS=183592594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:21:16:12:20:21:16:13:20 chr1 183596703 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00682815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.366;QD=17.7318;RBI=0.0246898;REFB=-0.0173789;REVB=-0.0237268;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935847;STB=0.553204;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0225191;OID=.;OPOS=183596703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:13:6:7:10:13:6 chr1 183599638 . C T 433.74 PASS AF=0.56;AO=35;DP=69;FAO=42;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0558894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9133;QD=23.1326;RBI=0.0573498;REFB=-0.0136668;REVB=0.0128597;RO=24;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512355;STB=0.511622;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0114623;OID=.;OPOS=183599638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:24:33:35:42:0.56:17:18:14:10:24:18:15:18 chr1 183616884 . C T 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0206382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.049;QD=22.989;RBI=0.0206672;REFB=-0.0222887;REVB=0.00109413;RO=32;SAF=27;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202346;STB=0.501113;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0150026;OID=.;OPOS=183616884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:14:27:21:11:14:27:21:11 chr1 183616926 . T C 573.03 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00802343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.742;QD=22.6943;RBI=0.0118184;REFB=-0.00745117;REVB=0.00867752;RO=44;SAF=36;SAR=20;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054975;STB=0.522613;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00594007;OID=.;OPOS=183616926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:45:56:56:0.554455:20:36:31:13:20:36:31:14 chr1 183617094 . G A 249.67 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0113286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7414;QD=16.6444;RBI=0.0551185;REFB=0.00127136;REVB=0.0539417;RO=32;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982658;STB=0.555514;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00083535;OID=.;OPOS=183617094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:8:20:20:12:8:20:20:12 chr1 183617105 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.012135;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=303.355;QD=20.156;RBI=0.0128673;REFB=-0.00410338;REVB=-0.00427883;RO=25;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738051;STB=0.541199;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00508554;OID=.;OPOS=183617105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:9:19:15:10:9:19:15:10 chr1 183617311 . T A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.10286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5636;QD=13.2063;RBI=0.16279;REFB=0.01625;REVB=-0.126176;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0367422;OID=.;OPOS=183617311;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr1 183617413 . T C 170.25 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0373291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2226;QD=17.0248;RBI=0.068569;REFB=-0.0424689;REVB=0.0575173;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157753;STB=0.599893;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0550111;OID=.;OPOS=183617413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:9:9:7:14:9:9:7:15 chr1 183617693 . G A 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0101577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.324;QD=19.6554;RBI=0.0109557;REFB=0.00631927;REVB=0.00410481;RO=39;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103221;STB=0.551922;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00507075;OID=.;OPOS=183617693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:40:40:0.5:15:25:20:19:15:25:21:19 chr1 184305044 . AG AA,A 81.94 PASS AF=0.117647,0.588235;AO=2,8;DP=17;FAO=2,10;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=0,2;FSAR=2,8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.103519,0.217886;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.7985,15.3587;QD=19.2801;RBI=0.104495,0.2292;REFB=-0.0912997,-0.117211;REVB=0.0142472,0.0711217;RO=7;SAF=0,1;SAR=2,7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.268635;SSSB=-0.67228,-0.539065;STB=0.995714,0.726776;STBP=0.088,0.032;TYPE=snp,del;VARB=0.0707978,0.116334;OID=.,.;OPOS=184305045,184305045;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.117647,0.588235:2,8:17:2,10:17:5:0,2:2,8:4:1:22:7:0,1:2,7:5:2 chr1 184322912 . C T 264.25 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.986;QD=50.3342;RBI=0.111445;REFB=0;REVB=0.0353659;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176766;OID=.;OPOS=184322912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:15:6:0:0 chr1 184589718 . C G 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00265542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.386;QD=19.0373;RBI=0.00364716;REFB=-0.00553824;REVB=0.00250011;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977782;STB=0.554429;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00611726;OID=.;OPOS=184589718;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:24:18:24:21:24:18:24:21 chr1 184660205 . T A 547.58 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00858521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.656;QD=56.1622;RBI=0.00889521;REFB=-0.0172599;REVB=0.00232788;RO=2;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374416;STB=0.509799;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=6.21944e-05;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:2:1:37:38:0.974359:24:13:0:2:25:13:0:1 chr1 184662181 . C T 155.16 PASS AF=0.357143;AO=18;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00559427;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.124;QD=11.0828;RBI=0.0207956;REFB=-0.0165401;REVB=0.020029;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172414;STB=0.535679;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.03044;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:36:18:20:0.357143:8:10:20:17:10:10:20:16 chr1 184663537 . A C 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0149491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.95;QD=18.1152;RBI=0.0162823;REFB=-0.0117293;REVB=0.00645295;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121738;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:9:9:10:9:9:9:10:10 chr1 184675814 . G A 281.46 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0201607;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.821;QD=16.8037;RBI=0.0201671;REFB=-0.0163383;REVB=0.000509281;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859695;STB=0.548162;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0145972;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:12:24:18:13:12:24 chr1 184677464 . G A 777.54 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000714164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1845;QD=63.4728;RBI=0.0416544;REFB=0;REVB=-0.0416483;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297811;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr1 184706211 . CGT ACG,CG 711.04 PASS AF=0,1;AO=2,48;DP=51;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509598,-0.00573515;FXX=0.019604;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=30.4671,33.015;QD=56.8833;RBI=0.0709795,0.0221352;REFB=0,0;REVB=-0.0494083,-0.0213793;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00074531;OID=.,.;OPOS=184706211,184706213;OREF=CGT,T;OALT=ACG,-;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:51:50:0:0:2,48:0,50:0,1:0,29:2,19:0:0:0,29:0,21:0:0 chr1 184764067 . C G 240.5 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0022855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.037;QD=21.3777;RBI=0.00538914;REFB=-0.00218639;REVB=0.00488051;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743672;STB=0.531972;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00185633;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:14:9:10:11:14:9:10:12 chr1 184777177 . C A 387.54 PASS AF=0.460674;AO=36;DP=84;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0126493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.485;QD=17.4174;RBI=0.0192221;REFB=-0.0558067;REVB=0.0144736;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133133;STB=0.536824;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0773169;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:48:48:36:41:0.460674:19:17:29:19:19:22:29:19 chr1 184853896 . G T 119.47 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0225335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.05;QD=5.25137;RBI=0.0227499;REFB=-0.00488356;REVB=0.00313035;RO=72;SAF=8;SAR=11;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167823;STB=0.605395;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0208486;OID=.;OPOS=184853896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:72:19:19:0.208791:11:8:40:32:11:8:40:32 chr1 185069561 . A G 251.25 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00598905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.179;QD=19.7056;RBI=0.0169301;REFB=-0.0101499;REVB=0.0158354;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207536;STB=0.530465;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0155335;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:25:26:0.509804:14:11:10:14:14:12:10:15 chr1 185069843 . T A 302.38 PASS AF=0.438356;AO=29;DP=75;FAO=32;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00578598;FXX=0.0266631;HRUN=9;LEN=1;MLLD=321.797;QD=16.5689;RBI=0.0153063;REFB=0.00678869;REVB=-0.0141706;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548739;STB=0.518105;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00733151;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:23:40:29:32:0.438356:17:12:8:15:19:13:15:25 chr1 185125689 . A C 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0268619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.894;QD=11.259;RBI=0.0637602;REFB=-0.0584453;REVB=0.0578257;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424693;STB=0.78947;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0467635;OID=.;OPOS=185125689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:1:7:6:5:1:7:6:6 chr1 185984517 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.552;QD=63.2862;RBI=0.00444395;REFB=0;REVB=0.00400639;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15799e-05;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 186026474 . T C 773.83 PASS AF=0.622807;AO=71;DP=114;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00834783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7721;QD=27.1518;RBI=0.0498961;REFB=-0.0168881;REVB=0.0491929;RO=40;SAF=35;SAR=36;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545989;STB=0.533324;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0220382;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:40:43:71:71:0.622807:36:35:23:17:36:35:25:18 chr1 186031041 . C T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0184238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.772;QD=19.1558;RBI=0.0233143;REFB=0.0102593;REVB=-0.0142871;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584432;STB=0.503308;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0118311;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:10:13:12:9:10:13 chr1 186039864 . C T 315.19 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0653216;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.252;QD=14.66;RBI=0.0655792;REFB=0.00647292;REVB=0.00580697;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754423;STB=0.542832;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00883423;OID=.;OPOS=186039864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:14:21:27:24:14:21:27:24 chr1 186050417 . A G 494.3 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0137861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.934;QD=16.2065;RBI=0.0150014;REFB=0.000490688;REVB=-0.00591466;RO=68;SAF=21;SAR=33;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14206;STB=0.579453;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000729878;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:33:21:36:32:33:21:36:32 chr1 186101539 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00268077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.626;QD=14.2415;RBI=0.0172634;REFB=-0.00614556;REVB=-0.017054;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301997;STB=0.501729;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00843298;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:14:17:12:10:14:17 chr1 186277088 . G C 106.23 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188015;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8457;QD=42.4917;RBI=0.0745794;REFB=0;REVB=0.0721705;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712502;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 186316436 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00208664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.294;QD=16.1722;RBI=0.00989544;REFB=-0.00419749;REVB=-0.00967293;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404686;OID=.;OPOS=186316436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:10:10:8:8:10:10 chr1 186839879 . AAG A 454.37 PASS AF=0.538462;AO=60;DP=142;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00767203;FXX=0.19309;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.873;QD=15.5341;RBI=0.0141106;REFB=-0.026457;REVB=-0.0118427;RO=38;SAF=22;SAR=38;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214007;STB=0.512816;STBP=0.78;TYPE=del;VARB=0.0185891;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:60:142:63:117:54:25:38:20:34:99:38:22:38:15:23 chr1 186946912 . G A 1355.38 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7853;QD=62.3164;RBI=0.0574345;REFB=0;REVB=-0.0542641;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477352;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr1 187610537 . AC AG,GG 632.74 PASS AF=0.511628,0.488372;AO=21,21;DP=43;FAO=22,21;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13,10;FSAR=9,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000535814,0.00478481;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=264.8,270.478;QD=58.8596;RBI=0.00848856,0.00539606;REFB=0,0;REVB=0.00847164,0.00249461;RO=0;SAF=12,10;SAR=9,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0106085,-0.0121861;OID=.,.;OPOS=187610538,187610537;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:43:0:0:21,21:22,21:0.511628,0.488372:9,11:12,10:0:0:9,11:13,10:0:0 chr1 187610852 . A C,T 562.52 PASS AF=0.675,0.325;AO=26,12;DP=38;FAO=27,13;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13,6;FSAR=14,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406272,0.0146035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.098,143.687;QD=56.2524;RBI=0.0445013,0.0221748;REFB=0,0;REVB=0.0181603,0.0166871;RO=0;SAF=13,5;SAR=13,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000413044,0.00469745;OID=.,.;OPOS=187610852,187610852;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:96:38:40:0:0:26,12:27,13:0.675,0.325:13,7:13,5:0:0:14,7:13,6:0:0 chr1 192781172 . C G 224.08 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0225164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.183;QD=15.1921;RBI=0.0225329;REFB=-0.0167019;REVB=-0.000862213;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113774;STB=0.572197;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0240111;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:17:8:14:19:18:8:14:19 chr1 192844886 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0186166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.691;QD=18.8207;RBI=0.020764;REFB=-0.0350082;REVB=-0.00919598;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0264437;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:8:10:12:12:0.545455:8:4:4:4:8:4:4:6 chr1 193054154 . G A 308.31 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.02991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.255;QD=13.4048;RBI=0.0379267;REFB=-0.0132939;REVB=-0.0233202;RO=57;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125024;STB=0.571388;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0209846;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:15:20:26:31:15:20:26:31 chr1 193074651 . T A 531.35 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0153806;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2978;QD=22.6106;RBI=0.0416559;REFB=-0.00907045;REVB=0.0387124;RO=43;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17614;STB=0.589453;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00876314;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:43:44:50:50:0.531915:23:27:32:11:23:27:32:12 chr1 193701055 . G C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.115668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.29;QD=11.2959;RBI=0.115668;REFB=-0.0141609;REVB=0.000425118;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123364;STB=0.507238;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0309147;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:12:6:11:23:12:6:11:23 chr1 193701480 . G A 216.19 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0260356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.727;QD=9.10251;RBI=0.0279518;REFB=-0.00242995;REVB=0.0101709;RO=67;SAF=18;SAR=10;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165424;STB=0.598074;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00693679;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:67:28:28:0.294737:10:18:34:33:10:18:34:33 chr1 193701489 . C T 185.57 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0675817;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4783;QD=8.34035;RBI=0.0768688;REFB=-0.0115502;REVB=-0.036627;RO=65;SAF=17;SAR=8;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18008;STB=0.61281;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0266159;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:65:64:25:25:0.280899:8:17:35:30:8:17:34:30 chr1 194457292 . T C 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.407;QD=53.2541;RBI=0.0334429;REFB=0.0698965;REVB=0.0271875;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314024;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000437706;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:29:26:0:2:29:26:0:2 chr1 196227526 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000422558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.365;QD=58.4193;RBI=0.0134332;REFB=0;REVB=-0.0134266;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52428e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr1 196288696 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00942654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.435;QD=11.1312;RBI=0.0103069;REFB=-0.0197323;REVB=-0.00416793;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0291803;OID=.;OPOS=196288696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:11:6:3:7:11:6 chr1 196309523 . C T 861.95 PASS AF=0.463158;AO=88;DP=191;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.00500953;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.787;QD=18.1464;RBI=0.00501004;REFB=0.00120082;REVB=-7.16312e-05;RO=102;SAF=50;SAR=38;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476198;STB=0.526373;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00140902;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:102:102:88:88:0.463158:38:50:53:49:38:50:53:49 chr1 196654324 . A C 485.53 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0391511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3289;QD=22.5826;RBI=0.052351;REFB=0.00186238;REVB=0.0347537;RO=37;SAF=20;SAR=26;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115615;STB=0.555533;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000410638;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:37:39:46:47:0.546512:26:20:11:26:27:20:12:27 chr1 196659237 . C T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0239814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.043;QD=18.0081;RBI=0.0248939;REFB=0.00747649;REVB=-0.00667808;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660065;STB=0.536822;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00856917;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:25:16:17:20:25:16 chr1 196695742 . A G 491.46 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00486687;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.773;QD=22.3389;RBI=0.00647819;REFB=-0.0171662;REVB=0.00427557;RO=40;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297486;STB=0.521982;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.019236;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:41:47:47:0.534091:23:24:19:21:23:24:19:22 chr1 196709774 . G T 361.45 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.0158309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1807;QD=14.458;RBI=0.0274516;REFB=0.006314;REVB=0.0224271;RO=60;SAF=23;SAR=17;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177995;STB=0.600059;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0104281;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:17:23:44:16:17:23:44:16 chr1 196757392 . C T 376.39 PASS AF=0.348485;AO=46;DP=132;FAO=46;FDP=132;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00388359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.692;QD=11.4057;RBI=0.00388722;REFB=-0.00992136;REVB=-0.00016803;RO=84;SAF=19;SAR=27;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722889;STB=0.549711;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0184318;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:84:86:46:46:0.348485:27:19:40:44:27:19:42:44 chr1 196757874 . G A 209.76 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0229836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6045;QD=13.9838;RBI=0.0264442;REFB=-0.0104525;REVB=-0.0130786;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259189;STB=0.517228;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0142856;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:35:25:25:0.416667:15:10:12:20:15:10:15:20 chr1 196757881 . G T 210.02 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0237467;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.334;QD=14.0012;RBI=0.024164;REFB=-0.0042828;REVB=-0.00447122;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0057694;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:35:24:25:0.416667:14:10:15:21:15:10:15:20 chr1 196874356 . G T 2795.92 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=182;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00437081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.92;QD=61.4489;RBI=0.0142017;REFB=-0.0583999;REVB=0.0135124;RO=2;SAF=99;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951956;STB=0.504999;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000120362;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:182:2:2:179:180:0.989011:80:99:2:0:81:99:2:0 chr1 196876458 . A G 1603.59 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00732544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.9322;QD=57.7872;RBI=0.0201186;REFB=0.00201885;REVB=0.0187375;RO=2;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163629;STB=0.508619;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000228652;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:57:52:0:2:57:52:0:2 chr1 196884258 . A T 43.87 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.03016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.728;QD=6.26716;RBI=0.030338;REFB=0.0011057;REVB=-0.00328152;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110511;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00713324;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:11:10:4:3:11:10 chr1 196920148 . C T 215.99 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0167641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.543;QD=15.1568;RBI=0.028529;REFB=-0.0295292;REVB=-0.0230839;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716874;STB=0.537327;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0350186;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:32:24:25:0.438596:11:13:19:12:11:14:20:12 chr1 197009798 . A G 1244.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635447;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2065;QD=61.4681;RBI=0.065003;REFB=0;REVB=0.0136915;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805962;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr1 197030201 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.908;QD=55.0985;RBI=0.00496395;REFB=0;REVB=0.0026371;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55495e-06;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 197031021 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.916;QD=60.8835;RBI=0.0327542;REFB=0;REVB=-0.00439227;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5899e-05;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr1 197070776 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0119188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.043;QD=11.1978;RBI=0.0125187;REFB=-0.00738203;REVB=-0.00382912;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148529;STB=0.588093;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0115056;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:8:14:6:6:8:14 chr1 197070815 . T C 515.98 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.942;QD=58.9693;RBI=0.100505;REFB=0;REVB=0.0998409;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389856;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr1 197070901 . A G 756.16 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9777;QD=61.7275;RBI=0.0350066;REFB=-0.133891;REVB=-0.000680786;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00328533;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:1:1:48:48:0.979592:19:29:1:0:19:29:1:0 chr1 197091537 . A T 506.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499677;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.443;QD=59.5895;RBI=0.0544341;REFB=0;REVB=-0.021594;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721606;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr1 197094030 . C T 521.96 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=23;FWDB=-0.00158234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.805;QD=15.817;RBI=0.0219733;REFB=0.000471155;REVB=0.0219163;RO=75;SAF=33;SAR=24;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122142;STB=0.568064;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00106241;OID=.;OPOS=197094030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:24:33:52:23:24:33:52:23 chr1 197112533 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.255;QD=57.1774;RBI=0.00792766;REFB=0;REVB=-0.00381974;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1283e-05;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 197127041 . CA C 161.3 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751604;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.95604;QD=26.8835;RBI=0.231932;REFB=-0.0116433;REVB=0.219416;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0129018;OID=.;OPOS=197127042;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:24:24:24:0:10:14:0:0:3:4:7:11:1:3 chr1 197127491 . A C 287.5 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0231203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9503;QD=13.5295;RBI=0.0248988;REFB=-6.65399e-05;REVB=0.00924146;RO=52;SAF=12;SAR=21;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286523;STB=0.663061;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-3.60294e-05;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:21:12:33:19:21:12:33:19 chr1 197128726 . G A 164.8 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0250974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5522;QD=14.9818;RBI=0.0510095;REFB=-0.044481;REVB=0.0444082;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115251;STB=0.557312;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0605898;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:12:6:11:14:12:6:11:15 chr1 197145702 . AT A 116.52 PASS AF=0.591837;AO=22;DP=47;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.18362;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.9954;QD=9.51152;RBI=0.289544;REFB=-0.0634529;REVB=-0.223873;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115028;STB=0.567976;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0654085;OID=.;OPOS=197145703;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591837:22:47:29:49:20:15:14:7:13:51:17:11:11:6:11 chr1 197390368 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.28;QD=58.4194;RBI=0.0240772;REFB=0;REVB=-0.0213777;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8653e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr1 197398696 . C T 888.37 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00449334;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.236;QD=27.5462;RBI=0.00627581;REFB=-0.0412815;REVB=0.00438129;RO=33;SAF=38;SAR=28;SRF=3;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29275;STB=0.636219;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0453177;OID=.;OPOS=197398696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:33:37:66:66:0.511628:28:38:3:30:28:38:7:30 chr1 197446702 . G T 294.45 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00407613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.759;QD=15.1001;RBI=0.00703355;REFB=0.0202577;REVB=-0.00573202;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666312;STB=0.537713;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0283077;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:19:14:22:23:19:14:22:23 chr1 197480927 . C T 570.33 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0551619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0479;QD=28.1646;RBI=0.0628791;REFB=-0.045749;REVB=0.030182;RO=25;SAF=29;SAR=22;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194751;STB=0.537373;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0265421;OID=.;OPOS=197480927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:25:30:51:51:0.62963:22:29:15:10:22:29:20:10 chr1 197742171 . C T 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.468;QD=51.5091;RBI=0.018108;REFB=-0.0893188;REVB=-0.014288;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00143992;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr1 197872019 . G T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0246217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.699;QD=19.7035;RBI=0.0270632;REFB=-0.0254793;REVB=-0.0112335;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15853;STB=0.578217;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0231391;OID=.;OPOS=197872019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:5:12:8:7:5:12:9:7 chr1 197896728 . T C 723.97 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.437;QD=61.6146;RBI=0.0564348;REFB=0;REVB=0.0551112;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442688;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:23:23:0:1:24:23:0:0 chr1 199977636 . C A 1514.16 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.937;QD=63.09;RBI=0.0201277;REFB=0;REVB=0.0162348;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93849e-05;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:92:96:1:43:49:0:0:45:51:0:0 chr1 199977724 . G T 847.6 PASS AF=0.953846;AO=59;DP=63;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0824424;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3592;QD=52.1603;RBI=0.10093;REFB=-0.155819;REVB=0.0582244;RO=1;SAF=38;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122567;STB=0.513509;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00990918;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:65:1:3:59:62:0.953846:21:38:1:0:24:38:1:2 chr1 200146493 . GAAT GA,GAT,GATT 223.22 PASS AF=1,0,0;AO=13,6,3;DP=22;FAO=19,0,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103992,-0.00934299,-0.111117;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=22.3908,18.0861,11.4966;QD=46.9936;RBI=0.104802,0.0906871,0.136761;REFB=0,0,0;REVB=0.0130024,-0.0902045,-0.0797287;RO=0;SAF=9,3,2;SAR=4,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.025902,-0.0107614,0;OID=.,.,.;OPOS=200146495,200146494,200146495;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GA,GAT,GATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:13,6,3:22:19,0,0:19:0:12,0,0:7,0,0:0:0:4:0:9,3,2:4,3,1:0:0 chr1 200182834 . A G 1093.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8072;QD=59.9414;RBI=0.0616755;REFB=0;REVB=0.0261179;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609541;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr1 200183398 . C A 801.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.724;QD=57.2342;RBI=0.0271215;REFB=0;REVB=-0.0182951;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37166e-05;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:34:19:0:0:34:22:0:0 chr1 200311868 . C G 801.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4151;QD=57.2221;RBI=0.0462761;REFB=0;REVB=-0.00167315;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221427;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr1 200522566 . G C 523.83 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00607833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.458;QD=19.9554;RBI=0.0105337;REFB=-0.00188798;REVB=0.00860311;RO=51;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1951;STB=0.607291;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00146251;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:25:29:16:35:25:29:16:35 chr1 200534248 . C T 229.71 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00617571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.136;QD=22.411;RBI=0.0504335;REFB=-0.00691963;REVB=-0.0500539;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945307;STB=0.553141;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.007362;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:16:6:7:12:16:6:7:12 chr1 200558363 . T C 424.04 PASS AF=0.325;AO=24;DP=81;FAO=26;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.00351584;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.325;QD=21.2018;RBI=0.0257648;REFB=-0.00891926;REVB=-0.0255238;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366017;STB=0.701624;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0248844;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:30:31:24:26:0.325:12:12:26:4:13:13:27:4 chr1 200559350 . A G 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0343216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.995;QD=17.6943;RBI=0.0367748;REFB=-0.0162847;REVB=-0.0132066;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132434;STB=0.507409;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0216069;OID=.;OPOS=200559350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:15:24:22:13:15:24 chr1 200574959 . T C 347.45 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0138508;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.163;QD=16.5452;RBI=0.0139949;REFB=-0.0197392;REVB=0.0020034;RO=47;SAF=25;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173735;STB=0.598031;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0243175;OID=.;OPOS=200574959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:12:25:24:23:12:25:24:23 chr1 200618238 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.722;QD=56.9989;RBI=0.0511203;REFB=0;REVB=0.0416834;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013092;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 200867552 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8054;QD=56.9988;RBI=0.0483299;REFB=0;REVB=-0.0420119;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135503;OID=.;OPOS=200867552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 200880869 . A C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.263;QD=62.3499;RBI=0.0800872;REFB=0;REVB=-0.00349902;RO=0;SAF=2;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533769;OID=.;OPOS=200880869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:41:2:0:0:41:2:0:0 chr1 200956288 . A G 996.96 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.532;QD=58.6449;RBI=0.0249137;REFB=0;REVB=0.0172648;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221236;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:44:24:0:0 chr1 200957691 . G C 89.16 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00630306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.648;QD=27.433;RBI=0.040011;REFB=-0.031875;REVB=0.0395115;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372544;STB=0.666324;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0242918;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:2:7:0:3:3:7:0:3 chr1 200959302 . G A 519.28 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.297;QD=59.3459;RBI=0.0576981;REFB=0;REVB=0.0461309;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507128;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr1 200969921 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0122861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.87;QD=14.1697;RBI=0.0165696;REFB=-0.00884137;REVB=-0.0111176;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0169156;OID=.;OPOS=200969921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:5:7:6:4:5:7 chr1 201009182 . A G 239.67 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.000874083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7526;QD=18.0882;RBI=0.0273121;REFB=-0.00170313;REVB=0.0272981;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258446;STB=0.645143;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00281337;OID=.;OPOS=201009182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:17:9:17:10:17:9:17:10 chr1 201031099 . G A 58.1 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00923356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.02;QD=3.27299;RBI=0.0141985;REFB=-0.00130772;REVB=0.0107861;RO=60;SAF=7;SAR=4;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687116;STB=0.547083;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00529272;OID=.;OPOS=201031099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:4:7:35:25:4:7:35:25 chr1 201112981 . A G 453.48 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0809725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7124;QD=54.9675;RBI=0.0825563;REFB=-0.0993779;REVB=0.0160937;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00464101;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:1:0:18:14:1:0 chr1 201115822 . A G 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0219307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1012;QD=15.7371;RBI=0.0649842;REFB=-0.0132729;REVB=-0.0611718;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112594;STB=0.563592;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0145774;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:17:19:12:17:17:19 chr1 201122947 . T G 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7222;QD=59.4122;RBI=0.0394528;REFB=0;REVB=-0.0054469;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550247;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 201166383 . G A 255.46 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0446992;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8012;QD=21.7413;RBI=0.0513164;REFB=-0.0248232;REVB=-0.0252063;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746444;STB=0.573132;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0235876;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:23:24:24:0.510638:13:11:11:9:13:11:14:9 chr1 201166435 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0138532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.184;QD=21.0649;RBI=0.0142013;REFB=-0.0219976;REVB=0.00312523;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183948;STB=0.603009;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0177125;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:16:8:13:11:16:8 chr1 201168803 . G T 210.34 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.015653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6758;QD=18.6966;RBI=0.0288109;REFB=-0.0164954;REVB=0.0241879;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114699;STB=0.565154;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0194538;OID=.;OPOS=201168803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:12:12:13:8:12:12 chr1 201174339 . A G 92.4 PASS AF=0.2125;AO=14;DP=78;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0254487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6796;QD=4.61979;RBI=0.0444172;REFB=-0.021707;REVB=-0.036404;RO=63;SAF=6;SAR=8;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798194;STB=0.516917;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0387577;OID=.;OPOS=201174339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:78:80:63:63:14:17:0.2125:8:6:31:32:9:8:31:32 chr1 201175227 . C A 1197.52 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0293192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5788;QD=58.4155;RBI=0.0309805;REFB=-0.116439;REVB=-0.010009;RO=1;SAF=57;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823422;STB=0.508473;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00311375;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:79:80:0.97561:22:57:1:0:22:58:2:0 chr1 201175715 . G T 959.08 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.703;QD=56.4167;RBI=0.0578273;REFB=-0.163134;REVB=0.0531046;RO=2;SAF=23;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898087;STB=0.510635;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000884447;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:2:1:65:67:0.985294:42:23:1:1:44:23:1:0 chr1 201176018 . A G 255.75 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1083;QD=51.1493;RBI=0.153367;REFB=0;REVB=-0.152172;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199726;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 201176108 . G A 151.6 PASS AF=0.5;AO=17;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0156235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.355;QD=18.9505;RBI=0.0238681;REFB=-0.0254437;REVB=0.0180442;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10507;STB=0.628853;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0230538;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:17:16:0.5:13:4:5:10:13:3:6:10 chr1 201176968 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0128883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.313;QD=15.2625;RBI=0.0134785;REFB=-0.00774344;REVB=0.00394504;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225385;STB=0.622855;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00607961;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:13:13:0.448276:7:6:10:4:7:6:11:5 chr1 201177246 . T C 166.74 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.082334;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6224;QD=11.4996;RBI=0.0866386;REFB=-0.0117694;REVB=-0.0269695;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287839;STB=0.666513;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0209851;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:37:37:21:21:0.362069:13:8:24:13:13:8:24:13 chr1 201177278 . C T 245.11 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0303726;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3088;QD=13.0724;RBI=0.0342326;REFB=-0.0174207;REVB=-0.0157916;RO=41;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218836;STB=0.635741;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0262794;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:46:29:29:0.386667:20:9:21:20:20:9:24:22 chr1 201177538 . G T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00470162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.739;QD=14.7015;RBI=0.010946;REFB=-0.00720552;REVB=0.00988479;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173698;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00771969;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:9:6:7:5:9:6 chr1 201181217 . A G 258.49 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0163424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.198;QD=23.499;RBI=0.0215803;REFB=-0.0551389;REVB=0.0140938;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108815;STB=0.517227;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0233658;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:23:24:0.545455:7:16:13:6:8:16:14:6 chr1 201181223 . A G 658.95 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.326;QD=59.9047;RBI=0.0332789;REFB=-0.185382;REVB=0.00855598;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00104874;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:13:30:0:0:13:30:0:1 chr1 201181920 . G T 164.44 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.11619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.7801;QD=18.271;RBI=0.125566;REFB=-0.0635577;REVB=0.047609;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693191;STB=0.519975;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.118284;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:11:16:0.444444:3:8:14:4:4:12:14:4 chr1 201181994 . A G 258.92 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0387266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.64;QD=24.0858;RBI=0.0393143;REFB=-0.0174346;REVB=-0.00677286;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281254;STB=0.653741;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0105436;OID=.;OPOS=201181994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:8:16:18:1:8:16:18:1 chr1 201183363 . C T 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00626576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.538;QD=17.0284;RBI=0.0204543;REFB=-0.0082133;REVB=-0.019471;RO=55;SAF=35;SAR=12;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351754;STB=0.697123;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00654089;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:12:35:22:33:12:35:22:33 chr1 201183402 . T C 597.48 PASS AF=0.48062;AO=60;DP=128;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00184674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.367;QD=18.5265;RBI=0.0127315;REFB=0.00115318;REVB=-0.0125968;RO=66;SAF=42;SAR=18;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244976;STB=0.634474;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00133375;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:66:67:60:62:0.48062:18:42:30:36:19:43:30:37 chr1 201184275 . C T 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0183927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.481;QD=16.6608;RBI=0.0184959;REFB=-0.00172485;REVB=-0.00195172;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168161;STB=0.599933;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0029389;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:12:16:23:8:12:16:24:8 chr1 201187764 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.789;QD=60.5473;RBI=0.0287904;REFB=0;REVB=0.0285223;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65043e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr1 201195119 . C T 1432.36 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0472433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.646;QD=56.1711;RBI=0.0510641;REFB=-0.0738526;REVB=0.0193809;RO=2;SAF=54;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172414;STB=0.513511;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00121683;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:2:3:98:99:0.970588:44:54:2:0:45:54:3:0 chr1 201285759 . A G 1530.03 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.703;QD=63.7513;RBI=0.00938051;REFB=0;REVB=-0.00161997;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26166e-06;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:46:50:0:0 chr1 201299263 . A G 1377.47 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.486;QD=62.6122;RBI=0.0192048;REFB=0;REVB=-0.0141194;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87383e-06;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:35:52:0:0:35:53:0:0 chr1 201331554 . T G 183.67 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0539063;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2303;QD=17.0851;RBI=0.0591369;REFB=-0.0277499;REVB=-0.0243163;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275801;STB=0.515743;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.033932;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:7:17:13:6:7:17 chr1 201334382 . G A 320.14 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0571961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6562;QD=23.7139;RBI=0.0857928;REFB=-0.0458832;REVB=-0.0639454;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155178;STB=0.589566;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.029561;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:12:19:9:13:12:20:9:13 chr1 201341175 . CAGAAG C 212.01 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.00742558;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=5;MLLD=233.452;QD=11.6169;RBI=0.0586698;REFB=-0.0250474;REVB=0.058198;RO=41;SAF=19;SAR=7;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350336;STB=0.511493;STBP=0.926;TYPE=del;VARB=0.0441747;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356164:26:75:26:73:47:19:7:35:12:99:41:19:7:31:10 chr1 201355522 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00697958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.618;QD=54.481;RBI=0.0238237;REFB=-0.0343377;REVB=0.0227784;RO=1;SAF=25;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183034;STB=0.509798;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00120151;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:6:25:1:0:6:25:1:0 chr1 201355943 . C T 1176.41 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812772;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.439;QD=61.1121;RBI=0.00826582;REFB=0;REVB=0.00150469;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18853e-05;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:26:51:0:0:26:51:0:0 chr1 201356001 . CCCA C 180.4 PASS AF=0.47619;AO=25;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00786115;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=3;MLLD=212.442;QD=11.4537;RBI=0.0254714;REFB=-0.0331269;REVB=-0.0242279;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138428;STB=0.574396;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0356003;OID=.;OPOS=201356002;OREF=CCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:25:63:30:63:33:17:13:14:19:99:29:14:11:12:17 chr1 201358304 . C A 425.22 PASS AF=0.609375;AO=36;DP=65;FAO=39;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0459713;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1633;QD=26.5763;RBI=0.0472693;REFB=0.000945291;REVB=0.0110014;RO=7;SAF=19;SAR=17;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100666;STB=0.552403;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-5.79615e-05;OID=.;OPOS=201358304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:7:22:36:39:0.609375:17:19:6:1:18:21:15:7 chr1 201360281 . A G 403.8 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0920865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.664;QD=37.5632;RBI=0.0955132;REFB=-0.00546447;REVB=-0.0253545;RO=11;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126674;STB=0.568819;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000460665;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:32:32:0.744186:20:12:7:4:20:12:7:4 chr1 201383643 . A C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.438;QD=48.6254;RBI=0.027283;REFB=-0.00815126;REVB=0.0224504;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00133449;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:21:22:0.956522:13:8:1:0:14:8:1:0 chr1 201851701 . T C 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00136209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.667;QD=20.7503;RBI=0.0102798;REFB=-0.010313;REVB=0.0101892;RO=38;SAF=11;SAR=30;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311502;STB=0.673179;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00572353;OID=.;OPOS=201851701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:30:11:23:15:30:11:23:15 chr1 201860626 . A G 548.65 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.289;QD=57.7529;RBI=0.140306;REFB=-0.0317192;REVB=0.0271373;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167018;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:37:38:1:27:10:1:0:27:11:0:0 chr1 201861016 . C G 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0163052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.918;QD=20.9181;RBI=0.0209224;REFB=-0.0193256;REVB=0.0131107;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873465;STB=0.557025;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0116076;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:17:14:14:11:17:14:15:11 chr1 201865763 . A G 524.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.233;QD=58.2821;RBI=0.163167;REFB=0;REVB=0.0505392;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134244;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr1 201952574 . T C 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0194535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.821;QD=15.5689;RBI=0.0414577;REFB=-0.0143608;REVB=-0.0366101;RO=35;SAF=21;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385743;STB=0.718846;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130319;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:7:21:13:22:7:21:13:22 chr1 201952598 . G A 267.89 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00938664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.946;QD=16.2359;RBI=0.0423116;REFB=-0.0164849;REVB=0.0412572;RO=36;SAF=22;SAR=7;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404314;STB=0.708797;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00989296;OID=.;OPOS=201952598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:29:30:0.454545:7:22:13:23:8:22:13:23 chr1 201970562 . T C 1438.43 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00572157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.958;QD=61.8679;RBI=0.00574105;REFB=-0.0230624;REVB=-0.000472567;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.506171;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=1.70653e-06;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:40:52:0:0:40:52:0:1 chr1 201973565 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.869;QD=59.8554;RBI=0.0293454;REFB=0;REVB=0.00231243;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96161e-05;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:32:39:0:0 chr1 202092332 . C G 37.81 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.225419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.081;QD=9.4518;RBI=0.232163;REFB=0.00741376;REVB=-0.0555483;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00479767;OID=.;OPOS=202092332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:3:2:4:6:3:3:4:6 chr1 202092360 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0213399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.649;QD=8.81131;RBI=0.0351547;REFB=-0.0166371;REVB=0.0279367;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0239126;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:3:7:4:2:4:7 chr1 202092415 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.807;QD=56.1866;RBI=0.0357303;REFB=0;REVB=0.0339337;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101211;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:15:13:0:0 chr1 202092580 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0458307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.29;QD=14.3999;RBI=0.0515546;REFB=-0.0131342;REVB=0.0236099;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029113;STB=0.516561;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0181348;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:14:20:14:11:14:20 chr1 202129826 . T C 430.29 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0168854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.821;QD=15.6468;RBI=0.0269217;REFB=-0.0270603;REVB=-0.0209681;RO=60;SAF=19;SAR=29;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233445;STB=0.62646;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0333464;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:60:61:48:49:0.445455:29:19:38:22:29:20:39:22 chr1 202129895 . G A 849.9 PASS AF=0.494318;AO=86;DP=175;FAO=87;FDP=176;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0122982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.681;QD=19.3159;RBI=0.0129127;REFB=-0.0142489;REVB=0.00393609;RO=89;SAF=41;SAR=45;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119635;STB=0.568181;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.016942;OID=.;OPOS=202129895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:89:89:86:87:0.494318:45:41:54:35:46:41:54:35 chr1 202130700 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0149395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.005;QD=8.24627;RBI=0.0359692;REFB=-0.011584;REVB=0.03272;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403073;STB=0.749318;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0391848;OID=.;OPOS=202130700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:10:5:5:2:10:5 chr1 202155543 . A C 1962.25 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.57;QD=61.8032;RBI=0.0788764;REFB=0;REVB=0.0505306;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12213e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:69:56:0:0:71:56:0:0 chr1 202156628 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.246;QD=63.2866;RBI=0.00503372;REFB=0;REVB=0.00256988;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12145e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 202183308 . C T 392.31 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0107146;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.765;QD=23.4217;RBI=0.0138305;REFB=-0.0432061;REVB=0.00874521;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00727231;STB=0.501154;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0281664;OID=.;OPOS=202183308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:38:39:0.58209:18:20:15:13:18:21:15:13 chr1 202200799 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0480538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.438;QD=13.631;RBI=0.0493442;REFB=0.00223513;REVB=-0.011211;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348018;STB=0.695325;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00396346;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:0:9:7:1:0:9 chr1 202245521 . T C 402.17 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0246059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.744;QD=17.1136;RBI=0.0247443;REFB=0.000342241;REVB=0.00261274;RO=52;SAF=26;SAR=15;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402321;STB=0.527674;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000607012;OID=.;OPOS=202245521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:52:41:42:0.446809:15:26:31:21:15:27:31:21 chr1 202245609 . C T 165.76 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00582796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.783;QD=14.4135;RBI=0.00657026;REFB=-0.0147546;REVB=-0.00303369;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319051;STB=0.685716;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0185841;OID=.;OPOS=202245609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:13:5:16:12:13:5:16:12 chr1 202287156 . C T 293.03 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0211354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1777;QD=14.6514;RBI=0.0250011;REFB=-0.0328919;REVB=-0.0133547;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209088;STB=0.624638;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0434142;OID=.;OPOS=202287156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:21:12:26:20:21:12:27:20 chr1 202287206 . T C 330.51 PASS AF=0.5;AO=26;DP=74;FAO=36;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00559059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.167;QD=18.3616;RBI=0.0122946;REFB=-0.026847;REVB=-0.01095;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177884;STB=0.57219;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0212513;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:37:36:26:36:0.5:17:9:19:18:23:13:18:18 chr1 202304868 . T C 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0213435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.6;QD=12.0971;RBI=0.0234484;REFB=-0.0102227;REVB=0.00970986;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200841;STB=0.620258;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0198342;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:13:14:15:30:13:14:15:31 chr1 202418250 . C T 382.33 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00800371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.035;QD=13.5338;RBI=0.00897781;REFB=-0.0178366;REVB=0.00406715;RO=68;SAF=19;SAR=26;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521682;STB=0.52954;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0297035;OID=.;OPOS=202418250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:26:19:32:36:26:19:32:36 chr1 202555036 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0224817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.006;QD=15.9155;RBI=0.0233383;REFB=-0.0121403;REVB=0.00626483;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126498;STB=0.571378;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0168063;OID=.;OPOS=202555036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:19:15:16:12:19:15 chr1 202565948 . G A 608.78 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0695788;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8649;QD=22.5475;RBI=0.0768427;REFB=-0.0142096;REVB=0.0326127;RO=49;SAF=37;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731704;STB=0.53467;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0123916;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:49:48:60:60:0.555556:23:37:26:23:23:37:26:22 chr1 202705455 . G C 564.0 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0736538;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3579;QD=20.8888;RBI=0.0979185;REFB=-0.00104801;REVB=0.0645225;RO=51;SAF=21;SAR=36;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158642;STB=0.587381;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00222183;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:36:21:28:23:36:21:28:23 chr1 202715284 . G A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0124158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.622;QD=20.8121;RBI=0.0251755;REFB=0.000124141;REVB=-0.021901;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874144;STB=0.549312;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000212313;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:7:16:14:9:7:16:14:9 chr1 202718202 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0768051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0983;QD=10.4727;RBI=0.0853733;REFB=-0.0143847;REVB=-0.0372772;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153336;STB=0.50908;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0239548;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:9:8:16:19:9:8:16:19 chr1 202733238 . C T 199.7 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0216798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.252;QD=19.9703;RBI=0.0235373;REFB=-0.0233923;REVB=-0.00916471;RO=20;SAF=3;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15072;STB=0.586112;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0264844;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:17:3:5:15:17:3:5:15 chr1 202861342 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.016275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.777;QD=20.3167;RBI=0.01741;REFB=0.00616894;REVB=0.00618326;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210311;STB=0.618785;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00412779;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:11:7:12:7:11:7 chr1 202884063 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0475302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.525;QD=7.46493;RBI=0.0499992;REFB=-0.0128814;REVB=-0.0155178;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.571225;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0234625;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:4:3:9:7:4:3:9:8 chr1 202888947 . T C 227.17 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00994283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.831;QD=28.3964;RBI=0.0575115;REFB=-0.00582664;REVB=0.0566455;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110782;STB=0.560921;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00444144;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:7:14:9:2:7:14:9:2 chr1 202935911 . T C 190.9 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0312279;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.32;QD=14.6845;RBI=0.0313202;REFB=-0.00238393;REVB=0.00240218;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032989;STB=0.501885;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0032782;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:8:14:19:11:8:14:19:11 chr1 203003870 . G A 178.67 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0164935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7238;QD=22.3336;RBI=0.0459388;REFB=0.00668985;REVB=0.0428758;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296492;STB=0.666481;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00272943;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:4:10:6:12:4:10 chr1 203004367 . C T 583.42 PASS AF=0.394118;AO=67;DP=171;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0496881;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.817;QD=13.7276;RBI=0.050821;REFB=-0.01828;REVB=0.010671;RO=103;SAF=30;SAR=37;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927838;STB=0.50523;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0284889;OID=.;OPOS=203004367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:103:103:67:67:0.394118:37:30:47:56:37:30:47:56 chr1 203008174 . G C 654.59 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.854;QD=62.3422;RBI=0.0525392;REFB=0;REVB=0.052222;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189824;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:9:26:0:0:16:26:0:0 chr1 203053768 . T C 1585.48 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.289;QD=59.2702;RBI=0.0269786;REFB=0;REVB=0.0258963;RO=0;SAF=83;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95009e-05;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:23:83:0:0:24:83:0:0 chr1 203148633 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.225;QD=46.8477;RBI=0.0540643;REFB=0;REVB=0.0380718;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151114;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 203194186 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.000701023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.031;QD=26.3394;RBI=0.0178871;REFB=-0.0206321;REVB=0.0178733;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773343;STB=0.552781;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0147233;OID=.;OPOS=203194186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:9:14:10:4:9:14:11:4 chr1 203309966 . G C 960.14 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13401;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2419;QD=59.0855;RBI=0.136732;REFB=0;REVB=-0.0271483;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459282;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:37:24:0:0:38:27:0:0 chr1 203317161 . AC A,AT 279.0 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=3,18;DP=22;FAO=4,18;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411386,0.00633162;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.337,211.998;QD=50.7265;RBI=0.146015,0.251475;REFB=0,0;REVB=0.145957,0.251395;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.039152,-0.0069322;OID=.,.;OPOS=203317162,203317162;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:3,18:22:4,18:22:0:3,17:1,1:0:0:19:0:3,17:0,1:0:0 chr1 203652444 . A G 563.59 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.938;QD=57.8037;RBI=0.0347263;REFB=0.0629127;REVB=-0.0292776;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00898283;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr1 203667409 . T C 941.28 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022019;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4948;QD=58.8302;RBI=0.0222183;REFB=0;REVB=0.00296911;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088291;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr1 203681085 . T C 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00446876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.903;QD=23.381;RBI=0.0109216;REFB=-0.0101833;REVB=-0.00996549;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606299;STB=0.533945;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0102219;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:7:7:8:11:7:7 chr1 203712996 . T C 1253.19 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7871;QD=61.1314;RBI=0.0526633;REFB=0;REVB=0.0454521;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341824;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:32:49:0:0:33:49:0:0 chr1 203713133 . G A 146.86 PASS AF=0.346154;AO=16;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0147886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.355;QD=11.2965;RBI=0.0179264;REFB=-0.0196794;REVB=-0.0101317;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272982;STB=0.653691;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0225951;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:16:18:0.346154:8:8:25:9:9:9:25:9 chr1 203743122 . G A 128.85 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00258041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.548;QD=12.5703;RBI=0.00743743;REFB=-0.0246442;REVB=-0.00697544;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190917;STB=0.613222;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0360405;OID=.;OPOS=203743122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:15:11:4:11:15:11 chr1 203743653 . C T 219.93 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0282871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4567;QD=24.4365;RBI=0.0431529;REFB=-0.0164804;REVB=0.0325886;RO=15;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285411;STB=0.666481;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.021244;OID=.;OPOS=203743653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:17:3:6:9:18:3:6:9 chr1 203766964 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0233906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.101;QD=17.8271;RBI=0.0276482;REFB=-0.0183377;REVB=-0.0147412;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247797;STB=0.514262;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0175981;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:3:8:9:3:3:8 chr1 203768328 . T C 288.82 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0105886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8827;QD=16.2715;RBI=0.0304193;REFB=0.0171705;REVB=-0.028517;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115514;STB=0.512366;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0212366;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:13:19:23:15:13:19:24:15 chr1 203769532 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0107717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.236;QD=12.8686;RBI=0.0145872;REFB=-0.0138037;REVB=-0.00983647;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487679;STB=0.528872;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0195175;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:11:5:3:8:11:5 chr1 203787700 . T C 701.67 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059549;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.907;QD=62.3706;RBI=0.0102159;REFB=0;REVB=-0.00830086;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000839366;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:17:28:0:0 chr1 204110334 . A G 704.96 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.101975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8614;QD=58.7463;RBI=0.118152;REFB=-0.0884837;REVB=0.0596736;RO=2;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890967;STB=0.504742;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00623082;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:18:28:1:1:18:28:1:1 chr1 204230581 . G A 334.26 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0162673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.55;QD=16.7131;RBI=0.0239668;REFB=-0.00619855;REVB=0.0176007;RO=44;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205342;STB=0.615428;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0100905;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:23:13:25:19:23:13:25:19 chr1 204237416 . C T 521.14 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=0.00908822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.376;QD=19.6657;RBI=0.0105805;REFB=-0.0247817;REVB=-0.0054176;RO=50;SAF=34;SAR=20;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346835;STB=0.697308;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0266723;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:52:54:54:0.509434:20:34:11:39:20:34:11:41 chr1 204242838 . A C 215.42 PASS AF=0.301075;AO=23;DP=91;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00400853;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.947;QD=9.26517;RBI=0.0209429;REFB=-0.00903823;REVB=0.0205557;RO=67;SAF=17;SAR=6;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140708;STB=0.506049;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0199925;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:67:65:23:28:0.301075:6:17:43:24:11:17:40:25 chr1 204379617 . T C 1405.08 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000891817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.943;QD=60.4337;RBI=0.00666945;REFB=-0.0723323;REVB=0.00660955;RO=2;SAF=46;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201594;STB=0.510414;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000445812;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:93:2:2:90:91:0.978495:44:46:2:0:44:47:2:0 chr1 204403659 . A G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.000717123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3604;QD=15.6254;RBI=0.0421097;REFB=-0.00341557;REVB=-0.0421036;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541645;STB=0.531112;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00312256;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:16:7:6:11:16:7 chr1 204425028 . G A 444.69 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00119921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.084;QD=26.1584;RBI=0.0406157;REFB=-0.0222622;REVB=0.0405979;RO=21;SAF=13;SAR=29;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285452;STB=0.623826;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0233507;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:26:42:42:0.617647:29:13:16:5:29:13:16:10 chr1 204436066 . G A 129.57 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0547386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6283;QD=9.59767;RBI=0.0647871;REFB=-0.0309165;REVB=0.0346561;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417218;STB=0.735462;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0290893;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:37:17:17:0.314815:12:5:23:11:12:5:24:13 chr1 204438334 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.115;QD=48.7371;RBI=0.0408154;REFB=0;REVB=-0.000855877;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275372;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 204438643 . G T 575.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.998;QD=60.6021;RBI=0.0312861;REFB=0;REVB=0.0192071;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86947e-05;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:29:8:0:0:30:8:0:0 chr1 204501383 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0129522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.789;QD=12.73;RBI=0.0137856;REFB=-0.00901699;REVB=0.0047206;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249549;STB=0.652655;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0101825;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:3:9:8:1:3:9 chr1 204531567 . C T 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.349;QD=57.2332;RBI=0.0539443;REFB=0;REVB=0.0485149;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248784;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr1 204587047 . G A 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0224375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0489;QD=17.7998;RBI=0.0467295;REFB=-0.00747907;REVB=0.0409902;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301528;STB=0.673964;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0106836;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:4:16:13:11:4:16:13:11 chr1 204587240 . G A 553.5 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00164789;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.055;QD=21.9208;RBI=0.0153845;REFB=-0.0131665;REVB=0.015296;RO=46;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165256;STB=0.500907;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00974518;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:46:55:55:0.544554:30:25:21:25:30:25:21:25 chr1 204587569 . G C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0581699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.513;QD=15.1661;RBI=0.0598545;REFB=-0.0144917;REVB=-0.0141004;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158969;STB=0.599584;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0319531;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:22:23:0.433962:9:13:13:17:9:14:13:17 chr1 204588140 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00387066;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.534;QD=22.831;RBI=0.00484287;REFB=-0.0402581;REVB=0.00291057;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154046;STB=0.586099;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0238879;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:8:2:6:9:8:2 chr1 204589101 . G A 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0140318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.178;QD=19.0154;RBI=0.0279289;REFB=-0.0341007;REVB=-0.0241481;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046223;STB=0.512803;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0298474;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:15:15:0.517241:5:10:8:5:5:10:9:5 chr1 204589150 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0600757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7873;QD=9.47442;RBI=0.110635;REFB=0.0113084;REVB=-0.0929031;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439519;STB=0.758613;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0263534;OID=.;OPOS=204589150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:17:4:6:4:17:4 chr1 204589623 . G A 151.14 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0159444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.083;QD=20.1515;RBI=0.114067;REFB=-0.00353108;REVB=0.112947;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0026176;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:8:6:7:9:8:6 chr1 204590044 . G A 970.77 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5133;QD=58.8342;RBI=0.042677;REFB=0;REVB=0.0363473;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165723;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:1:0:64:66:1:27:37:0:1:28:38:0:0 chr1 204591237 . A G 598.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153485;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.682;QD=61.4002;RBI=0.0297754;REFB=0;REVB=0.0255146;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111537;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr1 204943947 . C A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0191343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.651;QD=10.4359;RBI=0.0448165;REFB=-0.00353114;REVB=-0.0405265;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755652;STB=0.545393;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00814475;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:10:5:13:20:10:5:13:20 chr1 204966690 . G A 735.33 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.409;QD=62.5816;RBI=0.0218837;REFB=0;REVB=0.0208747;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73303e-05;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr1 204966703 . C T 271.75 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00389938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.845;QD=20.904;RBI=0.012913;REFB=-0.0126008;REVB=0.0123101;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157937;STB=0.588004;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0102025;OID=.;OPOS=204966703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:13:11:18:10:13:11 chr1 204985668 . C T 167.39 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0222183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.201;QD=15.2173;RBI=0.0259918;REFB=-0.0130293;REVB=0.0134878;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258698;STB=0.664855;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0160087;OID=.;OPOS=204985668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:26:18:18:0.409091:10:8:17:7:10:8:19:7 chr1 204991770 . C T 919.85 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9345;QD=58.4033;RBI=0.0392602;REFB=0;REVB=-0.0241078;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57711e-05;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr1 205041158 . C T 1898.75 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.578;QD=60.76;RBI=0.073391;REFB=0;REVB=0.0638682;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360199;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:125:0:0:121:125:1:62:59:0:0:62:63:0:0 chr1 205042840 . G A 314.13 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0178773;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.454;QD=14.4425;RBI=0.0446138;REFB=-0.0291158;REVB=0.0408753;RO=52;SAF=13;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158525;STB=0.590156;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0314761;OID=.;OPOS=205042840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:22:13:27:25:22:13:27:25 chr1 205042939 . C T 274.77 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0251161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.817;QD=19.9835;RBI=0.0488265;REFB=-0.0418706;REVB=0.0418714;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105534;STB=0.55882;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0381857;OID=.;OPOS=205042939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:13:13:18:11:13:13 chr1 205052723 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00165956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.876;QD=24.493;RBI=0.0120592;REFB=-0.0240877;REVB=-0.0119444;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251649;STB=0.640885;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0193398;OID=.;OPOS=205052723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:6:9:6:15:6:9 chr1 205052939 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.561;QD=57.6797;RBI=0.0134638;REFB=0;REVB=-0.00797925;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21411e-06;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 205053150 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00317448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.104;QD=15.6538;RBI=0.0181514;REFB=0.0192025;REVB=0.0178716;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107035;STB=0.560782;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0144734;OID=.;OPOS=205053150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:8:18:19:13:8:18:19:13 chr1 205053219 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.609;QD=58.4195;RBI=0.0205793;REFB=0;REVB=0.0195468;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100625;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr1 205056844 . T TTA 97.5 PASS AF=0.769231;AO=8;DP=15;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0612789;FXX=0.133244;HRUN=5;LEN=2;MLLD=257.78;QD=30.0002;RBI=0.0612793;REFB=-0.0443919;REVB=-0.00023822;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251651;STB=0.588075;STBP=0.354;TYPE=ins;VARB=0.0163005;OID=.;OPOS=205056845;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.769231:8:15:10:13:3:7:3:3:0:16:4:5:3:4:0 chr1 205057482 . A T 157.79 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00222052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.747;QD=16.6098;RBI=0.0183735;REFB=-0.0150439;REVB=0.0182388;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291976;STB=0.516759;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0183713;OID=.;OPOS=205057482;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:8:13:11:6:8:13 chr1 205113595 . AG CA 154.13 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00424615;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.361;QD=13.7008;RBI=0.0156365;REFB=-0.0167992;REVB=0.0150489;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.562427;STBP=0.532;TYPE=mnp;VARB=0.0214616;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:16:12:9:8:16:12 chr1 205129319 . G A 149.19 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0501854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5981;QD=18.6488;RBI=0.0740218;REFB=-0.00277066;REVB=0.0544119;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00556938;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:7:9:8:7:7:9:9:7 chr1 205130413 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0154;QD=61.6827;RBI=0.0280901;REFB=0;REVB=0.00664589;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266573;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr1 205180474 . G A 210.39 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0040157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.936;QD=19.1264;RBI=0.00481099;REFB=-0.021136;REVB=-0.00264948;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705438;STB=0.548973;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.025238;OID=.;OPOS=205180474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:23:20:21:0.477273:8:12:11:10:9:12:11:12 chr1 205197808 . C T 272.43 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0466529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7142;QD=31.1351;RBI=0.0468963;REFB=-0.0262648;REVB=0.00477182;RO=10;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117255;STB=0.555508;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00486969;OID=.;OPOS=205197808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:10:11:23:24:0.685714:9:14:4:6:9:15:5:6 chr1 205271619 . G C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0211069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7492;QD=12.4824;RBI=0.032434;REFB=-0.00124795;REVB=0.0246265;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851185;STB=0.54992;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00206092;OID=.;OPOS=205271619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:14:5:4:8:14:5 chr1 205275421 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.227;QD=57.1767;RBI=0.0243452;REFB=0;REVB=0.0171471;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013066;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 205306590 . G A 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00431661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.937;QD=11.8202;RBI=0.0172787;REFB=-0.00914048;REVB=-0.0167308;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277656;STB=0.516039;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0163959;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:14:11:20:23:14:11:20:23 chr1 205353492 . A C 167.78 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-6.19818e-05;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.037;QD=15.2531;RBI=0.00858379;REFB=-0.00527538;REVB=-0.00858357;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178843;STB=0.624858;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00918466;OID=.;OPOS=205353492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:26:17:18:0.409091:6:11:13:14:6:12:12:14 chr1 205492756 . A G 556.94 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.999;QD=60.2099;RBI=0.0339107;REFB=0;REVB=-0.00257645;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207582;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 205501843 . A G 801.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9473;QD=57.2182;RBI=0.0498337;REFB=0;REVB=0.0172147;RO=0;SAF=9;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661962;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:47:9:0:0:47:9:0:0 chr1 205554085 . G C 357.63 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.016181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0119;QD=17.2352;RBI=0.0849073;REFB=-0.0131749;REVB=0.0833512;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773484;STB=0.542147;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0158799;OID=.;OPOS=205554085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:45:38:38:0.457831:19:19:18:25:19:19:19:26 chr1 205554095 . A C 320.26 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.011515;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.766;QD=15.8152;RBI=0.0245698;REFB=-0.0114129;REVB=-0.0217044;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091785;STB=0.557321;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.011785;OID=.;OPOS=205554095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:46:35:35:0.432099:17:18:19:26:17:18:19:27 chr1 205561372 . C T 709.24 PASS AF=0.581395;AO=62;DP=115;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.077276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.0823;QD=21.9919;RBI=0.109449;REFB=-0.0615741;REVB=0.077508;RO=53;SAF=24;SAR=38;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572964;STB=0.504062;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0439195;OID=.;OPOS=205561372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:129:53:54:62:75:0.581395:38:24:24:29:41:34:25:29 chr1 205570406 . T A 297.09 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0160844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3751;QD=18.2825;RBI=0.0209861;REFB=-0.0209882;REVB=-0.0134799;RO=33;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148226;STB=0.583187;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0124169;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:23:9:14:19:23:9:14:19 chr1 205738166 . T C 434.26 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035393;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.68;QD=57.9009;RBI=0.00425028;REFB=0;REVB=0.00235336;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240537;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:11:19:0:0 chr1 205779231 . G A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0191594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.891;QD=26.3157;RBI=0.028112;REFB=-0.0028475;REVB=0.0205718;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163779;STB=0.590826;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00131683;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:13:9:9:5:13:9:9:5 chr1 205811828 . A T 312.93 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.019219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.721;QD=16.6898;RBI=0.0211721;REFB=-0.0143799;REVB=0.00888179;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444348;STB=0.538984;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0229301;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:33:34:0.453333:15:18:20:20:15:19:20:21 chr1 205814480 . GCCCCGA GCCCAAC,GCCCCAA 226.55 PASS AF=0,0.478261;AO=2,9;DP=45;FAO=0,22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0667842,-0.0277044;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=58.917,57.6697;QD=19.7001;RBI=0.0862607,0.0419995;REFB=-0.000787558,-0.0199644;REVB=-0.0545965,0.0315663;RO=15;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.444178,0.168645;STB=0.5,0.551819;STBP=1,0.517;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0348826;OID=.,.;OPOS=205814484,205814485;OREF=CGA,G;OALT=AAC,A;OMAPALT=GCCCAAC,GCCCCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.478261:2,9:45:0,22:46:24:0,8:0,14:11:13:99:15:0,3:2,6:3:12 chr1 205814497 . T C 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.474;QD=57.1742;RBI=0.0198254;REFB=0;REVB=0.0192917;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58355e-05;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr1 205817018 . T C 109.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0362291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5326;QD=14.6531;RBI=0.0476614;REFB=-0.0129705;REVB=0.0309686;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26923;STB=0.658418;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0200781;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:8:9:10:3:8:9 chr1 205819039 . C T 128.8 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00432662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.207;QD=12.5656;RBI=0.0151551;REFB=-0.00699286;REVB=0.0145244;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896757;STB=0.552563;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0171643;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:10:16:8:7:10:16 chr1 205819104 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0235356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.048;QD=13.2307;RBI=0.0235927;REFB=-0.0149847;REVB=0.00163977;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21761;STB=0.627942;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0260986;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:12:5:14:15:12:5:14:15 chr1 205890895 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0819437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.812;QD=13.5051;RBI=0.08213;REFB=-0.013549;REVB=0.00553004;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374704;STB=0.724211;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0409091;OID=.;OPOS=205890895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:9:8:2:10:9:8 chr1 206230958 . G A 266.57 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0119751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=15.9147;RBI=0.0355677;REFB=-0.0399941;REVB=0.0334911;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247761;STB=0.640281;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0438606;OID=.;OPOS=206230958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:20:17:21:9:20:17 chr1 206230986 . G A 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0172465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.027;QD=22.188;RBI=0.0380955;REFB=-0.0102002;REVB=0.033968;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194103;STB=0.608594;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00507437;OID=.;OPOS=206230986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:12:6:12:9:12:6 chr1 206516261 . C T 296.38 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.009546;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0904;QD=14.8188;RBI=0.0104084;REFB=-0.0179606;REVB=-0.00414846;RO=47;SAF=11;SAR=22;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102894;STB=0.558522;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0401207;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:22:11:20:27:22:11:20:27 chr1 206566188 . C T 76.02 PASS AF=0.13913;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=0.000452748;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.847;QD=2.64416;RBI=0.00216154;REFB=0.00136358;REVB=-0.00211359;RO=97;SAF=2;SAR=14;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398833;STB=0.781818;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00835744;OID=.;OPOS=206566188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:116:115:97:99:16:16:0.13913:14:2:37:60:14:2:37:62 chr1 206566195 . C T 112.84 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=109;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.0115561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.112;QD=4.14094;RBI=0.0134749;REFB=-0.000242429;REVB=0.00693044;RO=89;SAF=7;SAR=13;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181543;STB=0.511664;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00147481;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:89:89:20:20:0.183486:13:7:30:59:13:7:30:59 chr1 206566904 . T C 321.02 PASS AF=0.375;AO=37;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0121869;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.421;QD=12.3469;RBI=0.0172689;REFB=-0.0134882;REVB=-0.012235;RO=66;SAF=20;SAR=17;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789986;STB=0.522413;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0253784;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:66:65:37:39:0.375:17:20:31:35:19:20:31:34 chr1 206566937 . C T 45.02 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=148;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=79;FWDB=0.0111101;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5852;QD=1.2251;RBI=0.0474197;REFB=0.00337029;REVB=-0.0460999;RO=134;SAF=8;SAR=5;SRF=55;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233812;STB=0.680588;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0665306;OID=.;OPOS=206566937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:148:147:134:134:13:13:0.0884354:5:8:55:79:5:8:55:79 chr1 206603535 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0403959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.74;QD=56.4877;RBI=0.0469582;REFB=0.0042985;REVB=0.0239426;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000259602;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr1 206635570 . C T 1347.29 PASS AF=0.941748;AO=96;DP=103;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00903167;FXX=0.00961446;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.746;QD=52.3221;RBI=0.0110733;REFB=-0.0828834;REVB=-0.00640673;RO=5;SAF=51;SAR=45;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647246;STB=0.507654;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000465472;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:103:103:5:6:96:97:0.941748:45:51:3:2:45:52:4:2 chr1 206637595 . C T 352.85 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0184431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4866;QD=15.8584;RBI=0.0372103;REFB=-0.00978256;REVB=-0.0323181;RO=51;SAF=15;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118761;STB=0.567012;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0119932;OID=.;OPOS=206637595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:23:15:26:25:23:15:26:25 chr1 206647742 . A G 1357.98 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2916;QD=62.436;RBI=0.0770165;REFB=0;REVB=-0.0763127;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650274;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:33:54:0:0:33:54:0:0 chr1 206647787 . T C 1514.37 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460955;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.413;QD=63.7631;RBI=0.0271127;REFB=0;REVB=0.026718;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99838e-06;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr1 206651107 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.666;QD=57.8848;RBI=0.0628738;REFB=0;REVB=0.0560839;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70324e-05;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr1 206665052 . C T 298.65 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0236439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9188;QD=23.8923;RBI=0.0236509;REFB=-0.00799344;REVB=0.000577074;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712664;STB=0.551738;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00795895;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:17:10:10:12:17:10:11:12 chr1 206665837 . G A 442.01 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00954681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3593;QD=19.8657;RBI=0.0349246;REFB=-0.00719576;REVB=0.0335944;RO=45;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928998;STB=0.551428;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00485911;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:25:19:15:30:25:19:15:30 chr1 206665896 . C G 166.24 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0100131;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.38;QD=9.63717;RBI=0.0100243;REFB=-0.00968239;REVB=-0.000474631;RO=46;SAF=5;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275165;STB=0.672585;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0219129;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:46:47:22:22:0.318841:17:5:20:26:17:5:21:26 chr1 206669465 . C T 305.08 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0344189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8141;QD=20.3384;RBI=0.0740822;REFB=-0.0161326;REVB=-0.0656011;RO=28;SAF=6;SAR=26;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234096;STB=0.631337;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0117377;OID=.;OPOS=206669465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:26:6:11:17:26:6:11:17 chr1 206758077 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.794;QD=42.1825;RBI=0.00275657;REFB=0;REVB=0.00275657;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1001e-05;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr1 206773659 . A G 1371.65 PASS AF=1;AO=36;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.665;QD=62.3478;RBI=0.0740257;REFB=0;REVB=0.0649364;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327677;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:36:88:1:25:11:0:0:35:53:0:0 chr1 206941864 . A G 304.04 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0117188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5547;QD=14.8312;RBI=0.0152413;REFB=-0.0348432;REVB=-0.00974512;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064599;STB=0.536564;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0356976;OID=.;OPOS=206941864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:17:17:21:27:17:17:21:27 chr1 207015957 . T C 1555.9 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1379;QD=58.7134;RBI=0.0313823;REFB=-0.0422339;REVB=0.0297209;RO=1;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074723;STB=0.503936;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000812475;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:106:1:1:102:105:0.990566:63:39:0:1:63:42:0:1 chr1 207039913 . T C 180.51 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0318832;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.362;QD=11.108;RBI=0.0610524;REFB=-0.00250239;REVB=-0.0520658;RO=42;SAF=18;SAR=4;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288356;STB=0.678395;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00369412;OID=.;OPOS=207039913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:42:22:23:0.353846:4:18:26:16:4:19:26:16 chr1 207110936 . T C 216.74 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0241434;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.589;QD=16.6724;RBI=0.0256033;REFB=-0.020149;REVB=0.00852196;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590111;STB=0.533306;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0264406;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:18:10:10:14:18:10 chr1 207140440 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.012859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.448;QD=15.9138;RBI=0.0136188;REFB=0.00205343;REVB=-0.00448519;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22878;STB=0.627375;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00323712;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:18:12:7:30:18:12:7:30 chr1 207143422 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00860938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.645;QD=19.976;RBI=0.0301116;REFB=0.0038043;REVB=-0.0288545;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244888;STB=0.626775;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0020007;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:13:7:12:7:13:7:12:8 chr1 207195779 . A G 289.48 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0804016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2678;QD=46.3167;RBI=0.0866921;REFB=0.0134328;REVB=0.0324207;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00303225;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:9:14:2:0:9:14:2:0 chr1 207217359 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0306281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.768;QD=17.8396;RBI=0.0458989;REFB=-0.0142236;REVB=-0.0341852;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0310724;OID=.;OPOS=207217359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:6:8:6:8:6:8 chr1 207220800 . C A 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0136013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.465;QD=10.6443;RBI=0.0149777;REFB=-0.0123034;REVB=0.00627185;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243631;STB=0.514271;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0271287;OID=.;OPOS=207220800;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:8:12:22:16:8:12:22:16 chr1 207238419 . C T 314.02 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00154954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1587;QD=17.2063;RBI=0.0671767;REFB=-0.00712919;REVB=-0.0671588;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670776;STB=0.527167;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0084257;OID=.;OPOS=207238419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:13:20:21:18:14:20:21:18 chr1 207263829 . A G 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0196806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.777;QD=20.4362;RBI=0.0289551;REFB=-0.0118863;REVB=-0.0212384;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224699;STB=0.630091;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0086235;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:30:30:0.535714:16:14:5:20:16:14:5:21 chr1 207297680 . T C 347.91 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00396248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.82;QD=51.5424;RBI=0.00533613;REFB=-0.0971265;REVB=-0.00357394;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000457658;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr1 207653395 . C A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.791;QD=62.3496;RBI=0.0427111;REFB=0;REVB=0.0241969;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04132e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 207679307 . A G 2456.8 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.19;QD=61.42;RBI=0.0288842;REFB=0;REVB=0.0026926;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32008e-05;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:159:160:1:78:81:0:0:79:81:0:0 chr1 207753621 . A G 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268575;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.069;QD=57.1425;RBI=0.0691776;REFB=0;REVB=0.0637512;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166257;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr1 207782916 . A T 1067.29 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7914;QD=59.2936;RBI=0.0454413;REFB=0;REVB=0.0452912;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389668;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:72:0:0:66:72:1:26:40:0:0:32:40:0:0 chr1 207782931 . A G 1044.88 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1939;QD=59.7072;RBI=0.0851407;REFB=0;REVB=0.0338983;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603813;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr1 207790088 . C G 1557.48 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.722;QD=58.7727;RBI=0.0562122;REFB=-0.0218575;REVB=-0.00382572;RO=0;SAF=35;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503545;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=8.61662e-05;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:70:35:0:0:70:35:0:1 chr1 207795320 . A G 1556.32 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.53;QD=59.8584;RBI=0.0617693;REFB=0;REVB=0.0587321;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339529;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr1 207812791 . A G 420.25 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0118921;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.86;QD=48.0282;RBI=0.0309284;REFB=-0.0143653;REVB=0.0285508;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55552;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00253922;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:35:0:4:31:31:0.885714:15:16:0:0:15:16:4:0 chr1 207851611 . A G 740.46 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.698;QD=56.9582;RBI=0.0560699;REFB=0;REVB=0.0363566;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180812;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:16:33:0:0:16:36:0:0 chr1 207857254 . A G 1076.09 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0563136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.976;QD=56.6362;RBI=0.0569163;REFB=-0.0775117;REVB=0.00826092;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129547;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000251538;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:1:2:71:72:0.947368:35:36:1:0:34:38:1:1 chr1 207875116 . GAGA G 101.81 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118257;FXX=0.249792;HRUN=1;LEN=3;MLLD=268.793;QD=45.2493;RBI=0.0323943;REFB=0;REVB=0.0301586;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00042759;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:9:9:0:3:6:0:0:3:0:3:6:0:0 chr1 207881557 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.52;QD=59.8287;RBI=0.0245296;REFB=0;REVB=0.0227084;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77991e-05;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr1 207884105 . C A 1102.36 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.056827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9691;QD=58.7927;RBI=0.0568333;REFB=-0.0709361;REVB=0.000842079;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101746;STB=0.505375;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00652064;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:46:28:0:1:46:28:0:1 chr1 207884107 . G A 1127.43 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.799;QD=60.1298;RBI=0.0377682;REFB=0;REVB=0.0273953;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30493e-06;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:46:28:0:0:47:28:0:0 chr1 207885881 . C T 1319.7 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00271807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.458;QD=58.6531;RBI=0.0527638;REFB=0.0175045;REVB=-0.0526937;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222504;STB=0.507346;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000361335;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:2:3:87:87:0.966667:48:39:1:1:48:39:2:1 chr1 207886150 . C T 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.274;QD=60.5458;RBI=0.0355041;REFB=0;REVB=0.00402085;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83929e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:45:67:0:0:45:67:0:0 chr1 207888739 . G T 1546.07 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.347;QD=59.4644;RBI=0.0166645;REFB=0;REVB=-0.00467667;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019211;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:52:52:0:0 chr1 207941191 . G T 714.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.289;QD=62.1691;RBI=0.0231501;REFB=0;REVB=0.0198477;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143925;OID=.;OPOS=207941191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:24:18:0:0:25:21:0:0 chr1 208063067 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6733;QD=39.2068;RBI=0.0507717;REFB=0;REVB=0.027757;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457483;OID=.;OPOS=208063067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 208207839 . G A 224.73 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0364522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.971;QD=19.976;RBI=0.0411597;REFB=-0.0306318;REVB=0.0191143;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149496;STB=0.517226;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0387231;OID=.;OPOS=208207839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:14:7:8:15:15:7:8:15 chr1 208227814 . C T 532.31 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0174665;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.849;QD=22.6513;RBI=0.0198325;REFB=-0.00971731;REVB=0.00939422;RO=44;SAF=28;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267545;STB=0.514726;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00983108;OID=.;OPOS=208227814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:22:28:26:18:22:28:26:18 chr1 209605636 . TAGCAGCAGCAGC T 92.99 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0359185;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=12;MLLD=244.928;QD=21.879;RBI=0.0361542;REFB=-0.0176935;REVB=-0.00412135;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.608495;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.00580253;OID=.;OPOS=209605637;OREF=AGCAGCAGCAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:10:11:11:17:6:4:7:4:2:43:0:3:7:0:0 chr1 209782343 . A G 315.92 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=98;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0329111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.269;QD=12.7643;RBI=0.0332116;REFB=-0.00429566;REVB=0.00445803;RO=46;SAF=20;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217489;STB=0.631501;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00957065;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:63:27:36:0.363636:7:20:26:20:9:27:36:27 chr1 209788703 . T C 289.7 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0128122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.295;QD=18.9969;RBI=0.0398233;REFB=-0.016611;REVB=-0.037706;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137001;STB=0.576608;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0228183;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:10:21:16:14:10:21:16:14 chr1 209791929 . G T 543.34 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0019272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.039;QD=16.9794;RBI=0.023515;REFB=-0.00427522;REVB=-0.0234359;RO=69;SAF=24;SAR=34;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781565;STB=0.539964;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00526701;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:70:58:58:0.453125:34:24:34:35:34:24:34:36 chr1 209797198 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.017117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.951;QD=15.6428;RBI=0.0271086;REFB=-0.00741909;REVB=-0.0210211;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258145;STB=0.647856;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0132869;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:19:10:12:8:19:10 chr1 209797253 . T C 142.08 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0214613;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.784;QD=13.2163;RBI=0.0357262;REFB=-0.00573907;REVB=-0.0285617;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280841;STB=0.6627;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0129683;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:19:8:9:7:19:8 chr1 209799205 . A G 129.01 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0508572;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6436;QD=12.0013;RBI=0.0546181;REFB=-0.024103;REVB=-0.0199168;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248035;STB=0.644271;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0495511;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:21:7:7:8:21:7 chr1 209799253 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.010956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.562;QD=11.8144;RBI=0.0140204;REFB=-0.0342976;REVB=-0.0087487;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453967;STB=0.761572;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0421467;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:19:4:8:5:19:4 chr1 209800230 . C T 498.47 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0101099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.922;QD=15.3374;RBI=0.0116503;REFB=-0.0118359;REVB=-0.00578965;RO=75;SAF=37;SAR=18;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525774;STB=0.529547;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0215703;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:75:55:55:0.423077:18:37:47:28:18:37:47:28 chr1 209807815 . T C 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0197188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8863;QD=7.05589;RBI=0.0210323;REFB=0.00198611;REVB=-0.00731634;RO=50;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005445;STB=0.504881;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0124586;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:51:18:18:0.26087:10:8:22:28:10:8:23:28 chr1 209823354 . G A 753.5 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2435;QD=56.868;RBI=0.055697;REFB=0;REVB=-0.0163058;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430278;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr1 209849406 . T G 243.99 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000607327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.823;QD=17.4281;RBI=0.0183167;REFB=-0.0681272;REVB=-0.0183066;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963337;STB=0.55405;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.061051;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:12:17:13:14:12:17 chr1 209948711 . A C 77.31 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0059453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.303;QD=13.4455;RBI=0.0095764;REFB=0.00334083;REVB=0.00750739;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340037;STB=0.717521;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00552833;OID=.;OPOS=209948711;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:4:8:3:7:4:9 chr1 209950760 . C G 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.717;QD=61.3558;RBI=0.0328817;REFB=0;REVB=0.0253006;RO=0;SAF=77;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22902e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:82:77:0:0:82:77:0:0 chr1 209956542 . C A 219.86 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00104823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.297;QD=27.4825;RBI=0.00156373;REFB=-0.00820091;REVB=0.00116038;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330127;STB=0.686278;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00902291;OID=.;OPOS=209956542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:11:11:20:21:0.65625:15:5:8:3:16:5:8:3 chr1 209968684 . C A 347.62 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0137185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.13;QD=19.8639;RBI=0.0150825;REFB=-0.00625591;REVB=-0.00626773;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175357;STB=0.59739;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00835472;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:14:22:14:20:14:22:14:20 chr1 210004199 . C G 844.42 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008939;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.479;QD=57.2487;RBI=0.0115136;REFB=0;REVB=-0.00725655;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249528;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr1 210004332 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00874322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.657;QD=14.1955;RBI=0.0104564;REFB=-0.0325269;REVB=0.00573514;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217585;STB=0.628382;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0462722;OID=.;OPOS=210004332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:8:14:12:3:8:14 chr1 210006603 . C T 780.99 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.664;QD=54.8063;RBI=0.0312787;REFB=-0.107672;REVB=0.0143722;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000228931;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:33:23:0:0:33:23:1:0 chr1 210027654 . T C 489.2 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0263312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.782;QD=21.9865;RBI=0.0289546;REFB=-0.0168312;REVB=0.0120431;RO=42;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644249;STB=0.535544;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0115543;OID=.;OPOS=210027654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:27:20:21:21:27:20:21:21 chr1 210027669 . TGA T 331.16 PASS AF=0.507246;AO=24;DP=81;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.000972852;FXX=0.126566;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.231;QD=19.1978;RBI=0.00940471;REFB=-0.0187591;REVB=-0.00935426;RO=26;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279895;STB=0.586802;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0192661;OID=.;OPOS=210027670;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507246:24:81:35:69:34:10:25:15:19:99:26:4:20:10:16 chr1 210335027 . A AC 196.22 PASS AF=1;AO=3;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438168;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.7762;QD=46.169;RBI=0.117762;REFB=0;REVB=-0.109307;RO=13;SAF=1;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000277409;OID=.;OPOS=210335028;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:17:17:17:0:7:10:0:0:4:13:1:2:6:7 chr1 210335028 . T C 122.07 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00401909;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=132.878;QD=25.6983;RBI=0.0578371;REFB=-0.000720784;REVB=-0.0576973;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729992;STB=0.540921;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000120185;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:2:4:7:6:2:4 chr1 210335066 . G A,C 751.83 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360736,0.0107884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.247,135.482;QD=62.6525;RBI=0.0369963,0.0109279;REFB=0,0;REVB=0.00821073,-0.0017406;RO=0;SAF=22,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00625262,0.0981308;OID=.,.;OPOS=210335066,210335066;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:0:0:46,2:46,2:0.958333,0.0416667:24,0:22,2:0:0:24,0:22,2:0:0 chr1 210337043 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.689;QD=54.5176;RBI=0.156426;REFB=0;REVB=0.0364358;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153626;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 210407031 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.325;QD=57.2023;RBI=0.0688853;REFB=0;REVB=0.0629915;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040092;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 210547505 . C G 1080.56 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.909;QD=60.0309;RBI=0.0212672;REFB=0;REVB=0.019589;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88382e-05;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:39:33:0:0 chr1 210547517 . C T 354.17 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.000421914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3797;QD=17.4899;RBI=0.049135;REFB=-0.00709126;REVB=0.0491332;RO=43;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687023;STB=0.530848;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00284199;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:37:38:0.469136:18:19:19:24:19:19:19:24 chr1 210577873 . G C 1012.14 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000703622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.529;QD=57.8367;RBI=0.00646314;REFB=-0.115666;REVB=0.00642472;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.509088;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000171292;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:27:42:0:0:27:42:0:1 chr1 210577884 . G A 271.75 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=66;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0118202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.836;QD=15.9855;RBI=0.022932;REFB=-0.0252885;REVB=0.0196509;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589402;STB=0.518313;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0305119;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:37:37:29:31:0.455882:11:18:25:12:11:20:25:12 chr1 210804430 . G A 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0207407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.414;QD=21.8145;RBI=0.0211288;REFB=0.000703037;REVB=0.00403129;RO=35;SAF=26;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26519;STB=0.646201;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000581744;OID=.;OPOS=210804430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:15:26:11:24:15:26:11:24 chr1 211380770 . T C 1323.84 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.859;QD=61.5737;RBI=0.050626;REFB=0;REVB=0.0323908;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63171e-06;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:1:0:84:86:1:46:38:0:1:48:38:0:0 chr1 211451467 . T C 344.37 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283158;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.43;QD=55.0989;RBI=0.0285859;REFB=0;REVB=0.00392041;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156991;OID=.;OPOS=211451467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 211836789 . T C 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00804591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.161;QD=17.8266;RBI=0.0102584;REFB=-0.0189102;REVB=0.00636388;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181486;STB=0.604144;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0235962;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:4:7:5:7:4:7 chr1 211840498 . T C 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0101117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.835;QD=14.7423;RBI=0.0141664;REFB=-0.00645164;REVB=0.00992179;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157825;STB=0.590807;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0134207;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:8:17:9:8:8:17 chr1 211846876 . A G 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00259308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.52;QD=54.6341;RBI=0.00264561;REFB=-0.0348801;REVB=0.000524612;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.47843e-05;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:1:0:25:26:1:0 chr1 211922603 . G A 369.39 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0105701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.982;QD=22.387;RBI=0.0134879;REFB=-0.0298027;REVB=-0.00837837;RO=29;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719814;STB=0.539608;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0207101;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:16:21:19:10:16:21:19:10 chr1 212273639 . C T 948.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.042;QD=58.3753;RBI=0.0344651;REFB=0;REVB=-0.0129685;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17104e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:19:45:0:0:20:45:0:0 chr1 212274413 . A C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.271;QD=56.701;RBI=0.0525411;REFB=0;REVB=0.0185147;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202091;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 212276276 . A G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0416261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.506;QD=19.156;RBI=0.0428968;REFB=-0.0162386;REVB=-0.0103637;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0255153;OID=.;OPOS=212276276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:10:13:10:11:10:13 chr1 212515613 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0681437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.626;QD=18.9662;RBI=0.0681453;REFB=0.00255379;REVB=0.000470017;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030521;STB=0.525401;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00386173;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:14:8:8:16:14:8:8:17 chr1 212526288 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.36;QD=56.9381;RBI=0.0206663;REFB=0;REVB=0.0082538;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25402e-05;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr1 212534377 . T A 221.9 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000530273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.294;QD=25.3603;RBI=0.0580831;REFB=-0.0387138;REVB=0.0580807;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034374;STB=0.519108;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0211364;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:6:8:11:10:6:8 chr1 212534448 . T C 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0263181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.303;QD=9.49384;RBI=0.0378361;REFB=-0.0098355;REVB=-0.0271833;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433385;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0239672;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:10:14:6:5:10:14 chr1 212560327 . A G 450.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7933;QD=56.252;RBI=0.132139;REFB=0;REVB=0.0731853;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0069425;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:17:15:0:0 chr1 212619339 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.455;QD=57.6799;RBI=0.0301453;REFB=0;REVB=0.0272005;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024671;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr1 212799870 . A G 512.69 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0373943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3751;QD=24.4137;RBI=0.0530385;REFB=-0.00147693;REVB=-0.0376131;RO=36;SAF=17;SAR=31;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225492;STB=0.62369;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=5.73576e-05;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:31:17:23:13:31:17:23:13 chr1 212799949 . C T 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00583033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.214;QD=23.6239;RBI=0.00670285;REFB=-0.00785766;REVB=-0.00330687;RO=36;SAF=15;SAR=31;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170884;STB=0.594095;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00699957;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:31:15:19:17:31:15:19:17 chr1 212900487 . A G 1018.11 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0291575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.019;QD=56.5617;RBI=0.0291587;REFB=-0.0943043;REVB=-0.000260541;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.501199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00293494;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:38:32:1:0:38:32:1:1 chr1 212911836 . T C 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00274376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.145;QD=16.7501;RBI=0.0160541;REFB=0.00210637;REVB=0.0158179;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110549;STB=0.562092;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00363165;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:14:19:18:21:14:19:18:21 chr1 213009469 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0124227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.651;QD=11.257;RBI=0.0125672;REFB=-0.00267861;REVB=0.00190041;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00400195;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:4:8:4:4:4:8 chr1 213031948 . G C 131.54 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0555118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.6525;QD=19.487;RBI=0.0648617;REFB=-0.0476553;REVB=0.0335482;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252049;STB=0.516102;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0413656;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:27:27:9:11:10:12:0.444444:2:8:5:4:4:8:7:4 chr1 213068595 . C T 172.23 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00260718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.648;QD=26.4975;RBI=0.00735612;REFB=0.0227104;REVB=-0.0068786;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897335;STB=0.573371;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0144164;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:8:9:17:17:0.653846:6:11:4:4:6:11:4:5 chr1 214492286 . G A 756.92 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8582;QD=55.0488;RBI=0.0833333;REFB=-0.0732911;REVB=0.0393341;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234162;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:27:27:0:1:28:27:0:0 chr1 214542819 . T C 545.84 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.295;QD=57.4568;RBI=0.0325227;REFB=-0.0100478;REVB=0.0257212;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00101357;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr1 214564340 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.177;QD=64.1535;RBI=0.00647146;REFB=0;REVB=0.00273867;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32577e-05;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr1 214571251 . A C 88.28 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0207723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9089;QD=14.1243;RBI=0.101939;REFB=-0.0239143;REVB=0.0997999;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.565099;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0574051;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:6:5:8:5:6:5:8:6 chr1 214779147 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0389492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.328;QD=14.3343;RBI=0.0390087;REFB=-0.0330197;REVB=-0.00215344;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322491;STB=0.689242;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0246783;OID=.;OPOS=214779147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:3:7:3:6:3:7 chr1 214781971 . C T 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00626474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.001;QD=15.8805;RBI=0.0114995;REFB=-0.0186206;REVB=0.00964326;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452485;STB=0.765397;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0117557;OID=.;OPOS=214781971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:7:3:8:2:7:3 chr1 214816224 . G A 402.39 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00679526;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.066;QD=16.4239;RBI=0.0216041;REFB=-0.0109074;REVB=-0.0205076;RO=56;SAF=17;SAR=25;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434635;STB=0.524464;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0254514;OID=.;OPOS=214816224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:56:56:42:42:0.428571:25:17:25:31:25:17:25:31 chr1 214818223 . T A 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000932029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.767;QD=32.4313;RBI=0.00439455;REFB=-0.00350571;REVB=-0.00429457;RO=10;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315983;STB=0.517312;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00169289;OID=.;OPOS=214818223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:13:11:4:6:13:11:4:6 chr1 214818775 . A G 208.79 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0265025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.431;QD=25.308;RBI=0.0311691;REFB=-0.035174;REVB=-0.0164053;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860085;STB=0.538424;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.036021;OID=.;OPOS=214818775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:19:20:0.606061:11:8:4:9:12:8:4:9 chr1 214826196 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.823;QD=51.9129;RBI=0.0194721;REFB=0;REVB=0.0131007;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132989;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 214830617 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.371;QD=58.5848;RBI=0.0248551;REFB=0;REVB=0.0058254;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128276;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 214837110 . C G 574.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.544;QD=58.9363;RBI=0.0431599;REFB=0;REVB=0.00156511;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539741;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr1 215342615 . C T 1349.73 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00768653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.274;QD=59.9882;RBI=0.0122977;REFB=-0.0527434;REVB=0.00959945;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997626;STB=0.510414;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000741623;OID=.;OPOS=215342615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:47:41:0:1:47:41:0:2 chr1 215792511 . C T 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9664;QD=54.8216;RBI=0.028586;REFB=-0.018785;REVB=-0.0254862;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=2.13261e-05;OID=.;OPOS=215792511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:19:31:1:0:19:31:1:0 chr1 215792535 . C G 747.17 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.726;QD=56.3899;RBI=0.0337989;REFB=0;REVB=0.0336851;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851829;OID=.;OPOS=215792535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr1 215793855 . T C 1283.28 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.931;QD=61.8449;RBI=0.0420237;REFB=0;REVB=0.0418769;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85979e-05;OID=.;OPOS=215793855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr1 215794414 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.857;QD=56.9383;RBI=0.00874104;REFB=0;REVB=0.0065674;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94899e-05;OID=.;OPOS=215794414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr1 215799170 . T C 2319.5 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325404;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.96;QD=60.2468;RBI=0.0216709;REFB=0;REVB=0.0214252;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285643;OID=.;OPOS=215799170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:151:154:1:90:61:0:0:90:64:0:0 chr1 215808022 . T C 1068.96 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0403114;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.0006;QD=57.011;RBI=0.0454923;REFB=-0.0162999;REVB=-0.021084;RO=2;SAF=16;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555112;STB=0.51351;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000397988;OID=.;OPOS=215808022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:2:1:72:74:0.986667:56:16:2:0:56:18:1:0 chr1 215821909 . C T 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.077;QD=51.1766;RBI=0.0338051;REFB=0;REVB=0.026008;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97527e-05;OID=.;OPOS=215821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 215821939 . C T 397.32 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0167174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.392;QD=46.743;RBI=0.0189501;REFB=-0.00624598;REVB=-0.00892392;RO=4;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545978;STB=0.529392;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000551592;OID=.;OPOS=215821939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:15:15:1:3:15:15:1:3 chr1 215821971 . G A 759.09 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0121874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.055;QD=53.2692;RBI=0.0170867;REFB=-0.111266;REVB=0.0119759;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000350841;OID=.;OPOS=215821971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:27:28:1:0:27:28:1:1 chr1 215848641 . T C 940.85 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00737155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.065;QD=57.0211;RBI=0.0240639;REFB=-0.024074;REVB=0.022907;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178214;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00184992;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:39:26:1:0:39:26:1:0 chr1 215960167 . T G 1110.66 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.399;QD=58.4558;RBI=0.0158208;REFB=-0.0591274;REVB=0.00609787;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36495e-05;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:76:1:0:74:76:1:40:34:0:1:42:34:0:0 chr1 215987222 . T C 871.65 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237606;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.261;QD=58.1103;RBI=0.00253404;REFB=0;REVB=-0.000880744;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30463e-05;OID=.;OPOS=215987222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:35:25:0:0 chr1 216011361 . T C 2301.22 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.148;QD=60.1627;RBI=0.0378081;REFB=-0.0866927;REVB=0.0175197;RO=1;SAF=66;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715252;STB=0.503759;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00102227;OID=.;OPOS=216011361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:153:1:1:151:152:0.993464:85:66:1:0:86:66:1:0 chr1 216051124 . AG A,AA 624.91 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=5,36;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178572,0.0313577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.733,142.29;QD=60.9668;RBI=0.0289404,0.0448156;REFB=0,0;REVB=0.0227742,0.0320177;RO=0;SAF=1,17;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0586678,0.00283513;OID=.,.;OPOS=216051125,216051125;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:5,36:41:1,40:41:0:0,18:1,22:0:0:5:0:1,17:4,19:0:0 chr1 216172380 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.011783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.262;QD=14.0471;RBI=0.0169701;REFB=-0.00895796;REVB=0.0122125;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173693;STB=0.616898;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0144777;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:9:9:18:9:9:9:20:9 chr1 216219781 . A G 1552.31 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173539;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0845;QD=64.0126;RBI=0.0649515;REFB=0;REVB=0.0625902;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351592;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:36:61:0:0:36:61:0:0 chr1 216348764 . C T 1822.38 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0034;QD=61.2564;RBI=0.0589924;REFB=0;REVB=-0.033855;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042047;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:59:60:0:0:59:60:0:0 chr1 216592003 . T C 388.06 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00213891;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.787;QD=19.9006;RBI=0.0173245;REFB=-0.0127676;REVB=0.0171919;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113948;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:22:17:17:22:22:17:17:22 chr1 216595306 . C T 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0125929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.893;QD=26.5591;RBI=0.0147477;REFB=-0.0016654;REVB=0.00767546;RO=20;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127662;STB=0.569764;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000818602;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:16:19:7:13:16:19:7:13 chr1 216692669 . C T 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.86;QD=58.7786;RBI=0.0170244;REFB=0;REVB=0.00150036;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84638e-05;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr1 217480756 . G A 336.54 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0151108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.013;QD=14.7929;RBI=0.015114;REFB=-0.0043513;REVB=-0.000311288;RO=53;SAF=11;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187443;STB=0.618185;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00489347;OID=.;OPOS=217480756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:36:37:0.406593:25:11:25:28:26:11:26:28 chr1 217804325 . G A 845.08 PASS AF=0.485876;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.00310204;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.893;QD=19.0979;RBI=0.0137366;REFB=-0.0142685;REVB=-0.0133818;RO=89;SAF=34;SAR=52;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201884;STB=0.505784;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0147827;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:89:91:86:86:0.485876:52:34:35:54:52:34:35:56 chr1 217856622 . A G 356.65 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0304871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.609;QD=12.6246;RBI=0.0330286;REFB=-0.00789333;REVB=0.0127055;RO=70;SAF=15;SAR=28;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922284;STB=0.552607;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00557252;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:28:15:30:40:28:15:30:40 chr1 217856626 . G A 744.63 PASS AF=0.616071;AO=69;DP=112;FAO=69;FDP=112;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00327563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.683;QD=26.5938;RBI=0.0100677;REFB=-0.020022;REVB=-0.00951992;RO=43;SAF=29;SAR=40;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523787;STB=0.528395;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.014015;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:43:43:69:69:0.616071:40:29:15:28:40:29:15:28 chr1 217915324 . C T 132.12 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0548422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.622;QD=24.0215;RBI=0.0580562;REFB=-0.0278144;REVB=-0.0190488;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286965;STB=0.516106;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0150649;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:2:6:10:4:2:6 chr1 217947738 . G A 1160.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.51;QD=60.3087;RBI=0.0283655;REFB=0;REVB=0.0210112;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78908e-05;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:33:41:0:0:35:42:0:0 chr1 219383866 . G GC 335.46 PASS AF=1;AO=9;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.092238;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.252;QD=53.673;RBI=0.146638;REFB=0;REVB=0.113995;RO=15;SAF=0;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.805795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0107524;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:25:25:25:0:11:14:0:0:4:15:0:9:10:5 chr1 219383905 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.26;QD=60.6102;RBI=0.0132247;REFB=0;REVB=-0.000152471;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09818e-05;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 220136115 . A G 205.8 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00929228;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4365;QD=12.8622;RBI=0.0124286;REFB=-0.00984155;REVB=0.00825376;RO=38;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251199;STB=0.637662;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0116638;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:39:25:25:0.390625:17:8:21:17:17:8:21:18 chr1 220154768 . C T 264.78 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0116592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.744;QD=20.7674;RBI=0.0471853;REFB=-0.0136058;REVB=-0.0457222;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997665;STB=0.545817;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0127051;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:15:12:13:10:15:12:13:11 chr1 220156704 . T C 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0250534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.729;QD=8.11429;RBI=0.0284561;REFB=-0.0129263;REVB=0.0134935;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23307;STB=0.642653;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0251613;OID=.;OPOS=220156704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:5:9:17:21:5:9:17:21 chr1 220156729 . C T 71.63 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0305772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.052;QD=7.95841;RBI=0.0315312;REFB=-0.0106183;REVB=-0.00769719;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302951;STB=0.675777;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0401725;OID=.;OPOS=220156729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:3:7:11:14:3:7:12:14 chr1 220162004 . C T 154.55 PASS AF=0.328125;AO=19;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00446427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1892;QD=9.65931;RBI=0.0598904;REFB=0.00367962;REVB=-0.0597238;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458872;STB=0.528708;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00727435;OID=.;OPOS=220162004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:43:19:21:0.328125:7:12:27:16:7:14:27:16 chr1 220197625 . G T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3711;QD=58.5967;RBI=0.0593848;REFB=0;REVB=0.0455081;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50882e-05;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr1 220298664 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0268305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.349;QD=14.7423;RBI=0.029689;REFB=0.000471876;REVB=0.0127105;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732477;STB=0.542324;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000425015;OID=.;OPOS=220298664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:10:15:9:8:10:15 chr1 220603314 . A T 58.97 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0150818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.283;QD=16.8499;RBI=0.276299;REFB=-0.125462;REVB=0.275887;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258094;STB=0.726799;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.107326;OID=.;OPOS=220603314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:14:5:5:7:9:0.642857:4:3:4:1:6:3:5:0 chr1 220607685 . G A 716.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8458;QD=62.3292;RBI=0.0452005;REFB=0;REVB=-0.0323801;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329993;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr1 220789355 . ATTTTTTTA AATTTTTAA,AATTTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAAA,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 536.99 PASS AF=0,0,0.338235,0,0.661765,0;AO=4,4,11,4,14,13;DP=83;FAO=0,0,23,0,45,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8,0,13,0;FSAR=0,0,15,0,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616756,-0.00597129,0.0145644,0.0205698,0.0306095,0.0223016;FXX=0.0555478;HRUN=7,7,7,7,7,7;LEN=7,1,3,2,1,1;MLLD=12.5062,6.96963,14.2884,8.84958,9.80096,6.13994;QD=31.5875;RBI=0.140617,0.142093,0.0561265,0.140199,0.0658368,0.27978;REFB=-0.129415,0.00581289,0.243267,-0.242713,0.0428848,-0.198484;REVB=-0.140482,-0.141968,0.0542039,-0.138681,-0.0582885,-0.27889;RO=1;SAF=1,0,7,3,4,6;SAR=3,4,4,1,10,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.272709,-0.749895,-0.0599362,-0.119989,-0.100543,-0.0695995;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp,del,snp;VARB=0,0,0.0662804,0,-0.0861529,-0.00779751;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=220789356,220789356,220789361,220789361,220789356,220789362;OREF=TTTTTTT,T,TTA,TT,T,T;OALT=ATTTTTA,A,-,AA,-,A;OMAPALT=AATTTTTAA,AATTTTTTA,ATTTTT,ATTTTTAAA,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0,0,0.338235,0,0.661765,0:4,4,11,4,14,13:83:0,0,23,0,45,0:68:0:0,0,8,0,13,0:0,0,15,0,32,0:0:0:91:1:1,0,7,3,4,6:3,4,4,1,10,7:1:0 chr1 220970028 . A G 165.26 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00299326;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9181;QD=11.5973;RBI=0.0320596;REFB=-0.00942649;REVB=-0.0319195;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535415;STB=0.52362;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0173018;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:36:21:21:0.368421:8:13:20:15:8:13:21:15 chr1 221055463 . G A 449.09 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00675595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.821;QD=21.3852;RBI=0.00675707;REFB=-0.0159034;REVB=-0.000123048;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160329;STB=0.514217;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0126164;OID=.;OPOS=221055463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:24:20:17:22:24:20:17:23 chr1 221057646 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.015863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.091;QD=13.442;RBI=0.0254339;REFB=-0.00138358;REVB=-0.0198809;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00188588;OID=.;OPOS=221057646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:6:7:5:5:6:7 chr1 221057662 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0059186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.326;QD=15.3789;RBI=0.0218944;REFB=-0.0183178;REVB=-0.0210792;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0174521;OID=.;OPOS=221057662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:8:6:6:6:8:6 chr1 221509332 . G A 1321.91 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.368;QD=62.2074;RBI=0.0379401;REFB=0;REVB=0.0285018;RO=1;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57924e-05;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:1:0:81:85:1:32:49:0:1:35:50:0:0 chr1 221879585 . C T 78.66 PASS AF=0.144144;AO=16;DP=111;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0403172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0397;QD=2.83472;RBI=0.0471903;REFB=-0.00282737;REVB=-0.0245245;RO=95;SAF=8;SAR=8;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329899;STB=0.522494;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0170679;OID=.;OPOS=221879585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:111:111:95:95:16:16:0.144144:8:8:50:45:8:8:50:45 chr1 221912361 . T C 876.97 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0143852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.667;QD=54.8106;RBI=0.0176365;REFB=-0.13113;REVB=0.0102036;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.514281;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=1.37467e-05;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:28:34:1:0:28:34:2:0 chr1 221912808 . T C 724.04 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.627;QD=62.9602;RBI=0.0305695;REFB=0;REVB=0.0197267;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76614e-05;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:18:28:0:0 chr1 222713503 . C G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.014949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.508;QD=18.9137;RBI=0.0331995;REFB=-0.0217019;REVB=0.0296435;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175508;STB=0.597497;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0203241;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:20:8:14:15:20:8 chr1 222713631 . G C 179.41 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0397366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2681;QD=15.6005;RBI=0.0430905;REFB=-0.0209396;REVB=-0.0166671;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137074;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0257391;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:12:15:8:11:12:15 chr1 222798106 . G A 945.3 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00546811;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.75;QD=57.2907;RBI=0.00908632;REFB=-0.0242278;REVB=0.00725679;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192744;STB=0.510201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000457885;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:41:24:1:0:41:24:1:0 chr1 222802006 . A G 582.9 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.536;QD=58.2902;RBI=0.0613316;REFB=-0.177279;REVB=0.036475;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183853;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00180747;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:0:1:25:14:0:1 chr1 222802376 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.316;QD=53.9112;RBI=0.0090376;REFB=0;REVB=0.00421142;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31395e-05;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr1 222802926 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.117;QD=47.8217;RBI=0.0333327;REFB=0;REVB=0.017409;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276345;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 222803204 . A G 613.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.859;QD=61.3579;RBI=0.0239521;REFB=0;REVB=0.0209531;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48352e-05;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr1 222823529 . A C 184.81 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0337939;FXX=0.0930016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8582;QD=18.9546;RBI=0.0627335;REFB=-0.00498766;REVB=0.0528532;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104329;STB=0.564449;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0195008;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:39:16:20:18:19:0.487179:9:9:6:10:9:10:8:12 chr1 222825403 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.545;QD=50.4132;RBI=0.0674261;REFB=0;REVB=0.00402142;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940769;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 222833601 . T C 1079.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0858389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4219;QD=59.9973;RBI=0.0859045;REFB=0;REVB=-0.00335518;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336689;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr1 222838216 . C T 255.32 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.184;QD=51.0646;RBI=0.0476941;REFB=0;REVB=0.0366589;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109432;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:16:20:1:6:10:1:0:6:14:0:0 chr1 222886119 . A G 190.04 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00165651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.936;QD=9.38489;RBI=0.0337589;REFB=-0.0127639;REVB=-0.0337182;RO=55;SAF=17;SAR=8;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797872;STB=0.55551;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0185823;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:56:25:25:0.308642:8:17:34:21:8:17:34:22 chr1 222886134 . T C 118.54 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0446612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.207;QD=7.77316;RBI=0.0480156;REFB=-0.0301898;REVB=-0.0176318;RO=43;SAF=13;SAR=4;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275991;STB=0.662764;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0803839;OID=.;OPOS=222886134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:43:44:17:17:0.278689:4:13:24:19:4:13:25:19 chr1 222904795 . T C 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.000282967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.705;QD=18.6059;RBI=0.00249919;REFB=-0.00397087;REVB=0.00248312;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430086;STB=0.529168;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00365877;OID=.;OPOS=222904795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:17:22:25:16:17:22:26:16 chr1 222923351 . A G 247.05 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.051337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8413;QD=17.9674;RBI=0.0525508;REFB=0.00330138;REVB=-0.0112295;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333177;STB=0.528434;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0059516;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:27:27:0.490909:15:12:13:14:15:12:14:14 chr1 223116472 . G A 301.89 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0479413;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.36;QD=17.758;RBI=0.0479736;REFB=-0.0173545;REVB=0.00175819;RO=35;SAF=4;SAR=28;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183587;STB=0.569594;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0137352;OID=.;OPOS=223116472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:28:4:8:27:28:5:8:27 chr1 223116474 . G T 306.94 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0349959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.401;QD=18.0553;RBI=0.0350236;REFB=-0.0052242;REVB=0.00139071;RO=35;SAF=4;SAR=28;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183587;STB=0.569594;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.005585;OID=.;OPOS=223116474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:28:4:8:27:28:5:8:27 chr1 223176858 . GAAAAAG GAAAAG,GAAAAGA 53.89 PASS AF=0.28125,0.15625;AO=12,3;DP=35;FAO=9,5;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4,5;FSAR=5,0;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.218271,-0.0800231;FXX=0.0856898;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.59675,140.345;QD=6.7362;RBI=0.218874,0.0800234;REFB=-0.0562139,-0.000697159;REVB=-0.0162299,-0.000195106;RO=13;SAF=6,3;SAR=6,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0345229,0.64472;STB=0.573607,0.997397;STBP=0.63,0.029;TYPE=del,mnp;VARB=0.124154,-0.0767267;OID=.,.;OPOS=223176859,223176863;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAG,GAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125,0.15625:12,3:35:9,5:32:18:4,5:5,0:10:8:23:13:6,3:6,0:6:7 chr1 223177574 . A G 473.6 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0313527;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4247;QD=20.8173;RBI=0.0569718;REFB=-0.0102627;REVB=-0.0475688;RO=46;SAF=27;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194815;STB=0.592235;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00823636;OID=.;OPOS=223177574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:46:45:46:46:0.505495:19:27:17:29:19:27:18:27 chr1 223177661 . T C 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00552111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.798;QD=17.0641;RBI=0.00663368;REFB=-0.00286015;REVB=-0.00367737;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20042;STB=0.612361;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00234992;OID=.;OPOS=223177661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:11:20:12:16:11:20 chr1 223178561 . A C 232.15 PASS AF=0.479167;AO=21;DP=46;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0358738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.215;QD=19.3461;RBI=0.0364089;REFB=-0.0124979;REVB=0.00621886;RO=25;SAF=17;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218765;STB=0.638107;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.017122;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:25:21:23:0.479167:4:17:16:9:4:19:16:9 chr1 223283910 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.417;QD=48.7373;RBI=0.00596862;REFB=0;REVB=0.00564974;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13906e-05;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 223284528 . A G 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.197;QD=57.6364;RBI=0.0525074;REFB=-0.00720489;REVB=0.00965815;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=5.51189e-05;OID=.;OPOS=223284528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:35:33:0:0:35:33:1:0 chr1 223568559 . C G 120.88 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0248288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5598;QD=14.6525;RBI=0.07682;REFB=-0.0342587;REVB=-0.0726969;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0153011;OID=.;OPOS=223568559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr1 223715248 . GT G 653.01 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7706;QD=45.0351;RBI=0.0345945;REFB=0;REVB=-0.0254307;RO=1;SAF=12;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00714664;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:58:58:0:14:44:0:0:11:1:12:42:1:0 chr1 223717484 . G A 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00130447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.758;QD=18.1173;RBI=0.0077648;REFB=-0.0101864;REVB=-0.00765444;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381998;STB=0.521715;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0133928;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:13:7:7:11:13:7 chr1 223718651 . G A 351.32 PASS AF=0.468354;AO=31;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0163103;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.51;QD=17.7884;RBI=0.0166498;REFB=-0.0112179;REVB=0.00334547;RO=39;SAF=6;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391451;STB=0.635518;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.012204;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:39:42:31:37:0.468354:25:6:21:18:25:12:24:18 chr1 223718670 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00691009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.477;QD=18.5415;RBI=0.00872805;REFB=-0.00287983;REVB=0.00533194;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202607;STB=0.613173;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00331758;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:22:12:20:15:22:12:20:15 chr1 223722780 . G A 307.9 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00746487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.674;QD=24.1491;RBI=0.0159967;REFB=-0.0216634;REVB=-0.0141481;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680038;STB=0.537524;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0195246;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:13:17:10:11:13:17:10:11 chr1 223813586 . G T 300.51 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0171794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8166;QD=23.1165;RBI=0.0173045;REFB=0.00124894;REVB=-0.00207681;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232404;STB=0.627767;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.000749725;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:5:17:14:16:5:17 chr1 223877789 . T C 1449.55 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0158566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5693;QD=59.7752;RBI=0.046314;REFB=-0.140189;REVB=0.043515;RO=2;SAF=45;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206044;STB=0.505819;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00329563;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:2:3:94:94:0.969072:49:45:2:0:49:45:2:1 chr1 223900408 . C G 993.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532479;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0906;QD=59.335;RBI=0.0570974;REFB=0;REVB=0.0206101;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019806;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr1 223900544 . A G 187.05 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0217985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.071;QD=14.1168;RBI=0.0222326;REFB=-0.0103902;REVB=0.00437189;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248036;STB=0.524249;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0145891;OID=.;OPOS=223900544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:14:7:11:20:15:7:11:20 chr1 223934720 . G A 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.568;QD=58.2336;RBI=0.0269489;REFB=0;REVB=-0.0062694;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80784e-05;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr1 224492746 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2309;QD=53.2767;RBI=0.127476;REFB=0;REVB=-0.124785;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197819;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr1 224495852 . C T 1914.58 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2213;QD=61.7607;RBI=0.0835794;REFB=0;REVB=-0.0717497;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057144;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:56:68:0:0:56:68:0:0 chr1 224505569 . ATAAG AAAAG,ATAAA,ATAAAAG,TAAAG 741.14 PASS AF=0.0408163,0.0408163,0.918367,0;AO=2,2,39,2;DP=49;FAO=2,2,45,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,20,0;FSAR=2,2,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298588,-0.049466,-0.10963,-0.136092;FXX=0;HRUN=1,1,2,2;LEN=1,1,2,2;MLLD=157.304,128.131,39.4889,11.1888;QD=60.5015;RBI=0.0409184,0.0630112,0.158936,0.137926;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0279779,-0.0390323,0.115073,0.0224177;RO=0;SAF=0,0,18,0;SAR=2,2,21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,3.34792e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,ins,mnp;VARB=-0.0430034,0.0725693,0.00560688,0;OID=.,.,.,.;OPOS=224505570,224505573,224505571,224505569;OREF=T,G,-,AT;OALT=A,A,AA,TA;OMAPALT=AAAAG,ATAAA,ATAAAAG,TAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:49:49:0:0:2,2,39,2:2,2,45,0:0.0408163,0.0408163,0.918367,0:2,2,21,2:0,0,18,0:0:0:2,2,25,0:0,0,20,0:0:0 chr1 224517842 . C T 358.44 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2431;QD=55.1451;RBI=0.0952668;REFB=0;REVB=-0.00735111;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209282;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr1 224575373 . G A 789.35 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165945;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.453;QD=64.4367;RBI=0.0664352;REFB=0;REVB=0.0643293;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221576;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr1 225230608 . C T 557.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1155;QD=60.273;RBI=0.00625979;REFB=0;REVB=0.000910724;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73706e-05;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:9:26:0:0:9:28:0:0 chr1 225266966 . C G 800.2 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7814;QD=56.1548;RBI=0.0324177;REFB=0;REVB=-0.00101385;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304652;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:55:57:1:22:33:0:0:24:33:0:0 chr1 225268343 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4515;QD=46.9591;RBI=0.0331076;REFB=0.0150243;REVB=0.0261261;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00815524;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:0:1:13:7:0:1 chr1 225268346 . G A 246.66 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0441149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.195;QD=46.9826;RBI=0.049837;REFB=-0.158777;REVB=0.0231862;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00281868;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:19:20:0.952381:12:7:0:0:13:7:0:1 chr1 225270409 . A T 382.6 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00260837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.549;QD=52.7727;RBI=0.0176253;REFB=-0.107465;REVB=0.0174313;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000767794;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:1:0:9:19:1:0 chr1 225273248 . G T 536.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.346;QD=59.5896;RBI=0.0222276;REFB=0;REVB=0.0183154;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96214e-05;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:14:19:0:0:16:20:0:0 chr1 225305656 . TA T 53.75 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0839312;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3122;QD=3.20895;RBI=0.0879282;REFB=-0.00988341;REVB=-0.0262092;RO=47;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204556;STB=0.630989;STBP=0.239;TYPE=del;VARB=0.0179218;OID=.;OPOS=225305657;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268657:18:68:18:67:49:4:14:18:31:53:47:4:14:17:30 chr1 225373072 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000254692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.985;QD=17.4903;RBI=0.00221272;REFB=-0.013762;REVB=0.00219801;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614561;STB=0.534458;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0160632;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:13:17:14:14:13:17 chr1 225446838 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0160311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.069;QD=15.2625;RBI=0.0424398;REFB=-0.0186907;REVB=-0.0392956;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.578821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0302912;OID=.;OPOS=225446838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:7:9:9:4:7:9 chr1 225463772 . A G 239.26 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00271118;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6312;QD=20.3627;RBI=0.0276284;REFB=-0.0104704;REVB=0.027495;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181034;STB=0.510195;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0152483;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:11:13:12:11:11:13 chr1 225528183 . C A 190.19 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00475502;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.836;QD=17.6919;RBI=0.00504794;REFB=-0.00190495;REVB=0.00169454;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394278;STB=0.700932;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00429373;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:13:6:17:6:13:7:17:6 chr1 225533684 . A G 479.63 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0040069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.735;QD=19.7784;RBI=0.00569935;REFB=0.00300236;REVB=0.00405306;RO=49;SAF=31;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163318;STB=0.586487;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00331396;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:50:47:47:0.484536:16:31:24:25:16:31:25:25 chr1 225534219 . T C 272.74 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00603859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.414;QD=18.1828;RBI=0.0290616;REFB=-0.0385889;REVB=0.0284273;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153241;STB=0.549325;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0259446;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:29:29:31:0.516667:13:16:11:18:15:16:12:17 chr1 225534348 . G A 111.2 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00727528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.813;QD=12.0221;RBI=0.0127216;REFB=-0.0176634;REVB=-0.010436;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194513;STB=0.630163;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0307804;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:23:13:14:0.378378:5:8:10:13:5:9:10:13 chr1 225555512 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00143223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.626;QD=14.3999;RBI=0.0143214;REFB=-0.00662053;REVB=0.0142496;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132599;STB=0.575784;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0153879;OID=.;OPOS=225555512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:8:17:19:15:8:17:19:15 chr1 225555602 . T G 242.2 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00946975;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.727;QD=12.1101;RBI=0.0113683;REFB=-0.00147874;REVB=0.00628992;RO=51;SAF=22;SAR=7;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242381;STB=0.641101;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0040784;OID=.;OPOS=225555602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:7:22:29:22:7:22:29:22 chr1 225565015 . T C 669.98 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2036;QD=62.3241;RBI=0.0432493;REFB=0;REVB=-0.00687649;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000711375;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 225565073 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.548;QD=62.0219;RBI=0.0218497;REFB=0;REVB=0.0217248;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53348e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr1 225569241 . T G 1328.72 PASS AF=0.936842;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0115717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.177;QD=55.9461;RBI=0.0301441;REFB=-0.005632;REVB=0.0278346;RO=2;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249252;STB=0.537492;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000108082;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:95:2:6:89:89:0.936842:37:52:0:2:37:52:0:6 chr1 225601647 . C T 430.21 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.022;QD=57.3607;RBI=0.0839592;REFB=0;REVB=0.0691833;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891277;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:12:13:0:0:17:13:0:0 chr1 225607144 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.086;QD=62.6705;RBI=0.0186955;REFB=0;REVB=0.00452492;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58395e-05;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr1 225609884 . A G 2216.8 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000615366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.134;QD=63.3372;RBI=0.0130977;REFB=0;REVB=0.0130832;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23805e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:73:66:0:0:73:67:0:0 chr1 225611661 . C T 1345.19 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477645;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.822;QD=62.567;RBI=0.049254;REFB=0;REVB=0.0120213;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157782;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr1 225682560 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3308;QD=47.8221;RBI=0.0626665;REFB=0;REVB=-0.0375519;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464108;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 226026406 . A G 112.4 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0445322;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.115;QD=14.5031;RBI=0.0544147;REFB=-0.0126472;REVB=-0.0312705;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270364;STB=0.669225;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0132243;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:18:13:13:0.419355:10:3:1:15:10:3:1:17 chr1 226032229 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00379672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.588;QD=21.7464;RBI=0.0134386;REFB=-0.024438;REVB=-0.0128911;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687588;STB=0.538428;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0194628;OID=.;OPOS=226032229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:7:15:15:5:7:15:15:5 chr1 226055595 . G A 74.03 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.000385136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2171;QD=10.2104;RBI=0.0246831;REFB=-0.018067;REVB=0.0246801;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247284;STB=0.676633;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00924355;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:9:10:0.344828:3:6:16:3:4:6:16:3 chr1 226074563 . T G 220.65 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0302566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5327;QD=14.4687;RBI=0.0754018;REFB=-0.0101795;REVB=-0.0690649;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177341;STB=0.519882;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0162251;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:11:14:19:16:11:15:19:16 chr1 226125385 . G A 230.05 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00829406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.937;QD=21.9093;RBI=0.0180473;REFB=-0.0354908;REVB=0.0160285;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141042;STB=0.590826;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0188956;OID=.;OPOS=226125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:22:22:0.52381:13:9:11:8:13:9:12:8 chr1 226128620 . C T 114.5 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00319705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.604;QD=9.95627;RBI=0.00383657;REFB=-0.00503465;REVB=-0.00212089;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118442;STB=0.571326;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0125439;OID=.;OPOS=226128620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:15:17:6:8:15:17 chr1 226352498 . T G 285.8 PASS AF=0.412698;AO=15;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00436504;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=239.102;QD=18.146;RBI=0.0297384;REFB=-0.00583285;REVB=0.0294164;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124555;STB=0.524108;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000867115;OID=.;OPOS=226352498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:63:15:21:15:26:0.412698:5:10:8:7:11:15:11:10 chr1 226474132 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0202091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.621;QD=11.8156;RBI=0.0266755;REFB=-0.000951231;REVB=-0.0174118;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228137;STB=0.501318;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142194;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:14:10:17:24:14:10:17:24 chr1 226555302 . A G 387.26 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0561147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8969;QD=23.8312;RBI=0.057379;REFB=-0.0204025;REVB=-0.0119786;RO=27;SAF=12;SAR=26;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107335;STB=0.559108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0154446;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:26:12:12:15:26:12:12:15 chr1 226570840 . T C 101.69 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0186302;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=133.827;QD=8.3012;RBI=0.0363989;REFB=-0.0105955;REVB=-0.0312697;RO=33;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260302;STB=0.638866;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0171261;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:33:36:13:13:0.265306:3:10:19:14:3:10:22:14 chr1 226573364 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.089;QD=62.3494;RBI=0.0389392;REFB=0;REVB=0.0328446;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195231;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr1 226589833 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00566802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.316;QD=12.8607;RBI=0.0135068;REFB=-0.018728;REVB=-0.01226;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162992;STB=0.599679;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0237101;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:6:2:1:6:6:2 chr1 226589958 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0151312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.768;QD=15.7843;RBI=0.015185;REFB=-0.00856112;REVB=-0.0012773;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606075;STB=0.534835;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00870952;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:13:4:4:10:13:4 chr1 226613233 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0114035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.855;QD=10.4391;RBI=0.0136826;REFB=-0.00555945;REVB=0.00756133;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148068;STB=0.588105;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00786745;OID=.;OPOS=226613233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:9:18:7:6:9:18 chr1 226613287 . A G 135.38 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0203792;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9815;QD=15.0418;RBI=0.0652844;REFB=-0.151462;REVB=0.0620221;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.50812;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0774701;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:20:11:16:0.444444:6:5:6:10:11:5:6:14 chr1 226819524 . CGGGGGGGGT CGGGGGGGGGT,CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC 69.57 PASS AF=0.0833333,0.611111,0.0555556;AO=5,16,2;DP=37;FAO=3,22,2;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=2,6,1;FSAR=1,16,1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0567795,-0.0571269,0.0237894;FXX=0.0270197;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=6.29127,7.25538,22.0944;QD=7.72989;RBI=0.0942487,0.0944335,0.0600195;REFB=-0.0316419,0.0270572,0.00764657;REVB=-0.0752257,0.0751944,0.0551036;RO=10;SAF=2,4,1;SAR=3,12,1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.236266,0.0470477,0.33927;STB=0.855607,0.562447,0.816278;STBP=0.441,0.373,0.749;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0959763,0.0445207,-0.0457503;OID=.,.,.;OPOS=226819525,226819525,226819532;OREF=-,G,GT;OALT=G,-,TC;OMAPALT=CGGGGGGGGGT,CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.611111,0.0555556:5,16,2:37:3,22,2:36:9:2,6,1:1,16,1:1:8:25:10:2,4,1:3,12,1:2:8 chr1 226923505 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000307419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.345;QD=60.9786;RBI=0.0166495;REFB=0;REVB=0.0166467;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52115e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 227069677 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.78;QD=51.1846;RBI=0.0183881;REFB=0;REVB=0.00641863;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14624e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 227069737 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00382681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.612;QD=11.0924;RBI=0.0199057;REFB=-0.0191452;REVB=0.0195344;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0412446;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr1 227071525 . C T 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0233383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.023;QD=23.1574;RBI=0.0318303;REFB=0.0100877;REVB=-0.0216446;RO=23;SAF=9;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134032;STB=0.574196;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00648189;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:23:9:10:13:23:9:10:13 chr1 227071543 . G C 182.09 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0350452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.695;QD=16.9388;RBI=0.036171;REFB=-0.0165965;REVB=0.00895381;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258183;STB=0.652492;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0197104;OID=.;OPOS=227071543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:11:8:4:19:11:8:4:20 chr1 227178948 . G A 657.24 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0255481;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3101;QD=50.5571;RBI=0.0417775;REFB=-0.0129099;REVB=-0.0330553;RO=3;SAF=14;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555565;STB=0.501844;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00363676;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:52:3:3:48:49:0.942308:34:14:1:2:34:15:1:2 chr1 227182033 . G A 528.35 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192649;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.772;QD=60.3831;RBI=0.0947579;REFB=0;REVB=0.0927789;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461248;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:30:35:1:3:27:0:0:9:26:0:0 chr1 227182575 . A G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=48;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9379;QD=61.1856;RBI=0.0260175;REFB=0.0037861;REVB=-0.00579422;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000755852;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:48:47:0.979167:20:28:0:0:19:28:0:1 chr1 227216662 . T C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0136344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3022;QD=10.1679;RBI=0.0196341;REFB=0.00964094;REVB=-0.014128;RO=39;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22951;STB=0.654299;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.028091;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:38:18:19:0.333333:5:13:21:18:5:14:20:18 chr1 227216775 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0164422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.154;QD=11.5764;RBI=0.0190503;REFB=-0.000593409;REVB=-0.0096213;RO=40;SAF=16;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251523;STB=0.646333;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00110247;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:7:16:19:21:7:16:19:21 chr1 227307551 . TC CT 35.73 PASS AF=0.0909091;AO=6;DP=68;FAO=6;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0211742;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=2;MLLD=100.605;QD=2.16568;RBI=0.0421659;REFB=-0.00124281;REVB=-0.0364639;RO=51;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11707;STB=0.606377;STBP=0.638;TYPE=mnp;VARB=0.15835;OID=.;OPOS=227307551;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:66:51:56:6:6:0.0909091:2:4:29:22:2:4:31:25 chr1 227504794 . T C 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00321116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.165;QD=24.7612;RBI=0.0167092;REFB=-0.000336694;REVB=-0.0163977;RO=28;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174336;STB=0.509549;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00011528;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:21:20:13:15:21:20:13:15 chr1 227681475 . T C 1697.57 PASS AF=0.72;AO=139;DP=196;FAO=144;FDP=200;FR=.;FRO=56;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.03019;FXX=0.0196069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3699;QD=33.9513;RBI=0.0811137;REFB=-0.0340046;REVB=0.0752862;RO=52;SAF=53;SAR=86;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190783;STB=0.50289;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0145563;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:52:56:139:144:0.72:86:53:18:34:86:58:22:34 chr1 227920103 . G A 1369.8 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499682;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2545;QD=59.5564;RBI=0.0658707;REFB=-0.160952;REVB=0.04292;RO=3;SAF=57;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020459;STB=0.507461;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00894329;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:92:3:1:89:91:0.98913:32:57:1:2:33:58:0:1 chr1 227935444 . A G 575.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.376;QD=60.5841;RBI=0.0493926;REFB=0;REVB=0.0213194;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236137;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:22:14:0:0:22:16:0:0 chr1 227946825 . A T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00260803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.661;QD=19.7636;RBI=0.0043685;REFB=0.000797516;REVB=-0.00350456;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219379;STB=0.512188;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.000830061;OID=.;OPOS=227946825;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:14:21:19:14:14:21:19:14 chr1 227963491 . G T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.087;QD=63.5822;RBI=0.0493301;REFB=0;REVB=0.0482814;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101325;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr1 228003839 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.643;QD=57.1764;RBI=0.0672366;REFB=0;REVB=0.0258718;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139002;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 228033197 . A G 1080.73 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173384;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.796;QD=58.4178;RBI=0.0461263;REFB=-0.0764406;REVB=0.0427436;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00175047;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:44:29:0:0:44:29:0:1 chr1 228033667 . G C 315.17 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0165411;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.07;QD=12.6069;RBI=0.0199538;REFB=-0.0115993;REVB=0.01116;RO=63;SAF=18;SAR=18;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264099;STB=0.509994;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.019098;OID=.;OPOS=228033667;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:64:36:36:0.36:18:18:30:33:18:18:31:33 chr1 228113046 . C T 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0203926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=18.1938;RBI=0.0206622;REFB=-0.0125829;REVB=0.00332693;RO=36;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172323;STB=0.596542;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0147344;OID=.;OPOS=228113046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:23:11:18:18:23:11:18:18 chr1 228113163 . A G 211.54 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00263681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9435;QD=17.2685;RBI=0.0631092;REFB=-0.00216115;REVB=-0.0630541;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376557;STB=0.522224;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0139804;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:21:22:0.44898:13:8:10:16:13:9:10:17 chr1 228335125 . C T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0302777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.474;QD=22.398;RBI=0.049076;REFB=-0.0180643;REVB=0.0386227;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653289;STB=0.536552;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0160552;OID=.;OPOS=228335125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:8:11:11:11:8:11 chr1 228335959 . C T 648.54 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00901667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.584;QD=27.5976;RBI=0.0234914;REFB=-0.0426778;REVB=0.0216921;RO=37;SAF=28;SAR=29;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746588;STB=0.540627;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0250148;OID=.;OPOS=228335959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:29:28:22:15:29:28:22:15 chr1 228347352 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0124333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.584;QD=10.1734;RBI=0.0208125;REFB=-0.0181123;REVB=-0.0166905;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280298;STB=0.66622;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0210119;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:8:1:2:4:8:1 chr1 228352160 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.658;QD=46.8479;RBI=0.0432687;REFB=0;REVB=0.0431194;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769258;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr1 228399482 . C G 252.98 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00160373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.358;QD=19.0924;RBI=0.0379259;REFB=-0.013832;REVB=0.037892;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105726;STB=0.558782;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0175078;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:9:18:20:6:9:18:20:6 chr1 228399505 . CG C,GC 51.65 PASS AF=0.218182,0.0545455;AO=13,3;DP=56;FAO=12,3;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7,3;FSAR=5,0;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0122421,0.00594319;FXX=0.017854;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=13.9906,34.1779;QD=3.75656;RBI=0.124512,0.170774;REFB=-0.0740496,-0.0419394;REVB=-0.123908,-0.17067;RO=38;SAF=7,3;SAR=6,0;SRF=30;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.323505,0.412428;STB=0.637728,0.994924;STBP=0.342,0.255;TYPE=del,mnp;VARB=0.116631,0.195997;OID=.,.;OPOS=228399506,228399505;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:56:55:38:40:13,3:12,3:0.218182,0.0545455:6,0:7,3:30:8:5,0:7,3:30:10 chr1 228399766 . T C 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0274827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.832;QD=6.81343;RBI=0.0312909;REFB=-0.0210945;REVB=-0.0149607;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136363;STB=0.585974;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0310002;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:6:13:4:3:6:13 chr1 228402047 . A G 364.15 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0285218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8219;QD=11.1191;RBI=0.0500493;REFB=-0.00314042;REVB=-0.0411272;RO=86;SAF=17;SAR=28;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231276;STB=0.63287;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00571946;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:86:86:45:45:0.343511:28:17:50:36:28:17:50:36 chr1 228402121 . A G 327.62 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0737116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.333;QD=12.2473;RBI=0.0737163;REFB=-0.00614472;REVB=0.000835061;RO=67;SAF=17;SAR=23;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171276;STB=0.597631;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00815301;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:40:40:0.373832:23:17:39:28:23:17:39:28 chr1 228402508 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0206674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8551;QD=23.5984;RBI=0.0211847;REFB=-0.0162964;REVB=-0.00465282;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140187;STB=0.59992;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0129688;OID=.;OPOS=228402508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:21:25:25:0.543478:15:10:11:8:15:10:13:8 chr1 228404198 . G A 324.63 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0153312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5713;QD=17.0856;RBI=0.107433;REFB=-0.0278672;REVB=0.106334;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315237;STB=0.532301;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0259446;OID=.;OPOS=228404198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:15:20:21:18:15:20:21:20 chr1 228412227 . TG CA 238.14 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00193968;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.269;QD=20.2672;RBI=0.00619621;REFB=-0.0261366;REVB=0.00588478;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074684;STB=0.531282;STBP=0.674;TYPE=mnp;VARB=0.0241406;OID=.;OPOS=228412227;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:22:23:0.489362:12:10:9:15:13:10:9:15 chr1 228412308 . G A 241.08 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0145473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.316;QD=14.6109;RBI=0.0182707;REFB=-0.00561682;REVB=0.0110542;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05338;STB=0.530281;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00685487;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:17:21:14:14:17:21 chr1 228444565 . T A 373.4 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.959;QD=53.3434;RBI=0.0784299;REFB=0;REVB=0.0782518;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00638441;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:23:28:1:15:8:0:0:20:8:0:0 chr1 228461129 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0161231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3382;QD=17.6172;RBI=0.044948;REFB=0.00913123;REVB=-0.0419567;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108685;STB=0.570673;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0187224;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:23:24:0.470588:11:12:11:16:11:13:11:16 chr1 228464248 . T G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0111789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.748;QD=8.73783;RBI=0.0132354;REFB=-0.0225169;REVB=-0.00708586;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23176;STB=0.639722;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0459989;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:5:15:5:4:5:15 chr1 228464276 . T C 75.09 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00408662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.349;QD=11.1244;RBI=0.0379227;REFB=-0.0169147;REVB=-0.0377019;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155187;STB=0.592414;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0295433;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:6:11:5:5:6:11 chr1 228467711 . G A 550.72 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=28;FWDB=-0.0102185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.019;QD=14.5887;RBI=0.0208808;REFB=-0.0347886;REVB=-0.0182096;RO=89;SAF=30;SAR=32;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211109;STB=0.61796;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.046419;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:89:62:62:0.410596:32:30:61:28:32:30:61:28 chr1 228468244 . G A 224.58 PASS AF=0.481481;AO=24;DP=52;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0264106;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0689;QD=16.6356;RBI=0.0267945;REFB=-0.0142365;REVB=0.00451937;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104174;STB=0.5498;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.021009;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:25:28:24:26:0.481481:16:8:11:14:18:8:11:17 chr1 228469870 . C T 374.37 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0835002;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.33;QD=17.4127;RBI=0.0835052;REFB=-0.0207839;REVB=0.000913922;RO=43;SAF=28;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234486;STB=0.613078;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0354013;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:47:39:39:0.453488:11:28:21:22:11:28:25:22 chr1 228469903 . AG TT 300.88 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00551589;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.148;QD=19.4113;RBI=0.0146395;REFB=-0.0068843;REVB=-0.0135606;RO=30;SAF=24;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33756;STB=0.69271;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.00863423;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:30:31:32:0.516129:7:24:13:17:7:25:13:17 chr1 228476366 . GA TT 76.19 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00296298;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.944;QD=12.1901;RBI=0.0114749;REFB=-0.0338552;REVB=0.0110857;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147874;STB=0.523317;STBP=0.863;TYPE=mnp;VARB=0.0721761;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:15:15:9:10:0.4:2:7:10:5:3:7:10:5 chr1 228476414 . G A 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0254508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.951;QD=16.1061;RBI=0.0267899;REFB=-0.0261141;REVB=0.00836407;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131602;STB=0.575668;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0392708;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:12:10:10:7:12:10 chr1 228480281 . CAGC CGGC,GGCG 290.68 PASS AF=0.534483,0;AO=24,2;DP=55;FAO=31,0;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15,0;FSAR=16,0;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0033711,-0.0168811;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=184.517,211.549;QD=20.047;RBI=0.00397071,0.019256;REFB=-0.0137021,-0.00932947;REVB=0.00209814,-0.00926405;RO=25;SAF=14,0;SAR=10,2;SRF=19;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171196,-0.627714;STB=0.601707,0.5;STBP=0.116,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00891308,0;OID=.,.;OPOS=228480282,228480281;OREF=A,CAGC;OALT=G,GGCG;OMAPALT=CGGC,GGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:25:27:24,2:31,0:0.534483,0:10,2:14,0:19:6:16,0:15,0:19:8 chr1 228494696 . G A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00795945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.471;QD=17.7531;RBI=0.0145116;REFB=-0.0295342;REVB=0.012134;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385818;STB=0.521722;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0323076;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:14:13:11:14:14:13 chr1 228503677 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0194999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.542;QD=20.6008;RBI=0.0442223;REFB=-0.0358354;REVB=-0.0396909;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227307;STB=0.512808;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0320593;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:9:10:10:10:9:10 chr1 228504472 . T C 268.84 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0451422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6952;QD=29.0636;RBI=0.0463576;REFB=-0.0298469;REVB=-0.0105457;RO=13;SAF=15;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249668;STB=0.63747;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0148085;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:9:15:3:10:9:15:3:10 chr1 228505204 . G A 272.15 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0820616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4498;QD=19.4392;RBI=0.111694;REFB=-0.0363614;REVB=0.0757722;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915988;STB=0.551087;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0339004;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:14:13:17:12:14:13 chr1 228505668 . C G 222.87 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0123505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.755;QD=18.9673;RBI=0.0773788;REFB=-0.019437;REVB=-0.0763868;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13591;STB=0.576854;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0181657;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:10:15:10:12:10:15 chr1 228509427 . A G 235.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0499792;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7903;QD=13.0775;RBI=0.0574118;REFB=-0.0238528;REVB=-0.0282525;RO=44;SAF=15;SAR=13;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210878;STB=0.619596;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0351525;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:44:28:28:0.388889:13:15:32:12:13:15:32:12 chr1 228526665 . T C 818.55 PASS AF=0.482759;AO=84;DP=175;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0134836;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.211;QD=18.8173;RBI=0.0276595;REFB=-0.0305939;REVB=-0.0241503;RO=86;SAF=35;SAR=49;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119896;STB=0.572098;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.037677;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:86:90:84:84:0.482759:49:35:47:39:49:35:50:40 chr1 228528563 . C G 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0233739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.809;QD=17.5854;RBI=0.023804;REFB=-0.0185905;REVB=-0.00450447;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271298;STB=0.645931;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0298899;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:7:15:11:16:7:15:12:16 chr1 228547901 . C T 334.37 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00727201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.792;QD=19.3837;RBI=0.0395044;REFB=-0.0137073;REVB=0.0388293;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217178;STB=0.620621;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0135076;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:22:12:21:14:22:12 chr1 228548197 . G A 101.89 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00865755;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.366;QD=13.1477;RBI=0.0187184;REFB=-0.0157435;REVB=0.0165959;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467161;STB=0.502758;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231356;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:8:11:7:5:8:11 chr1 228550426 . C T 722.7 PASS AF=0.589744;AO=68;DP=113;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0279734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.0137;QD=24.7078;RBI=0.0338704;REFB=-0.0294517;REVB=0.0190969;RO=45;SAF=25;SAR=43;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10927;STB=0.560995;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0371894;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:45:48:68:69:0.589744:43:25:23:22:43:26:25:23 chr1 228558891 . CCGGG CCGG,CCGGC,CGG 408.34 PASS AF=0.970588,0,0;AO=20,2,5;DP=34;FAO=33,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.259543,0.0329664,-0.109031;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=19.004,5.4536,6.50486;QD=48.0396;RBI=0.261816,0.0859945,0.109683;REFB=-0.0654943,-0.0494791,-0.00580403;REVB=0.0344243,0.0794246,-0.0119452;RO=4;SAF=4,2,5;SAR=16,0,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.384615,0,0.416667;SSSB=-0.221732,0.569412,0.719385;STB=0.514277,0.5,0.5;STBP=0.513,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0155487,0,0;OID=.,.,.;OPOS=228558893,228558895,228558892;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970588,0,0:20,2,5:34:33,0,0:34:1:16,0,0:17,0,0:0:1:3:4:4,2,5:16,0,0:3:1 chr1 228559994 . C T 334.15 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.026509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.387;QD=16.7077;RBI=0.0278085;REFB=-0.0141213;REVB=0.00840155;RO=44;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197802;STB=0.611049;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0171314;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:14:22:18:26:14:22:18:26 chr1 228560139 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.971;QD=51.9166;RBI=0.0165928;REFB=0;REVB=0.0115315;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52454e-06;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 228560700 . T C 2326.61 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8813;QD=63.7428;RBI=0.0326243;REFB=0;REVB=-0.0325943;RO=0;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85183e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:85:60:0:0:85:61:0:0 chr1 228564884 . G A 314.02 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.000924623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.344;QD=17.2067;RBI=0.0286099;REFB=-0.00756302;REVB=0.0285949;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839573;STB=0.547141;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.012244;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:22:12:17:22:22:12:17:22 chr1 228602660 . G C 415.24 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00509819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6519;QD=15.2383;RBI=0.00548607;REFB=-0.0142964;REVB=-0.00202619;RO=62;SAF=15;SAR=32;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12808;STB=0.572127;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0181318;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:32:15:27:35:32:15:27:35 chr1 228612838 . G T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0226324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.072;QD=11.5968;RBI=0.0235222;REFB=0.00591676;REVB=0.00640875;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302979;STB=0.679703;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00849558;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:13:8:8:4:13:8 chr1 228680869 . C G 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0406292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.244;QD=11.0152;RBI=0.0440483;REFB=-0.0154276;REVB=-0.0170153;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180161;STB=0.594461;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0382016;OID=.;OPOS=228680869;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:6:8:11:16:6:8:12:16 chr1 228699477 . T C 199.45 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0421002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1001;QD=20.4559;RBI=0.0421061;REFB=-0.0209985;REVB=-0.00070386;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965613;STB=0.554089;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0332357;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:15:4:6:14:15:4 chr1 228743499 . C A 1377.15 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4765;QD=62.5978;RBI=0.0605729;REFB=0;REVB=-0.00916522;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175476;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr1 228783671 . C T 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0436892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9738;QD=20.8897;RBI=0.0595716;REFB=0.00141959;REVB=-0.0404973;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510194;STB=0.53729;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00302791;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:18:14:13:13:18:14:14:13 chr1 229386237 . T A 223.86 PASS AF=0.478261;AO=23;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0403902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.373;QD=19.4664;RBI=0.0468711;REFB=-0.000371781;REVB=-0.0237808;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330015;STB=0.573702;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000747744;OID=.;OPOS=229386237;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:24:23:22:0.478261:14:9:9:12:14:8:12:12 chr1 229460246 . A T 283.1 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0325667;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.683;QD=14.7065;RBI=0.0326671;REFB=-0.0160816;REVB=-0.00255822;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135467;STB=0.576425;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0184719;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:18:14:14:31:18:14:14:31 chr1 229461024 . C T 358.65 PASS AF=0.5;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00488511;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.652;QD=19.3862;RBI=0.0104677;REFB=-0.00715828;REVB=0.00925786;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142845;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00984737;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:37:37:37:0.5:16:21:21:15:16:21:21:16 chr1 229622162 . A G 268.71 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.107618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5919;QD=22.3928;RBI=0.108615;REFB=-0.0169267;REVB=-0.01468;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287996;STB=0.516116;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0263002;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:14:9:9:16:14:9 chr1 229623338 . T C 296.05 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0372017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.236;QD=28.883;RBI=0.0373376;REFB=-0.0233509;REVB=0.00318197;RO=15;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696384;STB=0.538431;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0211474;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:8:18:9:6:8:18:9:6 chr1 229631734 . T C 293.57 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00260793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.448;QD=19.9032;RBI=0.0166198;REFB=-0.0476623;REVB=0.016414;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681327;STB=0.537914;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0367022;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:13:15:19:12:13:15 chr1 229635521 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0446834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4942;QD=17.4275;RBI=0.0447489;REFB=0.00578216;REVB=-0.00241988;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159409;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00371541;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:11:8:13:9:11:8:13:10 chr1 229663064 . GAGGAAAGGA GAGGA,GAGG 178.92 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=16;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718698,-0.0153218;FXX=0.062461;HRUN=3,3;LEN=5,6;MLLD=166.401,146.252;QD=47.7107;RBI=0.0379204,0.0263316;REFB=0,0;REVB=0.0372331,0.0214149;RO=0;SAF=3,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00198835,0.0480781;OID=.,.;OPOS=229663065,229663068;OREF=AGGAA,AAAGGA;OALT=-,-;OMAPALT=GAGGA,GAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,2:16:15,0:15:0:3,0:12,0:0:0:4:0:3,0:10,2:0:0 chr1 229683264 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0120809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.707;QD=17.8005;RBI=0.0121925;REFB=-0.010531;REVB=-0.00164589;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323679;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0144829;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:10:14:11:9:10:14 chr1 229730452 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00165263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.232;QD=14.6497;RBI=0.0281983;REFB=-0.0100615;REVB=-0.0281499;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391429;STB=0.729506;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0193251;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:11:8:11:3:11:8 chr1 229737680 . C T 150.18 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00713779;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.964;QD=12.0145;RBI=0.00775739;REFB=-0.0104809;REVB=-0.00303794;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180265;STB=0.539956;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0245463;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:32:17:18:0.36:8:9:18:15:9:9:18:14 chr1 229738170 . T G 1153.37 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.441;QD=60.7037;RBI=0.0246663;REFB=0;REVB=0.0236203;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13782e-05;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:33:43:0:0 chr1 229738236 . G A 639.39 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00599367;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=119.85;QD=55.5995;RBI=0.0485513;REFB=-0.13164;REVB=0.0481799;RO=3;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493712;STB=0.526304;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000719555;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:27:16:0:3:27:16:0:3 chr1 229772693 . T G 255.85 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.869;QD=51.1693;RBI=0.0526627;REFB=0;REVB=0.0190463;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228078;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr1 229772932 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0102052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.158;QD=12.6194;RBI=0.0203537;REFB=-0.00690685;REVB=-0.0176104;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279389;STB=0.65956;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0103206;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:10:14:12:26:10:14:12:26 chr1 229773441 . C T 474.69 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0471827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2879;QD=21.5767;RBI=0.047287;REFB=-0.00196441;REVB=-0.00313891;RO=42;SAF=31;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967552;STB=0.553548;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0022214;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:15:31:24:18:15:31:24:18 chr1 229790048 . A G 2351.7 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2147;QD=61.0831;RBI=0.057697;REFB=0;REVB=-0.0566214;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182677;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:86:67:0:0:86:68:0:0 chr1 230417557 . T C 157.87 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=3.25453e-07;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.281;QD=12.1436;RBI=0.0051823;REFB=-0.00494744;REVB=0.0051823;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743751;STB=0.512182;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00840416;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:33:19:19:0.365385:9:10:16:14:9:10:18:15 chr1 230417560 . A G 180.81 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00407628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5367;QD=13.9082;RBI=0.010223;REFB=-0.00356356;REVB=-0.0093752;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737477;STB=0.533301;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0126098;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:9:12:15:15:9:12:16:15 chr1 230498061 . C T 275.71 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0209514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.737;QD=25.6478;RBI=0.0254915;REFB=-0.0124712;REVB=-0.0145209;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065676;STB=0.525308;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00754751;OID=.;OPOS=230498061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:25:25:0.581395:14:11:9:8:14:11:9:9 chr1 230498094 . A C 217.85 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0338747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0171;QD=22.9317;RBI=0.0656504;REFB=-0.05703;REVB=0.056236;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107478;STB=0.568058;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.04486;OID=.;OPOS=230498094;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:12:8:9:8:13:8:9:8 chr1 230829139 . A G 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.474;QD=58.5807;RBI=0.0646468;REFB=0;REVB=0.0636474;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135503;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 230841687 . T C 898.44 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.657;QD=57.9638;RBI=0.0426669;REFB=0;REVB=-0.0420785;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206896;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:24:36:0:0:26:36:0:0 chr1 230845794 . A G 753.61 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.863;QD=56.8764;RBI=0.0310367;REFB=0;REVB=-0.0259117;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42396e-05;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr1 230910339 . G A 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0171676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.436;QD=16.0284;RBI=0.0174068;REFB=-0.011894;REVB=0.00287558;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412269;STB=0.523346;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0172195;OID=.;OPOS=230910339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:9:16:18:12:9:16:18:12 chr1 230974609 . C T 373.55 PASS AF=0.454545;AO=36;DP=84;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0160508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.866;QD=16.9794;RBI=0.0163904;REFB=-0.00711396;REVB=0.00331872;RO=48;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050211;STB=0.502368;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00932393;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:48:48:36:40:0.454545:16:20:29:19:16:24:29:19 chr1 231042732 . T A 225.7 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00257882;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.06;QD=18.8085;RBI=0.0329649;REFB=-0.0191117;REVB=0.0328639;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106976;STB=0.570546;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0249856;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:12:9:14:12:13:9:14:12 chr1 231057247 . A T 263.5 PASS AF=0.391892;AO=25;DP=71;FAO=29;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.072695;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4814;QD=14.243;RBI=0.0743499;REFB=-0.00543604;REVB=0.0155997;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263675;STB=0.632558;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0135357;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:39:42:25:29:0.391892:18:7:20:19:20:9:22:20 chr1 231339713 . C T 1408.59 PASS AF=0.47973;AO=141;DP=296;FAO=142;FDP=296;FR=.;FRO=154;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=79;FSRR=75;FWDB=0.00772993;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.367;QD=19.0351;RBI=0.0104152;REFB=-0.00996394;REVB=0.00698023;RO=151;SAF=74;SAR=67;SRF=76;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202528;STB=0.50424;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00996809;OID=.;OPOS=231339713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:151:154:141:142:0.47973:67:74:76:75:68:74:79:75 chr1 231355911 . TGGGGGGCG TGGGGGGGT 330.11 PASS AF=0.465753;AO=23;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0145453;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.099;QD=18.088;RBI=0.0178566;REFB=-0.0168899;REVB=0.0103582;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270386;STB=0.577573;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0193927;OID=.;OPOS=231355918;OREF=CG;OALT=GT;OMAPALT=TGGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:23:74:34:73:32:18:16:22:10:99:21:9:14:15:6 chr1 231355986 . G T 254.68 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00276778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.259;QD=15.9177;RBI=0.00721712;REFB=-0.00310843;REVB=0.0066653;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236051;STB=0.645473;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00508852;OID=.;OPOS=231355986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:35:29:29:0.453125:17:12:22:11:17:12:24:11 chr1 231401902 . G A 387.48 PASS AF=0.557143;AO=37;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0133572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.633;QD=22.1416;RBI=0.0156345;REFB=-0.020977;REVB=-0.00812547;RO=31;SAF=12;SAR=25;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283723;STB=0.501991;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.012661;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:37:39:0.557143:25:12:11:20:25:14:11:20 chr1 231488524 . C T 400.67 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00518167;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6221;QD=23.9204;RBI=0.00525725;REFB=-0.011265;REVB=-0.000888261;RO=29;SAF=27;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278244;STB=0.645856;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0076184;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:28:39:39:0.58209:12:27:10:19:12:27:10:18 chr1 231501553 . A C 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00607865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2938;QD=3.37576;RBI=0.0657783;REFB=-0.00778521;REVB=0.0654968;RO=40;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144913;STB=0.611452;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0468446;OID=.;OPOS=231501553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:40:41:7:7:0.145833:3:4:18:22:3:4:18:23 chr1 232002332 . C G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0125568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.496;QD=14.0975;RBI=0.0125742;REFB=-0.00219403;REVB=-0.000662308;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.536026;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00368619;OID=.;OPOS=232002332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:8:10:8:5:8:10 chr1 232534957 . T C 711.46 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0396907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.723;QD=52.7009;RBI=0.0634882;REFB=-0.0912442;REVB=0.049552;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.519992;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00778588;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:54:1:2:52:52:0.962963:24:28:0:1:24:28:0:2 chr1 232539219 . C T 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00986343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2894;QD=16.3809;RBI=0.00989798;REFB=-0.0195344;REVB=-0.000826286;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206618;STB=0.511622;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0319379;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:15:22:27:20:15:22:27:20 chr1 232650750 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.86;QD=60.0309;RBI=0.0260344;REFB=0;REVB=-0.0146902;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09686e-05;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr1 232940863 . G A 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0144614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.767;QD=18.0142;RBI=0.0147042;REFB=-0.0276726;REVB=-0.00266114;RO=55;SAF=23;SAR=28;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336273;STB=0.501866;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0341171;OID=.;OPOS=232940863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:28:23:25:30:28:23:25:30 chr1 232940953 . T C 319.77 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0100807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.415;QD=18.5373;RBI=0.0102891;REFB=-0.0142947;REVB=0.00206017;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397567;STB=0.522171;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0150142;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:17:18:16:18:17:18 chr1 232941677 . G T 292.35 PASS AF=0.460526;AO=29;DP=71;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.00604979;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5087;QD=15.3866;RBI=0.119922;REFB=-0.00765563;REVB=0.11977;RO=39;SAF=23;SAR=6;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722269;STB=0.545512;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.024904;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:39:41:29:35:0.460526:6:23:29:10:11:24:31:10 chr1 232942251 . A G 101.38 PASS AF=0.5;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0177357;FXX=0.0768935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.265;QD=16.8972;RBI=0.0233127;REFB=-0.0312466;REVB=-0.0151303;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400039;STB=0.642602;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0363294;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:10:12:11:12:0.5:2:9:4:6:3:9:6:6 chr1 232942546 . A G 171.02 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00845023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.503;QD=17.5409;RBI=0.0101201;REFB=-0.0177522;REVB=-0.0055686;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0176581;OID=.;OPOS=232942546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:13:8:8:10:13:8 chr1 232944569 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0321336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.345;QD=11.8145;RBI=0.032135;REFB=-0.0057961;REVB=-0.000301967;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648377;STB=0.538402;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00961196;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:12:11:7:6:12:11 chr1 232945039 . G A 166.71 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0138173;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.535;QD=19.0523;RBI=0.0299929;REFB=-0.000502996;REVB=0.0266206;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00326109;STB=0.513498;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00153953;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:15:18:17:17:0.485714:8:9:8:7:8:9:10:8 chr1 232967889 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.087;QD=57.1772;RBI=0.0434074;REFB=0;REVB=0.0242844;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57188e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:25:26:0:0 chr1 233086483 . GCC G,GC,GGC 426.0 PASS AF=0.309524,0.690476,0;AO=10,21,4;DP=41;FAO=13,29,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5,8,0;FSAR=8,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309809,0.0574312,-0.00633967;FXX=0.0232504;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.376,13.8645,6.37343;QD=40.5712;RBI=0.0775706,0.149041,0.132837;REFB=-0.0507142,-0.037417,-0.0385061;REVB=0.0711153,0.137531,0.132686;RO=3;SAF=4,7,1;SAR=6,14,3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.178335,0.0891956,0.281139;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0133129,-0.0101594,0.0389712;OID=.,.,.;OPOS=233086484,233086484,233086484;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.309524,0.690476,0:10,21,4:41:13,29,0:42:0:5,8,0:8,21,0:0:0:54:3:4,7,1:6,14,3:0:3 chr1 233275542 . AT A 31.98 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0686627;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.3198;QD=3.87621;RBI=0.12939;REFB=-0.0183818;REVB=-0.109669;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199998;STB=0.624716;STBP=0.419;TYPE=del;VARB=0.0296646;OID=.;OPOS=233275543;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:6:33:9:33:24:6:3:12:12:31:24:4:2:12:12 chr1 233398713 . C T 414.52 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.014004;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.544;QD=19.0586;RBI=0.0140124;REFB=-0.0151614;REVB=0.000483538;RO=46;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177651;STB=0.586467;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0171181;OID=.;OPOS=233398713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:45:41:42:0.482759:19:22:16:30:20:22:16:29 chr1 233514934 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.763;QD=52.6132;RBI=0.0408337;REFB=0;REVB=0.0337257;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303182;OID=.;OPOS=233514934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 233514975 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.001;QD=39.2067;RBI=0.0462822;REFB=0;REVB=0.00723402;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816323;OID=.;OPOS=233514975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 233515071 . C T 438.15 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00273029;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.112;QD=53.1094;RBI=0.0445476;REFB=-0.0633697;REVB=0.0444639;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182271;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00240925;OID=.;OPOS=233515071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:33:2:1:31:32:0.969697:15:16:1:1:15:17:0:1 chr1 233515102 . T G 524.2 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.678;QD=56.6705;RBI=0.0195715;REFB=-0.0715302;REVB=-0.00680335;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000426119;OID=.;OPOS=233515102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:1:0:19:17:1:0 chr1 233759918 . T C 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0260347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.809;QD=18.0718;RBI=0.0260402;REFB=-0.0115636;REVB=-0.000534673;RO=31;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277689;STB=0.656214;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0232276;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:8:22:14:17:8:22:14:17 chr1 233759939 . C T 246.26 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00108851;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.71;QD=18.5857;RBI=0.00529392;REFB=-0.00721837;REVB=-0.0051808;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199663;STB=0.623283;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00887606;OID=.;OPOS=233759939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:25:27:0.509434:9:16:11:15:9:18:11:15 chr1 233767008 . T A 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00794804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.38;QD=15.1609;RBI=0.00801828;REFB=-0.00676033;REVB=0.00105898;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187268;STB=0.609229;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00852339;OID=.;OPOS=233767008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:9:13:12:4:9:13 chr1 233767023 . A G 155.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0388664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3075;QD=15.17;RBI=0.0566577;REFB=-0.00546126;REVB=-0.041225;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937616;STB=0.554389;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00440944;OID=.;OPOS=233767023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:9:15:12:5:9:15 chr1 233767059 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0167142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.793;QD=16.5359;RBI=0.020401;REFB=-0.00783707;REVB=0.0116977;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526057;STB=0.530268;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00847703;OID=.;OPOS=233767059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:6:17:14:4:6:17 chr1 233785786 . A C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.596;QD=61.2132;RBI=0.0360988;REFB=0;REVB=0.0163458;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1431e-05;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr1 234442257 . A T 483.35 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.000323151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.971;QD=20.7891;RBI=0.0120662;REFB=-0.0037979;REVB=0.0120619;RO=46;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128911;STB=0.571134;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00409462;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:22:25:31:15:22:25:31:15 chr1 234509259 . G C 221.74 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.055005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.447;QD=18.4786;RBI=0.0550592;REFB=-0.0355005;REVB=0.00244093;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897061;STB=0.562444;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0574842;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:10:11:16:10:11:11:16:10 chr1 234509972 . A G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0243106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.493;QD=19.6173;RBI=0.0335562;REFB=-0.00200136;REVB=0.0231303;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977467;STB=0.554091;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00181144;OID=.;OPOS=234509972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:14:23:26:10:14:23:26:10 chr1 234529519 . C T 97.25 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0142296;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.226;QD=5.98437;RBI=0.0144997;REFB=-0.00346144;REVB=-0.00278534;RO=47;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445608;STB=0.762787;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00650889;OID=.;OPOS=234529519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:66:65:47:50:15:15:0.230769:3:12:21:26:3:12:24:26 chr1 234529540 . G A 44.48 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0155123;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.578;QD=3.12129;RBI=0.01567;REFB=0.00277055;REVB=0.00221755;RO=48;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200271;STB=0.632857;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.029624;OID=.;OPOS=234529540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:48:49:8:8:0.140351:3:5:22:26:3:5:23:26 chr1 234541801 . A G 162.51 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0140619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.479;QD=19.6976;RBI=0.0161845;REFB=-0.0127372;REVB=0.00801243;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0118568;OID=.;OPOS=234541801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:8:8:8:9:8:8 chr1 234546245 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0389093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7248;QD=19.6679;RBI=0.0399511;REFB=-0.0042784;REVB=-0.00906393;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139431;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00054306;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:11:8:11:8:11:8 chr1 234569192 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0299784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.267;QD=19.9759;RBI=0.034091;REFB=-0.0284359;REVB=0.0162324;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938773;STB=0.553137;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0244017;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:11:9:7:13:11:9 chr1 234573025 . T C 195.81 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0027757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5893;QD=25.2663;RBI=0.0204195;REFB=-0.0146496;REVB=0.0202299;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262914;STB=0.646312;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00523377;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:3:9:7:12:3:9 chr1 234582651 . T C 522.83 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0129137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.045;QD=21.1243;RBI=0.0133194;REFB=-0.0167667;REVB=0.0032623;RO=45;SAF=18;SAR=32;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164829;STB=0.525487;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0149872;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:49:50:50:0.505051:32:18:17:28:32:18:20:29 chr1 234584231 . C T 134.64 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00497493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3139;QD=18.5708;RBI=0.0158134;REFB=-0.0240706;REVB=0.0150104;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0295535;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:6:8:9:5:6:9:9:5 chr1 234606998 . A G 243.73 PASS AF=0.814815;AO=20;DP=25;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0237902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.055;QD=36.1087;RBI=0.0285699;REFB=-0.0406958;REVB=-0.0158198;RO=4;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762905;STB=0.510195;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00265324;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:27:4:5:20:22:0.814815:10:10:3:1:10:12:3:2 chr1 235040004 . G A 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0157738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.572;QD=17.5396;RBI=0.0216117;REFB=-0.0191019;REVB=-0.0147733;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179384;STB=0.580682;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0192738;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:15:15:0.483871:7:8:11:4:7:8:11:5 chr1 235040045 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0316406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.145;QD=14.1956;RBI=0.0472897;REFB=-0.0384769;REVB=-0.0351452;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704483;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0515014;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:11:12:14:17:11:12:15:17 chr1 235324497 . G A 55.16 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0509571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1546;QD=10.0294;RBI=0.0570245;REFB=-0.0403998;REVB=0.0255963;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283525;STB=0.674535;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0593993;OID=.;OPOS=235324497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:7:7:2:6:7:7 chr1 235359389 . G A 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.023993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.497;QD=2.39311;RBI=0.0303352;REFB=-0.00115262;REVB=-0.0185624;RO=69;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487981;STB=0.840505;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0273007;OID=.;OPOS=235359389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:2:8:26:43:2:8:26:43 chr1 235652513 . T C 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9466;QD=63.5704;RBI=0.0689548;REFB=0;REVB=0.0549261;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132509;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr1 235705001 . G T 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9791;QD=58.5945;RBI=0.0161658;REFB=0;REVB=-0.0152382;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60625e-05;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr1 235715523 . A G 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5826;QD=56.9512;RBI=0.00192675;REFB=0;REVB=0.00157725;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5201e-06;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr1 235973750 . T C 217.78 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00430467;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.969;QD=13.4018;RBI=0.0236892;REFB=0.00135245;REVB=0.0232948;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672579;STB=0.538432;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00194514;OID=.;OPOS=235973750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:13:13:22:17:13:13:22:17 chr1 236139141 . A T 66.85 PASS AF=0.9;AO=4;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.284041;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=16.0333;QD=26.7417;RBI=0.28916;REFB=-0.100199;REVB=-0.0541708;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0441529;OID=.;OPOS=236139141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:10:10:2:1:4:9:0.9:2:2:1:1:4:5:0:1 chr1 236141174 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.119;QD=60.3765;RBI=0.0122855;REFB=0;REVB=0.0110049;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5602e-05;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr1 236144949 . CAA CA,CAG,CCA 720.41 PASS AF=0,0.978261,0.0217391;AO=13,30,2;DP=46;FAO=0,45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,1;FSAR=0,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263881,0.253807,-0.0470353;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=24.3512,46.8525,7.50153;QD=62.644;RBI=0.072802,0.256823,0.0478415;REFB=0,0,0;REVB=-0.0678513,-0.0392497,-0.00874612;RO=0;SAF=13,8,2;SAR=0,22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0151557,0.00264117,0.206303;OID=.,.,.;OPOS=236144950,236144951,236144950;OREF=A,A,A;OALT=-,G,C;OMAPALT=CA,CAG,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.978261,0.0217391:13,30,2:46:0,45,1:46:0:0,23,1:0,22,0:0:0:4:0:13,8,2:0,22,0:0:0 chr1 236175339 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.836;QD=63.5829;RBI=0.0391773;REFB=0;REVB=0.00681077;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124593;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr1 236208773 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.816;QD=51.1842;RBI=0.015216;REFB=0;REVB=6.48102e-06;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53517e-05;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 236381825 . G C 271.26 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.000894784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6701;QD=19.3757;RBI=0.036645;REFB=-0.0393499;REVB=0.0366341;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196006;STB=0.608625;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0237782;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:15:14:7:20:15:14:7:20 chr1 236413230 . T A 206.09 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.100418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4876;QD=23.5528;RBI=0.104;REFB=-0.0290933;REVB=0.0270602;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468823;STB=0.535781;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0284224;OID=.;OPOS=236413230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:9:10:7:8:9:11:7:8 chr1 236415347 . T C 84.76 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0108722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.376;QD=10.9365;RBI=0.027139;REFB=0.0101347;REVB=0.024866;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361504;STB=0.521699;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0147188;OID=.;OPOS=236415347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:14:6:3:8:14:6 chr1 236557771 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.214;QD=60.2304;RBI=0.0395933;REFB=0;REVB=0.0299298;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111924;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr1 236557804 . G A 236.25 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0497755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4017;QD=20.1067;RBI=0.0862235;REFB=-0.0708713;REVB=-0.0704052;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591953;STB=0.517226;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0706648;OID=.;OPOS=236557804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:24:23:23:0.489362:16:7:8:14:16:7:8:16 chr1 236702210 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00142435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.783;QD=13.7268;RBI=0.00704064;REFB=-0.01537;REVB=-0.00689506;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118285;STB=0.559952;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0111903;OID=.;OPOS=236702210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:15:10:18:17:15:10:18:18 chr1 236706278 . G T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0170573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.698;QD=13.9116;RBI=0.017474;REFB=0.00108256;REVB=-0.00379301;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079229;STB=0.545412;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00208449;OID=.;OPOS=236706278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:11:20:12:9:11:20 chr1 236706283 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.019417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5227;QD=16.033;RBI=0.0458993;REFB=-0.0124738;REVB=-0.0415899;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965873;STB=0.555265;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0122809;OID=.;OPOS=236706283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:10:18:11:9:10:18 chr1 236706300 . T A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.017059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.455;QD=15.1719;RBI=0.0170891;REFB=0.00256901;REVB=-0.00101303;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541645;STB=0.512643;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00435346;OID=.;OPOS=236706300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:11:6:7:16:11:6:8:16 chr1 236706780 . C T 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00493184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.042;QD=16.05;RBI=0.0438081;REFB=0.00172249;REVB=-0.0435296;RO=52;SAF=18;SAR=21;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193598;STB=0.608642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00353894;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:21:18:34:18:21:18:34:18 chr1 236706862 . G C 413.33 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.019902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2818;QD=16.3697;RBI=0.0200854;REFB=-0.0168967;REVB=-0.00270778;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919546;STB=0.551379;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0245059;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:21:24:35:21:21:24:35:21 chr1 236719135 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1785;QD=58.1398;RBI=0.00990763;REFB=0;REVB=0.00438301;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59129e-05;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr1 236721610 . G A 164.31 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00594019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.528;QD=16.0307;RBI=0.0394702;REFB=-0.0113584;REVB=0.0390206;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236387;STB=0.645175;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.023505;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:10:7:15:8:11:7:15:8 chr1 236721660 . T C 210.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00678653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.437;QD=14.0528;RBI=0.0216949;REFB=-0.0157042;REVB=0.0206061;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198292;STB=0.618957;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0396949;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:13:12:23:11:13:12:24:11 chr1 236721731 . T C 1024.01 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0282191;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6814;QD=56.8894;RBI=0.0302814;REFB=-0.106958;REVB=0.0109836;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025541;STB=0.51351;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00366037;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:72:2:2:70:70:0.972222:34:36:2:0:34:36:2:0 chr1 236723074 . G C 317.65 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0394915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9364;QD=15.6863;RBI=0.0394915;REFB=-0.0160653;REVB=-1.72537e-05;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227329;STB=0.512813;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0143075;OID=.;OPOS=236723074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:26:20:16:19:26:20 chr1 236723108 . C T 265.21 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00892971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.761;QD=15.6005;RBI=0.011297;REFB=-0.0180711;REVB=-0.00691966;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520833;STB=0.529392;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0296481;OID=.;OPOS=236723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:15:15:21:17:15:15:21:17 chr1 236724503 . AG A,AA 219.45 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,16;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017698,-0.0171726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.598,272.863;QD=48.7676;RBI=0.0210707,0.0197688;REFB=0,0;REVB=0.0114347,0.00979317;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0244424,-0.00261646;OID=.,.;OPOS=236724504,236724504;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,16:18:2,16:18:0:0,8:2,8:0:0:9:0:0,8:2,8:0:0 chr1 236732427 . G A 391.89 PASS AF=0.680851;AO=30;DP=45;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0303359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.292;QD=33.3526;RBI=0.0368291;REFB=-0.0120443;REVB=0.0208833;RO=14;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383318;STB=0.542297;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00581249;OID=.;OPOS=236732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:14:15:30:32:0.680851:19:11:6:8:21:11:7:8 chr1 236737983 . A G 289.34 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0199738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.563;QD=13.9442;RBI=0.0344556;REFB=-0.00882064;REVB=-0.0280755;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475952;STB=0.52707;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.013522;OID=.;OPOS=236737983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:16:17:28:22:16:17:28:22 chr1 236746443 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0165028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.202;QD=23.7579;RBI=0.0167176;REFB=-0.031435;REVB=-0.00267135;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133033;STB=0.574266;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0113961;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:9:17:11:11:9:17:11:11 chr1 236748433 . G A 231.66 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00754407;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.254;QD=14.4789;RBI=0.0283025;REFB=-0.0222227;REVB=-0.0272786;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149458;STB=0.592524;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0422143;OID=.;OPOS=236748433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:37:27:27:0.421875:11:16:16:20:11:16:16:21 chr1 236748505 . T C 79.71 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=44;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00463838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.462;QD=7.08571;RBI=0.028664;REFB=-0.0100639;REVB=0.0282862;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139624;STB=0.561068;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0261886;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:32:34:10:11:0.244444:7:3:13:19:7:4:15:19 chr1 236749626 . C T 292.67 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.000176694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7721;QD=27.225;RBI=0.0308704;REFB=-0.00268584;REVB=-0.0308699;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101006;STB=0.564155;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00131783;OID=.;OPOS=236749626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:17:26:26:0.604651:16:10:4:12:16:10:4:13 chr1 236749730 . C T 278.23 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0517626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4637;QD=33.725;RBI=0.051839;REFB=-0.0401549;REVB=-0.00281318;RO=9;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139815;OID=.;OPOS=236749730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:9:9:24:24:0.727273:16:8:3:6:16:8:3:6 chr1 236755837 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0853862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.776;QD=12.0515;RBI=0.088453;REFB=0.00339542;REVB=-0.0230894;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00894189;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chr1 236758887 . T C 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0251018;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.797;QD=16.7897;RBI=0.0380179;REFB=-0.0264295;REVB=0.0285528;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0342448;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:21:17:17:0.447368:8:9:9:11:8:9:10:11 chr1 236767330 . A G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00178084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.329;QD=19.7635;RBI=0.0351416;REFB=-0.0247893;REVB=-0.0350965;RO=33;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208782;STB=0.616181;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0202091;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:12:23:14:19:12:23:14:19 chr1 236882303 . T C 820.54 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133916;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.808;QD=57.582;RBI=0.0184656;REFB=0;REVB=0.0127138;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143502;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 236883421 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.364;QD=63.5828;RBI=0.00563983;REFB=0;REVB=0.00191496;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49615e-06;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr1 236898942 . G C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00853742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.743;QD=14.2704;RBI=0.0310796;REFB=-0.0113129;REVB=-0.029884;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882762;STB=0.550323;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0215272;OID=.;OPOS=236898942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:18:15:13:11:18:15 chr1 236899899 . TC T 145.96 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0160324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.4732;QD=9.57128;RBI=0.0832889;REFB=0.0132901;REVB=-0.0817313;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105902;STB=0.517649;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=-0.0185215;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016:28:61:28:61:33:11:17:14:19:99:30:10:18:14:16 chr1 236910983 . G A 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0300661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3453;QD=12.9133;RBI=0.0302568;REFB=0.000834467;REVB=0.00339103;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224305;STB=0.629104;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000761405;OID=.;OPOS=236910983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:8:16:17:20:8:16:17:20 chr1 236926445 . T C 287.92 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00885306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.724;QD=18.5754;RBI=0.00892559;REFB=-0.0168242;REVB=0.00113552;RO=31;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265515;STB=0.648465;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0275667;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:21:10:19:12:21:10:19:12 chr1 237054569 . A G 723.19 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0108276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.652;QD=25.3749;RBI=0.0190474;REFB=-0.00668853;REVB=-0.0156705;RO=45;SAF=39;SAR=29;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11122;STB=0.556259;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00348552;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:45:46:68:68:0.596491:29:39:19:26:29:39:20:26 chr1 237058744 . C A 398.93 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0498001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.25;QD=26.5952;RBI=0.0619094;REFB=-0.0547128;REVB=0.0367794;RO=22;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144476;STB=0.578906;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0291625;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:22:16:14:8:22:16:14:8 chr1 237058748 . C T 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0286083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.268;QD=9.26198;RBI=0.0303265;REFB=-0.0170093;REVB=-0.0100629;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20819;STB=0.614274;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0402952;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:7:10:15:22:7:10:16:22 chr1 237058828 . C T 135.76 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00571983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.736;QD=27.1524;RBI=0.00663571;REFB=-0.0275099;REVB=-0.00336396;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388347;STB=0.521708;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00744066;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:3:3:8:6:3:3 chr1 237061056 . A C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00865076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.889;QD=14.0964;RBI=0.0284792;REFB=1.62806e-05;REVB=-0.0271336;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328516;STB=0.676588;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000412453;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:3:8:5:8:3:8:6:8 chr1 237063504 . A G 86.3 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0376912;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6516;QD=9.58939;RBI=0.0547561;REFB=-0.0110524;REVB=0.0397191;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409767;STB=0.748329;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0540987;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:37:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:16:9:8:3:16:9 chr1 237066853 . C T 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0201464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.67;QD=4.10169;RBI=0.0673867;REFB=-0.00281588;REVB=-0.0643046;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303777;STB=0.520781;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0123001;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:4:4:21:19:4:4:21:19 chr1 237433625 . C T 1877.86 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.239;QD=61.5692;RBI=0.0265329;REFB=0;REVB=-0.00178117;RO=0;SAF=46;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39519e-05;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:76:46:0:0:76:46:0:0 chr1 237711797 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8966;QD=59.5013;RBI=0.0572607;REFB=0;REVB=0.0290217;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654981;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr1 237718431 . C A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0178176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.037;QD=15.3051;RBI=0.0180392;REFB=-0.00718221;REVB=-0.00281873;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124484;STB=0.570523;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0117729;OID=.;OPOS=237718431;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:19:11:19:20:19:11:19:20 chr1 237766440 . C A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00583334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.096;QD=13.4417;RBI=0.00750087;REFB=-0.000281076;REVB=0.00471541;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14276;STB=0.585181;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000382338;OID=.;OPOS=237766440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:4:9:8:2:4:9 chr1 237766753 . A G 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00560899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.19;QD=17.9396;RBI=0.0127018;REFB=-0.00773565;REVB=0.0113963;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508962;STB=0.529039;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00888878;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:8:14:13:6:8:14 chr1 237801770 . T C 1094.98 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0689198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9944;QD=58.3988;RBI=0.0785269;REFB=-0.146831;REVB=0.0376368;RO=0;SAF=20;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0024963;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:75:0:1:73:74:0.986667:53:20:0:0:54:20:1:0 chr1 237814783 . C T 347.66 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0344887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5388;QD=51.505;RBI=0.0359942;REFB=-0.134326;REVB=0.0103011;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00460534;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:1:0:8:18:1:0 chr1 237863718 . T G 786.76 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00825742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.599;QD=55.2113;RBI=0.00929565;REFB=-0.0039922;REVB=0.00426897;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000150916;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:35:21:0:1:35:21:0:1 chr1 237881770 . C T 1556.7 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000687472;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.106;QD=62.8971;RBI=0.0182681;REFB=0.0792735;REVB=-0.0182551;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000126827;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:97:98:0.989899:46:51:0:0:47:51:1:0 chr1 237890437 . C T 1542.15 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132856;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.609;QD=63.5937;RBI=0.001383;REFB=0;REVB=-0.000384194;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42593e-05;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr1 237997087 . A G 295.6 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0109799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.33;QD=22.3092;RBI=0.0112062;REFB=-0.0144908;REVB=-0.00224073;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192453;STB=0.606569;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0164221;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:19:11:14:9:19:11:14:9 chr1 240073300 . G A 285.3 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0114389;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.51;QD=17.8311;RBI=0.0156468;REFB=-0.00525113;REVB=0.0106758;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223527;STB=0.62455;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0128825;OID=.;OPOS=240073300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:14:17:10:23:14:17:10:23 chr1 240492734 . G A 196.2 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0202721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.69;QD=10.7508;RBI=0.0205466;REFB=-0.00813374;REVB=-0.00334713;RO=47;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177352;STB=0.608187;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0118658;OID=.;OPOS=240492734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:48:25:25:0.342466:13:12:30:17:13:12:31:17 chr1 240497265 . A C 1400.48 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.662;QD=61.5598;RBI=0.0402596;REFB=-0.10284;REVB=-0.0177349;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126372;STB=0.506665;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000144867;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:53:37:1:0:53:37:1:0 chr1 241712134 . C T 687.2 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00821851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.116;QD=18.8274;RBI=0.00999289;REFB=-0.00896251;REVB=-0.00568454;RO=75;SAF=37;SAR=32;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225356;STB=0.511792;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00841871;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:77:69:69:0.472603:32:37:42:33:32:37:43:34 chr1 241798631 . C T 860.61 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000373544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.803;QD=57.3738;RBI=0.00513312;REFB=0;REVB=0.00511951;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9851e-05;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr1 241904819 . A T 452.71 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0131607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.396;QD=27.859;RBI=0.0220215;REFB=-0.0152832;REVB=-0.0176562;RO=23;SAF=25;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775175;STB=0.542238;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00722794;OID=.;OPOS=241904819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:17:25:11:12:17:25:11:12 chr1 242016716 . C T 239.22 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0114407;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.121;QD=19.5281;RBI=0.0536442;REFB=-0.0098475;REVB=-0.05241;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330868;STB=0.697582;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0232658;OID=.;OPOS=242016716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:26:23:23:0.469388:17:6:15:10:17:6:16:10 chr1 242030151 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.242;QD=58.1421;RBI=0.0646925;REFB=0;REVB=0.0641364;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208219;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 242042301 . G A 1785.84 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.577;QD=61.0545;RBI=0.035772;REFB=0;REVB=-0.00448329;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45404e-05;OID=.;OPOS=242042301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr1 242045275 . C T 1933.54 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.531;QD=61.8734;RBI=0.0240313;REFB=0;REVB=0.0185568;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75898e-05;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr1 242053042 . A G 617.15 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249398;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.969;QD=61.7152;RBI=0.0406211;REFB=0;REVB=0.0320637;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135895;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 242222754 . A G 472.41 PASS AF=0.485437;AO=48;DP=102;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0279048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.281;QD=18.346;RBI=0.0279051;REFB=0.00393926;REVB=0.000129448;RO=53;SAF=19;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734589;STB=0.537833;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00371401;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:53:48:50:0.485437:29:19:25:28:30:20:25:28 chr1 242253024 . T C 568.36 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00914735;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.786;QD=58.2933;RBI=0.0140474;REFB=-0.0639937;REVB=-0.0106609;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000643381;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:0:1:16:22:0:1 chr1 242687390 . G A 280.7 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0195176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.665;QD=28.0701;RBI=0.0812885;REFB=-0.0181378;REVB=0.0789106;RO=15;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109146;STB=0.56039;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00770541;OID=.;OPOS=242687390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:8:17:8:7:8:17:8:7 chr1 243493907 . A T 414.77 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0552934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.471;QD=16.7585;RBI=0.0555749;REFB=-0.00257148;REVB=0.00558658;RO=56;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795224;STB=0.544524;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00404419;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:26:17:18:38:26:17:18:38 chr1 243579112 . G A 490.02 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00796005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8335;QD=56.0026;RBI=0.0496384;REFB=-0.0505485;REVB=0.048996;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0250891;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chr1 244219563 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.925;QD=57.3932;RBI=0.0167892;REFB=-0.0929258;REVB=0.0160944;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00422152;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:19:18:0:0:19:18:0:1 chr1 244773784 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.696;QD=55.0983;RBI=0.0309233;REFB=0;REVB=0.0124716;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019714;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 244773803 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.251;QD=55.098;RBI=0.0428762;REFB=0;REVB=-0.000800392;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373767;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 244817239 . G T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00789278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.355;QD=19.1096;RBI=0.0227318;REFB=-0.00726456;REVB=-0.0213176;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150845;STB=0.584464;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00534566;OID=.;OPOS=244817239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:10:17:12:14:10:17:12:14 chr1 245018909 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00316052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.238;QD=18.9665;RBI=0.0199543;REFB=-0.00976586;REVB=-0.0197024;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098829;STB=0.555934;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0122106;OID=.;OPOS=245018909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:11:14:10:12:11:14 chr1 245027349 . C T 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2731;QD=57.1669;RBI=0.154297;REFB=0;REVB=0.0516898;RO=0;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241741;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:41:10:0:0:41:10:0:0 chr1 245297243 . G A 314.96 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0487859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.91;QD=19.9974;RBI=0.056777;REFB=0.00477701;REVB=-0.0290442;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039122;STB=0.521726;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0060092;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:15:18:15:15:15:18:15:15 chr1 245297324 . G T 492.13 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0228705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.641;QD=22.6266;RBI=0.0259512;REFB=-0.0184171;REVB=-0.0122641;RO=40;SAF=28;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604841;STB=0.533319;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0184062;OID=.;OPOS=245297324;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:19:28:21:19:19:28:21:19 chr1 245850806 . G A 201.97 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0598917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1937;QD=21.2597;RBI=0.0599696;REFB=0.0199366;REVB=0.00305665;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25042;STB=0.639219;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0193978;OID=.;OPOS=245850806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:3:15:11:9:3:15 chr1 245861571 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0158581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.31;QD=13.4591;RBI=0.0158708;REFB=-0.00754948;REVB=-0.000635206;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533805;STB=0.53121;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0128109;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:11:15:10:6:11:15 chr1 246670481 . C G 3225.09 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2363;QD=61.4304;RBI=0.0656356;REFB=0;REVB=0.013999;RO=1;SAF=92;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047377;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:210:210:1:0:209:210:1:117:92:1:0:117:93:0:0 chr1 246714587 . G A 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00687607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.53;QD=59.7968;RBI=0.0189995;REFB=-0.0224761;REVB=0.0177116;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000105839;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr1 246720798 . G A 473.21 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2848;QD=57.3588;RBI=0.0286961;REFB=0;REVB=-0.0123697;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434382;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:13:19:1:0:13:20:0:0 chr1 246755124 . T C 159.48 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0196201;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9493;QD=16.7878;RBI=0.0249701;REFB=-0.00355323;REVB=-0.0154453;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443999;STB=0.525517;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00558172;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:7:14:12:5:7:14 chr1 246829616 . T C 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.178;QD=63.052;RBI=0.00823061;REFB=0;REVB=0.00483884;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27032e-05;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr1 246922390 . A G 200.09 PASS AF=0.346667;AO=24;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0170631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.145;QD=10.6714;RBI=0.0184259;REFB=-0.0172447;REVB=0.00695461;RO=48;SAF=7;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293932;STB=0.66303;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0680856;OID=.;OPOS=246922390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:24:26:0.346667:17:7:26:22:18:8:27:22 chr1 246939513 . G A 284.64 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0143635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6166;QD=17.7898;RBI=0.0870518;REFB=-0.004218;REVB=0.0858586;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566704;STB=0.531702;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00651275;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:18:15:16:15:18:15 chr1 246939856 . G A 298.67 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0192674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8627;QD=19.2687;RBI=0.0250976;REFB=-0.00407464;REVB=-0.0160828;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290379;STB=0.501012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439997;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:30:31:32:0.516129:16:15:14:13:17:15:14:16 chr1 246942159 . G A 277.24 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00534599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.55;QD=20.536;RBI=0.0226407;REFB=-0.00128971;REVB=0.0220004;RO=24;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166965;STB=0.584947;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00102795;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:10:19:11:13:10:19:12:13 chr1 246942171 . G A 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0402948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0733;QD=16.5603;RBI=0.0557829;REFB=0.0224168;REVB=0.0385755;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12118;STB=0.568074;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0271126;OID=.;OPOS=246942171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:20:11:13:14:20:11 chr1 247024399 . T C 154.55 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0229941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9119;QD=14.7191;RBI=0.0255227;REFB=-0.00720681;REVB=-0.0110761;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997197;STB=0.557457;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0183126;OID=.;OPOS=247024399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:17:8:7:10:17:8 chr1 247150740 . T C 496.4 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0936006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9505;QD=48.4295;RBI=0.112405;REFB=-0.197732;REVB=0.0622406;RO=5;SAF=14;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265318;STB=0.501424;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0282473;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:41:41:5:5:36:36:0.878049:22:14:2:3:22:14:2:3 chr1 247162658 . C T 594.82 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.578;QD=61.0073;RBI=0.0469769;REFB=0;REVB=-0.0202328;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81568e-05;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr1 247419509 . T C 525.28 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000378913;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.47;QD=60.0316;RBI=0.0163892;REFB=0;REVB=0.0163848;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459039;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 247419664 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.261;QD=39.2068;RBI=0.0203866;REFB=0;REVB=-0.0193419;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038314;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 247587477 . G A 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00607839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.124;QD=20.4951;RBI=0.0223316;REFB=-0.00370054;REVB=0.0214884;RO=28;SAF=23;SAR=11;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106627;STB=0.549972;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00434178;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:30:34:34:0.53125:11:23:22:6:11:23:23:7 chr1 247587531 . A G 599.26 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045557;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.228;QD=61.4627;RBI=0.0475092;REFB=0;REVB=0.0134791;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238341;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr1 247588053 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0216847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.726;QD=6.92881;RBI=0.027767;REFB=-0.00375077;REVB=0.017343;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111604;STB=0.571195;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0135977;OID=.;OPOS=247588053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:9:6:3:3:9:6 chr1 247614617 . C T 526.08 PASS AF=0.902439;AO=36;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0535014;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5799;QD=51.3245;RBI=0.0641415;REFB=-0.088361;REVB=-0.0353799;RO=4;SAF=27;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644708;STB=0.533316;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00930651;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:4:4:36:37:0.902439:9:27:4:0:9:28:4:0 chr1 247614693 . C T 357.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.65;QD=55.0632;RBI=0.0664301;REFB=0;REVB=-0.00216952;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571282;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 247614896 . A C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0730551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.415;QD=7.32293;RBI=0.075917;REFB=-0.00980683;REVB=-0.0206482;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0347681;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:5:9:4:2:5:9 chr1 247615252 . G A 665.54 PASS AF=0.571429;AO=62;DP=111;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.0186495;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.658;QD=23.7693;RBI=0.0190948;REFB=-0.0403098;REVB=0.00409952;RO=44;SAF=37;SAR=25;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182923;STB=0.586931;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0142667;OID=.;OPOS=247615252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:44:48:62:64:0.571429:25:37:36:8:27:37:37:11 chr1 247615261 . GA G 427.35 PASS AF=0.478571;AO=66;DP=141;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0889413;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7346;QD=12.2099;RBI=0.174503;REFB=-0.00292485;REVB=-0.150136;RO=69;SAF=36;SAR=30;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488938;STB=0.53094;STBP=0.487;TYPE=del;VARB=0.00152998;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478571:66:141:67:140:73:37:30:36:37:99:69:36:30:34:35 chr1 247654993 . T C 725.58 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000927579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3885;QD=56.9081;RBI=0.0337894;REFB=0;REVB=0.0337767;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437835;OID=.;OPOS=247654993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:18:33:0:0 chr1 247655275 . T C 676.74 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9024;QD=60.1547;RBI=0.0281025;REFB=-0.055226;REVB=-0.0262345;RO=1;SAF=32;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144582;STB=0.507689;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0149147;OID=.;OPOS=247655275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:12:32:1:0:12:32:1:0 chr1 247690320 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.037;QD=60.1632;RBI=0.0135117;REFB=0;REVB=-0.012332;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54774e-05;OID=.;OPOS=247690320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr1 247695612 . G A 994.25 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00283104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.984;QD=57.6377;RBI=0.00831573;REFB=-0.00437957;REVB=0.00781899;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=3.98237e-06;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:38:30:0:0:38:30:0:1 chr1 247695756 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.163;QD=48.7347;RBI=0.0386662;REFB=0;REVB=0.0189731;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428539;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr1 247752019 . G C 708.28 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.132;QD=62.9578;RBI=0.0227427;REFB=0;REVB=0.00953763;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179794;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 247752161 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.166;QD=43.486;RBI=0.0521392;REFB=0;REVB=0.0055127;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273799;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 247752367 . A G 1274.92 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.863;QD=61.442;RBI=0.013998;REFB=0;REVB=0.00137155;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46287e-05;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr1 247769752 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.103;QD=63.8718;RBI=0.0734941;REFB=0;REVB=0.00658345;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254665;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 247835674 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.92;QD=59.4355;RBI=0.0489273;REFB=0;REVB=0.0341835;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27946e-06;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 247835908 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00798163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.665;QD=60.9786;RBI=0.0163181;REFB=0;REVB=0.0142329;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22587e-05;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 247836008 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.201;QD=60.6099;RBI=0.0367007;REFB=0;REVB=0.0355125;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133445;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr1 247836207 . T A 786.68 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00235636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.089;QD=55.2054;RBI=0.00983066;REFB=-0.112087;REVB=0.00954408;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00028698;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:0:1:29:27:0:1 chr1 247921100 . T G 185.32 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4163;QD=46.3297;RBI=0.0584271;REFB=0;REVB=0.0410094;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74628e-05;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:7:9:0:0 chr1 247921352 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.828;QD=57.2022;RBI=0.0619875;REFB=0;REVB=0.0619329;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478335;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr1 247921717 . C A 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.086;QD=63.5833;RBI=0.00941054;REFB=0;REVB=-0.000225407;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81876e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr1 247921788 . CA CAGT,CAGTGT,GT 59.77 PASS AF=0.333333,0.166667,0.166667;AO=3,2,2;DP=12;FAO=4,2,2;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1,1,0;FSAR=3,1,2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0432002,0.0132934,-0.033975;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,4,2;MLLD=47.457,64.0096,62.5812;QD=19.9226;RBI=0.131088,0.0804674,0.114369;REFB=-0.136909,-0.146777,-0.0881998;REVB=0.123765,0.0793617,0.109206;RO=4;SAF=1,1,0;SAR=2,1,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.348651,-0.237547,-0.687939;STB=0.748747,0.665181,0.995001;STBP=0.267,0.723,0.159;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.152819,0.0967561,0.0480012;OID=.,.,.;OPOS=247921790,247921790,247921788;OREF=-,-,CA;OALT=GT,GTGT,GT;OMAPALT=CAGT,CAGTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:12:12:4:4:3,2,2:4,2,2:0.333333,0.166667,0.166667:2,1,2:1,1,0:3:1:3,1,2:1,1,0:3:1 chr1 247921888 . C T 560.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015992;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4452;QD=60.6218;RBI=0.0887219;REFB=0;REVB=-0.0872687;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862931;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:38:37:1:26:12:0:0:26:11:0:0 chr1 247978319 . A G 1084.2 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.624;QD=58.6055;RBI=0.0367375;REFB=-0.0769235;REVB=0.0295803;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000213391;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:36:37:0:0:36:37:1:0 chr1 248004614 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.343;QD=48.7373;RBI=0.0149366;REFB=0;REVB=-0.0105376;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1654e-07;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr1 248004687 . C G 320.05 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.803;QD=53.3413;RBI=0.0724883;REFB=0;REVB=0.0353529;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437357;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr1 248004775 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.539;QD=56.1913;RBI=0.0431684;REFB=0;REVB=0.00942378;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376308;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr1 248004848 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5127;QD=44.6898;RBI=0.0881853;REFB=0;REVB=0.0271023;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393747;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 248004877 . C T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8006;QD=37.4793;RBI=0.0598652;REFB=0;REVB=0.033952;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377164;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 248004884 . T C 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145886;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.4;QD=38.0149;RBI=0.0217648;REFB=0;REVB=0.0161517;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14878e-05;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 248005213 . G C 226.69 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.68;QD=47.7246;RBI=0.00618971;REFB=0;REVB=-0.00336064;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22094e-05;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:10:5:0:0:10:9:0:0 chr1 248020556 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.705;QD=40.7629;RBI=0.0840688;REFB=0;REVB=0.0730296;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313741;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 248028219 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.433;QD=46.848;RBI=0.0330436;REFB=0;REVB=0.0325671;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42492e-05;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 248039451 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00541027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.868;QD=20.8118;RBI=0.00652453;REFB=-0.00774226;REVB=-0.00364672;RO=23;SAF=19;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502505;STB=0.784858;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0108566;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:4:19:7:16:4:19:7:16 chr1 248039713 . A G 218.91 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0116716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8962;QD=19.4583;RBI=0.0277627;REFB=-0.0276528;REVB=0.0251901;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691752;STB=0.538426;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0240408;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:23:21:22:0.488889:8:13:12:10:8:14:13:10 chr1 248059423 . C T 728.38 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.969;QD=57.1275;RBI=0.0163001;REFB=0;REVB=0.0101213;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84249e-05;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 248059456 . G A 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0363031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.355;QD=21.4822;RBI=0.0433026;REFB=0.00410643;REVB=0.0236052;RO=41;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037702;STB=0.520824;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00313737;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:25:20:20:21:25:20:20:21 chr1 248059476 . A C 538.8 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0240284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.069;QD=20.5259;RBI=0.0338822;REFB=-0.0215571;REVB=-0.023888;RO=50;SAF=27;SAR=28;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267501;STB=0.514726;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0205114;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:28:27:23:27:28:27:23:27 chr1 248059703 . T A 732.0 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252124;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.613;QD=63.652;RBI=0.0263722;REFB=0;REVB=-0.0077346;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24835e-05;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr1 248059712 . T C 651.01 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.461;QD=62.0008;RBI=0.0441751;REFB=0;REVB=0.0123024;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276672;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr1 248059856 . T C 902.4 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2495;QD=58.2194;RBI=0.0610348;REFB=0;REVB=0.00940877;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492916;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr1 248060029 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.348;QD=53.2771;RBI=0.020895;REFB=0;REVB=-0.00219122;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95693e-05;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr1 248060265 . A C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00577943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.483;QD=19.134;RBI=0.0972712;REFB=-0.0011963;REVB=0.0970994;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00723367;OID=.;OPOS=248060265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr1 248060279 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3017;QD=46.8476;RBI=0.0250391;REFB=0;REVB=-0.0191548;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133586;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 248060380 . C G 451.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928487;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9207;QD=58.2236;RBI=0.0383191;REFB=0;REVB=0.0371773;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882913;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr1 248084434 . G A 758.25 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.708;QD=56.1667;RBI=0.00763043;REFB=0;REVB=-0.00201398;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106812;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr1 248084464 . T C 620.97 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0128655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.396;QD=55.1972;RBI=0.0150109;REFB=-0.0303805;REVB=0.00773352;RO=3;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208155;STB=0.511106;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00228283;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:21:21:1:2:21:21:1:2 chr1 248085108 . C T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1951;QD=62.3446;RBI=0.0498487;REFB=0;REVB=0.00415876;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593562;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr1 248112627 . T C 639.86 PASS AF=0.547826;AO=62;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.043619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.51;QD=22.2561;RBI=0.0475107;REFB=-0.0184713;REVB=0.0188322;RO=51;SAF=33;SAR=29;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346994;STB=0.519464;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0144843;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:52:62:63:0.547826:29:33:25:26:30:33:25:27 chr1 248112745 . G T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.62;QD=57.0008;RBI=0.0218133;REFB=0;REVB=-0.0208261;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35503e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 248112762 . TG CA 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917005;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.012;QD=64.1539;RBI=0.0122366;REFB=0;REVB=-0.00810209;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.47692e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr1 248112771 . C T 734.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.763;QD=56.4825;RBI=0.0197317;REFB=0;REVB=0.0181835;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97968e-05;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:20:29:0:0:22:30:0:0 chr1 248112809 . A G 804.67 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294938;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.578;QD=57.4766;RBI=0.0331728;REFB=0;REVB=0.0151839;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251863;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr1 248112836 . A G 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337733;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.68;QD=64.1441;RBI=0.0428551;REFB=0;REVB=0.0263803;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159501;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr1 248112915 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0249399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3965;QD=21.2675;RBI=0.0407196;REFB=-0.00584247;REVB=0.0321883;RO=14;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134204;STB=0.576373;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00649338;OID=.;OPOS=248112915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:3:14:10:4:3:14:10:4 chr1 248113026 . T A 716.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.317;QD=62.2809;RBI=0.0486765;REFB=0;REVB=0.00191453;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37592e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:27:17:0:0:28:18:0:0 chr1 248113040 . A G 753.28 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00790189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8187;QD=61.492;RBI=0.0124524;REFB=-0.0421703;REVB=-0.00962401;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00459378;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:28:20:0:0:28:20:0:1 chr1 248128929 . G A 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0348461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.911;QD=8.99484;RBI=0.0354404;REFB=-0.0042357;REVB=-0.00646272;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21631;STB=0.633564;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0105106;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:9:3:12:17:9:3:12:17 chr1 248129240 . G A 174.19 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00408282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7843;QD=9.81339;RBI=0.0148144;REFB=0.00702312;REVB=0.0142407;RO=47;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107909;STB=0.512489;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00939403;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:10:13:27:20:10:13:28:20 chr1 248224690 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00547944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.005;QD=18.9979;RBI=0.0176423;REFB=-0.0101043;REVB=-0.0167698;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481765;STB=0.526818;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00883146;OID=.;OPOS=248224690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:19:11:13:18:19:11 chr1 248264018 . C T 1329.06 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0275571;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.714;QD=61.1063;RBI=0.0306585;REFB=-0.111423;REVB=0.013437;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126311;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000507124;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:85:86:0.988506:48:37:1:0:49:37:1:0 chr1 248285683 . C T 166.87 PASS AF=0.179191;AO=30;DP=174;FAO=31;FDP=173;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=-0.0115633;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4024;QD=3.85837;RBI=0.0220518;REFB=-0.00114971;REVB=0.0187769;RO=143;SAF=9;SAR=21;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282494;STB=0.687639;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00571799;OID=.;OPOS=248285683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:143:142:30:31:0.179191:21:9:74:69:22:9:73:69 chr1 248309201 . A T 1145.69 PASS AF=0.557895;AO=106;DP=191;FAO=106;FDP=190;FR=.;FRO=84;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00378968;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.116;QD=24.1198;RBI=0.0144123;REFB=-0.0183346;REVB=-0.0139052;RO=83;SAF=53;SAR=53;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242995;STB=0.515787;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0152408;OID=.;OPOS=248309201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:83:84:106:106:0.557895:53:53:44:39:53:53:45:39 chr1 248343543 . C T 1231.33 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4387;QD=60.065;RBI=0.113429;REFB=0.00732445;REVB=0.105627;RO=1;SAF=31;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150285;STB=0.507935;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000891615;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:50:31:1:0:50:31:1:0 chr1 248343945 . C G 1766.39 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.586;QD=60.91;RBI=0.0864334;REFB=0;REVB=0.0858564;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183708;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:62:54:0:0:62:54:0:0 chr1 248343990 . T C 1992.81 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.941;QD=61.3172;RBI=0.0512279;REFB=-0.141267;REVB=0.0430329;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000135037;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:128:129:0.992308:60:68:0:0:60:69:0:1 chr1 248366702 . G A 1997.08 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.381;QD=61.9251;RBI=0.0484617;REFB=0;REVB=0.0359096;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280296;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:126:129:1:64:62:0:0:64:65:0:0 chr1 248367014 . TG CA 918.7 PASS AF=0.50838;AO=90;DP=180;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.0309729;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.197;QD=20.5297;RBI=0.0421322;REFB=-0.0246552;REVB=0.0285623;RO=85;SAF=48;SAR=42;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107297;STB=0.552304;STBP=0.161;TYPE=mnp;VARB=0.0262384;OID=.;OPOS=248367014;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:85:88:90:91:0.50838:42:48:35:50:42:49:38:50 chr1 248402758 . C T 835.23 PASS AF=1;AO=46;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125984;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.12;QD=56.6257;RBI=0.0165243;REFB=0;REVB=0.0106927;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156066;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:46:59:1:28:18:0:0:38:21:0:0 chr1 248436611 . G A 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.277;QD=53.2656;RBI=0.0346133;REFB=0;REVB=0.034534;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505615;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr1 248436616 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.915;QD=53.2769;RBI=0.0125953;REFB=0;REVB=-0.00578493;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73992e-05;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr1 248436805 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.026;QD=39.2068;RBI=0.0573586;REFB=0;REVB=0.0497636;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604013;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 248457979 . C A 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.8;QD=61.8522;RBI=0.0420821;REFB=0;REVB=0.0417673;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28919e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr1 248458676 . T C 740.8 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813347;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.709;QD=56.9844;RBI=0.0115854;REFB=0;REVB=0.0082504;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.93306e-06;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:29:23:0:0 chr1 248458689 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000661658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.209;QD=58.9624;RBI=0.00302321;REFB=0;REVB=-0.00294991;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1234e-06;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr1 248458717 . C G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.152;QD=61.6948;RBI=0.0314678;REFB=0;REVB=0.0151988;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143234;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr1 248487252 . G A 552.13 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00664808;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.175;QD=16.239;RBI=0.00686869;REFB=-0.00206532;REVB=-0.00172682;RO=78;SAF=29;SAR=30;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346945;STB=0.515818;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00252573;OID=.;OPOS=248487252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:78:77:59:59:0.433824:30:29:41:37:30:29:40:37 chr1 248487300 . C T 2349.54 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.973;QD=63.9329;RBI=0.0898734;REFB=0;REVB=0.089851;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110751;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:147:0:0:143:147:1:70:73:0:0:74:73:0:0 chr1 248487338 . C A 2561.68 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.828;QD=61.7273;RBI=0.0244097;REFB=0;REVB=0.0218137;RO=0;SAF=93;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91153e-05;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:72:93:0:0:73:93:0:0 chr1 248487638 . A G 1797.09 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00190073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.057;QD=59.9029;RBI=0.015198;REFB=-0.0843901;REVB=0.0150786;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772249;STB=0.503936;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000724418;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:120:1:1:117:119:0.991667:61:56:0:1:63:56:0:1 chr1 248487767 . AA AG,GG 476.8 PASS AF=0.914286,0.0571429;AO=32,2;DP=35;FAO=32,2;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=25,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0403407,-0.0118111;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=49.9496,29.3509;QD=54.4912;RBI=0.121764,0.0617833;REFB=-0.0960384,-0.0688468;REVB=-0.114888,-0.0606439;RO=0;SAF=25,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.533312,0.993266;STBP=0.111,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00275779,0.0362376;OID=.,.;OPOS=248487768,248487767;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:1:32,2:32,2:0.914286,0.0571429:7,0:25,2:0:0:7,0:25,2:0:1 chr1 248512094 . C T 490.99 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0213797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.013;QD=19.2544;RBI=0.0303194;REFB=-0.00869673;REVB=-0.0214983;RO=50;SAF=36;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218249;STB=0.617267;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00607565;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:15:36:24:26:15:36:25:26 chr1 248512498 . A G 209.01 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00859409;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.683;QD=17.4178;RBI=0.0207521;REFB=-0.00975348;REVB=-0.0188889;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136763;STB=0.577569;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0122697;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:8:19:12:9:8:19 chr1 248512637 . C T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00123251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.586;QD=19.2764;RBI=0.0209997;REFB=-0.0217876;REVB=-0.0209635;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213515;STB=0.612141;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.022372;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:12:22:13:19:12:22:14:19 chr1 248512749 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0125193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.511;QD=13.3417;RBI=0.0392208;REFB=-0.0092841;REVB=0.0371691;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953089;STB=0.505489;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0178655;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:18:14:9:12:18:14 chr1 248512767 . G T 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0144415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.012;QD=11.1842;RBI=0.022438;REFB=-0.0097612;REVB=-0.0171728;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165634;STB=0.596798;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0195705;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:15:20:8:11:15:20 chr1 248525100 . G A 53.7 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0362432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9687;QD=3.83578;RBI=0.0444711;REFB=0.0135044;REVB=0.0257704;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156307;STB=0.617017;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0233649;OID=.;OPOS=248525100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:56:46:47:9:9:0.160714:6:3:21:25:6:3:22:25 chr1 248525135 . G A 89.22 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0487454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.82;QD=4.75855;RBI=0.0534033;REFB=-0.0124193;REVB=-0.0218127;RO=53;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625001;STB=0.513351;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0658479;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:53:60:15:15:0.2:8:7:25:28:8:7:29:31 chr1 248525138 . C T 107.89 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0115007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.307;QD=5.75437;RBI=0.0322501;REFB=-0.00784432;REVB=-0.0301297;RO=58;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151163;STB=0.509423;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0164573;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:9:8:28:30:9:8:28:30 chr1 248525330 . A G 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0410597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.626;QD=10.3789;RBI=0.0462544;REFB=-0.0178642;REVB=-0.0212971;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968572;STB=0.5569;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0358447;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:13:23:10:8:13:23 chr1 248525647 . C A 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00525616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.446;QD=8.92376;RBI=0.00663518;REFB=-0.0171671;REVB=0.00404949;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108904;STB=0.554738;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0551185;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:9:10:26:16:9:10:26:17 chr1 248525650 . C T 148.43 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0285623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.546;QD=9.57586;RBI=0.0295691;REFB=-0.0266197;REVB=-0.00765026;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528266;STB=0.531117;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0461739;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:9:11:25:17:9:11:25:17 chr1 248525657 . G A 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0440559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.472;QD=9.37434;RBI=0.0458763;REFB=-0.0025577;REVB=-0.012795;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686566;STB=0.540594;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00679324;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:9:10:24:17:9:10:24:17 chr1 248525780 . C T 535.3 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00600477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.069;QD=20.992;RBI=0.0121603;REFB=-0.0298717;REVB=0.0105743;RO=48;SAF=23;SAR=31;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169323;STB=0.593107;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0270869;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:31:23:30:18:31:23:30:18 chr1 248550970 . A G 359.95 PASS AF=0.666667;AO=29;DP=44;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0136178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9598;QD=31.9956;RBI=0.0140684;REFB=0.010099;REVB=0.00353205;RO=15;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115957;STB=0.55739;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00263457;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:15:15:29:30:0.666667:16:13:4:11:17:13:4:11 chr1 248550976 . T G 393.34 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=46;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00305646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.268;QD=33.4756;RBI=0.0166416;REFB=-0.0550693;REVB=0.0163585;RO=15;SAF=12;SAR=19;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773236;STB=0.546956;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0189758;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:15:31:32:0.680851:19:12:4:11:19:13:4:11 chr1 248551203 . T C 141.29 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.114734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4364;QD=13.4557;RBI=0.117101;REFB=-0.0106898;REVB=-0.0234259;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124825;STB=0.572283;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0216941;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:7:19:10:6:7:19 chr1 248551560 . C T 204.93 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.021431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1761;QD=16.3947;RBI=0.0357908;REFB=-0.00103976;REVB=0.0286652;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240673;STB=0.637606;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00447444;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:11:18:8:13:11:18 chr1 248551636 . T G 280.1 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0131397;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.833;QD=16.4764;RBI=0.013146;REFB=-0.0242395;REVB=0.000404391;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233576;STB=0.631493;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0272696;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:15:22:11:20:15:22 chr1 248616401 . G A 767.88 PASS AF=0.394619;AO=88;DP=224;FAO=88;FDP=223;FR=.;FRO=135;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.000726149;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.665;QD=13.7736;RBI=0.0072875;REFB=-0.0120837;REVB=0.00725123;RO=135;SAF=35;SAR=53;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436917;STB=0.529158;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0176465;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:135:135:88:88:0.394619:53:35:59:76:53:35:60:75 chr1 248616408 . C T 765.96 PASS AF=0.394619;AO=88;DP=223;FAO=88;FDP=223;FR=.;FRO=135;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.02046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7486;QD=13.7393;RBI=0.0333961;REFB=-0.00647642;REVB=-0.0263948;RO=135;SAF=35;SAR=53;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518214;STB=0.529158;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00989684;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:135:135:88:88:0.394619:53:35:60:75:53:35:60:75 chr1 248637362 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9624;QD=51.9167;RBI=0.0518655;REFB=0;REVB=0.0258085;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014527;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr1 248637416 . GC CT 614.07 PASS AF=0.819672;AO=49;DP=60;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.017417;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.246;QD=40.2668;RBI=0.0226201;REFB=-0.0363111;REVB=-0.0144331;RO=11;SAF=30;SAR=19;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875816;STB=0.547907;STBP=0.14;TYPE=mnp;VARB=0.00585004;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:60:61:11:11:49:50:0.819672:19:30:4:7:19:31:4:7 chr1 248637480 . A G 199.24 PASS AF=0.252101;AO=29;DP=118;FAO=30;FDP=119;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.00232636;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4844;QD=6.69706;RBI=0.0271357;REFB=-0.0111009;REVB=-0.0270358;RO=85;SAF=13;SAR=16;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228873;STB=0.636378;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0425462;OID=.;OPOS=248637480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:85:89:29:30:0.252101:16:13:54:31:16:14:58:31 chr1 248637543 . C T 213.08 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=34;FWDB=-0.00349874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.634;QD=6.5564;RBI=0.00983609;REFB=-0.00230315;REVB=0.0091928;RO=98;SAF=19;SAR=13;SRF=64;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782976;STB=0.547132;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00797662;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:98:98:32:32:0.246154:13:19:64:34:13:19:64:34 chr1 248685253 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00867394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.158;QD=54.6514;RBI=0.0361063;REFB=0.000176317;REVB=0.0350489;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=7.97712e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:1:0:32:20:1:0 chr1 248685295 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000473241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.03;QD=26.5139;RBI=0.00587673;REFB=-0.0122173;REVB=0.00585765;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152456;STB=0.584551;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00908652;OID=.;OPOS=248685295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:18:9:10:9:18:9:10:9 chr1 248685719 . A T 216.12 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00472312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.29;QD=13.2997;RBI=0.00586976;REFB=0.000926047;REVB=0.00348516;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126729;STB=0.562453;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00118179;OID=.;OPOS=248685719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:12:14:25:13:12:14:25:14 chr1 248722621 . G A 33.4 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.148424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.623;QD=19.085;RBI=0.154359;REFB=-0.0527747;REVB=0.0423906;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0203113;OID=.;OPOS=248722621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:1:2:5:5:0.714286:3:2:0:1:3:2:1:1 chr1 248722624 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0346912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.867;QD=19.134;RBI=0.0377449;REFB=-0.00821505;REVB=-0.0148728;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00360573;OID=.;OPOS=248722624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr1 248722659 . C T 145.74 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.000146454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3037;QD=25.3458;RBI=0.0385422;REFB=-0.0377327;REVB=0.0385419;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188703;STB=0.605915;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.021862;OID=.;OPOS=248722659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:5:3:10:5:5:3 chr1 248722671 . T A 362.48 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406207;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.314;QD=55.7661;RBI=0.0135705;REFB=0;REVB=0.0129483;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215453;OID=.;OPOS=248722671;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 248722739 . G C 32.71 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0101906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9281;QD=2.61713;RBI=0.0113022;REFB=-0.00942169;REVB=0.00488789;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317883;STB=0.733456;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0641252;OID=.;OPOS=248722739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:17:27:2:4:17:27 chr1 248722777 . T A 520.96 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0168601;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.736;QD=40.0739;RBI=0.0192987;REFB=0.000988462;REVB=0.00939031;RO=8;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952159;STB=0.538866;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-3.16252e-05;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:52:8:9:43:43:0.826923:24:19:1:7:24:19:2:7 chr1 248737319 . G A 39.54 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.013231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4269;QD=3.51471;RBI=0.0383008;REFB=-0.0142082;REVB=0.0359429;RO=37;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165934;STB=0.603482;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.100766;OID=.;OPOS=248737319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:45:45:37:38:7:7:0.155556:4:3:21:16:4:3:21:17 chr1 248737329 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00373097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.449;QD=17.2466;RBI=0.0398476;REFB=-0.00242596;REVB=0.0396726;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138058;STB=0.578871;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00477486;OID=.;OPOS=248737329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:13:14:8:13:13:14 chr1 248737343 . C T 42.58 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0283796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.421;QD=2.83859;RBI=0.05384;REFB=-0.00593408;REVB=-0.0457531;RO=51;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207906;STB=0.655357;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0446972;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:51:52:8:8:0.133333:3:5:23:28:3:5:23:29 chr1 248737348 . G A 147.16 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0425756;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7223;QD=9.05617;RBI=0.0497906;REFB=-0.00732785;REVB=-0.0258153;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162354;STB=0.602639;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.01316;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:44:45:20:20:0.307692:9:11:18:26:9:11:18:27 chr1 248737454 . A G 68.23 PASS AF=0.121212;AO=16;DP=132;FAO=16;FDP=132;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0166197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.479;QD=2.06759;RBI=0.016652;REFB=-0.00345019;REVB=0.00103784;RO=116;SAF=11;SAR=5;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243741;STB=0.67411;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0483716;OID=.;OPOS=248737454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:132:132:116:116:16:16:0.121212:5:11:57:59:5:11:57:59 chr1 248737511 . A G 157.72 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0196736;FXX=0.0121936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.8676;QD=7.78857;RBI=0.0224349;REFB=0.00140037;REVB=0.0107831;RO=54;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121439;STB=0.514659;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00194695;OID=.;OPOS=248737511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:54:59:22:22:0.271605:12:10:24:30:12:10:28:31 chr1 248737595 . A G 180.0 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0212658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.41;QD=23.226;RBI=0.0233151;REFB=0.000451973;REVB=0.00955828;RO=13;SAF=1;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362395;STB=0.605925;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000463577;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:16:1:3:10:16:2:3:10 chr1 248789504 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.052;QD=64.4154;RBI=0.0150277;REFB=0;REVB=0.00507769;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21484e-05;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 248790075 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.225;QD=45.8068;RBI=0.0459154;REFB=0;REVB=0.0162019;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688442;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 248801592 . C T 754.6 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00474963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.804;QD=54.8797;RBI=0.0584451;REFB=-0.0601139;REVB=0.0582518;RO=1;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303766;STB=0.516123;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00129665;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:15:39:0:1:15:39:0:1 chr1 248801602 . T TCA 694.18 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244105;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.554;QD=53.3985;RBI=0.0747848;REFB=-0.145302;REVB=0.0706887;RO=3;SAF=36;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037631;STB=0.506664;STBP=0.611;TYPE=ins;VARB=0.00119877;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980769:50:54:51:52:1:37:14:1:0:5:3:36:14:3:0 chr1 248801610 . GC AT 726.81 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235259;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.03;QD=57.005;RBI=0.0817917;REFB=0;REVB=0.0783352;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.94153e-05;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:15:36:0:0 chr1 248801633 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0461937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.088;QD=54.8231;RBI=0.0516636;REFB=-0.0917764;REVB=0.0231358;RO=1;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136468;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00134676;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:16:34:1:0:16:34:1:0 chr1 248801897 . G A 36.4 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0397856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0706;QD=6.61754;RBI=0.0406656;REFB=0.00705981;REVB=-0.00841444;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541636;STB=0.817548;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0199864;OID=.;OPOS=248801897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:1:15:3:3:1:15 chr1 248801944 . TCAGCACG T 77.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00208561;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=7;MLLD=273.634;QD=22.2646;RBI=0.0235303;REFB=-0.0120387;REVB=0.0234376;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441617;STB=0.76119;STBP=0.057;TYPE=del;VARB=0.00796911;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:9:16:9:14:5:1:8:3:2:32:5:1:8:3:2 chr1 248814052 . T A 261.29 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0143182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.99;QD=31.6719;RBI=0.0280008;REFB=-0.00628663;REVB=0.0240631;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132657;STB=0.55433;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00191794;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:32:33:9:10:23:23:0.69697:11:12:7:2:11:12:7:3 chr1 248814080 . A C 521.86 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00881615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.695;QD=50.9129;RBI=0.00899936;REFB=-0.0549866;REVB=-0.00180668;RO=4;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705271;STB=0.537806;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00274364;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:14:23:1:3:14:23:1:3 chr1 248814126 . G A 497.6 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0644314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.601;QD=55.289;RBI=0.0700949;REFB=-0.12913;REVB=0.0276023;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00177239;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:13:21:1:0:14:21:1:0 chr1 248845097 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.48;QD=33.4285;RBI=0.0351227;REFB=0;REVB=-0.0189028;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022089;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 248845411 . G A 689.77 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0391433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.812;QD=55.1816;RBI=0.0440587;REFB=-0.0241638;REVB=0.0202231;RO=4;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601537;STB=0.532096;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000839223;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:50:50:4:4:46:46:0.92:17:29:1:3:17:29:1:3 chr1 248845458 . C T 704.59 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036759;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.554;QD=56.3668;RBI=0.0606129;REFB=0;REVB=0.0605014;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183541;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:1:0:49:50:1:21:28:0:1:22:28:0:0 chr1 248845471 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.356;QD=56.9975;RBI=0.0469511;REFB=0;REVB=0.0417403;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6312e-05;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 248845499 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.33;QD=61.6836;RBI=0.0757864;REFB=0;REVB=0.0712144;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690891;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 249142169 . C T 128.26 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0187712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5206;QD=18.3222;RBI=0.0191066;REFB=-0.0826764;REVB=0.00356406;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930297;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0399058;OID=.;OPOS=249142169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:6:8:6:7:7:8:6:7 chr1 249150116 . G C 567.49 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00581248;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.45;QD=25.2217;RBI=0.0107557;REFB=-0.0325145;REVB=0.00904991;RO=37;SAF=30;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090062;STB=0.544024;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0263627;OID=.;OPOS=249150116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:38:52:52:0.577778:22:30:17:20:22:30:18:20 chr1 249168107 . G C 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00641971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2915;QD=15.6029;RBI=0.0388273;REFB=0.00430443;REVB=0.0382929;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105128;STB=0.566622;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0137932;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:17:13:20:17:17:13:21:17 chr1 249168516 . A G 1039.3 PASS AF=0.948052;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0156686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.439;QD=53.9896;RBI=0.0524079;REFB=-0.120048;REVB=-0.0500109;RO=4;SAF=37;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484206;STB=0.524384;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00817385;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:77:4:4:71:73:0.948052:34:37:4:0:34:39:4:0 chr1 249208772 . C T 293.26 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0143198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.244;QD=19.8817;RBI=0.0247982;REFB=-0.021807;REVB=-0.0202458;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132159;STB=0.573402;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0174314;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:14:17:11:17:14:17:11:17 chr2 224919 . A G 192.83 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0021903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.043;QD=19.7772;RBI=0.0134324;REFB=-0.00558886;REVB=0.0132526;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237684;STB=0.513498;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00473803;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:18:18:0.461538:9:9:9:10:9:9:9:10 chr2 242793 . G C 107.23 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00524994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.761;QD=22.5742;RBI=0.0295778;REFB=-0.0147884;REVB=0.0291081;RO=7;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244656;STB=0.640758;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0107497;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:10:2:3:4:10:2:3:4 chr2 264019 . C A 295.84 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0566666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.347;QD=20.4025;RBI=0.0571686;REFB=-0.0258391;REVB=-0.00755946;RO=27;SAF=2;SAR=29;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659841;STB=0.875688;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00986729;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:29:2:17:10:29:2:17:10 chr2 272203 . C T 475.43 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00565086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2712;QD=16.5365;RBI=0.0508087;REFB=-0.0122874;REVB=-0.0504935;RO=61;SAF=17;SAR=35;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365573;STB=0.53285;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0210911;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:63:52:52:0.452174:35:17:22:39:35:17:24:39 chr2 277003 . A G 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0606064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.156;QD=21.1295;RBI=0.0606116;REFB=-0.0211423;REVB=-0.000799785;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10206;STB=0.557469;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0166053;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:10:11:14:8:10:11 chr2 1079320 . C T 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.888;QD=59.6777;RBI=0.0132209;REFB=0;REVB=-0.0129445;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001085;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr2 1099075 . TTAT TTCT,TTTC,TTTT 1455.22 PASS AF=0.720721,0.198198,0.0810811;AO=36,9,10;DP=100;FAO=80,22,9;FDP=111;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=63,2,4;FSAR=17,20,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183369,0.0202055,0.0133888;FXX=0.0430997;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=73.4325,97.4844,101.485;QD=52.4404;RBI=0.0614362,0.0410368,0.0165874;REFB=0,0,0;REVB=0.0586358,0.0357178,0.00979191;RO=0;SAF=34,3,2;SAR=2,6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=-0.001562,0.054251,0.0443168;OID=.,.,.;OPOS=1099077,1099077,1099077;OREF=A,AT,A;OALT=C,TC,T;OMAPALT=TTCT,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.720721,0.198198,0.0810811:36,9,10:100:80,22,9:111:0:63,2,4:17,20,5:0:0:99:0:34,3,2:2,6,8:0:0 chr2 1099079 . T C 94.36 PASS AF=0.162162;AO=20;DP=113;FAO=18;FDP=111;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=26;FWDB=-0.00574181;FXX=0.0176975;HRUN=11;LEN=1;MLLD=155.466;QD=3.40044;RBI=0.00628589;REFB=-0.00243073;REVB=-0.00255812;RO=93;SAF=6;SAR=14;SRF=67;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498251;STB=0.861031;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00667975;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:113:111:93:93:20:18:0.162162:14:6:67:26:14:4:67:26 chr2 1133367 . G A 314.84 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0303896;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.006;QD=24.2183;RBI=0.0325811;REFB=0.0232438;REVB=0.0117475;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093947;STB=0.542686;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0162646;OID=.;OPOS=1133367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:20:21:31:31:0.596154:18:13:11:9:18:13:11:10 chr2 1271230 . A G 426.5 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0327892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.103;QD=17.7709;RBI=0.0429858;REFB=-0.0140387;REVB=-0.0277965;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398086;STB=0.510412;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0167459;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:52:43:44:0.458333:22:21:27:24:22:22:27:25 chr2 1320143 . C T 297.09 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0316899;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9108;QD=17.4756;RBI=0.0394698;REFB=-0.0114731;REVB=-0.023529;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170526;STB=0.509554;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0112591;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:14:22:19:13:14:22 chr2 1546327 . C G 696.67 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00637591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8806;QD=52.5786;RBI=0.00679025;REFB=0.0548413;REVB=-0.00233567;RO=2;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294139;STB=0.515619;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00260292;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:31:20:0:2:31:20:0:2 chr2 1637648 . T C 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0278801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.571;QD=26.4116;RBI=0.0403821;REFB=-0.0227464;REVB=0.0292132;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822524;STB=0.545419;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0178741;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:10:15:12:5:10:15:12:5 chr2 1647171 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.764;QD=56.9988;RBI=0.0148557;REFB=0;REVB=0.00506505;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23743e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr2 1652822 . T G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.764;QD=59.8553;RBI=0.0178849;REFB=0;REVB=0.00723667;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21871e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr2 1664654 . A G 1286.79 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186535;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.241;QD=62.0139;RBI=0.0365812;REFB=0;REVB=0.0314679;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9365e-05;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr2 1842968 . T C 1356.67 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206144;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.22;QD=62.3757;RBI=0.0270174;REFB=0;REVB=0.0174639;RO=0;SAF=23;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146776;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:62:23:0:0:62:25:0:0 chr2 1893133 . C T 303.79 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00635399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.721;QD=19.9204;RBI=0.024642;REFB=-0.0255117;REVB=0.0238087;RO=29;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872012;STB=0.536048;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0236386;OID=.;OPOS=1893133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:29:31:32:0.52459:21:10:12:17:21:11:12:17 chr2 1906993 . G A 68.09 PASS AF=0.120301;AO=16;DP=133;FAO=16;FDP=133;FR=.;FRO=117;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=-0.00164274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8467;QD=2.04782;RBI=0.00783345;REFB=-0.00257999;REVB=0.00765926;RO=117;SAF=5;SAR=11;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11831;STB=0.585355;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0276534;OID=.;OPOS=1906993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:133:133:117:117:16:16:0.120301:11:5:47:70:11:5:47:70 chr2 1926437 . G T 643.78 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00512847;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.934;QD=50.4926;RBI=0.00764397;REFB=-0.188756;REVB=0.00566826;RO=3;SAF=30;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491682;STB=0.502617;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00120161;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:51:3:3:48:48:0.941176:18:30:2:1:18:30:2:1 chr2 1946914 . A G 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.913;QD=58.5727;RBI=0.0794355;REFB=0;REVB=0.0425982;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431402;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr2 1946968 . C T 273.48 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00158116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5149;QD=15.1936;RBI=0.0101957;REFB=-0.0375249;REVB=-0.0100724;RO=41;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269271;STB=0.652551;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0499643;OID=.;OPOS=1946968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:21:10:24:17:21:10:24:17 chr2 3392075 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.974;QD=47.8223;RBI=0.0275888;REFB=0;REVB=0.00650169;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312798;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr2 3392295 . A G 689.67 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000140967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.037;QD=62.6974;RBI=0.0291038;REFB=0;REVB=0.0291034;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69608e-05;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:18:26:0:0 chr2 3392513 . TT CA 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969531;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=2;MLLD=189.264;QD=51.9852;RBI=0.0100034;REFB=0;REVB=-0.00246357;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.05734e-05;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 3425514 . G C 1032.86 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3561;QD=59.0205;RBI=0.0226392;REFB=0;REVB=-0.0074215;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140456;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:40:29:0:0:40:30:0:0 chr2 3425729 . C T 593.76 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107743;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1093;QD=57.9276;RBI=0.108088;REFB=-0.105645;REVB=0.00862571;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00417818;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:21:18:0:0:21:19:1:0 chr2 3469463 . G C 320.71 PASS AF=0.55;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0072967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.259;QD=21.3804;RBI=0.00924068;REFB=-0.0192975;REVB=0.00566994;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037232;STB=0.518208;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0185686;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:26:27:32:33:0.55:17:15:11:15:17:16:12:15 chr2 3470115 . T C 330.97 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00235901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2541;QD=22.4389;RBI=0.0466037;REFB=-0.034743;REVB=-0.0465439;RO=25;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232045;STB=0.503266;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0218409;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:33:34:0.576271:11:22:16:9:12:22:16:9 chr2 3470124 . G A 308.95 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.055739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.034;QD=20.9458;RBI=0.0572898;REFB=-0.0786446;REVB=-0.0132398;RO=23;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131337;STB=0.502261;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0636494;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:23:27:32:32:0.542373:12:20:14:9:12:20:17:10 chr2 3483205 . C T 340.83 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.647;QD=54.533;RBI=0.0459616;REFB=0;REVB=0.021304;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325093;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:9:14:0:0:9:16:0:0 chr2 3488502 . A G 1134.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.071;QD=60.5155;RBI=0.052136;REFB=0;REVB=0.0322854;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132914;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr2 3504687 . A G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.574;QD=63.4764;RBI=0.0163522;REFB=0;REVB=-0.00971744;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55689e-06;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr2 3518643 . T C 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00745242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.357;QD=21.0644;RBI=0.0184473;REFB=-0.0164426;REVB=-0.016875;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321344;STB=0.681657;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0188131;OID=.;OPOS=3518643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:6:18:10:14:6:18:10:14 chr2 3597974 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00373885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.353;QD=16.4266;RBI=0.0145794;REFB=0.00401913;REVB=0.0140919;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325354;STB=0.689298;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00195643;OID=.;OPOS=3597974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:4:7:3:8:4:7 chr2 3605468 . A G 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0317458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.612;QD=13.3138;RBI=0.0363921;REFB=-0.0013858;REVB=0.017793;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299951;STB=0.530698;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0013885;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:15:7:11:21:15:7:12:21 chr2 3652616 . G C 1587.52 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.55;QD=59.3466;RBI=0.0630541;REFB=0;REVB=0.0393793;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209813;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:98:107:1:37:61:0:0:46:61:0:0 chr2 3652617 . A AG 304.08 PASS AF=0.514286;AO=48;DP=103;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0035413;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3635;QD=11.5841;RBI=0.139731;REFB=-0.00621323;REVB=0.139687;RO=55;SAF=32;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141904;STB=0.511995;STBP=0.813;TYPE=ins;VARB=0.0122685;OID=.;OPOS=3652618;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:48:103:54:105:51:32:22:29:22:99:55:32:16:29:26 chr2 3653844 . T C 461.66 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.318;QD=57.7073;RBI=0.0360997;REFB=0;REVB=0.0338714;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189191;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:29:32:1:23:6:0:0:24:8:0:0 chr2 3721729 . A G 1171.68 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7112;QD=60.8663;RBI=0.0932717;REFB=0;REVB=0.0300104;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104141;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:74:77:1:38:36:0:0:40:37:0:0 chr2 3729254 . C T 121.99 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00736205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.962;QD=15.7409;RBI=0.0177781;REFB=-0.0179827;REVB=-0.0161821;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0242796;OID=.;OPOS=3729254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:7:10:7:7:7:10 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 302.92 PASS AF=0.142857,0.457143;AO=10,30;DP=70;FAO=10,32;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=0,18;FSAR=10,14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0494176,-0.00798333;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=23.6916,213.288;QD=17.3094;RBI=0.190078,0.0101978;REFB=-0.0581397,-0.0104261;REVB=-0.183542,0.00634513;RO=24;SAF=0,18;SAR=10,12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.802114,-0.0564736;STB=0.998895,0.521263;STBP=0,0.745;TYPE=del,del;VARB=0.0562966,0.0153806;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.142857,0.457143:10,30:70:10,32:70:28:0,18:10,14:17:11:99:24:0,18:10,12:16:8 chr2 3789604 . G A 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.012616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.287;QD=15.1115;RBI=0.0126909;REFB=-0.00326761;REVB=0.00137678;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438044;STB=0.524821;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00498948;OID=.;OPOS=3789604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:16:22:18:11:16:22 chr2 3800383 . C T 1380.82 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638894;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3283;QD=62.7647;RBI=0.0645049;REFB=0;REVB=-0.0641878;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181832;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr2 3826387 . T C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0237819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5545;QD=10.8226;RBI=0.0335736;REFB=-0.000321117;REVB=0.0236983;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015725;STB=0.509418;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0017832;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:17:6:3:9:17:6 chr2 5837271 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00858661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.43;QD=11.257;RBI=0.00867777;REFB=-0.0109628;REVB=0.00125452;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264459;STB=0.653543;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0154312;OID=.;OPOS=5837271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:11:1:2:6:11:1 chr2 5838030 . G A 194.34 PASS AF=0.42;AO=18;DP=47;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00677816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.024;QD=15.5468;RBI=0.00787002;REFB=-0.00512268;REVB=0.00399921;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128473;STB=0.583256;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00911498;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:29:29:18:21:0.42:9:9:11:18:10:11:11:18 chr2 5839686 . A G 181.22 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.030915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.544;QD=13.94;RBI=0.0310259;REFB=-0.0092587;REVB=-0.00262105;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301461;STB=0.68164;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0181668;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:31:20:21:0.403846:6:14:13:18:6:15:13:18 chr2 6990020 . C T 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00811876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.172;QD=16.6369;RBI=0.00866339;REFB=-0.00585286;REVB=-0.00302325;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229957;STB=0.521799;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00685002;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:41:41:0.43617:17:24:31:20:17:24:33:20 chr2 7003680 . T C 358.0 PASS AF=0.403846;AO=40;DP=101;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0240765;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.879;QD=13.7694;RBI=0.0274589;REFB=-0.00614607;REVB=-0.0132027;RO=61;SAF=13;SAR=27;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30055;STB=0.633914;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0147178;OID=.;OPOS=7003680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:61:62:40:42:0.403846:27:13:37:24:27:15:36:26 chr2 7017943 . T C 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00177723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.27;QD=20.268;RBI=0.0116347;REFB=-0.00470019;REVB=-0.0114981;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018883;STB=0.524115;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00354978;OID=.;OPOS=7017943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:9:12:11:9:9:12:11:10 chr2 7036038 . A C 182.11 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0133859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.053;QD=11.5625;RBI=0.0224874;REFB=-0.000556338;REVB=0.0180693;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140073;STB=0.572939;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00123798;OID=.;OPOS=7036038;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:13:10:22:17:13:10:22:18 chr2 7137067 . A G 693.66 PASS AF=0.523077;AO=67;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00313724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.291;QD=21.3435;RBI=0.0136001;REFB=-0.0175869;REVB=0.0132333;RO=62;SAF=40;SAR=27;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437284;STB=0.519475;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0183294;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:62:67:68:0.523077:27:40:34:28:28:40:34:28 chr2 7154632 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.747;QD=59.1432;RBI=0.0211175;REFB=0;REVB=0.0205665;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34691e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr2 7160799 . CCG CCC,CC,C 33.69 PASS AF=0,0.037037,0.185185;AO=4,4,5;DP=30;FAO=0,1,5;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=0,0,1;FSAR=0,1,4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0295978,-0.100162,-0.0804852;FXX=0.0999667;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=25.8523,16.8339,33.6329;QD=4.99127;RBI=0.103993,0.270943,0.178833;REFB=-0.0159742,-0.0530327,-0.0410155;REVB=-0.0996918,-0.251749,-0.159698;RO=16;SAF=0,2,1;SAR=4,2,4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.79999,-0.473676,-0.669128;STB=0.5,0.995475,0.898892;STBP=1,0.101,0.189;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0315242,0.0929553;OID=.,.,.;OPOS=7160801,7160801,7160800;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.037037,0.185185:4,4,5:30:0,1,5:27:21:0,0,1:0,1,4:17:4:31:16:0,2,1:4,2,4:14:2 chr2 7717019 . G A 273.89 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0355706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7099;QD=17.6705;RBI=0.0378509;REFB=0.00881289;REVB=0.0129393;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155328;STB=0.587137;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00855405;OID=.;OPOS=7717019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:11:19:15:17:11:19:15:17 chr2 9491017 . C T 850.62 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0296409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3264;QD=55.7783;RBI=0.0332967;REFB=0.0567101;REVB=-0.0151686;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.506491;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00112275;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:0:1:59:60:0.983607:21:38:0:0:22:38:1:0 chr2 9755405 . G A 155.47 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0265841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4654;QD=15.1674;RBI=0.0349889;REFB=0.00730752;REVB=0.0227488;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197608;STB=0.613508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0135277;OID=.;OPOS=9755405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:16:8:9:8:16:8 chr2 9880827 . A G 437.45 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.024361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3775;QD=21.6025;RBI=0.0427013;REFB=-0.0251627;REVB=-0.0350706;RO=38;SAF=14;SAR=29;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112376;STB=0.562197;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0434096;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:29:14:17:21:29:14:17:21 chr2 9983686 . G T 977.56 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0924504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6179;QD=57.5038;RBI=0.0938678;REFB=-0.100053;REVB=0.016251;RO=1;SAF=5;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855462;STB=0.54544;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00142763;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:61:5:1:0:62:5:1:0 chr2 9983716 . A C 767.49 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.075;QD=56.8512;RBI=0.0425046;REFB=0;REVB=0.0422704;RO=0;SAF=5;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26005e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:46:5:0:0:49:5:0:0 chr2 10045014 . C A,T 1526.78 PASS AF=0.190476,0.809524;AO=20,84;DP=104;FAO=20,85;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=14,43;FSAR=6,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250784,-0.00267634;FXX=0.0366939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.516,76.1563;QD=58.1631;RBI=0.0145826,0.00396043;REFB=0,0;REVB=0.0143653,0.00291928;RO=0;SAF=14,43;SAR=6,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.5931e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0467471,-0.00865831;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:104:105:0:0:20,84:20,85:0.190476,0.809524:6,41:14,43:0:0:6,42:14,43:0:0 chr2 10045024 . G A 1948.55 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264037;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.883;QD=61.8587;RBI=0.0310263;REFB=0;REVB=0.0162934;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94999e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:125:126:1:60:65:0:0:61:65:0:0 chr2 10050946 . CT C,CA,CC 1266.86 PASS AF=1,0,0;AO=17,10,62;DP=90;FAO=88,0,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56,0,0;FSAR=32,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328746,-0.0509926,-0.0682659;FXX=0.0222198;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=73.9327,62.724,67.5413;QD=57.5845;RBI=0.127082,0.117214,0.202406;REFB=0,0,0;REVB=-0.122756,-0.105541,-0.190547;RO=0;SAF=17,10,30;SAR=0,0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00231743,0.00629714,0.141607;OID=.,.,.;OPOS=10050947,10050947,10050947;OREF=T,T,T;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:17,10,62:90:88,0,0:88:0:56,0,0:32,0,0:0:0:7:0:17,10,30:0,0,32:0:0 chr2 10050960 . A G 1418.22 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107791;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.8608;QD=61.6615;RBI=0.0142018;REFB=-0.0732089;REVB=-0.00924678;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000401094;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:36:55:0:0:36:55:1:0 chr2 10053412 . C T 1265.89 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00565635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6077;QD=60.2805;RBI=0.0134874;REFB=0.064493;REVB=0.012244;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00419705;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:42:40:1:0:43:40:1:0 chr2 10059770 . G T 556.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.16;QD=60.154;RBI=0.0358529;REFB=0;REVB=0.0255205;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397592;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr2 10094992 . A G 164.57 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.103082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.204;QD=18.286;RBI=0.103948;REFB=-0.0212624;REVB=-0.0133893;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698884;STB=0.530578;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0226488;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:18:16:18:0.5:12:4:5:11:12:6:7:11 chr2 10126330 . G A 398.63 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0194841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.709;QD=20.708;RBI=0.0234687;REFB=0.000703646;REVB=-0.0130825;RO=36;SAF=29;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214447;STB=0.614257;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000242543;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:37:40:40:0.519481:11:29:18:18:11:29:19:18 chr2 10188649 . A T 746.19 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.542;QD=63.5059;RBI=0.0317213;REFB=0;REVB=0.0254021;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114956;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr2 10262920 . T G 144.53 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.015239;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.529;QD=15.2134;RBI=0.0402038;REFB=-0.0329535;REVB=0.0372038;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290181;STB=0.516758;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0478942;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:13:9:7:9:13:9 chr2 10580967 . G A 254.64 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00508984;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.267;QD=17.2637;RBI=0.0241256;REFB=-0.0103227;REVB=-0.0235826;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129449;STB=0.598957;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0099097;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:28:31:28:28:0.474576:11:17:13:15:11:17:13:18 chr2 10712278 . C T 1399.51 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921307;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.031;QD=62.8995;RBI=0.0579905;REFB=0;REVB=0.057254;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283688;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr2 10784491 . A G 728.23 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7628;QD=63.3248;RBI=0.0796196;REFB=0;REVB=0.0779176;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122246;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:17:29:0:0 chr2 10808776 . C A,CAA 1565.59 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=5,97;DP=110;FAO=4,102;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=3,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126579,0.0278144;FXX=0.0185168;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=40.2689,184.252;QD=59.0787;RBI=0.0130813,0.0429183;REFB=0,0;REVB=0.00330131,0.0326855;RO=5;SAF=2,49;SAR=3,48;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.179553,0.0283213;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0497419,0.00137891;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:110:106:5:0:5,97:4,102:0.0377358,0.962264:3,48:2,49:1:4:3,50:1,52:0:0 chr2 10908893 . A G 203.5 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0442207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.364;QD=30.1477;RBI=0.046455;REFB=-0.0167962;REVB=-0.0142336;RO=8;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201339;STB=0.612116;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00159691;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:15:4:4:4:15:4:4:4 chr2 10927477 . T C 74.19 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0121804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8033;QD=5.59955;RBI=0.0381462;REFB=-0.00215011;REVB=-0.0361493;RO=42;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35957;STB=0.726899;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0128092;OID=.;OPOS=10927477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:7:4:28:14:7:4:28:14 chr2 10928906 . T C 142.28 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00164994;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.218;QD=21.0778;RBI=0.0315054;REFB=0.00760143;REVB=0.0314621;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206687;STB=0.61781;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0176683;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:6:6:11:4:6:6 chr2 10930903 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0127137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.58;QD=12.329;RBI=0.0340796;REFB=-0.0152792;REVB=-0.0316193;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113573;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0227706;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:9:8:4:7:9:8 chr2 10933249 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0300541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7621;QD=17.3995;RBI=0.0798857;REFB=-0.00333174;REVB=0.0740167;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361503;STB=0.709334;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00855027;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:8:5:10:3:8:5 chr2 10942687 . C T 255.25 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00770653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6055;QD=16.7379;RBI=0.0620617;REFB=-0.0143013;REVB=-0.0615814;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531952;STB=0.520142;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0139201;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:32:27:29:0.47541:8:19:21:11:9:20:21:11 chr2 11053020 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.382;QD=57.2007;RBI=0.0275891;REFB=0;REVB=-0.0192794;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14558e-06;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 11053466 . G A 51.52 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0243805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.408;QD=3.55333;RBI=0.0363166;REFB=-0.0244835;REVB=0.0269163;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11851;STB=0.589158;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0713402;OID=.;OPOS=11053466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:48:49:9:9:0.155172:4:5:22:26:4:5:22:27 chr2 11053740 . C T 1033.56 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.37;QD=59.0604;RBI=0.0131932;REFB=0;REVB=-0.012498;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133039;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:28:40:0:0:30:40:0:0 chr2 11264830 . G A 839.75 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00618964;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6237;QD=55.9833;RBI=0.0146987;REFB=-0.080883;REVB=-0.013332;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0117672;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:58:59:0.983333:30:28:0:0:31:28:0:1 chr2 11484230 . G A 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0533044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.854;QD=31.0673;RBI=0.0537238;REFB=-0.0130938;REVB=-0.00670013;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739473;STB=0.540934;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00287566;OID=.;OPOS=11484230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:3:3:11:6:3:3 chr2 11702661 . A C 598.06 PASS AF=0.434483;AO=64;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0234777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1213;QD=16.4981;RBI=0.0730416;REFB=0.00794483;REVB=-0.0691655;RO=80;SAF=32;SAR=32;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498404;STB=0.53204;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0112716;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:82:64:63:0.434483:32:32:36:44:31:32:37:45 chr2 11706693 . T C 415.27 PASS AF=0.447917;AO=36;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0540025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6614;QD=17.303;RBI=0.0578243;REFB=-0.0535735;REVB=-0.0206731;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378217;STB=0.550637;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0322342;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:53:36:43:0.447917:19:17:20:19:25:18:27:26 chr2 11725049 . T C,G 491.32 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383168,-0.0105034;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.132,154.724;QD=57.8026;RBI=0.0384938,0.0140003;REFB=0,0;REVB=0.00368768,0.00925667;RO=0;SAF=12,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00257168,0.029976;OID=.,.;OPOS=11725049,11725049;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:20,2:12,0:0:0:20,2:12,0:0:0 chr2 11727507 . G A 912.56 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.172;QD=57.9402;RBI=0.0372522;REFB=0;REVB=0.0310459;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110369;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:35:28:0:0 chr2 11733134 . C G 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00974105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3553;QD=13.3416;RBI=0.00974372;REFB=0.0015964;REVB=0.000228354;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176501;STB=0.602307;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00196657;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:6:15:18:14:6:15:18:14 chr2 11738091 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.828;QD=63.2855;RBI=0.0428378;REFB=0;REVB=0.001625;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230028;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 11752635 . T C 1413.59 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00701365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5194;QD=59.5197;RBI=0.0138425;REFB=-0.0187898;REVB=0.0119341;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.502262;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00402282;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:1:3:92:92:0.968421:55:37:0:1:55:37:1:2 chr2 11774324 . G A 199.52 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0328554;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6295;QD=13.7601;RBI=0.0488667;REFB=0.00558235;REVB=0.036173;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879557;STB=0.562814;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00508138;OID=.;OPOS=11774324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:34:23:24:0.413793:10:13:22:12:11:13:22:12 chr2 11965541 . A G 462.42 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00173177;FXX=0.0319115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.126;QD=20.3261;RBI=0.017544;REFB=0.000262738;REVB=-0.0174583;RO=40;SAF=8;SAR=36;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278918;STB=0.651611;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000909023;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:40:46:44:45:0.494505:36:8:17:23:36:9:20:26 chr2 12864766 . C T 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0439582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.48;QD=7.73068;RBI=0.0481991;REFB=-0.0135717;REVB=-0.0197694;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543781;STB=0.533286;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0361938;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:8:6:15:24:8:6:15:24 chr2 12877501 . G GA 673.41 PASS AF=0.585586;AO=61;DP=112;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00101254;FXX=0.00892777;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.182;QD=24.267;RBI=0.00282439;REFB=-0.0122151;REVB=-0.00263665;RO=46;SAF=41;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228507;STB=0.631537;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0179695;OID=.;OPOS=12877502;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585586:61:112:65:111:46:45:20:18:28:99:46:41:20:18:28 chr2 12882822 . ATC A 744.19 PASS AF=0.478788;AO=72;DP=167;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.00202795;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=2;MLLD=334.848;QD=18.0411;RBI=0.00437374;REFB=-0.00555386;REVB=-0.00387518;RO=84;SAF=33;SAR=39;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762503;STB=0.544855;STBP=0.291;TYPE=del;VARB=0.00605481;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478788:72:167:79:165:86:38:41:34:52:99:84:33:39:32:52 chr2 15542352 . C T 342.17 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0144922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.621;QD=21.3858;RBI=0.0209726;REFB=-0.0091348;REVB=-0.01516;RO=26;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184296;STB=0.583666;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00866402;OID=.;OPOS=15542352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:29:34:35:0.546875:21:13:16:10:22:13:16:13 chr2 15743344 . T C 386.07 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0121128;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0223;QD=13.9126;RBI=0.0543458;REFB=0.00110727;REVB=0.0529788;RO=66;SAF=22;SAR=23;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155125;STB=0.587352;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00103504;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:66:66:45:45:0.405405:23:22:42:24:23:22:42:24 chr2 15747393 . C T 937.34 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.091;QD=58.5835;RBI=0.0256837;REFB=0;REVB=-0.0102542;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21578e-05;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr2 15840522 . G T 274.56 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00271548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.374;QD=19.9678;RBI=0.0129096;REFB=-0.0182516;REVB=-0.0126207;RO=26;SAF=21;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243506;STB=0.636264;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0155822;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:8:21:12:14:8:21:12:14 chr2 15840645 . T C 342.55 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0198879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8695;QD=16.1202;RBI=0.0349816;REFB=-0.00387797;REVB=0.0287781;RO=48;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165913;STB=0.593497;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00686903;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:14:23:22:26:14:23:22:26 chr2 16090820 . T C 54.43 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00910206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6877;QD=9.07096;RBI=0.03061;REFB=-0.00364162;REVB=-0.0292254;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00654853;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:8:8:4:4:8:8 chr2 17304295 . A G 1189.11 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8841;QD=60.9801;RBI=0.0725819;REFB=0;REVB=-0.00551331;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319685;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr2 17696573 . C T 2370.33 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.697;QD=64.063;RBI=0.0365813;REFB=0;REVB=-0.0235512;RO=0;SAF=84;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46838e-06;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:64:84:0:0:64:84:0:0 chr2 17698678 . A G 1731.32 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.204;QD=60.7479;RBI=0.029646;REFB=0;REVB=0.0154552;RO=0;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97063e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:43:70:0:0:44:70:0:0 chr2 17942775 . T A 859.71 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.090395;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2597;QD=56.3746;RBI=0.0961631;REFB=-0.127096;REVB=0.0328037;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000729393;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:59:60:0.983607:39:20:0:0:40:20:0:1 chr2 17954027 . G A 1026.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2052;QD=59.4947;RBI=0.0577934;REFB=0;REVB=-0.0550517;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503869;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr2 17954421 . C G 1377.29 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.191;QD=62.6042;RBI=0.0526517;REFB=0;REVB=0.0467661;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209675;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr2 17962450 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6068;QD=56.9978;RBI=0.0260072;REFB=0;REVB=-0.0230801;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131313;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr2 17962518 . C T 435.82 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.14;QD=56.2342;RBI=0.0321411;REFB=0;REVB=0.0289012;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773553;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr2 18112473 . G A 1804.55 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2533;QD=61.1713;RBI=0.126887;REFB=0;REVB=0.12611;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597471;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:57:58:0:0:60:58:0:0 chr2 18113508 . G A 285.66 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0382159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.13;QD=18.1368;RBI=0.0382339;REFB=-0.0242539;REVB=-0.00117177;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024132;STB=0.52329;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0213702;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:32:30:31:0.492063:12:18:20:12:13:18:20:12 chr2 18113623 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.958;QD=56.1869;RBI=0.0659625;REFB=0;REVB=0.0634307;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323742;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 20135283 . T C 363.72 PASS AF=0.423913;AO=37;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0340124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2818;QD=15.814;RBI=0.0353732;REFB=-0.0114165;REVB=0.00971679;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129914;STB=0.585322;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00658037;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:53:37:39:0.423913:20:17:31:22:22:17:31:22 chr2 20175312 . G A 520.85 PASS AF=0.509434;AO=53;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00105449;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.883;QD=19.6549;RBI=0.00243068;REFB=-0.0141201;REVB=0.00219003;RO=52;SAF=19;SAR=34;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435298;STB=0.527495;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0147308;OID=.;OPOS=20175312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:53:54:0.509434:34:19:21:31:35:19:21:31 chr2 20192931 . G A 370.63 PASS AF=0.453488;AO=37;DP=84;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0392117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.082;QD=17.2386;RBI=0.0393258;REFB=-0.0065222;REVB=-0.00299349;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359092;STB=0.503595;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.010171;OID=.;OPOS=20192931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:47:47:37:39:0.453488:16:21:25:22:18:21:25:22 chr2 20205680 . C T 442.72 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0498895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9922;QD=22.7035;RBI=0.0644565;REFB=0.0188692;REVB=0.0408127;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211179;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00891185;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:21:22:17:18:21:22:17:18 chr2 20205848 . G A 212.88 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0135005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.185;QD=20.2742;RBI=0.0192738;REFB=-0.000795669;REVB=0.0137556;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000811737;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:11:10:9:12:11:10 chr2 20240668 . C A 206.43 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0114839;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7799;QD=15.0128;RBI=0.0520269;REFB=-0.00198753;REVB=-0.0507437;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176678;STB=0.59992;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00224814;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:21:10:12:12:21:10 chr2 20375110 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00924552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.519;QD=15.8821;RBI=0.0175115;REFB=-0.0273839;REVB=-0.0148719;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119386;OID=.;OPOS=20375110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:8:2:2:8:8:2 chr2 20375332 . A G 220.3 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0186568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.859;QD=24.4776;RBI=0.0442042;REFB=-0.0107581;REVB=-0.0400741;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379213;STB=0.690731;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0040625;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:6:14:3:12:7:14:3:12 chr2 20403794 . A T 998.49 PASS AF=1;AO=42;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196307;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.06;QD=58.7344;RBI=0.0276616;REFB=0;REVB=-0.0194885;RO=0;SAF=39;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393105;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:42:68:1:3:39:0:0:29:39:0:0 chr2 20403949 . C T 348.08 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.148957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5021;QD=20.1784;RBI=0.149645;REFB=-0.0501064;REVB=0.0143263;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915308;STB=0.550697;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0528644;OID=.;OPOS=20403949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:18:18:13:20:18:18:13:20 chr2 20448561 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0146299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3212;QD=12.1822;RBI=0.0166164;REFB=0.000109849;REVB=-0.00787847;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714454;STB=0.54229;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000250267;OID=.;OPOS=20448561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:10:5:4:6:10:5 chr2 20601461 . C T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00425556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.194;QD=32.6186;RBI=0.00468393;REFB=-0.0498709;REVB=-0.00195688;RO=4;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106638;STB=0.559239;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0146716;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:4:11:2:2:4:11:2:2 chr2 20680665 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0316034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.624;QD=11.0198;RBI=0.0382367;REFB=-0.00128588;REVB=0.0215236;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236249;STB=0.642419;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00152679;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:2:6:3:3:2:6 chr2 20680693 . G A 38.13 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.18895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4323;QD=10.1685;RBI=0.189096;REFB=0.0130185;REVB=-0.00742208;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0419724;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr2 20817665 . TG T 67.57 PASS AF=0.237705;AO=32;DP=123;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=22;FWDB=0.108789;FXX=0.00812942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4054;QD=2.21545;RBI=0.129224;REFB=-0.0153036;REVB=-0.069741;RO=82;SAF=23;SAR=9;SRF=62;SRR=20;SSEN=0.345455;SSEP=0;SSSB=-0.0579446;STB=0.505039;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.0239807;OID=.;OPOS=20817666;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237705:32:123:29:122:93:22:7:71:22:67:82:23:9:62:20 chr2 20818454 . T A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.207;QD=61.3281;RBI=0.0292192;REFB=0;REVB=0.00693662;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126529;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr2 20818458 . G A 100.84 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0315805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.675;QD=16.1347;RBI=0.0315904;REFB=-0.00716997;REVB=0.000791098;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512175;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0110614;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:10:2:2:10:10:2:2:11 chr2 20818517 . T C 321.22 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=0.00303871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.921;QD=16.2644;RBI=0.00455895;REFB=-0.0139018;REVB=-0.00339857;RO=43;SAF=5;SAR=29;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721441;STB=0.541641;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0151311;OID=.;OPOS=20818517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:34:35:0.443038:29:5:8:35:30:5:8:36 chr2 20823724 . T C 345.0 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448823;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.934;QD=55.2002;RBI=0.0463398;REFB=0;REVB=0.0115309;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067627;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr2 20824498 . C T 346.09 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00734382;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.386;QD=19.2274;RBI=0.0251487;REFB=-0.00511034;REVB=0.0240526;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11893;STB=0.57139;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00644539;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:36:36:36:0.5:20:16:11:24:20:16:11:25 chr2 20824559 . C T 374.38 PASS AF=0.449438;AO=38;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.100959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4682;QD=16.826;RBI=0.128279;REFB=-0.0435523;REVB=-0.0791382;RO=33;SAF=7;SAR=31;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268681;STB=0.670296;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0470726;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:49:38:40:0.449438:31:7:14:19:32:8:22:27 chr2 20838318 . G A 338.04 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.0183643;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.613;QD=14.8588;RBI=0.024018;REFB=-0.00493738;REVB=-0.0154796;RO=48;SAF=16;SAR=21;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311831;STB=0.646642;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0033449;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:54:37:37:0.406593:21:16:36:12:21:16:37:17 chr2 21231524 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=338.453;QD=62.6711;RBI=0.0321742;REFB=0;REVB=0.0201497;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18897e-05;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr2 21232803 . T C 538.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.184;QD=59.828;RBI=0.0364585;REFB=0;REVB=-0.0199004;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81948e-05;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr2 21235475 . T C 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.439;QD=62.1604;RBI=0.0407354;REFB=0;REVB=0.030714;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85282e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr2 21250914 . G A 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.416;QD=60.2258;RBI=0.010735;REFB=0;REVB=0.00475196;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8534e-05;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr2 21360583 . A G 382.52 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.593;QD=52.7607;RBI=0.0352891;REFB=-0.0408556;REVB=-0.000808406;RO=1;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206934;STB=0.511103;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000531746;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:22:6:0:1:22:6:0:1 chr2 23865260 . T C 760.19 PASS AF=0.47619;AO=80;DP=168;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=29;FWDB=0.00137896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.389;QD=18.0997;RBI=0.0044438;REFB=-0.020254;REVB=0.00422444;RO=87;SAF=53;SAR=27;SRF=58;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439999;STB=0.504672;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0283212;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:88:80:80:0.47619:27:53:58:29:27:53:59:29 chr2 23865358 . TGGGG TGGG,TGGGC 377.76 PASS AF=1,0;AO=29,4;DP=44;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154194,0.123063;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.9192,5.82976;QD=34.342;RBI=0.160727,0.154788;REFB=0,0;REVB=-0.0453581,-0.093888;RO=2;SAF=0,0;SAR=29,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.611111,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00235684,0.0604423;OID=.,.;OPOS=23865359,23865362;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:29,4:44:44,0:44:0:2,0:42,0:0:0:3:2:0,0:29,4:0:2 chr2 23919375 . C T 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0290207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.889;QD=23.3692;RBI=0.0297734;REFB=-0.028662;REVB=-0.00665255;RO=26;SAF=9;SAR=27;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923538;STB=0.550991;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0212074;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:27:9:9:17:27:9:9:17 chr2 23926659 . T C 190.47 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0425456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2792;QD=15.2372;RBI=0.0487513;REFB=-0.0117904;REVB=-0.0238025;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600513;STB=0.520988;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0180879;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:8:12:19:10:8:12:19:11 chr2 23973799 . T C 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0111397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6035;QD=14.2691;RBI=0.0123861;REFB=-0.00252421;REVB=0.00541512;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114744;STB=0.565555;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00370533;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:9:15:17:16:9:15:17:16 chr2 24055058 . G C 373.96 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0967;QD=55.4017;RBI=0.034749;REFB=0;REVB=-0.0332923;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572682;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr2 24108652 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.191;QD=56.9568;RBI=0.0303281;REFB=0;REVB=0.0295513;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010697;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr2 24369674 . C T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0157475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.673;QD=25.3678;RBI=0.0413017;REFB=0.00166589;REVB=-0.0381818;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23812;STB=0.632307;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00161969;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:4:10:8:13:4:10 chr2 24384424 . T C 106.98 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0739677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4795;QD=17.8297;RBI=0.0786692;REFB=-0.0459845;REVB=0.0267885;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279912;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0516143;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:12:13:0.541667:8:4:4:7:8:5:4:7 chr2 24387178 . G GC 101.09 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0924379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8312;QD=14.9756;RBI=0.116079;REFB=0.0273927;REVB=0.070211;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324097;STB=0.551655;STBP=0.592;TYPE=ins;VARB=-0.00669995;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:14:28:15:27:12:8:7:5:7:74:13:7:7:6:7 chr2 24390517 . G A 539.07 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0374422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.604;QD=21.7805;RBI=0.0378393;REFB=-0.0033402;REVB=0.00546763;RO=46;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662124;STB=0.51428;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0037758;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:48:51:51:0.515152:24:27:24:22:24:27:24:24 chr2 24439048 . A G 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0274161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.708;QD=28.8052;RBI=0.0296867;REFB=-0.00767934;REVB=0.0113868;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213815;STB=0.61761;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00537938;OID=.;OPOS=24439048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:11:17:5:12:11:17:5:12 chr2 24587571 . A G,T 600.91 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333816,0.00612186;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.707,48.8959;QD=60.0914;RBI=0.0385386,0.00680543;REFB=0,0;REVB=0.0192586,-0.00297266;RO=0;SAF=10,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000375303,0.06422;OID=.,.;OPOS=24587571,24587571;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:28,1:10,1:0:0:28,1:10,1:0:0 chr2 24899185 . C G 232.44 PASS AF=0.75;AO=20;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0160096;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.215;QD=33.2059;RBI=0.0185677;REFB=-0.0288485;REVB=-0.00940503;RO=7;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825626;STB=0.536048;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0111232;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:28:7:7:20:21:0.75:12:8:4:3:12:9:4:3 chr2 24899204 . A G 242.66 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0225357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.191;QD=29.4133;RBI=0.0235068;REFB=0.0101947;REVB=0.00668675;RO=10;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109476;STB=0.546176;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0024833;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:32:33:10:11:22:22:0.666667:13:9:6:4:13:9:6:5 chr2 24905927 . G C 525.79 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.453;QD=56.8426;RBI=0.0390495;REFB=-0.10026;REVB=0.0229502;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.509799;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00211339;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:25:11:0:0:25:11:0:1 chr2 24974945 . T G 740.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.97;QD=56.9557;RBI=0.0404633;REFB=0;REVB=0.00681313;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148743;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:36:15:0:0:36:16:0:0 chr2 25022598 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0110158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.847;QD=14.6498;RBI=0.0115024;REFB=0.00301297;REVB=0.00331;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150708;STB=0.588103;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00303967;OID=.;OPOS=25022598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:8:11:10:4:8:11 chr2 25046090 . T C 175.72 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.975;QD=46.8576;RBI=0.0103296;REFB=0;REVB=-0.00488884;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36221e-05;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr2 25047408 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0134262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.842;QD=11.1041;RBI=0.0135248;REFB=-0.0164394;REVB=0.00162999;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.655317;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0355498;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:3:7:3:4:3:7 chr2 25050977 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.551;QD=56.1916;RBI=0.0493807;REFB=0;REVB=0.0410739;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224734;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 25064157 . G C 510.42 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00940003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5265;QD=21.0484;RBI=0.015821;REFB=0.00725069;REVB=-0.0127257;RO=48;SAF=16;SAR=33;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107853;STB=0.55981;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00777109;OID=.;OPOS=25064157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:33:16:21:27:33:16:21:27 chr2 25141434 . G A 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00705301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.345;QD=15.6178;RBI=0.0388163;REFB=-0.0263408;REVB=0.0381701;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242514;STB=0.612123;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0362378;OID=.;OPOS=25141434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:10:8:16:7:10:8:16:9 chr2 25141538 . A G 212.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0157364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8456;QD=20.2603;RBI=0.036983;REFB=0.0027255;REVB=-0.033468;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646361;STB=0.547466;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00419722;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:10:10:12:9:11:10:12:9 chr2 25194741 . G A 1828.23 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216373;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.9;QD=60.4373;RBI=0.0381267;REFB=-0.075929;REVB=0.0313923;RO=1;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940532;STB=0.50495;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000264785;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:120:120:0.991736:50:70:0:1:50:70:0:1 chr2 25314186 . T C 421.72 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0169351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.159;QD=26.3574;RBI=0.0452768;REFB=-0.0214766;REVB=-0.0419903;RO=24;SAF=23;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065131;STB=0.535524;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0147205;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:17:23:16:8:17:23:16:8 chr2 25359422 . G A 130.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0402735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1238;QD=13.7502;RBI=0.0430054;REFB=0.0133934;REVB=-0.0150835;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941367;STB=0.505487;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0213123;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:9:14:9:6:9:14 chr2 25377176 . T C 584.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101021;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.722;QD=59.8988;RBI=0.0995198;REFB=0;REVB=0.0990058;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836046;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr2 26149968 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.332;QD=57.6797;RBI=0.00921313;REFB=0;REVB=-0.00862732;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41839e-05;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr2 26149988 . G C 159.05 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0168907;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.152;QD=24.4687;RBI=0.0331074;REFB=-0.0180202;REVB=-0.0284746;RO=6;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310499;STB=0.524241;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00655569;OID=.;OPOS=26149988;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:26:6:10:16:16:0.615385:7:9:3:3:7:9:5:5 chr2 26204640 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00409343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.729;QD=13.0887;RBI=0.00846479;REFB=-0.00903474;REVB=-0.00740922;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179783;STB=0.604526;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00967055;OID=.;OPOS=26204640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:9:18:8:8:9:18 chr2 26321526 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.84836e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.055;QD=54.5176;RBI=0.0070519;REFB=0;REVB=0.00705166;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06739e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr2 26358110 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6132;QD=39.2068;RBI=0.0533189;REFB=0;REVB=0.0149253;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420245;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 26358156 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0883414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0294;QD=16.4544;RBI=0.110209;REFB=-0.00418418;REVB=-0.0658923;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0104548;OID=.;OPOS=26358156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:1:3:2:4:1:3 chr2 26399214 . G A 1451.55 PASS AF=0.961905;AO=98;DP=103;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00299449;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.849;QD=55.2971;RBI=0.0322067;REFB=-0.0626804;REVB=0.0320672;RO=3;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093837;STB=0.508969;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00160742;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:105:3:4:98:101:0.961905:49:49:1:2:52:49:1:3 chr2 26477125 . G GACT 238.34 PASS AF=0.45;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000827153;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.127;QD=15.8897;RBI=0.00839363;REFB=-0.00536138;REVB=0.00835277;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199556;STB=0.51127;STBP=0.895;TYPE=ins;VARB=0.00599873;OID=.;OPOS=26477126;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=GACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:27:62:27:60:33:12:15:14:19:99:33:12:15:14:19 chr2 26507076 . A T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000907922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.583;QD=10.8236;RBI=0.00819143;REFB=-0.00290519;REVB=-0.00814096;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211998;STB=0.627234;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00495906;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:11:12:4:8:11:12 chr2 26512957 . G C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0316759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4434;QD=14.6972;RBI=0.0475025;REFB=-0.00807517;REVB=-0.0353995;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904842;STB=0.551677;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00988154;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:9:21:13:8:9:21 chr2 26536694 . C T 130.17 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0358739;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7669;QD=20.8277;RBI=0.0367259;REFB=-0.0141072;REVB=-0.00786511;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.52937;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.018423;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:6:8:7:4:6:8:7:4 chr2 26590084 . T G 337.87 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0799183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9667;QD=17.5518;RBI=0.0800006;REFB=0.0118038;REVB=0.00362867;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176344;STB=0.598372;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00614193;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:17:19:14:27:17:19:14:27 chr2 26606154 . T C 431.32 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00197062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.681;QD=20.2972;RBI=0.0504737;REFB=-0.0133833;REVB=0.0504352;RO=42;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976264;STB=0.553992;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0166002;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:20:23:27:15:20:23:27:15 chr2 26607992 . T C 1065.77 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0344006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7494;QD=58.3984;RBI=0.0350592;REFB=0.137233;REVB=0.00676396;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00272646;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:41:31:1:0:41:31:1:0 chr2 26613056 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.595;QD=58.0609;RBI=0.049684;REFB=0;REVB=-0.0491678;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201068;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr2 26613329 . A G 266.55 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.09789;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7212;QD=20.1172;RBI=0.0999922;REFB=-0.027751;REVB=0.0203957;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263087;STB=0.501465;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0428644;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:16:9:10:18:16:9 chr2 26614583 . T TA,TAA 280.9 PASS AF=1,0;AO=34,11;DP=52;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.168428,-0.0913691;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.34935,8.41398;QD=21.6079;RBI=0.223553,0.119067;REFB=-0.00919527,-0.00559705;REVB=-0.146997,-0.0763451;RO=6;SAF=15,6;SAR=19,5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0165826,0.0283365;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00543532,0;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:34,11:52:52,0:52:0:24,0:28,0:0:0:3:6:15,6:19,5:3:3 chr2 26647277 . T G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0136686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.453;QD=21.7432;RBI=0.0208631;REFB=-0.00953108;REVB=0.0157619;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110469;STB=0.562416;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00867512;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:5:6:6:9:5:6 chr2 26653457 . G A 485.35 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0174501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.876;QD=23.9679;RBI=0.0177174;REFB=-0.016965;REVB=-0.00306581;RO=35;SAF=29;SAR=16;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881795;STB=0.544331;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00931792;OID=.;OPOS=26653457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:35:35:45:46:0.567901:16:29:26:9:16:30:26:9 chr2 26667615 . T C 622.21 PASS AF=0.909091;AO=49;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00342599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4754;QD=45.2515;RBI=0.0224952;REFB=-0.158765;REVB=0.0222328;RO=4;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046145;STB=0.5147;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0154023;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:55:55:4:5:49:50:0.909091:21:28:1:3:22:28:2:3 chr2 26676322 . A G 726.24 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0249173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3123;QD=52.8174;RBI=0.0299779;REFB=-0.0157422;REVB=0.0166674;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000646073;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00645964;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:26:27:1:1:26:27:1:1 chr2 26676395 . G T 176.25 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0212199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.678;QD=20.7348;RBI=0.0225912;REFB=-0.0125488;REVB=-0.00775098;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158319;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:16:18:18:0.529412:9:9:8:6:9:9:8:8 chr2 26679394 . G A 302.77 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00568261;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.682;QD=16.8204;RBI=0.0244462;REFB=0.00277667;REVB=0.0237765;RO=39;SAF=9;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178951;STB=0.601091;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00335704;OID=.;OPOS=26679394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:39:33:33:0.458333:24:9:17:22:24:9:17:22 chr2 26684679 . G A 123.83 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00637169;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.406;QD=15.9786;RBI=0.00643142;REFB=-0.000838606;REVB=-0.000874486;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000603808;OID=.;OPOS=26684679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:17:13:14:0.451613:8:5:8:10:8:6:8:9 chr2 26699126 . C G 483.41 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00137987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.999;QD=17.5784;RBI=0.0574726;REFB=-0.0137236;REVB=0.0574561;RO=57;SAF=30;SAR=22;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532486;STB=0.5238;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0148033;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:58:52:52:0.472727:22:30:36:21:22:30:36:22 chr2 26699855 . G C 368.45 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00357223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.733;QD=19.3923;RBI=0.00822563;REFB=-0.0131987;REVB=0.00740947;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124429;STB=0.558253;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0117002;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:14:24:28:9:14:24:28:10 chr2 26700700 . G A 565.82 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0115043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.064;QD=22.1892;RBI=0.0142003;REFB=-0.0365422;REVB=0.00832469;RO=46;SAF=26;SAR=30;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115351;STB=0.506327;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0228419;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:30:26:22:24:30:26:22:24 chr2 26741961 . G A 266.18 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0103041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.214;QD=21.2944;RBI=0.0227628;REFB=0.00785769;REVB=0.020297;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0071102;OID=.;OPOS=26741961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:17:8:8:17:17:8 chr2 26750769 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0416621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6285;QD=22.7236;RBI=0.0528186;REFB=-0.0299364;REVB=0.0324665;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370888;STB=0.54995;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0158526;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:16:20:20:0.555556:11:9:7:7:11:9:9:7 chr2 26800422 . G A 222.81 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0283579;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.483;QD=14.6105;RBI=0.0303374;REFB=-0.0132866;REVB=-0.010779;RO=33;SAF=23;SAR=3;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41332;STB=0.747378;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0232981;OID=.;OPOS=26800422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:35:26:26:0.42623:3:23:20:13:3:23:21:14 chr2 26804218 . G A 2115.04 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448435;FXX=0.0347198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.761;QD=60.8646;RBI=0.0487206;REFB=0;REVB=0.0190461;RO=0;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244295;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:139:0:0:130:139:1:64:66:0:0:72:67:0:0 chr2 26804219 . T A 33.7 PASS AF=0.0763889;AO=11;DP=144;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=-0.0495004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7966;QD=0.935985;RBI=0.0568838;REFB=-0.040197;REVB=-0.0280263;RO=133;SAF=2;SAR=9;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374924;STB=0.813438;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0747034;OID=.;OPOS=26804219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:144:133:133:11:11:0.0763889:9:2:69:64:9:2:69:64 chr2 26804247 . T C 704.42 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0146068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.599;QD=21.1856;RBI=0.0171483;REFB=-0.0209416;REVB=-0.00898354;RO=63;SAF=36;SAR=33;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108249;STB=0.555395;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0217423;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:64:69:69:0.518797:33:36:25:38:33:36:26:38 chr2 26951449 . G A 445.07 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.824;QD=57.4279;RBI=0.00859117;REFB=0;REVB=0.00113347;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57892e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:5:24:0:0:6:25:0:0 chr2 27167571 . C T 223.44 PASS AF=0.192118;AO=38;DP=203;FAO=39;FDP=203;FR=.;FRO=164;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=87;FSRR=77;FWDB=0.0207367;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.943;QD=4.40272;RBI=0.0229983;REFB=-4.59704e-05;REVB=-0.00994558;RO=164;SAF=22;SAR=16;SRF=88;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551601;STB=0.548577;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000310112;OID=.;OPOS=27167571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:164:164:38:39:0.192118:16:22:88:76:16:23:87:77 chr2 27169842 . C A 315.55 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.111691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.903;QD=24.2734;RBI=0.111737;REFB=-0.00661603;REVB=0.00323547;RO=21;SAF=6;SAR=25;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189823;STB=0.605462;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00478521;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:25:6:8:13:25:6:8:13 chr2 27246285 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.677;QD=62.9827;RBI=0.0133466;REFB=0;REVB=-0.00222743;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76296e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr2 27260469 . G A 170.19 PASS AF=0.5;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0207597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.43;QD=17.9152;RBI=0.0215675;REFB=-0.015048;REVB=-0.00584711;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201429;STB=0.63144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0240522;OID=.;OPOS=27260469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:17:19:0.5:7:10:7:12:7:12:7:12 chr2 27260957 . C T 74.42 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0162018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0519;QD=11.0251;RBI=0.0250829;REFB=-0.0189708;REVB=-0.0191483;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0333716;OID=.;OPOS=27260957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:7:10:6:4:7:10 chr2 27261329 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000338063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.967;QD=55.6561;RBI=0.0094679;REFB=0;REVB=0.00946186;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33129e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr2 27290525 . A G 470.72 PASS AF=0.494737;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0167779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2521;QD=19.8196;RBI=0.0273603;REFB=-0.0183327;REVB=-0.0216123;RO=47;SAF=20;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146095;STB=0.589797;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.023972;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:48:46:47:0.494737:26:20:28:19:27:20:29:19 chr2 27303755 . A G 640.6 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.346;QD=61.0096;RBI=0.0296166;REFB=0;REVB=0.0216835;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164433;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr2 27323385 . C T 298.2 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00741326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.995;QD=23.8559;RBI=0.0134094;REFB=-0.0100916;REVB=-0.0111738;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971993;STB=0.561803;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0118787;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:23:26:27:0.54:14:12:8:15:14:13:8:15 chr2 27324036 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0112911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.029;QD=11.2613;RBI=0.0217868;REFB=-0.00525687;REVB=0.0186327;RO=30;SAF=12;SAR=3;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557257;STB=0.533287;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00988898;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:3:12:23:7:3:12:23:7 chr2 27324724 . G C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00548133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.466;QD=11.257;RBI=0.00613265;REFB=-0.00320607;REVB=0.00275034;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00408669;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:6:6:5:3:6:6 chr2 27351948 . T G 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.724;QD=63.5617;RBI=0.0964132;REFB=0;REVB=0.0307231;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057076;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr2 27353507 . G C 150.24 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0404261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101;QD=12.2642;RBI=0.0662312;REFB=-0.0169138;REVB=-0.0524624;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853542;STB=0.539522;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0263545;OID=.;OPOS=27353507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:9:8:17:14:9:8:17:15 chr2 27355991 . G T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0519606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.255;QD=15.7827;RBI=0.0627668;REFB=0.0172483;REVB=-0.0352104;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258764;STB=0.648446;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0299479;OID=.;OPOS=27355991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:5:12:6:8:5:12 chr2 27361246 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0136651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.258;QD=13.1195;RBI=0.0175375;REFB=-0.00792593;REVB=-0.0109922;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15909;STB=0.590838;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0125849;OID=.;OPOS=27361246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:24:14:13:12:24:14 chr2 27424636 . G A 885.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5119;QD=58.0353;RBI=0.142967;REFB=0;REVB=0.0911616;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192425;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr2 27428295 . AAT ACT,GAT,GTC 784.86 PASS AF=0.0175439,0.982456,0;AO=2,51,2;DP=57;FAO=1,56,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=1,31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588555,-0.109281,-0.11448;FXX=0.0172384;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=86.0974,65.8309,73.3997;QD=55.0776;RBI=0.0635342,0.109298,0.114509;REFB=0,0,0;REVB=-0.0239296,-0.00190063,-0.00255669;RO=0;SAF=0,20,2;SAR=2,31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.13361e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.0945361,0.000126783,0;OID=.,.,.;OPOS=27428296,27428295,27428295;OREF=A,A,AAT;OALT=C,G,GTC;OMAPALT=ACT,GAT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:57:0:0:2,51,2:1,56,0:0.0175439,0.982456,0:2,31,0:0,20,2:0:0:1,31,0:0,25,0:0:0 chr2 27435250 . A G 907.95 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00343213;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.404;QD=56.7468;RBI=0.0574584;REFB=-0.0709466;REVB=-0.0573558;RO=1;SAF=47;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028594;STB=0.515147;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=4.51729e-05;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:16:47:0:1:16:47:0:1 chr2 27440784 . C CT 575.37 PASS AF=1;AO=11;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480758;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.2853;QD=46.9692;RBI=0.0484393;REFB=0;REVB=-0.0059229;RO=38;SAF=0;SAR=11;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.802007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00950472;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:49:49:49:0:27:22:0:0:4:38:0:11:27:11 chr2 27440785 . C T 412.4 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.0659434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.254;QD=31.1243;RBI=0.0757951;REFB=-0.216837;REVB=0.037368;RO=15;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394316;STB=0.722101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0152527;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:53:53:15:16:37:37:0.698113:10:27:0:15:10:27:0:16 chr2 27535311 . T G,TG 558.25 PASS AF=0,1;AO=4,31;DP=43;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021346,0.279112;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=113.752,19.9762;QD=50.7497;RBI=0.0214334,0.279388;REFB=-0.0127804,-0.0121125;REVB=-0.0019334,-0.0124292;RO=7;SAF=3,10;SAR=1,21;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.460544,-0.239307;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00214381,0.038187;OID=.,.;OPOS=27535311,27535312;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:43:44:7:0:4,31:0,44:0,1:1,21:3,10:7:0:0,23:0,21:0:0 chr2 27730940 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.752;QD=47.8224;RBI=0.0340079;REFB=0;REVB=0.0227438;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247671;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 27789861 . T A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0138015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.25;QD=28.4023;RBI=0.0149313;REFB=-0.0326922;REVB=0.00569759;RO=11;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215178;STB=0.618934;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0107743;OID=.;OPOS=27789861;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:13:8:8:3:13:8:8:3 chr2 27801403 . C G 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00248711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3518;QD=27.3896;RBI=0.0351475;REFB=-0.0156985;REVB=-0.0350594;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873047;STB=0.548339;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0132675;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:7:4:10:10:7:4 chr2 27801418 . C A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.000438645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.944;QD=28.4028;RBI=0.01881;REFB=-0.00957928;REVB=0.0188049;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704174;STB=0.538885;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00639261;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:10:11:7:4:10:11:7:4 chr2 27838058 . C A 51.03 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00733074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.028;QD=5.37188;RBI=0.0378666;REFB=-0.0166752;REVB=-0.0371502;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313685;STB=0.70779;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0542325;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:6:2:15:15:6:2:15:15 chr2 27849928 . GTC G 534.52 PASS AF=0.514019;AO=53;DP=113;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0100877;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.4;QD=19.9819;RBI=0.0341314;REFB=-0.0446534;REVB=-0.0326066;RO=48;SAF=19;SAR=34;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180229;STB=0.605497;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0445436;OID=.;OPOS=27849929;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514019:53:113:55:107:52:20:35:30:22:99:48:19:34:27:21 chr2 27873415 . G A 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0103595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.339;QD=11.6227;RBI=0.0200749;REFB=0.0167606;REVB=-0.0171954;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210136;STB=0.512184;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0196266;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:10:12:20:18:10:12:20:18 chr2 27887034 . C A 608.79 PASS AF=0.555556;AO=61;DP=109;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00875354;FXX=0.00917347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.975;QD=22.5477;RBI=0.00930407;REFB=-0.0056097;REVB=0.00315295;RO=48;SAF=28;SAR=33;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099833;STB=0.551707;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0041193;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:48:48:61:60:0.555556:33:28:28:20:32:28:28:20 chr2 28081427 . C T 81.25 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0151078;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.465;QD=7.55849;RBI=0.0169055;REFB=-0.00280032;REVB=-0.00758608;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156532;STB=0.595994;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0138925;OID=.;OPOS=28081427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:44:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:8:24:7:4:8:24 chr2 28761981 . G C 137.35 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00058822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.812;QD=11.2124;RBI=0.00151928;REFB=-0.00244424;REVB=-0.00140079;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139936;STB=0.572429;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.012568;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:9:7:18:14:9:7:18:15 chr2 29001691 . A G 114.19 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00255645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8866;QD=10.1503;RBI=0.0229515;REFB=-0.0210468;REVB=-0.0228087;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269575;STB=0.50387;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0628143;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:4:10:22:8:4:10:22:9 chr2 29023749 . A G 253.52 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0179675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5082;QD=17.4843;RBI=0.0659582;REFB=-0.0101939;REVB=0.0634637;RO=30;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744682;STB=0.541854;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0118326;OID=.;OPOS=29023749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:10:18:17:13:10:18:17:13 chr2 29092679 . T C 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.0123421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.141;QD=19.0775;RBI=0.012665;REFB=-0.0242977;REVB=-0.00284142;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364346;STB=0.690872;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0161913;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:32:32:0.507937:14:18:4:26:14:18:5:26 chr2 29092850 . G T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0233339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.658;QD=15.1567;RBI=0.0262161;REFB=-0.0257681;REVB=0.0119504;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.546182;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0348801;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:14:18:12:13:14:18 chr2 29129418 . A G 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0309763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1016;QD=16.8733;RBI=0.0343651;REFB=-0.0166895;REVB=0.0148806;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760636;STB=0.543435;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0212883;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:15:11:10:10:15:11 chr2 29135468 . C G 439.09 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.157;QD=56.6568;RBI=0.0191855;REFB=0;REVB=0.0133621;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151878;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr2 29152456 . A G 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0381449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4851;QD=20.4552;RBI=0.0599977;REFB=-0.019117;REVB=0.0463108;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420242;STB=0.523781;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0180806;OID=.;OPOS=29152456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:9:6:6:11:9:6 chr2 29170623 . G T 262.14 PASS AF=0.251656;AO=38;DP=151;FAO=38;FDP=151;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00518905;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.552;QD=6.94418;RBI=0.013632;REFB=-0.0129965;REVB=0.0126057;RO=103;SAF=17;SAR=21;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164796;STB=0.562402;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0388994;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:103:113:38:38:0.251656:21:17:60:43:21:17:60:53 chr2 29222070 . G A 165.64 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-8.87972e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.848;QD=18.404;RBI=0.0151835;REFB=-0.0356112;REVB=-0.0151832;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521373;STB=0.528271;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0478028;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:17:18:17:18:0.5:8:9:10:7:8:10:11:7 chr2 29226498 . G A 271.62 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.129215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2343;QD=47.2374;RBI=0.132103;REFB=0.0108339;REVB=0.0274747;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0046129;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:0:1:21:22:0.956522:17:4:0:0:17:5:0:1 chr2 29226512 . A G 289.78 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.732;QD=52.6864;RBI=0.0526971;REFB=0;REVB=0.00375314;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154057;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:17:4:0:0:17:5:0:0 chr2 29246044 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.14;QD=57.1061;RBI=0.0739128;REFB=0;REVB=0.0248665;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107416;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr2 29268375 . A C 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00170948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.893;QD=15.9133;RBI=0.00205576;REFB=-0.00709544;REVB=-0.00114184;RO=36;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259474;STB=0.519843;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0121735;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:21:9:10:26:21:9:10:27 chr2 29274704 . C T 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.02138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0835;QD=23.3694;RBI=0.0226163;REFB=-0.0208786;REVB=0.00737496;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293127;STB=0.51612;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0252002;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:18:18:12:14:18:18:12:14 chr2 29274720 . A G 348.95 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00872657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4723;QD=21.8096;RBI=0.0171916;REFB=-0.00365558;REVB=-0.0148121;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334409;STB=0.503482;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00140087;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:35:36:0.5625:18:17:13:14:19:17:13:15 chr2 29286509 . T C 421.66 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0180308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0955;QD=26.3534;RBI=0.0188663;REFB=0.0224233;REVB=-0.00555238;RO=24;SAF=16;SAR=24;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413008;STB=0.522569;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0136971;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:24:16:11:13:24:16:11:13 chr2 29287926 . C CGCT 102.72 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0128798;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.476;QD=8.74176;RBI=0.0145795;REFB=-0.0326952;REVB=-0.00683174;RO=40;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019543;STB=0.542307;STBP=0.703;TYPE=ins;VARB=0.0787678;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:13:53:13:47:34:8:5:19:15:99:40:8:5:24:16 chr2 29294629 . C T 206.88 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00571983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.937;QD=13.1351;RBI=0.027319;REFB=-0.0106988;REVB=-0.0267135;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867867;STB=0.549889;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0130817;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:8:17:23:15:8:17:23:15 chr2 29294754 . G C 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00165053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.024;QD=19.6961;RBI=0.00741146;REFB=-0.000552409;REVB=-0.00722534;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196547;STB=0.511101;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00202565;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:12:10:10:11:12:10 chr2 29295016 . A G 175.89 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0198492;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.117;QD=11.7259;RBI=0.0211515;REFB=-0.00251177;REVB=0.00730737;RO=34;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131272;STB=0.573342;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00670654;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:38:22:22:0.366667:17:5:11:23:17:5:12:26 chr2 29295676 . G A 297.43 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00623796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3978;QD=20.8721;RBI=0.0193252;REFB=-0.0371391;REVB=0.0182908;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501575;STB=0.527791;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0314597;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:15:16:15:11:15:16:15:11 chr2 29296870 . C T 118.2 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0222063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8236;QD=13.1334;RBI=0.0300235;REFB=0.0220841;REVB=0.0202062;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522663;STB=0.530446;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0690271;OID=.;OPOS=29296870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:3:11:18:4:3:11:18:4 chr2 29297068 . C T 102.03 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00308363;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.787;QD=14.0737;RBI=0.00348418;REFB=-0.00908295;REVB=0.00162194;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172666;STB=0.618844;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0141244;OID=.;OPOS=29297068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:17:11:12:0.413793:4:7:8:9:4:8:8:9 chr2 29416025 . C CATTG 1809.09 PASS AF=0.932331;AO=115;DP=133;FAO=124;FDP=133;FR=.;FRO=9;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0106263;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.459;QD=54.4087;RBI=0.0122971;REFB=-0.0234693;REVB=-0.0061886;RO=9;SAF=40;SAR=75;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311373;STB=0.511297;STBP=0.338;TYPE=ins;VARB=0.00148661;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.932331:115:133:124:133:9:49:75:5:4:25:9:40:75:5:4 chr2 29416366 . G C 1208.61 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3449;QD=61.1952;RBI=0.058537;REFB=0;REVB=-0.0272509;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467639;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:42:37:0:0 chr2 29416481 . T C 1500.77 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.844;QD=59.4364;RBI=0.104208;REFB=0;REVB=0.0522465;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929618;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:97:101:1:53:44:0:0:54:47:0:0 chr2 29416572 . T C 885.86 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.153;QD=58.089;RBI=0.0574675;REFB=0;REVB=0.0564276;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185904;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:37:24:0:0 chr2 29430942 . GTC G 714.9 PASS AF=1;AO=46;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952574;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.265;QD=56.0704;RBI=0.0151911;REFB=0;REVB=-0.0118334;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000257825;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:51:51:51:0:21:30:0:0:4:0:21:25:0:0 chr2 29444076 . G A,T 770.54 PASS AF=0.0545455,0.945455;AO=3,52;DP=55;FAO=3,52;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=3,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195238,0.0313047;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.851,199.999;QD=56.0392;RBI=0.0200641,0.0336531;REFB=0,0;REVB=0.00462483,0.0123509;RO=0;SAF=0,17;SAR=3,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.31071e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0292648,-0.000678392;OID=.,.;OPOS=29444076,29444076;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:55:55:0:0:3,52:3,52:0.0545455,0.945455:3,35:0,17:0:0:3,35:0,17:0:0 chr2 29444095 . C T 714.84 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00997467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.801;QD=60.8378;RBI=0.0125211;REFB=-0.0203057;REVB=-0.00756858;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=6.98388e-06;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:32:14:0:0:32:14:0:1 chr2 29445458 . G T 394.73 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.924;QD=56.3906;RBI=0.0912149;REFB=0;REVB=0.0662252;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780933;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:8:17:0:0:11:17:0:0 chr2 29543663 . T C 1295.28 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.684;QD=61.6802;RBI=0.0366213;REFB=0;REVB=-0.0308578;RO=0;SAF=59;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110194;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:25:59:0:0:25:59:0:0 chr2 29903931 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.885;QD=57.202;RBI=0.0819571;REFB=0;REVB=0.0815247;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142491;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr2 29940529 . A T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.972;QD=54.5177;RBI=0.0278598;REFB=0;REVB=-0.000843959;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112758;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr2 30381505 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0446;QD=58.237;RBI=0.0288458;REFB=0;REVB=0.0276063;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001942;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr2 30864774 . C T 31.0 PASS AF=0.357143;AO=6;DP=12;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0259121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.53;QD=8.85649;RBI=0.0310898;REFB=-0.0196669;REVB=0.0171798;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.84087;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0143148;OID=.;OPOS=30864774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:14:4:9:6:5:0.357143:3:3:1:3:1:4:2:7 chr2 30957326 . A G 331.97 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0292109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.542;QD=16.1938;RBI=0.0293021;REFB=-0.00673607;REVB=-0.00230966;RO=46;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947818;STB=0.553163;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00864777;OID=.;OPOS=30957326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:21:15:15:31:21:15:15:31 chr2 30976058 . C T 361.98 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00151929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9129;QD=17.8758;RBI=0.0254966;REFB=-0.015202;REVB=-0.0254513;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647633;STB=0.536213;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0180062;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:22:16:21:22:22:16:21:22 chr2 30980940 . C T 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00735672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.996;QD=12.0195;RBI=0.0300495;REFB=-0.00684426;REVB=0.0291351;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327112;STB=0.695897;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0271637;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:11:3:12:13:11:3:12:13 chr2 31135184 . G T 1530.48 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000880969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.578;QD=63.7699;RBI=0.0211032;REFB=0;REVB=0.0210848;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28706e-05;OID=.;OPOS=31135184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:45:50:0:0:46:50:0:0 chr2 31178818 . C T 251.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0174301;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.585;QD=25.106;RBI=0.0181297;REFB=-0.0380979;REVB=-0.00498798;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587032;STB=0.503265;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0222944;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:12:11:8:9:12:11:8:9 chr2 31399495 . GT G 66.13 PASS AF=0.354839;AO=18;DP=60;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0854873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.073;QD=4.2666;RBI=0.101294;REFB=-0.0701346;REVB=-0.0543355;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337149;STB=0.516114;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=0.127462;OID=.;OPOS=31399496;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:18:60:22:62:40:11:11:19:21:66:38:8:10:18:20 chr2 31399988 . C T 204.11 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.0498098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.495;QD=12.5605;RBI=0.049989;REFB=-0.01453;REVB=-0.0042289;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309706;STB=0.674879;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0356501;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:8:32:13:12:8:32 chr2 31410653 . C T 184.46 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.100895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1568;QD=18.4461;RBI=0.10861;REFB=-0.00920822;REVB=-0.0402044;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264232;STB=0.515034;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0054429;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:14:5:6:15:14:5:6:15 chr2 31411184 . C A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0193131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.817;QD=12.1824;RBI=0.0309112;REFB=-0.00714837;REVB=-0.0241351;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336027;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.012557;OID=.;OPOS=31411184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:7:8:5:5:7:8 chr2 31411242 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00848281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.725;QD=11.9536;RBI=0.0106499;REFB=-0.016418;REVB=0.0064392;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0224537;OID=.;OPOS=31411242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:5:5:4:4:6:5 chr2 31414223 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0103562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.286;QD=12.0157;RBI=0.013578;REFB=0.00574454;REVB=-0.00878128;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00727481;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr2 31414807 . C G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.695;QD=63.2866;RBI=0.0342626;REFB=0;REVB=-0.0292929;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53435e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 31423443 . G A 631.16 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0010415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.339;QD=21.0387;RBI=0.0107478;REFB=-0.0163001;REVB=-0.0106972;RO=57;SAF=22;SAR=41;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181439;STB=0.509977;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0141174;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:41:22:21:36:41:22:21:36 chr2 31451224 . G C 259.41 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0550244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3901;QD=14.2145;RBI=0.0554353;REFB=-0.00467792;REVB=0.00673645;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324576;STB=0.688651;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00783182;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:19:11:29:13:19:11:30:13 chr2 31490716 . C G 769.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3493;QD=56.9638;RBI=0.0939993;REFB=0;REVB=-0.0670006;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2366e-05;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr2 31571786 . A G 546.6 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015991;FXX=0.146306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.178;QD=62.4683;RBI=0.0213147;REFB=0;REVB=-0.0140927;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405882;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr2 31589847 . G A 209.48 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=51;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0285736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.664;QD=15.5169;RBI=0.0286857;REFB=-0.00722467;REVB=0.00253272;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177517;STB=0.545418;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0129853;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:30:30:21:24:0.444444:15:6:9:21:15:9:9:21 chr2 31805880 . A AG 314.39 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1855;QD=41.9181;RBI=0.179648;REFB=0;REVB=0.0495908;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0101001;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:31:30:30:0:12:18:0:0:6:2:11:17:1:1 chr2 32342508 . A T 4258.34 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4905;QD=62.8537;RBI=0.0375908;REFB=0;REVB=0.0281604;RO=0;SAF=119;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41429e-06;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:271:0:0:270:271:1:151:119:0:0:151:120:0:0 chr2 32667182 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.876;QD=61.6815;RBI=0.0530595;REFB=0;REVB=0.0425386;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192692;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr2 32713706 . A T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.02007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.081;QD=12.724;RBI=0.020391;REFB=0.000190514;REVB=-0.00360345;RO=36;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165259;STB=0.59632;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00031407;OID=.;OPOS=32713706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:19:4:10:26:19:4:10:26 chr2 32822957 . G A 261.77 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000599744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.081;QD=17.165;RBI=0.0206479;REFB=-0.0139381;REVB=-0.0206392;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101874;STB=0.505717;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0172814;OID=.;OPOS=32822957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:14:18:16:13:14:18 chr2 32843281 . GTTTATTTTATTTTA GTTTATTTTA,GTTTATTTTATTTTT 218.29 PASS AF=0.473684,0.526316;AO=5,3;DP=20;FAO=9,10;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337491,0.0390895;FXX=0.049975;HRUN=4,1;LEN=5,1;MLLD=153.746,166.293;QD=45.9562;RBI=0.0713711,0.0538196;REFB=0,0;REVB=0.0628874,0.0369941;RO=0;SAF=0,2;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0131713,0.00832594;OID=.,.;OPOS=32843282,32843295;OREF=TTTAT,A;OALT=-,T;OMAPALT=GTTTATTTTA,GTTTATTTTATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.473684,0.526316:5,3:20:9,10:19:0:0,7:9,3:0:0:46:0:0,2:5,1:0:0 chr2 32855615 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.873;QD=58.2383;RBI=0.0416677;REFB=0;REVB=0.00879203;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364818;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr2 33412077 . G A 250.51 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0124254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.529;QD=20.0405;RBI=0.0133715;REFB=-0.0048552;REVB=0.00494028;RO=25;SAF=5;SAR=19;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919185;STB=0.571695;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00666084;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:19:5:7:18:19:5:8:18 chr2 33447202 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=2.71752e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.985;QD=18.7119;RBI=0.015414;REFB=0.0113536;REVB=0.0154139;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788358;STB=0.544841;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00980006;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:10:9:7:11:10:9 chr2 33510890 . C G 276.1 PASS AF=0.452055;AO=29;DP=67;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0245155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0291;QD=15.1285;RBI=0.0587216;REFB=-0.0132958;REVB=-0.0533594;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708549;STB=0.511271;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0193317;OID=.;OPOS=33510890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:38:40:29:33:0.452055:11:18:21:17:15:18:21:19 chr2 33540248 . G A 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0113085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3649;QD=12.6283;RBI=0.0170702;REFB=-0.00670713;REVB=-0.0127871;RO=50;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123967;STB=0.57138;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0101676;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:10:20:28:22:10:20:28:22 chr2 33557974 . A G 59.29 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00387472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.084;QD=5.64627;RBI=0.00407161;REFB=-0.00579935;REVB=-0.00125083;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140368;STB=0.589974;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0317681;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:22:11:4:5:22:11 chr2 33585796 . T C 1669.1 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303897;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5534;QD=60.6945;RBI=0.0309465;REFB=0;REVB=0.00584428;RO=0;SAF=75;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106443;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:110:0:0:110:110:1:35:75:0:0:35:75:0:0 chr2 33764286 . T C 416.41 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00303092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8245;QD=18.7151;RBI=0.00794493;REFB=-0.0129995;REVB=-0.00734407;RO=45;SAF=13;SAR=29;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23933;STB=0.617639;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0105895;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:45:46:42:43:0.483146:29:13:25:20:29:14:25:21 chr2 33952413 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.773;QD=55.655;RBI=0.0536932;REFB=0;REVB=0.00151957;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058897;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr2 33952445 . T C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0541701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.736;QD=5.68919;RBI=0.0593624;REFB=0.000510806;REVB=-0.0242795;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39826;STB=0.768238;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0065135;OID=.;OPOS=33952445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:9:10:5:1:9:10 chr2 33952456 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.213;QD=54.5177;RBI=0.0391235;REFB=0;REVB=0.0340232;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167346;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 33952621 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.023701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.903;QD=21.6128;RBI=0.0335637;REFB=-0.0276099;REVB=0.0237652;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166963;STB=0.593562;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0429385;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:14:9:14:10:14:9 chr2 36704144 . C T 508.01 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00825306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.506;QD=20.9489;RBI=0.0496211;REFB=-0.00367238;REVB=-0.0489299;RO=48;SAF=30;SAR=19;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120532;STB=0.506664;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00363037;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:19:30:30:18:19:30:30:18 chr2 36740821 . C T 77.89 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0041487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.42;QD=4.7933;RBI=0.0178423;REFB=-0.00153616;REVB=-0.0173533;RO=50;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168106;STB=0.607909;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00467258;OID=.;OPOS=36740821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:50:52:13:13:0.2:8:5:26:24:8:5:27:25 chr2 36756288 . T C 586.84 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00261577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.628;QD=19.7256;RBI=0.0142957;REFB=-0.000567819;REVB=0.0140543;RO=57;SAF=24;SAR=36;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143822;STB=0.587808;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00050557;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:59:60:60:0.504202:36:24:32:25:36:24:34:25 chr2 36776049 . GT G 208.97 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.124139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.9004;QD=13.7029;RBI=0.12952;REFB=-0.0345316;REVB=-0.036943;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962958;STB=0.55316;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=0.024243;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540984:33:61:33:61:28:13:20:8:20:99:28:13:20:8:20 chr2 36782886 . G A 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00198599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.839;QD=15.2552;RBI=0.0222778;REFB=-0.0132895;REVB=-0.0221891;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224634;STB=0.61893;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0197669;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:8:12:11:18:8:12:12:18 chr2 36808732 . T G 154.65 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0184603;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.152;QD=14.7286;RBI=0.0241701;REFB=-0.0082983;REVB=0.0156017;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21537;STB=0.624851;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0252486;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:6:11:11:14:6:11:11:14 chr2 37094945 . A G 413.58 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.029408;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.938;QD=51.6979;RBI=0.0485087;REFB=-0.149619;REVB=0.038578;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.502091;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00293801;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:0:2:30:30:0.9375:14:16:0:0:14:16:1:1 chr2 37111123 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=0.0190939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.885;QD=20.9185;RBI=0.0256977;REFB=-0.021664;REVB=0.0171988;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275837;STB=0.650456;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0108101;OID=.;OPOS=37111123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:11:20:24:2:11:20:24:2 chr2 37227797 . C G 172.68 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00681066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2187;QD=9.46201;RBI=0.0678842;REFB=-0.000350493;REVB=-0.0675416;RO=50;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655437;STB=0.538523;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.000825726;OID=.;OPOS=37227797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:13:10:19:31:13:10:19:31 chr2 37296064 . C A 189.66 PASS AF=0.425532;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0185511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.265;QD=16.1415;RBI=0.0196261;REFB=-0.0117959;REVB=-0.00640643;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393585;STB=0.539406;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0180554;OID=.;OPOS=37296064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:26:27:18:20:0.425532:9:9:12:14:9:11:13:14 chr2 37306343 . G A 2070.18 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320614;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.883;QD=62.261;RBI=0.0115943;REFB=0;REVB=0.0111422;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49552e-05;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:131:133:1:64:67:0:0:64:69:0:0 chr2 37317869 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000871812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.883;QD=61.0488;RBI=0.0133671;REFB=0;REVB=-0.0133387;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44839e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr2 37406644 . A G 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00994248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.623;QD=15.1112;RBI=0.0160679;REFB=0.000183703;REVB=0.0126224;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355432;STB=0.52011;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.000245892;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:15:14:17:21:15:14:17:21 chr2 37406680 . C G 218.28 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=60;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00426073;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.056;QD=13.8592;RBI=0.0264788;REFB=-0.000425132;REVB=0.0261337;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011686;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:27:35:23:28:0.444444:12:11:9:18:16:12:15:20 chr2 37438993 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00136401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.311;QD=17.1564;RBI=0.0563255;REFB=-0.0180556;REVB=-0.056309;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481396;STB=0.78221;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0170047;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:2:15:10:10:2:15:10:10 chr2 37456032 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.837;QD=44.6888;RBI=0.0144793;REFB=0;REVB=0.00855036;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330431;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr2 37458711 . G A 257.78 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0159198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.083;QD=23.4349;RBI=0.0266168;REFB=-0.0188371;REVB=0.021331;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119295;STB=0.580576;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0124418;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:24:24:0.545455:16:8:9:10:16:8:10:10 chr2 37477794 . C A 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.014945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.288;QD=19.8455;RBI=0.0245376;REFB=-0.0298018;REVB=-0.0194613;RO=12;SAF=13;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401125;STB=0.754437;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00283568;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:12:13:15:15:0.535714:2:13:6:6:2:13:6:7 chr2 37518045 . G C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0731762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.716;QD=23.0009;RBI=0.0731814;REFB=-0.0138661;REVB=-0.000872211;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130157;STB=0.5072;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00657046;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:11:18:14:8:11:18:14:8 chr2 37599963 . A C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00680583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.547;QD=19.0581;RBI=0.012259;REFB=-0.00916705;REVB=-0.0101963;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139431;STB=0.591302;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0132593;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:8:11:8:11:8:11:8:12 chr2 37872508 . G A 357.61 PASS AF=0.405941;AO=40;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0207775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.06;QD=14.1628;RBI=0.0227724;REFB=0.00470547;REVB=-0.00932091;RO=60;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979955;STB=0.562258;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00839818;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:40:41:0.405941:21:19:23:37:21:20:23:37 chr2 38178661 . TGAA T 32.13 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0268276;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.039;QD=2.5705;RBI=0.0327058;REFB=-0.00606843;REVB=-0.018707;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032013;STB=0.515102;STBP=0.948;TYPE=del;VARB=0.0445055;OID=.;OPOS=38178662;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12:6:50:6:50:44:4:2:30:14:32:42:4:2:29:13 chr2 38179134 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.313;QD=62.6711;RBI=0.0638454;REFB=0;REVB=0.00974612;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290078;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr2 38298150 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000294556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.815;QD=62.0212;RBI=0.0061956;REFB=0;REVB=0.0061886;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1969e-05;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr2 38298203 . C G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.75;QD=61.3349;RBI=0.00905585;REFB=0;REVB=0.000303912;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12548e-05;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr2 38916970 . A T 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00441983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.538;QD=22.7199;RBI=0.00585105;REFB=-0.0184157;REVB=0.00383405;RO=46;SAF=27;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164056;STB=0.50903;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0150162;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:25:27:23:23:25:27:23:23 chr2 39008949 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00637744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.885;QD=16.5272;RBI=0.00675681;REFB=-0.00621205;REVB=-0.00223219;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127725;STB=0.57181;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00493618;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:14:11:9:20:14:11:9:20 chr2 39025555 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.956;QD=57.8845;RBI=0.0409786;REFB=0;REVB=-0.00283097;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132129;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr2 39050141 . A C 275.82 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171078;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.874;QD=50.1491;RBI=0.112171;REFB=0;REVB=0.110859;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012017;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:22:1:0:21:22:1:9:12:0:1:10:12:0:0 chr2 39082344 . T C 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.88;QD=60.4126;RBI=0.0148;REFB=-0.0451036;REVB=0.0061411;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-1.38324e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr2 39417562 . C A 330.1 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000207574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0839;QD=31.4381;RBI=0.0793396;REFB=0.0551536;REVB=-0.0793393;RO=14;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440104;STB=0.524121;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0310526;OID=.;OPOS=39417562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:12:16:7:7:12:16:7:7 chr2 39477170 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.309;QD=53.9095;RBI=0.0404659;REFB=0;REVB=0.0237827;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162784;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr2 39507417 . T A 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00452005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.513;QD=53.9314;RBI=0.0228826;REFB=0.00612544;REVB=0.0224317;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=3.20418e-05;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:1:0:18:12:1:0 chr2 39583446 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9324;QD=63.2867;RBI=0.0149249;REFB=0;REVB=0.0146296;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161583;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr2 42396722 . A G 95.53 PASS AF=0.325;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=2;FWDB=-0.0226436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.401;QD=9.55304;RBI=0.069512;REFB=-0.0278045;REVB=-0.0657205;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128143;STB=0.506839;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0711522;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:40:23:27:12:13:0.325:1:11:21:2:1:12:25:2 chr2 42510018 . A G 1324.78 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0642656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7905;QD=60.2174;RBI=0.0935391;REFB=-0.0740956;REVB=-0.0679669;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114144;STB=0.505881;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000318929;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:88:1:1:85:87:0.988636:41:44:0:1:42:45:0:1 chr2 42515388 . A G 239.6 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0277882;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.055;QD=16.2442;RBI=0.0278832;REFB=-0.00690754;REVB=-0.00230013;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080499;STB=0.555514;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.01073;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:10:17:17:14:10:17:17:15 chr2 42515437 . A G 248.18 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0165594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2536;QD=16.2742;RBI=0.0376162;REFB=-0.0178452;REVB=0.0337752;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546039;STB=0.530784;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0221677;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:17:16:12:16:17:16 chr2 42560975 . A G 336.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00661711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7477;QD=28.0211;RBI=0.0324825;REFB=-0.00416999;REVB=0.0318014;RO=19;SAF=6;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243207;STB=0.635256;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0020966;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:23:6:9:10:23:6:9:10 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0100972;FXX=0;HRUN=2;LEN=10;MLLD=353.442;QD=16.4266;RBI=0.0112531;REFB=-0.0179319;REVB=-0.00496766;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=ins;VARB=0.0190679;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:22:11:22:11:5:6:4:7:87:11:5:6:4:7 chr2 42588195 . T C 418.03 PASS AF=0.5;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0627008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4617;QD=19.9064;RBI=0.141407;REFB=0.0167234;REVB=-0.126746;RO=41;SAF=25;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362718;STB=0.524929;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0228289;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:42:42:42:0.5:17:25:26:15:17:25:27:15 chr2 42990101 . G C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00476684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.983;QD=17.49;RBI=0.00772937;REFB=-0.0185886;REVB=0.00608444;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287411;STB=0.516118;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0217039;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:13:17:15:13:13:17 chr2 42990336 . T G 131.86 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0520664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.357;QD=14.6508;RBI=0.0527941;REFB=-0.0229756;REVB=-0.00873531;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301986;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:7:14:10:5:7:14 chr2 42990522 . C T 316.96 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0434392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.558;QD=17.857;RBI=0.0483286;REFB=-0.0326823;REVB=0.0211824;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215979;STB=0.620339;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0260876;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:25:12:19:15:25:12 chr2 42990761 . C T 63.93 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0310731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7414;QD=4.73543;RBI=0.0613094;REFB=-0.00849226;REVB=-0.0528517;RO=44;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492719;STB=0.822081;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0323186;OID=.;OPOS=42990761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:2:8:17:27:2:8:17:27 chr2 43015704 . T A 306.56 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00643913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.571;QD=27.2498;RBI=0.00648423;REFB=-0.00540432;REVB=0.000763423;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976214;STB=0.55399;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00758013;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:17:10:9:9:17:10:9:9 chr2 43015719 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.978;QD=62.9808;RBI=0.0239582;REFB=0;REVB=0.0204036;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74969e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr2 43015757 . G A 483.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.459;QD=58.5673;RBI=0.0213475;REFB=0;REVB=0.00968277;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51292e-05;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 43037672 . C T 845.71 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8275;QD=55.4561;RBI=0.0333515;REFB=-0.0655653;REVB=0.0312957;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00593378;OID=.;OPOS=43037672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:31:28:1:0:31:29:1:0 chr2 43450843 . T TA 59.99 PASS AF=0.409836;AO=11;DP=64;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.115167;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.52571;QD=3.93403;RBI=0.28352;REFB=-0.0459902;REVB=0.259076;RO=48;SAF=9;SAR=2;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214743;STB=0.607049;STBP=0.215;TYPE=ins;VARB=0.0623428;OID=.;OPOS=43450844;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:11:64:25:61:36:20:5:24:12:59:48:9:2:33:15 chr2 43450850 . CAAAAAAC AAAAAAAC,ACAAAAAC,CAAAAAC,CAAAAACA 230.71 PASS AF=0,0.166667,0.5,0;AO=2,13,13,2;DP=54;FAO=0,10,30,0;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=0,9,22,0;FSAR=0,1,8,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00636865,0.0668699,0.205917,0.0679434;FXX=0;HRUN=1,1,6,6;LEN=1,2,1,2;MLLD=224.655,13.3609,9.55476,18.4933;QD=15.3803;RBI=0.00700732,0.066873,0.205921,0.0706863;REFB=0.00926492,-0.0278593,-0.117021,-0.0454438;REVB=-0.00292283,-0.000637259,-0.00125338,0.0195002;RO=23;SAF=2,12,11,1;SAR=0,1,2,1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0,0.383117,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.435414,0.48297,0.294415,-0.149041;STB=0.5,0.793391,0.564058,0.5;STBP=1,0.059,0.326,1;TYPE=snp,mnp,del,mnp;VARB=0,0.0504181,0.117245,0;OID=.,.,.,.;OPOS=43450850,43450850,43450851,43450856;OREF=C,CA,A,AC;OALT=A,AC,-,CA;OMAPALT=AAAAAAAC,ACAAAAAC,CAAAAAC,CAAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:65:54:60:23:20:2,13,13,2:0,10,30,0:0,0.166667,0.5,0:0,1,2,1:2,12,11,1:15:8:0,1,8,0:0,9,22,0:12:8 chr2 43450901 . AAT A 235.92 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00026422;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=2;MLLD=348.016;QD=10.7238;RBI=0.00136369;REFB=-0.00131259;REVB=0.00133785;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113202;STB=0.559969;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=0.0018558;OID=.;OPOS=43450902;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:38:89:38:88:50:22:16:34:16:99:48:22:16:33:15 chr2 43452334 . G A 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0184067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3747;QD=25.2868;RBI=0.0193159;REFB=-0.00421557;REVB=-0.00585645;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151559;STB=0.585252;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00570524;OID=.;OPOS=43452334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:4:12:5:4:4:12:5:4 chr2 43452618 . C T 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00425065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.907;QD=6.9275;RBI=0.0455861;REFB=-0.00262494;REVB=-0.0453875;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187917;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00790564;OID=.;OPOS=43452618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:4:2:7:7:4:2:7:8 chr2 43455063 . CCACA CCA,CC,CCAC 304.46 PASS AF=0.542373,0,0;AO=25,7,7;DP=59;FAO=32,0,0;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00447604,0.00183592,-0.100262;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=2,3,1;MLLD=252.815,249.081,11.0411;QD=20.6416;RBI=0.00465659,0.00213821,0.102759;REFB=-0.0222747,-0.0225683,-0.0402677;REVB=0.00128411,-0.00109607,-0.0225191;RO=18;SAF=9,6,5;SAR=16,1,2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.023457,0.542292,0.363483;STB=0.505841,0.5,0.5;STBP=0.946,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0264862,0.00312792,0;OID=.,.,.;OPOS=43455064,43455065,43455067;OREF=CA,ACA,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=CCA,CC,CCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542373,0,0:25,7,7:59:32,0,0:59:27:15,0,0:17,0,0:13:14:99:18:9,6,5:16,1,2:7:11 chr2 43625184 . T A 540.33 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-1.51626e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.787;QD=18.0111;RBI=0.00540035;REFB=0.00871751;REVB=0.00540033;RO=63;SAF=33;SAR=24;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548961;STB=0.530416;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0096686;OID=.;OPOS=43625184;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:24:33:40:23:24:33:40:23 chr2 43635506 . T C 318.6 PASS AF=0.608696;AO=26;DP=44;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0249958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.093;QD=27.7044;RBI=0.0250017;REFB=-0.0183706;REVB=-0.000542486;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028511;STB=0.528282;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0126734;OID=.;OPOS=43635506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:18:18:26:28:0.608696:12:14:9:9:12:16:9:9 chr2 43732823 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.013535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.885;QD=24.9293;RBI=0.0152527;REFB=-0.0103477;REVB=0.00703202;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117464;STB=0.565166;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00889038;OID=.;OPOS=43732823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:12:7:13:12:12:7 chr2 43793725 . G A 131.9 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00770627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.198;QD=14.6557;RBI=0.0471988;REFB=-0.00219621;REVB=-0.0465655;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247256;STB=0.642158;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00383787;OID=.;OPOS=43793725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:15:6:8:7:15:6 chr2 43801712 . A G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0746531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5817;QD=8.25436;RBI=0.0746553;REFB=0.00392256;REVB=0.000580401;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00020287;OID=.;OPOS=43801712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:7:5:4:2:7:5 chr2 43804229 . T C 131.59 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0279043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9808;QD=14.6208;RBI=0.0285992;REFB=-0.0354763;REVB=0.0062659;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037545;STB=0.521711;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0570025;OID=.;OPOS=43804229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:4:11:16:5:4:11:16:5 chr2 43804375 . T C 71.54 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0109028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.491;QD=9.2314;RBI=0.01097;REFB=-0.0113241;REVB=0.00121273;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254235;STB=0.538381;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0207719;OID=.;OPOS=43804375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:31:31:21:21:9:10:0.322581:7:2:5:16:8:2:5:16 chr2 43805739 . C T 104.37 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0238335;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.386;QD=17.3952;RBI=0.0288085;REFB=-0.0146886;REVB=-0.0161833;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.01251;OID=.;OPOS=43805739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr2 43819124 . C T 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00139259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.343;QD=25.4294;RBI=0.0472938;REFB=-0.000263081;REVB=-0.0472733;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918485;STB=0.551075;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.000232966;OID=.;OPOS=43819124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:8:7:13:9:8:7 chr2 43819139 . A G 118.93 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.044045;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2403;QD=13.2146;RBI=0.0448156;REFB=-0.0361165;REVB=0.00827527;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142661;STB=0.583218;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0526337;OID=.;OPOS=43819139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:8:14:7:7:8:14 chr2 43902511 . G C 209.8 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0216321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0105;QD=18.2438;RBI=0.0490023;REFB=-0.00503303;REVB=0.0439691;RO=24;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188129;STB=0.630408;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0105402;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:20:21:0.456522:5:15:14:10:5:16:14:11 chr2 43903066 . A G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0406292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0486;QD=19.0161;RBI=0.0429067;REFB=-0.0170853;REVB=0.0137933;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221099;STB=0.626763;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0112117;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:7:7:4:11:7:7 chr2 43903354 . T C 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00795627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.643;QD=17.2389;RBI=0.0341164;REFB=-0.0134399;REVB=-0.0331757;RO=47;SAF=28;SAR=11;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317655;STB=0.678588;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0170028;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:11:28:19:28:11:28:19:28 chr2 43926943 . T A 274.6 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00880434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.389;QD=19.9705;RBI=0.0114162;REFB=0.0168615;REVB=0.00726719;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13887;STB=0.577305;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0105696;OID=.;OPOS=43926943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:15:11:17:12:15:11 chr2 43931176 . T C 226.75 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00606199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.212;QD=15.6378;RBI=0.0326444;REFB=-0.0203189;REVB=0.0320766;RO=32;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21731;STB=0.62378;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.017069;OID=.;OPOS=43931176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:19:7:15:17:19:7:15:17 chr2 43934666 . C T 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00519774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.229;QD=28.1268;RBI=0.0153761;REFB=-0.0558858;REVB=-0.0144709;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134344;STB=0.574261;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0404697;OID=.;OPOS=43934666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:8:6:15:9:8:6 chr2 43993448 . G C 286.48 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00467254;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.524;QD=30.1562;RBI=0.033643;REFB=-0.0367788;REVB=-0.033317;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205596;STB=0.507457;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0503186;OID=.;OPOS=43993448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:13:24:25:0.657895:13:11:6:7:14:11:6:7 chr2 44004010 . T C 240.42 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00809578;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.709;QD=19.2337;RBI=0.0110951;REFB=-0.0128699;REVB=0.00758674;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381485;STB=0.521423;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0136688;OID=.;OPOS=44004010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:16:9:10:15:16:9:10:15 chr2 44021826 . T A 470.25 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0162964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.254;QD=26.1251;RBI=0.016983;REFB=-0.016041;REVB=-0.00478001;RO=28;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186804;STB=0.510199;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0110172;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:24:20:12:16:24:20:12:16 chr2 44036922 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0497191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.861;QD=15.1604;RBI=0.0543494;REFB=-0.00981881;REVB=-0.0219515;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197031;STB=0.613498;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0139427;OID=.;OPOS=44036922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:8:14:7:9:8:14 chr2 44040401 . G C 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00072006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.368;QD=18.7751;RBI=0.0467554;REFB=-0.0112729;REVB=0.0467498;RO=26;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244348;STB=0.638182;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0174176;OID=.;OPOS=44040401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:20:6:12:14:20:6:12:14 chr2 44065090 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00359082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.186;QD=20.8931;RBI=0.0118532;REFB=-0.0117951;REVB=0.0112962;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354335;STB=0.705427;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00619872;OID=.;OPOS=44065090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:4:2:8:2:4:2 chr2 44066174 . T G 215.41 PASS AF=0.375;AO=19;DP=65;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0153741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1827;QD=11.9672;RBI=0.0165394;REFB=-0.0300457;REVB=-0.00609806;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110369;STB=0.559956;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0587554;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:44:45:19:27:0.375:10:9:25:19:14:13:26:19 chr2 44066247 . G C 535.61 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.016374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.876;QD=20.2115;RBI=0.0166841;REFB=-0.00581151;REVB=-0.00320179;RO=51;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378165;STB=0.520826;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00671649;OID=.;OPOS=44066247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:30:25:21:30:30:25:21:30 chr2 44071743 . A G 274.87 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0171487;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.697;QD=24.4325;RBI=0.0171561;REFB=-0.0150968;REVB=-0.000500938;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159779;STB=0.50889;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0133471;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:10:10:13:12:10:10 chr2 44078853 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000258997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.518;QD=15.6192;RBI=0.024619;REFB=-0.023435;REVB=-0.0246176;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874523;STB=0.511615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0245975;OID=.;OPOS=44078853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:25:18:18:0.418605:9:9:13:9:9:9:13:12 chr2 44101538 . C T 1160.75 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.261;QD=60.2985;RBI=0.0342025;REFB=0;REVB=0.0150269;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16765e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:32:41:0:0:33:44:0:0 chr2 44104925 . T C 723.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5749;QD=56.7399;RBI=0.133789;REFB=0;REVB=0.0742441;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859383;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:51:0:0:45:51:1:28:17:0:0:29:22:0:0 chr2 44201376 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00354157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.054;QD=16.5618;RBI=0.00360805;REFB=-0.0111833;REVB=-0.000689416;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111398;STB=0.562867;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0112959;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:17:10:15:16:17:10:15:16 chr2 44502788 . A C 346.94 PASS AF=0.4;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.030991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.88;QD=14.6079;RBI=0.0311276;REFB=-0.00720156;REVB=-0.00291306;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124114;STB=0.563726;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0134656;OID=.;OPOS=44502788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:57:38:38:0.4:20:18:20:36:20:18:21:36 chr2 44547574 . G A 210.61 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00429817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.551;QD=14.2784;RBI=0.00715208;REFB=-0.00695682;REVB=0.00571647;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161669;STB=0.592946;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0207456;OID=.;OPOS=44547574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:24:25:0.423729:16:8:16:17:17:8:16:18 chr2 44599917 . AT A 55.87 PASS AF=0.25;AO=13;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.135644;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2682;QD=2.94051;RBI=0.137717;REFB=0.0276567;REVB=-0.0238073;RO=55;SAF=11;SAR=2;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518268;STB=0.872688;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0985052;OID=.;OPOS=44599918;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:76:19:76:57:17:2:25:32:55:55:11:2:24:31 chr2 44776680 . TC CT 45.64 PASS AF=0.233333;AO=5;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00289985;FXX=0.0322477;HRUN=8;LEN=2;MLLD=41.0384;QD=6.08483;RBI=0.0347585;REFB=0.0275897;REVB=0.0346373;RO=19;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524569;STB=0.847466;STBP=0.06;TYPE=mnp;VARB=-0.0057317;OID=.;OPOS=44776680;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:30:30:19:22:5:7:0.233333:4:1:13:6:6:1:13:9 chr2 45171842 . A G 621.93 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.425;QD=60.6759;RBI=0.047895;REFB=0;REVB=0.0451892;RO=0;SAF=35;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417268;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:5:35:0:0:6:35:0:0 chr2 46313481 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00562167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.425;QD=21.7379;RBI=0.0084602;REFB=-0.0209453;REVB=0.00632233;RO=34;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940257;STB=0.551861;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0148052;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:19:21:14:20:19:21:14:20 chr2 46414169 . G A 206.03 PASS AF=0.416667;AO=22;DP=57;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0164165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7538;QD=13.7355;RBI=0.0164174;REFB=-0.0185922;REVB=0.00017269;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103708;STB=0.534219;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0292958;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:35:35:22:25:0.416667:8:14:19:16:10:15:19:16 chr2 46414434 . C A 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0113397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.713;QD=17.7539;RBI=0.0245512;REFB=-0.017348;REVB=0.0217756;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726928;STB=0.540925;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0121598;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:13:14:11:14:13:14 chr2 46414446 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0101894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.1;QD=20.0315;RBI=0.0155403;REFB=-0.0101076;REVB=0.0117336;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109043;STB=0.561411;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0111754;OID=.;OPOS=46414446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:15:11:13:11:15:11 chr2 46607460 . G T 34.1 PASS AF=0.102564;AO=7;DP=77;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00397484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.984;QD=1.74891;RBI=0.00521761;REFB=-0.00323847;REVB=0.00337995;RO=70;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.563945;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0315505;OID=.;OPOS=46607460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:78:70:70:7:8:0.102564:4:3:30:40:4:4:30:40 chr2 46609718 . G A 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0183171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.416;QD=3.93706;RBI=0.0375089;REFB=-9.40614e-05;REVB=0.0327323;RO=45;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168342;STB=0.60735;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00136991;OID=.;OPOS=46609718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:45:46:9:9:0.163636:3:6:24:21:3:6:25:21 chr2 46707851 . G A 96.38 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0873791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.305;QD=14.8282;RBI=0.0873817;REFB=-0.0433056;REVB=-0.000674915;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0865444;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:25:26:13:14:12:12:0.461538:7:5:8:5:7:5:9:5 chr2 46739830 . A G 156.02 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0160229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.322;QD=15.2217;RBI=0.0269059;REFB=-0.00926604;REVB=-0.0216147;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212681;STB=0.597902;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0240477;OID=.;OPOS=46739830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:11:6:4:19:11:6:5:19 chr2 46799852 . G T 461.07 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0934428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7889;QD=16.0372;RBI=0.110935;REFB=-0.0237187;REVB=-0.0597923;RO=63;SAF=20;SAR=31;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116574;STB=0.569865;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0270384;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:63:64:51:51:0.443478:31:20:32:31:31:20:33:31 chr2 46839477 . T C 605.54 PASS AF=0.382514;AO=70;DP=183;FAO=70;FDP=183;FR=.;FRO=113;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=82;FWDB=-0.00370983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1637;QD=13.2358;RBI=0.00918863;REFB=-0.00461165;REVB=-0.00840643;RO=111;SAF=18;SAR=52;SRF=31;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308771;STB=0.513706;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00444436;OID=.;OPOS=46839477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:111:113:70:70:0.382514:52:18:31:80:52:18:31:82 chr2 46987300 . T G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0043999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3204;QD=6.52568;RBI=0.0576764;REFB=-0.0142315;REVB=-0.0575083;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170567;STB=0.624653;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0319074;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:19:20:7:7:0.259259:3:4:8:11:3:4:8:12 chr2 47045309 . C T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4899;QD=50.8361;RBI=0.0531615;REFB=0.13138;REVB=0.0375471;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0058124;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:0:1:25:25:0.961538:13:12:0:0:13:12:0:1 chr2 47083046 . T A 41.96 PASS AF=0.118421;AO=10;DP=74;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0168141;FXX=0.0129853;HRUN=7;LEN=1;MLLD=147.667;QD=2.20853;RBI=0.0170161;REFB=-0.00797726;REVB=-0.00261417;RO=64;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177332;STB=0.617913;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0412321;OID=.;OPOS=47083046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:74:76:64:67:10:9:0.118421:3:7:36:28:3:6:36:31 chr2 47201797 . A T 336.96 PASS AF=0.448276;AO=35;DP=79;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0233793;FXX=0.0113623;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.4018;QD=15.4925;RBI=0.0607296;REFB=-0.10394;REVB=0.0560491;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137933;STB=0.587768;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0282945;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:87:44:48:35:39:0.448276:20:15:25:19:24:15:26:22 chr2 47251469 . G C 460.19 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0627813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.675;QD=21.1583;RBI=0.0676025;REFB=-0.0385292;REVB=-0.025072;RO=42;SAF=24;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125413;STB=0.506931;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0426143;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:21:24:23:19:21:24:23:19 chr2 47278901 . G A 798.65 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0033873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.647;QD=23.8403;RBI=0.00506761;REFB=-0.0427002;REVB=0.0037692;RO=59;SAF=32;SAR=43;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242207;STB=0.501322;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0281434;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:59:59:75:75:0.559701:43:32:25:34:43:32:25:34 chr2 47301029 . A G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00649333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.585;QD=13.1196;RBI=0.00654273;REFB=-0.00959614;REVB=0.000802501;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224305;STB=0.629523;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0203032;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:38:24:25:0.396825:8:16:17:20:8:17:18:20 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 590.27 PASS AF=0.184615,0.6;AO=14,35;DP=65;FAO=12,39;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=10,27;FSAR=2,12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00357323,-0.0218299;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=150.876,190.939;QD=36.3243;RBI=0.0166351,0.0218995;REFB=-0.0570412,-0.078065;REVB=-0.0162468,0.0017445;RO=14;SAF=10,26;SAR=4,9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0797661,-0.0300083;STB=0.543402,0.529602;STBP=0.796,0.563;TYPE=snp,ins;VARB=0.0118329,0.0131058;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:65:65:14:14:14,35:12,39:0.184615,0.6:4,9:10,26:11:3:2,12:10,27:11:3 chr2 47537870 . C T 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00537006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.798;QD=14.6552;RBI=0.00537061;REFB=-0.0111866;REVB=-7.68291e-05;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.59984;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0122869;OID=.;OPOS=47537870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:9:4:8:8:9:4:8:9 chr2 47601106 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4002;QD=58.1385;RBI=0.0378045;REFB=0;REVB=-0.0244613;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48218e-05;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr2 47739551 . A G 287.25 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0177439;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.984;QD=18.5323;RBI=0.0179955;REFB=-0.0143056;REVB=-0.00299876;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303322;STB=0.671945;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.01176;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:13:17:7:24:13:18:7:24 chr2 48602252 . C T 322.47 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00152529;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.644;QD=18.969;RBI=0.00939079;REFB=-0.012787;REVB=0.00926609;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131434;STB=0.573107;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0119039;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:18:16:21:13:18:16:21:13 chr2 48681747 . T C 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.000428108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.71;QD=4.04862;RBI=0.00139469;REFB=-0.00511501;REVB=-0.00132735;RO=62;SAF=7;SAR=7;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201778;STB=0.512802;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0228733;OID=.;OPOS=48681747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:62:64:14:14:0.179487:7:7:30:32:7:7:31:33 chr2 48756682 . C G 2146.11 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790649;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.852;QD=62.66;RBI=0.105044;REFB=0;REVB=0.0691592;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454697;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:137:0:0:134:137:1:65:69:0:0:68:69:0:0 chr2 48757133 . A G 90.69 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=56;FWDB=-0.0466887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3193;QD=3.94302;RBI=0.0658441;REFB=-0.00140612;REVB=-0.0464285;RO=75;SAF=1;SAR=15;SRF=19;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435876;STB=0.815532;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0001929;OID=.;OPOS=48757133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:91:92:75:76:16:16:0.173913:15:1:19:56:15:1:20:56 chr2 48807976 . T C 107.93 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.041709;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.8034;QD=12.6977;RBI=0.0418432;REFB=-0.0239264;REVB=-0.00334899;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316834;STB=0.694856;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0162398;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:5:8:6:14:5:9:6:14 chr2 48808152 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0449788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4025;QD=13.486;RBI=0.0684182;REFB=0.0228573;REVB=-0.0515553;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342062;STB=0.698535;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0338814;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:2:9:4:5:2:9 chr2 48808594 . C T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000714077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.21;QD=19.941;RBI=0.00854891;REFB=-0.0172381;REVB=-0.00851904;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182902;STB=0.601571;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0126467;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:19:13:18:11:19:13:18:11 chr2 48808882 . T A 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0323789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.124;QD=15.2383;RBI=0.0326237;REFB=-0.0184188;REVB=0.00398936;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110568;STB=0.562456;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0195451;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:22:14:14:14:22:14 chr2 48808898 . C T 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00135613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.987;QD=15.738;RBI=0.020649;REFB=-0.00430175;REVB=-0.0206044;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926442;STB=0.552203;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00790756;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:22:14:14:15:22:14 chr2 48809205 . A G 51.13 PASS AF=0.2;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00945942;FXX=0.0243843;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.0195;QD=5.11307;RBI=0.106888;REFB=-0.00563891;REVB=-0.106469;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34273;STB=0.785041;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0125679;OID=.;OPOS=48809205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:41:40:26:32:7:8:0.2:5:2:15:11:6:2:20:12 chr2 48809593 . G T 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0080037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.592;QD=13.7477;RBI=0.02618;REFB=-0.0136825;REVB=-0.0249265;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237585;STB=0.63624;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0339182;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:13:19:8:14:13:19 chr2 48822381 . G A 481.83 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.035;QD=58.4033;RBI=0.0295344;REFB=0;REVB=0.0279936;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372302;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:13:16:0:0:16:17:0:0 chr2 48825650 . C G 446.77 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4;QD=57.648;RBI=0.0721047;REFB=0;REVB=0.0600111;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr2 48873978 . A G 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0175891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.38;QD=15.7374;RBI=0.0178538;REFB=0.0117974;REVB=0.00306304;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593498;STB=0.533454;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0171915;OID=.;OPOS=48873978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:22:14:13:16:22:14 chr2 48898798 . T A 1751.27 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4246;QD=59.8725;RBI=0.0615883;REFB=0.0397727;REVB=-0.0587758;RO=1;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798151;STB=0.504201;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00109805;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:59:57:0:1:59:57:0:1 chr2 48915871 . A G 688.84 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1867;QD=62.6214;RBI=0.0604792;REFB=0;REVB=0.0604481;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798722;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 48921375 . T C 746.52 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.115;QD=54.2924;RBI=0.0737761;REFB=-0.0738781;REVB=0.0408287;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623614;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:2:0:53:55:1:23:30:2:0:23:32:0:0 chr2 48948856 . A G 141.74 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0243331;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5559;QD=13.1854;RBI=0.0247194;REFB=-0.013239;REVB=-0.00435323;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252144;STB=0.656951;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0354884;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:27:16:16:0.372093:6:10:10:16:6:10:10:17 chr2 49003458 . C T 101.78 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.012405;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.508;QD=15.6577;RBI=0.0197558;REFB=-0.0300688;REVB=-0.0153756;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121912;STB=0.571303;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0309234;OID=.;OPOS=49003458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:5:9:9:3:5:9 chr2 49189921 . C T 396.36 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00372454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.268;QD=20.5899;RBI=0.00721155;REFB=-0.0401767;REVB=-0.0061753;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481726;STB=0.520538;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.035009;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:37:39:40:0.519481:20:19:16:21:21:19:16:21 chr2 49191041 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0381358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.414;QD=19.5231;RBI=0.0382442;REFB=-0.0107051;REVB=-0.00287725;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00273365;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:7:5:7:7:7:5 chr2 50148972 . C T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00558892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.451;QD=23.8998;RBI=0.0101231;REFB=0.00504807;REVB=0.0084405;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809004;STB=0.504501;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00398196;OID=.;OPOS=50148972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:10:13:15:12:10:13 chr2 50201110 . A G 698.93 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3482;QD=54.8181;RBI=0.0476785;REFB=-0.0811789;REVB=0.0308639;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00524683;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:26:24:0:0:26:24:0:1 chr2 51125707 . C G 294.17 PASS AF=0.485294;AO=22;DP=57;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0244983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8176;QD=17.3041;RBI=0.0501906;REFB=-0.00979471;REVB=0.0438055;RO=33;SAF=18;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254394;STB=0.543452;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.020143;OID=.;OPOS=51125707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:68:33:35:22:33:0.485294:4:18:21:12:15:18:22:13 chr2 52929658 . A G 1928.74 PASS AF=0.484029;AO=197;DP=407;FAO=197;FDP=407;FR=.;FRO=210;FSAF=111;FSAR=86;FSRF=93;FSRR=117;FWDB=-0.0259455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.857;QD=18.9556;RBI=0.02774;REFB=-0.00417238;REVB=-0.00981535;RO=203;SAF=111;SAR=86;SRF=87;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124715;STB=0.562236;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00870387;OID=.;OPOS=52929658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:203:210:197:197:0.484029:86:111:87:116:86:111:93:117 chr2 53992593 . A T 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.299;QD=61.5347;RBI=0.0386567;REFB=0;REVB=-0.00610234;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121057;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr2 54115904 . A G 787.46 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232345;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.919;QD=54.3077;RBI=0.023777;REFB=-0.0677457;REVB=-0.00505035;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324906;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00409862;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:2:1:56:57:0.982759:28:28:2:0:28:29:1:0 chr2 54120025 . A T 1494.33 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184303;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.688;QD=63.5886;RBI=0.0225823;REFB=0;REVB=-0.0130492;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61337e-06;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr2 54120820 . G A 556.97 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1534;QD=60.2129;RBI=0.0422047;REFB=0;REVB=0.00685019;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256405;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr2 54125495 . T C 434.7 PASS AF=0.825;AO=32;DP=41;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0089065;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.211;QD=43.4698;RBI=0.0123507;REFB=0.009034;REVB=-0.00855647;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506325;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-4.70253e-05;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:40:0:7:32:33:0.825:13:19:0:0:13:20:4:3 chr2 54127041 . C T 1572.81 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5843;QD=59.9165;RBI=0.0505634;REFB=0;REVB=-0.0349497;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326835;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:38:67:0:0:38:67:0:0 chr2 54362645 . T C 99.87 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0288348;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=35.3417;QD=11.0972;RBI=0.0324205;REFB=-0.0150734;REVB=-0.0148204;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119577;STB=0.538402;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0382208;OID=.;OPOS=54362645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:23:11:13:0.361111:5:6:8:7:6:7:11:12 chr2 54482964 . C T 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0163031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.803;QD=17.1546;RBI=0.0184381;REFB=-0.00107609;REVB=0.00861249;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614792;STB=0.535273;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.002272;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:7:13:12:5:7:13 chr2 54482989 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00906133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.179;QD=23.9648;RBI=0.0119141;REFB=-0.0227464;REVB=-0.00773556;RO=18;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126327;STB=0.507036;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0187543;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:15:8:6:12:15:8:6:12 chr2 54587596 . C T 79.72 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00735133;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2284;QD=14.4951;RBI=0.101297;REFB=-0.000345081;REVB=0.101029;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154027;STB=0.538386;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00729458;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:13:12:10:10:0.454545:4:6:8:5:4:6:8:4 chr2 54756740 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0342546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.074;QD=24.0731;RBI=0.0348567;REFB=0.00570934;REVB=0.00645061;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465113;STB=0.526274;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00548112;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:3:10:5:2:3:10:5:2 chr2 54844790 . C T 300.06 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00802387;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.808;QD=18.7539;RBI=0.00826714;REFB=0.00313984;REVB=0.00199072;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283245;STB=0.5158;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00306216;OID=.;OPOS=54844790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:17:15:14:18:17:15 chr2 55040426 . A G 401.74 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0123779;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.471;QD=21.4261;RBI=0.0123914;REFB=-0.0166481;REVB=0.000577391;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603355;STB=0.533317;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0148133;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:20:20:15:20:20:20:15:20 chr2 55155551 . C T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0385472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.709;QD=13.314;RBI=0.0520247;REFB=-0.0104281;REVB=-0.0349382;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192285;STB=0.610636;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0158688;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:15:18:8:14:15:18 chr2 55176076 . CA C,CC 45.41 PASS AF=0.5,0;AO=13,2;DP=34;FAO=17,0;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12,0;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.163195,-0.157396;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.57245,12.7041;QD=5.34257;RBI=0.231376,0.172448;REFB=-0.117952,-0.0567355;REVB=0.16402,0.0704611;RO=14;SAF=10,1;SAR=3,1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.442244,0.22986;STB=0.70564,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,snp;VARB=0.127078,0.0748715;OID=.,.;OPOS=55176077,55176077;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:13,2:34:17,0:34:17:12,0:5,0:5:12:41:14:10,1:3,1:4:10 chr2 55186394 . A C 175.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.016356;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.833;QD=13.2661;RBI=0.0164514;REFB=-0.00265361;REVB=0.00176849;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249615;STB=0.514375;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00444163;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:16:16:11:10:16:16 chr2 55404794 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.019898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.069;QD=17.07;RBI=0.0290851;REFB=-0.0301421;REVB=-0.0212135;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399493;STB=0.529393;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0238633;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:16:15:15:19:16:15:15:20 chr2 55407754 . C T 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.207;QD=62.3454;RBI=0.0665189;REFB=0;REVB=0.0575753;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283529;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr2 55449464 . T C 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0144797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.402;QD=25.1839;RBI=0.0380985;REFB=-0.0471832;REVB=0.0352397;RO=22;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739456;STB=0.540517;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0274953;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:18:17:13:9:18:17:13:9 chr2 55470115 . C T 225.33 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00451495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2226;QD=17.0057;RBI=0.0131689;REFB=-0.0116359;REVB=-0.0123708;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461679;STB=0.534856;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0252052;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:14:10:13:15:15:10:13:15 chr2 55490819 . G T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00132391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7297;QD=21.0075;RBI=0.0499154;REFB=0.0145737;REVB=0.0498978;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592254;STB=0.533299;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.016128;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:6:11:11:8:6:11 chr2 55516723 . C T 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175173;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.484;QD=61.3544;RBI=0.0246147;REFB=0;REVB=-0.0172923;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68922e-07;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 55522422 . A G 1590.47 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010575;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.407;QD=64.2614;RBI=0.0107128;REFB=0;REVB=0.00171257;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83799e-05;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:53:45:0:0:54:45:0:0 chr2 55599655 . G A 615.65 PASS AF=0.571429;AO=50;DP=94;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00267896;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.263;QD=25.1284;RBI=0.0113595;REFB=-0.0145531;REVB=0.0110391;RO=43;SAF=13;SAR=37;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294364;STB=0.632862;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0112912;OID=.;OPOS=55599655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:43:42:50:56:0.571429:37:13:25:18:40:16:24:18 chr2 55765882 . CTTT CTTC,C,CTT 78.76 PASS AF=0.25,0.5625,0.0625;AO=3,4,2;DP=16;FAO=4,9,1;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=1,8,1;FSAR=3,1,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0109401,-0.045775,-0.0890941;FXX=0;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,1;MLLD=170.215,11.4506,5.7009;QD=19.691;RBI=0.0191104,0.0504551,0.09463;REFB=-0.00280652,-0.0250969,-0.0307901;REVB=-0.0156691,0.0212218,0.0318919;RO=2;SAF=1,3,2;SAR=2,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.39997,-0.210252,0;STB=0.748744,0.555441,0.5;STBP=0.206,0.64,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.00502491,0.111232,0.358676;OID=.,.,.;OPOS=55765885,55765883,55765883;OREF=T,TTT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTC,C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.5625,0.0625:3,4,2:16:4,9,1:16:2:1,8,1:3,1,0:2:0:23:2:1,3,2:2,1,0:2:0 chr2 55771161 . A G 958.9 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128931;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3432;QD=59.0092;RBI=0.0227775;REFB=0;REVB=-0.0187772;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60422e-06;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr2 55771169 . A T 955.18 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.697;QD=58.7802;RBI=0.00738771;REFB=0;REVB=0.00700007;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06695e-05;OID=.;OPOS=55771169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:36:27:0:0:38:27:0:0 chr2 55805440 . T C 731.45 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670778;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1887;QD=63.6045;RBI=0.0806724;REFB=0;REVB=0.0448175;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744711;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr2 55806543 . C CT,CTT,T 79.39 PASS AF=1,0,0;AO=8,2,4;DP=15;FAO=15,0,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.194226,-0.118201,0.01593;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,2,1;MLLD=7.22184,6.35686,244.743;QD=21.1717;RBI=0.219284,0.137713,0.0439934;REFB=-0.00697105,-0.0112059,-0.00479112;REVB=-0.101793,-0.0706637,-0.041008;RO=1;SAF=3,0,3;SAR=5,2,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.080241,0,0.272709;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.073931,0.0410288,0;OID=.,.,.;OPOS=55806544,55806544,55806543;OREF=-,-,C;OALT=T,TT,T;OMAPALT=CT,CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:15:15:1:0:8,2,4:15,0,0:1,0,0:5,2,1:3,0,3:0:1:9,0,0:6,0,0:0:0 chr2 55872538 . T C 853.93 PASS AF=0.983607;AO=61;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0323906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3221;QD=55.9957;RBI=0.0511868;REFB=-0.00487846;REVB=0.039635;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.506171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000729759;OID=.;OPOS=55872538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:61:60:0.983607:41:20:0:0:40:20:0:1 chr2 55873385 . C G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1843;QD=56.9998;RBI=0.0573799;REFB=0;REVB=0.0197805;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843242;OID=.;OPOS=55873385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr2 56411817 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.793;QD=42.1826;RBI=0.0341514;REFB=0;REVB=0.0250496;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214372;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr2 56612594 . C T 198.41 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0278978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6949;QD=13.2272;RBI=0.050503;REFB=-0.00892228;REVB=-0.0420983;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217066;STB=0.631041;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0155103;OID=.;OPOS=56612594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:10:14:13:22:10:14:13:23 chr2 58388696 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.833;QD=55.0987;RBI=0.0282601;REFB=0;REVB=-0.0028051;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115683;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:13:12:0:1:14:12:0:0 chr2 60614572 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0102983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.296;QD=21.5459;RBI=0.033984;REFB=0.000740892;REVB=0.0323861;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-5.4822e-05;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:4:6:10:4:4:6 chr2 60687959 . A G 251.89 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.028098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.696;QD=14.8168;RBI=0.0320817;REFB=-0.014253;REVB=-0.0154833;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229233;STB=0.512998;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0139139;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:17:12:17:22:17:12:17:22 chr2 61009909 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00849043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.546;QD=11.0196;RBI=0.0349307;REFB=-0.00249765;REVB=-0.0338831;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00196035;OID=.;OPOS=61009909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr2 61149107 . A G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0296897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.324;QD=25.3615;RBI=0.0314773;REFB=-0.000892887;REVB=0.0104568;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251479;STB=0.639824;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00102113;OID=.;OPOS=61149107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:1:7:7:8:1:7 chr2 61175312 . T C 141.34 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0249553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.406;QD=13.4604;RBI=0.0267028;REFB=-0.00787377;REVB=0.00950142;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974057;STB=0.605786;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0152159;OID=.;OPOS=61175312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:13:3:6:18:13:3:8:18 chr2 61450454 . A G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2822;QD=58.0554;RBI=0.00963293;REFB=0;REVB=0.000578353;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79081e-05;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr2 61522123 . T C 849.76 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0305488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1038;QD=53.1097;RBI=0.0639738;REFB=-0.0349329;REVB=0.0562087;RO=3;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134849;STB=0.50743;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00628262;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:60:61:0.953125:31:29:1:2:31:30:1:2 chr2 61575308 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.695;QD=60.9777;RBI=0.0442261;REFB=0;REVB=0.0283478;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034408;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 61577435 . T C 412.7 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00862883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.74;QD=31.7459;RBI=0.0442101;REFB=-0.0113239;REVB=0.0433598;RO=15;SAF=15;SAR=22;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298159;STB=0.501617;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00585355;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:22:15:6:9:22:15:6:9 chr2 61647901 . A G 142.02 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0657596;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8642;QD=13.2112;RBI=0.0720981;REFB=-0.015525;REVB=0.0295604;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229812;STB=0.635084;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0293989;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:13:14:5:11:13:14 chr2 62066927 . A G 1264.39 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1401;QD=61.6775;RBI=0.00930384;REFB=0;REVB=0.00830607;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35219e-05;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr2 62067433 . T C 183.87 PASS AF=0.294118;AO=24;DP=83;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0136185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.505;QD=8.65262;RBI=0.0144185;REFB=-0.00973251;REVB=-0.00473615;RO=59;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194842;STB=0.518996;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0254845;OID=.;OPOS=62067433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:59:60:24:25:0.294118:13:11:28:31:14:11:28:32 chr2 62081012 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.252;QD=61.3358;RBI=0.0417544;REFB=0;REVB=0.0114878;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177362;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 62112222 . G A 134.45 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0268706;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=59.5133;QD=17.3488;RBI=0.0269342;REFB=-0.194224;REVB=0.00184996;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334215;STB=0.525662;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.016244;OID=.;OPOS=62112222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:30:31:12:14:16:17:0.548387:10:6:5:7:10:7:5:9 chr2 62450631 . A G 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0317352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.514;QD=11.7419;RBI=0.0466628;REFB=-0.00372072;REVB=0.0342096;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330203;STB=0.692121;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0086487;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:15:6:21:15:15:6:21:15 chr2 62450743 . T C 310.34 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00242694;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.554;QD=13.6415;RBI=0.00694083;REFB=-0.00134834;REVB=-0.0065027;RO=56;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902532;STB=0.55154;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00439466;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:21:14:27:29:21:14:27:29 chr2 62451422 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000128022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.262;QD=16.9313;RBI=0.0167361;REFB=-0.0199714;REVB=-0.0167356;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212844;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:5:6:6:6:6:6 chr2 62451526 . T C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00976508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.884;QD=7.66791;RBI=0.0115411;REFB=-0.0103624;REVB=-0.00615139;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216826;STB=0.633929;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0260357;OID=.;OPOS=62451526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:5:7:14:21:5:7:14:21 chr2 62718561 . T G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0319746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.885;QD=18.0506;RBI=0.0320538;REFB=-0.00874253;REVB=-0.00225103;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00544533;OID=.;OPOS=62718561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:4:4:5:5:4:4 chr2 62729674 . T C 874.5 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00613275;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.968;QD=56.4192;RBI=0.0476474;REFB=-0.0951166;REVB=0.0472511;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000413681;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:0:1:34:27:0:1 chr2 62733253 . C T 861.35 PASS AF=0.43318;AO=94;DP=219;FAO=94;FDP=217;FR=.;FRO=123;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=78;FWDB=0.0537306;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.256;QD=15.8774;RBI=0.0596963;REFB=-0.0218205;REVB=0.0260129;RO=120;SAF=36;SAR=58;SRF=44;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174894;STB=0.510317;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0311633;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:120:123:94:94:0.43318:58:36:44:76:58:36:45:78 chr2 62738931 . G C 1334.7 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6489;QD=60.6682;RBI=0.0647591;REFB=0;REVB=0.0621135;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100931;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:81:88:1:37:44:0:0:43:45:0:0 chr2 63395979 . G A 111.39 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00400699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.174;QD=15.9131;RBI=0.0386202;REFB=0.0268639;REVB=0.0384118;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0215482;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:8:7:5:8:8:7 chr2 63436117 . T C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0551965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.415;QD=19.7025;RBI=0.0557478;REFB=-0.00548764;REVB=0.00782072;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864585;STB=0.549235;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00558582;OID=.;OPOS=63436117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:13:4:5:11:13:4:5:11 chr2 63849491 . T C 417.51 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00413093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.38;QD=14.274;RBI=0.00632816;REFB=-0.0163033;REVB=0.00479385;RO=68;SAF=24;SAR=24;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459174;STB=0.529902;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.023049;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:69:48:48:0.410256:24:24:37:31:24:24:38:31 chr2 64069732 . G A 230.94 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0247659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.26;QD=38.49;RBI=0.0411748;REFB=-0.0777038;REVB=0.032894;RO=3;SAF=3;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803087;STB=0.531217;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00170086;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:24:24:3:4:20:20:0.833333:17:3:1:2:17:3:1:3 chr2 64567910 . ACCCCCC ACCCCCG,CACCCCC 208.86 PASS AF=0.454545,0;AO=15,2;DP=55;FAO=25,0;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=15,0;FSAR=10,0;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00546031,-0.127569;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=81.4171,15.4867;QD=15.1901;RBI=0.0526002,0.148334;REFB=-0.0414478,-0.0692703;REVB=-0.052316,-0.0756917;RO=18;SAF=7,2;SAR=8,0;SRF=1;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.416234,0.799984;STB=0.659452,0.5;STBP=0.033,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0522245,0;OID=.,.;OPOS=64567916,64567910;OREF=C,AC;OALT=G,CA;OMAPALT=ACCCCCG,CACCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:30:15,2:25,0:0.454545,0:8,0:7,2:1:17:10,0:15,0:9:21 chr2 64819380 . G A 173.71 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00602537;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.29;QD=12.8673;RBI=0.0236612;REFB=-0.00562318;REVB=-0.0228812;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141242;STB=0.597108;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00757151;OID=.;OPOS=64819380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:31:33:21:21:0.388889:10:11:12:19:10:11:12:21 chr2 65044680 . C T 271.59 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.033137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.342;QD=20.8915;RBI=0.0380783;REFB=0.000317701;REVB=0.0187589;RO=24;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158484;STB=0.58843;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.000177416;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:9:19:12:12:9:19:12:12 chr2 65245365 . G A 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0239154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.511;QD=14.6691;RBI=0.0244744;REFB=-0.0255902;REVB=0.00520102;RO=32;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335301;STB=0.692139;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0397304;OID=.;OPOS=65245365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:6:18:14:18:6:18:14:18 chr2 65298839 . A G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00926325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.196;QD=11.1299;RBI=0.0174738;REFB=-0.015197;REVB=-0.0148164;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155187;STB=0.592414;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0213971;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:6:11:5:5:6:11 chr2 65300752 . C T 622.21 PASS AF=0.5;AO=62;DP=125;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.015618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.477;QD=19.7528;RBI=0.0163534;REFB=-0.0159186;REVB=0.004849;RO=63;SAF=16;SAR=46;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15106;STB=0.58622;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0123818;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:63:63:62:63:0.5:46:16:25:38:47:16:25:38 chr2 65311031 . A G 242.33 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0296579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.6332;QD=12.5885;RBI=0.0406724;REFB=0.00155108;REVB=0.0278327;RO=46;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050692;STB=0.520534;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00462314;OID=.;OPOS=65311031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:48:29:29:0.376623:21:8:11:35:21:8:12:36 chr2 65311555 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00795325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.165;QD=11.8307;RBI=0.00877948;REFB=0.00905526;REVB=-0.00371821;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139848;STB=0.583781;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0148655;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:7:11:8:3:7:11 chr2 65314090 . A G 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0574272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.617;QD=6.3028;RBI=0.0574575;REFB=0.00436667;REVB=-0.00186761;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221806;STB=0.640787;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0181687;OID=.;OPOS=65314090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:4:8:20:21:4:8:20:21 chr2 65495887 . G A 1959.21 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141301;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.394;QD=62.1971;RBI=0.0347003;REFB=0;REVB=0.0316931;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61451e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:63:63:0:0:63:63:0:0 chr2 65496018 . C G 915.42 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.573;QD=57.214;RBI=0.0145205;REFB=0;REVB=0.00670869;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352393;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:24:38:0:0:26:38:0:0 chr2 65496144 . A G 726.89 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233961;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8942;QD=57.0108;RBI=0.0156614;REFB=0;REVB=0.0154857;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47886e-05;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr2 65496187 . G A 632.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.598;QD=61.6661;RBI=0.0206131;REFB=0;REVB=0.00402766;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175401;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr2 65497571 . C A 344.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0745515;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.834;QD=55.1452;RBI=0.0745535;REFB=0;REVB=-0.000544811;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249783;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr2 65540905 . C G 188.71 PASS AF=0.396552;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.013323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.246;QD=13.0144;RBI=0.0210417;REFB=0.000818575;REVB=-0.0162866;RO=35;SAF=8;SAR=13;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376033;STB=0.680089;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00108259;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:35:35:21:23:0.396552:13:8:26:9:13:10:26:9 chr2 67630980 . G A 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.206;QD=54.5118;RBI=0.0372165;REFB=0;REVB=0.0102458;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775597;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr2 67631831 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0412385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.043;QD=14.6521;RBI=0.0609137;REFB=-0.0292616;REVB=0.0448316;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0185601;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:5:3:5:3:5:3 chr2 67632125 . C T 708.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4219;QD=62.9641;RBI=0.0560879;REFB=0;REVB=0.0376041;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58794e-05;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr2 68270068 . A G 431.7 PASS AF=0.409836;AO=49;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00442384;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.37;QD=14.1541;RBI=0.0170099;REFB=0.00172968;REVB=0.0164246;RO=69;SAF=27;SAR=22;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149285;STB=0.509249;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00207002;OID=.;OPOS=68270068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:72:49:50:0.409836:22:27:39:30:23:27:40:32 chr2 68364478 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.011811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.441;QD=17.4274;RBI=0.0383893;REFB=-0.0159486;REVB=-0.0365272;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109198;STB=0.562433;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0112492;OID=.;OPOS=68364478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:12:11:7:12:12:11 chr2 68385097 . A G 239.32 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.796;QD=50.3839;RBI=0.0259406;REFB=0;REVB=0.00284575;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202894;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr2 68388823 . A G 422.24 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00455909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0688;QD=20.8515;RBI=0.00947578;REFB=0.0174501;REVB=-0.00830693;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022609;STB=0.51851;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0167721;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:21:21:20:18:21:21:21:18 chr2 68407926 . A G 98.48 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00464962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.041;QD=14.0688;RBI=0.021044;REFB=-0.00244305;REVB=-0.0205239;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259872;STB=0.650922;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00219203;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:11:5:7:5:11:5 chr2 68415767 . G A 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.020297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.227;QD=18.9034;RBI=0.0203087;REFB=-0.00649565;REVB=-0.000689159;RO=41;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725995;STB=0.540449;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0101557;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:16:23:21:20:16:23:21:20 chr2 68607947 . G T 660.26 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.666;QD=61.4193;RBI=0.0143681;REFB=0;REVB=0.0130286;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470021;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr2 68622914 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.141;QD=59.0187;RBI=0.0343671;REFB=0;REVB=0.0204225;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110409;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr2 68882468 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0258456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.542;QD=13.5807;RBI=0.0261394;REFB=-0.0152579;REVB=-0.00390792;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205747;STB=0.606097;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0197638;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:9:8:18:9:9:8:18:10 chr2 68882661 . A G 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00215653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.695;QD=13.6995;RBI=0.0229589;REFB=-0.00461039;REVB=0.0228574;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169044;STB=0.528271;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0106499;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:30:18:18:0.375:8:10:16:12:8:10:18:12 chr2 69002403 . T C,TC 64.68 PASS AF=0,0.315789;AO=3,9;DP=38;FAO=0,12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=0,1;FSAR=0,11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0219231,0.0156803;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.4784,16.5069;QD=6.80858;RBI=0.0466912,0.0283794;REFB=0.000487146,-0.0716903;REVB=-0.0412244,-0.0236541;RO=26;SAF=0,0;SAR=3,9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.549722,-0.742358;STB=0.5,0.834746;STBP=1,0.027;TYPE=snp,ins;VARB=0.0593963,0.107463;OID=.,.;OPOS=69002403,69002404;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:38:38:26:26:3,9:0,12:0,0.315789:3,9:0,0:12:14:0,11:0,1:11:15 chr2 69002425 . A AC,C 38.86 PASS AF=0.222222,0;AO=10,2;DP=46;FAO=10,0;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0200246,0.0171551;FXX=0.0217344;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=62.012,121.795;QD=3.4546;RBI=0.0270315,0.0174478;REFB=-0.0162365,-0.0027811;REVB=0.0181582,-0.00318258;RO=34;SAF=1,0;SAR=9,2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.569604,-0.452169;STB=0.867201,0.5;STBP=0.018,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.147581,0;OID=.,.;OPOS=69002426,69002425;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:46:45:34:35:10,2:10,0:0.222222,0:9,2:1,0:18:16:9,0:1,0:18:17 chr2 69049941 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=53.2768;RBI=0.0468665;REFB=0;REVB=0.0467188;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321882;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 69204629 . T C 434.21 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00268858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.262;QD=18.2824;RBI=0.00821159;REFB=-0.0227747;REVB=0.00775898;RO=50;SAF=26;SAR=18;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898407;STB=0.501483;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0223653;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:18:26:30:20:18:26:30:21 chr2 69204671 . A T 501.65 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00031884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.377;QD=18.0774;RBI=0.00795567;REFB=-0.0279444;REVB=-0.00794928;RO=57;SAF=29;SAR=24;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300513;STB=0.512191;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0344681;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:57:53:54:0.486486:24:29:33:24:24:30:33:24 chr2 69300243 . G A 319.81 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00738332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.724;QD=18.54;RBI=0.043163;REFB=-0.00531658;REVB=0.0425268;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397567;STB=0.522171;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00643872;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:17:18:16:18:17:18 chr2 69362161 . C T 1067.94 PASS AF=0.540107;AO=101;DP=188;FAO=101;FDP=187;FR=.;FRO=86;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00426355;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.384;QD=22.8436;RBI=0.0186985;REFB=-0.0096594;REVB=-0.0182059;RO=86;SAF=52;SAR=49;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614099;STB=0.533524;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00784312;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:86:86:101:101:0.540107:49:52:38:48:49:52:38:48 chr2 69659126 . A T 198.12 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0275379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9079;QD=13.4318;RBI=0.0367084;REFB=-0.0047938;REVB=-0.0242728;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765204;STB=0.510196;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00907372;OID=.;OPOS=69659126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:35:24:24:0.40678:14:10:11:21:14:10:14:21 chr2 69693006 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00605551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.507;QD=19.1804;RBI=0.0108299;REFB=-0.0218638;REVB=0.00897868;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271432;STB=0.655383;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0132038;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:4:7:4:9:4:7 chr2 69698158 . G A 156.33 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00145411;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.827;QD=13.5936;RBI=0.00510122;REFB=6.86965e-05;REVB=-0.00488958;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507581;STB=0.529377;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000586582;OID=.;OPOS=69698158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:29:17:17:0.369565:9:8:13:12:9:8:15:14 chr2 69702628 . C T 257.45 PASS AF=0.4;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00447427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.875;QD=13.7309;RBI=0.0303877;REFB=-0.0136891;REVB=-0.0300565;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148872;STB=0.513957;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0149078;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:45:30:30:0.4:18:12:17:27:18:12:17:28 chr2 69702962 . T C 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0343873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0019;QD=5.90505;RBI=0.0669271;REFB=0.00222835;REVB=0.0574173;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33089;STB=0.715857;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00419724;OID=.;OPOS=69702962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:13:14:2:6:13:14 chr2 69741609 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00419371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.919;QD=12.3961;RBI=0.0142971;REFB=-0.0192245;REVB=0.0136682;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.028412;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 117.61 PASS AF=0.375,0.0625;AO=11,2;DP=32;FAO=12,2;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7,2;FSAR=5,0;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0213503,0.0200975;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=93.3592,82.1593;QD=14.7016;RBI=0.0403217,0.0575239;REFB=-0.00992332,-0.0108427;REVB=0.0342054,-0.0538989;RO=16;SAF=6,2;SAR=5,0;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.356357,0.417587;STB=0.66242,0.991578;STBP=0.225,0.412;TYPE=del,snp;VARB=0.0260931,-0.00487289;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.0625:11,2:32:12,2:32:18:7,2:5,0:15:3:66:16:6,2:5,0:14:2 chr2 69741854 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.067;QD=61.3364;RBI=0.0275007;REFB=0;REVB=0.0229191;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106855;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 70015181 . C T 74.64 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00145986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.877;QD=10.2952;RBI=0.0213986;REFB=-0.0103119;REVB=-0.0213487;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147874;STB=0.616207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0165842;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:4:5:8:11:4:6:8:11 chr2 70033584 . C T 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0145881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.754;QD=17.0949;RBI=0.049824;REFB=0.000198684;REVB=-0.0476405;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132657;STB=0.574425;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000406357;OID=.;OPOS=70033584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:21:14:22:19:21:14:22:19 chr2 70162534 . T G 888.55 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.905;QD=56.4161;RBI=0.0363955;REFB=-0.171834;REVB=0.0208439;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00358307;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:24:38:0:0:24:38:1:0 chr2 70182805 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00322373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.976;QD=18.489;RBI=0.0265027;REFB=-0.00883589;REVB=-0.0263059;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734584;STB=0.541629;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0155264;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:11:15:11:11:11:15 chr2 70191360 . C T 223.54 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0434292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.008;QD=14.9025;RBI=0.043878;REFB=-0.0161785;REVB=-0.00625961;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188192;STB=0.607059;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0258192;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:16:18:9:17:16:18 chr2 70457923 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0326718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.405;QD=19.0178;RBI=0.0371541;REFB=-0.0114121;REVB=0.0176911;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204528;STB=0.616284;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0079447;OID=.;OPOS=70457923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:9:5:9:6:9:5 chr2 70524577 . G A 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0199427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.305;QD=16.8782;RBI=0.0223484;REFB=-0.00887917;REVB=-0.0100867;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155927;STB=0.590117;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0111784;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:4:11:10:7:4:11:10:7 chr2 70528827 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0121148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.073;QD=22.6786;RBI=0.0216884;REFB=0.0184562;REVB=0.0179893;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189353;STB=0.608468;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00236781;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:2:3:3:7:2:3 chr2 70674582 . A T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0125389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7939;QD=16.1189;RBI=0.0197627;REFB=-0.0056423;REVB=0.0152755;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.602479;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00899722;OID=.;OPOS=70674582;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:8:5:7:5:8:5 chr2 70900403 . G A 335.64 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0114682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.688;QD=19.7434;RBI=0.016313;REFB=-0.0114479;REVB=0.0116015;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100521;STB=0.513506;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0116926;OID=.;OPOS=70900403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:16:19:17:15:16:19:17:16 chr2 71004494 . A T 37.9 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0244977;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.71;QD=8.42293;RBI=0.0256103;REFB=-0.0103121;REVB=0.00746684;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154572;STB=0.555373;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0173578;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:5:6:0.333333:3:2:6:5:3:3:7:5 chr2 71012604 . G A 1624.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.577;QD=60.1613;RBI=0.0524842;REFB=0;REVB=-0.0513542;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002201;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:62:46:0:0:62:46:0:0 chr2 71012734 . C G 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0296378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7405;QD=16.0419;RBI=0.0362684;REFB=-0.0190107;REVB=-0.0209045;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1937;STB=0.610996;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0243573;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:16:10:11:8:16:10 chr2 71036482 . T C 188.65 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0271681;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3856;QD=19.3487;RBI=0.0340684;REFB=0.0134689;REVB=0.0205561;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425862;STB=0.743168;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00693654;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:13:7:15:4:13:7 chr2 71043461 . C T 289.4 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00256852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.164;QD=25.7248;RBI=0.0325239;REFB=-0.00932792;REVB=-0.0324224;RO=19;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178268;STB=0.604228;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00686356;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:25:26:0.577778:20:5:7:12:21:5:7:12 chr2 71044211 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0175771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1628;QD=11.6671;RBI=0.0198129;REFB=0.0189672;REVB=-0.00914303;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496759;STB=0.52937;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0358731;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:10:16:8:6:10:16 chr2 71058835 . A G 343.29 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=-0.0044557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6492;QD=13.8705;RBI=0.0324037;REFB=-0.0190909;REVB=-0.0320959;RO=61;SAF=27;SAR=11;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591105;STB=0.533538;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0164788;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:11:27:46:15:11:27:46:15 chr2 71061001 . T A 406.19 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0136043;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.018;QD=28.0134;RBI=0.0142667;REFB=-0.0445332;REVB=0.00429651;RO=20;SAF=25;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737486;STB=0.540253;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0196482;OID=.;OPOS=71061001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:20:20:38:38:0.655172:13:25:11:9:13:25:11:9 chr2 71062648 . G A 488.1 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0220335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.547;QD=16.8309;RBI=0.0286424;REFB=-0.0220084;REVB=-0.0183006;RO=63;SAF=22;SAR=30;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213973;STB=0.516316;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0241604;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:52:53:0.456897:30:22:28:35:31:22:28:35 chr2 71062833 . G C,GC 678.83 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,44;DP=48;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211331,0.149501;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.293,27.7204;QD=60.3408;RBI=0.023232,0.200742;REFB=0,0;REVB=0.00964971,0.133966;RO=2;SAF=2,21;SAR=0,23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,-0.00185832;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00174937,0.0127949;OID=.,.;OPOS=71062833,71062834;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:45:2:0:2,44:2,43:0.0444444,0.955556:0,23:2,21:1:1:0,22:2,21:0:0 chr2 71170807 . C T 182.56 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0978967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.229;QD=45.6396;RBI=0.100516;REFB=0;REVB=0.0227977;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371973;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:14:1:0:0:14:2:0:0 chr2 71190384 . C T 178.62 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0826264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5996;QD=15.2013;RBI=0.0829198;REFB=-0.0357269;REVB=-0.0069695;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021328;STB=0.507239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0255748;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:12:7:10:17:12:7:10:18 chr2 71273543 . C T 631.53 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0122462;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.277;QD=18.9933;RBI=0.0123258;REFB=-0.0298329;REVB=-0.00139836;RO=68;SAF=33;SAR=31;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123859;STB=0.571741;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0308353;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:68:69:64:64:0.481203:31:33:26:42:31:33:26:43 chr2 71305456 . C T 537.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.087;QD=59.6825;RBI=0.0360129;REFB=0;REVB=0.0108603;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00288e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr2 71351403 . C A 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0030923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.513;QD=18.6866;RBI=0.0439344;REFB=-0.00118308;REVB=-0.0438254;RO=51;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059791;STB=0.533319;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00116842;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:24:21:27:24:24:21:27:24 chr2 71357824 . C T 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00896971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.253;QD=14.1943;RBI=0.0167608;REFB=-0.0220876;REVB=-0.0141587;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112676;STB=0.564459;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0273328;OID=.;OPOS=71357824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:16:16:14:9:16:16 chr2 71360282 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0267827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1829;QD=17.7314;RBI=0.0755351;REFB=-0.00162783;REVB=-0.0706275;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935847;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00144179;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:6:13:10:7:6:13 chr2 71365805 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0685975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5631;QD=17.064;RBI=0.0691177;REFB=0.0275482;REVB=0.00846404;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109438;STB=0.561752;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0123956;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:20:8:12:19:20:8:12:19 chr2 71366957 . C A 133.9 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0109103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.046;QD=25.5053;RBI=0.0167241;REFB=-0.022123;REVB=0.0126753;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1602;STB=0.620515;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.013653;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:6:7:13:14:0.666667:5:8:2:4:5:9:2:5 chr2 71415479 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7762;QD=55.0909;RBI=0.154366;REFB=0;REVB=-0.0205795;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00361093;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:24:2:0:0:24:2:0:0 chr2 71417065 . G T 681.55 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00821027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.366;QD=51.4373;RBI=0.00874982;REFB=-0.0690838;REVB=-0.00302503;RO=2;SAF=28;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324419;STB=0.51666;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000340157;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:50:51:0.962264:22:28:2:0:22:29:2:0 chr2 71417134 . C T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0249935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2133;QD=15.3794;RBI=0.0414075;REFB=0.0101641;REVB=-0.0330137;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333238;STB=0.691067;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0107798;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:11:3:7:5:11:3 chr2 71615534 . C T 318.46 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0164886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.328;QD=23.1605;RBI=0.0187231;REFB=-0.00533368;REVB=-0.00887029;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225775;STB=0.624086;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00439901;OID=.;OPOS=71615534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:14:18:6:17:14:18:6:17 chr2 71615571 . C T 744.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178046;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5667;QD=63.3188;RBI=0.0208828;REFB=0;REVB=0.0109128;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440325;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr2 71620563 . A G 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00311963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.393;QD=17.2649;RBI=0.00543403;REFB=-0.00807073;REVB=-0.00444934;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307541;STB=0.517232;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0105403;OID=.;OPOS=71620563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:20:16:20:22:20:16:20:22 chr2 71631109 . A G 380.88 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0307371;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.514;QD=19.2848;RBI=0.0351118;REFB=-0.0172411;REVB=-0.0169727;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259859;STB=0.643609;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0251263;OID=.;OPOS=71631109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:40:39:39:0.493671:18:21:10:30:18:21:10:30 chr2 71654175 . G A 1665.23 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0383527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.566;QD=58.4291;RBI=0.0529978;REFB=-0.0136683;REVB=0.0365764;RO=2;SAF=54;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172577;STB=0.509089;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00013473;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:58:54:2:0:58:54:2:0 chr2 71658541 . C T 305.06 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0308906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7073;QD=15.0644;RBI=0.0345554;REFB=-0.0113626;REVB=-0.0154871;RO=47;SAF=22;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145285;STB=0.582401;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0159139;OID=.;OPOS=71658541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:12:22:24:23:12:22:24:23 chr2 71747923 . C T 385.89 PASS AF=0.565217;AO=37;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00717345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2941;QD=22.3705;RBI=0.0346768;REFB=-0.0260833;REVB=-0.0339267;RO=30;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152448;STB=0.564169;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0167677;OID=.;OPOS=71747923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:30:37:39:0.565217:25:12:15:15:25:14:15:15 chr2 71762232 . C T 259.82 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0462139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.5616;QD=20.3777;RBI=0.0488279;REFB=0.00579535;REVB=0.015762;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162741;STB=0.502616;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00333794;OID=.;OPOS=71762232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:18:8:7:17:19:8:7:17 chr2 71780215 . T C 472.4 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00345884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.443;QD=26.6143;RBI=0.00353573;REFB=-0.0283736;REVB=0.00073334;RO=27;SAF=10;SAR=34;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160505;STB=0.588095;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0190134;OID=.;OPOS=71780215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:34:10:11:16:34:10:11:16 chr2 71838597 . C A 262.81 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0131436;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.133;QD=17.2334;RBI=0.0142202;REFB=-0.0257658;REVB=-0.00542754;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163949;STB=0.591866;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0284186;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:12:20:13:16:12:20 chr2 71839922 . C CG,G 45.72 PASS AF=0.204082,0.0408163;AO=7,3;DP=51;FAO=10,2;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7,2;FSAR=3,0;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.037294,0.0403921;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=48.6723,57.0275;QD=3.73247;RBI=0.0394181,0.0440547;REFB=-0.0080083,-0.00659446;REVB=0.0127648,0.0175867;RO=41;SAF=5,3;SAR=2,0;SRF=18;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.325973,0.529408;STB=0.725702,0.995672;STBP=0.12,0.105;TYPE=ins,snp;VARB=0.174607,0.149069;OID=.,.;OPOS=71839923,71839922;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:49:41:37:7,3:10,2:0.204082,0.0408163:2,0:5,3:18:23:3,0:7,2:15:22 chr2 72356449 . G T 221.31 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0104899;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.136;QD=18.835;RBI=0.0118891;REFB=-0.0199531;REVB=0.00559575;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106082;STB=0.580509;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0166395;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:25:21:22:0.468085:9:12:10:12:9:13:11:14 chr2 72356627 . T G 357.03 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0159529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.676;QD=26.9453;RBI=0.0182866;REFB=0.00252935;REVB=-0.00893907;RO=19;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266424;STB=0.514577;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00150009;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:21:13:8:11:21:13:8:11 chr2 72356745 . T TG 129.36 PASS AF=0.40678;AO=8;DP=64;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00663097;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6191;QD=8.7701;RBI=0.0613846;REFB=-0.0159501;REVB=0.0610254;RO=54;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380655;STB=0.541512;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=0.0304884;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40678:8:64:24:59:35:14:10:18:17:99:54:2:6:31:23 chr2 72356747 . A G 76.55 PASS AF=0.255319;AO=6;DP=49;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.15164;FXX=0.040808;HRUN=8;LEN=1;MLLD=24.2747;QD=6.51507;RBI=0.241462;REFB=-0.115971;REVB=0.187907;RO=21;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.834938;STB=0.926071;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.14557;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:49:47:21:31:6:12:0.255319:0:6:2:19:1:11:9:22 chr2 72692272 . A AAG,G 939.34 PASS AF=1,0;AO=63,6;DP=70;FAO=64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451572,0.00224728;FXX=0.0447694;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=216.436,81.2911;QD=58.7087;RBI=0.030285,0.0299849;REFB=0,0;REVB=0.0299465,0.0299006;RO=0;SAF=41,6;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=6.53314e-05,0;OID=.,.;OPOS=72692273,72692272;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:64:0:0:63,6:64,0:1,0:22,0:41,6:0:0:22,0:42,0:0:0 chr2 73226090 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0402579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4647;QD=16.7545;RBI=0.0669814;REFB=-0.021884;REVB=-0.0535332;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286073;STB=0.516168;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0243395;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:12:16:13:11:12:16 chr2 73339708 . G A 389.9 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0242708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.6602;QD=29.426;RBI=0.0333895;REFB=-0.00826262;REVB=0.02293;RO=17;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031995;STB=0.517426;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0039817;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:13:23:10:7:13:23:10:7 chr2 73475048 . A G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00372736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.983;QD=16.5614;RBI=0.00423663;REFB=0.00380049;REVB=-0.00201391;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307389;STB=0.671525;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00574756;OID=.;OPOS=73475048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:24:7:15:12:24:7 chr2 73492614 . A T 227.36 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0208746;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.787;QD=20.6688;RBI=0.0212302;REFB=-0.0158356;REVB=-0.00386903;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427514;STB=0.522801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0176922;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:22:21:22:0.5:12:9:10:11:12:10:11:11 chr2 73518867 . G A 390.13 PASS AF=0.649123;AO=36;DP=56;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0319837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.856;QD=27.3774;RBI=0.0622549;REFB=-0.0710297;REVB=0.0534108;RO=20;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234326;STB=0.62977;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0276574;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:20:20:36:37:0.649123:22:14:15:5:23:14:15:5 chr2 73675227 . T TCTC 544.84 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.010019;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.383;QD=22.9407;RBI=0.0143132;REFB=-0.0213753;REVB=0.0102219;RO=52;SAF=10;SAR=41;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20807;STB=0.580839;STBP=0.173;TYPE=ins;VARB=0.0196443;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536842:51:104:51:95:44:10:41:14:30:99:52:10:41:19:33 chr2 73675844 . C T 80.36 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0337704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.646;QD=16.9173;RBI=0.0338942;REFB=-0.0190636;REVB=0.0028946;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372859;STB=0.71961;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00535401;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:5:4:8:1:6:4:8:1 chr2 73716810 . G A 246.0 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0182288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8271;QD=18.2222;RBI=0.0256045;REFB=-0.0241781;REVB=0.0179807;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157261;STB=0.595678;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0169122;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:26:27:0.5:15:11:7:20:15:12:7:20 chr2 73717103 . G C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0176904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.946;QD=10.6349;RBI=0.0299263;REFB=-0.0205046;REVB=-0.0241378;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168369;STB=0.602151;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0399034;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:7:6:5:3:7:6 chr2 73828538 . G A 88.07 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0326356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9975;QD=14.0911;RBI=0.0550414;REFB=-0.0307578;REVB=0.0443224;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378328;STB=0.68154;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.06169;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:6:5:1:12:6:5:2:12 chr2 73927931 . A G 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0355373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.152;QD=16.3238;RBI=0.0359096;REFB=-0.0185183;REVB=-0.00515694;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833533;STB=0.558277;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0276227;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:38:38:0.436782:17:21:22:25:17:21:22:27 chr2 73928098 . C G 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00896623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.211;QD=21.6295;RBI=0.0118969;REFB=-0.0275516;REVB=0.00781936;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111018;STB=0.55169;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0242472;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:14:16:9:14:14:16:10:14 chr2 73928366 . G C 37.57 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00782259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.7111;QD=6.83101;RBI=0.0569943;REFB=0.00722939;REVB=0.0564549;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513116;STB=0.53322;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0225059;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:6:10:4:2:6:10 chr2 73957124 . A G 368.05 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0207413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.752;QD=29.4441;RBI=0.0251782;REFB=-0.0011434;REVB=0.0142739;RO=18;SAF=18;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16506;STB=0.580593;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000693201;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:19:31:31:0.62:13:18:6:12:13:18:7:12 chr2 74007136 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.105968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.536;QD=22.3982;RBI=0.106055;REFB=-0.00250768;REVB=-0.00429756;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139244;STB=0.57824;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00133835;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:15:7:9:10:15:7:9:10 chr2 74135797 . T C 138.81 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0051645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.287;QD=12.0704;RBI=0.0114682;REFB=-0.00833672;REVB=0.0102396;RO=30;SAF=2;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551552;STB=0.830788;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0301409;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:14:2:17:13:14:2:17:13 chr2 74135898 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0116689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.807;QD=19.9928;RBI=0.0196066;REFB=-0.0133058;REVB=-0.0157561;RO=23;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18536;STB=0.605494;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0121399;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:17:5:9:14:17:5:9:14 chr2 74300717 . T C 339.93 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0250308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8381;QD=29.5595;RBI=0.0253882;REFB=0.0411554;REVB=-0.00424479;RO=17;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061926;STB=0.533958;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0250686;OID=.;OPOS=74300717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:11:18:12:5:11:18:12:5 chr2 74329725 . A AT 43.02 PASS AF=0.432432;AO=10;DP=42;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0368197;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.03917;QD=4.65028;RBI=0.0444667;REFB=-0.0386604;REVB=-0.0249318;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277258;STB=0.505148;STBP=0.958;TYPE=ins;VARB=0.0195689;OID=.;OPOS=74329726;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:10:42:16:37:21:9:7:12:9:42:26:6:4:15:11 chr2 74334462 . G A 508.02 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00785679;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.257;QD=14.9419;RBI=0.0231147;REFB=-0.0136107;REVB=-0.0217384;RO=77;SAF=21;SAR=35;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12557;STB=0.575444;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.025658;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:80:56:56:0.411765:35:21:38:39:35:21:40:40 chr2 74362090 . A G 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0323628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.519;QD=11.9512;RBI=0.0397261;REFB=-0.0216992;REVB=-0.0230393;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0154833;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:5:3:4:6:5:3:4:7 chr2 74362118 . G A 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0285136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.91;QD=16.3831;RBI=0.05362;REFB=-0.0158482;REVB=0.0454101;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0162245;OID=.;OPOS=74362118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr2 74362459 . T TAGC 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0139857;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.178;QD=15.172;RBI=0.0163063;REFB=-0.0194355;REVB=0.00838427;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155702;STB=0.58964;STBP=0.349;TYPE=ins;VARB=0.0329388;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:17:41:17:41:24:8:9:15:9:99:24:8:9:15:9 chr2 74590160 . T C 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.000920307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.282;QD=14.196;RBI=0.00443082;REFB=-0.0254332;REVB=0.00433419;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166702;STB=0.596183;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0320437;OID=.;OPOS=74590160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:18:5:11:21:18:5:11:21 chr2 74641624 . G C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9776;QD=57.2335;RBI=0.0684832;REFB=0;REVB=-0.0110026;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000778466;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr2 74682512 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.736;QD=58.0602;RBI=0.030146;REFB=0;REVB=0.00175692;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82679e-05;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr2 74687549 . CTCA CCA,CCAC,CCCA 732.78 PASS AF=0.711538,0,0.288462;AO=13,6,18;DP=47;FAO=37,0,15;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0,8;FSAR=16,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1389,0.0860388,0.148789;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=177.695,140.946,176.72;QD=56.3673;RBI=0.139154,0.0864231,0.148987;REFB=0,0,0;REVB=0.00840793,0.00814109,0.00767586;RO=0;SAF=6,6,5;SAR=7,0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00530059,0,0.000586894;OID=.,.,.;OPOS=74687550,74687550,74687550;OREF=T,TCA,T;OALT=-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.711538,0,0.288462:13,6,18:47:37,0,15:52:0:21,0,8:16,0,7:0:0:37:0:6,6,5:7,0,13:0:0 chr2 74690039 . G A 2634.06 PASS AF=0.903846;AO=186;DP=208;FAO=188;FDP=208;FR=.;FRO=20;FSAF=92;FSAR=96;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0340179;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=261.246;QD=50.6551;RBI=0.034018;REFB=-0.0445742;REVB=9.56197e-05;RO=8;SAF=90;SAR=96;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208743;STB=0.534638;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000588193;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:208:208:8:20:186:188:0.903846:96:90:6:2:96:92:17:3 chr2 74690378 . C T 475.81 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00627835;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5025;QD=55.9777;RBI=0.00984789;REFB=-0.0326014;REVB=-0.00758705;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000725277;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:0:1 chr2 74699778 . C A 689.7 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.413;QD=62.7001;RBI=0.0707744;REFB=0;REVB=-0.00518685;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140014;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr2 74702790 . A G 480.7 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00575669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.409;QD=20.2398;RBI=0.0118223;REFB=-0.0146993;REVB=-0.0103261;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475022;STB=0.526305;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0147384;OID=.;OPOS=74702790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:27:20:18:30:27:20:18:30 chr2 74710491 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.561;QD=59.4355;RBI=0.0365101;REFB=0;REVB=0.0242991;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55742e-05;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr2 74725144 . T C 897.62 PASS AF=0.984375;AO=58;DP=59;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2672;QD=56.1009;RBI=0.124759;REFB=-0.0962262;REVB=0.120701;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0175934;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:64:1:1:58:63:0.984375:22:36:0:1:25:38:0:1 chr2 74725178 . G A 880.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3337;QD=57.7574;RBI=0.0461798;REFB=0;REVB=0.0142264;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688539;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr2 74746322 . A T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.398;QD=62.3489;RBI=0.0341361;REFB=0;REVB=-0.0258593;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08893e-05;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr2 74756176 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000192298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.594;QD=51.1846;RBI=0.00135228;REFB=0;REVB=0.00133854;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28052e-06;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr2 74758666 . G A 500.1 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.000439564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2613;QD=21.7434;RBI=0.00189154;REFB=-0.0148742;REVB=-0.00183976;RO=44;SAF=32;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112935;STB=0.562473;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0163037;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:16:32:24:20:16:32:24:20 chr2 74761539 . T A 286.18 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00957677;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.597;QD=20.4416;RBI=0.0762713;REFB=-0.0265498;REVB=0.0756677;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253554;STB=0.617204;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0405868;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:26:29:30:0.535714:20:9:16:11:20:10:15:11 chr2 74763258 . C G 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0176455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7109;QD=24.0441;RBI=0.023743;REFB=0.00739258;REVB=0.015886;RO=36;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00328259;STB=0.501801;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00566631;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:22:25:19:17:22:25:19:17 chr2 75113657 . C T 106.3 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0259812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.956;QD=16.3543;RBI=0.0276552;REFB=-0.0265027;REVB=-0.00947561;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360861;STB=0.650973;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0213483;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:12:13:0.5:3:9:12:0:4:9:12:1 chr2 75113789 . C G 318.7 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0346482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.7468;QD=18.7467;RBI=0.0382304;REFB=0.0267059;REVB=0.0161576;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533718;STB=0.544016;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.019068;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:34:33:34:0.5:16:17:16:19:16:18:15:19 chr2 75115108 . A G 199.85 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00546797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.625;QD=13.549;RBI=0.0263032;REFB=-0.00738215;REVB=-0.0257286;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612979;STB=0.535021;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0147425;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:13:11:14:21:13:11:14:21 chr2 75118737 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0588347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9704;QD=19.6679;RBI=0.0591511;REFB=-0.00397181;REVB=-0.00611008;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19931;STB=0.611657;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00558835;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:15:4:8:11:15:4 chr2 75124037 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00557878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.392;QD=14.4201;RBI=0.0060159;REFB=0.00333607;REVB=-0.00225128;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941892;STB=0.553639;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0051266;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:17:20:17:10:17:20 chr2 75196731 . A G 210.71 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00324891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.063;QD=14.0473;RBI=0.00640167;REFB=-0.0292242;REVB=-0.00551597;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129593;STB=0.592517;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0257156;OID=.;OPOS=75196731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:25:25:0.416667:16:9:16:17:16:9:18:17 chr2 75276649 . C T 312.01 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00425735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.415;QD=16.6403;RBI=0.0312687;REFB=-0.0346991;REVB=-0.0309776;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308563;STB=0.504554;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0495869;OID=.;OPOS=75276649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:41:34:34:0.453333:13:21:24:13:13:21:25:16 chr2 75425728 . A G 503.46 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=113;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0449601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7147;QD=17.5115;RBI=0.0788195;REFB=0.0100006;REVB=-0.0647387;RO=60;SAF=27;SAR=26;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547528;STB=0.539116;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0135767;OID=.;OPOS=75425728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:60:61:53:54:0.469565:26:27:34:26:27:27:35:26 chr2 76672457 . G T 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0183889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.987;QD=14.0948;RBI=0.0393571;REFB=-0.0077161;REVB=0.034797;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.536026;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0085855;OID=.;OPOS=76672457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:8:10:8:5:8:10 chr2 79254261 . T C 1540.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5506;QD=59.8273;RBI=0.0403477;REFB=0;REVB=-0.0165413;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12475e-05;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr2 79255325 . G C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0243726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.171;QD=8.51197;RBI=0.0521191;REFB=-0.016199;REVB=-0.0460692;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248998;STB=0.656368;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0731992;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:2:8:15:9:2:8:15:9 chr2 79312414 . G A 227.9 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0206352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.524;QD=21.1997;RBI=0.0207951;REFB=-0.0130813;REVB=-0.00257335;RO=20;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32915;STB=0.706595;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0199167;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:21:21:22:0.511628:17:4:10:10:18:4:11:10 chr2 79350347 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9393;QD=53.911;RBI=0.0449005;REFB=0;REVB=-0.0174806;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530204;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 79385786 . TG CA 113.59 PASS AF=0.160584;AO=22;DP=137;FAO=22;FDP=137;FR=.;FRO=115;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=38;FWDB=-0.0109115;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.73;QD=3.31659;RBI=0.0111832;REFB=-0.00412777;REVB=0.00245014;RO=114;SAF=14;SAR=8;SRF=77;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550751;STB=0.530585;STBP=0.796;TYPE=mnp;VARB=0.0268512;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:114:115:22:22:0.160584:8:14:77:37:8:14:77:38 chr2 79385823 . T G 52.41 PASS AF=0.115385;AO=10;DP=125;FAO=15;FDP=130;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=38;FWDB=-0.00812598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.44;QD=1.61277;RBI=0.00982044;REFB=-0.00753098;REVB=-0.00551448;RO=114;SAF=6;SAR=4;SRF=76;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809944;STB=0.567473;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0590927;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:125:130:114:115:10:15:0.115385:4:6:76:38:4:11:77:38 chr2 79385857 . G T 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=32;FWDB=-0.00132637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.662;QD=1.10964;RBI=0.00724725;REFB=-0.00492737;REVB=-0.00712484;RO=103;SAF=7;SAR=2;SRF=71;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121733;STB=0.603811;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0497388;OID=.;OPOS=79385857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:103:103:9:9:0.0803571:2:7:71:32:2:7:71:32 chr2 79864080 . G C 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000809561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.871;QD=18.6392;RBI=0.033127;REFB=-0.0485125;REVB=-0.0331171;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20174;STB=0.600747;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0287064;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:10:11:7:16:10:11:8:16 chr2 79914689 . G A 197.76 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0175029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3178;QD=14.6491;RBI=0.0178087;REFB=-0.00303518;REVB=0.00328588;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769786;STB=0.544002;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0112933;OID=.;OPOS=79914689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:13:18:15:8:13:18 chr2 80101321 . T G 707.43 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0321184;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6044;QD=20.9608;RBI=0.0553828;REFB=-0.00524346;REVB=-0.0451183;RO=64;SAF=24;SAR=45;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552444;STB=0.524468;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0038874;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:64:66:69:69:0.511111:45:24:26:38:45:24:26:40 chr2 80529956 . T C 143.39 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00213088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.446;QD=14.7067;RBI=0.00253657;REFB=-0.0127434;REVB=-0.00137607;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121768;STB=0.510191;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0210336;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:6:10:14:8:6:10:14:9 chr2 80874903 . A G 65.35 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00944885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7763;QD=3.63032;RBI=0.0166301;REFB=0.0130641;REVB=0.013685;RO=60;SAF=4;SAR=8;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248774;STB=0.666389;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0617925;OID=.;OPOS=80874903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:12:12:0.166667:8:4:32:28:8:4:32:28 chr2 82194270 . A G 57.45 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0659603;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.618;QD=13.5183;RBI=0.0670851;REFB=-0.0470657;REVB=0.0122328;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.799039;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.028518;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:18:17:7:8:7:7:0.411765:6:1:4:3:6:1:5:3 chr2 84756049 . G A 1492.23 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.706;QD=58.5189;RBI=0.0248046;REFB=-0.0913346;REVB=0.0208578;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00166257;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:51:50:0:1:51:50:0:1 chr2 84771480 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000574735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.844;QD=59.8555;RBI=0.0186091;REFB=0;REVB=-0.0186002;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.88343e-05;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr2 84771567 . C T 725.43 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00499754;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.386;QD=54.7493;RBI=0.00511004;REFB=-0.0924413;REVB=-0.00106637;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-1.03871e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chr2 84800605 . C A 724.04 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.117;QD=54.6441;RBI=0.0170728;REFB=-0.0696888;REVB=0.0113622;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-3.09588e-06;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr2 84852141 . C T 68.22 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0914692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8673;QD=3.45427;RBI=0.14797;REFB=-0.0134964;REVB=-0.116312;RO=63;SAF=6;SAR=7;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156501;STB=0.594452;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0607165;OID=.;OPOS=84852141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:76:79:63:66:13:13:0.164557:7:6:37:26:7:6:38:28 chr2 84897517 . A G 289.02 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000908318;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.552;QD=46.2437;RBI=0.00173788;REFB=-0.0530183;REVB=0.00148161;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660323;STB=0.535684;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000642008;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:25:2:2:23:23:0.92:10:13:2:0:10:13:2:0 chr2 85049165 . C T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1738;QD=63.8687;RBI=0.0241309;REFB=0;REVB=0.00691266;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022084;OID=.;OPOS=85049165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr2 85546615 . C T 902.46 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.111;QD=57.2988;RBI=0.0295623;REFB=0;REVB=0.0189349;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52814e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:30:27:0:0:32:31:0:0 chr2 85549527 . T C 593.97 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.825;QD=60.9196;RBI=0.0231048;REFB=0;REVB=0.0214447;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001105;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr2 85549547 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.821;QD=60.9786;RBI=0.0367751;REFB=0;REVB=0.0252754;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7266e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 85553784 . C T 786.7 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7509;QD=57.2146;RBI=0.186644;REFB=0;REVB=0.16955;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305813;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:48:55:1:24:24:0:0:31:24:0:0 chr2 85554080 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.045;QD=44.6898;RBI=0.0356695;REFB=0;REVB=0.0288972;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266788;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr2 85573033 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.213;QD=62.3494;RBI=0.0479637;REFB=0;REVB=0.0139126;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806188;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr2 85622059 . T C 791.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212773;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6939;QD=64.6345;RBI=0.0579563;REFB=0;REVB=0.0579172;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010591;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr2 85769711 . C G 385.72 PASS AF=0.424528;AO=42;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00215654;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.59;QD=14.5555;RBI=0.0072857;REFB=-0.00680098;REVB=0.00695922;RO=57;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691254;STB=0.520247;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00925433;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:61:42:45:0.424528:23:19:22:35:25:20:25:36 chr2 85780131 . G A 294.67 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0164269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.045;QD=15.111;RBI=0.0169762;REFB=-0.0181988;REVB=0.00428366;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501118;STB=0.527933;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0232533;OID=.;OPOS=85780131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:45:33:33:0.423077:17:16:23:20:17:16:24:21 chr2 85780536 . C T 173.32 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0983647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2174;QD=19.2576;RBI=0.109042;REFB=0.0218293;REVB=0.0470581;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.584302;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0067655;OID=.;OPOS=85780536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:16:10:15:0.416667:5:5:6:8:6:9:7:9 chr2 85781318 . T G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.119;QD=56.7037;RBI=0.0117299;REFB=0;REVB=0.0110014;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69657e-05;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr2 85806266 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0547781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7098;QD=12.8688;RBI=0.0583165;REFB=-0.00490934;REVB=0.0200043;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554376;STB=0.818792;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00726778;OID=.;OPOS=85806266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:2:14:3:8:2:14 chr2 85808737 . A G 173.36 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0132677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6899;QD=9.76664;RBI=0.0233744;REFB=0.0160251;REVB=0.019244;RO=48;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991497;STB=0.558231;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.031419;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:10:13:23:25:10:13:23:25 chr2 85808982 . T C 466.38 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0515156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.833;QD=19.8458;RBI=0.0515657;REFB=0.00596842;REVB=0.00227272;RO=48;SAF=18;SAR=28;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158045;STB=0.508768;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00888265;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:28:18:18:30:28:18:18:30 chr2 85824084 . G C 331.51 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0148561;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.402;QD=23.6791;RBI=0.0241631;REFB=-0.0498282;REVB=-0.0190565;RO=24;SAF=22;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167469;STB=0.599938;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0247725;OID=.;OPOS=85824084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:23:33:33:0.589286:11:22:11:13:11:22:10:13 chr2 85824251 . T C 158.63 PASS AF=0.548387;AO=14;DP=29;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0341098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.351;QD=20.4678;RBI=0.0346169;REFB=-0.054285;REVB=0.00590336;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130632;STB=0.533859;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0386079;OID=.;OPOS=85824251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:14:14:14:17:0.548387:6:8:10:4:6:11:10:4 chr2 85846329 . G A 76.14 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0445726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3706;QD=15.2284;RBI=0.0591431;REFB=-0.0296554;REVB=-0.038874;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0392451;OID=.;OPOS=85846329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:19:20:10:10:9:10:0.5:5:4:4:6:6:4:4:6 chr2 85852667 . G A 137.74 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.017786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8865;QD=10.0177;RBI=0.0344949;REFB=-0.0234854;REVB=-0.029556;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363929;STB=0.701921;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0349474;OID=.;OPOS=85852667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:7:11:10:26:7:11:11:26 chr2 85892782 . C T 181.54 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0172269;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.731;QD=22.6922;RBI=0.0555452;REFB=-0.0310516;REVB=0.0528063;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111377;STB=0.562432;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0243867;OID=.;OPOS=85892782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:9:5:9:9:9:5 chr2 85894308 . G T 543.78 PASS AF=0.95;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00144292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.856;QD=54.3775;RBI=0.0119424;REFB=0.0630395;REVB=0.0118549;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.520822;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000345213;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:40:1:2:36:38:0.95:23:13:0:1:23:15:0:2 chr2 85895338 . T G 895.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.159;QD=57.7653;RBI=0.0447479;REFB=0;REVB=0.0431232;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80329e-05;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr2 85924729 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.211;QD=62.4649;RBI=0.0261884;REFB=0;REVB=-0.0066779;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69282e-05;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr2 85925529 . A G 544.53 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=59;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0607263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.897;QD=36.917;RBI=0.0748029;REFB=-0.0308398;REVB=-0.0436782;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.658466;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00452007;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:0:13:46:46:0.779661:32:14:0:0:32:14:13:0 chr2 85925756 . C G 713.05 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0354696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4709;QD=57.0442;RBI=0.0466227;REFB=-0.0398513;REVB=0.0302587;RO=3;SAF=25;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053155;STB=0.52829;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00244638;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:3:3:47:47:0.94:22:25:3:0:22:25:3:0 chr2 85925848 . C G 915.9 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.868;QD=57.2436;RBI=0.0632632;REFB=0;REVB=0.0290318;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306153;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:33:30:1:0:33:31:0:0 chr2 86015096 . G A 291.69 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00441942;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.753;QD=24.8247;RBI=0.015172;REFB=-0.00212967;REVB=-0.0145141;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189105;STB=0.605182;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0025607;OID=.;OPOS=86015096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:13:8:16:10:13:8 chr2 86088311 . T C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00509313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.613;QD=11.9167;RBI=0.0203214;REFB=-0.00746523;REVB=-0.0196729;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053617;STB=0.503103;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0113856;OID=.;OPOS=86088311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:17:20:12:10:17:20 chr2 86094686 . C T 164.46 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0193847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5068;QD=11.3421;RBI=0.0289587;REFB=-0.0131092;REVB=0.0215137;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099969;STB=0.558047;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0283706;OID=.;OPOS=86094686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:21:16:11:10:21:16 chr2 86315741 . C T 934.4 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378792;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.831;QD=57.5016;RBI=0.0382675;REFB=-0.0784599;REVB=-0.00543729;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049742;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr2 86317037 . G C 1015.16 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339557;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.568;QD=58.0093;RBI=0.0357569;REFB=0.0935605;REVB=-0.0112056;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129508;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000136005;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:0:1:36:33:0:1 chr2 86363074 . A G 1370.69 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.056;QD=60.9195;RBI=0.0533735;REFB=-0.137811;REVB=0.0165812;RO=1;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126348;STB=0.506492;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00162521;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:37:51:0:1:38:51:0:1 chr2 86385728 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.378;QD=50.4134;RBI=0.0161193;REFB=0;REVB=0.0160022;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95773e-05;OID=.;OPOS=86385728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 86400824 . G A 961.38 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175764;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.839;QD=57.3961;RBI=0.0220738;REFB=-0.0665481;REVB=0.0133538;RO=1;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108628;STB=0.505745;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000310341;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:43:23:0:1:43:23:0:1 chr2 86440718 . T C 937.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.079;QD=58.594;RBI=0.0260969;REFB=0;REVB=-0.00735098;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64831e-05;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr2 86441334 . C CTGTT 221.34 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00748911;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=4;MLLD=290.498;QD=31.6202;RBI=0.027091;REFB=-0.0186606;REVB=0.0260353;RO=8;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116643;STB=0.564449;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.00623943;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:20:29:20:28:8:14:6:4:4:54:8:14:6:4:4 chr2 86481835 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.4;QD=57.1775;RBI=0.00883835;REFB=0;REVB=-0.00863797;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88428e-06;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 86683642 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6863;QD=55.6551;RBI=0.062921;REFB=0;REVB=0.0215024;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168497;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 86691250 . G A 2391.24 PASS AF=0.9875;AO=156;DP=161;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00137667;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.042;QD=59.7809;RBI=0.030804;REFB=-0.0530351;REVB=0.0307732;RO=2;SAF=63;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240321;STB=0.501319;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00102082;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:160:2:2:156:158:0.9875:93:63:1:1:95:63:1:1 chr2 86831701 . G A 75.54 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0226965;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.34;QD=10.4196;RBI=0.104842;REFB=-0.00627717;REVB=-0.102356;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186615;STB=0.609571;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00615487;OID=.;OPOS=86831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:17:2:2:8:17:2 chr2 86979093 . G A 557.1 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=-0.00325581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3936;QD=21.427;RBI=0.0319511;REFB=0.0159229;REVB=0.0317848;RO=48;SAF=34;SAR=22;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210782;STB=0.614767;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.013279;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:48:56:56:0.538462:22:34:40:8:22:34:40:8 chr2 87015633 . T TGA 351.82 PASS AF=0.9;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.023886;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.668;QD=46.9094;RBI=0.0291553;REFB=-0.113108;REVB=0.0167179;RO=3;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247484;STB=0.51127;STBP=0.721;TYPE=ins;VARB=0.00652666;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:26:31:27:30:3:12:15:1:2:14:3:12:14:1:2 chr2 87048860 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0148456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.952;QD=6.81313;RBI=0.091623;REFB=-0.0158472;REVB=0.0904123;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131357;STB=0.569413;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0497088;OID=.;OPOS=87048860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:2:5:11:7:2:5:12:7 chr2 87069379 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.625;QD=42.1825;RBI=0.0400914;REFB=0;REVB=-0.00326314;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134773;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr2 87069431 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5463;QD=39.2067;RBI=0.0467909;REFB=0;REVB=0.046654;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213274;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr2 88315954 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.668;QD=53.9112;RBI=0.0272666;REFB=0;REVB=0.00849382;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06366e-05;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr2 88315993 . A G 340.59 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3719;QD=54.495;RBI=0.0717071;REFB=0;REVB=0.00575162;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191209;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr2 88316021 . G A 81.42 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.023132;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.994;QD=16.2832;RBI=0.0232327;REFB=0.0194297;REVB=0.00216139;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.608497;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0207901;OID=.;OPOS=88316021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:11:10:10:10:0.5:6:4:3:8:6:4:2:8 chr2 88327808 . T C 51.26 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0104969;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2006;QD=5.00058;RBI=0.0119501;REFB=-0.00675111;REVB=-0.00571132;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272921;STB=0.553706;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.051848;OID=.;OPOS=88327808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:41:41:30:33:8:8:0.195122:2:6:23:7:2:6:23:10 chr2 88387403 . C A 398.84 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033408;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.794;QD=56.9764;RBI=0.140337;REFB=0;REVB=0.136303;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021371;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:4:24:0:0:4:24:0:0 chr2 88407959 . T C,G 977.19 PASS AF=0.928571,0.0571429;AO=65,4;DP=70;FAO=65,4;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35,0;FSAR=30,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362997,-0.0200697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.4134,109.171;QD=55.8397;RBI=0.0395317,0.0469173;REFB=-0.0497639,-0.00350804;REVB=0.0156553,-0.0424081;RO=0;SAF=35,0;SAR=30,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50704,0.995941;STBP=0.523,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00405991,0.25003;OID=.,.;OPOS=88407959,88407959;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:70:70:0:1:65,4:65,4:0.928571,0.0571429:30,4:35,0:0:0:30,4:35,0:1:0 chr2 88411605 . A T 836.77 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.034716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6773;QD=55.7849;RBI=0.0423782;REFB=-0.0699942;REVB=0.0243045;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00887773;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:0:1:28:31:0:1 chr2 88472791 . G A 1105.9 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324698;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.694;QD=58.9813;RBI=0.0335696;REFB=-0.0543003;REVB=0.00852263;RO=1;SAF=56;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255519;STB=0.51351;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000495959;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:18:56:0:1:18:56:0:1 chr2 88874891 . C A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000636937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.221;QD=17.588;RBI=0.0192349;REFB=-0.0180809;REVB=0.0192244;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107117;STB=0.571363;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0186396;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:13:9:14:13:13:9:15:13 chr2 88879131 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00818451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.923;QD=14.5589;RBI=0.0250629;REFB=-0.0127459;REVB=0.0236889;RO=35;SAF=20;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293503;STB=0.668464;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0112718;OID=.;OPOS=88879131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:6:20:18:17:6:20:18:17 chr2 88895123 . T C 355.96 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00611207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.421;QD=30.2948;RBI=0.0290961;REFB=-0.00099554;REVB=0.0284469;RO=17;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118462;STB=0.564929;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00157276;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:16:14:11:6:16:14:11:6 chr2 88895351 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00216093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.063;QD=18.7769;RBI=0.00279152;REFB=-0.0175246;REVB=-0.00176719;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685819;STB=0.538432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0148789;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:14:12:14:12:14:12 chr2 88913273 . G C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0199138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.106;QD=17.9199;RBI=0.0214554;REFB=-0.0122292;REVB=-0.00798584;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135985;STB=0.57577;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.011035;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:15:17:23:11:15:17:23:11 chr2 89156948 . C G 609.92 PASS AF=0.450704;AO=62;DP=141;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.00364096;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.737;QD=17.1809;RBI=0.0677125;REFB=-0.0193429;REVB=-0.0676145;RO=75;SAF=39;SAR=23;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440143;STB=0.503921;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.023274;OID=.;OPOS=89156948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:75:78:62:64:0.450704:23:39:44:31:25:39:47:31 chr2 89157153 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0265291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8891;QD=13.4858;RBI=0.0270105;REFB=-0.0170171;REVB=-0.00507708;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565212;STB=0.84124;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0136994;OID=.;OPOS=89157153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:7:4:8:1:7:4 chr2 89197190 . C T 2397.23 PASS AF=0.97561;AO=160;DP=164;FAO=160;FDP=164;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00970272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.941;QD=58.469;RBI=0.0121945;REFB=-0.0651957;REVB=0.00738668;RO=4;SAF=74;SAR=86;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133956;STB=0.507043;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000743272;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:164:164:4:4:160:160:0.97561:86:74:3:1:86:74:3:1 chr2 89246951 . C T 1206.15 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014415;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5217;QD=61.0707;RBI=0.0236244;REFB=0;REVB=-0.0187168;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319592;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:37:42:0:0 chr2 89278103 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.483;QD=33.4285;RBI=0.0513897;REFB=0;REVB=0.0475558;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126974;OID=.;OPOS=89278103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 89278489 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.804;QD=57.5449;RBI=0.0404742;REFB=0;REVB=0.033769;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13728e-05;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr2 89292182 . A G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.72;QD=56.9331;RBI=0.0346798;REFB=0;REVB=0.0310062;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160441;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr2 89292201 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.56;QD=57.1051;RBI=0.0352897;REFB=0;REVB=0.034754;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00906e-05;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr2 89292401 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.135;QD=55.0097;RBI=0.0405538;REFB=-0.00414555;REVB=0.0227929;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000347076;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:0:1:14:18:0:1 chr2 89309542 . T G 1048.02 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5077;QD=58.2233;RBI=0.0270563;REFB=0.0766665;REVB=0.00901174;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00112102;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:33:38:0:0:33:38:1:0 chr2 89309554 . T A 1051.71 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=69;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.136601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.463;QD=57.6278;RBI=0.180965;REFB=-0.098479;REVB=0.118695;RO=2;SAF=37;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248583;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00444369;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:73:2:1:67:72:0.986301:30:37:2:0:31:41:1:0 chr2 89309735 . A G 185.12 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.279;QD=46.2803;RBI=0.135604;REFB=0;REVB=0.11196;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921957;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:8:8:0:0 chr2 89309762 . T G 256.13 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.42;QD=51.2268;RBI=0.058516;REFB=0;REVB=0.0584781;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737164;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr2 89513004 . A G 1043.54 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0341499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.842;QD=55.6554;RBI=0.0622196;REFB=-0.0461799;REVB=0.0520102;RO=3;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00750081;STB=0.503969;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00140619;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:41:31:1:2:41:31:1:2 chr2 89533687 . T C,G 757.89 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035263,0.0408992;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.6054,145.945;QD=56.1402;RBI=0.0487226,0.0651658;REFB=0,0;REVB=0.0336216,0.050733;RO=0;SAF=0,30;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.086382,0.000680812;OID=.,.;OPOS=89533687,89533687;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:2,22:0,30:0:0:2,22:0,30:0:0 chr2 89533810 . C T 1404.43 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.235;QD=62.4193;RBI=0.035079;REFB=0;REVB=0.0285813;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317337;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:85:90:1:34:51:0:0:37:53:0:0 chr2 89544473 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.706;QD=42.1826;RBI=0.0385925;REFB=0;REVB=-0.0214486;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000905645;OID=.;OPOS=89544473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr2 90121675 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.084;QD=51.1838;RBI=0.0244845;REFB=0;REVB=-0.00011163;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319472;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr2 90121845 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0257885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.716;QD=12.8732;RBI=0.026872;REFB=-0.0101237;REVB=-0.0075538;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118945;STB=0.549947;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0173414;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:8:11:14:16:8:11:16:16 chr2 90121849 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0191557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.668;QD=11.1851;RBI=0.0192604;REFB=-0.00607399;REVB=-0.00200523;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723444;STB=0.542361;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0073508;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:18:17:8:11:18:17 chr2 90121926 . G T 318.93 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0101932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6387;QD=15.7498;RBI=0.0644305;REFB=0.000495583;REVB=0.063619;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130124;STB=0.573292;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000120683;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:19:27:16:19:19:27 chr2 90121985 . A G 273.55 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0548209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2795;QD=9.94715;RBI=0.0553687;REFB=-0.00867159;REVB=-0.00776938;RO=74;SAF=18;SAR=18;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783605;STB=0.54543;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.028155;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:18:18:32:42:18:18:32:42 chr2 90139116 . G A 180.53 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00254169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.419;QD=9.25793;RBI=0.0373677;REFB=-0.0132001;REVB=-0.0372812;RO=53;SAF=15;SAR=9;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029333;STB=0.510196;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.025341;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:54:24:24:0.307692:9:15:33:20:9:15:33:21 chr2 90212126 . A C 94.98 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00206655;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0834;QD=10.2683;RBI=0.0685939;REFB=0.000808336;REVB=-0.0685627;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161919;STB=0.519966;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00491053;OID=.;OPOS=90212126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:37:26:25:12:12:0.324324:8:4:9:17:8:4:9:16 chr2 90259760 . A T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0111839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7469;QD=3.78994;RBI=0.0739156;REFB=-0.00491345;REVB=0.0730646;RO=43;SAF=7;SAR=1;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478989;STB=0.840598;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0281302;OID=.;OPOS=90259760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:1:7:22:21:1:7:22:21 chr2 95814402 . A G 51.27 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000270415;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.692;QD=4.55708;RBI=0.000408333;REFB=0.000276912;REVB=-0.00030596;RO=34;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344517;STB=0.723562;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000859488;OID=.;OPOS=95814402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:45:45:34:37:8:8:0.177778:2:6:16:18:2:6:18:19 chr2 95847040 . TGCG T 524.71 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136223;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.664;QD=58.3009;RBI=0.0165358;REFB=0;REVB=-0.00937372;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.59045e-06;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:36:36:0:16:20:0:0:4:0:14:19:0:0 chr2 95947099 . G A 1644.47 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487452;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.527;QD=60.3474;RBI=0.0487492;REFB=0;REVB=-0.000619016;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66031e-05;OID=.;OPOS=95947099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:110:109:1:58:52:0:0:58:51:0:0 chr2 96195632 . T C 949.62 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113194;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.047;QD=55.8601;RBI=0.0178129;REFB=-0.116144;REVB=0.0137539;RO=2;SAF=48;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157838;STB=0.508359;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00681747;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:66:66:0.970588:18:48:1:1:18:48:1:1 chr2 96195730 . C T 611.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1455;QD=61.1876;RBI=0.0328932;REFB=0;REVB=0.00538536;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048588;OID=.;OPOS=96195730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:9:31:0:0:9:31:0:0 chr2 96196322 . A G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.903;QD=64.4078;RBI=0.0024668;REFB=0;REVB=-0.000538448;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49109e-06;OID=.;OPOS=96196322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr2 96217197 . C G 714.65 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00650623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.894;QD=57.1723;RBI=0.00987691;REFB=0.0260016;REVB=0.00743117;RO=3;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447409;STB=0.5238;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00156224;OID=.;OPOS=96217197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:30:17:0:3:30:17:0:3 chr2 96217234 . C G 701.32 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0420594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.191;QD=51.0054;RBI=0.0421885;REFB=-0.0498886;REVB=0.00329791;RO=3;SAF=16;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00308279;STB=0.501639;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00278974;OID=.;OPOS=96217234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:3:3:52:52:0.945455:36:16:1:2:36:16:1:2 chr2 96517471 . A G 31.8 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0481511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1619;QD=1.87052;RBI=0.0484715;REFB=-0.00431306;REVB=-0.00556417;RO=61;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325029;STB=0.748309;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0104677;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:2:5:26:35:2:5:26:35 chr2 96517484 . T G 63.4 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0595667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4847;QD=3.33701;RBI=0.0923368;REFB=-0.00122063;REVB=0.0705541;RO=64;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263737;STB=0.677967;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0107449;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:64:64:12:12:0.157895:4:8:29:35:4:8:29:35 chr2 96517502 . A C 71.07 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=69;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=56;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0149373;FXX=0.054787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.639;QD=4.11994;RBI=0.0339706;REFB=-0.00282599;REVB=0.0305103;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242404;STB=0.656503;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0373793;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:72:69:45:56:10:10:0.144928:4:6:18:27:4:6:23:33 chr2 96517518 . A G 107.32 PASS AF=0.223684;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0584226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4536;QD=5.64814;RBI=0.0589346;REFB=-0.0104729;REVB=-0.00775165;RO=59;SAF=11;SAR=5;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306147;STB=0.70564;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0702538;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:59:59:16:17:0.223684:5:11:26:33:5:12:26:33 chr2 96517882 . G A 75.7 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=132;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.0223321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.725;QD=2.2938;RBI=0.0242098;REFB=-0.00153193;REVB=0.00934845;RO=115;SAF=12;SAR=5;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245727;STB=0.673204;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0132037;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:132:132:115:115:17:17:0.128788:5:12:59:56:5:12:59:56 chr2 96517885 . G A 216.08 PASS AF=0.253968;AO=32;DP=127;FAO=32;FDP=126;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00814902;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.981;QD=6.85985;RBI=0.0182586;REFB=-0.0043954;REVB=-0.0163392;RO=93;SAF=21;SAR=11;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228955;STB=0.634356;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0162758;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:93:94:32:32:0.253968:11:21:44:49:11:21:45:49 chr2 96521107 . G T 202.7 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0526059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.564;QD=12.2847;RBI=0.0562351;REFB=-0.00937249;REVB=-0.0198748;RO=41;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241938;STB=0.640198;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.017863;OID=.;OPOS=96521107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:7:18:21:20:7:18:21:20 chr2 96521512 . A C 87.68 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0565285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4053;QD=4.49616;RBI=0.0763152;REFB=0.00927884;REVB=0.0512693;RO=62;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268166;STB=0.677731;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0388029;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:62:63:15:15:0.192308:5:10:28:34:5:10:28:35 chr2 96521548 . G A 108.07 PASS AF=0.189474;AO=18;DP=95;FAO=18;FDP=95;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0166505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.39;QD=4.5505;RBI=0.019403;REFB=-0.0028508;REVB=0.00996183;RO=76;SAF=10;SAR=8;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013096;STB=0.502367;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0115117;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:77:18:18:0.189474:8:10:43:33:8:10:43:34 chr2 96521556 . T C 110.54 PASS AF=0.182692;AO=19;DP=104;FAO=19;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0042751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.986;QD=4.25166;RBI=0.00711231;REFB=-0.00472379;REVB=-0.00568406;RO=85;SAF=10;SAR=9;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339012;STB=0.521849;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0195164;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:85:85:19:19:0.182692:9:10:47:38:9:10:47:38 chr2 96521563 . G A 51.11 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0133307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.789;QD=1.87562;RBI=0.0178403;REFB=-0.00084844;REVB=-0.0118562;RO=97;SAF=6;SAR=6;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434319;STB=0.532057;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0320122;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:97:97:12:12:0.110092:6:6:52:45:6:6:52:45 chr2 96521607 . GGT CAC 44.51 PASS AF=0.096;AO=12;DP=125;FAO=12;FDP=125;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=45;FWDB=-0.000624528;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=229.945;QD=1.42443;RBI=0.0103328;REFB=0.000731458;REVB=0.0103139;RO=113;SAF=5;SAR=7;SRF=68;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215346;STB=0.662519;STBP=0.265;TYPE=mnp;VARB=-0.00845663;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:125:125:113:113:12:12:0.096:7:5:68:45:7:5:68:45 chr2 96523096 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0486862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.273;QD=13.6997;RBI=0.048707;REFB=-0.00817297;REVB=-0.00142531;RO=30;SAF=4;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527746;STB=0.804988;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0148215;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:14:4:22:8:14:4:22:8 chr2 96525643 . T C 59.34 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0125783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.829;QD=4.09241;RBI=0.0128033;REFB=-0.00531088;REVB=0.00238971;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535893;STB=0.517207;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0261634;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:57:58:46:48:10:10:0.172414:5:5:25:21:5:5:25:23 chr2 96525652 . T C 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00797774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.254;QD=6.68538;RBI=0.0161941;REFB=-0.0072556;REVB=-0.0140927;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539682;STB=0.533289;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0216872;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:7:8:22:23:7:8:22:23 chr2 96525718 . G T 53.3 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0113928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.493;QD=2.03047;RBI=0.019487;REFB=0.000341933;REVB=0.0158097;RO=82;SAF=7;SAR=5;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033674;STB=0.502443;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00192595;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:82:93:12:12:0.114286:5:7:50:32:5:7:54:39 chr2 96525723 . C T 46.19 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.00482056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.32;QD=1.77642;RBI=0.0227321;REFB=5.76921e-05;REVB=0.0222151;RO=93;SAF=6;SAR=5;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425915;STB=0.531857;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00343843;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:93:93:11:11:0.105769:5:6:54:39:5:6:54:39 chr2 96525736 . T C 42.77 PASS AF=0.0973451;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=113;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.014256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.574;QD=1.51395;RBI=0.0209691;REFB=0.000480444;REVB=-0.0153776;RO=101;SAF=6;SAR=5;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583096;STB=0.548195;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00315569;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:112:113:101:102:11:11:0.0973451:5:6:60:41:5:6:61:41 chr2 96525750 . T A 40.88 PASS AF=0.0932203;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.00771772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8108;QD=1.38563;RBI=0.0211048;REFB=-0.00103817;REVB=-0.0196431;RO=107;SAF=6;SAR=5;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179758;STB=0.513993;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0121392;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:118:118:107:107:11:11:0.0932203:5:6:60:47:5:6:60:47 chr2 96525755 . A T 35.48 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=-0.0284959;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.637;QD=1.20268;RBI=0.0320409;REFB=-0.00128696;REVB=-0.0146493;RO=106;SAF=5;SAR=5;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645692;STB=0.550747;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0139816;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:118:118:106:108:10:10:0.0847458:5:5:59:47:5:5:60:48 chr2 96541695 . C T 214.62 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0297335;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8154;QD=20.44;RBI=0.0298391;REFB=-0.00696752;REVB=0.00250758;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268452;STB=0.641123;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00596456;OID=.;OPOS=96541695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:21:21:21:0.5:8:13:7:15:8:13:7:14 chr2 96548068 . C T 347.96 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.0779023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.932;QD=12.6533;RBI=0.0801399;REFB=-0.00549543;REVB=-0.0188054;RO=68;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234011;STB=0.632592;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0105003;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:68:42:42:0.381818:18:24:24:44:18:24:24:44 chr2 96563206 . A T 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0355217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.294;QD=5.57563;RBI=0.040785;REFB=-0.0100547;REVB=-0.0200405;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42936;STB=0.775144;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0197438;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:16:8:5:2:16:8 chr2 96583735 . A C 123.69 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0225786;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.874;QD=8.68026;RBI=0.0227293;REFB=-0.0327645;REVB=0.00261351;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517776;STB=0.503102;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0475219;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:40:17:17:0.298246:9:8:19:21:9:8:19:21 chr2 96587496 . C T 728.71 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.821;QD=63.3656;RBI=0.0383974;REFB=0;REVB=0.0193874;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184476;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:22:21:0:0:24:22:0:0 chr2 96593000 . A G 36.47 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=156;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=78;FWDB=-0.0250831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.753;QD=0.935158;RBI=0.026272;REFB=-0.00080122;REVB=-0.00781374;RO=143;SAF=3;SAR=9;SRF=65;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238261;STB=0.703726;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0357378;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:156:156:143:144:12:12:0.0769231:9:3:65:78:9:3:66:78 chr2 96593016 . C A 74.99 PASS AF=0.113095;AO=19;DP=168;FAO=19;FDP=168;FR=.;FRO=149;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=82;FWDB=-0.0623578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7392;QD=1.78547;RBI=0.0913663;REFB=-0.0123743;REVB=-0.066778;RO=143;SAF=7;SAR=12;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117391;STB=0.574306;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0945062;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:168:168:143:149:19:19:0.113095:12:7:66:77:12:7:67:82 chr2 96593025 . C T 101.43 PASS AF=0.132948;AO=23;DP=173;FAO=23;FDP=173;FR=.;FRO=150;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=-0.0486378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.237;QD=2.34513;RBI=0.0511198;REFB=-0.00215733;REVB=-0.0157353;RO=150;SAF=8;SAR=15;SRF=69;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145222;STB=0.600535;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0256433;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:150:150:23:23:0.132948:15:8:69:81:15:8:69:81 chr2 96593108 . T G 64.39 PASS AF=0.110345;AO=16;DP=145;FAO=16;FDP=145;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.0228294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2836;QD=1.77615;RBI=0.0413994;REFB=-0.000862807;REVB=0.0345359;RO=129;SAF=5;SAR=11;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20892;STB=0.653752;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0100559;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:145:145:129:129:16:16:0.110345:11:5:62:67:11:5:62:67 chr2 96593118 . T A 35.56 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.00404949;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9137;QD=1.04576;RBI=0.00954285;REFB=0.000832103;REVB=0.00864104;RO=123;SAF=5;SAR=6;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192618;STB=0.523447;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.01425;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:136:123:125:11:11:0.0808824:6:5:58:65:6:5:60:65 chr2 96594902 . ATTTG ATTG,ATTTGA 33.9 PASS AF=0,0.181818;AO=11,15;DP=77;FAO=0,14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=0,12;FSAR=0,2;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.322193,0.119562;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.7995,18.5378;QD=1.76097;RBI=0.322238,0.119667;REFB=-0.0565437,0.0185094;REVB=-0.00534898,-0.00500339;RO=47;SAF=11,12;SAR=0,3;SRF=18;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.761893,0.501589;STB=0.5,0.817686;STBP=1,0.013;TYPE=del,ins;VARB=0,-0.0451812;OID=.,.;OPOS=96594903,96594907;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=ATTG,ATTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.181818:11,15:77:0,14:77:63:0,12:0,2:32:31:34:47:11,12:0,3:18:29 chr2 96594958 . G A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0228201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.852;QD=5.1918;RBI=0.0229131;REFB=-0.00430184;REVB=-0.0020625;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131509;STB=0.587971;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0130839;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:16:10:2:5:16:10 chr2 96594966 . T G 194.33 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0494832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2887;QD=24.2911;RBI=0.0771435;REFB=-0.0126276;REVB=0.0591822;RO=12;SAF=16;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327768;STB=0.675842;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0114972;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:3:16:6:6:3:16:7:6 chr2 96595032 . A T 267.39 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0181511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.577;QD=42.7828;RBI=0.0181953;REFB=0.00157892;REVB=0.00126682;RO=3;SAF=18;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539796;STB=0.529384;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000258922;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:4:18:2:1:4:18:2:1 chr2 96601240 . G A 101.88 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0131302;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.265;QD=15.093;RBI=0.0181179;REFB=-0.031792;REVB=-0.0124842;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149152;STB=0.588073;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0453539;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:4:11:10:2:4:11 chr2 96601345 . T C 211.42 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0110126;FXX=0.195074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.571;QD=25.6269;RBI=0.084379;REFB=0.00505307;REVB=0.0836572;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683169;STB=0.519979;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00313534;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:33:13:14:19:19:0.575758:13:6:4:9:13:6:5:9 chr2 96601364 . C T 177.02 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00533847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.701;QD=21.4575;RBI=0.0158473;REFB=0.01407;REVB=-0.0149211;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161694;STB=0.575675;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0118513;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:8:9:5:10:9:9:5:10 chr2 96604576 . C T 42.05 PASS AF=0.0727273;AO=15;DP=216;FAO=16;FDP=220;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=114;FSRR=90;FWDB=0.00240325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.089;QD=0.764488;RBI=0.0234377;REFB=-0.000153549;REVB=-0.0233141;RO=201;SAF=11;SAR=4;SRF=114;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191118;STB=0.625586;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00492661;OID=.;OPOS=96604576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:216:220:201:204:15:16:0.0727273:4:11:114:87:5:11:114:90 chr2 96604591 . A G 1516.34 PASS AF=0.612613;AO=135;DP=222;FAO=136;FDP=222;FR=.;FRO=86;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0216368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.631;QD=27.3215;RBI=0.0242573;REFB=-0.0166203;REVB=0.0109667;RO=86;SAF=79;SAR=56;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624345;STB=0.534841;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0102096;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:86:86:135:136:0.612613:56:79:43:43:56:80:43:43 chr2 96604632 . A T 955.27 PASS AF=0.485294;AO=99;DP=205;FAO=99;FDP=204;FR=.;FRO=105;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.000731253;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.575;QD=18.7308;RBI=0.00228017;REFB=-0.00989051;REVB=0.00215974;RO=104;SAF=58;SAR=41;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450174;STB=0.522624;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0170847;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:104:105:99:99:0.485294:41:58:56:48:41:58:57:48 chr2 96604730 . T C 58.96 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.156;QD=5.12686;RBI=0.0207574;REFB=-0.00414028;REVB=-0.0206539;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389413;STB=0.739238;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0123064;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:3:6:12:24:3:6:13:24 chr2 96606944 . C T 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0171537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4976;QD=13.2113;RBI=0.0700361;REFB=0.0130569;REVB=-0.0679029;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287163;STB=0.667733;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0245051;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:5:9:8:14:5:9:8:14 chr2 96610399 . C A 88.51 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=56;FWDB=-0.000599146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.656;QD=3.61275;RBI=0.000602483;REFB=0.00164968;REVB=-6.33293e-05;RO=79;SAF=6;SAR=10;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814767;STB=0.553009;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00654345;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:98:79:82:16:16:0.163265:10:6:25:54:10:6:26:56 chr2 96610410 . T A 88.5 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=57;FWDB=-0.0104979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.446;QD=3.61238;RBI=0.0118458;REFB=0.00509719;REVB=0.00548793;RO=82;SAF=6;SAR=10;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983734;STB=0.56453;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00763165;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:98:82:82:16:16:0.163265:10:6:25:57:10:6:25:57 chr2 96610420 . G T 88.91 PASS AF=0.161616;AO=15;DP=98;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=0.024681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.678;QD=3.59239;RBI=0.0249883;REFB=-0.00255449;REVB=0.00390701;RO=83;SAF=5;SAR=10;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046553;STB=0.568164;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.018661;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:99:83:83:15:16:0.161616:10:5:25:58:10:6:25:58 chr2 96610455 . C A 30.74 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0100735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.335;QD=1.73165;RBI=0.0135444;REFB=-0.00253121;REVB=-0.00905404;RO=62;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316912;STB=0.753084;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.01518;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:62:64:7:7:0.0985915:6:1:23:39:6:1:23:41 chr2 96610899 . T C 953.4 PASS AF=0.653543;AO=83;DP=127;FAO=83;FDP=127;FR=.;FRO=44;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0249152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2782;QD=30.0282;RBI=0.0251272;REFB=-0.0215666;REVB=-0.00325669;RO=43;SAF=48;SAR=35;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871591;STB=0.543351;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0113693;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:43:44:83:83:0.653543:35:48:19:24:35:48:20:24 chr2 96610921 . T G 1074.52 PASS AF=0.697674;AO=89;DP=128;FAO=90;FDP=129;FR=.;FRO=39;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0245793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.193;QD=33.3184;RBI=0.0250742;REFB=-0.0251612;REVB=0.00495682;RO=39;SAF=54;SAR=35;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113614;STB=0.558347;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00839678;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:39:39:89:90:0.697674:35:54:16:23:36:54:16:23 chr2 96610923 . C G 43.52 PASS AF=0.09375;AO=11;DP=128;FAO=12;FDP=128;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.0268178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.23;QD=1.36009;RBI=0.0571484;REFB=-0.00593867;REVB=-0.0504653;RO=116;SAF=8;SAR=3;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236611;STB=0.630794;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0316878;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:116:116:11:12:0.09375:3:8:61:55:4:8:61:55 chr2 96617090 . A G 48.82 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0116032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.298;QD=2.60377;RBI=0.016725;REFB=-0.00141449;REVB=0.0120455;RO=65;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289681;STB=0.705162;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0182375;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:3:7:30:35:3:7:30:35 chr2 96617106 . A C 52.21 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0121942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.607;QD=2.45716;RBI=0.0184711;REFB=-0.0067068;REVB=-0.0138739;RO=74;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104805;STB=0.574334;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0600246;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:74:74:11:11:0.129412:5:6:34:40:5:6:34:40 chr2 96617111 . G A 38.76 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0296807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4403;QD=1.84567;RBI=0.030369;REFB=-0.00576569;REVB=-0.00642898;RO=75;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263635;STB=0.697248;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.039938;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:75:75:9:9:0.107143:3:6:33:42:3:6:33:42 chr2 96617113 . G A 52.2 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00484865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.645;QD=2.45626;RBI=0.0447637;REFB=-0.00348589;REVB=-0.0445003;RO=74;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104805;STB=0.574334;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0204533;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:74:74:11:11:0.129412:5:6:34:40:5:6:34:40 chr2 96617125 . T C 57.42 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0219597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9169;QD=2.49667;RBI=0.0530554;REFB=0.00377293;REVB=0.0482975;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461144;STB=0.532555;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0247142;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:6:6:37:43:6:6:37:43 chr2 96617132 . T C 57.1 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00446853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.967;QD=2.45595;RBI=0.00755964;REFB=-0.00487134;REVB=-0.00609757;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461144;STB=0.537572;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0353254;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:93:80:81:12:12:0.129032:6:6:37:43:6:6:37:44 chr2 96617155 . A G 47.69 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0158548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.551;QD=1.87014;RBI=0.0284372;REFB=-0.00322232;REVB=0.0236072;RO=91;SAF=5;SAR=6;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180937;STB=0.513489;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.068689;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:102:91:91:11:11:0.107843:6:5:40:51:6:5:40:51 chr2 96619688 . T G 77.08 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0265497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.101;QD=8.56473;RBI=0.0418162;REFB=-0.00738654;REVB=0.0323064;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341614;STB=0.744151;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00885113;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:36:36:25:25:7:8:0.222222:4:3:18:7:5:3:18:7 chr2 96619734 . CA TA,TG 85.47 PASS AF=0.175,0.125;AO=7,5;DP=40;FAO=7,5;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1,3;FSAR=6,2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.048937,0.024432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.8295,98.5633;QD=8.54714;RBI=0.0500473,0.0296248;REFB=-0.000189113,-0.00220177;REVB=-0.0104833,-0.0167542;RO=28;SAF=1,3;SAR=6,2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.597468,-0.0995573;STB=0.887902,0.571157;STBP=0.038,0.807;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0209505,0.013179;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:40:40:28:28:7,5:7,5:0.175,0.125:6,2:1,3:19:9:6,2:1,3:19:9 chr2 96626292 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.829;QD=48.7369;RBI=0.0548745;REFB=0;REVB=0.049916;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495388;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr2 96697823 . G A 36.82 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0148951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6622;QD=7.36422;RBI=0.123285;REFB=0.0167796;REVB=0.122382;RO=14;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342111;STB=0.649545;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0275604;OID=.;OPOS=96697823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:14:14:5:6:0.3:2:3:4:10:3:3:4:10 chr2 96780716 . T G 178.55 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00765675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.869;QD=22.3187;RBI=0.0889814;REFB=-0.0469945;REVB=-0.0886514;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650504;STB=0.548455;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0181096;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:11:7:4:9:11:7:4:10 chr2 96781853 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0164753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.492;QD=14.7984;RBI=0.0514364;REFB=0.00264082;REVB=0.0487265;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216462;STB=0.624791;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00214726;OID=.;OPOS=96781853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:10:3:5:6:10:3 chr2 96789787 . T C 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.000905042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.3;QD=16.452;RBI=0.0210747;REFB=-0.0170636;REVB=0.0210553;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181422;STB=0.600644;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.019054;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:40:33:33:0.452055:14:19:28:9:14:19:30:10 chr2 96795608 . T G 35.88 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.092171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.774;QD=6.2407;RBI=0.106114;REFB=-0.0163837;REVB=-0.0525812;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513116;STB=0.562286;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0294082;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:6:10:4:2:7:10 chr2 96795714 . G A 593.59 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.154;QD=60.8812;RBI=0.04757;REFB=0;REVB=0.0351393;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378407;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr2 96795857 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.6;QD=59.0186;RBI=0.0336388;REFB=0;REVB=0.030377;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194128;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr2 96809331 . T C 963.15 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0514176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.631;QD=55.835;RBI=0.0523232;REFB=-0.075617;REVB=0.00969272;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.502443;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0071179;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:28:39:1:0:28:39:1:1 chr2 96874576 . C G 245.39 PASS AF=0.647059;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0115237;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.004;QD=28.8689;RBI=0.109948;REFB=-0.0181403;REVB=0.109343;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179131;STB=0.618941;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0120297;OID=.;OPOS=96874576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:34:14:12:20:22:0.647059:12:8:9:5:13:9:9:3 chr2 96874590 . TT CC 97.05 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0246765;FXX=0.0789266;HRUN=5;LEN=2;MLLD=60.0849;QD=11.0914;RBI=0.112479;REFB=-0.0213115;REVB=-0.109739;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229905;STB=0.67972;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.0755524;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:36:35:17:22:11:13:0.371429:4:7:7:10:4:9:9:13 chr2 96917588 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.518;QD=57.1062;RBI=0.018336;REFB=0;REVB=0.0130899;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32111e-05;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr2 96918245 . A G 102.48 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0954557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4283;QD=17.8233;RBI=0.130575;REFB=0.0032494;REVB=-0.0890952;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184616;STB=0.572403;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0125007;OID=.;OPOS=96918245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:11:12:12:0.521739:5:7:8:2:5:7:8:3 chr2 96934393 . C T 543.31 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0154008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.273;QD=18.4171;RBI=0.030337;REFB=-0.0155699;REVB=-0.0261371;RO=60;SAF=23;SAR=34;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442632;STB=0.529455;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0122347;OID=.;OPOS=96934393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:61:57:57:0.483051:34:23:27:33:34:23:28:33 chr2 96944553 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00680903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6459;QD=11.6333;RBI=0.0436838;REFB=-0.0356496;REVB=0.0431499;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.593026;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0232673;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:7:9:7:3:7:9 chr2 96993298 . G A 235.0 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00044468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7425;QD=18.7997;RBI=0.0133968;REFB=0.0149316;REVB=0.0133894;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880988;STB=0.549956;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0207437;OID=.;OPOS=96993298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:14:13:9:14:14:13 chr2 97008950 . G A 85.16 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=-0.0385037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8794;QD=2.96195;RBI=0.0634896;REFB=-0.0133588;REVB=0.0504816;RO=97;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520288;STB=0.534534;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0751444;OID=.;OPOS=97008950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:115:115:97:97:18:18:0.156522:11:7:34:63:11:7:34:63 chr2 97166204 . A G 556.56 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.064;QD=60.1689;RBI=0.013511;REFB=0;REVB=0.00990934;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49678e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr2 97351840 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=7.25343e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.111;QD=20.4563;RBI=0.0623507;REFB=0.00376751;REVB=-0.0623507;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155953;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00305192;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:6:9:7:10:6:9 chr2 97494368 . C T 89.55 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.00274801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.98;QD=3.77046;RBI=0.0149569;REFB=-0.00441335;REVB=0.0147023;RO=77;SAF=8;SAR=8;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140143;STB=0.578851;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0293913;OID=.;OPOS=97494368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:77:79:16:16:0.168421:8:8:47:30:8:8:47:32 chr2 97559759 . G A 464.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9524;QD=58.0902;RBI=0.0303474;REFB=0;REVB=-0.00562736;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307843;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr2 97613616 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0237325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.632;QD=12.0517;RBI=0.0286921;REFB=-0.0069636;REVB=-0.0161247;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.749317;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00732868;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:5:8:8:1:5:8 chr2 97637905 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00301296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.095;QD=12.7383;RBI=0.0677786;REFB=-0.0378802;REVB=0.0677116;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0593115;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr2 97638038 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00991278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3899;QD=21.1693;RBI=0.0356375;REFB=-0.0238918;REVB=-0.0342311;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0056364;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:0:3:4:3:0:3 chr2 97643576 . T C 334.92 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0380591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0797;QD=19.701;RBI=0.0478735;REFB=-0.00887969;REVB=0.029041;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429338;STB=0.523796;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.005594;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:11:24:24:9:11:24:24:9 chr2 97766551 . G A 281.56 PASS AF=0.54717;AO=30;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0308649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.882;QD=21.2499;RBI=0.0321671;REFB=-0.00489926;REVB=0.00905991;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596649;STB=0.514502;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00236084;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:30:29:0.54717:16:14:9:14:16:13:10:14 chr2 97766574 . G A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0179178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.751;QD=26.3157;RBI=0.0210214;REFB=-0.0160023;REVB=0.0109931;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379631;STB=0.521034;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00892144;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:13:9:5:9:13:9:5:9 chr2 97808346 . T C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0249556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.759;QD=6.01599;RBI=0.0376771;REFB=-0.0041528;REVB=-0.0282274;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440473;STB=0.779094;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00873496;OID=.;OPOS=97808346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:7:15:2:5:7:15 chr2 97808349 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0476073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.878;QD=7.79832;RBI=0.0549571;REFB=0.00858806;REVB=-0.0274559;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312079;STB=0.693457;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0403121;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:9:14:3:6:9:14 chr2 97808394 . C G 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0127026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.738;QD=3.93887;RBI=0.0142017;REFB=-0.00282485;REVB=0.00635077;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354128;STB=0.524406;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0148053;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:4:3:14:21:4:3:14:21 chr2 97820489 . C G 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.026897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.334;QD=2.42286;RBI=0.0362873;REFB=-0.0214234;REVB=-0.024358;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293546;STB=0.730991;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0654426;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:44:46:6:6:0.115385:2:4:18:26:2:4:18:28 chr2 97820493 . T C 31.99 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0415584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.781;QD=2.55954;RBI=0.0443242;REFB=-0.00361374;REVB=-0.0154119;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317883;STB=0.733456;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0413339;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:17:27:2:4:17:27 chr2 97827839 . G A 138.24 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0504308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5465;QD=8.91849;RBI=0.0512227;REFB=0.0141745;REVB=0.0089721;RO=43;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260634;STB=0.655485;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00783234;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:6:13:20:23:6:13:20:23 chr2 97828982 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0113255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.45;QD=15.2589;RBI=0.0262901;REFB=-0.0182963;REVB=-0.0237256;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12173;STB=0.571239;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0180393;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:5:1:2:5:5:1 chr2 97829029 . GT AG 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0199039;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.788;QD=10.0316;RBI=0.0244754;REFB=0.00443059;REVB=-0.0142435;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=mnp;VARB=-0.0144142;OID=.;OPOS=97829029;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr2 97830053 . A G 41.43 PASS AF=0.162791;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0268741;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.535;QD=3.85383;RBI=0.0341097;REFB=-0.00560575;REVB=-0.0210061;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308338;STB=0.741268;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.027008;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:6:7:0.162791:4:2:21:14:5:2:21:15 chr2 97833342 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0101635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.855;QD=11.4399;RBI=0.0110591;REFB=-4.13296e-05;REVB=-0.00435962;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.618791;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.000115718;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:5:9:4:5:5:9 chr2 97833466 . C T 88.43 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00935676;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.88;QD=13.1008;RBI=0.0101627;REFB=0.0154112;REVB=-0.0039662;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391243;STB=0.740185;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0221532;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:16:16:11:11:0.407407:1:10:11:5:1:10:11:5 chr2 97849219 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00059477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.48;QD=13.9118;RBI=0.00598034;REFB=-0.00564955;REVB=-0.00595069;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242671;STB=0.513953;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00704429;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:14:17:12:9:14:17 chr2 97851069 . A G 218.51 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0141767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.053;QD=23.6225;RBI=0.0186675;REFB=-0.0391483;REVB=0.0121448;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198455;STB=0.610583;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0321769;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:11:5:12:9:11:5 chr2 97860487 . T C 519.11 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0163028;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.843;QD=19.406;RBI=0.0179191;REFB=-0.00647441;REVB=0.00743727;RO=52;SAF=22;SAR=32;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327889;STB=0.503936;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0062855;OID=.;OPOS=97860487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:52:53:54:54:0.504673:32:22:21:31:32:22:22:31 chr2 97864333 . CC AT 123.81 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0128608;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.317;QD=6.03938;RBI=0.0283226;REFB=-0.00493084;REVB=-0.0252343;RO=62;SAF=10;SAR=9;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724333;STB=0.550523;STBP=0.635;TYPE=mnp;VARB=0.0165376;OID=.;OPOS=97864333;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:62:63:19:19:0.231707:9:10:29:33:9:10:29:34 chr2 97864374 . G T 56.98 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00229917;FXX=0.0727141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.322;QD=4.46871;RBI=0.00381693;REFB=-0.0006529;REVB=-0.00304676;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486219;STB=0.573833;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00465663;OID=.;OPOS=97864374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:55:51:37:42:9:9:0.176471:5:4:15:22:5:4:15:27 chr2 97873515 . C T 40.76 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0150998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5553;QD=3.5445;RBI=0.0334511;REFB=0.000253941;REVB=-0.0298491;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220946;STB=0.657426;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0018668;OID=.;OPOS=97873515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:21:18:2:5:21:18 chr2 97877292 . C A 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0133275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.063;QD=18.6458;RBI=0.0173929;REFB=-0.00646636;REVB=0.0111755;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249743;STB=0.514265;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00945845;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:5:8:9:5:5:8 chr2 97877399 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00958714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.854;QD=13.7204;RBI=0.0161109;REFB=-0.0117756;REVB=-0.0129479;RO=46;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120738;STB=0.563041;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.014597;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:12:19:23:23:12:19:24:23 chr2 97877440 . T C 315.44 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00821318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.616;QD=15.2021;RBI=0.0101603;REFB=-0.0045543;REVB=0.00598121;RO=48;SAF=22;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11432;STB=0.570761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00623683;OID=.;OPOS=97877440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:48:34:35:0.421687:12:22:26:22:12:23:26:22 chr2 97884763 . T C 213.95 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00731946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.401;QD=20.8731;RBI=0.00743727;REFB=-0.0232183;REVB=-0.00131849;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.539531;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0272599;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:21:21:0.512195:9:12:13:6:9:12:13:7 chr2 98128172 . C A 117.98 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0129151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0786;QD=12.4194;RBI=0.0129371;REFB=-0.00959363;REVB=-0.000752984;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405341;STB=0.710279;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0118964;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:6:7:4:20:7:7:4:20 chr2 98128194 . GGT CAC 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0210872;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=213.63;QD=14.7942;RBI=0.0215046;REFB=-0.00182083;REVB=0.0042168;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388028;STB=0.721092;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.00324687;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:6:21:7:11:6:21 chr2 98128228 . G A 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.020318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.014;QD=3.24566;RBI=0.0204155;REFB=-0.00862813;REVB=0.00199242;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369956;STB=0.756815;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0527527;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:12:23:2:4:12:23 chr2 98128256 . C T 175.05 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0801172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.776;QD=20.0061;RBI=0.0801978;REFB=0.006913;REVB=0.00359295;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406088;STB=0.726504;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00269951;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:2:15:7:11:2:15 chr2 98128258 . G C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0338725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.164;QD=20.7383;RBI=0.0361828;REFB=-0.000207935;REVB=0.012722;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38952;STB=0.717174;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000745182;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:2:14:7:11:2:14 chr2 98128300 . A G 64.25 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0417304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.164;QD=9.88532;RBI=0.0447102;REFB=0.00100791;REVB=0.0160492;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546755;STB=0.826118;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00149524;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:4:13:2:7:4:13 chr2 98349796 . C T 105.3 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00529737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.05;QD=11.0836;RBI=0.0147138;REFB=-0.0172577;REVB=0.0137271;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221741;STB=0.633922;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0642543;OID=.;OPOS=98349796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:3:10:15:10:3:10:15:10 chr2 98412712 . T G 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00804988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.813;QD=2.75783;RBI=0.0154914;REFB=-0.00509134;REVB=-0.0132357;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541297;STB=0.884722;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0223207;OID=.;OPOS=98412712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:6:1:30:18:6:1:30:18 chr2 98844674 . C G 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.023835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8914;QD=15.6428;RBI=0.0267576;REFB=0.00374444;REVB=0.0121598;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276866;STB=0.659071;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00343232;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:18:11:13:7:18:11 chr2 98853173 . G A 316.6 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0569858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4077;QD=12.4157;RBI=0.0570996;REFB=0.00227011;REVB=0.00360278;RO=64;SAF=21;SAR=17;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920634;STB=0.552604;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00560678;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:17:21:30:34:17:21:30:34 chr2 98858744 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00655267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.021;QD=14.6688;RBI=0.0193447;REFB=-0.0144548;REVB=-0.0182011;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335121;STB=0.689506;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0236527;OID=.;OPOS=98858744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:9:15:9:23:9:15:9:23 chr2 98928494 . G A 570.57 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0206736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2449;QD=53.0761;RBI=0.045759;REFB=-0.0749455;REVB=0.0408226;RO=3;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111986;STB=0.559969;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00788911;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:3:3:40:40:0.930233:11:29:0:3:11:29:0:3 chr2 98948224 . C A 166.04 PASS AF=0.38;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0351123;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9464;QD=13.2828;RBI=0.035144;REFB=-0.0203295;REVB=0.00149245;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122668;STB=0.585686;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0209048;OID=.;OPOS=98948224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:18:19:0.38:9:9:19:12:10:9:19:12 chr2 98994641 . G A 494.16 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0135587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.385;QD=21.7214;RBI=0.0142814;REFB=-0.0214626;REVB=0.00448542;RO=43;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874288;STB=0.548176;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0193182;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:25:23:25:18:25:23:25:18 chr2 99172244 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0540728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5656;QD=18.4438;RBI=0.0573145;REFB=-0.0346122;REVB=-0.0190021;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0290334;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:4:5:6:5:4:5 chr2 99193496 . C T 583.58 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0407978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.844;QD=20.8421;RBI=0.0422786;REFB=-0.019224;REVB=-0.0110917;RO=53;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333271;STB=0.518322;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0229368;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:30:29:24:29:30:29:24:29 chr2 99219071 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0212077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.999;QD=17.542;RBI=0.0378352;REFB=-0.0285648;REVB=0.0313326;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.02896;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:7:8:8:7:7:8:8:8 chr2 99226173 . T A 159.56 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00205503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.366;QD=17.7288;RBI=0.0138413;REFB=-0.0051024;REVB=-0.0136879;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350876;STB=0.519977;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00588207;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:14:5:5:12:14:5 chr2 99778735 . A G 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0342829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.537;QD=24.1899;RBI=0.0405366;REFB=-0.00770107;REVB=-0.0216309;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984044;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00345939;OID=.;OPOS=99778735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:2:4:6:6:2:4 chr2 99778985 . T C 1264.64 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5859;QD=61.6897;RBI=0.0127052;REFB=0;REVB=-0.00405465;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8172e-05;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr2 99779131 . T C 385.14 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0296043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5356;QD=20.541;RBI=0.029673;REFB=-0.0310903;REVB=-0.00201791;RO=36;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12672;STB=0.570212;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0270931;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:16:23:16:20:16:23:16:20 chr2 99804642 . T C 524.08 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338352;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.632;QD=59.8953;RBI=0.0774297;REFB=0;REVB=0.0696457;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293512;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr2 99812070 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.648;QD=56.9552;RBI=0.0360971;REFB=0;REVB=-0.0279904;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445378;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr2 99978048 . G A 95.63 PASS AF=0.375;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.122991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.437;QD=11.9537;RBI=0.123029;REFB=-0.0245532;REVB=-0.00306815;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118756;STB=0.725419;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0417229;OID=.;OPOS=99978048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:11:20:11:12:0.375:9:2:3:8:9:3:12:8 chr2 99995804 . T C 1161.35 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426339;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.74;QD=61.1239;RBI=0.0451676;REFB=0;REVB=0.0149153;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156227;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:43:32:0:0:43:33:0:0 chr2 100019495 . C CG 303.25 PASS AF=1;AO=4;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362081;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.311;QD=46.6535;RBI=0.0388355;REFB=0;REVB=-0.0140417;RO=24;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.732136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000726143;OID=.;OPOS=100019496;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:28:26:26:0:9:17:0:0:4:24:4:0:6:18 chr2 100019496 . A G 262.76 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0409272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.459;QD=40.4251;RBI=0.0466808;REFB=-0.0685587;REVB=-0.0224512;RO=4;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260536;STB=0.642716;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00136965;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:17:5:4:0:17:5:4:0 chr2 100055158 . T C 274.71 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0105934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4636;QD=18.0138;RBI=0.0297841;REFB=-0.0336409;REVB=-0.0278365;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042394;STB=0.511104;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0342945;OID=.;OPOS=100055158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:10:19:19:12:11:19:19:12 chr2 100055506 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.984;QD=59.8392;RBI=0.0126828;REFB=0;REVB=0.0119186;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38618e-05;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr2 100343557 . C T 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.939;QD=63.2774;RBI=0.0226411;REFB=0;REVB=0.0222764;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86321e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 100897573 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.645;QD=57.1062;RBI=0.0394382;REFB=0;REVB=0.0263439;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100631;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr2 100915772 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5749;QD=56.9535;RBI=0.014336;REFB=0;REVB=-0.0127907;RO=0;SAF=1;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09854e-05;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:51:1:0:0:51:1:0:0 chr2 100916306 . A G 872.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572025;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.533;QD=58.1507;RBI=0.0139963;REFB=0;REVB=0.012774;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335886;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr2 100916315 . A G 288.35 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00239755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.451;QD=19.8864;RBI=0.0470677;REFB=0.000408581;REVB=0.0470066;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144754;STB=0.584664;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.000111531;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:23:27:30:31:0.534483:14:16:8:15:15:16:9:18 chr2 100917109 . C T 638.73 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00903614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.459;QD=20.4395;RBI=0.0100868;REFB=-0.0188739;REVB=-0.00448247;RO=59;SAF=40;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206239;STB=0.613646;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0180025;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:61:64:64:0.512:24:40:23:36:24:40:24:37 chr2 101008566 . GC AA 265.33 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0083019;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.749;QD=17.3987;RBI=0.0103233;REFB=-0.00399237;REVB=-0.00613583;RO=32;SAF=22;SAR=7;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109158;STB=0.506131;STBP=0.929;TYPE=mnp;VARB=0.00475729;OID=.;OPOS=101008566;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:7:22:24:8:7:22:24:8 chr2 101009908 . G A 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0190708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.191;QD=17.0896;RBI=0.0191702;REFB=-0.00754462;REVB=-0.00194986;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140118;STB=0.587637;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00978162;OID=.;OPOS=101009908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:11:14:11:16:11:14:11:17 chr2 101010082 . G C 754.79 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.569;QD=54.894;RBI=0.0180912;REFB=-0.0821029;REVB=0.00228453;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132734;STB=0.506847;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000154704;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:18:35:1:0:18:36:1:0 chr2 101019031 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0159465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.788;QD=9.18854;RBI=0.0209577;REFB=-0.00506818;REVB=-0.0135991;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252878;STB=0.65544;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00711361;OID=.;OPOS=101019031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:3:8:13:12:3:8:13:12 chr2 101031561 . G T 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0177231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7488;QD=10.3428;RBI=0.022019;REFB=-0.00613374;REVB=0.0130662;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220152;STB=0.63723;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0116335;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:14:7:21:19:14:7:22:19 chr2 101086966 . C T 166.46 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0545903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6674;QD=12.5628;RBI=0.0748082;REFB=-0.00944961;REVB=0.0511485;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191977;STB=0.529502;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00914284;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:30:33:20:20:0.377358:13:7:10:20:13:7:13:20 chr2 101096960 . C T 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.7;QD=60.5463;RBI=0.0555692;REFB=0;REVB=0.0548521;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.181e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr2 101179484 . G T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00655235;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.26;QD=6.57359;RBI=0.0251793;REFB=-0.0122171;REVB=0.0243118;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403691;STB=0.526225;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0206065;OID=.;OPOS=101179484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:13:3:1:5:13:3 chr2 101186088 . C T 1346.84 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00970079;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8749;QD=60.5319;RBI=0.0108428;REFB=0.00164134;REVB=-0.00484355;RO=0;SAF=26;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00359565;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:0:1:86:88:0.988764:60:26:0:0:60:28:0:1 chr2 101437561 . G A 1253.95 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011943;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.732;QD=61.1683;RBI=0.0133808;REFB=0;REVB=0.00603405;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321922;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:79:82:1:49:30:0:0:52:30:0:0 chr2 101437601 . C G 1129.6 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.752;QD=59.4528;RBI=0.0281803;REFB=0;REVB=0.0247839;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013884;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:45:31:0:0 chr2 101591304 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0308023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9779;QD=14.0438;RBI=0.0529238;REFB=-0.0331703;REVB=-0.0430366;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473781;STB=0.527007;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.04427;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:18:10:16:24:18:10:16:24 chr2 101609827 . C T 770.38 PASS AF=0.43617;AO=82;DP=190;FAO=82;FDP=188;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.0147617;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.395;QD=16.3911;RBI=0.0153781;REFB=-0.00914273;REVB=-0.00431015;RO=101;SAF=44;SAR=38;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315026;STB=0.504691;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0128272;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:101:106:82:82:0.43617:38:44:51:50:38:44:56:50 chr2 101612568 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0282467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.174;QD=10.173;RBI=0.042872;REFB=0.012732;REVB=-0.032251;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.026141;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr2 101612615 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.269;QD=48.7367;RBI=0.0491353;REFB=0;REVB=-0.0476644;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387837;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 101624471 . T C 165.21 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0534586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5926;QD=22.0273;RBI=0.0580213;REFB=-0.0509767;REVB=0.0225532;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842929;STB=0.547271;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0381648;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:9:4:7:10:9:4 chr2 101638888 . A G 506.85 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0125649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.692;QD=23.0388;RBI=0.0147781;REFB=-0.0221326;REVB=0.00777907;RO=37;SAF=16;SAR=32;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855003;STB=0.533319;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0162392;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:40:48:48:0.545455:32:16:16:21:32:16:16:24 chr2 101644855 . G A 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.018008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.263;QD=27.6514;RBI=0.0180082;REFB=0.00299311;REVB=-8.44883e-05;RO=9;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477359;STB=0.770716;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000897904;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:16:2:6:3:16:2:6:3 chr2 101869588 . G T 68.57 PASS AF=0.6;AO=5;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0153084;FXX=0.062461;HRUN=6;LEN=1;MLLD=159.274;QD=18.2863;RBI=0.0217073;REFB=-0.0415382;REVB=0.0153903;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0345441;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:15:3:6:5:9:0.6:1:4:3:0:4:5:4:2 chr2 101898412 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.771;QD=62.9825;RBI=0.0395249;REFB=0;REVB=0.0291657;RO=0;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375965;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:35:9:0:0:36:9:0:0 chr2 101911488 . T C 273.91 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00505472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.553;QD=15.2172;RBI=0.0559063;REFB=-0.0135398;REVB=-0.0556773;RO=41;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285072;STB=0.516119;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.019575;OID=.;OPOS=101911488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:15:16:20:21:15:16:20:21 chr2 102019083 . C T 243.65 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0295492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.842;QD=17.0982;RBI=0.0315957;REFB=-0.0114877;REVB=0.0111862;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260342;STB=0.637673;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0167088;OID=.;OPOS=102019083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:27:27:0.473684:17:10:19:10:17:10:19:11 chr2 102038849 . T A 889.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01423;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5219;QD=58.3164;RBI=0.0432778;REFB=0;REVB=0.0408714;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526402;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr2 102038936 . T G 814.61 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159478;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.708;QD=57.1656;RBI=0.0302339;REFB=0;REVB=0.0256857;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208594;OID=.;OPOS=102038936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:55:57:1:28:27:0:0:29:28:0:0 chr2 102508274 . A G 102.15 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0224559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1423;QD=17.7651;RBI=0.04403;REFB=0.00547368;REVB=-0.0378732;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00720303;OID=.;OPOS=102508274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr2 102957716 . C T 1530.23 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.168;QD=63.7597;RBI=0.0192367;REFB=0;REVB=0.0174948;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46391e-05;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:47:49:0:0 chr2 103001402 . C T 357.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.906;QD=55.0273;RBI=0.0383154;REFB=0;REVB=0.0368131;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113675;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr2 103059779 . A G 209.83 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0164548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5208;QD=14.4712;RBI=0.0362924;REFB=-0.00489829;REVB=-0.0323478;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725478;STB=0.509109;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00473602;OID=.;OPOS=103059779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:33:25:25:0.431034:14:11:11:19:14:11:14:19 chr2 103095404 . G A 1067.53 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6782;QD=58.4948;RBI=0.15414;REFB=0;REVB=-0.0074474;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104073;OID=.;OPOS=103095404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:30:43:0:0 chr2 103149100 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.796;QD=61.6838;RBI=0.0374154;REFB=0;REVB=0.037394;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107926;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr2 103431404 . T C 1498.68 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777242;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1422;QD=59.9472;RBI=0.0786216;REFB=0;REVB=0.0118453;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481761;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr2 105709023 . T C 772.74 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165293;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.49;QD=57.2396;RBI=0.0170153;REFB=0;REVB=0.00403751;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180949;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr2 105885873 . C T 746.38 PASS AF=0.559055;AO=71;DP=127;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0515603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.326;QD=23.5081;RBI=0.0522181;REFB=-0.0152322;REVB=-0.00826229;RO=55;SAF=27;SAR=44;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130243;STB=0.505864;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0112985;OID=.;OPOS=105885873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:55:56:71:71:0.559055:44:27:21:34:44:27:22:34 chr2 105915128 . G A 774.82 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8167;QD=61.9856;RBI=0.120973;REFB=0.0011565;REVB=0.119479;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00489449;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:1:0:26:23:1:0 chr2 105924510 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.017;QD=59.143;RBI=0.0982665;REFB=0;REVB=-0.0980308;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342451;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr2 105953938 . G GC 1135.94 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150972;FXX=0.0126566;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.293;QD=58.2531;RBI=0.0342171;REFB=-0.213237;REVB=0.0307064;RO=1;SAF=54;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210202;STB=0.511108;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=0.00157771;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987179:76:77:77:78:1:55:22:0:1:3:1:54:22:0:1 chr2 106510472 . CACACTA C,CACACAC 425.37 PASS AF=0.62069,0.0689655;AO=35,5;DP=60;FAO=36,4;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=20,2;FSAR=16,2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0243744,-0.0132078;FXX=0.0333278;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=183.105,66.5699;QD=29.3358;RBI=0.0632502,0.0479317;REFB=-0.06409,-0.0381918;REVB=0.058365,0.0460761;RO=18;SAF=20,2;SAR=15,3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0100651,-0.177683;STB=0.5,0.54523;STBP=1,0.886;TYPE=del,mnp;VARB=0.0362505,0.0653764;OID=.,.;OPOS=106510473,106510477;OREF=ACACTA,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62069,0.0689655:35,5:60:36,4:58:18:20,2:16,2:10:8:99:18:20,2:15,3:10:8 chr2 106710108 . C T 1011.93 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.734;QD=58.6627;RBI=0.0195581;REFB=0;REVB=0.01547;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14886e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:28:38:0:0:29:40:0:0 chr2 106742139 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.323;QD=46.848;RBI=0.0430896;REFB=0;REVB=0.0179929;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070948;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr2 107032417 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0131513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.269;QD=4.62989;RBI=0.0143507;REFB=-0.00313377;REVB=0.0057435;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523806;STB=0.84995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.017755;OID=.;OPOS=107032417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:9:15:1:5:9:15 chr2 107049604 . T C 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0198073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.005;QD=12.3996;RBI=0.0244167;REFB=-0.00295453;REVB=0.0142775;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417485;OID=.;OPOS=107049604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr2 107084739 . A G 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.428;QD=62.4649;RBI=0.0260706;REFB=0;REVB=0.00436944;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56168e-05;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr2 107107511 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00231163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.372;QD=17.9528;RBI=0.00380865;REFB=-0.00262199;REVB=-0.0030269;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695916;STB=0.546066;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00212003;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:16:11:9:18:16:11:9:19 chr2 107107567 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.009;QD=64.4143;RBI=0.0275961;REFB=0;REVB=-0.0220807;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374272;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr2 107450525 . T C 637.05 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00154942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.313;QD=25.482;RBI=0.0226521;REFB=-0.00104309;REVB=0.0225991;RO=43;SAF=28;SAR=29;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571953;STB=0.531261;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000762142;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:43:57:57:0.57:29:28:18:25:29:28:18:25 chr2 107450589 . C T 690.66 PASS AF=0.648352;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0167631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.821;QD=30.3585;RBI=0.0256617;REFB=-0.0447388;REVB=0.0194299;RO=32;SAF=26;SAR=33;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209222;STB=0.501133;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00720771;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:32:32:59:59:0.648352:33:26:14:18:33:26:14:18 chr2 108487880 . T G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00148169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.437;QD=12.0517;RBI=0.0119284;REFB=0.000201016;REVB=0.011836;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.000203062;OID=.;OPOS=108487880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:7:6:5:4:7:6 chr2 108863650 . A C 363.03 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0236924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4059;QD=28.4732;RBI=0.0523461;REFB=-0.0183263;REVB=0.0466775;RO=17;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182607;STB=0.509959;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0105934;OID=.;OPOS=108863650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:19:15:7:10:19:15:7:10 chr2 108863767 . A C 1108.66 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00632081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9462;QD=57.5927;RBI=0.00966657;REFB=-0.0345173;REVB=-0.00731369;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.511625;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00059171;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:42:33:0:1:42:33:0:2 chr2 108875198 . G A 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00632411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.377;QD=12.6705;RBI=0.00668728;REFB=-0.00908942;REVB=-0.00217378;RO=52;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161392;STB=0.592961;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0170655;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:21:10:24:28:21:10:24:28 chr2 108875244 . T C 289.64 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00792597;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.075;QD=13.7923;RBI=0.00795053;REFB=-0.00599442;REVB=0.000624489;RO=50;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10625;STB=0.567526;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0282482;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:21:12:23:27:21:12:24:27 chr2 108875464 . AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A,AAAACTTTGTCAGGTGATGTTAT 1117.68 PASS AF=0.220779,0.779221;AO=17,55;DP=77;FAO=17,60;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=13,34;FSAR=4,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669856,-0.0383622;FXX=0.0128189;HRUN=4,2;LEN=22,1;MLLD=658.879,48.671;QD=58.0612;RBI=0.00788136,0.0408436;REFB=0,0;REVB=0.00415272,-0.0140194;RO=0;SAF=13,32;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.341232,0;SSSB=0,-3.49259e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00170117,-0.0149773;OID=.,.;OPOS=108875465,108875471;OREF=AAACTTGGTCAGGTGATGTTAT,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AAAACTTTGTCAGGTGATGTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.220779,0.779221:17,55:77:17,60:77:0:13,34:4,26:0:0:99:0:13,32:4,23:0:0 chr2 108877062 . T A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00121446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.401;QD=52.6962;RBI=0.00863879;REFB=-0.0100447;REVB=0.008553;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184525;STB=0.519223;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000286313;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:24:25:1:0:24:25:2:0 chr2 109099572 . C G 239.29 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418795;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.19;QD=50.3759;RBI=0.0418835;REFB=0;REVB=0.000577074;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133947;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr2 109106381 . A G 677.44 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0120898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.259;QD=56.4533;RBI=0.012108;REFB=-0.0157268;REVB=0.000663483;RO=3;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157209;STB=0.508376;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000782619;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:24:21:1:2:24:21:1:2 chr2 109380929 . G A 142.56 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.106896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8208;QD=14.2564;RBI=0.106905;REFB=-8.53446e-06;REVB=-0.00143341;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173892;STB=0.601138;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00212973;OID=.;OPOS=109380929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:13:11:10:6:13:11 chr2 109389463 . G A 730.76 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0582594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8387;QD=52.1974;RBI=0.0586289;REFB=0.101548;REVB=0.00657143;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194369;STB=0.519993;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00373662;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:56:2:2:53:54:0.964286:25:28:1:1:24:30:0:2 chr2 109429146 . T A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7498;QD=60.6092;RBI=0.0575472;REFB=0;REVB=0.00890756;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771936;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr2 109510937 . G A 1936.2 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100192;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5917;QD=61.9583;RBI=0.0267632;REFB=0;REVB=0.024817;RO=0;SAF=43;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010148;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:82:43:0:0:82:43:0:0 chr2 109512234 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.087;QD=56.706;RBI=0.0170463;REFB=0;REVB=-0.00235452;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95544e-05;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr2 109513601 . A G 619.49 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0201722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.798;QD=23.8265;RBI=0.0299472;REFB=-0.0312263;REVB=0.0221341;RO=42;SAF=16;SAR=44;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144119;STB=0.592782;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0161583;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:44:60:60:0.576923:44:16:18:24:44:16:20:24 chr2 109513654 . G A 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.637;QD=62.0052;RBI=0.0597659;REFB=0;REVB=0.0587081;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4191e-05;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr2 109526969 . G A 1000.39 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.591;QD=57.1651;RBI=0.0398926;REFB=-0.0983494;REVB=0.0144455;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000578433;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:30:38:0:1:31:38:0:1 chr2 109527373 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6656;QD=63.2839;RBI=0.0705279;REFB=0;REVB=-0.0702689;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000934607;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr2 109745176 . G A 964.57 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0234951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.871;QD=55.9169;RBI=0.0303384;REFB=0.05383;REVB=0.0191938;RO=2;SAF=25;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740824;STB=0.503921;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.000394181;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:42:25:1:1:42:25:1:1 chr2 110015138 . C T 362.48 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.112228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.789;QD=12.1842;RBI=0.112467;REFB=-0.00249085;REVB=-0.00733283;RO=75;SAF=16;SAR=28;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190153;STB=0.608646;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00552181;OID=.;OPOS=110015138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:75:75:44:44:0.369748:28:16:40:35:28:16:40:35 chr2 110015309 . T C 770.21 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.055092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.921;QD=18.6717;RBI=0.0600628;REFB=-0.0233449;REVB=-0.023925;RO=85;SAF=38;SAR=42;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726469;STB=0.540081;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0231667;OID=.;OPOS=110015309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:85:80:80:0.484848:42:38:47:38:42:38:47:38 chr2 110053570 . C T 88.67 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0138541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.971;QD=14.7786;RBI=0.043256;REFB=-0.0170917;REVB=0.0409773;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0179984;OID=.;OPOS=110053570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr2 110323388 . C T 52.29 PASS AF=0.107438;AO=13;DP=122;FAO=13;FDP=121;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=71;FSRR=37;FWDB=0.00114933;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.401;QD=1.72869;RBI=0.0164808;REFB=-0.00307728;REVB=-0.0164406;RO=108;SAF=7;SAR=6;SRF=71;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149234;STB=0.608426;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0276519;OID=.;OPOS=110323388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:122:121:108:108:13:13:0.107438:6:7:71:37:6:7:71:37 chr2 110373197 . G A 1514.29 PASS AF=0.990476;AO=97;DP=99;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0437567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2131;QD=57.6873;RBI=0.0446547;REFB=-0.0600889;REVB=-0.00891032;RO=2;SAF=50;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000592899;STB=0.504586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00212761;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:105:2:1:97:104:0.990476:47:50:1:1:50:54:1:0 chr2 110373938 . T G 207.0 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.923;QD=48.7058;RBI=0.0484713;REFB=0;REVB=-0.00987199;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319933;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr2 110374215 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6211;QD=53.2756;RBI=0.121222;REFB=0;REVB=0.119888;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362387;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr2 110375025 . C T 733.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294285;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.381;QD=63.7793;RBI=0.0394671;REFB=0;REVB=0.0262986;RO=0;SAF=38;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476737;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:8:38:0:0:8:38:0:0 chr2 110376019 . A G 285.5 PASS AF=0.714286;AO=22;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0721225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2581;QD=32.629;RBI=0.0760186;REFB=0.0206817;REVB=0.0240243;RO=10;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395155;STB=0.525752;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0083097;OID=.;OPOS=110376019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:22:25:0.714286:8:14:7:3:8:17:6:4 chr2 110855123 . G T 365.32 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.256;QD=52.1882;RBI=0.0443652;REFB=-0.118179;REVB=0.0414548;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511619;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00075431;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:0:1:26:27:0.964286:5:21:0:0:6:21:1:0 chr2 110922703 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0144227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.913;QD=16.0288;RBI=0.0144229;REFB=-0.0255498;REVB=-7.67888e-05;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451612;STB=0.525527;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0319502;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:17:13:12:13:17:13 chr2 111924577 . C A 104.58 PASS AF=0.277778;AO=12;DP=52;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.013585;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.158;QD=7.74675;RBI=0.016368;REFB=-0.00614521;REVB=-0.00913013;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166043;STB=0.58812;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0144841;OID=.;OPOS=111924577;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:36:39:12:15:0.277778:5:7:16:20:7:8:16:23 chr2 112582766 . CTT C 183.15 PASS AF=0.578947;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000706097;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.054;QD=19.2787;RBI=0.0103842;REFB=-0.00966911;REVB=0.0103601;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495686;STB=0.50724;STBP=0.945;TYPE=del;VARB=0.00731198;OID=.;OPOS=112582767;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:20:39:22:38:16:10:12:7:9:99:16:10:10:7:9 chr2 112605302 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0389341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.41;QD=6.78766;RBI=0.062745;REFB=-0.00951375;REVB=-0.0492044;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723403;STB=0.546101;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0204372;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:10:13:5:3:10:13 chr2 112641149 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0180529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.946;QD=11.9197;RBI=0.0301818;REFB=-0.0114495;REVB=-0.0241875;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131013;STB=0.58039;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0160223;OID=.;OPOS=112641149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:7:2:1:6:7:2 chr2 112641256 . GA AG 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444693;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.619;QD=44.6893;RBI=0.048126;REFB=0;REVB=-0.018401;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000237354;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr2 112641283 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0188216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8082;QD=16.1986;RBI=0.0582452;REFB=-0.0125111;REVB=-0.0551203;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00458163;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:1:2:1:4:1:2 chr2 112922603 . C T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0194154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.99;QD=9.49065;RBI=0.0240311;REFB=0.00666179;REVB=0.0141611;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.576108;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0139904;OID=.;OPOS=112922603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:6:12:5:4:6:12 chr2 112939548 . T C 175.42 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4517;QD=46.7794;RBI=0.0510105;REFB=0;REVB=0.047261;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276295;OID=.;OPOS=112939548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr2 113089267 . T C 1825.67 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195455;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1694;QD=61.3672;RBI=0.0305983;REFB=0;REVB=0.0305358;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012092;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:54:64:0:0:55:64:0:0 chr2 113090047 . T C 976.25 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6038;QD=57.4265;RBI=0.0397944;REFB=-0.0930766;REVB=-0.0243288;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00191028;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr2 113091685 . T G 695.79 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0735159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.893;QD=56.7991;RBI=0.0742196;REFB=-0.131682;REVB=0.0101958;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015416;STB=0.500978;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00946866;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:1:3:46:46:0.938776:30:16:0:1:30:16:1:2 chr2 113277949 . T C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0140761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.338;QD=17.2231;RBI=0.0230319;REFB=-0.0234214;REVB=-0.01823;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101324;STB=0.556938;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0259842;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:11:21:20:16:11:21:20:16 chr2 113289032 . A G 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0202808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1924;QD=9.18977;RBI=0.0210867;REFB=0.0182904;REVB=0.00577376;RO=35;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360184;STB=0.725427;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0456946;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:12:2:13:22:12:2:13:22 chr2 113308516 . T A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00359984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1385;QD=12.6192;RBI=0.021796;REFB=0.0256587;REVB=0.0214967;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129345;STB=0.574649;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0282037;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:21:17:8:16:21:17 chr2 113309473 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0224755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.534;QD=9.82132;RBI=0.0255425;REFB=-0.014936;REVB=-0.0121355;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437349;STB=0.771111;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0154637;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:8:3:15:7:8:3:16:7 chr2 113344047 . T C 44.58 PASS AF=0.28;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.126704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.596;QD=7.13271;RBI=0.143722;REFB=-0.0104766;REVB=-0.0678386;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322841;STB=0.699328;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.009827;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:17:18:7:7:0.28:6:1:6:11:6:1:6:12 chr2 113416606 . CAGAGAGAGAGAG CAGAGAGAGAGA,CAGAGAGAGAG,CAGAGAGAGGGAG 45.98 PASS AF=0,0.130435,0.0434783;AO=7,6,2;DP=50;FAO=0,6,2;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=0,4,2;FSAR=0,2,0;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.251174,-0.0971623,-0.0769429;FXX=0.041658;HRUN=2,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=22.5219,166.99,192.954;QD=3.99843;RBI=0.284573,0.111396,0.0877652;REFB=-0.0561422,-0.0289106,-0.0228107;REVB=-0.133765,-0.0544838,-0.04222;RO=30;SAF=5,4,2;SAR=2,2,0;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.401422,0.345258,0.523937;STB=0.5,0.666112,0.995042;STBP=1,0.462,0.171;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.11797,0.118605;OID=.,.,.;OPOS=113416618,113416607,113416615;OREF=G,AG,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAGAGAGAGAGA,CAGAGAGAGAG,CAGAGAGAGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.130435,0.0434783:7,6,2:50:0,6,2:46:38:0,4,2:0,2,0:18:20:34:30:5,4,2:2,2,0:11:19 chr2 113482779 . A C 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2681;QD=56.6948;RBI=0.0579812;REFB=0;REVB=-0.0574235;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256455;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr2 113484319 . G A 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.36;QD=58.9983;RBI=0.0157364;REFB=0;REVB=0.00986655;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91394e-05;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr2 113498566 . A G 1294.18 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.348;QD=61.6276;RBI=0.0579573;REFB=0;REVB=0.0249429;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172397;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:41:41:0:0:41:43:0:0 chr2 113513825 . T C 1309.42 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3331;QD=60.9033;RBI=0.0829439;REFB=-0.102872;REVB=0.0822947;RO=1;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134522;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:86:1:0:84:86:1:35:49:0:1:36:50:0:0 chr2 113671378 . G T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.783;QD=62.6678;RBI=0.0612966;REFB=0;REVB=-0.0110331;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636373;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr2 113671410 . A G 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.337;QD=60.9742;RBI=0.0644165;REFB=0;REVB=-0.014698;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408771;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr2 113763463 . A C 463.34 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00201182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4756;QD=21.8041;RBI=0.045843;REFB=0.0036978;REVB=0.0457988;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201502;STB=0.516981;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0041367;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:22:23:19:20:22:23:19:21 chr2 113763574 . CA C,CG 961.47 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=12,54;DP=68;FAO=8,60;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=6,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828614,0.0266264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.465,126.524;QD=56.5568;RBI=0.0246178,0.0314942;REFB=0,0;REVB=0.0231813,0.0168203;RO=0;SAF=3,28;SAR=9,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.52846e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0447403,0.0127139;OID=.,.;OPOS=113763575,113763575;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:12,54:68:8,60:68:0:2,29:6,31:0:0:14:0:3,28:9,26:0:0 chr2 113789316 . C T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0117799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.372;QD=13.8499;RBI=0.0523097;REFB=-0.0175961;REVB=-0.050966;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144556;STB=0.584608;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0203939;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:14:11:5:11:14:11 chr2 113870663 . G A 1490.48 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.638;QD=62.7569;RBI=0.0309332;REFB=0;REVB=0.0290145;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53246e-05;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:1:0:94:95:1:46:48:0:1:47:48:0:0 chr2 113890304 . T C 214.44 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00185545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.016;QD=12.8022;RBI=0.0106473;REFB=-0.0231257;REVB=-0.0104844;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014304;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:14:12:18:21:14:12:19:22 chr2 113940681 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1628;QD=53.2736;RBI=0.0460269;REFB=0;REVB=0.0311526;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06291e-05;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 113940839 . G C 852.4 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0103389;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.3;QD=50.8898;RBI=0.0225123;REFB=-0.23792;REVB=0.0199977;RO=4;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459996;STB=0.530111;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00081418;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:67:4:5:62:62:0.925373:39:23:0:4:39:23:0:5 chr2 113943469 . GA G,GG 431.1 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=5,25;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487051,0.00315218;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.2391,79.7469;QD=55.6251;RBI=0.122342,0.0344244;REFB=0,0;REVB=-0.122245,0.0342798;RO=0;SAF=0,12;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0548192,0.00212149;OID=.,.;OPOS=113943470,113943470;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:5,25:31:1,30:31:0:1,12:0,18:0:0:6:0:0,12:5,13:0:0 chr2 113955074 . G A 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.226;QD=57.5373;RBI=0.0411131;REFB=0;REVB=0.0350437;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3023e-05;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr2 113956371 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.127;QD=45.8068;RBI=0.0940475;REFB=0;REVB=0.0855096;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714123;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr2 114220055 . T C 928.21 PASS AF=0.434783;AO=99;DP=230;FAO=100;FDP=230;FR=.;FRO=130;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.011779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.864;QD=16.1427;RBI=0.0334376;REFB=-0.0183769;REVB=0.0312942;RO=130;SAF=50;SAR=49;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105404;STB=0.508694;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0232776;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:130:130:99:100:0.434783:49:50:67:63:50:50:67:63 chr2 114256840 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0576768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0668;QD=20.2085;RBI=0.0624387;REFB=-0.0208539;REVB=0.0239161;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156004;STB=0.587509;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00871073;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:1:9:10:3:1:9 chr2 114391721 . T C 310.62 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0181196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.676;QD=23.4428;RBI=0.0181227;REFB=-0.0203573;REVB=0.000336783;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148462;STB=0.581766;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0112657;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:30:31:0.584906:16:14:14:7:16:15:15:7 chr2 114392716 . C T 274.18 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00834145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.588;QD=24.9256;RBI=0.0260663;REFB=-0.0168495;REVB=-0.0246956;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169778;STB=0.604235;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0101697;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:19:25:25:0.568182:11:14:6:12:11:14:6:13 chr2 116099725 . A T 668.76 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6093;QD=62.2097;RBI=0.0283775;REFB=0;REVB=-0.0279869;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491788;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr2 116510817 . G C 434.53 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00942951;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.986;QD=15.114;RBI=0.0217687;REFB=-0.0214595;REVB=-0.0196204;RO=67;SAF=29;SAR=20;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103252;STB=0.553453;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0244251;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:67:66:49:49:0.426087:20:29:33:34:20:29:33:33 chr2 116525960 . G A 1139.31 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417363;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.288;QD=60.7631;RBI=0.00506174;REFB=0;REVB=0.00286393;RO=0;SAF=55;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196825;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:20:55:0:0:20:55:0:0 chr2 118575215 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.010204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.744;QD=12.8688;RBI=0.0154984;REFB=-0.00399403;REVB=-0.0116653;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129419;STB=0.575628;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00691518;OID=.;OPOS=118575215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:4:12:7:4:4:12 chr2 118583940 . C T 358.11 PASS AF=0.5;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0566657;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.28;QD=19.3572;RBI=0.0566657;REFB=-0.0136316;REVB=-4.44929e-05;RO=37;SAF=7;SAR=29;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432117;STB=0.723121;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00716875;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:37:37:36:37:0.5:29:7:23:14:29:8:23:14 chr2 118589808 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.973;QD=55.0987;RBI=0.0112365;REFB=0;REVB=0.0110412;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7066e-05;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 118731573 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0161818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.782;QD=27.2349;RBI=0.0186226;REFB=0.00177706;REVB=0.00921683;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957741;STB=0.553144;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.000898355;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:16:7:6:8:16:7:6:8 chr2 118774025 . C T 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00870736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.663;QD=11.1013;RBI=0.00877878;REFB=-0.0452394;REVB=-0.00111755;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328854;STB=0.642496;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0202621;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:1:8:4:3:2:8 chr2 118774082 . T C 599.47 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.213;QD=58.4853;RBI=0.0379404;REFB=-0.0073306;REVB=0.0296232;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000221561;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:24:16:0:0:24:16:0:1 chr2 118774178 . G C 406.4 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.6218;QD=49.2602;RBI=0.196031;REFB=-0.140496;REVB=0.0251002;RO=4;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259908;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:4:0:29:33:1:16:13:4:0:16:17:0:0 chr2 119915249 . T C 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.5;QD=59.6742;RBI=0.00494532;REFB=0;REVB=0.00366624;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04955e-05;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr2 119988565 . G A 1610.13 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268532;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.853;QD=60.1917;RBI=0.0521076;REFB=0;REVB=0.0446554;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023135;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:59:46:0:0:59:48:0:0 chr2 120021785 . T C 1371.31 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3767;QD=61.6317;RBI=0.049855;REFB=0;REVB=0.0359267;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039836;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:56:32:0:0:57:32:0:0 chr2 120022977 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0061849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2867;QD=14.6503;RBI=0.030329;REFB=-0.0116169;REVB=0.0296917;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205939;STB=0.617688;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0191492;OID=.;OPOS=120022977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:8:15:14:17:8:15:14:17 chr2 120060082 . T C 358.1 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0385874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5418;QD=22.3812;RBI=0.0520686;REFB=0.02373;REVB=0.0349592;RO=28;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.016689;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:18:18:14:14:18:18:14:14 chr2 120078778 . T C 989.75 PASS AF=0.381757;AO=113;DP=296;FAO=113;FDP=296;FR=.;FRO=183;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=99;FSRR=84;FWDB=0.0197912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.592;QD=13.375;RBI=0.0251652;REFB=-0.0150066;REVB=0.0155433;RO=183;SAF=43;SAR=70;SRF=99;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177705;STB=0.600151;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.016161;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:183:183:113:113:0.381757:70:43:99:84:70:43:99:84 chr2 120125029 . A G 57.3 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0381299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.376;QD=12.7337;RBI=0.0542494;REFB=-0.0532901;REVB=0.0385891;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0729088;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:10:10:7:8:0.444444:4:3:3:7:5:3:3:7 chr2 120194651 . A AGTGTGC 620.95 PASS AF=1;AO=38;DP=60;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343931;FXX=0.170177;HRUN=0;LEN=6;MLLD=291.906;QD=63.6872;RBI=0.0357613;REFB=0;REVB=-0.009797;RO=15;SAF=5;SAR=33;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.66255e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:60:39:39:0:6:33:0:0:3:15:5:33:13:2 chr2 120199140 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.773;QD=48.7372;RBI=0.0424386;REFB=0;REVB=-0.00448668;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106278;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr2 120303820 . A T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.757;QD=52.6132;RBI=0.077596;REFB=0;REVB=0.0757811;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710407;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr2 120369300 . T C 617.34 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124056;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.422;QD=61.734;RBI=0.0135931;REFB=0;REVB=0.00555627;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr2 120388412 . G A 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0732;QD=60.7155;RBI=0.0256178;REFB=0;REVB=-0.0185044;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178114;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr2 120438523 . A G 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0246929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.09;QD=20.6408;RBI=0.0248285;REFB=-0.0168412;REVB=0.00259212;RO=41;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147271;STB=0.58146;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0159889;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:24:19:25:16:24:19:25:16 chr2 120438696 . A G 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.789;QD=58.2361;RBI=0.0306598;REFB=0;REVB=0.0116926;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149689;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr2 120439230 . C G 261.55 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.110495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1111;QD=17.1506;RBI=0.112865;REFB=-0.0157965;REVB=-0.0230078;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242835;STB=0.638199;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.007084;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:32:29:29:0.47541:20:9:17:13:20:9:18:14 chr2 120439459 . C A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0107752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.494;QD=17.0891;RBI=0.0117221;REFB=-0.0127054;REVB=0.00461557;RO=28;SAF=6;SAR=19;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421852;STB=0.738529;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0089947;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:19:6:19:9:19:6:19:9 chr2 120704166 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.22;QD=55.6561;RBI=0.0242948;REFB=0;REVB=0.00675599;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05215e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr2 120830815 . A G 204.41 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.625;QD=48.0965;RBI=0.10832;REFB=0;REVB=0.0486102;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115451;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:6:6:0:0:11:6:0:0 chr2 120885310 . G A 542.3 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349682;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.324;QD=60.256;RBI=0.034973;REFB=0;REVB=0.000578818;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47526e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr2 120980428 . G C 528.9 PASS AF=0.833333;AO=39;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0258005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0641;QD=44.0746;RBI=0.0262406;REFB=-0.0167775;REVB=-0.00478581;RO=8;SAF=23;SAR=16;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10876;STB=0.579792;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0272085;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:48:48:8:8:39:40:0.833333:16:23:2:6:16:24:1:7 chr2 121684968 . G A 137.03 PASS AF=0.214286;AO=20;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0201374;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5403;QD=5.59306;RBI=0.0236018;REFB=-0.00434224;REVB=0.0123098;RO=74;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290114;STB=0.506816;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0178153;OID=.;OPOS=121684968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:77:20:21:0.214286:11:9:35:39:11:10:36:41 chr2 121726447 . G A 413.05 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.005;QD=55.0727;RBI=0.0672971;REFB=0;REVB=0.0413915;RO=1;SAF=6;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079997;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:23:6:1:0:23:7:0:0 chr2 121742145 . C T 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.016693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.037;QD=8.24052;RBI=0.0167113;REFB=-0.0161539;REVB=0.000781354;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295439;STB=0.517835;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0419225;OID=.;OPOS=121742145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:8:8:19:21:8:8:19:21 chr2 121746956 . G C,T 1084.42 PASS AF=0.0273973,0.972603;AO=3,70;DP=73;FAO=2,71;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=1,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112379,0.0141392;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.223,194.916;QD=59.4202;RBI=0.01526,0.0445001;REFB=0,0;REVB=-0.0103237,0.0421941;RO=0;SAF=2,40;SAR=1,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0131727,0.000203638;OID=.,.;OPOS=121746956,121746956;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:73:73:0:0:3,70:2,71:0.0273973,0.972603:1,30:2,40:0:0:1,30:1,41:0:0 chr2 121747406 . G A 726.21 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.603;QD=63.1488;RBI=0.0325896;REFB=0;REVB=-0.0096705;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62319e-05;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr2 121747429 . A G 712.14 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254626;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5792;QD=63.301;RBI=0.026657;REFB=0;REVB=0.0265351;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282653;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr2 121749067 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.761;QD=58.2393;RBI=0.029861;REFB=0;REVB=-0.017032;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02851e-05;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr2 121948235 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.297;QD=37.4883;RBI=0.0106904;REFB=0;REVB=0.010606;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97316e-05;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 121948239 . A C 57.0 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00641401;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=119.958;QD=28.5016;RBI=0.0107586;REFB=-0.0707143;REVB=0.00863754;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173072;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00200279;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:1:0:5:2:1:0 chr2 121980405 . TC T 301.83 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6859;QD=44.7156;RBI=0.0325369;REFB=0;REVB=-0.0315153;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000948968;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:12:15:0:0:6:0:12:14:0:0 chr2 121989489 . G A 1339.69 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2318;QD=62.3112;RBI=0.0528937;REFB=0;REVB=-0.0251184;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135674;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr2 122096257 . C T 338.82 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00909999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.4;QD=18.3147;RBI=0.00935234;REFB=-0.0342615;REVB=0.00215791;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308737;STB=0.511105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0375605;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:38:35:36:0.486486:21:14:14:24:22:14:14:24 chr2 122098360 . G A 346.8 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00277743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.069;QD=13.3383;RBI=0.00760938;REFB=-0.00887612;REVB=0.00708439;RO=63;SAF=23;SAR=18;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635754;STB=0.536006;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.020209;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:18:23:39:24:18:23:39:24 chr2 122409207 . A G 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00927358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.201;QD=16.824;RBI=0.0178176;REFB=-0.0250329;REVB=-0.015214;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114389;STB=0.554212;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0385652;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:11:16:10:11:12:16 chr2 122484976 . G A 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0315057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.694;QD=14.6583;RBI=0.0466305;REFB=5.98784e-05;REVB=-0.0343772;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.505147;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00141863;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:6:7:8:8:6:7:9:8 chr2 124627013 . G A 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.019565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.041;QD=2.51703;RBI=0.0274074;REFB=-0.00580241;REVB=0.0191931;RO=56;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129609;STB=0.594997;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0295651;OID=.;OPOS=124627013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:3:5:29:27:3:5:29:27 chr2 125192068 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.871;QD=57.1062;RBI=0.0422481;REFB=0;REVB=0.0354027;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152171;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr2 125746817 . A G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.185;QD=57.6743;RBI=0.0560785;REFB=0;REVB=0.029002;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835864;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr2 127453664 . A C 535.76 PASS AF=1;AO=13;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.3467;QD=57.9195;RBI=0.173313;REFB=0;REVB=0.170601;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255952;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:13:37:1:2:11:0:0:25:12:0:0 chr2 128177584 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.015622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.199;QD=13.7203;RBI=0.0188651;REFB=-0.00315149;REVB=-0.0105756;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164387;STB=0.509364;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00493529;OID=.;OPOS=128177584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:18:13:19:28:18:13:19:28 chr2 128180872 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.044;QD=56.1913;RBI=0.0667149;REFB=0;REVB=0.0513878;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813433;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr2 128185946 . G C 271.94 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0111692;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.143;QD=12.2221;RBI=0.0535742;REFB=-0.00469615;REVB=0.052397;RO=57;SAF=20;SAR=12;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737011;STB=0.542495;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00817203;OID=.;OPOS=128185946;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:57:57:32:32:0.359551:12:20:32:25:12:20:32:25 chr2 128321770 . G A 1275.68 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284431;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.421;QD=61.4784;RBI=0.0286959;REFB=0;REVB=0.00380108;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67958e-05;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:50:32:0:0:51:32:0:0 chr2 128390835 . CGGGGC CGGG,CGGGC 292.82 PASS AF=0,0.976744;AO=11,22;DP=44;FAO=0,42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,23;FSAR=0,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.153362,0.0903441;FXX=0.0444346;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=9.6194,11.2619;QD=27.2388;RBI=0.15401,0.134102;REFB=0.0710383,-0.0264727;REVB=0.0141095,0.0991021;RO=8;SAF=10,11;SAR=1,11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.418605,0.418605;SSEP=0,0;SSSB=0.544708,0.0607734;STB=0.5,0.510633;STBP=1,0.5;TYPE=del,del;VARB=-0.00862466,0.0365798;OID=.,.;OPOS=128390839,128390836;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.976744:11,22:44:0,42:43:1:0,23:0,19:1:0:3:8:10,11:1,11:3:5 chr2 128400608 . C T 791.45 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0230049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3367;QD=53.6576;RBI=0.119869;REFB=0.0263478;REVB=-0.117641;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177934;STB=0.501497;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00226592;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:1:2:57:57:0.966102:31:26:1:0:31:26:1:1 chr2 128460956 . G A 556.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.178;QD=60.1863;RBI=0.0649876;REFB=0;REVB=0.00660277;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205104;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr2 128610648 . T C 310.07 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00367467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.715;QD=21.3838;RBI=0.00377881;REFB=-0.00886813;REVB=0.000881007;RO=26;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987248;STB=0.560006;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00674118;OID=.;OPOS=128610648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:26:31:32:0.551724:18:13:14:12:19:13:14:12 chr2 128744457 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0137936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.525;QD=15.7819;RBI=0.0166866;REFB=-0.0147436;REVB=0.00939031;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441764;STB=0.50251;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0168242;OID=.;OPOS=128744457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:14:15:12:11:14:15 chr2 128849114 . T C 817.48 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.236;QD=57.3672;RBI=0.052152;REFB=0;REVB=0.0289505;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91656e-05;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr2 128870808 . T C 576.47 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.41;QD=60.6815;RBI=0.068562;REFB=0;REVB=0.067768;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269779;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr2 128878014 . G A 437.46 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.14014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1704;QD=51.4661;RBI=0.144395;REFB=-0.00343301;REVB=0.0347975;RO=1;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183034;STB=0.518507;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00418357;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:31:32:0.941176:25:6:0:1:26:6:0:2 chr2 128934400 . T C 149.84 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0308373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.583;QD=19.3341;RBI=0.031635;REFB=0.000270198;REVB=0.00705932;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-9.94707e-05;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr2 129023201 . G T 36.05 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0402575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.327;QD=1.97525;RBI=0.040373;REFB=0.00189946;REVB=-0.0030529;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634686;STB=0.547827;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0143285;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:4:4:29:36:4:4:29:36 chr2 129023282 . G C 225.7 PASS AF=0.471698;AO=20;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0276674;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2114;QD=17.0339;RBI=0.0290525;REFB=-0.0242901;REVB=0.0088637;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399317;STB=0.698539;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0451157;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:28:20:25:0.471698:8:12:4:20:9:16:7:21 chr2 129075877 . G T 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00903047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.759;QD=7.27376;RBI=0.0101142;REFB=-0.00695116;REVB=0.00455504;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288629;STB=0.677128;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0100514;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:23:10:6:5:23:10 chr2 130738163 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0104912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.883;QD=18.0352;RBI=0.010518;REFB=-0.00737531;REVB=0.000749452;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070314;STB=0.503996;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00672417;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:17:10:8:14:17:10 chr2 130738329 . C A 289.36 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0237278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.216;QD=25.7212;RBI=0.0883423;REFB=0.0495745;REVB=0.0850962;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460959;STB=0.516117;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.03347;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:16:10:8:10:16:10:8:11 chr2 130739164 . A G 237.5 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0116493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.391;QD=13.7682;RBI=0.0117446;REFB=-0.00709571;REVB=-0.0014926;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112732;STB=0.564269;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00966849;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:16:12:22:19:16:12:22:19 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 203.49 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=15,2;DP=18;FAO=15,2;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217544,0.0215048;FXX=0.105208;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=258.745,338.591;QD=47.8809;RBI=0.0357745,0.0449427;REFB=0,0;REVB=0.0284,-0.0394638;RO=0;SAF=7,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000699846,-0.00326162;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.882353,0.117647:15,2:18:15,2:17:0:6,2:9,0:0:0:11:0:7,2:8,0:0:0 chr2 130739802 . A G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0474461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6888;QD=24.2926;RBI=0.0588524;REFB=-0.00777339;REVB=0.0348205;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17789;STB=0.598418;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00653184;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:2:11:12:7:2:11 chr2 130739891 . T A 249.42 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00389809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.801;QD=18.4754;RBI=0.00931411;REFB=-0.0110935;REVB=0.00845917;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185959;STB=0.610273;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00922616;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:15:11:17:10:16:11:17:10 chr2 130740230 . C T 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0130823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.714;QD=11.2961;RBI=0.0258415;REFB=-0.0132888;REVB=-0.0222854;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781493;STB=0.53644;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0168791;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:10:8:17:16:10:8:17:17 chr2 130866805 . C G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0136273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.891;QD=4.0175;RBI=0.015057;REFB=-0.0129007;REVB=-0.00640386;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356515;STB=0.75486;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0526;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:1:5:16:12:1:5:16:12 chr2 130897234 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0536064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.62;QD=9.10948;RBI=0.0542094;REFB=-0.0130844;REVB=-0.00806272;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202856;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0350089;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:7:9:3:5:7:9 chr2 130900188 . A G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0214956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.98;QD=11.8415;RBI=0.0422537;REFB=-0.0012147;REVB=-0.0363774;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195275;STB=0.606842;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00285721;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:39:23:23:0.370968:15:8:19:17:15:8:20:19 chr2 130925088 . C T 296.94 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0006807;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7881;QD=15.4253;RBI=0.0334172;REFB=-0.0155297;REVB=-0.0334103;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443861;STB=0.50888;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0147335;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:44:33:33:0.428571:14:19:26:16:14:19:26:18 chr2 130939348 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0389623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.578;QD=11.257;RBI=0.0459305;REFB=-0.00854649;REVB=-0.0243218;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359997;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0187825;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:3:9:3:5:3:9 chr2 130948092 . C T 99.09 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0580781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.303;QD=6.49786;RBI=0.0681516;REFB=-0.00884734;REVB=-0.0356593;RO=44;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220301;STB=0.640578;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0302192;OID=.;OPOS=130948092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:44:46:15:15:0.245902:4:11:25:19:4:11:26:20 chr2 130949411 . G T 74.38 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.573;QD=37.1917;RBI=0.0689186;REFB=0;REVB=0.0640069;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153539;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr2 130949491 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0342649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.735;QD=5.71697;RBI=0.0453044;REFB=-0.00127037;REVB=-0.0296379;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275222;STB=0.681336;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.010028;OID=.;OPOS=130949491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:6:2:13:15:6:2:13:15 chr2 130951548 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.173;QD=58.061;RBI=0.0575793;REFB=0;REVB=0.0524123;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166387;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr2 130951566 . G A 1040.64 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0223313;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.015;QD=57.0211;RBI=0.0443052;REFB=-0.154545;REVB=0.0382657;RO=2;SAF=54;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524287;STB=0.52777;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00705042;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:73:2:2:71:71:0.972603:17:54:0:2:17:54:0:2 chr2 130951581 . A G 201.57 PASS AF=0.317073;AO=24;DP=80;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.00722739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.156;QD=9.83267;RBI=0.0299422;REFB=-0.0214602;REVB=-0.0290569;RO=54;SAF=21;SAR=3;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265346;STB=0.697898;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0303956;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:54:56:24:26:0.317073:3:21:40:14:3:23:40:16 chr2 130951584 . T C 221.54 PASS AF=0.325581;AO=27;DP=85;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0150748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7813;QD=10.304;RBI=0.0185358;REFB=-0.0120124;REVB=-0.0107856;RO=55;SAF=25;SAR=2;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435588;STB=0.702485;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0234871;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:58:27:28:0.325581:2:25:40:15:3:25:42:16 chr2 130951754 . G T 167.07 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00375543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.256;QD=8.25018;RBI=0.0578411;REFB=-0.00299228;REVB=0.0577191;RO=56;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160368;STB=0.61101;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00723939;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:58:23:23:0.283951:16:7:24:32:16:7:26:32 chr2 130951949 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00768515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.797;QD=4.62982;RBI=0.00785669;REFB=-0.00577355;REVB=-0.0016328;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987067;STB=0.566449;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0295275;OID=.;OPOS=130951949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:14:10:3:3:14:10 chr2 131031142 . T G 229.16 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0160242;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.476;QD=17.6273;RBI=0.0437279;REFB=0.0297378;REVB=0.040686;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225813;STB=0.627503;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00769118;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:8:17:12:15:8:17:12:15 chr2 131033040 . C T 725.89 PASS AF=0.466667;AO=77;DP=165;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.00665108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.076;QD=17.5972;RBI=0.0178196;REFB=0.00200633;REVB=-0.0165318;RO=87;SAF=39;SAR=38;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10977;STB=0.563302;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00166724;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:88:77:77:0.466667:38:39:54:33:38:39:55:33 chr2 131036000 . C T 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0208635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.923;QD=16.2023;RBI=0.0232804;REFB=-0.0152022;REVB=-0.0103292;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177141;STB=0.599747;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.018228;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:16:25:24:31:16:25:24:31 chr2 131037784 . T C 112.37 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00420744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.452;QD=5.28776;RBI=0.0384054;REFB=-0.00469325;REVB=0.0381743;RO=67;SAF=7;SAR=11;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256288;STB=0.660109;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0277767;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:67:18:18:0.211765:11:7:40:27:11:7:40:27 chr2 131037817 . A C 124.8 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0480339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.853;QD=6.23984;RBI=0.048042;REFB=0.000395624;REVB=-0.000883947;RO=59;SAF=5;SAR=14;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36821;STB=0.736593;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000276364;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:61:19:19:0.2375:14:5:33:26:14:5:35:26 chr2 131037849 . G A 147.04 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0163434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.427;QD=9.18977;RBI=0.0167426;REFB=0.00554823;REVB=-0.0036342;RO=42;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240555;STB=0.658927;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0089777;OID=.;OPOS=131037849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:44:20:20:0.3125:14:6:21:21:14:6:23:21 chr2 131266530 . C A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.089;QD=57.2017;RBI=0.078239;REFB=0;REVB=0.0409089;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486349;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr2 131414176 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=20;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00996119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7392;QD=11.617;RBI=0.120991;REFB=-0.031821;REVB=-0.12058;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501522;STB=0.52938;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0538393;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:34:20:19:0.358491:8:12:20:11:7:12:20:14 chr2 131414338 . G A 46.14 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0161281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.512;QD=10.8576;RBI=0.0161485;REFB=-0.0114455;REVB=0.00081141;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239788;STB=0.642496;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0721167;OID=.;OPOS=131414338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:2:8:4:3:2:8 chr2 131487673 . A C 771.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653147;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.874;QD=57.1427;RBI=0.0172969;REFB=0;REVB=-0.0160163;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46056e-05;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr2 131520663 . T C 662.09 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.568;QD=61.59;RBI=0.0226816;REFB=0;REVB=0.00530132;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013672;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:24:16:0:0:24:19:0:0 chr2 131672950 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.871;QD=51.1846;RBI=0.070548;REFB=0;REVB=0.0351184;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471363;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr2 131673316 . C T 57.15 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.713;QD=28.5731;RBI=0.0616723;REFB=-0.100277;REVB=-0.0563141;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00155741;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr2 131674285 . A G 1065.94 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.931;QD=58.4078;RBI=0.0247545;REFB=0.0639054;REVB=0.0183492;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126112;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000103769;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:37:35:0:1:37:35:0:1 chr2 131802045 . C T 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0130696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.135;QD=22.2225;RBI=0.0130813;REFB=-0.0202836;REVB=0.000553928;RO=40;SAF=27;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955515;STB=0.552689;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0191025;OID=.;OPOS=131802045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:19:27:19:21:19:27:19:21 chr2 131906250 . C G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.012444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.507;QD=11.9167;RBI=0.0177606;REFB=-0.0162218;REVB=0.0126723;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480378;STB=0.527843;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0252038;OID=.;OPOS=131906250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:8:14:22:15:8:14:22:15 chr2 132044992 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8524;QD=33.4285;RBI=0.0838986;REFB=0;REVB=-0.0416411;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279885;OID=.;OPOS=132044992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 132129774 . C T 89.05 PASS AF=0.138686;AO=19;DP=137;FAO=19;FDP=137;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=-0.0119645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.386;QD=2.59998;RBI=0.0319459;REFB=-0.00474208;REVB=-0.0296208;RO=117;SAF=5;SAR=14;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300538;STB=0.71032;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0267008;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:137:137:117:118:19:19:0.138686:14:5:58:59:14:5:59:59 chr2 132129810 . A C 129.9 PASS AF=0.171429;AO=24;DP=140;FAO=24;FDP=140;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.000239587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.812;QD=3.7115;RBI=0.00718629;REFB=-0.006903;REVB=-0.00718229;RO=116;SAF=6;SAR=18;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311538;STB=0.704367;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0307972;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:116:116:24:24:0.171429:18:6:56:60:18:6:56:60 chr2 132129841 . C A 134.59 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.0201945;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.762;QD=4.14119;RBI=0.0211012;REFB=0.00122852;REVB=0.00611934;RO=105;SAF=6;SAR=18;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325881;STB=0.713525;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0096077;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:105:106:24:24:0.184615:18:6:52:53:18:6:53:53 chr2 132129844 . G A 137.23 PASS AF=0.190476;AO=23;DP=123;FAO=24;FDP=126;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0161301;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.433;QD=4.35651;RBI=0.021581;REFB=0.00151394;REVB=-0.0143373;RO=96;SAF=5;SAR=18;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356632;STB=0.712316;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0106403;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:96:102:23:24:0.190476:18:5:46:50:18:6:51:51 chr2 132137239 . C T 1456.06 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107854;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.967;QD=63.3069;RBI=0.0199546;REFB=0;REVB=0.0167887;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135312;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:49:42:0:0:49:43:0:0 chr2 132140090 . A C 609.68 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0407127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.269;QD=19.827;RBI=0.0855196;REFB=-0.0178602;REVB=0.075207;RO=58;SAF=31;SAR=31;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136508;STB=0.560956;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0166811;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:61:62:62:0.504065:31:31:38:20:31:31:38:23 chr2 132140200 . C A 643.9 PASS AF=0.432927;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0226096;FXX=0.017963;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.923;QD=15.705;RBI=0.0227944;REFB=-0.0110249;REVB=0.0028963;RO=93;SAF=18;SAR=53;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219251;STB=0.623244;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0130668;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:164:93:93:71:71:0.432927:53:18:41:52:53:18:41:52 chr2 132141767 . A G 346.06 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00104397;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.596;QD=19.2253;RBI=0.00196636;REFB=-0.0214326;REVB=0.00166634;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151432;STB=0.584328;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0139424;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:22:14:20:16:22:14:20:16 chr2 132200256 . T C 127.59 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0319655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.102;QD=11.8692;RBI=0.0515757;REFB=-0.0092842;REVB=-0.0404755;RO=27;SAF=1;SAR=14;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.748833;STB=0.940968;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0475052;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:14:1:21:6:14:1:22:6 chr2 132200307 . G A 193.78 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0306282;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.59;QD=13.8417;RBI=0.0334928;REFB=-0.0133668;REVB=0.0135529;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173422;STB=0.582618;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0267733;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:22:23:0.410714:13:9:19:14:13:10:19:14 chr2 132200345 . C T 231.16 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00753959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.216;QD=14.4475;RBI=0.0225887;REFB=-0.0403228;REVB=-0.0212933;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134961;STB=0.562015;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0437861;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:37:26:27:0.421875:10:16:18:19:11:16:18:19 chr2 132200529 . A G 192.17 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0731762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.556;QD=13.4857;RBI=0.103332;REFB=-0.00379897;REVB=-0.0729574;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109522;STB=0.562448;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0016476;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:10:24:14:9:10:24 chr2 132200568 . C T 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0131039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.836;QD=15.781;RBI=0.0203669;REFB=-0.0101844;REVB=0.0155916;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104333;STB=0.55945;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0162511;OID=.;OPOS=132200568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:15:8:13:16:15:8:13:16 chr2 132200935 . C T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0135837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.011;QD=8.37084;RBI=0.0176517;REFB=-0.00767516;REVB=0.0112724;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161743;STB=0.599815;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0103582;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:14:14:7:4:14:14 chr2 132201288 . A G 46.78 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00944898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.509;QD=2.33914;RBI=0.0101415;REFB=-0.00324395;REVB=0.00368327;RO=70;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352941;STB=0.749532;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0286748;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:7:3:42:28:7:3:42:28 chr2 132201305 . C T 61.23 PASS AF=0.148148;AO=13;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0523389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1889;QD=3.02382;RBI=0.0632673;REFB=-0.0156914;REVB=-0.0355443;RO=68;SAF=5;SAR=8;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284858;STB=0.659067;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.087636;OID=.;OPOS=132201305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:68:69:13:12:0.148148:8:5:42:26:7:5:42:27 chr2 132201468 . G A 522.73 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00109275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.6301;QD=21.1202;RBI=0.0411357;REFB=0.0129029;REVB=0.0411212;RO=49;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155668;STB=0.585825;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0188521;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:25:25:33:16:25:25:33:16 chr2 132201582 . A G 521.0 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0349064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7646;QD=26.0501;RBI=0.0727775;REFB=-0.0227583;REVB=-0.06386;RO=31;SAF=21;SAR=27;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193837;STB=0.611066;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0158756;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:32:48:48:0.6:27:21:22:9:27:21:23:9 chr2 132201663 . T C 255.72 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0295636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.533;QD=15.7367;RBI=0.0377386;REFB=-0.0268645;REVB=-0.0234563;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139311;STB=0.578669;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0300886;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:17:12:19:15:17:12:20:16 chr2 132201718 . T C 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00934613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.962;QD=10.972;RBI=0.0177899;REFB=-0.0246591;REVB=0.015137;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756906;STB=0.554181;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0255443;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:15:15:0.326087:7:8:18:12:7:8:19:12 chr2 132201736 . C G 163.03 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0240107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4359;QD=12.3041;RBI=0.0397678;REFB=-0.00767279;REVB=0.0317011;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332173;STB=0.509425;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0181757;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:10:10:17:15:10:10:17:16 chr2 132201862 . C G 371.84 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00268936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.256;QD=16.1669;RBI=0.00468441;REFB=0.00261156;REVB=-0.0038355;RO=51;SAF=23;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817144;STB=0.557493;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00495567;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:39:40:0.434783:16:23:26:25:16:24:26:26 chr2 132201889 . C A 342.86 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=6.54878e-05;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8248;QD=15.4094;RBI=0.0232509;REFB=-0.0164079;REVB=0.0232508;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316388;STB=0.523739;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0478307;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:17:20:26:25:17:20:26:26 chr2 132201930 . T C 225.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0458857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2395;QD=13.2866;RBI=0.0541951;REFB=-0.00325705;REVB=0.0288376;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323668;STB=0.518505;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00381915;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:20:21:13:14:20:21 chr2 132248379 . T G 377.94 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00434642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3288;QD=21.5963;RBI=0.063805;REFB=-0.0499449;REVB=-0.0636568;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17156;STB=0.594586;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0278885;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:17:21:11:21:17:21:11:21 chr2 132248584 . T C 306.2 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4662;QD=53.2518;RBI=0.0261356;REFB=0;REVB=0.0174855;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348403;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr2 132266142 . G C 473.42 PASS AF=0.444444;AO=51;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00122965;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.812;QD=16.1852;RBI=0.00389007;REFB=-0.0123612;REVB=0.00369061;RO=62;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220874;STB=0.521359;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0130263;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:65:51:52:0.444444:26:25:29:33:26:26:30:35 chr2 132274474 . G A 374.79 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00854131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.758;QD=18.2822;RBI=0.0169322;REFB=-0.0298753;REVB=0.01462;RO=41;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521166;STB=0.518654;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0285361;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:43:39:39:0.47561:15:24:23:18:15:24:25:18 chr2 132275343 . G T 336.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0261951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6529;QD=17.0359;RBI=0.046755;REFB=-0.0398259;REVB=0.0387279;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160126;STB=0.549268;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.038986;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:43:36:36:0.455696:20:16:23:14:20:16:23:20 chr2 132275396 . T C 534.74 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00532896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.317;QD=23.5051;RBI=0.0193211;REFB=-0.0103508;REVB=-0.0185717;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00081175;STB=0.500446;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00912734;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:28:22:18:23:28:22:18:23 chr2 132277686 . C T 130.43 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.011219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6687;QD=18.6329;RBI=0.0246725;REFB=0.00789745;REVB=0.0219742;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301834;STB=0.673226;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0018213;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:11:13:14:15:0.535714:3:11:5:6:4:11:5:8 chr2 132277962 . T C 170.63 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.111934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5324;QD=10.8333;RBI=0.114937;REFB=-0.028251;REVB=-0.0261028;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288414;STB=0.65809;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0515111;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:9:13:13:27:9:13:14:27 chr2 132277984 . G A 157.97 PASS AF=0.37037;AO=16;DP=50;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0428577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.649;QD=11.7011;RBI=0.043261;REFB=-0.0134576;REVB=0.0058938;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646991;STB=0.604294;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0245771;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:34:34:16:20:0.37037:9:7:13:21:9:11:13:21 chr2 132287824 . C T 189.63 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00899361;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.488;QD=22.9858;RBI=0.0140048;REFB=-0.0276301;REVB=0.0107354;RO=9;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179907;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:33:33:9:12:16:16:0.484848:3:13:7:2:4:12:9:3 chr2 132909843 . T C 1560.37 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116131;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.272;QD=60.0143;RBI=0.0141908;REFB=0;REVB=-0.00815575;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10309e-05;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:47:57:0:0:47:57:0:0 chr2 133010786 . C T 248.18 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00748802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1139;QD=16.2741;RBI=0.0121194;REFB=-0.00143941;REVB=-0.00952944;RO=33;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223395;STB=0.626281;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00168427;OID=.;OPOS=133010786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:19:9:18:15:19:9:18:15 chr2 133010796 . C T 34.39 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0349088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8971;QD=2.21875;RBI=0.0487561;REFB=-0.00631599;REVB=0.0340372;RO=55;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157003;STB=0.617852;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0253182;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:3:4:24:31:3:4:24:31 chr2 133010802 . T C 46.69 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0142911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.092;QD=2.87316;RBI=0.0170989;REFB=-0.00586732;REVB=0.009388;RO=56;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24512;STB=0.673086;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0379929;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:3:6:26:30:3:6:26:30 chr2 133010834 . TG CA 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0427797;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.798;QD=2.08398;RBI=0.0541237;REFB=-0.00634609;REVB=-0.0331553;RO=63;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193059;STB=0.644243;STBP=0.451;TYPE=mnp;VARB=0.0339362;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:3:5:29:34:3:5:29:34 chr2 133010838 . G C 39.79 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0402884;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.618;QD=2.44873;RBI=0.0406584;REFB=-0.0023409;REVB=-0.00547284;RO=57;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160053;STB=0.617466;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0366658;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:70:65:57:57:8:8:0.123077:3:5:28:29:3:5:28:29 chr2 133010847 . CA TG 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0398968;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.161;QD=2.084;RBI=0.052494;REFB=-0.00661667;REVB=-0.0341154;RO=63;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210909;STB=0.657055;STBP=0.36;TYPE=mnp;VARB=0.0488444;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:3:5:28:35:3:5:28:35 chr2 133011929 . C T 52.32 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0847755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8719;QD=6.54056;RBI=0.0856527;REFB=-0.0101819;REVB=0.0122271;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148472;STB=0.594997;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0338074;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:12:12:3:5:12:12 chr2 133011933 . G A 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00337007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1607;QD=6.39532;RBI=0.0428509;REFB=-0.000814371;REVB=-0.0427182;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191522;STB=0.502952;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003184;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:16:12:4:5:16:13 chr2 133011953 . T C 78.12 PASS AF=0.25;AO=13;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0560145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.626;QD=7.10181;RBI=0.0573222;REFB=-0.00981073;REVB=-0.0121744;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334272;STB=0.636116;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0204809;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:44:30:33:13:11:0.25:4:9:12:18:4:7:15:18 chr2 133011994 . T C 75.48 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0013833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.973;QD=5.80617;RBI=0.00829478;REFB=-0.00347042;REVB=-0.00817863;RO=41;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426565;STB=0.770303;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0168879;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:3:8:15:26:3:8:15:26 chr2 133012005 . C T 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0393535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.767;QD=9.33381;RBI=0.0393538;REFB=-0.012929;REVB=0.000143825;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369356;STB=0.522354;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0334242;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:11:20:8:5:11:20 chr2 133012006 . G A 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.023354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.172;QD=2.99308;RBI=0.0238551;REFB=-0.0121305;REVB=-0.0048636;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260868;STB=0.699238;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0338952;OID=.;OPOS=133012006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:5:1:13:25:5:1:13:25 chr2 133012007 . T C 69.65 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0633876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.849;QD=6.47946;RBI=0.0656439;REFB=-0.00790093;REVB=-0.0170626;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32095;STB=0.697341;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0328058;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:8:25:5:5:8:25 chr2 133012011 . G C 34.33 PASS AF=0.139535;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0147683;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.166;QD=3.19318;RBI=0.0147692;REFB=-0.00790801;REVB=0.000161722;RO=37;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177613;STB=0.683508;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0360182;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:44:43:37:37:5:6:0.139535:4:1:12:25:5:1:12:25 chr2 133012012 . C A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0158907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.1;QD=3.63754;RBI=0.018321;REFB=-0.00844213;REVB=0.00911828;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428317;STB=0.530215;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.04707;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:5:2:12:26:5:2:12:26 chr2 133012019 . A C 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0289339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.307;QD=3.83359;RBI=0.0305209;REFB=-0.00371651;REVB=-0.00971388;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31803;STB=0.712845;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0265926;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:3:4:11:25:3:4:11:25 chr2 133012022 . G A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.010845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.555;QD=6.31109;RBI=0.0398332;REFB=-0.0180913;REVB=-0.0383285;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728041;STB=0.546779;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0438079;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:7:3:12:22:7:3:12:22 chr2 133012026 . T C 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.000193419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.564;QD=2.91668;RBI=0.0192839;REFB=6.34911e-05;REVB=-0.0192829;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201484;STB=0.644004;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00580823;OID=.;OPOS=133012026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:3:3:13:26:3:3:13:26 chr2 133012032 . A G 34.51 PASS AF=0.139535;AO=10;DP=45;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0036263;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.746;QD=3.21022;RBI=0.0102811;REFB=-0.00122816;REVB=0.00962034;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200873;STB=0.752869;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0111052;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:45:43:30:37:10:6:0.139535:5:5:10:20:2:4:13:24 chr2 133012034 . C CG,G 155.26 PASS AF=0.35,0.15;AO=11,9;DP=42;FAO=14,6;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7,2;FSAR=7,4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0451398,0.00691816;FXX=0.0476077;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.4338,166.417;QD=15.5255;RBI=0.281215,0.0937049;REFB=-0.0241303,-0.0202052;REVB=0.277568,0.0934492;RO=22;SAF=4,5;SAR=7,4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.21707;STB=0.588113,0.514238;STBP=0.396,0.968;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0854391,0.191023;OID=.,.;OPOS=133012035,133012034;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:22:20:11,9:14,6:0.35,0.15:7,4:4,5:8:14:7,4:7,2:7:13 chr2 133012061 . C T 63.76 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0189655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.866;QD=4.7233;RBI=0.0208447;REFB=-0.00658286;REVB=-0.00864934;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177906;STB=0.617414;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.028694;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:6:4:24:20:6:4:24:20 chr2 133012072 . G T 37.4 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00153266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.357;QD=2.67162;RBI=0.024144;REFB=-0.00157163;REVB=-0.0240954;RO=49;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451276;STB=0.837697;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.014192;OID=.;OPOS=133012072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:1:6:24:25:1:6:24:25 chr2 133012078 . C T 58.46 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00234646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.791;QD=3.96353;RBI=0.0297625;REFB=-0.00304292;REVB=-0.0296699;RO=48;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198362;STB=0.639727;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0174594;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:48:49:10:10:0.169492:6:4:27:21:6:4:28:21 chr2 133012079 . G A 61.1 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00635703;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.569;QD=4.2139;RBI=0.00928508;REFB=-7.13126e-05;REVB=0.00676764;RO=48;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198362;STB=0.632393;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00098912;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:58:58:48:48:10:10:0.172414:6:4:27:21:6:4:27:21 chr2 133012080 . A AC 120.9 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00669487;FXX=0.118624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4835;QD=9.29967;RBI=0.0185867;REFB=0.0416777;REVB=0.0173391;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239307;STB=0.5999;STBP=0.274;TYPE=ins;VARB=-0.0621079;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:20:60:20:52:32:8:12:18:14:99:39:8:12:24:15 chr2 133012082 . T G 35.86 PASS AF=0.118644;AO=6;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0257421;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.092;QD=2.43135;RBI=0.0257989;REFB=-0.00309981;REVB=-0.00171079;RO=53;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398537;STB=0.834042;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0167985;OID=.;OPOS=133012082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:53:52:6:7:0.118644:1:5:26:27:1:6:26:26 chr2 133012085 . A G 35.65 PASS AF=0.116667;AO=6;DP=59;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00125905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.35;QD=2.37666;RBI=0.0092226;REFB=-0.00182507;REVB=0.00913626;RO=53;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398537;STB=0.838986;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00971423;OID=.;OPOS=133012085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:60:53:53:6:7:0.116667:1:5:26:27:1:6:26:27 chr2 133012099 . G A 72.65 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00389774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.43;QD=4.76415;RBI=0.0473308;REFB=-0.00568773;REVB=-0.04717;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165347;STB=0.60687;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0264513;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:7:5:27:22:7:5:27:22 chr2 133012111 . T C 240.0 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0115609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.452;QD=16.5515;RBI=0.0125507;REFB=-0.00318873;REVB=-0.00488522;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00355743;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:31:27:27:0.465517:14:13:13:14:14:13:16:15 chr2 133012126 . A C 66.46 PASS AF=0.192982;AO=9;DP=56;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0111187;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.6;QD=4.66401;RBI=0.0185908;REFB=-0.00852095;REVB=-0.0148995;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256093;STB=0.5713;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0194418;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:56:57:46:46:9:11:0.192982:6:3:25:21:6:5:25:21 chr2 133012130 . C T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0207927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.187;QD=2.21225;RBI=0.0301259;REFB=-0.00109608;REVB=-0.0217999;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4551;STB=0.84684;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0189067;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:5:1:28:21:5:1:28:21 chr2 133012147 . A G 58.51 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00889462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.401;QD=4.87608;RBI=0.0185689;REFB=-0.00479959;REVB=-0.0163;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238447;STB=0.655784;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0229189;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:5:4:25:14:5:4:25:14 chr2 133012170 . CC AA 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0051241;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=169.92;QD=6.10493;RBI=0.0069971;REFB=0.00291309;REVB=0.00476476;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383605;STB=0.734836;STBP=0.198;TYPE=mnp;VARB=-0.00607518;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:21:5:4:4:21:5 chr2 133012182 . C T 51.86 PASS AF=0.242424;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.00277882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.78;QD=6.28619;RBI=0.0250425;REFB=-0.0344395;REVB=-0.0248878;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490331;STB=0.757102;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0561227;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:33:25:25:7:8:0.242424:4:3:21:4:4:4:21:4 chr2 133012250 . T C 30.06 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=68;FWDB=-0.0460609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.987;QD=1.29298;RBI=0.0619518;REFB=-0.00268421;REVB=-0.0414297;RO=84;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37749;STB=0.773714;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.037768;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:84:85:8:8:0.0860215:4:4:17:67:4:4:17:68 chr2 133012267 . T C 732.24 PASS AF=0.701149;AO=58;DP=85;FAO=61;FDP=87;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.014851;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.144;QD=33.6664;RBI=0.0217862;REFB=-0.0251986;REVB=0.0159401;RO=26;SAF=5;SAR=53;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326676;STB=0.656263;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00840564;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:26:26:58:61:0.701149:53:5:9:17:55:6:9:17 chr2 133012274 . T C 779.46 PASS AF=0.724138;AO=63;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=56;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0206108;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.047;QD=35.8374;RBI=0.0280523;REFB=-0.0124086;REVB=0.0190296;RO=24;SAF=7;SAR=56;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293832;STB=0.660133;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00517376;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:24:24:63:63:0.724138:56:7:10:14:56:7:10:14 chr2 133012309 . A G 822.76 PASS AF=0.717391;AO=66;DP=93;FAO=66;FDP=92;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0120118;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.499;QD=35.7723;RBI=0.0155958;REFB=-0.00506813;REVB=-0.00994708;RO=26;SAF=13;SAR=53;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114126;STB=0.561637;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00391577;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:26:26:66:66:0.717391:53:13:9:17:53:13:9:17 chr2 133012369 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0937112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8625;QD=10.0752;RBI=0.0941475;REFB=-0.00319497;REVB=-0.00905341;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442988;STB=0.764832;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0108275;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:7:1:6:7:7:1:6:8 chr2 133012401 . G A 107.54 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0179286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.645;QD=12.6515;RBI=0.0194289;REFB=0.00662066;REVB=-0.00748662;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326158;STB=0.692012;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0160808;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:13:8:9:4:13:8 chr2 133012414 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0165555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.047;QD=12.6373;RBI=0.0218744;REFB=-0.00484404;REVB=-0.0142971;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195695;STB=0.615207;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00870249;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:12:9:8:5:12:9 chr2 133012439 . A AGAAC,C 318.7 PASS AF=0.397059,0.117647;AO=26,8;DP=68;FAO=27,8;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=26,8;FSAR=1,0;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0200044,-0.00380613;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=217.31,64.1852;QD=18.7468;RBI=0.0201776,0.0271138;REFB=0.00309854,-0.0102852;REVB=-0.00263781,0.0268453;RO=33;SAF=25,8;SAR=1,0;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.730461,0.737375;STB=0.928163,0.99866;STBP=0,0.002;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0114747,-0.0558833;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:26,8:27,8:0.397059,0.117647:1,0:25,8:14:19:1,0:26,8:14:19 chr2 133012458 . GT AC 3047.87 PASS AF=0.873984;AO=214;DP=247;FAO=215;FDP=246;FR=.;FRO=31;FSAF=124;FSAR=91;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00190801;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.032;QD=49.5588;RBI=0.0189443;REFB=-0.0278991;REVB=0.018848;RO=31;SAF=124;SAR=90;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312577;STB=0.516068;STBP=0.192;TYPE=mnp;VARB=0.00217773;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:31:31:214:215:0.873984:90:124:14:17:91:124:14:17 chr2 133012504 . A G 4766.13 PASS AF=0.897849;AO=334;DP=373;FAO=334;FDP=372;FR=.;FRO=38;FSAF=210;FSAR=124;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00990294;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.331;QD=51.2487;RBI=0.0100676;REFB=-0.0178967;REVB=-0.00181308;RO=38;SAF=210;SAR=124;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265485;STB=0.513983;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00150216;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:372:38:38:334:334:0.897849:124:210:19:19:124:210:19:19 chr2 133012508 . T C 4966.28 PASS AF=0.924528;AO=326;DP=370;FAO=343;FDP=371;FR=.;FRO=28;FSAF=217;FSAR=126;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00678877;FXX=0.018518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.973;QD=53.5448;RBI=0.0566486;REFB=-0.0152062;REVB=0.0562404;RO=27;SAF=209;SAR=117;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250302;STB=0.51357;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00106025;OID=.;OPOS=133012508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:370:371:27:28:326:343:0.924528:117:209:13:14:126:217:13:15 chr2 133012516 . T G 4617.45 PASS AF=0.888594;AO=312;DP=352;FAO=335;FDP=377;FR=.;FRO=42;FSAF=213;FSAR=122;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0548814;FXX=0.00789453;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7742;QD=48.9915;RBI=0.0652101;REFB=-0.0187056;REVB=0.0352191;RO=40;SAF=211;SAR=101;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307259;STB=0.510548;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00521566;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:377:40:42:312:335:0.888594:101:211:22:18:122:213:23:19 chr2 133012523 . A G 4925.99 PASS AF=0.895561;AO=343;DP=385;FAO=343;FDP=383;FR=.;FRO=40;FSAF=221;FSAR=122;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0301751;FXX=0.00777182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.922;QD=51.4464;RBI=0.0352405;REFB=-0.0212374;REVB=0.0182032;RO=39;SAF=221;SAR=122;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115011;STB=0.507861;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00133777;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:383:39:40:343:343:0.895561:122:221:23:16:122:221:23:17 chr2 133012542 . T C 5188.86 PASS AF=0.92876;AO=349;DP=380;FAO=352;FDP=379;FR=.;FRO=27;FSAF=229;FSAR=123;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00565509;FXX=0.00263151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.679;QD=54.7637;RBI=0.0112633;REFB=-0.0153686;REVB=-0.00974068;RO=27;SAF=226;SAR=123;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191901;STB=0.510281;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000915879;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:380:379:27:27:349:352:0.92876:123:226:14:13:123:229:14:13 chr2 133012571 . T C 5474.15 PASS AF=0.933842;AO=366;DP=395;FAO=367;FDP=393;FR=.;FRO=26;FSAF=250;FSAR=117;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0020236;FXX=0.00757557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.399;QD=55.7165;RBI=0.00371208;REFB=-0.0100407;REVB=0.003112;RO=26;SAF=249;SAR=117;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313518;STB=0.516528;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000620816;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:395:393:26:26:366:367:0.933842:117:249:12:14:117:250:12:14 chr2 133012612 . T C 3026.18 PASS AF=0.921397;AO=189;DP=208;FAO=211;FDP=229;FR=.;FRO=18;FSAF=128;FSAR=83;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0448461;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.407;QD=52.8591;RBI=0.0452884;REFB=-0.0215803;REVB=-0.00631344;RO=19;SAF=110;SAR=79;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989944;STB=0.504198;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00190001;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:208:229:19:18:189:211:0.921397:79:110:10:9:83:128:10:8 chr2 133012642 . TT CC 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00764807;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=278.206;QD=18.6423;RBI=0.0146249;REFB=-0.0118521;REVB=0.0124657;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218916;STB=0.624875;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.0117403;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:12:12:15:6:12:12 chr2 133012655 . A G 461.45 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00704652;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212;QD=28.3967;RBI=0.0198744;REFB=-0.0278506;REVB=0.0185833;RO=23;SAF=10;SAR=33;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194098;STB=0.611594;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00697307;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:23:22:43:43:0.661538:33:10:11:12:33:10:11:11 chr2 133012674 . A G 774.62 PASS AF=0.792208;AO=61;DP=77;FAO=61;FDP=77;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0188862;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.17;QD=40.2401;RBI=0.0273534;REFB=-0.00576582;REVB=-0.0197868;RO=16;SAF=17;SAR=44;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128279;STB=0.568848;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00115474;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:16:16:61:61:0.792208:44:17:9:7:44:17:9:7 chr2 133012680 . A G 631.33 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=80;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0259389;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0831;QD=31.9659;RBI=0.0438819;REFB=-0.0444931;REVB=-0.0353948;RO=25;SAF=19;SAR=35;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554856;STB=0.530024;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.029647;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:25:25:54:54:0.683544:35:19:11:14:35:19:11:14 chr2 133012688 . A G 674.44 PASS AF=0.7125;AO=56;DP=80;FAO=57;FDP=80;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0230736;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.216;QD=33.7219;RBI=0.0375749;REFB=-0.0160426;REVB=0.029656;RO=24;SAF=21;SAR=35;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487239;STB=0.527628;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00485335;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:24:23:56:57:0.7125:35:21:11:13:35:22:11:12 chr2 133012691 . T C 839.36 PASS AF=0.802469;AO=65;DP=81;FAO=65;FDP=81;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0142879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.046;QD=41.4496;RBI=0.0167535;REFB=0.00585581;REVB=0.0087485;RO=16;SAF=24;SAR=41;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749828;STB=0.540107;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00103929;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:81:81:16:16:65:65:0.802469:41:24:9:7:41:24:9:7 chr2 133012712 . T C 1180.0 PASS AF=0.881188;AO=87;DP=99;FAO=89;FDP=101;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0112256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8899;QD=46.7326;RBI=0.0396097;REFB=-0.0297527;REVB=0.0379857;RO=12;SAF=32;SAR=55;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321624;STB=0.516308;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00581229;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:99:101:12:12:87:89:0.881188:55:32:6:6:56:33:6:6 chr2 133012716 . A G 1195.47 PASS AF=0.858491;AO=91;DP=107;FAO=91;FDP=106;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0112368;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.655;QD=45.1121;RBI=0.01488;REFB=-0.002071;REVB=-0.00975444;RO=15;SAF=36;SAR=55;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012246;STB=0.50065;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.000440781;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:106:15:15:91:91:0.858491:55:36:6:9:55:36:6:9 chr2 133012797 . C CCG 580.93 PASS AF=0.746032;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0525914;FXX=0.192283;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.4615;QD=36.8846;RBI=0.06604;REFB=-0.0509678;REVB=0.0399427;RO=43;SAF=20;SAR=26;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187495;STB=0.503104;STBP=0.942;TYPE=ins;VARB=0.0281555;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.746032:46:92:47:63:16:20:27:7:9:99:43:20:26:28:15 chr2 133012798 . TAAACT TCTTGC 654.94 PASS AF=0.75;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00892075;FXX=0.168809;HRUN=3;LEN=5;MLLD=185.021;QD=40.9336;RBI=0.0158597;REFB=-0.0107988;REVB=0.013113;RO=12;SAF=20;SAR=28;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031746;STB=0.517038;STBP=0.615;TYPE=mnp;VARB=0.00722679;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=TCTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:48:76:48:64:12:20:28:6:6:75:12:20:28:6:6 chr2 133012807 . A G 678.38 PASS AF=0.703704;AO=56;DP=83;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0156242;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.236;QD=33.5004;RBI=0.0196853;REFB=-0.0239352;REVB=0.0119748;RO=24;SAF=25;SAR=31;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403738;STB=0.524323;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0149089;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:24:24:56:57:0.703704:31:25:9:15:31:26:9:15 chr2 133012832 . T C 1020.66 PASS AF=0.808511;AO=74;DP=94;FAO=76;FDP=94;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0292601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6802;QD=43.4323;RBI=0.0359091;REFB=0.0226235;REVB=-0.0208161;RO=18;SAF=36;SAR=38;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358456;STB=0.518784;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00415127;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:18:18:74:76:0.808511:38:36:7:11:39:37:7:11 chr2 133012839 . T C 1029.64 PASS AF=0.810526;AO=76;DP=94;FAO=77;FDP=95;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00513014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.397;QD=43.3534;RBI=0.00770469;REFB=-0.0173221;REVB=0.00574838;RO=18;SAF=36;SAR=40;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305811;STB=0.517407;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00703317;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:18:18:76:77:0.810526:40:36:7:11:40:37:7:11 chr2 133012901 . T C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0176675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.783;QD=27.4996;RBI=0.0241272;REFB=-0.0259633;REVB=-0.016431;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207678;STB=0.615262;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.010292;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:12:7:7:3:12:7:7:3 chr2 133012903 . T C 88.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0148137;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.833;QD=12.6123;RBI=0.0176907;REFB=-0.00871734;REVB=-0.00967036;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285657;STB=0.66849;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0162318;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:11:6:7:4:11:6 chr2 133012923 . A T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0230291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.139;QD=6.8134;RBI=0.0277353;REFB=-0.00993223;REVB=-0.0154567;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288006;STB=0.680377;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.019499;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:13:6:4:3:13:6 chr2 133012930 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0127913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.436;QD=6.81329;RBI=0.0352229;REFB=-0.000187734;REVB=0.0328182;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288006;STB=0.680377;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00212611;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:13:6:4:3:13:6 chr2 133012945 . T C 44.81 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00392583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.923;QD=7.46791;RBI=0.0148273;REFB=0.0123536;REVB=0.0142981;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305792;STB=0.689165;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0141557;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:12:5:4:3:12:5 chr2 133013103 . C T 32.29 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.027872;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1485;QD=7.17553;RBI=0.0295844;REFB=-0.00107054;REVB=0.00991921;RO=13;SAF=2;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426709;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0631519;OID=.;OPOS=133013103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:18:18:13:12:4:6:0.333333:2:2:7:6:2:4:7:5 chr2 133013144 . A G 297.94 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00672026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.631;QD=20.908;RBI=0.0256282;REFB=-0.0311371;REVB=-0.0247314;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338478;STB=0.517149;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0309236;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:30:31:0.54386:12:18:14:11:12:19:15:11 chr2 133013145 . C T 84.94 PASS AF=0.220339;AO=12;DP=58;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0146989;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.769;QD=5.75848;RBI=0.0225999;REFB=-0.0110131;REVB=-0.0171668;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232539;STB=0.645944;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0341623;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:59:41:46:12:13:0.220339:7:5:25:16:7:6:30:16 chr2 133013165 . G T 56.82 PASS AF=0.152778;AO=10;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.010684;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.962;QD=3.15666;RBI=0.0120095;REFB=-0.000798385;REVB=-0.00548457;RO=59;SAF=3;SAR=7;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368452;STB=0.70979;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00651853;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:72:72:59:61:10:11:0.152778:7:3:36:23:7:4:38:23 chr2 133013175 . T G 664.9 PASS AF=0.794118;AO=54;DP=68;FAO=54;FDP=68;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.036687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5683;QD=39.112;RBI=0.0379764;REFB=-0.0199669;REVB=0.00981192;RO=12;SAF=30;SAR=24;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190627;STB=0.511547;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0100177;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:68:68:12:14:54:54:0.794118:24:30:6:6:24:30:7:7 chr2 133013183 . A G 394.21 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00554283;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.903;QD=22.2088;RBI=0.0130426;REFB=-0.00707008;REVB=-0.0118062;RO=32;SAF=25;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195403;STB=0.607903;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0113116;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:32:39:39:0.549296:14:25:13:19:14:25:13:19 chr2 133013189 . A G 356.52 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.049879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9497;QD=19.2716;RBI=0.0821179;REFB=0.0148227;REVB=0.0652337;RO=34;SAF=25;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282549;STB=0.675581;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0127872;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:37:37:37:0.5:12:25:12:22:12:25:12:25 chr2 133013201 . C G 714.99 PASS AF=0.763158;AO=56;DP=74;FAO=58;FDP=76;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0174077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.968;QD=37.6311;RBI=0.0174107;REFB=-0.0192071;REVB=-0.000321997;RO=18;SAF=30;SAR=26;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116391;STB=0.564684;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00626953;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:18:18:56:58:0.763158:26:30:5:13:26:32:5:13 chr2 133013224 . A C 563.73 PASS AF=0.741935;AO=44;DP=75;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0110294;FXX=0.19478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1274;QD=36.3699;RBI=0.0114287;REFB=0.0170356;REVB=0.00299463;RO=16;SAF=28;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164168;STB=0.577491;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00211185;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:62:16:16:44:46:0.741935:16:28:5:11:18:28:5:11 chr2 133013250 . C T 78.66 PASS AF=0.185185;AO=9;DP=75;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.020958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8516;QD=3.88441;RBI=0.0283145;REFB=-0.00836234;REVB=0.0190387;RO=66;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304632;STB=0.605771;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0372354;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:75:81:66:66:9:15:0.185185:4:5:35:31:9:6:35:31 chr2 133013260 . TC T 31.32 PASS AF=0.188406;AO=11;DP=68;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0933623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.8361;QD=1.81584;RBI=0.140797;REFB=0.00533382;REVB=0.105391;RO=56;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=-0.0563438;STB=0.531202;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=-0.0310862;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188406:11:68:13:69:56:6:7:28:28:31:56:5:6:28:28 chr2 133013266 . T G 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0226596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.174;QD=11.5708;RBI=0.0228025;REFB=0.000327631;REVB=0.00254938;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523399;STB=0.530278;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.000154497;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:12:12:19:23:12:12:19:23 chr2 133013270 . A G 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0110305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.974;QD=9.40167;RBI=0.0204438;REFB=0.00338882;REVB=-0.0172126;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175728;STB=0.51039;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00545068;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:11:9:20:23:11:9:20:23 chr2 133013286 . AG CA 92.91 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0182285;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.1;QD=7.58418;RBI=0.0215188;REFB=-0.00201335;REVB=-0.0114359;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310415;STB=0.6996;STBP=0.19;TYPE=mnp;VARB=0.018984;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:49:49:36:36:10:10:0.204082:3:7:16:20:3:7:16:20 chr2 133013318 . A G 185.6 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00809697;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.221;QD=18.1076;RBI=0.0206121;REFB=0.00909572;REVB=-0.0189552;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110079;STB=0.562594;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00560746;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:9:13:9:10:9:13 chr2 133013324 . C A 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0131262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.708;QD=6.20617;RBI=0.0169907;REFB=-0.00230574;REVB=-0.0107882;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203923;STB=0.631281;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00739723;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:15:15:6:3:15:15 chr2 133013327 . G T 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0101561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.55;QD=5.53958;RBI=0.0106774;REFB=0.00063664;REVB=-0.00329561;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171291;STB=0.611963;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00616697;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:15:14:5:3:15:14 chr2 133013332 . T C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0105548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6874;QD=6.3951;RBI=0.0535551;REFB=-0.00319771;REVB=0.0525047;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260507;STB=0.666297;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0174062;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:3:6:13:16:3:6:13:16 chr2 133013343 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0269899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.684;QD=7.52619;RBI=0.0339786;REFB=0.0078578;REVB=0.0206419;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198496;STB=0.624716;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0206002;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:12:12:3:6:12:12 chr2 133013351 . G A 44.08 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00749198;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9052;QD=5.68766;RBI=0.0136571;REFB=0.0161468;REVB=0.0114187;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143824;STB=0.509407;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.038338;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:14:10:3:4:14:10 chr2 133013378 . A G 145.3 PASS AF=0.4375;AO=10;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0468371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.197;QD=18.1629;RBI=0.0472987;REFB=-0.0387238;REVB=-0.00659123;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0409905;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:10:14:0.4375:6:4:8:7:9:5:8:8 chr2 133013388 . C T 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00992625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4675;QD=5.37224;RBI=0.0599981;REFB=-0.00441804;REVB=-0.0591713;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802911;STB=0.552502;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0131389;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:13:17:4:4:13:17 chr2 133013418 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0134937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.367;QD=16.7274;RBI=0.0135944;REFB=-0.0147714;REVB=-0.00165195;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.576417;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0182672;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:10:8:9:7:11:8 chr2 133013449 . G A 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00346192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.355;QD=5.00433;RBI=0.0129022;REFB=-0.00187094;REVB=0.012429;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325237;STB=0.697035;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0523473;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:4:2:13:8:4:2:13:9 chr2 133013461 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00782344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.198;QD=4.81072;RBI=0.00783261;REFB=0.0013403;REVB=0.000378758;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248483;STB=0.68122;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00433595;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:4:2:12:10:4:2:13:10 chr2 133013475 . A G 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.019561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.13;QD=9.09837;RBI=0.030518;REFB=-0.039068;REVB=0.0234247;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271522;STB=0.666296;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0473861;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:11:8:6:3:11:8 chr2 133013590 . A C,G 248.94 PASS AF=0.35,0.65;AO=7,13;DP=20;FAO=7,13;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=5,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320273,0.0923088;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.521,119.453;QD=49.7876;RBI=0.0450257,0.0947435;REFB=0,0;REVB=-0.0316475,-0.0213407;RO=0;SAF=2,4;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00205238,0.0153681;OID=.,.;OPOS=133013590,133013590;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:20:20:0:0:7,13:7,13:0.35,0.65:5,9:2,4:0:0:5,9:2,4:0:0 chr2 133013631 . G A 70.77 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00150286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2541;QD=7.25893;RBI=0.0217691;REFB=0.00402381;REVB=0.0217172;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300493;STB=0.688737;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0107378;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:16:13:7:3:16:13 chr2 133013644 . G A 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0134456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.57;QD=5.54333;RBI=0.0156898;REFB=-0.00704981;REVB=-0.00808617;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289624;STB=0.696544;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0250269;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:33:34:9:9:0.209302:3:6:14:19:3:6:14:20 chr2 133013680 . G A 231.46 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0128011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5267;QD=17.8044;RBI=0.0165114;REFB=-0.0227444;REVB=-0.0104286;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110845;STB=0.56245;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0279353;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:13:14:10:15:13:14 chr2 133013687 . T C 74.21 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0164549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.413;QD=5.60047;RBI=0.0165915;REFB=-0.000750987;REVB=0.00212444;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314582;STB=0.703846;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00419117;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:3:8:20:22:3:8:20:22 chr2 133013695 . CA CG,TG 228.29 PASS AF=0.283019,0.207547;AO=15,11;DP=53;FAO=15,11;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8,7;FSAR=7,4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00516214,0.00534786;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=130.466,139.158;QD=17.2292;RBI=0.0143274,0.0213609;REFB=-0.000444939,-0.00463051;REVB=-0.0133652,-0.0206806;RO=27;SAF=8,7;SAR=7,4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.056493,0.181336;STB=0.533289,0.611445;STBP=0.777,0.399;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00545444,-0.0194807;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:15,11:15,11:0.283019,0.207547:7,4:8,7:13:14:7,4:8,7:13:14 chr2 133013704 . G A 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0257903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.366;QD=8.11429;RBI=0.0295907;REFB=-0.0130254;REVB=-0.0145076;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00832045;STB=0.514832;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0253939;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:39:15:15:0.277778:7:8:20:18:7:8:20:19 chr2 133013756 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00960346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7809;QD=10.436;RBI=0.012034;REFB=-0.00649649;REVB=-0.00725197;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209131;STB=0.512518;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0121556;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:17:16:7:8:17:16 chr2 133014602 . G C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0230842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.642;QD=18.0502;RBI=0.0371249;REFB=-0.0380223;REVB=-0.0290754;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0107003;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr2 133014612 . A C 63.31 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0231913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.401;QD=14.8965;RBI=0.0458922;REFB=-0.0251484;REVB=-0.0396012;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355772;STB=0.709643;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0175283;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:3:5:2:7:3:5 chr2 133014651 . A AC 104.65 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0586939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.9896;QD=22.0305;RBI=0.105082;REFB=0.02193;REVB=0.0871626;RO=7;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418959;STB=0.745235;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=-0.000269656;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:12:19:12:19:7:11:1:4:3:45:7:11:1:4:3 chr2 133036572 . G T 201.75 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0210654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7458;QD=21.2366;RBI=0.0258876;REFB=-0.0255546;REVB=0.0150471;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199317;STB=0.625541;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0281131;OID=.;OPOS=133036572;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:13:7:10:7:13:7:11:7 chr2 133036630 . A G 163.98 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.026384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6483;QD=13.9554;RBI=0.0267582;REFB=-0.0332306;REVB=-0.00445941;RO=29;SAF=2;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559434;STB=0.831943;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0824404;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:16:2:16:13:16:2:16:13 chr2 133036632 . G A 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.03335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.085;QD=17.5868;RBI=0.0342841;REFB=-0.00270796;REVB=-0.00794833;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277022;STB=0.658672;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0154299;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:15:13:16:6:15:13 chr2 133036650 . T G 368.98 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0152749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.875;QD=22.3622;RBI=0.0186195;REFB=-0.0243071;REVB=0.0106473;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136385;STB=0.567531;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0219942;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:21:16:17:11:21:16:17:12 chr2 133036661 . A AT 417.51 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00704476;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.3295;QD=25.6931;RBI=0.0192954;REFB=0.0174754;REVB=-0.0179634;RO=27;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123469;STB=0.592546;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=-0.00584938;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:40:67:40:65:25:16:24:16:9:99:27:17:23:16:11 chr2 133036666 . AC A 401.84 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00356707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4611;QD=24.7288;RBI=0.00507313;REFB=0.0165772;REVB=-0.0036073;RO=25;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123316;STB=0.56743;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=-0.00215811;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:40:65:40:65:25:17:23:15:10:99:25:17:23:15:10 chr2 133036669 . G T 408.32 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00281516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.204;QD=24.7466;RBI=0.0252966;REFB=-0.00768301;REVB=-0.0251395;RO=26;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913152;STB=0.549975;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00595768;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:22:18:15:11:22:18:15:11 chr2 133036693 . T G 536.4 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00702491;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.534;QD=26.1657;RBI=0.0244592;REFB=-0.0339977;REVB=0.0234287;RO=33;SAF=24;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632818;STB=0.534546;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0158764;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:33:49:49:0.597561:25:24:19:14:25:24:19:14 chr2 133036697 . A G 547.18 PASS AF=0.595238;AO=51;DP=83;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0136788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.139;QD=26.0563;RBI=0.0139828;REFB=-0.0241958;REVB=-0.00289955;RO=32;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511291;STB=0.5119;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0248921;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:32:34:51:50:0.595238:26:25:18:14:25:25:18:16 chr2 133036704 . T C 484.15 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=83;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000373028;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.048;QD=23.0549;RBI=0.00139957;REFB=-0.0154178;REVB=-0.00134894;RO=38;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310966;STB=0.52173;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00767218;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:38:38:45:46:0.547619:23:22:20:18:24:22:20:18 chr2 133036714 . A G 446.12 PASS AF=0.511628;AO=42;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0246375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4377;QD=20.7498;RBI=0.0299649;REFB=-0.00797063;REVB=0.0170554;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660733;STB=0.557403;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0354602;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:42:42:44:0.511628:21:21:23:17:23:21:25:17 chr2 133036716 . G T 443.56 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00598704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.711;QD=20.6307;RBI=0.00699611;REFB=-0.0296116;REVB=-0.00361952;RO=40;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553361;STB=0.51219;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0235561;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:40:42:43:44:0.511628:21:22:23:17:21:23:23:19 chr2 133036742 . T C 331.06 PASS AF=0.486111;AO=36;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0164795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1264;QD=18.392;RBI=0.0227355;REFB=-0.00803524;REVB=0.0156629;RO=36;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126956;STB=0.559288;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00451075;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:36:35:0.486111:14:22:17:19:14:21:18:19 chr2 133036757 . A G 139.98 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0752178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6401;QD=10.3689;RBI=0.0761731;REFB=-0.0121003;REVB=-0.0120257;RO=36;SAF=17;SAR=1;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.671118;STB=0.90854;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.055886;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:1:17:17:19:1:17:17:19 chr2 133036777 . A G 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.000838088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.605;QD=4.55485;RBI=0.00150749;REFB=-0.00520001;REVB=-0.00125305;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333986;STB=0.724556;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0352606;OID=.;OPOS=133036777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:2:5:13:17:2:5:13:17 chr2 133036913 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0185176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.77;QD=7.7619;RBI=0.0585045;REFB=-0.0105492;REVB=0.0554966;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391746;STB=0.736228;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0178988;OID=.;OPOS=133036913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:11:2:3:3:11:2 chr2 133037226 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00433184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.759;QD=14.6538;RBI=0.00959019;REFB=0.00299822;REVB=0.0085561;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0148229;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:6:2:3:5:6:2 chr2 133037311 . C A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00532519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2705;QD=15.3792;RBI=0.0189226;REFB=-0.0134064;REVB=-0.0181579;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.576798;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0139361;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:9:5:6:6:9:5 chr2 133037397 . C T 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00467012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3626;QD=10.3782;RBI=0.0146526;REFB=-0.0124282;REVB=0.0138884;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484;STB=0.529345;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0278968;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:10:6:3:6:10:6 chr2 133037558 . T TTTTAA 374.14 PASS AF=0.852941;AO=26;DP=35;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0113344;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=260.795;QD=44.0166;RBI=0.0116074;REFB=0.0162295;REVB=-0.00250239;RO=9;SAF=2;SAR=24;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194463;STB=0.642736;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=-0.002844;OID=.;OPOS=133037559;OREF=-;OALT=TTTAA;OMAPALT=TTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941:26:35:29:34:5:2:27:2:3:26:9:2:24:2:7 chr2 133037568 . T C 453.49 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.046198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8825;QD=54.9687;RBI=0.0519292;REFB=-0.0333666;REVB=0.0237148;RO=1;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163899;STB=0.508766;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0141391;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:28:4:0:1:28:4:0:1 chr2 133037582 . G C 351.14 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0438201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.387;QD=46.8192;RBI=0.0441592;REFB=0.000318019;REVB=0.0054622;RO=3;SAF=2;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28767;STB=0.65775;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-7.27217e-05;OID=.;OPOS=133037582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:25:2:2:1:25:2:2:1 chr2 133037584 . A G 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00285445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3;QD=48.6085;RBI=0.0141261;REFB=-0.00052675;REVB=-0.0138347;RO=2;SAF=2;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303702;STB=0.666507;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000130254;OID=.;OPOS=133037584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:24:2:2:0:24:2:2:0 chr2 133037586 . A AC 278.46 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9311;QD=42.8397;RBI=0.0615263;REFB=0;REVB=0.0237778;RO=3;SAF=3;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919278;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00124516;OID=.;OPOS=133037587;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:28:26:26:0:3:23:0:0:5:3:3:22:1:2 chr2 133037592 . CTA C 243.89 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0332366;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.258;QD=44.3428;RBI=0.0433499;REFB=-0.0567817;REVB=0.0278306;RO=1;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182146;STB=0.666464;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.00533331;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:20:21:20:22:2:2:18:2:0:10:1:2:18:1:0 chr2 133037609 . A G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00909435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1534;QD=38.205;RBI=0.00971043;REFB=0.00358425;REVB=-0.0034037;RO=2;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297839;STB=0.666404;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00036307;OID=.;OPOS=133037609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:13:2:2:0:13:2:2:0 chr2 133037612 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00580296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.434;QD=24.3281;RBI=0.0227543;REFB=-0.0203032;REVB=-0.0220019;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.666171;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00990056;OID=.;OPOS=133037612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:2:0:5:2:2:0 chr2 133037812 . A G 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0175582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.619;QD=18.1529;RBI=0.0184156;REFB=-0.0499886;REVB=-0.0055538;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464258;STB=0.506323;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0567034;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:25:21:21:0.456522:9:12:12:11:9:12:14:11 chr2 133038179 . AG CG,CT 195.11 PASS AF=0.419355,0.129032;AO=13,4;DP=31;FAO=13,4;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6,1;FSAR=7,3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.022426,-0.0179376;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=51.8478,127.729;QD=25.176;RBI=0.0476786,0.0425107;REFB=-0.00312493,-0.023208;REVB=-0.0420752,-0.0385409;RO=11;SAF=6,1;SAR=7,3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.139543,-0.408699;STB=0.579497,0.772874;STBP=0.434,0.267;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0395249,-0.00395285;OID=.,.;OPOS=133038179,133038179;OREF=A,AG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:31:11:11:13,4:13,4:0.419355,0.129032:7,3:6,1:7:4:7,3:6,1:7:4 chr2 133038188 . T C 51.85 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0535817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.432;QD=6.09987;RBI=0.0800878;REFB=0.00804854;REVB=-0.0595235;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455911;STB=0.529339;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0479631;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:14:12:4:4:14:12 chr2 133038228 . C T 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0164207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.624;QD=6.31104;RBI=0.0432296;REFB=-0.00157821;REVB=-0.0399895;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139174;STB=0.5998;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00572757;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:6:4:17:16:6:4:18:16 chr2 133038234 . C T 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0035424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.985;QD=4.5369;RBI=0.0280083;REFB=-0.0117568;REVB=-0.0277834;RO=36;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370587;STB=0.749376;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0247484;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:6:2:20:16:6:2:20:16 chr2 133038264 . G A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0394162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2893;QD=6.02698;RBI=0.0519765;REFB=-0.00721211;REVB=0.033881;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337962;STB=0.720688;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0214061;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:7:2:15:16:7:2:15:16 chr2 133038275 . C T 60.71 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0180156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.565;QD=6.39017;RBI=0.0201406;REFB=-0.00233625;REVB=0.0090047;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299971;STB=0.694895;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00918404;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:7:2:13:16:7:2:13:16 chr2 133038280 . A C 61.28 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00569659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.359;QD=6.809;RBI=0.0124259;REFB=-0.0448591;REVB=-0.0110432;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270363;STB=0.689683;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.029985;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:7:2:11:15:7:2:12:15 chr2 133038365 . G T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0149019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.563;QD=9.76008;RBI=0.0181692;REFB=-0.0241031;REVB=0.0103949;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500083;STB=0.812575;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0141468;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:7:5:6:1:7:5 chr2 133038378 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00200596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.991;QD=11.4397;RBI=0.0247716;REFB=-0.00587383;REVB=-0.0246903;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270169;STB=0.660046;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00841375;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:10:4:5:4:10:4 chr2 133038383 . GC AT 48.86 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0190423;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=334.1;QD=11.4968;RBI=0.0249426;REFB=-0.00931092;REVB=0.0161097;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=mnp;VARB=0.0100627;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:7:3:3:4:7:3 chr2 133038400 . GA G 70.74 PASS AF=0.52;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.100287;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.2211;QD=11.318;RBI=0.161056;REFB=0.103262;REVB=-0.126022;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111229;STB=0.597414;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=-0.0866437;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:11:25:13:25:12:6:7:8:4:69:12:6:5:8:4 chr2 133038421 . G C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.026251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.026;QD=16.1066;RBI=0.0527343;REFB=-0.00308183;REVB=-0.0457361;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174965;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00619214;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:13:9:10:7:13:9 chr2 133038491 . T C 216.65 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.000516387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8551;QD=13.3322;RBI=0.0179955;REFB=-0.019865;REVB=0.0179881;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403354;STB=0.523059;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0400684;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:21:18:13:13:21:18 chr2 133038501 . G A 207.66 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0197355;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.636;QD=13.1847;RBI=0.0239009;REFB=-0.0128878;REVB=0.0134819;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796197;STB=0.559447;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0229246;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:34:38:25:25:0.396825:13:12:19:15:13:12:22:16 chr2 133038515 . A G 178.58 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00695696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.753;QD=10.6613;RBI=0.0351503;REFB=0.00167966;REVB=0.034455;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229564;STB=0.643556;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00455461;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:44:22:23:0.343284:13:9:27:17:14:9:27:17 chr2 133038530 . A G 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0046195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.186;QD=12.0969;RBI=0.0175242;REFB=-0.00817589;REVB=0.0169044;RO=46;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2178;STB=0.625159;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0190212;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:16:11:28:18:16:11:28:18 chr2 133038543 . A G 219.77 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00109188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.566;QD=11.8795;RBI=0.0134926;REFB=-0.016736;REVB=0.0134484;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20553;STB=0.618347;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0298526;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:28:19:16:11:28:19 chr2 133038569 . T C 208.32 PASS AF=0.382353;AO=23;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0307235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.756;QD=12.254;RBI=0.0315298;REFB=-0.0171022;REVB=0.00708503;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228673;STB=0.591146;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0240623;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:42:23:26:0.382353:12:11:25:11:15:11:24:18 chr2 133038580 . C T 282.94 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0181224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.11;QD=14.8914;RBI=0.0189075;REFB=-0.00535522;REVB=0.005392;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551546;STB=0.53123;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00577097;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:23:21:17:15:23:21 chr2 133038625 . G A 146.81 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00502721;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.707;QD=10.4865;RBI=0.00503199;REFB=-0.0164848;REVB=-0.00021923;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106;STB=0.562433;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0359396;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:37:19:19:0.339286:7:12:20:17:7:12:20:17 chr2 133038681 . T C 34.78 PASS AF=0.0791367;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=139;FR=.;FRO=128;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=108;FWDB=-0.00992442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.772;QD=1.00094;RBI=0.010373;REFB=-0.00172268;REVB=-0.00301746;RO=127;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412847;STB=0.791335;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0211479;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:138:139:127:128:11:11:0.0791367:6:5:20:107:6:5:20:108 chr2 133038686 . A G 1454.16 PASS AF=0.797101;AO=110;DP=139;FAO=110;FDP=138;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=101;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0103069;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.164;QD=42.1497;RBI=0.0157091;REFB=-0.0163503;REVB=0.0118551;RO=28;SAF=9;SAR=101;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393506;STB=0.712825;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00394936;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:28:28:110:110:0.797101:101:9:16:12:101:9:16:12 chr2 133038693 . A T 1242.0 PASS AF=0.719424;AO=100;DP=139;FAO=100;FDP=139;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=96;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00931876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.285;QD=35.7411;RBI=0.00946463;REFB=0.00307616;REVB=0.00165524;RO=39;SAF=4;SAR=96;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.617428;STB=0.840238;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000806176;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:39:39:100:100:0.719424:96:4:21:18:96:4:21:18 chr2 133038724 . T C 621.82 PASS AF=0.683544;AO=53;DP=79;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=52;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0288631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7166;QD=31.4845;RBI=0.0309345;REFB=-0.0341546;REVB=0.0111296;RO=23;SAF=2;SAR=51;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.709862;STB=0.891492;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0156426;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:23:25:53:54:0.683544:51:2:17:6:52:2:17:8 chr2 133038728 . CTA CGA,GGA,GGC 162.87 PASS AF=0.36,0.16,0.16;AO=8,4,4;DP=26;FAO=9,4,4;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8,2,1;FSAR=1,2,3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0304597,0.0210102,0.0033734;FXX=0.0384468;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=70.6162,77.3792,125.168;QD=26.0588;RBI=0.0550497,0.0317284,0.0370627;REFB=-0.0287539,-0.0217969,-0.0358825;REVB=-0.0458549,-0.0237752,-0.0369089;RO=7;SAF=7,2,1;SAR=1,2,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.45905,0.0699385,-0.198753;STB=0.812733,0.582928,0.599466;STBP=0.033,0.828,0.716;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.037199,-0.00262284,0.0389148;OID=.,.,.;OPOS=133038729,133038728,133038728;OREF=T,CT,CTA;OALT=G,GG,GGC;OMAPALT=CGA,GGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:26:25:7:8:8,4,4:9,4,4:0.36,0.16,0.16:1,2,3:7,2,1:3:4:1,2,3:8,2,1:3:5 chr2 133038886 . A G 110.19 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0721437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.148;QD=25.9262;RBI=0.0727351;REFB=-0.0582827;REVB=0.00925616;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312758;STB=0.677105;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00899468;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:9:3:4:1:9:3:4:1 chr2 133038904 . T G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00421514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.469;QD=24.4133;RBI=0.025748;REFB=-0.0180897;REVB=0.0254006;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3999;STB=0.729263;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00441373;OID=.;OPOS=133038904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:9:2:4:1:9:2:4:1 chr2 133039014 . A G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0177648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.285;QD=7.96561;RBI=0.0218089;REFB=-0.0105772;REVB=-0.0126507;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103103;STB=0.545363;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.033066;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:23:26:10:10:0.277778:6:4:9:14:6:4:12:14 chr2 133039048 . A G 97.72 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0319753;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.157;QD=9.3068;RBI=0.0324764;REFB=-0.0148931;REVB=0.00568338;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428424;STB=0.50387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0352514;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:42:42:30:29:12:13:0.309524:8:4:11:19:8:5:11:18 chr2 133039061 . A G 80.32 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0171049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1758;QD=7.83602;RBI=0.0204918;REFB=0.00571084;REVB=-0.0112844;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765413;STB=0.502388;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0116083;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:41:28:30:10:11:0.268293:7:3:10:18:7:4:11:19 chr2 133039063 . T C 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0222398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.778;QD=6.85094;RBI=0.0331425;REFB=0.000483364;REVB=-0.0245726;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115627;STB=0.573617;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00566296;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:7:3:12:19:7:3:12:19 chr2 133039074 . AT GC 58.33 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00933653;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.784;QD=5.55504;RBI=0.00944502;REFB=0.000497359;REVB=0.00142746;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247311;STB=0.576097;STBP=0.662;TYPE=mnp;VARB=-0.00106246;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:42:42:32:33:8:9:0.214286:6:2:14:18:6:3:14:19 chr2 133039082 . CC AT 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000141856;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=319.274;QD=3.15727;RBI=0.00231159;REFB=-0.00151684;REVB=0.00230723;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508082;STB=0.547462;STBP=0.864;TYPE=mnp;VARB=0.00993587;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:3:3:16:19:3:3:16:20 chr2 133039087 . A G 36.44 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.015658;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.516;QD=4.04929;RBI=0.0156823;REFB=-0.00643891;REVB=-0.000872973;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527686;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0254537;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:36:36:28:30:6:6:0.166667:3:3:14:14:3:3:14:16 chr2 133039090 . T C 104.97 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00693566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.848;QD=10.7662;RBI=0.012893;REFB=0.00249395;REVB=0.0108686;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116255;STB=0.603015;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00518491;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:26:12:13:0.333333:5:7:12:13:5:8:12:14 chr2 133039101 . A G 60.07 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0113671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8828;QD=6.00709;RBI=0.0315195;REFB=-0.000619314;REVB=-0.0293984;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086142;STB=0.555432;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00129827;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:4:5:15:16:4:5:15:16 chr2 133039105 . T C 51.21 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0301961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6843;QD=5.5367;RBI=0.0309778;REFB=-0.00837891;REVB=-0.00691531;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620516;STB=0.54044;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0193052;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:13:16:4:4:13:16 chr2 133039156 . TG CA,CG 277.19 PASS AF=0.163265,0.387755;AO=8,18;DP=48;FAO=8,19;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=7,16;FSAR=1,3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0289024,-0.0231585;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.957,154.845;QD=22.6275;RBI=0.0407424,0.0234581;REFB=-0.000735589,-0.00221963;REVB=-0.0287159,-0.00373718;RO=21;SAF=7,16;SAR=1,2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.547183,0.543764;STB=0.858707,0.773091;STBP=0.028,0.006;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0223429,0.0181432;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:49:21:22:8,18:8,19:0.163265,0.387755:1,2:7,16:9:12:1,3:7,16:9:13 chr2 133039164 . C T 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00811137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.664;QD=4.63864;RBI=0.010703;REFB=-0.00447023;REVB=0.00698277;RO=41;SAF=7;SAR=2;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208747;STB=0.642896;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0337655;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:2:7:26:15:2:7:26:15 chr2 133039166 . T C 156.74 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0444614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6016;QD=13.3399;RBI=0.0796357;REFB=-0.013787;REVB=-0.0660684;RO=29;SAF=15;SAR=2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442138;STB=0.700679;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0231354;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:2:15:17:12:3:15:17:12 chr2 133039171 . C G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00746356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.702;QD=13.2308;RBI=0.0297361;REFB=-0.0177222;REVB=0.0287843;RO=29;SAF=15;SAR=2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442138;STB=0.766044;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0131055;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:2:15:17:12:2:15:17:12 chr2 133039176 . A G 152.13 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000435136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.763;QD=13.2287;RBI=0.031485;REFB=-0.00614953;REVB=-0.031482;RO=28;SAF=15;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420538;STB=0.766044;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0166069;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:2:15:17:11:2:15:17:12 chr2 133039199 . AC TG 127.84 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00213293;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.25;QD=11.6221;RBI=0.0195328;REFB=0.000741063;REVB=-0.019416;RO=29;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57159;STB=0.85385;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=-0.00463737;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:29:29:15:15:0.340909:1:14:17:12:1:14:17:12 chr2 133039208 . AC GT 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00938429;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.257;QD=12.5695;RBI=0.0212714;REFB=-0.00877402;REVB=-0.0190894;RO=25;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49123;STB=0.818149;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.0132532;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:1:14:17:8:1:14:17:9 chr2 133039221 . C T 80.82 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0257085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6998;QD=7.88524;RBI=0.0262344;REFB=-0.00252019;REVB=0.00522665;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06099;STB=0.537507;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0208664;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:3:8:23:7:3:8:23:7 chr2 133281214 . A G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0314449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.967;QD=13.9481;RBI=0.0401713;REFB=-0.0164501;REVB=-0.024999;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249203;STB=0.645714;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0400639;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:13:14:5:12:13:14 chr2 133539566 . G A 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.19;QD=64.1533;RBI=0.0214967;REFB=0;REVB=0.00750926;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25592e-05;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:61:38:0:0:61:38:0:0 chr2 133541444 . T C 3103.45 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001218;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.39;QD=61.7601;RBI=0.0104655;REFB=0;REVB=0.0103944;RO=0;SAF=89;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08679e-06;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:201:0:0:201:201:1:112:89:0:0:112:89:0:0 chr2 133541454 . A G 2926.96 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014211;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.418;QD=63.2857;RBI=0.0177154;REFB=0;REVB=-0.0105773;RO=0;SAF=83;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28985e-05;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:185:185:1:102:83:0:0:102:83:0:0 chr2 133541575 . C T 1047.92 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.823;QD=58.218;RBI=0.0547481;REFB=-0.101475;REVB=0.0183206;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00196982;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:1:0:33:38:1:0 chr2 133542014 . T C 1149.77 PASS AF=1;AO=59;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8357;QD=60.514;RBI=0.138706;REFB=0;REVB=0.125669;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012936;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:59:76:1:29:30:0:0:44:32:0:0 chr2 133542545 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.4;QD=51.9166;RBI=0.00705798;REFB=0;REVB=-0.00580723;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5495e-05;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr2 133554288 . A G 629.58 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5236;QD=61.4228;RBI=0.073446;REFB=0;REVB=-0.00376941;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894575;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:26:15:0:0 chr2 133971292 . G A 120.95 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0627251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9455;QD=6.81408;RBI=0.0791098;REFB=-0.0250778;REVB=-0.0482072;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173693;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0643642;OID=.;OPOS=133971292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:27:53:18:18:0.253521:9:9:18:9:9:9:26:27 chr2 134884697 . G C 157.82 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00274654;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0981;QD=15.7817;RBI=0.0417022;REFB=-0.0144549;REVB=0.0416117;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559472;STB=0.503222;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0208701;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:11:6:8:15:11:6:8:15 chr2 135214259 . G A 209.63 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00237762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4532;QD=18.6334;RBI=0.0214238;REFB=-0.0361155;REVB=0.0212915;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.556908;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0436838;OID=.;OPOS=135214259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:11:10:14:9:11:10:14:10 chr2 135710322 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4921;QD=60.609;RBI=0.111179;REFB=0;REVB=-0.00772692;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166041;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 135711657 . G A 393.48 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.41;QD=56.2117;RBI=0.0413122;REFB=0;REVB=0.012217;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90439e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr2 135740863 . C A 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0818642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.471;QD=6.04287;RBI=0.08295;REFB=-0.00984694;REVB=-0.0133776;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149279;STB=0.509478;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0312984;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:7:5:18:24:7:5:18:24 chr2 135744007 . T C 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.133028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8244;QD=15.2553;RBI=0.149742;REFB=-0.047795;REVB=-0.0687462;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563064;STB=0.836194;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0255905;OID=.;OPOS=135744007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:1:5:1:6:1:5 chr2 135744416 . C G 81.59 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00273064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3982;QD=13.055;RBI=0.0160914;REFB=-0.0298845;REVB=0.015858;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275052;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0446824;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:24:25:14:14:10:11:0.44:7:3:8:6:7:4:8:6 chr2 135745545 . C T 280.25 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0346828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.684;QD=26.0697;RBI=0.0468556;REFB=-0.02354;REVB=-0.0315048;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226004;STB=0.519111;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0136458;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:17:25:26:0.604651:14:11:8:9:15:11:8:9 chr2 135745552 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0038526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.97;QD=14.7421;RBI=0.0200992;REFB=-0.00974255;REVB=-0.0197265;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.541262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0111824;OID=.;OPOS=135745552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:12:13:10:7:12:13 chr2 135745722 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0134618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.376;QD=19.6458;RBI=0.0251823;REFB=-0.00299966;REVB=-0.0212821;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188135;STB=0.608486;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0011327;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:4:4:3:8:4:4 chr2 135891507 . A G 165.81 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0218744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.726;QD=14.4178;RBI=0.0246789;REFB=-0.002417;REVB=0.0114263;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638092;STB=0.54343;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00401154;OID=.;OPOS=135891507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:28:18:18:0.391304:9:9:10:13:9:9:12:16 chr2 135893372 . A G 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0252745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.424;QD=17.0967;RBI=0.0301159;REFB=-0.0124303;REVB=-0.0163758;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0438185;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:7:8:8:6:7:8 chr2 135911422 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0593712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9319;QD=17.9563;RBI=0.0762237;REFB=-0.0414711;REVB=0.047803;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14083;STB=0.579738;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0490682;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:4:13:10:6:4:13 chr2 136393658 . A G 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0191765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.865;QD=11.0857;RBI=0.0194254;REFB=-0.00362211;REVB=-0.00309951;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172139;STB=0.615207;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0133696;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:8:5:13:11:8:5:14:11 chr2 136396300 . T C 257.56 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00632496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.844;QD=16.0976;RBI=0.0220082;REFB=-0.00574315;REVB=-0.0210797;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.570915;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0117622;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:17:11:19:16:17:12:19:16 chr2 136407479 . A G 1062.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.585;QD=59.851;RBI=0.018587;REFB=0;REVB=0.00754579;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29468e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:21:49:0:0:21:50:0:0 chr2 136481627 . A AC,C 74.61 PASS AF=0.253968,0;AO=12,4;DP=60;FAO=16,0;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=4,0;FSAR=12,0;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0439611,-0.0524212;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=78.2789,204.294;QD=4.73725;RBI=0.0441422,0.0539148;REFB=-0.00733022,-0.0075103;REVB=-0.0039946,-0.0126024;RO=44;SAF=4,0;SAR=8,4;SRF=19;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127859,-0.526414;STB=0.64845,0.5;STBP=0.205,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.160237,0;OID=.,.;OPOS=136481628,136481627;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:60:63:44:47:12,4:16,0:0.253968,0:8,4:4,0:19:25:12,0:4,0:20:27 chr2 136511817 . A G 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00928033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.867;QD=18.4893;RBI=0.0105692;REFB=-0.0169845;REVB=-0.00505795;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563503;STB=0.520814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0218251;OID=.;OPOS=136511817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:11:11:11:14:11:11:12:14 chr2 136546110 . A G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0433337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.999;QD=12.0148;RBI=0.043726;REFB=0.00506648;REVB=0.00584401;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298614;STB=0.517374;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00840836;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:6:14:23:11:6:14:23:11 chr2 136555659 . T C 238.69 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0212008;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.501;QD=19.8905;RBI=0.0222611;REFB=-0.0115135;REVB=-0.00678853;RO=25;SAF=19;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281955;STB=0.661532;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0153417;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:4:19:15:10:4:19:15:10 chr2 136561557 . G A 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00988962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.972;QD=16.2755;RBI=0.0101582;REFB=-0.0105214;REVB=0.00232033;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11413;STB=0.56407;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00684308;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:49:51:39:39:0.433333:22:17:27:22:22:17:28:23 chr2 136575199 . G T 61.82 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0114808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.848;QD=7.97636;RBI=0.0326038;REFB=0.00617041;REVB=-0.0305155;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15909;STB=0.624698;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0117856;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:31:21:22:9:9:0.290323:2:7:14:7:2:7:14:8 chr2 136575534 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.81;QD=35.5755;RBI=0.0408854;REFB=0;REVB=0.0408854;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544022;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr2 136590746 . C T 361.06 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0225182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.955;QD=20.3415;RBI=0.0233615;REFB=-0.0044966;REVB=-0.00621985;RO=34;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133447;STB=0.574062;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0053198;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:23:14:18:16:23:14:18:16 chr2 136594158 . G A 269.32 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0187861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.442;QD=11.8384;RBI=0.0248247;REFB=-0.0132889;REVB=-0.0162279;RO=58;SAF=24;SAR=8;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448571;STB=0.75394;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.022109;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:59:32:32:0.351648:8:24:20:38:8:24:21:38 chr2 136873084 . G A 405.67 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00399981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.752;QD=17.2624;RBI=0.0132416;REFB=-0.0115977;REVB=0.0126231;RO=52;SAF=15;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219329;STB=0.623018;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0133248;OID=.;OPOS=136873084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:27:15:30:22:27:15:30:22 chr2 136873548 . AA TT 177.92 PASS AF=0.369863;AO=16;DP=71;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0407303;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=50.3989;QD=9.7489;RBI=0.0453849;REFB=-0.0470696;REVB=-0.0200209;RO=24;SAF=15;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577226;STB=0.696039;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.133499;OID=.;OPOS=136873548;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:24:46:16:27:0.369863:1:15:14:10:5:22:26:20 chr2 137814138 . T C 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0093306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.03;QD=14.963;RBI=0.00943373;REFB=-0.0168679;REVB=-0.00139109;RO=65;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165261;STB=0.592717;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0254401;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:21:27:26:39:21:27:26:39 chr2 137814462 . C T 125.72 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0631842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5795;QD=4.41133;RBI=0.0893529;REFB=-0.00361987;REVB=-0.0631799;RO=92;SAF=12;SAR=10;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153372;STB=0.59707;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0119858;OID=.;OPOS=137814462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:92:92:22:22:0.192982:10:12:39:53:10:12:39:53 chr2 137917922 . T A 277.34 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00426898;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.469;QD=15.8479;RBI=0.0122867;REFB=-0.0224256;REVB=0.0115212;RO=39;SAF=8;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218447;STB=0.605433;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0385906;OID=.;OPOS=137917922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:22:8:18:21:22:9:18:21 chr2 138237038 . C T 714.33 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0777702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4262;QD=60.7941;RBI=0.154703;REFB=-0.0243782;REVB=-0.133735;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00208767;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr2 138413094 . T A 523.27 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00415961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.324;QD=23.7849;RBI=0.0196753;REFB=-0.023941;REVB=0.0192306;RO=39;SAF=27;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102307;STB=0.505616;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0211485;OID=.;OPOS=138413094;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:22:27:21:18:22:27:21:18 chr2 138420996 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.166;QD=57.8846;RBI=0.060964;REFB=0;REVB=0.0540019;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156581;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr2 138773229 . G A 191.89 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00162243;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.198;QD=11.6296;RBI=0.00171416;REFB=0.00447983;REVB=-0.000553255;RO=41;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253857;STB=0.641386;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0115134;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:17:7:21:20:17:7:21:21 chr2 139045852 . A G 315.52 PASS AF=0.56;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00724472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.63;QD=25.2415;RBI=0.00807443;REFB=-0.0277465;REVB=0.00356518;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119295;STB=0.555516;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0262079;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:22:28:28:0.56:13:15:8:13:13:15:9:13 chr2 139045972 . T C 804.97 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1843;QD=64.3975;RBI=0.0560843;REFB=0;REVB=-0.0274422;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204479;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr2 139326879 . G C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.4;QD=57.2368;RBI=0.0247222;REFB=0;REVB=-0.0186907;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02606e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 139429068 . G A 408.26 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0207816;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.232;QD=20.1612;RBI=0.02221;REFB=-0.0129067;REVB=0.00783639;RO=40;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195958;STB=0.60903;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0140564;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:40:41:41:0.506173:28:13:21:19:28:13:21:19 chr2 139621308 . C T 269.07 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0394696;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9319;QD=18.5568;RBI=0.0423203;REFB=-0.0311339;REVB=0.0152696;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126275;STB=0.570682;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0315437;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:18:11:15:14:18:11:15:14 chr2 139621319 . A ATCT 130.1 PASS AF=0.32;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0266984;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.001;QD=10.4083;RBI=0.0278478;REFB=-0.0201217;REVB=-0.007918;RO=36;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313116;STB=0.687266;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=0.0259183;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:16:54:16:50:34:5:11:20:14:99:36:5:11:21:15 chr2 139621326 . G A 183.68 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0431992;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5142;QD=17.0862;RBI=0.0455306;REFB=-0.0246042;REVB=-0.014383;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149948;STB=0.586113;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.035012;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:11:13:13:6:11:13 chr2 140979107 . C T 1343.11 PASS AF=0.907407;AO=97;DP=108;FAO=98;FDP=108;FR=.;FRO=10;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0331775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.897;QD=49.7447;RBI=0.0397188;REFB=-0.0158086;REVB=-0.0218365;RO=10;SAF=54;SAR=43;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101299;STB=0.505746;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.000958858;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:108:10:10:97:98:0.907407:43:54:5:5:43:55:5:5 chr2 140979108 . G T 37.12 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.0897369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4309;QD=1.36226;RBI=0.11335;REFB=-0.0467397;REVB=-0.0692496;RO=98;SAF=5;SAR=5;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590785;STB=0.550359;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0956975;OID=.;OPOS=140979108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:108:109:98:99:10:10:0.0917431:5:5:54:44:5:5:55:44 chr2 141267566 . G A 157.12 PASS AF=0.147982;AO=30;DP=225;FAO=33;FDP=223;FR=.,HEALED;FRO=190;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=110;FSRR=80;FWDB=-0.0196073;FXX=0.00888849;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.455;QD=2.81822;RBI=0.0798031;REFB=-0.0098921;REVB=-0.0773569;RO=163;SAF=19;SAR=11;SRF=100;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270176;STB=0.551338;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0497316;OID=.;OPOS=141267566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:223:163:190:30:33:0.147982:11:19:100:63:12:21:110:80 chr2 141274576 . T C 181.19 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00729727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.713;QD=11.3245;RBI=0.0126969;REFB=-0.0134281;REVB=-0.0103905;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504425;STB=0.529223;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0189796;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:10:13:25:16:10:13:25:16 chr2 141571329 . T C 1165.5 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267905;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.517;QD=60.5455;RBI=0.0280968;REFB=0;REVB=0.00846763;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84322e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:41:34:0:0:41:36:0:0 chr2 141609267 . C T 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0126013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.565;QD=4.5672;RBI=0.013686;REFB=0.000797133;REVB=0.0053398;RO=52;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235751;STB=0.636156;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00261739;OID=.;OPOS=141609267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:52:54:13:13:0.19403:5:8:22:30:5:8:24:30 chr2 141707868 . G T 947.89 PASS AF=0.561728;AO=91;DP=162;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0312702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.454;QD=23.4046;RBI=0.0333861;REFB=-0.0233468;REVB=-0.0116964;RO=71;SAF=64;SAR=27;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126802;STB=0.569309;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0150509;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:71:71:91:91:0.561728:27:64:40:31:27:64:40:31 chr2 141709419 . T G 284.87 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0587191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3149;QD=15.6095;RBI=0.0615719;REFB=-0.0458781;REVB=-0.018525;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24323;STB=0.637381;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0583512;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:17:24:11:21:17:24 chr2 141750164 . A T 241.13 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0270122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.336;QD=14.614;RBI=0.0367994;REFB=-0.00586383;REVB=-0.0249908;RO=37;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164895;STB=0.603787;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00722183;OID=.;OPOS=141750164;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:28:28:0.424242:20:8:16:21:20:8:17:21 chr2 141751592 . G A 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.01816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.549;QD=12.3035;RBI=0.0237432;REFB=-0.00489891;REVB=-0.0152955;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138898;STB=0.57965;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00858841;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:13:13:27:16:13:13:27:16 chr2 141773397 . C A 401.35 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0336299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.488;QD=18.8869;RBI=0.0349564;REFB=0.00213325;REVB=-0.0095385;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746305;STB=0.541527;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00225621;OID=.;OPOS=141773397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:20:21:19:25:20:21:19:25 chr2 141816621 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.261;QD=58.5873;RBI=0.036459;REFB=0;REVB=0.0214962;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148958;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr2 142567910 . T C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0023337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.847;QD=16.9796;RBI=0.0539234;REFB=0.00922674;REVB=-0.0538729;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126582;STB=0.571373;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00735623;OID=.;OPOS=142567910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:10:16:14:15:10:16:14:15 chr2 143849094 . G A 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0122529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2534;QD=16.9924;RBI=0.0313385;REFB=0.00364306;REVB=-0.0288438;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879328;STB=0.549501;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00680282;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:15:15:11:16:15:15 chr2 144899559 . C A 157.72 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0549686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3452;QD=12.1321;RBI=0.0567767;REFB=0.00172438;REVB=-0.0142144;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158922;STB=0.564449;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00443924;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:33:18:19:0.365385:8:10:14:20:9:10:14:19 chr2 148657117 . G A 1220.95 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0175843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.712;QD=58.8409;RBI=0.0211916;REFB=-0.0479475;REVB=0.011827;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106396;STB=0.511108;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000104282;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:83:1:2:80:81:0.975904:44:36:0:1:44:37:0:2 chr2 148716428 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000125905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.315;QD=59.8377;RBI=0.0197163;REFB=0;REVB=0.0197159;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128296;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr2 149799216 . T C 365.98 PASS AF=0.610169;AO=27;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00721397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.255;QD=24.8123;RBI=0.0265595;REFB=-0.0523412;REVB=0.025561;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163914;STB=0.519311;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0429113;OID=.;OPOS=149799216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:27:36:0.610169:9:18:11:12:17:19:11:12 chr2 150432976 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.595;QD=52.6133;RBI=0.0132438;REFB=0;REVB=-0.00227136;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63317e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr2 151219274 . G A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000261022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8565;QD=63.5808;RBI=0.0114477;REFB=0;REVB=0.0114447;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143348;OID=.;OPOS=151219274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr2 151219315 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.491;QD=58.061;RBI=0.0234994;REFB=0;REVB=0.0168293;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138311;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 152117957 . T C 331.86 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0162161;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.347;QD=15.8026;RBI=0.0268519;REFB=-0.022589;REVB=-0.0214024;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112111;STB=0.558219;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0226589;OID=.;OPOS=152117957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:23:13:22:25:23:13:22:26 chr2 152318818 . A G 717.97 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0250883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.907;QD=23.1604;RBI=0.0253063;REFB=-0.0132052;REVB=0.00331489;RO=55;SAF=27;SAR=42;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681438;STB=0.537281;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0100396;OID=.;OPOS=152318818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:55:69:69:0.556452:42:27:26:29:42:27:26:29 chr2 152419157 . G A 41.2 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00238558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.478;QD=3.83297;RBI=0.00423812;REFB=-0.00890261;REVB=-0.00350295;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043515;STB=0.537711;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0542227;OID=.;OPOS=152419157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:2:5:26:9:2:5:27:9 chr2 152423951 . C T 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00105089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3132;QD=24.1554;RBI=0.0153468;REFB=0.0221225;REVB=-0.0153107;RO=21;SAF=21;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18199;STB=0.600788;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0146659;OID=.;OPOS=152423951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:9:21:10:11:9:21:10:11 chr2 152490458 . A G 1970.92 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.128;QD=62.0762;RBI=0.02759;REFB=0;REVB=0.0271511;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61249e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:63:64:0:0:63:64:0:0 chr2 152496526 . A G 396.85 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0636414;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6701;QD=23.0059;RBI=0.0680073;REFB=0.00795371;REVB=-0.0239742;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101286;STB=0.520049;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0115911;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:30:30:39:39:0.565217:19:20:15:15:19:20:14:16 chr2 152512713 . G A 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0233432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.605;QD=16.8731;RBI=0.0258417;REFB=-0.00636246;REVB=0.0110854;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.571358;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00875176;OID=.;OPOS=152512713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:15:11:11:9:15:11 chr2 152515683 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.867;QD=22.1442;RBI=0.0146617;REFB=-0.0205629;REVB=-0.0146617;RO=13;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138723;OID=.;OPOS=152515683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:17:0:0:13:17:0:0:13 chr2 152521096 . C T 224.8 PASS AF=0.488889;AO=23;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0439558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3074;QD=19.9822;RBI=0.0482698;REFB=-0.0400655;REVB=-0.0199465;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156049;STB=0.601518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0331527;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:23:23:22:0.488889:10:13:8:13:9:13:9:14 chr2 152527572 . C T 458.51 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=0.0603369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.852;QD=15.6756;RBI=0.0606083;REFB=-0.0109017;REVB=-0.00572887;RO=66;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135077;STB=0.575285;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.016185;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:29:22:20:46:29:22:20:46 chr2 152527608 . C T 680.49 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=116;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.01562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.279;QD=22.8735;RBI=0.0158038;REFB=-0.0219894;REVB=-0.00240342;RO=48;SAF=23;SAR=43;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904228;STB=0.549618;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0141709;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:48:53:66:66:0.554622:43:23:22:26:43:23:24:29 chr2 152531077 . A G 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0145572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.531;QD=16.3238;RBI=0.0149115;REFB=-0.00941063;REVB=-0.00323102;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309573;STB=0.510724;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0133045;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:17:21:28:20:17:21:28:21 chr2 152534609 . G A 918.6 PASS AF=0.47549;AO=96;DP=205;FAO=97;FDP=204;FR=.;FRO=107;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00756434;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.17;QD=18.0118;RBI=0.00783222;REFB=-0.0109681;REVB=-0.00203088;RO=105;SAF=55;SAR=41;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109961;STB=0.558052;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0144133;OID=.;OPOS=152534609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:105:107:96:97:0.47549:41:55:48:57:41:56:50:57 chr2 152536498 . T A 606.6 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00573027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3867;QD=21.099;RBI=0.0808319;REFB=-0.0281803;REVB=0.0806285;RO=54;SAF=41;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17225;STB=0.594889;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0267255;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:54:61:61:0.530435:20:41:26:28:20:41:26:28 chr2 152573981 . A G 512.61 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0030706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.982;QD=20.1022;RBI=0.00856743;REFB=-0.00821983;REVB=-0.00799826;RO=49;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494207;STB=0.506649;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00751893;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:49:52:53:0.519608:30:22:21:28:31:22:21:28 chr2 152698480 . C T 1167.4 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.453;QD=60.644;RBI=0.0123678;REFB=0;REVB=-0.00880922;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35118e-08;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:23:52:0:0:23:54:0:0 chr2 152828106 . T G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00147995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.935;QD=16.4059;RBI=0.0142411;REFB=-0.00969548;REVB=-0.014164;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263873;STB=0.647137;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0134261;OID=.;OPOS=152828106;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:28:9:16:15:28:9 chr2 152988610 . C CT 516.56 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0898;QD=43.9626;RBI=0.124725;REFB=0;REVB=-0.101149;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00851561;OID=.;OPOS=152988611;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:47:47:47:0:24:23:0:0:10:2:21:23:2:0 chr2 153378459 . T C 295.58 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0282721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.794;QD=17.9141;RBI=0.0285449;REFB=-0.00847608;REVB=-0.00393672;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255427;STB=0.514277;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00937262;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:17:15:15:19:17:15:15:19 chr2 153399253 . GA AG,G 661.96 PASS AF=0.111111,0.873016;AO=7,18;DP=61;FAO=7,55;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=7,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184817,0.923758;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=161.639,18.0558;QD=42.0292;RBI=0.036904,0.935308;REFB=0.0244959,-0.0425936;REVB=-0.0319426,0.146529;RO=35;SAF=0,0;SAR=7,18;SRF=27;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.783919,-0.851159;STB=0.5,0.508769;STBP=1,0.521;TYPE=mnp,del;VARB=0.057189,0.0890679;OID=.,.;OPOS=153399253,153399254;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:61:63:35:1:7,18:7,55:0.111111,0.873016:7,18:0,0:27:8:7,28:0,27:0:1 chr2 153405594 . G A 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00320875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.585;QD=55.0434;RBI=0.00321214;REFB=-0.0697848;REVB=0.000147522;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00163219;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:25:30:0:0:25:30:1:0 chr2 153476066 . G GCCA 206.33 PASS AF=1;AO=5;DP=42;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.283532;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=3;MLLD=235.607;QD=41.2667;RBI=0.284182;REFB=0;REVB=0.0192068;RO=36;SAF=0;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00119086;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:42:20:20:0:1:19:0:0:3:36:0:5:14:22 chr2 153476069 . C A 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0611294;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.706;QD=25.4948;RBI=0.0611429;REFB=-0.0404414;REVB=-0.00128383;RO=7;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193009;STB=0.605935;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0114837;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:13:1:0:7:13:1:0:7 chr2 153476078 . A T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.903;QD=19.1085;RBI=0.0106167;REFB=-0.0191082;REVB=-0.0106167;RO=6;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00715769;OID=.;OPOS=153476078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:9:0:0:6:9:0:0:6 chr2 153511027 . T C 1083.9 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232406;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.273;QD=60.2169;RBI=0.047706;REFB=0;REVB=0.0416622;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21878e-05;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr2 153577013 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.609;QD=57.1061;RBI=0.0180386;REFB=0;REVB=-0.010521;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36382e-06;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr2 155265623 . G A 865.74 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147027;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.397;QD=55.8543;RBI=0.0164077;REFB=0.127952;REVB=0.00728292;RO=1;SAF=23;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020075;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000477669;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:37:23:1:0:37:24:1:0 chr2 155307336 . G C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.445;QD=62.1621;RBI=0.00836732;REFB=0;REVB=-0.00652386;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13146e-06;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr2 155555964 . C T 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0473142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.399;QD=8.84507;RBI=0.0479152;REFB=-0.0162383;REVB=-0.00756511;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599362;STB=0.511778;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0330156;OID=.;OPOS=155555964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:38:16:16:0.296296:7:9:21:16:7:9:22:16 chr2 155712135 . A T 100.47 PASS AF=0.642857;AO=4;DP=11;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0310385;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=267.954;QD=28.706;RBI=0.0310603;REFB=-0.0159822;REVB=0.00116396;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615086;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0129551;OID=.;OPOS=155712135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:14:0:3:4:9:0.642857:4:0:0:0:8:1:1:2 chr2 156120552 . A G 97.41 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00912849;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.4;QD=10.5311;RBI=0.00947343;REFB=-0.0152695;REVB=-0.00253308;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157864;STB=0.594443;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0496779;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:38:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:9:16:6:6:9:16 chr2 156168039 . T G 260.08 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0259332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.942;QD=18.9148;RBI=0.0259421;REFB=-0.0174438;REVB=-0.000682115;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100449;STB=0.562868;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0324795;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:27:28:0.509091:11:16:13:14:11:17:13:14 chr2 157189011 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.996;QD=52.6121;RBI=0.0496832;REFB=0;REVB=0.038436;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790045;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:8:14:0:0 chr2 157257361 . G A 1282.89 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.519;QD=61.826;RBI=0.0221829;REFB=0;REVB=-0.0188776;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18089e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:58:24:0:0:59:24:0:0 chr2 157406249 . G A 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7601;QD=57.1043;RBI=0.0431748;REFB=0;REVB=0.00640246;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319086;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 716.32 PASS AF=0.638298,0.361702;AO=27,16;DP=48;FAO=30,17;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15,15;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203923,0.0359691;FXX=0.059988;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=193.302,196.548;QD=60.9634;RBI=0.0204584,0.0370999;REFB=0,0;REVB=-0.00164327,-0.00909003;RO=0;SAF=12,14;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00179142,0.0180247;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.638298,0.361702:27,16:48:30,17:47:0:15,15:15,2:0:0:99:0:12,14:15,2:0:0 chr2 158155480 . A G 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0164536;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.109;QD=6.8757;RBI=0.044593;REFB=-0.0039835;REVB=-0.0414466;RO=45;SAF=13;SAR=2;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494185;STB=0.805467;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0137769;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:45:44:15:15:0.254237:2:13:23:22:2:13:23:21 chr2 158155576 . G A 699.37 PASS AF=0.978261;AO=46;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000684352;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.993;QD=60.8148;RBI=0.012436;REFB=0.00265388;REVB=0.0124172;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-4.36114e-05;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:46:45:0.978261:23:23:0:1:22:23:0:1 chr2 158157361 . C T 2380.87 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105058;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.245;QD=63.9159;RBI=0.0112767;REFB=0;REVB=0.00409793;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90914e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:148:149:1:82:66:0:0:82:67:0:0 chr2 158291187 . A AC 216.69 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942918;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=296.784;QD=48.1526;RBI=0.0944191;REFB=0;REVB=-0.00490135;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000136538;OID=.;OPOS=158291188;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:18:18:0:9:9:0:0:4:16:1:1:8:8 chr2 158291188 . A C 185.23 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186623;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.758;QD=41.163;RBI=0.0285595;REFB=-0.0821122;REVB=0.0216185;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000691137;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:16:17:0.944444:8:8:0:1:8:9:0:1 chr2 158386938 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.216;QD=57.3847;RBI=0.00986833;REFB=0;REVB=-0.00909073;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69423e-06;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 158626980 . C T 707.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.867;QD=55.4915;RBI=0.00772966;REFB=0;REVB=0.007604;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115825;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:47:51:1:30:17:0:0:33:18:0:0 chr2 158636910 . G A 1476.77 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00430726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.922;QD=62.18;RBI=0.0345097;REFB=-0.159505;REVB=0.0342399;RO=1;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092068;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000479709;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:51:43:0:1:51:43:0:1 chr2 159077216 . ATT A,AT,ATTT 43.67 PASS AF=0.32,0.12,0.04;AO=6,4,5;DP=27;FAO=8,3,1;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6,2,1;FSAR=2,1,0;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.226034,-0.41584,0.431647;FXX=0.0740466;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=12.9096,7.25016,6.05636;QD=6.9864;RBI=0.23477,0.432673,0.449323;REFB=-0.0095242,-0.0251954,0.0215728;REVB=0.0634464,0.119511,-0.124786;RO=7;SAF=5,2,1;SAR=1,2,4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.659146,0.539327,0.404236;STB=0.829092,0.85561,0.995718;STBP=0.034,0.457,0.092;TYPE=del,del,ins;VARB=0.0792627,-0.0745018,0.173751;OID=.,.,.;OPOS=159077217,159077217,159077217;OREF=TT,T,-;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.12,0.04:6,4,5:27:8,3,1:25:13:6,2,1:2,1,0:2:11:27:7:5,2,1:1,2,4:0:7 chr2 159166069 . T C 715.13 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00812256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0095;QD=60.8619;RBI=0.0424608;REFB=-0.138332;REVB=0.0416767;RO=2;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026104;STB=0.506846;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00298879;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:2:1:45:46:0.978723:35:10:0:2:36:10:0:1 chr2 159537868 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.368;QD=51.9164;RBI=0.0691195;REFB=0;REVB=0.0663589;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506876;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 160019863 . A G 575.75 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2913;QD=60.6047;RBI=0.0480575;REFB=0;REVB=-0.0473161;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245506;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:33:38:1:18:15:0:0:19:19:0:0 chr2 160035207 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.336;QD=64.1538;RBI=0.032695;REFB=0;REVB=0.00951965;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22097e-05;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr2 160084473 . A C 198.36 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0405192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9372;QD=13.224;RBI=0.0597221;REFB=0.00163682;REVB=0.043874;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156334;STB=0.558395;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000359868;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:23:24:0.4:15:8:8:28:16:8:9:27 chr2 160086653 . CA TG 743.73 PASS AF=0.49359;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00542515;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=2;MLLD=164.541;QD=19.0699;RBI=0.00928077;REFB=-0.0322638;REVB=-0.00752997;RO=79;SAF=38;SAR=39;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234008;STB=0.512898;STBP=0.766;TYPE=mnp;VARB=0.031781;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:79:79:77:77:0.49359:39:38:41:38:39:38:41:38 chr2 160086692 . A G 721.62 PASS AF=0.472393;AO=75;DP=161;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0431398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.215;QD=17.7085;RBI=0.0439423;REFB=-0.0136848;REVB=0.00835972;RO=86;SAF=41;SAR=34;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339398;STB=0.511023;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0108064;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:86:86:75:77:0.472393:34:41:44:42:36:41:44:42 chr2 160136337 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.409;QD=55.0987;RBI=0.0167505;REFB=0;REVB=0.0150685;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90493e-05;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 160269003 . T G 775.08 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.103276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4732;QD=53.454;RBI=0.104682;REFB=0.00931929;REVB=0.0170948;RO=2;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728412;STB=0.503865;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000249988;OID=.;OPOS=160269003;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:34:22:1:1:34:22:1:1 chr2 160289579 . G A 1114.04 PASS AF=0.987013;AO=62;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.112454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.687;QD=57.8724;RBI=0.128315;REFB=-0.0785806;REVB=0.0617975;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00308933;OID=.;OPOS=160289579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:62:76:0.987013:34:28:0:1:36:40:0:1 chr2 160295015 . C A 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0289131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.256;QD=3.67731;RBI=0.0487509;REFB=-0.00250033;REVB=-0.0392515;RO=44;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412784;STB=0.800331;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00943462;OID=.;OPOS=160295015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:1:7:26:18:1:7:26:18 chr2 160604452 . C T 447.54 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.735;QD=57.7474;RBI=0.00880548;REFB=0;REVB=-0.00445577;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73167e-06;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr2 160605268 . T C 533.6 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.717;QD=59.2884;RBI=0.0398773;REFB=0;REVB=0.0343143;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144159;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:19:13:0:0:22:14:0:0 chr2 160673526 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7463;QD=56.7064;RBI=0.0207782;REFB=0;REVB=0.0136556;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30431e-05;OID=.;OPOS=160673526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr2 160676427 . C A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.416;QD=57.0003;RBI=0.0174177;REFB=0;REVB=-0.00109686;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7722e-05;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr2 160710922 . T C 2301.11 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00627134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.57;QD=60.1597;RBI=0.0204574;REFB=-0.124773;REVB=0.0194724;RO=0;SAF=85;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502924;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-2.27718e-05;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:0:1:152:152:0.993464:67:85:0:0:67:85:1:0 chr2 160729005 . C T 739.13 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0506348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1558;QD=54.75;RBI=0.0563343;REFB=-0.0289795;REVB=0.0246916;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000285883;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:0:1:29:24:0:1 chr2 160737663 . T A 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00431399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.594;QD=18.1915;RBI=0.005918;REFB=-0.011;REVB=-0.00405121;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316064;STB=0.517638;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.012246;OID=.;OPOS=160737663;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:20:20:21:24:20:20:21:24 chr2 160761136 . A G 135.91 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00469347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.145;QD=17.537;RBI=0.0140335;REFB=-0.031709;REVB=-0.0132253;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236024;STB=0.513496;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.024727;OID=.;OPOS=160761136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:6:10:9:6:6:10 chr2 160808075 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0101774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.881;QD=16.6188;RBI=0.026504;REFB=0.000582303;REVB=-0.0244721;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899296;STB=0.550976;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000998105;OID=.;OPOS=160808075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:12:16:11:12:12:16 chr2 160833188 . A G 1945.17 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661231;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.212;QD=62.2454;RBI=0.0259663;REFB=0;REVB=0.0251103;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241104;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:125:0:0:123:125:1:66:57:0:0:66:59:0:0 chr2 160885418 . G C 265.69 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0195687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.507;QD=17.1416;RBI=0.0205091;REFB=-0.0067028;REVB=0.00613917;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254873;STB=0.514276;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00731012;OID=.;OPOS=160885418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:29:30:0.483871:17:12:12:19:17:13:13:19 chr2 160885442 . T C 199.17 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.048234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.556;QD=16.2586;RBI=0.0483059;REFB=-0.0286327;REVB=-0.00263428;RO=28;SAF=0;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.808027;STB=0.69284;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0365028;OID=.;OPOS=160885442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:17:21:0.428571:17:0:13:15:17:4:13:15 chr2 160901517 . A G 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4377;QD=57.233;RBI=0.0397907;REFB=0;REVB=-0.0347359;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012726;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr2 160983060 . G C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.012;QD=59.8394;RBI=0.0285378;REFB=0;REVB=0.0273942;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49585e-05;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr2 161029218 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.717;QD=52.611;RBI=0.0502683;REFB=0;REVB=0.0139431;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331396;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr2 161174693 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00718479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.661;QD=10.0751;RBI=0.00801964;REFB=0.00189651;REVB=0.00356279;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00286756;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:9:5:4:4:9:5 chr2 161253376 . A G 362.99 PASS AF=0.520548;AO=35;DP=70;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00109862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.163;QD=19.8899;RBI=0.00110012;REFB=-0.0174992;REVB=5.74792e-05;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957787;STB=0.560313;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0173466;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:32:35:35:38:0.520548:17:18:20:12:20:18:21:14 chr2 162696414 . C T 380.84 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0655654;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9987;QD=16.3802;RBI=0.104879;REFB=-0.0360392;REVB=-0.0818584;RO=45;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179117;STB=0.561971;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0497518;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:45:53:40:40:0.430108:14:26:21:24:14:26:29:24 chr2 163353469 . T C 227.2 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.000578846;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0617;QD=19.7569;RBI=0.0283876;REFB=-0.00919284;REVB=0.0283817;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721544;STB=0.504078;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0132146;OID=.;OPOS=163353469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:14:10:9:13:14:10 chr2 163374577 . G A 398.95 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.036788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.935;QD=18.556;RBI=0.0398943;REFB=-0.018876;REVB=-0.0154337;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843537;STB=0.546976;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0298868;OID=.;OPOS=163374577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:20:21:19:26:20:21:19:26 chr2 163393548 . T G 240.69 PASS AF=0.340909;AO=28;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0312346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.7701;QD=10.9403;RBI=0.106854;REFB=-0.0111698;REVB=-0.102187;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946168;STB=0.526298;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0147948;OID=.;OPOS=163393548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:58:28:30:0.340909:17:11:14:31:18:12:21:37 chr2 164145582 . C A 174.14 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.101;QD=46.4376;RBI=0.0489664;REFB=0;REVB=-0.00780223;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415316;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:12:2:0:0:12:3:0:0 chr2 164467542 . GCCCCCCCA GCCCCCC,GCCCCCCA 64.44 PASS AF=0,0.9375;AO=3,8;DP=16;FAO=0,15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0309778,0.180977;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=173.681,6.98214;QD=16.1088;RBI=0.0313422,0.181068;REFB=-0.029218,-0.19516;REVB=0.00476516,0.00573809;RO=5;SAF=3,3;SAR=0,5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.396203;STB=0.5,0.523778;STBP=1,0.623;TYPE=del,del;VARB=0,0.189864;OID=.,.;OPOS=164467549,164467543;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.9375:3,8:16:0,15:16:1:0,10:0,5:1:0:5:5:3,3:0,5:5:0 chr2 165353712 . C T 158.99 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.02796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1857;QD=11.5627;RBI=0.0822319;REFB=-0.00256551;REVB=-0.0773326;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878425;STB=0.55097;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00378161;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:11:9:13:22:11:9:13:22 chr2 165600310 . A C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0304371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.737;QD=19.0234;RBI=0.0304387;REFB=-0.00680103;REVB=-0.000318187;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128247;STB=0.571388;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0058183;OID=.;OPOS=165600310;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:20:15:20:15:20:15:20:15 chr2 165698547 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0177667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.277;QD=14.6657;RBI=0.0278487;REFB=-0.013026;REVB=0.0214452;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177009;STB=0.600918;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0124066;OID=.;OPOS=165698547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:4:11:18:3:4:11:18:3 chr2 165996107 . T A 1026.23 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.116;QD=59.4915;RBI=0.0810982;REFB=0;REVB=0.0177241;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294121;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr2 166170127 . T C 2314.61 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1482;QD=60.1197;RBI=0.052061;REFB=-0.135659;REVB=0.0457371;RO=1;SAF=84;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694403;STB=0.503597;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00130094;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:154:1:1:152:153:0.993506:68:84:0:1:69:84:0:1 chr2 166248047 . G A 1208.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8847;QD=61.2062;RBI=0.0324001;REFB=0;REVB=0.029885;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214241;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:49:30:0:0:49:30:0:0 chr2 166535918 . C T 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0161073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.269;QD=16.8941;RBI=0.0249329;REFB=-0.00443115;REVB=0.0190316;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295483;STB=0.52401;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00507301;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:18:18:17:15:19:18 chr2 166605010 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.036;QD=61.6839;RBI=0.0495538;REFB=0;REVB=-0.00294455;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191861;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:34:41:1:19:15:0:0:19:22:0:0 chr2 166618262 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.131;QD=58.4197;RBI=0.0215719;REFB=0;REVB=0.0202156;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39305e-05;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr2 166770120 . A G 380.93 PASS AF=0.5;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0279148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1595;QD=19.535;RBI=0.0317397;REFB=0.00560243;REVB=0.0151054;RO=38;SAF=25;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130344;STB=0.566975;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00477586;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:39:39:39:0.5:14:25:19:19:14:25:20:19 chr2 166773971 . G A 250.39 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0570209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.729;QD=16.9755;RBI=0.0571973;REFB=-0.00705685;REVB=-0.00448848;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028402;STB=0.506694;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00373593;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:13:14:17:14:13:15:17:14 chr2 166788336 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.715;QD=57.712;RBI=0.0268901;REFB=0;REVB=0.0225243;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92211e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr2 166797646 . C T 414.05 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.017671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.88;QD=19.0368;RBI=0.0178495;REFB=0.00130289;REVB=-0.00251759;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977782;STB=0.554429;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00126399;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:18:24:21:24:18:24:21:24 chr2 166810159 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00313647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.41;QD=10.1736;RBI=0.00313769;REFB=-0.0305694;REVB=8.75003e-05;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0404189;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:3:6:2:4:3:6 chr2 166810161 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0369473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.497;QD=9.44433;RBI=0.0369494;REFB=-0.00217883;REVB=0.000396434;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41225;STB=0.719306;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00219946;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:2:4:2:7:2:4:3:7 chr2 166892788 . C T 1136.04 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.274;QD=60.5888;RBI=0.0784148;REFB=0;REVB=0.0250043;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223981;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:31:42:0:0:31:44:0:0 chr2 166897864 . A G 1143.96 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7718;QD=57.9222;RBI=0.052675;REFB=-0.177017;REVB=0.0413077;RO=2;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219482;STB=0.50116;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00497967;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:35:42:1:1:35:42:1:1 chr2 166903445 . T C 1418.51 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329628;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5193;QD=63.0451;RBI=0.0419532;REFB=0;REVB=-0.0259524;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317174;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr2 167099158 . A G 943.98 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215778;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.333;QD=58.9989;RBI=0.0243852;REFB=0;REVB=0.0113595;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73665e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr2 167141144 . C T 53.08 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0308927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.548;QD=3.21717;RBI=0.0414886;REFB=-0.0131114;REVB=-0.0276937;RO=55;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339592;STB=0.736389;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0923173;OID=.;OPOS=167141144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:55:56:10:10:0.151515:3:7:23:32:3:7:23:33 chr2 167144974 . A T 361.14 PASS AF=0.372881;AO=43;DP=117;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0104494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.104;QD=12.2419;RBI=0.0445856;REFB=-0.0327697;REVB=-0.0433438;RO=74;SAF=23;SAR=20;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237259;STB=0.520115;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0485104;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:74:74:43:44:0.372881:20:23:38:36:20:24:38:36 chr2 167144995 . T C 343.25 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00451341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.071;QD=10.8968;RBI=0.00954242;REFB=-0.00925453;REVB=0.00840755;RO=83;SAF=23;SAR=20;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547066;STB=0.50315;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0184333;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:83:43:43:0.34127:20:23:44:39:20:23:44:39 chr2 167145142 . A G 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0157726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.933;QD=9.88529;RBI=0.0166715;REFB=-0.00865559;REVB=-0.00540055;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162185;STB=0.595568;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0239063;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:8:11:17:22:8:11:17:22 chr2 167163043 . T C 202.84 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0481761;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0018;QD=12.1096;RBI=0.051782;REFB=-0.0106802;REVB=0.0189852;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055777;STB=0.50239;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0259621;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:24:25:0.373134:13:11:19:22:13:12:20:22 chr2 167168093 . C T 558.1 PASS AF=0.491525;AO=59;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00477874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.857;QD=18.9187;RBI=0.0126063;REFB=-0.0124237;REVB=-0.0116655;RO=59;SAF=31;SAR=28;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153683;STB=0.500292;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0135228;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:60:59:58:0.491525:28:31:30:29:28:30:31:29 chr2 167262088 . T G 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0271151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.716;QD=16.825;RBI=0.0407999;REFB=-0.0121835;REVB=0.0304861;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230941;STB=0.632779;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0151699;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:6:15:14:14:6:15:14:14 chr2 167262353 . C G 302.77 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0070317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1676;QD=17.0577;RBI=0.00806282;REFB=-0.0182772;REVB=0.00394516;RO=38;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370792;STB=0.520821;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0328761;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:22:11:14:24:22:11:14:24 chr2 167262746 . C T 209.18 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=31;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0294182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.561;QD=25.3548;RBI=0.0299761;REFB=-0.0282228;REVB=-0.00575641;RO=13;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45689;STB=0.721979;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0142308;OID=.;OPOS=167262746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:13:18:20:0.606061:15:3:9:4:16:4:9:4 chr2 167266344 . G A 547.05 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00219056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.857;QD=26.0502;RBI=0.0253762;REFB=-0.0230961;REVB=-0.0252815;RO=34;SAF=25;SAR=25;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654065;STB=0.5357;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0126963;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:25:25:14:20:25:25:14:20 chr2 167279777 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00931844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0636;QD=10.1572;RBI=0.0387294;REFB=0.00768562;REVB=-0.0375916;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209764;STB=0.624;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.017291;OID=.;OPOS=167279777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:8:23:8:6:8:23 chr2 167279922 . C A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5164;QD=57.3852;RBI=0.0952272;REFB=0;REVB=-0.0931922;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122053;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:41:16:0:0:41:16:0:0 chr2 167334085 . G T 1442.15 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.097;QD=60.7223;RBI=0.0195824;REFB=-0.0145153;REVB=0.0154668;RO=1;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977435;STB=0.50034;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=2.55042e-05;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:95:1:2:92:93:0.978947:48:44:0:1:48:45:1:1 chr2 168726659 . A C 307.82 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.00668643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.935;QD=10.9936;RBI=0.0100205;REFB=-0.00301643;REVB=-0.00746342;RO=73;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109737;STB=0.562883;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00606268;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:73:39:39:0.348214:22:17:25:48:22:17:25:48 chr2 169629494 . G A 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00296049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.217;QD=19.4775;RBI=0.0113342;REFB=0.000889104;REVB=-0.0109408;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119331;STB=0.566205;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.000772537;OID=.;OPOS=169629494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:21:20:26:16:21:20:26:16 chr2 169681151 . C T 289.7 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00402828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0293;QD=18.9965;RBI=0.0478562;REFB=0.0144087;REVB=-0.0476863;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158938;STB=0.588551;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.007545;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:12:18:13:18:12:18 chr2 169707428 . C T 513.15 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0315409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1765;QD=24.4357;RBI=0.0338613;REFB=-0.00802755;REVB=-0.012319;RO=36;SAF=28;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00567179;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:20:28:21:15:20:28:21:15 chr2 169721377 . G A 668.35 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0944;QD=59.409;RBI=0.0218419;REFB=-0.0790368;REVB=0.0163165;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302851;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0229839;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:15:29:0:1:15:29:0:1 chr2 169721381 . A G 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00164398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.129;QD=13.2299;RBI=0.024386;REFB=-0.0115094;REVB=0.0243306;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758865;STB=0.544185;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0132224;OID=.;OPOS=169721381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:7:10:19:10:7:10:19:10 chr2 169764176 . G C 403.5 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.000258789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.611;QD=22.1098;RBI=0.0305653;REFB=-0.0141935;REVB=-0.0305642;RO=32;SAF=28;SAR=12;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362986;STB=0.70562;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00520833;OID=.;OPOS=169764176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:12:28:8:24:12:28:8:25 chr2 169787310 . G A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0225054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1325;QD=6.31111;RBI=0.0379884;REFB=-0.000538197;REVB=-0.0306043;RO=34;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182212;STB=0.617402;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000282472;OID=.;OPOS=169787310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:3:7:19:15:3:7:19:15 chr2 169789016 . T C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.27;QD=54.8227;RBI=0.0336608;REFB=-0.035339;REVB=0.0315871;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000463777;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:26:24:0:0:26:24:0:1 chr2 169826877 . C T 315.82 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.743;QD=52.6373;RBI=0.0311101;REFB=0;REVB=-0.0237667;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482122;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:17:7:0:0 chr2 169830328 . A G 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8021;QD=59.3182;RBI=0.0767973;REFB=0;REVB=-0.0147179;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510253;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr2 169847412 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0659283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.047;QD=20.4857;RBI=0.0662596;REFB=-0.0461162;REVB=0.00661697;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352117;STB=0.519971;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0349682;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:6:5:7:7:6:5 chr2 169870855 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0094242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.955;QD=11.3693;RBI=0.0356438;REFB=-0.00953843;REVB=0.0343754;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131313;STB=0.578172;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0195466;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:11:8:6:5:11:8 chr2 170003432 . T G 1273.82 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376014;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.773;QD=60.6579;RBI=0.0376038;REFB=-0.136866;REVB=-0.00042362;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956859;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000587961;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:1:83:83:0.988095:49:34:0:1:49:34:0:1 chr2 170010985 . T C 72.12 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00389521;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.569;QD=5.34191;RBI=0.00765084;REFB=-0.00283957;REVB=0.00658504;RO=41;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534408;STB=0.838643;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0296892;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:41:43:11:11:0.203704:9:2:26:15:9:2:27:16 chr2 170053505 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0261717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.068;QD=22.9576;RBI=0.0277815;REFB=-0.0256051;REVB=0.00931973;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125162;STB=0.507033;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00916624;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:5:6:9:7:5:6 chr2 170062078 . G C 592.95 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00561333;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.109;QD=20.4467;RBI=0.00589554;REFB=-0.00593897;REVB=0.00180217;RO=56;SAF=36;SAR=24;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976054;STB=0.514281;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00516212;OID=.;OPOS=170062078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:24:36:33:23:24:36:32:24 chr2 170099473 . T C 169.14 PASS AF=0.375;AO=19;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.010851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7624;QD=12.0811;RBI=0.0335793;REFB=-0.00583533;REVB=0.0317777;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362386;STB=0.72177;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0071456;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:35:35:19:21:0.375:10:9:28:7:12:9:28:7 chr2 170103336 . T C 542.4 PASS AF=0.5;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0157115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.367;QD=19.0316;RBI=0.0163196;REFB=-0.0123115;REVB=-0.00441328;RO=57;SAF=28;SAR=28;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720406;STB=0.54379;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0111486;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:56:57:0.5:28:28:33:24:29:28:33:24 chr2 170115588 . T C 340.67 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0243858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.793;QD=16.4177;RBI=0.0247924;REFB=-0.0142811;REVB=-0.00447189;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400957;STB=0.522522;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0186017;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:20:17:23:23:20:17:23:23 chr2 170150671 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.665;QD=52.6132;RBI=0.0655629;REFB=0;REVB=0.0489638;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100021;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr2 170218847 . C G 272.57 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.359;QD=51.9175;RBI=0.02541;REFB=0;REVB=0.0160692;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116675;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:10:11:0:0 chr2 170403030 . T C 435.07 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0285412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.445;QD=16.4179;RBI=0.0286643;REFB=-0.0126924;REVB=-0.00265396;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050678;STB=0.52829;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0189388;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:24:24:26:32:24:24:26:32 chr2 170411693 . T C 176.63 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0147282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.177;QD=14.1305;RBI=0.0147367;REFB=0.0067767;REVB=0.000501248;RO=28;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307775;STB=0.714041;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00572651;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:31:19:19:0.38:15:4:13:15:15:4:16:15 chr2 170441001 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.627;QD=60.61;RBI=0.0617735;REFB=0;REVB=0.00649707;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182362;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr2 170493103 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.534;QD=49.5992;RBI=0.0198388;REFB=0;REVB=0.0185595;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69735e-05;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr2 170605981 . C T 966.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4579;QD=58.5504;RBI=0.00821365;REFB=0;REVB=-0.00437603;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57656e-05;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr2 170672843 . G A 340.68 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8408;QD=54.5085;RBI=0.0524938;REFB=0;REVB=0.0382019;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116741;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr2 170762566 . A T 1163.21 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0703803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8212;QD=57.4422;RBI=0.073223;REFB=-0.135645;REVB=-0.0202044;RO=3;SAF=46;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298708;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00361072;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:3:1:78:80:0.987654:32:46:3:0:32:48:1:0 chr2 170917648 . A G 173.51 PASS AF=0.8;AO=17;DP=21;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0444754;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5957;QD=34.7013;RBI=0.0559698;REFB=-0.157987;REVB=0.0339787;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.642673;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0218752;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:21:20:2:4:17:16:0.8:11:6:2:0:11:5:4:0 chr2 170938659 . G A 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2666;QD=60.2216;RBI=0.0703694;REFB=0;REVB=0.0644092;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354565;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr2 170976590 . A G 324.21 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.015;QD=54.0344;RBI=0.0669854;REFB=0;REVB=-0.00720373;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294132;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:15:9:0:0 chr2 171070912 . T C 287.66 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00996462;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.812;QD=15.7621;RBI=0.0146754;REFB=-0.0143459;REVB=0.0107738;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206274;STB=0.622186;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0167176;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:31:32:0.438356:17:14:27:14:18:14:27:14 chr2 171073887 . G A 229.91 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.000440017;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.84;QD=11.6409;RBI=0.00497556;REFB=-0.00380446;REVB=-0.00495607;RO=50;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022193;STB=0.506325;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00916951;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:50:51:28:28:0.35443:14:14:24:26:14:14:25:26 chr2 171260787 . G A 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.828;QD=60.6029;RBI=0.0615058;REFB=0;REVB=0.0613591;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512676;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr2 171260820 . T C 576.59 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0207755;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9844;QD=56.2528;RBI=0.0482164;REFB=-0.0288734;REVB=-0.0435109;RO=2;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718749;STB=0.538441;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=9.97582e-05;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:38:39:0.95122:12:26:0:2:12:27:0:2 chr2 171355198 . A G 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284143;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.276;QD=57.2354;RBI=0.00705121;REFB=0;REVB=-0.00645335;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65166e-05;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr2 171356274 . GG AA,AG 1435.75 PASS AF=0.164948,0.835052;AO=14,75;DP=89;FAO=16,81;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=6,39;FSAR=10,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130136,0.0249124;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=19.6709,33.9528;QD=59.206;RBI=0.0294309,0.0562768;REFB=0,0;REVB=0.0263975,0.0504624;RO=0;SAF=6,38;SAR=8,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0615945,-0.00446807;OID=.,.;OPOS=171356274,171356274;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:77:89:97:0:0:14,75:16,81:0.164948,0.835052:8,37:6,38:0:0:10,42:6,39:0:0 chr2 171570151 . C T 427.47 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0247712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1315;QD=51.8149;RBI=0.0308549;REFB=-0.00773834;REVB=-0.018396;RO=2;SAF=11;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775224;STB=0.541639;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00205164;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:20:11:2:0:20:11:2:0 chr2 171822466 . C T 490.36 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.457;QD=56.0416;RBI=0.0421824;REFB=-0.121058;REVB=0.0356394;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000594728;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:20:14:0:0:20:14:0:1 chr2 171822522 . T C,TC 31.98 PASS AF=0,0.178571;AO=2,8;DP=56;FAO=0,10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=0,1;FSAR=0,9;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0192468,-0.0134879;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=49.6425,55.3931;QD=2.28454;RBI=0.211947,0.0537231;REFB=0.000197174,0.000969816;REVB=-0.211072,-0.0520024;RO=44;SAF=0,2;SAR=2,6;SRF=31;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515177,-0.512397;STB=0.5,0.9274;STBP=1,0.01;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0507472;OID=.,.;OPOS=171822522,171822523;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:56:56:44:46:2,8:0,10:0,0.178571:2,6:0,2:31:13:0,9:0,1:32:14 chr2 171822576 . C T 316.5 PASS AF=0.460526;AO=33;DP=73;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0789503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6806;QD=16.6577;RBI=0.127117;REFB=-0.0210572;REVB=0.0996275;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132463;STB=0.579731;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.029184;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:40:41:33:35:0.460526:17:16:14:26:17:18:15:26 chr2 171850329 . T G 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00493084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.678;QD=21.8144;RBI=0.0662294;REFB=-0.0165695;REVB=-0.0660456;RO=34;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0024311;STB=0.506955;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0142895;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:17:24:20:14:17:24:21:14 chr2 172174150 . AA GC 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210052;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.237;QD=51.9167;RBI=0.0210075;REFB=0;REVB=-0.000310772;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000150722;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr2 172180771 . A G 1584.85 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.434;QD=64.0341;RBI=0.0295052;REFB=0;REVB=5.44885e-05;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06325e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:55:43:0:0:55:44:0:0 chr2 172216969 . T C 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0680837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.9175;QD=12.7268;RBI=0.0683455;REFB=-0.00683494;REVB=-0.00597656;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424699;STB=0.761191;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00413746;OID=.;OPOS=172216969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:5:7:8:1:5:7 chr2 172336601 . T C 577.95 PASS AF=0.557895;AO=52;DP=94;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0391366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.403;QD=24.3346;RBI=0.0412523;REFB=-0.0185415;REVB=0.0130414;RO=42;SAF=14;SAR=38;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231104;STB=0.629544;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.010768;OID=.;OPOS=172336601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:42:42:52:53:0.557895:38:14:22:20:39:14:22:20 chr2 172378817 . A AG 158.84 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.20086;FXX=0.260756;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.9429;QD=37.3732;RBI=0.2144;REFB=0;REVB=-0.0749848;RO=22;SAF=3;SAR=0;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0383506;OID=.;OPOS=172378818;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:25:17:17:0:13:4:0:0:3:22:3:0:17:5 chr2 172378818 . A C,G 304.52 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=24;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527223,-0.0320836;FXX=0.0416493;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=36.816,75.3433;QD=52.9599;RBI=0.00860924,0.0345857;REFB=0,0;REVB=-0.00680608,-0.0129154;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.78933e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.10409,-0.00350296;OID=.,.;OPOS=172378818,172378818;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:0,5:2,16:0:0:0,5:2,16:0:0 chr2 172379781 . G A 529.63 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0143001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.809;QD=52.9628;RBI=0.0213993;REFB=-0.141869;REVB=0.0159196;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.50077;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00108512;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:40:40:1:3:37:37:0.925:25:12:1:0:25:12:1:2 chr2 172411273 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00752819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108;QD=15.6195;RBI=0.0194821;REFB=-0.00407792;REVB=-0.0179688;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278911;STB=0.501606;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0124031;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:7:18:13:5:7:18 chr2 172671686 . G T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0319553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.542;QD=16.8221;RBI=0.0334145;REFB=0.0417613;REVB=-0.00976641;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0304739;OID=.;OPOS=172671686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:2:3:1:6:2:3 chr2 172693780 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7473;QD=61.3326;RBI=0.0257319;REFB=0;REVB=0.0207596;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99643e-05;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 172709215 . G C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.876;QD=52.6097;RBI=0.0139268;REFB=0;REVB=0.0103687;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17823e-05;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 172725301 . A G 696.78 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00187285;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.91;QD=54.6497;RBI=0.0067383;REFB=0.0210751;REVB=-0.0064728;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.002711;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:1:0:27:23:1:0 chr2 172926226 . G T 650.91 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2532;QD=61.9915;RBI=0.071406;REFB=0;REVB=0.00582277;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00092211;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr2 172964638 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.802;QD=40.7629;RBI=0.00646436;REFB=0;REVB=0.00613696;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73908e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 172966250 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00909793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.709;QD=61.2389;RBI=0.0288985;REFB=0.0368103;REVB=0.027429;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111493;STB=0.505881;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000341903;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:42:46:0:1:42:46:0:1 chr2 173352103 . C T 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00347942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.423;QD=25.3594;RBI=0.0237868;REFB=-0.00682193;REVB=-0.0235309;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188703;STB=0.605915;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00676001;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:5:10:3:5:5:10:3:5 chr2 173352157 . A T 152.81 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=0.00289895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.338;QD=11.9852;RBI=0.0375689;REFB=-0.0115281;REVB=0.0374569;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305068;STB=0.673916;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0360986;OID=.;OPOS=173352157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:7:11:28:5:7:11:28:5 chr2 173686663 . G T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.177;QD=62.0174;RBI=0.00792985;REFB=0;REVB=-0.00638947;RO=0;SAF=36;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87205e-06;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:6:36:0:0:6:36:0:0 chr2 173881924 . CAAAAG CAAA,CAAAG 218.25 PASS AF=0,0.75;AO=6,17;DP=37;FAO=0,24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=0,2;FSAR=0,22;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0643277,0.0675537;FXX=0.0856898;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=184.505,22.2553;QD=27.281;RBI=0.0653251,0.183246;REFB=0.0187456,-0.0110415;REVB=0.0113717,-0.17034;RO=11;SAF=0,2;SAR=6,15;SRF=11;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.848351,-0.650791;STB=0.5,0.832986;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.0112496;OID=.,.;OPOS=173881928,173881925;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAA,CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.75:6,17:37:0,24:32:8:0,2:0,22:8:0:30:11:0,2:6,15:11:0 chr2 173917425 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.672;QD=58.4181;RBI=0.00551919;REFB=0;REVB=-0.00452784;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08886e-06;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr2 174068513 . G C 785.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.558;QD=64.1465;RBI=0.0204169;REFB=0;REVB=0.00662956;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152189;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chr2 174091088 . T C 1120.72 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3838;QD=58.9855;RBI=0.0176946;REFB=-0.0477692;REVB=0.0134032;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=6.28803e-06;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:31:44:0:0:31:44:1:0 chr2 174097106 . A G 323.02 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00336608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.826;QD=21.8996;RBI=0.0115765;REFB=-0.00139014;REVB=-0.0110763;RO=24;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135654;STB=0.595179;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000699004;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:26:33:33:0.559322:11:22:12:12:11:22:12:14 chr2 174103160 . T C 210.29 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00195435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4142;QD=14.0194;RBI=0.00890336;REFB=-0.0162569;REVB=-0.00868622;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189858;STB=0.615802;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.045974;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:10:15:14:20:10:15:14:21 chr2 174128513 . C T 262.04 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00637607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9699;QD=25.5653;RBI=0.00759908;REFB=-0.0135192;REVB=0.00413423;RO=17;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14974;STB=0.583451;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0180825;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:7:17:9:8:7:17:9:8 chr2 175201299 . C G 1856.03 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.667;QD=60.3587;RBI=0.0536893;REFB=0;REVB=0.0531219;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301302;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:123:0:0:112:123:1:50:62:0:0:58:65:0:0 chr2 175287778 . G A 236.05 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0346544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.106;QD=19.6705;RBI=0.0364714;REFB=-0.0152395;REVB=-0.011368;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285952;STB=0.516115;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0141452;OID=.;OPOS=175287778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:8:15:17:8:8:15:17:8 chr2 175292580 . TTCAAATTTATCAG T 58.13 PASS AF=0.314286;AO=9;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0165335;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=13;MLLD=358.015;QD=6.64317;RBI=0.0170766;REFB=-0.0073999;REVB=-0.00427254;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279278;STB=0.61155;STBP=0.433;TYPE=del;VARB=0.0157226;OID=.;OPOS=175292581;OREF=TCAAATTTATCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:9:35:11:35:24:3:8:10:14:58:23:2:7:10:13 chr2 175300997 . G A 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0100003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.074;QD=20.5124;RBI=0.0178185;REFB=-0.0126903;REVB=0.0147476;RO=46;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110813;STB=0.565433;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0102784;OID=.;OPOS=175300997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:47:47:0.5:26:21:15:31:26:21:15:32 chr2 175424825 . A T 41.12 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0135691;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=47.8713;QD=7.15207;RBI=0.0182873;REFB=-0.0516157;REVB=0.0122599;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444666;STB=0.713753;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0664802;OID=.;OPOS=175424825;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:22:23:16:16:6:7:0.304348:2:4:4:12:3:4:4:12 chr2 175425476 . G A 650.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.246;QD=61.9202;RBI=0.0493162;REFB=0;REVB=0.0492383;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23465e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:11:30:0:0:11:31:0:0 chr2 175425642 . T C 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0125232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.245;QD=18.9418;RBI=0.0202016;REFB=-0.0180705;REVB=0.0158516;RO=37;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127301;STB=0.578705;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0116702;OID=.;OPOS=175425642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:24:13:18:19:24:13:19:19 chr2 175426274 . C G 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173079;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3032;QD=58.4359;RBI=0.0281373;REFB=0;REVB=0.0221843;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231555;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr2 175436940 . G A 436.45 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00214229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.927;QD=54.5557;RBI=0.0691793;REFB=-0.161031;REVB=0.0691461;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.533311;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00109656;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:7:24:0:0:7:24:0:1 chr2 175614716 . G A 656.45 PASS AF=0.633333;AO=56;DP=89;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0235523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.313;QD=29.1756;RBI=0.0247506;REFB=-0.0317437;REVB=0.00760788;RO=33;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310213;STB=0.519868;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0157113;OID=.;OPOS=175614716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:33:33:56:57:0.633333:28:28:15:18:28:29:15:18 chr2 176988290 . C CGCA 171.39 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0373613;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.471;QD=24.4844;RBI=0.0395567;REFB=-0.0599189;REVB=0.0129949;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=ins;VARB=0.0344888;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:17:31:17:28:11:9:8:5:6:86:13:9:8:5:8 chr2 177036754 . T C 48.11 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0639606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3721;QD=12.0272;RBI=0.0767524;REFB=-0.0273399;REVB=-0.042426;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548753;STB=0.856122;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0334828;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:5:7:0.4375:1:4:2:7:1:6:2:7 chr2 178085137 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00909979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.312;QD=15.6995;RBI=0.0101497;REFB=0.00340957;REVB=0.00449569;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868987;STB=0.549935;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00652803;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:13:6:6:9:13:6 chr2 178417142 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0754;QD=61.5357;RBI=0.0117329;REFB=0;REVB=0.00660504;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52142e-05;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr2 178417225 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.215;QD=57.237;RBI=0.0821147;REFB=0;REVB=0.00693621;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373322;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr2 178481818 . G T 889.86 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021619;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.973;QD=58.3514;RBI=0.0223128;REFB=0;REVB=-0.00552091;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47452e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr2 178482094 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00940032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=356.149;QD=39.318;RBI=0.016993;REFB=-0.0319405;REVB=0.0141561;RO=1;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430526;STB=0.523774;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00565104;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:12:13:0.928571:2:10:1:0:3:10:1:0 chr2 178491217 . GT AC,AT 1078.62 PASS AF=0.0410959,0.958904;AO=3,70;DP=73;FAO=3,70;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=3,42;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189099,0.00323837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=133.743,106.58;QD=59.1023;RBI=0.0207954,0.0299916;REFB=0,0;REVB=-0.00865223,0.0298162;RO=0;SAF=3,42;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.40816e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.032988,-0.000720319;OID=.,.;OPOS=178491217,178491217;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:73:0:0:3,70:3,70:0.0410959,0.958904:0,28:3,42:0:0:0,28:3,42:0:0 chr2 178493301 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.818;QD=48.7373;RBI=0.0097956;REFB=0;REVB=0.00249669;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31227e-05;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 1999.13 PASS AF=0.928105;AO=133;DP=157;FAO=142;FDP=153;FR=.;FRO=11;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0151233;FXX=0.0254761;HRUN=4;LEN=3;MLLD=300.234;QD=52.2648;RBI=0.0155137;REFB=-0.0438014;REVB=0.00345853;RO=18;SAF=55;SAR=78;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581657;STB=0.52414;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.00156277;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928105:133:157:142:153:11:57:85:8:3:32:18:55:78:12:6 chr2 178562082 . T C 294.19 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0106725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3922;QD=17.5635;RBI=0.0447174;REFB=-0.000417109;REVB=0.0434252;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154431;STB=0.586475;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000836901;OID=.;OPOS=178562082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:19:13:20:15:19:13:20:15 chr2 178682603 . T C 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.00504319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.006;QD=10.0254;RBI=0.0151199;REFB=-0.0141596;REVB=0.014254;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289768;STB=0.667231;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0182417;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:13:12:38:14:13:12:38:14 chr2 178682655 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0249158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.971;QD=13.0607;RBI=0.0267429;REFB=-0.0036096;REVB=0.00971497;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275861;STB=0.657417;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00283661;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:26:14:16:10:26:14 chr2 178936373 . T G 727.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.757;QD=63.2697;RBI=0.0284165;REFB=0;REVB=0.00239928;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31634e-05;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr2 178936614 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.841;QD=47.8222;RBI=0.0402483;REFB=0;REVB=0.0401526;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326471;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr2 179188959 . G A 667.1 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.0150421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.532;QD=17.7894;RBI=0.016144;REFB=-0.0298427;REVB=0.00586193;RO=80;SAF=33;SAR=35;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123578;STB=0.561187;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0333682;OID=.;OPOS=179188959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:80:82:68:68:0.453333:35:33:49:31:35:33:49:33 chr2 179201048 . G T 247.69 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0265054;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.193;QD=24.1646;RBI=0.0279248;REFB=0.00193876;REVB=-0.00878953;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267106;STB=0.514881;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00144145;OID=.;OPOS=179201048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:8:10:12:11:8:10 chr2 179203797 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9924;QD=53.276;RBI=0.0271037;REFB=0;REVB=-0.0270847;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513448;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 179260382 . A G 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00770032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.165;QD=12.346;RBI=0.0229317;REFB=-0.00480743;REVB=0.0216002;RO=47;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12999;STB=0.574825;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00504159;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:11:17:23:24:11:17:23:24 chr2 179296511 . C T 85.12 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0535078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0611;QD=5.08178;RBI=0.0549799;REFB=-0.00815907;REVB=-0.0126375;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146491;STB=0.593088;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0449876;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:8:6:29:24:8:6:29:24 chr2 179296626 . G A 81.06 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0364991;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.473;QD=6.89894;RBI=0.0435966;REFB=-0.00473534;REVB=-0.0238428;RO=36;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199465;STB=0.626228;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0133113;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:48:47:36:36:11:11:0.234043:4:7:17:19:4:7:17:19 chr2 179296666 . T C 60.67 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00437385;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.887;QD=5.64338;RBI=0.0362485;REFB=-0.0067034;REVB=0.0359836;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674498;STB=0.543943;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0159552;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:44:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:17:17:4:5:17:17 chr2 179296821 . G A 91.07 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00703327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.577;QD=6.07119;RBI=0.0215168;REFB=0.000740418;REVB=-0.0203348;RO=43;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10731;STB=0.595449;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00236479;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:43:46:14:14:0.233333:5:9:24:19:5:9:24:22 chr2 179300971 . G A 114.81 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0137196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.452;QD=7.06495;RBI=0.0147487;REFB=-0.00143114;REVB=0.00541285;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145482;STB=0.610284;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00446242;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:48:17:17:0.261538:7:10:21:24:7:10:21:27 chr2 179308114 . A G 49.33 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0800593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.1;QD=2.09934;RBI=0.0802532;REFB=0.000950793;REVB=-0.00557525;RO=83;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296247;STB=0.711288;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0149207;OID=.;OPOS=179308114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:83:83:11:11:0.117021:4:7:32:51:4:7:32:51 chr2 179358665 . A G 1101.93 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270183;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.022;QD=60.3797;RBI=0.0448766;REFB=0;REVB=0.0358319;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163575;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr2 179367086 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0371337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9905;QD=46.0573;RBI=0.0531362;REFB=0.00159899;REVB=-0.0380072;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.571347;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00306776;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:3:16:0:1:3:16:0:1 chr2 179393111 . A G 400.23 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0132842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.651;QD=14.5539;RBI=0.0132951;REFB=-0.0203953;REVB=0.000538255;RO=64;SAF=21;SAR=25;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109194;STB=0.561439;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0233605;OID=.;OPOS=179393111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:25:21:36:28:25:21:36:28 chr2 179395560 . G A 426.54 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00726644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.894;QD=18.5453;RBI=0.0546171;REFB=0.00258029;REVB=0.0541316;RO=49;SAF=15;SAR=28;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101352;STB=0.565301;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00339062;OID=.;OPOS=179395560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:48:43:44:0.478261:28:15:22:27:29:15:22:26 chr2 179395760 . G A 748.72 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00790638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.711;QD=19.4473;RBI=0.00891953;REFB=-0.00709826;REVB=0.00412882;RO=77;SAF=40;SAR=37;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589001;STB=0.532426;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00616452;OID=.;OPOS=179395760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:37:40:35:42:37:40:35:42 chr2 179395958 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.896;QD=61.2125;RBI=0.0191507;REFB=0;REVB=0.0189753;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08365e-05;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr2 179396354 . G A 220.87 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00136171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9985;QD=18.0304;RBI=0.0170933;REFB=0.0162578;REVB=0.0170389;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987944;STB=0.505613;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.023238;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:15:12:10:12:15:12 chr2 179397561 . C T 428.73 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.010778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.63;QD=17.1494;RBI=0.011927;REFB=-0.00994175;REVB=0.00510762;RO=54;SAF=34;SAR=10;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235703;STB=0.646667;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0163056;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:56:44:44:0.44:10:34:31:23:10:34:31:25 chr2 179398509 . C A 460.37 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00181446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.769;QD=21.1666;RBI=0.00248457;REFB=-0.0211045;REVB=0.00169729;RO=42;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248738;STB=0.513755;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0182738;OID=.;OPOS=179398509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:28:17:17:25:28:17:17:25 chr2 179400895 . C T 419.63 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00413272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.142;QD=19.5179;RBI=0.0156306;REFB=-0.0394873;REVB=0.0150744;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373888;STB=0.512358;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0284056;OID=.;OPOS=179400895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:42:43:0.5:27:15:17:26:27:16:17:26 chr2 179404628 . T A 110.24 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0297857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.998;QD=14.6989;RBI=0.0299748;REFB=-0.0194463;REVB=0.00336172;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503811;STB=0.528454;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0199275;OID=.;OPOS=179404628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:10:7:6:7:10:7 chr2 179406191 . C T 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0122572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.961;QD=16.4726;RBI=0.0141551;REFB=-0.0220665;REVB=-0.00708018;RO=59;SAF=17;SAR=32;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147797;STB=0.582705;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.018089;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:32:17:29:30:32:17:29:30 chr2 179413110 . G A 141.3 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0154403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.739;QD=13.1443;RBI=0.0462706;REFB=-0.00119276;REVB=-0.0436184;RO=26;SAF=13;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269299;STB=0.652296;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00130078;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:3:13:16:10:3:13:17:10 chr2 179421694 . A G 726.67 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0775299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0795;QD=54.8434;RBI=0.0775895;REFB=-0.143205;REVB=-0.00303971;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0023902;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:1:0:31:21:1:0 chr2 179427186 . A G 1476.05 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191701;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5085;QD=63.4861;RBI=0.0294393;REFB=0;REVB=0.0223423;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164546;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr2 179427536 . T C 1460.47 PASS AF=0.99;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202713;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.722;QD=58.4187;RBI=0.0629074;REFB=-0.0721351;REVB=0.0595518;RO=1;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012005;STB=0.506023;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000167266;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:1:1:97:99:0.99:39:58:0:1:41:58:0:1 chr2 179430997 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.241;QD=59.6794;RBI=0.0217998;REFB=0;REVB=-0.00238829;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82137e-05;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr2 179434516 . C T 118.61 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00453813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6359;QD=13.5552;RBI=0.0362929;REFB=-0.00813929;REVB=-0.036008;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089691;STB=0.536033;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00913439;OID=.;OPOS=179434516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:4:9:16:5:4:10:16:5 chr2 179436020 . G A 566.17 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00340399;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.673;QD=26.9605;RBI=0.00544937;REFB=-0.00830165;REVB=0.00425541;RO=33;SAF=28;SAR=23;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11148;STB=0.560759;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00695721;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:51:51:0.607143:23:28:13:20:23:28:13:20 chr2 179444768 . C G 1767.58 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.893;QD=60.951;RBI=0.0115561;REFB=0;REVB=0.00732858;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26786e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:63:52:0:0:63:53:0:0 chr2 179444939 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3901;QD=43.4861;RBI=0.0309993;REFB=0;REVB=0.0179729;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229207;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr2 179447848 . T C 1522.1 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138687;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.007;QD=63.4208;RBI=0.0146584;REFB=0;REVB=0.00474654;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57228e-05;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:47:49:0:0 chr2 179451420 . G A 1536.79 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180468;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1213;QD=62.7261;RBI=0.021972;REFB=0.0293259;REVB=-0.0125332;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123156;STB=0.506328;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=6.42543e-05;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:96:97:0.989796:58:38:1:0:58:39:1:0 chr2 179454394 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.978;QD=56.9566;RBI=0.043405;REFB=0;REVB=0.0399866;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39509e-05;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr2 179455207 . T C 1746.67 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277241;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5343;QD=60.7537;RBI=0.0962021;REFB=0;REVB=0.0921207;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370119;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:115:0:0:113:115:1:44:69:0:0:46:69:0:0 chr2 179457147 . G A 138.94 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0175409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.839;QD=12.0815;RBI=0.0252939;REFB=0.0062314;REVB=-0.0182235;RO=30;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329398;STB=0.697709;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0237241;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:3:13:17:13:3:13:17:13 chr2 179458591 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0187521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.896;QD=15.1602;RBI=0.0217389;REFB=-0.0114611;REVB=0.0109971;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108015;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0123344;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:12:10:9:7:12:10 chr2 179464527 . T C 1510.64 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.849;QD=63.6058;RBI=0.0320956;REFB=0;REVB=0.0197548;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110429;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr2 179474483 . G A 102.34 PASS AF=0.144828;AO=21;DP=145;FAO=21;FDP=145;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.0622364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7264;QD=2.82304;RBI=0.0633245;REFB=-0.00508318;REVB=-0.011689;RO=122;SAF=11;SAR=10;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508424;STB=0.540945;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0304968;OID=.;OPOS=179474483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:122:124:21:21:0.144828:10:11:59:63:10:11:59:65 chr2 179543217 . C T 1730.8 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9086;QD=60.7297;RBI=0.0836193;REFB=0;REVB=-0.0557907;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000630714;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr2 179558366 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.1;QD=57.8848;RBI=0.00924053;REFB=0;REVB=0.00901609;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11863e-05;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr2 179578730 . G A 1877.88 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.552;QD=61.5697;RBI=0.0286902;REFB=0;REVB=0.0282857;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70566e-05;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:58:64:0:0:58:64:0:0 chr2 179579093 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.499;QD=63.5827;RBI=0.00858253;REFB=0;REVB=-0.00679019;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25463e-06;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 179579212 . T C 1552.84 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936415;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.347;QD=64.0348;RBI=0.0307166;REFB=0;REVB=0.0292544;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31589e-05;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr2 179579822 . T A 1513.13 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8702;QD=59.9261;RBI=0.0548601;REFB=0;REVB=0.0484044;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485238;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr2 179582327 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.785;QD=58.2396;RBI=0.0371493;REFB=0;REVB=0.0365094;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37624e-05;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr2 179582537 . G T 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0468401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.174;QD=59.4469;RBI=0.0517818;REFB=-0.074494;REVB=-0.022076;RO=2;SAF=18;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494362;STB=0.526305;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00150086;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:30:18:2:0:30:18:2:0 chr2 179583496 . T G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.991;QD=62.4655;RBI=0.0174784;REFB=0;REVB=0.01592;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79565e-05;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr2 179585266 . C T 1008.32 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8815;QD=59.3132;RBI=0.0265734;REFB=0;REVB=-0.00345097;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188597;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr2 179585393 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.064;QD=57.2022;RBI=0.0175847;REFB=0;REVB=0.0121808;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76642e-05;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr2 179587130 . C G 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.57;QD=60.0275;RBI=0.0846765;REFB=0;REVB=-0.00866777;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42081e-05;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr2 179593462 . C T 1041.75 PASS AF=0.520833;AO=100;DP=192;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.00164673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.879;QD=21.7032;RBI=0.00516899;REFB=-0.0130642;REVB=-0.00489967;RO=92;SAF=54;SAR=46;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446075;STB=0.524431;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0137777;OID=.;OPOS=179593462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:92:92:100:100:0.520833:46:54:45:47:46:54:45:47 chr2 179600563 . G A 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.251;QD=62.4619;RBI=0.018408;REFB=0;REVB=-0.0137175;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75088e-06;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr2 179603029 . G A 511.33 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00544765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.518;QD=18.5939;RBI=0.00790213;REFB=0.0080108;REVB=0.00572422;RO=56;SAF=25;SAR=29;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668751;STB=0.537023;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0108377;OID=.;OPOS=179603029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:29:25:30:26:29:25:30:26 chr2 179605180 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.377;QD=56.1914;RBI=0.0371632;REFB=0;REVB=-0.0322311;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450912;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 179614952 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.63;QD=59.6787;RBI=0.0277875;REFB=0;REVB=0.0136484;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45071e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr2 179615887 . T C 500.4 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1721;QD=58.87;RBI=0.104885;REFB=0;REVB=0.0741215;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183814;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:16:15:0:0:18:16:0:0 chr2 179615931 . C G 954.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.503;QD=58.7588;RBI=0.018095;REFB=0;REVB=0.01806;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20819e-05;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:33:32:0:0 chr2 179615994 . T C 1231.64 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.924;QD=60.0802;RBI=0.0139034;REFB=-0.203605;REVB=0.0079179;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011691;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-9.76382e-05;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:41:40:1:0:41:40:1:0 chr2 179620951 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.505;QD=62.022;RBI=0.0244544;REFB=0;REVB=0.0226805;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35752e-05;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 179621477 . C T 1278.18 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.827;QD=60.1495;RBI=0.0438146;REFB=-0.139078;REVB=0.0193093;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885956;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:0:83:85:1:41:42:1:0:42:43:0:0 chr2 179623758 . C T 1521.78 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248945;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.316;QD=63.4074;RBI=0.0249096;REFB=0;REVB=0.00086792;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111767;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr2 179629363 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.508;QD=62.6705;RBI=0.0328717;REFB=0;REVB=0.0305835;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179909;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr2 179629461 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.475;QD=60.61;RBI=0.00828983;REFB=0;REVB=0.00193179;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13497e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr2 179640203 . C T 158.19 PASS AF=0.204545;AO=25;DP=130;FAO=27;FDP=132;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.025849;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.178;QD=4.7937;RBI=0.0285186;REFB=-0.00276537;REVB=-0.0120474;RO=99;SAF=12;SAR=13;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957819;STB=0.549879;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0102678;OID=.;OPOS=179640203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:99:105:25:27:0.204545:13:12:55:44:13:14:61:44 chr2 179644035 . G A 1413.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.814;QD=62.8196;RBI=0.0380076;REFB=0;REVB=0.0279556;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05425e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:41:49:0:0 chr2 179659912 . G A 755.98 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289212;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.078;QD=57.0553;RBI=0.0610418;REFB=0;REVB=0.0537556;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78374e-05;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr2 179702268 . A G 723.6 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.009;QD=62.9219;RBI=0.0193489;REFB=0;REVB=0.00408835;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94808e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:22:21:0:0:23:23:0:0 chr2 179839833 . A G 782.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2085;QD=63.8992;RBI=0.0640112;REFB=0;REVB=0.0338808;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521428;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr2 180047908 . T C 777.75 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2132;QD=56.564;RBI=0.0591074;REFB=0;REVB=-0.051088;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000924576;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:28:27:0:0 chr2 180308028 . C T 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0138008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.228;QD=15.1967;RBI=0.0342372;REFB=0.0116052;REVB=-0.0313325;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892394;STB=0.551811;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0165031;OID=.;OPOS=180308028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:8:10:9:5:8:10 chr2 180810202 . C T 784.95 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.131;QD=57.0871;RBI=0.0132248;REFB=0;REVB=-0.0131511;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73682e-05;OID=.;OPOS=180810202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:33:22:0:0 chr2 180810264 . A T 575.33 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.381;QD=60.5608;RBI=0.0442645;REFB=0;REVB=-0.043936;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136868;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr2 182347072 . T C 261.57 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0141724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2538;QD=17.1518;RBI=0.0362353;REFB=-0.0089549;REVB=0.0333488;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523286;STB=0.529391;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0180357;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:17:15:12:17:17:15 chr2 182374534 . A G 358.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.025596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.698;QD=22.7371;RBI=0.0261567;REFB=-0.0222261;REVB=0.00538702;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865746;STB=0.547677;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0081532;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:20:16:15:12:20:16:15:12 chr2 182374567 . A G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0319133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.844;QD=13.4578;RBI=0.032004;REFB=0.00218759;REVB=0.0024078;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257591;STB=0.515041;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.000948177;OID=.;OPOS=182374567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:14:12:7:9:14:12 chr2 182392143 . G C 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0209704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0084;QD=17.6934;RBI=0.0209896;REFB=-0.00338884;REVB=-0.00089666;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131721;STB=0.573728;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00493359;OID=.;OPOS=182392143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:14:21:18:21:14:21:18:21 chr2 182395345 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0153418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.635;QD=13.4057;RBI=0.0153567;REFB=0.00888281;REVB=-0.000676203;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560058;STB=0.532054;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0109161;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:21:13:10:13:21:13 chr2 182399097 . T C 73.81 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0321154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.96;QD=9.84126;RBI=0.0489483;REFB=-0.00991219;REVB=0.0369396;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280897;STB=0.670883;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0205648;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:9:11:3:7:9:11 chr2 182399638 . A G 1677.14 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2255;QD=60.4376;RBI=0.0589586;REFB=0;REVB=0.00917578;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380369;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr2 182400905 . T G 1463.42 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585543;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.977;QD=57.9571;RBI=0.0590479;REFB=-0.0906503;REVB=0.00761905;RO=2;SAF=51;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380708;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:101:2:0:99:101:1:48:51:2:0:48:53:0:0 chr2 182401109 . T TGATACA 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0168545;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=294.173;QD=7.04962;RBI=0.0264082;REFB=-0.00419054;REVB=-0.0203303;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0139295;OID=.;OPOS=182401110;OREF=-;OALT=GATACA;OMAPALT=TGATACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:40:10:40:30:6:4:18:12:70:30:6:4:18:12 chr2 182403851 . G A 1062.33 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.714;QD=59.8494;RBI=0.0217238;REFB=0;REVB=0.0157757;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19811e-06;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:35:36:0:0 chr2 182413259 . A G 138.91 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00576664;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.794;QD=12.3477;RBI=0.0184912;REFB=-0.00236035;REVB=0.0175691;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561997;STB=0.551467;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00475664;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:8:7:15:14:9:7:15:14 chr2 182521578 . G A 199.54 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00478268;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.424;QD=15.0594;RBI=0.0158419;REFB=-0.0308436;REVB=0.0151027;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216143;STB=0.537158;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0412252;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:15:15:13:10:15:15 chr2 182543455 . T C 155.73 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00338073;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.19;QD=11.9789;RBI=0.0294519;REFB=-0.0022581;REVB=-0.0292572;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135366;STB=0.578864;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00464401;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:18:15:11:8:18:15 chr2 182763586 . G A 213.13 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00802733;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.004;QD=16.0853;RBI=0.0228901;REFB=-0.00505507;REVB=0.0214364;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354698;STB=0.509426;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0074691;OID=.;OPOS=182763586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:29:24:24:0.45283:12:12:14:12:12:12:15:14 chr2 182780307 . G A 238.19 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0352671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.181;QD=20.2716;RBI=0.0360595;REFB=-0.0179285;REVB=-0.00751795;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115602;STB=0.574522;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0189749;OID=.;OPOS=182780307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:9:14:11:12:9:15 chr2 182792984 . T A 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.010877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3809;QD=12.3929;RBI=0.0789091;REFB=-0.0238206;REVB=-0.0781559;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446326;STB=0.526278;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0357705;OID=.;OPOS=182792984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:11:13:7:7:11:13 chr2 182925120 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0304275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.13;QD=13.4853;RBI=0.0339669;REFB=-0.00726414;REVB=0.015097;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176743;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0148284;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:7:4:5:4:7:4 chr2 182926144 . T C 352.5 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00347926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5887;QD=15.8426;RBI=0.0590185;REFB=-0.0148235;REVB=0.0589159;RO=50;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804443;STB=0.551286;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0152552;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:22:16:25:25:22:16:26:25 chr2 183007502 . A G 247.67 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0255826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9764;QD=18.0123;RBI=0.0766881;REFB=0.0280231;REVB=0.0722952;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101043;STB=0.564468;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0252962;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:12:14:12:16:12:15:12:16 chr2 183789649 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.788;QD=54.5177;RBI=0.0318363;REFB=0;REVB=0.0318098;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125953;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr2 183799558 . G C 1491.29 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0556735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.001;QD=58.482;RBI=0.0564959;REFB=-0.011075;REVB=0.00960459;RO=1;SAF=44;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106601;STB=0.505617;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000185709;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:57:44:1:0:57:44:1:0 chr2 183847563 . G A 61.29 PASS AF=0.148148;AO=11;DP=80;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0208042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.487;QD=3.02681;RBI=0.0215627;REFB=-0.0091251;REVB=-0.00566894;RO=69;SAF=2;SAR=9;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301517;STB=0.735595;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.040451;OID=.;OPOS=183847563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:81:69:69:11:12:0.148148:9:2:27:42:10:2:27:42 chr2 183948210 . A G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0129284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.301;QD=26.3414;RBI=0.0136298;REFB=0.00918619;REVB=-0.00431608;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022539;STB=0.512532;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00925608;OID=.;OPOS=183948210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:8:11:6:5:8:11:6:5 chr2 183961650 . A C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.01;QD=59.3229;RBI=0.0265865;REFB=0;REVB=0.021978;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96533e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr2 183961668 . A G 170.6 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0114011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.878;QD=10.832;RBI=0.0145255;REFB=0.00043933;REVB=0.00900028;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251069;STB=0.65809;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00101868;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:13:9:25:14:13:9:27:14 chr2 184814072 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.857;QD=60.61;RBI=0.0284479;REFB=0;REVB=-0.0259965;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79271e-05;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr2 185469503 . C T 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00233201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.274;QD=15.3053;RBI=0.0136748;REFB=-0.0126876;REVB=-0.0134745;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049993;STB=0.528227;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0172207;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:17:13:15:24:17:13:15:24 chr2 185800905 . A T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0252236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.606;QD=21.5108;RBI=0.0253504;REFB=-0.0189721;REVB=-0.00253222;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.583245;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0160128;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:4:11:10:8:4:11 chr2 185801747 . G A 101.1 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0148969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9771;QD=9.86379;RBI=0.0201739;REFB=-0.0162454;REVB=-0.013604;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275558;STB=0.649222;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0176485;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:28:12:13:0.317073:8:4:15:11:8:5:17:11 chr2 185801755 . A G 141.89 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0109927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.997;QD=13.8428;RBI=0.0175995;REFB=-0.0216692;REVB=-0.0137442;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304406;STB=0.658489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0333316;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:15:16:0.390244:10:5:15:9:10:6:16:9 chr2 185801917 . A G 51.64 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00445066;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=266.479;QD=18.7781;RBI=0.00615545;REFB=0.00656032;REVB=0.0042522;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.675156;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00248493;OID=.;OPOS=185801917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:3:1:5:2:3:1 chr2 185802211 . C CACA 54.48 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00607267;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.769;QD=8.71666;RBI=0.00610811;REFB=-0.00295566;REVB=0.000657017;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.666222;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.00404029;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:8:26:8:25:17:2:6:8:9:54:17:2:6:8:9 chr2 185802243 . C A 66.62 PASS AF=0.409091;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00282195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.464;QD=12.112;RBI=0.00360661;REFB=-0.0202177;REVB=0.00224593;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115383;STB=0.624716;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0302412;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:22:13:13:7:9:0.409091:4:3:7:6:6:3:7:6 chr2 185802363 . A G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0171171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.692;QD=18.2896;RBI=0.0173107;REFB=0.00622504;REVB=-0.00258222;RO=33;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215587;STB=0.620613;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00978195;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:11:21:14:19:11:21:14:19 chr2 185803042 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0309195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.706;QD=16.3858;RBI=0.037706;REFB=0.0133775;REVB=0.0215808;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00354584;OID=.;OPOS=185803042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:7:2:4:3:7:2:5:3 chr2 185803364 . C G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5803;QD=24.8031;RBI=0.0242689;REFB=-0.017004;REVB=0.0242689;RO=4;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00649904;OID=.;OPOS=185803364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:10:0:0:4:10:0:0:4 chr2 186526579 . G A 448.95 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0203502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0358;QD=16.9415;RBI=0.0335276;REFB=-0.00112911;REVB=-0.0266453;RO=54;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117639;STB=0.569592;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00101284;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:57:49:49:0.462264:22:27:23:31:22:27:24:33 chr2 186625769 . A AG 484.9 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637917;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=219.764;QD=57.0474;RBI=0.0807941;REFB=0;REVB=-0.0495812;RO=30;SAF=2;SAR=2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000874516;OID=.;OPOS=186625770;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:34:34:0:20:14:0:0:4:30:2:2:17:13 chr2 186625770 . A G 370.7 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.01393;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=218.918;QD=42.3652;RBI=0.0212801;REFB=-0.215728;REVB=0.0160872;RO=5;SAF=16;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133065;STB=0.519986;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00181902;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:5:6:29:29:0.828571:13:16:3:2:13:16:4:2 chr2 186627943 . T C 1182.92 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0112382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7862;QD=58.4158;RBI=0.0115151;REFB=-0.13812;REVB=-0.00251028;RO=2;SAF=37;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248992;STB=0.513155;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00198822;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:42:37:2:0:42:37:2:0 chr2 186653954 . A G 142.87 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0168141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.895;QD=14.2868;RBI=0.0215935;REFB=-0.0120933;REVB=0.0135487;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891363;STB=0.551882;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0222354;OID=.;OPOS=186653954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:13:11:6:10:13:11 chr2 186654411 . A G 553.43 PASS AF=0.53271;AO=54;DP=105;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00695895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.659;QD=20.6889;RBI=0.00963202;REFB=-0.0236774;REVB=-0.00665949;RO=50;SAF=23;SAR=31;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653093;STB=0.520572;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0192781;OID=.;OPOS=186654411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:50:50:54:57:0.53271:31:23:25:25:31:26:25:25 chr2 186654592 . A G 770.86 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047883;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9599;QD=64.2379;RBI=0.0381908;REFB=0;REVB=0.0378895;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861437;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr2 186654867 . G C 1044.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1282;QD=59.6787;RBI=0.0472413;REFB=0;REVB=0.0461542;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227327;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr2 186655726 . G A 766.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.62;QD=63.8381;RBI=0.083585;REFB=0;REVB=-0.0826155;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748657;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr2 186656657 . C T 712.2 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00664598;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.374;QD=54.7848;RBI=0.0738751;REFB=-0.109321;REVB=-0.0735755;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00138696;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:26:25:0:0:26:25:1:0 chr2 186656956 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.115;QD=50.4131;RBI=0.0389914;REFB=0;REVB=0.038759;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256376;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr2 186657089 . C A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.265;QD=60.5473;RBI=0.00992663;REFB=0;REVB=0.000623918;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96728e-06;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr2 186658056 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00690712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.263;QD=52.7691;RBI=0.0390817;REFB=0.00477565;REVB=-0.0384665;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000371402;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr2 186658438 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.058;QD=55.0986;RBI=0.0242402;REFB=0;REVB=-0.0200441;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37704e-05;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr2 186658565 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.37;QD=56.7065;RBI=0.0582498;REFB=0;REVB=0.0193228;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006133;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr2 186659359 . G T 447.62 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.561;QD=57.7579;RBI=0.0063903;REFB=0;REVB=-0.00534965;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97822e-06;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:22:8:0:0:22:9:0:0 chr2 186661673 . A G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4367;QD=61.6758;RBI=0.030229;REFB=0;REVB=0.0182;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303868;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 186664473 . T C 2220.14 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180191;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.264;QD=63.4325;RBI=0.0218775;REFB=0;REVB=0.0124072;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29879e-05;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:71:69:0:0:71:69:0:0 chr2 186664963 . C A 329.87 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.109499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.698;QD=50.7497;RBI=0.109499;REFB=-0.0862333;REVB=5.47624e-05;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000571664;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr2 186665432 . G A 733.94 PASS AF=1;AO=36;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4444;QD=61.1615;RBI=0.148049;REFB=0;REVB=0.100502;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828854;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:36:48:1:22:14:0:0:28:20:0:0 chr2 186665824 . A G 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.394;QD=54.4805;RBI=0.0314428;REFB=0.0620315;REVB=0.0127368;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000362101;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:15:16:0:0:15:16:1:0 chr2 186667121 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.039;QD=53.2771;RBI=0.0262706;REFB=0;REVB=0.0203131;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03741e-05;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 186670104 . A C 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8505;QD=60.9579;RBI=0.0612252;REFB=0;REVB=0.043483;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146638;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr2 186670780 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.103;QD=52.6132;RBI=0.0403999;REFB=0;REVB=0.0396374;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93179e-05;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 186670979 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.163;QD=51.9162;RBI=0.0424354;REFB=0;REVB=0.0406592;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304953;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 186671357 . G A 746.79 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000300556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.013;QD=63.5563;RBI=0.038061;REFB=0;REVB=-0.0380599;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90637e-05;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr2 186671912 . G A 1536.73 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547523;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.321;QD=64.0304;RBI=0.0313372;REFB=0;REVB=0.0308552;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60428e-06;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr2 186672656 . A G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0331658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.773;QD=3.7338;RBI=0.0350306;REFB=-0.00836828;REVB=-0.0112772;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416982;STB=0.782408;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0676282;OID=.;OPOS=186672656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:2:5:13:24:2:5:13:24 chr2 186697876 . A G 1212.41 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7535;QD=59.8721;RBI=0.0383167;REFB=-0.0733281;REVB=0.0288823;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000909416;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:37:43:0:0:37:43:1:0 chr2 187487160 . G A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.506;QD=61.2127;RBI=0.00708218;REFB=0;REVB=-0.00692121;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24908e-06;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr2 187532417 . G A 1381.19 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.087;QD=61.3864;RBI=0.0192424;REFB=0.0185395;REVB=0.00473553;RO=0;SAF=72;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=9.11478e-05;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:88:89:0.988889:16:72:0:0:16:73:1:0 chr2 187558960 . G A 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0318019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.433;QD=20.7509;RBI=0.0822762;REFB=-0.00560939;REVB=0.0758816;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00672062;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:7:5:6:9:7:5 chr2 187559029 . A ACAGCAG,G 179.28 PASS AF=0.208333,0.125;AO=15,9;DP=73;FAO=15,9;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13,6;FSAR=2,3;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0612715,-0.0267786;FXX=0.0136968;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=169.47,103.786;QD=9.96004;RBI=0.0716985,0.0437125;REFB=-0.0210131,-0.013465;REVB=-0.0372354,-0.0345499;RO=49;SAF=13,6;SAR=2,3;SRF=28;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.442487,0.122545;STB=0.776743,0.574829;STBP=0.033,0.69;TYPE=ins,snp;VARB=0.0696985,0.0579693;OID=.,.;OPOS=187559030,187559029;OREF=-,A;OALT=CAGCAG,G;OMAPALT=ACAGCAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:49:48:15,9:15,9:0.208333,0.125:2,3:13,6:28:21:2,3:13,6:28:20 chr2 187559047 . G A,GCAA 357.28 PASS AF=0.109756,0.365854;AO=16,17;DP=104;FAO=9,30;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=7,14;FSAR=2,16;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0218123,-0.00323122;FXX=0.145818;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=91.2739,128.471;QD=17.4285;RBI=0.03221,0.00577688;REFB=-0.0303434,-0.0195776;REVB=-0.0237004,-0.00478869;RO=71;SAF=7,9;SAR=9,8;SRF=48;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.297229,-0.190701;STB=0.538373,0.660584;STBP=0.85,0.031;TYPE=snp,ins;VARB=0.0388918,0.0431143;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:104:82:71:43:16,17:9,30:0.109756,0.365854:9,8:7,9:48:23:2,16:7,14:32:11 chr2 187559050 . A G 44.41 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=-0.0320285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.327;QD=1.62957;RBI=0.0355611;REFB=-0.00580646;REVB=-0.0154521;RO=98;SAF=5;SAR=6;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211038;STB=0.656598;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0651084;OID=.;OPOS=187559050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:98:98:11:11:0.100917:6:5:62:36:6:5:62:36 chr2 187698751 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.133;QD=60.9785;RBI=0.0215968;REFB=0;REVB=-0.0193519;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05425e-05;OID=.;OPOS=187698751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr2 188250301 . T A 1571.94 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00570836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.203;QD=62.8777;RBI=0.00719383;REFB=-0.0244642;REVB=0.00437787;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000411489;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:50:49:0:0:50:49:1:0 chr2 189460553 . T C 1426.33 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00301303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.85;QD=61.3474;RBI=0.00403569;REFB=0.04537;REVB=-0.00268486;RO=1;SAF=53;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886055;STB=0.504672;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=7.12841e-05;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:38:53:1:0:39:53:1:0 chr2 189861962 . A G 433.52 PASS AF=0.453608;AO=42;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0050252;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.978;QD=17.8772;RBI=0.00784368;REFB=-0.0032886;REVB=-0.00602252;RO=53;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657038;STB=0.523754;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00299357;OID=.;OPOS=189861962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:42:44:0.453608:21:21:23:30:23:21:23:30 chr2 189863054 . C T 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.00281048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.316;QD=8.84558;RBI=0.00343377;REFB=0.00197834;REVB=-0.00197281;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363063;STB=0.71019;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00400616;OID=.;OPOS=189863054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:9:7:6:32:9:7:6:32 chr2 189863389 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000296858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.291;QD=18.4129;RBI=0.0070845;REFB=-0.0103721;REVB=-0.00707827;RO=33;SAF=24;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972551;STB=0.565875;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0177407;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:9:24:21:12:9:24:21:13 chr2 189864080 . G A 555.97 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0188564;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.83;QD=23.4094;RBI=0.0188884;REFB=-0.00654401;REVB=-0.00109931;RO=41;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112631;STB=0.574851;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00508976;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:43:51:52:0.547368:27:24:25:16:28:24:27:16 chr2 189866199 . T A 2377.64 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.425;QD=63.8291;RBI=0.0368063;REFB=0;REVB=0.0347127;RO=0;SAF=83;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29941e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:64:83:0:0:66:83:0:0 chr2 189870953 . C A 346.1 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0340668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.978;QD=24.7211;RBI=0.034076;REFB=-0.0220184;REVB=-0.000790533;RO=22;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535534;STB=0.529394;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0133226;OID=.;OPOS=189870953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:18:16:12:10:18:16:12:10 chr2 189875421 . T G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.325;QD=62.9825;RBI=0.0615382;REFB=0;REVB=0.058381;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258867;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr2 189907937 . A G 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9563;QD=59.6764;RBI=0.0471357;REFB=0;REVB=-0.0066705;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023041;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr2 189932831 . T C 1173.71 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.348;QD=60.1901;RBI=0.0104503;REFB=0;REVB=0.00240092;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42839e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:44:32:0:0:44:34:0:0 chr2 189974958 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2916;QD=49.5977;RBI=0.0789009;REFB=0;REVB=0.00809764;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228198;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr2 189997838 . G A 303.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.9657;QD=52.7345;RBI=0.286734;REFB=0;REVB=0.282524;RO=0;SAF=22;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00696326;OID=.;OPOS=189997838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:0:22:0:0:1:22:0:0 chr2 190323530 . A G 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00575186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.96;QD=19.9734;RBI=0.00678932;REFB=0.00520112;REVB=-0.00360706;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290706;STB=0.51612;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00542619;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:21:16:14:21:21:16:14:21 chr2 190430177 . A G 423.57 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=107;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=0.0500795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3894;QD=15.6877;RBI=0.0536179;REFB=0.0100589;REVB=0.0191552;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266178;STB=0.651524;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0120462;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:60:60:47:48:0.444444:26:21:43:17:27:21:43:17 chr2 190430214 . G A 435.89 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.015764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5006;QD=19.5907;RBI=0.015787;REFB=-0.00211671;REVB=-0.000852534;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256036;STB=0.638495;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00385699;OID=.;OPOS=190430214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:43:44:0.494382:24:19:32:12:24:20:33:12 chr2 190531426 . G A 1272.78 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135191;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.343;QD=60.6085;RBI=0.0144677;REFB=-0.0336676;REVB=-0.00515274;RO=1;SAF=51;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919718;STB=0.504853;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=9.73795e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:32:51:1:0:32:51:1:0 chr2 190595258 . G T 1009.66 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0634152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3008;QD=57.6946;RBI=0.0807134;REFB=0.0264199;REVB=0.0499316;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108646;STB=0.505616;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00427148;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:67:69:0.985714:24:43:1:0:25:44:1:0 chr2 190602513 . T C 467.02 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00500698;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.8266;QD=54.9438;RBI=0.0643776;REFB=-0.150549;REVB=0.0641826;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0069989;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:14:19:0:0:14:19:1:0 chr2 190617643 . A G,T 850.5 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=55,4;DP=59;FAO=58,2;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183642,-0.0414013;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.769,20.3058;QD=56.6998;RBI=0.0339504,0.0997009;REFB=0,0;REVB=0.0285549,-0.0906984;RO=0;SAF=32,2;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.49259e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00221679,0.188173;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:59:60:0:0:55,4:58,2:0.966667,0.0333333:23,2:32,2:0:0:23,2:35,0:0:0 chr2 190618249 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.672;QD=52.6131;RBI=0.0450184;REFB=0;REVB=0.0276973;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564683;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr2 190636411 . C G 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.024924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.129;QD=24.3362;RBI=0.0249501;REFB=-0.0352965;REVB=-0.00113986;RO=26;SAF=14;SAR=24;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042887;STB=0.523548;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0215935;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:24:14:11:15:24:14:11:15 chr2 190660574 . T C 78.1 PASS AF=0.142857;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0278146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.703;QD=2.78921;RBI=0.0283553;REFB=0.00322976;REVB=-0.00551075;RO=94;SAF=8;SAR=8;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0173114;OID=.;OPOS=190660574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:112:112:94:96:16:16:0.142857:8:8:47:47:8:8:48:48 chr2 190788123 . G T 435.53 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0132743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.855;QD=23.8644;RBI=0.0144413;REFB=-0.011047;REVB=-0.00568717;RO=31;SAF=19;SAR=23;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12855;STB=0.570348;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00723507;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:23:19:9:22:23:19:9:22 chr2 190788844 . T TC 202.76 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205515;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.815;QD=47.707;RBI=0.18006;REFB=0;REVB=0.180049;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00222997;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:18:17:17:0:12:5:0:0:4:0:10:2:0:0 chr2 190815211 . G A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.753;QD=60.605;RBI=0.00807825;REFB=0;REVB=-0.00699381;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83936e-06;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr2 191066768 . AC A,AT 482.25 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=7,28;DP=36;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117993,0.013905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.1907,72.6722;QD=56.7348;RBI=0.0240886,0.155896;REFB=0,0;REVB=0.0210008,0.155275;RO=0;SAF=1,10;SAR=6,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0536775,0.00448519;OID=.,.;OPOS=191066769,191066769;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:7,28:36:1,33:34:0:1,10:0,23:0:0:7:0:1,10:6,18:0:0 chr2 191161622 . T C 993.64 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0070478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.993;QD=57.6024;RBI=0.0140405;REFB=-0.0246923;REVB=0.0121434;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00789604;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:40:27:1:0:41:27:1:0 chr2 191231458 . G A 1448.9 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0019577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4177;QD=57.3823;RBI=0.0318619;REFB=-0.0404395;REVB=0.0318017;RO=2;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211192;STB=0.501113;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00688538;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:44:55:1:1:44:55:1:1 chr2 191235901 . A C 1075.09 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4227;QD=58.113;RBI=0.153939;REFB=0;REVB=0.153304;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218372;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:26:43:0:0:31:43:0:0 chr2 191301368 . A G 69.31 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0370566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9439;QD=30.8066;RBI=0.0382692;REFB=-0.0460206;REVB=0.00955722;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00816242;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:7:1:0:0:7:1:1:0 chr2 191354491 . T C 707.9 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.24309e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.517;QD=62.9246;RBI=0.0240975;REFB=0;REVB=0.0240974;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4395e-05;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr2 191379268 . G A 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0299;QD=56.1771;RBI=0.0731348;REFB=0;REVB=-0.0208224;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000946296;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr2 191402654 . A G 122.23 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00458914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2301;QD=15.7713;RBI=0.165183;REFB=0.0183272;REVB=-0.165119;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0268365;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:6:10:8:6:6:11 chr2 191402685 . A C 362.46 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0391666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8328;QD=27.8817;RBI=0.0568616;REFB=0.0193417;REVB=-0.0412215;RO=17;SAF=21;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128551;STB=0.561591;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.011767;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:13:21:7:10:13:21:8:10 chr2 191402698 . A C 383.52 PASS AF=0.686275;AO=22;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0573935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.66;QD=30.0801;RBI=0.0578541;REFB=-0.0077299;REVB=0.00728631;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475351;STB=0.562101;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00709757;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:13:16:22:35:0.686275:12:10:5:8:13:22:7:9 chr2 191402702 . T C 435.17 PASS AF=0.701754;AO=39;DP=56;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0566979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8034;QD=30.538;RBI=0.0619096;REFB=-0.0111806;REVB=-0.0248626;RO=17;SAF=27;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170426;STB=0.584152;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0151935;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:17:17:39:40:0.701754:12:27:7:10:13:27:7:10 chr2 191402710 . T C 472.54 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00266298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.321;QD=29.5334;RBI=0.0269642;REFB=-0.0282795;REVB=0.0268323;RO=20;SAF=30;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159436;STB=0.580606;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0161107;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:21:43:43:0.671875:13:30:9:11:13:30:10:11 chr2 191402712 . TA CG 507.79 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00538793;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=125.234;QD=31.7367;RBI=0.022485;REFB=0.0124167;REVB=0.0218299;RO=19;SAF=32;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177221;STB=0.596228;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=-0.00520473;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:45:45:0.703125:13:32:8:11:13:32:8:11 chr2 191402748 . A T 514.1 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0061748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.012;QD=30.2411;RBI=0.0168894;REFB=-0.00971522;REVB=0.0157201;RO=21;SAF=32;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168791;STB=0.585877;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00647611;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:22:46:46:0.676471:14:32:9:12:14:32:10:12 chr2 191402761 . G A 431.35 PASS AF=0.666667;AO=39;DP=59;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0474057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.869;QD=28.7565;RBI=0.0498426;REFB=-0.000600297;REVB=-0.0153941;RO=20;SAF=31;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269338;STB=0.632581;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00027483;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:20:39:40:0.666667:8:31:9:11:9:31:9:11 chr2 191402775 . T C 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.02449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.586;QD=29.5625;RBI=0.0249688;REFB=-0.0181034;REVB=0.00486605;RO=15;SAF=24;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383765;STB=0.698873;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00149603;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:17:29:29:0.630435:5:24:5:10:5:24:7:10 chr2 191402778 . T C 291.08 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0111789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.919;QD=26.4614;RBI=0.0174743;REFB=-0.0124598;REVB=0.0134307;RO=18;SAF=24;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587992;STB=0.833897;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00410573;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:2:24:7:11:2:24:7:11 chr2 191535068 . C T 127.7 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0686374;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.571;QD=6.63397;RBI=0.0687228;REFB=-0.00764932;REVB=-0.00342572;RO=58;SAF=8;SAR=11;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180283;STB=0.61017;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0170963;OID=.;OPOS=191535068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:58:58:19:19:0.246753:11:8:33:25:11:8:33:25 chr2 191556953 . ATTTTG ATT,ATTG,ATTGTT 171.68 PASS AF=0.0357143,0.464286,0.142857;AO=7,3,4;DP=28;FAO=1,13,4;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=0,2,2;FSAR=1,11,2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0525568,0.196208,0.158368;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,3;MLLD=181.216,29.0247,30.6146;QD=24.525;RBI=0.0661659,0.196552,0.182143;REFB=0.0157847,0.0791061,-0.0424298;REVB=0.0401958,0.0116346,0.089975;RO=6;SAF=0,0,2;SAR=7,3,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.793444,-0.711122,-0.156622;STB=0.991023,0.745327,0.571079;STBP=0.295,0.024,0.813;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.029146,-0.024435,-0.00455747;OID=.,.,.;OPOS=191556956,191556954,191556956;OREF=TTG,TT,TTG;OALT=-,-,GTT;OMAPALT=ATT,ATTG,ATTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0357143,0.464286,0.142857:7,3,4:28:1,13,4:28:10:0,2,2:1,11,2:6:4:70:6:0,0,2:7,3,2:4:2 chr2 191828203 . A T 228.89 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0197459;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5755;QD=20.8082;RBI=0.0224706;REFB=-0.0248803;REVB=0.010725;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197585;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:22:22:22:0.5:7:15:11:6:7:15:15:7 chr2 191828205 . C A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0213633;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.223;QD=19.993;RBI=0.0476634;REFB=-0.0158081;REVB=0.0426076;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145295;STB=0.508189;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0149897;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:16:7:7:15:16:7 chr2 191828686 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00676877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.312;QD=12.7823;RBI=0.0327501;REFB=-0.00327977;REVB=-0.032043;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00462321;OID=.;OPOS=191828686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:5:9:7:3:5:9 chr2 191874667 . A G 289.43 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0121357;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.339;QD=22.7006;RBI=0.0146406;REFB=-0.043388;REVB=0.0081897;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542831;STB=0.530082;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0354989;OID=.;OPOS=191874667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:22:29:29:0.568627:10:19:13:9:10:19:13:9 chr2 192160839 . A T 460.52 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0486812;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.489;QD=18.6067;RBI=0.0490494;REFB=-0.00807388;REVB=0.00599817;RO=52;SAF=17;SAR=31;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211818;STB=0.622332;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00433144;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:51:48:48:0.484848:31:17:30:22:31:17:30:21 chr2 192160875 . C T 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0135438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.104;QD=17.8206;RBI=0.0137649;REFB=-0.00944608;REVB=0.0024575;RO=52;SAF=15;SAR=29;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250434;STB=0.635478;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00716023;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:29:15:31:21:29:15:31:22 chr2 192214966 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0432466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1919;QD=13.7845;RBI=0.0785435;REFB=-0.00227444;REVB=0.0655653;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235365;STB=0.634034;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00600935;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:11:22:10:13:11:22 chr2 192225388 . G A 90.03 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00906195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.642;QD=5.90381;RBI=0.00952552;REFB=-0.0024845;REVB=-0.00293542;RO=46;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800268;STB=0.540926;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0195891;OID=.;OPOS=192225388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:46:47:14:14:0.229508:7:7:26:20:7:7:26:21 chr2 192250726 . G A 790.19 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043548;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.506;QD=57.4685;RBI=0.0453222;REFB=0;REVB=0.0125568;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58187e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:36:16:0:0:38:17:0:0 chr2 192279327 . T C 975.96 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166557;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.044;QD=59.1493;RBI=0.0379348;REFB=0;REVB=0.0340828;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48366e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr2 192699639 . A AG 1136.37 PASS AF=1;AO=96;DP=111;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120376;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4799;QD=45.4547;RBI=0.123657;REFB=0;REVB=0.0282963;RO=12;SAF=42;SAR=54;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0014717;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:111:100:100:0:44:56:0:0:21:12:42:54:11:1 chr2 192701393 . A G 1510.06 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.259;QD=63.5816;RBI=0.0394584;REFB=0;REVB=0.0104606;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70748e-05;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr2 195523141 . G T 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9218;QD=62.0162;RBI=0.0896605;REFB=0;REVB=0.034395;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000721806;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 196602102 . ATCAATCACATTGCAT A 178.57 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00923732;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=15;MLLD=329.95;QD=13.7365;RBI=0.0242144;REFB=-0.0239052;REVB=-0.0223833;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046966;STB=0.514272;STBP=0.901;TYPE=del;VARB=0.0334026;OID=.;OPOS=196602103;OREF=TCAATCACATTGCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846:20:54:21:52:31:7:14:11:20:99:28:7:13:11:17 chr2 196602132 . GTGAT G 243.67 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0129221;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=4;MLLD=239.025;QD=17.7213;RBI=0.025837;REFB=-0.0292684;REVB=0.0223735;RO=27;SAF=5;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289646;STB=0.64866;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0342647;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909:26:56:27:55:28:6:21:13:15:99:27:5:21:12:15 chr2 196673533 . A G 455.19 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7578;QD=53.5516;RBI=0.19761;REFB=-0.109378;REVB=0.197233;RO=2;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665427;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0123465;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:2:1:32:33:0.970588:13:19:0:2:14:19:0:1 chr2 196791276 . T G 765.76 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2711;QD=63.8133;RBI=0.0282874;REFB=0;REVB=0.0146254;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447162;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr2 196851911 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.319;QD=56.9994;RBI=0.0255692;REFB=0;REVB=-0.0214377;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9474e-05;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr2 196866420 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.641;QD=62.7621;RBI=0.020044;REFB=0;REVB=0.00693906;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15826e-05;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr2 196915991 . A G 1319.93 PASS AF=0.950495;AO=92;DP=97;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00145206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4643;QD=52.2744;RBI=0.00187356;REFB=0.00605336;REVB=0.00118395;RO=5;SAF=43;SAR=49;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01298;STB=0.507052;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00455585;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:101:5:5:92:96:0.950495:49:43:3:2:52:44:3:2 chr2 197004439 . A G 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.659;QD=61.4668;RBI=0.0183041;REFB=0;REVB=0.000879453;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29481e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:68:53:0:0:68:53:0:0 chr2 197021276 . T C 1603.8 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.246;QD=64.1518;RBI=0.0681029;REFB=0;REVB=0.0068075;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29772e-05;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:59:38:0:0:60:40:0:0 chr2 197021372 . T A 808.43 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00778992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.648;QD=53.8955;RBI=0.014384;REFB=0.0935777;REVB=0.012092;RO=2;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314232;STB=0.516661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000288384;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:29:29:0:2:29:29:0:2 chr2 197065221 . A G 1299.33 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00818462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.104;QD=57.748;RBI=0.0608485;REFB=-0.11533;REVB=0.0602955;RO=4;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402671;STB=0.515786;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000617795;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:4:3:86:87:0.966667:45:41:0:4:46:41:0:3 chr2 197118729 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.783;QD=60.9783;RBI=0.0143116;REFB=0;REVB=0.0116496;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37879e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr2 197154234 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.974;QD=50.4133;RBI=0.00588745;REFB=0;REVB=-0.00349175;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60124e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr2 197183638 . C T 493.46 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0260225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.233;QD=25.6341;RBI=0.0443616;REFB=-0.00283489;REVB=0.0359274;RO=31;SAF=32;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043025;STB=0.52355;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00201547;OID=.;OPOS=197183638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:14:32:20:11:14:32:20:11 chr2 197184321 . C T 789.29 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155537;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.224;QD=64.4322;RBI=0.0177394;REFB=0;REVB=-0.00853052;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61442e-06;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr2 197504545 . C G 992.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.494;QD=59.2494;RBI=0.131257;REFB=0;REVB=0.111653;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031069;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:61:67:1:32:29:0:0:38:29:0:0 chr2 197594714 . A G 261.6 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.018475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0509;QD=17.154;RBI=0.0184802;REFB=-0.0162641;REVB=-0.000441507;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065637;STB=0.54584;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0165365;OID=.;OPOS=197594714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:29:29:0.47541:12:17:16:15:12:17:16:16 chr2 198498557 . C A 370.45 PASS AF=0.45977;AO=37;DP=85;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0158907;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0561;QD=17.032;RBI=0.0170015;REFB=0.0244726;REVB=0.00604445;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112503;STB=0.576292;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0132735;OID=.;OPOS=198498557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:48:47:37:40:0.45977:18:19:30:18:21:19:29:18 chr2 198572076 . A ATTC 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00691296;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=235.712;QD=43.6826;RBI=0.0113945;REFB=0.0273141;REVB=-0.00905796;RO=2;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512216;STB=0.527751;STBP=0.633;TYPE=ins;VARB=-0.00568089;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:20:22:20:22:2:3:17:0:2:9:2:3:17:0:2 chr2 198592986 . T C 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0168855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.262;QD=22.6427;RBI=0.0211437;REFB=-0.0265453;REVB=-0.0127255;RO=34;SAF=25;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218777;STB=0.620291;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0215567;OID=.;OPOS=198592986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:17:25:11:23:17:25:11:23 chr2 200136583 . T A 720.09 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392525;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.047;QD=62.6167;RBI=0.0437626;REFB=0;REVB=-0.0193495;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463547;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:18:26:0:0:20:26:0:0 chr2 200792881 . C T 190.9 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00257734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.704;QD=11.5698;RBI=0.00635561;REFB=-0.00103117;REVB=-0.00580958;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201155;STB=0.615867;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00156455;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:11:13:15:27:11:13:15:27 chr2 201344434 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0191217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3922;QD=21.3534;RBI=0.0523359;REFB=-0.0230002;REVB=0.0487176;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128523;STB=0.572413;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0111901;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:7:2:5:8:7:2 chr2 201344491 . G A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0107263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0781;QD=26.3382;RBI=0.0254394;REFB=0.000644689;REVB=-0.0230675;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180842;STB=0.599916;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00118646;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:11:4:12:11:11:4 chr2 201344732 . C T 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0303582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.523;QD=16.9917;RBI=0.0326216;REFB=-0.0142222;REVB=0.0119395;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042321;STB=0.516562;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0147073;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:17:10:12:17:17:10:12:18 chr2 201435882 . T C 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0212302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.963;QD=4.85445;RBI=0.0452992;REFB=-0.00219879;REVB=0.0400162;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409976;STB=0.768521;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.012328;OID=.;OPOS=201435882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:5:2:18:10:5:2:18:10 chr2 201437328 . C A 193.03 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0439372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7044;QD=16.4278;RBI=0.0489629;REFB=-0.0118865;REVB=-0.0216076;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556976;STB=0.531883;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0124515;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:15:12:10:10:15:12 chr2 201437334 . T C 688.3 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.252;QD=62.5722;RBI=0.0291817;REFB=0;REVB=0.0105721;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73046e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:41:44:1:19:22:0:0:21:23:0:0 chr2 201468732 . C G 85.24 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00237375;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.273;QD=10.3317;RBI=0.047799;REFB=-0.00249997;REVB=0.0477401;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170124;STB=0.593059;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0101732;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:17:22:11:11:0.333333:5:6:12:5:5:6:15:7 chr2 201534389 . A G 350.05 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00947329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.593;QD=13.5941;RBI=0.00949844;REFB=-0.0351914;REVB=0.000690843;RO=62;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984655;STB=0.555739;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0362311;OID=.;OPOS=201534389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:20:21:26:36:20:21:26:36 chr2 201541621 . C T 220.33 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0169672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.629;QD=24.4807;RBI=0.017027;REFB=-0.0123041;REVB=0.00142648;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203275;STB=0.618934;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0181857;OID=.;OPOS=201541621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:12:8:10:5:13:8:10:5 chr2 202122995 . A G 238.11 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00359542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.261;QD=16.143;RBI=0.0118131;REFB=-0.00207508;REVB=0.0112526;RO=32;SAF=20;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994348;STB=0.556371;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00243615;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:7:20:21:11:7:20:21:11 chr2 202215492 . C G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0204532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.104;QD=24.4929;RBI=0.0207286;REFB=0.00558463;REVB=0.00336763;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736264;STB=0.540945;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00497711;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:5:10:12:9:5:10 chr2 202245244 . A G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0182841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.6;QD=9.85816;RBI=0.019168;REFB=-0.00246066;REVB=0.00575354;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352661;STB=0.71191;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00542246;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:18:11:9:4:18:11 chr2 202245607 . AAT AA,A 46.82 PASS AF=0,0.411765;AO=2,7;DP=19;FAO=0,7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=0,6;FSAR=0,1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.101202,-0.12722;FXX=0.0555247;HRUN=4,6;LEN=1,2;MLLD=11.1137,26.3551;QD=11.0167;RBI=0.101207,0.127341;REFB=-0.150059,-0.081525;REVB=0.00106239,0.00555076;RO=9;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502622,0.131013;STB=0.5,0.562306;STBP=1,0.806;TYPE=del,del;VARB=0.0436838,0.106968;OID=.,.;OPOS=202245609,202245608;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.411765:2,7:19:0,7:17:10:0,6:0,1:8:2:46:9:2,6:0,1:7:2 chr2 202260049 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.092;QD=56.1915;RBI=0.0413497;REFB=0;REVB=0.00143889;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78102e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr2 202264156 . C T 531.56 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00140836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.281;QD=22.8627;RBI=0.010105;REFB=-0.0111981;REVB=-0.0100063;RO=43;SAF=28;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213433;STB=0.511745;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00761515;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:22:28:23:20:22:28:23:20 chr2 202337730 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.866;QD=60.5471;RBI=0.0212905;REFB=0;REVB=0.0200357;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91921e-05;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr2 202342402 . G T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0158986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.102;QD=19.8665;RBI=0.0216693;REFB=-0.0135486;REVB=0.0147239;RO=44;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204888;STB=0.516846;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0124747;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:44:44:0.494382:22:22:21:23:22:22:21:24 chr2 202352433 . G A 664.28 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0342865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8192;QD=22.3289;RBI=0.0531014;REFB=0.0256443;REVB=-0.0405487;RO=50;SAF=27;SAR=38;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162579;STB=0.604846;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0108934;OID=.;OPOS=202352433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:54:65:65:0.546218:38:27:31:19:38:27:35:19 chr2 202357949 . A C 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5329;QD=56.1677;RBI=0.0565398;REFB=0;REVB=0.0254217;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166551;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr2 202469361 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.153634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.801;QD=47.8224;RBI=0.154463;REFB=0;REVB=0.0159778;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492748;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr2 202508115 . A C 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0688637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.943;QD=13.2049;RBI=0.0698305;REFB=-0.0064059;REVB=-0.0115798;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372539;STB=0.713771;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0151048;OID=.;OPOS=202508115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:0:6:4:2:0:6 chr2 202512449 . C T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0155265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.169;QD=12.9138;RBI=0.0165194;REFB=-0.0104618;REVB=0.00564068;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859044;STB=0.549197;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.010375;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:23:14:11:13:23:14 chr2 202525096 . A G 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0182933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.241;QD=24.5161;RBI=0.0201964;REFB=-0.0160031;REVB=-0.00855869;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185123;STB=0.609046;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0131147;OID=.;OPOS=202525096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:16:11:4:17:16:11:4:18 chr2 202528830 . A AT 161.38 PASS AF=0.391667;AO=43;DP=123;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.09647;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7784;QD=5.37941;RBI=0.140969;REFB=-0.00625864;REVB=0.10279;RO=67;SAF=18;SAR=25;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111973;STB=0.524827;STBP=0.697;TYPE=ins;VARB=0.00902648;OID=.;OPOS=202528831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391667:43:123:47:120:73:20:27:34:39:99:67:18:25:35:32 chr2 202557702 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4645;QD=47.8193;RBI=0.0897858;REFB=0;REVB=0.0163205;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256289;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr2 202575821 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.824;QD=59.4344;RBI=0.0153932;REFB=0;REVB=0.00893992;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35548e-05;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr2 202593280 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0100369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.002;QD=11.3693;RBI=0.0106858;REFB=-0.0105522;REVB=0.00366717;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151945;STB=0.589906;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.023686;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:13:6:5:6:13:6 chr2 202598113 . C T 260.15 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00258644;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.317;QD=23.6503;RBI=0.0132605;REFB=-0.00748705;REVB=-0.0130058;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897435;STB=0.549959;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00422648;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:7:13:13:11:7:13 chr2 202625615 . C T 944.71 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.226;QD=58.1362;RBI=0.0108342;REFB=0;REVB=0.00631196;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443052;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr2 202741247 . G C 614.23 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00572015;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.535;QD=28.5688;RBI=0.0076628;REFB=-0.0269754;REVB=-0.00509887;RO=32;SAF=29;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893711;STB=0.548563;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.021448;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:32:32:54:54:0.627907:25:29:13:19:25:29:13:19 chr2 202741256 . A T 1342.97 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253752;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9784;QD=62.4639;RBI=0.0265117;REFB=0;REVB=-0.00767925;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48377e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr2 202741269 . G A 1212.24 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198905;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.226;QD=61.3792;RBI=0.0603676;REFB=0;REVB=0.0569966;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117215;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr2 202964380 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000254425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.374;QD=19.8256;RBI=0.0172288;REFB=-0.0236088;REVB=-0.0172269;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387536;STB=0.502163;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.023307;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:12:15:14:11:12:15:14:11 chr2 203640713 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.931;QD=51.9132;RBI=0.0430423;REFB=0;REVB=0.0428429;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113872;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr2 204062061 . A G 1436.18 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208187;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.893;QD=63.1289;RBI=0.0026132;REFB=0;REVB=0.00157944;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42496e-07;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr2 204090887 . C G 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743969;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.551;QD=59.4596;RBI=0.00744603;REFB=0;REVB=0.000307022;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67651e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr2 204116690 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.814;QD=63.2858;RBI=0.0670066;REFB=0;REVB=-0.065572;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265746;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr2 204206889 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTC 44.77 PASS AF=0.363636,0.030303;AO=12,2;DP=33;FAO=12,1;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6,0;FSAR=6,1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.157224,-0.0908387;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.56729,28.8051;QD=5.42635;RBI=0.158238,0.124282;REFB=-0.0826382,-0.0442096;REVB=-0.0178852,0.0848193;RO=15;SAF=4,1;SAR=8,1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0692817,0.10165;STB=0.562397,0.987881;STBP=0.613,0.454;TYPE=del,snp;VARB=0.0194444,0.0601373;OID=.,.;OPOS=204206890,204206896;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.030303:12,2:33:12,1:33:20:6,0:6,1:8:12:37:15:4,1:8,1:6:9 chr2 204206977 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.327;QD=53.9111;RBI=0.0278666;REFB=0;REVB=-0.0106359;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121389;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 204255833 . CTA CTAC,TAC 51.48 PASS AF=0.233333,0.0666667;AO=10,9;DP=62;FAO=14,4;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9,3;FSAR=5,1;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0144695,-0.0281257;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=1,3;MLLD=19.6085,26.8551;QD=3.43182;RBI=0.0708286,0.0362109;REFB=-0.0494675,-0.0372547;REVB=-0.0693349,-0.0228073;RO=43;SAF=7,6;SAR=3,3;SRF=17;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.364639,0.323952;STB=0.690333,0.808621;STBP=0.112,0.281;TYPE=ins,mnp;VARB=0.189584,0.244912;OID=.,.;OPOS=204255836,204255833;OREF=-,CTA;OALT=C,TAC;OMAPALT=CTAC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:62:60:43:42:10,9:14,4:0.233333,0.0666667:3,3:7,6:17:26:5,1:9,3:16:26 chr2 204298783 . A C 551.22 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0764283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.102;QD=45.9351;RBI=0.173312;REFB=-0.0764256;REVB=0.15555;RO=8;SAF=21;SAR=19;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777192;STB=0.504173;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.021128;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:48:48:8:8:40:40:0.833333:19:21:4:4:19:21:4:4 chr2 204298785 . A C 47.75 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0546493;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.622;QD=4.0634;RBI=0.0742193;REFB=-0.0265066;REVB=-0.0502191;RO=39;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467612;STB=0.531835;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.129772;OID=.;OPOS=204298785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:47:47:39:39:8:8:0.170213:4:4:21:18:4:4:21:18 chr2 204298787 . A C 95.94 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0439612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6105;QD=7.67525;RBI=0.0630852;REFB=-0.0356783;REVB=-0.0452455;RO=37;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38475;STB=0.739167;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.1221;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:50:50:37:37:13:13:0.26:3:10:17:20:3:10:17:20 chr2 204299540 . A G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00933293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.741;QD=12.0147;RBI=0.0151466;REFB=-0.0212887;REVB=-0.0119296;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153325;STB=0.611005;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0349235;OID=.;OPOS=204299540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:34:20:20:0.37037:10:10:20:11:10:10:23:11 chr2 204322298 . T C 248.28 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0245153;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.8868;QD=24.2224;RBI=0.0245191;REFB=0.0108862;REVB=0.000431731;RO=16;SAF=5;SAR=18;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963901;STB=0.598245;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0119183;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:16:18:23:23:0.560976:18:5:5:11:18:5:7:11 chr2 204602211 . GA G 45.21 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.23405;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.2454;QD=9.51743;RBI=0.234587;REFB=0.0525201;REVB=-0.0158538;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=0.400241;STB=0.717431;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=-0.0740436;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:9:19:9:19:10:7:2:4:6:45:9:7:2:3:6 chr2 204732714 . A G 272.48 PASS AF=0.52;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0297254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.187;QD=21.7982;RBI=0.0297254;REFB=-0.0197297;REVB=6.19568e-06;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189681;STB=0.59992;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.016695;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:25:26:0.52:18:7:11:12:18:8:12:12 chr2 205829991 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.091;QD=63.8718;RBI=0.0215979;REFB=0;REVB=0.003773;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30216e-05;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr2 205912403 . T C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0055169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.811;QD=19.3857;RBI=0.0125096;REFB=-0.00746653;REVB=0.0112274;RO=21;SAF=17;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348141;STB=0.700796;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0151626;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:3:17:12:9:3:17:12:9 chr2 205969220 . G A 576.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.901;QD=60.6438;RBI=0.0110413;REFB=0;REVB=0.00969793;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63372e-05;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:17:19:0:0:19:19:0:0 chr2 205986321 . A G 203.15 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.024924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7476;QD=21.9623;RBI=0.0509765;REFB=-0.00825586;REVB=0.0444679;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152556;STB=0.585828;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0100137;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:8:9:7:13:8:9 chr2 205990353 . C T 305.1 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0239274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.727;QD=15.0667;RBI=0.0247056;REFB=-0.0149462;REVB=-0.0061516;RO=47;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162563;STB=0.577208;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0202706;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:47:33:34:0.419753:10:23:26:21:11:23:26:21 chr2 206218963 . G A 296.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00629547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.664;QD=15.6172;RBI=0.00796538;REFB=-0.00554168;REVB=0.00487999;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602623;STB=0.53396;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00722994;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:17:26:18:15:17:26 chr2 206219012 . TA CC 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0010315;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=156.527;QD=17.067;RBI=0.0162903;REFB=-0.010293;REVB=-0.0162576;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970188;STB=0.554221;STBP=0.396;TYPE=mnp;VARB=0.0132415;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:22:16:15:31:22:16:15:31 chr2 206364737 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.339;QD=58.2388;RBI=0.0267503;REFB=0;REVB=0.00752779;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48461e-05;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr2 206581033 . G A 1608.18 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226518;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8786;QD=60.1189;RBI=0.00600612;REFB=0;REVB=0.00556259;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165599;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:49:57:0:0:49:58:0:0 chr2 206592695 . T C 669.45 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0208335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.514;QD=18.0931;RBI=0.0210269;REFB=-0.0110381;REVB=-0.00284524;RO=79;SAF=27;SAR=41;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175792;STB=0.505406;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0158592;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:80:68:68:0.459459:41:27:30:49:41:27:31:49 chr2 206608039 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8852;QD=62.3507;RBI=0.0712113;REFB=0;REVB=-0.0469577;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60792e-05;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr2 206608103 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0230395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.469;QD=12.7916;RBI=0.0371705;REFB=-0.0113752;REVB=-0.029169;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115187;STB=0.567473;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0155154;OID=.;OPOS=206608103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:9:14:7:7:9:14 chr2 206610502 . T G 942.25 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.157;QD=57.9845;RBI=0.00833003;REFB=0;REVB=-0.00392944;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43674e-05;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:27:36:0:0:29:36:0:0 chr2 206863874 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0759061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6068;QD=16.9402;RBI=0.0785893;REFB=0.0016054;REVB=-0.0203605;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170466;STB=0.583855;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00503241;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:9:10:8:15:9:10:9:15 chr2 206874339 . G A 588.28 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00641003;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.188;QD=21.3919;RBI=0.00725718;REFB=-0.00666857;REVB=0.00340267;RO=49;SAF=34;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306388;STB=0.505687;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00551144;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:49:51:59:59:0.536364:25:34:30:19:25:34:30:21 chr2 206911228 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000614004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.702;QD=19.523;RBI=0.00109237;REFB=-0.01944;REVB=0.000903478;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0178905;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:6:6:8:6:6:6 chr2 206921451 . G A 696.89 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00503424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.375;QD=60.5987;RBI=0.0141361;REFB=-0.157037;REVB=0.0132093;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030296;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-3.49391e-05;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:15:30:0:1:15:30:0:1 chr2 207086148 . T C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.881;QD=62.0166;RBI=0.0453735;REFB=0;REVB=0.0385552;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43037e-05;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr2 207172627 . A G 298.98 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0127334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.49;QD=16.1612;RBI=0.0593467;REFB=-0.0180981;REVB=0.0579646;RO=41;SAF=10;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147298;STB=0.583281;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0253997;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:23:10:18:23:23:10:18:23 chr2 207174316 . T C 161.32 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0206336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.706;QD=11.3208;RBI=0.0206577;REFB=-0.000929162;REVB=-0.000997899;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085668;STB=0.532523;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00154647;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:11:9:19:17:11:10:19:17 chr2 207310054 . GAAAAAAAT GAAAAAA,GAAAAAAT 72.36 PASS AF=0,0.736842;AO=2,10;DP=19;FAO=0,14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,6;FSAR=0,8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0876847,0.126547;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=13.9883,9.70235;QD=15.233;RBI=0.087686,0.138713;REFB=0.0804445,0.0221456;REVB=-0.000470942,0.0568068;RO=5;SAF=2,2;SAR=0,8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.589598,-0.287934;STB=0.5,0.507681;STBP=1,0.957;TYPE=del,del;VARB=0,0.0338474;OID=.,.;OPOS=207310061,207310055;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.736842:2,10:19:0,14:19:5:0,6:0,8:2:3:19:5:2,2:0,8:3:2 chr2 207472683 . C CTA 555.08 PASS AF=0.467742;AO=56;DP=128;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0011601;FXX=0.0387567;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.063;QD=17.9058;RBI=0.00670948;REFB=-0.0146213;REVB=0.00660842;RO=67;SAF=28;SAR=28;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218882;STB=0.508062;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=0.0161157;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467742:56:128:58:124:66:29:29:34:32:99:67:28:28:35:32 chr2 207603234 . T G 188.86 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00891269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.386;QD=20.9845;RBI=0.0148028;REFB=-0.0278719;REVB=0.011819;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152848;STB=0.585712;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0500372;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:5:12:10:9:5:12 chr2 207621759 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.963;QD=57.5452;RBI=0.051461;REFB=0;REVB=0.0439496;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040519;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr2 207647981 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000995688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.618;QD=45.8068;RBI=0.00957826;REFB=0;REVB=0.00952636;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118423;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr2 207653653 . G A 234.33 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0156522;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.902;QD=12.8399;RBI=0.0195289;REFB=-0.00772357;REVB=-0.0116785;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242482;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0137375;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:45:28:28:0.383562:14:14:23:21:14:14:23:22 chr2 207820276 . G A 107.81 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0950195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.325;QD=8.80082;RBI=0.0950388;REFB=0.000678247;REVB=0.0019157;RO=35;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279078;STB=0.670479;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00188806;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:10:4:18:17:10:4:18:17 chr2 207824384 . T G 458.31 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.312;QD=57.2887;RBI=0.0310134;REFB=0;REVB=0.0302212;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226117;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr2 207825656 . A T 217.67 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.044748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3344;QD=16.7436;RBI=0.0470596;REFB=-0.00989218;REVB=0.0145678;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286073;STB=0.516168;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.012009;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:16:12:11:13:16:12 chr2 207833983 . A G 890.42 PASS AF=0.546667;AO=81;DP=150;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00180542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.73;QD=23.7446;RBI=0.0171555;REFB=-0.0135;REVB=-0.0170602;RO=68;SAF=39;SAR=42;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154658;STB=0.511069;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00957682;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:68:68:81:82:0.546667:42:39:34:34:43:39:34:34 chr2 207945785 . A G 238.73 PASS AF=1;AO=9;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5298;QD=50.2585;RBI=0.0841656;REFB=0;REVB=0.0810612;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433895;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:9:19:1:7:2:0:0:15:4:0:0 chr2 207988613 . C T 1902.63 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0240918;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.688;QD=59.9253;RBI=0.0275496;REFB=0.00363184;REVB=0.013363;RO=1;SAF=86;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012026;STB=0.503439;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=2.22925e-05;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:1:2:125:125:0.984252:39:86:0:1:39:86:1:1 chr2 208477852 . G A 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000530543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.139;QD=58.7726;RBI=0.0153887;REFB=0;REVB=0.0153796;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44962e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr2 208477956 . C T 885.51 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.613;QD=58.0662;RBI=0.0121366;REFB=0;REVB=0.0117171;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58532e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:36:23:0:0:38:23:0:0 chr2 208489101 . C A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.00262679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.716;QD=8.69098;RBI=0.0056823;REFB=-0.00175512;REVB=-0.00503869;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448784;STB=0.758615;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00290488;OID=.;OPOS=208489101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:1:16:5:3:1:16 chr2 208633627 . C T 1173.77 PASS AF=0.587912;AO=106;DP=181;FAO=107;FDP=182;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00615532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.413;QD=25.7971;RBI=0.0111606;REFB=-0.0242766;REVB=0.00930975;RO=75;SAF=46;SAR=60;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458209;STB=0.522492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0150064;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:75:75:106:107:0.587912:60:46:37:38:60:47:37:38 chr2 208811097 . C T 1015.71 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3975;QD=58.0405;RBI=0.115606;REFB=0;REVB=0.115276;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544784;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:64:70:1:33:31:0:0:37:33:0:0 chr2 208841964 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0120748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.032;QD=15.4096;RBI=0.0165733;REFB=-0.00663632;REVB=-0.0113523;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549698;STB=0.531112;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00838976;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:17:17:12:15:17:17 chr2 208918917 . C T 163.02 PASS AF=0.35;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0123044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2522;QD=10.8678;RBI=0.0577772;REFB=0.00824059;REVB=-0.0564518;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177922;STB=0.610833;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0361035;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:35:39:21:21:0.35:10:11:24:11:10:11:27:12 chr2 208938866 . G T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00059782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.823;QD=12.9751;RBI=0.0357227;REFB=-0.0264434;REVB=0.0357177;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.646504;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0290834;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:6:12:5:7:6:12 chr2 208986637 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.565;QD=56.1916;RBI=0.0582002;REFB=0;REVB=0.0401898;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031669;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr2 209007559 . T G 1177.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3445;QD=60.3905;RBI=0.0656133;REFB=0;REVB=-0.0277848;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474792;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:51:25:0:0:53:25:0:0 chr2 209033173 . A G 640.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.205;QD=61.0396;RBI=0.0346009;REFB=0;REVB=-0.00670547;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126136;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr2 209036712 . T C 903.02 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.747;QD=58.2595;RBI=0.0208346;REFB=0;REVB=0.019983;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17489e-05;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr2 209036778 . A G 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.538;QD=60.1993;RBI=0.0740982;REFB=0;REVB=0.0704991;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194116;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr2 209184980 . G A 782.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.266;QD=56.9353;RBI=0.0170277;REFB=0;REVB=0.0158752;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9227e-05;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:25:27:0:0:27:28:0:0 chr2 209184999 . C T 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.304;QD=54.6369;RBI=0.0159167;REFB=-0.0957067;REVB=-0.000503474;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000133691;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:0:1:27:24:0:1 chr2 209190330 . T C 521.2 PASS AF=0.84;AO=42;DP=51;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.068754;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5623;QD=41.6956;RBI=0.0867829;REFB=-0.165801;REVB=0.0529543;RO=6;SAF=9;SAR=33;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166863;STB=0.536567;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0189875;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:51:50:6:8:42:42:0.84:33:9:1:5:33:9:3:5 chr2 209190519 . A T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.016;QD=58.1418;RBI=0.0383422;REFB=0;REVB=0.0328148;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63901e-05;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 209190528 . C G 404.9 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207369;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1113;QD=53.9869;RBI=0.0334015;REFB=-0.0592101;REVB=0.0261848;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.526297;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00370614;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:20:9:1:0:20:9:1:0 chr2 209191082 . C A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2913;QD=56.1903;RBI=0.0269706;REFB=0;REVB=-0.0240159;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002611;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr2 209191099 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.664;QD=53.2769;RBI=0.0503474;REFB=0;REVB=-0.00736292;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115933;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr2 209209827 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.001;QD=55.6559;RBI=0.0310327;REFB=0;REVB=0.00312245;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181848;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr2 209212707 . G A 1276.51 PASS AF=0.977273;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0107176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.128;QD=58.0232;RBI=0.0375079;REFB=-0.086145;REVB=0.035944;RO=1;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126284;STB=0.512192;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00121133;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:88:1:2:83:86:0.977273:37:46:0:1:40:46:0:2 chr2 209214770 . A G 1044.29 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.135;QD=59.6737;RBI=0.0460891;REFB=0;REVB=0.0432037;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62266e-05;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr2 209215586 . A G 1556.46 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161041;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3956;QD=62.8872;RBI=0.0210349;REFB=-0.0562089;REVB=0.0135324;RO=1;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810823;STB=0.504273;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00342678;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:58:40:0:1:58:40:0:1 chr2 209220157 . G T 2064.77 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.054;QD=62.5688;RBI=0.0325919;REFB=0;REVB=0.00564377;RO=0;SAF=50;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88088e-05;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:82:50:0:0:82:50:0:0 chr2 209220238 . G C 1845.21 PASS AF=0.976378;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0402375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9576;QD=58.1168;RBI=0.068168;REFB=-0.10315;REVB=0.0550256;RO=3;SAF=40;SAR=83;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000418709;STB=0.50029;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0032385;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:127:3:3:123:124:0.976378:83:40:1:2:84:40:1:2 chr2 209224874 . CAA CA,CAC,CAT 723.53 PASS AF=0.907407,0.0925926,0;AO=46,5,2;DP=54;FAO=49,5,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4,0;FSAR=33,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250064,-0.0192125,-0.0107896;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=27.12,11.4112,52.7084;QD=53.595;RBI=0.036162,0.023149,0.014776;REFB=0,0,0;REVB=-0.0261222,-0.0129135,-0.0100952;RO=0;SAF=16,4,0;SAR=30,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=5.31553e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0073508,0.0318975,0;OID=.,.,.;OPOS=209224875,209224876,209224876;OREF=A,A,A;OALT=-,C,T;OMAPALT=CA,CAC,CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.907407,0.0925926,0:46,5,2:54:49,5,0:54:0:16,4,0:33,1,0:0:0:18:0:16,4,0:30,1,2:0:0 chr2 209358027 . C T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00853234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.834;QD=25.34;RBI=0.00969111;REFB=-0.0213182;REVB=0.0045953;RO=20;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099584;STB=0.554901;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0150149;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:21:10:9:11:21:10:9:11 chr2 209785278 . A G 3496.52 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.57;QD=62.7179;RBI=0.0055857;REFB=0;REVB=0.00487135;RO=0;SAF=139;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38382e-07;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:223:223:1:84:139:0:0:84:139:0:0 chr2 210543342 . A C 57.82 PASS AF=0.18;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00561677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4071;QD=4.62544;RBI=0.0120875;REFB=-0.0144046;REVB=-0.0107032;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118452;STB=0.571265;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0617003;OID=.;OPOS=210543342;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:50:40:41:9:9:0.18:6:3:17:23:6:3:17:24 chr2 210586685 . T C 1544.23 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.514;QD=63.6795;RBI=0.0082754;REFB=0;REVB=-0.0012696;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97792e-06;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:51:43:0:0:51:46:0:0 chr2 210685100 . G A 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0126916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.581;QD=14.8155;RBI=0.0279793;REFB=-0.00519937;REVB=0.0249353;RO=50;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601703;STB=0.534041;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00845195;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:19:16:20:30:19:16:20:30 chr2 210843383 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00877478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.292;QD=19.4077;RBI=0.00878835;REFB=-0.0125029;REVB=-0.000488231;RO=28;SAF=7;SAR=23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997761;STB=0.555852;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00917418;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:23:7:9:19:23:7:9:19 chr2 211060050 . T G 262.07 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0155742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.814;QD=25.5676;RBI=0.0182398;REFB=0.0115632;REVB=0.00949397;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488322;STB=0.509796;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00270854;OID=.;OPOS=211060050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:15:9:5:11:15:9:6:11 chr2 211074909 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00428486;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=308.549;QD=16.8248;RBI=0.00556405;REFB=-0.00507737;REVB=-0.00354946;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949451;STB=0.554212;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00679471;OID=.;OPOS=211074909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:16:12:11:10:16:12 chr2 211098113 . C T 1227.76 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.507;QD=61.3878;RBI=0.0322979;REFB=0;REVB=0.00130427;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96874e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:41:34:0:0:43:37:0:0 chr2 211098308 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0178885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.695;QD=12.3954;RBI=0.0555939;REFB=0.0040084;REVB=0.0526373;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471002;STB=0.776909;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0250935;OID=.;OPOS=211098308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:0:5:2:3:0:5 chr2 211342502 . G A 917.12 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.082;QD=58.2298;RBI=0.0362775;REFB=0;REVB=0.0219804;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0565e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr2 211421452 . A ATCT,T 265.91 PASS AF=0.348837,0.0232558;AO=27,4;DP=87;FAO=30,2;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=22,0;FSAR=8,2;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0123967,0.00416828;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=224.334,118.89;QD=12.368;RBI=0.018043,0.0353211;REFB=-0.00835724,-0.00729564;REVB=-0.01311,0.0350742;RO=55;SAF=20,1;SAR=7,3;SRF=18;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.461317,-0.0910323;STB=0.751389,0.993296;STBP=0.001,0.313;TYPE=ins,snp;VARB=0.0147416,-0.0113435;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:55:54:27,4:30,2:0.348837,0.0232558:7,3:20,1:18:37:8,2:22,0:18:36 chr2 211454865 . T C 45.92 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=121;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.0117587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.474;QD=1.51805;RBI=0.0148662;REFB=-0.000773389;REVB=0.00909606;RO=109;SAF=9;SAR=3;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286404;STB=0.72065;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0110441;OID=.;OPOS=211454865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:121:121:109:109:12:12:0.0991736:3:9:56:53:3:9:56:53 chr2 211456637 . A G 722.19 PASS AF=0.411458;AO=79;DP=192;FAO=79;FDP=192;FR=.;FRO=113;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=0.0058494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.3;QD=15.0455;RBI=0.00831109;REFB=-0.000388212;REVB=-0.00590414;RO=108;SAF=30;SAR=49;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400144;STB=0.538452;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00126084;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:108:113:79:79:0.411458:49:30:45:63:49:30:50:63 chr2 211456639 . C T 708.03 PASS AF=0.40625;AO=78;DP=192;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=-0.0046335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.483;QD=14.7506;RBI=0.0301105;REFB=-0.00690146;REVB=-0.0297518;RO=113;SAF=29;SAR=49;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778827;STB=0.546863;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0125832;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:113:114:78:78:0.40625:49:29:50:63:49:29:51:63 chr2 211481257 . C G 183.3 PASS AF=0.352941;AO=22;DP=66;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0258098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.762;QD=10.7824;RBI=0.0283749;REFB=-0.0269837;REVB=-0.0117894;RO=44;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256582;STB=0.611559;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0527019;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:44:44:22:24:0.352941:8:14:18:26:10:14:18:26 chr2 212640299 . G T 1218.43 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0388187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3155;QD=58.7193;RBI=0.0745983;REFB=0.322942;REVB=-0.0637026;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.510867;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00754646;OID=.;OPOS=212640299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:0:2:80:81:0.975904:44:36:0:0:45:36:0:2 chr2 212642775 . TT CC,CT 458.96 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=33;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268833,0.0145963;FXX=0.0302939;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=78.3423,187.378;QD=57.3705;RBI=0.0292955,0.0177924;REFB=0,0;REVB=-0.0116411,0.0101744;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0177085,-0.00202228;OID=.,.;OPOS=212642775,212642775;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:0,14:2,16:0:0:0,14:2,16:0:0 chr2 212642845 . G C 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0319803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5078;QD=55.0079;RBI=0.0527856;REFB=0.0532505;REVB=0.041995;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00235706;OID=.;OPOS=212642845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr2 212989590 . CAG C 49.29 PASS AF=0.16;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0381392;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.501;QD=3.943;RBI=0.0614269;REFB=-0.0103915;REVB=-0.0481525;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109715;STB=0.586515;STBP=0.644;TYPE=del;VARB=0.0520155;OID=.;OPOS=212989591;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16:8:52:8:50:42:5:3:22:20:49:41:5:3:22:19 chr2 213864908 . T TA 87.12 PASS AF=0.57971;AO=30;DP=75;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.131881;FXX=0.028165;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.26112;QD=5.05038;RBI=0.189269;REFB=-0.0386076;REVB=0.135758;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356671;STB=0.509086;STBP=0.892;TYPE=ins;VARB=0.0399675;OID=.;OPOS=213864909;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57971:30:75:40:69:29:16:24:11:18:83:32:12:18:14:18 chr2 213866714 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.968;QD=62.1622;RBI=0.0116427;REFB=0;REVB=0.00167687;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1353e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr2 213886454 . A T 782.75 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0157706;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.835;QD=52.1831;RBI=0.0241157;REFB=-0.0787833;REVB=0.0182443;RO=3;SAF=18;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376384;STB=0.519993;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000504529;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:3:3:57:57:0.95:39:18:2:1:39:18:2:1 chr2 214012405 . AA AC,CA 770.29 PASS AF=0.4,0.485714;AO=5,31;DP=69;FAO=28,34;FDP=70;FR=.;FRO=8;FSAF=25,15;FSAR=3,19;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0206287,0.0169372;FXX=0.0140825;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=149.585,93.2999;QD=44.0163;RBI=0.039942,0.0505209;REFB=-0.0542066,-0.1576;REVB=0.0342026,0.0475972;RO=1;SAF=5,12;SAR=0,19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.0239259;STB=0.704046,0.512813;STBP=0.005,0.745;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00326585,0.0117189;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:69:70:1:8:5,31:28,34:0.4,0.485714:0,19:5,12:0:1:3,19:25,15:3:5 chr2 214228844 . T C 147.11 PASS AF=0.174194;AO=27;DP=155;FAO=27;FDP=155;FR=.;FRO=128;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=58;FWDB=-0.010868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5763;QD=3.79627;RBI=0.057904;REFB=-0.00466166;REVB=0.056875;RO=126;SAF=17;SAR=10;SRF=69;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107958;STB=0.570529;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0246637;OID=.;OPOS=214228844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:126:128:27:27:0.174194:10:17:69:57:10:17:70:58 chr2 214637044 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0248267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.077;QD=12.8607;RBI=0.0331894;REFB=-0.0164537;REVB=-0.0220266;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0180316;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr2 214727221 . A C 271.75 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00932527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6453;QD=17.2537;RBI=0.0738875;REFB=-0.0155709;REVB=-0.0732966;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164066;STB=0.589846;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0107058;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:33:30:30:0.47619:17:13:18:11:17:13:20:13 chr2 214794743 . A C 512.44 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.014036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.386;QD=18.6343;RBI=0.0140372;REFB=-0.018276;REVB=-0.000184257;RO=55;SAF=29;SAR=25;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751695;STB=0.537023;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0218262;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:54:54:0.490909:25:29:25:30:25:29:26:30 chr2 215102929 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.772;QD=56.1916;RBI=0.0256963;REFB=0;REVB=0.0207789;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70745e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 215595645 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00348759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.605;QD=14.1959;RBI=0.0118882;REFB=-0.010726;REVB=-0.0113651;RO=32;SAF=17;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236593;STB=0.636237;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00652337;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:6:17:17:15:6:17:17:15 chr2 215632255 . CA CG,TG 1021.02 PASS AF=0.605634,0.394366;AO=43,28;DP=71;FAO=43,28;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19,18;FSAR=24,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860057,0.0258138;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=73.1534,169.169;QD=57.5225;RBI=0.0113819,0.0299491;REFB=0,0;REVB=-0.00745502,0.0151853;RO=0;SAF=19,18;SAR=24,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00440497,0.00735448;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:71:71:0:0:43,28:43,28:0.605634,0.394366:24,10:19,18:0:0:24,10:19,18:0:0 chr2 215645464 . C G 318.44 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00804832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.109;QD=23.1589;RBI=0.00816881;REFB=-0.00131303;REVB=-0.00139791;RO=22;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672708;STB=0.527256;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0009087;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:16:16:9:13:16:16:10:13 chr2 215674224 . G A 438.74 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0175464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.667;QD=15.8104;RBI=0.0175479;REFB=-0.0229511;REVB=0.000234648;RO=62;SAF=31;SAR=18;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714652;STB=0.540053;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0383019;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:18:31:35:27:18:31:35:27 chr2 215796568 . T C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0158209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.079;QD=22.5342;RBI=0.0186524;REFB=-0.0239427;REVB=0.00987973;RO=24;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186538;STB=0.510303;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0185573;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:10:22:16:8:10:22:16:8 chr2 215820013 . G A 269.72 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00679886;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.72;QD=22.0181;RBI=0.0192796;REFB=-0.0265533;REVB=0.018041;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196157;STB=0.609592;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0171979;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:8:16:11:14:8:16 chr2 215876166 . A T 723.29 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00362069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5213;QD=59.0438;RBI=0.0060298;REFB=-0.035756;REVB=0.00482174;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034276;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0102901;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:46:47:0.959184:21:25:1:1:22:25:1:1 chr2 215901774 . C T 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00953756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6095;QD=14.9022;RBI=0.0401061;REFB=-0.0262869;REVB=0.0389555;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229738;STB=0.638493;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0436265;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:26:26:0.433333:17:9:19:14:17:9:20:14 chr2 216235089 . C T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.986;QD=62.0076;RBI=0.0419989;REFB=0;REVB=-0.0314638;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26399e-05;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr2 216242917 . T A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0738;QD=58.1394;RBI=0.0770158;REFB=0;REVB=0.0765839;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892113;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr2 216249587 . C T 857.36 PASS AF=0.983871;AO=55;DP=57;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.739;QD=55.3135;RBI=0.128706;REFB=-0.0912178;REVB=0.124311;RO=1;SAF=47;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553235;STB=0.518512;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0025526;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:62:1:1:55:61:0.983871:8:47:0:1:13:48:0:1 chr2 216272900 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.301;QD=55.6561;RBI=0.0172958;REFB=0;REVB=0.0121909;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71681e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr2 216272907 . A T 305.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.969;QD=50.885;RBI=0.0352418;REFB=0;REVB=0.0284908;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127731;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:5:17:0:0:6:18:0:0 chr2 216298075 . C A 40.8 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=0.000467781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0194;QD=2.0924;RBI=0.0138229;REFB=0.000887528;REVB=-0.0138149;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360097;STB=0.748878;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00925775;OID=.;OPOS=216298075;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:4:5:18:51:4:5:18:51 chr2 216300482 . T A 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4837;QD=63.8441;RBI=0.0577456;REFB=0;REVB=0.0577326;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451121;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr2 216878008 . C G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5379;QD=63.5793;RBI=0.0814975;REFB=0;REVB=0.0671764;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150283;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr2 216904019 . A T 274.04 PASS AF=0.442857;AO=32;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00967379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5883;QD=15.6594;RBI=0.0427797;REFB=-0.000507004;REVB=-0.0416716;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142009;STB=0.599193;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=2.72811e-05;OID=.;OPOS=216904019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:32:31:0.442857:13:19:17:21:12:19:17:22 chr2 216923679 . C T 176.48 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0121624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.782;QD=21.3909;RBI=0.0319151;REFB=-0.0233686;REVB=0.0295068;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208164;STB=0.624858;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0140762;OID=.;OPOS=216923679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:6:11:6:9:6:12:6:9 chr2 216967346 . CTTTTTTTTTTTTTT CTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA 165.91 PASS AF=0.0740741,0.148148,0.518519,0.259259;AO=2,5,7,2;DP=31;FAO=2,4,14,7;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,4,6;FSAR=1,4,10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176332,-0.0898139,-0.174734,-0.193565;FXX=0.228506;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,4,2,1;MLLD=154.887,11.1867,6.70937,15.6854;QD=24.5788;RBI=0.086759,0.0996405,0.190949,0.218003;REFB=-0.0489392,-0.166126,-0.210417,-0.0606859;REVB=-0.0849482,-0.0431474,-0.0770047,-0.100289;RO=0;SAF=1,1,0,2;SAR=1,4,7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0250064,0.0644974,0.0628796,-0.28924;OID=.,.,.,.;OPOS=216967348,216967347,216967347,216967360;OREF=T,TTTT,TT,T;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=CTCTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.0740741,0.148148,0.518519,0.259259:2,5,7,2:31:2,4,14,7:27:0:1,0,4,6:1,4,10,1:0:0:38:0:1,1,0,2:1,4,7,0:0:0 chr2 217012901 . A G 798.23 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0561292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.6831;QD=52.3429;RBI=0.0572945;REFB=-0.0884007;REVB=0.0114967;RO=3;SAF=17;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762496;STB=0.540526;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00574806;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:41:17:3:0:41:17:3:0 chr2 217148323 . C T 67.8 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0476404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4193;QD=5.42402;RBI=0.0526528;REFB=-0.0144545;REVB=-0.022421;RO=40;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134078;STB=0.588311;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0379745;OID=.;OPOS=217148323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:7:3:16:24:7:3:16:24 chr2 217148417 . C A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00185741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.031;QD=12.1823;RBI=0.0033043;REFB=-0.0134708;REVB=-0.00273284;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0257472;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:8:7:5:5:8:7 chr2 217342931 . T A 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0130175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.497;QD=26.8471;RBI=0.0711919;REFB=-0.0298726;REVB=0.0699917;RO=7;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528435;STB=0.529374;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.024517;OID=.;OPOS=217342931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:3:12:6:1:3:12:6:1 chr2 217363597 . C T 440.98 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00782418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.275;QD=19.8195;RBI=0.0362686;REFB=-0.0218455;REVB=-0.0354146;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111177;STB=0.50617;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0309685;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:24:20:21:24:24:20:21:24 chr2 217363638 . G A 352.5 PASS AF=0.513514;AO=35;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0340755;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.669;QD=19.0539;RBI=0.0344092;REFB=-0.0158124;REVB=0.00478027;RO=35;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135192;STB=0.552374;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0165303;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:36:35:38:0.513514:23:12:17:18:23:15:18:18 chr2 217364539 . C T 1726.27 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0156086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5938;QD=58.0259;RBI=0.0188317;REFB=-0.140223;REVB=-0.0105358;RO=3;SAF=52;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010551;STB=0.505558;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00234646;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:119:119:3:3:116:116:0.97479:64:52:2:1:64:52:2:1 chr2 217364764 . G T 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0554093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.833;QD=18.1912;RBI=0.0554523;REFB=-0.0112089;REVB=-0.00218529;RO=42;SAF=11;SAR=29;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11467;STB=0.564247;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0102797;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:45:40:40:0.470588:29:11:16:26:29:11:17:28 chr2 217541564 . G A 154.79 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00176913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.619;QD=7.45968;RBI=0.023214;REFB=-0.00927947;REVB=0.0231465;RO=61;SAF=11;SAR=10;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119139;STB=0.586879;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0223361;OID=.;OPOS=217541564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:21:22:0.26506:10:11:26:35:10:12:26:35 chr2 217541582 . T C 1212.85 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00322327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.692;QD=59.8937;RBI=0.0160441;REFB=-0.026375;REVB=-0.0157169;RO=1;SAF=35;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133333;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=4.71431e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:44:35:1:0:45:35:1:0 chr2 218577819 . C G 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0220878;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=304.2;QD=16.0928;RBI=0.0223169;REFB=-0.00207375;REVB=-0.00318937;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077972;STB=0.544909;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00224206;OID=.;OPOS=218577819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:38:31:31:0.449275:18:13:18:18:18:13:19:19 chr2 218604247 . A C 234.52 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123801;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.236;QD=46.9033;RBI=0.123915;REFB=-0.205792;REVB=0.00531203;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00810473;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr2 218664633 . T G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.696;QD=59.8556;RBI=0.0280408;REFB=0;REVB=0.0167398;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34724e-05;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr2 218674697 . C T 82.65 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0281433;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.841;QD=8.47679;RBI=0.0282313;REFB=-0.0111738;REVB=-0.00222726;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639241;STB=0.50393;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0314956;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:28:28:11:11:0.282051:9:2:5:23:9:2:5:23 chr2 218682474 . A G 319.82 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0138026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.902;QD=18.5402;RBI=0.0140225;REFB=-0.0170175;REVB=-0.00247369;RO=35;SAF=25;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560322;STB=0.531331;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0197808;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:9:25:24:11:9:25:24:11 chr2 218682771 . A G 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00857646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.824;QD=33.2497;RBI=0.0097867;REFB=-0.0271856;REVB=0.00471422;RO=8;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08284;STB=0.545413;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00647287;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:10:12:3:5:10:12:3:5 chr2 218683257 . A G 114.1 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0154335;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.078;QD=16.9039;RBI=0.0292129;REFB=-0.014636;REVB=0.0248033;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199351;STB=0.632566;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0191766;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:14:13:13:0.481481:8:5:9:6:8:5:9:5 chr2 218683368 . C T 74.65 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0108538;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.204;QD=9.33068;RBI=0.0158437;REFB=-0.0105272;REVB=-0.011542;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.538384;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.071434;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:32:20:22:10:10:0.3125:4:6:11:9:4:6:12:10 chr2 218694551 . A G 1087.73 PASS AF=0.533679;AO=102;DP=191;FAO=103;FDP=193;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=27;FSRR=63;FWDB=0.0299071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.397;QD=22.5436;RBI=0.0329467;REFB=-0.00188668;REVB=-0.0138221;RO=89;SAF=30;SAR=72;SRF=26;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203755;STB=0.500538;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00187463;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:89:90:102:103:0.533679:72:30:26:63:72:31:27:63 chr2 218695102 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0226252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.18;QD=21.5103;RBI=0.0230378;REFB=-0.0136787;REVB=0.00434063;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594314;STB=0.533302;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0131347;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:13:6:8:13:13:6 chr2 218706857 . T C 1119.93 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00246799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.946;QD=58.9439;RBI=0.0152946;REFB=-0.0515207;REVB=0.0150942;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000991001;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:1:0:35:40:1:0 chr2 218712306 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.364;QD=57.1771;RBI=0.0847087;REFB=0;REVB=0.0815705;RO=0;SAF=50;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650832;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:1:50:0:0:1:50:0:0 chr2 218712606 . G A 765.48 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0497562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.886;QD=51.8967;RBI=0.0581565;REFB=-0.197531;REVB=0.0301082;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.503175;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00116971;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:0:3:56:56:0.949153:22:34:0:0:22:34:2:1 chr2 218712726 . A G 754.14 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5575;QD=56.9161;RBI=0.0198415;REFB=0;REVB=0.00286156;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147008;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr2 218712918 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000699312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5025;QD=45.8065;RBI=0.0357879;REFB=0;REVB=0.0357811;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121174;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 218712936 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.934;QD=37.4884;RBI=0.0381052;REFB=0;REVB=0.0121655;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010444;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 218713282 . G A 345.28 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.157;QD=51.153;RBI=0.0602902;REFB=-0.103958;REVB=0.0581945;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00293806;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:10:15:1:0:10:16:1:0 chr2 218745685 . G A 472.51 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0490522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.901;QD=16.1543;RBI=0.0510797;REFB=-0.00334983;REVB=0.0142485;RO=65;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154049;STB=0.508606;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00252319;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:28:24:29:36:28:24:29:36 chr2 218925608 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0224454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.579;QD=19.4074;RBI=0.0291651;REFB=-0.0170857;REVB=0.0186227;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025621;STB=0.514276;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0128262;OID=.;OPOS=218925608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:12:16:18:12:12:16 chr2 218940259 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0104175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.797;QD=18.4437;RBI=0.0134749;REFB=-0.0159002;REVB=-0.00854682;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320985;STB=0.685364;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0195787;OID=.;OPOS=218940259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:6:3:8:3:6:3 chr2 219000292 . C T 380.91 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00255078;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.846;QD=16.7433;RBI=0.0156131;REFB=-0.00691546;REVB=0.0154034;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21389;STB=0.630208;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0172078;OID=.;OPOS=219000292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:18:22:17:34:18:22:16:35 chr2 219000734 . T C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0370179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4876;QD=25.2872;RBI=0.0373627;REFB=-0.0256896;REVB=-0.00506419;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162565;STB=0.58996;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00989166;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:1:8:11:5:1:8 chr2 219028932 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0170742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.601;QD=19.0005;RBI=0.0170952;REFB=-0.00719449;REVB=0.000848126;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362131;STB=0.70564;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00592273;OID=.;OPOS=219028932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:12:5:12:5:12:5 chr2 219029843 . A C 429.19 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.024674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.6;QD=25.2467;RBI=0.0247314;REFB=-0.0169123;REVB=-0.00168398;RO=27;SAF=10;SAR=31;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215957;STB=0.511805;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0110209;OID=.;OPOS=219029843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:31:10:6:21:31:10:6:21 chr2 219110555 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.296;QD=59.0183;RBI=0.0309719;REFB=0;REVB=0.0111794;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014148;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:7:27:0:0:7:27:0:0 chr2 219128506 . C T 3196.0 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.232;QD=60.8761;RBI=0.0116702;REFB=-0.0670547;REVB=0.0093789;RO=1;SAF=100;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60163e-05;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:210:210:1:0:208:210:1:108:100:0:1:109:101:0:0 chr2 219140282 . G A 368.2 PASS AF=0.458824;AO=36;DP=82;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0279546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.036;QD=17.3268;RBI=0.0314481;REFB=-0.0191546;REVB=0.0144057;RO=46;SAF=12;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195097;STB=0.575606;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0233104;OID=.;OPOS=219140282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:46:46:36:39:0.458824:24:12:24:22:24:15:24:22 chr2 219144815 . T C 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.77;QD=63.5749;RBI=0.0265605;REFB=0;REVB=0.0220159;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51788e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 219146796 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGGCA 136.76 PASS AF=0,1;AO=2,2;DP=14;FAO=0,13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.182644,0.0564773;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=11.5363,68.5052;QD=42.0801;RBI=0.217388,0.0657232;REFB=0,0;REVB=0.117893,0.0336132;RO=9;SAF=1,1;SAR=1,1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.371429,0;SSSB=-0.681849,-0.681849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.000634453;OID=.,.;OPOS=219146797,219146803;OREF=G,-;OALT=-,A;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,2:14:0,13:13:0:0,11:0,2:0:0:4:9:1,1:1,1:9:0 chr2 219146803 . G A 89.47 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.094285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2362;QD=27.5307;RBI=0.0943029;REFB=-0.207559;REVB=-0.00183905;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209237;STB=0.620405;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0137921;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:2:1:1:9:2:1 chr2 219229428 . G A 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.513;QD=64.1533;RBI=0.0671593;REFB=0;REVB=0.0664972;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49964e-05;OID=.;OPOS=219229428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr2 219231807 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.801;QD=56.1854;RBI=0.011079;REFB=0;REVB=-0.0034634;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66771e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr2 219254622 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.799;QD=59.143;RBI=0.0414997;REFB=0;REVB=0.0273603;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185278;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr2 219259458 . G A 196.85 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00455997;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.96;QD=23.86;RBI=0.0146495;REFB=-0.0272827;REVB=0.0139217;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348888;STB=0.698448;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0482751;OID=.;OPOS=219259458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:14:14:19:19:0.575758:16:3:7:7:16:3:7:7 chr2 219259732 . G A 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0405007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8094;QD=17.5875;RBI=0.0507893;REFB=0.016223;REVB=-0.0306472;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258211;STB=0.514693;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0219893;OID=.;OPOS=219259732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:16:12:10:12:16:12 chr2 219265094 . T C 375.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5081;QD=55.6006;RBI=0.0811179;REFB=0;REVB=0.0314025;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105092;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr2 219267781 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0200527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6263;QD=12.7386;RBI=0.0390054;REFB=-0.0378344;REVB=0.0334561;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0266435;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr2 219319333 . TCCCGT TCCC,TCCGTC,TCCGT 72.02 PASS AF=0.211538,0.0192308,0;AO=8,2,6;DP=54;FAO=11,1,0;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8,0,0;FSAR=3,1,0;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.114887,-0.129216,-0.382356;FXX=0.0370302;HRUN=1,3,3;LEN=2,3,1;MLLD=111.347,64.5079,16.5523;QD=5.53982;RBI=0.149901,0.252796,0.439505;REFB=-0.0366709,-0.0184053,-0.0385173;REVB=-0.0962885,-0.217277,-0.216722;RO=26;SAF=5,0,5;SAR=3,2,1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.5;SSSB=0.236656,-0.445644,0.485636;STB=0.650873,0.990887,0.5;STBP=0.296,0.281,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.147637,0.071774,0;OID=.,.,.;OPOS=219319337,219319336,219319334;OREF=GT,CGT,C;OALT=-,GTC,-;OMAPALT=TCCC,TCCGTC,TCCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211538,0.0192308,0:8,2,6:54:11,1,0:52:40:8,0,0:3,1,0:22:18:70:26:5,0,5:3,2,1:11:15 chr2 219319657 . A G 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.702;QD=57.3816;RBI=0.00741421;REFB=0;REVB=-0.000582486;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31032e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr2 219492924 . T C 788.96 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367927;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6019;QD=64.4046;RBI=0.0580896;REFB=0;REVB=0.0449522;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20036e-05;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 219508988 . T C 981.21 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.297;QD=58.58;RBI=0.0653735;REFB=0;REVB=0.0275924;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029361;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:37:28:0:0:37:30:0:0 chr2 219509618 . C A 551.98 PASS AF=0.95122;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0121642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3921;QD=53.8518;RBI=0.0518743;REFB=0.0587396;REVB=0.0504279;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467499;STB=0.523797;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0010891;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:41:2:2:36:39:0.95122:19:17:0:2:20:19:0:2 chr2 219553089 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0179416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6062;QD=8.08908;RBI=0.0578267;REFB=-0.0145032;REVB=0.0549729;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150529;STB=0.592398;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0555561;OID=.;OPOS=219553089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:15:7:4:5:15:7 chr2 219602516 . C T 141.47 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.061533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1923;QD=22.6358;RBI=0.103937;REFB=0.00542034;REVB=0.0837651;RO=10;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.608537;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000643714;OID=.;OPOS=219602516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:2:12:6:4:3:12:6:4 chr2 219692696 . G C 557.8 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0111438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.288;QD=25.6459;RBI=0.0193308;REFB=-0.0230931;REVB=-0.0157954;RO=36;SAF=18;SAR=33;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518579;STB=0.528373;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.020093;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:33:18:15:21:33:18:15:21 chr2 219695487 . G C 128.23 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0652034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.635;QD=12.2125;RBI=0.0839713;REFB=-0.00950399;REVB=0.0529121;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773426;STB=0.545395;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0171204;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:18:9:6:9:18:9 chr2 219920037 . A G 1782.08 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.223;QD=59.902;RBI=0.0403668;REFB=0;REVB=0.0175108;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8911e-05;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:119:0:0:105:119:1:52:53:0:0:58:61:0:0 chr2 219940484 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.653;QD=59.0185;RBI=0.0313215;REFB=0;REVB=-0.00815654;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190019;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr2 219967380 . T C 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7211;QD=62.3419;RBI=0.0367067;REFB=0;REVB=0.0024946;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200388;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr2 220037393 . A G 352.73 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.108;QD=50.3894;RBI=0.0301125;REFB=-0.110791;REVB=0.0266309;RO=1;SAF=5;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545419;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00125235;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:28:1:1:25:27:0.964286:20:5:1:0:22:5:1:0 chr2 220045454 . G A 1952.72 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.566;QD=60.5495;RBI=0.0279934;REFB=-0.0368491;REVB=0.0217546;RO=1;SAF=44;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106765;STB=0.502994;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00348214;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:127:128:0.992248:83:44:1:0:83:45:0:1 chr2 220072766 . G T 635.73 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395169;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2491;QD=62.0229;RBI=0.0438341;REFB=0;REVB=-0.0189696;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268045;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr2 220083279 . C T 288.34 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0133256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.5;QD=18.9078;RBI=0.0330918;REFB=-0.0138171;REVB=0.0302902;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721736;STB=0.540228;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0145584;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:16:14:17:14:16:14 chr2 220084864 . G A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0162499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.555;QD=9.25821;RBI=0.0342681;REFB=-0.0101098;REVB=-0.0301703;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046513;STB=0.518487;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0212887;OID=.;OPOS=220084864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:4:8:17:10:4:8:18:10 chr2 220084902 . G A 356.55 PASS AF=0.74359;AO=25;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000488854;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.695;QD=36.569;RBI=0.00244743;REFB=-0.0303695;REVB=-0.00239811;RO=8;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509618;STB=0.505614;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0136029;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:8:10:25:29:0.74359:7:18:5:3:11:18:6:4 chr2 220085845 . A G 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0283266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.043;QD=14.9757;RBI=0.0300815;REFB=-0.0666967;REVB=-0.0101242;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255248;STB=0.64533;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0708286;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:1:10:7:3:1:10 chr2 220097257 . G C 312.81 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0554846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4503;QD=21.9518;RBI=0.0586961;REFB=-0.0148474;REVB=-0.0191493;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772719;STB=0.533088;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0123634;OID=.;OPOS=220097257;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:12:19:13:12:13:19:13:12 chr2 220107573 . T C 82.03 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0189984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.084;QD=4.55714;RBI=0.0195643;REFB=0.000202231;REVB=0.00467179;RO=56;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692765;STB=0.555478;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00105482;OID=.;OPOS=220107573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:72:56:58:14:14:0.194444:6:8:35:21:6:8:37:21 chr2 220108300 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00648784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.927;QD=9.76019;RBI=0.0123426;REFB=-3.05265e-05;REVB=0.0104999;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.000107666;OID=.;OPOS=220108300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:7:5:3:4:7:5 chr2 220113242 . T G 3972.66 PASS AF=1;AO=254;DP=263;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214151;FXX=0.0342192;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.416;QD=62.5616;RBI=0.0205556;REFB=0;REVB=0.0204438;RO=0;SAF=130;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52222e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:254:0:0:254:254:1:124:130:0:0:124:130:0:0 chr2 220117458 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00787312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.069;QD=9.47521;RBI=0.0120333;REFB=-0.00412736;REVB=-0.00910022;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355243;STB=0.709331;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0170216;OID=.;OPOS=220117458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:4:17:5:5:4:17 chr2 220118531 . G C 127.57 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0178453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1983;QD=15.9458;RBI=0.0287447;REFB=-0.0041464;REVB=-0.0225345;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557689;STB=0.746736;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00749723;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:17:17:13:15:0.46875:1:12:9:8:2:13:9:8 chr2 220136059 . C A 393.03 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0401897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3286;QD=22.4591;RBI=0.0767383;REFB=0.0017694;REVB=0.0653724;RO=31;SAF=26;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476831;STB=0.526302;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.000292623;OID=.;OPOS=220136059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:13:26:19:12:13:26:19:12 chr2 220136155 . T C 1177.83 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193324;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5065;QD=59.637;RBI=0.0379615;REFB=-0.117838;REVB=-0.0326702;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.505493;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000659745;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:1:0:33:45:1:0 chr2 220136239 . C T 458.6 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.020592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.627;QD=16.9853;RBI=0.0206716;REFB=-0.0385349;REVB=-0.00181299;RO=58;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166175;STB=0.509256;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0339309;OID=.;OPOS=220136239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:25:25:30:28:25:25:30:28 chr2 220136351 . G C 394.45 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00369361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1352;QD=13.8402;RBI=0.00743033;REFB=0.0100287;REVB=-0.00644726;RO=68;SAF=20;SAR=26;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115395;STB=0.565189;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0114632;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:26:20:37:31:26:20:37:31 chr2 220136360 . C T 319.3 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0454884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5254;QD=13.4443;RBI=0.0807218;REFB=-0.0032366;REVB=-0.0666844;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115773;STB=0.560714;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00321471;OID=.;OPOS=220136360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:20:16:32:26:20:16:32:27 chr2 220136371 . T C 1318.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.517;QD=62.0665;RBI=0.031583;REFB=0;REVB=0.0122928;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13225e-05;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr2 220162054 . G A 261.04 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0124808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.841;QD=14.502;RBI=0.025782;REFB=-0.0230877;REVB=0.0225597;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125676;STB=0.588175;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0297552;OID=.;OPOS=220162054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:42:30:30:0.416667:10:20:22:18:10:20:22:20 chr2 220172576 . A C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00722716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.352;QD=13.2875;RBI=0.00823129;REFB=-0.0116916;REVB=0.00393984;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15266;STB=0.587448;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0169483;OID=.;OPOS=220172576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:17:10:21:20:17:10:21:20 chr2 220193917 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00430539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.688;QD=11.6341;RBI=0.0165299;REFB=-0.00915049;REVB=-0.0159593;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.666325;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0149549;OID=.;OPOS=220193917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:7:9:3:7:7:9 chr2 220197321 . C T 606.8 PASS AF=0.571429;AO=59;DP=104;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0254104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.367;QD=23.1161;RBI=0.0290822;REFB=-0.0335898;REVB=0.0141451;RO=44;SAF=28;SAR=31;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198993;STB=0.511905;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0238441;OID=.;OPOS=220197321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:44:45:59:60:0.571429:31:28:22:22:31:29:23:22 chr2 220197388 . C A 430.57 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0561283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.776;QD=22.6618;RBI=0.0562339;REFB=-0.0319882;REVB=-0.00344342;RO=30;SAF=18;SAR=23;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836129;STB=0.518392;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0177597;OID=.;OPOS=220197388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:30:34:41:42:0.552632:23:18:10:20:23:19:14:20 chr2 220250147 . A G 689.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.103;QD=62.6496;RBI=0.0359789;REFB=0;REVB=-0.0330037;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34772e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 220283259 . A G 110.5 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3319;QD=40.1807;RBI=0.010245;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453651;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:0:10:0:0:0:11:0:0 chr2 220283277 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7447;QD=44.6891;RBI=0.0541756;REFB=0;REVB=0.0486125;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113414;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr2 220285309 . C T 289.7 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00898143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.115;QD=18.9964;RBI=0.0133158;REFB=-0.0175728;REVB=0.00983084;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158938;STB=0.588551;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0099211;OID=.;OPOS=220285309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:18:12:18:13:18:12 chr2 220285666 . G C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0150336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0785;QD=21.2932;RBI=0.0164992;REFB=-0.0189224;REVB=0.00679829;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264921;STB=0.65613;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0172345;OID=.;OPOS=220285666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:15:10:17:7:15:10:18:7 chr2 220286142 . G A 347.47 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0237064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.29;QD=17.1589;RBI=0.0249795;REFB=-0.00479976;REVB=-0.007873;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000606231;STB=0.50034;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0054572;OID=.;OPOS=220286142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:21:16:19:25:21:16:19:25 chr2 220315970 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0251473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.695;QD=14.2413;RBI=0.0254076;REFB=-0.00152489;REVB=0.00362733;RO=31;SAF=3;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396573;STB=0.73228;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00203734;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:19:3:13:18:19:3:13:18 chr2 220330804 . T C 59.12 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.115273;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.415;QD=13.138;RBI=0.115292;REFB=-8.16889e-05;REVB=-0.00206057;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45078;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00802072;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:5:5:7:1:5:5 chr2 220333950 . T C 928.17 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.583;QD=58.0105;RBI=0.0216855;REFB=0;REVB=0.0209217;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1764e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr2 220353013 . G A 285.85 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0546804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8877;QD=24.3272;RBI=0.0839267;REFB=-0.0167933;REVB=-0.063669;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144333;STB=0.579941;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0184637;OID=.;OPOS=220353013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:15:6:12:14:15:6 chr2 220354108 . A G 87.05 PASS AF=0.423077;AO=12;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00956055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.557;QD=13.3928;RBI=0.0474587;REFB=-0.00635073;REVB=-0.0464858;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179293;STB=0.51905;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0178796;OID=.;OPOS=220354108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:13:15:12:11:0.423077:7:5:3:10:7:4:5:10 chr2 220354365 . C T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=-0.00105014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2304;QD=15.7837;RBI=0.0191525;REFB=-0.00134284;REVB=0.0191237;RO=16;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346743;STB=0.697492;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00619073;OID=.;OPOS=220354365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:13:1:0:16:13:1:0:17 chr2 220355529 . A G 279.1 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0195432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.383;QD=19.2485;RBI=0.0267649;REFB=-0.0356433;REVB=0.0182873;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275587;STB=0.649344;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.019283;OID=.;OPOS=220355529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:28:30:30:0.517241:17:13:20:6:17:13:21:7 chr2 220356520 . G T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00764688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.301;QD=19.9671;RBI=0.00842871;REFB=0.00716411;REVB=0.0035452;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508474;STB=0.528282;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00470846;OID=.;OPOS=220356520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:15:11:14:15:15:11 chr2 220357594 . C A 420.1 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0388183;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.292;QD=22.7079;RBI=0.0412125;REFB=-0.0107822;REVB=0.0138423;RO=33;SAF=17;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057874;STB=0.531885;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00796338;OID=.;OPOS=220357594;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:24:17:16:17:24:17:16:17 chr2 220362557 . C T 233.13 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00569313;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6389;QD=16.6521;RBI=0.00617491;REFB=-0.0203243;REVB=-0.00239118;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737818;STB=0.541634;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0193918;OID=.;OPOS=220362557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:15:15:11:15:15:15 chr2 220362899 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6827;QD=53.9101;RBI=0.0886885;REFB=0;REVB=-0.00650748;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020547;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 220379560 . C G 428.31 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00543128;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.141;QD=30.5937;RBI=0.00726545;REFB=-0.047327;REVB=-0.00482576;RO=17;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950588;STB=0.551506;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0144924;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:18:21:12:5:18:21:12:5 chr2 220402671 . G T 472.5 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.328;QD=55.5876;RBI=0.0308064;REFB=-0.079721;REVB=-0.0257826;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000157598;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr2 220402680 . T C 488.93 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9249;QD=57.5213;RBI=0.0536967;REFB=0;REVB=0.0528611;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603945;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:13:18:0:0:15:19:0:0 chr2 220404381 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.139;QD=54.5173;RBI=0.02045;REFB=0;REVB=0.000167263;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122255;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 220405321 . T C 1269.11 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204159;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.484;QD=61.9077;RBI=0.0463563;REFB=0;REVB=-0.0416185;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37214e-05;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr2 220406722 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.235;QD=50.4125;RBI=0.0390384;REFB=0;REVB=0.0120061;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335002;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr2 220408003 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0263035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.284;QD=20.16;RBI=0.0283836;REFB=-0.00903132;REVB=-0.0106656;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214341;STB=0.64979;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00857424;OID=.;OPOS=220408003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:3:13:8:5:3:13:8:6 chr2 220412256 . T C 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2352;QD=63.574;RBI=0.0713389;REFB=0;REVB=0.013265;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756363;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 220414016 . C T 272.1 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.639;QD=51.829;RBI=0.0325205;REFB=0;REVB=0.0174442;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183408;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr2 220419236 . T C 1968.79 PASS AF=0.992248;AO=123;DP=125;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305536;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.07;QD=61.0476;RBI=0.0650928;REFB=-0.0933018;REVB=0.0574765;RO=1;SAF=73;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940676;STB=0.504586;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000566202;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:129:1:1:123:128:0.992248:50:73:0:1:54:74:0:1 chr2 220419339 . T C 1899.09 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.459;QD=60.7709;RBI=0.0288035;REFB=0;REVB=-0.0212819;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119862;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:125:0:0:120:125:1:66:54:0:0:66:59:0:0 chr2 220420956 . A G 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.424;QD=52.6039;RBI=0.0702862;REFB=0;REVB=0.0700574;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046543;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr2 220421417 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.051;QD=60.2307;RBI=0.0144854;REFB=0;REVB=-0.0130397;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76649e-05;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr2 220422731 . C T 568.57 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0198791;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.738;QD=19.9498;RBI=0.0260932;REFB=-0.0050381;REVB=0.0169019;RO=55;SAF=32;SAR=26;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269494;STB=0.518717;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00428378;OID=.;OPOS=220422731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:55:56:58:58:0.508772:26:32:32:23:26:32:33:23 chr2 220430203 . C T 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3633;QD=57.2333;RBI=0.137262;REFB=0;REVB=0.137085;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150718;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr2 220432208 . C T 68.88 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.000690353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.801;QD=4.17469;RBI=0.0152906;REFB=-0.0102772;REVB=0.015275;RO=52;SAF=10;SAR=2;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309405;STB=0.699618;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0309377;OID=.;OPOS=220432208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:52:54:12:12:0.181818:2:10:33:19:2:10:35:19 chr2 220435034 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.315;QD=59.0187;RBI=0.0128239;REFB=0;REVB=0.00443935;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25503e-05;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr2 220435375 . G A 109.12 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.157;QD=36.3718;RBI=0.0808337;REFB=-0.14047;REVB=0.0730298;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0126055;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr2 220462640 . G T 1619.57 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0290501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.138;QD=57.3298;RBI=0.0315518;REFB=-0.195566;REVB=0.0123129;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.503948;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.000300459;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:113:113:1:3:110:110:0.973451:57:53:1:0:57:53:1:2 chr2 220466199 . G T 649.94 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472394;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.776;QD=61.8987;RBI=0.0488187;REFB=0;REVB=-0.0123168;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66846e-05;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:37:42:1:12:25:0:0:15:27:0:0 chr2 220471116 . C G 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.419;QD=60.8527;RBI=0.0363337;REFB=0.00193191;REVB=0.0168296;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=8.23684e-05;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:29:17:1:0:29:17:1:0 chr2 220473355 . G A 486.59 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0393104;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.486;QD=18.8968;RBI=0.0417864;REFB=-0.0234593;REVB=-0.0141703;RO=52;SAF=29;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115282;STB=0.563833;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.038007;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:22:29:23:29:22:29:23:29 chr2 220476443 . C T 1232.46 PASS AF=1;AO=71;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.064;QD=60.8623;RBI=0.0576739;REFB=0;REVB=0.0198632;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398673;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:71:81:1:32:39:0:0:33:48:0:0 chr2 220479312 . T C 754.52 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.159;QD=56.9449;RBI=0.0176638;REFB=0;REVB=0.0105625;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12571e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:26:27:0:0 chr2 220494118 . A C 307.47 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788407;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.745;QD=53.4726;RBI=0.0822427;REFB=0;REVB=0.0234097;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168721;OID=.;OPOS=220494118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:23:0:0:15:23:1:7:8:0:0:9:14:0:0 chr2 220500423 . A G 1679.77 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162293;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6334;QD=60.5321;RBI=0.0343201;REFB=0;REVB=-0.0302404;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232098;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:44:67:0:0:44:67:0:0 chr2 220500426 . A G 1752.51 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272675;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.351;QD=60.9569;RBI=0.0451966;REFB=0;REVB=-0.0451143;RO=0;SAF=70;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89887e-05;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:112:115:1:42:70:0:0:44:71:0:0 chr2 220502367 . A C 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00545331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.176;QD=14.0459;RBI=0.00677613;REFB=0.000462357;REVB=0.00402211;RO=27;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367849;STB=0.730425;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000489747;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:13:5:17:10:13:5:19:10 chr2 220505265 . T C 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00781532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.976;QD=17.6944;RBI=0.0239575;REFB=-0.0347164;REVB=-0.0226469;RO=38;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12872;STB=0.566463;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0354709;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:12:23:20:18:12:23:21:18 chr2 220771223 . C T 1606.84 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106804;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.279;QD=60.069;RBI=0.0119755;REFB=0;REVB=0.00541677;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90629e-06;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr2 220771290 . G A 1716.27 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183008;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.365;QD=60.7528;RBI=0.018322;REFB=0;REVB=-0.000880694;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219105;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:112:113:1:67:45:0:0:67:46:0:0 chr2 222282765 . C T 803.24 PASS AF=0.395652;AO=91;DP=232;FAO=91;FDP=230;FR=.;FRO=139;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=75;FWDB=0.00757104;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.492;QD=13.9694;RBI=0.00764329;REFB=-0.00924603;REVB=0.00104847;RO=139;SAF=45;SAR=46;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366745;STB=0.5206;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0156614;OID=.;OPOS=222282765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:230:139:139:91:91:0.395652:46:45:64:75:46:45:64:75 chr2 222283000 . A T 135.68 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00639843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.654;QD=8.7533;RBI=0.0114138;REFB=-0.0202358;REVB=0.00945175;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15126;STB=0.605953;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0450792;OID=.;OPOS=222283000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:43:43:18:19:0.306452:9:9:16:27:9:10:16:27 chr2 222290027 . T G 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0034327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.887;QD=14.4326;RBI=0.0171343;REFB=-0.0175989;REVB=0.0167869;RO=44;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968177;STB=0.554947;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0286207;OID=.;OPOS=222290027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:17:14:24:20:17:14:24:20 chr2 223161889 . A G 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5721;QD=59.4983;RBI=0.0168028;REFB=0;REVB=-0.016049;RO=0;SAF=16;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85174e-05;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:53:16:0:0:53:16:0:0 chr2 223169150 . G T 230.69 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0272463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2725;QD=17.7451;RBI=0.0653466;REFB=-0.0202039;REVB=0.0593955;RO=26;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184289;STB=0.61634;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0153457;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:7:18:14:12:7:18:14:13 chr2 223423362 . A G 765.98 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1753;QD=63.8313;RBI=0.0656589;REFB=0;REVB=0.011742;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527655;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr2 223436607 . C A,T 787.8 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456021,0.0132922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.246,75.598;QD=56.2711;RBI=0.00745171,0.0134703;REFB=0,0;REVB=-0.00589343,-0.0021829;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00412041,8.56954e-05;OID=.,.;OPOS=223436607,223436607;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:1,29:1,25:0:0:1,29:1,25:0:0 chr2 223785740 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.786;QD=61.3328;RBI=0.0307343;REFB=0;REVB=0.0151081;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239418;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 223807380 . C A 1777.38 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00974605;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.805;QD=59.2459;RBI=0.011545;REFB=0.00663297;REVB=0.0061888;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082599;STB=0.500283;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-4.40362e-06;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:120:1:2:118:118:0.983333:57:61:0:1:57:61:1:1 chr2 223917812 . T C 1291.8 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241143;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.178;QD=61.5143;RBI=0.0335787;REFB=0;REVB=0.0233673;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5246e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:47:35:0:0:48:36:0:0 chr2 223918080 . C G 526.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7809;QD=56.9457;RBI=0.0172932;REFB=0.0199359;REVB=-0.00533321;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00188251;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:0:1:20:16:0:1 chr2 223918363 . T C 323.54 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0097;QD=53.9237;RBI=0.0660475;REFB=0;REVB=0.0465017;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110613;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr2 223919502 . C T 115.33 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0888734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0206;QD=8.23776;RBI=0.0890345;REFB=0.0131757;REVB=0.00535334;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421028;STB=0.573301;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0325649;OID=.;OPOS=223919502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:40:17:16:0.285714:10:7:17:21:10:6:19:21 chr2 224463871 . A T 303.31 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0157326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.761;QD=25.8139;RBI=0.0162969;REFB=-0.00819577;REVB=0.0042513;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482618;STB=0.526782;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00839944;OID=.;OPOS=224463871;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:13:7:8:19:13:7 chr2 224620181 . G T 432.84 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379641;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.035;QD=57.7116;RBI=0.0396828;REFB=0;REVB=-0.0395008;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03074e-05;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 224622860 . TA T 140.72 PASS AF=0.821429;AO=20;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.200126;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=10.6827;QD=20.1023;RBI=0.211928;REFB=0.0728946;REVB=0.0697352;RO=4;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762905;STB=0.529755;STBP=0.538;TYPE=del;VARB=-0.0158689;OID=.;OPOS=224622861;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821429:20:28:23:28:5:13:10:2:3:14:4:10:10:1:3 chr2 225338022 . G A 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0014738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.423;QD=11.0823;RBI=0.0326547;REFB=-0.0173222;REVB=-0.0326214;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360461;STB=0.513262;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0331385;OID=.;OPOS=225338022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:12:10:19:20:12:10:19:21 chr2 225346646 . T C 222.99 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00504264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.283;QD=18.5828;RBI=0.029322;REFB=-0.0481674;REVB=0.0288852;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223033;STB=0.616751;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0653365;OID=.;OPOS=225346646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:14:8:15:10:14:8:15:11 chr2 225630233 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00634261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2533;QD=14.6578;RBI=0.0285634;REFB=0.0179535;REVB=-0.0278503;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107692;STB=0.562406;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0213842;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:6:11:7:6:6:11 chr2 225750861 . C T 461.85 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0361596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.717;QD=21.4812;RBI=0.0362247;REFB=-0.013255;REVB=-0.00217092;RO=40;SAF=14;SAR=31;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365185;STB=0.524237;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0107453;OID=.;OPOS=225750861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:31:14:11:29:31:14:11:30 chr2 226273689 . T C 637.17 PASS AF=0.586538;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0101734;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.564;QD=24.5066;RBI=0.0270487;REFB=-0.0100792;REVB=0.0250625;RO=43;SAF=26;SAR=35;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005915;STB=0.503225;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00694578;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:43:43:61:61:0.586538:35:26:18:25:35:26:18:25 chr2 226447735 . C T 825.49 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8095;QD=54.1308;RBI=0.0298855;REFB=-0.0498753;REVB=0.000598273;RO=2;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325115;STB=0.517236;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00441209;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:28:31:0:2:28:31:0:2 chr2 226491770 . A C 871.24 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2048;QD=58.0825;RBI=0.215443;REFB=0;REVB=-0.00853344;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022754;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:52:60:1:37:15:0:0:36:24:0:0 chr2 226516913 . A G 696.32 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00567907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.957;QD=56.8421;RBI=0.00790097;REFB=-0.0122931;REVB=-0.00549305;RO=3;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298742;STB=0.515917;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00118173;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:19:27:1:2:19:27:1:2 chr2 227661043 . T C 343.97 PASS AF=0.612245;AO=28;DP=47;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00131854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.049;QD=28.0788;RBI=0.00473309;REFB=-0.0201915;REVB=-0.00454572;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054035;STB=0.530592;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0147878;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:18:19:28:30:0.612245:15:13:7:11:15:15:8:11 chr2 227663185 . G A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00403233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.164;QD=16.5349;RBI=0.0187465;REFB=-0.014342;REVB=0.0183077;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124324;STB=0.586108;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00811472;OID=.;OPOS=227663185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:12:6:10:12:12:6:11:12 chr2 227663901 . C T 157.93 PASS AF=0.386364;AO=18;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0173967;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6056;QD=14.3569;RBI=0.0264208;REFB=-0.00630796;REVB=0.019885;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177953;STB=0.645714;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0162684;OID=.;OPOS=227663901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:18:17:0.386364:12:6:13:13:12:5:14:13 chr2 227664103 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0609122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1008;QD=10.075;RBI=0.060915;REFB=-0.033319;REVB=-0.000581688;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0296492;OID=.;OPOS=227664103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:6:8:5:3:6:8 chr2 227664191 . A C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00888306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.149;QD=15.6191;RBI=0.00984579;REFB=-0.00576905;REVB=0.00424627;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.006528;OID=.;OPOS=227664191;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:9:9:12:12:9:9:13:12 chr2 227807202 . G T 128.68 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.366;QD=42.8947;RBI=0.0418553;REFB=0;REVB=0.0120256;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607646;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr2 227872182 . G A 755.51 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6155;QD=54.9458;RBI=0.0732152;REFB=0;REVB=0.0711763;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743106;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:1:0:48:55:1:30:18:0:1:33:22:0:0 chr2 227872995 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6035;QD=57.237;RBI=0.00928424;REFB=0;REVB=0.00911479;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118883;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 227886773 . A G 1308.69 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.433;QD=61.5854;RBI=0.00689476;REFB=0;REVB=0.00543684;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64699e-05;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:42:37:0:0:43:42:0:0 chr2 227892619 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.134;QD=51.9165;RBI=0.0180086;REFB=0;REVB=-0.0178703;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49587e-05;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr2 227892720 . C T 139.81 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5754;QD=43.0192;RBI=0.120663;REFB=0;REVB=-0.0146162;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482204;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:9:4:0:0 chr2 227896886 . C T 2463.1 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.864;QD=60.8173;RBI=0.0172152;REFB=0;REVB=0.00908788;RO=0;SAF=66;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21017e-07;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:149:162:0:0:149:162:1:83:66:0:0:92:70:0:0 chr2 227896976 . C T 1589.69 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.9672;QD=59.9883;RBI=0.0161799;REFB=0;REVB=-0.00979402;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51845e-05;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr2 227915832 . G A 484.23 PASS AF=0.589744;AO=45;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0110447;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.274;QD=24.8323;RBI=0.0162104;REFB=-0.00944858;REVB=0.0118655;RO=32;SAF=22;SAR=23;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628477;STB=0.538445;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0112133;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:32:32:45:46:0.589744:23:22:13:19:23:23:13:19 chr2 227954599 . G A 327.07 PASS AF=0.522388;AO=33;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0124002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.405;QD=19.5264;RBI=0.0125993;REFB=-0.010019;REVB=-0.00223084;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345969;STB=0.68403;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0112845;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:33:35:0.522388:16:17:4:28:17:18:4:28 chr2 228036619 . C T 59.78 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0237639;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.403;QD=5.3137;RBI=0.0239393;REFB=-0.00175501;REVB=-0.00289237;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167283;STB=0.606931;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0145995;OID=.;OPOS=228036619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:3:6:28:8:3:6:28:8 chr2 228102752 . C A 869.82 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179986;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4583;QD=56.1172;RBI=0.0575477;REFB=-0.129214;REVB=0.0546607;RO=2;SAF=41;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224661;STB=0.50588;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0125516;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:2:1:60:61:0.983871:19:41:2:0:19:42:1:0 chr2 228111435 . T C 1414.23 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.903;QD=62.1641;RBI=0.0474159;REFB=0;REVB=-0.0376249;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63609e-05;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:88:91:1:41:47:0:0:42:49:0:0 chr2 228111600 . G T 689.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.804;QD=62.6367;RBI=0.105708;REFB=0;REVB=-0.0578873;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190058;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr2 228113159 . G T 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0206401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.776;QD=4.63724;RBI=0.0341835;REFB=-0.00608093;REVB=-0.0272488;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227468;STB=0.64494;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0347495;OID=.;OPOS=228113159;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:6:6:16:34:6:6:16:34 chr2 228113175 . A G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1878;QD=57.2316;RBI=0.0362868;REFB=0;REVB=-0.0234224;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000563957;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr2 228128540 . C T 3712.76 PASS AF=0.954717;AO=252;DP=263;FAO=253;FDP=265;FR=.;FRO=12;FSAF=129;FSAR=124;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0125461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3242;QD=56.0417;RBI=0.0277298;REFB=-0.0124181;REVB=-0.0247292;RO=7;SAF=129;SAR=123;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104277;STB=0.510881;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00176916;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:263:265:7:12:252:253:0.954717:123:129:5:2:124:129:9:3 chr2 228135631 . C T 310.36 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00197309;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.366;QD=23.4233;RBI=0.0114786;REFB=-0.0157619;REVB=-0.0113077;RO=21;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133689;STB=0.581766;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0166868;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:22:31:31:0.584906:15:16:7:14:15:16:7:15 chr2 228177479 . C T 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00574482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.365;QD=17.3309;RBI=0.00599026;REFB=-0.00462055;REVB=-0.00169713;RO=49;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124773;STB=0.576139;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00404991;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:41:41:0.450549:26:15:24:25:26:15:25:25 chr2 228177825 . C G 263.19 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.018907;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.365;QD=25.0657;RBI=0.0625113;REFB=-0.0272964;REVB=0.0595835;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220502;STB=0.622846;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0359993;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:11:7:16:8:11:7 chr2 228179238 . G A 647.61 PASS AF=0.381443;AO=74;DP=194;FAO=74;FDP=194;FR=.;FRO=120;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.0480556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7211;QD=13.3528;RBI=0.0740578;REFB=-0.0138582;REVB=-0.0563491;RO=119;SAF=33;SAR=41;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000627237;STB=0.502535;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0255937;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:119:120:74:74:0.381443:41:33:53:66:41:33:54:66 chr2 228197238 . G A 1211.69 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402435;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2155;QD=61.3513;RBI=0.0404762;REFB=0;REVB=0.00433451;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30742e-05;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr2 228416712 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0112656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.923;QD=14.9784;RBI=0.0441307;REFB=-0.02911;REVB=-0.0426685;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0485808;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:7:4:3:7:7:4 chr2 228476253 . C G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9835;QD=56.953;RBI=0.0184422;REFB=0;REVB=-0.00210435;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210427;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr2 228493211 . G A 291.4 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0208694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.438;QD=16.8929;RBI=0.0268206;REFB=-0.00703375;REVB=0.0168467;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253091;STB=0.507242;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00775057;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:15:16:19:18:16:16:19:18 chr2 228627806 . G A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0114791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.498;QD=15.7829;RBI=0.0115392;REFB=-0.00547068;REVB=0.0011763;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150849;STB=0.587032;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00912457;OID=.;OPOS=228627806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:10:7:8:6:10:7 chr2 228776996 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00326555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.663;QD=11.1041;RBI=0.0153356;REFB=0.00718226;REVB=-0.0149839;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00854902;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:7:3:3:4:7:3 chr2 228882970 . T C 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0109656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.373;QD=17.7312;RBI=0.0235349;REFB=0.00309552;REVB=0.0208242;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181555;STB=0.604188;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0117457;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:9:10:12:5:9:10 chr2 228883029 . A C 82.33 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0183315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.753;QD=8.90039;RBI=0.032473;REFB=-0.0172344;REVB=-0.026804;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183374;STB=0.611454;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0305951;OID=.;OPOS=228883029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:10:16:5:6:10:16 chr2 228883721 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.549;QD=58.1415;RBI=0.00900762;REFB=0;REVB=0.00201146;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27578e-05;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 230045542 . C G 1823.39 PASS AF=0.728155;AO=151;DP=206;FAO=150;FDP=206;FR=.;FRO=56;FSAF=118;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0607378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.448;QD=35.4056;RBI=0.0625153;REFB=-0.0116078;REVB=0.0148015;RO=55;SAF=119;SAR=32;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129075;STB=0.567096;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00399279;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:55:56:151:150:0.728155:32:119:33:22:32:118:34:22 chr2 230045545 . T C 1875.37 PASS AF=0.735577;AO=153;DP=208;FAO=153;FDP=208;FR=.;FRO=55;FSAF=121;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0105023;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.799;QD=36.0649;RBI=0.0106404;REFB=-0.029672;REVB=0.00170857;RO=55;SAF=121;SAR=32;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130744;STB=0.570048;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00579581;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:55:55:153:153:0.735577:32:121:33:22:32:121:33:22 chr2 230045554 . G C 1949.78 PASS AF=0.738318;AO=158;DP=214;FAO=158;FDP=214;FR=.;FRO=56;FSAF=125;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0163667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.162;QD=36.4444;RBI=0.0255403;REFB=-0.010574;REVB=-0.0196071;RO=56;SAF=125;SAR=33;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168765;STB=0.59046;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0031967;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:56:56:158:158:0.738318:33:125:30:26:33:125:30:26 chr2 230045564 . T C 2009.97 PASS AF=0.76555;AO=160;DP=209;FAO=160;FDP=209;FR=.;FRO=49;FSAF=126;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0112018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.841;QD=38.4683;RBI=0.0282224;REFB=-0.0168494;REVB=0.0259041;RO=49;SAF=126;SAR=34;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141483;STB=0.575614;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00999888;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:49:49:160:160:0.76555:34:126:27:22:34:126:27:22 chr2 230045568 . T C 1989.18 PASS AF=0.770732;AO=158;DP=206;FAO=158;FDP=205;FR=.;FRO=47;FSAF=125;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0200542;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.081;QD=38.8133;RBI=0.0297702;REFB=-0.00185375;REVB=-0.0220021;RO=47;SAF=125;SAR=33;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129364;STB=0.57529;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0011586;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:47:47:158:158:0.770732:33:125:27:20:33:125:26:21 chr2 230045615 . G A 1986.12 PASS AF=0.844828;AO=147;DP=174;FAO=147;FDP=174;FR=.;FRO=27;FSAF=124;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0149931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.509;QD=45.6579;RBI=0.0172275;REFB=-0.0237615;REVB=0.00848488;RO=27;SAF=124;SAR=23;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125861;STB=0.566962;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00563147;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:27:27:147:147:0.844828:23:124:16:11:23:124:16:11 chr2 230135711 . G C,GC 1447.49 PASS AF=0.00961538,0.990385;AO=7,84;DP=114;FAO=1,103;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=1,45;FSAR=0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0933447,-0.20448;FXX=0.0458673;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=6.45197,22.174;QD=55.6725;RBI=0.141346,0.256115;REFB=0,0;REVB=0.106139,0.154216;RO=18;SAF=7,30;SAR=0,54;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741465,-0.0507223;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0960048,-5.08219e-05;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:114:104:18:0:7,84:1,103:0.00961538,0.990385:0,54:7,30:9:9:0,58:1,45:0:0 chr2 230282940 . T C 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0348047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.321;QD=2.84374;RBI=0.0372114;REFB=0.000156476;REVB=0.0131651;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408423;STB=0.806614;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00702926;OID=.;OPOS=230282940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:20:20:5:1:20:20 chr2 230653540 . T C 423.77 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.02131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7234;QD=21.1884;RBI=0.0244347;REFB=-0.00470494;REVB=0.0119558;RO=38;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128168;STB=0.570879;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00433453;OID=.;OPOS=230653540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:25:17:21:17:25:17:21:17 chr2 230668858 . T C 556.88 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00394063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.586;QD=18.7186;RBI=0.00644786;REFB=-0.0106976;REVB=0.00510356;RO=59;SAF=35;SAR=23;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885729;STB=0.558325;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00724156;OID=.;OPOS=230668858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:59:61:58:58:0.487395:23:35:30:29:23:35:30:31 chr2 230723777 . G C 216.27 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0118252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.132;QD=29.8299;RBI=0.087146;REFB=-0.0456085;REVB=0.08634;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891533;STB=0.549246;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.019084;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:12:8:5:4:12:8:5:4 chr2 230841074 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0384804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.782;QD=11.1039;RBI=0.038486;REFB=-0.00655026;REVB=-0.00065886;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545699;STB=0.82015;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00855748;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:1:9:2:5:1:9 chr2 230901647 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00110503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.922;QD=18.7119;RBI=0.0119599;REFB=-0.00215937;REVB=-0.0119087;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218046;STB=0.623744;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00171526;OID=.;OPOS=230901647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:12:7:11:7:12:7 chr2 230922983 . C T 38.04 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00448965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1752;QD=10.1439;RBI=0.0186209;REFB=-0.00168734;REVB=-0.0180715;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426681;STB=0.768236;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000704858;OID=.;OPOS=230922983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:4:5:1:5:4:5 chr2 231050715 . A G 870.8 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0568154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3704;QD=56.1805;RBI=0.0584012;REFB=-0.0814436;REVB=0.0135172;RO=1;SAF=41;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113758;STB=0.506022;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00775832;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:20:41:1:0:20:41:1:0 chr2 231072709 . C T 797.53 PASS AF=0.921875;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000864158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7999;QD=49.8458;RBI=0.00749559;REFB=-0.01854;REVB=-0.00744561;RO=5;SAF=29;SAR=29;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447935;STB=0.524079;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0152238;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:5:5:58:59:0.921875:29:29:4:1:30:29:4:1 chr2 231077725 . A G 259.91 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356228;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0811;QD=51.9825;RBI=0.0406192;REFB=0;REVB=0.0195175;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528077;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr2 231118041 . A C 303.96 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00245959;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.893;QD=19.6104;RBI=0.0593961;REFB=0.0042642;REVB=0.0593452;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531089;STB=0.529586;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00538547;OID=.;OPOS=231118041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:21:11:12:18:21:11:12:18 chr2 231149097 . T C 278.21 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0211386;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.252;QD=18.2435;RBI=0.0375065;REFB=-0.0176588;REVB=0.0309822;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137482;STB=0.507687;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0142619;OID=.;OPOS=231149097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:14:17:16:14:14:17 chr2 231149108 . G A 880.44 PASS AF=1;AO=46;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575759;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5584;QD=57.7334;RBI=0.120956;REFB=0;REVB=0.106374;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954549;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:46:61:1:23:23:0:0:32:29:0:0 chr2 231222655 . G T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.012787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.544;QD=11.4398;RBI=0.0128705;REFB=-0.00464154;REVB=0.00146332;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172341;STB=0.604686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00781453;OID=.;OPOS=231222655;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:5:9:7:2:5:9 chr2 231222675 . T C 70.12 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0224676;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.116;QD=14.7614;RBI=0.0235063;REFB=0.000350926;REVB=-0.00691061;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000309985;OID=.;OPOS=231222675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:9:10:9:9:0.473684:6:3:4:5:6:3:4:6 chr2 231248261 . C T 188.97 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00984955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.772;QD=20.9962;RBI=0.0176225;REFB=-0.0169534;REVB=-0.0146129;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150576;STB=0.557463;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0109701;OID=.;OPOS=231248261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:17:17:19:0.527778:8:9:10:4:9:10:11:6 chr2 231258150 . C T 357.42 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.022194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5948;QD=17.6504;RBI=0.0228355;REFB=-0.00705387;REVB=-0.00537448;RO=43;SAF=10;SAR=27;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381546;STB=0.508231;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0100396;OID=.;OPOS=231258150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:43:37:38:0.469136:27:10:13:30:27:11:13:30 chr2 231331896 . G A 488.85 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.351;QD=55.8687;RBI=0.0438577;REFB=-0.140543;REVB=0.0425702;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00177023;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:0:1 chr2 231333763 . A G 838.4 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401046;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2262;QD=57.8208;RBI=0.0479557;REFB=0;REVB=0.0262939;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478551;OID=.;OPOS=231333763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr2 231333834 . G A 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0986186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5997;QD=62.9707;RBI=0.0997749;REFB=0;REVB=-0.0151464;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004278;OID=.;OPOS=231333834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr2 231334216 . T C 651.01 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5878;QD=62.0005;RBI=0.0176702;REFB=0;REVB=0.0153342;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52188e-05;OID=.;OPOS=231334216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr2 231334509 . AAG A 144.32 PASS AF=0.9375;AO=2;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106333;FXX=0.157812;HRUN=2;LEN=2;MLLD=169.336;QD=36.0791;RBI=0.107748;REFB=0.0512117;REVB=0.0174094;RO=15;SAF=0;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.691135;STB=0.571326;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=-0.0107733;OID=.;OPOS=231334510;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:2:17:15:16:1:12:3:0:1:7:15:0:2:12:3 chr2 231406070 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4079;QD=62.3506;RBI=0.074365;REFB=0;REVB=0.0479458;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121592;OID=.;OPOS=231406070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr2 231406680 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.924;QD=60.2306;RBI=0.0553667;REFB=0;REVB=0.0532377;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356533;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr2 231451851 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.501;QD=42.1826;RBI=0.00600721;REFB=0;REVB=0.00341421;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5457e-05;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 231684790 . T C 162.97 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0424552;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.664;QD=19.7538;RBI=0.042566;REFB=-0.0118257;REVB=-0.00306851;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737045;STB=0.533296;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00952418;OID=.;OPOS=231684790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:16:17:17:0.515152:13:4:2:10:13:4:3:13 chr2 231738168 . G A 629.34 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.011639;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=225.689;QD=45.7699;RBI=0.0171505;REFB=-0.0781294;REVB=0.0125966;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699852;STB=0.508471;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0014007;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:2:6:49:49:0.890909:20:29:1:1:20:29:4:2 chr2 231738263 . C T 807.31 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00637277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2997;QD=54.7331;RBI=0.00719514;REFB=-0.0912711;REVB=0.00334033;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0107096;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:30:27:1:0:30:28:1:0 chr2 231738269 . G A 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.875;QD=57.1042;RBI=0.0688069;REFB=0;REVB=0.0557548;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347165;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr2 231861032 . TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA T,TCAGCAGCCTAGTCCTGAATCCACACCA 431.24 PASS AF=0.15625,0.84375;AO=5,15;DP=32;FAO=5,27;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=5,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346059,0.0593342;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=27,1;MLLD=258.159,304.656;QD=53.9051;RBI=0.00439251,0.0613268;REFB=0,0;REVB=-0.00270528,0.0155055;RO=0;SAF=0,10;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0171349,0.00557675;OID=.,.;OPOS=231861033,231861044;OREF=CAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCAGCAGCCTAGTCCTGAATCCACACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15625,0.84375:5,15:32:5,27:32:0:0,21:5,6:0:0:27:0:0,10:5,5:0:0 chr2 231861071 . T C 233.55 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.048915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.181;QD=24.584;RBI=0.0583535;REFB=-0.00965433;REVB=-0.0318191;RO=16;SAF=16;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407896;STB=0.727066;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0261716;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:6:16:3:13:6:16:3:13 chr2 231865090 . T C 844.39 PASS AF=0.542484;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=153;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=60;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0272944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0924;QD=22.0755;RBI=0.0450244;REFB=-0.00779626;REVB=-0.035808;RO=70;SAF=23;SAR=60;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120314;STB=0.566021;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00820365;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:70:70:83:83:0.542484:60:23:28:42:60:23:28:42 chr2 231865144 . G C 894.75 PASS AF=0.511364;AO=63;DP=176;FAO=90;FDP=176;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-0.0016478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.866;QD=20.3351;RBI=0.035313;REFB=-0.00146668;REVB=-0.0352745;RO=83;SAF=35;SAR=28;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207396;STB=0.53177;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00101493;OID=.;OPOS=231865144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:83:86:63:90:0.511364:28:35:29:54:53:37:30:56 chr2 232087475 . T A 659.1 PASS AF=1;AO=3;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.423;QD=62.7716;RBI=0.169537;REFB=0;REVB=0.0869733;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224716;OID=.;OPOS=232087475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:3:42:1:3:0:0:0:19:23:0:0 chr2 232196564 . C T 147.63 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0397709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.889;QD=26.8413;RBI=0.0861875;REFB=-0.0213998;REVB=0.0764628;RO=7;SAF=13;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319044;STB=0.590773;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0108637;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:7:7:14:15:0.681818:1:13:5:2:2:13:5:2 chr2 232196597 . G A 71.69 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00125141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.023;QD=19.1161;RBI=0.0104397;REFB=-0.00724326;REVB=-0.0103644;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202228;STB=0.559859;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00389217;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:5:6:9:9:0.6:2:7:4:1:2:7:4:2 chr2 232225535 . C CG 1145.99 PASS AF=1;AO=89;DP=153;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.24749;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.3842;QD=30.3575;RBI=0.265151;REFB=0;REVB=-0.0951487;RO=56;SAF=22;SAR=67;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00171148;OID=.;OPOS=232225536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:153:151:151:0:65:86:0:0:25:56:22:67:43:13 chr2 232263127 . G A 187.82 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00428748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.652;QD=12.5212;RBI=0.0169144;REFB=-0.00827199;REVB=0.0163619;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174751;STB=0.624353;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0183337;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:37:23:23:0.383333:14:9:19:15:14:9:22:15 chr2 232320581 . T G 184.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0237554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.004;QD=18.4787;RBI=0.0246139;REFB=-0.0454746;REVB=0.00644381;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231994;STB=0.501318;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0467919;OID=.;OPOS=232320581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:10:11:10:9:10:11 chr2 232458443 . T C 447.28 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.096;QD=57.7138;RBI=0.0164943;REFB=0;REVB=6.19099e-05;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43807e-05;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr2 232672932 . C T 414.99 PASS AF=1;AO=21;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.387;QD=53.5476;RBI=0.0381316;REFB=0;REVB=0.0103609;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712903;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:21:31:1:9:12:0:0:18:13:0:0 chr2 232672933 . G T 84.73 PASS AF=0.354839;AO=8;DP=28;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00233364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.482;QD=10.9329;RBI=0.0129146;REFB=-0.0506573;REVB=0.012702;RO=20;SAF=0;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.773579;STB=0.877606;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00797016;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:31:20:20:8:11:0.354839:8:0:12:8:10:1:12:8 chr2 233201328 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.00725133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.452;QD=16.7276;RBI=0.0196598;REFB=-0.0248063;REVB=-0.0182736;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329267;STB=0.685514;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0244683;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:3:16:8:8:3:16 chr2 233243586 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00794091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.931;QD=11.8143;RBI=0.0190824;REFB=-0.00528951;REVB=0.0173517;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310179;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016053;OID=.;OPOS=233243586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:4:9:14:7:4:9:16:7 chr2 233243793 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0660907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5293;QD=5.00553;RBI=0.0661049;REFB=-0.00941688;REVB=0.0013687;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148013;STB=0.599658;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0164472;OID=.;OPOS=233243793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:12:10:2:4:12:10 chr2 233243796 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0246972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.806;QD=5.00553;RBI=0.0246977;REFB=-0.000986732;REVB=-0.000149726;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148013;STB=0.599658;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00680801;OID=.;OPOS=233243796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:12:10:2:4:12:10 chr2 233244586 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.348;QD=53.276;RBI=0.104551;REFB=0;REVB=0.0150415;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316343;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr2 233245026 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0097183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.365;QD=10.0741;RBI=0.0470772;REFB=-0.0254759;REVB=0.0460632;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242792;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0497699;OID=.;OPOS=233245026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:8:5:5:3:8:6 chr2 233245141 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0187385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.902;QD=10.3905;RBI=0.0188742;REFB=-0.0382058;REVB=0.00225927;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0392065;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:7:4:3:4:7:4 chr2 233245958 . C A 73.87 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00591447;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.956;QD=8.20736;RBI=0.0347915;REFB=-0.0264547;REVB=0.0342851;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16099;STB=0.5998;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0309039;OID=.;OPOS=233245958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:12:14:4:6:12:14 chr2 233271799 . C G 40.49 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.047712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1941;QD=3.37405;RBI=0.066124;REFB=-0.00265434;REVB=-0.0457815;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128978;STB=0.591456;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.021989;OID=.;OPOS=233271799;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:4:3:22:19:4:3:22:19 chr2 233273244 . C A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00335817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.91;QD=15.8818;RBI=0.033298;REFB=-0.00725158;REVB=-0.0331283;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266665;STB=0.655927;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00993749;OID=.;OPOS=233273244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:4:6:3:7:4:6 chr2 233349588 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.401;QD=57.1765;RBI=0.0145728;REFB=0;REVB=-0.0062098;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37128e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr2 233385396 . G A 462.57 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0111774;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6361;QD=13.605;RBI=0.0655321;REFB=-0.0315947;REVB=0.0645719;RO=76;SAF=25;SAR=28;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208469;STB=0.506256;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0692264;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:76:83:53:53:0.389706:28:25:36:40:28:25:40:43 chr2 233386583 . T C 423.72 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00823564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.451;QD=16.1415;RBI=0.0158007;REFB=-0.0128932;REVB=0.0134846;RO=58;SAF=18;SAR=29;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494971;STB=0.527707;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0164732;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:29:18:25:33:29:18:25:33 chr2 233406178 . G A 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00340067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3246;QD=20.2396;RBI=0.031328;REFB=0.000158061;REVB=0.0311429;RO=48;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010606;STB=0.50588;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00018325;OID=.;OPOS=233406178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:26:21:22:26:26:21:22:26 chr2 233410294 . C T 391.38 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0420506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.546;QD=25.6643;RBI=0.0422606;REFB=-0.00997919;REVB=0.00420788;RO=23;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875328;STB=0.547801;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00967895;OID=.;OPOS=233410294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:18:20:15:8:18:20:15:8 chr2 233413771 . C T 163.44 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877935;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4943;QD=46.697;RBI=0.042314;REFB=0;REVB=-0.0413932;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151167;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 233413825 . G A 67.51 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0040509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1756;QD=13.5027;RBI=0.0777778;REFB=-0.0506457;REVB=-0.0776722;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0200815;OID=.;OPOS=233413825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:5:6:4:5:5:6 chr2 233414341 . C T 132.66 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0490343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3341;QD=15.1613;RBI=0.0655452;REFB=-1.81385e-05;REVB=-0.0434949;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000285734;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:11:9:6:9:11:9 chr2 233414660 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000962147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.058;QD=10.0337;RBI=0.00872075;REFB=-0.0231553;REVB=-0.00866751;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0284562;OID=.;OPOS=233414660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr2 233414832 . T G 240.2 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00966509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.553;QD=29.1145;RBI=0.012893;REFB=0.0188007;REVB=0.00853321;RO=8;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113658;STB=0.593144;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00168445;OID=.;OPOS=233414832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:8:11:22:22:0.666667:7:15:7:1:7:15:10:1 chr2 233498669 . G T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.882;QD=57.2343;RBI=0.0295183;REFB=-0.0295575;REVB=0.0114619;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000327106;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:34:32:1:0:34:32:1:0 chr2 233537125 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00117669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.338;QD=12.6193;RBI=0.00230626;REFB=-0.018433;REVB=0.0019835;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117352;STB=0.567511;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0272185;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:20:18:14:10:20:18 chr2 233543682 . C T 172.93 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0229768;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.46;QD=17.2932;RBI=0.0245863;REFB=-0.00741393;REVB=-0.0087493;RO=22;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495999;STB=0.786691;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159646;OID=.;OPOS=233543682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:15:3:14:8:15:3:14:8 chr2 233543689 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00572542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.464;QD=18.4827;RBI=0.00656351;REFB=-0.00934585;REVB=0.00320924;RO=20;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467568;STB=0.780159;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0137094;OID=.;OPOS=233543689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:16:3:12:8:16:3:13:8 chr2 233708806 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.939;QD=48.7372;RBI=0.0420667;REFB=0;REVB=0.0263994;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574438;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 460.1 PASS AF=0.71875,0.28125;AO=17,12;DP=30;FAO=23,9;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=10,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442487,0.0394408;FXX=0.0588062;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=201.224,70.9316;QD=57.5127;RBI=0.0467671,0.0405105;REFB=0,0;REVB=0.01514,-0.00924768;RO=0;SAF=8,6;SAR=9,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0329475,0.0322877;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.71875,0.28125:17,12:30:23,9:32:0:13,3:10,6:0:0:68:0:8,6:9,6:0:0 chr2 233712248 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0249992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.51;QD=19.1787;RBI=0.0953419;REFB=-0.0301517;REVB=0.092006;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303948;STB=0.692012;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0521921;OID=.;OPOS=233712248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:9:4:7:3:9:4:8:3 chr2 233723182 . G A 628.15 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.222;QD=61.2827;RBI=0.0357938;REFB=0;REVB=0.0356082;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177656;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:37:41:1:10:27:0:0:12:29:0:0 chr2 233740227 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.756;QD=53.2772;RBI=0.0221718;REFB=0;REVB=0.00260082;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58704e-05;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr2 233744021 . G A 346.17 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0194094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1525;QD=32.2015;RBI=0.0408838;REFB=-0.0262476;REVB=-0.0359827;RO=14;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522956;STB=0.528622;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0175622;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:12:17:7:7:12:17:7:7 chr2 233750074 . C T 379.53 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00711336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.206;QD=20.2417;RBI=0.0072115;REFB=-0.0167522;REVB=0.00118569;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506153;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0180864;OID=.;OPOS=233750074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:36:38:39:0.52:19:19:18:18:19:20:18:18 chr2 233757679 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0270183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.49;QD=15.1661;RBI=0.0321624;REFB=-0.0159684;REVB=0.0174479;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904417;STB=0.551618;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0253856;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:13:17:15:8:13:17 chr2 233757697 . A G 755.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8129;QD=62.9191;RBI=0.0212043;REFB=0;REVB=0.0103866;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294667;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:29:19:0:0 chr2 233785015 . G A 731.13 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298173;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9345;QD=63.576;RBI=0.0312559;REFB=0;REVB=-0.00937355;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267643;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr2 233785159 . C T 39.32 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00818331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0898;QD=3.02471;RBI=0.0101067;REFB=0.000355379;REVB=-0.0059311;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17661;STB=0.626675;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00329843;OID=.;OPOS=233785159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:4:3:26:19:4:3:26:19 chr2 233834975 . A G 1491.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.142;QD=63.4737;RBI=0.0353053;REFB=0;REVB=-0.00141423;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08705e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr2 233899104 . C T 95.68 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0197154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.088;QD=4.78376;RBI=0.0210316;REFB=-0.00416006;REVB=-0.00732346;RO=64;SAF=8;SAR=8;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117968;STB=0.574908;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0160322;OID=.;OPOS=233899104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:64:64:16:16:0.2:8:8:38:26:8:8:38:26 chr2 233899126 . C A 439.21 PASS AF=0.650794;AO=38;DP=60;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0172215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.814;QD=27.8865;RBI=0.0201003;REFB=-0.0168289;REVB=-0.0103655;RO=22;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103209;STB=0.537365;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00650848;OID=.;OPOS=233899126;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:22:22:38:41:0.650794:23:15:12:10:23:18:12:10 chr2 234055004 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5421;QD=59.0148;RBI=0.0250262;REFB=0;REVB=-0.0249752;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225834;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 234066969 . C G 750.88 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220655;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2857;QD=63.9043;RBI=0.0244331;REFB=0;REVB=-0.0104925;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016226;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr2 234113057 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00805655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.921;QD=12.3286;RBI=0.0221094;REFB=-0.0214099;REVB=-0.0205893;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136212;STB=0.5805;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0419391;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:10:7:6:5:10:7 chr2 234113301 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0693594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.118;QD=22.9143;RBI=0.0758567;REFB=-0.059099;REVB=0.0307168;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0226571;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr2 234183368 . A G 439.35 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00390478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3311;QD=24.7522;RBI=0.0162036;REFB=0.01773;REVB=-0.0157261;RO=28;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695029;STB=0.530816;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0145633;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:29:42:42:0.591549:22:20:16:12:22:20:16:13 chr2 234184417 . G A 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00427685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.605;QD=14.9201;RBI=0.00824031;REFB=0.00559092;REVB=0.00704353;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989421;STB=0.563831;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00693517;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:12:16:17:19:12:16:17:20 chr2 234227523 . A G 197.61 PASS AF=0.342466;AO=26;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0468233;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.471;QD=10.8276;RBI=0.0472305;REFB=-0.00319761;REVB=-0.00618877;RO=48;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135559;STB=0.593404;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0099896;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:48:26:25:0.342466:12:14:20:28:11:14:20:28 chr2 234255547 . G A 361.99 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00602542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3255;QD=17.8758;RBI=0.0151004;REFB=-0.00703068;REVB=-0.0138462;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602381;STB=0.522924;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0124514;OID=.;OPOS=234255547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:26:12:11:31:26:12:12:31 chr2 234368500 . T C 129.86 PASS AF=0.25974;AO=14;DP=74;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0277585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.909;QD=6.74573;RBI=0.0346164;REFB=-0.0205476;REVB=0.0206824;RO=57;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121657;STB=0.593656;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0645761;OID=.;OPOS=234368500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:57:57:14:20:0.25974:8:6:30:27:12:8:30:27 chr2 234449316 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9203;QD=60.9759;RBI=0.033237;REFB=0;REVB=-0.0267102;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4383e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 234469664 . T C 1434.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.63;QD=63.048;RBI=0.0190361;REFB=0;REVB=0.0170099;RO=0;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104208;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:31:60:0:0:31:60:0:0 chr2 234526422 . T C 301.51 PASS AF=0.627907;AO=25;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0133472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.372;QD=28.0469;RBI=0.0364841;REFB=-0.0188917;REVB=0.033955;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300812;STB=0.516395;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00839734;OID=.;OPOS=234526422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:16:25:27:0.627907:12:13:9:7:13:14:9:7 chr2 234526871 . C G 435.09 PASS AF=0.454545;AO=43;DP=97;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0164576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2141;QD=17.5792;RBI=0.0180035;REFB=-0.0186313;REVB=-0.00729874;RO=53;SAF=11;SAR=32;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203279;STB=0.611059;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0238284;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:53:54:43:45:0.454545:32:11:23:30:33:12:24:30 chr2 234590616 . C A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00789691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.025;QD=14.3247;RBI=0.0144768;REFB=-0.00407;REVB=-0.0121332;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109615;STB=0.562119;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00462414;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:13:15:25:14:13:15:25:14 chr2 234590970 . T G 223.51 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00281494;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.555;QD=18.6256;RBI=0.00863506;REFB=0.000561553;REVB=0.00816336;RO=26;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331859;STB=0.689984;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000655826;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:5:17:12:14:5:17:12:14 chr2 234590974 . CG AA 189.37 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00741521;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.089;QD=15.7804;RBI=0.0234141;REFB=-0.0329457;REVB=-0.0222089;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348543;STB=0.701451;STBP=0.038;TYPE=mnp;VARB=0.0179804;OID=.;OPOS=234590974;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:19:19:0.395833:5:14:11:16:5:14:11:16 chr2 234591205 . T C 332.9 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00648183;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.944;QD=18.7551;RBI=0.0276211;REFB=-0.0312711;REVB=0.0268498;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139635;STB=0.586848;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0295198;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:36:35:35:0.492958:24:11:16:19:24:11:17:19 chr2 234601669 . T G 406.0 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.000101502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.608;QD=22.5556;RBI=0.0573141;REFB=-0.00557706;REVB=-0.057314;RO=31;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01862;STB=0.516728;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00331185;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:21:19:14:17:21:19:14:18 chr2 234601965 . A G 320.47 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0361837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7929;QD=27.2743;RBI=0.0545886;REFB=0.00610672;REVB=0.0408737;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142882;STB=0.588173;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00646349;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:19:28:28:0.595745:15:13:12:6:15:13:13:6 chr2 234602191 . A G 322.11 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0314531;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.257;QD=23.8601;RBI=0.0345656;REFB=-0.0211845;REVB=0.0143347;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127826;STB=0.507038;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0124005;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:10:12:18:14:10:12 chr2 234602202 . A C 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0137857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.612;QD=20.8996;RBI=0.0137859;REFB=-0.0226477;REVB=-7.20312e-05;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205873;STB=0.511453;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0222831;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:17:11:10:14:17:11:10:14 chr2 234622429 . T C 467.21 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0110782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.386;QD=13.9465;RBI=0.0122565;REFB=-0.0202117;REVB=0.00524345;RO=81;SAF=26;SAR=27;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166927;STB=0.50943;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0281011;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:81:53:53:0.395522:27:26:41:40:27:26:41:40 chr2 234627937 . T C 2057.09 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321692;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9149;QD=61.4058;RBI=0.0640805;REFB=-0.0465218;REVB=0.0554207;RO=1;SAF=72;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655601;STB=0.503448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00571132;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:1:1:132:133:0.992537:60:72:1:0:61:72:1:0 chr2 234637803 . T C 238.62 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0218184;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5896;QD=14.9137;RBI=0.0289464;REFB=-0.0317884;REVB=0.0190224;RO=36;SAF=20;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24015;STB=0.615677;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0357396;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:7:20:19:17:8:20:19:17 chr2 234637853 . G A 494.37 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.020135;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.163;QD=22.7298;RBI=0.0215227;REFB=-0.0217072;REVB=0.0076033;RO=41;SAF=25;SAR=21;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252873;STB=0.647761;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.016887;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:40:46:47:0.54023:21:25:10:31:21:26:9:31 chr2 234637912 . T C 426.86 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0405814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.907;QD=21.8902;RBI=0.0433518;REFB=-0.00507194;REVB=-0.0152488;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314422;STB=0.666193;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00951204;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:16:26:8:27:16:26:9:27 chr2 234638249 . A G 881.9 PASS AF=0.551282;AO=86;DP=156;FAO=86;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00434619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.18;QD=22.6129;RBI=0.0106072;REFB=-0.00697913;REVB=-0.00967588;RO=70;SAF=44;SAR=42;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374712;STB=0.520449;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00560784;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:70:70:86:86:0.551282:42:44:39:31:42:44:39:31 chr2 234652347 . C G 336.95 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00153658;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.188;QD=17.2797;RBI=0.0173655;REFB=-0.0181402;REVB=-0.0172973;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099125;STB=0.555525;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0192164;OID=.;OPOS=234652347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:19:23:16:20:19:23 chr2 234688036 . C A 833.01 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.176;QD=56.4754;RBI=0.0423389;REFB=0;REVB=-0.0417797;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220782;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:20:37:0:0:20:39:0:0 chr2 234702459 . T C 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.469;QD=59.8656;RBI=0.0256129;REFB=0;REVB=0.0255667;RO=0;SAF=33;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88102e-05;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:71:33:0:0:71:33:0:0 chr2 234703136 . T C 612.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0778;QD=61.2715;RBI=0.0619008;REFB=0;REVB=0.0430534;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011148;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 234704318 . A G 442.74 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0158712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5149;QD=52.0866;RBI=0.0529271;REFB=-0.0779348;REVB=-0.0504914;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.529393;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0219285;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:16:16:2:0:16:16:2:0 chr2 234704690 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.391;QD=43.4861;RBI=0.0408291;REFB=0;REVB=0.00633801;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305912;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr2 234708428 . G A 236.23 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0145317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0822;QD=17.4987;RBI=0.0258324;REFB=-0.0267508;REVB=0.0213575;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200658;STB=0.612591;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0482759;OID=.;OPOS=234708428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:18:10:15:11:18:10 chr2 234725502 . T C 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4854;QD=57.8792;RBI=0.00812346;REFB=0;REVB=0.00719713;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103043;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr2 234727986 . C T 181.13 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0103876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9269;QD=11.3207;RBI=0.0771276;REFB=-0.0139345;REVB=-0.0764249;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706754;STB=0.540948;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0246316;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:24:17:11:12:24:17 chr2 234728078 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1266;QD=59.501;RBI=0.0339714;REFB=0;REVB=0.0223398;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05097e-05;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr2 234730807 . G A 608.44 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0146031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4888;QD=17.8953;RBI=0.0175102;REFB=-0.010758;REVB=-0.00966205;RO=73;SAF=32;SAR=31;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275169;STB=0.515281;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00948968;OID=.;OPOS=234730807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:63:63:0.463235:31:32:35:38:31:32:35:38 chr2 234732317 . AT GT,TG 280.01 PASS AF=0.537037,0;AO=28,2;DP=54;FAO=29,0;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13,0;FSAR=16,0;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0564699,-0.133298;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=110.958,19.9865;QD=20.7414;RBI=0.05745,0.163811;REFB=-0.0276362,0.00109549;REVB=-0.0105667,-0.095214;RO=22;SAF=12,2;SAR=16,0;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16397,0.44653;STB=0.605989,0.5;STBP=0.1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0186394,0.0436215;OID=.,.;OPOS=234732317,234732317;OREF=A,AT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:25:28,2:29,0:0.537037,0:16,0:12,2:14:8:16,0:13,0:17:8 chr2 234737372 . C A 500.27 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00310543;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.639;QD=26.6812;RBI=0.0123549;REFB=-0.0128822;REVB=0.0119583;RO=29;SAF=30;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505761;STB=0.527626;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00793016;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:16:30:17:12:16:30:17:12 chr2 234737632 . A G 302.5 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0182586;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2852;QD=15.9208;RBI=0.0505829;REFB=-0.0256267;REVB=0.0471726;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501563;STB=0.520493;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0234632;OID=.;OPOS=234737632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:42:33:34:0.447368:18:15:17:25:19:15:17:25 chr2 234740136 . G A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0333028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.689;QD=18.9663;RBI=0.0342426;REFB=-0.0231493;REVB=0.00796732;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098829;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0348117;OID=.;OPOS=234740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:14:11:12:10:14:11 chr2 234740157 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00161877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.605;QD=20.3167;RBI=0.00624528;REFB=-0.00180293;REVB=0.00603184;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214124;STB=0.617856;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00101042;OID=.;OPOS=234740157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:18:19:19:0.513514:11:8:11:5:11:8:12:6 chr2 234749258 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00954514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.045;QD=18.7441;RBI=0.0209757;REFB=-0.0317873;REVB=0.0186781;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0251488;OID=.;OPOS=234749258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr2 234749354 . G A 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0750161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3746;QD=17.156;RBI=0.0871411;REFB=0.0278658;REVB=0.0443413;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0286221;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:9:11:8:9:9:11 chr2 234749780 . G C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.000844252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.358;QD=17.1001;RBI=0.02507;REFB=-0.0295772;REVB=-0.0250557;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142626;STB=0.582654;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0352523;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:10:5:3:11:10:5 chr2 234750542 . G C 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00931403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.518;QD=18.478;RBI=0.0369644;REFB=-0.0233326;REVB=0.0357717;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128654;STB=0.571825;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0255307;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:22:14:20:18:22:14:20:18 chr2 234750831 . T C 658.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.952;QD=61.2798;RBI=0.01465;REFB=0;REVB=0.00516972;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483361;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr2 234761225 . C T 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0366882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.596;QD=8.46433;RBI=0.0368305;REFB=0.00551251;REVB=-0.00323516;RO=38;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356208;STB=0.711977;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0197153;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:6:9:11:27:6:9:11:27 chr2 234762480 . A T 388.71 PASS AF=0.444444;AO=42;DP=103;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00531633;FXX=0.0388312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.369;QD=15.7053;RBI=0.00539741;REFB=-0.00917058;REVB=0.000931984;RO=51;SAF=33;SAR=9;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219713;STB=0.610725;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0152114;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:99:51:55:42:44:0.444444:9:33:31:20:11:33:32:23 chr2 234775675 . G T 587.47 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=131;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.00774028;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.699;QD=18.0761;RBI=0.0116811;REFB=-0.0181681;REVB=-0.00874856;RO=69;SAF=37;SAR=23;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516229;STB=0.53209;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.015049;OID=.;OPOS=234775675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:69:69:60:61:0.469231:23:37:39:30:23:38:39:30 chr2 234854540 . G C 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0507655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4339;QD=24.2442;RBI=0.0509153;REFB=-0.0221256;REVB=-0.00390311;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808921;STB=0.504501;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0135406;OID=.;OPOS=234854540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:11:9:11:14:11:9 chr2 234854552 . A G 257.75 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0317277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3562;QD=23.4318;RBI=0.038075;REFB=-0.00367085;REVB=0.0210488;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683815;STB=0.503814;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00449089;OID=.;OPOS=234854552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:11:9:11:13:11:9 chr2 234856212 . C T 405.66 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0159314;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.202;QD=19.5501;RBI=0.0162465;REFB=-0.00773252;REVB=0.0031839;RO=42;SAF=27;SAR=14;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825465;STB=0.504585;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00912538;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:42:41:41:0.493976:14:27:28:14:14:27:28:14 chr2 234863788 . G A 369.14 PASS AF=0.903226;AO=29;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00216048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.22;QD=47.6314;RBI=0.0227099;REFB=-0.0905552;REVB=0.0226069;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00419446;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:31:31:1:3:29:28:0.903226:14:15:1:0:14:14:2:1 chr2 234959637 . T A 393.03 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.000524831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.885;QD=13.6706;RBI=0.00409947;REFB=-0.0159655;REVB=-0.00406574;RO=69;SAF=28;SAR=18;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140051;STB=0.579275;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0271813;OID=.;OPOS=234959637;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:18:28:33:36:18:28:33:36 chr2 234967539 . T A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.54;QD=64.4152;RBI=0.0205678;REFB=0;REVB=-0.0158673;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24432e-06;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr2 235402279 . T C 214.14 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0165977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.278;QD=28.5521;RBI=0.0269741;REFB=-0.0326195;REVB=0.0212631;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172976;STB=0.599904;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0226125;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:9:10:8:2:10:10:8:2 chr2 235950187 . T C 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00473568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.929;QD=19.7815;RBI=0.0214075;REFB=-0.0159822;REVB=-0.0208771;RO=41;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203302;STB=0.612107;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0208743;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:22:19:10:31:22:19:10:31 chr2 235951819 . A G 201.01 PASS AF=0.38806;AO=24;DP=65;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0275733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.524;QD=12.0007;RBI=0.0371668;REFB=-0.0157873;REVB=-0.0249215;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518757;STB=0.549724;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0362655;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:41:41:24:26:0.38806:14:10:19:22:16:10:19:22 chr2 236433161 . G A 85.29 PASS AF=0.413793;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0332375;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.6756;QD=11.7642;RBI=0.0360747;REFB=-0.0460062;REVB=0.0140232;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330452;STB=0.736441;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0367833;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:29:17:17:9:12:0.413793:3:6:6:11:3:9:6:11 chr2 236708166 . C T 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0320134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.94;QD=18.6399;RBI=0.0336156;REFB=-0.0270191;REVB=-0.0102541;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518425;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0264683;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:15:11:12:13:15:11 chr2 236761396 . C T 730.36 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0452825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.664;QD=51.2531;RBI=0.0466722;REFB=-0.0417141;REVB=-0.0113043;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.514051;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.000510617;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:22:32:1:0:22:32:1:2 chr2 236957822 . G A 987.93 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.347;QD=58.9811;RBI=0.0114198;REFB=0;REVB=0.00942867;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05557e-05;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:38:29:0:0 chr2 237032607 . T G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00706394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.772;QD=18.9978;RBI=0.0448037;REFB=-0.0248397;REVB=-0.0442434;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289608;STB=0.524297;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0265273;OID=.;OPOS=237032607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:15:16:14:15:15:16:14:16 chr2 237032703 . T C 357.65 PASS AF=0.46988;AO=35;DP=79;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00415016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.484;QD=17.236;RBI=0.0209633;REFB=-0.013765;REVB=-0.0205484;RO=40;SAF=28;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360838;STB=0.699338;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0107614;OID=.;OPOS=237032703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:40:44:35:39:0.46988:7:28:19:21:7:32:23:21 chr2 237075769 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0408437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.326;QD=10.1854;RBI=0.0434939;REFB=-0.0168829;REVB=0.0149503;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171662;STB=0.601645;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0282819;OID=.;OPOS=237075769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:9:6:9:25:9:6:9:25 chr2 237103548 . G A 212.5 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0251195;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.944;QD=19.3178;RBI=0.0268493;REFB=0.0101653;REVB=-0.00948146;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171704;STB=0.597281;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00604508;OID=.;OPOS=237103548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:13:10:13:8:13:10 chr2 237103623 . A G 102.89 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0569921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.76;QD=17.8933;RBI=0.0595558;REFB=-0.0375797;REVB=0.0172857;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235046;STB=0.604144;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0268643;OID=.;OPOS=237103623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:7:4:7:4:7:5:7:4 chr2 237103697 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0947662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.787;QD=23.2183;RBI=0.0954684;REFB=-0.00479317;REVB=0.0115578;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00233738;OID=.;OPOS=237103697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr2 237150166 . A C 380.24 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0544145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.657;QD=24.9337;RBI=0.0546702;REFB=-0.0199285;REVB=0.00528231;RO=24;SAF=14;SAR=22;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760626;STB=0.547216;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0142293;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:24:36:37:0.606557:22:14:7:17:22:15:7:17 chr2 237923852 . G A 254.65 PASS AF=0.509091;AO=23;DP=50;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00821096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.82;QD=18.5201;RBI=0.0124064;REFB=-0.0157651;REVB=0.00930052;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323443;STB=0.527253;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0171347;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:27:27:23:28:0.509091:12:11:12:15:14:14:12:15 chr2 238233410 . C G 444.52 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0367948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.102;QD=23.3956;RBI=0.0401787;REFB=-0.0358817;REVB=0.0161392;RO=33;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141392;STB=0.507765;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0241492;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:24:19:14:19:24:19:14:19 chr2 238233483 . G A 61.43 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00821537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.73;QD=18.9012;RBI=0.0125711;REFB=-0.0752022;REVB=0.00951521;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215906;STB=0.659985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0314677;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:5:3:3:1:5:3:4:1 chr2 238243292 . G A 994.33 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00868578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.743;QD=57.6425;RBI=0.0457951;REFB=-0.00742052;REVB=0.0449638;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=7.01294e-05;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr2 238243462 . A AG 456.89 PASS AF=1;AO=7;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.3598;QD=35.8344;RBI=0.232223;REFB=0;REVB=-0.186102;RO=46;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447019;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00100945;OID=.;OPOS=238243463;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:53:51:51:0:22:29:0:0:10:46:1:6:23:23 chr2 238243464 . C G 715.16 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0719;QD=56.0913;RBI=0.073582;REFB=0;REVB=-0.0196685;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744911;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:29:21:1:0:29:22:0:0 chr2 238244963 . A G 1374.95 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383461;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.723;QD=63.2159;RBI=0.00932524;REFB=0;REVB=-0.00850035;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60759e-05;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr2 238249630 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.05;QD=62.6709;RBI=0.0160872;REFB=0;REVB=0.0154311;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83451e-05;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr2 238258813 . T TG 1141.47 PASS AF=1;AO=13;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556258;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=216.614;QD=45.2068;RBI=0.0570251;REFB=0;REVB=0.0125555;RO=85;SAF=9;SAR=4;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000417375;OID=.;OPOS=238258814;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:101:101:101:0:65:36:0:0:22:85:9:4:53:32 chr2 238258814 . C G 1119.33 PASS AF=0.851485;AO=86;DP=101;FAO=86;FDP=101;FR=.;FRO=15;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00393308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.479;QD=44.33;RBI=0.0165993;REFB=-0.18593;REVB=0.0161266;RO=15;SAF=54;SAR=32;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318178;STB=0.516895;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00197151;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:101:101:15:15:86:86:0.851485:32:54:11:4:32:54:11:4 chr2 238434249 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9901;QD=56.9994;RBI=0.0206178;REFB=0;REVB=-0.00799882;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43626e-05;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr2 238443226 . A G 524.07 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249624;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.957;QD=59.8934;RBI=0.0249829;REFB=0;REVB=-0.00101123;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475565;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr2 238449007 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.455;QD=58.6005;RBI=0.0506934;REFB=0;REVB=0.0126323;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135787;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr2 238449023 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.825;QD=59.6789;RBI=0.0458851;REFB=0;REVB=0.0429837;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26765e-05;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr2 238449107 . A G 1066.06 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0596284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4951;QD=58.4143;RBI=0.0621748;REFB=-0.0134068;REVB=-0.0176114;RO=1;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918476;STB=0.504853;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0015858;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:51:21:0:1:51:21:0:1 chr2 238494742 . A G 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0110722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.821;QD=18.6409;RBI=0.0582452;REFB=-0.0124085;REVB=-0.0571831;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353336;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00642668;OID=.;OPOS=238494742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:9:14:12:9:9:15 chr2 238499863 . A AAATTCTTCAGGAGACTCT,T 155.22 PASS AF=0.305085,0.0508475;AO=16,3;DP=62;FAO=18,3;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=17,3;FSAR=1,0;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0112233,-0.00842072;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=18,1;MLLD=657.736,350.41;QD=10.5231;RBI=0.0181345,0.0106201;REFB=-0.00343054,-0.00324314;REVB=0.0142443,0.00647129;RO=41;SAF=16,3;SAR=0,0;SRF=30;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.745067,0.417214;STB=0.82209,0.995159;STBP=0.019,0.187;TYPE=ins,snp;VARB=0.0132967,-0.0108277;OID=.,.;OPOS=238499864,238499863;OREF=-,A;OALT=AATTCTTCAGGAGACTCT,T;OMAPALT=AAATTCTTCAGGAGACTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:41:38:16,3:18,3:0.305085,0.0508475:0,0:16,3:30:11:1,0:17,3:27:11 chr2 238499866 . C T 162.52 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00110319;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.022;QD=10.8348;RBI=0.00383444;REFB=-0.0132468;REVB=0.00367231;RO=39;SAF=20;SAR=1;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582429;STB=0.858423;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0099363;OID=.;OPOS=238499866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:1:20:26:13:1:20:26:13 chr2 238500617 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0204186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9724;QD=15.6507;RBI=0.0238477;REFB=0.00646005;REVB=0.0123206;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454472;STB=0.526282;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00739761;OID=.;OPOS=238500617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:12:4:6:15:12:4:6:15 chr2 238500642 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0166876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.137;QD=12.9745;RBI=0.0302795;REFB=-0.00949428;REVB=0.0252661;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190564;OID=.;OPOS=238500642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:6:12:8:4:6:12 chr2 238503559 . C G 130.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0229756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.779;QD=13.7501;RBI=0.0239415;REFB=-0.069074;REVB=-0.00673184;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15033;STB=0.588353;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.043621;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:14:9:4:11:14:9 chr2 238503561 . C A 130.25 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0629882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8365;QD=13.7106;RBI=0.0630395;REFB=-0.0130117;REVB=-0.00254358;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15033;STB=0.588353;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0265892;OID=.;OPOS=238503561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:14:9:4:11:14:9 chr2 238643907 . G A 277.42 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0200927;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.293;QD=26.4204;RBI=0.0755271;REFB=-0.0463442;REVB=0.0728054;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050068;STB=0.527703;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0263952;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:10:7:12:13:10:7 chr2 238668783 . A G 318.49 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0278514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.836;QD=23.1627;RBI=0.0303442;REFB=-0.00902262;REVB=0.0120445;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193877;STB=0.606676;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00413144;OID=.;OPOS=238668783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:14:18:7:16:14:18:7:16 chr2 238668802 . A G 789.5 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00338869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.805;QD=50.9354;RBI=0.00985774;REFB=-0.108027;REVB=0.00925699;RO=3;SAF=24;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553863;STB=0.522177;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0010273;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:58:58:0.935484:34:24:3:0:34:24:3:1 chr2 238671328 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0309824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.523;QD=22.831;RBI=0.0346438;REFB=-0.0355406;REVB=0.015501;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235865;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:3:12:8:2:3:12:8:2 chr2 238672425 . G C 153.14 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.136209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.4393;QD=21.1226;RBI=0.141158;REFB=-0.0995627;REVB=-0.0370489;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0913689;OID=.;OPOS=238672425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:29:10:12:12:14:0.482759:6:6:5:5:8:6:7:5 chr2 238672703 . C G 102.21 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.933;QD=40.8854;RBI=0.0706513;REFB=0;REVB=0.0680064;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123804;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:1:7:0:0:3:7:0:0 chr2 238672938 . T C 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0484056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1393;QD=18.9982;RBI=0.050387;REFB=-0.00799506;REVB=-0.0139912;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110604;STB=0.561423;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00855451;OID=.;OPOS=238672938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:9:21:18:13:9:21 chr2 238673302 . T A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0166485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.293;QD=15.7844;RBI=0.0175265;REFB=-0.010396;REVB=-0.00547791;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.565122;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0123089;OID=.;OPOS=238673302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:5:9:8:8:5:9:9:8 chr2 238729954 . A C 42.49 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.012507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.334;QD=4.85579;RBI=0.0144034;REFB=-0.00110676;REVB=-0.00714368;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295465;STB=0.692417;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00361893;OID=.;OPOS=238729954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:3:4:9:19:3:4:9:19 chr2 238881805 . C T 356.07 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00661368;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.12;QD=29.6725;RBI=0.0127474;REFB=-0.00373038;REVB=-0.0108975;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225451;STB=0.574537;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00438443;OID=.;OPOS=238881805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:18:30:30:0.625:14:16:2:12:14:16:6:12 chr2 238991733 . C A 316.99 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0175747;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.297;QD=17.6105;RBI=0.0226393;REFB=-0.00661373;REVB=0.0142712;RO=38;SAF=25;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337158;STB=0.689539;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0139415;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:38:34:34:0.472222:9:25:15:23:9:25:15:23 chr2 238991796 . C T 589.86 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.032958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.636;QD=21.6462;RBI=0.0332414;REFB=-0.0108597;REVB=-0.00433137;RO=48;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589353;STB=0.52066;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00925659;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:50:59:59:0.541284:25:34:31:17:25:34:31:19 chr2 239006879 . C T 194.78 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0502885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.193;QD=17.3134;RBI=0.0555337;REFB=-0.0339963;REVB=0.0235597;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457137;STB=0.555501;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0463141;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:25:18:20:0.444444:10:8:10:15:10:10:10:15 chr2 239010719 . T C 338.82 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0377482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.579;QD=16.3284;RBI=0.037915;REFB=-0.0199754;REVB=0.00355291;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109666;STB=0.549711;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0241881;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:46:37:37:0.445783:21:16:24:20:21:16:24:22 chr2 239016539 . C G 581.68 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0188562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8815;QD=20.5904;RBI=0.0189078;REFB=-0.01182;REVB=-0.00139577;RO=53;SAF=33;SAR=25;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992123;STB=0.561881;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00949355;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:54:58:59:0.522124:25:33:36:17:26:33:37:17 chr2 239025630 . T C 465.71 PASS AF=0.5;AO=40;DP=88;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0322364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0372;QD=19.4045;RBI=0.05026;REFB=-0.0199213;REVB=-0.03856;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223854;STB=0.521044;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0349144;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:96:43:48:40:48:0.5:26:14:16:27:26:22:20:28 chr2 239025645 . C T 373.05 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0381635;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.836;QD=17.5553;RBI=0.0417805;REFB=-0.0281595;REVB=-0.0170046;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323787;STB=0.52293;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0247343;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:23:16:17:28:23:16:17:29 chr2 239038912 . T C 1395.66 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0639104;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5986;QD=59.3896;RBI=0.085046;REFB=-0.0613115;REVB=-0.0561095;RO=3;SAF=40;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687923;STB=0.50378;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00273925;OID=.;OPOS=239038912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:94:3:3:90:91:0.968085:50:40:1:2:50:41:1:2 chr2 239039057 . A G 834.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5359;QD=57.5221;RBI=0.0274099;REFB=0;REVB=-0.0120241;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292634;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr2 239039075 . G T 1138.38 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420204;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.904;QD=60.7136;RBI=0.0473187;REFB=0;REVB=0.0217565;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104978;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr2 239039622 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0531352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.218;QD=20.8979;RBI=0.0591872;REFB=0.0141556;REVB=0.0260726;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567155;STB=0.832405;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0123875;OID=.;OPOS=239039622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:4:0:7:1:4:0 chr2 239039637 . T C 115.2 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.212;QD=41.8897;RBI=0.141762;REFB=0;REVB=0.00796753;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00392049;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 239039840 . CA C,CG 225.12 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149083,0.0287546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.3295,84.6437;QD=47.3929;RBI=0.0288946,0.0379032;REFB=0,0;REVB=0.0247516,0.0246945;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0251933,0.00106705;OID=.,.;OPOS=239039841,239039841;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:2,17:19:2,17:19:0:2,13:0,4:0:0:9:0:2,13:0,4:0:0 chr2 239039896 . G C 1084.97 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0105705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8281;QD=55.6395;RBI=0.0658447;REFB=0.0567524;REVB=-0.0649907;RO=3;SAF=30;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198691;STB=0.510635;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0144505;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:74:75:0.961538:44:30:2:1:45:30:2:1 chr2 239040187 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0422;QD=44.6872;RBI=0.103041;REFB=0;REVB=0.00610489;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266248;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr2 239049540 . G A 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000595347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.517;QD=9.91549;RBI=0.038131;REFB=-0.00210127;REVB=0.0381263;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0084539;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr2 239049928 . G A 205.39 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0175075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.658;QD=14.6704;RBI=0.0175481;REFB=-0.0224065;REVB=0.00119363;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733835;STB=0.523861;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0446314;OID=.;OPOS=239049928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:30:32:24:24:0.428571:13:11:16:14:13:11:16:16 chr2 239050033 . C T 94.24 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.237904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9071;QD=37.6951;RBI=0.283703;REFB=0;REVB=0.154561;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229276;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:1:0:8:10:1:0:8:1:0:1:9:0:0 chr2 239051550 . T C 1870.78 PASS AF=0.984;AO=123;DP=127;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0372921;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4832;QD=59.8649;RBI=0.0521325;REFB=-0.149816;REVB=0.0364293;RO=2;SAF=59;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158302;STB=0.508332;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00100848;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:125:2:2:123:123:0.984:64:59:2:0:64:59:2:0 chr2 239054358 . C T 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00118366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.548;QD=23.4833;RBI=0.0150327;REFB=-0.0270645;REVB=0.014986;RO=31;SAF=32;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122445;STB=0.55797;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0157671;OID=.;OPOS=239054358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:33:43:43:0.565789:11:32:19:12:11:32:21:12 chr2 239059484 . T C 770.39 PASS AF=1;AO=50;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170859;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.558;QD=57.0661;RBI=0.118449;REFB=0;REVB=0.11721;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582131;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:50:54:1:25:25:0:0:29:25:0:0 chr2 239075935 . A G 148.0 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0274344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7455;QD=17.9396;RBI=0.0573873;REFB=0.0149373;REVB=-0.0504049;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831558;STB=0.547469;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0274732;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:9:8:9:7:9:8 chr2 239261866 . G A 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0226944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.855;QD=19.4998;RBI=0.0278795;REFB=-0.0107752;REVB=0.0161936;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309879;STB=0.517231;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00801759;OID=.;OPOS=239261866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:17:13:15:17:17:13 chr2 239321367 . A T 481.04 PASS AF=0.6;AO=44;DP=74;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00199426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.893;QD=25.6553;RBI=0.00416391;REFB=-0.00151547;REVB=-0.00365528;RO=30;SAF=17;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867311;STB=0.550684;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000848027;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:30:30:44:45:0.6:27:17:15:15:28:17:15:15 chr2 239353019 . T C 40.1 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0195631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.538;QD=2.00483;RBI=0.040483;REFB=-0.00490477;REVB=-0.0354424;RO=69;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178527;STB=0.652962;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0439973;OID=.;OPOS=239353019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:69:71:9:9:0.1125:7:2:24:45:7:2:26:45 chr2 239969974 . G C 267.47 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0079975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6433;QD=21.8346;RBI=0.0356583;REFB=-0.0292982;REVB=0.0347499;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891106;STB=0.54996;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0317677;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:12:12:15:10:12:12 chr2 239972883 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0219085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.59;QD=21.7452;RBI=0.0219189;REFB=0.0130974;REVB=-0.000674915;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00879759;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:7:9:9:10:7:9 chr2 240003870 . G A 1157.62 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00190217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.633;QD=59.3651;RBI=0.0598601;REFB=-0.100791;REVB=0.0598299;RO=1;SAF=46;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101785;STB=0.505375;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000201786;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:31:46:1:0:31:46:1:0 chr2 240273472 . A C 247.04 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0354929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.503;QD=24.7036;RBI=0.0358552;REFB=-0.0097081;REVB=0.0050841;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351443;STB=0.695482;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0152237;OID=.;OPOS=240273472;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:7:16:4:13:7:16:4:13 chr2 240323661 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0294383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.754;QD=16.199;RBI=0.0308654;REFB=-0.0131201;REVB=-0.00927696;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00837166;OID=.;OPOS=240323661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:0:3:2:3:0:3 chr2 240323905 . T TG 171.67 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0563302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.6271;QD=13.2052;RBI=0.123665;REFB=-0.00352155;REVB=-0.11009;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199663;STB=0.59694;STBP=0.188;TYPE=ins;VARB=-0.0140594;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:25:52:26:52:26:16:10:11:15:99:26:16:9:11:15 chr2 240323977 . C T 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0434883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.009;QD=14.6967;RBI=0.0446085;REFB=-0.0142415;REVB=0.00993405;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320476;STB=0.698419;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0237448;OID=.;OPOS=240323977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:21:21:0.411765:17:4:13:16:17:4:14:16 chr2 240500173 . T C 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812724;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.818;QD=64.1655;RBI=0.0131131;REFB=0;REVB=-0.0102909;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88983e-05;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr2 240500249 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0334206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.482;QD=20.0717;RBI=0.0448067;REFB=-0.00840767;REVB=0.0298447;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474346;STB=0.5263;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00663644;OID=.;OPOS=240500249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:12:19:19:15:12:19 chr2 240500413 . A G 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.802;QD=58.7789;RBI=0.0366496;REFB=0;REVB=-0.0121029;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9158e-05;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 240500437 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.939;QD=59.1432;RBI=0.0193044;REFB=0;REVB=0.0143768;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21559e-05;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr2 240900607 . TG T 41.66 PASS AF=0.361111;AO=9;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00182945;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3535;QD=4.62848;RBI=0.0507559;REFB=-0.00230481;REVB=0.0507229;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10141;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=del;VARB=-0.0135566;OID=.;OPOS=240900608;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:9:36:13:36:23:6:7:9:14:41:17:4:5:6:11 chr2 240923050 . C T 440.64 PASS AF=0.348993;AO=52;DP=149;FAO=52;FDP=149;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.00274857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.089;QD=11.8294;RBI=0.00958078;REFB=-0.0154736;REVB=0.00917806;RO=96;SAF=28;SAR=24;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318666;STB=0.51502;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.027176;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:96:97:52:52:0.348993:24:28:49:47:24:28:50:47 chr2 240946766 . T C 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0173333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.839;QD=14.3247;RBI=0.0283565;REFB=0.00384566;REVB=0.0224421;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238958;STB=0.635877;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00332635;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:10:18:16:23:10:18:16:23 chr2 240957243 . C T 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.01431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4616;QD=10.632;RBI=0.0340692;REFB=0.0148893;REVB=-0.0309182;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242792;STB=0.646696;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0274131;OID=.;OPOS=240957243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:8:5:5:3:8:5 chr2 240961728 . T C 1014.75 PASS AF=0.973333;AO=64;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00939381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.628;QD=54.12;RBI=0.0180267;REFB=-0.450171;REVB=0.0153856;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500549;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0114995;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:75:0:2:64:73:0.973333:26:38:0:0:35:38:1:1 chr2 240969312 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00922155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.017;QD=23.2178;RBI=0.0263078;REFB=0.107481;REVB=-0.0246386;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00450488;OID=.;OPOS=240969312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr2 240981262 . A C 198.22 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0026381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.054;QD=26.4288;RBI=0.0266571;REFB=-0.0749545;REVB=0.0265262;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209286;STB=0.574392;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0326702;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:28:30:9:11:18:19:0.633333:8:10:8:1:9:10:8:3 chr2 240981375 . T A 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.299;QD=55.0902;RBI=0.0474751;REFB=0;REVB=0.0376527;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0815e-05;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 240982312 . G A 189.58 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.018094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.144;QD=17.6357;RBI=0.0295223;REFB=-0.0518595;REVB=-0.0233276;RO=16;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290911;STB=0.636176;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0324449;OID=.;OPOS=240982312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:20:17:17:0.395349:15:2:5:11:15:2:5:15 chr2 240984833 . C G 192.35 PASS AF=0.575758;AO=14;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00566011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.119;QD=23.3146;RBI=0.0612513;REFB=-0.0487596;REVB=0.0609893;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306296;STB=0.699782;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0374388;OID=.;OPOS=240984833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:14:19:0.575758:9:5:10:4:14:5:10:4 chr2 240985347 . G A 111.99 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0801719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9748;QD=8.95945;RBI=0.0804392;REFB=-0.0155918;REVB=0.00655252;RO=36;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406148;STB=0.745519;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0344585;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:4:10:13:23:4:10:13:23 chr2 241066280 . C T 97.09 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0188594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8155;QD=12.9455;RBI=0.0402005;REFB=-0.00874094;REVB=-0.0355021;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424241;STB=0.749583;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0192454;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:6:12:3:9:6:12 chr2 241390027 . C G 884.89 PASS AF=0.517647;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.00949216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.405;QD=20.8209;RBI=0.0130457;REFB=-0.00132913;REVB=-0.00894932;RO=82;SAF=39;SAR=49;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255208;STB=0.513991;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00130144;OID=.;OPOS=241390027;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:82:82:88:88:0.517647:49:39:34:48:49:39:34:48 chr2 241463515 . T A 125.08 PASS AF=0.384615;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0170889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.596;QD=12.8291;RBI=0.0170894;REFB=-0.0209144;REVB=-0.000119912;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168049;STB=0.581706;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0357455;OID=.;OPOS=241463515;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:24:13:15:0.384615:9:4:10:12:10:5:11:13 chr2 241468563 . G A 285.64 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0284169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6331;QD=15.4402;RBI=0.028535;REFB=-0.0103851;REVB=0.00259348;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937633;STB=0.553997;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0122672;OID=.;OPOS=241468563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:40:42:32:32:0.432432:19:13:20:20:19:13:21:21 chr2 241492255 . G T 714.83 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.527;QD=62.1594;RBI=0.0537298;REFB=0;REVB=-0.0530395;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653654;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:12:33:0:0:12:34:0:0 chr2 241537421 . G A 730.89 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143208;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.562;QD=63.556;RBI=0.0280734;REFB=0;REVB=0.024146;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51932e-05;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 241538074 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.064;QD=60.6102;RBI=0.038996;REFB=0;REVB=-0.0375968;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208122;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr2 241558397 . G A 806.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.683;QD=64.4823;RBI=0.0323213;REFB=0;REVB=-0.00019311;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193978;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr2 241570249 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.302;QD=51.9167;RBI=0.0270494;REFB=0;REVB=-0.0166235;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06784e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr2 241570391 . A G 483.42 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.075;QD=58.5968;RBI=0.0586398;REFB=0;REVB=0.0383994;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188124;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr2 241621799 . GC G 158.22 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.4943;QD=45.2044;RBI=0.0468355;REFB=0;REVB=-0.0467566;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00297488;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:14:14:14:0:6:8:0:0:4:0:6:7:0:0 chr2 241622195 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.122;QD=45.8065;RBI=0.0427759;REFB=0;REVB=-0.0354992;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158281;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr2 241622209 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1621;QD=37.4885;RBI=0.0222836;REFB=0;REVB=0.0216793;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212146;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr2 241627927 . CA C,CG 407.0 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,26;DP=29;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172683,0.0122993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.065,263.911;QD=56.1385;RBI=0.0191383,0.0215479;REFB=0,0;REVB=-0.00825107,0.017693;RO=0;SAF=0,17;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00268628,0.000134169;OID=.,.;OPOS=241627928,241627928;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:3,26:29:1,28:29:0:0,17:1,11:0:0:4:0:0,17:3,9:0:0 chr2 241631476 . C G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9239;QD=53.9031;RBI=0.0026633;REFB=0;REVB=-0.000221036;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.245e-05;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 241664801 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.125;QD=58.1412;RBI=0.0590778;REFB=0;REVB=0.0416665;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634406;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:7:24:0:0:8:24:0:0 chr2 241667783 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.654;QD=60.6087;RBI=0.0371626;REFB=0;REVB=0.0341539;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134732;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 939.33 PASS AF=0.0149254,0.746269,0.238806;AO=11,21,17;DP=67;FAO=1,50,16;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14,2;FSAR=0,36,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0852698,0.0831281,-0.0147687;FXX=0.0563301;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=100.922,108.671,80.7549;QD=56.0796;RBI=0.106892,0.112872,0.0905887;REFB=0,0,0;REVB=0.0644592,0.0763525,0.0893768;RO=0;SAF=10,0,2;SAR=1,21,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.00269206,0.0351767,0.0603562;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:67:67:0:0:11,21,17:1,50,16:0.0149254,0.746269,0.238806:1,21,15:10,0,2:0:0:0,36,14:1,14,2:0:0 chr2 241722445 . G A 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9313;QD=63.8666;RBI=0.0487692;REFB=0;REVB=0.0474303;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619691;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr2 241826517 . C T 833.54 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.097;QD=57.4852;RBI=0.0423344;REFB=0;REVB=0.0392035;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29498e-05;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:20:34:0:0:20:38:0:0 chr2 241828034 . A G 265.64 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.248;QD=50.5986;RBI=0.0712921;REFB=0;REVB=-0.0229974;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018407;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr2 241831167 . C T 732.57 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.036392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.754;QD=19.9339;RBI=0.036581;REFB=-0.0300754;REVB=-0.00371336;RO=75;SAF=38;SAR=34;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195457;STB=0.510788;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0317327;OID=.;OPOS=241831167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:72:72:0.489796:34:38:38:37:34:38:38:37 chr2 241865156 . T C 1943.49 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106235;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.382;QD=61.2122;RBI=0.013622;REFB=0.0138064;REVB=0.00852652;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826295;STB=0.504347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=2.3451e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:127:1:1:125:126:0.992126:68:57:1:0:69:57:1:0 chr2 241872722 . G A 704.96 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0472717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.711;QD=58.7465;RBI=0.0498476;REFB=-0.0553468;REVB=0.0158168;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159381;STB=0.516659;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00383894;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:17:29:1:0:17:29:2:0 chr2 241922430 . T C 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0643647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.038;QD=16.4527;RBI=0.0708316;REFB=-0.0188315;REVB=-0.0295687;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960619;STB=0.5054;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0223652;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:19:21:17:16:19:21 chr2 241925343 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.816;QD=57.1062;RBI=0.0217504;REFB=0;REVB=0.00712054;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33331e-05;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr2 241929228 . A G 1394.19 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.372;QD=62.6603;RBI=0.0182408;REFB=0;REVB=0.0177319;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62662e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:48:39:0:0:49:40:0:0 chr2 241973223 . C T 342.81 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0328737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.06;QD=21.4257;RBI=0.0674262;REFB=-0.0126828;REVB=0.0588695;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161217;STB=0.588967;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00679139;OID=.;OPOS=241973223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:19:16:19:10:19:16:19:10 chr2 241979550 . T C 192.92 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0153467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.919;QD=13.7797;RBI=0.0245272;REFB=0.00711327;REVB=0.0191328;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203854;STB=0.62547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0132339;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:13:9:20:13:14:9:20:13 chr2 241991875 . G A 283.07 PASS AF=0.625;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0354172;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.169;QD=28.3066;RBI=0.0518836;REFB=-0.0227501;REVB=0.0379148;RO=15;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103566;STB=0.505716;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0206086;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:15:15:25:25:0.625:8:17:10:5:8:17:10:5 chr2 242002306 . G A 56.22 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0314307;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.149;QD=8.32841;RBI=0.0371634;REFB=-0.0075217;REVB=0.0198302;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.637927;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0222895;OID=.;OPOS=242002306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:27:27:17:19:8:8:0.296296:6:2:6:11:6:2:8:11 chr2 242003487 . C T 755.35 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0289295;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.289;QD=20.2777;RBI=0.0293178;REFB=-0.00655544;REVB=0.00475617;RO=67;SAF=29;SAR=47;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326015;STB=0.535948;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00654775;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:67:73:76:76:0.510067:47:29:28:39:47:29:33:40 chr2 242004866 . A G 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00752943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.078;QD=23.6744;RBI=0.00850368;REFB=-0.0213873;REVB=-0.00395226;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.510299;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0218872;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:11:10:8:7:11:10:8:8 chr2 242011330 . C A 362.5 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0432142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6962;QD=32.9542;RBI=0.0432808;REFB=-0.00805611;REVB=0.00240109;RO=14;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240065;STB=0.629555;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00470097;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:20:10:0:14:20:10:0:14 chr2 242011531 . G A 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0134008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3498;QD=18.6436;RBI=0.0934128;REFB=-0.0104403;REVB=0.0924466;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.552995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0166022;OID=.;OPOS=242011531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:5:9:7:5:5:9:7:6 chr2 242021742 . G T 1668.09 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0351314;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7947;QD=58.5293;RBI=0.0364474;REFB=0.0789372;REVB=0.00970572;RO=1;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713959;STB=0.501791;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000479834;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:111:112:0.982456:66:45:0:1:67:45:1:1 chr2 242028762 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.393;QD=58.5847;RBI=0.0169093;REFB=0;REVB=0.0142385;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98355e-05;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr2 242046785 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.638;QD=57.0008;RBI=0.0268888;REFB=0;REVB=0.0259123;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81817e-05;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr2 242051777 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.189;QD=57.2026;RBI=0.0269683;REFB=0;REVB=0.0141307;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126068;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr2 242054403 . G A 1265.5 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=88;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172294;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.679;QD=59.5528;RBI=0.026171;REFB=-0.0122056;REVB=0.0196994;RO=2;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295702;STB=0.515148;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=8.80003e-05;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:85:2:2:82:83:0.976471:31:51:0:2:32:51:0:2 chr2 242062162 . C T 322.99 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6754;QD=53.8316;RBI=0.0613796;REFB=0;REVB=0.0162086;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105347;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr2 242066156 . C T 368.22 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00745008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.564;QD=47.5127;RBI=0.0155636;REFB=-0.0322546;REVB=-0.0136646;RO=3;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299205;STB=0.516118;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000136449;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:31:31:3:3:28:28:0.903226:14:14:2:1:14:14:2:1 chr2 242066314 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.052;QD=54.516;RBI=0.0564166;REFB=0;REVB=0.0319719;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182908;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr2 242066789 . A G 797.89 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157745;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.373;QD=55.0266;RBI=0.0289282;REFB=-0.00678757;REVB=-0.0242488;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000809385;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:56:57:0.982759:31:25:1:0:31:26:1:0 chr2 242075362 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.713;QD=59.5013;RBI=0.0472889;REFB=0;REVB=0.0460605;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012752;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr2 242082262 . T C 483.81 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.982;QD=58.6433;RBI=0.0254601;REFB=0;REVB=0.0239501;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187524;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:21:12:0:0 chr2 242122391 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.822;QD=59.8345;RBI=0.0139276;REFB=0;REVB=-0.013503;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50083e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr2 242122820 . G A 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3767;QD=57.3811;RBI=0.0955398;REFB=0;REVB=0.043553;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110711;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr2 242122844 . C T 852.33 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0555911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9575;QD=55.8905;RBI=0.0651768;REFB=-0.120426;REVB=0.0340241;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000952564;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:25:34:1:0:26:34:1:0 chr2 242128127 . A G 47.64 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0522465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3064;QD=2.44282;RBI=0.0782601;REFB=-0.00728231;REVB=-0.0582662;RO=68;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208486;STB=0.647954;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0424956;OID=.;OPOS=242128127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:68:68:10:10:0.128205:6:4:39:29:6:4:39:29 chr2 242129515 . G A 489.03 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.016358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.497;QD=15.5246;RBI=0.018343;REFB=-0.0137468;REVB=0.00829949;RO=71;SAF=17;SAR=37;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119847;STB=0.572506;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0179988;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:71:72:54:54:0.428571:37:17:30:41:37:17:31:41 chr2 242148764 . T A 2292.61 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.807;QD=63.6837;RBI=0.0704748;REFB=0;REVB=0.0697618;RO=0;SAF=81;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.25873e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96952e-05;OID=.;OPOS=242148764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:63:81:0:0:63:81:0:0 chr2 242157228 . G C 604.67 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3632;QD=60.4671;RBI=0.022555;REFB=0;REVB=0.0197541;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149436;OID=.;OPOS=242157228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:19:20:0:1:20:20:0:0 chr2 242162732 . G C 866.71 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0523765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.956;QD=50.983;RBI=0.0525024;REFB=0.0252535;REVB=0.00363405;RO=5;SAF=21;SAR=42;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100042;STB=0.553174;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0214042;OID=.;OPOS=242162732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:5:5:63:63:0.926471:42:21:5:0:42:21:5:0 chr2 242168976 . T C 993.82 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.269;QD=57.6127;RBI=0.0254928;REFB=0.0165815;REVB=-0.00295014;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-3.7065e-05;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:0:1:36:32:0:1 chr2 242195810 . T C 285.33 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00792379;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.876;QD=15.2173;RBI=0.0188908;REFB=-0.021839;REVB=-0.0171486;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314338;STB=0.517797;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.030426;OID=.;OPOS=242195810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:43:32:32:0.426667:21:11:16:27:21:11:16:27 chr2 242202212 . CTTTG CTT,CTTG 45.19 PASS AF=0.027027,0.351351;AO=7,8;DP=37;FAO=1,13;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=1,10;FSAR=0,3;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.112912,0.0443252;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=22.7257,12.667;QD=4.88557;RBI=0.195327,0.136659;REFB=-0.00656698,-0.0788473;REVB=-0.159385,-0.129271;RO=21;SAF=6,5;SAR=1,3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.100243,-0.2515;STB=0.984583,0.512177;STBP=0.522,0.928;TYPE=del,del;VARB=-0.01511,0.130773;OID=.,.;OPOS=242202215,242202213;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.027027,0.351351:7,8:37:1,13:37:23:1,10:0,3:18:5:40:21:6,5:1,3:17:4 chr2 242203916 . A C 1376.01 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011824;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.478;QD=62.546;RBI=0.0126564;REFB=0;REVB=0.00451416;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48014e-05;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:86:88:1:34:52:0:0:36:52:0:0 chr2 242207043 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.805;QD=45.8068;RBI=0.0398745;REFB=0;REVB=0.0298902;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473534;OID=.;OPOS=242207043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr2 242380748 . T A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.304;QD=58.5868;RBI=0.0263306;REFB=0;REVB=0.0263036;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014439;OID=.;OPOS=242380748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr2 242430994 . C T 881.87 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5902;QD=56.8947;RBI=0.127718;REFB=0;REVB=0.0907513;RO=1;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228265;OID=.;OPOS=242430994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:61:62:1:23:38:1:0:23:39:0:0 chr2 242572846 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.059;QD=59.8388;RBI=0.0454353;REFB=0;REVB=-0.00155548;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156443;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr2 242573211 . T C 397.2 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182148;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.161;QD=56.7429;RBI=0.0347729;REFB=0;REVB=-0.0296205;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17064e-05;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr2 242610773 . T A 1358.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.112;QD=62.4647;RBI=0.0911175;REFB=0;REVB=0.068018;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330549;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:43:43:0:0:43:44:0:0 chr2 242695112 . A C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0100662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.153;QD=6.25157;RBI=0.0409079;REFB=-0.00379667;REVB=0.03965;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541636;STB=0.781966;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0116138;OID=.;OPOS=242695112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:15:1:3:3:15:2 chr2 242695114 . A T 54.56 PASS AF=0.32;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0144206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.177;QD=8.72994;RBI=0.0474288;REFB=0.00615503;REVB=-0.0451834;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432923;STB=0.705494;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00357536;OID=.;OPOS=242695114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:16:17:8:8:0.32:3:5:15:1:3:5:15:2 chr2 242695126 . G A 247.58 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4884;QD=49.5149;RBI=0.0569973;REFB=0;REVB=0.0301606;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33398e-06;OID=.;OPOS=242695126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:1:0:18:20:1:11:7:0:1:13:7:0:0 chr2 242695131 . T C 509.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.842;QD=58.2495;RBI=0.0435033;REFB=0;REVB=0.0351361;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54245e-05;OID=.;OPOS=242695131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr2 242695138 . C T 651.61 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167495;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.28;QD=62.0582;RBI=0.0327364;REFB=0;REVB=0.028127;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60296e-05;OID=.;OPOS=242695138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr2 242695144 . C T 729.51 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386465;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.671;QD=63.4358;RBI=0.0400421;REFB=0;REVB=0.0104795;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313282;OID=.;OPOS=242695144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr2 242695151 . T A 776.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.554;QD=56.4581;RBI=0.0233065;REFB=0;REVB=0.0173388;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186489;OID=.;OPOS=242695151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr2 242707178 . C T 99.08 PASS AF=0.169811;AO=19;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00693904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3155;QD=3.73888;RBI=0.044847;REFB=-0.00733754;REVB=-0.0443069;RO=82;SAF=13;SAR=6;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209138;STB=0.665732;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0475462;OID=.;OPOS=242707178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:82:88:19:18:0.169811:6:13:43:39:5:13:47:41 chr2 242716380 . A T 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0429722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9897;QD=12.0132;RBI=0.0431494;REFB=-0.0176354;REVB=0.003906;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0383936;OID=.;OPOS=242716380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:5:2:3:3:5:2 chr2 242742875 . C T 766.22 PASS AF=0.5;AO=59;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0127883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.075;QD=25.5406;RBI=0.0225278;REFB=-0.0991493;REVB=0.0185463;RO=33;SAF=27;SAR=32;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117838;STB=0.565561;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0293375;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:33:35:59:60:0.5:32:27:21:12:33:27:22:13 chr2 242755374 . C G 170.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0724828;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.992;QD=16.6343;RBI=0.0725349;REFB=-0.0205406;REVB=0.00274827;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149685;STB=0.586108;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0228014;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:11:12:12:6:11:12 chr2 242757411 . C T 168.63 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0151281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.689;QD=16.0597;RBI=0.0155792;REFB=-0.0135732;REVB=-0.00372203;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251984;STB=0.644998;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0265126;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:10:14:6:12:10:14 chr2 242758203 . T C 361.55 PASS AF=0.566667;AO=23;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0135761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.593;QD=24.1036;RBI=0.0390828;REFB=-0.037375;REVB=0.0366491;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252654;STB=0.534463;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.027357;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:24:23:34:0.566667:8:15:8:14:17:17:10:14 chr2 242758326 . G A 345.43 PASS AF=0.72093;AO=25;DP=42;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0844295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.043;QD=32.133;RBI=0.0852541;REFB=-0.0367179;REVB=0.011829;RO=12;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186582;STB=0.532689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0153919;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:43:12:12:25:31:0.72093:19:6:6:6:19:12:6:6 chr2 242793273 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.126;QD=57.5436;RBI=0.0364423;REFB=0;REVB=-0.0361972;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92806e-05;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr2 242793433 . G A 131.91 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0200104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5204;QD=14.6567;RBI=0.0244222;REFB=-0.0225119;REVB=-0.0140009;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148733;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0320587;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:9:11:6:9:10:11 chr2 242813124 . T C 698.9 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00458052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.126;QD=54.8159;RBI=0.0744055;REFB=-0.0991215;REVB=0.0742644;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00180028;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:25:25:0:0:25:25:0:1 chr2 242814009 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0271736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.022;QD=22.831;RBI=0.0283737;REFB=-0.0130586;REVB=-0.0081649;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627389;STB=0.535166;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00859157;OID=.;OPOS=242814009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:2:8:11:4:2:8 chr2 242814283 . C T 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0625128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6371;QD=12.5621;RBI=0.0628079;REFB=-0.0219477;REVB=0.00608192;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201536;STB=0.616009;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0361969;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:9:13:14:21:9:13:14:21 chr2 242814360 . T C 262.79 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0226125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.844;QD=15.458;RBI=0.0284356;REFB=-0.014334;REVB=-0.0172413;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985292;STB=0.562459;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0353022;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:30:30:0.441176:14:16:16:21:14:16:16:22 chr2 242814463 . A T 330.58 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0214316;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0833;QD=18.89;RBI=0.025629;REFB=0.00441253;REVB=-0.0140546;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035752;STB=0.512813;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00549057;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:70:36:36:33:34:0.485714:15:18:21:15:15:19:21:15 chr2 242814639 . T C 103.81 PASS AF=0.6;AO=9;DP=17;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0724372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.042;QD=20.7611;RBI=0.072752;REFB=-0.0247217;REVB=0.0067606;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193732;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0152162;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:20:7:8:9:12:0.6:7:2:3:4:7:5:4:4 chr2 242815059 . C T 308.72 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0193098;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7492;QD=13.4226;RBI=0.0193617;REFB=-0.0011834;REVB=0.00141652;RO=56;SAF=22;SAR=13;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646197;STB=0.543538;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00350345;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:13:22:32:24:13:22:32:25 chr2 242839363 . G C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2338;QD=62.762;RBI=0.0374939;REFB=0;REVB=-0.0339115;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294758;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr3 361508 . C T 310.13 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0834107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7305;QD=28.8494;RBI=0.0834474;REFB=0.00652799;REVB=0.00247475;RO=15;SAF=13;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140852;STB=0.563212;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00858394;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:14:13:4:11:14:13:5:11 chr3 383734 . G A 188.28 PASS AF=0.369231;AO=20;DP=62;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00493732;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.919;QD=11.5863;RBI=0.0223495;REFB=-0.00998561;REVB=0.0217973;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139079;STB=0.503223;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.015439;OID=.;OPOS=383734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:41:41:20:24:0.369231:10:10:20:21:13:11:19:22 chr3 391100 . A G 1506.95 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127088;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.827;QD=61.5083;RBI=0.0232001;REFB=-0.0817508;REVB=0.0194095;RO=1;SAF=52;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903306;STB=0.509432;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000128002;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:1:2:96:96:0.979592:44:52:1:0:44:52:2:0 chr3 439963 . A G 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7838;QD=61.0456;RBI=0.0167652;REFB=0;REVB=0.00235949;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9971e-05;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr3 440028 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.694;QD=58.2382;RBI=0.0340051;REFB=0;REVB=0.0180281;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51108e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr3 450391 . T C 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5842;QD=53.8988;RBI=0.0654377;REFB=0;REVB=0.0634083;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899653;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr3 450534 . T C 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.54;QD=62.3115;RBI=0.0546362;REFB=0;REVB=0.0314123;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345363;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr3 1107455 . T C 937.27 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.651;QD=58.5796;RBI=0.012558;REFB=0;REVB=0.0117353;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08681e-05;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr3 1424718 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.451;QD=61.5361;RBI=0.0123359;REFB=0;REVB=0.00543478;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11373e-05;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr3 3081750 . A T 1914.77 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.919;QD=61.7668;RBI=0.0213005;REFB=0;REVB=0.0207984;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42685e-05;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:63:61:0:0:63:61:0:0 chr3 3081825 . T C 2335.53 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.367;QD=61.0595;RBI=0.0462433;REFB=0;REVB=0.0378556;RO=0;SAF=70;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51046e-05;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:83:70:0:0:83:70:0:0 chr3 3098041 . G C 1051.24 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00537669;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.048;QD=58.4022;RBI=0.0320626;REFB=0.0591731;REVB=-0.0316085;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145478;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000455057;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:39:32:1:0:39:32:1:0 chr3 3099460 . T C 424.7 PASS AF=0.684211;AO=38;DP=56;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0415937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.854;QD=29.8035;RBI=0.0429494;REFB=-0.014638;REVB=0.0107061;RO=17;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177606;STB=0.598156;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00562683;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:17:18:38:39:0.684211:23:15:12:5:23:16:13:5 chr3 3139957 . T C 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0148226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.745;QD=7.6781;RBI=0.0154528;REFB=-0.00484915;REVB=0.004368;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709828;STB=0.544419;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0339789;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:8:3:10:21:8:3:10:21 chr3 3170792 . C T 972.73 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9187;QD=58.9533;RBI=0.0503047;REFB=0;REVB=-0.00644947;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038755;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:30:36:0:0 chr3 3189277 . G A 50.36 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0401417;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2563;QD=4.47625;RBI=0.0404046;REFB=-0.01443;REVB=0.0046021;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20011;STB=0.635023;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0512491;OID=.;OPOS=3189277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:45:37:37:8:8:0.177778:3:5:17:20:3:5:17:20 chr3 3189279 . A G 600.51 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0113307;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.121;QD=53.3784;RBI=0.0183249;REFB=-0.261002;REVB=-0.0144019;RO=4;SAF=19;SAR=22;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089081;STB=0.547596;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00227716;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:45:45:4:4:41:41:0.911111:22:19:4:0:22:19:4:0 chr3 3192636 . A G 1194.86 PASS AF=0.89;AO=88;DP=102;FAO=89;FDP=100;FR=.;FRO=11;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00102109;FXX=0.0196059;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.605;QD=47.7946;RBI=0.0227373;REFB=-0.00828811;REVB=0.0227144;RO=11;SAF=47;SAR=41;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737792;STB=0.539317;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=7.738e-05;OID=.;OPOS=3192636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:102:100:11:11:88:89:0.89:41:47:2:9:41:48:2:9 chr3 3197918 . A G 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.882;QD=64.4106;RBI=0.0668555;REFB=0;REVB=0.0379328;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357652;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr3 3886580 . A G 792.31 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161907;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.003;QD=55.6005;RBI=0.0166267;REFB=-0.104689;REVB=0.0037825;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000471486;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:20:36:0:0:20:36:1:0 chr3 3886721 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.934;QD=39.2068;RBI=0.0361972;REFB=0;REVB=0.0272425;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12587e-05;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr3 3886847 . G C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5947;QD=58.1404;RBI=0.0178064;REFB=0;REVB=0.0120761;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46597e-05;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 3886919 . C T 1120.42 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198675;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.659;QD=60.5635;RBI=0.0205092;REFB=0;REVB=-0.00508992;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45044e-05;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr3 3889222 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.077;QD=44.6885;RBI=0.031;REFB=0;REVB=0.00429467;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373792;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr3 4403837 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.499;QD=59.0184;RBI=0.0534804;REFB=0;REVB=0.0524981;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407155;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr3 4817057 . T C 944.06 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08273;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.554;QD=59.0038;RBI=0.0845856;REFB=0;REVB=0.0176202;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322429;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr3 4829732 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0518128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.217;QD=7.95398;RBI=0.0553042;REFB=-0.00837096;REVB=-0.0193386;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227966;STB=0.64185;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0254386;OID=.;OPOS=4829732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:8:11:3:5:8:11 chr3 4856180 . T C 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3528;QD=58.5977;RBI=0.0533596;REFB=0;REVB=0.0480891;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473301;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr3 4856234 . G A 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0043149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.115;QD=8.37082;RBI=0.00769668;REFB=-0.000754585;REVB=0.00637342;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304571;STB=0.691913;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00179574;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:2:9:17:11:2:9:17:11 chr3 5021403 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0013751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.971;QD=25.2873;RBI=0.018651;REFB=-0.022606;REVB=0.0186002;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0184447;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:7:9:4:5:7:9:4:5 chr3 5024771 . T C 343.11 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0326721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.051;QD=30.4982;RBI=0.0365877;REFB=-0.0289597;REVB=0.016468;RO=15;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135263;STB=0.562648;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0135542;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:15:16:29:29:0.644444:16:13:10:5:16:13:10:6 chr3 5025645 . G C 480.96 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00618025;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=278.713;QD=22.9028;RBI=0.00618028;REFB=-0.00850883;REVB=2.01048e-05;RO=36;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973613;STB=0.507809;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00825353;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:38:46:46:0.547619:25:21:16:20:25:21:18:20 chr3 5025650 . G T 572.57 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0421604;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=212.764;QD=26.0261;RBI=0.0422266;REFB=0.00303394;REVB=0.00236434;RO=36;SAF=23;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226366;STB=0.512363;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00394517;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:29:23:17:19:29:23:17:19 chr3 5025654 . G A 573.25 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0267809;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6985;QD=25.7642;RBI=0.0298196;REFB=-0.01605;REVB=0.0131146;RO=35;SAF=24;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032601;STB=0.500869;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0192255;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:35:37:52:52:0.58427:28:24:16:19:28:24:17:20 chr3 5241309 . C A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00522854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.587;QD=11.1852;RBI=0.0143007;REFB=-0.00436584;REVB=0.0133106;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723444;STB=0.542361;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00992579;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:17:18:11:8:17:18 chr3 6828348 . A C 93.03 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0428919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.372;QD=9.30331;RBI=0.0429543;REFB=-0.0144926;REVB=0.00231349;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160789;STB=0.570063;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.027481;OID=.;OPOS=6828348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:40:28:28:11:12:0.3:5:6:19:9:5:7:19:9 chr3 6828364 . A G 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0668238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.808;QD=7.27098;RBI=0.0675416;REFB=0.00787937;REVB=0.0098207;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196606;STB=0.625711;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0298532;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:2:7:16:9:2:7:16:9 chr3 6903297 . C T 2414.23 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436159;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6431;QD=61.1196;RBI=0.0436617;REFB=0;REVB=0.00199846;RO=0;SAF=66;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134907;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:157:158:1:91:66:0:0:91:67:0:0 chr3 7494417 . A T 152.79 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00407759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.035;QD=10.5371;RBI=0.0101787;REFB=-0.00732632;REVB=0.00932626;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272554;STB=0.670039;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0176296;OID=.;OPOS=7494417;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:13:6:21:17:14:6:21:17 chr3 7620168 . A G 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0161018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.594;QD=23.6164;RBI=0.0171646;REFB=-0.0378614;REVB=-0.00594603;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205888;STB=0.501133;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0232635;OID=.;OPOS=7620168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:20:13:9:14:20:13:9:14 chr3 7620382 . C T 828.06 PASS AF=0.699029;AO=72;DP=103;FAO=72;FDP=103;FR=.;FRO=31;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0219647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1729;QD=32.1575;RBI=0.0294983;REFB=-0.0230101;REVB=-0.0196901;RO=31;SAF=48;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128784;STB=0.569425;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00950523;OID=.;OPOS=7620382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:31:31:72:72:0.699029:24:48:14:17:24:48:14:17 chr3 7620789 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.946;QD=57.3856;RBI=0.0558837;REFB=0;REVB=0.0513425;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029891;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr3 7620828 . G A 407.76 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00341404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.16;QD=28.6148;RBI=0.0079635;REFB=-0.0194485;REVB=-0.00719455;RO=19;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192201;STB=0.604342;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0079699;OID=.;OPOS=7620828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:20:18:15:4:20:18:15:4 chr3 8556639 . AG A 678.63 PASS AF=0.707317;AO=57;DP=83;FAO=58;FDP=82;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0192689;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0666;QD=33.1038;RBI=0.0206059;REFB=-0.0321144;REVB=-0.0073016;RO=24;SAF=21;SAR=36;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992393;STB=0.555144;STBP=0.125;TYPE=del;VARB=0.0159381;OID=.;OPOS=8556640;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.707317:57:83:58:82:24:21:37:13:11:99:24:21:36:13:11 chr3 8676204 . A G 999.9 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114122;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.687;QD=59.6957;RBI=0.0592618;REFB=0;REVB=0.0581526;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054084;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr3 8701430 . T C 340.25 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.169;QD=48.6071;RBI=0.0524219;REFB=-0.102863;REVB=0.0475166;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.512039;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00186487;OID=.;OPOS=8701430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:25:26:0.928571:9:16:1:1:9:17:1:1 chr3 8705555 . T C 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00576635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.034;QD=17.7526;RBI=0.0158365;REFB=0.00892171;REVB=-0.0147494;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171599;STB=0.596255;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00663373;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:9:18:12:13:9:18 chr3 8775661 . C T 416.06 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.040958;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.329;QD=30.259;RBI=0.0410756;REFB=-0.0291122;REVB=0.00310657;RO=15;SAF=16;SAR=22;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112934;STB=0.521728;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0134951;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:15:17:38:38:0.690909:22:16:6:9:22:16:6:11 chr3 8809222 . C T 598.75 PASS AF=0.355;AO=70;DP=200;FAO=71;FDP=200;FR=.;FRO=129;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=77;FWDB=0.00915297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.859;QD=11.975;RBI=0.0186399;REFB=-0.0171008;REVB=0.0162379;RO=126;SAF=33;SAR=37;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851118;STB=0.54915;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0288779;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:126:129:70:71:0.355:37:33:50:76:37:34:52:77 chr3 8809703 . G A 315.19 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00830993;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.202;QD=24.7205;RBI=0.00897928;REFB=-0.0486248;REVB=-0.00340185;RO=19;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496392;STB=0.513299;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0165522;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:20:30:31:0.607843:16:14:9:10:16:15:9:11 chr3 8955389 . C T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00781317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.523;QD=26.3718;RBI=0.00932606;REFB=-0.00866565;REVB=-0.00509213;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182494;STB=0.60118;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00638933;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:9:15:6:10:9:15:6:10 chr3 8973271 . G T 149.0 PASS AF=0.75;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0250819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.915;QD=29.8003;RBI=0.0454037;REFB=-0.0246538;REVB=0.037847;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264922;STB=0.631412;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0141546;OID=.;OPOS=8973271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:20:5:5:14:15:0.75:8:6:5:0:8:7:5:0 chr3 8973283 . C G 143.67 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.079992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.764;QD=33.8035;RBI=0.0858793;REFB=0.0266691;REVB=0.0312497;RO=2;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113294;STB=0.588113;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000990495;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:2:3:14:14:0.823529:7:7:2:0:7:7:3:0 chr3 9005078 . C T 1405.08 PASS AF=0.698225;AO=118;DP=169;FAO=118;FDP=169;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=81;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00270689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.04;QD=33.2562;RBI=0.00350404;REFB=-0.0300611;REVB=0.00222508;RO=50;SAF=37;SAR=81;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295849;STB=0.513661;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0127529;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:50:51:118:118:0.698225:81:37:18:32:81:37:18:33 chr3 9024017 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0310143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2323;QD=25.4671;RBI=0.0491078;REFB=-0.0340197;REVB=0.0380748;RO=3;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198601;STB=0.615086;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0129066;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:1:8:2:1:1:8:2:1 chr3 9024146 . C A 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00122013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0606;QD=27.2304;RBI=0.0536551;REFB=-0.00826806;REVB=-0.0536413;RO=17;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128754;STB=0.571372;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00337957;OID=.;OPOS=9024146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:8:18:9:8:8:18:9:8 chr3 9026818 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0436649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.939;QD=11.8822;RBI=0.0507072;REFB=-0.0263417;REVB=-0.0257797;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723332;STB=0.542799;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0391969;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:13:15:9:6:13:15 chr3 9091151 . C G 277.13 PASS AF=0.595238;AO=23;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0224365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.856;QD=26.3934;RBI=0.0295371;REFB=-0.0269241;REVB=-0.0192104;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027687;STB=0.529388;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0200063;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:23:25:0.595238:10:13:9:8:10:15:9:8 chr3 9122948 . A G 1116.98 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.038;QD=60.3773;RBI=0.0433099;REFB=0;REVB=0.0133061;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142471;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:30:44:0:0 chr3 9406836 . T C 1357.38 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5216;QD=62.4081;RBI=0.0492846;REFB=0;REVB=0.0489606;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291831;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:45:42:0:0 chr3 9422210 . T C 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.884;QD=57.5424;RBI=0.0290476;REFB=0;REVB=-0.0289034;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18919e-05;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr3 9425911 . G A 537.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.486;QD=59.7279;RBI=0.0205175;REFB=0;REVB=0.0135943;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85235e-05;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:23:13:0:0 chr3 9495513 . G A 120.79 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0168757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.91;QD=8.18886;RBI=0.0228401;REFB=-0.00520084;REVB=0.0153908;RO=42;SAF=12;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144921;STB=0.587865;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0101636;OID=.;OPOS=9495513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:5:12:25:17:5:12:25:17 chr3 9540366 . C G 940.83 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110699;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.966;QD=58.8019;RBI=0.0111808;REFB=0;REVB=-0.00157076;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00142e-05;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr3 9867625 . C T 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00522155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.457;QD=27.2223;RBI=0.0213136;REFB=-0.0287697;REVB=0.0206641;RO=16;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00609576;STB=0.503368;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0186173;OID=.;OPOS=9867625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:17:8:5:11:17:8:5:11 chr3 9870857 . G A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0103572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.357;QD=26.3989;RBI=0.0112297;REFB=-0.00326686;REVB=-0.00434007;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128526;STB=0.571351;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00254706;OID=.;OPOS=9870857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:3:7:9:9:3:7 chr3 9871030 . T G 66.91 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0101406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.576;QD=12.1648;RBI=0.017145;REFB=-0.0363663;REVB=0.0138246;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.040533;OID=.;OPOS=9871030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:12:13:9:9:0.409091:3:6:7:5:3:6:7:6 chr3 9874914 . C T 853.96 PASS AF=0.723404;AO=68;DP=94;FAO=68;FDP=94;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0710843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0867;QD=36.3385;RBI=0.0731529;REFB=0.0175158;REVB=0.0172734;RO=26;SAF=33;SAR=35;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027366;STB=0.514702;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00598385;OID=.;OPOS=9874914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:26:26:68:68:0.723404:35:33:14:12:35:33:14:12 chr3 9879813 . G A 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.020326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.508;QD=10.6331;RBI=0.0286023;REFB=-0.00631218;REVB=0.0201233;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.646696;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00690255;OID=.;OPOS=9879813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:7:5:5:3:8:5 chr3 9908749 . G C 211.05 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00391686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4529;QD=12.0598;RBI=0.0171663;REFB=-0.0291539;REVB=0.0167135;RO=44;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128089;STB=0.573933;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0487801;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:10:16:22:22:10:16:22:22 chr3 9918860 . AC AA,GA 445.65 PASS AF=0.735849,0;AO=28,2;DP=53;FAO=39,0;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=19,0;FSAR=20,0;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.103413,0.0632382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=164.576,136.084;QD=33.6336;RBI=0.110475,0.0678155;REFB=-0.0555558,-0.0554475;REVB=0.0388651,0.0244924;RO=13;SAF=13,2;SAR=15,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.131509,0.490041;STB=0.559815,0.5;STBP=0.162,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0193326,0;OID=.,.;OPOS=9918861,9918860;OREF=C,AC;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:13:14:28,2:39,0:0.735849,0:15,0:13,2:9:4:20,0:19,0:10:4 chr3 9934605 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00958421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.559;QD=13.486;RBI=0.0263671;REFB=-0.00914131;REVB=-0.0245636;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00924498;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr3 9965713 . T A 394.07 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0350617;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.088;QD=26.271;RBI=0.0379776;REFB=-0.0239704;REVB=0.0145937;RO=20;SAF=11;SAR=26;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397737;STB=0.559966;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0118432;OID=.;OPOS=9965713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:20:23:37:37:0.616667:26:11:7:13:26:11:10:13 chr3 9970031 . A G 152.34 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0301868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0385;QD=40.624;RBI=0.0309572;REFB=-0.0609103;REVB=0.00686301;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0271876;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:1:0:10:4:1:0 chr3 9976159 . A C,G 714.27 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030894,-0.00251726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.2054,116.238;QD=62.1101;RBI=0.0385325,0.00273649;REFB=0,0;REVB=-0.0230285,0.0010732;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.139538,0.00202893;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:2,28:0,16:0:0:2,28:0,16:0:0 chr3 9985656 . C T 722.92 PASS AF=0.62037;AO=67;DP=108;FAO=67;FDP=108;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0137216;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.259;QD=26.7748;RBI=0.0160235;REFB=-0.0173867;REVB=0.00827464;RO=41;SAF=34;SAR=33;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716959;STB=0.548159;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00361808;OID=.;OPOS=9985656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:41:41:67:67:0.62037:33:34:25:16:33:34:26:15 chr3 9990800 . G C 70.77 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0558352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.226;QD=17.6916;RBI=0.0669072;REFB=-0.0590127;REVB=0.0368646;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0405941;OID=.;OPOS=9990800;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:7:7:8:9:0.5625:2:6:4:3:3:6:4:3 chr3 9991101 . C G 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00429701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.912;QD=12.7825;RBI=0.018143;REFB=-0.0191408;REVB=-0.0176268;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341696;STB=0.705428;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0216;OID=.;OPOS=9991101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:7:7:8:2:7:7 chr3 9991163 . A G 153.15 PASS AF=0.615385;AO=14;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0306714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8801;QD=23.5616;RBI=0.0368193;REFB=-0.0845686;REVB=0.0203698;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283077;STB=0.617195;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0392683;OID=.;OPOS=9991163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:9:10:14:16:0.615385:3:11:4:5:5:11:4:6 chr3 9991388 . G C 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9661;QD=63.7502;RBI=0.0150703;REFB=0;REVB=0.0144206;RO=0;SAF=27;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79536e-05;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:69:27:0:0:69:27:0:0 chr3 10044626 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.040963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.974;QD=12.0157;RBI=0.0477147;REFB=-0.0139116;REVB=-0.0244688;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0176631;OID=.;OPOS=10044626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr3 10049287 . T C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00546473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.022;QD=28.2243;RBI=0.0137771;REFB=-0.0171413;REVB=-0.012647;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98772e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131707;OID=.;OPOS=10049287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:1:3:9:3:1:3 chr3 10077955 . A G 463.1 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0105864;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7084;QD=26.8462;RBI=0.0106053;REFB=-0.0381724;REVB=-0.000632816;RO=25;SAF=15;SAR=28;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121666;STB=0.575035;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0117112;OID=.;OPOS=10077955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:26:43:43:0.623188:28:15:13:12:28:15:14:12 chr3 10079255 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00296784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.258;QD=21.9704;RBI=0.0356063;REFB=-0.0160269;REVB=-0.0354824;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120525;STB=0.567501;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0186071;OID=.;OPOS=10079255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:11:6:10:10:11:6 chr3 10081545 . G C 390.02 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00663418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3424;QD=38.0508;RBI=0.0128473;REFB=-0.0274933;REVB=-0.0110019;RO=10;SAF=18;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894403;STB=0.504851;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00385601;OID=.;OPOS=10081545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:10:10:31:31:0.756098:13:18:6:4:13:18:6:4 chr3 10085536 . A G 393.13 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00488774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.385;QD=17.0926;RBI=0.017709;REFB=-0.0120799;REVB=0.0170211;RO=50;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593074;STB=0.526531;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0180335;OID=.;OPOS=10085536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:23:18:19:31:23:18:20:31 chr3 10088266 . G T 59.21 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.000166897;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.707;QD=4.93398;RBI=0.028286;REFB=-0.000255754;REVB=0.0282855;RO=39;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679225;STB=0.567011;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00108174;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:48:39:39:9:9:0.1875:3:6:24:15:3:6:23:16 chr3 10088299 . C T 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00862968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.678;QD=6.14842;RBI=0.0122553;REFB=-0.00273735;REVB=-0.00870179;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356697;STB=0.52289;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00324774;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:4:6:20:15:4:6:20:15 chr3 10088308 . T C 70.24 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00835836;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.228;QD=6.38526;RBI=0.0086943;REFB=-0.00183814;REVB=-0.00239348;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356697;STB=0.509415;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00423328;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:44:35:34:10:10:0.227273:4:6:20:15:4:6:20:14 chr3 10088343 . A G 70.21 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0638979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5319;QD=6.84999;RBI=0.0702969;REFB=0.00500667;REVB=-0.0293039;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101508;STB=0.564227;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0376536;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:16:15:4:6:16:15 chr3 10089723 . G A 253.01 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0390041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8786;QD=12.8106;RBI=0.0426645;REFB=-0.00615717;REVB=0.0172898;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661596;STB=0.553362;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00675133;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:49:30:30:0.379747:19:11:20:27:19:11:22:27 chr3 10089738 . A G 219.0 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.021103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8604;QD=11.6798;RBI=0.0246921;REFB=-0.00933511;REVB=0.0128204;RO=48;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123088;STB=0.571374;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0153442;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:18:9:21:27:18:9:21:27 chr3 10106532 . C T 205.83 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000347496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.077;QD=23.5233;RBI=0.0013319;REFB=-0.0212581;REVB=0.00128577;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127839;STB=0.58612;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0176117;OID=.;OPOS=10106532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:8:12:6:8:8:12:6:9 chr3 10133949 . A G 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.151337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.651;QD=35.1474;RBI=0.15183;REFB=-0.00581248;REVB=0.0122325;RO=4;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107805;STB=0.55876;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00268443;OID=.;OPOS=10133949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:15:2:0:4:15:2:0:4 chr3 10138069 . T G 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.017596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.111;QD=32.4275;RBI=0.0183054;REFB=0.0109143;REVB=-0.00504665;RO=13;SAF=19;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306386;STB=0.667717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0051924;OID=.;OPOS=10138069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:9:19:2:11:9:19:2:11 chr3 10183274 . C T 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304347;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9779;QD=39.6128;RBI=0.0309006;REFB=0;REVB=0.00534593;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250235;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr3 10264480 . C G 395.53 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00117607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.608;QD=34.3937;RBI=0.0102957;REFB=-0.0249977;REVB=-0.0102283;RO=14;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136497;STB=0.574278;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0082204;OID=.;OPOS=10264480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:17:15:10:4:17:15:10:4 chr3 10276163 . T A 1143.2 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.262;QD=60.1682;RBI=0.0180169;REFB=0;REVB=0.0130792;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204194;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:30:43:0:0:30:46:0:0 chr3 10302045 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0408617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.164;QD=7.46508;RBI=0.0458744;REFB=-0.0195356;REVB=-0.0208514;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0262062;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:10:7:3:4:10:7 chr3 10302056 . A G 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0519793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9888;QD=6.25132;RBI=0.0902419;REFB=-0.00746054;REVB=-0.0737683;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0203724;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:8:9:3:3:8:9 chr3 10302172 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.063981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.794;QD=53.3619;RBI=0.0697598;REFB=-0.0575936;REVB=0.0278005;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000856373;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:1:0:19:10:1:0 chr3 10353550 . T C 334.73 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0223667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.559;QD=33.4733;RBI=0.100267;REFB=-0.00404911;REVB=-0.0977407;RO=12;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173713;STB=0.594201;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000756808;OID=.;OPOS=10353550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:18:10:1:11:18:10:1:11 chr3 10353626 . C T 873.4 PASS AF=0.807229;AO=67;DP=83;FAO=67;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0121569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.446;QD=42.0916;RBI=0.0281298;REFB=-0.0200308;REVB=0.0253672;RO=16;SAF=25;SAR=42;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731346;STB=0.538993;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00471973;OID=.;OPOS=10353626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:16:16:67:67:0.807229:42:25:3:13:42:25:3:13 chr3 10368577 . C A 747.29 PASS AF=0.72619;AO=60;DP=83;FAO=61;FDP=84;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0108691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.005;QD=35.5852;RBI=0.0485711;REFB=-0.0253109;REVB=0.0473393;RO=23;SAF=28;SAR=32;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845453;STB=0.542922;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00753511;OID=.;OPOS=10368577;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:23:23:60:61:0.72619:32:28:7:16:33:28:7:16 chr3 10368948 . G A 225.89 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.0187487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.121;QD=7.11477;RBI=0.019044;REFB=-0.00609867;REVB=-0.00334086;RO=89;SAF=16;SAR=17;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127033;STB=0.583724;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0149839;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:89:94:33:33:0.259843:17:16:34:55:17:16:35:59 chr3 10379923 . C T 2195.29 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0246344;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.92;QD=60.9802;RBI=0.0613193;REFB=-0.158312;REVB=0.0561534;RO=1;SAF=72;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655845;STB=0.510203;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000509636;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:144:1:3:141:141:0.979167:69:72:1:0:69:72:3:0 chr3 10413715 . G A 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.014041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.805;QD=31.5144;RBI=0.0213418;REFB=-0.00903491;REVB=0.0160724;RO=10;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363757;STB=0.519983;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00471369;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:13:10:5:5:13:10:5:5 chr3 10443827 . G C 990.09 PASS AF=0.813187;AO=74;DP=91;FAO=74;FDP=91;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0318026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.856;QD=43.5205;RBI=0.0405075;REFB=-0.0288739;REVB=-0.0250889;RO=17;SAF=40;SAR=34;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586167;STB=0.531242;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.007527;OID=.;OPOS=10443827;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:17:17:74:74:0.813187:34:40:12:5:34:40:12:5 chr3 10885920 . T C 926.68 PASS AF=0.683761;AO=79;DP=116;FAO=80;FDP=117;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0115166;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.037;QD=31.6814;RBI=0.0188331;REFB=-0.0140548;REVB=0.0149014;RO=36;SAF=41;SAR=38;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700793;STB=0.534581;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00553882;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:36:37:79:80:0.683761:38:41:23:13:39:41:23:14 chr3 11302884 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000366709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.386;QD=59.4353;RBI=0.00411993;REFB=0;REVB=0.00410358;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12959e-06;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr3 11302933 . A G 562.03 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00371304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.547;QD=57.6439;RBI=0.0439479;REFB=-0.138112;REVB=0.0437908;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00128526;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:0:1:18:20:0:1 chr3 11303006 . C T 49.24 PASS AF=0.25;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0415653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.061;QD=7.03425;RBI=0.0464899;REFB=0.00286231;REVB=-0.020824;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159998;STB=0.631788;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00178975;OID=.;OPOS=11303006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:28:14:20:6:7:0.25:4:2:3:11:5:2:9:11 chr3 11303874 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.423;QD=57.8819;RBI=0.0482525;REFB=0;REVB=0.0482322;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141103;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr3 11596302 . T C 467.19 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0159674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.414;QD=28.3144;RBI=0.0176271;REFB=-0.0215942;REVB=-0.00746687;RO=23;SAF=33;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252492;STB=0.638282;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0117148;OID=.;OPOS=11596302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:10:33:10:13:10:33:10:13 chr3 11596348 . C T 97.34 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=0.0263731;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.699;QD=7.07934;RBI=0.0291802;REFB=-0.000330668;REVB=-0.0124878;RO=38;SAF=6;SAR=8;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454244;STB=0.780189;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000249178;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:56:55:38:41:14:14:0.254545:8:6:31:7:8:6:34:7 chr3 11643465 . T C 552.65 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179711;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.109;QD=59.7462;RBI=0.0282913;REFB=0;REVB=0.0282341;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21514e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr3 11886451 . G A 516.57 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0142188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5618;QD=44.9189;RBI=0.0469462;REFB=-0.00131408;REVB=0.0447412;RO=8;SAF=23;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076482;STB=0.541155;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000225029;OID=.;OPOS=11886451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:46:46:8:8:38:38:0.826087:15:23:3:5:15:23:3:5 chr3 11887991 . C G 1587.43 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2808;QD=64.1388;RBI=0.0713872;REFB=0;REVB=0.0240179;RO=0;SAF=69;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256999;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:30:69:0:0:30:69:0:0 chr3 11994493 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.020078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.183;QD=22.144;RBI=0.0452662;REFB=-0.020951;REVB=0.0405697;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215908;STB=0.620125;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0153658;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:11:2:7:10:11:2 chr3 12183475 . G A 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00320193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.952;QD=7.40491;RBI=0.00485929;REFB=-0.00123238;REVB=0.00365518;RO=46;SAF=5;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208543;STB=0.62761;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00310238;OID=.;OPOS=12183475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:12:5:21:25:12:5:21:25 chr3 12228960 . CTCTTCCTCCTCT C,CTCTTCCTCCTCC 402.36 PASS AF=0.555556,0.177778;AO=24,10;DP=48;FAO=25,8;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=1,1;FSAR=24,7;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0479142,-0.165603;FXX=0.062487;HRUN=1,2;LEN=12,1;MLLD=273.079,56.027;QD=35.7655;RBI=0.0492538,0.181818;REFB=-0.0328472,0.00856685;REVB=0.0114092,-0.0750563;RO=12;SAF=1,1;SAR=23,9;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.19135,0.359634;STB=0.599934,0.730424;STBP=0.668,0.789;TYPE=del,snp;VARB=0.0221343,0.0495647;OID=.,.;OPOS=12228961,12228972;OREF=TCTTCCTCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTCTTCCTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.177778:24,10:48:25,8:45:12:1,1:24,7:0:12:95:12:1,1:23,9:0:12 chr3 12229015 . A G 794.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5673;QD=63.5619;RBI=0.0280718;REFB=0;REVB=-0.0278203;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232988;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:38:11:0:0:39:11:0:0 chr3 12232074 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.625;QD=57.1062;RBI=0.00919899;REFB=0;REVB=0.00837722;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59851e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr3 12475557 . C T 73.84 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00615149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.954;QD=9.8448;RBI=0.0229368;REFB=-0.00841789;REVB=-0.0220965;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177664;STB=0.608469;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0109999;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:9:11:7:3:9:11 chr3 12872995 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00266844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.918;QD=9.26724;RBI=0.00900024;REFB=-0.00193793;REVB=-0.00859556;RO=46;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734709;STB=0.504344;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00453896;OID=.;OPOS=12872995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:12:9:20:26:12:9:20:26 chr3 13358204 . G A 677.47 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0563064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7571;QD=60.2195;RBI=0.155264;REFB=-0.105589;REVB=0.144695;RO=1;SAF=35;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624128;STB=0.526303;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00525997;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:42:44:0.977778:7:35:0:1:9:35:0:1 chr3 13361287 . C T 1190.22 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=87;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000342844;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.545;QD=55.3589;RBI=0.0505029;REFB=-0.0763635;REVB=0.0505018;RO=5;SAF=47;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202556;STB=0.510717;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0033323;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:87:86:5:5:81:81:0.94186:34:47:2:3:34:47:2:3 chr3 13361391 . A G 1499.57 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257599;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.161;QD=62.4822;RBI=0.0324215;REFB=-0.0912865;REVB=0.0196872;RO=1;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957862;STB=0.504949;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00117295;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:49:45:0:1:50:45:0:1 chr3 13364876 . G T 819.74 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0685102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4466;QD=55.5755;RBI=0.181649;REFB=-0.136435;REVB=0.168234;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00526256;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:1:0:36:22:1:0 chr3 13367406 . C T 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.013;QD=59.9362;RBI=0.0444694;REFB=0;REVB=0.0315957;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75232e-05;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr3 13522811 . G A 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0363941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9041;QD=3.02312;RBI=0.045784;REFB=-0.00547936;REVB=-0.0277785;RO=50;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361761;STB=0.772445;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0385461;OID=.;OPOS=13522811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:7:1:18:32:7:1:18:32 chr3 13612020 . T C 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0163445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3568;QD=20.1552;RBI=0.0173316;REFB=-0.0371428;REVB=0.00576559;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194981;STB=0.607906;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0335372;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:13:15:19:6:13:15:19:6 chr3 13612936 . A G 523.0 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00890134;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.782;QD=31.2236;RBI=0.0133175;REFB=-0.0460316;REVB=0.00990566;RO=24;SAF=23;SAR=23;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262941;STB=0.507459;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0190048;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:24:21:46:46:0.686567:23:23:13:11:23:23:11:10 chr3 13670481 . A G 471.97 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00791132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9332;QD=55.5258;RBI=0.02879;REFB=-0.168279;REVB=-0.0276817;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0075105;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr3 13670536 . A G 249.49 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7904;QD=49.898;RBI=0.164435;REFB=0;REVB=0.0334378;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648211;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr3 13670776 . T C 420.03 PASS AF=1;AO=18;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.677;QD=56.0045;RBI=0.0347553;REFB=0;REVB=0.0206737;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212746;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:18:30:1:16:2:0:0:20:10:0:0 chr3 13679203 . G A 935.83 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00991919;FXX=0.0441112;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.795;QD=57.5896;RBI=0.0518906;REFB=0.045768;REVB=0.0509338;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000944279;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:0:1:28:36:0:1 chr3 13679335 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.036;QD=58.6005;RBI=0.0780861;REFB=0;REVB=0.00503241;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190638;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr3 13896140 . A G 588.54 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0175944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.263;QD=23.3085;RBI=0.0228764;REFB=-0.0375577;REVB=-0.0146208;RO=41;SAF=32;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192477;STB=0.50704;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0235935;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:44:57:57:0.564356:25:32:22:19:25:32:24:20 chr3 13896284 . C T 813.93 PASS AF=0.529412;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0229845;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.882;QD=21.2791;RBI=0.0238221;REFB=-0.0109214;REVB=0.00626121;RO=71;SAF=46;SAR=35;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147529;STB=0.583848;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0112359;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:71:72:81:81:0.529412:35:46:28:43:35:46:28:44 chr3 14106499 . G A 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0306958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.543;QD=7.98253;RBI=0.0311366;REFB=0.000417097;REVB=0.00522118;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434468;STB=0.526283;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00164075;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:8:8:19:22:8:8:19:22 chr3 14174427 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.235;QD=50.4135;RBI=0.020104;REFB=0;REVB=0.00712433;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19958e-05;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr3 14175262 . T C 781.78 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.063;QD=63.8189;RBI=0.0819038;REFB=0;REVB=0.0818525;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152754;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:15:34:0:0 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA 382.92 PASS AF=0,1,0;AO=6,16,4;DP=35;FAO=0,32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049831,0.00426591,0.00338173;FXX=0.11108;HRUN=4,4,4;LEN=6,5,4;MLLD=266.314,272.77,267.306;QD=47.8648;RBI=0.0403725,0.0506072,0.057482;REFB=0,0,0;REVB=0.0400638,0.050427,0.0573824;RO=0;SAF=4,11,2;SAR=2,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00236713,-7.55451e-05,0.000682813;OID=.,.,.;OPOS=14184062,14184057,14184063;OREF=AAAACA,AAAAC,AAAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,16,4:35:0,32,0:32:0:0,20,0:0,12,0:0:0:6:0:4,11,2:2,5,2:0:0 chr3 14187449 . G T 855.35 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293096;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.73;QD=57.9895;RBI=0.0501132;REFB=0;REVB=0.0406482;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113776;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr3 14197987 . A T 338.65 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.647;QD=54.1844;RBI=0.0479653;REFB=0;REVB=0.041095;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238899;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:9:14:0:0:11:14:0:0 chr3 14199887 . G A 365.87 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.014;QD=54.2026;RBI=0.0573137;REFB=0;REVB=0.054082;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692344;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr3 14436184 . GT G 936.7 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.762;QD=56.7698;RBI=0.0294682;REFB=0;REVB=0.0191073;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00206126;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:62:66:66:0:40:26:0:0:5:0:35:26:0:0 chr3 14526538 . G A 1689.3 PASS AF=0.627119;AO=147;DP=236;FAO=148;FDP=236;FR=.;FRO=88;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.0572392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.738;QD=28.6321;RBI=0.0595466;REFB=0.000215167;REVB=0.0164155;RO=88;SAF=71;SAR=76;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669903;STB=0.534656;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-4.50724e-05;OID=.;OPOS=14526538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:88:88:147:148:0.627119:76:71:51:37:76:72:51:37 chr3 14526656 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0956279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.812;QD=18.8865;RBI=0.097602;REFB=0.00667146;REVB=0.0195312;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2967;STB=0.676889;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00764295;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:2:3:7:1:2:3 chr3 14551444 . A G 1341.97 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253695;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9581;QD=62.4172;RBI=0.0260105;REFB=0;REVB=0.00573879;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134309;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:46:40:0:0 chr3 14552994 . A G 385.38 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661379;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.1151;QD=51.3843;RBI=0.077206;REFB=-0.0650903;REVB=0.0398315;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066774;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:30:2:0:26:30:1:14:12:1:1:16:14:0:0 chr3 14555216 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3571;QD=57.1774;RBI=0.0773889;REFB=0;REVB=-0.00330113;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756654;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr3 14555811 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2411;QD=44.6898;RBI=0.141711;REFB=0;REVB=0.0163712;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155528;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr3 14561627 . A AG 688.63 PASS AF=1;AO=61;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.236869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.7687;QD=41.7351;RBI=0.240017;REFB=0;REVB=0.0387448;RO=4;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00545196;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:66:66:66:0:29:37:0:0:14:4:27:34:2:2 chr3 14563258 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3361;QD=59.8377;RBI=0.0297811;REFB=0;REVB=0.0267746;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017697;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr3 14745857 . G A 181.13 PASS AF=0.72;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0293797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.513;QD=28.9812;RBI=0.0302019;REFB=-0.010802;REVB=0.0069991;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121047;STB=0.535674;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00688896;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:6:7:17:18:0.72:10:7:4:2:10:8:4:3 chr3 14755572 . A G 662.84 PASS AF=0.763889;AO=53;DP=70;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00971091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.747;QD=36.8247;RBI=0.0105484;REFB=0.00365471;REVB=-0.00411907;RO=17;SAF=28;SAR=25;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000502978;STB=0.500506;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000983921;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:17:17:53:55:0.763889:25:28:9:8:26:29:9:8 chr3 14755617 . C G 411.18 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0221794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.787;QD=29.3699;RBI=0.0222505;REFB=-0.0103779;REVB=0.00177727;RO=17;SAF=20;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176603;STB=0.509429;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00418858;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:18:38:38:0.678571:18:20:9:8:18:20:10:8 chr3 14763260 . A G 414.92 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0197446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2496;QD=36.0798;RBI=0.0220435;REFB=-0.0129605;REVB=0.00980141;RO=13;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174748;STB=0.595083;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00361266;OID=.;OPOS=14763260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:21:12:9:4:21:12:9:4 chr3 14798976 . G A 1230.8 PASS AF=0.666667;AO=106;DP=163;FAO=108;FDP=162;FR=.;FRO=54;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0051535;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.868;QD=30.3901;RBI=0.0181824;REFB=-0.0179672;REVB=0.0174368;RO=54;SAF=44;SAR=62;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135082;STB=0.568013;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00638059;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:54:54:106:108:0.666667:62:44:34:20:62:46:34:20 chr3 14801487 . G A 606.14 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0110774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.43;QD=27.2421;RBI=0.0151906;REFB=-0.0389886;REVB=-0.0103945;RO=34;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100446;STB=0.559286;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0248872;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:35:54:54:0.606742:25:29:23:11:25:29:24:11 chr3 15084880 . TAA ATA,TA,TAT 210.8 PASS AF=0.0192308,0.807692,0.0961538;AO=2,22,5;DP=53;FAO=1,42,5;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=0,23,4;FSAR=1,19,1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0142409,0.266517,0.0195539;FXX=0.0370302;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=23.3341,6.76368,135.44;QD=16.2153;RBI=0.0195579,0.285256,0.0272456;REFB=-0.00747927,-0.0958003,-0.0208444;REVB=0.0134056,0.101685,-0.0189728;RO=19;SAF=1,8,4;SAR=1,14,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0776352,-0.181402,0.292006;STB=0.5,0.547596,0.832095;STBP=1,0.065,0.062;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.00206,0.118666,0.0216343;OID=.,.,.;OPOS=15084880,15084881,15084882;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATA,TA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:27:53:52:19:4:2,22,5:1,42,5:0.0192308,0.807692,0.0961538:1,14,1:1,8,4:11:8:1,19,1:0,23,4:0:4 chr3 15216429 . C T 277.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.037852;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8483;QD=13.3534;RBI=0.038401;REFB=-0.011678;REVB=-0.0064699;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758554;STB=0.554183;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0185181;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:51:32:32:0.385542:16:16:28:21:16:16:30:21 chr3 15216703 . A T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0386356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.89;QD=11.4255;RBI=0.0417502;REFB=-0.00549229;REVB=-0.015823;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204602;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0116327;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:16:21:8:13:16:21 chr3 15476011 . C G 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0488572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.799;QD=21.0635;RBI=0.0510952;REFB=-0.00823329;REVB=0.0149562;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228617;STB=0.521565;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00965036;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:14:10:9:14:14:10:9:15 chr3 15531117 . C G 112.86 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00304035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.046;QD=5.3745;RBI=0.0286828;REFB=-0.0128705;REVB=-0.0285212;RO=66;SAF=9;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0556688;OID=.;OPOS=15531117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:66:18:18:0.214286:9:9:33:33:9:9:33:33 chr3 15548173 . T C 38.3 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0222942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8523;QD=2.837;RBI=0.0370149;REFB=-0.0078766;REVB=-0.0295478;RO=46;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236407;STB=0.682524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0760092;OID=.;OPOS=15548173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:46:47:7:7:0.12963:2:5:24:22:2:5:24:23 chr3 15643043 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.519;QD=56.1907;RBI=0.0560069;REFB=0;REVB=0.0558938;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326651;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr3 15686776 . T C 208.99 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0299721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.665;QD=9.49964;RBI=0.031238;REFB=-0.000617232;REVB=-0.0088024;RO=61;SAF=10;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884579;STB=0.552199;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00190913;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:17:10:27:34:17:10:27:34 chr3 15710011 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0251524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.375;QD=13.5766;RBI=0.0252397;REFB=-0.00255559;REVB=0.00209744;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355378;STB=0.505609;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00372441;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:9:4:5:13:9:4:6:13 chr3 15737689 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00577569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6637;QD=13.5054;RBI=0.0180646;REFB=0.00471064;REVB=-0.0171165;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147429;STB=0.586067;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00796757;OID=.;OPOS=15737689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:11:6:6:6:11:6 chr3 15737698 . T C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0736877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2919;QD=11.3683;RBI=0.106993;REFB=-0.004016;REVB=0.0775727;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219335;STB=0.642612;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00690173;OID=.;OPOS=15737698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:18:19:11:11:0.366667:6:5:12:6:6:5:13:6 chr3 15753641 . A G 284.9 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0458622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.092;QD=23.7418;RBI=0.0479907;REFB=-0.0236525;REVB=-0.0141337;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.552284;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0199753;OID=.;OPOS=15753641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:19:7:8:13:19:7:8:14 chr3 16268974 . T A 206.54 PASS AF=0.263158;AO=29;DP=114;FAO=30;FDP=114;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.00524424;FXX=0.0256388;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.0531;QD=7.24702;RBI=0.0090147;REFB=-0.00581478;REVB=-0.0073323;RO=84;SAF=9;SAR=20;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127285;STB=0.556923;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0276679;OID=.;OPOS=16268974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:84:84:29:30:0.263158:20:9:34:50:20:10:34:50 chr3 16268986 . C A 199.44 PASS AF=0.25641;AO=29;DP=116;FAO=30;FDP=117;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.00345509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.945;QD=6.8185;RBI=0.00745057;REFB=-0.0134014;REVB=-0.00660101;RO=86;SAF=10;SAR=19;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821874;STB=0.536956;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0452532;OID=.;OPOS=16268986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:86:87:29:30:0.25641:19:10:35:51:19:11:36:51 chr3 16327909 . C T 2438.83 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.062;QD=61.3542;RBI=0.0340212;REFB=0;REVB=-0.0263991;RO=0;SAF=57;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68935e-06;OID=.;OPOS=16327909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:102:57:0:0:102:57:0:0 chr3 16358584 . T C 1051.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.21;QD=59.2289;RBI=0.0236652;REFB=0;REVB=0.00547071;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29049e-05;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr3 16364919 . A C 999.99 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0393837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2838;QD=56.3374;RBI=0.113933;REFB=-0.0863511;REVB=0.10691;RO=2;SAF=41;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022501;STB=0.511901;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00879864;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:28:41:2:0:28:41:2:0 chr3 16646745 . C G 330.13 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7955;QD=50.7888;RBI=0.0153405;REFB=-0.0729335;REVB=-0.00906151;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00213214;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:9:16:1:0:9:16:1:0 chr3 17051328 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864571;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.982;QD=42.1827;RBI=0.028525;REFB=0;REVB=0.0271832;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147492;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr3 17053499 . A G 588.63 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256264;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5784;QD=58.8625;RBI=0.026839;REFB=-0.0199009;REVB=0.00797614;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00296998;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr3 17741409 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2946;QD=57.6794;RBI=0.0331037;REFB=0;REVB=0.0174145;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397063;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 18055231 . A C 527.49 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.957;QD=58.6097;RBI=0.0416031;REFB=0;REVB=0.0197132;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026249;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:20:15:1:0:20:16:0:0 chr3 18308478 . T C 177.46 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00220325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.117;QD=10.9207;RBI=0.0410657;REFB=-0.0125721;REVB=0.0410066;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305961;STB=0.675184;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0232855;OID=.;OPOS=18308478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:42:22:23:0.353846:12:10:30:11:13:10:30:12 chr3 18427924 . G T 1594.81 PASS AF=0.92562;AO=112;DP=121;FAO=112;FDP=121;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00903358;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.074;QD=52.721;RBI=0.0207338;REFB=-0.0963952;REVB=0.0186624;RO=5;SAF=54;SAR=58;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666661;STB=0.519381;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000492506;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:121:121:5:9:112:112:0.92562:58:54:2:3:58:54:2:7 chr3 20043302 . A G 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.000582459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.094;QD=3.23061;RBI=0.0101315;REFB=0.00211723;REVB=-0.0101147;RO=50;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116373;STB=0.595459;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0148873;OID=.;OPOS=20043302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:50:52:9:9:0.147541:5:4:27:23:5:4:29:23 chr3 20216519 . T A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0369525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.233;QD=27.2342;RBI=0.0370915;REFB=0.0114805;REVB=0.00320868;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335267;STB=0.530095;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00885626;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:13:10:5:8:13:10:5:9 chr3 20549191 . G A 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0407053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.481;QD=6.24848;RBI=0.0434482;REFB=-0.00823407;REVB=0.0151929;RO=45;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211309;STB=0.501317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294386;OID=.;OPOS=20549191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:9:5:16:29:9:5:16:29 chr3 21462754 . A G 1434.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.297;QD=63.0505;RBI=0.0382837;REFB=0;REVB=0.0361157;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18925e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:39:51:0:0:40:51:0:0 chr3 21462787 . G A 1577.89 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.349;QD=57.9044;RBI=0.0578047;REFB=-0.147364;REVB=0.0565851;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.510636;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00116452;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:0:2:107:107:0.981651:46:61:0:0:46:61:0:2 chr3 23312442 . C G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00948321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.134;QD=10.9727;RBI=0.0115233;REFB=-0.00186225;REVB=0.00654633;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167729;STB=0.599867;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00640409;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:14:17:6:9:14:17 chr3 24006477 . T A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5559;QD=62.0212;RBI=0.0376721;REFB=0;REVB=0.013676;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722616;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr3 24009320 . T C 41.59 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00575654;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4688;QD=3.78121;RBI=0.00576302;REFB=-0.00514353;REVB=0.000273101;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14507;STB=0.616134;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0449472;OID=.;OPOS=24009320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:45:44:38:37:7:7:0.159091:3:4:26:12:3:4:26:11 chr3 24562877 . G T 257.72 PASS AF=0.324074;AO=33;DP=109;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=61;FWDB=0.00684317;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.685;QD=9.5452;RBI=0.0103513;REFB=-0.0173804;REVB=-0.00776668;RO=71;SAF=4;SAR=29;SRF=11;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846534;STB=0.50847;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0417219;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:71:73:33:35:0.324074:29:4:11:60:29:6:12:61 chr3 25393837 . T C 122.74 PASS AF=0.65;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0147486;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.839;QD=24.5485;RBI=0.0147719;REFB=-0.0306343;REVB=-0.000829817;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810804;STB=0.545388;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0207068;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:7:7:13:13:0.65:10:3:1:6:10:3:1:6 chr3 25393860 . A G 255.25 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0192426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.879;QD=36.464;RBI=0.0318676;REFB=-0.0256674;REVB=0.0254021;RO=6;SAF=4;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100589;STB=0.50549;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00926459;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:18:4:1:5:18:4:1:5 chr3 25639394 . T G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0163087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.71;QD=8.2462;RBI=0.0164119;REFB=-0.0102582;REVB=-0.00183708;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255737;STB=0.657802;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0212147;OID=.;OPOS=25639394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:5:10:3:4:5:10 chr3 25679738 . T C 80.92 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00946454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.469;QD=7.89485;RBI=0.00954411;REFB=-0.00441822;REVB=0.00122986;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201153;STB=0.624771;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00507521;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:4:7:14:16:4:7:14:16 chr3 27424718 . A G 1321.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8273;QD=62.1708;RBI=0.0665488;REFB=0;REVB=0.0525794;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564776;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr3 28520417 . T A 915.97 PASS AF=0.692982;AO=79;DP=114;FAO=79;FDP=114;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0266128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.618;QD=32.1392;RBI=0.0303037;REFB=-0.0110178;REVB=0.014494;RO=35;SAF=31;SAR=48;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125924;STB=0.506771;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00620053;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:35:35:79:79:0.692982:48:31:13:22:48:31:13:22 chr3 28533658 . G A 93.63 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00171897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.118;QD=19.7126;RBI=0.0207797;REFB=-0.0167833;REVB=0.0207085;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368125;STB=0.616203;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0128074;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:8:8:10:11:0.578947:9:1:3:5:9:2:3:5 chr3 29804487 . A T 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00446516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.355;QD=42.7835;RBI=0.00677184;REFB=-0.043335;REVB=0.00509118;RO=3;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470118;STB=0.525524;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00582044;OID=.;OPOS=29804487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:12:10:2:1:12:10:2:1 chr3 29922333 . C T 108.07 PASS AF=0.189474;AO=18;DP=95;FAO=18;FDP=95;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0388196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.925;QD=4.55019;RBI=0.0398161;REFB=-0.00916231;REVB=-0.00885207;RO=75;SAF=9;SAR=9;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840149;STB=0.505257;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0424617;OID=.;OPOS=29922333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:75:77:18:18:0.189474:9:9:37:38:9:9:38:39 chr3 30046191 . G T 139.6 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00357158;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.471;QD=7.44515;RBI=0.00465363;REFB=-0.0019339;REVB=-0.00298331;RO=55;SAF=9;SAR=11;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027704;STB=0.516762;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00518478;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:55:55:20:20:0.266667:11:9:26:29:11:9:26:29 chr3 30046594 . TAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAA 89.16 PASS AF=0.521739,0.347826,0.130435;AO=4,3,3;DP=22;FAO=12,8,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2,1;FSAR=9,6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.211983,-0.269083,-0.0846207;FXX=0.0416493;HRUN=13,13,13;LEN=1,1,3;MLLD=2.65891,14.9936,8.01082;QD=15.5056;RBI=0.414793,0.294111,0.147103;REFB=0,0,0;REVB=0.356535,0.118725,0.120327;RO=2;SAF=2,1,1;SAR=2,2,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.277405,0.272699,0.272699;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0596962,0.0659868,0.0906323;OID=.,.,.;OPOS=30046595,30046607,30046595;OREF=A,A,AAA;OALT=-,T,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.521739,0.347826,0.130435:4,3,3:22:12,8,3:23:0:3,2,1:9,6,2:0:0:40:2:2,1,1:2,2,2:0:2 chr3 30713842 . C T 1130.8 PASS AF=0.732283;AO=92;DP=126;FAO=93;FDP=127;FR=.;FRO=34;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00921159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.812;QD=35.6158;RBI=0.00921891;REFB=-0.0318278;REVB=-0.000367292;RO=34;SAF=45;SAR=47;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351044;STB=0.517179;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0120533;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:34:34:92:93:0.732283:47:45:19:15:47:46:19:15 chr3 30827904 . A G 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0114765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.327;QD=22.7165;RBI=0.015133;REFB=-0.00469085;REVB=-0.00986403;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.616263;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00723009;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:5:4:10:4:5:4 chr3 31705649 . C T 179.14 PASS AF=0.25;AO=27;DP=108;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00354932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.366;QD=6.63475;RBI=0.0232667;REFB=0.00050843;REVB=0.0229944;RO=80;SAF=11;SAR=16;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650467;STB=0.509547;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00250426;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:80:81:27:27:0.25:16:11:33:47:16:11:34:47 chr3 31712393 . C T 846.7 PASS AF=1;AO=40;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178251;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.104;QD=56.4469;RBI=0.0195416;REFB=0;REVB=0.00800871;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542626;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:40:60:1:8:32:0:0:26:34:0:0 chr3 31725316 . G A 1328.59 PASS AF=0.72549;AO=111;DP=153;FAO=111;FDP=153;FR=.;FRO=42;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00271994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5252;QD=34.7345;RBI=0.0484265;REFB=-0.0282896;REVB=0.0483501;RO=41;SAF=46;SAR=65;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050317;STB=0.530607;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0114346;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:41:42:111:111:0.72549:65:46:21:20:65:46:22:20 chr3 31725478 . G A 857.46 PASS AF=0.631148;AO=76;DP=121;FAO=77;FDP=122;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0113669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.958;QD=28.1135;RBI=0.0306046;REFB=-0.0090409;REVB=0.0284154;RO=44;SAF=39;SAR=37;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837909;STB=0.550946;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00608763;OID=.;OPOS=31725478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:44:45:76:77:0.631148:37:39:28:16:38:39:29:16 chr3 31789582 . T C 785.68 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.449;QD=64.1369;RBI=0.0706637;REFB=0;REVB=0.0307409;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433811;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr3 31839242 . T C 519.66 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.601;QD=59.3896;RBI=0.0557779;REFB=0;REVB=0.0342973;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036086;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr3 32208621 . T C 49.55 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00533202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.388;QD=4.30879;RBI=0.015089;REFB=-0.00355409;REVB=0.0141155;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326155;STB=0.733168;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0133602;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:7:1:12:26:7:1:12:26 chr3 32209927 . A G 158.53 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00272302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2152;QD=8.23516;RBI=0.0318865;REFB=-0.00896707;REVB=0.03177;RO=54;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220478;STB=0.519463;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0221891;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:55:22:22:0.285714:11:11:28:26:11:11:29:26 chr3 32214179 . A T 135.01 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0545414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3803;QD=6.75033;RBI=0.0590648;REFB=-0.00821506;REVB=-0.0226691;RO=59;SAF=7;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197246;STB=0.626775;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0193315;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:60:20:20:0.25:13:7:30:29:13:7:31:29 chr3 32214212 . A C 119.41 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=5.75647e-05;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.818;QD=6.54275;RBI=0.0117767;REFB=-0.00871029;REVB=0.0117766;RO=55;SAF=6;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219741;STB=0.635361;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0300446;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:55:55:18:18:0.246575:12:6:28:27:12:6:28:27 chr3 32524707 . T C 210.42 PASS AF=0.382353;AO=19;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0204373;FXX=0.0144907;HRUN=7;LEN=1;MLLD=144.565;QD=12.3775;RBI=0.0206081;REFB=-0.0258176;REVB=0.00264788;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339674;STB=0.716652;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0225392;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:42:19:26:0.382353:6:13:8:16:8:18:14:28 chr3 32568327 . T C 67.6 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0328415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2996;QD=3.97651;RBI=0.035937;REFB=-0.00205701;REVB=-0.0145914;RO=56;SAF=8;SAR=4;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426354;STB=0.528044;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0081989;OID=.;OPOS=32568327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:4:8:39:17:4:8:39:17 chr3 32815230 . CA C,CT 369.78 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,24;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011114,0.0173604;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.298,236.157;QD=54.7821;RBI=0.0230358,0.023959;REFB=0,0;REVB=0.0201774,0.016512;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0539905,0.000743096;OID=.,.;OPOS=32815231,32815231;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,24:27:1,26:27:0:1,13:0,13:0:0:6:0:3,11:0,13:0:0 chr3 32927509 . G T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.826;QD=57.2372;RBI=0.0699727;REFB=0;REVB=0.0446766;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365219;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr3 32933036 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.017;QD=57.3859;RBI=0.0378384;REFB=0;REVB=0.00957722;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101587;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr3 32996509 . C T 410.94 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8718;QD=56.6809;RBI=0.0499052;REFB=0;REVB=0.00949713;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00070997;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr3 33038747 . C G 544.29 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0417462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2681;QD=31.1023;RBI=0.0495082;REFB=0.00977053;REVB=-0.0266141;RO=22;SAF=29;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115178;STB=0.562398;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00629023;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:19:29:9:13:19:29:9:13 chr3 33055721 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.598;QD=57.0006;RBI=0.0194347;REFB=0;REVB=0.0103511;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54043e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr3 33138544 . A G 1320.79 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.855;QD=62.1549;RBI=0.0373544;REFB=0;REVB=0.0268942;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07104e-06;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:46:38:0:0:47:38:0:0 chr3 33138549 . G A 1228.6 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0806;QD=59.2095;RBI=0.0514196;REFB=-0.0700558;REVB=-0.0376569;RO=1;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101822;STB=0.505375;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00174969;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:80:82:0.987952:46:34:0:1:46:36:0:1 chr3 33174156 . T G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00781846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.761;QD=9.5362;RBI=0.0121743;REFB=-0.00957713;REVB=0.009332;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108949;STB=0.506597;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0113669;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:16:11:5:7:16:11 chr3 33174168 . G A 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00886379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.479;QD=9.8225;RBI=0.0319895;REFB=-0.000789303;REVB=0.030737;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122495;STB=0.573641;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00158623;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:15:8:5:6:15:8 chr3 33194990 . C A 378.54 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0502692;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.0561;QD=38.8244;RBI=0.0506007;REFB=-0.0267222;REVB=0.00578249;RO=9;SAF=9;SAR=21;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122126;STB=0.566428;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00225742;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:39:9:9:30:30:0.769231:21:9:5:4:21:9:5:4 chr3 33255592 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.239;QD=50.4099;RBI=0.0298833;REFB=0;REVB=0.00663892;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140324;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr3 33434831 . G A 114.89 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.000898139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.985;QD=5.74445;RBI=0.0137235;REFB=-0.0042695;REVB=-0.0136941;RO=62;SAF=9;SAR=9;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803571;STB=0.549945;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0118443;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:9:9:35:27:9:9:35:27 chr3 33458266 . T C 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0118643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.743;QD=7.25972;RBI=0.0136962;REFB=0.00433235;REVB=0.00684284;RO=29;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646758;STB=0.903731;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00545572;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:9:1:19:10:9:1:19:10 chr3 33533554 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=-0.00242286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.304;QD=13.0911;RBI=0.0312331;REFB=-3.27824e-05;REVB=-0.031139;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501569;STB=0.777515;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-7.09114e-05;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:20:0:5:8:20:0 chr3 33539893 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000499848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.37;QD=11.1312;RBI=0.00093448;REFB=-0.00419971;REVB=0.000789559;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155187;STB=0.592414;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00589348;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:11:6:5:5:11:6 chr3 33877626 . G A 92.79 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0593955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.978;QD=7.00287;RBI=0.0613048;REFB=-0.0174539;REVB=-0.0151807;RO=40;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240235;STB=0.650364;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0730895;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:4:9:20:20:4:9:20:20 chr3 33895391 . A G 266.89 PASS AF=0.265306;AO=37;DP=150;FAO=39;FDP=147;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.00775733;FXX=0.0516096;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.0879;QD=7.26227;RBI=0.00861555;REFB=-0.00106313;REVB=-0.00374854;RO=106;SAF=26;SAR=11;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41217;STB=0.747175;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00377508;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:106:108:37:39:0.265306:11:26:38:68:11:28:40:68 chr3 33905566 . C T 219.51 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0317848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.33;QD=11.8654;RBI=0.0421437;REFB=-0.0166101;REVB=0.0276733;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18532;STB=0.585595;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0183543;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:47:26:27:0.364865:14:12:29:17:14:13:29:18 chr3 33907945 . A G 70.76 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00821038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.954;QD=7.25711;RBI=0.00905072;REFB=-0.0152373;REVB=-0.00380857;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256878;STB=0.659693;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0225894;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:18:11:6:4:18:11 chr3 35725250 . C T 2767.09 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0411;QD=62.5332;RBI=0.028572;REFB=0;REVB=-0.0128255;RO=0;SAF=75;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55171e-05;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:175:177:1:100:75:0:0:101:76:0:0 chr3 35778773 . A G 76.2 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00895606;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0529;QD=10.8856;RBI=0.0236638;REFB=-0.0251475;REVB=0.0219036;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179247;STB=0.606938;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0444177;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:6:12:5:5:6:12 chr3 35779750 . A G 192.89 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00691631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.09;QD=8.12169;RBI=0.0153977;REFB=-0.00353559;REVB=0.013757;RO=68;SAF=15;SAR=11;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759694;STB=0.550981;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00992026;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:69:26:26:0.273684:11:15:35:33:11:15:35:34 chr3 36897812 . T C 45.64 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00853507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.892;QD=26.0795;RBI=0.0629783;REFB=-0.0815168;REVB=0.0623973;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00884553;OID=.;OPOS=36897812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:1:4:0:1:2:4:0:1 chr3 36898757 . G A 501.24 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0167157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.391;QD=44.5543;RBI=0.0407124;REFB=-0.018104;REVB=0.0371226;RO=8;SAF=23;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421871;STB=0.522715;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00547321;OID=.;OPOS=36898757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:14:23:4:4:14:23:4:4 chr3 36934448 . CT C 112.18 PASS AF=0.275261;AO=95;DP=289;FAO=79;FDP=287;FR=.;FRO=208;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=126;FSRR=82;FWDB=0.0936089;FXX=0.00692018;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.65222;QD=1.5635;RBI=0.118262;REFB=-0.0756502;REVB=-0.0722717;RO=159;SAF=52;SAR=43;SRF=102;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106745;STB=0.53094;STBP=0.55;TYPE=del;VARB=0.0404841;OID=.;OPOS=36934449;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275261:95:289:79:287:208:51:28:126:82:99:159:52:43:102:57 chr3 36940741 . G T 508.41 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.817;QD=56.4902;RBI=0.0275269;REFB=-0.130099;REVB=-0.0209696;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000715462;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:0:1:21:14:0:1 chr3 37034476 . A G 53.43 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00463696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.442;QD=8.22001;RBI=0.02967;REFB=-0.0106267;REVB=0.0293054;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108749;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0274489;OID=.;OPOS=37034476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:15:18:7:8:0.307692:3:4:10:5:3:5:10:8 chr3 37042468 . G A 630.33 PASS AF=0.6875;AO=54;DP=80;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000157478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9059;QD=31.5167;RBI=0.0169883;REFB=-0.0430665;REVB=0.0169875;RO=26;SAF=22;SAR=32;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334245;STB=0.506987;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.015301;OID=.;OPOS=37042468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:25:54:55:0.6875:32:22:12:14:32:23:11:14 chr3 37094902 . T C 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0277121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.178;QD=6.06094;RBI=0.029683;REFB=-0.00926059;REVB=-0.0106359;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997814;STB=0.563524;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0360169;OID=.;OPOS=37094902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:6:5:15:25:6:5:15:25 chr3 37163039 . G A,T 892.56 PASS AF=0.984127,0.015873;AO=53,3;DP=56;FAO=62,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032801,0.0380825;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.845,67.3261;QD=56.6704;RBI=0.0355267,0.0386607;REFB=0,0;REVB=0.013647,0.00666088;RO=0;SAF=33,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.88914e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000706231,-0.083798;OID=.,.;OPOS=37163039,37163039;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:56:63:0:0:53,3:62,1:0.984127,0.015873:20,2:33,1:0:0:26,0:36,1:0:0 chr3 37170609 . G T 77.03 PASS AF=0.152174;AO=13;DP=93;FAO=14;FDP=92;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=76;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0281254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.103;QD=3.34924;RBI=0.21887;REFB=-0.0156114;REVB=-0.217055;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089409;STB=0.603627;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0771708;OID=.;OPOS=37170609;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:92:43:76:13:14:0.152174:6:7:20:23:6:8:34:42 chr3 37368784 . GAAAAAAAC AGAAAAAAC,GAAAAAAC,GAAAAAACA 113.21 PASS AF=0,0.702703,0.0540541;AO=5,14,2;DP=38;FAO=0,26,2;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=0,5,2;FSAR=0,21,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0384737,0.198446,0.090102;FXX=0.0263089;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=14.3723,7.90211,15.6202;QD=12.2394;RBI=0.0850891,0.253141,0.103975;REFB=0.0268665,0.0146347,-0.0158175;REVB=-0.0758942,0.15716,0.0518881;RO=14;SAF=0,2,2;SAR=5,12,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.693086,-0.351283,0.576453;STB=0.5,0.554411,0.995471;STBP=1,0.348,0.111;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.100522,-0.000331672;OID=.,.,.;OPOS=37368784,37368785,37368791;OREF=GA,A,AC;OALT=AG,-,CA;OMAPALT=AGAAAAAAC,GAAAAAAC,GAAAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:38:37:14:9:5,14,2:0,26,2:0,0.702703,0.0540541:5,12,0:0,2,2:6:8:0,21,0:0,5,2:3:6 chr3 37535984 . C G 294.46 PASS AF=0.711538;AO=23;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00489017;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.018;QD=22.6507;RBI=0.0324391;REFB=-0.0513929;REVB=-0.0320684;RO=11;SAF=19;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909587;STB=0.537794;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0328341;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:11:15:23:37:0.711538:4:19:10:1:5:32:12:3 chr3 37574951 . G A 401.0 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0901177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8709;QD=24.3033;RBI=0.10126;REFB=0.0489922;REVB=0.0461787;RO=25;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000794614;STB=0.511464;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0341937;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:27:39:39:0.590909:25:14:9:16:25:14:9:18 chr3 37778481 . G C 257.84 PASS AF=0.419355;AO=23;DP=64;FAO=26;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.000316781;FXX=0.0312451;HRUN=8;LEN=1;MLLD=233.456;QD=16.6348;RBI=0.0199712;REFB=-0.00481249;REVB=-0.0199687;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204022;STB=0.575014;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00457973;OID=.;OPOS=37778481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:16:28:23:26:0.419355:10:13:9:7:12:14:11:17 chr3 38080952 . T G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0189;QD=58.5975;RBI=0.106914;REFB=0;REVB=0.10607;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624442;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr3 38081031 . A T 1102.41 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621497;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4394;QD=60.406;RBI=0.0636646;REFB=0;REVB=0.0138057;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504972;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr3 38125705 . G A 1042.8 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5767;QD=59.5885;RBI=0.0393569;REFB=0;REVB=-0.0370093;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212532;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr3 38151731 . T C 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0762;QD=58.2354;RBI=0.0426727;REFB=0;REVB=-0.000443899;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314308;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr3 38158122 . G A 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00874649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.739;QD=17.3235;RBI=0.00933899;REFB=-0.00458111;REVB=0.00327348;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244683;STB=0.63968;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0049533;OID=.;OPOS=38158122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:15:10:13:7:15:10 chr3 38170810 . C G 320.02 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0706845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.496;QD=27.2361;RBI=0.0729391;REFB=0.00373815;REVB=0.0179948;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318946;STB=0.517599;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0017063;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:15:13:8:11:15:13:8:11 chr3 38271881 . C T 344.37 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00619931;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.04;QD=13.1189;RBI=0.00620542;REFB=-0.0081345;REVB=-0.000275425;RO=63;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046061;STB=0.530152;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0169455;OID=.;OPOS=38271881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:63:64:41:41:0.390476:23:18:25:38:23:18:25:39 chr3 38307510 . T C 47.92 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=61;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0353737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9142;QD=3.09168;RBI=0.037761;REFB=-0.0110723;REVB=-0.0132134;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10266;STB=0.509071;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0656731;OID=.;OPOS=38307510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:61:62:53:53:8:9:0.145161:4:4:22:31:5:4:23:30 chr3 38349128 . T C 49.9 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0497875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9148;QD=4.53626;RBI=0.061697;REFB=-0.00678207;REVB=0.0364381;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261554;OID=.;OPOS=38349128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:4:4:18:18:4:4:18:18 chr3 38350479 . T C 830.53 PASS AF=0.598425;AO=76;DP=127;FAO=76;FDP=127;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0119801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.76;QD=26.1584;RBI=0.0258294;REFB=-0.00556434;REVB=0.0228831;RO=48;SAF=38;SAR=38;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594878;STB=0.535424;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00370962;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:48:51:76:76:0.598425:38:38:28:20:38:38:30:21 chr3 38350519 . G A 861.71 PASS AF=0.576642;AO=77;DP=135;FAO=79;FDP=137;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0647251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.246;QD=25.1595;RBI=0.0661393;REFB=-0.0282278;REVB=0.0136041;RO=58;SAF=38;SAR=39;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866094;STB=0.546416;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0163446;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:58:58:77:79:0.576642:39:38:35:23:40:39:35:23 chr3 38350543 . A G 856.94 PASS AF=0.564286;AO=79;DP=140;FAO=79;FDP=140;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00971849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.273;QD=24.484;RBI=0.0326141;REFB=0.00524129;REVB=-0.0311325;RO=61;SAF=39;SAR=40;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116341;STB=0.563365;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00342709;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:61:61:79:79:0.564286:40:39:39:22:40:39:39:22 chr3 38357961 . C G 33.88 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0762012;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1544;QD=3.47474;RBI=0.0938559;REFB=-0.011255;REVB=0.0547934;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218671;STB=0.662033;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0782019;OID=.;OPOS=38357961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:39:33:33:6:6:0.153846:5:1:10:23:5:1:10:23 chr3 38401839 . T C 825.44 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0108241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.935;QD=54.1273;RBI=0.0307514;REFB=-0.00720871;REVB=0.0287835;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336704;STB=0.517851;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000929286;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:27:32:0:2:27:32:0:2 chr3 38404472 . C A 630.58 PASS AF=0.654762;AO=52;DP=81;FAO=55;FDP=84;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0164217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.401;QD=30.0278;RBI=0.0164219;REFB=-0.0360331;REVB=-7.30922e-05;RO=29;SAF=31;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143888;STB=0.563613;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0215824;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:29:29:52:55:0.654762:21:31:11:18:24:31:11:18 chr3 38406773 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.452;QD=59.4356;RBI=0.0984666;REFB=0;REVB=0.0401839;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413815;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr3 38408361 . G A 1124.25 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.295;QD=59.1712;RBI=0.033264;REFB=-0.0980906;REVB=0.030313;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574096;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:39:37:0:0 chr3 38534142 . T A 303.98 PASS AF=0.787879;AO=28;DP=66;FAO=26;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0833039;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.754;QD=36.8461;RBI=0.0834033;REFB=-0.0274508;REVB=0.00406941;RO=19;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155368;STB=0.541031;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00785198;OID=.;OPOS=38534142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:66:33:19:7:28:26:0.787879:20:8:9:10:16:10:4:3 chr3 38589666 . T C,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 244.68 PASS AF=0.0555556,0.583333;AO=2,18;DP=37;FAO=2,21;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=2,7;FSAR=0,14;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0403415,0.00148566;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,25;MLLD=47.6342,504.98;QD=27.1865;RBI=0.0975847,0.0234106;REFB=-0.0161499,-0.0257076;REVB=0.0888557,0.0233634;RO=14;SAF=2,7;SAR=0,11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.455784,-0.301908;STB=0.991383,0.692129;STBP=0.43,0.011;TYPE=snp,ins;VARB=0.112899,0.008163;OID=.,.;OPOS=38589666,38589667;OREF=T,-;OALT=C,CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=C,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:37:36:14:13:2,18:2,21:0.0555556,0.583333:0,11:2,7:11:3:0,14:2,7:11:2 chr3 38590358 . C CT 131.08 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0136421;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.8863;QD=14.1706;RBI=0.0140181;REFB=-0.000931909;REVB=0.00322497;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176965;STB=0.595134;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=-0.00159487;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:17:38:18:37:19:8:10:12:7:99:20:7:10:12:8 chr3 38592405 . CA CG,TG 1225.17 PASS AF=0.890244,0.109756;AO=72,9;DP=82;FAO=73,9;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=36,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133089,0.0573548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=67.6701,113.975;QD=59.7644;RBI=0.133952,0.0685629;REFB=0,0;REVB=-0.0151865,-0.0375672;RO=0;SAF=36,2;SAR=36,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000229905,0.0411078;OID=.,.;OPOS=38592406,38592405;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:82:82:0:0:72,9:73,9:0.890244,0.109756:36,7:36,2:0:0:36,7:37,2:0:0 chr3 38622467 . T C 839.87 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00254594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9361;QD=51.6843;RBI=0.0431636;REFB=-0.0420296;REVB=0.0430885;RO=4;SAF=42;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833758;STB=0.504423;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0129901;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:19:42:3:1:19:42:3:1 chr3 38640493 . C T 191.83 PASS AF=0.191011;AO=34;DP=179;FAO=34;FDP=178;FR=.;FRO=144;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=0.0666895;FXX=0.0111105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5029;QD=4.31074;RBI=0.0838239;REFB=-0.00766915;REVB=-0.0507834;RO=142;SAF=19;SAR=15;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155629;STB=0.602622;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0395549;OID=.;OPOS=38640493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:142:144:34:34:0.191011:15:19:62:80:15:19:62:82 chr3 38674712 . T C 2604.94 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00237686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.332;QD=61.2926;RBI=0.0272378;REFB=0.0573221;REVB=0.0271339;RO=0;SAF=72;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000299881;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:0:1:169:169:0.994118:97:72:0:0:97:72:1:0 chr3 38739574 . T C 1443.65 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8306;QD=62.7675;RBI=0.0586973;REFB=0;REVB=0.0581332;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433893;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:1:0:90:92:1:41:49:0:1:43:49:0:0 chr3 38739845 . A G 727.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.05;QD=63.3024;RBI=0.0410972;REFB=0;REVB=0.0210261;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434926;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr3 38740001 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0755239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.388;QD=15.5715;RBI=0.0836962;REFB=-0.0424279;REVB=0.0360721;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0437559;OID=.;OPOS=38740001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:7:5:5:6:7:5 chr3 38748833 . T C 819.8 PASS AF=0.717391;AO=66;DP=92;FAO=66;FDP=92;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0146821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8271;QD=35.6435;RBI=0.0152256;REFB=-0.0330627;REVB=0.00403165;RO=26;SAF=28;SAR=38;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213924;STB=0.511499;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0125288;OID=.;OPOS=38748833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:26:26:66:66:0.717391:38:28:10:16:38:28:10:16 chr3 38766675 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.796;QD=60.6088;RBI=0.0340634;REFB=0;REVB=0.00770836;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88128e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 38766701 . C T 81.6 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00101756;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.558;QD=8.1603;RBI=0.00610831;REFB=-0.0118739;REVB=-0.00602295;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332142;STB=0.70271;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0350574;OID=.;OPOS=38766701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:19:10:7:4:19:10 chr3 38768334 . T C 284.32 PASS AF=0.516129;AO=30;DP=59;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00272579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.391;QD=18.3435;RBI=0.0447225;REFB=-0.0173979;REVB=-0.0446394;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894969;STB=0.529642;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0154759;OID=.;OPOS=38768334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:28:30:30:32:0.516129:20:10:12:16:20:12:13:17 chr3 38793940 . A G 208.71 PASS AF=0.636364;AO=15;DP=35;FAO=21;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0269707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5144;QD=25.2986;RBI=0.0270138;REFB=0.00252414;REVB=0.00152543;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250535;STB=0.565153;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0566888;OID=.;OPOS=38793940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:33:14:12:15:21:0.636364:9:6:6:8:14:7:6:6 chr3 38802251 . A G 339.66 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0164364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9042;QD=35.7534;RBI=0.0184818;REFB=-0.0141731;REVB=-0.00845116;RO=10;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833808;STB=0.545422;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0128744;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:16:12:6:4:16:12:6:4 chr3 38805069 . T C 773.67 PASS AF=0.756098;AO=62;DP=82;FAO=62;FDP=82;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0273088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.336;QD=37.7401;RBI=0.0276551;REFB=0.0203147;REVB=-0.00436291;RO=20;SAF=17;SAR=45;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120988;STB=0.565094;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00427119;OID=.;OPOS=38805069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:20:20:62:62:0.756098:45:17:10:10:45:17:10:10 chr3 38945560 . A G 392.02 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00860267;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.124;QD=24.5015;RBI=0.066619;REFB=-0.0228556;REVB=-0.0660612;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116709;STB=0.557347;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0193854;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:26:37:38:0.59375:20:17:16:10:20:18:16:10 chr3 38966940 . C T 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0167949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.726;QD=9.93956;RBI=0.0850288;REFB=-0.00184837;REVB=-0.0833537;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121915;STB=0.571764;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00413053;OID=.;OPOS=38966940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:8:14:24:21:8:14:24:21 chr3 39077433 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0028992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.848;QD=2.64357;RBI=0.0045417;REFB=-0.00748712;REVB=-0.00349595;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680824;STB=0.550852;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0271508;OID=.;OPOS=39077433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:24:19:3:3:24:19 chr3 39077530 . T C 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0205672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2562;QD=3.61599;RBI=0.0252462;REFB=-0.000189861;REVB=-0.014641;RO=51;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036251;STB=0.516097;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00169193;OID=.;OPOS=39077530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:51:52:10:10:0.16129:5:5:24:27:5:5:25:27 chr3 39111140 . C A 206.39 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=80;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00702615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.171;QD=10.0678;RBI=0.0219889;REFB=-0.00505389;REVB=-0.0208361;RO=53;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19208;STB=0.582885;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00552179;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:53:55:26:27:0.329268:9:17:26:27:10:17:28:27 chr3 39138082 . C T 42.29 PASS AF=0.175;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0242735;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8964;QD=4.22938;RBI=0.0243307;REFB=-0.0105427;REVB=0.00166685;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326492;STB=0.742047;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0173898;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:40:34:33:7:7:0.175:1:6:22:12:1:6:21:12 chr3 39152345 . G A 94.89 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0498943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9544;QD=5.75073;RBI=0.0550241;REFB=-0.0160425;REVB=0.0231994;RO=49;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33455;STB=0.692818;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.033323;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:49:51:15:15:0.227273:5:10:19:30:5:10:21:30 chr3 39161456 . G A 67.57 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0354193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1703;QD=5.00493;RBI=0.0536811;REFB=-0.00263947;REVB=-0.0403377;RO=43;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985118;STB=0.563643;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00744663;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:54:54:43:43:11:11:0.203704:5:6:20:23:5:6:20:23 chr3 39161464 . G A 83.02 PASS AF=0.226415;AO=11;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00720917;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.761;QD=6.26555;RBI=0.00913685;REFB=-0.0109966;REVB=0.00561336;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118904;STB=0.528255;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0311266;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:38:41:11:12:0.226415:5:6:17:21:6:6:19:22 chr3 39180099 . T C 492.96 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.00438726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.955;QD=31.2987;RBI=0.00441589;REFB=0.0180323;REVB=0.000502045;RO=19;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231189;STB=0.624678;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0118702;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:19:44:44:0.698413:21:23:2:17:21:23:2:17 chr3 39180263 . G A 311.36 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0391886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4749;QD=23.4991;RBI=0.0717123;REFB=0.0136625;REVB=0.0600575;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043411;STB=0.523914;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00785064;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:18:13:8:14:18:13:8:14 chr3 39184959 . C T 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0192824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.404;QD=32.1189;RBI=0.0313861;REFB=-0.00653216;REVB=0.0247644;RO=11;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959408;STB=0.55247;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0040043;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:11:14:8:3:11:14:8:3 chr3 39185077 . G A 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0263956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.313;QD=25.4933;RBI=0.0521848;REFB=-0.0542664;REVB=0.0450169;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131226;STB=0.555473;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0453932;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:6:7:14:14:0.666667:4:10:3:3:4:10:4:3 chr3 39185248 . A G 90.34 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0299678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.399;QD=17.2079;RBI=0.033749;REFB=-0.0086656;REVB=-0.0155218;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526268;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00793163;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:4:6:6:4:5:6:6:4 chr3 39186728 . C T 595.19 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=78;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0111088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.571;QD=30.5227;RBI=0.0240645;REFB=-0.0383887;REVB=0.0213471;RO=26;SAF=21;SAR=31;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123186;STB=0.506671;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0194338;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:26:26:52:52:0.666667:31:21:10:16:31:21:10:16 chr3 39226127 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0115737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.685;QD=8.50799;RBI=0.0244454;REFB=-0.0128704;REVB=-0.021532;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032414;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0363994;OID=.;OPOS=39226127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:13:18:7:5:13:18 chr3 39227664 . G A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00304575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.495;QD=9.67068;RBI=0.00440897;REFB=-0.014319;REVB=0.00318786;RO=35;SAF=3;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389489;STB=0.745565;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0201589;OID=.;OPOS=39227664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:13:3:17:18:13:3:18:18 chr3 39228043 . T G 123.03 PASS AF=0.313725;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00553297;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.624;QD=9.64949;RBI=0.015099;REFB=-0.00664595;REVB=0.0140487;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178948;STB=0.627302;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0156316;OID=.;OPOS=39228043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:35:14:16:0.313725:6:8:25:10:8:8:24:11 chr3 39229900 . T C 1079.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.485;QD=59.9757;RBI=0.0102237;REFB=0;REVB=0.00975426;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87675e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr3 39230997 . A G 176.52 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.0225524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.746;QD=6.41885;RBI=0.0262313;REFB=-0.00867859;REVB=-0.0133967;RO=79;SAF=17;SAR=10;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434618;STB=0.502522;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0350124;OID=.;OPOS=39230997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:79:83:27:27:0.245455:10:17:50:29:10:17:52:31 chr3 39323163 . A C 556.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.817;QD=60.1913;RBI=0.0411921;REFB=0;REVB=0.0370672;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82912e-05;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr3 39431081 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.981;QD=59.4355;RBI=0.0151095;REFB=0;REVB=0.00227973;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61772e-05;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr3 40231882 . AC A,AT 967.33 PASS AF=0.101449,0.898551;AO=7,62;DP=69;FAO=7,62;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=6,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01912,0.0898388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.7097,54.0752;QD=56.077;RBI=0.0264757,0.107673;REFB=0,0;REVB=0.0183136,0.0593497;RO=0;SAF=1,33;SAR=6,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0248953,-0.00355966;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.101449,0.898551:7,62:69:7,62:69:0:1,33:6,29:0:0:29:0:1,33:6,29:0:0 chr3 40286017 . T C 1321.19 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096234;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.46;QD=61.4507;RBI=0.0273118;REFB=0;REVB=0.0255602;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208108;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:0:0:78:86:1:42:36:0:0:44:42:0:0 chr3 40286018 . G C 31.87 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.10758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4273;QD=1.4653;RBI=0.116903;REFB=-0.0625583;REVB=-0.0457477;RO=77;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193403;STB=0.640677;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.113784;OID=.;OPOS=40286018;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:87:77:79:8:8:0.091954:3:5:35:42:3:5:37:42 chr3 40351484 . C T 372.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2953;QD=55.1217;RBI=0.192991;REFB=0;REVB=0.0232706;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340226;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:8:19:0:0 chr3 40468896 . C T 215.03 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0332423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.023;QD=8.9594;RBI=0.0340111;REFB=-0.0215835;REVB=-0.00719021;RO=68;SAF=12;SAR=16;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103256;STB=0.56115;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0397454;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:16:12:35:33:16:12:35:33 chr3 40499182 . C T 402.21 PASS AF=0.666667;AO=37;DP=56;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0939669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0116;QD=28.2253;RBI=0.112209;REFB=-0.0138696;REVB=0.0613272;RO=19;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18785;STB=0.595559;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00422233;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:19:19:37:38:0.666667:21:16:14:5:21:17:14:5 chr3 40519429 . T C 590.67 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0523517;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.2573;QD=57.6259;RBI=0.0564668;REFB=-0.0883702;REVB=-0.0211613;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.002391;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:23:17:0:0:23:17:1:0 chr3 40523409 . T G 596.64 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0042555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.533;QD=25.389;RBI=0.0526532;REFB=-0.0215423;REVB=0.052481;RO=39;SAF=21;SAR=33;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117141;STB=0.569853;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0136126;OID=.;OPOS=40523409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:40:54:54:0.574468:33:21:21:18:33:21:22:18 chr3 40559078 . G C 398.12 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0261389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.814;QD=35.3881;RBI=0.0281994;REFB=-0.0187558;REVB=0.0105815;RO=13;SAF=20;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483;STB=0.526299;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00677153;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:12:20:7:6:12:20:7:6 chr3 41266136 . T C 236.55 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.025096;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6422;QD=9.01129;RBI=0.027126;REFB=-0.0122705;REVB=-0.0102961;RO=74;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101698;STB=0.510247;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0248703;OID=.;OPOS=41266136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:74:73:32:32:0.304762:18:14:33:41:18:14:33:40 chr3 41277302 . A G 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.0145207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.993;QD=2.23574;RBI=0.0149602;REFB=-0.00424426;REVB=-0.00359987;RO=87;SAF=3;SAR=9;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420692;STB=0.795754;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0433696;OID=.;OPOS=41277302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:87:87:12:12:0.121212:9:3:53:34:9:3:53:34 chr3 41841716 . A C 375.5 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00899252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.67;QD=23.8416;RBI=0.114761;REFB=-0.0181788;REVB=0.114408;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267488;STB=0.516787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0143913;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:25:26:36:37:0.587302:16:20:13:12:17:20:13:13 chr3 41910571 . T C 239.87 PASS AF=0.628571;AO=19;DP=32;FAO=22;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0391009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7011;QD=27.4136;RBI=0.0488362;REFB=-0.0171006;REVB=0.0292592;RO=6;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134126;STB=0.642735;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0273071;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:6:13:19:22:0.628571:12:7:4:2:12:10:11:2 chr3 41925398 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.843;QD=58.0605;RBI=0.0237714;REFB=0;REVB=0.00329541;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72667e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr3 41925423 . T C 806.37 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150077;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.788;QD=55.612;RBI=0.0182921;REFB=-0.14437;REVB=0.0104579;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00118298;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr3 41937000 . C T 867.83 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.854;QD=57.8553;RBI=0.0146953;REFB=0;REVB=-0.00672918;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00377e-06;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:35:25:0:0 chr3 41939990 . GTTT GTT,GTTA 439.72 PASS AF=1,0;AO=10,17;DP=31;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707525,-0.341314;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=33.074,30.0349;QD=56.7376;RBI=0.07091,0.469309;REFB=0,0;REVB=-0.00472448,-0.322111;RO=0;SAF=1,4;SAR=9,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00213454,0;OID=.,.;OPOS=41939991,41939993;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTT,GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,17:31:31,0:31:0:6,0:25,0:0:0:4:0:1,4:9,13:0:0 chr3 41957466 . T G 466.38 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00213697;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.764;QD=54.8683;RBI=0.0730142;REFB=-0.0622381;REVB=0.072983;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00068006;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:34:1:1:33:33:0.970588:11:22:0:1:11:22:0:1 chr3 41960006 . T C 311.32 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353804;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.985;QD=54.1417;RBI=0.00931597;REFB=0;REVB=0.00861798;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752606;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr3 41996136 . T C 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.573;QD=59.3566;RBI=0.0286582;REFB=-0.0681993;REVB=0.0226198;RO=1;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178505;STB=0.509089;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000184736;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:26:50:0:1:27:50:0:1 chr3 42236415 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0319745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7531;QD=5.37728;RBI=0.0337788;REFB=-0.0021514;REVB=0.0108921;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237416;STB=0.630675;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00554207;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:23:25:7:7:0.21875:5:2:11:12:5:2:11:14 chr3 42244321 . G A 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0132954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.948;QD=8.27593;RBI=0.0255493;REFB=-0.0181397;REVB=-0.0218174;RO=59;SAF=11;SAR=13;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100094;STB=0.570673;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0577019;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:59:61:24:24:0.282353:13:11:32:27:13:11:34:27 chr3 42251604 . A C 32.24 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0265983;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.153;QD=10.7469;RBI=0.0296289;REFB=-0.032897;REVB=-0.0130537;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.010248;OID=.;OPOS=42251604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:4:3:1:4:4:3 chr3 42304784 . A G 731.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8401;QD=55.1947;RBI=0.0323306;REFB=0;REVB=-0.0308483;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203872;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:23:27:0:0:24:29:0:0 chr3 42438754 . T C 122.25 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0452371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4617;QD=8.43069;RBI=0.0473426;REFB=-0.0162745;REVB=0.0139615;RO=40;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107198;STB=0.576565;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0206103;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:12:5:15:25:12:5:16:25 chr3 42599091 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0121734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.18;QD=10.8855;RBI=0.0122945;REFB=-0.0135537;REVB=0.00172122;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44622;STB=0.766397;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0234859;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:8:1:6:8:8:1:6:9 chr3 42610374 . A G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00764419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.463;QD=6.39524;RBI=0.00767601;REFB=-0.0143047;REVB=0.000698255;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317197;STB=0.712292;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0531868;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:1:8:21:8:1:8:21:8 chr3 42610515 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0111301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.809;QD=15.7842;RBI=0.0215047;REFB=-0.0379557;REVB=-0.0184003;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322174;STB=0.698104;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0547912;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:10:3:9:8:11:3:9:8 chr3 42636141 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0181879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.147;QD=12.0163;RBI=0.0196453;REFB=-0.00197608;REVB=-0.00742572;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00177114;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:4:2:4:2:5:2 chr3 42700456 . C T 147.51 PASS AF=0.287671;AO=18;DP=72;FAO=21;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0154074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.166;QD=8.08277;RBI=0.0375895;REFB=-0.0207804;REVB=-0.0342867;RO=37;SAF=13;SAR=5;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634569;STB=0.622522;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0290539;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:52:18:21:0.287671:5:13:25:12:7:14:26:26 chr3 42700630 . A G 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0367014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.179;QD=10.8305;RBI=0.0427099;REFB=-0.00797121;REVB=-0.0218436;RO=49;SAF=17;SAR=9;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000974439;STB=0.504481;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0151834;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:50:26:26:0.342105:9:17:32:17:9:17:33:17 chr3 42717967 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00327533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.829;QD=24.1899;RBI=0.0190811;REFB=-0.0474757;REVB=-0.0187979;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500226;STB=0.528254;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0144247;OID=.;OPOS=42717967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:3:3:5:7:3:3 chr3 42728144 . A G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00217595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.153;QD=9.82171;RBI=0.00554776;REFB=-0.0103699;REVB=-0.00510322;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248891;STB=0.659417;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0218448;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:5:6:7:15:5:6:7:16 chr3 42733468 . T C 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0655907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.913;QD=29.0927;RBI=0.0673423;REFB=-0.0412616;REVB=0.015259;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200148;STB=0.609614;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0118929;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:11:13:11:2:11:13:11:2 chr3 42772038 . A T 433.46 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0419783;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.311;QD=25.4978;RBI=0.0424416;REFB=-0.0194729;REVB=-0.00625412;RO=26;SAF=24;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18263;STB=0.599523;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0103358;OID=.;OPOS=42772038;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:27:40:41:0.602941:16:24:9:17:17:24:9:18 chr3 42787469 . A G 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.040843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9315;QD=21.9423;RBI=0.0686562;REFB=-0.00689299;REVB=-0.0551863;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338333;STB=0.689431;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00151669;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:10:2:10:6:10:2 chr3 42915878 . C T 152.19 PASS AF=0.316456;AO=19;DP=74;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.0150134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6996;QD=7.70595;RBI=0.0150287;REFB=-0.0862696;REVB=-0.000679151;RO=48;SAF=16;SAR=3;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192866;STB=0.577923;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.171237;OID=.;OPOS=42915878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:48:54:19:25:0.316456:3:16:40:8:9:16:40:14 chr3 42917047 . A G 952.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.542;QD=58.588;RBI=0.0294919;REFB=0;REVB=0.0282543;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44207e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:33:30:0:0:35:30:0:0 chr3 42956273 . T C 347.75 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.508;QD=51.5188;RBI=0.0692054;REFB=-0.125074;REVB=0.0625906;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00323618;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:0:1:14:12:0:1 chr3 43074430 . A G 284.48 PASS AF=0.774194;AO=23;DP=30;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0175206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.919;QD=36.7073;RBI=0.0233773;REFB=-0.0393353;REVB=0.0154766;RO=7;SAF=16;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943394;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111353;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:7:7:23:24:0.774194:7:16:5:2:7:17:5:2 chr3 43074871 . A G 2220.95 PASS AF=1;AO=141;DP=145;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128179;FXX=0.0387072;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.983;QD=59.6228;RBI=0.0165865;REFB=0;REVB=0.0105268;RO=0;SAF=76;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422606;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:149:0:0:141:149:1:65:76:0:0:69:80:0:0 chr3 43074872 . C G 35.74 PASS AF=0.0754717;AO=10;DP=157;FAO=12;FDP=159;FR=.;FRO=147;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.0191558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8775;QD=0.899052;RBI=0.0191938;REFB=-0.0125896;REVB=-0.00120641;RO=147;SAF=4;SAR=6;SRF=78;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13568;STB=0.680201;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.02635;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:157:159:147:147:10:12:0.0754717:6:4:78:69:8:4:78:69 chr3 43095101 . A G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00463991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.267;QD=7.9658;RBI=0.00599224;REFB=-0.000535197;REVB=0.00379186;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16099;STB=0.5998;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00115521;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:14:12:6:4:14:12 chr3 43121559 . C T 822.79 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942924;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.781;QD=57.7396;RBI=0.0103125;REFB=0;REVB=0.00417589;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81797e-05;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr3 43122966 . G A 330.14 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00695997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.875;QD=23.5811;RBI=0.0525491;REFB=-0.00664798;REVB=0.0520862;RO=21;SAF=21;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216553;STB=0.619599;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0071869;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:23:33:33:0.589286:12:21:7:14:12:21:8:15 chr3 43390387 . C CT 537.68 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247295;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.7897;QD=42.1713;RBI=0.152407;REFB=0;REVB=-0.150387;RO=8;SAF=19;SAR=25;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00297454;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:55:51:51:0:23:28:0:0:10:8:19:25:3:5 chr3 43392356 . G A,GTA 493.6 PASS AF=0.0652174,0.782609;AO=3,33;DP=52;FAO=3,36;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=0,19;FSAR=3,17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0062091,0.0392765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=109.637,175.3;QD=42.9221;RBI=0.0442283,0.0705516;REFB=-0.116952,-0.160393;REVB=0.0437903,0.0586079;RO=16;SAF=0,16;SAR=3,17;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.715613,-0.158267;STB=0.996007,0.50713;STBP=0.102,0.861;TYPE=snp,ins;VARB=0.00574475,0.0226265;OID=.,.;OPOS=43392356,43392357;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:52:46:16:7:3,33:3,36:0.0652174,0.782609:3,17:0,16:12:4:3,17:0,19:4:3 chr3 43414318 . A G 1692.39 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.703;QD=60.4426;RBI=0.0525432;REFB=0;REVB=0.0300748;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02288e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:57:52:0:0:58:54:0:0 chr3 43602803 . C T 538.37 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8212;QD=59.8193;RBI=0.0469792;REFB=0;REVB=-0.0388585;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103241;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr3 43607136 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.67;QD=46.848;RBI=0.00454925;REFB=0;REVB=0.00215548;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35345e-06;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr3 44283672 . T C,G 114.18 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=9,2;DP=11;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295506,0.015841;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.7584,165.005;QD=41.5201;RBI=0.0295506,0.015841;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=9,2;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0160618,0.0327659;OID=.,.;OPOS=44283672,44283672;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:11:11:0:0:9,2:9,2:0.818182,0.181818:0,0:9,2:0:0:0,0:9,2:0:0 chr3 44283808 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.572;QD=56.7064;RBI=0.0449902;REFB=0;REVB=0.0431086;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42842e-05;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr3 44284584 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00816207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.661;QD=14.6982;RBI=0.0345382;REFB=-0.00277347;REVB=0.0335599;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216029;STB=0.612761;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0040024;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:10:6:13:9:10:6:13:10 chr3 44540791 . TTC T 721.81 PASS AF=0.969231;AO=56;DP=61;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-8.98611e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=318.295;QD=44.4189;RBI=0.0168889;REFB=0.00242506;REVB=-0.0168886;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=-3.58081e-05;OID=.;OPOS=44540792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.969231:56:61:63:65:2:31:32:2:0:5:0:29:27:0:0 chr3 44607013 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00119773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.375;QD=20.0176;RBI=0.00585416;REFB=-0.0123959;REVB=-0.00573032;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126496;STB=0.571351;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0118377;OID=.;OPOS=44607013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:11:6:9:9:11:6 chr3 44611896 . A G 242.93 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0122544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.87;QD=22.5977;RBI=0.0358292;REFB=-0.00586716;REVB=0.0336684;RO=17;SAF=2;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523276;STB=0.834867;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00997312;OID=.;OPOS=44611896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:20:23:23:0.534884:21:2:9:8:21:2:12:8 chr3 44612050 . C T 309.22 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.877;QD=51.5374;RBI=0.0215613;REFB=0;REVB=0.020438;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102025;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr3 44612895 . C G 444.7 PASS AF=0.76;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00859843;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.189;QD=35.5761;RBI=0.0211092;REFB=-0.0164518;REVB=0.0192787;RO=12;SAF=26;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507225;STB=0.527432;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00818893;OID=.;OPOS=44612895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:51:50:12:12:38:38:0.76:12:26:7:5:12:26:7:5 chr3 44637799 . T C 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00394218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.173;QD=18.6317;RBI=0.0046007;REFB=-0.00141068;REVB=-0.00237186;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221033;STB=0.624853;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00203441;OID=.;OPOS=44637799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:4:12:8:8:4:12 chr3 44640492 . G A 230.28 PASS AF=0.8;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00349249;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.556;QD=36.845;RBI=0.00570453;REFB=-0.0441474;REVB=0.00451046;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113775;STB=0.540942;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0079779;OID=.;OPOS=44640492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:26:25:6:5:20:20:0.8:8:12:2:4:8:12:2:3 chr3 44641169 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00954624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.496;QD=22.5806;RBI=0.0368051;REFB=0.00470217;REVB=0.0355456;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101303;STB=0.557426;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00207185;OID=.;OPOS=44641169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:4:3:7:5:4:3 chr3 44692564 . C G 88.76 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00994085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4439;QD=6.45554;RBI=0.0396324;REFB=-0.0159222;REVB=-0.0383655;RO=41;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615229;STB=0.529366;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0452724;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:54:55:41:42:13:13:0.236364:6:7:20:21:6:7:21:21 chr3 44700347 . G A 149.07 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.031265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.064;QD=18.6331;RBI=0.0316145;REFB=-0.033465;REVB=-0.00468778;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121787;STB=0.568884;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0168884;OID=.;OPOS=44700347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:4:12:10:6:4:12 chr3 44775962 . A G 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000755661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.331;QD=6.8072;RBI=0.00485451;REFB=-0.00597087;REVB=0.00479533;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440137;STB=0.527888;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.029823;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:14:13:4:5:14:13 chr3 44777795 . CT TC 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00459664;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.494;QD=8.24622;RBI=0.0229197;REFB=-0.00324708;REVB=-0.022454;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461886;STB=0.782407;STBP=0.087;TYPE=mnp;VARB=0.00500469;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:4:11:2:5:4:11 chr3 44869026 . A T 2064.05 PASS AF=0.957746;AO=136;DP=142;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0151665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7585;QD=58.1423;RBI=0.0513769;REFB=-0.149066;REVB=0.0490873;RO=2;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128448;STB=0.519734;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00425038;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:142:142:2:6:136:136:0.957746:73:63:0:2:73:63:0:6 chr3 44884647 . C A 135.86 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0294793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.061;QD=9.70433;RBI=0.0426094;REFB=-0.0133166;REVB=-0.0307658;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120153;STB=0.571676;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0430635;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:13:5:14:24:13:5:14:24 chr3 44929287 . G C 103.45 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0695495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.361;QD=9.85193;RBI=0.070297;REFB=-0.0187455;REVB=0.0102243;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228504;STB=0.637472;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0223755;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:17:12:8:5:17:12 chr3 44943069 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.558;QD=56.1915;RBI=0.021657;REFB=0;REVB=0.00813232;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3518e-05;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr3 44943389 . G A 662.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.269;QD=61.5809;RBI=0.109595;REFB=0;REVB=0.109587;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556188;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:28:13:0:0:30:13:0:0 chr3 44948479 . C T 582.49 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.764;QD=58.2492;RBI=0.0187083;REFB=-0.118408;REVB=0.0143707;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000676968;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:19:20:0:0:19:20:1:0 chr3 44948590 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.233;QD=57.2377;RBI=0.0153858;REFB=0;REVB=-0.00605911;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5763e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr3 44968319 . CT C 274.27 PASS AF=0.75;AO=27;DP=47;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0489397;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8769;QD=21.0977;RBI=0.0515872;REFB=-0.102189;REVB=-0.016314;RO=13;SAF=27;SAR=0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.84144;STB=0.51103;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.0523088;OID=.;OPOS=44968320;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:27:47:39:52:13:32:7:11:2:27:13:27:0:12:1 chr3 45052775 . G C 1572.97 PASS AF=1;AO=93;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.162;QD=59.9228;RBI=0.0294893;REFB=0;REVB=0.0289729;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58945e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:93:105:1:47:46:0:0:57:48:0:0 chr3 45077123 . G A 486.15 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0355983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.567;QD=49.8616;RBI=0.0358102;REFB=-0.0603762;REVB=0.00388969;RO=4;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560926;STB=0.530086;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00252351;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:4:4:35:35:0.897436:16:19:1:3:16:19:1:3 chr3 45127515 . T C 990.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5481;QD=59.1536;RBI=0.0843041;REFB=0;REVB=0.0349271;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992551;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:44:22:0:0:44:23:0:0 chr3 45130609 . G A 450.09 PASS AF=0.639344;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0219109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0639;QD=29.5142;RBI=0.0236464;REFB=-0.0449804;REVB=0.00889167;RO=19;SAF=20;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128387;STB=0.572523;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0220541;OID=.;OPOS=45130609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:38:39:0.639344:18:20:6:13:18:21:6:13 chr3 45134822 . T C 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.602;QD=60.5456;RBI=0.0447693;REFB=0;REVB=-0.0444161;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28993e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr3 45153708 . G A 898.75 PASS AF=0.717172;AO=70;DP=98;FAO=71;FDP=99;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0115902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6865;QD=36.3129;RBI=0.0199844;REFB=-0.0431507;REVB=0.0162802;RO=28;SAF=32;SAR=38;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034538;STB=0.520499;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0194002;OID=.;OPOS=45153708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:28:28:70:71:0.717172:38:32:11:17:38:33:11:17 chr3 45297083 . C T 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0156862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1699;QD=9.40138;RBI=0.0344953;REFB=0.00795934;REVB=-0.0307225;RO=43;SAF=14;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15023;STB=0.58938;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0173646;OID=.;OPOS=45297083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:6:14:25:18:6:14:25:18 chr3 45527218 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.583;QD=60.2306;RBI=0.0194772;REFB=0;REVB=-0.0161466;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48206e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr3 45533224 . G A 1190.43 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.516;QD=61.0477;RBI=0.0478529;REFB=0;REVB=0.0142615;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48248e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:29:48:0:0:30:48:0:0 chr3 45559519 . T C 1495.36 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286963;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.594;QD=63.6325;RBI=0.0476265;REFB=0;REVB=0.0380106;RO=0;SAF=32;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31917e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:95:94:1:63:32:0:0:63:31:0:0 chr3 45565554 . A G 1624.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.265;QD=60.161;RBI=0.0861964;REFB=0;REVB=-0.0253645;RO=0;SAF=31;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247499;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:77:31:0:0:77:31:0:0 chr3 45637253 . C T 691.82 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00534561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.205;QD=49.4159;RBI=0.0224318;REFB=-0.163215;REVB=0.0217855;RO=4;SAF=31;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569943;STB=0.530292;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00108055;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:4:4:52:52:0.928571:21:31:4:0:21:31:4:0 chr3 45637439 . T C 2668.08 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.174;QD=62.0483;RBI=0.0562871;REFB=0;REVB=0.053982;RO=0;SAF=88;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26044e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:152:172:0:0:151:172:1:63:88:0:0:84:88:0:0 chr3 45722654 . C G 205.02 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0035776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1802;QD=16.4013;RBI=0.00512306;REFB=-0.0278022;REVB=0.00366695;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594165;STB=0.523787;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0589503;OID=.;OPOS=45722654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:10:11:13:15:10:11:14:15 chr3 45730482 . C G 151.53 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0265244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7673;QD=10.1022;RBI=0.0460193;REFB=-0.0312029;REVB=0.0376063;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176899;STB=0.602996;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0510556;OID=.;OPOS=45730482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:9:11:28:12:9:11:28:12 chr3 45779136 . A T 103.72 PASS AF=0.226667;AO=15;DP=74;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00188002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.119;QD=5.53145;RBI=0.00584909;REFB=-0.00426673;REVB=0.00553872;RO=59;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17692;STB=0.607351;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.012193;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:59:58:15:17:0.226667:6:9:27:32:7:10:26:32 chr3 45799922 . T C 151.13 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000896984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0408;QD=10.0751;RBI=0.00834924;REFB=0.00683007;REVB=0.00830091;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086602;STB=0.550969;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0129235;OID=.;OPOS=45799922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:8:12:21:19:8:12:21:19 chr3 45811713 . C T 457.56 PASS AF=0.333333;AO=58;DP=174;FAO=58;FDP=174;FR=.;FRO=116;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=-0.0132623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.733;QD=10.5186;RBI=0.0151223;REFB=-0.00767906;REVB=-0.00726611;RO=115;SAF=25;SAR=33;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134782;STB=0.574569;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0144494;OID=.;OPOS=45811713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:115:116:58:58:0.333333:33:25:63:52:33:25:63:53 chr3 45811740 . C T 452.8 PASS AF=0.333333;AO=56;DP=173;FAO=58;FDP=174;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.00441597;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.371;QD=10.4092;RBI=0.057418;REFB=-0.00636077;REVB=-0.057248;RO=113;SAF=22;SAR=34;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161267;STB=0.592362;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0103393;OID=.;OPOS=45811740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:113:116:56:58:0.333333:34:22:60:53:35:23:62:54 chr3 45817418 . A G 444.96 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0199334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.993;QD=26.1741;RBI=0.0286009;REFB=-0.00604849;REVB=-0.0205102;RO=26;SAF=17;SAR=25;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014678;STB=0.508014;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00397932;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:25:17:10:16:25:17:10:16 chr3 45821573 . G C 178.61 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00656894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.659;QD=31.0633;RBI=0.0144647;REFB=-0.0324145;REVB=-0.012887;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272137;STB=0.64983;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0171924;OID=.;OPOS=45821573;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:10:7:6:0:10:7:6:0 chr3 45959515 . A T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.939;QD=63.5822;RBI=0.0202067;REFB=0;REVB=0.015261;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159072;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr3 45989044 . T G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0123754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.92;QD=5.57603;RBI=0.0264451;REFB=-0.00915159;REVB=0.0233708;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291349;STB=0.682738;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0119385;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:19:5:3:4:19:5 chr3 45989461 . C A 509.81 PASS AF=0.643836;AO=46;DP=72;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0217227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.118;QD=27.9349;RBI=0.0217341;REFB=-0.0289319;REVB=0.00070424;RO=26;SAF=22;SAR=24;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111211;STB=0.509914;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.018736;OID=.;OPOS=45989461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:26:26:46:47:0.643836:24:22:12:14:24:23:12:14 chr3 45989519 . T C 761.76 PASS AF=0.64;AO=64;DP=100;FAO=64;FDP=100;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0259231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.67;QD=30.4702;RBI=0.0363196;REFB=-0.0037174;REVB=0.0254382;RO=35;SAF=31;SAR=33;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365219;STB=0.524428;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00153246;OID=.;OPOS=45989519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:35:36:64:64:0.64:33:31:15:20:33:31:15:21 chr3 45996761 . G A 1883.23 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943024;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.319;QD=61.7453;RBI=0.00943287;REFB=0;REVB=0.000222564;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137382;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:59:61:0:0:60:62:0:0 chr3 46003735 . C T 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.02382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8016;QD=19.577;RBI=0.029293;REFB=-0.0220637;REVB=-0.0170496;RO=31;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221781;STB=0.623579;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0138415;OID=.;OPOS=46003735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:11:22:13:18:11:22:13:18 chr3 46005843 . C A 294.05 PASS AF=0.368421;AO=33;DP=93;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0053937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.239;QD=12.3809;RBI=0.00848522;REFB=-0.00929761;REVB=-0.00655033;RO=60;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043313;STB=0.519122;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0182481;OID=.;OPOS=46005843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:60:60:33:35:0.368421:21:12:24:36:22:13:24:36 chr3 46007825 . T C 69.01 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0227765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9985;QD=6.13458;RBI=0.0380372;REFB=-0.000447602;REVB=-0.0304641;RO=34;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506794;STB=0.831578;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00014021;OID=.;OPOS=46007825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:1:9:19:15:1:9:20:15 chr3 46008087 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00337813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.683;QD=12.7293;RBI=0.00514359;REFB=-0.0229601;REVB=0.00387876;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0305505;OID=.;OPOS=46008087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:5:7:5:4:5:7 chr3 46009487 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0125792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.795;QD=13.3138;RBI=0.045731;REFB=-0.000476469;REVB=0.0439669;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153033;STB=0.587227;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00133952;OID=.;OPOS=46009487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:24:9:9:13:24:9 chr3 46009491 . C T 328.13 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0157046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.434;QD=23.0267;RBI=0.0329023;REFB=-0.0120271;REVB=-0.0289123;RO=23;SAF=24;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140892;STB=0.571383;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00721245;OID=.;OPOS=46009491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:24:33:33:0.578947:9:24:13:10:9:24:14:10 chr3 46009864 . C G 99.0 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.102193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4095;QD=6.49162;RBI=0.102276;REFB=-0.0206196;REVB=0.00414146;RO=45;SAF=5;SAR=10;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365853;STB=0.715516;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0692491;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:60:61:45:46:15:15:0.245902:10:5:29:16:10:5:29:17 chr3 46010007 . T C 230.11 PASS AF=0.244604;AO=34;DP=139;FAO=34;FDP=139;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0207575;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8905;QD=6.62172;RBI=0.0278703;REFB=-0.0309373;REVB=-0.0185977;RO=105;SAF=15;SAR=19;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201522;STB=0.512188;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0560081;OID=.;OPOS=46010007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:105:105:34:34:0.244604:19:15:48:57:19:15:48:57 chr3 46010077 . C T 1459.55 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.777;QD=62.1087;RBI=0.035724;REFB=-0.133118;REVB=0.0124237;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.506848;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000419123;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:0:1:93:93:0.989362:57:36:0:0:57:36:1:0 chr3 46021218 . GC CG,TC 728.22 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,49;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201757,-0.0290668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=52.1539,178.091;QD=56.017;RBI=0.0275546,0.0357433;REFB=0,0;REVB=0.0187669,0.0208015;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0770378,-5.63614e-05;OID=.,.;OPOS=46021218,46021218;OREF=GC,G;OALT=CG,T;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:2,49:2,50:0.0384615,0.961538:0,22:2,27:0:0:0,22:2,28:0:0 chr3 46063329 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00212909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1178;QD=9.18848;RBI=0.0608954;REFB=0.00993437;REVB=-0.0608582;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340093;STB=0.691913;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0241958;OID=.;OPOS=46063329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:23:25:11:11:0.305556:2:9:13:10:2:9:15:10 chr3 46416470 . G T 780.65 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0337099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2091;QD=52.0436;RBI=0.0828328;REFB=-0.00794528;REVB=0.0756631;RO=2;SAF=18;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135418;STB=0.519993;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000754266;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:2:3:57:57:0.95:39:18:1:1:39:18:2:1 chr3 46417312 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.257;QD=59.4356;RBI=0.0309552;REFB=0;REVB=-0.0179824;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86498e-05;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr3 46449978 . A C 878.26 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000154325;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.207;QD=57.5905;RBI=0.0245624;REFB=0;REVB=0.0245619;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42357e-06;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:58:61:1:27:31:0:0:27:34:0:0 chr3 46450070 . T A 666.41 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0288042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.16;QD=52.2673;RBI=0.0447158;REFB=-0.0980141;REVB=0.0342026;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361667;STB=0.519223;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00882851;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:25:24:0:2:25:24:0:2 chr3 46480801 . A G 695.24 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000970809;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.533;QD=63.2039;RBI=0.0439063;REFB=0;REVB=0.0438956;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395249;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr3 46484964 . G A 1141.49 PASS AF=0.987179;AO=57;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8972;QD=58.538;RBI=0.0502702;REFB=-0.182124;REVB=0.0302106;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136707;STB=0.507245;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0070231;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:1:1:57:77:0.987179:34:23:0:1:34:43:0:1 chr3 46501213 . T C 1256.23 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.875;QD=59.1165;RBI=0.032335;REFB=-0.198323;REVB=0.0260584;RO=2;SAF=59;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113639;STB=0.506002;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000753631;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:24:59:1:1:24:59:1:1 chr3 46501268 . C T 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.239;QD=57.6363;RBI=0.0215433;REFB=-0.0450393;REVB=0.0179508;RO=1;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201037;STB=0.510635;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000275868;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:23:45:0:1:23:45:0:1 chr3 46501284 . C CCTT 785.22 PASS AF=1;AO=47;DP=58;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022252;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=3;MLLD=274.788;QD=64.0997;RBI=0.0379803;REFB=0;REVB=0.0307791;RO=10;SAF=30;SAR=17;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.0462e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:58:49:49:0:31:18:0:0:4:10:30:17:9:1 chr3 46509712 . A G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0105643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.438;QD=10.4741;RBI=0.0111874;REFB=-0.00627954;REVB=0.00368132;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134253;STB=0.578864;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0118642;OID=.;OPOS=46509712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:17:20:8:11:17:20 chr3 46580591 . G T 200.33 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0237242;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.348;QD=18.6354;RBI=0.0851725;REFB=-0.0265543;REVB=-0.0818017;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.572053;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0293735;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:22:23:19:20:0.465116:7:12:12:10:7:13:12:11 chr3 46620614 . T C 1630.63 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00352238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1501;QD=58.2367;RBI=0.0345062;REFB=-0.105572;REVB=0.034326;RO=1;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085524;STB=0.50877;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000961719;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:112:1:2:108:110:0.982143:55:53:0:1:56:54:0:2 chr3 46654132 . G A 990.39 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.633;QD=59.1275;RBI=0.0603156;REFB=0;REVB=0.0600948;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231487;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr3 46658737 . A G 755.17 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.185;QD=62.9306;RBI=0.0836172;REFB=0;REVB=0.0503678;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174737;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr3 46713457 . C G 278.1 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.107306;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0185;QD=13.5656;RBI=0.111751;REFB=0.00692924;REVB=0.0312049;RO=50;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247573;STB=0.626126;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00863111;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:50:32:32:0.390244:18:14:11:39:18:14:12:38 chr3 46714821 . C G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00911819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.484;QD=23.7582;RBI=0.00926056;REFB=-0.0106272;REVB=0.00161759;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18776;STB=0.60409;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00797355;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:16:6:13:13:16:6 chr3 46722692 . G T 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241269;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.375;QD=59.4595;RBI=0.00285199;REFB=0;REVB=0.00152078;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96565e-05;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr3 46723551 . G A 78.97 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0243373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7549;QD=21.0585;RBI=0.0386464;REFB=-0.0218208;REVB=0.0300207;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313638;STB=0.691832;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0237691;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:9:10:0.666667:8:1:2:3:9:1:2:3 chr3 46729757 . C G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0111565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9049;QD=10.1413;RBI=0.0120123;REFB=-0.00587494;REVB=0.00445268;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336519;STB=0.701429;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0163843;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:9:16:4:8:9:16 chr3 46755937 . C T 130.01 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0160825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.037;QD=8.66719;RBI=0.0162934;REFB=-0.0100273;REVB=-0.00261264;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278738;STB=0.516648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0248948;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:9:9:20:22:9:9:20:22 chr3 46759010 . T G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0289887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.685;QD=8.2546;RBI=0.0380958;REFB=-0.028953;REVB=-0.0247173;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272391;STB=0.657294;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0534317;OID=.;OPOS=46759010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:1:5:7:4:1:5:8:4 chr3 46933960 . C G 313.25 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0365428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3146;QD=36.8526;RBI=0.0597509;REFB=-0.0651355;REVB=-0.0472736;RO=8;SAF=22;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233381;STB=0.628459;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0134808;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:4:22:4:4:4:22:4:4 chr3 46944274 . T C 409.0 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.024416;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6969;QD=33.3874;RBI=0.0361058;REFB=-0.0797029;REVB=0.0265987;RO=16;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653763;STB=0.535692;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0399714;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:16:16:33:33:0.673469:13:20:8:8:13:20:8:8 chr3 47018214 . T C 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.368;QD=60.2024;RBI=0.0539016;REFB=0;REVB=0.00755441;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88909e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr3 47033985 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCCG 70.23 PASS AF=0.0909091,0.0378788;AO=13,11;DP=137;FAO=12,5;FDP=132;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=109;FSAF=2,1;FSAR=10,4;FSRF=84;FSRR=25;FWDB=-0.0218722,-0.0756397;FXX=0.0434751;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=27.3342,20.1391;QD=2.12819;RBI=0.0662344,0.120366;REFB=-0.0108466,-0.0428605;REVB=-0.0625188,-0.0936305;RO=66;SAF=2,5;SAR=11,6;SRF=56;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.730716,-0.515134;STB=0.924277,0.920423;STBP=0.017,0.308;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.107382,0.144204;OID=.,.;OPOS=47033985,47033991;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:137:132:66:109:13,11:12,5:0.0909091,0.0378788:11,6:2,5:56:10:10,4:2,1:84:25 chr3 47036756 . C G 250.17 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0472328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1833;QD=25.6579;RBI=0.0475436;REFB=-0.0857335;REVB=0.00542783;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302011;STB=0.516764;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0270118;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:9:7:11:12:9:7 chr3 47043538 . C T 189.29 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.000804162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3757;QD=9.23356;RBI=0.00673679;REFB=0.00672088;REVB=0.00668862;RO=56;SAF=11;SAR=14;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275614;STB=0.65384;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0214556;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:14:11:38:18:14:11:38:19 chr3 47043622 . G A 305.04 PASS AF=0.595745;AO=18;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0238268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.045;QD=25.9609;RBI=0.032547;REFB=-0.0360786;REVB=0.0221719;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214562;STB=0.592409;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0310158;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:18:28:0.595745:10:8:8:11:10:18:8:11 chr3 47125385 . G A 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.0248105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.669;QD=8.7969;RBI=0.0251699;REFB=-0.00166449;REVB=-0.00423837;RO=46;SAF=14;SAR=6;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891676;STB=0.552582;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00360895;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:6:14:35:11:6:14:35:11 chr3 47161214 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0109776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.442;QD=20.8979;RBI=0.0136958;REFB=0.0057836;REVB=0.00818944;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431812;STB=0.749373;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000328076;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:4:0:6:2:4:0 chr3 47162661 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00940201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.464;QD=8.24621;RBI=0.0131017;REFB=-0.00142475;REVB=0.00912449;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342331;STB=0.713674;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00517479;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:9:6:5:2:9:6 chr3 47282303 . G A 111.94 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0422728;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.248;QD=7.71966;RBI=0.0423344;REFB=0.00128423;REVB=0.00228295;RO=38;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196364;STB=0.593625;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00381038;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:38:42:16:16:0.275862:4:12:23:15:4:12:27:15 chr3 47322496 . C T 66.06 PASS AF=0.2;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00796376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1801;QD=5.28464;RBI=0.100565;REFB=-0.0294918;REVB=0.100249;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146578;STB=0.709818;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.122355;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:49:50:39:40:10:10:0.2:7:3:16:23:8:2:17:23 chr3 47385585 . C A 192.02 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0475934;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.7316;QD=16.3422;RBI=0.0839658;REFB=0.000708314;REVB=0.0691746;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873898;STB=0.560449;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00175815;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:11:9:14:12:11:9:15:12 chr3 47386059 . TG CC 434.34 PASS AF=1;AO=3;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138895;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=53.3753;QD=54.2924;RBI=0.206896;REFB=0;REVB=0.153344;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00435173;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:3:32:1:1:2:0:0:14:18:0:0 chr3 47449058 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.241;QD=33.4285;RBI=0.0448801;REFB=0;REVB=0.0277834;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786639;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr3 47452087 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.794;QD=39.2068;RBI=0.0715104;REFB=0;REVB=-0.03436;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736929;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 47452118 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9693;QD=33.4285;RBI=0.127343;REFB=0;REVB=0.041051;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00697482;OID=.;OPOS=47452118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr3 47454399 . G A,C 125.46 PASS AF=0.75,0.25;AO=9,2;DP=11;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020553,0.0137793;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.138,85.4714;QD=41.8187;RBI=0.0213513,0.0212274;REFB=0,0;REVB=-0.0057838,0.0161473;RO=0;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0509412,0.0116327;OID=.,.;OPOS=47454399,47454399;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:11:12:0:0:9,2:9,3:0.75,0.25:8,2:1,0:0:0:8,3:1,0:0:0 chr3 47454494 . T C,TC 132.08 PASS AF=0,0.283951;AO=5,23;DP=81;FAO=0,23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=0,20;FSAR=0,3;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0208123,-0.00299498;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=183.92,52.5363;QD=6.5223;RBI=0.0354898,0.205646;REFB=-0.00306391,-0.0177816;REVB=-0.0287467,-0.205624;RO=52;SAF=1,17;SAR=4,6;SRF=23;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.282185,0.35772;STB=0.5,0.860605;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.157182;OID=.,.;OPOS=47454494,47454495;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:81:81:52:58:5,23:0,23:0,0.283951:4,6:1,17:23:29:0,3:0,20:22:36 chr3 47462200 . T C 449.99 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.821;QD=56.2481;RBI=0.0425434;REFB=0;REVB=0.0401605;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146602;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:28:32:1:10:18:0:0:13:19:0:0 chr3 47539702 . T C 80.96 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0283221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.633;QD=7.89888;RBI=0.0317542;REFB=-0.0150981;REVB=0.0143592;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143814;STB=0.508912;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.073057;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:16:14:5:6:16:14 chr3 47539751 . T C 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.948;QD=58.9597;RBI=0.00894522;REFB=0;REVB=-0.00153838;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0417e-06;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr3 47860685 . CTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTCT 38.68 PASS AF=0.6;AO=4;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.151113;FXX=0;HRUN=10;LEN=2;MLLD=15.1623;QD=15.4713;RBI=0.151113;REFB=-0.150337;REVB=0;RO=2;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0693945;OID=.;OPOS=47860695;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:4:10:6:10:2:6:0:2:0:12:2:4:0:2:0 chr3 47917266 . G A 139.58 PASS AF=0.230769;AO=20;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00296356;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.824;QD=6.1355;RBI=0.00852351;REFB=-0.0172862;REVB=-0.00799171;RO=69;SAF=14;SAR=6;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281928;STB=0.651706;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0572526;OID=.;OPOS=47917266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:70:20:21:0.230769:6:14:33:36:7:14:33:37 chr3 47953405 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.469;QD=45.8068;RBI=0.0293579;REFB=0;REVB=-0.0274595;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152537;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr3 47953733 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.137;QD=62.6711;RBI=0.0270231;REFB=0;REVB=0.00313082;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22495e-05;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr3 47956424 . C T 695.51 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.073488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.391;QD=60.4789;RBI=0.0737207;REFB=-0.126489;REVB=-0.00585257;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00793145;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:26:19:0:0:26:19:1:0 chr3 47957996 . C G 441.17 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00424946;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.754;QD=30.9595;RBI=0.00443131;REFB=-0.0274542;REVB=0.00125643;RO=17;SAF=27;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880021;STB=0.547802;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0100441;OID=.;OPOS=47957996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:13:27:9:8:13:27:9:8 chr3 47958037 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.731;QD=63.2866;RBI=0.0225728;REFB=0;REVB=0.0158767;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56799e-05;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 48040283 . C T 412.72 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000608011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.738;QD=27.0634;RBI=0.0243801;REFB=-0.00981083;REVB=0.0243725;RO=22;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144793;STB=0.578907;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00660697;OID=.;OPOS=48040283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:21:18:15:7:21:18:15:7 chr3 48282651 . TGCGC T 156.57 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429525;FXX=0.187383;HRUN=1;LEN=4;MLLD=233.516;QD=48.1746;RBI=0.0924151;REFB=0;REVB=0.0818269;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000850831;OID=.;OPOS=48282652;OREF=GCGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:15:13:13:0:3:10:0:0:3:0:3:10:0:0 chr3 48282695 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.583;QD=45.8065;RBI=0.0459866;REFB=0;REVB=-0.0134194;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320744;OID=.;OPOS=48282695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr3 48299439 . T C 739.06 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.945;QD=54.7454;RBI=0.0597029;REFB=-0.0238045;REVB=0.0437736;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105308;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr3 48309828 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.988;QD=62.3504;RBI=0.0249031;REFB=0;REVB=0.0169221;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105748;OID=.;OPOS=48309828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr3 48327729 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367414;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=312.585;QD=62.022;RBI=0.0369099;REFB=0;REVB=-0.00352271;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99064e-05;OID=.;OPOS=48327729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr3 48327751 . G A 751.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.604;QD=55.6868;RBI=0.0598718;REFB=0;REVB=0.0479749;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734538;OID=.;OPOS=48327751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:28:23:0:0:31:23:0:0 chr3 48360992 . T G 705.04 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.010224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.699;QD=58.7532;RBI=0.0229476;REFB=-0.137478;REVB=0.0205442;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391372;STB=0.520824;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000899509;OID=.;OPOS=48360992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:23:23:2:0:23:23:2:0 chr3 48419897 . C T 152.79 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00892376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5852;QD=11.9832;RBI=0.0116238;REFB=-0.0196258;REVB=-0.00744837;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340143;STB=0.519977;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0227735;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:13:5:10:23:13:5:10:23 chr3 48421387 . G T 88.72 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0373997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.102;QD=27.299;RBI=0.0397881;REFB=-0.0910771;REVB=0.0135779;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.538385;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0610961;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:5:4:2:1:5:5:2:1 chr3 48422235 . T A 111.19 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0127364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.672;QD=15.8845;RBI=0.0186745;REFB=-0.0312043;REVB=0.0136574;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122387;STB=0.571312;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0213483;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:10:5:3:10:10:5 chr3 48465168 . T C 241.07 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.024168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.794;QD=21.4281;RBI=0.0242052;REFB=0.000643508;REVB=-0.00134276;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183632;STB=0.576403;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.000559902;OID=.;OPOS=48465168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:22:23:0.511111:14:8:12:9:14:9:12:10 chr3 48474249 . A G 64.85 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0355205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3588;QD=10.3765;RBI=0.0500231;REFB=0.0193276;REVB=-0.0352222;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.037457;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:6:10:5:4:6:10 chr3 48476431 . C G 1534.07 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.291;QD=59.0025;RBI=0.0281927;REFB=0;REVB=0.0272492;RO=1;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124586;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:1:0:103:104:1:41:62:0:1:42:62:0:0 chr3 48505450 . CCTG C 32.67 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0261332;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.23;QD=5.68109;RBI=0.0413499;REFB=-0.0218194;REVB=-0.0320448;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327935;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=del;VARB=0.0648035;OID=.;OPOS=48505451;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:5:25:6:23:17:3:3:9:8:32:14:2:3:6:8 chr3 48508585 . C T 260.57 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0132458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.335;QD=24.8165;RBI=0.0274578;REFB=-0.0248087;REVB=0.0240515;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149805;STB=0.583264;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0257431;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:11:7:14:10:11:7 chr3 48617084 . G A 235.9 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00920389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.619;QD=19.2574;RBI=0.0428309;REFB=-0.0229782;REVB=0.0418303;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0164405;OID=.;OPOS=48617084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:16:10:11:12:16:10 chr3 48619118 . TA CT,T 123.35 PASS AF=0,0.555556;AO=2,14;DP=34;FAO=0,20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=0,4;FSAR=0,16;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.00996365,-0.0558579;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=20.7954,10.9167;QD=13.7053;RBI=0.0635971,0.12968;REFB=-0.0660292,-0.128805;REVB=-0.0628117,-0.117033;RO=14;SAF=0,3;SAR=2,11;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.844806,-0.622557;STB=0.5,0.816898;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.144511;OID=.,.;OPOS=48619118,48619119;OREF=TA,A;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:34:36:14:16:2,14:0,20:0,0.555556:2,11:0,3:14:0:0,16:0,4:15:1 chr3 48625266 . T C 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0521538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.619;QD=14.1929;RBI=0.0523614;REFB=-0.0127142;REVB=0.00465762;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126392;STB=0.57338;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0129594;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:13:9:8:7:13:9 chr3 48637964 . C A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0488528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6071;QD=11.5965;RBI=0.0808519;REFB=0.000241349;REVB=0.0644238;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055847;STB=0.533277;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00478099;OID=.;OPOS=48637964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:13:8:4:8:13:8 chr3 48727112 . G A 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.968;QD=54.4786;RBI=0.056094;REFB=-0.0871768;REVB=0.0189004;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00197924;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:1:0:13:18:1:0 chr3 48731961 . A G 67.4 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.018775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.095;QD=13.4805;RBI=0.0220984;REFB=-0.00207987;REVB=0.0116548;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0012778;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:4:7:5:4:4:7 chr3 48995487 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.658;QD=48.7373;RBI=0.0248382;REFB=0;REVB=0.0091608;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057657;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr3 49053219 . A G 613.57 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242196;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.201;QD=61.3565;RBI=0.0282653;REFB=0;REVB=0.0145719;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486435;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr3 49054692 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.777;QD=59.8394;RBI=0.0110792;REFB=0;REVB=0.00680856;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27697e-06;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr3 49064308 . T C 53.33 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00867078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.738;QD=2.60156;RBI=0.0150453;REFB=-0.00437608;REVB=-0.0122954;RO=69;SAF=6;SAR=5;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427787;STB=0.515667;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0272189;OID=.;OPOS=49064308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:69:71:11:11:0.134146:5:6:40:29:5:6:40:31 chr3 49154019 . A T 50.94 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0102778;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.736;QD=4.85103;RBI=0.0122684;REFB=0.0102158;REVB=-0.00669932;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758513;STB=0.549882;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0152461;OID=.;OPOS=49154019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:34:34:8:8:0.190476:6:2:7:27:6:2:7:27 chr3 49161660 . T C 149.23 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0286938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4306;QD=18.6543;RBI=0.0676916;REFB=-0.00804356;REVB=0.0613092;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251235;STB=0.531457;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00884711;OID=.;OPOS=49161660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:9:7:7:8:9:7:8:8 chr3 49162284 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0120823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2571;QD=19.3696;RBI=0.0367088;REFB=0.00439007;REVB=-0.0346635;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00191757;OID=.;OPOS=49162284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr3 49167342 . CAC ACA,CA 532.13 PASS AF=0.156863,0.843137;AO=2,7;DP=51;FAO=8,43;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=8,14;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723241,-0.0600371;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=3,1;MLLD=148.679,15.1291;QD=41.736;RBI=0.0866519,1.03665;REFB=-0.019304,-0.0189118;REVB=0.0477259,1.03491;RO=29;SAF=2,7;SAR=0,0;SRF=1;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.825132,0.866663;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.178275,0.0494314;OID=.,.;OPOS=49167342,49167344;OREF=CAC,C;OALT=ACA,-;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:51:51:29:0:2,7:8,43:0.156863,0.843137:0,0:2,7:1:28:0,29:8,14:0:0 chr3 49200627 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.124;QD=50.4131;RBI=0.0477533;REFB=0;REVB=0.0473271;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613829;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr3 49200692 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5972;QD=56.1912;RBI=0.18668;REFB=0;REVB=0.184264;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029287;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr3 49273996 . C T 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0217924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.054;QD=21.8466;RBI=0.092622;REFB=-0.0208051;REVB=-0.0900218;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00320243;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:1:5:1:0:1:5:2:0 chr3 49298139 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3105;QD=59.0165;RBI=0.052065;REFB=0;REVB=-0.00472142;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799877;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr3 49298205 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.813;QD=59.4343;RBI=0.0683572;REFB=0;REVB=0.0562669;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100574;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr3 49314052 . G A 305.5 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00951001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.454;QD=24.9386;RBI=0.0106903;REFB=-0.0142672;REVB=0.00488275;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109339;STB=0.566451;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0113361;OID=.;OPOS=49314052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:20:21:24:26:0.530612:10:14:9:11:11:15:9:12 chr3 49314110 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00944417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.441;QD=21.2675;RBI=0.0283604;REFB=-0.00534243;REVB=0.0267417;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184004;STB=0.603652;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00413142;OID=.;OPOS=49314110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:9:5:10:7:9:5 chr3 49455330 . C T 141.63 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.10708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2679;QD=14.9083;RBI=0.116173;REFB=-0.0235962;REVB=0.0450565;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32374;STB=0.599874;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0343185;OID=.;OPOS=49455330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:20:21:15:17:0.447368:13:2:7:13:13:4:8:13 chr3 49548008 . C G 861.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3551;QD=57.414;RBI=0.039;REFB=0;REVB=0.0324415;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147872;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr3 49570200 . C T 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00733493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.944;QD=27.3143;RBI=0.00755513;REFB=-0.0164374;REVB=0.00181077;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099852;STB=0.555501;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00977458;OID=.;OPOS=49570200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:15:6:5:7:15:6:5:7 chr3 49570882 . T C 335.49 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.000723272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.902;QD=13.2868;RBI=0.0167019;REFB=-0.0156808;REVB=-0.0166863;RO=61;SAF=24;SAR=15;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850261;STB=0.551869;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0203411;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:62:39:39:0.386139:15:24:42:19:15:24:43:19 chr3 49689210 . G A 223.83 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00863374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4051;QD=19.4638;RBI=0.0395302;REFB=0.0200112;REVB=0.0385759;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819438;STB=0.526292;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0194864;OID=.;OPOS=49689210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:13:9:11:11:13:9:11:13 chr3 49690199 . G A,C 1480.99 PASS AF=0.948454,0.0412371;AO=92,4;DP=97;FAO=92,4;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44,4;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506416,0.0519099;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.807,10.2998;QD=61.0719;RBI=0.0570382,0.0546785;REFB=-0.0720932,-0.052417;REVB=0.0262446,-0.0171784;RO=1;SAF=44,4;SAR=48,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00977435,0.749895;STB=0.505153,0.995941;STBP=0.514,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=2.12298e-05,0.176562;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:97:97:1:1:92,4:92,4:0.948454,0.0412371:48,0:44,4:0:1:48,0:44,4:0:1 chr3 49690496 . C T 559.7 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0108638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.089;QD=23.3208;RBI=0.0206473;REFB=-0.0285922;REVB=0.0175582;RO=42;SAF=25;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350364;STB=0.529612;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0243813;OID=.;OPOS=49690496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:44:52:52:0.541667:27:25:22:20:27:25:24:20 chr3 49701298 . G A 223.77 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0176291;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.702;QD=12.6067;RBI=0.027878;REFB=0.00592026;REVB=-0.0215963;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640446;STB=0.536714;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00828355;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:27:17:12:15:27:17 chr3 49701983 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0117688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.163;QD=18.6419;RBI=0.0166469;REFB=-0.0148489;REVB=0.0117735;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199663;STB=0.612349;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0170912;OID=.;OPOS=49701983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:16:9:15:11:16:9:15:11 chr3 49705512 . T A 159.67 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0369318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4977;QD=11.612;RBI=0.04445;REFB=-0.029964;REVB=-0.0247355;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216557;STB=0.625775;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0503856;OID=.;OPOS=49705512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:14:21:8:12:14:21 chr3 49708769 . T C 546.29 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00477009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5131;QD=23.2466;RBI=0.0256282;REFB=-0.00960553;REVB=0.0251804;RO=43;SAF=16;SAR=35;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117458;STB=0.56475;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00912128;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:35:16:19:24:35:16:19:24 chr3 49714225 . T C 398.18 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000826001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.789;QD=22.1208;RBI=0.0102532;REFB=-0.0134086;REVB=-0.0102199;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505564;STB=0.502784;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0181014;OID=.;OPOS=49714225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:21:19:15:17:21:19:15:17 chr3 49721532 . G A 764.71 PASS AF=0.615385;AO=70;DP=113;FAO=72;FDP=117;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0165042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.485;QD=26.1438;RBI=0.0206588;REFB=-0.052005;REVB=0.0124257;RO=41;SAF=35;SAR=35;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831329;STB=0.507485;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0365177;OID=.;OPOS=49721532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:41:45:70:72:0.615385:35:35:21:20:37:35:21:24 chr3 49721798 . C A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0196927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.326;QD=15.7005;RBI=0.0202502;REFB=-8.23144e-05;REVB=0.00471893;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519331;STB=0.7996;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000256808;OID=.;OPOS=49721798;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:5:14:3:12:5:14 chr3 49724808 . T C 1514.73 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113583;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3055;QD=63.7781;RBI=0.0153394;REFB=0;REVB=0.0103095;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135059;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr3 49739507 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7566;QD=47.8211;RBI=0.0116765;REFB=0;REVB=-0.00927873;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69698e-05;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr3 49753273 . C T 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0128803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4385;QD=8.42995;RBI=0.0139023;REFB=-0.0097764;REVB=-0.00523183;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625855;STB=0.538402;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0305427;OID=.;OPOS=49753273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:7:6:18:17:7:6:18:17 chr3 49760039 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.588;QD=49.5992;RBI=0.0451341;REFB=0;REVB=-0.000463529;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486462;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr3 49829326 . G A 147.2 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00217438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2317;QD=17.317;RBI=0.0542378;REFB=0.0445995;REVB=0.0541942;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169121;STB=0.596892;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0456177;OID=.;OPOS=49829326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:10:8:10:6:10:8 chr3 49832692 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0451317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.449;QD=17.5424;RBI=0.0451941;REFB=-0.0104319;REVB=-0.00237464;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316095;STB=0.680613;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0117395;OID=.;OPOS=49832692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:5:11:5:10:5:11 chr3 49836707 . G A 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.00752266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.28;QD=32.6792;RBI=0.00761587;REFB=-0.00897676;REVB=0.00118786;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306484;STB=0.666553;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00547841;OID=.;OPOS=49836707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:15:12:12:0:15:12:12:0 chr3 49928691 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.792;QD=44.6852;RBI=0.110587;REFB=0;REVB=0.110524;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294064;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr3 49933461 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0198105;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.929;QD=9.49536;RBI=0.0198184;REFB=-0.00335724;REVB=0.000562147;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.567442;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00565869;OID=.;OPOS=49933461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:22:24:11:11:0.314286:4:7:12:10:4:7:13:11 chr3 50114515 . C T 333.76 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.479;QD=53.4011;RBI=0.0216049;REFB=0;REVB=-0.0173563;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.355e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:17:6:0:0:18:7:0:0 chr3 50129399 . C T 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00332116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.875;QD=57.3905;RBI=0.0787648;REFB=-0.0598026;REVB=-0.0786947;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000114475;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr3 50131278 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.0182333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.36;QD=13.5766;RBI=0.018872;REFB=-0.00650533;REVB=-0.00486795;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464386;STB=0.756513;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00800379;OID=.;OPOS=50131278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:0:19:9:4:0:19 chr3 50144951 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0940831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8035;QD=56.1872;RBI=0.0941179;REFB=0;REVB=-0.00255918;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00240274;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:25:3:0:0:25:3:0:0 chr3 50153356 . T C 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1225;QD=63.2686;RBI=0.0519997;REFB=0;REVB=0.020693;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861819;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr3 50197097 . C T 707.27 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00971539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8816;QD=49.6328;RBI=0.0286526;REFB=0.0348708;REVB=0.0269552;RO=4;SAF=21;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482235;STB=0.525658;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00121286;OID=.;OPOS=50197097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:32:21:3:1:32:21:3:1 chr3 50222926 . T A 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00722216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.267;QD=50.836;RBI=0.0584208;REFB=-0.0508811;REVB=0.0579726;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000711044;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr3 50251833 . A AG 404.4 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.3391;QD=46.2168;RBI=0.079526;REFB=0;REVB=0.0628824;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00403328;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:35:35:35:0:20:15:0:0:7:0:20:15:0:0 chr3 50296407 . C T 99.11 PASS AF=0.611111;AO=8;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0166487;FXX=0.0526039;HRUN=9;LEN=1;MLLD=157.328;QD=22.0251;RBI=0.0668891;REFB=-0.0210437;REVB=0.0647841;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.68393;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00243624;OID=.;OPOS=50296407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:18:3:7:8:11:0.611111:5:3:0:3:6:5:0:7 chr3 50338047 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0326822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.133;QD=20.4561;RBI=0.0343591;REFB=-0.0165153;REVB=-0.010603;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233972;STB=0.646886;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0118091;OID=.;OPOS=50338047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:6:11:5:9:6:11:5:10 chr3 50355764 . C G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0172349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.458;QD=15.7005;RBI=0.0225589;REFB=-0.000199678;REVB=0.0145555;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000195443;OID=.;OPOS=50355764;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr3 50597092 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.836;QD=54.5162;RBI=0.0711263;REFB=0;REVB=0.0690973;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506397;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr3 50609624 . T G 932.47 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0157406;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2574;QD=55.6697;RBI=0.015866;REFB=-0.0377753;REVB=-0.00199058;RO=2;SAF=15;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210998;STB=0.511179;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0037704;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:50:15:1:1:50:15:1:1 chr3 51273773 . T C 1034.5 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0577962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.157;QD=54.4472;RBI=0.0578153;REFB=-0.147278;REVB=0.00148235;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525634;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000944287;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:0:4:72:72:0.947368:37:35:0:0:37:35:0:4 chr3 51432895 . T C 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7871;QD=63.2818;RBI=0.0333212;REFB=0;REVB=0.0277809;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265865;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr3 51434215 . A C 429.25 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.127;QD=57.2339;RBI=0.0295443;REFB=0;REVB=0.014356;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29677e-05;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr3 51728573 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.601;QD=55.6497;RBI=0.0495868;REFB=0;REVB=0.0114877;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219934;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr3 51978220 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.448;QD=50.4134;RBI=0.0126871;REFB=0;REVB=0.0123934;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13428e-05;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr3 51990930 . G C 206.15 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0454271;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5417;QD=12.8844;RBI=0.0551259;REFB=0.000931583;REVB=0.0312289;RO=39;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267531;STB=0.655039;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00582376;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:25:25:0.390625:6:19:21:18:6:19:21:18 chr3 52014910 . G A 315.6 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0264048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.732;QD=24.2765;RBI=0.0312273;REFB=-0.030076;REVB=-0.0166713;RO=21;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475722;STB=0.526137;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0194552;OID=.;OPOS=52014910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:9:22:16:5:9:22:16:5 chr3 52019299 . GCCC GCCG,GCC,GC 404.27 PASS AF=0,0.476636,0.168224;AO=7,38,12;DP=108;FAO=0,51,18;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=0,47,18;FSAR=0,4,0;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.132198,-0.115632,-0.0585931;FXX=0.0092584;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=39.7817,12.6647,24.5358;QD=15.1127;RBI=0.134131,0.15432,0.0788139;REFB=-0.010268,-0.120587,-0.061833;REVB=-0.0226896,-0.102195,-0.0527113;RO=34;SAF=6,34,12;SAR=1,4,0;SRF=11;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.593897,0.597251,0.806128;STB=0.5,0.843421,0.999365;STBP=1,0,0;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.071076,-0.0414837;OID=.,.,.;OPOS=52019302,52019300,52019300;OREF=C,C,CC;OALT=G,-,-;OMAPALT=GCCG,GCC,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.476636,0.168224:7,38,12:108:0,51,18:107:38:0,47,18:0,4,0:14:24:99:34:6,34,12:1,4,0:11:23 chr3 52022627 . C T 63.79 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0809046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.769;QD=5.93374;RBI=0.0817012;REFB=-0.0127995;REVB=-0.0113811;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200653;STB=0.625302;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0380244;OID=.;OPOS=52022627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:43:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:17:15:7:4:17:15 chr3 52097310 . C T 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00656796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.138;QD=9.66867;RBI=0.0143338;REFB=0.000735637;REVB=0.0127405;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184859;STB=0.608594;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00170737;OID=.;OPOS=52097310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:26:18:12:9:26:18 chr3 52237970 . C T 52.04 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0191764;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.741;QD=5.62592;RBI=0.0192629;REFB=0.00265703;REVB=-0.00182382;RO=29;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361244;STB=0.720983;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0144567;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:37:29:29:8:8:0.216216:7:1:10:19:7:1:9:20 chr3 52256697 . C T 315.97 PASS AF=0.55;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00955093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9697;QD=21.0644;RBI=0.0477575;REFB=-0.0538464;REVB=0.0467927;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253516;STB=0.528858;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0331192;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:32:33:0.55:15:17:13:13:15:18:13:14 chr3 52291078 . G A 862.57 PASS AF=0.548387;AO=84;DP=155;FAO=85;FDP=155;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0502422;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8298;QD=22.2597;RBI=0.051136;REFB=-0.0243172;REVB=0.00951919;RO=71;SAF=46;SAR=38;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0014177;STB=0.500764;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0187343;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:71:70:84:85:0.548387:38:46:39:32:39:46:38:32 chr3 52325759 . A G 309.21 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00734982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.706;QD=16.0628;RBI=0.0110849;REFB=-0.00643962;REVB=-0.00829791;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189777;STB=0.597347;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0105855;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:17:16:29:14:17:17:29:14 chr3 52407041 . C T 384.25 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00547554;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.131;QD=25.6169;RBI=0.01297;REFB=-0.00862975;REVB=-0.0117575;RO=23;SAF=18;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668414;STB=0.536566;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00646601;OID=.;OPOS=52407041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:23:37:37:0.616667:19:18:9:14:19:18:9:14 chr3 52430526 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0304769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.845;QD=17.6172;RBI=0.0308627;REFB=-0.00718351;REVB=0.00486458;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131253;STB=0.507407;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00632853;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:15:12:11:13:15:12 chr3 52430698 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.138;QD=60.9786;RBI=0.0279536;REFB=0;REVB=0.0248453;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72819e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr3 52453893 . C T 842.47 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.35;QD=57.1166;RBI=0.0559735;REFB=0;REVB=0.0526894;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112717;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:16:40:0:0:17:42:0:0 chr3 52477080 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00076182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4547;QD=60.6095;RBI=0.00110302;REFB=0;REVB=-0.000797675;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49779e-05;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr3 52492707 . T C 1048.97 PASS AF=1;AO=55;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445966;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.052;QD=59.097;RBI=0.0548202;REFB=0;REVB=0.0318809;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359755;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:55:71:1:35:20:0:0:37:34:0:0 chr3 52510592 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.525;QD=56.7066;RBI=0.0419983;REFB=0;REVB=0.0138123;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204326;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr3 52523404 . G GT 394.32 PASS AF=1;AO=5;DP=36;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171808;FXX=0.0294031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.1016;QD=47.7958;RBI=0.193846;REFB=0;REVB=-0.0897682;RO=31;SAF=4;SAR=1;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00311042;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:36:33:33:0:26:7:0:0:4:31:4:1:24:7 chr3 52523405 . C T 397.99 PASS AF=0.941176;AO=28;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.18057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.488;QD=46.8227;RBI=0.18151;REFB=-0.214733;REVB=0.018451;RO=4;SAF=21;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808167;STB=0.519988;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.04084;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:4:2:28:32:0.941176:7:21:4:0:8:24:2:0 chr3 52540773 . T C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0277723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.218;QD=15.7381;RBI=0.0309894;REFB=-0.0113276;REVB=-0.0137493;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211667;STB=0.521724;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.016981;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:18:11:14:21:18:11:15:21 chr3 52544470 . A G 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0548842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.415;QD=28.8049;RBI=0.0652822;REFB=-0.0186641;REVB=-0.0353482;RO=16;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144516;STB=0.587985;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0107246;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:15:13:4:12:15:13:4:13 chr3 52551010 . C T 482.7 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0398252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.5454;QD=26.0918;RBI=0.0439183;REFB=0.0119048;REVB=0.0185141;RO=29;SAF=30;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365706;STB=0.519991;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00580281;OID=.;OPOS=52551010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:15:30:18:11:15:30:18:11 chr3 52554304 . G C 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4499;QD=53.8931;RBI=0.0148413;REFB=0;REVB=-0.0147482;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344493;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr3 52555957 . T C 64.41 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0310408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1542;QD=9.90903;RBI=0.0436485;REFB=-0.045739;REVB=-0.0306864;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0379833;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr3 52556369 . C T 114.16 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0427468;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.29;QD=16.9121;RBI=0.0479345;REFB=-0.0242156;REVB=-0.0216892;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265234;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.032194;OID=.;OPOS=52556369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:3:10:6:7:4:10 chr3 52558008 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0194184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.07;QD=16.2717;RBI=0.0273291;REFB=-0.0178796;REVB=0.0192303;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345563;STB=0.695425;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00751057;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:15:3:8:7:15:3 chr3 52720080 . A C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0106764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.279;QD=12.051;RBI=0.0232994;REFB=-0.0219153;REVB=-0.0207093;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392213;STB=0.727732;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0261456;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:11:2:5:4:11:2 chr3 52745087 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0152757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.411;QD=15.6194;RBI=0.0178626;REFB=-0.00738988;REVB=-0.00925865;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324969;STB=0.685592;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00733979;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:7:18:7:11:7:18 chr3 52830764 . C T 285.36 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.000707594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.376;QD=10.9752;RBI=0.0346506;REFB=-0.013962;REVB=-0.0346433;RO=65;SAF=14;SAR=22;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234104;STB=0.629166;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.025839;OID=.;OPOS=52830764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:65:68:36:36:0.346154:22:14:39:26:22:14:40:28 chr3 52833805 . C A 364.47 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0265073;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.059;QD=20.5337;RBI=0.0281224;REFB=-0.0223416;REVB=-0.00939306;RO=35;SAF=12;SAR=24;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191475;STB=0.515455;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.016953;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:34:36:37:0.521127:24:12:11:24:25:12:12:22 chr3 52864584 . A G 136.9 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00622096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.83;QD=18.2527;RBI=0.0221602;REFB=-0.00760684;REVB=-0.021269;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.592458;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00580165;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:5:10:12:3:5:10 chr3 52867715 . G C 1453.42 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000833857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.397;QD=63.1924;RBI=0.0271131;REFB=0;REVB=0.0271003;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63357e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr3 52873984 . C T 434.15 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00704396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.36;QD=20.923;RBI=0.0153376;REFB=-0.011635;REVB=-0.0136244;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16103;STB=0.583055;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0149784;OID=.;OPOS=52873984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:23:19:11:29:24:19:11:29 chr3 52874446 . C T 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0337057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3165;QD=13.4392;RBI=0.0394551;REFB=-0.0476709;REVB=0.0205093;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327406;STB=0.719518;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0600457;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:8:2:6:6:8:2:7:6 chr3 52968909 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0552876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.47;QD=11.9197;RBI=0.0556263;REFB=0.00396549;REVB=0.00612937;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328854;STB=0.691862;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00461195;OID=.;OPOS=52968909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:1:8:4:3:1:8 chr3 53003179 . A C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0154763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.158;QD=18.8861;RBI=0.0310075;REFB=0.00268832;REVB=0.0268692;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00178109;OID=.;OPOS=53003179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr3 53125922 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0329056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7182;QD=19.6672;RBI=0.0575456;REFB=0.0217578;REVB=0.0472092;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184613;STB=0.604287;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0202613;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:7:12:8:11:7:12 chr3 53215875 . A C 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.023;QD=59.0425;RBI=0.0345729;REFB=-0.0738929;REVB=0.0279463;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000565146;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr3 53222761 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.881;QD=56.9981;RBI=0.0177554;REFB=0;REVB=-0.0121919;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17302e-06;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr3 53223927 . C G 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4673;QD=64.139;RBI=0.0729031;REFB=0;REVB=-0.0514742;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75999e-06;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr3 53224002 . T C 554.97 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2727;QD=59.9966;RBI=0.0627087;REFB=0;REVB=0.00121812;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000996096;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:25:12:0:0 chr3 53259850 . C T 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0699285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1544;QD=17.32;RBI=0.0707857;REFB=0.0152517;REVB=-0.0109829;RO=17;SAF=1;SAR=15;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171516;STB=0.666404;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0189776;OID=.;OPOS=53259850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:15:1:2:15:15:1:3:15 chr3 53264485 . A G 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00844679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.38;QD=7.74649;RBI=0.0280695;REFB=-0.0192841;REVB=0.0267684;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406269;STB=0.73145;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0260504;OID=.;OPOS=53264485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:6:10:11:30:6:10:12:30 chr3 53269046 . T C 314.17 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0707731;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.986;QD=22.047;RBI=0.0717525;REFB=-0.0190447;REVB=-0.0118145;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111198;STB=0.561366;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0225496;OID=.;OPOS=53269046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:9:16:16:16:9:16 chr3 53269163 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00132695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.048;QD=14.7422;RBI=0.00361767;REFB=0.00701601;REVB=-0.00336553;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781197;STB=0.545399;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00572235;OID=.;OPOS=53269163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:9:16:12:5:9:16 chr3 53277653 . G T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00933662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.299;QD=17.2231;RBI=0.0113377;REFB=-0.0190922;REVB=-0.00643205;RO=36;SAF=22;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16271;STB=0.591574;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0252551;OID=.;OPOS=53277653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:10:22:19:17:10:22:19:17 chr3 53321631 . A C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0157201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.156;QD=17.5012;RBI=0.0175645;REFB=-0.0159729;REVB=0.00783515;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111127;STB=0.569565;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0157437;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:17:8:12:16:18:8:12:16 chr3 53324819 . ATGGCAC A 93.64 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00756409;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=342.543;QD=31.2136;RBI=0.00888916;REFB=0.00261728;REVB=-0.00466924;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555452;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=-0.000913821;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:10:11:10:12:2:2:8:0:2:8:0:2:8:0:0 chr3 53376171 . A T 74.21 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00967121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0953;QD=5.60042;RBI=0.0470771;REFB=0.00819686;REVB=-0.046073;RO=41;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497666;STB=0.814331;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0249505;OID=.;OPOS=53376171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:3:8:12:29:3:8:12:30 chr3 53766026 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6994;QD=56.9562;RBI=0.0669125;REFB=0;REVB=0.0628803;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496713;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr3 53769479 . C T 55.0 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.141884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.732;QD=9.56596;RBI=0.148832;REFB=-0.0210541;REVB=-0.0449436;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253064;STB=0.659903;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0590543;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:1:7:11:4:1:7:11:4 chr3 53804489 . C T 418.15 PASS AF=0.517647;AO=37;DP=77;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0246167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7031;QD=19.6778;RBI=0.073394;REFB=-0.0466526;REVB=0.0691425;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128723;STB=0.563637;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0473958;OID=.;OPOS=53804489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:85:40:41:37:44:0.517647:19:18:25:15:23:21:25:16 chr3 53845918 . C A 269.55 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0257597;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.809;QD=12.1148;RBI=0.0258263;REFB=-0.00762903;REVB=-0.00185344;RO=56;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619902;STB=0.542495;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0109732;OID=.;OPOS=53845918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:57:32:32:0.359551:20:12:24:32:20:12:25:32 chr3 53856653 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0332651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1611;QD=16.8248;RBI=0.0333097;REFB=-0.00803732;REVB=0.00172265;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682584;STB=0.5479;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0120203;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:16:11:10:11:17:11 chr3 53857803 . A C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.884;QD=60.2296;RBI=0.115957;REFB=0;REVB=0.0345746;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302399;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr3 53882663 . G A 589.18 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00275646;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9173;QD=54.8073;RBI=0.00287388;REFB=-0.0902418;REVB=-0.000813104;RO=1;SAF=33;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140049;STB=0.514279;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00147381;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:44:43:1:2:40:41:0.953488:7:33:1:0:7:34:2:0 chr3 53882673 . G GT,T 222.57 PASS AF=1,0;AO=22,3;DP=44;FAO=39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570037,-0.0565697;FXX=0.0487686;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=8.89227,18.7919;QD=22.8274;RBI=0.204125,0.130581;REFB=-0.104766,0.0292006;REVB=0.196004,0.117692;RO=17;SAF=17,2;SAR=5,1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0587165,-0.230764;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0339493,0;OID=.,.;OPOS=53882674,53882673;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:39:17:0:22,3:39,0:1,0:5,1:17,2:14:3:9,0:30,0:0:0 chr3 53883722 . C G 451.24 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0392388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5493;QD=17.1903;RBI=0.046233;REFB=-0.00398339;REVB=-0.0244501;RO=55;SAF=24;SAR=25;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190835;STB=0.599727;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00383669;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:25:24:16:39:25:24:17:39 chr3 53886912 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00532211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.803;QD=14.2702;RBI=0.0055092;REFB=0.00876999;REVB=-0.00142355;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149059;STB=0.584836;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0116568;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:20:13:13:11:20:13 chr3 53905308 . T C 238.57 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0479838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0505;QD=14.0333;RBI=0.048114;REFB=-0.0231511;REVB=0.00353706;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124612;STB=0.578667;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0246933;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:17:11:20:19:17:11:21:19 chr3 53906513 . G A 434.57 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00194797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.663;QD=20.9429;RBI=0.00219475;REFB=-0.0128897;REVB=0.00101112;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421158;STB=0.516846;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.018314;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:23:19:20:20:23:20:20:20 chr3 53916130 . A G 200.17 PASS AF=0.465116;AO=21;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0419658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.979;QD=18.6206;RBI=0.042036;REFB=-0.000688783;REVB=-0.00242954;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329301;STB=0.529699;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-6.80412e-05;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:23:21:20:0.465116:14:7:6:14:14:6:8:15 chr3 54354510 . T C 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0129336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3163;QD=13.7403;RBI=0.0521982;REFB=0.02802;REVB=0.0505705;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267112;STB=0.652711;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0384928;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:9:20:19:24:9:20:19:24 chr3 54401650 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000767709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.022;QD=14.9786;RBI=0.002925;REFB=0.00223729;REVB=-0.00282245;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422378;STB=0.749464;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0013155;OID=.;OPOS=54401650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:4:7:2:8:4:7 chr3 54401666 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00389281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.449;QD=11.257;RBI=0.0100231;REFB=-0.00459189;REVB=-0.00923628;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345943;STB=0.709978;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0110836;OID=.;OPOS=54401666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:5:7:2:6:5:7 chr3 54419977 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=33;FWDB=0.00625973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.131;QD=17.8599;RBI=0.0312738;REFB=-0.00826906;REVB=-0.030641;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=4;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276984;STB=0.652099;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00787773;OID=.;OPOS=54419977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:4:33:22:12:4:33 chr3 54798258 . G A 1152.93 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.672;QD=60.6804;RBI=0.0915314;REFB=0;REVB=0.00413836;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66207e-05;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:67:76:1:37:30:0:0:37:39:0:0 chr3 54961949 . C T 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0224007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2351;QD=13.4583;RBI=0.0578119;REFB=-0.000477297;REVB=0.0532956;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284533;STB=0.666455;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00367161;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:15:11:11:5:15:11 chr3 55501002 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.171;QD=60.2304;RBI=0.0418978;REFB=0;REVB=0.00329363;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183255;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr3 56106226 . C T 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.031123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0937;QD=19.6899;RBI=0.0365566;REFB=0.0103449;REVB=-0.0191766;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207759;STB=0.511619;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00902567;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:15:10:11:15:15:10 chr3 56114861 . T C 557.99 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0252827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.907;QD=18.9149;RBI=0.0295108;REFB=-0.00382678;REVB=0.0152208;RO=60;SAF=42;SAR=16;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132732;STB=0.573744;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00624945;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:16:42:36:24:16:42:36:24 chr3 56219210 . T C 186.36 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0180604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4596;QD=12.4242;RBI=0.024539;REFB=-0.0162201;REVB=0.0166128;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230134;STB=0.612811;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0286526;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:37:22:23:0.383333:11:11:10:25:12:11:11:26 chr3 56627598 . A G 1080.36 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.526;QD=60.0197;RBI=0.0373748;REFB=0;REVB=0.00280593;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101627;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr3 56650012 . G A,C 756.92 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,45;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=3,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426902,0.0269243;FXX=0.039992;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.8388,73.9651;QD=63.0766;RBI=0.04411,0.0331757;REFB=0,0;REVB=-0.0111012,0.0193832;RO=0;SAF=0,22;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.149036,0.00110348;OID=.,.;OPOS=56650012,56650012;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:48:48:0:0:3,45:3,45:0.0625,0.9375:3,23:0,22:0:0:3,23:0,22:0:0 chr3 56650054 . T TCTC 777.81 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00834685;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.53;QD=53.6418;RBI=0.0482176;REFB=-0.076688;REVB=0.0474896;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351986;STB=0.501867;STBP=0.886;TYPE=ins;VARB=0.00446264;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517:56:59:56:58:2:25:31:1:1:7:2:25:31:1:1 chr3 56658871 . T C 888.57 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.36;QD=56.4174;RBI=0.0562249;REFB=-0.047448;REVB=0.0464218;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192603;STB=0.509801;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000345015;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:37:24:1:0:37:25:1:0 chr3 56667682 . G C 579.58 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933182;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8071;QD=61.008;RBI=0.0334615;REFB=0;REVB=0.032134;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236729;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr3 56716922 . T G 538.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0639;QD=59.8076;RBI=0.0907272;REFB=0;REVB=-0.0880875;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182513;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr3 56763228 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.193;QD=54.5177;RBI=0.00590511;REFB=0;REVB=0.00469543;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05692e-06;OID=.;OPOS=56763228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr3 56763316 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.97;QD=53.9112;RBI=0.00831173;REFB=0;REVB=-0.00322042;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02631e-05;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr3 56763328 . T C 331.23 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3258;QD=50.9586;RBI=0.0488979;REFB=-0.106356;REVB=-0.0330203;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102966;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:26:1:0:24:26:1:14:10:1:0:14:12:0:0 chr3 56763525 . A G 1127.47 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.236;QD=57.8188;RBI=0.049009;REFB=-0.0850877;REVB=0.0457788;RO=2;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462003;STB=0.502442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00139151;OID=.;OPOS=56763525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:2:2:76:76:0.974359:45:31:1:1:45:31:1:1 chr3 56763619 . A G 1133.78 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012438;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.425;QD=59.6727;RBI=0.0253327;REFB=-0.0650628;REVB=0.022069;RO=1;SAF=22;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210175;STB=0.511108;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0016055;OID=.;OPOS=56763619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:53:22:1:0:53:22:1:0 chr3 56766435 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.239;QD=62.0215;RBI=0.0194637;REFB=0;REVB=0.0169709;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24162e-05;OID=.;OPOS=56766435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr3 57109095 . T C 402.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00833705;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.45;QD=53.6288;RBI=0.0245153;REFB=-0.0464593;REVB=-0.0230541;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00564465;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr3 57131529 . A C 441.05 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0345549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.895;QD=22.3316;RBI=0.0351016;REFB=-0.00980642;REVB=0.00617123;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101366;STB=0.555791;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00571526;OID=.;OPOS=57131529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:22:21:22:14:22:21:22:14 chr3 57132200 . A G 850.62 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9043;QD=57.6692;RBI=0.0613822;REFB=0;REVB=-0.052208;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891909;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:31:27:1:0:31:28:0:0 chr3 57136585 . C T 3845.86 PASS AF=1;AO=241;DP=245;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866743;FXX=0.0203244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.917;QD=63.8318;RBI=0.0478906;REFB=0;REVB=0.0470997;RO=0;SAF=111;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41695e-05;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:245:241:0:0:241:241:1:130:111:0:0:130:111:0:0 chr3 57139972 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7563;QD=59.6782;RBI=0.0298906;REFB=0;REVB=-0.02588;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40751e-05;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:40:29:0:0:40:30:0:0 chr3 57176505 . A G 407.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.113;QD=56.1613;RBI=0.0619937;REFB=0;REVB=0.0611969;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101809;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:6:22:0:0:7:22:0:0 chr3 57323170 . A G 485.68 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.751;QD=57.1391;RBI=0.175338;REFB=0;REVB=0.0105802;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270361;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:22:11:1:0:22:12:0:0 chr3 57335876 . C T 2255.85 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=152;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261283;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.616;QD=60.1561;RBI=0.0319275;REFB=-0.0424535;REVB=0.0183487;RO=0;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8194e-08;STB=0.503597;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-8.75958e-06;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:150:0:1:149:149:0.993333:80:69:0:0:80:69:1:0 chr3 57386148 . C G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2733;QD=63.5813;RBI=0.0270619;REFB=0;REVB=0.0269862;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340838;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr3 57388114 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.612;QD=63.8707;RBI=0.0734175;REFB=0;REVB=-0.0160728;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206753;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr3 57414071 . G A 2929.73 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293372;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5301;QD=63.3455;RBI=0.030448;REFB=0;REVB=0.00814912;RO=0;SAF=107;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100553;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:185:0:0:185:185:1:78:107:0:0:78:107:0:0 chr3 57414434 . A G 570.82 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1422;QD=60.0866;RBI=0.100917;REFB=0;REVB=0.00703737;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823752;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr3 57419497 . C T 673.8 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412277;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6463;QD=62.6787;RBI=0.057575;REFB=0;REVB=-0.0401891;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53171e-05;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:1:0:43:43:1:23:20:1:0:23:20:0:0 chr3 57430988 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.016;QD=56.1913;RBI=0.0129888;REFB=0;REVB=0.00979208;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28297e-06;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 57431985 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.289;QD=48.7368;RBI=0.0308049;REFB=0;REVB=0.00881039;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156782;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 57475351 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.602;QD=64.1539;RBI=0.0242871;REFB=0;REVB=0.0105412;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07202e-05;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr3 57479493 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.726;QD=52.6102;RBI=0.0106793;REFB=0;REVB=-0.0062446;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85432e-05;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr3 57542173 . C T 793.02 PASS AF=0.907692;AO=57;DP=64;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.025897;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4902;QD=48.8013;RBI=0.0334619;REFB=-0.0410264;REVB=-0.0211907;RO=6;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133947;STB=0.565195;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00881446;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:64:65:6:6:57:59:0.907692:18:39:0:6:20:39:0:6 chr3 57611237 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2586;QD=51.9155;RBI=0.0578413;REFB=0;REVB=0.0499959;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840146;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr3 57882601 . C T 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.99;QD=57.2335;RBI=0.0265391;REFB=0;REVB=-0.0257829;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24229e-05;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr3 58081888 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.067;QD=63.2857;RBI=0.0616174;REFB=0;REVB=0.041489;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38712e-05;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr3 58109162 . G A 710.36 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00261029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2179;QD=54.6434;RBI=0.0269737;REFB=-0.0145877;REVB=0.0268471;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.11204e-07;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:26:25:0:0:26:25:0:1 chr3 58112440 . A G 546.78 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6273;QD=59.1109;RBI=0.0129947;REFB=0;REVB=0.00966635;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327691;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr3 58112488 . C T 280.43 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0821513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0894;QD=48.7709;RBI=0.0824877;REFB=0.0168017;REVB=-0.00744225;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00077119;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:0:1:22:22:0.956522:10:12:0:0:10:12:1:0 chr3 58118555 . G A 946.83 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.276;QD=55.6956;RBI=0.0434563;REFB=-0.0966998;REVB=0.035372;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.502278;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00135428;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:38:28:0:1:38:28:1:1 chr3 58154327 . C T 1190.04 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.307;QD=61.0275;RBI=0.0162948;REFB=0;REVB=0.00288514;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28381e-05;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr3 58179028 . T C 203.97 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0710055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0214;QD=18.1308;RBI=0.075752;REFB=-0.0513113;REVB=0.0263927;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260532;STB=0.636231;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0516213;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:23:24:20:21:0.466667:14:6:13:10:14:7:14:10 chr3 58191266 . C T 346.2 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0267887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.265;QD=19.5043;RBI=0.0281593;REFB=-0.00388203;REVB=-0.00867838;RO=35;SAF=6;SAR=30;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287705;STB=0.662149;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00466304;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:30:6:14:21:30:6:14:21 chr3 58280206 . TTA T,TAA 62.04 PASS AF=0.30303,0;AO=7,3;DP=40;FAO=10,0;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.10649,0.060318;FXX=0.0571265;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=29.4462,22.9606;QD=7.51952;RBI=0.115263,0.0670783;REFB=-0.030911,0.0241732;REVB=0.0441051,-0.0293469;RO=26;SAF=1,3;SAR=6,0;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524427,0.535537;STB=0.789533,0.5;STBP=0.037,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0755942,0;OID=.,.;OPOS=58280207,58280207;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303,0:7,3:40:10,0:33:23:2,0:8,0:14:9:62:26:1,3:6,0:15:11 chr3 58305033 . A C 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00557474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.287;QD=25.5723;RBI=0.0222211;REFB=-0.00424884;REVB=-0.0215105;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107262;STB=0.544293;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00280213;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:13:11:5:11:13:11:6:11 chr3 58305079 . T C 285.5 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00205053;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.393;QD=23.3061;RBI=0.0383708;REFB=-0.00866979;REVB=0.038316;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134988;STB=0.575024;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00665009;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:26:26:0.530612:14:12:7:16:14:12:7:16 chr3 58305235 . G T 190.3 PASS AF=0.47619;AO=17;DP=39;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00720008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.211;QD=18.1234;RBI=0.0136633;REFB=-0.000370828;REVB=0.0116122;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998626;STB=0.576846;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000915606;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:19:22:17:20:0.47619:9:8:11:8:12:8:12:10 chr3 58395891 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.107239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.35;QD=15.9164;RBI=0.107917;REFB=-0.0232019;REVB=-0.0120798;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25507;STB=0.649101;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0195402;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:7:8:10:3:7:8 chr3 58409173 . A T 131.21 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0162352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.795;QD=14.1846;RBI=0.020657;REFB=-0.0110504;REVB=0.0127722;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218426;STB=0.626174;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.018311;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:15:7:8:7:15:7 chr3 58416538 . T C 765.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.456;QD=56.7162;RBI=0.0329035;REFB=0;REVB=0.0126984;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55762e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:25:24:0:0:26:28:0:0 chr3 58510226 . A G 33.95 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0434321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.481;QD=2.1554;RBI=0.0622817;REFB=-0.013749;REVB=-0.0446393;RO=56;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272065;STB=0.707166;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0557839;OID=.;OPOS=58510226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:2:5:27:29:2:5:27:29 chr3 58520306 . G C 866.58 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111911;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3831;QD=56.8252;RBI=0.016343;REFB=0;REVB=0.0119102;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00629849;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:28:30:0:0:29:32:0:0 chr3 58572577 . C G 122.33 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0161154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.206;QD=14.8273;RBI=0.0168788;REFB=-0.0189085;REVB=-0.00501898;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.618869;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0211782;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:10:8:4:10:10:9 chr3 59908126 . A G 203.09 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0338647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.569;QD=21.9555;RBI=0.0338675;REFB=-0.00340585;REVB=-0.000442519;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354222;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295392;OID=.;OPOS=59908126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:13:6:6:11:13:7:6:11 chr3 60519224 . G A 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1302;QD=53.2675;RBI=0.0614159;REFB=0;REVB=0.033401;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492607;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 62189189 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.328;QD=56.1913;RBI=0.0546949;REFB=0;REVB=0.0545881;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022565;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr3 62229553 . C T 598.39 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220961;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.456;QD=61.3731;RBI=0.0229895;REFB=0;REVB=-0.00634686;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173552;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr3 62384314 . A G 445.44 PASS AF=1;AO=21;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131054;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.821;QD=57.4758;RBI=0.0277864;REFB=0;REVB=0.0245017;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53239e-05;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:21:31:1:11:10:0:0:16:15:0:0 chr3 62384315 . T G 43.68 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0251113;FXX=0.0302939;HRUN=8;LEN=1;MLLD=86.8318;QD=5.45946;RBI=0.0279771;REFB=-0.00864104;REVB=0.0123346;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.601483;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0759263;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:11:14:3:4:11:14 chr3 62431415 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.359;QD=49.5966;RBI=0.00668893;REFB=0;REVB=0.00406301;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54518e-05;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr3 62556622 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.774;QD=58.5878;RBI=0.0170469;REFB=0;REVB=0.0168535;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00302e-05;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr3 62578336 . C T 284.16 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0127455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.812;QD=19.9414;RBI=0.0164388;REFB=-0.0102382;REVB=-0.010382;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334967;STB=0.505347;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00854374;OID=.;OPOS=62578336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:13:16:15:12:13:17:15:12 chr3 63817361 . T C 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00578324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.002;QD=5.70342;RBI=0.022482;REFB=-0.0068065;REVB=-0.0217255;RO=38;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438839;STB=0.785739;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0222914;OID=.;OPOS=63817361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:2:8:17:21:2:8:17:21 chr3 63817430 . G C 216.42 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0256974;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8295;QD=15.1874;RBI=0.0260321;REFB=-0.0162951;REVB=0.00416103;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114853;STB=0.516299;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0287189;OID=.;OPOS=63817430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:11:14:17:14:11:14:17:15 chr3 63967900 . A G 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00858443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.64;QD=18.6165;RBI=0.0194052;REFB=-0.0121892;REVB=-0.0174031;RO=45;SAF=28;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864362;STB=0.548302;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0130048;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:13:28:27:18:13:28:27:18 chr3 63976489 . G A 526.59 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00200834;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.57;QD=18.9762;RBI=0.0118323;REFB=-0.00824795;REVB=-0.0116606;RO=53;SAF=27;SAR=28;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170911;STB=0.513438;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0104408;OID=.;OPOS=63976489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:56:55:55:0.495495:28:27:25:28:28:27:26:30 chr3 63982082 . G A 100.45 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0266661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.778;QD=15.4532;RBI=0.027621;REFB=-0.0222161;REVB=0.00720003;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164026;STB=0.616261;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0228072;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:4:7:11:3:5:7:11:3 chr3 64133350 . A G 156.08 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.221;QD=44.5956;RBI=0.102291;REFB=0;REVB=-0.019101;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814474;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:5:8:1:0:5:9:0:0 chr3 66287056 . G A 1574.07 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4871;QD=58.8438;RBI=0.0287984;REFB=-0.131396;REVB=-0.0218645;RO=1;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102054;STB=0.505375;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00112343;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:46:60:0:1:46:60:0:1 chr3 66354911 . G C 1048.36 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0049;QD=58.2422;RBI=0.0542481;REFB=-0.0711971;REVB=0.0444228;RO=1;SAF=30;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00135122;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:41:30:1:0:41:30:1:0 chr3 66374361 . G C 628.15 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00142164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4491;QD=53.4593;RBI=0.100963;REFB=-0.210748;REVB=0.100953;RO=2;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.529399;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0191422;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:47:47:2:4:43:43:0.914894:32:11:0:2:32:11:0:4 chr3 66396845 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.359;QD=33.4282;RBI=0.102282;REFB=0;REVB=0.00787475;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261003;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr3 66419956 . C T 830.69 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249741;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.525;QD=57.2886;RBI=0.0269317;REFB=0;REVB=0.01008;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503086;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:36:22:0:0 chr3 66429448 . G A 211.53 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0169716;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.165;QD=14.1017;RBI=0.0230269;REFB=-0.00861014;REVB=0.0155629;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864452;STB=0.542338;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00899655;OID=.;OPOS=66429448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:15:19:16:9:15:20 chr3 66433676 . A G 1150.72 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0460598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4729;QD=58.2644;RBI=0.088055;REFB=-0.118372;REVB=-0.0750478;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129667;STB=0.506848;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00134825;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:42:36:1:0:42:36:1:0 chr3 66434643 . T C,G 1279.18 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=79,3;DP=82;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=49,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109115,0.00165817;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.511,125.457;QD=60.9134;RBI=0.0372106,0.0297318;REFB=0,0;REVB=0.0355748,-0.0296855;RO=0;SAF=31,1;SAR=48,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000437178,0.0968725;OID=.,.;OPOS=66434643,66434643;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:84:0:0:79,3:81,3:0.964286,0.0357143:48,2:31,1:0:0:49,2:32,1:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC 744.07 PASS AF=0.145455,0.854545;AO=7,46;DP=54;FAO=8,47;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=8,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177721,0.0287877;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.9894,75.3701;QD=54.1144;RBI=0.0506233,0.0401777;REFB=0,0;REVB=0.0474012,0.028027;RO=0;SAF=0,25;SAR=7,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.85991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0037533,-0.00111974;OID=.,.;OPOS=67048762,67048762;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.145455,0.854545:7,46:54:8,47:55:0:0,25:8,22:0:0:41:0:0,25:7,21:0:0 chr3 67411166 . A G 996.07 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348664;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.723;QD=59.4666;RBI=0.0209571;REFB=0;REVB=0.0206651;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56692e-06;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr3 67884900 . G A 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0179902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.645;QD=14.2409;RBI=0.0185234;REFB=-0.0123591;REVB=-0.00441241;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17463;STB=0.599909;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0125906;OID=.;OPOS=67884900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:9:13:13:18:9:13:13:18 chr3 69070563 . A C 83.49 PASS AF=0.323529;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0104935;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=231.192;QD=9.82245;RBI=0.010813;REFB=-0.00587585;REVB=-0.00260911;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268092;STB=0.622518;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00921234;OID=.;OPOS=69070563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:34:14:23:9:11:0.323529:3:6:9:5:3:8:13:10 chr3 69074756 . T C 62.59 PASS AF=0.151899;AO=13;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0459788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0122;QD=3.16906;RBI=0.0672729;REFB=-0.00956322;REVB=0.0491079;RO=65;SAF=12;SAR=1;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.660302;STB=0.928612;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0955601;OID=.;OPOS=69074756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:65:67:13:12:0.151899:1:12:24:41:1:11:25:42 chr3 69096614 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0211424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.718;QD=19.9054;RBI=0.0215197;REFB=-0.0285782;REVB=-0.00401239;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019029;STB=0.510581;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0223678;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:12:15:16:14:12:15 chr3 69098188 . AT A 133.77 PASS AF=0.462366;AO=37;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.004938;FXX=0.0210504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0844;QD=5.75349;RBI=0.105558;REFB=-0.0864172;REVB=-0.105442;RO=47;SAF=7;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298139;STB=0.675584;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0805293;OID=.;OPOS=69098189;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462366:37:93:43:93:50:8:35:22:28:99:47:7:30:20:27 chr3 69168864 . C T 230.44 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00114436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.522;QD=12.1286;RBI=0.0405778;REFB=0.00850307;REVB=-0.0405617;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114459;STB=0.565743;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00911107;OID=.;OPOS=69168864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:14:14:19:29:14:14:19:29 chr3 69230061 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00834221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.743;QD=16.3859;RBI=0.0422491;REFB=-0.00440785;REVB=0.0414173;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0034591;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:4:4:4:5:4:4 chr3 69230801 . G A 240.37 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00717332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.725;QD=28.279;RBI=0.0807191;REFB=-0.0273763;REVB=0.0803997;RO=12;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107642;STB=0.55927;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00381178;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:9:13:9:3:9:13:9:3 chr3 69245454 . T C 710.56 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00457946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.262;QD=54.6585;RBI=0.0146869;REFB=-0.105858;REVB=-0.0139547;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000244199;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:26:24:0:1:27:24:0:1 chr3 69246152 . A G 244.8 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0362053;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8261;QD=17.4854;RBI=0.042294;REFB=-0.0101159;REVB=0.0218622;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287046;STB=0.677008;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0121583;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:23:6:14:13:24:5 chr3 70016904 . C T 388.0 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0144404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.302;QD=21.5555;RBI=0.0145532;REFB=-0.0180601;REVB=0.00180876;RO=33;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257772;STB=0.519006;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0173963;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:33:38:39:0.541667:23:15:14:19:24:15:14:19 chr3 71876449 . A G 65.86 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0144825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.378;QD=11.454;RBI=0.0152373;REFB=-0.0111283;REVB=-0.00473635;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343095;STB=0.660046;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0360518;OID=.;OPOS=71876449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:3:5:4:10:4:5:4:10 chr3 72424471 . A G 114.19 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00402739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3253;QD=10.1502;RBI=0.0594467;REFB=-0.0105868;REVB=0.0593101;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311104;STB=0.68974;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0580787;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:11:3:14:17:11:3:14:17 chr3 72426901 . A G 4968.44 PASS AF=1;AO=317;DP=318;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9451;QD=62.4961;RBI=0.118915;REFB=-0.0500213;REVB=0.0442627;RO=1;SAF=180;SAR=137;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434563;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:318:318:1:0:317:318:1:137:180:1:0:137:181:0:0 chr3 72495777 . C G 708.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0843035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4449;QD=62.9644;RBI=0.0854425;REFB=0;REVB=-0.0139048;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917584;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr3 72495945 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.53;QD=43.4862;RBI=0.0337384;REFB=0;REVB=0.00207951;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231506;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr3 72799457 . C T 50.08 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0256376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8733;QD=4.88541;RBI=0.0959681;REFB=0.00100878;REVB=-0.0924802;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.658296;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00679013;OID=.;OPOS=72799457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:41:31:33:8:8:0.195122:3:5:14:17:3:5:14:19 chr3 73024274 . C T 699.82 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00752024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.772;QD=22.2164;RBI=0.0118571;REFB=-0.0207388;REVB=0.00916719;RO=58;SAF=29;SAR=39;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479233;STB=0.526271;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0191331;OID=.;OPOS=73024274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:39:29:28:30:39:29:28:30 chr3 73024350 . C A 1984.45 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170426;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0207;QD=62.014;RBI=0.0291612;REFB=0;REVB=-0.0236627;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116398;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:61:66:0:0:61:67:0:0 chr3 73111368 . T C 371.11 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00918163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6931;QD=22.8375;RBI=0.0921904;REFB=0.00766473;REVB=-0.091732;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663704;STB=0.536525;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00751752;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:19:18:16:12:19:18:16:12 chr3 73111480 . AC ACA,CA 243.21 PASS AF=0.54,0;AO=25,2;DP=51;FAO=27,0;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15,0;FSAR=12,0;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0167385,-0.0449938;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=22.5867,23.0454;QD=19.4567;RBI=0.0655483,0.0579218;REFB=0.0267176,-0.00290296;REVB=-0.0633751,-0.0364758;RO=24;SAF=13,2;SAR=12,0;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0189832,0.470037;STB=0.515683,0.5;STBP=0.857,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.031005,0.0611328;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:23:25,2:27,0:0.54,0:12,0:13,2:13:11:12,0:15,0:12:11 chr3 73111809 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0120189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.775;QD=26.6016;RBI=0.032637;REFB=-0.0421025;REVB=0.0303433;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595732;OID=.;OPOS=73111809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:1:1:4:4:1:1 chr3 73111973 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0169502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.809;QD=15.9164;RBI=0.0170968;REFB=-0.00637199;REVB=0.00223453;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0103287;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr3 73111998 . C T 75.56 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0221049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.695;QD=11.6241;RBI=0.0221108;REFB=0.00247925;REVB=0.000510488;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00300354;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:8:8:6:4:8:8 chr3 73112378 . A G 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000950495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.431;QD=17.0879;RBI=0.00661703;REFB=-0.0198074;REVB=-0.00654841;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290611;STB=0.501638;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0217023;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:18:10:9:16:18:10 chr3 73114003 . T C 230.79 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0828028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6968;QD=23.0787;RBI=0.0882398;REFB=0.0120874;REVB=0.0304953;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211127;STB=0.616385;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0066958;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:2:16:15:7:2:16 chr3 73453325 . C T 710.93 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326836;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.89;QD=63.1933;RBI=0.0522471;REFB=0;REVB=-0.040762;RO=0;SAF=42;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147153;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:3:42:0:0:3:42:0:0 chr3 74215209 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0226859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3438;QD=8.25461;RBI=0.0803563;REFB=0.024813;REVB=0.0770875;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0373409;OID=.;OPOS=74215209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:7:5:4:2:7:5 chr3 74349062 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0117957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.973;QD=13.7203;RBI=0.0117962;REFB=-0.0149962;REVB=-0.000105434;RO=47;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169279;STB=0.596697;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0224383;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:11:20:23:24:11:20:23:24 chr3 74350625 . A T 476.88 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00131589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.773;QD=24.7732;RBI=0.00152552;REFB=-0.0090468;REVB=-0.000771783;RO=32;SAF=25;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533745;STB=0.502923;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00600167;OID=.;OPOS=74350625;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:20:25:18:14:20:25:18:14 chr3 74413676 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.658;QD=53.9081;RBI=0.0466658;REFB=0;REVB=0.0459588;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380232;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 75232044 . C T 435.97 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.715;QD=54.4967;RBI=0.0410383;REFB=-0.157176;REVB=0.0113821;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00170911;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chr3 75679930 . A C 33.75 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0184918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.96;QD=3.64824;RBI=0.0692197;REFB=-0.00198689;REVB=-0.066704;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962443;STB=0.567347;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.019807;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:18:13:3:3:18:13 chr3 75679937 . G A 60.02 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.010327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.96;QD=5.85558;RBI=0.0591751;REFB=0.00017435;REVB=-0.058267;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11165;STB=0.555435;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00299988;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:4:5:20:11:4:5:20:12 chr3 75679938 . T C 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00115504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.403;QD=5.54338;RBI=0.0144179;REFB=-0.00553584;REVB=-0.0143715;RO=34;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137211;STB=0.589958;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0510274;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:3:6:19:15:3:6:19:15 chr3 75679945 . C G 67.77 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00553092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.073;QD=5.42155;RBI=0.0371059;REFB=-0.00390847;REVB=-0.0366914;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0359232;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:4:6:24:16:4:6:24:16 chr3 75679958 . C T 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0125733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.409;QD=8.4359;RBI=0.0145474;REFB=-0.00390532;REVB=0.00731695;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106021;STB=0.563562;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0101339;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:9:8:23:18:9:8:23:18 chr3 75679965 . C A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=5.29882e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.097;QD=5.32589;RBI=0.0119222;REFB=0.00292609;REVB=-0.0119221;RO=48;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731202;STB=0.546528;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0175009;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:7:6:25:23:7:6:25:23 chr3 75679973 . A G 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0157949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.752;QD=7.78046;RBI=0.0159747;REFB=-0.0150192;REVB=0.00239012;RO=44;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621003;STB=0.537528;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0449142;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:9:8:23:21:9:8:23:21 chr3 75679975 . C T 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0263429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.324;QD=5.32576;RBI=0.0269451;REFB=4.70025e-05;REVB=0.00566449;RO=48;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731202;STB=0.546528;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000443212;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:7:6:25:23:7:6:25:23 chr3 75679988 . A G 97.28 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0535456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1548;QD=6.1766;RBI=0.0538193;REFB=0.0183116;REVB=-0.00542011;RO=48;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148343;STB=0.592233;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0594686;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:9:6:25:23:9:6:25:23 chr3 75679997 . C T 85.12 PASS AF=0.225806;AO=12;DP=60;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0285107;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2573;QD=5.49148;RBI=0.10326;REFB=-0.00163442;REVB=0.0992461;RO=48;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025764;STB=0.571327;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0158487;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:60:62:48:48:12:14:0.225806:6:6:25:23:8:6:25:23 chr3 75680006 . T C 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0109871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.25;QD=3.89357;RBI=0.0116556;REFB=-0.00213421;REVB=0.00389058;RO=53;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911613;STB=0.560796;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0111998;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:5:6:25:28:5:6:25:28 chr3 75680010 . T C 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0116764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4324;QD=7.06615;RBI=0.0120284;REFB=-0.00150094;REVB=0.00288834;RO=48;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104029;STB=0.506345;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00210996;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:9:8:23:25:9:8:23:25 chr3 75713564 . T C 507.27 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00918484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.6;QD=16.4965;RBI=0.0129974;REFB=-0.0123341;REVB=-0.0091963;RO=63;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665858;STB=0.549465;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0138411;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:68:55:55:0.447154:30:25:33:30:30:25:37:31 chr3 75714298 . A G 260.2 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00342479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.498;QD=11.3132;RBI=0.00674741;REFB=-0.00914283;REVB=0.00581364;RO=60;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189001;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:60:31:32:0.347826:16:15:30:30:16:16:30:30 chr3 75714311 . G A 62.31 PASS AF=0.13;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00399435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8734;QD=2.49233;RBI=0.00491679;REFB=-0.00758314;REVB=-0.00286705;RO=82;SAF=8;SAR=5;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143626;STB=0.624618;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0110725;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:100:100:82:87:13:13:0.13:5:8:41:41:5:8:41:46 chr3 75714337 . T G 381.55 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0118147;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.107;QD=13.2713;RBI=0.0133055;REFB=-0.00692204;REVB=0.00611956;RO=70;SAF=23;SAR=22;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119278;STB=0.506762;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0100922;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:22:23:35:35:22:23:35:35 chr3 75714345 . G T 184.64 PASS AF=0.25;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=112;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0118732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3516;QD=6.59427;RBI=0.0256488;REFB=-0.00847317;REVB=-0.0227352;RO=84;SAF=13;SAR=15;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295638;STB=0.51789;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0171264;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:84:84:28:28:0.25:15:13:41:43:15:13:41:43 chr3 75714702 . A G 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0160126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.522;QD=12.1358;RBI=0.0250068;REFB=0.000396682;REVB=0.0192078;RO=48;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133566;STB=0.507687;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.000220633;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:12:16:28:20:12:16:28:20 chr3 75714709 . G T 31.9 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00445222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.555;QD=1.48363;RBI=0.0071297;REFB=-0.00146392;REVB=0.0055687;RO=76;SAF=6;SAR=2;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238866;STB=0.683059;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0435604;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:76:78:8:8:0.0930233:2:6:42:34:2:6:44:34 chr3 75714819 . G A 48.74 PASS AF=0.0833333;AO=16;DP=192;FAO=16;FDP=192;FR=.;FRO=176;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=93;FWDB=-0.040668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2835;QD=1.01552;RBI=0.0488769;REFB=0.000524755;REVB=-0.027112;RO=176;SAF=4;SAR=12;SRF=83;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263029;STB=0.712838;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0110334;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:192:192:176:176:16:16:0.0833333:12:4:83:93:12:4:83:93 chr3 75714825 . G A 497.57 PASS AF=0.331579;AO=62;DP=185;FAO=63;FDP=190;FR=.;FRO=127;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=0.00428689;FXX=0.0640363;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9847;QD=10.4752;RBI=0.00968658;REFB=-0.0368018;REVB=-0.00868634;RO=122;SAF=31;SAR=31;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189361;STB=0.513121;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0396616;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:190:122:127:62:63:0.331579:31:31:59:63:32:31:60:67 chr3 75714831 . G A 112.24 PASS AF=0.125;AO=27;DP=211;FAO=27;FDP=216;FR=.;FRO=189;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=90;FSRR=99;FWDB=-0.0279491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.377;QD=2.07844;RBI=0.0279743;REFB=-0.00457013;REVB=0.00118914;RO=184;SAF=6;SAR=21;SRF=87;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332544;STB=0.736658;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0379796;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:216:184:189:27:27:0.125:21:6:87:97:21:6:90:99 chr3 75714835 . C T 112.75 PASS AF=0.125581;AO=27;DP=215;FAO=27;FDP=215;FR=.;FRO=188;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=89;FSRR=99;FWDB=-0.00485149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.967;QD=2.09766;RBI=0.00921877;REFB=-0.00482116;REVB=-0.00783893;RO=188;SAF=6;SAR=21;SRF=89;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332181;STB=0.734623;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0413531;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:188:188:27:27:0.125581:21:6:89:99:21:6:89:99 chr3 75714840 . A G 830.19 PASS AF=0.425926;AO=93;DP=214;FAO=92;FDP=216;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.0110317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6961;QD=15.3738;RBI=0.0113142;REFB=-0.0120464;REVB=-0.00251245;RO=120;SAF=36;SAR=57;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999537;STB=0.556489;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0188389;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:120:124:93:92:0.425926:57:36:58:62:57:35:59:65 chr3 75714843 . T A 454.23 PASS AF=0.286364;AO=63;DP=219;FAO=63;FDP=220;FR=.;FRO=157;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=90;FWDB=-0.0247492;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8539;QD=8.25873;RBI=0.0247759;REFB=-0.00579385;REVB=0.00115068;RO=153;SAF=29;SAR=34;SRF=64;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515548;STB=0.524191;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0104637;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:153:157:63:63:0.286364:34:29:64:89:34:29:67:90 chr3 75714853 . G A 529.22 PASS AF=0.287449;AO=71;DP=247;FAO=71;FDP=247;FR=.;FRO=176;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=78;FSRR=98;FWDB=-0.00251065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.79;QD=8.57034;RBI=0.00252457;REFB=-0.010948;REVB=0.000264747;RO=175;SAF=33;SAR=38;SRF=77;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304114;STB=0.515502;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0266151;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:175:176:71:71:0.287449:38:33:77:98:38:33:78:98 chr3 75714898 . G A 453.21 PASS AF=0.25969;AO=66;DP=255;FAO=67;FDP=258;FR=.;FRO=191;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=97;FSRR=94;FWDB=-0.057371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8838;QD=7.02649;RBI=0.106689;REFB=-0.00727979;REVB=0.0899509;RO=189;SAF=27;SAR=39;SRF=95;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11754;STB=0.5782;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.019152;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:258:189:191:66:67:0.25969:39:27:95:94:40:27:97:94 chr3 75714917 . G A 343.19 PASS AF=0.23176;AO=53;DP=235;FAO=54;FDP=233;FR=.,HEALED;FRO=179;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=83;FSRR=96;FWDB=-0.0237251;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.521;QD=5.89173;RBI=0.0262047;REFB=-0.00442274;REVB=-0.0111269;RO=124;SAF=29;SAR=24;SRF=76;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805196;STB=0.556169;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0213286;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:233:124:179:53:54:0.23176:24:29:76:48:25:29:83:96 chr3 75714929 . G A 347.6 PASS AF=0.234783;AO=54;DP=231;FAO=54;FDP=230;FR=.;FRO=176;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=81;FSRR=95;FWDB=-0.0401203;FXX=0.00432882;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.398;QD=6.04528;RBI=0.0405588;REFB=-0.04535;REVB=0.00594743;RO=176;SAF=30;SAR=24;SRF=81;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120335;STB=0.572639;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0419417;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:176:176:54:54:0.234783:24:30:81:95:24:30:81:95 chr3 75714935 . C A 117.9 PASS AF=0.127854;AO=28;DP=220;FAO=28;FDP=219;FR=.;FRO=191;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=90;FSRR=101;FWDB=-0.0286688;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.323;QD=2.15333;RBI=0.0298927;REFB=-0.00725065;REVB=-0.00846601;RO=190;SAF=15;SAR=13;SRF=88;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912554;STB=0.556058;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0299073;OID=.;OPOS=75714935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:190:191:28:28:0.127854:13:15:88:102:13:15:90:101 chr3 75714937 . G A 118.39 PASS AF=0.12844;AO=28;DP=220;FAO=28;FDP=218;FR=.;FRO=190;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=89;FSRR=101;FWDB=-0.0360704;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.452;QD=2.1723;RBI=0.0397172;REFB=-0.00465466;REVB=-0.0166248;RO=190;SAF=15;SAR=13;SRF=88;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912554;STB=0.558417;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.022403;OID=.;OPOS=75714937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:190:190:28:28:0.12844:13:15:88:102:13:15:89:101 chr3 75714950 . C A 302.64 PASS AF=0.232323;AO=46;DP=198;FAO=46;FDP=198;FR=.;FRO=152;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=68;FSRR=84;FWDB=-0.0136795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.234;QD=6.11396;RBI=0.0147288;REFB=-0.0126027;REVB=-0.00545981;RO=152;SAF=25;SAR=21;SRF=68;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121157;STB=0.573363;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0355538;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:152:152:46:46:0.232323:21:25:68:84:21:25:68:84 chr3 75714971 . C A 180.15 PASS AF=0.195122;AO=32;DP=167;FAO=32;FDP=164;FR=.;FRO=132;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=0.00309282;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7359;QD=4.39385;RBI=0.00492064;REFB=-0.00794495;REVB=-0.00382716;RO=134;SAF=13;SAR=19;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349306;STB=0.514916;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0337;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:164:134:132:32:32:0.195122:19:13:58:76:19:13:56:76 chr3 75714976 . C T 460.54 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=161;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0414562;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.747;QD=11.4419;RBI=0.0414621;REFB=-0.00328882;REVB=0.00069984;RO=102;SAF=21;SAR=36;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854531;STB=0.556217;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00527849;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:102:104:57:57:0.354037:36:21:45:57:36:21:47:57 chr3 75714980 . C A 187.64 PASS AF=0.203947;AO=31;DP=152;FAO=31;FDP=152;FR=.;FRO=121;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=0.0204358;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.707;QD=4.93778;RBI=0.0277691;REFB=-0.0136836;REVB=0.0188017;RO=117;SAF=16;SAR=15;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156516;STB=0.588031;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0221251;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:117:121:31:31:0.203947:15:16:46:71:15:16:49:72 chr3 75715118 . G A 69.05 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00559843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.895;QD=6.13763;RBI=0.0155532;REFB=-0.0100968;REVB=0.0145107;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223641;STB=0.523318;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0408036;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:4:6:21:13:4:6:22:13 chr3 75715124 . C T 67.89 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0282298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0353;QD=5.54182;RBI=0.0547119;REFB=-0.0320444;REVB=-0.0468665;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276693;STB=0.534415;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.117179;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:47:49:37:39:10:10:0.204082:4:6:23:14:4:6:25:14 chr3 75715173 . CT TG 43.08 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0133815;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.387;QD=3.66641;RBI=0.0215266;REFB=-0.0138094;REVB=-0.0168621;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249009;STB=0.686952;STBP=0.365;TYPE=mnp;VARB=0.0603468;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:48:47:39:40:7:7:0.148936:2:5:20:19:2:5:20:20 chr3 75715181 . G A 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0343129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.751;QD=5.26796;RBI=0.0351493;REFB=-0.0125363;REVB=-0.0076222;RO=41;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291788;STB=0.691314;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0420784;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:3:7:19:22:3:7:19:22 chr3 75779724 . T C 188.6 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0559488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.5;QD=11.0939;RBI=0.0566338;REFB=-0.0111775;REVB=0.00878138;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298309;STB=0.517312;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0679675;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:13:11:19:25:13:11:19:25 chr3 75779727 . A G 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0729335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3192;QD=10.4168;RBI=0.103116;REFB=0.00118991;REVB=-0.0728941;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822892;STB=0.537243;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00240851;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:45:23:23:0.338235:12:11:17:25:12:11:19:26 chr3 75779742 . G A 155.29 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0023762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.996;QD=9.27125;RBI=0.0184822;REFB=-0.000602572;REVB=-0.0183288;RO=46;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159392;STB=0.575601;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00791399;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:46:46:20:21:0.313433:9:11:19:27:10:11:19:27 chr3 75779762 . G T 167.43 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0369053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2953;QD=10.1475;RBI=0.0383261;REFB=-0.015067;REVB=-0.0103385;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112063;STB=0.546177;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0212082;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:44:22:22:0.333333:12:10:15:27:12:10:17:27 chr3 75779769 . C G 208.0 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00848639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.97;QD=13.4191;RBI=0.0087479;REFB=-0.0257431;REVB=-0.00212296;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540223;STB=0.521036;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0282662;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:37:25:25:0.403226:14:11:14:22:14:11:15:22 chr3 75779777 . TA T 95.41 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00151764;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.5007;QD=6.69551;RBI=0.0319945;REFB=0.00163779;REVB=0.0319585;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.0328041;STB=0.505295;STBP=0.982;TYPE=del;VARB=0.014975;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:20:58:21:57:36:8:13:14:22:95:35:8:12:13:22 chr3 75781222 . C T 295.56 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0369636;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5159;QD=15.1567;RBI=0.0789214;REFB=-0.00792801;REVB=0.0697301;RO=46;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427117;STB=0.519894;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.015891;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:45:32:33:0.423077:14:18:24:22:15:18:23:22 chr3 75781257 . T G 215.71 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.015693;FXX=0.077912;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5288;QD=12.1526;RBI=0.0256567;REFB=0.0247561;REVB=0.0202977;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000960837;STB=0.500555;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0451048;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:71:45:45:26:26:0.366197:11:15:26:19:11:15:26:19 chr3 75781263 . T C 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0234338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2185;QD=14.8962;RBI=0.0234655;REFB=-0.0027352;REVB=-0.00121797;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155901;STB=0.588181;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00431966;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:26:18:18:14:26:18 chr3 75781272 . C A 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0205902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8918;QD=10.8937;RBI=0.113912;REFB=0.021985;REVB=-0.112036;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108614;STB=0.563125;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0483632;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:11:13:20:25:11:13:20:25 chr3 75786031 . A C 89.82 PASS AF=0.141791;AO=19;DP=132;FAO=19;FDP=134;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=43;FWDB=0.0171029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4508;QD=2.68125;RBI=0.0401811;REFB=-0.00422448;REVB=-0.0363595;RO=112;SAF=7;SAR=12;SRF=71;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325786;STB=0.710973;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0293953;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:132:134:112:115:19:19:0.141791:12:7:71:41:12:7:72:43 chr3 75786036 . A C 73.75 PASS AF=0.121429;AO=16;DP=131;FAO=17;FDP=140;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=45;FWDB=-0.00171136;FXX=0.0209776;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.649;QD=2.10707;RBI=0.0264556;REFB=-0.00322046;REVB=-0.0264002;RO=114;SAF=5;SAR=11;SRF=73;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388921;STB=0.777225;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.033812;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:131:140:114:123:16:17:0.121429:11:5:73:41:12:5:78:45 chr3 75786042 . G A 624.87 PASS AF=0.459459;AO=52;DP=132;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00129476;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.167;QD=16.8883;RBI=0.00297883;REFB=-0.0129133;REVB=-0.00268272;RO=79;SAF=31;SAR=21;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429897;STB=0.524119;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.014874;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:148:79:80:52:68:0.459459:21:31:44:35:26:42:46:34 chr3 75786059 . CA TA,TG 849.48 PASS AF=0.373563,0.143678;AO=63,25;DP=175;FAO=65,25;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=36,15;FSAR=29,10;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.00216143,0.00794639;FXX=0.00571396;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.477,169.529;QD=19.5284;RBI=0.00344793,0.0218093;REFB=-0.00452865,-0.00337733;REVB=-0.00268634,-0.0203101;RO=83;SAF=34,15;SAR=29,10;SRF=45;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00254434,0.0738386;STB=0.510316,0.550521;STBP=0.845,0.517;TYPE=snp,mnp;VARB=0.017369,0.0175623;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:83:84:63,25:65,25:0.373563,0.143678:29,10:34,15:45:38:29,10:36,15:45:39 chr3 75786071 . C A 619.22 PASS AF=0.365854;AO=75;DP=205;FAO=75;FDP=205;FR=.;FRO=130;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.00143943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.058;QD=12.0824;RBI=0.00454771;REFB=-0.00746346;REVB=-0.00431389;RO=129;SAF=40;SAR=35;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242556;STB=0.511413;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0135721;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:129:130:75:75:0.365854:35:40:66:63:35:40:67:63 chr3 75786073 . C G 146.49 PASS AF=0.147619;AO=31;DP=209;FAO=31;FDP=210;FR=.;FRO=179;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=96;FSRR=83;FWDB=0.00628853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6676;QD=2.79019;RBI=0.0142007;REFB=0.00182821;REVB=-0.0127324;RO=177;SAF=12;SAR=19;SRF=96;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197272;STB=0.626293;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0135331;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:177:179:31:31:0.147619:19:12:96:81:19:12:96:83 chr3 75786079 . CG CT,TA 1172.84 PASS AF=0.174863,0.437158;AO=32,80;DP=215;FAO=32,80;FDP=183;FR=.;FRO=71;FSAF=18,43;FSAR=14,37;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0063066,-0.00270631;FXX=0.14883;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=69.2688,137.799;QD=25.6358;RBI=0.0110031,0.00675882;REFB=-0.00127921,-0.00967819;REVB=-0.00901632,-0.00619335;RO=69;SAF=18,43;SAR=14,37;SRF=33;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.098579,0.0501829;STB=0.548082,0.520991;STBP=0.519,0.604;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0309846,0.0110537;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=T,TA;OMAPALT=CT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:215:183:69:71:32,80:32,80:0.174863,0.437158:14,37:18,43:33:36:14,37:18,43:35:36 chr3 75786132 . T C 840.02 PASS AF=0.418919;AO=93;DP=223;FAO=93;FDP=222;FR=.;FRO=129;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0169927;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.47;QD=15.1355;RBI=0.0206646;REFB=-0.00660511;REVB=-0.011759;RO=129;SAF=44;SAR=49;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835201;STB=0.504665;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0115005;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:129:129:93:93:0.418919:49:44:60:69:49:44:60:69 chr3 75786163 . C T 739.66 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=176;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.000320564;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.939;QD=16.6216;RBI=0.0313862;REFB=-0.0140304;REVB=-0.0313845;RO=93;SAF=36;SAR=43;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401379;STB=0.506313;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0289071;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:93:99:79:79:0.44382:43:36:42:51:43:36:44:55 chr3 75786175 . C A 67.22 PASS AF=0.105263;AO=18;DP=171;FAO=18;FDP=171;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=86;FWDB=0.0473661;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8775;QD=1.57233;RBI=0.0473797;REFB=-0.0024457;REVB=0.00113243;RO=152;SAF=8;SAR=10;SRF=66;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126004;STB=0.505922;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0120002;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:171:171:152:153:18:18:0.105263:10:8:66:86:10:8:67:86 chr3 75786202 . TG CA 39.6 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=146;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=-0.000424127;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.424;QD=1.10009;RBI=0.00626018;REFB=-0.00266404;REVB=0.0062458;RO=131;SAF=6;SAR=6;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478953;STB=0.541598;STBP=0.799;TYPE=mnp;VARB=0.0199929;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:146:144:131:132:12:12:0.0833333:6:6:60:71:6:6:60:72 chr3 75786211 . A G 643.26 PASS AF=0.503876;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0144798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2096;QD=19.9461;RBI=0.0145787;REFB=-0.0135595;REVB=0.00169541;RO=63;SAF=30;SAR=34;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021987;STB=0.512016;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0186083;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:63:64:64:65:0.503876:34:30:28:35:35:30:28:36 chr3 75786221 . G A 57.77 PASS AF=0.118182;AO=12;DP=110;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.000279796;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.642;QD=2.10066;RBI=0.00159792;REFB=-0.000655239;REVB=-0.00157323;RO=95;SAF=6;SAR=6;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082873;STB=0.534601;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00451362;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:110:95:97:12:13:0.118182:6:6:41:54:7:6:41:56 chr3 75786225 . G A 37.03 PASS AF=0.0917431;AO=9;DP=109;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.00648654;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0556;QD=1.35894;RBI=0.00872948;REFB=-0.00714897;REVB=0.00584198;RO=91;SAF=4;SAR=5;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056497;STB=0.532011;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.105506;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:109:109:91:99:9:10:0.0917431:5:4:40:51:6:4:43:56 chr3 75786230 . C T 64.94 PASS AF=0.132075;AO=12;DP=108;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0159757;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5393;QD=2.45043;RBI=0.0258797;REFB=-0.00516177;REVB=-0.0203601;RO=95;SAF=3;SAR=9;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280382;STB=0.729737;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0341983;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:108:106:95:92:12:14:0.132075:9:3:45:50:11:3:42:50 chr3 75786243 . C T 296.84 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00465613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.413;QD=13.193;RBI=0.0398222;REFB=-0.00577851;REVB=-0.0395491;RO=55;SAF=11;SAR=23;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190106;STB=0.615156;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0151899;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:23:11:27:28:23:11:28:28 chr3 75786245 . T A 296.51 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00165079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.492;QD=13.1781;RBI=0.00998001;REFB=-0.00216943;REVB=-0.00984253;RO=56;SAF=11;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200642;STB=0.615156;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00486845;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:23:11:28:28:23:11:28:28 chr3 75786251 . GG AT,GT 352.66 PASS AF=0.135135,0.378378;AO=10,28;DP=75;FAO=10,28;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=2,10;FSAR=8,18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0104385,-0.0142762;FXX=0.0263123;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=176.065,209.468;QD=19.0628;RBI=0.0108082,0.0144992;REFB=-0.00780289,-0.00618303;REVB=0.00280242,-0.00253325;RO=35;SAF=2,10;SAR=8,18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.402772,-0.159077;STB=0.770076,0.598552;STBP=0.081,0.178;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00443219,0.0146514;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:74:35:36:10,28:10,28:0.135135,0.378378:8,18:2,10:18:17:8,18:2,10:19:17 chr3 75786256 . T A 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0163426;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.475;QD=10.6851;RBI=0.0164131;REFB=-0.00205766;REVB=0.00151979;RO=46;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191074;STB=0.611417;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00504096;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:15:9:25:21:15:9:25:21 chr3 75786278 . A C 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00986458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.484;QD=15.5751;RBI=0.0181323;REFB=-0.0255786;REVB=0.0152142;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451612;STB=0.515747;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0318976;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:12:13:17:13:12:13:17:14 chr3 75786302 . G A 157.66 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000282476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.393;QD=11.2617;RBI=0.0288499;REFB=-0.0109671;REVB=0.0288485;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10041;STB=0.558337;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0233721;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:9:11:23:13:9:11:23:13 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 121.47 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00981013;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=9;MLLD=329.355;QD=11.2991;RBI=0.0109304;REFB=-0.0040446;REVB=0.00482027;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137255;STB=0.547122;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=0.00509465;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:18:44:19:43:24:12:7:17:7:99:23:11:7:17:6 chr3 75786379 . T C 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0110227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.429;QD=7.49923;RBI=0.0197039;REFB=-0.00492788;REVB=0.0163323;RO=51;SAF=14;SAR=5;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153229;STB=0.593535;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0201928;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:5:14:32:19:5:14:32:19 chr3 75786381 . T C 198.96 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0233097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5854;QD=11.369;RBI=0.037126;REFB=-0.00612949;REVB=0.0288964;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124207;STB=0.560929;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0123625;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:45:25:25:0.357143:10:15:31:13:10:15:31:14 chr3 75786385 . C G 174.16 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.000915979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.158;QD=9.81208;RBI=0.033054;REFB=-0.000941371;REVB=0.0330413;RO=46;SAF=16;SAR=7;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839018;STB=0.538535;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00810197;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:46:48:23:23:0.323944:7:16:29:17:7:16:31:17 chr3 75786417 . T C 112.86 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00677178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.379;QD=5.37425;RBI=0.0273234;REFB=-0.00392329;REVB=-0.0264709;RO=66;SAF=13;SAR=5;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200134;STB=0.627044;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0317925;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:66:18:18:0.214286:5:13:38:28:5:13:38:28 chr3 75786438 . G A 54.89 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00150729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.444;QD=2.81501;RBI=0.0294564;REFB=0.000445122;REVB=-0.0294178;RO=66;SAF=8;SAR=3;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183758;STB=0.637268;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00607592;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:66:67:11:11:0.141026:3:8:39:27:3:8:39:28 chr3 75786440 . C T 553.98 PASS AF=0.641026;AO=49;DP=75;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0661817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8464;QD=28.409;RBI=0.0663528;REFB=-0.0396497;REVB=-0.00476159;RO=26;SAF=31;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118156;STB=0.518331;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0243772;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:26:28:49:50:0.641026:18:31:16:10:19:31:16:12 chr3 75786450 . G A 41.52 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.052923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.544;QD=2.18525;RBI=0.0550148;REFB=-0.000626628;REVB=-0.0150262;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206916;STB=0.502952;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113631;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:76:65:67:9:9:0.118421:4:5:35:30:4:5:37:30 chr3 75786453 . C T 88.68 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0341052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.266;QD=4.66759;RBI=0.0482652;REFB=-0.0083486;REVB=-0.0341521;RO=60;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846594;STB=0.548322;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0321391;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:60:61:15:15:0.197368:6:9:32:28:6:9:33:28 chr3 75786490 . C G 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00287216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.907;QD=2.9972;RBI=0.031862;REFB=-0.0097768;REVB=-0.0317323;RO=59;SAF=9;SAR=1;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509769;STB=0.86629;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0508562;OID=.;OPOS=75786490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:1:9:31:28:1:9:31:28 chr3 75786499 . CAT CGA,TGT 98.18 PASS AF=0.184615,0.0615385;AO=12,4;DP=65;FAO=12,4;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=11,1;FSAR=1,3;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.000262749,-0.0108227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=247.643,234.866;QD=6.04158;RBI=0.0140674,0.0167668;REFB=-0.00359595,-0.00443067;REVB=-0.014065,-0.012806;RO=47;SAF=11,1;SAR=1,3;SRF=28;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.51551,-0.347656;STB=0.851683,0.795099;STBP=0.011,0.308;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0122762,-0.0106726;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=AT,CA;OALT=GA,TG;OMAPALT=CGA,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:65:65:47:49:12,4:12,4:0.184615,0.0615385:1,3:11,1:28:19:1,3:11,1:29:20 chr3 75786515 . GG AG,AT 147.04 PASS AF=0.257576,0.0606061;AO=17,4;DP=66;FAO=17,4;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13,1;FSAR=4,3;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00440778,-0.00682621;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=188.943,177.5;QD=8.91167;RBI=0.00770216,0.0110907;REFB=0.000827734,0.00182532;REVB=-0.00631622,-0.00874104;RO=44;SAF=13,1;SAR=4,3;SRF=27;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212619,-0.368898;STB=0.624555,0.811703;STBP=0.277,0.293;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0136072,-0.00195049;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:17,4:17,4:0.257576,0.0606061:4,3:13,1:27:17:4,3:13,1:28:17 chr3 75786518 . A C 116.24 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00356709;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4173;QD=7.26528;RBI=0.0163708;REFB=-0.00328753;REVB=-0.0159775;RO=47;SAF=14;SAR=3;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35894;STB=0.723299;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0158664;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:47:47:17:17:0.265625:3:14:27:20:3:14:27:20 chr3 75786521 . G A 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.015481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.33;QD=8.51762;RBI=0.0194229;REFB=-0.00865966;REVB=-0.0117297;RO=45;SAF=15;SAR=4;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241648;STB=0.646647;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0221872;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:4:15:28:17:4:15:28:17 chr3 75786555 . C CTG 220.6 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=69;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0186369;FXX=0.0869439;HRUN=0;LEN=2;MLLD=204.639;QD=14.0066;RBI=0.0186996;REFB=-0.000155562;REVB=0.00152975;RO=40;SAF=16;SAR=8;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101941;STB=0.57328;STBP=0.364;TYPE=ins;VARB=0.000177515;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:24:69:26:63:37:16:10:27:10:99:40:16:8:27:13 chr3 75786607 . C T 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00595899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.281;QD=2.1941;RBI=0.00648776;REFB=-0.00917692;REVB=-0.00256545;RO=61;SAF=5;SAR=3;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182923;STB=0.513585;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0395044;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:3:5:39:22:3:5:39:22 chr3 75786610 . T G 37.4 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.033372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.096;QD=2.13696;RBI=0.0505701;REFB=-0.00372423;REVB=0.0379953;RO=62;SAF=5;SAR=3;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257622;STB=0.519183;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0318806;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:3:5:40:22:3:5:40:22 chr3 75786618 . CT AC 31.06 PASS AF=0.1;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.00517617;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.579;QD=1.77498;RBI=0.0107798;REFB=-0.000562029;REVB=0.00945577;RO=63;SAF=4;SAR=3;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11674;STB=0.589502;STBP=0.685;TYPE=mnp;VARB=0.00599498;OID=.;OPOS=75786618;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:71:70:63:63:7:7:0.1:3:4:42:21:3:4:42:21 chr3 75786623 . G T 388.33 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0204368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.117;QD=21.2782;RBI=0.0403434;REFB=-0.00528547;REVB=-0.034784;RO=34;SAF=25;SAR=14;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328074;STB=0.51811;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00454336;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:14:25:23:11:14:25:23:11 chr3 75786628 . G C 71.01 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00892166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.48;QD=3.68877;RBI=0.0110574;REFB=-0.00371484;REVB=0.00653219;RO=64;SAF=8;SAR=5;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127441;STB=0.508462;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.012274;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:64:64:13:13:0.168831:5:8:40:24:5:8:40:24 chr3 75786670 . G A 489.2 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0038475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.55;QD=21.9866;RBI=0.00400791;REFB=-0.0100726;REVB=-0.00112254;RO=41;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664395;STB=0.541488;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00595945;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:42:47:47:0.52809:22:25:25:16:22:25:26:16 chr3 75786681 . G A 778.41 PASS AF=0.715909;AO=63;DP=90;FAO=63;FDP=88;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0153092;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.076;QD=35.382;RBI=0.0317244;REFB=-0.0225739;REVB=-0.027786;RO=25;SAF=34;SAR=29;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010804;STB=0.505812;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00804449;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:25:25:63:63:0.715909:29:34:14:11:29:34:14:11 chr3 75786737 . A T 518.72 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0161464;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.691;QD=28.0388;RBI=0.0224952;REFB=-0.00117338;REVB=-0.015663;RO=26;SAF=22;SAR=25;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712175;STB=0.545331;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00107891;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:26:27:47:47:0.635135:25:22:15:11:25:22:16:11 chr3 75786740 . CA CG,GG 521.97 PASS AF=0.575342,0.0958904;AO=41,7;DP=73;FAO=42,7;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=18,5;FSAR=24,2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0200426,0.00986406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.702,91.0019;QD=28.601;RBI=0.0206397,0.0175421;REFB=0.00752041,-0.00713903;REVB=-0.00492862,0.0145061;RO=24;SAF=18,5;SAR=23,2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0698048,0.216323;STB=0.541465,0.643136;STBP=0.398,0.458;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000923619,0.0188309;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:41,7:42,7:0.575342,0.0958904:23,2:18,5:13:11:24,2:18,5:13:11 chr3 75786753 . C T 118.95 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00286626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.357;QD=6.51765;RBI=0.00426841;REFB=-0.00157479;REVB=-0.00316288;RO=55;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111453;STB=0.506842;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0190715;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:9:9:27:28:9:9:27:28 chr3 75786759 . T C 504.24 PASS AF=0.638889;AO=45;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.021894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.808;QD=28.0133;RBI=0.022211;REFB=-0.0161994;REVB=-0.00373951;RO=25;SAF=22;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321242;STB=0.513883;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00827258;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:26:45:46:0.638889:23:22:11:14:23:23:12:14 chr3 75786773 . T A 385.24 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0102116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.458;QD=23.3479;RBI=0.0349251;REFB=-0.0159889;REVB=0.0333989;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318208;STB=0.52246;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0182726;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:37:38:0.575758:20:17:14:14:21:17:14:14 chr3 75786802 . G A 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00496937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6021;QD=13.0224;RBI=0.0123196;REFB=-0.0142471;REVB=0.0112729;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349337;STB=0.519986;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0288356;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:15:13:19:25:15:13:19:25 chr3 75786827 . A T 278.79 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00338798;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.787;QD=16.3994;RBI=0.00876141;REFB=-0.0127831;REVB=0.00807984;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131168;STB=0.562873;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0117614;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:37:30:31:0.455882:13:17:16:21:14:17:16:21 chr3 75786832 . C T 435.28 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00620262;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.473;QD=25.9869;RBI=0.00830802;REFB=-0.0115492;REVB=-0.00552727;RO=24;SAF=24;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170082;STB=0.606885;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0034643;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:26:41:41:0.61194:17:24:8:16:17:24:8:18 chr3 75786833 . G A 31.89 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00294349;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.588;QD=1.79681;RBI=0.0120839;REFB=-0.00458123;REVB=-0.0117199;RO=63;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144878;STB=0.618716;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0133582;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:72:71:63:64:7:7:0.0985915:3:4:28:35:3:4:28:36 chr3 75786845 . T C 348.15 PASS AF=0.48;AO=30;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00995635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.355;QD=18.5681;RBI=0.0247989;REFB=-0.0337193;REVB=0.0227125;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119295;STB=0.539855;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0335947;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:38:30:36:0.48:15:15:14:23:20:16:14:24 chr3 75786854 . A T 147.69 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00955601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.235;QD=7.67219;RBI=0.0255135;REFB=-0.0149078;REVB=-0.0236563;RO=55;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703678;STB=0.534793;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0232812;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:56:21:21:0.272727:11:10:23:32:11:10:24:32 chr3 75786866 . G T 73.7 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=91;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0363359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.157;QD=3.23938;RBI=0.0509632;REFB=-0.0140385;REVB=-0.0357345;RO=77;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12267;STB=0.582303;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0495613;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:91:91:77:77:14:14:0.153846:7:7:31:46:7:7:31:46 chr3 75786888 . C T 50.62 PASS AF=0.109091;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.00311997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.241;QD=1.84069;RBI=0.0278486;REFB=-0.00316598;REVB=-0.0276733;RO=97;SAF=7;SAR=5;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191431;STB=0.643686;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0288071;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:109:110:97:98:12:12:0.109091:5:7:41:56:5:7:41:57 chr3 75786892 . A C 92.83 PASS AF=0.159292;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=113;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.00359002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.13;QD=3.28593;RBI=0.00434392;REFB=-0.00429764;REVB=-0.0024457;RO=91;SAF=9;SAR=9;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626362;STB=0.530939;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0192243;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:112:113:91:95:18:18:0.159292:9:9:41:50:9:9:44:51 chr3 75786899 . T C 134.86 PASS AF=0.160377;AO=16;DP=107;FAO=17;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.148175;FXX=0.00934492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.2509;QD=5.08891;RBI=0.179903;REFB=0.00478908;REVB=-0.102027;RO=66;SAF=8;SAR=8;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953286;STB=0.576266;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00235651;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:107:106:66:78:16:17:0.160377:8:8:28:38:8:9:34:44 chr3 75786916 . C A 95.38 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.000764168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.126;QD=3.12721;RBI=0.00933756;REFB=-0.00254638;REVB=-0.00930624;RO=102;SAF=9;SAR=10;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850584;STB=0.501728;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0176956;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:122:122:102:103:19:19:0.155738:10:9:49:53:10:9:49:54 chr3 75786919 . A T 94.38 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0106269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.73;QD=3.04461;RBI=0.0162908;REFB=-0.00250816;REVB=-0.0123474;RO=101;SAF=9;SAR=10;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035848;STB=0.514052;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0128452;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:101:105:19:19:0.153226:10:9:45:56:10:9:48:57 chr3 75786942 . C A 179.32 PASS AF=0.213235;AO=29;DP=137;FAO=29;FDP=136;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.026363;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5807;QD=5.27408;RBI=0.0271677;REFB=-0.0191891;REVB=0.00656321;RO=107;SAF=14;SAR=15;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315542;STB=0.51956;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0584616;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:107:107:29:29:0.213235:15:14:49:58:15:14:49:58 chr3 75786965 . C T 423.38 PASS AF=0.364964;AO=48;DP=135;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0119784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.826;QD=12.3616;RBI=0.0153515;REFB=-0.0051338;REVB=-0.0096013;RO=86;SAF=19;SAR=29;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664735;STB=0.525695;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00898157;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:86:87:48:50:0.364964:29:19:39:47:29:21:40:47 chr3 75786991 . C T 454.21 PASS AF=0.403101;AO=51;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0409774;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4725;QD=14.0839;RBI=0.0411445;REFB=-0.0171351;REVB=-0.00370419;RO=77;SAF=22;SAR=29;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110318;STB=0.508323;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0285603;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:51:52:0.403101:29:22:34:43:29:23:33:44 chr3 75787015 . C T 72.94 PASS AF=0.132231;AO=16;DP=121;FAO=16;FDP=121;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.00941037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.819;QD=2.41127;RBI=0.00951562;REFB=0.00110062;REVB=-0.00141134;RO=105;SAF=6;SAR=10;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127829;STB=0.58936;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00638291;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:121:121:105:105:16:16:0.132231:10:6:50:55:10:6:50:55 chr3 75787032 . T C 361.45 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00695877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.311;QD=12.0483;RBI=0.0105188;REFB=-0.00688099;REVB=0.00788798;RO=76;SAF=21;SAR=23;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186266;STB=0.510633;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0168673;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:23:21:35:41:23:21:35:41 chr3 75787043 . G A 154.66 PASS AF=0.223214;AO=53;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00232353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9315;QD=5.52367;RBI=0.0129871;REFB=-0.00433916;REVB=-0.0127776;RO=58;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970976;STB=0.515747;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0290194;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:87:53:25:0.223214:31:22:30:28:13:12:40:47 chr3 75787049 . C A 76.47 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0121156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.377;QD=2.94129;RBI=0.0238906;REFB=-0.00687344;REVB=-0.0205906;RO=87;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00867753;STB=0.504498;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0523309;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:104:104:87:89:15:15:0.144231:8:7:40:47:8:7:42:47 chr3 75787057 . G A 604.37 PASS AF=0.602151;AO=52;DP=89;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0155404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.091;QD=25.9946;RBI=0.0432997;REFB=-0.0117943;REVB=0.0404149;RO=36;SAF=19;SAR=33;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187247;STB=0.597121;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0182271;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:36:37:52:56:0.602151:33:19:22:14:36:20:22:15 chr3 75787098 . CCT C,CGT 150.38 PASS AF=0.25,0.025;AO=19,3;DP=82;FAO=20,2;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=10,0;FSAR=10,2;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0286928,0.0384123;FXX=0.0243873;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=195.273,51.0448;QD=7.51894;RBI=0.0296577,0.0449548;REFB=-0.00834777,-0.00798913;REVB=-0.00750323,-0.0233546;RO=58;SAF=9,1;SAR=10,2;SRF=29;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0323369,-0.144988;STB=0.512808,0.994717;STBP=0.905,0.201;TYPE=del,snp;VARB=0.0154556,0.00480916;OID=.,.;OPOS=75787099,75787099;OREF=CT,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.025:19,3:82:20,2:80:58:10,0:10,2:28:30:99:58:9,1:10,2:29:29 chr3 75787145 . T C 81.48 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.000140541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.522;QD=4.4644;RBI=0.0235442;REFB=0.000953886;REVB=0.0235438;RO=59;SAF=6;SAR=8;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244859;STB=0.656278;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00604232;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:8:6:37:22:8:6:37:22 chr3 75787159 . C T 64.55 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0219158;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.636;QD=3.48922;RBI=0.0274553;REFB=-0.00378423;REVB=0.0165375;RO=63;SAF=6;SAR=6;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149557;STB=0.594443;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0199441;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:75:74:63:62:12:12:0.162162:6:6:39:24:6:6:38:24 chr3 75787169 . G A 143.46 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00785593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.051;QD=6.83134;RBI=0.0393569;REFB=-0.00459744;REVB=0.0385649;RO=63;SAF=10;SAR=11;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194934;STB=0.61787;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0132893;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:11:10:40:23:11:10:40:23 chr3 75787186 . C T 123.29 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00701529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.413;QD=5.94152;RBI=0.0167885;REFB=0.00399031;REVB=-0.0152525;RO=63;SAF=9;SAR=10;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199816;STB=0.615461;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0123076;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:63:64:19:19:0.228916:10:9:40:23:10:9:40:24 chr3 75787199 . A C 39.42 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0343604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.378;QD=1.92288;RBI=0.0468583;REFB=-0.00148188;REVB=-0.0318601;RO=73;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574193;STB=0.542843;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0203189;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:4:5:44:29:4:5:44:29 chr3 75787221 . C T 38.76 PASS AF=0.119403;AO=7;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.000800793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.296;QD=2.31432;RBI=0.0431802;REFB=-0.000460706;REVB=-0.0431727;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046526;STB=0.596782;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00611026;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:7:8:0.119403:3:4:36:23:4:4:36:23 chr3 75787224 . C G 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.025671;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.703;QD=2.09287;RBI=0.0259471;REFB=-0.0006345;REVB=-0.00377489;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300633;STB=0.522871;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0219524;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:66:64:57:57:7:7:0.109375:3:4:34:23:3:4:34:23 chr3 75787372 . A T 73.8 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0182295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.565;QD=8.68252;RBI=0.0197922;REFB=-0.0342354;REVB=-0.00770829;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790598;STB=0.518482;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0405264;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:34:21:24:10:10:0.294118:6:4:7:14:6:4:9:15 chr3 75787382 . T C 222.58 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0231275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.708;QD=26.1862;RBI=0.0271001;REFB=-0.0254638;REVB=0.0141256;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033438;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233469;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:13:8:4:8:13:8:5:8 chr3 75787405 . C T 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0104607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.904;QD=8.56756;RBI=0.0197934;REFB=-0.0158784;REVB=-0.0168033;RO=37;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124808;STB=0.576808;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.028098;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:10:4:14:23:10:4:14:23 chr3 75787416 . C T 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0295459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0323;QD=7.71931;RBI=0.117887;REFB=-0.00115925;REVB=-0.114124;RO=37;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140856;STB=0.603602;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00018494;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:10:3:12:25:10:3:13:25 chr3 75787424 . C G 98.06 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00118536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.009;QD=7.13141;RBI=0.0294465;REFB=-0.00470581;REVB=-0.0294226;RO=39;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669947;STB=0.548708;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0218696;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:54:55:39:41:14:14:0.254545:10:4:13:26:10:4:14:27 chr3 75787427 . T C 88.83 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00782289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.812;QD=6.46049;RBI=0.00969247;REFB=-0.000453581;REVB=-0.00572244;RO=38;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230382;STB=0.637354;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00167149;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:51:55:38:42:13:13:0.236364:10:3:15:23:10:3:16:26 chr3 75787464 . C T 122.94 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0126539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.736;QD=7.33991;RBI=0.0143844;REFB=0.00577346;REVB=-0.0068403;RO=49;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071357;STB=0.543429;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0241224;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:12:6:19:30:12:6:19:30 chr3 75787486 . C T 182.28 PASS AF=0.297619;AO=22;DP=82;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00319861;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.126;QD=8.67996;RBI=0.00343867;REFB=-0.00903578;REVB=-0.00126228;RO=60;SAF=6;SAR=16;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153355;STB=0.588161;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0227114;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:60:59:22:25:0.297619:16:6:23:37:18:7:23:36 chr3 75787511 . C A 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.0101179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.738;QD=1.39746;RBI=0.0176043;REFB=-0.00117314;REVB=-0.0144063;RO=74;SAF=1;SAR=7;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340306;STB=0.771056;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0123056;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:74:81:8:8:0.0898876:7:1:27:47:7:1:28:53 chr3 75787516 . C G 102.69 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0163698;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.388;QD=4.72115;RBI=0.0253029;REFB=-0.00357633;REVB=-0.0192941;RO=67;SAF=4;SAR=13;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143995;STB=0.606532;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0154072;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:67:70:17:17:0.195402:13:4:22:45:13:4:24:46 chr3 75787519 . CT AG,CG 170.79 PASS AF=0.195402,0.091954;AO=17,8;DP=87;FAO=17,8;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=4,1;FSAR=13,7;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0191177,-0.0286113;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=101.08,173.451;QD=7.85229;RBI=0.019235,0.0286672;REFB=0.000834454,-0.00261797;REVB=0.00212117,0.00178845;RO=62;SAF=4,1;SAR=13,7;SRF=23;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.199902,-0.359063;STB=0.627744,0.784208;STBP=0.282,0.177;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0150949,0.0251044;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:17,8:17,8:0.195402,0.091954:13,7:4,1:23:39:13,7:4,1:23:39 chr3 75787576 . A G 43.72 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.00431188;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.439;QD=2.46292;RBI=0.00432555;REFB=-0.00548098;REVB=-0.000343585;RO=62;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072613;STB=0.505251;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0162047;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:71:62:62:9:9:0.126761:6:3:21:41:6:3:21:41 chr3 75787583 . AC GA 36.66 PASS AF=0.114286;AO=7;DP=68;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0240742;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.686;QD=2.09478;RBI=0.0289719;REFB=-0.0103392;REVB=-0.0161184;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117541;STB=0.534799;STBP=0.875;TYPE=mnp;VARB=0.0588562;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:68:70:60:62:7:8:0.114286:4:3:20:40:5:3:21:41 chr3 75787620 . T C 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0393323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7751;QD=3.06087;RBI=0.0426562;REFB=0.00377406;REVB=-0.0165082;RO=63;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114144;STB=0.577753;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0150998;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:6:5:23:40:6:5:23:40 chr3 75787637 . C T 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0092238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.375;QD=3.23549;RBI=0.0538824;REFB=-0.00405809;REVB=-0.0530871;RO=55;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718193;STB=0.554733;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0188552;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:55:56:10:10:0.151515:6:4:19:36:6:4:19:37 chr3 75787679 . T C 79.37 PASS AF=0.181818;AO=13;DP=76;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00939858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.969;QD=4.12333;RBI=0.0138778;REFB=-0.0050672;REVB=-0.0102108;RO=61;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655744;STB=0.52668;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0192465;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:77:61:63:13:14:0.181818:7:6:25:36:8:6:25:38 chr3 75787688 . T A 85.82 PASS AF=0.2;AO=13;DP=76;FAO=15;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.056401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6804;QD=4.5773;RBI=0.0574147;REFB=-0.0113118;REVB=0.010741;RO=50;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129169;STB=0.513399;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0665757;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:76:75:50:60:13:15:0.2:7:6:18:32:8:7:27:33 chr3 75787702 . C G 390.22 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0149326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9923;QD=14.4526;RBI=0.0629397;REFB=-0.0120143;REVB=-0.0611426;RO=62;SAF=27;SAR=18;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169582;STB=0.599956;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0142251;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:63:45:45:0.416667:18:27:27:35:18:27:27:36 chr3 75787726 . G A 1102.32 PASS AF=0.792793;AO=88;DP=111;FAO=88;FDP=111;FR=.;FRO=23;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00162486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.225;QD=39.7232;RBI=0.0147983;REFB=-0.00427796;REVB=-0.0147089;RO=23;SAF=40;SAR=48;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768474;STB=0.540974;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00521696;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:23:23:88:88:0.792793:48:40:15:8:48:40:15:8 chr3 75787728 . C T 84.36 PASS AF=0.149123;AO=17;DP=114;FAO=17;FDP=114;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.00064309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5286;QD=2.95984;RBI=0.0618687;REFB=-0.00160441;REVB=-0.0618653;RO=97;SAF=9;SAR=8;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030543;STB=0.520637;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00136918;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:114:114:97:97:17:17:0.149123:8:9:49:48:8:9:49:48 chr3 75787732 . A C 163.5 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=117;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00387714;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7254;QD=5.73693;RBI=0.0322092;REFB=-0.00183818;REVB=-0.031975;RO=88;SAF=15;SAR=11;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125018;STB=0.576864;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0022229;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:88:88:26:26:0.22807:11:15:42:46:11:15:42:46 chr3 75787739 . A T 1838.82 PASS AF=1;AO=109;DP=113;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.916;QD=60.7875;RBI=0.0357612;REFB=0;REVB=0.0351384;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57384e-05;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:121:0:0:109:121:1:50:59:0:0:59:62:0:0 chr3 75787794 . A G 909.18 PASS AF=0.491892;AO=91;DP=185;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0151659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.376;QD=19.6578;RBI=0.0212019;REFB=-0.0232737;REVB=0.0148161;RO=93;SAF=52;SAR=39;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809903;STB=0.542047;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0238663;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:93:94:91:91:0.491892:39:52:45:48:39:52:46:48 chr3 75787801 . TG CA 214.05 PASS AF=0.193717;AO=37;DP=191;FAO=37;FDP=191;FR=.;FRO=154;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=0.0176147;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.364;QD=4.48274;RBI=0.026334;REFB=-0.00614505;REVB=0.0195755;RO=154;SAF=25;SAR=12;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230004;STB=0.645035;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.0176491;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:154:154:37:37:0.193717:12:25:77:77:12:25:77:77 chr3 75787809 . T C 714.77 PASS AF=0.402985;AO=81;DP=201;FAO=81;FDP=201;FR=.;FRO=120;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.00195514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.075;QD=14.2242;RBI=0.0223631;REFB=-0.0137101;REVB=-0.0222775;RO=119;SAF=45;SAR=36;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369051;STB=0.51839;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0199339;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:119:120:81:81:0.402985:36:45:62:57:36:45:63:57 chr3 75787812 . C CT 38.22 PASS AF=0.118227;AO=25;DP=205;FAO=24;FDP=203;FR=.;FRO=179;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=99;FSRR=80;FWDB=-0.0574461;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0486;QD=0.753048;RBI=0.101375;REFB=0.00409211;REVB=0.0835275;RO=179;SAF=12;SAR=13;SRF=98;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843331;STB=0.582891;STBP=0.415;TYPE=ins;VARB=-0.027351;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118227:25:205:24:203:179:11:13:99:80:38:179:12:13:98:81 chr3 75787829 . C G 162.68 PASS AF=0.157143;AO=33;DP=210;FAO=33;FDP=210;FR=.;FRO=177;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=93;FSRR=84;FWDB=0.0162287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.545;QD=3.09873;RBI=0.017843;REFB=-0.00175417;REVB=-0.00741627;RO=177;SAF=16;SAR=17;SRF=93;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520224;STB=0.534139;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0287989;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:177:177:33:33:0.157143:17:16:93:84:17:16:93:84 chr3 75787840 . C A 107.75 PASS AF=0.123223;AO=26;DP=212;FAO=26;FDP=211;FR=.;FRO=185;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=97;FSRR=88;FWDB=-0.00165836;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.269;QD=2.04259;RBI=0.00243367;REFB=0.000168331;REVB=-0.00178118;RO=186;SAF=12;SAR=14;SRF=97;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749466;STB=0.554867;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00114006;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:186:185:26:26:0.123223:14:12:97:89:14:12:97:88 chr3 75787863 . AT TA 67.17 PASS AF=0.0970874;AO=19;DP=205;FAO=20;FDP=206;FR=.;FRO=186;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=99;FSRR=87;FWDB=-0.020784;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.505;QD=1.30423;RBI=0.0234198;REFB=-0.00411536;REVB=-0.0107941;RO=186;SAF=8;SAR=11;SRF=99;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131084;STB=0.61838;STBP=0.277;TYPE=mnp;VARB=0.0337925;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:205:206:186:186:19:20:0.0970874:11:8:99:87:12:8:99:87 chr3 75787869 . CA TG 1005.98 PASS AF=0.5;AO=98;DP=197;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0109007;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.108;QD=20.5301;RBI=0.0348347;REFB=-0.00776294;REVB=-0.0330852;RO=97;SAF=44;SAR=54;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974865;STB=0.556053;STBP=0.108;TYPE=mnp;VARB=0.00546734;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:97:98:98:98:0.5:54:44:54:43:54:44:55:43 chr3 75787876 . G T 1000.25 PASS AF=0.505;AO=100;DP=201;FAO=101;FDP=200;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.0125786;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.762;QD=20.0049;RBI=0.0166945;REFB=-0.0179468;REVB=-0.0109767;RO=99;SAF=43;SAR=57;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113929;STB=0.559421;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0138978;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:99:99:100:101:0.505:57:43:55:44:57:44:55:44 chr3 75787880 . A G 100.87 PASS AF=0.123077;AO=24;DP=194;FAO=24;FDP=195;FR=.;FRO=171;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=85;FWDB=-0.0139679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.023;QD=2.06913;RBI=0.0343552;REFB=0.000640818;REVB=-0.0313875;RO=170;SAF=12;SAR=12;SRF=85;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502562;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00933193;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:170:171:24:24:0.123077:12:12:85:85:12:12:86:85 chr3 75787897 . T C 469.56 PASS AF=0.337143;AO=59;DP=175;FAO=59;FDP=175;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.00239604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.928;QD=10.7328;RBI=0.0152684;REFB=-0.00689783;REVB=0.0150793;RO=116;SAF=27;SAR=32;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490116;STB=0.528146;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0133679;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:116:116:59:59:0.337143:32:27:58:58:32:27:58:58 chr3 75787918 . C T 73.05 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=159;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=67;FWDB=-0.0399193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.181;QD=1.83768;RBI=0.0427216;REFB=-0.00329673;REVB=-0.015218;RO=141;SAF=7;SAR=11;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166161;STB=0.619909;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0328044;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:159:159:141:141:18:18:0.113208:11:7:74:67:11:7:74:67 chr3 75787926 . T C 62.72 PASS AF=0.10596;AO=16;DP=151;FAO=16;FDP=151;FR=.;FRO=135;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.0108585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.67;QD=1.6615;RBI=0.0147088;REFB=-0.000928921;REVB=0.0099218;RO=131;SAF=6;SAR=10;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174658;STB=0.62794;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0576141;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:151:151:131:135:16:16:0.10596:10:6:68:63:10:6:70:65 chr3 75787927 . A G 680.78 PASS AF=0.46;AO=68;DP=149;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00345661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.602;QD=18.1542;RBI=0.00732368;REFB=-0.00271025;REVB=0.00645664;RO=80;SAF=32;SAR=36;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650682;STB=0.528381;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0033292;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:80:81:68:69:0.46:36:32:43:37:36:33:43:38 chr3 75787949 . C T 719.76 PASS AF=0.552;AO=68;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00801425;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.26;QD=23.0322;RBI=0.00870868;REFB=-0.0283304;REVB=-0.00340777;RO=57;SAF=25;SAR=43;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179098;STB=0.595979;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0160463;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:56:68:69:0.552:43:25:33:24:44:25:32:24 chr3 75787961 . A G 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0111271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.729;QD=13.1941;RBI=0.0111517;REFB=-0.0282293;REVB=-0.000740496;RO=59;SAF=17;SAR=25;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125992;STB=0.599686;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0345446;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:65:42:42:0.392523:25:17:31:28:25:17:37:28 chr3 75787962 . G C 39.37 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0276866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.273;QD=1.49982;RBI=0.0277266;REFB=-0.000476732;REVB=0.00148922;RO=95;SAF=4;SAR=6;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146167;STB=0.613411;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0113358;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:95:95:10:10:0.0952381:6:4:50:45:6:4:50:45 chr3 75788010 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.833;QD=58.061;RBI=0.0413173;REFB=0;REVB=0.0164814;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08529e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr3 75788023 . C T 277.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.014613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5638;QD=20.5614;RBI=0.06367;REFB=0.00886581;REVB=-0.0619704;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229955;STB=0.501278;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00959615;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:12:13:15:14:12:13 chr3 75788028 . G C 228.35 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00631423;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.82;QD=17.5655;RBI=0.0249565;REFB=-0.00305907;REVB=0.0241445;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181455;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00959302;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:27:25:25:0.480769:13:12:13:13:13:12:14:13 chr3 75788068 . A C 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0205778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.985;QD=19.4196;RBI=0.0267351;REFB=-0.0257366;REVB=0.017068;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356987;STB=0.53644;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0185116;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:27:29:29:0.517857:14:15:14:11:14:15:16:11 chr3 75788076 . A C 411.14 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00793449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6688;QD=29.3669;RBI=0.0439821;REFB=0.0217644;REVB=0.0432605;RO=18;SAF=21;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313259;STB=0.517036;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00711416;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:17:21:9:9:17:21:9:9 chr3 75788088 . C T 33.93 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0393579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2212;QD=2.15435;RBI=0.0908577;REFB=-0.00314737;REVB=-0.0818907;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16564;STB=0.624653;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0176411;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:4:3:32:24:4:3:32:24 chr3 75788115 . G A 534.07 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00227745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6484;QD=28.8689;RBI=0.00857713;REFB=0.0132957;REVB=0.00826924;RO=26;SAF=29;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118992;STB=0.564692;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00902017;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:19:29:11:15:19:29:11:15 chr3 75788130 . C A 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00696952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.447;QD=18.3095;RBI=0.0175532;REFB=-0.00241617;REVB=-0.0161103;RO=40;SAF=28;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293507;STB=0.664987;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00341022;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:9:28:19:21:9:28:19:21 chr3 75788152 . T C 469.13 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.000996348;FXX=0.126302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.577;QD=22.6084;RBI=0.0796357;REFB=0.00838081;REVB=0.0796295;RO=39;SAF=29;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19632;STB=0.608571;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00624422;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:83:39:39:44:44:0.53012:15:29:17:22:15:29:17:22 chr3 75788158 . G C 108.12 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0045197;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.753;QD=4.45861;RBI=0.0227391;REFB=-0.0041731;REVB=-0.0222854;RO=81;SAF=9;SAR=9;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234034;STB=0.525745;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0262177;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:81:79:18:18:0.185567:9:9:42:39:9:9:42:37 chr3 75788199 . T C 620.62 PASS AF=0.492188;AO=61;DP=127;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0176247;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.403;QD=19.3942;RBI=0.0630928;REFB=-0.0163092;REVB=0.0605811;RO=64;SAF=35;SAR=26;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168617;STB=0.586639;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0176556;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:65:61:63:0.492188:26:35:25:39:27:36:26:39 chr3 75788226 . CA AG,GG 776.42 PASS AF=0.462121,0.113636;AO=60,15;DP=131;FAO=61,15;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=33,6;FSAR=28,9;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.000485892,-0.00326052;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=246.469,222.416;QD=23.5278;RBI=0.00866175,0.00544416;REFB=-0.0123516,-0.010249;REVB=-0.00864811,-0.0043598;RO=56;SAF=33,6;SAR=27,9;SRF=26;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0752566,-0.0813519;STB=0.536724,0.551655;STBP=0.429,0.629;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00980765,0.0126167;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:56:56:60,15:61,15:0.462121,0.113636:27,9:33,6:26:30:28,9:33,6:26:30 chr3 75788245 . C T 43.83 PASS AF=0.0944882;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=127;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.00439225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.854;QD=1.38056;RBI=0.0181847;REFB=-0.00313309;REVB=-0.0176463;RO=115;SAF=6;SAR=6;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508348;STB=0.50393;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0359365;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:127:115:115:12:12:0.0944882:6:6:58:57:6:6:58:57 chr3 75788258 . C A 710.81 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00222591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.473;QD=23.6938;RBI=0.00281363;REFB=-0.00577041;REVB=0.001721;RO=52;SAF=34;SAR=34;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457894;STB=0.524993;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00438424;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:52:68:68:0.566667:34:34:23:29:34:34:23:29 chr3 75788281 . T C 607.96 PASS AF=0.572816;AO=58;DP=101;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00437858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.96;QD=23.6102;RBI=0.0149725;REFB=-0.00489536;REVB=0.0143179;RO=43;SAF=24;SAR=34;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385962;STB=0.506412;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00657417;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:43:44:58:59:0.572816:34:24:18:25:34:25:18:26 chr3 75788291 . AT AA,GA 564.28 PASS AF=0.115789,0.452632;AO=11,43;DP=97;FAO=11,43;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=4,18;FSAR=7,25;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0392478,0.00818447;FXX=0.0206164;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=105.405,245.675;QD=23.759;RBI=0.039262,0.0171832;REFB=0.00436582,0.00952984;REVB=0.00105686,-0.0151089;RO=41;SAF=4,18;SAR=7,25;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0656811,0.00359725;STB=0.542357,0.501991;STBP=0.769,0.986;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0207377,-0.00570535;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:97:95:41:41:11,43:11,43:0.115789,0.452632:7,25:4,18:17:24:7,25:4,18:17:24 chr3 75788302 . G T 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0199157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.409;QD=1.93787;RBI=0.0227498;REFB=-0.00265397;REVB=-0.0109962;RO=77;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193212;STB=0.534178;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0205538;OID=.;OPOS=75788302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:77:80:10:10:0.111111:6:4:32:45:6:4:35:45 chr3 75788314 . T C 32.48 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.00917902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.096;QD=1.5467;RBI=0.0112495;REFB=-0.0016407;REVB=-0.00650354;RO=76;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106679;STB=0.583131;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0237294;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:8:8:0.0952381:4:4:31:45:4:4:31:45 chr3 75788316 . C T 338.96 PASS AF=0.457831;AO=33;DP=78;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0289378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2779;QD=16.3355;RBI=0.0826854;REFB=-0.0539187;REVB=0.0774563;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103951;STB=0.527854;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0685933;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:45:45:33:38:0.457831:18:15:20:25:23:15:20:25 chr3 75790444 . G A 269.04 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.00211062;FXX=0.0210504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.497;QD=11.5716;RBI=0.0207242;REFB=-0.0180829;REVB=-0.0206164;RO=60;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128526;STB=0.577732;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0184091;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:60:61:32:32:0.344086:19:13:18:42:19:13:18:43 chr3 75790479 . C T 611.13 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.00783451;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.414;QD=23.9658;RBI=0.0139296;REFB=-0.00881271;REVB=-0.0115176;RO=44;SAF=17;SAR=42;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037009;STB=0.516839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0149091;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:44:43:59:59:0.578431:42:17:11:33:42:17:11:32 chr3 75790513 . T C 1309.81 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224561;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.382;QD=62.3719;RBI=0.0257718;REFB=0;REVB=0.0126455;RO=0;SAF=22;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33275e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:61:22:0:0:61:23:0:0 chr3 75790516 . T A 36.66 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=0.0381657;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.796;QD=1.72504;RBI=0.0387004;REFB=-0.0009136;REVB=-0.0064106;RO=76;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329472;STB=0.758189;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.032313;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:86:85:76:76:9:9:0.105882:8:1:24:52:8:1:23:53 chr3 75790822 . A G 259.72 PASS AF=0.793103;AO=21;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0539231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.039;QD=35.824;RBI=0.0539247;REFB=-0.0705792;REVB=-0.000414488;RO=7;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466135;STB=0.512647;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0205817;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:29:7:6:21:23:0.793103:8:13:5:2:9:14:4:2 chr3 75986663 . C A 736.95 PASS AF=0.407767;AO=82;DP=204;FAO=84;FDP=206;FR=.;FRO=122;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.0114837;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.238;QD=14.3097;RBI=0.0233374;REFB=-0.0249993;REVB=0.0203165;RO=121;SAF=34;SAR=48;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139248;STB=0.578587;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0236601;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:121:122:82:84:0.407767:48:34:66:55:49:35:67:55 chr3 75986686 . A G 839.65 PASS AF=0.405172;AO=93;DP=230;FAO=94;FDP=232;FR=.;FRO=138;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=79;FSRR=59;FWDB=-0.0191918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8547;QD=14.4766;RBI=0.0266737;REFB=-0.0150032;REVB=-0.0185246;RO=136;SAF=37;SAR=56;SRF=78;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18604;STB=0.60636;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0376315;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:232:136:138:93:94:0.405172:56:37:78:58:57:37:79:59 chr3 75986695 . G A 42.55 PASS AF=0.0708333;AO=17;DP=238;FAO=17;FDP=240;FR=.;FRO=223;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=107;FSRR=116;FWDB=-0.0103432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.236;QD=0.709104;RBI=0.0143744;REFB=-0.0028133;REVB=-0.009982;RO=221;SAF=9;SAR=8;SRF=106;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548322;STB=0.545934;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0345909;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:238:240:221:223:17:17:0.0708333:8:9:106:115:8:9:107:116 chr3 75986717 . G A 200.62 PASS AF=0.168103;AO=39;DP=232;FAO=39;FDP=232;FR=.;FRO=193;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=95;FSRR=98;FWDB=-0.00897252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.78;QD=3.45891;RBI=0.00979574;REFB=-0.00681139;REVB=0.00393071;RO=190;SAF=13;SAR=26;SRF=94;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211749;STB=0.635224;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0356296;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:190:193:39:39:0.168103:26:13:94:96:26:13:95:98 chr3 75986719 . G C 752.07 PASS AF=0.38326;AO=87;DP=227;FAO=87;FDP=227;FR=.;FRO=140;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=0.00661002;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.114;QD=13.2523;RBI=0.0297433;REFB=-0.0112819;REVB=0.0289995;RO=134;SAF=30;SAR=57;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20448;STB=0.616317;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0241501;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:134:140:87:87:0.38326:57:30:71:63:57:30:74:66 chr3 77860987 . A G 145.13 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00619534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6241;QD=16.1254;RBI=0.0399925;REFB=-0.0310257;REVB=0.0395097;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141333;STB=0.50812;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0422084;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:14:6:5:11:14:6 chr3 78700901 . G T 483.44 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00165989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.047;QD=17.5795;RBI=0.0315163;REFB=-0.0247374;REVB=-0.0314726;RO=58;SAF=35;SAR=17;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372823;STB=0.520744;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0259892;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:17:35:37:21:17:35:37:21 chr3 78717343 . C T 169.1 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0194689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.728;QD=13.0073;RBI=0.0195719;REFB=-0.00935404;REVB=-0.0020059;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171664;OID=.;OPOS=78717343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:32:20:20:0.384615:10:10:16:14:10:10:16:16 chr3 80677187 . T C 504.81 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.033;QD=54.5746;RBI=0.0187276;REFB=-0.158007;REVB=0.0156975;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241358;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:37:1:0:33:37:1:14:19:1:0:16:21:0:0 chr3 81643167 . T C 1081.63 PASS AF=0.915663;AO=76;DP=84;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.010446;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.033;QD=52.1267;RBI=0.0129162;REFB=-0.0240216;REVB=-0.00759671;RO=7;SAF=33;SAR=43;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678029;STB=0.535944;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000435748;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:84:83:7:7:76:76:0.915663:43:33:6:1:43:33:6:1 chr3 81698130 . T C 1006.09 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652422;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.14;QD=59.1815;RBI=0.0230309;REFB=0;REVB=0.0220875;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011012;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:28:39:0:0:28:40:0:0 chr3 81810702 . A AG 296.33 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7355;QD=43.9001;RBI=0.0768709;REFB=0;REVB=0.00781014;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00391112;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:27:27:0:15:12:0:0:6:2:15:11:2:0 chr3 81810725 . C T 137.98 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0254833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3397;QD=29.0493;RBI=0.0415989;REFB=0.0477175;REVB=-0.0328797;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638545;STB=0.535662;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00847578;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:4:10:3:2:4:10:3:2 chr3 85434950 . CTTTT CTTTC,CT,CTT 521.18 PASS AF=0.285714,0.714286,0;AO=4,8,8;DP=71;FAO=20,50,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27,0;FSAR=19,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659229,0.507168,0.75566;FXX=0.0540468;HRUN=15,15,15;LEN=1,3,2;MLLD=119.483,9.52476,6.93886;QD=29.7818;RBI=0.132512,0.56041,0.832028;REFB=0,0,0;REVB=-0.114951,-0.238411,-0.348207;RO=4;SAF=0,3,7;SAR=4,5,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.794086,-0.348619,-0.196883;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00507927,-0.0324382,0;OID=.,.,.;OPOS=85434954,85434951,85434951;OREF=T,TTT,TT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.714286,0:4,8,8:71:20,50,0:70:0:1,27,0:19,23,0:0:0:99:4:0,3,7:4,5,1:4:0 chr3 86028436 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0122272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.012;QD=24.0667;RBI=0.0222522;REFB=-0.00511085;REVB=0.0185919;RO=10;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345548;STB=0.696153;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00471429;OID=.;OPOS=86028436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:13:3:6:4:13:3:6:4 chr3 86117224 . G T 242.51 PASS AF=0.547619;AO=21;DP=40;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0106686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.319;QD=23.0966;RBI=0.0108586;REFB=-0.0103469;REVB=0.00202252;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649354;STB=0.506324;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00800713;OID=.;OPOS=86117224;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:19:21:23:0.547619:9:12:11:8:10:13:11:8 chr3 86411485 . A G 131.08 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0385932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9121;QD=14.1706;RBI=0.0455748;REFB=-0.0384734;REVB=-0.0242411;RO=22;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501874;STB=0.79779;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0388808;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:2:13:10:12:2:13:10:12 chr3 86411527 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0457464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8642;QD=20.2085;RBI=0.0459494;REFB=-0.0215583;REVB=0.00431447;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407826;STB=0.726985;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00740778;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:10:0:7:6:10:0 chr3 86995839 . T TC 103.72 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0226117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6548;QD=23.0477;RBI=0.0507147;REFB=-0.0185666;REVB=0.0453948;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154763;STB=0.528799;STBP=0.754;TYPE=ins;VARB=0.0307048;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:19:12:18:6:5:7:2:4:28:8:5:6:2:6 chr3 87295049 . T C 982.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.666;QD=58.6538;RBI=0.0242359;REFB=0;REVB=0.0208857;RO=0;SAF=18;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108392;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:49:18:0:0:49:18:0:0 chr3 87304561 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0220402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.058;QD=10.4746;RBI=0.022197;REFB=-0.00688131;REVB=0.00263349;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252154;STB=0.647891;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00908892;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:12:7:22:15:12:7:22:15 chr3 88041650 . G A 1553.15 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112998;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.099;QD=64.0474;RBI=0.0208309;REFB=0;REVB=0.0174998;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197998;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr3 88101694 . G T 1948.9 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00548191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9357;QD=59.966;RBI=0.0207437;REFB=0.00170186;REVB=-0.0200062;RO=2;SAF=57;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0014264;STB=0.500727;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.000128041;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:126:128:0.984615:69:57:1:1:70:58:1:1 chr3 88105264 . A C 1449.67 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.027272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.8;QD=55.2257;RBI=0.0273361;REFB=-0.0135078;REVB=-0.00187084;RO=3;SAF=38;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016843;STB=0.505009;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=3.61317e-05;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:3:4:101:101:0.961905:63:38:2:1:63:38:2:2 chr3 88105818 . T C 651.48 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4495;QD=62.0458;RBI=0.0850762;REFB=0;REVB=0.077756;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688216;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:21:21:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 336.38 PASS AF=0.88,0.12;AO=21,3;DP=26;FAO=22,3;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274423,0.0106678;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=253.048,80.0885;QD=53.8206;RBI=0.0344817,0.0112908;REFB=0,0;REVB=0.0208784,-0.0036987;RO=0;SAF=13,1;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00488961,0.0277704;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.88,0.12:21,3:26:22,3:25:0:13,1:9,2:0:0:14:0:13,1:8,2:0:0 chr3 88189341 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6617;QD=57.2349;RBI=0.0491568;REFB=0;REVB=0.0489094;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266759;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr3 88190768 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.092;QD=61.3363;RBI=0.00921722;REFB=0;REVB=-0.00203554;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18291e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr3 88190809 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.973;QD=57.2376;RBI=0.027308;REFB=0;REVB=-0.0053717;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63112e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr3 88191170 . TGGGGAG TGGGAG,TGTGGGA 645.39 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=27,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025211,-0.0135889;FXX=0.019996;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=20.6502,246.379;QD=52.6849;RBI=0.123405,0.0413129;REFB=0,0;REVB=-0.120802,-0.0390141;RO=0;SAF=19,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.06954e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0121326,0.051957;OID=.,.;OPOS=88191171,88191172;OREF=G,GGGAG;OALT=-,TGGGA;OMAPALT=TGGGAG,TGTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959184,0.0408163:27,2:50:47,2:49:0:27,0:20,2:0:0:8:0:19,0:8,2:0:0 chr3 88192423 . A G 479.6 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.916;QD=58.133;RBI=0.0578017;REFB=0;REVB=0.00885222;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389608;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr3 88192484 . T C 650.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5976;QD=61.9904;RBI=0.0728052;REFB=0;REVB=0.0484345;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077851;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr3 88199298 . T C 409.66 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.028;QD=56.5043;RBI=0.0126985;REFB=0;REVB=0.00397361;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83434e-05;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr3 93593119 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00872275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.402;QD=16.0341;RBI=0.054185;REFB=0.00537501;REVB=0.0534783;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.562438;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00597951;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:10:10:10:17:10:10:11:17 chr3 96327750 . C T 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0222172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.713;QD=29.0287;RBI=0.0234173;REFB=-0.0169352;REVB=-0.00740043;RO=8;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019418;STB=0.510741;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0100693;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:5:13:6:2:5:13:6:2 chr3 97365038 . G A 457.55 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00148331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.358;QD=20.5643;RBI=0.0149027;REFB=-0.00688377;REVB=0.0148287;RO=44;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902512;STB=0.549978;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0101752;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:25:20:24:20:25:20:24:20 chr3 97365074 . A G 486.22 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.017981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5554;QD=21.3725;RBI=0.0212261;REFB=-0.0295499;REVB=0.0112797;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666433;STB=0.536821;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0235262;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:26:21:23:21:26:21:23:21 chr3 97673268 . A C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.411;QD=60.8832;RBI=0.0151146;REFB=0;REVB=0.0063652;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11475e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr3 97726747 . T A 804.17 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.629;QD=55.4597;RBI=0.0315988;REFB=-0.159067;REVB=0.0294388;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000765049;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr3 97731225 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0124748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.976;QD=15.1603;RBI=0.0340534;REFB=-0.00294775;REVB=-0.0316861;RO=22;SAF=14;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311124;STB=0.684506;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00276844;OID=.;OPOS=97731225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:2:14:15:7:2:14:15:7 chr3 97806616 . G A 271.85 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0301486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.018;QD=19.4177;RBI=0.0497532;REFB=-0.00280516;REVB=-0.0395783;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822723;STB=0.504584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00236244;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:10:17:18:11:10:17 chr3 98001777 . G C 228.79 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00825629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.478;QD=11.733;RBI=0.00848235;REFB=-0.000880896;REVB=-0.0019452;RO=50;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22775;STB=0.631248;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00179509;OID=.;OPOS=98001777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:11:17:20:30:11:17:20:30 chr3 98002419 . A G 273.53 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00186809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.443;QD=17.647;RBI=0.0206783;REFB=0.000339814;REVB=0.0205938;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756547;STB=0.550722;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000424119;OID=.;OPOS=98002419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:13:17:15:16:13:17:15:17 chr3 98002587 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0218618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.909;QD=13.6604;RBI=0.0225316;REFB=-5.15537e-05;REVB=0.00545302;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174822;STB=0.602361;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000269596;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:11:10:9:5:11:10 chr3 98073313 . A G 315.49 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00992776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.397;QD=17.5274;RBI=0.0367877;REFB=-0.00179176;REVB=-0.0354228;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197908;STB=0.519252;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0014811;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:14:20:21:16:14:20:21:17 chr3 98109640 . G A 587.74 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00825025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.568;QD=19.7561;RBI=0.0112942;REFB=-0.00062362;REVB=0.00771316;RO=56;SAF=35;SAR=24;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099506;STB=0.563119;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000612966;OID=.;OPOS=98109640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:59:59:60:0.504202:24:35:27:29:24:36:28:31 chr3 98304467 . T C 198.51 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0154716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.748;QD=19.367;RBI=0.0175585;REFB=-0.0183429;REVB=0.00830247;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268169;STB=0.658394;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0255378;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:20:20:0.487805:10:10:4:16:10:10:4:17 chr3 98501080 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.534;QD=58.1421;RBI=0.0368357;REFB=0;REVB=-0.0362389;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180715;OID=.;OPOS=98501080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr3 98519481 . G A 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.307;QD=56.9314;RBI=0.0171005;REFB=0;REVB=0.00258103;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84195e-05;OID=.;OPOS=98519481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr3 98541012 . G A 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.257;QD=59.0043;RBI=0.0272915;REFB=0;REVB=0.0180363;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158578;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr3 98619997 . G C 175.06 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.866;QD=46.6833;RBI=0.061535;REFB=0;REVB=0.0344024;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112713;OID=.;OPOS=98619997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:5:10:0:0 chr3 99549394 . G A 733.96 PASS AF=0.522059;AO=70;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0242057;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.039;QD=21.5872;RBI=0.0283614;REFB=-0.0278604;REVB=0.0147801;RO=65;SAF=37;SAR=33;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630724;STB=0.531248;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0241989;OID=.;OPOS=99549394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:65:70:71:0.522059:33:37:39:26:33:38:39:26 chr3 99643176 . C T 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.000181395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.658;QD=15.8993;RBI=0.00653775;REFB=-0.000905281;REVB=-0.00653523;RO=49;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225239;STB=0.627082;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00105231;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:13:24:21:28:13:24:21:28 chr3 99860401 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9106;QD=62.3506;RBI=0.0379988;REFB=0;REVB=-0.0193988;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368005;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr3 100170553 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0740059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8445;QD=14.7935;RBI=0.0741642;REFB=-0.0237281;REVB=0.00484294;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139073;STB=0.571347;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0294182;OID=.;OPOS=100170553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:6:12:14:12:6:12:15:12 chr3 100170633 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00336684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.793;QD=18.9665;RBI=0.0106366;REFB=-0.00795692;REVB=-0.0100897;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171306;STB=0.596192;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00879795;OID=.;OPOS=100170633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:6:19:13:9:6:19 chr3 100287764 . T C 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0215457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.365;QD=15.4434;RBI=0.0216462;REFB=-0.00886505;REVB=-0.00208374;RO=51;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149537;STB=0.508448;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0121179;OID=.;OPOS=100287764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:23:14:20:31:23:14:20:31 chr3 100368546 . A G 346.81 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.000797609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.597;QD=18.4966;RBI=0.00177428;REFB=-0.0194815;REVB=0.00158489;RO=38;SAF=27;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321102;STB=0.679533;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0154651;OID=.;OPOS=100368546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:10:27:15:23:10:27:15:23 chr3 100374740 . T C 181.63 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0313084;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.447;QD=16.5114;RBI=0.0534199;REFB=-0.0614242;REVB=0.0432836;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195225;STB=0.588141;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0736287;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:6:12:12:13:7:12:12:13 chr3 100467018 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000162058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.037;QD=47.8224;RBI=0.0448915;REFB=0;REVB=0.0448912;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189848;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT 828.76 PASS AF=0.897059;AO=60;DP=71;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0015224;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=4;MLLD=286.788;QD=48.7503;RBI=0.0141693;REFB=-0.0654931;REVB=0.0140873;RO=7;SAF=28;SAR=32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486675;STB=0.526333;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.0060862;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.897059:60:71:61:68:7:28:33:5:2:31:7:28:32:5:2 chr3 100617680 . C T 1253.42 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208796;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.775;QD=60.4056;RBI=0.0286095;REFB=-0.126101;REVB=0.0195588;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111424;STB=0.505881;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=4.57563e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:40:42:1:0:40:42:1:0 chr3 100949842 . G A 154.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0503446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6831;QD=14.3323;RBI=0.0668909;REFB=0.00932955;REVB=-0.0440433;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717456;STB=0.541499;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0143452;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:17:9:7:10:17:9 chr3 100963154 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0130792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.258;QD=17.167;RBI=0.0197024;REFB=-0.00319458;REVB=-0.0147349;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485445;STB=0.527254;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00451108;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:16:16:13:16:16:16 chr3 101043906 . G A 1320.2 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1547;QD=62.1273;RBI=0.0248049;REFB=0;REVB=-0.0186885;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250113;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:57:28:0:0:57:28:0:0 chr3 101044304 . ATTTTTTTA ATTATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA 103.71 PASS AF=0.0465116,0.197674,0.0813953;AO=4,14,12;DP=89;FAO=4,17,7;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=0,9,6;FSAR=4,8,1;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=-0.00747411,0.0367942,0.0683821;FXX=0.0114929;HRUN=7,7,7;LEN=6,2,1;MLLD=245.723,16.2933,8.94288;QD=4.82382;RBI=0.099346,0.160693,0.194975;REFB=-0.00348464,-0.0429382,-0.0626091;REVB=-0.0990644,-0.156424,-0.18259;RO=42;SAF=0,7,10;SAR=4,7,2;SRF=31;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.680022,-0.295523,0.173763;STB=0.998551,0.68149,0.642387;STBP=0.003,0.137,0.526;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.126015,0.0747858,0.0771002;OID=.,.,.;OPOS=101044307,101044311,101044305;OREF=TTTTTA,TA,T;OALT=ATTTTT,-,-;OMAPALT=ATTATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0465116,0.197674,0.0813953:4,14,12:89:4,17,7:86:58:0,9,6:4,8,1:44:14:48:42:0,7,10:4,7,2:31:11 chr3 101080694 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.988;QD=60.2043;RBI=0.0182735;REFB=0;REVB=0.0136425;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92705e-05;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr3 101085413 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.842;QD=62.0219;RBI=0.0121596;REFB=0;REVB=0.010647;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88548e-05;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr3 101219889 . G C 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00609743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.249;QD=57.3918;RBI=0.0581284;REFB=0.0318133;REVB=0.0578077;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000825918;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr3 101221069 . T C 584.26 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8586;QD=59.9243;RBI=0.0731088;REFB=0;REVB=-0.0121679;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200679;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:25:13:0:0:25:14:0:0 chr3 101231921 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.593;QD=59.6795;RBI=0.0270892;REFB=0;REVB=0.0224444;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11497e-05;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:27:42:0:0:27:43:0:0 chr3 101334753 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.234;QD=48.7373;RBI=0.012994;REFB=0;REVB=-0.00703074;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21503e-05;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 101484335 . G A 1426.09 PASS AF=0.989362;AO=89;DP=90;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00397214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9567;QD=60.6848;RBI=0.0773538;REFB=-0.0468702;REVB=-0.0772517;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902749;STB=0.504761;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000903503;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:94:1:1:89:93:0.989362:52:37:0:1:52:41:0:1 chr3 101520537 . C T 383.67 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00643852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.49;QD=20.1934;RBI=0.00755284;REFB=-0.015604;REVB=-0.00394853;RO=37;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186578;STB=0.603155;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00971059;OID=.;OPOS=101520537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:18:21:12:25:18:21:12:25 chr3 101540355 . C T 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0204425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.612;QD=2.66507;RBI=0.0250594;REFB=-0.00585741;REVB=0.014494;RO=64;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527351;STB=0.53707;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0371493;OID=.;OPOS=101540355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:6:4:23:41:6:4:23:41 chr3 101571550 . A G 526.68 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00226125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.056;QD=56.9378;RBI=0.047521;REFB=-0.0667974;REVB=0.0474672;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00134576;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr3 101576029 . T C,TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 148.66 PASS AF=0.107143,0.464286;AO=2,11;DP=28;FAO=3,13;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3,5;FSAR=0,8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00945593,0.00148701;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,23;MLLD=161.616,400.443;QD=21.2372;RBI=0.0129333,0.00792227;REFB=-0.00747427,0.00169466;REVB=0.00882352,-0.00778146;RO=12;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.460273,-0.402998;STB=0.994222,0.705591;STBP=0.336,0.047;TYPE=snp,ins;VARB=-0.010773,-0.000468328;OID=.,.;OPOS=101576029,101576030;OREF=T,-;OALT=C,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=C,TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:28:28:12:12:2,11:3,13:0.107143,0.464286:0,7:2,4:10:2:0,8:3,5:10:2 chr3 101576175 . T C 1606.56 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6517;QD=60.0584;RBI=0.0273514;REFB=0;REVB=0.0189497;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209761;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr3 103879569 . G A 4217.75 PASS AF=1;AO=263;DP=263;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607133;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.473;QD=62.7175;RBI=0.06074;REFB=0;REVB=0.00179772;RO=0;SAF=124;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04323e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:263:269:0:0:263:269:1:139:124:0:0:140:129:0:0 chr3 103879598 . AT A,AA 1416.93 PASS AF=0.77551,0.22449;AO=15,47;DP=87;FAO=76,22;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41,9;FSAR=35,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132824,0.130518;FXX=0.048539;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.726,188.782;QD=57.8339;RBI=0.134369,0.131029;REFB=0,0;REVB=0.0203183,0.0115619;RO=24;SAF=0,17;SAR=15,30;SRF=19;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.850914,-0.266755;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00456716,0.0158508;OID=.,.;OPOS=103879599,103879599;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.77551,0.22449:15,47:87:76,22:98:0:41,9:35,13:0:0:14:24:0,17:15,30:19:5 chr3 105258861 . A G 297.48 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00625401;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.062;QD=15.8656;RBI=0.00771442;REFB=-0.00402565;REVB=0.00451659;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936026;STB=0.558407;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00311068;OID=.;OPOS=105258861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:17:16:16:25:17:16:16:26 chr3 105260596 . T C 547.07 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.362;QD=59.1423;RBI=0.0105118;REFB=0;REVB=0.00852306;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185627;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr3 105422844 . C T 1000.84 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277161;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4993;QD=58.0198;RBI=0.0525256;REFB=-0.0659595;REVB=-0.0446178;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240378;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:69:1:0:68:69:1:33:35:0:1:34:35:0:0 chr3 106613060 . T G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.016093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4708;QD=12.619;RBI=0.0223098;REFB=0.0207511;REVB=-0.0154514;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280329;STB=0.516116;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0325498;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:20:18:12:12:20:18 chr3 106617500 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.187;QD=54.5177;RBI=0.0496435;REFB=0;REVB=-0.0110554;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93774e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr3 107096547 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00805499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.808;QD=14.7942;RBI=0.00829504;REFB=-0.00891323;REVB=0.00198111;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020074;STB=0.511615;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0112043;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:11:16:11:7:11:16 chr3 107646728 . G A 215.56 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00842054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.074;QD=28.7407;RBI=0.055619;REFB=-0.037754;REVB=0.0549779;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.5;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0196709;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:17:20:0.666667:5:12:6:4:8:12:6:4 chr3 107646807 . G T 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0391209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.446;QD=23.2623;RBI=0.0391604;REFB=-0.0266981;REVB=-0.00175763;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107913;STB=0.560386;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0246583;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:10:9:8:15:10:9 chr3 107646895 . T C 200.06 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0753995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4423;QD=20.0058;RBI=0.0849435;REFB=0.00992608;REVB=-0.0391192;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682328;STB=0.54995;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0197266;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:20:20:20:0.5:10:10:8:11:10:10:8:12 chr3 107765249 . T C 176.14 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00445329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.536;QD=10.2107;RBI=0.040797;REFB=0.00122503;REVB=-0.0405532;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148121;STB=0.586393;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00342723;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:12:11:28:18:12:11:28:18 chr3 107765392 . G A 131.81 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0645602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6486;QD=14.6455;RBI=0.0821826;REFB=-0.0132395;REVB=0.0508522;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511612;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0292719;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:12:8:6:9:13:8 chr3 108072298 . T C 367.09 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00238435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.456;QD=19.0696;RBI=0.00308219;REFB=-0.0105487;REVB=-0.00195314;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107435;STB=0.559803;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0136232;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:16:22:18:21:16:22:18:21 chr3 108096098 . C G 213.23 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.00957733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.62;QD=10.4014;RBI=0.0100075;REFB=0.00169878;REVB=0.00290247;RO=53;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305483;STB=0.684088;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00474794;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:55:27:27:0.329268:12:15:15:38:12:15:15:40 chr3 108112954 . C T 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0105804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.256;QD=10.3775;RBI=0.0126485;REFB=-0.0107245;REVB=-0.00693095;RO=45;SAF=6;SAR=19;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409877;STB=0.76462;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0358385;OID=.;OPOS=108112954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:50:25:25:0.333333:19:6:27:18:19:6:32:18 chr3 108135680 . C T 402.14 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000617999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.234;QD=21.7374;RBI=0.00109671;REFB=-0.0253854;REVB=-0.000906009;RO=34;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16289;STB=0.589768;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.02831;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:18:22:12:22:18:22:12:22 chr3 108159977 . G A 234.91 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00343365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5188;QD=15.4037;RBI=0.0249494;REFB=-0.00883396;REVB=0.024712;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327271;STB=0.518505;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00819943;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:14:20:15:12:14:20 chr3 108224617 . CTTTTA CTTT,CTTTA 207.0 PASS AF=0,0.676471;AO=7,29;DP=66;FAO=0,46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=0,34;FSAR=0,12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.224551,-0.211285;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=51.6748,9.43456;QD=12.1765;RBI=0.22537,0.223858;REFB=-0.0144992,-0.151756;REVB=-0.019195,0.073966;RO=23;SAF=7,24;SAR=0,5;SRF=3;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.830504,0.569089;STB=0.5,0.664729;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.173817;OID=.,.;OPOS=108224621,108224618;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.676471:7,29:66:0,46:68:22:0,34:0,12:6:16:44:23:7,24:0,5:3:20 chr3 108298260 . C T 180.87 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0763575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.04;QD=24.1156;RBI=0.0801462;REFB=-0.0369605;REVB=0.0243504;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217112;STB=0.522363;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0175028;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:9:8:6:6:10:8:6:6 chr3 108403086 . T C 1396.5 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.441;QD=62.764;RBI=0.027242;REFB=0;REVB=0.00806241;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80036e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:42:47:0:0 chr3 108557820 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.026;QD=61.6837;RBI=0.0328677;REFB=0;REVB=-0.0213328;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70301e-05;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr3 108703587 . C T 221.97 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0134516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6572;QD=14.5551;RBI=0.0258152;REFB=-0.00729453;REVB=-0.0220337;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610413;STB=0.513913;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0082344;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:35:25:26:0.42623:14:11:17:17:14:12:17:18 chr3 108754238 . A T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0138566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.783;QD=16.6185;RBI=0.0181622;REFB=-0.00928902;REVB=-0.0117414;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388699;STB=0.719814;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0104561;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:16:7:20:8:16:7:20:8 chr3 108867128 . A G 291.24 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0352556;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6167;QD=16.1797;RBI=0.063861;REFB=0.00408561;REVB=-0.0532472;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24114;STB=0.652691;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0055863;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:42:40:32:32:0.444444:16:16:31:11:16:16:31:9 chr3 109047928 . C T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0355453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.162;QD=7.79847;RBI=0.0358621;REFB=-0.0064926;REVB=-0.00475611;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889948;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0130715;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:12:11:5:4:12:11 chr3 109052732 . T C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00938613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.57;QD=19.1731;RBI=0.0106993;REFB=-0.00689177;REVB=-0.00513566;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419664;STB=0.52335;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0034922;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:14:18:17:16:14:18 chr3 109178707 . C G 529.27 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.19;QD=52.9265;RBI=0.020757;REFB=0.0055319;REVB=0.00777418;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393633;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:19:18:1:1:19:19:1:1 chr3 109178758 . C T 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.777;QD=59.4193;RBI=0.0160763;REFB=0;REVB=-0.00944176;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134302;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 109321666 . TG T 57.78 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0187531;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.356;QD=11.0048;RBI=0.0297508;REFB=-0.00453323;REVB=-0.0230961;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=del;VARB=0.00275496;OID=.;OPOS=109321667;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:22:8:21:13:4:4:7:6:57:13:4:4:7:6 chr3 110611137 . G A 567.61 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1938;QD=59.7481;RBI=0.0398001;REFB=0;REVB=-0.00332693;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388507;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr3 110611201 . C T 155.06 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0148309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0321;QD=15.1275;RBI=0.0282932;REFB=-0.0438196;REVB=-0.0240946;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273807;STB=0.657935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0556975;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:15:9:11:6:15:9 chr3 110793050 . G A 307.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0178059;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.45;QD=15.1656;RBI=0.0319083;REFB=0.00771971;REVB=0.0264781;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327217;STB=0.518508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0102476;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:17:17:22:25:17:17:22:25 chr3 111313457 . T C 939.1 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4995;QD=56.9149;RBI=0.104796;REFB=-0.0353854;REVB=0.0073153;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0157878;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:36:29:0:1:36:29:0:1 chr3 111313854 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.605;QD=50.4132;RBI=0.105613;REFB=0;REVB=0.03204;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114875;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr3 111356083 . G C 2149.47 PASS AF=0.985612;AO=107;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568802;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1443;QD=61.8553;RBI=0.0586108;REFB=0;REVB=0.0141372;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00797456;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:140:139:0:0:107:137:0.985612:61:46:0:0:75:62:0:0 chr3 111694438 . T A,C 1139.57 PASS AF=0.0506329,0.936709;AO=4,70;DP=74;FAO=4,74;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=0,40;FSAR=4,34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184924,0.0372895;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.562,104.435;QD=57.6998;RBI=0.0184931,0.0422874;REFB=0.0481359,-0.0147644;REVB=-0.000160942,0.0199428;RO=0;SAF=0,36;SAR=4,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.995941,0.506171;STBP=0.078,0.527;TYPE=snp,snp;VARB=0.0944201,0.00588037;OID=.,.;OPOS=111694438,111694438;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:74:79:0:1:4,70:4,74:0.0506329,0.936709:4,34:0,36:0:0:4,34:0,40:1:0 chr3 111694825 . A G 328.31 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.003982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.966;QD=17.9898;RBI=0.00562939;REFB=-0.0012873;REVB=-0.00397917;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702882;STB=0.539303;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00319865;OID=.;OPOS=111694825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:21:14:18:20:21:14:18:20 chr3 111760771 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.773;QD=58.7817;RBI=0.0206305;REFB=0;REVB=0.00985249;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49308e-05;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr3 111765834 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000117517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.431;QD=58.5845;RBI=0.0211372;REFB=0;REVB=0.0211368;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001041;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr3 111780646 . C T 714.97 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0238383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8118;QD=60.8481;RBI=0.0272297;REFB=0.0278524;REVB=-0.0131603;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00506511;OID=.;OPOS=111780646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:23:23:0:0:23:23:1:0 chr3 111780741 . C T 669.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.569;QD=62.3213;RBI=0.0358213;REFB=0;REVB=-0.00846484;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115969;OID=.;OPOS=111780741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr3 111795792 . C T 1470.84 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000895405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.632;QD=60.0344;RBI=0.020847;REFB=-0.0316941;REVB=0.0208278;RO=3;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359685;STB=0.518983;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000752682;OID=.;OPOS=111795792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:38:57:0:3:38:57:0:3 chr3 111799845 . A T 2809.16 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4661;QD=62.7746;RBI=0.0549708;REFB=0;REVB=-0.0106007;RO=0;SAF=75;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117396;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:104:75:0:0:104:75:0:0 chr3 111799862 . T C 901.59 PASS AF=0.502793;AO=89;DP=179;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0308774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6506;QD=20.1474;RBI=0.0414628;REFB=-0.0137839;REVB=0.0276723;RO=90;SAF=36;SAR=53;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581898;STB=0.536689;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.011536;OID=.;OPOS=111799862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:90:89:89:90:0.502793:53:36:42:48:54:36:42:47 chr3 111821747 . A G 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00875194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.144;QD=14.2697;RBI=0.0133843;REFB=-0.00760331;REVB=-0.0101263;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508765;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00715564;OID=.;OPOS=111821747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:12:12:16:16:12:12:17:16 chr3 111828384 . G GT 150.73 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0198339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5199;QD=6.41413;RBI=0.0547658;REFB=-0.0300579;REVB=-0.0510481;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158754;STB=0.517651;STBP=0.809;TYPE=ins;VARB=0.0146609;OID=.;OPOS=111828385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37234:34:95:35:94:59:17:18:27:32:99:57:16:18:26:31 chr3 111828423 . G A 1349.76 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0338612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.02;QD=59.9892;RBI=0.0340143;REFB=-0.0770126;REVB=-0.00322376;RO=2;SAF=42;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220283;STB=0.511625;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00149083;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:46:42:2:0:46:42:2:0 chr3 111918215 . CA CG,TG 1135.75 PASS AF=0.589744,0.410256;AO=44,34;DP=83;FAO=46,32;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24,20;FSAR=22,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120533,-0.0086069;FXX=0.0602337;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=88.3982,167.12;QD=58.2438;RBI=0.0445604,0.00977541;REFB=0,0;REVB=-0.0428992,0.00463463;RO=0;SAF=23,21;SAR=21,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2717e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00127286,0.00146781;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:83:78:0:0:44,34:46,32:0.589744,0.410256:21,13:23,21:0:0:22,12:24,20:0:0 chr3 111921116 . C A 512.4 PASS AF=0.532609;AO=47;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00265512;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8392;QD=22.2784;RBI=0.0152047;REFB=-0.0325042;REVB=0.014971;RO=41;SAF=30;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131957;STB=0.558921;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0161502;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:41:43:47:49:0.532609:17:30:20:21:18:31:22:21 chr3 111921225 . G T 794.37 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.9;QD=63.5499;RBI=0.0179966;REFB=0;REVB=0.0173683;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43755e-06;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:34:16:0:0 chr3 111923123 . G A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.979;QD=58.5973;RBI=0.0167288;REFB=0;REVB=0.000868763;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25745e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr3 111962851 . T C 377.98 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0115176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.806;QD=18.8991;RBI=0.0403273;REFB=-0.0113398;REVB=0.0386475;RO=40;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147964;STB=0.587742;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.01299;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:21:18:25:15:21:18:26:15 chr3 111981849 . C T 588.97 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6236;QD=58.8969;RBI=0.141702;REFB=-0.0570242;REVB=0.0594984;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437441;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:18:21:0:1:19:21:0:0 chr3 111981878 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.32;QD=59.0181;RBI=0.0386124;REFB=0;REVB=0.0297501;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187549;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr3 111981924 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000260377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1333;QD=53.9061;RBI=0.0246205;REFB=0;REVB=-0.0246192;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262007;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr3 111985107 . T C 758.0 PASS AF=0.5;AO=77;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00490196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7322;QD=19.4358;RBI=0.0335291;REFB=-0.0179347;REVB=0.0331688;RO=78;SAF=39;SAR=38;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292145;STB=0.519226;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0157052;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:78:77:78:0.5:38:39:42:36:39:39:42:36 chr3 111996554 . T C 225.98 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0148443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.439;QD=16.4346;RBI=0.0236057;REFB=-0.0498983;REVB=0.0183542;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116742;STB=0.565984;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0505221;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:24:24:0.436364:12:12:11:18:12:12:11:18 chr3 112059768 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.412;QD=59.4354;RBI=0.045061;REFB=0;REVB=0.00412979;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019606;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 112066562 . G A 102.08 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00723077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.255;QD=5.91791;RBI=0.00794657;REFB=-0.00867438;REVB=-0.00329606;RO=52;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646627;STB=0.529376;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0264911;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:53:16:16:0.231884:10:6:17:35:10:6:18:35 chr3 112081560 . T TTA 786.2 PASS AF=0.95;AO=51;DP=83;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0529164;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=2;MLLD=206.099;QD=52.4134;RBI=0.0914325;REFB=-0.168089;REVB=0.0745637;RO=24;SAF=29;SAR=22;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162914;STB=0.507897;STBP=0.73;TYPE=ins;VARB=0.0140386;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:51:83:57:60:3:29:28:2:1:11:24:29:22:7:17 chr3 112185025 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.126;QD=60.3767;RBI=0.0266957;REFB=0;REVB=0.0201182;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9734e-05;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr3 112190137 . G T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.288;QD=60.9774;RBI=0.0549274;REFB=0;REVB=0.0469343;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304261;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr3 112329013 . G T 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00828065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.184;QD=4.10162;RBI=0.020413;REFB=-0.00241612;REVB=-0.018658;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123562;STB=0.584891;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0252274;OID=.;OPOS=112329013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:19:21:5:3:19:21 chr3 112546306 . C A 479.43 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00461587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8355;QD=20.8447;RBI=0.0212892;REFB=-0.01715;REVB=0.0207828;RO=44;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360426;STB=0.509087;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0155437;OID=.;OPOS=112546306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:46:47:0.51087:27:19:18:26:28:19:19:26 chr3 112546473 . G A 266.54 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00433473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.615;QD=15.9126;RBI=0.056025;REFB=-0.0114169;REVB=0.055857;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829147;STB=0.546636;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00812124;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:17:13:13:24:17:13:13:24 chr3 112642568 . C G 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00745417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8507;QD=14.6007;RBI=0.00746431;REFB=0.0141912;REVB=-0.000389015;RO=55;SAF=23;SAR=14;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831846;STB=0.547259;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0216279;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:14:23:30:25:14:23:30:25 chr3 112647832 . A C 215.07 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00855833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6109;QD=21.5072;RBI=0.019026;REFB=-0.0141883;REVB=0.0169925;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213544;STB=0.619607;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0195637;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:13:6:12:9:13:6 chr3 112647988 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00610933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.616;QD=26.5503;RBI=0.00649263;REFB=-0.00470795;REVB=-0.00219783;RO=19;SAF=24;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254356;STB=0.640355;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00318137;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:8:24:8:11:8:24:8:11 chr3 112648125 . G T 270.4 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0148029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.76;QD=15.6755;RBI=0.0162043;REFB=-0.0134745;REVB=0.00659179;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461555;STB=0.508881;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00683981;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:38:30:31:0.449275:16:14:20:19:16:15:19:19 chr3 112648127 . T G 162.45 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0571376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.127;QD=9.55609;RBI=0.0608809;REFB=-0.0513238;REVB=0.0210183;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330335;STB=0.518652;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.120487;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:19:19:16:14:19:19 chr3 112648222 . T C 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0670948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6549;QD=14.685;RBI=0.0784167;REFB=0.00927133;REVB=0.0405891;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120881;STB=0.56814;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00987073;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:19:12:12:31:19:12:12:31 chr3 112727184 . A T 696.77 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00123956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.705;QD=52.5863;RBI=0.00437879;REFB=-0.0409095;REVB=-0.00419967;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00064166;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:51:51:0.962264:27:24:0:0:27:24:2:0 chr3 112935138 . C G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.367;QD=60.0304;RBI=0.0253724;REFB=0;REVB=-0.0230993;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14266e-05;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr3 112997554 . A G 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0224637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.549;QD=14.334;RBI=0.0363941;REFB=-0.0106314;REVB=-0.0286342;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147727;STB=0.584813;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0134253;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:6:20:11:6:6:20 chr3 112998265 . A G 498.36 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0225476;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.648;QD=20.7651;RBI=0.0237902;REFB=-0.00518692;REVB=-0.00758797;RO=43;SAF=19;SAR=29;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202917;STB=0.542763;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00412741;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:43:48:48:48:0.5:29:19:18:25:29:19:23:25 chr3 113003273 . G T 257.55 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.15057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.412;QD=14.3083;RBI=0.152431;REFB=-0.0217727;REVB=0.0237467;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145377;STB=0.569399;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0259095;OID=.;OPOS=113003273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:42:28:30:0.416667:14:14:17:16:15:15:26:16 chr3 113010466 . T C 956.24 PASS AF=0.487562;AO=98;DP=201;FAO=98;FDP=201;FR=.;FRO=103;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0110883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.197;QD=19.0297;RBI=0.0177696;REFB=-0.0145618;REVB=-0.0138856;RO=102;SAF=63;SAR=35;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110243;STB=0.558701;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0143635;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:102:103:98:98:0.487562:35:63:54:48:35:63:55:48 chr3 113022870 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.402;QD=60.3746;RBI=0.0162386;REFB=0;REVB=0.0114642;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38476e-05;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr3 113046640 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00741101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.278;QD=12.5694;RBI=0.0285858;REFB=0.00407082;REVB=-0.0276084;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718389;STB=0.527832;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0075698;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:15:10:7:8:15:11 chr3 113164109 . A G 132.83 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0304223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7527;QD=25.3013;RBI=0.167027;REFB=-0.0758185;REVB=0.164233;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4086;STB=0.694161;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0540808;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:10:3:6:1:10:4:6:1 chr3 113176122 . G A 463.53 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0040019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.583;QD=21.8132;RBI=0.00800928;REFB=0.00230442;REVB=0.00693782;RO=40;SAF=28;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19099;STB=0.605438;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00218658;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:17:28:16:24:17:28:16:24 chr3 113222036 . G A 405.69 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00716919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.877;QD=17.2633;RBI=0.00741937;REFB=0.00445444;REVB=-0.00191045;RO=52;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292902;STB=0.516402;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00655894;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:19:23:30:22:19:23:30:22 chr3 113373930 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1554;QD=56.9367;RBI=0.0433809;REFB=0;REVB=0.00902548;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618706;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr3 113377505 . T G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.046425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.051;QD=15.1962;RBI=0.0679953;REFB=-0.0154785;REVB=0.0496797;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215753;STB=0.624858;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0149798;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:14:12:12:6:14:12 chr3 113503151 . A T 534.31 PASS AF=0.491228;AO=55;DP=112;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0101832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.487;QD=18.7478;RBI=0.0112125;REFB=-0.0174617;REVB=-0.00469275;RO=51;SAF=19;SAR=36;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804908;STB=0.541141;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0155834;OID=.;OPOS=113503151;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:51:58:55:56:0.491228:36:19:22:29:37:19:24:34 chr3 113557787 . AGCC A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140399;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=335.135;QD=42.1827;RBI=0.028582;REFB=0;REVB=0.024896;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.26581e-05;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:2:9:0:0:4:0:2:9:0:0 chr3 113588445 . T C 56.26 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0359287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9622;QD=12.5032;RBI=0.128336;REFB=-0.0223157;REVB=0.123204;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0512488;OID=.;OPOS=113588445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:7:3:3:5:7:3 chr3 113655207 . C T 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0130988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.811;QD=20.2747;RBI=0.0298183;REFB=-0.00272575;REVB=-0.0267872;RO=45;SAF=11;SAR=34;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233386;STB=0.630297;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00329007;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:34:11:21:24:34:11:21:24 chr3 113673125 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7871;QD=61.6793;RBI=0.0386169;REFB=0;REVB=-0.0383746;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619519;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr3 113679589 . C A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00168182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.097;QD=18.9664;RBI=0.00321883;REFB=-0.00540906;REVB=0.0027445;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17861;STB=0.601065;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00693972;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:15:10:13:9:15:10 chr3 113801826 . C T 169.51 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0386521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1975;QD=16.5373;RBI=0.0448331;REFB=-0.0179753;REVB=-0.0227162;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106479;STB=0.560909;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0137487;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:9:14:9:9:9:14 chr3 113858350 . C T 1504.93 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221881;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.633;QD=64.0396;RBI=0.0358876;REFB=0;REVB=-0.0358189;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57028e-05;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr3 113890815 . C T 1594.07 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00266379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.212;QD=57.9664;RBI=0.0236188;REFB=-0.00702759;REVB=-0.0234681;RO=2;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160847;STB=0.508473;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-4.83581e-05;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:58:50:0:2:58:50:0:2 chr3 113955164 . T G 338.88 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.394;QD=54.2206;RBI=0.0286267;REFB=0;REVB=0.0251073;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2868e-05;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr3 113955187 . A C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.688;QD=57.2017;RBI=0.0309387;REFB=0;REVB=-0.0304528;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131867;OID=.;OPOS=113955187;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr3 113955265 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.09;QD=56.827;RBI=0.04238;REFB=-0.0133149;REVB=0.00332832;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000121718;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:25:39:0:0:25:39:0:1 chr3 113955320 . C T 877.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6418;QD=56.6024;RBI=0.0431283;REFB=0;REVB=0.042989;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030951;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:19:39:0:0:23:39:0:0 chr3 116301660 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.266;QD=42.1826;RBI=0.0880131;REFB=0;REVB=0.0606011;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121027;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr3 116683964 . G C 4791.19 PASS AF=1;AO=306;DP=307;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894326;FXX=0.00967711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.174;QD=62.4259;RBI=0.0197768;REFB=-0.0789351;REVB=0.0176391;RO=1;SAF=163;SAR=143;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269083;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:307:307:1:0:306:307:1:143:163:0:1:144:163:0:0 chr3 118269774 . A G 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.074499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.543;QD=59.3559;RBI=0.0771845;REFB=-0.0449964;REVB=0.0201827;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133301;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000458292;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:35:42:0:1:35:42:0:1 chr3 118381320 . C A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00074661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.315;QD=17.8273;RBI=0.0386039;REFB=-0.0179669;REVB=0.0385967;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0179468;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:6:5:7:5:6:5 chr3 118619477 . T C 789.98 PASS AF=0.512821;AO=79;DP=149;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00642736;FXX=0.031054;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.404;QD=20.2559;RBI=0.0289901;REFB=-0.00503269;REVB=-0.0282686;RO=69;SAF=32;SAR=47;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197083;STB=0.587607;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00716742;OID=.;OPOS=118619477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:156:69:76:79:80:0.512821:47:32:44:25:48:32:44:32 chr3 118649060 . G T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0270728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.079;QD=19.7626;RBI=0.0485157;REFB=-0.00427617;REVB=0.0402596;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181034;STB=0.519983;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00596011;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:11:12:13:11:11:12:14:11 chr3 118824042 . A ATTC 179.52 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00595384;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=270.575;QD=21.7605;RBI=0.010572;REFB=-0.022966;REVB=-0.00873603;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147069;STB=0.565143;STBP=0.428;TYPE=ins;VARB=0.0198626;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:18:34:18:33:15:6:12:7:8:99:16:6:12:8:8 chr3 118865801 . C T 108.49 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.002091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.19;QD=13.5617;RBI=0.00951815;REFB=-0.0124249;REVB=-0.00928563;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11174;STB=0.56593;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0292888;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:6:13:10:3:6:13 chr3 118865970 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0247094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.222;QD=11.9193;RBI=0.0481243;REFB=0.011977;REVB=-0.0412965;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0107285;OID=.;OPOS=118865970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:3:6:2:5:3:6 chr3 118867047 . C G 227.04 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0126648;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.584;QD=20.1817;RBI=0.0207823;REFB=-0.0139427;REVB=0.0164775;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141866;STB=0.580049;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0125853;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:10:13:9:13:10:13 chr3 118878789 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0176746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.036;QD=14.7414;RBI=0.0211555;REFB=0.00563957;REVB=0.011626;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.541262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00785139;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:12:13:10:7:12:13 chr3 118909159 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.76;QD=56.1881;RBI=0.0320874;REFB=0;REVB=0.0017158;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300342;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr3 118948716 . G A 492.61 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00126525;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.76;QD=15.8906;RBI=0.00784405;REFB=0.00375948;REVB=-0.00774134;RO=70;SAF=34;SAR=20;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114372;STB=0.50064;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00383204;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:70:70:54:54:0.435484:20:34:44:26:20:34:44:26 chr3 119118104 . A G 336.67 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.992;QD=53.8678;RBI=0.102783;REFB=0;REVB=0.0913107;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015123;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:15:10:0:0 chr3 119133183 . G A 645.92 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00156786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.113;QD=58.7199;RBI=0.0327518;REFB=0.013381;REVB=0.0327142;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000204469;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:1:0:22:21:1:0 chr3 119133554 . G A 312.74 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0156181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.084;QD=21.9469;RBI=0.0214706;REFB=0.000572879;REVB=-0.014733;RO=24;SAF=24;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224814;STB=0.618477;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000675849;OID=.;OPOS=119133554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:8:24:12:12:8:24:13:12 chr3 119196166 . T C 326.04 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0219704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5158;QD=20.0637;RBI=0.0488339;REFB=-0.0348316;REVB=0.0436125;RO=31;SAF=19;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173888;STB=0.596357;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0423827;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:15:19:11:20:15:19:11:20 chr3 119197285 . A G 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6227;QD=60.5451;RBI=0.0114906;REFB=0;REVB=0.00754476;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02217e-06;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr3 119211384 . T G 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00455621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.18;QD=10.6676;RBI=0.0377634;REFB=-0.0107207;REVB=0.0374875;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279572;STB=0.668771;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0250156;OID=.;OPOS=119211384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:10:8:7:3:10:8 chr3 119248301 . G A 3206.5 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738912;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8447;QD=61.3683;RBI=0.0764754;REFB=0;REVB=-0.0197126;RO=0;SAF=91;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487531;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:209:0:0:206:209:1:115:91:0:0:116:93:0:0 chr3 119248321 . A G 2583.47 PASS AF=1;AO=78;DP=169;FAO=174;FDP=174;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000455165;FXX=0.0543449;HRUN=9;LEN=1;MLLD=270.102;QD=59.39;RBI=0.0428205;REFB=0;REVB=-0.0428181;RO=0;SAF=63;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75586e-05;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:169:174:0:0:78:174:1:15:63:0:0:90:84:0:0 chr3 119263680 . C T 213.95 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.038412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.593;QD=20.8733;RBI=0.0393419;REFB=-0.014535;REVB=0.00850337;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110453;STB=0.562003;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.010626;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:7:13:11:10:7:13 chr3 119305379 . T A 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0123685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.185;QD=20.64;RBI=0.069997;REFB=-0.00970483;REVB=-0.0688956;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1926;STB=0.60608;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00806328;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:17:19:24:8:17:19:24:8 chr3 119338956 . A G 1359.41 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.501;QD=62.5015;RBI=0.0132829;REFB=0;REVB=0.00556478;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34261e-05;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:55:31:0:0:55:32:0:0 chr3 119361412 . T C 135.37 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0276126;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.545;QD=15.4708;RBI=0.0278572;REFB=-0.0133625;REVB=0.00368323;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619648;STB=0.859432;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0107081;OID=.;OPOS=119361412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:13:2:15:5:13:2:15:5 chr3 119361415 . A G 191.53 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.031864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7987;QD=22.5327;RBI=0.0372638;REFB=-0.0255367;REVB=-0.0193203;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421941;STB=0.736593;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0183676;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:5:14:3:12:5:14:3:12 chr3 119367390 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.702;QD=59.8393;RBI=0.0296882;REFB=0;REVB=0.0266725;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119125;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr3 119378872 . G A 2066.49 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285592;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8535;QD=61.2294;RBI=0.0374623;REFB=-0.151901;REVB=0.0242446;RO=1;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674226;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00181916;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:137:135:1:1:133:134:0.992593:70:63:0:1:70:64:0:1 chr3 119379186 . C T 436.07 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.431;QD=54.5082;RBI=0.045713;REFB=-0.156036;REVB=0.0429772;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0038635;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:1:0 chr3 119395799 . A C 505.79 PASS AF=0.490909;AO=47;DP=103;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0362209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.464;QD=18.3923;RBI=0.053651;REFB=-0.0279353;REVB=-0.0395787;RO=54;SAF=31;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160217;STB=0.612859;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0225488;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:110:54:56:47:54:0.490909:16:31:27:27:16:38:28:28 chr3 119426307 . T C 376.19 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5831;QD=55.7322;RBI=0.0710619;REFB=0;REVB=0.0708238;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133427;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr3 119434527 . G C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.359;QD=63.7519;RBI=0.0225157;REFB=0;REVB=0.00736827;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58194e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr3 119533858 . T C 62.34 PASS AF=0.177419;AO=10;DP=60;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0165119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.385;QD=4.02195;RBI=0.0266135;REFB=-0.00873102;REVB=-0.0208719;RO=46;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166344;STB=0.507872;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0287574;OID=.;OPOS=119533858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:60:62:46:51:10:11:0.177419:4:6:27:19:4:7:32:19 chr3 119533910 . T C 816.35 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211284;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6603;QD=57.2875;RBI=0.0386614;REFB=0;REVB=0.0323774;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315356;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr3 119886548 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.035;QD=63.286;RBI=0.0483145;REFB=0;REVB=0.0431388;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225198;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr3 119886776 . T A 1533.59 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466003;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.748;QD=63.8997;RBI=0.0162682;REFB=0;REVB=0.0155865;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07039e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:57:38:0:0:58:38:0:0 chr3 120048432 . T A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00568376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.802;QD=16.4266;RBI=0.0195006;REFB=-0.0129416;REVB=0.0186539;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079851;STB=0.546136;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0158473;OID=.;OPOS=120048432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:7:4:5:6:7:4 chr3 120389316 . T A 418.07 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0257709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.047;QD=19.9081;RBI=0.0271517;REFB=-0.0201007;REVB=-0.00854829;RO=42;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434653;STB=0.524126;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0176363;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:18:24:22:20:18:24:22:20 chr3 120500093 . C T 344.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183357;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5996;QD=55.1447;RBI=0.0359471;REFB=0;REVB=0.0309192;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213823;OID=.;OPOS=120500093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr3 121137976 . C T 625.11 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1912;QD=60.9865;RBI=0.0348782;REFB=0;REVB=-0.000256498;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166286;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:20:19:0:0:21:20:0:0 chr3 121138015 . C T 632.64 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.598;QD=61.721;RBI=0.0558074;REFB=0;REVB=0.0142253;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505347;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr3 121151784 . G A 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00518298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.391;QD=19.0567;RBI=0.0462729;REFB=-0.0167328;REVB=-0.0459817;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.563967;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0152122;OID=.;OPOS=121151784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:13:7:9:10:13:7 chr3 121154974 . T C 1464.28 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01518;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.822;QD=63.6642;RBI=0.0157494;REFB=0;REVB=-0.00419637;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9364e-06;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:92:0:0:92:92:1:36:56:0:0:36:56:0:0 chr3 121208176 . T C 233.38 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0406442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7719;QD=16.9729;RBI=0.0757501;REFB=-0.00799181;REVB=0.0639228;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199382;STB=0.511227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00952579;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:14:15:14:12:14:15 chr3 121208833 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.844;QD=52.6132;RBI=0.0279424;REFB=0;REVB=-0.0254573;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103562;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr3 121238749 . G A 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3495;QD=61.6748;RBI=0.0686526;REFB=0;REVB=-0.0685188;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505103;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr3 121240941 . CAGG C 314.55 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00357763;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=359.801;QD=19.6591;RBI=0.00555446;REFB=-0.00403202;REVB=-0.00424883;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952066;STB=0.560382;STBP=0.355;TYPE=del;VARB=0.00313914;OID=.;OPOS=121240942;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515625:33:67:33:64:31:14:19:17:14:99:32:14:19:17:15 chr3 121263720 . C A 761.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2259;QD=56.3956;RBI=0.0672053;REFB=0;REVB=0.0418078;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108676;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr3 121350966 . C G 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.934;QD=52.599;RBI=0.0543197;REFB=0;REVB=0.0341363;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805476;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr3 121351315 . G A 81.59 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0494349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.993;QD=9.06513;RBI=0.0663275;REFB=-0.0153501;REVB=-0.0442214;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143824;STB=0.509065;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0573646;OID=.;OPOS=121351315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:35:36:24:25:7:7:0.194444:4:3:10:14:4:3:11:14 chr3 121353254 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.361;QD=48.7373;RBI=0.0279346;REFB=0;REVB=0.023459;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56748e-05;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr3 121354583 . G A 128.13 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00403319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.507;QD=12.2027;RBI=0.00976508;REFB=-0.0193506;REVB=0.00889327;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878064;STB=0.552051;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0352877;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:11:4:9:18:11:4:9:18 chr3 121361787 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0061638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6369;QD=14.0783;RBI=0.0129219;REFB=0.00235113;REVB=0.0113571;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00254525;OID=.;OPOS=121361787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:7:9:5:7:7:9 chr3 121372875 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8095;QD=56.1896;RBI=0.0496217;REFB=0;REVB=0.00742178;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123788;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr3 121373058 . T C 196.32 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0255864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6325;QD=14.2781;RBI=0.0300781;REFB=-0.0110355;REVB=0.0158124;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163987;STB=0.593004;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0143424;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:23:9:10:13:23:9 chr3 121373111 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.24;QD=58.5878;RBI=0.0337955;REFB=0;REVB=0.0322347;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03913e-05;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr3 121374361 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00332364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.079;QD=14.0966;RBI=0.0663505;REFB=-0.00548088;REVB=0.0662672;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829035;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00990694;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:10:4:4:7:10:4 chr3 121383340 . G A 147.54 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0605603;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.141;QD=13.4127;RBI=0.0605668;REFB=-0.0192061;REVB=0.000888315;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513387;STB=0.79753;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0135323;OID=.;OPOS=121383340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:12:4:21:7:12:4:21:7 chr3 121414061 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0114699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.151;QD=14.4906;RBI=0.0116665;REFB=-0.0171287;REVB=-0.00213231;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237857;STB=0.638243;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0222618;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:16:14:13:6:16:14 chr3 121415720 . T C 260.35 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0106693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.606;QD=18.9342;RBI=0.0115742;REFB=-0.0130454;REVB=0.0044864;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141965;STB=0.507931;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0144886;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:12:15:16:12:12:15 chr3 121416623 . G C 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0203035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.616;QD=14.6685;RBI=0.0320512;REFB=-0.000553538;REVB=-0.0248002;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143905;STB=0.582208;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000695425;OID=.;OPOS=121416623;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:16:8:15:17:16:8:15:17 chr3 121435621 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1508;QD=39.2067;RBI=0.0710592;REFB=0;REVB=0.0657637;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242942;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr3 121435624 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.218;QD=40.7629;RBI=0.0142625;REFB=0;REVB=0.0117026;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129817;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr3 121563355 . T C 370.51 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0285152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4074;QD=17.233;RBI=0.0347344;REFB=0.0074341;REVB=0.0198334;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296831;STB=0.510442;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00856942;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:20:19:21:25:20:19:22:25 chr3 121641693 . G A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0415986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2297;QD=16.4163;RBI=0.0484548;REFB=-0.0189577;REVB=-0.024848;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0259071;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr3 121642048 . A T 223.65 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.006085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4717;QD=19.4476;RBI=0.0561146;REFB=0.0334446;REVB=-0.0557837;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.037159;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:14:10:13:9:14:10 chr3 121643170 . A T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0203647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.897;QD=14.7986;RBI=0.0645187;REFB=-0.00123229;REVB=-0.0612204;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657668;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00115748;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:3:8:8:4:3:8:9:4 chr3 121643804 . C T 437.56 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0495623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3413;QD=21.6081;RBI=0.080287;REFB=-0.0190471;REVB=-0.0631631;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160194;STB=0.588329;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0212648;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:24:14:24:19:24:14 chr3 121646641 . A G 184.79 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0126836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.754;QD=11.3719;RBI=0.0523787;REFB=-0.0210051;REVB=-0.0508198;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228698;STB=0.632074;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0266384;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:15:9:24:17:15:9:24:17 chr3 121647286 . C T 291.39 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0116787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.629;QD=16.8923;RBI=0.0242394;REFB=-0.00389803;REVB=0.0212404;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179411;STB=0.60066;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00539437;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:22:15:19:13:22:15 chr3 121648168 . G A 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00574725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.542;QD=11.6678;RBI=0.00580863;REFB=-0.0167552;REVB=-0.000842192;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787773;STB=0.546695;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.022435;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:13:13:6:8:13:13 chr3 121712051 . A C 512.05 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8913;QD=58.52;RBI=0.087129;REFB=0;REVB=0.0858536;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012831;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:1:0:33:35:1:11:22:0:1:13:22:0:0 chr3 121825197 . G A 1495.08 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319015;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.861;QD=63.6204;RBI=0.0319082;REFB=0;REVB=-0.000651277;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76747e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr3 121836966 . TGA T 385.88 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291538;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.517;QD=55.1254;RBI=0.0303973;REFB=0;REVB=0.00860529;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00012577;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:30:28:28:0:14:14:0:0:4:0:13:11:0:0 chr3 121838319 . G A 306.77 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00959102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.161;QD=15.7318;RBI=0.00972121;REFB=-0.00577808;REVB=0.00158567;RO=44;SAF=9;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250466;STB=0.64682;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.008699;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:44:33:34:0.435897:24:9:22:22:25:9:22:22 chr3 121838791 . T C 217.54 PASS AF=0.329412;AO=27;DP=82;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.000301566;FXX=0.0555494;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.37;QD=10.2372;RBI=0.00318917;REFB=-0.00950157;REVB=0.00317488;RO=54;SAF=8;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225156;STB=0.60792;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0144247;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:54:57:27:28:0.329412:19:8:26:28:19:9:27:30 chr3 121838792 . TTG TCT,T 729.08 PASS AF=0,0.927273;AO=6,72;DP=87;FAO=0,51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=0,24;FSAR=0,27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00980269,0.0176385;FXX=0.38198;HRUN=4,4;LEN=2,2;MLLD=71.2233,162.809;QD=53.0242;RBI=0.0149301,0.0188095;REFB=0.00688973,-0.000487902;REVB=-0.0112612,-0.00653303;RO=0;SAF=6,30;SAR=0,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.363636;SSSB=0,-4.1178e-08;STB=0.5,0.516123;STBP=1,0.411;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.000117755;OID=.,.;OPOS=121838793,121838793;OREF=TG,TG;OALT=CT,-;OMAPALT=TCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.927273:6,72:87:0,51:55:4:0,24:0,27:1:3:18:0:6,30:0,42:0:0 chr3 122003045 . G C 1382.92 PASS AF=1;AO=78;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.686;QD=62.1536;RBI=0.036698;REFB=0;REVB=0.0321376;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121482;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:78:89:1:44:34:0:0:53:36:0:0 chr3 122003769 . A G 769.03 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.227;QD=56.9649;RBI=0.0510252;REFB=0;REVB=0.0381787;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193216;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr3 122003832 . G C 1362.45 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0332;QD=61.9297;RBI=0.0291031;REFB=0;REVB=0.00190338;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134949;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:41:45:0:0:43:45:0:0 chr3 122140919 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00909197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.045;QD=11.9536;RBI=0.0193065;REFB=-0.0202105;REVB=-0.0170316;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215402;STB=0.626586;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0312221;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:9:2:3:5:9:2 chr3 122144347 . C G 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0222496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.299;QD=18.0862;RBI=0.0225713;REFB=0.00286388;REVB=0.00379667;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156197;STB=0.508765;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00289425;OID=.;OPOS=122144347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:12:15:14:12:12:15 chr3 122144873 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0069111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.409;QD=12.3285;RBI=0.00694855;REFB=-0.00647603;REVB=0.00072051;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00372584;OID=.;OPOS=122144873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:9:8:6:5:9:8 chr3 122145470 . C A 469.78 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00851575;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=342.707;QD=28.9093;RBI=0.0111448;REFB=0.00311881;REVB=-0.00718952;RO=22;SAF=20;SAR=23;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638378;STB=0.534666;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00188087;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:23:20:8:14:23:20:8:14 chr3 122186188 . C T 629.16 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00474002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.541;QD=57.1966;RBI=0.010737;REFB=0.00180378;REVB=0.0096341;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446492;STB=0.523798;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-1.26096e-05;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:22:20:2:0:22:20:2:0 chr3 122259606 . T C 345.91 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00735164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4263;QD=15.7233;RBI=0.0878313;REFB=-0.0179842;REVB=0.0875231;RO=50;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153577;STB=0.514917;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0207134;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:37:38:0.431818:22:15:21:29:23:15:21:29 chr3 122259640 . T C 318.79 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0214995;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.191;QD=17.0022;RBI=0.0436943;REFB=-0.0217931;REVB=0.038039;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11031;STB=0.542349;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0158171;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:40:35:35:0.466667:21:14:11:27:21:14:13:27 chr3 122288210 . G A 110.19 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00812285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8422;QD=15.1992;RBI=0.144056;REFB=-0.0526178;REVB=-0.143826;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135257;STB=0.578821;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0573299;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:9:7:4:9:9:7 chr3 122290579 . C T 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00645109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.163;QD=10.1987;RBI=0.00678114;REFB=0.00777036;REVB=-0.0020898;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656678;STB=0.519298;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0138366;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:51:25:25:0.328947:14:11:18:29:14:11:21:30 chr3 122345822 . GA G 68.99 PASS AF=0.469697;AO=24;DP=69;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00946846;FXX=0.043472;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.39778;QD=4.18149;RBI=0.172208;REFB=-0.102349;REVB=0.171947;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24987;STB=0.548356;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=0.137014;OID=.;OPOS=122345823;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:24:69:31:66:35:17:14:16:19:68:33:16:8:14:19 chr3 122418750 . G A 152.95 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00672597;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.916;QD=20.393;RBI=0.0232112;REFB=-0.00897359;REVB=-0.0222153;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00655494;OID=.;OPOS=122418750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:7:7:8:8:7:7 chr3 122419083 . C A 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0206585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.581;QD=11.3237;RBI=0.0223302;REFB=-0.0167645;REVB=-0.00847725;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212867;STB=0.623375;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0271251;OID=.;OPOS=122419083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:14:9:24:17:14:9:24:17 chr3 122437321 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2034;QD=60.9777;RBI=0.0469563;REFB=0;REVB=0.039414;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641522;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr3 122439754 . C G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00949656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.718;QD=19.1085;RBI=0.0184589;REFB=0.00444959;REVB=-0.0158286;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057902;STB=0.533262;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00340026;OID=.;OPOS=122439754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:1:5:7:2:1:5 chr3 122449525 . G A 83.16 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0192434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5636;QD=4.75197;RBI=0.0200167;REFB=-0.00644219;REVB=-0.00550998;RO=56;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459034;STB=0.52937;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0273267;OID=.;OPOS=122449525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:8:6:22:34:8:6:22:34 chr3 122459290 . G GAGA 223.31 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0216497;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.035;QD=20.3009;RBI=0.0251046;REFB=-0.0303649;REVB=-0.0127096;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110603;STB=0.57075;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=0.0294979;OID=.;OPOS=122459291;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:21:44:22:44:22:14:8:11:11:99:22:13:8:11:11 chr3 122459477 . A G 461.41 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0140279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.311;QD=18.8329;RBI=0.0342655;REFB=-0.00956488;REVB=-0.0312625;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444658;STB=0.53968;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00680443;OID=.;OPOS=122459477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:50:52:45:46:0.469388:24:21:21:29:24:22:21:31 chr3 122605701 . T A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0744756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.147;QD=11.0192;RBI=0.0777477;REFB=0.0019701;REVB=0.0223181;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00995555;OID=.;OPOS=122605701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr3 122630256 . A T 169.2 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00629717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.411;QD=12.0858;RBI=0.0298754;REFB=-0.023278;REVB=0.0292042;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00600169;STB=0.505957;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0329733;OID=.;OPOS=122630256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:10:11:18:16:10:11:18:17 chr3 122680141 . A G 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.183;QD=61.1848;RBI=0.0207708;REFB=0.03451;REVB=0.0152506;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=8.04789e-05;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr3 122843110 . G T 357.4 PASS AF=0.409524;AO=39;DP=102;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0183373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.916;QD=13.6152;RBI=0.0187951;REFB=-0.00253735;REVB=0.0041227;RO=57;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203736;STB=0.620196;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00961875;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:57:62:39:43:0.409524:15:24:24:33:15:28:28:34 chr3 122864436 . G A 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.333;QD=58.9867;RBI=0.0532564;REFB=0.00444137;REVB=-0.00508272;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000106311;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:42:33:0:1:42:33:0:1 chr3 122991021 . A T 1098.08 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.225;QD=60.1685;RBI=0.00692881;REFB=0;REVB=-0.00295365;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10563e-06;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:38:34:1:0:38:35:0:0 chr3 122991038 . C T 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.771;QD=61.3739;RBI=0.0166599;REFB=0;REVB=0.0163921;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23647e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr3 123008709 . G A 1394.72 PASS AF=0.978495;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.071347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0743;QD=59.988;RBI=0.102951;REFB=-0.111068;REVB=0.0742188;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502079;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00188494;OID=.;OPOS=123008709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:93:0:2:89:91:0.978495:35:54:0:0:37:54:1:1 chr3 123218524 . TTAAAA T 79.23 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0111212;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=5;MLLD=351.654;QD=9.32064;RBI=0.0140534;REFB=-0.00608382;REVB=-0.00859166;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231534;STB=0.639588;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.00823264;OID=.;OPOS=123218525;OREF=TAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:13:35:13:34:21:4:9:11:10:79:19:4:9:10:9 chr3 123357037 . A G 407.58 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00949498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.78;QD=19.1801;RBI=0.0104076;REFB=-0.0113595;REVB=-0.00426179;RO=43;SAF=25;SAR=16;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297664;STB=0.667682;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0205558;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:43:41:42:0.494118:16:25:12:31:16:26:12:31 chr3 123418913 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.006;QD=63.8718;RBI=0.0168279;REFB=0;REVB=-0.00642153;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78479e-05;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr3 123419116 . GTTC G 1148.03 PASS AF=0.911504;AO=102;DP=110;FAO=103;FDP=113;FR=.;FRO=10;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0164808;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=278.699;QD=40.6382;RBI=0.0202486;REFB=-0.0589105;REVB=0.0117639;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510723;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=0.00509545;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911504:102:110:103:113:10:43:60:3:7:12:0:43:59:0:0 chr3 123419288 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.426;QD=57.1063;RBI=0.0265451;REFB=0;REVB=0.0166196;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29586e-05;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:43:12:0:0:43:12:0:0 chr3 123419573 . G T 1568.22 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1992;QD=64.0091;RBI=0.0826907;REFB=0;REVB=-0.0787706;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607297;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:44:54:0:0:44:54:0:0 chr3 123419733 . A G 614.68 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.104;QD=61.4681;RBI=0.0809067;REFB=0;REVB=0.0108281;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564698;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:36:40:1:17:19:0:0:17:23:0:0 chr3 123451773 . G C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.343;QD=59.5016;RBI=0.0355499;REFB=0;REVB=0.0134143;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72097e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr3 123452838 . G A 1226.84 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0220047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.802;QD=57.7335;RBI=0.0265518;REFB=-0.172931;REVB=0.014859;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.508626;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.000472302;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:1:3:82:82:0.964706:47:35:1:0:47:35:2:1 chr3 123457893 . G A 43.36 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0820626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0287;QD=5.7814;RBI=0.0821492;REFB=-0.0169751;REVB=-0.00377017;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366489;STB=0.523743;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0593246;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:6:17:5:2:6:17 chr3 123512627 . G T 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0116817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.604;QD=22.9244;RBI=0.0201715;REFB=-0.0130549;REVB=-0.0164446;RO=25;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958339;STB=0.552682;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0102987;OID=.;OPOS=123512627;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:19:15:8:17:19:15:8:17 chr3 123634046 . G A 1274.77 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000893682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.724;QD=59.2917;RBI=0.0209819;REFB=-0.0988788;REVB=0.0209628;RO=2;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225432;STB=0.511902;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00138004;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:41:43:0:2:41:43:0:2 chr3 123665902 . T G 1941.27 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5612;QD=61.1422;RBI=0.0749721;REFB=0;REVB=0.0749271;RO=3;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475482;OID=.;OPOS=123665902;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:127:3:0:123:127:1:52:71:0:3:56:71:0:0 chr3 123988039 . T C 526.66 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0373901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.117;QD=24.4956;RBI=0.0378877;REFB=-0.0347471;REVB=0.00612038;RO=37;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103368;STB=0.556585;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0311017;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:25:24:23:14:25:24:23:14 chr3 124044949 . C T 1461.79 PASS AF=1;AO=84;DP=104;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097218;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.248;QD=58.4714;RBI=0.097313;REFB=0;REVB=0.00429777;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00697424;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:100:0:0:84:100:1:49:35:0:0:47:53:0:0 chr3 124181454 . C T 95.11 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0439518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7545;QD=11.1899;RBI=0.0576754;REFB=0.00567651;REVB=-0.0373456;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0201625;OID=.;OPOS=124181454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:10:12:5:7:10:12 chr3 124196094 . A T 325.44 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0137747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.425;QD=20.0273;RBI=0.0162733;REFB=-0.00621946;REVB=-0.0086647;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23473;STB=0.599943;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00886475;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:31:34:34:0.523077:17:17:22:6:17:17:22:9 chr3 124351316 . G A 994.64 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0443358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4978;QD=57.6602;RBI=0.045402;REFB=0.0387393;REVB=0.00978144;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000612899;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:34:33:0:1:35:33:0:1 chr3 124351424 . T C 1034.47 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016033;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.387;QD=58.2798;RBI=0.0286957;REFB=-0.123773;REVB=0.0237989;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111254;STB=0.505881;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00271887;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:42:28:0:1:42:28:0:1 chr3 124376653 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.035;QD=62.9825;RBI=0.028946;REFB=0;REVB=0.0139894;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27596e-05;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 124379748 . G C 137.81 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.015778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.88;QD=7.34983;RBI=0.0331409;REFB=-0.0091452;REVB=-0.029144;RO=53;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238172;STB=0.655887;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0308944;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:55:20:20:0.266667:7:13:24:29:7:13:24:31 chr3 124379817 . T C 217.73 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0209934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.707;QD=9.3648;RBI=0.0405294;REFB=0.00530857;REVB=0.0346685;RO=64;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337844;STB=0.69093;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0140568;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:65:28:28:0.301075:11:17:20:44:11:17:21:44 chr3 124412634 . G T 141.33 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.015979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.149;QD=13.4601;RBI=0.0185098;REFB=-0.00133108;REVB=-0.00934246;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533805;STB=0.53121;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0017278;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:11:15:10:6:11:15 chr3 124451284 . T C 134.36 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00378393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.781;QD=19.1937;RBI=0.0183383;REFB=0.00887616;REVB=0.0179437;RO=13;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327161;STB=0.699656;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00965441;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:1:13:10:3:1:14:10:3 chr3 124482494 . TTTGTTGAAC T 162.68 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0130907;FXX=0.0645057;HRUN=3;LEN=9;MLLD=301.934;QD=11.2196;RBI=0.0139787;REFB=-0.0175082;REVB=0.00490287;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.53716;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.0211792;OID=.;OPOS=124482495;OREF=TTGTTGAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431034:25:61:25:58:33:13:12:15:18:99:32:13:12:14:18 chr3 124627024 . T G 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0530569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.509;QD=21.6643;RBI=0.0530577;REFB=-0.0211965;REVB=-0.000285239;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824198;STB=0.545432;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0209959;OID=.;OPOS=124627024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:21:18:12:21:21:18:12:21 chr3 124646705 . A AAAG,AAG,AG 660.64 PASS AF=1,0,0;AO=30,11,6;DP=55;FAO=48,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,0;FSAR=46,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790275,-0.0896988,-0.154676;FXX=0.12725;HRUN=3,3,2;LEN=3,2,1;MLLD=213.3,200.171,184.396;QD=55.0529;RBI=0.063439,0.108919,0.16349;REFB=0,0,0;REVB=0.0629449,0.0617859,0.0529532;RO=7;SAF=1,0,0;SAR=29,11,6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.22473,-0.787731,-0.71172;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.00100264,0,0;OID=.,.,.;OPOS=124646706,124646706,124646706;OREF=-,-,-;OALT=AAG,AG,G;OMAPALT=AAAG,AAG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:30,11,6:55:48,0,0:48:0:2,0,0:46,0,0:0:0:4:7:1,0,0:29,11,6:1:6 chr3 124688791 . A T 73.5 PASS AF=0.833333;AO=7;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.110671;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=41.5577;QD=24.4997;RBI=0.195916;REFB=-0.0657612;REVB=0.161663;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.666295;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0172164;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:4:2:7:10:0.833333:5:2:2:2:8:2:2:0 chr3 124692689 . C T 1269.14 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779983;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9524;QD=61.9093;RBI=0.0107042;REFB=0;REVB=-0.00733088;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015754;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:43:39:0:0 chr3 124731485 . C G 932.53 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00618022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.901;QD=55.6735;RBI=0.0112726;REFB=-0.197239;REVB=0.0094274;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295018;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00569712;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:67:2:1:65:66:0.985075:34:31:2:0:34:32:1:0 chr3 124731533 . T C 131.14 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.00266345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2684;QD=4.40801;RBI=0.0174694;REFB=0.00440504;REVB=-0.0172652;RO=95;SAF=9;SAR=14;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930257;STB=0.563702;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0122628;OID=.;OPOS=124731533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:95:96:23:23:0.193277:14:9:44:51:14:9:45:51 chr3 124731689 . T A 1751.39 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685341;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.913;QD=60.9181;RBI=0.00808426;REFB=0;REVB=0.0042879;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116862;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:66:49:0:0:66:49:0:0 chr3 124733649 . T G 1419.93 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617141;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.846;QD=63.1079;RBI=0.0268438;REFB=0;REVB=0.0261248;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80564e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:47:41:0:0:49:41:0:0 chr3 124738285 . G C 120.79 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0583169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6442;QD=14.6408;RBI=0.0764451;REFB=-0.00649459;REVB=0.0494266;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499146;STB=0.782281;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00323829;OID=.;OPOS=124738285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:17:2:9:5:17:2 chr3 124746347 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.564;QD=59.8346;RBI=0.043979;REFB=0;REVB=0.0298477;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162373;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr3 124826408 . T C 333.84 PASS AF=0.6;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0178979;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6669;QD=24.279;RBI=0.0192862;REFB=-0.0332507;REVB=-0.00718476;RO=22;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558375;STB=0.530708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.015857;OID=.;OPOS=124826408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:22:33:33:0.6:14:19:11:11:14:19:11:11 chr3 124829056 . C A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0190214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.482;QD=3.73333;RBI=0.0301139;REFB=-0.013285;REVB=-0.023346;RO=37;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699842;STB=0.548879;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.04412;OID=.;OPOS=124829056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:4:3:18:19:4:3:18:19 chr3 124837684 . T C 1481.97 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0467036;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1132;QD=58.1164;RBI=0.0467093;REFB=0.00382229;REVB=0.000734455;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000233234;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:100:101:0.990196:53:47:0:0:54:47:1:0 chr3 124839470 . G A 1227.63 PASS AF=0.913978;AO=84;DP=94;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.022647;FXX=0.0312467;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.273;QD=52.8012;RBI=0.0337436;REFB=-0.0139317;REVB=0.0250149;RO=6;SAF=52;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377782;STB=0.521229;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000172186;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:94:93:6:8:84:85:0.913978:32:52:2:4:33:52:3:5 chr3 124951171 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA 265.21 PASS AF=0,0.8,0.166667;AO=5,10,2;DP=34;FAO=0,24,5;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=0,7,5;FSAR=0,17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.131825,0.162479,0.121205;FXX=0.142816;HRUN=15,15,15;LEN=5,4,1;MLLD=12.2426,14.1324,142.888;QD=35.3617;RBI=0.14586,0.180353,0.12181;REFB=-0.0809443,-0.0981673,-0.12642;REVB=-0.0624289,-0.0782793,-0.0121229;RO=2;SAF=1,1,2;SAR=4,9,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.413629,-0.43181,0;STB=0.5,0.533305,0.5;STBP=1,0.192,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0922465,0.0172204,0.0539679;OID=.,.,.;OPOS=124951172,124951172,124951184;OREF=TTTTT,TTTT,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTTT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.8,0.166667:5,10,2:34:0,24,5:30:1:0,7,5:0,17,0:1:0:29:2:1,1,2:4,9,0:2:0 chr3 124951821 . C T 148.81 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0129484;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.757;QD=13.8425;RBI=0.0129577;REFB=-0.00690945;REVB=-0.000489862;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708753;STB=0.507034;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0175998;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:16:17:0.395349:10:6:11:14:10:7:11:15 chr3 125235852 . A ATTTAT 227.92 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00135598;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=308.207;QD=21.2019;RBI=0.0132384;REFB=-0.0213365;REVB=0.0131688;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152576;STB=0.55691;STBP=0.452;TYPE=ins;VARB=0.0213328;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628:22:48:22:43:21:10:12:12:9:99:26:10:12:16:10 chr3 125653291 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.233;QD=48.7341;RBI=0.0452484;REFB=0;REVB=0.0321794;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93054e-06;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr3 125692141 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.536;QD=58.9627;RBI=0.0481746;REFB=0;REVB=0.0292378;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102204;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr3 125692148 . G A 263.96 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0298233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4395;QD=15.3018;RBI=0.0330843;REFB=-0.0132813;REVB=0.0143228;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174741;STB=0.598948;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0216729;OID=.;OPOS=125692148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:11:19:18:21:11:19:18:21 chr3 125725268 . TAACA T 84.92 PASS AF=0.309091;AO=13;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0023753;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=189.411;QD=6.17568;RBI=0.00412824;REFB=-0.00471803;REVB=-0.00337643;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168823;STB=0.5066;STBP=0.962;TYPE=del;VARB=0.0110335;OID=.;OPOS=125725269;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:13:55:17:55:38:7:10:16:22:84:33:7:6:13:20 chr3 125726048 . G C 592.98 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.942;QD=59.2979;RBI=0.0662758;REFB=0;REVB=0.00817518;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396061;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:23:13:0:0:23:17:0:0 chr3 125775227 . CT C,CC 765.06 PASS AF=0.392857,0.607143;AO=27,28;DP=57;FAO=22,34;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=22,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725389,-0.0128468;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.529,142.26;QD=54.6474;RBI=0.0440407,0.0421738;REFB=0,0;REVB=0.0434392,0.0401695;RO=0;SAF=1,24;SAR=26,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0157767,0.0410153;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.392857,0.607143:27,28:57:22,34:56:0:0,25:22,9:0:0:99:0:1,24:26,4:0:0 chr3 125786879 . T C 619.87 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0512116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6383;QD=59.0356;RBI=0.0513094;REFB=-0.0661713;REVB=-0.00316664;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00113508;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:18:23:0:0:18:23:0:1 chr3 125826059 . T C 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00674682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7644;QD=21.531;RBI=0.00982858;REFB=-0.00300968;REVB=0.00714712;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066146;STB=0.536565;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00204616;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:22:15:15:16:22:15:15:16 chr3 125854409 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00671544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.643;QD=14.2415;RBI=0.0333878;REFB=-0.0368642;REVB=-0.0327054;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067306;STB=0.547127;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0410655;OID=.;OPOS=125854409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:17:13:11:11:18:13 chr3 125856695 . C A 525.79 PASS AF=0.569767;AO=43;DP=79;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0697987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4788;QD=24.4554;RBI=0.0702259;REFB=-0.0202614;REVB=0.00773368;RO=36;SAF=31;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248334;STB=0.632867;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0416661;OID=.;OPOS=125856695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:36:37:43:49:0.569767:12:31:16:20:13:36:17:20 chr3 125865766 . C A 201.13 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0100456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.983;QD=21.1714;RBI=0.0126185;REFB=-0.014501;REVB=-0.00763626;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297709;STB=0.657752;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0142163;OID=.;OPOS=125865766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:18:18:20:0.526316:9:9:3:15:10:10:3:15 chr3 125879232 . A T 343.15 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00944007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4932;QD=24.0805;RBI=0.0214772;REFB=-0.0259341;REVB=-0.0192913;RO=22;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201332;STB=0.522149;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0247629;OID=.;OPOS=125879232;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:34:34:0.596491:13:21:13:9:13:21:13:10 chr3 126137558 . C T 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0227091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.543;QD=26.4127;RBI=0.02819;REFB=-0.021951;REVB=0.0167024;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053189;STB=0.529389;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0168858;OID=.;OPOS=126137558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:9:16:12:5:9:16:12:5 chr3 126138889 . G T 563.8 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0326404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.679;QD=21.0764;RBI=0.0344949;REFB=-0.0101314;REVB=0.0111581;RO=50;SAF=12;SAR=45;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296784;STB=0.664607;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.005928;OID=.;OPOS=126138889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:45:12:25:25:45:12:25:25 chr3 126169230 . C T 1066.61 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.294;QD=58.4442;RBI=0.0387097;REFB=-0.127962;REVB=-0.0325316;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000313936;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:35:37:0:0:35:37:0:1 chr3 126169472 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.643;QD=46.8471;RBI=0.0614728;REFB=0;REVB=0.0250439;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437921;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr3 126178648 . G C 144.64 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0187681;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0912;QD=21.4275;RBI=0.019167;REFB=-0.0037454;REVB=-0.00389001;RO=12;SAF=13;SAR=2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592415;STB=0.838224;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00414663;OID=.;OPOS=126178648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:12:15:15:0.555556:2:13:2:10:2:13:2:10 chr3 126194076 . T C 696.4 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0857946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.417;QD=61.902;RBI=0.0937596;REFB=0;REVB=0.0378172;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87068e-05;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:20:25:0:0 chr3 126202257 . G A 1603.81 PASS AF=0.471751;AO=166;DP=352;FAO=167;FDP=354;FR=.;FRO=187;FSAF=97;FSAR=70;FSRF=90;FSRR=97;FWDB=-0.0133978;FXX=0.00281682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.873;QD=18.1222;RBI=0.0171955;REFB=-0.0465473;REVB=0.0107789;RO=184;SAF=97;SAR=69;SRF=88;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102246;STB=0.553068;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0402638;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:354:184:187:166:167:0.471751:69:97:88:96:70:97:90:97 chr3 126218167 . G A 490.24 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00744042;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.197;QD=19.4155;RBI=0.00746904;REFB=0.000570434;REVB=0.000653311;RO=49;SAF=18;SAR=32;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651392;STB=0.545887;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.000316693;OID=.;OPOS=126218167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:49:50:50:51:0.50495:32:18:21:28:33:18:22:28 chr3 126329910 . A G 575.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.803;QD=60.5821;RBI=0.025543;REFB=0;REVB=-0.00829004;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76535e-05;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr3 126737268 . C A 727.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839699;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4498;QD=57.0933;RBI=0.0870265;REFB=0;REVB=0.0228618;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616606;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr3 126754774 . TCTG CCTT,T 35.21 PASS AF=0,0.333333;AO=3,5;DP=21;FAO=0,6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=0,2;FSAR=0,4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0387909,0.0484968;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=184.985,222.055;QD=7.82444;RBI=0.0432596,0.0556146;REFB=-0.0152882,-0.0153991;REVB=-0.0191482,-0.0272222;RO=11;SAF=3,1;SAR=0,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.686823,-0.218963;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.02594;OID=.,.;OPOS=126754774,126754775;OREF=TCTG,CTG;OALT=CCTT,-;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:21:18:11:12:3,5:0,6:0,0.333333:0,4:3,1:4:7:0,4:0,2:4:8 chr3 126916371 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4933;QD=52.613;RBI=0.0585467;REFB=0;REVB=-0.0106582;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094026;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 109.18 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00725621;FXX=0.266489;HRUN=3;LEN=3;MLLD=274.917;QD=39.702;RBI=0.0393877;REFB=-0.0164308;REVB=0.0387135;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189353;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=ins;VARB=0.00283519;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:10:15:10:11:1:7:3:1:0:8:5:7:3:2:3 chr3 127398896 . G T 377.91 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0211493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.826;QD=24.381;RBI=0.0219677;REFB=-0.044509;REVB=-0.00594017;RO=25;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295282;STB=0.516215;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0243152;OID=.;OPOS=127398896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:12:25:16:9:12:25:16:9 chr3 127409941 . T C 295.76 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0144683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.131;QD=22.3217;RBI=0.0160054;REFB=-0.0271799;REVB=0.00684416;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159861;STB=0.508838;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0145741;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:19:11:8:15:19:11:8:15 chr3 127410915 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.81;QD=62.022;RBI=0.0164051;REFB=0;REVB=0.000623699;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0595e-05;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr3 127410959 . G T 188.9 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.5658;QD=47.2253;RBI=0.147138;REFB=0;REVB=0.124758;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00772794;OID=.;OPOS=127410959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:16:0:0:11:16:1:2:9:0:0:2:14:0:0 chr3 127434580 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9789;QD=49.599;RBI=0.011797;REFB=0;REVB=-0.00453121;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000553752;OID=.;OPOS=127434580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr3 127641968 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.837;QD=53.2772;RBI=0.0343501;REFB=0;REVB=0.0302677;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199118;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 127983495 . T C 732.85 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537845;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.569;QD=63.7257;RBI=0.0545015;REFB=0;REVB=0.00881114;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025455;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:28:11:0:0:29:17:0:0 chr3 128181537 . C T 322.37 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00231707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.942;QD=16.532;RBI=0.0225507;REFB=-0.018329;REVB=0.0224313;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129581;STB=0.572479;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.028788;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:15:20:30:13:15:20:30:13 chr3 128182074 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.186;QD=56.9567;RBI=0.0284072;REFB=0;REVB=0.0166864;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75778e-05;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr3 128204951 . C T 39.81 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0243797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.201;QD=13.2691;RBI=0.069502;REFB=-0.0397726;REVB=0.0650857;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0201998;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:2:3:2:4:3:3:2:4 chr3 128292213 . A G 465.93 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0132175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.184;QD=17.7496;RBI=0.0166144;REFB=-0.00358417;REVB=0.0100666;RO=55;SAF=21;SAR=29;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185529;STB=0.602984;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00288392;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:29:21:34:21:29:21:34:21 chr3 128292844 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0601399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7297;QD=19.134;RBI=0.0781182;REFB=0.0394183;REVB=0.0498562;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00176385;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr3 128344786 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0149262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.331;QD=20.0309;RBI=0.0172748;REFB=-0.00154197;REVB=0.00869629;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147764;STB=0.583264;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00179911;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:11:15:10:14:11:15 chr3 128356852 . C T 260.5 PASS AF=0.449275;AO=28;DP=66;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00553966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9858;QD=15.1017;RBI=0.0180571;REFB=-0.0325394;REVB=-0.0171864;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253242;STB=0.612118;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0349007;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:37:38:28:31:0.449275:11:17:13:24:14:17:13:25 chr3 128392630 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0110188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.781;QD=15.8821;RBI=0.0233244;REFB=-0.0216646;REVB=-0.0205575;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0216195;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr3 128618283 . T C 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0451994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3111;QD=14.7407;RBI=0.0475071;REFB=-0.00826611;REVB=-0.0146266;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122584;STB=0.571341;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0105156;OID=.;OPOS=128618283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:10:15:12:5:10:15 chr3 128890350 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.857;QD=48.7372;RBI=0.00729072;REFB=0;REVB=0.00624385;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98677e-05;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr3 129007829 . C T 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0222913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.129;QD=5.15566;RBI=0.0223125;REFB=-0.00468067;REVB=-0.000974688;RO=56;SAF=7;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107755;STB=0.568134;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0150066;OID=.;OPOS=129007829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:8:7:31:25:8:7:31:25 chr3 129130197 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.000607656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.279;QD=16.4265;RBI=0.0370822;REFB=0.00704033;REVB=0.0370772;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189204;STB=0.612006;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0034294;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:2:9:10:1:2:9 chr3 129134242 . G A 331.24 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0416897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.784;QD=21.7206;RBI=0.047112;REFB=-0.0166849;REVB=-0.0219433;RO=27;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693877;STB=0.543184;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0262901;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:33:34:0.557377:12:21:15:12:12:22:15:12 chr3 129137127 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00424261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.87;QD=14.6686;RBI=0.013235;REFB=-0.0052957;REVB=-0.0125366;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176723;STB=0.600509;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00945301;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:19:13:14:10:19:13 chr3 129140499 . T C 358.48 PASS AF=0.544118;AO=32;DP=63;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=7.96722e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.767;QD=21.0873;RBI=0.0239053;REFB=-0.0170372;REVB=0.0239052;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10378;STB=0.571513;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0146171;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:30:31:32:37:0.544118:12:20:22:8:15:22:23:8 chr3 129155451 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0124418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.9;QD=19.1093;RBI=0.0157965;REFB=-0.00479888;REVB=0.009733;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270213;STB=0.652054;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00332256;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:20:7:14:12:20:7:14:12 chr3 129158609 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00399704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4818;QD=12.0509;RBI=0.062831;REFB=-0.00129643;REVB=-0.0627037;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00230642;OID=.;OPOS=129158609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:6:7:3:6:6:7 chr3 129202517 . G A 533.12 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00186693;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.831;QD=25.3867;RBI=0.0181461;REFB=-0.0179601;REVB=-0.0180498;RO=35;SAF=26;SAR=23;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206795;STB=0.61275;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0155801;OID=.;OPOS=129202517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:35:35:49:49:0.583333:23:26:9:26:23:26:9:26 chr3 129207102 . C T 510.98 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0224829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.469;QD=21.2906;RBI=0.0318414;REFB=-0.0117873;REVB=-0.0225475;RO=47;SAF=26;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553764;STB=0.5306;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0101317;OID=.;OPOS=129207102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:23:26:22:25:23:26:22:25 chr3 129210977 . G C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00594058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.769;QD=10.6346;RBI=0.0269738;REFB=-0.0141172;REVB=0.0263115;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.648251;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0245204;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:6:7:6:2:6:7 chr3 129279597 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.839;QD=58.142;RBI=0.0496288;REFB=0;REVB=0.0358119;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1708e-06;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr3 129281980 . C T 752.18 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.009;QD=61.4026;RBI=0.0177518;REFB=-0.0521697;REVB=-0.00501877;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00248725;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:22:25:1:0:23:25:1:0 chr3 129286413 . G C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00974472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.231;QD=16.1722;RBI=0.0116492;REFB=-0.00141246;REVB=-0.00638319;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141333;STB=0.50812;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0027075;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:6:14:11:5:6:14 chr3 129286635 . G A 52.01 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=22;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00931073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.336;QD=8.66793;RBI=0.00939007;REFB=-0.0199363;REVB=-0.00121813;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.541563;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0487313;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:22:24:16:16:6:8:0.333333:2:4:7:9:4:4:7:9 chr3 129290634 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0157889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.815;QD=13.2052;RBI=0.0216349;REFB=-0.0395822;REVB=-0.0147912;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0527165;OID=.;OPOS=129290634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:1:5:5:1:1:5 chr3 129291751 . T C 257.56 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0512715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2389;QD=19.8124;RBI=0.0570149;REFB=-0.0108308;REVB=-0.0249387;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161338;STB=0.613781;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00842457;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:25:27:27:0.519231:14:13:15:7:14:13:18:7 chr3 129293183 . T C 945.64 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.143;QD=58.193;RBI=0.0401118;REFB=0;REVB=-0.0384612;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94379e-05;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:29:36:0:0 chr3 129293256 . T C 524.19 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0395784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5729;QD=17.3286;RBI=0.0522146;REFB=-0.0377741;REVB=-0.0340576;RO=65;SAF=37;SAR=19;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110239;STB=0.56147;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0442436;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:19:37:36:29:19:37:36:29 chr3 129366898 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0028981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.964;QD=16.1153;RBI=0.024221;REFB=-0.0190844;REVB=-0.024047;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111842;STB=0.563149;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0228923;OID=.;OPOS=129366898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:19:10:11:13:19:10 chr3 129367024 . T A 783.59 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0833;QD=56.9886;RBI=0.105794;REFB=0;REVB=-0.00810289;RO=3;SAF=19;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211759;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:3:0:47:55:1:28:19:3:0:29:26:0:0 chr3 129538635 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.413;QD=56.706;RBI=0.0366649;REFB=0;REVB=0.008556;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183649;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 129546729 . T C 759.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.59;QD=56.2894;RBI=0.0609143;REFB=0;REVB=0.0604119;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734155;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:14:36:0:0:17:37:0:0 chr3 129695954 . T C 358.1 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.429;QD=55.0924;RBI=0.0527754;REFB=0;REVB=0.0423076;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163648;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr3 129696041 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.945;QD=61.3364;RBI=0.0228436;REFB=0;REVB=0.0217227;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80242e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr3 129800886 . AGG AGA,GAG 44.19 PASS AF=0.134615,0;AO=6,2;DP=52;FAO=7,0;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0125943,0.00422821;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=196.737,107.238;QD=3.39906;RBI=0.034039,0.037586;REFB=0.0157016,0.0147549;REVB=-0.0316234,-0.0373475;RO=35;SAF=3,0;SAR=3,2;SRF=17;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0169113,-0.42828;STB=0.561621,0.5;STBP=0.795,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00381556,0;OID=.,.;OPOS=129800888,129800886;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:52:35:44:6,2:7,0:0.134615,0:3,2:3,0:17:18:4,0:3,0:22:22 chr3 129800895 . G A 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00901241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.387;QD=3.02622;RBI=0.0105733;REFB=-0.00249995;REVB=0.00552914;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984039;STB=0.571225;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0291914;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:4:3:23:22:4:3:23:22 chr3 130095241 . G A 408.75 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0170829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.314;QD=24.403;RBI=0.0176031;REFB=-0.00448337;REVB=-0.00424786;RO=27;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116811;STB=0.567655;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00266716;OID=.;OPOS=130095241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:27:39:40:0.597015:17:22:11:16:17:23:11:16 chr3 130095492 . C T 237.76 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00350706;FXX=0.0724533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.671;QD=14.8599;RBI=0.0170241;REFB=-0.00668455;REVB=-0.016659;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694423;STB=0.512752;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0131533;OID=.;OPOS=130095492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:33:37:26:27:0.421875:12:14:18:15:13:14:20:17 chr3 130098349 . G A 432.81 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0634382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7398;QD=16.1798;RBI=0.0635878;REFB=-0.0119064;REVB=0.00435946;RO=55;SAF=28;SAR=20;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164836;STB=0.52503;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0141881;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:59:48:48:0.448598:20:28:33:22:20:28:37:22 chr3 130098809 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00614857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.772;QD=13.486;RBI=0.0189529;REFB=-0.00636072;REVB=-0.0179279;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.597497;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00685637;OID=.;OPOS=130098809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:8:3:4:5:8:3 chr3 130103709 . G A 207.65 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0184141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3897;QD=15.1014;RBI=0.0253624;REFB=0.0389664;REVB=-0.0174405;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254166;STB=0.643801;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0499922;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:10:21:10:14:10:21 chr3 130104062 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.972;QD=60.7162;RBI=0.0143303;REFB=0;REVB=0.00217922;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05205e-05;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr3 130104206 . A G 272.68 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0723417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.6166;QD=17.313;RBI=0.0725113;REFB=0.00117683;REVB=0.00495697;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065408;STB=0.536562;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00277432;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:20:10:9:24:20:10:9:24 chr3 130110550 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00903537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.878;QD=10.8236;RBI=0.0292866;REFB=-0.00616243;REVB=-0.027858;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503103;STB=0.814148;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0103945;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:1:11:14:9:1:11:14:9 chr3 130114058 . T C 183.83 PASS AF=0.204082;AO=30;DP=147;FAO=30;FDP=147;FR=.;FRO=117;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=43;FWDB=0.00246706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1506;QD=5.00213;RBI=0.00358601;REFB=0.000652626;REVB=0.00260251;RO=116;SAF=20;SAR=10;SRF=74;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403385;STB=0.52998;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00273334;OID=.;OPOS=130114058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:116:117:30:30:0.204082:10:20:74:42:10:20:74:43 chr3 130116684 . G A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0310583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.193;QD=16.5619;RBI=0.0312193;REFB=-0.0178782;REVB=-0.0031666;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376618;STB=0.52122;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0187117;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:15:16:15:12:15:16 chr3 130119955 . G A 357.06 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00321517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.01;QD=14.4268;RBI=0.0106477;REFB=-0.000992831;REVB=-0.0101507;RO=57;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504846;STB=0.526594;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0013369;OID=.;OPOS=130119955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:57:60:38:39:0.393939:25:13:22:35:25:14:24:36 chr3 130124430 . A G 284.79 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0206431;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.471;QD=19.9855;RBI=0.0214994;REFB=-0.00908529;REVB=0.00600705;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658471;STB=0.552205;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00575481;OID=.;OPOS=130124430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:27:29:30:0.526316:11:18:18:8:12:18:19:8 chr3 130134563 . G A 153.56 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0138656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.196;QD=21.9369;RBI=0.0138911;REFB=-0.00872832;REVB=-0.000841002;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633569;STB=0.53567;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00409381;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:5:7:8:8:5:7 chr3 130162395 . A G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0475632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0301;QD=16.7273;RBI=0.0790038;REFB=0.0162709;REVB=-0.063082;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124711;STB=0.571341;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0201488;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:7:12:8:8:7:12 chr3 130174334 . G A 257.31 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00144894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.533;QD=13.7233;RBI=0.00722208;REFB=-0.00711223;REVB=0.00707524;RO=45;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116907;STB=0.506662;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0106576;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:15:15:22:23:15:15:22:23 chr3 130187817 . T C 1572.03 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00648165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.954;QD=62.8813;RBI=0.030412;REFB=-0.0944083;REVB=0.0297133;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.503936;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000255911;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:36:63:0:0:36:63:1:0 chr3 130190716 . G A 119.23 PASS AF=0.405405;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0223225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.967;QD=12.8891;RBI=0.0227879;REFB=-0.0104217;REVB=0.00458164;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263461;STB=0.638118;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0204047;OID=.;OPOS=130190716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:13:15:0.405405:5:8:8:14:6:9:8:14 chr3 130202848 . TAA T 152.44 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=51;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00456118;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.6617;QD=11.2917;RBI=0.0111935;REFB=0.00935497;REVB=-0.010222;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0.357143;SSEP=0;SSSB=0.0377983;STB=0.514694;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=-0.0101774;OID=.;OPOS=130202849;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:20:51:24:54:30:9:15:12:18:99:29:9:11:12:17 chr3 130284284 . G A 168.86 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0164857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8707;QD=24.1233;RBI=0.0353805;REFB=0.00543525;REVB=0.031305;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035106;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00189285;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:4:7:10:7:4:7 chr3 130287194 . AG AC,A 197.14 PASS AF=0,1;AO=2,15;DP=25;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340885,0.140537;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=39.5929,10.9323;QD=28.1635;RBI=0.0371198,0.2136;REFB=-0.0351335,-0.0496519;REVB=-0.014692,0.160854;RO=7;SAF=0,4;SAR=2,11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.221239;SSSB=-0.539624,-0.0137561;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0227566;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,15:25:0,28:28:0:0,7:0,21:0:0:4:7:0,4:2,11:2:5 chr3 130287370 . G A 331.94 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0216234;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1604;QD=15.4389;RBI=0.0354327;REFB=-0.0105297;REVB=-0.0280697;RO=44;SAF=26;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299674;STB=0.693223;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0217448;OID=.;OPOS=130287370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:44:50:36:36:0.418605:10:26:19:25:10:26:20:30 chr3 130300650 . T C 193.09 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.017173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6547;QD=13.792;RBI=0.017332;REFB=9.09935e-05;REVB=-0.00234224;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198853;STB=0.618798;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-4.70791e-05;OID=.;OPOS=130300650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:23:23:0.410714:13:10:8:24:13:10:8:25 chr3 130317283 . G A 148.92 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00258591;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.534;QD=13.8528;RBI=0.00453738;REFB=-0.00424569;REVB=0.00372839;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359716;STB=0.521144;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00865358;OID=.;OPOS=130317283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:26:15:15:0.348837:8:7:13:13:8:7:13:13 chr3 130360526 . TCCCCT TCCCTG,TTCCCT 2375.38 PASS AF=0,0.490667;AO=17,165;DP=378;FAO=0,184;FDP=375;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=0,109;FSAR=0,75;FSRF=117;FSRR=10;FWDB=0.0494564,0.106964;FXX=0.0079363;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=15.2708,34.1824;QD=25.3374;RBI=0.181352,0.108735;REFB=-0.0211962,-0.0257267;REVB=-0.174478,-0.0195464;RO=117;SAF=0,103;SAR=17,62;SRF=111;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.877608,-0.288934;STB=0.5,0.646563;STBP=1,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0299832;OID=.,.;OPOS=130360530,130360527;OREF=CT,C;OALT=TG,T;OMAPALT=TCCCTG,TTCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.490667:17,165:378:0,184:375:127:0,109:0,75:117:10:99:117:0,103:17,62:111:6 chr3 130361856 . G A 316.96 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0147593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.737;QD=17.8567;RBI=0.0150271;REFB=-0.0133289;REVB=0.00282436;RO=36;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820905;STB=0.500907;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0105771;OID=.;OPOS=130361856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:22:12:13:23:22:12:13:24 chr3 130368069 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.864;QD=57.1773;RBI=0.043541;REFB=0;REVB=0.0413374;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176511;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr3 130368301 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0205797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.164;QD=24.2928;RBI=0.0322462;REFB=-0.012466;REVB=0.0248252;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116298;STB=0.565146;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0143152;OID=.;OPOS=130368301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:6:7:13:6:6:7 chr3 130395749 . A G 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00876316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.224;QD=16.5036;RBI=0.0112703;REFB=0.0100961;REVB=-0.00708716;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190853;STB=0.607064;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0119495;OID=.;OPOS=130395749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:9:21:13:13:9:21 chr3 130449222 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0200347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0394;QD=17.4545;RBI=0.0293376;REFB=-0.00086627;REVB=0.0214313;RO=29;SAF=5;SAR=22;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804248;STB=0.545419;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00088881;OID=.;OPOS=130449222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:22:5:7:22:22:5:7:22 chr3 130852185 . TG CA,CG 465.37 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=12,21;DP=33;FAO=12,21;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6,11;FSAR=6,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000471635,0.0603487;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=209.759,145.615;QD=56.408;RBI=0.004563,0.0608733;REFB=0,0;REVB=0.00453856,0.00797446;RO=0;SAF=6,11;SAR=6,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0131282,-0.00745082;OID=.,.;OPOS=130852185,130852185;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:33:33:0:0:12,21:12,21:0.363636,0.636364:6,10:6,11:0:0:6,10:6,11:0:0 chr3 130947435 . A T 350.65 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0103142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.516;QD=28.6242;RBI=0.0174335;REFB=-0.0343608;REVB=-0.0140551;RO=19;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119368;STB=0.556579;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0306225;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:29:30:0.612245:17:12:11:8:17:13:11:8 chr3 131136797 . T C 561.34 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00178257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.17;QD=23.6355;RBI=0.0278935;REFB=-0.017579;REVB=0.0278365;RO=43;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958134;STB=0.505261;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0165536;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:26:26:21:22:26:26:21:22 chr3 131268824 . T C 531.12 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00590939;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.989;QD=27.9536;RBI=0.0110504;REFB=-0.0354439;REVB=-0.00933759;RO=29;SAF=33;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129315;STB=0.57578;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0381061;OID=.;OPOS=131268824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:29:28:48:48:0.631579:15:33:15:14:15:33:14:14 chr3 131624120 . C G 375.71 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0957913;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.064;QD=15.3351;RBI=0.102312;REFB=-0.0408546;REVB=-0.0359421;RO=57;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564497;STB=0.53643;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0561079;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:57:58:40:40:0.408163:19:21:33:24:19:21:34:24 chr3 131947937 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8055;QD=58.9621;RBI=0.0429664;REFB=0;REVB=0.0101374;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290357;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr3 132218623 . G T 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.012;QD=61.5696;RBI=0.0270115;REFB=0;REVB=0.0213043;RO=0;SAF=73;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78938e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:49:73:0:0:49:73:0:0 chr3 132257267 . GA G,GG 103.13 PASS AF=0.555556,0.0444444;AO=21,2;DP=46;FAO=25,2;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16,1;FSAR=9,1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0105614,0.0061354;FXX=0.0217344;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.02109,21.4579;QD=9.1671;RBI=0.0904188,0.144549;REFB=-0.103239,-0.0828824;REVB=0.0897999,0.144419;RO=18;SAF=13,1;SAR=8,1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.100864,0;STB=0.561353,0.5;STBP=0.356,1;TYPE=del,snp;VARB=0.118808,0.0357211;OID=.,.;OPOS=132257268,132257268;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.0444444:21,2:46:25,2:45:18:16,1:9,1:9:9:63:18:13,1:8,1:9:9 chr3 132257747 . G A 294.48 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0502944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.641;QD=15.1017;RBI=0.0504945;REFB=-0.00259954;REVB=-0.00449094;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185653;STB=0.510499;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00412725;OID=.;OPOS=132257747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:17:16:21:24:17:16:21:24 chr3 132337477 . C A 234.39 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0285166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7648;QD=15.3697;RBI=0.0678511;REFB=-0.0273772;REVB=-0.0615676;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10489;STB=0.559278;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0312175;OID=.;OPOS=132337477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:14:20:13:14:14:20 chr3 132360883 . C T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.015;QD=56.9335;RBI=0.00330656;REFB=0;REVB=-1.66825e-05;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2466e-06;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr3 132401600 . C T 253.72 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.062686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.759;QD=21.5934;RBI=0.0647156;REFB=-0.0268428;REVB=-0.0160803;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144323;STB=0.580461;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0337261;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:6:17:14:10:6:17 chr3 132409455 . C T 629.39 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0111662;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0509;QD=20.6356;RBI=0.0207861;REFB=-0.00904895;REVB=-0.0175322;RO=56;SAF=31;SAR=32;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391348;STB=0.53308;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0070541;OID=.;OPOS=132409455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:56:59:63:63:0.516393:32:31:25:31:32:31:25:34 chr3 132436967 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.285;QD=51.9167;RBI=0.057669;REFB=0;REVB=0.0560014;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781475;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr3 133114893 . C T 657.85 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.35;QD=59.8043;RBI=0.0180709;REFB=-0.129915;REVB=0.00998184;RO=1;SAF=31;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149113;STB=0.507933;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000895841;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:12:31:1:0:12:31:1:0 chr3 133167363 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0291652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7;QD=15.2622;RBI=0.0325952;REFB=0.00900928;REVB=0.0145548;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534704;STB=0.503101;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0281907;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:11:5:4:9:11:5 chr3 133306810 . A C 278.87 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0029934;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.711;QD=21.8718;RBI=0.00443757;REFB=-0.0103159;REVB=-0.00327592;RO=22;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108515;STB=0.559328;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0108465;OID=.;OPOS=133306810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:27:28:0.54902:10:17:11:11:11:17:11:12 chr3 133329943 . G A 137.47 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000306241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.611;QD=12.7875;RBI=0.00858348;REFB=-0.0114887;REVB=0.00857801;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101276;STB=0.589789;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.024128;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:27:27:14:16:0.372093:9:5:12:15:11:5:12:15 chr3 133342218 . C T 401.91 PASS AF=0.619048;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00501307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.572;QD=25.5177;RBI=0.0365355;REFB=-0.0231944;REVB=-0.0361899;RO=24;SAF=23;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764097;STB=0.534866;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.015379;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:24:24:38:39:0.619048:15:23:12:12:16:23:12:12 chr3 133368362 . T G 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00284203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.152;QD=11.3566;RBI=0.0192468;REFB=-0.00204313;REVB=0.0190358;RO=52;SAF=13;SAR=15;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104508;STB=0.560455;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00369437;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:15:13:29:23:15:13:29:23 chr3 133465283 . A G 591.64 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0176788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2291;QD=56.3469;RBI=0.0191769;REFB=0.00763657;REVB=-0.00743071;RO=2;SAF=16;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055073;STB=0.529397;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0031644;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:24:16:2:0:24:16:2:0 chr3 133474328 . G A 321.72 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0155744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.872;QD=16.2895;RBI=0.0161381;REFB=-0.00833567;REVB=0.00422809;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121403;STB=0.574059;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0096804;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:35:35:0.443038:16:19:18:25:16:19:18:26 chr3 133475722 . C T 407.43 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.027832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3217;QD=17.9091;RBI=0.0329237;REFB=-0.017747;REVB=-0.0175883;RO=48;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284884;STB=0.503671;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0402625;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:49:42:42:0.461538:20:22:25:23:20:22:26:23 chr3 133483696 . T C 269.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0209241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.764;QD=18.9142;RBI=0.026351;REFB=-0.00523264;REVB=-0.0160173;RO=26;SAF=20;SAR=9;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38254;STB=0.711601;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00318927;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:28:29:29:0.508772:9:20:6:20:9:20:7:21 chr3 133485133 . A G 757.33 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195552;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.428;QD=57.1573;RBI=0.0251509;REFB=0;REVB=0.0158166;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160128;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr3 133547245 . G A 112.15 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0441658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0659;QD=16.614;RBI=0.0470228;REFB=-0.0219755;REVB=0.0161408;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169167;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0284599;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:6:8:5:8:6:8 chr3 133547692 . G A 391.19 PASS AF=0.445652;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.000922302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.956;QD=17.0082;RBI=0.00545634;REFB=-0.017118;REVB=0.00537783;RO=51;SAF=25;SAR=15;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236459;STB=0.521924;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0220935;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:51:40:41:0.445652:15:25:33:18:16:25:33:18 chr3 133647207 . C G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00328407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.687;QD=15.3789;RBI=0.013429;REFB=-0.0200655;REVB=-0.0130212;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259174;STB=0.651902;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0220705;OID=.;OPOS=133647207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:7:7:3:9:7:7 chr3 133672568 . G A 171.75 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0101996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.977;QD=19.6291;RBI=0.0254312;REFB=-0.00234353;REVB=0.0232962;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574449;STB=0.512806;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00191187;OID=.;OPOS=133672568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:16:17:16:18:0.514286:6:10:9:7:8:10:9:8 chr3 133877096 . C A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0116515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7503;QD=10.168;RBI=0.0130432;REFB=0.000713801;REVB=0.00586235;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136395;STB=0.603574;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00115176;OID=.;OPOS=133877096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:3:8:13:8:3:8:13:9 chr3 133941320 . C T 234.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.000800301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8956;QD=20.3476;RBI=0.0314955;REFB=-0.00299057;REVB=0.0314854;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497464;STB=0.755338;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00245845;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:5:17:5:18:6:17:5:18 chr3 134075522 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.229;QD=61.8526;RBI=0.0371717;REFB=0;REVB=-0.00313248;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6771e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr3 134077470 . C G 1978.0 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.6;QD=60.397;RBI=0.0146099;REFB=-0.146236;REVB=0.0102127;RO=1;SAF=65;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725543;STB=0.500059;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00023556;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:1:2:129:129:0.984733:64:65:1:0:64:65:1:1 chr3 134278270 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00599769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.626;QD=12.2129;RBI=0.0104357;REFB=-0.00600981;REVB=0.00854002;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405815;STB=0.516104;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00746768;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:8:5:8:13:8:5:9:13 chr3 134280395 . T A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.282;QD=62.0213;RBI=0.0258805;REFB=0;REVB=-0.00443763;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17839e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr3 134319982 . A G 283.52 PASS AF=0.586957;AO=24;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0186182;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.784;QD=24.6542;RBI=0.0316914;REFB=-0.0343685;REVB=-0.0256459;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351449;STB=0.516766;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0148422;OID=.;OPOS=134319982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:19:24:27:0.586957:13:11:7:10:16:11:7:12 chr3 134322163 . C A 670.78 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.488;QD=62.3977;RBI=0.0156136;REFB=0;REVB=0.012405;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4509e-05;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr3 134322742 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.443;QD=60.6094;RBI=0.0290905;REFB=0;REVB=-0.0289316;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172173;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr3 134323156 . A G 715.11 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00744039;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8323;QD=52.9714;RBI=0.0483579;REFB=0.00724087;REVB=-0.047782;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040906;STB=0.521731;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000820241;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:30:22:2:0:30:22:2:0 chr3 134499419 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4331;QD=60.6101;RBI=0.0440924;REFB=0;REVB=-0.0233627;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000928888;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr3 134670524 . C T 276.32 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00558359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.066;QD=15.7898;RBI=0.0424324;REFB=-0.00994553;REVB=0.0420634;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24796;STB=0.639584;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0194444;OID=.;OPOS=134670524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:19:12:25:14:19:12:25:14 chr3 134898742 . C T 416.28 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0128259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.444;QD=14.1111;RBI=0.0166078;REFB=-0.0153639;REVB=0.0105506;RO=70;SAF=22;SAR=26;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012603;STB=0.500711;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0183896;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:70:48:48:0.40678:26:22:32:38:26:22:32:38 chr3 135720851 . G T 289.11 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0150207;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.132;QD=13.9328;RBI=0.0155042;REFB=-0.00695801;REVB=0.00384164;RO=43;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236798;STB=0.610325;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00787698;OID=.;OPOS=135720851;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:83:43:50:32:33:0.39759:14:18:14:29:15:18:18:32 chr3 136002721 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00499194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.756;QD=17.6717;RBI=0.0541001;REFB=0.000145568;REVB=-0.0538693;RO=32;SAF=23;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254277;STB=0.643662;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00078358;OID=.;OPOS=136002721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:7:23:17:15:7:23:17:15 chr3 136573440 . A G 613.87 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.003;QD=61.3866;RBI=0.0344045;REFB=0;REVB=0.0276747;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106961;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr3 136574501 . A G 1026.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9574;QD=59.4935;RBI=0.11104;REFB=0;REVB=-0.0185613;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697027;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr3 136574578 . T TTAA 486.56 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282401;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=254.031;QD=58.9771;RBI=0.0488113;REFB=0;REVB=0.0398125;RO=6;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000295951;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:39:33:33:0:17:16:0:0:4:6:17:15:2:4 chr3 136649463 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.847;QD=62.0219;RBI=0.0189309;REFB=0;REVB=0.0180869;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07092e-05;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr3 138033181 . C T 219.25 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0362489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7059;QD=39.8631;RBI=0.0643678;REFB=-0.0422346;REVB=0.0531905;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.542668;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0202558;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:1:3:19:19:0.863636:12:7:0:1:12:7:2:1 chr3 138187568 . C T 2754.27 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008019;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.898;QD=62.2434;RBI=0.0114583;REFB=-0.0957269;REVB=0.00818461;RO=1;SAF=95;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243474;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:178:177:1:0:177:177:1:82:95:0:1:82:95:0:0 chr3 138191448 . A T 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.062036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.019;QD=21.2774;RBI=0.0627227;REFB=0.00287606;REVB=-0.00925582;RO=33;SAF=27;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160159;STB=0.597202;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00297055;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:12:27:17:16:12:27:17:17 chr3 138218994 . T C 729.16 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=119;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0198621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6969;QD=24.5096;RBI=0.0231228;REFB=-0.0430165;REVB=-0.0118389;RO=50;SAF=41;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429123;STB=0.523397;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0229202;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:50:69:69:0.579832:28:41:27:23:28:41:27:23 chr3 138289163 . T C 146.46 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0062319;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8669;QD=15.8338;RBI=0.0916924;REFB=-0.00762009;REVB=0.0914804;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240418;STB=0.618888;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0381318;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:21:16:16:0.432432:12:4:9:10:12:4:9:12 chr3 138289221 . C T 867.78 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7188;QD=57.8521;RBI=0.0187101;REFB=0;REVB=0.0178427;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65521e-05;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr3 138329862 . G A 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.417;QD=58.2369;RBI=0.0217184;REFB=0;REVB=0.0213876;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73553e-05;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr3 138724757 . C G 110.73 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0147829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3141;QD=15.8188;RBI=0.0152821;REFB=-0.0257509;REVB=-0.00387408;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25507;STB=0.649101;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0349584;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:8:7:3:10:8:7 chr3 138762707 . C G 231.14 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0268656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.185;QD=14.0082;RBI=0.0406465;REFB=-0.0123112;REVB=-0.0305021;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239589;STB=0.527092;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0142957;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:37:26:26:0.393939:11:15:21:14:11:15:23:14 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 1360.43 PASS AF=0,1;AO=13,62;DP=91;FAO=0,90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,62;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256769,0.0231045;FXX=0.0217368;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=265.721,281.786;QD=60.4634;RBI=0.0570617,0.0684845;REFB=0,0;REVB=0.0509582,0.0644695;RO=0;SAF=7,45;SAR=6,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,1.65097e-05;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:13,62:91:0,90:90:0:0,62:0,28:0:0:7:0:7,45:6,17:0:0 chr3 139092574 . G A 187.77 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0566306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7097;QD=8.94151;RBI=0.113263;REFB=-0.0144485;REVB=-0.0980891;RO=58;SAF=14;SAR=11;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950244;STB=0.548349;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0271493;OID=.;OPOS=139092574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:59:25:25:0.297619:11:14:37:21:11:14:37:22 chr3 139102120 . C A 718.41 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.049;QD=62.4702;RBI=0.0121999;REFB=0;REVB=0.0109654;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194224;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr3 139257603 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00498156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.91;QD=17.1662;RBI=0.0352573;REFB=-0.00111049;REVB=-0.0349036;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350345;STB=0.696494;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00102629;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:9:20:10:22:9:20:10:22 chr3 139303248 . G A 393.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.448;QD=56.1631;RBI=0.0404054;REFB=0;REVB=0.0392977;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116067;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 139328739 . C T 588.08 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054115;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.643;QD=60.3158;RBI=0.0551257;REFB=0;REVB=-0.0105072;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748252;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr3 140167536 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.509;QD=59.5012;RBI=0.0335445;REFB=0;REVB=-0.00320355;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28817e-05;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr3 140178485 . G A 748.04 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.735;QD=63.6627;RBI=0.0639405;REFB=0;REVB=0.0191677;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117231;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:21:24:0:0:23:24:0:0 chr3 140401693 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5413;QD=53.2755;RBI=0.0509867;REFB=0;REVB=-0.0162915;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184057;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr3 141274764 . T C 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0534295;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.328;QD=17.8365;RBI=0.0537541;REFB=-0.0153817;REVB=0.0058985;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370519;STB=0.739325;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00930009;OID=.;OPOS=141274764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:12:2:6:7:12:2:7:7 chr3 141497168 . C T 449.71 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00726179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.398;QD=18.9352;RBI=0.027107;REFB=-0.0054565;REVB=0.0261162;RO=50;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412167;STB=0.522926;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00555122;OID=.;OPOS=141497168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:26:19:19:31:26:19:19:31 chr3 141497469 . A T 287.83 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.027911;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5598;QD=13.3876;RBI=0.0453356;REFB=-0.0140351;REVB=-0.0357252;RO=49;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021773;STB=0.500834;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0153097;OID=.;OPOS=141497469;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:53:33:33:0.383721:23:10:14:35:23:10:16:37 chr3 142139172 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00685087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.038;QD=20.3167;RBI=0.00899923;REFB=0.00130069;REVB=-0.00583539;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787433;STB=0.544333;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00256526;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:6:12:11:8:6:12 chr3 142168331 . C T 758.8 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0136014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.178;QD=53.2491;RBI=0.0340429;REFB=0.0304414;REVB=0.0312077;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.502946;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00975014;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:23:32:0:1:23:32:1:1 chr3 142222284 . A G 261.62 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00734962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.747;QD=14.7391;RBI=0.00734963;REFB=-0.00850897;REVB=1.2698e-05;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145001;STB=0.582036;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0124724;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:25:16:16:14:25:16 chr3 142277536 . A G 522.97 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0925957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.086;QD=19.9226;RBI=0.0927606;REFB=-0.0230786;REVB=-0.00552863;RO=51;SAF=28;SAR=26;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162564;STB=0.589441;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0283829;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:26:28:17:34:26:28:17:34 chr3 142277575 . A T 493.92 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00748628;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.998;QD=20.1598;RBI=0.00840291;REFB=-0.0173536;REVB=0.00381635;RO=50;SAF=22;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919961;STB=0.550929;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0113374;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:50:50:48:48:0.489796:26:22:18:32:26:22:18:32 chr3 142281612 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00975389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.092;QD=16.1191;RBI=0.0102563;REFB=-0.000224961;REVB=-0.00317078;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000293181;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:8:5:8:4:8:5 chr3 142392596 . T TC 189.55 PASS AF=0.491228;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.062965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.2879;QD=13.3017;RBI=0.0925104;REFB=0.0257064;REVB=-0.067776;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136645;STB=0.562457;STBP=0.376;TYPE=ins;VARB=-0.0352328;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:26:58:28:57:29:12:16:9:20:99:31:12:14:10:21 chr3 142408606 . G A 273.43 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00876926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.816;QD=12.7175;RBI=0.0103112;REFB=-0.00276535;REVB=0.00542412;RO=53;SAF=17;SAR=15;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079821;STB=0.55063;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00558847;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:53:54:32:32:0.372093:15:17:32:21:15:17:33:21 chr3 142422829 . G A 205.81 PASS AF=0.222222;AO=32;DP=144;FAO=32;FDP=144;FR=.;FRO=112;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=46;FWDB=0.0416056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5231;QD=5.71684;RBI=0.0416413;REFB=-0.0045146;REVB=-0.00172218;RO=112;SAF=17;SAR=15;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742946;STB=0.545546;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0170848;OID=.;OPOS=142422829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:112:112:32:32:0.222222:15:17:66:46:15:17:66:46 chr3 142431000 . G C 114.99 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0138247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.138;QD=19.1642;RBI=0.0183496;REFB=0.000176799;REVB=-0.0120659;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180782;STB=0.579497;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.000114965;OID=.;OPOS=142431000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:6:7:3:7:6:7:4:7 chr3 142503605 . G A 679.37 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0101812;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.269;QD=21.0656;RBI=0.0102096;REFB=-0.00201184;REVB=0.000760881;RO=62;SAF=29;SAR=38;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166704;STB=0.509165;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00165673;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:62:62:67:67:0.51938:38:29:28:34:38:29:28:34 chr3 142523349 . G A 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00208014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.695;QD=15.5563;RBI=0.0183175;REFB=0.000116628;REVB=-0.018199;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174114;STB=0.601855;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000161111;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:20:14:11:33:20:14:11:34 chr3 142524858 . G A 359.4 PASS AF=0.452381;AO=39;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0134216;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8018;QD=17.1143;RBI=0.0709493;REFB=-0.00836302;REVB=0.0696683;RO=46;SAF=22;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225405;STB=0.531234;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0121309;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:46:39:38:0.452381:17:22:27:19:17:21:28:18 chr3 142730774 . T G 271.34 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0561737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5438;QD=23.5945;RBI=0.0591848;REFB=0.0243929;REVB=-0.0186373;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312376;STB=0.501741;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0222025;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:11:10:12:13:11:10 chr3 142779294 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0552047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.457;QD=11.5972;RBI=0.055205;REFB=-0.00647189;REVB=-0.000172862;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.568413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0126312;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:10:11:5:7:10:11 chr3 143293012 . A G 61.11 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0415771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1965;QD=7.18902;RBI=0.0444633;REFB=0.00568247;REVB=-0.0157584;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319285;STB=0.695817;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0316558;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:7:18:4:5:7:18 chr3 143692018 . C G 117.74 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0977788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6914;QD=12.729;RBI=0.118514;REFB=-0.0107451;REVB=0.0669691;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942026;STB=0.545388;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0162495;OID=.;OPOS=143692018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:4:10:14:8:4:10:15:8 chr3 145782812 . T C 145.42 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0010799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1821;QD=16.158;RBI=0.00142859;REFB=-0.0334757;REVB=0.000935242;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459956;STB=0.549939;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0351912;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:20:16:16:0.444444:7:9:11:7:7:9:13:7 chr3 145783440 . T C 945.82 PASS AF=0.462963;AO=100;DP=216;FAO=100;FDP=216;FR=.;FRO=116;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=0.00304467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.957;QD=17.5152;RBI=0.00785706;REFB=-0.00948088;REVB=0.00724316;RO=116;SAF=49;SAR=51;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573687;STB=0.531713;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0107783;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:116:116:100:100:0.462963:51:49:50:66:51:49:50:66 chr3 145803142 . T A 30.43 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0324505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.41;QD=9.36277;RBI=0.0324732;REFB=-0.0205909;REVB=0.0012132;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.77305;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0197794;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:6:8:5:5:0.384615:4:1:4:2:4:1:5:3 chr3 146177815 . C T 351.14 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00447619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5681;QD=13.0052;RBI=0.0494585;REFB=-0.00275727;REVB=-0.0492555;RO=66;SAF=14;SAR=28;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186758;STB=0.6064;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00339935;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:28:14:33:33:28:14:33:33 chr3 146234853 . C T 300.17 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00394651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.641;QD=19.0583;RBI=0.0152756;REFB=-0.0218701;REVB=-0.014757;RO=31;SAF=22;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010308;STB=0.505744;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0251056;OID=.;OPOS=146234853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:10:22:21:10:10:22:21:10 chr3 146289323 . T C 36.53 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0217058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.394;QD=7.30646;RBI=0.0266455;REFB=0.00700429;REVB=-0.0154544;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.620278;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.053073;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:7:7:2:4:7:7 chr3 147111694 . C T 249.79 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0340047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6593;QD=15.3715;RBI=0.0670142;REFB=0.000990783;REVB=0.0577459;RO=36;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281879;STB=0.665039;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000657572;OID=.;OPOS=147111694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:8:20:16:20:8:21:16:20 chr3 148459395 . C T 322.65 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000507904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5718;QD=53.7752;RBI=0.0238172;REFB=0;REVB=-0.0238118;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617105;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:8:16:0:0 chr3 148460467 . C A 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.799;QD=59.9362;RBI=0.0353222;REFB=0;REVB=0.0352677;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77622e-05;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr3 148597612 . C T 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.166;QD=57.2283;RBI=0.0174032;REFB=0;REVB=-0.00138881;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11756e-05;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr3 148727133 . G A 130.61 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.013758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.33;QD=13.7483;RBI=0.016241;REFB=-0.0136101;REVB=0.00863054;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892121;STB=0.561719;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0153774;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:7:15:9:6:7:16 chr3 148759325 . T C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0227152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9066;QD=18.3007;RBI=0.0265966;REFB=-0.00529006;REVB=0.0138347;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156045;STB=0.588696;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00722374;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:10:13:8:12:10:13 chr3 148786085 . T C 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00175699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.314;QD=14.9039;RBI=0.00201722;REFB=0.00725009;REVB=-0.000991039;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243801;STB=0.638493;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00726649;OID=.;OPOS=148786085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:14:20:9:17:14:20 chr3 148786108 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.947;QD=57.0007;RBI=0.0166435;REFB=0;REVB=-0.00851022;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52055e-06;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 148872987 . G A 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00922725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0087;QD=27.3903;RBI=0.00928196;REFB=-0.00621324;REVB=-0.00100632;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293581;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264351;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:6:5:9:11:6:5 chr3 148890344 . G A 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000147996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9381;QD=22.5995;RBI=0.0251725;REFB=3.84717e-05;REVB=-0.0251721;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180819;STB=0.510113;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.000746572;OID=.;OPOS=148890344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:10:10:11:12:10:10 chr3 148916235 . T A 746.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9007;QD=63.5713;RBI=0.0160308;REFB=0;REVB=-0.0159601;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116335;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr3 149093238 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.625;QD=62.0193;RBI=0.0226061;REFB=0;REVB=0.0202495;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28453e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 149192676 . G A 348.67 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0191499;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.199;QD=17.4335;RBI=0.0205265;REFB=-0.00890151;REVB=0.00739027;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132471;STB=0.567531;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00829528;OID=.;OPOS=149192676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:43:37:37:0.4625:21:16:23:17:21:16:24:19 chr3 149205540 . C T 384.87 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00230949;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.225;QD=22.9774;RBI=0.00526135;REFB=-0.0158523;REVB=-0.00472737;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594066;STB=0.512032;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00928492;OID=.;OPOS=149205540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:28:29:38:38:0.567164:22:16:12:16:22:16:13:16 chr3 149238595 . C A,CTTAA 298.83 PASS AF=0.0684932,0.39726;AO=5,28;DP=76;FAO=5,29;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=0,15;FSAR=5,14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00862556,-0.0113982;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,4;MLLD=159.845,161.985;QD=16.3741;RBI=0.0120314,0.0236738;REFB=-0.00433057,-0.0105842;REVB=-0.00838771,0.0207492;RO=42;SAF=0,14;SAR=5,14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.656155,-0.125368;STB=0.998096,0.541723;STBP=0.01,0.618;TYPE=snp,ins;VARB=0.109247,0.0110326;OID=.,.;OPOS=149238595,149238596;OREF=C,-;OALT=A,TTAA;OMAPALT=A,CTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:73:42:39:5,28:5,29:0.0684932,0.39726:5,14:0,14:26:16:5,14:0,15:23:16 chr3 149459341 . A G 1083.42 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233156;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3904;QD=60.19;RBI=0.0616737;REFB=0;REVB=0.0570967;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251569;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:34:38:0:0 chr3 149678534 . C T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.573;QD=59.8328;RBI=0.0371655;REFB=0;REVB=-0.034712;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332926;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr3 149682941 . T C 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0114718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1735;QD=14.077;RBI=0.0274017;REFB=-0.00732167;REVB=0.0248848;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325913;STB=0.691969;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0117955;OID=.;OPOS=149682941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:7:9:3:9:7:9 chr3 150263928 . C T 214.8 PASS AF=0.525;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.101836;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.375;QD=21.4796;RBI=0.102248;REFB=0.00691461;REVB=-0.0091661;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176923;STB=0.571361;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00448874;OID=.;OPOS=150263928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:19:20:21:0.525:12:8:12:8:12:9:11:8 chr3 150347833 . G A 218.86 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000461598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.087;QD=39.7917;RBI=0.0410853;REFB=-0.0396091;REVB=-0.0410827;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.526288;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00105981;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:0:3:19:19:0.863636:10:9:0:0:10:9:2:1 chr3 150403749 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3486;QD=55.096;RBI=0.0596355;REFB=0;REVB=0.00336038;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147234;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr3 150421419 . G A 400.2 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.355;QD=53.3594;RBI=0.0537526;REFB=-0.00308919;REVB=0.0447234;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000500257;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:15:13:1:0:15:14:1:0 chr3 150903122 . G A 489.95 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0062831;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.186;QD=21.7757;RBI=0.00678592;REFB=-0.0101464;REVB=-0.00256348;RO=40;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023736;STB=0.531103;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00768347;OID=.;OPOS=150903122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:43:47:47:0.522222:21:26:21:19:21:26:21:22 chr3 150905972 . A G 155.53 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0177661;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.413;QD=14.4677;RBI=0.0181617;REFB=-0.00598707;REVB=-0.00376989;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484739;STB=0.509792;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00934434;OID=.;OPOS=150905972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:26:17:17:0.395349:12:5:9:18:12:5:8:18 chr3 150911405 . T C 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00194913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.79;QD=19.9739;RBI=0.00811732;REFB=0.00142092;REVB=0.00787983;RO=49;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000399469;STB=0.500222;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00156856;OID=.;OPOS=150911405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:23:24:25:24:23:24:25:24 chr3 150916327 . T C 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00859472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.595;QD=14.0546;RBI=0.0166445;REFB=-0.00676981;REVB=-0.0142538;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217964;STB=0.624395;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0115914;OID=.;OPOS=150916327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:16:9:20:15:16:9:20:15 chr3 151012497 . T C 1394.36 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.028781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9474;QD=61.2905;RBI=0.0301193;REFB=0.130154;REVB=0.00887849;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000919728;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:89:90:0.989011:49:40:0:0:50:40:1:0 chr3 151046308 . G A 317.8 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.576;QD=52.966;RBI=0.019224;REFB=0;REVB=0.0125684;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567193;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:17:7:0:0 chr3 151056598 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.089;QD=37.4885;RBI=0.0245186;REFB=0;REVB=-0.00483737;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189111;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr3 151056616 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.796;QD=33.4285;RBI=0.0120979;REFB=0;REVB=0.0118287;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002952;OID=.;OPOS=151056616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr3 151112568 . G A 335.73 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00310692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.887;QD=22.3822;RBI=0.0155137;REFB=-0.0272867;REVB=-0.0151994;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192316;STB=0.605519;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0176749;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:18:16:6:20:18:16:6:20 chr3 151131077 . C T 237.42 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0600798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6658;QD=16.3741;RBI=0.0685461;REFB=-0.0332874;REVB=0.0329998;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560324;STB=0.531622;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0452422;OID=.;OPOS=151131077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:18:9:12:19:18:9:12:19 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=39;DP=112;LEN=87;RO=73;SAF=2;SAR=54;SRF=5;SRR=51;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:112:73:39:54:2:5:51 chr3 151143447 . G T 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.334;QD=54.5138;RBI=0.0128829;REFB=0;REVB=-0.0088828;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49702e-06;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr3 151150968 . T G 204.06 PASS AF=0.45283;AO=15;DP=45;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00736427;FXX=0.036357;HRUN=13;LEN=1;MLLD=104.775;QD=15.4009;RBI=0.0566524;REFB=-0.0585449;REVB=-0.0561717;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.586592;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00267969;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:53:0:29:15:24:0.45283:11:4:0:0:16:8:14:15 chr3 151154666 . T C 1377.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.305;QD=62.6092;RBI=0.0131075;REFB=0;REVB=0.00843222;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40843e-05;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr3 151155620 . G A 760.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.571;QD=56.3628;RBI=0.0759279;REFB=0;REVB=0.0147449;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314149;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr3 151161112 . A G 406.3 PASS AF=0.525;AO=40;DP=76;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00109809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.557;QD=20.315;RBI=0.0581889;REFB=-0.0276686;REVB=-0.0581785;RO=36;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861431;STB=0.532903;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0193903;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:36:38:40:42:0.525:14:26:20:16:16:26:21:17 chr3 151164930 . A G 80.98 PASS AF=0.157895;AO=13;DP=94;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0241003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.615;QD=3.40979;RBI=0.0328196;REFB=-0.00723564;REVB=0.0222778;RO=79;SAF=8;SAR=5;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074466;STB=0.543045;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0427854;OID=.;OPOS=151164930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:94:95:79:80:13:15:0.157895:5:8:44:35:6:9:44:36 chr3 151165678 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.772;QD=53.2772;RBI=0.0282902;REFB=0;REVB=0.0145059;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245906;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr3 151166058 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0102264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.092;QD=14.6576;RBI=0.0171825;REFB=0.0180299;REVB=0.013808;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156249;STB=0.509077;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0182952;OID=.;OPOS=151166058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:12:5:4:9:12:5 chr3 151166422 . C T 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00179282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.897;QD=18.1551;RBI=0.0130861;REFB=-0.0285593;REVB=-0.0129627;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191361;STB=0.607748;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0322394;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:19:6:9:12:19:6 chr3 151166771 . C T 344.64 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0448606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3316;QD=19.1465;RBI=0.0470224;REFB=-0.00874921;REVB=0.0140935;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104994;STB=0.558221;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0111125;OID=.;OPOS=151166771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:15:21:25:11:15:21:25:11 chr3 151171439 . A C 212.62 PASS AF=0.490566;AO=21;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0161302;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.155;QD=16.0469;RBI=0.0171348;REFB=-0.0157641;REVB=-0.00578076;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108188;STB=0.621687;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0170992;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:27:21:26:0.490566:12:9:8:17:12:14:8:19 chr3 151171542 . AT GC,GT 653.59 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=3,40;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353998,0.0155121;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=63.4604,131.127;QD=60.7993;RBI=0.0057785,0.0181508;REFB=0,0;REVB=0.00456722,0.00942494;RO=0;SAF=3,16;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0236152,-3.42436e-06;OID=.,.;OPOS=151171542,151171542;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:3,40:3,40:0.0697674,0.930233:0,24:3,16:0:0:0,24:3,16:0:0 chr3 151283691 . C A 339.52 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00348154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.556;QD=17.8693;RBI=0.0065139;REFB=-0.033479;REVB=-0.00550543;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426014;STB=0.517927;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0447537;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:21:15:18:21:21:15:18:22 chr3 151463421 . G T 426.93 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0062896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.282;QD=19.1877;RBI=0.0312692;REFB=-0.0152667;REVB=0.0306302;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145848;STB=0.58563;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0123706;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:46:42:43:0.483146:23:19:28:18:24:19:28:18 chr3 151463423 . G A 473.27 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0114304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.079;QD=21.2704;RBI=0.0247428;REFB=0.0011538;REVB=-0.0219443;RO=43;SAF=28;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147494;STB=0.581567;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000752975;OID=.;OPOS=151463423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:18:28:19:24:18:28:19:24 chr3 151545601 . G A 773.84 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.07461;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.638;QD=57.3211;RBI=0.074839;REFB=0;REVB=-0.00585027;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6849e-05;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr3 151986434 . GCC GC,GCG 560.06 PASS AF=0.696429,0.285714;AO=9,16;DP=57;FAO=39,16;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=14,16;FSAR=25,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0566235,-0.0486936;FXX=0.0175408;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.6709,149.578;QD=40.0046;RBI=0.779067,0.0625344;REFB=-0.029773,-0.013478;REVB=0.777006,0.0392363;RO=25;SAF=7,16;SAR=2,0;SRF=3;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.670004,0.866703;STB=0.517232,0.5;STBP=0.273,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0205205,0.0787382;OID=.,.;OPOS=151986435,151986436;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.696429,0.285714:9,16:57:39,16:56:1:14,16:25,0:1:0:99:25:7,16:2,0:3:22 chr3 152181040 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00791746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.156;QD=12.8606;RBI=0.0203942;REFB=-0.0180175;REVB=0.0187946;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0222493;OID=.;OPOS=152181040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:4:4:2:5:4:4 chr3 152555521 . CTTTG C 50.87 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000693704;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=268.065;QD=7.53602;RBI=0.00138875;REFB=-0.00234037;REVB=-0.00120308;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350904;STB=0.736288;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=0.0048302;OID=.;OPOS=152555522;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:26:9:27:18:2:7:10:8:50:15:2:7:8:7 chr3 152852067 . C T 67.98 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0670897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.35;QD=14.3125;RBI=0.0688241;REFB=-0.00951158;REVB=0.0153536;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0582282;OID=.;OPOS=152852067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:5:5:4:5:5:5 chr3 152852070 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0151231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.224;QD=12.73;RBI=0.0182812;REFB=-0.0309045;REVB=0.010271;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0340058;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:7:5:4:5:7:5 chr3 152852188 . T C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0160788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.179;QD=21.971;RBI=0.0161333;REFB=-0.00695994;REVB=-0.00132486;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159398;STB=0.590068;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00549294;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:5:15:10:7:5:15:10:7 chr3 152883036 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.324;QD=56.9476;RBI=0.0339106;REFB=-0.0274339;REVB=-0.0137119;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00167966;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:21:15:1:0:21:15:1:0 chr3 152885599 . A T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00811164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.633;QD=53.9331;RBI=0.0144897;REFB=-0.00943047;REVB=0.0120064;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000117321;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr3 153839866 . G C 1743.26 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0126455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.971;QD=58.1088;RBI=0.0231765;REFB=-0.0568721;REVB=0.0194227;RO=3;SAF=66;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111172;STB=0.505856;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000298505;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:51:66:1:2:51:66:1:2 chr3 153839959 . CT TC 483.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297515;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=52.4514;QD=58.5468;RBI=0.0373718;REFB=0;REVB=0.0226163;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00102552;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr3 154018887 . G C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.595;QD=55.6481;RBI=0.0416192;REFB=0;REVB=-0.00497262;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202778;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr3 154029489 . T C 382.23 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0117138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.06;QD=19.856;RBI=0.0200817;REFB=-0.0234847;REVB=-0.0163114;RO=38;SAF=9;SAR=30;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206829;STB=0.615699;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0137998;OID=.;OPOS=154029489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:30:9:16:22:30:9:16:22 chr3 155200562 . C T 346.21 PASS AF=0.375;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0344346;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.923;QD=12.3645;RBI=0.035029;REFB=-0.00545349;REVB=-0.00642545;RO=67;SAF=22;SAR=20;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146434;STB=0.520912;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00496243;OID=.;OPOS=155200562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:67:70:42:42:0.375:20:22:36:31:20:22:39:31 chr3 155241740 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.872;QD=57.0008;RBI=0.00706311;REFB=0;REVB=-0.00264986;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51796e-06;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr3 155314034 . A G 276.05 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00776037;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.784;QD=16.9876;RBI=0.0335442;REFB=-0.0240842;REVB=0.0326342;RO=35;SAF=21;SAR=9;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01641;STB=0.509219;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0281887;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:65:35:35:30:30:0.461538:9:21:25:10:9:21:25:10 chr3 155481609 . G A 407.72 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8702;QD=52.609;RBI=0.0311668;REFB=-0.0138676;REVB=0.014479;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00219737;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:16:13:1:0:17:13:1:0 chr3 155485302 . C T 496.73 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433976;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.001;QD=58.4384;RBI=0.0434421;REFB=0;REVB=-0.00196558;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331622;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr3 156249214 . T C 214.39 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00399246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9525;QD=12.7996;RBI=0.00554756;REFB=-0.0035668;REVB=-0.00385171;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264566;STB=0.659449;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00807853;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:18:8:22:18:18:8:23:18 chr3 156266774 . C T 167.37 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000348495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7727;QD=23.0859;RBI=0.0234321;REFB=-0.0149405;REVB=-0.0234295;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504619;STB=0.52835;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00946454;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:5:7:11:6:5:7 chr3 156544584 . C T 1884.63 PASS AF=0.984252;AO=123;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0266485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3616;QD=59.3586;RBI=0.0471218;REFB=-0.0545028;REVB=0.0388628;RO=3;SAF=69;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104334;STB=0.508927;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00134783;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:127:3:2:123:125:0.984252:54:69:1:2:55:70:0:2 chr3 156570811 . A G 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0217804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.874;QD=13.758;RBI=0.0220182;REFB=-0.0194412;REVB=0.00322696;RO=53;SAF=13;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196765;STB=0.612137;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0301438;OID=.;OPOS=156570811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:21:13:30:23:21:13:30:23 chr3 157099109 . A G 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00778148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.611;QD=20.273;RBI=0.0186181;REFB=-0.0272511;REVB=-0.016914;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729128;STB=0.541189;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0128401;OID=.;OPOS=157099109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:9:15:16:7:9:15 chr3 157155314 . C A 430.9 PASS AF=0.468085;AO=41;DP=91;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.000714399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.796;QD=18.3361;RBI=0.00972489;REFB=-0.0036293;REVB=0.00969861;RO=50;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453928;STB=0.52771;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00704065;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:50:50:41:44:0.468085:24:17:23:27:26:18:23:27 chr3 157161305 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0361445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.371;QD=14.7017;RBI=0.0362081;REFB=-0.0346876;REVB=0.00214496;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0336105;OID=.;OPOS=157161305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:9:6:5:7:9:6 chr3 157815088 . G A 1528.68 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.679;QD=63.6951;RBI=0.0159297;REFB=0;REVB=0.00807511;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29567e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:42:54:0:0:42:54:0:0 chr3 158187189 . G A 690.81 PASS AF=0.648352;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0143529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.948;QD=30.3651;RBI=0.017454;REFB=0.00853514;REVB=-0.00993163;RO=32;SAF=23;SAR=36;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114431;STB=0.56205;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00284593;OID=.;OPOS=158187189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:32:32:59:59:0.648352:36:23:18:14:36:23:18:14 chr3 158306630 . T G 201.09 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0388747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2108;QD=21.1674;RBI=0.049598;REFB=0.00582806;REVB=-0.0308012;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472505;STB=0.502657;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0077309;OID=.;OPOS=158306630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:8:10:11:9:8:10 chr3 158320597 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00210991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.68;QD=19.8254;RBI=0.0188931;REFB=-0.00859525;REVB=0.0187749;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114944;STB=0.55696;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00633489;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:8:19:14:10:8:19:15:10 chr3 158362441 . T C 603.36 PASS AF=0.437908;AO=66;DP=154;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.00966144;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4864;QD=15.7741;RBI=0.0210775;REFB=-0.0165609;REVB=-0.0187328;RO=82;SAF=28;SAR=38;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135974;STB=0.570349;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0174234;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:82:86:66:67:0.437908:38:28:46:36:38:29:48:38 chr3 158366900 . G A 455.41 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0326427;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.617;QD=22.4892;RBI=0.0347357;REFB=0.00367439;REVB=-0.0118753;RO=37;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159879;STB=0.587934;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00206412;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:37:44:44:0.54321:24:20:24:13:24:20:24:13 chr3 158388780 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0205154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8388;QD=16.156;RBI=0.0235594;REFB=-0.00531245;REVB=0.0115828;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138266;STB=0.578254;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00792369;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:18:9:15:17:18:9:15:17 chr3 158520011 . C T 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00301303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.85;QD=36.3422;RBI=0.00365849;REFB=0.0298554;REVB=-0.00207514;RO=5;SAF=2;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236566;STB=0.631423;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00491076;OID=.;OPOS=158520011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:18:2:2:3:18:2:2:3 chr3 158537443 . A G 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0220553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5614;QD=15.1652;RBI=0.0460446;REFB=0.0010613;REVB=0.0404187;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295102;STB=0.506573;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.000323705;OID=.;OPOS=158537443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:12:11:13:16:12:11:14:16 chr3 158952315 . C A 245.42 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00344194;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.735;QD=17.5301;RBI=0.00496155;REFB=-0.0188821;REVB=0.00357352;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104126;STB=0.558099;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0219999;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:29:29:27:27:0.482143:19:8:6:23:19:8:6:23 chr3 159744438 . C T 165.88 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0671699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5071;QD=15.4309;RBI=0.0792077;REFB=-0.0403096;REVB=-0.0419771;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86862e-08;STB=0.542325;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0713135;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:24:25:16:18:0.418605:6:10:15:9:6:12:15:10 chr3 159744440 . C T 167.72 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0346486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.779;QD=15.6022;RBI=0.0349424;REFB=-0.00916615;REVB=0.00452137;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733128;STB=0.542325;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0101768;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:15:10:6:12:15:10 chr3 160131347 . A G 356.11 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0077604;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1654;QD=16.3728;RBI=0.0284911;REFB=-0.0351436;REVB=0.0274139;RO=49;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23676;STB=0.632119;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0434322;OID=.;OPOS=160131347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:49:38:38:0.436782:19:19:13:36:19:19:13:36 chr3 160132026 . GA TT 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0278649;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.429;QD=19.1894;RBI=0.0298212;REFB=0.0128924;REVB=-0.0106232;RO=49;SAF=29;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223846;STB=0.624645;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=-0.0133836;OID=.;OPOS=160132026;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:16:29:20:29:16:29:20:29 chr3 160227606 . A G 196.66 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0123519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5278;QD=26.2215;RBI=0.041334;REFB=-0.0319005;REVB=0.0394453;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169342;STB=0.599893;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0102967;OID=.;OPOS=160227606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:7:11:4:7:7:12:4:7 chr3 160939776 . T A 50.92 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0128333;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=40.1289;QD=16.9744;RBI=0.0264207;REFB=4.8726e-06;REVB=0.0230945;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518377;STB=0.809829;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00779566;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:4:1:6:1:4:1 chr3 160967354 . G A 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4081;QD=56.9348;RBI=0.038025;REFB=0;REVB=-0.0104156;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405377;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr3 161062631 . T C 1204.51 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.613;QD=60.9878;RBI=0.0283337;REFB=0;REVB=0.00908183;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73566e-05;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr3 161062848 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.84;QD=57.544;RBI=0.0276442;REFB=0;REVB=0.0249134;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3875e-05;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr3 164714532 . C T 1365.9 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799381;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.384;QD=62.8002;RBI=0.0236842;REFB=0;REVB=0.0222944;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038898;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr3 164764719 . C A 511.8 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0147407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.756;QD=15.6276;RBI=0.0166603;REFB=-0.00431128;REVB=-0.00776396;RO=75;SAF=34;SAR=22;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22363;STB=0.625159;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00843229;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:22:34:29:46:22:34:29:46 chr3 164773057 . G A 309.59 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00337337;FXX=0.0666519;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.897;QD=29.4844;RBI=0.0308335;REFB=-0.017067;REVB=-0.0306484;RO=11;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272809;STB=0.626532;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0334869;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:11:12:22:23:0.547619:9:13:11:0:10:13:11:1 chr3 164783165 . T C 413.95 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00491111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.075;QD=16.5581;RBI=0.0051022;REFB=-0.000868532;REVB=-0.00138329;RO=57;SAF=17;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186115;STB=0.604602;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00152194;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:26:17:33:24:26:17:33:24 chr3 164793758 . C A 671.37 PASS AF=0.382775;AO=76;DP=205;FAO=80;FDP=209;FR=.;FRO=129;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=-0.00705696;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.215;QD=12.8492;RBI=0.00717564;REFB=-0.013853;REVB=-0.00129967;RO=129;SAF=32;SAR=44;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841441;STB=0.544302;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0187073;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:209:129:129:76:80:0.382775:44:32:64:65:46:34:64:65 chr3 164905224 . A T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0113103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.611;QD=18.7118;RBI=0.0307904;REFB=0.0116414;REVB=0.0286378;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154458;STB=0.508762;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00833844;OID=.;OPOS=164905224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:14:4:4:15:14:4:4:15 chr3 165491280 . C T 337.61 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000758043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.686;QD=20.1556;RBI=0.00347255;REFB=-0.0208993;REVB=-0.0033888;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126405;STB=0.57909;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0203299;OID=.;OPOS=165491280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:23:12:15:16:23:12:16:16 chr3 166900401 . C G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0667517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.954;QD=13.9589;RBI=0.067713;REFB=0.00520454;REVB=-0.0113694;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0113197;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:2:5:2:5:2:5 chr3 166966436 . C T 590.69 PASS AF=0.35;AO=70;DP=197;FAO=70;FDP=200;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=85;FSRR=45;FWDB=-0.0100907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.989;QD=11.8138;RBI=0.0150519;REFB=-0.0157031;REVB=-0.0111686;RO=127;SAF=38;SAR=32;SRF=83;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128251;STB=0.573573;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0300902;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:127:130:70:70:0.35:32:38:83:44:32:38:85:45 chr3 167000256 . G C 281.27 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00979081;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.644;QD=27.4409;RBI=0.0207868;REFB=-0.00821086;REVB=0.0183367;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227722;STB=0.628478;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00703684;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:14:10:2:14:14:11:2:14 chr3 167051726 . A G 192.64 PASS AF=0.317073;AO=24;DP=80;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0138781;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.467;QD=9.39709;RBI=0.0166975;REFB=-0.00507266;REVB=-0.0092847;RO=55;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271513;STB=0.634051;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0309153;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:55:56:24:26:0.317073:11:13:17:38:13:13:17:39 chr3 167077691 . T A 875.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.563;QD=57.3773;RBI=0.0356353;REFB=0;REVB=-0.00747979;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34096e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:29:32:0:0 chr3 167159980 . A G 66.26 PASS AF=0.5;AO=6;DP=15;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000500272;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=50.2509;QD=14.7255;RBI=0.111525;REFB=-0.0994995;REVB=0.111524;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.609518;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0227952;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:15:18:3:9:6:9:0.5:2:4:2:1:4:5:3:6 chr3 167164187 . A G 212.31 PASS AF=0.40625;AO=27;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0108245;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.422;QD=13.2693;RBI=0.0252434;REFB=-0.0182804;REVB=0.0228048;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896445;STB=0.540115;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0317271;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:27:26:0.40625:14:13:15:23:14:12:15:23 chr3 167167100 . C T 341.75 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0374459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0092;QD=18.4731;RBI=0.043217;REFB=-0.0153944;REVB=-0.0215757;RO=38;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170181;STB=0.594544;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0169384;OID=.;OPOS=167167100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:18:18:26:12:18:18:26:12 chr3 167167186 . T A 657.69 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.003647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.839;QD=59.7904;RBI=0.0279393;REFB=-0.110722;REVB=0.0277002;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000660734;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:21:21:0:1:22:21:0:1 chr3 167184878 . T C 805.94 PASS AF=1;AO=38;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170991;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.159;QD=57.567;RBI=0.171566;REFB=0;REVB=0.0140339;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00865019;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:38:56:1:26:12:0:0:26:30:0:0 chr3 167189607 . A C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00601579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.725;QD=11.5637;RBI=0.0197992;REFB=0.00205391;REVB=0.0188631;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015897;STB=0.509421;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00228495;OID=.;OPOS=167189607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:12:17:9:6:12:17 chr3 167217960 . C T 282.13 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0219386;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7878;QD=14.6561;RBI=0.0404665;REFB=-0.00819384;REVB=-0.0340035;RO=45;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170567;STB=0.597135;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0183075;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:22:10:21:24:22:10:21:24 chr3 167217964 . A G 1181.68 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022398;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.704;QD=60.5989;RBI=0.0233231;REFB=0;REVB=0.00650362;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206368;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:47:30:0:0:47:31:0:0 chr3 167415751 . T G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0144322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.451;QD=16.1724;RBI=0.017074;REFB=-0.0111711;REVB=0.00912327;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192059;STB=0.610967;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0175299;OID=.;OPOS=167415751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:10:10:11:5:10:10 chr3 168538993 . A G 1209.61 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.703;QD=61.2463;RBI=0.0406837;REFB=0;REVB=0.0211411;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08432e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:41:38:0:0 chr3 168546914 . C T 1001.76 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0632149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.631;QD=56.4369;RBI=0.0726039;REFB=-0.0214901;REVB=0.03571;RO=2;SAF=24;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889957;STB=0.504709;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=8.25728e-05;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:71:2:2:69:69:0.971831:45:24:1:1:45:24:1:1 chr3 169098992 . G A 221.34 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000277303;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.38;QD=31.6202;RBI=0.00726028;REFB=-0.0302709;REVB=0.00725498;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154571;STB=0.585022;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0123325;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:8:8:20:20:0.714286:9:11:2:6:9:11:2:6 chr3 169485639 . C T 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00103094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.29;QD=25.0397;RBI=0.00398229;REFB=-0.00480386;REVB=-0.00384653;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157012;STB=0.586892;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00356364;OID=.;OPOS=169485639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:13:13:14:6:13:13:14:6 chr3 169490099 . A T 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00248446;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.125;QD=21.9718;RBI=0.0186223;REFB=0.00353316;REVB=-0.0184559;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741796;STB=0.558679;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00193866;OID=.;OPOS=169490099;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:7:13:9:7:7:13:9:8 chr3 169492101 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00646342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.629;QD=18.4983;RBI=0.079242;REFB=-0.0160744;REVB=-0.0789779;RO=26;SAF=21;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100993;STB=0.573712;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0170318;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:6:21:18:8:6:21:18:9 chr3 169513320 . A T 294.17 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00108693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3881;QD=17.5622;RBI=0.0165923;REFB=-0.0229981;REVB=0.0165566;RO=35;SAF=10;SAR=22;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061826;STB=0.5345;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0250158;OID=.;OPOS=169513320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:22:10:9:26:22:10:9:26 chr3 169514585 . A T 300.05 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00815322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8854;QD=24.4938;RBI=0.0260419;REFB=0.00464506;REVB=0.0247327;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930916;STB=0.542341;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00329657;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:16:11:11:10:16:11:11:11 chr3 169518455 . T C 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.883;QD=64.1415;RBI=0.0596447;REFB=0;REVB=0.0592681;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396801;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr3 169540397 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6746;QD=37.4876;RBI=0.02731;REFB=0;REVB=-0.00120605;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196573;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr3 169558025 . C T 504.3 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0498753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.959;QD=50.4298;RBI=0.0502967;REFB=-0.173595;REVB=0.00649759;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.527762;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00440781;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:40:40:1:4:36:36:0.9:17:19:0:1:17:19:1:3 chr3 169643955 . C T 352.58 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0109499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.606;QD=20.74;RBI=0.0156924;REFB=-0.0183251;REVB=-0.0112406;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115403;STB=0.563724;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.020723;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:16:20:22:10:16:20:22:10 chr3 169644710 . G C 158.67 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0269201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7542;QD=17.1539;RBI=0.0419052;REFB=-0.0216364;REVB=0.0321147;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209548;STB=0.620541;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0341845;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:5:12:10:10:5:12:10:10 chr3 169654216 . G A 176.53 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.012436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.394;QD=20.7677;RBI=0.0177351;REFB=-0.00565263;REVB=-0.0126444;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247442;STB=0.639842;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0035747;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:6:10:6:12:6:10 chr3 169703671 . A C 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0581287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6522;QD=21.1201;RBI=0.0620663;REFB=0.00406117;REVB=0.0217551;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157204;STB=0.514698;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00248902;OID=.;OPOS=169703671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:32:37:37:0.536232:22:15:12:19:22:15:12:20 chr3 169713483 . C T 245.77 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000449991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.25;QD=15.6047;RBI=0.0127568;REFB=-0.034306;REVB=0.0127488;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610438;STB=0.54357;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.033879;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:14:13:19:16:15:13:19:16 chr3 169802930 . G T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.875;QD=56.7015;RBI=0.0756108;REFB=0;REVB=-0.00315754;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000478154;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr3 169806236 . CT C 30.52 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0860381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.1165;QD=8.13907;RBI=0.120124;REFB=-0.0850256;REVB=-0.0838285;RO=9;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.761805;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0973129;OID=.;OPOS=169806237;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:14:6:15:9:5:1:3:6:30:9:5:0:3:6 chr3 169894680 . G A 709.36 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00155953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.89;QD=57.9067;RBI=0.0126403;REFB=0.00894427;REVB=-0.0125437;RO=2;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103566;STB=0.504742;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=1.8601e-05;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:45:46:0.938776:17:28:1:1:18:28:1:1 chr3 170078232 . C A,T 333.49 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,23;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115754,0.00833265;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.036,120.984;QD=53.3578;RBI=0.0347409,0.0276644;REFB=0,0;REVB=-0.0327558,-0.0263796;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107686,-0.00594608;OID=.,.;OPOS=170078232,170078232;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:25:25:0:0:2,23:1,24:0.04,0.96:0,13:2,10:0:0:0,13:1,11:0:0 chr3 170608213 . T G 140.05 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00706826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6884;QD=12.7316;RBI=0.0128917;REFB=-0.0325266;REVB=-0.0107812;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114947;STB=0.584641;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0363783;OID=.;OPOS=170608213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:15:16:0.363636:8:7:16:12:9:7:16:12 chr3 170715830 . G A 72.72 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0264904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.073;QD=8.81493;RBI=0.0286541;REFB=0.000171472;REVB=0.0109231;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123874;STB=0.602435;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000158584;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:23:23:9:10:0.30303:3:6:13:10:3:7:13:10 chr3 170825905 . C G 1116.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.156;QD=60.3699;RBI=0.0327949;REFB=0;REVB=0.0226447;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90303e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr3 170825920 . G A 167.7 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0271927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8637;QD=8.49133;RBI=0.104785;REFB=-0.00798023;REVB=0.101195;RO=55;SAF=5;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35659;STB=0.710037;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0227077;OID=.;OPOS=170825920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:56:23:23:0.291139:18:5:27:28:18:5:27:29 chr3 170843782 . C A 339.76 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00414867;FXX=0.061529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.322;QD=22.2795;RBI=0.0205101;REFB=-0.0121383;REVB=0.0200861;RO=26;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181875;STB=0.606498;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00545998;OID=.;OPOS=170843782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:26:27:34:34:0.557377:17:17:19:7:17:17:20:7 chr3 170893070 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00766201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.879;QD=14.6652;RBI=0.00893677;REFB=-0.0107223;REVB=0.00459993;RO=21;SAF=14;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390649;STB=0.736426;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0298289;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:1:14:16:5:1:14:16:5 chr3 170946002 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0103301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.215;QD=12.3947;RBI=0.0138259;REFB=-0.00468374;REVB=0.0091894;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201609;STB=0.619655;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00745108;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:11:13:10:4:11:13 chr3 171065030 . AG AC,CA 221.1 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=14,3;DP=19;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0526039;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=265.63,256.449;QD=49.1338;RBI=0.00402208,0.00438696;REFB=0,0;REVB=-0.00402208,-0.00438696;RO=0;SAF=0,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00143513,0.0154209;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:19:18:0:0:14,3:15,3:0.833333,0.166667:14,3:0,0:0:0:15,3:0,0:0:0 chr3 171087469 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.125257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.02;QD=25.4668;RBI=0.126195;REFB=0.00961996;REVB=-0.0153541;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00656117;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:1:2:6:3:1:2 chr3 171338237 . T G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0152682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6909;QD=9.49524;RBI=0.0160684;REFB=-0.00809897;REVB=0.00500753;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227985;STB=0.639731;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0161142;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:8:3:11:13:8:3:11:13 chr3 171395468 . A G 231.48 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00198537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2215;QD=12.3457;RBI=0.0234077;REFB=-0.0222215;REVB=-0.0233234;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12035;STB=0.564839;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0272428;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:47:27:28:0.373333:15:12:25:20:16:12:25:22 chr3 171404478 . C A 357.97 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0236599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.528;QD=19.6147;RBI=0.0251292;REFB=0.00313327;REVB=0.00846673;RO=35;SAF=23;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219091;STB=0.615094;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00381411;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:37:37:0.506849:14:23:13:22:14:23:14:22 chr3 171844787 . A T 785.67 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.365;QD=57.1395;RBI=0.0528371;REFB=0;REVB=0.0522577;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146031;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:23:30:0:0:25:30:0:0 chr3 171969077 . C G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8365;QD=57.5442;RBI=0.026921;REFB=0;REVB=-1.97103e-05;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157256;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr3 172046861 . T C 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0555546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3027;QD=17.0588;RBI=0.0600131;REFB=-0.00815938;REVB=0.0226994;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103353;STB=0.564217;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.012743;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:16:17:15:22:16:17:15:23 chr3 172115465 . TT AA,TA 37.08 PASS AF=0.333333,0.333333;AO=3,2;DP=8;FAO=3,3;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0,1;FSAR=3,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0792565,0.0668431;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=2,1;MLLD=45.115,9.71102;QD=16.4808;RBI=0.0796678,0.125955;REFB=-0.0556924,-0.112547;REVB=0.00808502,0.106756;RO=3;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.712642,-0.666583;STB=0.995542,0.665552;STBP=0.106,0.592;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00653138,0.0647274;OID=.,.;OPOS=172115465,172115466;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:8:9:3:3:3,2:3,3:0.333333,0.333333:3,2:0,0:2:1:3,2:0,1:2:1 chr3 172165727 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00130009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=361.979;QD=17.4015;RBI=0.0118969;REFB=-0.00629751;REVB=0.0118257;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00585025;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr3 172224303 . A G 539.59 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00376617;FXX=0.0714116;HRUN=7;LEN=1;MLLD=130.901;QD=55.343;RBI=0.00887196;REFB=-0.11495;REVB=0.00803291;RO=2;SAF=16;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.529396;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00116615;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:2:2:36:37:0.948718:20:16:2:0:21:16:2:0 chr3 172428782 . T C 484.84 PASS AF=0.5;AO=45;DP=93;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0397941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.759;QD=20.2018;RBI=0.0477395;REFB=-0.0175945;REVB=0.0263721;RO=48;SAF=12;SAR=33;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162042;STB=0.571115;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0141073;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:48:48:45:48:0.5:33:12:20:28:34:14:20:28 chr3 172489076 . C T 126.12 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0017787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.815;QD=10.967;RBI=0.127209;REFB=-0.018898;REVB=-0.127196;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039362;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0404488;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:9:6:11:19:9:6:12:19 chr3 172514294 . G A 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.798;QD=57.7017;RBI=0.0745124;REFB=0;REVB=0.0684618;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010624;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr3 173997153 . G A 764.8 PASS AF=0.532847;AO=71;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00573779;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.276;QD=22.3299;RBI=0.0087366;REFB=-0.0024173;REVB=0.00658833;RO=65;SAF=40;SAR=31;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517788;STB=0.500406;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00180138;OID=.;OPOS=173997153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:64:71:73:0.532847:31:40:37:28:32:41:36:28 chr3 174581888 . T C 611.95 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.707;QD=61.195;RBI=0.0360617;REFB=0;REVB=-0.000872902;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31066e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:14:26:0:0 chr3 174814738 . G A 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.611;QD=57.5377;RBI=0.0267926;REFB=0;REVB=-0.0212256;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52363e-05;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr3 174814920 . A G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.007;QD=60.0287;RBI=0.0110931;REFB=0;REVB=-0.00852106;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89216e-06;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr3 174951756 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.607;QD=64.1521;RBI=0.0300053;REFB=0;REVB=0.0232035;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22403e-05;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr3 175165079 . C T 705.04 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.592;QD=58.7535;RBI=0.0197627;REFB=-0.162071;REVB=0.000306401;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00262396;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:1:2:46:46:0.958333:25:21:1:0:25:21:1:1 chr3 175189446 . AG A,AA 509.08 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=7,25;DP=32;FAO=4,31;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360105,0.0366847;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.184,144.442;QD=58.1808;RBI=0.041895,0.0405708;REFB=0,0;REVB=0.021411,0.0173269;RO=0;SAF=6,7;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0311463,0.000761317;OID=.,.;OPOS=175189447,175189447;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.114286,0.885714:7,25:32:4,31:35:0:3,13:1,18:0:0:14:0:6,7:1,18:0:0 chr3 175327309 . G A 2936.3 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7913;QD=63.1462;RBI=0.00649419;REFB=0;REVB=-9.96157e-05;RO=0;SAF=65;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20669e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:186:0:0:184:186:1:119:65:0:0:120:66:0:0 chr3 175345143 . C G 851.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.738;QD=57.7009;RBI=0.0248839;REFB=0;REVB=0.0175029;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80809e-05;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr3 175473047 . T C 1719.06 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8352;QD=58.7712;RBI=0.0151634;REFB=-0.0075696;REVB=0.00833857;RO=1;SAF=61;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772123;STB=0.500522;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-3.87372e-05;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:117:1:2:114:115:0.982906:53:61:1:0:54:61:1:1 chr3 175521509 . A G 300.04 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00809728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.793;QD=13.6381;RBI=0.0175841;REFB=-0.0226371;REVB=-0.0156088;RO=52;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143502;STB=0.592121;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0306116;OID=.;OPOS=175521509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:54:34:34:0.386364:19:15:30:22:19:15:32:22 chr3 175521611 . A G 238.57 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00169722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.128;QD=14.6815;RBI=0.00295425;REFB=-0.00808379;REVB=-0.00241807;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139248;STB=0.578891;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0101631;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:16:21:12:16:16:21 chr3 176838514 . C G 531.98 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000804619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.37;QD=59.1086;RBI=0.0134419;REFB=0;REVB=0.0134178;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244025;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:15:17:0:0:18:18:0:0 chr3 178742690 . T C 739.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.041;QD=56.8561;RBI=0.054018;REFB=0;REVB=0.0259207;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137752;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:34:18:0:0 chr3 178815528 . G A 477.89 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0429667;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7345;QD=15.2924;RBI=0.0441651;REFB=-0.00765434;REVB=0.0102186;RO=64;SAF=30;SAR=23;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15675;STB=0.551523;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0102537;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:72:53:53:0.424:23:30:46:18:23:30:47:25 chr3 178957855 . G C 117.46 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.100611;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1701;QD=10.678;RBI=0.105686;REFB=0.00917854;REVB=-0.0323588;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404376;STB=0.548949;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0270597;OID=.;OPOS=178957855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:30:14:14:0.318182:8:6:13:15:8:6:15:15 chr3 178968568 . A C 207.37 PASS AF=0.625;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00462974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.505;QD=25.9206;RBI=0.00544973;REFB=-0.0427033;REVB=0.00287491;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133485;STB=0.562438;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0230865;OID=.;OPOS=178968568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:19:20:0.625:9:10:4:8:10:10:4:8 chr3 178976777 . C T 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0567892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.664;QD=11.9508;RBI=0.0678938;REFB=-0.00804416;REVB=-0.0372096;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646677;STB=0.885149;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0319278;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:2:9:1:7:2:9 chr3 179096508 . C G 793.47 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0182321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1436;QD=52.0306;RBI=0.055663;REFB=0.0330728;REVB=0.0525924;RO=2;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261941;STB=0.520541;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000617938;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:2:3:58:58:0.95082:35:23:0:2:35:23:0:3 chr3 179114529 . GATTA G 36.39 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00813176;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=265.495;QD=6.93136;RBI=0.0143386;REFB=-0.00498842;REVB=-0.0118097;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41176;STB=0.78843;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.00749013;OID=.;OPOS=179114530;OREF=ATTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:20:6:21:15:5:1:7:8:36:14:5:1:7:7 chr3 179118998 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=28;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0600694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.542;QD=15.2679;RBI=0.0610201;REFB=-0.00551835;REVB=-0.0107298;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730345;STB=0.576214;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0057726;OID=.;OPOS=179118998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:33:28:26:0.440678:13:15:19:12:13:13:21:12 chr3 179298999 . C T 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00969869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.538;QD=18.8349;RBI=0.0351471;REFB=-0.00573881;REVB=-0.0337824;RO=53;SAF=22;SAR=30;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130498;STB=0.572239;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00658839;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:30:22:30:23:30:22:30:23 chr3 179306775 . C T 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.039448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.431;QD=24.0848;RBI=0.0396098;REFB=-0.0207063;REVB=-0.00357693;RO=21;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120443;STB=0.509548;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0134642;OID=.;OPOS=179306775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:23:34:34:0.596491:20:14:9:12:20:14:10:13 chr3 179322385 . A C 382.89 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0317838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3212;QD=17.4042;RBI=0.0354122;REFB=-0.00475059;REVB=0.0156146;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131586;STB=0.518488;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00644278;OID=.;OPOS=179322385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:48:39:40:0.454545:22:17:22:27:23:17:22:26 chr3 179325566 . G GCTGT 443.55 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0115603;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.489;QD=19.9349;RBI=0.0133387;REFB=-0.00499393;REVB=-0.00665428;RO=45;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.586613;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=0.00530025;OID=.;OPOS=179325567;OREF=-;OALT=CTGT;OMAPALT=GCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494382:44:90:44:89:45:27:17:20:25:99:45:27:17:20:25 chr3 179371154 . C T 603.75 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00658494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.272;QD=14.9999;RBI=0.0139154;REFB=0.00166051;REVB=0.0122587;RO=93;SAF=26;SAR=42;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513985;STB=0.528797;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00215773;OID=.;OPOS=179371154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:93:93:68:68:0.42236:42:26:40:53:42:26:40:53 chr3 179501981 . CAAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAAAG 35.62 PASS AF=0.0526316,0.263158;AO=4,3;DP=21;FAO=1,5;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=0,3;FSAR=1,2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.491133,-0.195623;FXX=0;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=9.66003,194.555;QD=7.49889;RBI=0.497574,0.195957;REFB=-0.136958,-0.00629009;REVB=-0.079804,-0.0114384;RO=8;SAF=3,1;SAR=1,2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.672551,0.563404;STB=0.988779,0.5996;STBP=0.488,0.683;TYPE=del,ins;VARB=0.137144,0.0156175;OID=.,.;OPOS=179501982,179501991;OREF=AA,-;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0526316,0.263158:4,3:21:1,5:19:13:0,3:1,2:6:7:30:8:3,1:1,2:0:8 chr3 182554905 . A G 237.75 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00887233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.137;QD=13.7826;RBI=0.0179389;REFB=-0.0175475;REVB=-0.0155912;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131215;STB=0.507241;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0248324;OID=.;OPOS=182554905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:28:28:0.405797:14:14:19:20:14:14:21:20 chr3 182631792 . C A 310.64 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0225308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.508;QD=17.751;RBI=0.022588;REFB=-0.0184608;REVB=-0.00160611;RO=36;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906352;STB=0.55595;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0121498;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:23:10:14:22:24:10:14:22 chr3 182790249 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000741006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.512;QD=58.2396;RBI=0.0235215;REFB=0;REVB=0.0235099;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80814e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr3 182871962 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=-0.108261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.285;QD=10.9358;RBI=0.10902;REFB=-0.00584817;REVB=-0.0128408;RO=34;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543071;STB=0.532566;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0226225;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:14:2:5:29:14:2:5:29 chr3 182897920 . A G 84.29 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0595369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0177;QD=10.5367;RBI=0.0596256;REFB=-0.0251904;REVB=-0.00325236;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642199;STB=0.576329;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0191169;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:4:7:11:8:4:7:11:10 chr3 182925404 . T C 1090.71 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035114;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3628;QD=58.9572;RBI=0.0467287;REFB=0;REVB=0.0308314;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239779;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:0:0:67:74:1:25:42:0:0:25:49:0:0 chr3 182989978 . CTAATAGAGTAAGTTACATTTATTTTACAAAGCAGGA C 64.64 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00770307;FXX=0;HRUN=1;LEN=36;MLLD=938.778;QD=8.61856;RBI=0.00805348;REFB=-0.00699871;REVB=0.00234974;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169958;STB=0.666296;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=0.0157842;OID=.;OPOS=182989979;OREF=TAATAGAGTAAGTTACATTTATTTTACAAAGCAGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:8:30:9:30:21:3:6:12:9:64:15:3:5:8:7 chr3 183027542 . T G 203.73 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0415313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7547;QD=16.2984;RBI=0.0421316;REFB=0.00456328;REVB=0.00708695;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138841;STB=0.59146;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00848709;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:7:14:15:13:7:14:15:14 chr3 183056598 . G A 70.96 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0153684;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.901;QD=12.9021;RBI=0.0154701;REFB=0.00329542;REVB=0.00177016;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198262;STB=0.619962;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00556349;OID=.;OPOS=183056598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:25:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:8:5:2:7:8:5 chr3 183107570 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00788988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.705;QD=21.2649;RBI=0.0289223;REFB=-0.0305216;REVB=-0.0278254;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178195;STB=0.600441;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0197269;OID=.;OPOS=183107570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:8:10:7:13:8:10 chr3 183211894 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00747058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.281;QD=14.1321;RBI=0.00898014;REFB=-0.00670949;REVB=0.00498332;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743751;STB=0.513728;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0085541;OID=.;OPOS=183211894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:9:10:16:14:9:10:17:14 chr3 183211906 . A G 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.936;QD=63.8619;RBI=0.0256395;REFB=0;REVB=-0.0244672;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.656e-05;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr3 183476685 . G A 189.55 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0833252;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3689;QD=13.0726;RBI=0.0833363;REFB=-0.0130507;REVB=0.00136198;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12814;STB=0.575276;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0242358;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:35:22:23:0.396552:13:9:19:17:14:9:18:17 chr3 183521133 . A G 225.06 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00724978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0762;QD=17.6514;RBI=0.0256234;REFB=0.00749888;REVB=-0.0245764;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880988;STB=0.534854;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0108294;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:14:9:13:14:14:10:13:14 chr3 183524193 . T C 162.95 PASS AF=0.45;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0210434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.768;QD=16.2946;RBI=0.0491435;REFB=-0.0181104;REVB=-0.0444102;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325236;STB=0.69873;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00706997;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:22:17:18:0.45:8:9:4:17:8:10:4:18 chr3 183558402 . C G 1624.29 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.835;QD=60.159;RBI=0.0273416;REFB=0;REVB=-0.0231508;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51202e-05;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:47:61:0:0:47:61:0:0 chr3 183560195 . A G 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8116;QD=63.2788;RBI=0.0426133;REFB=0;REVB=0.0235649;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347041;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr3 183660585 . G A 276.87 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0304254;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.391;QD=18.1556;RBI=0.0369652;REFB=0.00859789;REVB=0.0209932;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163949;STB=0.590602;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00336095;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:31:29:30:0.491803:13:16:12:20:13:17:12:19 chr3 183685534 . A G 175.37 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00544496;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7611;QD=13.2351;RBI=0.0379133;REFB=-0.0166844;REVB=0.0375203;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753835;STB=0.543437;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0203329;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:16:16:9:12:16:16 chr3 183696402 . A G 159.14 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0135944;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.041;QD=11.7882;RBI=0.0155015;REFB=-0.00876766;REVB=-0.00744911;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160774;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:34:19:20:0.37037:10:9:11:16:10:10:17:17 chr3 183753777 . G A 55.43 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0418339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3036;QD=10.0773;RBI=0.0583424;REFB=-0.0376112;REVB=-0.0406665;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0524488;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:5:8:5:3:6:8 chr3 183754294 . G C 205.36 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0116354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0684;QD=12.8347;RBI=0.0160714;REFB=-0.00123375;REVB=0.0110864;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15909;STB=0.59744;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00118071;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:13:12:24:14:13:12:25:14 chr3 183755822 . G A 746.63 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0703;QD=63.5428;RBI=0.0818828;REFB=0;REVB=0.063917;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107074;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr3 183756702 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.792;QD=57.7121;RBI=0.0625249;REFB=0;REVB=0.0557628;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181285;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr3 183756742 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0869952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.104;QD=19.4668;RBI=0.0884469;REFB=-0.0119588;REVB=-0.0159588;RO=23;SAF=18;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335723;STB=0.685089;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0196339;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:4:18:12:11:4:18:13:11 chr3 183774762 . C A 300.78 PASS AF=0.447368;AO=31;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0391685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7328;QD=15.8304;RBI=0.044661;REFB=-0.0137365;REVB=0.0214578;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342014;STB=0.510103;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0198523;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:42:31:34:0.447368:13:18:23:19:16:18:23:19 chr3 183778010 . G C 264.09 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0179927;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.496;QD=17.6056;RBI=0.0199404;REFB=-0.0185398;REVB=-0.00859549;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900336;STB=0.550424;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0217809;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:14:15:13:18:14:15:13:18 chr3 183818416 . G A 257.76 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0346202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.489;QD=30.3241;RBI=0.0352787;REFB=-0.0219054;REVB=0.0067844;RO=11;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175455;STB=0.596731;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00703098;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:15:8:7:4:15:8:7:4 chr3 183863084 . AAG A 159.11 PASS AF=0.625;AO=18;DP=29;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00936936;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=2;MLLD=256.157;QD=19.8893;RBI=0.0140124;REFB=-0.0248846;REVB=-0.0104193;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0.0997564;STB=0.531219;STBP=0.694;TYPE=del;VARB=0.0162459;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:18:29:20:32:12:10:10:5:7:71:10:10:8:4:6 chr3 183899832 . C T 454.02 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00640459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0638;QD=22.4205;RBI=0.0157962;REFB=0.0164189;REVB=-0.0144396;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15304;STB=0.577855;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0118161;OID=.;OPOS=183899832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:37:43:44:0.54321:23:20:24:13:23:21:24:13 chr3 183900680 . G C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0426405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6601;QD=21.9719;RBI=0.0722895;REFB=0.00412824;REVB=0.0583744;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469798;STB=0.526293;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00123308;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:8:13:13:10:8:13 chr3 183900729 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.468;QD=55.656;RBI=0.00594867;REFB=0;REVB=0.00458974;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16451e-06;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr3 183901281 . G A 208.89 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00337535;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0398;QD=11.446;RBI=0.00505492;REFB=-0.0119861;REVB=0.00376288;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117275;STB=0.53422;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0124885;OID=.;OPOS=183901281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:47:26:26:0.356164:13:13:25:16:13:13:26:21 chr3 183907032 . G C,T 2158.83 PASS AF=0.922535,0.0774648;AO=127,8;DP=136;FAO=131,11;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=59,4;FSAR=72,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759931,0.00733605;FXX=0.0206882;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.449,96.1848;QD=60.8122;RBI=0.0270696,0.02074;REFB=0,0;REVB=0.0259811,0.0193992;RO=0;SAF=58,3;SAR=69,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0025935,0.072567;OID=.,.;OPOS=183907032,183907032;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:136:142:0:0:127,8:131,11:0.922535,0.0774648:69,5:58,3:0:0:72,7:59,4:0:0 chr3 183908761 . C T 236.11 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0106971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.266;QD=17.4893;RBI=0.0114072;REFB=-0.0135211;REVB=-0.00396166;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232531;STB=0.636781;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0227926;OID=.;OPOS=183908761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:9:16:11:17:9:17:11:17 chr3 183952538 . C T 73.7 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=91;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00418275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.886;QD=3.23942;RBI=0.00840947;REFB=0.00207048;REVB=0.00729547;RO=73;SAF=2;SAR=12;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436871;STB=0.789005;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0117301;OID=.;OPOS=183952538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:91:91:73:77:14:14:0.153846:12:2:33:40:12:2:33:44 chr3 183975365 . C T 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.138;QD=59.7926;RBI=0.0731462;REFB=-0.0531044;REVB=0.0657531;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.514279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00192742;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:17:26:0:0:17:26:0:1 chr3 183996068 . C T 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0148226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.026;QD=18.14;RBI=0.0167649;REFB=-0.00171716;REVB=0.00783293;RO=50;SAF=14;SAR=29;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250925;STB=0.640406;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00147976;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:29:14:29:21:29:14:29:21 chr3 184010230 . C T 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00578643;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.864;QD=18.6057;RBI=0.00985065;REFB=-0.026468;REVB=-0.00797198;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309348;STB=0.517233;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0308129;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:18:21:24:18:18:21:24:18 chr3 184037533 . A G 569.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.064;QD=59.9023;RBI=0.00949318;REFB=0;REVB=-0.00857756;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42666e-05;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr3 184039666 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.422;QD=59.8382;RBI=0.0504611;REFB=0;REVB=0.0383896;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765139;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr3 184046470 . C T 428.23 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.01453;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.857;QD=19.2462;RBI=0.0152377;REFB=-0.0115401;REVB=0.00458986;RO=45;SAF=13;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206056;STB=0.621442;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00474501;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:46:43:43:0.483146:30:13:23:22:30:13:24:22 chr3 184071063 . G C 85.14 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00610444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.549;QD=11.3515;RBI=0.00681752;REFB=-0.00897468;REVB=-0.00303552;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432252;STB=0.699627;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0117084;OID=.;OPOS=184071063;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:10:11:0.366667:2:8:7:10:3:8:8:11 chr3 184075047 . A G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00908747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.997;QD=13.6996;RBI=0.0158385;REFB=-0.0124648;REVB=-0.0129721;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219969;STB=0.628425;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0180617;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:16:14:12:6:16:14 chr3 184099378 . C A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0748424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.032;QD=20.2096;RBI=0.0748887;REFB=-0.0164656;REVB=-0.00263438;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0227273;OID=.;OPOS=184099378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:5:5:6:7:5:5 chr3 184102396 . C T 460.12 PASS AF=0.517241;AO=38;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0121739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5317;QD=21.1548;RBI=0.0246317;REFB=0.00108765;REVB=0.0214129;RO=33;SAF=26;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153536;STB=0.572128;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.000509009;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:33:42:38:45:0.517241:12:26:17:16:19:26:18:24 chr3 184103903 . A C 241.72 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0581416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.516;QD=17.2656;RBI=0.0587164;REFB=-0.00635756;REVB=-0.00819586;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400045;STB=0.506662;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00793068;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:18:8:10:19:18:9:10:19 chr3 184144585 . A G 538.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.997;QD=59.7846;RBI=0.0399171;REFB=0;REVB=-0.0173823;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101526;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr3 184293769 . T C 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0361366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.787;QD=19.2737;RBI=0.039992;REFB=-0.0233393;REVB=-0.0171322;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168273;STB=0.594989;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0220462;OID=.;OPOS=184293769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:10:16:10:13:10:16 chr3 184299068 . G A 211.45 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0279892;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.435;QD=14.0969;RBI=0.0284432;REFB=-0.0131283;REVB=0.00506187;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641949;STB=0.536589;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.014188;OID=.;OPOS=184299068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:19:16:13:12:19:16 chr3 184299167 . T C 308.53 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0223506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6142;QD=22.0378;RBI=0.0382237;REFB=-0.00552243;REVB=0.031008;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256442;STB=0.644333;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00768015;OID=.;OPOS=184299167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:13:18:6:18:13:19:6:18 chr3 184428903 . T G 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00481781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.863;QD=19.4059;RBI=0.0370225;REFB=-0.0205858;REVB=-0.0367077;RO=27;SAF=22;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106121;STB=0.572552;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0143871;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:8:22:17:10:8:22:17:11 chr3 184429133 . A ATCC 185.08 PASS AF=0.44186;AO=15;DP=51;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00548835;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.817;QD=17.2162;RBI=0.0272017;REFB=-0.0275811;REVB=0.0266422;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374376;STB=0.653102;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.0363697;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:15:51:19:43:24:13:6:10:14:99:34:11:4:14:20 chr3 184429718 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00675047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5718;QD=14.0436;RBI=0.0269229;REFB=0.0385901;REVB=0.0260629;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0302111;OID=.;OPOS=184429718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr3 184550501 . A G 496.65 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368798;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5129;QD=56.7596;RBI=0.0371043;REFB=-0.148054;REVB=-0.00407553;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00253702;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chr3 184573555 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.304;QD=53.9109;RBI=0.0142915;REFB=0;REVB=-0.0117216;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57785e-05;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr3 184647413 . T A,C 759.25 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,46;DP=48;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508906,0.0105342;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.047,249.807;QD=61.9795;RBI=0.00804073,0.0124997;REFB=0,0;REVB=-0.00622534,0.00672843;RO=0;SAF=0,27;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0290136,0.000554249;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:49:0:0:2,46:2,47:0.0408163,0.959184:2,19:0,27:0:0:2,19:0,28:0:0 chr3 184700356 . A C 191.39 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.94;QD=47.8472;RBI=0.0227604;REFB=0;REVB=0.0218461;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77903e-05;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:13:1:0:0:15:1:0:0 chr3 184700426 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.004;QD=53.9104;RBI=0.0223202;REFB=0;REVB=-0.0159774;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48904e-06;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr3 184766325 . G A 316.55 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00261609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.828;QD=12.4137;RBI=0.00284509;REFB=-0.0115726;REVB=-0.0011183;RO=64;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717434;STB=0.532693;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0226416;OID=.;OPOS=184766325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:37:38:0.372549:19:18:27:37:20:18:27:37 chr3 184795895 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.815;QD=60.2307;RBI=0.0472176;REFB=0;REVB=0.0300054;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133687;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr3 184798067 . T C 563.97 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.893;QD=57.8429;RBI=0.0443773;REFB=-0.161561;REVB=0.0360568;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000951843;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:0:1:22:16:0:1 chr3 185046975 . T C 238.07 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00316213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.394;QD=11.6133;RBI=0.0039598;REFB=-0.00186864;REVB=-0.00238348;RO=51;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773253;STB=0.535348;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0031775;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:53:29:29:0.353659:20:9:19:32:20:9:19:34 chr3 185226396 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00130222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.755;QD=19.0005;RBI=0.00382256;REFB=-0.00243197;REVB=-0.00359391;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205826;STB=0.616307;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00314196;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:5:12:8:9:5:12 chr3 185229464 . T C 264.92 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00981582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.184;QD=20.7779;RBI=0.0139732;REFB=-0.0207504;REVB=0.00994488;RO=24;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328725;STB=0.684149;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0185223;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:20:7:15:9:20:7:15:9 chr3 185434443 . G A 342.23 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0177992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.579;QD=21.06;RBI=0.0188757;REFB=-0.0153589;REVB=-0.00628328;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242388;STB=0.508798;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00982542;OID=.;OPOS=185434443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:30:35:35:0.538462:17:18:15:14:17:18:16:14 chr3 185485688 . C T 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0105657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5075;QD=19.3682;RBI=0.0402466;REFB=-0.00311652;REVB=0.0388349;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123877;STB=0.571284;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00959895;OID=.;OPOS=185485688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:4:3:6:4:4:3 chr3 185765580 . G GT,T 63.89 PASS AF=0.541667,0;AO=8,3;DP=24;FAO=13,0;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3,0;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.17354,-0.00757572;FXX=0.039984;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.2301,244.028;QD=10.648;RBI=0.219523,0.0203309;REFB=0.0439674,0.00621778;REVB=-0.134439,-0.0188667;RO=12;SAF=2,1;SAR=6,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102563,0;STB=0.624791,0.5;STBP=0.251,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0157527,0;OID=.,.;OPOS=185765581,185765580;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:24:24:12:11:8,3:13,0:0.541667,0:6,2:2,1:4:8:10,0:3,0:5:6 chr3 185775263 . CT C 53.32 PASS AF=0.421053;AO=17;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.084639;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7109;QD=5.61255;RBI=0.0846438;REFB=-0.118713;REVB=0.000901386;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295475;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=del;VARB=0.150342;OID=.;OPOS=185775264;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:17:38:16:38:22:10:6:9:13:53:18:12:5:7:11 chr3 185867550 . G C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00941069;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.661;QD=17.1002;RBI=0.00941104;REFB=-0.016617;REVB=-8.1425e-05;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117773;STB=0.566842;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0143968;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:2:13:11:3:2:13 chr3 185990096 . C T 258.91 PASS AF=0.460317;AO=26;DP=60;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00121794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.285;QD=16.4386;RBI=0.0120794;REFB=-0.0184028;REVB=0.0120179;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586206;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0207851;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:34:34:26:29:0.460317:10:16:19:15:13:16:19:15 chr3 186006566 . T C 127.32 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=-0.0153126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.243;QD=9.25978;RBI=0.0602352;REFB=0.00301859;REVB=-0.0582564;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335021;STB=0.693215;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0110218;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:7:10:32:6:7:10:32:6 chr3 186006618 . G C 853.33 PASS AF=0.983607;AO=41;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027331;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=145.487;QD=55.9559;RBI=0.033231;REFB=-0.143157;REVB=0.0189027;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000593358;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:41:60:0.983607:19:22:0:0:22:38:0:1 chr3 186015283 . A G 298.77 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00102155;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=277.69;QD=23.9016;RBI=0.00960902;REFB=0.00473057;REVB=0.00955456;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147912;STB=0.582031;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00384878;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:16:7:13:14:16:7 chr3 186301703 . A G 513.85 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0180292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.732;QD=21.8661;RBI=0.0282009;REFB=-0.0199212;REVB=0.0216851;RO=45;SAF=27;SAR=22;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168347;STB=0.592731;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.017582;OID=.;OPOS=186301703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:22:27:16:29:22:27:16:29 chr3 186337713 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2512;QD=62.668;RBI=0.0677967;REFB=0;REVB=0.0429657;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871831;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr3 186338382 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.344;QD=62.9828;RBI=0.01565;REFB=0;REVB=0.0107692;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00822e-05;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 186338425 . A C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.683;QD=57.8246;RBI=0.0372076;REFB=-0.0246607;REVB=-0.00677506;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00133977;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:21:18:0:0:20:18:0:1 chr3 186358366 . A C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0296034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.018;QD=11.2669;RBI=0.0457877;REFB=0.0012549;REVB=-0.0349307;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199623;STB=0.61667;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00291303;OID=.;OPOS=186358366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:7:13:17:19:7:13:17:19 chr3 186370333 . G T 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1251;QD=57.0929;RBI=0.057864;REFB=0;REVB=0.0533728;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349663;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr3 186370350 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00342154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.698;QD=15.7821;RBI=0.0126131;REFB=-0.00968265;REVB=0.0121401;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577269;STB=0.532843;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0119545;OID=.;OPOS=186370350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:16:13:9:14:16:13 chr3 186390627 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.718;QD=60.6103;RBI=0.0638169;REFB=0;REVB=0.0536123;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180445;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr3 186395113 . A G 145.38 PASS AF=0.571429;AO=13;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0835021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4273;QD=20.768;RBI=0.0846145;REFB=0.00872326;REVB=0.0136756;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.510296;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00404883;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:11:12:13:16:0.571429:5:8:8:3:5:11:8:4 chr3 186395180 . T C 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.976;QD=51.9088;RBI=0.0465002;REFB=0;REVB=0.00339861;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498136;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr3 186395572 . A T 306.21 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7337;QD=53.2544;RBI=0.0908237;REFB=0;REVB=0.00885885;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276702;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr3 186435370 . G A 255.36 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0216331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.046;QD=13.2654;RBI=0.0225796;REFB=-0.0202772;REVB=0.00646882;RO=46;SAF=8;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268681;STB=0.66154;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0317098;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:22:8:23:23:22:8:24:23 chr3 186437944 . T C 480.94 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.015606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.699;QD=22.9019;RBI=0.0156281;REFB=-0.00376185;REVB=0.000829531;RO=38;SAF=27;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942252;STB=0.551864;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00335494;OID=.;OPOS=186437944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:19:27:18:20:19:27:18:20 chr3 186443018 . T C 238.52 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.010802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.662;QD=14.0306;RBI=0.0146169;REFB=-0.0170784;REVB=0.00984736;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124658;STB=0.586893;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.051482;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:27:28:0.411765:10:17:20:19:10:18:20:20 chr3 186459475 . C G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.020524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.854;QD=21.1725;RBI=0.0265359;REFB=0.0273614;REVB=0.0168203;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0354613;OID=.;OPOS=186459475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:3:5:7:5:3:5 chr3 186459646 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00100462;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.033;QD=20.0176;RBI=0.00546145;REFB=-0.00667134;REVB=0.00536825;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205323;STB=0.511615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00619435;OID=.;OPOS=186459646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:10:7:7:11:10:7 chr3 186459775 . C T 149.0 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.01972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1327;QD=18.6255;RBI=0.0337843;REFB=-0.00150342;REVB=0.0274317;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811631;STB=0.532745;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00172514;OID=.;OPOS=186459775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:10:6:7:8:10:6:7:9 chr3 186459927 . T C 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5368;QD=56.1738;RBI=0.0377864;REFB=0;REVB=-0.0347477;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106592;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 186460110 . G C 59.31 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00183997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3553;QD=15.8168;RBI=0.0515965;REFB=-0.0128098;REVB=0.0515637;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861157;STB=0.571264;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0348409;OID=.;OPOS=186460110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:6:2:1:5:6:2:1:6 chr3 186461524 . C T 157.9 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000644097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6028;QD=17.5441;RBI=0.0251521;REFB=0.00712576;REVB=0.0251438;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13331;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00246354;OID=.;OPOS=186461524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:9:7:11:8:10:7:11:8 chr3 186504148 . T C 590.26 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0100523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.57;QD=20.3539;RBI=0.0172754;REFB=0.00103877;REVB=-0.0140496;RO=56;SAF=21;SAR=39;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228688;STB=0.626052;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00144869;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:39:21:34:22:39:21:34:22 chr3 186570892 . T G 217.42 PASS AF=0.470588;AO=21;DP=48;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0205646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.203;QD=17.0525;RBI=0.0277106;REFB=-0.0274485;REVB=0.0185735;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021871;STB=0.519984;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0359287;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:27:27:21:24:0.470588:5:16:21:6:6:18:21:6 chr3 186917575 . G A 31.8 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0153488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.291;QD=2.49398;RBI=0.021966;REFB=0.00205959;REVB=0.0157137;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302564;STB=0.724298;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00955318;OID=.;OPOS=186917575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:4:2:27:18:4:2:27:18 chr3 186917751 . C G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4236;QD=57.543;RBI=0.0331167;REFB=0;REVB=0.02456;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23975e-05;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr3 186937568 . A G 1059.24 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867637;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.869;QD=59.6756;RBI=0.0134257;REFB=0;REVB=0.0102456;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59664e-05;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr3 186953808 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00883495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.468;QD=24.3827;RBI=0.0106239;REFB=0.00291023;REVB=0.00590003;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081648;STB=0.545419;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00164809;OID=.;OPOS=186953808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:10:11:11:15:10:11 chr3 186954285 . A G 1029.87 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2461;QD=58.021;RBI=0.0590789;REFB=-0.0469956;REVB=0.0562721;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000451063;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:30:39:0:1:30:40:0:1 chr3 187088812 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.808;QD=60.0309;RBI=0.032655;REFB=0;REVB=0.0134242;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108616;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr3 187088903 . C A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3217;QD=58.586;RBI=0.0351238;REFB=0;REVB=0.0264773;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927924;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr3 187088926 . G A 537.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.425;QD=59.7194;RBI=0.0103027;REFB=0;REVB=0.00980415;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48446e-05;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr3 187089031 . C A 199.18 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.000684576;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.971;QD=18.5284;RBI=0.0244891;REFB=-0.019127;REVB=-0.0244796;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141289;STB=0.579876;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.021285;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:7:16:11:9:7:16 chr3 187416634 . C A 213.95 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0135651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5209;QD=14.7548;RBI=0.0397523;REFB=0.0190948;REVB=0.0373662;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.607508;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0247881;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:24:25:0.431034:9:15:15:18:9:16:15:18 chr3 187416666 . C T 281.72 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000921983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.299;QD=22.5375;RBI=0.03493;REFB=-0.0183581;REVB=0.0349178;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273615;STB=0.652453;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0234711;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:16:10:17:7:16:10:17:7 chr3 187416719 . T C 269.26 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0125613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.875;QD=22.4386;RBI=0.0190937;REFB=-0.0262038;REVB=-0.0143799;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204457;STB=0.606652;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0175648;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:24:25:0.520833:6:18:12:10:7:18:12:11 chr3 187419816 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00812383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.385;QD=12.5627;RBI=0.00814904;REFB=0.00135176;REVB=-0.000640578;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106617;STB=0.561349;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0026892;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:21:14:11:11:21:14 chr3 187443314 . G A 278.26 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0305538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7926;QD=19.19;RBI=0.054686;REFB=-0.0183486;REVB=0.0453544;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020374;OID=.;OPOS=187443314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:15:15:13:14:15:15:14:14 chr3 187446335 . A G 257.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0328023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.381;QD=23.4333;RBI=0.033559;REFB=-0.0190927;REVB=0.00708633;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688524;STB=0.538429;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0152839;OID=.;OPOS=187446335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:10:10:10:14:10:10 chr3 187447032 . G A 82.26 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.026173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.624;QD=8.89342;RBI=0.0289406;REFB=-0.010659;REVB=-0.0123503;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146507;STB=0.591059;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0201822;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:2:9:19:7:2:9:19:7 chr3 187449546 . G T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.043605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.624;QD=4.65898;RBI=0.0761761;REFB=-0.00250921;REVB=-0.0624613;RO=35;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170279;STB=0.616127;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0147723;OID=.;OPOS=187449546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:2:6:22:13:2:6:22:13 chr3 187450128 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0370609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3804;QD=19.1792;RBI=0.0635254;REFB=-0.011037;REVB=-0.0515943;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338674;STB=0.655383;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0110691;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:9:11:13:13:0.541667:9:4:7:2:9:4:7:4 chr3 187897059 . G A 259.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0426148;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5759;QD=18.5686;RBI=0.0591362;REFB=-0.00125812;REVB=0.0410009;RO=27;SAF=2;SAR=26;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521003;STB=0.812207;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00297342;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:27:28:28:28:0.5:26:2:11:16:26:2:12:16 chr3 187897283 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00597484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.55;QD=10.1732;RBI=0.0436263;REFB=0.0103525;REVB=0.0432153;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0121591;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr3 187897614 . C G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0361609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.796;QD=11.9196;RBI=0.036201;REFB=-0.00380899;REVB=0.00170336;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318742;STB=0.689164;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00456403;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:7:2:4:3:7:2 chr3 187897954 . T A 410.66 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0747623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2969;QD=13.4644;RBI=0.0749395;REFB=-0.0211007;REVB=0.00515028;RO=72;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681587;STB=0.52829;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0334002;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:74:48:48:0.393443:27:21:27:45:27:21:29:45 chr3 187898523 . T C 189.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0052484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.306;QD=21.0032;RBI=0.00529812;REFB=0.00602466;REVB=-0.0007241;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304947;STB=0.684016;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00347074;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:6:13:5:11:6:13:5:12 chr3 188464248 . G GT 661.38 PASS AF=1;AO=55;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0949302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.691;QD=45.6123;RBI=0.127466;REFB=0;REVB=-0.0850639;RO=2;SAF=37;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0039995;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:59:58:58:0:40:18:0:0:12:2:37:18:2:0 chr3 188593570 . C T 91.63 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0224845;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.15;QD=15.9361;RBI=0.0243351;REFB=-0.00886918;REVB=-0.00930819;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0112788;OID=.;OPOS=188593570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:6:6:5:6:6:6 chr3 188868715 . A C 513.22 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0152651;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.753;QD=18.6627;RBI=0.0170217;REFB=-0.00730347;REVB=0.00753086;RO=57;SAF=32;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790451;STB=0.547927;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00926979;OID=.;OPOS=188868715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:57:56:54:54:0.490909:22:32:29:28:22:32:28:28 chr3 188868753 . A G 448.19 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00404251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.362;QD=17.5762;RBI=0.00977262;REFB=-0.0049833;REVB=-0.00889731;RO=54;SAF=30;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122263;STB=0.568153;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00532183;OID=.;OPOS=188868753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:18:30:27:27:18:30:27:27 chr3 189033292 . C G 568.25 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0370589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.076;QD=20.2947;RBI=0.0371222;REFB=-0.0376287;REVB=0.00216733;RO=54;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162078;STB=0.508925;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0404006;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:29:29:28:26:29:29:28:26 chr3 189712010 . G A 321.71 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0167812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5654;QD=22.5761;RBI=0.0277796;REFB=-0.0290935;REVB=-0.0221381;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243021;STB=0.506379;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.033897;OID=.;OPOS=189712010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:32:33:0.578947:15:17:12:12:16:17:12:12 chr3 190023552 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0155407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.745;QD=20.2095;RBI=0.0200221;REFB=0.00500692;REVB=0.0126243;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165885;STB=0.594448;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00187239;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:4:6:5:8:4:6 chr3 190024457 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0126299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.121;QD=18.8287;RBI=0.0163438;REFB=-0.00715572;REVB=0.0103732;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129545;STB=0.573387;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00844307;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:9:13:9:11:9:13 chr3 190030680 . A G 1347.86 PASS AF=0.967742;AO=86;DP=92;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204156;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.4;QD=57.9723;RBI=0.0365474;REFB=-0.0323516;REVB=0.0303136;RO=2;SAF=50;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185729;STB=0.503631;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00114452;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:93:2:3:86:90:0.967742:36:50:2:0:40:50:2:1 chr3 190333162 . TG T,TT 1454.84 PASS AF=1,0;AO=78,15;DP=93;FAO=93,0;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897505,-0.0100559;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=356.224,340.483;QD=62.5737;RBI=0.00903952,0.0101358;REFB=0,0;REVB=-0.00107772,-0.00126957;RO=0;SAF=43,13;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.91087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00013235,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:78,15:93:93,0:93:0:55,0:38,0:0:0:8:0:43,13:35,2:0:0 chr3 190578566 . A G 1685.03 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325594;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.14;QD=60.7217;RBI=0.0551475;REFB=0;REVB=0.0550513;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185319;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:110:111:1:54:56:0:0:55:56:0:0 chr3 190999917 . C A 197.39 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0200451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5165;QD=15.7913;RBI=0.0203891;REFB=-0.00103388;REVB=-0.00372941;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340641;STB=0.701113;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00502166;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:7:13:9:20:7:14:9:20 chr3 191047532 . A G 1508.06 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392489;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.814;QD=59.7251;RBI=0.0713585;REFB=0;REVB=0.059595;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72707e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:97:101:1:48:49:0:0:52:49:0:0 chr3 191074873 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.485;QD=59.4355;RBI=0.0717625;REFB=0;REVB=0.0103568;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016461;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 191097966 . T C 307.18 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00610395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.696;QD=24.0925;RBI=0.0329841;REFB=-0.0248261;REVB=0.0324144;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609155;STB=0.521724;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0110695;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:21:29:30:0.588235:9:20:13:8:10:20:13:8 chr3 191098539 . C G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0141319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.784;QD=17.7906;RBI=0.0155362;REFB=-0.0198248;REVB=-0.00645467;RO=33;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301654;STB=0.669352;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0226404;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:22:9:20:13:22:9:20:13 chr3 191100561 . C A 144.71 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0205415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0872;QD=15.6446;RBI=0.079023;REFB=-0.0535727;REVB=-0.0763065;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872643;STB=0.567485;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0222251;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:15:16:0.432432:8:7:8:13:8:8:8:13 chr3 191810914 . TA CG 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00438318;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.505;QD=20.0308;RBI=0.0142001;REFB=0.00898719;REVB=0.0135067;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709782;STB=0.539967;STBP=0.597;TYPE=mnp;VARB=-0.0101274;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:15:11:12:12:15:11 chr3 192515557 . G A 631.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.945;QD=61.6535;RBI=0.02672;REFB=0;REVB=-0.0245382;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72317e-05;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr3 192517421 . T C 232.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00168848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.314;QD=18.6335;RBI=0.00328863;REFB=-0.00947504;REVB=-0.00282208;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123194;STB=0.56985;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00784297;OID=.;OPOS=192517421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:13:14:9:14:13:14 chr3 192994543 . A G 349.87 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0696728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8447;QD=17.7148;RBI=0.0699117;REFB=-0.0344027;REVB=-0.00577476;RO=42;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249317;STB=0.639247;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0413132;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:14:23:15:27:14:23:15:27 chr3 193031926 . C T 359.02 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0693155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6526;QD=37.7914;RBI=0.0703297;REFB=-0.100778;REVB=-0.0119012;RO=9;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220222;STB=0.620301;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0291232;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:38:38:9:9:29:29:0.763158:22:7:6:3:22:7:6:3 chr3 193036794 . G C 51.27 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0220524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.48;QD=5.54275;RBI=0.0222585;REFB=-0.000890271;REVB=-0.00302216;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856909;STB=0.555422;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00427328;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:9:20:5:3:9:20 chr3 193042776 . T C 339.15 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00244739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.653;QD=20.5545;RBI=0.0064473;REFB=-0.0270117;REVB=-0.00596472;RO=31;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156318;STB=0.500866;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0159315;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:18:17:15:16:18:17:15:16 chr3 193080344 . C T 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00752625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.127;QD=17.8974;RBI=0.0107431;REFB=0.0142208;REVB=-0.00766612;RO=51;SAF=17;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362219;STB=0.520257;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0172942;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:26:17:22:29:26:17:22:29 chr3 193081122 . G T 664.59 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.00270662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5325;QD=18.9884;RBI=0.00497177;REFB=-0.00351268;REVB=-0.00417046;RO=73;SAF=39;SAR=28;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198284;STB=0.6096;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00478157;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:28:39:27:46:28:39:27:46 chr3 193171979 . T A 325.92 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0159315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.531;QD=20.0568;RBI=0.0159647;REFB=-0.0275601;REVB=-0.00102909;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114389;STB=0.506348;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0254693;OID=.;OPOS=193171979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:18:16:15:16:18:16:15:16 chr3 193180592 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.829;QD=64.4153;RBI=0.0111408;REFB=0;REVB=-0.0078113;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59152e-05;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr3 193183817 . A G 635.84 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343237;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.511;QD=62.0333;RBI=0.0457539;REFB=0;REVB=0.0302541;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133166;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr3 193209178 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7061;QD=56.1913;RBI=0.0261539;REFB=0;REVB=0.0187083;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95141e-06;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr3 193210768 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.166;QD=58.5996;RBI=0.0168706;REFB=0;REVB=0.0148633;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35684e-05;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr3 193334991 . G A 270.6 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0236108;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8318;QD=22.5501;RBI=0.0240635;REFB=6.28572e-05;REVB=-0.00464579;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207536;STB=0.502536;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.000410721;OID=.;OPOS=193334991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:23:25:25:0.520833:11:14:14:10:11:14:13:10 chr3 193355074 . T C 1191.79 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251007;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.012;QD=61.1174;RBI=0.0235423;REFB=0;REVB=0.0234081;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81816e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:51:26:0:0:52:26:0:0 chr3 193374964 . T C 383.28 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0177543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.608;QD=22.8823;RBI=0.0181139;REFB=-0.0235544;REVB=0.00359131;RO=29;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128331;STB=0.500397;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273801;OID=.;OPOS=193374964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:37:38:0.567164:21:16:13:16:21:17:13:16 chr3 193386239 . C T 347.73 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0485562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7139;QD=17.1718;RBI=0.0768247;REFB=0.000512748;REVB=-0.0595344;RO=40;SAF=32;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361766;STB=0.691235;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00077777;OID=.;OPOS=193386239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:44:37:37:0.45679:5:32:24:16:5:32:28:16 chr3 193863706 . A G 277.87 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105465;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.829;QD=52.9284;RBI=0.0371372;REFB=0;REVB=-0.0356082;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013598;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 194061826 . C T 331.22 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0400514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9689;QD=21.369;RBI=0.0476685;REFB=-0.0404682;REVB=0.0258491;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270956;STB=0.649266;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0437718;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:20:14:21:7:20:14:21:7 chr3 194061906 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.843;QD=57.0006;RBI=0.0236646;REFB=0;REVB=-0.0141883;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82077e-05;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr3 194063300 . T C 1186.42 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355371;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6897;QD=60.8421;RBI=0.0356742;REFB=0;REVB=-0.00312479;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225066;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:40:36:0:0:40:38:0:0 chr3 194080125 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.04941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.327;QD=10.5421;RBI=0.0501129;REFB=-0.01693;REVB=-0.00836417;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362148;STB=0.5217;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0334272;OID=.;OPOS=194080125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:14:7:4:7:14:7 chr3 194118874 . T C 453.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.179;QD=56.7489;RBI=0.0538974;REFB=0;REVB=0.0332873;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722546;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:16:16:0:0 chr3 194124421 . A G 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00601424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.883;QD=15.6164;RBI=0.0101838;REFB=-0.0162443;REVB=-0.00821818;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679678;STB=0.538438;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0185136;OID=.;OPOS=194124421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:11:22:26:17:11:22:26:17 chr3 194313832 . T C 321.51 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00059833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.975;QD=53.5841;RBI=0.0225231;REFB=0;REVB=-0.0225152;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28876e-05;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr3 194337901 . T C 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0255981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.723;QD=12.8975;RBI=0.0319907;REFB=-0.00153859;REVB=-0.0191871;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132633;STB=0.507763;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00329582;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:18:12:7:10:18:12 chr3 194338423 . CG TC 181.3 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00379417;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.559;QD=14.7996;RBI=0.0133273;REFB=-0.0320079;REVB=0.0127758;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265056;STB=0.658535;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.037697;OID=.;OPOS=194338423;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:28:29:20:20:0.408163:9:11:8:20:9:11:8:21 chr3 194353875 . G T 52.82 PASS AF=0.7;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.136404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4592;QD=21.1285;RBI=0.168918;REFB=-0.0657635;REVB=0.0996349;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.615098;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0509423;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:10:3:3:6:7:0.7:5:1:0:3:5:2:0:3 chr3 194373832 . TG CA 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461253;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=344.397;QD=59.8292;RBI=0.0525719;REFB=0;REVB=0.0252242;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.0356e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:39:64:0:0:39:64:0:0 chr3 194387300 . C T 518.62 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.987;QD=59.2707;RBI=0.0566761;REFB=0;REVB=0.0280222;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324389;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:29:35:1:24:5:0:0:26:9:0:0 chr3 194842785 . C G 158.43 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0213051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0005;QD=17.1275;RBI=0.0633358;REFB=-0.00809305;REVB=-0.0596449;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201429;STB=0.601147;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00770888;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:7:12:7:10:8:12 chr3 194842876 . CA CG,TG 727.08 PASS AF=0.479167,0.520833;AO=21,25;DP=48;FAO=23,25;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13,8;FSAR=10,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224825,0.0236779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=240.982,237.035;QD=60.5898;RBI=0.00442505,0.0250654;REFB=0,0;REVB=-0.00381136,-0.00822383;RO=0;SAF=11,8;SAR=10,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000853344,0.00211644;OID=.,.;OPOS=194842877,194842876;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:48:0:0:21,25:23,25:0.479167,0.520833:10,17:11,8:0:0:10,17:13,8:0:0 chr3 194842911 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.801;QD=63.5825;RBI=0.0168746;REFB=0;REVB=0.0103008;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38913e-05;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr3 195076877 . C G 223.16 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0146123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.815;QD=16.5301;RBI=0.0146613;REFB=-0.0211531;REVB=0.00119774;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108765;STB=0.514317;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0135356;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:11:14:16:12:11:14:17:12 chr3 195131730 . G C 330.85 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0237871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.097;QD=25.4503;RBI=0.0257907;REFB=-0.0250376;REVB=0.00996646;RO=20;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219275;STB=0.512041;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0203437;OID=.;OPOS=195131730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:17:15:10:10:17:15:10:10 chr3 195242526 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.475;QD=37.4883;RBI=0.0219348;REFB=0;REVB=0.0212589;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150127;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr3 195345828 . AG GA 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268403;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.96;QD=51.1834;RBI=0.0667249;REFB=0;REVB=-0.0610886;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000389584;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr3 195346468 . T C 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0162959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.892;QD=5.42448;RBI=0.0387206;REFB=-0.00512418;REVB=-0.0351245;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930913;STB=0.560853;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.024729;OID=.;OPOS=195346468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:6:4:19:21:6:4:19:21 chr3 195346477 . C T 132.38 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0388859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0871;QD=9.99062;RBI=0.0534849;REFB=-0.00908132;REVB=0.0367223;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066221;STB=0.519976;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0125735;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:36:17:17:0.320755:9:8:18:16:9:8:18:18 chr3 195346623 . A G 91.46 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0247754;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.538;QD=8.71055;RBI=0.0272341;REFB=-0.0120233;REVB=0.0113081;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278551;STB=0.690205;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0423941;OID=.;OPOS=195346623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:30:30:11:12:0.285714:5:6:23:7:6:6:23:7 chr3 195346665 . G A 78.51 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000993871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.856;QD=6.40925;RBI=0.0111563;REFB=-0.0347881;REVB=-0.0111119;RO=38;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343046;STB=0.718699;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0903063;OID=.;OPOS=195346665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:8:3:21:17:8:3:21:17 chr3 195391111 . T C 73.93 PASS AF=0.134454;AO=16;DP=119;FAO=16;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=35;FWDB=-0.0365798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.621;QD=2.48508;RBI=0.048016;REFB=-0.00304109;REVB=-0.0311039;RO=103;SAF=7;SAR=9;SRF=68;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276325;STB=0.686463;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0272997;OID=.;OPOS=195391111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:119:119:103:103:16:16:0.134454:9:7:68:35:9:7:68:35 chr3 195398105 . T C 102.17 PASS AF=0.625;AO=11;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0105047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.287;QD=25.5431;RBI=0.0230956;REFB=-0.0155397;REVB=0.0205684;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252362;OID=.;OPOS=195398105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:17:16:4:4:11:10:0.625:6:5:2:2:5:5:2:2 chr3 195399505 . C T 134.23 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=6.51761e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6648;QD=8.13483;RBI=0.00656319;REFB=-0.0156459;REVB=0.00656287;RO=46;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139782;STB=0.50276;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0494151;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:13:6:15:31:13:6:15:32 chr3 195404649 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8607;QD=33.4285;RBI=0.034126;REFB=0;REVB=0.0332194;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358147;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr3 195447886 . G C 277.52 PASS AF=0.313559;AO=36;DP=118;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=25;FWDB=0.0046495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.633;QD=9.40729;RBI=0.0170921;REFB=-0.0259202;REVB=0.0164476;RO=79;SAF=24;SAR=12;SRF=55;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397956;STB=0.53277;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0374602;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:79:81:36:37:0.313559:12:24:55:24:13:24:56:25 chr3 195447911 . TTTC T 34.75 PASS AF=0.136364;AO=14;DP=132;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=-0.0277508;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=3;MLLD=164.438;QD=1.05315;RBI=0.0336557;REFB=-0.00792765;REVB=-0.019042;RO=96;SAF=11;SAR=3;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277977;STB=0.701082;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.0729311;OID=.;OPOS=195447912;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136364:14:132:18:132:114:14:4:65:49:34:96:11:3:56:40 chr3 195451880 . AG GA 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248761;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.829;QD=44.6894;RBI=0.0305127;REFB=0;REVB=0.0176694;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000306883;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 195452770 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.706;QD=45.8066;RBI=0.0631665;REFB=0;REVB=-0.0630505;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000655365;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr3 195452799 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0345;QD=48.7373;RBI=0.0871283;REFB=0;REVB=0.0400116;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378718;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 195452951 . G C 459.67 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0288085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1493;QD=32.2573;RBI=0.0796595;REFB=0.0418219;REVB=-0.0742678;RO=16;SAF=15;SAR=26;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106325;STB=0.557612;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.017438;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:26:15:9:7:26:15:9:7 chr3 195453017 . GC G 65.58 PASS AF=0.253968;AO=14;DP=61;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0333306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.5714;QD=4.16376;RBI=0.0377277;REFB=-0.00396564;REVB=0.0176763;RO=47;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126626;STB=0.570209;STBP=0.559;TYPE=del;VARB=0.0125988;OID=.;OPOS=195453018;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253968:14:61:16:63:47:7:9:25:22:65:47:6:8:25:22 chr3 195453064 . T G 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2097;QD=58.0559;RBI=0.0282374;REFB=0;REVB=0.00587482;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185476;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr3 195453288 . A C 173.84 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0436885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.021;QD=11.5896;RBI=0.0459466;REFB=-0.00274905;REVB=0.0142269;RO=37;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294616;STB=0.675709;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0035752;OID=.;OPOS=195453288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:38:21:22:0.366667:17:4:15:22:18:4:15:23 chr3 195456545 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.005202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.877;QD=19.5229;RBI=0.027131;REFB=-0.027391;REVB=0.0266276;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156775;STB=0.601134;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0124272;OID=.;OPOS=195456545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:5:9:9:2:5:9:10:2 chr3 195477791 . G A 1470.14 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.022;QD=63.2319;RBI=0.0329983;REFB=0;REVB=0.022715;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64324e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:93:0:0:86:93:1:36:50:0:0:41:52:0:0 chr3 195479256 . T C 539.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4609;QD=59.9572;RBI=0.144718;REFB=0;REVB=0.133214;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013094;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:11:23:0:0:13:23:0:0 chr3 195489009 . C A 1846.72 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337725;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.407;QD=60.5482;RBI=0.0449953;REFB=-0.124987;REVB=0.0297321;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000391814;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:0:1:121:121:0.991803:65:56:0:0:65:56:1:0 chr3 195489067 . C G 2320.2 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7933;QD=61.0578;RBI=0.0995691;REFB=0;REVB=-0.0835043;RO=0;SAF=70;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050129;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:82:70:0:0:82:70:0:0 chr3 195495916 . G C 920.51 PASS AF=0.871795;AO=67;DP=78;FAO=68;FDP=78;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0387103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.009;QD=47.2058;RBI=0.0387164;REFB=-0.0106539;REVB=0.000688739;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.560921;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000241825;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:0:10:67:68:0.871795:39:28:0:0:39:29:9:1 chr3 195497174 . C G 1511.5 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1725;QD=63.642;RBI=0.0698861;REFB=0;REVB=0.040638;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050685;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:50:44:0:0:50:45:0:0 chr3 195497743 . T C 650.6 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.528;QD=61.9617;RBI=0.0112731;REFB=0;REVB=-0.00890573;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73412e-06;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 195501149 . C T 714.42 PASS AF=0.946429;AO=49;DP=52;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.103733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5893;QD=51.03;RBI=0.152068;REFB=-0.142203;REVB=0.111194;RO=3;SAF=34;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450923;STB=0.522754;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0083999;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:52:56:3:3:49:53:0.946429:15:34:1:2:16:37:1:2 chr3 195505664 . G A 619.84 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.314;QD=59.0324;RBI=0.0347044;REFB=0.00187591;REVB=0.0188495;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=4.28167e-05;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:19:22:0:0:19:22:1:0 chr3 195505788 . G C 91.84 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0585513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.106;QD=30.6148;RBI=0.0597519;REFB=0.0216157;REVB=0.0119179;RO=2;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12691;STB=0.571292;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.000104547;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:2:2:9:10:0.833333:6:3:0:2:6:4:0:2 chr3 195513102 . A G 64.91 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0751305;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7441;QD=9.2729;RBI=0.105963;REFB=-0.00343336;REVB=-0.0747229;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550764;STB=0.822877;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00147666;OID=.;OPOS=195513102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:20:19:9:9:0.321429:2:7:5:15:2:7:5:14 chr3 195515593 . TC T,TG 1266.42 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=12,70;DP=85;FAO=12,72;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=11,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047253,-0.0907;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.984,123.028;QD=60.3056;RBI=0.0644226,0.102149;REFB=0,0;REVB=0.0437883,0.0469895;RO=0;SAF=0,43;SAR=12,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000462535,-0.00300405;OID=.,.;OPOS=195515594,195515594;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:12,70:85:12,72:84:0:1,44:11,28:0:0:51:0:0,43:12,27:0:0 chr3 195515617 . G C 1348.02 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539851;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9582;QD=60.5852;RBI=0.160418;REFB=-0.0487994;REVB=0.151062;RO=2;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02255;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501428;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:2:0:87:89:1:41:46:0:2:43:46:0:0 chr3 195516630 . G T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0359506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.742;QD=61.5112;RBI=0.0413326;REFB=0.00174183;REVB=0.0203945;RO=1;SAF=4;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105759;STB=0.505616;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-4.00816e-05;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:44:4:0:1:44:4:0:1 chr3 195516878 . T C 273.97 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.992;QD=52.1847;RBI=0.176536;REFB=0;REVB=0.0673115;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187295;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:14:21:1:11:3:0:0:15:6:0:0 chr3 195517258 . G A 837.46 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.91;QD=55.8304;RBI=0.028724;REFB=-0.139243;REVB=0.0151863;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000656416;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:24:35:0:1:24:35:0:1 chr3 195517321 . G A 923.17 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0020308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.761;QD=52.0094;RBI=0.04624;REFB=-0.259214;REVB=0.0461954;RO=3;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422543;STB=0.536221;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00304742;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:71:71:3:5:66:66:0.929577:32:34:0:3:32:34:0:5 chr3 195517553 . A C 364.88 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.66;QD=52.1252;RBI=0.0476667;REFB=-0.0580002;REVB=0.0335373;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000903301;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:14:13:0:0:14:13:1:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 479.78 PASS AF=0.047619,0.650794;AO=3,40;DP=65;FAO=3,41;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=3,23;FSAR=0,18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0308072,0.0126754;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=80.3506,433.204;QD=30.4621;RBI=0.0357129,0.0128331;REFB=0.0218458,-0.0200139;REVB=0.0180645,0.00200559;RO=21;SAF=3,22;SAR=0,18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.598305,0.0468709;STB=0.99608,0.511106;STBP=0.076,0.826;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00370421,0.010332;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:65:63:21:19:3,40:3,41:0.047619,0.650794:0,18:3,22:10:11:0,18:3,23:10:9 chr3 195518330 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.876;QD=37.4885;RBI=0.07804;REFB=0;REVB=0.0127452;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702371;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr3 195594858 . G A 74.09 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0367832;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.065;QD=17.4327;RBI=0.0530561;REFB=-0.0383238;REVB=0.0382353;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263859;STB=0.65587;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0226567;OID=.;OPOS=195594858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:4:4:2:7:4:4 chr3 195597245 . G C 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0443242;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.744;QD=19.9048;RBI=0.0445942;REFB=-0.014778;REVB=0.00490006;RO=26;SAF=6;SAR=25;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928357;STB=0.586794;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00871734;OID=.;OPOS=195597245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:31:31:0.525424:25:6:7:19:25:6:9:19 chr3 195615376 . A G 551.05 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.561;QD=59.5729;RBI=0.0516721;REFB=0;REVB=0.0085336;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197641;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr3 195666742 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.508;QD=37.4885;RBI=0.0161209;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618779;OID=.;OPOS=195666742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr3 195690251 . A G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00992438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.292;QD=3.07346;RBI=0.0337868;REFB=-0.00654737;REVB=-0.0322964;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199337;STB=0.655726;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0417421;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:43:36:37:6:6:0.139535:2:4:18:18:2:4:18:19 chr3 195701278 . C T 73.1 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=0.026197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.238;QD=3.14428;RBI=0.0264751;REFB=0.000315313;REVB=0.00382767;RO=79;SAF=9;SAR=5;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211315;STB=0.514314;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00313905;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:93:79:79:14:14:0.150538:5:9:52:27:5:9:52:27 chr3 195701285 . G T 88.16 PASS AF=0.161616;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=0.0117063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.468;QD=3.562;RBI=0.0216595;REFB=0.00228655;REVB=-0.0182236;RO=83;SAF=11;SAR=5;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356099;STB=0.523779;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0123604;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:99:99:83:83:16:16:0.161616:5:11:55:28:5:11:55:28 chr3 195701301 . A T 99.51 PASS AF=0.165217;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=31;FWDB=-0.023096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.03;QD=3.46137;RBI=0.033413;REFB=-0.00162613;REVB=-0.0241455;RO=96;SAF=14;SAR=5;SRF=65;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910012;STB=0.560556;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0112608;OID=.;OPOS=195701301;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:96:96:19:19:0.165217:5:14:65:31:5:14:65:31 chr3 195701304 . C T 327.86 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.0130061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.198;QD=11.3054;RBI=0.017029;REFB=-0.00711255;REVB=0.0109922;RO=74;SAF=28;SAR=13;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934897;STB=0.50218;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0229088;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:74:75:41:41:0.353448:13:28:50:24:13:28:51:24 chr3 195701310 . C CAA 221.57 PASS AF=0.353448;AO=40;DP=118;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.00843096;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=42.595;QD=7.6404;RBI=0.0162801;REFB=0.0109047;REVB=0.013927;RO=77;SAF=29;SAR=11;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682836;STB=0.520948;STBP=0.752;TYPE=ins;VARB=-0.0187327;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353448:40:118:41:116:75:29:12:51:24:99:77:29:11:52:25 chr3 195701331 . G A 516.69 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=23;FWDB=-0.0107507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.681;QD=16.2736;RBI=0.0786997;REFB=-0.000250365;REVB=0.077962;RO=71;SAF=32;SAR=24;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10907;STB=0.560727;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000544734;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:71:56:56:0.440945:24:32:48:23:24:32:48:23 chr3 195709088 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0371903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.871;QD=9.09954;RBI=0.0511482;REFB=-0.0226706;REVB=0.0351144;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323733;STB=0.697248;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0700752;OID=.;OPOS=195709088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:12:7:6:3:12:7 chr3 195710989 . G A 101.09 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0186353;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.719;QD=7.48787;RBI=0.028835;REFB=-0.00327282;REVB=0.0220041;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153513;STB=0.533289;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0388443;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:39:39:14:15:0.277778:7:7:19:20:7:8:19:20 chr3 195710993 . A G 141.94 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00511432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.133;QD=9.62308;RBI=0.0217409;REFB=-0.000810212;REVB=-0.0211308;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595016;STB=0.517838;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0014368;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:40:19:19:0.322034:9:10:18:20:9:10:20:20 chr3 195711042 . C G 321.37 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00093013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1731;QD=23.8051;RBI=0.0747221;REFB=-0.0243567;REVB=0.0747164;RO=21;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537781;STB=0.50581;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0333114;OID=.;OPOS=195711042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:15:17:11:10:15:17:12:10 chr3 195800811 . C T 486.08 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0142699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.351;QD=24.0038;RBI=0.0383544;REFB=-0.016112;REVB=-0.035601;RO=35;SAF=34;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180311;STB=0.59945;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00617228;OID=.;OPOS=195800811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:12:34:19:16:12:34:19:16 chr3 195925458 . A C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.121442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7436;QD=18.2478;RBI=0.121485;REFB=-0.0135551;REVB=-0.00324525;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101817;STB=0.558527;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0090381;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:5:7:9:4:5:7 chr3 195936382 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0031147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.305;QD=17.4;RBI=0.0100451;REFB=-0.00875365;REVB=0.00955005;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325318;STB=0.685445;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0170903;OID=.;OPOS=195936382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:3:10:5:8:3:10 chr3 195941216 . C G 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0139986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.936;QD=21.5316;RBI=0.0182175;REFB=-0.0196925;REVB=0.0116583;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823094;STB=0.538441;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0152371;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:21:16:16:14:21:16:16:15 chr3 195955762 . G A 332.11 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0097971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.602;QD=13.8378;RBI=0.0226362;REFB=-0.0054981;REVB=-0.0204062;RO=59;SAF=13;SAR=24;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174405;STB=0.599596;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0113495;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:24:13:30:29:24:13:30:29 chr3 195956827 . T C 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0147115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0863;QD=21.3615;RBI=0.017095;REFB=0.0102003;REVB=-0.00870689;RO=35;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10007;STB=0.555304;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0117136;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:23:17:19:16:23:17:19:16 chr3 196054439 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.204;QD=57.6807;RBI=0.0207622;REFB=0;REVB=-0.00851522;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84743e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr3 196158872 . GC G 57.44 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0939313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0794;QD=13.5158;RBI=0.0941095;REFB=-0.0867487;REVB=0.00578962;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.366667;SSEP=0;SSSB=0.0368153;STB=0.551615;STBP=0.67;TYPE=del;VARB=0.0771928;OID=.;OPOS=196158873;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:8:17:10:17:7:8:2:5:2:33:7:6:2:5:2 chr3 196199204 . G T 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0136631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3829;QD=11.0817;RBI=0.0570569;REFB=-0.00403403;REVB=-0.0553969;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345007;STB=0.699316;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0053645;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:15:8:28:14:15:8:28:14 chr3 196294104 . C G 1205.91 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.872;QD=60.2955;RBI=0.0143818;REFB=0;REVB=0.0100566;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06117e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:41:37:0:0:42:38:0:0 chr3 196386964 . C G 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.386;QD=60.4128;RBI=0.0339218;REFB=-0.00123524;REVB=0.0293704;RO=1;SAF=46;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101856;STB=0.505375;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=6.85887e-05;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:37:46:1:0:37:46:1:0 chr3 196435534 . T C 294.48 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0620626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.597;QD=28.0459;RBI=0.0624781;REFB=-0.0247603;REVB=-0.00719351;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266401;STB=0.514695;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.018935;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:14:12:8:8:14:12:8:8 chr3 196438826 . G T 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00732215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3494;QD=16.4152;RBI=0.029925;REFB=-0.0180131;REVB=0.0290153;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0171439;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:8:8:8:6:8:8 chr3 196443803 . T C 1955.66 PASS AF=0.509284;AO=188;DP=375;FAO=192;FDP=377;FR=.;FRO=185;FSAF=89;FSAR=103;FSRF=91;FSRR=94;FWDB=0.0234519;FXX=0.00527691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5309;QD=20.7497;RBI=0.0409917;REFB=-0.0150527;REVB=0.0336203;RO=186;SAF=87;SAR=101;SRF=92;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290326;STB=0.513956;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0152881;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:377:186:185:188:192:0.509284:101:87:92:94:103:89:91:94 chr3 196448103 . C T 105.38 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.001438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.615;QD=8.10585;RBI=0.00212595;REFB=-0.00239235;REVB=0.00156583;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014554;STB=0.508916;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00515407;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:5:9:24:14:5:9:24:14 chr3 196613075 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0544581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.709;QD=12.8689;RBI=0.0547887;REFB=-0.0300758;REVB=0.00601001;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304135;STB=0.680509;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0181842;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:9:7:8:3:9:7 chr3 196660820 . C T 208.51 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00313071;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.637;QD=17.3759;RBI=0.0041255;REFB=0.00606837;REVB=-0.00268671;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125114;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0114413;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:12:15:9:12:12:15 chr3 196674749 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3875;QD=57.6796;RBI=0.0594721;REFB=0;REVB=0.0298283;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108789;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr3 196674879 . A G 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.903;QD=64.1472;RBI=0.0537808;REFB=0;REVB=-0.00917263;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756634;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr3 196674916 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.761;QD=63.8715;RBI=0.0367942;REFB=0;REVB=-0.0238178;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04358e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr3 196674972 . CTG CGC,TCG 382.88 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151466,-0.0134911;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=149.45,245.992;QD=54.6978;RBI=0.0310874,0.018281;REFB=0,0;REVB=-0.0271479,0.0123363;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0329322,-0.0029035;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,25:2,26:0.0714286,0.928571:0,11:2,14:0:0:0,12:2,14:0:0 chr3 196770355 . TAAGG T 1432.47 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445044;FXX=0.0256388;HRUN=2;LEN=4;MLLD=174.778;QD=50.2619;RBI=0.0445121;REFB=0;REVB=0.000824592;RO=0;SAF=38;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.83989e-05;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:117:114:114:0:38:76:0:0:25:0:38:76:0:0 chr3 196771245 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000854076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.357;QD=61.3359;RBI=0.00589056;REFB=0;REVB=-0.00582831;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70123e-05;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr3 197020780 . G A,GA,GAA 447.42 PASS AF=0.0434783,0.942029,0.0144928;AO=4,38,10;DP=78;FAO=3,65,1;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0;FSAR=3,37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205547,0.217738,0.11754;FXX=0.0142837;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=219.673,9.35784,9.91421;QD=25.9371;RBI=0.034368,0.239802,0.129528;REFB=0.00300212,0.0163167,0.0191947;REVB=-0.0275438,-0.100475,-0.0544226;RO=26;SAF=0,12,4;SAR=4,26,6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.682921,-0.258561,-0.288961;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0629025,-0.0435711,-0.00760562;OID=.,.,.;OPOS=197020780,197020781,197020781;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:78:69:26:0:4,38,10:3,65,1:0.0434783,0.942029,0.0144928:4,26,6:0,12,4:17:9:3,37,1:0,28,0:0:0 chr3 197495334 . G A 768.52 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6166;QD=56.9271;RBI=0.0587913;REFB=0;REVB=0.0352451;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855379;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr3 197579466 . C T 299.81 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00800415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.803;QD=13.9446;RBI=0.018758;REFB=-0.0169664;REVB=-0.0169645;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268112;STB=0.646972;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0281774;OID=.;OPOS=197579466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:12:22:20:31:12:22:21:31 chr3 197659160 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.19;QD=57.6804;RBI=0.0393651;REFB=0;REVB=-0.00425852;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281439;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr3 197665599 . G T 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.782;QD=54.7454;RBI=0.0496668;REFB=0.0921156;REVB=-0.0476843;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000633318;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr3 197701913 . G T 187.9 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0464253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0127;QD=20.3139;RBI=0.0554407;REFB=0.0304144;REVB=-0.0303045;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.656076;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0319571;OID=.;OPOS=197701913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:5:14:7:10:5:14:8:10 chr3 197712759 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00497301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.918;QD=12.7911;RBI=0.038173;REFB=0.00832194;REVB=0.0378477;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138098;STB=0.580535;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00425174;OID=.;OPOS=197712759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:7:16:8:6:7:16 chr4 53428 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.816;QD=58.061;RBI=0.0743187;REFB=0;REVB=0.0532886;RO=0;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189982;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:45:16:0:0:45:16:0:0 chr4 67718 . T G 45.29 PASS AF=0.0848485;AO=14;DP=165;FAO=14;FDP=165;FR=.;FRO=151;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=79;FWDB=-0.00850492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.514;QD=1.09784;RBI=0.0233831;REFB=-0.00311362;REVB=-0.0217816;RO=147;SAF=8;SAR=6;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109726;STB=0.586085;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0496252;OID=.;OPOS=67718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:165:165:147:151:14:14:0.0848485:6:8:70:77:6:8:72:79 chr4 85995 . C CA 220.05 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.7495;QD=41.9138;RBI=0.163816;REFB=0;REVB=-0.131979;RO=4;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000815974;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:23:21:21:0:12:9:0:0:4:4:11:8:2:2 chr4 86022 . CAG ATA 54.52 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596506;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=3;MLLD=152.499;QD=36.349;RBI=0.0606902;REFB=0;REVB=0.0111851;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00155139;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr4 86738 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.303;QD=58.1421;RBI=0.0478769;REFB=0;REVB=0.047533;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00945e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr4 86798 . C T 126.46 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00778669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.318;QD=18.0656;RBI=0.028923;REFB=-0.0108634;REVB=-0.0278551;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506809;STB=0.794705;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0158888;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:12:2:9:5:12:2:9:5 chr4 87113 . T C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0238175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.723;QD=9.47542;RBI=0.0639753;REFB=-0.00731363;REVB=0.0593765;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795232;STB=0.548291;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0167045;OID=.;OPOS=87113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:9:12:5:5:9:12 chr4 87277 . G C 503.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00526781;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.706;QD=54.4464;RBI=0.0178782;REFB=0.0133203;REVB=0.0170845;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622358;STB=0.533314;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00250837;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:2:0:21:14:2:0 chr4 87313 . G GA 473.81 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2295;QD=43.0732;RBI=0.0714161;REFB=0;REVB=0.0448858;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000116541;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:45:44:44:0:19:25:0:0:9:3:17:23:2:1 chr4 331740 . G T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.0164542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.55;QD=24.1066;RBI=0.047327;REFB=-0.00645318;REVB=-0.0443746;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360527;STB=0.697535;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00130825;OID=.;OPOS=331740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:1:18:12:12:1:18 chr4 376888 . C A 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.000700887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.376;QD=22.5994;RBI=0.00459037;REFB=0.00399255;REVB=0.00453654;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191248;STB=0.5894;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00216723;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:10:13:15:4:10:13:15:5 chr4 420664 . G T 477.1 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=137;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00285662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.981;QD=13.8291;RBI=0.0120305;REFB=-0.00521906;REVB=-0.0116864;RO=83;SAF=25;SAR=29;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185494;STB=0.506481;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00915581;OID=.;OPOS=420664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:83:84:54:54:0.391304:29:25:37:46:29:25:38:46 chr4 420688 . C T 536.28 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=129;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00461191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7669;QD=16.2508;RBI=0.0523019;REFB=-0.0227313;REVB=-0.0520981;RO=71;SAF=23;SAR=34;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118206;STB=0.559085;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0301181;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:71:74:57:58:0.439394:34:23:37:34:35:23:37:37 chr4 437831 . C T 197.37 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00396165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6011;QD=18.7966;RBI=0.0296212;REFB=0.00640829;REVB=-0.0293551;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403123;STB=0.730931;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0151839;OID=.;OPOS=437831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:4:16:9:13:4:16:9:13 chr4 515489 . G A 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0412994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2858;QD=17.0874;RBI=0.0611134;REFB=-0.0129852;REVB=0.0450467;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257345;STB=0.645881;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0209941;OID=.;OPOS=515489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:18:7:15:13:18:7:15:13 chr4 517376 . T C 321.22 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0218389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.881;QD=16.2643;RBI=0.0244897;REFB=-0.014325;REVB=0.0110819;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873069;STB=0.549105;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0222213;OID=.;OPOS=517376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:16:19:20:24:16:19:20:24 chr4 517461 . T C 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0160162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.66;QD=9.82611;RBI=0.0234315;REFB=-0.0122871;REVB=-0.0171032;RO=47;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212835;STB=0.63473;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0370378;OID=.;OPOS=517461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:17:6:20:27:17:6:21:27 chr4 517622 . C T 235.25 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00683156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5861;QD=19.2038;RBI=0.0159158;REFB=-0.0126568;REVB=-0.014375;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0146042;OID=.;OPOS=517622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:16:10:11:12:16:10 chr4 520853 . G A 269.94 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00729449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7926;QD=16.871;RBI=0.00756555;REFB=-0.0107997;REVB=-0.00200697;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218846;STB=0.614831;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0111886;OID=.;OPOS=520853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:12:18:12:21:12:18:13:21 chr4 527677 . T C 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0153706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.91;QD=7.98455;RBI=0.0154376;REFB=-0.00370948;REVB=0.00143751;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195833;STB=0.622621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0103593;OID=.;OPOS=527677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:8:9:29:13:8:9:30:13 chr4 533001 . T C 181.5 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0332367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3498;QD=24.2002;RBI=0.0423995;REFB=-0.0318184;REVB=-0.0263256;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992905;STB=0.555494;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0195458;OID=.;OPOS=533001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:7:5:10:8:7:5 chr4 648643 . G A 212.14 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031799;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.533;QD=49.9152;RBI=0.044145;REFB=0;REVB=0.0306204;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146334;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr4 663908 . A G 265.91 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00710789;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.802;QD=26.5913;RBI=0.0176677;REFB=-0.0190813;REVB=-0.0161749;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11984;STB=0.566335;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0157696;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:13:11:10:6:13:11:10:6 chr4 673772 . C T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0037803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.575;QD=22.6;RBI=0.0173133;REFB=-0.00455675;REVB=0.0168956;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174216;STB=0.597476;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00454324;OID=.;OPOS=673772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:12:8:14:9:12:8 chr4 677103 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00149571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.06;QD=16.6186;RBI=0.00881354;REFB=-0.0247762;REVB=-0.00868569;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219784;STB=0.62489;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.035712;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:12:16:8:15:12:16 chr4 780286 . C G 567.51 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.107;QD=59.7381;RBI=0.0718641;REFB=0;REVB=0.0608136;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231011;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:38:0:0:31:38:1:12:19:0:0:16:22:0:0 chr4 843695 . A G 305.58 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1814;QD=53.1437;RBI=0.0516372;REFB=0;REVB=0.0515449;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073649;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr4 858941 . T C 670.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6801;QD=62.3407;RBI=0.11437;REFB=0;REVB=0.0917494;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124799;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:22:19:0:0:23:20:0:0 chr4 954885 . G T 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00949832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.065;QD=18.8261;RBI=0.0186549;REFB=-0.0126633;REVB=0.0160558;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586231;STB=0.533299;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0166395;OID=.;OPOS=954885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:9:13:13:7:9:13 chr4 961373 . G A 672.07 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=68;FSRR=14;FWDB=-0.00359394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.623;QD=17.4563;RBI=0.0225817;REFB=-0.0151244;REVB=0.0222939;RO=82;SAF=46;SAR=26;SRF=68;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213408;STB=0.616957;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0192049;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:82:72:72:0.467532:26:46:68:14:26:46:68:14 chr4 982852 . G A 608.11 PASS AF=0.44;AO=66;DP=149;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.000167715;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.78;QD=16.2163;RBI=0.026241;REFB=-0.0151422;REVB=0.0262405;RO=83;SAF=31;SAR=35;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000183102;STB=0.503647;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0169021;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:83:84:66:66:0.44:35:31:39:44:35:31:40:44 chr4 983060 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.31157e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.617;QD=58.9623;RBI=0.0456687;REFB=0;REVB=0.0456687;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162264;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:64:66:1:34:30:0:1:35:31:0:0 chr4 983809 . C T 205.77 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0234811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2505;QD=23.517;RBI=0.0521316;REFB=-0.0457478;REVB=-0.046544;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109444;STB=0.560917;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0345143;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:11:4:8:12:11:4 chr4 985727 . A G 1491.66 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.715;QD=63.4751;RBI=0.0615695;REFB=0;REVB=0.0586973;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04475e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:38:55:0:0:39:55:0:0 chr4 1006333 . G A 91.69 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0431287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.619;QD=30.5645;RBI=0.0856148;REFB=-0.0867761;REVB=0.0739582;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125826;STB=0.571275;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0262714;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:8:2:1:1:8:2:1:1 chr4 1018271 . T C 746.89 PASS AF=0.43956;AO=79;DP=181;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=-0.00775166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.322;QD=16.4151;RBI=0.0182375;REFB=-0.00865563;REVB=-0.0165081;RO=101;SAF=40;SAR=39;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886076;STB=0.554931;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0120574;OID=.;OPOS=1018271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:101:102:79:80:0.43956:39:40:60:41:40:40:61:41 chr4 1050653 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0334662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.457;QD=19.3688;RBI=0.0334999;REFB=-0.0142968;REVB=-0.00150263;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0114079;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:3:4:6:4:3:4 chr4 1102195 . A G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0323724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.189;QD=24.1066;RBI=0.0325293;REFB=0.0124345;REVB=0.00319085;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115354;STB=0.564051;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.010494;OID=.;OPOS=1102195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:6:13:13:11:6:13 chr4 1164277 . C G 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00820532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.347;QD=50.8361;RBI=0.0405304;REFB=0.0647628;REVB=0.0396912;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00511788;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr4 1164552 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.21;QD=53.2738;RBI=0.00871334;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79757e-05;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:0:23:0:0:0:23:0:0 chr4 1165130 . G T 412.0 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.007;QD=56.8269;RBI=0.099713;REFB=0;REVB=0.0996998;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949978;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:13:16:0:0 chr4 1165741 . A G 775.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.645;QD=63.2653;RBI=0.0280411;REFB=0;REVB=0.0277832;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71964e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:29:18:0:0:31:18:0:0 chr4 1194630 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.457;QD=57.2016;RBI=0.0287505;REFB=0;REVB=0.023597;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25115e-05;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 1215585 . T C 127.61 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0345924;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1001;QD=17.6016;RBI=0.0484343;REFB=0.018515;REVB=0.0339005;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.654972;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.013166;OID=.;OPOS=1215585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:10:15:14:14:0.482759:7:7:3:7:7:7:3:12 chr4 1244416 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.331;QD=57.1062;RBI=0.0152102;REFB=0;REVB=-0.0148892;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44444e-05;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr4 1330759 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00461496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8926;QD=16.9315;RBI=0.0170867;REFB=-0.00805333;REVB=-0.0164517;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755114;STB=0.543407;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00564772;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:8:4:5:7:8:4 chr4 1343405 . T C 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0286908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.644;QD=22.9112;RBI=0.0289036;REFB=-0.0225677;REVB=-0.00350122;RO=30;SAF=12;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16513;STB=0.591192;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.013733;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:27:12:15:15:27:12:15:15 chr4 1374695 . C A 352.98 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00145475;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.178;QD=23.1461;RBI=0.0132253;REFB=-0.00632822;REVB=0.013145;RO=26;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184405;STB=0.602033;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00440268;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:35:35:0.57377:10:25:13:13:10:25:13:13 chr4 1374774 . C T 174.27 PASS AF=0.514286;AO=14;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0343641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5388;QD=19.916;RBI=0.0365814;REFB=-0.0141398;REVB=-0.0125422;RO=15;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454742;STB=0.575558;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.040704;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:17:14:18:0.514286:1:13:10:5:5:13:10:7 chr4 1377615 . A G 205.94 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0191423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.402;QD=16.8118;RBI=0.0252689;REFB=-0.0167589;REVB=-0.0164951;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100122;STB=0.579632;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0306285;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:20:21:0.428571:13:7:12:15:14:7:13:15 chr4 1619865 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0193091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.417;QD=18.0871;RBI=0.0198686;REFB=-0.0114079;REVB=-0.00468163;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118522;STB=0.566322;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0145871;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:9:18:14:12:9:18 chr4 1685211 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0129017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.03;QD=21.2649;RBI=0.0421474;REFB=-0.00768185;REVB=0.0401242;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222922;STB=0.625541;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00438935;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:7:11:7:13:7:11 chr4 1701317 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00133119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.007;QD=21.0081;RBI=0.0476498;REFB=-0.0324774;REVB=-0.0476312;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162011;STB=0.590001;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0191674;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:11:19:11:14:11:19:11:14 chr4 1719294 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0239713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.109;QD=11.1978;RBI=0.0281202;REFB=-0.00371505;REVB=-0.014701;RO=22;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287461;STB=0.67534;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00910444;OID=.;OPOS=1719294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:2:10:14:8:2:10:14:8 chr4 1737502 . C T 255.45 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0206344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2153;QD=22.7063;RBI=0.0210661;REFB=0.00525277;REVB=0.00424275;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282307;STB=0.656915;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00203118;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:5:16:10:14:5:16 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 102.67 PASS AF=0.342105,0.0789474;AO=10,5;DP=41;FAO=13,3;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5,3;FSAR=8,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0149079,-0.0203734;FXX=0.0731529;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=278.785,284.784;QD=10.8076;RBI=0.01682,0.0221792;REFB=-0.0230683,-0.0230045;REVB=0.00778879,0.00876598;RO=15;SAF=2,5;SAR=8,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=-0.179822,0.74999;STB=0.545384,0.996549;STBP=0.685,0.066;TYPE=del,del;VARB=0.0238615,0.0376199;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105,0.0789474:10,5:41:13,3:38:22:5,3:8,0:10:12:75:15:2,5:8,0:5:10 chr4 1739592 . A G 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0232779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.934;QD=13.0896;RBI=0.113599;REFB=-0.0268272;REVB=-0.111188;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232076;STB=0.635669;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0260848;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:11:16:6:10:11:16 chr4 1807894 . G A 415.64 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0679633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.112;QD=53.6312;RBI=0.0742066;REFB=-0.185956;REVB=0.0297927;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00606656;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:29:30:0.967742:18:11:0:0:19:11:0:1 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1066.88 PASS AF=0.90411,0.0958904;AO=57,10;DP=73;FAO=66,7;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=7,4;FSAR=59,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138433,-0.0735114;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=92.506,81.4;QD=58.459;RBI=0.046468,0.085766;REFB=0,0;REVB=0.044358,-0.0441801;RO=0;SAF=5,4;SAR=52,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.95004e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0142992,0.089718;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:73:73:0:0:57,10:66,7:0.90411,0.0958904:52,6:5,4:0:0:59,3:7,4:0:0 chr4 1815990 . G A 348.87 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.658;QD=53.6725;RBI=0.00586841;REFB=0;REVB=-0.00343897;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233031;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr4 1818594 . C T 1586.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.198;QD=59.8716;RBI=0.0499847;REFB=0;REVB=0.0234466;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110521;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:57:45:0:0:59:47:0:0 chr4 1954945 . A G 1515.01 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157457;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.983;QD=63.79;RBI=0.0274713;REFB=0;REVB=-0.022511;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29082e-06;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr4 1986542 . C T 445.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4421;QD=57.5286;RBI=0.0112864;REFB=0;REVB=-0.00923105;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57355e-05;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr4 2160894 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00330211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.788;QD=18.1184;RBI=0.0374328;REFB=-0.00180777;REVB=-0.0372868;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434798;STB=0.75874;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00380398;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:14:4:13:6:14:4:14:6 chr4 2175733 . A G 533.0 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00198063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.11;QD=23.174;RBI=0.00483879;REFB=-0.00751715;REVB=0.00441486;RO=42;SAF=22;SAR=28;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911017;STB=0.54998;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0089138;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:28:22:14:28:28:22:14:28 chr4 2176454 . G A 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00339651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.785;QD=18.9962;RBI=0.00514647;REFB=-0.00852897;REVB=0.00386651;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15818;STB=0.589373;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00540526;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:5:12:9:8:5:12 chr4 2181080 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0046121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.118;QD=21.0076;RBI=0.0204504;REFB=-0.00973478;REVB=0.0199236;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893329;STB=0.550405;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00451129;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:8:9:12:7:8:9 chr4 2194946 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0116702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.359;QD=15.8822;RBI=0.0316917;REFB=-0.0081916;REVB=-0.0294647;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299507;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:6:4:4:6:6:4 chr4 2194953 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00297714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.561;QD=18.8205;RBI=0.0242386;REFB=-0.0187637;REVB=-0.024055;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.013451;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:6:4:5:7:6:4 chr4 2195024 . T G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.052099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.105;QD=17.1001;RBI=0.052463;REFB=-0.00696674;REVB=0.0061695;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211805;STB=0.62119;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00463233;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:10:5:8:6:10:5 chr4 2306374 . C A 443.63 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.100922;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7599;QD=22.4621;RBI=0.121438;REFB=0.0108631;REVB=0.0675422;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683625;STB=0.537611;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00498447;OID=.;OPOS=2306374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:36:43:43:0.544304:24:19:13:23:24:19:13:23 chr4 2341194 . T C 384.08 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0140621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.403;QD=17.6589;RBI=0.0149165;REFB=0.00615794;REVB=-0.00497577;RO=47;SAF=15;SAR=25;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1941;STB=0.608641;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00664505;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:25:15:27:20:25:15:27:20 chr4 2451694 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.993;QD=58.5832;RBI=0.0226151;REFB=0;REVB=0.0195328;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34863e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr4 2461888 . A G 361.74 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174831;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.252;QD=55.6527;RBI=0.0826605;REFB=0;REVB=0.0807905;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669822;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 2743999 . A G 570.4 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00340842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.43;QD=28.168;RBI=0.0178839;REFB=-0.00912729;REVB=-0.0175561;RO=30;SAF=12;SAR=39;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142239;STB=0.577745;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00706166;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:30:51:51:0.62963:39:12:12:18:39:12:12:18 chr4 2822467 . G T 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0143864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.256;QD=17.2884;RBI=0.0346653;REFB=-0.0305828;REVB=0.0315392;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264727;STB=0.640581;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0219746;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:19:11:21:11:19:11:21:12 chr4 2826400 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4295;QD=60.3746;RBI=0.0418703;REFB=0;REVB=-0.0223663;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343297;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:31:43:0:0 chr4 2828771 . T G 262.16 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1261;QD=49.9349;RBI=0.090415;REFB=0;REVB=0.0665419;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489837;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:15:2:0:0:19:2:0:0 chr4 2831383 . T G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00697878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.903;QD=18.2489;RBI=0.0362389;REFB=-0.0191039;REVB=-0.0355606;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583577;STB=0.533283;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0202485;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:9:3:4:9:9:3 chr4 2928413 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.64;QD=57.2374;RBI=0.0312249;REFB=0;REVB=0.0236255;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73444e-06;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr4 2940652 . G A 93.23 PASS AF=0.163462;AO=17;DP=104;FAO=17;FDP=104;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0155739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3279;QD=3.58592;RBI=0.0564247;REFB=-0.00438016;REVB=-0.0542329;RO=84;SAF=13;SAR=4;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309126;STB=0.720209;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0223406;OID=.;OPOS=2940652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:104:104:84:87:17:17:0.163462:4:13:45:39:4:13:45:42 chr4 2943361 . T C 172.73 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0121443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5749;QD=18.6736;RBI=0.0439562;REFB=-0.0253733;REVB=-0.0422453;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702603;STB=0.539834;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0136357;OID=.;OPOS=2943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:7:12:10:8:7:12 chr4 3039150 . T C 714.31 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123357;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.285;QD=56.0243;RBI=0.124154;REFB=0;REVB=0.0140471;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916533;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr4 3201519 . G A 275.04 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0185219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6206;QD=15.4953;RBI=0.0277527;REFB=-0.0154533;REVB=0.0206677;RO=40;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268757;STB=0.51517;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0238702;OID=.;OPOS=3201519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:14:17:23:17:14:17:23:17 chr4 3219613 . A C 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.582;QD=62.3147;RBI=0.0594704;REFB=0;REVB=0.055051;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110378;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr4 3231661 . G A 227.75 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.021774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.765;QD=21.1861;RBI=0.0218769;REFB=0.0021138;REVB=0.00211983;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638525;STB=0.516115;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0018613;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:21:20:22:0.511628:12:8:7:14:14:8:7:14 chr4 3318413 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.755;QD=57.2372;RBI=0.0357866;REFB=0;REVB=0.0192521;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105957;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr4 3319271 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0199474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.728;QD=19.0582;RBI=0.030334;REFB=-0.0286275;REVB=0.0228529;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154747;STB=0.508763;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0299225;OID=.;OPOS=3319271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:15:5:5:14:15:5 chr4 3319553 . C T 552.32 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0639657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2644;QD=24.014;RBI=0.063973;REFB=-0.07285;REVB=0.000968776;RO=39;SAF=29;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954388;STB=0.546922;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0431923;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:23:29:17:22:23:29:18:22 chr4 3424231 . C T 261.95 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0178516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.902;QD=18.7105;RBI=0.018365;REFB=-0.00543635;REVB=0.00431196;RO=28;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110525;STB=0.532936;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00516251;OID=.;OPOS=3424231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:27:28:29:0.517857:20:8:11:17:20:9:10:17 chr4 3444503 . G A 67.52 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0032757;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3982;QD=11.7425;RBI=0.0369179;REFB=-0.0186978;REVB=0.0367723;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.552509;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.027974;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:10:4:2:7:10:4 chr4 3444593 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1282;QD=21.8391;RBI=0.0133378;REFB=-0.0291684;REVB=-0.00832964;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185097;OID=.;OPOS=3444593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:3:3:1:0:3:3:1:1 chr4 3446091 . G T 69.58 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.045533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7388;QD=16.3724;RBI=0.0528386;REFB=-0.0911075;REVB=-0.0268079;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0540926;OID=.;OPOS=3446091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:3:5:5:4:3:5 chr4 3446132 . C G 175.94 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.202;QD=46.9162;RBI=0.0543194;REFB=0;REVB=0.0456818;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228355;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr4 3449651 . CGC ACG,CAC 342.39 PASS AF=0.0363636,0.581818;AO=2,28;DP=55;FAO=2,32;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=1,17;FSAR=1,15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0402386,0.00255618;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=159.554,88.4515;QD=24.9008;RBI=0.0405031,0.0352313;REFB=-0.00604285,0.000100311;REVB=-0.00462159,-0.0351384;RO=19;SAF=2,13;SAR=0,15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.485011,-0.0838059;STB=0.607667,0.535056;STBP=0.775,0.52;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00310907,-0.00273345;OID=.,.;OPOS=3449651,3449652;OREF=CGC,G;OALT=ACG,A;OMAPALT=ACG,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:55:19:21:2,28:2,32:0.0363636,0.581818:0,15:2,13:11:8:1,15:1,17:13:8 chr4 3449886 . G A 554.11 PASS AF=0.443609;AO=58;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0167857;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3709;QD=16.6649;RBI=0.0757635;REFB=-0.0162427;REVB=0.0738806;RO=74;SAF=34;SAR=24;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529443;STB=0.504949;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0275933;OID=.;OPOS=3449886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:58:59:0.443609:24:34:43:31:25:34:42:32 chr4 3451109 . G A 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.000543239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.983;QD=20.679;RBI=0.00276003;REFB=-0.0179994;REVB=0.00270604;RO=45;SAF=16;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112266;STB=0.562282;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0184329;OID=.;OPOS=3451109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:30:16:21:24:30:16:21:24 chr4 3475252 . T C 2819.28 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3018;QD=62.6507;RBI=0.0456457;REFB=0;REVB=-0.00454271;RO=0;SAF=98;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180935;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:178:180:1:80:98:0:0:80:100:0:0 chr4 3494600 . A G 244.36 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0224097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9431;QD=24.4359;RBI=0.0305806;REFB=-0.0177296;REVB=0.0208082;RO=17;SAF=17;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355354;STB=0.69845;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0235692;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:6:17:5:12:6:17:5:12 chr4 3494898 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0202722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.243;QD=11.6335;RBI=0.0207108;REFB=-0.00530131;REVB=0.00423971;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644098;STB=0.538385;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0137596;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:9:7:5:5:9:7 chr4 3514695 . A G 634.96 PASS AF=0.57;AO=56;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0174062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4172;QD=25.3984;RBI=0.0197501;REFB=0.00229959;REVB=-0.0093323;RO=42;SAF=33;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334841;STB=0.509146;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00208595;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:43:56:57:0.57:23:33:23:19:24:33:24:19 chr4 3526786 . C T 328.41 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0147225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.354;QD=20.5257;RBI=0.0215799;REFB=-0.00992705;REVB=-0.0157778;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357046;STB=0.697197;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00583289;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:16:17:3:27:16:18:3:27 chr4 3589689 . C A 340.71 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0338417;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6683;QD=23.9096;RBI=0.0345072;REFB=-0.0708124;REVB=0.00674406;RO=22;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115048;STB=0.503815;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.049859;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:33:34:0.596491:20:13:9:13:21:13:9:14 chr4 3589719 . CA C 196.8 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0344365;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8248;QD=14.0572;RBI=0.0792979;REFB=0.0104791;REVB=-0.0714303;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130849;STB=0.571378;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=-0.0105477;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:28:57:29:56:27:9:20:12:15:99:26:9:19:12:14 chr4 3590683 . T G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0297315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.433;QD=12.4668;RBI=0.02981;REFB=-0.00229937;REVB=0.00216244;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17012;STB=0.596167;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00353025;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:33:20:20:0.377358:11:9:19:12:11:9:20:13 chr4 3590711 . G T 205.89 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0170738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8942;QD=16.8069;RBI=0.0281558;REFB=-0.0122652;REVB=0.0223882;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949451;STB=0.554212;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0170564;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:16:12:11:10:16:12 chr4 3590730 . G A 179.98 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00250637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.549;QD=15.6504;RBI=0.0307393;REFB=0.00708136;REVB=0.030637;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650585;STB=0.547895;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00604025;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:19:19:0.413043:10:9:14:12:10:9:15:12 chr4 3590817 . T C 232.23 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00997805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.528;QD=23.8185;RBI=0.0104395;REFB=-0.0576722;REVB=-0.00306945;RO=17;SAF=17;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181773;STB=0.607999;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0473546;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:21:22:0.564103:4:17:11:6:4:18:11:6 chr4 3590822 . AGACACAC ACGCACAG,AGAC,GCACAGAC 191.25 PASS AF=0.0833333,0.625,0.0416667;AO=2,14,2;DP=28;FAO=2,15,1;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=2,12,1;FSAR=0,3,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0133124,0.0457911,0.00679162;FXX=0.11107;HRUN=1,1,1;LEN=7,4,6;MLLD=124.479,161.753,93.1883;QD=31.8745;RBI=0.015745,0.0485207,0.0550066;REFB=-0.0240917,-0.123866,-0.0764503;REVB=-0.00840735,0.0160445,0.0545857;RO=5;SAF=2,12,2;SAR=0,2,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.544828,0.0525103,0.544828;STB=0.991203,0.515132,0.983052;STBP=0.467,0.888,0.565;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0456373,0.048959,0.08431;OID=.,.,.;OPOS=3590823,3590824,3590822;OREF=GACACAC,ACAC,AGACAC;OALT=CGCACAG,-,GCACAG;OMAPALT=ACGCACAG,AGAC,GCACAGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:28:24:5:6:2,14,2:2,15,1:0.0833333,0.625,0.0416667:0,2,0:2,12,2:4:1:0,3,0:2,12,1:5:1 chr4 3590878 . C T 430.01 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0193209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7703;QD=17.7323;RBI=0.0701379;REFB=-0.0452437;REVB=0.0674242;RO=53;SAF=25;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208428;STB=0.511656;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0506114;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:19:25:29:24:19:25:29:24 chr4 3590911 . A C 485.06 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00249271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7571;QD=14.9248;RBI=0.0362867;REFB=-0.0125723;REVB=0.036201;RO=75;SAF=28;SAR=26;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569757;STB=0.535456;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0187247;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:76:54:54:0.415385:26:28:43:32:26:28:44:32 chr4 3591015 . A C 746.05 PASS AF=0.394495;AO=86;DP=220;FAO=86;FDP=218;FR=.;FRO=132;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=75;FSRR=57;FWDB=-0.0458258;FXX=0.0090905;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.0245;QD=13.6889;RBI=0.0475341;REFB=-0.011446;REVB=-0.012629;RO=125;SAF=39;SAR=47;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103919;STB=0.569136;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0137644;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:125:132:86:86:0.394495:47:39:69:56:47:39:75:57 chr4 3591049 . C T 667.93 PASS AF=0.397906;AO=76;DP=190;FAO=76;FDP=191;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=0.0377408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.5355;QD=13.9881;RBI=0.0722546;REFB=0.00365224;REVB=0.0616146;RO=113;SAF=36;SAR=40;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515287;STB=0.528918;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0050446;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:113:115:76:76:0.397906:40:36:59:54:40:36:60:55 chr4 3591069 . C T 684.37 PASS AF=0.446429;AO=73;DP=166;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0231564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.732;QD=16.2945;RBI=0.0237611;REFB=-0.017443;REVB=-0.0053265;RO=88;SAF=32;SAR=41;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832787;STB=0.546654;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0220453;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:88:93:73:75:0.446429:41:32:46:42:41:34:50:43 chr4 4199634 . A T 885.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.412;QD=58.094;RBI=0.0236896;REFB=0;REVB=0.000828774;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24877e-05;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr4 4199760 . G A 228.53 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0170133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.421;QD=24.7061;RBI=0.0319928;REFB=-0.0136782;REVB=0.027094;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914013;STB=0.567507;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0152546;OID=.;OPOS=4199760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:15:15:20:22:0.594595:9:11:10:5:11:11:10:5 chr4 4204299 . T C 447.29 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.619;QD=57.7146;RBI=0.0365418;REFB=0;REVB=0.0348011;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79415e-05;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:15:14:0:0:17:14:0:0 chr4 4239587 . G T 194.16 PASS AF=0.27957;AO=25;DP=92;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0389881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0514;QD=8.35084;RBI=0.0437699;REFB=-0.00508306;REVB=0.0198929;RO=65;SAF=17;SAR=8;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250462;STB=0.649366;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0199072;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:65:67:25:26:0.27957:8:17:31:34:8:18:33:34 chr4 4276132 . T C 289.26 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.938;QD=52.592;RBI=0.127724;REFB=0;REVB=0.0483677;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171342;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr4 5448429 . A G 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.034744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.804;QD=14.7946;RBI=0.0420287;REFB=0.00164919;REVB=-0.0236487;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210251;STB=0.621487;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00322964;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:16:11:11:7:16:11 chr4 5527214 . G C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.000910258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.745;QD=12.0843;RBI=0.0111806;REFB=-0.0106783;REVB=-0.0111435;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452231;STB=0.765633;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0169291;OID=.;OPOS=5527214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:12:4:20:10:12:4:20:10 chr4 5570221 . G A 1534.72 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681985;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.918;QD=63.9468;RBI=0.008715;REFB=0;REVB=-0.00542595;RO=0;SAF=74;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9288e-05;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:21:74:0:0:21:75:0:0 chr4 5624670 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.521;QD=39.2068;RBI=0.0552034;REFB=0;REVB=-0.00579049;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613582;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr4 5690902 . T A,C 810.08 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=2,54;DP=56;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084019,-0.00346629;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.107,189.743;QD=55.8676;RBI=0.0128188,0.0171044;REFB=0,0;REVB=0.00968141,0.0167495;RO=0;SAF=1,31;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.273589,0.00177339;OID=.,.;OPOS=5690902,5690902;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:58:0:0:2,54:1,57:0.0172414,0.982759:1,23:1,31:0:0:0,26:1,31:0:0 chr4 5743509 . C T 1304.13 PASS AF=0.966292;AO=90;DP=90;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.037897;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.287;QD=58.6124;RBI=0.0457651;REFB=-0.0288561;REVB=0.0256566;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513758;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000345094;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:89:0:3:90:86:0.966292:57:33:0:0:53:33:0:3 chr4 5743512 . T C 1365.32 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563123;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.063;QD=62.7735;RBI=0.0579946;REFB=0;REVB=0.0138674;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162541;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:56:31:0:0:56:31:0:0 chr4 5750003 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.93;QD=58.1415;RBI=0.0105994;REFB=0;REVB=0.000646889;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205353;OID=.;OPOS=5750003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr4 5755542 . C A 745.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.902;QD=62.1115;RBI=0.0350339;REFB=0;REVB=0.0324286;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507854;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:25:20:0:0:28:20:0:0 chr4 5785442 . G A 450.25 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0255856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.057;QD=27.2878;RBI=0.0323554;REFB=-0.0117511;REVB=0.0198052;RO=24;SAF=20;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960858;STB=0.552301;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00773334;OID=.;OPOS=5785442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:42:42:0.636364:22:20:8:16:22:20:8:16 chr4 5795383 . C T 254.63 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0189465;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.978;QD=17.5603;RBI=0.0284797;REFB=-0.0212858;REVB=0.0212631;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586716;STB=0.526297;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0172356;OID=.;OPOS=5795383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:30:28:28:0.482759:19:9:11:18:19:9:11:19 chr4 5838513 . C G 639.06 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0258115;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8573;QD=21.8482;RBI=0.0272979;REFB=-0.0207189;REVB=0.00888516;RO=56;SAF=25;SAR=38;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165649;STB=0.599044;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0183599;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:56:54:63:63:0.538462:38:25:33:23:38:25:33:21 chr4 5841350 . A G 291.58 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0020414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.486;QD=19.4389;RBI=0.00714255;REFB=-0.0172869;REVB=-0.00684461;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21749;STB=0.62852;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0219795;OID=.;OPOS=5841350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:19:12:18:10:19:12:19:10 chr4 5975538 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.014;QD=57.545;RBI=0.0209148;REFB=0;REVB=0.0195984;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95729e-05;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr4 5990110 . C A 1441.63 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.768;QD=61.3461;RBI=0.0133981;REFB=-0.0931056;REVB=0.00443604;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.505049;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=3.74131e-06;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:44:48:1:0:44:49:1:0 chr4 5990339 . G A 687.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.939;QD=62.5373;RBI=0.0139432;REFB=0;REVB=0.0111945;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51362e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:28:14:0:0:29:15:0:0 chr4 5990551 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000561047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.572;QD=55.0986;RBI=0.0659664;REFB=0;REVB=-0.065964;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100756;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr4 5990599 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.782;QD=44.6882;RBI=0.0346442;REFB=0;REVB=-0.0273597;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014905;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr4 5990791 . A G 707.78 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.279;QD=62.9136;RBI=0.0214027;REFB=0;REVB=0.0195117;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18232e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:11:34:0:0:11:34:0:0 chr4 5991384 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2873;QD=54.5124;RBI=0.030046;REFB=0;REVB=-0.0254692;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107782;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr4 5991476 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.122;QD=42.1826;RBI=0.011778;REFB=0;REVB=0.00441924;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147844;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr4 6050613 . C T 32.68 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00450084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.009;QD=4.35782;RBI=0.0206112;REFB=-0.0172327;REVB=0.0201138;RO=24;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328085;STB=0.768238;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0303436;OID=.;OPOS=6050613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:29:30:24:24:5:6:0.2:1:4:13:11:1:5:13:11 chr4 6293696 . C G 2370.42 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.191;QD=64.0654;RBI=0.0520344;REFB=0;REVB=-0.00687225;RO=0;SAF=78;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36766e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:70:78:0:0:70:78:0:0 chr4 6302519 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.088;QD=50.4108;RBI=0.0329809;REFB=0;REVB=0.00107189;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659334;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr4 6302707 . C T 426.67 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964742;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.041;QD=56.8894;RBI=0.0235066;REFB=0;REVB=0.0214357;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334508;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr4 6303022 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.142;QD=55.0987;RBI=0.00597567;REFB=0;REVB=0.00391087;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45421e-06;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr4 6303955 . G A 425.81 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.903;QD=56.7752;RBI=0.0278005;REFB=0;REVB=0.0173145;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118846;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:14:16:0:0 chr4 6304087 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.10325e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.031;QD=60.6081;RBI=0.0504814;REFB=0;REVB=-0.0504813;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230022;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr4 6304242 . T C 374.74 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0258574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5936;QD=49.9654;RBI=0.0741785;REFB=0.00114668;REVB=-0.0695258;RO=2;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250896;STB=0.513504;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00291898;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:19:9:1:1:19:9:1:1 chr4 6304286 . C T 501.88 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.226;QD=57.3575;RBI=0.0449417;REFB=0;REVB=-0.0285779;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244547;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:18:16:1:0:18:17:0:0 chr4 6304344 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.656;QD=62.6686;RBI=0.0396563;REFB=0;REVB=0.0391251;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11563e-05;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr4 6322293 . G A 185.82 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0120211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.473;QD=15.4847;RBI=0.0168226;REFB=-0.0111385;REVB=-0.0117683;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09417;STB=0.52629;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0285771;OID=.;OPOS=6322293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:18:20:0.416667:8:10:18:10:8:12:18:10 chr4 6325086 . G A 816.58 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.486;QD=57.3036;RBI=0.0510914;REFB=0;REVB=0.0474348;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116455;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:31:26:0:0 chr4 6349667 . C T 85.42 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0385408;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6324;QD=4.06741;RBI=0.0696899;REFB=-0.00496696;REVB=-0.0580628;RO=69;SAF=5;SAR=10;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320445;STB=0.707426;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0230984;OID=.;OPOS=6349667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:84:84:69:69:15:15:0.178571:10:5:41:28:10:5:41:28 chr4 6382919 . C T 160.94 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00997409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.426;QD=18.3927;RBI=0.0108467;REFB=-0.0296408;REVB=0.00426257;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379006;STB=0.709445;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00876166;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:18:17:17:0.485714:11:6:13:3:11:6:14:4 chr4 6415618 . G A 254.22 PASS AF=0.5;AO=19;DP=42;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00849361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.269;QD=20.3372;RBI=0.0100225;REFB=-0.0241478;REVB=-0.00532071;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252145;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:50:23:25:19:25:0.5:15:4:9:14:16:9:9:16 chr4 6536979 . G A 673.84 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233859;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.017;QD=62.6831;RBI=0.0995295;REFB=0;REVB=0.096743;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395524;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr4 6596360 . G A 1704.93 PASS AF=0.958678;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0445894;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.155;QD=56.3614;RBI=0.0483268;REFB=-0.0754524;REVB=0.018635;RO=5;SAF=55;SAR=61;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412331;STB=0.521735;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00294883;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:122:121:5:5:116:116:0.958678:61:55:5:0:61:55:5:0 chr4 6619165 . A G 499.52 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00770045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.098;QD=54.0021;RBI=0.0170994;REFB=-0.0857007;REVB=0.0152674;RO=2;SAF=23;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038958;STB=0.520822;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00258059;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:12:23:2:0:12:23:2:0 chr4 6619204 . G A 93.68 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0219576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.047;QD=9.60781;RBI=0.0742976;REFB=-0.0229854;REVB=0.0709788;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60424;STB=0.853101;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.034153;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:39:26:27:12:12:0.307692:2:10:7:19:2:10:8:19 chr4 6698667 . T A,C 732.32 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,45;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753732,-0.00817731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.6601,140.115;QD=62.3254;RBI=0.0153977,0.0164489;REFB=0,0;REVB=-0.0134268,0.0142723;RO=0;SAF=0,21;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0754454,0.00205678;OID=.,.;OPOS=6698667,6698667;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:0:2,45:2,45:0.0425532,0.957447:2,24:0,21:0:0:2,24:0,21:0:0 chr4 6698706 . A C 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.333;QD=64.1484;RBI=0.0253346;REFB=0;REVB=0.0232617;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61378e-05;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr4 6718775 . G T 242.72 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00608817;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.962;QD=22.5784;RBI=0.00638977;REFB=-0.00253207;REVB=-0.00193993;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464258;STB=0.533304;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00292157;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:23:20:21:23:0.534884:12:9:11:12:12:11:11:9 chr4 6719092 . TAGTC T 142.73 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0129193;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=4;MLLD=317.787;QD=13.5933;RBI=0.0130293;REFB=-0.0131836;REVB=0.00168922;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329583;STB=0.519207;STBP=0.9;TYPE=del;VARB=0.0223278;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:16:43:16:42:26:10:6:17:9:99:26:10:6:17:9 chr4 6884329 . T C 662.45 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00458419;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.902;QD=49.0703;RBI=0.019201;REFB=-0.0289243;REVB=0.0186458;RO=4;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032092;STB=0.517081;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000663703;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:54:4:4:50:50:0.925926:26:24:1:3:26:24:1:3 chr4 6925217 . A G 467.14 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0204223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.663;QD=13.9444;RBI=0.0230731;REFB=-0.0123077;REVB=0.0107377;RO=80;SAF=21;SAR=32;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858074;STB=0.552657;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0185891;OID=.;OPOS=6925217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:81:53:53:0.395522:32:21:38:42:32:21:39:42 chr4 6925389 . C G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00128697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3856;QD=21.9441;RBI=0.0912696;REFB=3.85503e-05;REVB=0.0912605;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172863;STB=0.597225;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00353938;OID=.;OPOS=6925389;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:4:8:7:9:4:8 chr4 6956059 . T C 370.18 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0743189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2688;QD=19.743;RBI=0.0746263;REFB=0.006169;REVB=0.00676634;RO=37;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348999;STB=0.519393;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00534324;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:24:14:15:22:24:14:15:22 chr4 7057037 . C G 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00771969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.973;QD=32.1189;RBI=0.00872397;REFB=-0.00178788;REVB=-0.00406374;RO=11;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314199;STB=0.517227;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000721716;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:10:15:6:5:10:15:6:5 chr4 7057106 . G C 94.2 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0187489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.736;QD=11.0827;RBI=0.0211642;REFB=-0.0074099;REVB=0.00981843;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35202;STB=0.731268;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0454557;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:34:21:22:12:12:0.352941:2:10:12:9:2:10:12:10 chr4 7057982 . CT C 208.55 PASS AF=0.4375;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0126203;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.019;QD=17.3789;RBI=0.0151375;REFB=-0.0293752;REVB=0.00835892;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047337;STB=0.516113;STBP=0.88;TYPE=del;VARB=0.028145;OID=.;OPOS=7057983;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:22:50:21:48:27:5:16:7:20:99:26:5:17:6:20 chr4 7058191 . T C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00127308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.257;QD=16.2791;RBI=0.0042549;REFB=-0.0142225;REVB=-0.00405999;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684256;STB=0.538625;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0168292;OID=.;OPOS=7058191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:18:10:14:19:18:10:14:19 chr4 7325840 . G T 321.32 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0558557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.056;QD=18.9013;RBI=0.0565344;REFB=-0.0099803;REVB=-0.00873382;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183877;STB=0.60235;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0132277;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:14:20:13:21:14:20:13:21 chr4 7435379 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8258;QD=57.2364;RBI=0.0763563;REFB=0;REVB=-0.0763374;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000709308;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr4 7461826 . C CCCA 212.8 PASS AF=0.470588;AO=21;DP=56;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00641508;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=3;MLLD=214.736;QD=16.6902;RBI=0.00647342;REFB=-0.0236241;REVB=-0.000867151;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136176;STB=0.558326;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=0.0242075;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:21:56:24:51:27:15:9:14:13:99:33:14:7:18:15 chr4 7655855 . C T 345.46 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0281552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2894;QD=14.2456;RBI=0.0363468;REFB=-0.0118742;REVB=0.0229863;RO=58;SAF=17;SAR=21;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200716;STB=0.617917;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0124664;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:59:38:38:0.391753:21:17:37:21:21:17:38:21 chr4 7714490 . T C 1054.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00266374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3977;QD=56.9801;RBI=0.0256955;REFB=0.0437052;REVB=0.0255571;RO=2;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175133;STB=0.509257;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00397667;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:53:19:0:2:53:19:0:2 chr4 7716910 . C T 303.19 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0194651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.839;QD=22.0505;RBI=0.062067;REFB=-0.0637531;REVB=0.0589358;RO=23;SAF=8;SAR=23;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281894;STB=0.504612;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.041228;OID=.;OPOS=7716910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:23:8:6:17:23:8:6:18 chr4 7716932 . T C 868.69 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.082;QD=57.9123;RBI=0.0427337;REFB=0;REVB=0.0242253;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89783e-05;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:43:15:0:0:45:15:0:0 chr4 7717012 . G A 140.65 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0164203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.797;QD=9.37678;RBI=0.0164203;REFB=-0.0147653;REVB=6.24517e-06;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121371;STB=0.501013;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301339;OID=.;OPOS=7717012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:41:19:19:0.316667:13:6:13:27:13:6:13:28 chr4 7783125 . G A 196.07 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00709702;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.688;QD=13.5218;RBI=0.00890372;REFB=-0.00255004;REVB=0.00537667;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16315;STB=0.599917;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0023022;OID=.;OPOS=7783125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:34:23:24:0.413793:10:13:12:18:10:14:14:20 chr4 7783172 . G A 1279.15 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7351;QD=59.4953;RBI=0.0648071;REFB=-0.0905659;REVB=0.0470127;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129756;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00100761;OID=.;OPOS=7783172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:48:36:1:0:48:37:0:1 chr4 7844953 . G A 422.7 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0175488;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.241;QD=23.1617;RBI=0.0176472;REFB=-0.00921957;REVB=0.00186142;RO=31;SAF=18;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999359;STB=0.500678;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00576199;OID=.;OPOS=7844953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:41:41:0.561644:23:18:14:17:23:18:14:18 chr4 7940903 . A G 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.28;QD=60.3752;RBI=0.0924944;REFB=0;REVB=-0.0924178;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141873;OID=.;OPOS=7940903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr4 7940915 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=67;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.634;QD=60.5473;RBI=0.0270607;REFB=0;REVB=0.0252111;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47909e-06;OID=.;OPOS=7940915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:67:75:1:38:29:0:0:44:31:0:0 chr4 7941901 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.68;QD=49.5987;RBI=0.0255306;REFB=0;REVB=0.0207;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185456;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr4 8010757 . G A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0214796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.757;QD=15.5754;RBI=0.0223944;REFB=-0.0107925;REVB=-0.00633543;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195899;STB=0.511102;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0127297;OID=.;OPOS=8010757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:13:18:15:10:13:18 chr4 8031471 . A G 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.000442089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.434;QD=17.9199;RBI=0.0257621;REFB=0.00484773;REVB=-0.0257583;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190493;STB=0.605997;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00327081;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:10:24:16:16:10:24 chr4 8062689 . TG CA,CG 693.56 PASS AF=0.46,0.54;AO=23,27;DP=51;FAO=23,27;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16,19;FSAR=7,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331891,-0.0157463;FXX=0.019604;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=129.724,102.805;QD=55.4846;RBI=0.0354282,0.019403;REFB=0,0;REVB=-0.0123951,-0.0113371;RO=0;SAF=16,19;SAR=7,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.06954e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00445045,0.00156423;OID=.,.;OPOS=8062689,8062689;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:50:0:0:23,27:23,27:0.46,0.54:7,8:16,19:0:0:7,8:16,19:0:0 chr4 8108315 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0314404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.115;QD=12.7821;RBI=0.0327127;REFB=-0.0199243;REVB=0.00903433;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0343915;OID=.;OPOS=8108315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr4 8228731 . T C 1606.22 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.735;QD=64.2486;RBI=0.0797352;REFB=0;REVB=0.00667262;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175967;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr4 8228894 . T C 1429.57 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773851;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7891;QD=62.8381;RBI=0.0146595;REFB=0;REVB=0.0124505;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8118e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr4 8229218 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.698;QD=63.0521;RBI=0.0230731;REFB=0;REVB=-0.0136848;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08009e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr4 8229326 . T C 454.94 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.599;QD=56.8675;RBI=0.0475106;REFB=0;REVB=-0.00379864;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173401;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr4 8242466 . A G 2657.46 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.128;QD=60.742;RBI=0.0408811;REFB=0;REVB=0.0180773;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477406;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:175:0:0:166:175:1:90:76:0:0:99:76:0:0 chr4 8304172 . G A 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0214335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7023;QD=2.14546;RBI=0.0389729;REFB=0.00306774;REVB=0.0325498;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264757;STB=0.711968;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0569718;OID=.;OPOS=8304172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:46:50:6:6:0.107143:2:4:20:26:2:4:21:29 chr4 8358361 . G A 410.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8394;QD=56.6857;RBI=0.0616144;REFB=0;REVB=0.0345099;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181844;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr4 8454639 . A G 568.68 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.538;QD=59.8613;RBI=0.024224;REFB=0;REVB=0.0215315;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112258;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:20:16:0:0:20:18:0:0 chr4 8456459 . ATT ATA,AT 62.44 PASS AF=0.0833333,0.375;AO=2,7;DP=24;FAO=2,9;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2;FSAR=2,7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0281918,-0.0592925;FXX=0.039984;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=228.63,14.0246;QD=10.407;RBI=0.0431197,0.0768166;REFB=-0.00336657,-0.0608659;REVB=-0.0326271,0.0488384;RO=12;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0.387255;SSEP=0,0;SSSB=-0.671794,-0.604779;STB=0.996673,0.807046;STBP=0.043,0.024;TYPE=snp,del;VARB=0.106883,0.0661358;OID=.,.;OPOS=8456461,8456460;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.375:2,7:24:2,9:24:13:0,2:2,7:10:3:49:12:0,1:2,6:9:3 chr4 8594616 . G C 77.21 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0148845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3237;QD=14.7076;RBI=0.0309882;REFB=0.0151013;REVB=-0.0271794;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216798;STB=0.624776;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0401661;OID=.;OPOS=8594616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:9:2:4:6:9:2 chr4 8602884 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.27;QD=56.191;RBI=0.0166595;REFB=0;REVB=0.0153322;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266661;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr4 8602935 . A G 504.1 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.901;QD=57.6109;RBI=0.0442053;REFB=0;REVB=0.00719107;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137143;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:19:13:0:0:22:13:0:0 chr4 8603117 . A T 229.31 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0106379;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.278;QD=21.3309;RBI=0.0217187;REFB=-0.0130781;REVB=-0.0189351;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107592;STB=0.560291;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0203199;OID=.;OPOS=8603117;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:14:7:10:12:14:7 chr4 8616095 . A AC 165.24 PASS AF=0.488372;AO=5;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.078321;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.1385;QD=15.3714;RBI=0.0994238;REFB=-0.0536665;REVB=-0.0612447;RO=38;SAF=0;SAR=5;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57432;STB=0.508764;STBP=0.937;TYPE=ins;VARB=0.00985394;OID=.;OPOS=8616096;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:5:43:21:43:22:7:14:7:15:99:38:0:5:14:24 chr4 8616096 . T C 167.64 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.000382344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.5861;QD=15.5944;RBI=0.0614494;REFB=-0.0281843;REVB=-0.0614482;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119839;STB=0.568555;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00863785;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:7:18:11:7:7:18 chr4 8616179 . T C 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8712;QD=58.9569;RBI=0.0152573;REFB=0;REVB=-0.00424786;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137883;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr4 8620153 . C T 212.6 PASS AF=0.65625;AO=19;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0440547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.115;QD=26.5749;RBI=0.0462849;REFB=-0.035552;REVB=-0.0141939;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147618;STB=0.540502;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00991753;OID=.;OPOS=8620153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:31:32:10:11:19:21:0.65625:12:7:6:4:12:9:6:5 chr4 8621194 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1875;QD=59.0153;RBI=0.0783514;REFB=0;REVB=-0.0534086;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190949;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr4 8951816 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.553;QD=43.4861;RBI=0.00887467;REFB=0;REVB=0.000421024;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75001e-05;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr4 9360905 . C A 66.49 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0419884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.968;QD=26.5972;RBI=0.064102;REFB=-0.125756;REVB=0.048436;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0442478;OID=.;OPOS=9360905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:1:1:6:2:1:1 chr4 9446325 . AG A 165.16 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=69;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00116259;FXX=0.0869439;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.599;QD=10.4865;RBI=0.00117132;REFB=-0.00700489;REVB=0.000142754;RO=43;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402551;STB=0.547466;STBP=0.633;TYPE=del;VARB=0.0136917;OID=.;OPOS=9446326;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:20:69:21:63:42:11:10:19:23:99:43:10:10:20:23 chr4 9557815 . TAGAAGG T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0204055;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=339.507;QD=15.8391;RBI=0.0243791;REFB=-0.0135701;REVB=0.0133399;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=del;VARB=0.0084077;OID=.;OPOS=9557816;OREF=AGAAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:8:15:8:15:7:3:5:4:3:47:7:3:5:4:3 chr4 9784631 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00302528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.887;QD=19.9756;RBI=0.0108923;REFB=-0.0151915;REVB=-0.0104637;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159355;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:10:10:10:9:10:10:10:10 chr4 9922130 . C T 959.25 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605195;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1963;QD=59.0306;RBI=0.0860411;REFB=0;REVB=0.0611593;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143329;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr4 9982330 . A G 375.63 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0788;QD=55.6486;RBI=0.044855;REFB=0;REVB=-0.0423764;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000805571;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr4 9998440 . C T 651.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.84;QD=62.0047;RBI=0.0440489;REFB=0;REVB=0.0433445;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3062e-05;OID=.;OPOS=9998440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr4 9998493 . A G 1325.18 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.14;QD=60.9276;RBI=0.037008;REFB=-0.132798;REVB=0.0318602;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.505881;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000420434;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:84:86:0.988506:44:40:1:0:44:42:1:0 chr4 10022981 . C T 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.022;QD=59.4235;RBI=0.0359519;REFB=-0.135752;REVB=0.0320731;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000903368;OID=.;OPOS=10022981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:24:18:0:0:24:18:1:0 chr4 10090178 . T C 1048.72 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.001;QD=59.0826;RBI=0.00859604;REFB=0;REVB=-0.0070501;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01553e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:35:36:0:0 chr4 10442602 . C CTACTT,T 170.72 PASS AF=0.325581,0.116279;AO=14,5;DP=43;FAO=14,5;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7,5;FSAR=7,0;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00788241,-0.00382261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=106.972,222.653;QD=15.8805;RBI=0.0101517,0.0291888;REFB=-0.0054285,-0.00813576;REVB=0.0063973,-0.0289375;RO=24;SAF=7,5;SAR=7,0;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.134352,0.633637;STB=0.578837,0.997249;STBP=0.456,0.06;TYPE=ins,snp;VARB=0.0113409,0.0162845;OID=.,.;OPOS=10442603,10442602;OREF=-,C;OALT=TACTT,T;OMAPALT=CTACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:14,5:14,5:0.325581,0.116279:7,0:7,5:15:9:7,0:7,5:15:9 chr4 10442676 . A C 465.38 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00569818;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.055;QD=19.3909;RBI=0.00598314;REFB=-0.00979302;REVB=0.00182448;RO=50;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221002;STB=0.51229;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0111244;OID=.;OPOS=10442676;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:50:46:46:0.479167:25:21:24:26:25:21:24:26 chr4 10442700 . C T 413.69 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0208915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1559;QD=15.0432;RBI=0.0270397;REFB=0.0121919;REVB=-0.0171666;RO=61;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759889;STB=0.541178;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0237578;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:63:47:47:0.427273:25:22:24:37:25:22:25:38 chr4 10445427 . A T 128.2 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0206486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1197;QD=12.2094;RBI=0.0724263;REFB=-0.000897078;REVB=-0.0694205;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264333;STB=0.644965;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000473493;OID=.;OPOS=10445427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:5:10:11:15:5:10:12:15 chr4 10446385 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.456;QD=61.6839;RBI=0.0109755;REFB=0;REVB=0.00833254;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37058e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr4 10446906 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.546;QD=55.6544;RBI=0.0855767;REFB=0;REVB=0.0209737;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627894;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr4 10447640 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00913518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0033;QD=16.1184;RBI=0.0108806;REFB=0.0200555;REVB=0.00591069;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271519;STB=0.660072;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0208331;OID=.;OPOS=10447640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:8:5:2:10:8:5 chr4 10447679 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00268195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.139;QD=16.6272;RBI=0.0105906;REFB=0.00409519;REVB=0.0102454;RO=14;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456653;STB=0.773642;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00637483;OID=.;OPOS=10447679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:1:12:9:5:1:12:9:5 chr4 10447848 . T G 448.77 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0556449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.174;QD=21.3701;RBI=0.059098;REFB=-0.064158;REVB=0.0199054;RO=38;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758053;STB=0.555592;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0583091;OID=.;OPOS=10447848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:40:44:44:0.52381:27:17:18:20:27:17:20:20 chr4 10447976 . C T 332.08 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.000422554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.03;QD=27.1088;RBI=0.0123142;REFB=0.000324126;REVB=-0.0123069;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112513;STB=0.561918;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000325151;OID=.;OPOS=10447976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:16:13:6:14:16:13:6:14 chr4 10447985 . AT A 69.03 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0127004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1001;QD=7.08015;RBI=0.0171816;REFB=-4.84006e-05;REVB=-0.0115718;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394005;STB=0.732918;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.00233094;OID=.;OPOS=10447986;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:13:39:13:39:26:2:11:11:15:69:25:2:11:11:14 chr4 10502937 . T G 817.73 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3274;QD=57.3849;RBI=0.0248633;REFB=0;REVB=-0.0113031;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312438;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:18:38:0:0:19:38:0:0 chr4 11401012 . A G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0328757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.849;QD=19.9663;RBI=0.0328768;REFB=-0.000845346;REVB=-0.000271117;RO=16;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307017;STB=0.521724;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.000740626;OID=.;OPOS=11401012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:16:26:28:29:0.527273:17:11:7:9:18:11:11:15 chr4 13530604 . T C 263.13 PASS AF=0.482759;AO=25;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0425557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5126;QD=18.1472;RBI=0.0500439;REFB=-0.0594748;REVB=-0.0263325;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200146;STB=0.554226;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0517727;OID=.;OPOS=13530604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:28:25:28:0.482759:11:14:18:5:13:15:18:10 chr4 13545792 . G T 307.21 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726923;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.326;QD=53.4274;RBI=0.0523569;REFB=0;REVB=0.0518498;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478775;OID=.;OPOS=13545792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr4 13548796 . T G 688.74 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.103;QD=62.613;RBI=0.0343649;REFB=0;REVB=0.0323934;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244855;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr4 13601337 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000464672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.306;QD=64.1533;RBI=0.0144706;REFB=0;REVB=0.0144632;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43444e-05;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr4 13601827 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0248942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.112;QD=15.9168;RBI=0.0261089;REFB=-0.0203924;REVB=-0.00787115;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185962;STB=0.606587;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0139853;OID=.;OPOS=13601827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:4:11:7:6:4:11 chr4 13606576 . A T 1442.45 PASS AF=0.944444;AO=102;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0146504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6072;QD=53.4239;RBI=0.0151699;REFB=-0.0255238;REVB=0.00393597;RO=5;SAF=62;SAR=40;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179188;STB=0.503432;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00800416;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:108:5:6:102:102:0.944444:40:62:4:1:40:62:4:2 chr4 15068500 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 53.29 PASS AF=0.266667,0.0833333;AO=16,3;DP=62;FAO=16,5;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8,5;FSAR=8,0;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0344717,-0.019709;FXX=0.0163908;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.24393,143.193;QD=3.55291;RBI=0.13197,0.0218861;REFB=-0.105425,-0.00885553;REVB=0.127388,0.00951607;RO=31;SAF=8,3;SAR=8,0;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0539783,0.522541;STB=0.50908,0.997734;STBP=0.95,0.022;TYPE=del,mnp;VARB=0.118631,0.0881375;OID=.,.;OPOS=15068501,15068507;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.0833333:16,3:62:16,5:60:39:8,5:8,0:20:19:38:31:8,3:8,0:17:14 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 315.87 PASS AF=0.48;AO=30;DP=77;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0157106;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=268.117;QD=16.8462;RBI=0.0162953;REFB=-0.0298317;REVB=-0.0043258;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103736;STB=0.546641;STBP=0.457;TYPE=ins;VARB=0.0197976;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:30:77:36:75:39:18:18:23:16:99:41:18:12:25:16 chr4 15095629 . G A 111.22 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0151582;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.723;QD=6.35521;RBI=0.017721;REFB=-0.0156685;REVB=-0.00917942;RO=53;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187812;STB=0.615506;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0147368;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:53:53:17:17:0.242857:7:10:23:30:7:10:23:30 chr4 15516389 . C T 1974.1 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619107;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1336;QD=62.1762;RBI=0.0736916;REFB=0;REVB=-0.0399689;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524208;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr4 15689928 . G A 315.68 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.087;QD=52.6141;RBI=0.052561;REFB=0;REVB=-0.0225906;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605978;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr4 15690233 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.232;QD=37.4885;RBI=0.0460848;REFB=0;REVB=0.0434692;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329621;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr4 15709188 . C T 512.56 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00199615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.284;QD=17.2288;RBI=0.00984364;REFB=-2.01786e-05;REVB=-0.00963912;RO=63;SAF=24;SAR=31;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539136;STB=0.53447;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=7.78762e-06;OID=.;OPOS=15709188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:64:55:55:0.462185:31:24:31:32:31:24:32:32 chr4 15709252 . G A 495.05 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00512929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.333;QD=20.6272;RBI=0.0195328;REFB=-0.0030892;REVB=0.0188473;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617288;STB=0.51055;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00200951;OID=.;OPOS=15709252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:48:48:48:0.5:27:21:20:25:27:21:22:26 chr4 15713446 . C T 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.00291686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5758;QD=9.21724;RBI=0.0212839;REFB=-0.0203059;REVB=0.0210831;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316061;STB=0.68402;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0414827;OID=.;OPOS=15713446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:30:7:7:9:30:7 chr4 15724487 . T G 446.77 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0104155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.145;QD=16.7017;RBI=0.01103;REFB=-0.014394;REVB=0.00363033;RO=57;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380318;STB=0.516615;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0171946;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:23:26:28:29:23:26:29:29 chr4 15733454 . A C 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0215497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.351;QD=16.507;RBI=0.0334182;REFB=-0.0142675;REVB=-0.0255418;RO=49;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938541;STB=0.548087;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0194165;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:14:25:27:22:14:25:28:22 chr4 15739390 . T G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00670879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.975;QD=19.6681;RBI=0.0135719;REFB=-0.00978128;REVB=0.0117979;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472314;STB=0.526732;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00871795;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:9:10:11:8:9:10 chr4 15780083 . T C 205.52 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0096485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.296;QD=15.8092;RBI=0.0494254;REFB=-0.00571682;REVB=0.0484744;RO=29;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292481;STB=0.638969;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00535043;OID=.;OPOS=15780083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:5:17:15:14:6:17:15:14 chr4 15835844 . A C 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.844;QD=64.1474;RBI=0.0613614;REFB=0;REVB=0.0602887;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213461;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr4 15937731 . T C 911.8 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.5448;QD=54.436;RBI=0.100454;REFB=0;REVB=0.0374857;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00698738;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:67:1:0:58:67:1:28:30:1:0:28:39:0:0 chr4 15964485 . G A 123.71 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00966741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.166;QD=17.064;RBI=0.0137766;REFB=-0.00932395;REVB=0.00981509;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180419;STB=0.604239;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0230102;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:7:8:10:4:7:8 chr4 15964501 . G A 137.95 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0308871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7969;QD=16.2289;RBI=0.0348126;REFB=-0.0185592;REVB=-0.0160595;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0194639;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:14:18:14:16:0.470588:9:5:5:9:10:6:6:12 chr4 15964573 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.502;QD=57.7112;RBI=0.0654083;REFB=0;REVB=-0.0652476;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350826;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr4 15964763 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00059813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.164;QD=7.03236;RBI=0.0178464;REFB=-0.00447935;REVB=0.0178364;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168084;STB=0.510615;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0128817;OID=.;OPOS=15964763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:17:9:3:6:17:9 chr4 16037352 . C T 185.5 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0029928;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.893;QD=18.098;RBI=0.0168005;REFB=-0.00907115;REVB=0.0165318;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29324;STB=0.660191;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0140699;OID=.;OPOS=16037352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:22:19:19:0.463415:15:4:10:11:15:4:10:12 chr4 16164193 . T TTA 240.61 PASS AF=0.353659;AO=28;DP=87;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0013484;FXX=0.03529;HRUN=3;LEN=2;MLLD=318.517;QD=11.7371;RBI=0.00194595;REFB=0.000209149;REVB=-0.00140305;RO=57;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310391;STB=0.539602;STBP=0.623;TYPE=ins;VARB=-0.000338871;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353659:28:87:29:82:53:16:13:26:27:99:57:15:13:29:28 chr4 16198378 . A G 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0140053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.797;QD=24.5996;RBI=0.0142888;REFB=-0.0187194;REVB=-0.00283238;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610537;STB=0.53395;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0156517;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:6:10:12:10:6:10 chr4 16675898 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.419;QD=47.8224;RBI=0.0459212;REFB=0;REVB=0.0444454;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001286;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr4 17488286 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.052;QD=42.1825;RBI=0.0325244;REFB=0;REVB=0.0324221;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230167;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr4 17488346 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.785;QD=43.486;RBI=0.0183803;REFB=0;REVB=0.00608299;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111445;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr4 17488351 . T C 115.39 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.232;QD=41.9593;RBI=0.0396996;REFB=0;REVB=0.0372107;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117891;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr4 17503433 . C T 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1172;QD=58.9585;RBI=0.0876266;REFB=0;REVB=-0.00477637;RO=0;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764406;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:47:19:0:0:47:19:0:0 chr4 17511595 . A T 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00631866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.541;QD=27.8585;RBI=0.0204489;REFB=-0.0292488;REVB=-0.0194482;RO=8;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104269;STB=0.55821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0162657;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:4:13:5:3:4:13:5:3 chr4 17511634 . G A 88.84 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0295241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.1604;QD=18.7039;RBI=0.0481481;REFB=0.0450447;REVB=0.0380338;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00704612;OID=.;OPOS=17511634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:6:2:3:8:6:2 chr4 17517099 . A G 227.09 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4104;QD=47.8091;RBI=0.150045;REFB=0;REVB=0.146106;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105645;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:3:11:0:0:5:14:0:0 chr4 17528480 . G A 240.5 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0106988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.096;QD=21.378;RBI=0.0426824;REFB=-0.015024;REVB=-0.0413198;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189373;STB=0.510629;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0130038;OID=.;OPOS=17528480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:11:11:11:12:11:11 chr4 17586703 . T C 619.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298859;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.549;QD=61.9715;RBI=0.0048781;REFB=0;REVB=0.00385541;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279313;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr4 17627294 . A G 622.82 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.825;QD=60.7631;RBI=0.0215255;REFB=0;REVB=-0.00671728;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489353;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:11:30:0:0 chr4 17627332 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=358.371;QD=53.3624;RBI=0.0211294;REFB=0.0433141;REVB=0.0138303;RO=1;SAF=23;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01983;STB=0.510631;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000599869;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:6:23:1:0:6:23:1:0 chr4 17634213 . A G 997.9 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2065;QD=58.6998;RBI=0.118694;REFB=0;REVB=0.105937;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145463;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:35:30:0:0:38:30:0:0 chr4 17660082 . C T 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4794;QD=62.6642;RBI=0.063202;REFB=0;REVB=0.0488588;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903937;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr4 17694943 . A G 619.88 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1743;QD=59.0363;RBI=0.0344177;REFB=0.0456743;REVB=-0.00468955;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00122865;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr4 17711076 . T C 455.01 PASS AF=0.347561;AO=57;DP=164;FAO=57;FDP=164;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0275723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.217;QD=11.0977;RBI=0.0306256;REFB=-0.0109212;REVB=-0.0133302;RO=107;SAF=32;SAR=25;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117742;STB=0.567377;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0225154;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:107:107:57:57:0.347561:25:32:49:58:25:32:49:58 chr4 17818885 . T C 677.35 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317709;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.804;QD=63.0097;RBI=0.057251;REFB=0;REVB=0.0476266;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031799;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr4 19183454 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.03419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.471;QD=20.2097;RBI=0.0397703;REFB=0.00273797;REVB=-0.0203155;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.571322;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00185463;OID=.;OPOS=19183454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:3:7:7:6:3:7 chr4 20520993 . T C 600.46 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.011263;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1559;QD=46.1892;RBI=0.0182207;REFB=-0.0097039;REVB=-0.0143227;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.506699;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0503938;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:52:2:5:45:45:0.865385:20:25:1:1:21:24:3:2 chr4 20709411 . C T 72.2 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00489911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.038;QD=22.2161;RBI=0.00490361;REFB=-0.0381709;REVB=-0.000210039;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144485;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00750316;OID=.;OPOS=20709411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:13:4:4:8:9:0.692308:4:4:1:3:4:5:1:3 chr4 20733708 . C A,CA 97.41 PASS AF=0,0.571429;AO=2,12;DP=33;FAO=0,16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=0,7;FSAR=0,9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0157308,0.0375415;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=270.513,11.901;QD=13.9159;RBI=0.0211403,0.105352;REFB=0.000479687,0.0322848;REVB=-0.0141228,-0.0984359;RO=17;SAF=0,5;SAR=2,7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.594792,-0.226981;STB=0.5,0.562422;STBP=1,0.48;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0217345;OID=.,.;OPOS=20733708,20733709;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:33:28:17:12:2,12:0,16:0,0.571429:2,7:0,5:11:6:0,9:0,7:7:5 chr4 20852166 . A G 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0049835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.494;QD=25.6506;RBI=0.0298234;REFB=-0.00420972;REVB=0.029404;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11158;STB=0.561749;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0015353;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:12:6:12:13:12:6 chr4 20852244 . A G 360.23 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0467667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.604;QD=32.0205;RBI=0.0467716;REFB=0.00690147;REVB=0.000672741;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124508;STB=0.544349;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00213834;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:15:30:30:0.666667:16:14:9:4:16:14:9:6 chr4 21950259 . A G 3113.56 PASS AF=1;AO=171;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.782;QD=62.9001;RBI=0.0784763;REFB=0;REVB=0.0398767;RO=0;SAF=62;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201223;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:171:198:1:109:62:0:0:130:68:0:0 chr4 22416195 . C G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9213;QD=57.175;RBI=0.101226;REFB=0;REVB=0.0836376;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106266;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr4 22439914 . A C 1594.85 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110699;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.196;QD=60.1831;RBI=0.0156128;REFB=0;REVB=0.0110099;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99078e-05;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr4 22444692 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.776;QD=48.7373;RBI=0.0174497;REFB=0;REVB=0.00857966;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41683e-05;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr4 22457478 . C T 1044.15 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.36;QD=59.6657;RBI=0.040029;REFB=0;REVB=0.00437525;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286428;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr4 22517293 . G T 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3235;QD=24.3245;RBI=0.0432242;REFB=-0.0313265;REVB=-0.0432242;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0577697;OID=.;OPOS=22517293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chr4 22820504 . A T 712.19 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0364891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.831;QD=52.7547;RBI=0.0392752;REFB=-0.138848;REVB=-0.0145289;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037631;STB=0.519992;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00103861;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:51:52:0.962963:24:27:0:2:24:28:0:2 chr4 23815924 . T C 458.95 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0132883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.588;QD=20.8612;RBI=0.0270545;REFB=-0.0101476;REVB=0.0235663;RO=43;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24018;STB=0.632789;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0157356;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:28:17:28:15:28:17:28:15 chr4 24801354 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.6;QD=33.4285;RBI=0.0339438;REFB=0;REVB=0.00479746;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486319;OID=.;OPOS=24801354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr4 24802323 . G C 481.78 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0219916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.415;QD=53.531;RBI=0.0501596;REFB=-0.173508;REVB=0.0450817;RO=2;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373831;STB=0.519988;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00150508;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:24:10:0:2:24:10:0:2 chr4 25001439 . T C 1390.13 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0177454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7382;QD=55.0547;RBI=0.0262975;REFB=0.059614;REVB=0.0194077;RO=2;SAF=52;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01789;STB=0.501436;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0115967;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:2:4:97:97:0.960396:45:52:2:0:45:52:2:2 chr4 25005193 . G A 769.22 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.95;QD=56.9789;RBI=0.00887845;REFB=0;REVB=-0.000802913;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46335e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr4 25032135 . C T 114.73 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0168385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.603;QD=10.4297;RBI=0.0171683;REFB=-0.0128252;REVB=-0.00334905;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128951;STB=0.576171;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0258601;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:4:10:24:6:4:10:24:6 chr4 25253995 . C T 206.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00162944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.117;QD=17.2433;RBI=0.0129995;REFB=0.00330965;REVB=-0.012897;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160798;STB=0.592498;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00422117;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:5:16:17:10:5:16:17:10 chr4 25315754 . G C 82.06 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.015531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7288;QD=9.9471;RBI=0.0257606;REFB=-0.0117357;REVB=-0.0205523;RO=10;SAF=7;SAR=0;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.709885;STB=0.650002;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0336647;OID=.;OPOS=25315754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:33:33:10:22:7:11:0.333333:0:7:9:1:4:7:9:13 chr4 25363901 . T A 991.78 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0470148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.727;QD=57.4947;RBI=0.0594435;REFB=-0.0973905;REVB=0.0363749;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165801;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00222593;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:40:28:1:0:40:28:1:0 chr4 25371399 . C T 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0102309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.771;QD=12.4014;RBI=0.0105086;REFB=-0.0174725;REVB=-0.00239983;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209485;STB=0.622079;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0149418;OID=.;OPOS=25371399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:9:20:8:8:9:20 chr4 25371460 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00596816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.607;QD=12.9218;RBI=0.00882122;REFB=-0.0107407;REVB=-0.00649576;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045729;STB=0.526292;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0124672;OID=.;OPOS=25371460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:14:20:12:10:14:20 chr4 25678199 . A G 289.92 PASS AF=0.590909;AO=24;DP=42;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0083837;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4732;QD=26.3567;RBI=0.0463797;REFB=-0.0569368;REVB=-0.0456157;RO=17;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221205;STB=0.504421;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0605799;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:17:18:24:26:0.590909:7:17:12:5:7:19:13:5 chr4 25760693 . A G 699.8 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00122763;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.582;QD=57.1262;RBI=0.0106718;REFB=-0.128133;REVB=0.0106009;RO=3;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531385;STB=0.52829;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00293579;OID=.;OPOS=25760693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:25:21:0:3:25:21:0:3 chr4 25915648 . G A 152.87 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0165695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.056;QD=22.647;RBI=0.0197766;REFB=-0.0220768;REVB=0.0107967;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163157;STB=0.599867;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0177393;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:15:16:0.592593:11:4:5:6:12:4:5:6 chr4 25915858 . C A 350.43 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0023943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.844;QD=25.9575;RBI=0.0626057;REFB=-0.0279687;REVB=0.0625599;RO=20;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889466;STB=0.543354;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0153905;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:20:33:34:0.62963:14:19:14:6:14:20:14:6 chr4 26274274 . T A 281.31 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0193764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.309;QD=21.2312;RBI=0.0387998;REFB=-0.0503725;REVB=-0.0336151;RO=24;SAF=21;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204215;STB=0.613952;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00487257;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:8:21:12:12:8:21:12:12 chr4 26417136 . T C 143.08 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0872885;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4522;QD=13.9591;RBI=0.0957503;REFB=0.00060986;REVB=0.0393553;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110852;STB=0.542322;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00388595;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:25:16:16:0.390244:12:4:4:19:12:4:5:20 chr4 26673761 . T A,TA 1867.85 PASS AF=0.992647,0.00735294;AO=81,14;DP=136;FAO=135,1;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67,1;FSAR=68,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219358,-0.135782;FXX=0.00729874;HRUN=9,2;LEN=1,1;MLLD=26.2276,15.9384;QD=54.9368;RBI=0.0948019,0.137038;REFB=0,0;REVB=0.0922292,-0.0185155;RO=10;SAF=43,5;SAR=38,9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0352559,-0.252219;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00434301,-0.0971563;OID=.,.;OPOS=26673761,26673762;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:136:136:10:0:81,14:135,1:0.992647,0.00735294:38,9:43,5:7:3:68,0:67,1:0:0 chr4 26673787 . A G 2986.69 PASS AF=0.980296;AO=198;DP=203;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=120;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0581042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.609;QD=58.8511;RBI=0.058584;REFB=-0.0976668;REVB=0.00748256;RO=1;SAF=79;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059905;STB=0.512344;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000320297;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:203:203:1:4:198:199:0.980296:119:79:1:0:120:79:4:0 chr4 27004011 . G A 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.847;QD=62.6634;RBI=0.0330555;REFB=0;REVB=-0.00349243;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517389;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr4 28712912 . C G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1225;QD=57.1996;RBI=0.015595;REFB=0;REVB=0.00920782;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71042e-05;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr4 28712968 . A G 669.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3515;QD=62.3249;RBI=0.0370403;REFB=0;REVB=0.0346117;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444183;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr4 30725696 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0239862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.8;QD=14.6525;RBI=0.0279822;REFB=-0.0131505;REVB=-0.0144105;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474419;STB=0.77699;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0112523;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:0:5:2:4:0:5 chr4 30725987 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00287807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.335;QD=13.9482;RBI=0.00480062;REFB=-0.023248;REVB=0.00384222;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216111;STB=0.625866;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0189203;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:12:15:6:11:12:15 chr4 34967877 . T C 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000512474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.04;QD=22.1877;RBI=0.00927706;REFB=-0.0247508;REVB=-0.00926289;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335303;STB=0.518779;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0242921;OID=.;OPOS=34967877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:7:11:12:9:7:11 chr4 36081878 . C T 726.38 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.143;QD=56.9712;RBI=0.106785;REFB=0;REVB=0.00734095;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029947;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:32:16:0:0:34:17:0:0 chr4 36163128 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00187556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.89;QD=17.0703;RBI=0.0164335;REFB=-0.00911334;REVB=0.0163261;RO=35;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278616;STB=0.656949;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0121025;OID=.;OPOS=36163128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:22:9:20:15:22:9:20:15 chr4 36258197 . T C 3253.68 PASS AF=0.981567;AO=211;DP=216;FAO=213;FDP=217;FR=.;FRO=4;FSAF=121;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00420971;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.7;QD=59.9757;RBI=0.0306659;REFB=-0.173864;REVB=0.0303755;RO=3;SAF=121;SAR=90;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156114;STB=0.510637;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00138235;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:216:217:3:4:211:213:0.981567:90:121:0:3:92:121:0:4 chr4 36292018 . T A 854.05 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2171;QD=56.003;RBI=0.0280445;REFB=-0.0647981;REVB=0.0220062;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122592;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00108704;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:38:22:0:1:38:22:0:1 chr4 37593173 . G A 282.63 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00253586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.844;QD=28.9871;RBI=0.0218424;REFB=-0.0366722;REVB=-0.0216947;RO=14;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790526;STB=0.543444;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0177415;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:15:10:4:10:15:10:4:10 chr4 37612486 . T A 748.57 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.759;QD=63.7081;RBI=0.0453487;REFB=0;REVB=0.0444562;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166845;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:20:27:0:0 chr4 37612569 . A G 261.59 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0225432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0212;QD=14.7372;RBI=0.0528942;REFB=-0.0147484;REVB=-0.0478498;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175886;STB=0.593158;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0255769;OID=.;OPOS=37612569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:29:30:0.422535:11:18:18:22:12:18:18:23 chr4 37612732 . A AAAG 99.35 PASS AF=0.361111;AO=6;DP=39;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0365595;FXX=0;HRUN=8;LEN=3;MLLD=273.419;QD=11.0386;RBI=0.0405451;REFB=-0.00770127;REVB=0.0175302;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284333;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.0167837;OID=.;OPOS=37612733;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:6:39:13:36:23:8:5:10:13:99:26:4:2:11:15 chr4 37903756 . T C 694.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9229;QD=61.7322;RBI=0.103976;REFB=0;REVB=-0.0805805;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207041;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr4 37904082 . T C 118.49 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0273553;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3219;QD=12.4728;RBI=0.0302943;REFB=-0.00151322;REVB=0.0130166;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00874623;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:12:12:7:7:12:12 chr4 37962186 . G C 463.27 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9835;QD=57.9092;RBI=0.0149154;REFB=0;REVB=0.00619703;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161223;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:29:32:1:10:19:0:0:11:21:0:0 chr4 38016395 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.97;QD=58.1421;RBI=0.0339915;REFB=0;REVB=0.00625746;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2125e-05;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr4 38023302 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.001002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.405;QD=13.631;RBI=0.0366963;REFB=0.00166785;REVB=0.0366826;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47841;STB=0.791595;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00114803;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:5:4:7:1:5:4 chr4 38062233 . T A 184.69 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0143873;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.123;QD=17.1804;RBI=0.0173138;REFB=-0.0100996;REVB=0.00963199;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110079;STB=0.583855;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0283095;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:24:19:19:0.44186:10:9:13:9:10:9:15:9 chr4 38062263 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0175628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9217;QD=22.908;RBI=0.023028;REFB=0.00326473;REVB=0.0148942;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127573;STB=0.57136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00599647;OID=.;OPOS=38062263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:7:10:9:12:7:10 chr4 38138856 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0164425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.892;QD=16.8247;RBI=0.0219542;REFB=-0.0260718;REVB=0.0145475;RO=28;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332542;STB=0.69284;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0323027;OID=.;OPOS=38138856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:17:4:13:15:17:4:13:15 chr4 38139024 . C T 168.7 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00647758;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.471;QD=15.336;RBI=0.0383025;REFB=-0.0229794;REVB=0.0377508;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116022;STB=0.567488;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0384196;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:4:14:18:8:4:14:18:8 chr4 38258908 . G T 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6586;QD=60.5941;RBI=0.0611546;REFB=0;REVB=0.0507329;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279894;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr4 38259004 . C CG 338.23 PASS AF=1;AO=7;DP=31;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502777;FXX=0.0714031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.592;QD=52.0357;RBI=0.014828;REFB=0;REVB=0.0139496;RO=23;SAF=7;SAR=0;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.720582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000287447;OID=.;OPOS=38259005;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:31:26:26:0:18:8:0:0:4:23:7:0:12:11 chr4 38259005 . T G 264.64 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.012584;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=106.995;QD=34.1465;RBI=0.0216948;REFB=-0.0811862;REVB=0.0176721;RO=8;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168739;STB=0.591991;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00109356;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:31:31:8:8:23:23:0.741935:11:12:7:1:11:12:7:1 chr4 38259310 . T C 410.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8546;QD=56.6871;RBI=0.127283;REFB=0;REVB=0.0286545;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194281;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr4 38268871 . C T 582.68 PASS AF=0.388571;AO=68;DP=175;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=0.013495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0971;QD=13.3183;RBI=0.0162528;REFB=-0.0120102;REVB=-0.00905764;RO=107;SAF=29;SAR=39;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243882;STB=0.513768;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0171731;OID=.;OPOS=38268871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:107:107:68:68:0.388571:39:29:48:59:39:29:48:59 chr4 38628725 . C T 124.76 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0330054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1567;QD=17.8228;RBI=0.0356177;REFB=-0.0582723;REVB=0.0133889;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623504;STB=0.535663;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0346246;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:8:6:7:7:8:6 chr4 38690459 . TAAAAAAA TAAAAAAC,TAAAAAA,TAAAAA 124.14 PASS AF=0.0217391,0.369565,0.173913;AO=2,13,5;DP=46;FAO=1,17,8;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=1,13,6;FSAR=0,4,2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0453629,-0.157885,-0.0813097;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=92.9324,8.5124,16.3836;QD=10.7945;RBI=0.0456285,0.219639,0.114352;REFB=-0.0119786,-0.112863,-0.0585912;REVB=0.00491575,0.152687,0.080406;RO=21;SAF=2,11,3;SAR=0,2,2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.535809,0.490583,0.197248;STB=0.990628,0.688807,0.721649;STBP=0.265,0.051,0.175;TYPE=snp,del,del;VARB=0.165374,0.0874538,-0.020035;OID=.,.,.;OPOS=38690466,38690460,38690460;OREF=A,A,AA;OALT=C,-,-;OMAPALT=TAAAAAAC,TAAAAAA,TAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0217391,0.369565,0.173913:2,13,5:46:1,17,8:46:20:1,13,6:0,4,2:9:11:51:21:2,11,3:0,2,2:9:12 chr4 38700169 . G C 87.44 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00178647;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.51;QD=10.5985;RBI=0.00465736;REFB=-0.0133827;REVB=-0.0043011;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178214;STB=0.590003;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0185874;OID=.;OPOS=38700169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:34:33:21:22:11:11:0.333333:5:6:8:13:5:6:9:13 chr4 38702437 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.647;QD=62.6703;RBI=0.0170814;REFB=0;REVB=-0.00824235;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68796e-05;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr4 38774785 . A G 164.59 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0123954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.872;QD=14.0076;RBI=0.0128331;REFB=-0.00207031;REVB=-0.0033233;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774132;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00867806;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:15:14:10:8:15:14 chr4 38775040 . A G 226.07 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0441794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3019;QD=17.0617;RBI=0.0483794;REFB=-0.0155131;REVB=0.0197168;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392589;STB=0.522166;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0168216;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:10:18:17:8:10:18 chr4 38775639 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0229833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.952;QD=13.4417;RBI=0.0245289;REFB=0.00250104;REVB=-0.0085694;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00355708;OID=.;OPOS=38775639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:8:5:3:7:8:5 chr4 38776107 . T G 435.67 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.134;QD=54.4584;RBI=0.0142723;REFB=-0.0963849;REVB=0.00310139;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.538436;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000970799;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:25:6:0:0:25:6:1:0 chr4 38776180 . C A 114.95 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0267936;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3652;QD=27.0478;RBI=0.0485499;REFB=-0.0397357;REVB=-0.0404869;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119488;STB=0.566903;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0181283;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:1:4:7:5:1:4 chr4 38776235 . A G 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.028424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.139;QD=24.0261;RBI=0.0352588;REFB=-0.0553626;REVB=0.0208628;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127549;STB=0.54539;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0333285;OID=.;OPOS=38776235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:7:8:14:14:0.636364:7:7:2:5:7:7:3:5 chr4 38776303 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0457242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.6885;QD=7.62811;RBI=0.0458583;REFB=-0.0269948;REVB=-0.0035051;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299924;STB=0.51882;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0469458;OID=.;OPOS=38776303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:8:12:5:3:8:12 chr4 38776320 . C T 199.38 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0127998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.353;QD=27.5006;RBI=0.0279233;REFB=0.00499764;REVB=-0.0248168;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109095;STB=0.560377;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00384936;OID=.;OPOS=38776320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:3:7:10:9:3:7 chr4 38776491 . T G 613.98 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0219668;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.343;QD=57.1139;RBI=0.0244994;REFB=-0.132059;REVB=0.0108481;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.522716;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000966626;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:1:2:41:41:0.953488:20:21:1:0:20:21:2:0 chr4 38776725 . C A 196.76 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00519974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4278;QD=21.2717;RBI=0.0397088;REFB=-0.00444947;REVB=-0.0393669;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592254;STB=0.522705;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00303761;OID=.;OPOS=38776725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:8:11:11:6:8:12:11:6 chr4 38777059 . C T 205.26 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00370228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5722;QD=14.6611;RBI=0.046758;REFB=-0.0176439;REVB=0.0466112;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675675;STB=0.548152;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.018095;OID=.;OPOS=38777059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:10:14:16:15:10:14:16:16 chr4 38777173 . A T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.782;QD=57.1766;RBI=0.0365181;REFB=0;REVB=-0.0246396;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62058e-06;OID=.;OPOS=38777173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr4 38777236 . T G 489.98 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0965015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.869;QD=55.9981;RBI=0.0987092;REFB=-0.000185428;REVB=0.0207596;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000453236;OID=.;OPOS=38777236;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr4 38798515 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0114265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.8;QD=22.1442;RBI=0.0123337;REFB=-0.0312487;REVB=-0.00464278;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148936;STB=0.583241;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0230142;OID=.;OPOS=38798515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:10:3:7:10:10:3 chr4 38798648 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.036;QD=56.7066;RBI=0.0164109;REFB=0;REVB=-0.00327409;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92649e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr4 38798935 . C T 61.53 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0592341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.398;QD=18.9316;RBI=0.0619908;REFB=-0.0119518;REVB=-0.0182808;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276405;STB=0.659985;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0128909;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:1:4:3:5:1:4 chr4 38799710 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00752959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.7356;QD=16.4266;RBI=0.0103304;REFB=-0.0168593;REVB=0.00707267;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495356;STB=0.788919;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0362995;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:8:3:9:2:8:3 chr4 38800323 . A G 534.92 PASS AF=0.504425;AO=51;DP=109;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00309859;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.482;QD=18.9353;RBI=0.0124934;REFB=-0.0125915;REVB=-0.012103;RO=54;SAF=30;SAR=21;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310641;STB=0.513797;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.014481;OID=.;OPOS=38800323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:54:56:51:57:0.504425:21:30:30:24:26:31:32:24 chr4 38829320 . C A 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0309796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2432;QD=20.5993;RBI=0.0747816;REFB=-0.0248635;REVB=-0.0680628;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167062;STB=0.593579;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0206379;OID=.;OPOS=38829320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:14:5:9:11:14:5 chr4 38830350 . A G 782.77 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.762;QD=63.8994;RBI=0.0966212;REFB=0;REVB=0.0423915;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176003;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr4 38937372 . T C 599.77 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000414685;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2655;QD=61.5153;RBI=0.00460562;REFB=0;REVB=-0.00458692;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632215;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr4 38995374 . T C 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0151473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.734;QD=12.9136;RBI=0.0152747;REFB=-0.00740397;REVB=-0.00196911;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277175;STB=0.659207;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0116278;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:16:8:22:15:16:8:22:15 chr4 39064162 . A C,T 791.48 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=53,3;DP=57;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553976,-7.83273e-05;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.1267,211.289;QD=56.5341;RBI=0.0157372,0.0298972;REFB=0,0;REVB=0.0147299,-0.0298971;RO=0;SAF=39,1;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00257554,0.0333986;OID=.,.;OPOS=39064162,39064162;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:56:0:0:53,3:53,3:0.946429,0.0535714:14,2:39,1:0:0:14,2:39,1:0:0 chr4 39094738 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.288;QD=59.018;RBI=0.0263483;REFB=0;REVB=0.0168695;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15252e-05;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr4 39299266 . A G 169.8 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0204499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.877;QD=25.156;RBI=0.0720081;REFB=-0.0349934;REVB=0.0690433;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125498;STB=0.570092;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0169767;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:6:4:10:7:6:4 chr4 39302029 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0110258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.45;QD=15.1604;RBI=0.0122449;REFB=0.00225448;REVB=0.00532636;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.509987;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0049359;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:12:10:7:9:12:10 chr4 39303925 . A G 222.3 PASS AF=0.375;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0192328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.408;QD=12.3499;RBI=0.0241288;REFB=-0.0114874;REVB=-0.0145704;RO=45;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679784;STB=0.523741;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0161607;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:45:26:27:0.375:10:16:25:20:11:16:25:20 chr4 39448542 . C G 152.39 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.264;QD=40.6379;RBI=0.033519;REFB=-0.0126915;REVB=0.0145347;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00070306;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:13:14:0.933333:7:6:1:0:7:7:1:0 chr4 39450229 . C A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0145301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.9;QD=10.5415;RBI=0.0190068;REFB=-0.00261209;REVB=-0.012253;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415257;STB=0.74429;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00779034;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:5:16:4:7:5:16 chr4 39458051 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.472;QD=59.4345;RBI=0.0655208;REFB=0;REVB=0.0619342;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269215;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 39459724 . T C 1241.63 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016418;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.477;QD=60.5672;RBI=0.0350843;REFB=-0.000272999;REVB=0.0310057;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011691;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000144128;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:0:1:40:41:0:1 chr4 39460490 . C G 188.67 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00612591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.876;QD=9.09246;RBI=0.0233508;REFB=-0.00908814;REVB=-0.022533;RO=58;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151486;STB=0.589403;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0241014;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:11:14:25:33:11:14:25:33 chr4 39460797 . G A 67.83 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0358791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8653;QD=14.2805;RBI=0.141845;REFB=-0.0330295;REVB=0.137232;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265087;STB=0.651894;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0981286;OID=.;OPOS=39460797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:9:1:3:6:9:1 chr4 39463903 . C A 367.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.125123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.688;QD=19.0757;RBI=0.125126;REFB=-0.023282;REVB=0.000939778;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0145493;OID=.;OPOS=39463903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:38:38:0.493506:25:13:13:25:25:13:14:25 chr4 39472842 . T A 94.58 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000401756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.394;QD=21.0172;RBI=0.0123233;REFB=-0.0418475;REVB=-0.0123168;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0197731;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr4 39501086 . G A 114.07 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0873643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4599;QD=18.2506;RBI=0.0938857;REFB=0.0193457;REVB=0.0343802;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156207;STB=0.526276;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0243224;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:25:25:10:12:13:13:0.52:5:8:8:2:5:8:8:4 chr4 39510264 . A G 594.07 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.714;QD=60.9306;RBI=0.029638;REFB=0;REVB=0.00113416;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82507e-05;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr4 39515736 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7227;QD=60.6083;RBI=0.0606267;REFB=0;REVB=0.0606073;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070875;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr4 39515806 . TAAAAAGA T 30.03 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0615623;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=7;MLLD=214.976;QD=4.61965;RBI=0.0615648;REFB=0.000197929;REVB=-0.000558919;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157903;STB=0.72495;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.000590535;OID=.;OPOS=39515807;OREF=AAAAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:5:26:6:26:20:1:5:8:12:30:13:1:4:4:9 chr4 39921942 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00479535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.848;QD=14.1699;RBI=0.0198684;REFB=-0.00740512;REVB=0.019281;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368393;STB=0.681502;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00751815;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:9:10:0.454545:5:4:10:2:5:5:10:2 chr4 40121562 . G A 727.57 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.48;QD=57.0639;RBI=0.0519702;REFB=0;REVB=-0.0460982;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53337e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:15:36:0:0 chr4 40337566 . C T 418.4 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.564;QD=53.9874;RBI=0.016487;REFB=-0.181762;REVB=0.00917456;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0022848;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:12:18:0:0:12:18:0:1 chr4 40337908 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.937;QD=57.1764;RBI=0.019797;REFB=0;REVB=0.0101621;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06921e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr4 40356422 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.597;QD=53.9106;RBI=0.0192596;REFB=0;REVB=0.010639;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194865;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr4 40428010 . T C 790.44 PASS AF=0.768293;AO=62;DP=83;FAO=63;FDP=82;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00564272;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.034;QD=38.5582;RBI=0.0180997;REFB=-0.0356553;REVB=0.0171976;RO=18;SAF=25;SAR=37;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626306;STB=0.506892;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00887827;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:18:19:62:63:0.768293:37:25:7:11:38:25:7:12 chr4 40438576 . A G 571.83 PASS AF=0.517544;AO=56;DP=112;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0242393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.112;QD=20.0641;RBI=0.0242394;REFB=-0.0135557;REVB=-2.6871e-05;RO=55;SAF=28;SAR=28;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122549;STB=0.577614;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0116836;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:55:55:56:59:0.517544:28:28:20:35:28:31:20:35 chr4 40440215 . T C 425.14 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00868497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.379;QD=24.2938;RBI=0.0142592;REFB=-0.040215;REVB=-0.0113091;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407269;STB=0.522335;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0228973;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:19:22:14:15:19:22:14:15 chr4 40778146 . C T 309.51 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0158775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.36;QD=16.0784;RBI=0.0160802;REFB=-0.0151036;REVB=-0.00254525;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409676;STB=0.523039;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0211035;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:14:20:27:16:14:20:27:16 chr4 40778162 . T G 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0131322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.369;QD=15.1533;RBI=0.0140307;REFB=-0.0184446;REVB=0.00494011;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611951;STB=0.534537;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0237416;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:13:19:28:15:13:19:28:15 chr4 40810747 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.831;QD=54.481;RBI=0.0147394;REFB=0.0389416;REVB=-0.00910487;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000400421;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:0:1:11:20:0:1 chr4 40870972 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0123751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.815;QD=10.5421;RBI=0.0207884;REFB=-0.00267053;REVB=-0.0167037;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229478;STB=0.636635;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00677563;OID=.;OPOS=40870972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:14:7:6:5:14:7 chr4 41015823 . G A 128.34 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.066954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0868;QD=6.93737;RBI=0.0670274;REFB=-0.00757506;REVB=0.00313586;RO=55;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409473;STB=0.525014;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0161926;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:13:6:19:36:13:6:19:36 chr4 41015899 . C T 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.072;QD=56.997;RBI=0.0368081;REFB=0;REVB=0.0365668;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47935e-05;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr4 41258970 . A G 325.41 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00661468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7028;QD=22.4421;RBI=0.0296219;REFB=-0.0537441;REVB=-0.0288739;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138567;STB=0.583717;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0333466;OID=.;OPOS=41258970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:33:33:0.568966:17:16:16:8:17:16:17:8 chr4 41258978 . C T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00321769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.607;QD=19.2766;RBI=0.0174556;REFB=-0.00347432;REVB=-0.0171565;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12181;STB=0.566395;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00407383;OID=.;OPOS=41258978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:33:34:34:0.507463:18:16:19:12:18:16:20:13 chr4 41259633 . C A 162.43 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00236244;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.238;QD=18.0475;RBI=0.0573078;REFB=-0.0333857;REVB=0.0572591;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342104;STB=0.69211;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0431888;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:16:3:9:8:16:3 chr4 41634859 . C T 244.07 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.021237;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.262;QD=21.6954;RBI=0.0238691;REFB=-0.0140534;REVB=0.0108959;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680693;STB=0.538112;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0417466;OID=.;OPOS=41634859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:7:15:14:9:7:15 chr4 41672759 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.584;QD=57.6806;RBI=0.00514878;REFB=0;REVB=-0.00436505;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78773e-06;OID=.;OPOS=41672759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr4 41673604 . T C 1458.11 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00720562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.948;QD=57.1808;RBI=0.00795921;REFB=0.00914461;REVB=-0.00338053;RO=2;SAF=50;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185937;STB=0.509613;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=1.72198e-06;OID=.;OPOS=41673604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:2:2:99:100:0.980392:49:50:2:0:49:51:2:0 chr4 41701247 . CA TG 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349881;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.224;QD=59.4356;RBI=0.036769;REFB=0;REVB=-0.0113046;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.80834e-05;OID=.;OPOS=41701247;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr4 41746857 . AGGGGGA AGGGG,AGGGGA 49.31 PASS AF=0.103448,0.275862;AO=5,8;DP=30;FAO=3,8;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2,2;FSAR=1,6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.192108,-0.0802461;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.2887,14.6603;QD=6.80146;RBI=0.203685,0.0821353;REFB=-0.00253956,-0.0763731;REVB=0.0676911,-0.0175151;RO=13;SAF=4,1;SAR=1,7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0.37037,0.37037;SSEP=0,0;SSSB=0.456697,-0.376558;STB=0.725861,0.613332;STBP=0.468,0.496;TYPE=del,del;VARB=0.0902529,0.0771696;OID=.,.;OPOS=41746862,41746858;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.103448,0.275862:5,8:30:3,8:29:18:2,2:1,6:7:11:26:13:4,1:1,7:5:8 chr4 41749668 . C T 1559.16 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0477564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.718;QD=57.7467;RBI=0.0514327;REFB=-0.126414;REVB=0.0190959;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509614;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000518671;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:0:2:106:106:0.981481:55:51:0:0:55:51:2:0 chr4 41984118 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.591;QD=62.0219;RBI=0.0258763;REFB=0;REVB=0.0173979;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127843;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 41985101 . A G 2344.59 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.156;QD=60.8984;RBI=0.0735016;REFB=0;REVB=0.0330904;RO=0;SAF=67;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198673;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:87:67:0:0:87:67:0:0 chr4 41985478 . A G 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.617;QD=60.972;RBI=0.00618876;REFB=0;REVB=0.00420796;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10351e-05;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr4 41985689 . C T 723.33 PASS AF=1;AO=27;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.261738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.398;QD=62.8982;RBI=0.272499;REFB=0;REVB=-0.0758229;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297773;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:27:46:1:19:8:0:0:19:27:0:0 chr4 41986857 . A G 1051.42 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3981;QD=58.412;RBI=0.0571717;REFB=-0.123969;REVB=0.0370561;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269646;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:1:0:70:72:1:36:34:0:1:38:34:0:0 chr4 41987892 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.146;QD=56.9382;RBI=0.0200929;REFB=0;REVB=0.0194385;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03879e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 566.94 PASS AF=0,1;AO=5,31;DP=38;FAO=0,38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124613,-0.00833999;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=145.834,174.266;QD=59.6779;RBI=0.0133265,0.0114225;REFB=0,0;REVB=0.00472334,0.00780499;RO=0;SAF=3,14;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,6.6396e-07;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,31:38:0,38:38:0:0,18:0,20:0:0:4:0:3,14:2,17:0:0 chr4 41992677 . C G 2853.68 PASS AF=0.994595;AO=183;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0736427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0759;QD=61.7013;RBI=0.0938811;REFB=-0.109586;REVB=0.0582272;RO=0;SAF=93;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05186e-08;STB=0.502645;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00123112;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:185:185:0:1:183:184:0.994595:90:93:0:0:90:94:1:0 chr4 42003671 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.381;QD=63.8703;RBI=0.0247103;REFB=0;REVB=0.0234004;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.302e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr4 42020142 . A G 1502.67 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6204;QD=57.2445;RBI=0.0610367;REFB=-0.0935004;REVB=0.0561127;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00151144;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:0:1:102:104:0.990476:65:37:0:0:67:37:0:1 chr4 42022464 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.975;QD=57.2022;RBI=0.04551;REFB=0;REVB=0.0157393;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124462;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr4 42457545 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0444257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1739;QD=11.0861;RBI=0.0606751;REFB=-0.00875814;REVB=-0.0413258;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688201;STB=0.540921;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0180537;OID=.;OPOS=42457545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:10:15:7:6:10:15 chr4 42629038 . C T 533.37 PASS AF=0.549451;AO=47;DP=90;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00101384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5409;QD=23.4449;RBI=0.00727169;REFB=0.00223586;REVB=0.00720067;RO=40;SAF=29;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582504;STB=0.519938;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0026176;OID=.;OPOS=42629038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:41:47:50:0.549451:18:29:22:18:21:29:22:19 chr4 44295839 . G A 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000461462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.699;QD=64.1506;RBI=0.00720741;REFB=0;REVB=0.00719263;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06612e-05;OID=.;OPOS=44295839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr4 44626641 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.638;QD=59.4356;RBI=0.0505684;REFB=0;REVB=0.0346186;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37335e-05;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr4 44652030 . C T 429.24 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00160779;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.373;QD=16.6695;RBI=0.0625924;REFB=-0.00859271;REVB=-0.0625717;RO=56;SAF=17;SAR=30;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121926;STB=0.568201;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0115678;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:56:47:47:0.456311:30:17:27:29:30:17:27:29 chr4 44680718 . GCCCCGG GCC,GCCC,GCCCG,GCCCGG 339.6 PASS AF=0,0,1,0;AO=10,5,7,9;DP=39;FAO=0,0,38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,32,0;FSAR=0,0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292881,0.0519563,-0.0465417,-0.499605;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=4,3,2,1;MLLD=15.8173,11.1063,15.5818,8.69131;QD=35.747;RBI=0.115317,0.137003,0.214826,0.542742;REFB=-0.0747391,-0.0716956,-0.0588253,-0.0271228;REVB=0.111536,0.126769,0.209723,0.212048;RO=1;SAF=10,5,3,9;SAR=0,0,4,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.819712,0.767767,0.0971198,0.81244;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0593095,0,0.00362417,0;OID=.,.,.,.;OPOS=44680721,44680722,44680722,44680719;OREF=CCGG,CGG,CG,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GCC,GCCC,GCCCG,GCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:10,5,7,9:39:0,0,38,0:38:0:0,0,32,0:0,0,6,0:0:0:6:1:10,5,3,9:0,0,4,0:0:1 chr4 44684438 . A G 111.52 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0584793;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.582;QD=14.8698;RBI=0.0586763;REFB=-0.00923817;REVB=-0.00480474;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864194;STB=0.549927;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0176582;OID=.;OPOS=44684438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:4:13:9:4:4:13 chr4 44696527 . A G 273.59 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0359002;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5578;QD=23.7904;RBI=0.0391497;REFB=-0.00381801;REVB=0.0156164;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215247;STB=0.620339;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00465247;OID=.;OPOS=44696527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:17:8:12:9:17:8:12:9 chr4 44704757 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.163;QD=62.6711;RBI=0.0310581;REFB=0;REVB=0.0068338;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68418e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr4 46314593 . T C 339.62 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=75;FAO=33;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0132667;FXX=0.0266631;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.795;QD=18.6092;RBI=0.0281332;REFB=-0.0114633;REVB=-0.0248087;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399836;STB=0.530368;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0114846;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:26:33:31:33:0.452055:14:17:13:13:15:18:16:17 chr4 46334702 . A G 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.077215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8236;QD=22.5819;RBI=0.0800767;REFB=0.00319968;REVB=-0.0212163;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280348;STB=0.657019;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00417844;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:9:15:8:18:9:15 chr4 47034626 . C G 1048.67 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.957;QD=58.2594;RBI=0.0730203;REFB=-0.161268;REVB=0.0701595;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178383;STB=0.509431;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000396689;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:26:45:0:1:26:45:0:1 chr4 47322190 . T C 278.99 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3114;QD=48.5201;RBI=0.0288484;REFB=-0.0968108;REVB=0.0265153;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0053944;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:0:1:13:9:0:1 chr4 47428305 . G A 499.45 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00644194;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.498;QD=21.2532;RBI=0.00986019;REFB=0.000594504;REVB=-0.0074649;RO=47;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849934;STB=0.54135;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.000617472;OID=.;OPOS=47428305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:46:48:48:0.510638:20:28:23:24:20:28:23:23 chr4 47560015 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8935;QD=60.6091;RBI=0.0143046;REFB=0;REVB=-0.0100728;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185335;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr4 47560163 . C A 1444.44 PASS AF=0.961905;AO=99;DP=104;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0068599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.445;QD=55.0262;RBI=0.0317996;REFB=-0.0812526;REVB=-0.0310509;RO=4;SAF=47;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202839;STB=0.510878;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00290012;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:105:4:4:99:101:0.961905:52:47:3:1:54:47:3:1 chr4 47561009 . C T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0189197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0267;QD=5.69612;RBI=0.0434562;REFB=-0.00440124;REVB=-0.0391215;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303525;STB=0.691927;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0156341;OID=.;OPOS=47561009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:10:23:4:5:10:23 chr4 47589203 . G A 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00129732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.781;QD=12.8068;RBI=0.00750902;REFB=-0.0136138;REVB=-0.00739611;RO=46;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16185;STB=0.598848;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0229885;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:17:12:26:20:17:12:27:20 chr4 47667064 . T C 474.42 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.449;QD=57.506;RBI=0.233346;REFB=0;REVB=0.23314;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303494;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:9:22:0:0:10:23:0:0 chr4 47839929 . C T 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00565268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0895;QD=19.0372;RBI=0.0410177;REFB=-0.00951875;REVB=0.0406263;RO=45;SAF=26;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18425;STB=0.6026;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00839653;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:16:26:19:26:16:26:19:26 chr4 47887536 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0141406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.385;QD=12.2755;RBI=0.0174224;REFB=-0.00812159;REVB=-0.0101776;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179587;STB=0.604761;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0128353;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:22:10:8:9:22:10 chr4 47887991 . G A 394.27 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0145718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.242;QD=17.3306;RBI=0.0285875;REFB=-0.0168167;REVB=-0.0245948;RO=50;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142786;STB=0.579982;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.020133;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:17:24:22:28:17:24:22:28 chr4 47901476 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.010558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.326;QD=16.4203;RBI=0.015719;REFB=-0.0183713;REVB=-0.0116454;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176609;STB=0.590601;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0117133;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:16:13:21:12:16:13:21:13 chr4 47936972 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0333229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.237;QD=21.8421;RBI=0.0419953;REFB=-0.0603513;REVB=0.0255576;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00599906;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr4 48158769 . T A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0220665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.156;QD=5.68929;RBI=0.0250224;REFB=-0.0135376;REVB=0.011798;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416902;STB=0.820818;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0237954;OID=.;OPOS=48158769;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:16:19:6:6:0.24:5:1:8:8:5:1:11:8 chr4 48170669 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.716;QD=56.7039;RBI=0.0316171;REFB=0;REVB=0.0300093;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87534e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr4 48172266 . G A 706.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.961;QD=62.7598;RBI=0.0063147;REFB=0;REVB=0.00621644;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30173e-05;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 48424839 . T A 493.43 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0746434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6076;QD=20.3476;RBI=0.0783287;REFB=-0.024682;REVB=0.0237433;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568402;STB=0.526647;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0315364;OID=.;OPOS=48424839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:49:48:48:0.494845:21:27:24:24:21:27:25:24 chr4 48426066 . A T 213.51 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0225979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4971;QD=14.7247;RBI=0.0280964;REFB=-0.0248571;REVB=0.0166956;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056054;STB=0.531889;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0135787;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:15:18:15:10:15:18 chr4 48582909 . G A 293.41 PASS AF=0.619048;AO=24;DP=40;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0333853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.824;QD=27.9436;RBI=0.0334157;REFB=-0.0143556;REVB=-0.00142589;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370705;STB=0.526296;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0101758;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:16:16:24:26:0.619048:17:7:4:12:18:8:4:12 chr4 48588742 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00359669;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=297.711;QD=11.2612;RBI=0.0123604;REFB=-0.0041402;REVB=-0.0118255;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493089;STB=0.529145;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00691914;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:11:4:7:23:11:4:7:23 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 315.52 PASS AF=1,0,0;AO=7,10,6;DP=24;FAO=23,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237811,0.017753,0.0124388;FXX=0.11534;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=239.348,237.56,233.456;QD=54.873;RBI=0.0815207,0.0816811,0.0809384;REFB=0,0,0;REVB=-0.0779749,-0.0797285,-0.0799769;RO=0;SAF=5,4,3;SAR=2,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.27427e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000660634,-0.031551,0.023709;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:7,10,6:24:23,0,0:23:0:13,0,0:10,0,0:0:0:3:0:5,4,3:2,6,3:0:0 chr4 49063872 . C A 235.08 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00143854;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=12.0553;RBI=0.00833668;REFB=-0.0117215;REVB=-0.00821163;RO=48;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296015;STB=0.515671;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.016317;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:48:50:28:28:0.358974:15:13:21:27:15:13:22:28 chr4 52714354 . A ATTTC,C 185.44 PASS AF=0.410714,0.0178571;AO=18,3;DP=58;FAO=23,1;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13,1;FSAR=10,0;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00534229,-0.00026947;FXX=0.0344768;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=210.729,157.376;QD=13.2455;RBI=0.00970358,0.0207931;REFB=-0.00367319,-0.00763457;REVB=0.00810059,0.0207913;RO=30;SAF=11,2;SAR=7,1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0252627,0.0375597;STB=0.535684,0.987563;STBP=0.686,0.482;TYPE=ins,snp;VARB=0.00389291,-0.0158842;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:30:32:18,3:23,1:0.410714,0.0178571:7,1:11,2:19:11:10,0:13,1:20:12 chr4 52752812 . A T 415.05 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.000839457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.103;QD=15.2311;RBI=0.0130017;REFB=-0.00759542;REVB=0.0129746;RO=61;SAF=19;SAR=28;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564994;STB=0.53694;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0101279;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:62:47:47:0.431193:28:19:28:33:28:19:29:33 chr4 52780048 . G C 417.91 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0201059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.494;QD=12.9583;RBI=0.0207334;REFB=-0.02126;REVB=-0.00506261;RO=78;SAF=18;SAR=31;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160918;STB=0.592063;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0180205;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:80:49:49:0.379845:31:18:40:38:31:18:41:39 chr4 52889602 . T A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0248661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.148;QD=24.3281;RBI=0.0574624;REFB=0.0207041;REVB=0.0518035;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00307542;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:2:0:3:4:2:0 chr4 52938243 . T C 125.66 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0693653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0373;QD=10.6947;RBI=0.0781697;REFB=-0.0154436;REVB=-0.0360412;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185943;STB=0.606604;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0340631;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:32:15:15:0.319149:7:8:11:19:7:8:12:20 chr4 53463164 . G C 389.56 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00252503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.152;QD=21.9472;RBI=0.0343279;REFB=-0.00906868;REVB=-0.0342349;RO=32;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450704;STB=0.524874;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.006436;OID=.;OPOS=53463164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:15:24:18:14:15:24:18:14 chr4 53610272 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00250116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.999;QD=16.4168;RBI=0.0370022;REFB=-0.00280741;REVB=-0.0369176;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00180167;OID=.;OPOS=53610272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:8:6:7:8:8:6:8:8 chr4 53611668 . T C 82.04 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.292;QD=32.8171;RBI=0.0657938;REFB=0.0240616;REVB=0.0649026;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-7.92453e-05;OID=.;OPOS=53611668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:1:0:4:5:1:0 chr4 53822267 . CAAG C 188.74 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.000984388;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=166.462;QD=12.3765;RBI=0.00607798;REFB=-0.0116859;REVB=-0.00599774;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565116;STB=0.500613;STBP=0.993;TYPE=del;VARB=0.0151681;OID=.;OPOS=53822268;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016:28:62:28:61:33:17:11:20:13:99:31:17:11:19:12 chr4 54011603 . C T 1859.15 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.691;QD=61.4595;RBI=0.00671282;REFB=0;REVB=0.00164704;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17944e-06;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:61:58:0:0:62:59:0:0 chr4 54232110 . G A 657.39 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0102037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.221;QD=50.5683;RBI=0.0134526;REFB=-0.0448457;REVB=0.00876682;RO=2;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427252;STB=0.513961;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00076427;OID=.;OPOS=54232110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:21:28:0:2:21:28:1:2 chr4 54352468 . GC G 301.71 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.2583;QD=43.1012;RBI=0.161494;REFB=0;REVB=-0.108037;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000865629;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:28:28:0:16:12:0:0:6:1:15:12:1:0 chr4 54966667 . C T 240.18 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0258977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.001;QD=16.5638;RBI=0.0268115;REFB=-0.0495502;REVB=0.0069401;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240616;STB=0.549962;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0325047;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:31:27:27:0.465517:18:9:10:18:18:9:13:18 chr4 54966830 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.804;QD=52.6132;RBI=0.0106499;REFB=0;REVB=-0.00215655;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79792e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr4 54966919 . T C 56.67 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.133415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.399;QD=11.9304;RBI=0.135977;REFB=-0.0322072;REVB=-0.0262731;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815412;STB=0.548274;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0408382;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:1:10:7:1:1:10 chr4 55130078 . T C 87.51 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00158875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.058;QD=13.4626;RBI=0.00939323;REFB=-0.015043;REVB=-0.0092579;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340578;STB=0.703929;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0171451;OID=.;OPOS=55130078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:7:8:9:2:7:8 chr4 55133726 . T G 416.34 PASS AF=0.594203;AO=38;DP=67;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.03465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.802;QD=24.1358;RBI=0.0360109;REFB=0.0201617;REVB=0.00980626;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185955;STB=0.611613;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0116316;OID=.;OPOS=55133726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:29:28:38:41:0.594203:18:20:22:7:20:21:22:6 chr4 55141055 . A G 1480.19 PASS AF=0.990099;AO=75;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.383;QD=58.6215;RBI=0.0325024;REFB=-0.0205707;REVB=0.0249552;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00025702;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:0:1:75:100:0.990099:34:41:0:0:47:53:1:0 chr4 55161391 . T C 1869.03 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103335;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.685;QD=61.7861;RBI=0.0863055;REFB=0;REVB=0.0856847;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300521;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:120:121:1:51:69:0:0:52:69:0:0 chr4 55161517 . A G 2178.35 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.363;QD=63.1405;RBI=0.0153785;REFB=0;REVB=0.00499862;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40741e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:73:63:0:0:75:63:0:0 chr4 55593464 . A C 431.08 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0107701;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.892;QD=19.3742;RBI=0.0201998;REFB=-0.0102854;REVB=0.0170892;RO=43;SAF=26;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433574;STB=0.521117;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0109334;OID=.;OPOS=55593464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:43:46:43:43:0.483146:17:26:24:19:17:26:26:20 chr4 55594062 . G A 112.45 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=120;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0170378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.463;QD=3.71734;RBI=0.0544518;REFB=-0.0102488;REVB=-0.0517176;RO=99;SAF=14;SAR=7;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256705;STB=0.662828;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0562387;OID=.;OPOS=55594062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:99:100:21:21:0.173554:7:14:46:53:7:14:47:53 chr4 55602765 . G C 386.81 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00894709;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1137;QD=17.9912;RBI=0.0206505;REFB=0.00584129;REVB=-0.0186116;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106995;STB=0.554475;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00509636;OID=.;OPOS=55602765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:46:40:40:0.465116:16:24:22:23:16:24:23:23 chr4 55606427 . G T 647.01 PASS AF=0.515873;AO=63;DP=124;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00684548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.928;QD=20.5401;RBI=0.00816158;REFB=0.00611252;REVB=-0.00444419;RO=61;SAF=25;SAR=38;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185205;STB=0.511624;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00598174;OID=.;OPOS=55606427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:61:61:63:65:0.515873:38:25:23:38:39:26:23:38 chr4 55946081 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.064;QD=63.6143;RBI=0.0272348;REFB=0;REVB=0.019845;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35795e-06;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr4 55955089 . C T 257.74 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0214936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.929;QD=19.8262;RBI=0.0320429;REFB=-0.0417657;REVB=-0.0237649;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157253;STB=0.581133;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0236599;OID=.;OPOS=55955089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:7:20:14:10:7:20:15:10 chr4 55972974 . T A 137.59 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0161887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.846;QD=18.3458;RBI=0.0332508;REFB=-0.0285625;REVB=-0.0290437;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400648;STB=0.736425;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0262085;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:14:15:0.5:1:13:10:4:1:14:11:4 chr4 55979558 . C T 881.18 PASS AF=0.508671;AO=88;DP=174;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00746567;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.118;QD=20.3742;RBI=0.00800365;REFB=-0.0149868;REVB=-0.00288481;RO=85;SAF=51;SAR=37;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149942;STB=0.582341;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0132817;OID=.;OPOS=55979558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:85:85:88:88:0.508671:37:51:35:50:37:51:35:50 chr4 56301010 . T C 530.34 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00484715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.6;QD=25.2544;RBI=0.0112299;REFB=-0.0367762;REVB=-0.01013;RO=35;SAF=28;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065909;STB=0.536068;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0244977;OID=.;OPOS=56301010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:21:28:17:18:21:28:17:18 chr4 56756531 . T C 259.93 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.007836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.347;QD=21.6612;RBI=0.0235765;REFB=-0.0332406;REVB=0.0222362;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130581;STB=0.561413;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0319585;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:11:13:9:14:12:13:9:14 chr4 56771089 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0021407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.236;QD=19.6681;RBI=0.00354067;REFB=-0.0198269;REVB=0.00282024;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325339;STB=0.684017;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0223066;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:13:6:13:6:13:6:13:6 chr4 56835309 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0403935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.421;QD=12.1199;RBI=0.0430131;REFB=-0.00571104;REVB=0.0147816;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51354;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00690818;OID=.;OPOS=56835309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:22:23:0.377049:11:11:19:19:12:11:19:19 chr4 57154737 . T C 707.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.792;QD=62.8654;RBI=0.0791541;REFB=0;REVB=0.0735942;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807455;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr4 57176832 . T C 458.94 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00735405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2862;QD=20.8608;RBI=0.0725747;REFB=0.00885943;REVB=0.0722012;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457595;STB=0.525289;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00805464;OID=.;OPOS=57176832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:26:19:16:27:26:19:16:27 chr4 57180563 . G C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0250733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.497;QD=11.1973;RBI=0.0261219;REFB=-0.0145606;REVB=-0.00732694;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625616;STB=0.536978;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0268568;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:3:19:10:2:3:19 chr4 57180990 . A G 619.33 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.037249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5104;QD=18.4874;RBI=0.077742;REFB=-0.03041;REVB=-0.0682373;RO=67;SAF=28;SAR=36;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651303;STB=0.547738;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0336581;OID=.;OPOS=57180990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:67:70:64:64:0.477612:36:28:34:33:36:28:37:33 chr4 57181629 . C T 399.12 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.00889378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.751;QD=15.3508;RBI=0.0111955;REFB=-0.012064;REVB=0.00679999;RO=57;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243849;STB=0.520991;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0154058;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:29:16:19:38:29:16:19:40 chr4 57181632 . G C 1518.18 PASS AF=1;AO=91;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.76;QD=59.5366;RBI=0.0546945;REFB=0;REVB=0.0139883;RO=0;SAF=27;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140963;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:91:102:1:64:27:0:0:67:35:0:0 chr4 57181995 . C T 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0196245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3047;QD=13.7247;RBI=0.0213976;REFB=0.0101543;REVB=0.00852854;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653798;STB=0.528071;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0134904;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:18:12:15:29:18:12:16:29 chr4 57182647 . G A 69.83 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0259329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.098;QD=6.49597;RBI=0.0454093;REFB=-0.0103639;REVB=-0.0372758;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041856;STB=0.529354;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.037106;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:43:30:33:10:10:0.232558:4:6:19:11:4:6:21:12 chr4 57182758 . C T 552.84 PASS AF=0.586207;AO=50;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.040634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.974;QD=25.4177;RBI=0.0445516;REFB=-0.0517091;REVB=0.0182681;RO=35;SAF=24;SAR=26;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687774;STB=0.538481;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0322099;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:36:50:51:0.586207:26:24:20:15:26:25:21:15 chr4 57194325 . C CT 131.96 PASS AF=0.493506;AO=8;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0748588;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.932;QD=6.85497;RBI=0.157671;REFB=0.00787001;REVB=-0.138767;RO=67;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161672;STB=0.519031;STBP=0.77;TYPE=ins;VARB=-0.0237485;OID=.;OPOS=57194326;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493506:8:78:38:77:39:16:22:15:24:99:67:3:5:26:41 chr4 57194329 . G T 363.62 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0152707;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6553;QD=18.6474;RBI=0.0153839;REFB=-0.0395189;REVB=0.00186339;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309058;STB=0.511105;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0261245;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:37:38:0.487179:21:16:16:24:22:16:16:24 chr4 57197400 . CTTT C,CT,CTT,TCTT 404.3 PASS AF=0,0.918605,0,0.0813953;AO=12,20,14,4;DP=88;FAO=0,79,0,7;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55,0,0;FSAR=0,24,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230412,0.35926,0.667647,0.0987675;FXX=0.11339;HRUN=13,13,13,1;LEN=3,2,1,2;MLLD=6.26411,5.32095,3.22705,41.4419;QD=18.8047;RBI=0.463109,0.691971,1.32171,0.197208;REFB=0.0208486,0.0199596,0.0135158,0.0466614;REVB=-0.401721,-0.591402,-1.14069,-0.170692;RO=10;SAF=2,18,14,4;SAR=10,2,0,0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.627993,-0.199998,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,-0.198621,0,-0.86546;OID=.,.,.,.;OPOS=57197401,57197401,57197401,57197400;OREF=TTT,TT,T,CT;OALT=-,-,-,TC;OMAPALT=C,CT,CTT,TCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:17:88:86:10:0:12,20,14,4:0,79,0,7:0,0.918605,0,0.0813953:10,2,0,0:2,18,14,4:10:0:0,24,0,7:0,55,0,0:0:0 chr4 57221348 . T C 72.33 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0445496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6942;QD=8.5094;RBI=0.0458449;REFB=-0.00137192;REVB=-0.0108208;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324412;STB=0.6996;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00519363;OID=.;OPOS=57221348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:14:10:7:3:14:10 chr4 57248716 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0193369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.552;QD=18.2509;RBI=0.0278102;REFB=-0.0272197;REVB=0.0199873;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0314661;OID=.;OPOS=57248716;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:6:9:8:7:6:9 chr4 57250285 . T C 93.15 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0245817;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6594;QD=7.03014;RBI=0.0764558;REFB=-0.0210023;REVB=-0.0723963;RO=36;SAF=2;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486678;STB=0.782565;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0949385;OID=.;OPOS=57250285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:49:53:36:40:13:13:0.245283:11:2:19:17:11:2:19:21 chr4 57266959 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0247014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.477;QD=22.3975;RBI=0.0266315;REFB=-0.00783959;REVB=-0.00995368;RO=19;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16272;STB=0.592013;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00366868;OID=.;OPOS=57266959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:4:18:13:6:4:18:13:6 chr4 57270197 . T C 143.17 PASS AF=0.298507;AO=19;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0020531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.332;QD=8.5475;RBI=0.00988641;REFB=-0.00861964;REVB=-0.00967088;RO=47;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17114;STB=0.578234;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0190286;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:19:20:0.298507:7:12:23:24:8:12:23:24 chr4 57356588 . A G 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.014655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8856;QD=17.4752;RBI=0.0270251;REFB=0.00191003;REVB=0.0227065;RO=55;SAF=20;SAR=29;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442361;STB=0.52458;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00172671;OID=.;OPOS=57356588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:29:20:20:35:29:20:20:35 chr4 57368807 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00651667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.191;QD=28.0157;RBI=0.0270736;REFB=-0.0182682;REVB=-0.0262776;RO=20;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638011;STB=0.535187;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0198393;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:11:19:11:9:11:19:11:9 chr4 57368852 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00587275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.434;QD=15.101;RBI=0.0226698;REFB=-0.00622217;REVB=-0.0218959;RO=31;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871079;STB=0.549256;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00668669;OID=.;OPOS=57368852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:8:16:23:8:8:16:23:8 chr4 57377377 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0118416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.52;QD=16.1193;RBI=0.0231144;REFB=0.000250353;REVB=-0.0198508;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297828;STB=0.517213;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00066276;OID=.;OPOS=57377377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:8:5:5:7:8:5 chr4 57516896 . G A 209.74 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0210258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.173;QD=18.6436;RBI=0.0340861;REFB=-0.0409921;REVB=-0.0268287;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23972;STB=0.636231;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0333745;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:10:14:7:14:10:14 chr4 57797100 . G T 185.61 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0334675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1381;QD=21.8367;RBI=0.0356427;REFB=-0.0201636;REVB=0.0122606;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395887;STB=0.723883;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0414622;OID=.;OPOS=57797100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:15:4:10:5:15:4:10:5 chr4 57797253 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00216446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.688;QD=6.57352;RBI=0.0246422;REFB=-0.0284549;REVB=-0.024547;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.624574;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0723213;OID=.;OPOS=57797253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:2:4:7:8:2:4:8:8 chr4 57797414 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0294683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.209;QD=19.6456;RBI=0.0328924;REFB=0.00134389;REVB=-0.0146127;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897445;STB=0.551626;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00146089;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:3:5:8:3:3:5 chr4 57798189 . G A 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0692642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.137;QD=12.8596;RBI=0.0700952;REFB=-0.0424394;REVB=-0.0107617;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280299;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0337084;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:6:2:4:3:6:2 chr4 57887150 . C T 78.82 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.025309;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9331;QD=13.1366;RBI=0.0547746;REFB=-0.00539262;REVB=-0.0485769;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.007881;OID=.;OPOS=57887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr4 57889677 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.167;QD=56.938;RBI=0.0317939;REFB=0;REVB=0.0313617;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142361;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr4 62598689 . C T 1510.48 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129281;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.622;QD=59.821;RBI=0.0130021;REFB=0;REVB=0.0013855;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00975e-05;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr4 62800728 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7788;QD=60.5469;RBI=0.00750528;REFB=0;REVB=0.00365866;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70363e-05;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr4 66197804 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00710513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.961;QD=8.62781;RBI=0.0159886;REFB=0.00132781;REVB=0.0143232;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872159;STB=0.553099;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00306355;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:19:8:4:7:19:8 chr4 67142620 . G A 288.32 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0418057;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0131;QD=18.6012;RBI=0.0490932;REFB=-0.0427178;REVB=-0.0257377;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645752;STB=0.53594;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0295956;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:11:20:22:9:11:20:22:9 chr4 68295465 . C A 185.66 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0150069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6302;QD=13.7525;RBI=0.0407277;REFB=-0.0187366;REVB=-0.0378621;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322703;STB=0.518502;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0177938;OID=.;OPOS=68295465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:15:17:11:11:15:17 chr4 68374597 . C T 226.94 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0452471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1792;QD=13.5488;RBI=0.0644558;REFB=-0.0169807;REVB=-0.0459048;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719517;STB=0.541119;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.032107;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:16:11:19:21:16:11:19:21 chr4 68376708 . T C 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0284563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.377;QD=8.52492;RBI=0.033541;REFB=-0.0126831;REVB=-0.017755;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104797;STB=0.5633;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0346038;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:10:6:18:21:10:6:18:21 chr4 68378155 . C A 281.51 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0161055;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.913;QD=12.1079;RBI=0.0492859;REFB=-0.0115234;REVB=-0.0465802;RO=59;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152121;STB=0.59113;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0142543;OID=.;OPOS=68378155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:60:33:33:0.354839:18:15:19:40:18:15:19:41 chr4 68380215 . G A 528.69 PASS AF=0.547368;AO=43;DP=89;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0489445;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8695;QD=22.2608;RBI=0.0803764;REFB=-0.0250693;REVB=0.0637558;RO=46;SAF=16;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102267;STB=0.57854;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0396589;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:46:43:43:52:0.547368:27:16:22:24:36:16:20:23 chr4 68384008 . C T 178.7 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0163864;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.313;QD=20.4231;RBI=0.0216523;REFB=-0.0144302;REVB=0.0141529;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185628;STB=0.605611;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0136688;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:13:5:8:9:13:5:8:9 chr4 68436883 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=44;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.233;QD=59.1421;RBI=0.061995;REFB=0;REVB=0.0328309;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050848;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:44:67:1:33:11:0:0:34:33:0:0 chr4 68442968 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0122122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.775;QD=14.1957;RBI=0.0159264;REFB=-0.021888;REVB=0.0102232;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148557;STB=0.585289;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0247325;OID=.;OPOS=68442968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:16:7:14:18:16:7:14:18 chr4 68490709 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00132248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.41;QD=9.47554;RBI=0.0137495;REFB=0.00630043;REVB=0.0136858;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350957;STB=0.712955;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00969798;OID=.;OPOS=68490709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:8:13:3:7:8:13 chr4 68497597 . C A 156.4 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0399896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5893;QD=24.0617;RBI=0.0658949;REFB=-0.009635;REVB=-0.0523734;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201004;STB=0.613484;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00569281;OID=.;OPOS=68497597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:12:4:5:5:12:4:5:5 chr4 68500171 . A G 557.09 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0501322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.479;QD=20.2576;RBI=0.0513139;REFB=-0.00644753;REVB=0.0109489;RO=53;SAF=36;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110879;STB=0.561172;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00751297;OID=.;OPOS=68500171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:21:36:27:26:21:36:27:26 chr4 68534392 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00792655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.13;QD=16.0284;RBI=0.0145407;REFB=-0.0197356;REVB=-0.0121903;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115384;STB=0.565166;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0233367;OID=.;OPOS=68534392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:12:18:12:13:12:18 chr4 68567025 . T G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00956979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.606;QD=23.3816;RBI=0.0391933;REFB=-0.0179051;REVB=-0.0380071;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271093;STB=0.650938;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00837863;OID=.;OPOS=68567025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:3:11:8:11:3:11 chr4 68780399 . A G 2595.52 PASS AF=1;AO=165;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342262;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.033;QD=62.1681;RBI=0.0733007;REFB=0;REVB=0.0648195;RO=0;SAF=85;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185302;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:165:167:1:80:85:0:0:80:87:0:0 chr4 68784774 . T C 1218.6 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.96;QD=59.4437;RBI=0.0255841;REFB=0.0578964;REVB=-0.0133791;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.507041;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00216287;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:80:81:0.987805:34:46:0:0:35:46:0:1 chr4 68812283 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.942;QD=58.5878;RBI=0.0327731;REFB=0;REVB=0.0153262;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124657;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr4 68995529 . C T 1358.4 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7083;QD=62.455;RBI=0.0276441;REFB=0;REVB=0.0217536;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32215e-05;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:45:40:0:0:45:42:0:0 chr4 69078113 . T C 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00547325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.03;QD=60.157;RBI=0.0349227;REFB=0.0236818;REVB=0.0344912;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-3.77304e-05;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr4 69094507 . T A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.63;QD=58.1402;RBI=0.0212666;REFB=0;REVB=0.00579526;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47495e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr4 69094575 . T G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.056;QD=52.6096;RBI=0.0638283;REFB=0;REVB=-0.00131129;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421224;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr4 69095197 . T C 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000624475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.842;QD=62.0129;RBI=0.0206774;REFB=0;REVB=0.0206679;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106335;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 69203080 . T C 204.39 PASS AF=0.4375;AO=18;DP=44;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0234513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.714;QD=17.0328;RBI=0.0310876;REFB=-0.0268409;REVB=-0.0204077;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116321;STB=0.618934;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.03738;OID=.;OPOS=69203080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:25:27:18:21:0.4375:8:10:11:14:8:13:11:16 chr4 69203551 . A T 747.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.907;QD=63.6298;RBI=0.0154883;REFB=0;REVB=0.00980323;RO=0;SAF=37;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53852e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:9:37:0:0:9:38:0:0 chr4 69340500 . A G 367.87 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0560277;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.385;QD=21.0211;RBI=0.0611175;REFB=-0.0125865;REVB=-0.0244181;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21332;STB=0.621784;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0203552;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:33:36:37:0.528571:15:21:11:22:15:22:11:22 chr4 69342019 . C G 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0227504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.081;QD=11.4184;RBI=0.0363406;REFB=-0.0157435;REVB=-0.0283383;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121182;STB=0.570168;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0152557;OID=.;OPOS=69342019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:11:15:22:25:11:15:22:25 chr4 69342021 . G A 194.73 PASS AF=0.337838;AO=26;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0207145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.341;QD=10.5257;RBI=0.0260357;REFB=-0.0150022;REVB=-0.0157723;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109694;STB=0.5466;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0291431;OID=.;OPOS=69342021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:26:25:0.337838:11:15:23:25:11:14:24:25 chr4 69417570 . A G 796.44 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.444;QD=56.8889;RBI=0.010961;REFB=0;REVB=0.00380878;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05457e-05;OID=.;OPOS=69417570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr4 69512847 . T G 691.87 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0207254;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.651;QD=46.9067;RBI=0.0325918;REFB=-0.00290356;REVB=0.0251532;RO=5;SAF=42;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459316;STB=0.542919;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000131845;OID=.;OPOS=69512847;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:5:6:53:53:0.898305:11:42:3:2:11:42:3:3 chr4 69536084 . A C 219.92 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00171178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.451;QD=17.5933;RBI=0.00292451;REFB=-0.0228278;REVB=0.0023712;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032077;STB=0.525873;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0241714;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:8:14:18:9:8:14:19:9 chr4 69682366 . TA T 99.84 PASS AF=0.933333;AO=10;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.108232;FXX=0.062461;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.80627;QD=26.6248;RBI=0.108232;REFB=-0.0178266;REVB=-1.90631e-05;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.387097;SSSB=-0.125826;STB=0.521709;STBP=0.653;TYPE=del;VARB=0.0183838;OID=.;OPOS=69682367;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:10:15:14:15:1:3:11:0:1:4:2:2:8:1:1 chr4 69687987 . C A 1047.76 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921672;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.693;QD=59.8717;RBI=0.00922916;REFB=0;REVB=-0.000478888;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6495e-06;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr4 69795626 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00927456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2038;QD=19.8253;RBI=0.0794135;REFB=-0.00821712;REVB=-0.07887;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994623;STB=0.555514;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00638029;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:14:11:15:12:14:11 chr4 69874654 . T C 329.86 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.000441098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.722;QD=15.7075;RBI=0.00355235;REFB=-0.0122659;REVB=-0.00352486;RO=47;SAF=25;SAR=11;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612679;STB=0.538503;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0167134;OID=.;OPOS=69874654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:11:25:35:12:11:25:36:12 chr4 69885464 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 204.47 PASS AF=0.74,0;AO=26,2;DP=49;FAO=37,0;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=22,0;FSAR=15,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.135728,0.0557594;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.1795,19.1155;QD=16.3575;RBI=0.150429,0.0571918;REFB=-0.0663344,-0.0357531;REVB=0.0648595,-0.0127198;RO=17;SAF=13,1;SAR=13,1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0.408451,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.105302,-0.150121;STB=0.535379,0.5;STBP=0.419,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0641687,0;OID=.,.;OPOS=69885465,69885470;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.74,0:26,2:49:37,0:50:13:22,0:15,0:6:7:55:17:13,1:13,1:11:6 chr4 69962610 . A G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0343591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5239;QD=9.84378;RBI=0.0506828;REFB=0.00672419;REVB=-0.0372585;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0130177;OID=.;OPOS=69962610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:4:6:12:7:4:6:12:8 chr4 69964337 . AT TC 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353962;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.16;QD=60.9745;RBI=0.0355637;REFB=0;REVB=0.00344809;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000219175;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:9:30:0:0:9:30:0:0 chr4 69972949 . C G 2696.24 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.592;QD=62.3408;RBI=0.0180952;REFB=0;REVB=0.0172795;RO=0;SAF=89;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15174e-05;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:84:89:0:0:84:89:0:0 chr4 70066319 . G T 406.81 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0124467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.378;QD=17.4973;RBI=0.0128803;REFB=-0.0044782;REVB=0.00331376;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187803;STB=0.576651;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00551107;OID=.;OPOS=70066319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:51:42:42:0.451613:24:18:29:17:24:18:29:22 chr4 70070366 . A T 165.79 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00344918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0018;QD=14.1098;RBI=0.0498415;REFB=-0.0354998;REVB=-0.049722;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223322;STB=0.658044;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0533225;OID=.;OPOS=70070366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:29:18:18:0.382979:5:13:13:12:5:13:14:15 chr4 70146230 . G A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7653;QD=58.1392;RBI=0.0868513;REFB=0;REVB=0.086758;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113824;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr4 70146719 . G C 929.66 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348825;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3941;QD=58.1037;RBI=0.0455404;REFB=0;REVB=-0.0292769;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151451;OID=.;OPOS=70146719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:28:34:0:0:29:35:0:0 chr4 70160338 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.896;QD=37.4885;RBI=0.0165571;REFB=0;REVB=0.00251684;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422058;OID=.;OPOS=70160338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr4 70160342 . TG CC 75.08 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454699;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.273;QD=37.5408;RBI=0.051114;REFB=0;REVB=0.023348;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000517543;OID=.;OPOS=70160342;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:2:6:0:0 chr4 70160378 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.487;QD=53.2771;RBI=0.0582343;REFB=0;REVB=0.0534741;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432788;OID=.;OPOS=70160378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 70296603 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6877;QD=49.5969;RBI=0.150614;REFB=0;REVB=-0.148333;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00651233;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr4 70296618 . G C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0204691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.309;QD=9.0996;RBI=0.0466336;REFB=-0.0108634;REVB=-0.0419012;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606259;STB=0.873074;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.020428;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:1:8:6:11:1:8:7:12 chr4 70296641 . A G 61.54 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000445926;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.075;QD=8.48885;RBI=0.0208257;REFB=-0.0227519;REVB=-0.0208209;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564898;STB=0.86579;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0262857;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:28:29:20:20:8:9:0.310345:1:7:8:12:1:8:8:12 chr4 70296644 . A G 84.76 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0256017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.476;QD=10.9373;RBI=0.0397173;REFB=-0.0269472;REVB=-0.0303647;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659571;STB=0.890954;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00903945;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:1:10:6:13:1:10:7:13 chr4 70296648 . T G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0135192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.925;QD=11.3691;RBI=0.0360676;REFB=0.00165456;REVB=-0.033438;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659571;STB=0.896675;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00526005;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:1:10:6:13:1:10:6:13 chr4 70296653 . GCCT TGGG 56.16 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0179451;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=4;MLLD=301.023;QD=8.02226;RBI=0.0219219;REFB=-0.00852948;REVB=-0.0125914;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583399;STB=0.874063;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.0259476;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:30:28:19:20:8:8:0.285714:1:7:7:12:1:7:7:13 chr4 70296660 . A G 84.29 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0130078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2451;QD=10.536;RBI=0.0163326;REFB=0.0129412;REVB=-0.00987682;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510665;STB=0.817603;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0140045;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:21:21:10:11:0.34375:2:8:7:14:2:9:7:14 chr4 70296662 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00754296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.791;QD=13.5766;RBI=0.00755233;REFB=-0.00260576;REVB=0.000376252;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00226828;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:10:9:7:6:10:9 chr4 70352417 . G A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0545615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.968;QD=9.26771;RBI=0.0548847;REFB=-0.00172659;REVB=-0.00594694;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210142;STB=0.621736;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00330951;OID=.;OPOS=70352417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:46:21:21:0.313433:9:12:17:27:9:12:18:28 chr4 70355211 . T C 1019.45 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.682;QD=57.4336;RBI=0.0433608;REFB=0.0446937;REVB=-0.00871462;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277869;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000140512;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:2:1:69:70:0.985915:36:33:2:0:36:34:1:0 chr4 70391429 . G A 152.45 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0970656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.66;QD=13.8589;RBI=0.0970947;REFB=-0.011753;REVB=-0.0023783;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776002;STB=0.535774;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0227305;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:15:11:6:11:16:11 chr4 70391454 . G A 171.14 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0224208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7262;QD=17.5533;RBI=0.0370225;REFB=-0.0547056;REVB=0.0294614;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0198414;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:13:8:8:10:13:8 chr4 70513139 . C T 619.87 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1515;QD=59.0355;RBI=0.0969865;REFB=-0.00967712;REVB=-0.0941249;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000825358;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr4 70821025 . A G 272.72 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00457837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9141;QD=24.2415;RBI=0.048046;REFB=-0.00652153;REVB=0.0478273;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157922;STB=0.587411;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00627657;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:5:15:14:11:5:15 chr4 70898953 . C T 762.56 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221297;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.979;QD=56.4862;RBI=0.00939272;REFB=0;REVB=0.0091283;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430066;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:33:19:0:0:34:20:0:0 chr4 70944452 . G A 2354.37 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144989;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.638;QD=61.1524;RBI=0.00927782;REFB=0;REVB=0.00916383;RO=0;SAF=81;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2976e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:73:81:0:0:73:81:0:0 chr4 71201388 . C T 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.615;QD=50.4032;RBI=0.0865763;REFB=0;REVB=0.0846908;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139527;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr4 71232388 . G A 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0251263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.328;QD=52.8647;RBI=0.0284229;REFB=-0.0377266;REVB=0.0132865;RO=1;SAF=39;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119302;STB=0.510913;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000469881;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:14:39:1:0:14:39:1:1 chr4 71232430 . T C 373.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4125;QD=55.3457;RBI=0.0712723;REFB=0;REVB=-0.0681517;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373519;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr4 71275232 . C T 1302.25 PASS AF=0.988372;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.638;QD=60.5696;RBI=0.0439643;REFB=-0.0817035;REVB=0.030418;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000663429;OID=.;OPOS=71275232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:86:0:1:80:85:0.988372:41:39:0:0:44:41:0:1 chr4 71339723 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0661;QD=61.3348;RBI=0.0172764;REFB=0;REVB=-0.00192841;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315897;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr4 71339728 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.29612e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0175;QD=61.3299;RBI=0.0572348;REFB=0;REVB=-0.0572347;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568385;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr4 71346701 . C G 358.48 PASS AF=1;AO=9;DP=20;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245271;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=172.759;QD=51.2113;RBI=0.0483392;REFB=0;REVB=0.0416545;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648215;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:28:0:0:9:28:1:9:0:0:0:10:18:0:0 chr4 71384488 . C T 754.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.211;QD=56.9719;RBI=0.0405836;REFB=0;REVB=0.010549;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01736e-05;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr4 71657604 . CTTTTTTTG CTTTTTTG,CTTTTTTGC 31.51 PASS AF=0.134615,0.0576923;AO=9,3;DP=53;FAO=7,3;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=2,1;FSAR=5,2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.195918,0.212056;FXX=0.0370302;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.88552,25.3324;QD=2.4238;RBI=0.263098,0.241295;REFB=-0.0766064,-0.043367;REVB=0.175603,0.115132;RO=33;SAF=3,1;SAR=6,2;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.188117,-0.15547;STB=0.70529,0.675309;STBP=0.296,0.569;TYPE=del,mnp;VARB=0.0914662,0.0447013;OID=.,.;OPOS=71657605,71657611;OREF=T,TG;OALT=-,GC;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134615,0.0576923:9,3:53:7,3:52:42:2,1:5,2:22:20:20:33:3,1:6,2:16:17 chr4 71657772 . G A 694.68 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823384;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.707;QD=55.5743;RBI=0.0382607;REFB=0;REVB=0.0373642;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789726;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:27:21:0:0:28:22:0:0 chr4 71704965 . C T 502.91 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9496;QD=59.1653;RBI=0.163639;REFB=0;REVB=0.116041;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197864;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:16:14:0:0:16:18:0:0 chr4 71849697 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.986;QD=53.9112;RBI=0.0223627;REFB=0;REVB=0.0193252;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178998;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr4 71849888 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.004;QD=62.022;RBI=0.0285819;REFB=0;REVB=0.0251456;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100671;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 72425863 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00215481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.56;QD=16.8737;RBI=0.0286162;REFB=-0.0133424;REVB=-0.0285349;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380046;STB=0.521717;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0151939;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:12:14:10:10:12:14 chr4 72433642 . TG T,TT 186.66 PASS AF=0.362319,0;AO=19,3;DP=69;FAO=25,0;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10,0;FSAR=15,0;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.000635334,0.000149756;FXX=0.0416609;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.255,249.896;QD=10.821;RBI=0.0222829,0.0155842;REFB=-0.0116204,-0.0106784;REVB=0.0222739,0.0155834;RO=45;SAF=6,2;SAR=13,1;SRF=17;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.080989,0.268275;STB=0.539846,0.5;STBP=0.669,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0189562,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319,0:19,3:69:25,0:69:44:10,0:15,0:15:29:99:45:6,2:13,1:17:28 chr4 72434406 . G C 327.08 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0418955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.292;QD=17.6799;RBI=0.0418995;REFB=-0.0149447;REVB=-0.000581514;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425901;STB=0.523796;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0204334;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:20:15:15:24:20:15:15:24 chr4 72436804 . G A 1591.6 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173881;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.448;QD=64.3069;RBI=0.0117829;REFB=0;REVB=0.0116539;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54787e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr4 72618296 . T C 1546.96 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00914103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.4;QD=57.8304;RBI=0.0225775;REFB=-0.10538;REVB=0.0206443;RO=2;SAF=53;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175692;STB=0.504586;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000410271;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:107:2:1:105:106:0.990654:52:53:2:0:52:54:1:0 chr4 72622566 . A G 1414.91 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.993;QD=62.8847;RBI=0.0467466;REFB=0;REVB=0.000295151;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09435e-05;OID=.;OPOS=72622566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr4 73414286 . C T 841.02 PASS AF=0.983333;AO=51;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.633;QD=56.068;RBI=0.0645665;REFB=-0.053037;REVB=0.0628227;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00097076;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:51:59:0.983333:29:22:0:1:36:23:0:1 chr4 73930552 . G A 225.04 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00568514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.67;QD=13.8489;RBI=0.0147954;REFB=0.00388564;REVB=-0.0136596;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257248;STB=0.523959;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00641285;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:26:27:0.415385:15:11:17:21:16:11:17:21 chr4 73941933 . A C 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0509092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7736;QD=27.251;RBI=0.0550634;REFB=0.0233882;REVB=-0.0209815;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268812;STB=0.51484;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.017261;OID=.;OPOS=73941933;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:8:10:14:13:8:10 chr4 73942678 . C T 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00639065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.165;QD=18.3453;RBI=0.0156979;REFB=-0.00919581;REVB=-0.0143382;RO=45;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08874;STB=0.555279;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0122982;OID=.;OPOS=73942678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:18:23:21:24:18:23:21:25 chr4 73956736 . G A 113.47 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0016429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.245;QD=28.3678;RBI=0.0108693;REFB=-0.0221095;REVB=0.0107444;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199794;STB=0.610941;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00915644;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:16:16:4:4:12:12:0.75:5:7:4:0:5:7:4:0 chr4 73991006 . T C 766.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.97;QD=63.8585;RBI=0.0235509;REFB=0;REVB=0.00609878;RO=0;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134054;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:40:8:0:0:40:8:0:0 chr4 74285239 . C T 47.36 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0472296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.241;QD=11.1441;RBI=0.0473514;REFB=-0.0286834;REVB=0.00339345;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0476089;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:10:10:6:7:0.411765:4:2:6:4:5:2:6:4 chr4 74302071 . T A 201.53 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00358777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.048;QD=13.6633;RBI=0.0221104;REFB=-0.017703;REVB=0.0218174;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226173;STB=0.511524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0257064;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:34:34:23:25:0.423729:12:11:17:17:12:13:17:17 chr4 74302870 . T C 279.56 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00751606;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4766;QD=16.2065;RBI=0.0310212;REFB=0.00199503;REVB=-0.0300969;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419369;STB=0.52365;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00120536;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:11:20:23:15:11:20:23:15 chr4 74318330 . A G 483.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.253;QD=58.5631;RBI=0.0537576;REFB=0;REVB=0.037892;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524365;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr4 74347503 . TA T 331.04 PASS AF=0.833333;AO=37;DP=55;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0367638;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6082;QD=24.5216;RBI=0.228847;REFB=-0.0500109;REVB=-0.225875;RO=9;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=7;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.0613042;STB=0.521118;STBP=0.549;TYPE=del;VARB=0.0204982;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:37:55:45:54:9:15:30:2:7:17:9:14:23:2:7 chr4 74447510 . A C 835.67 PASS AF=0.952381;AO=61;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00831673;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.983;QD=53.0585;RBI=0.00855607;REFB=-0.151187;REVB=0.00200959;RO=2;SAF=24;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377168;STB=0.51417;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000729928;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:2:3:61:60:0.952381:37:24:2:0:37:23:2:1 chr4 74863997 . T C 980.33 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0644588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0487;QD=53.7165;RBI=0.121916;REFB=-0.105046;REVB=0.103482;RO=4;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069836;STB=0.537026;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00840639;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:4:4:69:69:0.945205:25:44:0:4:25:44:0:4 chr4 75023609 . T C 1277.13 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0987008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7438;QD=61.5485;RBI=0.099502;REFB=0;REVB=-0.012601;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000580767;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr4 75023709 . C T 491.93 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00922768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.107;QD=17.4133;RBI=0.00951207;REFB=-0.0253191;REVB=-0.00230854;RO=59;SAF=20;SAR=32;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120944;STB=0.565001;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0264466;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:59:60:52:53:0.469027:32:20:30:29:32:21:31:29 chr4 75046465 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2508;QD=57.6798;RBI=0.0330195;REFB=0;REVB=-0.0250509;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000867984;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr4 75254282 . G A 361.1 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00552829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.846;QD=15.2043;RBI=0.00687145;REFB=-0.00319321;REVB=0.00408103;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149461;STB=0.584117;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00351766;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:21:18:18:38:21:18:18:38 chr4 75485872 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.492;QD=33.4285;RBI=0.00791118;REFB=0;REVB=0.0046384;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102311;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr4 75937971 . C T 153.43 PASS AF=0.571429;AO=13;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0646997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5521;QD=21.9186;RBI=0.0979805;REFB=-0.0308634;REVB=0.0735807;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123714;STB=0.607015;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0251468;OID=.;OPOS=75937971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:13:16:0.571429:5:8:9:3:8:8:9:3 chr4 75938179 . G A 82.18 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0389147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.911;QD=19.3359;RBI=0.0424295;REFB=-0.000729538;REVB=0.0169088;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363249;STB=0.705539;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00384408;OID=.;OPOS=75938179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:7:8:10:0.588235:5:3:0:7:5:5:0:7 chr4 75938236 . A G 99.62 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.022808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.706;QD=26.5641;RBI=0.0375758;REFB=-0.0120254;REVB=0.0298619;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254731;STB=0.642612;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00371375;OID=.;OPOS=75938236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:0:4:5:6:0:4 chr4 76407217 . A ACT,T 1074.64 PASS AF=0.864865,0.135135;AO=61,10;DP=80;FAO=64,10;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37,9;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191018,0.0209162;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=238.231,94.8805;QD=58.0887;RBI=0.0260567,0.0261958;REFB=0,0;REVB=-0.0177221,0.0157712;RO=6;SAF=36,9;SAR=25,1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0724401,-0.224249;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-4.05503e-05,-0.00818497;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:80:74:6:0:61,10:64,10:0.864865,0.135135:25,1:36,9:6:0:27,1:37,9:0:0 chr4 76455189 . G GA 149.7 PASS AF=0.460317;AO=26;DP=68;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0626236;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4614;QD=9.505;RBI=0.0694015;REFB=0.0158269;REVB=-0.0299141;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126325;STB=0.550985;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=-0.0345229;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460317:26:68:29:63:34:11:18:16:18:99:42:10:16:21:21 chr4 76489345 . C T 75.11 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.107555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9259;QD=11.1279;RBI=0.123838;REFB=0.0306924;REVB=-0.0613833;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349124;STB=0.703363;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0491899;OID=.;OPOS=76489345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:14:3:5:5:14:3 chr4 76568785 . A C 263.56 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0157659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.105;QD=17.5705;RBI=0.0164474;REFB=-0.00287635;REVB=-0.00468559;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309096;STB=0.516118;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00252847;OID=.;OPOS=76568785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:31:29:29:0.483333:15:14:13:16:15:14:14:17 chr4 76569553 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0126183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.086;QD=20.4857;RBI=0.0198686;REFB=-0.00615035;REVB=0.0153473;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203484;STB=0.614308;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00462565;OID=.;OPOS=76569553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:2:9:8:6:2:9 chr4 76720885 . T C 685.23 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00584998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.235;QD=51.7154;RBI=0.0119098;REFB=-0.174743;REVB=0.0103741;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165169;STB=0.517235;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0025174;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:50:51:0.962264:22:28:1:0:23:28:2:0 chr4 76722353 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0282677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2013;QD=28.2256;RBI=0.124783;REFB=-0.0361291;REVB=-0.121539;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193102;STB=0.608509;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00943048;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:8:4:3:1:8:4:3:1 chr4 76787673 . T C 1115.71 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6886;QD=60.3084;RBI=0.10786;REFB=0;REVB=0.104364;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634451;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:35:37:0:0:37:37:0:0 chr4 76793227 . CA CG,TG 901.4 PASS AF=0.825397,0.174603;AO=51,11;DP=67;FAO=52,11;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=31,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046721,-0.00898216;FXX=0.0596926;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=114.108,154.307;QD=57.232;RBI=0.170663,0.0790932;REFB=0,0;REVB=-0.170599,-0.0785815;RO=0;SAF=21,4;SAR=30,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0029778,0.00633232;OID=.,.;OPOS=76793228,76793227;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:67:63:0:0:51,11:52,11:0.825397,0.174603:30,7:21,4:0:0:31,7:21,4:0:0 chr4 76794345 . T G 1431.23 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124637;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.437;QD=62.9112;RBI=0.0126904;REFB=0;REVB=0.00238811;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938817;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:41:50:0:0 chr4 76805902 . C T 789.77 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129664;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.444;QD=64.4708;RBI=0.00285583;REFB=0;REVB=-0.0025445;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20048e-05;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr4 76807218 . C G 962.35 PASS AF=0.818182;AO=71;DP=88;FAO=72;FDP=88;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=60;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0178878;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0667;QD=43.7432;RBI=0.0431729;REFB=-0.0150566;REVB=-0.0392928;RO=16;SAF=12;SAR=59;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231808;STB=0.624961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00624158;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:16:16:71:72:0.818182:59:12:10:6:60:12:10:6 chr4 76807249 . C G 851.6 PASS AF=0.795181;AO=66;DP=83;FAO=66;FDP=83;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=57;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0394701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8734;QD=41.041;RBI=0.0433397;REFB=0.0056689;REVB=-0.0179009;RO=17;SAF=9;SAR=57;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282728;STB=0.652749;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00161698;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:17:17:66:66:0.795181:57:9:10:7:57:9:10:7 chr4 76807252 . C A 764.56 PASS AF=0.765432;AO=62;DP=82;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00293238;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6829;QD=37.756;RBI=0.0205274;REFB=-0.0906921;REVB=0.0203169;RO=20;SAF=9;SAR=53;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257849;STB=0.643397;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0297671;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:20:19:62:62:0.765432:53:9:10:10:53:9:10:9 chr4 76807270 . C T 790.63 PASS AF=0.75;AO=63;DP=84;FAO=63;FDP=84;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=55;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0252713;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.165;QD=37.6491;RBI=0.029293;REFB=-0.0255772;REVB=0.0148135;RO=21;SAF=8;SAR=55;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360714;STB=0.696128;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00658207;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:21:21:63:63:0.75:55:8:13:8:55:8:13:8 chr4 76807288 . A G 767.14 PASS AF=0.738095;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=84;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=53;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00119992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.48;QD=36.5302;RBI=0.0156788;REFB=-0.0674322;REVB=0.0156328;RO=21;SAF=9;SAR=53;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331159;STB=0.689408;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0125167;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:21:22:62:62:0.738095:53:9:13:8:53:9:14:8 chr4 76807302 . A G 733.17 PASS AF=0.731707;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0439883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3421;QD=35.7641;RBI=0.0610441;REFB=-0.000829534;REVB=-0.0423251;RO=22;SAF=8;SAR=52;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350813;STB=0.691064;STBP=0;TYPE=snp;VARB=8.50943e-05;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:22:22:60:60:0.731707:52:8:13:9:52:8:13:9 chr4 76807304 . A G 734.72 PASS AF=0.731707;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00785988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.988;QD=35.8401;RBI=0.0167161;REFB=-0.00367957;REVB=0.014753;RO=22;SAF=8;SAR=52;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350813;STB=0.691064;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000463037;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:22:22:60:60:0.731707:52:8:13:9:52:8:13:9 chr4 76807313 . C A 676.67 PASS AF=0.695122;AO=57;DP=82;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00324744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.8;QD=33.0085;RBI=0.00997923;REFB=-0.0444073;REVB=0.00943606;RO=23;SAF=7;SAR=50;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397959;STB=0.723589;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00510091;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:23:25:57:57:0.695122:50:7:14:9:50:7:15:10 chr4 76807325 . T A 457.88 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00899288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.659;QD=26.1644;RBI=0.0107672;REFB=-0.00842313;REVB=0.00592127;RO=26;SAF=7;SAR=36;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421533;STB=0.728378;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00350305;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:27:43:43:0.614286:36:7:17:9:36:7:17:10 chr4 76807334 . T C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0103315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.908;QD=19.4207;RBI=0.0308823;REFB=-0.00105344;REVB=0.0291029;RO=26;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372776;STB=0.70198;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00200369;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:22:7:17:9:22:7:17:10 chr4 76809386 . A G 1717.16 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9191;QD=60.2513;RBI=0.0533326;REFB=0;REVB=-0.00297678;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042003;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:59:54:0:0:59:55:0:0 chr4 76836137 . A G 728.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4995;QD=57.1609;RBI=0.0497307;REFB=0;REVB=0.0231435;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073015;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr4 76857309 . C T 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4412;QD=58.1171;RBI=0.0344426;REFB=0;REVB=0.0233521;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665266;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr4 76857388 . C T 340.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0229798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.65;QD=48.6066;RBI=0.0377213;REFB=-0.0834821;REVB=-0.0299137;RO=2;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223251;STB=0.512039;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00898747;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:17:9:1:1:17:9:1:1 chr4 76878688 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.547;QD=60.977;RBI=0.0176342;REFB=0;REVB=0.00421428;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100266;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr4 76942943 . C G 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.181;QD=61.535;RBI=0.0100893;REFB=0;REVB=-0.00893385;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46064e-05;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr4 76943137 . G C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6288;QD=58.9615;RBI=0.0981306;REFB=0;REVB=0.058796;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133858;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr4 76955913 . CT C,CC 618.04 PASS AF=0.097561,0.902439;AO=6,35;DP=42;FAO=4,37;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=3,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160986,0.0170013;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.032,269.55;QD=60.2968;RBI=0.0235247,0.0375452;REFB=0,0;REVB=0.0171536,0.0334753;RO=0;SAF=3,11;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00350043,-0.000378204;OID=.,.;OPOS=76955914,76955914;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.097561,0.902439:6,35:42:4,37:41:0:1,13:3,24:0:0:18:0:3,11:3,24:0:0 chr4 76956188 . T C 962.97 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0102437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.473;QD=53.4982;RBI=0.0129174;REFB=-0.0608774;REVB=0.00786929;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.520299;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00115563;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:1:4:68:68:0.944444:27:41:1:0:27:41:1:3 chr4 77021433 . C T 722.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.484;QD=62.8012;RBI=0.00746426;REFB=0;REVB=0.00561939;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52499e-05;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:27:16:0:0:29:17:0:0 chr4 77033590 . C T 905.86 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133783;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.711;QD=58.4425;RBI=0.020185;REFB=0;REVB=0.0151147;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34215e-05;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:37:25:0:0 chr4 77192868 . G A 803.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00320106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8346;QD=55.4085;RBI=0.0125667;REFB=0.0494633;REVB=-0.0121522;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00132676;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:1:0:29:28:1:0 chr4 77201487 . C T 715.68 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.06;QD=56.1314;RBI=0.0699867;REFB=0;REVB=-0.012789;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203465;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:27:23:1:0:27:24:0:0 chr4 77817362 . T C 210.24 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.019018;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.505;QD=13.3487;RBI=0.0739185;REFB=-0.0137098;REVB=-0.0714301;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214741;STB=0.519729;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0235719;OID=.;OPOS=77817362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:38:25:25:0.396825:12:13:20:17:12:13:21:17 chr4 77955743 . GTTTTA G 102.64 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00482222;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=5;MLLD=228.253;QD=7.465;RBI=0.0196359;REFB=-0.00626;REVB=0.0190346;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140939;STB=0.622947;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.00894818;OID=.;OPOS=77955744;OREF=TTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:18:53:19:55:36:12:7:16:20:99:12:11:7:5:7 chr4 77955960 . C T 536.46 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0197388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.993;QD=18.9897;RBI=0.0226186;REFB=-0.00892932;REVB=-0.0110445;RO=57;SAF=26;SAR=30;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246453;STB=0.513629;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00869319;OID=.;OPOS=77955960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:30:26:28:29:30:26:28:29 chr4 77957910 . CT CC,C 99.93 PASS AF=0,0.555556;AO=2,24;DP=54;FAO=0,30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=0,6;FSAR=0,24;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0608377,-0.121852;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=26.7182,7.8156;QD=7.40234;RBI=0.0653885,0.122587;REFB=0.00945422,0.0212088;REVB=-0.0239673,-0.0134003;RO=21;SAF=0,4;SAR=2,20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.458427,-0.255935;STB=0.5,0.605983;STBP=1,0.13;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.000665025;OID=.,.;OPOS=77957911,77957911;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.555556:2,24:54:0,30:54:24:0,6:0,24:9:15:81:21:0,4:2,20:8:13 chr4 77959131 . G A 322.37 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0146568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5438;QD=16.5316;RBI=0.0414516;REFB=-0.0100525;REVB=-0.0387739;RO=43;SAF=25;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194143;STB=0.60969;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0146749;OID=.;OPOS=77959131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:10:25:23:20:10:25:23:20 chr4 77977391 . G C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0191347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.59;QD=12.0206;RBI=0.0502425;REFB=-0.005254;REVB=-0.0464561;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184235;STB=0.608543;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00627463;OID=.;OPOS=77977391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:10:15:6:8:10:15 chr4 78638730 . T C 566.62 PASS AF=0.565217;AO=49;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00390536;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0478;QD=24.6355;RBI=0.0467654;REFB=-0.018217;REVB=0.046602;RO=39;SAF=31;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162498;STB=0.575013;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00924204;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:49:52:0.565217:18:31:17:22:21:31:17:23 chr4 78669454 . A G 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0103062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.445;QD=25.7285;RBI=0.0103916;REFB=-0.00432052;REVB=-0.00132948;RO=19;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179599;STB=0.59992;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00401894;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:8:18:9:10:8:18:9:10 chr4 78804474 . A G 296.81 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0128209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.353;QD=18.2649;RBI=0.0151359;REFB=-0.00437375;REVB=-0.00804492;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560024;STB=0.538881;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00373963;OID=.;OPOS=78804474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:17:15:17:15:17:15:18:15 chr4 78987157 . A G 369.66 PASS AF=0.569231;AO=35;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0288505;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.853;QD=22.7484;RBI=0.0291152;REFB=-0.015313;REVB=0.00391713;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108717;STB=0.576231;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0105927;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:28:35:37:0.569231:20:15:8:19:20:17:8:20 chr4 79186047 . G A 800.35 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176426;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5681;QD=57.1681;RBI=0.0235209;REFB=0;REVB=0.0234547;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067403;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:34:22:0:0 chr4 79186171 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.19;QD=62.6698;RBI=0.0302364;REFB=0;REVB=0.0261315;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45284e-05;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr4 79205699 . T A 1237.76 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0236476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.98;QD=58.9408;RBI=0.045829;REFB=-0.0619171;REVB=0.0392567;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242698;STB=0.512817;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00175384;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:44:38:2:0:44:38:2:0 chr4 79238649 . T C 1548.62 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193365;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.673;QD=58.9952;RBI=0.0193893;REFB=-0.0609113;REVB=-0.0014298;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497395;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:105:0:0:104:105:1:52:52:0:0:52:53:0:0 chr4 79240063 . A G 797.19 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.78;QD=56.942;RBI=0.0153887;REFB=0;REVB=-0.0150848;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110034;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr4 79284694 . C T 219.81 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0189792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.523;QD=17.5849;RBI=0.0197902;REFB=-0.0218689;REVB=0.00560741;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244036;STB=0.639866;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0232003;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:14:14:16:6:14:14 chr4 79300993 . G A 450.07 PASS AF=0.418919;AO=29;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0131498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4518;QD=24.3281;RBI=0.0218354;REFB=0.0212392;REVB=0.0174318;RO=20;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741615;STB=0.55009;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0161745;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:20:22:29:31:0.418919:13:16:13:7:15:16:14:8 chr4 79372930 . C T 196.35 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00382311;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.48;QD=17.4533;RBI=0.0277758;REFB=-0.00876912;REVB=-0.0275115;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984044;STB=0.505612;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.017231;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:11:14:11:9:11:14 chr4 79385719 . G A 434.95 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0090697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.118;QD=15.2615;RBI=0.00918503;REFB=-0.00961119;REVB=0.00145097;RO=65;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553307;STB=0.531012;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0122395;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:26:23:27:38:26:23:27:38 chr4 79387464 . A G 1120.74 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=76;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8323;QD=56.7461;RBI=0.0235682;REFB=-0.0875394;REVB=-0.00498431;RO=3;SAF=39;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350016;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00441745;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:79:3:1:73:78:0.987342:34:39:3:0:34:44:1:0 chr4 79387586 . A G 197.77 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0687899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7031;QD=18.8356;RBI=0.069344;REFB=0.0109641;REVB=0.00874864;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881007;STB=0.54995;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0144304;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:12:10:11:9:12:10 chr4 79400868 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.000758436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.811;QD=15.5772;RBI=0.00272974;REFB=-0.00419188;REVB=-0.00262226;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124738;STB=0.50707;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00454365;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:19:5:6:24:19:5:6:24 chr4 79437155 . C T 358.36 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000296591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.21;QD=17.0646;RBI=0.00690123;REFB=-0.00387882;REVB=0.00689485;RO=46;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202232;STB=0.613634;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00423745;OID=.;OPOS=79437155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:13:25:21:25:13:25:21:25 chr4 79447763 . T C 524.18 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.013148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.922;QD=21.3949;RBI=0.0188204;REFB=-0.0219457;REVB=0.0134661;RO=48;SAF=19;SAR=31;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127772;STB=0.570683;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0185464;OID=.;OPOS=79447763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:31:19:25:23:31:19:25:23 chr4 79455714 . C G 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0702055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.628;QD=14.7342;RBI=0.0734847;REFB=-0.00104159;REVB=0.021707;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231114;STB=0.640341;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000544939;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:19:8:18:17:19:8:19:17 chr4 79455733 . C T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0341201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9638;QD=17.5684;RBI=0.0351844;REFB=-0.00864364;REVB=0.00858861;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269841;STB=0.652064;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00816127;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:21:8:17:14:21:8:17:14 chr4 79525481 . A G 437.69 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00940539;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.494;QD=22.1617;RBI=0.0132725;REFB=-0.00658776;REVB=0.00936476;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153534;STB=0.593506;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00558081;OID=.;OPOS=79525481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:36:42:43:0.544304:21:21:11:24:21:22:11:25 chr4 79832286 . CCTT C 174.86 PASS AF=0.464286;AO=24;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0360396;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=221.009;QD=12.4903;RBI=0.0365086;REFB=-0.00483033;REVB=-0.00583321;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2426;STB=0.627805;STBP=0.104;TYPE=del;VARB=0.0058056;OID=.;OPOS=79832287;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:24:54:26:56:30:8:18:16:14:99:26:7:17:14:12 chr4 79832706 . C G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0107145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.569;QD=10.2403;RBI=0.0162118;REFB=-0.0073794;REVB=-0.0121664;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978809;STB=0.55871;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0283968;OID=.;OPOS=79832706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:13:6:4:6:13:6 chr4 79845007 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.183;QD=58.142;RBI=0.0168353;REFB=0;REVB=0.0161984;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87522e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr4 80329343 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0742512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.655;QD=19.8251;RBI=0.0747373;REFB=-0.0571695;REVB=-0.00850987;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176442;STB=0.575831;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0234015;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:25:27:27:0.519231:14:13:16:7:14:13:16:9 chr4 80827062 . T C 1630.67 PASS AF=0.926829;AO=114;DP=123;FAO=114;FDP=123;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0193534;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.156;QD=53.0298;RBI=0.0193551;REFB=-0.139749;REVB=-0.000253232;RO=8;SAF=54;SAR=60;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435486;STB=0.518483;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00188891;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:123:123:8:9:114:114:0.926829:60:54:1:7:60:54:2:7 chr4 80905990 . C G 239.29 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.471;QD=50.3778;RBI=0.0530295;REFB=0;REVB=-0.017872;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17891e-05;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:1:16:0:0:1:18:0:0 chr4 80977078 . T G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2751;QD=57.7115;RBI=0.0408699;REFB=0;REVB=0.0257332;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258583;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr4 81124596 . G C 2478.38 PASS AF=0.987879;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1825;QD=60.0819;RBI=0.0460623;REFB=-0.0455232;REVB=0.0407655;RO=1;SAF=75;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537692;STB=0.500486;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00400854;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:1:2:163:163:0.987879:88:75:0:1:88:75:1:1 chr4 81207963 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.805;QD=50.1322;RBI=0.0337444;REFB=-0.0591332;REVB=0.0119027;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00233599;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr4 81529518 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.11;QD=62.0214;RBI=0.0570279;REFB=0;REVB=0.0569786;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175832;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 81884722 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.696;QD=64.2853;RBI=0.00363137;REFB=0;REVB=-0.00273056;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63974e-07;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr4 81967187 . AC A,AT 398.11 PASS AF=0.275862,0.724138;AO=8,21;DP=29;FAO=8,21;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8,9;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487758,0.0419678;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=264.517,277.342;QD=54.9114;RBI=0.0489979,0.0421474;REFB=0,0;REVB=0.00465981,0.0038875;RO=0;SAF=8,9;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00984077,-0.0002996;OID=.,.;OPOS=81967188,81967188;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.275862,0.724138:8,21:29:8,21:29:0:8,9:0,12:0:0:42:0:8,9:0,12:0:0 chr4 81974809 . T C 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0832712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.13;QD=51.5091;RBI=0.0856018;REFB=0.0363854;REVB=0.019839;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=5.05693e-05;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr4 81975088 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.966;QD=47.8224;RBI=0.0497063;REFB=0;REVB=0.0260603;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277344;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr4 81977690 . C T 775.0 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.648;QD=63.2653;RBI=0.0391755;REFB=0;REVB=0.00909924;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160917;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:46:49:1:29:17:0:0:30:19:0:0 chr4 81977730 . A T 929.11 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00991635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.513;QD=55.4691;RBI=0.0120798;REFB=-0.169366;REVB=0.00689832;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.518513;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0010639;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:39:26:0:0:39:26:2:0 chr4 83274634 . C T 207.54 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.03612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0078;QD=13.39;RBI=0.0501475;REFB=-0.00986488;REVB=-0.0347868;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1875;STB=0.599923;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0114578;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:37:24:25:0.403226:11:13:13:23:12:13:13:24 chr4 83551007 . G A 265.45 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.035307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.691;QD=18.307;RBI=0.0382297;REFB=0.000217629;REVB=-0.0146602;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049778;STB=0.517353;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.000248324;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:29:28:29:0.5:16:12:14:15:16:13:14:15 chr4 83551119 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0672663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.088;QD=17.8395;RBI=0.0743106;REFB=0.0223689;REVB=0.0315802;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00760115;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:8:6:8:6:8:6 chr4 83582064 . G T 197.71 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00769223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.341;QD=18.8291;RBI=0.0136231;REFB=-0.0339482;REVB=0.0112436;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367584;STB=0.710879;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0208372;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:4:16:10:12:4:16:10:12 chr4 83582211 . C G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0152453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.998;QD=18.6448;RBI=0.0289223;REFB=-0.017007;REVB=-0.0245781;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165626;STB=0.595095;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0147019;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:7:6:4:10:7:6 chr4 83788344 . A T 871.11 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00830128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.198;QD=56.2007;RBI=0.0442599;REFB=-0.0526952;REVB=0.0434744;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178082;STB=0.509431;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000300127;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:26:35:0:1:26:35:0:1 chr4 83792555 . C A 83.56 PASS AF=0.625;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0570464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4145;QD=20.8891;RBI=0.0574281;REFB=-0.0121655;REVB=-0.00660977;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00345822;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:5:6:10:10:0.625:4:6:3:2:4:6:3:3 chr4 83795806 . T C 145.44 PASS AF=0.339286;AO=15;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0163303;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.712;QD=10.3882;RBI=0.0177787;REFB=-0.0274728;REVB=0.00702891;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21;STB=0.508466;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0531032;OID=.;OPOS=83795806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:37:15:19:0.339286:5:10:14:15:9:10:19:18 chr4 83838217 . G A 1305.49 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740055;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.301;QD=62.1663;RBI=0.00788308;REFB=0;REVB=0.00271567;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34994e-05;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr4 83838262 . G T 577.94 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00193938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.652;QD=24.3343;RBI=0.0106032;REFB=-0.0140153;REVB=0.0104244;RO=42;SAF=27;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843192;STB=0.546194;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00861641;OID=.;OPOS=83838262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:26:27:17:25:26:27:17:25 chr4 83839799 . A G 567.41 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179547;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.163;QD=58.1961;RBI=0.0241123;REFB=-0.0450952;REVB=-0.0160945;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000186624;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr4 83849057 . G A 380.71 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0222197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.04;QD=19.5235;RBI=0.0326866;REFB=-0.0287805;REVB=-0.0239729;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231547;STB=0.512865;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0283915;OID=.;OPOS=83849057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:18:21:20:19:18:21:20:19 chr4 83900043 . A G 981.06 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131341;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.342;QD=57.7095;RBI=0.00481116;REFB=0.022279;REVB=-0.00462841;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103874;STB=0.505493;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000285994;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:45:22:0:1:45:22:0:1 chr4 84191031 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.734;QD=51.184;RBI=0.0477782;REFB=0;REVB=0.032985;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991028;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr4 84230619 . T C 230.2 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0208654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8453;QD=46.0403;RBI=0.0327163;REFB=-0.169503;REVB=-0.0251991;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0123073;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:19:19:0.95:10:9:0:0:10:9:1:0 chr4 84353302 . A C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0060401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6156;QD=12.8608;RBI=0.0514001;REFB=-0.0286947;REVB=-0.051044;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0536305;OID=.;OPOS=84353302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr4 84364751 . A G 722.29 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.211;QD=61.4713;RBI=0.0318814;REFB=0;REVB=0.0108563;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193313;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:47:0:0:45:47:1:25:20:0:0:26:21:0:0 chr4 84370091 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.708;QD=58.5865;RBI=0.0144023;REFB=0;REVB=0.00637485;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52162e-05;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr4 84374480 . C T 1187.45 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4278;QD=60.8949;RBI=0.102506;REFB=0;REVB=0.100892;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622754;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:34:42:0:0:36:42:0:0 chr4 84376743 . A T 727.33 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911545;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4498;QD=57.0455;RBI=0.0950633;REFB=0;REVB=0.0269795;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974691;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr4 84380955 . G T 708.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.904;QD=62.9479;RBI=0.0247079;REFB=0;REVB=0.0216659;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5632e-05;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:24:19:0:0:25:20:0:0 chr4 84382552 . A T 914.81 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0281597;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.967;QD=55.443;RBI=0.0285938;REFB=-0.0101136;REVB=-0.0049634;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50095;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=8.25717e-06;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:63:64:0.969697:33:30:0:0:34:30:1:1 chr4 84383810 . C T 1451.11 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.872;QD=61.7493;RBI=0.0326047;REFB=-0.0404024;REVB=0.0179331;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000417407;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:0:1:91:93:0.989362:35:56:0:0:36:57:0:1 chr4 84557407 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0210856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.068;QD=21.2676;RBI=0.0761459;REFB=-0.00891114;REVB=0.0731683;RO=14;SAF=16;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550913;STB=0.823013;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00487454;OID=.;OPOS=84557407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:1:16:8:6:1:16:8:6 chr4 85609112 . A C 182.93 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0544468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.677;QD=25.2317;RBI=0.0554155;REFB=-0.0434942;REVB=-0.0103163;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851024;STB=0.547214;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0287043;OID=.;OPOS=85609112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:13:5:2:9:13:5:2:9 chr4 85623597 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00605624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.304;QD=14.1956;RBI=0.00914949;REFB=-0.0200941;REVB=-0.00685822;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420619;STB=0.524556;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0263509;OID=.;OPOS=85623597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:17:5:3:12:17:5 chr4 85762385 . T C 315.3 PASS AF=0.338983;AO=40;DP=118;FAO=40;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0143666;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.476;QD=10.6881;RBI=0.0143903;REFB=-0.0219415;REVB=0.000826214;RO=78;SAF=18;SAR=22;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720489;STB=0.541575;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0380146;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:78:78:40:40:0.338983:22:18:40:38:22:18:40:38 chr4 86021741 . C T 763.76 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.532;QD=56.5748;RBI=0.0242394;REFB=0;REVB=0.0102766;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83609e-05;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:25:25:0:0:27:27:0:0 chr4 86021765 . C T 730.79 PASS AF=0.947368;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0761325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1511;QD=51.2832;RBI=0.0769988;REFB=-0.0327446;REVB=-0.011518;RO=2;SAF=27;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336162;STB=0.525414;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00255704;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:57:2:3:52:54:0.947368:25:27:2:0:26:28:3:0 chr4 86021967 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.775;QD=60.9786;RBI=0.00763624;REFB=0;REVB=0.00685507;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65552e-06;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr4 86844835 . A G 697.07 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0226444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.346;QD=52.6089;RBI=0.0384542;REFB=-0.0759247;REVB=0.0310798;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.503431;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000389282;OID=.;OPOS=86844835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:1:2:51:51:0.962264:21:30:1:0:21:30:1:1 chr4 86915848 . T C 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5459;QD=63.2682;RBI=0.0297915;REFB=0;REVB=0.0215131;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23872e-06;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr4 86915923 . G A 527.49 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.66;QD=57.0261;RBI=0.0489624;REFB=-0.182446;REVB=-0.0445543;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.515143;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0035341;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:0:1:36:36:0.972973:20:16:0:0:20:16:1:0 chr4 86922187 . A T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.667;QD=57.5453;RBI=0.0280729;REFB=0;REVB=0.00282469;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27549e-05;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr4 87024409 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.449;QD=51.9149;RBI=0.0786135;REFB=0;REVB=0.0634177;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527097;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr4 87809387 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.497;QD=62.6709;RBI=0.0301893;REFB=0;REVB=-0.0181633;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70679e-05;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr4 87968041 . C T 286.19 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0317862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1514;QD=18.171;RBI=0.0359169;REFB=-0.017932;REVB=0.0167229;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715676;STB=0.539911;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0196731;OID=.;OPOS=87968041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:21:11:13:18:21:11 chr4 88056925 . A G 327.4 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349607;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.666;QD=54.5665;RBI=0.0499385;REFB=0;REVB=-0.049816;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142349;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:5:17:0:0:6:18:0:0 chr4 88057353 . G A 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2805;QD=59.4296;RBI=0.0555655;REFB=0;REVB=-0.0512011;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124777;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr4 88059415 . G A 1000.16 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00243145;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0361;QD=57.9804;RBI=0.0448535;REFB=-0.00109356;REVB=0.0447875;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00302531;OID=.;OPOS=88059415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:27:39:0:1:28:40:0:1 chr4 88059642 . GGTGTGTGTGT G,GGT 238.67 PASS AF=0.137931,0.62069;AO=4,15;DP=22;FAO=4,18;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=0,3;FSAR=4,15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0511208,0.0371578;FXX=0.0644953;HRUN=2,1;LEN=10,8;MLLD=254.112,317.101;QD=32.9193;RBI=0.0512572,0.0524501;REFB=-0.0133715,-0.0512013;REVB=0.00373689,0.0370177;RO=0;SAF=0,1;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.996819,0.660174;STBP=0.054,0.046;TYPE=del,del;VARB=0.0498642,0.0141278;OID=.,.;OPOS=88059643,88059643;OREF=GTGTGTGTGT,GTGTGTGT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.137931,0.62069:4,15:22:4,18:29:7:0,3:4,15:4:3:50:0:0,1:4,14:0:0 chr4 88061624 . ATATAT A 141.89 PASS AF=0.875;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0120097;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=224.266;QD=35.4732;RBI=0.0121472;REFB=0.0261317;REVB=-0.00182276;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624804;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=-0.00160405;OID=.;OPOS=88061625;OREF=TATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:11:14:14:16:2:3:11:2:0:10:0:3:8:0:0 chr4 88258483 . T C 669.6 PASS AF=0.956522;AO=35;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179325;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=141.846;QD=58.2262;RBI=0.0191287;REFB=-0.125492;REVB=0.00665826;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000358188;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:46:0:2:35:44:0.956522:19:16:0:0:24:20:1:1 chr4 88308058 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00940367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3658;QD=9.11011;RBI=0.0134509;REFB=-0.00398644;REVB=-0.00961762;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741896;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0120113;OID=.;OPOS=88308058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:5:11:5:3:5:11 chr4 88333389 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0097;QD=58.1402;RBI=0.0209222;REFB=0;REVB=0.00371093;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032086;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr4 88333400 . A T 520.45 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.446;QD=59.4801;RBI=0.0310768;REFB=0;REVB=0.0303924;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89379e-05;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr4 88415592 . C A 74.17 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0118445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1076;QD=5.59804;RBI=0.0433409;REFB=-0.0203109;REVB=-0.041691;RO=38;SAF=9;SAR=2;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368332;STB=0.746541;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0436314;OID=.;OPOS=88415592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:38:42:11:11:0.207547:2:9:21:17:2:9:23:19 chr4 88534065 . G A 255.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.508;QD=51.0903;RBI=0.0427455;REFB=0;REVB=0.0421682;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370646;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr4 88534235 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.609;QD=45.8068;RBI=0.0162962;REFB=0;REVB=0.0136842;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011926;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr4 88535868 . AC GT 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0302253;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=89.5222;QD=6.92899;RBI=0.0415151;REFB=-0.0248433;REVB=-0.0284594;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111604;STB=0.571195;STBP=0.693;TYPE=mnp;VARB=0.0766767;OID=.;OPOS=88535868;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:9:6:3:3:9:6 chr4 88536362 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.184;QD=39.2067;RBI=0.0869002;REFB=0;REVB=0.0582939;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393582;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr4 88583135 . A T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0194289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.846;QD=15.6509;RBI=0.0209194;REFB=-0.00885712;REVB=0.00775484;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304145;STB=0.675546;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0176127;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:13:8:11:5:13:8 chr4 88732746 . A G 244.04 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0269067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.349;QD=23.2417;RBI=0.0504652;REFB=-0.0411308;REVB=0.0426939;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997102;STB=0.555508;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0392371;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:13:6:10:13:13:6 chr4 88732874 . A G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00819079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.826;QD=16.4433;RBI=0.014369;REFB=-0.000687807;REVB=-0.0118059;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262714;STB=0.649855;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00332614;OID=.;OPOS=88732874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:18:9:12:8:18:9 chr4 88813503 . T C 621.41 PASS AF=0.444444;AO=67;DP=153;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.00518331;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.987;QD=16.2459;RBI=0.0151115;REFB=-0.00799926;REVB=0.0141948;RO=85;SAF=30;SAR=37;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111997;STB=0.509915;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0102843;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:85:67:68:0.444444:37:30:39:46:38:30:39:46 chr4 88902692 . T C 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00051246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.701;QD=18.7946;RBI=0.0171005;REFB=-0.00468706;REVB=0.0170928;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258596;STB=0.64603;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00712855;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:18:9:14:9:18:9 chr4 88903789 . A G 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00440706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.061;QD=16.8122;RBI=0.0266282;REFB=-0.0108736;REVB=-0.026261;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145372;STB=0.581496;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00902285;OID=.;OPOS=88903789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:17:21:19:28:17:21:19:28 chr4 88903853 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.01476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.429;QD=15.5771;RBI=0.0150564;REFB=-0.0231913;REVB=-0.00297268;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157594;STB=0.589547;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0195329;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:16:14:15:9:16:14 chr4 88921446 . G C 417.38 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0336358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7646;QD=19.8752;RBI=0.0477748;REFB=0.00724366;REVB=0.0339273;RO=41;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164634;STB=0.586226;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0061194;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:42:42:0.5:15:27:19:22:15:27:20:22 chr4 88921512 . G A 336.68 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0360614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.955;QD=17.2654;RBI=0.0362837;REFB=-0.00529;REVB=-0.00401041;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170905;STB=0.602562;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00693354;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:13:23:19:22:13:23:19:23 chr4 89052323 . G T 327.89 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0184234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.414;QD=16.3944;RBI=0.0184235;REFB=0.00797344;REVB=-6.81616e-05;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21589;STB=0.603488;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00813792;OID=.;OPOS=89052323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:35:36:0.45:12:23:19:24:13:23:20:24 chr4 89061114 . C T 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0104703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.779;QD=23.3589;RBI=0.0167289;REFB=-0.0030778;REVB=0.0130472;RO=29;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278826;STB=0.653386;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00407059;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:26:13:20:9:26:13:20:9 chr4 89182518 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.477;QD=48.7372;RBI=0.0484053;REFB=0;REVB=0.0482474;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340157;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr4 89300136 . CGGGGC CGGGC,CGGGCG,GGGGCG 45.77 PASS AF=0.34375,0,0.0625;AO=14,2,2;DP=34;FAO=11,0,2;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3,0,2;FSAR=8,0,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0470898,-0.0561439,-0.0619416;FXX=0.0588062;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,6;MLLD=11.7274,106.216,114.558;QD=5.72082;RBI=0.129419,0.0673722,0.0738447;REFB=-0.126748,-0.00302068,0.00596682;REVB=-0.120548,-0.0372407,-0.0402029;RO=14;SAF=1,2,2;SAR=13,0,0;SRF=4;SRR=10;SSEN=0.380952,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.400648,0.644719,0.644719;STB=0.507678,0.5,0.996677;STBP=0.982,1,0.058;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.175632,0.0916056,0.135701;OID=.,.,.;OPOS=89300137,89300140,89300136;OREF=G,GC,CGGGGC;OALT=-,CG,GGGGCG;OMAPALT=CGGGC,CGGGCG,GGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:34:32:14:19:14,2,2:11,0,2:0.34375,0,0.0625:13,0,0:1,2,2:4:10:8,0,0:3,0,2:5:14 chr4 89311962 . T C 1731.2 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.78;QD=60.744;RBI=0.0410665;REFB=0;REVB=0.0126837;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1889e-05;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:59:55:0:0:59:55:0:0 chr4 89319296 . T C 204.07 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0869081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4277;QD=48.0167;RBI=0.131129;REFB=0;REVB=0.0981924;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514926;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr4 89397091 . A G 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7185;QD=60.5457;RBI=0.0264284;REFB=0;REVB=-0.00584976;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114982;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr4 89415396 . T C 1009.73 PASS AF=0.911392;AO=72;DP=79;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0260278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4984;QD=51.1255;RBI=0.0260948;REFB=-0.00319256;REVB=0.00186842;RO=6;SAF=37;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221974;STB=0.505102;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00289568;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:79:79:6:7:72:72:0.911392:35:37:4:2:35:37:4:3 chr4 89443162 . G A 405.42 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0706774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0082;QD=25.3387;RBI=0.0714575;REFB=0.0124511;REVB=-0.01053;RO=23;SAF=19;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950292;STB=0.534119;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00835679;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:25:39:39:0.609375:20:19:8:15:20:19:10:15 chr4 89504991 . G A,T 682.8 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=42,3;DP=45;FAO=42,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148536,0.00862196;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.472,124.007;QD=60.693;RBI=0.0390908,0.0333323;REFB=0,0;REVB=0.0361588,0.0321979;RO=0;SAF=18,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000915414,0.0264896;OID=.,.;OPOS=89504991,89504991;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:45:0:0:42,3:42,3:0.933333,0.0666667:24,3:18,0:0:0:24,3:18,0:0:0 chr4 89505014 . CA AT 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945342;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.708;QD=58.1421;RBI=0.0111242;REFB=0;REVB=0.00586354;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.72399e-06;OID=.;OPOS=89505014;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr4 89577214 . A T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.344;QD=60.7156;RBI=0.0334066;REFB=0;REVB=0.000325413;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46263e-05;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr4 89617387 . A G 940.81 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000249936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.228;QD=57.0187;RBI=0.0171832;REFB=-0.0306078;REVB=0.0171814;RO=1;SAF=42;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111164;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0113891;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:23:42:1:0:23:42:1:0 chr4 89618837 . T C 538.41 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.492;QD=59.8231;RBI=0.0207718;REFB=0;REVB=0.0154106;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83085e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr4 89619276 . A G 735.57 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.423;QD=62.6015;RBI=0.0599297;REFB=0;REVB=0.0171971;RO=0;SAF=7;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110953;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:39:7:0:0:39:8:0:0 chr4 89647797 . AAAC AAAA,AAA,AA,A 379.21 PASS AF=0,0,1,0;AO=8,9,10,6;DP=36;FAO=0,0,28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,18,0;FSAR=0,0,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189477,0.00628347,0.0110852,0.0162093;FXX=0.0666445;HRUN=1,1,7,7;LEN=1,1,2,3;MLLD=270.042,276.949,281.884,273.603;QD=54.173;RBI=0.0264577,0.0264671,0.0267351,0.0273122;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0263897,0.0257104,0.0243287,0.0219822;RO=0;SAF=3,7,6,2;SAR=5,2,4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-4.46938e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0.0132859,-0.00141061,0.0132276;OID=.,.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799,89647798;OREF=C,C,AC,AAC;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAA,AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:8,9,10,6:36:0,0,28,0:28:0:0,0,18,0:0,0,10,0:0:0:3:0:3,7,6,2:5,2,4,4:0:0 chr4 89670155 . C T 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.325;QD=61.0454;RBI=0.0162853;REFB=0;REVB=0.0151577;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88744e-05;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr4 90168415 . A T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0153841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.316;QD=14.139;RBI=0.0159432;REFB=-0.0102726;REVB=0.00418526;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822685;STB=0.547759;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.015526;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:13:7:6:8:13:7 chr4 90168566 . C A 109.06 PASS AF=0.242857;AO=16;DP=69;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.018923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9111;QD=6.23203;RBI=0.0346627;REFB=-0.0350394;REVB=-0.0290417;RO=53;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522264;STB=0.55681;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0177244;OID=.;OPOS=90168566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:53:53:16:17:0.242857:9:7:21:32:9:8:21:32 chr4 90168572 . C T 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.012318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7053;QD=6.17938;RBI=0.0756225;REFB=-0.0086649;REVB=-0.0746125;RO=51;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473095;STB=0.529375;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.034839;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:10:6:21:30:10:6:21:30 chr4 90169925 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00320639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.491;QD=13.6607;RBI=0.0228255;REFB=-0.0282963;REVB=-0.0225992;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983446;STB=0.574359;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0402813;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:5:9:11:9:5:9:11:10 chr4 90874879 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.135;QD=57.6802;RBI=0.06399;REFB=0;REVB=-0.0034907;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224887;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr4 91246755 . A G 49.83 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00575044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.748;QD=4.33301;RBI=0.0790477;REFB=-0.000707651;REVB=-0.0788383;RO=37;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17877;STB=0.637132;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-3.84671e-05;OID=.;OPOS=91246755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:46:37:38:8:8:0.173913:2:6:23:14:2:6:23:15 chr4 91291407 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.099;QD=56.9383;RBI=0.0275271;REFB=0;REVB=0.0171022;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71032e-05;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr4 91584992 . A G 1510.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.41;QD=63.6027;RBI=0.0334619;REFB=0;REVB=0.00951528;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103728;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr4 91585060 . A T 798.28 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.969;QD=57.0202;RBI=0.0616245;REFB=0;REVB=0.0562926;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121189;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr4 92240276 . TAA TA,TAT 1623.8 PASS AF=0.0530973,0.946903;AO=37,68;DP=114;FAO=6,107;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=3,62;FSAR=3,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379572,0.101305;FXX=0.00877116;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.9918,31.3815;QD=57.4797;RBI=0.0395635,0.155478;REFB=0,0;REVB=-0.011159,0.117944;RO=0;SAF=20,42;SAR=17,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0232248,0.0272603;OID=.,.;OPOS=92240277,92240278;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0530973,0.946903:37,68:114:6,107:113:0:3,62:3,45:0:0:10:0:20,42:17,26:0:0 chr4 92240802 . C A,T 765.86 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,51;DP=53;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103862,0.000354783;FXX=0.0526223;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.157,83.4249;QD=56.7301;RBI=0.0104666,0.00666678;REFB=0,0;REVB=-0.00129515,-0.00665734;RO=0;SAF=1,28;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97956e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129722,-0.00123095;OID=.,.;OPOS=92240802,92240802;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:54:0:0:2,51:2,52:0.037037,0.962963:1,23:1,28:0:0:1,24:1,28:0:0 chr4 92246344 . G A 1857.77 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395123;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.054;QD=61.4138;RBI=0.0500655;REFB=0;REVB=0.0307464;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60141e-06;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:120:121:1:68:52:0:0:69:52:0:0 chr4 94032058 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0262942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3785;QD=2.49542;RBI=0.0303516;REFB=-0.00208343;REVB=-0.0151602;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129069;STB=0.509771;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0115109;OID=.;OPOS=94032058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:3:3:23:22:3:3:23:22 chr4 94316763 . T G 825.45 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0252123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8103;QD=54.1281;RBI=0.0296966;REFB=0.0659782;REVB=0.0156916;RO=2;SAF=29;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314298;STB=0.516661;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00225052;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:30:29:2:0:30:29:2:0 chr4 94411809 . G A 1601.67 PASS AF=0.433168;AO=172;DP=399;FAO=175;FDP=404;FR=.;FRO=229;FSAF=101;FSAR=74;FSRF=110;FSRR=119;FWDB=0.00240052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.944;QD=15.8582;RBI=0.00778771;REFB=-0.0114282;REVB=0.0074085;RO=225;SAF=99;SAR=73;SRF=110;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892196;STB=0.555239;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0119874;OID=.;OPOS=94411809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:404:225:229:172:175:0.433168:73:99:110:115:74:101:110:119 chr4 95134165 . C G 800.55 PASS AF=0.983051;AO=27;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7631;QD=54.2743;RBI=0.0497944;REFB=-0.143314;REVB=0.0284488;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00235115;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:27:58:0.983051:16:11:0:0:34:24:0:1 chr4 95169682 . G T 866.57 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0226248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7801;QD=53.3271;RBI=0.0232982;REFB=-0.0308014;REVB=0.00556098;RO=3;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131216;STB=0.506956;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.021161;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:32:30:1:2:32:30:1:2 chr4 95170839 . G A 972.08 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.521;QD=58.9138;RBI=0.0359656;REFB=0;REVB=0.0322847;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11829e-05;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:26:40:0:0 chr4 95173779 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6368;QD=62.6684;RBI=0.0128053;REFB=0;REVB=-0.0116997;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202226;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr4 95186055 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.531;QD=62.9829;RBI=0.00689299;REFB=0;REVB=0.00104577;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32808e-05;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr4 95197520 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.046;QD=63.6147;RBI=0.0264133;REFB=0;REVB=0.0139672;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77062e-05;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr4 95211610 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.328;QD=60.6092;RBI=0.0322032;REFB=0;REVB=-0.0292936;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62263e-05;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr4 95503902 . T C 1026.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2185;QD=59.4898;RBI=0.0350117;REFB=0;REVB=0.0344982;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216149;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:45:23:0:0:46:23:0:0 chr4 95531417 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.545;QD=62.0187;RBI=0.0277711;REFB=0;REVB=-0.00534631;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7631e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 95539267 . G A 817.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.926;QD=57.3527;RBI=0.0101712;REFB=0;REVB=0.00411961;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65607e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr4 95561459 . A G 808.23 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0455191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.417;QD=53.8816;RBI=0.0601542;REFB=-0.0401718;REVB=0.0393261;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.500575;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000742434;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:30:28:1:0:30:28:1:1 chr4 95578588 . G A 1190.19 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7628;QD=61.0353;RBI=0.0405789;REFB=0;REVB=0.0295417;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023012;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:30:47:0:0:30:48:0:0 chr4 95587587 . T C 1051.92 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027105;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9188;QD=58.4401;RBI=0.0392039;REFB=0.0547308;REVB=-0.0283243;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000620317;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:1:0:38:33:1:0 chr4 96075965 . C T 1117.05 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.484;QD=60.3813;RBI=0.0411326;REFB=0;REVB=0.0406421;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07419e-05;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:40:34:0:0 chr4 96106322 . A G 1234.2 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267554;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.491;QD=61.7098;RBI=0.0101105;REFB=0;REVB=0.00975001;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42206e-06;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:81:80:1:52:29:0:0:51:29:0:0 chr4 96123981 . C T 1044.43 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.554;QD=58.8411;RBI=0.0048389;REFB=0;REVB=-0.00467062;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7118e-05;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:35:36:0:0 chr4 96127869 . T G 785.83 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.139;QD=64.1491;RBI=0.0158094;REFB=0;REVB=0.00440424;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75812e-05;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:19:30:0:0 chr4 96256616 . A G 905.83 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435054;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.265;QD=58.4407;RBI=0.043515;REFB=0;REVB=0.000914896;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360293;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr4 96256673 . G A 1299.46 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.52;QD=61.8788;RBI=0.0427148;REFB=0;REVB=-0.0424299;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26562e-05;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr4 97270063 . C A 142.37 PASS AF=0.421053;AO=12;DP=33;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0134013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.64;QD=14.986;RBI=0.0316307;REFB=-0.029108;REVB=-0.0286514;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345229;STB=0.613498;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0301532;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:38:13:22:12:16:0.421053:6:6:7:6:7:9:8:14 chr4 98893437 . A G 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0288926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.151;QD=16.1055;RBI=0.0341636;REFB=-0.0320336;REVB=-0.0182309;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428787;STB=0.524662;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0455212;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:12:10:7:10:12:10 chr4 98893476 . C T 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0118436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.231;QD=16.5332;RBI=0.0151327;REFB=0.00419302;REVB=-0.00941953;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173234;STB=0.599344;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0109573;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:13:10:11:7:13:10 chr4 99802070 . A C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00320757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.549;QD=23.3999;RBI=0.0364943;REFB=-0.0718623;REVB=-0.0363531;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0120262;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr4 99812428 . G A 40.33 PASS AF=0.131579;AO=4;DP=38;FAO=5;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00984495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.008;QD=4.24521;RBI=0.026223;REFB=-0.00181831;REVB=-0.0243048;RO=25;SAF=0;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605891;STB=0.779331;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0624248;OID=.;OPOS=99812428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:25:29:4:5:0.131579:4:0:11:14:4:1:15:14 chr4 99850126 . A G 205.77 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00796338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2735;QD=14.6977;RBI=0.0731234;REFB=-0.00675654;REVB=-0.0726885;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174178;STB=0.543443;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0261612;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:32:25:24:0.428571:11:14:20:7:10:14:21:11 chr4 99982771 . G A 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0253124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.986;QD=6.64713;RBI=0.029413;REFB=-0.00660936;REVB=-0.0149801;RO=43;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47232;STB=0.786672;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0295335;OID=.;OPOS=99982771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:4:10:13:30:4:10:13:30 chr4 100045574 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.541;QD=52.6132;RBI=0.017215;REFB=0;REVB=-0.00408334;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85239e-05;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr4 100045616 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.176;QD=52.6132;RBI=0.0572045;REFB=0;REVB=-0.0541638;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000625654;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr4 100045647 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.001;QD=51.1819;RBI=0.0461832;REFB=0;REVB=0.0349295;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359287;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr4 100048414 . T C 1032.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247274;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.381;QD=59.8481;RBI=0.0294205;REFB=0;REVB=0.015941;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55301e-05;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:31:38:0:0 chr4 100052733 . C A 518.64 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.488;QD=59.2729;RBI=0.0197732;REFB=0;REVB=0.019217;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36311e-05;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:13:18:0:0:17:18:0:0 chr4 100062819 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.891;QD=62.022;RBI=0.0466979;REFB=0;REVB=0.025851;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015768;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 100064247 . G T 1333.63 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7853;QD=62.0293;RBI=0.065485;REFB=0;REVB=-0.0274922;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613577;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:32:53:0:0:32:54:0:0 chr4 100064305 . C G 1201.2 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334845;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.706;QD=58.5953;RBI=0.0334853;REFB=-0.0949187;REVB=-0.000227846;RO=1;SAF=50;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937386;STB=0.504672;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00108986;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:1:1:78:81:0.987805:28:50:1:0:28:53:1:0 chr4 100131618 . A C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00880939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.905;QD=18.1185;RBI=0.0127135;REFB=-0.00793513;REVB=-0.00916672;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00807906;OID=.;OPOS=100131618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:11:9:9:9:11:9 chr4 100140306 . A T 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.569;QD=58.6478;RBI=0.0658384;REFB=-0.0697832;REVB=0.0636091;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0106985;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:1:0:18:22:1:0 chr4 100235053 . A G 2391.9 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014798;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5771;QD=64.212;RBI=0.0406451;REFB=0;REVB=-0.0378556;RO=0;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110966;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:147:149:1:77:70:0:0:77:72:0:0 chr4 100239319 . T C 336.6 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0174223;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4922;QD=12.4665;RBI=0.019358;REFB=-0.00291683;REVB=0.00843769;RO=67;SAF=16;SAR=25;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810661;STB=0.546235;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00484297;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:67:41:41:0.37963:25:16:31:36:25:16:31:36 chr4 100260746 . C T 335.28 PASS AF=0.682927;AO=29;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00560321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9868;QD=32.7106;RBI=0.0467986;REFB=-0.0718559;REVB=-0.046462;RO=12;SAF=19;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419808;STB=0.549097;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0142128;OID=.;OPOS=100260746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:41:12:13:29:28:0.682927:10:19:7:5:9:19:7:6 chr4 100266133 . T C 724.74 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00528519;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.484;QD=21.7967;RBI=0.0265085;REFB=-0.031501;REVB=0.0259763;RO=63;SAF=31;SAR=39;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125104;STB=0.506865;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0229343;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:63:70:70:0.526316:39:31:27:36:39:31:27:36 chr4 100268190 . A C 2239.0 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0743597;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8319;QD=59.3112;RBI=0.0744065;REFB=-0.0156517;REVB=0.00263694;RO=2;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111889;STB=0.505882;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=4.96011e-05;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:149:149:0.986755:84:65:0:2:84:65:0:2 chr4 100356179 . C T 195.77 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0562891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.386;QD=17.7976;RBI=0.0568837;REFB=-0.0130304;REVB=0.00820343;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110526;STB=0.562441;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0168244;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:5:19:14:6:5:19 chr4 100443720 . G A 137.21 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0304444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8339;QD=8.71173;RBI=0.0424658;REFB=0.0156517;REVB=-0.0296055;RO=44;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104476;STB=0.562433;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0364307;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:7:12:24:20:7:12:24:20 chr4 100443782 . T C 52.19 PASS AF=0.219512;AO=8;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00678005;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.612;QD=5.09212;RBI=0.0143803;REFB=-0.0265401;REVB=0.0126816;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037728;STB=0.567418;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.143573;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:41:41:32:32:8:9:0.219512:4:4:15:17:4:5:15:17 chr4 100443784 . C G 59.7 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00775637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.781;QD=5.68562;RBI=0.00777251;REFB=-0.0295484;REVB=-0.000500731;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854607;STB=0.555432;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0219594;OID=.;OPOS=100443784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:16:17:4:5:16:17 chr4 100443800 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00679012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0162;QD=6.10449;RBI=0.00756003;REFB=-0.00150423;REVB=-0.00332392;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236656;STB=0.651801;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00571203;OID=.;OPOS=100443800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:3:5:11:15:3:5:11:15 chr4 100457117 . A ACAGT 169.42 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.000221733;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.673;QD=15.76;RBI=0.00430263;REFB=-0.0156504;REVB=0.00429691;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28774;STB=0.664811;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.0177687;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:18:43:18:43:25:7:11:17:8:99:25:7:11:17:8 chr4 100504664 . T C 331.65 PASS AF=0.402174;AO=29;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00408267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4674;QD=14.4194;RBI=0.018468;REFB=-0.00710909;REVB=0.0180111;RO=50;SAF=7;SAR=22;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351067;STB=0.656239;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0135976;OID=.;OPOS=100504664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:55:29:37:0.402174:22:7:27:23:25:12:32:23 chr4 100784980 . C T 284.51 PASS AF=0.757576;AO=23;DP=32;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0200781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.423;QD=34.486;RBI=0.0298305;REFB=-0.0522381;REVB=0.0220619;RO=8;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19493;STB=0.610165;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00808924;OID=.;OPOS=100784980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:33:8:8:23:25:0.757576:15:8:6:2:17:8:6:2 chr4 100805207 . C A 1339.73 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.439;QD=62.3129;RBI=0.0214077;REFB=0;REVB=-0.0145607;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50962e-05;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:34:51:0:0:34:52:0:0 chr4 101368660 . T TG 163.06 PASS AF=0.526316;AO=4;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.122847;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=164.069;QD=17.1645;RBI=0.125835;REFB=-0.0455608;REVB=-0.0272583;RO=34;SAF=0;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578595;STB=0.529383;STBP=0.718;TYPE=ins;VARB=0.0695334;OID=.;OPOS=101368661;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:4:38:20:38:18:9:11:7:11:99:34:0:4:16:18 chr4 101368661 . A G 142.64 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0549224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.445;QD=14.2635;RBI=0.0633738;REFB=-0.035645;REVB=-0.0316191;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275068;STB=0.658351;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0629353;OID=.;OPOS=101368661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:7:17:7:9:7:17 chr4 101401161 . TAAC T 472.76 PASS AF=0.507576;AO=66;DP=133;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00406895;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.973;QD=14.3261;RBI=0.00873077;REFB=-0.00687914;REVB=-0.00772463;RO=62;SAF=28;SAR=38;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095721;STB=0.559791;STBP=0.171;TYPE=del;VARB=0.00700235;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507576:66:133:67:132:65:28:39:35:30:99:62:28:38:33:29 chr4 102251501 . T C 624.98 PASS AF=0.434783;AO=69;DP=161;FAO=70;FDP=161;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0059611;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.639;QD=15.5274;RBI=0.0346947;REFB=-0.0211602;REVB=0.0341788;RO=91;SAF=33;SAR=36;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389156;STB=0.517383;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0264195;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:91:91:69:70:0.434783:36:33:47:44:36:34:47:44 chr4 102751276 . C T 446.23 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=107;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00776644;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.325;QD=16.5269;RBI=0.0301415;REFB=-0.000529665;REVB=-0.0291238;RO=59;SAF=26;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344925;STB=0.513974;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000579094;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:59:59:48:49:0.453704:22:26:34:25:22:27:34:25 chr4 102839287 . G A 458.97 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0492323;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.764;QD=20.6279;RBI=0.05051;REFB=-0.0182434;REVB=-0.011289;RO=44;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130472;STB=0.572254;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.017881;OID=.;OPOS=102839287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:26:19:25:19:26:19:25:19 chr4 102965043 . T C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.319;QD=64.4123;RBI=0.0099872;REFB=0;REVB=0.00548204;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62513e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr4 103514658 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000944791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.19;QD=58.5874;RBI=0.0310672;REFB=0;REVB=0.0310529;RO=0;SAF=28;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154242;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:5:28:0:0:5:28:0:0 chr4 103555992 . A G 1249.85 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6977;QD=60.2336;RBI=0.0477907;REFB=0.0226263;REVB=-0.0435292;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129728;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000603649;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:46:36:1:0:46:36:1:0 chr4 103557077 . G A 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.619;QD=62.0164;RBI=0.0112217;REFB=0;REVB=0.00782877;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99035e-05;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 103808862 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00806897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.343;QD=17.956;RBI=0.011895;REFB=-0.0066722;REVB=-0.00873968;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993111;STB=0.556889;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0089393;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:10:7:5:11:10:7 chr4 103866480 . G A 72.73 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0431506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.745;QD=10.0324;RBI=0.0452828;REFB=-0.0137376;REVB=-0.0137315;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908725;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0142262;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:28:29:17:19:9:10:0.344828:6:3:7:10:7:3:7:12 chr4 103911069 . C A 410.99 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.83;QD=56.6881;RBI=0.0351137;REFB=0;REVB=-0.00738036;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242955;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:21:7:0:0:22:7:0:0 chr4 103964529 . A C 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0164155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.765;QD=13.9458;RBI=0.0194187;REFB=-0.00357152;REVB=-0.0103739;RO=48;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767298;STB=0.543654;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00482502;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:17:15:26:22:17:15:26:22 chr4 104000922 . T C 110.44 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00357295;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8433;QD=14.2505;RBI=0.0113901;REFB=0.00608382;REVB=-0.0108152;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122807;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0123072;OID=.;OPOS=104000922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:10:7:7:6:10:8 chr4 104012903 . GAAAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG 143.57 PASS AF=0.862069,0.103448;AO=20,4;DP=59;FAO=50,6;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24,1;FSAR=26,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.344402,-0.000311656;FXX=0.0169463;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=4.18064,224.115;QD=9.90106;RBI=0.394207,0.00253536;REFB=-0.14002,-0.00690647;REVB=0.191798,-0.00251614;RO=24;SAF=7,0;SAR=13,4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.22611,-0.661284;STB=0.518511,0.583085;STBP=0.248,0.681;TYPE=del,snp;VARB=0.0865063,-0.00348006;OID=.,.;OPOS=104012904,104012912;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.862069,0.103448:20,4:59:50,6:58:2:24,1:26,5:0:2:32:24:7,0:13,4:14:10 chr4 104012930 . A T 443.98 PASS AF=0.551282;AO=40;DP=79;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0375531;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.081;QD=22.7679;RBI=0.0377877;REFB=-0.00717641;REVB=-0.00420421;RO=36;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148107;STB=0.504585;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00495644;OID=.;OPOS=104012930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:35:40:43:0.551282:24:16:15:21:25:18:15:20 chr4 104013796 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00937562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.689;QD=17.3255;RBI=0.0137187;REFB=-0.00913126;REVB=0.0100151;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0118344;OID=.;OPOS=104013796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:10:15:11:9:10:15 chr4 104061993 . C G 460.24 PASS AF=0.403101;AO=51;DP=130;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0102898;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.676;QD=14.2709;RBI=0.0166898;REFB=-0.00891565;REVB=0.0131404;RO=75;SAF=24;SAR=27;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995796;STB=0.500149;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0098375;OID=.;OPOS=104061993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:75:77:51:52:0.403101:27:24:36:39:27:25:37:40 chr4 104062223 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0205491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.356;QD=24.0668;RBI=0.0216059;REFB=-0.0140116;REVB=0.00667435;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15703;STB=0.588123;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00882351;OID=.;OPOS=104062223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:4:6:6:10:4:6 chr4 104082349 . C T 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0140662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.059;QD=11.1303;RBI=0.0179174;REFB=-0.00501169;REVB=-0.0110985;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272469;STB=0.658081;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00820257;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:13:8:24:14:13:8:24:14 chr4 106159644 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.876;QD=52.6132;RBI=0.0349765;REFB=0;REVB=-0.0069582;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47499e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr4 106317429 . C G 560.8 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178379;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.833;QD=60.6269;RBI=0.0178388;REFB=0;REVB=-0.000174504;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39677e-07;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr4 106328200 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.166;QD=35.5759;RBI=0.0345359;REFB=0;REVB=0.0276537;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61139e-05;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 106474096 . T C 779.28 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261023;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.633;QD=63.615;RBI=0.00335584;REFB=-0.04742;REVB=0.00210911;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69805e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr4 106861730 . A G 1030.69 PASS AF=1;AO=65;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.736;QD=58.8966;RBI=0.10582;REFB=0;REVB=-0.00793432;RO=0;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205242;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:65:70:1:51:14:0:0:51:19:0:0 chr4 106924931 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00706829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.713;QD=17.0948;RBI=0.0167413;REFB=-0.0249923;REVB=-0.015176;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108642;STB=0.553608;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0207462;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:18:17:24:16:18:17:24:17 chr4 107152882 . T A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00449883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.483;QD=12.0203;RBI=0.0181176;REFB=-0.0126863;REVB=-0.0175501;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380445;STB=0.72432;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.02276;OID=.;OPOS=107152882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:9:16:4:10:9:16 chr4 107168431 . G C 785.6 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041413;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6454;QD=57.1343;RBI=0.0471411;REFB=0;REVB=0.0225222;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173608;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr4 107249244 . C G 865.78 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195471;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.541;QD=54.9704;RBI=0.0215275;REFB=-0.0768691;REVB=-0.00901907;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.502954;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000670566;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:1:2:61:61:0.968254:36:25:1:0:36:25:1:1 chr4 107288449 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.689;QD=61.3755;RBI=0.0286577;REFB=0;REVB=0.00955969;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88856e-05;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr4 107956663 . C A 592.12 PASS AF=0.556701;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0248384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6898;QD=24.4175;RBI=0.0249238;REFB=0.0109191;REVB=0.00206185;RO=43;SAF=37;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204652;STB=0.614893;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0065132;OID=.;OPOS=107956663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:43:43:53:54:0.556701:16:37:20:23:16:38:20:23 chr4 108356274 . G A 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0236367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4745;QD=13.5744;RBI=0.024284;REFB=0.00780371;REVB=-0.0055692;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0178226;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:12:7:7:6:12:7 chr4 108575989 . G A 579.28 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0647291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.268;QD=18.6863;RBI=0.0673107;REFB=-0.0271344;REVB=-0.0184629;RO=63;SAF=32;SAR=28;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206958;STB=0.515146;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0307893;OID=.;OPOS=108575989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:64:60:60:0.483871:28:32:35:28:28:32:36:28 chr4 108641300 . T C 987.4 PASS AF=0.972222;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0429745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.571;QD=54.8555;RBI=0.0552754;REFB=-0.139015;REVB=-0.0347644;RO=3;SAF=42;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238606;STB=0.517852;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00135298;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:72:3:2:68:70:0.972222:26:42:1:2:27:43:0:2 chr4 108641317 . G A 350.76 PASS AF=0.513889;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0744445;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.914;QD=19.4869;RBI=0.0751286;REFB=-0.029031;REVB=-0.0101151;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172809;STB=0.609639;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0429288;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:33:35:34:37:0.513889:13:21:14:19:13:24:15:20 chr4 108931039 . T C 834.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6143;QD=57.5361;RBI=0.172884;REFB=0;REVB=-0.0244388;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164545;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:34:22:0:0:34:24:0:0 chr4 109478108 . C G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.257;QD=61.6832;RBI=0.0339076;REFB=0;REVB=-0.0329318;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668562;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr4 109541499 . C T 1380.66 PASS AF=0.942857;AO=89;DP=97;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0951856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.45;QD=52.5964;RBI=0.117701;REFB=-0.15971;REVB=0.0692327;RO=8;SAF=48;SAR=41;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727091;STB=0.524995;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0156448;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:97:105:8:6:89:99:0.942857:41:48:8:0:42:57:6:0 chr4 109541603 . T A 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.33;QD=41.8653;RBI=0.0179094;REFB=0.0505136;REVB=0.0144047;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000983973;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr4 109674116 . A G 191.63 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00788537;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.556;QD=20.1711;RBI=0.0206418;REFB=-0.0204099;REVB=-0.0190763;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184363;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:19:19:19:0.5:10:9:9:11:10:9:9:10 chr4 109677604 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00301778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.079;QD=14.6976;RBI=0.0105989;REFB=-0.00492191;REVB=-0.0101602;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978491;STB=0.505613;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00706809;OID=.;OPOS=109677604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:14:16:11:10:14:16 chr4 109735133 . T C 131.23 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0259469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.826;QD=14.1868;RBI=0.029128;REFB=-0.0164271;REVB=0.0132363;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370286;STB=0.708554;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0447525;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:12:3:11:10:12:3:11:11 chr4 109745336 . T G 477.45 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00365035;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.793;QD=56.1702;RBI=0.0113015;REFB=-0.0100901;REVB=-0.0106957;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=6.72172e-05;OID=.;OPOS=109745336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:0:1:16:17:0:1 chr4 109769899 . C T 972.62 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.449;QD=58.9465;RBI=0.0390519;REFB=0;REVB=-0.0340882;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79416e-05;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr4 109969337 . G T 804.02 PASS AF=0.895522;AO=60;DP=68;FAO=60;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0102596;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.176;QD=48.0015;RBI=0.0103325;REFB=-0.00106845;REVB=0.00122468;RO=7;SAF=42;SAR=18;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928343;STB=0.549471;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=5.44915e-05;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:67:7:7:60:60:0.895522:18:42:2:5:18:42:2:5 chr4 109969338 . G T 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0252257;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=60.604;QD=1.82146;RBI=0.0396729;REFB=0.00818301;REVB=0.0306203;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429646;STB=0.814072;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00784759;OID=.;OPOS=109969338;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:5:2:42:20:5:2:42:20 chr4 110581363 . T A 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0307187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3952;QD=9.82907;RBI=0.0333864;REFB=-0.00963205;REVB=0.0130771;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871856;STB=0.552545;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0217416;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:15:11:6:6:15:11 chr4 110603784 . T C 220.1 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0524256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.972;QD=20.9618;RBI=0.05283;REFB=-0.0115161;REVB=0.00652454;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841203;STB=0.560334;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0119755;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:14:7:5:15:14:8:5:15 chr4 110661937 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.199;QD=59.0185;RBI=0.0282102;REFB=0;REVB=0.0171497;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19204e-05;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr4 110678925 . T C 605.3 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2713;QD=60.5303;RBI=0.152241;REFB=0;REVB=-0.000249986;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342417;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:35:40:1:28:7:0:0:28:12:0:0 chr4 110737389 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.338;QD=60.6083;RBI=0.0601252;REFB=0;REVB=0.00217179;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265549;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr4 110773067 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.673;QD=46.8481;RBI=0.0348158;REFB=0;REVB=0.0261621;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311913;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr4 110790911 . A T 1434.31 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.902;QD=63.0468;RBI=0.0291787;REFB=0;REVB=0.0279273;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4988e-05;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr4 110914427 . A T 1042.93 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210438;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6201;QD=58.7565;RBI=0.0589386;REFB=0;REVB=0.0550537;RO=1;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854944;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:1:0:70:71:1:25:45:0:1:26:45:0:0 chr4 111398004 . C T 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0267262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.359;QD=28.7635;RBI=0.0648776;REFB=-0.00318995;REVB=0.0591169;RO=9;SAF=16;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249347;STB=0.639832;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0015879;OID=.;OPOS=111398004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:3:16:5:4:3:16:5:4 chr4 111398208 . A G 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0146881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0816;QD=24.3823;RBI=0.024982;REFB=-0.0158989;REVB=0.0202079;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225518;STB=0.625311;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0226635;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:7:14:10:16:7:14 chr4 112252643 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0757;QD=52.6124;RBI=0.0211915;REFB=0;REVB=0.0146758;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835801;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr4 113178894 . ATTTGT A 157.7 PASS AF=0.378378;AO=22;DP=72;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0132097;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=5;MLLD=241.476;QD=8.52449;RBI=0.0222909;REFB=-0.0112929;REVB=0.0179551;RO=42;SAF=16;SAR=6;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505051;STB=0.574063;STBP=0.382;TYPE=del;VARB=0.0190769;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:22:72:28:74:46:17:11:33:13:99:42:16:6:29:13 chr4 113198805 . G C 143.95 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0419882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2907;QD=15.1528;RBI=0.0664532;REFB=0.00220782;REVB=-0.0515075;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765867;STB=0.57343;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00400586;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:13:3:5:16:13:3:6:16 chr4 113199075 . A G 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0276001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1519;QD=13.2649;RBI=0.0471296;REFB=-0.013962;REVB=-0.0382025;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157186;STB=0.590001;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0139304;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:19:11:24:23:19:11:24:23 chr4 113344925 . C T 159.41 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00571278;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.093;QD=11.5932;RBI=0.00631395;REFB=-0.0130996;REVB=0.00268889;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133384;STB=0.573455;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0233879;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:35:19:20:0.363636:12:7:17:18:12:8:18:17 chr4 113352397 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00170559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.218;QD=15.1661;RBI=0.032657;REFB=-0.0119654;REVB=0.0326124;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111989;STB=0.563582;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.010211;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:11:19:12:11:11:19 chr4 113352628 . A G 230.32 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.008;QD=46.0636;RBI=0.0115437;REFB=-0.158172;REVB=0.00574329;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00474739;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:9:10:0:0:9:10:1:0 chr4 113352899 . G A 240.03 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.02721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.197;QD=14.3304;RBI=0.0381904;REFB=-0.0163679;REVB=-0.0267979;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16143;STB=0.599928;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0314212;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:36:39:27:28:0.41791:17:10:19:17:17:11:22:17 chr4 113353285 . T C 404.66 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.579;QD=55.8153;RBI=0.0185059;REFB=0;REVB=-0.0165033;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86405e-06;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:12:17:0:0 chr4 113353311 . G A 99.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.022328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.903;QD=14.2216;RBI=0.022591;REFB=-0.0335293;REVB=0.00343691;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488622;STB=0.788951;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0367613;OID=.;OPOS=113353311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:10:6:10:2:10:6 chr4 113353433 . A C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.026451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.172;QD=13.4865;RBI=0.0363456;REFB=-0.0366761;REVB=0.0249268;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0190047;OID=.;OPOS=113353433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:7:4:3:6:7:4 chr4 113353449 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0177345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.684;QD=12.7299;RBI=0.0284107;REFB=0.00442075;REVB=0.0221958;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0079029;OID=.;OPOS=113353449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:8:4:3:6:8:4 chr4 113359703 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.305;QD=58.417;RBI=0.0455441;REFB=0;REVB=0.0384827;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186936;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr4 113360925 . G A 448.07 PASS AF=0.505618;AO=42;DP=86;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0204865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.909;QD=20.1378;RBI=0.0209528;REFB=0.00151867;REVB=0.00439596;RO=43;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111092;STB=0.505745;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.000611224;OID=.;OPOS=113360925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:43:44:42:45:0.505618:22:20:21:22:23:22:21:23 chr4 113362316 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00379795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.245;QD=21.0649;RBI=0.00441044;REFB=-0.00861562;REVB=-0.00224222;RO=24;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176622;STB=0.599911;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00951723;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:18:6:10:14:18:6:10:14 chr4 113362609 . G A 217.54 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0534957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1013;QD=13.5963;RBI=0.0648486;REFB=-0.046879;REVB=-0.0366544;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673112;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0633003;OID=.;OPOS=113362609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:20:18:14:12:20:18 chr4 113362622 . C G 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2505;QD=58.9602;RBI=0.00903641;REFB=0;REVB=0.00744603;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42666e-05;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr4 113539969 . T C 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0161056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.446;QD=17.7303;RBI=0.0190173;REFB=-0.0284534;REVB=0.0101128;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229074;STB=0.631417;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0219735;OID=.;OPOS=113539969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:9:10:5:12:9:10 chr4 114067145 . G A 61.44 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0015478;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.437;QD=7.22847;RBI=0.0208288;REFB=-0.0170009;REVB=0.0207713;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311262;STB=0.709644;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0433795;OID=.;OPOS=114067145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:26:25:8:9:0.264706:6:2:13:13:7:2:12:13 chr4 114081490 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.152;QD=45.8062;RBI=0.00762224;REFB=0;REVB=-0.00558739;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7189e-06;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr4 114309839 . C T 1573.44 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00444182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.845;QD=58.8202;RBI=0.0132201;REFB=0.0127428;REVB=0.0124515;RO=1;SAF=59;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797668;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0002045;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:47:59:1:0:47:59:1:0 chr4 114341210 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.642;QD=53.9085;RBI=0.0129712;REFB=0;REVB=0.00111312;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28475e-05;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr4 114341631 . T C 256.45 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0308474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.896;QD=44.5994;RBI=0.0308549;REFB=-0.00252226;REVB=0.000680442;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555502;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000134171;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:0:2:21:21:0.913043:13:8:0:0:13:8:2:0 chr4 114822485 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.41;QD=63.2868;RBI=0.0103829;REFB=0;REVB=-0.00883873;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19753e-05;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr4 115544713 . CA CG,TG 789.7 PASS AF=0.473684,0.526316;AO=27,30;DP=57;FAO=27,30;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15,17;FSAR=12,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195829,0.00574298;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=75.3927,116.044;QD=55.4177;RBI=0.0267,0.028593;REFB=0,0;REVB=-0.0181495,-0.0280104;RO=0;SAF=15,17;SAR=12,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.63861e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00421059,0.00329016;OID=.,.;OPOS=115544714,115544713;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:57:57:0:0:27,30:27,30:0.473684,0.526316:12,13:15,17:0:0:12,13:15,17:0:0 chr4 115589302 . A G 1144.78 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0126947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.56;QD=57.9634;RBI=0.0133428;REFB=-0.107371;REVB=0.00410786;RO=2;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236502;STB=0.512497;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00161997;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:39:38:0:2:39:38:0:2 chr4 115749005 . C T 240.79 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.016756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.582;QD=14.5935;RBI=0.0209115;REFB=-0.0164283;REVB=-0.0125111;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713831;STB=0.540453;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0256704;OID=.;OPOS=115749005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:15:13:15:23:15:13:15:23 chr4 117760488 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0118832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.292;QD=15.1962;RBI=0.0277299;REFB=-0.0109842;REVB=-0.0250547;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192366;STB=0.610988;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0155168;OID=.;OPOS=117760488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:11:15:7:11:11:15 chr4 119204035 . CCT C 89.69 PASS AF=0.185629;AO=29;DP=166;FAO=31;FDP=167;FR=.;FRO=136;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=-0.0297432;FXX=0.0233904;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.883;QD=2.1482;RBI=0.0512431;REFB=-0.00924025;REVB=-0.0417277;RO=131;SAF=18;SAR=11;SRF=69;SRR=62;SSEN=0.281567;SSEP=0;SSSB=0.122544;STB=0.59123;STBP=0.267;TYPE=del;VARB=0.0375419;OID=.;OPOS=119204036;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185629:29:166:31:167:136:20:11:73:63:89:131:18:11:69:62 chr4 119237348 . T C 716.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448209;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.468;QD=57.3564;RBI=0.0567802;REFB=0;REVB=0.0348579;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379192;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr4 119273712 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.263;QD=39.2067;RBI=0.152428;REFB=0;REVB=-0.146086;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0120026;OID=.;OPOS=119273712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr4 119435079 . C T 403.79 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.016306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5068;QD=22.1256;RBI=0.0326351;REFB=0.010275;REVB=-0.0282695;RO=33;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808812;STB=0.504459;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00927148;OID=.;OPOS=119435079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:21:19:16:17:21:19:16:17 chr4 119475063 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00263487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.034;QD=14.9786;RBI=0.0192277;REFB=-0.0114677;REVB=-0.0190463;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231477;STB=0.63608;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0131532;OID=.;OPOS=119475063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:5:6:3:7:5:6 chr4 119736796 . A C 1629.26 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00473569;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2761;QD=58.712;RBI=0.0199236;REFB=-0.124275;REVB=0.0193526;RO=2;SAF=43;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141665;STB=0.503703;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00123677;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:111:2:1:109:110:0.990991:66:43:0:2:67:43:0:1 chr4 119944611 . G T 709.65 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4348;QD=54.5883;RBI=0.0366095;REFB=-0.0123909;REVB=-0.00875099;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000587995;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chr4 119947961 . AAAG A 341.81 PASS AF=0.617647;AO=38;DP=70;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0121351;FXX=0.0684838;HRUN=3;LEN=3;MLLD=170.118;QD=20.1065;RBI=0.0441256;REFB=-0.01043;REVB=-0.0424242;RO=24;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184283;STB=0.586914;STBP=0.069;TYPE=del;VARB=0.00647889;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:38:70:42:68:26:15:27:15:11:99:24:14:24:15:9 chr4 119948046 . A C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0227841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.306;QD=15.1605;RBI=0.0230626;REFB=-0.0158402;REVB=0.00357336;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324044;STB=0.687266;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0236505;OID=.;OPOS=119948046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:5:11:8:14:5:11:8:14 chr4 119951647 . A G 545.78 PASS AF=0.973684;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0466899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7306;QD=57.4501;RBI=0.149014;REFB=-0.175806;REVB=0.141511;RO=1;SAF=33;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139629;STB=0.507459;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0141637;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:38:1:1:34:37:0.973684:1:33:1:0:4:33:1:0 chr4 120133549 . T G 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0117498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4037;QD=18.116;RBI=0.0275632;REFB=-0.00778105;REVB=-0.0249333;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134812;STB=0.565962;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00844762;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:12:6:9:10:12:6:9:11 chr4 120158685 . T G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00344245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.979;QD=25.2554;RBI=0.00390646;REFB=0.00627961;REVB=-0.00184661;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778032;STB=0.543329;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00271261;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:3:7:10:7:3:7 chr4 120181724 . A G 379.43 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.0166493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.222;QD=16.6783;RBI=0.0221096;REFB=-0.00429085;REVB=0.0145476;RO=51;SAF=23;SAR=17;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158639;STB=0.588533;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00625798;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:17:23:37:14:17:23:37:14 chr4 120241849 . A G 134.84 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0161597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.63;QD=12.258;RBI=0.0271917;REFB=0.00878478;REVB=0.0218691;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167897;STB=0.562425;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00539861;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:15:16:0.363636:9:6:7:20:10:6:8:20 chr4 120241902 . T C 215.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0386091;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.853;QD=12.8571;RBI=0.040027;REFB=0.00467007;REVB=0.0105591;RO=41;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553522;STB=0.503174;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00689467;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:17:9:14:27:17:9:14:27 chr4 120528327 . G A 714.81 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00762647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.55;QD=60.8349;RBI=0.0103685;REFB=-0.164034;REVB=0.00702441;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000166163;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:0:1 chr4 120868354 . C T 183.59 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.01631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.301;QD=20.9813;RBI=0.0230439;REFB=-0.0253858;REVB=0.0162789;RO=16;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163633;STB=0.599886;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0216707;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:4:14:10:6:4:15:10:6 chr4 121738049 . T C 271.96 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0462;QD=51.8024;RBI=0.0165531;REFB=0;REVB=0.0163818;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376128;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr4 121957051 . C T 3098.31 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160614;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.545;QD=63.8827;RBI=0.0357217;REFB=0;REVB=-0.0319072;RO=0;SAF=94;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37393e-05;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:100:94:0:0:100:94:0:0 chr4 121957559 . G A 482.81 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0102214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3311;QD=18.5697;RBI=0.0253376;REFB=-0.0085814;REVB=-0.0231845;RO=52;SAF=29;SAR=22;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437651;STB=0.528262;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00839977;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:53:51:51:0.490385:22:29:32:20:22:29:33:20 chr4 121957734 . T C 1106.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.728;QD=59.8184;RBI=0.0199697;REFB=0;REVB=0.0190227;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42666e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:32:42:0:0 chr4 121958091 . T G 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0303339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.663;QD=9.62187;RBI=0.0428753;REFB=-0.0176839;REVB=0.030301;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293772;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0317657;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:40:19:19:0.322034:9:10:18:18:9:10:21:19 chr4 121958187 . A G 176.68 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0209797;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.093;QD=13.3346;RBI=0.0435521;REFB=-0.0148549;REVB=-0.0381659;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738375;STB=0.542455;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0190122;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:19:13:10:11:19:13 chr4 121958691 . T C 227.08 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000627369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.192;QD=21.1233;RBI=0.0268742;REFB=-0.0225395;REVB=0.0268669;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189113;STB=0.510629;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.019962;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:10:11:12:10:10:11 chr4 121958697 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0063398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.333;QD=13.6608;RBI=0.00861054;REFB=-0.00163468;REVB=-0.00582652;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12693;STB=0.574359;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00190459;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:11:10:5:9:11:10 chr4 121966807 . C T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.703;QD=59.4251;RBI=0.0122723;REFB=0.0451511;REVB=0.00444389;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000136838;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:42:42:0.976744:21:21:0:0:21:21:0:1 chr4 122137662 . T A,G 495.33 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,29;DP=33;FAO=4,32;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4,11;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524372,0.0537617;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.69,58.3899;QD=55.0367;RBI=0.00995962,0.0640106;REFB=0,0;REVB=0.00846744,0.0347425;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0185375,-0.0195775;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:33:36:0:0:2,29:4,32:0.111111,0.888889:0,18:2,11:0:0:0,21:4,11:0:0 chr4 122250272 . C G 94.73 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0233763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.204;QD=10.8259;RBI=0.0599396;REFB=-0.018112;REVB=-0.0551933;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198826;STB=0.59984;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0174065;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:7:15:6:6:8:15 chr4 122257950 . A G 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0259698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.098;QD=31.6787;RBI=0.0284935;REFB=-0.00792308;REVB=0.0117237;RO=7;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439998;STB=0.524204;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00434858;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:7:12:5:2:7:12:5:2 chr4 122683007 . G A 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.588;QD=61.8523;RBI=0.016223;REFB=0;REVB=-0.0149863;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36759e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr4 122687238 . A G 452.04 PASS AF=0.469388;AO=44;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00466464;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.806;QD=18.4506;RBI=0.0128486;REFB=-0.0149089;REVB=-0.011972;RO=50;SAF=32;SAR=12;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774106;STB=0.540109;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0205509;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:52:44:46:0.469388:12:32:33:17:13:33:34:18 chr4 122687491 . G C 1419.02 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223517;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2743;QD=63.0674;RBI=0.033691;REFB=0;REVB=-0.0336168;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242813;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr4 122742217 . T C 950.32 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0739896;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.255;QD=56.7354;RBI=0.0997049;REFB=-0.0767687;REVB=0.0668327;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00162099;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:65:66:0.985075:34:31:0:0:34:32:0:1 chr4 122800889 . C T 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00263134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.182;QD=24.1571;RBI=0.0246148;REFB=-0.0177564;REVB=-0.0244737;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286157;STB=0.515779;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.010972;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:12:9:14:16:12:9 chr4 122824052 . C T 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00580459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.642;QD=17.1422;RBI=0.0197169;REFB=-0.00372879;REVB=0.0188431;RO=60;SAF=24;SAR=28;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690797;STB=0.538447;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00388106;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:28:24:32:28:28:24:32:28 chr4 123113428 . A G 193.91 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00482635;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.733;QD=13.8509;RBI=0.0303613;REFB=-0.0239848;REVB=0.0299752;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119403;STB=0.549957;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.032394;OID=.;OPOS=123113428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:33:21:23:0.410714:10:11:14:20:12:11:13:20 chr4 123122205 . G A 66.21 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0421894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4282;QD=2.97591;RBI=0.0429893;REFB=-0.00710193;REVB=0.0082543;RO=76;SAF=8;SAR=5;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144337;STB=0.599149;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0387605;OID=.;OPOS=123122205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:76:76:13:13:0.146067:5:8:38:38:5:8:38:38 chr4 123130347 . G T 56.32 PASS AF=0.1;AO=15;DP=150;FAO=15;FDP=150;FR=.;FRO=135;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=55;FWDB=-0.0302557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5039;QD=1.50175;RBI=0.059442;REFB=0.00218725;REVB=-0.0511658;RO=134;SAF=8;SAR=7;SRF=79;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682994;STB=0.553886;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0242755;OID=.;OPOS=123130347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:150:150:134:135:15:15:0.1:7:8:79:55:7:8:80:55 chr4 123145751 . T A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0125552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.056;QD=19.6972;RBI=0.0226391;REFB=-0.0192853;REVB=-0.0188387;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107323;STB=0.560331;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0194775;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:13:8:6:16:13:8:6:16 chr4 123192383 . T C 310.38 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00431228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.636;QD=21.4052;RBI=0.0283864;REFB=-0.0255018;REVB=0.028057;RO=26;SAF=9;SAR=23;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261089;STB=0.514464;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0181389;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:23:9:8:18:23:9:8:18 chr4 123229132 . C T 1575.71 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596161;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.917;QD=60.0269;RBI=0.00603883;REFB=0;REVB=0.000962668;RO=0;SAF=35;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43322e-05;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:70:35:0:0:70:35:0:0 chr4 123536963 . G A 1390.0 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.822;QD=62.472;RBI=0.0288642;REFB=0;REVB=0.0210842;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06548e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:50:36:0:0:51:38:0:0 chr4 123664204 . G A 51.61 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0234292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4135;QD=18.7662;RBI=0.0551213;REFB=0.00230851;REVB=0.0498942;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.699489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00108436;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:11:3:4:7:7:0.636364:3:4:0:3:3:4:0:4 chr4 123664445 . C T 128.34 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.011369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5427;QD=20.5351;RBI=0.0116393;REFB=-0.0253981;REVB=0.00249391;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231617;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0178537;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:5:6:11:3:5:6 chr4 123665991 . C G 215.15 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0115569;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.791;QD=12.8448;RBI=0.0115612;REFB=-0.0121249;REVB=0.000316508;RO=41;SAF=9;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303444;STB=0.673707;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0119223;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:17:9:26:15:17:9:26:15 chr4 123838758 . A G 1310.95 PASS AF=0.967391;AO=86;DP=90;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00484498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.311;QD=56.9978;RBI=0.0308465;REFB=-0.088352;REVB=0.0304636;RO=3;SAF=31;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210519;STB=0.510281;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000704352;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:92:3:3:86:89:0.967391:55:31:2:1:56:33:2:1 chr4 123949556 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0816655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.247;QD=52.6127;RBI=0.0834438;REFB=0;REVB=0.0171352;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253142;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:18:3:0:0:19:3:0:0 chr4 123949563 . AT A 35.09 PASS AF=0.52381;AO=7;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.122777;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.30735;QD=6.68429;RBI=0.152142;REFB=-0.0625101;REVB=0.0898492;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092698;STB=0.512796;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.122402;OID=.;OPOS=123949564;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:7:19:11:21:10:1:10:1:9:29:10:1:6:1:9 chr4 126240510 . T C 183.52 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0136514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2918;QD=11.8397;RBI=0.0139175;REFB=0.000986314;REVB=0.0027084;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851564;STB=0.549091;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00111167;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:10:13:25:14:10:13:25:14 chr4 126241335 . C G 298.99 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0143926;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1502;QD=15.9464;RBI=0.0410501;REFB=-0.0236699;REVB=-0.0384443;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015053;STB=0.508483;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0144523;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:17:16:21:21:17:16:21:21 chr4 126284056 . C T 385.26 PASS AF=0.686275;AO=29;DP=47;FAO=35;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0292948;FXX=0.0377287;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.115;QD=30.2167;RBI=0.0314184;REFB=-0.0345865;REVB=-0.0113546;RO=7;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122724;STB=0.532977;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0139801;OID=.;OPOS=126284056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:7:16:29:35:0.686275:23:6:0:7:23:12:4:12 chr4 126329789 . T C 1905.57 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.929;QD=61.47;RBI=0.020767;REFB=0;REVB=0.0206602;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.375e-06;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:121:124:1:70:51:0:0:71:53:0:0 chr4 126369872 . G C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.504;QD=57.2372;RBI=0.00851236;REFB=0;REVB=0.00798319;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51637e-06;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr4 126373789 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.262;QD=56.9565;RBI=0.0353583;REFB=0;REVB=0.0216277;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209592;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr4 126397321 . C T 213.47 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00409049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.965;QD=16.7426;RBI=0.013116;REFB=-0.0267783;REVB=0.0124618;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199174;STB=0.507788;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0263801;OID=.;OPOS=126397321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:23:23:0.45098:6:17:20:7:6:17:21:7 chr4 126402890 . G A 299.07 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0124968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.732;QD=18.4041;RBI=0.013876;REFB=-0.0143056;REVB=-0.00603123;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140362;STB=0.569188;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0149269;OID=.;OPOS=126402890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:16:16:11:21:16:16:12:21 chr4 126412332 . C T 159.33 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0136803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5392;QD=10.1162;RBI=0.0187298;REFB=-0.010762;REVB=-0.0127928;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270452;STB=0.51587;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0133255;OID=.;OPOS=126412332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:11:10:21:21:11:10:21:21 chr4 126412575 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0135937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7622;QD=22.3411;RBI=0.0378341;REFB=0.0126635;REVB=0.0353076;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153541;STB=0.586112;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00932757;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:5:9:8:10:5:9 chr4 128565000 . A G 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000142263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.643;QD=23.5967;RBI=0.0180706;REFB=-0.0145188;REVB=0.0180701;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422618;STB=0.523541;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.011959;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:9:12:13:12:9:12 chr4 128584580 . G A 167.87 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0114579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.539;QD=15.6162;RBI=0.0176373;REFB=-0.0288564;REVB=-0.0134086;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276419;STB=0.643609;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0278973;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:25:18:18:0.418605:7:11:7:15:7:11:9:16 chr4 128689936 . A G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00180808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.72;QD=15.5753;RBI=0.0124517;REFB=-0.00620909;REVB=0.0123197;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247048;STB=0.646043;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00519224;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:14:11:21:9:14:11:22:9 chr4 128723042 . T C 295.58 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0441269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0895;QD=15.3546;RBI=0.0536922;REFB=-0.0103771;REVB=0.0305887;RO=43;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147841;STB=0.509026;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0136576;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:13:20:26:17:13:20:26:18 chr4 128807219 . T A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00242262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.861;QD=9.49525;RBI=0.0255154;REFB=0.00253562;REVB=-0.0254001;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133345;STB=0.581662;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00563527;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:3:8:15:9:3:8:15:9 chr4 128814563 . A G 57.13 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.00486729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.518;QD=3.21859;RBI=0.0190527;REFB=-0.00604315;REVB=0.0184205;RO=60;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262703;STB=0.674712;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0391529;OID=.;OPOS=128814563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:71:60:60:11:11:0.15493:5:6:20:40:5:6:20:40 chr4 128814964 . G T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0473749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9531;QD=19.7623;RBI=0.0546917;REFB=-0.0109176;REVB=0.0273276;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384939;STB=0.52172;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0150432;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:13:12:12:11:13:12 chr4 128842876 . C G 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00521374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.953;QD=23.258;RBI=0.00705843;REFB=0.00630283;REVB=-0.00475797;RO=37;SAF=13;SAR=33;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139201;STB=0.576819;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00523025;OID=.;OPOS=128842876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:33:13:16:21:33:13:16:21 chr4 129012181 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.39;QD=56.6223;RBI=0.0450994;REFB=0.00993444;REVB=0.00943821;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=2.09473e-05;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:1:0:31:32:1:0 chr4 129012638 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2174;QD=58.0603;RBI=0.0649961;REFB=0;REVB=0.0157699;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463321;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr4 129029009 . G GA 217.77 PASS AF=1;AO=28;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898611;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.30891;QD=22.3358;RBI=0.0951621;REFB=0.0782544;REVB=-0.0313179;RO=9;SAF=18;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00519285;OID=.;OPOS=129029010;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:40:39:39:0:24:15:0:0:3:9:18:10:6:3 chr4 129043204 . C G 817.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.12;QD=57.3745;RBI=0.101887;REFB=0;REVB=0.029313;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112086;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr4 129043286 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.999;QD=58.2392;RBI=0.0104857;REFB=0;REVB=0.0068724;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02939e-06;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr4 129043617 . T G 109.06 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.019322;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=209.796;QD=36.3548;RBI=0.0195671;REFB=-0.110039;REVB=0.00308739;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000370927;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr4 129100643 . G A 803.23 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000833842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.46;QD=55.395;RBI=0.0174179;REFB=-0.0711847;REVB=-0.0173979;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000904086;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:56:57:0.982759:31:25:0:0:31:26:1:0 chr4 129677184 . C A 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00713606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.099;QD=17.5875;RBI=0.00818344;REFB=-0.0122445;REVB=0.00400566;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10549;STB=0.559946;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0137328;OID=.;OPOS=129677184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:17:11:11:11:17:11 chr4 129677238 . GT G,GC 686.37 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=9,35;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452366,0.0660275;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.694,229.063;QD=62.3968;RBI=0.0603621,0.0815952;REFB=0,0;REVB=0.0399654,0.047939;RO=0;SAF=9,16;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0170499,0.000314663;OID=.,.;OPOS=129677239,129677239;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:9,35:44:1,43:44:0:1,24:0,19:0:0:4:0:9,16:0,19:0:0 chr4 129867280 . T A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0229961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.711;QD=17.7533;RBI=0.0317167;REFB=-0.0124586;REVB=0.0218433;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371899;STB=0.707809;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00697392;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:6:21:9:16:6:21 chr4 129924977 . C A 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0431094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2209;QD=15.5764;RBI=0.070776;REFB=0.0188737;REVB=-0.0561321;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167147;STB=0.509486;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0253917;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:17:13:10:14:17:13 chr4 130030652 . A G 223.54 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0165031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.672;QD=14.9029;RBI=0.016504;REFB=-0.00591915;REVB=0.000171065;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259702;STB=0.647883;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0090785;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:8:18:15:19:8:18:15:19 chr4 132641498 . T A 315.48 PASS AF=0.397959;AO=37;DP=105;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00241908;FXX=0.0666603;HRUN=7;LEN=1;MLLD=204.407;QD=12.8768;RBI=0.0210207;REFB=-0.00412422;REVB=-0.0208811;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109585;STB=0.574075;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00474086;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:98:40:59:37:39:0.397959:16:21:18:22:17:22:26:33 chr4 133367588 . T C 868.09 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.356;QD=57.8723;RBI=0.0221361;REFB=0;REVB=-0.0155131;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140932;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr4 134082967 . T C 6601.87 PASS AF=0.993072;AO=409;DP=420;FAO=430;FDP=433;FR=.;FRO=3;FSAF=207;FSAR=223;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0186325;FXX=0.00915311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.249;QD=60.9872;RBI=0.0942661;REFB=0.0376033;REVB=0.0924063;RO=1;SAF=203;SAR=206;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231134;STB=0.501027;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.000339938;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:420:433:1:3:409:430:0.993072:206:203:0:1:223:207:1:2 chr4 135121066 . T G 749.69 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.207;QD=56.5801;RBI=0.0300943;REFB=0;REVB=-0.0124453;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06343e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr4 135121368 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.573;QD=61.684;RBI=0.0344172;REFB=0;REVB=0.0332714;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123253;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr4 135121601 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.826;QD=51.9167;RBI=0.0133872;REFB=0;REVB=0.00961339;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07103e-05;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr4 138449683 . A G 310.61 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00769812;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.362;QD=16.1355;RBI=0.0188004;REFB=-0.0164791;REVB=0.0171521;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546182;STB=0.52552;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0207877;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:43:34:34:0.441558:12:22:25:17:12:22:26:17 chr4 138453453 . G A 390.74 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0150806;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.52;QD=14.4719;RBI=0.0211332;REFB=-0.0175223;REVB=0.014805;RO=60;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107216;STB=0.555531;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0221989;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:60:63:45:45:0.416667:20:25:27:33:20:25:29:34 chr4 139086246 . A G 196.44 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.011472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.939;QD=18.2735;RBI=0.0219884;REFB=-0.00681361;REVB=0.0187586;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278132;STB=0.669683;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0129593;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:20:20:0.465116:14:6:13:9:14:6:14:9 chr4 139092719 . A G 253.66 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0138043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.428;QD=28.1849;RBI=0.0331115;REFB=-0.0270788;REVB=0.0300967;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177353;STB=0.509795;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0119841;OID=.;OPOS=139092719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:13:10:6:7:13:10:6:7 chr4 139100372 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.918;QD=60.9786;RBI=0.0183928;REFB=0;REVB=0.0165763;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64014e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr4 139135799 . T C 1703.83 PASS AF=0.542484;AO=162;DP=313;FAO=166;FDP=306;FR=.;FRO=140;FSAF=84;FSAR=82;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=0.0178793;FXX=0.0254769;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.044;QD=22.2723;RBI=0.0201261;REFB=-0.0124004;REVB=0.00924056;RO=131;SAF=81;SAR=81;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156953;STB=0.510319;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00907125;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:306:131:140:162:166:0.542484:81:81:68:63:82:84:74:66 chr4 140005294 . A G 1533.29 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0370503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7736;QD=62.5834;RBI=0.101084;REFB=-0.0162944;REVB=-0.0940493;RO=1;SAF=55;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854568;STB=0.504504;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-1.07309e-05;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:42:55:1:0:42:55:1:0 chr4 140121564 . G C 206.77 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0547598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.303;QD=17.2309;RBI=0.0580729;REFB=-0.027708;REVB=0.0193346;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125114;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0313827;OID=.;OPOS=140121564;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:15:12:12:9:15:12 chr4 140310520 . T C 389.94 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00278747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.547;QD=21.6631;RBI=0.0072184;REFB=-0.00445143;REVB=-0.00665847;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614813;STB=0.54052;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00318166;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:39:39:0.541667:19:20:14:18:19:20:14:19 chr4 140417671 . G C 832.47 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00408473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.122;QD=52.8552;RBI=0.00770001;REFB=-0.0664511;REVB=-0.00652726;RO=3;SAF=18;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385039;STB=0.520439;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00265775;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:42:18:2:1:42:18:2:1 chr4 140606425 . G A 271.65 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0100441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3923;QD=20.8961;RBI=0.0140142;REFB=0.0168699;REVB=0.00977309;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100975;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0197264;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:10:14:16:12:10:14 chr4 140606447 . G T 278.8 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00890718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.403;QD=21.867;RBI=0.0545437;REFB=-0.0367784;REVB=0.0538115;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677289;STB=0.537546;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0258435;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:16:12:8:15:16:12:8:15 chr4 140640703 . G T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00221074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.537;QD=15.5688;RBI=0.00726769;REFB=-0.023408;REVB=0.00692329;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126032;STB=0.565008;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0282689;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:19:9:15:19:19:9:15:20 chr4 140640795 . C T 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00349273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.465;QD=18.9964;RBI=0.0192678;REFB=-0.0383145;REVB=-0.0189486;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352007;STB=0.698773;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0166363;OID=.;OPOS=140640795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:4:13:6:11:4:13 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 174.77 PASS AF=0,0.4375,0,0.5625;AO=4,3,2,2;DP=16;FAO=0,7,0,9;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0,5;FSAR=0,0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033786,0.0366151,0.050116,0.0461104;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=7,6,4,3;MLLD=98.1373,108.289,91.7117,113.761;QD=43.693;RBI=0.0355044,0.0369927,0.156354,0.169802;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0109119,-0.00527239,0.148105,0.163422;RO=0;SAF=4,3,2,2;SAR=0,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.0904356,0,0.00481275;OID=.,.,.,.;OPOS=140651606,140651585,140651609,140651585;OREF=CTGCTGC,CTGCTG,CTGC,CTG;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.4375,0,0.5625:4,3,2,2:16:0,7,0,9:16:0:0,7,0,5:0,0,0,4:0:0:40:0:4,3,2,2:0,0,0,0:0:0 chr4 140810334 . T C 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079099;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.854;QD=57.7373;RBI=0.0118904;REFB=0;REVB=0.0088778;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47797e-05;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr4 140810637 . C T 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.032158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4956;QD=21.9704;RBI=0.0451371;REFB=-0.0555539;REVB=-0.0316736;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654221;STB=0.54668;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0378759;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:12:11:8:12:12:11:8:13 chr4 140811084 . C T 47.91 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0656012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.541;QD=11.9787;RBI=0.115888;REFB=-0.0633707;REVB=-0.0955325;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.6599;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0611571;OID=.;OPOS=140811084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:9:9:6:7:0.4375:2:4:4:5:2:5:4:5 chr4 141264871 . A G 204.33 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0256438;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.142;QD=16.6799;RBI=0.0356447;REFB=-0.0139655;REVB=0.0247577;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273901;STB=0.591454;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00818018;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:27:18:20:0.408163:5:13:10:12:6:14:15:12 chr4 141294814 . G C 204.1 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00767072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.974;QD=10.4669;RBI=0.0131727;REFB=-0.020411;REVB=0.0107089;RO=52;SAF=9;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201939;STB=0.618089;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0230066;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:17:9:27:25:17:9:27:25 chr4 141317068 . G A 395.83 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00157988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7732;QD=17.5926;RBI=0.0265884;REFB=-0.0260645;REVB=0.0265415;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148175;STB=0.580467;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0315408;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:46:49:40:41:0.455556:19:21:17:29:19:22:19:30 chr4 141364579 . CTTAT C 38.3 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0271363;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=4;MLLD=266.425;QD=4.78808;RBI=0.0288217;REFB=-0.0129879;REVB=-0.00971128;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306884;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=del;VARB=0.0375074;OID=.;OPOS=141364580;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:8:33:8:32:24:5:3:15:9:38:20:5:3:13:7 chr4 141383121 . A T 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.038;QD=47.8006;RBI=0.0350386;REFB=0;REVB=0.0325599;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207552;OID=.;OPOS=141383121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr4 141386106 . T C 303.23 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0221046;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.021;QD=19.8839;RBI=0.042606;REFB=-0.0095158;REVB=0.0364233;RO=27;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427884;STB=0.536173;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00572784;OID=.;OPOS=141386106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:29:31:32:0.52459:22:9:9:18:23:9:10:19 chr4 141483471 . T A 386.27 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0022092;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.566;QD=13.7954;RBI=0.0122936;REFB=0.0036876;REVB=0.0120935;RO=69;SAF=15;SAR=30;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084077;STB=0.535931;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00566199;OID=.;OPOS=141483471;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:69:67:45:45:0.401786:30:15:28:41:30:15:26:41 chr4 141499166 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.339;QD=17.289;RBI=0.0318392;REFB=-0.000793036;REVB=0.0299515;RO=33;SAF=8;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760966;STB=0.542828;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00113635;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:22:8:11:22:22:8:11:22 chr4 141543997 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.92;QD=57.3856;RBI=0.0494375;REFB=0;REVB=0.0481109;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157128;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr4 141789196 . C A 533.43 PASS AF=0.561798;AO=48;DP=87;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00443706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.207;QD=23.9743;RBI=0.00553524;REFB=-0.0147016;REVB=-0.00330929;RO=39;SAF=21;SAR=27;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103394;STB=0.563463;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0155141;OID=.;OPOS=141789196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:39:39:48:50:0.561798:27:21:22:17:29:21:22:17 chr4 141974816 . A C 36.13 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0089602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.493;QD=6.56998;RBI=0.161487;REFB=-0.0101314;REVB=0.161238;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416902;STB=0.774851;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0500969;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:8:8:5:1:8:8 chr4 142640637 . A G 371.79 PASS AF=0.536232;AO=32;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0199575;FXX=0.0142837;HRUN=8;LEN=1;MLLD=246.269;QD=21.5531;RBI=0.022418;REFB=-0.0120425;REVB=-0.010211;RO=18;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730374;STB=0.557463;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00474467;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:18:31:32:37:0.536232:16:16:7:11:18:19:12:19 chr4 144135718 . G A 841.4 PASS AF=0.967742;AO=61;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0312877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1177;QD=54.2839;RBI=0.033032;REFB=-0.0877282;REVB=-0.0105922;RO=1;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219443;STB=0.523801;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0155771;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:61:60:0.967742:21:40:0:1:20:40:0:2 chr4 144442611 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7778;QD=51.9117;RBI=0.0614836;REFB=0;REVB=-0.0304636;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410818;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr4 144442735 . C T 408.94 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9315;QD=56.4059;RBI=0.076329;REFB=0;REVB=0.0709314;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788627;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:17:10:0:0:19:10:0:0 chr4 144467104 . T C 1053.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.135;QD=59.3449;RBI=0.0199963;REFB=0;REVB=0.000766032;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05316e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:34:37:0:0 chr4 144532644 . A G 390.4 PASS AF=0.487805;AO=41;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.04964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6247;QD=19.0439;RBI=0.0496666;REFB=0.0142692;REVB=0.00162408;RO=41;SAF=13;SAR=28;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256467;STB=0.505777;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0162441;OID=.;OPOS=144532644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:41:40:0.487805:28:13:12:29:28:12:13:29 chr4 144542213 . A G 653.34 PASS AF=0.607843;AO=61;DP=102;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00396418;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.535;QD=25.6213;RBI=0.00568015;REFB=-0.0202279;REVB=-0.00406808;RO=39;SAF=25;SAR=36;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111758;STB=0.561406;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00989143;OID=.;OPOS=144542213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:39:40:61:62:0.607843:36:25:22:17:36:26:23:17 chr4 144617397 . A T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0092612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.123;QD=19.4208;RBI=0.0121587;REFB=0.00184618;REVB=-0.00787812;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309158;STB=0.517229;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00214317;OID=.;OPOS=144617397;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:13:14:14:15:13:14 chr4 144618610 . G C 993.93 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.048353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.269;QD=55.9962;RBI=0.0562424;REFB=0.00791853;REVB=-0.0287262;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.514702;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000254887;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:1:2:68:69:0.971831:32:36:0:1:33:36:0:2 chr4 144619921 . C T 216.64 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0290816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0456;QD=13.3319;RBI=0.0406765;REFB=-0.0136228;REVB=-0.0284401;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137303;STB=0.507854;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0159073;OID=.;OPOS=144619921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:17:22:15:11:17:22 chr4 144794616 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000317234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.215;QD=13.336;RBI=0.0109791;REFB=-0.0127883;REVB=-0.0109745;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880615;STB=0.505148;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0178348;OID=.;OPOS=144794616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:11:13:8:7:11:13 chr4 144799840 . G A 171.16 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00897323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.597;QD=17.5553;RBI=0.0228815;REFB=-0.00477286;REVB=-0.0210487;RO=20;SAF=2;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36354;STB=0.705603;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0101113;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:16:2:7:13:16:2:7:14 chr4 144801662 . C G,T 1015.6 PASS AF=0.356164,0.630137;AO=26,45;DP=72;FAO=26,46;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=8,25;FSAR=18,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00641797,-0.00753642;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=110.439,31.6373;QD=55.6496;RBI=0.0462689,0.0520802;REFB=-0.128233,-0.0171803;REVB=-0.0458216,-0.051532;RO=1;SAF=8,25;SAR=18,20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0545422,-0.018429;STB=0.529389,0.5098;STBP=0.29,0.514;TYPE=snp,snp;VARB=0.0187159,0.0141846;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:73:1:1:26,45:26,46:0.356164,0.630137:18,20:8,25:1:0:18,21:8,25:1:0 chr4 144922439 . G T 56.18 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0010357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.208;QD=2.99607;RBI=0.00693666;REFB=-0.00391835;REVB=-0.00685891;RO=62;SAF=3;SAR=8;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215629;STB=0.664621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0192992;OID=.;OPOS=144922439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:62:64:11:11:0.146667:8:3:27:35:8:3:29:35 chr4 145041686 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1523;QD=55.0971;RBI=0.0545405;REFB=0;REVB=0.022103;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178363;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr4 145041741 . T G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.515;QD=56.1905;RBI=0.0439139;REFB=0;REVB=0.000670467;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308114;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr4 146479246 . AC A,AA 445.09 PASS AF=1,0;AO=3,7;DP=16;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164759,0.209645;FXX=0.0856898;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.633,216.509;QD=55.6367;RBI=0.168748,0.212718;REFB=0,0;REVB=0.0364707,0.0360228;RO=6;SAF=1,1;SAR=2,6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.208152,-0.0364235;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000337521,-0.105266;OID=.,.;OPOS=146479247,146479247;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,7:16:32,0:32:0:9,0:23,0:0:0:3:6:1,1:2,6:1:5 chr4 146576418 . G C 1618.43 PASS AF=1;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333182;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8206;QD=60.502;RBI=0.0926672;REFB=0;REVB=0.0864703;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372072;OID=.;OPOS=146576418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr4 147176653 . A AAT 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0103238;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=291.534;QD=4.28888;RBI=0.0105284;REFB=-0.00739165;REVB=0.00206559;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12097;STB=0.608391;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.0371784;OID=.;OPOS=147176654;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179487:7:41:7:39:32:3:4:18:14:41:34:3:4:18:16 chr4 147788709 . C T 608.55 PASS AF=0.410714;AO=68;DP=167;FAO=69;FDP=168;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.004371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.255;QD=14.4892;RBI=0.00459087;REFB=0.000529372;REVB=-0.00140372;RO=98;SAF=33;SAR=35;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600201;STB=0.503887;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00076387;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:98:99:68:69:0.410714:35:33:47:51:36:33:48:51 chr4 147824864 . G A 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0349867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2158;QD=24.9758;RBI=0.039211;REFB=-0.00606215;REVB=0.0177041;RO=21;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736644;STB=0.540515;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00434516;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:22:11:9:12:22:11:9:12 chr4 148461037 . T C 247.5 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0280052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6839;QD=11.5116;RBI=0.0465816;REFB=0.00378097;REVB=0.037223;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841525;STB=0.548557;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00585522;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:16:14:22:34:16:14:22:34 chr4 148461073 . G A 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.00265273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.855;QD=10.1987;RBI=0.00394142;REFB=-0.00974696;REVB=0.0029151;RO=51;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588828;STB=0.534315;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0185295;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:16:9:16:35:16:9:16:35 chr4 149000024 . C T 80.0 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00425007;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.289;QD=9.14289;RBI=0.00542021;REFB=-0.00355487;REVB=-0.00336386;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164556;STB=0.615182;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0102198;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:36:35:25:24:11:11:0.314286:5:6:10:15:5:6:9:15 chr4 149002016 . AT A,TA 72.1 PASS AF=0.6,0.0666667;AO=14,3;DP=31;FAO=18,2;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9,0;FSAR=9,2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00882836,-0.0558402;FXX=0.0624805;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.20951,12.7531;QD=9.61322;RBI=0.0306251,0.0921136;REFB=-0.0277942,-0.0132947;REVB=-0.029325,-0.0732584;RO=10;SAF=5,1;SAR=9,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0339143,-0.0766313;STB=0.535675,0.993382;STBP=0.653,0.295;TYPE=del,mnp;VARB=0.093639,-0.100196;OID=.,.;OPOS=149002017,149002016;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:31:30:10:10:14,3:18,2:0.6,0.0666667:9,2:5,1:4:6:9,2:9,0:4:6 chr4 149356516 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.914;QD=63.0525;RBI=0.0262446;REFB=0;REVB=-0.0147068;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0039e-05;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr4 149357475 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.945;QD=55.0966;RBI=0.0945361;REFB=0;REVB=0.0931435;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812736;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr4 151120242 . C T 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00852091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.874;QD=21.5365;RBI=0.0106954;REFB=-0.0181923;REVB=0.00646426;RO=35;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713018;STB=0.540127;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0143836;OID=.;OPOS=151120242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:37:42:42:0.531646:24:18:18:17:24:18:19:18 chr4 151177340 . CC TG 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=370.871;QD=39.2068;RBI=0.0120168;REFB=0;REVB=0.0120168;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.85271e-05;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr4 151504433 . C T 84.93 PASS AF=0.140625;AO=18;DP=129;FAO=18;FDP=128;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=-0.0107862;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.66;QD=2.65414;RBI=0.011445;REFB=-0.00538231;REVB=-0.00382685;RO=109;SAF=8;SAR=10;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765474;STB=0.5551;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0403052;OID=.;OPOS=151504433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:129:128:109:110:18:18:0.140625:10:8:42:67:10:8:42:68 chr4 151505322 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.375;QD=57.6795;RBI=0.111412;REFB=0;REVB=-0.0258654;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127805;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr4 151505505 . A G 196.62 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00442261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.852;QD=18.2902;RBI=0.0103327;REFB=0.0153614;REVB=-0.00933841;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848779;STB=0.548338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00997101;OID=.;OPOS=151505505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:13:10:7:13:13:10 chr4 152041502 . C G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0236829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.051;QD=21.1726;RBI=0.0384461;REFB=-0.00134629;REVB=-0.0302858;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231045;STB=0.630934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-2.17728e-05;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:2:6:5:7:2:6 chr4 152070633 . T A 490.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0124502;FXX=0.0181802;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.522;QD=18.1596;RBI=0.0130303;REFB=-0.00993197;REVB=0.00384469;RO=53;SAF=31;SAR=21;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988511;STB=0.565177;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0109012;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:53:56:52:52:0.481481:21:31:37:16:21:31:40:16 chr4 152212603 . T G 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0103457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6873;QD=20.5421;RBI=0.0613246;REFB=-0.0166607;REVB=0.0604456;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274747;STB=0.652946;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0189638;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:5:20:12:12:5:20 chr4 152498625 . C T 371.8 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00231686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.169;QD=17.4964;RBI=0.0187427;REFB=-0.00604683;REVB=0.018599;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206294;STB=0.620877;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0111484;OID=.;OPOS=152498625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:24:15:27:18:24:15:28:18 chr4 152622498 . G A 206.93 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0233355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1593;QD=17.2443;RBI=0.0277091;REFB=-0.0116597;REVB=0.0149415;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139197;STB=0.523055;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.013406;OID=.;OPOS=152622498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:7:14:17:9:7:14:17:10 chr4 153690842 . T C 548.92 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0534475;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5747;QD=57.7814;RBI=0.0615854;REFB=-0.00809111;REVB=0.0305963;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183679;STB=0.509799;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000720307;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:0:1:25:12:0:1 chr4 153896358 . C T 741.73 PASS AF=0.425532;AO=80;DP=189;FAO=80;FDP=188;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=0.0149173;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.912;QD=15.7815;RBI=0.016126;REFB=-0.00229493;REVB=0.00612549;RO=107;SAF=33;SAR=47;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152081;STB=0.587478;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00241252;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:107:108:80:80:0.425532:47:33:60:47:47:33:61:47 chr4 153897770 . G A 220.55 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00858751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.797;QD=14.2289;RBI=0.0131236;REFB=-0.0178141;REVB=0.00992391;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282292;STB=0.660075;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0280169;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:12:24:10:16:12:24 chr4 153898178 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6245;QD=48.7335;RBI=0.0405739;REFB=0;REVB=0.0292591;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210428;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr4 154216710 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0322055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.484;QD=8.25461;RBI=0.0322762;REFB=-0.00246665;REVB=-0.00213492;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501047;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0100415;OID=.;OPOS=154216710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:5:1:7:4:5:1:8:4 chr4 154387597 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0525384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2789;QD=10.0334;RBI=0.0624543;REFB=-0.0178645;REVB=-0.0337677;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0265848;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr4 154478222 . C T 173.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0260873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2432;QD=18.7138;RBI=0.0517353;REFB=-0.00495441;REVB=-0.0446765;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260381;STB=0.646904;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00251314;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:5:14:8:10:5:14 chr4 154479430 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.016101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.835;QD=22.9575;RBI=0.0336007;REFB=-0.0188411;REVB=-0.0294917;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548302;STB=0.530768;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.015314;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:7:4:7:9:7:4 chr4 154525458 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.058;QD=52.6132;RBI=0.0219888;REFB=0;REVB=0.00979767;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102047;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr4 154624656 . T C 175.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00120417;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.651;QD=13.2647;RBI=0.0408558;REFB=-0.00105771;REVB=-0.0408381;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140744;STB=0.580688;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00144386;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:21:11:10:11:21:11 chr4 154625409 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0144714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9646;QD=14.7015;RBI=0.0195797;REFB=0.0149901;REVB=0.0131888;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477123;STB=0.772337;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0237218;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:2:13:4:8:2:13 chr4 154631543 . A T 867.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000172826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.68;QD=57.8647;RBI=0.051049;REFB=0;REVB=-0.0510487;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142173;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr4 154702283 . G C 62.68 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00840604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.179;QD=12.5366;RBI=0.00909849;REFB=-0.0172231;REVB=-0.00348153;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0279659;OID=.;OPOS=154702283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:20:20:11:11:8:9:0.45:4:4:4:7:4:5:4:7 chr4 154709856 . A C,G 504.35 PASS AF=0.944444,0.0277778;AO=33,3;DP=36;FAO=34,1;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14,0;FSAR=20,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194746,-0.0308076;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.259,158.197;QD=56.039;RBI=0.0410609,0.0448244;REFB=-0.15835,-0.228347;REVB=0.0361488,0.0325595;RO=0;SAF=13,2;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.82173e-08,0;STB=0.517231,0.989913;STBP=0.319,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.00162822,0.000774675;OID=.,.;OPOS=154709856,154709856;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:36:36:0:1:33,3:34,1:0.944444,0.0277778:20,1:13,2:0:0:20,1:14,0:1:0 chr4 155156207 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.272;QD=60.6103;RBI=0.0101566;REFB=0;REVB=0.00985736;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04691e-05;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr4 155241572 . G A 440.7 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00701554;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.391;QD=16.9502;RBI=0.0140965;REFB=-0.0209785;REVB=-0.0122268;RO=57;SAF=18;SAR=29;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12601;STB=0.557212;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0171219;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:56:47:48:0.461538:29:18:29:28:29:19:28:28 chr4 155243573 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1328;QD=61.3751;RBI=0.0155715;REFB=0;REVB=-0.0103876;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23406e-06;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr4 155243604 . T C 1080.75 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6551;QD=60.0419;RBI=0.0452161;REFB=0;REVB=0.0323332;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048062;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:34:38:0:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTTGTTTGTTTGT 371.24 PASS AF=0,1,0,0;AO=3,8,3,3;DP=28;FAO=0,27,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0,0;FSAR=0,14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203639,0.0191041,0.0170288,0.0144802;FXX=0.0357015;HRUN=3,3,1,1;LEN=5,4,3,3;MLLD=166.64,178.395,162.483,163.368;QD=54.9982;RBI=0.020461,0.0193606,0.023501,0.0157106;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00199078,-0.00314128,-0.0161963,-0.00609496;RO=0;SAF=2,5,1,2;SAR=1,3,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.46938e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.000679018,0.0236653,0;OID=.,.,.,.;OPOS=155244422,155244402,155244415,155244411;OREF=TTTGT,TTTG,TTG,TTG;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTTGTTTGTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:3,8,3,3:28:0,27,0,0:27:0:0,13,0,0:0,14,0,0:0:0:4:0:2,5,1,2:1,3,2,1:0:0 chr4 155244475 . G T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-5.36205e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.464;QD=52.7696;RBI=0.00414847;REFB=-0.0235978;REVB=-0.00414812;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00024645;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:0:1:16:12:0:1 chr4 155256177 . A G 273.99 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0139881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.571;QD=17.6768;RBI=0.0204877;REFB=-0.0212547;REVB=-0.0149693;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064936;STB=0.536399;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0237641;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:17:15:12:18:17:15 chr4 155256205 . G A 760.39 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.208;QD=56.3253;RBI=0.0678369;REFB=0;REVB=0.0615773;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384619;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:23:26:0:0:25:29:0:0 chr4 155287535 . T C 113.43 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00513728;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.127;QD=9.2595;RBI=0.00727768;REFB=-0.00341986;REVB=-0.00515491;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920697;STB=0.54211;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0103431;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:8:6:12:22:8:6:13:22 chr4 155295076 . A G 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0590366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.599;QD=24.1259;RBI=0.0590432;REFB=-0.0058063;REVB=0.000884431;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948632;STB=0.553128;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00904214;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:5:6:7:10:5:6 chr4 155312411 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00792532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.773;QD=12.3947;RBI=0.0274816;REFB=-0.0144346;REVB=-0.026314;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485504;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0310306;OID=.;OPOS=155312411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:3:11:18:5:3:11:19:5 chr4 155407680 . A G 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0203016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.3381;QD=14.0959;RBI=0.0203999;REFB=-0.015749;REVB=-0.00199986;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304843;STB=0.678114;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0219289;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:11:7:9:4:11:7 chr4 155410822 . G A 404.12 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00537032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.911;QD=19.4758;RBI=0.0142174;REFB=0.00303066;REVB=0.0131641;RO=40;SAF=27;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566831;STB=0.547505;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00156628;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:42:41:41:0.493976:14:27:24:16:14:27:24:18 chr4 155410909 . A G 709.25 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.0041567;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1076;QD=16.9879;RBI=0.0420943;REFB=-0.0020404;REVB=-0.0418886;RO=91;SAF=35;SAR=41;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161735;STB=0.589628;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00259684;OID=.;OPOS=155410909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:91:91:76:76:0.45509:41:35:57:34:41:35:57:34 chr4 155411065 . T C 834.25 PASS AF=0.534247;AO=78;DP=148;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00157527;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.026;QD=22.8561;RBI=0.018906;REFB=-0.00741698;REVB=0.0188403;RO=68;SAF=39;SAR=39;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375173;STB=0.520543;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00705893;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:68:68:78:78:0.534247:39:39:31:37:39:39:31:37 chr4 155411104 . A C 2276.28 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203179;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.688;QD=63.6723;RBI=0.0227589;REFB=0;REVB=-0.022668;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159949;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:67:76:0:0:67:76:0:0 chr4 155411939 . A C 682.41 PASS AF=0.426136;AO=74;DP=176;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.00270439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7566;QD=15.5093;RBI=0.0478776;REFB=-0.0261741;REVB=-0.0478012;RO=102;SAF=47;SAR=27;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829692;STB=0.537474;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0316804;OID=.;OPOS=155411939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:102:101:74:75:0.426136:27:47:57:45:28:47:57:44 chr4 155412464 . C T 205.19 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0496597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9073;QD=14.6561;RBI=0.0508364;REFB=-0.0233624;REVB=0.0108743;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294117;STB=0.657766;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0310491;OID=.;OPOS=155412464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:9:15:10:21:9:15:11:21 chr4 155673436 . G T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00248265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.511;QD=16.4079;RBI=0.0134532;REFB=-0.00570277;REVB=-0.0132221;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273204;STB=0.65593;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00549093;OID=.;OPOS=155673436;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:10:19:8:13:10:19 chr4 155720274 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.002;QD=57.1774;RBI=0.0210337;REFB=0;REVB=0.0200854;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40554e-05;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr4 156135676 . C T 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00572837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.668;QD=11.6224;RBI=0.0543901;REFB=0.0164505;REVB=0.0540876;RO=38;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261538;STB=0.652033;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0272556;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:7:15:17:21:7:15:17:21 chr4 156276289 . C T 270.73 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0212517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3754;QD=16.9206;RBI=0.0227;REFB=-0.0125926;REVB=0.00797845;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270524;STB=0.507878;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0190725;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:18:11:12:22:19:11:12:22 chr4 156276317 . A G 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0251825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6155;QD=19.7596;RBI=0.0309704;REFB=-0.0179952;REVB=0.0180279;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110803;STB=0.562857;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0217998;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:9:16:17:6:9:16 chr4 156294333 . T C 252.15 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00818681;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.785;QD=19.7763;RBI=0.00987699;REFB=-0.0163197;REVB=-0.0055255;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657384;STB=0.529389;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0238485;OID=.;OPOS=156294333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:26:26:0.509804:8:18:15:9:8:18:16:9 chr4 156379973 . G T 342.87 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0171192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2617;QD=16.1348;RBI=0.0260858;REFB=-0.00790616;REVB=-0.0196826;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107617;STB=0.560408;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00644353;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:20:17:17:31:20:17:17:31 chr4 156382738 . A C 265.4 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0381937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.363;QD=27.2202;RBI=0.0459358;REFB=0.00339316;REVB=0.0255213;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119436;STB=0.506602;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0018018;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:14:10:6:9:14:10:6:9 chr4 156632391 . A G 841.65 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0157478;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.742;QD=51.7938;RBI=0.0174644;REFB=-0.132632;REVB=0.00755083;RO=4;SAF=28;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478138;STB=0.502537;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00059788;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:65:65:4:4:61:61:0.938462:33:28:2:2:33:28:2:2 chr4 156680340 . G T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0133923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.535;QD=25.3616;RBI=0.0358293;REFB=-0.0607738;REVB=0.0332322;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240574;STB=0.636162;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0274582;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:12:3:4:4:12:3:4:4 chr4 156706412 . C T 142.59 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0947646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9187;QD=14.2585;RBI=0.0952798;REFB=-0.0271718;REVB=-0.00989479;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662823;STB=0.538414;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0401237;OID=.;OPOS=156706412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:15:9:7:9:15:9 chr4 156706482 . G A 194.28 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0038372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5584;QD=17.2693;RBI=0.00441345;REFB=-0.00673274;REVB=-0.00218047;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13024;STB=0.57396;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00897517;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:17:8:9:11:17:8 chr4 156787340 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0366704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.443;QD=18.4832;RBI=0.0366751;REFB=-0.00793732;REVB=-0.000588059;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372972;STB=0.714041;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0151822;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:15:4:12:9:15:4:12:9 chr4 156847230 . A G 433.43 PASS AF=0.891892;AO=32;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0886403;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.4281;QD=46.8572;RBI=0.136416;REFB=-0.161051;REVB=-0.103693;RO=3;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217288;STB=0.525436;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0145875;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:37:37:3:4:32:33:0.891892:17:15:1:2:17:16:1:3 chr4 156847237 . AG A 407.52 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.1674;QD=46.574;RBI=0.127646;REFB=0;REVB=-0.127498;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00446714;OID=.;OPOS=156847238;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:30:35:35:0:15:20:0:0:7:0:12:16:0:0 chr4 157557726 . A G 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.451;QD=59.6771;RBI=0.0809753;REFB=0;REVB=-0.0711849;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231668;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr4 157684248 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00273758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.857;QD=22.9085;RBI=0.00309499;REFB=-0.0180371;REVB=0.00144382;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300656;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0160302;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:11:10:7:9:11:10:8:9 chr4 158043559 . C T 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0236478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5097;QD=12.8066;RBI=0.0465164;REFB=-0.00309744;REVB=-0.0400569;RO=46;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172095;STB=0.593122;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0044513;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:10:19:23:23:10:19:24:23 chr4 158065038 . T C 1064.37 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.28;QD=59.9644;RBI=0.0571567;REFB=0;REVB=0.00281106;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52573e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:29:38:0:0:29:42:0:0 chr4 158238830 . T C 1076.45 PASS AF=0.454918;AO=111;DP=245;FAO=111;FDP=244;FR=.;FRO=133;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=83;FSRR=50;FWDB=0.00757411;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.838;QD=17.6467;RBI=0.00765703;REFB=-0.00971059;REVB=0.00112383;RO=133;SAF=57;SAR=54;SRF=83;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10946;STB=0.560488;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0111209;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:133:133:111:111:0.454918:54:57:83:50:54:57:83:50 chr4 159076826 . C T 1634.91 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107629;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.281;QD=59.9965;RBI=0.0145991;REFB=0;REVB=-0.00986371;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31378e-06;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:106:109:1:65:41:0:0:65:44:0:0 chr4 159092633 . A G 977.65 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464965;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8882;QD=57.5086;RBI=0.0471385;REFB=0.0105712;REVB=-0.00775339;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=5.53893e-05;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:0:1:29:38:0:1 chr4 159589502 . TA T 53.27 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0417436;FXX=0.0192271;HRUN=7;LEN=1;MLLD=13.0625;QD=4.1783;RBI=0.0736114;REFB=-0.00107636;REVB=-0.060631;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901648;STB=0.541016;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.00104311;OID=.;OPOS=159589503;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:17:52:17:51:34:10:7:22:12:53:30:10:7:20:10 chr4 159601676 . C T 772.87 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-1.15318e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.018;QD=61.8293;RBI=0.00837399;REFB=-0.171876;REVB=0.00837398;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00155479;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:22:27:0:0:22:27:1:0 chr4 159636517 . GT G 40.8 PASS AF=0.150142;AO=66;DP=356;FAO=53;FDP=353;FR=.;FRO=300;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=138;FSRR=162;FWDB=-0.0335638;FXX=0.00842673;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6353;QD=0.462352;RBI=0.119234;REFB=-0.0253096;REVB=0.114413;RO=240;SAF=33;SAR=33;SRF=116;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0.454545;SSSB=0.0213761;STB=0.57368;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=-0.0224479;OID=.;OPOS=159636518;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150142:66:356:53:353:300:29:24:138:162:40:240:33:33:116:124 chr4 159791519 . G A 132.68 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0369348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.426;QD=15.1638;RBI=0.0484438;REFB=-0.00587546;REVB=0.0313469;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459324;STB=0.771852;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0109424;OID=.;OPOS=159791519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:13:2:10:10:13:2:10:10 chr4 159826773 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=375.278;QD=44.6898;RBI=0.0181183;REFB=0;REVB=-0.0035684;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81056e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr4 159894250 . C T 1090.47 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00457004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.409;QD=57.3932;RBI=0.00838185;REFB=-0.0939001;REVB=0.00702639;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171975;STB=0.517852;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-1.97899e-05;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:27:47:0:1:27:47:0:2 chr4 159894305 . T C 1252.03 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.399;QD=61.0748;RBI=0.0312127;REFB=0;REVB=0.031137;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87907e-05;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:34:46:0:0:36:46:0:0 chr4 159894391 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0357611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4547;QD=16.7549;RBI=0.0369483;REFB=-0.0235536;REVB=-0.00929069;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10733;STB=0.560652;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0136828;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:16:12:13:11:16:12 chr4 160159949 . C A 242.12 PASS AF=0.52;AO=23;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0276766;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.789;QD=19.3699;RBI=0.0276813;REFB=-0.00469094;REVB=-0.000510214;RO=12;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652335;STB=0.558058;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00766934;OID=.;OPOS=160159949;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:12:23:23:26:0.52:12:11:7:5:15:11:7:16 chr4 160277276 . C T 147.65 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.10393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.7379;QD=26.8462;RBI=0.103993;REFB=-0.0252849;REVB=0.00362611;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298268;STB=0.666444;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0196625;OID=.;OPOS=160277276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:5:10:1:6:5:10:1:6 chr4 160428588 . G A 269.36 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0340013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.848;QD=22.4469;RBI=0.0419748;REFB=-0.0227691;REVB=0.0246129;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137512;STB=0.566958;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0231435;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:13:11:7:16:14:11:7:16 chr4 162307312 . C A 341.65 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00738265;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.978;QD=18.2214;RBI=0.0286036;REFB=-0.00394461;REVB=-0.0276345;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132785;STB=0.57402;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00505404;OID=.;OPOS=162307312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:39:36:36:0.48:19:17:24:15:19:17:24:15 chr4 164048199 . G C 1183.54 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243634;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9705;QD=61.4824;RBI=0.00329339;REFB=0;REVB=-0.00221601;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513341;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:28:48:0:0:28:49:0:0 chr4 164085425 . T C 2006.79 PASS AF=0.9375;AO=134;DP=145;FAO=135;FDP=144;FR=.;FRO=9;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0404263;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.167;QD=55.7442;RBI=0.0436353;REFB=-0.0671468;REVB=0.0164243;RO=9;SAF=77;SAR=57;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560695;STB=0.52961;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000896081;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:145:144:9:9:134:135:0.9375:57:77:1:8:57:78:1:8 chr4 164393117 . T A 109.62 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0157789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.37;QD=8.12004;RBI=0.0297382;REFB=-0.00509538;REVB=-0.0252068;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140005;STB=0.598714;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0106952;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:39:15:15:0.277778:4:11:24:14:4:11:24:15 chr4 164533702 . T C 388.77 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00852796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.001;QD=16.1987;RBI=0.0646355;REFB=-0.00719324;REVB=0.0640704;RO=55;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144657;STB=0.581356;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00979563;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:18:23:23:32:18:23:23:32 chr4 164750185 . G A 313.07 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00200272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.28;QD=16.9225;RBI=0.00348819;REFB=-0.0192541;REVB=-0.00285597;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255589;STB=0.504828;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0251248;OID=.;OPOS=164750185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:33:34:0.459459:14:19:22:18:15:19:22:18 chr4 165118652 . C T 387.86 PASS AF=0.431373;AO=41;DP=99;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=-0.00652524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.628;QD=15.21;RBI=0.00889129;REFB=-0.0274523;REVB=-0.00603957;RO=51;SAF=32;SAR=9;SRF=43;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09651;STB=0.516771;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0340351;OID=.;OPOS=165118652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:51:58:41:44:0.431373:9:32:43:8:9:35:45:13 chr4 165118796 . G A 353.61 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00320066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.98;QD=18.611;RBI=0.00883384;REFB=-0.0240846;REVB=-0.00823362;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498155;STB=0.51612;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0230041;OID=.;OPOS=165118796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:39:37:37:0.486842:15:22:20:17:15:22:22:17 chr4 165878335 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1064;QD=56.9989;RBI=0.0742773;REFB=0;REVB=-0.0159269;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000657871;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:47:54:1:25:22:0:0:32:22:0:0 chr4 166000194 . CA C,CG 572.25 PASS AF=0.128205,0.871795;AO=6,32;DP=39;FAO=5,34;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=4,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431985,0.0150589;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.261,130.614;QD=58.6922;RBI=0.00714398,0.0278584;REFB=0,0;REVB=0.00568993,0.0234376;RO=0;SAF=0,19;SAR=6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0122858,-0.000405661;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.128205,0.871795:6,32:39:5,34:39:0:1,19:4,15:0:0:16:0:0,19:6,13:0:0 chr4 166231868 . A G 435.41 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.031226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.144;QD=18.528;RBI=0.0387552;REFB=-0.0151144;REVB=-0.0229544;RO=50;SAF=18;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048961;STB=0.52726;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0296557;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:26:18:18:32:26:18:18:32 chr4 166264119 . A G 476.45 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0162367;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.852;QD=16.5722;RBI=0.021341;REFB=-0.00946689;REVB=-0.0138494;RO=63;SAF=27;SAR=25;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829203;STB=0.546201;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.012407;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:63:52:52:0.452174:25:27:38:25:25:27:38:25 chr4 166929102 . G A 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0405828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.788;QD=11.2665;RBI=0.0405986;REFB=-0.0105071;REVB=0.00113103;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451736;STB=0.52629;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0234185;OID=.;OPOS=166929102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:8:12:23:13:8:12:23:13 chr4 166951606 . T C 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00900868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.273;QD=15.4091;RBI=0.0107898;REFB=-0.0108512;REVB=-0.00593833;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469799;STB=0.535953;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0208477;OID=.;OPOS=166951606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:27:27:0.442623:11:16:18:15:11:16:18:16 chr4 167012381 . G A 2584.61 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9588;QD=61.9069;RBI=0.0314469;REFB=0;REVB=-0.00684326;RO=0;SAF=77;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84959e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:90:77:0:0:90:77:0:0 chr4 167012480 . T C 1538.28 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561198;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7155;QD=62.7871;RBI=0.0669283;REFB=-0.0599671;REVB=0.0364687;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835713;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:98:1:0:92:98:1:49:43:1:0:52:46:0:0 chr4 167020644 . A G 523.02 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0124273;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.769;QD=22.9899;RBI=0.0126985;REFB=-0.00315681;REVB=0.00261078;RO=42;SAF=18;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536828;STB=0.506728;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0045236;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:42:42:48:49:0.538462:30:18:16:26:31:18:16:26 chr4 167023255 . A G 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0093424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1016;QD=16.405;RBI=0.0220038;REFB=0.0134004;REVB=0.019922;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826029;STB=0.545425;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0058513;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:37:31:31:0.455882:16:15:20:15:16:15:21:16 chr4 167063842 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0372435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6589;QD=16.065;RBI=0.0463633;REFB=-0.0130584;REVB=-0.027613;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.523783;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.012549;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:13:11:9:9:13:11 chr4 167654960 . C G 480.56 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000479209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.309;QD=56.5359;RBI=0.037024;REFB=-0.0691194;REVB=0.0370209;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122639;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:29:34:1:5:24:0:0:10:24:0:0 chr4 168584259 . T A 246.11 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206631;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1497;QD=51.813;RBI=0.03061;REFB=0;REVB=0.0225834;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195421;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr4 169282355 . T C 280.84 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0168638;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.625;QD=21.1955;RBI=0.0176785;REFB=-0.00219205;REVB=-0.00530459;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762923;STB=0.542344;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00125968;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:13:11:16:13:13:11 chr4 169299528 . T C 279.22 PASS AF=0.336449;AO=35;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00911292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.958;QD=10.438;RBI=0.00930449;REFB=-0.00043102;REVB=0.00187837;RO=70;SAF=24;SAR=11;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911529;STB=0.555849;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000773906;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:71:35:36:0.336449:11:24:43:27:11:25:44:27 chr4 169315760 . C A 1077.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.498;QD=59.8476;RBI=0.00589625;REFB=0;REVB=0.0035253;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98603e-06;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:52:19:0:0:52:20:0:0 chr4 169317279 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0828496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.767;QD=13.6608;RBI=0.0875751;REFB=-0.0242492;REVB=-0.0283786;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214111;STB=0.626744;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0255826;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:8:13:11:3:8:13 chr4 169327191 . C T 311.57 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00284596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.672;QD=19.1736;RBI=0.00622525;REFB=-0.016757;REVB=0.00553663;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417436;STB=0.50602;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0152984;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:32:32:33:0.507692:21:11:12:19:21:12:12:20 chr4 169336662 . T C 519.63 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.123;QD=59.3863;RBI=0.0219833;REFB=0;REVB=-0.0213477;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230139;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 169341435 . A G 2046.06 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.318;QD=62.4752;RBI=0.0308125;REFB=0;REVB=-0.0297933;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54576e-05;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:65:66:0:0:65:66:0:0 chr4 169362557 . C G 352.08 PASS AF=0.583333;AO=33;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0126021;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0838;QD=23.472;RBI=0.0395333;REFB=-0.0438035;REVB=-0.0374709;RO=26;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780044;STB=0.530103;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0505724;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:25:33:35:0.583333:22:11:11:15:22:13:11:14 chr4 169369820 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.234;QD=60.6103;RBI=0.0218199;REFB=0;REVB=0.0209131;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10674e-05;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr4 169369853 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.032;QD=62.3502;RBI=0.0703505;REFB=0;REVB=0.0139214;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426919;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr4 169369920 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0155996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.921;QD=17.1001;RBI=0.0395483;REFB=-0.0134752;REVB=-0.0363418;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0156577;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:8:7:8:6:8:7 chr4 169393595 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8574;QD=61.3306;RBI=0.0622436;REFB=0;REVB=0.0241706;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104576;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr4 169433445 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0474872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.22;QD=3.44825;RBI=0.0695641;REFB=-0.00421752;REVB=-0.0508344;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713594;STB=0.533895;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0338587;OID=.;OPOS=169433445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:44:46:8:8:0.148148:3:5:25:19:3:5:27:19 chr4 169606649 . C A 505.29 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0165084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.681;QD=22.7097;RBI=0.0249244;REFB=-0.0162148;REVB=0.0186734;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378718;STB=0.526428;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.012549;OID=.;OPOS=169606649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:48:48:0.539326:25:23:21:19:25:23:22:19 chr4 169630204 . T G 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0210644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.531;QD=21.9988;RBI=0.0218222;REFB=-0.016035;REVB=-0.0057009;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383817;STB=0.521262;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0116517;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:10:13:15:14:10:13 chr4 169806527 . A G 834.01 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4597;QD=57.5178;RBI=0.0489558;REFB=0;REVB=0.0411967;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464139;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr4 169846359 . GCT G 709.3 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654106;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.268;QD=56.7436;RBI=0.0662999;REFB=0;REVB=0.0108223;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000427394;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:53:50:50:0:21:29:0:0:4:0:20:27:0:0 chr4 169928842 . G T 3793.28 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.936;QD=63.4858;RBI=0.0358047;REFB=0;REVB=0.00513897;RO=0;SAF=123;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14596e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:239:0:0:239:239:1:116:123:0:0:116:123:0:0 chr4 170037572 . G A 279.98 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0429993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0748;QD=33.9374;RBI=0.0458808;REFB=-0.0568963;REVB=0.0160034;RO=9;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701978;STB=0.538429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0223834;OID=.;OPOS=170037572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:33:33:9:9:24:24:0.727273:14:10:5:4:14:10:5:4 chr4 170581570 . G A 1212.66 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060424;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8738;QD=61.4006;RBI=0.0626966;REFB=0;REVB=-0.0167272;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202497;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr4 170623975 . T C 83.31 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0041768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.993;QD=3.78672;RBI=0.00450104;REFB=-0.0045778;REVB=0.00167742;RO=72;SAF=10;SAR=5;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276819;STB=0.676458;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0134519;OID=.;OPOS=170623975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:72:73:15:15:0.170455:5:10:32:40:5:10:33:40 chr4 170663235 . C T 676.73 PASS AF=0.977778;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.125;QD=60.1535;RBI=0.0260195;REFB=0.0302723;REVB=0.00773476;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000544579;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:45:44:0.977778:25:20:0:0:25:19:1:0 chr4 170678993 . T C 668.45 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.437;QD=62.1813;RBI=0.119778;REFB=0;REVB=0.0300622;RO=0;SAF=1;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06141e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138271;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:39:1:0:0:39:4:0:0 chr4 170987636 . A G 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=333.253;QD=62.0157;RBI=0.0180187;REFB=0;REVB=-0.00476028;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27289e-05;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr4 172735897 . C G 1306.83 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0322;QD=61.498;RBI=0.0551505;REFB=0;REVB=-0.0311299;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483723;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:42:41:0:0:44:41:0:0 chr4 174062875 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.624;QD=53.9111;RBI=0.0404882;REFB=0;REVB=-0.0367803;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298078;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr4 174090004 . G A 713.38 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0019748;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.581;QD=52.8433;RBI=0.041161;REFB=-0.10215;REVB=0.0411136;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.52499;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00166752;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:0:2:52:52:0.962963:19:33:0:0:19:33:0:2 chr4 174458022 . T A 376.86 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0210126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.494;QD=18.6106;RBI=0.0210178;REFB=-0.00910075;REVB=0.000467927;RO=42;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16919;STB=0.594173;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00496986;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:22:17:26:16:22:17:26:16 chr4 174537221 . T C 432.0 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.000329053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7042;QD=20.3292;RBI=0.0251815;REFB=-0.030508;REVB=0.0251793;RO=42;SAF=27;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964128;STB=0.553505;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0338952;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:16:27:22:20:16:27:22:20 chr4 174537356 . T A 541.89 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00999769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.193;QD=20.8418;RBI=0.0130576;REFB=-0.0253538;REVB=0.00839916;RO=47;SAF=30;SAR=25;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293456;STB=0.526306;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0171482;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:49:55:55:0.528846:25:30:24:23:25:30:24:25 chr4 174537471 . G A 418.84 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00737827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.94;QD=15.6575;RBI=0.0123677;REFB=-0.0144298;REVB=-0.00992573;RO=59;SAF=28;SAR=19;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121674;STB=0.563807;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0171684;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:19:28:28:31:19:28:29:31 chr4 175237408 . T C 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0283416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.672;QD=12.0699;RBI=0.0299767;REFB=-0.0111185;REVB=0.00976515;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416177;STB=0.516117;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0220525;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:44:26:26:0.371429:16:10:16:26:16:10:18:26 chr4 175443156 . C T 211.54 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0397143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.65;QD=12.088;RBI=0.0397183;REFB=-0.00900929;REVB=-0.000561003;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136263;STB=0.562865;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00766916;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:44:25:26:0.371429:15:10:23:21:15:11:23:21 chr4 175598280 . A G 612.59 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0166347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.641;QD=20.0851;RBI=0.0183145;REFB=-0.00693486;REVB=-0.00766207;RO=58;SAF=19;SAR=43;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242211;STB=0.642454;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00597001;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:60:62:62:0.508197:43:19:33:25:43:19:35:25 chr4 175598334 . T C 1713.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.927;QD=60.6454;RBI=0.00488044;REFB=0;REVB=-0.00221929;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94532e-06;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:66:47:0:0:66:47:0:0 chr4 175688138 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.047;QD=59.1418;RBI=0.0124659;REFB=0;REVB=-0.012049;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34736e-05;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr4 175688141 . G A 321.21 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.017891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.417;QD=18.6208;RBI=0.0522852;REFB=-0.0465516;REVB=0.0491289;RO=30;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120117;STB=0.566176;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0606275;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:24:15:16:14:24:15:16:14 chr4 176555585 . A C 1171.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2213;QD=60.8607;RBI=0.0471885;REFB=0;REVB=0.0209548;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456567;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:44:33:0:0 chr4 176573028 . T C 339.02 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00573118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.353;QD=17.8433;RBI=0.0304218;REFB=-0.0146001;REVB=0.0298771;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09935;STB=0.555525;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0167265;OID=.;OPOS=176573028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:20:16:22:18:20:16:22:18 chr4 177073026 . G A 878.87 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.982;QD=57.6308;RBI=0.0277745;REFB=0;REVB=0.0214037;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44375e-05;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:53:61:1:35:18:0:0:37:24:0:0 chr4 177073027 . C A 36.22 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0786339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9698;QD=2.26344;RBI=0.108379;REFB=-0.0130504;REVB=-0.0745836;RO=56;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463333;STB=0.823249;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.179877;OID=.;OPOS=177073027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:64:64:56:56:8:8:0.125:2:6:19:37:2:6:19:37 chr4 177087322 . C T 990.5 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.67;QD=59.1343;RBI=0.0155449;REFB=0;REVB=0.00474777;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28641e-05;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr4 177113779 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.904;QD=57.3858;RBI=0.0161016;REFB=0;REVB=0.0088047;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28208e-05;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr4 177113956 . A G 346.57 PASS AF=0.392523;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0826666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.786;QD=12.956;RBI=0.0881329;REFB=-0.00996252;REVB=-0.0305554;RO=65;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051009;STB=0.522579;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0169159;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:65:65:41:42:0.392523:24:17:24:41:25:17:24:41 chr4 177137988 . C T 1010.88 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.022956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0298;QD=56.1599;RBI=0.0688428;REFB=0.054439;REVB=-0.0649027;RO=2;SAF=42;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546173;STB=0.502889;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0206185;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:28:42:1:1:28:42:1:1 chr4 177605081 . CTCA C 1018.17 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00647134;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=3;MLLD=295.802;QD=58.1812;RBI=0.0131794;REFB=-0.0444804;REVB=0.0114812;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.00161684;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985714:68:72:69:70:1:46:23:1:0:3:0:46:22:0:0 chr4 178102691 . C G 524.98 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0664519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8668;QD=18.9182;RBI=0.0684884;REFB=0.0103506;REVB=0.0165771;RO=56;SAF=26;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158403;STB=0.513438;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00906909;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:56:54:55:0.495495:28:26:26:30:28:27:26:30 chr4 178281754 . G A 810.47 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.323;QD=54.0314;RBI=0.0481507;REFB=-0.0049766;REVB=0.0454615;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304114;STB=0.516123;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000258739;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:60:2:2:58:58:0.966667:30:28:0:2:30:28:0:2 chr4 178359960 . G C 728.05 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3397;QD=57.1022;RBI=0.137907;REFB=0;REVB=0.124265;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404717;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:43:51:1:20:23:0:0:27:24:0:0 chr4 179037990 . C T 242.33 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.046044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.509;QD=29.3736;RBI=0.0483123;REFB=-0.0187528;REVB=-0.0146298;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550494;STB=0.530359;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.010933;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:10:12:5:6:10:12:5:6 chr4 179327856 . G A 1215.84 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3809;QD=60.0416;RBI=0.0530533;REFB=-0.132822;REVB=-0.0325336;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320893;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:81:0:0:80:81:1:31:49:0:0:31:50:0:0 chr4 183601847 . T C 1212.37 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9399;QD=59.8704;RBI=0.0469227;REFB=-0.0397662;REVB=0.0414302;RO=1;SAF=25;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185589;STB=0.509801;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00125101;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:55:25:1:0:55:25:1:0 chr4 183652175 . T C 1898.8 PASS AF=0.992;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.216;QD=60.7615;RBI=0.0602398;REFB=0.03697;REVB=0.0591589;RO=1;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826211;STB=0.504347;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-4.00665e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:123:124:0.992:57:66:0:1:57:67:0:1 chr4 183815688 . A G 442.74 PASS AF=0.573333;AO=41;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0221036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4954;QD=23.6128;RBI=0.0222978;REFB=-0.0108753;REVB=-0.00293645;RO=32;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985091;STB=0.551529;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00628511;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:32:41:43:0.573333:18:23:14:18:19:24:14:18 chr4 184237195 . A T 545.6 PASS AF=0.533981;AO=56;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00436316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.475;QD=21.1884;RBI=0.0185361;REFB=-0.00519931;REVB=0.0180152;RO=47;SAF=22;SAR=34;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464473;STB=0.518066;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00448815;OID=.;OPOS=184237195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:48:56:55:0.533981:34:22:21:26:33:22:21:27 chr4 184238670 . C G 232.14 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0159275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2882;QD=17.5202;RBI=0.0394724;REFB=-0.00277988;REVB=-0.0361162;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231197;STB=0.622226;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00186061;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:27:24:26:0.490566:10:14:9:18:11:15:9:18 chr4 184239648 . T A 47.92 PASS AF=0.244444;AO=12;DP=39;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0147128;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=46.2611;QD=4.25929;RBI=0.0156141;REFB=-0.00513062;REVB=-0.00522804;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554665;STB=0.717967;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.173055;OID=.;OPOS=184239648;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:39:45:24:34:12:11:0.244444:2:10:8:16:3:8:15:19 chr4 184243528 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00396999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.227;QD=17.3782;RBI=0.00830763;REFB=-0.00136407;REVB=-0.00729766;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208353;STB=0.621126;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0011463;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:5:5:8:3:5:5 chr4 184366145 . C T 346.93 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0387786;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2875;QD=19.0101;RBI=0.0743457;REFB=-0.0156404;REVB=0.0634311;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641749;STB=0.534423;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00821493;OID=.;OPOS=184366145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:35:36:0.493151:14:21:24:12:15:21:24:13 chr4 184367558 . TCTG T 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0168675;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.201;QD=28.764;RBI=0.0180621;REFB=-0.0252324;REVB=-0.00645969;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170336;STB=0.509424;STBP=0.942;TYPE=del;VARB=0.0069779;OID=.;OPOS=184367559;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571:19:28:19:28:9:10:9:5:4:63:9:10:9:5:4 chr4 184368714 . T C 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0139205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.96;QD=18.4984;RBI=0.0400982;REFB=-0.0226032;REVB=0.0376043;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186035;OID=.;OPOS=184368714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:15:12:12:15:15:12 chr4 184426387 . C T 1780.56 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0265783;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.443;QD=59.3519;RBI=0.0542156;REFB=-0.0484606;REVB=0.0472538;RO=1;SAF=72;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655159;STB=0.506848;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000256667;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:120:1:2:118:118:0.983333:46:72:1:0:46:72:2:0 chr4 184560790 . G A 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00863078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.164;QD=17.0885;RBI=0.00870703;REFB=-0.00318892;REVB=0.00114976;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018742;STB=0.510566;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00385547;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:14:14:12:13:14:14 chr4 184596814 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0133326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.992;QD=16.616;RBI=0.0343229;REFB=-0.00901395;REVB=-0.0316276;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169315;STB=0.597327;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00928081;OID=.;OPOS=184596814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:11:10:11:6:11:10 chr4 184596850 . A G 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6036;QD=58.6462;RBI=0.0194247;REFB=0.022393;REVB=-0.0105924;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=8.56882e-05;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:26:14:0:0:26:14:0:1 chr4 184600571 . C A 412.73 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0158071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.514;QD=27.0644;RBI=0.0167279;REFB=-0.0299312;REVB=-0.0054733;RO=22;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018058;STB=0.509849;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.014524;OID=.;OPOS=184600571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:17:22:13:9:17:22:13:9 chr4 184600601 . A G 872.39 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165731;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.035;QD=58.1591;RBI=0.0204095;REFB=0;REVB=0.0203421;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43632e-05;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr4 184612553 . G C 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0236394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1062;QD=15.0166;RBI=0.0240912;REFB=-0.012602;REVB=-0.00464377;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205527;STB=0.504777;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0208701;OID=.;OPOS=184612553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:16:14:19:20:16:14:19:21 chr4 184626158 . T C 51.83 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0234706;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.104;QD=15.9461;RBI=0.023478;REFB=-0.0290999;REVB=-0.000590485;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585813;STB=0.744007;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0321375;OID=.;OPOS=184626158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:7:6:6:7:0.538462:1:5:1:6:2:5:1:5 chr4 184931818 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0258168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.128;QD=22.7239;RBI=0.0375166;REFB=-0.00820113;REVB=0.0272211;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398524;STB=0.522324;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00583379;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:8:8:11:9:8:8 chr4 184932016 . C T 39.41 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0569357;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.679;QD=9.85136;RBI=0.0660132;REFB=-0.00747087;REVB=-0.0334078;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0279983;OID=.;OPOS=184932016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:9:10:6:6:0.375:2:4:5:4:2:4:6:4 chr4 185012398 . T C 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0135513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.916;QD=12.0193;RBI=0.0145615;REFB=-0.00609792;REVB=-0.00532925;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943528;STB=0.555903;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0239759;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:14:11:5:9:14:11 chr4 185200094 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0130857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.654;QD=16.8229;RBI=0.0324595;REFB=0.00942659;REVB=0.0297049;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00678702;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr4 185310218 . C T 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0341753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.2842;QD=22.1832;RBI=0.035529;REFB=-0.0133938;REVB=-0.00971392;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593836;STB=0.533301;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0268327;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:9:9:9:12:9:9 chr4 185587165 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.472;QD=56.9383;RBI=0.0496104;REFB=0;REVB=0.00453477;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98461e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr4 185655171 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.802;QD=56.9383;RBI=0.074421;REFB=0;REVB=0.00747359;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011949;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr4 185655190 . C G 458.59 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.341;QD=57.3237;RBI=0.0239014;REFB=0;REVB=0.020321;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11971e-05;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:24:7:0:0:25:7:0:0 chr4 185678110 . A G 1529.11 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.793;QD=63.7128;RBI=0.0187637;REFB=0;REVB=0.00448852;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99749e-05;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:40:54:0:0:40:56:0:0 chr4 185678118 . C G 1431.19 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593793;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.235;QD=62.9095;RBI=0.0229373;REFB=0;REVB=0.0221554;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660346;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:90:91:1:38:52:0:0:39:52:0:0 chr4 185686032 . C T 702.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.521;QD=62.4369;RBI=0.084554;REFB=0;REVB=0.0837058;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202329;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:21:22:0:0:23:22:0:0 chr4 185687129 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0592118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0665;QD=13.7526;RBI=0.0907435;REFB=0.0164582;REVB=0.068763;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504803;STB=0.790497;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0365231;OID=.;OPOS=185687129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:5:18:4:11:5:18 chr4 185735054 . G A 330.12 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00670881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.971;QD=31.4401;RBI=0.0464485;REFB=-0.0299001;REVB=0.0459614;RO=14;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195432;STB=0.607066;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0245672;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:17:11:10:4:17:11:10:4 chr4 185940991 . GAAAAA GAAAA,GAAAAG 641.09 PASS AF=0.910256,0.0897436;AO=24,11;DP=78;FAO=71,7;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34,5;FSAR=37,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.370731,0.108806;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.8342,8.54199;QD=32.8762;RBI=0.756984,0.273661;REFB=-0.0061902,-0.000292837;REVB=0.659988,0.251101;RO=31;SAF=15,6;SAR=9,5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.329412,0;SSSB=0.111221,0.0348921;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0331625,-0.0497591;OID=.,.;OPOS=185940992,185940996;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.910256,0.0897436:24,11:78:71,7:78:0:34,5:37,2:0:0:22:31:15,6:9,5:16:15 chr4 185941910 . AC CA 56.08 PASS AF=0.155556;AO=5;DP=44;FAO=7;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.127306;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=19.3776;QD=4.985;RBI=0.136758;REFB=-0.0339601;REVB=0.0499579;RO=23;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305545;STB=0.836197;STBP=0.071;TYPE=mnp;VARB=-0.0420505;OID=.;OPOS=185941910;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:23:32:5:7:0.155556:4:1:10:13:6:1:17:15 chr4 186091487 . G A 343.97 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0109136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.617;QD=16.3797;RBI=0.0137573;REFB=-0.0243298;REVB=0.00837601;RO=47;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106004;STB=0.559654;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0419777;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:22:15:24:23:22:15:24:23 chr4 186097045 . C T 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00457038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.648;QD=12.3037;RBI=0.0101425;REFB=-0.0056128;REVB=0.00905444;RO=40;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010774;STB=0.508268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00685296;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:43:26:26:0.376812:10:16:25:15:10:16:27:16 chr4 186111639 . T C 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0174048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.495;QD=24.3823;RBI=0.0198839;REFB=-0.00771114;REVB=0.00961464;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592601;STB=0.519378;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0113367;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:11:15:13:7:11:15:13:8 chr4 186112111 . G A 262.71 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00455531;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.354;QD=25.0196;RBI=0.00520477;REFB=-0.0104451;REVB=-0.0025177;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520391;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:9:9:12:12:9:9 chr4 186336962 . C T 62.38 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.00720587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.865;QD=2.47052;RBI=0.00905525;REFB=0.000436159;REVB=-0.00548389;RO=88;SAF=4;SAR=9;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767068;STB=0.554708;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00269516;OID=.;OPOS=186336962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:101:88:88:13:13:0.128713:9:4:32:56:9:4:32:56 chr4 186339584 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.442;QD=53.9103;RBI=0.0423486;REFB=0;REVB=0.0241765;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278063;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:17:7:0:0 chr4 186347055 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00956671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.587;QD=7.32261;RBI=0.0446003;REFB=-0.00487485;REVB=0.0435622;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157893;STB=0.59968;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0158766;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:9:5:3:3:9:5 chr4 186357523 . C G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.762;QD=59.8545;RBI=0.019407;REFB=0;REVB=-0.0187621;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20374e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr4 186361876 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.376;QD=59.8388;RBI=0.0111738;REFB=0;REVB=0.0039564;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80482e-05;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr4 186366671 . A G 205.76 PASS AF=0.390625;AO=23;DP=62;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00146108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.556;QD=12.8601;RBI=0.00982124;REFB=-0.0176435;REVB=0.00971195;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501672;STB=0.502536;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0258327;OID=.;OPOS=186366671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:39:39:23:25:0.390625:14:9:17:22:14:11:17:22 chr4 186379371 . G A 964.08 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00659219;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3514;QD=57.5568;RBI=0.0353072;REFB=-0.144536;REVB=0.0346863;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0028863;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:32:34:0:0:32:34:0:1 chr4 186379899 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00649426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.739;QD=11.9536;RBI=0.00746817;REFB=-0.0168133;REVB=0.00368757;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0177041;OID=.;OPOS=186379899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:4:7:4:4:4:7 chr4 186380243 . A C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-3.50628e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9694;QD=22.7197;RBI=0.0179723;REFB=-0.000984408;REVB=0.0179722;RO=9;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45548;STB=0.76147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00209426;OID=.;OPOS=186380243;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:12:2:6:3:12:2:6:3 chr4 186380295 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0165902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.93;QD=22.7235;RBI=0.0187377;REFB=-0.00483798;REVB=0.0087101;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398524;STB=0.522324;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00223077;OID=.;OPOS=186380295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:8:8:9:11:8:8 chr4 186380515 . G A 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00834236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.474;QD=26.5706;RBI=0.00874581;REFB=-0.0031063;REVB=0.00262568;RO=19;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335138;STB=0.530099;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00220658;OID=.;OPOS=186380515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:12:16:10:9:12:16:10:10 chr4 186380846 . A T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00567595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.883;QD=16.0425;RBI=0.0281392;REFB=-0.00757514;REVB=0.0275608;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257565;STB=0.646508;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0118049;OID=.;OPOS=186380846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:19:7:10:9:19:7 chr4 186381115 . G T 262.94 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0310258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1053;QD=16.4338;RBI=0.0377222;REFB=-0.0155744;REVB=-0.0214562;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.502091;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0153463;OID=.;OPOS=186381115;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:34:28:30:0.46875:16:12:16:18:16:14:16:18 chr4 186381165 . G A 357.38 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0639447;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.548;QD=21.6592;RBI=0.0640328;REFB=-0.00548178;REVB=-0.00335918;RO=30;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342531;STB=0.518942;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00566531;OID=.;OPOS=186381165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:30:30:36:36:0.545455:23:13:12:18:23:13:12:18 chr4 186382206 . A G 195.54 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.00919456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.012;QD=12.6152;RBI=0.0108772;REFB=-0.0201704;REVB=0.00581151;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230352;STB=0.617727;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0326173;OID=.;OPOS=186382206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:10:14:29:8:10:14:29:9 chr4 186423637 . G A 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00125737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9679;QD=19.3441;RBI=0.0281366;REFB=0.011085;REVB=-0.0281084;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00976533;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:7:11:8:10:7:11 chr4 186507298 . AAT A 76.57 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00985638;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.357;QD=9.87945;RBI=0.0114384;REFB=-0.00915123;REVB=-0.0058043;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.509985;STBP=0.952;TYPE=del;VARB=0.0130222;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:11:31:13:31:18:7:6:10:8:76:16:6:5:8:8 chr4 186528433 . T C 194.99 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0158039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.341;QD=17.7259;RBI=0.0158962;REFB=-0.002083;REVB=0.00171028;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261668;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:19:20:0.454545:10:9:12:11:10:10:12:12 chr4 186544435 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0175402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.846;QD=14.1691;RBI=0.0205171;REFB=0.00820835;REVB=0.0106438;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0226227;OID=.;OPOS=186544435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr4 186631028 . T A,TA,TTA 361.67 PASS AF=0,1,0;AO=19,7,5;DP=37;FAO=0,30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13245,-0.0162705,-0.146268;FXX=0.0322477;HRUN=12,2,12;LEN=1,1,2;MLLD=17.9071,19.8172,18.2579;QD=48.2231;RBI=0.532127,0.0466886,0.586471;REFB=-0.312483,0.00644752,0.322482;REVB=-0.515379,0.0437618,0.567939;RO=3;SAF=8,5,5;SAR=11,2,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.144485,-0.202067,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0765207,-0.000140268,-0.0659817;OID=.,.,.;OPOS=186631028,186631029,186631029;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:37:30:3:0:19,7,5:0,30,0:0,1,0:11,2,0:8,5,5:3:0:0,10,0:0,20,0:0:0 chr4 187074833 . A G 1246.42 PASS AF=0.955556;AO=82;DP=86;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00138991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.559;QD=55.3964;RBI=0.013516;REFB=-0.114557;REVB=-0.0134444;RO=4;SAF=58;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726316;STB=0.533325;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00122823;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:90:4:4:82:86:0.955556:24:58:0:4:28:58:0:4 chr4 187077206 . A G 1734.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189783;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.378;QD=60.8507;RBI=0.0415923;REFB=0;REVB=-0.0370101;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29367e-05;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr4 187078785 . A G 3194.9 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351479;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.118;QD=64.219;RBI=0.0517833;REFB=0;REVB=0.0380282;RO=0;SAF=103;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28748e-05;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:198:199:1:95:103:0:0:95:104:0:0 chr4 187078819 . C G 698.55 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0808376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9281;QD=16.0586;RBI=0.0817926;REFB=-0.0118181;REVB=0.0124622;RO=96;SAF=45;SAR=31;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114346;STB=0.558348;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0233825;OID=.;OPOS=187078819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:96:98:76:76:0.436782:31:45:46:50:31:45:48:50 chr4 187078866 . C T 549.2 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0284515;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5615;QD=20.5308;RBI=0.0539283;REFB=-0.0241298;REVB=0.0458123;RO=51;SAF=28;SAR=28;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424369;STB=0.523356;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0158209;OID=.;OPOS=187078866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:51:56:56:0.523364:28:28:28:23:28:28:28:23 chr4 187079047 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.00578069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7286;QD=19.7624;RBI=0.0531542;REFB=0.0015432;REVB=-0.0528389;RO=25;SAF=20;SAR=3;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654396;STB=0.869244;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00192592;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:3:20:4:21:3:20:4:21 chr4 187122355 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.964;QD=58.0607;RBI=0.0133564;REFB=0;REVB=-0.00093192;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37047e-05;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr4 187133576 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.61;QD=56.9383;RBI=0.0421388;REFB=0;REVB=0.0421248;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42053e-05;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr4 187158034 . G A 712.0 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579792;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0267;QD=63.2891;RBI=0.0661709;REFB=0;REVB=-0.0318905;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678719;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 187178473 . G A 2735.3 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.118496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.903;QD=61.8147;RBI=0.118673;REFB=0.0207265;REVB=0.00648924;RO=1;SAF=101;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063047;STB=0.503311;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000119204;OID=.;OPOS=187178473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:75:101:0:1:75:101:0:1 chr4 187179210 . T C 515.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2253;QD=58.9096;RBI=0.04271;REFB=0;REVB=-0.033554;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065988;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr4 187209702 . G T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0444997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1141;QD=17.4543;RBI=0.044918;REFB=-0.00588029;REVB=0.00611538;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646628;STB=0.536301;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00379631;OID=.;OPOS=187209702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:13:16:13:14:13:16 chr4 187209729 . G A 254.84 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0507023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.04;QD=22.1603;RBI=0.0543653;REFB=-0.0226852;REVB=0.019618;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149847;STB=0.519983;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0145818;OID=.;OPOS=187209729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:13:11:10:11:13:11:11:11 chr4 187422331 . C A 321.32 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0355447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3263;QD=18.9009;RBI=0.0569892;REFB=0.0300544;REVB=0.0445459;RO=34;SAF=9;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209659;STB=0.617515;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0297498;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:25:9:16:18:25:9:16:18 chr4 187516880 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.439;QD=63.872;RBI=0.0459184;REFB=0;REVB=0.0393293;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151367;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr4 187517758 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0025091;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.725;QD=22.3981;RBI=0.00440138;REFB=-0.0370862;REVB=-0.00361616;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139605;STB=0.501278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0251563;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:7:15:12:6:7:15:13:6 chr4 187519206 . C G 1208.48 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.964;QD=61.1889;RBI=0.0391998;REFB=0;REVB=0.0391676;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8148e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:75:79:1:33:42:0:0:35:44:0:0 chr4 187522528 . C T 259.12 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0168802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.452;QD=11.646;RBI=0.0234983;REFB=-0.0165826;REVB=-0.0163472;RO=58;SAF=16;SAR=15;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158608;STB=0.591184;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0378506;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:15:16:38:20:15:16:38:20 chr4 187525020 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.548;QD=51.1846;RBI=0.0752096;REFB=0;REVB=-0.0114512;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490587;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr4 187531022 . A G 276.99 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00304018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.693;QD=13.5118;RBI=0.00810758;REFB=-0.00851941;REVB=-0.00751599;RO=50;SAF=20;SAR=12;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639873;STB=0.536402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.014966;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:12:20:34:16:12:20:34:16 chr4 187534363 . G A 1399.84 PASS AF=0.961165;AO=97;DP=102;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0714141;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.147;QD=54.3629;RBI=0.0714606;REFB=-0.0580204;REVB=0.00257769;RO=3;SAF=34;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107324;STB=0.505702;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000315953;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:103:3:4:97:99:0.961165:63:34:1:2:63:36:2:2 chr4 187534375 . A G 390.28 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00341508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.309;QD=14.4549;RBI=0.0200015;REFB=-0.0106441;REVB=-0.0197078;RO=63;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030573;STB=0.517234;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0159228;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:27:18:27:36:27:18:27:36 chr4 187538330 . G A 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0248357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.034;QD=20.4412;RBI=0.0248434;REFB=-0.0139267;REVB=0.000618702;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703472;STB=0.538902;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0152962;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:22:16:12:23:22:16:12:23 chr4 187538942 . T G 1896.78 PASS AF=0.928571;AO=130;DP=140;FAO=130;FDP=140;FR=.;FRO=10;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0114763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3698;QD=54.1938;RBI=0.0145699;REFB=0.000441567;REVB=-0.00897655;RO=9;SAF=61;SAR=69;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515389;STB=0.523643;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.000178339;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:140:140:9:10:130:130:0.928571:69:61:8:1:69:61:8:2 chr4 187539217 . G A 101.51 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0391159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7361;QD=8.63921;RBI=0.047572;REFB=-0.00717413;REVB=0.0270749;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04547;STB=0.527826;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00607271;OID=.;OPOS=187539217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:17:17:7:6:17:17 chr4 187540150 . A G 181.97 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0166259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3827;QD=16.9272;RBI=0.0294064;REFB=0.00491007;REVB=0.0242552;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777901;STB=0.544507;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00600615;OID=.;OPOS=187540150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:12:12:11:8:12:12 chr4 187540635 . T G 120.32 PASS AF=0.378378;AO=9;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0127794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.53;QD=13.0073;RBI=0.0148715;REFB=-0.024254;REVB=0.00760587;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236878;STB=0.50632;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0459374;OID=.;OPOS=187540635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:9:14:0.378378:5:4:15:8:5:9:15:8 chr4 187540654 . T A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00900782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.363;QD=12.0208;RBI=0.0378964;REFB=-0.0111911;REVB=-0.0368103;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761982;STB=0.504498;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0193788;OID=.;OPOS=187540654;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:18:7:4:10:18:7 chr4 187540918 . G C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.015108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.853;QD=21.7434;RBI=0.016889;REFB=-0.0105881;REVB=-0.00754882;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193864;STB=0.608996;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0193949;OID=.;OPOS=187540918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:3:8:7:8:3:8 chr4 187541761 . G A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00554675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.935;QD=21.8935;RBI=0.0107214;REFB=-0.00257557;REVB=0.0091751;RO=36;SAF=25;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341734;STB=0.518859;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00162047;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:17:25:20:16:17:25:20:16 chr4 187542316 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0183881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.686;QD=20.1599;RBI=0.0192538;REFB=-0.0107296;REVB=0.00570846;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278195;STB=0.657918;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.011084;OID=.;OPOS=187542316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:5:9:5:11:5:9 chr4 187542736 . T C 414.58 PASS AF=0.539474;AO=39;DP=74;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00547957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.661;QD=21.82;RBI=0.0127753;REFB=-0.0229679;REVB=0.0115405;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117915;STB=0.551545;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0164712;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:35:35:39:41:0.539474:18:21:14:21:20:21:14:21 chr4 187542755 . T C 305.08 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0124057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.015;QD=15.0659;RBI=0.0210616;REFB=-0.00655246;REVB=0.0170203;RO=47;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145261;STB=0.582193;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00912173;OID=.;OPOS=187542755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:20:14:26:21:20:14:26:21 chr4 187549428 . C T 375.47 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0356341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.589;QD=18.3156;RBI=0.0364864;REFB=-0.0164455;REVB=0.00784028;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340556;STB=0.512814;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0167281;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:19:20:20:22:19:20:21:22 chr4 187557893 . T C 2235.64 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.664;QD=63.4225;RBI=0.0766174;REFB=0;REVB=0.0713755;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330176;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:72:69:0:0:72:69:0:0 chr4 187627792 . T C 87.04 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0345872;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.518;QD=11.2308;RBI=0.0429296;REFB=-0.0115921;REVB=-0.0254299;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.561292;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0416166;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:31:31:19:20:11:11:0.354839:6:5:10:9:6:5:11:9 chr4 187628398 . C G 237.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000902266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5901;QD=18.6388;RBI=0.00261295;REFB=-0.0203673;REVB=-0.00245223;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357519;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0273293;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:12:13:14:11:12:13:15:11 chr4 187629140 . G C 264.31 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00862466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7732;QD=28.5744;RBI=0.0149832;REFB=-0.0263293;REVB=-0.012252;RO=11;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193453;STB=0.623364;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0228481;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:11:13:23:24:0.648649:17:6:6:5:17:7:8:5 chr4 187629497 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00731804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.989;QD=12.6376;RBI=0.0176482;REFB=-0.020926;REVB=-0.0160594;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.567464;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0245063;OID=.;OPOS=187629497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:6:7:8:12:6:7:9:12 chr4 187629538 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.031961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.175;QD=13.7478;RBI=0.0699646;REFB=-0.000237631;REVB=0.0622378;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301236;STB=0.517285;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000781429;OID=.;OPOS=187629538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:18:14:9:13:18:14 chr4 187629770 . A C 278.26 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00421756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.427;QD=19.8758;RBI=0.0203984;REFB=0.00198696;REVB=0.0199577;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138409;STB=0.582222;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00269488;OID=.;OPOS=187629770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:19:10:13:13:20:10:13:13 chr4 188924979 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00967766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.406;QD=11.1312;RBI=0.00975994;REFB=-0.000759326;REVB=-0.00126459;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.717922;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00147273;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:4:13:4:6:4:13 chr4 188925176 . T TGAC 236.74 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0081533;FXX=0.0384541;HRUN=0;LEN=3;MLLD=325.693;QD=18.9388;RBI=0.01034;REFB=-0.00411769;REVB=-0.00635923;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141918;STB=0.579554;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=0.00392159;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:25:52:25:50:25:14:11:10:15:99:25:14:11:10:15 chr4 189012728 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.549;QD=57.2377;RBI=0.00247854;REFB=0;REVB=0.00166614;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81754e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr4 189012809 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0363512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.112;QD=15.2287;RBI=0.0373715;REFB=-0.00180532;REVB=-0.00867285;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210678;STB=0.620721;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00401096;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:9:19:9:10:9:19 chr4 189022324 . C T 404.93 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0145868;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.923;QD=22.1881;RBI=0.0160622;REFB=-0.00378378;REVB=0.00672461;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355664;STB=0.531812;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00324702;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:33:39:40:0.547945:19:20:16:18:19:21:15:18 chr4 189042746 . T C 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00164925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.767;QD=13.5796;RBI=0.00512889;REFB=-0.000660429;REVB=-0.00485649;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12402;STB=0.572515;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00188397;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:13:15:11:6:13:15 chr4 189067987 . C T 121.6 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0141808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.653;QD=15.1993;RBI=0.0160354;REFB=-0.00954816;REVB=-0.00748597;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258764;STB=0.660653;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0105023;OID=.;OPOS=189067987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:6:8:5:12:6:8:5:13 chr4 190630720 . C G 48.34 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.00489912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.133;QD=1.68134;RBI=0.0313376;REFB=-0.0101917;REVB=-0.0309523;RO=103;SAF=7;SAR=5;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245957;STB=0.518488;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0783858;OID=.;OPOS=190630720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:103:103:12:12:0.104348:5:7:58:45:5:7:58:45 chr4 190630778 . GC AT 1362.93 PASS AF=0.721519;AO=113;DP=161;FAO=114;FDP=158;FR=.;FRO=44;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0102408;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.687;QD=34.5045;RBI=0.0109663;REFB=-0.0470744;REVB=0.00392235;RO=35;SAF=63;SAR=50;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450309;STB=0.510904;STBP=0.644;TYPE=mnp;VARB=0.0203764;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:35:44:113:114:0.721519:50:63:23:12:50:64:23:21 chr4 190630782 . C T 74.29 PASS AF=0.114458;AO=19;DP=166;FAO=19;FDP=166;FR=.;FRO=147;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=79;FSRR=68;FWDB=0.0141667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0059;QD=1.79006;RBI=0.0355371;REFB=-0.00336982;REVB=0.0325912;RO=143;SAF=10;SAR=9;SRF=77;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150546;STB=0.509856;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0286107;OID=.;OPOS=190630782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:166:166:143:147:19:19:0.114458:9:10:77:66:9:10:79:68 chr4 190630786 . A G 1449.47 PASS AF=0.718563;AO=120;DP=166;FAO=120;FDP=167;FR=.;FRO=47;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0158385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.358;QD=34.7179;RBI=0.0191074;REFB=-0.0289093;REVB=-0.0106881;RO=45;SAF=65;SAR=55;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156723;STB=0.508779;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0109105;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:45:47:120:120:0.718563:55:65:23:22:55:65:24:23 chr4 190630805 . G C 216.75 PASS AF=0.201087;AO=37;DP=184;FAO=37;FDP=184;FR=.;FRO=147;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=74;FWDB=-0.0213358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7198;QD=4.71186;RBI=0.0614795;REFB=-0.00690403;REVB=0.0576586;RO=147;SAF=16;SAR=21;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824505;STB=0.551462;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0335667;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:147:147:37:37:0.201087:21:16:73:74:21:16:73:74 chr4 190862155 . T G 272.29 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0376094;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.663;QD=14.3311;RBI=0.0609309;REFB=-0.0147331;REVB=-0.0479386;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165367;STB=0.605993;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0302019;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:45:31:31:0.407895:18:13:25:18:18:13:27:18 chr4 190862182 . C T 303.07 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0104577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.114;QD=14.6056;RBI=0.0246661;REFB=-0.0130253;REVB=-0.0223395;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104644;STB=0.559287;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0192028;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:18:16:28:21:18:16:28:21 chr4 190874206 . T A 182.43 PASS AF=0.243478;AO=28;DP=113;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.002678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.12;QD=6.34529;RBI=0.0204603;REFB=0.00185916;REVB=-0.0202843;RO=85;SAF=14;SAR=14;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951032;STB=0.556482;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00275279;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:85:87:28:28:0.243478:14:14:49:36:14:14:50:37 chr4 190874234 . C T 224.41 PASS AF=0.255814;AO=33;DP=129;FAO=33;FDP=129;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00193055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.321;QD=6.95856;RBI=0.00260567;REFB=-0.00710105;REVB=-0.00174999;RO=96;SAF=18;SAR=15;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828269;STB=0.504976;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0192953;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:96:96:33:33:0.255814:15:18:53:43:15:18:53:43 chr4 190874255 . A T 96.93 PASS AF=0.145985;AO=20;DP=137;FAO=20;FDP=137;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=-0.00392094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.21;QD=2.83019;RBI=0.00394435;REFB=-0.00196128;REVB=-0.000429087;RO=116;SAF=11;SAR=9;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013236;STB=0.504792;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0115337;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:137:137:116:117:20:20:0.145985:9:11:65:51:9:11:65:52 chr4 190874256 . C T 35.25 PASS AF=0.080292;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=0.00494661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.853;QD=1.02918;RBI=0.0197293;REFB=-0.00205631;REVB=-0.0190991;RO=125;SAF=6;SAR=5;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165394;STB=0.509366;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0200898;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:137:125:126:11:11:0.080292:5:6:70:55:5:6:70:56 chr4 190874290 . T A 129.24 PASS AF=0.170213;AO=24;DP=142;FAO=24;FDP=141;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=0.00544456;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.549;QD=3.66649;RBI=0.00997357;REFB=-0.000764644;REVB=0.00835637;RO=118;SAF=12;SAR=12;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867344;STB=0.553148;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00392143;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:118:117:24:24:0.170213:12:12:67:51:12:12:66:51 chr4 190876192 . A C 34.35 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.00778196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.075;QD=1.14503;RBI=0.00879405;REFB=-0.00100303;REVB=0.00409589;RO=110;SAF=7;SAR=3;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291895;STB=0.733422;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0194363;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:110:110:10:10:0.0833333:3:7:48:62:3:7:48:62 chr4 190876195 . C T 808.92 PASS AF=0.61157;AO=74;DP=121;FAO=74;FDP=121;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0206784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.941;QD=26.7412;RBI=0.0231607;REFB=-0.00847883;REVB=-0.0104318;RO=47;SAF=34;SAR=40;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912321;STB=0.504949;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00511843;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:47:47:74:74:0.61157:40:34:21:26:40:34:21:26 chr4 190876196 . G A 44.85 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.00529545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.873;QD=1.44691;RBI=0.0125145;REFB=-0.00212576;REVB=-0.0113389;RO=111;SAF=5;SAR=7;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403759;STB=0.53546;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0215799;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:124:111:112:12:12:0.0967742:7:5:50:61:7:5:51:61 chr4 190876204 . G A 697.49 PASS AF=0.544715;AO=61;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00938853;FXX=0.046508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2504;QD=22.6826;RBI=0.0368321;REFB=-0.0329366;REVB=0.0356155;RO=55;SAF=30;SAR=31;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793561;STB=0.545441;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0170159;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:55:56:61:67:0.544715:31:30:22:33:34:33:22:34 chr4 190876242 . G A 1057.13 PASS AF=0.593939;AO=98;DP=165;FAO=98;FDP=165;FR=.;FRO=67;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0123524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7513;QD=25.6273;RBI=0.0356419;REFB=-0.0101808;REVB=-0.033433;RO=67;SAF=52;SAR=46;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842291;STB=0.54567;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0071481;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:67:67:98:98:0.593939:46:52:28:39:46:52:28:39 chr4 190876256 . C T 111.0 PASS AF=0.142012;AO=24;DP=169;FAO=24;FDP=169;FR=.;FRO=145;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=-0.02632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.993;QD=2.62725;RBI=0.0285814;REFB=-0.000844651;REVB=-0.0111423;RO=143;SAF=17;SAR=7;SRF=64;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327782;STB=0.720228;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00950372;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:143:145:24:24:0.142012:7:17:64:79:7:17:65:80 chr4 190878597 . C T 248.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0105174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.872;QD=16.2752;RBI=0.0575392;REFB=-0.0167518;REVB=-0.0565698;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643713;STB=0.536206;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0164564;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:12:21:16:12:12:21 chr4 190881933 . A G 31.75 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.149513;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.126;QD=6.68359;RBI=0.15527;REFB=-0.0220472;REVB=-0.041889;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059321;STB=0.578691;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0210834;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:16:19:11:13:5:6:0.315789:3:2:5:6:3:3:5:8 chr4 190881969 . G A 34.83 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0101009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.273;QD=6.05725;RBI=0.0196677;REFB=-0.00145188;REVB=-0.0168757;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0157434;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:7:10:3:3:7:10 chr4 190881997 . A G 34.97 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0138551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.385;QD=5.18027;RBI=0.0183824;REFB=-0.0318198;REVB=-0.0120809;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277816;STB=0.518457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0938025;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:10:11:3:3:10:11 chr4 190884225 . T TTTC 151.25 PASS AF=0.625;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=4.41632e-05;FXX=0.11107;HRUN=4;LEN=3;MLLD=312.124;QD=25.2091;RBI=0.0132863;REFB=-0.00772924;REVB=-0.0132862;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.593102;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=0.00416213;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:13:27:15:24:9:7:8:2:7:69:13:6:7:5:8 chr4 190903688 . C T 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.100459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9763;QD=18.8834;RBI=0.102909;REFB=-0.00356238;REVB=0.0223206;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396203;STB=0.726763;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0114963;OID=.;OPOS=190903688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:0:5:3:5:0:5 chr4 190903938 . C T 248.74 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.00456304;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.326;QD=11.4364;RBI=0.00487089;REFB=0.00474692;REVB=-0.00170418;RO=57;SAF=18;SAR=12;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802746;STB=0.546311;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0101877;OID=.;OPOS=190903938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:57:30:30:0.344828:12:18:38:19:12:18:38:19 chr4 190903950 . A G 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0186935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.25;QD=11.5129;RBI=0.0188327;REFB=-0.00542922;REVB=0.00228526;RO=54;SAF=18;SAR=12;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567269;STB=0.517062;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0158026;OID=.;OPOS=190903950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:56:30:30:0.348837:12:18:35:19:12:18:35:21 chr4 190904645 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0139359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.171;QD=5.68927;RBI=0.0247331;REFB=-0.00584816;REVB=0.0204333;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913776;STB=0.559803;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0143521;OID=.;OPOS=190904645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:11:8:3:3:11:8 chr4 190906025 . G A 443.39 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00172456;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.85;QD=24.9797;RBI=0.00182926;REFB=-0.0428885;REVB=0.000609997;RO=28;SAF=34;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204398;STB=0.608229;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0206746;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:28:29:42:42:0.591549:8:34:17:11:8:34:18:11 chr5 163260 . A C 95.87 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0186022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.066;QD=14.7496;RBI=0.037358;REFB=-0.0328565;REVB=0.0323972;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.555461;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0229426;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:24:26:14:14:10:12:0.461538:4:6:8:6:4:8:8:6 chr5 174106 . G A 972.11 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0102326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.099;QD=52.5467;RBI=0.0241729;REFB=-0.0634181;REVB=0.0219003;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242294;STB=0.503365;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00511431;OID=.;OPOS=174106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:2:5:69:69:0.932432:31:38:2:0:31:38:3:2 chr5 181660 . T G 650.62 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.302;QD=61.9634;RBI=0.158726;REFB=0;REVB=0.156464;RO=1;SAF=36;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.882212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628044;OID=.;OPOS=181660;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:42:1:0:36:42:1:0:36:0:1:6:36:0:0 chr5 181730 . C G 732.26 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00666577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1256;QD=53.2555;RBI=0.00668918;REFB=-0.11634;REVB=0.000559132;RO=1;SAF=41;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113556;STB=0.506022;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00307318;OID=.;OPOS=181730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:55:1:1:53:54:0.981818:12:41:1:0:13:41:1:0 chr5 181762 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.516;QD=63.583;RBI=0.0453891;REFB=0;REVB=0.0411651;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06678e-05;OID=.;OPOS=181762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr5 223625 . G A 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00359861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.271;QD=24.3875;RBI=0.00654822;REFB=0.0123276;REVB=-0.00547076;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363114;STB=0.701512;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00464257;OID=.;OPOS=223625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:2:12:7:13:2:12 chr5 231111 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.043;QD=60.883;RBI=0.0249231;REFB=0;REVB=0.0171418;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00904e-06;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:38:39:0:0 chr5 311478 . T C 638.46 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0212212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.543;QD=59.3917;RBI=0.0310917;REFB=0.0772454;REVB=0.0227235;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000372682;OID=.;OPOS=311478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr5 422955 . C G 134.46 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00553725;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.3916;QD=16.8078;RBI=0.0185873;REFB=-0.000787813;REVB=-0.0177433;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253531;STB=0.655546;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000714626;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:15:15:0.46875:7:8:4:12:7:8:4:13 chr5 462465 . C A 534.65 PASS AF=0.487179;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.000545623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.138;QD=18.2786;RBI=0.00616688;REFB=-0.0207085;REVB=0.0061427;RO=60;SAF=22;SAR=34;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110341;STB=0.556943;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0149461;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:56:57:0.487179:34:22:17:43:35:22:17:43 chr5 472951 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.000546753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.205;QD=11.369;RBI=0.147115;REFB=-0.00347152;REVB=-0.147114;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489507;STB=0.529356;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00596506;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:15:4:2:9:15:4 chr5 475104 . A G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0360644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.371;QD=23.2362;RBI=0.0388163;REFB=-0.0265316;REVB=-0.0143548;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562804;STB=0.531563;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.014459;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:11:7:6:7:11:7:6:7 chr5 601966 . T A 518.12 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0558235;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0811;QD=14.8034;RBI=0.0561153;REFB=0.000797049;REVB=0.00571496;RO=82;SAF=31;SAR=26;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205291;STB=0.508194;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00133906;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:82:83:57:57:0.407143:26:31:43:39:26:31:44:39 chr5 665280 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00775469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.888;QD=13.9183;RBI=0.0200801;REFB=0.00157522;REVB=-0.0185222;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139115;STB=0.50793;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00204485;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:18:19:13:13:18:19 chr5 678062 . A G 366.87 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0272212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=14.3871;RBI=0.0299418;REFB=-0.00983086;REVB=-0.0124707;RO=59;SAF=21;SAR=21;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966284;STB=0.548996;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0168338;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:60:42:42:0.411765:21:21:35:24:21:21:35:25 chr5 766910 . C T 3088.77 PASS AF=1;AO=194;DP=198;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370153;FXX=0.020201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.183;QD=63.686;RBI=0.0162942;REFB=0.132572;REVB=0.0158682;RO=1;SAF=98;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113138;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:194:1:0:194:194:1:96:98:0:1:96:98:0:0 chr5 767033 . A C 1732.53 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.862;QD=60.262;RBI=0.0538828;REFB=0;REVB=0.0261755;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067012;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:115:0:0:103:115:1:48:55:0:0:54:61:0:0 chr5 795933 . C G 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.108825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3234;QD=13.5741;RBI=0.115228;REFB=-0.00644019;REVB=0.0378759;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418597;STB=0.742768;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0171928;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:5:14:4:9:5:14 chr5 795947 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0449951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.912;QD=11.1312;RBI=0.047565;REFB=-0.014815;REVB=-0.0154231;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.717922;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0226568;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:4:13:4:6:4:13 chr5 796162 . C A 42.08 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.604;QD=16.8305;RBI=0.000245882;REFB=-0.121479;REVB=0.000245882;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0401243;OID=.;OPOS=796162;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:10:10:3:4:6:6:0.6:6:0:0:3:6:0:0:4 chr5 825280 . C T 306.54 PASS AF=0.37;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.0375104;FXX=0.0291234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.352;QD=12.2618;RBI=0.0401928;REFB=-0.0200917;REVB=-0.0144372;RO=63;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412505;STB=0.734039;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0152915;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:63:63:37:37:0.37:12:25:18:45:12:25:18:45 chr5 837556 . T G 48.77 PASS AF=0.0864865;AO=15;DP=189;FAO=16;FDP=185;FR=.;FRO=169;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=84;FWDB=0.0223169;FXX=0.0211629;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.493;QD=1.05453;RBI=0.0351647;REFB=-0.00192793;REVB=-0.0271755;RO=173;SAF=6;SAR=9;SRF=89;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129518;STB=0.617221;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0208914;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:189:185:173:169:15:16:0.0864865:9:6:89:84:10:6:85:84 chr5 840342 . A G 403.27 PASS AF=0.335616;AO=49;DP=146;FAO=49;FDP=146;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0175956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.898;QD=11.0484;RBI=0.0619326;REFB=-0.0143572;REVB=-0.0593805;RO=96;SAF=27;SAR=22;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118253;STB=0.571241;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0271576;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:96:97:49:49:0.335616:22:27:43:53:22:27:43:54 chr5 840506 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.328;QD=55.0979;RBI=0.147025;REFB=0;REVB=-0.000101934;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027358;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr5 843723 . C A 281.94 PASS AF=0.202532;AO=48;DP=237;FAO=48;FDP=237;FR=.;FRO=189;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=83;FSRR=106;FWDB=0.00370077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.71;QD=4.75843;RBI=0.0103631;REFB=-0.0158255;REVB=-0.00967982;RO=189;SAF=19;SAR=29;SRF=83;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572042;STB=0.535564;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0747281;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:189:189:48:48:0.202532:29:19:83:106:29:19:83:106 chr5 843815 . C T 97.6 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0451254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.238;QD=3.30833;RBI=0.0459485;REFB=-0.00386451;REVB=-0.00865819;RO=99;SAF=7;SAR=12;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124681;STB=0.582863;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0220054;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:99:99:19:19:0.161017:12:7:46:53:12:7:46:53 chr5 878525 . T A 214.23 PASS AF=0.248062;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=129;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.0481133;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.591;QD=6.64274;RBI=0.0485144;REFB=-0.013903;REVB=0.00622591;RO=98;SAF=12;SAR=20;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266199;STB=0.657047;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.040624;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:98:97:32:32:0.248062:20:12:58:40:20:12:57:40 chr5 1057615 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.568;QD=59.0187;RBI=0.0744041;REFB=0;REVB=0.0168612;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020675;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr5 1063027 . TC T 931.06 PASS AF=0.582781;AO=87;DP=153;FAO=88;FDP=151;FR=.;FRO=63;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0165013;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.895;QD=24.664;RBI=0.01783;REFB=-0.00494858;REVB=-0.00675403;RO=63;SAF=55;SAR=32;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368418;STB=0.516634;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=0.00383539;OID=.;OPOS=1063028;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.582781:87:153:88:151:63:55:33:37:26:99:63:55:32:37:26 chr5 1063998 . G A 866.4 PASS AF=0.443396;AO=94;DP=212;FAO=94;FDP=212;FR=.;FRO=118;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=0.0150596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.686;QD=16.3472;RBI=0.0344227;REFB=-0.0237922;REVB=0.0309537;RO=117;SAF=54;SAR=40;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278987;STB=0.513389;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0268039;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:117:118:94:94:0.443396:40:54:64:53:40:54:65:53 chr5 1081767 . C T 1136.33 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.35;QD=59.8071;RBI=0.0561616;REFB=0;REVB=0.0123468;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622331;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:35:39:0:0:36:40:0:0 chr5 1208964 . T C 94.68 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0720324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.952;QD=10.8205;RBI=0.0722101;REFB=-0.0128838;REVB=-0.00506373;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203466;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0252764;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:13:10:5:7:13:10 chr5 1216775 . A G 337.41 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0292604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.387;QD=17.3028;RBI=0.0362598;REFB=-0.0475787;REVB=0.0214151;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124656;STB=0.574285;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0561758;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:15:21:29:12:15:21:30:12 chr5 1216868 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000262147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4084;QD=13.7522;RBI=0.0978603;REFB=0.0200902;REVB=0.0978599;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200359;STB=0.505487;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00957867;OID=.;OPOS=1216868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:15:15:0.394737:9:6:8:13:9:6:9:14 chr5 1225613 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00414808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.719;QD=5.71628;RBI=0.0101772;REFB=-0.00576447;REVB=-0.00929351;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171691;STB=0.624688;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0218693;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:3:5:13:14:3:5:13:15 chr5 1225626 . T A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0346032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4751;QD=10.7537;RBI=0.0462278;REFB=0.00409251;REVB=-0.0306533;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172223;STB=0.603015;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00894364;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:12:14:5:8:12:14 chr5 1225687 . CT TC 134.39 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.023387;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.573;QD=8.02296;RBI=0.0284289;REFB=-0.00954945;REVB=0.0161633;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280524;STB=0.512026;STBP=0.911;TYPE=mnp;VARB=0.0228363;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:45:48:19:19:0.283582:8:11:25:20:8:11:27:21 chr5 1225703 . A G 115.97 PASS AF=0.278689;AO=14;DP=60;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0688905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.975;QD=7.60439;RBI=0.0741146;REFB=-0.0146726;REVB=-0.0273326;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832298;STB=0.528122;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0259322;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:44:44:14:17:0.278689:7:7:25:19:8:9:25:19 chr5 1268700 . C T 311.13 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0220482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5638;QD=28.2846;RBI=0.0419387;REFB=-0.0328492;REVB=0.0356753;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133597;STB=0.563652;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0236068;OID=.;OPOS=1268700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:17:10:9:7:17:10:9:8 chr5 1272369 . C T 1073.03 PASS AF=0.458678;AO=109;DP=242;FAO=111;FDP=242;FR=.;FRO=131;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=0.0193925;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.321;QD=17.736;RBI=0.0254336;REFB=-0.0181199;REVB=0.016456;RO=129;SAF=54;SAR=55;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753499;STB=0.536164;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0179585;OID=.;OPOS=1272369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:129:131:109:111:0.458678:55:54:54:75:57:54:55:76 chr5 1364617 . G C 239.51 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.126416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1046;QD=18.076;RBI=0.126662;REFB=-0.0415351;REVB=-0.00788638;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527289;STB=0.507241;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0211853;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:24:27:26:26:0.490566:17:9:7:17:17:9:9:18 chr5 1394815 . A G 300.34 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0206776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.137;QD=24.5171;RBI=0.0207617;REFB=-0.016647;REVB=0.00186721;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036913;STB=0.52049;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.009157;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:8:14:16:11:8:14 chr5 1411412 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00343876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1195;QD=18.3446;RBI=0.00386271;REFB=-0.0189181;REVB=0.0017594;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0181834;OID=.;OPOS=1411412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:10:8:7:10:10:8 chr5 1443028 . G A 35.48 PASS AF=0.2;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0493092;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.279;QD=4.73099;RBI=0.051177;REFB=0.00570234;REVB=-0.0136999;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536394;STB=0.536461;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0171862;OID=.;OPOS=1443028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:30:24:24:6:6:0.2:4:2:9:15:4:2:9:15 chr5 1466919 . G A 492.26 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0230227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.392;QD=22.6326;RBI=0.024459;REFB=0.00118837;REVB=0.0082582;RO=40;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133988;STB=0.573628;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00138745;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:24:23:26:14:24:23:26:14 chr5 1814783 . T C 126.73 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.121863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.808;QD=19.4965;RBI=0.121895;REFB=-0.0102686;REVB=0.00279229;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00974401;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:6:6:8:6:6:6 chr5 1880865 . T C 289.89 PASS AF=0.404762;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00289338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.1;QD=13.8042;RBI=0.020765;REFB=-0.00573413;REVB=0.0205624;RO=49;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18244;STB=0.602244;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0130505;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:49:50:32:34:0.404762:21:11:25:24:22:12:26:24 chr5 2184901 . C T 261.79 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.000809176;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.685;QD=14.5438;RBI=0.02989;REFB=-0.0117219;REVB=-0.029879;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116553;STB=0.566301;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0162551;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:42:30:30:0.416667:19:11:20:22:19:11:20:22 chr5 2755191 . G C 818.69 PASS AF=1;AO=46;DP=60;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747521;FXX=0.0499917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8694;QD=57.4521;RBI=0.11138;REFB=0;REVB=0.0825686;RO=0;SAF=40;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481143;OID=.;OPOS=2755191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:57:0:0:46:57:1:6:40:0:0:7:50:0:0 chr5 3600334 . T C 1000.71 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092368;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.694;QD=58.0124;RBI=0.0127926;REFB=-0.0218719;REVB=-0.00885055;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135555;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:67:69:1:36:31:0:0:37:32:0:0 chr5 3610452 . A T 70.22 PASS AF=0.137931;AO=18;DP=113;FAO=16;FDP=116;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=-0.0124662;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4863;QD=2.42127;RBI=0.159344;REFB=-0.0382304;REVB=-0.158856;RO=95;SAF=6;SAR=12;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034272;STB=0.53267;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.208445;OID=.;OPOS=3610452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:113:116:95:100:18:16:0.137931:12:6:34:61:10:6:34:66 chr5 3610658 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.13;QD=61.3751;RBI=0.0385884;REFB=0;REVB=0.0272522;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206474;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:49:30:0:0:50:30:0:0 chr5 5146335 . C G 382.48 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0245237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8239;QD=22.4989;RBI=0.0487774;REFB=-0.06384;REVB=-0.0421642;RO=27;SAF=24;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605935;STB=0.530262;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0450736;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:27:30:38:38:0.558824:14:24:15:12:14:24:17:13 chr5 5146377 . T C 320.18 PASS AF=0.5;AO=31;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00214687;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.742;QD=18.8339;RBI=0.0148126;REFB=-0.00479683;REVB=-0.0146561;RO=35;SAF=22;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227871;STB=0.608511;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00677605;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:34:31:34:0.5:9:22:17:18:11:23:16:18 chr5 5146395 . A G 368.64 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.000530456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.744;QD=19.4018;RBI=0.00827721;REFB=-0.0264638;REVB=0.00826019;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14233;STB=0.578907;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.023407;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:19:19:25:13:19:19:25:13 chr5 5200281 . C T 103.72 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0122524;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.988;QD=9.21927;RBI=0.0356303;REFB=-0.00316804;REVB=-0.0334573;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228504;STB=0.625658;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00588816;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:32:13:13:0.288889:5:8:12:17:5:8:14:18 chr5 5239916 . T C 87.0 PASS AF=0.146341;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=123;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.00935053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.051;QD=2.82912;RBI=0.0297372;REFB=-0.00413577;REVB=-0.0282288;RO=103;SAF=8;SAR=10;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275176;STB=0.502739;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223794;OID=.;OPOS=5239916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:123:123:103:105:18:18:0.146341:10:8:46:57:10:8:47:58 chr5 5239921 . C T 491.85 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00162945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.644;QD=15.866;RBI=0.0112779;REFB=-0.0227713;REVB=0.0111595;RO=69;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982515;STB=0.500907;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.029417;OID=.;OPOS=5239921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:70:54:54:0.435484:30:24:30:39:30:24:31:39 chr5 5240002 . C A 352.94 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00947925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.495;QD=15.8624;RBI=0.0140989;REFB=-0.0188582;REVB=-0.0104366;RO=51;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969867;STB=0.505465;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0158704;OID=.;OPOS=5240002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:22:16:21:30:22:16:21:30 chr5 5436609 . G A 1062.51 PASS AF=0.423913;AO=116;DP=275;FAO=117;FDP=276;FR=.;FRO=159;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=0.00594556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.009;QD=15.3987;RBI=0.0279165;REFB=-0.00242256;REVB=-0.027276;RO=157;SAF=50;SAR=66;SRF=70;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155624;STB=0.511255;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00339972;OID=.;OPOS=5436609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:157:159:116:117:0.423913:66:50:70:87:67:50:71:88 chr5 5460569 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0247975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7208;QD=17.3209;RBI=0.0294519;REFB=-0.0367033;REVB=-0.0158901;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159503;STB=0.591128;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0242101;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:11:7:9:7:11:7 chr5 5460619 . G C 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00456026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.603;QD=18.1184;RBI=0.00768777;REFB=0.00427641;REVB=0.00618918;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19497;STB=0.610988;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00405069;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:12:8:11:7:12:8 chr5 5462148 . G A 103.54 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-8.02842e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.459;QD=18.8252;RBI=0.0122121;REFB=-0.0305442;REVB=-0.0122119;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0275003;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:4:6:6:6:4:6 chr5 5490326 . G A 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00838032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.104;QD=14.8159;RBI=0.00846232;REFB=-0.0234146;REVB=0.00117522;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112068;STB=0.56363;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0294071;OID=.;OPOS=5490326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:18:11:19:20:18:11:19:20 chr5 6337241 . T A 244.65 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0505963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.967;QD=23.3004;RBI=0.0514947;REFB=-0.0303236;REVB=-0.00957693;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182834;STB=0.608403;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0279534;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:7:15:9:10:7:16:9:10 chr5 6599476 . G A 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00524981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.77;QD=26.0488;RBI=0.00825165;REFB=-0.024337;REVB=0.00636626;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355891;STB=0.519967;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00622809;OID=.;OPOS=6599476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:4:1:3:9:4:1 chr5 6602544 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0241129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4289;QD=55.8048;RBI=0.0351028;REFB=-0.00522914;REVB=0.0255102;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000137945;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:24:35:0:1:24:35:0:1 chr5 6604787 . C T 545.3 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0771053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.003;QD=57.3996;RBI=0.0786441;REFB=-0.120109;REVB=-0.0154809;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00107067;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:16:21:0:0:16:21:1:0 chr5 6748659 . T C 430.19 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0385706;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.21;QD=22.3477;RBI=0.0391454;REFB=0.00749283;REVB=0.00668369;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138372;STB=0.576287;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0070994;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:42:42:0.545455:25:17:20:15:25:17:20:15 chr5 7520881 . G T 498.09 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0238347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0353;QD=16.7426;RBI=0.0339314;REFB=-0.00181704;REVB=-0.0241504;RO=64;SAF=22;SAR=32;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169819;STB=0.504195;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00208102;OID=.;OPOS=7520881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:32:22:25:39:32:22:26:39 chr5 7743787 . C T 537.63 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0258425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.118;QD=17.6273;RBI=0.0285267;REFB=-0.0272578;REVB=-0.0120803;RO=65;SAF=28;SAR=29;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117479;STB=0.565145;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0197195;OID=.;OPOS=7743787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:29:28:24:41:29:28:24:41 chr5 7826680 . T C 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.016164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.026;QD=14.2705;RBI=0.0176293;REFB=-0.0127403;REVB=0.0070367;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062728;STB=0.526294;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0172272;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:12:12:18:14:12:12:18:15 chr5 7828404 . C T 363.47 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00099792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3855;QD=23.8338;RBI=0.0162311;REFB=-0.0207194;REVB=0.0162004;RO=25;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213256;STB=0.61671;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00613176;OID=.;OPOS=7828404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:19:17:19:6:19:17:19:6 chr5 7835555 . C G 264.71 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0126277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2705;QD=20.7619;RBI=0.0129532;REFB=-0.036397;REVB=0.00288579;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248887;STB=0.638626;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0374728;OID=.;OPOS=7835555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:17:10:16:8:17:10:16:8 chr5 7866821 . T C 286.24 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.024809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6899;QD=18.1741;RBI=0.0280063;REFB=-0.00698139;REVB=0.0129949;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11609;STB=0.572848;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00944762;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:13:18:14:17:13:18:14:18 chr5 7866967 . G C 1282.35 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.052;QD=60.3457;RBI=0.0213085;REFB=-0.14615;REVB=0.0146618;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108864;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000584009;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:1:1:82:84:0.988235:39:43:1:0:40:44:1:0 chr5 7868030 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.59;QD=61.3756;RBI=0.0315564;REFB=0;REVB=0.0303903;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76604e-05;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr5 7878179 . C T 444.36 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.00808203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1741;QD=23.0837;RBI=0.0123267;REFB=0.0350584;REVB=-0.00930745;RO=34;SAF=19;SAR=24;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172666;STB=0.594452;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0237477;OID=.;OPOS=7878179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:24:19:8:26:24:19:8:26 chr5 7897319 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00822751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.4;QD=13.4559;RBI=0.0169171;REFB=-0.0125232;REVB=-0.0147817;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0142133;OID=.;OPOS=7897319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:9:6:4:7:9:6 chr5 9041924 . T C 310.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000605869;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.857;QD=53.9579;RBI=0.0595203;REFB=0;REVB=0.0595173;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567008;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr5 9041935 . G A 310.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101542;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.39;QD=53.9612;RBI=0.0166315;REFB=0;REVB=0.0131719;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129498;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr5 9053945 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1029;QD=44.6877;RBI=0.0586417;REFB=0;REVB=-0.0497871;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00378371;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr5 9108318 . G A 111.98 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00346211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6756;QD=8.95832;RBI=0.0065988;REFB=-0.00442147;REVB=0.00561765;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503821;STB=0.539943;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0204564;OID=.;OPOS=9108318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:7:7:19:16:7:7:20:16 chr5 9108333 . C T 600.7 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.908;QD=58.6049;RBI=0.0328795;REFB=-0.126423;REVB=0.00735237;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00142198;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr5 9122926 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.702;QD=59.0173;RBI=0.0436805;REFB=0;REVB=-0.0050127;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179789;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr5 9190404 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.523;QD=58.0598;RBI=0.016919;REFB=0;REVB=-0.00342577;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28181e-05;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:40:21:0:0 chr5 9238005 . G A 499.77 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.000476209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.56;QD=18.3402;RBI=0.00256789;REFB=-0.0130193;REVB=0.00252335;RO=56;SAF=30;SAR=23;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175758;STB=0.597286;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.010748;OID=.;OPOS=9238005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:23:30:21:35:23:30:21:35 chr5 9265602 . C T 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0254381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.392;QD=16.0894;RBI=0.032838;REFB=-0.0180798;REVB=-0.0207662;RO=49;SAF=19;SAR=19;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153715;STB=0.579505;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0215674;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:19:19:32:17:19:19:32:18 chr5 9280957 . C A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=58.5872;RBI=0.010453;REFB=0;REVB=-0.00376754;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96164e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr5 9629813 . C T 46.02 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.017397;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.995;QD=7.66998;RBI=0.0198846;REFB=-0.0148095;REVB=0.00963024;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.017757;OID=.;OPOS=9629813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:10:7:3:4:10:7 chr5 9630187 . T C 83.81 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0146375;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.805;QD=9.31239;RBI=0.0162477;REFB=0.0012064;REVB=0.00705204;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334064;STB=0.704283;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00871817;OID=.;OPOS=9630187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:14:11:8:3:14:11 chr5 9761013 . C A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00330478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.886;QD=19.523;RBI=0.0130295;REFB=-0.011707;REVB=-0.0126034;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191435;STB=0.609591;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00831431;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:6:6:10:4:6:6 chr5 9761022 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00192559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.732;QD=19.8495;RBI=0.0279429;REFB=-0.00544819;REVB=0.0278765;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175363;STB=0.599863;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00704661;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:7:6:10:5:7:6 chr5 10237036 . A G 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00510326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.626;QD=57.395;RBI=0.00728147;REFB=-0.0848796;REVB=0.00519389;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000298683;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr5 10239261 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.861;QD=57.8848;RBI=0.0328637;REFB=0;REVB=0.0299624;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01415e-05;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr5 10239278 . C T 894.51 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00133927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.432;QD=55.0466;RBI=0.0128815;REFB=-0.0205145;REVB=-0.0128117;RO=2;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138569;STB=0.500734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=1.25396e-05;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:33:30:1:1:33:30:1:1 chr5 10250430 . G A 702.11 PASS AF=0.903226;AO=54;DP=61;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0430432;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.0215;QD=45.2975;RBI=0.13166;REFB=-0.146302;REVB=0.124425;RO=4;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978099;STB=0.503395;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0190875;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:61:62:4:6:54:56:0.903226:37:17:1:3:39:17:2:4 chr5 10250443 . T C 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.636;QD=57.2347;RBI=0.0164155;REFB=0.0218237;REVB=0.00981063;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-5.75351e-05;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:43:23:0:0:43:23:0:1 chr5 10254817 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.841;QD=58.1421;RBI=0.0407996;REFB=0;REVB=0.0406495;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30061e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:27:5:0:0:27:5:0:0 chr5 10256161 . T C 998.28 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.762;QD=58.7225;RBI=0.110868;REFB=0;REVB=0.0233586;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178615;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr5 10261966 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6707;QD=62.6699;RBI=0.0193705;REFB=0;REVB=0.00486612;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72417e-05;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr5 10282396 . A G 162.82 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00127305;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.336;QD=18.6076;RBI=0.00586006;REFB=-0.00620136;REVB=0.00572011;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978135;STB=0.555916;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00644762;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:7:11:12:5:7:11 chr5 10564846 . C T 706.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1623;QD=62.7777;RBI=0.0548147;REFB=0;REVB=0.0337974;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112966;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:27:16:0:0:28:17:0:0 chr5 10624887 . T C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0196731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.215;QD=15.0641;RBI=0.0250963;REFB=-0.00576366;REVB=-0.0155819;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450966;STB=0.525529;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0066822;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:14:21:15:12:14:21 chr5 10649412 . G C 331.98 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0324134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.335;QD=16.1939;RBI=0.0339309;REFB=-0.0183417;REVB=0.0100339;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169959;STB=0.502091;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.016408;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:15:21:27:18:15:21:27:19 chr5 10649784 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.99;QD=33.4285;RBI=0.0212921;REFB=0;REVB=0.00680309;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000979992;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 10973727 . G A 889.34 PASS AF=0.457286;AO=91;DP=199;FAO=91;FDP=199;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=42;FWDB=-0.0014084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.24;QD=17.8761;RBI=0.0205439;REFB=-0.0189536;REVB=0.0204955;RO=107;SAF=40;SAR=51;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171686;STB=0.592353;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0221437;OID=.;OPOS=10973727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:107:108:91:91:0.457286:51:40:66:41:51:40:66:42 chr5 11117583 . C T 193.27 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.10029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5733;QD=12.0796;RBI=0.127196;REFB=-0.0101612;REVB=0.0782347;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586769;STB=0.521035;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0238319;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:40:40:23:24:0.375:11:12:23:17:11:13:23:17 chr5 13701525 . T C 474.09 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.966;QD=57.4654;RBI=0.0394149;REFB=0;REVB=0.00540968;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759085;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr5 13701536 . T C 460.6 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.932;QD=57.5751;RBI=0.0706728;REFB=0;REVB=0.01919;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315323;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:15:17:0:0 chr5 13719022 . T G 1133.95 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511635;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0786;QD=59.6814;RBI=0.01062;REFB=0;REVB=0.00930636;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0067309;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:72:76:1:35:37:0:0:39:37:0:0 chr5 13719089 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.169;QD=58.2392;RBI=0.0477889;REFB=0;REVB=0.014141;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156088;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr5 13811775 . T C 484.42 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0283109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2539;QD=21.0617;RBI=0.0287643;REFB=-0.0145031;REVB=-0.00508704;RO=45;SAF=12;SAR=35;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254527;STB=0.641633;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0145132;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:35:12:23:22:35:12:23:22 chr5 13829799 . G A 484.9 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0226636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.911;QD=26.5698;RBI=0.0228277;REFB=-0.0200225;REVB=-0.0027321;RO=28;SAF=25;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140912;STB=0.507689;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0110548;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:20:25:15:13:20:25:15:13 chr5 13845045 . G A 210.12 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0046433;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.899;QD=13.7782;RBI=0.00629015;REFB=-0.0164932;REVB=-0.00424331;RO=36;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249908;STB=0.643126;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0246369;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:8:17:16:20:8:17:16:20 chr5 13865950 . C T 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00966079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.888;QD=3.07292;RBI=0.0240322;REFB=-0.000606058;REVB=-0.0220049;RO=58;SAF=7;SAR=3;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129293;STB=0.59072;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00294533;OID=.;OPOS=13865950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:3:7:35:23:3:7:35:23 chr5 13900345 . A G 1558.87 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972109;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.046;QD=59.9564;RBI=0.0319344;REFB=0;REVB=0.0304189;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70188e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr5 13902220 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.524;QD=48.7369;RBI=0.0431982;REFB=0;REVB=0.0166964;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509952;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr5 13913885 . A G 1641.81 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.665;QD=60.2497;RBI=0.0103215;REFB=0;REVB=-0.00928751;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33457e-06;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr5 13931340 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.875;QD=62.021;RBI=0.0473641;REFB=0;REVB=0.04711;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625376;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 13944512 . A C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6868;QD=62.9825;RBI=0.0735697;REFB=0;REVB=0.0725545;RO=0;SAF=38;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760808;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:7:38:0:0:7:38:0:0 chr5 14184022 . G A 638.73 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217653;FXX=0.111086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.743;QD=63.8733;RBI=0.0219455;REFB=0;REVB=-0.00280657;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430578;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 14184079 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.955;QD=59.8376;RBI=0.0521985;REFB=0;REVB=3.42551e-05;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396737;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr5 14397238 . T C 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0301482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.558;QD=10.8937;RBI=0.0320318;REFB=-0.0153722;REVB=0.0108223;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622878;STB=0.536202;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0260968;OID=.;OPOS=14397238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:12:12:20:25:12:12:20:25 chr5 14420027 . A C 284.61 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0573825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4293;QD=15.3846;RBI=0.0577103;REFB=-0.0229547;REVB=0.00614273;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831353;STB=0.546846;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0310395;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:15:27:18:14:15:27 chr5 14477003 . CT C 39.61 PASS AF=0.309524;AO=11;DP=44;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0647317;FXX=0.0454442;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.56028;QD=3.77193;RBI=0.0843442;REFB=-0.00972941;REVB=-0.0540717;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110746;STB=0.649952;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=-0.0386217;OID=.;OPOS=14477004;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524:11:44:13:42:29:4:9:15:14:39:24:4:7:11:13 chr5 14509527 . G A 144.01 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.00296665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.401;QD=14.7698;RBI=0.0897671;REFB=0.00791102;REVB=0.0897181;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248419;STB=0.646912;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0131643;OID=.;OPOS=14509527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:4:12:20:2:4:12:21:2 chr5 14709412 . A AT,ATT 248.44 PASS AF=1,0;AO=20,4;DP=26;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.231096,-0.124002;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=19.792,8.70474;QD=41.4064;RBI=0.262289,0.14109;REFB=0,0;REVB=0.124057,0.0673036;RO=2;SAF=11,4;SAR=9,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0766752,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00521924,0;OID=.,.;OPOS=14709413,14709413;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,4:26:24,0:24:0:15,0:9,0:0:0:5:2:11,4:9,0:2:0 chr5 14710363 . G GACTT 96.55 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0103474;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.854;QD=7.57292;RBI=0.0185473;REFB=-0.00660612;REVB=-0.0153927;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18778;STB=0.624816;STBP=0.347;TYPE=ins;VARB=0.0185969;OID=.;OPOS=14710364;OREF=-;OALT=ACTT;OMAPALT=GACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:12:56:13:51:38:6:7:24:14:96:42:5:7:24:18 chr5 14769103 . G A 787.3 PASS AF=0.519737;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0104992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.215;QD=20.7184;RBI=0.0119395;REFB=-0.0129746;REVB=0.0056849;RO=72;SAF=38;SAR=41;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165147;STB=0.512411;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0130389;OID=.;OPOS=14769103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:72:73:79:79:0.519737:41:38:36:36:41:38:37:36 chr5 16478200 . G A 163.64 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0104427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1419;QD=12.8346;RBI=0.0139947;REFB=-0.00698165;REVB=-0.00931671;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733497;STB=0.542575;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.016253;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:13:19:10:9:13:19 chr5 16508674 . A G 310.37 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0575556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0954;QD=21.4051;RBI=0.0622578;REFB=-0.0310615;REVB=0.0237358;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022933;STB=0.520595;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0307169;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:15:17:14:11:15:17:15:11 chr5 16666180 . A G 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2789;QD=54.5065;RBI=0.0485231;REFB=0;REVB=-0.0476036;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646388;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr5 16673975 . C G 500.47 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.744;QD=55.6076;RBI=0.0293648;REFB=0.102119;REVB=0.0170903;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000613245;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:36:0:1:33:35:0.972222:25:8:0:0:25:10:1:0 chr5 16694605 . GCCCCCCCCT CGCCCCCCCT,GCCCCCCC,GCCCCCCCT,GCCCCCCCTT 157.98 PASS AF=0.0133333,0.333333,0.186667,0;AO=3,21,15,4;DP=82;FAO=1,25,14,0;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=1,13,9,0;FSAR=0,12,5,0;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0110383,-0.111216,-0.111357,0.00285254;FXX=0.0259707;HRUN=1,8,8,8;LEN=2,2,1,1;MLLD=62.7354,12.1402,7.86651,11.3946;QD=8.42579;RBI=0.0190082,0.152457,0.206886,0.0765715;REFB=0.000792948,-0.0819899,-0.121272,-0.0370075;REVB=-0.0154748,0.104279,0.17436,0.0765183;RO=27;SAF=3,14,7,4;SAR=0,7,8,0;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.677413,0.388002,0.234359,0.720194;STB=0.992867,0.60257,0.705606,0.5;STBP=0.234,0.206,0.087,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=-0.104652,0.18815,0.0809206,0;OID=.,.,.,.;OPOS=16694605,16694613,16694606,16694613;OREF=GC,CT,C,C;OALT=CG,-,-,T;OMAPALT=CGCCCCCCCT,GCCCCCCC,GCCCCCCCT,GCCCCCCCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:82:75:27:35:3,21,15,4:1,25,14,0:0.0133333,0.333333,0.186667,0:0,7,8,0:3,14,7,4:7:20:0,12,5,0:1,13,9,0:12:23 chr5 16769273 . G A 228.1 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00243633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9764;QD=21.724;RBI=0.0221349;REFB=-0.00579534;REVB=-0.0220004;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134896;STB=0.576197;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0117347;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:17:5:7:13:17:5:7:13 chr5 16794780 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0106708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4274;QD=13.9479;RBI=0.0486085;REFB=-0.00285996;REVB=0.0474228;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113106;STB=0.565277;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00633734;OID=.;OPOS=16794780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:7:20:11:6:7:20 chr5 16794916 . G A 85.03 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0369566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.651;QD=22.6756;RBI=0.037498;REFB=0.0382088;REVB=0.00634883;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262037;STB=0.646804;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0144379;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:0:5:6:4:0:5 chr5 16815530 . G C 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0292638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3114;QD=18.8167;RBI=0.0320849;REFB=0.0208607;REVB=0.0131556;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140099;STB=0.580507;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0205531;OID=.;OPOS=16815530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:5:5:4:8:5:5 chr5 16877744 . C T 203.31 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0144128;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.572;QD=20.852;RBI=0.0382438;REFB=-0.0342568;REVB=-0.035424;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110683;STB=0.562437;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0366908;OID=.;OPOS=16877744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:9:10:8:12:9:10 chr5 17117752 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0267173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.47;QD=26.6377;RBI=0.0271243;REFB=-0.00191138;REVB=0.00468157;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152268;STB=0.584998;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000537176;OID=.;OPOS=17117752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:5:3:10:6:5:3 chr5 17240819 . A G 257.05 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0383946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4742;QD=16.0657;RBI=0.0645324;REFB=0.00428015;REVB=0.0518679;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168747;STB=0.594792;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00226597;OID=.;OPOS=17240819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:23:12:15:14:23:12 chr5 17275552 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00726415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.969;QD=10.0339;RBI=0.00818256;REFB=-0.00524094;REVB=-0.00376647;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00627775;OID=.;OPOS=17275552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:4:3:2:3:4:3 chr5 19721490 . T C 1617.01 PASS AF=0.973913;AO=105;DP=111;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0421895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3496;QD=56.2439;RBI=0.0653738;REFB=-0.0159596;REVB=0.0499378;RO=3;SAF=36;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379112;STB=0.517238;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00391611;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:115:3:3:105:112:0.973913:69:36:3:0:70:42:3:0 chr5 22078584 . C T 407.29 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0531742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7453;QD=22.9462;RBI=0.0556448;REFB=0.0291496;REVB=0.0163965;RO=31;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01862;STB=0.510242;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.022038;OID=.;OPOS=22078584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:19:21:17:14:19:21:17:14 chr5 23976115 . G A 1245.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=61.5306;RBI=0.0219281;REFB=0;REVB=0.0218299;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32378e-05;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr5 24910721 . C G 594.42 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.118;QD=60.966;RBI=0.0485272;REFB=0;REVB=0.00807217;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653641;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr5 26198575 . G T 1529.64 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5787;QD=63.7348;RBI=0.0182139;REFB=0;REVB=0.0013582;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75191e-05;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:48:48:0:0 chr5 26198591 . C T 1484.14 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.37;QD=58.7778;RBI=0.0234296;REFB=-0.0227439;REVB=0.0195745;RO=1;SAF=46;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166973;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:101:101:1:0:99:101:1:53:46:1:0:53:48:0:0 chr5 26988328 . G A 599.89 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=158;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.069889;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6545;QD=15.3818;RBI=0.0701963;REFB=0.000484572;REVB=0.00656136;RO=87;SAF=26;SAR=41;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511828;STB=0.536255;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00184847;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:87:89:67:67:0.429487:41:26:38:49:41:26:40:49 chr5 26988424 . T C 446.45 PASS AF=0.45;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0201815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6961;QD=17.858;RBI=0.0443503;REFB=-0.0450235;REVB=0.0394925;RO=52;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505308;STB=0.523354;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0748935;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:55:45:45:0.45:24:21:27:25:24:21:28:27 chr5 31401447 . A G 769.54 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.78;QD=57.0033;RBI=0.00894381;REFB=0;REVB=-0.00201532;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44407e-05;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:23:29:0:0:23:31:0:0 chr5 31423007 . T C 376.42 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00518416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.305;QD=16.0181;RBI=0.00533338;REFB=-0.00355242;REVB=0.00125275;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123109;STB=0.506934;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00544807;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:21:19:25:29:21:19:25:29 chr5 32058115 . A G 252.8 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00150006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.809;QD=21.067;RBI=0.00280376;REFB=-0.0246795;REVB=-0.00236872;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390642;STB=0.52196;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0179876;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:10:14:15:9:10:14 chr5 32087253 . A G 610.71 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00224504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.06;QD=16.6178;RBI=0.00332301;REFB=-0.0156301;REVB=0.00244993;RO=83;SAF=38;SAR=26;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150089;STB=0.583841;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0187476;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:83:64:64:0.435374:26:38:37:46:26:38:37:46 chr5 32087374 . A G 330.0 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0105609;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.934;QD=15.5293;RBI=0.0123596;REFB=-0.00813426;REVB=-0.00642078;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353654;STB=0.525298;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0197121;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:49:36:36:0.423529:19:17:21:27:19:17:21:28 chr5 32087802 . A G 74.57 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0138525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.373;QD=17.5469;RBI=0.0147182;REFB=-0.0316454;REVB=0.00497309;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.021934;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:17:5:6:6:9:0.529412:5:1:2:3:7:2:2:4 chr5 32088213 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.026206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3124;QD=10.3902;RBI=0.0293406;REFB=-0.0317831;REVB=-0.0131952;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0434198;OID=.;OPOS=32088213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr5 32088795 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00952349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.506;QD=22.9823;RBI=0.0169503;REFB=0.00834348;REVB=-0.0140219;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327146;STB=0.525876;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00578806;OID=.;OPOS=32088795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:17:8:6:15:17:8:6:16 chr5 32229677 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0102492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.604;QD=19.0008;RBI=0.0121009;REFB=-0.0377127;REVB=0.00643323;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0262122;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:7:10:10:7:7:10 chr5 32400266 . A G 259.82 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0213972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.58;QD=31.4937;RBI=0.021952;REFB=-0.00179112;REVB=0.00490435;RO=10;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177093;STB=0.597613;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000645371;OID=.;OPOS=32400266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:16:7:6:4:16:7:6:4 chr5 32403346 . C T 2153.89 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6168;QD=62.8874;RBI=0.0579552;REFB=0;REVB=-0.00915598;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263577;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:73:64:0:0:73:64:0:0 chr5 33278049 . T C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0107979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.772;QD=14.616;RBI=0.0148901;REFB=-0.0177098;REVB=-0.0102528;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194954;STB=0.610202;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0340628;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:15:13:25:13:15:13:25:13 chr5 33535060 . G A 482.89 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2707;QD=58.5325;RBI=0.0641484;REFB=0;REVB=-0.0085803;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000914688;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr5 33641935 . C A 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0153371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7379;QD=2.34399;RBI=0.08387;REFB=-0.0137928;REVB=0.0824557;RO=63;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471053;STB=0.82519;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0432831;OID=.;OPOS=33641935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:63:64:9:9:0.123288:2:7:23:40:2:7:24:40 chr5 33751454 . A T 572.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.282;QD=60.2176;RBI=0.125348;REFB=0;REVB=0.125011;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226839;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:12:26:0:0 chr5 33936843 . C T 154.4 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.221586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.7049;QD=26.852;RBI=0.224249;REFB=-0.083623;REVB=0.0344531;RO=7;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282844;STB=0.658324;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0564096;OID=.;OPOS=33936843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:23:23:7:7:16:16:0.695652:4:12:2:5:4:12:2:5 chr5 33938447 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00489801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.489;QD=17.3211;RBI=0.0386243;REFB=-0.0110177;REVB=0.0383125;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459956;STB=0.526283;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0120596;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:11:7:7:9:11:7 chr5 33938975 . C A 208.63 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0547526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8064;QD=18.1413;RBI=0.0681957;REFB=-0.0319376;REVB=-0.0406547;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587823;STB=0.533445;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0385399;OID=.;OPOS=33938975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:14:11:8:13:14:11 chr5 33954511 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.565;QD=57.1062;RBI=0.0633467;REFB=0;REVB=0.0623439;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62055e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr5 33963870 . C T 308.84 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00674383;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.272;QD=17.9035;RBI=0.00936685;REFB=0.00288476;REVB=-0.00650067;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173204;STB=0.5968;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00476895;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:14:19:14:22:14:19:14:22 chr5 33989518 . C T 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0173215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.109;QD=28.0481;RBI=0.0181693;REFB=-0.0347354;REVB=0.00548509;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696833;STB=0.538432;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0254496;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:14:12:9:7:14:12:9:7 chr5 33994116 . A T 436.02 PASS AF=0.581081;AO=36;DP=66;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00818233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.118;QD=23.5685;RBI=0.0129611;REFB=-0.0303688;REVB=0.0100519;RO=26;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129856;STB=0.554825;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0185252;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:74:26:31:36:43:0.581081:16:20:10:16:18:25:14:17 chr5 33994182 . T C 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0289098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.67;QD=10.3776;RBI=0.031095;REFB=-0.00878813;REVB=0.0114509;RO=50;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169516;STB=0.599463;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0186629;OID=.;OPOS=33994182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:17:8:23:27:17:8:23:27 chr5 33998883 . A G 469.04 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0787162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.775;QD=20.3929;RBI=0.0788567;REFB=0.00986926;REVB=0.00470454;RO=46;SAF=20;SAR=26;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156117;STB=0.586429;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00813916;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:26:20:28:18:26:20:28:18 chr5 34004707 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.064744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3059;QD=20.7377;RBI=0.0652512;REFB=-0.00929901;REVB=0.00811998;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939211;STB=0.553131;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00572569;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:9:7:6:12:9:7 chr5 34008100 . C T 306.72 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.102465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7945;QD=22.7198;RBI=0.112779;REFB=-0.0109073;REVB=0.0471174;RO=23;SAF=12;SAR=19;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685132;STB=0.537748;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0112491;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:19:12:7:16:19:12:7:16 chr5 34020277 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0202457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.802;QD=18.1539;RBI=0.0233867;REFB=-0.0123344;REVB=-0.0117068;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.555502;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00810977;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:12:13:13:8:12:13 chr5 34038537 . A G 268.42 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00885287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.322;QD=18.5119;RBI=0.0173986;REFB=0.00954573;REVB=-0.0149779;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935263;STB=0.55231;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0129359;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:14:15:12:17:14:15 chr5 34802383 . CA CG,TG 1014.19 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=62,8;DP=70;FAO=62,8;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38,5;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384317,-0.0102205;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=150.978,159.22;QD=57.9536;RBI=0.0391535,0.0103388;REFB=0,0;REVB=-0.00748357,-0.00155962;RO=0;SAF=38,5;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000166179,0.00590221;OID=.,.;OPOS=34802384,34802383;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:70:70:0:0:62,8:62,8:0.885714,0.114286:24,3:38,5:0:0:24,3:38,5:0:0 chr5 34807928 . C T 1108.14 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275988;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.563;QD=59.1008;RBI=0.0275988;REFB=0.0351311;REVB=-4.14925e-05;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=4.80172e-06;OID=.;OPOS=34807928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:1:0:37:37:1:0 chr5 34811137 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.211;QD=59.8394;RBI=0.0192238;REFB=0;REVB=0.015686;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6661e-05;OID=.;OPOS=34811137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr5 34824555 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.545;QD=33.4285;RBI=0.0278491;REFB=0;REVB=0.0262702;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471308;OID=.;OPOS=34824555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 34862125 . C T 297.42 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.033811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.505;QD=13.3672;RBI=0.0364284;REFB=-0.0038761;REVB=0.013559;RO=55;SAF=11;SAR=23;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170859;STB=0.597973;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00517422;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:23:11:26:29:23:11:26:29 chr5 34925328 . T A 143.31 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0389007;FXX=0.0294031;HRUN=16;LEN=1;MLLD=36.3539;QD=17.3712;RBI=0.0391196;REFB=-0.0123519;REVB=-0.00413191;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112983;STB=0.51218;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0284257;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:15:16:0.484848:6:9:10:7:6:10:11:6 chr5 34998877 . C A 143.84 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00979167;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.707;QD=11.5072;RBI=0.0902641;REFB=-0.0033155;REVB=-0.0897315;RO=33;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890623;STB=0.552781;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00661596;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:33:17:17:0.34:5:12:21:12:5:12:21:12 chr5 35010138 . A G 1557.03 PASS AF=1;AO=97;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.763;QD=56.6194;RBI=0.057655;REFB=0;REVB=0.00651311;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158597;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:97:110:1:53:44:0:0:53:57:0:0 chr5 35033605 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.399;QD=56.9477;RBI=0.0395534;REFB=0.0331552;REVB=0.0381158;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0018253;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:1:0:20:16:1:0 chr5 35037115 . C T 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00541446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.776;QD=22.7213;RBI=0.019739;REFB=-0.00749087;REVB=0.0189818;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18654;STB=0.602772;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00977366;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:14:17:7:16:14:17:7:16 chr5 35039486 . C T 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000105249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.266;QD=14.5582;RBI=0.0158857;REFB=-0.00909561;REVB=-0.0158854;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201407;STB=0.615692;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00922563;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:35:26:26:0.42623:9:17:15:18:9:17:16:19 chr5 35641582 . A C 1538.21 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0298352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.332;QD=61.5286;RBI=0.0344412;REFB=0.0140792;REVB=0.0172062;RO=2;SAF=44;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210685;STB=0.511109;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.000725245;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:54:44:2:0:54:44:2:0 chr5 35643615 . G A 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.82;QD=56.6981;RBI=0.0339121;REFB=0;REVB=-0.0063463;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010569;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr5 35644621 . T C 334.2 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0361507;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7925;QD=51.4149;RBI=0.05487;REFB=-0.125214;REVB=0.0412776;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0076008;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:0:1:25:25:0.961538:12:13:0:0:12:13:0:1 chr5 35654711 . C T 2320.93 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0227871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.97;QD=62.3068;RBI=0.0230171;REFB=-0.0726163;REVB=0.00324567;RO=1;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613682;STB=0.506409;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000414057;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:1:2:147:147:0.986577:77:70:0:1:77:70:0:2 chr5 35670303 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0229017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.491;QD=19.0179;RBI=0.0234658;REFB=-0.00526413;REVB=-0.00511436;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278882;STB=0.659775;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00447208;OID=.;OPOS=35670303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:8:6:11:4:8:6 chr5 35692775 . T A 275.45 PASS AF=0.366667;AO=30;DP=86;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0638881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.05;QD=12.2423;RBI=0.0639304;REFB=-0.00359509;REVB=-0.0023254;RO=55;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830813;STB=0.540516;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00626703;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:55:57:30:33:0.366667:12:18:29:26:13:20:31:26 chr5 35695915 . A C 321.38 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00291464;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.396;QD=16.0687;RBI=0.0128818;REFB=-0.00809694;REVB=0.0125477;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141413;STB=0.501786;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0160761;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:17:18:22:22:17:18:23:22 chr5 35709095 . C T 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0107105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.692;QD=22.9812;RBI=0.0165834;REFB=-0.0118806;REVB=-0.0126607;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200566;STB=0.611677;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0117101;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:7:15:11:14:7:15 chr5 35709184 . G C 317.04 PASS AF=0.571429;AO=29;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00772188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9296;QD=25.8812;RBI=0.00805367;REFB=0.0121955;REVB=0.00228784;RO=20;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148497;STB=0.61437;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0189603;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:29:28:0.571429:21:8:9:11:21:7:10:11 chr5 35764696 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7304;QD=60.2283;RBI=0.0488192;REFB=0;REVB=0.0190509;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489845;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr5 35871190 . G A 375.48 PASS AF=0.47561;AO=36;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00728472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.223;QD=18.3162;RBI=0.0160488;REFB=-0.0156334;REVB=0.0143002;RO=43;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705484;STB=0.527763;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0168705;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:36:39:0.47561:21:15:21:22:22:17:21:22 chr5 35910040 . C T 355.4 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00133574;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.816;QD=15.6218;RBI=0.00512308;REFB=-0.000944748;REVB=-0.00494588;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138167;STB=0.569857;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00100691;OID=.;OPOS=35910040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:52:38:39:0.428571:19:19:33:19:19:20:33:19 chr5 35910529 . C T 545.38 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.562;QD=57.4088;RBI=0.0262676;REFB=-0.143572;REVB=0.00268952;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000713355;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:1:0:22:15:1:0 chr5 35962984 . A G 145.15 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000979904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.094;QD=44.6612;RBI=0.0385839;REFB=0;REVB=0.0385714;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025454;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:8:3:0:0:10:3:0:0 chr5 35965970 . A C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00473261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.075;QD=11.0924;RBI=0.0267955;REFB=-0.00741959;REVB=-0.0263743;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00642565;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr5 35991562 . T C 535.53 PASS AF=0.423358;AO=57;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.000848409;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.746;QD=15.6359;RBI=0.00353239;REFB=-0.00726227;REVB=-0.00342899;RO=79;SAF=16;SAR=41;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213726;STB=0.610719;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00901597;OID=.;OPOS=35991562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:79:79:57:58:0.423358:41:16:37:42:41:17:37:42 chr5 36155318 . C CTT,CTTT 303.79 PASS AF=1,0;AO=12,12;DP=34;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534304,-0.0346778;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=32.0057,24.9697;QD=45.0051;RBI=0.271707,0.18601;REFB=0,0;REVB=-0.266402,-0.182749;RO=9;SAF=6,1;SAR=6,11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.125311,-0.588737;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00619374,-0.00102778;OID=.,.;OPOS=36155319,36155319;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,12:34:27,0:27:0:9,0:18,0:0:0:5:9:6,1:6,11:6:3 chr5 36171780 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.192;QD=58.9625;RBI=0.0526167;REFB=0;REVB=0.0442817;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001413;OID=.;OPOS=36171780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr5 36193223 . CAG C 309.01 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714028;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.742;QD=53.7409;RBI=0.0716191;REFB=0;REVB=0.00556241;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000362392;OID=.;OPOS=36193224;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:23:23:0:11:12:0:0:4:0:10:11:0:0 chr5 36193232 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.655;QD=53.9112;RBI=0.0213722;REFB=0;REVB=0.0168906;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107819;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr5 36257018 . A G 1040.84 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0285097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2306;QD=55.5117;RBI=0.029418;REFB=-0.0767581;REVB=-0.00725355;RO=3;SAF=42;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325877;STB=0.517237;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00281131;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:3:3:72:72:0.96:30:42:3:0:30:42:3:0 chr5 36269551 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.509;QD=59.4349;RBI=0.00807159;REFB=0;REVB=-0.00779088;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81064e-06;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr5 37244480 . AT A 32.1 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0834271;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.5146;QD=8.02547;RBI=0.186548;REFB=-0.0134914;REVB=-0.166853;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.33042;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=0.0179692;OID=.;OPOS=37244481;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:5:2:6:3:32:7:5:2:4:3 chr5 37294473 . T C 418.72 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.00829544;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.772;QD=19.4755;RBI=0.0195236;REFB=-0.0153208;REVB=-0.0176736;RO=42;SAF=31;SAR=11;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445853;STB=0.755569;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00707175;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:42:44:42:42:0.488372:11:31:10:32:11:31:10:34 chr5 37309371 . TAGA T 55.97 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0278025;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=289.441;QD=9.32809;RBI=0.0281944;REFB=-0.00677227;REVB=-0.0046841;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.662868;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.0169637;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:23:8:24:16:5:3:6:10:55:14:5:3:6:8 chr5 37364443 . C A,T 372.62 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,25;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864189,-0.00872717;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.6002,139.417;QD=55.2022;RBI=0.0198138,0.00978221;REFB=0,0;REVB=0.0178299,-0.00441906;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0852611,-0.00378065;OID=.,.;OPOS=37364443,37364443;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,25:2,25:0.0740741,0.925926:0,11:2,14:0:0:0,11:2,14:0:0 chr5 37688010 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00649453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.045;QD=15.782;RBI=0.0138305;REFB=-0.00419644;REVB=-0.0122108;RO=29;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334538;STB=0.692126;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00503237;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:18:5:15:14:18:5:15:14 chr5 37688094 . C T 139.41 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0031545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.278;QD=9.14131;RBI=0.0142502;REFB=-0.0258228;REVB=-0.0138967;RO=41;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225656;STB=0.628762;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0407153;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:14:5:18:23:14:5:18:24 chr5 37700516 . C T 1424.22 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.767;QD=62.6031;RBI=0.0266733;REFB=0;REVB=0.0116861;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136613;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:50:41:0:0 chr5 38412674 . C T 274.85 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=0.00135127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8359;QD=16.9141;RBI=0.0472275;REFB=-0.0174638;REVB=-0.0472082;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208378;STB=0.627402;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0305329;OID=.;OPOS=38412674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:30:31:0.476923:10:20:28:5:11:20:29:5 chr5 38475507 . G A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8013;QD=57.5431;RBI=0.0710461;REFB=0;REVB=-0.0620287;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095484;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr5 38820695 . G A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0856104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.989;QD=27.3838;RBI=0.0865744;REFB=-0.0264158;REVB=0.0128835;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00786749;OID=.;OPOS=38820695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:1:2:6:4:1:2 chr5 38823254 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3312;QD=59.435;RBI=0.0319459;REFB=0;REVB=-0.00869671;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279067;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:9:25:0:0:9:26:0:0 chr5 38823306 . A G 162.08 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0276117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1046;QD=19.6461;RBI=0.0430672;REFB=-0.0198496;REVB=-0.0330511;RO=16;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236955;STB=0.636183;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0455454;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:3:14:10:6:3:14:10:6 chr5 38921788 . G A 438.32 PASS AF=0.333333;AO=55;DP=168;FAO=56;FDP=168;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=73;FWDB=0.00501842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.994;QD=10.4362;RBI=0.00542457;REFB=-0.00761329;REVB=0.00205949;RO=112;SAF=25;SAR=30;SRF=39;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126967;STB=0.567167;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0133061;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:112:112:55:56:0.333333:30:25:39:73:31:25:39:73 chr5 38925457 . G A 110.27 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0101117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.704;QD=15.2093;RBI=0.021385;REFB=-0.0146388;REVB=0.0188434;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278084;STB=0.701422;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0182112;OID=.;OPOS=38925457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:16:13:13:0.448276:10:3:7:7:10:3:9:7 chr5 38938664 . A G 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0226594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8327;QD=16.6317;RBI=0.0227883;REFB=0.00135378;REVB=-0.00242087;RO=41;SAF=22;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315631;STB=0.676821;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00145871;OID=.;OPOS=38938664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:12:22:13:28:12:22:13:28 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 986.89 PASS AF=0.0661157,0.933884;AO=9,36;DP=122;FAO=8,113;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=8,38;FSAR=0,75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785673,-0.0873913;FXX=0.00819605;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=192.433,10.6723;QD=32.6244;RBI=0.138675,0.842061;REFB=0.0206584,-0.0011819;REVB=0.114271,0.837514;RO=65;SAF=9,26;SAR=0,10;SRF=3;SRR=62;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.869352,0.663205;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.118168,-0.000581368;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0661157,0.933884:9,36:122:8,113:121:0:8,38:0,75:0:0:23:65:9,26:0,10:3:62 chr5 38941425 . ATG A,AT,ATT 752.2 PASS AF=0,1,0;AO=12,31,9;DP=55;FAO=0,55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118206,0.00197593,0.00251097;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=177.525,181.528,177.015;QD=54.7057;RBI=0.0683574,0.0843031,0.0569355;REFB=0,0,0;REVB=0.0683472,0.08428,0.0568801;RO=0;SAF=5,14,5;SAR=7,17,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00394008,0.000124458,-0.0171097;OID=.,.,.;OPOS=38941426,38941427,38941427;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,31,9:55:0,55,0:55:0:0,26,0:0,29,0:0:0:4:0:5,14,5:7,17,4:0:0 chr5 38942090 . T C 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.942;QD=54.6494;RBI=0.0409145;REFB=-0.157887;REVB=0.0386817;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000543231;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:0:1:28:24:0:1 chr5 38950776 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.665;QD=62.3502;RBI=0.0240454;REFB=0;REVB=0.00126805;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7271e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr5 38955796 . G A 1227.24 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6809;QD=61.3621;RBI=0.0475257;REFB=0;REVB=0.0395831;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996677;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68948e-05;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:79:80:1:47:32:0:1:48:32:0:0 chr5 39107100 . A G 259.99 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0284236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1715;QD=16.7733;RBI=0.0427468;REFB=-0.0131478;REVB=0.0319279;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181078;STB=0.6017;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0162361;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:20:13:17:12:20:13 chr5 39108309 . A G 184.98 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00763925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.214;QD=18.4979;RBI=0.0108763;REFB=-0.0171673;REVB=0.00774184;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389939;STB=0.736593;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.022924;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:18:19:0.475:13:5:14:6:14:5:15:6 chr5 39108322 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.501;QD=60.9775;RBI=0.0161173;REFB=0;REVB=-0.000447898;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.841e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr5 39119723 . C A 82.79 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00203778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.527;QD=10.0353;RBI=0.00911647;REFB=-0.0033187;REVB=-0.0088858;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189567;STB=0.650002;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00693259;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:33:21:22:10:11:0.333333:6:4:12:9:7:4:13:9 chr5 40692940 . G A 288.55 PASS AF=0.343434;AO=33;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00355668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0502;QD=11.6585;RBI=0.0197059;REFB=0.00244534;REVB=-0.0193822;RO=65;SAF=15;SAR=18;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113262;STB=0.573669;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00493866;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:65:65:33:34:0.343434:18:15:36:29:19:15:36:29 chr5 40852451 . C G 1174.61 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756358;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5396;QD=61.0188;RBI=0.0197464;REFB=0;REVB=-0.0182404;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111517;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr5 40853048 . C T 784.03 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0780102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0992;QD=57.0204;RBI=0.0791876;REFB=0;REVB=0.0136043;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273524;OID=.;OPOS=40853048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:35:20:0:0 chr5 40955561 . G C 607.41 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00558457;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5308;QD=20.7663;RBI=0.0351649;REFB=-0.0175498;REVB=0.0347187;RO=56;SAF=33;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202127;STB=0.51112;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.017228;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:28:33:29:27:28:33:29:27 chr5 40972111 . C T 2614.47 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131405;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.307;QD=61.5169;RBI=0.0416036;REFB=-0.118272;REVB=-0.0394739;RO=0;SAF=100;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06095e-08;STB=0.502487;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000137107;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:170:0:1:169:169:0.994118:69:100:0:0:69:100:1:0 chr5 40998196 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.134;QD=51.9167;RBI=0.046499;REFB=0;REVB=0.0408617;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258914;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr5 40998235 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0136585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.941;QD=14.6492;RBI=0.0330019;REFB=-0.020966;REVB=0.0300428;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453628;STB=0.526279;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0324237;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:6:13:9:5:6:13 chr5 41000343 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.339;QD=56.9568;RBI=0.0321541;REFB=0;REVB=0.00675582;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6466e-05;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr5 41008780 . A G 422.54 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0026489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.976;QD=18.3714;RBI=0.0146616;REFB=-0.0234896;REVB=0.0144203;RO=49;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026319;STB=0.508643;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0247393;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:42:43:0.467391:20:22:27:22:20:23:27:22 chr5 41042284 . G T 833.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1792;QD=57.4754;RBI=0.0999051;REFB=0;REVB=0.0894851;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441104;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:34:24:0:0 chr5 41048533 . C T 191.04 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0125406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.024;QD=13.4062;RBI=0.0305623;REFB=-0.0108458;REVB=-0.0278709;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323475;STB=0.657609;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0159747;OID=.;OPOS=41048533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:22:23:0.403509:9:13:9:24:10:13:10:24 chr5 41049389 . T C 800.85 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.949;QD=57.2039;RBI=0.0490872;REFB=0;REVB=-0.0484019;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179108;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 41049397 . C T 754.96 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.949;QD=54.906;RBI=0.0613037;REFB=-0.117184;REVB=0.00821607;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000719602;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr5 41061715 . CA CG,TG 1057.86 PASS AF=0.410959,0.589041;AO=30,43;DP=74;FAO=30,43;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=15,19;FSAR=15,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398121,-0.000482505;FXX=0.0135117;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=88.8402,184.087;QD=57.9652;RBI=0.0414993,0.00251689;REFB=0,0;REVB=-0.0117127,-0.00247021;RO=0;SAF=15,19;SAR=15,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00180276,-0.00106275;OID=.,.;OPOS=41061716,41061715;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:74:73:0:0:30,43:30,43:0.410959,0.589041:15,24:15,19:0:0:15,24:15,19:0:0 chr5 41069852 . T C 296.1 PASS AF=0.55102;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0212627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.075;QD=24.1711;RBI=0.0246497;REFB=-0.0251527;REVB=0.01247;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059713;STB=0.548984;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0171199;OID=.;OPOS=41069852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:22:22:25:27:0.55102:12:13:13:9:14:13:13:9 chr5 41158863 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.915;QD=61.536;RBI=0.016412;REFB=0;REVB=-0.00967654;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24763e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr5 41199959 . G T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.976;QD=58.141;RBI=0.0259721;REFB=0;REVB=0.0153036;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192477;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr5 41310957 . C G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0701284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.453;QD=17.56;RBI=0.0723294;REFB=0.0133211;REVB=0.0177074;RO=21;SAF=2;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39827;STB=0.733625;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00252246;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:16:2:8:13:16:2:8:13 chr5 41312164 . A C 315.15 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0282088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.962;QD=12.6061;RBI=0.0351076;REFB=-0.0283207;REVB=0.0208999;RO=63;SAF=21;SAR=15;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783347;STB=0.548754;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0354517;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:64:36:36:0.36:15:21:41:22:15:21:42:22 chr5 41312206 . TA AT 64.06 PASS AF=0.21875;AO=8;DP=66;FAO=14;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0593298;FXX=0.0724533;HRUN=12;LEN=2;MLLD=27.4768;QD=4.00354;RBI=0.0670044;REFB=-0.0861147;REVB=0.0311378;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476701;STB=0.780229;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=-0.00381283;OID=.;OPOS=41312206;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:66:64:42:49:8:14:0.21875:6:2:28:14:10:4:33:16 chr5 41843682 . T C 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0221054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.099;QD=27.2773;RBI=0.0367964;REFB=-0.0215858;REVB=0.0294165;RO=19;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335138;STB=0.518505;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00996586;OID=.;OPOS=41843682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:12:16:10:9:12:16:10:9 chr5 41925435 . C G 331.7 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00387215;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.809;QD=18.4275;RBI=0.0309437;REFB=-0.0236924;REVB=0.0307005;RO=35;SAF=23;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198983;STB=0.537131;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.022473;OID=.;OPOS=41925435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:37:34:35:0.486111:11:23:23:12:11:24:23:14 chr5 42700044 . A G 145.72 PASS AF=0.327869;AO=18;DP=59;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0184135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.399;QD=9.55528;RBI=0.0348686;REFB=-0.022286;REVB=0.0296102;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996332;STB=0.590155;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0295739;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:41:41:18:20:0.327869:9:9:24:17:11:9:24:17 chr5 42718928 . G T 88.86 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00818804;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.554;QD=12.6948;RBI=0.0155341;REFB=-0.020041;REVB=0.0132009;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255027;STB=0.615182;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0341547;OID=.;OPOS=42718928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:28:17:17:10:11:0.392857:4:6:6:11:5:6:6:11 chr5 42719239 . A C 328.5 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00548267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.378;QD=21.1933;RBI=0.0190009;REFB=-0.00889889;REVB=-0.0181927;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017059;STB=0.502855;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00802855;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:28:33:34:0.548387:16:17:15:13:16:18:15:13 chr5 42719344 . C A 109.74 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00982959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.663;QD=7.98076;RBI=0.0148044;REFB=-0.0108211;REVB=-0.0110702;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118211;STB=0.542316;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.024558;OID=.;OPOS=42719344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:37:40:15:15:0.272727:8:7:21:16:8:7:21:19 chr5 42720068 . T TA 449.65 PASS AF=0.954545;AO=37;DP=47;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170797;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.91;QD=40.8772;RBI=0.0215747;REFB=-0.0205475;REVB=0.0131815;RO=9;SAF=19;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557453;STB=0.502182;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=0.00102999;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545:37:47:42:44:2:23:19:1:1:5:9:19:18:6:3 chr5 42720218 . C A 315.81 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00251114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.372;QD=15.0387;RBI=0.00436825;REFB=-6.63187e-05;REVB=0.00357433;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135044;STB=0.566358;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000181651;OID=.;OPOS=42720218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:34:35:0.416667:15:19:21:28:16:19:21:28 chr5 43245922 . C T 137.31 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00466551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.907;QD=11.4428;RBI=0.0701033;REFB=-0.00352557;REVB=0.0699479;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263638;STB=0.642687;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.012016;OID=.;OPOS=43245922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:32:16:16:0.333333:9:7:21:10:9:7:21:11 chr5 43492978 . G A 357.7 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.262;QD=55.0302;RBI=0.0406774;REFB=0;REVB=0.0221381;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284967;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:12:10:0:0:14:12:0:0 chr5 43509348 . T A 1305.41 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082833;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0649;QD=62.1625;RBI=0.0298715;REFB=0;REVB=0.0287;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01538e-05;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr5 43527135 . A C 982.59 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00638917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.634;QD=56.1482;RBI=0.0431764;REFB=-0.109775;REVB=0.0427011;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.503067;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000445321;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:0:2:68:68:0.971429:27:41:0:0:27:41:1:1 chr5 44066732 . A G 738.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7173;QD=54.74;RBI=0.0171854;REFB=-0.0434544;REVB=0.00259275;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000521327;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:21:32:0:0:21:32:1:0 chr5 44809162 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0188766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.137;QD=22.7198;RBI=0.0381853;REFB=0.00461674;REVB=0.0331933;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.571322;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00316309;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:5:4:4:10:5:4 chr5 49698180 . G A 500.79 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0025782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.055;QD=21.7737;RBI=0.00437353;REFB=-0.00686985;REVB=0.0035328;RO=44;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545755;STB=0.530124;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00375495;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:21:27:22:22:21:27:22:22 chr5 50045966 . TG T,TT 305.4 PASS AF=0.426829,0;AO=22,11;DP=84;FAO=35,0;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18,0;FSAR=17,0;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0169513,-0.0185521;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.715,252.192;QD=14.8977;RBI=0.0201263,0.0214476;REFB=-0.00274276,-0.00231743;REVB=-0.0108499,-0.0107619;RO=49;SAF=12,6;SAR=10,5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.135708,0.143893;STB=0.574958,0.5;STBP=0.282,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00132124,0.0236783;OID=.,.;OPOS=50045967,50045967;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426829,0:22,11:84:35,0:82:47:18,0:17,0:18:29:99:49:12,6:10,5:21:28 chr5 50053015 . G A 438.59 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.792;QD=54.8235;RBI=0.0387931;REFB=-0.147681;REVB=0.0162557;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00108145;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:0:1 chr5 50057729 . G A 165.32 PASS AF=0.435897;AO=12;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00698449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.9;QD=16.9553;RBI=0.00708599;REFB=-0.0192783;REVB=0.00119509;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503811;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0342433;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:21:12:17:0.435897:5:7:10:7:10:7:12:9 chr5 50463442 . T G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0102301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.677;QD=20.563;RBI=0.0260537;REFB=-0.00318627;REVB=0.0239613;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109602;STB=0.560744;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00285736;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:17:8:13:16:17:8 chr5 50680526 . T C 56.76 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0318563;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.284;QD=2.04554;RBI=0.0456321;REFB=-0.00410248;REVB=-0.0326721;RO=98;SAF=7;SAR=6;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533708;STB=0.538511;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0298178;OID=.;OPOS=50680526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:111:98:98:13:13:0.117117:6:7:57:41:6:7:57:41 chr5 50689807 . AAT AA,A 153.69 PASS AF=0.857143,0;AO=10,7;DP=34;FAO=30,0;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=19,0;FSAR=11,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00280352,-0.156836;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=9.00118,10.5088;QD=17.5645;RBI=0.169946,0.222045;REFB=-0.100846,0.0728349;REVB=0.169923,-0.157182;RO=7;SAF=9,1;SAR=1,6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.394541,-0.439386;STB=0.505109,0.5;STBP=0.907,1;TYPE=del,del;VARB=0.0645039,0;OID=.,.;OPOS=50689809,50689808;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0:10,7:34:30,0:35:5:19,0:11,0:3:2:10:7:9,1:1,6:4:3 chr5 52087584 . T TCA 47.84 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0155436;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=289.421;QD=11.9593;RBI=0.0158241;REFB=-0.0105899;REVB=-0.00296603;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.725466;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=ins;VARB=0.0129442;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:6:16:7:16:9:1:6:3:6:47:9:0:6:3:6 chr5 52096889 . C A 444.77 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0071583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.159;QD=20.4493;RBI=0.0174067;REFB=-3.12574e-05;REVB=0.0158667;RO=43;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153976;STB=0.585301;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=2.56011e-05;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:26:18:25:18:26:18:25:18 chr5 52157374 . T C 498.18 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.0321087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7133;QD=16.7456;RBI=0.0363422;REFB=-0.012675;REVB=0.0170231;RO=65;SAF=22;SAR=32;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711106;STB=0.539554;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0113341;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:32:22:22:43:32:22:22:43 chr5 52193287 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2132;QD=50.1337;RBI=0.0798694;REFB=0.137778;REVB=-0.0683384;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00525462;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:1:0:15:9:1:0 chr5 52248291 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.559;QD=63.8719;RBI=0.0368748;REFB=0;REVB=0.035974;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03436e-05;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr5 52778870 . CG C,GC 117.58 PASS AF=0.510204,0;AO=22,3;DP=54;FAO=25,0;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0;FSAR=21,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0411063,0.00647316;FXX=0.124978;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.1841,58.1857;QD=9.59853;RBI=0.073271,0.0530108;REFB=-0.148326,-0.030013;REVB=-0.060654,-0.0526141;RO=21;SAF=4,0;SAR=18,3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.282291,-0.563482;STB=0.654534,0.5;STBP=0.061,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.120802,0.0760969;OID=.,.;OPOS=52778871,52778870;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:49:21:24:22,3:25,0:0.510204,0:18,3:4,0:9:12:21,0:4,0:9:15 chr5 52778877 . GCC GC,GCG 359.93 PASS AF=0.865385,0.0769231;AO=29,4;DP=51;FAO=45,4;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=11,0;FSAR=34,4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.306548,0.00793343;FXX=0.0188644;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.6252,208.485;QD=27.6869;RBI=0.315303,0.0228239;REFB=-0.141121,-0.0342701;REVB=0.0737862,-0.0214007;RO=13;SAF=2,0;SAR=27,4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.549095,-0.713165;STB=0.521118,0.5;STBP=0.373,1;TYPE=del,snp;VARB=0.074169,-0.00946729;OID=.,.;OPOS=52778878,52778879;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.865385,0.0769231:29,4:51:45,4:52:3:11,0:34,4:0:3:19:13:2,0:27,4:8:5 chr5 52942083 . A C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0198637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.114;QD=15.2624;RBI=0.0198641;REFB=-0.00886578;REVB=0.000136813;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135257;STB=0.578821;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0153858;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:9:7:4:9:9:7 chr5 52942197 . A G 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0107726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.675;QD=18.0081;RBI=0.0121107;REFB=-0.0299726;REVB=-0.00553345;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699983;STB=0.539079;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0362402;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:23:18:19:18:23:18 chr5 52979097 . G A 288.05 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0436211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.2;QD=25.0481;RBI=0.0437692;REFB=-0.0172864;REVB=0.00359735;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123362;STB=0.568718;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0152793;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:18:8:9:11:18:8:9:11 chr5 53344135 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.166;QD=55.0986;RBI=0.040942;REFB=0;REVB=-0.000972892;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184816;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr5 53606295 . T C 1679.2 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0851605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9142;QD=59.4408;RBI=0.0868193;REFB=-0.0281616;REVB=-0.0168899;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.504504;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.000353693;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:55:57:0:0:55:57:0:1 chr5 53751901 . G A 324.02 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0216761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.985;QD=28.8019;RBI=0.0216932;REFB=-0.0268881;REVB=0.000860321;RO=16;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152989;STB=0.584553;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0150662;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:17:27:28:0.622222:19:8:8:8:19:9:9:8 chr5 53751988 . T C 354.08 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0284154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.589;QD=29.5067;RBI=0.0301032;REFB=-0.0359343;REVB=-0.00993804;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110091;STB=0.560306;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0216988;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:17:13:5:13:17:13:5:13 chr5 53815066 . C A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00716268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.21;QD=16.5777;RBI=0.0072632;REFB=-0.0174044;REVB=-0.0012042;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645541;STB=0.542831;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0227074;OID=.;OPOS=53815066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:16:16:21:16:16:16:22:16 chr5 53815495 . A C 332.81 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0219687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6032;QD=19.869;RBI=0.0260411;REFB=-0.032777;REVB=0.0139827;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077311;STB=0.53542;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0301546;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:19:16:17:14:19:16:17:15 chr5 53815722 . G A 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.012449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.156;QD=18.6748;RBI=0.0166869;REFB=-0.0120129;REVB=-0.0111119;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280532;STB=0.515646;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00824574;OID=.;OPOS=53815722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:17:15:16:16:17:15:16:16 chr5 53815918 . A C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00952243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.45;QD=16.8836;RBI=0.0157161;REFB=0.00102804;REVB=-0.0125028;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236024;STB=0.526281;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000942369;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:6:9:10:6:6:9:11:6 chr5 53816341 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00825199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.516;QD=14.0975;RBI=0.0116617;REFB=-0.0210171;REVB=-0.00824021;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679466;STB=0.90743;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0302559;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:12:1:12:5:12:1:13:5 chr5 53816782 . T C 291.32 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.031456;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=126.861;QD=19.4215;RBI=0.0358954;REFB=-0.00898791;REVB=-0.0172916;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551146;STB=0.537406;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00573036;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:31:31:0.516667:18:13:10:18:18:13:10:19 chr5 54252345 . T C 74.13 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0239083;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.88;QD=8.98503;RBI=0.0309993;REFB=-0.00842866;REVB=-0.0197319;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42963;STB=0.759521;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0181153;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:34:33:23:23:10:10:0.30303:3:7:7:16:3:7:7:16 chr5 54253555 . A G 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0169591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9528;QD=17.7993;RBI=0.0289468;REFB=0.0279564;REVB=0.0234585;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243535;STB=0.639278;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0332289;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:11:13:6:14:11:13 chr5 54253581 . A G 186.99 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0161609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.169;QD=19.6827;RBI=0.0211512;REFB=-0.00736352;REVB=-0.0136455;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164361;STB=0.58111;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00445169;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:7:12:8:10:7:12:9:10 chr5 54253615 . C T 178.67 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0153339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.832;QD=18.8071;RBI=0.0153381;REFB=0.00500498;REVB=-0.000361879;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124711;STB=0.584318;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0111945;OID=.;OPOS=54253615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:16:17:0.447368:8:8:12:7:9:8:12:7 chr5 54403957 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.248;QD=60.2298;RBI=0.0542542;REFB=0;REVB=0.0540861;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320847;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr5 54404015 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.939;QD=57.5438;RBI=0.052973;REFB=0;REVB=0.00802958;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42008e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr5 54404057 . C G 217.15 PASS AF=0.4;AO=22;DP=61;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0199845;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.92;QD=13.3629;RBI=0.0210339;REFB=-0.013694;REVB=0.00656065;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180512;STB=0.584351;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0218897;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:38:39:22:26:0.4:8:14:18:20:11:15:17:22 chr5 54410120 . A C 601.9 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00604088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.461;QD=58.7222;RBI=0.00636148;REFB=-0.158457;REVB=0.00199404;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164593;STB=0.508768;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00255862;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:12:28:1:0:12:28:1:0 chr5 54433393 . G A 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0119296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.615;QD=9.58996;RBI=0.0137858;REFB=-0.00982834;REVB=-0.00690884;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141903;STB=0.595601;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0213875;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:6:7:12:17:6:7:12:18 chr5 54439466 . G A 194.88 PASS AF=0.425532;AO=21;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0101287;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.853;QD=16.5856;RBI=0.0101564;REFB=-0.0087327;REVB=-0.000749456;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110904;STB=0.517839;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0113406;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:21:20:0.425532:13:8:10:17:12:8:10:17 chr5 54459961 . A G 618.85 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00872683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9972;QD=58.9384;RBI=0.0267778;REFB=0.0430313;REVB=-0.0253159;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00782333;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr5 54466544 . A G 351.1 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00296244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9114;QD=34.2537;RBI=0.0553209;REFB=-0.017319;REVB=0.0552415;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116852;STB=0.563715;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00704131;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:12:12:29:29:0.707317:13:16:4:8:13:16:4:8 chr5 54572163 . T C 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.023161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.939;QD=18.6363;RBI=0.028618;REFB=-0.0345944;REVB=-0.0168096;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.562423;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0378983;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:6:10:8:8:6:10 chr5 54645411 . G A 186.78 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000259893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.873;QD=27.6708;RBI=0.00349669;REFB=-0.021009;REVB=0.00348702;RO=9;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131465;STB=0.556898;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00942394;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:9:9:17:18:0.666667:11:6:5:4:11:7:5:4 chr5 54674296 . A G 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0205569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.701;QD=18.2995;RBI=0.0222159;REFB=-0.00635175;REVB=-0.0084239;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282498;STB=0.660349;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0136262;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:8:15:7:13:8:15 chr5 54830380 . A G 91.51 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0366968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7515;QD=8.71545;RBI=0.0600762;REFB=-0.00284963;REVB=-0.0475658;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320574;STB=0.695393;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00366691;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:5:7:24:5:5:7:25:5 chr5 54960609 . A G 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00618926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.709;QD=18.3592;RBI=0.00883966;REFB=-0.0245732;REVB=0.00631131;RO=53;SAF=22;SAR=24;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138165;STB=0.571398;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0252049;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:46:46:0.46:24:22:33:20:24:22:33:21 chr5 54960673 . C G 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0210357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.733;QD=18.4118;RBI=0.0220089;REFB=0.0143396;REVB=-0.0064724;RO=34;SAF=10;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21906;STB=0.622747;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.01223;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:23:10:18:16:23:10:18:16 chr5 54960687 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00611317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5564;QD=17.4541;RBI=0.0157683;REFB=-0.0230611;REVB=0.0145351;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238207;STB=0.634045;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0155413;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:17:12:18:9:17:12 chr5 54990005 . C T 118.5 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0125581;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.021;QD=20.6085;RBI=0.0232728;REFB=0.0153728;REVB=0.0195938;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.571322;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0131963;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:7:3:6:7:7:3 chr5 55058992 . C A 183.57 PASS AF=0.365079;AO=20;DP=60;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0823583;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9925;QD=11.6553;RBI=0.0875017;REFB=-0.023959;REVB=-0.0295576;RO=40;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306306;STB=0.702934;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0362338;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:40:40:20:23:0.365079:5:15:20:20:5:18:20:20 chr5 55062764 . T C 281.31 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00638052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.764;QD=19.4008;RBI=0.011473;REFB=-0.0144833;REVB=0.00953509;RO=28;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270953;STB=0.651061;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0248102;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:10:20:10:18:10:20:10:18 chr5 55081694 . A G 294.49 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00499469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.572;QD=28.0465;RBI=0.0115111;REFB=-0.016322;REVB=0.010371;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129661;STB=0.571375;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00701069;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:13:13:11:5:13:13:11:5 chr5 55082474 . C T 401.97 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0063324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.889;QD=16.576;RBI=0.0112408;REFB=-0.0159686;REVB=-0.00928739;RO=54;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881919;STB=0.543458;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0261349;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:22:20:21:33:22:20:22:33 chr5 55149407 . T C 474.3 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0114129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.381;QD=18.9719;RBI=0.0152548;REFB=-0.0080155;REVB=0.010122;RO=53;SAF=26;SAR=21;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490081;STB=0.527261;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.010073;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:21:26:32:21:21:26:32:21 chr5 55155402 . C T 176.72 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0322205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6237;QD=13.3372;RBI=0.041386;REFB=-0.00123385;REVB=0.0259739;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.565756;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00344958;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:23:9:8:13:23:9 chr5 55246001 . A G 223.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7245;QD=49.5735;RBI=0.042189;REFB=0;REVB=0.0294819;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00443e-05;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr5 56161787 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.659;QD=61.6802;RBI=0.0135999;REFB=0;REVB=0.012632;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107757;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr5 56177743 . G A 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0254176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8958;QD=18.073;RBI=0.0308412;REFB=-0.00765401;REVB=-0.0174678;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741451;STB=0.541457;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0113422;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:17:14:16:14:17:14 chr5 56178217 . A C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0133881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6638;QD=7.96564;RBI=0.0137925;REFB=-0.00799097;REVB=0.00331517;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109862;STB=0.568607;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0243763;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:10:16:7:3:10:16 chr5 56207123 . T A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00410624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3227;QD=18.0353;RBI=0.0263212;REFB=0.0149584;REVB=0.0259989;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154021;STB=0.587705;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0141961;OID=.;OPOS=56207123;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:14:13:14:8:14:13 chr5 56242774 . T C 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.010485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.444;QD=11.4912;RBI=0.0137737;REFB=-0.00340492;REVB=-0.00893203;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242692;STB=0.642687;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00592879;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:11:21:7:9:11:21 chr5 56526565 . G T 746.5 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.111;QD=56.3393;RBI=0.0476279;REFB=0;REVB=0.0247871;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748177;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:27:23:0:0:27:26:0:0 chr5 56526783 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.069;QD=57.2374;RBI=0.00945906;REFB=0;REVB=0.00841617;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2984e-05;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 57750267 . A C 1000.19 PASS AF=0.971831;AO=70;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0232826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0119;QD=56.3488;RBI=0.068579;REFB=-0.0035304;REVB=0.0645058;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113932;STB=0.512192;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00164047;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:1:2:70:69:0.971831:29:41:1:0:29:40:2:0 chr5 57750350 . C G 331.96 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000113205;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.048;QD=20.7477;RBI=0.00612418;REFB=-0.0216889;REVB=0.00612314;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078158;STB=0.543332;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0183248;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:16:14:19:15:16:14 chr5 57754004 . C T 203.13 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00482647;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.325;QD=16.5823;RBI=0.00567433;REFB=-0.00210596;REVB=-0.00298382;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223682;STB=0.627976;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00288217;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:14:13:6:16:14:13 chr5 57754132 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.765;QD=57.6806;RBI=0.0419085;REFB=0;REVB=-0.0402757;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275773;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr5 57754808 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4116;QD=62.0209;RBI=0.0556953;REFB=0;REVB=-0.0537712;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940562;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr5 57754851 . A G 279.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0419162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9561;QD=18.9372;RBI=0.0571582;REFB=0.00502986;REVB=-0.0388599;RO=29;SAF=22;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273371;STB=0.653357;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00456744;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:8:22:13:16:8:22:13:16 chr5 57825920 . A G 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0124671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.064;QD=15.7828;RBI=0.0209234;REFB=-0.0259903;REVB=-0.0168035;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606075;STB=0.534835;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0309382;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:13:4:4:10:13:4 chr5 58267557 . C T 1253.13 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014805;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.997;QD=61.8831;RBI=0.00235571;REFB=0;REVB=0.00183235;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650943;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr5 58267723 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.13;QD=33.426;RBI=0.0472345;REFB=0;REVB=0.0160922;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279515;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr5 58489384 . G A 784.91 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8804;QD=57.0842;RBI=0.0453511;REFB=0;REVB=-0.00203508;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528057;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr5 59984897 . A T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00641666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.23;QD=19.993;RBI=0.0153474;REFB=-0.00686727;REVB=0.0139416;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413286;STB=0.536049;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0071704;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:13:9:10:12:13:9:11:12 chr5 60241142 . G A 958.87 PASS AF=1;AO=56;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412418;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6566;QD=59.0073;RBI=0.194528;REFB=0;REVB=0.190105;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246515;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:56:65:1:26:30:0:0:34:31:0:0 chr5 60960063 . G A 301.94 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0151477;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.388;QD=24.6478;RBI=0.0170196;REFB=-0.0112703;REVB=-0.00775966;RO=23;SAF=6;SAR=21;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601053;STB=0.5594;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00985782;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:22:27:27:0.55102:21:6:4:19:21:6:3:19 chr5 60982841 . G A 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0136569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6722;QD=19.0373;RBI=0.0509511;REFB=-0.0221329;REVB=-0.0490867;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00602829;STB=0.503354;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0231101;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:18:24:26:19:18:24:26:19 chr5 61694379 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.579;QD=63.2854;RBI=0.00961484;REFB=0;REVB=0.00221067;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00821e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr5 61697859 . C T 508.75 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.03;QD=52.1795;RBI=0.032776;REFB=-0.044411;REVB=0.0222276;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583611;STB=0.527763;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000377319;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:38:39:2:2:35:37:0.948718:20:15:2:0:20:17:2:0 chr5 63905068 . A G 317.09 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0137994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3164;QD=11.9656;RBI=0.0144734;REFB=-0.0119277;REVB=-0.00436532;RO=66;SAF=15;SAR=24;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112762;STB=0.569697;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0248088;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:67:39:39:0.367925:24:15:32:34:24:15:33:34 chr5 63907999 . TC T 72.88 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0585303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9503;QD=9.71706;RBI=0.0708645;REFB=0.0122671;REVB=0.0399497;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250496;STB=0.646504;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=-0.0207347;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:12:30:12:30:18:5:7:12:6:72:18:5:7:12:6 chr5 63991473 . G C 738.94 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0406782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0813;QD=50.0978;RBI=0.0657965;REFB=-0.026039;REVB=-0.0517153;RO=3;SAF=18;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369859;STB=0.531816;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0101685;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:3:4:55:55:0.932203:37:18:2:1:37:18:3:1 chr5 64015361 . G C 873.87 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6836;QD=57.3031;RBI=0.0459396;REFB=0;REVB=0.0337817;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644714;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:1:0:59:61:1:32:27:0:1:34:27:0:0 chr5 64019718 . T C 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0113743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.059;QD=19.9055;RBI=0.0115875;REFB=-0.0128586;REVB=-0.00221248;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127854;STB=0.570706;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0149582;OID=.;OPOS=64019718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:7:21:19:12:7:21 chr5 64023923 . TC T,TA,TT 1298.71 PASS AF=0.0568182,0.920455,0.0227273;AO=13,58,7;DP=88;FAO=5,81,2;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=4,48,0;FSAR=1,33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201203,-0.019254,-0.02317;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=98.4178,104.039,84.7891;QD=59.0321;RBI=0.0228885,0.0198543,0.0231957;REFB=0,0,0;REVB=0.0109114,0.00484515,-0.00109304;RO=0;SAF=8,35,3;SAR=5,23,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.60098e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0141343,0.00483738,0.0493166;OID=.,.,.;OPOS=64023924,64023924,64023924;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0568182,0.920455,0.0227273:13,58,7:88:5,81,2:88:0:4,48,0:1,33,2:0:0:7:0:8,35,3:5,23,4:0:0 chr5 64023981 . C T 1906.21 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.175;QD=61.4906;RBI=0.04051;REFB=0;REVB=0.0106949;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14539e-05;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:124:0:0:116:124:1:72:44:0:0:72:52:0:0 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=76;DP=143;LEN=9;RO=67;SAF=45;SAR=48;SRF=28;SRR=22;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:143:67:76:48:45:28:22 chr5 64097145 . C G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0187788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.853;QD=19.7635;RBI=0.0260088;REFB=-0.0219165;REVB=0.0179948;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208782;STB=0.616181;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0113735;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:23:12:19:14:23:12:19:14 chr5 64267595 . T C 233.02 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00847728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.242;QD=18.2757;RBI=0.0147418;REFB=-0.058201;REVB=0.0120605;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225883;STB=0.546177;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0323659;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:22:22:22:0.431373:10:12:14:3:10:12:14:8 chr5 64273018 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00988245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.017;QD=11.1977;RBI=0.0156816;REFB=-0.00459528;REVB=-0.0121757;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199825;STB=0.620474;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0101972;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:9:13:9:3:9:13 chr5 65088688 . G T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00602061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8597;QD=4.81083;RBI=0.0480016;REFB=0.00209657;REVB=-0.0476225;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316493;STB=0.710439;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0117689;OID=.;OPOS=65088688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:9:14:2:4:9:14 chr5 65108215 . A G 249.48 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0115656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.032;QD=14.2561;RBI=0.0125434;REFB=-0.00100004;REVB=-0.00485535;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265183;STB=0.525674;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00131028;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:41:28:29:0.414286:13:15:23:18:14:15:23:18 chr5 65167288 . G T 634.05 PASS AF=0.471014;AO=62;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00458866;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.553;QD=18.3784;RBI=0.019298;REFB=-0.00939332;REVB=0.0187445;RO=76;SAF=40;SAR=22;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135902;STB=0.558974;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0107653;OID=.;OPOS=65167288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:73:62:65:0.471014:22:40:39:37:25:40:37:36 chr5 65350374 . A G 1025.5 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.306;QD=59.4491;RBI=0.0198772;REFB=0;REVB=-0.0130966;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11351e-06;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr5 65350481 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0134722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.247;QD=10.6681;RBI=0.0135274;REFB=-0.00570057;REVB=0.00122074;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335719;STB=0.710003;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.013337;OID=.;OPOS=65350481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:5:13:9:1:5:13 chr5 66283374 . C T 631.81 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.933;QD=61.6402;RBI=0.058027;REFB=0;REVB=0.0464595;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840784;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr5 66480004 . T C 595.52 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7444;QD=58.0992;RBI=0.044716;REFB=0;REVB=0.0342193;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110339;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:18:23:0:0 chr5 67589188 . C T 179.85 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0208885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.49;QD=15.9866;RBI=0.0213218;REFB=-0.0130101;REVB=-0.00427642;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173553;STB=0.610996;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0211838;OID=.;OPOS=67589188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:8:10:10:16:8:11:10:16 chr5 67591106 . A G 109.58 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00474915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.968;QD=8.11689;RBI=0.0296182;REFB=-0.0070126;REVB=-0.029235;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851556;STB=0.514832;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0181856;OID=.;OPOS=67591106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:37:39:15:15:0.277778:7:8:20:17:7:8:20:19 chr5 67596933 . C T 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0190883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.618;QD=16.7259;RBI=0.0248306;REFB=-0.0270555;REVB=0.0158806;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221534;STB=0.599886;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0245148;OID=.;OPOS=67596933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:15:3:6:10:15:4 chr5 68266553 . A T 673.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030907;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.926;QD=62.6799;RBI=0.0497114;REFB=0;REVB=0.0389356;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465029;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr5 68524133 . A G 172.13 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0329434;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.196;QD=16.3932;RBI=0.0330074;REFB=-0.0183227;REVB=0.00205524;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153275;STB=0.588136;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0156214;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:13:11:11:7:13:11 chr5 68525027 . C T 147.51 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0152516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9468;QD=17.8794;RBI=0.0156823;REFB=-4.47881e-05;REVB=0.00365013;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269789;STB=0.664016;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000272691;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:7:9:4:12:7:9:4:13 chr5 68531253 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0035425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.516;QD=18.9486;RBI=0.00508087;REFB=-0.00848086;REVB=-0.00364225;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470588;STB=0.526297;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00626162;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:14:13:12:16:14:13 chr5 68546706 . A G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00343028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.226;QD=24.2929;RBI=0.00870001;REFB=0.0052484;REVB=-0.00799521;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102746;STB=0.557317;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00278701;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:5:8:9:10:5:8 chr5 68551507 . T G 47.65 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0441982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8152;QD=11.9137;RBI=0.0614876;REFB=-0.0421782;REVB=0.0427463;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0614403;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:4:5:3:4:4:5 chr5 68609885 . G T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0178116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.207;QD=12.3287;RBI=0.023721;REFB=-0.00616153;REVB=0.0156663;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136212;STB=0.5805;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0127003;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:10:7:6:5:10:7 chr5 68688608 . T C 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6845;QD=47.813;RBI=0.0376956;REFB=-0.00705495;REVB=0.028857;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00205305;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr5 68695940 . T G 396.36 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0122434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.844;QD=25.9906;RBI=0.0293635;REFB=-0.0373016;REVB=0.0266891;RO=22;SAF=12;SAR=26;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102987;STB=0.549973;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0284367;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:23:38:38:0.622951:26:12:10:12:26:12:10:13 chr5 68715310 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.809;QD=53.909;RBI=0.0541509;REFB=0;REVB=-0.00728899;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473681;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr5 68774966 . A G 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00806266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.078;QD=19.9754;RBI=0.017502;REFB=-0.00406228;REVB=0.0155343;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242331;STB=0.62364;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00296657;OID=.;OPOS=68774966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:12:8:13:6:12:8:13:7 chr5 68775065 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0134027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.219;QD=18.767;RBI=0.0552041;REFB=-0.0254834;REVB=0.0535524;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0207488;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr5 70308251 . C T 655.04 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141651;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.846;QD=62.3852;RBI=0.0189311;REFB=0;REVB=-0.0125593;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166397;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr5 70751781 . A G 314.28 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0134967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.074;QD=17.2209;RBI=0.0494476;REFB=-0.00980258;REVB=-0.04757;RO=38;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257318;STB=0.65186;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00516187;OID=.;OPOS=70751781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:10:24:17:21:10:24:17:22 chr5 70751818 . T G 346.91 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00415377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.152;QD=13.3428;RBI=0.0149169;REFB=-0.0101768;REVB=-0.0143269;RO=60;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202316;STB=0.600516;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0105255;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:63:41:41:0.394231:16:25:25:35:16:25:28:35 chr5 70800475 . C T 166.42 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000903405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.698;QD=14.7924;RBI=0.00447677;REFB=-0.010088;REVB=-0.00438467;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317494;STB=0.694435;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0253481;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:13:5:15:11:13:5:16:11 chr5 70806958 . G A 262.54 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0415481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.73;QD=22.8298;RBI=0.0436948;REFB=-0.0282669;REVB=-0.0135275;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862405;STB=0.55437;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.020906;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:24:25:0.543478:17:7:8:13:18:7:8:13 chr5 70807016 . CT C 59.81 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0893223;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.3501;QD=9.20076;RBI=0.0912016;REFB=-0.0329885;REVB=-0.0184188;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0.471698;SSEP=0;SSSB=0.179293;STB=0.616261;STBP=0.352;TYPE=del;VARB=0.0246454;OID=.;OPOS=70807017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:12:26:12:26:14:5:7:3:11:59:13:5:7:3:10 chr5 70834926 . T C 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.09;QD=24.4909;RBI=0.0304602;REFB=-0.00171918;REVB=0.0301124;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29885;STB=0.666508;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00155616;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:4:11:7:14:4:11 chr5 70837295 . A C 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00994606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.27;QD=16.7265;RBI=0.0563485;REFB=0.00155179;REVB=0.0554637;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.50908;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000434437;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:8:11:9:7:8:11 chr5 70858194 . C T 179.0 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00139987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2006;QD=12.5617;RBI=0.0336041;REFB=-0.00551512;REVB=-0.033575;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279638;STB=0.516114;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0213351;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:15:20:12:10:15:20 chr5 70932002 . G A 143.09 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000526942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.294;QD=14.6757;RBI=0.010477;REFB=-0.0336395;REVB=-0.0104637;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244146;STB=0.612761;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0358302;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:10:5:13:10:10:6:13:10 chr5 70945075 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.705;QD=57.6797;RBI=0.0667166;REFB=0;REVB=0.0207626;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498314;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr5 71146741 . T G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000859963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.051;QD=30.7903;RBI=0.000859963;REFB=0.00294805;REVB=0;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148633;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:0:8:1:0:0:8:1:0 chr5 71146757 . T C 632.97 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0096384;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6918;QD=57.5423;RBI=0.149734;REFB=-0.0595433;REVB=-0.149423;RO=2;SAF=30;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00116774;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:2:2:42:42:0.954545:12:30:2:0:12:30:2:0 chr5 71146882 . T C 3380.21 PASS AF=0.986486;AO=216;DP=223;FAO=219;FDP=222;FR=.;FRO=3;FSAF=118;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00763882;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.293;QD=60.9046;RBI=0.0132347;REFB=-0.0811441;REVB=0.0108077;RO=3;SAF=116;SAR=100;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534279;STB=0.502792;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=9.1727e-05;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:223:222:3:3:216:219:0.986486:100:116:1:2:101:118:1:2 chr5 71146889 . A G 3162.93 PASS AF=0.976636;AO=207;DP=213;FAO=209;FDP=214;FR=.;FRO=5;FSAF=117;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00237076;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.47;QD=59.1201;RBI=0.016405;REFB=-0.031337;REVB=0.0162327;RO=5;SAF=116;SAR=91;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180547;STB=0.500953;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=8.54762e-05;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:213:214:5:5:207:209:0.976636:91:116:3:2:92:117:3:2 chr5 71489082 . G GT,T 101.52 PASS AF=0.605263,0;AO=15,2;DP=41;FAO=23,0;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11,0;FSAR=12,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.265904,0.0926603;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=8.89352,22.0877;QD=10.6858;RBI=0.284014,0.128881;REFB=-0.0780947,-0.0287722;REVB=-0.0997943,-0.0895784;RO=22;SAF=6,2;SAR=9,0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103647,0.498236;STB=0.531008,0.5;STBP=0.665,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0698793,0;OID=.,.;OPOS=71489083,71489082;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:41:38:22:15:15,2:23,0:0.605263,0:9,0:6,2:11:11:12,0:11,0:6:9 chr5 71490962 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.058268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4846;QD=9.75925;RBI=0.060513;REFB=0.0270548;REVB=0.0163299;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0134405;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr5 71491501 . C T 36.9 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0358756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.54;QD=9.8409;RBI=0.0397768;REFB=-0.0146261;REVB=0.0171795;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216847;STB=0.5996;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0202635;OID=.;OPOS=71491501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:8:9:5:5:0.333333:3:2:5:3:3:2:5:4 chr5 71495037 . AGGGT AGGGC,AGGT 725.75 PASS AF=0.54878,0.280488;AO=41,22;DP=83;FAO=45,23;FDP=82;FR=.;FRO=14;FSAF=26,0;FSAR=19,23;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0163317,-0.152204;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=107.025,20.252;QD=35.4025;RBI=0.0163585,0.152271;REFB=0.00128415,0.0368833;REVB=-0.000935934,-0.00451557;RO=15;SAF=24,0;SAR=17,22;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0.65625;SSEP=0,0;SSSB=-0.184525,-0.877532;STB=0.587592,0.999436;STBP=0.019,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0289851,0.0653752;OID=.,.;OPOS=71495041,71495038;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGGGC,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.54878,0.280488:41,22:83:45,23:82:14:26,0:19,23:13:1:99:15:24,0:17,22:14:1 chr5 71756102 . G A 574.49 PASS AF=0.419355;AO=63;DP=154;FAO=65;FDP=155;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.025727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9218;QD=14.8256;RBI=0.081792;REFB=-0.00229341;REVB=0.0776405;RO=89;SAF=21;SAR=42;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209974;STB=0.626973;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00415725;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:89:90:63:65:0.419355:42:21:47:42:44:21:48:42 chr5 72144209 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00810838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.3;QD=20.2676;RBI=0.0108829;REFB=-0.0193282;REVB=0.00725885;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178562;STB=0.599911;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0223173;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:5:16:12:9:5:16 chr5 72173169 . C T 318.15 PASS AF=0.581818;AO=30;DP=53;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0182638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0019;QD=23.1383;RBI=0.0421305;REFB=0.0205795;REVB=-0.0379659;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432316;STB=0.509085;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0166919;OID=.;OPOS=72173169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:23:23:30:32:0.581818:16:14:12:11:16:16:12:11 chr5 72174432 . C G 209.99 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00819556;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5861;QD=11.666;RBI=0.0262525;REFB=-0.0400215;REVB=-0.0249405;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645085;STB=0.54542;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0348628;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:46:26:26:0.361111:12:14:28:19:12:14:28:18 chr5 72184098 . C T 238.17 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.016853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7324;QD=20.2701;RBI=0.0225601;REFB=0.0113504;REVB=-0.0149978;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11363;STB=0.564257;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00652849;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:10:14:16:7:10:14 chr5 72347223 . A G 195.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0082857;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.81;QD=16.6141;RBI=0.0163988;REFB=-0.0187525;REVB=0.0141516;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056272;STB=0.503223;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0273853;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:12:15:11:9:12:15 chr5 72348272 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0278925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.416;QD=15.1661;RBI=0.0296689;REFB=-0.0167879;REVB=-0.0101119;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255172;STB=0.652604;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0173116;OID=.;OPOS=72348272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:9:14:10:19:9:14:10:20 chr5 72351905 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00756742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.414;QD=18.8861;RBI=0.00774193;REFB=-0.00101525;REVB=0.00163448;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33733;STB=0.691896;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000826747;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:5:0:4:4:5:0 chr5 72385914 . A G 140.68 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0254372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4786;QD=13.0868;RBI=0.0482413;REFB=0.0091258;REVB=0.0409899;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156256;STB=0.5916;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0172751;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:14:13:10:6:14:13 chr5 72395915 . G A 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0236749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.888;QD=19.8555;RBI=0.0243353;REFB=-0.00726408;REVB=-0.00563067;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575427;STB=0.531956;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00746894;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:23:16:18:20:23:16:18:20 chr5 72419410 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.889;QD=57.8844;RBI=0.0297708;REFB=0;REVB=-0.00650549;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57149e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr5 72419456 . C G 536.18 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0152388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1485;QD=54.9931;RBI=0.063649;REFB=-0.0383472;REVB=-0.0617978;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003913;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00120437;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:20:17:1:1:20:17:1:1 chr5 72419617 . C A 920.39 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.976;QD=58.4372;RBI=0.027823;REFB=0;REVB=0.0126566;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61809e-05;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:40:22:0:0:41:22:0:0 chr5 72742882 . T C 180.92 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0499047;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.06;QD=15.7322;RBI=0.0503705;REFB=-0.0344623;REVB=-0.00683378;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370804;STB=0.702493;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0284584;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:13:6:18:8:13:6:18:9 chr5 72795160 . AATCTC A 210.69 PASS AF=0.5;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.000875589;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=5;MLLD=267.677;QD=13.593;RBI=0.017264;REFB=-0.0107539;REVB=0.0172417;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179264;STB=0.602581;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.0105311;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:29:63:31:62:31:10:21:16:15:99:28:9:20:14:14 chr5 72795176 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.020137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.942;QD=18.4388;RBI=0.0251012;REFB=-0.0212556;REVB=-0.0149857;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160612;STB=0.589998;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0122317;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:19:10:15:14:19:10:15:14 chr5 72798845 . A G 68.35 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0446772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9227;QD=11.8868;RBI=0.0603363;REFB=-0.0648012;REVB=-0.0405515;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578788;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0919442;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:23:12:13:8:10:0.434783:4:4:6:6:4:6:6:7 chr5 72874907 . A C 467.29 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00722832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3152;QD=22.7948;RBI=0.00809164;REFB=-0.0215965;REVB=0.00363677;RO=37;SAF=18;SAR=27;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138632;STB=0.57632;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0255267;OID=.;OPOS=72874907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:27:18:21:16:27:18:21:16 chr5 73076511 . C A 220.45 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0130868;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6671;QD=16.0325;RBI=0.0356998;REFB=0.0184275;REVB=0.0332146;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187105;STB=0.613541;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0221046;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:30:25:25:0.454545:18:7:14:17:18:7:14:16 chr5 73090261 . T C 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0052454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.873;QD=19.3866;RBI=0.00638842;REFB=-0.0212112;REVB=0.00364659;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117632;STB=0.565515;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0244222;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:17:17:22:13:17:17 chr5 73091149 . C T 173.72 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0114433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.401;QD=14.7844;RBI=0.0259757;REFB=-0.0228439;REVB=0.0233192;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750195;STB=0.526999;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0343838;OID=.;OPOS=73091149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:9:9:16:12:9:10:16:12 chr5 73144845 . A G 431.35 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.019297;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.628;QD=25.3733;RBI=0.0293577;REFB=-0.0224936;REVB=0.0221247;RO=27;SAF=30;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120129;STB=0.566004;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0097508;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:11:30:16:11:11:30:16:11 chr5 73207372 . T A 487.06 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0187232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.1;QD=27.0586;RBI=0.0203873;REFB=0.00631371;REVB=-0.00806739;RO=26;SAF=21;SAR=24;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224665;STB=0.505574;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00487618;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:27:45:45:0.625:24:21:13:13:24:21:13:14 chr5 73471334 . G C 420.76 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00857089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4123;QD=20.5247;RBI=0.0228026;REFB=-0.0114006;REVB=0.0211305;RO=40;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414409;STB=0.522957;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0138397;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:18:24:21:19:18:24:21:19 chr5 73613858 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.15;QD=55.0983;RBI=0.0511008;REFB=0;REVB=0.0441251;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127385;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr5 73613972 . G C 850.98 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.486;QD=57.6935;RBI=0.0501941;REFB=0;REVB=0.0469901;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251953;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr5 73930666 . T C 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0125321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.073;QD=1.77336;RBI=0.0129962;REFB=-0.00212371;REVB=0.00344201;RO=62;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.528843;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0184387;OID=.;OPOS=73930666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:62:63:7:7:0.1:4:3:28:34:4:3:29:34 chr5 73930751 . C T 599.53 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-3.15828e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2424;QD=58.4909;RBI=0.0128675;REFB=-0.0303573;REVB=0.0128675;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00938042;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr5 73931246 . T C 354.08 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243923;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.863;QD=50.5822;RBI=0.0292195;REFB=-0.185088;REVB=-0.0160872;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00234701;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:28:1:1:26:27:0.964286:11:15:0:1:11:16:0:1 chr5 73931280 . A C 32.04 PASS AF=0.114286;AO=4;DP=36;FAO=4;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.100662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7982;QD=3.66202;RBI=0.133015;REFB=-0.00846161;REVB=-0.0869502;RO=25;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384338;STB=0.748754;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0716813;OID=.;OPOS=73931280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:35:25:28:4:4:0.114286:3:1:15:10:3:1:15:13 chr5 73932315 . T C 767.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.021;QD=55.8141;RBI=0.00898035;REFB=0;REVB=-0.0076537;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135304;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:27:26:0:0:29:26:0:0 chr5 73981270 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.048;QD=50.4132;RBI=0.0449954;REFB=0;REVB=0.0430583;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187643;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr5 73992881 . A G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0329896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.691;QD=12.4813;RBI=0.0345808;REFB=-0.000997169;REVB=0.0103691;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205969;STB=0.622014;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00207031;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:9:10:4:8:9:10 chr5 74323529 . G C 164.52 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00263876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.118;QD=12.9039;RBI=0.0442364;REFB=-0.0169042;REVB=0.0441576;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253538;STB=0.622277;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0376443;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:6:12:14:18:7:12:14:18 chr5 74324548 . G A 273.89 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0158328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.833;QD=17.6701;RBI=0.0233776;REFB=0.00137671;REVB=-0.0171999;RO=32;SAF=24;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244615;STB=0.638553;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0011614;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:6:24:19:13:6:24:19:13 chr5 74324902 . C T 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0265834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1011;QD=16.4067;RBI=0.0412378;REFB=0.00474629;REVB=-0.0315259;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635824;STB=0.536364;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0121263;OID=.;OPOS=74324902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:17:12:10:11:17:12 chr5 74400516 . G C 337.56 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0288707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.854;QD=20.1528;RBI=0.0292269;REFB=-0.0289782;REVB=0.00454931;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168103;STB=0.593167;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0333391;OID=.;OPOS=74400516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:15:20:12:20:15:20:12:20 chr5 74442410 . G A 337.87 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0249599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7572;QD=22.9065;RBI=0.0346392;REFB=-0.00433892;REVB=0.0240183;RO=25;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.576227;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00413835;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:17:17:8:17:17:17:8:17 chr5 74442920 . A G 194.99 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0186917;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.064;QD=16.9559;RBI=0.0192809;REFB=-0.0105627;REVB=0.00473011;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535817;STB=0.559942;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0132477;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:26:19:20:0.434783:8:11:17:10:9:11:17:9 chr5 74442964 . T C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00153668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.353;QD=16.0643;RBI=0.0223666;REFB=-0.00938845;REVB=0.0223137;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253164;STB=0.619085;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0116515;OID=.;OPOS=74442964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:25:26:0.45614:15:10:20:10:15:11:20:11 chr5 74443132 . C T 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0252801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.491;QD=16.6319;RBI=0.0268951;REFB=-0.00475965;REVB=-0.00917944;RO=41;SAF=21;SAR=13;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121875;STB=0.568085;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00328151;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:13:21:30:11:13:21:30:11 chr5 74491715 . TTCA T 152.02 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00490284;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=290.464;QD=12.4095;RBI=0.00778216;REFB=-0.0262006;REVB=-0.00604352;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109815;STB=0.569794;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=0.0283769;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388:23:49:23:49:26:13:10:18:8:99:25:13:10:17:8 chr5 74681773 . T C 651.41 PASS AF=0.532787;AO=59;DP=116;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0340231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5483;QD=21.3577;RBI=0.0769653;REFB=-0.0336298;REVB=0.0690369;RO=57;SAF=34;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092072;STB=0.52307;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0313468;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:122:57:57:59:65:0.532787:25:34:27:30:31:34:27:30 chr5 74921686 . G A 249.93 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0338296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.196;QD=18.5132;RBI=0.036282;REFB=-0.0287066;REVB=0.0131126;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120468;STB=0.555514;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0258387;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:11:15:12:15:12:15:12:15 chr5 75003678 . T C 460.85 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00835093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.276;QD=17.2281;RBI=0.0302516;REFB=-0.0163443;REVB=0.0290761;RO=56;SAF=11;SAR=39;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355461;STB=0.704238;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0216945;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:50:50:0.46729:39:11:31:25:39:11:32:25 chr5 75008193 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0116911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.462;QD=19.3689;RBI=0.0117033;REFB=-0.0282325;REVB=-0.000535105;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137855;STB=0.578216;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0221745;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:6:9:7:9:6:9 chr5 75427935 . G A 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0123814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8658;QD=18.8254;RBI=0.0590644;REFB=-0.0139393;REVB=0.0577521;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517722;STB=0.529382;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0176916;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:12:10:8:12:12:10 chr5 75490820 . GTC G 496.76 PASS AF=0.363636;AO=60;DP=170;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=69;FWDB=-0.0140228;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.08;QD=12.0426;RBI=0.0179262;REFB=-0.003038;REVB=-0.0111673;RO=103;SAF=24;SAR=36;SRF=37;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477993;STB=0.538449;STBP=0.479;TYPE=del;VARB=0.0059361;OID=.;OPOS=75490821;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:60:170:60:165:105:24:36:36:69:99:103:24:36:37:66 chr5 75621376 . GAAAAAAAG GAAAAAAG,GAAAAAAGA 33.19 PASS AF=0.21875,0;AO=14,3;DP=62;FAO=14,0;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=5,0;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.161554,0.0205117;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.92198,71.2852;QD=2.07422;RBI=0.162773,0.0284583;REFB=-0.0424413,-0.00665502;REVB=-0.0198822,-0.0197267;RO=41;SAF=5,1;SAR=9,2;SRF=12;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0879861,0.0462212;STB=0.56809,0.5;STBP=0.609,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0858801,0;OID=.,.;OPOS=75621377,75621383;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAAG,GAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875,0:14,3:62:14,0:64:50:5,0:9,0:14:36:34:41:5,1:9,2:12:29 chr5 75884734 . G A 422.85 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0110495;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9638;QD=26.0216;RBI=0.0119357;REFB=-0.059613;REVB=-0.00451328;RO=25;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02471;STB=0.513507;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0390491;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:25:25:40:40:0.615385:19:21:14:11:19:21:14:11 chr5 75906851 . T C 314.34 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0041058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.245;QD=17.2239;RBI=0.063039;REFB=-0.03533;REVB=0.0629051;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088934;STB=0.54981;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0415215;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:18:16:22:17:18:16:22:17 chr5 75906923 . C G 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00924557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.621;QD=17.9839;RBI=0.0164634;REFB=-0.0206098;REVB=-0.0136222;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327862;STB=0.518316;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0253642;OID=.;OPOS=75906923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:22:20:25:24:22:20:25:24 chr5 75912401 . A G 131.66 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00293163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.581;QD=10.7479;RBI=0.010412;REFB=-0.01525;REVB=-0.00999079;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167402;STB=0.571738;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0463219;OID=.;OPOS=75912401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:33:14:15:0.306122:7:7:11:20:8:7:12:21 chr5 75923294 . T G 205.79 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=-0.0118127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.219;QD=11.7595;RBI=0.0159794;REFB=-0.0174706;REVB=0.0107611;RO=42;SAF=17;SAR=7;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145675;STB=0.599931;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0341394;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:42:44:24:26:0.371429:7:17:34:8:8:18:36:8 chr5 75923307 . A G 876.2 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.759;QD=55.6317;RBI=0.0194321;REFB=0;REVB=0.00696472;RO=0;SAF=46;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102008;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:0:0:61:63:1:15:46:0:0:15:48:0:0 chr5 75960865 . T C 132.3 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00207288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7276;QD=24.0541;RBI=0.0325979;REFB=-0.0214644;REVB=-0.032532;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187933;STB=0.633602;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0274481;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:7:8:14:14:0.636364:10:4:4:3:10:4:5:3 chr5 76003246 . A AT 93.6 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=70;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.052015;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.77108;QD=5.67264;RBI=0.0631601;REFB=-0.0906603;REVB=-0.0358279;RO=57;SAF=1;SAR=10;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510388;STB=0.543109;STBP=0.457;TYPE=ins;VARB=0.0941428;OID=.;OPOS=76003247;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:11:70:39:66:27:17:22:9:18:59:57:1:10:25:32 chr5 76003254 . AAAAC TAAAT 400.63 PASS AF=0.597015;AO=29;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0013073;FXX=0;HRUN=4;LEN=5;MLLD=276.045;QD=23.9179;RBI=0.0153255;REFB=-0.00891523;REVB=0.0152696;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108398;STB=0.512494;STBP=0.838;TYPE=mnp;VARB=0.00738857;OID=.;OPOS=76003254;OREF=AAAAC;OALT=TAAAT;OMAPALT=TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:23:27:29:40:0.597015:15:14:8:15:24:16:10:17 chr5 76128521 . G A 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0130267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.329;QD=20.3966;RBI=0.0222614;REFB=-0.0462244;REVB=-0.018052;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124832;STB=0.579322;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0263994;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:11:20:13:13:11:20:13:14 chr5 76129053 . T C 177.4 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0450013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7117;QD=12.4494;RBI=0.0485773;REFB=-0.0343595;REVB=-0.018293;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.613937;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0539582;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:35:22:22:0.385965:11:11:22:11:11:11:24:11 chr5 76343999 . T C 143.03 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000966167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.924;QD=14.3028;RBI=0.00226641;REFB=0.00227088;REVB=0.00205016;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122867;STB=0.590802;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00409453;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:15:16:0.4:6:9:17:7:7:9:17:7 chr5 76359024 . C A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0629493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.479;QD=13.2118;RBI=0.0637684;REFB=-0.00210811;REVB=-0.0101878;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208041;STB=0.512178;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00325137;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:13:9:6:8:13:9 chr5 76704849 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.376;QD=62.3509;RBI=0.0253417;REFB=0;REVB=0.0207256;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01387e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr5 76708987 . A G,T 2007.32 PASS AF=0.907143,0.0571429;AO=124,9;DP=140;FAO=127,8;FDP=140;FR=.;FRO=5;FSAF=62,0;FSAR=65,8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000343948,-0.0178034;FXX=0.0070917;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=120.073,26.0547;QD=57.3521;RBI=0.000625397,0.033978;REFB=-0.00396687,-0.0186421;REVB=-0.000522323,-0.0289403;RO=5;SAF=59,1;SAR=65,8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0238731,-0.536388;STB=0.511809,0.998265;STBP=0.198,0;TYPE=snp,snp;VARB=0.00108833,0.0613519;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:140:140:5:5:124,9:127,8:0.907143,0.0571429:65,8:59,1:4:1:65,8:62,0:4:1 chr5 76722443 . G A 114.68 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00887864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2691;QD=10.4251;RBI=0.0217528;REFB=-0.0157848;REVB=0.0198583;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037906;STB=0.522695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0181582;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:14:16:7:7:14:16 chr5 76722891 . T C 32.48 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0589697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4984;QD=8.12008;RBI=0.0598365;REFB=-0.0267333;REVB=0.0101479;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712392;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0472568;OID=.;OPOS=76722891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:16:16:8:10:5:6:0.375:4:1:2:6:4:2:4:6 chr5 76787984 . C T 296.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00372778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.318;QD=15.6172;RBI=0.00956872;REFB=-0.0102394;REVB=0.00881272;RO=43;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25419;STB=0.643052;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0142945;OID=.;OPOS=76787984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:13:20:15:28:13:20:15:28 chr5 76916335 . G GC 558.03 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160088;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.5085;QD=47.4923;RBI=0.0940448;REFB=0;REVB=0.0926723;RO=5;SAF=24;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00285384;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:52:47:47:0:24:23:0:0:10:5:24:23:2:3 chr5 76926578 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368774;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.89;QD=60.2305;RBI=0.00485505;REFB=0;REVB=0.00315786;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35529e-07;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr5 77425028 . A T 1928.94 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.676;QD=61.7261;RBI=0.00451587;REFB=0;REVB=-0.00434824;RO=0;SAF=54;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82626e-05;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:69:54:0:0:71:54:0:0 chr5 77745853 . C CA 248.12 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.3238;QD=36.7586;RBI=0.0546621;REFB=0;REVB=0.0332122;RO=4;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00419204;OID=.;OPOS=77745854;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:27:27:27:0:13:14:0:0:5:4:12:10:1:3 chr5 77781785 . C CT 648.63 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.07785;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7467;QD=46.331;RBI=0.0869509;REFB=0.00756747;REVB=0.0387277;RO=2;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784626;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.00108955;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982143:54:58:55:56:1:33:22:1:0:7:2:33:21:1:1 chr5 77782447 . C G 2278.6 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000574445;FXX=0.0387072;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6816;QD=61.1705;RBI=0.0216073;REFB=0;REVB=-0.0215997;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6151e-05;OID=.;OPOS=77782447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:78:71:0:0:78:71:0:0 chr5 77784738 . A G,T 893.12 PASS AF=0.968254,0.031746;AO=54,3;DP=57;FAO=61,2;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473476,0.00652273;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.947,75.9096;QD=56.7058;RBI=0.0788206,0.0187483;REFB=0,0;REVB=0.0786783,0.0175771;RO=0;SAF=32,2;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.64875e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00412865,0.103313;OID=.,.;OPOS=77784738,77784738;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:63:0:0:54,3:61,2:0.968254,0.031746:22,1:32,2:0:0:29,0:32,2:0:0 chr5 78320085 . T C 176.78 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00236723;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.833;QD=11.9847;RBI=0.00991895;REFB=-0.0214323;REVB=0.00963234;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908149;STB=0.545413;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0368087;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:8:14:20:16:8:14:21:16 chr5 78324352 . A G 452.55 PASS AF=0.428571;AO=46;DP=114;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00109433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.31;QD=15.2118;RBI=0.0126052;REFB=-0.0192658;REVB=0.0125577;RO=67;SAF=24;SAR=22;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111468;STB=0.570221;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0268137;OID=.;OPOS=78324352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:67:68:46:51:0.428571:22:24:42:25:25:26:43:25 chr5 78326750 . G C 881.08 PASS AF=0.606061;AO=77;DP=129;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0238842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.162;QD=26.6994;RBI=0.0324525;REFB=-0.0192777;REVB=0.0219706;RO=52;SAF=41;SAR=36;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526438;STB=0.524994;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0135043;OID=.;OPOS=78326750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:52:52:77:80:0.606061:36:41:24:28:38:42:24:28 chr5 78328560 . G A 525.22 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0042524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.792;QD=14.3897;RBI=0.010386;REFB=-0.00803863;REVB=-0.00947552;RO=88;SAF=29;SAR=29;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121391;STB=0.506847;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0170425;OID=.;OPOS=78328560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:88:88:58:58:0.39726:29:29:43:45:29:29:43:45 chr5 78340257 . C G 455.48 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00947488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.476;QD=21.6897;RBI=0.0142077;REFB=-0.0073977;REVB=0.010587;RO=38;SAF=25;SAR=19;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172189;STB=0.593711;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00528653;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:44:45:0.535714:19:25:29:9:19:26:30:9 chr5 78340286 . A G 470.59 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0148712;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.661;QD=20.4604;RBI=0.0162051;REFB=-0.00626378;REVB=0.00643843;RO=46;SAF=23;SAR=23;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216933;STB=0.619516;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00905191;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:46:46:46:46:0.5:23:23:34:12:23:23:34:12 chr5 78351636 . A C 209.56 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0109825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.98;QD=15.2409;RBI=0.0368676;REFB=-0.0343608;REVB=-0.0351938;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118945;STB=0.53355;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0553272;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:19:21:0.381818:11:8:16:14:11:10:16:14 chr5 78421959 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00455027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.026;QD=23.8369;RBI=0.0322995;REFB=-0.0108051;REVB=-0.0319774;RO=21;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085813;STB=0.537014;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0114279;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:16:16:8:13:16:16:9:13 chr5 78573790 . A T 369.48 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00943125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3438;QD=16.9874;RBI=0.0220848;REFB=0.000901082;REVB=0.0199697;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223521;STB=0.512538;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000993786;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:22:17:22:26:22:17:22:26 chr5 78596044 . T C 563.9 PASS AF=0.441176;AO=58;DP=134;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0167194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.264;QD=16.5852;RBI=0.0230629;REFB=-0.0107523;REVB=0.0158858;RO=76;SAF=31;SAR=27;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483356;STB=0.516661;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0125307;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:76:76:58:60:0.441176:27:31:37:39:29:31:37:39 chr5 78617534 . T G 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00691199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.782;QD=24.9293;RBI=0.0314771;REFB=-0.0254642;REVB=-0.0307089;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289487;STB=0.660555;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.022244;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:9:16:5:14:9:16:5:14 chr5 78981550 . G T 259.53 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=68;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00662682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2263;QD=14.8301;RBI=0.0109793;REFB=-0.00882042;REVB=-0.00875389;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743494;STB=0.5581;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0100893;OID=.;OPOS=78981550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:40:40:28:30:0.428571:12:16:20:20:12:18:20:20 chr5 79024779 . A G 618.82 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00489644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.062;QD=22.5025;RBI=0.00985728;REFB=-0.0173239;REVB=0.00855516;RO=49;SAF=36;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186392;STB=0.510201;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0115056;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:25:36:30:19:25:36:30:19 chr5 79025317 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00444809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.934;QD=11.9536;RBI=0.00559772;REFB=-0.00845806;REVB=0.00339837;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491325;STB=0.802399;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0303039;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:6:5:7:1:6:5 chr5 79025634 . G A 203.58 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0248242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.813;QD=30.1601;RBI=0.0512276;REFB=-0.0701104;REVB=-0.044811;RO=8;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740478;STB=0.54094;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0285035;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:7:12:4:4:7:12:4:4 chr5 79026360 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00553923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.691;QD=12.1823;RBI=0.0122691;REFB=-0.0118903;REVB=0.0109474;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168522;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:8:2:3:11:8:2:3:12 chr5 79026539 . A C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0162406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0106;QD=17.2281;RBI=0.0162464;REFB=-0.00590963;REVB=0.000435999;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00418315;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:2:4:2:6:2:4 chr5 79027605 . T C 35.58 PASS AF=0.368421;AO=2;DP=17;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0218855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5786;QD=7.49031;RBI=0.0454504;REFB=-0.0960972;REVB=0.0398342;RO=10;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.826059;STB=0.68046;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0529262;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:17:19:10:12:2:7:0.368421:0:2:0:10:5:2:1:11 chr5 79027700 . T C 44.24 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0460675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5928;QD=6.80624;RBI=0.134134;REFB=0.0106015;REVB=-0.125975;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18924;STB=0.670177;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0401415;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:15:19:7:7:0.269231:4:3:4:11:4:3:4:15 chr5 79028472 . C T 238.55 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0146847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.217;QD=27.2626;RBI=0.022672;REFB=-0.00710869;REVB=0.0172736;RO=13;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332963;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490195;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:5:17:10:3:5:17:10:3 chr5 79028513 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0178456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.806;QD=18.9998;RBI=0.0191374;REFB=-0.0219344;REVB=-0.00691186;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117167;STB=0.566847;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0230582;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:10:7:5:12:10:7 chr5 79028586 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00666289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.692;QD=14.6539;RBI=0.0157805;REFB=-0.0152222;REVB=-0.0143049;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00830899;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr5 79029288 . C A 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000465621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.409;QD=16.6138;RBI=0.0236812;REFB=-0.00522331;REVB=-0.0236766;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254495;STB=0.635595;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0086103;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:5:12:9:11:5:12:10:11 chr5 79029383 . T G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0106616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.84;QD=16.7279;RBI=0.042492;REFB=-0.0097662;REVB=-0.0411327;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287743;STB=0.666444;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.015483;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:9:10:4:12:9:10 chr5 79030045 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0050425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.867;QD=12.3289;RBI=0.00548938;REFB=-0.00371749;REVB=0.00216945;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113573;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00470862;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:9:8:4:7:9:8 chr5 79030338 . A G 56.91 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00411716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.883;QD=12.6471;RBI=0.0073438;REFB=-0.0392781;REVB=0.00608115;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0457844;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:18:10:10:7:8:0.444444:4:3:5:5:5:3:5:5 chr5 79030346 . A G 91.43 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0202191;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.139;QD=15.9002;RBI=0.0218891;REFB=-0.0321045;REVB=0.00838571;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0382833;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:13:12:11:11:0.478261:7:4:6:7:7:4:6:6 chr5 79031372 . G C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.000930464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.573;QD=9.13249;RBI=0.00441349;REFB=-0.000237889;REVB=-0.00431429;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103333;STB=0.562383;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000373755;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:5:17:7:3:5:17 chr5 79032666 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00906451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.861;QD=21.1694;RBI=0.0401383;REFB=-0.0613149;REVB=0.0391014;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00750226;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr5 79032711 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000444069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.538;QD=16.4544;RBI=0.0301431;REFB=-0.0224049;REVB=-0.0301399;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062851;OID=.;OPOS=79032711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr5 79033306 . A C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00641307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.746;QD=22.6;RBI=0.0164355;REFB=0.00554084;REVB=0.0151327;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546664;STB=0.530586;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00355469;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:10:10:13:10:10:10 chr5 79034662 . C G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00341438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.263;QD=22.5809;RBI=0.0414558;REFB=-0.0217807;REVB=-0.0413149;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984044;STB=0.578819;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0193086;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:6:7:12:12:0.631579:6:6:4:2:6:6:5:2 chr5 79048562 . C T 222.09 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0173638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.095;QD=16.4512;RBI=0.0433148;REFB=-0.00204279;REVB=-0.0396821;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214701;STB=0.611801;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00234227;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:27:29:24:25:0.462963:8:16:12:15:8:17:14:15 chr5 79277817 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.269;QD=49.5992;RBI=0.0269814;REFB=0;REVB=0.0166094;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86524e-05;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr5 79286831 . C G 418.59 PASS AF=0.476636;AO=42;DP=99;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0979409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.118;QD=15.6481;RBI=0.0986577;REFB=-0.0236533;REVB=0.0118708;RO=52;SAF=15;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887335;STB=0.556439;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0320193;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:107:52:56:42:51:0.476636:27:15:23:29:35:16:23:33 chr5 79351735 . C T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00602519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.372;QD=18.2899;RBI=0.0116294;REFB=-0.029702;REVB=-0.00994688;RO=33;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162359;STB=0.590896;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0254066;OID=.;OPOS=79351735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:21:11:17:16:21:11:17:16 chr5 79351852 . A T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0131104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.948;QD=13.4858;RBI=0.0295664;REFB=-0.0164529;REVB=0.0265007;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447363;STB=0.77345;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0238839;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:5:6:8:1:5:6 chr5 79616083 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.199;QD=62.9828;RBI=0.0245904;REFB=0;REVB=-0.00915622;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94209e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr5 79617357 . T C 354.32 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.766;QD=54.5113;RBI=0.0413683;REFB=0;REVB=0.0413184;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118238;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:19:7:0:0 chr5 79733069 . C G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0392083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8067;QD=22.9155;RBI=0.0496484;REFB=0.0174006;REVB=-0.0304578;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187655;STB=0.608433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0121359;OID=.;OPOS=79733069;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:2:2:7:2:2:2 chr5 79733079 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.928;QD=43.4861;RBI=0.0544597;REFB=0;REVB=0.0308139;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009451;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr5 79734297 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4221;QD=49.5955;RBI=0.019266;REFB=0;REVB=-0.0189284;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360307;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr5 79734409 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.865;QD=56.1914;RBI=0.0143848;REFB=0;REVB=-0.00107852;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71423e-05;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr5 79735858 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.631;QD=57.8845;RBI=0.0115711;REFB=0;REVB=0.00963363;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64331e-05;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:42:18:0:0:42:18:0:0 chr5 79745469 . A G 708.16 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2528;QD=62.9471;RBI=0.0359571;REFB=0;REVB=-0.0238409;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698906;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr5 79815658 . T C 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.774;QD=62.4641;RBI=0.0283978;REFB=0;REVB=0.0283795;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106052;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr5 79855372 . A G 347.37 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00626878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.884;QD=51.4625;RBI=0.024484;REFB=-0.131964;REVB=-0.0236679;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00103641;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:0:1:15:11:0:1 chr5 79950708 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0653833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.124;QD=14.7986;RBI=0.0666137;REFB=-0.0199856;REVB=-0.0127438;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0276767;OID=.;OPOS=79950708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr5 80149981 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.124;QD=49.5991;RBI=0.115568;REFB=0;REVB=0.00901791;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501745;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 80168937 . G A 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000129447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5952;QD=63.2788;RBI=0.00999811;REFB=0;REVB=0.00999727;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50088e-05;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr5 80409729 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.862;QD=39.206;RBI=0.0888214;REFB=0;REVB=0.00602793;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185395;OID=.;OPOS=80409729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr5 80502736 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.725;QD=54.5173;RBI=0.0261514;REFB=0;REVB=0.0225443;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86864e-05;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr5 80553662 . G A 103.02 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.019112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6793;QD=9.58337;RBI=0.0415808;REFB=-0.00704558;REVB=-0.0369282;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136854;STB=0.567172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0118699;OID=.;OPOS=80553662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:6:7:19:10:6:7:19:11 chr5 80756848 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAT 1093.41 PASS AF=0.920635,0.0793651;AO=94,16;DP=264;FAO=232,20;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=109,20;FSAR=123,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.193922,-0.126204;FXX=0.0454528;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.20086,156.957;QD=17.3556;RBI=0.528293,0.129062;REFB=0.0642526,0.0336864;REVB=0.491415,0.0270112;RO=69;SAF=41,16;SAR=53,0;SRF=12;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.215113,0.838638;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0160384,0.19311;OID=.,.;OPOS=80756849,80756855;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.920635,0.0793651:94,16:264:232,20:252:0:109,20:123,0:0:0:48:69:41,16:53,0:12:57 chr5 81549216 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.431;QD=60.6083;RBI=0.0329546;REFB=0;REVB=0.00836248;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110122;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr5 81549240 . C A 435.86 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0363388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.252;QD=54.4825;RBI=0.0366836;REFB=-0.124671;REVB=0.00501722;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555517;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00104706;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:27:4:0:0:27:4:1:0 chr5 81572184 . G C 727.75 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5393;QD=63.2825;RBI=0.0271999;REFB=0;REVB=-0.020835;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19968e-05;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr5 82500734 . G T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00859499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.269;QD=15.7835;RBI=0.0100536;REFB=-0.00458009;REVB=0.0052155;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346905;STB=0.700644;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00854105;OID=.;OPOS=82500734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:6:11:4:10:6:11 chr5 82648943 . G A,T 614.4 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=37,2;DP=39;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203558,-0.0166991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.6738,37.1994;QD=59.9413;RBI=0.0597967,0.0506574;REFB=0,0;REVB=0.0562253,-0.0478259;RO=0;SAF=26,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00198935,0.0151123;OID=.,.;OPOS=82648943,82648943;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:39:41:0:0:37,2:39,2:0.95122,0.0487805:11,0:26,2:0:0:12,0:27,2:0:0 chr5 82648977 . T G 738.17 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000821976;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.813;QD=55.7105;RBI=0.121894;REFB=0;REVB=0.121891;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044304;OID=.;OPOS=82648977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:14:35:0:0:16:37:0:0 chr5 82808072 . C T 366.22 PASS AF=0.401869;AO=42;DP=106;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0254863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0249;QD=13.6906;RBI=0.0642891;REFB=-0.00978398;REVB=0.0590214;RO=63;SAF=20;SAR=22;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168338;STB=0.511551;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00954251;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:63:64:42:43:0.401869:22:20:31:32:23:20:31:33 chr5 82833145 . G A 83.33 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00387333;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.037;QD=11.9036;RBI=0.00799206;REFB=-0.0194759;REVB=-0.00699073;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309661;STB=0.678486;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0242906;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:29:28:18:17:7:7:0.25:5:2:10:8:5:2:9:8 chr5 82835880 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00243008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8606;QD=9.49158;RBI=0.0108057;REFB=-0.00184085;REVB=-0.0105289;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334019;OID=.;OPOS=82835880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:6:12:6:3:6:12 chr5 82875800 . C T 1396.13 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.976;QD=62.7476;RBI=0.0749055;REFB=0;REVB=-0.0214074;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164527;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr5 82940273 . C G 716.23 PASS AF=0.507143;AO=65;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0699099;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.3315;QD=20.4638;RBI=0.0709664;REFB=-0.0748103;REVB=-0.0122001;RO=42;SAF=43;SAR=22;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335506;STB=0.623691;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0495377;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:42:68:65:71:0.507143:22:43:8:34:26:45:26:42 chr5 82948416 . C T 104.79 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.050538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.582;QD=12.3281;RBI=0.0509303;REFB=-0.0241485;REVB=0.00630923;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37343;STB=0.615207;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0322563;OID=.;OPOS=82948416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:21:11:13:0.382353:4:7:4:12:5:8:9:12 chr5 82999358 . T G 78.96 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0263505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.803;QD=15.04;RBI=0.0372795;REFB=-0.0850117;REVB=0.0263706;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324128;STB=0.708019;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0139033;OID=.;OPOS=82999358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:8:10:9:9:0.428571:7:2:0:8:7:2:0:10 chr5 83238710 . A G 55.31 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000367817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3417;QD=3.51177;RBI=0.0385126;REFB=-0.000845941;REVB=0.0385109;RO=52;SAF=8;SAR=2;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349314;STB=0.749465;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00341709;OID=.;OPOS=83238710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:52:53:10:10:0.15873:2:8:28:24:2:8:28:25 chr5 83360520 . C T 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00224946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.302;QD=18.4972;RBI=0.00485174;REFB=-0.00366238;REVB=-0.00429876;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473721;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:15:12:12:14:15:12:12:15 chr5 85582712 . T C 333.54 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00617568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.816;QD=51.3138;RBI=0.101785;REFB=-0.122312;REVB=0.101598;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00358071;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:26:26:0:1:25:25:0.961538:14:11:0:0:14:11:0:1 chr5 85583507 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.847;QD=49.5992;RBI=0.0481243;REFB=0;REVB=-0.0442301;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348226;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr5 85586831 . C T 505.5 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0289414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.089;QD=20.2201;RBI=0.0296321;REFB=-0.0077526;REVB=-0.00636068;RO=51;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198969;STB=0.610125;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0103361;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:28:21:33:18:28:21:33:18 chr5 86513973 . C CG 1423.64 PASS AF=1;AO=12;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107096;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.3413;QD=49.5179;RBI=0.113179;REFB=0;REVB=-0.0366034;RO=103;SAF=10;SAR=2;SRF=18;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000301947;OID=.;OPOS=86513974;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:117:115:115:0:28:87:0:0:9:103:10:2:18:85 chr5 86513974 . A G 1377.49 PASS AF=0.885965;AO=100;DP=113;FAO=101;FDP=114;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=85;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0527385;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6932;QD=48.333;RBI=0.0677572;REFB=-0.00652983;REVB=-0.0425404;RO=13;SAF=15;SAR=85;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241128;STB=0.62243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000576278;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:113:114:13:13:100:101:0.885965:85:15:11:2:85:16:11:2 chr5 86513975 . A C 35.81 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=85;FWDB=-0.0284908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6194;QD=1.25659;RBI=0.0500443;REFB=-0.0155624;REVB=-0.0411425;RO=102;SAF=10;SAR=2;SRF=17;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696799;STB=0.941164;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.208334;OID=.;OPOS=86513975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:114:114:102:102:12:12:0.105263:2:10:17:85:2:10:17:85 chr5 86627174 . C T 267.47 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00511833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9304;QD=13.7162;RBI=0.0150181;REFB=-0.0110768;REVB=-0.0141189;RO=47;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154655;STB=0.588227;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0191557;OID=.;OPOS=86627174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:19:12:25:22:19:12:25:22 chr5 87497977 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.087;QD=58.1419;RBI=0.0345485;REFB=0;REVB=-0.0209444;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358989;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr5 87498849 . G A 1647.75 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139269;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.825;QD=60.4678;RBI=0.0295806;REFB=0;REVB=0.026097;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65497e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:63:45:0:0:64:45:0:0 chr5 87968864 . A G 820.17 PASS AF=0.464481;AO=85;DP=183;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0065721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.146;QD=17.9271;RBI=0.00718436;REFB=-0.0236911;REVB=0.00290216;RO=98;SAF=49;SAR=36;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064862;STB=0.535929;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0264427;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:98:98:85:85:0.464481:36:49:50:48:36:49:50:48 chr5 88016477 . C A 623.49 PASS AF=0.436242;AO=64;DP=148;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0104362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.795;QD=16.7378;RBI=0.0169846;REFB=-0.0147574;REVB=-0.0134001;RO=83;SAF=29;SAR=35;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414687;STB=0.523792;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0184395;OID=.;OPOS=88016477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:83:84:64:65:0.436242:35:29:41:42:36:29:41:43 chr5 88018369 . GCA G 52.04 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0282347;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.321;QD=8.67263;RBI=0.0467531;REFB=-0.0213863;REVB=-0.0372646;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41176;STB=0.681336;STBP=0.216;TYPE=del;VARB=0.048276;OID=.;OPOS=88018370;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:23:8:24:16:6:2:8:8:52:14:5:1:7:7 chr5 89769647 . G A 189.44 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0440425;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.5317;QD=23.6802;RBI=0.0486261;REFB=-0.00377134;REVB=-0.0206096;RO=12;SAF=2;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282146;STB=0.695086;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0186646;OID=.;OPOS=89769647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:17:17:0.53125:15:2:4:8:15:2:5:8 chr5 89769728 . T C 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.02854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2533;QD=13.1986;RBI=0.0585649;REFB=-0.00770672;REVB=0.0511401;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0188258;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr5 89810077 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0599441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3253;QD=16.8984;RBI=0.0659292;REFB=0.000847733;REVB=-0.0274474;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00566549;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:6:3:4:6:6:3 chr5 89812725 . CACTG C 201.59 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0250737;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.118;QD=28.7982;RBI=0.025261;REFB=-0.0479034;REVB=-0.00307038;RO=8;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958681;STB=0.566861;STBP=0.348;TYPE=del;VARB=0.0227384;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571:19:28:19:28:9:11:8:7:2:61:8:11:8:6:2 chr5 89816299 . C A 954.3 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.119;QD=58.7261;RBI=0.0218122;REFB=0;REVB=0.00140652;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51554e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr5 89816309 . A AT 138.01 PASS AF=0.483871;AO=26;DP=66;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.117126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0103;QD=8.90404;RBI=0.124707;REFB=0.0129841;REVB=0.0428182;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204819;STB=0.502187;STBP=0.983;TYPE=ins;VARB=-0.0119439;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:26:66:30:62:32:13:17:14:18:99:34:12:14:15:19 chr5 89820984 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.792;QD=59.5017;RBI=0.0291028;REFB=0;REVB=0.0155106;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06962e-05;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr5 89943433 . A G 290.37 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0538869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4443;QD=14.1642;RBI=0.0618411;REFB=-0.0105877;REVB=-0.0303401;RO=49;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028808;STB=0.516398;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0202371;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:23:10:16:33:23:10:16:33 chr5 89943571 . G T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0277663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.761;QD=17.5414;RBI=0.0353659;REFB=-0.0106247;REVB=-0.0219037;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00877762;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:8:8:8:7:8:8 chr5 89979589 . G A 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0514628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2921;QD=15.886;RBI=0.0530171;REFB=0.00281068;REVB=0.0127432;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199418;STB=0.612341;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00508539;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:13:20:17:25:13:20:17:25 chr5 89979691 . A G 239.21 PASS AF=0.411765;AO=25;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00743838;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.969;QD=14.0712;RBI=0.0102447;REFB=-0.00607445;REVB=-0.00704444;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415143;STB=0.739908;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.014978;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:40:25:28:0.411765:5:20:14:19:5:23:19:21 chr5 89979750 . G T 177.72 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00891353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.083;QD=10.7709;RBI=0.0098191;REFB=-0.00205689;REVB=0.0041187;RO=43;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140344;STB=0.582167;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00629064;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:7:16:25:18:7:16:25:18 chr5 89990324 . A G 80.59 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.030062;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6868;QD=15.3504;RBI=0.0619838;REFB=0.00195297;REVB=0.0542058;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00051942;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:5:5:7:3:6:5 chr5 90001368 . T G 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00136553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.39;QD=27.309;RBI=0.00451356;REFB=-0.00474497;REVB=0.00430204;RO=20;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294342;STB=0.66271;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00426733;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:20:9:14:6:20:9:14:6 chr5 90016871 . G A 233.13 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0140298;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6711;QD=23.3128;RBI=0.0263189;REFB=-0.0380229;REVB=0.0222677;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699798;STB=0.566453;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0206553;OID=.;OPOS=90016871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:18:22:22:0.55:13:9:8:8:13:9:10:8 chr5 90024735 . G A 509.84 PASS AF=0.563218;AO=45;DP=83;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.000334286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.969;QD=23.441;RBI=0.0130117;REFB=-0.0155588;REVB=0.0130074;RO=37;SAF=13;SAR=32;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266076;STB=0.637337;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0247707;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:37:38:45:49:0.563218:32:13:22:15:34:15:23:15 chr5 90052289 . G A 296.64 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0389044;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9582;QD=23.7314;RBI=0.0393787;REFB=-0.0247196;REVB=0.0060939;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078075;STB=0.556484;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0175451;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:21:29:29:0.58:12:17:15:7:12:17:15:6 chr5 90052372 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00980976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.122;QD=22.3221;RBI=0.0190148;REFB=-0.0221162;REVB=-0.016289;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282166;STB=0.515615;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0164651;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:12:18:13:10:12:18:13:10 chr5 90079820 . A G 250.48 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0126858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.501;QD=14.7343;RBI=0.0168429;REFB=-0.00475983;REVB=-0.0110794;RO=39;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860637;STB=0.548862;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00804614;OID=.;OPOS=90079820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:11:18:21:18:11:18:21:18 chr5 90106190 . T C 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.00413267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.64;QD=13.0533;RBI=0.0393774;REFB=0.00229781;REVB=0.0391599;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264845;STB=0.649648;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00403199;OID=.;OPOS=90106190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:28:7:10:13:28:7 chr5 90107108 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.424;QD=57.5452;RBI=0.0418898;REFB=0;REVB=0.0138059;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31479e-05;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr5 90119293 . C T 337.55 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0440593;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3909;QD=17.3102;RBI=0.0566489;REFB=0.0221842;REVB=0.0356072;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350426;STB=0.51964;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0156606;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:23:19:15:21:23:19 chr5 90119324 . G A 1010.94 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0145278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.584;QD=56.1634;RBI=0.0237981;REFB=-0.0312138;REVB=0.0188492;RO=2;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314852;STB=0.502024;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000237896;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:69:70:0.972222:29:40:0:2:30:40:1:1 chr5 90151589 . G A 215.53 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0277751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.598;QD=10.9127;RBI=0.0325618;REFB=-0.0063657;REVB=-0.0169945;RO=51;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223263;STB=0.623615;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0178421;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:10:17:22:29:10:17:23:29 chr5 93722036 . G A 312.63 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0267521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0467;QD=14.3738;RBI=0.0270779;REFB=-0.0195498;REVB=0.00418788;RO=52;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135665;STB=0.577005;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0337853;OID=.;OPOS=93722036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:15:20:23:29:15:20:23:29 chr5 93731985 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.076;QD=61.8526;RBI=0.0319093;REFB=0;REVB=0.00684538;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38105e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr5 93752765 . T C 203.08 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00906666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7704;QD=21.9547;RBI=0.0638071;REFB=0.000559548;REVB=0.0631596;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00084348;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:9:10:7:10:10:10:7:10 chr5 93753017 . C T 142.53 PASS AF=0.372093;AO=17;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0180268;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.764;QD=13.2589;RBI=0.0180614;REFB=-0.0189056;REVB=-0.00111845;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276109;STB=0.511931;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0309792;OID=.;OPOS=93753017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:17:16:0.372093:12:5:8:19:11:5:8:19 chr5 94030846 . T C 389.04 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0366431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.919;QD=18.7489;RBI=0.0439746;REFB=-0.0016984;REVB=-0.0243115;RO=43;SAF=28;SAR=12;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279257;STB=0.515573;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000847429;OID=.;OPOS=94030846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:12:28:29:14:12:28:29:14 chr5 94050487 . T A 891.63 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0313716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7735;QD=54.8693;RBI=0.032096;REFB=-0.0736554;REVB=0.0067803;RO=2;SAF=37;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248416;STB=0.513154;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00253953;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:2:2:63:63:0.969231:26:37:2:0:26:37:2:0 chr5 94224591 . G A 391.13 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0258448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.7;QD=27.4478;RBI=0.0279221;REFB=-0.0158154;REVB=0.0105684;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612464;STB=0.503341;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00653993;OID=.;OPOS=94224591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:20:17:9:11:20:17:9:11 chr5 94230358 . C T 192.86 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00699177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.262;QD=10.286;RBI=0.0172874;REFB=-0.00220283;REVB=-0.0158105;RO=49;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361578;STB=0.540161;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00425657;OID=.;OPOS=94230358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:50:24:25:0.333333:11:13:25:24:11:14:25:25 chr5 94259653 . G C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0232564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.656;QD=7.76202;RBI=0.0245151;REFB=-0.00442566;REVB=0.00775442;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373394;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0130204;OID=.;OPOS=94259653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:4:9:2:4:4:9 chr5 94772540 . C T 612.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3668;QD=61.2576;RBI=0.102329;REFB=0;REVB=-0.0672902;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016348;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr5 95067838 . CTTTTTTTTC CTTTTTTT,CTTTTTTTC 62.66 PASS AF=0.0294118,0.558824;AO=9,7;DP=40;FAO=1,19;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=0,6;FSAR=1,13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.368732,0.10614;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=12.8636,7.38049;QD=7.37234;RBI=0.372133,0.269347;REFB=0.0140358,-0.0579882;REVB=0.050196,0.247552;RO=16;SAF=6,0;SAR=3,7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.304795,-0.723305;STB=0.985671,0.51491;STBP=0.531,0.878;TYPE=del,del;VARB=0.090888,0.085195;OID=.,.;OPOS=95067846,95067839;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0294118,0.558824:9,7:40:1,19:34:14:0,6:1,13:4:10:36:16:6,0:3,7:6:10 chr5 95084131 . G A 230.25 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.02399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.185;QD=12.1181;RBI=0.03399;REFB=-0.0222868;REVB=-0.0240791;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126414;STB=0.58169;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0296551;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:48:48:27:28:0.368421:11:16:23:25:11:17:23:25 chr5 95091194 . C T 485.82 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00746156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.335;QD=19.6292;RBI=0.0165461;REFB=0.00344967;REVB=0.0147681;RO=51;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674735;STB=0.537468;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0035039;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:21:27:25:26:21:27:25:26 chr5 95091201 . A G 508.16 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00376065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.713;QD=20.7411;RBI=0.0198129;REFB=0.000117356;REVB=-0.0194527;RO=49;SAF=29;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934646;STB=0.551776;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000162353;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:20:29:24:25:20:29:24:25 chr5 95194571 . T C 493.45 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0237282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8468;QD=25.6339;RBI=0.0913684;REFB=-0.0224198;REVB=-0.0882335;RO=31;SAF=19;SAR=27;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029109;STB=0.515917;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0137212;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:27:19:14:17:27:19:14:17 chr5 95222277 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.099;QD=47.8221;RBI=0.0670443;REFB=0;REVB=-0.0574755;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167955;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr5 95234350 . A G 205.79 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000439504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.933;QD=48.4203;RBI=0.064866;REFB=0;REVB=0.0648646;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421729;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:13:17:1:3:10:0:0:6:11:0:0 chr5 95234377 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5902;QD=56.7008;RBI=0.0154216;REFB=0;REVB=0.00866864;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82013e-05;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr5 95234392 . A C 622.76 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000614;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.607;QD=59.3103;RBI=0.0414032;REFB=0.0639815;REVB=0.0413986;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000424286;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:15:26:0:0:15:26:1:0 chr5 95236415 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1686;QD=51.184;RBI=0.0371796;REFB=0;REVB=-0.0171711;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000743291;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr5 95236459 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.391;QD=45.8068;RBI=0.0691152;REFB=0;REVB=-0.0674567;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104202;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr5 95728898 . C G,T 1554.72 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=95,4;DP=99;FAO=96,3;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50,2;FSAR=46,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419028,-0.031672;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.3926,21.1554;QD=62.8168;RBI=0.0157629,0.0445291;REFB=0,0;REVB=0.0151957,-0.0313005;RO=0;SAF=50,2;SAR=45,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00012168,0.219003;OID=.,.;OPOS=95728898,95728898;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:99:99:0:0:95,4:96,3:0.969697,0.030303:45,2:50,2:0:0:46,1:50,2:0:0 chr5 95728974 . G C 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265545;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.808;QD=59.4588;RBI=0.0479972;REFB=0;REVB=0.0399824;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90507e-05;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr5 95865599 . C A 214.1 PASS AF=0.341772;AO=23;DP=75;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.009319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6186;QD=10.8405;RBI=0.0280614;REFB=-0.0203778;REVB=0.0264688;RO=52;SAF=4;SAR=19;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166338;STB=0.542603;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0483896;OID=.;OPOS=95865599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:52:52:23:27:0.341772:19:4:14:38:21:6:14:38 chr5 96031569 . A G 137.84 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0155321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.268;QD=19.0128;RBI=0.0342287;REFB=-0.00114784;REVB=0.0305018;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863963;STB=0.549229;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00133142;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:7:7:6:9:7:7 chr5 96079387 . C T 150.88 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0354294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.247;QD=12.5735;RBI=0.0355709;REFB=-0.026748;REVB=-0.00316893;RO=30;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275065;STB=0.657508;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0338196;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:14:3:11:19:14:3:11:20 chr5 96079402 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0180111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.133;QD=11.0866;RBI=0.0254621;REFB=-0.0152038;REVB=0.0179977;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355057;STB=0.717003;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0237576;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:11:2:10:15:11:2:10:15 chr5 96093222 . G A 722.48 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.0163584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3894;QD=18.8885;RBI=0.0601166;REFB=0.00144104;REVB=0.0578482;RO=78;SAF=38;SAR=37;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124622;STB=0.568616;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00108302;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:78:75:75:0.490196:37:38:50:28:37:38:50:28 chr5 96118852 . G C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00877123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2262;QD=18.4827;RBI=0.0214646;REFB=-0.0166305;REVB=0.0195906;RO=21;SAF=16;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242105;STB=0.639832;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0196968;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:3:16:14:7:3:16:14:7 chr5 96121524 . C T 203.75 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0433226;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.001;QD=14.2982;RBI=0.0438877;REFB=-0.0286294;REVB=0.00702062;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116224;STB=0.574718;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0377068;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:33:24:24:0.421053:10:14:16:18:10:14:15:18 chr5 96122260 . T G 196.56 PASS AF=0.387097;AO=19;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0167289;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.672;QD=12.6811;RBI=0.0197725;REFB=-0.0155537;REVB=-0.0105402;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630543;STB=0.50276;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0307183;OID=.;OPOS=96122260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:38:19:24:0.387097:10:9:12:17:14:10:16:22 chr5 96124330 . T C 792.06 PASS AF=0.559701;AO=69;DP=128;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.016232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.461;QD=23.6435;RBI=0.0888368;REFB=-0.00486376;REVB=0.0873412;RO=59;SAF=41;SAR=28;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185643;STB=0.587851;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00480121;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:134:59:59:69:75:0.559701:28:41:22:37:32:43:22:37 chr5 96126308 . A G 245.05 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0411263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8261;QD=15.5588;RBI=0.0836505;REFB=-0.0530234;REVB=-0.0728425;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702261;STB=0.539654;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0607511;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:15:20:14:14:15:20 chr5 96129512 . A G 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0076124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.733;QD=12.3184;RBI=0.00769113;REFB=-0.0201233;REVB=0.00109764;RO=45;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274756;STB=0.515778;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.031397;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:18:9:14:31:18:9:14:31 chr5 96130836 . T C 294.57 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0185407;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.7;QD=25.6151;RBI=0.0185841;REFB=-0.0131165;REVB=-0.00126853;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929348;STB=0.503223;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0171399;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:19:26:27:0.586957:14:12:9:10:14:13:9:10 chr5 96139250 . C G 327.27 PASS AF=0.479452;AO=32;DP=70;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00936387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.918;QD=17.9326;RBI=0.0225687;REFB=0.00485748;REVB=-0.0205344;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057967;STB=0.521115;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00463197;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:34:38:32:35:0.479452:14:18:17:17:17:18:18:20 chr5 96498783 . G A 262.1 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0118314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.695;QD=25.571;RBI=0.0259231;REFB=-0.0194889;REVB=0.0230657;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14022;STB=0.577714;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0130965;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:11:6:13:11:11:6 chr5 96503523 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00248015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.748;QD=12.329;RBI=0.0135322;REFB=-0.0209427;REVB=-0.013303;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118806;STB=0.507029;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0151508;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:6:11:7:4:6:11 chr5 96512865 . T A 248.56 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00103595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.681;QD=18.4122;RBI=0.0305041;REFB=-0.00754927;REVB=0.0304865;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327704;STB=0.687881;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0069779;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:18:8:18:9:19:8:18:9 chr5 96512871 . T A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0132105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.304;QD=18.9481;RBI=0.016297;REFB=0.0110279;REVB=-0.00954341;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305006;STB=0.670466;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0197369;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:19:9:18:9:19:9:18:9 chr5 96513471 . G C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0292323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2275;QD=21.6305;RBI=0.0336756;REFB=-0.0100976;REVB=-0.0167189;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148025;STB=0.582034;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00714417;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:14:10:18:12:14:10 chr5 96518792 . T G 84.53 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0312696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5882;QD=13.0053;RBI=0.0312848;REFB=-0.0659196;REVB=0.000976618;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.51905;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.103349;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:5:10:7:4:5:10 chr5 98131505 . A G 163.47 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0149354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.48;QD=20.4332;RBI=0.0150533;REFB=-0.0395763;REVB=0.00188031;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0309908;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:7:8:8:9:7:8 chr5 100068875 . C T 1621.04 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.115;QD=60.0384;RBI=0.016952;REFB=0;REVB=0.00886386;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56196e-05;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr5 100145388 . A C 896.9 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3542;QD=56.946;RBI=0.0443676;REFB=0;REVB=0.0379173;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986517;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:63:1:0:60:63:1:27:33:0:1:28:35:0:0 chr5 100145662 . A AACAC 164.2 PASS AF=0.5;AO=14;DP=44;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00396925;FXX=0.105235;HRUN=2;LEN=4;MLLD=187.408;QD=19.3177;RBI=0.0171734;REFB=-0.0650628;REVB=0.0167084;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336707;STB=0.650019;STBP=0.122;TYPE=ins;VARB=0.0762144;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:44:17:34:17:9:8:14:3:99:25:9:5:16:9 chr5 100146447 . G C,T 1477.19 PASS AF=0.0102041,0.979592;AO=5,88;DP=95;FAO=1,96;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=1,48;FSAR=0,48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0414034,0.0369737;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.78164,110.799;QD=60.2936;RBI=0.0850065,0.0453177;REFB=0.0626122,-0.0644709;REVB=-0.074242,-0.0262039;RO=1;SAF=5,40;SAR=0,48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0116996;STB=0.5,0.505154;STBP=1,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=0.121637,-5.90063e-05;OID=.,.;OPOS=100146447,100146447;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:95:98:1:1:5,88:1,96:0.0102041,0.979592:0,48:5,40:1:0:0,48:1,48:1:0 chr5 101596025 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAAT,TAAAAAA,TAAAAAATAT 565.49 PASS AF=0.522727,0.409091,0;AO=21,9,3;DP=47;FAO=23,18,0;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=0,9,0;FSAR=23,9,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.271673,-0.238378,-0.258849;FXX=0.083316;HRUN=10,10,10;LEN=1,3,3;MLLD=236.156,15.2842,112.674;QD=51.4082;RBI=0.271726,0.240767,0.258962;REFB=-0.00590354,-0.0377538,-0.0151919;REVB=0.00534584,0.033834,0.00766718;RO=2;SAF=0,1,3;SAR=21,8,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.0990128,0.74993;STB=0.5,0.571351,0.5;STBP=1,0.131,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.00347122,0.0534578,0;OID=.,.,.;OPOS=101596034,101596026,101596032;OREF=A,AAA,AAA;OALT=T,-,TAT;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAA,TAAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.522727,0.409091,0:21,9,3:47:23,18,0:44:3:0,9,0:23,9,0:0:3:99:2:0,1,3:21,8,0:0:2 chr5 102345546 . A C 548.36 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00620463;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.37;QD=23.3346;RBI=0.0142878;REFB=-0.00790538;REVB=-0.0128702;RO=42;SAF=19;SAR=32;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782093;STB=0.546807;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00714486;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:42:43:51:51:0.542553:32:19:12:30:32:19:12:31 chr5 102365186 . G A 307.22 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00835735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9063;QD=27.9293;RBI=0.00849305;REFB=-0.00929276;REVB=0.00151216;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210343;STB=0.518505;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00447716;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:17:26:27:0.613636:13:13:8:9:13:14:8:9 chr5 102365426 . C CAG 244.11 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.013713;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.324;QD=15.0221;RBI=0.0138122;REFB=-0.00773056;REVB=-0.00165266;RO=38;SAF=21;SAR=7;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397618;STB=0.719837;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.00697978;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:28:67:28:65:37:21:7:14:23:99:38:21:7:14:24 chr5 102433409 . G A 429.35 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.000196288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.82;QD=13.1098;RBI=0.0143375;REFB=-0.016168;REVB=-0.0143362;RO=81;SAF=22;SAR=28;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362238;STB=0.52054;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0202695;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:81:81:50:50:0.381679:28:22:33:48:28:22:33:48 chr5 102512570 . C CA 855.79 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426171;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.9335;QD=47.5438;RBI=0.085553;REFB=0;REVB=-0.0741829;RO=3;SAF=31;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00196045;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:75:72:72:0:32:40:0:0:15:3:31:40:3:0 chr5 102520400 . A C 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0134031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9024;QD=16.4786;RBI=0.0141693;REFB=-0.00309716;REVB=0.00459631;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266345;STB=0.652324;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00531893;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:16:9:12:7:16:9 chr5 102538752 . T C 407.43 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.00400155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.818;QD=17.7145;RBI=0.0626396;REFB=-0.0250777;REVB=0.0625117;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166422;STB=0.585735;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0238493;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:22:20:15:34:22:20:16:34 chr5 102891695 . A G 389.95 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.030745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.917;QD=16.419;RBI=0.0315403;REFB=-0.0202026;REVB=0.00703851;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685996;STB=0.538603;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0240689;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:24:17:26:28:24:17:26:28 chr5 105889178 . T C 473.49 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00220789;FXX=0.0215031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.026;QD=20.8128;RBI=0.0176113;REFB=-0.0117396;REVB=-0.0174724;RO=42;SAF=22;SAR=24;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168731;STB=0.594555;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0112654;OID=.;OPOS=105889178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:42:45:46:46:0.505495:24:22:12:30:24:22:13:32 chr5 107197420 . G A 679.52 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0332916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0288;QD=22.8412;RBI=0.0611029;REFB=-0.0471463;REVB=0.051237;RO=52;SAF=31;SAR=35;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554188;STB=0.526107;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0302358;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:53:66:66:0.554622:35:31:28:24:35:31:28:25 chr5 107197502 . G A 854.71 PASS AF=0.590909;AO=78;DP=132;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.016063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.065;QD=25.9003;RBI=0.0173026;REFB=-0.031106;REVB=0.00643109;RO=54;SAF=29;SAR=49;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430386;STB=0.523412;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0277666;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:54:54:78:78:0.590909:49:29:23:31:49:29:23:31 chr5 108672755 . T A 1629.6 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.492;QD=58.1999;RBI=0.0177576;REFB=-0.115362;REVB=0.00116517;RO=2;SAF=54;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000308213;STB=0.500162;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000219865;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:56:54:1:1:56:54:1:1 chr5 108672946 . C T 366.57 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0089267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.663;QD=19.5504;RBI=0.0722227;REFB=-0.0165603;REVB=-0.0716689;RO=37;SAF=27;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21746;STB=0.607388;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0135491;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:10:27:19:18:11:27:19:18 chr5 108713970 . C T 405.61 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0200399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2902;QD=17.2601;RBI=0.0694633;REFB=-0.0186396;REVB=-0.0665098;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614046;STB=0.534397;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.01734;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:20:22:24:28:20:22:24:28 chr5 109035302 . T TAAAG 606.02 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=43;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215584;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.288;QD=59.1234;RBI=0.0385305;REFB=-0.0761651;REVB=0.0319348;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=ins;VARB=0.000839543;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.97561:37:43:40:41:1:23:17:1:0:5:1:20:17:1:0 chr5 109035496 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7091;QD=56.1903;RBI=0.0544848;REFB=0;REVB=0.0451903;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171281;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr5 109117171 . A G 1806.57 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932533;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4572;QD=61.2398;RBI=0.0522481;REFB=0;REVB=0.0514092;RO=0;SAF=81;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002928;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:117:118:1:36:81:0:0:37:81:0:0 chr5 109181682 . A T 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.297;QD=59.677;RBI=0.0387068;REFB=0;REVB=0.0327088;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49223e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 1774.41 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401001;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=3;MLLD=158.483;QD=61.1867;RBI=0.0303817;REFB=0;REVB=-0.0301159;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.98961e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:117:116:116:0:51:65:0:0:10:0:51:65:0:0 chr5 110096939 . G A 430.67 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.011662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.899;QD=20.031;RBI=0.0118093;REFB=-0.00516575;REVB=0.001859;RO=43;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.558556;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00546541;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:18:25:20:23:18:25:20:23 chr5 110784822 . A G 299.78 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00821845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.217;QD=11.0011;RBI=0.00875346;REFB=-0.0038569;REVB=0.00301332;RO=71;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218296;STB=0.512566;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00980542;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:71:38:38:0.348624:18:20:36:35:18:20:36:35 chr5 110819753 . G C 218.81 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00337916;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.303;QD=13.6757;RBI=0.00675359;REFB=-0.010763;REVB=-0.00584742;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133823;STB=0.569325;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0126108;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:38:26:26:0.40625:14:12:23:16:14:12:22:16 chr5 110820024 . G A 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0145646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.125;QD=4.55148;RBI=0.0185878;REFB=-0.0114117;REVB=-0.011549;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402377;STB=0.537238;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0321307;OID=.;OPOS=110820024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:4:6:25:19:4:6:25:20 chr5 111065696 . C CAAAG 454.39 PASS AF=0.942857;AO=30;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0152643;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=4;MLLD=261.023;QD=51.93;RBI=0.0189347;REFB=-0.12066;REVB=0.0112037;RO=2;SAF=22;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.519219;STBP=0.513;TYPE=ins;VARB=0.0034136;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:30:36:33:35:2:25:8:2:0:9:2:22:8:2:0 chr5 111065764 . C A,T 527.46 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131506,0.0233372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.062,61.7943;QD=58.6067;RBI=0.0744763,0.0237361;REFB=0,0;REVB=-0.0733061,0.00433336;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0488443,-0.00297813;OID=.,.;OPOS=111065764,111065764;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:2,11:0,23:0:0:2,11:0,23:0:0 chr5 111066462 . C T 205.14 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00377577;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.414;QD=10.3867;RBI=0.0131341;REFB=-0.00904487;REVB=-0.0125797;RO=51;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902732;STB=0.505151;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0163003;OID=.;OPOS=111066462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:53:26:26:0.329114:16:10:20:31:16:10:20:33 chr5 111066697 . T C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0148486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.979;QD=16.35;RBI=0.0156993;REFB=-0.0180142;REVB=0.00509764;RO=42;SAF=10;SAR=24;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304762;STB=0.671896;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0190572;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:24:10:25:17:24:10:25:17 chr5 111500816 . C CTAAAA 486.8 PASS AF=0.485981;AO=49;DP=110;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0100304;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.832;QD=18.198;RBI=0.0100316;REFB=-0.0108333;REVB=0.000156496;RO=57;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144712;STB=0.571452;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.0106928;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485981:49:110:52:107:55:23:29:32:23:99:57:21:28:33:24 chr5 111504479 . C T 1396.52 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277497;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.907;QD=62.7649;RBI=0.0286177;REFB=0;REVB=0.00699474;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348372;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:46:41:0:0:47:42:0:0 chr5 111506069 . G A 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.458;QD=63.2689;RBI=0.0604215;REFB=0;REVB=0.0147472;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100052;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr5 111519740 . T C 1628.68 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189111;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.16;QD=59.2249;RBI=0.0518428;REFB=0.0462915;REVB=0.0482706;RO=1;SAF=63;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747584;STB=0.503936;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-5.31831e-05;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:1:1:109:109:0.990909:46:63:1:0:46:63:1:0 chr5 111530284 . A G 340.59 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1775;QD=54.4948;RBI=0.0557113;REFB=0;REVB=0.0556304;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139703;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr5 111545670 . C G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000134635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.53;QD=57.3854;RBI=0.00539362;REFB=0;REVB=0.00539194;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13502e-06;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr5 112164561 . G A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3576;QD=58.9605;RBI=0.0550427;REFB=0;REVB=0.0532314;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226177;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr5 112175770 . G A 803.37 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00503591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.043;QD=55.4049;RBI=0.00587231;REFB=-0.0331905;REVB=0.00302054;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=2.41927e-05;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:35:22:1:0:35:22:1:0 chr5 112176325 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00492264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.825;QD=48.6261;RBI=0.00516185;REFB=-0.0209208;REVB=0.00155315;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000196774;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr5 112176559 . T G 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.067;QD=57.3778;RBI=0.0813433;REFB=0;REVB=0.0280184;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574794;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr5 112176756 . T A 738.82 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00127829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.426;QD=54.7276;RBI=0.00482356;REFB=-0.18502;REVB=-0.0046511;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00192538;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr5 112177171 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.437;QD=37.4885;RBI=0.0317853;REFB=0;REVB=0.0243409;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr5 112179909 . C A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.999;QD=61.6805;RBI=0.0406653;REFB=0;REVB=-0.00680037;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021848;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr5 112180257 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6843;QD=48.737;RBI=0.0789415;REFB=0;REVB=-0.0673644;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000962117;OID=.;OPOS=112180257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr5 112197082 . C T 223.1 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.067944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.756;QD=18.5914;RBI=0.0682168;REFB=-0.0509091;REVB=0.00609489;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32028;STB=0.681653;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0431125;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:15:7:17:9:15:7:17:9 chr5 112200098 . A G 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.03515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6714;QD=17.5586;RBI=0.0427178;REFB=-0.000995069;REVB=0.0242752;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410292;STB=0.711578;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00306719;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:21:18:18:0.461538:5:13:5:14:5:13:7:14 chr5 112203564 . T A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00541488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.074;QD=9.62248;RBI=0.00582096;REFB=-0.00334573;REVB=-0.00213605;RO=40;SAF=12;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971217;STB=0.557559;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00785295;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:7:12:22:18:7:12:22:18 chr5 112228670 . G A 270.24 PASS AF=0.491525;AO=14;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.019829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.135;QD=18.321;RBI=0.0454528;REFB=-0.054539;REVB=0.0408995;RO=15;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508766;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0832401;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:30:14:29:0.491525:14:0:0:15:14:15:15:15 chr5 112228765 . C A 352.48 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00182951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8464;QD=26.1098;RBI=0.0170716;REFB=0.0391057;REVB=-0.0169733;RO=19;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658243;STB=0.543354;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.021973;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:20:34:34:0.62963:14:20:13:6:14:20:14:6 chr5 112257908 . T C 673.34 PASS AF=0.472222;AO=67;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.000712708;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.631;QD=18.704;RBI=0.00128064;REFB=-0.0150324;REVB=-0.001064;RO=74;SAF=37;SAR=30;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879652;STB=0.544105;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0141754;OID=.;OPOS=112257908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:74:76:67:68:0.472222:30:37:34:40:31:37:35:41 chr5 112312580 . T C 325.12 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00110012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.31;QD=16.8894;RBI=0.0379004;REFB=-0.0206765;REVB=-0.0378844;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632685;STB=0.539303;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0201696;OID=.;OPOS=112312580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:33:35:0.454545:14:19:21:20:15:20:21:21 chr5 112312676 . T C 1315.79 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0252112;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.279;QD=59.8086;RBI=0.0348268;REFB=-0.00382908;REVB=0.0240271;RO=1;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101887;STB=0.510636;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=8.92215e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:1:2:86:86:0.977273:46:40:0:1:46:40:0:2 chr5 112328377 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.056;QD=56.7733;RBI=0.058631;REFB=0;REVB=0.0559708;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040888;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr5 112346429 . TG T 58.48 PASS AF=0.615385;AO=3;DP=20;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0151325;FXX=0.187383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.115;QD=17.9935;RBI=0.136504;REFB=-0.0543152;REVB=0.135663;RO=16;SAF=3;SAR=0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687676;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=del;VARB=0.0408803;OID=.;OPOS=112346430;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:3:20:8:13:5:3:5:2:3:32:16:3:0:5:11 chr5 112349070 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.38;QD=51.9167;RBI=0.0227736;REFB=0;REVB=0.0176303;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5142e-05;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr5 112349379 . T C 165.71 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0209423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0757;QD=14.4095;RBI=0.0268735;REFB=-0.00382949;REVB=-0.0168407;RO=26;SAF=1;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517542;STB=0.824748;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00532677;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:28:18:18:0.391304:17:1:8:18:17:1:9:19 chr5 112350707 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0193893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.237;QD=15.6428;RBI=0.0226049;REFB=0.000932582;REVB=-0.0116205;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196303;STB=0.612138;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00189095;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:9:20:10:10:9:20 chr5 112351785 . TTA T,TT,TTT 45.48 PASS AF=0.169811,0,0;AO=8,9,3;DP=58;FAO=9,0,0;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=3,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0165269,0.00429828,0.0203115;FXX=0.036357;HRUN=5,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=26.0892,11.9776,22.3752;QD=3.43267;RBI=0.173568,0.350805,0.201392;REFB=-0.0249535,-0.0324028,-0.0062038;REVB=-0.17278,-0.350778,-0.200365;RO=30;SAF=3,3,0;SAR=5,6,3;SRF=23;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.453414,-0.488691,-0.68433;STB=0.737609,0.5,0.5;STBP=0.156,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.100741,0,0;OID=.,.,.;OPOS=112351786,112351787,112351787;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169811,0,0:8,9,3:58:9,0,0:53:44:3,0,0:6,0,0:28:16:45:30:3,3,0:5,6,3:23:7 chr5 112358131 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00822339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.052;QD=22.1888;RBI=0.00862686;REFB=-0.00826132;REVB=-0.0026074;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155751;STB=0.586886;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00901998;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:7:15:12:12:7:15 chr5 112379289 . G A 451.74 PASS AF=0.589041;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0358728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.089;QD=24.7528;RBI=0.047207;REFB=-0.00258312;REVB=0.0306862;RO=29;SAF=19;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485282;STB=0.537754;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00263668;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:30:42:43:0.589041:23:19:15:14:24:19:16:14 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 94.55 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00472453;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=11;MLLD=310.657;QD=6.00313;RBI=0.0537113;REFB=-0.018712;REVB=-0.0535031;RO=33;SAF=14;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165178;STB=0.600278;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=0.0413339;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301587:19:61:19:63:44:14:5:27:17:94:33:14:5:20:13 chr5 112384802 . G A 340.47 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0189675;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2049;QD=20.6346;RBI=0.026712;REFB=-0.0119601;REVB=0.0188087;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158323;STB=0.58758;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00917061;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:19:16:20:11:19:16:20:11 chr5 112406862 . G A 915.52 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250942;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.906;QD=56.3397;RBI=0.0395057;REFB=-0.0375842;REVB=0.030512;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00138121;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:38:25:1:0:38:26:1:0 chr5 112437438 . T G 230.91 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00854424;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.951;QD=21.4798;RBI=0.0102095;REFB=-0.0277491;REVB=0.00558835;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620553;STB=0.534852;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0367153;OID=.;OPOS=112437438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:12:9:11:11:12:9 chr5 112439941 . T C 973.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8301;QD=58.9815;RBI=0.0937936;REFB=0;REVB=0.093716;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812976;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:22:43:0:0:22:44:0:0 chr5 112479004 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000688722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.75;QD=58.2391;RBI=0.0121526;REFB=0;REVB=0.012133;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01738e-05;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr5 112769541 . T C 630.72 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0674174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.921;QD=57.3385;RBI=0.0875065;REFB=-0.163788;REVB=0.0557878;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034749;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0017654;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:2:2:42:42:0.954545:26:16:0:2:26:16:0:2 chr5 112769997 . C T 340.12 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.793;QD=54.4185;RBI=0.0324129;REFB=0;REVB=0.0317783;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274536;OID=.;OPOS=112769997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr5 112770015 . G T 294.39 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363694;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.588;QD=53.5263;RBI=0.00598643;REFB=0;REVB=0.00475501;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354933;OID=.;OPOS=112770015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr5 112823998 . C T 2310.68 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.858;QD=63.743;RBI=0.0499717;REFB=0;REVB=0.0356797;RO=0;SAF=52;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51788e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:145:0:0:140:145:1:88:52:0:0:91:54:0:0 chr5 112824039 . T C 598.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545888;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.043;QD=61.4073;RBI=0.0779357;REFB=0;REVB=0.0556241;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828273;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:30:8:0:0:30:9:0:0 chr5 112868693 . C A 1369.11 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.854;QD=62.2323;RBI=0.100724;REFB=0;REVB=0.0365082;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010817;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:50:36:0:0:51:37:0:0 chr5 112884728 . G A 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.244;QD=61.6942;RBI=0.128592;REFB=0;REVB=0.00212534;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147372;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:54:28:0:0:54:28:0:0 chr5 112888875 . C T 111.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.9;QD=40.7104;RBI=0.144779;REFB=0;REVB=0.104531;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243577;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:11:0:0:8:11:1:3:5:0:0:3:8:0:0 chr5 112888882 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.544;QD=45.8046;RBI=0.050251;REFB=0;REVB=0.00581204;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393831;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr5 112889374 . G A 1618.25 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192918;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6849;QD=59.9352;RBI=0.0242612;REFB=0;REVB=0.0147116;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088444;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:59:48:0:0:59:49:0:0 chr5 112899702 . A G 1142.54 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138336;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.434;QD=59.3529;RBI=0.0163807;REFB=-0.147675;REVB=0.0087726;RO=1;SAF=34;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137144;STB=0.507244;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00128356;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:42:34:1:0:42:34:1:0 chr5 112926755 . G A 417.88 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8459;QD=53.9206;RBI=0.0270555;REFB=-0.0437578;REVB=-0.00471629;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00194023;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:1:0 chr5 112929013 . T A 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2289;QD=58.5782;RBI=0.019996;REFB=0;REVB=-0.0131004;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47381e-05;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr5 112930952 . A G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.476;QD=55.0097;RBI=0.0197589;REFB=-0.11717;REVB=0.00670689;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548081;STB=0.529393;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00114438;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:8:24:0:1:8:24:0:1 chr5 113589389 . T A 965.17 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00750078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.663;QD=55.9517;RBI=0.0365209;REFB=-0.0726943;REVB=0.0357424;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262374;STB=0.513885;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000244782;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:67:67:0.971014:32:35:2:0:32:35:2:0 chr5 113698544 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.24;QD=50.4135;RBI=0.0313976;REFB=0;REVB=0.0302093;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135112;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr5 113698631 . T TGCC 111.45 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0718233;FXX=0.176367;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.741;QD=31.8414;RBI=0.072151;REFB=-0.065451;REVB=0.0068692;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.526268;STBP=0.809;TYPE=ins;VARB=0.0140491;OID=.;OPOS=113698632;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.785714:11:19:11:14:3:5:6:1:2:17:7:5:6:5:2 chr5 113829121 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.817;QD=57.5451;RBI=0.0435931;REFB=0;REVB=0.0265753;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153184;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr5 114460539 . T C 347.68 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0183809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.012;QD=19.8673;RBI=0.0292182;REFB=-0.0113378;REVB=0.0227123;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126733;STB=0.570262;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00722877;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:17:19:13:21:17:19:13:21 chr5 114460580 . C G 419.47 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0620237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2595;QD=18.8526;RBI=0.0620346;REFB=0.00290048;REVB=-0.00116091;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316202;STB=0.509522;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00202006;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:42:43:0.483146:26:16:19:27:26:17:19:27 chr5 114462355 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.533;QD=64.4154;RBI=0.01323;REFB=0;REVB=0.00445334;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09033e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr5 114469724 . T C 318.36 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00510074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7138;QD=18.1921;RBI=0.0271986;REFB=-0.0179399;REVB=0.026716;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594932;STB=0.533255;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0295273;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:20:16:13:21:20:16 chr5 114469744 . A C 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0145808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.536;QD=16.9217;RBI=0.0331401;REFB=-0.022296;REVB=0.0297601;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109163;STB=0.561142;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0234079;OID=.;OPOS=114469744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:14:16:22:12:14:16:22:12 chr5 114480364 . C T 476.1 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00157831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.533;QD=16.7053;RBI=0.00337919;REFB=0.00103708;REVB=0.00298796;RO=61;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320318;STB=0.512684;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00154479;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:62:52:52:0.45614:23:29:36:25:23:29:36:26 chr5 114858437 . G T 170.27 PASS AF=0.37931;AO=18;DP=54;FAO=22;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0064667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.168;QD=11.7428;RBI=0.0127732;REFB=0.000957448;REVB=0.0110153;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218007;STB=0.63624;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00600519;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:28:36:18:22:0.37931:6:12:13:15:8:14:15:21 chr5 115110090 . A C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0314578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1849;QD=15.2374;RBI=0.0314725;REFB=-0.00531068;REVB=0.000962558;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683409;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:18:18:14:14:18:18 chr5 115176292 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00523772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.802;QD=11.1266;RBI=0.02331;REFB=-0.0118556;REVB=-0.0227139;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033353;STB=0.519698;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0143419;OID=.;OPOS=115176292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:19:15:8:9:19:15 chr5 115249271 . G A 595.42 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00014216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4083;QD=17.7738;RBI=0.00124484;REFB=0.00511326;REVB=0.0012367;RO=71;SAF=36;SAR=26;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151825;STB=0.587868;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00630331;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:72:62:62:0.462687:26:36:30:41:26:36:30:42 chr5 115298232 . G C 1044.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.185;QD=59.707;RBI=0.0674692;REFB=0;REVB=0.00442801;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5717e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:41:25:0:0:42:28:0:0 chr5 115298378 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=26;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.926;QD=63.583;RBI=0.0916874;REFB=0;REVB=-0.0134066;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140615;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:26:47:1:9:17:0:0:30:17:0:0 chr5 115298475 . T C 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.993;QD=48.6245;RBI=0.0250709;REFB=-0.0268079;REVB=-0.0136686;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00171434;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:14:8:0:0:14:8:0:1 chr5 115298503 . G C 141.01 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0477709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3039;QD=21.6944;RBI=0.0614545;REFB=-0.0174986;REVB=-0.0386601;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864865;STB=0.529373;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0143723;OID=.;OPOS=115298503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:9:11:15:15:0.576923:10:5:2:7:10:5:3:8 chr5 115298518 . A G 462.57 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2674;QD=57.8211;RBI=0.0164374;REFB=0;REVB=0.0121459;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134576;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr5 115298977 . C T 3422.28 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1381;QD=61.9417;RBI=0.135141;REFB=0;REVB=0.0424067;RO=1;SAF=109;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085225;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:217:221:1:0:216:221:1:107:109:1:0:107:114:0:0 chr5 115341611 . G T 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.263;QD=60.0764;RBI=0.0187765;REFB=0;REVB=0.0180139;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41166e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:60:47:0:0:60:47:0:0 chr5 115341638 . G C 1695.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.552;QD=60.5536;RBI=0.0129906;REFB=0;REVB=0.00846387;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43304e-06;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:62:48:0:0:64:48:0:0 chr5 115346260 . T C 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0105733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.468;QD=5.32591;RBI=0.0229536;REFB=-0.00812862;REVB=-0.0203734;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.607429;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0283292;OID=.;OPOS=115346260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:25:23:8:5:25:23 chr5 115362148 . A G 310.49 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0221709;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.8074;QD=16.3413;RBI=0.0247627;REFB=-0.011794;REVB=-0.011029;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102021;STB=0.510103;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0240231;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:42:34:34:0.447368:18:16:13:23:18:16:19:23 chr5 115394551 . C T 555.12 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00298534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.456;QD=20.0043;RBI=0.00661435;REFB=-0.0154023;REVB=0.00590232;RO=54;SAF=33;SAR=24;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705162;STB=0.538891;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0154432;OID=.;OPOS=115394551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:24:33:27:27:24:33:27:27 chr5 115394626 . G T 473.41 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00651489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.938;QD=23.97;RBI=0.00669835;REFB=-0.0163732;REVB=0.00155695;RO=34;SAF=28;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112723;STB=0.565239;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0110108;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:34:44:45:0.56962:16:28:17:17:16:29:17:17 chr5 115428381 . T G 461.27 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.011816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.486;QD=16.0441;RBI=0.0128941;REFB=-0.0166178;REVB=0.00516133;RO=64;SAF=24;SAR=27;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144144;STB=0.58028;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0284739;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:27:24:21:43:27:24:21:43 chr5 115628117 . C T 60.97 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0114;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.881;QD=17.4191;RBI=0.0816961;REFB=-0.00086561;REVB=0.0808968;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000424155;OID=.;OPOS=115628117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:3:3:2:6:3:3 chr5 115628120 . CTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTT 81.34 PASS AF=0.285714,0.285714,0,0.285714;AO=2,2,2,2;DP=14;FAO=4,4,0,4;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3,3,0,3;FSAR=1,1,0,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0249874,0.111642,0.278164,-0.0431066;FXX=0.0666222;HRUN=13,13,13,1;LEN=6,3,1,1;MLLD=203.927,7.04615,2.35294,205.499;QD=23.2395;RBI=0.0256708,0.130785,0.310735,0.0444497;REFB=-0.147298,-0.565909,-0.943474,-0.0682638;REVB=0.00588392,-0.0681241,-0.138495,0.0108444;RO=0;SAF=1,1,2,2;SAR=1,1,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.599463,0.599463,0.5,0.599463;STBP=0.601,0.601,1,0.601;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0326196,0.213478,-0.531455,0.121994;OID=.,.,.,.;OPOS=115628129,115628121,115628121,115628134;OREF=TTTTTG,TTT,T,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=CTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.285714,0.285714,0,0.285714:2,2,2,2:14:4,4,0,4:14:2:3,3,0,3:1,1,0,1:1:1:22:0:1,1,2,2:1,1,0,0:0:0 chr5 115808571 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0127825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.368;QD=7.76178;RBI=0.0129157;REFB=0.00306809;REVB=0.00185021;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0146054;OID=.;OPOS=115808571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:8:5:2:4:8:5 chr5 115811220 . T C 157.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0206068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.125;QD=15.7249;RBI=0.0295305;REFB=-0.00894384;REVB=0.0211521;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145897;STB=0.592375;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0168697;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:7:10:16:6:7:10:17:6 chr5 115811248 . G T 244.22 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00970308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.189;QD=23.2592;RBI=0.0199999;REFB=-0.00723286;REVB=-0.0174885;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198254;STB=0.611408;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00444616;OID=.;OPOS=115811248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:6:17:10:9:6:17:10:9 chr5 115813726 . A G 1498.2 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657895;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1284;QD=63.7532;RBI=0.0675906;REFB=0;REVB=0.0154994;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57118e-05;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr5 115822585 . C T 237.6 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0121214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.709;QD=13.774;RBI=0.0122411;REFB=-0.00651931;REVB=0.00170822;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369568;STB=0.514009;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0106653;OID=.;OPOS=115822585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:15:13:20:20:15:13:20:21 chr5 115824639 . A G 335.8 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0157551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.869;QD=19.7532;RBI=0.0244307;REFB=-0.0132944;REVB=-0.0186717;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130955;STB=0.572911;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00989414;OID=.;OPOS=115824639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:23:12:16:17:23:12:16:17 chr5 118484804 . G A 538.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.243;QD=59.8728;RBI=0.0130137;REFB=0;REVB=0.00937934;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85148e-05;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:25:11:0:0 chr5 118811533 . G A 439.57 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0221202;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.925;QD=19.1116;RBI=0.0261705;REFB=-0.0245903;REVB=-0.0139855;RO=44;SAF=21;SAR=23;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166297;STB=0.608953;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0342509;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:48:44:44:0.478261:23:21:13:31:23:21:13:35 chr5 118827842 . T C 213.15 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0285766;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.611;QD=12.3563;RBI=0.0294879;REFB=-0.00310675;REVB=-0.00727441;RO=41;SAF=4;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288448;STB=0.691652;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00739274;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:43:26:26:0.376812:22:4:14:27:22:4:16:27 chr5 118861713 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0271988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.289;QD=23.0875;RBI=0.0356996;REFB=-0.00369128;REVB=0.0231233;RO=18;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343823;STB=0.693687;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00520217;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:17:5:11:7:17:5:11:7 chr5 118945923 . A G 300.42 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.000290725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.473;QD=30.8124;RBI=0.0131384;REFB=-0.00624369;REVB=-0.0131352;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23117;STB=0.626366;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00105619;OID=.;OPOS=118945923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:12:14:2:11:12:14:2:11 chr5 118969960 . C T 582.47 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338789;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.106;QD=58.2473;RBI=0.0348131;REFB=-0.0593863;REVB=-0.00801069;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000249868;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:0:1:15:24:0:1 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 1158.77 PASS AF=0.0538462,0.946154;AO=7,50;DP=131;FAO=7,123;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=0,67;FSAR=7,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835468,0.69661;FXX=0.00763301;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=215.689,11.6993;QD=35.6546;RBI=0.0849852,0.761391;REFB=-0.000377255,0.00880077;REVB=-0.0155698,0.307328;RO=69;SAF=0,20;SAR=7,30;SRF=47;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.68277,-0.284092;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.123589,0.0103611;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0538462,0.946154:7,50:131:7,123:130:0:0,67:7,56:0:0:16:69:0,20:7,30:47:22 chr5 118970770 . C T 215.09 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00351067;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.926;QD=16.5451;RBI=0.0123895;REFB=-0.0219838;REVB=0.0118817;RO=29;SAF=19;SAR=5;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921654;STB=0.532682;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0250767;OID=.;OPOS=118970770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:28:24:24:0.461538:5:19:21:8:5:19:21:7 chr5 120021819 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.419;QD=62.0191;RBI=0.014677;REFB=0;REVB=0.0134138;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44977e-05;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr5 121488203 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0103632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1312;QD=18.7444;RBI=0.0816929;REFB=-0.0445482;REVB=0.0810329;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0137889;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr5 121488635 . AT A 91.98 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00668619;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.974;QD=12.687;RBI=0.0323823;REFB=-0.0128493;REVB=0.0316845;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294635;STB=0.638091;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=0.0172265;OID=.;OPOS=121488636;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:12:30:14:29:15:4:10:8:7:90:15:3:9:8:7 chr5 121518309 . G A 686.44 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00193969;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.522;QD=16.8451;RBI=0.0398098;REFB=-0.0150508;REVB=-0.0397625;RO=89;SAF=45;SAR=29;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124826;STB=0.569409;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0137625;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:89:89:74:74:0.453988:29:45:43:46:29:45:43:46 chr5 122165470 . TACACACACAC T 64.81 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0134895;FXX=0.148093;HRUN=1;LEN=10;MLLD=225.388;QD=11.2718;RBI=0.0135959;REFB=-0.00845171;REVB=-0.0016976;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.691844;STBP=0.19;TYPE=del;VARB=0.0407213;OID=.;OPOS=122165471;OREF=ACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:8:9:9:23:14:7:2:7:7:64:0:7:1:0:0 chr5 122406684 . A G 196.36 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00664518;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.267;QD=24.5455;RBI=0.013511;REFB=0.0179439;REVB=-0.0117639;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.010851;OID=.;OPOS=122406684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:7:6:8:11:7:6 chr5 122435627 . G A 386.42 PASS AF=0.43;AO=44;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0149244;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5523;QD=15.4567;RBI=0.0163273;REFB=-0.0138299;REVB=-0.00662139;RO=57;SAF=16;SAR=28;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251118;STB=0.651092;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0222038;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:57:44:43:0.43:28:16:35:22:28:15:35:22 chr5 122681834 . C T 413.84 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0418972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0924;QD=19.0272;RBI=0.0561643;REFB=0.011117;REVB=-0.0374039;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114712;STB=0.563765;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0130087;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:20:22:18:27:20:22:18:27 chr5 122682348 . A G 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0442292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.621;QD=14.6466;RBI=0.0479846;REFB=-0.00213718;REVB=0.0186092;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347309;STB=0.704116;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00235547;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:10:9:11:3:10:9 chr5 122718736 . G C 837.31 PASS AF=0.448454;AO=87;DP=194;FAO=87;FDP=194;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0224019;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.574;QD=17.2641;RBI=0.0281643;REFB=-0.0232346;REVB=0.0170699;RO=107;SAF=51;SAR=36;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118876;STB=0.566043;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0275002;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:107:107:87:87:0.448454:36:51:50:57:36:51:50:57 chr5 122727026 . G A 223.87 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00767739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.519;QD=17.5587;RBI=0.0139846;REFB=-0.0352772;REVB=0.0116887;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310598;STB=0.67518;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0352192;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:16:8:18:9:16:8:18:9 chr5 122739421 . G C 249.8 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.017698;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0742;QD=25.6209;RBI=0.0205881;REFB=-0.00453901;REVB=0.0105192;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710738;STB=0.539533;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00233842;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:23:23:0.589744:15:8:7:9:15:8:7:9 chr5 122758167 . A T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0169933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.289;QD=13.224;RBI=0.0176669;REFB=-0.00101099;REVB=0.00483194;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487319;STB=0.517227;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00147168;OID=.;OPOS=122758167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:10:14:22:13:10:14:22:14 chr5 122758268 . G C 1010.89 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.003;QD=59.4639;RBI=0.0721915;REFB=0;REVB=0.0223708;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267254;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:68:0:0:62:68:1:28:34:0:0:26:42:0:0 chr5 122950330 . G C 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8857;QD=63.8656;RBI=0.0579666;REFB=0;REVB=0.0360016;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130966;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr5 122950911 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.76;QD=59.4311;RBI=0.0362148;REFB=0;REVB=0.00617751;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14316e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr5 122990902 . A T 604.31 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228471;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.673;QD=60.4307;RBI=0.0234635;REFB=0;REVB=-0.00534309;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343834;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:23:17:0:0 chr5 123973360 . T TTA 132.15 PASS AF=0.764706;AO=10;DP=49;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0801784;FXX=0.105208;HRUN=3;LEN=2;MLLD=174.936;QD=31.0948;RBI=0.0809588;REFB=-0.106563;REVB=0.0112137;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534544;STB=0.624816;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=0.0537232;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:10:49:13:17:4:7:6:0:4:23:34:6:4:5:29 chr5 123984763 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.63;QD=48.7362;RBI=0.0581465;REFB=0;REVB=0.00783647;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515346;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr5 124045960 . G A 299.57 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0522939;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.188;QD=18.7231;RBI=0.055597;REFB=-0.000695098;REVB=-0.0188779;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969001;STB=0.532766;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000119121;OID=.;OPOS=124045960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:32:31:32:0.5:11:20:18:15:12:20:18:14 chr5 124686757 . G A 207.19 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0155741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.929;QD=24.3757;RBI=0.0182847;REFB=0.00415481;REVB=0.00958004;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11484;STB=0.563698;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00443375;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:3:11:13:7:3:11 chr5 125696140 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.729;QD=57.0007;RBI=0.0164405;REFB=0;REVB=0.00840086;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29162e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr5 125828803 . A G 925.42 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140405;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.235;QD=58.7566;RBI=0.0171312;REFB=0;REVB=0.00981553;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336113;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chr5 126171999 . T C 410.73 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.022144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.962;QD=23.8102;RBI=0.0223579;REFB=-0.00244518;REVB=-0.00308509;RO=29;SAF=9;SAR=31;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882446;STB=0.548647;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0013543;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:31:9:9:20:31:9:9:20 chr5 126205688 . T TGGA 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0145924;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.165;QD=19.4668;RBI=0.0202788;REFB=-0.009655;REVB=0.0140816;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118415;STB=0.566869;STBP=0.427;TYPE=ins;VARB=0.00420256;OID=.;OPOS=126205689;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:22:46:22:46:24:10:12:14:10:99:24:10:12:14:10 chr5 126205692 . C T 201.58 PASS AF=0.5;AO=22;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00419182;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.636;QD=20.1578;RBI=0.022443;REFB=0.000303618;REVB=-0.0220481;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159319;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00210258;OID=.;OPOS=126205692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:20:22:20:0.5:12:10:9:10:11:9:10:10 chr5 126205693 . T TGC 188.86 PASS AF=0.5;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0121194;FXX=0.0731529;HRUN=0;LEN=2;MLLD=277.639;QD=19.8801;RBI=0.0121194;REFB=-0.0132662;REVB=1.17603e-05;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874523;STB=0.526288;STBP=0.787;TYPE=ins;VARB=0.0154094;OID=.;OPOS=126205694;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:41:19:38:19:10:9:9:10:99:22:9:9:9:13 chr5 126206298 . TCAAA T 348.34 PASS AF=0.57377;AO=32;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0197824;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=191.37;QD=22.842;RBI=0.0210067;REFB=-0.0155306;REVB=0.00706666;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811715;STB=0.530788;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=0.011297;OID=.;OPOS=126206299;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57377:32:61:35:61:26:15:20:13:13:99:24:14:18:13:11 chr5 126250790 . G A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0574592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.749;QD=9.09268;RBI=0.060146;REFB=-0.00756112;REVB=0.0177757;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845992;STB=0.505147;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0200106;OID=.;OPOS=126250790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:17:15:6:7:17:15 chr5 126746277 . C T 651.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0435;QD=62.0093;RBI=0.0233908;REFB=0;REVB=-0.0230358;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274858;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 126887569 . G A 597.43 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0048759;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.934;QD=56.8981;RBI=0.0539719;REFB=-0.140268;REVB=0.0537512;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446131;STB=0.523798;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00351042;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:0:2:20:20:0:2 chr5 126890472 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1628;QD=58.5862;RBI=0.0204949;REFB=0;REVB=-0.00485009;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325232;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr5 126890541 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.321;QD=56.1915;RBI=0.0562617;REFB=0;REVB=0.0199801;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266743;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr5 126993249 . G C 594.59 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5959;QD=60.984;RBI=0.0147977;REFB=0;REVB=-0.00930133;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26147e-05;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:29:9:0:0:30:9:0:0 chr5 126993263 . A T 714.68 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00256682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.571;QD=60.8241;RBI=0.00851945;REFB=-0.0669652;REVB=0.00812357;RO=1;SAF=12;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.519991;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00114163;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:34:12:1:0:34:12:1:0 chr5 126993282 . G A,T 868.85 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=58,3;DP=61;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000645504,-0.000486829;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.349,126.683;QD=56.974;RBI=0.0166755,0.00392923;REFB=0,0;REVB=0.0166631,-0.00389896;RO=0;SAF=19,3;SAR=39,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.47594e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0118034,0.0557835;OID=.,.;OPOS=126993282,126993282;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:61:61:0:0:58,3:58,3:0.95082,0.0491803:39,0:19,3:0:0:39,0:19,3:0:0 chr5 126993958 . C T 756.85 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00161151;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.666;QD=55.0437;RBI=0.00676817;REFB=-0.0108171;REVB=0.00657352;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=1.64739e-05;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:19:35:0:1:19:35:0:1 chr5 127523673 . G A 65.28 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0788844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5439;QD=10.8803;RBI=0.082362;REFB=-0.0240995;REVB=0.0236801;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528187;STB=0.826739;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0577137;OID=.;OPOS=127523673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:8:7:8:1:8:7 chr5 127614472 . A G 330.0 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0145241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5805;QD=18.3335;RBI=0.0420772;REFB=-0.0109087;REVB=-0.039491;RO=36;SAF=22;SAR=13;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357607;STB=0.691084;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.016081;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:35:35:0.486111:13:22:8:28:13:22:9:28 chr5 127622491 . T C 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00150999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.186;QD=17.4888;RBI=0.00241416;REFB=0.00216623;REVB=-0.00188364;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447531;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00191189;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:13:17:16:12:13:17 chr5 127685135 . C T 650.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.912;QD=61.9258;RBI=0.00737614;REFB=0;REVB=-0.00191098;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73533e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr5 128430757 . T C 1362.55 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.752;QD=61.2383;RBI=0.0151197;REFB=0.00860806;REVB=0.00981854;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957343;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-4.11952e-06;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:49:39:0:1:49:39:0:1 chr5 128797315 . T TCCCGGC 83.47 PASS AF=0.220339;AO=12;DP=60;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0213136;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=6;MLLD=260.137;QD=5.65884;RBI=0.0244223;REFB=-0.00947181;REVB=-0.011924;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140614;STB=0.62963;STBP=0.344;TYPE=ins;VARB=0.0302177;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339:12:60:13:59:46:6:7:29:17:83:44:6:6:27:17 chr5 128863471 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.305;QD=60.5473;RBI=0.0149774;REFB=0;REVB=0.00714545;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4828e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr5 128977572 . A G 81.86 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00423511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9251;QD=3.55894;RBI=0.0175472;REFB=-0.00585842;REVB=-0.0170284;RO=77;SAF=3;SAR=12;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388792;STB=0.762421;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.023172;OID=.;OPOS=128977572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:92:77:77:15:15:0.163043:12:3:38:39:12:3:38:39 chr5 129040056 . A T 448.17 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00329733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.019;QD=17.5755;RBI=0.00750625;REFB=-0.0174105;REVB=-0.00674325;RO=54;SAF=14;SAR=33;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137111;STB=0.566367;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0160392;OID=.;OPOS=129040056;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:54:47:48:0.470588:33:14:23:31:33:15:23:31 chr5 129072943 . G T 446.32 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8562;QD=57.5892;RBI=0.0279535;REFB=0;REVB=0.0279328;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635503;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr5 129521126 . AT GC,GT 402.56 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231223,0.0087226;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=150.054,161.463;QD=55.5254;RBI=0.0235684,0.0175698;REFB=0,0;REVB=0.00456362,-0.0152517;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0169637,-0.0010327;OID=.,.;OPOS=129521126,129521126;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:2,11:0,16:0:0:2,11:0,16:0:0 chr5 130766662 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.245;QD=59.0184;RBI=0.0239368;REFB=0;REVB=0.00394502;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105172;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr5 130805475 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.458;QD=57.8847;RBI=0.0337895;REFB=0;REVB=-0.000661033;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107863;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr5 131066725 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.374;QD=56.9567;RBI=0.0200773;REFB=0;REVB=0.00713441;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06561e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr5 131283376 . C T 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00340865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.694;QD=20.9357;RBI=0.00346172;REFB=0.00710908;REVB=-0.000603826;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635461;STB=0.53519;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00640011;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:19:15:15:14:19:15:15:14 chr5 131324289 . G A 241.16 PASS AF=0.459016;AO=24;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.007362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6328;QD=15.8134;RBI=0.0374785;REFB=-0.00924521;REVB=0.0367483;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114744;STB=0.511155;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0160279;OID=.;OPOS=131324289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:33:33:24:28:0.459016:9:15:17:16:13:15:17:16 chr5 131396478 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.417;QD=59.3219;RBI=0.0245767;REFB=0;REVB=-0.0236205;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85231e-05;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr5 131411460 . T C 1518.28 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179909;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.539;QD=62.6094;RBI=0.0401355;REFB=-0.0464947;REVB=0.0358774;RO=1;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111571;STB=0.505881;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000168411;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:42:54:0:1:42:54:0:1 chr5 131553428 . T TA 1640.21 PASS AF=1;AO=102;DP=115;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293984;FXX=0.0438558;HRUN=0;LEN=1;MLLD=296.184;QD=60.191;RBI=0.0127794;REFB=0;REVB=0.0124367;RO=7;SAF=47;SAR=55;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00056603;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:115:109:109:0:54:55:0:0:9:7:47:55:5:2 chr5 131602166 . T C 225.94 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00760226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6985;QD=17.0523;RBI=0.0222379;REFB=-0.0151352;REVB=0.020898;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116548;STB=0.565315;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0224862;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:21:7:9:16:21:7 chr5 131607080 . A G 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00542061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.093;QD=18.4895;RBI=0.0261301;REFB=-0.00324111;REVB=-0.0255617;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102583;STB=0.557949;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00100397;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:18:8:9:13:18:8 chr5 131607297 . A G 95.89 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00791015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.369;QD=22.5617;RBI=0.00847679;REFB=-0.0332352;REVB=-0.0030472;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0297738;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:3:3:7:4:3:3 chr5 131607588 . G T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0202077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.398;QD=19.1084;RBI=0.0352746;REFB=-0.00917728;REVB=0.0289127;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152681;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0223887;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:4:2:5:4:4:2 chr5 131663062 . T C 360.98 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000266678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1654;QD=20.3367;RBI=0.0239014;REFB=-0.0162035;REVB=-0.0238999;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108449;STB=0.560152;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0181599;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:16:18:15:22:16:18 chr5 131701269 . A G 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00596817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.353;QD=12.798;RBI=0.00906501;REFB=0.00244825;REVB=-0.00682315;RO=41;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361152;STB=0.520694;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00426517;OID=.;OPOS=131701269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:15:11:16:25:15:11:16:25 chr5 131701279 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.431;QD=58.2395;RBI=0.0434156;REFB=0;REVB=0.0334289;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283884;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr5 131705949 . T C 313.4 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0218671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6947;QD=50.1444;RBI=0.0307672;REFB=-0.095524;REVB=-0.0216437;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514274;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00278368;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:7:17:0:0:7:17:1:0 chr5 131719847 . G A 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00718604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.904;QD=8.51764;RBI=0.010882;REFB=0.00131791;REVB=0.0081718;RO=45;SAF=7;SAR=12;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292941;STB=0.67398;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0024676;OID=.;OPOS=131719847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:12:7:28:17:12:7:28:17 chr5 131721174 . A G 1422.8 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139387;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.513;QD=63.2354;RBI=0.0165803;REFB=0;REVB=0.00897881;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290238;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr5 131731304 . A T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.647;QD=51.1827;RBI=0.0415861;REFB=0;REVB=0.0296453;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187738;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr5 131796498 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.509;QD=35.5758;RBI=0.0386357;REFB=0;REVB=-0.0261263;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03018e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 131805735 . C T 263.76 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0012716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.529;QD=12.8663;RBI=0.00399851;REFB=-0.00795916;REVB=0.00379093;RO=50;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877712;STB=0.556664;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0180017;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:51:31:31:0.378049:13:18:25:25:13:18:25:26 chr5 131818828 . CTTA CTA,CTAT 180.66 PASS AF=0.433962,0;AO=19,2;DP=52;FAO=23,0;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11,0;FSAR=12,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0528624,0.00399702;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=25.8742,28.4993;QD=13.6344;RBI=0.0551008,0.0823764;REFB=0.0148125,0.00608258;REVB=0.0155454,-0.0822793;RO=29;SAF=11,0;SAR=8,2;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171584,-0.42696;STB=0.544516,0.5;STBP=0.591,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0201999,0.0604489;OID=.,.;OPOS=131818829,131818830;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=CTA,CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962,0:19,2:52:23,0:53:30:11,0:12,0:12:18:99:29:11,0:8,2:12:17 chr5 131821320 . C T 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00305729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.864;QD=2.55;RBI=0.00591894;REFB=-0.000455676;REVB=-0.00506822;RO=65;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123025;STB=0.578794;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00361324;OID=.;OPOS=131821320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:65:66:10:10:0.131579:5:5:39:26:5:5:39:27 chr5 131892357 . C T 191.31 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4873;QD=47.8279;RBI=0.0516696;REFB=0;REVB=0.0516259;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107247;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:6:10:0:0 chr5 131945087 . A G 131.94 PASS AF=0.25;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0782402;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.4245;QD=14.6596;RBI=0.111191;REFB=-0.0133226;REVB=0.0790061;RO=17;SAF=8;SAR=0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.777588;STB=0.863988;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0225809;OID=.;OPOS=131945087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:37:36:17:18:8:9:0.25:0:8:7:10:1:8:7:11 chr5 131995964 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0175509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.154;QD=14.0966;RBI=0.0261723;REFB=-0.00596502;REVB=0.0194154;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236675;STB=0.639731;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00822245;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:7:7:8:3:7:7 chr5 131996500 . A C 150.07 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=3.56627e-05;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.567;QD=13.0498;RBI=0.00495421;REFB=-0.00753576;REVB=0.00495408;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632847;STB=0.544185;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.013984;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:16:17:0.369565:6:10:19:9:7:10:19:10 chr5 132098242 . A G 1337.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5119;QD=62.2257;RBI=0.025704;REFB=0;REVB=-0.00908594;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171877;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:36:49:0:0:36:50:0:0 chr5 132150948 . T G 1514.95 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.164;QD=62.4721;RBI=0.044815;REFB=-0.139741;REVB=0.010485;RO=1;SAF=51;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920763;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000295321;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:44:51:1:0:44:52:1:0 chr5 132151071 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.39;QD=59.3225;RBI=0.0190431;REFB=0;REVB=0.0154473;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41479e-05;OID=.;OPOS=132151071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr5 132151751 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5503;QD=55.0979;RBI=0.020273;REFB=0;REVB=-0.0195784;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011173;OID=.;OPOS=132151751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr5 132159134 . C T 482.41 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0662186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.419;QD=53.6015;RBI=0.0704701;REFB=-0.147144;REVB=0.0241066;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.541642;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00365104;OID=.;OPOS=132159134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:34:34:0.944444:11:23:0:1:11:23:0:2 chr5 132232315 . G A 867.12 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188791;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.016;QD=55.9434;RBI=0.0284069;REFB=-0.0835822;REVB=0.0212258;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000309042;OID=.;OPOS=132232315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:58:61:0.983871:30:28:0:1:30:31:0:1 chr5 132267859 . A T 98.96 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346964;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.2521;QD=39.5821;RBI=0.0634582;REFB=0;REVB=0.0531329;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204092;OID=.;OPOS=132267859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr5 132437531 . C T 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0290798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.606;QD=18.3415;RBI=0.0488698;REFB=-0.0420138;REVB=-0.0392762;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0416635;OID=.;OPOS=132437531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:8:10:10:7:8:10 chr5 132918994 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.013012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.945;QD=24.3901;RBI=0.0132931;REFB=-0.0163427;REVB=0.00271927;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168909;STB=0.594415;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0191418;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:6:8:7:13:6:8 chr5 133186592 . G A 43.52 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0305376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7867;QD=21.7613;RBI=0.100038;REFB=-0.044938;REVB=0.0952636;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0282956;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:8:2:2:5:6:0.75:0:5:2:0:1:5:2:0 chr5 133186603 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.11;QD=35.5758;RBI=0.0207748;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554077;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr5 133476566 . GC G 31.03 PASS AF=0.243902;AO=8;DP=42;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.222358;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0541;QD=3.02699;RBI=0.223019;REFB=-0.0623096;REVB=-0.0171622;RO=28;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0.34;SSEP=0;SSSB=-0.245281;STB=0.766775;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=0.105785;OID=.;OPOS=133476567;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:8:42:10:41:31:1:9:10:21:31:28:1:7:7:21 chr5 133477802 . C T 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00338935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.393;QD=19.6083;RBI=0.0661964;REFB=-0.0149692;REVB=-0.0661096;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927863;STB=0.505152;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0158252;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:18:24:25:18:18:24:25:18 chr5 133481467 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-7.60665e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.023;QD=19.3858;RBI=0.0176712;REFB=-0.0245733;REVB=0.017671;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389636;STB=0.72129;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0208712;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:7:14:5:15:7:14 chr5 133909475 . G A 917.0 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0350136;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3895;QD=55.5758;RBI=0.0721679;REFB=-0.0560922;REVB=0.0631051;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262242;STB=0.513885;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00944963;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:66:2:2:64:64:0.969697:29:35:2:0:29:35:2:0 chr5 133915477 . A G 223.56 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0561367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5808;QD=26.3009;RBI=0.0564096;REFB=0.00682181;REVB=0.00554225;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149582;STB=0.583252;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0156844;OID=.;OPOS=133915477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:7:14:6:7:7:14:6:7 chr5 133915761 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0139903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.433;QD=19.7012;RBI=0.0928539;REFB=-0.0408248;REVB=0.0917939;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100061;STB=0.556388;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0279409;OID=.;OPOS=133915761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:4:12:11:6:4:12 chr5 134076812 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00602739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.729;QD=12.9421;RBI=0.0213549;REFB=0.000732732;REVB=-0.0204867;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311192;STB=0.679525;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00209099;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:19:6:8:7:19:6 chr5 134086782 . T G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00893538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.432;QD=20.0176;RBI=0.0187642;REFB=-0.00649681;REVB=-0.0165002;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177501;STB=0.599893;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00849675;OID=.;OPOS=134086782;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:12:5:9:9:12:5 chr5 134262271 . C A 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5601;QD=56.9956;RBI=0.10732;REFB=0;REVB=0.0448533;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123702;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr5 134263809 . T C 361.01 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00310365;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7012;QD=17.1911;RBI=0.00362421;REFB=-0.00374241;REVB=-0.00187142;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483315;OID=.;OPOS=134263809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:45:46:37:38:0.452381:19:18:23:22:19:19:23:23 chr5 134343799 . A G 734.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000638634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.441;QD=56.5325;RBI=0.0122044;REFB=0;REVB=-0.0121877;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170634;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:32:20:0:0 chr5 134670741 . C T 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00995621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.011;QD=17.2323;RBI=0.068088;REFB=-0.00073164;REVB=-0.0673561;RO=55;SAF=28;SAR=20;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164836;STB=0.509178;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000805419;OID=.;OPOS=134670741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:20:28:33:22:20:28:33:22 chr5 134670765 . A G 448.32 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0220106;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.711;QD=16.7595;RBI=0.0244087;REFB=-0.000323319;REVB=0.0105507;RO=58;SAF=29;SAR=20;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039976;STB=0.522309;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.000307606;OID=.;OPOS=134670765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:20:29:32:26:20:29:32:26 chr5 134782414 . G T 132.08 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0188925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.651;QD=14.675;RBI=0.0197804;REFB=-0.00974822;REVB=0.00585978;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17989;STB=0.58812;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00674429;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:13:7:8:7:13:8 chr5 134782450 . T A 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0214464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3918;QD=13.0134;RBI=0.0484765;REFB=-0.0354398;REVB=0.0434744;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995673;STB=0.557322;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0438211;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:8:12:22:10:8:12:22:10 chr5 134782510 . T C 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=6.28146e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.695;QD=15.2357;RBI=0.0261639;REFB=0.000667357;REVB=0.0261638;RO=35;SAF=19;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807278;STB=0.507628;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.000760759;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:9:19:24:11:9:19:24:12 chr5 134782576 . T G 503.56 PASS AF=0.52;AO=51;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0883836;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5704;QD=20.1422;RBI=0.0911604;REFB=-0.00743236;REVB=0.0223284;RO=48;SAF=34;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060275;STB=0.515146;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00760952;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:48:51:52:0.52:17:34:29:19:18:34:30:18 chr5 134870913 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0280482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.922;QD=12.0157;RBI=0.0377116;REFB=0.00335681;REVB=0.0252085;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00359276;OID=.;OPOS=134870913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr5 134871440 . A C 370.9 PASS AF=0.578125;AO=34;DP=61;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00587045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2689;QD=23.1813;RBI=0.0268869;REFB=-0.0256726;REVB=-0.0262382;RO=26;SAF=25;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297236;STB=0.618309;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0318269;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:26:27:34:37:0.578125:9:25:10:16:12:25:11:16 chr5 134986196 . C T 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0608215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.75;QD=26.3982;RBI=0.0643596;REFB=-0.0129923;REVB=0.0210451;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359018;STB=0.519978;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00763152;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:5:5:8:10:5:5 chr5 135178124 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0417122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3073;QD=60.8516;RBI=0.0601034;REFB=0.113599;REVB=0.0432726;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00367535;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:0:1:20:26:0:1 chr5 135207382 . C T 623.54 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141382;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.162;QD=59.3846;RBI=0.0249976;REFB=-0.110264;REVB=0.0206153;RO=1;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407439;STB=0.521728;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000943092;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:11:30:0:1:11:30:0:1 chr5 135207573 . C T 449.12 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.119608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2181;QD=14.4878;RBI=0.1294;REFB=-0.00571179;REVB=0.0493802;RO=68;SAF=17;SAR=34;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222624;STB=0.506022;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00693966;OID=.;OPOS=135207573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:73:51:51:0.41129:34:17:24:44:34:17:25:48 chr5 135210367 . C T 223.09 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00267327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.375;QD=16.5254;RBI=0.0214622;REFB=-0.0100864;REVB=0.0212951;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253694;STB=0.514317;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0165058;OID=.;OPOS=135210367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:17:12:11:14:17:12 chr5 135258105 . G A 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00223237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.563;QD=55.0456;RBI=0.0337883;REFB=-0.0729724;REVB=0.0337144;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000264222;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:25:30:0:0:25:30:1:0 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 727.29 PASS AF=0,1;AO=7,49;DP=59;FAO=0,59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161997,0.0171393;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=268.692,282.228;QD=49.3077;RBI=0.0242932,0.0172457;REFB=0,0;REVB=-0.0181033,-0.00191305;RO=0;SAF=3,32;SAR=4,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.70321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0291888,0.00016619;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,49:59:0,59:59:0:0,37:0,22:0:0:13:0:3,32:4,17:0:0 chr5 135276314 . C T 982.45 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0420054;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.018;QD=54.5807;RBI=0.0440242;REFB=-0.173157;REVB=0.0131785;RO=3;SAF=34;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398918;STB=0.520542;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00241631;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:73:72:3:3:68:69:0.958333:34:34:3:0:34:35:3:0 chr5 135276847 . T C 1824.96 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00137311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.383;QD=60.3291;RBI=0.0237944;REFB=0.019008;REVB=0.0237547;RO=1;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855746;STB=0.504424;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=5.80942e-05;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:1:1:118:120:0.991736:55:63:0:1:56:64:0:1 chr5 135282630 . C T 1356.73 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138133;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0365;QD=62.3782;RBI=0.0235796;REFB=0;REVB=0.0191099;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199178;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:40:46:0:0:41:46:0:0 chr5 135287029 . T C 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.845;QD=63.2804;RBI=0.0120563;REFB=0;REVB=0.0114803;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86164e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr5 135388663 . A G 496.04 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00417944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.701;QD=17.8755;RBI=0.0318428;REFB=-0.0199165;REVB=-0.0315673;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072438;STB=0.540176;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0142567;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:26:27:34:24:26:27:34:24 chr5 135391366 . C T 248.93 PASS AF=0.38961;AO=28;DP=75;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.024613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.237;QD=12.9314;RBI=0.0497821;REFB=-0.0254134;REVB=-0.0432719;RO=47;SAF=19;SAR=9;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491545;STB=0.503266;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0432037;OID=.;OPOS=135391366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:47:47:28:30:0.38961:9:19:30:17:11:19:30:17 chr5 135391396 . G A 141.33 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0217097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9647;QD=6.42421;RBI=0.0346596;REFB=0.00231603;REVB=-0.0270181;RO=67;SAF=11;SAR=10;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054083;STB=0.533157;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00718982;OID=.;OPOS=135391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:10:11:38:29:10:11:38:29 chr5 135392426 . T C 309.47 PASS AF=0.5;AO=24;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0318883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.204;QD=18.756;RBI=0.0364973;REFB=-0.0202882;REVB=0.0177535;RO=31;SAF=4;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297705;STB=0.516214;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0201422;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:33:24:33:0.5:20:4:12:19:21:12:13:20 chr5 135394903 . G A 362.43 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00399612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.843;QD=16.2887;RBI=0.00399858;REFB=-0.00499791;REVB=0.000140119;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533279;STB=0.536255;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00470047;OID=.;OPOS=135394903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:50:38:39:0.438202:17:21:25:25:17:22:25:25 chr5 135399373 . G A 616.93 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00380565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.727;QD=20.7372;RBI=0.0134563;REFB=-0.0200057;REVB=-0.0129069;RO=57;SAF=23;SAR=39;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138957;STB=0.576544;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.019999;OID=.;OPOS=135399373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:39:23:30:27:39:23:30:27 chr5 135399452 . T G 541.31 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=63;FWDB=0.00346957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.379;QD=15.0364;RBI=0.01617;REFB=-0.0123625;REVB=-0.0157934;RO=84;SAF=26;SAR=33;SRF=21;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209596;STB=0.61173;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0147737;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:84:85:59:59:0.409722:33:26:21:63:33:26:22:63 chr5 135508381 . A G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00526764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.854;QD=17.3788;RBI=0.019181;REFB=-0.0113605;REVB=0.0184435;RO=37;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642069;STB=0.503595;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0130678;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:23:10:11:26:23:10:11:26 chr5 135513085 . T TC 1172.78 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323341;FXX=0.0126566;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.1118;QD=60.1424;RBI=0.032715;REFB=0;REVB=-0.00497756;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000140023;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:80:78:78:0:39:39:0:0:6:1:37:39:1:0 chr5 135514055 . A G 250.77 PASS AF=0.48;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.000978227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.453;QD=20.0616;RBI=0.0417379;REFB=0.00437184;REVB=-0.0417264;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243644;STB=0.621482;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0070109;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:24:24:0.48:11:13:20:5:11:13:20:6 chr5 135517740 . T G 210.59 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0157059;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.478;QD=11.6993;RBI=0.0176463;REFB=-0.00494324;REVB=-0.0080447;RO=46;SAF=3;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435732;STB=0.759191;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00815641;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:46:46:26:26:0.361111:23:3:18:28:23:3:18:28 chr5 135522878 . GT TA 170.71 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0341562;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.333;QD=10.8387;RBI=0.0366616;REFB=-0.00172119;REVB=-0.0133203;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050813;STB=0.510195;STBP=0.902;TYPE=mnp;VARB=0.00328566;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:10:12:22:18:10:12:23:18 chr5 135692579 . G A 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0796219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0759;QD=5.26734;RBI=0.0796232;REFB=0.00163926;REVB=-0.000457936;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110163;STB=0.571293;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00201948;OID=.;OPOS=135692579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:4:6:28:13:4:6:28:13 chr5 136304985 . T C 349.83 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0189868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.453;QD=17.7129;RBI=0.0359291;REFB=-0.00222325;REVB=0.0305025;RO=42;SAF=5;SAR=32;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506169;STB=0.787596;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00423423;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:32:5:24:18:32:5:24:18 chr5 136312039 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.000621409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.108;QD=14.1954;RBI=0.0344781;REFB=-0.011217;REVB=0.0344725;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237933;STB=0.634508;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0181355;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:24:8:11:12:24:8 chr5 136313330 . A AG 141.28 PASS AF=0.452055;AO=29;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.22126;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.3581;QD=7.7412;RBI=0.221702;REFB=0.00870628;REVB=-0.01399;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213364;STB=0.608809;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=-0.00865469;OID=.;OPOS=136313331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452055:29:74:33:73:40:14:19:25:15:99:40:12:17:25:15 chr5 136953577 . T C 216.15 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.314;QD=48.0327;RBI=0.0271722;REFB=0;REVB=0.0258317;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197107;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr5 136954719 . T C 689.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.467;QD=62.6525;RBI=0.0373777;REFB=0;REVB=0.0355332;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153833;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr5 136954731 . A G 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00269761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.783;QD=3.54655;RBI=0.0108937;REFB=-0.000789749;REVB=-0.0105544;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087614;STB=0.561121;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00432951;OID=.;OPOS=136954731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:3:4:25:14:3:4:25:14 chr5 136955383 . G T 388.93 PASS AF=0.465909;AO=31;DP=82;FAO=41;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0423344;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.431;QD=17.6786;RBI=0.0434572;REFB=-0.0154073;REVB=0.00981463;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291887;STB=0.605213;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0239388;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:35:47:31:41:0.465909:10:21:13:22:18:23:17:30 chr5 136969793 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00324538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.187;QD=7.46509;RBI=0.00364438;REFB=-0.00316505;REVB=0.00165801;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00708869;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:10:7:3:4:10:7 chr5 137028029 . T C 1153.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6338;QD=60.7087;RBI=0.051854;REFB=0;REVB=0.0516881;RO=0;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337133;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:18:58:0:0:18:58:0:0 chr5 137206560 . A C 471.42 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00140241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3863;QD=55.4613;RBI=0.0201698;REFB=0.00106429;REVB=-0.020121;RO=1;SAF=25;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183273;STB=0.509798;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000586766;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:8:25:1:0:8:25:1:0 chr5 137244517 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00891195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.968;QD=10.4362;RBI=0.0108975;REFB=-0.000248296;REVB=-0.00627158;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139867;STB=0.508369;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000414556;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:8:7:15:18:8:7:15:18 chr5 137259179 . T C 1931.7 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9405;QD=61.8143;RBI=0.0249152;REFB=0;REVB=0.0195446;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27215e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:53:71:0:0:54:71:0:0 chr5 137347498 . G A 1138.48 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.944;QD=59.1417;RBI=0.0228386;REFB=0.0130744;REVB=0.0197921;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000671589;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:38:38:1:0:38:38:1:0 chr5 137372207 . A T 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.882;QD=59.4254;RBI=0.0502969;REFB=0;REVB=0.0488863;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341162;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr5 137475787 . C T 826.65 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00409717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.999;QD=54.2066;RBI=0.00411257;REFB=-0.0507846;REVB=0.00035558;RO=2;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596367;STB=0.503162;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00121319;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:59:59:0.967213:35:24:1:1:35:24:1:1 chr5 137476416 . T C 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4963;QD=60.2021;RBI=0.0249407;REFB=0;REVB=0.0133317;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32341e-05;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr5 137517132 . G A 200.85 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0463218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5335;QD=15.1588;RBI=0.0983398;REFB=0.00584493;REVB=0.0867468;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134913;STB=0.587202;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00402285;OID=.;OPOS=137517132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:22:23:0.433962:11:11:19:11:12:11:19:11 chr5 137708434 . C T 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.548;QD=61.6946;RBI=0.0213945;REFB=0;REVB=0.0194414;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67249e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr5 137717213 . G A 245.31 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0257882;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.401;QD=28.8596;RBI=0.0260128;REFB=-0.0361495;REVB=0.00341115;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701954;STB=0.545413;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0265702;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:21:22:0.647059:11:10:7:5:12:10:7:5 chr5 137717265 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.177;QD=58.5863;RBI=0.0209777;REFB=0;REVB=-0.0176368;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16666e-05;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr5 137733891 . A G 138.84 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00833975;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.951;QD=19.1499;RBI=0.0174352;REFB=-0.0159538;REVB=0.0153112;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221099;STB=0.626763;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0271701;OID=.;OPOS=137733891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:7:7:4:11:7:7 chr5 137754695 . T C 1432.79 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8967;QD=62.9798;RBI=0.0242209;REFB=0;REVB=0.00299471;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167464;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr5 137754808 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00161757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.113;QD=24.3901;RBI=0.0121823;REFB=-0.00803357;REVB=-0.0120744;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754591;STB=0.542126;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00570942;OID=.;OPOS=137754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:7:7:12:8:7:7 chr5 137766066 . G A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00232984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.633;QD=13.9955;RBI=0.0157298;REFB=-0.00680131;REVB=-0.0155563;RO=42;SAF=21;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203991;STB=0.61689;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0142465;OID=.;OPOS=137766066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:8:21:23:19:8:21:23:19 chr5 137781792 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.556;QD=39.2066;RBI=0.0835287;REFB=0;REVB=0.0828525;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577836;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr5 137782335 . G A 361.97 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0301936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.242;QD=17.8752;RBI=0.0338785;REFB=-0.0123071;REVB=0.0153657;RO=43;SAF=27;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138616;STB=0.577817;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0161266;OID=.;OPOS=137782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:11:27:25:18:11:27:25:18 chr5 137892170 . G A 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.631;QD=56.9536;RBI=0.0162879;REFB=0;REVB=0.0158576;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77528e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr5 137902339 . T C 293.24 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00787736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.022;QD=22.9995;RBI=0.00906305;REFB=-0.00516024;REVB=-0.00448175;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377839;STB=0.502091;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00527429;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:9:13:17:12:9:13 chr5 138260245 . A G 272.1 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0257144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3843;QD=24.1866;RBI=0.0397252;REFB=0.0257524;REVB=-0.0302798;RO=18;SAF=20;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859589;STB=0.564048;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0167057;OID=.;OPOS=138260245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:20:25:25:0.555556:5:20:13:5:5:20:14:6 chr5 138456815 . T C 126.89 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00478009;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.767;QD=9.22841;RBI=0.0304647;REFB=-0.0250515;REVB=-0.0300874;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518552;STB=0.530997;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0455981;OID=.;OPOS=138456815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:6:11:23:15:6:11:23:15 chr5 138632030 . G T 180.87 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00152392;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.617;QD=22.6092;RBI=0.00542875;REFB=-0.0288608;REVB=-0.00521047;RO=14;SAF=2;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332505;STB=0.691099;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0111139;OID=.;OPOS=138632030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:16:2:5:9:16:2:5:9 chr5 138665756 . G A 257.33 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0221315;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.557;QD=22.3764;RBI=0.0263876;REFB=-0.0141452;REVB=0.0143702;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307566;STB=0.517227;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0269747;OID=.;OPOS=138665756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:9:15:13:9:9:15:13:9 chr5 138705188 . C CATT,T 846.09 PASS AF=0.907692,0.0461538;AO=56,3;DP=65;FAO=59,3;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=22,3;FSAR=37,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00833496,0.0040517;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=306.157,89.6127;QD=52.067;RBI=0.0115791,0.0778886;REFB=-0.0501674,-0.020079;REVB=-0.00803772,-0.0777832;RO=3;SAF=22,3;SAR=34,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0600574,0;STB=0.531904,0.5;STBP=0.055,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00200214,0.0167453;OID=.,.;OPOS=138705189,138705188;OREF=-,C;OALT=ATT,T;OMAPALT=CATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:65:3:3:56,3:59,3:0.907692,0.0461538:34,0:22,3:3:0:37,0:22,3:3:0 chr5 138713959 . A C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.145;QD=62.0184;RBI=0.0422205;REFB=0;REVB=0.0269715;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335226;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr5 138720108 . C T 155.72 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5257;QD=15.1926;RBI=0.113759;REFB=0.00195993;REVB=0.0955736;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200326;STB=0.627424;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00313905;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:4:12:14:10:4:13:14:10 chr5 138720156 . C T 357.97 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0115317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.286;QD=19.6147;RBI=0.0526778;REFB=-0.0148761;REVB=0.0514001;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219101;STB=0.627027;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0204565;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:21:16:24:11:21:16:25:11 chr5 138728483 . A G 393.11 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.26;QD=56.1588;RBI=0.0379605;REFB=0;REVB=0.0363192;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376628;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr5 138728533 . C T 145.41 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0595008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3636;QD=16.1563;RBI=0.0597807;REFB=-0.019113;REVB=-0.00577842;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281531;STB=0.637504;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0306305;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:20:16:16:0.444444:11:5:11:7:11:5:11:9 chr5 138732579 . C T 227.54 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.000920162;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.391;QD=13.1905;RBI=0.0322765;REFB=-0.0213241;REVB=0.0322634;RO=45;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137723;STB=0.558778;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0318045;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:45:42:26:27:0.391304:18:8:19:26:19:8:16:26 chr5 138773090 . A G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0188419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.72;QD=9.85804;RBI=0.0194676;REFB=0.0097593;REVB=0.00489577;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114476;STB=0.56918;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0301435;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:14:15:8:5:14:15 chr5 138856982 . C T 260.41 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0303964;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.339;QD=16.8005;RBI=0.0393001;REFB=-0.0115873;REVB=-0.024911;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205594;STB=0.616031;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0151844;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:9:20:16:17:9:20:16:17 chr5 138857919 . T C,G 1260.8 PASS AF=0.975904,0.0240964;AO=80,3;DP=83;FAO=81,2;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38,2;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521211,-0.0128898;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.933,77.1997;QD=60.7613;RBI=0.0218398,0.0140013;REFB=0,0;REVB=0.0212088,-0.00546718;RO=0;SAF=36,3;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.28538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000175499,0.0571835;OID=.,.;OPOS=138857919,138857919;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:83:83:0:0:80,3:81,2:0.975904,0.0240964:44,0:36,3:0:0:43,0:38,2:0:0 chr5 138857925 . C G 338.73 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00681154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.231;QD=15.2237;RBI=0.00789374;REFB=-0.0123197;REVB=-0.00398925;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815435;STB=0.546092;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0172014;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:17:20:24:28:17:20:24:28 chr5 138861078 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00586227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.494;QD=21.2642;RBI=0.0082208;REFB=-0.0153447;REVB=-0.00576328;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192818;STB=0.609258;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0190402;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:5:15:10:8:5:15:10:8 chr5 138861146 . C G 222.27 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0302706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.112;QD=14.5754;RBI=0.0313806;REFB=-0.00854979;REVB=-0.00827268;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819476;STB=0.546564;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00802066;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:16:19:12:14:16:19 chr5 139216500 . T C 76.75 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0278014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.93;QD=3.69867;RBI=0.0311555;REFB=-0.00391113;REVB=-0.0140623;RO=67;SAF=10;SAR=4;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215552;STB=0.645539;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0293131;OID=.;OPOS=139216500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:82:83:67:69:14:14:0.168675:4:10:37:30:4:10:38:31 chr5 139217320 . G C 329.85 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0243606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.433;QD=20.943;RBI=0.0252704;REFB=-0.0248308;REVB=0.00671979;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888296;STB=0.549213;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0308899;OID=.;OPOS=139217320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:20:14:15:14:20:14:15:14 chr5 139712548 . TAA TA,TAC 467.79 PASS AF=0.151515,0.848485;AO=6,26;DP=33;FAO=5,28;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5,13;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228052,-0.0280399;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.8597,48.9518;QD=56.7017;RBI=0.026514,0.065181;REFB=0,0;REVB=-0.0135246,0.0588416;RO=0;SAF=5,12;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.107205,0.0112683;OID=.,.;OPOS=139712549,139712550;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.151515,0.848485:6,26:33:5,28:33:0:5,13:0,15:0:0:26:0:5,12:1,14:0:0 chr5 139745154 . T C 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0398302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.745;QD=60.1571;RBI=0.0401733;REFB=0.195461;REVB=0.00523956;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00161005;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr5 139936760 . G T 439.06 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0452894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9749;QD=50.1787;RBI=0.111477;REFB=-0.18743;REVB=0.101862;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.55552;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00659739;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:35:35:1:3:31:32:0.914286:12:19:0:1:12:20:0:3 chr5 139936980 . A G 732.25 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00204995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.074;QD=54.2405;RBI=0.00588221;REFB=-0.0638428;REVB=0.00551345;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000355087;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:28:24:1:0:28:25:1:0 chr5 139940233 . G A 1036.03 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.982;QD=56.7688;RBI=0.0100703;REFB=-0.00883751;REVB=-0.000244398;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178383;STB=0.503939;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=4.55087e-05;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:26:45:0:1:26:45:1:1 chr5 139941228 . A G 518.07 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150491;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.3683;QD=56.0072;RBI=0.0342987;REFB=-0.0160604;REVB=0.0308209;RO=1;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017647;STB=0.508767;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00278933;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:34:36:0.972973:26:8:0:1:28:8:0:1 chr5 140048209 . T C 257.26 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0312132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3697;QD=16.3341;RBI=0.0346446;REFB=-0.0249136;REVB=0.0150329;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836795;STB=0.547137;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0444325;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:17:17:12:17:17:17 chr5 140048267 . T C 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.521;QD=57.2324;RBI=0.0529706;REFB=0;REVB=0.0505895;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108045;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr5 140048707 . A G 288.82 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000149923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.984;QD=21.0054;RBI=0.0412958;REFB=0.00188263;REVB=-0.0412955;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481689;STB=0.518784;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0013187;OID=.;OPOS=140048707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:25:30:30:0.545455:18:12:11:13:18:12:11:14 chr5 140075474 . C T 209.65 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0344932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2585;QD=18.6359;RBI=0.0412099;REFB=0.00329718;REVB=-0.0225494;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250896;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00606019;OID=.;OPOS=140075474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:12:8:9:15:12:9:9:15 chr5 140167463 . C T 176.3 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00889275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.943;QD=20.7412;RBI=0.00895604;REFB=-0.0223284;REVB=0.00106289;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239574;STB=0.65606;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0175094;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:14:4:7:8:14:4:8:8 chr5 140168070 . A G 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0279871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6342;QD=13.3344;RBI=0.0960046;REFB=-0.021551;REVB=-0.0918346;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241174;STB=0.631997;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0528622;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:11:4:11:12:11:4:11:13 chr5 140168151 . G T 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00967332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.333;QD=15.6535;RBI=0.0143613;REFB=-0.0194106;REVB=0.0106149;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18585;STB=0.605397;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0203234;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:17:15:17:9:17:15 chr5 140174622 . G A 207.4 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0472188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0898;QD=17.651;RBI=0.111302;REFB=-0.00554925;REVB=0.10079;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150411;STB=0.586121;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0121321;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:15:11:6:15:15:11 chr5 140174865 . G C 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00507587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6366;QD=17.3894;RBI=0.0142948;REFB=0.00677139;REVB=0.0133633;RO=40;SAF=7;SAR=28;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339338;STB=0.692186;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00846787;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:28:7:20:20:28:7:20:20 chr5 140181734 . A G 245.26 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0017217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.609;QD=23.9278;RBI=0.0620568;REFB=-0.0364636;REVB=-0.0620329;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171299;STB=0.509546;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0390818;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:9:9:12:11:9:9 chr5 140181892 . T C 242.91 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0130933;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.62;QD=15.4226;RBI=0.0234901;REFB=-0.0256914;REVB=-0.0195025;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149458;STB=0.563591;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0312465;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:35:27:28:0.444444:11:16:16:20:12:16:16:19 chr5 140182101 . G T 256.33 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.084113;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.003;QD=19.7174;RBI=0.0841558;REFB=-0.00616233;REVB=-0.00268317;RO=22;SAF=6;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230317;STB=0.668206;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00735136;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:25:27:27:0.519231:21:6:10:12:21:6:13:12 chr5 140183058 . G A 87.75 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0774335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.808;QD=13.4996;RBI=0.0779342;REFB=-0.00107853;REVB=-0.00881994;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00332822;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr5 140186937 . G T 223.31 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0225487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.358;QD=26.2718;RBI=0.0533896;REFB=-0.0502564;REVB=0.0483943;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543207;STB=0.530092;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0342218;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:4:9:13:8:4:9 chr5 140186979 . GG AA 45.93 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0181604;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=2;MLLD=97.5652;QD=7.65515;RBI=0.0184002;REFB=0.00845882;REVB=0.00296121;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254477;STB=0.666111;STBP=0.428;TYPE=mnp;VARB=-0.0201505;OID=.;OPOS=140186979;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:5:12:6:1:5:12 chr5 140186982 . C A 47.76 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00863363;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.379;QD=9.55279;RBI=0.0110527;REFB=-0.012932;REVB=0.00690088;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.762764;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0260692;OID=.;OPOS=140186982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:20:11:13:7:7:0.35:6:1:5:6:6:1:6:7 chr5 140186984 . G A 47.79 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00250433;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.544;QD=10.0608;RBI=0.00440013;REFB=-0.00452427;REVB=0.00361794;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369272;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00282356;OID=.;OPOS=140186984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:5:7:6:1:5:7 chr5 140187048 . G C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0171688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.911;QD=7.52633;RBI=0.0237741;REFB=-0.00794282;REVB=0.0164451;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10346;STB=0.565068;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0211045;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:6:3:10:14:6:3:10:14 chr5 140187102 . A G 165.72 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0141847;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.857;QD=13.81;RBI=0.0256799;REFB=-0.00572956;REVB=-0.0214068;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700588;STB=0.549944;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0126942;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:30:18:18:0.375:11:7:14:17:11:7:14:16 chr5 140187322 . C T 375.19 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00310867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1596;QD=15.7976;RBI=0.00320625;REFB=0.00149839;REVB=0.000785016;RO=55;SAF=23;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496584;STB=0.528016;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00447691;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:17:23:29:26:17:23:29:26 chr5 140188383 . T G 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0502012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8487;QD=9.49372;RBI=0.0533172;REFB=-0.0183663;REVB=0.0179601;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137716;STB=0.508365;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.068853;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:15:9:4:7:15:9 chr5 140188401 . A G 73.41 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0274603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9292;QD=9.47284;RBI=0.0340864;REFB=-0.000577587;REVB=-0.0201944;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430323;STB=0.526262;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.000892653;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:14:7:3:7:14:7 chr5 140188575 . G C 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0384495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2794;QD=12.9216;RBI=0.0402074;REFB=-0.00651973;REVB=0.0117589;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124333;STB=0.571365;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.011215;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:13:21:11:11:13:21 chr5 140201420 . T C 322.14 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0445139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.016;QD=16.311;RBI=0.0460967;REFB=-0.0185688;REVB=-0.0119758;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017668;STB=0.504704;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.022754;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:34:35:0.443038:16:18:22:21:17:18:23:21 chr5 140203432 . C T 69.81 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00268445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.261;QD=16.4254;RBI=0.0733208;REFB=-0.0277189;REVB=-0.0732717;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265094;STB=0.58423;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0281209;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:17:17:6:8:9:9:0.529412:5:4:5:1:5:4:5:3 chr5 140209467 . T G 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0595127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6051;QD=15.2605;RBI=0.107165;REFB=-0.00487729;REVB=-0.0891213;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0014296;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:9:7:7:6:9:7 chr5 140214381 . G A 123.71 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0162581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.16;QD=8.68129;RBI=0.0376583;REFB=-0.00389595;REVB=-0.0339679;RO=40;SAF=4;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334412;STB=0.702449;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00741445;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:13:4:20:20:13:4:20:20 chr5 140221139 . G A 181.63 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.020765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7316;QD=24.2178;RBI=0.0835274;REFB=0.0319771;REVB=0.0809052;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119374;STB=0.566594;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0161108;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:4:8:9:9:4:8 chr5 140222157 . A C 163.98 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0483818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.567;QD=12.8609;RBI=0.0528307;REFB=-0.0289419;REVB=-0.0212199;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018117;STB=0.510537;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0515952;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:14:18:11:8:14:18 chr5 140222641 . A G 99.13 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.024011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.833;QD=23.3248;RBI=0.0394511;REFB=-0.025974;REVB=-0.0313027;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213785;STB=0.618873;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.013209;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:17:5:5:11:12:0.705882:3:8:5:0:4:8:5:0 chr5 140228164 . C A 147.83 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.035482;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.955;QD=15.5607;RBI=0.0373618;REFB=-0.0332168;REVB=0.0117017;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629161;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.062806;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:11:11:7:9:11:11 chr5 140228410 . A G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.024909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.774;QD=4.01762;RBI=0.0478179;REFB=-0.0106462;REVB=-0.0408178;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325379;STB=0.740007;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0298527;OID=.;OPOS=140228410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:26:28:6:6:0.176471:2:4:10:16:2:4:10:18 chr5 140229086 . C G 355.0 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0200772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8721;QD=16.3216;RBI=0.0599693;REFB=-0.0255088;REVB=-0.0565086;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263393;STB=0.628506;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0311759;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:49:38:38:0.436782:22:16:32:14:22:16:32:17 chr5 140229368 . G C 339.75 PASS AF=0.481013;AO=36;DP=76;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0390082;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6659;QD=17.2025;RBI=0.052061;REFB=-0.0243249;REVB=0.0344778;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247646;STB=0.63611;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0190174;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:40:41:36:38:0.481013:21:15:7:33:21:17:8:33 chr5 140229526 . T G 355.26 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0383512;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.966;QD=16.1481;RBI=0.0384266;REFB=-0.0360226;REVB=-0.00240611;RO=51;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215261;STB=0.605208;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0499487;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:50:37:38:0.431818:14:23:21:30:15:23:21:29 chr5 140230370 . AA CC 521.31 PASS AF=0.6;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00916818;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=138.212;QD=26.0653;RBI=0.0130124;REFB=-0.0265412;REVB=-0.00923402;RO=31;SAF=29;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111636;STB=0.555296;STBP=0.236;TYPE=mnp;VARB=0.0145694;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:31:32:48:48:0.6:19:29:14:17:19:29:15:17 chr5 140231237 . T C 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5859;QD=62.3437;RBI=0.0618083;REFB=0;REVB=0.0608023;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413602;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr5 140231252 . T C 259.12 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0416516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9832;QD=24.1045;RBI=0.0971415;REFB=0.0041998;REVB=0.0877589;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.000173284;OID=.;OPOS=140231252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:8:16:12:6:8:16:12:7 chr5 140232172 . T A 33.94 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0183986;FXX=0.0999001;HRUN=12;LEN=1;MLLD=250.476;QD=15.0835;RBI=0.018418;REFB=-0.0120931;REVB=0.000843496;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00797456;OID=.;OPOS=140232172;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:8:9:0:4:4:5:0.555556:3:1:0:0:3:2:1:3 chr5 140232950 . G C 121.79 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0147269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6417;QD=15.7146;RBI=0.055859;REFB=-0.000366332;REVB=0.0538827;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403838;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0037115;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:8:9:8:6:8:9 chr5 140236950 . C G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0115845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.824;QD=16.9796;RBI=0.0116169;REFB=-0.000941075;REVB=-0.000868058;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883005;STB=0.56245;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000978844;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:18:8:11:17:18:8:12:17 chr5 140237109 . T G 485.76 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0726499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5317;QD=23.9881;RBI=0.0841512;REFB=-0.0156722;REVB=-0.0424666;RO=35;SAF=29;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140299;STB=0.57708;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0101894;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:17:29:16:19:17:29:16:19 chr5 140237387 . T G 85.62 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0233739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9661;QD=11.8098;RBI=0.0325102;REFB=-0.0140702;REVB=-0.0225958;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0222411;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:10:8:4:7:10:8 chr5 140237548 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00317771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.774;QD=16.2714;RBI=0.0105412;REFB=-0.0128569;REVB=-0.0100508;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163235;STB=0.573675;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0180227;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:8:7:5:12:8:7:6:12 chr5 140242451 . GC G 217.31 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00650907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7376;QD=23.4931;RBI=0.0853371;REFB=-0.0174255;REVB=-0.0850885;RO=11;SAF=19;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148982;STB=0.603086;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.00634484;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.675676:25:37:25:37:12:19:6:6:6:56:11:19:6:6:5 chr5 140242479 . T A 322.18 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00188554;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.028;QD=27.4193;RBI=0.048491;REFB=-0.0291361;REVB=-0.0484543;RO=19;SAF=21;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233099;STB=0.62953;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0193703;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:19:19:28:28:0.595745:7:21:9:10:7:21:9:10 chr5 140250120 . G A 40.4 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.033484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.404;QD=2.04577;RBI=0.0358442;REFB=-0.00270092;REVB=0.0127917;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150518;STB=0.610871;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.02842;OID=.;OPOS=140250120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:4:5:30:40:4:5:30:40 chr5 140250252 . T C 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0142653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.127;QD=15.5766;RBI=0.0244631;REFB=-0.0364305;REVB=0.0198732;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441081;STB=0.524979;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.03931;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:10:20:15:9:10:20 chr5 140255792 . C A 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0476115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2551;QD=13.4845;RBI=0.122162;REFB=0.0336802;REVB=-0.112502;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272723;STB=0.666221;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0497734;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:8:3:1:8:8:3 chr5 140263290 . T G 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0016547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.465;QD=14.1876;RBI=0.00450716;REFB=-0.032781;REVB=-0.00419243;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514606;STB=0.529243;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0346125;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:15:16:21:24:15:16:21:24 chr5 140263317 . G T 500.72 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00738645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.622;QD=21.7702;RBI=0.0252902;REFB=-0.00374492;REVB=0.0241875;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393893;STB=0.52173;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00360657;OID=.;OPOS=140263317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:24:24:20:24:24:24:20:24 chr5 140306510 . G T 41.82 PASS AF=0.12;AO=8;DP=74;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0100323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.991;QD=2.23046;RBI=0.0107914;REFB=-0.00547654;REVB=0.00397578;RO=66;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283361;STB=0.651857;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0399642;OID=.;OPOS=140306510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:74:75:66:66:8:9:0.12:3:5:25:41:4:5:25:41 chr5 140307284 . G A 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0435426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.225;QD=22.5813;RBI=0.0435678;REFB=-0.00845034;REVB=0.0014814;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242127;STB=0.635409;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00666136;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:15:9:17:9:15:9 chr5 140307332 . C T 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00808026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.832;QD=15.7374;RBI=0.0081169;REFB=-0.0244307;REVB=-0.000770328;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122275;STB=0.604756;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0270637;OID=.;OPOS=140307332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:36:29:29:0.446154:19:10:15:17:19:10:19:17 chr5 140307746 . C G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00565484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.399;QD=11.0867;RBI=0.0241305;REFB=-0.00292364;REVB=-0.0234585;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872131;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00471385;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:6:7:11:13:6:7:12:13 chr5 140307969 . C G 224.3 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00292791;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5302;QD=14.9534;RBI=0.0566936;REFB=-0.000910398;REVB=-0.056618;RO=34;SAF=4;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474726;STB=0.773463;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=9.6247e-05;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:22:4:19:15:22:4:19:15 chr5 140309016 . C T 431.94 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00332563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.823;QD=20.3263;RBI=0.0433017;REFB=-0.00618657;REVB=-0.0431738;RO=42;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160725;STB=0.588745;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.011317;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:21:22:29:13:21:22:29:13 chr5 140309124 . G A 38.48 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00262935;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9723;QD=8.55107;RBI=0.0352456;REFB=-0.0198737;REVB=-0.0351474;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133506;STB=0.565012;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0373315;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:13:12:6:6:0.333333:2:4:10:3:2:4:9:3 chr5 140346468 . T A 239.62 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00510419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.036;QD=20.8368;RBI=0.03039;REFB=-0.0273609;REVB=0.0299583;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584328;STB=0.543359;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0311466;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:12:11:12:10:12:11:13:10 chr5 140346712 . T C 565.91 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00954046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7027;QD=18.5545;RBI=0.0440712;REFB=-0.0404574;REVB=-0.0430262;RO=58;SAF=25;SAR=34;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175884;STB=0.600077;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0417521;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:58:63:59:59:0.483607:34:25:36:22:34:25:39:24 chr5 140347053 . C T 178.09 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0537315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9351;QD=14.8404;RBI=0.0719678;REFB=-0.00880465;REVB=0.047878;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652617;STB=0.537738;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0166406;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:14:15:11:8:14:15 chr5 140475980 . G A 136.75 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.025313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.233;QD=18.2335;RBI=0.034006;REFB=-0.0482308;REVB=0.0227082;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125748;STB=0.571338;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0330205;OID=.;OPOS=140475980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:4:11:9:6:4:11 chr5 140482483 . G A 143.6 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0182511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.611;QD=14.7283;RBI=0.0585416;REFB=-0.00371575;REVB=0.0556239;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656827;STB=0.551904;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00505294;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:10:5:9:14:11:5:9:14 chr5 140502177 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0224568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.983;QD=24.0664;RBI=0.0241212;REFB=-0.0245096;REVB=-0.00880484;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222788;STB=0.624844;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0120583;OID=.;OPOS=140502177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:7:3:10:6:7:3 chr5 140517174 . T C 206.34 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.085;QD=48.5495;RBI=0.0639983;REFB=0;REVB=0.0474411;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391086;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:10:7:0:0 chr5 140530529 . G A 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00652067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.414;QD=54.9956;RBI=0.00655339;REFB=-0.0128725;REVB=0.000654084;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.508316;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00155435;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:13:24:1:0:13:24:1:1 chr5 140531175 . T C 508.51 PASS AF=1;AO=21;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.65;QD=59.8252;RBI=0.121719;REFB=0;REVB=-0.0175042;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144852;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:21:34:1:17:4:0:0:17:17:0:0 chr5 140531746 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6036;QD=50.4124;RBI=0.079584;REFB=0;REVB=-0.0414802;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629053;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr5 140532420 . C G 96.25 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0276869;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.438;QD=14.8071;RBI=0.029181;REFB=0.00368012;REVB=0.0092175;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426955;STB=0.719621;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00409244;OID=.;OPOS=140532420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:26:13:14:10:12:0.461538:8:2:8:5:9:3:9:5 chr5 140532871 . T A 534.17 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0880569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1914;QD=56.2284;RBI=0.0881077;REFB=0.065605;REVB=0.00299236;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00827776;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:20:15:0:1:20:17:0:1 chr5 140553581 . G C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.79;QD=58.4193;RBI=0.0234873;REFB=0;REVB=0.0208036;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135648;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr5 140553856 . G A 220.71 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4955;QD=49.0465;RBI=0.0304022;REFB=0;REVB=-0.0016289;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037959;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr5 140554006 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.741;QD=46.848;RBI=0.0323075;REFB=0;REVB=0.0085249;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172758;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr5 140554481 . G T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0627;QD=45.8037;RBI=0.0859899;REFB=0;REVB=0.0229535;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00452225;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr5 140554606 . T C 686.45 PASS AF=0.912281;AO=46;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0889635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6584;QD=48.172;RBI=0.116884;REFB=0.0855161;REVB=-0.075811;RO=3;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946161;STB=0.502761;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0189499;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:57:57:3:4:46:52:0.912281:19:27:2:1:24:28:2:2 chr5 140554808 . T A 1118.71 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0707;QD=58.1146;RBI=0.0530182;REFB=-0.0356011;REVB=0.0227337;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506171;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0028614;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:77:1:1:73:76:0.987013:36:37:1:0:36:40:1:0 chr5 140558317 . C G 48.85 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.807;QD=32.5699;RBI=0.218939;REFB=0;REVB=0.12588;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0510316;OID=.;OPOS=140558317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 140558326 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.59;QD=42.1826;RBI=0.0151661;REFB=0;REVB=0.0142473;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193575;OID=.;OPOS=140558326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 140559532 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.659;QD=43.485;RBI=0.0291784;REFB=0;REVB=0.00438778;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771342;OID=.;OPOS=140559532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr5 140559596 . T G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.122;QD=52.1527;RBI=0.0396125;REFB=-0.0452882;REVB=0.000314806;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000543883;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr5 140563579 . C T 230.4 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.264;QD=46.0801;RBI=0.0445799;REFB=-0.140618;REVB=0.0373913;RO=1;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248957;STB=0.513499;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00298606;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:18:1:0:1:18:1:0:1 chr5 140564048 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7203;QD=37.4881;RBI=0.0506994;REFB=0;REVB=-0.0495607;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00390981;OID=.;OPOS=140564048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr5 140564088 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2419;QD=42.1825;RBI=0.0664409;REFB=0;REVB=0.0617776;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440931;OID=.;OPOS=140564088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 140564263 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.353;QD=51.1846;RBI=0.0559385;REFB=0;REVB=0.0088342;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506485;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr5 140567264 . G T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.032;QD=56.9478;RBI=0.0295809;REFB=-0.0703892;REVB=0.0219625;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000796192;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:0:1:20:16:0:1 chr5 140567445 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.944;QD=53.2765;RBI=0.017642;REFB=0;REVB=0.0103352;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254757;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr5 140568026 . T C 931.83 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159845;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.642;QD=58.2394;RBI=0.0282905;REFB=0;REVB=0.023342;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157577;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr5 140568034 . C CA 759.4 PASS AF=1;AO=62;DP=68;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176403;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.4684;QD=46.7321;RBI=0.15073;REFB=0;REVB=-0.149695;RO=3;SAF=40;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00296108;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:68:65:65:0:40:25:0:0:14:3:40:22:1:2 chr5 140568998 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0369994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1522;QD=8.73739;RBI=0.0416521;REFB=-0.0359039;REVB=-0.0191296;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192227;STB=0.618777;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0779839;OID=.;OPOS=140568998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:10:10:3:6:10:10 chr5 140572668 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9898;QD=59.8364;RBI=0.0682478;REFB=0;REVB=0.0646668;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610426;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 140573439 . G C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7234;QD=61.6743;RBI=0.0708961;REFB=0;REVB=0.0476413;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66665e-05;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr5 140573442 . C G 611.95 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.245;QD=59.7024;RBI=0.0340201;REFB=0;REVB=0.0178577;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159027;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:13:28:0:0 chr5 140573754 . A C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.422;QD=43.4832;RBI=0.0346531;REFB=0;REVB=0.0221554;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116653;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr5 140574606 . T C 79.89 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00290583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.792;QD=4.20489;RBI=0.00921901;REFB=3.74328e-05;REVB=0.00874908;RO=60;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128819;STB=0.526172;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.000121166;OID=.;OPOS=140574606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:60:62:14:14:0.184211:9:5:22:38:9:5:24:38 chr5 140575211 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.458;QD=56.1916;RBI=0.0294554;REFB=0;REVB=0.0185707;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73609e-05;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr5 140580493 . T A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0152729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.019;QD=22.724;RBI=0.0171069;REFB=-0.0132487;REVB=0.00770627;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221985;STB=0.62487;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0103444;OID=.;OPOS=140580493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:7:9:6:14:7:9 chr5 140580931 . C G 412.35 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.093;QD=53.2059;RBI=0.0387666;REFB=-0.0382328;REVB=0.031126;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00138256;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:11:18:0:1:11:19:0:1 chr5 140581510 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.987;QD=62.9818;RBI=0.0481948;REFB=0;REVB=0.04668;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139366;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr5 140594442 . A G 115.2 PASS AF=0.165414;AO=22;DP=133;FAO=22;FDP=133;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.00186657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286;QD=3.46477;RBI=0.0147046;REFB=-0.00526613;REVB=-0.0145856;RO=111;SAF=9;SAR=13;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420707;STB=0.527616;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0223899;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:111:111:22:22:0.165414:13:9:49:62:13:9:49:62 chr5 140594466 . GG AA 37.65 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.00778237;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.855;QD=1.36922;RBI=0.00987796;REFB=0.00197147;REVB=0.00608349;RO=100;SAF=4;SAR=6;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700056;STB=0.555443;STBP=0.697;TYPE=mnp;VARB=-0.0146089;OID=.;OPOS=140594466;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:110:100:100:10:10:0.0909091:6:4:46:54:6:4:46:54 chr5 140605471 . A G 168.04 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0195323;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.616;QD=10.1841;RBI=0.0300828;REFB=0.00125667;REVB=0.0228793;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644977;STB=0.546176;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00292335;OID=.;OPOS=140605471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:43:44:22:22:0.333333:13:9:20:23:13:9:21:23 chr5 140626566 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.408;QD=33.4274;RBI=0.0791997;REFB=0;REVB=-0.0689444;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105539;OID=.;OPOS=140626566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 140626571 . C A 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6554;QD=33.4149;RBI=0.142488;REFB=0;REVB=0.082607;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222052;OID=.;OPOS=140626571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 140626627 . G A 187.86 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444942;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9028;QD=44.2016;RBI=0.054669;REFB=0;REVB=0.0317643;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453934;OID=.;OPOS=140626627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:8:9:0:0 chr5 140683265 . G A 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0242274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.704;QD=20.1555;RBI=0.0252585;REFB=-0.0170955;REVB=-0.00714321;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170599;STB=0.509461;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0155534;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:16:19:18:14:16:19:18:14 chr5 140699057 . G C 242.91 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00753693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7109;QD=22.5965;RBI=0.0287964;REFB=-0.0282773;REVB=-0.0277926;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1327;STB=0.574402;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0177303;OID=.;OPOS=140699057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:10:10:8:15:10:10 chr5 140699840 . T G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0154249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1995;QD=5.21433;RBI=0.017419;REFB=0.00232367;REVB=-0.00809288;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140062;STB=0.592295;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0190031;OID=.;OPOS=140699840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:13:8:3:3:13:8 chr5 140710705 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.674;QD=48.7371;RBI=0.0343025;REFB=0;REVB=0.0300072;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19122e-05;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 140712299 . A T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0093556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.095;QD=24.0303;RBI=0.0506987;REFB=-0.00180157;REVB=-0.0498281;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156502;STB=0.588114;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000828828;OID=.;OPOS=140712299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:5:10:4:5:5:10:4:5 chr5 140720625 . C T 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0243104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.332;QD=8.30645;RBI=0.0243105;REFB=-0.0246087;REVB=-2.92647e-05;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0445125;OID=.;OPOS=140720625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:8:10:5:3:8:10 chr5 140724060 . A C 112.87 PASS AF=0.25;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0169557;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.67;QD=6.63923;RBI=0.0196683;REFB=-3.80989e-05;REVB=0.00996734;RO=35;SAF=3;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431167;STB=0.831536;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00035527;OID=.;OPOS=140724060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:51:17:17:0.25:14:3:18:17:14:3:32:19 chr5 140724591 . G T 132.13 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0154542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.314;QD=24.0227;RBI=0.0381919;REFB=-0.0122354;REVB=-0.0349255;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230493;STB=0.630942;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0161817;OID=.;OPOS=140724591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:4:4:11:3:4:4 chr5 140725828 . C T 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0378105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6435;QD=20.891;RBI=0.0475664;REFB=-0.0343304;REVB=0.0288605;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207246;STB=0.610104;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0300058;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:27:32:32:0.542373:16:16:6:19:16:16:7:20 chr5 140731408 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0370436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.392;QD=7.04824;RBI=0.0656336;REFB=-0.00459561;REVB=-0.0541806;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417917;STB=0.749375;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00542159;OID=.;OPOS=140731408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:2:6:8:13:2:6:9:13 chr5 140736474 . T G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00213733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.77;QD=18.9665;RBI=0.00817912;REFB=-0.0127823;REVB=0.00789493;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939972;STB=0.553144;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.012636;OID=.;OPOS=140736474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:15:10:11:11:15:10 chr5 140739737 . G C 274.64 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00939043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4171;QD=13.0783;RBI=0.0680859;REFB=-0.00473158;REVB=0.0674353;RO=52;SAF=23;SAR=9;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959508;STB=0.505491;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00853339;OID=.;OPOS=140739737;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:9:23:37:15:9:23:37:15 chr5 140741673 . G C 98.6 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.138285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5848;QD=13.6006;RBI=0.140027;REFB=-0.0314051;REVB=0.0220193;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337445;STB=0.741055;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0366983;OID=.;OPOS=140741673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:16:17:12:12:0.413793:11:1:4:12:11:1:5:12 chr5 140741738 . G C 283.35 PASS AF=0.590909;AO=24;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0535717;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.384;QD=25.7593;RBI=0.0541434;REFB=-0.114493;REVB=-0.00784768;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669846;STB=0.524981;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0767096;OID=.;OPOS=140741738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:18:24:26:0.590909:17:7:4:14:19:7:4:14 chr5 140741761 . A G 270.3 PASS AF=0.517857;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0224369;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.325;QD=19.307;RBI=0.0224795;REFB=-0.0287674;REVB=0.00138314;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181939;STB=0.592419;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0242052;OID=.;OPOS=140741761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:21:26:27:29:0.517857:18:9:3:18:20:9:4:22 chr5 140744395 . T C 355.26 PASS AF=0.357724;AO=42;DP=122;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.0299056;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.847;QD=11.5533;RBI=0.0316403;REFB=-0.0233001;REVB=-0.0103328;RO=79;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239412;STB=0.63409;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.040634;OID=.;OPOS=140744395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:79:79:42:44:0.357724:21:21:23:56:22:22:23:56 chr5 140745702 . C A 34.4 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0565139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8624;QD=2.21905;RBI=0.0642955;REFB=-0.00329267;REVB=0.0306609;RO=55;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941521;STB=0.571225;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0358448;OID=.;OPOS=140745702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:3:4:27:28:3:4:27:28 chr5 140750044 . T C 3070.01 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489585;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.761;QD=61.4002;RBI=0.0512838;REFB=0.00953656;REVB=0.0152673;RO=1;SAF=106;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94064e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:200:1:0:199:200:1:93:106:1:0:94:106:0:0 chr5 140751128 . C G 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00221968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.66;QD=26.4901;RBI=0.0309722;REFB=0.0105276;REVB=-0.0308926;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189665;STB=0.605261;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0020677;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:7:2:9:8:7:2 chr5 140751389 . C T 302.72 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0934465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0146;QD=17.0546;RBI=0.0947139;REFB=-0.0237844;REVB=-0.0154426;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550841;STB=0.530846;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0329016;OID=.;OPOS=140751389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:24:14:14:19:24:14 chr5 140753842 . C A 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.018321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6719;QD=14.8035;RBI=0.0217115;REFB=0.00808411;REVB=-0.0116503;RO=54;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425459;STB=0.524108;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0104881;OID=.;OPOS=140753842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:20:17:27:27:20:17:27:27 chr5 140755387 . C T 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0063148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.281;QD=18.6386;RBI=0.0118595;REFB=-0.0212984;REVB=-0.0100385;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.531457;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0195861;OID=.;OPOS=140755387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:8:8:7:9:8:8 chr5 140755495 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00562109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.954;QD=6.92897;RBI=0.00686281;REFB=-0.00953195;REVB=-0.0039372;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187526;STB=0.618673;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0234385;OID=.;OPOS=140755495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:5:10:3:3:5:10 chr5 140762763 . T C 365.84 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00417745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.087;QD=18.761;RBI=0.00558595;REFB=-0.0209298;REVB=0.00370834;RO=40;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152308;STB=0.58506;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0214388;OID=.;OPOS=140762763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:25:13:20:20:25:13:20:20 chr5 140762993 . G A 280.15 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0151;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1646;QD=16.4792;RBI=0.041138;REFB=-0.0346136;REVB=-0.0382664;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281927;STB=0.658412;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0409145;OID=.;OPOS=140762993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:24:13:20:11:24:13 chr5 140763029 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0477813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4173;QD=17.0638;RBI=0.0490086;REFB=-0.0133754;REVB=0.0108991;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304199;STB=0.67101;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0134216;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:20:11:19:9:20:11 chr5 140763888 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0452581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.189;QD=12.0157;RBI=0.0506769;REFB=0.0128215;REVB=-0.0228002;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0104253;OID=.;OPOS=140763888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr5 140767989 . C T 107.85 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.009097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.03;QD=13.0727;RBI=0.0100128;REFB=-0.0269711;REVB=0.0041833;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016668;STB=0.509789;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0370871;OID=.;OPOS=140767989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:8:12:8:5:8:12 chr5 140768709 . G A 276.88 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00250442;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.257;QD=17.8632;RBI=0.0139872;REFB=-0.00183868;REVB=-0.0137611;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155328;STB=0.587137;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00229158;OID=.;OPOS=140768709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:17:15:19:11:17:15 chr5 140772941 . T G 201.28 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0085177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2158;QD=15.4832;RBI=0.0231689;REFB=0.00633036;REVB=-0.0215464;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625554;STB=0.546178;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0159549;OID=.;OPOS=140772941;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:10:12:14:15:10:13:14:15 chr5 140774270 . A C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0495831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.192;QD=10.0752;RBI=0.0564211;REFB=-0.0337698;REVB=0.0269231;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19274;STB=0.615126;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0182704;OID=.;OPOS=140774270;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:11:3:3:5:11:3 chr5 140774288 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.598;QD=55.0987;RBI=0.0259151;REFB=0;REVB=0.0240124;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5073e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr5 140783596 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0163846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.689;QD=14.7421;RBI=0.0214363;REFB=-0.0274792;REVB=-0.0138225;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203978;STB=0.503871;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0300862;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:13:4:6:18:13:4:6:19 chr5 140784055 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0255288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.618;QD=16.417;RBI=0.0263134;REFB=-0.000542945;REVB=0.00637793;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000408829;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:9:7:6:8:9:7 chr5 140787850 . C G 242.69 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0114524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.473;QD=10.5515;RBI=0.0143915;REFB=-0.00838117;REVB=-0.00871525;RO=60;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200046;STB=0.502261;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0203627;OID=.;OPOS=140787850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:62:30:30:0.326087:18:12:23:37:18:12:25:37 chr5 140789158 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0149948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.584;QD=16.8984;RBI=0.0152803;REFB=-0.00757949;REVB=-0.00293998;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484494;STB=0.782026;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00428462;OID=.;OPOS=140789158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:2:7:2:8:2:7 chr5 140789933 . G A 285.98 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0262255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.864;QD=20.427;RBI=0.0269396;REFB=-0.00395959;REVB=0.00616158;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472792;STB=0.526298;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0104432;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:20:10:10:16:20:10:10:16 chr5 140793007 . A G 467.97 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0318187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.654;QD=22.8278;RBI=0.03182;REFB=-0.0153097;REVB=-0.000289338;RO=37;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731712;STB=0.540212;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0169006;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:24:21:14:23:24:21:14:23 chr5 140794814 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0089089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.58;QD=15.2621;RBI=0.00892369;REFB=0.000350584;REVB=-0.000513649;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477241;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.000679624;OID=.;OPOS=140794814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:7:8:7:6:7:9 chr5 140797630 . G T 454.09 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0399587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.364;QD=19.743;RBI=0.045946;REFB=-0.0271243;REVB=0.022679;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582491;STB=0.536815;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0268179;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:47:44:45:0.48913:27:17:21:26:28:17:21:26 chr5 140799812 . G A 262.74 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0554775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3562;QD=15.0136;RBI=0.0557547;REFB=-0.00304806;REVB=-0.00555326;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252219;STB=0.514276;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00382625;OID=.;OPOS=140799812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:15:15:21:19:15:15:21:19 chr5 140857798 . T C 165.4 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0297461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.63;QD=9.72925;RBI=0.0297607;REFB=-0.00218022;REVB=-0.000933304;RO=46;SAF=18;SAR=4;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524041;STB=0.808978;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00999959;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:4:18:17:29:4:18:17:29 chr5 140871249 . G T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.011017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.837;QD=16.8228;RBI=0.0111593;REFB=-0.0528306;REVB=0.00177677;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0254365;OID=.;OPOS=140871249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr5 140903792 . G A 121.8 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0400589;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2761;QD=18.7387;RBI=0.0412335;REFB=-0.0250532;REVB=0.00977198;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0264491;OID=.;OPOS=140903792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr5 141014494 . T C 557.1 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0191312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.929;QD=20.2581;RBI=0.0204411;REFB=-0.0224983;REVB=-0.00719974;RO=53;SAF=36;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110879;STB=0.561172;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0181492;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:21:36:27:26:21:36:27:26 chr5 141016288 . T G 378.03 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=49;FWDB=0.0132256;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.079;QD=15.9171;RBI=0.0139089;REFB=-0.0154605;REVB=0.00430596;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=6;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319183;STB=0.678827;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0160845;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:54:55:40:40:0.421053:25:15:6:48:25:15:6:49 chr5 141021093 . T G 360.38 PASS AF=0.666667;AO=29;DP=44;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00475686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.546;QD=32.0334;RBI=0.00497831;REFB=-0.0242134;REVB=0.00146828;RO=14;SAF=22;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18654;STB=0.602667;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0125055;OID=.;OPOS=141021093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:14:15:29:30:0.666667:7:22:7:7:8:22:7:8 chr5 141022081 . TAATAA T 251.62 PASS AF=0.449438;AO=28;DP=93;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0160977;FXX=0.17591;HRUN=2;LEN=5;MLLD=218.18;QD=11.3086;RBI=0.0213227;REFB=-0.0196006;REVB=-0.0139829;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132764;STB=0.566596;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=0.0242153;OID=.;OPOS=141022082;OREF=AATAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449438:28:93:40:89:49:22:18:21:28:99:35:15:13:14:21 chr5 141025730 . T G 540.69 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0117415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8698;QD=16.5095;RBI=0.0177673;REFB=-0.0154141;REVB=0.0133346;RO=72;SAF=26;SAR=32;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927011;STB=0.547929;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0153531;OID=.;OPOS=141025730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:73:58:58:0.442748:32:26:39:33:32:26:39:34 chr5 141233804 . TG T 31.6 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.109962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8691;QD=7.89904;RBI=0.226075;REFB=-0.0571927;REVB=-0.19753;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386659;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.0730725;OID=.;OPOS=141233805;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:16:7:16:9:2:5:5:4:31:9:1:4:5:4 chr5 141243646 . A G 2696.35 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.247;QD=62.3435;RBI=0.00492514;REFB=0;REVB=0.00224655;RO=0;SAF=88;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48903e-06;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:85:88:0:0:85:88:0:0 chr5 141248963 . T G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00931734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.207;QD=10.0752;RBI=0.0311294;REFB=-0.00971013;REVB=-0.0297023;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211757;OID=.;OPOS=141248963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr5 141325249 . T C 1575.4 PASS AF=1;AO=101;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.569;QD=60.0152;RBI=0.0403234;REFB=0;REVB=0.0316742;RO=0;SAF=25;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07338e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:101:105:1:76:25:0:0:76:29:0:0 chr5 141335241 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.741;QD=59.0183;RBI=0.0408628;REFB=0;REVB=0.016985;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53242e-05;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr5 141335284 . G A 581.65 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1548;QD=55.3952;RBI=0.188022;REFB=-0.0711169;REVB=0.187609;RO=3;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491744;STB=0.507809;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0057807;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:3:2:39:40:0.952381:13:26:1:2:14:26:1:1 chr5 141336264 . G T 695.43 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.228;QD=61.8159;RBI=0.0510276;REFB=0;REVB=0.0083942;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211706;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:13:29:0:0:16:29:0:0 chr5 141337126 . C T 784.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591769;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3352;QD=64.013;RBI=0.0602391;REFB=0;REVB=0.0112627;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011477;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr5 141337225 . A G 299.69 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014724;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.951;QD=54.4885;RBI=0.0208217;REFB=0;REVB=0.0147223;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231732;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr5 141391532 . G A 1513.32 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.045;QD=59.9334;RBI=0.0372376;REFB=0;REVB=0.0324509;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94418e-05;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr5 141531735 . C T 822.68 PASS AF=0.952381;AO=57;DP=61;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00187711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.689;QD=52.2334;RBI=0.0155228;REFB=-0.0574986;REVB=0.0154089;RO=3;SAF=17;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762331;STB=0.536573;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00240189;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:63:3:3:57:60:0.952381:40:17:3:0:41:19:3:0 chr5 141774020 . G A 1021.34 PASS AF=0.505102;AO=99;DP=197;FAO=99;FDP=196;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.00778175;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.825;QD=20.8436;RBI=0.0541433;REFB=-0.0291304;REVB=0.0535812;RO=90;SAF=48;SAR=51;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517969;STB=0.535509;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0319327;OID=.;OPOS=141774020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:90:97:99:99:0.505102:51:48:49:41:51:48:54:43 chr5 141973349 . C G 185.56 PASS AF=0.347826;AO=19;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00274913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3561;QD=10.7573;RBI=0.0069119;REFB=-0.00448941;REVB=0.00634166;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383924;STB=0.658395;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0158952;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:45:19:24:0.347826:15:4:18:16:18:6:21:24 chr5 141973501 . T C 226.29 PASS AF=0.397059;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00533796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.455;QD=13.3112;RBI=0.00831532;REFB=-0.0077801;REVB=0.0063758;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140804;STB=0.585011;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.010938;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:40:41:25:27:0.397059:13:12:14:26:14:13:14:27 chr5 142254679 . A G 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0227685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.013;QD=17.7512;RBI=0.0243794;REFB=-0.0133851;REVB=-0.00871496;RO=27;SAF=3;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46033;STB=0.764962;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0112172;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:22:3:13:14:22:3:13:14 chr5 142421415 . T G 200.76 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0095794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.777;QD=16.061;RBI=0.0145908;REFB=-0.0127202;REVB=-0.0110058;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362745;STB=0.543685;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0152768;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:29:20:21:0.42:10:10:15:13:11:10:16:13 chr5 142593652 . C T 821.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.998;QD=56.6258;RBI=0.0366314;REFB=0;REVB=0.0328341;RO=0;SAF=45;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259377;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:11:45:0:0:12:46:0:0 chr5 143059433 . T C 263.96 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0115038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8726;QD=27.0729;RBI=0.0119669;REFB=-0.0089931;REVB=0.00329689;RO=16;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254643;STB=0.599911;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0110584;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:15:23:24:0.615385:18:5:8:8:18:6:7:8 chr5 143200053 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.727;QD=56.1915;RBI=0.025533;REFB=0;REVB=0.00472106;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149639;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr5 145199582 . CTA ACT,CT,TCT 36.92 PASS AF=0,0.265625,0;AO=3,12,3;DP=64;FAO=0,17,0;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=0,10,0;FSAR=0,7,0;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0444514,-0.21772,-0.103355;FXX=0.0153822;HRUN=1,6,1;LEN=3,1,3;MLLD=109.279,8.43533,36.7519;QD=2.30732;RBI=0.0445084,0.236546,0.105161;REFB=-0.0361309,-0.141891,-0.0472338;REVB=0.00225175,0.0924781,-0.0194035;RO=37;SAF=0,9,3;SAR=3,3,0;SRF=7;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.410707,0.607059,0.696965;STB=0.5,0.717813,0.5;STBP=1,0.05,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.157755,-0.0788563;OID=.,.,.;OPOS=145199582,145199584,145199582;OREF=CTA,A,CTA;OALT=ACT,-,TCT;OMAPALT=ACT,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:64:64:37:47:3,12,3:0,17,0:0,0.265625,0:3,3,0:0,9,3:7:30:0,7,0:0,10,0:13:34 chr5 145199592 . AATTTTTTTAC AAATTTTTTAC,AATTTTTTAC,AATTTTTTACT,ATTTTTTAC 122.47 PASS AF=0,0.714286,0.0857143,0;AO=2,11,2,7;DP=41;FAO=0,25,3,0;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=0,3,3,0;FSAR=0,22,0,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.134319,0.240834,0.0760883,0.134008;FXX=0.146306;HRUN=7,7,7,3;LEN=1,1,3,2;MLLD=11.8378,8.13413,64.5432,13.6968;QD=13.9964;RBI=0.251198,0.240835,0.0766203,0.252685;REFB=-0.0962122,-0.129581,-0.00178333,-0.0396758;REVB=0.212271,0.000864363,-0.0090138,-0.214224;RO=12;SAF=1,2,2,0;SAR=1,9,0,7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.391215,0.0232635,0.718987,-0.707383;STB=0.5,0.575849,0.996669,0.5;STBP=1,0.241,0.061,1;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.0942153,0.0638527,0;OID=.,.,.,.;OPOS=145199594,145199594,145199600,145199593;OREF=T,T,TAC,AT;OALT=A,-,ACT,-;OMAPALT=AAATTTTTTAC,AATTTTTTAC,AATTTTTTACT,ATTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.714286,0.0857143,0:2,11,2,7:41:0,25,3,0:35:7:0,3,3,0:0,22,0,0:2:5:26:12:1,2,2,0:1,9,0,7:2:10 chr5 145246085 . T G 764.53 PASS AF=0.482143;AO=79;DP=165;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=-0.0121462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.183;QD=18.2032;RBI=0.0127031;REFB=-0.00415105;REVB=-0.00372008;RO=85;SAF=44;SAR=35;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109802;STB=0.571262;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00296627;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:85:87:79:81:0.482143:35:44:57:28:37:44:59:28 chr5 145393364 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.406;QD=62.0208;RBI=0.0322836;REFB=0;REVB=0.0321175;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14942e-05;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr5 145439647 . T C 1553.09 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00627468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.167;QD=62.7512;RBI=0.0142672;REFB=0.0262468;REVB=-0.0128133;RO=0;SAF=26;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.000392382;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:72:26:0:0:72:26:0:1 chr5 145442133 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00966219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.349;QD=22.341;RBI=0.0243941;REFB=-0.0134263;REVB=0.022399;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261774;STB=0.646105;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00912566;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:3:11:8:10:3:11 chr5 145442203 . G C 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8428;QD=62.0131;RBI=0.0584788;REFB=0;REVB=0.0439172;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127933;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr5 145890028 . A G 659.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.33;QD=61.3874;RBI=0.0315411;REFB=0;REVB=0.030938;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56462e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:19:24:0:0 chr5 145894896 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.947;QD=62.9828;RBI=0.0229215;REFB=0;REVB=0.0215148;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14547e-05;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr5 145935658 . G A 610.95 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00127744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.202;QD=19.8683;RBI=0.0400699;REFB=-0.0131462;REVB=-0.0400496;RO=60;SAF=37;SAR=25;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117468;STB=0.569057;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0124528;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:61:62:62:0.504065:25:37:28:32:25:37:28:33 chr5 146971253 . C T 86.37 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1828;QD=38.3845;RBI=0.0380161;REFB=0;REVB=0.0378871;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474771;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr5 147012291 . G A 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00456811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1977;QD=11.845;RBI=0.0164691;REFB=-0.0161679;REVB=-0.0158228;RO=45;SAF=10;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14089;STB=0.581434;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0186714;OID=.;OPOS=147012291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:16:10:23:22:16:10:23:22 chr5 147024476 . C A 361.24 PASS AF=0.405941;AO=39;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0226307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.118;QD=14.3065;RBI=0.0232724;REFB=-0.00731447;REVB=-0.00542733;RO=60;SAF=22;SAR=17;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209314;STB=0.51352;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0115861;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:60:39:41:0.405941:17:22:35:25:18:23:35:25 chr5 147024509 . C T 223.08 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0155658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7458;QD=10.6228;RBI=0.0217175;REFB=0.000562616;REVB=-0.0151444;RO=56;SAF=19;SAR=9;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898149;STB=0.552494;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00249314;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:9:19:34:22:9:19:34:22 chr5 147207678 . T C 244.49 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0470461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9297;QD=10.8663;RBI=0.0486115;REFB=-0.00970269;REVB=0.0122372;RO=60;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577824;STB=0.53361;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0411539;OID=.;OPOS=147207678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:17:13:29:31:17:13:29:31 chr5 147468614 . A G 1186.78 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=87;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.023027;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9259;QD=55.1989;RBI=0.0293137;REFB=-0.0342335;REVB=-0.0181398;RO=6;SAF=43;SAR=38;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257857;STB=0.507628;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0240573;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:87:86:6:5:81:81:0.94186:38:43:2:4:38:43:2:3 chr5 147475386 . A G 236.81 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00765907;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.229;QD=17.5411;RBI=0.0270119;REFB=-0.0175515;REVB=0.0259033;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988874;STB=0.555513;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0212075;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:17:11:13:13:17:11 chr5 147477551 . C T 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0152297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.019;QD=20.8122;RBI=0.015597;REFB=-0.0109967;REVB=0.00336477;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375856;STB=0.520822;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00981523;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:25:13:13:21:25:13:13:21 chr5 147480027 . G A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.017;QD=63.5805;RBI=0.0853351;REFB=0;REVB=0.0837443;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171902;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr5 147480112 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.314;QD=59.6792;RBI=0.0226204;REFB=0;REVB=0.0202025;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62211e-05;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr5 147480955 . A G 423.3 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2028;QD=52.9123;RBI=0.0547186;REFB=-0.167005;REVB=0.0405273;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00284122;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:30:31:0.96875:13:17:0:0:13:18:1:0 chr5 147481430 . A G 1394.52 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750023;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1778;QD=61.9787;RBI=0.104463;REFB=0;REVB=0.104194;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751572;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:46:40:0:0:49:41:0:0 chr5 147486677 . C A 1106.9 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4293;QD=58.2579;RBI=0.0577356;REFB=0;REVB=0.0214419;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123585;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:69:76:1:30:39:0:0:37:39:0:0 chr5 147488367 . C T 410.31 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486691;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1687;QD=56.5943;RBI=0.0739142;REFB=0;REVB=0.0556294;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175646;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:12:17:0:0 chr5 147498019 . G A 309.3 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00238526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.106;QD=10.0587;RBI=0.00830804;REFB=-0.0108966;REVB=-0.00795827;RO=80;SAF=20;SAR=20;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288216;STB=0.520315;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0197452;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:80:83:40:40:0.325203:20:20:42:38:20:20:44:39 chr5 147499616 . C T 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00523348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.262;QD=15.6425;RBI=0.00726925;REFB=-0.00696009;REVB=-0.00504506;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125114;STB=0.578873;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00845364;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:20:20:0.408163:12:8:8:20:12:8:8:21 chr5 147499670 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0134832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.547;QD=16.0643;RBI=0.0308118;REFB=-0.00693594;REVB=-0.027705;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135134;STB=0.514275;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0066635;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:17:9:10:20:17:9:10:21 chr5 147505116 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0259181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2097;QD=21.9717;RBI=0.0282728;REFB=-0.0342189;REVB=-0.0112962;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295472;STB=0.526293;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0284837;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:13:10:8:12:13:10:8:13 chr5 147510866 . T C 424.16 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.000210268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.013;QD=18.6445;RBI=0.0199981;REFB=-0.0112037;REVB=0.019997;RO=48;SAF=29;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193799;STB=0.60834;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0103987;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:14:29:23:25:14:29:23:25 chr5 147516598 . T C 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0334115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.117;QD=19.2729;RBI=0.033453;REFB=-0.0221964;REVB=-0.00166668;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710306;STB=0.527249;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0247383;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:10:13:16:9:10:13:16:10 chr5 147554889 . A C 1971.88 PASS AF=0.970149;AO=130;DP=135;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0231203;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.832;QD=58.8621;RBI=0.0486389;REFB=-0.0331057;REVB=0.0427925;RO=4;SAF=63;SAR=67;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150514;STB=0.507924;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000241213;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:135:134:4:4:130:130:0.970149:67:63:3:1:67:63:3:1 chr5 147593497 . C A 503.88 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00513658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.179;QD=14.5002;RBI=0.0104574;REFB=-0.00340939;REVB=-0.00910894;RO=83;SAF=21;SAR=35;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166793;STB=0.594116;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0055342;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:83:56:56:0.402878:35:21:44:39:35:21:44:39 chr5 147856333 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.017804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.379;QD=18.6418;RBI=0.0179785;REFB=-0.00152468;REVB=-0.00249854;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173593;STB=0.597909;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00138857;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:17:8:13:13:17:8:13:13 chr5 148042247 . G A 130.6 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0612115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0835;QD=13.7472;RBI=0.0679266;REFB=-0.0284966;REVB=-0.029448;RO=23;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281539;STB=0.668307;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0379249;OID=.;OPOS=148042247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:13:2:7:16:13:2:7:16 chr5 148206440 . G A 296.35 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0221927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.998;QD=28.9124;RBI=0.0341563;REFB=-0.00711487;REVB=0.0259642;RO=15;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117869;STB=0.564922;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00380463;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:11:15:6:9:11:15:6:9 chr5 148206473 . G C 492.07 PASS AF=0.804348;AO=36;DP=46;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00383167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.446;QD=42.7891;RBI=0.0445152;REFB=-0.116625;REVB=0.04435;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.594543;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.011303;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:46:46:0:9:36:37:0.804348:14:22:0:0:15:22:1:8 chr5 148206646 . G A 543.01 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=84;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0331563;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.109;QD=25.5533;RBI=0.0423649;REFB=-0.0237412;REVB=0.0263713;RO=34;SAF=17;SAR=32;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165124;STB=0.589682;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0145512;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:34:35:49:50:0.588235:32:17:19:15:32:18:20:15 chr5 148206917 . C A 389.08 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00297502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.314;QD=18.7509;RBI=0.00896493;REFB=-0.000887797;REVB=-0.00845691;RO=38;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042537;STB=0.563025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000777252;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:43:40:40:0.481928:14:26:23:15:14:26:23:20 chr5 148207447 . G C 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0185906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.409;QD=17.4762;RBI=0.0186659;REFB=-0.011025;REVB=0.0016751;RO=52;SAF=23;SAR=27;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721392;STB=0.54934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0109511;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:56:50:50:0.471698:27:23:28:24:27:23:31:25 chr5 148207633 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0494623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.918;QD=18.1179;RBI=0.0497888;REFB=-0.00329769;REVB=-0.00569301;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297182;STB=0.671025;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00470999;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:10:10:14:4:10:10 chr5 148386525 . T G 162.1 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0199663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.897;QD=12.0072;RBI=0.0623383;REFB=-0.0263389;REVB=-0.0590543;RO=34;SAF=17;SAR=3;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240056;STB=0.642278;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0187485;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:3:17:24:10:3:17:24:10 chr5 148407708 . A C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9785;QD=60.6067;RBI=0.0432776;REFB=0;REVB=-0.00499282;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547029;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr5 148407893 . C A 185.15 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00435183;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.55;QD=12.9931;RBI=0.0243198;REFB=-0.000741046;REVB=0.0239273;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536261;STB=0.530779;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00111021;OID=.;OPOS=148407893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:34:23:23:0.403509:9:14:19:15:9:14:19:15 chr5 148408101 . A G 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00435607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.71;QD=9.33473;RBI=0.00835106;REFB=-0.0104623;REVB=-0.00712494;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247484;STB=0.647279;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0342363;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:8:23:7:6:8:23 chr5 148425518 . A T 35.44 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000945083;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.503;QD=6.75047;RBI=0.0139897;REFB=0.00187383;REVB=0.0139577;RO=15;SAF=4;SAR=0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.681029;STB=0.78843;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00447184;OID=.;OPOS=148425518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:21:15:15:4:6:0.285714:0:4:7:8:1:5:7:8 chr5 148427480 . C T 136.92 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0315998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.897;QD=5.58851;RBI=0.0322734;REFB=-0.0089728;REVB=0.00655962;RO=76;SAF=11;SAR=10;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628465;STB=0.54409;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0367904;OID=.;OPOS=148427480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:77:21:21:0.214286:10:11:36:40:10:11:36:41 chr5 148578636 . T C 284.1 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0277009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.733;QD=15.1517;RBI=0.0279229;REFB=-0.00920149;REVB=0.00351348;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369714;STB=0.502091;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0104656;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:15:17:23:20:15:17:23:20 chr5 148610276 . C A 1122.1 PASS AF=0.539216;AO=108;DP=202;FAO=110;FDP=204;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=0.00218017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.761;QD=22.002;RBI=0.0022417;REFB=-0.0247625;REVB=0.000521629;RO=93;SAF=37;SAR=71;SRF=31;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873658;STB=0.503401;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0213378;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:93:94:108:110:0.539216:71:37:31:62:73:37:31:63 chr5 148618813 . G A 175.63 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0398309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6599;QD=11.9073;RBI=0.0488108;REFB=-0.0210115;REVB=0.0282133;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107977;STB=0.562643;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0230754;OID=.;OPOS=148618813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:8:14:20:17:8:14:20:17 chr5 148627252 . G A 343.17 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0251387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.056;QD=18.804;RBI=0.027874;REFB=-0.00998305;REVB=0.0120418;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100837;STB=0.505615;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00993712;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:22:14:14:23:22:14:14:23 chr5 148720087 . T G 1154.03 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.127346;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8547;QD=58.432;RBI=0.133359;REFB=-0.18002;REVB=0.0395958;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119765;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00114981;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:79:1:1:74:78:0.987342:39:35:0:1:41:37:0:1 chr5 148747902 . G C 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0903933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8149;QD=12.9729;RBI=0.0910829;REFB=-0.0211003;REVB=-0.0111869;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196261;STB=0.615195;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0144871;OID=.;OPOS=148747902;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:11:7:7:5:11:7 chr5 148748145 . C T 41.81 PASS AF=0.12;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0233839;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4552;QD=2.22969;RBI=0.0235841;REFB=-0.018741;REVB=0.00306665;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551522;STB=0.531652;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0771517;OID=.;OPOS=148748145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:75:60:66:9:9:0.12:4:5:36:24:4:5:39:27 chr5 148986244 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.232;QD=57.1769;RBI=0.0371342;REFB=0;REVB=-0.00934504;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27933e-05;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr5 149001551 . A C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.853;QD=63.8709;RBI=0.0239415;REFB=0;REVB=0.0223935;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03455e-05;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr5 149151707 . G A 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00701712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.216;QD=12.8357;RBI=0.061374;REFB=-0.00857909;REVB=0.0609716;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129866;STB=0.57425;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0109835;OID=.;OPOS=149151707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:14:25:13:12:14:25 chr5 149200043 . T C 728.23 PASS AF=0.486486;AO=71;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=-0.0843348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4191;QD=19.682;RBI=0.0865945;REFB=-0.0148188;REVB=0.0196532;RO=73;SAF=35;SAR=36;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190005;STB=0.594569;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0150564;OID=.;OPOS=149200043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:76:71:72:0.486486:36:35:21:52:36:36:24:52 chr5 149212800 . G A 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0279282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.007;QD=25.0397;RBI=0.0280005;REFB=-0.00888995;REVB=0.0020115;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103859;STB=0.557335;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00756267;OID=.;OPOS=149212800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:18:8:4:16:18:8:4:16 chr5 149357444 . A C 164.16 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00606924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.429;QD=12.8753;RBI=0.0104673;REFB=-0.009423;REVB=-0.00852805;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301553;STB=0.675489;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0176645;OID=.;OPOS=149357444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:6:13:13:19:6:13:13:19 chr5 149360566 . A G 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.005239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.892;QD=19.4067;RBI=0.0150573;REFB=-0.0068165;REVB=0.0141165;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276638;STB=0.65457;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00744137;OID=.;OPOS=149360566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:21:9:17:11:21:9:17:11 chr5 149360877 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1305;QD=61.3357;RBI=0.0453689;REFB=0;REVB=0.0416445;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808667;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr5 149361221 . A T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.00829777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.173;QD=21.2647;RBI=0.0227722;REFB=0.0172601;REVB=0.0212066;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381561;STB=0.710353;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0112615;OID=.;OPOS=149361221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:1:17:10:10:1:17 chr5 149374932 . T C 326.43 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0580656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.684;QD=18.6532;RBI=0.0653757;REFB=-0.00178367;REVB=-0.0300395;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384442;STB=0.514419;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00192975;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:34:35:0.5:18:16:15:20:19:16:15:20 chr5 149404229 . TA T 38.13 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0592563;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.1075;QD=6.63212;RBI=0.179366;REFB=-0.0986694;REVB=-0.169295;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0.371429;SSEP=0;SSSB=-0.436487;STB=0.728627;STBP=0.097;TYPE=del;VARB=0.0982823;OID=.;OPOS=149404230;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:9:22:9:23:14:2:7:8:6:38:12:2:7:8:4 chr5 149406271 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0182905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.84;QD=19.6663;RBI=0.0199283;REFB=-0.0311694;REVB=-0.00791173;RO=32;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105463;STB=0.558681;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0250557;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:13:21:16:16:13:21:16:16 chr5 149416450 . G A 126.8 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00993534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2688;QD=19.5081;RBI=0.0400016;REFB=-0.0332283;REVB=-0.0387481;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459857;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0351963;OID=.;OPOS=149416450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:13:14:0.538462:8:5:4:8:8:6:4:8 chr5 149428203 . A G 344.45 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.000510004;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.258;QD=13.9173;RBI=0.0019464;REFB=-0.00674444;REVB=0.0018784;RO=59;SAF=16;SAR=22;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235191;STB=0.622578;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00649892;OID=.;OPOS=149428203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:59:61:38:38:0.383838:22:16:38:21:22:16:38:23 chr5 149431476 . C T 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0512134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.141;QD=26.3704;RBI=0.0546147;REFB=-0.0166721;REVB=-0.0189725;RO=16;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212207;STB=0.618079;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0102805;OID=.;OPOS=149431476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:7:17:7:9:7:17:7:9 chr5 149431516 . G A 150.98 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00309057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.581;QD=11.1833;RBI=0.0182049;REFB=0.00127151;REVB=0.0179407;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221767;STB=0.642721;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00238708;OID=.;OPOS=149431516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:35:18:19:0.351852:8:10:26:9:9:10:26:9 chr5 149441305 . G A 381.92 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.027158;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.607;QD=15.1254;RBI=0.0278165;REFB=-0.0117386;REVB=-0.00601672;RO=58;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163786;STB=0.592009;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0158172;OID=.;OPOS=149441305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:58:58:43:43:0.425743:19:24:23:35:19:24:23:35 chr5 149456771 . CT AA 477.99 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00218544;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=2;MLLD=279.62;QD=21.9767;RBI=0.0141708;REFB=-0.00756945;REVB=0.0140013;RO=41;SAF=28;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000950896;STB=0.500524;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00644137;OID=.;OPOS=149456771;OREF=CT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:41:46:46:0.528736:18:28:25:16:18:28:25:16 chr5 149456811 . G A 395.78 PASS AF=0.38843;AO=46;DP=120;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00696241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.011;QD=13.0838;RBI=0.0256924;REFB=-0.0224914;REVB=-0.0247311;RO=71;SAF=25;SAR=21;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676157;STB=0.555453;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0338519;OID=.;OPOS=149456811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:71:74:46:47:0.38843:21:25:43:28:22:25:46:28 chr5 149457678 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00964541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.336;QD=19.4668;RBI=0.0149753;REFB=-0.0141602;REVB=0.0114554;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156284;STB=0.588156;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0145151;OID=.;OPOS=149457678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:15:9:12:10:15:9 chr5 149460553 . A G 170.68 PASS AF=0.580645;AO=15;DP=28;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0132901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.953;QD=22.0227;RBI=0.0188213;REFB=-0.00283791;REVB=0.0133273;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980137;STB=0.531563;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0118206;OID=.;OPOS=149460553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:11:13:15:18:0.580645:5:10:6:5:7:11:7:6 chr5 149493472 . C T 687.95 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.509;QD=62.5412;RBI=0.0684051;REFB=0;REVB=0.0677612;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402616;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr5 149495050 . T C 2723.67 PASS AF=0.988764;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00864796;FXX=0.00558628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.201;QD=61.2062;RBI=0.0199625;REFB=0.0678126;REVB=0.0179921;RO=2;SAF=98;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001231;STB=0.500647;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=6.83452e-06;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:178:2:2:176:176:0.988764:78:98:1:1:78:98:1:1 chr5 149495395 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.714;QD=61.5359;RBI=0.015308;REFB=0;REVB=-0.00945322;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70109e-06;OID=.;OPOS=149495395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr5 149497228 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00278791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.692;QD=22.7239;RBI=0.0296955;REFB=-0.00767589;REVB=0.0295643;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.666481;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00915358;OID=.;OPOS=149497228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:16:4:8:8:16:4:8:8 chr5 149499672 . T C 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.000952308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.313;QD=10.438;RBI=0.0042963;REFB=0.00850431;REVB=0.00418943;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258276;STB=0.638573;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0157504;OID=.;OPOS=149499672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:27:13:13:0.325:5:8:9:15:5:8:11:16 chr5 149563715 . T C 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8239;QD=59.412;RBI=0.110942;REFB=0;REVB=-0.03449;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00256344;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr5 149583300 . T C 112.17 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0461784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1631;QD=16.6184;RBI=0.0527123;REFB=-0.01761;REVB=-0.0254194;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0156873;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:5:9:6:7:5:9 chr5 149583336 . T C 255.73 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8885;QD=51.1454;RBI=0.0406873;REFB=0;REVB=0.0287471;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790182;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr5 149585025 . A C 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.963;QD=61.5342;RBI=0.0263207;REFB=0;REVB=0.0123473;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20183e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr5 149597160 . A G 445.72 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00419419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4574;QD=36.3856;RBI=0.015348;REFB=-0.0348624;REVB=-0.0147638;RO=14;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182142;STB=0.598538;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0157673;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:17:18:12:2:17:18:12:2 chr5 149602608 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.555;QD=55.0985;RBI=0.0438694;REFB=0;REVB=0.0260621;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94626e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr5 149618187 . C T 346.92 PASS AF=0.553846;AO=34;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00548149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.976;QD=21.3486;RBI=0.00599592;REFB=-0.0221736;REVB=-0.0024299;RO=29;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237856;STB=0.508751;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0143659;OID=.;OPOS=149618187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:34:36:0.553846:12:22:18:11:13:23:18:11 chr5 149644597 . T G 1896.38 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.544;QD=61.6709;RBI=0.0139087;REFB=0;REVB=0.00471044;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84264e-06;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:65:58:0:0:65:58:0:0 chr5 149677851 . A G 800.05 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000247204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.495;QD=57.1465;RBI=0.0450197;REFB=0;REVB=0.045019;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102832;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr5 149824223 . T C 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0112625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.453;QD=5.21556;RBI=0.0140335;REFB=-0.00189905;REVB=-0.00837223;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835743;STB=0.555373;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00517785;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:12:9:3:3:12:9 chr5 149826526 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00449919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.06;QD=14.7986;RBI=0.00451187;REFB=-0.00924921;REVB=-0.000338015;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0127239;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:5:8:4:7:5:8 chr5 149907533 . T G 132.33 PASS AF=0.275362;AO=18;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.000618099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.223;QD=7.67141;RBI=0.043867;REFB=-0.0029311;REVB=-0.0438626;RO=43;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118953;STB=0.599896;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00760257;OID=.;OPOS=149907533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:50:18:19:0.275362:7:11:22:21:8:11:22:28 chr5 149907602 . A G 193.68 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0241918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4346;QD=17.2163;RBI=0.026464;REFB=-0.0234003;REVB=-0.0107283;RO=25;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358527;STB=0.705667;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0276418;OID=.;OPOS=149907602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:5:15:10:15:5:15:10:15 chr5 150028062 . G A 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0792971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3654;QD=10.1697;RBI=0.0863097;REFB=-0.0225929;REVB=0.0340782;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.644611;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0321129;OID=.;OPOS=150028062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:6:3:1:5:6:3 chr5 150051958 . T C 1686.17 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.913;QD=60.2203;RBI=0.0251919;REFB=0;REVB=0.0201729;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96935e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:50:60:0:0:51:61:0:0 chr5 150227998 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00415208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1112;QD=18.8202;RBI=0.0161129;REFB=0.0515758;REVB=0.0155688;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.624787;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0388185;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:8:3:6:4:8:4:6:4 chr5 150257616 . A G 208.42 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0526175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3491;QD=18.1232;RBI=0.0593378;REFB=0.00360439;REVB=-0.0274295;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028018;STB=0.515908;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00237945;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:10:15:12:9:10:15 chr5 150311773 . T C 794.01 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0497;QD=54.7596;RBI=0.0380355;REFB=-0.10547;REVB=0.00407076;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00213968;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:54:57:0.982759:33:21:0:1:33:24:0:1 chr5 150323428 . A G 497.05 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0201436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.374;QD=23.6692;RBI=0.0226446;REFB=-0.0149098;REVB=0.0103447;RO=37;SAF=19;SAR=28;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132099;STB=0.572566;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0150222;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:28:19:21:16:28:19:21:16 chr5 150407456 . T C 3112.97 PASS AF=1;AO=192;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.117;QD=63.8557;RBI=0.0444386;REFB=0;REVB=0.0433472;RO=0;SAF=103;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74984e-05;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:192:195:1:89:103:0:0:90:105:0:0 chr5 150489390 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0128903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.353;QD=14.6688;RBI=0.0144853;REFB=0.00212307;REVB=0.00660792;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498307;STB=0.530278;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00273253;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:23:24:0.428571:13:10:15:16:14:10:15:17 chr5 150498872 . G A 35.37 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0238288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.128;QD=2.35828;RBI=0.0608429;REFB=0.000379924;REVB=0.0559826;RO=52;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172894;STB=0.624626;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00345209;OID=.;OPOS=150498872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:52:53:7:7:0.116667:5:2:22:30:5:2:22:31 chr5 150518988 . G A 440.93 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00907646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.303;QD=27.9953;RBI=0.0092223;REFB=-0.0109877;REVB=-0.00163362;RO=21;SAF=20;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369354;STB=0.527527;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00547478;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:22:41:41:0.650794:21:20:9:12:21:20:9:13 chr5 150562696 . CT C,CC 247.5 PASS AF=0.512195,0.0731707;AO=18,2;DP=37;FAO=21,3;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8,2;FSAR=13,1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0132868,0.0178443;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.535,115.786;QD=24.1463;RBI=0.0363834,0.0392991;REFB=-0.0295508,-0.0226127;REVB=0.0338706,0.0350143;RO=16;SAF=8,1;SAR=10,1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.046583,0;STB=0.568058,0.619869;STBP=0.38,0.688;TYPE=del,snp;VARB=0.0113244,0.0184699;OID=.,.;OPOS=150562697,150562697;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195,0.0731707:18,2:37:21,3:41:17:8,2:13,1:9:8:99:16:8,1:10,1:8:8 chr5 150565008 . C T 246.76 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0583828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.473;QD=31.8402;RBI=0.0678469;REFB=-0.0037131;REVB=0.0345638;RO=9;SAF=4;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326899;STB=0.681631;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00440246;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:18:4:6:3:18:4:6:3 chr5 150639409 . A G 218.61 PASS AF=0.36;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00771875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.605;QD=11.659;RBI=0.00848948;REFB=-0.00523086;REVB=-0.00353444;RO=48;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116751;STB=0.578114;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0110205;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:48:26:27:0.36:13:13:19:29:13:14:19:29 chr5 150639439 . A G 923.21 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689039;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1435;QD=58.6165;RBI=0.0068933;REFB=0;REVB=-0.000200159;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37557e-05;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr5 150647156 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00398737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.533;QD=14.1321;RBI=0.0097262;REFB=-0.00805351;REVB=-0.00887129;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102072;STB=0.559259;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0129072;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:16:15:11:8:16:15 chr5 150666843 . A C 313.87 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0256006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0722;QD=22.8268;RBI=0.0352158;REFB=-0.0132701;REVB=-0.0241819;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121415;STB=0.509085;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0104705;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:23:31:32:0.581818:15:16:11:11:16:16:11:12 chr5 150666933 . C A 309.97 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0104179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6853;QD=13.7766;RBI=0.0150197;REFB=-0.00321983;REVB=0.0108194;RO=55;SAF=10;SAR=25;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159389;STB=0.591343;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00661667;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:25:10:23:32:25:10:23:32 chr5 150666962 . G A 600.31 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0258936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.033;QD=22.8688;RBI=0.0279519;REFB=-0.0116987;REVB=0.0105275;RO=46;SAF=23;SAR=36;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924615;STB=0.550452;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0098039;OID=.;OPOS=150666962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:59:59:0.561905:36:23:13:33:36:23:13:33 chr5 150667016 . T C 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.00334551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.62;QD=18.4686;RBI=0.00442297;REFB=-0.00210612;REVB=-0.00289313;RO=58;SAF=23;SAR=32;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122149;STB=0.567398;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0022975;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:32:23:17:41:32:23:17:41 chr5 150696447 . C T 1033.11 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.125291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1741;QD=54.3744;RBI=0.15727;REFB=-0.127061;REVB=-0.095058;RO=2;SAF=26;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767159;STB=0.507884;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0107087;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:76:2:4:72:72:0.947368:46:26:1:1:46:26:2:2 chr5 150696498 . G A 1114.28 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00956405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.319;QD=57.8844;RBI=0.028082;REFB=-0.114752;REVB=0.0264032;RO=1;SAF=28;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165969;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00049721;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:47:28:1:0:48:28:1:0 chr5 150696540 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.032;QD=57.7123;RBI=0.0226549;REFB=0;REVB=-0.0114338;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97238e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr5 150704994 . T G 544.84 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00574553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.973;QD=22.9406;RBI=0.010144;REFB=-0.0129271;REVB=0.00836003;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492239;STB=0.527067;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.010676;OID=.;OPOS=150704994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:26:25:19:25:26:25:19:25 chr5 150723806 . G A 906.71 PASS AF=0.929577;AO=65;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0162657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5001;QD=51.0824;RBI=0.0201754;REFB=0.017769;REVB=-0.0119363;RO=4;SAF=19;SAR=46;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270926;STB=0.50803;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00544287;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:71:71:4:5:65:66:0.929577:46:19:2:2:46:20:2:3 chr5 150886725 . G A 669.55 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.117;QD=62.2833;RBI=0.125998;REFB=0;REVB=-0.12542;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129052;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr5 150886882 . G A 1868.92 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00840035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.502;QD=59.3308;RBI=0.00847551;REFB=-0.116164;REVB=0.0011262;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.508619;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-2.05965e-05;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:0:2:123:124:0.984127:67:56:0:0:67:57:2:0 chr5 150891733 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.067;QD=62.6702;RBI=0.0466308;REFB=0;REVB=0.0228859;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105542;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:13:30:0:0:14:30:0:0 chr5 150901111 . A G 1052.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339159;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.93;QD=59.2952;RBI=0.033951;REFB=0;REVB=0.00154291;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272368;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:34:33:0:0:34:37:0:0 chr5 150901261 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000368527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.497;QD=54.5148;RBI=0.0129412;REFB=0;REVB=0.012936;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128678;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 150901300 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.754;QD=51.1845;RBI=0.0563953;REFB=0;REVB=0.0554823;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450915;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr5 150901613 . A G 476.47 PASS AF=0.947368;AO=30;DP=36;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00904873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3119;QD=50.1547;RBI=0.0324193;REFB=-0.0537088;REVB=0.0311309;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0121353;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:38:0:2:30:36:0.947368:14:16:0:0:20:16:1:1 chr5 150905485 . C T 297.31 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.000658036;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.552;QD=15.2468;RBI=0.0054641;REFB=-0.00636984;REVB=-0.00542433;RO=45;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240944;STB=0.648059;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00743122;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:45:33:33:0.423077:12:21:18:27:12:21:17:28 chr5 150914184 . A T 878.87 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616954;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0975;QD=57.631;RBI=0.0628653;REFB=0;REVB=-0.0120715;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425942;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr5 150922572 . C G 135.89 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0601979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3449;QD=17.5343;RBI=0.0707281;REFB=-0.0167992;REVB=0.0371304;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839727;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0128737;OID=.;OPOS=150922572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:5:11:9:6:5:11 chr5 150923405 . A G 922.85 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4738;QD=56.7906;RBI=0.0333475;REFB=-0.0597648;REVB=-0.0315424;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0019394;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:32:32:0:0:32:32:0:1 chr5 150925144 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.000349471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.756;QD=19.646;RBI=0.0208541;REFB=0.00281074;REVB=0.0208512;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585073;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00297072;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:4:7:5:2:4:7:5:3 chr5 150930186 . C T 286.04 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0109761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.371;QD=20.4315;RBI=0.0122483;REFB=-0.0151099;REVB=0.00543562;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02791;STB=0.515503;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0156416;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:13:13:16:14:13:13 chr5 150930345 . C T 420.43 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0448189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.198;QD=16.4874;RBI=0.0565475;REFB=-0.00550384;REVB=-0.0344804;RO=54;SAF=13;SAR=33;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058627;STB=0.525682;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00771011;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:56:46:46:0.45098:33:13:18:36:33:13:18:38 chr5 150942919 . A G 794.28 PASS AF=1;AO=45;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.924;QD=63.5426;RBI=0.00580487;REFB=0;REVB=-0.00263184;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141978;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:45:50:1:21:24:0:0:26:24:0:0 chr5 150942969 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0118724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.728;QD=14.2309;RBI=0.0120885;REFB=-0.013464;REVB=-0.00227566;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063253;STB=0.536054;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0131642;OID=.;OPOS=150942969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:16:20:16:10:16:20 chr5 150943085 . G A 389.09 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00980041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2914;QD=18.7513;RBI=0.0220957;REFB=0.0157955;REVB=-0.0198033;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866531;STB=0.55419;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0117028;OID=.;OPOS=150943085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:43:39:40:0.481928:20:19:17:26:20:20:17:26 chr5 150945483 . C T 331.83 PASS AF=0.58;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0230741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.715;QD=26.5464;RBI=0.0248747;REFB=0.0119043;REVB=0.00929191;RO=21;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10345;STB=0.546821;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00964251;OID=.;OPOS=150945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:28:29:0.58:17:11:11:10:17:12:11:10 chr5 150945518 . C T 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.044466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8737;QD=13.4566;RBI=0.0456984;REFB=-0.0136336;REVB=0.0105412;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100129;STB=0.558211;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0339542;OID=.;OPOS=150945518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:9:17:9:7:9:17 chr5 150945699 . G A 278.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00237866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.569;QD=16.4063;RBI=0.0228215;REFB=-0.0123076;REVB=0.0226972;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112903;STB=0.577309;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0162849;OID=.;OPOS=150945699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:37:31:31:0.455882:17:14:20:15:17:14:22:15 chr5 150945862 . A G 320.51 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00197301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.256;QD=27.2771;RBI=0.00214866;REFB=-0.000884156;REVB=-0.000850851;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220304;STB=0.518505;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000624595;OID=.;OPOS=150945862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:15:12:9:10:16:12:9:10 chr5 150945931 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0151736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.322;QD=14.4116;RBI=0.017445;REFB=-0.0150562;REVB=-0.00860755;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191516;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0246844;OID=.;OPOS=150945931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:16:12:11:7:16:12 chr5 150946132 . G A 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0108126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8163;QD=20.2665;RBI=0.0343263;REFB=0.0199684;REVB=-0.0325789;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128135;STB=0.572016;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0219005;OID=.;OPOS=150946132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:7:14:11:10:7:14 chr5 150946436 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0140711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.287;QD=21.0649;RBI=0.0228832;REFB=-0.010708;REVB=-0.0180457;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384386;STB=0.521565;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00941741;OID=.;OPOS=150946436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:9:15:14:10:9:15 chr5 150946773 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00369362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.633;QD=14.6657;RBI=0.00876597;REFB=0.00121972;REVB=0.00794981;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.560805;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00141711;OID=.;OPOS=150946773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:12:9:8:7:12:9 chr5 150946966 . G A 2184.66 PASS AF=0.986207;AO=133;DP=137;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0152001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.9973;QD=60.2665;RBI=0.0249773;REFB=-0.0288859;REVB=0.0198197;RO=3;SAF=89;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000118632;STB=0.505555;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00278977;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:137:145:3:2:133:143:0.986207:44:89:2:1:54:89:2:0 chr5 150947719 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0138839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.223;QD=9.49165;RBI=0.0154316;REFB=-0.00249382;REVB=-0.00673592;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00532758;OID=.;OPOS=150947719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:6:3:8:9:6:3:8:10 chr5 151083909 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.301;QD=55.6556;RBI=0.0498487;REFB=0;REVB=0.0420679;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350931;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr5 151084036 . T C 731.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279352;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.294;QD=63.6223;RBI=0.0591388;REFB=0;REVB=0.052125;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654744;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr5 151167380 . A T 55.2 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0131476;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.042;QD=7.61403;RBI=0.0209301;REFB=-0.00815454;REVB=0.0162853;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306466;STB=0.67877;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0175025;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:31:29:22:21:8:8:0.275862:6:2:11:11:6:2:10:11 chr5 151170536 . T C 524.4 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00919349;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.639;QD=16.916;RBI=0.00931472;REFB=-0.0134307;REVB=0.00149791;RO=68;SAF=23;SAR=33;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890203;STB=0.549661;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0148691;OID=.;OPOS=151170536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:68:68:56:56:0.451613:33:23:34:34:33:23:34:34 chr5 151175139 . A T 229.08 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0340118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3544;QD=21.8171;RBI=0.0614411;REFB=-0.0178186;REVB=0.0511684;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150015;STB=0.592192;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.024455;OID=.;OPOS=151175139;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:11:10:13:7:12:10:13:7 chr5 151255217 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00692638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.836;QD=18.828;RBI=0.0560671;REFB=-0.0107516;REVB=-0.0556376;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129545;STB=0.573387;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0124183;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:9:13:9:11:9:13 chr5 151771356 . C T 215.2 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0177844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6911;QD=13.0426;RBI=0.0201767;REFB=0.0100441;REVB=-0.00952955;RO=40;SAF=22;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42171;STB=0.746095;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0124511;OID=.;OPOS=151771356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:4:22:21:19:4:22:21:19 chr5 151771817 . C T 1379.43 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538276;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.903;QD=61.9969;RBI=0.0362124;REFB=0;REVB=0.0358101;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37634e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:86:89:1:46:40:0:0:48:41:0:0 chr5 151771838 . T C 389.0 PASS AF=0.418367;AO=38;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0128977;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.977;QD=15.8776;RBI=0.013945;REFB=-0.019862;REVB=-0.00530214;RO=57;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101921;STB=0.532555;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0306725;OID=.;OPOS=151771838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:38:41:0.418367:17:21:26:31:20:21:26:31 chr5 151771852 . G A 347.77 PASS AF=0.395833;AO=39;DP=97;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00708995;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.148;QD=14.4903;RBI=0.00715168;REFB=0.00145887;REVB=0.000937638;RO=55;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602847;STB=0.510411;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00151973;OID=.;OPOS=151771852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:55:58:39:38:0.395833:19:20:25:30:19:19:28:30 chr5 151772055 . G T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0745738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7022;QD=22.5343;RBI=0.10098;REFB=-0.00736235;REVB=0.068086;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191533;STB=0.60725;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0105147;OID=.;OPOS=151772055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:5:10:8:11:5:10 chr5 151775064 . C G 395.35 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00711546;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.628;QD=22.5913;RBI=0.0178777;REFB=-0.0186881;REVB=0.0164007;RO=31;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340899;STB=0.518787;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00982094;OID=.;OPOS=151775064;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:23:16:14:17:23:16:14:17 chr5 151784506 . CA C 80.26 PASS AF=0.486486;AO=15;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.120025;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.453;QD=8.67656;RBI=0.130885;REFB=-0.0513738;REVB=-0.0522004;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375681;STB=0.539834;STBP=0.659;TYPE=del;VARB=0.0537183;OID=.;OPOS=151784507;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:15:37:18:37:19:10:8:12:7:80:19:10:5:12:7 chr5 153029960 . T C 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00934088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.3;QD=17.5365;RBI=0.0197005;REFB=-0.0125526;REVB=-0.0173452;RO=38;SAF=25;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337158;STB=0.689539;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0119832;OID=.;OPOS=153029960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:9:25:15:23:9:25:15:23 chr5 153413390 . C T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00956159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.05;QD=12.7982;RBI=0.036599;REFB=-0.00493375;REVB=-0.0353279;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119544;STB=0.560594;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00656009;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:12:14:17:23:12:14:18:23 chr5 153429459 . T C 437.48 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0136006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6002;QD=16.6657;RBI=0.0136085;REFB=-0.00311832;REVB=-0.000465538;RO=57;SAF=15;SAR=33;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371628;STB=0.502074;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00361346;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:33:15:18:39:33:15:18:39 chr5 153432733 . T C 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0167665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.937;QD=16.9282;RBI=0.0172922;REFB=-0.00611967;REVB=0.00423133;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374635;STB=0.717016;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0125737;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:8:4:9:3:8:4 chr5 153432970 . C T 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00803069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.264;QD=17.6166;RBI=0.0309446;REFB=-0.00898604;REVB=-0.0298844;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204813;STB=0.615667;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00754061;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:11:16:9:15:11:16 chr5 153729217 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.864;QD=57.0008;RBI=0.0107472;REFB=0;REVB=0.00492802;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79016e-05;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr5 153796484 . G A 232.94 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.13859;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8165;QD=15.7926;RBI=0.13905;REFB=-0.0407434;REVB=0.011309;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167666;STB=0.577444;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0264909;OID=.;OPOS=153796484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:32:25:27:0.457627:14:11:19:12:14:13:20:12 chr5 154268902 . C T 1024.59 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6499;QD=59.3965;RBI=0.0136545;REFB=0;REVB=0.0133228;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19757e-05;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr5 154271948 . G A 1223.81 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638268;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.032;QD=59.6982;RBI=0.00649836;REFB=0;REVB=0.00122068;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168225;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:82:0:0:80:82:1:26:54:0:0:27:55:0:0 chr5 154291409 . C T 755.87 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0569899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.448;QD=52.129;RBI=0.0847252;REFB=-0.150485;REVB=0.0626938;RO=3;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626876;STB=0.520826;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00574223;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:58:3:2:54:56:0.965517:21:33:0:3:23:33:0:2 chr5 154300940 . A C 714.8 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0545725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7374;QD=60.8343;RBI=0.08922;REFB=0.077743;REVB=0.0705836;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00245574;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr5 154306972 . T C 1209.91 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7501;QD=59.7486;RBI=0.0580504;REFB=-0.132154;REVB=0.051609;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00107199;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:36:44:1:0:36:44:1:0 chr5 154346325 . G A 344.62 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00643226;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9479;QD=18.8831;RBI=0.0378097;REFB=-0.0165861;REVB=0.0372585;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15503;STB=0.578009;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0145467;OID=.;OPOS=154346325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:37:35:36:0.493151:21:14:21:16:22:14:20:17 chr5 154394300 . C T 591.62 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.01191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1835;QD=20.4006;RBI=0.0453221;REFB=0.00236693;REVB=-0.0437292;RO=56;SAF=26;SAR=34;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901327;STB=0.549637;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00341257;OID=.;OPOS=154394300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:34:26:30:26:34:26:30:26 chr5 154394713 . G A 236.13 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0156938;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.36;QD=17.4911;RBI=0.0282182;REFB=0.0129425;REVB=0.0234514;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156197;STB=0.517228;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00986941;OID=.;OPOS=154394713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:28:26:26:0.481481:14:12:12:15:14:12:12:16 chr5 154395158 . G T 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00898522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.486;QD=17.9393;RBI=0.0111198;REFB=-0.00798364;REVB=0.00655097;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159409;STB=0.590698;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00628625;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:13:9:11:8:13:9 chr5 154395276 . G A 307.13 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0385519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3861;QD=15.5509;RBI=0.0460836;REFB=-0.0320639;REVB=-0.0252477;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227324;STB=0.506325;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0311155;OID=.;OPOS=154395276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:45:34:34:0.43038:17:17:21:23:17:17:22:23 chr5 154395458 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00345938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.476;QD=25.3156;RBI=0.0161619;REFB=-0.0259982;REVB=-0.0157874;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236441;STB=0.63212;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.018338;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:6:14:5:8:6:14:5:8 chr5 154395682 . G A 395.95 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0163953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.367;QD=20.3052;RBI=0.0176079;REFB=-0.0332149;REVB=-0.00642111;RO=38;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764479;STB=0.504235;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0400543;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:26:14:13:25:26:14:13:25 chr5 154396505 . G A 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00858208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6288;QD=18.315;RBI=0.0627498;REFB=-0.00601661;REVB=-0.0621602;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229696;STB=0.512814;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00536248;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:20:19:22:21:20:19:22:21 chr5 154396985 . C A 40.13 PASS AF=0.14;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00855286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.031;QD=3.21028;RBI=0.0131754;REFB=-0.00258884;REVB=0.010022;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437877;STB=0.508747;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0186032;OID=.;OPOS=154396985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:50:40:43:7:7:0.14:4:3:17:23:4:3:18:25 chr5 155756608 . C T 73.34 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0517656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2172;QD=3.18849;RBI=0.0664515;REFB=-0.0112259;REVB=-0.0416669;RO=78;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367417;STB=0.524964;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.056909;OID=.;OPOS=155756608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:78:78:14:14:0.152174:9:5:30:48:9:5:30:48 chr5 155771579 . T C 1526.95 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122805;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.549;QD=58.729;RBI=0.017301;REFB=-0.0161547;REVB=0.0121867;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.504586;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=5.62212e-05;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:54:49:0:1:54:49:0:1 chr5 156187774 . A G 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0135725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.28;QD=23.0873;RBI=0.0212988;REFB=-0.0145029;REVB=-0.0164142;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367314;STB=0.520529;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.012976;OID=.;OPOS=156187774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:9:9:10:12:9:9 chr5 156191515 . C T 262.41 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0668962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9799;QD=32.8015;RBI=0.0790256;REFB=-0.00451137;REVB=-0.0420706;RO=9;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169567;STB=0.593137;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00114338;OID=.;OPOS=156191515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:15:8:6:3:15:8:6:3 chr5 156376703 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.007;QD=37.4885;RBI=0.0661679;REFB=0;REVB=-0.00483333;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128851;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr5 156479424 . A C 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.181;QD=59.8652;RBI=0.027301;REFB=0;REVB=0.0259425;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29505e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:58:46:0:0:58:46:0:0 chr5 156479509 . A G 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.607;QD=62.4755;RBI=0.0100208;REFB=0;REVB=0.00726676;RO=0;SAF=50;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17168e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:81:50:0:0:81:50:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTTGTCG 849.33 PASS AF=0.728814,0.271186;AO=43,12;DP=78;FAO=43,16;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=31,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221431,-0.000652842;FXX=0.262467;HRUN=2,1;LEN=15,5;MLLD=166.207,107.063;QD=57.5818;RBI=0.0221443,0.0139498;REFB=0,0;REVB=0.000237482,0.0139346;RO=0;SAF=12,0;SAR=31,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41862e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0122329,0.024907;OID=.,.;OPOS=156479558,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CGTCA;OALT=-,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.728814,0.271186:43,12:78:43,16:59:0:12,1:31,15:0:0:99:0:12,0:31,12:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=33;DP=117;LEN=51;RO=84;SAF=12;SAR=37;SRF=27;SRR=41;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:117:84:33:37:12:27:41 chr5 156482459 . G T 839.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7307;QD=56.886;RBI=0.0579162;REFB=0;REVB=-0.0110856;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607282;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr5 156531736 . C A 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.351;QD=60.2019;RBI=0.0209782;REFB=0;REVB=0.00932862;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48438e-05;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr5 156644939 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0285019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.763;QD=19.6454;RBI=0.0429746;REFB=-0.0204606;REVB=-0.0321631;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.014019;OID=.;OPOS=156644939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr5 156715652 . G C 522.78 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0046078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.804;QD=21.1226;RBI=0.0161751;REFB=-0.0273242;REVB=0.0155049;RO=48;SAF=29;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346364;STB=0.514645;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0265581;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:49:50:50:0.505051:21:29:26:22:21:29:27:22 chr5 156721863 . T C,TC 1151.42 PASS AF=0,1;AO=5,72;DP=94;FAO=0,88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087908,-0.113751;FXX=0.0222198;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=7.21092,20.2789;QD=52.3374;RBI=0.0884307,0.137385;REFB=-0.0262258,-0.017907;REVB=0.0096003,0.077042;RO=14;SAF=3,39;SAR=2,33;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0327935,-0.0091655;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00269571;OID=.,.;OPOS=156721863,156721864;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:94:88:14:0:5,72:0,88:0,1:2,33:3,39:8:6:0,39:0,49:0:0 chr5 156747669 . A G 453.65 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00478128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.507;QD=25.203;RBI=0.00958877;REFB=-0.0247569;REVB=0.00831167;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110568;STB=0.560588;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.019975;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:16:27:14:15:16:27:14:15 chr5 156770209 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000927264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.644;QD=17.4545;RBI=0.00486601;REFB=-0.013159;REVB=-0.00477684;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161364;STB=0.590485;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.015558;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:18:11:15:12:18:11 chr5 156788522 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0121914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.646;QD=20.6006;RBI=0.0212176;REFB=-0.0150481;REVB=-0.0173654;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110683;STB=0.562437;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0111814;OID=.;OPOS=156788522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:9:10:8:12:9:10 chr5 156898689 . GA G,GG 1340.62 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=15,72;DP=87;FAO=3,84;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=2,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597287,0.00432788;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.571,251.173;QD=61.6376;RBI=0.0200319,0.0256834;REFB=0,0;REVB=0.0191207,0.0253161;RO=0;SAF=4,31;SAR=11,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0155547,0.00225294;OID=.,.;OPOS=156898690,156898690;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:15,72:87:3,84:87:0:1,34:2,50:0:0:4:0:4,31:11,41:0:0 chr5 156899869 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.554;QD=39.2067;RBI=0.0231936;REFB=0;REVB=-0.0185083;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407768;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr5 156904633 . C T 715.03 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0378345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.641;QD=60.8534;RBI=0.0381856;REFB=-0.0794861;REVB=-0.00516578;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00013199;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr5 157006568 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0173898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.786;QD=10.6681;RBI=0.0314902;REFB=-0.022239;REVB=-0.0262532;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52951e-08;STB=0.535643;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0347516;OID=.;OPOS=157006568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:18:18:9:10:0.357143:5:4:8:10:5:5:8:10 chr5 157065306 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0134314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.962;QD=12.0156;RBI=0.0596132;REFB=-0.0130691;REVB=-0.0580804;RO=7;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751977;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0112766;OID=.;OPOS=157065306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:4:6:0.461538:0:4:2:5:2:4:2:5 chr5 157073747 . G T 453.38 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00856021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.666;QD=16.3379;RBI=0.0117592;REFB=-0.0144086;REVB=-0.00806236;RO=61;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140252;STB=0.578162;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0159746;OID=.;OPOS=157073747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:24:26:23:38:24:26:23:38 chr5 157102185 . A G 164.79 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0116677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.219;QD=14.025;RBI=0.0462741;REFB=-0.0188154;REVB=0.044779;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11362;STB=0.565965;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.049897;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:16:13:10:8:16:13 chr5 157158553 . C T 521.16 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.051769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1356;QD=20.8464;RBI=0.0620731;REFB=0.0174309;REVB=0.0342495;RO=50;SAF=36;SAR=14;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226739;STB=0.512533;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0123099;OID=.;OPOS=157158553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:14:36:37:13:14:36:37:13 chr5 157164962 . T C 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8659;QD=59.0025;RBI=0.10253;REFB=0;REVB=0.0935922;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225113;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 157183739 . G A 433.42 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00387726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.626;QD=54.177;RBI=0.0583651;REFB=-0.129492;REVB=0.0582361;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0021413;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:0:1:30:31:0.96875:14:16:0:0:14:17:0:1 chr5 157183770 . C T 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5758;QD=54.5136;RBI=0.093213;REFB=0;REVB=-0.0262744;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568139;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr5 157213497 . A G 1549.05 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.377;QD=63.8784;RBI=0.044251;REFB=0;REVB=0.0166196;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010152;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr5 158204425 . A G 339.15 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00728044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.034;QD=17.8501;RBI=0.0253776;REFB=-0.0186514;REVB=-0.0243108;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131156;STB=0.57836;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.021696;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:19:17:13:26:19:17:13:27 chr5 159344461 . G A 431.74 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0111868;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.135;QD=16.931;RBI=0.0174403;REFB=-0.019532;REVB=0.0133798;RO=55;SAF=27;SAR=20;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043559;STB=0.52427;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0214261;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:55:55:47:47:0.460784:20:27:34:21:20:27:34:21 chr5 159505208 . C A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0108539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.701;QD=10.7533;RBI=0.0631587;REFB=0.00662661;REVB=-0.062219;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0128841;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:14:12:6:7:14:12 chr5 159659273 . C T 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00542964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0257;QD=16.7536;RBI=0.00623037;REFB=-0.0028018;REVB=0.00305559;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570018;STB=0.503223;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.000804938;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:15:13:11:13:15:13 chr5 159665599 . G A 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.766;QD=61.1853;RBI=0.0750322;REFB=-0.0853866;REVB=0.0452938;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159432;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00561192;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:18:29:1:0:18:29:1:0 chr5 159775741 . G A 1229.99 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165266;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0217;QD=61.4993;RBI=0.064886;REFB=0;REVB=-0.062746;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202505;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:42:38:0:0 chr5 159776047 . A G 282.21 PASS AF=0.884615;AO=25;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00204382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.188;QD=43.4164;RBI=0.00215724;REFB=-0.118013;REVB=0.000690279;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548346;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00418809;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:0:3:25:23:0.884615:16:9:0:0:14:9:0:3 chr5 159831803 . A G 381.7 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0639673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.168;QD=17.1551;RBI=0.0639765;REFB=-0.0160779;REVB=0.0010834;RO=47;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000525307;STB=0.502009;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0172904;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:49:40:40:0.449438:23:17:20:27:23:17:21:28 chr5 159835658 . A G 482.27 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00751934;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.097;QD=20.306;RBI=0.00857829;REFB=-0.0214953;REVB=-0.00412875;RO=48;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472753;STB=0.526185;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0243524;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:48:47:47:0.494737:26:21:19:29:26:21:19:29 chr5 159901408 . C A 472.46 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00215032;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.272;QD=14.317;RBI=0.0144418;REFB=-0.010344;REVB=-0.0142808;RO=78;SAF=32;SAR=21;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844091;STB=0.544265;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0154891;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:79:53:53:0.401515:21:32:41:37:21:32:42:37 chr5 159912418 . C G 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0561265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8184;QD=14.1961;RBI=0.0570518;REFB=0.00465018;REVB=-0.0102336;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158932;STB=0.509083;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00735682;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:13:19:14:9:13:19 chr5 159990279 . G A 554.29 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00563231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8091;QD=15.8367;RBI=0.0580631;REFB=-0.00859068;REVB=-0.0577893;RO=79;SAF=30;SAR=30;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192902;STB=0.50714;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0125248;OID=.;OPOS=159990279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:80:60:60:0.428571:30:30:38:41:30:30:39:41 chr5 159992655 . T C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0263285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.383;QD=13.0148;RBI=0.0384519;REFB=-0.00978621;REVB=0.0280243;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321273;STB=0.687302;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0146384;OID=.;OPOS=159992655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:15:5:17:15:15:5:17:15 chr5 159992754 . T G 151.09 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0335933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5254;QD=8.39396;RBI=0.0408552;REFB=-0.00312607;REVB=0.0232515;RO=50;SAF=12;SAR=9;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160877;STB=0.599911;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0103212;OID=.;OPOS=159992754;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:21:21:0.291667:9:12:35:15:9:12:36:15 chr5 160034042 . G A 410.96 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00470522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.947;QD=18.2649;RBI=0.014052;REFB=0.00300757;REVB=-0.0132408;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306761;STB=0.50955;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00244802;OID=.;OPOS=160034042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:48:41:42:0.466667:22:19:21:24:22:20:22:26 chr5 160097496 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6238;QD=60.0293;RBI=0.0159926;REFB=0;REVB=0.0156463;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77153e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr5 160097632 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.737;QD=62.9827;RBI=0.0378162;REFB=0;REVB=-0.0157845;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109724;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr5 161119071 . G T 1212.75 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5828;QD=59.8888;RBI=0.021548;REFB=-0.104335;REVB=-0.000308406;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00151795;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:42:38:0:1:42:38:0:1 chr5 161128761 . C G 926.7 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9016;QD=57.9188;RBI=0.0299683;REFB=0;REVB=-0.0262028;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106816;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr5 161281245 . T C 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000657954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.275;QD=12.5473;RBI=0.00549747;REFB=-0.0127527;REVB=-0.00545796;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968136;STB=0.548553;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0234305;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:15:12:23:20:15:12:23:21 chr5 161325934 . A C 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0151407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.877;QD=12.0972;RBI=0.0427095;REFB=-0.0111703;REVB=0.0399357;RO=46;SAF=12;SAR=15;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178141;STB=0.602335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0330947;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:15:12:28:18:15:12:28:18 chr5 161528280 . C T 767.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.683;QD=56.8327;RBI=0.0217565;REFB=0;REVB=0.0216546;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39871e-05;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:28:26:0:0 chr5 161582493 . CAT C 268.04 PASS AF=0.418919;AO=29;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00382877;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.266;QD=14.4886;RBI=0.0171994;REFB=-0.00752826;REVB=0.0167678;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16046;STB=0.585964;STBP=0.242;TYPE=del;VARB=0.00839628;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418919:29:75:31:74:43:13:18:12:31:99:41:12:17:11:30 chr5 161904930 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00684593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.11;QD=10.0339;RBI=0.0136257;REFB=-0.0204678;REVB=-0.011781;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0199589;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr5 162210532 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.447;QD=47.8221;RBI=0.0799395;REFB=0;REVB=0.0216408;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599716;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 162890953 . G A 1080.51 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.196;QD=60.0283;RBI=0.00706013;REFB=0;REVB=0.00485685;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30258e-07;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:44:28:0:0 chr5 167645888 . T C 1020.08 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.089;QD=59.135;RBI=0.00390495;REFB=0;REVB=-0.00126531;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69362e-05;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr5 167850748 . A G 2302.94 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.953;QD=61.005;RBI=0.0355422;REFB=0;REVB=0.00942161;RO=0;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21609e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:151:0:0:148:151:1:72:76:0:0:74:77:0:0 chr5 167868779 . A G 492.32 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0647354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.73;QD=20.0948;RBI=0.0654116;REFB=-0.0198106;REVB=-0.00938108;RO=49;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480681;STB=0.53212;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0174735;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:27:21:24:25:27:21:25:25 chr5 167868809 . C T 333.01 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0861509;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.848;QD=18.7611;RBI=0.0861687;REFB=0.011015;REVB=0.00175204;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105298;STB=0.549811;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00743586;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:34:35:0.492958:19:15:20:16:19:16:20:16 chr5 167913510 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.574;QD=54.5176;RBI=0.0347272;REFB=0;REVB=0.0342714;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172562;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr5 167937607 . G A 320.49 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00517088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.563;QD=27.276;RBI=0.00645331;REFB=-0.00220128;REVB=-0.00386097;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578017;STB=0.531892;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00151804;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:11:8:14:14:11:8 chr5 167943827 . G A 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00765981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.509;QD=58.9871;RBI=0.0179988;REFB=0.0675199;REVB=0.0162875;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0002637;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:49:26:0:0:49:26:1:0 chr5 167957055 . G A 306.29 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0179265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.322;QD=16.5564;RBI=0.0186678;REFB=-0.0182075;REVB=-0.00520855;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477864;STB=0.527381;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.01963;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:33:34:0.459459:21:12:16:23:22:12:16:24 chr5 168098463 . A G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.845;QD=61.6779;RBI=0.0342803;REFB=0;REVB=0.0142954;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011968;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr5 168176517 . A G 253.48 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0669908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5862;QD=16.0937;RBI=0.067292;REFB=0.0226702;REVB=-0.0063597;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816066;STB=0.547137;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0413119;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:34:29:29:0.460317:17:12:16:16:17:12:17:17 chr5 168212951 . A G 173.34 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.15525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.273;QD=19.2604;RBI=0.155632;REFB=-0.0382734;REVB=-0.0108969;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.615253;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0348908;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:16:18:0.5:5:11:8:10:6:12:8:10 chr5 168244447 . C G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0294466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.222;QD=20.4559;RBI=0.0656916;REFB=-0.0437517;REVB=-0.0587221;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064699;STB=0.556352;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0402916;OID=.;OPOS=168244447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:11:6:6:8:11:6:7:8 chr5 168250350 . C G 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0889037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.382;QD=26.5702;RBI=0.088904;REFB=-0.0573209;REVB=0.00021584;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185599;STB=0.604744;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0236416;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:1:3:4:7:1:3 chr5 168690612 . A G 3905.97 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226449;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.699;QD=63.771;RBI=0.0229028;REFB=0;REVB=-0.00342734;RO=0;SAF=116;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06501e-05;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:245:0:0:244:245:1:128:116:0:0:128:117:0:0 chr5 168690635 . C T 1192.57 PASS AF=0.519824;AO=116;DP=220;FAO=118;FDP=227;FR=.;FRO=109;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.0260397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.052;QD=21.0144;RBI=0.0281018;REFB=-0.0347597;REVB=0.0105663;RO=103;SAF=58;SAR=58;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710648;STB=0.528275;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0376924;OID=.;OPOS=168690635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:227:103:109:116:118:0.519824:58:58:43:60:58:60:49:60 chr5 169021610 . C T 633.17 PASS AF=1;AO=33;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.728;QD=61.7728;RBI=0.125684;REFB=0;REVB=0.12474;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109283;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:33:41:1:17:16:0:0:24:17:0:0 chr5 169028481 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.139;QD=63.8713;RBI=0.0518588;REFB=0;REVB=0.0485973;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287319;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr5 169031150 . T C 1676.78 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5894;QD=60.4244;RBI=0.0623683;REFB=0;REVB=0.0604156;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012204;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:69:42:0:0:69:42:0:0 chr5 169129422 . A G 671.89 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00313561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.417;QD=52.6969;RBI=0.010408;REFB=0.0595892;REVB=0.00992447;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.52173;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000483472;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:48:49:0.960784:26:22:1:0:27:22:2:0 chr5 169361660 . C G 265.57 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0196651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.364;QD=11.0654;RBI=0.0301617;REFB=-0.0185788;REVB=-0.0228695;RO=64;SAF=15;SAR=17;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180316;STB=0.510465;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0350307;OID=.;OPOS=169361660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:17:15:29:35:17:15:29:35 chr5 169361685 . T G 241.88 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0280322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0453;QD=10.4032;RBI=0.0397059;REFB=-0.00685265;REVB=0.0281204;RO=62;SAF=11;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139125;STB=0.576558;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.016224;OID=.;OPOS=169361685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:63:30:30:0.322581:19:11:30:32:19:11:30:33 chr5 169435713 . A C 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0065953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.034;QD=19.0495;RBI=0.00782262;REFB=-0.0151937;REVB=-0.00420657;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961896;STB=0.553338;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0168607;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:17:27:34:14:17:27:34:14 chr5 169454941 . C G 705.52 PASS AF=1;AO=39;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9203;QD=54.271;RBI=0.103894;REFB=0;REVB=0.0991063;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778495;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:39:52:1:17:22:0:0:30:22:0:0 chr5 169461547 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0806;QD=64.4146;RBI=0.0211225;REFB=0;REVB=-0.00541186;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230931;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr5 169510392 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.014852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1352;QD=19.4072;RBI=0.014955;REFB=-0.00186138;REVB=-0.00175191;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271788;STB=0.515141;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00395838;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:13:15:17:13:13:15 chr5 169533240 . G A 48.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0166434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0194;QD=13.9551;RBI=0.0352059;REFB=0.0178766;REVB=0.0310234;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0327301;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:2:5:5:2:2:5 chr5 169535522 . T C 1328.41 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424045;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.214;QD=61.7863;RBI=0.0448639;REFB=0;REVB=0.0146502;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081527;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:53:31:0:0:54:32:0:0 chr5 169661994 . G C 187.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0267755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.624;QD=20.3147;RBI=0.0267758;REFB=-0.00672618;REVB=0.000125535;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165474;STB=0.593125;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00555681;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:12:6:10:9:12:6 chr5 169685163 . C T 299.33 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0106454;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.489;QD=23.0252;RBI=0.0156312;REFB=-0.0159521;REVB=0.0114459;RO=21;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275585;STB=0.640614;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00698723;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:21:22:30:30:0.576923:17:13:17:4:17:13:17:5 chr5 169695446 . C T 100.8 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.595;QD=40.3198;RBI=0.0789131;REFB=0;REVB=-0.0648445;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223758;OID=.;OPOS=169695446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7:10:1:0:7:0:0:2:8:0:0 chr5 169715038 . A G 286.09 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0157202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8615;QD=24.3478;RBI=0.0157352;REFB=-0.050357;REVB=-0.000687583;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104731;STB=0.558096;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0375879;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:7:14:14:12:7:14 chr5 169910062 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=379.718;QD=59.0187;RBI=0.0174816;REFB=0;REVB=0.0170324;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23663e-05;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr5 169910084 . G T 409.83 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0226029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2859;QD=51.2289;RBI=0.0618915;REFB=-0.07988;REVB=-0.0576165;RO=2;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273502;STB=0.514696;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00510285;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:21:9:1:1:21:9:1:1 chr5 170215638 . T C 341.08 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0222566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9498;QD=20.9896;RBI=0.022266;REFB=0.0283484;REVB=-0.000647199;RO=30;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811517;STB=0.544997;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0250071;OID=.;OPOS=170215638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:23:12:13:17:23:12:13:17 chr5 170215670 . G A 311.82 PASS AF=0.532258;AO=31;DP=60;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00207743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.248;QD=20.1171;RBI=0.012057;REFB=-0.0213356;REVB=0.0118766;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054802;STB=0.524985;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0216228;OID=.;OPOS=170215670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:29:29:31:33:0.532258:20:11:12:17:21:12:12:17 chr5 170235673 . A G 999.43 PASS AF=0.536313;AO=95;DP=179;FAO=96;FDP=179;FR=.;FRO=83;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0189094;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4895;QD=22.3337;RBI=0.0245108;REFB=-0.00354129;REVB=-0.0155953;RO=83;SAF=54;SAR=41;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640389;STB=0.532013;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00269015;OID=.;OPOS=170235673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:83:83:95:96:0.536313:41:54:41:42:42:54:41:42 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 980.85 PASS AF=0,0,0,0.938356,0.0547945;AO=16,22,9,41,16;DP=144;FAO=0,0,0,137,8;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0,64,0;FSAR=0,0,0,73,8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.280039,-0.521837,0.0784532,0.645617,0.0384681;FXX=0;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=8.90036,11.919,6.1522,11.2313,137.665;QD=26.8727;RBI=0.342986,0.521837,0.0895988,0.647598,0.0517144;REFB=0.075955,-0.0749002,-0.00823731,0.0587034,0.00918644;REVB=-0.198033,0.000601175,-0.0432786,-0.0506199,-0.0345627;RO=32;SAF=0,22,9,8,0;SAR=16,0,0,33,16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.832193,0.805772,0.691513,-0.436554,-0.832193;STB=0.5,0.5,0.5,0.503401,0.5;STBP=1,1,1,0.49,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0.00633158,0,0,0.00315314,0.0567343;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:20:144:146:32:1:16,22,9,41,16:0,0,0,137,8:0,0,0,0.938356,0.0547945:16,0,0,33,16:0,22,9,8,0:22:10:0,0,0,73,8:0,0,0,64,0:0:1 chr5 170241015 . C CA 32.47 PASS AF=0.142077;AO=29;DP=184;FAO=26;FDP=183;FR=.;FRO=157;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=114;FWDB=-0.0329283;FXX=0.0317444;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.7341;QD=0.709617;RBI=0.0409744;REFB=-0.00391603;REVB=-0.024385;RO=153;SAF=20;SAR=9;SRF=42;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497668;STB=0.863715;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.124363;OID=.;OPOS=170241016;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142077:29:184:26:183:157:20:6:43:114:32:153:20:9:42:111 chr5 170294132 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.97;QD=63.8719;RBI=0.0286525;REFB=0;REVB=0.0165663;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49398e-05;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr5 170395512 . A T 729.29 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7557;QD=57.1988;RBI=0.0960329;REFB=0;REVB=0.0185295;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711836;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr5 170726192 . TAG CTG,TGT 410.67 PASS AF=0.513514,0.0405405;AO=38,3;DP=77;FAO=38,3;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=22,1;FSAR=16,2;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.00265564,-0.00398636;FXX=0.038956;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=203.096,183.706;QD=22.1981;RBI=0.00645681,0.0114401;REFB=-0.0245228,-0.0167943;REVB=0.0058854,0.0107231;RO=30;SAF=22,1;SAR=16,2;SRF=4;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.346728,0.31373;STB=0.678536,0.673505;STBP=0.003,0.79;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0121438,0.0848811;OID=.,.;OPOS=170726192,170726193;OREF=TA,AG;OALT=CT,GT;OMAPALT=CTG,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:30:33:38,3:38,3:0.513514,0.0405405:16,2:22,1:4:26:16,2:22,1:6:27 chr5 170883734 . G A 442.67 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0669456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.641;QD=16.2449;RBI=0.066956;REFB=-0.00775383;REVB=0.00118122;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09206;STB=0.551381;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00873626;OID=.;OPOS=170883734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:25:24:35:25:25:24:35:25 chr5 171472417 . A G 157.83 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00980961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8198;QD=25.2525;RBI=0.0603729;REFB=0.0263053;REVB=-0.0595706;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216343;STB=0.620543;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0218467;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:7:2:9:7:7:2 chr5 171533629 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.962;QD=62.9815;RBI=0.018894;REFB=0;REVB=-0.00909706;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83447e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr5 171533656 . C T 941.4 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920673;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.362;QD=58.8375;RBI=0.0236895;REFB=0;REVB=0.0218272;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243427;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr5 171636926 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00107574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.817;QD=9.1;RBI=0.0251877;REFB=0.00257061;REVB=-0.0251647;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262988;STB=0.516093;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00918683;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:11:8:4:5:11:8 chr5 171760569 . A G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.182;QD=62.0181;RBI=0.00405313;REFB=0;REVB=0.00390232;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.561e-06;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr5 171763623 . A G 167.18 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0148165;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.642;QD=15.1977;RBI=0.0150271;REFB=0.00398526;REVB=-0.00250701;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.599891;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00347131;OID=.;OPOS=171763623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:16:10:10:8:16:10 chr5 171849471 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0108557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.157;QD=12.3286;RBI=0.0132652;REFB=-0.0154357;REVB=0.00762374;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170124;STB=0.599828;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0262651;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:12:5:5:6:12:5 chr5 172113235 . C T 1796.45 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.779;QD=60.385;RBI=0.00942577;REFB=0;REVB=0.00143913;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182527;OID=.;OPOS=172113235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:67:49:0:0:67:52:0:0 chr5 172196711 . G T 509.33 PASS AF=0.972222;AO=31;DP=33;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.07321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.391;QD=56.5918;RBI=0.0968143;REFB=-0.081682;REVB=0.0633506;RO=1;SAF=6;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715383;STB=0.538438;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0012186;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:36:1:1:31:35:0.972222:25:6:1:0:29:6:1:0 chr5 172294194 . G T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8046;QD=57.1747;RBI=0.0393096;REFB=0;REVB=0.00399446;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240177;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr5 172341917 . T C 403.89 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00359585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.17;QD=31.6777;RBI=0.0055107;REFB=0.00462708;REVB=-0.00417585;RO=15;SAF=16;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121617;STB=0.506604;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00147691;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:20:16:7:8:20:16:7:8 chr5 172342029 . G GT,T 121.09 PASS AF=0.512821,0;AO=14,2;DP=43;FAO=20,0;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14,0;FSAR=6,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.121735,0.00240951;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.4481,14.0622;QD=12.4194;RBI=0.122185,0.0126958;REFB=0.10547,0.0313148;REVB=0.0104788,-0.012465;RO=27;SAF=10,1;SAR=4,1;SRF=19;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0142313,-0.199932;STB=0.538422,0.5;STBP=0.683,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0928343,0;OID=.,.;OPOS=172342030,172342029;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:39:27:19:14,2:20,0:0.512821,0:4,1:10,1:19:8:6,0:14,0:12:7 chr5 172342668 . C T 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0112064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1248;QD=10.7149;RBI=0.011265;REFB=-0.00192125;REVB=0.00114756;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170694;STB=0.51019;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00508217;OID=.;OPOS=172342668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:12:17:8:6:12:17 chr5 172381973 . A AGGT,T 575.27 PASS AF=0.883721,0.0465116;AO=38,2;DP=44;FAO=38,2;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=23,1;FSAR=15,1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0121143,-0.0109845;FXX=0.0227221;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=173.312,47.4712;QD=53.5136;RBI=0.0122528,0.026945;REFB=-0.0915035,0.00660762;REVB=-0.00183673,-0.0246044;RO=3;SAF=23,1;SAR=15,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0572876,-0.473628;STB=0.530596,0.798048;STBP=0.172,0.718;TYPE=ins,snp;VARB=0.00940831,0.0212173;OID=.,.;OPOS=172381974,172381973;OREF=-,A;OALT=GGT,T;OMAPALT=AGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:44:43:3:3:38,2:38,2:0.883721,0.0465116:15,1:23,1:3:0:15,1:23,1:3:0 chr5 172447762 . G A 469.46 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196861;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.218;QD=58.6826;RBI=0.0319695;REFB=0;REVB=-0.0251894;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21355e-05;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr5 172631051 . T G 369.55 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.813;QD=52.7928;RBI=0.100335;REFB=-0.0561769;REVB=0.0216794;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00916344;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:28:1:0:25:28:1:6:19:1:0:6:22:0:0 chr5 172659597 . G A 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0256994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.381;QD=5.95728;RBI=0.0302678;REFB=-0.00914556;REVB=0.0159901;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404914;STB=0.768454;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0624069;OID=.;OPOS=172659597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:2:4:5:12:2:4:5:13 chr5 172662024 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.368;QD=42.1823;RBI=0.0426219;REFB=0;REVB=-0.0181273;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325832;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr5 172750436 . G A 834.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7457;QD=57.5261;RBI=0.0510307;REFB=0;REVB=0.0209528;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414809;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr5 173034989 . T C 386.88 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0186203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.057;QD=14.0685;RBI=0.0273688;REFB=0.00612428;REVB=0.0200583;RO=65;SAF=32;SAR=13;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259868;STB=0.64737;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00464532;OID=.;OPOS=173034989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:13:32:31:34:13:32:31:34 chr5 173376506 . A G 323.1 PASS AF=0.55;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.024872;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3973;QD=21.5397;RBI=0.0298663;REFB=-0.00545575;REVB=-0.0165342;RO=26;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23414;STB=0.623649;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00206172;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:26:27:33:33:0.55:24:9:14:12:24:9:14:13 chr5 173416365 . C T 89.71 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00622371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.933;QD=6.64514;RBI=0.0238554;REFB=-0.00121729;REVB=-0.0230292;RO=40;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136809;STB=0.574957;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00433801;OID=.;OPOS=173416365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:54:40:41:13:13:0.240741:7:6:23:17:7:6:23:18 chr5 173425248 . T G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0512672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3801;QD=16.1982;RBI=0.0671625;REFB=-0.0276117;REVB=-0.0433874;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0183349;OID=.;OPOS=173425248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr5 174156168 . T C 712.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125148;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.149;QD=63.3314;RBI=0.0140774;REFB=0;REVB=-0.00644604;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463374;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr5 174422374 . C T 486.66 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0056844;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.961;QD=22.9018;RBI=0.00571854;REFB=-0.00752186;REVB=-0.000623884;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105083;STB=0.50995;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00720554;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:38:38:46:47:0.552941:26:20:17:21:27:20:17:21 chr5 174868840 . T C 789.55 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289985;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.619;QD=64.4533;RBI=0.0312934;REFB=0;REVB=0.0117629;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234587;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr5 174870150 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0149281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.63;QD=11.4398;RBI=0.0177502;REFB=0.00537196;REVB=-0.00960322;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128213;STB=0.576753;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00308335;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:8:6:5:4:8:6 chr5 174937193 . C T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0487614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.709;QD=11.4393;RBI=0.0642867;REFB=-0.0129618;REVB=-0.0418941;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127938;STB=0.576152;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0266164;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:12:12:8:5:12:12 chr5 175307373 . G A 1414.69 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6023;QD=62.875;RBI=0.097395;REFB=0;REVB=0.0941589;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848332;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr5 175511992 . C T 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0065466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0414;QD=6.20622;RBI=0.0402716;REFB=-0.0230265;REVB=-0.0397359;RO=30;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351299;STB=0.52234;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0412843;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:8:1:3:27:8:1:3:27 chr5 175723300 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0150471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.899;QD=20.7559;RBI=0.017621;REFB=-0.00950323;REVB=0.00916984;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.540485;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00775804;OID=.;OPOS=175723300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:10:5:5:6:10:5:5:7 chr5 175811094 . C CGT 610.39 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=55;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0550113;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.517;QD=46.953;RBI=0.0705578;REFB=-0.0867238;REVB=0.0441831;RO=8;SAF=26;SAR=20;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524348;STB=0.522316;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.00618603;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903846:46:55:47:52:5:27:20:4:1:24:8:26:20:6:2 chr5 175956177 . G A 302.69 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0191017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.87;QD=17.0527;RBI=0.0418213;REFB=-0.00282302;REVB=0.0372041;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183702;STB=0.510303;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00447633;OID=.;OPOS=175956177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:18:20:18:15:18:20 chr5 175956271 . A C 784.67 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111401;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.556;QD=57.067;RBI=0.0111683;REFB=0;REVB=0.000793064;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3849e-05;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr5 175998246 . T C 272.55 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00893285;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.44;QD=19.4676;RBI=0.0340672;REFB=-0.0169816;REVB=-0.0328752;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427534;STB=0.523793;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00696823;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:18:9:11:18:18:9 chr5 176004476 . T C,G 158.22 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=11,2;DP=13;FAO=13,1;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158175,0.00462571;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.8264,143.101;QD=45.2043;RBI=0.0526932,0.0698615;REFB=0,0;REVB=0.0502631,0.0697082;RO=0;SAF=7,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00664655,0.0194134;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:13:14:0:0:11,2:13,1:0.928571,0.0714286:4,0:7,2:0:0:5,0:8,1:0:0 chr5 176005477 . C T 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00636789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.637;QD=12.3295;RBI=0.0231414;REFB=-0.0109001;REVB=0.0222481;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568094;STB=0.8467;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.011742;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:1:10:8:9:1:10:8:9 chr5 176017639 . C A 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0159473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.1;QD=18.1403;RBI=0.0196458;REFB=-0.0279139;REVB=0.0114735;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370214;STB=0.520677;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0324572;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:24:19:24:26:24:19:24:26 chr5 176024880 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.000284824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.835;QD=15.1663;RBI=0.000533128;REFB=-0.00789959;REVB=-0.000450667;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440743;STB=0.735526;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0105483;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:9:14:4:25:9:14:5:25 chr5 176025938 . T C 310.06 PASS AF=0.928571;AO=24;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00727512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.53;QD=44.2943;RBI=0.0227143;REFB=-0.183218;REVB=0.0215177;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264929;STB=0.512039;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.010735;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:28:1:2:24:26:0.928571:7:17:1:0:9:17:1:1 chr5 176047761 . G A 36.59 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0244284;FXX=0.124844;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.424;QD=20.9061;RBI=0.0247696;REFB=0.0165817;REVB=0.00409737;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00188608;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:7:1:2:5:5:0.714286:1:4:0:1:1:4:0:2 chr5 176053622 . G A 203.37 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.38;QD=47.8522;RBI=0.0803342;REFB=0;REVB=0.0421854;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148712;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr5 176069831 . G A 1224.19 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7928;QD=61.2094;RBI=0.0429158;REFB=0;REVB=-0.0164775;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106869;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:31:48:0:0:31:49:0:0 chr5 176314459 . G A 95.11 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00154228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.277;QD=11.1899;RBI=0.0274168;REFB=-0.00310565;REVB=0.0273733;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987403;STB=0.558727;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0060841;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:13:9:6:6:13:9 chr5 176314639 . G A 190.98 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000728791;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.15;QD=21.22;RBI=0.0292452;REFB=-0.0364753;REVB=0.0292361;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233393;STB=0.63144;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0403144;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:11:6:12:7:11:6 chr5 176334195 . C T 505.4 PASS AF=1;AO=25;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101655;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.551;QD=59.4593;RBI=0.0251182;REFB=0;REVB=-0.0229692;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93631e-05;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:25:34:1:8:17:0:0:16:18:0:0 chr5 176378574 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.633;QD=42.1826;RBI=0.0198052;REFB=0;REVB=-0.0197162;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125151;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 176382995 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0515493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.622;QD=18.2492;RBI=0.0523272;REFB=0.00753943;REVB=-0.00898886;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365471;STB=0.708774;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00419193;OID=.;OPOS=176382995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:9:3:9:4:9:3 chr5 176402401 . G A 785.11 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.207;QD=56.0794;RBI=0.0613748;REFB=0;REVB=-0.0590084;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2498e-05;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:18:34:0:0:18:38:0:0 chr5 176492557 . G A 430.18 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.723;QD=53.7721;RBI=0.044498;REFB=0;REVB=0.0233494;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064747;OID=.;OPOS=176492557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:30:32:1:15:15:1:0:15:17:0:0 chr5 176516631 . G A 249.28 PASS AF=0.545455;AO=19;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00854743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.767;QD=22.6617;RBI=0.0115735;REFB=-0.04944;REVB=-0.00780298;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150779;STB=0.603086;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0444488;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:20:19:24:0.545455:6:13:7:7:8:16:9:11 chr5 176517170 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.69;QD=39.2068;RBI=0.0940074;REFB=0;REVB=-0.0360661;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125676;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr5 176517292 . A G 676.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215137;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2024;QD=62.9227;RBI=0.074154;REFB=0;REVB=-0.0709646;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024901;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr5 176517326 . T C 582.31 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00255692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.966;QD=58.2309;RBI=0.0407126;REFB=-0.14535;REVB=0.0406323;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00395135;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:26:13:0:0:26:13:0:1 chr5 176517461 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.212;QD=47.8223;RBI=0.00975947;REFB=0;REVB=-0.00497676;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107465;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 176517797 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.304;QD=60.9786;RBI=0.00975501;REFB=0;REVB=0.00850005;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19663e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr5 176518784 . C T 1044.0 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.628;QD=59.657;RBI=0.0119596;REFB=0;REVB=0.0110834;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73437e-06;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:30:40:0:0 chr5 176520243 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.021869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.782;QD=23.0937;RBI=0.0218718;REFB=-0.0441293;REVB=0.000346923;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230086;STB=0.62796;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0214222;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:2:10:9:8:2:10 chr5 176636882 . C T 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0546261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.157;QD=10.8232;RBI=0.0556592;REFB=-0.00261322;REVB=-0.0106744;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31983;STB=0.695828;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0100041;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:2:10:14:9:2:10:14:9 chr5 176639105 . T C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00538459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.155;QD=16.1065;RBI=0.009657;REFB=0.000605042;REVB=0.00801647;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492737;STB=0.528269;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.000844657;OID=.;OPOS=176639105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:14:8:7:10:14:8 chr5 176721119 . G A 244.55 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0109152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.288;QD=24.4553;RBI=0.0182859;REFB=0.0130075;REVB=0.0146708;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20477;STB=0.613637;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00920137;OID=.;OPOS=176721119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:5:12:10:13:5:12 chr5 176721151 . T C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0291281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.72;QD=26.3988;RBI=0.0739213;REFB=-0.0467769;REVB=-0.0679405;RO=10;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137414;STB=0.576527;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0184389;OID=.;OPOS=176721151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:7:11:4:6:7:11:4:6 chr5 176721198 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.941;QD=59.8381;RBI=0.018508;REFB=0;REVB=-0.0155635;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9849e-05;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr5 176728400 . G A 739.03 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.076859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4543;QD=54.7428;RBI=0.0769912;REFB=-0.0145103;REVB=0.00451036;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00501658;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:28:25:0:1:28:25:0:1 chr5 176728458 . G T 884.68 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.287;QD=58.0119;RBI=0.04592;REFB=0;REVB=0.0162929;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206244;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr5 176728817 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0252825;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.49;QD=18.645;RBI=0.0292342;REFB=-0.0261202;REVB=-0.0146776;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361458;STB=0.512802;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.018912;OID=.;OPOS=176728817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:4:10:9:3:4:10:9:4 chr5 176733116 . A G,T 758.0 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=39,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116535,0.016005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.987,116.84;QD=56.1481;RBI=0.0117651,0.0166065;REFB=0,0;REVB=-0.00161672,-0.00442907;RO=0;SAF=13,1;SAR=39,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.05892e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000782291,0.0904373;OID=.,.;OPOS=176733116,176733116;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:39,1:13,1:0:0:39,1:13,1:0:0 chr5 176733616 . T C 595.14 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.942;QD=61.0398;RBI=0.0726864;REFB=0;REVB=0.0405858;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213499;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:34:4:0:0:35:4:0:0 chr5 176737720 . A G 340.21 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.299;QD=54.4328;RBI=0.057116;REFB=0;REVB=0.0485729;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313384;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr5 176795796 . G A 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0225057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.101;QD=16.4074;RBI=0.0248883;REFB=-0.0109626;REVB=0.0106264;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383183;STB=0.72236;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0157061;OID=.;OPOS=176795796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:17:4:15:14:17:4:15:14 chr5 176831826 . C G 1599.97 PASS AF=0.973214;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0113279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.719;QD=57.1417;RBI=0.0172304;REFB=0.0311208;REVB=0.0129833;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.512818;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000118895;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:112:0:3:107:109:0.973214:50:57:0:0:52:57:3:0 chr5 176832375 . C T 104.78 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0569558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9257;QD=10.7469;RBI=0.0750923;REFB=-0.0151409;REVB=-0.0489376;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355057;STB=0.709303;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0232703;OID=.;OPOS=176832375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:2:11:15:10:2:11:16:10 chr5 176862042 . G A 104.23 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.067821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7933;QD=6.31706;RBI=0.0954917;REFB=-0.00642309;REVB=-0.0672233;RO=49;SAF=10;SAR=6;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151655;STB=0.597346;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.020471;OID=.;OPOS=176862042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:50:16:16:0.242424:6:10:36:13:6:10:37:13 chr5 176869660 . T C 58.82 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00067366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.071;QD=3.40963;RBI=0.0762618;REFB=-0.0140364;REVB=-0.0762589;RO=57;SAF=8;SAR=3;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157018;STB=0.602213;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0925257;OID=.;OPOS=176869660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:69:69:57:58:11:11:0.15942:3:8:35:22:3:8:36:22 chr5 176885178 . A G 272.34 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8931;QD=51.8744;RBI=0.0298612;REFB=0;REVB=-0.0286351;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677687;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr5 176916516 . C T 345.09 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104242;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.873;QD=55.2149;RBI=0.10509;REFB=0;REVB=0.0133192;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137291;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr5 176917078 . T C 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00400151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.376;QD=58.2401;RBI=0.00439008;REFB=-0.0373393;REVB=0.00180576;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=1.02661e-05;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:15:24:0:0:15:24:0:1 chr5 176930135 . G A 773.57 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.805;QD=61.8852;RBI=0.045711;REFB=-0.1824;REVB=0.0431752;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00120683;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:1:1:48:49:0.98:29:19:0:1:30:19:0:1 chr5 176930171 . AGAG A 797.17 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363303;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.257;QD=57.9758;RBI=0.0671239;REFB=0;REVB=0.0564423;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00020129;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:55:55:0:25:30:0:0:4:0:25:29:0:0 chr5 176931225 . G A 79.43 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.013534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.823;QD=4.12627;RBI=0.0140131;REFB=-0.00949781;REVB=-0.00363282;RO=63;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209161;STB=0.636675;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0508437;OID=.;OPOS=176931225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:9:5:33:30:9:5:33:30 chr5 176936650 . T C 534.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.961;QD=59.4379;RBI=0.0877219;REFB=0;REVB=0.073413;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395997;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr5 176940384 . G A 761.23 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325665;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4737;QD=63.436;RBI=0.0461071;REFB=0;REVB=0.0326388;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281349;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr5 176951276 . A G 831.14 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.848;QD=57.32;RBI=0.0612703;REFB=0;REVB=0.0556474;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32073e-05;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:31:23:0:0:33:25:0:0 chr5 177022652 . A G 255.58 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1546;QD=51.1153;RBI=0.116473;REFB=0;REVB=0.0458358;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00624141;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:15:20:1:6:9:0:0:6:14:0:0 chr5 177023096 . A AT 429.02 PASS AF=1;AO=7;DP=60;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143301;FXX=0.338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0656;QD=44.0016;RBI=0.170327;REFB=0;REVB=-0.0920651;RO=51;SAF=0;SAR=7;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00192186;OID=.;OPOS=177023097;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:60:39:39:0:5:34:0:0:8:51:0:7:15:36 chr5 177023098 . A T 571.1 PASS AF=0.864407;AO=27;DP=55;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0208916;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=105.349;QD=38.7189;RBI=0.0531737;REFB=-0.0604274;REVB=0.0488977;RO=6;SAF=1;SAR=26;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096109;STB=0.504186;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00329736;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:55:59:6:8:27:51:0.864407:26:1:0:6:37:14:2:6 chr5 177180236 . G A 674.7 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103416;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.821;QD=62.7626;RBI=0.0263156;REFB=0;REVB=-0.0241984;RO=0;SAF=38;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11068e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:5:38:0:0:5:38:0:0 chr5 177422876 . T C 1477.02 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.8;QD=62.1905;RBI=0.0363493;REFB=-0.0848563;REVB=-0.00531651;RO=1;SAF=38;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123135;STB=0.506492;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000259468;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:56:38:1:0:56:38:1:0 chr5 177422908 . A G 1383.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410368;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.63;QD=62.8845;RBI=0.0445423;REFB=0;REVB=0.0173203;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05927e-05;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr5 177547247 . T C 980.74 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328744;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.339;QD=58.5517;RBI=0.0330529;REFB=0;REVB=-0.00343022;RO=0;SAF=3;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186459;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:63:67:1:60:3:0:0:62:5:0:0 chr5 177550723 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00045411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.413;QD=53.9112;RBI=0.0587295;REFB=0;REVB=0.0587277;RO=0;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035451;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:2:22:0:0:2:22:0:0 chr5 177550744 . C A 54.06 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=52;FWDB=-0.00804125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.397;QD=2.70305;RBI=0.0356684;REFB=-0.00683932;REVB=0.0347502;RO=69;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170934;STB=0.616;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0218983;OID=.;OPOS=177550744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:69:69:11:11:0.1375:7:4:17:52:7:4:17:52 chr5 177612734 . T C 1940.49 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00980386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.998;QD=59.7074;RBI=0.0157427;REFB=0.0165661;REVB=0.0123174;RO=3;SAF=54;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108073;STB=0.509089;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=5.39293e-06;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:130:130:3:2:127:128:0.984615:73:54:2:1:74:54:2:0 chr5 177612744 . A G 1954.85 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0509899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.442;QD=61.0892;RBI=0.0519597;REFB=-0.00859369;REVB=-0.00999228;RO=1;SAF=54;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871795;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=6.37566e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:126:127:0.992188:72:54:1:0:72:55:1:0 chr5 177612850 . T C 46.94 PASS AF=0.125;AO=9;DP=79;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.00970454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.396;QD=2.34692;RBI=0.00997502;REFB=-0.000811974;REVB=0.00230714;RO=70;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165504;STB=0.580493;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00613959;OID=.;OPOS=177612850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:80:70:70:9:10:0.125:5:4:22:48:6:4:22:48 chr5 177612983 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.884;QD=62.6711;RBI=0.0142149;REFB=0;REVB=-0.00528735;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07749e-05;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 177613123 . T C 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0228027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.586;QD=56.7847;RBI=0.0341943;REFB=-0.028819;REVB=0.025481;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446315;STB=0.523798;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0007099;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:21:20:2:0:21:20:2:0 chr5 177613168 . C T 717.95 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3575;QD=54.1848;RBI=0.0441071;REFB=-0.0508072;REVB=0.0435839;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343696;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:26:27:0:0 chr5 177613296 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.407;QD=55.0987;RBI=0.0177933;REFB=0;REVB=-0.00727894;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91291e-05;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr5 177614001 . T C 571.73 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973613;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.017;QD=58.6389;RBI=0.0296735;REFB=-0.0900156;REVB=0.0280308;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047134;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr5 177614090 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.619;QD=51.1846;RBI=0.0283617;REFB=0;REVB=0.0249755;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154541;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr5 177614094 . C G 230.35 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.141615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4582;QD=46.0708;RBI=0.141616;REFB=-0.168807;REVB=0.000636354;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00833768;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:19:19:0.95:8:11:0:0:8:11:1:0 chr5 177614137 . C T 206.56 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.391;QD=48.6016;RBI=0.0334635;REFB=0;REVB=-0.0288961;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94702e-05;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:5:12:0:0 chr5 177614147 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00518259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.814;QD=22.5856;RBI=0.0654639;REFB=-0.0293852;REVB=-0.0652584;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263404;STB=0.651862;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0214672;OID=.;OPOS=177614147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:3:3:2:9:3:3 chr5 177614183 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.102;QD=39.2068;RBI=0.0211123;REFB=0;REVB=0.00609664;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367925;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr5 177669413 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.996;QD=57.8846;RBI=0.0181738;REFB=0;REVB=0.0123164;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31355e-05;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr5 177715302 . CAAAAAAAT CAAAAAAT,CAAAAAATA,CAAAAAT 126.94 PASS AF=1,0,0;AO=11,3,3;DP=29;FAO=28,0,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164941,0.0702744,0.0836809;FXX=0.0344709;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.54024,14.0365,10.3874;QD=18.1339;RBI=0.193516,0.0844794,0.100721;REFB=-0.0583162,-0.0678367,-0.0432126;REVB=0.101208,-0.0468858,0.0560558;RO=6;SAF=8,0,2;SAR=3,3,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0461225,-0.711122,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0291533,0.252727,0.0407493;OID=.,.,.;OPOS=177715303,177715309,177715303;OREF=A,AT,AA;OALT=-,TA,-;OMAPALT=CAAAAAAT,CAAAAAATA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:11,3,3:29:28,0,0:28:0:14,0,0:14,0,0:0:0:6:6:8,0,2:3,3,1:4:2 chr5 177715581 . T C 742.89 PASS AF=1;AO=17;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.635;QD=61.9071;RBI=0.182843;REFB=0;REVB=0.166673;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149458;OID=.;OPOS=177715581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:17:48:1:6:11:0:0:19:29:0:0 chr5 178049444 . C G 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0213201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.062;QD=13.4957;RBI=0.0236402;REFB=-0.000191381;REVB=0.0102134;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666795;STB=0.537991;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000335316;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:16:13:17:27:16:13:17:27 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 82.29 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=49;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000221627;FXX=0.062487;HRUN=0;LEN=11;MLLD=284.368;QD=7.31477;RBI=0.0100919;REFB=-0.00472976;REVB=-0.0100895;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101609;STB=0.532728;STBP=0.828;TYPE=ins;VARB=0.0119785;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244444:10:49:11:45:34:6:5:20:14:82:36:5:5:21:15 chr5 178139442 . T G 399.03 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0012197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.952;QD=23.8224;RBI=0.010964;REFB=-0.0167291;REVB=-0.0108959;RO=27;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128342;STB=0.513882;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0132371;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:28:39:39:0.58209:18:21:15:12:18:21:16:12 chr5 178140090 . C T 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0395071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.583;QD=17.7992;RBI=0.0466483;REFB=-0.0289385;REVB=-0.0248042;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160183;STB=0.590821;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0322158;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:16:8:10:10:16:8 chr5 178359136 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.556;QD=40.6411;RBI=0.0450857;REFB=-0.10665;REVB=0.0228345;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00373408;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:0:1:9:5:0:1 chr5 178391860 . G A 754.59 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2129;QD=62.8821;RBI=0.0161456;REFB=0;REVB=-0.0149227;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097852;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr5 178395850 . G C 1471.97 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.667;QD=63.3105;RBI=0.0185522;REFB=0;REVB=0.00146567;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70373e-05;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr5 178410151 . C T 441.37 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0852373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.055;QD=25.2212;RBI=0.0852458;REFB=-0.0385541;REVB=0.00120406;RO=28;SAF=26;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192567;STB=0.605429;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0323374;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:16:26:10:18:16:26:10:18 chr5 178412273 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.004772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.751;QD=14.6498;RBI=0.0632719;REFB=-0.00879477;REVB=0.0630917;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134401;STB=0.578826;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00694858;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:3:11:13:6:3:11:13:6 chr5 178413816 . T C 228.83 PASS AF=0.465517;AO=24;DP=56;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.00221087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.839;QD=15.7812;RBI=0.0488774;REFB=-0.0147328;REVB=-0.0488273;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247104;STB=0.623707;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0467987;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:28:31:24:27:0.465517:10:14:23:5:11:16:25:6 chr5 178413947 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00334217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.437;QD=10.2403;RBI=0.00771133;REFB=0.000464108;REVB=-0.00694943;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123852;STB=0.573776;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00100721;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:15:4:3:7:15:4 chr5 178415937 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0161321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.056;QD=13.6303;RBI=0.0189905;REFB=-0.00216195;REVB=0.0100197;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337293;STB=0.519951;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00550599;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:7:2:2:6:7:2 chr5 178415982 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.162;QD=61.3364;RBI=0.0208549;REFB=0;REVB=-0.0196559;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8213e-05;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr5 178416063 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00212558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.071;QD=12.8687;RBI=0.0159704;REFB=-0.00889328;REVB=0.0158283;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233046;STB=0.633388;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00974847;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:23:10:11:10:23:10 chr5 178416288 . G A 443.35 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00638981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.993;QD=25.7015;RBI=0.0296459;REFB=-0.038949;REVB=0.028949;RO=27;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120104;STB=0.559807;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0155469;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:27:27:41:42:0.608696:22:19:17:10:22:20:17:10 chr5 178419288 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000131853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6191;QD=33.4283;RBI=0.0482908;REFB=0;REVB=0.0482907;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048352;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 178459283 . A G 295.54 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0288624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8513;QD=15.3526;RBI=0.0295748;REFB=-0.0265765;REVB=-0.00645187;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189863;STB=0.607775;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0372053;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:23:10:21:23:23:10:21:23 chr5 178459426 . A C 315.65 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000273951;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.243;QD=17.2959;RBI=0.00185112;REFB=-0.0185874;REVB=0.00183074;RO=39;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685776;STB=0.538439;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0212689;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:39:34:34:0.465753:19:15:20:19:19:15:20:19 chr5 178507069 . T C 673.79 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123105;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.242;QD=62.6783;RBI=0.0231436;REFB=0;REVB=0.0195979;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8447e-05;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 178507090 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.57;QD=60.6102;RBI=0.00746252;REFB=0;REVB=0.00547085;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27049e-06;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr5 178540975 . G A 405.55 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00280908;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.091;QD=17.0759;RBI=0.00522821;REFB=-0.018369;REVB=0.00440945;RO=53;SAF=12;SAR=30;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194956;STB=0.510944;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0236041;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:53:53:42:42:0.442105:30:12:16:37:30:12:16:37 chr5 178581859 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00895336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.298;QD=20.2738;RBI=0.0113833;REFB=-0.00942822;REVB=0.00702966;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778015;STB=0.553027;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0134097;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:12:11:9:14:12:11:9:15 chr5 178634619 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.927;QD=58.6483;RBI=0.0185392;REFB=-0.0375711;REVB=0.0140422;RO=1;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445938;STB=0.523797;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000576789;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:10:30:0:1:10:30:0:1 chr5 178634672 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.000579559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.266;QD=12.7914;RBI=0.013624;REFB=-0.0222503;REVB=-0.0136117;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.59987;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.029307;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:18:5:5:9:18:5 chr5 178634683 . C T 85.62 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0297705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2694;QD=11.8103;RBI=0.0398398;REFB=-0.0253481;REVB=-0.0264751;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191819;STB=0.612712;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0395312;OID=.;OPOS=178634683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:13:5:5:6:13:5 chr5 178770981 . A G 448.76 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00781748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.151;QD=15.7458;RBI=0.0083635;REFB=-0.0049235;REVB=-0.00297242;RO=64;SAF=27;SAR=22;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117351;STB=0.501424;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00613848;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:49:50:0.438596:22:27:36:28:22:28:36:28 chr5 178949560 . AG GT 247.69 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928219;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.843;QD=49.537;RBI=0.0115393;REFB=0;REVB=0.00685533;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00272123;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:12:6:0:0:14:6:0:0 chr5 178949781 . A G 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0012158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.172;QD=24.3252;RBI=0.00583203;REFB=-0.00888188;REVB=-0.00570389;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00206424;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr5 178951598 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9662;QD=56.7038;RBI=0.0238689;REFB=0;REVB=-0.0196758;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106445;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr5 179036433 . G A 449.89 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0107251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.815;QD=14.5127;RBI=0.0107255;REFB=-0.0123689;REVB=0.000101713;RO=73;SAF=26;SAR=25;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317162;STB=0.517856;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0142452;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:25:26:35:38:25:26:35:38 chr5 179043161 . G A 292.68 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0072034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4251;QD=27.2264;RBI=0.00737713;REFB=-0.0369527;REVB=-0.00159153;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00650637;STB=0.503594;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0306644;OID=.;OPOS=179043161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:9:8:12:14:9:8 chr5 179069468 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0441036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3367;QD=10.3789;RBI=0.141347;REFB=-0.0119926;REVB=-0.13429;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381346;STB=0.732786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0314222;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:7:9:2:7:7:9 chr5 179071866 . A G 291.47 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0193248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7402;QD=16.8966;RBI=0.0381054;REFB=-0.0214999;REVB=-0.0328417;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103735;STB=0.558274;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0188238;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:19:18:19:13:19:18 chr5 179078940 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.115;QD=59.8394;RBI=0.0250801;REFB=0;REVB=0.0148772;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127746;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr5 179079104 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0149058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2176;QD=11.0923;RBI=0.0289277;REFB=-0.00685019;REVB=0.0247917;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0123776;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr5 179126090 . C T 150.68 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00120539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.532;QD=20.0904;RBI=0.0101355;REFB=-0.00339564;REVB=-0.0100635;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885829;STB=0.562422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00284829;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:15:16:0.533333:7:8:6:8:7:9:6:8 chr5 179192432 . C T 642.7 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0192191;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8003;QD=26.2328;RBI=0.0243627;REFB=-0.0372478;REVB=0.0149722;RO=42;SAF=28;SAR=29;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117602;STB=0.559665;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0237004;OID=.;OPOS=179192432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:42:41:57:57:0.581633:29:28:27:15:29:28:26:15 chr5 179195887 . G A 94.46 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0123538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.837;QD=10.795;RBI=0.0132916;REFB=-0.0114318;REVB=-0.00490423;RO=22;SAF=1;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578388;STB=0.87927;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00873094;OID=.;OPOS=179195887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:35:22:23:12:12:0.342857:11:1:11:11:11:1:13:10 chr5 179203933 . A G 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0249196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.163;QD=19.736;RBI=0.0273821;REFB=-0.018911;REVB=0.0113487;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589785;STB=0.532752;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0215619;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:21:17:19:18:21:17:19:18 chr5 179260153 . C T 714.6 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.966;QD=53.932;RBI=0.0604267;REFB=-0.109945;REVB=-0.0403177;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000942795;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:1:1:49:52:0.981132:27:22:1:0:29:23:1:0 chr5 179260213 . G A 173.94 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0949547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5454;QD=18.8039;RBI=0.114858;REFB=-0.0159625;REVB=0.064621;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492501;STB=0.542122;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0158727;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:10:8:9:9:10:8:10:9 chr5 179264731 . T C 181.17 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0167439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.092;QD=11.3232;RBI=0.0214472;REFB=-0.0105896;REVB=-0.0134024;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238331;STB=0.637952;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0172221;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:9:14:16:25:9:14:16:25 chr5 179267949 . T C 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00128805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.764;QD=13.1194;RBI=0.0257432;REFB=-0.0233335;REVB=-0.025711;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535855;STB=0.536884;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0310638;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:10:15:24:13:10:15:25:13 chr5 179280379 . T C 616.78 PASS AF=0.642857;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00753664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.485;QD=29.3705;RBI=0.0089815;REFB=-0.00793592;REVB=0.00488533;RO=30;SAF=25;SAR=29;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682278;STB=0.537023;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00427513;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:30:54:54:0.642857:29:25:17:13:29:25:17:13 chr5 179285752 . G A 293.14 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0263693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.463;QD=22.9914;RBI=0.0511296;REFB=-0.0522626;REVB=0.0438053;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194626;STB=0.606869;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0415818;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:12:17:18:4:12:17:18:4 chr5 179529124 . G A 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0707745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.154;QD=6.5438;RBI=0.0712692;REFB=-0.00102601;REVB=-0.00838291;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192761;STB=0.661683;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00433592;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:7:1:5:18:7:1:6:18 chr5 179555407 . T C 174.69 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.022249;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.847;QD=11.646;RBI=0.0248887;REFB=-0.00878219;REVB=-0.011155;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20765;STB=0.620906;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0113095;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:38:22:22:0.366667:15:7:19:19:15:7:19:19 chr5 179727681 . A G 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0142384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.676;QD=19.9749;RBI=0.0146924;REFB=-0.0054792;REVB=-0.00362437;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682328;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00542082;OID=.;OPOS=179727681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:10:10:11:8:10:10:12:8 chr5 179729519 . A G 718.33 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141551;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7007;QD=61.1343;RBI=0.0478391;REFB=-0.125318;REVB=0.045697;RO=1;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144681;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00330467;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:32:14:0:1:32:14:0:1 chr5 179734200 . A G 83.92 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0193619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4505;QD=10.1716;RBI=0.0210661;REFB=0.0107676;REVB=-0.00830048;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249274;STB=0.650002;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0144201;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:9:13:4:7:9:13 chr5 179996111 . C T 714.3 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710997;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.741;QD=57.1443;RBI=0.00726881;REFB=0;REVB=0.00151127;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28148e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr5 180017688 . ACG AC,CAC 295.16 PASS AF=0.695652,0;AO=27,2;DP=46;FAO=32,0;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=11,0;FSAR=21,0;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.160726,0.0883068;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=15.9645,17.2506;QD=25.6657;RBI=0.210148,0.110433;REFB=0.0418915,-0.0205722;REVB=0.135386,0.0663122;RO=15;SAF=9,0;SAR=18,2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0.454545,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0938296,-0.528044;STB=0.528089,0.5;STBP=0.592,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00687241,0;OID=.,.;OPOS=180017690,180017688;OREF=G,ACG;OALT=-,CAC;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:46:46:15:14:27,2:32,0:0.695652,0:18,2:9,0:7:8:21,0:11,0:6:8 chr5 180046344 . G C 770.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3577;QD=55.0408;RBI=0.0411798;REFB=-0.0918572;REVB=0.038241;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00369125;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:1:0:25:30:1:0 chr5 180046492 . CAG C 665.06 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240462;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.339;QD=61.8658;RBI=0.0248654;REFB=0;REVB=0.00632995;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.68429e-05;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:43:43:0:30:13:0:0:4:0:30:8:0:0 chr5 180052946 . G A 77.99 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00552168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.002;QD=14.18;RBI=0.0164499;REFB=-0.00407398;REVB=0.0154954;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00781405;OID=.;OPOS=180052946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr5 180120149 . T C 600.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234453;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.453;QD=61.5586;RBI=0.0403842;REFB=0;REVB=0.0328816;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104239;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr5 180166461 . C G 345.03 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693246;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.524;QD=55.2049;RBI=0.00919851;REFB=0;REVB=-0.00604595;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000830573;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr5 180218668 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.297;QD=58.2377;RBI=0.0297682;REFB=0;REVB=0.0233676;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95469e-05;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr5 180219984 . C T 106.25 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0275639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.919;QD=11.8059;RBI=0.0278837;REFB=0.00412615;REVB=-0.00421096;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213434;STB=0.620076;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0156366;OID=.;OPOS=180219984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:6:7:7:14:6:7:8:15 chr5 180276402 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6393;QD=62.3485;RBI=0.0449412;REFB=0;REVB=0.0314883;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954695;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 180277343 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0033158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.357;QD=12.2129;RBI=0.0101704;REFB=-0.0113332;REVB=-0.00961467;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398785;STB=0.736947;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0167392;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:13:9:10:3:13:9 chr5 180278393 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.533;QD=47.8219;RBI=0.0545046;REFB=0;REVB=0.00820248;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586529;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr5 180329359 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00257837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7591;QD=14.0971;RBI=0.0583532;REFB=0.00280654;REVB=0.0582962;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732572;STB=0.542649;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00204712;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:11:7:6:7:11:7 chr5 180335743 . C T 391.47 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00602969;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.312;QD=21.4506;RBI=0.017512;REFB=-0.0113353;REVB=-0.0164412;RO=34;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101553;STB=0.556159;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00919035;OID=.;OPOS=180335743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:34:39:39:0.534247:16:23:16:18:16:23:16:18 chr5 180338368 . A G 534.23 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0828079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.59;QD=26.3818;RBI=0.0836615;REFB=-0.0150534;REVB=0.0119208;RO=32;SAF=21;SAR=28;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974206;STB=0.55317;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00781708;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:32:49:49:0.604938:28:21:18:14:28:21:18:14 chr5 180374523 . G A 560.25 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00470723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.396;QD=17.6456;RBI=0.00579377;REFB=-0.0138719;REVB=-0.00337784;RO=68;SAF=39;SAR=20;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609459;STB=0.533924;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0148067;OID=.;OPOS=180374523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:20:39:41:27:20:39:41:27 chr5 180374534 . G A 636.04 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00616593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4191;QD=18.436;RBI=0.0360293;REFB=-0.0187059;REVB=0.0354978;RO=73;SAF=41;SAR=24;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284443;STB=0.51578;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0176273;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:73:65:65:0.471014:24:41:44:29:24:41:44:29 chr5 180376208 . T G 152.86 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00786795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.052;QD=10.3634;RBI=0.0363724;REFB=-0.0250062;REVB=-0.0355112;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266546;STB=0.655479;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0375445;OID=.;OPOS=180376208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:8:12:14:25:8:12:14:25 chr5 180376223 . G C 182.34 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0117546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2889;QD=11.5771;RBI=0.0301813;REFB=-0.0291385;REVB=-0.0277982;RO=39;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374071;STB=0.687173;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0316986;OID=.;OPOS=180376223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:22:23:0.365079:7:15:13:26:8:15:14:26 chr5 180376972 . C G 75.26 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.057266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.78;QD=13.683;RBI=0.0578649;REFB=-0.010159;REVB=0.00830363;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569313;STB=0.533269;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0126189;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:3:9:7:3:3:9 chr5 180376974 . T G 65.74 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0031955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.935;QD=11.4324;RBI=0.0050727;REFB=-0.010721;REVB=0.00393967;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145537;STB=0.586031;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0206735;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:3:11:6:3:3:11 chr5 180377331 . T C 205.4 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00199615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.137;QD=12.8373;RBI=0.0382154;REFB=-0.0136645;REVB=0.0381632;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762778;STB=0.504377;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0237803;OID=.;OPOS=180377331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:20:19:12:13:20:19 chr5 180430895 . G A 426.67 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00140714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5015;QD=19.1763;RBI=0.00147663;REFB=-0.0147834;REVB=0.000447676;RO=45;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024299;STB=0.508561;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0130195;OID=.;OPOS=180430895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:18:25:25:20:18:25:26:20 chr5 180432416 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00827327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.747;QD=22.1441;RBI=0.0105087;REFB=-0.0132441;REVB=0.00647962;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.55549;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0151136;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:6:7:7:10:6:7 chr5 180472498 . C T 111.43 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0341149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.538;QD=15.9178;RBI=0.0343416;REFB=0.00187295;REVB=-0.00393939;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414901;STB=0.721594;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00986569;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:15:13:13:0.464286:9:4:11:3:9:4:11:4 chr5 180472513 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0122558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.249;QD=18.2512;RBI=0.0270349;REFB=-0.00586258;REVB=-0.0240973;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408332;STB=0.733022;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00414625;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:11:4:11:4:11:4 chr5 180477284 . C T 75.5 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0231945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0062;QD=3.55287;RBI=0.0389841;REFB=0.00954748;REVB=-0.0313333;RO=71;SAF=9;SAR=5;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121052;STB=0.581034;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0499833;OID=.;OPOS=180477284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:71:71:14:14:0.164706:5:9:39:32:5:9:39:32 chr5 180482473 . A G 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0145889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.345;QD=10.4728;RBI=0.0180362;REFB=-0.00900853;REVB=-0.0106051;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146354;STB=0.586417;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0321097;OID=.;OPOS=180482473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:14:21:8:9:14:21 chr5 180486247 . G C,T 437.33 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211308,0.0248686;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.8035,161.015;QD=56.4302;RBI=0.0309127,0.0250262;REFB=0,0;REVB=-0.0308404,-0.00280479;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.113015,0.000356708;OID=.,.;OPOS=180486247,180486247;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:2,17:0,12:0:0:2,17:0,12:0:0 chr5 180486306 . C T 77.73 PASS AF=0.4;AO=7;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00559699;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.184;QD=12.4374;RBI=0.0303954;REFB=-0.0180852;REVB=0.0298757;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.523317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0352538;OID=.;OPOS=180486306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:26:25:16:15:7:10:0.4:6:1:6:10:7:3:5:10 chr5 180486785 . G C 212.66 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.075;QD=47.2575;RBI=0.07285;REFB=0;REVB=0.00940825;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029801;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:14:3:1:0:14:4:0:0 chr5 180582604 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0649442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0522;QD=10.6686;RBI=0.0672379;REFB=-0.0166328;REVB=-0.017412;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.72933;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0156668;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:4:6:4:13:4:6:4:14 chr5 180596597 . A G 777.38 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0549078;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7991;QD=22.3705;RBI=0.0701384;REFB=0.0231749;REVB=0.0436409;RO=64;SAF=24;SAR=50;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158786;STB=0.591506;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0207601;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:65:74:74:0.532374:50:24:32:32:50:24:33:32 chr5 180600638 . T C 989.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.83;QD=59.0728;RBI=0.0835604;REFB=0;REVB=0.083373;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190322;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr5 180600702 . G C 189.07 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0139776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.083;QD=16.8059;RBI=0.0159937;REFB=0.000512049;REVB=0.00777338;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17813;STB=0.620579;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.000827822;OID=.;OPOS=180600702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:19:20:0.444444:11:8:6:18:11:9:6:19 chr5 180615933 . T C 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0157247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.898;QD=17.1612;RBI=0.015872;REFB=-0.0025178;REVB=0.00215784;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898943;STB=0.550433;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00280615;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:24:16:24:25:24:16:24:25 chr5 180618713 . A AC 754.53 PASS AF=1;AO=66;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.9374;QD=41.9182;RBI=0.106305;REFB=0;REVB=-0.0391908;RO=7;SAF=33;SAR=33;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00199496;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:73:72:72:0:38:34:0:0:12:7:33:33:6:1 chr5 180626927 . A G 375.89 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0148063;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.055;QD=13.7943;RBI=0.0148083;REFB=-0.0142039;REVB=0.000245391;RO=63;SAF=24;SAR=20;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611617;STB=0.53298;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0204401;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:65:44:44:0.40367:20:24:38:25:20:24:39:26 chr6 335175 . A T 483.04 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.133;QD=58.5499;RBI=0.0277011;REFB=0;REVB=0.00678915;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86088e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:15:15:0:0:15:18:0:0 chr6 348906 . G A 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00576482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.178;QD=9.65115;RBI=0.00678615;REFB=-0.00616055;REVB=0.00358032;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195367;STB=0.616863;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00912809;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:22:11:7:7:22:11 chr6 350829 . G A 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.019633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.7;QD=3.07294;RBI=0.019658;REFB=-0.00102548;REVB=-0.000990535;RO=58;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102564;STB=0.571285;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00621572;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:6:4:28:30:6:4:28:30 chr6 350940 . T TA 103.31 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0295145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.86;QD=8.79268;RBI=0.0512517;REFB=0.000880922;REVB=0.0419003;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155754;STB=0.596904;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=-4.31641e-05;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:18:50:18:47:29:6:12:14:15:99:32:6:12:15:17 chr6 401528 . G A 68.38 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0209912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.814;QD=3.29553;RBI=0.115639;REFB=-0.0166721;REVB=-0.113718;RO=69;SAF=10;SAR=3;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413304;STB=0.773063;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.051189;OID=.;OPOS=401528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:69:70:13:13:0.156627:3:10:30:39:3:10:31:39 chr6 408012 . G A 223.79 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.013882;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.66;QD=12.6078;RBI=0.0230387;REFB=0.00375026;REVB=0.0183868;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388263;STB=0.522277;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00630415;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:26:18:12:15:26:18 chr6 408079 . C T 314.64 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0432087;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.341;QD=12.7128;RBI=0.0442472;REFB=-0.0185721;REVB=-0.00953011;RO=62;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268424;STB=0.515343;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0254331;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:20:17:30:32:20:17:30:32 chr6 656143 . C A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.6;QD=63.2861;RBI=0.0327927;REFB=0;REVB=0.00390578;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139998;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr6 1313470 . C T 257.99 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0281147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.788;QD=19.8453;RBI=0.0341464;REFB=-0.0103009;REVB=-0.0193789;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189334;STB=0.611427;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0173046;OID=.;OPOS=1313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:10:16:10:15:10:17:10:15 chr6 1507626 . G A 385.16 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00835229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.121;QD=20.5418;RBI=0.00917171;REFB=-0.023947;REVB=0.00378941;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15112;STB=0.583631;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0188219;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:22:17:22:14:22:17:22:14 chr6 1507808 . G T 356.71 PASS AF=0.398148;AO=42;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.015744;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.757;QD=13.2113;RBI=0.0222845;REFB=-0.00317279;REVB=0.0157709;RO=64;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917188;STB=0.548559;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00359406;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:42:43:0.398148:20:22:28:36:21:22:28:37 chr6 1523145 . C G 622.48 PASS AF=0.875;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0436927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9898;QD=44.4628;RBI=0.0446979;REFB=-0.00782268;REVB=-0.00942594;RO=2;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521895;STB=0.58533;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000725598;OID=.;OPOS=1523145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:56:56:2:7:49:49:0.875:17:32:0:2:17:32:0:7 chr6 1742794 . A G 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0204961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6859;QD=22.906;RBI=0.0239534;REFB=-0.0127589;REVB=0.0123966;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340697;STB=0.519066;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0165866;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:8:9:12:9:8:9 chr6 2623820 . G A 61.23 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0599661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6023;QD=6.99753;RBI=0.0883851;REFB=-0.0112734;REVB=0.0649307;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24387;STB=0.651856;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0384478;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:9:17:4:5:9:17 chr6 2664375 . C A 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0189879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.602;QD=14.6955;RBI=0.0297523;REFB=-0.00950238;REVB=-0.0229054;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663586;STB=0.538414;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00900697;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:13:10:8:8:13:10 chr6 2667031 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.119;QD=53.2769;RBI=0.0613201;REFB=0;REVB=0.0594784;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202266;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr6 2667864 . T A 40.1 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0528272;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=35.0077;QD=4.11246;RBI=0.0557198;REFB=-0.120151;REVB=0.0177193;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239081;STB=0.599734;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0316268;OID=.;OPOS=2667864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:31:39:23:31:8:8:0.205128:6:2:10:13:6:2:11:20 chr6 2668071 . G C 143.41 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00913324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.035;QD=13.9909;RBI=0.0214329;REFB=-0.0155403;REVB=-0.0193895;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648571;STB=0.526121;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0133647;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:16:16:0.390244:7:9:12:12:7:9:13:12 chr6 2679676 . G A 538.78 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0122934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.234;QD=29.9324;RBI=0.029761;REFB=-0.0318837;REVB=0.0271033;RO=24;SAF=22;SAR=26;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102197;STB=0.555404;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0175169;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:24:48:48:0.666667:26:22:15:9:26:22:15:9 chr6 2749381 . C T 547.31 PASS AF=0.453846;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00705743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.175;QD=16.8404;RBI=0.0164692;REFB=-0.00374717;REVB=-0.0148804;RO=71;SAF=36;SAR=22;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873574;STB=0.552221;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00404112;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:58:59:0.453846:22:36:38:33:22:37:38:33 chr6 2889071 . A C 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00123948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.477;QD=14.0947;RBI=0.0113955;REFB=-0.0193787;REVB=0.0113279;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498728;STB=0.529356;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0214899;OID=.;OPOS=2889071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:3:11:9:2:3:11 chr6 2955802 . T C 1499.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000956035;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.564;QD=59.9763;RBI=0.00704601;REFB=0;REVB=-0.00698085;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196996;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:101:100:1:54:47:0:0:54:46:0:0 chr6 3010390 . C T 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7414;QD=61.6742;RBI=0.0677374;REFB=0;REVB=0.0121274;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541551;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr6 3015790 . A G 1573.01 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.465;QD=59.9241;RBI=0.0333779;REFB=0;REVB=0.00653683;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33731e-05;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:68:36:0:0:68:37:0:0 chr6 3077141 . T C 425.58 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0107411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.832;QD=15.3361;RBI=0.0696678;REFB=-0.0144298;REVB=-0.0688348;RO=59;SAF=27;SAR=21;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138262;STB=0.503998;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0116535;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:63:48:48:0.432432:21:27:34:25:21:27:35:28 chr6 3154871 . A C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0089455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7529;QD=44.6064;RBI=0.033029;REFB=0.028613;REVB=-0.0317946;RO=2;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13106;STB=0.571357;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00619956;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:6:15:0:2:6:15:0:2 chr6 3255327 . G A 482.03 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00752412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8732;QD=20.5121;RBI=0.00904865;REFB=0.0209655;REVB=-0.00502649;RO=47;SAF=35;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200976;STB=0.612032;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.017366;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:12:35:26:21:12:35:26:21 chr6 3255340 . A C 465.65 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00249144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.182;QD=17.7388;RBI=0.0175674;REFB=-0.00539638;REVB=-0.0173898;RO=55;SAF=37;SAR=13;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209981;STB=0.617429;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00623083;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:13:37:30:25:13:37:30:25 chr6 3264487 . T C 158.73 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0683985;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.114;QD=8.03716;RBI=0.0685239;REFB=-0.0133028;REVB=0.00414377;RO=55;SAF=8;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155483;STB=0.594252;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0155442;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:57:22:22:0.278481:14:8:27:28:14:8:28:29 chr6 3264502 . G C 147.64 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0171156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.643;QD=7.66938;RBI=0.0181194;REFB=-0.00293071;REVB=-0.00594735;RO=56;SAF=6;SAR=15;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250692;STB=0.652023;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0116697;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:15:6:27:29:15:6:27:29 chr6 3285286 . A G 169.69 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0388425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1687;QD=8.81525;RBI=0.0775558;REFB=-0.0166992;REVB=-0.067128;RO=54;SAF=7;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240935;STB=0.643658;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0374428;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:16:7:27:27:16:7:27:27 chr6 3287118 . T C 42.46 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0515324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8687;QD=4.85268;RBI=0.10782;REFB=-0.0157962;REVB=-0.0947081;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672063;STB=0.919117;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0418431;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:1:6:6:22:1:6:6:22 chr6 3438738 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00165771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.233;QD=21.5108;RBI=0.0419427;REFB=-0.00473184;REVB=0.0419099;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02641;STB=0.514835;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00434719;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:4:14:12:3:4:14:12:3 chr6 3439595 . G GA 35.26 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.074782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.4264;QD=7.83651;RBI=0.12772;REFB=0.0389617;REVB=0.103538;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469147;STB=0.798934;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=-0.0378168;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:19:6:18:12:5:1:5:7:35:12:5:1:5:7 chr6 3727811 . C G 532.1 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00350653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.123;QD=25.6432;RBI=0.0144161;REFB=-0.0169583;REVB=0.0139831;RO=34;SAF=24;SAR=25;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585908;STB=0.532007;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0113308;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:25:24:14:20:25:24:14:20 chr6 3851193 . C G 213.24 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0087113;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.36;QD=18.9548;RBI=0.0284588;REFB=-0.00854295;REVB=-0.0270928;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671671;STB=0.523787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0146368;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:24:21:21:0.466667:6:15:17:5:6:15:18:6 chr6 3851545 . G C 42.58 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.531;QD=15.4822;RBI=0.00784902;REFB=-0.0235235;REVB=0.00784902;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0287192;OID=.;OPOS=3851545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:5:5:6:6:0.545455:6:0:0:5:6:0:0:5 chr6 4069166 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.838;QD=58.5876;RBI=0.0121519;REFB=0;REVB=0.0115854;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08756e-05;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr6 4074612 . A C 2076.91 PASS AF=0.91875;AO=146;DP=159;FAO=147;FDP=160;FR=.;FRO=13;FSAF=57;FSAR=90;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0295068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.909;QD=51.9228;RBI=0.029819;REFB=-0.0288873;REVB=0.00430354;RO=4;SAF=56;SAR=90;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195389;STB=0.538537;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00058678;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:159:160:4:13:146:147:0.91875:90:56:3:1:90:57:11:2 chr6 4428223 . C G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00207077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.158;QD=10.0752;RBI=0.0145264;REFB=-0.00232193;REVB=0.014378;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34871;STB=0.713729;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00420879;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:6:8:2:6:6:8 chr6 4996571 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0104408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.728;QD=20.2097;RBI=0.0200762;REFB=-0.0135227;REVB=-0.0171477;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0098647;OID=.;OPOS=4996571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:5:5:6:7:5:5 chr6 5086558 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.936;QD=61.6834;RBI=0.0504957;REFB=0;REVB=0.0503464;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172524;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr6 5139012 . C A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0780683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0726;QD=35.5719;RBI=0.0898049;REFB=0;REVB=0.0443876;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289243;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 5260936 . A C 627.37 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00119033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.568;QD=20.5694;RBI=0.0113502;REFB=-0.022894;REVB=0.0112876;RO=57;SAF=24;SAR=39;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982768;STB=0.563382;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0163296;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:59:63:63:0.516393:39:24:28:29:39:24:30:29 chr6 5431340 . A G 471.63 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00277554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.931;QD=20.9611;RBI=0.00959154;REFB=-0.00677734;REVB=0.00918118;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119296;STB=0.5659;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00689648;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:24:22:27:17:24:22:27:17 chr6 6145726 . A G 592.81 PASS AF=0.488189;AO=60;DP=125;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00679997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.457;QD=18.6711;RBI=0.00940819;REFB=-0.018001;REVB=0.00650187;RO=64;SAF=30;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728623;STB=0.535157;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0176773;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:64:65:60:62:0.488189:30:30:27:37:32:30:27:38 chr6 6320808 . T G 1902.51 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3632;QD=61.3711;RBI=0.076512;REFB=0;REVB=-0.0729528;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391217;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:122:124:1:67:55:0:0:68:56:0:0 chr6 6938928 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0194407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.694;QD=21.2925;RBI=0.043924;REFB=-0.0167063;REVB=0.0393876;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106313;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:11:14:14:11:11:14 chr6 7211818 . G A 452.61 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00298273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.64;QD=19.4672;RBI=0.00354941;REFB=-0.0219829;REVB=-0.00192396;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527803;STB=0.505734;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0280607;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:93:42:48:45:45:0.483871:22:23:24:18:22:23:24:24 chr6 7247248 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.37;QD=43.4862;RBI=0.0562548;REFB=0;REVB=0.0559014;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302222;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr6 7288544 . A C 165.88 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00776018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1878;QD=22.1173;RBI=0.0899767;REFB=-0.0126489;REVB=0.0896414;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0126295;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:6:7:10:7:6:7 chr6 7289957 . CCA C 165.43 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00398461;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.675;QD=16.139;RBI=0.0217066;REFB=-0.00843126;REVB=-0.0213377;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279322;STB=0.647444;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.00733858;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536585:22:44:22:41:19:8:14:13:6:99:22:8:14:15:7 chr6 7295283 . T A 197.52 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0654416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.462;QD=26.3354;RBI=0.0654878;REFB=-0.0762183;REVB=-0.00246015;RO=11;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.567201;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0390604;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:7:12:5:6:7:12:5:6 chr6 7373684 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00517029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.636;QD=16.8229;RBI=0.0332017;REFB=0.0129458;REVB=0.0327966;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00745781;OID=.;OPOS=7373684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr6 7387236 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00248463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.818;QD=16.9796;RBI=0.023613;REFB=-0.0169848;REVB=0.0234819;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148148;STB=0.58327;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0212817;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:18:11:14:12:18:11 chr6 7393452 . C T 145.17 PASS AF=0.64;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0253211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8578;QD=23.2273;RBI=0.179179;REFB=-0.0595291;REVB=-0.177381;RO=7;SAF=13;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274512;STB=0.708799;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0336539;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:25:7:9:16:16:0.64:3:13:3:4:3:13:3:6 chr6 7398936 . G A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0263808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2555;QD=3.37573;RBI=0.0415534;REFB=-0.00490382;REVB=-0.0321051;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417388;STB=0.791617;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0237597;OID=.;OPOS=7398936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:40:41:7:7:0.145833:5:2:26:14:5:2:27:14 chr6 7563983 . T G 1476.0 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439462;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6243;QD=63.4838;RBI=0.0196074;REFB=0;REVB=0.0191086;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4152e-05;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr6 7572262 . A G 155.37 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00429847;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.666;QD=12.9476;RBI=0.00774557;REFB=-0.0088864;REVB=-0.00644337;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377897;STB=0.719387;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00645872;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:22:9:11:6:22:9 chr6 7576527 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0152161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8366;QD=24.1567;RBI=0.0160551;REFB=-0.017134;REVB=-0.00512213;RO=21;SAF=24;SAR=6;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111919;STB=0.506169;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00738854;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:6:24:17:4:6:24:17:4 chr6 7577260 . C T 146.22 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0202071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6468;QD=16.2465;RBI=0.0261796;REFB=-0.00859723;REVB=-0.0166447;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13331;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00760535;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:11:8:9:7:11:9 chr6 7581636 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0476543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1517;QD=20.6009;RBI=0.0541864;REFB=0.00666293;REVB=0.0257921;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206105;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00260232;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:9:10:11:9:9:10 chr6 7585967 . G C 75.63 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0021905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.893;QD=11.6348;RBI=0.0225339;REFB=-0.0117706;REVB=-0.0224272;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.538385;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.018261;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:14:16:8:10:0.384615:4:4:6:8:5:5:7:9 chr6 7601720 . C T 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0190528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5724;QD=20.2459;RBI=0.0197778;REFB=-0.0164346;REVB=0.00530605;RO=33;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351064;STB=0.51947;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0149982;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:16:20:17:16:16:20:17:16 chr6 7862630 . TG T,TC 994.23 PASS AF=0.0147059,0.985294;AO=20,48;DP=68;FAO=1,67;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577753,0.102933;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.6151,105.978;QD=58.4842;RBI=0.0577766,0.103298;REFB=0,0;REVB=-0.000396745,-0.00867263;RO=0;SAF=20,20;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.56477e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0262905,0.00849471;OID=.,.;OPOS=7862631,7862631;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0147059,0.985294:20,48:68:1,67:68:0:1,39:0,28:0:0:3:0:20,20:0,28:0:0 chr6 7884652 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.000582258;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.826;QD=10.8535;RBI=0.000672596;REFB=-0.00338166;REVB=-0.000336692;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111671;STB=0.518969;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00589438;OID=.;OPOS=7884652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:39:21:21:0.35:7:14:25:12:7:14:27:12 chr6 7986847 . G A 1008.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5674;QD=59.3147;RBI=0.0435647;REFB=0;REVB=0.0373937;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274817;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:48:20:0:0:48:20:0:0 chr6 7988189 . T C 945.12 PASS AF=0.945205;AO=67;DP=71;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0372526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.745;QD=51.7874;RBI=0.0391837;REFB=-0.0539545;REVB=0.0121493;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.530294;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00428626;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:71:73:1:4:67:69:0.945205:38:29:1:0:38:31:4:0 chr6 8015129 . T C 713.83 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527978;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.369;QD=63.4516;RBI=0.0597003;REFB=0;REVB=0.027866;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137465;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr6 8421002 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0272508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.12;QD=17.4015;RBI=0.0272532;REFB=-0.00243697;REVB=-0.000363471;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.596881;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00210402;OID=.;OPOS=8421002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:2:11:9:4:2:11 chr6 8428137 . A AAGT 59.06 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0177641;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=3;MLLD=234.566;QD=10.7384;RBI=0.0230563;REFB=-0.0140139;REVB=-0.0146979;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505953;STB=0.828027;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.00792617;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:24:8:22:14:7:1:6:8:59:15:7:1:7:8 chr6 8430049 . G A 564.77 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.061912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0732;QD=16.734;RBI=0.0635163;REFB=-0.0113279;REVB=-0.0141854;RO=75;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202091;STB=0.511274;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0165763;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:75:60:60:0.444444:34:26:34:41:34:26:34:41 chr6 8435454 . T C 582.24 PASS AF=0.438202;AO=33;DP=103;FAO=39;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0523911;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.703;QD=26.168;RBI=0.0542311;REFB=-0.0868722;REVB=-0.0140068;RO=38;SAF=4;SAR=29;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571029;STB=0.648296;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.103756;OID=.;OPOS=8435454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:89:38:34:33:39:0.438202:29:4:24:14:30:9:17:17 chr6 10401034 . CAAG C 99.25 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.000121052;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=343.916;QD=9.9247;RBI=0.0107073;REFB=-0.0085435;REVB=0.0107066;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240764;STB=0.610975;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.0144207;OID=.;OPOS=10401035;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:14:38:16:40:24:7:9:15:9:99:21:6:8:14:7 chr6 10587038 . C G 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9925;QD=56.9516;RBI=0.0166846;REFB=0;REVB=0.00166568;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136162;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr6 10729020 . C T 549.03 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0358429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9777;QD=23.871;RBI=0.0372463;REFB=-0.0138372;REVB=0.0101278;RO=40;SAF=29;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464043;STB=0.51877;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00678817;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:41:51:51:0.554348:22:29:25:15:22:29:25:16 chr6 10753107 . T A 194.78 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0277555;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.114;QD=41.0056;RBI=0.0307216;REFB=-0.176211;REVB=0.01317;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830155;STB=0.583231;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0106719;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:19:1:2:17:17:0.894737:5:12:0:1:5:12:0:2 chr6 10763312 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.423;QD=53.9112;RBI=0.00605894;REFB=0;REVB=0.00188516;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99177e-05;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 10764727 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.031;QD=57.712;RBI=0.013454;REFB=0;REVB=-0.0101327;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38706e-06;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr6 10891781 . C T 487.21 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113646;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.276;QD=59.0553;RBI=0.0157919;REFB=0;REVB=0.0109649;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191024;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr6 10942964 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0168932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.625;QD=14.5589;RBI=0.0192304;REFB=-0.01988;REVB=0.00918831;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567106;STB=0.503223;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0264551;OID=.;OPOS=10942964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:20:15:11:15:20:15 chr6 10955408 . C T 251.53 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0520606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6337;QD=20.5329;RBI=0.0566892;REFB=-0.0262585;REVB=0.0224355;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109815;STB=0.55156;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0281198;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:10:13:17:8:10:14:17:8 chr6 10981053 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00617054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.814;QD=50.8367;RBI=0.0202685;REFB=-0.00954949;REVB=-0.0193064;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.526294;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000732476;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:26:25:0.961538:10:16:0:0:9:16:0:1 chr6 11005686 . G A 144.7 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00188717;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.085;QD=11.1308;RBI=0.00909971;REFB=-0.00855066;REVB=-0.00890187;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293185;STB=0.517222;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0144501;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:18:16:8:10:18:16 chr6 11079286 . G A 325.53 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0076371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2318;QD=14.7967;RBI=0.0231886;REFB=-5.10024e-05;REVB=0.0218949;RO=52;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313571;STB=0.517757;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000209338;OID=.;OPOS=11079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:19:17:23:29:19:17:23:29 chr6 11185257 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.179;QD=55.656;RBI=0.0423581;REFB=0;REVB=-0.0224381;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121814;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr6 11185533 . G A 286.38 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00500583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.819;QD=15.6921;RBI=0.0208194;REFB=-0.0127694;REVB=0.0202087;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11566;STB=0.565177;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0115553;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:17:15:24:17:17:15:24:17 chr6 11190626 . A G 1460.87 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349168;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.643;QD=63.516;RBI=0.00351297;REFB=0;REVB=-0.000386161;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318858;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr6 11192575 . C T 848.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3924;QD=56.5448;RBI=0.0346319;REFB=0;REVB=0.0342845;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021717;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:20:39:0:0:21:39:0:0 chr6 11193860 . G A 666.29 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00522697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.016;QD=22.5859;RBI=0.0204938;REFB=-0.000905747;REVB=0.019816;RO=53;SAF=34;SAR=31;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353909;STB=0.519366;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000991174;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:31:34:30:23:31:34:30:23 chr6 11213832 . T C 765.65 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.402;QD=63.8037;RBI=0.04656;REFB=0;REVB=0.0376733;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55294e-05;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr6 11538534 . C T 300.11 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0074793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.894;QD=21.4365;RBI=0.022672;REFB=-0.0109159;REVB=0.0214028;RO=24;SAF=22;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252629;STB=0.515852;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00705781;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:30:31:0.553571:8:22:17:7:9:22:17:8 chr6 11576130 . T C 942.16 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409945;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8921;QD=57.1004;RBI=0.113732;REFB=-0.11193;REVB=0.106087;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00362303;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:66:1:1:64:65:0.984848:33:31:0:1:34:31:1:0 chr6 11644302 . T C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.017;QD=46.8403;RBI=0.0684738;REFB=0;REVB=0.0677812;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322474;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 11644518 . C T 676.66 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0696843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6166;QD=60.1472;RBI=0.0697455;REFB=-0.173464;REVB=0.00292125;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00441716;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:1:0 chr6 12120445 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0176885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.32;QD=11.6342;RBI=0.0406221;REFB=-0.00340085;REVB=-0.0365687;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644098;STB=0.538385;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00584084;OID=.;OPOS=12120445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:7:9:5:5:7:9 chr6 12120588 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0133067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.556;QD=11.9536;RBI=0.0143518;REFB=0.00983497;REVB=-0.00537642;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00963476;OID=.;OPOS=12120588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:6:5:3:5:6:5 chr6 12122174 . A G 107.66 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0253883;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.579;QD=11.9626;RBI=0.0393563;REFB=-0.0160887;REVB=-0.0300724;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168049;STB=0.620076;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.039363;OID=.;OPOS=12122174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:12:13:0.361111:6:6:15:8:7:6:15:8 chr6 12122645 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.258;QD=64.1527;RBI=0.0170595;REFB=0;REVB=-0.00279189;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04775e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr6 12122773 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00619652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.829;QD=17.4276;RBI=0.010529;REFB=0.000641933;REVB=0.00851247;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556529;STB=0.531773;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00073418;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:11:12:11:8:11:12 chr6 12124855 . G A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00325365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.368;QD=20.0303;RBI=0.0134286;REFB=-0.00399706;REVB=-0.0130285;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142266;STB=0.579935;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00370735;OID=.;OPOS=12124855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:17:9:12:12:17:9 chr6 12294258 . A G 976.6 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00689587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.965;QD=57.4473;RBI=0.00793739;REFB=-0.0839517;REVB=0.00393055;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000172911;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:28:39:1:0:28:39:1:0 chr6 13288648 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000879463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.268;QD=16.0341;RBI=0.0129187;REFB=-0.0184459;REVB=0.0128887;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362745;STB=0.520813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0257889;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:15:13:10:10:15:13 chr6 13288679 . GCT G 81.17 PASS AF=0.314286;AO=9;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.032927;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.409;QD=9.2767;RBI=0.0602311;REFB=-0.024237;REVB=-0.0504341;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114753;STB=0.567442;STBP=0.668;TYPE=del;VARB=0.0485011;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:9:36:11:35:24:4:7:11:13:81:21:3:6:9:12 chr6 13295062 . G A 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0151316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.829;QD=22.5974;RBI=0.0310441;REFB=-0.00918384;REVB=-0.0271067;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136927;STB=0.576546;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0083466;OID=.;OPOS=13295062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:12:8:13:10:12:8 chr6 13295502 . T C 319.74 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0282209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.288;QD=15.9867;RBI=0.0282237;REFB=0.00248455;REVB=0.000401867;RO=44;SAF=24;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150239;STB=0.592538;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00233496;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:45:35:35:0.4375:11:24:24:20:11:24:24:21 chr6 13295515 . A C 309.33 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0409069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.032;QD=16.069;RBI=0.04137;REFB=-0.00492182;REVB=0.00617254;RO=43;SAF=22;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184919;STB=0.604333;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00819848;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:12:22:20:23:12:22:20:23 chr6 13295536 . C T 283.47 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0901081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3969;QD=14.353;RBI=0.0949388;REFB=0.0129958;REVB=-0.0298981;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187401;STB=0.612021;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0181131;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:13:20:19:26:13:20:19:27 chr6 13321097 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0181275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.532;QD=18.8289;RBI=0.0187662;REFB=-0.0114658;REVB=0.00485414;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803399;STB=0.54541;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.012291;OID=.;OPOS=13321097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:7:15:12:8:7:15 chr6 13361088 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.962;QD=58.6004;RBI=0.0265892;REFB=0;REVB=-0.00192307;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41534e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr6 13470113 . A T 414.28 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610641;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.521;QD=57.1413;RBI=0.0739007;REFB=0;REVB=0.073648;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119575;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 13547958 . C T 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00708927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6653;QD=15.7855;RBI=0.0912625;REFB=-0.028953;REVB=-0.0909867;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112472;STB=0.565122;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.042043;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:9:8:5:9:9:8 chr6 13548164 . C CG 196.16 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073551;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=134.835;QD=41.2975;RBI=0.0752038;REFB=0;REVB=0.0156798;RO=18;SAF=2;SAR=0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00136977;OID=.;OPOS=13548165;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:19:19:0:13:6:0:0:4:18:2:0:12:6 chr6 13548165 . A G 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0179441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.15;QD=40.5912;RBI=0.0356329;REFB=-0.0885346;REVB=0.030785;RO=2;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762947;STB=0.541619;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00231537;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:6:11:2:0:6:11:2:0 chr6 13794110 . C A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.468;QD=50.8367;RBI=0.0140085;REFB=0.0242177;REVB=-0.0065387;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00626607;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:12:13:0:0:12:13:1:0 chr6 13801615 . T C 82.96 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0340675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1299;QD=20.7405;RBI=0.0344934;REFB=-0.0362509;REVB=-0.00540398;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451874;STB=0.749373;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0532241;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:1:9:2:3:1:9:3:3 chr6 13978275 . A C 290.07 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0265594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2654;QD=11.8398;RBI=0.0417361;REFB=-0.00482108;REVB=0.0321947;RO=64;SAF=21;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135427;STB=0.578289;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00683027;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:13:21:32:32:13:21:32:32 chr6 13978618 . C G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00283061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.114;QD=16.1066;RBI=0.00292207;REFB=-0.00247862;REVB=0.000725332;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192683;STB=0.610978;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00294715;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:12:10:11:6:12:10 chr6 13978802 . TCTC T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00976315;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.536;QD=12.4027;RBI=0.0114409;REFB=-0.0197743;REVB=0.00596443;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446398;STB=0.733057;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.026264;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:16:49:16:45:29:5:11:20:9:99:33:5:11:24:9 chr6 13978837 . G T 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.036333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.033;QD=10.6986;RBI=0.0401542;REFB=-0.00472082;REVB=0.0170959;RO=32;SAF=4;SAR=11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515124;STB=0.801727;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0244175;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:11:4:24:8:11:4:24:8 chr6 13978854 . G T 376.61 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00830509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.728;QD=32.7487;RBI=0.00851454;REFB=-0.0236849;REVB=0.00187695;RO=15;SAF=23;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30807;STB=0.669103;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00586353;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:8:23:4:11:8:23:4:11 chr6 13979526 . A G 178.96 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0033119;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=273.438;QD=15.2305;RBI=0.0207306;REFB=-0.00590051;REVB=-0.0204643;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.515679;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00680912;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:14:14:9:10:14:14 chr6 13980527 . G A 265.21 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.00126421;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.22;QD=10.6083;RBI=0.00374205;REFB=-0.00896594;REVB=-0.00352204;RO=66;SAF=16;SAR=17;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173943;STB=0.594637;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0162574;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:67:33:33:0.33:17:16:42:24:17:16:42:25 chr6 14646772 . A G 245.56 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00423173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2525;QD=23.9573;RBI=0.0496513;REFB=-0.00982506;REVB=-0.0494706;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167769;STB=0.593882;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00604584;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:9:9:16:7:9:9 chr6 14646864 . GTTTTTTTA GTTTTTT,GTTTTTTA,GTTTTTTAA,GTTTTTTTTA 55.33 PASS AF=0.428571,0,0,0;AO=4,3,2,5;DP=24;FAO=9,0,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6,0,0,0;FSAR=3,0,0,0;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0126178,-0.0259504,-0.0411246,0.0233724;FXX=0.0454339;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,1,1,1;MLLD=14.7832,7.1316,8.81514,6.11393;QD=10.5384;RBI=0.277368,0.664686,0.34786,0.715634;REFB=-0.0743787,-0.100877,-0.0292895,0.102388;REVB=0.277081,0.66418,0.345421,-0.715252;RO=6;SAF=3,3,2,0;SAR=1,0,0,5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.388047,0.711122,0.658493,-0.716421;STB=0.764191,0.5,0.5,0.5;STBP=0.067,1,1,1;TYPE=del,del,snp,ins;VARB=0.117854,0.039261,0,-0.00767167;OID=.,.,.,.;OPOS=14646871,14646865,14646871,14646865;OREF=TA,T,T,-;OALT=-,-,A,T;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTA,GTTTTTTAA,GTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0,0,0:4,3,2,5:24:9,0,0,0:21:12:6,0,0,0:3,0,0,0:2:10:47:6:3,3,2,0:1,0,0,5:2:4 chr6 15586009 . G T 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.331;QD=58.7786;RBI=0.0312445;REFB=0;REVB=0.0110994;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19307e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr6 16145325 . A G 708.74 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00477182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.681;QD=54.5188;RBI=0.0190612;REFB=-0.140149;REVB=0.0184543;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-1.29707e-05;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:23:28:0:0:23:28:0:1 chr6 16148176 . G A 304.05 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00775994;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.665;QD=17.1294;RBI=0.010044;REFB=-0.00303921;REVB=-0.00637688;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189915;STB=0.60605;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00365968;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:17:16:26:12:17:16:26:12 chr6 16290761 . T A 997.64 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035811;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.909;QD=57.8343;RBI=0.0395569;REFB=0.0829215;REVB=0.0168022;RO=1;SAF=42;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111219;STB=0.505881;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000151535;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:26:42:1:0:26:42:1:0 chr6 16300444 . G GTCCTT 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0199934;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=321.198;QD=8.99454;RBI=0.0219946;REFB=-0.00898016;REVB=-0.00916664;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509076;STBP=0.966;TYPE=ins;VARB=0.0220024;OID=.;OPOS=16300445;OREF=-;OALT=TCCTT;OMAPALT=GTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:12:41:12:41:29:4:8:10:19:92:27:4:8:9:18 chr6 16306866 . G A 200.71 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000121251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.666;QD=20.5859;RBI=0.00173959;REFB=-0.00568838;REVB=0.00173536;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205806;STB=0.615275;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00483332;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:5:14:10:10:5:14 chr6 16327330 . T C 141.2 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.00185601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1618;QD=20.918;RBI=0.0281262;REFB=-0.0292258;REVB=0.0280649;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395763;STB=0.749642;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00241898;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:27:8:10:11:11:0.407407:5:6:0:8:5:6:0:10 chr6 16327615 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.646;QD=56.7065;RBI=0.0551958;REFB=0;REVB=0.0520704;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268993;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr6 16328068 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00676696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.49;QD=21.172;RBI=0.0770195;REFB=-0.0179465;REVB=0.0767217;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2412;STB=0.633161;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0100426;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:1:11:8:0:1:11:8:0 chr6 17493572 . G A 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0175619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.045;QD=4.42038;RBI=0.0249404;REFB=-0.00323826;REVB=-0.0177088;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149167;STB=0.59976;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0212157;OID=.;OPOS=17493572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:23:14:4:4:23:14 chr6 17541305 . C A 164.62 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0146934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.904;QD=14.0103;RBI=0.0192421;REFB=-0.0160218;REVB=-0.0124243;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698909;STB=0.553785;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0225415;OID=.;OPOS=17541305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:17:18:0.382979:6:11:17:12:6:12:17:12 chr6 17543302 . A G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108649;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.032;QD=56.417;RBI=0.0168166;REFB=0.0980952;REVB=-0.0128357;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-1.46803e-06;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:33:28:1:0:34:28:1:0 chr6 17551781 . C T 474.2 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0176231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.505;QD=18.9679;RBI=0.0257391;REFB=-0.0218457;REVB=-0.0187597;RO=53;SAF=28;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065625;STB=0.53657;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0253057;OID=.;OPOS=17551781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:19:28:28:25:19:28:28:25 chr6 17629616 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0109683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.366;QD=20.6013;RBI=0.0130451;REFB=-0.0162897;REVB=-0.00706191;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472505;STB=0.514271;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0120011;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:9:11:10:8:9:11:11:8 chr6 17633061 . C T 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.178929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.89;QD=17.0977;RBI=0.179653;REFB=-0.0288236;REVB=0.0161205;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00643851;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:15:14:14:0.482759:10:4:8:5:10:4:9:6 chr6 17665479 . G C 198.41 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0376164;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.69;QD=18.4565;RBI=0.0409591;REFB=0.00388559;REVB=-0.0162064;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676175;STB=0.538423;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00420384;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:12:11:11:9:12:11 chr6 17688693 . C T 294.49 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0104769;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.94;QD=14.7244;RBI=0.0109853;REFB=-0.0213005;REVB=0.00330333;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076111;STB=0.532062;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0281482;OID=.;OPOS=17688693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:47:33:33:0.4125:13:20:24:21:13:20:26:21 chr6 17731166 . T C 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.000519023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3053;QD=15.2366;RBI=0.00982808;REFB=0.0265763;REVB=0.00981436;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187128;STB=0.606304;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0336256;OID=.;OPOS=17731166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:19:9:18:18:19:9:18:18 chr6 17764530 . C T 163.78 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0140813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1459;QD=11.1039;RBI=0.0468182;REFB=-0.0103251;REVB=-0.0446504;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553452;STB=0.532227;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0179111;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:11:10:20:18:11:10:20:18 chr6 17794494 . G A 252.85 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0133045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.368;QD=12.6423;RBI=0.019934;REFB=-0.0131262;REVB=0.0148443;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224167;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:18:12:20:30:18:12:20:30 chr6 17799575 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0140211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.345;QD=19.1095;RBI=0.0160934;REFB=-0.00686201;REVB=-0.00789976;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17035;STB=0.601586;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00497664;OID=.;OPOS=17799575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:26:27:27:0.509434:15:12:15:8:15:12:17:9 chr6 17831419 . G A 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.050145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4069;QD=15.5759;RBI=0.0531277;REFB=0.00946592;REVB=-0.0175507;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024699;STB=0.514007;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0121082;OID=.;OPOS=17831419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:17:13:11:13:17:13 chr6 17834198 . T G 246.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0360035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.553;QD=15.9139;RBI=0.0830918;REFB=-0.0321842;REVB=0.0748865;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632489;STB=0.535689;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0359822;OID=.;OPOS=17834198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:15:13:18:16:15:13:18:16 chr6 17834213 . T C 270.53 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0347894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.0482;QD=16.9079;RBI=0.0348028;REFB=-0.00691823;REVB=0.000965496;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734824;STB=0.533311;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00712109;OID=.;OPOS=17834213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:16:14:18:15:16:14:18:16 chr6 18121024 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0529727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0888;QD=17.3785;RBI=0.0557209;REFB=0.0110348;REVB=-0.0172835;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0136571;OID=.;OPOS=18121024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:5:6:4:5:5:6:5:5 chr6 18121029 . A T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00470496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.693;QD=19.9294;RBI=0.004753;REFB=-0.00327497;REVB=0.000674046;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186247;STB=0.606124;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00176293;OID=.;OPOS=18121029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:3:6:5:7:3:6 chr6 18130918 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0296287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2702;QD=16.6155;RBI=0.136972;REFB=-0.00128441;REVB=0.133729;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53382;STB=0.807318;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0078181;OID=.;OPOS=18130918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:3:14:6:15:3:14:6:15 chr6 18139214 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.104;QD=57.2025;RBI=0.0320588;REFB=0;REVB=-0.0212598;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47866e-05;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr6 18161563 . G A 520.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.978;QD=59.4978;RBI=0.0393868;REFB=0;REVB=0.0346952;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86114e-05;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr6 18215303 . T C 2093.84 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.645;QD=62.5028;RBI=0.0326232;REFB=0;REVB=0.0065057;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75663e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:72:61:0:0:72:62:0:0 chr6 18273431 . G A 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.101526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5818;QD=16.6137;RBI=0.102275;REFB=-0.00145195;REVB=-0.0123571;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309601;STB=0.679215;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0024046;OID=.;OPOS=18273431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:13:4:11:10:13:4:11:10 chr6 18466677 . A T 163.5 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00446766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0047;QD=12.8233;RBI=0.0148014;REFB=-0.0156447;REVB=-0.014111;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118945;STB=0.569285;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0377101;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:8:11:14:16:8:11:15:17 chr6 18572056 . T G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00537442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.725;QD=19.1086;RBI=0.00626094;REFB=-0.00501965;REVB=-0.0032117;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265094;STB=0.651856;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00349325;OID=.;OPOS=18572056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:1:5:4:5:1:5 chr6 18836419 . G C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0241222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.481;QD=20.6011;RBI=0.0399528;REFB=-0.0149316;REVB=0.0318488;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125848;STB=0.571353;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0144927;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:5:15:12:7:5:15:12:7 chr6 19839779 . C T 141.43 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0148236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.561;QD=13.4693;RBI=0.0275842;REFB=0.000171712;REVB=-0.0232627;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265522;STB=0.50908;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00151709;OID=.;OPOS=19839779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:16:16:0.380952:7:9:14:11:7:9:15:11 chr6 20282269 . T C 363.7 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221734;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.769;QD=55.9535;RBI=0.0470255;REFB=0;REVB=0.0414697;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448601;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 20492995 . T C 833.49 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.119;QD=57.482;RBI=0.00406447;REFB=0;REVB=0.00127793;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6413e-06;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr6 20500458 . G A 169.75 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.013232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.363;QD=13.8569;RBI=0.0174611;REFB=-0.00885054;REVB=-0.0113932;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190675;STB=0.621901;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0135807;OID=.;OPOS=20500458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:11:7:17:13:12:7:17:13 chr6 20599628 . C T 1153.81 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.621;QD=60.7269;RBI=0.0227488;REFB=0;REVB=0.0227043;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82966e-05;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:46:30:0:0 chr6 21065449 . CA TG 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00439493;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=342.26;QD=7.79844;RBI=0.00511162;REFB=-0.00315279;REVB=0.00261023;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179616;STB=0.61376;STBP=0.488;TYPE=mnp;VARB=0.00762137;OID=.;OPOS=21065449;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:8:15:7:2:8:15 chr6 21201493 . G A 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0158011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.741;QD=19.5871;RBI=0.01744;REFB=-0.00709419;REVB=0.00738085;RO=46;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1048;STB=0.558255;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00673711;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:26:18:24:22:26:18:24:22 chr6 22136879 . G T 655.3 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.726;QD=60.9579;RBI=0.0449868;REFB=0;REVB=0.00210377;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136484;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:23:20:0:0 chr6 24147409 . C A 262.68 PASS AF=0.510204;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.115363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5153;QD=21.4429;RBI=0.129243;REFB=-0.0406959;REVB=0.0582667;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128525;STB=0.577294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0312395;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:24:23:25:0.510204:7:16:13:10:7:18:14:10 chr6 24174955 . G C 1158.32 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130823;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.406;QD=60.9642;RBI=0.0170298;REFB=0;REVB=0.0109025;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168205;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr6 24291203 . T C 159.65 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0217597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2782;QD=11.6111;RBI=0.0252103;REFB=-0.0120941;REVB=0.0127307;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122685;STB=0.571628;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0230724;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:19:16:7:13:19:16 chr6 24358202 . G A 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0231853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.179;QD=11.8295;RBI=0.0679549;REFB=-0.0243793;REVB=-0.0638773;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162248;STB=0.596102;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0384339;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:11:7:6:5:11:7 chr6 24403455 . C T 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.047033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.861;QD=20.4951;RBI=0.0470524;REFB=-0.0186056;REVB=0.00134994;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810794;STB=0.544928;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0156427;OID=.;OPOS=24403455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:17:13:18:16:17:13 chr6 24411018 . A G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0324969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.906;QD=19.2766;RBI=0.0331417;REFB=-0.0123472;REVB=-0.00650586;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118902;STB=0.566131;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00999619;OID=.;OPOS=24411018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:19:14:19:15:19:14 chr6 24418786 . T C 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00951533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.218;QD=23.8368;RBI=0.0100554;REFB=-0.00354274;REVB=-0.00325099;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113462;STB=0.562461;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00255235;OID=.;OPOS=24418786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:13:9:18:14:13:9 chr6 24424231 . G T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0282582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8982;QD=22.5801;RBI=0.0286079;REFB=0.0163243;REVB=-0.00445918;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233815;STB=0.631374;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0103499;OID=.;OPOS=24424231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:1:6:6:6:1:6 chr6 24425609 . T A 167.82 PASS AF=0.461538;AO=15;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.103082;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.9246;QD=17.2127;RBI=0.17667;REFB=0.0375036;REVB=-0.14348;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319546;STB=0.61785;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0443592;OID=.;OPOS=24425609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:21:15:18:0.461538:5:10:4:10:8:10:7:14 chr6 24425671 . A G 189.77 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0244201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0493;QD=15.8137;RBI=0.0363679;REFB=-0.0155108;REVB=-0.0269496;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178596;STB=0.59082;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0230307;OID=.;OPOS=24425671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:10:17:9:11:11:17 chr6 24425690 . A G 206.47 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0512586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.291;QD=17.2058;RBI=0.0516766;REFB=-0.00735881;REVB=0.00655903;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150686;STB=0.585719;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0177181;OID=.;OPOS=24425690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:10:17:10:11:10:17 chr6 24433483 . T C 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00340397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.893;QD=13.2634;RBI=0.0270469;REFB=0.00221869;REVB=0.0268318;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177454;STB=0.609777;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00356776;OID=.;OPOS=24433483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:43:28:28:0.394366:18:10:21:19:18:10:23:20 chr6 24437445 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.977;QD=63.8717;RBI=0.0445452;REFB=0;REVB=0.0425538;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190801;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr6 24445829 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00891423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.407;QD=12.083;RBI=0.00926864;REFB=-0.00789266;REVB=-0.00253853;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231971;STB=0.635224;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00974883;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:6:15:18:17:6:15:18:17 chr6 24463020 . G C 770.19 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0459836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6438;QD=37.1175;RBI=0.0493494;REFB=-0.0162049;REVB=0.0179129;RO=21;SAF=23;SAR=39;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754668;STB=0.540549;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00483503;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:21:21:62:62:0.746988:39:23:11:10:39:23:11:10 chr6 24502770 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.033582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.892;QD=7.04802;RBI=0.033939;REFB=-0.00396506;REVB=-0.00490986;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476273;STB=0.796192;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0113876;OID=.;OPOS=24502770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:15:7:6:2:15:7 chr6 24596478 . T G 647.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5164;QD=61.6216;RBI=0.1095;REFB=0;REVB=0.00236396;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057794;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr6 24653273 . G C 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00464999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.063;QD=22.3901;RBI=0.0126546;REFB=-0.0185971;REVB=0.0117694;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231365;STB=0.512763;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00969384;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:18:16:13:13:18:16:13:13 chr6 24653376 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.585;QD=61.6817;RBI=0.0239331;REFB=0;REVB=-0.00992778;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010918;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr6 24698215 . G A 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0160379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.352;QD=13.5039;RBI=0.0338185;REFB=-0.0145299;REVB=-0.0297738;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211339;STB=0.646796;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.021648;OID=.;OPOS=24698215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:9:3:7:9:9:3:8:9 chr6 24780892 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.976;QD=55.656;RBI=0.0329564;REFB=0;REVB=0.0315029;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314667;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr6 24804808 . G C 1047.28 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340479;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6361;QD=59.8444;RBI=0.0350545;REFB=0;REVB=0.0083399;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292999;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr6 24804860 . G T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000689116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.906;QD=63.1952;RBI=0.0222642;REFB=0;REVB=0.0222535;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34773e-05;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr6 24818785 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.012;QD=63.583;RBI=0.0296273;REFB=0;REVB=-0.0141984;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94448e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr6 24825511 . A G 432.56 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147646;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0471;QD=57.6745;RBI=0.0266321;REFB=0;REVB=-0.0221648;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917592;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr6 25084718 . A G 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1235;QD=61.0456;RBI=0.0648146;REFB=0;REVB=0.0455388;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724139;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr6 25106745 . A G 725.95 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.897;QD=63.1259;RBI=0.0602451;REFB=0;REVB=0.0203543;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143954;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr6 25106783 . G A 303.44 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.922;QD=52.7715;RBI=0.0362542;REFB=0;REVB=-0.0133303;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353065;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr6 25420344 . C G 927.49 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00763428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.563;QD=52.9997;RBI=0.0120038;REFB=0.0325728;REVB=-0.00926334;RO=4;SAF=36;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222796;STB=0.511807;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.000815479;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:66:66:0.942857:30:36:3:1:30:36:3:1 chr6 25540303 . A G 258.34 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00152447;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.163;QD=14.9765;RBI=0.0160628;REFB=-0.00397825;REVB=-0.0159903;RO=39;SAF=20;SAR=9;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559173;STB=0.516118;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00546879;OID=.;OPOS=25540303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:9:20:25:14:10:20:25:14 chr6 25605091 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00927796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1631;QD=15.6426;RBI=0.0137233;REFB=-0.00263597;REVB=0.0101118;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268718;STB=0.655159;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00294008;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:14:6:16:13:14:6:16:13 chr6 25726621 . C T 505.51 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0154859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.892;QD=17.7373;RBI=0.0161826;REFB=-0.0223305;REVB=-0.00469735;RO=60;SAF=21;SAR=33;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107657;STB=0.559858;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0253612;OID=.;OPOS=25726621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:33:21:30:30:33:21:30:30 chr6 25726675 . G A 313.24 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00392663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.293;QD=19.5772;RBI=0.00655403;REFB=-0.0214892;REVB=0.00524755;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242855;STB=0.513505;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0223859;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:14:17:19:14:14:17 chr6 25727265 . C T 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00205993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.95;QD=16.985;RBI=0.00206941;REFB=-0.0204634;REVB=-0.000197871;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258008;STB=0.644629;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0224327;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:23:13:27:16:23:13:27:16 chr6 25727334 . C T 474.07 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.00906403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.361;QD=18.9629;RBI=0.0510123;REFB=0.000243918;REVB=-0.0502006;RO=51;SAF=17;SAR=30;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3324;STB=0.674366;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00101393;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:53:47:47:0.47:30:17:37:14:30:17:37:16 chr6 25769349 . T C 671.7 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0316146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9199;QD=52.6824;RBI=0.0325588;REFB=0.0295518;REVB=0.00778406;RO=2;SAF=15;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586898;STB=0.531237;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.017019;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:34:15:2:0:34:15:2:0 chr6 25773744 . T G 335.52 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00816219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.116;QD=13.2878;RBI=0.0375664;REFB=-0.00625916;REVB=0.0366689;RO=62;SAF=20;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312108;STB=0.517757;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0104135;OID=.;OPOS=25773744;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:19:20:30:32:19:20:30:32 chr6 25779392 . A G 1957.34 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6015;QD=61.1669;RBI=0.0597654;REFB=-0.103299;REVB=0.00831053;RO=1;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159809;OID=.;OPOS=25779392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:128:128:1:0:127:128:1:69:58:0:1:70:58:0:0 chr6 25799097 . A T 106.78 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000294553;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.794;QD=8.54223;RBI=0.0119108;REFB=-0.00534171;REVB=0.0119072;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149312;STB=0.59078;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00989814;OID=.;OPOS=25799097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:6:8:16:20:6:8:16:20 chr6 25813150 . G A 701.94 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.295;QD=62.3946;RBI=0.0160525;REFB=0;REVB=0.0146741;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647206;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:30:14:0:0:30:15:0:0 chr6 25849620 . A G 700.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00926804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7377;QD=52.8821;RBI=0.0521657;REFB=-0.185462;REVB=0.0513358;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51785;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00594831;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:2:51:51:0.962264:27:24:0:0:27:24:0:2 chr6 25862466 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0184366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.38;QD=18.6756;RBI=0.0192341;REFB=-0.013778;REVB=-0.00548105;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854272;STB=0.547684;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0117013;OID=.;OPOS=25862466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:19:13:16:16:19:13:16:16 chr6 25914801 . G A 666.85 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000273417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.178;QD=57.9869;RBI=0.0343248;REFB=0.0279703;REVB=-0.0343237;RO=2;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585942;STB=0.531236;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00283292;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:15:29:0:2:15:29:0:2 chr6 25914901 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.487;QD=57.2362;RBI=0.0205812;REFB=0;REVB=0.0118789;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40938e-05;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr6 25916979 . C A,T 643.26 PASS AF=0.0638298,0.87234;AO=3,41;DP=47;FAO=3,41;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=2,24;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00559583,-0.0144166;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.601,90.8089;QD=54.7453;RBI=0.0280555,0.040862;REFB=-0.0622792,-0.0815382;REVB=-0.0274917,-0.0382344;RO=0;SAF=2,24;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.2194e-08;STB=0.798389,0.540521;STBP=0.353,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.0560509,-0.000728868;OID=.,.;OPOS=25916979,25916979;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:47:47:0:3:3,41:3,41:0.0638298,0.87234:1,17:2,24:0:0:1,17:2,24:0:3 chr6 25967068 . C T 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00556578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.652;QD=20.9591;RBI=0.0424874;REFB=-0.00265877;REVB=-0.0421213;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157582;STB=0.587198;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00277381;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:26:17:23:17:26:17:23:17 chr6 26017562 . C T 59.77 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.025519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.604;QD=2.81281;RBI=0.0412448;REFB=-0.00300087;REVB=-0.0324024;RO=72;SAF=5;SAR=7;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103414;STB=0.577474;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0257309;OID=.;OPOS=26017562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:72:73:12:12:0.141176:7:5:36:36:7:5:37:36 chr6 26017715 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000472194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.849;QD=18.4983;RBI=0.0166971;REFB=-0.0090945;REVB=0.0166905;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149125;STB=0.57453;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0103207;OID=.;OPOS=26017715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:16:11:15:11:16:11:15:12 chr6 26027433 . G A 598.57 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.853;QD=59.8569;RBI=0.0332593;REFB=0;REVB=0.00200109;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407736;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr6 26033506 . G A 893.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.525;QD=57.652;RBI=0.0193975;REFB=0;REVB=-0.0191288;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05638e-05;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr6 26044369 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.868;QD=62.161;RBI=0.00910395;REFB=0;REVB=0.00875957;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43099e-05;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:34:51:0:0:34:51:0:0 chr6 26045737 . C G 156.25 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0261465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0875;QD=15.6253;RBI=0.0387934;REFB=0.0342099;REVB=-0.0286582;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261239;STB=0.622621;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0343201;OID=.;OPOS=26045737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:23:16:17:0.425:8:8:18:6:8:9:17:6 chr6 26045929 . T C 908.85 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3066;QD=56.8032;RBI=0.0761639;REFB=-0.11744;REVB=-0.0394886;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316616;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:39:25:0:0 chr6 26056072 . G C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=17;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0141838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.211;QD=17.4545;RBI=0.0222392;REFB=-0.0225903;REVB=-0.0171289;RO=29;SAF=0;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.808936;STB=0.560394;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0199686;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:17:27:0.482143:17:0:14:15:17:10:14:15 chr6 26056549 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.771;QD=57.1767;RBI=0.0201057;REFB=0;REVB=0.020075;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65039e-05;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr6 26056604 . G A 230.91 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0196656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.552;QD=13.9946;RBI=0.0403038;REFB=-0.0180797;REVB=-0.0351804;RO=32;SAF=20;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239524;STB=0.666532;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0179505;OID=.;OPOS=26056604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:39:26:27:0.409091:6:20:18:14:6:21:21:18 chr6 26104280 . T C 282.82 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0132783;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8672;QD=17.1408;RBI=0.0146641;REFB=-0.0045221;REVB=0.00622284;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130478;STB=0.565773;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00548637;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:35:31:31:0.469697:13:18:16:20:13:18:16:19 chr6 26108168 . G A 226.68 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0637163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4532;QD=15.6329;RBI=0.0732982;REFB=-0.00191433;REVB=-0.0362334;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214997;STB=0.621856;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000841148;OID=.;OPOS=26108168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:14:18:9:17:14:18 chr6 26108282 . C G 255.12 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0204931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3594;QD=22.1846;RBI=0.0217424;REFB=-0.0329142;REVB=0.00726408;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425359;STB=0.52379;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0238673;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:13:9:11:13:13:9 chr6 26157206 . C T 152.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0029711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.571;QD=21.0167;RBI=0.00349449;REFB=-0.00541088;REVB=0.00183957;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00466091;OID=.;OPOS=26157206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:6:7:9:7:6:7 chr6 26184102 . G A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0224841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.295;QD=20.0828;RBI=0.0431482;REFB=-0.0283322;REVB=0.0368271;RO=36;SAF=24;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700442;STB=0.538901;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0283021;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:14:24:20:16:14:24:20:16 chr6 26200083 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0275992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.445;QD=24.1272;RBI=0.0297685;REFB=-0.018618;REVB=-0.0111555;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262483;STB=0.646886;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00961908;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:8:3:11:6:8:3 chr6 26200677 . A G 55.3 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.112237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.42;QD=11.0607;RBI=0.114083;REFB=-0.0144901;REVB=0.0204398;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.011262;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:4:8:5:3:4:8 chr6 26205293 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0242006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.566;QD=8.81111;RBI=0.0247775;REFB=-0.0047548;REVB=0.00531551;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00565373;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:3:8:4:2:3:8 chr6 26205595 . G A 199.34 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0347293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0276;QD=27.4957;RBI=0.140341;REFB=-0.0215946;REVB=0.135976;RO=10;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254294;STB=0.638766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0150913;OID=.;OPOS=26205595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:6:13:10:0:6:13:10:0 chr6 26234874 . C T 192.99 PASS AF=0.316456;AO=24;DP=80;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0163152;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.051;QD=9.77185;RBI=0.0186038;REFB=-0.00717752;REVB=-0.00893961;RO=56;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153846;STB=0.589054;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0216655;OID=.;OPOS=26234874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:56:54:24:25:0.316456:11:13:23:33:12:13:21:33 chr6 26285560 . A G 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00274261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.966;QD=20.646;RBI=0.0217361;REFB=-0.0295076;REVB=0.0215624;RO=37;SAF=23;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169721;STB=0.593885;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0189985;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:17:23:14:23:17:23:14:23 chr6 26285677 . C T 300.07 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0150421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.654;QD=19.0519;RBI=0.0177422;REFB=-0.0106765;REVB=0.00940857;RO=31;SAF=8;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28497;STB=0.642227;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0227155;OID=.;OPOS=26285677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:31:31:32:0.507937:23:8:17:14:23:9:17:14 chr6 26285683 . T C 152.75 PASS AF=0.388889;AO=16;DP=49;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0272708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.235;QD=11.3151;RBI=0.0284483;REFB=-0.0190205;REVB=0.00809989;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139836;STB=0.572468;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0520438;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:33:33:16:21:0.388889:13:3:9:24:13:8:9:24 chr6 26286744 . C T 286.55 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0389753;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8267;QD=15.489;RBI=0.0460575;REFB=-0.00849537;REVB=-0.0245402;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353501;STB=0.540515;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0143956;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:43:42:32:32:0.432432:16:16:23:20:16:16:24:18 chr6 26299900 . C T 743.96 PASS AF=0.382609;AO=84;DP=232;FAO=88;FDP=230;FR=.;FRO=142;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=85;FSRR=57;FWDB=0.000627063;FXX=0.0254227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6415;QD=12.9385;RBI=0.0782531;REFB=-0.0200741;REVB=-0.0782506;RO=134;SAF=45;SAR=39;SRF=82;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084237;STB=0.540219;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0262518;OID=.;OPOS=26299900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:230:134:142:84:88:0.382609:39:45:82:52:41:47:85:57 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 85.44 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00742383;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=16;MLLD=421.336;QD=5.99546;RBI=0.0119818;REFB=-0.000348073;REVB=-0.00940482;RO=44;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213189;STB=0.632785;STBP=0.328;TYPE=ins;VARB=0.00111033;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807:13:58:13:57:44:6:7:28:16:85:44:6:7:28:16 chr6 26305796 . C T 115.35 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0145775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8535;QD=8.23902;RBI=0.0311711;REFB=-0.0100775;REVB=-0.0275524;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249776;STB=0.641418;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0325721;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:10:6:23:16:10:6:23:17 chr6 26305801 . C G 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0018294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.845;QD=8.24037;RBI=0.00862477;REFB=-0.0108703;REVB=-0.00842852;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234618;STB=0.641418;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0233414;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:10:6:23:17:10:6:23:17 chr6 26327814 . T C 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00569386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.13;QD=17.3889;RBI=0.0100025;REFB=-0.00836972;REVB=-0.00822379;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172724;STB=0.596843;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00697995;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:22:13:22:18:22:13:22:18 chr6 26328365 . A G 537.2 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0133398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.6;QD=16.2788;RBI=0.0392294;REFB=-0.0208063;REVB=-0.0368917;RO=74;SAF=30;SAR=28;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308569;STB=0.517235;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0258668;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:74:58:58:0.439394:28:30:36:38:28:30:36:38 chr6 26392515 . G C 219.38 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.0117536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.098;QD=17.9082;RBI=0.0325523;REFB=-0.0265107;REVB=-0.0303563;RO=25;SAF=19;SAR=2;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441792;STB=0.544;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0334419;OID=.;OPOS=26392515;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:26:21:23:0.469388:2:19:23:2:2:21:23:3 chr6 26393021 . G A 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0215536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.654;QD=18.2938;RBI=0.0287514;REFB=-0.0139778;REVB=-0.0190286;RO=50;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122241;STB=0.56298;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0176358;OID=.;OPOS=26393021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:19:25:22:28:19:25:23:28 chr6 26452488 . C T 43.84 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0725939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0307;QD=6.26246;RBI=0.0728725;REFB=-0.0294048;REVB=0.0063657;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572649;STB=0.856123;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0366813;OID=.;OPOS=26452488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:6:1:13:7:6:1:13:8 chr6 26466225 . A C 347.41 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00393227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5673;QD=17.1559;RBI=0.043213;REFB=0.00267054;REVB=-0.0430337;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142542;STB=0.573578;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00343274;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:37:37:0.45679:16:21:18:25:16:21:19:25 chr6 26468492 . C T 212.15 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.00778575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.782;QD=7.44372;RBI=0.014126;REFB=0.005213;REVB=0.0117867;RO=83;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286168;STB=0.669499;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0105349;OID=.;OPOS=26468492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:83:31:31:0.27193:12:19:31:52:12:19:31:52 chr6 26468660 . G A 334.36 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0135253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0474;QD=19.3831;RBI=0.0177776;REFB=-0.00474443;REVB=0.0115373;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102479;STB=0.549971;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00300387;OID=.;OPOS=26468660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:20:15:18:15:20:15:18:16 chr6 26501897 . T C 716.76 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=88;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0244216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.092;QD=32.5801;RBI=0.0255426;REFB=-0.0273026;REVB=-0.007484;RO=27;SAF=28;SAR=32;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511507;STB=0.533322;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0114092;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:27:28:60:60:0.681818:32:28:15:12:32:28:16:12 chr6 26505362 . G A 176.46 PASS AF=0.38;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0552741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.39;QD=14.1164;RBI=0.0590932;REFB=0.00824692;REVB=-0.0208995;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506322;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0175528;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:18:19:0.38:9:9:15:15:9:10:16:15 chr6 26505403 . C A 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0481018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.382;QD=4.63057;RBI=0.0535484;REFB=0.00148129;REVB=-0.0235299;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491224;STB=0.832224;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0125372;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:10:14:1:5:10:14 chr6 26509330 . C G 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00525632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0507;QD=8.5669;RBI=0.0230019;REFB=-0.0176252;REVB=-0.0223932;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329507;STB=0.673683;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0622522;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:37:14:14:0.27451:6:8:10:25:6:8:12:25 chr6 26521435 . C G 1590.44 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.768;QD=60.0166;RBI=0.0261558;REFB=0;REVB=0.0259194;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88625e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:38:67:0:0:39:67:0:0 chr6 26521520 . T C 1476.0 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0102881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.231;QD=57.3203;RBI=0.0202899;REFB=-0.0591919;REVB=0.0174882;RO=2;SAF=51;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182392;STB=0.509613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00325839;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:50:51:2:0:50:51:2:0 chr6 26537801 . G A 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.040701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.229;QD=14.7412;RBI=0.0435084;REFB=-0.00660218;REVB=-0.0153759;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125103;STB=0.507238;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0121201;OID=.;OPOS=26537801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:10:15:10:7:10:15 chr6 26538268 . T C 150.85 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0103451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.847;QD=11.174;RBI=0.0232458;REFB=-0.00550349;REVB=0.0208169;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139355;STB=0.581311;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00973243;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:21:14:10:9:21:14 chr6 26545632 . G A 116.99 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00859327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0064;QD=12.6475;RBI=0.0273752;REFB=-0.0154974;REVB=-0.0259915;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174555;STB=0.603293;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0237762;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:10:4:10:13:10:4:10:13 chr6 26546048 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.877;QD=58.2433;RBI=0.0136588;REFB=-0.0935697;REVB=-0.00748657;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000293116;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:1:0:24:15:1:0 chr6 26546808 . T C 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0177227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.587;QD=16.8724;RBI=0.0248756;REFB=0.00471276;REVB=0.0174558;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770416;STB=0.544141;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00447094;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:11:15:13:7:11:15 chr6 26553815 . C G 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0418018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.291;QD=13.2292;RBI=0.0472432;REFB=-0.0255032;REVB=0.0220121;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206386;STB=0.629574;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0261429;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:7:10:11:17:7:10:11:18 chr6 26554337 . C T 269.61 PASS AF=0.44;AO=19;DP=61;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0101691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.512;QD=14.3794;RBI=0.0188567;REFB=-0.0133899;REVB=0.0158797;RO=42;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31081;STB=0.503935;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0206575;OID=.;OPOS=26554337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:75:42:42:19:33:0.44:7:12:15:27:21:12:15:27 chr6 26555484 . A G 505.29 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00349517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.018;QD=17.7296;RBI=0.0330549;REFB=-0.00731375;REVB=0.0328696;RO=60;SAF=27;SAR=27;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110702;STB=0.561381;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00745158;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:27:27:37:23:27:27:37:23 chr6 26556769 . G T 285.86 PASS AF=0.375;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00205327;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.685;QD=12.9936;RBI=0.0285723;REFB=-0.0197508;REVB=-0.0284984;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190147;STB=0.60866;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0351395;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:55:55:33:33:0.375:14:19:22:33:14:19:22:33 chr6 26572125 . G A 379.46 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00276405;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8949;QD=21.6834;RBI=0.0122562;REFB=-0.0486466;REVB=0.0119404;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114916;STB=0.563519;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0433242;OID=.;OPOS=26572125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:23:15:17:15:23:15:17:15 chr6 26572165 . G T 201.65 PASS AF=0.4;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0199861;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.303;QD=13.4431;RBI=0.0199866;REFB=-0.00109306;REVB=-0.000140955;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22668;STB=0.517227;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00192421;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:36:23:24:0.4:13:10:6:22:14:10:14:22 chr6 26575798 . CT C 363.01 PASS AF=0.443709;AO=59;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00735526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.8358;QD=9.61622;RBI=0.0574546;REFB=0.08533;REVB=-0.0569819;RO=83;SAF=23;SAR=36;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123066;STB=0.579169;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=-0.10729;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443709:59:151:67:151:84:25:42:43:41:99:83:23:36:42:41 chr6 26577326 . C A 583.49 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.00935417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.522;QD=16.0963;RBI=0.0246821;REFB=-0.0148553;REVB=0.0228409;RO=83;SAF=34;SAR=28;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165394;STB=0.592384;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0235618;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:28:34:32:51:28:34:32:51 chr6 26577370 . C T 703.67 PASS AF=0.447059;AO=75;DP=169;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.00095445;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.663;QD=16.5569;RBI=0.00641055;REFB=-0.0270126;REVB=-0.0063391;RO=94;SAF=42;SAR=33;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175529;STB=0.592978;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0202938;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:94:94:75:76:0.447059:33:42:36:58:34:42:36:58 chr6 26595168 . T C 559.13 PASS AF=0.372881;AO=61;DP=172;FAO=66;FDP=177;FR=.;FRO=111;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=0.0468358;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8438;QD=12.6358;RBI=0.0475592;REFB=-0.0202952;REVB=-0.00826376;RO=110;SAF=21;SAR=40;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191309;STB=0.575966;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0308688;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:177:110:111:61:66:0.372881:40:21:56:54:40:26:57:54 chr6 26597333 . A G 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.727;QD=62.7617;RBI=0.0202181;REFB=0;REVB=0.0144353;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95158e-07;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr6 26598188 . A G 418.17 PASS AF=0.457944;AO=41;DP=103;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0246978;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.0548;QD=15.6323;RBI=0.0259404;REFB=-0.10859;REVB=-0.0079325;RO=40;SAF=26;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231378;STB=0.592247;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0788603;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:40:58:41:49:0.457944:15:26:15:25:22:27:22:36 chr6 26745250 . A G 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00591125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4183;QD=7.96479;RBI=0.0601009;REFB=-0.00812248;REVB=-0.0598095;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279405;STB=0.526974;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00814663;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:3:7:18:7:3:7:19:7 chr6 26745254 . C G 307.5 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00838247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.381;QD=34.1662;RBI=0.0230519;REFB=-0.0173355;REVB=-0.0214739;RO=10;SAF=19;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019656;STB=0.510744;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0109474;OID=.;OPOS=26745254;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:7:19:7:3:7:19:7:3 chr6 26745257 . G A 71.39 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0267901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6549;QD=7.71747;RBI=0.0421799;REFB=-0.0259038;REVB=-0.0325797;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05881;STB=0.536353;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0146035;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:3:7:20:7:3:7:20:7 chr6 26745260 . A G 71.15 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0171776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.356;QD=7.4898;RBI=0.0196443;REFB=-0.00426816;REVB=-0.00953032;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05881;STB=0.545368;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.028835;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:3:7:20:7:3:7:21:7 chr6 26745262 . T C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00311845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.477;QD=7.48214;RBI=0.0145651;REFB=0.0109893;REVB=-0.0142274;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437156;STB=0.545368;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.031737;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:26:28:10:10:0.263158:3:7:19:7:3:7:21:7 chr6 26745286 . A G 112.56 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0433379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.621;QD=9.18858;RBI=0.0439145;REFB=-0.00376383;REVB=0.00709288;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291542;STB=0.673251;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0113527;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:26:9:7:7:26:9 chr6 26745312 . A G 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0246188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.894;QD=7.78046;RBI=0.0367471;REFB=-0.00355026;REVB=0.0272812;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340352;STB=0.702189;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00659968;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:10:7:31:13:10:7:31:13 chr6 26758631 . AT GC 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0124246;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.975;QD=5.90507;RBI=0.0296384;REFB=-0.00560879;REVB=-0.0269085;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25504;STB=0.663937;STBP=0.34;TYPE=mnp;VARB=0.0270814;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:3:5:11:16:3:5:11:16 chr6 26758634 . ATGC TCAA 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00220329;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=252.719;QD=6.31775;RBI=0.0279842;REFB=-0.00258944;REVB=-0.0278973;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21683;STB=0.638753;STBP=0.402;TYPE=mnp;VARB=0.011021;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:11:14:3:5:11:14 chr6 27107865 . G A 124.89 PASS AF=0.684211;AO=14;DP=20;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0222995;FXX=0.049975;HRUN=7;LEN=1;MLLD=223.011;QD=26.2935;RBI=0.0446359;REFB=-0.0347354;REVB=-0.0386665;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226414;STB=0.624835;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00838633;OID=.;OPOS=27107865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:6:6:14:13:0.684211:9:5:0:6:9:4:0:6 chr6 27181610 . G A 305.44 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.416;QD=53.1193;RBI=0.0459437;REFB=0;REVB=0.0306019;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291588;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:12:8:0:0:13:10:0:0 chr6 27181619 . C T 159.81 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00947462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.003;QD=26.6344;RBI=0.0162597;REFB=0.0241449;REVB=-0.013214;RO=8;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198323;STB=0.610967;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0130378;OID=.;OPOS=27181619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:11:5:5:3:11:5:5:3 chr6 27181701 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5662;QD=50.4122;RBI=0.0380109;REFB=0;REVB=-0.0358625;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051427;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr6 27203308 . A G 175.05 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0253902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.091;QD=20.0062;RBI=0.0289403;REFB=-0.023332;REVB=-0.0138881;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122757;STB=0.569501;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.012608;OID=.;OPOS=27203308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:9:8:11:7:9:8 chr6 27203319 . C G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0123356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.583;QD=18.3437;RBI=0.0162894;REFB=-0.0231372;REVB=0.0106385;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126365;STB=0.571823;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0193215;OID=.;OPOS=27203319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:7:11:8:9:7:11 chr6 27205435 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00501177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.353;QD=19.7626;RBI=0.00773326;REFB=0.00320905;REVB=-0.00588944;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789875;STB=0.544588;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00293883;OID=.;OPOS=27205435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:12:13:10:13:12:13 chr6 27218818 . T C,TC 32.77 PASS AF=0.0606061,0.151515;AO=2,7;DP=33;FAO=2,5;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2,4;FSAR=0,1;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00135586,-0.00277569;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=85.9985,65.6518;QD=3.97159;RBI=0.102736,0.0992928;REFB=-0.00727462,-0.00479251;REVB=-0.102727,-0.099254;RO=24;SAF=2,5;SAR=0,2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.42499,0.0657525;STB=0.993287,0.655047;STBP=0.329,0.595;TYPE=snp,ins;VARB=0.0387547,0.127558;OID=.,.;OPOS=27218818,27218819;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:33:33:24:26:2,7:2,5:0.0606061,0.151515:0,2:2,5:16:8:0,1:2,4:17:9 chr6 27219754 . C CG 36.39 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0474567;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.192;QD=9.09723;RBI=0.0539841;REFB=-0.036878;REVB=0.0257322;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=ins;VARB=0.177275;OID=.;OPOS=27219755;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:6:16:7:16:9:1:6:4:5:36:9:2:4:3:6 chr6 27251856 . C G 248.72 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.033935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.77;QD=22.6113;RBI=0.0373683;REFB=0.019199;REVB=0.0156463;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174216;STB=0.603361;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0134574;OID=.;OPOS=27251856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:14:9:12:8:15:9:12:8 chr6 27261700 . C G 755.2 PASS AF=0.553846;AO=71;DP=129;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00071153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.094;QD=23.2371;RBI=0.0158566;REFB=-0.0173643;REVB=-0.0158406;RO=57;SAF=42;SAR=29;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125594;STB=0.567239;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0164719;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:57:58:71:72:0.553846:29:42:25:32:29:43:26:32 chr6 27263252 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.00468085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.931;QD=13.6198;RBI=0.0130251;REFB=-0.016333;REVB=0.012155;RO=37;SAF=19;SAR=7;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723593;STB=0.546145;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0246446;OID=.;OPOS=27263252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:7:19:29:8:7:19:30:8 chr6 27277402 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.944;QD=52.6132;RBI=0.0197666;REFB=0;REVB=-0.0141178;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184141;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr6 27277665 . G A 329.7 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0107752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.218;QD=20.9335;RBI=0.0216872;REFB=-0.0236928;REVB=0.018821;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134727;STB=0.579401;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0198672;OID=.;OPOS=27277665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:13:20:13:16:13:21:13:16 chr6 27279852 . T C 162.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0280134;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.758;QD=18.569;RBI=0.0366032;REFB=-0.0190396;REVB=-0.0235594;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207948;STB=0.628868;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0413394;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:18:17:17:0.485714:4:13:9:7:4:13:10:8 chr6 27300755 . T TA 121.07 PASS AF=0.483333;AO=25;DP=63;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0536818;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5841;QD=8.07135;RBI=0.142456;REFB=-0.0543356;REVB=0.131954;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105155;STB=0.500575;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=0.0605921;OID=.;OPOS=27300756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483333:25:63:29:60:31:14:15:15:16:99:35:11:14:19:16 chr6 27302765 . T C 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00673329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.074;QD=16.923;RBI=0.0202157;REFB=0.00993149;REVB=0.0190614;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208352;STB=0.511694;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0108685;OID=.;OPOS=27302765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:20:14:13:17:20:14 chr6 27327349 . C G 884.98 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0149858;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9469;QD=52.8349;RBI=0.04009;REFB=-0.0516312;REVB=0.0371838;RO=2;SAF=37;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248416;STB=0.513154;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0066456;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:68:67:2:2:63:65:0.970149:26:37:2:0:28:37:2:0 chr6 27356867 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.546;QD=57.2373;RBI=0.00929178;REFB=0;REVB=0.00480645;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95235e-06;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr6 27370032 . A AT,T 36.08 PASS AF=0.157895,0.0526316;AO=6,2;DP=40;FAO=6,2;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5,2;FSAR=1,0;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0533535,0.0142469;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=15.1409,149.442;QD=3.79737;RBI=0.0712294,0.0157163;REFB=-0.0330547,0.000614797;REVB=0.0471914,-0.00663529;RO=32;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=11;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.544572,0.528853;STB=0.873907,0.99627;STBP=0.094,0.06;TYPE=ins,snp;VARB=0.0800248,-0.00273128;OID=.,.;OPOS=27370033,27370032;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:40:38:32:30:6,2:6,2:0.157895,0.0526316:1,0:5,2:11:21:1,0:5,2:10:20 chr6 27470810 . G C 392.18 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00611683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4606;QD=22.0946;RBI=0.0320403;REFB=-0.0104571;REVB=0.031451;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196801;STB=0.611927;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00808619;OID=.;OPOS=27470810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:32:38:39:0.549296:21:17:22:10:22:17:22:10 chr6 27473602 . C G 98.82 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00281948;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5911;QD=13.1759;RBI=0.00365557;REFB=0.013693;REVB=-0.00232673;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882068;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.018218;OID=.;OPOS=27473602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:17:18:12:12:0.4:6:6:7:10:6:6:8:10 chr6 27515585 . C T 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00222278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.923;QD=11.6631;RBI=0.00461641;REFB=-0.00227362;REVB=-0.00404605;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244899;STB=0.638176;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0043207;OID=.;OPOS=27515585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:11:3:10:15:11:3:10:16 chr6 27586122 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.047328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8989;QD=7.96582;RBI=0.0589507;REFB=0.0139874;REVB=0.0351461;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415998;STB=0.749583;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0328524;OID=.;OPOS=27586122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:20:6:6:4:20:6 chr6 27586181 . G A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00940819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.427;QD=10.6974;RBI=0.0387505;REFB=-0.0122372;REVB=0.0375911;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337406;STB=0.695691;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0135475;OID=.;OPOS=27586181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:26:6:7:8:26:6 chr6 27618731 . G T 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00515531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.816;QD=19.2741;RBI=0.00534614;REFB=-0.0105064;REVB=0.00141561;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731467;STB=0.540638;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0138388;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:19:18:15:22:19:18:15:22 chr6 27636354 . A G 308.83 PASS AF=0.608696;AO=26;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00280738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9118;QD=26.8551;RBI=0.00846708;REFB=-0.0253545;REVB=-0.00798813;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138919;STB=0.571378;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0233917;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:26:28:0.608696:11:15:7:11:12:16:7:11 chr6 27636378 . C T 308.57 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00277268;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.341;QD=25.7141;RBI=0.0027798;REFB=-0.024052;REVB=-0.00019873;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452637;STB=0.523203;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0199134;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:27:27:0.5625:14:13:8:11:14:13:9:12 chr6 27648894 . C T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0223963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.483;QD=20.8713;RBI=0.0225313;REFB=-0.0245366;REVB=-0.00246257;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17209;STB=0.597601;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0165599;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:16:5:8:12:16:5:8:12 chr6 27648908 . C G 203.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00738137;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=370.851;QD=21.4695;RBI=0.0124752;REFB=-0.00127836;REVB=0.0100572;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679889;STB=0.5185;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00104442;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:18:20:20:0.526316:14:6:7:12:14:6:6:12 chr6 27650521 . C T 125.34 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00396586;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.274;QD=8.95291;RBI=0.0369833;REFB=-0.00403694;REVB=-0.0367701;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730832;STB=0.519628;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0065719;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:39:17:17:0.303571:7:10:24:13:7:10:24:15 chr6 27655994 . T G 335.7 PASS AF=0.455696;AO=33;DP=77;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00564317;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.383;QD=16.9974;RBI=0.0128283;REFB=-0.0239948;REVB=0.0115204;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766775;STB=0.503879;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0268938;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:44:43:33:36:0.455696:17:16:21:23:19:17:20:23 chr6 27688927 . G A 286.93 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0739297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1409;QD=20.8677;RBI=0.074222;REFB=-0.0362848;REVB=0.00658118;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173671;STB=0.596091;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.025985;OID=.;OPOS=27688927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:16:14:17:8:16:14:17:8 chr6 27688930 . C T 277.61 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00242432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.256;QD=20.564;RBI=0.00431595;REFB=-0.0263325;REVB=-0.00357072;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223627;STB=0.623817;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0285795;OID=.;OPOS=27688930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:18:7:16:13:18:7 chr6 27694460 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.010159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.96;QD=17.1564;RBI=0.0127146;REFB=-0.00904533;REVB=0.00764561;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144153;STB=0.582682;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0124454;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:10:10:6:11:10:10 chr6 27792221 . C T 679.42 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00207099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1204;QD=49.4126;RBI=0.0174097;REFB=-0.0526718;REVB=0.0172861;RO=3;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478193;STB=0.50603;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00662299;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:51:52:0.945455:28:23:0:3:29:23:1:2 chr6 27792228 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.576;QD=57.1062;RBI=0.0114935;REFB=0;REVB=-0.0108801;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18428e-06;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr6 28104611 . G T 279.2 PASS AF=0.253012;AO=42;DP=166;FAO=42;FDP=166;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=0.00348136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.775;QD=6.72773;RBI=0.021757;REFB=0.000336748;REVB=0.0214766;RO=122;SAF=13;SAR=29;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196549;STB=0.619221;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000530863;OID=.;OPOS=28104611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:122:124:42:42:0.253012:29:13:56:66:29:13:57:67 chr6 28180818 . G C 367.49 PASS AF=0.36;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=0.0457589;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5736;QD=11.7597;RBI=0.088875;REFB=-0.0126985;REVB=0.0761898;RO=79;SAF=28;SAR=17;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027919;STB=0.519076;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0306422;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:79:80:45:45:0.36:17:28:51:28:17:28:52:28 chr6 28180870 . A C 321.04 PASS AF=0.375;AO=40;DP=107;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0249742;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.274;QD=12.3477;RBI=0.0616463;REFB=-0.0209102;REVB=-0.056361;RO=67;SAF=21;SAR=19;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300099;STB=0.509653;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0310917;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:67:65:40:39:0.375:19:21:37:30:18:21:34:31 chr6 28180904 . A G 272.54 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00753116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.176;QD=12.5306;RBI=0.00763339;REFB=-0.00760993;REVB=-0.00124508;RO=55;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802682;STB=0.533987;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0120112;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:55:55:31:32:0.367816:18:13:27:28:18:14:27:28 chr6 28213239 . T C 320.45 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0104357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.894;QD=27.2722;RBI=0.0780067;REFB=-0.0113518;REVB=0.0773055;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192606;STB=0.510631;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00509855;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:10:9:14:14:10:9 chr6 28219270 . G A 334.72 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0454916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7388;QD=14.3967;RBI=0.0491199;REFB=-0.00667645;REVB=-0.0185278;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138888;STB=0.578904;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.01436;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:15:22:26:30:15:22:26:30 chr6 28227436 . A G 639.54 PASS AF=0.606383;AO=56;DP=93;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0111957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.343;QD=27.2144;RBI=0.0301992;REFB=-0.0100206;REVB=-0.0280473;RO=36;SAF=30;SAR=26;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12497;STB=0.575326;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00550757;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:36:37:56:57:0.606383:26:30:13:23:26:31:13:24 chr6 28227604 . C A 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00574826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8308;QD=17.3726;RBI=0.0174652;REFB=-0.0108828;REVB=-0.0164921;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246583;STB=0.514259;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00849955;OID=.;OPOS=28227604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:2:8:9:2:2:8 chr6 28228342 . A G 686.31 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.657;QD=62.3916;RBI=0.0207042;REFB=0;REVB=0.0161936;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89765e-05;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr6 28239873 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0126338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.179;QD=21.3766;RBI=0.0132429;REFB=-0.0150519;REVB=-0.0039701;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022833;STB=0.512809;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0102847;OID=.;OPOS=28239873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:9:13:13:10:9:13 chr6 28239932 . T TG 487.77 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.8541;QD=50.0278;RBI=0.0313083;REFB=0;REVB=0.0243098;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00015647;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:39:39:0:21:18:0:0:8:1:20:18:1:0 chr6 28264681 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00953393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.925;QD=13.0887;RBI=0.0189838;REFB=-0.0155683;REVB=-0.0164162;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774182;STB=0.545397;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0241017;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:12:15:10:6:12:15 chr6 28269407 . G A 132.69 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0126447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.978;QD=15.1643;RBI=0.028513;REFB=-0.0392878;REVB=-0.0255559;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357417;STB=0.557524;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0449038;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:20:14:15:0.428571:10:4:6:13:11:4:7:13 chr6 28269663 . A G 390.8 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0204568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.811;QD=16.6299;RBI=0.020468;REFB=-0.0233613;REVB=-0.000676069;RO=51;SAF=18;SAR=23;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108714;STB=0.550444;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0264598;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:41:41:0.43617:23:18:28:23:23:18:28:25 chr6 28294550 . T C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00158152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.639;QD=17.0949;RBI=0.00185946;REFB=-0.0199324;REVB=0.000977959;RO=41;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258638;STB=0.645102;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.026634;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:12:23:16:25:12:23:16:25 chr6 28327371 . G C 236.84 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0540352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.569;QD=18.5758;RBI=0.0568366;REFB=-0.00911485;REVB=0.0176239;RO=26;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121695;STB=0.568804;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00789591;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:19:6:9:17:19:6:9:17 chr6 28359170 . A G 291.99 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0157632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.5;QD=21.6289;RBI=0.015824;REFB=-0.0182091;REVB=0.00138557;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356625;STB=0.529905;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0100282;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:17:13:11:12:17:13:12:12 chr6 28359186 . C T 295.8 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0455338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8388;QD=22.3248;RBI=0.101302;REFB=-0.0414332;REVB=-0.0904913;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347989;STB=0.509428;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0290627;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:15:15:12:10:15:15:12:11 chr6 28483482 . A C 452.54 PASS AF=0.442478;AO=48;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0355232;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.943;QD=16.019;RBI=0.0503174;REFB=-0.0233993;REVB=-0.0356363;RO=49;SAF=27;SAR=21;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212568;STB=0.566983;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0237745;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:49:63:48:50:0.442478:21:27:16:33:21:29:29:34 chr6 28542424 . G A 87.1 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000112926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3551;QD=13.4001;RBI=0.00197484;REFB=-0.0265445;REVB=-0.00197161;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236675;STB=0.624759;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.069971;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:14:15:11:11:0.423077:3:8:7:7:3:8:8:7 chr6 28542520 . C T 223.5 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00577714;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.519;QD=18.6251;RBI=0.00577715;REFB=-0.0108886;REVB=-9.47877e-06;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274035;STB=0.646715;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0123635;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:26:22:22:0.458333:12:10:20:7:12:10:19:7 chr6 28601934 . A T 598.93 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400001;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.027;QD=61.4287;RBI=0.0457108;REFB=0;REVB=0.0221238;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107643;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr6 28616066 . T A 784.92 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.971;QD=64.075;RBI=0.0677948;REFB=0;REVB=0.0633872;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166676;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr6 28626098 . G A 369.66 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.13;QD=54.7641;RBI=0.0131764;REFB=0;REVB=0.00703456;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60344e-05;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr6 28641689 . A G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0252484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.266;QD=10.4742;RBI=0.0447839;REFB=-0.00250984;REVB=-0.0369881;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328192;STB=0.696016;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00685887;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:11:8:26:10:11:8:27:10 chr6 28663703 . G GA 42.09 PASS AF=0.313725;AO=18;DP=54;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0391708;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9975;QD=3.30137;RBI=0.115377;REFB=-0.0751424;REVB=-0.108524;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062033;STB=0.552759;STBP=0.603;TYPE=ins;VARB=0.0366312;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725:18:54:16:51:35:9:7:17:18:42:34:10:8:17:17 chr6 28663716 . A G 675.7 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00457801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.943;QD=49.1415;RBI=0.0195029;REFB=0.0162144;REVB=-0.018958;RO=4;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382109;STB=0.520335;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00147011;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:4:4:51:51:0.927273:24:27:1:3:24:27:1:3 chr6 28663754 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.408;QD=60.0305;RBI=0.0264331;REFB=0;REVB=0.0252019;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129724;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr6 28678357 . T C 689.18 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.402;QD=62.6523;RBI=0.0142107;REFB=0;REVB=0.00835525;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23396e-05;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr6 28687469 . G A 125.73 PASS AF=0.416667;AO=12;DP=33;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00640877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1422;QD=13.9699;RBI=0.00696184;REFB=-0.0415507;REVB=0.00271934;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396511;STB=0.58812;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.054558;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:21:21:12:15:0.416667:7:5:8:13:7:8:8:13 chr6 28687542 . T C 772.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.923;QD=63.092;RBI=0.00807158;REFB=0;REVB=-0.00746275;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738747;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr6 28697086 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0100513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2079;QD=14.3246;RBI=0.0399483;REFB=-0.00720981;REVB=-0.0386632;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150323;STB=0.585514;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0121994;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:11:17:18:21:11:17:18:21 chr6 28703244 . T C 270.04 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00454397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.357;QD=12.0018;RBI=0.0140585;REFB=-0.00587591;REVB=0.0133039;RO=58;SAF=20;SAR=12;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142611;STB=0.582334;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0112142;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:12:20:29:29:12:20:29:29 chr6 28703281 . T C 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0106219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.684;QD=13.4447;RBI=0.0107017;REFB=0.0041976;REVB=-0.00130495;RO=59;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276443;STB=0.515781;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00672984;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:18:18:31:28:18:18:31:28 chr6 28715604 . G C 306.96 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0591944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0096;QD=11.6937;RBI=0.0594786;REFB=0.0133023;REVB=0.00580762;RO=66;SAF=13;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180969;STB=0.599842;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0241938;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:67:38:38:0.361905:25:13:33:33:25:13:33:34 chr6 28732151 . C T 105.31 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00123736;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.438;QD=6.48077;RBI=0.00310111;REFB=-0.0108591;REVB=-0.00284356;RO=47;SAF=10;SAR=6;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173281;STB=0.510191;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.033905;OID=.;OPOS=28732151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:47:49:16:16:0.246154:6:10:30:17:6:10:30:19 chr6 28758580 . TTTG T 115.97 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0160957;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=3;MLLD=265.913;QD=8.28341;RBI=0.0189674;REFB=0.00166297;REVB=0.0100346;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139019;STB=0.619106;STBP=0.185;TYPE=del;VARB=-0.00275939;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:20:56:20:56:36:6:14:17:19:99:31:6:14:13:18 chr6 28770596 . A AC 49.02 PASS AF=0.325581;AO=12;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0249187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.2043;QD=4.56034;RBI=0.0520092;REFB=-0.0492297;REVB=-0.0456511;RO=31;SAF=10;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361995;STB=0.762277;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.064115;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:12:43:14:43:29:12:2:16:13:49:31:10:2:18:13 chr6 28775664 . C T 484.42 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00489421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.541;QD=29.3588;RBI=0.0182568;REFB=-0.0161119;REVB=0.0175885;RO=22;SAF=21;SAR=23;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139853;STB=0.507593;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00747841;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:44:44:0.666667:23:21:10:12:23:21:10:12 chr6 28779933 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0505929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.503;QD=14.8163;RBI=0.0505934;REFB=-0.0169866;REVB=0.000211868;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251622;STB=0.642052;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0276222;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:12:17:13:26:12:17:13:26 chr6 28785085 . C T 690.31 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9287;QD=62.7558;RBI=0.0766902;REFB=0;REVB=0.0162552;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447356;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:14:30:0:0 chr6 28791134 . G A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.726;QD=59.8295;RBI=0.0228284;REFB=0;REVB=0.0226048;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34032e-05;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr6 28791150 . A C 562.92 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9875;QD=59.2543;RBI=0.0581865;REFB=0;REVB=-0.0348163;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995626;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:15:21:0:0:16:22:0:0 chr6 28806218 . G A 312.77 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0569154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7216;QD=50.043;RBI=0.0590812;REFB=-0.0589232;REVB=0.0158501;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0264911;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:0:1 chr6 28849157 . T C 2006.22 PASS AF=0.992424;AO=129;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00546271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6851;QD=60.7944;RBI=0.0245736;REFB=-0.098235;REVB=-0.0239587;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00122314;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:129:131:0.992424:72:57:0:0:73:58:0:1 chr6 28872103 . AGGGGTA AGGGTA,AGGTGAG 535.26 PASS AF=0.890909,0.109091;AO=13,4;DP=59;FAO=49,6;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15,6;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.624771,-0.206907;FXX=0.0677851;HRUN=4,4;LEN=1,4;MLLD=12.8588,97.3463;QD=38.9279;RBI=0.818904,0.232082;REFB=0,0;REVB=0.529401,0.105126;RO=19;SAF=0,4;SAR=13,0;SRF=0;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.863916;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.083758,0.183358;OID=.,.;OPOS=28872104,28872106;OREF=G,GGTA;OALT=-,TGAG;OMAPALT=AGGGTA,AGGTGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890909,0.109091:13,4:59:49,6:55:0:15,6:34,0:0:0:15:19:0,4:13,0:0:19 chr6 28887837 . G A 175.95 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0148481;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.376;QD=19.5503;RBI=0.134833;REFB=-0.0180826;REVB=0.134013;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.555494;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0221495;OID=.;OPOS=28887837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:18:18:18:0.5:10:8:10:9:10:8:10:8 chr6 28911802 . G A 683.16 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.017;QD=52.5511;RBI=0.0303776;REFB=-0.0790353;REVB=0.016181;RO=2;SAF=28;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324419;STB=0.517235;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00289135;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:22:28:2:0:22:28:2:0 chr6 28912076 . C T 1141.73 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.543;QD=60.0912;RBI=0.0244484;REFB=0;REVB=0.0230932;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07549e-05;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:42:34:0:0 chr6 28945522 . C T 1476.03 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0439054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.429;QD=57.3216;RBI=0.0440833;REFB=-0.000150894;REVB=0.0039556;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=3.03346e-05;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:0:2:101:101:0.980583:54:47:0:0:54:47:1:1 chr6 28963248 . T G 2420.21 PASS AF=0.981707;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00842972;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6547;QD=59.0296;RBI=0.0190615;REFB=-0.0906332;REVB=0.0170962;RO=3;SAF=97;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221137;STB=0.511626;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=9.59635e-05;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:165:164:3:3:160:161:0.981707:63:97:0:3:63:98:0:3 chr6 29012067 . C T 1699.15 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0241397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8586;QD=58.5912;RBI=0.0555645;REFB=0.045129;REVB=-0.0500469;RO=3;SAF=54;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927995;STB=0.509089;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0089747;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:3:2:113:114:0.982759:59:54:2:1:60:54:2:0 chr6 29012116 . G A 2125.78 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284415;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.722;QD=62.986;RBI=0.00341952;REFB=0;REVB=-0.0018984;RO=0;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99925e-06;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:78:56:0:0:79:56:0:0 chr6 29069323 . G A 73.32 PASS AF=0.103627;AO=20;DP=193;FAO=20;FDP=193;FR=.;FRO=173;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=100;FSRR=73;FWDB=-0.0442721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.793;QD=1.5196;RBI=0.0442988;REFB=-0.0110008;REVB=0.00153608;RO=173;SAF=4;SAR=16;SRF=100;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4449;STB=0.823455;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0513594;OID=.;OPOS=29069323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:193:193:173:173:20:20:0.103627:16:4:100:73:16:4:100:73 chr6 29069327 . TG CA 66.28 PASS AF=0.0969388;AO=19;DP=197;FAO=19;FDP=196;FR=.;FRO=177;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=102;FSRR=75;FWDB=-0.0235149;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.915;QD=1.35259;RBI=0.0235576;REFB=-0.00285258;REVB=0.00141761;RO=176;SAF=4;SAR=15;SRF=102;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428046;STB=0.81507;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.0283061;OID=.;OPOS=29069327;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:197:196:176:177:19:19:0.0969388:15:4:102:74:15:4:102:75 chr6 29141743 . A G 2855.41 PASS AF=1;AO=181;DP=185;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959649;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8993;QD=62.7564;RBI=0.0260382;REFB=-0.0640079;REVB=0.0242053;RO=1;SAF=97;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488309;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563399;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:182:1:0:181:182:1:84:97:1:0:84:98:0:0 chr6 29323258 . AG A,AA 453.62 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,28;DP=32;FAO=4,28;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=4,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119241,-0.0145252;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.547,266.265;QD=56.7027;RBI=0.0523047,0.0281414;REFB=0,0;REVB=0.0509274,0.024103;RO=0;SAF=0,16;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0255921,-0.000523907;OID=.,.;OPOS=29323259,29323259;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:4,28:32:4,28:32:0:0,16:4,12:0:0:11:0:0,16:4,12:0:0 chr6 29323905 . A C 472.13 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9817;QD=55.5444;RBI=0.127825;REFB=-0.12928;REVB=0.119796;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00739452;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:1:0:18:15:1:0 chr6 29364787 . C T 1185.15 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0805017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1043;QD=58.5261;RBI=0.0902848;REFB=-0.0296096;REVB=0.0408757;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099094;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00177156;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:3:1:78:80:0.987654:37:41:2:1:38:42:1:0 chr6 29385237 . T C 351.07 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0283938;FXX=0.0267833;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8146;QD=12.8833;RBI=0.0323156;REFB=-0.0180956;REVB=0.0154301;RO=68;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178119;STB=0.605998;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0373175;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:68:67:42:42:0.385321:19:23:26:42:19:23:25:42 chr6 29407970 . T C 391.75 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00359063;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3355;QD=16.8494;RBI=0.00375249;REFB=-0.0306144;REVB=0.00109021;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834899;STB=0.509737;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0436761;OID=.;OPOS=29407970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:53:52:41:41:0.44086:19:22:28:25:19:22:27:25 chr6 29408313 . C A 171.8 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=70;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00353245;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.504;QD=9.95939;RBI=0.00372814;REFB=-0.0135926;REVB=0.00119199;RO=46;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201575;STB=0.602463;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0282799;OID=.;OPOS=29408313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:46:46:22:23:0.333333:11:11:31:15:11:12:31:15 chr6 29408528 . A G 1966.52 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577014;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.535;QD=61.9377;RBI=0.0581123;REFB=0;REVB=0.00689809;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026856;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:124:127:1:60:64:0:0:61:66:0:0 chr6 29430170 . T C 626.12 PASS AF=0.5;AO=58;DP=124;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0168437;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.378;QD=19.5662;RBI=0.0245663;REFB=-0.0468421;REVB=0.0178828;RO=66;SAF=27;SAR=31;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620628;STB=0.547044;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0418588;OID=.;OPOS=29430170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:66:64:58:64:0.5:31:27:35:31:36:28:34:30 chr6 29431698 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6872;QD=56.9955;RBI=0.0643162;REFB=0;REVB=-0.0417986;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62883e-05;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr6 29455465 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00992248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.824;QD=19.4398;RBI=0.0185486;REFB=-0.00617522;REVB=0.0156714;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272;STB=0.515142;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00639896;OID=.;OPOS=29455465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:15:14:14:17:15:14 chr6 29455599 . A G 312.88 PASS AF=0.37;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00050975;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.949;QD=12.5151;RBI=0.0377379;REFB=-0.0125796;REVB=-0.0377344;RO=63;SAF=24;SAR=13;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160156;STB=0.591877;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0232392;OID=.;OPOS=29455599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:63:63:37:37:0.37:13:24:32:31:13:24:32:31 chr6 29523670 . C A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0232513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.332;QD=23.8208;RBI=0.027153;REFB=-0.0259865;REVB=0.0140237;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130074;STB=0.518851;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0171859;OID=.;OPOS=29523670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:12:10:7:9:12:10:7:10 chr6 29523676 . C G 618.88 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0684226;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.41;QD=58.9411;RBI=0.0984013;REFB=-0.137202;REVB=-0.0707188;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00284354;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:40:41:0.97619:23:17:0:0:24:17:1:0 chr6 29523859 . G C 524.17 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.000488196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.903;QD=21.3948;RBI=0.00815203;REFB=-0.0256545;REVB=-0.0081374;RO=47;SAF=27;SAR=23;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173901;STB=0.600203;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0202556;OID=.;OPOS=29523859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:23:27:16:31:23:27:16:32 chr6 29523872 . A G 535.29 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00281224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.256;QD=20.9918;RBI=0.00572366;REFB=-0.0010992;REVB=0.00498514;RO=48;SAF=27;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124891;STB=0.568603;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00104218;OID=.;OPOS=29523872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:27:27:17:31:27:27:17:31 chr6 29524003 . A G 794.47 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00894982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.662;QD=21.0456;RBI=0.017884;REFB=-0.0159116;REVB=-0.0154835;RO=71;SAF=38;SAR=41;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710147;STB=0.53549;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0169238;OID=.;OPOS=29524003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:71:72:79:79:0.523179:41:38:40:31:41:38:40:32 chr6 29555809 . C T 1822.7 PASS AF=0.968254;AO=121;DP=126;FAO=122;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0629924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3283;QD=57.8633;RBI=0.0695008;REFB=-0.0882289;REVB=0.0293652;RO=4;SAF=63;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125703;STB=0.500521;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0173565;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:126:4:4:121:122:0.968254:58:63:2:2:59:63:2:2 chr6 29555864 . C T 593.58 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00389017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.219;QD=17.4581;RBI=0.00404372;REFB=-0.0244222;REVB=0.00110377;RO=74;SAF=21;SAR=41;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253515;STB=0.641195;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.024861;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:41:21:44:30:41:21:44:30 chr6 29625001 . A G 734.15 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0407622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1737;QD=61.1789;RBI=0.040962;REFB=0.0529158;REVB=-0.00404126;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00111929;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr6 29634003 . G C 206.89 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0199437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.021;QD=12.3517;RBI=0.0206668;REFB=-0.0144581;REVB=0.00541917;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163254;STB=0.505296;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0224964;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:25:26:0.38806:14:11:17:23:15:11:17:24 chr6 29634012 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.576;QD=58.6005;RBI=0.0168758;REFB=0;REVB=0.0164738;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20701e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr6 29691303 . G A 60.77 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.000970826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.011;QD=9.00272;RBI=0.00700056;REFB=-0.011714;REVB=-0.00693291;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299589;STB=0.679637;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0444289;OID=.;OPOS=29691303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:5:13:4:5:5:13 chr6 29691857 . C G 48.85 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.015473;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.871;QD=11.494;RBI=0.0485829;REFB=-0.0226336;REVB=0.0460531;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0240915;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:7:3:3:4:7:3 chr6 29693011 . C T 279.47 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5518;QD=48.6031;RBI=0.0473985;REFB=0.0262677;REVB=-0.0450455;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0036877;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:9:14:0:0:9:13:1:0 chr6 29694680 . AA CT 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0341037;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=218.481;QD=8.508;RBI=0.0480567;REFB=-0.0049322;REVB=-0.0338583;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288366;STB=0.676631;STBP=0.163;TYPE=mnp;VARB=0.01295;OID=.;OPOS=29694680;OREF=AA;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:4:8:13:18:4:8:13:18 chr6 29695854 . G A 414.03 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0272278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4931;QD=19.036;RBI=0.0335135;REFB=0.00955811;REVB=0.0195396;RO=44;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191325;STB=0.515782;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0105867;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:45:42:42:0.482759:23:19:19:25:23:19:19:26 chr6 29704237 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00683977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.269;QD=19.7024;RBI=0.00862344;REFB=0.000387143;REVB=-0.00525178;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.000404534;OID=.;OPOS=29704237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr6 29718220 . G A 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0246865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.172;QD=16.0643;RBI=0.0311424;REFB=-0.0240701;REVB=-0.0189849;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0024826;STB=0.516556;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.040163;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:11:7:9:14:11:7:10:14 chr6 29759517 . G A 131.91 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00163885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.306;QD=16.4881;RBI=0.00838401;REFB=-0.0067204;REVB=-0.00822228;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240166;STB=0.63811;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00779762;OID=.;OPOS=29759517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:10:7:10:5:10:7 chr6 29759811 . C G 100.38 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0145771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.272;QD=12.9519;RBI=0.0180339;REFB=-0.0369918;REVB=0.0106175;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.588012;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0465155;OID=.;OPOS=29759811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:31:31:13:18:7:8:0.258065:4:3:9:4:5:3:9:9 chr6 29759823 . TT CC 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.01833;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=210.42;QD=10.1699;RBI=0.0207144;REFB=-0.0108534;REVB=0.00964888;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170215;STB=0.603574;STBP=0.415;TYPE=mnp;VARB=0.0196031;OID=.;OPOS=29759823;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:9:13:8:3:9:13 chr6 29759876 . G A 158.67 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0415783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.197;QD=17.153;RBI=0.0464541;REFB=-0.0270737;REVB=0.0207177;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369472;STB=0.521148;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0301702;OID=.;OPOS=29759876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:9:11:10:7:9:11 chr6 29759996 . T C 202.75 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00799081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0266;QD=21.9184;RBI=0.103535;REFB=0.0174045;REVB=-0.103226;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809967;STB=0.5333;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0287243;OID=.;OPOS=29759996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:12:8:8:8:12:8:8:9 chr6 29760352 . CGCGGGCGCCGTGGATGGAGCA C 32.16 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00255166;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=21;MLLD=449.941;QD=7.56769;RBI=0.0382664;REFB=-0.0164139;REVB=-0.0381812;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429227;STB=0.816957;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.0278776;OID=.;OPOS=29760353;OREF=GCGGGCGCCGTGGATGGAGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:5:20:5:17:12:4:1:4:8:32:10:4:1:4:6 chr6 29764938 . TT CA 30.33 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.000968926;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=2;MLLD=244.128;QD=1.68478;RBI=0.0202642;REFB=-0.00164771;REVB=0.020241;RO=65;SAF=2;SAR=5;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286265;STB=0.724855;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=0.0166977;OID=.;OPOS=29764938;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:72:65:65:7:7:0.0972222:5:2:35:30:5:2:35:30 chr6 29764955 . A T 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0186813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.451;QD=2.25225;RBI=0.028185;REFB=-0.0036585;REVB=-0.0211046;RO=72;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170134;STB=0.622945;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0229502;OID=.;OPOS=29764955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:6:4:39:33:6:4:39:33 chr6 29764971 . A G 75.15 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=87;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0534348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0843;QD=3.45505;RBI=0.0631647;REFB=-0.00493716;REVB=0.0336825;RO=73;SAF=6;SAR=8;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182256;STB=0.62119;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0287352;OID=.;OPOS=29764971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:87:87:73:73:14:14:0.16092:8:6:42:31:8:6:42:31 chr6 29764995 . TC GA 92.25 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0202428;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.636;QD=4.19332;RBI=0.0241421;REFB=-0.00511783;REVB=0.0131556;RO=72;SAF=8;SAR=8;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876332;STB=0.556748;STBP=0.64;TYPE=mnp;VARB=0.0140782;OID=.;OPOS=29764995;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:72:72:16:16:0.181818:8:8:41:31:8:8:41:31 chr6 29764998 . T C 284.41 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00252427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.832;QD=12.9278;RBI=0.00703634;REFB=-0.0180189;REVB=0.00656797;RO=55;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730722;STB=0.541786;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0305135;OID=.;OPOS=29764998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:16:17:32:23:16:17:32:23 chr6 29794860 . C T 868.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5289;QD=57.8942;RBI=0.0102185;REFB=0;REVB=0.00630242;RO=0;SAF=13;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68625e-05;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:46:13:0:0:47:13:0:0 chr6 29795636 . G A 1082.06 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063289;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4436;QD=60.1143;RBI=0.0464791;REFB=0;REVB=0.0460462;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315426;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr6 29795657 . G A 996.73 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609349;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.831;QD=59.506;RBI=0.0679777;REFB=0;REVB=0.0301315;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060137;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr6 29795993 . G A 685.03 PASS AF=0.977778;AO=34;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.07;QD=60.8915;RBI=0.0673571;REFB=-0.0324309;REVB=0.0584669;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000564443;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:34:44:0.977778:15:19:0:1:24:20:0:1 chr6 29796376 . C A 1287.4 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373608;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.053;QD=62.0433;RBI=0.0398585;REFB=0;REVB=0.039683;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21372e-05;OID=.;OPOS=29796376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr6 29797696 . A G 1424.73 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0422176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8887;QD=60.6269;RBI=0.0665836;REFB=-0.00839659;REVB=-0.0514883;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.502162;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00058002;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:1:2:92:92:0.978723:55:37:0:1:55:37:1:1 chr6 29798140 . A G,T 1055.63 PASS AF=0.971831,0.028169;AO=66,5;DP=71;FAO=69,2;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355462,-0.0736667;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.197,65.3283;QD=59.4723;RBI=0.0360057,0.0737246;REFB=0,0;REVB=-0.00573405,-0.00292032;RO=0;SAF=43,4;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=9.45695e-05,0.0988611;OID=.,.;OPOS=29798140,29798140;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:71:71:0:0:66,5:69,2:0.971831,0.028169:23,1:43,4:0:0:23,1:46,1:0:0 chr6 29855586 . A G 351.64 PASS AF=0.8;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.114623;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.226;QD=40.1876;RBI=0.114707;REFB=-0.103466;REVB=0.0044025;RO=6;SAF=5;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225996;STB=0.647768;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00187025;OID=.;OPOS=29855586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:34:35:6:7:28:28:0.8:23:5:4:2:23:5:5:2 chr6 29856347 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.656;QD=58.1421;RBI=0.0271837;REFB=0;REVB=0.0100276;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76601e-05;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 29856402 . A C 293.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957516;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2268;QD=53.2839;RBI=0.0113822;REFB=0;REVB=0.00615396;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390974;OID=.;OPOS=29856402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 29856655 . G C 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0003725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.265;QD=59.0424;RBI=0.0167327;REFB=-0.0186967;REVB=-0.0167285;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.50847;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00056154;OID=.;OPOS=29856655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:12:29:1:0:12:29:1:0 chr6 29910358 . C G 277.76 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0513536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7273;QD=23.1465;RBI=0.051993;REFB=-0.0197408;REVB=0.00812913;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174447;STB=0.59706;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0224199;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:11:15:8:14:11:15:8:14 chr6 29910371 . C T 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.101287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.954;QD=8.12757;RBI=0.101399;REFB=0.0403794;REVB=-0.00476447;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333278;STB=0.706593;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0157458;OID=.;OPOS=29910371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:8:3:16:13:8:3:16:13 chr6 29910402 . G A 89.75 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0149366;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.211;QD=13.8084;RBI=0.0203156;REFB=-0.0166402;REVB=0.0137703;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0149388;OID=.;OPOS=29910402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:13:15:11:11:0.423077:7:4:6:7:7:4:8:7 chr6 29910557 . TT AC,TC 201.94 PASS AF=0.529412,0.470588;AO=9,8;DP=17;FAO=9,8;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7,4;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294204,-0.0761086;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=104.805,51.4412;QD=47.5143;RBI=0.0318074,0.121674;REFB=0,0;REVB=0.0120894,-0.0949323;RO=0;SAF=7,4;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.012883,-0.0430031;OID=.,.;OPOS=29910557,29910558;OREF=TT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:17:17:0:0:9,8:9,8:0.529412,0.470588:2,4:7,4:0:0:2,4:7,4:0:0 chr6 29910717 . A G 129.21 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.197986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.496;QD=32.3034;RBI=0.19835;REFB=-0.000499408;REVB=0.0120157;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112976;STB=0.555478;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00406523;OID=.;OPOS=29910717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:2:2:13:14:0.875:7:6:0:2:8:6:0:2 chr6 29910721 . G C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00710259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.143;QD=22.6784;RBI=0.00721341;REFB=0.0356102;REVB=-0.00125961;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00772244;OID=.;OPOS=29910721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:2:3:6:4:2:3 chr6 29910742 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0997;QD=40.7629;RBI=0.0755273;REFB=0;REVB=0.0721008;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557399;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 29910750 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000383269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.892;QD=39.2065;RBI=0.0807733;REFB=0;REVB=0.0807724;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258107;OID=.;OPOS=29910750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 29911056 . A C 88.07 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0239865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.074;QD=8.80694;RBI=0.0244264;REFB=-0.0355207;REVB=-0.00461486;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410896;STB=0.524958;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0706708;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:15:13:6:6:15:13 chr6 29911064 . A G 654.77 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498171;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.826;QD=62.3586;RBI=0.0216189;REFB=0;REVB=-0.0210371;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019821;OID=.;OPOS=29911064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr6 29911069 . A T 128.6 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0124629;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.218;QD=11.9624;RBI=0.0137929;REFB=-0.00651447;REVB=-0.00590936;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399317;STB=0.544832;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0131216;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:14:15:0.348837:7:7:15:13:8:7:15:13 chr6 29911114 . GG AC,AG 654.1 PASS AF=0.302326,0.697674;AO=16,30;DP=47;FAO=13,30;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4,11;FSAR=9,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601808,0.0710137;FXX=0.0850883;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=81.8363,59.4104;QD=60.8461;RBI=0.0620068,0.0746243;REFB=0,0;REVB=-0.0149368,0.0229311;RO=0;SAF=7,11;SAR=9,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0264533,0.0202476;OID=.,.;OPOS=29911114,29911114;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:43:0:0:16,30:13,30:0.302326,0.697674:9,19:7,11:0:0:9,19:4,11:0:0 chr6 29911119 . G T 137.36 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0532553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0303;QD=11.213;RBI=0.0556403;REFB=-0.00082597;REVB=0.0161158;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864058;STB=0.551119;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00445835;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:12:21:9:7:12:21 chr6 29911149 . C T 386.17 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.087693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4139;QD=30.8939;RBI=0.0881628;REFB=0.0370809;REVB=-0.00909032;RO=18;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479798;STB=0.526299;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0123309;OID=.;OPOS=29911149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:20:12:8:10:20:12:8:10 chr6 29911154 . C A 151.16 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.124106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.435;QD=12.3394;RBI=0.132493;REFB=-0.00677671;REVB=0.04639;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17895e-08;STB=0.524971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0197191;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:10:6:12:20:10:7:12:20 chr6 29911203 . A C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0253702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6507;QD=14.702;RBI=0.0393639;REFB=-0.0147327;REVB=-0.0300977;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989856;STB=0.558038;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0264804;OID=.;OPOS=29911203;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:5:10:9:3:5:10 chr6 29911225 . A G 54.63 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0141173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.102;QD=9.10433;RBI=0.0317602;REFB=-0.00423639;REVB=-0.0284501;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291729;STB=0.681336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00744218;OID=.;OPOS=29911225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:8:8:6:2:8:8 chr6 29911228 . A T 255.72 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0404258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.943;QD=44.4731;RBI=0.0519469;REFB=-0.115392;REVB=0.0326226;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.555502;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00764921;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:2:0:13:8:2:0 chr6 29911239 . TT CA 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.015098;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=131.185;QD=22.7198;RBI=0.0262629;REFB=-0.00152169;REVB=0.0214893;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205435;STB=0.592461;STBP=0.307;TYPE=mnp;VARB=0.00119922;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:6:8:2:6:6:8:3:6 chr6 29911256 . T G 254.4 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.684;QD=50.8798;RBI=0.0572733;REFB=0;REVB=0.0526003;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306171;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:7:11:0:0:9:11:0:0 chr6 29912087 . G T 61.35 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.011225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.903;QD=18.878;RBI=0.0550039;REFB=-0.0101833;REVB=-0.0538464;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.651766;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0110653;OID=.;OPOS=29912087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:2:6:2:2:2:6:2:3 chr6 29912098 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00409159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.334;QD=11.2567;RBI=0.0993271;REFB=-0.00427179;REVB=0.0992428;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00746706;OID=.;OPOS=29912098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:7:5:5:3:7:5 chr6 29912108 . G C 104.84 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0411104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6947;QD=18.2323;RBI=0.145387;REFB=-0.0392279;REVB=0.139454;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253906;STB=0.645157;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0415003;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:3:8:5:7:3:8 chr6 29912149 . G C 84.49 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00424499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.076;QD=11.2648;RBI=0.00549751;REFB=-0.0108067;REVB=-0.00349323;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487512;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0221939;OID=.;OPOS=29912149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:30:18:19:10:11:0.366667:6:4:8:10:7:4:9:10 chr6 29912280 . TG CA,CG 383.24 PASS AF=0.464286,0.535714;AO=13,15;DP=29;FAO=13,15;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6,10;FSAR=7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248937,0.0567801;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.693,128.766;QD=54.7481;RBI=0.0316506,0.0583489;REFB=0,0;REVB=-0.0195465,-0.0134393;RO=0;SAF=6,10;SAR=7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0122118,0.0195299;OID=.,.;OPOS=29912280,29912280;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:29:28:0:0:13,15:13,15:0.464286,0.535714:7,5:6,10:0:0:7,5:6,10:0:0 chr6 29912297 . A G 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0151864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.879;QD=20.7362;RBI=0.0179484;REFB=-0.0166083;REVB=0.00956642;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246085;STB=0.638558;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0463818;OID=.;OPOS=29912297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:11:5:11:7:11:5 chr6 29912315 . A C 103.19 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0013371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.013;QD=11.4651;RBI=0.0286381;REFB=-0.0119477;REVB=-0.0286068;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359081;STB=0.726905;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0289442;OID=.;OPOS=29912315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:3:9:10:13:3:10:10:13 chr6 29912333 . C T 119.88 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0147111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5608;QD=14.1038;RBI=0.0869555;REFB=0.0058459;REVB=-0.0857021;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552396;STB=0.825187;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0112446;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:2:12:7:13:2:12:7:13 chr6 29912348 . A G 109.83 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0309561;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4102;QD=13.3131;RBI=0.0535356;REFB=-0.0154166;REVB=-0.0436781;RO=20;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54119;STB=0.820373;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0277864;OID=.;OPOS=29912348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:2:11:7:13:2:11:7:13 chr6 29912368 . C T 524.52 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472731;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.674;QD=59.9452;RBI=0.0478895;REFB=0;REVB=-0.00765915;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023072;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 29912386 . G C 238.5 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.082154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2245;QD=27.2573;RBI=0.0966528;REFB=-0.0245196;REVB=0.0509164;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208942;STB=0.615283;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0234236;OID=.;OPOS=29912386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:10:3:12:10:10:3 chr6 29912398 . A G 35.4 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0188856;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.601;QD=4.8826;RBI=0.0191918;REFB=-0.00924963;REVB=0.00341458;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125574;STB=0.585073;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0423965;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:13:10:2:4:13:10 chr6 29912830 . T C 616.81 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.057;QD=58.7438;RBI=0.0497134;REFB=-0.0188318;REVB=-0.00428985;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000126044;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:41:41:0.97619:19:22:0:0:19:22:1:0 chr6 29912852 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00632162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.671;QD=56.4877;RBI=0.0281275;REFB=0.0254641;REVB=0.0274079;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-7.55436e-05;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr6 29912856 . A T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1779;QD=60.9765;RBI=0.0541499;REFB=0;REVB=-0.0157368;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445217;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr6 29913001 . T C 97.51 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.0480351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7898;QD=3.98004;RBI=0.107638;REFB=0.00898866;REVB=0.0963248;RO=80;SAF=13;SAR=4;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471559;STB=0.805755;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0386491;OID=.;OPOS=29913001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:80:81:17:17:0.173469:4:13:30:50:4:13:30:51 chr6 29913037 . G A 91.03 PASS AF=0.160377;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0201798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.118;QD=3.43512;RBI=0.0243986;REFB=-0.00378327;REVB=0.0137138;RO=89;SAF=10;SAR=7;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215062;STB=0.641841;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.020692;OID=.;OPOS=29913037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:106:106:89:89:17:17:0.160377:7:10:37:52:7:10:37:52 chr6 29913042 . C T 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.544;QD=59.996;RBI=0.0261488;REFB=0;REVB=0.0225703;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08226e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr6 29913067 . T C 446.27 PASS AF=0.45;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0233907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1043;QD=17.8509;RBI=0.0565158;REFB=-0.00538485;REVB=0.0514481;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302007;STB=0.507947;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00753629;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:53:55:45:45:0.45:26:19:24:29:26:19:24:31 chr6 29913070 . G C 213.55 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0290384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.226;QD=8.54179;RBI=0.0304061;REFB=-0.0146597;REVB=-0.00901672;RO=70;SAF=8;SAR=20;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254419;STB=0.66253;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0383689;OID=.;OPOS=29913070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:72:28:28:0.28:20:8:34:36:20:8:36:36 chr6 29913074 . A G 1471.34 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.355;QD=62.6101;RBI=0.0610396;REFB=0;REVB=0.0436278;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271906;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:94:0:0:87:94:1:45:42:0:0:52:42:0:0 chr6 29913078 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.6;QD=63.0519;RBI=0.00957081;REFB=0;REVB=-0.00116224;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47874e-06;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr6 29913213 . TAT TA,TT,TTT 160.53 PASS AF=0.173077,0.326923,0;AO=14,9,2;DP=56;FAO=9,17,0;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=4,5,0;FSAR=5,12,0;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0494818,-0.0133253,-0.0125203;FXX=0.0877039;HRUN=7,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=9.08663,222.461,222.998;QD=12.3481;RBI=0.290779,0.0476188,0.0595331;REFB=-0.104355,-0.00242107,-0.000809968;REVB=-0.286538,0.0457164,0.0582016;RO=18;SAF=4,4,1;SAR=10,5,1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.457182,-0.359952,-0.307684;STB=0.624732,0.6959,0.5;STBP=0.45,0.044,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0596175,-0.00404217,0.0321794;OID=.,.,.;OPOS=29913215,29913214,29913214;OREF=T,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.173077,0.326923,0:14,9,2:56:9,17,0:52:26:4,5,0:5,12,0:16:10:99:18:4,4,1:10,5,1:14:4 chr6 29913266 . G T 261.61 PASS AF=0.407895;AO=29;DP=74;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0057247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.923;QD=13.7691;RBI=0.0116262;REFB=-0.0111586;REVB=0.0101191;RO=45;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104368;STB=0.535296;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0245226;OID=.;OPOS=29913266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:45:29:31:0.407895:12:17:22:23:14:17:22:23 chr6 29913274 . T C 34.36 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0157821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.194;QD=1.7621;RBI=0.0294228;REFB=-0.000255002;REVB=0.0248319;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129891;STB=0.600396;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0070056;OID=.;OPOS=29913274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:3:5:36:34:3:5:36:34 chr6 29913298 . A T 267.54 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0645916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.236;QD=13.7197;RBI=0.067896;REFB=-0.00475961;REVB=-0.0209236;RO=47;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051283;STB=0.502922;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00820093;OID=.;OPOS=29913298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:17:14:21:26:17:14:21:26 chr6 29976838 . A G 1264.35 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5787;QD=61.6755;RBI=0.0582325;REFB=0;REVB=-0.015228;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227968;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:38:44:0:0 chr6 29976842 . T G 547.33 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0583255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0948;QD=26.0635;RBI=0.0637432;REFB=-0.0438188;REVB=-0.0257165;RO=33;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113617;STB=0.555533;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0294838;OID=.;OPOS=29976842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:33:34:50:50:0.595238:26:24:21:12:26:24:21:13 chr6 29977145 . G C 545.24 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.00655628;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.045;QD=14.4435;RBI=0.00813487;REFB=-0.0123779;REVB=0.00481573;RO=86;SAF=38;SAR=24;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710858;STB=0.551434;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0190875;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:86:89:62:62:0.410596:24:38:47:39:24:38:47:42 chr6 29977350 . T G 392.49 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0170559;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2462;QD=24.5306;RBI=0.0579862;REFB=-0.0184437;REVB=-0.0554211;RO=23;SAF=12;SAR=26;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091182;STB=0.548598;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0136838;OID=.;OPOS=29977350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:26:38:38:0.59375:26:12:10:13:26:12:11:15 chr6 29977357 . A C 440.94 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0140533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.967;QD=27.9962;RBI=0.0170539;REFB=-0.0178185;REVB=0.0096614;RO=22;SAF=13;SAR=28;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339621;STB=0.518509;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00904409;OID=.;OPOS=29977357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:28:13:8:14:28:13:8:14 chr6 29977359 . G GC 280.27 PASS AF=0.66129;AO=35;DP=63;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0237146;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1471;QD=18.0819;RBI=0.155005;REFB=0.00347442;REVB=0.15318;RO=26;SAF=11;SAR=24;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593151;STB=0.52452;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=-0.00183367;OID=.;OPOS=29977360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.66129:35:63:41:62:21:13:28:8:13:97:26:11:24:8:18 chr6 30003797 . A G 625.33 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00767645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.59;QD=25.7866;RBI=0.0351028;REFB=-0.0125136;REVB=-0.0342531;RO=41;SAF=27;SAR=29;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797037;STB=0.543535;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00940938;OID=.;OPOS=30003797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:29:27:24:17:29:27:24:17 chr6 30025179 . G A 324.6 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0167895;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.907;QD=13.9613;RBI=0.0174201;REFB=-0.00410583;REVB=0.00464495;RO=50;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173472;STB=0.518191;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00689413;OID=.;OPOS=30025179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:50:57:36:36:0.387097:25:11:16:34:25:11:16:41 chr6 30025285 . C T 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0156159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.793;QD=9.41526;RBI=0.0204572;REFB=-0.00867642;REVB=-0.0132152;RO=31;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064411;STB=0.531868;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0244047;OID=.;OPOS=30025285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:34:14:14:0.291667:10:4:9:22:10:4:11:23 chr6 30032495 . A G 249.73 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0116661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.097;QD=18.4983;RBI=0.0366872;REFB=-0.000266455;REVB=0.0347829;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15162;STB=0.59177;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000397271;OID=.;OPOS=30032495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:26:27:0.5:14:12:17:10:15:12:17:10 chr6 30036471 . C A 367.12 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00273916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9961;QD=19.0713;RBI=0.0259142;REFB=0.0187607;REVB=-0.025769;RO=39;SAF=12;SAR=26;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445572;STB=0.524831;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.01339;OID=.;OPOS=30036471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:26:12:14:25:26:12:14:25 chr6 30038712 . C T 324.32 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.0083378;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.526;QD=14.1008;RBI=0.0118787;REFB=-0.0155543;REVB=0.0084608;RO=53;SAF=25;SAR=11;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525414;STB=0.527601;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0238306;OID=.;OPOS=30038712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:53:56:36:36:0.391304:11:25:39:14:11:25:41:15 chr6 30038823 . A G 539.14 PASS AF=0.40411;AO=59;DP=146;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00447908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.457;QD=14.7709;RBI=0.017056;REFB=-0.00300812;REVB=-0.0164573;RO=87;SAF=32;SAR=27;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111405;STB=0.562681;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00805303;OID=.;OPOS=30038823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:87:87:59:59:0.40411:27:32:38:49:27:32:38:49 chr6 30038830 . C G 528.11 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0108862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.299;QD=14.7722;RBI=0.0426141;REFB=-0.000200351;REVB=-0.0412001;RO=85;SAF=30;SAR=28;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739973;STB=0.541632;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000264601;OID=.;OPOS=30038830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:28:30:38:47:28:30:38:47 chr6 30039240 . G T 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0174628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.225;QD=20.9871;RBI=0.0433331;REFB=-0.0175876;REVB=0.0396587;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587349;STB=0.532449;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0219404;OID=.;OPOS=30039240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:14:21:20:10:14:21:20:10 chr6 30039364 . C A 43.95 PASS AF=0.25;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00609665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.464;QD=8.78935;RBI=0.00630223;REFB=-0.00626017;REVB=-0.00159654;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152232;STB=0.5996;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00179527;OID=.;OPOS=30039364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:20:13:13:5:5:0.25:3:2:7:6:3:2:7:6 chr6 30041009 . A G 217.82 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0170527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.334;QD=15.5584;RBI=0.0179706;REFB=-0.0295158;REVB=-0.00566995;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913967;STB=0.551683;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0364146;OID=.;OPOS=30041009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:19:12:12:13:19:12 chr6 30043486 . T C 168.12 PASS AF=0.461538;AO=19;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00293617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3389;QD=17.2429;RBI=0.0589096;REFB=-0.000161808;REVB=-0.0588364;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351908;STB=0.565142;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000800696;OID=.;OPOS=30043486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:19:18:0.461538:13:6:7:13:13:5:8:13 chr6 30075843 . T C 901.02 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0286914;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=157.95;QD=51.4869;RBI=0.0295111;REFB=-0.126439;REVB=0.00690719;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.529403;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000476246;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:0:5:65:65:0.928571:39:26:0:0:39:26:4:1 chr6 30075864 . A G 840.34 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948245;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3747;QD=57.9542;RBI=0.010587;REFB=0;REVB=-0.00470819;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403361;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr6 30122154 . T C 503.7 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000149221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.597;QD=50.3695;RBI=0.0219092;REFB=-0.00578796;REVB=-0.0219087;RO=4;SAF=22;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216776;STB=0.511621;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000733559;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:14:22:2:2:14:22:2:2 chr6 30122433 . G A 165.13 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0407478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8935;QD=12.463;RBI=0.0704183;REFB=0.00215705;REVB=-0.0574313;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111835;STB=0.564454;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00266194;OID=.;OPOS=30122433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:12:8:10:23:12:8:10:23 chr6 30131546 . A G 399.52 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0053148;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.043;QD=23.5011;RBI=0.00992127;REFB=-0.02031;REVB=-0.00837762;RO=27;SAF=24;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313566;STB=0.528287;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0195307;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:29:38:39:0.573529:14:24:16:11:15:24:16:13 chr6 30140342 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000662639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.59;QD=57.2372;RBI=0.0185778;REFB=0;REVB=0.018566;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65833e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr6 30164497 . G A 180.85 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0872376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9971;QD=12.9176;RBI=0.0901243;REFB=-0.0142828;REVB=0.0226274;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789081;STB=0.545413;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0141704;OID=.;OPOS=30164497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:18:16:12:10:18:16 chr6 30228230 . A C 366.79 PASS AF=0.469136;AO=32;DP=76;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00281105;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.654;QD=18.1129;RBI=0.0407888;REFB=-0.0311045;REVB=0.0406918;RO=42;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199645;STB=0.610437;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0360358;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:42:43:32:38:0.469136:22:10:21:21:26:12:22:21 chr6 30228379 . A G 156.4 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0374022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.298;QD=24.062;RBI=0.0433235;REFB=-0.0526624;REVB=-0.0218632;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140152;STB=0.578845;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.027805;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:5:5:11:5:5:5 chr6 30228398 . CG C 55.03 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0696535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.0132;QD=13.7581;RBI=0.0875354;REFB=-0.0382175;REVB=0.0530173;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=0.0519404;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:16:9:16:7:4:5:2:5:45:8:3:5:3:5 chr6 30229013 . A G 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00274695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.784;QD=17.8384;RBI=0.00573843;REFB=-0.0263922;REVB=-0.00503823;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254794;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:8:6:6:8:8:6 chr6 30229034 . C CT 91.19 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0219547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.9666;QD=14.5909;RBI=0.0894469;REFB=-0.0191478;REVB=0.0867107;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090647;STB=0.556873;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=0.0208892;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:13:25:13:25:12:8:5:6:6:69:10:8:5:5:5 chr6 30229457 . C T 274.14 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0235263;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.922;QD=17.6863;RBI=0.0571427;REFB=-0.0288149;REVB=-0.052075;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116659;STB=0.565267;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0391893;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:19:13:16:14:19:13 chr6 30229463 . G A 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00635957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.135;QD=16.6603;RBI=0.0175417;REFB=-0.00945246;REVB=-0.0163483;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108427;STB=0.568672;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0160582;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:15:13:18:13:15:13:19:13 chr6 30230085 . T C 469.44 PASS AF=0.76087;AO=16;DP=48;FAO=35;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.131059;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.619;QD=40.8211;RBI=0.131494;REFB=-0.115297;REVB=0.0106871;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41803;STB=0.543885;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0640723;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:48:46:13:11:16:35:0.76087:12:4:10:3:12:23:9:2 chr6 30230128 . T C 50.91 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00228193;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.886;QD=14.5458;RBI=0.014239;REFB=-0.0416168;REVB=0.014055;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456174;STB=0.76852;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0117192;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:7:7:7:7:0.5:5:2:6:1:5:2:6:1 chr6 30231071 . G A 370.04 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0265842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5626;QD=19.7353;RBI=0.0266034;REFB=-0.00921179;REVB=0.0010104;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854211;STB=0.547359;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00971346;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:20:18:14:23:20:18:14:23 chr6 30231108 . G T 457.54 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0687289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1199;QD=20.5634;RBI=0.073457;REFB=-0.0105768;REVB=-0.0259282;RO=44;SAF=21;SAR=24;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113949;STB=0.562947;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00850811;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:24:21:15:29:24:21:15:29 chr6 30297529 . T C 215.7 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0153067;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.286;QD=14.8757;RBI=0.01576;REFB=-0.0156793;REVB=0.00375261;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.508373;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0172617;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:32:33:25:25:0.431034:14:11:15:17:14:11:15:18 chr6 30309508 . T C 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0032512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.884;QD=17.791;RBI=0.0244692;REFB=-0.00269503;REVB=0.0242522;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112646;STB=0.562791;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00243301;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:23:10:13:18:23:10 chr6 30313340 . G C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=14;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00162555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.855;QD=13.5766;RBI=0.00417862;REFB=-0.00923049;REVB=-0.00384947;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668579;STB=0.631336;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0119244;OID=.;OPOS=30313340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:14:13:0.40625:12:2:2:16:12:1:3:16 chr6 30314566 . TC GA 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.013248;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=319.651;QD=23.4432;RBI=0.0132504;REFB=-0.0288204;REVB=0.00024875;RO=32;SAF=28;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212057;STB=0.616765;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.014787;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:14:28:13:19:14:28:13:19 chr6 30457732 . T C 730.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.544;QD=56.2276;RBI=0.031795;REFB=0;REVB=0.0317065;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131191;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:33:19:0:0 chr6 30458064 . G A 999.28 PASS AF=0.971831;AO=66;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0319056;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4096;QD=56.2972;RBI=0.113045;REFB=-0.149377;REVB=0.108449;RO=2;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377507;STB=0.519994;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00190596;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:2:2:66:69:0.971831:24:42:0:2:24:45:0:2 chr6 30460232 . C T 463.08 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0030022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.797;QD=19.2948;RBI=0.0507072;REFB=-0.0100714;REVB=-0.0506182;RO=50;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057764;STB=0.532113;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0116319;OID=.;OPOS=30460232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:22:24:23:27:22:24:23:27 chr6 30521137 . G A 1080.1 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.808;QD=60.0055;RBI=0.0407729;REFB=0;REVB=0.0321861;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04022e-05;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr6 30529816 . G A 462.69 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0186612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1958;QD=19.2786;RBI=0.022039;REFB=-0.000460902;REVB=-0.0117252;RO=50;SAF=26;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427867;STB=0.523799;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=7.57961e-05;OID=.;OPOS=30529816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:20:26:26:24:20:26:26:24 chr6 30530203 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00394578;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.236;QD=16.6185;RBI=0.0153729;REFB=-0.00234866;REVB=0.0148579;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252101;STB=0.643099;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00279689;OID=.;OPOS=30530203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:11:17:8:15:11:17 chr6 30530245 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.855;QD=59.3215;RBI=0.0210984;REFB=0;REVB=0.00917463;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34443e-05;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr6 30558477 . G GA 1032.84 PASS AF=1;AO=84;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7594;QD=44.4232;RBI=0.220941;REFB=0;REVB=0.129617;RO=10;SAF=44;SAR=40;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0047339;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:95:93:93:0:47:46:0:0:20:10:44:40:5:5 chr6 30575603 . A G 201.33 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0255917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5908;QD=28.7609;RBI=0.0293382;REFB=0.0318242;REVB=0.0143454;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175617;STB=0.596916;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0155625;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:7:2:10:9:7:2 chr6 30647082 . C A 38.06 PASS AF=0.108434;AO=8;DP=82;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.015232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.412;QD=1.83419;RBI=0.0156463;REFB=-0.00110218;REVB=0.00357634;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155685;STB=0.561361;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0239255;OID=.;OPOS=30647082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:82:83:74:74:8:9:0.108434:4:4:38:36:5:4:38:36 chr6 30672165 . AC CA,CC 119.83 PASS AF=0,0.276316;AO=8,3;DP=71;FAO=0,21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0150186,-0.00292413;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=71.3847,144.106;QD=6.30671;RBI=0.111124,0.00644403;REFB=0.00411787,-0.0401768;REVB=-0.110104,-0.00574238;RO=54;SAF=8,1;SAR=0,2;SRF=14;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.756872,0.081645;STB=0.5,0.735652;STBP=1,0.022;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.107761;OID=.,.;OPOS=30672165,30672165;OREF=AC,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:76:54:55:8,3:0,21:0,0.276316:0,2:8,1:14:40:0,8:0,13:15:40 chr6 30679510 . G A 306.67 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00575515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.396;QD=18.0396;RBI=0.0075924;REFB=0.000387085;REVB=-0.00495206;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696002;STB=0.546734;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.000368073;OID=.;OPOS=30679510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:33:33:0.485294:19:14:17:17:19:14:18:17 chr6 30692754 . C CTT 115.93 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=61;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0645681;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=44.5955;QD=8.5877;RBI=0.0684776;REFB=-0.00455103;REVB=-0.0228068;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947165;STB=0.5185;STBP=0.869;TYPE=ins;VARB=0.00556183;OID=.;OPOS=30692755;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:19:61:20:54:34:7:13:11:23:99:41:6:13:16:25 chr6 30693121 . A G 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00867668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.388;QD=18.5409;RBI=0.0267516;REFB=-0.0220077;REVB=0.0253054;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143756;STB=0.580106;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0208401;OID=.;OPOS=30693121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:14:21:15:19:14:21 chr6 30695920 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0116901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=23.675;RBI=0.0117536;REFB=-0.0107193;REVB=0.00122027;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22848;STB=0.654397;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0100034;OID=.;OPOS=30695920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:16:21:21:0.567568:7:14:5:9:7:14:5:11 chr6 30711805 . C G 798.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.845;QD=57.0013;RBI=0.0404565;REFB=0;REVB=0.0395085;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72282e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:35:18:0:0:38:18:0:0 chr6 30782105 . T C 314.14 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0264807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.625;QD=16.1096;RBI=0.02904;REFB=0.00721031;REVB=-0.0119201;RO=43;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239814;STB=0.520434;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00753833;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:43:34:35:0.448718:19:15:20:23:20:15:20:23 chr6 30782205 . G C 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0176777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.771;QD=22.4803;RBI=0.0177543;REFB=-0.0141195;REVB=0.00164801;RO=31;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754223;STB=0.504155;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0118566;OID=.;OPOS=30782205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:23:16:13:18:23:16:13:18 chr6 30782218 . C CTGTT 172.38 PASS AF=0.348485;AO=21;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00751205;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=269.641;QD=10.4474;RBI=0.0143903;REFB=-0.00567962;REVB=-0.012274;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662461;STB=0.539039;STBP=0.693;TYPE=ins;VARB=0.00995017;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348485:21:67:23:66:43:11:12:18:25:99:43:10:11:18:25 chr6 30782235 . G A 229.41 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0104352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.422;QD=14.1178;RBI=0.0118544;REFB=0.00534927;REVB=0.00562419;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873679;STB=0.541494;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00713897;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:13:14:16:21:13:14:17:21 chr6 30782303 . C T 141.6 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0001768;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.564;QD=17.1636;RBI=0.0159675;REFB=-0.015305;REVB=-0.0159665;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457182;STB=0.693203;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0150832;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:33:18:17:14:16:0.484848:4:10:4:14:6:10:4:13 chr6 30782323 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00568883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.682;QD=13.5047;RBI=0.00821575;REFB=-0.0186518;REVB=0.00592754;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412202;STB=0.738765;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0158339;OID=.;OPOS=30782323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:4:13:4:8:4:13 chr6 30782407 . A G 225.35 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0210205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.537;QD=27.3146;RBI=0.0231505;REFB=-0.051802;REVB=-0.00969973;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474005;STB=0.518501;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0335067;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:12:12:20:21:0.636364:12:8:4:8:13:8:4:8 chr6 30832063 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0148133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.244;QD=19.7636;RBI=0.0149041;REFB=-0.00751585;REVB=-0.00164311;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653112;STB=0.536185;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00697275;OID=.;OPOS=30832063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:13:22:23:10:13:22:23:10 chr6 30832119 . T C 372.38 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0459279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9152;QD=20.6876;RBI=0.0492784;REFB=-0.031581;REVB=-0.0178602;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746419;STB=0.547921;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0247512;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:15:22:23:11:16:22:23:11 chr6 30857072 . G C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.025053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.758;QD=13.2126;RBI=0.0290946;REFB=-0.00644191;REVB=-0.0147933;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190825;STB=0.61096;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00962731;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:7:15:7:7:7:15 chr6 30858857 . C T 359.97 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0538206;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.298;QD=12.9717;RBI=0.0540794;REFB=-0.0261278;REVB=0.0052839;RO=68;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260034;STB=0.514761;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0399684;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:68:68:43:43:0.387387:23:20:30:38:23:20:30:38 chr6 30858867 . C T 146.95 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00865456;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.426;QD=5.34344;RBI=0.0268928;REFB=-0.01323;REVB=-0.0254622;RO=84;SAF=13;SAR=11;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111799;STB=0.568571;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0447203;OID=.;OPOS=30858867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:86:24:24:0.218182:11:13:38:46:11:13:39:47 chr6 30864829 . T C 421.15 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00954142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.996;QD=14.7772;RBI=0.0351976;REFB=-0.0070039;REVB=0.0338797;RO=65;SAF=14;SAR=34;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142285;STB=0.576953;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0109673;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:48:48:0.421053:34:14:27:38:34:14:27:39 chr6 30865204 . A C 299.37 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0110666;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.438;QD=15.7565;RBI=0.023293;REFB=-0.0185933;REVB=-0.0204963;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077466;STB=0.573729;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0159799;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:41:42:33:34:0.447368:12:21:29:12:14:20:30:12 chr6 30865225 . C T 67.2 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.024615;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.525;QD=3.89583;RBI=0.0306093;REFB=-0.00326712;REVB=-0.0181942;RO=57;SAF=11;SAR=1;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532041;STB=0.868574;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0515837;OID=.;OPOS=30865225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:70:69:57:57:12:12:0.173913:1:11:32:25:1:11:32:25 chr6 30876238 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0361704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.979;QD=13.2127;RBI=0.0363193;REFB=-0.0237167;REVB=-0.00328447;RO=22;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494635;STB=0.697342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.035822;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:12:1:8:14:12:2:8:14 chr6 30877760 . A C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0150288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.586;QD=15.8126;RBI=0.0202603;REFB=-0.0158533;REVB=-0.0135873;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232616;STB=0.63033;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0179914;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:18:16:31:13:18:16:31:13 chr6 30882203 . T C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8391;QD=46.8418;RBI=0.0393468;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143357;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr6 30882634 . C T 309.17 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.106617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5239;QD=16.0608;RBI=0.106684;REFB=-0.0336394;REVB=0.00376208;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100059;STB=0.556381;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0450065;OID=.;OPOS=30882634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:14:20:21:22:14:20:21:22 chr6 30882781 . G T 51.88 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0128448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.999;QD=6.10344;RBI=0.0193282;REFB=-0.0196615;REVB=-0.0144426;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882301;STB=0.556316;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0570605;OID=.;OPOS=30882781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:3:5:18:8:3:5:18:8 chr6 30887972 . C T 535.28 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0159461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.614;QD=20.9915;RBI=0.0159879;REFB=-0.0273869;REVB=-0.00115568;RO=48;SAF=29;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317519;STB=0.517473;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0257653;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:25:29:24:24:25:29:24:24 chr6 30887988 . C T 489.81 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0157484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.281;QD=19.5925;RBI=0.0220572;REFB=-0.0085374;REVB=-0.0154437;RO=51;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272864;STB=0.519992;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0124415;OID=.;OPOS=30887988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:24:24:27:24:24:24:28:24 chr6 30888161 . T C,G 836.28 PASS AF=0.918033,0.0655738;AO=54,4;DP=59;FAO=56,4;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=41,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246973,0.0216167;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.17,87.7785;QD=54.8383;RBI=0.0248799,0.0249679;REFB=-0.095907,0.0554758;REVB=-0.00300906,-0.0124945;RO=1;SAF=13,1;SAR=41,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0113584,0.119989;STB=0.506022,0.5;STBP=0.612,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00329402,0.0533537;OID=.,.;OPOS=30888161,30888161;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:59:61:1:1:54,4:56,4:0.918033,0.0655738:41,3:13,1:0:1:41,4:15,0:0:1 chr6 30888169 . G A 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00194494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.989;QD=12.7234;RBI=0.00217254;REFB=-0.00236132;REVB=0.000968054;RO=36;SAF=5;SAR=18;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880378;STB=0.550974;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0110891;OID=.;OPOS=30888169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:18:5:10:26:18:5:10:26 chr6 30889389 . T C 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0260119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2315;QD=15.625;RBI=0.0310208;REFB=-0.00307559;REVB=0.0169019;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00679036;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:6:11:13:9:6:11:14:9 chr6 30890206 . T C 210.75 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0180811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.716;QD=14.0498;RBI=0.0418488;REFB=-0.0176565;REVB=-0.0377412;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19188;STB=0.602752;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0187662;OID=.;OPOS=30890206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:8:17:17:17:8:17:18:17 chr6 30890483 . G T 158.02 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.041698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7632;QD=25.2827;RBI=0.0575654;REFB=0.019474;REVB=0.039687;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154841;STB=0.50866;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0121372;OID=.;OPOS=30890483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:3:6:11:5:3:6 chr6 30892318 . ACCCC ACCC,ACCCT,CCCCC 152.75 PASS AF=0.166667,0.666667,0.166667;AO=2,8,2;DP=20;FAO=3,12,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3,1;FSAR=1,9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.226677,-0.0482527,0.0797786;FXX=0.09995;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,1;MLLD=8.67757,97.595,50.2657;QD=33.944;RBI=0.2414,0.0540244,0.085683;REFB=-0.153367,-0.147433,0.0406793;REVB=0.0830156,0.0242963,-0.0312561;RO=1;SAF=2,2,1;SAR=0,6,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.697199,0.0679981,0.25849;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.267963,0.00497255,0.212446;OID=.,.,.;OPOS=30892319,30892322,30892318;OREF=C,C,A;OALT=-,T,C;OMAPALT=ACCC,ACCCT,CCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:20:18:1:0:2,8,2:3,12,3:0.166667,0.666667,0.166667:0,6,1:2,2,1:0:1:1,9,2:2,3,1:0:0 chr6 30893127 . G A 346.27 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00293385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8595;QD=38.4738;RBI=0.0195249;REFB=-0.0134629;REVB=0.0193032;RO=8;SAF=17;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971821;STB=0.552807;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00276576;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:11:17:3:5:11:17:3:5 chr6 30893160 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0642285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.653;QD=6.7877;RBI=0.0644483;REFB=-0.0109263;REVB=0.00531876;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372017;STB=0.737102;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0282202;OID=.;OPOS=30893160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:13:10:6:2:13:10 chr6 30893428 . G A 146.64 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00288171;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.128;QD=24.4406;RBI=0.0336456;REFB=-0.011936;REVB=0.033522;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228246;STB=0.628396;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.012883;OID=.;OPOS=30893428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:9:9:15:15:0.625:10:5:6:3:10:5:6:3 chr6 30893728 . C T 649.19 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1481;QD=61.8273;RBI=0.070984;REFB=0;REVB=0.0250346;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768776;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:20:21:1:0:20:22:0:0 chr6 30899571 . C T 169.36 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0209318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0335;QD=16.5232;RBI=0.0223327;REFB=-0.0251984;REVB=-0.00778513;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957813;STB=0.505488;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0162161;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:13:10:8:10:13:10 chr6 30900399 . C G 135.04 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0267757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0287;QD=16.88;RBI=0.0268304;REFB=-0.0124608;REVB=-0.00171247;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106867;STB=0.560899;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00766855;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:4:13:10:5:4:13 chr6 30900427 . T G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.285;QD=58.5834;RBI=0.0415115;REFB=0;REVB=0.0385817;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482043;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr6 30916705 . A G 57.77 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0140252;FXX=0.0475964;HRUN=7;LEN=1;MLLD=257.185;QD=11.5533;RBI=0.0188147;REFB=-0.011231;REVB=-0.0125413;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.019727;OID=.;OPOS=30916705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:12:8:8:0.4:5:3:3:5:5:3:7:5 chr6 30916718 . G A 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.011946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.902;QD=18.8209;RBI=0.0132934;REFB=-0.0258834;REVB=-0.00583148;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00356962;OID=.;OPOS=30916718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr6 30919511 . T TA 31.8 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0463199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.0333;QD=7.48323;RBI=0.077281;REFB=-0.0783037;REVB=-0.0618613;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946031;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=ins;VARB=0.0968988;OID=.;OPOS=30919512;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:6:18:7:17:10:5:2:6:4:31:12:4:2:7:5 chr6 30993377 . T A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7657;QD=57.1983;RBI=0.0630754;REFB=0;REVB=-0.0610558;RO=0;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538081;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:5:25:0:0:5:25:0:0 chr6 30993440 . G A 133.62 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0543179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4467;QD=17.8159;RBI=0.0590769;REFB=-0.0473635;REVB=0.0232303;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215302;STB=0.618916;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.03639;OID=.;OPOS=30993440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:14:15:0.5:3:11:13:1:3:12:14:1 chr6 30993533 . A G 113.05 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0120602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.764;QD=18.8414;RBI=0.0414514;REFB=-0.0348607;REVB=0.0396582;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259375;STB=0.545382;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0339495;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:11:11:10:12:0.5:2:8:9:2:3:9:9:2 chr6 30993719 . A G 78.57 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0238987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.102;QD=17.4608;RBI=0.030969;REFB=0.00318744;REVB=-0.0196959;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327753;STB=0.699398;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00189544;OID=.;OPOS=30993719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:8:8:8:8:0.444444:1:7:5:3:1:7:5:3 chr6 30993958 . A G 560.83 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112595;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.999;QD=60.6298;RBI=0.0113703;REFB=0;REVB=0.00158326;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68775e-05;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:35:37:1:15:20:0:0:15:22:0:0 chr6 30994283 . G A 57.27 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0381785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8769;QD=12.7268;RBI=0.0461052;REFB=-0.0433034;REVB=0.0258476;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38401;STB=0.721775;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0530108;OID=.;OPOS=30994283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:9:1:4:4:9:1 chr6 30995786 . A G 47.94 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0442682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3704;QD=12.7833;RBI=0.0442682;REFB=0.0154713;REVB=0;RO=8;SAF=7;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106724;OID=.;OPOS=30995786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:0:7:8:0:0:7:8:0 chr6 30995894 . A T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.031631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.579;QD=18.0505;RBI=0.0365372;REFB=-0.0534896;REVB=0.0182878;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23572;STB=0.633909;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0537959;OID=.;OPOS=30995894;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:7:1:4:6:7:1 chr6 30996354 . C T 170.89 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.150625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1506;QD=19.53;RBI=0.152826;REFB=-0.0308529;REVB=-0.0258435;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182248;STB=0.571359;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0241121;OID=.;OPOS=30996354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:16:17:19:0.542857:6:11:14:3:6:13:13:3 chr6 30996364 . TA T 74.59 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0435181;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2411;QD=10.288;RBI=0.173627;REFB=-0.0607761;REVB=0.168085;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.307692;SSSB=0.271519;STB=0.65599;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=0.0785811;OID=.;OPOS=30996365;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:12:30:14:29:15:12:2:10:5:70:13:10:2:8:5 chr6 30997692 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.197;QD=49.5992;RBI=0.0284033;REFB=0;REVB=0.0186398;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157119;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:1:17:0:0:1:17:0:0 chr6 30997816 . G T 224.6 PASS AF=0.5;AO=20;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.00345292;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.963;QD=20.4178;RBI=0.0387887;REFB=-0.0238778;REVB=-0.0386347;RO=23;SAF=19;SAR=1;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274204;STB=0.605655;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0253072;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:22:20:22:0.5:1:19:20:3:1:21:20:2 chr6 30999997 . T C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0208208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.357;QD=11.734;RBI=0.0265951;REFB=-0.0135983;REVB=-0.0165467;RO=50;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211181;STB=0.620707;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.025792;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:15:13:14:36:15:13:14:36 chr6 31000005 . T A 241.68 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0166725;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.828;QD=12.2368;RBI=0.0214175;REFB=-0.00508847;REVB=-0.0134438;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227374;STB=0.629547;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00378154;OID=.;OPOS=31000005;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:50:29:29:0.367089:15:14:14:36:15:14:14:36 chr6 31002452 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000695739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.438;QD=11.8143;RBI=0.0194531;REFB=-0.00453128;REVB=-0.0194407;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299035;STB=0.679313;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00743731;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:12:11:3:10:12:11 chr6 31079889 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.327;QD=48.7372;RBI=0.0299568;REFB=0;REVB=-0.0297173;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248833;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr6 31079894 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00061573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2719;QD=49.5905;RBI=0.0132126;REFB=0;REVB=0.0131983;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359251;OID=.;OPOS=31079894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr6 31088145 . T A 370.24 PASS AF=0.660377;AO=34;DP=51;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0144643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.034;QD=27.9428;RBI=0.0258299;REFB=-0.0293782;REVB=0.0214002;RO=15;SAF=10;SAR=24;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110671;STB=0.541377;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0200111;OID=.;OPOS=31088145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:15:18:34:35:0.660377:24:10:7:8:25:10:7:11 chr6 31097453 . T G 875.08 PASS AF=0.940299;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0589744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9279;QD=52.2435;RBI=0.0603216;REFB=-0.0239278;REVB=0.0126774;RO=4;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285527;STB=0.515391;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00192464;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:67:4:4:62:63:0.940299:31:31:1:3:31:32:1:3 chr6 31106177 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0413314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4668;QD=11.8306;RBI=0.0423902;REFB=0.00667801;REVB=0.00941492;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284632;STB=0.675282;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0221664;OID=.;OPOS=31106177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:10:1:4:14:10:1:4:14 chr6 31106268 . A G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00255117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.126;QD=20.5427;RBI=0.0142147;REFB=-0.00176464;REVB=0.0139839;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058343;STB=0.532844;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00132827;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:13:12:10:14:13:12 chr6 31106499 . G A 180.64 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.00581172;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.345;QD=15.3736;RBI=0.0127685;REFB=-0.0155699;REVB=0.0113692;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276875;STB=0.656113;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0196775;OID=.;OPOS=31106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:24:4:7:12:24:4 chr6 31107648 . C T 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=-0.0271155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.584;QD=13.95;RBI=0.0273007;REFB=-0.00801081;REVB=-0.00317391;RO=46;SAF=2;SAR=29;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385658;STB=0.72784;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00949051;OID=.;OPOS=31107648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:29:2:10:36:29:2:10:36 chr6 31107723 . AC A 188.39 PASS AF=0.54386;AO=28;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.0546643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.6291;QD=13.2206;RBI=0.156819;REFB=0.0839383;REVB=0.146983;RO=27;SAF=5;SAR=23;SRF=3;SRR=24;SSEN=0.366197;SSEP=0;SSSB=0.109885;STB=0.540814;STBP=0.685;TYPE=del;VARB=-0.0574327;OID=.;OPOS=31107724;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54386:28:57:31:57:26:5:26:3:23:99:27:5:23:3:24 chr6 31110786 . T A 571.35 PASS AF=0.429577;AO=60;DP=141;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0151742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.435;QD=16.0944;RBI=0.0160175;REFB=-0.0114716;REVB=-0.00512893;RO=81;SAF=22;SAR=38;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208142;STB=0.60959;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0148263;OID=.;OPOS=31110786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:81:81:60:61:0.429577:38:22:46:35:38:23:46:35 chr6 31111125 . G A 280.08 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00622966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.884;QD=16.7211;RBI=0.0540535;REFB=-0.0166955;REVB=0.0536933;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14366;STB=0.58784;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0195905;OID=.;OPOS=31111125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:13:18:15:20:13:18:15:21 chr6 31111148 . T A 233.32 PASS AF=0.415385;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0150315;FXX=0.0298463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.008;QD=14.358;RBI=0.0409962;REFB=-0.0147564;REVB=-0.0381411;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204465;STB=0.599926;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0169353;OID=.;OPOS=31111148;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:36:38:25:27:0.415385:9:16:16:20:11:16:16:22 chr6 31111180 . T C 389.94 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0151668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1096;QD=21.6636;RBI=0.0332876;REFB=-0.00969616;REVB=-0.0296317;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456796;STB=0.531302;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00695298;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:38:39:0.541667:17:21:20:13:18:21:20:13 chr6 31113030 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.789;QD=58.2394;RBI=0.0160818;REFB=0;REVB=0.00490077;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09138e-05;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr6 31113052 . G A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0142111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.979;QD=12.6188;RBI=0.0170145;REFB=-0.0246724;REVB=-0.00935615;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173543;STB=0.598849;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0302607;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:14:10:21:15:14:10:22:16 chr6 31113275 . AG GA 99.03 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0309717;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.303;QD=16.5054;RBI=0.0857241;REFB=-0.072942;REVB=0.0799335;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235791;STB=0.636198;STBP=0.102;TYPE=mnp;VARB=0.0217833;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:9:9:14:15:0.625:8:6:1:8:8:7:1:8 chr6 31116220 . G A 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00208283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8459;QD=14.2149;RBI=0.0241842;REFB=-0.000722005;REVB=0.0240943;RO=43;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851179;STB=0.548556;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00104034;OID=.;OPOS=31116220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:21:9:16:27:21:9:16:27 chr6 31118565 . C G 198.21 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0235172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.68;QD=19.8208;RBI=0.0235532;REFB=-0.014031;REVB=0.00130154;RO=19;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214639;STB=0.621813;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0118849;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:19:20:19:20:0.5:3:16:13:6:3:17:14:6 chr6 31122330 . G A 190.31 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00304872;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.77;QD=12.9026;RBI=0.00772271;REFB=-0.0149086;REVB=-0.00709546;RO=35;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587132;STB=0.550974;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0310089;OID=.;OPOS=31122330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:18:5:9:26:18:5:10:26 chr6 31129616 . A G 154.36 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0399878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7966;QD=9.08011;RBI=0.0416199;REFB=-0.0106066;REVB=-0.0115411;RO=46;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445477;STB=0.532437;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.012656;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:47:21:21:0.308824:12:9:18:28:12:9:18:29 chr6 31129642 . A C 219.76 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0147467;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.237;QD=11.7207;RBI=0.0172783;REFB=-0.0142669;REVB=0.00900404;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130459;STB=0.541636;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0263497;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:26:27:0.36:13:13:18:29:14:13:20:28 chr6 31133943 . C A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00567485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.497;QD=12.3071;RBI=0.0127233;REFB=0.002699;REVB=-0.0113876;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00106759;STB=0.500615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00619302;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:11:14:23:18:11:14:23:18 chr6 31134118 . C CGAG 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019067;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.559;QD=51.5087;RBI=0.0344051;REFB=0.0181907;REVB=0.0286384;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=ins;VARB=-0.000983592;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:26:27:26:27:1:15:11:0:1:5:1:15:11:0:1 chr6 31138335 . C T 460.01 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0333902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.688;QD=18.776;RBI=0.0352583;REFB=-0.00961941;REVB=-0.0113247;RO=46;SAF=17;SAR=29;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211855;STB=0.504948;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0163763;OID=.;OPOS=31138335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:46:51:46:47:0.479592:29:17:16:30:30:17:18:33 chr6 31165566 . T C 1380.92 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291411;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8494;QD=62.7692;RBI=0.0301249;REFB=0;REVB=-0.00763583;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000901691;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr6 31165597 . AT A 307.39 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0253327;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6208;QD=14.8141;RBI=0.0254756;REFB=-0.0156289;REVB=-0.00269471;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256597;STB=0.516625;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.0174813;OID=.;OPOS=31165598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445783:36:84:37:83:46:19:18:25:21:99:47:19:17:26:21 chr6 31165962 . G A 1007.79 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0289785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.174;QD=55.2211;RBI=0.0384975;REFB=-0.112083;REVB=0.0253437;RO=3;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043578;STB=0.52307;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000701079;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:31:39:0:3:31:39:0:3 chr6 31170228 . G C 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00530442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.437;QD=13.7576;RBI=0.00725685;REFB=-0.0135291;REVB=-0.00495228;RO=53;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234983;STB=0.633725;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0247488;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:13:21:21:32:13:21:21:32 chr6 31170514 . A G 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0253409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2294;QD=12.181;RBI=0.0469383;REFB=-0.0220728;REVB=-0.0395101;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311507;STB=0.691833;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0144981;OID=.;OPOS=31170514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:9:1:4:11:9:1:4:11 chr6 31170528 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0116128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.39;QD=15.9168;RBI=0.0124372;REFB=0.00150613;REVB=-0.00445287;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124619;STB=0.571326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00165671;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:3:12:9:4:3:12 chr6 31236853 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5876;QD=48.7339;RBI=0.0746531;REFB=0;REVB=-0.0740029;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017618;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr6 31236900 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0184231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.079;QD=17.4015;RBI=0.0222934;REFB=-0.0163281;REVB=0.0125533;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148023;STB=0.584294;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.01413;OID=.;OPOS=31236900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:10:3:5:8:10:3 chr6 31237124 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1831;QD=51.1833;RBI=0.0396731;REFB=0;REVB=0.0230253;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279423;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr6 31237162 . C G 206.8 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6891;QD=48.6582;RBI=0.062468;REFB=0;REVB=0.061658;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270234;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr6 31237255 . G A 369.67 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7176;QD=54.7663;RBI=0.0482661;REFB=0;REVB=0.00623146;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140295;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr6 31237323 . A G 243.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338573;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0962;QD=51.2481;RBI=0.0533049;REFB=0;REVB=0.0411716;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204406;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 31237333 . T A 272.67 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.003;QD=51.9368;RBI=0.0584602;REFB=0;REVB=-0.053589;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448095;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr6 31237342 . G T 36.59 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0623455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7411;QD=7.31884;RBI=0.0785208;REFB=-0.0301735;REVB=0.0477342;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0683627;OID=.;OPOS=31237342;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:5:9:4:2:5:9 chr6 31237723 . G A 73.16 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00568723;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.011;QD=32.516;RBI=0.00857069;REFB=-0.0329646;REVB=0.00641187;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00176283;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:1:0:6:2:1:0 chr6 31237727 . T C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0461865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5177;QD=26.6012;RBI=0.0473686;REFB=-0.00552525;REVB=-0.0105161;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426219;STB=0.749246;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00547348;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:7:1:2:0:7:1:2:0 chr6 31237802 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.096;QD=40.7628;RBI=0.0119181;REFB=0;REVB=0.0111646;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264743;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 31237833 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1902;QD=40.7626;RBI=0.15605;REFB=0;REVB=0.154289;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00735779;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr6 31237858 . T C 66.51 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0190757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7131;QD=26.6021;RBI=0.0444358;REFB=-0.126367;REVB=0.040133;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12621;STB=0.571264;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0346931;OID=.;OPOS=31237858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:2:0:2:6:2:0 chr6 31238126 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00870931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.213;QD=12.3961;RBI=0.110295;REFB=-0.00856285;REVB=0.109951;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0278265;OID=.;OPOS=31238126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr6 31238135 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.314;QD=37.4885;RBI=0.0552625;REFB=0;REVB=0.0387277;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074294;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31238138 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.402;QD=37.4885;RBI=0.018891;REFB=0;REVB=-0.0187407;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192801;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31238155 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0180651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9177;QD=11.0923;RBI=0.217913;REFB=0.00507066;REVB=0.217163;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0180853;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr6 31238230 . G C 101.05 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.029413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.9445;QD=31.093;RBI=0.0751059;REFB=-0.186818;REVB=0.0691069;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.583183;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0427491;OID=.;OPOS=31238230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:5:5:2:0:6:5:2:0 chr6 31238234 . G A 130.39 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.427;QD=43.4644;RBI=0.0850032;REFB=0;REVB=-0.0834667;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646538;OID=.;OPOS=31238234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr6 31238259 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.701;QD=45.8068;RBI=0.0309791;REFB=0;REVB=-0.0212384;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13888e-06;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr6 31238490 . T C 545.03 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.306;QD=57.3712;RBI=0.0288242;REFB=-0.0852022;REVB=0.0200835;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00253981;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:21:16:1:0 chr6 31238491 . GC G,GA 555.53 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,33;DP=38;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150442,0.0078545;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.067,213.18;QD=60.0573;RBI=0.0150578,0.0219508;REFB=0,0;REVB=0.000639451,0.0204974;RO=0;SAF=0,16;SAR=4,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00456416,0.000726445;OID=.,.;OPOS=31238492,31238492;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:4,33:38:1,36:37:0:0,16:1,20:0:0:4:0:0,16:4,17:0:0 chr6 31238851 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.08;QD=58.584;RBI=0.0309085;REFB=0;REVB=0.0129028;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253621;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr6 31238868 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0777831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3333;QD=7.96577;RBI=0.0777851;REFB=0.0238086;REVB=-0.000552736;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134889;STB=0.583171;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0525404;OID=.;OPOS=31238868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:5:5:10:16:5:5:10:16 chr6 31238875 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0143419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.117;QD=14.1956;RBI=0.0159407;REFB=-0.010394;REVB=0.00695811;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393032;STB=0.731371;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0130536;OID=.;OPOS=31238875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:12:10:12:3:12:10 chr6 31238880 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.118221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5306;QD=12.0203;RBI=0.123943;REFB=-0.00519447;REVB=0.0372268;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434543;STB=0.758236;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0159336;OID=.;OPOS=31238880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:11:3:15:10:11:3:15:10 chr6 31238909 . GT AG 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00931666;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.912;QD=10.4723;RBI=0.0109605;REFB=-0.00791292;REVB=-0.0057735;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27231;STB=0.661906;STBP=0.198;TYPE=mnp;VARB=0.0257784;OID=.;OPOS=31238909;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:16:8:7:5:16:8 chr6 31238942 . G A 131.97 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.000788271;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.297;QD=11.9968;RBI=0.00188013;REFB=-0.0103293;REVB=0.0017069;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173186;STB=0.603033;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0183026;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:15:14:5:10:15:14 chr6 31238943 . C T 336.23 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0622559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.743;QD=28.0194;RBI=0.0637542;REFB=-0.0308827;REVB=0.0137402;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08253;STB=0.545424;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0109542;OID=.;OPOS=31238943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:14:15:12:7:14:15:12:7 chr6 31238957 . A C 737.67 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3609;QD=54.6421;RBI=0.0599627;REFB=0;REVB=-0.0531647;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559339;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:50:54:1:24:26:0:0:24:30:0:0 chr6 31238983 . G C 447.65 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00164312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9013;QD=29.8436;RBI=0.0617706;REFB=0.0160209;REVB=-0.0617488;RO=19;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158503;STB=0.585915;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00820365;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:22:19:14:5:22:19:14:5 chr6 31238992 . G C 118.49 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0310424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6245;QD=7.77004;RBI=0.0452395;REFB=-0.00935878;REVB=0.0329086;RO=44;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25598;STB=0.655681;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0258312;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:5:12:22:22:5:12:22:22 chr6 31239006 . G T 97.41 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0177611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.66;QD=6.28441;RBI=0.0363966;REFB=-0.00917452;REVB=0.0317688;RO=46;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182612;STB=0.606595;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0184733;OID=.;OPOS=31239006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:62:62:46:47:15:15:0.241935:5:10:24:22:5:10:25:22 chr6 31239016 . G A 429.29 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0118836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.539;QD=28.15;RBI=0.016029;REFB=-0.0242814;REVB=0.0107569;RO=21;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135678;STB=0.573734;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0125278;OID=.;OPOS=31239016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:20:20:15:6:20:20:15:6 chr6 31239050 . G A 432.38 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00386739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1586;QD=32.6322;RBI=0.0173611;REFB=-0.00888426;REVB=-0.0169248;RO=14;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160953;STB=0.581794;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00488628;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:14:14:36:37:0.698113:19:17:11:3:19:18:11:3 chr6 31239057 . C T 421.2 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0240102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.311;QD=33.0354;RBI=0.0465687;REFB=-0.0214935;REVB=0.0399018;RO=14;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199619;STB=0.60791;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00513365;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:20:17:12:2:20:17:12:2 chr6 31239060 . A G 57.71 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0189217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.456;QD=4.6164;RBI=0.0301212;REFB=-0.00326777;REVB=-0.0234362;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178122;STB=0.610858;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0299591;OID=.;OPOS=31239060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:40:41:9:9:0.18:3:6:21:19:3:6:22:19 chr6 31239101 . G T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.664;QD=61.3319;RBI=0.0654279;REFB=0;REVB=-0.00167078;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406028;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 31239114 . G T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0132969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.283;QD=3.54018;RBI=0.0135552;REFB=-0.0157308;REVB=0.00263378;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485332;STB=0.832224;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0608089;OID=.;OPOS=31239114;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:31:32:6:6:0.157895:1:5:13:18:1:5:14:18 chr6 31239116 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00463853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1499;QD=9.18834;RBI=0.0208358;REFB=-0.0117783;REVB=0.0203129;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490443;STB=0.800482;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0474381;OID=.;OPOS=31239116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:2:9:10:15:2:9:10:15 chr6 31239378 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0885158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6548;QD=55.0978;RBI=0.0888363;REFB=0;REVB=0.00753927;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136766;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 31239430 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.086;QD=60.6097;RBI=0.0545674;REFB=0;REVB=0.00564833;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500053;OID=.;OPOS=31239430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 31239577 . A C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.579;QD=43.4843;RBI=0.0406571;REFB=0;REVB=0.0368539;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516381;OID=.;OPOS=31239577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 31239585 . C T 47.8 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00155493;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.029;QD=21.2422;RBI=0.03438;REFB=-0.0388201;REVB=0.0343448;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0576423;OID=.;OPOS=31239585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:2:3:6:6:0.666667:6:0:0:2:6:0:0:3 chr6 31239593 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0547003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.158;QD=24.3281;RBI=0.0553283;REFB=-0.0467725;REVB=0.00831211;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0244915;OID=.;OPOS=31239593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:0:2:6:1:0:2 chr6 31239622 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.55;QD=33.4285;RBI=0.0323568;REFB=0;REVB=0.0318365;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183429;OID=.;OPOS=31239622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 31239722 . A C 138.26 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.73;QD=42.5424;RBI=0.049567;REFB=0;REVB=0.0477328;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482038;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:5:8:0:0 chr6 31239752 . C A,T 230.45 PASS AF=0.526316,0.473684;AO=5,13;DP=18;FAO=10,9;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4,9;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038213,0.0269353;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.882,181.817;QD=48.5155;RBI=0.167238,0.0269444;REFB=0,0;REVB=0.167194,-0.000698808;RO=0;SAF=3,9;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00357971,0.0101986;OID=.,.;OPOS=31239752,31239752;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:18:19:0:0:5,13:10,9:0.526316,0.473684:2,4:3,9:0:0:6,0:4,9:0:0 chr6 31239766 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00521414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.449;QD=24.0275;RBI=0.0177045;REFB=-0.0185044;REVB=0.0169193;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775029;STB=0.543418;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00915063;OID=.;OPOS=31239766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:6:2:5:9:6:2 chr6 31239776 . A C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0102621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.934;QD=11.4398;RBI=0.0549843;REFB=-0.00959381;REVB=-0.0540182;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172341;STB=0.604686;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0154928;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:9:5:2:7:9:5 chr6 31239802 . C G 592.08 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1776;QD=60.7263;RBI=0.0930256;REFB=0;REVB=0.0899483;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103324;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:8:30:0:0:9:30:0:0 chr6 31239821 . G T 611.28 PASS AF=0.918367;AO=42;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.042187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.595;QD=49.9003;RBI=0.11463;REFB=-0.109744;REVB=0.106585;RO=4;SAF=32;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567599;STB=0.529399;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00404663;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:49:49:4:4:42:45:0.918367:10:32:2:2:13:32:4:0 chr6 31239827 . C T 804.64 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.195;QD=64.3712;RBI=0.105361;REFB=0;REVB=0.103954;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174363;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:12:36:0:0:13:37:0:0 chr6 31322470 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.352;QD=60.6103;RBI=0.0474595;REFB=0;REVB=0.0308027;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64877e-06;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 31322888 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.699;QD=53.2764;RBI=0.0110301;REFB=0;REVB=-0.00339534;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158028;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr6 31322911 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.537;QD=58.5863;RBI=0.0219789;REFB=0;REVB=0.0214537;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62224e-05;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr6 31322980 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.987;QD=59.4355;RBI=0.0555874;REFB=0;REVB=0.0179945;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132154;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 31322996 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.308;QD=59.8373;RBI=0.0219659;REFB=0;REVB=0.0213647;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71879e-05;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr6 31323296 . A G 340.76 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00411021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.255;QD=48.6797;RBI=0.0108715;REFB=-0.106533;REVB=0.0100646;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545422;STB=0.555511;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000970209;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:18:8:1:0:18:8:2:0 chr6 31323337 . T C 90.99 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0062654;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.078;QD=13.4806;RBI=0.00642735;REFB=-0.00850538;REVB=-0.00143371;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140607;STB=0.583179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0112558;OID=.;OPOS=31323337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:8:8:7:4:8:8 chr6 31323945 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.459;QD=39.2068;RBI=0.00768709;REFB=0;REVB=-0.00114161;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77059e-05;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31323953 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.55;QD=39.2062;RBI=0.0236547;REFB=0;REVB=0.0179059;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075611;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31323958 . T G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0098399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.062;QD=30.7897;RBI=0.0749668;REFB=0.0380522;REVB=0.0743182;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000323206;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr6 31323960 . G C 88.04 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.053;QD=39.129;RBI=0.0644375;REFB=0;REVB=0.0275751;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160205;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr6 31324643 . G C 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00396763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.507;QD=39.4352;RBI=0.00459432;REFB=-0.0431168;REVB=0.00231639;RO=2;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064866;STB=0.535668;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0075328;OID=.;OPOS=31324643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:12:4:1:1:12:4:1:1 chr6 31324666 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7034;QD=44.6898;RBI=0.0142818;REFB=0;REVB=-0.0105213;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88904e-05;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr6 31324702 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.402;QD=37.4885;RBI=0.0190351;REFB=0;REVB=-0.0189221;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284932;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31324705 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.109;QD=37.4885;RBI=0.0536222;REFB=0;REVB=-0.000641557;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699334;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31371430 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.090023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4851;QD=45.8059;RBI=0.0922185;REFB=0;REVB=-0.0200029;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00474262;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr6 31378358 . T G 216.06 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000978461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.418;QD=15.1619;RBI=0.00994958;REFB=-0.00429349;REVB=-0.00990135;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105835;STB=0.568573;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00621948;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:14:11:17:14:14:11:18:14 chr6 31378387 . TG CA,CG 730.05 PASS AF=0.45283,0.54717;AO=24,27;DP=53;FAO=24,29;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=12,15;FSAR=12,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364386,-0.0166644;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=74.3869,70.4835;QD=55.098;RBI=0.0141866,0.0307717;REFB=0,0;REVB=0.0137106,0.0258688;RO=0;SAF=12,13;SAR=12,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0051264,-0.0071322;OID=.,.;OPOS=31378387,31378387;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:53:0:0:24,27:24,29:0.45283,0.54717:12,14:12,13:0:0:12,14:12,15:0:0 chr6 31378425 . A G 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6651;QD=64.1465;RBI=0.0506129;REFB=0;REVB=0.0437657;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125205;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr6 31378510 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00502746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.089;QD=19.8494;RBI=0.0312988;REFB=-0.0357353;REVB=0.0308923;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121067;STB=0.56863;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.031118;OID=.;OPOS=31378510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:8:5:8:7:8:5 chr6 31378977 . G A 990.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7054;QD=59.1308;RBI=0.0049446;REFB=0;REVB=0.0042298;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49621e-06;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr6 31379059 . A T 140.2 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0074246;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.648;QD=12.1909;RBI=0.0149124;REFB=-0.00815521;REVB=0.0129327;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216738;STB=0.628405;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0122574;OID=.;OPOS=31379059;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:5:11:15:15:5:11:15:15 chr6 31379109 . G A 477.46 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.961;QD=57.874;RBI=0.0287942;REFB=0;REVB=0.0225343;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102061;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:12:19:0:0:14:19:0:0 chr6 31379773 . C T 886.52 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.21;QD=57.1945;RBI=0.0811886;REFB=0;REVB=0.0362686;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541889;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:26:33:0:0:26:36:0:0 chr6 31379794 . CA TG 757.32 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037206;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.367;QD=57.1562;RBI=0.0381698;REFB=0;REVB=0.00852342;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000140712;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr6 31379807 . C T 739.29 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.395;QD=54.7621;RBI=0.0269003;REFB=-0.162572;REVB=0.00585929;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000493061;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:24:29:0:0:24:29:1:0 chr6 31379817 . T C 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.01;QD=56.9332;RBI=0.0692895;REFB=0;REVB=0.0530086;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283944;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr6 31379823 . C G 784.67 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3521;QD=64.0543;RBI=0.114764;REFB=0;REVB=-0.0274792;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701136;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:21:28:0:0 chr6 31379931 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.75;QD=63.8711;RBI=0.0334721;REFB=0;REVB=0.033339;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94715e-05;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr6 31380157 . TGCTG T,TGCT,TGCTGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT 307.9 PASS AF=0.64,0.12,0.04,0.2;AO=15,3,4,3;DP=26;FAO=16,3,1,5;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2,0,2;FSAR=7,1,1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013122,-0.0201746,-0.00799613,0.0152552;FXX=0.0384468;HRUN=1,2,1,1;LEN=4,1,2,11;MLLD=398.571,26.4959,84.8376,177.714;QD=49.2632;RBI=0.0169215,0.0346747,0.0081446,0.0159575;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0106841,-0.0282014,-0.001548,-0.00468178;RO=0;SAF=8,2,3,0;SAR=7,1,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,ins,ins;VARB=0.00250532,0.118898,0.0709152,0.0306254;OID=.,.,.,.;OPOS=31380158,31380161,31380162,31380162;OREF=GCTG,G,-,-;OALT=-,-,CT,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCT,TGCTGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.64,0.12,0.04,0.2:15,3,4,3:26:16,3,1,5:25:0:9,2,0,2:7,1,1,3:0:0:31:0:8,2,3,0:7,1,1,3:0:0 chr6 31380194 . T C 66.24 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.010968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.751;QD=12.0442;RBI=0.0116844;REFB=-0.00322812;REVB=-0.00402831;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555787;STB=0.533258;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0141495;OID=.;OPOS=31380194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:8:5:3:6:8:5 chr6 31380198 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0208525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.503;QD=14.1699;RBI=0.0436241;REFB=-0.0210303;REVB=-0.0383176;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0131883;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:7:5:3:7:7:5 chr6 31382882 . C A 1250.47 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.06;QD=60.2637;RBI=0.018704;REFB=-0.00733431;REVB=0.0146131;RO=1;SAF=50;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937821;STB=0.504949;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000140592;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:32:50:1:0:32:50:1:0 chr6 31382911 . A G 932.46 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300097;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.1;QD=58.2784;RBI=0.0646206;REFB=0;REVB=-0.0572298;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151833;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr6 31473546 . A G 923.67 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.621;QD=56.8409;RBI=0.0279597;REFB=-0.14632;REVB=0.00971056;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000314472;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:35:28:0:1:36:28:0:1 chr6 31473561 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0059448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.749;QD=15.2375;RBI=0.0121515;REFB=-0.0139246;REVB=-0.0105981;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104143;STB=0.558782;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0221121;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:15:13:13:23:15:13:13:23 chr6 31473957 . C G 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00457817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.551;QD=7.05541;RBI=0.0486817;REFB=-0.00251639;REVB=-0.0484659;RO=51;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101135;STB=0.56171;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00744735;OID=.;OPOS=31473957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:11:7:24:27:11:7:24:27 chr6 31474000 . G A 147.04 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00595336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3947;QD=9.18993;RBI=0.0161161;REFB=-0.0118265;REVB=0.0149762;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843428;STB=0.54995;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0361872;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:11:9:23:21:11:9:23:21 chr6 31477681 . A G 1011.68 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.122042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3711;QD=57.8105;RBI=0.1278;REFB=0.018867;REVB=-0.0379287;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000314157;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:1:0:36:33:1:0 chr6 31496925 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.877;QD=56.9372;RBI=0.0385591;REFB=0;REVB=0.0273987;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114215;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr6 31497706 . C T 1673.16 PASS AF=0.983051;AO=112;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.15592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.968;QD=56.7172;RBI=0.15592;REFB=-0.157824;REVB=0.00012262;RO=6;SAF=54;SAR=58;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498827;STB=0.508473;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00121623;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:6:2:112:116:0.983051:58:54:6:0:58:58:2:0 chr6 31498244 . G GC 167.97 PASS AF=0.647059;AO=19;DP=35;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0148906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8912;QD=19.7612;RBI=0.0685338;REFB=0.0157389;REVB=0.0668966;RO=14;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807502;STB=0.511268;STBP=0.897;TYPE=ins;VARB=0.0185141;OID=.;OPOS=31498245;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:19:35:22:34:12:17:5:9:3:53:14:15:4:10:4 chr6 31506624 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.535;QD=62.022;RBI=0.0173467;REFB=0;REVB=0.0141951;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148452;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr6 31506648 . G T 631.02 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0660391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9042;QD=57.3655;RBI=0.0660689;REFB=-0.137481;REVB=0.00198398;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765436;STB=0.519991;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00730839;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:2:2:41:42:0.954545:24:17:1:1:24:18:0:2 chr6 31509432 . G A 739.12 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.974;QD=54.7498;RBI=0.020177;REFB=-0.126815;REVB=0.0154392;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00100721;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:1:0:26:27:1:0 chr6 31510105 . A G 1043.71 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4075;QD=59.6408;RBI=0.00670901;REFB=0;REVB=-0.00417057;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59802e-06;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:21:49:0:0:21:49:0:0 chr6 31514247 . A G 192.33 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0106536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.084;QD=16.3681;RBI=0.0180194;REFB=-0.00893821;REVB=-0.0145327;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796412;STB=0.518183;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0122578;OID=.;OPOS=31514247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:9:10:14:13:9:11:14:13 chr6 31525912 . C T 633.03 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0353027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.561;QD=53.8751;RBI=0.0353059;REFB=-0.148316;REVB=0.000476019;RO=4;SAF=25;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694224;STB=0.52726;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00149955;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:47:47:4:3:43:44:0.93617:18:25:4:0:18:26:3:0 chr6 31528326 . G C 304.19 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0211569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.127;QD=26.4508;RBI=0.0247848;REFB=-0.017728;REVB=0.0129101;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139879;STB=0.57706;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00798381;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:15:12:5:14:15:12:5:14 chr6 31540784 . C A 37.8 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0549963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0806;QD=10.7987;RBI=0.0744423;REFB=-0.053179;REVB=0.0501703;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0838507;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr6 31555130 . A G 371.04 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0176475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.047;QD=17.4607;RBI=0.0178473;REFB=-0.0337639;REVB=-0.00266276;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189566;STB=0.598695;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0337289;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:46:38:39:0.458824:21:17:12:34:22:17:12:34 chr6 31555657 . A G 90.5 PASS AF=0.277778;AO=8;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=0.0104753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.805;QD=10.0553;RBI=0.0215412;REFB=-0.0200018;REVB=0.0188226;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128696;STB=0.651939;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0297209;OID=.;OPOS=31555657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:36:36:24:24:8:10:0.277778:1:7:22:2:2:8:22:2 chr6 31556709 . A G 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0110067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.872;QD=15.9121;RBI=0.014443;REFB=-0.00182017;REVB=0.00935172;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169572;STB=0.595081;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00274678;OID=.;OPOS=31556709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:11:26:16:14:11:26 chr6 31583166 . G A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0205473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.392;QD=24.0273;RBI=0.0205473;REFB=-0.0193314;REVB=0;RO=8;SAF=14;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667085;OID=.;OPOS=31583166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:0:14:8:0:0:14:8:0 chr6 31583931 . C T 462.17 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00717184;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.11;QD=24.0086;RBI=0.00897133;REFB=-0.0175242;REVB=-0.00538975;RO=32;SAF=19;SAR=25;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171228;STB=0.599721;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0178745;OID=.;OPOS=31583931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:32:33:44:44:0.571429:25:19:21:11:25:19:22:11 chr6 31594628 . T A 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0771;QD=58.5967;RBI=0.0215395;REFB=0;REVB=0.00290272;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123453;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr6 31595541 . G T 112.83 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=28;FWDB=0.00609381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.428;QD=4.14042;RBI=0.0279203;REFB=-0.00263434;REVB=-0.0272472;RO=88;SAF=11;SAR=9;SRF=61;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191105;STB=0.614112;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0130172;OID=.;OPOS=31595541;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:88:89:20:20:0.183486:9:11:61:27:9:11:61:28 chr6 31595772 . GCCTGCTGCCCCA G 78.32 PASS AF=0.35;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00415237;FXX=0.111086;HRUN=2;LEN=12;MLLD=331.569;QD=7.83152;RBI=0.021495;REFB=-0.015241;REVB=0.0210901;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0271512;OID=.;OPOS=31595773;OREF=CCTGCTGCCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:13:45:14:40:26:7:7:13:13:78:23:6:7:11:12 chr6 31595882 . C A 751.96 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216;QD=56.7519;RBI=0.0820467;REFB=0;REVB=0.037121;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207167;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr6 31598489 . A G 565.9 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0124552;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.639;QD=19.856;RBI=0.0369239;REFB=-0.00939587;REVB=-0.0347598;RO=57;SAF=28;SAR=30;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148993;STB=0.586967;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0115874;OID=.;OPOS=31598489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:57:56:58:58:0.508772:30:28:37:20:30:28:37:19 chr6 31601344 . T C 678.62 PASS AF=0.912281;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0213611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9726;QD=47.6226;RBI=0.0510067;REFB=0.00210331;REVB=0.0463183;RO=4;SAF=25;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695893;STB=0.545437;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000718423;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:56:57:4:5:51:52:0.912281:26:25:4:0:27:25:5:0 chr6 31602967 . G A 1376.44 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235652;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.566;QD=62.5653;RBI=0.0447326;REFB=0;REVB=0.0380221;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016842;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:47:40:0:0:47:41:0:0 chr6 31603770 . A G 190.93 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0303649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6688;QD=11.5714;RBI=0.0305014;REFB=0.0005316;REVB=0.00288208;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215794;STB=0.624896;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00184223;OID=.;OPOS=31603770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:9:15:18:24:9:15:18:24 chr6 31604044 . T G 676.95 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2927;QD=58.8652;RBI=0.0803975;REFB=-0.0846085;REVB=0.0513998;RO=2;SAF=14;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062462;STB=0.516122;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00817656;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:2:1:43:45:0.978261:29:14:2:0:30:15:1:0 chr6 31604591 . C T 74.32 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00627479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8982;QD=11.0098;RBI=0.0472809;REFB=0.00767744;REVB=0.0468627;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.615758;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00944104;OID=.;OPOS=31604591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:27:16:17:10:10:0.37037:7:3:7:9:7:3:8:9 chr6 31617054 . AGGGGGGGA ACGGGGGGA,AGGGGGA,AGGGGGGA,AGGGGGGAG 143.35 PASS AF=0.0571429,0,0.571429,0.171429;AO=4,5,12,5;DP=39;FAO=2,0,20,6;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,9,6;FSAR=2,0,11,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0329071,-0.0660355,-0.126256,-0.0521774;FXX=0.124969;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,2;MLLD=140.521,11.3777,8.02541,108.402;QD=16.3824;RBI=0.194772,0.166705,0.289036,0.0708305;REFB=0.00415631,-0.0551532,-0.0938578,-0.00665437;REVB=-0.191972,-0.153068,-0.260003,-0.0479007;RO=6;SAF=0,2,8,5;SAR=4,3,4,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.742829,-0.231237,0,0.716421;STB=0.995565,0.5,0.568198,0.997163;STBP=0.096,1,0.265,0.101;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=-0.0188001,0.101313,0.0418885,-0.0599095;OID=.,.,.,.;OPOS=31617055,31617055,31617055,31617061;OREF=G,GG,G,GA;OALT=C,-,-,AG;OMAPALT=ACGGGGGGA,AGGGGGA,AGGGGGGA,AGGGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0571429,0,0.571429,0.171429:4,5,12,5:39:2,0,20,6:35:7:0,0,9,6:2,0,11,0:5:2:25:6:0,2,8,5:4,3,4,0:4:2 chr6 31617063 . TCCCCCA GTCCCCA,TCCCCA,TCCCCAC 105.31 PASS AF=0,0.560976,0;AO=2,17,2;DP=44;FAO=0,23,0;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=0,15,0;FSAR=0,8,0;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0668368,-0.251728,-0.175359;FXX=0.0888691;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=109.16,8.51413,12.9086;QD=10.2739;RBI=0.0731339,0.253307,0.193347;REFB=-0.0200651,-0.202357,-0.133279;REVB=-0.0296886,-0.0282318,0.0814393;RO=13;SAF=2,8,2;SAR=0,9,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.381818,0;SSSB=0.637912,0.127272,0.637912;STB=0.5,0.594629,0.5;STBP=1,0.185,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.109019,0.168143;OID=.,.,.;OPOS=31617063,31617064,31617068;OREF=TC,C,CA;OALT=GT,-,AC;OMAPALT=GTCCCCA,TCCCCA,TCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:44:41:13:18:2,17,2:0,23,0:0,0.560976,0:0,9,0:2,8,2:4:9:0,8,0:0,15,0:8:10 chr6 31627449 . C G 682.0 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0071583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.456;QD=19.7681;RBI=0.0117297;REFB=-0.0202142;REVB=0.00929219;RO=69;SAF=38;SAR=30;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12616;STB=0.565938;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0149916;OID=.;OPOS=31627449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:70:68:68:0.492754:30:38:29:40:30:38:30:40 chr6 31627523 . C T 2227.59 PASS AF=0.993377;AO=148;DP=152;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00711842;FXX=0.00657851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.4066;QD=59.0091;RBI=0.0078216;REFB=-0.05978;REVB=-0.00324122;RO=2;SAF=69;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000860589;STB=0.503597;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00106927;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:152:151:2:1:148:150:0.993377:79:69:1:1:81:69:1:0 chr6 31630241 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.521;QD=57.0008;RBI=0.0298957;REFB=0;REVB=0.0238433;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51172e-05;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr6 31632134 . C A 209.88 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00860192;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6444;QD=24.6921;RBI=0.0504655;REFB=0.00989037;REVB=0.049727;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.558765;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00134714;OID=.;OPOS=31632134;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:5:9:10:10:5:9 chr6 31634758 . G A 1552.38 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159034;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.671;QD=63.3624;RBI=0.0274222;REFB=0;REVB=0.0223396;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147411;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:96:98:1:45:51:0:0:47:51:0:0 chr6 31635710 . T C 208.7 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00979972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.003;QD=18.1476;RBI=0.016387;REFB=-0.00922302;REVB=0.0131339;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145864;STB=0.508298;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0109129;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:17:4:5:20:17:4:5:20 chr6 31639979 . C T 385.12 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0177751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5279;QD=12.6269;RBI=0.0516929;REFB=-0.0259013;REVB=-0.0485407;RO=75;SAF=27;SAR=19;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243728;STB=0.633791;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0430776;OID=.;OPOS=31639979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:76:46:46:0.377049:19:27:27:48:19:27:28:48 chr6 31655013 . G A 93.98 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=66;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=0.0127414;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7702;QD=5.52848;RBI=0.0630305;REFB=-0.00369736;REVB=0.0617292;RO=53;SAF=8;SAR=4;SRF=42;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196688;STB=0.720366;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0157854;OID=.;OPOS=31655013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:66:68:53:52:12:16:0.235294:4:8:42:11:8:8:41:11 chr6 31655438 . G A 180.94 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0081686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.687;QD=13.9182;RBI=0.00849266;REFB=-0.0166415;REVB=-0.00232364;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041387;STB=0.523787;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0220905;OID=.;OPOS=31655438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:16:15:11:10:16:15 chr6 31656841 . G T 45.95 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00799562;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.818;QD=7.65822;RBI=0.0344665;REFB=-0.0154497;REVB=0.0335263;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0299344;OID=.;OPOS=31656841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:9:8:2:5:9:8 chr6 31657413 . T C 860.11 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.501;QD=55.4911;RBI=0.0960771;REFB=0.0376526;REVB=0.0868737;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00038145;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:1:1:58:61:0.983871:32:26:0:1:33:28:0:1 chr6 31675501 . G A 665.45 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.000444928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.528;QD=16.8468;RBI=0.0384953;REFB=-0.0151235;REVB=-0.0384928;RO=84;SAF=35;SAR=38;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608983;STB=0.536575;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0256706;OID=.;OPOS=31675501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:85:73:73:0.462025:38:35:35:49:38:35:35:50 chr6 31675765 . G A 321.78 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0104799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.534;QD=23.8352;RBI=0.0493028;REFB=-0.0096822;REVB=0.0481762;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126368;STB=0.569336;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.013605;OID=.;OPOS=31675765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:14:18:16:6:14:18:16:6 chr6 31687008 . G A 695.47 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139748;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.505;QD=54.5464;RBI=0.0534196;REFB=-0.0486604;REVB=0.0515593;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093011;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:29:22:0:0 chr6 31708328 . C T 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0205195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.46;QD=20.3317;RBI=0.0214225;REFB=-0.0231508;REVB=-0.00615407;RO=42;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094935;STB=0.505261;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0214782;OID=.;OPOS=31708328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:24:19:19:23:24:19:19:23 chr6 31710925 . AT A 37.98 PASS AF=0.2;AO=14;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0453269;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.5834;QD=2.33709;RBI=0.188837;REFB=-0.000641068;REVB=-0.183317;RO=44;SAF=3;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0.305556;SSEP=0;SSSB=-0.41699;STB=0.607909;STBP=0.418;TYPE=del;VARB=-0.011079;OID=.;OPOS=31710926;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:14:65:13:65:52:5:8:27:25:37:44:3:11:24:20 chr6 31729359 . A G 239.95 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00118844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.104;QD=14.3252;RBI=0.00667734;REFB=0.00733293;REVB=-0.00657073;RO=38;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190637;STB=0.616935;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0105944;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:9:19:19:19:9:19:19:20 chr6 31731881 . C T 127.1 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0107022;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.535;QD=14.1226;RBI=0.011264;REFB=-0.00652983;REVB=0.00351284;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00800755;OID=.;OPOS=31731881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:21:15:15:0.416667:7:8:9:9:7:8:12:9 chr6 31733650 . G A 362.72 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.00444915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.719;QD=20.7269;RBI=0.0155538;REFB=-0.0254279;REVB=0.0149038;RO=29;SAF=7;SAR=30;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645217;STB=0.517232;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0210739;OID=.;OPOS=31733650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:29:33:37:37:0.528571:30:7:7:22:30:7:7:26 chr6 31745284 . C T 769.61 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161696;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.029;QD=57.0079;RBI=0.0606897;REFB=0;REVB=0.0584961;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317341;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr6 31748820 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.318;QD=62.0218;RBI=0.0143566;REFB=0;REVB=-0.0124802;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38283e-05;OID=.;OPOS=31748820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr6 31778272 . G A 538.2 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.308;QD=59.8;RBI=0.0889929;REFB=0;REVB=0.0158967;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557557;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr6 31797587 . C G 577.15 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.518;QD=60.7528;RBI=0.0453676;REFB=0;REVB=0.024779;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95479e-05;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:24:12:0:0:24:14:0:0 chr6 31797769 . A AAAGTT 573.63 PASS AF=0.671053;AO=47;DP=81;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00848645;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=5;MLLD=283.234;QD=30.1912;RBI=0.0231984;REFB=-0.0270467;REVB=0.0215904;RO=29;SAF=12;SAR=35;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410203;STB=0.671931;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0108796;OID=.;OPOS=31797770;OREF=-;OALT=AAGTT;OMAPALT=AAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.671053:47:81:51:76:25:15:36:20:5:99:29:12:35:24:5 chr6 31797774 . T TAA 92.46 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.0167825;FXX=0.0140825;HRUN=0;LEN=2;MLLD=199.404;QD=5.28327;RBI=0.0224308;REFB=-0.0034233;REVB=-0.0148825;RO=62;SAF=14;SAR=1;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694072;STB=0.948631;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0223349;OID=.;OPOS=31797775;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:15:78:15:70:55:14:1:16:39:92:62:14:1:22:40 chr6 31860337 . T C 864.34 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.059;QD=57.6225;RBI=0.0410843;REFB=0;REVB=0.0177966;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7717e-05;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:33:27:0:0 chr6 31868075 . G C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00102465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.095;QD=15.5713;RBI=0.0133016;REFB=-0.00309276;REVB=-0.0132621;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335791;STB=0.691998;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0114867;OID=.;OPOS=31868075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:2:10:5:6:2:10 chr6 31903804 . G C 149.64 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.019099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.25;QD=11.9713;RBI=0.0387764;REFB=-0.0235359;REVB=-0.0337467;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.529377;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0569133;OID=.;OPOS=31903804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:33:16:17:0.34:9:7:17:16:9:8:17:16 chr6 31912773 . A G 200.93 PASS AF=0.403226;AO=23;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0202456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6759;QD=12.9633;RBI=0.026465;REFB=-0.0183042;REVB=0.0170445;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923135;STB=0.577313;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0123287;OID=.;OPOS=31912773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:37:37:23:25:0.403226:10:13:24:13:12:13:24:13 chr6 31914024 . T A 403.91 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0135935;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1966;QD=16.6562;RBI=0.0350294;REFB=-0.000822249;REVB=-0.0322843;RO=54;SAF=10;SAR=32;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295619;STB=0.673222;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-2.47658e-05;OID=.;OPOS=31914024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:55:42:42:0.43299:32:10:27:27:32:10:28:27 chr6 31914935 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.44;QD=58.0601;RBI=0.0306061;REFB=0;REVB=-0.00846438;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62592e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr6 31915144 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00502073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.62;QD=23.1239;RBI=0.0164252;REFB=-0.0088172;REVB=-0.015639;RO=22;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13208;STB=0.573225;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00812796;OID=.;OPOS=31915144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:9:21:12:10:9:21:12:10 chr6 31928799 . T C 862.67 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2927;QD=54.7725;RBI=0.0275801;REFB=-0.122601;REVB=-0.0246651;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422602;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:2:0:61:63:1:27:34:2:0:27:36:0:0 chr6 31929014 . A C 1135.84 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119633;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1453;QD=59.7812;RBI=0.0232851;REFB=0;REVB=0.0199768;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183598;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:0:72:75:0.986842:35:37:0:0:35:40:0:0 chr6 31936668 . T C,G 712.44 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40,1;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027697,-0.0397049;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.627,103.044;QD=55.8775;RBI=0.0460726,0.0471518;REFB=0,0;REVB=0.036818,-0.0254324;RO=0;SAF=40,1;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.55353e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000486203,0.172692;OID=.,.;OPOS=31936668,31936668;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:9,1:40,1:0:0:9,1:40,1:0:0 chr6 31948448 . A G 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0106216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.156;QD=5.12624;RBI=0.0348961;REFB=-0.016878;REVB=-0.0332404;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460505;STB=0.79182;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0332775;OID=.;OPOS=31948448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:7:2:22:14:7:2:22:15 chr6 31976139 . G C 505.08 PASS AF=1;AO=26;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.2227;QD=56.1198;RBI=0.117544;REFB=0;REVB=0.116602;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474674;OID=.;OPOS=31976139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:26:36:1:4:22:0:0:13:23:0:0 chr6 31977391 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.209;QD=51.9157;RBI=0.0867441;REFB=0;REVB=0.0539493;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709055;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 31978746 . G A 272.96 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7925;QD=51.9925;RBI=0.0576093;REFB=0;REVB=0.0248612;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140277;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:6:15:0:0 chr6 32006317 . C T 289.33 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5532;QD=52.6052;RBI=0.037583;REFB=0;REVB=-0.0363222;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105013;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr6 32006337 . C A 207.12 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.787;QD=48.7341;RBI=0.0560996;REFB=0;REVB=0.00796833;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022406;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:10:6:1:0:10:7:0:0 chr6 32017163 . C A 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0194392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.5148;QD=20.8089;RBI=0.0199927;REFB=0.00725707;REVB=-0.00467189;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194543;STB=0.629102;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00332985;OID=.;OPOS=32017163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:19:23:23:23:0.5:9:14:7:12:9:14:8:15 chr6 32026107 . C T 114.63 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0600973;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.554;QD=26.9709;RBI=0.0601141;REFB=-0.0203099;REVB=-0.001418;RO=4;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729841;STB=0.540917;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00346907;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:18:17:4:4:13:13:0.764706:11:2:1:3:11:2:1:3 chr6 32029226 . A G 241.04 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00669716;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.617;QD=20.96;RBI=0.00999123;REFB=-0.0155218;REVB=-0.00741436;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874144;STB=0.549312;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0178035;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:7:16:14:9:7:16:14:9 chr6 32046944 . C T 239.43 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00011494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0159;QD=14.2941;RBI=0.0229872;REFB=-0.00343299;REVB=-0.0229869;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167456;STB=0.607519;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00348228;OID=.;OPOS=32046944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:39:28:28:0.41791:16:12:21:14:16:12:24:15 chr6 32119898 . T C 3569.24 PASS AF=0.987179;AO=228;DP=234;FAO=231;FDP=234;FR=.;FRO=3;FSAF=121;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0145212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.618;QD=61.0127;RBI=0.0340508;REFB=0.00942498;REVB=0.0307992;RO=4;SAF=121;SAR=107;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101212;STB=0.501836;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-6.45281e-05;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:234:234:4:3:228:231:0.987179:107:121:2:2:110:121:2:1 chr6 32122385 . GC CG,G,GG 742.87 PASS AF=0,0.166667,0.833333;AO=2,10,36;DP=48;FAO=0,8,40;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,22;FSAR=0,6,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557553,0.00131464,8.48134e-05;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=139.223,215.985,223.879;QD=61.9055;RBI=0.0401222,0.030004,0.0266819;REFB=0,0,0;REVB=0.0397329,0.0299752,0.0266818;RO=0;SAF=2,0,22;SAR=0,10,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.00978648,-0.00796411,0.0132083;OID=.,.,.;OPOS=32122385,32122386,32122386;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:28:48:48:0:0:2,10,36:0,8,40:0,0.166667,0.833333:0,10,14:2,0,22:0:0:0,6,18:0,2,22:0:0 chr6 32137098 . G A 68.99 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0215683;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1787;QD=4.18121;RBI=0.0242085;REFB=-0.000490266;REVB=0.0109936;RO=54;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218807;STB=0.64629;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00227639;OID=.;OPOS=32137098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:66:54:54:12:12:0.181818:9:3:22:32:9:3:22:32 chr6 32151994 . A T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.925;QD=56.9569;RBI=0.0472704;REFB=0;REVB=-0.0436606;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121062;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr6 32172065 . T G 1192.26 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027571;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.888;QD=61.1414;RBI=0.018596;REFB=0;REVB=-0.0183905;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270575;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:43:35:0:0 chr6 32184705 . G A 860.19 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055098;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.744;QD=57.3457;RBI=0.0603103;REFB=0;REVB=0.0245264;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6733e-05;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:58:60:1:31:27:0:0:31:29:0:0 chr6 32188823 . G A 256.88 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00839692;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.358;QD=16.5727;RBI=0.0291655;REFB=-0.0124698;REVB=0.0279306;RO=32;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285202;STB=0.679719;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0224112;OID=.;OPOS=32188823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:21:8:18:14:22:7:18:15 chr6 32190484 . G A 911.8 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00244982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.969;QD=52.8582;RBI=0.0249646;REFB=-0.184322;REVB=0.0248441;RO=3;SAF=21;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322799;STB=0.511624;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000836949;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:69:69:3:4:65:65:0.942029:44:21:2:1:44:21:2:2 chr6 32190871 . T A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000981015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.523;QD=19.0174;RBI=0.00296406;REFB=-0.0361898;REVB=-0.00279701;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325116;STB=0.518494;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0349576;OID=.;OPOS=32190871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:8:6:7:8:8:6 chr6 32223632 . G A 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00216214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.951;QD=21.3984;RBI=0.0795515;REFB=0.000232343;REVB=0.0795221;RO=28;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102272;STB=0.556588;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=6.78745e-05;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:14:20:13:15:14:20:13:15 chr6 32256418 . T C 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0184827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.771;QD=18.175;RBI=0.0464045;REFB=0.0176052;REVB=0.0425648;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104408;STB=0.558103;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0104431;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:19:12:9:23:19:12:9:23 chr6 32261507 . T C 477.91 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0245612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.691;QD=16.917;RBI=0.0269528;REFB=-0.0181464;REVB=0.0110996;RO=61;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874357;STB=0.548654;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0183725;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:26:26:25:36:26:26:25:36 chr6 32261952 . G A 143.22 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0223216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.619;QD=14.6888;RBI=0.0257297;REFB=-0.0271308;REVB=-0.0127971;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858883;STB=0.549777;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0501516;OID=.;OPOS=32261952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:11:12:7:9:11:12 chr6 32270363 . A T 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0434094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8801;QD=17.6837;RBI=0.0487364;REFB=-0.0114948;REVB=0.0221555;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151504;STB=0.594176;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0361355;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:11:10:8:17:11:10:8:18 chr6 32290927 . G T 388.59 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0184585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4316;QD=14.2603;RBI=0.0504313;REFB=-0.0125903;REVB=-0.0469318;RO=64;SAF=20;SAR=25;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418482;STB=0.523603;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0174448;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:25:20:31:33:25:20:31:33 chr6 32291359 . T G 253.52 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0474279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3688;QD=17.4843;RBI=0.0548823;REFB=0.017015;REVB=0.0276161;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636178;STB=0.535689;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0254064;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:16:14:15:13:16:14 chr6 32317859 . T C 235.59 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0227799;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5053;QD=13.0883;RBI=0.0466591;REFB=-0.00807863;REVB=0.0407203;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991625;STB=0.548159;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0124491;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:44:28:28:0.388889:13:15:27:16:13:15:27:17 chr6 32337686 . A G 260.52 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0180011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.23;QD=18.9466;RBI=0.0284503;REFB=0.0161422;REVB=-0.0220313;RO=27;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341847;STB=0.69135;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0127562;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:8:20:9:18:8:20:9:18 chr6 32363816 . T C 172.93 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0130787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4154;QD=18.6954;RBI=0.0139847;REFB=-0.00685998;REVB=0.00495163;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119094;STB=0.567494;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0126056;OID=.;OPOS=32363816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:12:7:9:9:12:7 chr6 32363844 . C T 257.71 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0193556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3971;QD=19.8236;RBI=0.0194204;REFB=0.0110422;REVB=0.0015847;RO=25;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939596;STB=0.552202;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00727459;OID=.;OPOS=32363844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:9:18:19:6:9:18:19:6 chr6 32363955 . T C 326.61 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0154504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6787;QD=17.6545;RBI=0.0156116;REFB=-0.0190082;REVB=0.00223744;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169446;STB=0.594354;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0234893;OID=.;OPOS=32363955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:27:12:17:18:27:12 chr6 32364190 . A G 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0134537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.449;QD=16.8624;RBI=0.0341667;REFB=-0.00657988;REVB=0.0314064;RO=52;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183448;STB=0.603218;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00815314;OID=.;OPOS=32364190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:27:14:27:25:27:14:27:25 chr6 32370835 . T C 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0407449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.117;QD=12.3034;RBI=0.0409295;REFB=0.00623024;REVB=-0.00388228;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114785;STB=0.566158;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0183319;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:10:16:22:21:10:16:22:21 chr6 32410987 . A G 787.11 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468375;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.0532;QD=55.2358;RBI=0.0486516;REFB=-0.135803;REVB=0.0131618;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00318932;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:29:26:1:0:29:27:1:0 chr6 32411035 . A C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.897;QD=60.5466;RBI=0.0188012;REFB=0;REVB=0.00326238;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38653e-05;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr6 32411646 . T G 1434.17 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3364;QD=63.0403;RBI=0.0385031;REFB=0;REVB=0.026797;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91963e-06;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr6 32412480 . G A 1338.51 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.47;QD=62.2564;RBI=0.0208309;REFB=0;REVB=-0.0125281;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29809e-06;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr6 32487268 . A G 62.06 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9378;QD=35.4612;RBI=0.0406864;REFB=0;REVB=-0.0299298;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0045585;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr6 32489853 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.907;QD=39.2068;RBI=0.0536735;REFB=0;REVB=-0.0101792;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00315791;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 32489856 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1767;QD=39.2063;RBI=0.0494589;REFB=0;REVB=-0.0478117;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00410553;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 32489876 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1016;QD=44.6884;RBI=0.0341962;REFB=0;REVB=0.0253363;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29703e-05;OID=.;OPOS=32489876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr6 32489887 . GA AT 164.44 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407071;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=292.883;QD=46.9833;RBI=0.0519612;REFB=0;REVB=0.0518015;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000478227;OID=.;OPOS=32489887;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr6 32489927 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.224;QD=46.848;RBI=0.0352974;REFB=0;REVB=-0.0161737;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79795e-05;OID=.;OPOS=32489927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr6 32489940 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.965;QD=44.6898;RBI=0.0261587;REFB=0;REVB=-0.0142017;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09629e-05;OID=.;OPOS=32489940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr6 32497901 . C T 35.02 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.22;QD=23.3496;RBI=0.0401193;REFB=-0.181955;REVB=-0.0380243;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0065743;OID=.;OPOS=32497901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr6 32497905 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00811746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.27;QD=23.2183;RBI=0.0297283;REFB=0.0160138;REVB=0.0285986;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00485853;OID=.;OPOS=32497905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr6 32497914 . C T 34.81 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.384;QD=23.2054;RBI=0.0548382;REFB=-0.0175095;REVB=0.0475925;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00476567;OID=.;OPOS=32497914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr6 32517807 . T C 115.1 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5877;QD=38.3655;RBI=0.0684033;REFB=-0.120643;REVB=0.00689238;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243803;OID=.;OPOS=32517807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr6 32546828 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.98;QD=39.2058;RBI=0.0763542;REFB=0;REVB=-0.00155602;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154034;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 32546846 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0382744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.117;QD=28.5374;RBI=0.0748763;REFB=0.104557;REVB=0.0643547;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0195066;OID=.;OPOS=32546846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr6 32546866 . T C 96.27 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2693;QD=38.5092;RBI=0.00234026;REFB=0;REVB=0.000741825;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00698932;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr6 32547988 . T C 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00172421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.179;QD=44.5056;RBI=0.00981514;REFB=0.0019411;REVB=0.00966251;RO=3;SAF=3;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900137;STB=0.548976;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000160899;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:21:3:1:2:21:3:1:2 chr6 32547990 . TG AA,TA 366.35 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,24;DP=27;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508837,0.0304524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=159.465,104.47;QD=54.2747;RBI=0.00898039,0.0332565;REFB=0,0;REVB=0.00739973,0.0133658;RO=0;SAF=1,3;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86584e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.018032,0.00684503;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:27:0:0:3,24:3,24:0.111111,0.888889:2,21:1,3:0:0:2,21:1,3:0:0 chr6 32548026 . G C 283.79 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0415892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8689;QD=43.6605;RBI=0.0439259;REFB=-0.0188047;REVB=0.014136;RO=3;SAF=3;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879233;STB=0.547901;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00203603;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:20:3:1:2:20:3:1:2 chr6 32548066 . G T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0299565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4053;QD=32.3683;RBI=0.0376617;REFB=-0.0784666;REVB=-0.0228256;RO=3;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471602;STB=0.526274;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0205575;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:10:3:1:2:10:3:1:2 chr6 32548520 . C T 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00332552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.334;QD=2.75143;RBI=0.0210122;REFB=-0.00146501;REVB=-0.0207474;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340153;STB=0.524529;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0166391;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:4:4:28:25:4:4:28:25 chr6 32548544 . TG GA 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00696287;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.637;QD=2.65303;RBI=0.0177052;REFB=-0.0162766;REVB=-0.0162786;RO=58;SAF=4;SAR=5;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674498;STB=0.555432;STBP=0.794;TYPE=mnp;VARB=0.0612906;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:58:59:9:9:0.132353:5:4:29:29:5:4:30:29 chr6 32548556 . C T 45.01 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.000267672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.833;QD=2.64773;RBI=0.0031699;REFB=-0.0107471;REVB=0.00315858;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423531;STB=0.787153;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0259016;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:68:57:59:9:9:0.132353:7:2:33:24:7:2:33:26 chr6 32548581 . A G 38.31 PASS AF=0.115942;AO=7;DP=65;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00724151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.452;QD=2.22098;RBI=0.00810542;REFB=-0.00581504;REVB=-0.00364121;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122545;STB=0.631441;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0508775;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:65:69:58:61:7:8:0.115942:4:3:31:27:5:3:32:29 chr6 32548628 . G A 42.24 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0466326;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.136;QD=2.81574;RBI=0.0466332;REFB=0.000278005;REVB=0.000249191;RO=51;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415576;STB=0.785042;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00566525;OID=.;OPOS=32548628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:61:60:51:52:8:8:0.133333:2:6:20:31:2:6:21:31 chr6 32548632 . T A 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0117827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.979;QD=4.7705;RBI=0.0134561;REFB=-0.00312541;REVB=0.00649889;RO=49;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174061;STB=0.613442;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0177327;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:8:4:23:26:8:4:23:26 chr6 32549401 . T C 296.35 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0348854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2456;QD=49.3913;RBI=0.0764881;REFB=0.0148901;REVB=-0.0680694;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00728797;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:13:10:0:0:13:10:1:0 chr6 32549416 . C T 33.69 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.010827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.681;QD=3.54621;RBI=0.0134224;REFB=-0.00112648;REVB=-0.00793326;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332144;STB=0.743762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00386461;OID=.;OPOS=32549416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:5:1:13:19:5:1:13:19 chr6 32549452 . C G 145.75 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00742819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.059;QD=7.28761;RBI=0.029371;REFB=-0.0133157;REVB=0.0284162;RO=59;SAF=13;SAR=8;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235561;STB=0.642219;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0200423;OID=.;OPOS=32549452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:8:13:25:34:8:13:25:34 chr6 32549464 . T C 100.64 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0108676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.681;QD=4.47286;RBI=0.0210776;REFB=-0.00816247;REVB=-0.0180599;RO=73;SAF=6;SAR=11;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179462;STB=0.615861;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.022315;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:11:6:36:37:11:6:36:37 chr6 32549475 . T C 1442.37 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.307;QD=62.0376;RBI=0.0188382;REFB=-0.0788924;REVB=0.0142253;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117352;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:93:0:0:91:93:1:45:46:0:0:45:48:0:0 chr6 32549481 . C T 89.65 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0257115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5172;QD=3.77464;RBI=0.0283807;REFB=-0.00582374;REVB=-0.012016;RO=76;SAF=9;SAR=7;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144231;STB=0.577885;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.035315;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:92:95:76:79:16:16:0.168421:7:9:34:42:7:9:37:42 chr6 32549497 . G A 346.84 PASS AF=0.394231;AO=38;DP=100;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00755042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.432;QD=13.3398;RBI=0.00947465;REFB=-0.0133496;REVB=-0.00572364;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886239;STB=0.517395;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0192948;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:61:63:38:41:0.394231:19:19:31:30:19:22:32:31 chr6 32549501 . A C,T 1564.73 PASS AF=0.75,0.25;AO=80,27;DP=108;FAO=81,27;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42,15;FSAR=39,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127177,-0.0071255;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.877,136.43;QD=57.9531;RBI=0.0210177,0.0216513;REFB=0,0;REVB=0.0167333,0.0204452;RO=0;SAF=41,15;SAR=39,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00362647,-0.00314967;OID=.,.;OPOS=32549501,32549501;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:108:108:0:0:80,27:81,27:0.75,0.25:39,12:41,15:0:0:39,12:42,15:0:0 chr6 32549520 . T C 154.81 PASS AF=0.183673;AO=27;DP=146;FAO=27;FDP=147;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=0.00355042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.935;QD=4.21259;RBI=0.0134781;REFB=-0.00199461;REVB=-0.0130021;RO=118;SAF=15;SAR=12;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818294;STB=0.552155;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0115665;OID=.;OPOS=32549520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:118:120:27:27:0.183673:12:15:58:60:12:15:59:61 chr6 32549525 . C G 108.7 PASS AF=0.146667;AO=22;DP=145;FAO=22;FDP=150;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=0.0105711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4534;QD=2.89863;RBI=0.0730601;REFB=-0.00477546;REVB=-0.0722913;RO=123;SAF=13;SAR=9;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120896;STB=0.597252;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0198784;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:123:128:22:22:0.146667:9:13:61:62:9:13:61:67 chr6 32549531 . T C 114.53 PASS AF=0.149351;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=154;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.030338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.834;QD=2.9749;RBI=0.0315028;REFB=-0.00479082;REVB=-0.00848695;RO=130;SAF=14;SAR=9;SRF=60;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185978;STB=0.620895;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0194649;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:130:131:23:23:0.149351:9:14:60:70:9:14:61:70 chr6 32549540 . C T 327.78 PASS AF=0.285714;AO=46;DP=161;FAO=46;FDP=161;FR=.;FRO=115;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.0151486;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.071;QD=8.14353;RBI=0.0219791;REFB=-0.00674059;REVB=0.0159249;RO=115;SAF=21;SAR=25;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265108;STB=0.515597;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0123288;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:115:115:46:46:0.285714:25:21:55:60:25:21:55:60 chr6 32549548 . G A 69.11 PASS AF=0.107784;AO=18;DP=166;FAO=18;FDP=167;FR=.;FRO=149;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=-0.0476397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.591;QD=1.65528;RBI=0.0594752;REFB=-0.000362038;REVB=-0.0356056;RO=147;SAF=7;SAR=11;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123843;STB=0.58509;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00194263;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:166:167:147:149:18:18:0.107784:11:7:72:75:11:7:72:77 chr6 32549563 . G A 62.07 PASS AF=0.1;AO=17;DP=170;FAO=17;FDP=170;FR=.;FRO=153;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=79;FWDB=0.0167698;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8622;QD=1.46048;RBI=0.0615305;REFB=-9.64494e-05;REVB=0.0592012;RO=153;SAF=6;SAR=11;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158596;STB=0.619576;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00404973;OID=.;OPOS=32549563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:170:170:153:153:17:17:0.1:11:6:74:79:11:6:74:79 chr6 32549582 . GTC TCT 104.11 PASS AF=0.138554;AO=23;DP=166;FAO=23;FDP=166;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=78;FWDB=0.00458929;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=52.5037;QD=2.50863;RBI=0.016154;REFB=-0.00282863;REVB=-0.0154884;RO=135;SAF=12;SAR=11;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885256;STB=0.557653;STBP=0.571;TYPE=mnp;VARB=0.028391;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:135:143:23:23:0.138554:11:12:61:74:11:12:65:78 chr6 32549588 . G A 127.83 PASS AF=0.155689;AO=25;DP=166;FAO=26;FDP=167;FR=.;FRO=141;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.00506602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.779;QD=3.06186;RBI=0.00639734;REFB=-0.00372598;REVB=0.00390658;RO=137;SAF=13;SAR=12;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672853;STB=0.538892;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0179629;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:137:141:25:26:0.155689:12:13:64:73:13:13:64:77 chr6 32549589 . A C 271.45 PASS AF=0.251534;AO=41;DP=163;FAO=41;FDP=163;FR=.;FRO=122;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.014884;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.092;QD=6.66139;RBI=0.0169746;REFB=-0.00756521;REVB=-0.00816102;RO=122;SAF=19;SAR=22;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150135;STB=0.50901;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0300403;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:122:122:41:41:0.251534:22:19:58:64:22:19:58:64 chr6 32549596 . T C 2408.88 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0646;QD=60.9844;RBI=0.0210695;REFB=0;REVB=0.0194914;RO=0;SAF=70;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641619;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:87:70:0:0:88:70:0:0 chr6 32549607 . T G 210.03 PASS AF=0.223776;AO=32;DP=150;FAO=32;FDP=143;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=0.00330869;FXX=0.0466636;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.813;QD=5.87499;RBI=0.0100513;REFB=0.00307811;REVB=-0.00949115;RO=110;SAF=13;SAR=19;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851366;STB=0.549102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0134823;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:143:110:111:32:32:0.223776:19:13:52:58:19:13:52:59 chr6 32549611 . T A 828.89 PASS AF=0.530612;AO=78;DP=146;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.011228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.882;QD=22.5547;RBI=0.0121773;REFB=-0.0023664;REVB=-0.00471352;RO=68;SAF=32;SAR=46;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775871;STB=0.539435;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00181955;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:68:69:78:78:0.530612:46:32:34:34:46:32:34:35 chr6 32551939 . G T 76.4 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0286674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9986;QD=25.467;RBI=0.0559619;REFB=-0.0298109;REVB=0.0480615;RO=3;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379258;STB=0.72665;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00495511;OID=.;OPOS=32551939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:1:7:1:2:1:8:1:2 chr6 32551957 . GC TT 53.73 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0293842;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.631;QD=23.8794;RBI=0.0333791;REFB=-0.0100538;REVB=-0.0158346;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=-0.0184863;OID=.;OPOS=32551957;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:9:9:1:2:5:5:0.555556:1:4:0:1:1:4:1:1 chr6 32551970 . T G 90.68 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.716;QD=32.9759;RBI=0.0391079;REFB=-0.153488;REVB=0.0294985;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593592;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00904714;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:9:10:0.909091:2:7:1:0:3:7:1:0 chr6 32551995 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0222932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.269;QD=16.199;RBI=0.0309096;REFB=-0.0133791;REVB=-0.0214106;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0102338;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:1:2:1:4:1:2 chr6 32551998 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0264391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.696;QD=16.199;RBI=0.0278315;REFB=-0.0136841;REVB=-0.00869318;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0027167;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:1:2:1:4:1:2 chr6 32557478 . CG AA 53.88 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00380081;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.296;QD=23.9451;RBI=0.0399711;REFB=-0.0230233;REVB=0.03979;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=mnp;VARB=0.0295812;OID=.;OPOS=32557478;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:8:9:2:2:4:5:0.555556:2:2:2:0:3:2:2:0 chr6 32557483 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7218;QD=40.7629;RBI=0.112187;REFB=0;REVB=0.00449821;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00584078;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 32557506 . T C 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0845114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9083;QD=16.4492;RBI=0.0929936;REFB=-0.0401624;REVB=0.0388025;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.023988;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr6 32605257 . C A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.389;QD=62.02;RBI=0.0134059;REFB=0;REVB=0.00563255;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02379e-05;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr6 32605271 . C T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0138118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.804;QD=11.2146;RBI=0.0140759;REFB=-0.0151662;REVB=-0.00271384;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519975;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0243113;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:12:4:8:24:12:4:9:24 chr6 32605274 . T C 786.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.345;QD=64.1897;RBI=0.0227652;REFB=0;REVB=0.021348;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24838e-05;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:35:13:0:0:36:13:0:0 chr6 32605288 . T C 389.04 PASS AF=0.653061;AO=31;DP=48;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00775508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.274;QD=31.7588;RBI=0.0154784;REFB=-0.0120443;REVB=-0.0133955;RO=17;SAF=9;SAR=22;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441091;STB=0.520052;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00969786;OID=.;OPOS=32605288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:17:17:31:32:0.653061:22:9:4:13:23:9:4:13 chr6 32605295 . C T 326.03 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00324103;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5885;QD=26.0826;RBI=0.010483;REFB=-0.0134948;REVB=-0.00996944;RO=20;SAF=9;SAR=22;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813517;STB=0.537941;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00844198;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:19:31:31:0.62:22:9:4:16:22:9:4:15 chr6 32605325 . C T 130.23 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0391455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2908;QD=9.82838;RBI=0.0990294;REFB=-0.028121;REVB=-0.090964;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033621;STB=0.513661;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0723166;OID=.;OPOS=32605325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:13:4:9:26:13:4:9:27 chr6 32606711 . C T 70.26 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00678435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9768;QD=4.39141;RBI=0.0759044;REFB=0.00985616;REVB=-0.0756006;RO=52;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438661;STB=0.783135;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0460863;OID=.;OPOS=32606711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:3:9:20:32:3:9:20:32 chr6 32606732 . G A 658.06 PASS AF=0.815385;AO=53;DP=65;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00109703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.565;QD=40.4957;RBI=0.0140532;REFB=-0.0221852;REVB=-0.0140103;RO=12;SAF=18;SAR=35;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120282;STB=0.564491;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00560288;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:12:12:53:53:0.815385:35:18:8:4:35:18:8:4 chr6 32606756 . G A 63.23 PASS AF=0.180328;AO=9;DP=59;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.032316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6968;QD=4.14631;RBI=0.0323241;REFB=-0.0185968;REVB=0.000721918;RO=49;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421631;STB=0.81453;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0495552;OID=.;OPOS=32606756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:59:61:49:50:9:11:0.180328:3:6:15:34:3:8:15:35 chr6 32606773 . G T 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0312724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.617;QD=3.44839;RBI=0.0315448;REFB=-0.000469529;REVB=-0.00413591;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545292;STB=0.856463;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00458053;OID=.;OPOS=32606773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:2:6:12:34:2:6:12:34 chr6 32609097 . T C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.01634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.672;QD=44.6063;RBI=0.0403538;REFB=-0.0189593;REVB=0.0368976;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200927;STB=0.510907;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00196433;OID=.;OPOS=32609097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:1:1:13:8:1:1 chr6 32609105 . GT AC,AT 314.37 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,21;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191984,0.00647652;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=36.934,54.6827;QD=52.3953;RBI=0.0323941,0.00752811;REFB=0,0;REVB=0.0260921,0.00383758;RO=0;SAF=1,8;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0234884,0.00179117;OID=.,.;OPOS=32609105,32609105;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:2,21:2,22:0.0833333,0.916667:1,13:1,8:0:0:1,13:1,9:0:0 chr6 32609126 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.289;QD=52.6132;RBI=0.0183495;REFB=0;REVB=0.0049674;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3943e-05;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr6 32609192 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.08;QD=34.6655;RBI=0.0126724;REFB=-0.0372806;REVB=0.00315628;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00182397;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr6 32609207 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.78;QD=37.4885;RBI=0.103054;REFB=0;REVB=0.0405408;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393473;OID=.;OPOS=32609207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 32609746 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00853664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.977;QD=12.3959;RBI=0.113971;REFB=0.00208053;REVB=0.11365;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471002;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00890436;OID=.;OPOS=32609746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:5:0:3:2:5:0 chr6 32609813 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.51;QD=39.2068;RBI=0.015325;REFB=0;REVB=0.0149664;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011864;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 32609952 . T C 53.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0468933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4248;QD=8.30477;RBI=0.0468941;REFB=-0.0214718;REVB=-0.000262949;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369062;STB=0.691898;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0473448;OID=.;OPOS=32609952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:17:18:8:8:0.307692:4:4:14:3:4:4:14:4 chr6 32609965 . C A 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.020423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.622;QD=29.0287;RBI=0.0350463;REFB=-0.0180511;REVB=0.0284807;RO=8;SAF=14;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194507;STB=0.608565;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00851706;OID=.;OPOS=32609965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:4:14:4:4:4:14:4:4 chr6 32609969 . T G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.011724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.382;QD=6.78771;RBI=0.0117255;REFB=-0.00109248;REVB=0.000192707;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127341;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00412411;OID=.;OPOS=32609969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:14:9:4:4:14:9 chr6 32609974 . T G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0191659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5031;QD=6.78665;RBI=0.077707;REFB=-0.0320599;REVB=-0.0753063;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15909;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0198889;OID=.;OPOS=32609974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:22:23:8:8:0.258065:4:4:14:8:4:4:14:9 chr6 32610008 . CC CA,TG 552.58 PASS AF=0.342105,0.657895;AO=13,25;DP=38;FAO=13,25;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7,14;FSAR=6,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618901,0.00473214;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.2958,226.181;QD=58.1666;RBI=0.0689147,0.0288757;REFB=0,0;REVB=-0.0303125,-0.0284853;RO=0;SAF=7,14;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0215284,-0.0187413;OID=.,.;OPOS=32610009,32610008;OREF=C,CC;OALT=A,TG;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:38:38:0:0:13,25:13,25:0.342105,0.657895:6,11:7,14:0:0:6,11:7,14:0:0 chr6 32610044 . T C 115.14 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0196954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.383;QD=10.7103;RBI=0.0462364;REFB=-0.000718285;REVB=-0.0418317;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225815;STB=0.513494;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000352229;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:16:13:6:8:16:13 chr6 32610047 . T C 669.53 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.321;QD=62.2823;RBI=0.0611266;REFB=0;REVB=0.0601877;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106098;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr6 32610049 . A AC,AT 107.09 PASS AF=0.325581,0;AO=6,5;DP=43;FAO=14,0;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0139404,-0.162865;FXX=0;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=258.025,5.62255;QD=9.96174;RBI=0.0141577,0.348582;REFB=-0.0174581,-0.177616;REVB=0.00247055,0.308195;RO=29;SAF=5,4;SAR=1,1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.405181,0.347276;STB=0.513494,0.5;STBP=0.919,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0329133,-0.0108903;OID=.,.;OPOS=32610050,32610050;OREF=-,-;OALT=C,T;OMAPALT=AC,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581,0:6,5:43:14,0:43:29:8,0:6,0:16:13:99:29:5,4:1,1:15:14 chr6 32610050 . T C 41.31 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0205966;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=231.452;QD=3.84279;RBI=0.0243904;REFB=-0.00651517;REVB=-0.0130641;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247311;STB=0.627098;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0302007;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:43:33:36:7:7:0.162791:4:3:21:12:4:3:21:15 chr6 32610059 . T G 634.95 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.001;QD=57.7225;RBI=0.0468618;REFB=-0.183907;REVB=-0.000466321;RO=2;SAF=21;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426252;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000521153;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:2:1:42:43:0.977273:21:21:2:0:21:22:1:0 chr6 32610099 . TC T 102.1 PASS AF=0.56;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0604683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.2496;QD=16.3356;RBI=0.102512;REFB=-0.00795091;REVB=-0.0827782;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201895;STB=0.59078;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=-0.00681213;OID=.;OPOS=32610100;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:13:25:14:25:11:6:8:7:4:70:11:5:8:7:4 chr6 32610109 . A C 305.98 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078682;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.3385;QD=50.9959;RBI=0.103982;REFB=0;REVB=0.0679814;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277296;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:24:0:0:17:24:1:9:8:0:0:12:12:0:0 chr6 32610134 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0398994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.225;QD=17.6438;RBI=0.0403034;REFB=0.00518564;REVB=0.00569223;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.676989;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00311787;OID=.;OPOS=32610134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:4:3:7:2:4:3 chr6 32610158 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00165348;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=345.968;QD=10.0339;RBI=0.00431131;REFB=-0.00687504;REVB=0.00398163;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00899915;OID=.;OPOS=32610158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr6 32610401 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00971292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.053;QD=13.4587;RBI=0.0317373;REFB=-0.00135855;REVB=-0.0302145;RO=21;SAF=14;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268696;STB=0.736486;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00850455;OID=.;OPOS=32610401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:26:16:16:0.380952:2:14:15:6:2:14:16:10 chr6 32610403 . C A 128.28 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00588197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.582;QD=12.2167;RBI=0.0444271;REFB=-0.00641916;REVB=-0.044036;RO=27;SAF=13;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365982;STB=0.721869;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00772978;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:2:13:17:10:2:13:17:10 chr6 32610436 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.094;QD=62.3462;RBI=0.0642771;REFB=0;REVB=0.0405568;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572666;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr6 32610445 . G A 329.82 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0232192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.069;QD=31.4112;RBI=0.0319305;REFB=-9.76154e-05;REVB=0.0219186;RO=14;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166527;STB=0.59068;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=1.91051e-05;OID=.;OPOS=32610445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:11:17:12:2:11:17:12:2 chr6 32610461 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.047;QD=60.975;RBI=0.0382737;REFB=0;REVB=-0.0377737;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91841e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr6 32610478 . C G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0623121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.039;QD=6.54486;RBI=0.062653;REFB=-0.0033934;REVB=-0.00652683;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118735;STB=0.57672;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00880787;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:16:8:2:6:16:8 chr6 32610481 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0278755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7865;QD=6.54495;RBI=0.0429019;REFB=0.00999754;REVB=0.0326118;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118735;STB=0.57672;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00635428;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:16:8:2:6:16:8 chr6 32610487 . C G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.03621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2033;QD=6.54479;RBI=0.0415449;REFB=0.0195596;REVB=-0.0203669;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118735;STB=0.57672;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0367533;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:16:8:2:6:16:8 chr6 32610495 . A G 446.74 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.080144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.067;QD=57.6436;RBI=0.0814878;REFB=0;REVB=-0.0147378;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190454;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr6 32610535 . A C 130.35 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.284;QD=43.4498;RBI=0.0917681;REFB=0;REVB=0.0187666;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999058;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:4:6:0:0:4:8:0:0 chr6 32610695 . C T 138.93 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051323;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.433;QD=46.3112;RBI=0.0516201;REFB=0;REVB=0.00553042;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417882;OID=.;OPOS=32610695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 32610704 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.571;QD=45.8064;RBI=0.0363832;REFB=0;REVB=0.0334103;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258927;OID=.;OPOS=32610704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr6 32610718 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.516;QD=42.1819;RBI=0.0340066;REFB=0;REVB=0.0104222;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363942;OID=.;OPOS=32610718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 32610736 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.118957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.21;QD=30.7903;RBI=0.123235;REFB=-0.0233648;REVB=0.0321889;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0149973;OID=.;OPOS=32610736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr6 32610747 . G C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.579;QD=30.7903;RBI=0.0416781;REFB=-0.0214958;REVB=0.00828315;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0133885;OID=.;OPOS=32610747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr6 32610751 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00738573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9068;QD=30.7903;RBI=0.0193083;REFB=0.0329273;REVB=-0.0178399;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.009584;OID=.;OPOS=32610751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr6 32610757 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.68;QD=37.4885;RBI=0.0390995;REFB=0;REVB=-0.0365561;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114725;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 32610769 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.959;QD=37.4885;RBI=0.00667509;REFB=0;REVB=-0.00496554;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016181;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 32628621 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.444;QD=36.3484;RBI=0.0440394;REFB=0.00620112;REVB=0.0397675;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000487432;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr6 32629137 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=350.455;QD=45.8068;RBI=0.018438;REFB=0;REVB=0.00684976;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114038;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 32629141 . C T 176.04 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.366;QD=46.9438;RBI=0.0211208;REFB=0;REVB=0.0138236;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258584;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:6:7:0:0:8:7:0:0 chr6 32629146 . G A 59.5 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0420748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3728;QD=15.8675;RBI=0.0677904;REFB=-0.0447416;REVB=0.0531532;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0428214;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:4:3:3:4:4:4:3:4 chr6 32629161 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.803;QD=46.848;RBI=0.0330072;REFB=0;REVB=0.0320329;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454334;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr6 32629193 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.312;QD=44.6897;RBI=0.0722761;REFB=0;REVB=0.0263586;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124535;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 32629755 . G A 38.09 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00256658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.093;QD=10.1583;RBI=0.0457194;REFB=-0.00486277;REVB=-0.0456473;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00188976;OID=.;OPOS=32629755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:3:6:1:5:3:6 chr6 32629764 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0389415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.499;QD=14.3343;RBI=0.0573275;REFB=-0.0209272;REVB=-0.0420713;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0171523;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:10:9:9:0.473684:3:6:4:5:3:6:4:6 chr6 32629802 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.174;QD=59.8391;RBI=0.017494;REFB=0;REVB=0.0165644;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32789e-05;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr6 32629847 . A G 744.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1146;QD=63.377;RBI=0.05123;REFB=0;REVB=-0.0451042;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923234;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr6 32629859 . A G 332.49 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00232854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.16;QD=26.5994;RBI=0.0106444;REFB=-0.00898281;REVB=-0.0103865;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04913;STB=0.500732;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00754631;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:21:29:29:0.58:18:11:6:13:18:11:8:13 chr6 32629889 . G A 654.68 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322065;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.666;QD=62.3508;RBI=0.0536046;REFB=0;REVB=0.0535077;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312512;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr6 32629891 . C T 275.73 PASS AF=0.581395;AO=26;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0293587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7258;QD=25.6497;RBI=0.0364641;REFB=-0.00233642;REVB=0.0216263;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829872;STB=0.519215;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00421073;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:26:25:0.581395:15:11:7:10:15:10:8:10 chr6 32629904 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.534;QD=62.9803;RBI=0.0314454;REFB=0;REVB=0.014133;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115918;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr6 32629935 . C G 667.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2035;QD=62.0669;RBI=0.100595;REFB=0;REVB=-0.0552007;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424026;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr6 32629955 . C T 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00610486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.654;QD=35.7994;RBI=0.0281375;REFB=-0.0162478;REVB=0.0274673;RO=10;SAF=9;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949679;STB=0.551829;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00470776;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:19:9:5:5:19:9:5:5 chr6 32632650 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.849;QD=51.1846;RBI=0.0397924;REFB=0;REVB=0.0368711;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151653;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr6 32632687 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.392;QD=52.6131;RBI=0.0273052;REFB=0;REVB=0.0109039;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162334;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 32632694 . C G 279.55 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3232;QD=48.6168;RBI=0.0683463;REFB=-0.02326;REVB=0.063164;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0184415;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:1:0:15:7:1:0 chr6 32632700 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.422;QD=53.9112;RBI=0.0182104;REFB=0;REVB=0.0125284;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9526e-05;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr6 32632714 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000834682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.702;QD=55.0987;RBI=0.00651597;REFB=0;REVB=-0.00646229;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49295e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr6 32632717 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.208;QD=55.0984;RBI=0.0203799;REFB=0;REVB=0.0202852;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20652e-05;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr6 32632744 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.39;QD=49.3978;RBI=0.0102664;REFB=0.0332831;REVB=-0.000972782;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-6.88807e-05;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:0:1:15:8:0:1 chr6 32632832 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.193;QD=33.4284;RBI=0.0155114;REFB=0;REVB=-0.0118457;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63587e-05;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 32634300 . GTA CCG,CTG 186.83 PASS AF=0.3125,0.6875;AO=5,11;DP=16;FAO=5,11;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198274,0.010518;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=179.136,83.9601;QD=46.7069;RBI=0.0234694,0.0667538;REFB=0,0;REVB=-0.0125574,-0.06592;RO=0;SAF=2,9;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00193389,0.0138711;OID=.,.;OPOS=32634300,32634300;OREF=GTA,GTA;OALT=CCG,CTG;OMAPALT=CCG,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:16:16:0:0:5,11:5,11:0.3125,0.6875:3,2:2,9:0:0:3,2:2,9:0:0 chr6 32634306 . A T 181.9 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031119;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3345;QD=48.5067;RBI=0.0311846;REFB=0;REVB=0.00202052;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454559;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 32634318 . C A 84.63 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0838538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9136;QD=22.5692;RBI=0.086085;REFB=-0.0389953;REVB=0.0194721;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441617;STB=0.765291;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0373913;OID=.;OPOS=32634318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:15:5:5:9:10:0.666667:1:8:2:3:1:9:2:3 chr6 32634331 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.19;QD=46.848;RBI=0.021034;REFB=0;REVB=-0.0125;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32013e-05;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr6 32634341 . A G 71.59 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0702152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9748;QD=19.0919;RBI=0.0762331;REFB=0.016242;REVB=-0.029687;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409156;STB=0.743518;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00527048;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:3:3:1:8:3:3 chr6 32634350 . T C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.701;QD=46.8434;RBI=0.0508907;REFB=0;REVB=0.043521;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139892;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr6 32634373 . C T 61.73 PASS AF=0.615385;AO=5;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0279834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.002;QD=18.9954;RBI=0.0282402;REFB=-0.0131198;REVB=0.00380026;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.651766;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.017682;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:5:8:0.615385:2:3:2:3:2:6:2:3 chr6 32634387 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.305;QD=43.4861;RBI=0.054573;REFB=0;REVB=5.23062e-05;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111947;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr6 32636217 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.088285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.714;QD=30.7903;RBI=0.102343;REFB=0.0366284;REVB=0.0517665;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00143926;OID=.;OPOS=32636217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr6 32636221 . T G 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06877;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6807;QD=39.6132;RBI=0.0708722;REFB=0;REVB=-0.0171335;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00600221;OID=.;OPOS=32636221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 32709309 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.121;QD=61.8523;RBI=0.052458;REFB=0;REVB=0.0349378;RO=0;SAF=25;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114041;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:58:25:0:0:58:25:0:0 chr6 32713018 . C T 605.49 PASS AF=0.425;AO=68;DP=160;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00598075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.438;QD=15.1373;RBI=0.0310092;REFB=-0.0124938;REVB=-0.030427;RO=90;SAF=38;SAR=30;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828392;STB=0.546447;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0166863;OID=.;OPOS=32713018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:90:92:68:68:0.425:30:38:43:47:30:38:44:48 chr6 32713030 . T C 2443.09 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213432;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.348;QD=60.698;RBI=0.0224969;REFB=-0.0364093;REVB=0.00711192;RO=1;SAF=79;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598499;STB=0.503144;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=5.34544e-05;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:161:1:1:160:160:0.993789:81:79:1:0:81:79:1:0 chr6 32713598 . T C 67.75 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=32;FWDB=-0.00205618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.627;QD=2.31633;RBI=0.0087256;REFB=-0.0027799;REVB=-0.00847987;RO=102;SAF=6;SAR=9;SRF=70;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348554;STB=0.735214;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0156433;OID=.;OPOS=32713598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:102:102:15:15:0.128205:9:6:70:32:9:6:70:32 chr6 32713602 . T C 68.85 PASS AF=0.130435;AO=15;DP=115;FAO=15;FDP=115;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=32;FWDB=-0.024583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.399;QD=2.39461;RBI=0.038724;REFB=-0.00400484;REVB=-0.0299203;RO=100;SAF=6;SAR=9;SRF=68;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341256;STB=0.729997;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0186432;OID=.;OPOS=32713602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:115:115:100:100:15:15:0.130435:9:6:68:32:9:6:68:32 chr6 32713608 . G A 61.41 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=30;FWDB=-0.0235334;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.235;QD=2.1738;RBI=0.0411677;REFB=-0.00139422;REVB=-0.0337781;RO=98;SAF=7;SAR=7;SRF=69;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261082;STB=0.672349;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0294939;OID=.;OPOS=32713608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:113:113:98:99:14:14:0.123894:7:7:69:29:7:7:69:30 chr6 32713625 . C T 61.23 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=33;FWDB=0.0123196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.057;QD=2.11136;RBI=0.0173681;REFB=-0.00212761;REVB=0.0122425;RO=102;SAF=5;SAR=9;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379321;STB=0.759956;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0198723;OID=.;OPOS=32713625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:102:102:14:14:0.12069:9:5:69:33:9:5:69:33 chr6 32713674 . C A 30.86 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.0148888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.638;QD=0.928036;RBI=0.0322133;REFB=-0.00158811;REVB=-0.0285661;RO=123;SAF=4;SAR=6;SRF=75;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228294;STB=0.68661;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0195876;OID=.;OPOS=32713674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:123:123:10:10:0.075188:6:4:75:48:6:4:75:48 chr6 32713784 . C A 71.14 PASS AF=0.128;AO=16;DP=125;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0097644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.278;QD=2.27657;RBI=0.0293862;REFB=-0.00417684;REVB=-0.0277165;RO=108;SAF=14;SAR=2;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470394;STB=0.841404;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0387674;OID=.;OPOS=32713784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:125:125:108:109:16:16:0.128:2:14:57:51:2:14:57:52 chr6 32713827 . C T 49.05 PASS AF=0.1;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=130;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.0149632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.321;QD=1.50936;RBI=0.0250442;REFB=0.000857694;REVB=-0.0200827;RO=117;SAF=11;SAR=2;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38503;STB=0.800819;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0240992;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:130:130:117:117:13:13:0.1:2:11:64:53:2:11:64:53 chr6 32714125 . A G 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.0764796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4564;QD=1.61369;RBI=0.0854972;REFB=0.000665576;REVB=-0.0382183;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175795;STB=0.633835;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0154404;OID=.;OPOS=32714125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:4:4:48:26:4:4:48:26 chr6 32714164 . T C 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0252872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.466;QD=2.44622;RBI=0.0262667;REFB=-0.00567114;REVB=-0.00710632;RO=57;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181917;STB=0.630465;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0315362;OID=.;OPOS=32714164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:4:4:37:20:4:4:37:20 chr6 32714168 . A G 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0194766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.033;QD=2.95734;RBI=0.0206516;REFB=-0.00696893;REVB=0.0068666;RO=54;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142479;STB=0.587628;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0136063;OID=.;OPOS=32714168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:54:55:9:9:0.140625:4:5:36:18:4:5:36:19 chr6 32724258 . C T 560.94 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477168;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.696;QD=60.6425;RBI=0.0487978;REFB=0;REVB=0.0102144;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141946;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr6 32725062 . T A 595.57 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.571;QD=61.0842;RBI=0.159265;REFB=0;REVB=0.148804;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657348;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:36:39:1:15:21:0:0:18:21:0:0 chr6 32725567 . C T 31.21 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0115575;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.651;QD=1.38728;RBI=0.0123843;REFB=-0.00336272;REVB=0.00444907;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110118;STB=0.544334;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0264476;OID=.;OPOS=32725567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:90:90:74:82:8:8:0.0888889:4:4:44:30:4:4:45:37 chr6 32725619 . TG CA 1061.76 PASS AF=0.883721;AO=76;DP=86;FAO=76;FDP=86;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0346566;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.585;QD=49.3844;RBI=0.0500211;REFB=-0.0403998;REVB=-0.0360698;RO=10;SAF=36;SAR=40;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276914;STB=0.514702;STBP=0.452;TYPE=mnp;VARB=0.00622454;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:86:10:10:76:76:0.883721:40:36:6:4:40:36:6:4 chr6 32725625 . T C 1055.79 PASS AF=0.873563;AO=76;DP=86;FAO=76;FDP=87;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0222725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.202;QD=48.5421;RBI=0.0223735;REFB=-0.0134008;REVB=0.00212413;RO=10;SAF=37;SAR=39;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247775;STB=0.507411;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00182101;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:87:10:11:76:76:0.873563:39:37:6:4:39:37:6:5 chr6 32726803 . C T 1663.39 PASS AF=0.858156;AO=120;DP=141;FAO=121;FDP=141;FR=.;FRO=20;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000707598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.914;QD=47.1883;RBI=0.0393303;REFB=-0.0190767;REVB=0.039324;RO=19;SAF=55;SAR=65;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176363;STB=0.506492;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00417358;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:141:141:19:20:120:121:0.858156:65:55:10:9:66:55:10:10 chr6 32726838 . C T 1496.74 PASS AF=0.852713;AO=110;DP=130;FAO=110;FDP=129;FR=.;FRO=19;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0396656;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.75;QD=46.4106;RBI=0.0530818;REFB=0.00233279;REVB=0.0352749;RO=18;SAF=52;SAR=58;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220072;STB=0.515662;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00051225;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:130:129:18:19:110:110:0.852713:58:52:10:8:58:52:11:8 chr6 32729459 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.716;QD=62.6145;RBI=0.0390492;REFB=0;REVB=-0.0278498;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07469e-06;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr6 32729642 . G C 1528.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.418;QD=63.0299;RBI=0.0262596;REFB=0;REVB=0.0220764;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59631e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:92:97:1:48:44:0:0:51:46:0:0 chr6 32796653 . C A 285.13 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=111;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=-0.0010389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.493;QD=10.2748;RBI=0.019718;REFB=-0.00957829;REVB=-0.0196906;RO=74;SAF=30;SAR=7;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211213;STB=0.624087;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0152568;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:74:74:37:37:0.333333:7:30:50:24:7:30:50:24 chr6 32796685 . A G 409.48 PASS AF=0.35;AO=49;DP=141;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0232041;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.92;QD=11.6993;RBI=0.044095;REFB=-0.0131919;REVB=-0.0374958;RO=86;SAF=44;SAR=5;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456763;STB=0.790273;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0196342;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:86:91:49:49:0.35:5:44:54:32:5:44:54:37 chr6 32796751 . T C 1019.72 PASS AF=0.505102;AO=99;DP=194;FAO=99;FDP=196;FR=.;FRO=97;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0459456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1643;QD=20.8106;RBI=0.0471926;REFB=-0.0213013;REVB=-0.010777;RO=94;SAF=46;SAR=53;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220189;STB=0.514986;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0257019;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:94:97:99:99:0.505102:53:46:46:48:53:46:48:49 chr6 32797297 . T C 156.8 PASS AF=0.435897;AO=18;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00355546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6331;QD=16.0816;RBI=0.0205415;REFB=-0.0242771;REVB=-0.0202314;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134812;STB=0.586103;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0300419;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:22:18:17:0.435897:12:6:9:10:11:6:11:11 chr6 32800224 . C A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00109095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.803;QD=19.3862;RBI=0.0239852;REFB=-0.00732113;REVB=0.0239604;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129649;STB=0.573694;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00650494;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:12:9:6:14:12:9 chr6 32814975 . T C 173.76 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0692726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.371;QD=12.871;RBI=0.0699574;REFB=-0.00529509;REVB=-0.00976469;RO=32;SAF=4;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376879;STB=0.714059;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0115089;OID=.;OPOS=32814975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:17:4:16:16:17:4:16:17 chr6 32818774 . T C 483.59 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0107798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.661;QD=19.152;RBI=0.0253243;REFB=-0.0390388;REVB=-0.0229154;RO=50;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364964;STB=0.5246;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0365359;OID=.;OPOS=32818774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:51:50:50:0.49505:27:23:21:29:27:23:21:30 chr6 32826233 . A G 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00134677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.159;QD=21.0493;RBI=0.0289044;REFB=-0.0110768;REVB=0.028873;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036733;STB=0.520321;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00656398;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:17:19:15:16:17:19:15:16 chr6 32904981 . G A 431.26 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0226563;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.655;QD=16.748;RBI=0.0232771;REFB=-0.00709973;REVB=0.00534016;RO=56;SAF=26;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346416;STB=0.519343;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00835514;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:21:26:29:27:21:26:29:27 chr6 32917544 . C T 282.74 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00453325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.439;QD=28.9993;RBI=0.00580682;REFB=-0.00476946;REVB=0.00362889;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755934;STB=0.504163;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00194079;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:8:6:11:14:8:6 chr6 32939894 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.419;QD=45.8068;RBI=0.0565432;REFB=0;REVB=0.00710137;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257697;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr6 32942302 . G A 421.21 PASS AF=0.432432;AO=46;DP=110;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0116663;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.671;QD=15.1787;RBI=0.0116771;REFB=-0.00935209;REVB=0.000503786;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125174;STB=0.503998;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0122278;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:63:63:46:48:0.432432:25:21:28:35:27:21:28:35 chr6 32943229 . T C 252.96 PASS AF=0.322917;AO=30;DP=95;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.019381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1732;QD=10.5399;RBI=0.0235607;REFB=-0.02469;REVB=-0.0133972;RO=65;SAF=19;SAR=11;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202247;STB=0.602904;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0522526;OID=.;OPOS=32943229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:65:30:31:0.322917:11:19:30:35:12:19:30:35 chr6 32948462 . G A 177.3 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0251159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4722;QD=12.2276;RBI=0.0352623;REFB=-0.0399161;REVB=0.0247512;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827579;STB=0.557091;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0411674;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:13:9:17:18:13:9:18:18 chr6 32948607 . C T 58.08 PASS AF=0.777778;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.154795;FXX=0.0999001;HRUN=9;LEN=1;MLLD=147.571;QD=25.8115;RBI=0.155695;REFB=-0.0503398;REVB=-0.0167112;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000792116;OID=.;OPOS=32948607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:10:9:0:2:4:7:0.777778:3:1:0:0:6:1:0:2 chr6 32948804 . C T 919.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9846;QD=58.3999;RBI=0.026212;REFB=0;REVB=-0.0209972;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42385e-05;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr6 32974934 . G A 236.54 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0169953;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.405;QD=17.5217;RBI=0.0456056;REFB=-0.00193454;REVB=0.0423206;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306601;STB=0.517228;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.000732275;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:16:12:12:14:16:12 chr6 32975014 . T C 319.05 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00820398;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0454;QD=23.2038;RBI=0.0104078;REFB=-0.00702097;REVB=0.00640443;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312499;STB=0.517231;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00595649;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:18:14:11:12:18:14:11:12 chr6 32975257 . C T 277.94 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0138935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3492;QD=13.7255;RBI=0.0182526;REFB=0.00309733;REVB=-0.0118375;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100314;STB=0.555521;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00600384;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:49:32:32:0.395062:16:16:28:19:16:16:29:20 chr6 32975869 . G A 263.27 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0347645;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5298;QD=11.3233;RBI=0.108098;REFB=-0.0177676;REVB=0.102355;RO=55;SAF=7;SAR=24;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211749;STB=0.663839;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0726129;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:55:62:31:31:0.333333:24:7:21:34:24:7:27:35 chr6 33036435 . T G 39.41 PASS AF=0.189189;AO=5;DP=35;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.000936346;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.521;QD=4.26037;RBI=0.028261;REFB=-0.00566443;REVB=-0.0282455;RO=30;SAF=4;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230452;STB=0.741459;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0551318;OID=.;OPOS=33036435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:35:37:30:30:5:7:0.189189:1:4:19:11:1:6:19:11 chr6 33036505 . G C 179.69 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00564941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.704;QD=15.9722;RBI=0.0618585;REFB=0.00209102;REVB=0.0615999;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222065;STB=0.501198;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00207308;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:18:19:0.422222:8:10:15:11:8:11:15:11 chr6 33036853 . A C 367.11 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0281562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.955;QD=19.0708;RBI=0.0393402;REFB=-0.0295859;REVB=-0.0274751;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107435;STB=0.559803;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0360614;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:22:16:21:18:22:16:21:18 chr6 33036951 . A G 212.49 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0341705;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.635;QD=10.1185;RBI=0.0410026;REFB=-0.0027452;REVB=-0.0226624;RO=56;SAF=17;SAR=10;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172542;STB=0.595615;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0173306;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:56:57:27:27:0.321429:10:17:27:29:10:17:28:29 chr6 33036959 . G A 190.0 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00173294;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.588;QD=9.04781;RBI=0.00246168;REFB=-0.00285374;REVB=0.00174837;RO=57;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108789;STB=0.565165;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00449858;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:59:25:25:0.297619:10:15:29:28:10:15:30:29 chr6 33036971 . C T 167.71 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00991121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.886;QD=8.38557;RBI=0.0100156;REFB=-0.00858538;REVB=-0.00144221;RO=56;SAF=13;SAR=10;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056794;STB=0.527967;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0366469;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:57:23:23:0.2875:10:13:29:27:10:13:30:27 chr6 33036977 . G A 156.62 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00499848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.145;QD=7.83092;RBI=0.015079;REFB=-0.0112043;REVB=0.0142265;RO=58;SAF=12;SAR=10;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076336;STB=0.504583;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.036779;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:10:12:32:26:10:12:32:26 chr6 33036999 . T C 168.98 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0135129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.688;QD=8.66568;RBI=0.0135412;REFB=-0.00171699;REVB=-0.000874499;RO=54;SAF=12;SAR=11;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401351;STB=0.516764;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00417415;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:54:55:23:23:0.294872:11:12:30:24:11:12:30:25 chr6 33037061 . G C 196.26 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.068736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4611;QD=10.7537;RBI=0.0735451;REFB=0.00406165;REVB=0.0261579;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680341;STB=0.539616;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00853832;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:11:14:24:24:11:14:24:24 chr6 33037080 . G A 144.52 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0281066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.249;QD=8.75887;RBI=0.0301621;REFB=-0.00384247;REVB=0.0109441;RO=45;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18085;STB=0.614344;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00735343;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:8:12:20:25:8:12:20:26 chr6 33037419 . G A 643.42 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0165286;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.113;QD=22.5762;RBI=0.0167063;REFB=0.00214469;REVB=0.00243018;RO=51;SAF=48;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174738;STB=0.596241;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00124237;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:15:48:30:21:15:48:30:21 chr6 33037424 . T C 640.11 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=49;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0450813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1738;QD=20.6486;RBI=0.0517883;REFB=-0.00633803;REVB=0.0254894;RO=59;SAF=49;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262218;STB=0.642383;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00735869;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:64:64:0.516129:15:49:30:29:15:49:31:29 chr6 33037522 . T C 535.23 PASS AF=0.426471;AO=57;DP=135;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.013845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.697;QD=15.7421;RBI=0.0214683;REFB=-0.00185427;REVB=0.0164075;RO=78;SAF=40;SAR=17;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169991;STB=0.598841;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00467477;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:78:78:57:58:0.426471:17:40:43:35:17:41:43:35 chr6 33037579 . AT TG 307.7 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.009645;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.414;QD=13.0935;RBI=0.0143013;REFB=-0.0207497;REVB=0.0105594;RO=59;SAF=22;SAR=13;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601952;STB=0.534507;STBP=0.602;TYPE=mnp;VARB=0.0328181;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:59:59:35:35:0.37234:13:22:34:25:13:22:34:25 chr6 33037611 . C T 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0267878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.186;QD=10.5625;RBI=0.0267912;REFB=-0.00897526;REVB=-0.000430318;RO=49;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105682;STB=0.561432;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0198441;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:12:13:30:19:12:13:30:19 chr6 33037626 . C G 116.06 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0364849;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.207;QD=7.25365;RBI=0.0365059;REFB=-0.000311031;REVB=-0.00123692;RO=48;SAF=7;SAR=10;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253714;STB=0.647315;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0012633;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:48:47:17:17:0.265625:10:7:30:18:10:7:29:18 chr6 33037639 . GC AT 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0209866;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.539;QD=8.86108;RBI=0.0433409;REFB=-0.00571294;REVB=-0.037921;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388006;STB=0.731548;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0180146;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:8:5:24:9:8:5:24:9 chr6 33048538 . T C 350.74 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0197269;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.739;QD=22.9995;RBI=0.0204497;REFB=-0.0172116;REVB=-0.00538875;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185202;STB=0.602349;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00992096;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:35:35:0.57377:11:24:12:14:11:24:12:14 chr6 33048542 . C T 351.09 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0367452;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.092;QD=23.0223;RBI=0.0380651;REFB=-0.0118793;REVB=0.00993694;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185202;STB=0.602349;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.014999;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:35:35:0.57377:11:24:12:14:11:24:12:14 chr6 33048599 . CT AG 346.51 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00791536;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.935;QD=26.6545;RBI=0.0447537;REFB=-0.0157903;REVB=-0.0440482;RO=19;SAF=26;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294708;STB=0.662781;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.00934393;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:7:26:8:11:7:26:8:11 chr6 33048686 . G A 76.09 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00591976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9351;QD=12.1749;RBI=0.024743;REFB=-0.0018334;REVB=-0.0240244;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0107366;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:5:5:7:7:5:5:7:8 chr6 33048689 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0036829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.863;QD=14.0966;RBI=0.0155734;REFB=-0.0115309;REVB=-0.0151316;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435331;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0160727;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:7:7:6:5:7:7 chr6 33048694 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0197485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.05;QD=15.5713;RBI=0.0217426;REFB=0.00293419;REVB=-0.00909592;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00269757;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr6 33052736 . G A 97.37 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0360695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6333;QD=6.18213;RBI=0.0435925;REFB=-0.00189632;REVB=-0.0244806;RO=48;SAF=2;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486718;STB=0.810007;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00551716;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:13:2:23:25:13:2:23:25 chr6 33052743 . T C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0183905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.179;QD=10.6292;RBI=0.0386373;REFB=-0.000491543;REVB=-0.0339798;RO=44;SAF=4;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442843;STB=0.762007;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00241066;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:19:4:23:21:19:4:23:21 chr6 33052768 . T C 240.78 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0246371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4159;QD=12.508;RBI=0.0249111;REFB=-0.0310115;REVB=-0.00368418;RO=47;SAF=6;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380225;STB=0.690733;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0497095;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:47:48:28:29:0.376623:22:6:25:22:22:7:25:23 chr6 33052803 . G A 326.7 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.018346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.958;QD=15.0205;RBI=0.0250129;REFB=-0.00229169;REVB=0.0170019;RO=51;SAF=10;SAR=26;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296089;STB=0.668373;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00251951;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:26:10:28:23:26:10:28:23 chr6 33052950 . T C 215.57 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0329907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.257;QD=10.915;RBI=0.0429254;REFB=-0.008546;REVB=-0.0274627;RO=52;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626329;STB=0.536462;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0228297;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:17:10:22:30:17:10:22:30 chr6 33052958 . C T 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00555569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.835;QD=10.7382;RBI=0.00561482;REFB=-0.00189404;REVB=-0.000812765;RO=53;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535714;STB=0.531227;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00400682;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:17:10:22:31:17:10:22:31 chr6 33052986 . T C 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0258444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.052;QD=10.9519;RBI=0.0289985;REFB=-0.00335995;REVB=-0.0131521;RO=47;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496879;STB=0.502888;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0065983;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:15:10:19:28:15:10:19:28 chr6 33053609 . G A 318.06 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0442673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.388;QD=15.5151;RBI=0.0442761;REFB=-0.00669938;REVB=0.000883536;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799422;STB=0.5386;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00585952;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:18:17:26:20:18:17:26:21 chr6 33053682 . G A 182.76 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0138352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4065;QD=9.74727;RBI=0.0590778;REFB=-5.93065e-05;REVB=0.057435;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404693;STB=0.52379;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00135633;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:14:10:23:28:14:10:23:28 chr6 33053968 . T A 79.89 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0316672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6482;QD=5.15418;RBI=0.0528764;REFB=-0.00169911;REVB=0.042345;RO=49;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421151;STB=0.768817;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0105935;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:62:49:49:13:13:0.209677:3:10:21:28:3:10:21:28 chr6 33053971 . T C 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00437207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.844;QD=5.18105;RBI=0.0346698;REFB=-0.0023851;REVB=0.034393;RO=49;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421151;STB=0.768817;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00753914;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:3:10:21:28:3:10:21:28 chr6 33053982 . G C 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0102276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.917;QD=6.61474;RBI=0.0142984;REFB=-1.26447e-05;REVB=-0.00999208;RO=46;SAF=14;SAR=3;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450638;STB=0.795963;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000119973;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:46:51:17:17:0.25:3:14:22:24:3:14:23:28 chr6 33080359 . CT TG 230.4 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00299346;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.182;QD=16.1685;RBI=0.00841473;REFB=-0.00730585;REVB=-0.00786428;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465727;STB=0.526296;STBP=0.727;TYPE=mnp;VARB=0.00916505;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:14:17:13:13:14:17 chr6 33086249 . C T 575.71 PASS AF=0.522124;AO=46;DP=115;FAO=59;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00293354;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.9;QD=20.3791;RBI=0.00490659;REFB=-0.0182898;REVB=0.00393307;RO=50;SAF=30;SAR=16;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081003;STB=0.577119;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0132189;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:50:54:46:59:0.522124:16:30:33:17:28:31:37:17 chr6 33138677 . G A 92.91 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0179471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.905;QD=11.9885;RBI=0.031528;REFB=-0.0146097;REVB=-0.0259213;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291961;STB=0.66637;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0251174;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:31:31:15:19:11:11:0.354839:7:4:10:5:7:4:12:7 chr6 33138955 . G A 932.71 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.073;QD=58.2942;RBI=0.0757335;REFB=0;REVB=0.0749407;RO=0;SAF=54;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102913;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:4:54:0:0:8:56:0:0 chr6 33139328 . C T 273.57 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0384794;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7529;QD=14.9899;RBI=0.0403199;REFB=-0.0195359;REVB=-0.0120426;RO=42;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2054;STB=0.616942;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0296171;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:22:9:20:22:22:9:20:22 chr6 33141161 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.387;QD=56.1916;RBI=0.0275626;REFB=0;REVB=0.0145709;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45757e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:23:28:1:14:9:0:0:14:14:0:0 chr6 33141475 . C T 96.52 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9123;QD=32.1727;RBI=0.0742113;REFB=-0.109132;REVB=0.0691595;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0110962;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:12:12:1:1:10:11:0.916667:5:5:0:1:6:5:0:1 chr6 33141920 . G C 176.11 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.286;QD=46.9616;RBI=0.0639418;REFB=0;REVB=0.0103104;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249989;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:13:15:1:13:0:0:0:14:1:0:0 chr6 33144243 . T A 238.14 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0149993;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.433;QD=13.6082;RBI=0.0154385;REFB=-0.0114872;REVB=-0.00365643;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508134;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0249402;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:42:27:28:0.4:9:18:28:14:9:19:28:14 chr6 33152835 . A T 77.75 PASS AF=0.4;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.000784739;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.343;QD=20.7331;RBI=0.000787575;REFB=-0.00496629;REVB=6.67838e-05;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389209;STB=0.726669;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0096217;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:15:5:5:5:6:0.4:2:3:5:0:3:3:5:0 chr6 33153528 . C T 108.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0325658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7221;QD=13.5726;RBI=0.0354486;REFB=-0.0155038;REVB=0.0140025;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33022;STB=0.689883;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0182225;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:15:4:7:6:15:4 chr6 33163451 . G A 921.16 PASS AF=0.984615;AO=57;DP=58;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00922227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.46;QD=56.6867;RBI=0.0819086;REFB=0.0020495;REVB=0.0813878;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=9.31972e-05;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:65:1:1:57:64:0.984615:29:28:1:0:35:29:1:0 chr6 33169895 . C G 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00348268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.197;QD=17.3775;RBI=0.0118167;REFB=-0.0152613;REVB=0.0112918;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127065;STB=0.571384;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0177937;OID=.;OPOS=33169895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:11:22:20:17:11:22:20:17 chr6 33176958 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.000977469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.57;QD=21.0641;RBI=0.0395628;REFB=-0.0197161;REVB=-0.0395507;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291558;STB=0.516122;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0194839;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:20:24:21:20:20:24:21:20 chr6 33179689 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00669289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.334;QD=17.8274;RBI=0.0454682;REFB=-0.0298617;REVB=-0.0449729;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795217;STB=0.545382;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0226299;OID=.;OPOS=33179689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:9:2:3:9:9:2 chr6 33235755 . G A 1572.42 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107078;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.644;QD=64.1803;RBI=0.0162227;REFB=0;REVB=0.0121868;RO=0;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97937e-05;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:36:62:0:0:36:62:0:0 chr6 33239869 . C T 244.08 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.035433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3386;QD=23.2458;RBI=0.0396984;REFB=-0.0261887;REVB=-0.0179017;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159983;STB=0.57405;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0158221;OID=.;OPOS=33239869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:11:12:13:5:11:12:13:6 chr6 33256471 . T C 606.6 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.23;QD=60.66;RBI=0.0420936;REFB=0;REVB=0.025571;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117275;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr6 33333446 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.917;QD=53.9112;RBI=0.05671;REFB=0;REVB=0.040701;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428994;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr6 33333916 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000456465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.65;QD=47.8224;RBI=0.00918709;REFB=0;REVB=0.00917574;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81172e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 33377484 . G C 45.65 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.054153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0638;QD=8.69604;RBI=0.0677737;REFB=-0.0336596;REVB=-0.0407521;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.080332;OID=.;OPOS=33377484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:3:11:5:2:3:11 chr6 33382241 . T C 450.61 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0484721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4733;QD=21.716;RBI=0.0494433;REFB=-0.037288;REVB=-0.00975139;RO=39;SAF=26;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586995;STB=0.525241;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.011622;OID=.;OPOS=33382241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:39:43:44:0.53012:17:26:21:18:18:26:21:18 chr6 33382288 . G A 1028.45 PASS AF=1;AO=60;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943462;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0611;QD=58.7686;RBI=0.104876;REFB=0;REVB=0.0458017;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210354;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:60:70:1:37:23:0:0:38:32:0:0 chr6 33399778 . C T 390.13 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0858709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.667;QD=25.1696;RBI=0.0873187;REFB=-0.0438844;REVB=0.0158352;RO=24;SAF=8;SAR=29;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151177;STB=0.586158;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0230075;OID=.;OPOS=33399778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:29:8:9:15:30:8:9:15 chr6 33408542 . G A 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00886119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.558;QD=21.6107;RBI=0.0323228;REFB=-0.0106289;REVB=0.0310844;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146427;STB=0.516116;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0133501;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:16:8:7:15:16:8:7:16 chr6 33408632 . G A 228.21 PASS AF=0.442623;AO=24;DP=58;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0139232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0309;QD=14.9645;RBI=0.0187014;REFB=-0.0327858;REVB=0.0124855;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433966;STB=0.518505;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0644482;OID=.;OPOS=33408632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:32:34:24:27:0.442623:14:10:12:20:15:12:14:20 chr6 33420660 . GGC G,GG 115.37 PASS AF=0,0.769231;AO=6,8;DP=27;FAO=0,20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=0,10;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0847083,0.273353;FXX=0.0370233;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=10.6724,10.0396;QD=17.7492;RBI=0.160203,0.282136;REFB=0.00550158,-0.195461;REVB=-0.135976,-0.0698489;RO=9;SAF=2,5;SAR=4,3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.764706,0;SSEP=0.333333,0.416667;SSSB=-0.219799,0.0645053;STB=0.5,0.538423;STBP=1,0.49;TYPE=del,del;VARB=0.0446937,0.104486;OID=.,.;OPOS=33420661,33420662;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.769231:6,8:27:0,20:26:6:0,10:0,10:2:4:13:9:2,5:4,3:5:4 chr6 33422976 . T G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9762;QD=58.1296;RBI=0.110101;REFB=0;REVB=0.107042;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227253;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr6 33541507 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.337;QD=53.2749;RBI=0.0247498;REFB=0;REVB=0.00936393;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24855e-05;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr6 33560896 . A G 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0181222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.819;QD=12.8659;RBI=0.0218906;REFB=-0.0497626;REVB=0.0122794;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259909;STB=0.653058;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0290299;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:10:6:7:4:10:6 chr6 33636907 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00253726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.063;QD=17.8272;RBI=0.0226093;REFB=-0.025144;REVB=-0.0224665;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.018119;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:6:5:5:7:6:5 chr6 33638180 . C T 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0903325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.809;QD=18.4943;RBI=0.0904384;REFB=-0.0336865;REVB=0.00437676;RO=30;SAF=6;SAR=24;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377523;STB=0.713022;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0355384;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:24:6:17:13:24:6:17:13 chr6 33641379 . T C 242.82 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.010452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.714;QD=22.588;RBI=0.0111516;REFB=-0.00717985;REVB=0.00388769;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389085;STB=0.510113;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0110518;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:11:12:9:10:11:12:10:10 chr6 33648228 . C T 1309.44 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.022031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.839;QD=57.5579;RBI=0.0366768;REFB=-0.0147308;REVB=0.0293227;RO=3;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733882;STB=0.508824;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000319801;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:87:87:0.956044:48:39:1:2:48:39:1:3 chr6 33651129 . C T 298.88 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0448121;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.7776;QD=16.1559;RBI=0.0448162;REFB=-0.00849398;REVB=0.000608869;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683448;STB=0.518507;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.014263;OID=.;OPOS=33651129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:41:33:33:0.445946:18:15:19:17:18:15:20:21 chr6 33653448 . C T 667.49 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.228;QD=62.092;RBI=0.0347278;REFB=0;REVB=0.0291541;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74326e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:14:29:0:0 chr6 33659472 . C G 428.67 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9477;QD=57.1561;RBI=0.0613977;REFB=0;REVB=0.06114;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137392;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:21:9:0:0 chr6 33689629 . G A 224.7 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0177671;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.307;QD=14.7342;RBI=0.0178921;REFB=0.00222279;REVB=-0.00211109;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1048;STB=0.540952;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00137384;OID=.;OPOS=33689629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:35:26:26:0.42623:13:13:13:20:13:13:15:20 chr6 33690796 . CA TG 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101308;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.38;QD=63.583;RBI=0.030691;REFB=0;REVB=0.0289708;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.10084e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr6 33739960 . A G 1138.9 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0546921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.145;QD=59.1636;RBI=0.0572997;REFB=-0.11921;REVB=0.0170888;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106344;STB=0.505616;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0106131;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:32:44:1:0:32:44:1:0 chr6 33740025 . C T 65.65 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8298;QD=11.4178;RBI=0.0551251;REFB=-0.00653803;REVB=0.0551251;RO=14;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482322;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:9:0:0:14:9:0:0:14 chr6 33762625 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00848218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.437;QD=7.32818;RBI=0.0148587;REFB=0.00612147;REVB=-0.0121998;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251243;STB=0.67877;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0134537;OID=.;OPOS=33762625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:2:6:11:9:2:6:11:10 chr6 33768897 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00241416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.234;QD=15.2624;RBI=0.0280719;REFB=-0.0101028;REVB=-0.0279679;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0151209;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:8:8:5:8:8:8 chr6 33990447 . T C 41.61 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0326919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.469;QD=6.93556;RBI=0.0351703;REFB=-0.010601;REVB=-0.0129689;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533815;STB=0.856123;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.059185;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:23:24:17:17:6:7:0.291667:5:1:11:6:6:1:11:6 chr6 34003685 . T C 177.29 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0385794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.026;QD=12.227;RBI=0.0392596;REFB=-0.0113904;REVB=0.00727678;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193169;STB=0.620143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0110798;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:14:8:19:16:14:8:20:16 chr6 34008006 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0195016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.09;QD=14.7985;RBI=0.0526758;REFB=-0.00526429;REVB=-0.0489329;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572116;STB=0.533274;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00966779;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:4:9:7:4:4:9 chr6 34212743 . A G 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.25;QD=51.167;RBI=0.0761425;REFB=0;REVB=-0.0761425;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021538;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr6 34213296 . T C 473.12 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.348;QD=55.6606;RBI=0.0150255;REFB=-0.145993;REVB=0.00803395;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00126742;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:0:1:33:33:0.970588:21:12:0:0:21:12:0:1 chr6 34213868 . A G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8376;QD=42.1748;RBI=0.0457276;REFB=0;REVB=0.0408488;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118111;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 34214322 . C G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00644548;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.307;QD=54.4812;RBI=0.0136515;REFB=0.0246745;REVB=-0.0120341;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000167698;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:0:1:16:15:0:1 chr6 34502687 . T C 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00494991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.14;QD=59.3365;RBI=0.0254544;REFB=-0.0156558;REVB=0.0249685;RO=1;SAF=43;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069312;STB=0.503649;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=6.42221e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:68:43:0:1:68:43:0:1 chr6 34557374 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.455;QD=53.9112;RBI=0.0297106;REFB=0;REVB=-0.0196849;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52577e-06;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr6 34949607 . C G,T 818.76 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=3,55;DP=58;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291793,0.0232586;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.174,239.956;QD=56.4663;RBI=0.0316501,0.0374446;REFB=0,0;REVB=0.0122597,0.0293451;RO=0;SAF=2,28;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.4002e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0614314,-0.000125387;OID=.,.;OPOS=34949607,34949607;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:0:0:3,55:3,55:0.0517241,0.948276:1,27:2,28:0:0:1,27:2,28:0:0 chr6 34957037 . G A 270.59 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0527317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6354;QD=14.4316;RBI=0.0538168;REFB=-0.0152857;REVB=-0.0107524;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140841;STB=0.593689;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0244809;OID=.;OPOS=34957037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:42:44:31:31:0.413333:19:12:22:20:19:12:24:20 chr6 35027927 . T C 1465.18 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00034929;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.89;QD=58.6073;RBI=0.0143756;REFB=0.061982;REVB=-0.0143713;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109026;STB=0.505746;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-4.16393e-05;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:43:55:0:1:43:56:0:1 chr6 35050506 . G A 728.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000719362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1044;QD=57.1733;RBI=0.00194828;REFB=0;REVB=0.00181061;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15793e-05;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:33:18:0:0 chr6 35203203 . T G 455.18 PASS AF=0.971429;AO=28;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141509;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.951;QD=52.021;RBI=0.0274431;REFB=-0.128686;REVB=0.0235133;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000572712;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:28:34:0.971429:10:18:0:0:12:22:1:0 chr6 35260503 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.027;QD=57.2376;RBI=0.0534727;REFB=0;REVB=0.0114237;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185157;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr6 35260530 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4535;QD=61.6826;RBI=0.0336206;REFB=0;REVB=0.0135315;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660272;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr6 35263555 . A G 613.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.557;QD=61.3196;RBI=0.00767997;REFB=0;REVB=-0.00683649;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96933e-05;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr6 35285720 . A C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.927;QD=56.7043;RBI=0.0555928;REFB=0;REVB=-0.052741;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136216;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr6 35391787 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.317;QD=56.1914;RBI=0.02809;REFB=0;REVB=0.0119179;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105969;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr6 35395010 . C T 1162.06 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0487612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.936;QD=56.003;RBI=0.0526222;REFB=-0.20838;REVB=0.0197847;RO=4;SAF=54;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044815;STB=0.523721;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00113977;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:83:83:4:4:79:79:0.951807:25:54:1:3:25:54:1:3 chr6 35395795 . G C 1229.77 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.523;QD=60.7294;RBI=0.059896;REFB=0;REVB=0.0591305;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136721;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:77:81:1:42:35:0:0:42:39:0:0 chr6 35423662 . A C 76.05 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0309171;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.001;QD=10.8648;RBI=0.0327631;REFB=-0.00492779;REVB=-0.0108425;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382247;STB=0.710003;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00725063;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:19:18:10:10:0.357143:9:1:6:13:9:1:5:13 chr6 35465786 . A C 633.0 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9663;QD=48.6926;RBI=0.0357817;REFB=-0.125007;REVB=-0.0357807;RO=2;SAF=16;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552325;STB=0.555532;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0103841;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:2:4:48:48:0.923077:32:16:2:0:32:16:4:0 chr6 35474073 . C G 57.9 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0384066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.357;QD=13.624;RBI=0.0460454;REFB=-0.0187621;REVB=-0.025399;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0337616;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:5:4:3:5:5:4 chr6 35477025 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.831;QD=58.142;RBI=0.0542105;REFB=0;REVB=0.0331962;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558324;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr6 35477032 . A G 464.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.868;QD=58.0158;RBI=0.0376051;REFB=0;REVB=0.00873004;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019907;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr6 35479574 . G C 116.15 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.625;QD=42.2357;RBI=0.072555;REFB=0;REVB=0.0608058;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665239;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr6 35542526 . T A 134.19 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00132128;FXX=0.0512689;HRUN=7;LEN=1;MLLD=278.012;QD=14.5071;RBI=0.00293027;REFB=-0.002674;REVB=-0.00261547;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342877;STB=0.519973;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00362019;OID=.;OPOS=35542526;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:14:8:5:10:14:8 chr6 35705892 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0317212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.426;QD=12.7822;RBI=0.0392091;REFB=-0.0290475;REVB=0.0230461;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505935;STB=0.7994;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0166958;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:4:10:2:8:4:10 chr6 35745655 . C T 804.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0199;QD=64.3354;RBI=0.0360583;REFB=0;REVB=-0.00341198;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203746;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr6 35748931 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0207791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3767;QD=14.2705;RBI=0.0306817;REFB=-0.0108292;REVB=0.0225742;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130998;STB=0.574718;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0198655;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:15:18:10:14:15:18 chr6 35755658 . A G 485.24 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0257268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5599;QD=37.3258;RBI=0.0258481;REFB=-0.0279908;REVB=0.00250095;RO=10;SAF=27;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235158;STB=0.505195;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0122771;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:10:11:41:41:0.788462:14:27:6:4:14:27:7:4 chr6 35923246 . T C 304.22 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0120591;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.501;QD=23.8602;RBI=0.0322768;REFB=-0.00766819;REVB=0.0299395;RO=21;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291896;STB=0.516118;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00234138;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:21:30:30:0.588235:9:21:14:7:9:21:14:7 chr6 36098410 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.456;QD=33.4285;RBI=0.0301816;REFB=0;REVB=0.0294355;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286726;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 36198577 . G C 724.11 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152166;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.98;QD=62.9656;RBI=0.0224222;REFB=0;REVB=-0.0164684;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319146;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr6 36260858 . C T 594.39 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.201;QD=60.9632;RBI=0.067324;REFB=0;REVB=0.0617978;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335672;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr6 36275458 . T C 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1954;QD=58.1171;RBI=0.102678;REFB=0;REVB=0.0216247;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122067;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 36287312 . G C 549.34 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276253;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.58;QD=57.8257;RBI=0.044698;REFB=-0.168028;REVB=0.035139;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000992584;OID=.;OPOS=36287312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:0:1:16:21:0:1 chr6 36341294 . C T 138.04 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00664135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.992;QD=10.0395;RBI=0.00721265;REFB=-0.00197368;REVB=-0.00281331;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110656;STB=0.584772;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00262225;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:37:18:18:0.327273:11:7:17:18:11:7:19:18 chr6 36393816 . A G 420.82 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00465713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.515;QD=20.5278;RBI=0.00733361;REFB=-0.0152425;REVB=0.00566506;RO=40;SAF=15;SAR=27;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216615;STB=0.620083;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0102748;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:27:15:24:16:27:15:24:16 chr6 36455838 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00867399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.384;QD=23.5284;RBI=0.0425587;REFB=-0.00258569;REVB=-0.0416654;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140251;STB=0.578864;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00116898;OID=.;OPOS=36455838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:5:15:9:6:5:15:9:6 chr6 36456897 . C T 211.43 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0268091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.956;QD=15.9569;RBI=0.0271151;REFB=-0.0126703;REVB=-0.0040626;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242242;STB=0.625576;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0152042;OID=.;OPOS=36456897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:14:9:5:24:15:9:5:24 chr6 36463627 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0205927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.277;QD=10.6681;RBI=0.0397274;REFB=-0.00478148;REVB=-0.0339736;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335719;STB=0.710003;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00675541;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:1:9:13:5:1:9:13:5 chr6 36569848 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0265987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.356;QD=15.101;RBI=0.0272573;REFB=-0.0040234;REVB=0.00595554;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993981;STB=0.556527;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00516012;OID=.;OPOS=36569848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:15:16:10:14:15:16 chr6 36645696 . A G 836.19 PASS AF=0.528302;AO=80;DP=156;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.000434004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9116;QD=21.0363;RBI=0.0202875;REFB=-0.025629;REVB=0.0202828;RO=74;SAF=46;SAR=34;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420792;STB=0.537891;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0156235;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:74:75:80:84:0.528302:34:46:46:28:38:46:47:28 chr6 36651971 . C A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0311522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.848;QD=17.6172;RBI=0.0373676;REFB=-0.0119097;REVB=0.0206367;RO=27;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523569;STB=0.502956;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0146805;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:7:17:19:8:7:17:19:8 chr6 36653597 . C T 263.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0100459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.491;QD=17.5668;RBI=0.0313439;REFB=-0.0151275;REVB=0.0296904;RO=29;SAF=4;SAR=25;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443771;STB=0.770708;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0312231;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:31:29:29:0.483333:25:4:15:14:25:4:17:14 chr6 36654045 . G A 71.0 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00148026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.301;QD=4.50771;RBI=0.0266309;REFB=-0.00788498;REVB=0.0265897;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124654;STB=0.587161;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0310328;OID=.;OPOS=36654045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:63:63:50:51:12:12:0.190476:6:6:30:20:6:6:31:20 chr6 36766292 . C G,T 584.15 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306702,0.0530608;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.0466,116.544;QD=58.4148;RBI=0.0418959,0.0967534;REFB=-0.0571683,-0.0575697;REVB=-0.0285412,0.0809059;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.76123e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.261423,-0.00222802;OID=.,.;OPOS=36766292,36766292;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,38:2,38:0.05,0.95:1,14:1,24:0:0:1,14:1,24:0:0 chr6 36824399 . C T 175.08 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0525337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.303;QD=10.0044;RBI=0.0525347;REFB=-0.0177585;REVB=-0.000329687;RO=47;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254556;STB=0.648654;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0609053;OID=.;OPOS=36824399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:9:14:18:29:9:14:18:29 chr6 36882353 . A G 205.34 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00665694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5545;QD=12.8336;RBI=0.0674631;REFB=-0.0145877;REVB=-0.0671339;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174139;STB=0.59992;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0186723;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:17:22:10:15:17:22 chr6 36895835 . C T 330.43 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0114466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.724;QD=13.4868;RBI=0.0129441;REFB=-0.0110163;REVB=-0.00604377;RO=57;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797999;STB=0.554181;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0185782;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:57:61:37:37:0.377551:18:19:25:32:18:19:26:35 chr6 36922684 . A C 1677.33 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8703;QD=60.4442;RBI=0.0358725;REFB=0;REVB=-0.027122;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85496e-05;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:67:44:0:0:67:44:0:0 chr6 36931162 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.467;QD=55.0984;RBI=0.0454078;REFB=0;REVB=0.0328147;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286848;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 36976637 . G C 230.68 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.035665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.569;QD=13.1816;RBI=0.036585;REFB=-0.0238338;REVB=0.00815293;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151769;STB=0.571378;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0340838;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:42:27:28:0.4:12:15:15:22:12:16:19:23 chr6 36978834 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00398346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.858;QD=10.6351;RBI=0.0134777;REFB=-0.00581664;REVB=0.0128756;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00536815;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:6:7:4:4:6:7 chr6 36995222 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0113913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.882;QD=17.0888;RBI=0.0121574;REFB=-0.00655916;REVB=0.00424742;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385818;STB=0.512967;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00619251;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:11:14:14:13:11:14:15:13 chr6 37180237 . G A 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8956;QD=59.0085;RBI=0.031035;REFB=0;REVB=0.0128761;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197177;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr6 37180355 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.188;QD=57.6807;RBI=0.0116977;REFB=0;REVB=0.0077647;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1348e-05;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr6 37180523 . A G 814.46 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0332483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7686;QD=52.546;RBI=0.0632987;REFB=-0.160202;REVB=-0.0538635;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136765;STB=0.511987;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00565616;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:1:3:59:59:0.951613:34:25:0:1:34:25:2:1 chr6 37250112 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.579;QD=59.0165;RBI=0.0377901;REFB=0;REVB=0.0306177;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016763;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr6 37252210 . C T 834.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.964;QD=57.5341;RBI=0.046214;REFB=0;REVB=0.031146;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145583;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr6 37288036 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.084;QD=62.6711;RBI=0.0267862;REFB=0;REVB=0.0245591;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28414e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr6 37443950 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00565182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.819;QD=10.7538;RBI=0.0285454;REFB=-0.0198025;REVB=0.0279803;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178135;STB=0.526707;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.039125;OID=.;OPOS=37443950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:8:5:10:15:8:5:11:15 chr6 37450914 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.70255e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.263;QD=61.6839;RBI=0.0129448;REFB=0;REVB=0.0129448;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50343e-05;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr6 37603102 . TG CA 180.67 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00789857;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.226;QD=15.0561;RBI=0.0315273;REFB=-0.0258892;REVB=0.0305218;RO=29;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222262;STB=0.630102;STBP=0.212;TYPE=mnp;VARB=0.0324862;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:15:4:11:18:15:4:11:18 chr6 37623566 . C T 542.53 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762885;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.416;QD=60.2815;RBI=0.0815311;REFB=0;REVB=0.0287643;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522183;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr6 37631768 . A G 65.71 PASS AF=0.391304;AO=10;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0250368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9091;QD=11.4273;RBI=0.0306108;REFB=-0.0148546;REVB=0.0176119;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376093;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0130269;OID=.;OPOS=37631768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:11:14:10:9:0.391304:7:3:8:3:6:3:8:6 chr6 37800789 . A C 126.23 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.010553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.595;QD=10.9766;RBI=0.0109521;REFB=0.00372963;REVB=-0.00292946;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746519;STB=0.55484;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0134665;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:15:15:0.326087:8:7:16:14:8:7:17:14 chr6 38110010 . G A 625.84 PASS AF=0.447368;AO=67;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00982218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.323;QD=16.4694;RBI=0.00989319;REFB=-0.0175443;REVB=0.00118322;RO=84;SAF=44;SAR=23;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17478;STB=0.600212;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0212666;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:67:68:0.447368:23:44:41:43:23:45:41:43 chr6 38120648 . GTGC G,GT,GTG 84.89 PASS AF=0,0,0.647059;AO=3,4,3;DP=18;FAO=0,0,11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,10;FSAR=0,0,1;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.335449,-0.290076,-0.120896;FXX=0.0555247;HRUN=1,1,2;LEN=3,2,1;MLLD=127.784,41.9324,20.4478;QD=19.9732;RBI=0.336401,0.291377,0.123196;REFB=-0.00245507,-0.00949817,-0.0482937;REVB=-0.0253029,-0.0275008,-0.0236942;RO=7;SAF=3,4,2;SAR=0,0,1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0.268635;SSEP=0,0,0;SSSB=0.812474,0.819748,0.645366;STB=0.5,0.5,0.874227;STBP=1,1,0;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.0214937;OID=.,.,.;OPOS=38120649,38120650,38120651;OREF=TGC,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.647059:3,4,3:18:0,0,11:17:6:0,0,10:0,0,1:0:6:36:7:3,4,2:0,0,1:0:7 chr6 38120660 . C T 31.63 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0194668;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.073;QD=7.90637;RBI=0.0322319;REFB=-0.0328401;REVB=-0.0256892;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291052;STB=0.704974;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0825302;OID=.;OPOS=38120660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:16:9:11:5:5:0.3125:1:4:5:4:1:4:6:5 chr6 38121211 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0044362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.109;QD=16.4805;RBI=0.0069668;REFB=-0.0213628;REVB=0.00537182;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229424;STB=0.63144;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0229692;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:15:10:12:7:15:10 chr6 38142004 . G T 366.03 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0208917;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.137;QD=18.5334;RBI=0.0225132;REFB=-0.00704255;REVB=0.00838949;RO=40;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152308;STB=0.592285;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0106668;OID=.;OPOS=38142004;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:41:38:38:0.481013:13:25:20:20:13:25:20:21 chr6 38147355 . A G 214.21 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0264693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.61;QD=20.898;RBI=0.0272054;REFB=0.00251311;REVB=0.00628547;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.606796;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000974212;OID=.;OPOS=38147355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:11:9:13:7:12:9:13:7 chr6 38650588 . T A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0158972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.048;QD=15.6261;RBI=0.0196992;REFB=-0.0165137;REVB=0.0116335;RO=23;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439195;STB=0.756424;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0151771;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:3:14:10:13:3:14:10:13 chr6 38670837 . G A 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0567027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7215;QD=20.9592;RBI=0.0602046;REFB=-0.00861787;REVB=0.0202337;RO=40;SAF=24;SAR=19;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264218;STB=0.64538;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00922399;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:19:24:10:30:19:24:10:30 chr6 38712040 . A G 509.02 PASS AF=0.643836;AO=46;DP=72;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.011122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.812;QD=27.8915;RBI=0.0260426;REFB=-0.0313401;REVB=0.0235482;RO=25;SAF=18;SAR=28;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328181;STB=0.520999;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0162482;OID=.;OPOS=38712040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:25:26:46:47:0.643836:28:18:11:14:28:19:12:14 chr6 38712147 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00137613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7259;QD=26.3415;RBI=0.0270422;REFB=0.00559421;REVB=-0.0270072;RO=11;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.567201;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00427392;OID=.;OPOS=38712147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:7:12:5:6:7:12:5:6 chr6 38757615 . G A 210.64 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000609756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.137;QD=14.0423;RBI=0.00467507;REFB=-0.0263242;REVB=0.00463514;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341238;STB=0.707561;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0228403;OID=.;OPOS=38757615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:35:35:23:25:0.416667:6:17:15:20:6:19:15:20 chr6 38980081 . A G 493.46 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00348579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.929;QD=25.6341;RBI=0.00845645;REFB=-0.022617;REVB=-0.0077046;RO=31;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831841;STB=0.545435;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0142649;OID=.;OPOS=38980081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:23:23:19:12:23:23:19:12 chr6 39033602 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.391;QD=60.6099;RBI=0.0289269;REFB=0;REVB=0.00788183;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98417e-05;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr6 39271758 . G A 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0115141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.947;QD=10.104;RBI=0.0439637;REFB=-0.00318441;REVB=-0.0424292;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306658;STB=0.679563;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00441553;OID=.;OPOS=39271758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:7:13:15:25:7:13:15:25 chr6 39282806 . G T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0365904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.963;QD=10.0339;RBI=0.0367881;REFB=0.00403587;REVB=0.00380835;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00731598;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:4:3:1:4:4:3 chr6 39283083 . G A 299.11 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0447174;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3628;QD=20.9903;RBI=0.0451935;REFB=0.0142772;REVB=0.00654242;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15783;STB=0.587572;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00728297;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:15:11:19:12:15:11 chr6 39284050 . G T 349.99 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00373494;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.238;QD=25.4536;RBI=0.0440551;REFB=-0.0150276;REVB=0.0438965;RO=20;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738714;STB=0.531736;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0104187;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:20:21:34:34:0.618182:19:15:11:9:19:15:11:10 chr6 39284184 . A G 747.01 PASS AF=0.541985;AO=70;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00739364;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.188;QD=22.8096;RBI=0.0163636;REFB=-0.0273934;REVB=-0.014598;RO=59;SAF=44;SAR=26;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163726;STB=0.501481;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0234325;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:60:70:71:0.541985:26:44:36:23:27:44:37:23 chr6 39325078 . A G 812.51 PASS AF=0.52381;AO=77;DP=147;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00441428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.767;QD=22.1091;RBI=0.00540621;REFB=-0.0208759;REVB=0.0031211;RO=70;SAF=35;SAR=42;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396128;STB=0.521733;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0169086;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:70:77:77:0.52381:42:35:35:35:42:35:35:35 chr6 39828751 . G A 60.06 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.000477168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.71;QD=5.4603;RBI=0.0437298;REFB=-9.34769e-06;REVB=-0.0437272;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0231228;OID=.;OPOS=39828751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:44:44:28:34:8:8:0.181818:4:4:14:14:4:4:17:17 chr6 39828862 . A C 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0311268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.244;QD=18.7098;RBI=0.0326596;REFB=-0.0106549;REVB=0.00988781;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152434;STB=0.567828;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0134188;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:18:18:0.486486:10:8:5:13:10:8:6:13 chr6 39847279 . G A 538.87 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0204332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.526;QD=21.7724;RBI=0.020661;REFB=-0.0234286;REVB=-0.0030597;RO=48;SAF=29;SAR=22;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319833;STB=0.51764;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0234023;OID=.;OPOS=39847279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:22:29:29:19:22:29:29:19 chr6 39851818 . G A 428.35 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.066;QD=57.113;RBI=0.0561956;REFB=0;REVB=0.00319096;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408262;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:14:8:0:0:14:16:0:0 chr6 39864730 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00535523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.01;QD=10.173;RBI=0.00832068;REFB=0.00131252;REVB=-0.0063683;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00106773;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr6 39865047 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.787;QD=54.5176;RBI=0.0540339;REFB=0;REVB=0.0471814;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173992;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr6 39869952 . T A 92.23 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00623452;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4413;QD=8.38432;RBI=0.0113354;REFB=-0.00857322;REVB=-0.00946685;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126812;STB=0.5078;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0228504;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:19:13:5:7:19:13 chr6 40360465 . A G 466.75 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0213048;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6139;QD=53.3424;RBI=0.0216758;REFB=0.0197235;REVB=-0.003993;RO=2;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388905;STB=0.520821;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00518342;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:32:33:0.942857:23:9:0:2:23:10:0:2 chr6 41196156 . C T 558.02 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202756;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.19;QD=60.3266;RBI=0.0333018;REFB=0;REVB=0.026418;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425688;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr6 41196492 . C A 215.05 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0111443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7785;QD=21.5045;RBI=0.0112254;REFB=-0.0701818;REVB=-0.00134717;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358447;STB=0.702637;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0577242;OID=.;OPOS=41196492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:12:7:16:5:12:7 chr6 41196605 . T C 631.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.408;QD=61.6543;RBI=0.0278201;REFB=0;REVB=0.0100956;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59442e-05;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr6 41196727 . C T 456.65 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7488;QD=57.0815;RBI=0.0372481;REFB=0;REVB=-0.0353732;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503788;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr6 41197785 . T C 721.89 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.932;QD=55.5298;RBI=0.0368605;REFB=0;REVB=0.0263047;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126318;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:25:26:1:0:25:27:0:0 chr6 41197857 . C T 637.67 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.665;QD=59.3182;RBI=0.0625537;REFB=-0.0336586;REVB=0.0582006;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000464038;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:1:0:20:22:1:0 chr6 41270223 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7113;QD=56.7058;RBI=0.0770876;REFB=0;REVB=-0.0768986;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171388;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr6 41303592 . T C 355.32 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.08;QD=54.6641;RBI=0.0648646;REFB=0;REVB=-0.0224679;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457485;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:18:8:0:0 chr6 41303995 . A G 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.713;QD=64.4101;RBI=0.0180837;REFB=0;REVB=0.00255016;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0454e-05;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr6 41318424 . T A 801.89 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.111;QD=64.1514;RBI=0.0186056;REFB=0;REVB=0.0136753;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94237e-05;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:21:29:0:0 chr6 41318438 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.585;QD=57.0007;RBI=0.0440604;REFB=0;REVB=0.00673962;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61568e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr6 41533579 . C A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0428522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.86;QD=14.6857;RBI=0.04385;REFB=-0.00798631;REVB=0.00930124;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731452;STB=0.547039;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0127295;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:17:14:16:26:17:14:16:27 chr6 41568064 . G A 428.88 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00679129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.807;QD=25.2281;RBI=0.0133937;REFB=-0.00585557;REVB=0.0115442;RO=27;SAF=25;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053605;STB=0.533013;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00391327;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:40:41:0.602941:15:25:15:12:15:26:15:12 chr6 41621618 . A G 254.97 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4528;QD=50.9932;RBI=0.0310465;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367218;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:0:19:0:0:0:20:0:0 chr6 41621625 . G A 283.82 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0242271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.881;QD=43.6644;RBI=0.0242271;REFB=-0.00488485;REVB=0;RO=3;SAF=23;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332395;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:0:23:3:0:0:23:3:0 chr6 41652514 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0116494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.051;QD=13.631;RBI=0.0187996;REFB=-0.0046951;REVB=0.0147552;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422409;STB=0.726689;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0044521;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:6:2:6:2:6:2:6:3 chr6 41652604 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.244;QD=35.5756;RBI=0.0417381;REFB=0;REVB=0.0406682;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469627;OID=.;OPOS=41652604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 41658889 . C T 93.28 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0351124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.116;QD=19.6371;RBI=0.04588;REFB=-0.0156347;REVB=0.0295313;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194374;STB=0.611445;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00795466;OID=.;OPOS=41658889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:3:5:4:7:3:5 chr6 41738031 . CAAAAAAAAC CAAAAAAAACA,CAAAAAAAC,CAAAAAAACA,CCAAAAAAAC 131.78 PASS AF=0,0.351351,0.324324,0;AO=4,9,7,2;DP=39;FAO=0,13,12,0;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=0,9,3,0;FSAR=0,4,9,0;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0327032,-0.131805,-0.0499798,-0.0416359;FXX=0.0512689;HRUN=1,8,8,8;LEN=1,1,2,1;MLLD=19.3479,5.90931,20.4686,20.1374;QD=14.2462;RBI=0.0327145,0.404001,0.218259,0.24357;REFB=-0.00762756,-0.132199,-0.0757597,-0.0443655;REVB=-0.000861468,0.381896,0.212459,0.239985;RO=11;SAF=1,8,1,2;SAR=3,1,6,0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.408699,0.370366,-0.528175,0.523246;STB=0.5,0.533283,0.749583,0.5;STBP=1,0.8,0.02,1;TYPE=ins,del,mnp,snp;VARB=-0.0237865,0.123747,0.125795,0;OID=.,.,.,.;OPOS=41738041,41738032,41738039,41738032;OREF=-,A,AC,A;OALT=A,-,CA,C;OMAPALT=CAAAAAAAACA,CAAAAAAAC,CAAAAAAACA,CCAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.351351,0.324324,0:4,9,7,2:39:0,13,12,0:37:12:0,9,3,0:0,4,9,0:9:3:56:11:1,8,1,2:3,1,6,0:7:4 chr6 41738044 . C A,CA 623.23 PASS AF=0.191489,0.808511;AO=3,14;DP=45;FAO=9,38;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=9,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718059,0.755169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.356,23.0405;QD=53.0405;RBI=0.0087945,0.88266;REFB=0,0;REVB=0.00507764,0.456955;RO=28;SAF=0,0;SAR=3,14;SRF=23;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.726352,-0.851373;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0290379,-0.0185668;OID=.,.;OPOS=41738044,41738045;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:45:47:28:0:3,14:9,38:0.191489,0.808511:3,14:0,0:23:5:9,15:0,23:0:0 chr6 41753084 . C T 319.16 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00444979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.229;QD=18.5021;RBI=0.00444988;REFB=-0.0299131;REVB=-2.81766e-05;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000797851;STB=0.507242;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.022654;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:33:34:0.492754:16:17:18:17:17:17:18:17 chr6 41754576 . C T 206.11 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0674808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.906;QD=19.1726;RBI=0.0676184;REFB=-0.0221958;REVB=0.00431036;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405916;STB=0.515137;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0361518;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:22:19:21:0.488372:7:12:13:9:8:13:13:9 chr6 41773735 . G A 78.95 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00411984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.434;QD=15.0387;RBI=0.0426475;REFB=-0.0201978;REVB=0.042448;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0288274;OID=.;OPOS=41773735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr6 41800629 . T C 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00069296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.843;QD=30.6481;RBI=0.00688979;REFB=-0.0242571;REVB=-0.00685486;RO=14;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107636;STB=0.55884;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0123924;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:10:17:11:3:10:17:11:3 chr6 41895150 . G A 233.81 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0149951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6145;QD=19.0867;RBI=0.0603285;REFB=-0.0180354;REVB=0.0584352;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879897;STB=0.558932;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0192549;OID=.;OPOS=41895150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:9:13:13:13:9:14:13:13 chr6 41900406 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0250646;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.774;QD=14.8516;RBI=0.0255818;REFB=-0.000322767;REVB=0.0051179;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870443;STB=0.550405;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000673405;OID=.;OPOS=41900406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:13:16:12:7:13:16 chr6 41903782 . A C 675.59 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303962;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.127;QD=62.8454;RBI=0.0324282;REFB=0;REVB=0.0112985;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133766;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 42044945 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.444;QD=58.2394;RBI=0.0151173;REFB=0;REVB=-0.012565;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35945e-05;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr6 42123317 . A C 1622.69 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.387;QD=60.0995;RBI=0.0138233;REFB=0;REVB=0.0133531;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6873e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:55:52:0:0:55:53:0:0 chr6 42141441 . CT TC 30.01 PASS AF=0.139535;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00606491;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=2;MLLD=47.9779;QD=2.79159;RBI=0.0643518;REFB=-0.0473252;REVB=-0.0640654;RO=37;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237246;STB=0.542229;STBP=0.837;TYPE=mnp;VARB=0.0778302;OID=.;OPOS=42141441;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:44:43:37:37:5:6:0.139535:4:1:14:23:4:2:14:23 chr6 42162388 . A G 1453.65 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513133;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.893;QD=63.2021;RBI=0.0565266;REFB=0;REVB=0.0237107;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88266e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:42:49:0:0:42:50:0:0 chr6 42532102 . C T 187.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00352034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.944;QD=20.3146;RBI=0.00969745;REFB=-0.0125711;REVB=0.00903591;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124993;STB=0.54854;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0142171;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:7:12:13:4:7:12:13:5 chr6 42571346 . A T 300.16 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0272645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.05;QD=28.587;RBI=0.126188;REFB=-0.0404318;REVB=0.123207;RO=16;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112544;STB=0.576213;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0241749;OID=.;OPOS=42571346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:15:26:27:0.642857:17:9:8:8:18:9:8:7 chr6 42600319 . A G 1226.73 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0194888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.848;QD=57.7283;RBI=0.0213857;REFB=-0.206846;REVB=-0.0088054;RO=3;SAF=45;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145037;STB=0.507664;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00306444;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:37:45:1:2:37:45:1:2 chr6 42627430 . C T 99.16 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.035516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.909;QD=10.7198;RBI=0.0382551;REFB=0.00210875;REVB=-0.0142149;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00322248;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:7:5:10:14:7:6:10:14 chr6 42627434 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0180754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8573;QD=12.0206;RBI=0.0181344;REFB=-0.00447334;REVB=-0.00146191;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031811;STB=0.51877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00831532;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:10:15:8:6:10:15 chr6 42666061 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6725;QD=58.1412;RBI=0.0593795;REFB=0;REVB=0.0586222;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106581;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr6 42666145 . C T 940.98 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0850968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7949;QD=57.0289;RBI=0.104304;REFB=-0.0649818;REVB=0.0603148;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00290306;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:37:28:0:0:37:28:0:1 chr6 42666164 . G C 1000.2 PASS AF=0.971831;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0408884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.667;QD=56.3493;RBI=0.0540038;REFB=0.0628387;REVB=0.0352781;RO=2;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644175;STB=0.503687;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00123547;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:71:2:2:67:69:0.971831:41:26:1:1:43:26:1:1 chr6 42689755 . A G 178.73 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0449316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4039;QD=11.5311;RBI=0.0452798;REFB=-0.0237452;REVB=-0.00560448;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179821;STB=0.622644;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0357581;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:38:39:22:23:0.370968:15:7:18:20:16:7:19:20 chr6 42713618 . A G 1054.4 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00581258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.753;QD=56.9946;RBI=0.0252057;REFB=-0.144525;REVB=0.0245263;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.512817;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000443226;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:38:34:0:1:38:34:0:2 chr6 42854044 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0130091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.003;QD=14.6507;RBI=0.0142855;REFB=-0.0138433;REVB=-0.00590244;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110075;STB=0.562448;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0178014;OID=.;OPOS=42854044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:9:22:14:9:9:22 chr6 42932200 . G T 546.36 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0204508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7148;QD=23.2493;RBI=0.0377313;REFB=-0.000524492;REVB=0.0317083;RO=43;SAF=21;SAR=30;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141389;STB=0.507769;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000911579;OID=.;OPOS=42932200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:30:21:17:26:30:21:17:26 chr6 42932202 . C T 535.29 PASS AF=0.554348;AO=48;DP=89;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00970019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.509;QD=23.2734;RBI=0.0144801;REFB=-0.0255154;REVB=0.0107508;RO=41;SAF=21;SAR=27;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194936;STB=0.501319;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0184633;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:41:41:48:51:0.554348:27:21:17:24:30:21:17:24 chr6 42942779 . A G 173.84 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00166092;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6752;QD=12.877;RBI=0.00997054;REFB=-0.0152293;REVB=0.00983123;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140744;STB=0.588155;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0203218;OID=.;OPOS=42942779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:21:11:10:11:22:11 chr6 42989057 . T C 578.94 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169807;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.846;QD=60.9415;RBI=0.0431678;REFB=0;REVB=0.0396877;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119172;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr6 43014298 . TT CC 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171772;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.607;QD=44.6898;RBI=0.0636805;REFB=0;REVB=0.0636573;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000491323;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 43029299 . GAAAAC GAAAC,GAAACG 31.78 PASS AF=0.241379,0;AO=9,2;DP=29;FAO=7,0;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0359966,-0.0238947;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.762,29.2944;QD=4.3837;RBI=0.164115,0.167077;REFB=-0.107122,-0.0522495;REVB=-0.160119,-0.16536;RO=17;SAF=5,0;SAR=4,2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.493333,0;SSSB=0.0283174,-0.540081;STB=0.727514,0.5;STBP=0.227,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.147893,0;OID=.,.;OPOS=43029300,43029303;OREF=A,AC;OALT=-,CG;OMAPALT=GAAAC,GAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0:9,2:29:7,0:29:22:5,0:2,0:9:13:32:17:5,0:4,2:9:8 chr6 43154091 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.383;QD=59.8387;RBI=0.0328202;REFB=0;REVB=0.0322078;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75826e-05;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr6 43270097 . T C 711.46 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.213;QD=61.8658;RBI=0.0334956;REFB=0;REVB=0.0281944;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321425;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr6 43273604 . A G 1008.43 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.018;QD=59.3194;RBI=0.0291375;REFB=0;REVB=0.0282803;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19258e-05;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:25:42:0:0:26:42:0:0 chr6 43306346 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.878;QD=58.4195;RBI=0.0161876;REFB=0;REVB=0.007603;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68736e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr6 43471637 . A T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.050299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.702;QD=8.64046;RBI=0.0503399;REFB=-0.00559197;REVB=0.00202915;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417547;STB=0.751963;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0211507;OID=.;OPOS=43471637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:4:9:11:23:4:9:11:23 chr6 43496662 . A C 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.013574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.189;QD=21.8391;RBI=0.0204398;REFB=-0.00494336;REVB=0.0152817;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124989;STB=0.569977;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00550158;OID=.;OPOS=43496662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:10:14:11:14:10:14 chr6 43588290 . GTA G 77.92 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0264362;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=117.159;QD=15.5831;RBI=0.0580581;REFB=-0.0908516;REVB=-0.0516902;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=del;VARB=0.11193;OID=.;OPOS=43588291;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:20:10:20:10:5:5:6:4:70:8:5:5:5:3 chr6 43640099 . A G 240.22 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.025123;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.53;QD=19.2179;RBI=0.0278534;REFB=-0.00180392;REVB=-0.0120268;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181881;STB=0.602208;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00298661;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:11:14:9:16:11:14 chr6 43968814 . A G 85.28 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0120602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.923;QD=11.3704;RBI=0.0131404;REFB=-0.0190351;REVB=0.00521757;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22826;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.029435;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:11:8:7:4:11:8 chr6 43970827 . G A 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0312727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7409;QD=11.6278;RBI=0.0414899;REFB=0.00430179;REVB=0.0272659;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616927;STB=0.535687;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00883298;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:15:11:22:24:15:11:22:24 chr6 44081718 . G A 404.97 PASS AF=0.518519;AO=34;DP=73;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0218731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.26;QD=19.9983;RBI=0.238512;REFB=-0.0340831;REVB=0.237507;RO=39;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189845;STB=0.52919;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00713508;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:81:39:39:34:42:0.518519:11:23:19:20:19:23:19:20 chr6 44108848 . C T 343.2 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00426803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0557;QD=24.0839;RBI=0.0204706;REFB=0.00634379;REVB=-0.0200207;RO=22;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538546;STB=0.522149;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00545675;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:34:34:0.596491:21:13:10:12:21:13:10:13 chr6 44141088 . G A 89.3 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0213744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.778;QD=11.9068;RBI=0.0217045;REFB=-0.0121506;REVB=0.00377115;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.517017;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0237988;OID=.;OPOS=44141088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:30:18:18:11:12:0.4:6:5:8:10:7:5:8:10 chr6 44147821 . A G 286.03 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00637571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.652;QD=15.673;RBI=0.0106988;REFB=0.00414918;REVB=-0.0085916;RO=39;SAF=8;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175946;STB=0.585644;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00611321;OID=.;OPOS=44147821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:41:31:32:0.438356:23:8:16:23:23:9:17:24 chr6 44151490 . G A 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0125101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4078;QD=19.4066;RBI=0.0148811;REFB=-0.0270382;REVB=-0.00805876;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598126;STB=0.533311;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0357184;OID=.;OPOS=44151490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:14:16:13:15:14:16:13:15 chr6 44222999 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00993685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.211;QD=15.6508;RBI=0.0101898;REFB=-0.00453017;REVB=-0.00225642;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00876916;OID=.;OPOS=44222999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:6:9:9:12:6:10:9:12 chr6 44247951 . T G 1098.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.041;QD=60.1991;RBI=0.0317689;REFB=0;REVB=-0.0137053;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16468e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr6 44250165 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.947;QD=64.1537;RBI=0.0108414;REFB=0;REVB=0.00835051;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88089e-06;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr6 44253749 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1059;QD=51.1846;RBI=0.0225514;REFB=0;REVB=-0.00647431;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320521;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr6 44255459 . G A 1746.82 PASS AF=0.975;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0273616;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.129;QD=58.2275;RBI=0.04205;REFB=-0.0836279;REVB=0.0319303;RO=3;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022423;STB=0.511809;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00057624;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:120:3:3:117:117:0.975:62:55:0:3:62:55:0:3 chr6 44268135 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.47;QD=56.9558;RBI=0.0206952;REFB=0;REVB=0.0171666;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013537;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr6 44268371 . T C 1014.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.485;QD=57.9649;RBI=0.0557384;REFB=-0.125782;REVB=0.053985;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263741;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:44:26:0:0 chr6 44269193 . C T 356.14 PASS AF=1;AO=17;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.974;QD=54.79;RBI=0.0372414;REFB=0;REVB=0.0354294;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801857;OID=.;OPOS=44269193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:17:26:1:9:8:0:0:17:9:0:0 chr6 44275011 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.365;QD=63.5821;RBI=0.0165314;REFB=0;REVB=0.0164651;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70668e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr6 44310854 . G A 905.95 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00353238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.871;QD=56.6217;RBI=0.0411671;REFB=-0.0491928;REVB=0.0410153;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00173519;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:1:0:32:31:1:0 chr6 44320548 . T A 267.61 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00114596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9254;QD=21.8457;RBI=0.00482952;REFB=-0.00859647;REVB=0.00469159;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751199;STB=0.54996;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00365021;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:10:14:12:12:10:15:12:12 chr6 44360533 . G A 223.91 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0681718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.826;QD=19.4704;RBI=0.0694081;REFB=-0.0250741;REVB=-0.013042;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153155;STB=0.587072;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0168494;OID=.;OPOS=44360533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:10:14:16:6:10:14 chr6 44371714 . C T 173.75 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00777828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.032;QD=12.8701;RBI=0.0202279;REFB=-0.00527673;REVB=-0.0186726;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144325;STB=0.583402;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00732074;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:13:8:17:16:13:8:17:16 chr6 44403438 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.934;QD=51.1842;RBI=0.0264069;REFB=0;REVB=-0.00748844;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174541;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr6 44413463 . T A 371.45 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00188073;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.378;QD=17.078;RBI=0.00188134;REFB=-0.0111031;REVB=-4.79427e-05;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331279;STB=0.504422;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0157521;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:48:38:39:0.448276:19:19:20:23:20:19:23:25 chr6 44982593 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0526467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5185;QD=16.1153;RBI=0.0539414;REFB=0.012408;REVB=0.0117473;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900295;STB=0.550978;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0157309;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:13:16:11:13:13:16 chr6 45866361 . A T 290.85 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0121982;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.402;QD=19.0724;RBI=0.0181246;REFB=-0.00795399;REVB=-0.0134054;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725012;STB=0.540455;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0112539;OID=.;OPOS=45866361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:12:19:16:14:12:19:16:14 chr6 46107751 . AC AG,GG 773.74 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=51,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557932,-0.0100485;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=63.1877,217.846;QD=56.2723;RBI=0.0712276,0.017218;REFB=0,0;REVB=0.0442775,-0.0139817;RO=0;SAF=23,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97956e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00326098,0.0584822;OID=.,.;OPOS=46107752,46107751;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:55:0:0:51,2:53,2:0.963636,0.0363636:28,2:23,0:0:0:28,2:25,0:0:0 chr6 46128688 . G C 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000413836;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.748;QD=62.3659;RBI=0.00180642;REFB=0;REVB=-0.00175838;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80568e-06;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr6 46128745 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1562;QD=61.3337;RBI=0.0592356;REFB=0;REVB=-0.0579946;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000707039;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr6 46129345 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.257;QD=56.956;RBI=0.0409682;REFB=0;REVB=0.0140943;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147957;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr6 46135489 . T C 272.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.289;QD=51.8961;RBI=0.0277072;REFB=0;REVB=0.0276224;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108121;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 46135984 . G T 369.47 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.806;QD=54.7356;RBI=0.0541675;REFB=0;REVB=-0.0451788;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758753;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:9:18:0:0 chr6 46190377 . A C 172.99 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0175932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8738;QD=18.7011;RBI=0.0180335;REFB=-0.0181333;REVB=-0.00396027;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266391;STB=0.515135;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0189913;OID=.;OPOS=46190377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:10:9:8:10:10:9 chr6 46517742 . C T 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00234154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.253;QD=59.037;RBI=0.00998153;REFB=-0.0432322;REVB=0.009703;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164662;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00195548;OID=.;OPOS=46517742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:13:28:1:0:13:28:1:0 chr6 46623698 . T C,G 885.04 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=53,5;DP=58;FAO=58,4;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178344,-0.0209316;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.05,89.4727;QD=57.0995;RBI=0.082715,0.0877729;REFB=0,0;REVB=0.0826957,0.0852405;RO=0;SAF=20,5;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.88914e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00516105,0.00438061;OID=.,.;OPOS=46623698,46623698;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:58:62:0:0:53,5:58,4:0.935484,0.0645161:33,0:20,5:0:0:37,0:21,4:0:0 chr6 46657057 . A G 1061.78 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.087;QD=59.8189;RBI=0.0444504;REFB=0;REVB=0.0442702;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107135;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:27:43:0:0:28:43:0:0 chr6 46658905 . C G 364.52 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0116048;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8674;QD=20.8298;RBI=0.0347823;REFB=-0.0240116;REVB=-0.0327893;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220719;STB=0.612845;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0118608;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:33:37:37:0.528571:18:19:8:24:18:19:9:24 chr6 46672943 . A G 1513.31 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.167;QD=59.933;RBI=0.0409917;REFB=0;REVB=0.0391954;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91545e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr6 46679303 . A G 550.9 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0571395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9751;QD=20.7887;RBI=0.0618829;REFB=0.00772558;REVB=-0.0237608;RO=48;SAF=22;SAR=34;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244815;STB=0.642523;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00571449;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:50:56:56:0.528302:34:22:33:15:34:22:35:15 chr6 46766321 . TTA T,TT,TTT 276.12 PASS AF=0.979592,0,0.0204082;AO=15,12,14;DP=66;FAO=48,0,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0,0;FSAR=18,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201116,0.221991,-0.0130973;FXX=0.0576812;HRUN=7,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=9.50761,5.47249,5.27635;QD=22.5405;RBI=0.203561,0.321527,0.302085;REFB=-0.00992439,0.155186,0.22064;REVB=0.0314543,-0.232593,-0.301801;RO=17;SAF=14,3,1;SAR=1,9,13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.495039,-0.402275,-0.661161;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00149371,0,-0.290254;OID=.,.,.;OPOS=46766322,46766323,46766323;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.979592,0,0.0204082:15,12,14:66:48,0,1:49:0:30,0,0:18,0,1:0:0:3:17:14,3,1:1,9,13:11:6 chr6 46802370 . G A 480.89 PASS AF=0.402985;AO=53;DP=132;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0466891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.279;QD=14.3549;RBI=0.0484729;REFB=-0.00917818;REVB=0.0130285;RO=79;SAF=30;SAR=23;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369033;STB=0.510884;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0155941;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:79:80:53:54:0.402985:23:30:42:37:24:30:43:37 chr6 46803018 . A T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0112973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.986;QD=17.9559;RBI=0.058543;REFB=-0.0216775;REVB=-0.0574426;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154133;STB=0.588363;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.016653;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:9:8:5:11:9:8 chr6 46803102 . A G 226.07 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00765774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1247;QD=20.5514;RBI=0.0177357;REFB=-0.000623766;REVB=0.0159973;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105504;STB=0.568687;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00117864;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:21:22:0.5:9:12:9:11:9:13:10:12 chr6 46824448 . A G 334.7 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00188877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.0712;QD=46.166;RBI=0.00479413;REFB=-0.151359;REVB=-0.00440639;RO=1;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617811;STB=0.549799;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0203138;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:29:29:1:3:26:26:0.896552:7:19:0:1:7:19:1:2 chr6 46826508 . G A 374.98 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.582;QD=55.5531;RBI=0.0437953;REFB=0;REVB=-0.0326607;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319697;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr6 46826715 . T A 1193.79 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806809;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.916;QD=61.22;RBI=0.00819516;REFB=0;REVB=-0.00143756;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02361e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr6 46826844 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.793;QD=63.8873;RBI=0.0287561;REFB=0;REVB=0.021071;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24085e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr6 46826910 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.228;QD=61.3756;RBI=0.0276493;REFB=0;REVB=0.0251607;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36532e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:31:48:0:0:31:49:0:0 chr6 46826979 . A G 802.31 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0199606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.373;QD=22.4422;RBI=0.0199862;REFB=-0.0165582;REVB=-0.0010116;RO=67;SAF=36;SAR=40;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608549;STB=0.533325;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0139572;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:76:76:0.531469:40:36:27:40:40:36:27:40 chr6 46827073 . A G 573.99 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.000641707;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.452;QD=14.7177;RBI=0.00154924;REFB=-0.012712;REVB=0.00141009;RO=91;SAF=21;SAR=44;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153976;STB=0.586639;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0165893;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:91:91:65:65:0.416667:44:21:42:49:44:21:42:49 chr6 46827126 . C T 1514.96 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.769;QD=62.4728;RBI=0.013704;REFB=-0.111129;REVB=3.24704e-05;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-5.64585e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:95:96:0.989691:53:42:0:0:54:42:0:1 chr6 46827239 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0381244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.604;QD=19.1085;RBI=0.0399832;REFB=0.0343737;REVB=-0.0120493;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00890604;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:2:4:4:5:2:4 chr6 46832813 . G A 346.47 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.005502;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.451;QD=16.4984;RBI=0.00673517;REFB=-0.0184053;REVB=0.00388466;RO=49;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137346;STB=0.579175;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0215601;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:47:36:37:0.440476:15:21:22:27:16:21:20:27 chr6 46834685 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.205;QD=59.3227;RBI=0.0123245;REFB=0;REVB=-0.00676176;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29244e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr6 46856100 . G A 321.28 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.009911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.89;QD=17.3662;RBI=0.00994812;REFB=-0.0196251;REVB=0.000858556;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14854;STB=0.580601;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0198507;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:39:34:35:0.472973:15:19:27:11:15:20:28:11 chr6 47563692 . C T 1172.77 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.522;QD=60.142;RBI=0.0838441;REFB=0;REVB=-0.00628091;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771818;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:78:0:0:72:78:1:48:24:0:0:48:30:0:0 chr6 47594302 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.052;QD=59.8559;RBI=0.0150677;REFB=0;REVB=0.00471754;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36144e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr6 47624239 . A G 62.82 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00590239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.147;QD=8.37578;RBI=0.0964989;REFB=-0.00819113;REVB=-0.0963182;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289506;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0617676;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:30:20:21:9:9:0.3:2:7:11:9:2:7:11:10 chr6 47624299 . A G 98.0 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00470585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.65;QD=10.8888;RBI=0.0106811;REFB=-0.0275536;REVB=-0.00958862;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390742;STB=0.699733;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.049943;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:36:23:23:12:13:0.361111:5:7:5:18:6:7:5:18 chr6 47646842 . A G 302.38 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00651805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.313;QD=25.1986;RBI=0.0066667;REFB=-0.00958681;REVB=0.00139998;RO=21;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22382;STB=0.608613;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00869777;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:18:8:12:9:18:9:12:9 chr6 47649222 . T G 188.34 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00361589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6873;QD=14.2142;RBI=0.0149542;REFB=-0.0199424;REVB=0.0145105;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329236;STB=0.690335;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0214837;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:17:5:16:15:17:5:16:15 chr6 47649265 . T A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00217293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.561;QD=18.9979;RBI=0.0223888;REFB=-0.0176091;REVB=-0.0222831;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481765;STB=0.526818;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0188002;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:11:19:18:13:11:19 chr6 47649573 . CA TG 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00296372;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.747;QD=10.1733;RBI=0.0442916;REFB=-0.0141523;REVB=-0.0441923;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=mnp;VARB=0.0237723;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr6 47649694 . A G 381.65 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00773948;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3988;QD=17.3479;RBI=0.0329198;REFB=0.0013048;REVB=-0.0319971;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126927;STB=0.579507;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00102276;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:48:39:40:0.454545:20:19:16:29:20:20:17:31 chr6 47650286 . G A 152.48 PASS AF=0.354167;AO=18;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.070318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1929;QD=12.707;RBI=0.12208;REFB=-0.0369181;REVB=-0.0997946;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150789;STB=0.631417;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0599953;OID=.;OPOS=47650286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:18:17:0.354167:6:12:16:14:5:12:16:15 chr6 47653629 . C T 648.17 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00316094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.177;QD=24.6921;RBI=0.00450564;REFB=-0.0266394;REVB=0.00321081;RO=43;SAF=30;SAR=32;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844019;STB=0.545945;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0179756;OID=.;OPOS=47653629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:43:62:62:0.590476:32:30:16:27:32:30:16:27 chr6 47654742 . A T 476.37 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00840227;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.44;QD=21.6531;RBI=0.0168421;REFB=-0.00882844;REVB=-0.0145965;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411598;STB=0.522717;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0065445;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:42:46:46:0.522727:23:23:19:23:23:23:19:23 chr6 47682604 . A C 391.49 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0459968;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.212;QD=13.3843;RBI=0.0525016;REFB=-0.032028;REVB=-0.0253124;RO=70;SAF=19;SAR=27;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12381;STB=0.566051;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0327942;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:70:71:46:46:0.393162:27:19:37:33:27:19:37:34 chr6 47684591 . G A 265.45 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00353816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.652;QD=13.2727;RBI=0.0174304;REFB=0.000400606;REVB=0.0170676;RO=49;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191791;STB=0.51096;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0010126;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:17:14:23:26:17:14:23:26 chr6 47685100 . CTTTTA CCTTTA,CTTTA,CTTTAT 196.32 PASS AF=0,0.962963,0;AO=2,7,3;DP=32;FAO=0,26,0;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,13,0;FSAR=0,13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.151625,0.0132629,-0.159938;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=8.06086,11.9045,14.7042;QD=29.0845;RBI=0.175648,0.110457,0.165223;REFB=0.125283,-0.0358219,-0.0186359;REVB=0.0886694,0.109658,0.0414526;RO=5;SAF=2,7,3;SAR=0,0,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.589598,0.768751,0.658479;STB=0.5,0.518504,0.5;STBP=1,0.516,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.00220244,0;OID=.,.,.;OPOS=47685101,47685101,47685104;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AT;OMAPALT=CCTTTA,CTTTA,CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.962963,0:2,7,3:32:0,26,0:27:1:0,13,0:0,13,0:1:0:5:5:2,7,3:0,0,0:3:2 chr6 47791205 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0567561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.029;QD=15.1528;RBI=0.056866;REFB=0.00475461;REVB=-0.00353372;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267806;STB=0.643476;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00466042;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:43:32:32:0.426667:20:12:26:14:20:12:27:16 chr6 47847179 . A G 1153.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1816;QD=60.6925;RBI=0.0682293;REFB=0;REVB=-0.0146015;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456724;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:36:40:0:0 chr6 47847401 . A G 272.67 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0181612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.849;QD=24.2374;RBI=0.0185433;REFB=-0.0162315;REVB=0.00374464;RO=20;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158521;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:20:5:4:16:20:5:4:16 chr6 49403282 . T C 383.14 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0448019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4425;QD=21.5855;RBI=0.045092;REFB=-0.00556368;REVB=-0.00510593;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258601;STB=0.519845;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0120167;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:38:39:0.549296:19:19:17:15:20:19:17:15 chr6 49411477 . G C 475.01 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00880855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0207;QD=17.7575;RBI=0.0284615;REFB=-0.0278531;REVB=0.0270641;RO=56;SAF=21;SAR=30;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117646;STB=0.565384;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0310991;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:30:21:30:26:30:21:30:26 chr6 49412433 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00874846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.876;QD=20.898;RBI=0.0141237;REFB=-0.007506;REVB=-0.0110879;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239249;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00433211;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:4:4:0:3:4:4:0:4 chr6 49425521 . C T 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0127079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.596;QD=20.4043;RBI=0.0189047;REFB=-0.0139512;REVB=0.0139962;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022933;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.012261;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:28:32:32:0.533333:17:15:11:14:17:15:13:15 chr6 49439805 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00881486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.896;QD=14.2622;RBI=0.0354983;REFB=-0.00220057;REVB=0.0343865;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430056;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00261625;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:11:13:8:8:11:13 chr6 49459978 . A G 224.81 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00347754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3763;QD=14.9873;RBI=0.00542805;REFB=-0.0226359;REVB=-0.00416778;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217706;STB=0.630943;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0252118;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:26:26:0.433333:16:10:20:13:16:10:21:13 chr6 49460152 . A G 294.42 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00667863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7037;QD=28.0396;RBI=0.042685;REFB=-0.0458045;REVB=0.0421593;RO=16;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101769;STB=0.505614;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0299276;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:11:15:9:7:11:15:9:7 chr6 49479775 . A T 554.52 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0433101;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6268;QD=18.033;RBI=0.0480366;REFB=-0.0106372;REVB=0.0207787;RO=65;SAF=32;SAR=26;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467322;STB=0.525917;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0140114;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:65:65:58:58:0.471545:26:32:39:26:26:32:39:26 chr6 49485266 . C A 262.03 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.017997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.782;QD=15.1902;RBI=0.020172;REFB=-0.0156623;REVB=-0.00911151;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656734;STB=0.528227;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0205288;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:16:13:15:24:17:13:15:24 chr6 49494241 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00201591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.424;QD=24.4929;RBI=0.0789408;REFB=-0.00582228;REVB=0.078915;RO=15;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256021;STB=0.643815;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00220703;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:5:16:7:8:5:16:7:8 chr6 49518914 . C G 1454.93 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228479;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.763;QD=62.5775;RBI=0.0265896;REFB=0;REVB=-0.0136009;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149859;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:93:0:0:91:93:1:48:43:0:0:48:45:0:0 chr6 49663582 . C T 482.97 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00804521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.736;QD=14.6354;RBI=0.00812883;REFB=0.00202747;REVB=-0.00116297;RO=78;SAF=29;SAR=25;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422621;STB=0.523774;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00321499;OID=.;OPOS=49663582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:78:54:54:0.409091:25:29:45:33:25:29:45:33 chr6 49701439 . C A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00212479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.517;QD=19.9929;RBI=0.00228748;REFB=-0.0118546;REVB=0.000847253;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180079;STB=0.601518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0104005;OID=.;OPOS=49701439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:9:14:9:13:9:14 chr6 49701523 . A G 166.62 PASS AF=0.607143;AO=15;DP=26;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0106674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.636;QD=23.803;RBI=0.0380936;REFB=-0.036077;REVB=0.0365695;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.557457;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0246293;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:28:11:11:15:17:0.607143:8:7:3:8:10:7:3:8 chr6 49755030 . G C 340.97 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.089558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4718;QD=20.9824;RBI=0.0918691;REFB=-0.058804;REVB=-0.0204769;RO=30;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851074;STB=0.547143;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0437855;OID=.;OPOS=49755030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:21:14:15:15:21:14:15:15 chr6 50815229 . T C 543.19 PASS AF=0.385542;AO=61;DP=165;FAO=64;FDP=166;FR=.;FRO=102;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=0.011219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.024;QD=13.089;RBI=0.0114618;REFB=-0.00381167;REVB=0.00234655;RO=101;SAF=22;SAR=39;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067557;STB=0.501607;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00771679;OID=.;OPOS=50815229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:101:102:61:64:0.385542:39:22:37:64:40:24:38:64 chr6 51480486 . G T 155.41 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0102282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.213;QD=15.1618;RBI=0.0383742;REFB=-0.0257211;REVB=-0.036986;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194869;STB=0.612768;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0394662;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:11:13:6:11:11:13 chr6 51483961 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00294195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.525;QD=13.4056;RBI=0.0168018;REFB=-0.0093228;REVB=-0.0165422;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120336;STB=0.568663;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.018736;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:23:11:10:13:23:11 chr6 51491884 . T C 228.65 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0223423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.879;QD=16.0458;RBI=0.0232905;REFB=-0.0138525;REVB=0.00657788;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253021;STB=0.514275;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0203646;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:17:9:10:21:17:9:10:21 chr6 51586771 . GC AC,AT 396.91 PASS AF=0.62069,0.37931;AO=18,11;DP=29;FAO=18,11;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9,7;FSAR=9,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341595,0.0308712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=166.442,159.132;QD=54.7467;RBI=0.0412829,0.0309674;REFB=0,0;REVB=0.023182,0.0024401;RO=0;SAF=9,7;SAR=9,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000230191,0.00959578;OID=.,.;OPOS=51586771,51586771;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:29:29:0:0:18,11:18,11:0.62069,0.37931:9,4:9,7:0:0:9,4:9,7:0:0 chr6 51613177 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0154869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0006;QD=21.0134;RBI=0.0298301;REFB=-0.00174183;REVB=0.0254949;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0035199;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr6 51720838 . T C 189.21 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00610943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.933;QD=13.0486;RBI=0.0158031;REFB=-0.00415397;REVB=-0.0145744;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542339;STB=0.531074;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00686322;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:14:9:12:23:14:9:12:23 chr6 51732807 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00464939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.867;QD=17.9428;RBI=0.00481552;REFB=-0.012177;REVB=0.00125396;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112028;STB=0.562769;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0126665;OID=.;OPOS=51732807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:16:13:16:12:16:13 chr6 51875250 . A C 958.66 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.769;QD=57.2334;RBI=0.0469516;REFB=-0.0418111;REVB=0.00714777;RO=1;SAF=13;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883346;STB=0.504672;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00341823;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:53:13:0:1:53:13:0:1 chr6 51890823 . G A 567.01 PASS AF=0.368132;AO=66;DP=181;FAO=67;FDP=182;FR=.;FRO=115;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=63;FSRR=52;FWDB=0.00932141;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.916;QD=12.4617;RBI=0.0172942;REFB=-0.0186454;REVB=0.0145672;RO=115;SAF=34;SAR=32;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366084;STB=0.525522;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0271115;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:115:115:66:67:0.368132:32:34:63:52:33:34:63:52 chr6 51914956 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0142525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.005;QD=15.6504;RBI=0.0206251;REFB=-0.0194335;REVB=-0.0149084;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336602;STB=0.695395;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.021801;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:9:12:4:12:9:12 chr6 51924774 . A G 538.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4792;QD=59.8165;RBI=0.0433777;REFB=0;REVB=0.00951194;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861799;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 51947237 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00765101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.066;QD=20.9185;RBI=0.0250286;REFB=-0.0156738;REVB=0.0238305;RO=26;SAF=23;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516748;STB=0.528717;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0144833;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:8:23:18:8:8:23:18:8 chr6 52051274 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.039;QD=63.8707;RBI=0.0170168;REFB=0;REVB=0.0142808;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21867e-05;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr6 52269151 . T C 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00784438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.73;QD=14.8164;RBI=0.00836625;REFB=-0.018137;REVB=0.00290857;RO=39;SAF=8;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182427;STB=0.604067;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0294569;OID=.;OPOS=52269151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:21:8:17:22:21:8:17:22 chr6 52270992 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0165178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.753;QD=24.8186;RBI=0.0259772;REFB=-0.0169937;REVB=0.0200494;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561095;STB=0.531224;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0115762;OID=.;OPOS=52270992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:9:15:10:8:9:15:10:8 chr6 52272033 . C T 264.84 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0248824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3689;QD=17.9552;RBI=0.0457225;REFB=-0.024733;REVB=-0.0383589;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755256;STB=0.542225;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0334489;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:15:14:12:18:15:14:12:18 chr6 52272467 . C CTTGA 101.04 PASS AF=0.4;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0273593;FXX=0.0908816;HRUN=2;LEN=4;MLLD=220.716;QD=13.4717;RBI=0.032538;REFB=-0.00618535;REVB=0.0176121;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286274;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.0157524;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:11:39:12:30:18:5:7:10:8:99:27:5:6:19:8 chr6 52360283 . T A 791.72 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139762;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.177;QD=55.5591;RBI=0.0225751;REFB=-0.0286987;REVB=0.0177285;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000126736;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:54:56:0.982456:25:29:0:1:25:31:0:1 chr6 52362405 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00848985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.958;QD=13.631;RBI=0.00913752;REFB=-0.00863138;REVB=-0.00337885;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250633;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00517393;OID=.;OPOS=52362405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:2:7:4:4:2:7 chr6 52362865 . A T 423.82 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000953527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.364;QD=33.9054;RBI=0.000961046;REFB=-0.0292246;REVB=0.000119983;RO=16;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348484;STB=0.518991;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0104945;OID=.;OPOS=52362865;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:19:15:8:8:19:15:8:8 chr6 52374319 . T TAC 501.5 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=114;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00662756;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.323;QD=17.7522;RBI=0.0123;REFB=-0.00881243;REVB=0.0103617;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887903;STB=0.505247;STBP=0.895;TYPE=ins;VARB=0.0103521;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477876:53:114:54:113:59:28:26:30:29:99:58:27:26:29:29 chr6 52617731 . C G 1698.58 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01132;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.667;QD=60.6635;RBI=0.0156065;REFB=0;REVB=0.0107434;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19925e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr6 52701143 . C T 669.64 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000147308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.386;QD=62.2921;RBI=0.0106775;REFB=0;REVB=-0.0106765;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08157e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr6 52843131 . G T 727.68 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2367;QD=57.0729;RBI=0.127752;REFB=0;REVB=0.122984;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139164;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:25:23:0:0:27:24:0:0 chr6 52844045 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.351;QD=64.1539;RBI=0.0578576;REFB=0;REVB=0.0576427;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181696;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr6 52963071 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.689;QD=54.517;RBI=0.00768444;REFB=0;REVB=0.00754246;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49387e-05;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr6 53363487 . GGGCT G 226.69 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=72;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0213495;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=233.37;QD=11.1946;RBI=0.0360493;REFB=-0.024304;REVB=0.0290474;RO=41;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0.38835;SSEP=0;SSSB=0.165954;STB=0.503095;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.0299637;OID=.;OPOS=53363488;OREF=GGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:28:72:36:81:45:19:17:24:21:99:41:18:10:20:21 chr6 53370107 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0129807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.057;QD=19.3684;RBI=0.0647962;REFB=-0.00984114;REVB=0.0634827;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153826;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00743422;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:5:2:5:5:5:2 chr6 53514946 . A G 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0216532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.374;QD=22.722;RBI=0.042423;REFB=-0.035567;REVB=0.0364809;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173878;STB=0.597601;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0211105;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:7:9:7:13:7:9 chr6 53516876 . T G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.231;QD=56.9344;RBI=0.0300562;REFB=0;REVB=-0.0207572;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3576e-06;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr6 53517035 . G A 1148.1 PASS AF=0.545894;AO=112;DP=207;FAO=113;FDP=207;FR=.;FRO=94;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.0334964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.071;QD=22.1855;RBI=0.054111;REFB=-0.0431284;REVB=0.042497;RO=92;SAF=49;SAR=63;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141182;STB=0.578853;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0289315;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:92:94:112:113:0.545894:63:49:56:36:63:50:58:36 chr6 53519062 . A G 431.89 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0237815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8496;QD=20.3243;RBI=0.0266649;REFB=0.026224;REVB=-0.0120604;RO=42;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115598;STB=0.564003;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0227525;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:20:23:17:25:20:23:17:25 chr6 53519605 . C T 1609.41 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125166;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.009;QD=60.165;RBI=0.0189137;REFB=0;REVB=0.0141797;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56593e-05;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:47:60:0:0:47:60:0:0 chr6 53519857 . G A 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0353219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4016;QD=15.9134;RBI=0.0407459;REFB=-0.0260857;REVB=-0.0203124;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1436;STB=0.581339;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0309737;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:16:21:21:9:16:21 chr6 54002231 . A C 46.39 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0191594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.281;QD=9.76703;RBI=0.0214117;REFB=0.00266962;REVB=0.00955909;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263346;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00527627;OID=.;OPOS=54002231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:6:5:3:4:6:6 chr6 54025155 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00659782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.944;QD=12.4027;RBI=0.020288;REFB=-0.0100826;REVB=-0.0191852;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232782;STB=0.637504;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.019137;OID=.;OPOS=54025155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:5:11:14:15:5:11:14:15 chr6 54054686 . T A 239.59 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0133615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.021;QD=18.0826;RBI=0.013392;REFB=-0.0379513;REVB=-0.000903816;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162518;STB=0.591456;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0314469;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:13:14:9:17:13:14 chr6 54079968 . G A 512.8 PASS AF=0.462185;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0240554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.843;QD=17.2368;RBI=0.0261669;REFB=-0.000422286;REVB=0.0102977;RO=64;SAF=27;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304221;STB=0.511922;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.000634737;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:64:64:54:55:0.462185:27:27:34:30:27:28:34:30 chr6 54095524 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00987091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.917;QD=20.2683;RBI=0.0273409;REFB=-0.0206733;REVB=-0.0254969;RO=21;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123834;STB=0.570398;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0170415;OID=.;OPOS=54095524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:4:17:15:6:4:17:15:6 chr6 54186147 . T C 981.96 PASS AF=0.971429;AO=69;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0090743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4606;QD=56.1122;RBI=0.0596831;REFB=0.00402293;REVB=0.0589893;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.515147;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=4.91276e-05;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:69:68:0.971429:36:33:1:0:36:32:2:0 chr6 54191686 . C T 686.74 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00364029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.872;QD=17.7223;RBI=0.00391817;REFB=-0.00278276;REVB=0.00144924;RO=82;SAF=31;SAR=42;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727037;STB=0.540278;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00291889;OID=.;OPOS=54191686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:82:73:73:0.470968:42:31:41:41:42:31:41:41 chr6 54191970 . T A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.072826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4995;QD=61.6823;RBI=0.0767916;REFB=0;REVB=-0.024358;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140132;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr6 54219326 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0177104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.881;QD=12.9421;RBI=0.0177222;REFB=-0.00870846;REVB=-0.000646234;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138554;STB=0.580544;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0151286;OID=.;OPOS=54219326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:7:18:9:6:7:18 chr6 54735122 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00846018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.796;QD=21.7452;RBI=0.0160695;REFB=-0.022492;REVB=0.0136621;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25875;STB=0.645805;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0147715;OID=.;OPOS=54735122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:10:6:13:6:10:6 chr6 54735344 . A G 646.44 PASS AF=0.5;AO=64;DP=129;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0158972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7009;QD=19.8906;RBI=0.0163201;REFB=-0.0255571;REVB=0.00369105;RO=65;SAF=31;SAR=33;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208768;STB=0.507712;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0297554;OID=.;OPOS=54735344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:65:65:64:65:0.5:33:31:30:35:34:31:30:35 chr6 54805688 . A C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0392659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.712;QD=11.1978;RBI=0.0399389;REFB=-0.0258552;REVB=0.0073006;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337572;STB=0.70277;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0501969;OID=.;OPOS=54805688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:12:10:9:3:12:10 chr6 54806489 . C A 187.82 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0541495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1045;QD=20.3046;RBI=0.0591887;REFB=0.00899832;REVB=0.0238983;RO=18;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29761;STB=0.669906;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00626884;OID=.;OPOS=54806489;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:4:15:9:9:4:15:9:9 chr6 55142337 . A G 1429.51 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274624;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.07;QD=62.8356;RBI=0.0277057;REFB=0;REVB=-0.00366375;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114003;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:90:91:1:52:38:0:0:52:39:0:0 chr6 55196587 . C T 251.89 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0184767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3105;QD=20.5626;RBI=0.0192578;REFB=-0.0256193;REVB=-0.00542918;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114588;STB=0.576211;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0311503;OID=.;OPOS=55196587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:8:15:19:6:9:15:19:6 chr6 55266625 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0442896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2032;QD=12.9417;RBI=0.0594;REFB=0.0181332;REVB=0.0395827;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207063;STB=0.622468;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0423157;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:14:11:4:11:14:11 chr6 55428658 . A C 77.31 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00947941;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.071;QD=14.7253;RBI=0.0095336;REFB=-0.0123737;REVB=-0.00101503;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272723;STB=0.555438;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0163234;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:21:11:11:9:10:0.47619:1:8:8:3:2:8:8:3 chr6 55739553 . A G 488.52 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.000905472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.066;QD=21.9558;RBI=0.00747961;REFB=-0.0104781;REVB=0.0074246;RO=41;SAF=23;SAR=24;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146602;STB=0.573866;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0089781;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:42:47:47:0.52809:24:23:13:28:24:23:14:28 chr6 56044578 . T C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.949;QD=61.8516;RBI=0.0103318;REFB=0;REVB=-0.00267442;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07915e-05;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr6 56327849 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00728433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.355;QD=14.3247;RBI=0.0482755;REFB=-0.0180001;REVB=-0.0477228;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994809;STB=0.549321;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0296772;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:12:16:18:20:12:16:19:20 chr6 56327925 . A G 89.24 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00133449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.899;QD=4.7592;RBI=0.0152066;REFB=-0.00998934;REVB=-0.0151479;RO=60;SAF=5;SAR=10;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250671;STB=0.660499;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0316683;OID=.;OPOS=56327925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:10:5:32:28:10:5:32:28 chr6 56336056 . A G 70.55 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=8.87785e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.848;QD=3.61806;RBI=0.00291775;REFB=0.000354719;REVB=-0.0029164;RO=65;SAF=4;SAR=9;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18203;STB=0.622446;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00180637;OID=.;OPOS=56336056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:65:65:13:13:0.166667:9:4:29:36:9:4:29:36 chr6 56417282 . C T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00199493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.011;QD=19.9409;RBI=0.0271753;REFB=-0.037558;REVB=-0.027102;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133004;STB=0.573725;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0313356;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:19:10:16:16:19:10 chr6 56417545 . T C 91.06 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.000971477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.523;QD=8.27856;RBI=0.00755444;REFB=0.00259752;REVB=-0.00749171;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259596;STB=0.655515;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00296427;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:7:5:7:25:7:5:7:25 chr6 56420538 . C T 486.01 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0387808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.664;QD=24.0003;RBI=0.0447727;REFB=0.0111262;REVB=-0.022375;RO=35;SAF=16;SAR=30;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917699;STB=0.550436;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00685342;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:30:16:16:19:30:16:16:19 chr6 56426931 . C T 190.58 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0274555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7143;QD=16.9401;RBI=0.0285086;REFB=-0.0361251;REVB=-0.0076767;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278341;STB=0.666489;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0435709;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:18:20:0.444444:5:13:11:13:5:15:12:13 chr6 56470690 . G A 373.62 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0144408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.329;QD=18.0058;RBI=0.015435;REFB=-0.0287919;REVB=-0.00544998;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930807;STB=0.551852;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.029843;OID=.;OPOS=56470690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:22:17:15:29:22:17:15:29 chr6 56471402 . G A 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00037279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.997;QD=21.1191;RBI=0.0265795;REFB=-0.000211377;REVB=-0.0265769;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148859;STB=0.508231;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000130505;OID=.;OPOS=56471402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:17:15:18:19:17:15 chr6 56471615 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0326508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.245;QD=22.6322;RBI=0.0329785;REFB=0.00597479;REVB=-0.0046376;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196076;STB=0.609603;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00115957;OID=.;OPOS=56471615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:1:7:8:5:1:7 chr6 56473252 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0166096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0379;QD=16.1182;RBI=0.0321111;REFB=0.0123495;REVB=0.0274817;RO=13;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459026;STB=0.775876;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0110671;OID=.;OPOS=56473252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:11:1:5:8:11:1:5:8 chr6 56480500 . T C 404.55 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0180674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0965;QD=17.0337;RBI=0.062209;REFB=-0.00248283;REVB=0.0595275;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219762;STB=0.622586;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00600076;OID=.;OPOS=56480500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:22:20:37:16:22:20:37:16 chr6 56481632 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0157096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.66;QD=15.1968;RBI=0.0199541;REFB=-0.0285201;REVB=0.0123034;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0359578;OID=.;OPOS=56481632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr6 56482801 . C G 416.01 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0103093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.384;QD=22.1874;RBI=0.0103244;REFB=0.00431145;REVB=-0.000556935;RO=34;SAF=10;SAR=31;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313362;STB=0.673822;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00228126;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:31:10:20:14:31:10:20:14 chr6 56483737 . C T 451.08 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0701328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4518;QD=17.1839;RBI=0.0895587;REFB=-0.0461506;REVB=0.055697;RO=56;SAF=30;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126863;STB=0.57072;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0529326;OID=.;OPOS=56483737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:19:30:27:29:19:30:27:29 chr6 56484758 . C T 355.74 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0148674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.484;QD=16.3556;RBI=0.0692845;REFB=-0.0252107;REVB=0.0676705;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331213;STB=0.504335;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0284174;OID=.;OPOS=56484758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:37:38:0.436782:15:22:27:21:16:22:28:21 chr6 56485023 . T C 216.72 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00187475;FXX=0.020829;HRUN=7;LEN=1;MLLD=270.767;QD=18.4444;RBI=0.0387183;REFB=-0.0115479;REVB=-0.0386729;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.545411;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0112052;OID=.;OPOS=56485023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:19:25:20:21:0.446809:10:10:13:6:11:10:14:11 chr6 56501440 . G A 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0645645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.365;QD=3.2962;RBI=0.0693149;REFB=-0.00664377;REVB=-0.0252187;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360651;STB=0.753502;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0443983;OID=.;OPOS=56501440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:5:2:25:17:5:2:25:17 chr6 56810539 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.18;QD=40.763;RBI=0.0032129;REFB=0;REVB=0.00267496;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99226e-05;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 56911574 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=0.00387612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.442;QD=3.88752;RBI=0.0453059;REFB=-0.000950543;REVB=-0.0451397;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598223;STB=0.856558;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=4.00992e-05;OID=.;OPOS=56911574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:2:27:3:3:2:27 chr6 56918647 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0225357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.636;QD=17.8403;RBI=0.0282323;REFB=-0.0268263;REVB=0.017006;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548755;STB=0.817686;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0226305;OID=.;OPOS=56918647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:12:2:10:4:12:2:10:4 chr6 56919443 . A G 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0116229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.967;QD=14.5976;RBI=0.014853;REFB=-0.00408127;REVB=-0.00924774;RO=51;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154067;STB=0.586909;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00305072;OID=.;OPOS=56919443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:19:16:16:35:19:16:16:35 chr6 57012930 . C T 307.22 PASS AF=0.406977;AO=33;DP=84;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-2.71629e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.544;QD=14.2892;RBI=0.00758956;REFB=-0.00925231;REVB=0.00758951;RO=50;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847959;STB=0.51922;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.012215;OID=.;OPOS=57012930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:51:33:35:0.406977:21:12:22:28:21:14:22:29 chr6 57055354 . C T 650.54 PASS AF=0.591837;AO=57;DP=97;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0503936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6634;QD=26.5526;RBI=0.0678247;REFB=0.0248878;REVB=-0.0453946;RO=39;SAF=27;SAR=30;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164378;STB=0.585372;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0170664;OID=.;OPOS=57055354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:39:40:57:58:0.591837:30:27:10:29:30:28:11:29 chr6 57244780 . G A 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0336773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.096;QD=14.8317;RBI=0.0336801;REFB=-0.00719027;REVB=-0.000433581;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385309;STB=0.502182;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0142178;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:19:15:21:27:19:15:21:27 chr6 57246884 . A G 925.27 PASS AF=0.464455;AO=98;DP=210;FAO=98;FDP=211;FR=.;FRO=113;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.0088384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.581;QD=17.5406;RBI=0.0217098;REFB=-0.00572034;REVB=-0.0198292;RO=112;SAF=61;SAR=37;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16367;STB=0.593028;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0049778;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:112:113:98:98:0.464455:37:61:51:61:37:61:51:62 chr6 57246969 . G A 646.37 PASS AF=0.423529;AO=71;DP=169;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0232039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.272;QD=15.2086;RBI=0.0232384;REFB=-0.00820228;REVB=0.00126598;RO=97;SAF=37;SAR=34;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801852;STB=0.545323;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.012112;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:97:98:71:72:0.423529:34:37:43:54:34:38:44:54 chr6 57246982 . G T 538.77 PASS AF=0.40411;AO=57;DP=145;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0370223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.895;QD=14.7607;RBI=0.0373873;REFB=-0.00481487;REVB=-0.00521169;RO=87;SAF=30;SAR=27;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466117;STB=0.525415;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00558627;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:87:87:57:59:0.40411:27:30:42:45:28:31:42:45 chr6 57254927 . A G 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00721989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.846;QD=6.47711;RBI=0.0202192;REFB=-0.00467065;REVB=0.0188862;RO=51;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194285;STB=0.626792;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0136325;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:52:17:17:0.246377:6:11:25:26:6:11:25:27 chr6 57254950 . A AT 56.75 PASS AF=0.245902;AO=14;DP=66;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.147281;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.1322;QD=3.72163;RBI=0.194442;REFB=-0.0337415;REVB=-0.126949;RO=48;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525131;STBP=0.825;TYPE=ins;VARB=0.0328434;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245902:14:66:15:61:46:8:7:23:23:56:48:7:7:24:24 chr6 57254955 . G A 94.05 PASS AF=0.214286;AO=11;DP=59;FAO=12;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0124676;FXX=0.0508388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.148;QD=6.71792;RBI=0.0465592;REFB=0.00163052;REVB=-0.0448589;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161743;STB=0.649747;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0281224;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:59:56:28:42:11:12:0.214286:4:7:14:14:4:8:20:22 chr6 57254986 . G A 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00101768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.113;QD=5.70368;RBI=0.0444174;REFB=-0.00164696;REVB=-0.0444057;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00613569;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:19:19:5:5:19:19 chr6 57255001 . C A 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000498085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1138;QD=4.78729;RBI=0.0749664;REFB=0.000632837;REVB=-0.0749647;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356191;STB=0.52375;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0111907;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:18:16:4:4:18:16 chr6 57372361 . C A 907.89 PASS AF=0.618321;AO=81;DP=131;FAO=81;FDP=131;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0215546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4683;QD=27.722;RBI=0.0223728;REFB=-0.0106649;REVB=0.00599508;RO=50;SAF=38;SAR=43;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063345;STB=0.534288;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00593984;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:50:50:81:81:0.618321:43:38:19:31:43:38:19:31 chr6 57372365 . A G 243.23 PASS AF=0.275591;AO=34;DP=126;FAO=35;FDP=127;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0105953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0891;QD=7.66073;RBI=0.0446803;REFB=-0.0127255;REVB=0.0434058;RO=90;SAF=15;SAR=19;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235435;STB=0.516354;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0318248;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:90:92:34:35:0.275591:19:15:38:52:19:16:40:52 chr6 57393125 . A G 672.23 PASS AF=0.61165;AO=63;DP=103;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0146159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.353;QD=26.1059;RBI=0.0216422;REFB=-0.00248088;REVB=0.0159612;RO=40;SAF=26;SAR=37;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814206;STB=0.544274;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00164608;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:40:40:63:63:0.61165:37:26:21:19:37:26:21:19 chr6 57393160 . G A 215.96 PASS AF=0.262295;AO=30;DP=120;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0277908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.694;QD=7.08069;RBI=0.0323562;REFB=-0.00569066;REVB=-0.016571;RO=90;SAF=11;SAR=19;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168032;STB=0.593691;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0137143;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:90:90:30:32:0.262295:19:11:45:45:20:12:45:45 chr6 57398154 . T C 516.23 PASS AF=0.422222;AO=56;DP=134;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.00596241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7648;QD=15.2956;RBI=0.00674417;REFB=0.00179139;REVB=-0.00315174;RO=78;SAF=24;SAR=32;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194446;STB=0.516687;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00229439;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:78:78:56:57:0.422222:32:24:32:46:32:25:32:46 chr6 57398157 . A G 502.59 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0142742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.662;QD=14.5679;RBI=0.0148005;REFB=-0.0198046;REVB=0.00391201;RO=82;SAF=24;SAR=32;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150493;STB=0.508472;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0300579;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:82:56:56:0.405797:32:24:34:48:32:24:34:48 chr6 57398163 . A G 554.32 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=145;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00695025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.546;QD=15.2914;RBI=0.0198673;REFB=-0.0122144;REVB=-0.0186119;RO=85;SAF=26;SAR=34;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230053;STB=0.512913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0261579;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:85:85:60:60:0.413793:34:26:35:50:34:26:35:50 chr6 57398201 . T C 649.09 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.04647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.8887;QD=15.4545;RBI=0.0481881;REFB=-0.00951808;REVB=-0.0127526;RO=96;SAF=31;SAR=41;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723332;STB=0.504041;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0228916;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:96:96:72:72:0.428571:41:31:42:54:41:31:42:54 chr6 57398207 . G T 64.25 PASS AF=0.101695;AO=18;DP=177;FAO=18;FDP=177;FR=.;FRO=159;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=91;FWDB=0.00563979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0385;QD=1.45192;RBI=0.0236409;REFB=-0.00379071;REVB=0.0229583;RO=159;SAF=9;SAR=9;SRF=68;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087557;STB=0.564901;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0415941;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:177:177:159:159:18:18:0.101695:9:9:68:91:9:9:68:91 chr6 57398226 . T G 343.72 PASS AF=0.321678;AO=43;DP=173;FAO=46;FDP=143;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0426169;FXX=0.187489;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6288;QD=9.61454;RBI=0.058293;REFB=-0.011647;REVB=0.0397728;RO=96;SAF=14;SAR=29;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153927;STB=0.59206;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.025686;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:143:96:97:43:46:0.321678:29:14:43:53:31:15:44:53 chr6 57398264 . A G 687.15 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0145763;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.873;QD=17.7329;RBI=0.01468;REFB=-0.00767766;REVB=0.00174243;RO=82;SAF=29;SAR=44;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100022;STB=0.55544;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00847479;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:82:82:73:73:0.470968:44:29:41:41:44:29:41:41 chr6 57398270 . C T 150.53 PASS AF=0.176471;AO=27;DP=153;FAO=27;FDP=153;FR=.;FRO=126;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=0.00890754;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.024;QD=3.93539;RBI=0.0129993;REFB=-0.0104679;REVB=-0.00946769;RO=126;SAF=14;SAR=13;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104817;STB=0.567245;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0367313;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:126:126:27:27:0.176471:13:14:55:71:13:14:55:71 chr6 57467084 . A G 152.01 PASS AF=0.177215;AO=28;DP=158;FAO=28;FDP=158;FR=.;FRO=130;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=-0.0123718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.539;QD=3.84825;RBI=0.0128031;REFB=-0.00439059;REVB=0.0032953;RO=130;SAF=20;SAR=8;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272963;STB=0.676562;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.01655;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:130:130:28:28:0.177215:8:20:66:64:8:20:66:64 chr6 57467093 . A G 152.38 PASS AF=0.173653;AO=29;DP=168;FAO=29;FDP=167;FR=.;FRO=138;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=67;FWDB=0.0140001;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.398;QD=3.64971;RBI=0.0188939;REFB=-0.00404997;REVB=0.0126876;RO=138;SAF=21;SAR=8;SRF=71;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279124;STB=0.681393;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0221856;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:138:138:29:29:0.173653:8:21:71:67:8:21:71:67 chr6 57467100 . G C 833.48 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00112367;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.741;QD=20.0838;RBI=0.0117426;REFB=-0.0190575;REVB=0.0116887;RO=81;SAF=45;SAR=39;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043535;STB=0.505617;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0166329;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:81:82:84:84:0.506024:39:45:43:38:39:45:43:39 chr6 57467107 . C T 130.68 PASS AF=0.159509;AO=26;DP=163;FAO=26;FDP=163;FR=.;FRO=137;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=-0.00835814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.612;QD=3.20683;RBI=0.02578;REFB=-0.0062154;REVB=-0.0243875;RO=137;SAF=18;SAR=8;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262965;STB=0.673569;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0362266;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:137:137:26:26:0.159509:8:18:67:70:8:18:67:70 chr6 57467175 . A G 389.35 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.0126947;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.961;QD=11.7097;RBI=0.0139271;REFB=-0.00915548;REVB=-0.00572793;RO=86;SAF=21;SAR=26;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138133;STB=0.579031;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0133103;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:86:47:47:0.353383:26:21:49:37:26:21:49:37 chr6 57512476 . G A 1427.02 PASS AF=0.543307;AO=138;DP=254;FAO=138;FDP=254;FR=.;FRO=116;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=-0.0183568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.799;QD=22.4727;RBI=0.0183572;REFB=-0.0137359;REVB=-0.000132342;RO=115;SAF=68;SAR=70;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459454;STB=0.522981;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0106906;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:115:116:138:138:0.543307:70:68:63:52:70:68:63:53 chr6 57512510 . T G 4053.5 PASS AF=0.970803;AO=265;DP=274;FAO=266;FDP=274;FR=.;FRO=8;FSAF=138;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0129002;FXX=0.00363623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.351;QD=59.1751;RBI=0.0389884;REFB=-0.0761699;REVB=0.0367924;RO=5;SAF=137;SAR=128;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111956;STB=0.511503;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000456053;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:274:274:5:8:265:266:0.970803:128:137:1:4:128:138:1:7 chr6 57512529 . C A 250.26 PASS AF=0.174545;AO=47;DP=274;FAO=48;FDP=275;FR=.;FRO=227;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=116;FSRR=111;FWDB=0.00124298;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.055;QD=3.6401;RBI=0.0251802;REFB=-0.0019405;REVB=-0.0251495;RO=226;SAF=23;SAR=24;SRF=115;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251743;STB=0.509087;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00834296;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:226:227:47:48:0.174545:24:23:115:111:24:24:116:111 chr6 57512565 . T C 1152.0 PASS AF=0.502146;AO=100;DP=217;FAO=117;FDP=233;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.0413023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.939;QD=19.7768;RBI=0.0439821;REFB=-0.0108657;REVB=-0.0151178;RO=116;SAF=34;SAR=66;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219345;STB=0.566325;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00858324;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:233:116:116:100:117:0.502146:66:34:65:51:67:50:65:51 chr6 57512678 . G A 226.23 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.112752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2789;QD=17.0739;RBI=0.112754;REFB=-0.0399138;REVB=0.000581343;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318383;STB=0.680166;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.053022;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:18:7:17:11:18:7:17:11 chr6 58141869 . C T 163.89 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00735322;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.065;QD=7.36584;RBI=0.0108891;REFB=-0.000500021;REVB=-0.00803139;RO=65;SAF=14;SAR=9;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860066;STB=0.509775;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000936959;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:66:23:23:0.258427:9:14:40:25:9:14:41:25 chr6 58141876 . C T 857.23 PASS AF=0.731183;AO=68;DP=93;FAO=68;FDP=93;FR=.;FRO=25;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0093833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.948;QD=36.8701;RBI=0.0186621;REFB=-0.0112325;REVB=-0.0161316;RO=25;SAF=43;SAR=25;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412132;STB=0.502212;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00472506;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:25:25:68:68:0.731183:25:43:16:9:25:43:16:9 chr6 58141878 . A G 181.12 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00864227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.904;QD=7.62626;RBI=0.0111328;REFB=-0.00713544;REVB=-0.00701786;RO=70;SAF=16;SAR=9;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336738;STB=0.520309;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0309209;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:70:25:25:0.263158:9:16:43:27:9:16:43:27 chr6 58141886 . G C 1482.54 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132213;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.722;QD=61.1356;RBI=0.0270274;REFB=-0.0375718;REVB=0.0235728;RO=2;SAF=59;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158021;STB=0.508332;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00040084;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:36:59:2:0:36:59:2:0 chr6 58141920 . G C 148.46 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.00812741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.323;QD=6.25101;RBI=0.0104569;REFB=-0.00748227;REVB=-0.00657968;RO=73;SAF=14;SAR=8;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083559;STB=0.50515;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0232724;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:73:73:22:22:0.231579:8:14:46:27:8:14:46:27 chr6 58141935 . T C 85.4 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.000456399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7969;QD=4.11551;RBI=0.0368471;REFB=-0.0005989;REVB=-0.0368442;RO=68;SAF=12;SAR=3;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254839;STB=0.670406;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00107034;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:68:68:15:15:0.180723:3:12:43:25:3:12:43:25 chr6 58141946 . C T 208.45 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0682922;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3874;QD=11.2675;RBI=0.108574;REFB=-0.0167076;REVB=0.0844063;RO=48;SAF=17;SAR=8;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690313;STB=0.520392;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0312381;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:48:25:26:0.351351:8:17:30:18:9:17:30:18 chr6 58164635 . T C 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0154548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9368;QD=7.94669;RBI=0.016335;REFB=-0.000140881;REVB=0.00528981;RO=51;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345152;STB=0.705368;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000741065;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:7:13:18:33:7:13:18:33 chr6 58182701 . C T 646.78 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.000555405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.058;QD=21.5594;RBI=0.00362463;REFB=-0.00403025;REVB=-0.00358182;RO=55;SAF=30;SAR=34;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187158;STB=0.506268;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00395996;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:56:64:64:0.533333:34:30:27:28:34:30:27:29 chr6 58196684 . G A 678.08 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0369506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.887;QD=56.5065;RBI=0.0377911;REFB=-0.0454176;REVB=-0.0079261;RO=3;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285156;STB=0.515574;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0021518;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:44:45:0.9375:19:25:1:2:19:26:1:2 chr6 62283016 . T G 133.53 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00770207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.957;QD=15.26;RBI=0.0091583;REFB=-0.0172367;REVB=0.00495504;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.58916;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00920722;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:11:4:7:12:11:4:8:12 chr6 62284247 . T G 335.42 PASS AF=0.383178;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0124066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5103;QD=12.5392;RBI=0.018139;REFB=-0.0156043;REVB=-0.0132325;RO=63;SAF=26;SAR=14;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360862;STB=0.508553;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0259442;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:63:66:40:41:0.383178:14:26:39:24:15:26:41:25 chr6 62284487 . C T 333.18 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0174438;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.686;QD=11.8993;RBI=0.0312165;REFB=-0.00851358;REVB=-0.0258879;RO=67;SAF=24;SAR=17;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642068;STB=0.550866;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0167375;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:67:71:41:41:0.366071:17:24:43:24:17:24:47:24 chr6 62284512 . T C 222.2 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.0128358;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.78;QD=8.30657;RBI=0.0251428;REFB=-0.00241718;REVB=-0.0216194;RO=76;SAF=22;SAR=9;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545453;STB=0.532363;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0080186;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:76:76:31:31:0.28972:9:22:51:25:9:22:51:25 chr6 62390916 . T C 448.49 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00960474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.034;QD=18.6869;RBI=0.0116016;REFB=-0.016444;REVB=-0.00650746;RO=51;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630068;STB=0.503511;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0181716;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:25:20:23:28:25:20:23:28 chr6 62442604 . A G 387.22 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0363133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7282;QD=23.8287;RBI=0.0367582;REFB=-0.00717129;REVB=0.00570169;RO=25;SAF=23;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107255;STB=0.567865;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00514032;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:25:27:37:38:0.584615:14:23:12:13:15:23:12:15 chr6 62604735 . G A 175.36 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0359552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7619;QD=20.0406;RBI=0.0378203;REFB=-0.0119811;REVB=-0.01173;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247442;STB=0.627306;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0063746;OID=.;OPOS=62604735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:17:18:18:0.514286:12:6:10:6:12:6:10:7 chr6 62887099 . C T 253.09 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0311342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7639;QD=15.1099;RBI=0.0757781;REFB=-0.0305059;REVB=-0.0690868;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572258;STB=0.539541;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0325538;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:29:29:0.432836:14:15:17:20:14:15:17:21 chr6 63921853 . A G 467.32 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0199862;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.94;QD=22.2535;RBI=0.0346925;REFB=-0.0250903;REVB=-0.028357;RO=39;SAF=27;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135378;STB=0.507459;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0169387;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:18:27:24:15:18:27:24:15 chr6 63921873 . A T 405.53 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0129822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.539;QD=19.7818;RBI=0.0146838;REFB=-0.0122741;REVB=-0.0068612;RO=41;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923121;STB=0.551098;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0105548;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:17:24:28:13:17:24:28:13 chr6 63921924 . A G 956.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.078;QD=58.8707;RBI=0.0553523;REFB=0;REVB=-0.00960314;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91105e-05;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:27:35:0:0:27:38:0:0 chr6 63922023 . C T 203.85 PASS AF=0.45098;AO=20;DP=56;FAO=23;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0112364;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.172;QD=15.9885;RBI=0.0115442;REFB=0.000840676;REVB=0.00264786;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180259;STB=0.606232;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00171564;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:51:21:28:20:23:0.45098:12:8:8:13:15:8:15:13 chr6 63922282 . G T 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0235871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.17;QD=17.6162;RBI=0.0271945;REFB=-0.0133508;REVB=-0.0135347;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130291;STB=0.592757;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0147289;OID=.;OPOS=63922282;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:27:24:24:0.470588:10:14:11:14:10:14:11:16 chr6 63922820 . G A 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0001656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1727;QD=13.4158;RBI=0.0176456;REFB=-0.000903055;REVB=0.0176448;RO=37;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258885;STB=0.514839;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0017666;OID=.;OPOS=63922820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:20:5:8:29:20:5:8:29 chr6 63922916 . T C 223.81 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0585545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1583;QD=34.4322;RBI=0.0628503;REFB=-0.0542878;REVB=0.0228369;RO=6;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153229;STB=0.583258;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0141401;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:15:5:0:6:15:5:0:6 chr6 64498055 . T A 219.75 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00206747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9543;QD=17.5801;RBI=0.00240902;REFB=0.00853725;REVB=-0.00123652;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133157;STB=0.584761;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0130459;OID=.;OPOS=64498055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:12:10:16:11:12:10:17:11 chr6 65016977 . TGAGA T,TGA 340.24 PASS AF=0.4,0.6;AO=8,14;DP=28;FAO=10,15;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5,4;FSAR=5,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012377,0.0691028;FXX=0.107105;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=89.1103,81.6139;QD=54.4387;RBI=0.0184144,0.130343;REFB=0,0;REVB=0.0136346,0.110518;RO=0;SAF=4,4;SAR=4,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.63386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0810555,0.0351624;OID=.,.;OPOS=65016978,65016978;OREF=GAGA,GA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:8,14:28:10,15:25:0:5,4:5,11:0:0:76:0:4,4:4,10:0:0 chr6 65300516 . T G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000747033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.73;QD=12.7914;RBI=0.00280494;REFB=0.00149856;REVB=-0.00270363;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221375;STB=0.630163;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00202105;OID=.;OPOS=65300516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:13:10:9:5:13:10 chr6 65301504 . A G 1189.92 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114858;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.451;QD=58.7613;RBI=0.0411502;REFB=-0.205562;REVB=0.0395147;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.501752;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000988307;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:78:79:0.975309:44:34:0:1:45:34:1:1 chr6 65622463 . A G 94.38 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0253603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9154;QD=10.7865;RBI=0.0260281;REFB=0.00417404;REVB=0.00585842;RO=22;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324713;STB=0.732835;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00633505;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:11:1:5:17:11:1:6:17 chr6 66005888 . C T 1714.64 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.651;QD=59.6395;RBI=0.0176732;REFB=0.0241374;REVB=-0.00994091;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855555;STB=0.504504;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=1.07388e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:59:55:1:0:59:55:1:0 chr6 66005970 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.416;QD=58.0606;RBI=0.0262908;REFB=0;REVB=-0.00615691;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03895e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr6 66063513 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.425;QD=54.5177;RBI=0.017107;REFB=0;REVB=0.00160668;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200831;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr6 66112409 . A G 260.98 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0262141;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9017;QD=16.8373;RBI=0.0263876;REFB=-0.019645;REVB=0.00302121;RO=32;SAF=23;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295812;STB=0.678148;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0293715;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:33:29:29:0.467742:6:23:17:15:6:23:17:16 chr6 69666684 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.947;QD=62.3503;RBI=0.0458675;REFB=0;REVB=-0.0298906;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23809e-05;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr6 70071173 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.513;QD=59.4331;RBI=0.021711;REFB=0;REVB=-0.0041839;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130167;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr6 70778297 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0758002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.807;QD=11.2961;RBI=0.0780318;REFB=-0.00515025;REVB=-0.0185284;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062033;STB=0.53644;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00965487;OID=.;OPOS=70778297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:17:17:8:10:17:17 chr6 70778378 . GC CT 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00106054;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.465;QD=9.53601;RBI=0.0101507;REFB=-0.0216606;REVB=0.0100952;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524135;STB=0.811303;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0254853;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:7:20:3:9:7:20 chr6 70812123 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0216725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.745;QD=16.6272;RBI=0.0232088;REFB=-0.00313589;REVB=-0.00830367;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162267;STB=0.592887;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00327128;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:4:10:7:6:4:10 chr6 70856536 . C T 271.79 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=71;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000771395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.306;QD=14.1187;RBI=0.00716631;REFB=-0.00449574;REVB=0.00712468;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067729;STB=0.58204;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0158568;OID=.;OPOS=70856536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:34:44:26:33:0.428571:14:12:18:16:19:14:25:19 chr6 70866609 . C T 407.36 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0334277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1213;QD=15.3719;RBI=0.0386167;REFB=-0.02122;REVB=-0.019335;RO=59;SAF=18;SAR=28;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512323;STB=0.534336;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0273416;OID=.;OPOS=70866609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:60:46:46:0.433962:28:18:26:33:28:18:27:33 chr6 70877980 . G A 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.063144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.155;QD=12.0466;RBI=0.063307;REFB=0.0087823;REVB=-0.00454091;RO=52;SAF=10;SAR=20;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346027;STB=0.702994;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00996533;OID=.;OPOS=70877980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:20:10:34:18:20:10:35:18 chr6 70916888 . A C 933.73 PASS AF=1;AO=52;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.659;QD=58.3582;RBI=0.0271864;REFB=0;REVB=0.00641792;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187393;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:52:64:1:29:23:0:0:34:30:0:0 chr6 70917559 . A AT,T 378.15 PASS AF=1,0;AO=22,4;DP=30;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656222,0.00677919;FXX=0.0689417;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=89.6564,184.973;QD=56.0218;RBI=0.0656334,0.00684372;REFB=0,0;REVB=0.00121206,0.000937632;RO=3;SAF=8,0;SAR=14,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00724724,-0.705357;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000390871,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:27:3:0:22,4:27,0:1,0:14,4:8,0:1:2:18,0:9,0:0:0 chr6 70961833 . T C 207.66 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00249931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.525;QD=18.4585;RBI=0.00629025;REFB=-0.00302228;REVB=0.00577241;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00764795;OID=.;OPOS=70961833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:24:19:21:0.466667:5:14:16:8:7:14:16:8 chr6 70962039 . C T 390.36 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0756965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7423;QD=19.0421;RBI=0.0830036;REFB=0.0190322;REVB=0.0340536;RO=42;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109697;STB=0.560946;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0189768;OID=.;OPOS=70962039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:20:20:16:26:20:20:16:26 chr6 70963124 . A C 159.13 PASS AF=0.2875;AO=20;DP=79;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0315472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.177;QD=7.95655;RBI=0.0324754;REFB=-0.00738618;REVB=0.00770914;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130732;STB=0.540948;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.016773;OID=.;OPOS=70963124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:56:57:20:23:0.2875:10:10:34:22:11:12:33:24 chr6 70963156 . T G 559.84 PASS AF=0.720588;AO=47;DP=67;FAO=49;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00833729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2451;QD=32.9318;RBI=0.083029;REFB=-0.0230536;REVB=0.0826094;RO=19;SAF=24;SAR=23;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364379;STB=0.524885;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0106837;OID=.;OPOS=70963156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:19:19:47:49:0.720588:23:24:11:8:25:24:11:8 chr6 70984436 . A G 503.34 PASS AF=0.504762;AO=52;DP=104;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.042082;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.344;QD=19.1748;RBI=0.0420853;REFB=-0.00182521;REVB=0.000527202;RO=48;SAF=25;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167495;STB=0.514034;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00226479;OID=.;OPOS=70984436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:48:52:52:53:0.504762:27:25:24:24:28:25:26:26 chr6 70989703 . A G 528.45 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0129918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.8074;QD=17.9134;RBI=0.0163362;REFB=-0.000547271;REVB=0.00990385;RO=62;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112943;STB=0.557946;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000504699;OID=.;OPOS=70989703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:62:62:55:56:0.474576:30:25:21:41:31:25:21:41 chr6 71238105 . A G 433.6 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542574;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.651;QD=57.8135;RBI=0.0800335;REFB=0;REVB=0.0588344;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687157;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr6 71546702 . C T 439.48 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0131939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9785;QD=21.974;RBI=0.0131971;REFB=0.0102004;REVB=0.000293373;RO=36;SAF=16;SAR=27;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199407;STB=0.616095;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00868134;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:27:16:22:14:27:16:23:14 chr6 71547572 . A T 709.73 PASS AF=0.622642;AO=66;DP=105;FAO=66;FDP=106;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.056403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.508;QD=26.7822;RBI=0.0585651;REFB=-0.0161933;REVB=-0.0157662;RO=39;SAF=25;SAR=41;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014477;STB=0.501519;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.006293;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:39:40:66:66:0.622642:41:25:14:25:41:25:15:25 chr6 71569090 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0113955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.964;QD=15.2557;RBI=0.0122056;REFB=0.000682367;REVB=0.00437269;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353744;STB=0.70251;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000642247;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:21:9:13:7:21:9 chr6 72889472 . A G 380.86 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0628711;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.846;QD=14.3719;RBI=0.0635512;REFB=-0.0125078;REVB=0.00927243;RO=55;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365086;STB=0.517234;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0177409;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:55:62:44:44:0.415094:24:20:23:32:24:20:30:32 chr6 72892257 . A G 189.72 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0607;QD=47.4299;RBI=0.0352872;REFB=0;REVB=-0.0269446;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52455e-05;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr6 72962508 . G C 64.84 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=50;FWDB=0.00222012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8053;QD=3.55262;RBI=0.0265514;REFB=-0.0142316;REVB=0.0264584;RO=61;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128677;STB=0.584033;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0735425;OID=.;OPOS=72962508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:9:3:11:50:9:3:11:50 chr6 73102442 . C T 415.3 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00870997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2533;QD=19.3162;RBI=0.0783928;REFB=-0.0138405;REVB=-0.0779074;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681535;STB=0.537921;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0134293;OID=.;OPOS=73102442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:17:25:23:21:17:25:23:21 chr6 74073531 . C G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.931;QD=58.1402;RBI=0.077634;REFB=0;REVB=0.0730354;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328785;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr6 74079024 . A G 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.09189e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.604;QD=63.6128;RBI=0.00772121;REFB=0;REVB=0.00772067;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3467e-06;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr6 74079041 . A C 1514.83 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0549;QD=62.4673;RBI=0.0537931;REFB=-0.132899;REVB=0.0516888;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938984;STB=0.504853;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00206833;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:50:45:0:1:51:45:0:1 chr6 74079406 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0476913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.152;QD=8.73784;RBI=0.0480681;REFB=-0.00632112;REVB=0.00600697;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162054;STB=0.585171;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0161432;OID=.;OPOS=74079406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:3:6:10:9:3:6:11:9 chr6 74125875 . A G 632.61 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0392851;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.66;QD=48.662;RBI=0.0514613;REFB=-0.159564;REVB=0.0332406;RO=4;SAF=22;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422292;STB=0.522499;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00142145;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:4:4:48:48:0.923077:26:22:3:1:26:22:3:1 chr6 74125888 . A G 656.26 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.802;QD=57.0657;RBI=0.0369065;REFB=-0.00600637;REVB=-0.000983122;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527765;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000343413;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:46:0:2:43:44:0.956522:27:16:0:0:27:17:2:0 chr6 74135016 . C T 172.07 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0502165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0954;QD=18.1126;RBI=0.0510752;REFB=0.000531933;REVB=0.00932614;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121163;STB=0.581306;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00316839;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:8:10:8:11:8:10:8:12 chr6 74155291 . C T 590.81 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00320418;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.984;QD=24.6169;RBI=0.00659333;REFB=-0.00988646;REVB=0.0057624;RO=41;SAF=33;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129967;STB=0.570728;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00530018;OID=.;OPOS=74155291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:42:53:54:0.5625:20:33:19:22:21:33:19:23 chr6 74161801 . G T 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0482264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0232;QD=18.6457;RBI=0.0804102;REFB=-0.016802;REVB=0.0643429;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401854;STB=0.728845;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0199217;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:10:3:10:4:10:3 chr6 74176110 . A T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0378339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.864;QD=5.00569;RBI=0.045702;REFB=-0.0119829;REVB=-0.0256372;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422677;STB=0.78843;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0476131;OID=.;OPOS=74176110;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:11:11:1:5:11:11 chr6 74354175 . C T 229.41 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0020662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0077;QD=22.3811;RBI=0.0383528;REFB=-0.00575178;REVB=-0.0382971;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231539;STB=0.630416;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00493031;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:16:6:10:9:16:6:10:9 chr6 74490168 . T C 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0236891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.585;QD=2.28754;RBI=0.0237484;REFB=0.00291216;REVB=0.00167605;RO=53;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182389;STB=0.641813;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0175395;OID=.;OPOS=74490168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:53:54:7:7:0.114754:3:4:22:31:3:4:22:32 chr6 74521947 . C T 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0167598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.447;QD=24.5159;RBI=0.0510356;REFB=-0.0046275;REVB=-0.0482052;RO=21;SAF=21;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243435;STB=0.629109;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00248422;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:6:21:11:10:6:21:12:10 chr6 74533192 . T G 260.33 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0179457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6683;QD=24.7933;RBI=0.0467193;REFB=-0.00954715;REVB=-0.0431352;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491305;STB=0.52725;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0146434;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:8:16:13:5:8:16:13:5 chr6 75797302 . C T 340.36 PASS AF=0.48;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0307154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5751;QD=18.1523;RBI=0.0806805;REFB=-0.0142365;REVB=0.074605;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848956;STB=0.533315;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0103778;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:39:35:36:0.48:18:17:23:17:18:18:22:17 chr6 75841722 . A T 209.78 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0108796;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.3;QD=9.53534;RBI=0.0208433;REFB=-0.00180115;REVB=-0.0177786;RO=61;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699405;STB=0.541146;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00526199;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:61:61:27:27:0.306818:13:14:28:33:13:14:28:33 chr6 75884902 . AC A 37.51 PASS AF=0.175182;AO=25;DP=140;FAO=24;FDP=137;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=0.142932;FXX=0.021427;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.8597;QD=1.09519;RBI=0.145733;REFB=-0.00330515;REVB=0.0284346;RO=106;SAF=6;SAR=19;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261402;STB=0.674544;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=-0.00729106;OID=.;OPOS=75884903;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175182:25:140:24:137:113:6:18:50:63:37:106:6:19:45:61 chr6 76138146 . C CAG 873.15 PASS AF=0.878378;AO=64;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0394769;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.989;QD=47.1973;RBI=0.0401084;REFB=-0.0958804;REVB=0.00708974;RO=9;SAF=33;SAR=31;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868596;STB=0.544756;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.0122797;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878378:64:74:65:74:9:34:31:8:1:42:9:33:31:8:1 chr6 76163651 . G T 58.48 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0818396;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.981;QD=12.3108;RBI=0.0832427;REFB=-0.0079936;REVB=-0.0152192;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00817469;OID=.;OPOS=76163651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:5:6:5:3:5:6 chr6 76369054 . A G 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.721;QD=59.8495;RBI=0.0401951;REFB=0;REVB=0.0346944;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172721;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr6 76640781 . C T 476.66 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0260686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9022;QD=16.7251;RBI=0.0434399;REFB=-0.00511544;REVB=0.0347484;RO=62;SAF=28;SAR=24;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021866;STB=0.51219;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00783389;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:24:28:32:30:24:28:32:30 chr6 76660551 . G C 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5789;QD=57.3826;RBI=0.0505656;REFB=0;REVB=0.0170953;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598934;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr6 78172260 . C G 112.33 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0155589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.199;QD=8.47773;RBI=0.0403074;REFB=-0.00322675;REVB=-0.0371835;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213001;STB=0.616766;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00390983;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:38:15:15:0.283019:8:7:24:13:8:7:24:14 chr6 78172992 . G A 428.01 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00324906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.747;QD=19.4551;RBI=0.0115422;REFB=-0.0182756;REVB=0.0110755;RO=43;SAF=15;SAR=28;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453679;STB=0.516121;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0261938;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:45:43:43:0.488636:28:15:17:26:28:15:17:28 chr6 79595097 . A G 537.24 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.702;QD=59.6938;RBI=0.0245325;REFB=0;REVB=0.0135025;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163061;OID=.;OPOS=79595097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr6 79595167 . A ACTTAT 233.93 PASS AF=0.709677;AO=20;DP=32;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0236557;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=262.972;QD=30.1839;RBI=0.0408276;REFB=-0.0182393;REVB=-0.0332762;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509546;STBP=0.856;TYPE=ins;VARB=0.00375431;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.709677:20:32:22:31:9:14:8:6:3:63:10:12:8:6:4 chr6 79612744 . CA C 164.98 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0046309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8795;QD=10.4749;RBI=0.113842;REFB=-0.0132274;REVB=0.113748;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112418;STB=0.55928;STBP=0.429;TYPE=del;VARB=0.0227377;OID=.;OPOS=79612745;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:27:63:28:63:35:13:15:20:15:99:34:12:15:19:15 chr6 79656562 . A T 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00536321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.324;QD=18.3093;RBI=0.00741718;REFB=-0.00613544;REVB=-0.00512353;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146717;STB=0.575631;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00498549;OID=.;OPOS=79656562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:15:22:17:22:15:22:18:22 chr6 79656570 . G A 964.59 PASS AF=0.971014;AO=68;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00895893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3765;QD=55.918;RBI=0.0242101;REFB=0.0330916;REVB=0.0224915;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.500216;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00298212;OID=.;OPOS=79656570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:68:67:0.971014:34:34:1:0:33:34:1:1 chr6 79675701 . A G 378.56 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00821455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5072;QD=19.1673;RBI=0.0204151;REFB=-0.0226874;REVB=0.0186896;RO=40;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566578;STB=0.53148;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0255617;OID=.;OPOS=79675701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:21:18:16:24:21:18:16:24 chr6 79708000 . A C 707.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9339;QD=62.875;RBI=0.0956369;REFB=0;REVB=-0.00548665;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131598;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr6 79918309 . G A 573.85 PASS AF=0.867925;AO=47;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0535213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7137;QD=43.3095;RBI=0.0544498;REFB=-0.176788;REVB=0.0100123;RO=6;SAF=23;SAR=24;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108087;STB=0.568598;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0137729;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:53:53:6:7:47:46:0.867925:24:23:6:0:24:22:7:0 chr6 80196498 . T C 778.87 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9812;QD=63.5809;RBI=0.0691155;REFB=0;REVB=0.0517091;RO=1;SAF=32;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117222;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:16:32:1:0:16:33:0:0 chr6 80196848 . C T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.020065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4685;QD=13.849;RBI=0.0250698;REFB=0.00564664;REVB=-0.0150296;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407139;STB=0.523779;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0242518;OID=.;OPOS=80196848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:7:18:12:4:7:18 chr6 80228535 . T G 641.01 PASS AF=0.44586;AO=69;DP=156;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00338262;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.125;QD=16.3314;RBI=0.00357918;REFB=-0.00273159;REVB=0.00116977;RO=86;SAF=30;SAR=39;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00716459;STB=0.503039;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00163552;OID=.;OPOS=80228535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:86:87:69:70:0.44586:39:30:38:48:39:31:39:48 chr6 80228541 . A G 2328.68 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.921;QD=59.7097;RBI=0.0438417;REFB=-0.0778396;REVB=0.0311535;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000205302;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:156:0:1:153:155:0.99359:86:67:0:0:86:69:1:0 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 161.81 PASS AF=0.515152;AO=12;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0106722;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=17;MLLD=498.134;QD=19.6131;RBI=0.0240777;REFB=-0.0265264;REVB=0.0215833;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325913;STB=0.60427;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=0.0246609;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:12:34:17:33:16:11:6:7:9:99:16:9:3:7:9 chr6 80513614 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0491385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2202;QD=19.6969;RBI=0.0689614;REFB=-0.0277673;REVB=0.0483848;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110603;STB=0.562582;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0276725;OID=.;OPOS=80513614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:13:8:11:11:13:8:11:11 chr6 80580034 . C A 49.75 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0377941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.026;QD=2.72596;RBI=0.0557777;REFB=-0.00703203;REVB=-0.0410214;RO=63;SAF=8;SAR=2;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432;STB=0.803745;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0324285;OID=.;OPOS=80580034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:2:8:28:35:2:8:28:35 chr6 80580038 . T G 1036.43 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318164;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.944;QD=59.2245;RBI=0.0350728;REFB=0;REVB=0.0147588;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758579;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr6 80626375 . T C 184.74 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00720035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3416;QD=12.114;RBI=0.0224718;REFB=-0.00999217;REVB=0.021287;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620437;STB=0.525525;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0238257;OID=.;OPOS=80626375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:13:10:14:23:13:10:15:23 chr6 80720538 . CA AC,C 73.85 PASS AF=0,0.32;AO=4,36;DP=100;FAO=0,32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=0,20;FSAR=0,12;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00752368,-0.0331374;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=126.657,7.36874;QD=2.95383;RBI=0.0385592,0.0732324;REFB=-0.00723273,-0.112473;REVB=-0.0378181,0.0653061;RO=51;SAF=0,24;SAR=4,12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.510202,0.228915;STB=0.5,0.596386;STBP=1,0.186;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.129135;OID=.,.;OPOS=80720538,80720539;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:100:100:51:68:4,36:0,32:0,0.32:4,12:0,24:23:28:0,12:0,20:33:35 chr6 80837253 . G T 43.36 PASS AF=0.35;AO=3;DP=16;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0990893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.3513;QD=8.6719;RBI=0.17402;REFB=-0.0655108;REVB=0.143054;RO=13;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576447;STB=0.66611;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.139884;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:16:20:13:13:3:7:0.35:0:3:9:4:1:6:9:4 chr6 82457147 . C G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0138573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.934;QD=18.4268;RBI=0.0140508;REFB=-0.0147281;REVB=-0.00232355;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638389;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0127234;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:12:16:14:14:12:16 chr6 82458639 . G T 484.8 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0197105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.392;QD=21.0784;RBI=0.0486635;REFB=-0.0339521;REVB=-0.044493;RO=45;SAF=16;SAR=31;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234049;STB=0.629609;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0252701;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:31:16:27:18:31:16:27:18 chr6 82461520 . A G 118.5 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.00254894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.66;QD=13.1665;RBI=0.0603972;REFB=-0.00349367;REVB=-0.0603434;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133162;STB=0.576824;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0105389;OID=.;OPOS=82461520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:3:11:19:3:3:11:19:3 chr6 82900811 . G A 300.97 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00255899;FXX=0.0263123;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.158;QD=16.2686;RBI=0.0125896;REFB=-0.0183982;REVB=-0.0123268;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104485;STB=0.558788;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0139303;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:41:41:33:33:0.445946:18:15:23:18:18:15:23:18 chr6 82933309 . C T 222.65 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0333226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9055;QD=19.3604;RBI=0.0340969;REFB=-0.0178638;REVB=0.00722521;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23972;STB=0.642724;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00859716;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:14:7:14:10:15:7:14:10 chr6 83075914 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1702;QD=55.0985;RBI=0.0349317;REFB=0;REVB=0.0293246;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063995;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr6 83076791 . T C 412.88 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0357943;FXX=0.0249969;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3933;QD=21.1732;RBI=0.0454789;REFB=-0.0172972;REVB=0.0280553;RO=36;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433033;STB=0.506377;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0151157;OID=.;OPOS=83076791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:37:41:41:0.525641:15:26:23:13:15:26:23:14 chr6 83078575 . T C 191.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0841205;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9541;QD=21.2258;RBI=0.0887381;REFB=-0.0360746;REVB=0.0282524;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522087;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0370882;OID=.;OPOS=83078575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:7:10:10:9:7:10 chr6 83080386 . C CTTTG 640.89 PASS AF=0.753425;AO=46;DP=73;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00674676;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=4;MLLD=266.954;QD=35.1172;RBI=0.0114389;REFB=0.00305297;REVB=-0.0092374;RO=17;SAF=21;SAR=25;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365796;STB=0.502241;STBP=0.947;TYPE=ins;VARB=-0.000963691;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.753425:46:73:55:73:18:27:28:9:9:99:17:21:25:9:8 chr6 84303342 . T C,G 934.87 PASS AF=0.938462,0.0615385;AO=60,4;DP=64;FAO=61,4;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149719,-0.0330766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.307,89.5455;QD=57.5304;RBI=0.0372157,0.0394498;REFB=0,0;REVB=0.0340713,0.0214994;RO=0;SAF=23,3;SAR=37,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.03034e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00111096,0.0884193;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:64:65:0:0:60,4:61,4:0.938462,0.0615385:37,1:23,3:0:0:38,1:23,3:0:0 chr6 86199233 . A G 1556.47 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.76;QD=59.8644;RBI=0.0275654;REFB=0;REVB=0.0259266;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77491e-05;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr6 86205323 . T G 532.42 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.149;QD=57.5592;RBI=0.240307;REFB=0;REVB=0.239249;RO=2;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540339;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:2:0:35:37:1:8:27:0:2:10:27:0:0 chr6 86351010 . C A 96.84 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0108155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.947;QD=3.87348;RBI=0.011178;REFB=-0.00153712;REVB=-0.00282393;RO=83;SAF=12;SAR=5;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158577;STB=0.605304;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00943831;OID=.;OPOS=86351010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:83:83:17:17:0.17:5:12:49:34:5:12:49:34 chr6 87796233 . G A 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.000735294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.502;QD=8.80942;RBI=0.0356913;REFB=-0.0520118;REVB=-0.0356837;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390901;STB=0.740006;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0515033;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:3:8:2:4:3:8 chr6 87965528 . T C 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0106637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.579;QD=19.345;RBI=0.0201623;REFB=-0.00822447;REVB=-0.0171115;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326485;STB=0.518139;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00655868;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:18:22:24:17:18:22:24:17 chr6 87968565 . A G 150.2 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0938616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.16;QD=20.027;RBI=0.0938822;REFB=-0.00430485;REVB=0.00196868;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206687;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00735939;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:14:15:16:0.533333:11:4:6:6:11:5:7:7 chr6 87970301 . C G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0419583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.172;QD=16.8234;RBI=0.0429349;REFB=-0.0332588;REVB=0.00910541;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0313927;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:1:4:2:5:1:4 chr6 87994015 . A G 93.26 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0375913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0857;QD=19.6344;RBI=0.0866591;REFB=-0.0190939;REVB=0.0780813;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305012;STB=0.672611;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0144928;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:1:7:5:6:1:7 chr6 87994572 . G A 119.32 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00278556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.821;QD=15.396;RBI=0.0145993;REFB=-0.0373887;REVB=-0.0143311;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179374;STB=0.580533;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0665236;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:6:7:6:11:7:7:6:11 chr6 88108048 . AGATG AG,AGAGT 95.82 PASS AF=0.384615,0.0769231;AO=9,2;DP=26;FAO=10,2;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5,2;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.019659,-0.0138181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=170.532,141.008;QD=14.7409;RBI=0.0253747,0.0142986;REFB=-0.0264049,-0.032609;REVB=0.0160436,0.00367572;RO=13;SAF=4,2;SAR=5,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140406,0.637912;STB=0.583171,0.995646;STBP=0.513,0.093;TYPE=del,mnp;VARB=0.0354784,0.099778;OID=.,.;OPOS=88108049,88108051;OREF=GAT,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=AG,AGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0.0769231:9,2:26:10,2:26:14:5,2:5,0:5:9:79:13:4,2:5,0:4:9 chr6 88125542 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0633535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2994;QD=10.8848;RBI=0.064276;REFB=-0.00336246;REVB=0.010851;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750523;STB=0.545351;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00382732;OID=.;OPOS=88125542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:6:9:6:3:6:9 chr6 88182704 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349582;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.576;QD=40.7629;RBI=0.03873;REFB=0;REVB=0.0166714;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015702;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr6 88182756 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00782192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.882;QD=13.2067;RBI=0.0396037;REFB=-0.0311189;REVB=-0.0388236;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213801;OID=.;OPOS=88182756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr6 88221892 . T G 816.19 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0229352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.439;QD=52.6576;RBI=0.0251308;REFB=-0.167755;REVB=0.0102731;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512961;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.001562;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:62:62:0:3:59:59:0.951613:24:35:0:0:24:35:1:2 chr6 88224164 . T C 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.020727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0636;QD=10.8841;RBI=0.0222013;REFB=0.0048744;REVB=0.00795532;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160115;STB=0.59612;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0197445;OID=.;OPOS=88224164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:9:6:5:4:9:6 chr6 88315741 . TA T 1131.83 PASS AF=1;AO=99;DP=120;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215483;FXX=0.0499958;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9568;QD=39.7135;RBI=0.216945;REFB=0;REVB=-0.0251396;RO=12;SAF=42;SAR=57;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00263189;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:120:114:114:0:54:60:0:0:20:12:42:57:12:0 chr6 89388023 . T C 183.08 PASS AF=0.347826;AO=22;DP=67;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00693061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.128;QD=10.6131;RBI=0.0412395;REFB=-0.018818;REVB=0.0406529;RO=45;SAF=3;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379949;STB=0.740499;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.050333;OID=.;OPOS=89388023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:45:45:22:24:0.347826:19:3:17:28:21:3:17:28 chr6 89676206 . T G 311.95 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0030096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7949;QD=29.7099;RBI=0.0545352;REFB=-0.0280987;REVB=-0.0544521;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498618;STB=0.50274;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.014227;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:16:11:6:9:16:11:6:9 chr6 89676500 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5946;QD=23.2175;RBI=0.0355766;REFB=-0.0334858;REVB=0.0169792;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0156082;OID=.;OPOS=89676500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr6 89793894 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.938;QD=57.1062;RBI=0.0259415;REFB=0;REVB=0.0143665;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08741e-05;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr6 89806689 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.217;QD=60.9755;RBI=0.0335895;REFB=0;REVB=0.0320927;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372552;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr6 89806992 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.986;QD=64.4148;RBI=0.0261103;REFB=0;REVB=-0.0257322;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13786e-05;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr6 89888744 . C T 852.42 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193919;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9786;QD=57.7911;RBI=0.0208903;REFB=0;REVB=0.00776904;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300353;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr6 89907873 . G A 1139.18 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365536;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.17;QD=60.756;RBI=0.0367724;REFB=0;REVB=0.00400614;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223252;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr6 89913209 . C T 941.2 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0410726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.687;QD=57.0423;RBI=0.0532848;REFB=-0.154374;REVB=0.0339458;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00062159;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:1:0:33:32:1:0 chr6 89913218 . T A 752.82 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00614162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2933;QD=50.188;RBI=0.0324512;REFB=-0.00526718;REVB=-0.0318647;RO=4;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335968;STB=0.517851;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.000826675;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:27:29:1:3:27:29:1:3 chr6 89926966 . T C 291.61 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0247063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.761;QD=19.4404;RBI=0.0354454;REFB=-0.00219438;REVB=0.0254161;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571282;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00198374;OID=.;OPOS=89926966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:17:14:15:14:17:14:15:14 chr6 89981413 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.379;QD=59.4335;RBI=0.0430877;REFB=0;REVB=-0.0403741;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134456;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 90039670 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.839;QD=62.022;RBI=0.0327909;REFB=0;REVB=0.0225155;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147602;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 90315789 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.47;QD=60.2293;RBI=0.015448;REFB=0;REVB=0.00963343;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5771e-05;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 90326360 . C T 1043.89 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.707;QD=59.6507;RBI=0.0347408;REFB=0;REVB=-0.0207548;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121232;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:34:36:0:0 chr6 90327873 . G A 1044.77 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.111;QD=59.7013;RBI=0.0798526;REFB=0;REVB=0.0798148;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610046;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:36:31:0:0:39:31:0:0 chr6 90333599 . A G 723.23 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0792755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.055;QD=53.5727;RBI=0.08594;REFB=-0.125789;REVB=0.0331826;RO=1;SAF=12;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03761;STB=0.516123;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00176594;OID=.;OPOS=90333599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:50:53:0.981481:38:12:1:0:38:15:1:0 chr6 90334263 . A G 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00287659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.586;QD=7.8973;RBI=0.0329211;REFB=0.00291232;REVB=-0.0327952;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281301;STB=0.675723;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00737039;OID=.;OPOS=90334263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:3:8:15:15:3:8:15:15 chr6 90340276 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.206;QD=60.9782;RBI=0.0366296;REFB=0;REVB=0.0322308;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297124;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 90340637 . C A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.11926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.442;QD=12.7297;RBI=0.121587;REFB=0.00956306;REVB=-0.023674;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00833973;OID=.;OPOS=90340637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:7:5:5:4:7:5 chr6 90362783 . A C 344.79 PASS AF=0.398058;AO=40;DP=102;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.00427867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.908;QD=13.3897;RBI=0.00766232;REFB=-0.0111632;REVB=0.00635642;RO=58;SAF=28;SAR=12;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337693;STB=0.521338;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0164105;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:58:62:40:41:0.398058:12:28:39:19:12:29:42:20 chr6 90371202 . G A 1690.05 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8266;QD=60.359;RBI=0.0239826;REFB=0;REVB=-0.0176567;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72446e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:44:67:0:0:44:68:0:0 chr6 90383870 . G A 70.18 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0117374;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.395;QD=13.3671;RBI=0.137326;REFB=0.00704471;REVB=0.136824;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0041867;OID=.;OPOS=90383870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:21:11:12:9:9:0.428571:3:6:8:3:3:6:8:4 chr6 90388368 . A AT 87.52 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=112;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=55;FWDB=-0.215259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.8811;QD=3.21185;RBI=0.226645;REFB=-0.0426165;REVB=-0.0709325;RO=73;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35194;STB=0.78407;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0117078;OID=.;OPOS=90388369;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293578:32:112:32:109:77:23:9:22:55:87:73:19:13:21:52 chr6 90390443 . C A 216.13 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0729101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.281;QD=37.5885;RBI=0.0736138;REFB=-0.0973305;REVB=-0.0101542;RO=4;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301656;STB=0.666473;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00319559;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:23:23:4:4:19:19:0.826087:15:4:4:0:15:4:4:0 chr6 90402482 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.83;QD=61.8143;RBI=0.0428669;REFB=0.0328556;REVB=0.0403968;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-8.06119e-05;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:1:0:24:25:1:0 chr6 90402840 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.161;QD=47.822;RBI=0.0381924;REFB=0;REVB=0.0300158;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551661;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 90408742 . C T 95.39 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.010875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.449;QD=11.9239;RBI=0.0206839;REFB=-0.00778809;REVB=0.0175943;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150282;STB=0.552543;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0128484;OID=.;OPOS=90408742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:20:20:11:12:0.375:4:7:10:10:5:7:10:10 chr6 90418262 . C T 1626.25 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.932;QD=59.1363;RBI=0.0261423;REFB=-0.153314;REVB=0.0241416;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000169333;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:59:50:0:0:59:50:1:0 chr6 90432674 . CT C 34.15 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.030785;FXX=0.0302939;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.06063;QD=4.26877;RBI=0.277474;REFB=-0.0864649;REVB=0.275761;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882068;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=del;VARB=0.14091;OID=.;OPOS=90432675;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:12:33:13:32:19:6:7:10:9:34:17:6:6:10:7 chr6 90448092 . C T 832.43 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.601;QD=55.4953;RBI=0.0360972;REFB=-0.124591;REVB=0.00619061;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122541;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00137942;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:20:38:1:0:20:39:1:0 chr6 90455084 . A G 658.0 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0469431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.552;QD=59.818;RBI=0.0523315;REFB=-0.132837;REVB=0.0231284;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00220768;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr6 90459454 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.874;QD=60.5101;RBI=0.0230734;REFB=-0.0817003;REVB=0.00346054;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0033894;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:17:28:1:0:17:28:1:0 chr6 90638390 . G A 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00318945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.522;QD=55.5208;RBI=0.0126642;REFB=-0.138572;REVB=-0.012256;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00266212;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:0:1:18:15:0:1 chr6 90638553 . T G 542.17 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771824;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6272;QD=60.2416;RBI=0.0267474;REFB=0;REVB=0.0256096;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497056;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr6 90641522 . T A,C 1704.03 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=4,110;DP=114;FAO=3,111;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=1,60;FSAR=2,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250569,0.00199864;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.5757,128.134;QD=59.7904;RBI=0.0497381,0.0374212;REFB=0,0;REVB=-0.0496749,0.0373678;RO=0;SAF=1,60;SAR=3,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,3.49535e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0126718,0.000362084;OID=.,.;OPOS=90641522,90641522;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:114:114:0:0:4,110:3,111:0.0263158,0.973684:3,50:1,60:0:0:2,51:1,60:0:0 chr6 90660319 . T C 129.26 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0128012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.04;QD=21.5436;RBI=0.0412955;REFB=0.0108316;REVB=-0.0392613;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339143;STB=0.519203;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.013203;OID=.;OPOS=90660319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:6:4:5:9:6:4 chr6 90718533 . T C 50.54 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00667242;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.938;QD=2.80772;RBI=0.00725546;REFB=0.00298796;REVB=0.00284966;RO=53;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282394;STB=0.733422;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0149556;OID=.;OPOS=90718533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:74:72:53:62:10:10:0.138889:3:7:25:28:3:7:26:36 chr6 93967851 . C T 384.97 PASS AF=0.414414;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0129598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.813;QD=13.8728;RBI=0.0141029;REFB=-0.00377128;REVB=-0.00556194;RO=62;SAF=18;SAR=27;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206414;STB=0.514699;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00621982;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:62:65:45:46:0.414414:27:18:26:36:28:18:27:38 chr6 93982124 . A G 262.78 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0164964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.037;QD=15.016;RBI=0.0239954;REFB=-0.00825361;REVB=-0.0174255;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15184;STB=0.585659;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0117698;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:15:15:26:14:15:15:26:14 chr6 94067981 . C T 1483.35 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000838335;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.953;QD=63.8002;RBI=0.0382376;REFB=0;REVB=0.0382284;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486375;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr6 94120219 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.564;QD=57.1773;RBI=0.0326547;REFB=0;REVB=0.0325031;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53644e-05;OID=.;OPOS=94120219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr6 94120639 . T C 545.0 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6577;QD=57.3686;RBI=0.0904005;REFB=-0.0906137;REVB=0.0815055;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00375508;OID=.;OPOS=94120639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:0:1:23:14:0:1 chr6 95156918 . G A 186.62 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0162923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.043;QD=10.514;RBI=0.0172634;REFB=-0.00588297;REVB=0.00570854;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628929;STB=0.548653;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0168861;OID=.;OPOS=95156918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:47:23:24:0.338028:13:10:23:24:14:10:23:24 chr6 96034881 . A ATATG,G 2823.54 PASS AF=0.60101,0.383838;AO=111,78;DP=220;FAO=119,76;FDP=198;FR=.;FRO=3;FSAF=64,17;FSAR=55,59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0390891,0.0431633;FXX=0.095886;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=138.62,79.0943;QD=57.0412;RBI=0.0403613,0.0456376;REFB=-0.134704,-0.0423145;REVB=0.0100535,0.0148229;RO=23;SAF=60,18;SAR=51,60;SRF=21;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122654,-0.329503;STB=0.503188,0.523581;STBP=0.739,0.086;TYPE=ins,snp;VARB=0.030538,0.0131953;OID=.,.;OPOS=96034882,96034881;OREF=-,A;OALT=TATG,G;OMAPALT=ATATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:220:198:23:3:111,78:119,76:0.60101,0.383838:51,60:60,18:21:2:55,59:64,17:2:1 chr6 96035175 . T C 1896.39 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.562;QD=61.6712;RBI=0.0482232;REFB=0;REVB=0.0430437;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139668;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr6 96055915 . G C 3863.15 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029656;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.697;QD=63.8537;RBI=0.0824753;REFB=0;REVB=0.0769591;RO=0;SAF=85;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127609;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:242:0:0:242:242:1:157:85:0:0:157:85:0:0 chr6 96386151 . G A 1507.28 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00171235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.093;QD=58.5352;RBI=0.0126645;REFB=0.034428;REVB=0.0125482;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=8.74069e-06;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:67:35:0:0:67:35:0:1 chr6 96651372 . G A 279.65 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00806387;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.123;QD=23.7996;RBI=0.0210114;REFB=-0.0410865;REVB=-0.0194024;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139454;STB=0.574412;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0293193;OID=.;OPOS=96651372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:24:26:0.553191:12:12:7:14:13:13:7:14 chr6 96651740 . A G 704.37 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0217923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7512;QD=50.3121;RBI=0.0274599;REFB=-0.0594064;REVB=0.0167074;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.50704;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00249214;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:56:56:1:3:52:52:0.928571:28:24:1:0:28:24:1:2 chr6 96652371 . T C 466.77 PASS AF=0.944444;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00205576;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.298;QD=51.8637;RBI=0.0139613;REFB=-0.129252;REVB=0.0138091;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000740275;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:36:1:2:32:34:0.944444:14:18:1:0:15:19:1:1 chr6 96652555 . C T 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0220446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7863;QD=12.2149;RBI=0.0774653;REFB=-0.0164409;REVB=-0.0742624;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652938;STB=0.538411;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0359718;OID=.;OPOS=96652555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:11:16:8:7:11:16 chr6 96652582 . G T 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323515;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.708;QD=61.3547;RBI=0.0326283;REFB=0;REVB=0.00424154;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33456e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 96652706 . G A 750.41 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287782;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.265;QD=63.8648;RBI=0.0288572;REFB=0;REVB=0.0287134;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15642e-05;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr6 96653037 . GT G,GC 2529.78 PASS AF=1,0;AO=34,147;DP=185;FAO=183,0;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=100,0;FSAR=83,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451612,-0.360781;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.8867,20.0536;QD=55.2958;RBI=0.0486875,0.38502;REFB=0,0;REVB=0.0181918,-0.134454;RO=0;SAF=5,92;SAR=29,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.16577e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00245857,0.0350595;OID=.,.;OPOS=96653038,96653038;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:34,147:185:183,0:183:0:100,0:83,0:0:0:15:0:5,92:29,55:0:0 chr6 96653208 . C G 771.38 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114187;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7171;QD=57.1396;RBI=0.0133955;REFB=0;REVB=0.00700386;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8358e-05;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr6 96661315 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.369;QD=35.5748;RBI=0.0621871;REFB=0;REVB=0.0616339;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118322;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 96661410 . A G 557.09 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.039;QD=60.2256;RBI=0.0191713;REFB=0;REVB=0.0163684;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104607;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr6 96662803 . C T 158.69 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0987987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1665;QD=19.8364;RBI=0.10791;REFB=-0.00903512;REVB=-0.0433987;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.618045;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.039605;OID=.;OPOS=96662803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:15:16:17:0.53125:6:10:5:9:7:10:5:10 chr6 96730731 . G C 107.24 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00544106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.935;QD=22.5759;RBI=0.00551205;REFB=-0.00806631;REVB=0.00088176;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.538396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00612305;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:3:4:8:4:3:4 chr6 96999725 . C T 1979.11 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.336;QD=61.8471;RBI=0.0394485;REFB=0;REVB=-0.0391207;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10498e-05;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:124:128:1:66:58:0:0:66:62:0:0 chr6 97052754 . C T 375.95 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00757856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.193;QD=14.6001;RBI=0.0277499;REFB=-0.000922978;REVB=0.026695;RO=59;SAF=24;SAR=19;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546083;STB=0.52485;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00195663;OID=.;OPOS=97052754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:60:43:43:0.417476:19:24:36:23:19:24:36:24 chr6 97058553 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.411;QD=58.4189;RBI=0.017842;REFB=0;REVB=0.0127671;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47588e-05;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr6 97058567 . A G 231.02 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00350752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.175;QD=16.5016;RBI=0.0196562;REFB=0.00117652;REVB=0.0193407;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780541;STB=0.551493;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.001096;OID=.;OPOS=97058567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:12:14:18:11:12:14:19:11 chr6 97063522 . C G 1434.24 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9325;QD=63.0435;RBI=0.0598115;REFB=0;REVB=-0.0585573;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030354;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr6 97063555 . A G 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.651;QD=63.0491;RBI=0.00740381;REFB=0;REVB=-0.00667075;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5701e-05;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr6 97339078 . A G 1438.39 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.046026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.633;QD=61.8663;RBI=0.0562028;REFB=-0.102254;REVB=0.0322547;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.505493;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000728133;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:45:47:0:0:45:47:0:1 chr6 97339088 . C T 1529.64 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2948;QD=63.7351;RBI=0.0562769;REFB=0;REVB=-0.0384843;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428984;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr6 99284244 . G A 391.49 PASS AF=0.377193;AO=40;DP=112;FAO=43;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.0130056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.853;QD=13.7365;RBI=0.0143767;REFB=-0.00848024;REVB=0.00612713;RO=60;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145603;STB=0.584657;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0180126;OID=.;OPOS=99284244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:60:67:40:43:0.377193:22:18:19:41:23:20:22:45 chr6 99728442 . A G 488.47 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00362901;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.707;QD=17.9255;RBI=0.00417976;REFB=-0.00453646;REVB=0.00207382;RO=53;SAF=36;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196946;STB=0.625382;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00481892;OID=.;OPOS=99728442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:57:51:52:0.477064:15:36:27:26:15:37:28:29 chr6 99771540 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.034;QD=56.7049;RBI=0.0111688;REFB=0;REVB=-0.00961306;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8322e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 99817601 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.186;QD=56.9377;RBI=0.0208369;REFB=0;REVB=-0.0126667;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29645e-05;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr6 99842056 . C A 100.97 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.000546221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.997;QD=8.41383;RBI=0.014976;REFB=-0.0113328;REVB=0.014966;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117685;STB=0.578833;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0360712;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:5:8:24:10:5:8:25:10 chr6 99883694 . T C 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00132848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.605;QD=13.3679;RBI=0.0026948;REFB=-0.00659155;REVB=0.00234459;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087494;STB=0.550964;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0127481;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:18:13:9:9:18:13 chr6 99883704 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.36;QD=63.2858;RBI=0.014029;REFB=0;REVB=0.013824;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88556e-05;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr6 100868721 . G A 612.4 PASS AF=0.438356;AO=63;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0165911;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7652;QD=16.7781;RBI=0.0245289;REFB=0.00169314;REVB=0.0180667;RO=69;SAF=35;SAR=28;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731485;STB=0.540065;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00513042;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:82:63:64:0.438356:28:35:33:36:29:35:39:43 chr6 100868779 . G T 522.94 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0161554;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5155;QD=15.9676;RBI=0.0351652;REFB=-0.0183057;REVB=0.0312346;RO=72;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022077;STB=0.509563;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.04614;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:72:74:57:57:0.435115:31:26:33:39:31:26:35:39 chr6 100964147 . G C 1387.44 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00250184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.609;QD=60.3237;RBI=0.0243295;REFB=0.0575501;REVB=0.0242005;RO=0;SAF=60;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.000384937;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:0:2:90:90:0.978261:30:60:0:0:30:60:1:1 chr6 101094554 . A G 281.92 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00573001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.985;QD=14.645;RBI=0.0136596;REFB=-0.0206989;REVB=0.0123996;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154143;STB=0.587415;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0241189;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:19:13:25:20:19:13:25:20 chr6 101166095 . G A 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0193689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.002;QD=11.5436;RBI=0.0201706;REFB=-0.00695544;REVB=0.00563012;RO=66;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186381;STB=0.607496;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0103674;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:15:19:26:40:15:19:26:40 chr6 105300250 . A G 340.85 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.279;QD=54.5365;RBI=0.0374791;REFB=0;REVB=0.0293716;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180197;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr6 105526774 . G T 96.68 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0193529;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.493;QD=11.3737;RBI=0.0340836;REFB=0.000956852;REVB=0.0280563;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234759;STB=0.639198;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00145136;OID=.;OPOS=105526774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:8:14:5:7:8:14 chr6 105530994 . GTA G,GTG 403.97 PASS AF=0.5,0.106061;AO=33,7;DP=68;FAO=33,7;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=20,3;FSAR=13,4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00733364,0.0266599;FXX=0.0294074;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=254.787,60.0052;QD=24.4831;RBI=0.0165408,0.027336;REFB=-0.0133643,-0.0250194;REVB=0.0148262,0.00604228;RO=25;SAF=20,3;SAR=13,4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0614234,-0.294217;STB=0.522245,0.671813;STBP=0.726,0.329;TYPE=del,snp;VARB=0.00973804,0.00586142;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.106061:33,7:68:33,7:66:26:20,3:13,4:17:9:99:25:20,3:13,4:17:8 chr6 106352349 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.317;QD=63.583;RBI=0.0616777;REFB=0;REVB=0.0607889;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252469;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr6 106536253 . G A 493.39 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.000312838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.089;QD=23.2184;RBI=0.0161373;REFB=-0.0160325;REVB=0.0161343;RO=38;SAF=23;SAR=24;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163788;STB=0.589707;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0155436;OID=.;OPOS=106536253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:24:23:11:27:24:23:11:27 chr6 106555710 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.021262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.221;QD=11.2571;RBI=0.0213273;REFB=-0.00432799;REVB=0.00166766;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252187;STB=0.649658;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00546528;OID=.;OPOS=106555710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:3:9:4:4:3:9 chr6 106555991 . C T 193.99 PASS AF=0.328947;AO=23;DP=74;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0177309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.942;QD=10.2098;RBI=0.0181238;REFB=-0.00967465;REVB=0.00375339;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105233;STB=0.532744;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0323549;OID=.;OPOS=106555991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:51:51:23:25:0.328947:11:12:22:29:13:12:22:29 chr6 106959424 . A G 337.52 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340852;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7669;QD=54.0023;RBI=0.0368079;REFB=0;REVB=0.0138933;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330396;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:16:7:0:0:18:7:0:0 chr6 106959999 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103655;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.414;QD=33.4285;RBI=0.0434471;REFB=0;REVB=-0.0421925;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295889;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr6 106960447 . G A 143.96 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.220523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2331;QD=44.2944;RBI=0.221315;REFB=0;REVB=0.0187026;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466541;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:9:4:0:0 chr6 106987370 . A C 1309.4 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00561792;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.468;QD=60.9024;RBI=0.0302342;REFB=0.124593;REVB=0.0297077;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011146;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000516544;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:43:42:1:0:43:42:1:0 chr6 106992464 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000977854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.505;QD=60.9786;RBI=0.0236058;REFB=0;REVB=0.0235856;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40291e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 107016731 . T C 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0137325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.264;QD=21.4483;RBI=0.0138422;REFB=-0.00504215;REVB=0.00173912;RO=36;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941186;STB=0.552064;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00613828;OID=.;OPOS=107016731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:26:15:17:19:26:15:17:19 chr6 107019880 . A G 260.08 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0170654;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.522;QD=23.118;RBI=0.0240797;REFB=-0.0197707;REVB=0.0169884;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277624;STB=0.505699;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.019639;OID=.;OPOS=107019880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:21:24:24:0.533333:10:14:11:9:10:14:12:9 chr6 107076783 . A T 747.83 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0446;QD=56.4403;RBI=0.0192607;REFB=0;REVB=0.00457888;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163964;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:26:27:0:0 chr6 107088231 . C T 67.66 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0131213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.389;QD=15.9207;RBI=0.0178053;REFB=-0.0242559;REVB=0.0120357;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.545357;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0239343;OID=.;OPOS=107088231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:3:5:6:2:3:6:6:2 chr6 107100483 . C T 99.92 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0139757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3108;QD=15.373;RBI=0.101753;REFB=-0.0162239;REVB=-0.100789;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0401097;OID=.;OPOS=107100483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:5:9:5:7:5:9 chr6 107113715 . G A 378.54 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0617101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.759;QD=16.4584;RBI=0.0662741;REFB=-0.00911168;REVB=0.0241684;RO=52;SAF=20;SAR=20;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233689;STB=0.630374;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0116265;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:20:20:38:14:20:20:38:14 chr6 107388504 . C T 499.58 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0208486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.121;QD=16.9349;RBI=0.0454246;REFB=-0.011194;REVB=-0.0403575;RO=63;SAF=31;SAR=23;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131109;STB=0.502247;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0115684;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:64:54:54:0.457627:23:31:37:26:23:31:37:27 chr6 107420516 . A C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0120558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.095;QD=16.0653;RBI=0.0121629;REFB=0.000799868;REVB=0.00161121;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145804;STB=0.508371;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00131356;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:9:15:11:7:9:15 chr6 107454303 . A C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.384;QD=60.6103;RBI=0.0287854;REFB=0;REVB=0.0121479;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48758e-05;OID=.;OPOS=107454303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr6 107565060 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.472;QD=63.5821;RBI=0.0907647;REFB=0;REVB=-0.00738566;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285267;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr6 108026146 . C T 314.11 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.354;QD=50.2575;RBI=0.0353196;REFB=-0.163807;REVB=0.0288303;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514274;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00232655;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:7:17:0:0:7:17:1:0 chr6 108026317 . G T 1595.18 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.661;QD=59.633;RBI=0.0485739;REFB=0;REVB=0.0458373;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131768;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:107:0:0:102:107:1:56:46:0:0:60:47:0:0 chr6 108026402 . A C 935.72 PASS AF=0.906667;AO=67;DP=74;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.020556;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.215;QD=49.905;RBI=0.0205914;REFB=-0.164275;REVB=0.0012073;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.527265;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00115853;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:74:75:0:7:67:68:0.906667:39:28:0:0:39:29:1:6 chr6 108026455 . A G 670.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.591;QD=62.3348;RBI=0.0148318;REFB=0;REVB=0.0144129;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76503e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:27:16:0:0 chr6 108233929 . G A,T 599.32 PASS AF=0.875,0.125;AO=34,6;DP=40;FAO=35,5;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00052561,-0.00577534;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.204,99.9375;QD=59.9318;RBI=0.0160273,0.0133458;REFB=0,0;REVB=0.0160187,0.0120314;RO=0;SAF=16,2;SAR=18,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00466953,0.0469279;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:40:40:0:0:34,6:35,5:0.875,0.125:18,4:16,2:0:0:18,4:17,1:0:0 chr6 108277287 . C A 2276.52 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0136182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.198;QD=60.7072;RBI=0.0145359;REFB=0.0166432;REVB=0.00508316;RO=3;SAF=74;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188865;STB=0.506486;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00101634;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:150:3:4:146:146:0.973333:72:74:3:0:72:74:3:1 chr6 109197379 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00161532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.793;QD=20.5425;RBI=0.0108555;REFB=-0.0158714;REVB=-0.0107346;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508765;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0154858;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:10:14:14:10:10:14:15:10 chr6 109233725 . T C 375.02 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.000868696;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.109;QD=20.5487;RBI=0.0187798;REFB=-0.0104665;REVB=0.0187597;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814803;STB=0.545166;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.017007;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:35:38:38:0.520548:16:22:17:18:16:22:17:18 chr6 109477028 . T G 491.52 PASS AF=0.589744;AO=45;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0216481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.395;QD=25.2062;RBI=0.0344724;REFB=0.0013766;REVB=0.0268274;RO=32;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867005;STB=0.55126;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000776536;OID=.;OPOS=109477028;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:45:46:0.589744:23:22:12:20:23:23:12:20 chr6 109583186 . A G 281.93 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0054606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.496;QD=14.6459;RBI=0.0222782;REFB=-0.00154941;REVB=0.0215986;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160297;STB=0.509085;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00207596;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:18:14:19:26:18:14:19:26 chr6 109752451 . T C 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00189613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.143;QD=16.7133;RBI=0.00994123;REFB=-0.0108961;REVB=0.00975873;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891089;STB=0.549973;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0111215;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:18:18:26:18:18:18:26:18 chr6 109764222 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000550985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.48;QD=16.728;RBI=0.0160821;REFB=0.000788093;REVB=0.0160727;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124711;STB=0.571341;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000654707;OID=.;OPOS=109764222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:7:12:8:8:7:12 chr6 109768581 . T TG 31.53 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0598636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.5413;QD=7.88162;RBI=0.0742199;REFB=-0.113575;REVB=0.0438742;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=ins;VARB=0.161192;OID=.;OPOS=109768582;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:16:6:16:10:2:4:3:7:31:10:2:4:3:7 chr6 109886005 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.4357;QD=63.5816;RBI=0.0134308;REFB=0;REVB=-0.0040243;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93415e-05;OID=.;OPOS=109886005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:37:10:0:0:37:10:0:0 chr6 109894773 . T A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.406;QD=56.7061;RBI=0.0403456;REFB=0;REVB=0.00422047;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203203;OID=.;OPOS=109894773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr6 109954252 . C A,T 858.57 PASS AF=0.0819672,0.918033;AO=6,54;DP=61;FAO=5,56;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=4,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000456584,-0.0152379;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.423,82.3676;QD=56.2995;RBI=0.0147479,0.0333456;REFB=0,0;REVB=-0.0147408,0.0296604;RO=0;SAF=1,23;SAR=5,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00498141,0.00421072;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:61:61:0:0:6,54:5,56:0.0819672,0.918033:5,31:1,23:0:0:4,33:1,23:0:0 chr6 109954518 . T C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9792;QD=59.0108;RBI=0.120966;REFB=0;REVB=0.0792966;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314604;OID=.;OPOS=109954518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr6 110106234 . A G 402.95 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00694541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.705;QD=19.1882;RBI=0.0107999;REFB=-0.00502183;REVB=-0.00827042;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284873;STB=0.661858;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00431491;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:13:27:16:27:13:28:16:27 chr6 110146303 . G A 250.4 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0354479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.895;QD=16.4196;RBI=0.0354521;REFB=-0.0253577;REVB=0.00054566;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335749;STB=0.60968;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0173451;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:30:26:26:0.42623:16:10:1:22:16:10:6:24 chr6 110301661 . A G 787.77 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198089;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.987;QD=57.2924;RBI=0.0228798;REFB=0;REVB=0.0227939;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394928;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr6 110746526 . T C 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.066394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2298;QD=19.9987;RBI=0.0665154;REFB=0.00383211;REVB=-0.00401685;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428519;STB=0.534862;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00459279;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:22:11:11:18:22:11:12:18 chr6 110746545 . T G 436.78 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00271649;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5979;QD=21.0495;RBI=0.00602237;REFB=-0.0163515;REVB=-0.00537491;RO=38;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798286;STB=0.554781;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0183997;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:40:43:43:0.518072:22:21:15:23:22:21:15:25 chr6 110763966 . A G 74.06 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00797615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.767;QD=5.58952;RBI=0.00973792;REFB=-0.0176579;REVB=-0.00558642;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252138;STB=0.661873;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0497057;OID=.;OPOS=110763966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:4:7:18:24:4:7:18:24 chr6 110777818 . C G 242.84 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00442921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7926;QD=23.1275;RBI=0.0169648;REFB=-0.0244231;REVB=-0.0163764;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153386;STB=0.585699;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0194802;OID=.;OPOS=110777818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:9:14:8:11:9:14:8:11 chr6 110797702 . GCCG GCGC 704.16 PASS AF=1;AO=3;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101913;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=2;MLLD=34.2754;QD=61.2315;RBI=0.268847;REFB=0;REVB=-0.248782;RO=1;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0051832;OID=.;OPOS=110797704;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:47:46:46:0:9:37:0:0:4:1:2:1:0:1 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 693.23 PASS AF=0.823529,0.117647;AO=41,6;DP=50;FAO=42,6;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=33,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318995,0.0338249;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=164.738,124.434;QD=54.3714;RBI=0.0432191,0.0418701;REFB=0,0;REVB=0.0291601,0.0246775;RO=0;SAF=8,1;SAR=33,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.8059e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00483822,0.000714097;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:50:51:0:0:41,6:42,6:0.823529,0.117647:33,5:8,1:0:0:33,5:9,1:0:0 chr6 110797713 . C T 536.9 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0214624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.413;QD=40.5211;RBI=0.02631;REFB=-0.031516;REVB=0.0152177;RO=8;SAF=11;SAR=33;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00293325;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:8:9:44:44:0.830189:33:11:2:6:33:11:3:6 chr6 110964409 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0213192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0474;QD=20.1596;RBI=0.0797414;REFB=-0.0117939;REVB=-0.0768387;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167883;STB=0.594924;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00877664;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:5:9:7:9:5:9 chr6 111280038 . C T 150.45 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0733795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.483;QD=20.7518;RBI=0.0740391;REFB=-0.0239614;REVB=0.00986079;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129371;STB=0.573365;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0212224;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:6:7:11:5:6:7 chr6 111283592 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00034502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.629;QD=17.6438;RBI=0.0750306;REFB=-0.0065918;REVB=-0.0750298;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123424;STB=0.571275;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00266677;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:5:2:4:5:5:2 chr6 111587266 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.866;QD=59.9959;RBI=0.0382994;REFB=0;REVB=0.0378864;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46918e-05;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:43:62:0:0:43:63:0:0 chr6 111589293 . A C 357.87 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8491;QD=55.0571;RBI=0.0475956;REFB=0;REVB=0.0155159;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146189;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 111620758 . G A 244.99 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766714;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.776;QD=51.5772;RBI=0.0148888;REFB=0;REVB=0.0127629;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170215;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr6 111695073 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.594;QD=55.6559;RBI=0.0206673;REFB=0;REVB=0.0135998;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171978;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr6 111695268 . C T 1021.32 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0429209;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.697;QD=56.7402;RBI=0.0508954;REFB=-0.0608953;REVB=0.0273521;RO=2;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463189;STB=0.50245;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00149477;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:29:41:1:1:29:41:1:1 chr6 111695887 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7719;QD=37.4883;RBI=0.020962;REFB=0;REVB=-0.0153055;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84105e-05;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:0:5:0:0:3:5:0:0 chr6 111696257 . G A 1395.65 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9913;QD=62.7259;RBI=0.0160417;REFB=0;REVB=0.00357712;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06583e-05;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr6 111696852 . T C 638.28 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4857;QD=59.3753;RBI=0.0413222;REFB=0.0108397;REVB=0.00940923;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375076;STB=0.51999;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000118945;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:30:12:1:0:30:12:1:0 chr6 111901453 . G T 972.91 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000233734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.753;QD=58.0839;RBI=0.000266644;REFB=0;REVB=-0.000128325;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202518;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr6 112382313 . G T 332.87 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00993807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.494;QD=19.0209;RBI=0.0101251;REFB=-0.00394031;REVB=-0.00193735;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257713;STB=0.514348;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00436065;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:19:16:17:18:19:16:17:18 chr6 112408610 . T C 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00106649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.647;QD=13.2816;RBI=0.00848661;REFB=-0.0227468;REVB=0.00841933;RO=49;SAF=8;SAR=23;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186613;STB=0.607473;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0287886;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:23:8:20:29:23:8:20:29 chr6 112435912 . A T 375.05 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.022005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7281;QD=18.2953;RBI=0.0698097;REFB=-0.0084324;REVB=0.0662509;RO=43;SAF=10;SAR=29;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245595;STB=0.637966;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0111486;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:29:10:21:22:29:10:21:22 chr6 112457383 . G C 368.69 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0157352;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5443;QD=19.4046;RBI=0.0535595;REFB=-0.0266039;REVB=-0.0511959;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473242;STB=0.526302;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0204606;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:18:20:18:20:18:20:18:20 chr6 112457390 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.735;QD=60.3765;RBI=0.0185939;REFB=0;REVB=-0.0145628;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92013e-06;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr6 112471688 . G C 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0279111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4525;QD=14.4729;RBI=0.0280846;REFB=-0.0161452;REVB=-0.0031171;RO=42;SAF=22;SAR=8;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832812;STB=0.547478;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.015299;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:8:22:28:14:8:22:28:14 chr6 112493872 . A G 1677.38 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.187;QD=60.4461;RBI=0.0148683;REFB=0;REVB=0.00360543;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93154e-06;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:62:49:0:0:62:49:0:0 chr6 112508769 . TG GT 378.34 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108646;FXX=0.184587;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.931;QD=28.5541;RBI=0.156715;REFB=0;REVB=0.11294;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00751446;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:53:0:0:63:53:1:29:34:0:0:18:35:0:0 chr6 112671191 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0178022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.986;QD=9.75993;RBI=0.024917;REFB=-0.00917519;REVB=0.0174337;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240999;STB=0.646658;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0102195;OID=.;OPOS=112671191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:8:4:4:3:8:4 chr6 112671958 . C T 200.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0347211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3162;QD=15.1666;RBI=0.0750648;REFB=0.0023722;REVB=-0.066552;RO=30;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743357;STB=0.504234;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00535522;OID=.;OPOS=112671958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:17:6:8:22:17:6:8:22 chr6 114182994 . GT G 54.75 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0132606;FXX=0.0249938;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.5609;QD=5.61533;RBI=0.131853;REFB=-0.0883479;REVB=-0.131184;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185717;STB=0.642308;STBP=0.125;TYPE=del;VARB=0.0988837;OID=.;OPOS=114182995;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:18:39:18:39:21:8:10:15:6:54:20:9:9:14:6 chr6 114183141 . C T 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00209414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.676;QD=13.0461;RBI=0.0233006;REFB=-0.0211615;REVB=-0.0232063;RO=48;SAF=21;SAR=9;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227893;STB=0.631057;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0370865;OID=.;OPOS=114183141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:9:21:24:24:9:21:24:24 chr6 114265577 . A G 214.35 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.080446;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.468;QD=16.1773;RBI=0.0805588;REFB=-0.00799832;REVB=0.0042617;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415392;STB=0.501617;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0066584;OID=.;OPOS=114265577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:23:24:0.45283:10:13:17:11:10:14:17:12 chr6 114378970 . C T 381.44 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.018103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8225;QD=34.6765;RBI=0.0844641;REFB=-0.0283934;REVB=-0.0825013;RO=12;SAF=18;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456828;STB=0.534225;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00753477;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:12:13:31:31:0.704545:13:18:8:4:13:18:9:4 chr6 116262976 . G A,T 712.27 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=48,2;DP=50;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013753,-0.015638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.261,24.4605;QD=53.7563;RBI=0.0157483,0.018875;REFB=0,0;REVB=0.00767226,-0.0105696;RO=0;SAF=21,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0054804,0.0386689;OID=.,.;OPOS=116262976,116262976;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:50:53:0:0:48,2:52,1:0.981132,0.0188679:27,0:21,2:0:0:29,0:23,1:0:0 chr6 116263181 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00086035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.697;QD=52.6132;RBI=0.0469065;REFB=0;REVB=0.0468986;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191999;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 116325142 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0624793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.901;QD=14.7423;RBI=0.0650738;REFB=-0.0352074;REVB=-0.0181919;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234768;STB=0.646886;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.046944;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:11:6:14:10:11:6:15:10 chr6 116441646 . C G 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0201324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.407;QD=10.5916;RBI=0.020146;REFB=-0.00488262;REVB=0.000740741;RO=39;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.613525;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00990351;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:7:14:20:19:7:14:20:20 chr6 116446576 . A G 841.72 PASS AF=0.472527;AO=86;DP=181;FAO=86;FDP=182;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=-0.03072;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.738;QD=18.4993;RBI=0.0340434;REFB=-0.0234639;REVB=-0.0146709;RO=93;SAF=26;SAR=60;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570005;STB=0.537752;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0215854;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:93:96:86:86:0.472527:60:26:33:60:60:26:35:61 chr6 116571255 . G A 334.55 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0474499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.74;QD=27.3098;RBI=0.070784;REFB=-0.0177333;REVB=-0.0525251;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138096;STB=0.576218;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0119569;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:12:8:17:12:12:8 chr6 116574455 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.012364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.336;QD=14.6579;RBI=0.0124784;REFB=-0.0130577;REVB=-0.00168587;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198112;STB=0.615207;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0206811;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:7:10:5:8:7:10 chr6 116575083 . C A 791.8 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0599894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.516;QD=53.6812;RBI=0.0633684;REFB=-0.12852;REVB=0.0204162;RO=2;SAF=23;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392525;STB=0.520826;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00157212;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:34:23:2:0:34:23:2:0 chr6 116600453 . C T 92.26 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00514117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.664;QD=18.4523;RBI=0.0465606;REFB=-0.0302555;REVB=0.0462759;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232556;STB=0.631371;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0486412;OID=.;OPOS=116600453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:8:1:4:7:8:1 chr6 116600465 . T TCAC 77.37 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0195481;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=3;MLLD=179.11;QD=23.8048;RBI=0.0200469;REFB=-0.0631533;REVB=0.00444403;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970608;STB=0.529348;STBP=0.82;TYPE=ins;VARB=0.019309;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:9:15:9:13:4:6:3:3:1:23:5:6:3:4:1 chr6 116600774 . C G 58.32 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.04268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.984;QD=14.5811;RBI=0.0427358;REFB=-0.0107685;REVB=0.00218336;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0254924;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr6 116600810 . G A 190.5 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0848721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.587;QD=30.4794;RBI=0.10497;REFB=-0.0400142;REVB=0.0617698;RO=7;SAF=14;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137405;STB=0.57638;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0204027;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:4:14:4:3:4:14:4:3 chr6 116757023 . T C 142.7 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0633871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.509;QD=22.8315;RBI=0.0668645;REFB=-0.0449106;REVB=-0.0212822;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166737;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00868735;OID=.;OPOS=116757023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:9:10:15:15:0.6:7:8:7:2:7:8:7:3 chr6 116757557 . T C 200.39 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4783;QD=47.1503;RBI=0.0327168;REFB=0;REVB=0.0302268;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250651;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr6 116783330 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00165475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.16;QD=12.0161;RBI=0.0074776;REFB=-0.00862834;REVB=0.00729221;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396745;STB=0.761136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0134785;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:2:4:1:5:2:4:1:6 chr6 116875427 . G A 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.492;QD=62.7618;RBI=0.0505288;REFB=0;REVB=0.0205882;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62938e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr6 116875493 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00563491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1217;QD=14.6572;RBI=0.0178483;REFB=0.0048213;REVB=0.0169355;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279998;STB=0.66637;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00501778;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:6:11:11:2:6:11 chr6 116949358 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00682748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.431;QD=12.5696;RBI=0.00695008;REFB=-0.009849;REVB=0.00129963;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220028;STB=0.62775;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0118475;OID=.;OPOS=116949358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:7:19:8:7:7:19 chr6 116950734 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0451704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7149;QD=10.6345;RBI=0.082726;REFB=-0.0101632;REVB=-0.0693053;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196049;STB=0.621869;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00766181;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:10:3:1:7:10:3 chr6 116950833 . T C 185.28 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00550722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0857;QD=17.646;RBI=0.00610987;REFB=-0.0253101;REVB=-0.00264595;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612775;STB=0.521388;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0329638;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:9:10:13:9:9:10:13:10 chr6 116973182 . T C 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00677546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8137;QD=22.8807;RBI=0.00761164;REFB=0.0140295;REVB=-0.00346848;RO=26;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647629;STB=0.535581;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00919472;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:12:23:19:7:12:23:19:7 chr6 117086378 . C A 576.88 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.00478295;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.405;QD=18.1694;RBI=0.00478298;REFB=-0.0134092;REVB=1.57345e-05;RO=67;SAF=32;SAR=28;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900627;STB=0.549878;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0101974;OID=.;OPOS=117086378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:67:67:60:60:0.472441:28:32:42:25:28:32:42:25 chr6 117113653 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0569866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7322;QD=10.3792;RBI=0.0587486;REFB=-0.00909076;REVB=-0.0142803;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551398;STB=0.841241;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0258421;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:9:7:8:1:9:7 chr6 117114025 . G A 164.81 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.028533;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9703;QD=27.4689;RBI=0.0375975;REFB=-0.1073;REVB=-0.0244834;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853821;STB=0.541615;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0456496;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:24:7:8:14:16:0.666667:8:6:4:3:8:8:5:3 chr6 117114223 . T A 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0140865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6075;QD=18.9654;RBI=0.0144351;REFB=-0.00680082;REVB=-0.00315301;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803666;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00824538;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:13:11:12:10:14:11 chr6 117114403 . G A 403.44 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0202065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2074;QD=22.1065;RBI=0.024835;REFB=-0.00871146;REVB=-0.0144387;RO=33;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662172;STB=0.541156;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00989151;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:22:17:17:16:23:17:17:16 chr6 117121894 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.034;QD=63.8708;RBI=0.0203957;REFB=0;REVB=0.0168339;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25653e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr6 117130704 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0101167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.061;QD=19.8256;RBI=0.0150622;REFB=-0.0143378;REVB=-0.011159;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629144;STB=0.535185;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.011137;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:18:9:10:15:18:9:10:15 chr6 117710661 . T C 1393.6 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653747;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.66;QD=62.6336;RBI=0.0111034;REFB=0;REVB=0.00897482;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97154e-05;OID=.;OPOS=117710661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:46:43:0:0 chr6 117725448 . T G 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.014;QD=60.5379;RBI=0.017841;REFB=0;REVB=-0.00730946;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16829e-05;OID=.;OPOS=117725448;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:53:22:0:0:53:22:0:0 chr6 117725578 . T A 1414.53 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.703;QD=62.8681;RBI=0.0159967;REFB=0;REVB=0.00138565;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77691e-05;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:56:34:0:0:56:34:0:0 chr6 117842698 . A G 201.59 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0118117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.081;QD=11.5193;RBI=0.0191517;REFB=-0.0151351;REVB=-0.0150756;RO=45;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220121;STB=0.628023;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0273858;OID=.;OPOS=117842698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:17:8:23:22:17:8:23:22 chr6 117858328 . G A 168.51 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.054974;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5136;QD=12.9621;RBI=0.0619325;REFB=-0.0208276;REVB=-0.0285217;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17012;STB=0.5877;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0242319;OID=.;OPOS=117858328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:11:9:19:12:11:9:19:13 chr6 117861923 . A G 385.83 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.000560551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.266;QD=15.5889;RBI=0.00324849;REFB=-0.0133128;REVB=-0.00319976;RO=56;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295706;STB=0.515053;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0184053;OID=.;OPOS=117861923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:58:41:41:0.414141:23:18:23:33:23:18:24:34 chr6 117869491 . G A 526.83 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00883762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.625;QD=56.954;RBI=0.0122228;REFB=-0.164287;REVB=0.0084435;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00118749;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:22:14:0:0:22:14:1:0 chr6 117869530 . G A 225.78 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0120599;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.144;QD=18.4308;RBI=0.0449732;REFB=-0.0112087;REVB=-0.0433261;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118604;STB=0.575852;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0166022;OID=.;OPOS=117869530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:26:25:24:24:0.489796:15:9:13:13:15:9:13:12 chr6 117896728 . A C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0305449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.616;QD=17.9527;RBI=0.0311808;REFB=-0.0198355;REVB=-0.00626517;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117507;STB=0.565937;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0297763;OID=.;OPOS=117896728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:13:15:11:16:13:15 chr6 118786486 . T C 171.18 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0151962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.269;QD=17.5571;RBI=0.0198018;REFB=-0.0170872;REVB=-0.0126959;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113565;STB=0.565142;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0226627;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:13:8:5:13:13:8 chr6 118880640 . T G 455.43 PASS AF=0.534091;AO=41;DP=84;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0178216;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.516;QD=20.7014;RBI=0.0537291;REFB=-0.0108182;REVB=0.0506873;RO=39;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648769;STB=0.538908;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0183102;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:39:41:41:47:0.534091:24:17:19:20:29:18:19:22 chr6 118881822 . C T 265.57 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.000328595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.173;QD=11.0653;RBI=0.0152174;REFB=-0.0119175;REVB=-0.0152139;RO=64;SAF=9;SAR=23;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844756;STB=0.549275;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0150603;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:23:9:22:42:23:9:22:42 chr6 118886961 . G T 337.15 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0542855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.312;QD=24.9742;RBI=0.0546731;REFB=-0.0271347;REVB=-0.00649832;RO=21;SAF=13;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081954;STB=0.544884;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0178414;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:20:13:6:15:20:13:6:15 chr6 118887303 . T C 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0228401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.415;QD=20.9596;RBI=0.0237948;REFB=-0.00538569;REVB=0.00667227;RO=39;SAF=16;SAR=27;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110285;STB=0.565027;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00430537;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:27:16:10:29:27:16:10:30 chr6 119149149 . C G 754.41 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0002259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.183;QD=56.9364;RBI=0.0193229;REFB=0;REVB=0.0193216;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15136e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr6 119245202 . C T 219.15 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0118988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8935;QD=13.9143;RBI=0.0694244;REFB=-0.0112248;REVB=-0.0683972;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133135;STB=0.592521;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0130894;OID=.;OPOS=119245202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:25:26:0.412698:10:15:17:19:10:16:17:20 chr6 119510941 . C A 506.54 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0198116;FXX=0.0112347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=120.746;QD=23.0244;RBI=0.0198617;REFB=-0.00146424;REVB=-0.00141019;RO=37;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538865;STB=0.543461;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.000900039;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:40:48:48:0.545455:20:28:24:13:20:28:27:13 chr6 120583498 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0264912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.821;QD=14.0966;RBI=0.0267503;REFB=0.00180761;REVB=0.00371417;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00120743;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr6 120583501 . T G 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0165071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.846;QD=14.0982;RBI=0.0220647;REFB=-0.00648665;REVB=-0.0146412;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00958412;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr6 120583509 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00866305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.862;QD=14.7986;RBI=0.00912707;REFB=-0.00647048;REVB=0.00287314;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165392;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00904327;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:6:7:4:7:6:7 chr6 120583521 . A T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0301487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.198;QD=14.0963;RBI=0.0463065;REFB=-0.00958642;REVB=-0.0351474;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0327725;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr6 120583526 . C G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00882945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.863;QD=13.4417;RBI=0.0113208;REFB=-0.0123012;REVB=-0.00708524;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.641907;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00313282;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:6:7:3:7:6:7 chr6 120583533 . A G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0171708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.9;QD=10.3898;RBI=0.0211656;REFB=-0.00618428;REVB=0.0123751;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466707;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0152958;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:5:6:1:6:5:6 chr6 121451095 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0461635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0041;QD=18.8199;RBI=0.0500662;REFB=0.0395184;REVB=-0.0193794;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0118206;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:6:4:6:6:6:4 chr6 121602785 . T A 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0517395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.198;QD=19.9052;RBI=0.0517401;REFB=-0.0180865;REVB=0.000259214;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218236;STB=0.621452;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0141788;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:20:11:17:11:20:11:17:11 chr6 121602795 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00803454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.771;QD=20.5626;RBI=0.0278927;REFB=-0.00265116;REVB=-0.0267105;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191501;STB=0.603102;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00287981;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:28:29:0.537037:18:10:14:10:19:10:14:11 chr6 121620608 . G T 444.17 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.754;QD=57.3127;RBI=0.0148525;REFB=0;REVB=0.0061467;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33596e-05;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr6 121625945 . A G 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0183929;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.065;QD=8.73533;RBI=0.0267324;REFB=0.00173374;REVB=0.019399;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00330479;OID=.;OPOS=121625945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:10:10:5:4:10:10 chr6 121629167 . G A 426.63 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0517929;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.988;QD=16.4088;RBI=0.0556342;REFB=-0.00318354;REVB=-0.0203142;RO=57;SAF=24;SAR=23;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136677;STB=0.576149;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00360517;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:23:24:37:20:23:24:37:20 chr6 121632008 . T A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4124;QD=56.9989;RBI=0.0531223;REFB=0;REVB=0.0394221;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72674e-05;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chr6 121638666 . G A 272.7 PASS AF=0.491803;AO=27;DP=59;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00751182;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.357;QD=17.8821;RBI=0.0173421;REFB=-0.0310644;REVB=-0.0156307;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777346;STB=0.558559;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0340231;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:31:27:30:0.491803:13:14:14:18:13:17:14:17 chr6 121638682 . G A 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00745224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.687;QD=19.3863;RBI=0.00950022;REFB=-0.00539911;REVB=-0.00589222;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141163;STB=0.578468;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00587196;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:15:20:14:20:15:20:14:20 chr6 121642790 . T C 701.15 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0634119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4589;QD=20.7747;RBI=0.06434;REFB=0.00412331;REVB=0.0108888;RO=66;SAF=30;SAR=39;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852339;STB=0.546912;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00323569;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:66:69:69:0.511111:39:30:35:31:39:30:35:31 chr6 121642916 . C T 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0289534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.85;QD=16.6862;RBI=0.0290712;REFB=-0.0176877;REVB=-0.00261468;RO=51;SAF=10;SAR=30;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305267;STB=0.672635;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0155181;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:30:10:27:24:30:10:27:24 chr6 121675600 . T C 207.61 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0242769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.8473;QD=17.6685;RBI=0.0345921;REFB=-0.0109996;REVB=0.0246423;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328094;STB=0.687317;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.022816;OID=.;OPOS=121675600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:15:6:16:10:15:6:16:10 chr6 121901599 . A G 209.38 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.124306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0442;QD=13.7296;RBI=0.124807;REFB=-0.0251804;REVB=0.0111686;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073806;STB=0.530807;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0377523;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:13:11:14:22:14:11:14:22 chr6 123066514 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.683;QD=58.4197;RBI=0.00983577;REFB=0;REVB=-0.00286165;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66572e-06;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr6 123066585 . G A 635.35 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252606;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.389;QD=61.9848;RBI=0.0567104;REFB=0;REVB=0.0566541;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902098;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:1:0:41:41:1:22:19:0:1:22:19:0:0 chr6 123101646 . GA G,GG 120.97 PASS AF=0.205128,0.179487;AO=8,8;DP=41;FAO=8,7;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4,5;FSAR=4,2;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-2.69473e-05,0.000435461;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=285.897,290.011;QD=12.4067;RBI=0.00518427,0.0019204;REFB=-0.01985,-0.0170191;REVB=-0.0051842,-0.00187038;RO=24;SAF=4,4;SAR=4,4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198082,0.198082;STB=0.624707,0.775144;STBP=0.465,0.142;TYPE=del,snp;VARB=0.00997204,0.0451116;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128,0.179487:8,8:41:8,7:39:24:4,5:4,2:8:16:30:24:4,4:4,4:8:16 chr6 123122552 . G A 164.33 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0254177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.464;QD=13.694;RBI=0.0262099;REFB=-0.017587;REVB=-0.00639546;RO=30;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266732;STB=0.657268;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0295392;OID=.;OPOS=123122552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:14:4:13:17:14:4:13:17 chr6 123594510 . T TA 473.65 PASS AF=0.490566;AO=89;DP=241;FAO=104;FDP=212;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=72;FSRF=37;FSRR=71;FWDB=0.0456099;FXX=0.00469462;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8005;QD=8.93682;RBI=0.0561084;REFB=0.00560537;REVB=-0.0326785;RO=142;SAF=30;SAR=59;SRF=54;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516253;STB=0.520532;STBP=0.584;TYPE=ins;VARB=-0.0140371;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566:89:241:104:212:108:32:72:37:71:99:142:30:59:54:88 chr6 123658825 . G T 1322.43 PASS AF=0.472028;AO=134;DP=286;FAO=135;FDP=286;FR=.;FRO=151;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=81;FSRR=70;FWDB=-0.0234011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2792;QD=18.4955;RBI=0.0331431;REFB=-0.0266573;REVB=-0.0234702;RO=151;SAF=64;SAR=70;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564719;STB=0.53289;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0313804;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:151:151:134:135:0.472028:70:64:81:70:71:64:81:70 chr6 123687288 . A C 1617.57 PASS AF=0.964912;AO=110;DP=118;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0139704;FXX=0.0338954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.411;QD=56.7568;RBI=0.0140091;REFB=0.00865278;REVB=0.00104026;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.521735;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000744218;OID=.;OPOS=123687288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:114:0:4:110:110:0.964912:44:66:0:0:44:66:0:4 chr6 123696766 . G T 274.6 PASS AF=0.491803;AO=26;DP=57;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00316205;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.104;QD=18.0068;RBI=0.00348858;REFB=-0.0215873;REVB=0.00147364;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410029;STB=0.524213;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0201895;OID=.;OPOS=123696766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:31:31:26:30:0.491803:12:14:18:13:14:16:18:13 chr6 123702499 . G A 454.59 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0207189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.813;QD=17.4841;RBI=0.0298931;REFB=-0.0212612;REVB=-0.0215482;RO=55;SAF=39;SAR=10;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291921;STB=0.664159;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.020008;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:10:39:30:25:10:39:30:25 chr6 123758492 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.857;QD=63.2851;RBI=0.0101589;REFB=0;REVB=0.00689922;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45219e-07;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr6 123833457 . G C 2242.88 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393569;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.109;QD=63.6278;RBI=0.0216221;REFB=0;REVB=0.0212609;RO=0;SAF=74;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59069e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:140:141:1:66:74:0:0:67:74:0:0 chr6 125144352 . T G 751.97 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00789817;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.28;QD=61.385;RBI=0.0121299;REFB=-0.179421;REVB=0.00920614;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000694315;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr6 125284457 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.46;QD=62.4653;RBI=0.029084;REFB=0;REVB=0.0269333;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45797e-05;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:53:33:0:0:54:33:0:0 chr6 125573194 . A G 765.94 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.068;QD=56.7361;RBI=0.0260578;REFB=0;REVB=-0.0105218;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12118e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:22:32:0:0 chr6 126080273 . C T 193.97 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0565297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8306;QD=16.8668;RBI=0.0750117;REFB=-0.0340555;REVB=-0.0493066;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249256;STB=0.514271;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0647696;OID=.;OPOS=126080273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:7:19:15:5:7:19 chr6 126210395 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.72;QD=47.8222;RBI=0.0235995;REFB=0;REVB=-0.00699398;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230995;OID=.;OPOS=126210395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 126250395 . TTTT AAAA,TAAA,TTAA 246.05 PASS AF=0.5,0.272727,0.181818;AO=6,6,5;DP=22;FAO=11,6,4;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=3,1,1;FSAR=8,5,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.243132,0.324248,0.48428;FXX=0;HRUN=13,13,13;LEN=4,3,2;MLLD=61.4135,31.2762,24.7512;QD=44.7357;RBI=0.24363,0.324383,0.484341;REFB=0.0402788,0.0514746,0.0689008;REVB=-0.0155624,-0.00937602,-0.00765613;RO=1;SAF=0,2,2;SAR=6,4,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.0962265,0.121807;STB=0.52936,0.54531,0.571096;STBP=0.664,0.659,0.672;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.0117141,-0.0501193,-0.0468622;OID=.,.,.;OPOS=126250395,126250396,126250397;OREF=TTTT,TTT,TT;OALT=AAAA,AAA,AA;OMAPALT=AAAA,TAAA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:22:22:1:1:6,6,5:11,6,4:0.5,0.272727,0.181818:6,4,3:0,2,2:0:1:8,5,3:3,1,1:0:1 chr6 126278230 . G C 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0830068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3551;QD=59.6765;RBI=0.0830237;REFB=0;REVB=0.00167765;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000774561;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr6 126334241 . C T 394.26 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.000427865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.385;QD=14.8776;RBI=0.0264664;REFB=-0.0108789;REVB=-0.0264629;RO=60;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565188;STB=0.50776;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0142633;OID=.;OPOS=126334241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:60:61:45:45:0.424528:23:22:29:31:23:22:29:32 chr6 127476516 . G A 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0612304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.793;QD=24.5995;RBI=0.0653025;REFB=-0.0108024;REVB=0.0226995;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159118;STB=0.588159;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0139184;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:4:12:12:10:4:12 chr6 127768472 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00773226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.582;QD=9.83073;RBI=0.0157517;REFB=-0.0206455;REVB=-0.0137232;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235578;STB=0.642615;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.013558;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:12:14:4:8:12:14 chr6 127797179 . G A 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00194325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.27;QD=26.5706;RBI=0.0254354;REFB=0.00038397;REVB=0.0253611;RO=20;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182469;STB=0.601191;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-1.34657e-05;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:9:19:9:11:9:19:9:11 chr6 127797374 . G A 324.56 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0249593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.001;QD=14.5869;RBI=0.0254339;REFB=0.00160206;REVB=-0.00489037;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105462;STB=0.552401;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00278031;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:36:36:0.404494:16:20:34:18:16:20:34:19 chr6 128312033 . A G 430.89 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00771717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.914;QD=22.6786;RBI=0.0114202;REFB=-0.00342742;REVB=0.00841828;RO=34;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164105;STB=0.593863;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000984208;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:34:41:42:0.552632:25:16:20:14:26:16:20:14 chr6 128505806 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00530925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.745;QD=10.6441;RBI=0.0234501;REFB=-0.00593105;REVB=-0.0228412;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200833;STB=0.617838;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0139037;OID=.;OPOS=128505806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:7:13:18:20:7:13:18:20 chr6 129381026 . C A 646.43 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0178339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.15;QD=50.7003;RBI=0.018271;REFB=-0.00766622;REVB=0.00397255;RO=3;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231269;STB=0.51231;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000509957;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:26:22:2:1:26:22:2:1 chr6 129465180 . T C 94.4 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0410009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.031;QD=4.54945;RBI=0.0415689;REFB=-0.00267546;REVB=0.00684832;RO=66;SAF=9;SAR=7;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973908;STB=0.55649;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0114988;OID=.;OPOS=129465180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:66:67:16:16:0.192771:7:9:32:34:7:9:33:34 chr6 129511373 . T C 548.81 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=123;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0018958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.868;QD=17.7036;RBI=0.00211864;REFB=-0.0109262;REVB=-0.000945802;RO=66;SAF=34;SAR=23;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071553;STB=0.544804;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0110642;OID=.;OPOS=129511373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:66:66:57:58:0.467742:23:34:44:22:24:34:44:22 chr6 129571330 . G A 300.52 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00522667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.131;QD=19.0809;RBI=0.007535;REFB=-0.0189604;REVB=0.00542755;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368192;STB=0.509085;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0188988;OID=.;OPOS=129571330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:14:18:17:13:14:18:18:13 chr6 129601283 . G A 34.0 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.022885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.925;QD=1.13343;RBI=0.0326606;REFB=-0.00235704;REVB=-0.0233022;RO=110;SAF=7;SAR=3;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20867;STB=0.670883;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0281341;OID=.;OPOS=129601283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:110:110:10:10:0.0833333:3:7:57:53:3:7:57:53 chr6 129612808 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0039577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.474;QD=18.6418;RBI=0.0160079;REFB=-0.00180271;REVB=0.0155109;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158072;STB=0.588715;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00182352;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:16:10:14:11:16:10 chr6 129691132 . C G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0175564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.414;QD=21.1299;RBI=0.0271722;REFB=-0.0172689;REVB=-0.0207389;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105327;STB=0.559385;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0132696;OID=.;OPOS=129691132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:15:7:9:12:15:7:9:12 chr6 129722389 . A G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00205762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.409;QD=14.7942;RBI=0.0153934;REFB=-0.014411;REVB=-0.0152552;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191953;STB=0.511099;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0183628;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:13:14:9:9:13:14 chr6 129722425 . G A 177.7 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0147865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7449;QD=15.1232;RBI=0.0170906;REFB=-0.031807;REVB=-0.00857028;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195437;STB=0.557975;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0507681;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:25:28:18:19:0.404255:8:10:9:16:9:10:12:16 chr6 129807629 . C T 613.04 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.16;QD=61.304;RBI=0.0189587;REFB=0;REVB=-0.00435115;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81017e-05;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr6 129807699 . G C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.932;QD=60.9749;RBI=0.0128159;REFB=0;REVB=-0.00952321;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13955e-05;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 129927014 . A G 353.95 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00549164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.803;QD=16.0887;RBI=0.00705079;REFB=-0.00947069;REVB=0.00442216;RO=50;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147816;STB=0.583289;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00927785;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:15:23:23:27:15:23:23:27 chr6 130031215 . T C 1285.72 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3157;QD=59.8009;RBI=0.0743751;REFB=-0.045664;REVB=0.0675392;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000518958;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:83:85:0.988372:42:41:0:0:44:41:0:1 chr6 130152452 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.673;QD=56.7066;RBI=0.0315432;REFB=0;REVB=0.0296682;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216523;OID=.;OPOS=130152452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 130154667 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5697;QD=55.091;RBI=0.0518858;REFB=0;REVB=-0.0027573;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518357;OID=.;OPOS=130154667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 130154686 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031836;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.166;QD=53.9059;RBI=0.0329617;REFB=0;REVB=0.00854088;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03403e-05;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 130166908 . T G 114.67 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0112753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.724;QD=10.4248;RBI=0.030976;REFB=-0.0029734;REVB=0.0288511;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117583;STB=0.569759;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0107161;OID=.;OPOS=130166908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:22:8:5:9:22:8 chr6 130381246 . T C 284.64 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0153495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.865;QD=17.7898;RBI=0.0159847;REFB=-0.0140158;REVB=-0.00446136;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713472;STB=0.547253;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0201315;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:16:15:18:14:16:15:19:14 chr6 130537005 . G A 451.79 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0144423;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.019;QD=24.4213;RBI=0.0147592;REFB=-0.00923855;REVB=-0.00304188;RO=31;SAF=20;SAR=23;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853043;STB=0.546705;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.006519;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:31:43:43:0.581081:23:20:11:20:23:20:11:20 chr6 131148737 . G A 1887.08 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253514;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.351;QD=61.8714;RBI=0.0350822;REFB=0;REVB=0.0242501;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71173e-05;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:117:122:1:66:51:0:0:68:54:0:0 chr6 131156102 . G T 801.49 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.613;QD=57.2496;RBI=0.0165312;REFB=0;REVB=-0.0055046;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77542e-06;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr6 131160876 . G T 690.55 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000548543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.377;QD=54.1609;RBI=0.0741349;REFB=0.0354226;REVB=0.0741328;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.51219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-3.71705e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:51:0:1:46:50:0.980392:16:30:0:0:20:30:0:1 chr6 131184770 . T G 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-9.59869e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.452;QD=31.5145;RBI=0.0048861;REFB=-0.011773;REVB=0.00488516;RO=10;SAF=2;SAR=21;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528305;STB=0.797139;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00215844;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:21:2:7:3:21:2:7:3 chr6 131190838 . G A 506.28 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00460629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.946;QD=19.854;RBI=0.00607286;REFB=-0.01833;REVB=-0.0039575;RO=47;SAF=33;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129496;STB=0.558638;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0175347;OID=.;OPOS=131190838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:47:50:52:52:0.509804:19:33:23:24:19:33:26:24 chr6 132212742 . A C 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00362313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.942;QD=22.3816;RBI=0.0134137;REFB=-0.00522178;REVB=0.0129151;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292885;STB=0.522956;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00403347;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:20:16:11:16:20:16:11:17 chr6 132212808 . C T 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0287116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3052;QD=26.4113;RBI=0.0287843;REFB=0.0195903;REVB=0.00204442;RO=16;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190601;STB=0.594835;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0105883;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:16:9:10:6:16:9:10:7 chr6 132271952 . G C 313.48 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0517;QD=50.1564;RBI=0.0559399;REFB=-0.1346;REVB=0.0475835;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00470098;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:0:1:14:10:0:1 chr6 132271959 . T G 305.99 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0929873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1356;QD=53.2153;RBI=0.0974175;REFB=0;REVB=0.0290439;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103936;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr6 132271980 . T G 190.84 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5168;QD=47.7088;RBI=0.042926;REFB=0;REVB=0.0285548;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835428;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:9:4:0:0:11:5:0:0 chr6 132859609 . T A 696.07 PASS AF=0.567797;AO=63;DP=113;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0156271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.395;QD=23.5956;RBI=0.020675;REFB=-0.0262034;REVB=0.0135371;RO=50;SAF=22;SAR=41;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821318;STB=0.511766;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.015913;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:50:51:63:67:0.567797:41:22:17:33:43:24:17:34 chr6 132891622 . G A 876.38 PASS AF=0.486339;AO=86;DP=179;FAO=89;FDP=183;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=65;FWDB=0.0182058;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3348;QD=19.1559;RBI=0.0818334;REFB=-0.0184796;REVB=0.0797826;RO=91;SAF=35;SAR=51;SRF=29;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869915;STB=0.552179;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0166091;OID=.;OPOS=132891622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:183:91:94:86:89:0.486339:51:35:29:62:53:36:29:65 chr6 132910612 . G A 756.78 PASS AF=0.964912;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0656582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7002;QD=53.107;RBI=0.113678;REFB=-0.0302636;REVB=0.0927991;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030369;STB=0.514701;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00702198;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:57:2:2:52:55:0.964912:30:22:0:2:33:22:0:2 chr6 132910634 . C T 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.487;QD=57.2342;RBI=0.0486393;REFB=0;REVB=0.00786715;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256873;OID=.;OPOS=132910634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr6 132966279 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.578;QD=64.4147;RBI=0.00674038;REFB=0;REVB=0.00223661;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29987e-05;OID=.;OPOS=132966279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr6 133015271 . T C 1630.77 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00542966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.783;QD=58.2418;RBI=0.00752393;REFB=-0.0875994;REVB=0.00520848;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.510202;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000276244;OID=.;OPOS=133015271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:0:2:110:110:0.982143:62:48:0:0:62:48:2:0 chr6 133045812 . G A 439.89 PASS AF=0.47;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0287671;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.922;QD=17.5958;RBI=0.0287816;REFB=-0.00489869;REVB=0.00091357;RO=52;SAF=17;SAR=30;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153101;STB=0.59077;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00472886;OID=.;OPOS=133045812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:52:53:47:47:0.47:30:17:27:25:30:17:28:25 chr6 133045902 . A G 591.45 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0162486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6139;QD=22.9687;RBI=0.0169672;REFB=-0.0182373;REVB=-0.00488555;RO=45;SAF=25;SAR=33;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134701;STB=0.573696;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0142129;OID=.;OPOS=133045902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:33:25:27:18:33:25:27:18 chr6 133052616 . C T 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0102477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.407;QD=28.0213;RBI=0.0202885;REFB=-0.0170341;REVB=-0.0175102;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114737;STB=0.506325;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0117325;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:12:16:10:8:12:16:10:8 chr6 133070995 . G T 1434.56 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.932;QD=63.0577;RBI=0.0302676;REFB=0;REVB=0.0240579;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24739e-06;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:59:31:0:0:60:31:0:0 chr6 133072650 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0181661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.554;QD=13.2125;RBI=0.018853;REFB=0.00379609;REVB=-0.00504239;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274841;STB=0.516106;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00454566;OID=.;OPOS=133072650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:12:10:6:8:12:10 chr6 133074645 . A G 198.24 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0131051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.258;QD=14.6842;RBI=0.0187428;REFB=0.004913;REVB=0.0133995;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12169;STB=0.58312;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00801739;OID=.;OPOS=133074645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:14:8:8:23:14:9:8:23 chr6 133074663 . T C 207.57 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0684978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3889;QD=17.6657;RBI=0.0687848;REFB=0.0104864;REVB=-0.00627737;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163262;STB=0.592274;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0113219;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:7:19:12:9:7:19 chr6 133077063 . T C 515.72 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0268332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.777;QD=17.6314;RBI=0.0270839;REFB=-0.00908525;REVB=0.0036764;RO=62;SAF=31;SAR=24;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147463;STB=0.508194;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00849382;OID=.;OPOS=133077063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:24:31:34:28:24:31:34:28 chr6 133849966 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.263;QD=60.8835;RBI=0.00514199;REFB=0;REVB=0.00503073;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7921e-06;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr6 133850246 . AC A 686.06 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073303;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.62;QD=49.0042;RBI=0.0382897;REFB=0;REVB=-0.0375815;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000685979;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:56:56:56:0:32:24:0:0:12:0:31:24:0:0 chr6 134308786 . G A 135.99 PASS AF=0.172414;AO=35;DP=175;FAO=30;FDP=174;FR=.;FRO=144;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=91;FWDB=-0.235964;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7498;QD=3.1261;RBI=0.248023;REFB=-0.0555254;REVB=-0.0763955;RO=134;SAF=19;SAR=16;SRF=43;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281939;STB=0.582826;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.279988;OID=.;OPOS=134308786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:134:144:35:30:0.172414:16:19:43:91:16:14:53:91 chr6 135523774 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00657983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.407;QD=18.8286;RBI=0.0160966;REFB=-0.00687113;REVB=-0.0146904;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352403;STB=0.6998;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00703209;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:15:7:14:6:15:7 chr6 135605460 . T C 87.22 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.011707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.851;QD=4.41607;RBI=0.0269514;REFB=-0.000578848;REVB=0.024276;RO=63;SAF=10;SAR=5;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240109;STB=0.660801;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00285596;OID=.;OPOS=135605460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:63:64:15:15:0.189873:5:10:30:33:5:10:30:34 chr6 136359280 . C CG 31.76 PASS AF=0.216216;AO=23;DP=78;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.174869;FXX=0.038956;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.246;QD=1.71695;RBI=0.178444;REFB=-0.0436889;REVB=-0.0355412;RO=50;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117924;STB=0.559365;STBP=0.632;TYPE=ins;VARB=-0.0264804;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216:23:78:16:74:58:6:10:26:32:31:50:12:11:21:29 chr6 136359446 . A C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0253899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.648;QD=7.96576;RBI=0.0272007;REFB=-0.0219757;REVB=0.00975862;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109862;STB=0.568607;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0477855;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:10:16:7:3:10:16 chr6 136582417 . G A 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0452005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.363;QD=4.10156;RBI=0.0452495;REFB=-0.00977294;REVB=-0.00210403;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327185;STB=0.733447;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0546704;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:39:40:8:8:0.166667:6:2:20:19:6:2:21:19 chr6 136582497 . G T 213.76 PASS AF=0.285714;AO=29;DP=107;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00438723;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.482;QD=8.14326;RBI=0.0175195;REFB=-0.00387099;REVB=-0.0169612;RO=76;SAF=19;SAR=10;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223145;STB=0.61834;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00867833;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:76:75:29:30:0.285714:10:19:36:40:10:20:38:37 chr6 136597004 . A G 45.8 PASS AF=0.135135;AO=9;DP=73;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00361322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.113;QD=2.47547;RBI=0.0357291;REFB=-0.00143333;REVB=0.035546;RO=63;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246979;STB=0.625421;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00995233;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:73:74:63:64:9:10:0.135135:3:6:29:34:4:6:29:35 chr6 136597262 . T C 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0046262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.064;QD=5.18108;RBI=0.00809725;REFB=-0.00107396;REVB=-0.00664559;RO=49;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323221;STB=0.7028;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00711087;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:5:8:17:32:5:8:17:32 chr6 136597281 . A T 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00431787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.271;QD=6.58821;RBI=0.0289415;REFB=-0.00954936;REVB=-0.0286176;RO=39;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334431;STB=0.715707;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.020009;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:39:40:12:12:0.230769:4:8:15:24:4:8:15:25 chr6 136597288 . A C 70.04 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00465984;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.737;QD=6.09019;RBI=0.0229833;REFB=0.000357125;REVB=-0.0225059;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368572;STB=0.734843;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0198331;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:46:46:36:36:10:10:0.217391:3:7:14:22:3:7:14:22 chr6 136599393 . G C 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0324322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.408;QD=15.1708;RBI=0.0325234;REFB=-0.0219883;REVB=-0.00243393;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18551;STB=0.606296;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.024575;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:17:7:8:9:17:7 chr6 136599404 . T C 141.29 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00903587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.901;QD=13.4565;RBI=0.0126563;REFB=-0.0143344;REVB=-0.00886203;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344917;STB=0.698056;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0251586;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:20:6:9:7:20:6 chr6 136599822 . C G 135.76 PASS AF=0.21;AO=21;DP=100;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00107688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.439;QD=5.43056;RBI=0.00298926;REFB=-0.00462142;REVB=-0.00278855;RO=79;SAF=12;SAR=9;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346106;STB=0.521718;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0191829;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:79:21:21:0.21:9:12:43:36:9:12:43:36 chr6 136599836 . G A 66.23 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0475293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.363;QD=2.97658;RBI=0.0479034;REFB=-0.00763274;REVB=-0.00597518;RO=75;SAF=10;SAR=3;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297557;STB=0.703088;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0546686;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:75:76:13:13:0.146067:3:10:41:34:3:10:42:34 chr6 136599842 . G A 59.77 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0550081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5626;QD=2.81269;RBI=0.0681471;REFB=-0.00678904;REVB=-0.040226;RO=72;SAF=10;SAR=2;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382599;STB=0.77727;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0660078;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:72:73:12:12:0.141176:2:10:40:32:2:10:40:33 chr6 136664997 . T A 215.68 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0247151;FXX=0.0175408;HRUN=8;LEN=1;MLLD=274.145;QD=15.4058;RBI=0.0250481;REFB=-0.0354114;REVB=0.0040708;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426889;STB=0.725794;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0243417;OID=.;OPOS=136664997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:12:22:5:24:0.428571:2:3:11:1:17:7:17:5 chr6 136682172 . G A 492.64 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7856;QD=56.3011;RBI=0.106443;REFB=-0.110091;REVB=0.104299;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00638072;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chr6 137026266 . T A,G 2814.85 PASS AF=0.0543478,0.945652;AO=9,174;DP=185;FAO=10,174;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=0,78;FSAR=10,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541219,0.0437477;FXX=0.00540511;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.441,112.173;QD=61.1924;RBI=0.0550561,0.044608;REFB=-0.0699989,-0.104474;REVB=-0.0100991,0.0087185;RO=2;SAF=0,78;SAR=9,96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803614,-0.00113075;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.148503,0.00164283;OID=.,.;OPOS=137026266,137026266;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:185:184:2:0:9,174:10,174:0.0543478,0.945652:9,96:0,78:1:1:10,96:0,78:0:0 chr6 137151179 . G T 100.48 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0152809;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.309;QD=14.3538;RBI=0.0154271;REFB=-0.00402031;REVB=0.00211904;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201473;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00401003;OID=.;OPOS=137151179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:6:10:5:7:6:10 chr6 137176884 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0113208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.54;QD=9.8854;RBI=0.0127389;REFB=-0.0142324;REVB=-0.0058411;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16713;STB=0.598785;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0277405;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:12:7:20:19:12:7:20:19 chr6 137325847 . C T 442.65 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9728;QD=55.3312;RBI=0.0634443;REFB=0;REVB=0.0419965;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437681;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:10:19:0:0:10:22:0:0 chr6 137519238 . A G 195.3 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0169395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0382;QD=10.5569;RBI=0.0171164;REFB=0.00432252;REVB=0.00245428;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586867;STB=0.534175;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00620309;OID=.;OPOS=137519238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:13:12:21:28:13:12:21:28 chr6 138413269 . A G 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00643271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4526;QD=18.481;RBI=0.0307899;REFB=-0.0199821;REVB=-0.0301104;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674485;STB=0.53842;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0439046;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:6:13:13:8:6:13:13:8 chr6 138413333 . G C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00235916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.926;QD=15.1659;RBI=0.0334335;REFB=-0.0161481;REVB=0.0333501;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143553;STB=0.560897;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0249568;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:6:9:14:5:6:9:14:6 chr6 138539181 . CTA CTAG,TAG 455.88 PASS AF=1,0;AO=28,2;DP=36;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106577,-0.0536753;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,3;MLLD=18.8173,4.09497;QD=50.6536;RBI=0.272589,0.0614815;REFB=0,0;REVB=0.250891,-0.0299822;RO=4;SAF=15,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123547,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0058187,0;OID=.,.;OPOS=138539184,138539181;OREF=-,CTA;OALT=G,TAG;OMAPALT=CTAG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:4:0:28,2:36,0:1,0:13,2:15,0:0:4:19,0:17,0:0:0 chr6 138539315 . A G 1510.63 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4449;QD=63.6055;RBI=0.0250009;REFB=0;REVB=0.0248555;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141167;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr6 138539556 . T C 711.07 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.867;QD=54.6978;RBI=0.0464023;REFB=-0.00589197;REVB=0.0390517;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000261796;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:29:22:0:0:29:22:0:1 chr6 138584685 . T G 1506.31 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.781;QD=58.4974;RBI=0.0218476;REFB=-0.147624;REVB=0.011034;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-4.87575e-05;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:0:1:102:102:0.990291:58:44:0:0:58:44:1:0 chr6 138753337 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.833;QD=54.5177;RBI=0.0195784;REFB=0;REVB=0.0153775;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95409e-05;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr6 138754323 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.673;QD=58.4196;RBI=0.0208059;REFB=0;REVB=-0.0113823;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45568e-05;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:40:22:0:0:41:22:0:0 chr6 139017815 . A G 1434.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.348;QD=63.0341;RBI=0.0530851;REFB=0;REVB=-0.0441841;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29439e-05;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:49:42:0:0 chr6 139094638 . A G 446.18 PASS AF=0.971429;AO=10;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00538863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7351;QD=50.9921;RBI=0.268662;REFB=-0.0261332;REVB=0.268608;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.509428;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00919872;OID=.;OPOS=139094638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:10:34:0.971429:1:9:0:0:8:26:1:0 chr6 139094978 . C T 100.12 PASS AF=0.202381;AO=16;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=5;FWDB=0.00388219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.508;QD=4.76759;RBI=0.0573165;REFB=-0.0013555;REVB=-0.0571849;RO=67;SAF=14;SAR=2;SRF=62;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174909;STB=0.670443;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00616922;OID=.;OPOS=139094978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:16:17:0.202381:2:14:62:5:3:14:62:5 chr6 139197609 . G A 120.75 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0132953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7897;QD=14.6365;RBI=0.0574022;REFB=0.00300649;REVB=-0.0558413;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13069;STB=0.575652;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00611084;OID=.;OPOS=139197609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:12:7:7:7:12:7 chr6 139562864 . T C 227.35 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0155282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.042;QD=20.6677;RBI=0.0200238;REFB=3.87159e-05;REVB=0.0126422;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147928;STB=0.574254;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=5.79666e-05;OID=.;OPOS=139562864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:7:15:11:10:7:15:12:10 chr6 139563914 . C G 595.24 PASS AF=0.466019;AO=37;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0342198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.095;QD=23.1161;RBI=0.0836251;REFB=-0.0302509;REVB=0.0763032;RO=37;SAF=11;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565208;STB=0.520405;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.086786;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:37:37:37:48:0.466019:26:11:13:24:29:19:13:24 chr6 139563968 . A G 474.62 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0106899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.075;QD=27.1214;RBI=0.014534;REFB=-0.0298028;REVB=-0.00984708;RO=25;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751879;STB=0.536948;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0115987;OID=.;OPOS=139563968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:26:43:44:0.628571:21:22:10:15:21:23:11:15 chr6 139563972 . G C 434.99 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.031046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1339;QD=25.9697;RBI=0.0310773;REFB=0.00617614;REVB=-0.00139321;RO=24;SAF=21;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555893;STB=0.546077;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0125503;OID=.;OPOS=139563972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:24:25:42:42:0.626866:21:21:10:14:20:22:10:15 chr6 139564117 . G C 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0448768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8783;QD=12.0523;RBI=0.152739;REFB=-0.00882786;REVB=0.145998;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943105;STB=0.555442;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0124434;OID=.;OPOS=139564117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:12:1:1:8:12:1 chr6 139576544 . G A 264.9 PASS AF=0.491803;AO=27;DP=58;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00393398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.073;QD=17.3706;RBI=0.0208947;REFB=0.00235089;REVB=0.020521;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333177;STB=0.508766;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00196058;OID=.;OPOS=139576544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:27:31:27:30:0.491803:12:15:14:13:14:16:16:15 chr6 141004964 . G GT,T 1727.76 PASS AF=0.975806,0.0241935;AO=92,16;DP=133;FAO=121,3;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49,2;FSAR=72,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127832,-0.085799;FXX=0.00799936;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=33.4489,17.328;QD=55.7341;RBI=0.129263,0.0894;REFB=0,0;REVB=0.0191825,0.0251174;RO=12;SAF=22,15;SAR=70,1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181483,0.0628826;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00379785,-0.0373187;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:133:124:12:0:92,16:121,3:0.975806,0.0241935:70,1:22,15:11:1:72,1:49,2:0:0 chr6 141807392 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.73133e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.248;QD=57.7123;RBI=0.00220571;REFB=0;REVB=-0.00220468;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94547e-06;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr6 142691549 . A C 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00832649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.237;QD=28.1268;RBI=0.0127432;REFB=-0.0134864;REVB=0.00964673;RO=14;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00481543;STB=0.502657;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00685924;OID=.;OPOS=142691549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:7:17:10:4:7:17:10:4 chr6 142718801 . G A 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0244339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.512;QD=52.8643;RBI=0.027624;REFB=0.00944709;REVB=-0.0128867;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00127904;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:25:28:1:0:25:28:1:1 chr6 142738314 . CTTCTT C,CTTCAT 214.73 PASS AF=0.407407,0.0555556;AO=22,5;DP=56;FAO=22,3;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14,1;FSAR=8,2;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0096368,-0.0472117;FXX=0.0526223;HRUN=2,4;LEN=5,1;MLLD=259.315,125.259;QD=15.9056;RBI=0.00966365,0.0472357;REFB=-0.0177775,0.00511376;REVB=-0.000719862,-0.00150538;RO=28;SAF=14,1;SAR=8,4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27188,-0.22113;STB=0.663012,0.51155;STBP=0.052,0.956;TYPE=del,snp;VARB=0.0171577,0.047173;OID=.,.;OPOS=142738315,142738318;OREF=TTCTT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0.0555556:22,5:56:22,3:54:29:14,1:8,2:10:19:99:28:14,1:8,4:10:18 chr6 142758631 . A G 746.32 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1339;QD=63.5162;RBI=0.0445769;REFB=0;REVB=-0.0423068;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400588;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr6 143074700 . T C 326.14 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0193892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8708;QD=20.0703;RBI=0.0198205;REFB=-0.00388665;REVB=-0.00411228;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391477;STB=0.521726;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0013825;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:16:18:15:16:16:18:15:16 chr6 143090734 . T C 264.54 PASS AF=0.529412;AO=28;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0114852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9501;QD=20.7479;RBI=0.0334702;REFB=-0.000572583;REVB=-0.0314379;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670451;STB=0.52306;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.000617429;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:28:27:0.529412:18:10:10:13:17:10:10:14 chr6 143091263 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.053;QD=56.9551;RBI=0.023761;REFB=0;REVB=0.0224917;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74594e-05;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:19:33:0:0 chr6 143091769 . G A 170.82 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.067841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.934;QD=18.4664;RBI=0.0785059;REFB=-0.0143329;REVB=-0.0395066;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671833;STB=0.548964;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0174177;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:6:11:11:8:6:12:11:8 chr6 143382110 . T C 730.92 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0745222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7615;QD=19.889;RBI=0.100671;REFB=-0.0214524;REVB=-0.0676842;RO=72;SAF=41;SAR=31;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128763;STB=0.504905;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0214614;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:72:75:72:72:0.489796:31:41:42:30:31:41:42:33 chr6 143745915 . A G 1292.84 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0491823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4485;QD=59.4409;RBI=0.0533896;REFB=-0.0483654;REVB=0.0207738;RO=1;SAF=29;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083854;STB=0.504049;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00515798;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:56:29:0:1:56:29:1:1 chr6 143792675 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0147699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.149;QD=11.3692;RBI=0.0164322;REFB=-0.0018493;REVB=0.00720196;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333332;STB=0.699627;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00205064;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:11:8:8:3:11:8 chr6 143816859 . C T 192.26 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0101607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.737;QD=15.6948;RBI=0.0291968;REFB=0.00110095;REVB=0.0273718;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949934;STB=0.510194;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00161192;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:10:9:14:15:10:10:14:15 chr6 144081609 . C T 480.89 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=82;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=4.92218e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.383;QD=22.8994;RBI=0.0277578;REFB=-0.00610459;REVB=0.0277577;RO=37;SAF=19;SAR=26;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053468;STB=0.529768;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00925152;OID=.;OPOS=144081609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:37:38:45:46:0.547619:26:19:18:19:26:20:19:19 chr6 144508698 . G A 112.54 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0319707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.598;QD=18.7574;RBI=0.0319804;REFB=-0.0228445;REVB=0.000785028;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34695;STB=0.675266;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0224248;OID=.;OPOS=144508698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:12:13:0.541667:6:6:1:10:7:6:1:10 chr6 144509510 . T C 291.65 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0398623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1895;QD=16.9071;RBI=0.0400646;REFB=0.0181352;REVB=0.00402044;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847486;STB=0.547457;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0217809;OID=.;OPOS=144509510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:13:24:18:14:13:24 chr6 144537771 . T C 1387.38 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00333419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.664;QD=60.3209;RBI=0.0050648;REFB=-0.103788;REVB=0.00381252;RO=0;SAF=21;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60236e-08;STB=0.507141;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00031235;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:0:2:90:90:0.978261:69:21:0:0:69:21:0:2 chr6 144758799 . A G 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0187759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3625;QD=19.2732;RBI=0.0206618;REFB=-0.00524113;REVB=0.00862396;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974748;STB=0.555112;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0105519;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:12:14:10:13:12:14 chr6 144904655 . G A 507.88 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00324943;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.229;QD=19.1652;RBI=0.0105304;REFB=-0.0089796;REVB=0.0100165;RO=53;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511677;STB=0.528291;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00830154;OID=.;OPOS=144904655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:25:28:25:28:25:28:25:28 chr6 145051594 . G A 665.04 PASS AF=0.960784;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0228551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.809;QD=52.1596;RBI=0.02326;REFB=-0.0185106;REVB=0.00432072;RO=2;SAF=5;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218743;STB=0.511359;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00113633;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:51:2:2:47:49:0.960784:42:5:0:2:43:6:0:2 chr6 145115037 . T C 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0228673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2181;QD=13.9456;RBI=0.0264254;REFB=-0.0035258;REVB=-0.0132434;RO=48;SAF=9;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227091;STB=0.630051;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00479954;OID=.;OPOS=145115037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:23:9:23:25:23:9:23:25 chr6 145167978 . C G 509.61 PASS AF=0.462185;AO=53;DP=118;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.00833416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.934;QD=17.1296;RBI=0.0168002;REFB=-0.0138417;REVB=0.0145873;RO=64;SAF=29;SAR=24;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197661;STB=0.607213;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0158955;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:64:64:53:55:0.462185:24:29:22:42:25:30:22:42 chr6 145503907 . C T 451.77 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0116213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.135;QD=16.1345;RBI=0.0187254;REFB=-0.000730243;REVB=-0.0146829;RO=62;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174178;STB=0.597263;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000815355;OID=.;OPOS=145503907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:21:29:25:37:21:29:25:37 chr6 146234644 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1641;QD=61.6837;RBI=0.0541468;REFB=0;REVB=-0.00052249;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000815466;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr6 147049868 . G A 106.4 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00059253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.496;QD=11.8221;RBI=0.0279309;REFB=-0.0111853;REVB=-0.0279246;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987403;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0240284;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:23:12:13:0.361111:6:6:13:9:6:7:14:9 chr6 147067093 . C T 391.99 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0124463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2231;QD=16.8598;RBI=0.0146577;REFB=-0.00362004;REVB=-0.00774194;RO=52;SAF=18;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118046;STB=0.566233;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00532368;OID=.;OPOS=147067093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:23:18:29:23:23:18:29:23 chr6 147136212 . A T 393.07 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0181669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.094;QD=19.6535;RBI=0.0183493;REFB=-0.00805181;REVB=-0.00258072;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676564;STB=0.537575;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00654286;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:22:18:21:19:22:18:21:19 chr6 147136244 . A G 904.0 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6492;QD=57.3968;RBI=0.0444068;REFB=0;REVB=0.0150758;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364265;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:32:30:1:0:32:31:0:0 chr6 147635385 . C G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00247929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.055;QD=18.2897;RBI=0.0072009;REFB=0.000491817;REVB=0.00676063;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728239;STB=0.5407;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000347058;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:17:16:13:19:17:16 chr6 147635413 . A G 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0272173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.177;QD=18.055;RBI=0.0273335;REFB=-0.00641558;REVB=0.00251742;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08131;STB=0.545427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00527939;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:15:18:16:19:15:18:16:19 chr6 147680359 . A G 346.26 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0162402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4761;QD=16.8909;RBI=0.0270286;REFB=-0.00644025;REVB=-0.0216056;RO=45;SAF=12;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191859;STB=0.608001;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0115415;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:25:12:23:22:25:12:23:22 chr6 147886107 . C G 499.96 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00259368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5266;QD=19.416;RBI=0.0166206;REFB=-0.0621108;REVB=-0.0164169;RO=49;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628121;STB=0.543673;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0599738;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:51:52:52:0.504854:26:26:21:28:26:26:21:30 chr6 148865257 . A G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0092706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.201;QD=21.7437;RBI=0.0243844;REFB=-0.0212216;REVB=0.0225534;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285642;STB=0.516108;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0155243;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:7:4:6:9:7:4 chr6 149721690 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0715053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.618;QD=12.9745;RBI=0.0744852;REFB=-0.0130024;REVB=-0.0208576;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172666;STB=0.604472;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0396279;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:17:18:11:12:0.4:7:4:9:8:8:4:9:9 chr6 149721965 . T C 150.93 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.010269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.803;QD=20.1245;RBI=0.0248191;REFB=0.0174103;REVB=-0.022595;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.566585;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0230495;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:5:9:8:8:5:9 chr6 149722040 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.913;QD=51.1799;RBI=0.0281237;REFB=0;REVB=0.0126121;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337805;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr6 149953981 . C T 1029.65 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651575;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.689;QD=59.6898;RBI=0.0149425;REFB=0;REVB=0.013447;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67931e-06;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr6 149983216 . G A 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.384;QD=51.908;RBI=0.0550705;REFB=0;REVB=0.0517065;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869956;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr6 150004779 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.956;QD=57.1766;RBI=0.0178303;REFB=0;REVB=0.00983892;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41579e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr6 150067675 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.718;QD=63.2851;RBI=0.0227626;REFB=0;REVB=-0.000936795;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107531;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 150093678 . C T 390.31 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.616;QD=55.759;RBI=0.0233695;REFB=0;REVB=0.0158048;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193488;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:10:16:0:0:11:17:0:0 chr6 150093682 . C T 364.99 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5311;QD=52.1412;RBI=0.0187943;REFB=-0.0495452;REVB=-0.00142602;RO=2;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01607;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0179087;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:2:1:26:27:0.964286:10:16:1:1:10:17:0:1 chr6 150114745 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.617;QD=61.3354;RBI=0.0229443;REFB=0;REVB=0.0208661;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195988;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 150209717 . C G 545.13 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00887492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9037;QD=57.3825;RBI=0.00959436;REFB=-0.0351068;REVB=-0.0036452;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0015118;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr6 150210681 . G A 1173.99 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.793;QD=57.9749;RBI=0.0329183;REFB=-0.204015;REVB=0.0030115;RO=2;SAF=40;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230769;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00135564;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:2:1:78:80:0.987654:38:40:2:0:38:42:1:0 chr6 150210685 . C T 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.292;QD=61.5347;RBI=0.0363803;REFB=0;REVB=0.0351531;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00679e-05;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr6 150210723 . C T 952.82 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.853;QD=58.6353;RBI=0.0195066;REFB=0;REVB=-0.0158098;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49191e-06;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr6 150211100 . T C 770.75 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.288;QD=56.0546;RBI=0.0538059;REFB=0;REVB=0.0336787;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204321;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:31:23:1:0:31:24:0:0 chr6 150211123 . A T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.791;QD=57.3858;RBI=0.031564;REFB=0;REVB=0.0220631;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55976e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr6 150267527 . A C 724.8 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439727;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3006;QD=56.8471;RBI=0.118354;REFB=0;REVB=0.109882;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042073;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:25:26:0:0 chr6 150716696 . TG CA,CG 418.38 PASS AF=0.6,0.4;AO=17,11;DP=29;FAO=18,12;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6,4;FSAR=12,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106989,0.0145705;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=221.463,184.362;QD=55.7842;RBI=0.0310632,0.0339878;REFB=0,0;REVB=0.0291626,0.0307062;RO=0;SAF=6,3;SAR=11,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00165989,0.00719553;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:29:30:0:0:17,11:18,12:0.6,0.4:11,8:6,3:0:0:12,8:6,4:0:0 chr6 150717640 . T C 227.94 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0037964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.029;QD=11.5411;RBI=0.0133842;REFB=0.00244927;REVB=-0.0128345;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174666;STB=0.601016;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00581394;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:17:11:28:23:17:11:28:23 chr6 150722187 . TG CA,CG 981.83 PASS AF=0.478261,0.521739;AO=32,36;DP=69;FAO=33,36;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=13,10;FSAR=20,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191358,0.00245377;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=162.084,128.665;QD=56.9179;RBI=0.0262833,0.030646;REFB=0,0;REVB=0.0180176,0.0305476;RO=0;SAF=13,10;SAR=19,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0174751,0.00520897;OID=.,.;OPOS=150722187,150722187;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:69:69:0:0:32,36:33,36:0.478261,0.521739:19,26:13,10:0:0:20,26:13,10:0:0 chr6 151055189 . C G 132.72 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00779342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.644;QD=15.1684;RBI=0.0417633;REFB=-0.00437996;REVB=-0.0410297;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082133;STB=0.547111;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00352727;OID=.;OPOS=151055189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:3:17:12:3:3:17 chr6 151121915 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00796322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.527;QD=13.0229;RBI=0.00840582;REFB=-0.0172039;REVB=-0.00269165;RO=44;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199636;STB=0.614738;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0254531;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:9:19:22:22:9:19:22:22 chr6 151152257 . A G 368.02 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0276986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.306;QD=25.8258;RBI=0.0287682;REFB=-0.0170064;REVB=0.00777175;RO=19;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937762;STB=0.532092;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0117125;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:21:35:35:0.614035:17:18:7:12:17:18:9:12 chr6 151152656 . T C 173.59 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00238948;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.17;QD=11.3829;RBI=0.00359974;REFB=0.00352868;REVB=-0.00269231;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271617;STB=0.639227;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00529323;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:10:29:11:11:11:28 chr6 151164764 . C T 207.51 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00225945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.45;QD=11.2165;RBI=0.00243639;REFB=-0.015397;REVB=0.000911536;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473587;STB=0.535609;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0349608;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:47:48:26:26:0.351351:16:10:20:27:16:10:21:27 chr6 151336739 . C G 579.37 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0406332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8881;QD=20.3286;RBI=0.0623219;REFB=-0.0014262;REVB=-0.0472542;RO=54;SAF=34;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066997;STB=0.53284;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00112816;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:55:59:59:0.517544:25:34:27:27:25:34:28:27 chr6 151362895 . CTTG C 334.14 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0293855;FXX=0.0833102;HRUN=2;LEN=3;MLLD=279.141;QD=40.5018;RBI=0.0416015;REFB=-0.0991941;REVB=-0.0294479;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529393;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=0.00589424;OID=.;OPOS=151362896;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:29:34:30:33:3:24:6:3:0:9:0:23:6:0:0 chr6 151362942 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.698;QD=61.3359;RBI=0.0343235;REFB=0;REVB=-0.033006;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113518;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr6 151669875 . A G 59.62 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00389975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.088;QD=8.8329;RBI=0.0215494;REFB=-0.00259474;REVB=-0.0211936;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587761;STB=0.863988;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0171838;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:25:27:17:18:8:9:0.333333:7:1:11:6:8:1:11:7 chr6 151670057 . G A 131.39 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0179608;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9253;QD=13.4763;RBI=0.0182446;REFB=-0.0092268;REVB=-0.00320518;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371963;STB=0.536793;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00812888;OID=.;OPOS=151670057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:24:15:15:0.384615:6:9:13:10:6:9:13:11 chr6 151670172 . A C 100.94 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00596393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5842;QD=18.3527;RBI=0.00751116;REFB=0.000795749;REVB=-0.00456607;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.507031;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.018711;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:22:9:9:11:13:0.590909:6:5:4:5:7:6:4:5 chr6 151670897 . T C 325.9 PASS AF=0.557377;AO=32;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00527946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.536;QD=21.3707;RBI=0.00766579;REFB=-0.0276394;REVB=0.00555802;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120777;STB=0.553722;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0232909;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:32:34:0.557377:18:14:8:19:20:14:8:19 chr6 151671060 . C T 46.52 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0236322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.966;QD=2.29736;RBI=0.0241313;REFB=2.5833e-05;REVB=0.00488253;RO=70;SAF=8;SAR=2;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38915;STB=0.787291;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00058232;OID=.;OPOS=151671060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:70:71:10:10:0.123457:2:8:34:36:2:8:34:37 chr6 151671138 . G A 75.79 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0244283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2963;QD=5.22696;RBI=0.0390861;REFB=-0.00512074;REVB=0.0305119;RO=46;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536649;STB=0.534426;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0201636;OID=.;OPOS=151671138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:6:6:25:21:6:6:25:21 chr6 151674116 . T TGAG 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.013222;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.362;QD=15.1969;RBI=0.0176238;REFB=-0.0159534;REVB=0.0116523;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338916;STB=0.70096;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=0.019645;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:14:32:14:32:18:2:12:7:11:99:18:2:12:7:11 chr6 151674326 . A C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0264527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7793;QD=14.2618;RBI=0.0265733;REFB=-0.00179306;REVB=0.00252908;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131994;STB=0.576825;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0018307;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:12:12:10:6:12:12 chr6 151694771 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 98.56 PASS AF=0.342105,0.0789474,0;AO=7,5,3;DP=44;FAO=13,3,0;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8,2,0;FSAR=5,1,0;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0231595,0.0318614,0.00997205;FXX=0.0499875;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=25.5891,13.2588,17.1139;QD=10.3743;RBI=0.0856789,0.159073,0.0727052;REFB=-0.0315987,-0.0504735,-0.0237858;REVB=-0.0824895,-0.155849,-0.0720181;RO=22;SAF=4,5,3;SAR=3,0,0;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0.368421,0.368421,0;SSSB=-0.0233486,0.651987,0.551392;STB=0.513997,0.529213,0.5;STBP=0.948,0.953,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0146364,0.0257339,0;OID=.,.,.;OPOS=151694777,151694772,151694777;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105,0.0789474,0:7,5,3:44:13,3,0:38:22:8,2,0:5,1,0:14:8:85:22:4,5,3:3,0,0:13:9 chr6 151766552 . G A 828.47 PASS AF=0.54;AO=81;DP=150;FAO=81;FDP=150;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00676544;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.34;QD=22.0926;RBI=0.0115968;REFB=-0.00792017;REVB=0.00941885;RO=69;SAF=35;SAR=46;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035145;STB=0.519213;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00929873;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:69:69:81:81:0.54:46:35:27:42:46:35:27:42 chr6 151785598 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.021363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.009;QD=19.1796;RBI=0.0618389;REFB=0.00236298;REVB=-0.0580316;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00585506;OID=.;OPOS=151785598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr6 151859314 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.608;QD=55.0961;RBI=0.0105236;REFB=0;REVB=0.00375407;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94743e-05;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr6 151894505 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0523;QD=58.4187;RBI=0.0307334;REFB=0;REVB=-0.0302617;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259839;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr6 151914265 . T C 187.04 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0127263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.186;QD=10.6879;RBI=0.0347111;REFB=-0.0186832;REVB=0.032294;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127579;STB=0.573969;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0369817;OID=.;OPOS=151914265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:11:13:30:16:11:13:30:16 chr6 151914329 . G A 250.08 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00481661;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.548;QD=11.9088;RBI=0.0222445;REFB=-0.0142132;REVB=0.0217168;RO=51;SAF=15;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968016;STB=0.559485;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0165639;OID=.;OPOS=151914329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:54:30:30:0.357143:15:15:30:21:15:15:32:22 chr6 151939181 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.000163863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.723;QD=21.2648;RBI=0.00449757;REFB=-0.0259828;REVB=0.00449458;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355302;STB=0.6998;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00902491;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:5:13:6:14:5:13 chr6 152129077 . T C 666.34 PASS AF=0.456376;AO=67;DP=150;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00985287;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.06;QD=17.8883;RBI=0.0234514;REFB=-0.0157245;REVB=-0.0212811;RO=80;SAF=39;SAR=28;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813004;STB=0.551985;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0170942;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:80:81:67:68:0.456376:28:39:40:40:28:40:40:41 chr6 152201875 . T C 1004.72 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262775;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.692;QD=59.1012;RBI=0.0269947;REFB=0;REVB=-0.00618093;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615049;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:43:24:0:0:43:25:0:0 chr6 152265522 . G C 291.43 PASS AF=0.386364;AO=30;DP=86;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=10;FWDB=-0.00517322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.124;QD=13.2467;RBI=0.00647819;REFB=-0.00756862;REVB=0.00389932;RO=54;SAF=16;SAR=14;SRF=44;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329803;STB=0.706703;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0119141;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:54:54:30:34:0.386364:14:16:44:10:18:16:44:10 chr6 152420095 . G A 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0152443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.208;QD=22.5819;RBI=0.0193203;REFB=-0.0184855;REVB=0.0118697;RO=23;SAF=21;SAR=5;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253785;STB=0.512186;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.018314;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:5:21:19:4:5:21:19:5 chr6 152422335 . C T 1529.95 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000965427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.191;QD=63.7478;RBI=0.0257344;REFB=0;REVB=0.0257162;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51675e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr6 152446420 . A G 135.84 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00910618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.503;QD=9.70279;RBI=0.0530377;REFB=-0.0134519;REVB=-0.0522501;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638048;STB=0.537806;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0235442;OID=.;OPOS=152446420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:8:10:19:19:8:10:19:19 chr6 152464839 . A G 921.66 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00641272;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.844;QD=54.2153;RBI=0.00800605;REFB=-0.149724;REVB=-0.00479311;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524583;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00127786;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:68:0:3:65:65:0.955882:36:29:0:0:36:29:3:0 chr6 152466674 . T C 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.011896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.408;QD=8.402;RBI=0.0208746;REFB=-0.00687201;REVB=0.0171532;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142856;STB=0.588042;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0257013;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:12:9:5:4:12:9 chr6 152469188 . C G 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0138199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4767;QD=19.2731;RBI=0.0148543;REFB=0.0421895;REVB=0.00544614;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204062;STB=0.511535;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0485612;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:13:13:11:12:13:13 chr6 152469197 . C T 230.76 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0499058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.298;QD=17.7509;RBI=0.118138;REFB=0.00542927;REVB=0.107079;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726928;STB=0.540925;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00174505;OID=.;OPOS=152469197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:13:14:11:14:13:14 chr6 152469331 . C T 289.33 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00819492;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.769;QD=15.8539;RBI=0.0245363;REFB=-0.00707517;REVB=0.0231273;RO=39;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986574;STB=0.569188;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00774111;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:39:41:32:32:0.438356:14:18:18:21:14:18:18:23 chr6 152485429 . C T 283.92 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00101995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.704;QD=19.9242;RBI=0.0108937;REFB=0.00441966;REVB=-0.0108459;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157623;STB=0.508766;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00448247;OID=.;OPOS=152485429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:14:13:15:15:14:13 chr6 152489294 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000569183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.95;QD=58.5842;RBI=0.0126197;REFB=0;REVB=0.0126069;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3562e-05;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr6 152534768 . C T 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0201251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.688;QD=16.1371;RBI=0.0275835;REFB=-0.0137867;REVB=-0.0188634;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180545;STB=0.601213;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0178107;OID=.;OPOS=152534768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:19:18:32:16:19:18:32:16 chr6 152540278 . A C 1093.01 PASS AF=0.905882;AO=77;DP=85;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00752613;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.947;QD=51.436;RBI=0.0120098;REFB=-0.150146;REVB=0.00935907;RO=8;SAF=44;SAR=33;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325212;STB=0.517237;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00120136;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:85:8:8:77:77:0.905882:33:44:6:2:33:44:6:2 chr6 152647681 . A T 1433.47 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3792;QD=63.0098;RBI=0.0320418;REFB=0;REVB=-0.0314063;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219084;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr6 152652034 . A T 972.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.678;QD=58.9492;RBI=0.0182269;REFB=0;REVB=0.0102933;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65714e-05;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr6 152658142 . T C 383.83 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4024;QD=51.1779;RBI=0.0624106;REFB=-0.0728334;REVB=0.0572517;RO=1;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216544;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00671576;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:21:7:0:1:21:8:0:1 chr6 152665261 . C A 837.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129126;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.183;QD=57.7305;RBI=0.0129909;REFB=0;REVB=-0.00142453;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44192e-05;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:15:43:0:0:15:43:0:0 chr6 152671819 . G C 56.97 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.019963;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.893;QD=1.80847;RBI=0.0201058;REFB=-0.00519412;REVB=0.0023919;RO=111;SAF=7;SAR=7;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273357;STB=0.51585;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0384787;OID=.;OPOS=152671819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:127:126:111:112:14:14:0.111111:7:7:58:53:7:7:58:54 chr6 152675854 . A G 2060.2 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124287;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.417;QD=62.4304;RBI=0.025153;REFB=0;REVB=0.0218678;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59537e-05;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:129:132:1:55:74:0:0:57:75:0:0 chr6 152683413 . G T 821.26 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169257;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.589;QD=57.6324;RBI=0.0248314;REFB=0;REVB=0.0247736;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236893;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr6 152694184 . T C 1643.57 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=5.97121e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.238;QD=59.2279;RBI=0.0556972;REFB=0.0944327;REVB=0.0556972;RO=1;SAF=66;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713918;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=3.10575e-05;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:44:66:1:0:44:66:1:0 chr6 152772264 . A G 1283.28 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8862;QD=61.8449;RBI=0.0411901;REFB=0;REVB=0.0105387;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143093;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr6 152777819 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0146417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.893;QD=21.0082;RBI=0.0245635;REFB=-0.0229267;REVB=0.0197227;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279229;STB=0.515479;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0171941;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:10:15:17:13:10:15 chr6 153296541 . G C 771.99 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498885;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2715;QD=57.1847;RBI=0.00781621;REFB=0;REVB=0.00601703;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133806;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr6 153315744 . T A 506.38 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.019691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4057;QD=19.8579;RBI=0.0495193;REFB=-0.0167316;REVB=0.045436;RO=50;SAF=28;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696277;STB=0.538447;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0149489;OID=.;OPOS=153315744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:24:28:23:27:24:28:23:27 chr6 153315921 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.34;QD=57.2018;RBI=0.0391815;REFB=0;REVB=0.0168833;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316671;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr6 153323594 . C T 549.48 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0003289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6952;QD=17.7253;RBI=0.000405026;REFB=-0.00587772;REVB=0.00023637;RO=66;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421677;STB=0.528562;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00864058;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:66:57:58:0.467742:33:24:25:41:33:25:25:41 chr6 153365100 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.75;QD=57.0006;RBI=0.0137413;REFB=0;REVB=0.00309239;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53865e-05;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr6 153741613 . G C 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0308064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6695;QD=14.3907;RBI=0.0619931;REFB=-0.0119428;REVB=0.0537969;RO=48;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144001;STB=0.581728;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0174808;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:19:14:27:21:19:14:27:21 chr6 153987576 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8727;QD=52.6081;RBI=0.0511722;REFB=0;REVB=0.000433464;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145113;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 154002660 . T C 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00276515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.361;QD=17.8366;RBI=0.0220925;REFB=0.00705964;REVB=0.0219188;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00570754;OID=.;OPOS=154002660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:6:8:8:6:6:8 chr6 154360797 . A G 478.74 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00427517;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.552;QD=18.0657;RBI=0.00451067;REFB=-0.00194165;REVB=0.00143842;RO=55;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000666609;STB=0.50037;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00239871;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:26:25:27:28:26:25:27:28 chr6 154414446 . A T 584.69 PASS AF=0.430464;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00389619;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.721;QD=15.4886;RBI=0.026489;REFB=-0.00537166;REVB=-0.0262009;RO=84;SAF=35;SAR=30;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389267;STB=0.521954;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00707949;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:84:86:65:65:0.430464:30:35:42:42:30:35:43:43 chr6 154414563 . A G 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00372992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.364;QD=15.9781;RBI=0.0125823;REFB=-0.0135361;REVB=0.0120167;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275301;STB=0.653757;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0147066;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:30:10:17:15:30:10 chr6 154414573 . C T 284.54 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0579077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3109;QD=17.7835;RBI=0.0605275;REFB=-0.00525151;REVB=0.0176144;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21306;STB=0.609151;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00828019;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:16:15:23:9:16:15:23:10 chr6 154428666 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0148604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.185;QD=19.0009;RBI=0.0316282;REFB=-0.0308654;REVB=-0.0279197;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326819;STB=0.53065;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0333314;OID=.;OPOS=154428666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:10:7:6:10:10:7:6:11 chr6 154431565 . G A 161.62 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000397322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.537;QD=19.0143;RBI=0.0371935;REFB=-0.0173527;REVB=-0.0371914;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.591288;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0118429;OID=.;OPOS=154431565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:8:9:6:11:8:9 chr6 154727408 . T C 303.13 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0309147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.611;QD=27.5568;RBI=0.0350989;REFB=-0.0117139;REVB=0.0166197;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962503;STB=0.546066;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00611926;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:17:26:27:0.613636:11:15:12:5:11:16:12:5 chr6 154727613 . C T 179.31 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0248887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9372;QD=7.24495;RBI=0.0343219;REFB=-0.0047139;REVB=-0.0236336;RO=74;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315296;STB=0.688576;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0161382;OID=.;OPOS=154727613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:74:74:25:25:0.252525:10:15:25:49:10:15:25:49 chr6 154771277 . A G 417.8 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0111363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3544;QD=22.5839;RBI=0.0127286;REFB=0.00724028;REVB=-0.0061644;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466455;STB=0.525679;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00373595;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:20:21:15:18:20:21:15:18 chr6 155451352 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.217;QD=42.1825;RBI=0.0112229;REFB=0;REVB=0.0109932;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57499e-05;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 155485554 . G A 1239.25 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5798;QD=61.1975;RBI=0.0702445;REFB=0;REVB=-0.0698242;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301439;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:30:50:0:0:31:50:0:0 chr6 155561760 . T C 784.91 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.108;QD=57.0843;RBI=0.0742821;REFB=0;REVB=0.0711918;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345897;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:35:20:0:0 chr6 155577823 . C T 562.73 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762737;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.415;QD=60.8354;RBI=0.0249685;REFB=0;REVB=0.0237749;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352215;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 155578592 . A AT 270.65 PASS AF=1;AO=9;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128589;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.51514;QD=20.4264;RBI=0.253153;REFB=0.128265;REVB=-0.218063;RO=43;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00970852;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:53:53:53:0:19:34:0:0:5:43:1:8:17:26 chr6 155578599 . A T 713.24 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.8935;QD=50.9459;RBI=0.0582915;REFB=-0.130138;REVB=-0.0509135;RO=2;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00862829;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:56:2:0:49:56:1:30:19:0:2:36:20:0:0 chr6 155578756 . A T 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.053;QD=57.5401;RBI=0.0210359;REFB=0;REVB=-0.00639319;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15403e-05;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr6 155596901 . T C,G 754.96 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=47,4;DP=51;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29,3;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928633,-0.00813816;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.396,181.297;QD=53.9255;RBI=0.0632531,0.0504189;REFB=0,0;REVB=0.0625677,0.0497577;RO=0;SAF=29,3;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000610232,0.0228295;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:51:56:0:0:47,4:52,4:0.928571,0.0714286:18,1:29,3:0:0:23,1:29,3:0:0 chr6 155597147 . C T 1807.24 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472839;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.926;QD=61.2624;RBI=0.00801439;REFB=0;REVB=0.00647092;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89622e-05;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:61:57:0:0:61:57:0:0 chr6 155606325 . C T 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.835;QD=57.8824;RBI=0.0147669;REFB=0;REVB=0.0142901;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40245e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr6 155750035 . C T 417.61 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0838459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2114;QD=53.8851;RBI=0.0847797;REFB=-0.0279371;REVB=0.0125483;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0160432;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:9:21:0:1:9:21:0:1 chr6 155761246 . G T 121.45 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0046516;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.1;QD=23.1325;RBI=0.00529621;REFB=0.00773448;REVB=0.00253227;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286527;STB=0.687164;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00525602;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:21:9:8:12:13:0.619048:2:10:5:4:2:11:4:4 chr6 155775980 . G T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0261604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4599;QD=11.6207;RBI=0.0383495;REFB=-0.0188761;REVB=-0.0280413;RO=35;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223613;STB=0.631438;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0310155;OID=.;OPOS=155775980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:5:15:20:15:5:15:20:15 chr6 157405930 . G A 1804.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.515;QD=61.157;RBI=0.0261578;REFB=0;REVB=0.0171807;RO=0;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32665e-05;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:52:66:0:0:52:66:0:0 chr6 157801040 . T A 763.36 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.122;QD=63.6135;RBI=0.0367545;REFB=0;REVB=0.0063514;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63292e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:36:11:0:0:37:11:0:0 chr6 157801186 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.791;QD=50.8366;RBI=0.0237099;REFB=-0.0161513;REVB=0.0213859;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026521;STB=0.514274;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000710559;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:8:17:1:0:8:17:1:0 chr6 157801516 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.199;QD=57.1775;RBI=0.0118495;REFB=0;REVB=-0.00154476;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33834e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr6 157963743 . G A 634.51 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.631;QD=59.0244;RBI=0.0310774;REFB=-0.0607513;REVB=0.0265957;RO=1;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144415;STB=0.507459;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00549514;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:32:9:0:1:33:9:0:1 chr6 158132992 . G A 308.12 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0528199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7352;QD=20.8893;RBI=0.0896683;REFB=0.0251352;REVB=0.0724601;RO=26;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166136;STB=0.584362;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0288326;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:27:32:32:0.542373:12:20:11:15:12:20:12:15 chr6 158133074 . A AT 196.04 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0152574;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3725;QD=14.7956;RBI=0.0339421;REFB=-0.0188026;REVB=0.0303196;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197024;STB=0.574123;STBP=0.235;TYPE=ins;VARB=0.0246534;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54717:28:54:29:53:24:19:10:12:12:99:26:19:9:12:14 chr6 158358541 . A G 48.95 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0162441;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.798;QD=2.61093;RBI=0.0162947;REFB=-0.0021957;REVB=0.00128265;RO=64;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251765;STB=0.680074;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00939711;OID=.;OPOS=158358541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:75:64:65:10:10:0.133333:4:6:25:39:4:6:25:40 chr6 158497717 . T C 546.78 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000151499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3461;QD=53.3446;RBI=0.0269413;REFB=-0.0618038;REVB=0.0269409;RO=3;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623593;STB=0.533316;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00245637;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:17:21:3:0:17:21:3:0 chr6 158499302 . G T 1027.62 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179223;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.588;QD=59.5721;RBI=0.0705757;REFB=0;REVB=0.0682621;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279456;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:39:28:0:0:40:29:0:0 chr6 158505088 . A G 1240.43 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.695;QD=61.2557;RBI=0.0134628;REFB=0;REVB=0.00970972;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97554e-05;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:39:40:0:0:40:41:0:0 chr6 158507981 . G A 944.05 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053217;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4404;QD=59.0034;RBI=0.0849504;REFB=0;REVB=0.0662156;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06228e-05;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:33:31:0:0 chr6 158509750 . A G 789.56 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153943;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3552;QD=64.4537;RBI=0.160002;REFB=0;REVB=-0.0436164;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976479;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:20:25:0:0:20:29:0:0 chr6 158517308 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6677;QD=57.2004;RBI=0.0196225;REFB=0;REVB=0.00699583;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025037;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr6 158517348 . AGA AAG,AG,GAG 97.65 PASS AF=0,0.416667,0.5;AO=2,2,6;DP=12;FAO=0,5,6;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0;FSAR=0,5,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=1,4,2;LEN=2,1,3;MLLD=6.94147,14.6834,57.3826;QD=32.5513;RBI=0.212246,0.180626,0.0115639;REFB=0.0093818,-0.0200336,-0.0749178;REVB=-0.212246,-0.180626,0.0115639;RO=1;SAF=0,0,0;SAR=2,2,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,-0.045822,0.173436;OID=.,.,.;OPOS=158517349,158517350,158517348;OREF=GA,A,AGA;OALT=AG,-,GAG;OMAPALT=AAG,AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:29:12:12:1:1:2,2,6:0,5,6:0,0.416667,0.5:2,2,6:0,0,0:0:1:0,5,6:0,0,0:0:1 chr6 158571501 . G A 554.99 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3259;QD=59.9992;RBI=0.00570113;REFB=0;REVB=0.00520075;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105834;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr6 158735087 . C T 648.59 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8994;QD=61.7703;RBI=0.0478496;REFB=0;REVB=-0.0456673;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782394;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr6 158735090 . T C 616.51 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149287;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.132;QD=61.6508;RBI=0.014984;REFB=0;REVB=0.00128605;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105679;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr6 158923434 . G C 1376.38 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7499;QD=62.5627;RBI=0.018896;REFB=0;REVB=0.00142809;RO=0;SAF=62;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28351e-05;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:25:62:0:0:25:63:0:0 chr6 158924088 . T C 717.88 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00560745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.209;QD=61.0958;RBI=0.0675586;REFB=-0.0981281;REVB=0.0673254;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000292643;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:47:0:1:45:46:0.978723:21:24:0:0:22:24:0:1 chr6 158924595 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.692;QD=46.848;RBI=0.0261055;REFB=0;REVB=0.00541258;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210812;OID=.;OPOS=158924595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 159065758 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.6;QD=60.9786;RBI=0.0532897;REFB=0;REVB=0.0207191;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176286;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr6 159178345 . C T 828.42 PASS AF=0.983333;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0678928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0915;QD=55.2282;RBI=0.101905;REFB=-0.0101491;REVB=0.0759945;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00275315;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:60:1:1:55:59:0.983333:26:29:1:0:26:33:1:0 chr6 159398633 . T C 1032.56 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.23;QD=58.1723;RBI=0.0785025;REFB=-0.131376;REVB=0.0612985;RO=1;SAF=51;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546391;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:19:51:1:0:19:52:0:0 chr6 159398700 . C T 930.14 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00743825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.27;QD=55.5309;RBI=0.0160944;REFB=-0.0920114;REVB=0.0142725;RO=2;SAF=35;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262287;STB=0.513885;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00186982;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:65:65:0.970149:30:35:2:0:30:35:2:0 chr6 159398764 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3725;QD=57.7082;RBI=0.0150574;REFB=0;REVB=-0.00152518;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175463;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr6 159399348 . A G 312.52 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.547;QD=52.0874;RBI=0.0742998;REFB=0;REVB=-0.00792209;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307793;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr6 159407446 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.255;QD=56.9383;RBI=0.0257596;REFB=0;REVB=-0.000707933;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07886e-05;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr6 159414899 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.992;QD=57.3858;RBI=0.0408891;REFB=0;REVB=0.0403509;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115397;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr6 159420574 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.679;QD=59.8393;RBI=0.0122103;REFB=0;REVB=-0.0114346;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00237e-05;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr6 159650978 . A G 1595.63 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.874;QD=63.8252;RBI=0.0249826;REFB=0;REVB=-0.0196664;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141669;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr6 159653122 . C T 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0421011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8184;QD=5.25875;RBI=0.0487329;REFB=0.00204196;REVB=0.0245437;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206412;STB=0.636055;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00337325;OID=.;OPOS=159653122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:6:3:18:18:6:3:18:18 chr6 159670100 . A G 432.34 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0123583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.018;QD=48.0378;RBI=0.0358733;REFB=0.0216097;REVB=0.0336774;RO=4;SAF=13;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123883;STB=0.566625;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000408788;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:19:13:4:0:19:13:4:0 chr6 159692405 . C T 2089.28 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175228;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.386;QD=62.8355;RBI=0.0249117;REFB=0;REVB=0.0177071;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17628e-05;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:73:60:0:0:73:60:0:0 chr6 160234625 . G C 747.79 PASS AF=0.688889;AO=62;DP=90;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0358958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4554;QD=33.2352;RBI=0.0699872;REFB=-0.0153003;REVB=0.0600808;RO=28;SAF=33;SAR=29;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227212;STB=0.512253;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00744846;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:28:28:62:62:0.688889:29:33:16:12:29:33:16:12 chr6 160328620 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.309;QD=56.1914;RBI=0.00842691;REFB=0;REVB=0.00717165;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40993e-05;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr6 160453978 . A G 256.42 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00318013;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.149;QD=17.9941;RBI=0.0210265;REFB=-0.0329782;REVB=0.0207846;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476899;STB=0.544399;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.023071;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:29:28:28:0.491228:15:13:14:13:15:13:16:13 chr6 160464289 . G A 359.62 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0153356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.244;QD=17.3309;RBI=0.0154066;REFB=-0.0213533;REVB=0.00147673;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143761;STB=0.508055;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0244801;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:25:13:16:29:25:13:16:29 chr6 160483586 . A G 162.95 PASS AF=0.210938;AO=26;DP=128;FAO=27;FDP=128;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=-0.00658892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.812;QD=5.09214;RBI=0.0137887;REFB=-0.00223635;REVB=-0.0121126;RO=98;SAF=12;SAR=14;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228671;STB=0.653544;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0103137;OID=.;OPOS=160483586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:98:101:26:27:0.210938:14:12:63:35:15:12:65:36 chr6 160494409 . A G 1053.65 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.897;QD=59.3608;RBI=0.025545;REFB=0;REVB=0.0187118;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262283;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:41:28:0:0:43:28:0:0 chr6 160505199 . C G 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.739;QD=57.3735;RBI=0.0253774;REFB=0;REVB=0.0190149;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126865;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr6 160551204 . G C 1477.59 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491485;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.968;QD=62.8761;RBI=0.0508577;REFB=0;REVB=0.0130741;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033456;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:92:94:1:51:41:0:0:51:43:0:0 chr6 160645832 . C T 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0164456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.811;QD=12.5671;RBI=0.0392925;REFB=-0.00318415;REVB=-0.0356853;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331411;STB=0.70069;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.012368;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:6:9:7:18:6:9:7:19 chr6 160670282 . A C 1095.61 PASS AF=0.478632;AO=111;DP=233;FAO=112;FDP=234;FR=.;FRO=122;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.00343882;FXX=0.00847422;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.703;QD=18.7283;RBI=0.00618547;REFB=-0.0440873;REVB=-0.00514146;RO=121;SAF=54;SAR=57;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245167;STB=0.513198;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0457748;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:121:122:111:112:0.478632:57:54:62:59:57:55:63:59 chr6 161007496 . G C 379.4 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.017105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.291;QD=19.2101;RBI=0.0221457;REFB=-0.0290925;REVB=0.014066;RO=39;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996977;STB=0.563603;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0277469;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:26:13:17:22:26:13:18:22 chr6 161007538 . G C 522.9 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0226185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.014;QD=21.3429;RBI=0.0242911;REFB=-0.0282333;REVB=-0.0088578;RO=47;SAF=19;SAR=31;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277126;STB=0.508193;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0362617;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:31:19:18:29:31:19:19:29 chr6 161032668 . A G 306.61 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0156078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.149;QD=13.0471;RBI=0.0175517;REFB=-0.00052653;REVB=0.00802868;RO=57;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236394;STB=0.51541;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.000565846;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:59:35:35:0.37234:21:14:24:33:21:14:25:34 chr6 161085267 . C T 378.79 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00615093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.649;QD=13.0618;RBI=0.0120803;REFB=-0.00937127;REVB=0.0103971;RO=71;SAF=28;SAR=17;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156993;STB=0.589204;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0131865;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:71:45:45:0.387931:17:28:34:37:17:28:34:37 chr6 161137779 . T C 217.45 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0543069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4185;QD=22.89;RBI=0.0663007;REFB=0.004155;REVB=-0.0380333;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11202;STB=0.562442;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00601;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:12:5:9:12:12:5 chr6 161139480 . C T 221.52 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0849799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0641;QD=13.8449;RBI=0.0863741;REFB=-0.0154097;REVB=0.0154565;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257248;STB=0.514695;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0210743;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:15:11:17:21:15:11:17:21 chr6 161173946 . T G 2671.25 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709683;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.081;QD=62.4853;RBI=0.0137607;REFB=0;REVB=0.0117895;RO=0;SAF=91;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298438;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:171:0:0:173:171:1:82:91:0:0:82:89:0:0 chr6 161469774 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1116;QD=60.6091;RBI=0.045684;REFB=0;REVB=0.0448776;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51119e-05;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr6 161519331 . C T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.112628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.477;QD=22.5796;RBI=0.113543;REFB=-0.0584941;REVB=-0.0143913;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101303;STB=0.557426;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0270949;OID=.;OPOS=161519331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:3:4:5:7:3:4 chr6 161538250 . G A 2147.59 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530935;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.734;QD=63.1644;RBI=0.0558493;REFB=0;REVB=0.0555964;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102181;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:136:136:1:74:62:0:0:74:62:0:0 chr6 161582348 . C T 313.23 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00526001;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.764;QD=16.7056;RBI=0.01281;REFB=-0.010543;REVB=0.0116802;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405008;STB=0.52275;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0113931;OID=.;OPOS=161582348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:20:21:16:18:20:21 chr6 161790964 . C T 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0149419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.778;QD=18.2369;RBI=0.0180493;REFB=-0.015125;REVB=-0.0101251;RO=48;SAF=27;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161147;STB=0.59012;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.020358;OID=.;OPOS=161790964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:15:27:23:25:15:27:23:25 chr6 161807855 . C G 477.5 PASS AF=0.441667;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00631359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.943;QD=15.9168;RBI=0.00687296;REFB=-0.0175652;REVB=-0.00271592;RO=66;SAF=34;SAR=18;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517527;STB=0.526589;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0210317;OID=.;OPOS=161807855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:66:67:52:53:0.441667:18:34:40:26:19:34:40:27 chr6 163587146 . C G 1531.73 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.478;QD=58.9127;RBI=0.0478589;REFB=0;REVB=0.0456694;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119549;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:104:0:0:97:104:1:42:55:0:0:47:57:0:0 chr6 163600225 . C A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0160871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.287;QD=22.7195;RBI=0.0389863;REFB=0.00395519;REVB=-0.0355125;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682412;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0039246;OID=.;OPOS=163600225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:6:3:6:8:6:3 chr6 163612783 . C A 619.78 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0955803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9284;QD=59.0266;RBI=0.0976106;REFB=-0.0412681;REVB=0.0198051;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.523798;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0060351;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:31:10:0:0:31:10:1:0 chr6 163736204 . T C 688.71 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.525;QD=62.6103;RBI=0.0284682;REFB=0;REVB=-0.0123938;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24197e-05;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr6 164261860 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0289906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.11;QD=12.73;RBI=0.034606;REFB=-0.000186424;REVB=-0.0188977;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243311;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000409821;OID=.;OPOS=164261860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:5:7:3:6:5:7 chr6 165712927 . G A 342.94 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0646446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1592;QD=18.7914;RBI=0.069436;REFB=-0.0461962;REVB=-0.0253464;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861148;STB=0.547919;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0462804;OID=.;OPOS=165712927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:18:18:22:15:18:18:22:15 chr6 165713961 . A C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000279442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.101;QD=54.013;RBI=0.000434921;REFB=-0.0322755;REVB=-0.000333269;RO=2;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038958;STB=0.520822;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-1.93403e-07;OID=.;OPOS=165713961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:23:12:0:2:23:12:0:2 chr6 165715460 . G C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0184575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.127;QD=16.4081;RBI=0.0185836;REFB=-0.012184;REVB=0.00216089;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258984;STB=0.648505;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.016792;OID=.;OPOS=165715460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:17:12:14:7:17:12 chr6 165715673 . A G 319.75 PASS AF=0.344538;AO=40;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0162755;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.527;QD=10.7479;RBI=0.0201474;REFB=-0.0119244;REVB=-0.0118755;RO=75;SAF=7;SAR=33;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419374;STB=0.735934;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0176588;OID=.;OPOS=165715673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:75:78:40:41:0.344538:33:7:37:38:33:8:40:38 chr6 166307718 . T C 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00586874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.696;QD=16.7309;RBI=0.0457521;REFB=0.00480368;REVB=0.0453741;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077972;STB=0.543831;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00483432;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:18:18:18:13:18:18 chr6 166308090 . AT TC 772.31 PASS AF=0.524138;AO=68;DP=137;FAO=76;FDP=145;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0043897;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.032;QD=21.3051;RBI=0.0430959;REFB=-0.0116632;REVB=0.0428718;RO=69;SAF=30;SAR=38;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08697;STB=0.561761;STBP=0.118;TYPE=mnp;VARB=0.0124398;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:145:69:69:68:76:0.524138:38:30:37:32:45:31:37:32 chr6 166308198 . A G 990.23 PASS AF=0.42471;AO=109;DP=259;FAO=110;FDP=259;FR=.;FRO=149;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=64;FSRR=85;FWDB=-0.00843622;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.663;QD=15.2931;RBI=0.00843622;REFB=-0.00293829;REVB=-2.15435e-06;RO=148;SAF=37;SAR=72;SRF=64;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102902;STB=0.551756;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00365781;OID=.;OPOS=166308198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:148:149:109:110:0.42471:72:37:64:84:72:38:64:85 chr6 166308584 . C A 381.53 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0923222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7651;QD=17.5416;RBI=0.0946588;REFB=0.00413678;REVB=0.0209023;RO=47;SAF=28;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136556;STB=0.563603;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0024772;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:11:28:28:19:12:28:28:19 chr6 166308611 . G C 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.017542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.582;QD=15.3563;RBI=0.0250592;REFB=-0.0150547;REVB=-0.0178953;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679678;STB=0.533313;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0179389;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:11:22:26:17:11:22:27:17 chr6 166308682 . G GAAAT 276.94 PASS AF=0.366667;AO=28;DP=94;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0169279;FXX=0.0425487;HRUN=3;LEN=4;MLLD=316.502;QD=12.3082;RBI=0.0281854;REFB=-0.00766163;REVB=-0.0225358;RO=57;SAF=20;SAR=8;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212724;STB=0.605197;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=0.0129495;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:28:94:33:90:57:23:10:31:26:99:57:20:8:31:26 chr6 166308924 . G A 278.46 PASS AF=0.54902;AO=22;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0134611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.515;QD=21.8402;RBI=0.0295719;REFB=-0.0253325;REVB=0.0263305;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120103;STB=0.509797;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0142293;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:23:22:28:0.54902:14:8:10:10:14:14:11:12 chr6 166309167 . G A 271.72 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00313151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.419;QD=20.9015;RBI=0.0479532;REFB=-0.0577459;REVB=-0.0478509;RO=23;SAF=25;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300162;STB=0.664752;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0370816;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:24:28:28:0.538462:3:25:16:7:3:25:17:7 chr6 166309245 . A T 336.85 PASS AF=0.818182;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0103486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.005;QD=40.8298;RBI=0.0375145;REFB=-0.00415353;REVB=-0.0360589;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.62254;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00106873;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:33:0:6:26:27:0.818182:5:21:0:0:5:22:2:4 chr6 166309249 . G T 462.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3756;QD=57.836;RBI=0.0492049;REFB=0;REVB=0.0317025;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20788e-05;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr6 166309288 . T C 924.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7945;QD=57.7534;RBI=0.00571183;REFB=0;REVB=0.00408796;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218198;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:44:19:0:0:44:20:0:0 chr6 166401932 . T TC 42.96 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.172508;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.5726;QD=7.15954;RBI=0.213063;REFB=-0.0237802;REVB=-0.125047;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175982;STB=0.512794;STBP=0.975;TYPE=ins;VARB=0.043384;OID=.;OPOS=166401933;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:9:28:10:24:14:2:8:3:11:42:17:2:7:6:11 chr6 166571157 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.886;QD=58.1419;RBI=0.0443533;REFB=0;REVB=0.0401345;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106521;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 166571164 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.006;QD=58.5878;RBI=0.018764;REFB=0;REVB=0.0125557;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0481e-05;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr6 166571935 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.808;QD=59.4351;RBI=0.0313772;REFB=0;REVB=0.0302012;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132336;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 166579270 . C T 762.65 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.1009;QD=55.4655;RBI=0.0295209;REFB=0;REVB=-0.0284114;RO=0;SAF=7;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35521e-05;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:45:7:0:0:46:9:0:0 chr6 166721211 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558532;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.188;QD=33.4285;RBI=0.0558532;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016348;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr6 166721224 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.372;QD=33.4285;RBI=0.0184186;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235936;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr6 166721667 . A G 66.45 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.040235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9956;QD=26.5781;RBI=0.0667763;REFB=-0.0632252;REVB=-0.0532937;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12621;STB=0.571264;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0124152;OID=.;OPOS=166721667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:2:0:2:6:2:0 chr6 166736362 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00511044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.537;QD=11.742;RBI=0.0125441;REFB=-9.87435e-05;REVB=0.0114559;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04444;STB=0.525749;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000238173;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:14:22:12:9:14:22 chr6 166739646 . T C 102.6 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00906952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.33;QD=17.8441;RBI=0.0543377;REFB=-0.00621834;REVB=0.0535755;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309957;STB=0.651943;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00275138;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:5:6:2:9:6:6:2:9 chr6 166739684 . G A 286.59 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.92;QD=52.1074;RBI=0.0444807;REFB=0;REVB=0.0261298;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41196e-05;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:14:8:0:0 chr6 166755975 . T C 426.27 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.986;QD=56.8362;RBI=0.0447827;REFB=0;REVB=-0.018621;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5095e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr6 166755979 . A C 399.57 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200189;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.479;QD=57.0815;RBI=0.0200199;REFB=0;REVB=0.000197697;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340832;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:29:28:1:14:15:0:0:13:15:0:0 chr6 166778679 . T G 308.73 PASS AF=0.6;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00574105;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6744;QD=27.4428;RBI=0.0203792;REFB=-0.0573953;REVB=-0.0195538;RO=15;SAF=8;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777167;STB=0.517497;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0293107;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:15:18:27:27:0.6:19:8:6:9:19:8:6:12 chr6 166826304 . T C 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0212081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.577;QD=19.3672;RBI=0.0212662;REFB=-0.00135861;REVB=-0.00156993;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235435;STB=0.654339;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000585216;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:15:16:16:0.516129:4:12:7:7:4:12:7:8 chr6 166862233 . T C 470.24 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0172656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.766;QD=26.1247;RBI=0.0203118;REFB=-0.015852;REVB=0.0106991;RO=28;SAF=23;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922517;STB=0.550355;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00450633;OID=.;OPOS=166862233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:21:23:11:17:21:23:11:17 chr6 166889281 . T A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00808634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.432;QD=18.0355;RBI=0.0220843;REFB=-0.0293101;REVB=-0.0205506;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203692;STB=0.615283;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0356486;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:9:18:10:12:9:18 chr6 166889331 . CAG C 156.53 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.000643033;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.062;QD=12.7782;RBI=0.0378744;REFB=-0.0233429;REVB=-0.037869;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401211;STB=0.729968;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.0246784;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347:18:49:18:49:31:11:7:7:24:99:31:11:7:7:24 chr6 166912062 . C T 220.17 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00110563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.204;QD=9.78531;RBI=0.0202602;REFB=-0.0131833;REVB=0.02023;RO=62;SAF=14;SAR=14;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113773;STB=0.56662;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0297338;OID=.;OPOS=166912062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:14:14:37:25:14:14:37:25 chr6 166952264 . G A 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.289;QD=60.9582;RBI=0.0251497;REFB=0;REVB=0.0240718;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179907;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 167040463 . A G 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0348495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.197;QD=12.7361;RBI=0.0351379;REFB=-0.00747821;REVB=0.00449294;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00853961;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:6:4:5:3:6:4 chr6 167271711 . T C 934.53 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292862;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.113;QD=58.4082;RBI=0.0417915;REFB=0;REVB=0.0298136;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20774e-05;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:62:64:1:33:29:0:0:35:29:0:0 chr6 167271716 . T C 896.56 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.921;QD=57.8426;RBI=0.0222085;REFB=0;REVB=0.00808957;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21964e-05;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr6 167352075 . G C 94.77 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0675251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5824;QD=11.1496;RBI=0.068259;REFB=0.0150133;REVB=0.00998291;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27225;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0172665;OID=.;OPOS=167352075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:34:19:21:12:13:0.382353:7:5:13:6:7:6:14:7 chr6 167435928 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.805;QD=57.2017;RBI=0.0460301;REFB=0;REVB=-0.0425187;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150476;OID=.;OPOS=167435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr6 167438276 . G T 725.32 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.832;QD=54.7411;RBI=0.0286637;REFB=-0.125548;REVB=0.0258649;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.513508;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000821762;OID=.;OPOS=167438276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:0:1:52:52:0.981132:18:34:0:0:18:34:0:1 chr6 167438364 . T C 675.85 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0592656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6445;QD=51.9881;RBI=0.0746126;REFB=0.0885333;REVB=-0.0453281;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148178;STB=0.501547;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0418484;OID=.;OPOS=167438364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:3:2:49:50:0.961538:23:26:2:1:23:27:1:1 chr6 167453718 . C T 754.11 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2193;QD=56.9139;RBI=0.00778585;REFB=0;REVB=-0.00119555;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78883e-05;OID=.;OPOS=167453718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr6 167453800 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5611;QD=64.4152;RBI=0.0304227;REFB=0;REVB=-0.0173443;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19832e-05;OID=.;OPOS=167453800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr6 167550042 . C T 332.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0117022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.278;QD=19.0224;RBI=0.0208509;REFB=-0.0162881;REVB=-0.0172574;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638967;STB=0.528909;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0173454;OID=.;OPOS=167550042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:20:15:17:17:20:15:17:18 chr6 167571048 . T C 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4884;QD=63.8648;RBI=0.0215275;REFB=0;REVB=0.00588121;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194503;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr6 167571206 . G A 228.86 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0287878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5121;QD=14.0837;RBI=0.0576439;REFB=-0.0114384;REVB=0.0499407;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253548;STB=0.62912;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0197858;OID=.;OPOS=167571206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:10:16:14:24:11:16:14:24 chr6 167590541 . G A 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0215448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5522;QD=16.6328;RBI=0.0244438;REFB=0.00332835;REVB=-0.0115464;RO=46;SAF=13;SAR=24;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234656;STB=0.631923;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00465032;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:24:13:27:19:24:13:27:19 chr6 167590574 . G C 888.99 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590832;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.337;QD=58.2942;RBI=0.00694427;REFB=0;REVB=0.00364892;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278545;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr6 167592524 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.252;QD=57.5444;RBI=0.0301526;REFB=0;REVB=0.0224183;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2969e-05;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr6 167592576 . G A 950.14 PASS AF=0.896104;AO=69;DP=77;FAO=69;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0162434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5677;QD=49.3577;RBI=0.0443055;REFB=0.0861649;REVB=0.0412205;RO=8;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089831;STB=0.547723;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00804118;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:8:8:69:69:0.896104:29:40:1:7:29:40:1:7 chr6 167592601 . G A 40.09 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00323515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.965;QD=2.00469;RBI=0.00954115;REFB=-0.00398628;REVB=0.00897593;RO=71;SAF=1;SAR=8;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530599;STB=0.892876;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.029801;OID=.;OPOS=167592601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:71:71:9:9:0.1125:8:1:40:31:8:1:40:31 chr6 167592605 . TT GA 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0526274;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=189.002;QD=2.09264;RBI=0.0530816;REFB=-0.00528168;REVB=-0.00692916;RO=67;SAF=1;SAR=8;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538337;STB=0.897781;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.0318776;OID=.;OPOS=167592605;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:76:78:67:69:9:9:0.115385:8:1:38:29:8:1:40:29 chr6 167709523 . C T 200.9 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0241474;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6664;QD=13.3933;RBI=0.0771215;REFB=-0.000760196;REVB=0.0732436;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264591;STB=0.649886;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00115438;OID=.;OPOS=167709523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:27:9:12:12:27:9 chr6 167711559 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.414;QD=55.0986;RBI=0.0106784;REFB=0;REVB=0.00888859;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18423e-05;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 167717458 . G A 386.48 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00593987;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7982;QD=20.0771;RBI=0.0191022;REFB=-0.0192609;REVB=0.0181552;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173635;STB=0.519028;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0217843;OID=.;OPOS=167717458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:41:38:39:39:0.506494:21:18:19:22:21:18:19:19 chr6 167728774 . T C 418.92 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158492;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.937;QD=54.0538;RBI=0.0184399;REFB=-0.0982222;REVB=-0.00942499;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000727976;OID=.;OPOS=167728774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:0:1:19:11:0:1 chr6 167753691 . C T 2265.02 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116367;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3896;QD=63.8033;RBI=0.0119646;REFB=0;REVB=0.002782;RO=0;SAF=57;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50348e-05;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:142:142:1:85:57:0:0:85:57:0:0 chr6 167754661 . A G 795.68 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.437;QD=56.8342;RBI=0.0126813;REFB=0;REVB=0.0017833;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05718e-05;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:56:0:0:50:56:1:32:18:0:0:34:22:0:0 chr6 167754702 . C T 888.77 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546793;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.35;QD=58.28;RBI=0.0224827;REFB=0;REVB=-0.0218076;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107111;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:31:30:0:0 chr6 167797844 . C T 1812.73 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0077414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.771;QD=57.0938;RBI=0.00792989;REFB=-0.0840928;REVB=0.00171867;RO=3;SAF=54;SAR=68;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256575;STB=0.506269;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00101003;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:127:127:3:5:122:122:0.96063:68:54:3:0:68:54:3:2 chr6 168069834 . A G 199.53 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00742944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.005;QD=22.1702;RBI=0.0429431;REFB=-0.00884586;REVB=0.0422956;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649904;STB=0.522324;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00822695;OID=.;OPOS=168069834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:19:20:0.555556:8:11:8:8:9:11:8:8 chr6 168070084 . G A 172.17 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0426418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.966;QD=26.4873;RBI=0.0466034;REFB=0.000769191;REVB=0.018803;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163095;STB=0.50908;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.000361646;OID=.;OPOS=168070084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:4:5:9:8:4:5 chr6 168070293 . G A 136.72 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0157709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.594;QD=18.2291;RBI=0.0280256;REFB=-0.0307254;REVB=-0.0231671;RO=15;SAF=14;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52083;STB=0.809367;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0593893;OID=.;OPOS=168070293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:1:14:9:6:1:14:9:6 chr6 168315978 . G C 593.53 PASS AF=0.455882;AO=61;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00787075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.685;QD=17.4567;RBI=0.0185146;REFB=-0.00577373;REVB=0.0167583;RO=74;SAF=28;SAR=33;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669688;STB=0.541079;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00564227;OID=.;OPOS=168315978;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:61:62:0.455882:33:28:39:35:34:28:39:35 chr6 168317816 . A C 434.37 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0265373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0021;QD=20.9335;RBI=0.036007;REFB=0.00811104;REVB=-0.0243367;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850472;STB=0.552798;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00763825;OID=.;OPOS=168317816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:40:43:43:0.518072:23:20:22:17:23:20:23:17 chr6 168343838 . T C 464.83 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0119265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6701;QD=22.1348;RBI=0.0211751;REFB=-0.0120077;REVB=0.017497;RO=39;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145449;STB=0.508018;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0141942;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:25:20:18:21:25:20:18:21 chr6 168436410 . G A 34.1 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0185538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6994;QD=2.9648;RBI=0.039906;REFB=-0.014146;REVB=-0.0353305;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113186;STB=0.584326;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0527572;OID=.;OPOS=168436410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:46:46:40:40:6:6:0.130435:4:2:17:23:4:2:17:23 chr6 168442765 . G A 334.38 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0159417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5567;QD=19.3846;RBI=0.128065;REFB=-0.0562816;REVB=0.127069;RO=34;SAF=9;SAR=26;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872195;STB=0.504852;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.049115;OID=.;OPOS=168442765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:26:9:9:25:26:9:9:25 chr6 168457801 . A G 795.59 PASS AF=1;AO=47;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.921;QD=56.8281;RBI=0.0461627;REFB=0;REVB=0.0461172;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247573;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:47:56:1:18:29:0:0:24:32:0:0 chr6 168457966 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0505232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.529;QD=13.5759;RBI=0.0595463;REFB=-0.00648016;REVB=-0.0315146;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.59985;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0112119;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:7:12:6:7:7:12 chr6 168459790 . G T 314.9 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0286467;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=56.8241;QD=24.2228;RBI=0.0722496;REFB=-0.0226823;REVB=-0.0663277;RO=17;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200278;STB=0.550989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0179009;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:17:21:31:31:0.596154:9:22:16:1:9:22:17:4 chr6 168459792 . G A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00113276;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=242.779;QD=22.4371;RBI=0.00114764;REFB=-0.00517483;REVB=-0.000184217;RO=25;SAF=24;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453687;STB=0.525081;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00338291;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:9:24:17:8:9:24:17:8 chr6 168459845 . G C 999.87 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0445266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.467;QD=56.3305;RBI=0.0734313;REFB=-0.0237437;REVB=0.0583912;RO=2;SAF=41;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005193;STB=0.502748;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000285973;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:28:41:1:1:28:41:1:1 chr6 168462626 . G A 845.2 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=168;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00871331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.456;QD=19.209;RBI=0.0205379;REFB=-0.0289046;REVB=-0.018598;RO=82;SAF=52;SAR=34;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290519;STB=0.531762;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0295749;OID=.;OPOS=168462626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:176:82:90:86:86:0.488636:34:52:47:35:34:52:49:41 chr6 168479604 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.313;QD=58.2395;RBI=0.0612492;REFB=0;REVB=0.056371;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143711;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr6 168482110 . C T 893.92 PASS AF=1;AO=47;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626984;FXX=0.0684838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.647;QD=52.5834;RBI=0.104989;REFB=0;REVB=0.0842121;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0055562;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:47:68:1:17:30:0:0:33:35:0:0 chr6 168694594 . C T 1970.79 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.664;QD=62.0722;RBI=0.0486064;REFB=0;REVB=-0.0249985;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274863;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:64:62:0:0:64:63:0:0 chr6 168695309 . C T 615.87 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0023955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8092;QD=23.4618;RBI=0.0501787;REFB=0.0031616;REVB=-0.0501214;RO=45;SAF=45;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286951;STB=0.657698;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00285552;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:15:45:19:26:15:45:19:26 chr6 168695345 . G A 746.36 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=55;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0110123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3508;QD=21.9519;RBI=0.0125628;REFB=-0.0337366;REVB=-0.00604574;RO=62;SAF=55;SAR=17;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372926;STB=0.712498;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0253495;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:62:64:72:72:0.529412:17:55:22:40:17:55:22:42 chr6 168708751 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0175754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.092;QD=11.2569;RBI=0.0175916;REFB=-0.00749178;REVB=-0.000754454;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0112619;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:5:7:4:4:5:7 chr6 168708793 . C G 48.71 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0251658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.862;QD=13.917;RBI=0.0269342;REFB=-0.0164429;REVB=0.00959859;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.705362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0332806;OID=.;OPOS=168708793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:6:1:4:3:6:1 chr6 168708816 . T G 30.09 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0123207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.381;QD=10.9426;RBI=0.0413063;REFB=-0.0107291;REVB=0.039426;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321971;STB=0.723349;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0146615;OID=.;OPOS=168708816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:11:6:6:4:5:0.454545:2:2:5:1:3:2:5:1 chr6 168709385 . T C 357.76 PASS AF=0.393939;AO=36;DP=96;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0148569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.695;QD=14.455;RBI=0.015028;REFB=-0.0188897;REVB=-0.00226176;RO=60;SAF=18;SAR=18;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109505;STB=0.568147;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0222884;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:60:60:36:39:0.393939:18:18:36:24:20:19:36:24 chr6 169064933 . T C 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00434444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.8;QD=14.1361;RBI=0.0100513;REFB=-0.00607747;REVB=-0.00906395;RO=20;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532289;STB=0.823339;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00862441;OID=.;OPOS=169064933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:13:1:8:12:13:1:8:12 chr6 169617726 . A C 190.61 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00619713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2402;QD=15.2487;RBI=0.0353514;REFB=-0.0181812;REVB=0.034804;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694126;STB=0.53996;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0347064;OID=.;OPOS=169617726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:13:17:10:10:13:17 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 249.97 PASS AF=0.846154;AO=19;DP=33;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0293398;FXX=0;HRUN=3;LEN=8;MLLD=276.957;QD=38.4569;RBI=0.0296388;REFB=-0.0554962;REVB=0.00419918;RO=12;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521929;STB=0.574395;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.00673855;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:19:33:22:26:4:4:18:2:2:20:12:3:16:10:2 chr6 169621536 . A G 447.14 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0334227;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.528;QD=20.5582;RBI=0.0376948;REFB=-0.00915564;REVB=0.0174305;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102917;STB=0.551125;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0094635;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:44:44:0.505747:24:20:24:18:24:20:24:19 chr6 169622490 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00132302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2598;QD=20.5627;RBI=0.0259908;REFB=0.0223816;REVB=-0.0259571;RO=25;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287661;STB=0.660623;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0253074;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:8:21:10:15:8:21:10:15 chr6 169641971 . C T 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0455418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.087;QD=16.9845;RBI=0.0458875;REFB=-0.0071361;REVB=0.00562267;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988766;STB=0.555524;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00744304;OID=.;OPOS=169641971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:21:22:22:14:21:22 chr6 169648767 . G A 367.32 PASS AF=0.569231;AO=35;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00336071;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.543;QD=22.6041;RBI=0.00337727;REFB=-0.0177815;REVB=0.000334117;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171038;STB=0.510304;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0148507;OID=.;OPOS=169648767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:35:37:0.569231:20:15:11:16:22:15:12:16 chr6 170033086 . G A 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0189331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.486;QD=17.4971;RBI=0.0193891;REFB=-0.00648899;REVB=0.00418014;RO=45;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863415;STB=0.555526;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00909234;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:14:25:25:20:14:25:25:21 chr6 170058373 . A G 36.29 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0223364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1944;QD=2.30398;RBI=0.0306757;REFB=-0.00446701;REVB=-0.0210259;RO=53;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354913;STB=0.743386;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0276274;OID=.;OPOS=170058373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:63:63:53:55:8:8:0.126984:2:6:24:29:2:6:26:29 chr6 170059627 . G A 333.44 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=42;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0155148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.378;QD=31.0177;RBI=0.0174061;REFB=-0.00912293;REVB=0.00789067;RO=14;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153461;STB=0.574827;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00659627;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:14:28:29:0.674419:11:17:5:9:12:17:5:9 chr6 170062481 . C T 319.11 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0428356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1667;QD=16.1576;RBI=0.0536867;REFB=-0.00473063;REVB=0.0323632;RO=43;SAF=6;SAR=29;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246172;STB=0.636276;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00564951;OID=.;OPOS=170062481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:29:6:15:28:29:6:15:29 chr6 170068086 . C T 72.64 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0211647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3025;QD=9.37311;RBI=0.0649364;REFB=-0.0281777;REVB=0.0613905;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414375;STB=0.741564;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0662525;OID=.;OPOS=170068086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:18:3:5:5:18:3 chr6 170068180 . A G 327.06 PASS AF=0.492958;AO=33;DP=69;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0164946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.775;QD=18.4258;RBI=0.0487966;REFB=-0.0344033;REVB=-0.0459243;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131528;STB=0.551694;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.028214;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:36:33:35:0.492958:12:21:18:18:14:21:18:18 chr6 170070723 . A G 595.24 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.767;QD=61.0506;RBI=0.0849531;REFB=0;REVB=0.0572474;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613682;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:30:39:1:9:21:0:0:10:29:0:0 chr6 170102267 . A G 323.27 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1958;QD=53.8782;RBI=0.0666699;REFB=0;REVB=-0.031611;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00251773;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr6 170103508 . G GT 82.88 PASS AF=0.5;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00209804;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7398;QD=13.8129;RBI=0.0745911;REFB=0.0302055;REVB=-0.0745616;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487679;STB=0.55254;STBP=0.64;TYPE=ins;VARB=-0.0397298;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:27:12:24:12:9:3:8:4:79:16:8:3:11:5 chr6 170151766 . C T 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0329647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.013;QD=14.1701;RBI=0.0336405;REFB=-0.0310315;REVB=-0.00670916;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0304879;OID=.;OPOS=170151766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:5:7:6:4:5:7 chr6 170162537 . C T 326.62 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00161541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5026;QD=15.017;RBI=0.00636477;REFB=-0.0191937;REVB=0.00615636;RO=50;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126154;STB=0.512501;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0272921;OID=.;OPOS=170162537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:19:17:23:27:19:17:23:28 chr6 170176146 . G A 215.18 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0247738;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.181;QD=12.6576;RBI=0.0310728;REFB=-0.0183702;REVB=-0.0187559;RO=42;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215125;STB=0.587088;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0416202;OID=.;OPOS=170176146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:42:42:24:26:0.382353:8:16:20:22:10:16:20:22 chr6 170176467 . A G 433.7 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00447869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.006;QD=23.4432;RBI=0.0118859;REFB=-0.0314713;REVB=0.0110098;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594555;STB=0.537257;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0265731;OID=.;OPOS=170176467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:41:42:0.567568:20:21:14:18:20:22:14:18 chr6 170176647 . CA TG 475.04 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000453986;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=306.478;QD=24.3608;RBI=0.00880793;REFB=-0.0139344;REVB=0.00879622;RO=33;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314339;STB=0.517234;STBP=0.721;TYPE=mnp;VARB=0.0101036;OID=.;OPOS=170176647;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:25:20:16:17:25:20:16:17 chr6 170179291 . TC T 48.18 PASS AF=0.351351;AO=17;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.147267;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1402;QD=5.20904;RBI=0.193007;REFB=-0.0750668;REVB=-0.124756;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=0.442827;STB=0.834786;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0759111;OID=.;OPOS=170179292;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:17:38:13:37:24:12:1:14:10:48:20:15:2:11:9 chr6 170190200 . G A 1725.34 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1226;QD=60.0119;RBI=0.0804288;REFB=0;REVB=0.0457104;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501736;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:115:0:0:109:115:1:45:64:0:0:48:67:0:0 chr6 170190418 . T G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0125931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.19;QD=11.1311;RBI=0.0125942;REFB=-0.00219531;REVB=0.000160575;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136659;STB=0.581924;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00294706;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:9:8:6:4:9:8 chr6 170190659 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0568759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.319;QD=15.8821;RBI=0.0613643;REFB=-0.0143374;REVB=-0.0230371;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0153669;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:5:5:6:4:5:5 chr6 170591923 . T G 504.57 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0070301;FXX=0.022899;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.448;QD=15.7678;RBI=0.0111488;REFB=-0.0160328;REVB=-0.00865288;RO=72;SAF=30;SAR=25;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602089;STB=0.529904;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0117487;OID=.;OPOS=170591923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:73:55:55:0.429688:25:30:35:37:25:30:36:37 chr6 170597276 . C T 114.36 PASS AF=0.365854;AO=12;DP=49;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0265487;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.68;QD=11.1568;RBI=0.0597254;REFB=-0.0292991;REVB=-0.0535004;RO=29;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450448;STB=0.503264;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0635808;OID=.;OPOS=170597276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:41:29:26:12:15:0.365854:2:10:14:15:7:8:14:12 chr6 170598352 . C T 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0155277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.669;QD=13.9778;RBI=0.0163974;REFB=-0.01735;REVB=0.00526934;RO=54;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184462;STB=0.604339;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0296743;OID=.;OPOS=170598352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:18:17:17:37:18:17:17:37 chr6 170598368 . TCTC T 130.0 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0576915;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.221;QD=9.81091;RBI=0.0577016;REFB=-0.0197249;REVB=0.00108035;RO=22;SAF=1;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544205;STB=0.862747;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0433678;OID=.;OPOS=170598369;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:17:42:17:53:36:1:16:14:22:99:22:1:16:8:14 chr6 170626943 . T C 141.95 PASS AF=0.390244;AO=17;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00564549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6464;QD=13.8489;RBI=0.0311023;REFB=0.0508484;REVB=-0.0305857;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234768;STB=0.6767;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0397304;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:17:16:0.390244:11:6:14:10:11:5:15:10 chr6 170627614 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0263407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.212;QD=11.9531;RBI=0.03302;REFB=-0.0287681;REVB=-0.0199121;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491325;STB=0.802399;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0200405;OID=.;OPOS=170627614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:5:6:1:7:5:6 chr6 170627761 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.515;QD=20.8976;RBI=0.029228;REFB=-0.0231607;REVB=-0.029228;RO=4;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142924;OID=.;OPOS=170627761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:8:0:0:4:8:0:0:4 chr6 170628009 . T G 164.86 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0104444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.832;QD=21.2718;RBI=0.0121496;REFB=-0.00961501;REVB=0.00620703;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330708;STB=0.661466;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00890884;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:5:11:4:10:6:11:4:10 chr6 170845354 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5173;QD=59.0114;RBI=0.0978176;REFB=0;REVB=0.0941519;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143865;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr6 170862300 . G C 1506.32 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0362236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.72;QD=58.498;RBI=0.0416308;REFB=0.19217;REVB=0.0205177;RO=0;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30493e-08;STB=0.506492;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000387465;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:64:38:0:0:64:38:1:0 chr6 170878793 . T C 1595.1 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265801;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.627;QD=60.1926;RBI=0.065518;REFB=0;REVB=0.0598841;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291704;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:57:49:0:0:57:49:0:0 chr6 170887690 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0187269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.962;QD=13.631;RBI=0.0201959;REFB=-0.0140478;REVB=-0.00756156;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149044;STB=0.588021;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0223782;OID=.;OPOS=170887690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:3:6:4:4:3:6 chr6 170887693 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6695;QD=48.7371;RBI=0.0843361;REFB=0;REVB=0.0663289;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281728;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr7 299850 . G T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00470028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.515;QD=16.1144;RBI=0.01628;REFB=-0.0111076;REVB=0.0155867;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315996;STB=0.680253;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.019994;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:16:13:18:6:16:13 chr7 299881 . A G 268.72 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0262314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8137;QD=22.3937;RBI=0.0725381;REFB=0.0254856;REVB=-0.0676291;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200167;STB=0.612806;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0257587;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:19:6:10:13:19:6:10:13 chr7 470239 . A G 433.51 PASS AF=0.552632;AO=43;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0535661;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.65;QD=22.8162;RBI=0.0568264;REFB=-0.00742538;REVB=-0.0189714;RO=33;SAF=7;SAR=36;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633599;STB=0.503815;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00748896;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:43:42:0.552632:36:7:4:29:36:6:5:29 chr7 470281 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.447;QD=59.4356;RBI=0.0191587;REFB=0;REVB=0.00659203;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09254e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr7 470316 . A G 35.77 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0390754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.654;QD=13.0072;RBI=0.0588443;REFB=-0.0915945;REVB=-0.0439973;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0585103;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:11:4:5:6:6:0.545455:4:2:1:3:3:3:1:4 chr7 540741 . G A 1513.67 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250031;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.834;QD=63.7334;RBI=0.058598;REFB=0;REVB=0.052996;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47325e-05;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr7 624220 . GT G,GG 2404.42 PASS AF=0.0310559,0.968944;AO=29,128;DP=161;FAO=5,156;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=2,60;FSAR=3,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059228,0.0180195;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.925,192.214;QD=59.7372;RBI=0.02462,0.0258546;REFB=0,0;REVB=0.023897,0.0185408;RO=0;SAF=11,48;SAR=18,80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.47695e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0344077,0.000105333;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0310559,0.968944:29,128:161:5,156:161:0:2,60:3,96:0:0:3:0:11,48:18,80:0:0 chr7 624222 . A G 123.26 PASS AF=0.173913;AO=27;DP=158;FAO=28;FDP=161;FR=.;FRO=133;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=83;FWDB=0.00523467;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.2542;QD=3.06224;RBI=0.0681607;REFB=-0.0223641;REVB=-0.0679594;RO=131;SAF=11;SAR=16;SRF=50;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344422;STB=0.544923;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.180948;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:131:133:27:28:0.173913:16:11:50:81:16:12:50:83 chr7 772174 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00609743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.625;QD=11.0862;RBI=0.0219682;REFB=-0.0109051;REVB=-0.021105;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108228;STB=0.564417;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0236978;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:11:14:6:7:11:14 chr7 878471 . G A 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0166467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.518;QD=12.3181;RBI=0.0199327;REFB=-0.00587035;REVB=0.0109635;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805203;STB=0.504631;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0221429;OID=.;OPOS=878471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:13:14:23:22:13:14:23:22 chr7 881668 . C T 127.4 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0204491;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.745;QD=18.1996;RBI=0.0344489;REFB=-0.0378495;REVB=-0.027723;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0358089;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr7 882895 . C G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00199938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.051;QD=9.91657;RBI=0.00514618;REFB=0.00133422;REVB=-0.0047419;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44381;STB=0.77973;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00430788;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:1:8:10:7:1:8:10:7 chr7 897492 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.062;QD=56.9561;RBI=0.031058;REFB=0;REVB=0.0256129;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123534;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr7 909048 . G A 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0138942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.748;QD=23.9648;RBI=0.0177181;REFB=-0.0156401;REVB=-0.0109947;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607908;STB=0.533869;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0129542;OID=.;OPOS=909048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:8:10:11:12:8:10 chr7 923855 . G A 205.63 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00183521;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.383;QD=22.23;RBI=0.0397481;REFB=-0.0255782;REVB=0.0397057;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722218;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0305872;OID=.;OPOS=923855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:7:10:10:10:7:10 chr7 923935 . G A 412.91 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0186797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.963;QD=24.2891;RBI=0.0323134;REFB=-0.00334764;REVB=0.0263671;RO=28;SAF=12;SAR=28;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109008;STB=0.559969;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00361341;OID=.;OPOS=923935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:28:12:12:16:28:12:12:16 chr7 926791 . G GCGTC 85.57 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=58;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00302254;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.93;QD=6.58194;RBI=0.0175714;REFB=-0.00757584;REVB=-0.0173095;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290242;STB=0.638142;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.0293208;OID=.;OPOS=926792;OREF=-;OALT=CGTC;OMAPALT=GCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:11:58:12:52:40:7:5:16:24:85:43:7:4:17:26 chr7 926801 . T G 47.15 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0259649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.037;QD=3.55833;RBI=0.0436904;REFB=-0.00604763;REVB=-0.035138;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094744;STB=0.565876;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.033227;OID=.;OPOS=926801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:4:4:19:26:4:4:19:26 chr7 926827 . T C 772.64 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.758;QD=61.8115;RBI=0.0113259;REFB=-0.0629727;REVB=0.00413019;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229399;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00423808;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:20:28:0:1:21:28:0:1 chr7 930689 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000738641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.738;QD=16.5359;RBI=0.0220544;REFB=-0.000714736;REVB=-0.022042;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971332;STB=0.555495;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00099688;OID=.;OPOS=930689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:8:15:10:8:8:15 chr7 935289 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00738324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.99;QD=8.25462;RBI=0.0254636;REFB=-0.000979789;REVB=0.0243697;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165502;STB=0.587912;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00389326;OID=.;OPOS=935289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:1:5:8:3:1:5:9:3 chr7 940181 . C T 194.25 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.519;QD=43.1671;RBI=0.0389426;REFB=0.00506221;REVB=0.0190469;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000931631;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:16:17:0.944444:9:7:0:1:9:8:0:1 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 36.3 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0288391;FXX=0;HRUN=4;LEN=10;MLLD=282.928;QD=6.04972;RBI=0.0538334;REFB=-0.0168277;REVB=-0.0454571;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117537;STB=0.587933;STBP=0.578;TYPE=ins;VARB=0.042901;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:27:6:24:18:2:4:8:10:36:21:2:4:9:12 chr7 959692 . G A 987.36 PASS AF=0.430328;AO=105;DP=242;FAO=105;FDP=244;FR=.;FRO=139;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=0.000416815;FXX=0.00812975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.8784;QD=16.1863;RBI=0.0109001;REFB=-0.0230194;REVB=0.0108921;RO=136;SAF=40;SAR=65;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153049;STB=0.587612;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.020245;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:136:139:105:105:0.430328:65:40:72:64:65:40:74:65 chr7 960450 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0321931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.05;QD=11.4258;RBI=0.0340844;REFB=-0.0125602;REVB=0.0111961;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140681;STB=0.569167;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0229528;OID=.;OPOS=960450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:12:9:11:25:12:9:12:25 chr7 1481919 . C A 691.66 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0322508;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.544;QD=58.8643;RBI=0.0378357;REFB=-0.121458;REVB=0.0197844;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000791551;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:47:0:2:45:45:0.957447:27:18:0:0:27:18:0:2 chr7 1482009 . G C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0740508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.395;QD=16.4431;RBI=0.0757227;REFB=-0.0124846;REVB=-0.0158241;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556976;STB=0.531883;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0160586;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:15:12:10:10:15:12 chr7 1484572 . A G 49.33 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0874682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.092;QD=32.8834;RBI=0.108366;REFB=0;REVB=-0.0639729;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0141141;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:1:2:0:0:3:3:0:0 chr7 1533513 . A G 691.52 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00632149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.22;QD=49.3941;RBI=0.0142442;REFB=-0.0246769;REVB=-0.0127646;RO=4;SAF=24;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519074;STB=0.502761;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000795102;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:28:24:2:2:28:24:2:2 chr7 1538614 . G A 701.59 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.694;QD=53.9687;RBI=0.0275793;REFB=0;REVB=0.0245864;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104774;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:16:31:0:0:21:31:0:0 chr7 1542697 . G A 539.13 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.784;QD=59.9035;RBI=0.0289719;REFB=0;REVB=0.0260594;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151497;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr7 1542814 . T C 130.38 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.004;QD=43.4607;RBI=0.111475;REFB=0;REVB=0.0469536;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539651;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:5:5:0:0:7:5:0:0 chr7 1543981 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.74;QD=51.9167;RBI=0.071853;REFB=0;REVB=0.0164348;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911275;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr7 1588391 . A G 144.67 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4824;QD=44.5128;RBI=0.0446583;REFB=0;REVB=-0.000736564;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014293;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr7 1588549 . G A 179.8 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340072;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1996;QD=47.9462;RBI=0.00714988;REFB=0;REVB=-0.00628935;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220272;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr7 1588768 . G A 198.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.687;QD=44.097;RBI=0.0316643;REFB=-0.0972191;REVB=0.027196;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00455835;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr7 1594986 . GGC G,GG 228.6 PASS AF=0.717949,0.025641;AO=20,5;DP=42;FAO=28,1;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=6,0;FSAR=22,1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0923477,0.0561254;FXX=0.0249938;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.956,11.1504;QD=23.446;RBI=0.159796,0.0966838;REFB=-0.109249,-0.0640025;REVB=0.13041,0.0787254;RO=12;SAF=4,1;SAR=16,4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.414406,-0.554501;STB=0.681274,0.994563;STBP=0.002,0.142;TYPE=del,del;VARB=0.0461044,0.0625929;OID=.,.;OPOS=1594987,1594988;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.717949,0.025641:20,5:42:28,1:39:10:6,0:22,1:8:2:35:12:4,1:16,4:9:3 chr7 1878377 . A G 689.31 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.15;QD=62.6642;RBI=0.0188468;REFB=0;REVB=0.0178352;RO=1;SAF=29;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39753e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:14:29:1:0:14:30:0:0 chr7 1878453 . T A 239.5 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0361446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9711;QD=21.7729;RBI=0.0454188;REFB=-0.0082657;REVB=-0.0275034;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198645;STB=0.618072;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00351812;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:22:23:0.522727:6:16:11:10:6:17:11:10 chr7 1886937 . C T 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.00863482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.859;QD=19.1892;RBI=0.0256042;REFB=-0.0132906;REVB=-0.0241042;RO=49;SAF=29;SAR=16;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329008;STB=0.682432;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00895171;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:16:29:14:35:16:29:14:35 chr7 1887362 . G A 556.56 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0191319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.637;QD=22.7167;RBI=0.0258625;REFB=-0.0295914;REVB=0.0174023;RO=46;SAF=29;SAR=23;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159401;STB=0.587652;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0236647;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:23:29:17:29:23:29:17:29 chr7 1937784 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0130679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.662;QD=20.1559;RBI=0.0301324;REFB=-0.0204217;REVB=0.0271513;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208655;STB=0.616354;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0278141;OID=.;OPOS=1937784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:10:15:10:18:10:15 chr7 1976457 . C T 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0352312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.014;QD=12.6705;RBI=0.0379141;REFB=-0.0229752;REVB=-0.0140086;RO=52;SAF=15;SAR=16;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14336;STB=0.581992;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0326753;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:16:15:32:20:16:15:32:20 chr7 2257612 . G A 290.68 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0372242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3301;QD=14.3544;RBI=0.0394683;REFB=-0.00819906;REVB=0.0131189;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211073;STB=0.602804;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0146512;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:48:33:33:0.407407:17:16:13:33:17:16:15:33 chr7 2297006 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.955;QD=59.4351;RBI=0.0267004;REFB=0;REVB=-0.0248915;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13085e-05;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr7 2303986 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.497;QD=55.6553;RBI=0.087467;REFB=0;REVB=0.082704;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121482;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr7 2405984 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0120174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.546;QD=16.1192;RBI=0.0168958;REFB=0.00281388;REVB=-0.0118764;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103051;STB=0.559345;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00614355;OID=.;OPOS=2405984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:9:4:5:7:9:4 chr7 2472707 . G C 236.66 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0289341;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.727;QD=32.6425;RBI=0.0366826;REFB=-0.00653104;REVB=0.0225483;RO=9;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880871;STB=0.519981;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00245221;OID=.;OPOS=2472707;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:9:8:21:21:0.724138:12:9:4:5:12:9:4:4 chr7 2473804 . G T 46.35 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0405903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.823;QD=10.3004;RBI=0.0424134;REFB=0.00848005;REVB=0.0123014;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0055052;OID=.;OPOS=2473804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:4:7:2:5:4:7 chr7 2552881 . A AGATG,G 371.78 PASS AF=0.933333,0;AO=24,2;DP=36;FAO=28,0;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=7,0;FSAR=21,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311547,-0.00855864;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=204.378,47.32;QD=49.5713;RBI=0.0755584,0.0166826;REFB=-0.139814,0.0416914;REVB=0.0688365,-0.0143199;RO=10;SAF=5,0;SAR=19,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.204145,-0.57573;STB=0.562453,0.5;STBP=0.049,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00747903,0;OID=.,.;OPOS=2552882,2552881;OREF=-,A;OALT=GATG,G;OMAPALT=AGATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:30:10:2:24,2:28,0:0.933333,0:19,2:5,0:5:5:21,0:7,0:2:0 chr7 2577781 . T C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00912963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.871;QD=23.7582;RBI=0.0091405;REFB=-0.0166337;REVB=-0.000445568;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134704;STB=0.575105;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0125886;OID=.;OPOS=2577781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:12:10:16:10:12:10 chr7 2578181 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0126402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.4254;QD=16.199;RBI=0.0143437;REFB=0.0276784;REVB=-0.00677982;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00549953;OID=.;OPOS=2578181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr7 2578237 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.508;QD=23.2183;RBI=0.0275808;REFB=-0.013476;REVB=0.019359;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00253484;OID=.;OPOS=2578237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr7 2578371 . G A 433.48 PASS AF=0.701754;AO=39;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0199846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8223;QD=30.4198;RBI=0.0398204;REFB=-0.0518288;REVB=0.0344424;RO=17;SAF=26;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183782;STB=0.591938;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0240404;OID=.;OPOS=2578371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:39:40:0.701754:13:26:6:11:14:26:6:11 chr7 2582907 . C T 441.17 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00213089;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.529;QD=21.786;RBI=0.00362429;REFB=-0.00519159;REVB=-0.00293169;RO=38;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439116;STB=0.52426;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00473124;OID=.;OPOS=2582907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:38:38:43:43:0.530864:27:16:16:22:27:16:16:22 chr7 2611878 . T C 395.62 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0263139;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2104;QD=17.3897;RBI=0.026356;REFB=-0.0169666;REVB=0.00148865;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314887;STB=0.669037;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.018894;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:50:41:41:0.450549:26:15:33:14:26:15:34:16 chr7 2613042 . G C 400.9 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0320178;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.984;QD=16.8799;RBI=0.0370616;REFB=-0.0220263;REVB=-0.0186661;RO=52;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801681;STB=0.53191;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0335004;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:53:41:42:0.442105:18:23:25:27:19:23:26:27 chr7 2623351 . G A 118.84 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.06176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1896;QD=13.2041;RBI=0.0637679;REFB=-0.0138674;REVB=-0.0158762;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473803;STB=0.527738;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0297044;OID=.;OPOS=2623351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:12:10:7:7:12:10 chr7 2641072 . C T 53.53 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0102845;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2318;QD=4.86661;RBI=0.0133059;REFB=-0.00215769;REVB=0.00844252;RO=33;SAF=8;SAR=1;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441121;STB=0.787957;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0507621;OID=.;OPOS=2641072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:45:44:33:35:9:9:0.204545:1:8:20:13:1:8:22:13 chr7 2644519 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.603;QD=55.6558;RBI=0.0218125;REFB=0;REVB=-0.00564976;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28687e-05;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr7 2645526 . G A,C 1489.42 PASS AF=0.927083,0.0729167;AO=88,7;DP=95;FAO=89,7;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43,6;FSAR=46,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707178,-0.0230019;FXX=0.0204061;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.2233,191.011;QD=62.0592;RBI=0.103271,0.0279913;REFB=0,0;REVB=0.0752589,-0.0159507;RO=0;SAF=42,6;SAR=46,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00981042,0.167356;OID=.,.;OPOS=2645526,2645526;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:95:96:0:0:88,7:89,7:0.927083,0.0729167:46,1:42,6:0:0:46,1:43,6:0:0 chr7 2645552 . A G 1211.74 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0459742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9451;QD=59.8389;RBI=0.051944;REFB=-0.0725782;REVB=-0.0241775;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00103358;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:42:38:0:1:42:38:0:1 chr7 2646950 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.505;QD=43.4857;RBI=0.0383659;REFB=0;REVB=0.0380881;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366079;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 2649704 . T G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.876;QD=60.2025;RBI=0.0324696;REFB=0;REVB=0.000565993;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10091e-05;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:50:23:0:0:50:23:0:0 chr7 2653792 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.749;QD=47.8224;RBI=0.0109274;REFB=0;REVB=-0.00385573;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23908e-05;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr7 2702316 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.691;QD=54.5172;RBI=0.0178166;REFB=0;REVB=0.0139482;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144733;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr7 2748758 . G C 506.45 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.869;QD=56.2716;RBI=0.0198513;REFB=-0.132681;REVB=0.00326857;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00473886;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr7 2748803 . C T 436.66 PASS AF=0.914286;AO=30;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.042547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.544;QD=49.9038;RBI=0.0642743;REFB=-0.167653;REVB=0.0481761;RO=3;SAF=11;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111369;STB=0.559962;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00240544;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:35:3:3:30:32:0.914286:19:11:3:0:21:11:3:0 chr7 2946461 . T C 271.62 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.239035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.653;QD=51.737;RBI=0.239213;REFB=0;REVB=0.00921901;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223385;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:17:2:0:0:17:4:0:0 chr7 2957005 . T C 89.37 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0138044;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.863;QD=13.2394;RBI=0.0287293;REFB=-0.00943198;REVB=0.0251954;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649397;STB=0.88812;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0101813;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:28:27:16:16:11:11:0.407407:1:10:5:11:1:10:5:11 chr7 2968322 . CG C 90.11 PASS AF=0.772727;AO=11;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.264148;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.73693;QD=16.3845;RBI=0.266095;REFB=-0.0873983;REVB=0.0321286;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236841;STB=0.51611;STBP=0.816;TYPE=del;VARB=0.0712841;OID=.;OPOS=2968323;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727:11:22:17:22:5:8:9:2:3:17:9:4:7:6:3 chr7 3197788 . G C 203.18 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0155;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.644;QD=14.7769;RBI=0.0164715;REFB=-0.014153;REVB=0.00557299;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204047;STB=0.571367;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0149127;OID=.;OPOS=3197788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:22:24:0.436364:6:16:17:14:8:16:17:14 chr7 4189075 . G C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0922;QD=58.1398;RBI=0.119388;REFB=0;REVB=0.0889491;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234996;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr7 4213877 . T C 1375.29 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00407073;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.016;QD=61.8107;RBI=0.00591501;REFB=-0.143369;REVB=-0.00429145;RO=1;SAF=49;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957343;STB=0.505049;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00023311;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:89:1:1:88:88:0.988764:39:49:1:0:39:49:1:0 chr7 4213940 . T C 1128.61 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.015;QD=60.1924;RBI=0.0090191;REFB=0;REVB=0.00361908;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103798;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:35:40:0:0 chr7 4213975 . A G 769.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.289;QD=56.9926;RBI=0.0359121;REFB=0;REVB=0.0357767;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146613;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr7 4260911 . C T 800.52 PASS AF=0.474286;AO=81;DP=173;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=0.0122649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.818;QD=18.2977;RBI=0.0222391;REFB=-0.021228;REVB=0.0185512;RO=92;SAF=37;SAR=44;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155427;STB=0.578216;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0242099;OID=.;OPOS=4260911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:92:92:81:83:0.474286:44:37:57:35:44:39:57:35 chr7 4267072 . T A 55.82 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0189439;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=29.3326;QD=6.76556;RBI=0.127721;REFB=-0.0370619;REVB=0.126308;RO=17;SAF=2;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277204;STB=0.510181;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0905673;OID=.;OPOS=4267072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:33:33:17:24:5:9:0.272727:3:2:11:6:5:4:11:13 chr7 4308362 . C T 270.6 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0165076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.744;QD=14.4321;RBI=0.0287041;REFB=-0.00466054;REVB=0.0234824;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133805;STB=0.575787;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00887765;OID=.;OPOS=4308362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:16:15:27:17:16:15:27:17 chr7 4780514 . G T 616.77 PASS AF=0.521008;AO=60;DP=116;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0385681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.955;QD=20.7318;RBI=0.053275;REFB=-0.0275191;REVB=-0.0367522;RO=55;SAF=35;SAR=25;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135396;STB=0.500834;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0264687;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:55:57:60:62:0.521008:25:35:32:23:26:36:33:24 chr7 4802029 . T G 401.23 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.284;QD=55.3423;RBI=0.0510449;REFB=0;REVB=0.0218314;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273795;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:11:18:0:0 chr7 4841470 . T C 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.401;QD=62.3438;RBI=0.00901672;REFB=0;REVB=0.00481369;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82835e-06;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr7 4874250 . G A 329.31 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0135837;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.865;QD=20.5821;RBI=0.0216461;REFB=-0.00560052;REVB=-0.0168533;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444622;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:30:34:34:0.53125:17:17:15:14:17:17:15:15 chr7 4874334 . C G 779.73 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0484937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4908;QD=23.1031;RBI=0.0513549;REFB=-0.0430989;REVB=0.0169023;RO=56;SAF=37;SAR=37;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282084;STB=0.503703;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0175112;OID=.;OPOS=4874334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:56:61:74:74:0.548148:37:37:30:26:37:37:30:31 chr7 4874420 . G C 342.5 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0726124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.526;QD=15.0551;RBI=0.0726235;REFB=-0.00801115;REVB=-0.00126667;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124328;STB=0.575335;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0135892;OID=.;OPOS=4874420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:51:53:37:38:0.417582:18:19:20:31:18:20:21:32 chr7 4876057 . C T 63.55 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0128947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.251;QD=11.5552;RBI=0.0213358;REFB=-0.0303443;REVB=-0.0169982;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488136;STB=0.727732;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0607801;OID=.;OPOS=4876057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:21:22:11:13:8:9:0.409091:3:5:1:10:4:5:2:11 chr7 4898894 . A C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00163694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.613;QD=19.4673;RBI=0.0103907;REFB=-0.0103552;REVB=-0.0102609;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074684;STB=0.542131;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0127942;OID=.;OPOS=4898894;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:9:15:12:10:9:15 chr7 4900095 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.495;QD=50.134;RBI=0.0475378;REFB=-0.00298003;REVB=-0.0047795;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000280066;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:0:1 chr7 4900341 . G A 238.29 PASS AF=0.45;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0201225;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.973;QD=15.8862;RBI=0.0211509;REFB=-0.0110936;REVB=0.0065149;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268046;STB=0.636261;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0107054;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:35:33:27:27:0.45:18:9:21:14:18:9:19:14 chr7 4901191 . T C 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00918256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5641;QD=23.6741;RBI=0.0488441;REFB=0.00792872;REVB=-0.0479732;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095045;STB=0.55314;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00727667;OID=.;OPOS=4901191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:8:8:13:8:8:8 chr7 4901385 . A C 539.95 PASS AF=0.974359;AO=31;DP=36;FAO=38;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0644083;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7786;QD=55.3792;RBI=0.0716539;REFB=-0.0846552;REVB=-0.0313984;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0102962;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:39:1:1:31:38:0.974359:21:10:1:0:21:17:1:0 chr7 5096958 . T C 475.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236643;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.91;QD=59.3861;RBI=0.0307917;REFB=0;REVB=0.019701;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202162;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr7 5104275 . G A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.423;QD=59.8359;RBI=0.050467;REFB=0;REVB=0.018105;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232408;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr7 5104358 . CG CA,TA 656.93 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213557,-0.0198309;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=105.651,53.4603;QD=61.1096;RBI=0.0289131,0.0236162;REFB=0,0;REVB=0.019491,0.0128242;RO=0;SAF=11,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000102503,0.0275279;OID=.,.;OPOS=5104359,5104358;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:30,2:11,0:0:0:30,2:11,0:0:0 chr7 5105133 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.606;QD=35.5759;RBI=0.00921884;REFB=0;REVB=0.00519417;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88659e-05;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr7 5112035 . C T 73.06 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.113577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1688;QD=20.873;RBI=0.116105;REFB=-0.0726799;REVB=0.024099;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453777;STB=0.555438;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0372252;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:5:5:8:9:0.642857:6:2:1:4:6:3:1:4 chr7 5112554 . A C 72.92 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0580244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3576;QD=11.6671;RBI=0.0581498;REFB=-0.0394136;REVB=0.00381772;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267229;STB=0.629345;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0416046;OID=.;OPOS=5112554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:13:15:8:8:0.32:3:5:11:2:3:5:12:3 chr7 5161512 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.551;QD=50.4135;RBI=0.060839;REFB=0;REVB=0.0576308;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408034;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr7 5161552 . G A 273.97 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0177416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.033;QD=17.6753;RBI=0.0322885;REFB=-0.0158169;REVB=0.0269774;RO=32;SAF=24;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213059;STB=0.620601;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00777502;OID=.;OPOS=5161552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:6:24:20:12:6:24:20:12 chr7 5161640 . G C 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0014009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.653;QD=20.9981;RBI=0.0142327;REFB=-0.0101542;REVB=0.0141636;RO=36;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104142;STB=0.505761;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0132525;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:14:26:23:13:14:26:23:13 chr7 5166500 . A G 258.64 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0252811;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3464;QD=29.5588;RBI=0.0252829;REFB=-0.0686042;REVB=-0.000303455;RO=11;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112032;STB=0.537783;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0338149;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:11:12:23:23:0.657143:8:15:9:2:8:15:9:3 chr7 5254227 . C G 1194.59 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373013;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1294;QD=61.2612;RBI=0.0616745;REFB=0;REVB=0.0491158;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278187;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 403.05 PASS AF=0.794872;AO=29;DP=34;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0065132;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=5;MLLD=215.402;QD=41.3381;RBI=0.00663373;REFB=-0.0364677;REVB=0.00125881;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.542061;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=0.0118795;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794872:29:34:31:39:8:17:14:6:2:52:0:17:12:0:0 chr7 5346735 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.543;QD=49.5972;RBI=0.0243346;REFB=0;REVB=-0.00254184;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105007;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr7 5352659 . G T 55.13 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0231424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.264;QD=24.503;RBI=0.0350932;REFB=-0.0909797;REVB=0.0263811;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.571243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0254484;OID=.;OPOS=5352659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:9:9:1:2:7:7:0.777778:1:6:1:0:1:6:2:0 chr7 5391702 . C G 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.012729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9261;QD=11.8449;RBI=0.0148489;REFB=-0.00384872;REVB=0.00764597;RO=45;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102908;STB=0.55935;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00507383;OID=.;OPOS=5391702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:12:14:20:25:12:14:20:25 chr7 5399044 . C G 178.81 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.094403;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8415;QD=13.7548;RBI=0.0944281;REFB=-0.00409416;REVB=-0.00217802;RO=32;SAF=18;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433432;STB=0.744253;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00851025;OID=.;OPOS=5399044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:31:21:21:0.403846:3:18:17:15:3:18:17:14 chr7 5410425 . G C 47.9 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.009818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.956;QD=11.9741;RBI=0.0118407;REFB=-0.0302649;REVB=-0.00661884;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0339483;OID=.;OPOS=5410425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:9:9:6:7:0.4375:4:2:6:3:4:3:6:3 chr7 5410901 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0089334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.112;QD=19.9285;RBI=0.109639;REFB=-0.0219257;REVB=0.109274;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280339;STB=0.654977;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0311567;OID=.;OPOS=5410901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:2:10:9:0:2:10:9:0 chr7 5427652 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0368887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.223;QD=23.5281;RBI=0.043716;REFB=-0.0121158;REVB=0.0234587;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146377;STB=0.582006;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00885444;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:7:8:7:13:7:8 chr7 5427720 . A G 304.01 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.588;QD=52.8706;RBI=0.0320716;REFB=0;REVB=0.0262015;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740747;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr7 5434135 . A G 410.53 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0967971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1812;QD=56.6255;RBI=0.096906;REFB=0;REVB=0.00459201;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119111;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:13:15:0:1:14:15:0:0 chr7 5460550 . C T 506.92 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00396272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.487;QD=23.0418;RBI=0.0125909;REFB=-0.0126881;REVB=0.0119511;RO=40;SAF=20;SAR=28;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070725;STB=0.503889;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00863716;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:28:20:17:23:28:20:17:23 chr7 5487422 . TC T,TG 338.51 PASS AF=0.185185,0.814815;AO=6,19;DP=27;FAO=5,22;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201036,0.0190801;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.2341,25.0898;QD=50.1502;RBI=0.02496,0.0193703;REFB=0,0;REVB=-0.0147935,-0.00334058;RO=0;SAF=4,16;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0328911,0.00596573;OID=.,.;OPOS=5487423,5487423;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.185185,0.814815:6,19:27:5,22:27:0:3,18:2,4:0:0:14:0:4,16:2,3:0:0 chr7 5487457 . CT AC 385.71 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100808;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.56;QD=55.1013;RBI=0.0537238;REFB=0;REVB=0.0527695;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000136185;OID=.;OPOS=5487457;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:25:28:1:5:20:0:0:7:21:0:0 chr7 5515624 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.012;QD=57.1775;RBI=0.0136165;REFB=0;REVB=-0.0111304;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34992e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr7 5528883 . G A 246.65 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.899;QD=46.9804;RBI=0.0198917;REFB=-0.197462;REVB=0.00136361;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000781156;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:0:1:13:7:0:1 chr7 5540769 . A C 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0979;QD=58.415;RBI=0.0435935;REFB=0;REVB=-0.0377133;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129344;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr7 5541657 . G A 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.511;QD=57.6715;RBI=0.083459;REFB=0;REVB=0.062271;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112658;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr7 5659852 . T A 99.67 PASS AF=0.521739;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0611993;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=53.5232;QD=17.3343;RBI=0.0908776;REFB=-0.0524394;REVB=0.0671817;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311955;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0176962;OID=.;OPOS=5659852;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:23:23:11:11:9:12:0.521739:6:3:4:7:8:4:4:7 chr7 5911403 . G A 69.68 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0140981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.174;QD=16.3955;RBI=0.0320887;REFB=0.00444518;REVB=0.0288258;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355772;STB=0.709643;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00145788;OID=.;OPOS=5911403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:3:5:2:7:3:5 chr7 5959485 . G A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.01039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.615;QD=3.63777;RBI=0.0330862;REFB=-0.00128535;REVB=-0.0314125;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18157;STB=0.62384;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00467833;OID=.;OPOS=5959485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:27:11:3:4:27:11 chr7 5965334 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.133695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.936;QD=19.134;RBI=0.139059;REFB=0.054713;REVB=0.0382491;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413629;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000206259;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:2:0:4:1:2:0 chr7 5983012 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0143646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.917;QD=21.2675;RBI=0.0207751;REFB=-0.0110109;REVB=0.0150088;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184004;STB=0.603652;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.016785;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:5:9:7:10:5:9 chr7 5983070 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.042284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1969;QD=7.048;RBI=0.0702967;REFB=0.00923271;REVB=0.0561578;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648031;STB=0.900619;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0176155;OID=.;OPOS=5983070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:7:1:16:6:7:1:16:6 chr7 6026775 . T C 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.977;QD=54.0137;RBI=0.0239794;REFB=-0.0003645;REVB=0.0167106;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.51922;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=5.32038e-05;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:0:2:35:35:0.945946:25:10:0:0:25:10:0:2 chr7 6026942 . G T 150.01 PASS AF=0.369565;AO=18;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0122374;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6433;QD=13.0444;RBI=0.0254653;REFB=-0.0422493;REVB=-0.0223322;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173553;STB=0.64983;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0519143;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:29:18:17:0.369565:8:10:10:16:7:10:10:19 chr7 6026988 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00634145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.034;QD=23.0011;RBI=0.0177268;REFB=-0.0359881;REVB=0.0165538;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309802;STB=0.517135;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0231496;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:9:13:16:13:9:13 chr7 6036980 . G C 135.16 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286164;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6617;QD=45.0535;RBI=0.0295634;REFB=0;REVB=0.00742239;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102995;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 6043386 . G A 82.54 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0222355;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.084;QD=17.3758;RBI=0.0283692;REFB=-0.00105483;REVB=-0.017618;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000128131;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:6:3:5:5:6:3 chr7 6056530 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00189827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.908;QD=23.0006;RBI=0.0542681;REFB=-0.00376974;REVB=-0.0542349;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132384;STB=0.573356;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00192417;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:11:18:10:12:11:18:10:12 chr7 6063283 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00979551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.378;QD=16.755;RBI=0.0105926;REFB=-0.00106318;REVB=-0.00403118;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252194;STB=0.514274;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.000936919;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:10:18:16:8:10:18 chr7 6066450 . T C 359.41 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00351731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3097;QD=31.2532;RBI=0.0393702;REFB=0.0192778;REVB=0.0392128;RO=15;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00924398;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:16:30:30:0.652174:15:15:8:7:15:15:8:8 chr7 6066461 . T C 296.37 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0139973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.715;QD=28.9142;RBI=0.0307809;REFB=-0.000164426;REVB=0.0274142;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294822;STB=0.51624;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00016974;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:7:8:15:11:7:8 chr7 6071060 . G A 224.98 PASS AF=0.45614;AO=23;DP=54;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.005857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.912;QD=15.7882;RBI=0.0156119;REFB=-0.0288123;REVB=-0.0144716;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152109;STB=0.594972;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0341493;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:31:31:23:26:0.45614:13:10:9:22:14:12:9:22 chr7 6075823 . A T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00559985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.755;QD=25.2442;RBI=0.00604518;REFB=-0.00735122;REVB=0.00227726;RO=21;SAF=21;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278204;STB=0.66654;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00704113;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:7:21:9:12:7:21:9:13 chr7 6087389 . C A 199.35 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00350704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.467;QD=36.2447;RBI=0.0384383;REFB=-0.0517591;REVB=0.038278;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117968;STB=0.555494;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0148986;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:22:4:4:17:18:0.818182:7:10:1:3:8:10:1:3 chr7 6087400 . C A 196.51 PASS AF=0.782609;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0113767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.431;QD=34.1751;RBI=0.0126493;REFB=-4.67275e-05;REVB=0.00552953;RO=5;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532951;STB=0.533943;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000112942;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:17:18:0.782609:8:9:2:3:8:10:2:3 chr7 6088420 . A G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00836753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.392;QD=31.2412;RBI=0.0599912;REFB=-0.0622142;REVB=0.0594048;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100039;STB=0.555477;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0209877;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:3:1:7:7:3:1 chr7 6189780 . T C 424.88 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0751413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2892;QD=21.7886;RBI=0.0829206;REFB=-0.00166644;REVB=-0.0350658;RO=34;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996985;STB=0.556648;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000211852;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:36:42:42:0.538462:26:16:17:17:26:16:18:18 chr7 6193521 . G C 88.34 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.953;QD=39.2639;RBI=0.0444268;REFB=0;REVB=-0.0383646;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92421e-05;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr7 6194274 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.644;QD=59.4356;RBI=0.0222026;REFB=0;REVB=-0.0101961;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27457e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr7 6199072 . G C 213.81 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0112491;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.999;QD=19.8895;RBI=0.0112608;REFB=-0.0185968;REVB=-0.000513357;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168539;STB=0.58158;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0207352;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:20:21:0.488372:10:10:7:15:11:10:7:15 chr7 6204999 . A C 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.872;QD=55.076;RBI=0.0499079;REFB=0;REVB=0.0489367;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184432;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr7 6252291 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0291769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.426;QD=24.39;RBI=0.0344916;REFB=-0.0577967;REVB=0.0183951;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622494;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0300474;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:8:6:7:13:8:6 chr7 6370077 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0313595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.845;QD=16.2793;RBI=0.0391678;REFB=-0.0142261;REVB=-0.023467;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231533;STB=0.630267;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0144735;OID=.;OPOS=6370077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:12:21:11:17:12:21 chr7 6370144 . G A 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00504969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.271;QD=15.1725;RBI=0.00714377;REFB=-0.00521054;REVB=0.00505312;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308653;STB=0.656728;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00543869;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:9:8:4:19:9:8:5:19 chr7 6370194 . C T 572.37 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.646;QD=58.7047;RBI=0.0120079;REFB=0;REVB=0.0112078;RO=1;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579376;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:37:39:1:28:9:0:1:30:9:0:0 chr7 6370305 . C G 318.55 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425601;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8221;QD=53.0913;RBI=0.0437641;REFB=0;REVB=-0.0101948;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114402;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:17:7:0:0 chr7 6370406 . C T 69.32 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.031;QD=30.8074;RBI=0.0345368;REFB=-0.154364;REVB=-0.00755224;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00559421;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr7 6370575 . C T 149.01 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00692476;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.2472;QD=17.5308;RBI=0.00734484;REFB=-0.00235281;REVB=0.00244834;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352469;STB=0.702859;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00708127;OID=.;OPOS=6370575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:4:12:7:11:4:12:7:11 chr7 6456302 . C T 657.28 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491194;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7342;QD=62.5977;RBI=0.0515657;REFB=0;REVB=0.0156941;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148895;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr7 6461534 . C T 191.89 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0078898;FXX=0.0769112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.564;QD=12.7925;RBI=0.0146909;REFB=0.00326845;REVB=0.0123925;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382539;STB=0.723958;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00638766;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:36:37:23:23:0.383333:8:15:10:26:8:15:10:27 chr7 6505901 . T C 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0240337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.421;QD=21.2267;RBI=0.0257582;REFB=-0.00624115;REVB=0.00926635;RO=24;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987063;STB=0.554899;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00542049;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:19:10:11:13:19:10:11:13 chr7 6537821 . G C 279.68 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=34;FWDB=0.0060186;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.264;QD=16.4518;RBI=0.00601905;REFB=-0.0159895;REVB=7.31106e-05;RO=37;SAF=4;SAR=27;SRF=3;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114125;STB=0.563473;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0158592;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:27:4:3:34:27:4:3:34 chr7 6621277 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6042;QD=56.7051;RBI=0.0363321;REFB=0;REVB=-0.0324434;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003318;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr7 6647738 . T C 74.69 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000406592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3215;QD=10.6699;RBI=0.0196175;REFB=-0.00280479;REVB=0.0196132;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330446;STB=0.689235;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00556497;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:8:2:8:9:8:2:8:10 chr7 6656830 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.295;QD=62.6711;RBI=0.0312728;REFB=0;REVB=0.0275653;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40551e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr7 6656897 . A G 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7498;QD=62.0016;RBI=0.0711305;REFB=0;REVB=-0.0635144;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399019;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr7 6660790 . G A 147.76 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0118801;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.85;QD=16.4177;RBI=0.0139992;REFB=-0.0260844;REVB=-0.00740539;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421565;STB=0.723432;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0291347;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:6:10:3:16:6:10:4:16 chr7 6713936 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.127;QD=49.5987;RBI=0.0364785;REFB=0;REVB=0.0348173;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132305;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr7 6713940 . CAG C,CAC 218.24 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=15,3;DP=19;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018411,0.000592165;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=306.317,68.5432;QD=48.4976;RBI=0.0237465,0.0722807;REFB=0,0;REVB=0.023675,0.0722783;RO=0;SAF=8,3;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000547495,0.0109421;OID=.,.;OPOS=6713941,6713942;OREF=AG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:15,3:19:15,3:18:0:8,3:7,0:0:0:14:0:8,3:7,0:0:0 chr7 6713985 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.626;QD=48.7255;RBI=0.0484041;REFB=0;REVB=0.0340684;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511293;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 6714028 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=350.994;QD=44.6898;RBI=0.0288985;REFB=0;REVB=-0.0254831;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93636e-05;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr7 6776956 . A G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00065531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.952;QD=17.2891;RBI=0.018723;REFB=-0.00904012;REVB=-0.0187115;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109114;STB=0.561249;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0109254;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:17:16:18:12:17:16 chr7 7283569 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0318248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7175;QD=11.2614;RBI=0.0318343;REFB=-0.00548526;REVB=-0.000778214;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756906;STB=0.544851;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00679258;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:18:12:7:8:18:12 chr7 7495735 . T C 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0103487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.297;QD=22.0081;RBI=0.0103967;REFB=-0.00621005;REVB=-0.000997091;RO=29;SAF=13;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320912;STB=0.506326;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00473194;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:31:38:38:0.550725:25:13:11:18:25:13:11:20 chr7 7514235 . C G 156.06 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00489319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5893;QD=9.45786;RBI=0.0127152;REFB=-0.0117128;REVB=-0.0117359;RO=44;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238948;STB=0.647088;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0591727;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:21:21:0.318182:8:13:18:26:8:13:18:27 chr7 7545691 . G C 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00415256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.118;QD=17.3771;RBI=0.014653;REFB=-0.00188115;REVB=-0.0140523;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117857;STB=0.513435;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00120199;OID=.;OPOS=7545691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:17:16:17:19:17:16:17:20 chr7 7571094 . G C 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.333;QD=59.7165;RBI=0.0353471;REFB=0.0122013;REVB=0.0326156;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129683;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000127316;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:43:36:1:0:43:36:1:0 chr7 7613039 . C T 306.73 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00531274;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.293;QD=26.1046;RBI=0.00653337;REFB=0.00781536;REVB=-0.00380259;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167287;STB=0.59241;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00690379;OID=.;OPOS=7613039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:13:14:6:14:13:14:6:14 chr7 7646651 . G T 850.93 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.68;QD=57.6902;RBI=0.0216123;REFB=0;REVB=-0.0099257;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59983e-05;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr7 8125964 . C T 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00643551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.416;QD=25.0372;RBI=0.0129599;REFB=-0.00705892;REVB=0.0112491;RO=23;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660527;STB=0.536198;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00482087;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:19:17:13:10:19:17:13:10 chr7 8132252 . T C 273.97 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00623709;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.923;QD=15.0119;RBI=0.0229688;REFB=-0.00782774;REVB=-0.0221057;RO=43;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715794;STB=0.533192;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00996159;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:42:31:31:0.424658:13:18:22:21:13:18:22:20 chr7 8153053 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0326758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.638;QD=16.0653;RBI=0.034554;REFB=0.0031874;REVB=-0.0112368;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554787;STB=0.531879;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00308107;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:12:12:8:10:12:12 chr7 8196529 . A T 206.18 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0110638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.738;QD=16.831;RBI=0.0209391;REFB=-0.00829213;REVB=-0.0177775;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557362;STB=0.524452;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0149053;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:6:15:18:9:6:15:19:9 chr7 8196601 . G A 40.04 PASS AF=0.147059;AO=4;DP=61;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0020244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.158;QD=2.35508;RBI=0.0130993;REFB=-0.012513;REVB=0.0129419;RO=52;SAF=0;SAR=4;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553522;STB=0.6996;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0658202;OID=.;OPOS=8196601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:61:68:52:58:4:10:0.147059:4:0:29:23:7:3:31:27 chr7 8792148 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6995;QD=57.3853;RBI=0.0529099;REFB=0;REVB=0.0332496;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365012;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:37:20:0:0 chr7 11022564 . G A 199.35 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0424907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.908;QD=27.4959;RBI=0.0505577;REFB=-0.0630725;REVB=-0.0273975;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361417;STB=0.506323;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0385608;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:8:10:19:19:0.655172:13:6:3:5:13:6:3:7 chr7 11581121 . T C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00681544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.626;QD=12.059;RBI=0.0370645;REFB=-0.0192754;REVB=-0.0364325;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116144;STB=0.560651;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0326831;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:16:9:19:22:16:9:19:23 chr7 11676377 . G A 588.38 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0149519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.076;QD=23.7727;RBI=0.0149566;REFB=-0.0193745;REVB=0.000375651;RO=44;SAF=29;SAR=25;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256824;STB=0.518665;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0139751;OID=.;OPOS=11676377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:45:54:54:0.545455:25:29:25:19:25:29:26:19 chr7 12269417 . C G 683.22 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0121784;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.762;QD=52.5551;RBI=0.0134231;REFB=-0.0370101;REVB=0.00564505;RO=2;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128367;STB=0.506823;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00135174;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:2:2:50:50:0.961538:33:17:1:1:33:17:1:1 chr7 12271997 . G A 401.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6184;QD=55.3911;RBI=0.0346744;REFB=0;REVB=0.0345213;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315774;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:15:14:0:0 chr7 12272026 . A G 130.25 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0229865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1813;QD=13.3589;RBI=0.0235708;REFB=-0.0159743;REVB=0.00521557;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.587511;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0249969;OID=.;OPOS=12272026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:13:11:9:6:13:11 chr7 12370794 . T C 362.49 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0220681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5319;QD=18.3541;RBI=0.0341992;REFB=-0.00769166;REVB=0.0261263;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164087;STB=0.585062;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0109715;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:22:16:24:16:22:16:24:17 chr7 12376811 . A C 197.18 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0231107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.594;QD=10.9544;RBI=0.0232412;REFB=-0.00597314;REVB=-0.00246015;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409853;STB=0.523791;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0132511;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:11:14:28:19:11:14:28:19 chr7 12391268 . T TA 225.46 PASS AF=0.507246;AO=32;DP=71;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.014749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.82;QD=13.0702;RBI=0.0162016;REFB=-0.0290194;REVB=0.00670515;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098595;STB=0.555523;STBP=0.395;TYPE=ins;VARB=0.0282541;OID=.;OPOS=12391269;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507246:32:71:35:69:34:10:25:13:21:99:37:10:22:15:22 chr7 12391319 . G T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00575556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.559;QD=15.6535;RBI=0.00588633;REFB=-0.0140461;REVB=0.00123387;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221286;STB=0.512525;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0154342;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:13:19:16:10:13:19 chr7 12393966 . A G 223.72 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0224046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1153;QD=12.7838;RBI=0.0698897;REFB=0.00561559;REVB=0.0662013;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322712;STB=0.518505;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00651494;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:22:21:14:13:22:21 chr7 12393974 . A C 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00251421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.961;QD=13.2585;RBI=0.00377499;REFB=0.000507058;REVB=0.0028159;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683225;STB=0.509797;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00174352;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:45:29:29:0.391892:14:15:22:20:14:15:24:21 chr7 12394053 . G T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00345075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.337;QD=12.0714;RBI=0.0219664;REFB=-0.000581261;REVB=-0.0216937;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909343;STB=0.505245;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000855447;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:11:13:22:18:11:13:22:18 chr7 12395813 . T C 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00297993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7244;QD=19.8249;RBI=0.00805968;REFB=-0.0120407;REVB=-0.00748856;RO=25;SAF=23;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472679;STB=0.767787;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0178795;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:4:23:10:15:4:23:10:15 chr7 12400783 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0187898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.715;QD=12.0842;RBI=0.0288427;REFB=0.00315333;REVB=-0.0218825;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325676;STB=0.519207;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00278417;OID=.;OPOS=12400783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:16:14:7:9:16:14 chr7 12400837 . G A 727.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.238;QD=57.0971;RBI=0.0117742;REFB=0;REVB=0.0090096;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74284e-05;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr7 12401021 . C T 353.8 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0223278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.55;QD=18.6209;RBI=0.0229679;REFB=-0.018708;REVB=-0.00538444;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357586;STB=0.515143;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0215414;OID=.;OPOS=12401021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:39:37:37:0.486842:16:21:19:17:16:21:21:18 chr7 12406989 . C G 393.79 PASS AF=0.511905;AO=36;DP=77;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.00121286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.611;QD=18.7521;RBI=0.102998;REFB=-0.0179138;REVB=0.102991;RO=41;SAF=28;SAR=8;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292286;STB=0.546854;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0268838;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:41:41:36:43:0.511905:8:28:31:10:14:29:31:10 chr7 12409263 . C A 218.41 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0072705;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.803;QD=16.801;RBI=0.0249585;REFB=-0.0256879;REVB=-0.0238761;RO=27;SAF=18;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311816;STB=0.670062;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.026603;OID=.;OPOS=12409263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:6:18:12:15:6:18:13:15 chr7 12409327 . C T 257.9 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0157719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5175;QD=18.4214;RBI=0.0372439;REFB=-0.0383271;REVB=0.0337396;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24058;STB=0.635258;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0433101;OID=.;OPOS=12409327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:8:20:13:15:8:20:13:15 chr7 12409522 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00326001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.839;QD=22.7228;RBI=0.0258315;REFB=-0.0117323;REVB=-0.025625;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00660046;OID=.;OPOS=12409522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:4:12:15:5:4:12 chr7 12409535 . A G 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0234087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.321;QD=21.1296;RBI=0.0287354;REFB=-0.0177271;REVB=-0.016666;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329787;STB=0.518502;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.018029;OID=.;OPOS=12409535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:15:7:6:15:15:7:6:15 chr7 12410112 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.021;QD=62.3509;RBI=0.0056726;REFB=0;REVB=0.00181962;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19159e-06;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr7 12410362 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00627866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=352.338;QD=18.9387;RBI=0.00632924;REFB=-0.0140358;REVB=0.000798577;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309096;STB=0.509085;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0120462;OID=.;OPOS=12410362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:29:30:0.508475:14:15:16:13:14:16:16:13 chr7 12414725 . G A 466.65 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0254062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2702;QD=16.8163;RBI=0.0261498;REFB=-0.00629129;REVB=0.00619173;RO=57;SAF=28;SAR=23;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383981;STB=0.508544;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00918201;OID=.;OPOS=12414725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:60:51:51:0.459459:23:28:29:28:23:28:32:28 chr7 12417407 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.983;QD=60.2307;RBI=0.023078;REFB=0;REVB=-0.0164428;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72321e-07;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr7 12419108 . A T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.027;QD=63.5804;RBI=0.051122;REFB=0;REVB=0.0441272;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287138;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr7 12428550 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00838654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.322;QD=9.47557;RBI=0.00868079;REFB=0.0047452;REVB=-0.002241;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559005;STB=0.849582;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0231406;OID=.;OPOS=12428550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:10:11:1:9:10:11 chr7 12428582 . C T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0347705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.593;QD=8.81164;RBI=0.0486428;REFB=-0.0043089;REVB=-0.0340167;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588526;STB=0.868145;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.03638;OID=.;OPOS=12428582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:10:13:1:9:10:13 chr7 12428803 . G A 254.79 PASS AF=0.364706;AO=25;DP=79;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0147062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.965;QD=11.9902;RBI=0.0156251;REFB=-0.0187954;REVB=-0.00527954;RO=51;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149074;STB=0.533716;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0310936;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:85:51:54:25:31:0.364706:15:10:27:24:16:15:29:25 chr7 12611252 . T C 579.34 PASS AF=0.537037;AO=57;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0181827;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.837;QD=21.4572;RBI=0.0287736;REFB=-0.0245465;REVB=0.0223004;RO=48;SAF=17;SAR=40;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148182;STB=0.596065;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0207559;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:50:57:58:0.537037:40:17:22:26:41:17:24:26 chr7 12636026 . T C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.251;QD=50.4085;RBI=0.0324096;REFB=0;REVB=0.0245994;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25449e-05;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr7 12666356 . A G 538.82 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.00281928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.435;QD=20.5266;RBI=0.00413657;REFB=-0.0265407;REVB=0.00302702;RO=49;SAF=17;SAR=38;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.002979;STB=0.505086;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0221194;OID=.;OPOS=12666356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:50:55:55:0.52381:38:17:15:34:38:17:15:35 chr7 12728862 . C G 923.28 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181387;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.017;QD=58.6213;RBI=0.0263651;REFB=0;REVB=-0.0191338;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22736e-05;OID=.;OPOS=12728862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr7 12729381 . G T 33.16 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00950583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.357;QD=2.00948;RBI=0.0818875;REFB=-0.00113443;REVB=-0.0813339;RO=57;SAF=1;SAR=6;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493836;STB=0.870358;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0174707;OID=.;OPOS=12729381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:66:57:59:7:7:0.106061:6:1:33:24:6:1:34:25 chr7 12729604 . T G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6851;QD=59.8365;RBI=0.00748657;REFB=0;REVB=0.00195115;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61498e-05;OID=.;OPOS=12729604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr7 12730362 . A G,T 1516.47 PASS AF=0.961165,0.038835;AO=98,5;DP=104;FAO=99,4;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43,4;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122762,-0.0668255;FXX=0.00961446;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=162.729,14.919;QD=58.892;RBI=0.0129483,0.0772491;REFB=0,0;REVB=-0.00411743,-0.0387526;RO=0;SAF=42,5;SAR=56,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000468081,0.13436;OID=.,.;OPOS=12730362,12730362;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:104:103:0:0:98,5:99,4:0.961165,0.038835:56,0:42,5:0:0:56,0:43,4:0:0 chr7 12916342 . G A 65.35 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0355177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4502;QD=3.63046;RBI=0.0434956;REFB=-0.00133726;REVB=0.0251069;RO=55;SAF=4;SAR=8;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178443;STB=0.601767;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0181238;OID=.;OPOS=12916342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:55:60:12:12:0.166667:8:4:26:29:8:4:27:33 chr7 13934358 . A T 814.08 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00977495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.287;QD=55.1917;RBI=0.00979223;REFB=0.0525018;REVB=-0.000581402;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000355419;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:56:58:0.983051:33:23:1:0:34:24:1:0 chr7 13978809 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0173884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.318;QD=20.9025;RBI=0.022915;REFB=-0.0195738;REVB=-0.0149245;RO=28;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175774;STB=0.597501;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0179562;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:12:21:12:16:12:21:12:16 chr7 14025727 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00205099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.918;QD=13.5517;RBI=0.0159166;REFB=-0.0228084;REVB=-0.0157839;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17592;STB=0.600773;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0238342;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:9:15:16:19:9:15:16:19 chr7 14025766 . T A 245.41 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00229088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4952;QD=15.1022;RBI=0.0119878;REFB=-0.0284445;REVB=-0.0117669;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200332;STB=0.598644;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0246723;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:28:29:0.446154:10:18:16:20:11:18:16:20 chr7 14758273 . C T 882.6 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0218334;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1032;QD=55.1626;RBI=0.0459101;REFB=-0.0326322;REVB=-0.0403862;RO=2;SAF=23;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392923;STB=0.520827;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00168519;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:39:23:2:0:39:23:2:0 chr7 14775684 . G A 47.08 PASS AF=0.101695;AO=12;DP=118;FAO=12;FDP=118;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.0250675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.894;QD=1.59592;RBI=0.0292945;REFB=0.00184942;REVB=-0.0151587;RO=104;SAF=7;SAR=5;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194876;STB=0.507234;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0251614;OID=.;OPOS=14775684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:118:118:104:106:12:12:0.101695:5:7:59:45:5:7:61:45 chr7 14775822 . GGA G,GCA,GG 221.55 PASS AF=0,0.473684,0.473684;AO=5,8,5;DP=48;FAO=0,18,18;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=0,6,9;FSAR=0,12,9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102901,0.0328291,0.203561;FXX=0.0256345;HRUN=2,2,10;LEN=2,1,1;MLLD=21.6815,229.781,4.17047;QD=23.3214;RBI=0.227098,0.0328844,0.444638;REFB=0.116789,-0.0352965,0.184674;REVB=-0.202447,0.00190618,-0.395305;RO=15;SAF=2,5,3;SAR=3,3,2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.149998,0.100478,0.0763349;STB=0.5,0.518498,0.5;STBP=1,0.75,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.046342,0.022384,0.590506;OID=.,.,.;OPOS=14775823,14775823,14775824;OREF=GA,G,A;OALT=-,C,-;OMAPALT=G,GCA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.473684,0.473684:5,8,5:48:0,18,18:38:2:0,6,9:0,12,9:1:1:82:15:2,5,3:3,3,2:8:7 chr7 16128987 . A G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0413518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.982;QD=33.9775;RBI=0.0413518;REFB=0.0233713;REVB=0;RO=2;SAF=12;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104683;OID=.;OPOS=16128987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:0:12:2:0:0:12:2:0 chr7 16128992 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3762;QD=33.9783;RBI=0.0125309;REFB=0.0265655;REVB=0;RO=2;SAF=12;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00658607;OID=.;OPOS=16128992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:0:12:2:0:0:12:2:0 chr7 16128994 . TG CA 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0236955;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.079;QD=33.9784;RBI=0.0236955;REFB=-0.110776;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.01723;OID=.;OPOS=16128994;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:0:2:12:12:0.857143:0:12:0:0:0:12:2:0 chr7 16129172 . A G 289.46 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.942;QD=50.3401;RBI=0.175905;REFB=0;REVB=0.016329;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297281;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr7 16503932 . C G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00472003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.755;QD=15.6538;RBI=0.031691;REFB=-0.0210245;REVB=-0.0313376;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07572;STB=0.542862;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0266344;OID=.;OPOS=16503932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:16:16:15:11:16:16 chr7 16566645 . C G 972.58 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3744;QD=58.9443;RBI=0.0670485;REFB=0;REVB=0.0113287;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699107;OID=.;OPOS=16566645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr7 16598535 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0305168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.904;QD=14.2416;RBI=0.0447526;REFB=-0.00243936;REVB=-0.0327341;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18429;STB=0.578878;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00162264;OID=.;OPOS=16598535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:22:22:0.415094:10:12:21:8:10:12:21:10 chr7 16639615 . A C 1339.4 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3405;QD=62.2978;RBI=0.0988399;REFB=0;REVB=0.0954703;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512241;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr7 16666741 . T G 252.28 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00898363;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1824;QD=14.8401;RBI=0.021656;REFB=0.00984622;REVB=0.0197047;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13687;STB=0.571381;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0128857;OID=.;OPOS=16666741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:39:29:29:0.426471:14:15:26:14:14:15:25:14 chr7 16666759 . G C 248.63 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0301114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.716;QD=17.1467;RBI=0.0546664;REFB=0.00804159;REVB=0.0456259;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451952;STB=0.534458;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0111579;OID=.;OPOS=16666759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:27:28:0.482759:13:14:17:13:14:14:17:13 chr7 16823095 . G A 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.024073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.972;QD=16.9285;RBI=0.0266485;REFB=-0.00882229;REVB=-0.0114294;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294028;STB=0.672746;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0277662;OID=.;OPOS=16823095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:5:7:10:2:5:7 chr7 16823117 . T G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0185273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.969;QD=14.9785;RBI=0.032809;REFB=-0.0195855;REVB=-0.0270771;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323222;STB=0.66637;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0234993;OID=.;OPOS=16823117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:10:10:0.47619:5:5:1:8:5:5:2:9 chr7 16834551 . C A 1399.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550798;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.07;QD=62.9122;RBI=0.0218335;REFB=0;REVB=-0.0211273;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29832e-05;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr7 16834597 . A G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0392357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5644;QD=15.0174;RBI=0.0394934;REFB=0.00829049;REVB=0.00450448;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923068;STB=0.552546;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00921899;OID=.;OPOS=16834597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:40:30:30:0.428571:17:13:20:18:17:13:21:19 chr7 16840992 . A T 125.62 PASS AF=0.20202;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.020424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.355;QD=5.07561;RBI=0.0478412;REFB=-0.00380362;REVB=-0.0432625;RO=78;SAF=12;SAR=8;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12687;STB=0.575434;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0150459;OID=.;OPOS=16840992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:78:79:20:20:0.20202:8:12:39:39:8:12:40:39 chr7 16872913 . G A 373.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0316689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1993;QD=17.7618;RBI=0.0326069;REFB=4.28733e-05;REVB=-0.0077646;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121675;STB=0.512814;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.000597817;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:20:19:22:22:20:19:23:22 chr7 16899197 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00564429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.109;QD=19.6682;RBI=0.00570922;REFB=-0.000417846;REVB=0.000858623;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936717;STB=0.553016;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000436906;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:9:10:8:11:9:10 chr7 16913394 . A G 456.49 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0618152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2006;QD=50.7206;RBI=0.0676597;REFB=-0.0962811;REVB=-0.0275084;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.548358;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0191197;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:1:3:33:33:0.916667:14:19:0:1:14:19:0:3 chr7 17831806 . C T 242.87 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00430982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.125;QD=19.8257;RBI=0.0337421;REFB=-0.0323612;REVB=-0.0334657;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364213;STB=0.537282;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0308043;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:25:22:24:0.489796:14:8:10:15:16:8:10:15 chr7 17854531 . C CT 790.35 PASS AF=1;AO=7;DP=60;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696926;FXX=0.0499917;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.827;QD=55.463;RBI=0.07108;REFB=0;REVB=0.0139754;RO=49;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000139183;OID=.;OPOS=17854532;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:60:57:57:0:27:30:0:0:4:49:1:6:24:25 chr7 17854532 . G T 641.16 PASS AF=0.881356;AO=48;DP=56;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0152728;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.422;QD=43.4685;RBI=0.0261783;REFB=-0.0845643;REVB=0.0212613;RO=7;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080583;STB=0.542357;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00171076;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:56:59:7:7:48:52:0.881356:25:23:1:6:26:26:1:6 chr7 18067479 . ACT A 648.99 PASS AF=1;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284298;FXX=0.108672;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.348;QD=63.3156;RBI=0.00899082;REFB=0;REVB=-0.0085295;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.7522e-05;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:45:41:41:0:15:26:0:0:3:0:15:26:0:0 chr7 18767343 . A G 385.69 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0268369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.324;QD=15.5833;RBI=0.0273695;REFB=-0.00446698;REVB=0.00537291;RO=58;SAF=18;SAR=23;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186791;STB=0.605213;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00459205;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:23:18:36:22:23:18:36:22 chr7 18977653 . G A 1123.9 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237331;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.978;QD=60.7511;RBI=0.053443;REFB=0;REVB=0.0478841;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303717;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr7 18993870 . C T 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00655985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.423;QD=58.6507;RBI=0.0184123;REFB=-0.0701221;REVB=0.0172041;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000124848;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:25:15:0:0:25:15:1:0 chr7 19760985 . A G 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0197719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.693;QD=8.68702;RBI=0.0200032;REFB=-0.0169012;REVB=-0.00303345;RO=40;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231578;STB=0.63884;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0400962;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:6:11:18:22:6:11:18:22 chr7 20178175 . C T 198.0 PASS AF=0.421053;AO=19;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00123379;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.858;QD=13.8945;RBI=0.0216151;REFB=-0.0265118;REVB=0.0215799;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235698;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:22:32:19:24:0.421053:10:9:13:9:12:12:16:16 chr7 20180717 . C G 176.17 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0140821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.793;QD=10.2125;RBI=0.0262696;REFB=-0.00945735;REVB=-0.0221762;RO=46;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533809;STB=0.531307;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0246934;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:15:8:18:28:15:8:18:28 chr7 20198440 . G A 524.65 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0123804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9128;QD=24.1218;RBI=0.0183736;REFB=-0.0109885;REVB=0.0135762;RO=38;SAF=26;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01762;STB=0.509661;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0102311;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:23:26:21:17:23:26:21:17 chr7 20685397 . A C 330.82 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.030241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.334;QD=16.3368;RBI=0.0304188;REFB=-0.0137022;REVB=-0.00328392;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708374;STB=0.552985;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.022976;OID=.;OPOS=20685397;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:45:45:34:36:0.444444:15:19:22:23:15:21:22:23 chr7 20698270 . A G 684.06 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00415174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.41;QD=21.7163;RBI=0.00554407;REFB=-0.0173817;REVB=0.0036742;RO=59;SAF=33;SAR=34;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298107;STB=0.516354;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0142286;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:59:67:67:0.531746:34:33:27:32:34:33:27:32 chr7 20768013 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.546;QD=61.0491;RBI=0.0354468;REFB=0;REVB=0.0335603;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118077;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr7 20778646 . G A 1544.32 PASS AF=1;AO=92;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.814;QD=59.9737;RBI=0.0346968;REFB=0;REVB=0.0240453;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117185;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:92:103:1:33:59:0:0:33:70:0:0 chr7 20822196 . A AC 453.59 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4143;QD=40.3192;RBI=0.14666;REFB=0;REVB=0.141302;RO=6;SAF=14;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00692037;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:47:45:45:0:15:30:0:0:9:6:14:26:3:3 chr7 20822304 . C CA 251.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3897;QD=50.3728;RBI=0.0446093;REFB=0;REVB=0.000203136;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00245624;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:20:20:0:12:8:0:0:4:0:12:8:0:0 chr7 20824614 . C T 54.75 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-7.29761e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.048;QD=6.08346;RBI=0.0159654;REFB=-0.00431733;REVB=-0.0159653;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654726;STB=0.555432;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0148578;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:36:36:26:27:9:9:0.25:5:4:13:13:5:4:14:13 chr7 20826452 . T G 238.65 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00799051;FXX=0.232101;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.129;QD=22.2004;RBI=0.00799051;REFB=-0.0307523;REVB=4.29536e-06;RO=10;SAF=18;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198881;STB=0.590079;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0165341;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:43:10:19:23:23:0.534884:5:18:5:5:5:18:12:7 chr7 21553621 . T G 214.31 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0506631;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.241;QD=14.7796;RBI=0.0508622;REFB=-0.0036539;REVB=0.00449522;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452201;STB=0.52571;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00459766;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:16:17:14:11:16:17 chr7 21599233 . C T 1052.54 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942343;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.539;QD=60.1454;RBI=0.00952622;REFB=0;REVB=-0.00139564;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105047;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr7 21603886 . A G 84.14 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.07877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.584;QD=10.518;RBI=0.0812301;REFB=-0.0177429;REVB=-0.0198396;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501047;STB=0.795333;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0519315;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:5:16:3:8:5:16 chr7 21628197 . A G 569.28 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00847183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.189;QD=22.7713;RBI=0.00939028;REFB=-0.00816884;REVB=-0.00405037;RO=47;SAF=15;SAR=38;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195703;STB=0.608213;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00630231;OID=.;OPOS=21628197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:38:15:23:24:38:15:23:24 chr7 21628237 . C T 1415.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.815;QD=62.9153;RBI=0.019501;REFB=0;REVB=0.00764162;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66298e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:54:35:0:0:55:35:0:0 chr7 21630982 . A G 1062.14 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0676453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0674;QD=58.1994;RBI=0.0679811;REFB=-0.0407178;REVB=-0.00674883;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000508961;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:0:1:71:72:0.986301:29:42:0:0:30:42:0:1 chr7 21640405 . A G 1208.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1198;QD=61.2042;RBI=0.0467661;REFB=0;REVB=0.0426407;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219815;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr7 21641218 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0618;QD=53.2757;RBI=0.0251239;REFB=0;REVB=-0.010513;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000872571;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr7 21659645 . T C 1080.27 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5068;QD=60.0153;RBI=0.0263273;REFB=0;REVB=0.0248006;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105574;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr7 21698616 . C T 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00876194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.636;QD=5.37938;RBI=0.0127337;REFB=-0.0040919;REVB=0.00923992;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155928;STB=0.601188;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0136634;OID=.;OPOS=21698616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:4:7:22:21:4:7:22:21 chr7 21723431 . G A 619.51 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0133863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0989;QD=27.2311;RBI=0.0210474;REFB=-0.0384705;REVB=-0.016242;RO=36;SAF=24;SAR=31;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352197;STB=0.519177;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0213822;OID=.;OPOS=21723431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:31:24:14:22:31:24:14:22 chr7 21737718 . A G 376.71 PASS AF=0.526316;AO=35;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00154332;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.581;QD=19.8266;RBI=0.0240402;REFB=-0.00985665;REVB=0.0239906;RO=36;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139321;STB=0.552606;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0134495;OID=.;OPOS=21737718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:36:35:40:0.526316:16:19:14:22:20:20:14:22 chr7 21775443 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.0226838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.309;QD=10.8099;RBI=0.0237304;REFB=-0.0245055;REVB=0.00696976;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436573;STB=0.747461;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0262703;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:5:31:9:10:5:31 chr7 21778449 . C T 155.92 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0434989;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0109;QD=10.9418;RBI=0.0474952;REFB=0.00279888;REVB=-0.0190694;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156781;STB=0.591891;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00980144;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:13:7:18:19:13:7:18:19 chr7 21779278 . A G 232.01 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00632113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.325;QD=10.3113;RBI=0.040647;REFB=-0.00376137;REVB=-0.0401525;RO=61;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724829;STB=0.542383;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0103476;OID=.;OPOS=21779278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:17:12:29:32:17:12:29:32 chr7 21856151 . G A 389.94 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00194228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.165;QD=21.6633;RBI=0.0315958;REFB=0.0121244;REVB=-0.031536;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696398;STB=0.538442;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0104698;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:21:18:18:15:21:18:18:15 chr7 21893993 . G T 278.5 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.029611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.388;QD=16.3824;RBI=0.0400313;REFB=-0.0120794;REVB=-0.0269386;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281927;STB=0.658412;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0192593;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:13:24:11:20:13:24 chr7 21901566 . T C 599.28 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0558038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.811;QD=28.5372;RBI=0.0664227;REFB=-0.0319022;REVB=0.0360266;RO=31;SAF=22;SAR=31;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696724;STB=0.537885;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0169618;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:31:53:53:0.630952:31:22:16:15:31:22:16:15 chr7 21901593 . G A 148.37 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0103165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.564;QD=8.85776;RBI=0.0259334;REFB=0.000787854;REVB=-0.0237931;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648469;STB=0.524367;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00168278;OID=.;OPOS=21901593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:20:21:0.313433:12:8:16:30:13:8:16:30 chr7 21940977 . C G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0227702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3468;QD=13.5053;RBI=0.0364385;REFB=-0.00635298;REVB=0.0284479;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448575;STB=0.512799;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00835048;OID=.;OPOS=21940977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:6:10:8:4:6:11 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 110.02 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00621067;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=7;MLLD=299.514;QD=8.30368;RBI=0.00631314;REFB=-0.0104932;REVB=-0.00113285;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605119;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.0263423;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:15:50:15:53:38:10:5:20:18:99:35:10:5:18:17 chr7 21956405 . G A 512.62 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2212;QD=55.4179;RBI=0.04372;REFB=-0.117899;REVB=0.0299993;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00605694;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:1:0:18:18:1:0 chr7 22158386 . G A 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0206087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.783;QD=15.876;RBI=0.0221174;REFB=-0.0211117;REVB=-0.00802856;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0333684;OID=.;OPOS=22158386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr7 22197507 . A G 1404.22 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0183155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8257;QD=60.3966;RBI=0.0186384;REFB=0.0375512;REVB=0.00345457;RO=2;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175502;STB=0.509257;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000985299;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:53:38:0:2:53:38:0:2 chr7 22202117 . G A 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00106471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.167;QD=22.8808;RBI=0.00773448;REFB=-0.00237528;REVB=0.00766084;RO=26;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302091;STB=0.665963;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00223436;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:22:13:20:6:22:13:20:6 chr7 22330783 . C T 107.98 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0249727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.288;QD=13.0884;RBI=0.0251441;REFB=0.0209853;REVB=-0.00293136;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296918;STB=0.657299;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0183808;OID=.;OPOS=22330783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:8:5:13:6:8:5:13:7 chr7 22478207 . G T 284.06 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0613168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9358;QD=12.7667;RBI=0.0672008;REFB=0.00666856;REVB=0.0274991;RO=56;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771697;STB=0.504422;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0176265;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:21:12:20:36:21:12:20:36 chr7 22532260 . A G 300.65 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0106239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.347;QD=21.4747;RBI=0.0110585;REFB=-0.00685545;REVB=0.00306954;RO=23;SAF=21;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291111;STB=0.661505;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00935833;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:31:31:0.553571:10:21:7:16:10:21:8:17 chr7 22533452 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.931;QD=46.8448;RBI=0.10356;REFB=0;REVB=-0.020549;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868655;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr7 22787205 . G T 1472.17 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.873;QD=63.3192;RBI=0.0339775;REFB=0;REVB=-0.0271787;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9874e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr7 22857682 . A G 746.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.313;QD=63.5719;RBI=0.0715182;REFB=0;REVB=0.0199909;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447827;OID=.;OPOS=22857682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr7 23164526 . C G 766.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.954;QD=63.9081;RBI=0.0422699;REFB=0;REVB=-0.0298151;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63741e-06;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:24:22:0:0:24:24:0:0 chr7 23164701 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0158064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.848;QD=11.0866;RBI=0.0161706;REFB=0.000107463;REVB=-0.00341246;RO=25;SAF=1;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608895;STB=0.874309;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000343234;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:12:1:13:12:12:1:13:12 chr7 23296533 . G A 295.99 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0467378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0582;QD=15.9997;RBI=0.0596765;REFB=-0.0263031;REVB=0.0371061;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127123;STB=0.576285;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0266834;OID=.;OPOS=23296533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:14:19:28:12:14:19:29:12 chr7 23351346 . CATT C 105.45 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00385007;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.66;QD=11.0998;RBI=0.0125581;REFB=0.0107808;REVB=0.0119533;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522197;STB=0.820452;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=-0.0112763;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:13:38:13:38:25:10:3:6:19:99:23:10:3:6:17 chr7 23357321 . C T 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00756041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.772;QD=10.3664;RBI=0.0186028;REFB=-0.0100204;REVB=0.0169972;RO=42;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181446;STB=0.612936;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0159837;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:9:13:18:24:9:13:18:25 chr7 23728916 . G A 281.71 PASS AF=0.354839;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0104111;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.84;QD=12.1166;RBI=0.0105144;REFB=0.00370687;REVB=0.00147025;RO=60;SAF=24;SAR=8;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402586;STB=0.737118;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0104911;OID=.;OPOS=23728916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:32:33:0.354839:8:24:24:36:8:25:24:36 chr7 23728931 . T C 329.45 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0203947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2169;QD=12.432;RBI=0.0313933;REFB=-0.0159239;REVB=-0.0238663;RO=66;SAF=31;SAR=8;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409818;STB=0.717477;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0316636;OID=.;OPOS=23728931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:39:40:0.377358:8:31:30:36:9:31:30:36 chr7 23737891 . A G 545.65 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0135626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.105;QD=21.1902;RBI=0.0223393;REFB=-0.0116104;REVB=0.0177511;RO=47;SAF=28;SAR=27;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878399;STB=0.552678;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0107276;OID=.;OPOS=23737891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:48:55:55:0.533981:27:28:19:28:27:28:19:29 chr7 23751736 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00863118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.016;QD=18.777;RBI=0.0113287;REFB=-0.039183;REVB=0.00733773;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0351623;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:13:13:12:14:13:13 chr7 23757162 . G C 304.62 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00683033;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5495;QD=19.9752;RBI=0.00968652;REFB=-0.00906527;REVB=0.00686842;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952026;STB=0.515409;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0103705;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:29:31:32:0.52459:20:11:10:19:20:12:10:19 chr7 23854838 . G GA 85.73 PASS AF=0.413043;AO=16;DP=48;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.131724;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.4263;QD=7.45512;RBI=0.132073;REFB=-0.04361;REVB=-0.00958854;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705854;STB=0.526288;STBP=0.802;TYPE=ins;VARB=0.0675946;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:16:48:19:46:27:10:9:13:14:85:32:7:9:16:16 chr7 23934657 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.921;QD=51.1846;RBI=0.00979474;REFB=0;REVB=-0.00368558;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101196;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr7 24325009 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00763926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.93;QD=7.5262;RBI=0.00883802;REFB=-0.00400323;REVB=0.00444436;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162722;STB=0.510181;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0131868;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:11:13:5:4:11:13 chr7 24703298 . G A 1259.1 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272667;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.145;QD=61.4193;RBI=0.0413508;REFB=0;REVB=0.0310873;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07885e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr7 24758753 . C T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0111998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.78;QD=19.9733;RBI=0.0112466;REFB=-0.00502419;REVB=0.00102462;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188232;STB=0.603721;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00376326;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:16:21:27:8:16:21:27:8 chr7 24758795 . T C 940.5 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0966356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3875;QD=56.9997;RBI=0.0968842;REFB=0.155779;REVB=-0.00693599;RO=1;SAF=42;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111164;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0259632;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:23:42:1:0:23:42:1:0 chr7 24758818 . G T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00368403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.946;QD=16.504;RBI=0.0178785;REFB=-0.0193373;REVB=-0.0174949;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224448;STB=0.625924;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.028473;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:21:9:14:12:21:9 chr7 24784252 . G A 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0124219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.537;QD=2.2875;RBI=0.0179737;REFB=-0.00278936;REVB=0.0129904;RO=54;SAF=6;SAR=1;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421594;STB=0.82553;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0291026;OID=.;OPOS=24784252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:1:6:28:26:1:6:28:26 chr7 24836165 . T C 32.17 PASS AF=0.0740741;AO=4;DP=54;FAO=4;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00922531;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=35.0246;QD=2.38285;RBI=0.05233;REFB=-0.0138789;REVB=-0.0515104;RO=34;SAF=3;SAR=1;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130795;STB=0.5779;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0398895;OID=.;OPOS=24836165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:54:54:34:47:4:4:0.0740741:1:3:22:12:1:3:32:15 chr7 24854765 . G A 295.45 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0103345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8992;QD=20.3759;RBI=0.0147106;REFB=-0.0169907;REVB=-0.0104689;RO=27;SAF=22;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296257;STB=0.665006;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0176296;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:9:22:10:17:9:22:10:17 chr7 24911357 . T G 436.49 PASS AF=0.345912;AO=55;DP=159;FAO=55;FDP=159;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=-0.0430779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.62;QD=10.981;RBI=0.045683;REFB=-0.00468085;REVB=-0.0152062;RO=104;SAF=28;SAR=27;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997921;STB=0.557063;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00547685;OID=.;OPOS=24911357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:104:104:55:55:0.345912:27:28:62:42:27:28:62:42 chr7 25182405 . G T 405.73 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.000107187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2112;QD=15.1674;RBI=0.0413404;REFB=-0.00615265;REVB=-0.0413403;RO=60;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172638;STB=0.600442;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00814789;OID=.;OPOS=25182405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:60:61:46:46:0.429907:22:24:21:39:22:24:21:40 chr7 25194665 . G C 445.85 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00397233;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.053;QD=17.4843;RBI=0.00919798;REFB=-0.00334869;REVB=0.00829598;RO=53;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070712;STB=0.544683;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00257641;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:53:54:48:48:0.470588:20:28:27:26:20:28:27:27 chr7 25198089 . C G 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00999389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2628;QD=15.5683;RBI=0.0363521;REFB=-0.0523978;REVB=-0.0349513;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260718;STB=0.515124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0677499;OID=.;OPOS=25198089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:3:9:8:3:3:9 chr7 25207994 . G A 203.4 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=47;FWDB=0.00253255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.714;QD=10.299;RBI=0.0110812;REFB=-0.0184992;REVB=0.0107879;RO=52;SAF=1;SAR=25;SRF=6;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344971;STB=0.708286;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0391054;OID=.;OPOS=25207994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:52:53:26:26:0.329114:25:1:6:46:25:1:6:47 chr7 25267963 . G C 651.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1464;QD=62.0066;RBI=0.0354758;REFB=0;REVB=0.0346332;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042289;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 25304395 . A G 1227.18 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.871;QD=60.6016;RBI=0.0198096;REFB=0;REVB=0.0184713;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106128;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:1:0:80:81:1:48:32:1:0:48:33:0:0 chr7 26224668 . C T 820.44 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440716;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.385;QD=57.5744;RBI=0.0455175;REFB=0;REVB=-0.0113815;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07641e-05;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr7 26224767 . T A 197.74 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00429706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8647;QD=14.6471;RBI=0.0221044;REFB=-0.0024443;REVB=0.0216827;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146121;STB=0.583261;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00428879;OID=.;OPOS=26224767;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:18:13:13:10:18:13 chr7 26251843 . C T 63.36 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0136948;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.57;QD=7.67943;RBI=0.0148213;REFB=-0.0167855;REVB=0.00566781;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162722;STB=0.551612;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0469838;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:11:13:5:4:9:15 chr7 26252932 . CTGG C 89.09 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0391889;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.411;QD=5.74784;RBI=0.0403841;REFB=-0.00537813;REVB=0.00975212;RO=50;SAF=5;SAR=9;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225826;STB=0.642653;STBP=0.256;TYPE=del;VARB=0.0158053;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:14:64:14:62:48:5:9:26:22:89:50:5:9:27:23 chr7 26386122 . T A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00752125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.948;QD=18.427;RBI=0.00959586;REFB=-0.0153416;REVB=-0.00595913;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119044;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:11:17:17:11:11:17 chr7 26778406 . A G 230.18 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.929;QD=46.0367;RBI=0.0164503;REFB=-0.018143;REVB=0.00905396;RO=1;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000522904;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:7:12:0:1:7:12:0:1 chr7 27135314 . C G,T 396.44 PASS AF=0.103448,0.896552;AO=2,26;DP=28;FAO=3,26;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365885,-0.00870532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.307,55.3064;QD=54.6815;RBI=0.0366412,0.0117827;REFB=0,0;REVB=0.0019656,-0.00794034;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.173752,0.00610127;OID=.,.;OPOS=27135314,27135314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:28:29:0:0:2,26:3,26:0.103448,0.896552:0,9:2,17:0:0:1,9:2,17:0:0 chr7 27147179 . T A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.000126305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.853;QD=5.01783;RBI=0.0191287;REFB=-0.00199399;REVB=-0.0191282;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152795;STB=0.510175;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0151626;OID=.;OPOS=27147179;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:8:19:5:2:8:19 chr7 27169093 . T G 1098.72 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.527;QD=60.204;RBI=0.0169146;REFB=0;REVB=-0.00412804;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52679e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr7 27196069 . A C 2828.42 PASS AF=1;AO=179;DP=186;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676849;FXX=0.0374312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.102;QD=62.8538;RBI=0.0704136;REFB=0;REVB=0.019412;RO=0;SAF=65;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172285;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:186:180:0:0:179:180:1:114:65:0:0:114:66:0:0 chr7 27196113 . C T 2813.23 PASS AF=0.958974;AO=182;DP=191;FAO=187;FDP=195;FR=.;FRO=8;FSAF=70;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0460636;FXX=0.0101518;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.8658;QD=57.7074;RBI=0.0586302;REFB=-0.111366;REVB=0.0362719;RO=9;SAF=68;SAR=114;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676293;STB=0.500029;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00505294;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:191:195:9:8:182:187:0.958974:114:68:4:5:117:70:3:5 chr7 27202289 . A G 131.57 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0111343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.855;QD=14.2238;RBI=0.0624846;REFB=0.0042699;REVB=0.0614845;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102929;STB=0.548953;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00865584;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:10:5:9:12:10:5:9:13 chr7 27204732 . C A 301.7 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.012911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.928;QD=25.1414;RBI=0.0155861;REFB=-0.0178349;REVB=0.00873101;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769806;STB=0.542824;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.019933;OID=.;OPOS=27204732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:19:8:8:13:19:8:8:13 chr7 27279191 . T G 195.32 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00105265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.849;QD=10.5577;RBI=0.00709819;REFB=-0.0119156;REVB=0.00701971;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184717;STB=0.601687;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0190087;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:9:16:23:25:9:16:24:25 chr7 27702390 . C A 534.76 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0165257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.245;QD=23.5057;RBI=0.0236362;REFB=-0.0235874;REVB=0.0168988;RO=41;SAF=17;SAR=33;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168515;STB=0.592776;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0184022;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:33:17:22:19:33:17:22:19 chr7 27842733 . A G 389.83 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0142148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.562;QD=16.4137;RBI=0.0281974;REFB=-0.016201;REVB=0.0243522;RO=52;SAF=29;SAR=12;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125296;STB=0.573886;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0265176;OID=.;OPOS=27842733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:54:41:41:0.431579:12:29:31:21:12:29:32:22 chr7 27886171 . A G 293.75 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=63;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0272126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.624;QD=18.0769;RBI=0.0311065;REFB=-0.02898;REVB=0.0150695;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991425;STB=0.538289;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0275626;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:33:33:30:32:0.492308:15:15:13:20:17:15:13:20 chr7 27953035 . A G 474.07 PASS AF=0.417323;AO=54;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0520842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.199;QD=14.9312;RBI=0.0572855;REFB=-0.00333806;REVB=-0.0238507;RO=72;SAF=32;SAR=22;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273183;STB=0.666029;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00514502;OID=.;OPOS=27953035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:72:74:54:53:0.417323:22:32:23:49:21:32:23:51 chr7 28319007 . T A 771.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150432;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.077;QD=57.1415;RBI=0.00540992;REFB=0;REVB=0.00519656;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36149e-05;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr7 28319234 . A C 558.87 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0352756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3228;QD=54.5241;RBI=0.0467367;REFB=0.00235303;REVB=0.0306586;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042533;STB=0.522715;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0077228;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:37:37:0.902439:21:16:0:2:21:16:0:2 chr7 28843898 . TG TC,T 407.58 PASS AF=0,0.974359;AO=2,29;DP=39;FAO=0,38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=0,26;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.128499,-0.140198;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.8265,16.2923;QD=41.8031;RBI=0.128603,0.237291;REFB=0.0298601,0.0380942;REVB=0.00518957,0.191446;RO=6;SAF=2,22;SAR=0,7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0.27422;SSEP=0,0;SSSB=0.719959,0.222711;STB=0.5,0.509429;STBP=1,0.612;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0335632;OID=.,.;OPOS=28843899,28843899;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.974359:2,29:39:0,38:39:1:0,26:0,12:1:0:5:6:2,22:0,7:1:5 chr7 28995800 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0115907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.671;QD=16.199;RBI=0.0140606;REFB=0.0211884;REVB=-0.00795965;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00625466;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr7 28996557 . C T 176.01 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00721252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.018;QD=20.7067;RBI=0.0486544;REFB=-0.0630491;REVB=0.0481168;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988308;STB=0.526286;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.054884;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:16:18:18:0.529412:10:8:8:6:10:8:8:8 chr7 28996944 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.855;QD=49.5982;RBI=0.0323644;REFB=0;REVB=0.00461028;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024326;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 28997141 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0509509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8225;QD=21.2668;RBI=0.0544282;REFB=-0.00737891;REVB=-0.0191425;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150576;STB=0.58452;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00764164;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:10:4:8:9:10:4 chr7 28997143 . C T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0583216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.373;QD=4.62914;RBI=0.0589754;REFB=-0.00583987;REVB=0.00875739;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3641;STB=0.742329;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0297378;OID=.;OPOS=28997143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:23:24:6:6:0.2:1:5:13:10:1:5:14:10 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 771.15 PASS AF=1,0,0;AO=40,6,4;DP=50;FAO=50,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,0;FSAR=26,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297679,-0.109209,-0.0773687;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=24.2183,4.88085,4.33322;QD=61.6923;RBI=0.0687922,0.144255,0.14829;REFB=0,0,0;REVB=-0.0620181,-0.0942479,-0.126507;RO=0;SAF=19,4,1;SAR=21,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.17587e-08,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00230002,0,0;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:40,6,4:50:50,0,0:50:0:24,0,0:26,0,0:0:0:4:0:19,4,1:21,2,3:0:0 chr7 29070320 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0148625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.702;QD=13.2123;RBI=0.0304201;REFB=-0.0111712;REVB=-0.0265423;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274841;STB=0.516106;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0176419;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:12:10:6:8:12:10 chr7 29152371 . G A 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00547301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.762;QD=19.8556;RBI=0.0100827;REFB=-0.0148414;REVB=0.00846802;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600928;STB=0.533316;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0150831;OID=.;OPOS=29152371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:21:18:15:23:21:18:15:23 chr7 29152416 . G A 203.87 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00255403;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.322;QD=14.3066;RBI=0.00957732;REFB=-0.0025537;REVB=0.0092305;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023839;STB=0.513584;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00325833;OID=.;OPOS=29152416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:13:20:14:10:13:20 chr7 29160604 . C T 325.08 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.042909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.522;QD=22.4195;RBI=0.0429091;REFB=-0.0123768;REVB=-8.56687e-05;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227904;STB=0.62544;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00564264;OID=.;OPOS=29160604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:19:14:18:7:19:14:18:7 chr7 29186256 . A G 1063.14 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626089;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.305;QD=59.8952;RBI=0.00759746;REFB=0;REVB=-0.00430379;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118281;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:43:27:0:0:44:27:0:0 chr7 29186576 . A G 231.07 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00530334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.401;QD=16.505;RBI=0.0403232;REFB=-0.0109312;REVB=-0.0399729;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489472;STB=0.50276;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0135806;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:14:16:14:12:14:16 chr7 29407536 . CT TC 107.92 PASS AF=0.354839;AO=6;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.15553;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=20.7608;QD=13.925;RBI=0.198472;REFB=-0.0747818;REVB=0.123295;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636412;STB=0.919527;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0861244;OID=.;OPOS=29407536;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:30:31:12:17:6:11:0.354839:1:5:2:10:1:10:3:14 chr7 29523563 . G A 298.24 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.000319189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.437;QD=13.5562;RBI=0.0200361;REFB=-0.0116642;REVB=-0.0200336;RO=54;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560935;STB=0.53207;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.022458;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:23:11:20:34:23:11:20:34 chr7 29552213 . T C 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.059;QD=60.0275;RBI=0.0614734;REFB=0;REVB=0.0606022;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276208;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr7 29605975 . C G 160.33 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2969;QD=42.7545;RBI=0.133334;REFB=-0.0410615;REVB=0.0775384;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164778;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:11:4:0:0 chr7 29606288 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.233;QD=52.6132;RBI=0.039728;REFB=0;REVB=0.0203131;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157871;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 29771597 . A C 466.09 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0208105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9587;QD=22.462;RBI=0.0298671;REFB=0.0101827;REVB=0.0214234;RO=38;SAF=27;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848679;STB=0.546777;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00850841;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:18:27:19:19:18:27:19:19 chr7 29771601 . G A 370.54 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0210725;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.934;QD=16.8428;RBI=0.0210725;REFB=-0.0180935;REVB=-1.07627e-05;RO=49;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786501;STB=0.544104;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0168162;OID=.;OPOS=29771601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:19:20:29:20:19:20:29:20 chr7 29952207 . C G 1384.72 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.086918;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.667;QD=61.5433;RBI=0.0884438;REFB=0.0169428;REVB=0.0163572;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106495;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000241657;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:44:45:0:1:44:45:0:1 chr7 30177278 . C T 582.35 PASS AF=0.458647;AO=60;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0427615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.694;QD=17.5141;RBI=0.0466768;REFB=0.00627211;REVB=0.018713;RO=72;SAF=25;SAR=35;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176096;STB=0.600998;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00338059;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:60:61:0.458647:35:25:43:29:36:25:43:29 chr7 30491084 . G A 377.97 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0220506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.348;QD=26.9981;RBI=0.0245271;REFB=-0.00333566;REVB=-0.01074;RO=20;SAF=24;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150188;STB=0.582231;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00187459;OID=.;OPOS=30491084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:12:24:9:11:12:24:9:11 chr7 30491311 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00431142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.357;QD=14.1958;RBI=0.0182464;REFB=-0.0252339;REVB=-0.0177297;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594022;STB=0.5345;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0336516;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:9:13:8:7:9:13 chr7 30492550 . G A 238.66 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0551028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5293;QD=27.2749;RBI=0.0578974;REFB=0.00679069;REVB=0.0177702;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714567;STB=0.539474;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00263718;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:13:9:4:9:13:9:4:9 chr7 30496382 . G C 287.84 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.016854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0082;QD=18.57;RBI=0.0254625;REFB=-0.0247391;REVB=-0.0190862;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144421;STB=0.580593;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0243242;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:18:13:18:13:18:13:18:13 chr7 30538651 . T C 620.65 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.709;QD=59.1097;RBI=0.0528021;REFB=-0.107175;REVB=0.0436752;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000696213;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:22:19:0:0:22:19:1:0 chr7 30655603 . T C 526.7 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00243705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.352;QD=24.4978;RBI=0.00772028;REFB=-0.00482365;REVB=0.00732554;RO=37;SAF=17;SAR=32;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941826;STB=0.551703;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0031418;OID=.;OPOS=30655603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:32:17:17:20:32:17:17:20 chr7 30791847 . C T 911.33 PASS AF=0.538922;AO=81;DP=157;FAO=90;FDP=167;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0311251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.278;QD=21.8283;RBI=0.0311703;REFB=-0.0300319;REVB=-0.001677;RO=76;SAF=40;SAR=41;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054423;STB=0.518396;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0295514;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:167:76:77:81:90:0.538922:41:40:38:38:42:48:38:39 chr7 30795436 . T G 230.81 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.053112;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.671;QD=21.9817;RBI=0.0536014;REFB=-0.0178595;REVB=-0.00722649;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228745;STB=0.629501;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0202783;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:17:5:9:11:17:5:9:11 chr7 30825575 . C A 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00883783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.674;QD=24.7805;RBI=0.012978;REFB=-0.03023;REVB=0.0095037;RO=27;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953958;STB=0.552213;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0227431;OID=.;OPOS=30825575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:20:20:17:10:20:20:17:10 chr7 30831144 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0200716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.559;QD=12.6192;RBI=0.0207828;REFB=-0.0265019;REVB=-0.00538997;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749269;STB=0.504307;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0234601;OID=.;OPOS=30831144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:14:24:15:9:14:24 chr7 30831181 . C T 306.72 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0821478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.861;QD=22.7203;RBI=0.0885176;REFB=-0.0222381;REVB=-0.0329714;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172278;STB=0.599941;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0176232;OID=.;OPOS=30831181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:19:11:4:19:19:12:4:19 chr7 30915262 . CA TG 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0260942;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.86;QD=15.6037;RBI=0.026155;REFB=-0.00762387;REVB=-0.00178273;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341297;STB=0.692182;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0114707;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:20:10:26:12:20:10:26:12 chr7 30961407 . C T 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00383089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.772;QD=5.90507;RBI=0.00853157;REFB=-0.00320418;REVB=-0.00762312;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539804;STB=0.854021;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00776852;OID=.;OPOS=30961407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:7:1:15:12:7:1:15:12 chr7 31011677 . C T 401.47 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0298836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6121;QD=27.2181;RBI=0.0333082;REFB=-0.0119159;REVB=0.0147107;RO=21;SAF=22;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269543;STB=0.514698;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0217745;OID=.;OPOS=31011677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:16:22:13:8:16:22:13:8 chr7 31377369 . T G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0450933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1289;QD=18.9981;RBI=0.0635139;REFB=0.0061062;REVB=0.0447282;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102242;STB=0.556926;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00298012;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:18:12:16:15:18:12 chr7 31592733 . C A 277.25 PASS AF=0.491803;AO=27;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0119151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.026;QD=18.1804;RBI=0.0154241;REFB=-0.0236305;REVB=-0.00979456;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927904;STB=0.506169;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.019716;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:31:27:30:0.491803:8:19:16:4:10:20:21:10 chr7 31611758 . G T 221.2 PASS AF=0.321839;AO=26;DP=88;FAO=28;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0472729;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.625;QD=10.17;RBI=0.0482223;REFB=-0.00902118;REVB=-0.00952141;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00731367;STB=0.52997;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.014836;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:47:59:26:28:0.321839:14:12:22:25:15:13:30:29 chr7 31617733 . T C 601.27 PASS AF=0.931818;AO=43;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.059977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.897;QD=54.6611;RBI=0.0902836;REFB=-0.126717;REVB=-0.0674826;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.505718;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00990149;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:1:3:43:41:0.931818:26:17:1:0:24:17:1:2 chr7 31682453 . C T 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0352575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1275;QD=9.70511;RBI=0.0353115;REFB=-0.00237601;REVB=0.00195204;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296886;STB=0.676879;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00957817;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:13:5:20:18:13:5:20:18 chr7 31682601 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0308228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.259;QD=21.2649;RBI=0.0308562;REFB=-0.00602247;REVB=0.00143428;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134987;STB=0.575841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00399377;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:11:7:11:9:11:7 chr7 31682853 . T C 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00191764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3783;QD=17.3191;RBI=0.012974;REFB=0.0191165;REVB=-0.0128315;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234065;STB=0.634442;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0084554;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:10:8:11:5:10:8 chr7 31683410 . G A 465.48 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00836886;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.211;QD=24.8255;RBI=0.0318244;REFB=-0.00785467;REVB=0.0307043;RO=31;SAF=13;SAR=31;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524404;STB=0.528771;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00483467;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:31:31:44:44:0.586667:31:13:11:20:31:13:11:20 chr7 31732089 . C G 213.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0241289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6469;QD=20.8691;RBI=0.0614739;REFB=-0.0192132;REVB=-0.0565406;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140786;STB=0.507929;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.016428;OID=.;OPOS=31732089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:16:5:5:15:16:5:5:15 chr7 31746837 . C T 222.92 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00163717;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.376;QD=16.5129;RBI=0.0367906;REFB=-0.00866854;REVB=-0.0367542;RO=29;SAF=20;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185675;STB=0.605968;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0229449;OID=.;OPOS=31746837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:5:20:19:10:5:20:19:10 chr7 31855578 . G A,T 741.48 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=49,2;DP=51;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791968,-0.0737027;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.024,66.1235;QD=55.9611;RBI=0.0848255,0.0758576;REFB=0,0;REVB=0.0303847,0.0179525;RO=0;SAF=21,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000486378,0.0736753;OID=.,.;OPOS=31855578,31855578;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:53:0:0:49,2:52,1:0.981132,0.0188679:28,1:21,1:0:0:29,1:23,0:0:0 chr7 32209425 . A G 996.06 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126887;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.001;QD=59.4662;RBI=0.0158986;REFB=0;REVB=0.00957928;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017728;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr7 32209459 . C T 384.53 PASS AF=0.512821;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00160471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.41;QD=19.7197;RBI=0.00176715;REFB=-0.0169958;REVB=0.000740092;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131209;STB=0.549717;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0183872;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:38:38:40:0.512821:23:15:20:17:23:17:20:18 chr7 32338337 . G A 1018.02 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0237409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.112;QD=56.5568;RBI=0.0434116;REFB=-0.183186;REVB=0.0363446;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226602;STB=0.501199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00843111;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:38:32:1:1:38:32:1:1 chr7 32529936 . G C 411.4 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.336;QD=56.7447;RBI=0.0179109;REFB=0;REVB=-0.000120686;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129799;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr7 32530105 . G C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.997;QD=59.8313;RBI=0.0554924;REFB=0;REVB=-0.0146648;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000594528;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr7 32530198 . AA TC 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302474;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.23;QD=59.8394;RBI=0.0334123;REFB=0;REVB=-0.0141942;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000197502;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr7 32613020 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6689;QD=57.1768;RBI=0.0216954;REFB=0;REVB=0.00835401;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299866;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr7 32623796 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.549;QD=57.0008;RBI=0.0223439;REFB=0;REVB=0.00371211;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73826e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr7 32908287 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.735;QD=57.6784;RBI=0.0259268;REFB=0;REVB=0.0226993;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9332e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr7 32909182 . G A 218.12 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0162623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.539;QD=13.6325;RBI=0.018709;REFB=-0.00862767;REVB=0.00925001;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133551;STB=0.572073;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0104951;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:14:12:12:24:14:12:13:25 chr7 33385852 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00343731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.334;QD=15.6264;RBI=0.0132824;REFB=-0.0110343;REVB=-0.01283;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304574;STB=0.68124;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0210674;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:11:8:19:7:11:8:20:7 chr7 33391094 . A T 171.63 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0161078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.944;QD=19.6143;RBI=0.0191936;REFB=-0.0176445;REVB=0.0104372;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193565;STB=0.569543;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.015757;OID=.;OPOS=33391094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:17:16:18:0.514286:10:6:10:7:10:8:10:7 chr7 33645209 . G A 156.19 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0887386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5906;QD=15.6187;RBI=0.091313;REFB=-0.0678085;REVB=-0.0215297;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131602;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0890649;OID=.;OPOS=33645209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:7:10:10:12:7:10:11:12 chr7 34009946 . C T 475.14 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0523565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.333;QD=16.5267;RBI=0.060023;REFB=-0.0108242;REVB=-0.0293523;RO=63;SAF=32;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138973;STB=0.577626;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0150397;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:20:32:30:33:20:32:30:33 chr7 34192762 . G C 1483.04 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.323;QD=63.1081;RBI=0.0500589;REFB=0;REVB=0.0453242;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144944;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:90:94:1:40:50:0:0:44:50:0:0 chr7 34793057 . C T 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0623235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6714;QD=22.532;RBI=0.0636545;REFB=-0.0252542;REVB=0.0129486;RO=15;SAF=1;SAR=18;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354587;STB=0.705596;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0188603;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:18:1:3:12:18:1:3:12 chr7 34818113 . A T 194.88 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0222889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5517;QD=10.3938;RBI=0.0351227;REFB=-0.000885812;REVB=-0.0271442;RO=47;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125436;STB=0.58058;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000550514;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:50:25:25:0.333333:15:10:24:23:15:10:26:24 chr7 34851393 . C G 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00668192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.28;QD=16.4205;RBI=0.0649171;REFB=-0.0170982;REVB=0.0645723;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200882;STB=0.613108;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0207295;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:20:14:18:11:20:14 chr7 34889182 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00110853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1439;QD=11.3689;RBI=0.0497275;REFB=-0.000509419;REVB=-0.0497151;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330746;STB=0.695569;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000251967;OID=.;OPOS=34889182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:13:6:7:4:13:6 chr7 34889222 . T C 95.19 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0248945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.837;QD=10.879;RBI=0.0250117;REFB=-0.0192672;REVB=0.00241821;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270184;STB=0.67895;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0282441;OID=.;OPOS=34889222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:35:23:23:11:12:0.342857:7:4:14:9:8:4:14:9 chr7 34917740 . C T 327.69 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0146036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7564;QD=15.2412;RBI=0.0288907;REFB=-0.0134361;REVB=-0.0249281;RO=50;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161557;STB=0.509133;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.028046;OID=.;OPOS=34917740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:16:20:27:23:16:20:27:23 chr7 34932074 . G C 313.11 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0145992;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.609;QD=14.2321;RBI=0.0149672;REFB=0.000947519;REVB=-0.00329868;RO=51;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519283;STB=0.526301;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0014345;OID=.;OPOS=34932074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:53:35:35:0.397727:21:14:18:33:21:14:19:34 chr7 34932102 . G A 365.13 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0104798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.893;QD=16.0498;RBI=0.011244;REFB=-0.00815234;REVB=0.00407447;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736255;STB=0.54138;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00342536;OID=.;OPOS=34932102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:22:17:19:33:22:17:19:33 chr7 34932113 . T A 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00413553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.644;QD=13.5338;RBI=0.0051556;REFB=-0.0110484;REVB=-0.00307857;RO=52;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119027;STB=0.567646;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0195612;OID=.;OPOS=34932113;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:18:15:18:34:18:15:18:34 chr7 34968498 . A T 873.39 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00296697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.745;QD=56.3475;RBI=0.0127746;REFB=-0.0331556;REVB=0.0124252;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.54487e-05;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:32:28:0:1:32:29:0:1 chr7 34979905 . C A 293.25 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00770844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4627;QD=22.9996;RBI=0.0526861;REFB=0.0058487;REVB=-0.0521191;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145775;STB=0.58059;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00733548;OID=.;OPOS=34979905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:14:8:16:13:14:8 chr7 35058177 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0391171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.524;QD=24.493;RBI=0.0756625;REFB=-0.0307866;REVB=0.0647663;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276164;STB=0.641372;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0133442;OID=.;OPOS=35058177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:7:14:4:10:7:14:5:10 chr7 35293193 . A G 715.02 PASS AF=0.978723;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00181697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.697;QD=60.8526;RBI=0.0451402;REFB=-0.0214843;REVB=0.0451036;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000904594;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:47:46:0.978723:29:18:0:0:28:18:0:1 chr7 35840898 . G C,GC 1031.12 PASS AF=0.0277778,0.958333;AO=3,67;DP=75;FAO=2,69;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=2,27;FSAR=0,42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273463,0.0391444;FXX=0.0136968;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=107.446,128.55;QD=57.2842;RBI=0.0278215,0.0405156;REFB=0.0737025,0.108947;REVB=-0.00512038,0.010451;RO=4;SAF=3,25;SAR=0,42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0698145;STB=0.5,0.509088;STBP=1,0.301;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0468882,0.000149161;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:75:72:4:1:3,67:2,69:0.0277778,0.958333:0,42:3,25:4:0:0,42:2,27:1:0 chr7 36124292 . G A 695.93 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00494822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3301;QD=60.516;RBI=0.0132107;REFB=-0.111565;REVB=0.0122489;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00210063;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:0:1:21:24:0:1 chr7 36320821 . G A 1568.14 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.911;QD=64.0058;RBI=0.0252624;REFB=0;REVB=0.00740184;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71377e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:42:55:0:0:42:56:0:0 chr7 36327317 . C T 309.5 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.102684;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6817;QD=23.3582;RBI=0.103214;REFB=-0.00886283;REVB=0.0104506;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130923;STB=0.571382;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0082039;OID=.;OPOS=36327317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:22:30:31:0.584906:12:18:10:13:13:18:9:13 chr7 36338749 . T C 1415.2 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.732;QD=62.8978;RBI=0.0236522;REFB=0;REVB=0.0134835;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.72845e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr7 36339269 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0817;QD=52.6128;RBI=0.0918152;REFB=0;REVB=0.0183386;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309974;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 36396480 . A G 146.76 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0122076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.743;QD=11.2894;RBI=0.0510259;REFB=-0.028425;REVB=0.0495441;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044844;STB=0.517222;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.058943;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:8:10:17:16:8:10:18:16 chr7 36445856 . G A 587.82 PASS AF=0.588889;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0153451;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.878;QD=26.1252;RBI=0.0171772;REFB=-0.00386885;REVB=-0.00771912;RO=38;SAF=22;SAR=30;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397169;STB=0.518654;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00261343;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:37:52:53:0.588889:30:22:18:20:31:22:17:20 chr7 36447349 . A ACTT 129.45 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00306847;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.312;QD=12.3283;RBI=0.00706372;REFB=-0.0159187;REVB=0.00636244;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211317;STB=0.553326;STBP=0.594;TYPE=ins;VARB=0.0381631;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:12:43:15:42:27:6:9:13:14:99:27:6:6:13:14 chr7 36552729 . A AT 521.13 PASS AF=1;AO=44;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.231658;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5676;QD=43.4274;RBI=0.262654;REFB=0;REVB=0.123782;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469098;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00281653;OID=.;OPOS=36552730;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:50:48:48:0:23:25:0:0:10:2:19:25:2:0 chr7 36552790 . G GT,T 973.92 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=62,5;DP=70;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453051,0.0403116;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=23.3659,15.1455;QD=55.6524;RBI=0.0873392,0.1218;REFB=0,0;REVB=-0.0746699,-0.114936;RO=1;SAF=27,4;SAR=35,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0171646,-0.0951258;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00379926,-0.0457348;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:1:0:62,5:67,3:0.957143,0.0428571:35,1:27,4:1:0:36,0:31,3:0:0 chr7 36729757 . T C 817.19 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.093;QD=57.3464;RBI=0.0363076;REFB=0;REVB=0.0316813;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256377;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr7 36763688 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.848;QD=54.5177;RBI=0.0639249;REFB=0;REVB=0.0313339;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518102;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr7 37209284 . G A 117.57 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00289855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.857;QD=12.71;RBI=0.00411425;REFB=-0.00244646;REVB=-0.00291984;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188687;STB=0.610532;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00520499;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:9:14:6:8:9:14 chr7 37355590 . C CT 341.86 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205933;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.3817;QD=37.9839;RBI=0.0686421;REFB=0;REVB=-0.0654802;RO=4;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608985;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00125473;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:38:36:36:0:19:17:0:0:7:4:19:15:1:3 chr7 37780799 . C A 551.41 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0122739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.225;QD=19.5188;RBI=0.0210389;REFB=-0.00801376;REVB=-0.0170875;RO=56;SAF=23;SAR=34;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267434;STB=0.514753;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0086069;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:34:23:21:35:34:23:21:35 chr7 37907304 . T C 284.07 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0611382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.027;QD=15.1504;RBI=0.0696664;REFB=-0.0121933;REVB=0.0333994;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353501;STB=0.519988;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.01482;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:16:16:20:23:16:16:20:23 chr7 37936530 . T C 337.78 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.000109154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.615;QD=17.5469;RBI=0.00583658;REFB=-0.0111902;REVB=-0.00583556;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877529;STB=0.549106;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0144772;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:20:16:22:19:20:16:22:19 chr7 37947164 . G T 425.87 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=52;FWDB=-0.061206;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0696;QD=14.0784;RBI=0.0693034;REFB=-0.00120789;REVB=-0.0325083;RO=71;SAF=23;SAR=26;SRF=20;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201859;STB=0.616027;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000964052;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:71:72:49:49:0.404959:26:23:20:51:26:23:20:52 chr7 37951726 . G A 595.66 PASS AF=0.526316;AO=57;DP=111;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0129742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.765;QD=20.9002;RBI=0.0221856;REFB=-0.0236698;REVB=0.0179965;RO=54;SAF=36;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152514;STB=0.574303;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0252773;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:54:54:57:60:0.526316:21:36:25:29:23:37:25:29 chr7 37953840 . C T 497.04 PASS AF=0.477477;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00916435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0737;QD=17.9113;RBI=0.0278051;REFB=-0.0159639;REVB=-0.0262514;RO=58;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365781;STB=0.524743;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0156367;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:58:52:53:0.477477:24:28:29:29:24:29:29:29 chr7 37961001 . C A 389.13 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0321614;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.388;QD=16.0464;RBI=0.0322106;REFB=-0.0334734;REVB=-0.00178059;RO=55;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955531;STB=0.548169;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0481752;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:20:21:23:32:20:21:24:32 chr7 37988589 . C T 385.42 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0716643;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.965;QD=19.7652;RBI=0.0723619;REFB=-0.0127745;REVB=0.0100232;RO=34;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733913;STB=0.513813;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0124094;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:34:39:39:39:0.5:25:14:15:19:25:14:15:24 chr7 37991129 . C A 1191.39 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809926;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.915;QD=61.0967;RBI=0.0156224;REFB=0;REVB=0.0133589;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52206e-05;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:36:42:0:0 chr7 37991186 . C T 413.1 PASS AF=0.467391;AO=41;DP=90;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0428089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2852;QD=17.9607;RBI=0.0437033;REFB=-0.0172563;REVB=0.00879642;RO=48;SAF=26;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172937;STB=0.586309;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0366782;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:48:49:41:43:0.467391:15:26:22:26:16:27:23:26 chr7 38268395 . C T 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000661562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.756;QD=59.4244;RBI=0.00648183;REFB=-0.0198788;REVB=0.00644798;RO=1;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347354;STB=0.51851;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00014969;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:13:29:0:1:13:29:0:1 chr7 38269668 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00124158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.948;QD=14.7348;RBI=0.0123275;REFB=-0.00942227;REVB=-0.0122648;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192223;STB=0.609671;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0123334;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:19:8:17:19:19:8:17:19 chr7 38269675 . T C 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00379146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.443;QD=19.0782;RBI=0.0259694;REFB=-0.013366;REVB=0.0256911;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131152;STB=0.57282;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0104081;OID=.;OPOS=38269675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:10:21:17:15:10:21 chr7 38284794 . C T 101.7 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0287455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6606;QD=8.84355;RBI=0.0321583;REFB=0.00877244;REVB=-0.0144172;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259864;STB=0.538402;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0372442;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:33:13:13:0.282609:7:6:15:16:7:6:17:16 chr7 38284804 . T C 113.37 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0259403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.281;QD=9.64831;RBI=0.0337955;REFB=-0.0214415;REVB=0.0216618;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175936;STB=0.510623;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0602966;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:16:17:7:7:16:17 chr7 38284808 . A C 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0443645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1378;QD=9.65111;RBI=0.0578641;REFB=-0.00425348;REVB=-0.037149;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510623;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.019148;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:7:7:16:16:7:7:16:17 chr7 38284834 . A G 124.73 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00358994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.241;QD=10.1819;RBI=0.0163715;REFB=-0.0105662;REVB=-0.015973;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106139;STB=0.563601;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0192467;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:15:19:7:8:15:19 chr7 38284854 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00397737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.072;QD=10.4293;RBI=0.00562716;REFB=-0.00942922;REVB=-0.00398064;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037906;STB=0.522695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0164628;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:14:16:7:7:14:16 chr7 38288879 . A G 537.74 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00294006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.523;QD=17.6309;RBI=0.0205076;REFB=-0.0243325;REVB=0.0202958;RO=62;SAF=36;SAR=21;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818316;STB=0.543463;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0288833;OID=.;OPOS=38288879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:65:57:57:0.467213:21:36:34:28:21:36:36:29 chr7 38289121 . C T 534.7 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0494876;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8429;QD=21.8247;RBI=0.0526494;REFB=-0.00471092;REVB=-0.0179707;RO=48;SAF=22;SAR=28;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058972;STB=0.543585;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00593797;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:47:50:51:0.520408:28:22:18:30:28:23:17:30 chr7 38299727 . T C 60.42 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0511404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.313;QD=6.36008;RBI=0.0511422;REFB=-0.0175541;REVB=-0.000433217;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21707;STB=0.705816;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0729622;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:22:29:9:9:0.236842:5:4:14:8:5:4:21:8 chr7 38309102 . A C 155.94 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00686588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5609;QD=10.9431;RBI=0.0543382;REFB=-0.00204488;REVB=0.0539027;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603248;STB=0.506189;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00573508;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:37:19:20:0.350877:11:8:18:20:11:9:17:20 chr7 38356849 . C T 413.98 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00338156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.274;QD=16.559;RBI=0.00960428;REFB=-0.0155517;REVB=0.00898928;RO=57;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335572;STB=0.501886;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.020683;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:19:24:32:25:19:24:32:25 chr7 38389410 . G C 191.09 PASS AF=0.285714;AO=25;DP=90;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0276086;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3906;QD=8.39938;RBI=0.0287425;REFB=-0.0123656;REVB=-0.0079937;RO=64;SAF=7;SAR=18;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278313;STB=0.648389;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0345684;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:64:65:25:26:0.285714:18:7:32:32:18:8:33:32 chr7 38402496 . A G 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000422724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.883;QD=18.478;RBI=0.00473007;REFB=-0.0173572;REVB=0.00471114;RO=38;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272389;STB=0.501519;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0194715;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:20:16:17:21:20:16:17:21 chr7 38402517 . C T 379.03 PASS AF=0.512821;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0309544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2891;QD=19.4372;RBI=0.0415831;REFB=0.00816621;REVB=-0.0277665;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240029;STB=0.514279;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00641838;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:38:38:38:40:0.512821:21:17:16:22:22:18:16:22 chr7 38431436 . C T 325.7 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0534607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.951;QD=17.3704;RBI=0.0558432;REFB=-0.0274123;REVB=-0.0161373;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0297452;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:14:21:24:16:14:21:24:16 chr7 38431481 . C A 389.06 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0207599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.293;QD=18.7496;RBI=0.0423569;REFB=-0.0127367;REVB=0.0369206;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574874;STB=0.532027;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0167342;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:22:21:22:18:22:21 chr7 38467510 . A G 598.4 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0544758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.98;QD=25.7374;RBI=0.0559061;REFB=-0.0192369;REVB=0.0125649;RO=39;SAF=21;SAR=33;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975342;STB=0.553354;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.014101;OID=.;OPOS=38467510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:33:21:20:19:33:21:20:19 chr7 38467842 . A G 390.61 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0986792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1564;QD=32.5512;RBI=0.109821;REFB=-0.035081;REVB=-0.0481981;RO=16;SAF=19;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171536;STB=0.593691;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0186106;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:13:19:5:11:13:19:5:11 chr7 38467923 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.138;QD=59.4345;RBI=0.0191269;REFB=0;REVB=0.0180493;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189114;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr7 38468463 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0277145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.408;QD=16.6188;RBI=0.0277628;REFB=0.00132412;REVB=-0.00163722;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224612;STB=0.609046;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00127431;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:22:23:0.45098:12:10:18:8:12:11:19:9 chr7 38468488 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0165922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.746;QD=21.9722;RBI=0.0172415;REFB=-0.0278612;REVB=-0.00468723;RO=21;SAF=18;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179474;STB=0.601447;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0243175;OID=.;OPOS=38468488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:5:18:13:8:5:18:13:8 chr7 38468695 . C T 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0110931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.041;QD=16.8203;RBI=0.0120491;REFB=0.0238285;REVB=0.00470365;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258094;STB=0.650752;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0281858;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:1:4:3:4:1:4 chr7 38468714 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00129019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.311;QD=18.767;RBI=0.0129595;REFB=-0.00121416;REVB=0.0128951;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354507;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00120292;OID=.;OPOS=38468714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:1:2:1:5:1:2 chr7 38468822 . C T 56.24 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0401312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.598;QD=11.2481;RBI=0.0412499;REFB=-0.0276321;REVB=-0.00954152;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0459434;OID=.;OPOS=38468822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:6:6:6:2:6:6 chr7 38471790 . G A 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00463723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.221;QD=2.99312;RBI=0.0218984;REFB=-0.00986053;REVB=-0.0214018;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213859;STB=0.666112;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0485984;OID=.;OPOS=38471790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:37:38:6:6:0.136364:2:4:18:19:2:4:18:20 chr7 38725804 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.995;QD=62.3484;RBI=0.046383;REFB=0;REVB=0.0129807;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66319e-05;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr7 38726046 . G A 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0186603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6779;QD=3.29614;RBI=0.0443243;REFB=-0.00596948;REVB=-0.040205;RO=42;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507938;STB=0.861051;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.028498;OID=.;OPOS=38726046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:1:6:18:24:1:6:18:24 chr7 38780883 . C T 1524.92 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0052559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.115;QD=57.5442;RBI=0.00626141;REFB=-0.0582664;REVB=0.00340306;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978349;STB=0.50073;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000215801;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:56:48:1:0:56:48:1:1 chr7 38780924 . T C 2030.04 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.127;QD=61.5165;RBI=0.0220157;REFB=-0.134115;REVB=0.0118774;RO=1;SAF=60;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664741;STB=0.503496;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=4.61291e-05;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:71:60:0:1:71:60:0:1 chr7 38796570 . G A 121.62 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0767594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.156;QD=7.72198;RBI=0.0769987;REFB=-0.00737148;REVB=-0.00606674;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703311;STB=0.532339;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0299238;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:10:8:17:27:10:8:18:27 chr7 39472708 . A G 303.68 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00407768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.98;QD=22.0858;RBI=0.00954989;REFB=-0.0189622;REVB=-0.00863556;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400491;STB=0.552598;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.012978;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:21:24:30:31:0.563636:13:17:13:8:14:17:16:8 chr7 39472846 . G A 221.64 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0974358;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4376;QD=18.0926;RBI=0.103861;REFB=-0.00276885;REVB=-0.0359639;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511535;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00342735;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:22:23:0.469388:11:11:13:13:11:12:13:13 chr7 39606107 . G A 213.54 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00366361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9288;QD=14.7271;RBI=0.0501083;REFB=-0.0377051;REVB=0.0499742;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785118;STB=0.544519;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0610433;OID=.;OPOS=39606107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:12:21:14:11:12:21 chr7 39610177 . A G 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.033422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1261;QD=18.3348;RBI=0.0337385;REFB=0.0056879;REVB=0.00461072;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742313;STB=0.541378;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00524487;OID=.;OPOS=39610177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:22:15:17:18:22:15 chr7 40127767 . G A 461.6 PASS AF=0.619718;AO=38;DP=65;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0166668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.872;QD=26.0055;RBI=0.0184697;REFB=-0.031223;REVB=0.00795908;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674851;STB=0.528165;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0147953;OID=.;OPOS=40127767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:27:27:38:44:0.619718:23:15:13:14:26:18:13:14 chr7 40314243 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.378;QD=58.587;RBI=0.0184898;REFB=0;REVB=0.0117561;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68899e-05;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr7 40899967 . G C 406.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.644;QD=56.0631;RBI=0.055891;REFB=0;REVB=-0.00179804;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54772e-05;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:8:19:0:0:9:20:0:0 chr7 42088222 . T C,G 769.12 PASS AF=0.872727,0.127273;AO=48,7;DP=55;FAO=48,7;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20,7;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179278,0.011292;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.349,171.369;QD=55.9357;RBI=0.056893,0.0113544;REFB=0,0;REVB=0.0539945,-0.00118859;RO=0;SAF=20,7;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0168311,0.0160475;OID=.,.;OPOS=42088222,42088222;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:55:55:0:0:48,7:48,7:0.872727,0.127273:28,0:20,7:0:0:28,0:20,7:0:0 chr7 42950640 . C T 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0306714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.286;QD=55.6042;RBI=0.0308768;REFB=0.13325;REVB=-0.00355544;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00125362;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr7 42970733 . C T 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7132;QD=62.6553;RBI=0.0578946;REFB=0;REVB=0.0128464;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000589385;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr7 42976789 . A G 1463.51 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.763;QD=62.9467;RBI=0.0495051;REFB=0;REVB=0.0485723;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019612;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:54:38:0:0:55:38:0:0 chr7 42977091 . G A 564.6 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1399;QD=59.4313;RBI=0.0365206;REFB=0;REVB=0.0226407;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048235;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr7 43484310 . T C 260.26 PASS AF=0.447761;AO=28;DP=65;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0026788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.893;QD=15.5378;RBI=0.0297741;REFB=-0.016841;REVB=-0.0296534;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121208;STB=0.559282;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0187512;OID=.;OPOS=43484310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:35:37:28:30:0.447761:11:17:17:18:13:17:17:20 chr7 43506059 . A G 238.65 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0376995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5195;QD=12.2387;RBI=0.0406352;REFB=-0.00866554;REVB=0.0151646;RO=48;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25982;STB=0.655065;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0255115;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:10:19:20:28:10:19:20:29 chr7 43506158 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0193886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.274;QD=15.2374;RBI=0.0300011;REFB=-0.0129979;REVB=0.0228943;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630661;STB=0.535689;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.014945;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:17:19:13:15:17:19 chr7 43635671 . A C 416.54 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0143181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.91;QD=25.2451;RBI=0.0154699;REFB=-0.0198961;REVB=0.00585738;RO=26;SAF=20;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138633;STB=0.575721;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0148515;OID=.;OPOS=43635671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:20:20:8:18:20:20:8:18 chr7 43664280 . A G 1272.01 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234679;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.189;QD=60.5718;RBI=0.0254;REFB=-0.0623063;REVB=0.009717;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.3161e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:83:83:0.988095:42:41:0:0:42:41:0:1 chr7 43664625 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.422;QD=61.3356;RBI=0.0416076;REFB=0;REVB=0.0110304;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133773;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr7 43664785 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.393;QD=62.3492;RBI=0.0336506;REFB=0;REVB=0.00491439;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121892;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr7 43810764 . G A 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.476;QD=62.906;RBI=0.0272273;REFB=0;REVB=0.0194639;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71804e-07;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr7 43846603 . A G 1273.47 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.487;QD=61.3719;RBI=0.00969762;REFB=0;REVB=-0.00566195;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75612e-05;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:37:44:0:0:38:45:0:0 chr7 43916128 . C CCT 855.88 PASS AF=1;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213567;FXX=0.0483793;HRUN=3;LEN=2;MLLD=312.564;QD=58.0258;RBI=0.0294705;REFB=0;REVB=-0.0203076;RO=4;SAF=34;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205845;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.33721e-05;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:64:59:59:0:35:24:0:0:5:4:34:24:3:1 chr7 43916138 . C G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.581;QD=57.2341;RBI=0.0449428;REFB=0.0123676;REVB=0.000807923;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119621;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-8.42228e-05;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:27:39:1:0:27:39:1:0 chr7 43916727 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.552;QD=51.9163;RBI=0.025466;REFB=0;REVB=-0.0150634;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03519e-05;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr7 43917013 . G A 1548.38 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.267;QD=57.8834;RBI=0.0402433;REFB=-0.0906389;REVB=0.0207531;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000849547;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:107:0:1:104:106:0.990654:53:51:0:0:53:53:0:1 chr7 43917274 . A G 414.46 PASS AF=1;AO=20;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307379;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.613;QD=57.1675;RBI=0.0319728;REFB=0;REVB=-0.0088;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036554;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:20:29:1:11:9:0:0:19:10:0:0 chr7 43982482 . A C 1338.72 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.585;QD=62.2659;RBI=0.0397711;REFB=0;REVB=0.0385782;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58851e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:82:86:1:55:27:0:0:58:28:0:0 chr7 44027348 . A G 1176.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433104;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.699;QD=61.141;RBI=0.0690838;REFB=0;REVB=-0.0538217;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029507;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr7 44097464 . T G,TG 32.66 PASS AF=0,0.212121;AO=2,6;DP=34;FAO=0,7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0105211,-0.102404;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=273.203,16.7865;QD=3.95906;RBI=0.012392,0.117119;REFB=0.00228842,-0.0667309;REVB=-0.00654726,0.0568348;RO=25;SAF=0,4;SAR=2,2;SRF=19;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.627714,-0.134621;STB=0.5,0.851125;STBP=1,0.112;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.196392;OID=.,.;OPOS=44097464,44097465;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:34:33:25:26:2,6:0,7:0,0.212121:2,2:0,4:19:6:0,5:0,2:21:5 chr7 44099664 . T C 1022.84 PASS AF=0.52973;AO=96;DP=184;FAO=98;FDP=185;FR=.;FRO=87;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0242009;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7237;QD=22.1155;RBI=0.0740317;REFB=-0.0126809;REVB=0.0699643;RO=85;SAF=57;SAR=39;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107081;STB=0.552401;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00985152;OID=.;OPOS=44099664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:85:87:96:98:0.52973:39:57:40:45:41:57:41:46 chr7 44104788 . A C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0504021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.398;QD=15.9138;RBI=0.0605166;REFB=-0.0253545;REVB=-0.0334945;RO=36;SAF=6;SAR=24;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343146;STB=0.690507;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0240827;OID=.;OPOS=44104788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:24:6:18:18:24:6:18:19 chr7 44112694 . C T 380.02 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0526726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6961;QD=19.4884;RBI=0.0548575;REFB=-0.0148392;REVB=-0.015328;RO=39;SAF=25;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969967;STB=0.553988;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0218396;OID=.;OPOS=44112694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:14:25:21:18:14:25:21:18 chr7 44112873 . G T 120.94 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00982276;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.0267;QD=14.2278;RBI=0.0667443;REFB=0.00110053;REVB=0.0660176;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253154;STB=0.636159;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00412555;OID=.;OPOS=44112873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:10:4:10:9:10:4:10:10 chr7 44121936 . C A 324.75 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.073884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2128;QD=17.0922;RBI=0.111684;REFB=-0.0065197;REVB=-0.0837529;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126066;STB=0.578007;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0106612;OID=.;OPOS=44121936;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:13:22:20:20:13:22:20:21 chr7 44180079 . A AG 387.99 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110485;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4726;QD=43.1101;RBI=0.110775;REFB=0;REVB=-0.00801522;RO=7;SAF=7;SAR=24;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028662;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00393912;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:41:36:36:0:8:28:0:0:7:7:7:24:2:5 chr7 44258963 . TG GT,TT 300.36 PASS AF=0,0.564516;AO=2,13;DP=42;FAO=0,35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=0,30;FSAR=0,5;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=-0.0258229,0.0182627;FXX=0;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=24.3736,161.337;QD=19.3777;RBI=0.25927,0.0540203;REFB=-0.0438839,-0.0103697;REVB=0.257981,0.0508396;RO=24;SAF=1,11;SAR=1,2;SRF=21;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.458837,-0.0641212;STB=0.5,0.529396;STBP=1,0.733;TYPE=mnp,snp;VARB=0.583609,0.0513961;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:62:24:27:2,13:0,35:0,0.564516:1,2:1,11:21:3:0,5:0,30:24:3 chr7 44259706 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00383431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.495;QD=21.0155;RBI=0.00547283;REFB=-0.0309984;REVB=-0.00390512;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1969;STB=0.612095;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0243943;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:6:7:12:4:6:7 chr7 44259871 . C T 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0116093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.17;QD=24.5875;RBI=0.0141336;REFB=-0.0101976;REVB=-0.0080612;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219275;STB=0.502957;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00644467;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:15:17:10:10:15:17:11:10 chr7 44270666 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.014309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.006;QD=3.64929;RBI=0.0174629;REFB=-0.00228762;REVB=0.0100103;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10807;STB=0.57666;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0155412;OID=.;OPOS=44270666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:13:18:4:2:13:18 chr7 44282868 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.808;QD=58.2386;RBI=0.0481949;REFB=0;REVB=0.0296749;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299263;OID=.;OPOS=44282868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr7 44284564 . A G 1862.66 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073499;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.303;QD=61.5755;RBI=0.00962324;REFB=0;REVB=0.00621174;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53878e-06;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:71:50:0:0:71:50:0:0 chr7 44442296 . A C 177.33 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00865476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.22;QD=21.4939;RBI=0.0196639;REFB=-0.0267232;REVB=0.0176568;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364952;STB=0.520525;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0181458;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:6:9:10:8:6:9 chr7 44579180 . G C 249.08 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00420166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8231;QD=18.4504;RBI=0.108863;REFB=-1.24814e-06;REVB=0.108782;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106787;STB=0.559954;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00148325;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:15:12:9:18:15:12 chr7 44606098 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.065;QD=33.4285;RBI=0.0351644;REFB=0;REVB=-0.0183469;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246942;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 44608718 . C T 181.26 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0466051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1861;QD=32.9571;RBI=0.0929487;REFB=0.0242593;REVB=0.0804203;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500611;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00240986;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:10:7:2:3:10:7:2:3 chr7 44612229 . G A 382.59 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.011686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.507;QD=23.912;RBI=0.0116879;REFB=-0.0258547;REVB=-0.000210546;RO=25;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123069;STB=0.578085;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.016953;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:25:26:37:38:0.59375:19:18:8:17:19:19:8:18 chr7 44620836 . C A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.046049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.135;QD=43.0161;RBI=0.0471276;REFB=-0.098036;REVB=0.0100246;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00204493;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:0:1:12:4:0:1 chr7 44747499 . G A 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9612;QD=53.2687;RBI=0.0832301;REFB=0;REVB=-0.0116984;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017023;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr7 44748451 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.562;QD=47.8208;RBI=0.0113455;REFB=0;REVB=0.00588196;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162311;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr7 44836314 . A G 923.23 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451846;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1876;QD=58.618;RBI=0.00451851;REFB=0;REVB=-1.99429e-05;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12768e-05;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr7 44924316 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00999244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.348;QD=12.3961;RBI=0.0123967;REFB=-0.0143636;REVB=0.00733689;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00368743;OID=.;OPOS=44924316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:4:1:4:1:4:1 chr7 45004063 . T C 1026.3 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.893;QD=59.4959;RBI=0.0138125;REFB=0;REVB=0.0122748;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33269e-06;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:33:36:0:0 chr7 45009325 . G A 180.13 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0129407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.23;QD=16.3753;RBI=0.055094;REFB=-0.00765475;REVB=0.0535526;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986702;STB=0.556567;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0108898;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:12:13:8:11:12:13 chr7 45009341 . A G 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.139;QD=56.9516;RBI=0.04473;REFB=0;REVB=-0.0297496;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000660662;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr7 45009723 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0131615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.009;QD=12.0156;RBI=0.0316135;REFB=0.00852429;REVB=0.0287435;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513504;STB=0.761136;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0130763;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:6:0:4:2:6:1 chr7 45120725 . G A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00256107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.936;QD=3.07326;RBI=0.0251049;REFB=-0.00997663;REVB=-0.0249739;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09066;STB=0.566439;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0406437;OID=.;OPOS=45120725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:15:22:4:2:15:22 chr7 45122464 . A C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00385202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.176;QD=14.7985;RBI=0.02143;REFB=-0.0212515;REVB=-0.021081;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0321086;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:7:6:6:5:7:6 chr7 45124008 . T C 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00944459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.663;QD=24.1255;RBI=0.0443373;REFB=0.00232388;REVB=0.0433197;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757294;STB=0.542324;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000105634;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:4:7:9:8:4:7 chr7 45225763 . G A 220.36 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0196092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9269;QD=14.45;RBI=0.0315901;REFB=0.00399527;REVB=-0.0247672;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539552;STB=0.530616;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00548638;OID=.;OPOS=45225763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:13:22:15:11:13:22 chr7 45753324 . G A 1643.25 PASS AF=1;AO=107;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120234;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6152;QD=59.7545;RBI=0.0558506;REFB=0;REVB=0.0558377;RO=0;SAF=67;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134936;OID=.;OPOS=45753324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:107:110:1:40:67:0:0:43:67:0:0 chr7 45762696 . G A 187.21 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0791812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3184;QD=20.2386;RBI=0.0792406;REFB=-0.0041955;REVB=-0.00306764;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400472;STB=0.508466;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00191113;OID=.;OPOS=45762696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:18:19:19:0.513514:15:4:3:9:15:4:4:14 chr7 45765234 . G T 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0767025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9478;QD=22.7188;RBI=0.0797484;REFB=-0.0244488;REVB=0.0218298;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.616263;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0108679;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:5:4:10:4:5:4 chr7 45776474 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0797579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.24;QD=7.27133;RBI=0.0996271;REFB=0.0044662;REVB=-0.0597011;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405392;STB=0.756169;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0278897;OID=.;OPOS=45776474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:14:11:7:2:14:11 chr7 45932669 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00080151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0791;QD=20.6014;RBI=0.0158351;REFB=-0.0322568;REVB=-0.0158148;RO=18;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240382;STB=0.661291;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0187451;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:17:3:6:12:17:3:7:12 chr7 45956969 . T G 602.4 PASS AF=0.597938;AO=53;DP=98;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0170349;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.909;QD=24.8413;RBI=0.0195931;REFB=-0.0223873;REVB=-0.00967994;RO=42;SAF=31;SAR=22;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892938;STB=0.531024;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.015121;OID=.;OPOS=45956969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:42:39:53:58:0.597938:22:31:29:13:22:36:27:12 chr7 46732428 . A G 1131.65 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00513602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.207;QD=58.7872;RBI=0.00835989;REFB=-0.042188;REVB=0.00659614;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.50704;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000146003;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:35:40:0:0:35:41:0:1 chr7 47323456 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00215811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.654;QD=15.6509;RBI=0.00234135;REFB=0.00474755;REVB=0.000907998;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117353;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00649661;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:13:8:8:8:13:8 chr7 47342645 . G A 582.85 PASS AF=0.568421;AO=50;DP=92;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.0045231;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.459;QD=24.5412;RBI=0.0143344;REFB=-0.0313595;REVB=0.0136021;RO=41;SAF=30;SAR=20;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183264;STB=0.591518;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0206407;OID=.;OPOS=47342645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:41:41:50:54:0.568421:20:30:33:8:21:33:33:8 chr7 47408029 . A G 1391.28 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380666;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.294;QD=62.5292;RBI=0.0445505;REFB=0;REVB=-0.0231449;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:47:41:0:0:47:42:0:0 chr7 47408552 . TG T 160.95 PASS AF=0.944444;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.279785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9723;QD=35.7674;RBI=0.287744;REFB=0.149856;REVB=0.0672093;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161829;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.00716725;OID=.;OPOS=47408553;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:14:18:17:18:1:8:9:0:1:6:4:5:9:3:1 chr7 47408974 . T A 703.76 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.909;QD=61.1968;RBI=0.0522605;REFB=0;REVB=0.0141925;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606712;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr7 47454719 . C CG 43.49 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0378241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.1613;QD=5.43632;RBI=0.159068;REFB=-0.0401478;REVB=-0.154505;RO=22;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451524;STB=0.67653;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.0578616;OID=.;OPOS=47454720;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:9:32:10:32:22:8:2:13:9:43:22:8:1:13:9 chr7 47481602 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00299925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.902;QD=19.1085;RBI=0.0451709;REFB=-0.0141511;REVB=-0.0450712;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00941919;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:2:4:4:5:2:4 chr7 47698685 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0289517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.179;QD=19.762;RBI=0.0297272;REFB=-0.00583957;REVB=-0.00674605;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160681;STB=0.500907;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00738143;OID=.;OPOS=47698685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:12:13:12:11:12:13 chr7 47872845 . A G 765.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5076;QD=63.8236;RBI=0.0439313;REFB=0;REVB=0.00509768;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302001;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr7 47913579 . T C 301.98 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00515636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.699;QD=19.4824;RBI=0.0119464;REFB=-0.0150747;REVB=-0.0107763;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0018185;STB=0.501012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015803;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:14:16:17:15:14:16 chr7 47921682 . A T 338.37 PASS AF=0.507042;AO=27;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0249372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.705;QD=19.0629;RBI=0.0338632;REFB=-0.019629;REVB=0.0229096;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160362;STB=0.535308;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.032377;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:27:36:0.507042:15:12:15:20:23:13:15:20 chr7 47925331 . C G 209.62 PASS AF=0.4;AO=24;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0124374;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.305;QD=12.9;RBI=0.0160204;REFB=-0.032107;REVB=-0.0100978;RO=40;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161155;STB=0.54764;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0476006;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:39:24:26:0.4:8:16:21:19:10:16:21:18 chr7 47968927 . C A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00240342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.8;QD=6.54486;RBI=0.00715158;REFB=-0.000917797;REVB=-0.00673563;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148472;STB=0.594997;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00290098;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:12:12:5:3:12:12 chr7 47971575 . A G 447.97 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0139314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.57;QD=23.8919;RBI=0.0365986;REFB=-0.0146683;REVB=-0.0338433;RO=32;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141744;STB=0.577742;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00765462;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:19:24:12:20:19:24:12:20 chr7 47983031 . A T 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0708918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7754;QD=15.2371;RBI=0.0720111;REFB=-0.00763837;REVB=-0.0126473;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212457;STB=0.628286;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0105685;OID=.;OPOS=47983031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:36:28:28:0.4375:18:10:19:14:18:10:21:15 chr7 48004962 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.618;QD=50.4119;RBI=0.0254682;REFB=0;REVB=0.0189639;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14141e-05;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 48086077 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00860126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.05;QD=15.2296;RBI=0.00945644;REFB=-0.00801209;REVB=0.0039297;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190523;STB=0.609642;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00998549;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:11:17:8:11:11:17 chr7 48086161 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0235874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.082;QD=14.1384;RBI=0.0340944;REFB=-0.00369773;REVB=0.0246183;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203328;STB=0.617488;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.011421;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:6:14:7:7:6:14 chr7 48089542 . T C 344.98 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.0112523;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0343;QD=20.2929;RBI=0.0114924;REFB=-0.0325197;REVB=0.00233672;RO=31;SAF=7;SAR=20;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497487;STB=0.680002;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0285593;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:32:27:36:0.529412:20:7:25:6:21:15:26:6 chr7 48089571 . C A 237.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0018655;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=179.659;QD=18.6426;RBI=0.0111589;REFB=-0.00966971;REVB=0.0110019;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191936;STB=0.607394;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00521184;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:18:8:13:12:18:8 chr7 48092486 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00692824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.046;QD=9.4448;RBI=0.0117227;REFB=-0.0121282;REVB=-0.00945627;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195996;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0385605;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:3:7:5:1:3:7 chr7 48287840 . G A 192.42 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0128686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.355;QD=16.0348;RBI=0.0192712;REFB=-0.0136284;REVB=-0.0143449;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292833;STB=0.665075;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0127046;OID=.;OPOS=48287840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:9:11:23:5:9:11:23:5 chr7 48311485 . A C 1655.85 PASS AF=0.486804;AO=166;DP=341;FAO=166;FDP=341;FR=.;FRO=175;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=103;FSRR=72;FWDB=0.00100618;FXX=0.00292389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7337;QD=19.4235;RBI=0.006823;REFB=-0.00233679;REVB=0.0067484;RO=175;SAF=91;SAR=75;SRF=103;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038262;STB=0.520999;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00212737;OID=.;OPOS=48311485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:175:175:166:166:0.486804:75:91:103:72:75:91:103:72 chr7 48311563 . T G 1314.96 PASS AF=0.51004;AO=124;DP=247;FAO=127;FDP=249;FR=.;FRO=122;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=0.0223168;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.553;QD=21.1238;RBI=0.037441;REFB=-0.0335415;REVB=0.030063;RO=121;SAF=48;SAR=76;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705446;STB=0.537122;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.031092;OID=.;OPOS=48311563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:249:121:122:124:127:0.51004:76:48:56:65:77:50:57:65 chr7 48312674 . G A 342.69 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0116689;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.629;QD=18.277;RBI=0.0117606;REFB=0.000516064;REVB=-0.0014655;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134965;STB=0.507791;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.000249251;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:19:17:18:20:19:17:19:20 chr7 48313757 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0185382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.499;QD=11.6345;RBI=0.0244281;REFB=-0.0215613;REVB=0.015908;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0191594;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:9:7:6:4:9:7 chr7 48313881 . T C 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0228564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.259;QD=12.9734;RBI=0.0287872;REFB=-0.0145061;REVB=0.0175011;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321757;STB=0.732835;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0332058;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:11:1:4:13:11:1:5:13 chr7 48313949 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0137871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.76;QD=14.3343;RBI=0.0149793;REFB=-0.00620753;REVB=0.00585625;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.617362;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0224012;OID=.;OPOS=48313949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:4:6:7:2:4:6 chr7 48314279 . G A 246.28 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00616409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7568;QD=17.9111;RBI=0.0263441;REFB=-0.0227889;REVB=0.0256128;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168123;STB=0.509427;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0148725;OID=.;OPOS=48314279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:14:14:14:13:14:14 chr7 48315796 . C A 606.97 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.5;QD=57.8065;RBI=0.0501466;REFB=-0.120759;REVB=0.0348081;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00239719;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:15:24:1:0:16:25:1:0 chr7 48317708 . A C 586.61 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00155933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.487;QD=23.4646;RBI=0.00244038;REFB=-0.0130026;REVB=-0.00187721;RO=46;SAF=42;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239813;STB=0.632823;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0117587;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:12:42:25:21:12:42:25:21 chr7 48318811 . C T 316.14 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158482;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.662;QD=54.9812;RBI=0.0174605;REFB=0;REVB=-0.00732839;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072637;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr7 48336844 . C T 1088.38 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3755;QD=59.637;RBI=0.0596307;REFB=0;REVB=0.0109727;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115003;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr7 48443570 . G A 221.75 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.014107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.315;QD=18.4789;RBI=0.0149765;REFB=0.00352971;REVB=-0.00502888;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164312;STB=0.593796;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00189588;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:16:6:11:15:16:6:11:15 chr7 48450157 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.13;QD=61.5363;RBI=0.0317123;REFB=0;REVB=0.0147299;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30127e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr7 48545976 . A G 967.4 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.083;QD=58.6302;RBI=0.0618205;REFB=0;REVB=0.0617337;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027954;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chr7 48964322 . G T 440.6 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0120521;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.305;QD=23.1895;RBI=0.0187361;REFB=-0.01961;REVB=-0.0143453;RO=33;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342709;STB=0.529252;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.012228;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:24:19:16:17:25:18:16:17 chr7 48964751 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0111115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.106;QD=19.3433;RBI=0.0249168;REFB=-0.0100129;REVB=-0.0223021;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152434;STB=0.585896;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0074636;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:5:13:10:8:5:13 chr7 48965000 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0145354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.482;QD=22.5829;RBI=0.0145496;REFB=-0.00775703;REVB=-0.000643314;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141922;STB=0.579597;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00949323;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:13:11:8:18:13:11 chr7 50143938 . C T 601.11 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0326708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9566;QD=18.3545;RBI=0.0383206;REFB=-0.00601834;REVB=0.0200272;RO=68;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443651;STB=0.528446;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00559649;OID=.;OPOS=50143938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:69:62:62:0.473282:29:33:33:35:29:33:33:36 chr7 50180972 . C T 868.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247194;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.763;QD=56.0563;RBI=0.0255943;REFB=0;REVB=0.00663472;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301943;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:62:0:0:56:62:1:31:25:0:0:32:30:0:0 chr7 50435777 . T G 402.13 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00328111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.813;QD=14.8936;RBI=0.0110131;REFB=-0.0093775;REVB=0.010513;RO=62;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573776;STB=0.503224;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0136376;OID=.;OPOS=50435777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:24:22:30:32:24:22:30:32 chr7 50436033 . A G 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00884523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.949;QD=14.119;RBI=0.00892262;REFB=0.000316206;REVB=-0.00117263;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262053;STB=0.647754;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00107679;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:13:14:10:28:13:14:10:28 chr7 50611735 . T C 1483.85 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9508;QD=58.7663;RBI=0.0287746;REFB=-0.0829052;REVB=-0.0260672;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362269;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:101:0:0:100:101:1:44:56:0:0:44:57:0:0 chr7 50660438 . T C 1438.47 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00945995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.27;QD=61.8699;RBI=0.028882;REFB=-0.112559;REVB=0.0272888;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106524;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000269247;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:0:1:44:48:0:1 chr7 50673029 . T C 750.61 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551436;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.995;QD=63.8817;RBI=0.0583563;REFB=0;REVB=0.0190955;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91648e-05;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr7 50742180 . C G,T 1236.63 PASS AF=0.0365854,0.963415;AO=3,77;DP=81;FAO=3,79;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=2,46;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000670423,0.0062521;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.065,278.936;QD=60.3234;RBI=0.00971571,0.0270067;REFB=0,0;REVB=0.00969256,0.0262731;RO=1;SAF=2,46;SAR=1,31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0150214;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0561121,-0.00170537;OID=.,.;OPOS=50742180,50742180;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:81:82:1:0:3,77:3,79:0.0365854,0.963415:1,31:2,46:0:1:1,33:2,46:0:0 chr7 51096884 . T C 111.84 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00430057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5752;QD=4.06687;RBI=0.0368845;REFB=0.0062571;REVB=0.0366329;RO=90;SAF=9;SAR=11;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105389;STB=0.567867;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0287862;OID=.;OPOS=51096884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:90:90:20:20:0.181818:11:9:48:42:11:9:48:42 chr7 51097063 . T G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.769;QD=60.03;RBI=0.033282;REFB=0;REVB=0.00696329;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96993e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 1357.63 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=77,4;DP=88;FAO=86,2;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46,1;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144426,0.0122694;FXX=0.0112347;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=247.977,116.401;QD=61.7104;RBI=0.021666,0.0198852;REFB=0,0;REVB=0.0161502,-0.0156487;RO=0;SAF=39,2;SAR=38,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.5078e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.43194e-06,-0.0368771;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.977273,0.0227273:77,4:88:86,2:88:0:46,1:40,1:0:0:5:0:39,2:38,2:0:0 chr7 51287470 . A G 357.13 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0279066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4735;QD=26.9534;RBI=0.0610566;REFB=0.00260267;REVB=-0.0543059;RO=19;SAF=21;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131571;STB=0.572034;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00293312;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:13:21:8:11:13:21:8:11 chr7 53103371 . G T 592.4 PASS AF=0.693333;AO=51;DP=76;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0976678;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.075;QD=31.5945;RBI=0.128088;REFB=-0.0487549;REVB=0.0828711;RO=23;SAF=37;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136644;STB=0.566856;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0253348;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:23:23:51:52:0.693333:14:37:12:11:15:37:12:11 chr7 53103382 . G T 626.49 PASS AF=0.675;AO=54;DP=80;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0316101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.171;QD=31.3243;RBI=0.0410337;REFB=-0.0364612;REVB=0.0261641;RO=26;SAF=37;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122257;STB=0.566301;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0153801;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:26:54:54:0.675:17:37:13:13:17:37:13:13 chr7 53103425 . C A 516.07 PASS AF=0.425373;AO=53;DP=127;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0150017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4021;QD=15.4051;RBI=0.0619378;REFB=-0.00626873;REVB=0.0600936;RO=74;SAF=34;SAR=19;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371485;STB=0.508319;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00848178;OID=.;OPOS=53103425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:134:74:77:53:57:0.425373:19:34:45:29:23:34:47:30 chr7 53103673 . C A 308.59 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00533434;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.884;QD=20.9213;RBI=0.00552537;REFB=-0.00534746;REVB=-0.00144029;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120777;STB=0.566699;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00376283;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:14:18:19:8:14:18:19:8 chr7 53103794 . C T 396.77 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0288973;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.61;QD=18.2424;RBI=0.029102;REFB=-0.0332058;REVB=0.00344539;RO=37;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139836;STB=0.565872;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0241962;OID=.;OPOS=53103794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:45:39:40:0.45977:21:18:23:14:21:19:27:18 chr7 53104078 . G A 340.14 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.00738432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.28;QD=17.902;RBI=0.0112804;REFB=-0.0167997;REVB=-0.00852759;RO=39;SAF=9;SAR=27;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167153;STB=0.596107;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0190606;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:27:9:5:34:27:9:5:35 chr7 53433863 . G A 148.42 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0189437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.943;QD=10.7942;RBI=0.0201002;REFB=-0.00861462;REVB=0.00671979;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127348;STB=0.552068;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0169308;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:36:18:19:0.345455:11:7:18:18:11:8:18:18 chr7 54614698 . C CG 47.25 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.152115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.8159;QD=4.39498;RBI=0.194933;REFB=-0.101725;REVB=-0.121901;RO=32;SAF=1;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609053;STB=0.652296;STBP=0.173;TYPE=ins;VARB=0.115214;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:15:49:16:43:27:3:13:10:17:47:32:1:14:15:17 chr7 55229255 . G A 1318.54 PASS AF=0.988889;AO=85;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156506;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0869;QD=58.6019;RBI=0.0359366;REFB=-0.0121808;REVB=0.0323496;RO=2;SAF=41;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225456;STB=0.505493;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00505623;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:90:2:1:85:89:0.988889:44:41:2:0:44:45:1:0 chr7 55238874 . T A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0312326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.341;QD=14.0471;RBI=0.0323712;REFB=0.0119436;REVB=0.00850983;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.01128;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:8:10:15:12:8:10:15:14 chr7 55266417 . T C 1043.7 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.768;QD=59.6399;RBI=0.0314409;REFB=0;REVB=0.0312863;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41339e-05;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr7 55459563 . A G 129.25 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0322191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.741;QD=21.5411;RBI=0.0475417;REFB=-0.000417846;REVB=0.0349591;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142469;STB=0.603508;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=9.93733e-05;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:9:10:14:14:0.583333:9:5:5:4:9:5:6:4 chr7 55499058 . A G 752.75 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501127;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.772;QD=64.0641;RBI=0.032566;REFB=0;REVB=0.0321781;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96064e-05;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr7 55540707 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00351553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8373;QD=10.8849;RBI=0.0204611;REFB=-0.032106;REVB=0.0201568;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289686;STB=0.67699;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0217332;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:8:7:2:7:8:7 chr7 55750390 . A G 345.15 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0173384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.959;QD=14.2329;RBI=0.030519;REFB=-0.0108539;REVB=-0.0251155;RO=59;SAF=19;SAR=19;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453349;STB=0.52576;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0117568;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:19:19:32:27:19:19:32:27 chr7 56007576 . C T 54.66 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0243135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6851;QD=12.1464;RBI=0.0348703;REFB=-0.0398985;REVB=-0.0249958;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0451933;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:18:10:10:7:8:0.444444:3:4:4:6:4:4:4:6 chr7 56047572 . C T 137.04 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0879337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.46;QD=18.2719;RBI=0.10347;REFB=0.0273658;REVB=-0.0545318;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180419;STB=0.614052;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.024559;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:4:10:8:7:4:11:8:7 chr7 56088780 . G A 62.53 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00226454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.153;QD=3.20648;RBI=0.0381875;REFB=-0.00544185;REVB=-0.0381203;RO=66;SAF=4;SAR=8;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329781;STB=0.720964;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0350467;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:8:4:40:26:8:4:40:26 chr7 56088786 . A T 62.93 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0148048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.848;QD=3.26931;RBI=0.0215664;REFB=-0.0031327;REVB=0.015682;RO=65;SAF=4;SAR=8;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34032;STB=0.726919;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.030847;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:8:4:40:25:8:4:40:25 chr7 56088789 . G A 63.39 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.00992462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.906;QD=3.33654;RBI=0.0127052;REFB=0.00128769;REVB=0.00793241;RO=63;SAF=4;SAR=8;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327016;STB=0.72234;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0212455;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:63:64:12:12:0.157895:8:4:38:25:8:4:39:25 chr7 56088811 . T C 84.96 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00286741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2383;QD=4.41368;RBI=0.0324327;REFB=-0.000730385;REVB=0.0323057;RO=61;SAF=5;SAR=10;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351393;STB=0.716392;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00321657;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:77:77:61:62:15:15:0.194805:10:5:38:23:10:5:38:24 chr7 56088825 . T A 96.76 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0118772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.586;QD=4.96182;RBI=0.0463362;REFB=-0.00169061;REVB=0.0447881;RO=62;SAF=5;SAR=11;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365203;STB=0.729664;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00742303;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:11:5:38:24:11:5:38:24 chr7 56088902 . C T 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0401736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.123;QD=6.30298;RBI=0.040529;REFB=-0.00761447;REVB=0.0053551;RO=41;SAF=2;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535645;STB=0.837953;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0281891;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:10:2:25:16:10:2:25:16 chr7 56088907 . GC CT 82.15 PASS AF=0.275;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0755024;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.82;QD=8.21535;RBI=0.0777551;REFB=-0.00344605;REVB=-0.0185806;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146983;STB=0.729264;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=0.0074233;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:40:22:29:11:11:0.275:9:2:6:16:9:2:13:16 chr7 56122076 . A T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00538738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.183;QD=11.634;RBI=0.0136426;REFB=-0.0032494;REVB=-0.0125338;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605166;STB=0.867601;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00539042;OID=.;OPOS=56122076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:1:9:6:10:1:9:6:10 chr7 56126360 . T C 116.19 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0108809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3022;QD=17.2131;RBI=0.0311018;REFB=-0.0743944;REVB=0.0291363;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469729;STB=0.715643;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0628407;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:11:2:8:5:11:3:8:5 chr7 56136260 . C A 1351.91 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988636;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.482;QD=62.1568;RBI=0.0500297;REFB=0;REVB=0.0490431;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15085e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:83:87:1:42:41:0:0:45:42:0:0 chr7 56174115 . A C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.543;QD=55.0969;RBI=0.0562907;REFB=0;REVB=-0.0158275;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230479;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr7 56871760 . C T 33.26 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0133146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.358;QD=3.24522;RBI=0.013341;REFB=-0.00932961;REVB=-0.000838717;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215425;STB=0.655216;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0401515;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:18:17:4:2:18:17 chr7 56872154 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.304;QD=47.8223;RBI=0.015843;REFB=0;REVB=-0.0155782;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161685;OID=.;OPOS=56872154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr7 56879527 . A G 302.18 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.000490902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.253;QD=19.4953;RBI=0.0200088;REFB=-0.0247242;REVB=0.0200028;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16209;STB=0.58958;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0212684;OID=.;OPOS=56879527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:13:19:23:7:13:19:23:7 chr7 56879552 . T C 905.42 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000995761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.583;QD=56.5884;RBI=0.0150319;REFB=-0.0422242;REVB=0.0149989;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012264;STB=0.506327;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00109085;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:24:38:1:0:24:39:1:0 chr7 57187595 . A C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0231611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.568;QD=16.8232;RBI=0.0302593;REFB=-0.0615329;REVB=0.0194728;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487487;STB=0.809829;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0189189;OID=.;OPOS=57187595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:5:7:0.583333:1:4:1:4:1:6:1:4 chr7 57238635 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1905;QD=60.2275;RBI=0.0293755;REFB=0;REVB=0.0229473;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81077e-05;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr7 57242225 . T C 980.55 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00333764;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=211.906;QD=53.729;RBI=0.0336941;REFB=-0.0835132;REVB=0.0335284;RO=3;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148417;STB=0.514894;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000244254;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:3:4:69:69:0.945205:33:36:1:2:33:36:1:3 chr7 57257162 . A C 1391.64 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0350238;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.467;QD=60.506;RBI=0.0354936;REFB=-0.0892961;REVB=-0.00575607;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.512818;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000266225;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:0:2:90:90:0.978261:38:52:0:0:38:52:0:2 chr7 57260032 . GA G 300.35 PASS AF=0.5;AO=33;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00780965;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.394;QD=18.7716;RBI=0.0191812;REFB=-0.00952343;REVB=0.0175194;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677145;STB=0.531476;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=0.00885419;OID=.;OPOS=57260033;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:33:65:32:64:32:18:14:16:16:99:32:19:14:16:16 chr7 57528996 . GT G,GC 73.87 PASS AF=0.25,0.75;AO=2,6;DP=8;FAO=2,6;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016233,0.0114612;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=272.549,286.129;QD=36.933;RBI=0.0178674,0.0273709;REFB=0,0;REVB=-0.00746562,-0.0248557;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000142157,0.000151837;OID=.,.;OPOS=57528997,57528997;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:2,6:8:2,6:8:0:0,6:2,0:0:0:10:0:0,6:2,0:0:0 chr7 57529392 . A C 167.45 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0636461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7346;QD=41.8619;RBI=0.0656381;REFB=-0.0839154;REVB=0.0160476;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100822;STB=0.555478;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.011895;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:1:0:11:4:1:0 chr7 63529956 . G A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0195609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.408;QD=14.261;RBI=0.0321968;REFB=-0.00231263;REVB=-0.0255736;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376277;STB=0.721913;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00334583;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:3:13:12:12:3:13:12:12 chr7 63537849 . G A 245.22 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00298506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.372;QD=15.5696;RBI=0.004593;REFB=0.00147581;REVB=0.00349071;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.584132;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00192133;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:17:11:19:16:17:11:19:16 chr7 63565953 . A C 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0115245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.24;QD=16.5325;RBI=0.0115611;REFB=-0.0261957;REVB=-0.00091967;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874523;STB=0.536545;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0268767;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:9:9:9:13:9:9:10:13 chr7 63566387 . A ATGT 171.21 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-3.17669e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.539;QD=11.0458;RBI=0.0179462;REFB=-0.0044166;REVB=0.0179462;RO=40;SAF=4;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490079;STB=0.797884;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0105272;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:20:62:22:62:40:4:18:25:15:99:40:4:16:25:15 chr7 63568887 . A ATAACT 160.33 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0248131;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=291.552;QD=11.66;RBI=0.0316064;REFB=-0.0278889;REVB=-0.0195775;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275532;STB=0.659421;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.0430906;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:20:55:20:55:35:8:12:23:12:99:35:8:12:23:12 chr7 63570733 . T C 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00479997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.199;QD=14.1191;RBI=0.0110292;REFB=0.000587174;REVB=0.00992991;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302594;STB=0.517229;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000786442;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:12:15:20:18:12:15:20:18 chr7 63679733 . A G 491.09 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00734422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.258;QD=22.3221;RBI=0.0316421;REFB=-0.015841;REVB=0.030778;RO=41;SAF=28;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423116;STB=0.516701;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0139772;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:41:41:46:47:0.534091:18:28:23:18:19:28:23:18 chr7 63796744 . T C 250.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.00672227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.958;QD=12.235;RBI=0.0250651;REFB=-0.00443749;REVB=0.0241468;RO=52;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257136;STB=0.646252;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0107882;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:15:15:14:38:15:15:14:38 chr7 63981563 . A G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0500489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6202;QD=17.8253;RBI=0.0595635;REFB=0.00884718;REVB=0.0322943;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424425;STB=0.75288;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00156843;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:4:7:11:1:4:7 chr7 63986829 . G C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00521305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.507;QD=19.3436;RBI=0.00570432;REFB=0.00739059;REVB=-0.00231591;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114369;STB=0.565142;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00915301;OID=.;OPOS=63986829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:11:7:5:13:11:7 chr7 64152353 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0261478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.367;QD=14.6539;RBI=0.0377038;REFB=-0.0187727;REVB=-0.0271637;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0202764;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:3:5:3:5:3:5 chr7 64169019 . G A 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.338;QD=59.0012;RBI=0.0496838;REFB=0;REVB=0.0142126;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236648;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr7 64254901 . T C 62.44 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.00636043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8117;QD=11.3532;RBI=0.0126151;REFB=-0.0112751;REVB=0.0108942;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40164;STB=0.723836;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00495866;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:13:0:1:8:13:0 chr7 64291333 . T A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00626826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.224;QD=54.6514;RBI=0.0152769;REFB=0.0110736;REVB=-0.0139317;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000223759;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:0:1:29:23:0:1 chr7 64291976 . G A 74.29 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0496451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9247;QD=16.5079;RBI=0.0924417;REFB=-0.0614492;REVB=-0.0779797;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0434131;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:6:8:9:9:0.5:5:4:3:3:5:4:4:4 chr7 64291987 . G A 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000322543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.594;QD=12.7257;RBI=0.031716;REFB=-0.0204782;REVB=-0.0317143;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0248535;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:7:5:4:5:7:5 chr7 64291991 . T A 272.51 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.239;QD=51.9059;RBI=0.00969702;REFB=0;REVB=0.00724921;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28318e-06;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:6:11:0:0:9:12:0:0 chr7 64388472 . C A 101.76 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0247907;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.223;QD=15.6556;RBI=0.0274115;REFB=-0.0144659;REVB=-0.0116967;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0116903;OID=.;OPOS=64388472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:15:14:12:12:0.461538:5:7:9:6:5:7:9:5 chr7 64389089 . A C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0318023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0287;QD=27.1544;RBI=0.0524293;REFB=-0.0176109;REVB=0.0416826;RO=6;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292681;STB=0.666388;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0107036;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:12:2:3:3:12:2:3:3 chr7 64438667 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00166208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.881;QD=8.24623;RBI=0.00166209;REFB=-0.00215818;REVB=5.78569e-06;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425239;STB=0.773293;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00318283;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:8:7:1:6:8:7 chr7 64451699 . T C 422.76 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0162627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.874;QD=14.9648;RBI=0.0227809;REFB=-0.0107333;REVB=0.0159529;RO=65;SAF=21;SAR=27;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103444;STB=0.558115;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0100546;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:27:21:35:30:27:21:35:30 chr7 64451963 . T C 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0226534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.214;QD=17.1666;RBI=0.0227679;REFB=-0.0121051;REVB=-0.00228113;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523286;STB=0.529391;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0201412;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:15:17:17:12:15:17 chr7 64452738 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0269581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.946;QD=12.0241;RBI=0.0281964;REFB=-0.0120227;REVB=-0.00826431;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287731;STB=0.672108;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0357311;OID=.;OPOS=64452738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:10:10:3:9:10:10 chr7 64452830 . C T 229.3 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00672794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.672;QD=14.1106;RBI=0.0542496;REFB=-0.0101539;REVB=-0.0538308;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896445;STB=0.550936;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0226188;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:13:14:23:15:13:14:23:15 chr7 64453136 . G A 167.55 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00512829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.888;QD=23.1107;RBI=0.00808876;REFB=-0.0196542;REVB=0.00625529;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103108;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0143327;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:5:7:12:5:5:7 chr7 64453615 . T C 207.88 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00461164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.462;QD=17.6917;RBI=0.0313726;REFB=-0.0137535;REVB=-0.0310318;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24053;STB=0.649202;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0225175;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:6:15:12:13:6:15:12:14 chr7 64453634 . G A 201.55 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0257135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.457;QD=13.8997;RBI=0.0413458;REFB=0.0289954;REVB=0.0323774;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524146;STB=0.522708;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00514837;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:9:15:19:14:9:15:20:14 chr7 64453635 . G C 316.81 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00854932;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.55;QD=22.6294;RBI=0.0128977;REFB=0.00252325;REVB=-0.00965714;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496535;STB=0.52738;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000355141;OID=.;OPOS=64453635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:24:32:32:0.571429:14:18:15:9:14:18:15:9 chr7 64483631 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0123203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.559;QD=18.7119;RBI=0.0195086;REFB=-0.00876864;REVB=0.015126;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238079;STB=0.523783;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00471117;OID=.;OPOS=64483631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:17:18:0.486486:5:12:13:6:5:13:13:6 chr7 64483656 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00562021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.049;QD=19.0582;RBI=0.0524411;REFB=-0.0118916;REVB=-0.0521391;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954929;STB=0.554396;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0124677;OID=.;OPOS=64483656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:13:7:5:14:13:7 chr7 64864894 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0289956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2985;QD=19.1797;RBI=0.0342479;REFB=-0.00196651;REVB=-0.0182256;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211474;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000388066;OID=.;OPOS=64864894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:3:8:6:7:3:8 chr7 64865254 . A G 335.41 PASS AF=0.397849;AO=35;DP=91;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.00298316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2265;QD=14.4264;RBI=0.0275467;REFB=-0.00895253;REVB=0.0273847;RO=56;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191207;STB=0.621718;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0119179;OID=.;OPOS=64865254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:56:56:35:37:0.397849:19:16:16:40:19:18:16:40 chr7 65157747 . C A 182.06 PASS AF=0.223077;AO=29;DP=130;FAO=29;FDP=130;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=0.0304601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.647;QD=5.60177;RBI=0.040836;REFB=-0.0162624;REVB=-0.0271985;RO=100;SAF=9;SAR=20;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346803;STB=0.708931;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0552484;OID=.;OPOS=65157747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:100:101:29:29:0.223077:20:9:59:41:20:9:59:42 chr7 65279676 . A T 285.08 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.00262653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.821;QD=9.27084;RBI=0.0636334;REFB=-0.0177145;REVB=-0.0635791;RO=84;SAF=26;SAR=12;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114864;STB=0.572594;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0415125;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:84:85:38:38:0.308943:12:26:50:34:12:26:50:35 chr7 65279757 . A T 162.94 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=80;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0109121;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.36;QD=7.75921;RBI=0.013305;REFB=-0.00403979;REVB=0.00761256;RO=54;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241277;STB=0.634211;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00917476;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:54:60:17:24:0.285714:5:12:28:26:7:17:32:28 chr7 65425894 . A G 556.92 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9804;QD=60.208;RBI=0.0508581;REFB=0;REVB=-0.0496452;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380142;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr7 65429359 . G A 296.63 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0466467;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.579;QD=23.7302;RBI=0.0471117;REFB=-0.000616668;REVB=0.00660307;RO=21;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392832;STB=0.521724;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000441892;OID=.;OPOS=65429359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:29:29:0.58:11:18:12:9:11:18:12:9 chr7 65551821 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0201901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4987;QD=12.86;RBI=0.0460241;REFB=-0.00294252;REVB=0.0413592;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308464;STB=0.685728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00797154;OID=.;OPOS=65551821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:3:5:2:5:3:5 chr7 65579956 . G A 53.13 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0357547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.965;QD=7.58937;RBI=0.0362621;REFB=0.00623479;REVB=-0.00604471;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252565;STB=0.657509;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0131051;OID=.;OPOS=65579956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:8:12:3:5:8:12 chr7 65817473 . G A 174.33 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00349045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.044;QD=11.6221;RBI=0.00692107;REFB=-0.00196781;REVB=0.00597645;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319876;STB=0.504583;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00538429;OID=.;OPOS=65817473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:10:11:21:17:10:12:21:17 chr7 65842534 . T C 103.73 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.034322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.317;QD=10.6393;RBI=0.0498346;REFB=-0.0333573;REVB=-0.0361316;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160057;STB=0.627256;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.034843;OID=.;OPOS=65842534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:26:12:13:0.333333:5:7:11:14:5:8:11:15 chr7 65842543 . C CAT,T 519.08 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=31,3;DP=39;FAO=32,3;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652863,0.0410679;FXX=0.102538;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=177.344,60.5012;QD=59.3236;RBI=0.00864619,0.0423781;REFB=0,0;REVB=0.00566864,-0.0104563;RO=4;SAF=16,1;SAR=15,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00342731,-0.149914;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0125179,-0.0188412;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:39:35:4:0:31,3:32,3:0.914286,0.0857143:15,2:16,1:2:2:16,2:16,1:0:0 chr7 65842545 . T C 485.72 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0405838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8487;QD=49.8175;RBI=0.0560292;REFB=-0.0358884;REVB=-0.0386293;RO=3;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266553;STB=0.501465;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0030178;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:35:35:0.897436:18:17:2:1:18:17:2:2 chr7 65860213 . T TAGAG 569.07 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00762025;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=4;MLLD=285.051;QD=58.3666;RBI=0.0077483;REFB=-0.000978848;REVB=-0.00140279;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=ins;VARB=4.64651e-05;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359:37:41:38:39:1:14:24:0:1:5:1:14:23:0:1 chr7 65860264 . CCATAT C 65.27 PASS AF=0.366667;AO=9;DP=35;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0122822;FXX=0.189138;HRUN=2;LEN=5;MLLD=226.113;QD=8.70261;RBI=0.0132228;REFB=-0.00819346;REVB=-0.00489793;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279278;STB=0.851951;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0272186;OID=.;OPOS=65860265;OREF=CATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:9:35:11:30:19:1:10:10:9:65:23:2:7:10:13 chr7 66015630 . C G 120.2 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558704;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.769;QD=43.7071;RBI=0.0840673;REFB=0;REVB=0.0628157;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103337;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr7 66104909 . G C 244.51 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0177348;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.574;QD=15.0468;RBI=0.0181293;REFB=-0.000652124;REVB=-0.0037615;RO=38;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067496;STB=0.544009;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000817343;OID=.;OPOS=66104909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:38:37:28:28:0.430769:20:8:13:25:20:8:13:24 chr7 66105163 . C G 229.9 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0143394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.035;QD=16.4214;RBI=0.0206211;REFB=0.00172961;REVB=0.0148194;RO=30;SAF=4;SAR=22;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174917;STB=0.599914;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00284422;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:22:4:8:22:22:4:8:22 chr7 66147057 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0186024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.498;QD=16.0638;RBI=0.0209968;REFB=-0.0105818;REVB=0.0097374;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726166;STB=0.540953;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0118985;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:19:12:12:14:19:12 chr7 66147149 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00694771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.263;QD=9.44486;RBI=0.0319918;REFB=-0.0296543;REVB=0.0312283;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505451;STB=0.749062;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.046564;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:7:10:6:6:0.375:1:5:2:5:1:5:5:5 chr7 66147589 . T C 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00770395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.645;QD=18.191;RBI=0.0128539;REFB=-0.0267882;REVB=0.0102895;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120776;STB=0.567376;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0274912;OID=.;OPOS=66147589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:26:19:22:18:26:19 chr7 66463938 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00997054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4642;QD=11.9536;RBI=0.0100544;REFB=-0.0127945;REVB=-0.00129551;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344702;STB=0.71364;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0216243;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:4:7:7:1:4:7 chr7 66648157 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0360385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7039;QD=13.7269;RBI=0.0370616;REFB=0.0174259;REVB=-0.00864835;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245421;STB=0.514008;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0243911;OID=.;OPOS=66648157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:15:21:14:11:15:21 chr7 66648199 . G A 181.99 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0513391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7183;QD=13.9989;RBI=0.115493;REFB=-0.0180082;REVB=0.103455;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797329;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0293621;OID=.;OPOS=66648199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:15:16:11:10:15:16 chr7 66660242 . A G 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0250849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9673;QD=1.88966;RBI=0.0427906;REFB=-0.00222129;REVB=-0.0346668;RO=67;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121575;STB=0.592985;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0149019;OID=.;OPOS=66660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:5:3:32:35:5:3:32:35 chr7 66660247 . T C 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0107001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.28;QD=2.39299;RBI=0.0130676;REFB=-0.00182067;REVB=0.00750143;RO=69;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164479;STB=0.617857;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0101375;OID=.;OPOS=66660247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:4:6:32:37:4:6:32:37 chr7 66703328 . G A 166.47 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0104691;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2261;QD=11.4805;RBI=0.0115928;REFB=-0.00567553;REVB=0.00497904;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794425;STB=0.537278;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00519938;OID=.;OPOS=66703328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:37:21:21:0.362069:9:12:19:19:9:12:19:18 chr7 66774561 . G A 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0225007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.602;QD=15.2554;RBI=0.0390309;REFB=-0.00343034;REVB=0.0318925;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141159;STB=0.58057;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00763739;OID=.;OPOS=66774561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:7:13:23:7:7:13:23:7 chr7 66774604 . G C 266.9 PASS AF=0.54902;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00311269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.187;QD=20.9336;RBI=0.0119645;REFB=-0.0188253;REVB=0.0115525;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059747;STB=0.55748;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0155247;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:22:23:26:28:0.54902:10:16:12:10:10:18:12:11 chr7 66785634 . T A 125.39 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0177427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0506;QD=10.6715;RBI=0.0669711;REFB=-0.0406251;REVB=-0.064578;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023831;STB=0.501423;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0809762;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:15:17:8:7:15:17 chr7 68527448 . C G 209.44 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.01211;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.749;QD=11.4759;RBI=0.0283374;REFB=0.00781273;REVB=-0.0256195;RO=47;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121521;STB=0.569959;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0107026;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:47:47:26:26:0.356164:15:11:15:32:15:11:15:32 chr7 68527587 . A G 59.47 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0258956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.249;QD=15.8597;RBI=0.0590395;REFB=-0.0378019;REVB=-0.0530574;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861157;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0293292;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:6:2:1:5:6:2:2:5 chr7 68796377 . G A 655.5 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00790509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.611;QD=17.8366;RBI=0.0196579;REFB=-0.0196088;REVB=-0.0179985;RO=80;SAF=31;SAR=36;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133817;STB=0.574291;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0245525;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:80:67:67:0.455782:36:31:48:32:36:31:48:32 chr7 69900773 . ACCCCCCCTC ACCCCCCCT,ACCCCCCTC,CACCCCCCTC 42.48 PASS AF=0,0.339286,0;AO=6,9,2;DP=57;FAO=0,19,0;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=0,12,0;FSAR=0,7,0;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0500809,-0.014996,-0.0341039;FXX=0.0175408;HRUN=5,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.70397,7.81792,83.1102;QD=3.03414;RBI=0.29295,0.245326,0.0440072;REFB=0.0684939,-0.0816785,-0.00760786;REVB=-0.288638,0.244867,-0.0278129;RO=21;SAF=2,9,0;SAR=4,0,2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.424006,0.724129,-0.613472;STB=0.5,0.512182,0.5;STBP=1,0.894,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.00982995,0.130842,0;OID=.,.,.;OPOS=69900782,69900774,69900773;OREF=C,C,AC;OALT=-,-,CA;OMAPALT=ACCCCCCCT,ACCCCCCTC,CACCCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:57:56:21:37:6,9,2:0,19,0:0,0.339286,0:4,0,2:2,9,0:15:6:0,7,0:0,12,0:24:13 chr7 70257628 . TAA TA,T 217.43 PASS AF=1,0;AO=31,7;DP=53;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617975,0.0330876;FXX=0.0377287;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.82715,8.85734;QD=17.0537;RBI=0.202274,0.10335;REFB=-0.00683762,-0.0059733;REVB=0.192603,0.0979101;RO=13;SAF=12,4;SAR=19,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0420504,0.115383;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0156042,-0.0286901;OID=.,.;OPOS=70257629,70257629;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,7:53:51,0:51:0:22,0:29,0:0:0:3:13:12,4:19,3:6:7 chr7 70597522 . C A 2284.87 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109158;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0885;QD=63.4687;RBI=0.0980486;REFB=0;REVB=0.0974391;RO=0;SAF=91;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368785;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:143:144:1:52:91:0:0:53:91:0:0 chr7 70885928 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00229308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.079;QD=3.78999;RBI=0.0052924;REFB=-0.000199051;REVB=0.00476983;RO=42;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541995;STB=0.878294;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00216668;OID=.;OPOS=70885928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:42:43:8:8:0.156863:1:7:18:24:1:7:18:25 chr7 71150706 . A T 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.685;QD=56.6904;RBI=0.0617531;REFB=0;REVB=-0.0540531;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194731;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr7 71252189 . A AG 219.92 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191552;FXX=0.0768935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3391;QD=36.6534;RBI=0.215438;REFB=0;REVB=-0.098597;RO=7;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00590983;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:29:24:24:0:14:10:0:0:4:7:11:10:5:2 chr7 72093957 . A G 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502377;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.141;QD=53.964;RBI=0.0524415;REFB=0;REVB=0.0150427;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101456;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr7 72193864 . T C 740.59 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.943;QD=56.9685;RBI=0.00901783;REFB=0;REVB=-0.00515662;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00723e-05;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr7 72193867 . CG AA 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148898;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.186;QD=57.2417;RBI=0.0173896;REFB=0;REVB=0.00898295;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.49696e-05;OID=.;OPOS=72193867;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr7 72209527 . CA C 723.16 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4031;QD=46.6552;RBI=0.0694247;REFB=0;REVB=-0.0694029;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00132627;OID=.;OPOS=72209528;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:61:62:62:0:34:28:0:0:13:0:32:25:0:0 chr7 72413494 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0255324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.15;QD=6.54486;RBI=0.0256206;REFB=0.00314592;REVB=-0.00212453;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189669;STB=0.610814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0243;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:6:2:9:14:6:2:9:15 chr7 72413581 . G A 49.08 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0350728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.129;QD=4.00677;RBI=0.0381769;REFB=-0.00473284;REVB=-0.0150789;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364361;STB=0.741657;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0247378;OID=.;OPOS=72413581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:49:40:41:8:8:0.163265:6:2:22:18:6:2:22:19 chr7 72413593 . T C 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0615105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.76;QD=3.29623;RBI=0.064257;REFB=-0.00639702;REVB=-0.0185856;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51817;STB=0.861051;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0381529;OID=.;OPOS=72413593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:38:42:7:7:0.142857:6:1:22:16:6:1:24:18 chr7 72657899 . C T 289.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0439;QD=52.5859;RBI=0.0803468;REFB=0;REVB=-0.0124172;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115969;OID=.;OPOS=72657899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 72738749 . A G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0747288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8024;QD=45.1035;RBI=0.0752033;REFB=-0.0181868;REVB=-0.00843461;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00164206;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:1:0:5:13:1:0 chr7 72738762 . CA TG 225.74 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0532472;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=138.35;QD=45.1483;RBI=0.0536954;REFB=-0.037837;REVB=0.00692322;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=mnp;VARB=0.00267934;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:18:19:0.95:6:12:1:0:6:13:1:0 chr7 72891754 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.216;QD=58.5852;RBI=0.0399442;REFB=0;REVB=0.0263161;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118801;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr7 73020301 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.349;QD=61.8526;RBI=0.0101227;REFB=0;REVB=-0.00961587;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29041e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr7 73097238 . G A 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0250275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.742;QD=30.1499;RBI=0.0252639;REFB=-0.00299207;REVB=0.00344814;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109935;STB=0.56072;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00102002;OID=.;OPOS=73097238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:11:8:5:3:11:8:5:3 chr7 73097948 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000322746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2616;QD=10.1732;RBI=0.173414;REFB=0.0402762;REVB=0.173414;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.644611;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0441038;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:6:3:1:5:6:3 chr7 73108310 . T C 48.15 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0681039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6589;QD=8.37407;RBI=0.0706029;REFB=-0.054434;REVB=-0.0186179;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.529339;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.103365;OID=.;OPOS=73108310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:23:23:13:15:8:8:0.347826:3:5:8:5:3:5:10:5 chr7 73147068 . G A 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0130952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.638;QD=26.5503;RBI=0.01316;REFB=-0.0187427;REVB=-0.00130357;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477158;STB=0.502616;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0115834;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:12:20:12:7:12:20:12:7 chr7 73150458 . G T 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00267962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.267;QD=8.55718;RBI=0.0195222;REFB=-0.0042325;REVB=-0.0193374;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960787;STB=0.557344;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00844074;OID=.;OPOS=73150458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:8:13:27:23:8:13:27:23 chr7 73151644 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.049378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.802;QD=18.4435;RBI=0.050831;REFB=-0.00426422;REVB=-0.0120664;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3166;STB=0.681098;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00746493;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:2:7:4:7:2:7 chr7 73246461 . A G 755.29 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277674;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.382;QD=57.0026;RBI=0.0386128;REFB=0;REVB=0.0268313;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539331;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr7 73246496 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.098;QD=60.3764;RBI=0.0347624;REFB=0;REVB=0.0301639;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116509;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr7 73246555 . C G 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.144;QD=59.5373;RBI=0.0282415;REFB=-0.0458511;REVB=0.0174763;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000750267;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:34:44:0:0:34:44:1:0 chr7 73249165 . T A 561.09 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011887;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1588;QD=60.6578;RBI=0.0044854;REFB=0;REVB=-0.00432502;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381141;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr7 73249299 . G C 706.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.902;QD=62.8258;RBI=0.0528188;REFB=0;REVB=0.0304055;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405295;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr7 73254812 . T C,G 284.36 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=20,2;DP=22;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028538,-0.0696773;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.2197,32.4137;QD=51.7009;RBI=0.0399576,0.0708016;REFB=0,0;REVB=-0.0279677,-0.0125677;RO=0;SAF=0,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-2.78328e-05,0.107078;OID=.,.;OPOS=73254812,73254812;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:22:22:0:0:20,2:21,1:0.954545,0.0454545:20,1:0,1:0:0:20,1:1,0:0:0 chr7 73275565 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.727;QD=51.1846;RBI=0.0350736;REFB=0;REVB=0.0231801;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215334;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr7 73279482 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.907;QD=47.8223;RBI=0.0549285;REFB=0;REVB=-0.0547364;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343009;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr7 73280020 . C T 244.34 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0283714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8571;QD=21.7188;RBI=0.0929564;REFB=-0.0420068;REVB=0.0885209;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15984;STB=0.596252;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0499368;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:23:24:0.533333:11:12:7:14:11:13:7:14 chr7 73753250 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00339736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.068;QD=8.30758;RBI=0.00476217;REFB=0.00172931;REVB=0.0033371;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00743559;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:8:10:3:5:8:10 chr7 73814702 . C A 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00177762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.14;QD=19.7366;RBI=0.00238488;REFB=-0.0135097;REVB=0.00158987;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624859;STB=0.53465;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0133813;OID=.;OPOS=73814702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:23:14:17:21:23:14 chr7 73814749 . G C 1324.87 PASS AF=0.967033;AO=79;DP=82;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0997155;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3249;QD=58.236;RBI=0.10731;REFB=-0.190602;REVB=-0.039652;RO=3;SAF=48;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286692;STB=0.512818;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00884607;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:91:3:3:79:88:0.967033:31:48:3:0:31:57:3:0 chr7 75046785 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0198272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.497;QD=20.8379;RBI=0.0323513;REFB=-0.00202483;REVB=-0.0255634;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00157192;OID=.;OPOS=75046785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:3:2:5:4:3:2 chr7 75051290 . C G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0102406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.423;QD=9.84358;RBI=0.0146554;REFB=-0.0112277;REVB=-0.0104839;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164132;OID=.;OPOS=75051290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:7:3:6:13:7:3:6:14 chr7 75051311 . T C 73.11 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0408204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.564;QD=9.1386;RBI=0.0453549;REFB=-0.0131237;REVB=-0.0197676;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978809;STB=0.559884;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0310801;OID=.;OPOS=75051311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:32:19:22:10:10:0.3125:6:4:6:13:6:4:7:15 chr7 75051368 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00703586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.327;QD=7.83711;RBI=0.0232587;REFB=0.000606718;REVB=0.022169;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112483;STB=0.571216;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.000321459;OID=.;OPOS=75051368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:6:10:5:2:6:10 chr7 75051375 . T C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0862412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0086;QD=27.5919;RBI=0.0888373;REFB=0.0152761;REVB=0.0213196;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109637;STB=0.561697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00354739;OID=.;OPOS=75051375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:10:3:2:3:10:3:2:3 chr7 75068414 . G A 90.66 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.0289997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4865;QD=3.94161;RBI=0.0810123;REFB=0.00206263;REVB=-0.075644;RO=76;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450262;STB=0.529376;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0145284;OID=.;OPOS=75068414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:76:76:16:16:0.173913:10:6:26:50:10:6:26:50 chr7 75142406 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00491708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.776;QD=14.0792;RBI=0.00588316;REFB=0.00636547;REVB=0.00323016;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00858111;OID=.;OPOS=75142406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:8:8:4:8:8:8 chr7 75441111 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.691;QD=39.2068;RBI=0.0296025;REFB=0;REVB=-0.00482899;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391702;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 75442730 . T G 239.92 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0835024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4142;QD=14.3237;RBI=0.0858242;REFB=-0.00787839;REVB=-0.0198278;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126837;STB=0.572368;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0196987;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:19:9:17:22:19:9:17:22 chr7 75513062 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.865;QD=60.2271;RBI=0.0411569;REFB=0;REVB=-0.0116516;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187708;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr7 75614953 . T C 237.59 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0242499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1327;QD=13.7735;RBI=0.0372532;REFB=-0.0145838;REVB=0.0282798;RO=41;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278818;STB=0.659191;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0162609;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:19:9:24:17:19:9:24:17 chr7 75615006 . C T 204.47 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0707909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.564;QD=14.3491;RBI=0.0717161;REFB=-0.0101185;REVB=-0.0114826;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459145;STB=0.729534;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00772977;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:23:24:0.421053:18:5:21:11:18:6:21:12 chr7 75621827 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000372665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.385;QD=52.769;RBI=0.0250946;REFB=-0.0680809;REVB=0.0250918;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000760104;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr7 75629778 . T C 745.75 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.089;QD=63.4683;RBI=0.059904;REFB=0;REVB=0.0588043;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120566;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:47:0:0:42:47:1:19:23:0:0:22:25:0:0 chr7 75630274 . T C 73.75 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0274335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2725;QD=9.83369;RBI=0.0440025;REFB=-0.0435669;REVB=-0.0344039;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177664;STB=0.608469;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0831413;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:11:9:3:7:11:9 chr7 75677504 . C T 721.55 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5476;QD=60.1295;RBI=0.19259;REFB=0;REVB=0.00562396;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388721;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:0:0:45:48:1:36:9:0:0:36:12:0:0 chr7 75693675 . T G 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0273923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.455;QD=4.23765;RBI=0.027398;REFB=-0.003281;REVB=-0.000560034;RO=45;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227456;STB=0.693136;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0215555;OID=.;OPOS=75693675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:56:61:45:50:11:11:0.180328:8:3:20:25:8:3:25:25 chr7 75716765 . C T 56.18 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.000232729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.596;QD=2.99607;RBI=0.0314463;REFB=-0.0037226;REVB=-0.0314455;RO=63;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268408;STB=0.525501;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.018391;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:63:64:11:11:0.146667:5:6:33:30:5:6:33:31 chr7 75716781 . G A 1156.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366151;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.434;QD=60.8922;RBI=0.0665409;REFB=0;REVB=0.055561;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172009;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr7 75716789 . C A 55.31 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00637936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.921;QD=2.87304;RBI=0.0160709;REFB=0.000470517;REVB=-0.0147505;RO=66;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560456;STB=0.538936;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00205567;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:5:6:33:33:5:6:33:33 chr7 75716799 . A G 48.86 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0106103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.275;QD=2.60596;RBI=0.0500259;REFB=-0.000285915;REVB=-0.0488878;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.580483;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000444938;OID=.;OPOS=75716799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:4:6:33:32:4:6:33:32 chr7 75716804 . G A 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0292734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.315;QD=2.4597;RBI=0.030612;REFB=-0.000619868;REVB=-0.0089535;RO=62;SAF=6;SAR=3;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221188;STB=0.66002;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00525258;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:3:6:30:32:3:6:30:32 chr7 75716832 . C T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0219683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.327;QD=2.51701;RBI=0.0375964;REFB=0.000531967;REVB=-0.0305104;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202568;STB=0.63919;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0032744;OID=.;OPOS=75716832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:55:56:8:8:0.125:3:5:25:30:3:5:26:30 chr7 75716842 . G A 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0223922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0591;QD=2.66931;RBI=0.0227958;REFB=-0.00961996;REVB=-0.00427098;RO=51;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162849;STB=0.624688;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.016866;OID=.;OPOS=75716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:62:51:54:8:8:0.129032:3:5:25:26:3:5:26:28 chr7 75959188 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.015854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.348;QD=12.8607;RBI=0.0299997;REFB=-0.0192442;REVB=0.0254683;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0254482;OID=.;OPOS=75959188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr7 76019590 . C T 64.56 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.057377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.363;QD=9.22306;RBI=0.100299;REFB=-0.0526921;REVB=-0.0822665;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32983;STB=0.563956;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0797687;OID=.;OPOS=76019590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:28:28:11:19:8:9:0.321429:3:5:3:8:3:6:11:8 chr7 76029760 . G A 120.93 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00224261;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.212;QD=13.4362;RBI=0.0155191;REFB=-0.0163176;REVB=0.0153562;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329948;STB=0.692045;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0308486;OID=.;OPOS=76029760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:15:7:9:5:15:7 chr7 76069811 . T C 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0217447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.869;QD=18.9387;RBI=0.0225615;REFB=-0.0238911;REVB=-0.0060158;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208509;STB=0.51162;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0236984;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:19:11:10:19:19:11:10:19 chr7 76112060 . C T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00758872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.9;QD=19.9285;RBI=0.0369615;REFB=-0.013087;REVB=0.0361741;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52377;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00982091;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:4:4:6:6:4:5 chr7 76131645 . A G 727.13 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4447;QD=54.878;RBI=0.0108654;REFB=-0.116142;REVB=-0.00418788;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111341;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:0:52:53:1:27:25:1:0:27:26:0:0 chr7 76131650 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00152328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.245;QD=12.8732;RBI=0.0024557;REFB=0.00580095;REVB=0.00192615;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301553;STB=0.675489;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00712035;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:6:13:13:19:6:13:13:19 chr7 76131695 . A G 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00727385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.049;QD=12.9216;RBI=0.0261115;REFB=-0.00559786;REVB=-0.0250779;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230788;STB=0.633321;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00725506;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:7:15:16:18:7:15:16:18 chr7 76132898 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0423377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.024;QD=13.486;RBI=0.0439926;REFB=-0.0030829;REVB=-0.0119525;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141412;STB=0.585152;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.000959455;OID=.;OPOS=76132898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:9:2:1:8:9:2 chr7 76135134 . G A 126.87 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0336768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5287;QD=13.0125;RBI=0.0413233;REFB=-0.00473955;REVB=0.0239476;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139165;STB=0.581706;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0210872;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:13:11:5:10:13:11 chr7 76140186 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0107399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.709;QD=14.3349;RBI=0.0132774;REFB=-0.0117288;REVB=-0.00780656;RO=25;SAF=2;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419129;STB=0.764329;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0192154;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:15:2:10:15:15:2:11:15 chr7 76144455 . A C 468.28 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.756;QD=56.7616;RBI=0.0886848;REFB=0;REVB=-0.0104564;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148584;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:22:9:0:0:22:11:0:0 chr7 76144483 . A G 58.32 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.019653;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.862;QD=12.2774;RBI=0.0199621;REFB=-0.043172;REVB=0.00349919;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0283004;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:4:7:4:4:4:7 chr7 76144560 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.705;QD=44.6866;RBI=0.214606;REFB=0;REVB=0.0116724;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149638;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr7 76240785 . CA C 139.4 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0292449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.934;QD=20.6517;RBI=0.0317844;REFB=-0.0227703;REVB=-0.0124492;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=0.0156522;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:15:27:15:27:12:9:6:8:4:98:12:9:6:8:4 chr7 76240888 . A G 252.58 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.07695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.413;QD=21.0485;RBI=0.0769655;REFB=-0.00253842;REVB=-0.00154556;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287172;STB=0.666528;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00199385;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:15:8:16:8:16:8:16:8 chr7 76241068 . C T 339.69 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0231652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3951;QD=15.4402;RBI=0.0240508;REFB=0.0122453;REVB=-0.00646652;RO=50;SAF=12;SAR=25;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227218;STB=0.623732;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0157415;OID=.;OPOS=76241068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:25:12:27:23:25:12:27:24 chr7 76871113 . A G 136.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0295895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.171;QD=18.2403;RBI=0.0368336;REFB=-0.0134617;REVB=-0.0219357;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124555;STB=0.571331;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0327304;OID=.;OPOS=76871113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:8:7:5:10:8:7 chr7 76885769 . A G 108.86 PASS AF=0.4;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0566693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0864;QD=17.4176;RBI=0.0792689;REFB=-0.00600047;REVB=0.0554269;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.540456;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0219279;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:25:14:12:10:10:0.4:8:2:4:10:8:2:3:9 chr7 77035392 . T C 214.31 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0551445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.009;QD=45.1184;RBI=0.0554093;REFB=-0.179586;REVB=-0.00541103;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00444476;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:0:1 chr7 77053084 . T C 111.56 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0605908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7678;QD=19.4019;RBI=0.0768973;REFB=-0.0330268;REVB=0.0473493;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188678;STB=0.608497;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0655016;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:23:23:10:10:10:10:0.434783:6:4:2:8:6:4:2:8 chr7 77247821 . G A 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0166494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3116;QD=13.0534;RBI=0.0202728;REFB=-0.00540057;REVB=-0.0115666;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066419;STB=0.503814;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0069488;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:15:20:13:10:15:20 chr7 77256713 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0610097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.319;QD=17.8275;RBI=0.0617688;REFB=-0.00141242;REVB=-0.00965412;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00149573;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:4:7:8:4:4:7 chr7 77539673 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00275707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.049;QD=21.0065;RBI=0.0368251;REFB=-0.0170261;REVB=-0.0367218;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893329;STB=0.550405;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.01111;OID=.;OPOS=77539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:8:9:12:7:8:9 chr7 77552127 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.099;QD=62.0219;RBI=0.00207317;REFB=0;REVB=-0.000392439;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71658e-06;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr7 77649235 . G A 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0129805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.544;QD=20.5991;RBI=0.0228766;REFB=-0.0101841;REVB=0.0188374;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373929;STB=0.710451;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00336096;OID=.;OPOS=77649235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:14:5:14:6:14:5 chr7 77756580 . T C 792.95 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467999;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.737;QD=56.6395;RBI=0.0523191;REFB=0;REVB=0.0521094;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306755;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr7 77756724 . C T 941.24 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.98;QD=57.0447;RBI=0.0339353;REFB=-0.113935;REVB=0.0177181;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000262407;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:1:0:33:32:1:0 chr7 78119109 . C T 311.47 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0185503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0295;QD=16.6119;RBI=0.0185506;REFB=-0.00629259;REVB=-0.000107007;RO=37;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225894;STB=0.532278;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0100382;OID=.;OPOS=78119109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:41:34:34:0.453333:21:13:15:22:21:13:18:23 chr7 80088041 . G A 400.47 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00287962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.157;QD=21.3586;RBI=0.0128555;REFB=-0.0121954;REVB=-0.0125289;RO=34;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452793;STB=0.53163;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0127555;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:19:21:16:18:19:21:16:19 chr7 80374342 . A G 1463.53 PASS AF=0.99;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296923;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2985;QD=58.5412;RBI=0.0297637;REFB=-0.0643295;REVB=-0.00206151;RO=1;SAF=38;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123176;STB=0.506328;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00023202;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:98:99:0.99:60:38:1:0:60:39:1:0 chr7 80374438 . T C,G 1498.98 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=89,5;DP=94;FAO=93,3;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=60,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193585,-0.0225249;FXX=0.0103082;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.577,53.8286;QD=62.4574;RBI=0.0210709,0.0561328;REFB=0,0;REVB=-0.00832061,-0.0514152;RO=0;SAF=31,4;SAR=58,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00303043,0.0458455;OID=.,.;OPOS=80374438,80374438;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:94:96:0:0:89,5:93,3:0.96875,0.03125:58,1:31,4:0:0:60,1:33,2:0:0 chr7 80378319 . G C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.793;QD=59.9237;RBI=0.00918462;REFB=0;REVB=0.00875164;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05116e-05;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr7 80387766 . C T 352.27 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00248501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6027;QD=18.2995;RBI=0.0292498;REFB=0.00647391;REVB=-0.029144;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177888;STB=0.599112;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00715562;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:21:16:25:15:21:16:25:15 chr7 80427495 . C A 595.17 PASS AF=0.408284;AO=65;DP=164;FAO=69;FDP=169;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.0268826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.728;QD=14.0868;RBI=0.0291337;REFB=-0.0147985;REVB=-0.0112295;RO=99;SAF=28;SAR=37;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692863;STB=0.532943;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0200106;OID=.;OPOS=80427495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:99:100:65:69:0.408284:37:28:49:50:39:30:49:51 chr7 80427530 . C T 1021.62 PASS AF=0.607843;AO=50;DP=153;FAO=93;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0207358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.592;QD=26.7091;RBI=0.0207367;REFB=-0.0490427;REVB=0.000194724;RO=40;SAF=41;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268754;STB=0.53131;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0148361;OID=.;OPOS=80427530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:40:60:50:93:0.607843:9:41:23:17:50:43:23:37 chr7 80805263 . C T 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00639655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.692;QD=21.6259;RBI=0.0146972;REFB=-0.0220037;REVB=-0.0132322;RO=38;SAF=28;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134666;STB=0.574497;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0173732;OID=.;OPOS=80805263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:15:28:19:19:15:28:19:19 chr7 80962963 . A T 2714.96 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.775;QD=62.4128;RBI=0.00533477;REFB=0;REVB=0.000295834;RO=0;SAF=84;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78816e-06;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:90:84:0:0:90:84:0:0 chr7 82435033 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00311249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.337;QD=18.9665;RBI=0.0159189;REFB=-0.0118036;REVB=0.0156116;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519593;STB=0.529385;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0108495;OID=.;OPOS=82435033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:15:10:10:12:15:10 chr7 82453708 . A C 406.91 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0303375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.542;QD=20.0944;RBI=0.031101;REFB=-0.0148095;REVB=0.00684925;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126967;STB=0.507039;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0150228;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:23:18:17:23:23:18:17:23 chr7 82455895 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00347455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.469;QD=18.3009;RBI=0.0145914;REFB=-0.00208105;REVB=-0.0141717;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159751;STB=0.591452;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00220863;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:5:15:14:9:5:15:14:9 chr7 82544987 . A G 251.59 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0231874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.831;QD=20.5376;RBI=0.023611;REFB=-0.0140092;REVB=-0.00445243;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540851;STB=0.530362;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0126579;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:8:17:15:9:8:17 chr7 82581488 . T TTCA 455.69 PASS AF=0.969697;AO=29;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110804;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=3;MLLD=286.754;QD=55.2354;RBI=0.0116034;REFB=-0.0286769;REVB=0.00344454;RO=3;SAF=22;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594121;STB=0.510198;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.000966862;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969697:29:34:32:33:1:24:8:1:0:5:3:22:7:3:0 chr7 82764425 . C G 562.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.974;QD=59.2593;RBI=0.0649445;REFB=0;REVB=0.0643051;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216834;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:19:16:0:0:22:16:0:0 chr7 83023587 . TAC T 706.44 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426784;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.237;QD=56.515;RBI=0.106101;REFB=0;REVB=0.0971389;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000335943;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:49:50:50:0:20:30:0:0:4:0:17:27:0:0 chr7 83029438 . C T 587.6 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00906784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.087;QD=22.5998;RBI=0.0273012;REFB=-0.0394107;REVB=-0.0257513;RO=46;SAF=29;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304367;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:29:29:23:23:29:29:23:23 chr7 83034754 . T A 859.49 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.474;QD=57.2995;RBI=0.0200488;REFB=0;REVB=0.00577034;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90808e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:25:30:0:0:27:33:0:0 chr7 83037751 . C A 505.74 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352881;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.445;QD=59.4987;RBI=0.0593365;REFB=0;REVB=0.0477029;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480073;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr7 83587885 . G A 223.63 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0278361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0255;QD=11.0435;RBI=0.0485385;REFB=-0.0114078;REVB=-0.0397635;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116216;STB=0.601165;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0198772;OID=.;OPOS=83587885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:53:28:28:0.345679:17:11:22:22:17:11:29:24 chr7 83587915 . C T 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00507296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.444;QD=14.61;RBI=0.00507589;REFB=-0.00418734;REVB=-0.000172532;RO=57;SAF=16;SAR=22;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130035;STB=0.573768;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00895975;OID=.;OPOS=83587915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:22:16:31:26:22:16:31:26 chr7 83590226 . G A 204.54 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0635761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6397;QD=15.1514;RBI=0.0655345;REFB=-0.00890698;REVB=-0.0159012;RO=27;SAF=15;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600352;STB=0.777385;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0282925;OID=.;OPOS=83590226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:16:17:0.314815:1:15:15:12:2:15:15:12 chr7 83590387 . TTCTC T,TTATT 218.49 PASS AF=0.38806,0;AO=25,4;DP=70;FAO=26,0;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11,0;FSAR=15,0;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0114641,-0.00323393;FXX=0.0563301;HRUN=3,1;LEN=4,3;MLLD=228.15,136.67;QD=13.044;RBI=0.0230779,0.00499775;REFB=0.00273558,-0.00382839;REVB=-0.0200291,-0.00381041;RO=40;SAF=11,0;SAR=14,4;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247981,-0.649481;STB=0.641065,0.5;STBP=0.08,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00395894,0;OID=.,.;OPOS=83590388,83590389;OREF=TCTC,CTC;OALT=-,ATT;OMAPALT=T,TTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806,0:25,4:70:26,0:67:41:11,0:15,0:27:14:99:40:11,0:14,4:27:13 chr7 83590852 . T C 685.73 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0204115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3613;QD=50.7948;RBI=0.0205931;REFB=-0.0458095;REVB=-0.00272936;RO=3;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527544;STB=0.503431;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00281008;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:54:3:3:50:51:0.944444:31:19:1:2:31:20:1:2 chr7 83606518 . G A 724.75 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.92;QD=63.022;RBI=0.0394943;REFB=0;REVB=0.0116291;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24438e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr7 86468516 . C T 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00980177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.493;QD=17.7515;RBI=0.0104547;REFB=-0.0142873;REVB=-0.00363685;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177543;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00985281;OID=.;OPOS=86468516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:16:11:15:10:16:11 chr7 86521173 . G A 71.29 PASS AF=0.141414;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=99;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.0060625;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.787;QD=2.88027;RBI=0.00911335;REFB=-0.00175494;REVB=0.00680435;RO=83;SAF=11;SAR=3;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521797;STB=0.837944;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0129743;OID=.;OPOS=86521173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:99:99:83:85:14:14:0.141414:3:11:28:55:3:11:30:55 chr7 86577142 . AAT A,ATT 139.69 PASS AF=0.529412,0;AO=13,4;DP=42;FAO=18,0;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0237407,-0.0394058;FXX=0.128172;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=25.5781,17.5449;QD=16.4341;RBI=0.0433064,0.0552771;REFB=-0.162736,0.00799414;REVB=0.0362191,0.0387652;RO=22;SAF=8,4;SAR=5,0;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.263461,0.689182;STB=0.584323,0.5;STBP=0.304,1;TYPE=del,snp;VARB=0.173477,0;OID=.,.;OPOS=86577143,86577143;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412,0:13,4:42:18,0:34:16:10,0:8,0:6:10:99:22:8,4:5,0:8:14 chr7 86817543 . G A 283.4 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00165023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.301;QD=19.8878;RBI=0.0204282;REFB=-0.0312113;REVB=-0.0203614;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069685;STB=0.538815;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0313386;OID=.;OPOS=86817543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:12:15:19:11:12:15 chr7 87079406 . T A 366.63 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00559787;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.639;QD=17.8846;RBI=0.0244945;REFB=-0.0200703;REVB=0.0238462;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183421;STB=0.602494;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0206828;OID=.;OPOS=87079406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:44:44:38:38:0.463415:22:16:27:17:22:16:27:17 chr7 87092185 . G A 909.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.732;QD=57.7377;RBI=0.0827413;REFB=0;REVB=-0.0167039;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335744;OID=.;OPOS=87092185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:47:15:0:0:48:15:0:0 chr7 87138645 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1449;QD=63.284;RBI=0.0151487;REFB=0;REVB=-0.0148143;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122521;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr7 87160618 . A T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.484;QD=59.3228;RBI=0.0226609;REFB=0;REVB=-0.0187221;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46451e-05;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr7 87179601 . A G 767.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.708;QD=56.8458;RBI=0.0349687;REFB=0;REVB=0.010026;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15726e-05;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:40:13:0:0:40:14:0:0 chr7 87229501 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4471;QD=62.6653;RBI=0.0151073;REFB=0;REVB=-0.0126945;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55473e-05;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr7 87525777 . A G 619.5 PASS AF=1;AO=23;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080036;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=60.4385;RBI=0.0150992;REFB=0;REVB=0.0128035;RO=3;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11577e-05;OID=.;OPOS=87525777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:41:3:0:23:41:1:8:15:1:2:19:22:0:0 chr7 87525778 . T G 91.19 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0086978;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=137.809;QD=8.29022;RBI=0.0305587;REFB=-0.0158646;REVB=-0.0292948;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368851;STB=0.522689;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0060172;OID=.;OPOS=87525778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:17:15:6:6:17:15 chr7 87537177 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.783;QD=57.8847;RBI=0.0252927;REFB=0;REVB=0.00269906;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42241e-05;OID=.;OPOS=87537177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr7 87846511 . TGA CGA,GAA,TCG 184.5 PASS AF=0.444444,0,0;AO=12,2,2;DP=42;FAO=20,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.010246,0.0731923,-0.0785963;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,2,2;MLLD=41.1912,17.1627,24.9916;QD=16.3996;RBI=0.0183375,0.2193,0.217667;REFB=0.0129224,0.00458402,0.00628804;REVB=-0.015208,-0.206725,0.202982;RO=13;SAF=6,0,2;SAR=6,2,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.173529,-0.490041,0.637912;STB=0.6257,0.5,0.5;STBP=0.163,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=-0.0176545,0,0;OID=.,.,.;OPOS=87846511,87846511,87846512;OREF=T,TG,GA;OALT=C,GA,CG;OMAPALT=CGA,GAA,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:13:25:12,2,2:20,0,0:0.444444,0,0:6,2,0:6,0,2:4:9:9,0,0:11,0,0:8:17 chr7 87913361 . C T 582.0 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1415;QD=58.1995;RBI=0.0597852;REFB=0.00758724;REVB=-0.0208746;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000250926;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:21:18:1:0:21:18:1:0 chr7 88424115 . C G 462.27 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0163189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1651;QD=27.1926;RBI=0.0296062;REFB=-0.0187655;REVB=-0.0247027;RO=25;SAF=27;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760988;STB=0.541528;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0101231;OID=.;OPOS=88424115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:16:27:13:12:16:27:13:12 chr7 88424291 . C T 126.83 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00948672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.705;QD=19.5118;RBI=0.0132157;REFB=0.000317905;REVB=0.00920091;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204611;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.000218354;OID=.;OPOS=88424291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:8:6:5:6:8:6:5:7 chr7 88956699 . A G 1089.79 PASS AF=0.458167;AO=115;DP=251;FAO=115;FDP=251;FR=.;FRO=136;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=0.0118874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.417;QD=17.3672;RBI=0.0251186;REFB=-0.0153569;REVB=0.0221277;RO=136;SAF=72;SAR=43;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112661;STB=0.562408;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0176572;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:136:136:115:115:0.458167:43:72:70:66:43:72:70:66 chr7 88963039 . G A 38.16 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00604808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.92;QD=10.1762;RBI=0.0123261;REFB=-0.0502985;REVB=0.0107402;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.578703;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0226679;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:1:7:4:2:2:7 chr7 88964000 . C T 305.95 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.806;QD=53.2078;RBI=0.00696873;REFB=0;REVB=-0.00301077;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56878e-05;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:16:7:0:0 chr7 88964196 . T A 912.38 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0107829;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.51;QD=52.8914;RBI=0.0270045;REFB=-0.153119;REVB=0.0247583;RO=3;SAF=31;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158164;STB=0.50134;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000634712;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:70:69:3:4:65:65:0.942029:34:31:2:1:34:31:2:2 chr7 88964226 . CC AG 257.5 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00929876;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.306;QD=14.3055;RBI=0.00950691;REFB=-0.0137566;REVB=-0.00197849;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100665;STB=0.559282;STBP=0.409;TYPE=mnp;VARB=0.0243794;OID=.;OPOS=88964226;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:42:29:30:0.416667:18:11:19:21:18:12:21:21 chr7 88965141 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0202433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.946;QD=19.1085;RBI=0.0556554;REFB=-0.0672521;REVB=0.0518434;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0425843;OID=.;OPOS=88965141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:2:4:5:4:2:4 chr7 88965609 . A G 107.17 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0900601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1489;QD=22.563;RBI=0.109622;REFB=-0.0286093;REVB=0.0624988;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162618;STB=0.592433;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0245234;OID=.;OPOS=88965609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:4:3:8:4:4:3 chr7 89797144 . G T 1610.23 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199829;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.838;QD=59.6383;RBI=0.0353717;REFB=0;REVB=0.0291863;RO=0;SAF=86;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52018e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:20:86:0:0:20:88:0:0 chr7 89856608 . C T 526.91 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0419963;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.911;QD=17.5637;RBI=0.0486488;REFB=0.0051002;REVB=-0.0245564;RO=64;SAF=35;SAR=21;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159107;STB=0.508846;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0064742;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:64:64:56:56:0.466667:21:35:39:25:21:35:39:25 chr7 89861890 . G T 695.87 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5013;QD=59.2226;RBI=0.0380459;REFB=0.0508977;REVB=0.0187813;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000322495;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:28:17:1:0:28:18:1:0 chr7 89866845 . G T 543.91 PASS AF=0.460317;AO=57;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0105195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.137;QD=17.2668;RBI=0.0224109;REFB=-0.0268174;REVB=-0.0197887;RO=66;SAF=32;SAR=25;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303284;STB=0.521623;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0400025;OID=.;OPOS=89866845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:66:68:57:58:0.460317:25:32:35:31:25:33:36:32 chr7 89881239 . G C 766.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.35;QD=56.8014;RBI=0.0281776;REFB=0;REVB=-0.0272846;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27357e-05;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr7 89906609 . C T 290.83 PASS AF=0.350515;AO=33;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00575662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.965;QD=11.993;RBI=0.0105343;REFB=-0.00583976;REVB=-0.00882225;RO=60;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627434;STB=0.541825;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0106135;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:63:33:34:0.350515:21:12:25:35:21:13:28:35 chr7 89912301 . G A 564.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251188;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8286;QD=61.0628;RBI=0.0298253;REFB=0;REVB=0.0297193;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039354;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr7 89933362 . G A 566.42 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0658852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2817;QD=24.6269;RBI=0.0663925;REFB=-0.0446247;REVB=-0.00819215;RO=37;SAF=27;SAR=25;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127323;STB=0.562476;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0258677;OID=.;OPOS=89933362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:37:40:52:52:0.565217:25:27:13:24:25:27:15:25 chr7 89937168 . G A 322.52 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0259208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0511;QD=28.6688;RBI=0.0711322;REFB=-0.00613112;REVB=-0.0662413;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251917;STB=0.6384;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00171902;OID=.;OPOS=89937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:11:17:4:13:11:17:4:13 chr7 89938588 . C G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6369;QD=57.2317;RBI=0.104657;REFB=0;REVB=0.0530798;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr7 89939427 . T C 600.26 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0232396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1548;QD=24.0104;RBI=0.0252917;REFB=-0.0103377;REVB=0.00997963;RO=45;SAF=35;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161555;STB=0.588752;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00799328;OID=.;OPOS=89939427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:20:35:20:25:20:35:20:25 chr7 89982132 . T C 191.02 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00063884;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.692;QD=21.2239;RBI=0.0196629;REFB=-0.00994611;REVB=-0.0196525;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189871;STB=0.607359;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0110507;OID=.;OPOS=89982132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:6:13:8:9:6:13:8:9 chr7 89983808 . T G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00372375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.802;QD=9.49527;RBI=0.0287446;REFB=-0.0099006;REVB=0.0285024;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332306;STB=0.699657;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0199595;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:8:16:4:7:8:16 chr7 90014408 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0681435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2712;QD=12.868;RBI=0.0749603;REFB=0.00172664;REVB=-0.0312332;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00965457;OID=.;OPOS=90014408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr7 90043304 . C T 283.15 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0160707;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.876;QD=14.7091;RBI=0.0163261;REFB=-0.0180736;REVB=-0.00287662;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207947;STB=0.511791;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0154349;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:15:17:23:22:15:17:23:22 chr7 90043314 . C T 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924063;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.646;QD=60.0414;RBI=0.0142622;REFB=0;REVB=-0.0108638;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43182e-06;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr7 90044945 . G A 698.91 PASS AF=0.479452;AO=68;DP=144;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0286765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8867;QD=19.1483;RBI=0.0288647;REFB=-0.00969747;REVB=-0.00329124;RO=76;SAF=40;SAR=28;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183499;STB=0.59892;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00683439;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:76:76:68:70:0.479452:28:40:30:46:29:41:30:46 chr7 90236415 . A G 743.02 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00724781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.645;QD=59.4415;RBI=0.0195463;REFB=-0.101649;REVB=0.0181529;RO=2;SAF=13;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215708;STB=0.511477;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00125776;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:35:13:1:1:35:13:1:1 chr7 90837216 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00373325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.228;QD=10.8094;RBI=0.00376306;REFB=-0.0107262;REVB=0.000472696;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119472;STB=0.570222;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0278157;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:7:12:19:17:7:12:19:17 chr7 90837526 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0153595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.798;QD=8.50798;RBI=0.0240911;REFB=-0.0156475;REVB=-0.0185598;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948548;STB=0.558044;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0400067;OID=.;OPOS=90837526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:6:6:13:18:6:6:13:18 chr7 90838866 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.03775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.212;QD=14.079;RBI=0.0426939;REFB=-0.0151805;REVB=-0.0199427;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228527;STB=0.633918;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0213493;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:7:9:4:8:7:9 chr7 90838869 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7048;QD=56.1913;RBI=0.0384817;REFB=0;REVB=0.0335968;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813997;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 90896831 . T C 114.71 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00406607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.183;QD=10.4279;RBI=0.0202188;REFB=-0.00166186;REVB=0.0198058;RO=30;SAF=2;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383885;STB=0.736445;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0033722;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:12:2:12:18:12:2:12:18 chr7 90897731 . A C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0187811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.215;QD=16.1724;RBI=0.0295334;REFB=-0.00502773;REVB=0.0227924;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096654;STB=0.555487;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00664563;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:12:8:8:8:12:8 chr7 91503228 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.884;QD=48.7372;RBI=0.0852103;REFB=0;REVB=-0.0231408;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427828;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr7 91632306 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.447;QD=59.0185;RBI=0.0265096;REFB=0;REVB=0.0264002;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127055;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr7 91641854 . T C 250.78 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0185267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.863;QD=12.2331;RBI=0.0189804;REFB=-0.0165794;REVB=0.00412503;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252383;STB=0.629132;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0218441;OID=.;OPOS=91641854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:52:30:30:0.365854:16:14:35:15:16:14:35:17 chr7 91643567 . T C 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00934499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.645;QD=2.65217;RBI=0.0178103;REFB=-0.00400927;REVB=0.0151617;RO=70;SAF=6;SAR=5;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323365;STB=0.522686;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0260266;OID=.;OPOS=91643567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:5:6:40:30:5:6:40:30 chr7 91714911 . C T 1415.44 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00914603;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.113;QD=59.5976;RBI=0.0136206;REFB=0.0819581;REVB=-0.0100931;RO=3;SAF=54;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016236;STB=0.508654;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=4.75151e-05;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:95:3:3:91:92:0.968421:37:54:1:2:37:55:1:2 chr7 91774220 . C T 347.65 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0150652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2404;QD=19.8655;RBI=0.0417424;REFB=5.1007e-05;REVB=-0.038929;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756363;STB=0.541974;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000472209;OID=.;OPOS=91774220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:17:19:15:19:17:19:15:19 chr7 91972377 . A G 61.69 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00011565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2167;QD=3.08429;RBI=0.0322107;REFB=-0.00375232;REVB=-0.0322105;RO=66;SAF=9;SAR=3;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271015;STB=0.688856;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0199099;OID=.;OPOS=91972377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:66:68:12:12:0.15:3:9:36:30:3:9:37:31 chr7 92028039 . C A 130.34 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.583;QD=43.4479;RBI=0.0616826;REFB=0;REVB=0.0515471;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001018;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:6:4:0:0:7:5:0:0 chr7 92029302 . G A 1358.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8856;QD=62.4608;RBI=0.0259411;REFB=0;REVB=-0.0196257;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182173;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr7 92029538 . G A 160.85 PASS AF=0.233645;AO=25;DP=107;FAO=25;FDP=107;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0040909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.24;QD=6.01311;RBI=0.0155397;REFB=-0.00610763;REVB=0.0149916;RO=81;SAF=14;SAR=11;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366522;STB=0.518112;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0168022;OID=.;OPOS=92029538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:81:82:25:25:0.233645:11:14:43:38:11:14:44:38 chr7 92098776 . C T 138.71 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0102101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.234;QD=8.53602;RBI=0.0324104;REFB=0.000451517;REVB=-0.0307602;RO=44;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323565;STB=0.512764;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00160663;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:45:19:20:0.307692:6:13:30:14:7:13:30:15 chr7 92131289 . G T 906.66 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129531;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.157;QD=58.4943;RBI=0.0129875;REFB=0;REVB=-0.000945272;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28406e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr7 92164318 . C T 222.71 PASS AF=0.325581;AO=29;DP=85;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0214727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0501;QD=10.3587;RBI=0.133778;REFB=-0.00362824;REVB=-0.132043;RO=56;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413673;STB=0.546479;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00833609;OID=.;OPOS=92164318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:56:58:29:28:0.325581:15:14:25:31:14:14:25:33 chr7 92241633 . G C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0225697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.736;QD=27.2217;RBI=0.022985;REFB=-0.0256891;REVB=0.00434976;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437414;STB=0.524209;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0127337;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:8:17:10:6:8:17:10:6 chr7 92600509 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.08;QD=57.6805;RBI=0.0428826;REFB=0;REVB=0.0382399;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246005;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr7 92731586 . A G 163.62 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0226969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6614;QD=20.4524;RBI=0.0583614;REFB=0.0192107;REVB=0.0537671;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359364;STB=0.701902;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0145787;OID=.;OPOS=92731586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:3:12:6:11:3:12 chr7 92764419 . A G 429.66 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00779081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.703;QD=17.5373;RBI=0.00927443;REFB=-0.0177581;REVB=0.00503173;RO=54;SAF=16;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13857;STB=0.577699;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0243181;OID=.;OPOS=92764419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:28:16:27:27:28:16:27:27 chr7 92764982 . C T 409.01 PASS AF=0.408163;AO=34;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00401916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.083;QD=16.6943;RBI=0.00683653;REFB=-0.00537356;REVB=0.00553033;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115621;STB=0.554041;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0104918;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:34:40:0.408163:20:14:28:26:23:17:28:26 chr7 92875431 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00143145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.138;QD=17.247;RBI=0.0179121;REFB=0.00191166;REVB=0.0178548;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127841;STB=0.581088;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00241398;OID=.;OPOS=92875431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:10:11:17:9:10:11:18:9 chr7 92970847 . C T 644.08 PASS AF=0.557522;AO=63;DP=113;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00633501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.559;QD=22.7991;RBI=0.0131819;REFB=-0.00866976;REVB=-0.0115599;RO=50;SAF=30;SAR=33;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111207;STB=0.560729;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00947363;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:50:50:63:63:0.557522:33:30:17:33:33:30:17:33 chr7 93054827 . C CTCTT 529.27 PASS AF=0.8125;AO=34;DP=52;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00972594;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.883;QD=44.1059;RBI=0.0103613;REFB=-0.0447305;REVB=0.00357249;RO=10;SAF=26;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208631;STB=0.519074;STBP=0.669;TYPE=ins;VARB=0.00647189;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:34:52:39:48:9:27:12:7:2:59:10:26:8:8:2 chr7 93055650 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.83;QD=58.4194;RBI=0.0120386;REFB=0;REVB=0.0110049;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100878;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr7 93055753 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.177;QD=63.5819;RBI=0.0242411;REFB=0;REVB=0.0129678;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42614e-05;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr7 93116299 . A G 300.62 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.276;QD=50.1026;RBI=0.0549204;REFB=0;REVB=0.0391788;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033641;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:24:0:0:19:24:1:5:14:0:0:7:17:0:0 chr7 93515993 . T G 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00973643;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=158.326;QD=45.3491;RBI=0.00993251;REFB=-0.0600519;REVB=0.00196385;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901772;STB=0.509084;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.000539083;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:2:4:28:28:0.875:16:12:1:1:16:12:2:2 chr7 93623458 . A G 439.36 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00886588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.684;QD=24.7527;RBI=0.0145862;REFB=-0.00339788;REVB=0.0115825;RO=29;SAF=23;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485282;STB=0.526587;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00213548;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:19:23:14:15:19:23:14:15 chr7 94038934 . C T 2696.23 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0952;QD=62.3407;RBI=0.0173983;REFB=0;REVB=-0.00438775;RO=0;SAF=66;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49456e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:107:66:0:0:107:66:0:0 chr7 94039032 . C T 1664.75 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199642;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.228;QD=59.4553;RBI=0.023395;REFB=-0.151443;REVB=-0.0121967;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825611;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000296972;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:112:1:1:110:111:0.991071:53:57:1:0:53:58:1:0 chr7 94043239 . C G 905.73 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00553354;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.939;QD=51.0271;RBI=0.0102987;REFB=-0.0525545;REVB=0.00868581;RO=3;SAF=28;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047968;STB=0.512616;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000297581;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:71:3:5:66:66:0.929577:38:28:3:0:38:28:3:2 chr7 94059899 . C T 695.4 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.381;QD=61.8131;RBI=0.0176434;REFB=0;REVB=0.0160656;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24804e-05;OID=.;OPOS=94059899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr7 94174854 . T C 2571.7 PASS AF=1;AO=165;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.922;QD=60.8686;RBI=0.0469718;REFB=0;REVB=0.045842;RO=2;SAF=82;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146419;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:168:169:2:0:165:169:1:83:82:0:2:86:83:0:0 chr7 94186068 . A G 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.555;QD=47.8797;RBI=0.0173014;REFB=-0.0116136;REVB=0.0070323;RO=2;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206975;STB=0.511173;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00125943;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:16:9:1:1:16:9:1:1 chr7 94294982 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.995;QD=48.7373;RBI=0.040885;REFB=0;REVB=0.0375325;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434045;OID=.;OPOS=94294982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr7 94297516 . T C 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.0390355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.795;QD=2.21176;RBI=0.044996;REFB=-0.00357;REVB=-0.0223803;RO=80;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835386;STB=0.559975;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0324771;OID=.;OPOS=94297516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:80:80:11:11:0.120879:6:5:31:49:6:5:31:49 chr7 94898811 . G A 137.59 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5567;QD=39.3115;RBI=0.0252684;REFB=-0.000174954;REVB=0.00901619;RO=1;SAF=0;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.836493;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000739831;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:13:0:1:0:12:1:0:1 chr7 94903420 . G A 281.14 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00757767;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.396;QD=19.0606;RBI=0.00801667;REFB=-0.0350808;REVB=-0.00261647;RO=29;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284919;STB=0.658984;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0183539;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:10:20:10:19:10:20:10:19 chr7 94924538 . G T 146.86 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00281779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.128;QD=11.297;RBI=0.00394389;REFB=-0.00391999;REVB=0.0027594;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12679;STB=0.574386;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00615349;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:10:8:19:15:10:8:19:15 chr7 94937446 . T C 181.08 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000392766;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.94;QD=15.7464;RBI=0.00803026;REFB=-0.00310599;REVB=0.00802065;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420839;STB=0.524246;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00799011;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:16:11:7:12:16:11 chr7 95001555 . C T 1823.29 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.769;QD=59.7799;RBI=0.0378134;REFB=-0.0965232;REVB=0.0185003;RO=1;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558164;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:122:122:1:0:120:122:1:57:63:0:1:58:64:0:0 chr7 95024046 . A G 622.19 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0483414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.101;QD=48.7988;RBI=0.0520737;REFB=-0.0374603;REVB=0.019359;RO=4;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148909;STB=0.507933;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00252022;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:47:47:0.921569:31:16:1:3:31:16:1:3 chr7 95025600 . G A 593.84 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.000792102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4246;QD=15.5253;RBI=0.0434613;REFB=-0.00970196;REVB=0.0434541;RO=87;SAF=24;SAR=42;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541471;STB=0.530294;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0143622;OID=.;OPOS=95025600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:42:24:36:51:42:24:36:51 chr7 95034252 . G GTTA 164.69 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000188224;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=3;MLLD=263.356;QD=20.5859;RBI=0.00846949;REFB=-0.0248287;REVB=0.0084674;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326017;STB=0.505697;STBP=0.992;TYPE=ins;VARB=0.0218656;OID=.;OPOS=95034253;OREF=-;OALT=TTA;OMAPALT=GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:16:34:17:32:15:10:7:9:6:99:15:9:7:9:6 chr7 95034775 . G C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00542895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.72;QD=12.0829;RBI=0.00544429;REFB=-0.00728358;REVB=-0.000408448;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260554;STB=0.639872;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0163952;OID=.;OPOS=95034775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:9:12:11:23:9:12:12:23 chr7 95041016 . G C 308.7 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0151131;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.152;QD=15.8308;RBI=0.0191725;REFB=-0.00332049;REVB=-0.0117974;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415469;STB=0.52199;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0025164;OID=.;OPOS=95041016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:44:34:34:0.435897:16:18:24:18:16:18:25:19 chr7 95213059 . G A 517.89 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.83;QD=59.1869;RBI=0.0658265;REFB=0;REVB=0.0631313;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701992;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:24:35:1:5:19:0:0:16:19:0:0 chr7 95213953 . A C 1160.96 PASS AF=0.951807;AO=78;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00374799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.319;QD=55.9498;RBI=0.0400753;REFB=-0.0635538;REVB=0.0398997;RO=3;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557345;STB=0.507773;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00546796;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:3:4:78:79:0.951807:46:32:1:2:47:32:1:3 chr7 95216394 . T G 742.17 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7766;QD=61.8475;RBI=0.0624497;REFB=0;REVB=0.0604459;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263811;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:1:0:46:48:1:20:26:0:1:22:26:0:0 chr7 95668664 . C A 403.96 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00574041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.197;QD=16.8314;RBI=0.0160599;REFB=-0.0086024;REVB=-0.0149989;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143152;STB=0.5134;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0129523;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:54:42:42:0.4375:22:20:26:27:22:20:27:27 chr7 95800820 . T C 298.1 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00470811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.442;QD=29.8104;RBI=0.00484277;REFB=0.0050088;REVB=0.00113407;RO=13;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16973;STB=0.607059;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0028661;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:14:26:26:0.65:17:9:8:5:17:9:9:5 chr7 96569597 . A G 160.7 PASS AF=0.483871;AO=11;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0178621;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.139;QD=20.735;RBI=0.0321909;REFB=-0.0653247;REVB=0.0267805;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214898;STB=0.615227;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0273253;OID=.;OPOS=96569597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:31:31:8:12:11:15:0.483871:6:5:6:2:10:5:7:5 chr7 97488569 . A T 804.74 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.167;QD=64.3792;RBI=0.0484725;REFB=0;REVB=0.0468788;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199237;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr7 97821855 . T C 153.31 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0353541;FXX=0.0270234;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.8933;QD=8.51741;RBI=0.0355618;REFB=-0.0039219;REVB=-0.00383814;RO=48;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353529;STB=0.543958;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0149815;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:48:51:21:21:0.291667:12:9:22:26:12:9:25:26 chr7 97823125 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0302906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.979;QD=19.3866;RBI=0.0307008;REFB=-0.0265707;REVB=0.00500223;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636185;STB=0.535945;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0116979;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:8:13:11:9:8:13 chr7 97823629 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00919931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.283;QD=16.4076;RBI=0.00949013;REFB=-0.0098065;REVB=-0.00233135;RO=28;SAF=4;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460627;STB=0.754494;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0110953;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:22:21:0.42:18:4:17:11:17:4:17:12 chr7 97847040 . G A 708.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.443;QD=62.9468;RBI=0.0919255;REFB=0;REVB=0.0622537;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106215;OID=.;OPOS=97847040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr7 97852399 . G A 2489.39 PASS AF=0.976608;AO=164;DP=173;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.037001;FXX=0.0284075;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.201;QD=58.2314;RBI=0.0518691;REFB=-0.122607;REVB=0.03635;RO=2;SAF=92;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141877;STB=0.504324;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000447194;OID=.;OPOS=97852399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:173:171:2:4:164:167:0.976608:72:92:1:1:72:95:3:1 chr7 97873994 . G A 508.69 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00852592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.869;QD=56.5213;RBI=0.0405727;REFB=-0.0934899;REVB=0.0396667;RO=1;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190966;STB=0.510198;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00149463;OID=.;OPOS=97873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:11:24:1:0:11:24:1:0 chr7 97933601 . C T 388.77 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.492;QD=53.6227;RBI=0.0825366;REFB=-0.0446179;REVB=0.0225843;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116782;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:1:0:28:29:1:19:9:0:1:20:9:0:0 chr7 98258748 . A T 249.27 PASS AF=0.422535;AO=27;DP=68;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00586676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.688;QD=14.0436;RBI=0.027453;REFB=-0.00519949;REVB=0.0268188;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109271;STB=0.530283;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0391748;OID=.;OPOS=98258748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:41:41:27:30:0.422535:13:14:17:24:16:14:17:24 chr7 98452857 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0250169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7553;QD=18.7771;RBI=0.0387473;REFB=-0.000110816;REVB=-0.0295889;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305445;STB=0.670923;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000980029;OID=.;OPOS=98452857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:17:9:18:8:17:9:18:8 chr7 98452860 . T C 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00941065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.178;QD=17.5006;RBI=0.0377167;REFB=-0.0132931;REVB=-0.0365238;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303357;STB=0.670293;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0193371;OID=.;OPOS=98452860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:17:9:19:9:17:9:19:9 chr7 98460824 . C A 682.22 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0613639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9013;QD=52.4785;RBI=0.0981643;REFB=-0.105785;REVB=0.0766205;RO=2;SAF=39;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235331;STB=0.512495;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.02277;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:11:39:2:0:11:39:2:0 chr7 98528370 . C T 61.46 PASS AF=0.126214;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0187183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.827;QD=2.38685;RBI=0.0398164;REFB=-0.00163542;REVB=-0.0351421;RO=89;SAF=9;SAR=4;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258614;STB=0.679479;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0117083;OID=.;OPOS=98528370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:103:89:90:13:13:0.126214:4:9:43:46:4:9:44:46 chr7 98645450 . A AC 47.83 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.273032;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.681;QD=8.31773;RBI=0.273427;REFB=-0.0147688;REVB=0.0146914;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232378;STB=0.773762;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.134177;OID=.;OPOS=98645451;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:8:24:10:23:13:6:4:1:12:47:15:2:6:4:11 chr7 98650051 . G C 187.65 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0222811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1568;QD=20.2866;RBI=0.0238346;REFB=0.0447412;REVB=-0.00846414;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122433;STB=0.568895;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.041135;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:12:6:9:10:12:6 chr7 98782750 . C T 217.87 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00571474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.767;QD=13.6169;RBI=0.0172717;REFB=-0.019823;REVB=-0.0162988;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302349;STB=0.508468;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.033182;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:12:14:21:16:12:14:21:17 chr7 98790669 . G C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.006278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.187;QD=14.0965;RBI=0.0286342;REFB=-0.0311498;REVB=-0.0279375;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0362391;OID=.;OPOS=98790669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:7:7:7:4:7:7 chr7 98790699 . G A 87.12 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0207808;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5462;QD=12.9068;RBI=0.0262656;REFB=-0.0238961;REVB=0.0160637;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325515;STB=0.646777;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0349747;OID=.;OPOS=98790699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:16:16:9:11:0.407407:7:2:8:8:8:3:8:8 chr7 98800834 . A G 174.29 PASS AF=0.395833;AO=15;DP=45;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0732373;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9118;QD=14.5244;RBI=0.0807879;REFB=-0.0130751;REVB=0.0341025;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374191;STB=0.59183;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.024216;OID=.;OPOS=98800834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:30:29:15:19:0.395833:7:8:15:15:7:12:14:15 chr7 98870997 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00113847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.978;QD=13.4416;RBI=0.0107269;REFB=-0.00288651;REVB=0.0106664;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00276604;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:6:7:6:4:6:7 chr7 98889954 . T A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.026539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.836;QD=8.51179;RBI=0.0269736;REFB=-0.0220504;REVB=-0.00482226;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115465;STB=0.590719;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0236444;OID=.;OPOS=98889954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:3:7:14:9:3:7:14:10 chr7 99173625 . A G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00159923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.837;QD=16.0327;RBI=0.00237393;REFB=-0.00318889;REVB=0.00175442;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284123;STB=0.663625;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00239891;OID=.;OPOS=99173625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:16:12:14:6:16:12 chr7 99306685 . C G 1233.85 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561865;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4914;QD=61.6925;RBI=0.0563469;REFB=0;REVB=-0.00424864;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412064;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:30:50:0:0:30:50:0:0 chr7 99453289 . T A 32.54 PASS AF=0.24;AO=7;DP=23;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.270367;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=19.356;QD=5.20571;RBI=0.272052;REFB=-0.0568474;REVB=0.0302335;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.664617;STB=0.86309;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.101804;OID=.;OPOS=99453289;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:23:25:16:19:7:6:0.24:1:6:3:13:1:5:6:13 chr7 99474427 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00825961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.319;QD=19.4667;RBI=0.0112389;REFB=-0.0153007;REVB=-0.00762173;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19783;STB=0.611664;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0170236;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:9:15:9:13:9:15 chr7 99500899 . T C 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0721553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.404;QD=16.8734;RBI=0.0809639;REFB=0.00865803;REVB=-0.0367255;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10041;STB=0.557464;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0194445;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:13:13:12:8:13:13 chr7 99500911 . A G 154.18 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.010966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.189;QD=14.3422;RBI=0.0114129;REFB=-0.0176273;REVB=0.00316256;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208797;STB=0.591957;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0305733;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:16:17:0.395349:11:5:13:13:11:6:13:13 chr7 99569394 . G A 1606.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.363;QD=64.2587;RBI=0.062959;REFB=0;REVB=-0.0520975;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4862e-05;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:47:51:0:0:47:53:0:0 chr7 99578411 . T C 165.83 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00120028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.444;QD=7.99163;RBI=0.00707961;REFB=0.000271429;REVB=0.00697711;RO=60;SAF=7;SAR=16;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1679;STB=0.601275;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000478551;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:16:7:26:34:16:7:26:34 chr7 99580907 . C G 495.9 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.041904;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.891;QD=52.1995;RBI=0.0462199;REFB=0.0115761;REVB=-0.0195022;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491765;STB=0.512041;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00205223;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:18:17:0:2:18:17:1:2 chr7 99654689 . G A 163.84 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3796;QD=43.6913;RBI=0.224568;REFB=0;REVB=0.0109969;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128916;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:12:2:1:0:12:3:0:0 chr7 99688220 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00685808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.334;QD=20.8111;RBI=0.0322668;REFB=-0.0116699;REVB=-0.0315295;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215558;STB=0.632068;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0202075;OID=.;OPOS=99688220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:15:8:13:9:15:8:14:9 chr7 99693078 . G A 1227.35 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.049;QD=61.3673;RBI=0.0559554;REFB=0;REVB=0.0413276;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330632;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr7 99747130 . G A 820.35 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00607195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.811;QD=55.617;RBI=0.023599;REFB=-0.141257;REVB=0.0228044;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00115008;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr7 99751281 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000871274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1299;QD=42.1813;RBI=0.00961873;REFB=0;REVB=-0.00957919;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455987;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 99757612 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.519;QD=50.4131;RBI=0.0702624;REFB=0;REVB=0.0685002;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408405;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 99758136 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.959;QD=52.6128;RBI=0.0487259;REFB=0;REVB=0.0116296;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272719;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr7 99768957 . C T 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0837984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3312;QD=17.5361;RBI=0.0858731;REFB=-0.0086087;REVB=0.0187622;RO=38;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525226;STB=0.529395;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0120334;OID=.;OPOS=99768957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:16:18:18:20:16:18:18:20 chr7 99772298 . A C 1024.85 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.02;QD=59.4114;RBI=0.0575516;REFB=0;REVB=0.03217;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78523e-05;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:0:0:63:69:1:30:33:0:0:33:36:0:0 chr7 99778227 . G T 313.02 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00324044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.1;QD=17.3897;RBI=0.019635;REFB=-0.0103413;REVB=-0.0193657;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707947;STB=0.547236;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.012558;OID=.;OPOS=99778227;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:14:20:19:18:14:20:19:19 chr7 99778285 . A C 199.32 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=55;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0679678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.512;QD=13.2882;RBI=0.0694114;REFB=-0.0191999;REVB=0.0140828;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126087;STB=0.503335;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0305856;OID=.;OPOS=99778285;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:35:35:20:25:0.416667:12:8:18:17:12:13:18:17 chr7 99796146 . A C 196.87 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0325331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6624;QD=10.9372;RBI=0.0338433;REFB=-0.0152268;REVB=-0.00932547;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998298;STB=0.549681;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.018037;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:12:13:28:18:12:13:28:19 chr7 99802718 . GT CG,G 84.84 PASS AF=0.0119048,0.238095;AO=3,12;DP=84;FAO=1,20;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=0,15;FSAR=1,5;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.119022,-0.0508311;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=67.1382,19.1755;QD=4.04019;RBI=0.122674,0.0651033;REFB=-0.000337498,-0.0172242;REVB=-0.0297078,-0.0406773;RO=53;SAF=1,8;SAR=2,4;SRF=31;SRR=22;SSEN=0,0.325779;SSEP=0,0;SSSB=-0.222501,0.108048;STB=0.992298,0.616896;STBP=0.281,0.262;TYPE=mnp,del;VARB=0.122485,0.060162;OID=.,.;OPOS=99802718,99802719;OREF=GT,T;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:76:84:84:53:63:3,12:1,20:0.0119048,0.238095:2,4:1,8:31:22:1,5:0,15:39:24 chr7 99816272 . A G 268.07 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127345;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3334;QD=48.7392;RBI=0.129112;REFB=-0.0853854;REVB=0.0212841;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0147642;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:1:0:8:13:1:0 chr7 99816275 . G C 303.66 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.378;QD=52.811;RBI=0.0905911;REFB=0;REVB=0.0526363;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681287;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:18:23:1:8:10:0:0:9:14:0:0 chr7 99817585 . G T 623.16 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0116037;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.304;QD=18.1944;RBI=0.013645;REFB=0.00040567;REVB=0.00717909;RO=72;SAF=23;SAR=41;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179824;STB=0.506046;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.000370889;OID=.;OPOS=99817585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:72:73:64:64:0.467153:41:23:26:46:41:23:27:46 chr7 99817859 . A G 230.27 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0375422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7885;QD=46.0536;RBI=0.0919137;REFB=-0.0361524;REVB=-0.083897;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279067;STB=0.515136;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0145545;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:3:16:1:0:3:16:1:0 chr7 99821685 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.361;QD=56.7066;RBI=0.0709728;REFB=0;REVB=0.0225543;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035887;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr7 99954466 . G A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0235954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4771;QD=20.246;RBI=0.0243158;REFB=0.00406898;REVB=-0.00587526;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223402;STB=0.623124;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00845664;OID=.;OPOS=99954466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:18:18:8:25:18:18:8:25 chr7 99971313 . T C 1476.1 PASS AF=1;AO=80;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7953;QD=62.1517;RBI=0.088038;REFB=0;REVB=0.0797734;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148906;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:80:95:1:46:34:0:0:51:44:0:0 chr7 99971834 . A G 2306.9 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744873;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.533;QD=63.6387;RBI=0.0193099;REFB=0;REVB=0.0178154;RO=0;SAF=45;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6832e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9559e-05;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:100:45:0:0:100:45:0:0 chr7 100064719 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0507424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.237;QD=15.2582;RBI=0.0712771;REFB=0.0240874;REVB=0.0500563;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00509838;OID=.;OPOS=100064719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:4:2:5:2:4:2 chr7 100065639 . A AC 37.12 PASS AF=0.179775;AO=17;DP=95;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0131526;FXX=0.0531858;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.602;QD=1.66833;RBI=0.131969;REFB=-0.000821676;REVB=-0.131312;RO=71;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137553;STB=0.567938;STBP=0.574;TYPE=ins;VARB=0.0699928;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179775:17:95:16:89:73:7:9:38:35:37:71:7:10:37:34 chr7 100160264 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0324415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.539;QD=8.8114;RBI=0.0598817;REFB=-0.0185723;REVB=-0.0503326;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444295;STB=0.784921;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0188615;OID=.;OPOS=100160264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:2:8:2:4:2:9 chr7 100175473 . T C 481.01 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297373;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.585;QD=56.5896;RBI=0.0593886;REFB=0;REVB=0.0514071;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83781e-05;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:26:34:1:5:21:0:0:10:24:0:0 chr7 100175877 . C G 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0226473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.679;QD=27.3088;RBI=0.0240719;REFB=-0.0179709;REVB=-0.00815796;RO=20;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189737;STB=0.605068;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0100202;OID=.;OPOS=100175877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:20:9:11:9:20:9:11:9 chr7 100198386 . C T 220.53 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0145547;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.589;QD=16.0381;RBI=0.0404507;REFB=-0.0102448;REVB=-0.0377415;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247048;STB=0.638981;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00923637;OID=.;OPOS=100198386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:11:14:9:21:11:14:9:21 chr7 100210597 . A C 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0122742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.624;QD=12.2436;RBI=0.0124585;REFB=-0.00285337;REVB=-0.00213504;RO=59;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940331;STB=0.553815;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00590619;OID=.;OPOS=100210597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:21:12:17:42:21:12:17:42 chr7 100277728 . GGGCC GC,GG,GGC 177.23 PASS AF=0,0.142857,0.809524;AO=3,7,8;DP=23;FAO=0,3,17;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3,10;FSAR=0,0,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.102081,-0.169483,-0.220851;FXX=0.0869187;HRUN=5,5,5;LEN=3,3,2;MLLD=15.4583,20.8675,19.8919;QD=33.7579;RBI=0.17375,0.17824,0.231348;REFB=-0.0808138,-0.0757542,-0.101883;REVB=-0.140601,0.0551811,-0.0688982;RO=3;SAF=1,7,7;SAR=2,0,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.791268,0.379258;STB=0.5,0.5,0.523782;STBP=1,1,0.524;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0361318,-0.0563237;OID=.,.,.;OPOS=100277729,100277730,100277730;OREF=GGC,GCC,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,GG,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.142857,0.809524:3,7,8:23:0,3,17:21:1:0,3,10:0,0,7:1:0:12:3:1,7,7:2,0,1:1:2 chr7 100278657 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0161472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7752;QD=9.11025;RBI=0.0576868;REFB=-0.0176256;REVB=-0.0553808;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247838;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:8:8:4:4:8:8 chr7 100278679 . T C 155.57 PASS AF=0.615385;AO=3;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.148455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.1717;QD=23.9335;RBI=0.164115;REFB=-0.12863;REVB=0.0699632;RO=10;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766313;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0941669;OID=.;OPOS=100278679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:3:16:0.615385:2:1:4:6:7:9:4:6 chr7 100280305 . G A 115.07 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0602642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7411;QD=9.58878;RBI=0.0978689;REFB=-0.0460702;REVB=0.0771139;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280373;STB=0.539509;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0928182;OID=.;OPOS=100280305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:12:13:0.270833:8:4:10:22:8:5:11:22 chr7 100281768 . T C 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0788204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9119;QD=14.0417;RBI=0.0840249;REFB=-0.094238;REVB=-0.0291125;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0602774;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:2:3:0:3:2:3:0:4 chr7 100285476 . C T 236.0 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00897092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.226;QD=19.2653;RBI=0.0135703;REFB=-0.00509645;REVB=0.0101821;RO=26;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374372;STB=0.521109;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00816747;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:17:6:6:20:17:6:6:20 chr7 100304864 . C A 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0202899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.557;QD=17.939;RBI=0.0232772;REFB=-0.0101059;REVB=-0.0114082;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484832;STB=0.50276;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00531353;OID=.;OPOS=100304864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:14:8:7:12:14:8 chr7 100346053 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.016952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.23;QD=20.5466;RBI=0.0189257;REFB=0.00459489;REVB=-0.00841494;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131399;STB=0.574254;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00705634;OID=.;OPOS=100346053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:10:12:15:7:10:12 chr7 100348384 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0507189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7522;QD=15.6452;RBI=0.0507222;REFB=-0.00312615;REVB=-0.000584129;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263074;STB=0.651018;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00766811;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:14:15:6:16:14:15 chr7 100361675 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0354161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4833;QD=6.31731;RBI=0.0755165;REFB=-0.0127538;REVB=0.0666966;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793601;STB=0.551051;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0663322;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:14:11:3:5:14:11 chr7 100364679 . C T 225.85 PASS AF=0.547619;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.031092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3797;QD=21.5097;RBI=0.0316834;REFB=-0.029818;REVB=0.0060934;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127072;STB=0.545415;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0400606;OID=.;OPOS=100364679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:21:23:0.547619:12:9:11:8:12:11:11:8 chr7 100366284 . T C 49.5 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0219626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.464;QD=12.3746;RBI=0.113571;REFB=-0.10846;REVB=-0.111428;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.086124;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:16:6:9:7:7:0.4375:3:4:5:1:3:4:5:4 chr7 100371100 . C A 152.41 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0910035;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4726;QD=19.6653;RBI=0.0910694;REFB=-0.0089103;REVB=0.00346353;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177215;STB=0.612769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0201269;OID=.;OPOS=100371100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:8:8:4:10:8:8:4:11 chr7 100371114 . C T 115.32 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0837771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.803;QD=17.0843;RBI=0.0838086;REFB=0.00377132;REVB=-0.0022982;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288924;STB=0.693628;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00292655;OID=.;OPOS=100371114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:13:13:14:0.518519:6:7:3:11:6:8:2:11 chr7 100371358 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0263184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.169;QD=19.1557;RBI=0.0514997;REFB=-0.0151745;REVB=0.0442669;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207598;STB=0.616337;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0154574;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:5:18:12:9:5:18 chr7 100371473 . C T 176.19 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0233778;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.156;QD=19.0477;RBI=0.0505127;REFB=-0.0216367;REVB=-0.0447773;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147378;STB=0.594493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0206992;OID=.;OPOS=100371473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:19:18:18:0.486486:9:9:6:12:9:9:6:13 chr7 100371474 . G A 160.99 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0181297;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.463;QD=17.4042;RBI=0.0405321;REFB=0.00141878;REVB=0.0362514;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671833;STB=0.555489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.000538731;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:8:11:11:6:9:11 chr7 100371476 . T G,TG 167.34 PASS AF=0.0263158,0.447368;AO=3,15;DP=38;FAO=1,17;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=0,6;FSAR=1,11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00909104,-0.0109904;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=198.014,212.057;QD=17.6151;RBI=0.00946118,0.0144557;REFB=-0.028297,-0.0373113;REVB=0.00262045,0.00939024;RO=20;SAF=0,6;SAR=3,9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576344,-0.0507199;STB=0.988794,0.555489;STBP=0.448,0.572;TYPE=snp,ins;VARB=0.0229006,0.0233391;OID=.,.;OPOS=100371476,100371477;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:38:20:20:3,15:1,17:0.0263158,0.447368:3,9:0,6:9:11:1,11:0,6:9:11 chr7 100373077 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0639168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.254;QD=15.9171;RBI=0.0646082;REFB=-0.0263124;REVB=0.00942635;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274687;STB=0.515899;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0153253;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:5:10:9:4:5:10 chr7 100373317 . C T 76.72 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0247336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.199;QD=12.7874;RBI=0.0257962;REFB=-0.0146845;REVB=-0.00732757;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0218863;OID=.;OPOS=100373317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr7 100373367 . G C 100.79 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0217864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.464;QD=16.1264;RBI=0.0359141;REFB=-0.0113712;REVB=-0.0285514;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947925;STB=0.571306;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00963932;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:4:7:7:6:4:8:7:6 chr7 100374087 . A G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0168807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.395;QD=20.5427;RBI=0.0169437;REFB=-0.00739071;REVB=0.00145907;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141118;STB=0.579642;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00628363;OID=.;OPOS=100374087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:16:8:12:13:16:8:12:13 chr7 100386900 . T C 710.49 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5079;QD=55.7249;RBI=0.0322369;REFB=0;REVB=-0.00291285;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350575;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:19:28:0:0:19:32:0:0 chr7 100389590 . C T 418.4 PASS AF=0.423077;AO=29;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0120339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.54;QD=21.4565;RBI=0.0192903;REFB=-0.0194587;REVB=0.0150765;RO=31;SAF=7;SAR=22;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505265;STB=0.777399;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0477829;OID=.;OPOS=100389590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:31:33:29:33:0.423077:22:7:25:6:26:7:25:8 chr7 100389639 . G A 101.5 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00709928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.116;QD=4.61366;RBI=0.00735417;REFB=-0.0038322;REVB=-0.00191937;RO=70;SAF=10;SAR=7;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937613;STB=0.554739;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0135873;OID=.;OPOS=100389639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:70:71:17:17:0.193182:7:10:36:34:7:10:37:34 chr7 100391581 . T C 1414.83 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9171;QD=62.8815;RBI=0.062814;REFB=0;REVB=-0.0214731;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334622;OID=.;OPOS=100391581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr7 100391644 . T C 1528.0 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.009;QD=63.6668;RBI=0.0358667;REFB=0;REVB=-0.0260123;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159497;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:93:96:1:48:45:0:0:50:46:0:0 chr7 100395003 . G C 396.87 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0698;QD=51.2086;RBI=0.0360311;REFB=-0.222923;REVB=0.025373;RO=2;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153102;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0163672;OID=.;OPOS=100395003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:2:1:29:30:0.967742:11:18:1:1:12:18:1:0 chr7 100411278 . T C 500.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8089;QD=58.8424;RBI=0.0426222;REFB=0;REVB=0.0409659;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237727;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:21:13:0:0 chr7 100416250 . A G 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000959526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.036;QD=62.9077;RBI=0.00582901;REFB=0;REVB=-0.0057495;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50529e-05;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr7 100420155 . A G 168.19 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0160775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.294;QD=15.6454;RBI=0.0160797;REFB=-0.00567621;REVB=0.000268556;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211591;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0134987;OID=.;OPOS=100420155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:25:17:18:0.418605:7:10:14:9:8:10:15:10 chr7 100424584 . CCCG C,CC,CCC,CCCC 848.01 PASS AF=0,0.483333,0.516667,0;AO=9,23,12,22;DP=66;FAO=0,29,31,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,9,0;FSAR=0,17,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333263,0.0442628,0.0523718,0.0565663;FXX=0.0163908;HRUN=9,9,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=237.415,243.151,243.538,240.158;QD=56.5342;RBI=0.0362547,0.0467022,0.0545321,0.0585973;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0142745,-0.0148961,-0.0151968,-0.0152938;RO=0;SAF=5,11,4,4;SAR=4,12,8,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0156271,-0.00230015,0.000972238,-0.0131299;OID=.,.,.,.;OPOS=100424585,100424586,100424587,100424587;OREF=CCG,CG,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC,CCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.483333,0.516667,0:9,23,12,22:66:0,29,31,0:60:0:0,12,9,0:0,17,22,0:0:0:39:0:5,11,4,4:4,12,8,18:0:0 chr7 100458795 . T C 494.62 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.000565638;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.577;QD=23.0057;RBI=0.00511713;REFB=-0.018154;REVB=-0.00508577;RO=39;SAF=29;SAR=18;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25251;STB=0.638708;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0149414;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:39:39:47:47:0.546512:18:29:12:27:18:29:12:27 chr7 100466441 . G A 816.93 PASS AF=0.562963;AO=76;DP=136;FAO=76;FDP=135;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.000992968;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.719;QD=24.2054;RBI=0.0149536;REFB=-0.0244269;REVB=0.0149206;RO=59;SAF=32;SAR=44;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708844;STB=0.538694;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0181419;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:59:59:76:76:0.562963:44:32:30:29:44:32:30:29 chr7 100468284 . A G 375.27 PASS AF=0.421053;AO=41;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0395171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0325;QD=15.8007;RBI=0.0988796;REFB=-0.0164786;REVB=-0.0906398;RO=49;SAF=10;SAR=31;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125283;STB=0.580602;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.021582;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:55:41:40:0.421053:31:10:17:32:30:10:20:35 chr7 100482026 . T C 109.18 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0153303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9038;QD=14.0872;RBI=0.027683;REFB=-0.0249581;REVB=-0.0230506;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0330018;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:12:6:5:8:12:6 chr7 100486656 . T G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0457084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4534;QD=14.6972;RBI=0.0457887;REFB=-0.00404056;REVB=0.00270951;RO=23;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102262;STB=0.559919;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0149047;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:14:2:4:19:14:2:4:19 chr7 100494222 . G GC 950.43 PASS AF=1;AO=77;DP=84;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523976;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0222;QD=47.5217;RBI=0.0343482;REFB=0;REVB=0.0339462;RO=4;SAF=42;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00054844;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:84:80:80:0:42:38:0:0:17:4:42:35:2:2 chr7 100549573 . G T 81.1 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0555616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1994;QD=8.10953;RBI=0.0556788;REFB=-0.0140219;REVB=-0.00361013;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176595;STB=0.594426;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0376734;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:28:29:11:11:0.275:5:6:11:17:5:6:12:17 chr7 100549583 . G A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.000755202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.556;QD=11.0159;RBI=0.00828038;REFB=-0.0139746;REVB=0.00824587;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276369;STB=0.664198;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0236846;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:11:17:5:9:11:17 chr7 100549592 . TT AA 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000588038;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=204.216;QD=14.7423;RBI=0.013356;REFB=0.00128198;REVB=0.013343;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273807;STB=0.668313;STBP=0.086;TYPE=mnp;VARB=-0.00356012;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:6:11:9:15:6:11:9:16 chr7 100549650 . A G 353.02 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0419689;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.101;QD=20.7656;RBI=0.0479781;REFB=-0.0424593;REVB=0.0232488;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677869;STB=0.537613;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0214847;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:12:24:19:13:12:24:19:13 chr7 100549697 . A G 462.13 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0235831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.312;QD=24.3226;RBI=0.0239338;REFB=-0.0374619;REVB=0.00408231;RO=32;SAF=31;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123276;STB=0.567811;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0379458;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:13:31:18:14:13:31:18:14 chr7 100549703 . C T 446.17 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0315117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.81;QD=23.4828;RBI=0.0315347;REFB=-0.0365077;REVB=0.00120399;RO=33;SAF=28;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640772;STB=0.53525;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0455628;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:15:28:19:14:15:28:19:14 chr7 100549787 . CA TG 220.53 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00822627;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.127;QD=16.0383;RBI=0.00831865;REFB=-0.00553215;REVB=-0.00123632;RO=30;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166908;STB=0.594961;STBP=0.248;TYPE=mnp;VARB=0.00807633;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:7:18:17:13:7:18:17:13 chr7 100549840 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00723089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.868;QD=8.89996;RBI=0.00728105;REFB=-0.00163052;REVB=0.000853174;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146507;STB=0.591059;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00519298;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:2:9:19:7:2:9:19:7 chr7 100549873 . G A 52.83 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0478654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.105;QD=7.28734;RBI=0.0479293;REFB=-0.0139069;REVB=0.00247401;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252475;STB=0.72369;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0192145;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:29:15:21:8:8:0.275862:4:4:11:4:4:4:17:4 chr7 100549884 . C T 40.22 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00137146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.605;QD=5.18983;RBI=0.0412608;REFB=-0.00327872;REVB=-0.041238;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291987;STB=0.611357;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0096236;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:30:31:23:24:6:7:0.225806:3:3:17:6:3:4:17:7 chr7 100549935 . T G 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0216895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.408;QD=9.13162;RBI=0.0486422;REFB=-0.01087;REVB=0.0435389;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455145;STB=0.772765;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0242975;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:16:6:7:3:16:6 chr7 100549942 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0514996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.597;QD=9.13235;RBI=0.0589321;REFB=-0.0207491;REVB=0.0286492;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455145;STB=0.772765;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0219069;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:16:6:7:3:16:6 chr7 100549979 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0345816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.614;QD=10.1699;RBI=0.0579275;REFB=-0.025404;REVB=0.0464727;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149752;STB=0.590003;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0310438;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:13:9:6:5:13:9 chr7 100550032 . C CCCT 108.62 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00474616;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=207.407;QD=14.9825;RBI=0.00509821;REFB=-0.0262236;REVB=0.00186162;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857139;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=ins;VARB=0.0276956;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:12:31:13:29:16:6:7:7:9:99:18:5:7:9:9 chr7 100550079 . A C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0186681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.304;QD=17.8005;RBI=0.0194989;REFB=-0.0268396;REVB=-0.0056311;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250896;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0255453;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:15:9:8:12:15:9 chr7 100550133 . A G 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0195786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.829;QD=7.47155;RBI=0.0261752;REFB=-0.0217697;REVB=0.0173729;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200653;STB=0.625302;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0396976;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:15:17:4:7:15:17 chr7 100550138 . C T 73.27 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0404279;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.559;QD=7.32664;RBI=0.0465618;REFB=-0.0114042;REVB=0.0230994;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31724;STB=0.6996;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00554555;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:41:40:30:30:10:10:0.25:3:7:13:17:3:7:13:17 chr7 100550184 . C A 35.85 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0564288;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9523;QD=4.77969;RBI=0.056607;REFB=0.00296013;REVB=0.0044883;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107049;STB=0.566449;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0420374;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:30:22:24:6:6:0.2:3:3:9:13:3:3:10:14 chr7 100550191 . C T 99.39 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00686029;FXX=0.0937207;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.371;QD=13.7092;RBI=0.0110134;REFB=-0.0271187;REVB=-0.00861578;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446081;STB=0.729684;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0255556;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:32:29:11:17:11:11:0.37931:4:7:1:10:4:7:4:13 chr7 100550203 . T A 33.87 PASS AF=0.206897;AO=5;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0355077;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.321;QD=4.67236;RBI=0.0365349;REFB=-0.00594971;REVB=-0.00860236;RO=22;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04484;STB=0.585928;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0361364;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:28:29:22:23:5:6:0.206897:3:2:8:14:3:3:9:14 chr7 100551445 . C G 199.2 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00994539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.572;QD=15.6236;RBI=0.0302352;REFB=-0.020446;REVB=-0.0285527;RO=29;SAF=17;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259387;STB=0.649533;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0531352;OID=.;OPOS=100551445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:5:17:16:13:5:17:16:13 chr7 100551476 . C T 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0421214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.671;QD=3.07319;RBI=0.0422131;REFB=-0.00374071;REVB=0.00278072;RO=37;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555327;STB=0.88328;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.027441;OID=.;OPOS=100551476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:5:1:25:12:5:1:25:12 chr7 100551502 . A C 39.4 PASS AF=0.241379;AO=4;DP=26;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00151194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.263;QD=5.43401;RBI=0.0155738;REFB=-0.0152483;REVB=-0.0155002;RO=22;SAF=1;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199848;STB=0.621021;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.073551;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:26:29:22:22:4:7:0.241379:3:1:9:13:3:4:9:13 chr7 100551533 . G T 229.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.012371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.456;QD=22.3939;RBI=0.018698;REFB=-0.0230275;REVB=-0.0140205;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724577;STB=0.540504;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.017386;OID=.;OPOS=100551533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:7:12:12:10:7:12 chr7 100551565 . AT GC 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0161933;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.916;QD=7.08531;RBI=0.0231585;REFB=-0.00801667;REVB=0.0165558;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148171;STB=0.604745;STBP=0.424;TYPE=mnp;VARB=0.0210296;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:7:4:16:17:7:4:17:17 chr7 100551578 . T G 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0491987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1732;QD=6.3023;RBI=0.0492624;REFB=-0.00584339;REVB=0.00250401;RO=40;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118542;STB=0.586518;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0370119;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:52:53:40:41:12:12:0.226415:8:4:17:23:8:4:18:23 chr7 100551626 . T C 446.41 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00542843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.129;QD=29.273;RBI=0.0208443;REFB=-0.0165882;REVB=-0.020125;RO=19;SAF=24;SAR=17;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352221;STB=0.511889;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0107697;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:20:41:41:0.672131:17:24:10:9:17:24:11:9 chr7 100551637 . C CCAA 50.71 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00922428;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=3;MLLD=230.112;QD=3.4378;RBI=0.00932166;REFB=-0.0032183;REVB=-0.00134388;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19322;STB=0.64545;STBP=0.395;TYPE=ins;VARB=0.0136961;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152542:9:62:9:59:50:4:5:31:19:50:53:4:5:32:21 chr7 100551646 . A G 51.41 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-6.95544e-05;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.807;QD=3.48534;RBI=0.0339062;REFB=-0.00586499;REVB=0.0339061;RO=44;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404048;STB=0.521026;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00881478;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:61:59:44:50:9:9:0.152542:4:5:23:21:4:5:29:21 chr7 100551662 . C T 70.92 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0245572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.553;QD=4.50302;RBI=0.0519775;REFB=0.000233007;REVB=-0.0458105;RO=51;SAF=8;SAR=4;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175702;STB=0.615188;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00154237;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:63:63:51:51:12:12:0.190476:4:8:27:24:4:8:27:24 chr7 100551666 . A T 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0210333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.654;QD=4.77054;RBI=0.0247184;REFB=-0.0111923;REVB=-0.0129847;RO=47;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221976;STB=0.628994;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0408176;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:47:49:12:12:0.196721:4:8:23:24:4:8:25:24 chr7 100551687 . T C 75.35 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=57;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00599143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.182;QD=5.19677;RBI=0.021717;REFB=-0.008606;REVB=-0.0208742;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221068;STB=0.666389;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0460284;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:57:58:46:46:11:12:0.206897:4:7:21:25:4:8:21:25 chr7 100551692 . C T 76.44 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=57;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0204355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.654;QD=5.27206;RBI=0.0447453;REFB=-0.00312214;REVB=-0.0398062;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221068;STB=0.666389;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.01006;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:58:46:46:11:12:0.206897:4:7:21:25:4:8:21:25 chr7 100551719 . C T 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00387123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.483;QD=7.81283;RBI=0.00715434;REFB=-0.01532;REVB=0.00601649;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110778;STB=0.571331;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0333347;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:40:15:15:0.272727:5:10:22:16:5:10:23:17 chr7 100551729 . C T 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0296375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.961;QD=6.88081;RBI=0.0485357;REFB=-0.00394068;REVB=-0.0384361;RO=39;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131511;STB=0.58319;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00775911;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:4:8:22:17:4:8:22:17 chr7 100551773 . C A 122.74 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0142933;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.798;QD=10.0198;RBI=0.0145809;REFB=-0.0141213;REVB=0.00288191;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184138;STB=0.534438;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0328929;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:35:34:14:15:0.306122:5:9:23:12:6:9:22:12 chr7 100551778 . G A 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.011141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.546;QD=11.1266;RBI=0.0111413;REFB=-0.0113835;REVB=7.40809e-05;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748182;STB=0.543991;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0169604;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:24:10:6:11:24:10 chr7 100551793 . G T 126.6 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0470555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7722;QD=11.5093;RBI=0.0535818;REFB=-0.0237956;REVB=-0.0256279;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136409;STB=0.588125;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0438737;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:6:9:20:8:6:9:21:8 chr7 100551840 . T A 85.06 PASS AF=0.311111;AO=19;DP=50;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0478919;FXX=0.09998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.264;QD=7.56084;RBI=0.0485196;REFB=-0.0368255;REVB=0.0077792;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212629;STB=0.730048;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0397109;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:50:45:31:31:19:14:0.311111:7:12:19:12:2:12:19:12 chr7 100551842 . CT TC 165.74 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.030609;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.592;QD=13.8116;RBI=0.0497926;REFB=0.0061276;REVB=-0.0392734;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777524;STB=0.545403;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=-0.00121667;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:30:18:18:0.375:6:12:18:12:6:12:18:12 chr7 100551849 . A T 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00885494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.434;QD=15.1652;RBI=0.00886169;REFB=-0.0269813;REVB=0.000345744;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559092;STB=0.531887;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0299383;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:8:15:18:12:8:15:18:12 chr7 100551912 . G A 112.7 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0220973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.53;QD=6.62931;RBI=0.0221955;REFB=0.00280529;REVB=0.00208554;RO=50;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840263;STB=0.55937;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00859639;OID=.;OPOS=100551912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:7:10:26:24:7:10:26:25 chr7 100551997 . G T 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0472476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.768;QD=3.22784;RBI=0.0539213;REFB=-0.00577007;REVB=-0.025984;RO=47;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063477;STB=0.537289;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0408077;OID=.;OPOS=100551997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:47:48:8:8:0.142857:3:5:27:20:3:5:28:20 chr7 100552018 . T G 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0141875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.399;QD=15.6445;RBI=0.0150729;REFB=-0.046789;REVB=0.00508996;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409098;STB=0.730451;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0572675;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:23:6:14:8:23:6 chr7 100552020 . C T 205.12 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00217506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.771;QD=16.4096;RBI=0.0397963;REFB=-0.0121271;REVB=-0.0397368;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400106;STB=0.725934;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0254711;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:23:6:13:8:23:6 chr7 100552044 . T G 164.13 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.00304504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9034;QD=13.6772;RBI=0.0371442;REFB=-0.0166909;REVB=0.0370192;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487322;STB=0.775398;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0348049;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:26:4:11:7:26:4 chr7 100552094 . G C 191.53 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0886905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6266;QD=22.5324;RBI=0.0949258;REFB=-0.0375045;REVB=-0.0338364;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341015;STB=0.68937;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.029121;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:13:2:11:8:13:2 chr7 100552117 . G T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0183924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.144;QD=12.4824;RBI=0.0320771;REFB=-0.0196949;REVB=-0.0262803;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110534;STB=0.564867;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0285139;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:13:6:5:7:13:6 chr7 100552135 . T C 94.73 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0382576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7355;QD=12.6313;RBI=0.0511082;REFB=-0.0590071;REVB=-0.0338882;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0804284;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:12:6:6:6:12:6 chr7 100552149 . T C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0273478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.027;QD=6.01661;RBI=0.027384;REFB=-0.00660424;REVB=-0.00140743;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272656;STB=0.685231;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0198145;OID=.;OPOS=100552149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:14:7:4:3:15:7 chr7 100552160 . C G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00949652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.598;QD=5.21543;RBI=0.0370565;REFB=-0.000480999;REVB=0.035819;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325237;STB=0.713606;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00310758;OID=.;OPOS=100552160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:13:8:4:2:13:8 chr7 100552251 . T C 194.43 PASS AF=0.375;AO=21;DP=61;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0186019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.299;QD=12.1516;RBI=0.0210296;REFB=-0.0268562;REVB=-0.00980876;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514962;STB=0.505343;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0481285;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:40:40:21:24:0.375:13:8:17:23:14:10:17:23 chr7 100552311 . C T 317.04 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=0.0426726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.686;QD=20.454;RBI=0.0431028;REFB=-0.00568247;REVB=0.00607461;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395349;STB=0.687979;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00401447;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:29:33:33:0.532258:18:15:0:27:18:15:2:27 chr7 100552338 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=0.00160175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.643;QD=16.2791;RBI=0.00777891;REFB=-0.00657849;REVB=0.00761221;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385887;STB=0.718228;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00892076;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:13:15:4:28:13:15:4:29 chr7 100552358 . C G 280.41 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0628809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5756;QD=16.9947;RBI=0.0631531;REFB=-0.0187734;REVB=-0.00585807;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264419;STB=0.652578;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0311127;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:13:17:10:25:13:18:10:25 chr7 100552371 . C G 266.29 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0093455;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.843;QD=18.0534;RBI=0.0106559;REFB=-0.021996;REVB=0.00511959;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226798;STB=0.626643;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0165775;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:12:17:10:20:12:17:10:20 chr7 100552384 . A G 291.27 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0510618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.042;QD=19.4181;RBI=0.0556061;REFB=-0.0614445;REVB=0.0220167;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175317;STB=0.597382;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0203226;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:10:19:14:17:10:19 chr7 100552390 . T C 226.39 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0150665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5551;QD=15.8873;RBI=0.015194;REFB=-0.00508723;REVB=0.00196414;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153358;STB=0.564467;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00727416;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:25:26:0.45614:11:14:12:18:12:14:13:18 chr7 100552412 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00230284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.963;QD=15.6451;RBI=0.0130694;REFB=-0.00537362;REVB=0.0128649;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207867;STB=0.619025;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0129222;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:14:15:7:15:14:15 chr7 100552435 . TC AT 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00748108;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.044;QD=15.6255;RBI=0.0136902;REFB=-0.0245859;REVB=0.0114654;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.997;TYPE=mnp;VARB=0.0167995;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:17:10:7:12:17:10 chr7 100552440 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00288344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.427;QD=16.8738;RBI=0.0298851;REFB=-0.0157461;REVB=0.0297457;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418209;STB=0.50239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0178164;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:17:9:7:13:17:9 chr7 100552535 . GT AC,GC 287.3 PASS AF=0.484848,0.272727;AO=16,9;DP=35;FAO=16,9;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=9,7;FSAR=7,2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0450582,-0.0163717;FXX=0.0571265;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=94.5925,112.892;QD=34.8246;RBI=0.0481779,0.0167248;REFB=0.0269901,0.0208041;REVB=0.0170551,-0.00341858;RO=8;SAF=9,7;SAR=7,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0381514,0.157762;STB=0.52125,0.592997;STBP=0.789,0.495;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0105991,-0.0055811;OID=.,.;OPOS=100552535,100552536;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:35:33:8:8:16,9:16,9:0.484848,0.272727:7,2:9,7:5:3:7,2:9,7:5:3 chr7 100552549 . CT AC,CC 322.13 PASS AF=0.555556,0.222222;AO=19,8;DP=36;FAO=20,8;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=11,6;FSAR=9,2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0167164,-0.0210881;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=105.151,129.052;QD=35.7919;RBI=0.0167199,0.0211169;REFB=0.0295863,-0.00319383;REVB=0.000341393,-0.0011041;RO=6;SAF=10,6;SAR=9,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0115032,0.21129;STB=0.521717,0.576719;STBP=0.748,0.614;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00663743,0.0346512;OID=.,.;OPOS=100552549,100552550;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:36:36:6:8:19,8:20,8:0.555556,0.222222:9,2:10,6:3:3:9,2:11,6:5:3 chr7 100552644 . C A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.215;QD=36.3483;RBI=0.0257605;REFB=-0.0046775;REVB=0.0257605;RO=1;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114842;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:11:0:0:1:11:0:0:1 chr7 100552727 . G C 84.69 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0153816;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.266;QD=9.96401;RBI=0.0153816;REFB=-0.00828974;REVB=-1.14977e-05;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917324;STB=0.573641;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0213195;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:24:23:11:11:0.323529:5:6:15:9:5:6:15:8 chr7 100552738 . CA TG 73.08 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00364503;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.263;QD=8.35235;RBI=0.00822691;REFB=-0.0111395;REVB=-0.00737536;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069353;STB=0.542772;STBP=0.751;TYPE=mnp;VARB=0.0295315;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:14:11:5:5:14:11 chr7 100552915 . A C 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.066;QD=59.8645;RBI=0.00354478;REFB=0;REVB=-0.00337304;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56076e-06;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr7 100552978 . T C 468.61 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0122769;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.881;QD=19.7307;RBI=0.0304865;REFB=-0.00622575;REVB=0.0279053;RO=42;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224352;STB=0.505955;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00855458;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:42:49:46:46:0.484211:22:24:23:19:22:24:25:24 chr7 100552984 . T C 507.72 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0112871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.88;QD=21.1548;RBI=0.0343894;REFB=-0.00544831;REVB=0.0324843;RO=46;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200968;STB=0.510634;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00584315;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:47:48:49:0.510417:23:25:25:21:24:25:25:22 chr7 100553002 . A G 433.77 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0115784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.95;QD=20.9047;RBI=0.0242617;REFB=-0.0162013;REVB=-0.0213207;RO=40;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304587;STB=0.516846;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0120729;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:23:20:20:20:23:20:20:20 chr7 100607851 . C G 439.96 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0162464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.515;QD=29.828;RBI=0.025784;REFB=-0.00699462;REVB=0.0200217;RO=18;SAF=15;SAR=23;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129687;STB=0.570573;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0031126;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:38:38:0.644068:23:15:11:7:23:15:11:7 chr7 100607871 . C T 449.77 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0260367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.962;QD=32.7108;RBI=0.0261304;REFB=-0.0118119;REVB=0.00221176;RO=15;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553191;STB=0.529939;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00607928;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:23:17:8:7:23:17:8:7 chr7 100608370 . A C 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00470577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.233;QD=14.6968;RBI=0.00485852;REFB=-0.00981382;REVB=-0.00120869;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21673;STB=0.617167;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0110891;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:21:21:0.411765:15:6:14:15:15:6:14:16 chr7 100608375 . G A 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0161048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.507;QD=14.488;RBI=0.0186277;REFB=-0.00449814;REVB=0.0093608;RO=29;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252413;STB=0.639267;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0058178;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:14:5:14:15:14:5:14:16 chr7 100608778 . TC CT 198.69 PASS AF=0.636364;AO=26;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0302741;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.041;QD=18.0625;RBI=0.0631949;REFB=-0.0446667;REVB=0.0554714;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246389;STB=0.636848;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.0477673;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:15:16:26:28:0.636364:15:11:12:3:16:12:13:3 chr7 100608823 . G T 83.34 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00486556;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.598;QD=7.75293;RBI=0.00577717;REFB=-0.00196411;REVB=-0.00311481;RO=32;SAF=2;SAR=9;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616364;STB=0.872562;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0138615;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:44:43:32:32:11:11:0.255814:9:2:24:8:9:2:24:8 chr7 100608826 . C G 317.24 PASS AF=0.651163;AO=25;DP=41;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0332599;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.652;QD=29.5106;RBI=0.0711373;REFB=-0.0539523;REVB=0.0628832;RO=16;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258752;STB=0.60458;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0326652;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:16:15:25:28:0.651163:14:11:13:3:14:14:12:3 chr7 100608868 . A G 275.64 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.000361041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.566;QD=32.4276;RBI=0.0085313;REFB=-0.0149101;REVB=0.00852366;RO=10;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215528;STB=0.617554;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00860923;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:12:12:9:1:12:12:9:1 chr7 100608884 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0253929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.053;QD=28.1409;RBI=0.0665968;REFB=-0.038115;REVB=0.0615657;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226531;STB=0.625516;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0206855;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:6:1:9:7:6:1 chr7 100610069 . C T 373.26 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00371093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.482;QD=37.3259;RBI=0.00459973;REFB=-0.0173854;REVB=-0.00271782;RO=10;SAF=12;SAR=18;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460525;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:18:12:4:6:18:12:4:6 chr7 100612898 . T C 33.86 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00790088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.371;QD=3.76268;RBI=0.0116354;REFB=-0.00107426;REVB=-0.00854162;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321534;STB=0.759901;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0171918;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:28:30:6:6:0.166667:1:5:17:11:1:5:17:13 chr7 100612945 . C T 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0301474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.333;QD=4.7001;RBI=0.0316907;REFB=-0.00725234;REVB=0.00976922;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477754;STB=0.826583;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0569845;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:1:6:14:15:1:6:14:15 chr7 100612952 . G A 43.01 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0124934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7227;QD=5.37568;RBI=0.0250745;REFB=-0.0232632;REVB=0.0217403;RO=25;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448574;STB=0.803157;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0777809;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:1:6:13:12:1:6:13:12 chr7 100615387 . C T 36.75 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00629809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6922;QD=2.57879;RBI=0.0112724;REFB=-0.0132952;REVB=0.00934889;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375524;STB=0.527839;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0828255;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:3:4:27:23:3:4:27:23 chr7 100624718 . G C 285.89 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0078779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1718;QD=20.4208;RBI=0.0100447;REFB=-0.0401317;REVB=0.00623182;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288683;STB=0.666561;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0313158;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:12:18:6:19:12:18:6:20 chr7 100634476 . C G 128.43 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.128482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6242;QD=24.4637;RBI=0.138122;REFB=-0.0911962;REVB=0.0506955;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15565;STB=0.561321;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0548689;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:8:7:13:14:0.666667:4:9:7:1:4:10:6:1 chr7 100634640 . T G 205.62 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00999233;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.513;QD=14.6874;RBI=0.00999736;REFB=-0.0144516;REVB=0.00031723;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205236;STB=0.617184;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.027402;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:24:24:0.428571:8:16:15:17:8:16:15:17 chr7 100634964 . C A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-5.90139e-07;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.172;QD=20.2097;RBI=0.0356252;REFB=-0.0142925;REVB=0.0356252;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0102252;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr7 100635375 . A C 292.6 PASS AF=0.714286;AO=23;DP=33;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.130272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.887;QD=33.4397;RBI=0.130289;REFB=-0.0184475;REVB=0.00209961;RO=10;SAF=15;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145433;STB=0.586136;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0115331;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:35:10:10:23:25:0.714286:8:15:4:6:8:17:4:6 chr7 100635591 . C A 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0140981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.766;QD=36.8582;RBI=0.0231641;REFB=-0.07029;REVB=0.0183799;RO=8;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827567;STB=0.544877;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0171662;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:19:7:1:7:19:7:1:7 chr7 100635661 . T C 221.11 PASS AF=0.740741;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0239215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.87;QD=32.7565;RBI=0.023959;REFB=-0.0367317;REVB=0.00133994;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194408;STB=0.599911;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00316969;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:19:20:0.740741:13:6:0:7:14:6:0:7 chr7 100635679 . C G 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0257146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.101;QD=28.7636;RBI=0.0307179;REFB=-0.0444302;REVB=0.0168033;RO=9;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311786;STB=0.517224;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.026742;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:14:5:2:7:14:5:2:7 chr7 100638856 . A G 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0179833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.478;QD=9.91603;RBI=0.0188861;REFB=-0.0046737;REVB=0.00576935;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0131389;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:8:8:5:4:8:9 chr7 100638899 . A G 74.97 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0241636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.391;QD=11.1069;RBI=0.0366195;REFB=-0.0157702;REVB=0.0275156;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.683837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0353682;OID=.;OPOS=100638899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:10:7:7:3:10:7 chr7 100639012 . C T 123.63 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.11216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3638;QD=19.0194;RBI=0.112849;REFB=-0.0764299;REVB=-0.0124516;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214087;STB=0.576816;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0480927;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:12:12:12:14:0.538462:7:5:8:4:7:7:8:4 chr7 100639040 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0277349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.302;QD=19.9269;RBI=0.0409818;REFB=-0.0401961;REVB=0.0301708;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.021303;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:6:3:5:7:6:3 chr7 100639049 . G C 95.94 PASS AF=0.647059;AO=6;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.106614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.678;QD=22.573;RBI=0.107003;REFB=-0.0097623;REVB=0.00911921;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45721;STB=0.5434;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00190477;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:6:11:0.647059:5:1:4:2:5:6:4:2 chr7 100639054 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0102456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.543;QD=20.8931;RBI=0.029848;REFB=-0.000305841;REVB=0.0280344;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000316806;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:4:2:4:6:4:2 chr7 100639066 . C T 50.43 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0142365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.394;QD=16.8106;RBI=0.0177233;REFB=-0.0161978;REVB=-0.0105564;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763028;STB=0.545316;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0758683;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:4:1:1:6:4:1 chr7 100643477 . A C 49.07 PASS AF=0.0915033;AO=14;DP=153;FAO=14;FDP=153;FR=.;FRO=139;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.00554358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.682;QD=1.28282;RBI=0.0165859;REFB=-0.00412527;REVB=-0.015632;RO=132;SAF=9;SAR=5;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237019;STB=0.674962;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0304417;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:153:153:132:139:14:14:0.0915033:5:9:58:74:5:9:62:77 chr7 100647819 . C T 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0231443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.344;QD=27.6499;RBI=0.0245737;REFB=-0.0137369;REVB=-0.0082588;RO=9;SAF=16;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00734782;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:2:16:8:1:2:16:8:1 chr7 100647875 . C A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00460365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.05;QD=23.0939;RBI=0.0147811;REFB=-0.031229;REVB=-0.0140459;RO=12;SAF=16;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257988;STB=0.648431;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0229199;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:1:16:10:2:1:16:10:2 chr7 100647918 . A AC 122.57 PASS AF=0.846154;AO=3;DP=27;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0733365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.6766;QD=18.8575;RBI=0.281196;REFB=-0.0183962;REVB=0.271465;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457411;STB=0.565971;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=0.0524935;OID=.;OPOS=100647919;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:3:27:22:26:4:20:2:3:1:11:24:3:0:21:3 chr7 100647920 . A C 139.48 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0456881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8365;QD=21.4581;RBI=0.110227;REFB=-0.0180157;REVB=0.100312;RO=11;SAF=14;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252078;STB=0.645914;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0162066;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:1:14:9:2:1:14:9:2 chr7 100648029 . G A 39.42 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0203773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.263;QD=13.1385;RBI=0.0395072;REFB=-0.0142715;REVB=-0.0338465;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0318513;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr7 100648117 . C G 49.88 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0133117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7556;QD=16.6251;RBI=0.0748541;REFB=-0.0152935;REVB=0.0736609;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.650752;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0119612;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:5:5:6:7:0.583333:3:3:4:1:4:3:4:1 chr7 100678086 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7625;QD=60.2278;RBI=0.00898587;REFB=0;REVB=-0.00626781;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119101;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr7 100680521 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0192513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.285;QD=20.4853;RBI=0.0209581;REFB=0.00397976;REVB=-0.00828437;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197756;STB=0.629034;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00445672;OID=.;OPOS=100680521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:8:6:7:3:8:6:8:3 chr7 100681751 . A G 104.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0112685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.929;QD=17.449;RBI=0.011673;REFB=-0.00160803;REVB=-0.0030465;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.618823;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000595528;OID=.;OPOS=100681751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:24:24:10:11:10:10:0.416667:5:5:7:3:5:5:8:3 chr7 100681762 . A G 151.3 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0281661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.953;QD=20.1738;RBI=0.0282428;REFB=-0.00977162;REVB=-0.00208004;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985912;STB=0.55549;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0106519;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:11:3:5:11:11:3 chr7 100684650 . C G 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0712163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6175;QD=15.9162;RBI=0.0741159;REFB=0.00656587;REVB=0.0205282;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0033338;OID=.;OPOS=100684650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:8:7:5:8:8:7 chr7 100692680 . T G 470.59 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0153212;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.32;QD=20.4604;RBI=0.0159892;REFB=0.0047699;REVB=-0.00457348;RO=46;SAF=17;SAR=29;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619153;STB=0.534347;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00354351;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:46:46:46:46:0.5:29:17:20:26:29:17:20:26 chr7 100693849 . C T 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00736779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.071;QD=31.2416;RBI=0.0217977;REFB=-0.020929;REVB=-0.0205148;RO=4;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995427;STB=0.555473;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00905287;OID=.;OPOS=100693849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:4:10:2:2:4:10:2:2 chr7 100701333 . A G 227.33 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0277839;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.338;QD=20.2072;RBI=0.0390707;REFB=-0.0120699;REVB=0.0274695;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284033;STB=0.510195;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.011567;OID=.;OPOS=100701333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:23:21:22:0.488889:9:12:13:11:10:12:13:10 chr7 100701610 . T A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00527535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.253;QD=5.44272;RBI=0.0166087;REFB=-0.0126008;REVB=-0.0157486;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176379;STB=0.615021;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0326901;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:7:13:3:3:7:13 chr7 100731829 . T C 636.49 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0142188;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.035;QD=23.145;RBI=0.0166251;REFB=-0.0275584;REVB=0.00861503;RO=48;SAF=33;SAR=29;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141444;STB=0.577235;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0223386;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:48:48:62:62:0.563636:29:33:17:31:29:33:17:31 chr7 100732376 . G A 143.84 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00158342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4782;QD=15.5507;RBI=0.0522977;REFB=-0.0372443;REVB=0.0522737;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607014;STB=0.522156;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0389653;OID=.;OPOS=100732376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:9:7:10:10:9:7:10:11 chr7 100775205 . G C 669.38 PASS AF=0.5;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0665529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7195;QD=19.9814;RBI=0.06697;REFB=-0.0286505;REVB=0.00746203;RO=67;SAF=43;SAR=24;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448278;STB=0.52468;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0313438;OID=.;OPOS=100775205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:67:67:67:67:0.5:24:43:46:21:24:43:46:21 chr7 100799970 . C T 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.000736094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.231;QD=17.4083;RBI=0.016525;REFB=-0.0109718;REVB=-0.0165086;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159339;STB=0.588743;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0138171;OID=.;OPOS=100799970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:22:18:14:34:22:18:14:34 chr7 100804240 . T TACCTCC 175.17 PASS AF=0.842105;AO=14;DP=20;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.034396;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=6;MLLD=353.381;QD=36.8771;RBI=0.0343972;REFB=-0.0199476;REVB=0.000291112;RO=3;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118465;STB=0.56514;STBP=0.278;TYPE=ins;VARB=0.00339444;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:14:20:16:19:3:6:10:0:3:15:3:4:10:0:3 chr7 100953944 . CATAT CAT,CATAG 85.21 PASS AF=0.243902,0.0487805;AO=9,2;DP=45;FAO=10,2;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0;FSAR=6,2;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0233176,-0.0172978;FXX=0.0465008;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=222.366,68.508;QD=8.31318;RBI=0.0263882,0.0244171;REFB=-0.0110308,0.00410939;REVB=-0.0123542,-0.0172331;RO=29;SAF=3,0;SAR=6,2;SRF=9;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0313618,-0.391533;STB=0.571293,0.992985;STBP=0.66,0.328;TYPE=del,snp;VARB=0.0379855,-0.00891585;OID=.,.;OPOS=100953945,100953948;OREF=AT,T;OALT=-,G;OMAPALT=CAT,CATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902,0.0487805:9,2:45:10,2:41:29:4,0:6,2:9:20:71:29:3,0:6,2:9:20 chr7 101006376 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0161772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.989;QD=11.2571;RBI=0.0167654;REFB=-0.0268515;REVB=-0.00440168;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221468;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0260917;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:4:4:8:3:4:4:9:3 chr7 101006382 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.166868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7315;QD=11.2563;RBI=0.175363;REFB=-0.00364584;REVB=0.0539193;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252187;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0227626;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:9:3:4:4:9:3 chr7 101200669 . A AG 644.04 PASS AF=1;AO=63;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171169;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.023;QD=35.78;RBI=0.1214;REFB=-0.0198682;REVB=-0.120187;RO=5;SAF=30;SAR=33;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00219677;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:72:72:72:0:35:37:0:0:11:5:30:33:3:2 chr7 101837149 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.000832437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.901;QD=19.2748;RBI=0.00463409;REFB=-0.0144194;REVB=-0.00455871;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16417;STB=0.592514;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.034174;OID=.;OPOS=101837149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:9:17:11:12:9:17 chr7 101844851 . A C,G 1059.76 PASS AF=0.0540541,0.932432;AO=4,68;DP=74;FAO=4,69;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=4,22;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252999,0.0233933;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.043,55.2448;QD=57.2842;RBI=0.0329089,0.0261723;REFB=0.0237334,-0.102746;REVB=-0.0210454,0.0117364;RO=1;SAF=4,21;SAR=0,47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.00995181;STB=0.995941,0.505262;STBP=0.099,0.618;TYPE=snp,snp;VARB=0.104883,0.0143072;OID=.,.;OPOS=101844851,101844851;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:74:74:1:1:4,68:4,69:0.0540541,0.932432:0,47:4,21:0:1:0,47:4,22:0:1 chr7 101892833 . C T 327.81 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0305273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6567;QD=23.0039;RBI=0.0490817;REFB=-0.0105231;REVB=0.0384331;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433677;STB=0.523896;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00796153;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:17:16:13:11:17:16:13:11 chr7 101916647 . A G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00478878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.6;QD=18.413;RBI=0.0441792;REFB=-0.00905296;REVB=-0.0439189;RO=34;SAF=25;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156371;STB=0.587849;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00686831;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:8:25:21:13:8:25:21:13 chr7 101917521 . G A 296.25 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0247475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.096;QD=28.9026;RBI=0.0649068;REFB=-0.0212805;REVB=0.0600038;RO=15;SAF=9;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059599;STB=0.532745;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0105919;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:17:9:4:11:17:9:4:11 chr7 101928495 . G C 161.68 PASS AF=0.515152;AO=14;DP=30;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0374993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.78;QD=19.5981;RBI=0.0421064;REFB=-0.0255149;REVB=-0.0191508;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.544432;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0238048;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:16:16:14:17:0.515152:8:6:7:9:8:9:7:9 chr7 102063527 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.954;QD=53.9104;RBI=0.0275855;REFB=0;REVB=-0.00991529;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151973;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr7 102066539 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.239;QD=46.8477;RBI=0.0481682;REFB=0;REVB=0.0296514;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589663;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr7 102087202 . T C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00729479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.636;QD=20.0719;RBI=0.0272305;REFB=0.000858339;REVB=0.0262352;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150327;STB=0.566357;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000416467;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:33:34:0.523077:14:19:12:18:15:19:13:18 chr7 102108152 . C T 219.84 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.1126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8242;QD=17.5871;RBI=0.113204;REFB=0.0113914;REVB=0.011682;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124635;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0115432;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:28:21:22:0.44:12:9:16:13:13:9:16:12 chr7 102111936 . G A 575.49 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0201679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.302;QD=26.4594;RBI=0.0203424;REFB=-0.0168118;REVB=0.00265892;RO=35;SAF=26;SAR=26;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179578;STB=0.597665;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00984277;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:52:52:0.597701:26:26:9:26:26:26:9:26 chr7 102111980 . C T 127.74 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0602031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.982;QD=11.8824;RBI=0.060253;REFB=-0.0158475;REVB=-0.00245169;RO=27;SAF=1;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564861;STB=0.843622;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0231582;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:14:1:11:16:14:1:11:17 chr7 102114087 . C T 134.73 PASS AF=0.372093;AO=13;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.048393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4312;QD=12.5331;RBI=0.0884152;REFB=-0.00937714;REVB=-0.0739958;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30826;STB=0.697162;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0171618;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:27:13:16:0.372093:8:5:15:7:11:5:17:10 chr7 102119322 . T C 189.14 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0938994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.64;QD=16.0967;RBI=0.0995811;REFB=-0.015735;REVB=-0.0331555;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248915;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0315958;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:27:19:19:0.404255:7:12:9:15:7:12:11:16 chr7 102136576 . T C 62.1 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0163172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.248;QD=7.52684;RBI=0.0420862;REFB=-0.00964806;REVB=-0.0387943;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305426;STB=0.694188;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0276668;OID=.;OPOS=102136576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:13:11:2:7:13:11 chr7 102210320 . G C 71.06 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0263534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.276;QD=7.47967;RBI=0.0270425;REFB=-0.00423191;REVB=-0.00606568;RO=28;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618273;STB=0.889298;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.031835;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:9:1:17:11:9:1:17:11 chr7 102246311 . T C 42.31 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0169688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.191;QD=18.8059;RBI=0.0186624;REFB=-0.0342906;REVB=0.00776835;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00982164;OID=.;OPOS=102246311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:3:2:1:2:4:2:1:2 chr7 102389833 . G C 178.57 PASS AF=0.888889;AO=14;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0272297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.326;QD=39.6821;RBI=0.0475813;REFB=-0.214819;REVB=0.0390196;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549939;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00333981;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:18:18:0:2:14:16:0.888889:9:5:0:0:9:7:0:2 chr7 102462636 . T C 298.91 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0241006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.853;QD=18.6816;RBI=0.0247302;REFB=-0.0125001;REVB=-0.00554491;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306687;STB=0.51712;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0112016;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:21:11:12:20:21:11:12:20 chr7 102574999 . TGAA T 919.56 PASS AF=1;AO=58;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120906;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=327.684;QD=58.3847;RBI=0.025366;REFB=0;REVB=0.0222991;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.1602e-06;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:63:63:63:0:39:24:0:0:5:0:36:22:0:0 chr7 102668001 . A C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.538;QD=56.9565;RBI=0.0305067;REFB=0;REVB=0.0267793;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95866e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr7 102716255 . G A 198.04 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00554697;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.956;QD=17.6037;RBI=0.0128148;REFB=-0.00418441;REVB=-0.0115521;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833629;STB=0.540944;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00653066;OID=.;OPOS=102716255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:25:20:20:0.444444:14:6:5:17:14:6:6:19 chr7 102740683 . G A 648.02 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00246671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.349;QD=57.6019;RBI=0.0274579;REFB=-0.00277699;REVB=-0.0273469;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390966;STB=0.520824;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-2.94671e-05;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:23:20:0:2:23:20:0:2 chr7 102742144 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.645;QD=51.9117;RBI=0.0239902;REFB=0;REVB=0.0166885;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428405;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr7 102743893 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.617;QD=58.1418;RBI=0.0516984;REFB=0;REVB=0.0366673;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461036;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr7 102948040 . T C 256.47 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0104946;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.439;QD=17.9975;RBI=0.0135933;REFB=-0.0133341;REVB=-0.0086396;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14128;STB=0.579023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0140371;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:11:18:13:15:11:18 chr7 103007949 . A C 754.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.391;QD=62.9133;RBI=0.013514;REFB=0;REVB=0.00335744;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55928e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr7 103014897 . A C 198.03 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0098994;FXX=0.0617208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.147;QD=10.4225;RBI=0.0224347;REFB=-0.000420329;REVB=-0.0201325;RO=48;SAF=17;SAR=8;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690313;STB=0.553444;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000821776;OID=.;OPOS=103014897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:76:48:51:25:25:0.328947:8:17:30:18:8:17:31:20 chr7 103019705 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0150865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5923;QD=7.48162;RBI=0.0152879;REFB=0.00646529;REVB=0.00247378;RO=26;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344369;STB=0.722404;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0171895;OID=.;OPOS=103019705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:26:28:10:10:0.263158:8:2:12:14:8:2:13:15 chr7 103124207 . T C 366.3 PASS AF=0.401869;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00636071;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7413;QD=13.6936;RBI=0.0190292;REFB=-0.0121472;REVB=0.0179346;RO=63;SAF=24;SAR=18;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53049;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0167406;OID=.;OPOS=103124207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:63:64:42:43:0.401869:18:24:36:27:18:25:34:30 chr7 103124785 . T C 166.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0118892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.275;QD=14.7894;RBI=0.0165641;REFB=0.00489991;REVB=0.0115333;RO=27;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301267;STB=0.675122;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00629186;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:13:5:15:12:13:5:15:12 chr7 103151436 . T C 144.0 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00879528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6363;QD=15.1579;RBI=0.0183061;REFB=-0.023727;REVB=-0.0160548;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198429;STB=0.615235;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0263083;OID=.;OPOS=103151436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:11:11:11:5:11:11 chr7 103155705 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0179312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.03;QD=19.6683;RBI=0.0231427;REFB=-0.00165543;REVB=-0.0146307;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277714;STB=0.655587;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00192383;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:15:4:10:9:15:4 chr7 103179595 . A G 679.07 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0108368;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.167;QD=22.4485;RBI=0.0240351;REFB=-0.00708219;REVB=-0.0214534;RO=55;SAF=32;SAR=34;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125468;STB=0.568627;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0069685;OID=.;OPOS=103179595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:34:32:35:20:34:32:35:20 chr7 103251161 . G C 301.18 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0199483;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.246;QD=16.0629;RBI=0.0267582;REFB=-0.0134974;REVB=-0.0178345;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153808;STB=0.586744;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0218421;OID=.;OPOS=103251161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:13:20:19:23:13:20:19:23 chr7 103270614 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.000553693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.247;QD=14.0975;RBI=0.0131828;REFB=-0.00844181;REVB=0.0131711;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275431;STB=0.659955;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.014318;OID=.;OPOS=103270614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:12:6:8:5:12:6 chr7 103389954 . A G 269.55 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0484917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.5947;QD=14.0025;RBI=0.0484955;REFB=0.00494879;REVB=0.000609118;RO=46;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122306;STB=0.555901;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0053125;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:46:30:31:0.402597:19:11:22:24:19:12:22:24 chr7 104263425 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.807;QD=51.1839;RBI=0.0133257;REFB=0;REVB=0.0121036;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86472e-05;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr7 104536783 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.00552652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.676;QD=14.7422;RBI=0.0218607;REFB=-0.0126622;REVB=0.0211506;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183159;STB=0.604287;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0188412;OID=.;OPOS=104536783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:4:21:12:5:4:21 chr7 104785779 . T G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00459446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.111;QD=11.9196;RBI=0.0190931;REFB=-0.00940856;REVB=-0.018532;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0160948;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:6:3:2:5:6:3 chr7 105060354 . C G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0284719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.617;QD=13.486;RBI=0.0356789;REFB=0.000325448;REVB=0.0215021;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255081;STB=0.652961;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000180317;OID=.;OPOS=105060354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:5:6:7:2:5:6 chr7 105258382 . G A 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00641697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.945;QD=27.2222;RBI=0.0113102;REFB=-0.020154;REVB=-0.00931364;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745185;STB=0.541144;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0107803;OID=.;OPOS=105258382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:13:12:6:10:13:12:6:10 chr7 105621512 . G T 822.06 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352266;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.165;QD=57.6886;RBI=0.0484664;REFB=0;REVB=0.0332878;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107417;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr7 105848638 . T C 510.68 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.566;QD=58.3636;RBI=0.0245614;REFB=0;REVB=0.0171314;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278853;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr7 105903904 . T C 1482.28 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00263288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8033;QD=61.1249;RBI=0.02627;REFB=-0.0778241;REVB=0.0261377;RO=2;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023693;STB=0.512497;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00893105;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:39:56:0:2:39:56:0:2 chr7 106508978 . A G 2301.53 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208825;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3635;QD=60.9677;RBI=0.0247566;REFB=0;REVB=0.0132969;RO=0;SAF=83;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531128;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:68:83:0:0:68:83:0:0 chr7 106508987 . T C,G 2323.58 PASS AF=0.96129,0.0387097;AO=149,6;DP=155;FAO=149,6;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=79,5;FSAR=70,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261612,0.00197182;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.5803,83.724;QD=59.9634;RBI=0.0161523,0.0317706;REFB=0,0;REVB=0.0159391,-0.0317094;RO=0;SAF=79,5;SAR=70,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00091286,0.181591;OID=.,.;OPOS=106508987,106508987;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:155:155:0:0:149,6:149,6:0.96129,0.0387097:70,1:79,5:0:0:70,1:79,5:0:0 chr7 106513011 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.362;QD=56.1915;RBI=0.0219643;REFB=0;REVB=-0.0218544;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138616;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 106545585 . G A 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0247406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.56;QD=3.80268;RBI=0.0318973;REFB=-0.0153711;REVB=-0.0201331;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392369;STB=0.534338;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0382978;OID=.;OPOS=106545585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:56:46:47:9:9:0.160714:4:5:27:19:4:5:28:19 chr7 106799997 . G A 48.21 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00331771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.448;QD=12.8571;RBI=0.0654007;REFB=-0.00425115;REVB=0.0653164;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497472;STB=0.785113;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0110748;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:8:0:4:3:8:0 chr7 106830688 . C T 39.86 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0266444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.223;QD=1.32878;RBI=0.0916582;REFB=-0.00367569;REVB=-0.0877;RO=109;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261582;STB=0.52051;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0349067;OID=.;OPOS=106830688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:120:120:109:109:11:11:0.0916667:5:6:57:52:5:6:57:52 chr7 107002806 . A G 1134.91 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5565;QD=60.5288;RBI=0.0234561;REFB=0;REVB=0.0139373;RO=0;SAF=56;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181609;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:19:56:0:0:19:56:0:0 chr7 107188719 . G T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0631148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5706;QD=16.0055;RBI=0.0941473;REFB=-0.00851696;REVB=-0.0698587;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155985;STB=0.587889;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0158953;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:21:14:25:20:21:14:25:20 chr7 107208250 . T C 145.89 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0126599;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.467;QD=15.3564;RBI=0.0169428;REFB=-0.0150825;REVB=0.0112599;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125503;STB=0.543865;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.021149;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:22:15:16:0.421053:7:8:15:8:7:9:14:8 chr7 107414419 . A G 968.28 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00167776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.708;QD=56.1323;RBI=0.00491506;REFB=-0.213644;REVB=0.00461984;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000437978;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:69:1:1:66:68:0.985507:38:28:1:0:40:28:1:0 chr7 107423254 . C T 170.06 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0334132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.724;QD=17.0061;RBI=0.0351858;REFB=-0.0134453;REVB=-0.011027;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23275;STB=0.633989;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0120713;OID=.;OPOS=107423254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:11:11:13:5:11:11 chr7 107559911 . G A 252.59 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00610725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0535;QD=12.6292;RBI=0.0225897;REFB=-0.00160678;REVB=0.0217485;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145631;STB=0.508356;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00336628;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:14:16:26:24:14:16:26:24 chr7 107569517 . A G 415.73 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00247589;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.549;QD=16.145;RBI=0.019541;REFB=-0.013115;REVB=-0.0193835;RO=56;SAF=29;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789722;STB=0.540115;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.014825;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:57:46:46:0.446602:17:29:31:25:17:29:32:25 chr7 107593989 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00980669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.521;QD=15.8821;RBI=0.0108619;REFB=-0.0268137;REVB=-0.00467001;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266665;STB=0.655927;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0166813;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:4:6:3:7:4:6 chr7 107603431 . A C 461.3 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0262866;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.836;QD=15.907;RBI=0.0271668;REFB=-0.00844389;REVB=0.00685909;RO=65;SAF=28;SAR=23;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115541;STB=0.564441;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00992944;OID=.;OPOS=107603431;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:23:28:43:22:23:28:43:22 chr7 107738882 . G A 527.19 PASS AF=0.372781;AO=62;DP=168;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=72;FWDB=0.00834889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.484;QD=12.4778;RBI=0.0110904;REFB=-0.0167116;REVB=-0.00730027;RO=102;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227568;STB=0.626078;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0259244;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:102:106:62:63:0.372781:29:33:33:69:30:33:34:72 chr7 107738948 . G A 698.73 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=65;FWDB=-0.00642075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.505;QD=17.9162;RBI=0.00670572;REFB=-0.00780453;REVB=0.00193408;RO=82;SAF=38;SAR=36;SRF=17;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291169;STB=0.659638;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0132921;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:82:82:74:74:0.474359:36:38:17:65:36:38:17:65 chr7 107743664 . A G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0429328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2574;QD=25.7314;RBI=0.0612223;REFB=0.00696518;REVB=-0.0436457;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168426;STB=0.59315;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00578584;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:13:6:14:12:13:6 chr7 107745029 . A G 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0326097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.39;QD=21.919;RBI=0.0346433;REFB=-0.00529253;REVB=-0.0116949;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194336;STB=0.510724;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00307842;OID=.;OPOS=107745029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:17:19:16:13:17:19:16:13 chr7 107818851 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000471703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.938;QD=56.9569;RBI=0.0233668;REFB=0;REVB=0.023362;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72526e-05;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr7 107824678 . A G 1119.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764226;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.399;QD=60.5081;RBI=0.110458;REFB=0;REVB=0.0797529;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119333;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:41:30:0:0:42:32:0:0 chr7 107824889 . C G 304.42 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0348;QD=52.9432;RBI=0.0627861;REFB=0;REVB=0.04402;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830026;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr7 107834613 . G C 182.25 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0855888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.415;QD=11.5714;RBI=0.0856114;REFB=-0.00357809;REVB=-0.00196719;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272502;STB=0.506324;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00619698;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:13:10:16:23:13:10:17:23 chr7 107834734 . C T 338.81 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00644903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.35;QD=17.8322;RBI=0.0136891;REFB=-0.0208821;REVB=-0.0120748;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290058;STB=0.516215;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0252592;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:21:19:16:20:21:19 chr7 107838464 . G T 517.06 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0286881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.506;QD=25.2224;RBI=0.0322614;REFB=-0.0197831;REVB=-0.0147577;RO=34;SAF=19;SAR=29;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147174;STB=0.580562;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0190314;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:29:19:20:14:29:19:20:14 chr7 107849908 . G A 292.67 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0140027;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7116;QD=15.2035;RBI=0.0227798;REFB=0.000650888;REVB=-0.0179679;RO=33;SAF=8;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243664;STB=0.627824;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00309363;OID=.;OPOS=107849908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:44:32:33:0.428571:24:8:16:17:25:8:19:25 chr7 107875170 . T C 784.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.587;QD=57.0279;RBI=0.00828533;REFB=0;REVB=0.00500768;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04354e-06;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr7 108212353 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.751;QD=64.4148;RBI=0.0603682;REFB=0;REVB=0.0303545;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41525e-05;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr7 111367623 . T C 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00863959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.547;QD=16.4803;RBI=0.0161922;REFB=-0.00409059;REVB=0.0136947;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.556567;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00550433;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:13:12:11:8:13:12 chr7 111503402 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00838346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.244;QD=18.3009;RBI=0.0907551;REFB=-0.00793662;REVB=0.0903671;RO=23;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137543;STB=0.578862;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00702783;OID=.;OPOS=111503402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:4:16:16:7:4:16:16:7 chr7 111555873 . T A 247.38 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-5.49247e-05;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.655;QD=13.0198;RBI=0.0224311;REFB=-0.0131482;REVB=0.022431;RO=47;SAF=19;SAR=10;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199761;STB=0.511458;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0202193;OID=.;OPOS=111555873;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:47:29:29:0.381579:10:19:30:17:10:19:30:17 chr7 112101907 . ATTT ATAT,ATTA,A 420.81 PASS AF=0.0149254,0.41791,0.328358;AO=4,5,17;DP=72;FAO=1,28,22;FDP=67;FR=.;FRO=16;FSAF=1,13,11;FSAR=0,15,11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.025873,-0.0292278,-0.156381;FXX=0.106652;HRUN=11,11,11;LEN=1,1,3;MLLD=138.13,140.449,11.8313;QD=25.123;RBI=0.113701,0.110556,0.22375;REFB=-0.0290325,-0.0337742,-0.132699;REVB=-0.110718,-0.106623,-0.160028;RO=4;SAF=3,0,9;SAR=1,5,8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.7737,-0.0770644;STB=0.98276,0.646867,0.657765;STBP=0.566,0.015,0.039;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0116333,0.00593501,0.182987;OID=.,.,.;OPOS=112101909,112101910,112101908;OREF=T,T,TTT;OALT=A,A,-;OMAPALT=ATAT,ATTA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0149254,0.41791,0.328358:4,5,17:72:1,28,22:67:16:1,13,11:0,15,11:14:2:99:4:3,0,9:1,5,8:3:1 chr7 112112892 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=61;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0322708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.956;QD=10.1072;RBI=0.0338914;REFB=-0.00543636;REVB=0.0103547;RO=42;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267506;STB=0.599902;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0109568;OID=.;OPOS=112112892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:42:42:19:21:0.333333:14:5:20:22:14:7:20:22 chr7 112405982 . TA T 84.89 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0316449;FXX=0.0116266;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.34133;QD=3.99474;RBI=0.0458038;REFB=-0.0778332;REVB=0.0331149;RO=41;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876368;STB=0.587936;STBP=0.182;TYPE=del;VARB=0.0722387;OID=.;OPOS=112405983;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435294:37:86:37:85:48:26:11:27:21:84:41:24:13:23:18 chr7 112406507 . C T 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00151395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.938;QD=26.4613;RBI=0.00171679;REFB=-0.00171163;REVB=0.00080951;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138919;STB=0.576864;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00107455;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:7:11:11:15:7:11 chr7 112459652 . T A 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-3.95203e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.76;QD=17.8003;RBI=0.00829426;REFB=-0.0142573;REVB=0.00829417;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683342;STB=0.538985;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0136651;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:14:10:7:13:14:10 chr7 112722278 . A C 361.24 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0231656;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=67.1224;QD=45.1548;RBI=0.0854442;REFB=-0.0898954;REVB=0.0822439;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555517;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0103327;OID=.;OPOS=112722278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:0:4:28:28:0.875:12:16:0:0:12:16:4:0 chr7 112724417 . A G 446.9 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1442;QD=57.6649;RBI=0.0764738;REFB=0;REVB=0.00453304;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127199;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr7 112724525 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.32;QD=51.9167;RBI=0.0380389;REFB=0;REVB=0.00123857;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016332;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr7 112758158 . GAAAT GAA,GAAT,GAATT 50.07 PASS AF=0.214286,0,0;AO=8,12,4;DP=63;FAO=15,0,0;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=14,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.170358,-0.256252,-0.0825204;FXX=0.0140825;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=22.4576,11.1717,22.497;QD=2.86113;RBI=0.217576,0.273482,0.0925544;REFB=-0.0765443,-0.128721,-0.0502197;REVB=-0.135341,-0.0955362,0.0419131;RO=36;SAF=7,11,4;SAR=1,1,0;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.472971,0.569476,0.571424;STB=0.847882,0.5,0.5;STBP=0.017,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.157018,0.146723,0;OID=.,.,.;OPOS=112758161,112758159,112758161;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAA,GAAT,GAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0,0:8,12,4:63:15,0,0:70:55:14,0,0:1,0,0:36:19:48:36:7,11,4:1,1,0:19:17 chr7 113518434 . C A 129.24 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0450789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7715;QD=21.5405;RBI=0.0641307;REFB=0.00229842;REVB=-0.0456141;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127847;STB=0.507236;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00715873;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:3:7:10:4:3:7 chr7 113518502 . A T 776.67 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.129;QD=56.4848;RBI=0.0177387;REFB=0;REVB=0.0155659;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09647e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr7 113519719 . A T 1300.9 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.306;QD=61.9476;RBI=0.0177241;REFB=0;REVB=0.00875957;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44492e-06;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:30:50:0:0:31:53:0:0 chr7 113519796 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6414;QD=64.4101;RBI=0.0294753;REFB=0;REVB=-0.0293045;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018808;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr7 114296590 . A C 223.14 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00711067;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3411;QD=23.488;RBI=0.00730374;REFB=0.00794838;REVB=-0.00166823;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994097;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00406878;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:16:21:22:0.578947:10:11:11:6:10:12:10:6 chr7 114619598 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.29;QD=57.2026;RBI=0.0499428;REFB=0;REVB=0.0411175;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150232;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr7 114619904 . A T 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.000114165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.495;QD=5.26771;RBI=0.00124634;REFB=0.000434335;REVB=0.0012411;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241218;STB=0.663809;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00185168;OID=.;OPOS=114619904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:40:41:10:10:0.196078:6:4:24:16:6:4:25:16 chr7 115578124 . G T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00375564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0964;QD=17.0325;RBI=0.0303023;REFB=0.00187533;REVB=-0.0300686;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.555494;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00273359;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:10:12:8:10:10:12 chr7 115892650 . T G 1218.92 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.793;QD=58.7433;RBI=0.021793;REFB=-0.00394594;REVB=-0.0052759;RO=2;SAF=24;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163248;STB=0.508619;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000179999;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:57:24:0:2:57:24:0:2 chr7 115897392 . G C 1060.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.873;QD=59.7622;RBI=0.0350745;REFB=0;REVB=0.0211984;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86255e-05;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr7 116165360 . A C,G 704.43 PASS AF=0.903846,0.0961538;AO=45,4;DP=49;FAO=47,5;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27,5;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869713,0.00510803;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.441,176.867;QD=54.187;RBI=0.0500508,0.00630629;REFB=0,0;REVB=0.0492893,-0.00369828;RO=0;SAF=27,4;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.010453,0.0880187;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:49:52:0:0:45,4:47,5:0.903846,0.0961538:18,0:27,4:0:0:20,0:27,5:0:0 chr7 116165463 . T C 616.4 PASS AF=0.895833;AO=40;DP=46;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0209668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1824;QD=51.367;RBI=0.034502;REFB=-0.0173718;REVB=0.0274004;RO=5;SAF=33;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19284;STB=0.604526;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.022833;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:48:5:5:40:43:0.895833:7:33:1:4:7:36:1:4 chr7 116364823 . CA C 166.45 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0112098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.512;QD=15.1314;RBI=0.0277611;REFB=-0.018141;REVB=-0.0253972;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114927;STB=0.577803;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.0322338;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:18:45:18:44:26:10:8:11:15:99:27:10:8:12:15 chr7 116397572 . A G 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.01988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.291;QD=13.0287;RBI=0.0201202;REFB=-0.0108706;REVB=-0.00310032;RO=45;SAF=7;SAR=22;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433926;STB=0.743491;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0267701;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:22:7:29:16:22:7:29:17 chr7 116435768 . C T 672.89 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0134167;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.671;QD=21.7061;RBI=0.0324051;REFB=-0.0131242;REVB=-0.0294972;RO=58;SAF=40;SAR=26;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10717;STB=0.558864;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00930995;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:58:58:66:66:0.532258:26:40:28:30:26:40:28:30 chr7 116436022 . G A 608.02 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00180157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.45;QD=27.6371;RBI=0.00391167;REFB=-0.0205509;REVB=-0.0034721;RO=34;SAF=26;SAR=28;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137963;STB=0.574994;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0151017;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:28:26:23:11:28:26:23:11 chr7 116436097 . G A 535.99 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00579901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5493;QD=20.2261;RBI=0.01973;REFB=-0.00508698;REVB=0.0188586;RO=48;SAF=25;SAR=30;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143695;STB=0.573352;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00387991;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:51:55:55:0.518868:30:25:30:18:30:25:31:20 chr7 116437606 . G A 2012.37 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584447;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.134;QD=62.3991;RBI=0.0162423;REFB=0;REVB=0.0151544;RO=0;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45726e-06;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:56:73:0:0:56:73:0:0 chr7 116558716 . G A 170.54 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00174095;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.787;QD=8.85927;RBI=0.0175979;REFB=-0.00807625;REVB=-0.0175115;RO=54;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177997;STB=0.606261;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0222541;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:54:54:23:23:0.298701:16:7:24:30:16:7:24:30 chr7 116596697 . A G 1516.34 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186752;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.115;QD=59.4642;RBI=0.0171634;REFB=0;REVB=0.0170615;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100754;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr7 116598724 . C T 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0227076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.97;QD=15.6683;RBI=0.0282538;REFB=-0.000883257;REVB=-0.016812;RO=50;SAF=21;SAR=16;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338394;STB=0.519074;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00117388;OID=.;OPOS=116598724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:16:21:30:20:16:21:30:20 chr7 116598735 . A G 416.69 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00256207;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5879;QD=21.9312;RBI=0.0113796;REFB=-0.0239821;REVB=0.0110875;RO=35;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126092;STB=0.506955;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0155977;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:35:41:41:0.539474:17:24:21:14:17:24:21:14 chr7 117024820 . T G 171.17 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0950081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.621;QD=17.5556;RBI=0.0951912;REFB=-0.0103621;REVB=-0.00590107;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.57383;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0167862;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:10:11:7:11:10:11 chr7 117160988 . A G 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0167074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.531;QD=7.32753;RBI=0.0176464;REFB=0.00572521;REVB=0.00567961;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609287;STB=0.881423;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0233653;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:14:7:7:1:14:7 chr7 117170774 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00239708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.978;QD=15.8821;RBI=0.00693493;REFB=-0.00420888;REVB=0.00650748;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00569587;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr7 117199533 . G A 762.18 PASS AF=0.596639;AO=70;DP=118;FAO=71;FDP=119;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00674409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.564;QD=25.6195;RBI=0.0166506;REFB=-0.0057049;REVB=0.0152237;RO=47;SAF=44;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585892;STB=0.530465;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00448754;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:47:48:70:71:0.596639:26:44:26:21:26:45:27:21 chr7 117235055 . T G 675.57 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.012051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.165;QD=18.8972;RBI=0.0289198;REFB=-0.00540708;REVB=0.0262894;RO=75;SAF=29;SAR=39;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138959;STB=0.576924;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00837439;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:39:29:43:32:39:29:43:32 chr7 117825681 . A G 1555.87 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5523;QD=59.8412;RBI=0.0274476;REFB=0;REVB=-0.00867044;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219838;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr7 119915799 . AG A 44.65 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0609757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.0577;QD=10.5048;RBI=0.229587;REFB=0.0309041;REVB=-0.221342;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0.557509;SSEP=0;SSSB=-0.64763;STB=0.886399;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=-0.0337666;OID=.;OPOS=119915800;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:7:17:8:17:9:1:7:8:1:44:9:1:6:8:1 chr7 120428799 . C A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.764;QD=61.5355;RBI=0.0238349;REFB=0;REVB=0.0224127;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92184e-05;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr7 120704289 . C T 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.069;QD=57.879;RBI=0.0320802;REFB=0;REVB=-0.0099954;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98865e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr7 120740103 . G A,T 2009.8 PASS AF=0.0534351,0.946565;AO=7,124;DP=132;FAO=7,124;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=0,63;FSAR=7,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016075,0.0276819;FXX=0.0150365;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=47.1613,101.542;QD=61.368;RBI=0.0180694,0.0292886;REFB=0,0;REVB=-0.00825204,0.00956737;RO=0;SAF=0,63;SAR=7,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0805542,0.000176659;OID=.,.;OPOS=120740103,120740103;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:132:131:0:0:7,124:7,124:0.0534351,0.946565:7,61:0,63:0:0:7,61:0,63:0:0 chr7 120764477 . G C 519.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6129;QD=59.3853;RBI=0.060525;REFB=0;REVB=0.0590682;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128219;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr7 120765954 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.048;QD=56.9383;RBI=0.0310973;REFB=0;REVB=0.0295052;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89348e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr7 120773954 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.128851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.612;QD=15.8811;RBI=0.129072;REFB=0.0173037;REVB=0.00754283;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0122328;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr7 120776097 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.215;QD=49.5992;RBI=0.024178;REFB=0;REVB=0.00559806;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22357e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr7 120835015 . G C 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00888449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.554;QD=26.4935;RBI=0.00891107;REFB=-0.0224322;REVB=0.000687738;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189665;STB=0.605261;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0128579;OID=.;OPOS=120835015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:8:9:2:7:8:9:2:7 chr7 120936006 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0248537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.266;QD=17.5598;RBI=0.0263104;REFB=-0.00957984;REVB=-0.00863301;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186942;STB=0.60702;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0118044;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:10:11:6:12:10:11 chr7 120965464 . G GCACC 92.96 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0691701;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=151.994;QD=10.9367;RBI=0.0694056;REFB=-0.00227531;REVB=-0.00571254;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476345;STB=0.820219;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.00625785;OID=.;OPOS=120965465;OREF=-;OALT=CACC;OMAPALT=GCACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:10:34:12:34:22:1:11:9:13:92:22:1:9:9:13 chr7 120969769 . G A 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00731595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8931;QD=14.648;RBI=0.0286863;REFB=-0.0118742;REVB=0.0277377;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625972;STB=0.535742;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.024569;OID=.;OPOS=120969769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:17:14:9:14:17:14 chr7 120971946 . C T 513.62 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0423397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.109;QD=24.4581;RBI=0.0425082;REFB=-0.00280268;REVB=0.00378031;RO=36;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272313;STB=0.514919;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00255301;OID=.;OPOS=120971946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:25:23:16:20:25:23:16:20 chr7 120979089 . C T 261.01 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0259125;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.505;QD=20.4713;RBI=0.0259132;REFB=-0.00614893;REVB=-0.000183057;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471705;STB=0.526296;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00580982;OID=.;OPOS=120979089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:12:12:15:12:12:12 chr7 121653374 . GTGA G 49.46 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0208763;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.243;QD=12.3654;RBI=0.0321191;REFB=-0.00246675;REVB=-0.0244094;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=del;VARB=0.00289555;OID=.;OPOS=121653375;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:17:7:16:9:5:2:5:4:49:10:5:2:5:5 chr7 121653398 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00581443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.123;QD=9.19977;RBI=0.0389768;REFB=-0.00776207;REVB=-0.0385407;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199998;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00784455;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:7:6:2:5:7:6 chr7 121726132 . C T 275.63 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=69;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0259398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1874;QD=15.3127;RBI=0.0354002;REFB=-0.0262558;REVB=-0.0240894;RO=40;SAF=9;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205123;STB=0.611039;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0326153;OID=.;OPOS=121726132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:40:40:29:32:0.444444:20:9:20:20:22:10:20:20 chr7 122303321 . C T 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00233991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.898;QD=52.8647;RBI=0.0542737;REFB=-0.0380788;REVB=-0.0542232;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229721;STB=0.5238;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=6.00669e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:20:33:0:1:20:33:0:2 chr7 122342885 . T C 67.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0104323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.636;QD=13.4819;RBI=0.0334933;REFB=-0.014056;REVB=-0.0318271;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0238064;OID=.;OPOS=122342885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr7 122635024 . C T 153.34 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0228851;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1043;QD=9.29333;RBI=0.0268052;REFB=-0.0051145;REVB=-0.0139567;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117001;STB=0.590083;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00116306;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:44:21:22:0.333333:11:10:26:19:12:10:26:18 chr7 122774490 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00628187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3017;QD=18.8282;RBI=0.0695211;REFB=-0.00729787;REVB=-0.0692367;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137584;STB=0.507805;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00208486;OID=.;OPOS=122774490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:8:14:13:7:8:14 chr7 122809234 . T C 315.88 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00123825;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.026;QD=17.3086;RBI=0.0227976;REFB=-0.0192003;REVB=0.022764;RO=39;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164901;STB=0.592273;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.023203;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:39:34:34:0.465753:19:15:24:15:19:15:24:15 chr7 123097468 . T C 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0288228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8068;QD=17.6937;RBI=0.0437311;REFB=0.00335785;REVB=0.0328885;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14635;STB=0.581351;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00412419;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:14:21:29:10:14:21:29:10 chr7 123119990 . T C 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.000291248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.57;QD=14.668;RBI=0.0275172;REFB=-0.0136902;REVB=0.0275157;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196949;STB=0.611674;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.023722;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:21:11:13:11:21:11 chr7 123152019 . C T 201.32 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0358898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.15;QD=28.76;RBI=0.0362406;REFB=-0.0175372;REVB=-0.00502955;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809901;STB=0.526288;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0201095;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:9:10:3:5:9:10:4:5 chr7 123152035 . T C 294.15 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00300717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.273;QD=34.6061;RBI=0.0118604;REFB=-0.00917322;REVB=0.0114728;RO=9;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218311;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200286;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:14:11:4:5:14:11:4:5 chr7 123197005 . TAAAAAAA ATAAAAAA,TAAAAAAG,TAAAAAA 54.55 PASS AF=0.0967742,0.0322581,0.419355;AO=3,2,7;DP=31;FAO=3,1,13;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0,6;FSAR=2,1,7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.110602,-0.0215794,0.185627;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=14.5155,120.58,6.84099;QD=7.03863;RBI=0.113329,0.0216302,0.229261;REFB=-0.0877302,-0.0147564,-0.150873;REVB=0.0247104,-0.00148113,0.134549;RO=13;SAF=1,0,4;SAR=2,2,3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.138806,-0.468324,0.351603;STB=0.545163,0.985671,0.592887;STBP=0.959,0.531,0.374;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.166784,0.103934,0.182409;OID=.,.,.;OPOS=123197005,123197012,123197006;OREF=TA,A,A;OALT=AT,G,-;OMAPALT=ATAAAAAA,TAAAAAAG,TAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:40:31:31:13:14:3,2,7:3,1,13:0.0967742,0.0322581,0.419355:2,2,3:1,0,4:3:10:2,1,7:1,0,6:4:10 chr7 123256427 . C T 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.398;QD=61.3236;RBI=0.0406972;REFB=0;REVB=-0.0221783;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000861256;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr7 123269118 . G C 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6699;QD=62.663;RBI=0.0608717;REFB=0;REVB=0.0350825;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221042;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr7 123321978 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.77;QD=46.848;RBI=0.00313858;REFB=0;REVB=-0.00264756;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8716e-06;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr7 123336804 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.597;QD=57.1773;RBI=0.023695;REFB=0;REVB=0.00596584;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33219e-05;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr7 123508328 . A G 557.37 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0022172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.974;QD=15.7004;RBI=0.00313333;REFB=-0.00166905;REVB=0.002214;RO=81;SAF=36;SAR=24;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110486;STB=0.55872;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00240166;OID=.;OPOS=123508328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:82:60:60:0.422535:24:36:40:41:24:36:41:41 chr7 124116470 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00930059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.88;QD=9.75975;RBI=0.0277784;REFB=-0.0065967;REVB=0.0261752;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240999;STB=0.646658;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0230571;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:8:4:4:3:8:4 chr7 124386340 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00379712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.55;QD=14.7422;RBI=0.0461873;REFB=-0.0138928;REVB=-0.0460309;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205907;STB=0.619913;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0159449;OID=.;OPOS=124386340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:5:12:13:12:5:12:13:12 chr7 124387374 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7197;QD=35.5742;RBI=0.101838;REFB=0;REVB=-0.0988964;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0126195;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr7 124486980 . T C 928.62 PASS AF=0.970149;AO=49;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.047103;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.327;QD=55.4403;RBI=0.0535979;REFB=-0.137251;REVB=0.0255743;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00134606;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:67:0:2:49:65:0.970149:29:20:0:0:36:29:0:2 chr7 126078883 . ATT A,AT 307.67 PASS AF=0.06,0.94;AO=7,39;DP=50;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=3,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179682,-0.0262429;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.21613,8.93008;QD=24.6134;RBI=0.0500208,0.102712;REFB=0.0095059,0.00667521;REVB=-0.0466822,-0.0993026;RO=3;SAF=2,10;SAR=5,29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.202067,0.0460715;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0560952,-0.00197218;OID=.,.;OPOS=126078884,126078884;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.06,0.94:7,39:50:3,47:50:0:0,12:3,35:0:0:5:3:2,10:5,29:0:3 chr7 127222157 . G A 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0275381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.742;QD=17.0883;RBI=0.0402815;REFB=0.00361563;REVB=0.0293982;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106526;STB=0.569222;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00512477;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:11:14:12:15:11:14:12:16 chr7 127224286 . A G 258.48 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0181733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.288;QD=23.4981;RBI=0.0334666;REFB=0.00470695;REVB=-0.0281024;RO=20;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192293;STB=0.608012;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00535085;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:6:18:11:9:6:18:11:9 chr7 127236002 . C T 129.08 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0106881;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5321;QD=22.4482;RBI=0.118426;REFB=-0.109979;REVB=-0.117943;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243638;STB=0.592461;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0600177;OID=.;OPOS=127236002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:21:23:8:9:13:14:0.608696:8:5:6:2:8:6:6:3 chr7 127250907 . T C 125.29 PASS AF=0.405405;AO=12;DP=34;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0271444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9484;QD=13.5447;RBI=0.063674;REFB=-0.0401858;REVB=0.0575983;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887244;STB=0.5345;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0569414;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:22:22:12:15:0.405405:4:8:13:9:7:8:13:9 chr7 127251188 . T G 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.0031463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.212;QD=9.8303;RBI=0.00400027;REFB=-0.0134391;REVB=0.0024704;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116068;STB=0.568862;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0266019;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:2:10:23:3:2:10:23:3 chr7 128038555 . C G 244.35 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0528316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.999;QD=19.9473;RBI=0.0528341;REFB=-0.0247684;REVB=0.000514462;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789875;STB=0.53149;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0294405;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:10:13:12:13:11:13:12:13 chr7 128098071 . G A 229.66 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.030672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.555;QD=19.9703;RBI=0.0418942;REFB=0.00544344;REVB=0.0285369;RO=23;SAF=4;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244841;STB=0.64043;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0150035;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:21:21:0.456522:17:4:9:14:17:4:9:14 chr7 128098198 . AT A 89.36 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0569548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1542;QD=11.5301;RBI=0.0749181;REFB=-0.0151974;REVB=0.048671;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434842;STB=0.671314;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.0186288;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:10:31:12:31:19:2:10:7:12:89:19:1:9:7:12 chr7 128133984 . G A 654.59 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.033;QD=60.8922;RBI=0.0184865;REFB=0;REVB=-0.0120125;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019085;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:14:26:0:0:15:28:0:0 chr7 128140982 . T C 476.89 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.00550645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.234;QD=24.7735;RBI=0.00796847;REFB=-0.0133652;REVB=-0.00575982;RO=32;SAF=18;SAR=27;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148596;STB=0.580972;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.010647;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:27:18:7:25:27:18:7:25 chr7 128141865 . T C 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.451;QD=61.0444;RBI=0.0242032;REFB=0;REVB=-0.0241641;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89642e-05;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr7 128312450 . C T 195.57 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459485;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.418;QD=48.8923;RBI=0.0157867;REFB=0;REVB=-0.0151032;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18656e-05;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr7 128358891 . C A 495.39 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00854134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.668;QD=26.0732;RBI=0.00939589;REFB=-0.0122486;REVB=0.00391514;RO=30;SAF=17;SAR=29;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146225;STB=0.579965;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00959488;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:29:17:17:13:29:17:17:13 chr7 128363287 . G A 148.59 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0215676;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.456;QD=11.6538;RBI=0.0226025;REFB=-0.0190831;REVB=-0.00676116;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779237;STB=0.545406;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0346546;OID=.;OPOS=128363287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:9:24:12:6:9:24 chr7 128371206 . G A 874.19 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000260363;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.911;QD=58.2796;RBI=0.0458315;REFB=0;REVB=0.0458308;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014325;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr7 128388648 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.000789579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.047;QD=12.3947;RBI=0.000874756;REFB=-0.0101302;REVB=-0.000376514;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134352;STB=0.578837;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0219505;OID=.;OPOS=128388648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:15:9:7:7:15:9 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 348.85 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02863;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=13;MLLD=419.67;QD=55.8166;RBI=0.0368196;REFB=0;REVB=0.0231517;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000139216;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:27:25:25:0:11:14:0:0:4:1:11:12:0:1 chr7 128455767 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.629;QD=45.8067;RBI=0.0283207;REFB=0;REVB=-0.0059;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00663e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr7 128455916 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0284781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9544;QD=11.8302;RBI=0.051643;REFB=0.00266955;REVB=0.0430813;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00418947;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:8:10:4:7:8:10 chr7 128470838 . C T 544.57 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0084405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.003;QD=28.2893;RBI=0.0107598;REFB=-0.0267086;REVB=-0.00667318;RO=28;SAF=20;SAR=29;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110392;STB=0.560061;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0165037;OID=.;OPOS=128470838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:28:49:49:0.636364:29:20:16:12:29:20:16:12 chr7 128477472 . T C 210.24 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00845806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.596;QD=11.8444;RBI=0.0137925;REFB=-0.0154176;REVB=-0.0108947;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436071;STB=0.525145;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0212013;OID=.;OPOS=128477472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:14:12:19:26:14:12:19:26 chr7 128477547 . T C 301.09 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0415077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.747;QD=14.1688;RBI=0.0415091;REFB=-0.0187661;REVB=-0.000347304;RO=51;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877052;STB=0.54997;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.02495;OID=.;OPOS=128477547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:22:12:22:29:22:12:22:29 chr7 128484816 . A G 575.44 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00537764;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.979;QD=26.1565;RBI=0.00877238;REFB=-0.0308746;REVB=-0.00693077;RO=37;SAF=32;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201265;STB=0.604529;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.018316;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:36:52:52:0.590909:20:32:13:24:20:32:13:23 chr7 128486363 . C T 178.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0270851;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.27;QD=13.7586;RBI=0.0324267;REFB=-0.00570453;REVB=0.0178294;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140744;STB=0.592508;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0106304;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:31:21:21:0.403846:10:11:21:11:10:11:21:10 chr7 128487866 . T C 191.8 PASS AF=0.947368;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00177793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.217;QD=40.379;RBI=0.0273279;REFB=-0.0395532;REVB=0.02727;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338952;STB=0.517223;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00942611;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:16:18:0.947368:3:13:1:0:4:14:1:0 chr7 128488734 . G A 513.86 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0231844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.007;QD=21.8663;RBI=0.023688;REFB=-0.0171476;REVB=0.00485858;RO=45;SAF=20;SAR=29;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323412;STB=0.51785;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0184571;OID=.;OPOS=128488734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:29:20:20:25:29:20:20:25 chr7 128499079 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=18;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00729922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.044;QD=17.7318;RBI=0.0183974;REFB=-0.0349228;REVB=0.0168875;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10071;STB=0.523782;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0330621;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:18:17:0.472222:8:10:12:6:7:10:12:7 chr7 128544133 . G T 716.91 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0628087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.452;QD=48.6038;RBI=0.0641336;REFB=-0.155425;REVB=0.0129687;RO=4;SAF=25;SAR=29;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037314;STB=0.528588;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0139092;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:58:59:4:5:54:54:0.915254:29:25:3:1:29:25:4:1 chr7 128607384 . G A 566.04 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0371778;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7557;QD=16.7716;RBI=0.0375149;REFB=-0.000450498;REVB=-0.00501823;RO=75;SAF=40;SAR=20;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865133;STB=0.548371;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000392851;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:75:75:60:60:0.444444:20:40:44:31:20:40:44:31 chr7 128612552 . C T 349.88 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00241509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.993;QD=17.7154;RBI=0.00616338;REFB=-0.009508;REVB=0.0056705;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580507;STB=0.53245;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.011125;OID=.;OPOS=128612552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:18:19:19:23:18:19:19:23 chr7 128614990 . G A 216.21 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0121468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8018;QD=13.1034;RBI=0.0498021;REFB=0.022993;REVB=0.048298;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163015;STB=0.593834;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0339251;OID=.;OPOS=128614990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:8:18:22:18:8:18:22:18 chr7 128630227 . C T 1004.81 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.022;QD=59.1063;RBI=0.0130325;REFB=0;REVB=0.0051738;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274663;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:30:38:0:0 chr7 128641226 . G C 138.94 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00927725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3471;QD=12.0817;RBI=0.0394938;REFB=-0.0174232;REVB=-0.0383887;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105899;STB=0.562422;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0367415;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:14:16:7:9:14:16 chr7 128767410 . A G 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9701;QD=64.4038;RBI=0.0382783;REFB=0;REVB=0.0199233;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8675e-05;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:14:36:0:0:14:36:0:0 chr7 128767490 . T C 625.62 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.805;QD=61.0363;RBI=0.0393792;REFB=0;REVB=-0.0044603;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102244;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr7 128767506 . T G 601.97 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1227;QD=60.1968;RBI=0.0237247;REFB=0;REVB=-0.0162802;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112367;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr7 128804780 . C G 492.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9878;QD=57.9178;RBI=0.116602;REFB=0;REVB=0.0374216;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181685;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr7 128846328 . G C 598.5 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00416625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.262;QD=18.1362;RBI=0.0252918;REFB=-0.00505346;REVB=0.0249463;RO=68;SAF=41;SAR=20;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278749;STB=0.657177;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00469222;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:70:61:62:0.469697:20:41:26:42:20:42:27:43 chr7 128853308 . C A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00089074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.399;QD=26.3129;RBI=0.00909791;REFB=-0.0338557;REVB=0.0090542;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562357;STB=0.531219;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0183483;OID=.;OPOS=128853308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:5:7:10:10:5:7 chr7 129067053 . T C 149.58 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0364592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0609;QD=12.7302;RBI=0.0404917;REFB=-0.0203741;REVB=-0.0176155;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446273;STB=0.514122;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0467831;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:29:30:16:17:0.361702:6:10:17:12:7:10:17:13 chr7 129142694 . C G 363.06 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.04171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.5807;QD=42.7131;RBI=0.0422675;REFB=-0.159432;REVB=-0.00684218;RO=5;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443341;STB=0.523902;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0238699;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:34:34:5:5:29:29:0.852941:19:10:1:4:19:10:1:4 chr7 129414616 . T C 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0128042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.549;QD=4.46115;RBI=0.0758488;REFB=-0.00751935;REVB=0.0747602;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422343;STB=0.759236;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.045351;OID=.;OPOS=129414616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:4:2:17:7:4:2:17:8 chr7 129474470 . G A 1494.94 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170903;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.738;QD=63.6145;RBI=0.0172407;REFB=0;REVB=-0.0022717;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43826e-05;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:40:53:0:0:40:54:0:0 chr7 129504866 . C G 771.57 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042521;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7328;QD=57.1529;RBI=0.0596479;REFB=0;REVB=0.0418309;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100924;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr7 129663496 . C T 528.93 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0358033;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.857;QD=21.8117;RBI=0.0358081;REFB=-0.0252483;REVB=-0.000588258;RO=47;SAF=18;SAR=32;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611276;STB=0.533788;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0237307;OID=.;OPOS=129663496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:47:47:50:50:0.515464:32:18:20:27:32:18:20:27 chr7 129664312 . T C 620.23 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.008671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.035;QD=59.0692;RBI=0.010535;REFB=-0.169804;REVB=0.00598331;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00114306;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:0:1 chr7 129806363 . A T 53.39 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.174828;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=32.0084;QD=10.1702;RBI=0.194987;REFB=-0.000992752;REVB=0.0863439;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378852;STB=0.586014;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00179142;OID=.;OPOS=129806363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:21:9:13:7:8:0.380952:6:1:0:9:6:2:2:11 chr7 129813738 . T C 288.35 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0379994;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5124;QD=24.54;RBI=0.0875612;REFB=-0.0182417;REVB=0.078886;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126735;STB=0.501729;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0176315;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:21:26:26:0.553191:10:16:12:8:10:16:13:8 chr7 129913534 . TG GT 36.67 PASS AF=0.225806;AO=5;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0128254;FXX=0.0605877;HRUN=18;LEN=2;MLLD=30.4636;QD=4.73097;RBI=0.0465623;REFB=-0.072833;REVB=0.0447611;RO=22;SAF=0;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706636;STB=0.863848;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.0533937;OID=.;OPOS=129913534;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:30:31:22:24:5:7:0.225806:5:0:13:9:6:1:15:9 chr7 129916515 . T C 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0181453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.985;QD=15.408;RBI=0.0489946;REFB=-0.00962871;REVB=0.0455106;RO=34;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380237;STB=0.521466;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0137573;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:19:8:9:25:19:8:9:25 chr7 129938598 . G T 766.35 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.528;QD=61.3082;RBI=0.0173491;REFB=0.00332143;REVB=-0.0125598;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000218284;OID=.;OPOS=129938598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:48:49:0.98:24:24:0:0:24:25:0:1 chr7 129950740 . G T 657.69 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00957176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.172;QD=59.7898;RBI=0.00968872;REFB=-0.00724353;REVB=-0.00150089;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000226901;OID=.;OPOS=129950740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:28:15:1:0:28:15:1:0 chr7 129962360 . A G 435.97 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.88;QD=54.4968;RBI=0.0240388;REFB=-0.053784;REVB=0.00339171;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000316336;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:1:0:12:19:1:0 chr7 129962682 . A G 728.54 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276948;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.337;QD=57.1405;RBI=0.0354525;REFB=0;REVB=0.0221332;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011432;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr7 130002317 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.433;QD=52.6087;RBI=0.121768;REFB=0;REVB=0.0426684;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010026;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr7 130080812 . T G 935.57 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858498;FXX=0.0298463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.884;QD=57.5736;RBI=0.00858752;REFB=-0.0576917;REVB=-0.000209119;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211297;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr7 130368464 . G A 349.31 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00994815;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.424;QD=14.5544;RBI=0.0390459;REFB=-0.00767722;REVB=-0.0377573;RO=56;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092843;STB=0.552604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0125947;OID=.;OPOS=130368464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:56:58:38:38:0.395833:17:21:26:30:17:21:27:31 chr7 131185995 . C A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00612006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.394;QD=12.6376;RBI=0.0253063;REFB=-0.00232328;REVB=-0.0245551;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369152;STB=0.716489;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00464268;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:7:14:4:9:7:14 chr7 131190696 . T C 423.71 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0325749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.3;QD=16.1413;RBI=0.0356177;REFB=-0.0243491;REVB=-0.0144047;RO=57;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117718;STB=0.510998;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.021124;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:47:47:0.447619:22:25:31:26:22:25:32:26 chr7 131195712 . G A 1094.64 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5141;QD=59.9804;RBI=0.0713693;REFB=0;REVB=0.0686093;RO=0;SAF=58;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319801;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:14:58:0:0:14:59:0:0 chr7 131195959 . C T 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2106;QD=60.219;RBI=0.0407533;REFB=0;REVB=-0.0225194;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133133;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr7 131812922 . T C 604.7 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118181;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9069;QD=58.9946;RBI=0.0259701;REFB=-0.0318446;REVB=0.0231252;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00121171;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:41:40:0.97561:20:21:1:0:19:21:1:0 chr7 131814185 . A G 940.77 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615181;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.862;QD=58.7984;RBI=0.079091;REFB=0;REVB=0.0788514;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88259e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr7 131814529 . G A 382.43 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00557437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.667;QD=52.7483;RBI=0.0369245;REFB=-0.110941;REVB=0.0365013;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000474355;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr7 131815310 . A G 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9205;QD=57.7056;RBI=0.0206498;REFB=0;REVB=-0.0159602;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21029e-05;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr7 131859678 . G T 198.65 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.014634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.563;QD=19.3807;RBI=0.0146444;REFB=0.00338379;REVB=-0.000553625;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00228936;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:10:11:11:9:10:11 chr7 131864591 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0112442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.929;QD=14.5589;RBI=0.0112483;REFB=-0.0166523;REVB=0.000305158;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532731;STB=0.53028;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0240618;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:17:18:12:14:17:18 chr7 131870108 . A G 662.74 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0285528;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.084;QD=23.4599;RBI=0.0304786;REFB=0.00299142;REVB=0.0106623;RO=49;SAF=37;SAR=27;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119129;STB=0.5651;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00295102;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:27:37:21:28:27:37:21:28 chr7 132193244 . C T 416.63 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00664912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.863;QD=19.6062;RBI=0.0153068;REFB=-0.000398284;REVB=-0.0137872;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121878;STB=0.567783;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000420561;OID=.;OPOS=132193244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:26:16:22:21:26:16:22:21 chr7 132719575 . C T 478.07 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0176792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.455;QD=19.7143;RBI=0.0232704;REFB=-0.0269586;REVB=-0.0151313;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106664;STB=0.559252;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0301255;OID=.;OPOS=132719575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:27:20:27:23:27:20:27:23 chr7 132767617 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6802;QD=40.7623;RBI=0.0959878;REFB=0;REVB=-0.0929949;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00410415;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr7 133261358 . G T 366.34 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0132858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.278;QD=16.8434;RBI=0.0134425;REFB=-0.00670602;REVB=0.00204634;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238345;STB=0.513362;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00923778;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:21:18:21:27:21:18:21:27 chr7 133580447 . G A 317.62 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000335514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.449;QD=23.0999;RBI=0.00236283;REFB=-0.0518762;REVB=0.00233889;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702415;STB=0.535447;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0265958;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:20:23:31:32:0.581818:14:17:9:11:14:18:11:12 chr7 133749164 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.781;QD=57.1062;RBI=0.00725373;REFB=0;REVB=0.00358395;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8362e-06;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr7 133848257 . G T 643.82 PASS AF=0.496183;AO=64;DP=130;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0119507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7374;QD=19.6587;RBI=0.01314;REFB=0.013338;REVB=-0.00546275;RO=66;SAF=27;SAR=37;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114057;STB=0.557946;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0136518;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:66:66:64:65:0.496183:37:27:36:30:37:28:36:30 chr7 133868507 . C T 2103.8 PASS AF=0.971631;AO=137;DP=141;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.006113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.837;QD=59.6822;RBI=0.0119391;REFB=0.0213765;REVB=0.0102554;RO=3;SAF=58;SAR=79;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101294;STB=0.502225;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.000123953;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:141:141:3:4:137:137:0.971631:79:58:2:1:79:58:2:2 chr7 133906669 . C T 223.85 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0125803;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.232;QD=24.8725;RBI=0.0125998;REFB=-0.040564;REVB=-0.000700141;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0266945;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:8:7:11:10:8:7 chr7 134215403 . T C 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0300277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.674;QD=20.2735;RBI=0.0313663;REFB=-0.0131782;REVB=0.0090654;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794133;STB=0.556768;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00990233;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:14:9:11:12:14:9:12:12 chr7 134221826 . A G 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0129964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.798;QD=6.01472;RBI=0.0511356;REFB=-0.00444521;REVB=-0.0494565;RO=44;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325442;STB=0.707624;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0244928;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:10:3:21:23:10:3:21:23 chr7 134225788 . C T 101.83 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.796;QD=40.7305;RBI=0.0488767;REFB=0;REVB=0.00794452;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016342;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7:10:1:2:5:0:0:4:6:0:0 chr7 134225827 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2075;QD=51.9154;RBI=0.0724337;REFB=0;REVB=0.0441963;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018336;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr7 134250256 . T G 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0203613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3817;QD=23.8244;RBI=0.0269744;REFB=0.02559;REVB=-0.0176928;RO=28;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124799;STB=0.568188;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0221995;OID=.;OPOS=134250256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:14:25:22:6:14:25:22:6 chr7 134261097 . C G 269.23 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00422955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.274;QD=16.568;RBI=0.00527661;REFB=-0.0253147;REVB=-0.00315491;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178528;STB=0.599936;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0267313;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:11:24:15:15:11:24 chr7 134576441 . T C 575.24 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00438002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1888;QD=56.1205;RBI=0.0340658;REFB=-0.203255;REVB=0.033783;RO=2;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445938;STB=0.523797;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00368625;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:41:2:2:39:39:0.95122:20:19:0:2:20:19:0:2 chr7 134618710 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.661;QD=35.5755;RBI=0.0968613;REFB=0;REVB=0.0440673;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134581;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr7 134632351 . G A 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0135944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.649;QD=3.32291;RBI=0.01534;REFB=-0.00446278;REVB=-0.00710699;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285547;STB=0.691953;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0220988;OID=.;OPOS=134632351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:55:55:10:10:0.153846:4:6:20:35:4:6:20:35 chr7 134653930 . T C 133.56 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0187547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.77;QD=16.1891;RBI=0.0325903;REFB=-0.024926;REVB=0.0266532;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415363;STB=0.534838;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0218876;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:10:5:5:12:10:5:5:13 chr7 134701856 . G C 1665.29 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0013899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.053;QD=58.4312;RBI=0.0148104;REFB=-0.00671997;REVB=-0.0147451;RO=1;SAF=65;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724852;STB=0.501617;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000132655;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:111:112:0.982456:46:65:1:0:46:66:1:1 chr7 134719551 . C G 1523.82 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140924;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.229;QD=64.161;RBI=0.0199616;REFB=0;REVB=0.0141376;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211177;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr7 134849280 . T A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.311;QD=58.4197;RBI=0.0374528;REFB=0;REVB=0.0351966;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73887e-05;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr7 134850465 . C T 715.69 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229552;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.982;QD=57.2553;RBI=0.0332998;REFB=0;REVB=0.0241233;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556619;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr7 134850469 . A G 686.96 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00236785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.197;QD=50.886;RBI=0.00506357;REFB=-0.0846263;REVB=0.00447583;RO=2;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496269;STB=0.513269;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00165538;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:54:54:2:3:51:51:0.944444:22:29:1:1:22:29:1:2 chr7 134871775 . C T 855.05 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00655516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.022;QD=56.0688;RBI=0.0306814;REFB=-0.145398;REVB=0.029973;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00031696;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:43:17:0:0:43:17:0:1 chr7 134879830 . G A 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3208;QD=61.851;RBI=0.0449833;REFB=0;REVB=0.0449544;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234478;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr7 134889141 . G A 747.88 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7914;QD=63.649;RBI=0.0788139;REFB=0;REVB=0.0411711;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143468;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:23:22:0:0:24:23:0:0 chr7 135047703 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.586;QD=37.483;RBI=0.0710508;REFB=0;REVB=-0.0310325;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551801;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 135048804 . C T 636.99 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136204;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.491;QD=62.1452;RBI=0.033793;REFB=0;REVB=-0.0309265;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188567;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:26:15:0:0 chr7 135095270 . A G 1512.91 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.818;QD=59.9174;RBI=0.0501654;REFB=0;REVB=0.0186656;RO=0;SAF=62;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012172;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:39:62:0:0:39:62:0:0 chr7 135304273 . G C 1405.94 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228258;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.935;QD=63.1882;RBI=0.025599;REFB=0;REVB=0.0115884;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07015e-05;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr7 135329690 . T C 617.79 PASS AF=0.564815;AO=60;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00548258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.861;QD=22.8812;RBI=0.00733461;REFB=-0.020349;REVB=0.00487215;RO=47;SAF=34;SAR=26;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146932;STB=0.57555;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0181957;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:60:61:0.564815:26:34:18:29:27:34:18:29 chr7 135350447 . G C,GC 30.16 PASS AF=0,0.225;AO=2,5;DP=43;FAO=0,9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00562794,-0.0570301;FXX=0.0697512;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.671,13.6315;QD=3.01562;RBI=0.0665235,0.0874132;REFB=-0.00508592,-0.0929871;REVB=-0.066285,-0.0662468;RO=36;SAF=0,0;SAR=2,5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.418334,-0.61665;STB=0.5,0.854473;STBP=1,0.035;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0943994;OID=.,.;OPOS=135350447,135350448;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:43:40:36:31:2,5:0,9:0,0.225:2,5:0,0:17:19:0,8:0,1:16:15 chr7 135387656 . G A 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0407067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8326;QD=17.9539;RBI=0.0829136;REFB=0.0067549;REVB=-0.0722332;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0121039;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:8:9:9:7:8:9 chr7 135392876 . T C 790.31 PASS AF=0.517007;AO=72;DP=143;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00391608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.635;QD=21.505;RBI=0.0101609;REFB=-0.0124998;REVB=-0.00937598;RO=70;SAF=36;SAR=36;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639926;STB=0.530604;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0123077;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:70:71:72:76:0.517007:36:36:40:30:38:38:40:31 chr7 135406176 . A G 191.98 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0234762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.45;QD=11.8141;RBI=0.0345173;REFB=-0.00485198;REVB=-0.0253044;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640906;STB=0.530001;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00914467;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:14:10:19:21:14:10:19:22 chr7 135413626 . C T 248.28 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0100277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.353;QD=16.2805;RBI=0.0101931;REFB=-0.00831949;REVB=0.00182885;RO=32;SAF=21;SAR=7;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752687;STB=0.556659;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0106342;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:7:21:22:10:7:21:22:11 chr7 136701563 . G C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0108178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.34;QD=9.58994;RBI=0.0165643;REFB=-0.00793993;REVB=-0.012544;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840086;STB=0.572843;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0166107;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:30:13:13:0.302326:6:7:13:15:6:7:13:17 chr7 136703707 . C T 1006.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000783042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.856;QD=59.2254;RBI=0.0221668;REFB=0;REVB=-0.0221529;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104879;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr7 136704699 . C T 42.47 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0198708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.797;QD=1.49023;RBI=0.0267935;REFB=-0.0025101;REVB=-0.0179734;RO=103;SAF=3;SAR=8;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274441;STB=0.712735;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0235679;OID=.;OPOS=136704699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:103:103:11:11:0.0964912:8:3:52:51:8:3:52:51 chr7 136912369 . T C 66.88 PASS AF=0.294118;AO=4;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.00249383;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.239;QD=7.8684;RBI=0.0307623;REFB=-0.0126575;REVB=-0.0306611;RO=14;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.851552;STB=0.936816;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0129604;OID=.;OPOS=136912369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:34:14:22:4:10:0.294118:0:4:0:14:1:9:3:19 chr7 136912372 . TC T 36.3 PASS AF=0.21875;AO=5;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0301752;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2956;QD=4.53696;RBI=0.0327005;REFB=-0.00520233;REVB=-0.0126007;RO=21;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.787031;STB=0.918823;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.150842;OID=.;OPOS=136912373;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:5:33:7:32:25:6:1:5:20:36:21:5:0:4:17 chr7 137561077 . CGTGT C,CGT 120.59 PASS AF=0.5,0.416667;AO=2,3;DP=15;FAO=6,5;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4,1;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033487,0.0367265;FXX=0.249844;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=100.295,71.0938;QD=40.1981;RBI=0.050618,0.0418975;REFB=-0.0593946,-0.177364;REVB=-0.0379579,-0.0201635;RO=1;SAF=0,0;SAR=2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599655,0.555346;STBP=0.333,0.649;TYPE=del,del;VARB=0.0532946,0.0282621;OID=.,.;OPOS=137561078,137561078;OREF=GTGT,GT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.416667:2,3:15:6,5:12:1:4,1:2,4:0:1:40:1:0,0:2,3:0:1 chr7 137564501 . C G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2967;QD=58.0579;RBI=0.0265002;REFB=0;REVB=0.0188538;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154211;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr7 137600690 . C T 2640.28 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1033;QD=62.1243;RBI=0.00743133;REFB=0;REVB=0.00680067;RO=0;SAF=95;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1992e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:75:95:0:0:75:95:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 987.09 PASS AF=0.945205;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00223628;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.861;QD=54.0871;RBI=0.0165382;REFB=0.0180927;REVB=0.0163863;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527019;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=-0.000511472;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945205:68:69:69:73:4:35:34:4:0:13:0:34:34:0:0 chr7 137801413 . A C 801.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.576;QD=57.2509;RBI=0.0531502;REFB=0;REVB=0.0517581;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174762;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:32:21:0:0:35:21:0:0 chr7 138265310 . A G 380.61 PASS AF=0.5;AO=36;DP=76;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00267866;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.554;QD=19.5182;RBI=0.0132243;REFB=-0.0232608;REVB=0.0129502;RO=40;SAF=10;SAR=26;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537672;STB=0.548043;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0165016;OID=.;OPOS=138265310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:40:39:36:39:0.5:26:10:13:27:29:10:13:26 chr7 138281906 . T C 347.62 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.998;QD=51.4995;RBI=0.0537116;REFB=-0.0345954;REVB=0.0520282;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00324017;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:1:0:9:17:1:0 chr7 138305806 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00507106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.876;QD=14.7008;RBI=0.00636121;REFB=-0.00342186;REVB=-0.00384049;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692817;STB=0.540471;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00428257;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:6:9:8:4:6:9 chr7 138309842 . C A 266.5 PASS AF=0.541667;AO=21;DP=45;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000671367;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.206;QD=22.208;RBI=0.0303557;REFB=-0.0261725;REVB=0.0303483;RO=24;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186537;STB=0.609282;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0214808;OID=.;OPOS=138309842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:24:22:21:26:0.541667:17:4:8:16:21:5:8:14 chr7 138312122 . A C 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00079033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.48;QD=20.892;RBI=0.0124229;REFB=-0.0186232;REVB=0.0123977;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634568;STB=0.535189;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0153208;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:13:14:19:13:13:14 chr7 138347869 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0364815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.103;QD=15.293;RBI=0.0376345;REFB=-0.0200615;REVB=-0.00924408;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.033403;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr7 138363767 . A G 679.64 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=93;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00015391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.452;QD=29.2318;RBI=0.000923757;REFB=-0.0163779;REVB=-0.000910845;RO=34;SAF=35;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840718;STB=0.545641;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00705318;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:34:34:59:59:0.634409:24:35:16:18:24:35:16:18 chr7 138417718 . A G 858.78 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0648795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8627;QD=54.5254;RBI=0.0650112;REFB=-0.0487235;REVB=-0.00413634;RO=2;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209743;STB=0.511108;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00474146;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:44:17:0:2:44:17:0:2 chr7 138418910 . G A 561.81 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.426;QD=56.1814;RBI=0.202261;REFB=0;REVB=0.202198;RO=2;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621719;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:40:2:0:35:40:1:16:19:0:2:21:19:0:0 chr7 138455988 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0237294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.477;QD=15.8817;RBI=0.0317883;REFB=-0.0374247;REVB=-0.0211522;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.608469;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0354729;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:5:5:7:3:5:5 chr7 138561175 . C G 111.26 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-2.63578e-05;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6789;QD=12.0282;RBI=0.0522729;REFB=-0.00588432;REVB=-0.0522728;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.578199;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0458946;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:23:13:14:0.378378:5:8:10:11:5:9:12:11 chr7 138583840 . C A 1511.22 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955021;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.279;QD=59.8503;RBI=0.0120393;REFB=0;REVB=0.00733057;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001191;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr7 138601879 . G A 63.43 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0241348;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.884;QD=3.29526;RBI=0.0311694;REFB=-0.00459694;REVB=-0.0197242;RO=64;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847601;STB=0.551336;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.026656;OID=.;OPOS=138601879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:77:64:65:12:12:0.155844:7:5:31:33:7:5:31:34 chr7 138710937 . T C 129.01 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0257067;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.628;QD=12.0009;RBI=0.0822321;REFB=-0.0204981;REVB=0.0781107;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291338;STB=0.668595;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0259269;OID=.;OPOS=138710937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:6:22:8:7:6:22 chr7 138831707 . C T 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.823;QD=56.6922;RBI=0.0495451;REFB=0;REVB=0.0494887;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124089;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr7 138967814 . G A 433.42 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0173686;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.814;QD=20.6392;RBI=0.0325984;REFB=-0.0175044;REVB=0.027586;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128996;STB=0.558009;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0252818;OID=.;OPOS=138967814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:40:41:42:43:0.511905:25:17:22:18:25:18:22:19 chr7 139000085 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0368146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.803;QD=7.76204;RBI=0.0588485;REFB=-0.00354837;REVB=0.0459111;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439476;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0107691;OID=.;OPOS=139000085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:7:6:5:1:7:6 chr7 139026152 . T G 146.54 PASS AF=0.344828;AO=18;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0480965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1832;QD=10.1062;RBI=0.0496758;REFB=-0.0101659;REVB=-0.0124263;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112393;STB=0.536806;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0216231;OID=.;OPOS=139026152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:38:18:20:0.344828:9:9:14:21:11:9:15:23 chr7 139077240 . C A 84.76 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0453672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3267;QD=10.937;RBI=0.0462191;REFB=0.0015389;REVB=-0.00883329;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159505;STB=0.509537;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0056737;OID=.;OPOS=139077240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:13:7:4:7:13:7 chr7 139077317 . T A 105.32 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00848605;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.7788;QD=11.3858;RBI=0.0754607;REFB=-0.00217148;REVB=0.074982;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126383;STB=0.605213;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00181588;OID=.;OPOS=139077317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:24:13:13:0.351351:4:9:11:8:4:9:13:11 chr7 139097282 . AT AC,A 339.8 PASS AF=0.609375,0.390625;AO=8,10;DP=66;FAO=39,25;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=14,8;FSAR=25,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191288,-0.065793;FXX=0.0302984;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=66.8771,3.38384;QD=21.2373;RBI=0.295899,0.653701;REFB=0.251969,0.322513;REVB=-0.295892,-0.650382;RO=4;SAF=3,5;SAR=5,5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0749496,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00368196,0.224413;OID=.,.;OPOS=139097283,139097283;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.609375,0.390625:8,10:66:39,25:64:0:14,8:25,17:0:0:99:4:3,5:5,5:2:2 chr7 139107660 . A G 217.94 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.019127;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.675;QD=13.4114;RBI=0.0191279;REFB=-0.0156667;REVB=-0.000194038;RO=39;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141236;STB=0.581297;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0251562;OID=.;OPOS=139107660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:19:7:15:24:19:7:15:24 chr7 139138419 . T C 121.9 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0332173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0773;QD=5.73632;RBI=0.0527998;REFB=-0.0114619;REVB=-0.0410418;RO=65;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118643;STB=0.578736;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0434291;OID=.;OPOS=139138419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:66:19:19:0.223529:9:10:28:37:9:10:28:38 chr7 139246743 . T C 100.0 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0212617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.713;QD=15.3845;RBI=0.0226148;REFB=-0.00166902;REVB=0.00770519;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00329011;OID=.;OPOS=139246743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:6:8:5:7:6:8 chr7 139252780 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.984;QD=59.0183;RBI=0.0434774;REFB=0;REVB=0.0212999;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612766;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 139653196 . A C 786.77 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00582819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6847;QD=55.2122;RBI=0.0350576;REFB=-0.103817;REVB=0.0345698;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.511107;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0120888;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:1:0:34:22:1:0 chr7 139724358 . G A 1432.92 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.315;QD=62.9856;RBI=0.0375106;REFB=0;REVB=0.0142825;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219696;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr7 139724555 . C T 1153.18 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7622;QD=60.6935;RBI=0.0603012;REFB=0;REVB=0.0465998;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470434;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr7 139727135 . G A 732.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.857;QD=56.3712;RBI=0.0389654;REFB=0;REVB=0.0368763;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04114e-06;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:17:32:0:0:19:33:0:0 chr7 139784641 . A G 991.97 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.275;QD=57.5054;RBI=0.025148;REFB=0.0449963;REVB=0.0166748;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-6.94408e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:34:33:0:1:34:34:0:1 chr7 139797431 . G T 147.2 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0477495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3487;QD=17.318;RBI=0.0519518;REFB=-0.0250895;REVB=-0.0204691;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209483;STB=0.61942;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0234284;OID=.;OPOS=139797431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:6:12:7:9:6:12 chr7 139801777 . T G 576.18 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0443495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.915;QD=24.2602;RBI=0.0452432;REFB=0.00685012;REVB=0.00894814;RO=42;SAF=26;SAR=27;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115968;STB=0.506357;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00446604;OID=.;OPOS=139801777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:27:26:20:22:27:26:20:22 chr7 140258000 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.879;QD=63.5795;RBI=0.0299061;REFB=0;REVB=0.0255967;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39276e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr7 140301731 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.647;QD=56.1916;RBI=0.0435163;REFB=0;REVB=0.0429792;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128314;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:4:24:0:0:4:24:0:0 chr7 140404746 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0100486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.028;QD=12.4668;RBI=0.0209318;REFB=-0.0253392;REVB=-0.0183621;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162605;STB=0.509425;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0263064;OID=.;OPOS=140404746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:16:17:10:10:16:17 chr7 140449150 . T C 280.19 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00609877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8754;QD=16.7279;RBI=0.00723227;REFB=0.00720308;REVB=-0.00388726;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238597;STB=0.633852;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00800315;OID=.;OPOS=140449150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:19:12:23:13:19:12:23:13 chr7 140774467 . C G 124.7 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0232346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7495;QD=17.8148;RBI=0.0233092;REFB=-0.00932437;REVB=-0.00186333;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1854;STB=0.605911;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00797527;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:9:5:8:6:9:5 chr7 141364712 . G A 528.36 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0166797;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8277;QD=19.0401;RBI=0.0288327;REFB=-0.020401;REVB=0.0235183;RO=56;SAF=29;SAR=26;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138309;STB=0.576382;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0218617;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:26:29:21:35:26:29:21:35 chr7 141439003 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00258544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.943;QD=25.3158;RBI=0.0290089;REFB=-0.0278595;REVB=0.0288935;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16017;STB=0.5887;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0170739;OID=.;OPOS=141439003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:10:3:9:11:10:3 chr7 141464765 . C T 469.52 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175633;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.591;QD=58.6902;RBI=0.0175774;REFB=0;REVB=-0.000701981;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357755;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr7 141478308 . T C 573.08 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0442191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4843;QD=55.9101;RBI=0.0466102;REFB=0.017263;REVB=0.0147372;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.503175;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000160657;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:17:22:1:0:17:22:1:1 chr7 141478574 . G C 364.83 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.187;QD=52.1188;RBI=0.0424937;REFB=-0.0478579;REVB=0.00356806;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00823635;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr7 141478800 . G A 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.354;QD=57.7059;RBI=0.0217076;REFB=0;REVB=0.0199182;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61736e-05;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr7 141490238 . G T 982.49 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.334;QD=57.7938;RBI=0.10161;REFB=-0.0469322;REVB=0.100934;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607373;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:40:28:0:0 chr7 141501942 . CGG CCG,CG,CGA,CTG 486.0 PASS AF=0.828571,0.0571429,0.0571429,0.0571429;AO=27,4,2,2;DP=35;FAO=29,2,2,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2,2,2;FSAR=12,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690139,-0.0736596,-0.0511523,-0.0453194;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,1,1,1;MLLD=35.3995,24.5368,6.71544,34.0725;QD=55.5425;RBI=0.0739766,0.0802382,0.0690424,0.045383;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0266387,0.0318188,0.0463712,0.00240134;RO=0;SAF=15,4,2,2;SAR=12,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,snp;VARB=0.0167422,-0.0715786,0.00806833,0.109836;OID=.,.,.,.;OPOS=141501943,141501943,141501944,141501943;OREF=G,G,G,G;OALT=C,-,A,T;OMAPALT=CCG,CG,CGA,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.828571,0.0571429,0.0571429,0.0571429:27,4,2,2:35:29,2,2,2:35:0:17,2,2,2:12,0,0,0:0:0:9:0:15,4,2,2:12,0,0,0:0:0 chr7 141537735 . T G 1358.63 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.671;QD=61.756;RBI=0.0138929;REFB=0;REVB=0.0136742;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81667e-05;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:85:88:1:50:35:0:0:52:36:0:0 chr7 141537942 . T TCAA 113.47 PASS AF=0.393939;AO=8;DP=55;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0201216;FXX=0.108079;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.153;QD=13.7534;RBI=0.0334563;REFB=-0.0244929;REVB=0.026729;RO=46;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527393;STB=0.651933;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.0451791;OID=.;OPOS=141537943;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:8:55:13:33:20:9:4:9:11:99:46:4:4:21:25 chr7 141537945 . T A 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0219256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.586;QD=7.73067;RBI=0.0221179;REFB=-0.0138202;REVB=0.00291085;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399769;STB=0.524555;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.036749;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:8:6:18:21:8:6:18:21 chr7 141538741 . T C 136.81 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00932375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.925;QD=18.2418;RBI=0.0133033;REFB=0.00392296;REVB=0.00948924;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116279;STB=0.566284;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0037288;OID=.;OPOS=141538741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:6:9:7:8:6:9 chr7 141672705 . G A 86.76 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0388368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.392;QD=24.7879;RBI=0.0636977;REFB=-0.0181899;REVB=0.0504886;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303873;STB=0.517207;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00824033;OID=.;OPOS=141672705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:3:7:3:1:3:7:3:1 chr7 141673345 . C G 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00892822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7408;QD=12.4806;RBI=0.00897046;REFB=-0.0222055;REVB=-0.00086952;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356085;STB=0.711497;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0345897;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:11:8:9:3:11:8 chr7 141747618 . A G 241.14 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00606739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.21;QD=14.6148;RBI=0.00624888;REFB=-0.0154079;REVB=-0.00149506;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289261;STB=0.66339;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0275325;OID=.;OPOS=141747618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:11:17:12:26:11:17:12:26 chr7 141747658 . A G 897.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8561;QD=57.8951;RBI=0.0134605;REFB=0;REVB=-0.0110106;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120767;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr7 141776575 . T A 490.03 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0278868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2607;QD=19.0301;RBI=0.0298067;REFB=-0.00647397;REVB=-0.0105245;RO=51;SAF=25;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00858303;OID=.;OPOS=141776575;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:51:51:51:52:0.504854:26:25:25:26:26:26:25:26 chr7 141778230 . A C 331.72 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.00120176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.366;QD=12.6369;RBI=0.00405039;REFB=-0.0202607;REVB=0.003868;RO=65;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325485;STB=0.518509;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0318182;OID=.;OPOS=141778230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:26:14:21:44:26:14:21:44 chr7 141780627 . G A 360.45 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0060771;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.648;QD=17.3713;RBI=0.00632026;REFB=-0.0122659;REVB=-0.00173626;RO=45;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232084;STB=0.630182;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0205163;OID=.;OPOS=141780627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:45:38:38:0.457831:13:25:19:26:13:25:19:26 chr7 141781935 . G A 243.34 PASS AF=0.337079;AO=28;DP=87;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0283741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.386;QD=10.9366;RBI=0.0289199;REFB=-0.017065;REVB=-0.00559235;RO=57;SAF=5;SAR=23;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379588;STB=0.727527;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0266835;OID=.;OPOS=141781935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:57:59:28:30:0.337079:23:5:26:31:25:5:26:33 chr7 141781946 . C T 219.73 PASS AF=0.311111;AO=27;DP=89;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0218606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.139;QD=9.76594;RBI=0.0220793;REFB=-0.0114034;REVB=-0.00310045;RO=62;SAF=5;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352689;STB=0.717174;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0373163;OID=.;OPOS=141781946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:62:62:27:28:0.311111:22:5:27:35:23:5:27:35 chr7 141782370 . G A 448.79 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0121935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.774;QD=18.6996;RBI=0.0139287;REFB=-0.00459146;REVB=0.00673258;RO=50;SAF=28;SAR=17;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192439;STB=0.612328;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0071666;OID=.;OPOS=141782370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:51:45:45:0.46875:17:28:21:29:17:28:21:30 chr7 141783180 . A G 878.78 PASS AF=0.524096;AO=86;DP=167;FAO=87;FDP=166;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.000337062;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0375;QD=21.1754;RBI=0.0177821;REFB=-0.0109901;REVB=-0.0177789;RO=79;SAF=25;SAR=61;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194755;STB=0.608749;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100891;OID=.;OPOS=141783180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:79:79:86:87:0.524096:61:25:39:40:62:25:39:40 chr7 141786096 . T C 365.13 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00657488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.049;QD=16.0495;RBI=0.0124575;REFB=-0.00621365;REVB=0.0105811;RO=52;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130062;STB=0.507324;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0087324;OID=.;OPOS=141786096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:19:20:26:26:19:20:26:26 chr7 141796131 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.024;QD=62.0209;RBI=0.0360462;REFB=0;REVB=0.0038226;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103334;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr7 141857846 . A G 2255.04 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.757;QD=63.5222;RBI=0.0355401;REFB=0;REVB=0.0223788;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61503e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:68:73:0:0:69:73:0:0 chr7 141896059 . A G 321.71 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00968917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.649;QD=12.3733;RBI=0.0118375;REFB=-0.0121541;REVB=-0.00680048;RO=65;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729046;STB=0.541584;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.019497;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:19:20:29:36:19:20:29:36 chr7 141898522 . T A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.019;QD=55.6553;RBI=0.0377633;REFB=0;REVB=0.0376664;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207407;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr7 141952110 . G A 187.33 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.013356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.798;QD=14.6929;RBI=0.0588494;REFB=-0.0100743;REVB=-0.0573137;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300506;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0174558;OID=.;OPOS=141952110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:18:12:9:12:18:12 chr7 141957504 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00825585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.678;QD=17.3782;RBI=0.0097755;REFB=-0.0279374;REVB=-0.00523462;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.624791;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0254379;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:2:8:6:5:2:8 chr7 142001030 . A G 1369.57 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291608;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.383;QD=62.9688;RBI=0.0568115;REFB=0;REVB=0.0487564;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135355;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr7 142013384 . G A,C 1070.31 PASS AF=0.0641026,0.910256;AO=5,71;DP=77;FAO=5,71;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=5,39;FSAR=0,32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.029565,0.0602783;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.2562,82.0584;QD=54.8877;RBI=0.0374623,0.0634638;REFB=-0.129701,-0.045204;REVB=0.0230073,0.019854;RO=1;SAF=5,39;SAR=0,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0119714;STB=0.996516,0.501363;STBP=0.14,0.872;TYPE=snp,snp;VARB=0.209584,-0.000851224;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:77:78:1:2:5,71:5,71:0.0641026,0.910256:0,32:5,39:1:0:0,32:5,39:1:1 chr7 142045613 . G T 120.91 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0146793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.042;QD=8.19746;RBI=0.0550425;REFB=-0.00577795;REVB=-0.0530489;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217715;STB=0.628536;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0100164;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:42:17:17:0.288136:7:10:16:24:7:10:17:25 chr7 142045678 . ACT GTC 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00622124;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=271.02;QD=7.40491;RBI=0.0168103;REFB=-0.00322771;REVB=-0.0156167;RO=46;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924148;STB=0.505611;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=0.0103971;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:8:9:24:22:8:9:24:22 chr7 142045683 . A G 115.69 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0231777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.097;QD=7.23076;RBI=0.0248806;REFB=0.000683558;REVB=0.00904642;RO=47;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302874;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0032615;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:8:9:25:22:8:9:25:22 chr7 142045690 . A G 125.82 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00932746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.228;QD=7.86359;RBI=0.01341;REFB=0.000222858;REVB=-0.00963468;RO=46;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116797;STB=0.507034;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.000467434;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:8:10:26:20:8:10:26:20 chr7 142045692 . AC GT 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0126716;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.41;QD=8.24508;RBI=0.0180376;REFB=-0.0052549;REVB=-0.0128369;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151426;STB=0.509081;STBP=0.932;TYPE=mnp;VARB=0.011947;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:8:10:25:19:8:10:25:19 chr7 142045802 . T C 104.9 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.101767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3555;QD=6.45554;RBI=0.101815;REFB=-0.00941492;REVB=0.00313634;RO=49;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113509;STB=0.56997;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0252996;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:9:7:26:23:9:7:26:23 chr7 142045848 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.165;QD=56.9565;RBI=0.0343932;REFB=0;REVB=0.0230908;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124177;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr7 142045897 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0643626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.571;QD=22.1885;RBI=0.0643717;REFB=0.00177043;REVB=-0.00107739;RO=18;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410132;STB=0.523054;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00123887;OID=.;OPOS=142045897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:17:4:4:14:17:4:4:14 chr7 142045899 . A G 50.82 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0806486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.455;QD=5.2126;RBI=0.081717;REFB=0.00843814;REVB=0.0131711;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32007;STB=0.698867;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0675277;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:5:26:5:3:5:26 chr7 142045912 . A G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0133652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.129;QD=4.15608;RBI=0.0134601;REFB=-0.00463939;REVB=0.00159506;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458988;STB=0.787237;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0167205;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:4:23:3:3:4:23 chr7 142045924 . A G 275.57 PASS AF=0.827586;AO=21;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0552494;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4266;QD=38.0093;RBI=0.0733782;REFB=-0.115026;REVB=0.0482894;RO=5;SAF=4;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200005;STB=0.613929;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0329072;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:29:29:5:5:21:24:0.827586:17:4:3:2:20:4:3:2 chr7 142099484 . G C 39.25 PASS AF=0.145833;AO=6;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.200107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3258;QD=3.27058;RBI=0.20943;REFB=-0.0198298;REVB=0.0617923;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241613;STB=0.631216;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0970831;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:48:48:33:41:6:7:0.145833:3:3:10:23:3:4:17:24 chr7 142104144 . T C 552.98 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00124626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.871;QD=22.1192;RBI=0.0102964;REFB=-0.00831965;REVB=-0.0102207;RO=48;SAF=23;SAR=29;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505459;STB=0.527875;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00556768;OID=.;OPOS=142104144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:29:23:24:24:29:23:24:24 chr7 142119831 . G A 240.59 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00189269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.859;QD=12.1817;RBI=0.0508835;REFB=0.00486027;REVB=0.0508483;RO=50;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22;STB=0.626545;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00676557;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:11:18:21:29:11:18:21:29 chr7 142124170 . C T 788.08 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255186;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.19;QD=57.3147;RBI=0.0431372;REFB=0;REVB=0.0347796;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130827;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr7 142124424 . T G 1354.37 PASS AF=0.941748;AO=95;DP=102;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0251639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.19;QD=52.5969;RBI=0.025535;REFB=-0.00275567;REVB=0.00433727;RO=6;SAF=37;SAR=58;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518007;STB=0.527522;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000566701;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:102:103:6:6:95:97:0.941748:58:37:5:1:60:37:5:1 chr7 142124492 . C T 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00265555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.328;QD=1.76267;RBI=0.00360581;REFB=0.000855588;REVB=0.00243925;RO=70;SAF=7;SAR=1;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517276;STB=0.889992;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00419473;OID=.;OPOS=142124492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:1:7:29:41:1:7:29:41 chr7 142124539 . C T 67.12 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00286257;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9109;QD=4.62867;RBI=0.0319467;REFB=-0.0115789;REVB=-0.0318181;RO=47;SAF=9;SAR=2;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367858;STB=0.746797;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0414022;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:58:47:47:11:11:0.189655:2:9:26:21:2:9:26:21 chr7 142139348 . C T 1486.49 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187614;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.889;QD=61.2986;RBI=0.018974;REFB=0.0429117;REVB=-0.00283265;RO=2;SAF=60;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059035;STB=0.503181;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.000279907;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:94:95:0.979381:34:60:1:1:34:61:1:1 chr7 142139783 . C A 712.07 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859859;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.182;QD=63.295;RBI=0.0147158;REFB=0;REVB=0.0119423;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54395e-05;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr7 142143804 . A C 1798.6 PASS AF=0.97561;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0104771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.489;QD=58.491;RBI=0.0136717;REFB=-0.0388282;REVB=0.00878327;RO=3;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281883;STB=0.514283;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00097122;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:123:3:3:118:120:0.97561:49:69:0:3:51:69:0:3 chr7 142143879 . A T 84.17 PASS AF=0.125;AO=19;DP=152;FAO=19;FDP=152;FR=.;FRO=133;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.0207727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6607;QD=2.21497;RBI=0.0257407;REFB=0.000324986;REVB=0.0152014;RO=133;SAF=11;SAR=8;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660503;STB=0.546487;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00115285;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:152:152:133:133:19:19:0.125:8:11:70:63:8:11:70:63 chr7 142143906 . GT CC 97.35 PASS AF=0.145985;AO=21;DP=138;FAO=20;FDP=137;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.0109069;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.303;QD=2.84223;RBI=0.0131783;REFB=-0.000452785;REVB=0.00739651;RO=117;SAF=12;SAR=9;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531102;STB=0.560769;STBP=0.623;TYPE=mnp;VARB=0.00138437;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:138:137:117:117:21:20:0.145985:9:12:62:55:8:12:62:55 chr7 142143941 . T C 144.87 PASS AF=0.174497;AO=26;DP=148;FAO=26;FDP=149;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.0166978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.379;QD=3.889;RBI=0.0205417;REFB=-0.0035327;REVB=0.0119643;RO=122;SAF=14;SAR=12;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387436;STB=0.528417;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0254637;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:122:123:26:26:0.174497:12:14:62:60:12:14:62:61 chr7 142144022 . T C 146.15 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0198474;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.486;QD=6.56831;RBI=0.0201339;REFB=-0.00438778;REVB=-0.00338431;RO=68;SAF=9;SAR=12;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196238;STB=0.620141;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0204963;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:68:68:21:21:0.235955:12:9:40:28:12:9:40:28 chr7 142144059 . A C 65.89 PASS AF=0.171429;AO=11;DP=71;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00201636;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.113;QD=3.76541;RBI=0.00976703;REFB=-0.00377694;REVB=-0.00955664;RO=58;SAF=5;SAR=6;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204966;STB=0.59984;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.019257;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:70:58:58:11:12:0.171429:6:5:36:22:6:6:36:22 chr7 142144091 . GG AA 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0157108;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=180.021;QD=2.21226;RBI=0.0178111;REFB=-0.00108221;REVB=-0.00839076;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943392;STB=0.571206;STBP=0.776;TYPE=mnp;VARB=0.00934018;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:2:4:36:13:2:4:36:13 chr7 142144101 . C T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.00853886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.45;QD=2.21228;RBI=0.0166475;REFB=-0.00292439;REVB=-0.0142908;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151333;STB=0.593918;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0140766;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:6:6:0.109091:2:4:37:11:2:4:37:12 chr7 142149160 . T G 405.15 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0277295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.044;QD=13.9706;RBI=0.0297317;REFB=-0.00676033;REVB=0.0107262;RO=69;SAF=32;SAR=15;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306671;STB=0.673237;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0144452;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:15:32:27:42:15:32:27:42 chr7 142149349 . A C 789.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391714;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.152;QD=57.4152;RBI=0.0394149;REFB=0;REVB=-0.00437516;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50622e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr7 142162001 . A C 2214.18 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.588;QD=63.2622;RBI=0.0272993;REFB=0;REVB=0.0271717;RO=0;SAF=73;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24794e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:66:73:0:0:67:73:0:0 chr7 142162050 . A G 674.89 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.00195286;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.239;QD=17.5295;RBI=0.00370912;REFB=-0.00254851;REVB=-0.0031534;RO=82;SAF=35;SAR=37;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835317;STB=0.54626;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00315394;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:82:72:72:0.467532:37:35:47:35:37:35:47:35 chr7 142162148 . C T 604.44 PASS AF=0.45;AO=62;DP=139;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.000248445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.75;QD=17.2696;RBI=0.0149866;REFB=-0.0206246;REVB=-0.0149845;RO=77;SAF=30;SAR=32;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162617;STB=0.513497;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0291735;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:77:77:62:63:0.45:32:30:36:41:32:31:36:41 chr7 142162306 . A G 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00188565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.616;QD=6.58842;RBI=0.010141;REFB=-0.000454903;REVB=-0.00996418;RO=37;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221108;STB=0.631355;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00103828;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:37:40:12:12:0.230769:8:4:19:18:8:4:20:20 chr7 142168414 . G C 46.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0085171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.33;QD=2.87541;RBI=0.0145372;REFB=-0.000781305;REVB=-0.0117808;RO=56;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616029;STB=0.917631;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0132057;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:1:8:19:37:1:8:19:37 chr7 142168429 . A G 869.24 PASS AF=0.890411;AO=64;DP=72;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0179207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.777;QD=47.6293;RBI=0.0215609;REFB=-0.00356195;REVB=0.0119883;RO=8;SAF=25;SAR=39;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103635;STB=0.553056;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000141498;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:72:73:8:8:64:65:0.890411:39:25:7:1:39:26:7:1 chr7 142168452 . C A 1309.31 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.154;QD=61.6144;RBI=0.0271278;REFB=0;REVB=0.0265878;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61517e-05;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:49:34:0:0:50:35:0:0 chr7 142168662 . CG TC 785.55 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277594;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.033;QD=57.1311;RBI=0.0540174;REFB=0;REVB=0.053946;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000120085;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr7 142168819 . G A 305.31 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0081066;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.786;QD=20.0205;RBI=0.0148369;REFB=-0.0328609;REVB=0.0124264;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142087;STB=0.586504;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0329114;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:29:32:32:0.52459:14:18:11:17:14:18:11:18 chr7 142168856 . C G 674.85 PASS AF=0.898305;AO=49;DP=55;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0652561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8999;QD=45.7522;RBI=0.0654045;REFB=-0.00400166;REVB=0.00440264;RO=6;SAF=23;SAR=26;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027972;STB=0.515999;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00333524;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:55:59:6:6:49:53:0.898305:26:23:2:4:27:26:2:4 chr7 142176378 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.459;QD=56.9382;RBI=0.0454085;REFB=0;REVB=0.0218263;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138145;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr7 142180704 . G T 360.43 PASS AF=0.254717;AO=54;DP=212;FAO=54;FDP=212;FR=.;FRO=158;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=79;FSRR=79;FWDB=-0.00637573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.051;QD=6.80053;RBI=0.0174528;REFB=-0.00671237;REVB=-0.0162465;RO=158;SAF=22;SAR=32;SRF=79;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116522;STB=0.56959;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0157228;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:158:158:54:54:0.254717:32:22:79:79:32:22:79:79 chr7 142180737 . T A 332.24 PASS AF=0.244019;AO=51;DP=210;FAO=51;FDP=209;FR=.;FRO=158;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.0211705;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.743;QD=6.35857;RBI=0.0273516;REFB=-0.00350771;REVB=-0.0173182;RO=156;SAF=23;SAR=28;SRF=72;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133599;STB=0.508414;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0323681;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:156:158:51:51:0.244019:28:23:72:84:28:23:73:85 chr7 142180770 . T C 265.44 PASS AF=0.223404;AO=42;DP=188;FAO=42;FDP=188;FR=.;FRO=146;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=90;FWDB=0.00471809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.018;QD=5.64772;RBI=0.00638346;REFB=-0.00285479;REVB=-0.00429979;RO=145;SAF=21;SAR=21;SRF=56;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145248;STB=0.590384;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00977607;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:145:146:42:42:0.223404:21:21:56:89:21:21:56:90 chr7 142231625 . C A 204.73 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0243882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4781;QD=22.7476;RBI=0.0402293;REFB=-0.019522;REVB=0.031994;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501753;STB=0.506572;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0112964;OID=.;OPOS=142231625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:5:14:11:5:6:14:11:5 chr7 142231701 . G T 205.37 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.030262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9474;QD=12.8353;RBI=0.0302917;REFB=-0.0154654;REVB=-0.00134082;RO=39;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142656;STB=0.56039;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0233659;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:39:24:25:0.390625:7:17:23:16:8:17:23:16 chr7 142247134 . T C 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.868;QD=57.1731;RBI=0.0907429;REFB=0;REVB=0.0907145;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235755;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr7 142247263 . G A 63.96 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00495433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.266;QD=5.68571;RBI=0.009925;REFB=0.00247209;REVB=0.00860002;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173131;STB=0.511089;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0068609;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:44:45:35:35:8:10:0.222222:4:4:17:18:5:5:17:18 chr7 142247270 . TG CA 70.21 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0511718;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.321;QD=6.84948;RBI=0.0626969;REFB=-0.0125209;REVB=-0.0362263;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613067;STB=0.560856;STBP=0.715;TYPE=mnp;VARB=0.0146883;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:29:31:10:10:0.243902:5:5:16:13:5:5:18:13 chr7 142247288 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0147975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.75;QD=9.53625;RBI=0.0155846;REFB=-0.020613;REVB=-0.00489025;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105953;STB=0.563998;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0452602;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:16:11:6:6:16:11 chr7 142247347 . AT CC 72.04 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0691405;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.6963;QD=8.23283;RBI=0.0873347;REFB=-0.00845469;REVB=-0.0533568;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902872;STB=0.586034;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=0.0207351;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:23:25:10:10:0.285714:6:4:11:12:6:4:13:12 chr7 142247380 . T A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00773067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.874;QD=10.0752;RBI=0.0207574;REFB=0.000816896;REVB=0.0192641;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.000365082;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:8:6:4:4:8:6 chr7 142247396 . A T 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00010067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0991;QD=6.92819;RBI=0.0325386;REFB=-0.0122199;REVB=0.0325385;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.551548;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0333932;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:2:4:8:6:2:4:9:6 chr7 142250938 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.551;QD=62.9828;RBI=0.0684868;REFB=0;REVB=0.0363786;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495505;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr7 142250988 . G A 688.67 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0789;QD=62.6064;RBI=0.0598302;REFB=0;REVB=0.0448309;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101509;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr7 142251132 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.624;QD=56.7065;RBI=0.0636065;REFB=0;REVB=0.00262131;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227143;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr7 142326607 . C T 1375.26 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.393;QD=62.5118;RBI=0.0207685;REFB=0;REVB=0.019738;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03615e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:43:45:0:0 chr7 142326909 . C G 837.29 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908291;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4947;QD=57.744;RBI=0.0320417;REFB=0;REVB=0.0307274;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297139;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr7 142334648 . A T 1197.93 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.284;QD=60.6544;RBI=0.0359242;REFB=0;REVB=-0.0329005;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175117;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:27:51:0:0:28:51:0:0 chr7 142378633 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3337;QD=56.9567;RBI=0.00641782;REFB=0;REVB=0.00326377;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15969e-05;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr7 142378831 . C G 639.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.775;QD=60.8883;RBI=0.0542462;REFB=0;REVB=0.0537758;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257843;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:14:25:0:0:15:27:0:0 chr7 142423562 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7167;QD=61.0487;RBI=0.00358124;REFB=0;REVB=0.000650643;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99699e-05;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr7 142458437 . C T 32.1 PASS AF=0.0659898;AO=13;DP=197;FAO=13;FDP=197;FR=.;FRO=184;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=93;FSRR=91;FWDB=-0.0220954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8983;QD=0.651693;RBI=0.0222712;REFB=-0.000893516;REVB=-0.00279302;RO=180;SAF=7;SAR=6;SRF=91;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353478;STB=0.530836;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0151581;OID=.;OPOS=142458437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:197:197:180:184:13:13:0.0659898:6:7:91:89:6:7:93:91 chr7 142458451 . A T 47.57 PASS AF=0.0808081;AO=16;DP=198;FAO=16;FDP=198;FR=.;FRO=182;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=84;FSRR=98;FWDB=-0.0272919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.438;QD=0.961104;RBI=0.0272944;REFB=0.00101464;REVB=-0.00037;RO=181;SAF=14;SAR=2;SRF=84;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467646;STB=0.876726;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0393386;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:198:198:181:182:16:16:0.0808081:2:14:84:97:2:14:84:98 chr7 142458511 . G T 34.6 PASS AF=0.0736196;AO=12;DP=163;FAO=12;FDP=163;FR=.;FRO=151;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=79;FWDB=-0.0216874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5169;QD=0.84917;RBI=0.0398248;REFB=-0.000894972;REVB=0.0334016;RO=150;SAF=7;SAR=5;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12075;STB=0.598007;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0123023;OID=.;OPOS=142458511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:163:163:150:151:12:12:0.0736196:5:7:71:79:5:7:72:79 chr7 142458829 . A G 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0165263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.221;QD=2.64356;RBI=0.0286574;REFB=0.00245723;REVB=-0.0234121;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359084;STB=0.758731;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0204694;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:2:4:15:28:2:4:15:28 chr7 142458837 . A T 32.1 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.000198235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.493;QD=2.56799;RBI=0.00151659;REFB=-0.000669574;REVB=-0.00150358;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342341;STB=0.749251;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0177625;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:16:28:2:4:16:28 chr7 142458841 . ATC AC,ACA 44.07 PASS AF=0.12,0.04;AO=6,2;DP=50;FAO=6,2;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4,0;FSAR=2,2;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0106804,-0.00547448;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.903,227.234;QD=3.52554;RBI=0.0232155,0.00958742;REFB=-0.00358344,-0.00241696;REVB=-0.0206129,0.00787074;RO=41;SAF=4,0;SAR=2,2;SRF=16;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.315728,-0.366948;STB=0.719308,0.993929;STBP=0.31,0.184;TYPE=del,mnp;VARB=0.0682711,0.0240568;OID=.,.;OPOS=142458842,142458842;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12,0.04:6,2:50:6,2:50:42:4,0:2,2:17:25:32:41:4,0:2,2:16:25 chr7 142458938 . T A 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00507982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=370.437;QD=2.93558;RBI=0.0105494;REFB=-1.73471e-05;REVB=-0.00924586;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336751;STB=0.52452;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=4.2314e-05;OID=.;OPOS=142458938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:4:3:21:25:4:3:21:25 chr7 142458967 . A T 46.58 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00700654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.6;QD=3.45028;RBI=0.0545702;REFB=-0.0236947;REVB=-0.0541185;RO=44;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098897;STB=0.589396;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0471372;OID=.;OPOS=142458967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:53:54:44:46:8:8:0.148148:5:3:20:24:5:3:22:24 chr7 142458972 . T C 54.24 PASS AF=0.160714;AO=8;DP=55;FAO=9;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0416625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.2334;QD=3.87422;RBI=0.0436421;REFB=-0.0263195;REVB=0.012995;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288329;STB=0.617017;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0357005;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:55:56:34:47:8:9:0.160714:5:3:12:22:6:3:22:25 chr7 142458987 . C G 31.78 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0151546;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.594;QD=2.44482;RBI=0.0551335;REFB=-0.00428876;REVB=-0.0530098;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387616;STB=0.538334;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0268877;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:3:3:21:24:3:3:21:25 chr7 142459784 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.020531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.665;QD=18.9485;RBI=0.0338172;REFB=-0.0135451;REVB=-0.0268715;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143731;STB=0.580254;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0105557;OID=.;OPOS=142459784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:16:11:16:12:16:11 chr7 142460313 . T C 646.32 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00306049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.628;QD=18.2061;RBI=0.0168103;REFB=-0.00322182;REVB=0.0165293;RO=76;SAF=36;SAR=30;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185699;STB=0.510306;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00365867;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:66:66:0.464789:30:36:40:36:30:36:40:36 chr7 142460335 . A G 340.62 PASS AF=0.30137;AO=44;DP=146;FAO=44;FDP=146;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.00461509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.973;QD=9.33202;RBI=0.00468092;REFB=-0.0028546;REVB=-0.000782261;RO=102;SAF=22;SAR=22;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821105;STB=0.547924;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0281018;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:102:102:44:44:0.30137:22:22:58:44:22:22:58:44 chr7 142460369 . G A 211.57 PASS AF=0.218543;AO=33;DP=151;FAO=33;FDP=151;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=73;FSRR=45;FWDB=-0.00206546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.191;QD=5.60438;RBI=0.00249258;REFB=-0.0027335;REVB=0.00139529;RO=118;SAF=18;SAR=15;SRF=73;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949866;STB=0.558248;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00877076;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:118:118:33:33:0.218543:15:18:73:45:15:18:73:45 chr7 142460394 . T C 131.1 PASS AF=0.175182;AO=24;DP=137;FAO=24;FDP=137;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=0.0061172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2369;QD=3.8277;RBI=0.0150046;REFB=-0.00289334;REVB=-0.013701;RO=113;SAF=13;SAR=11;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665122;STB=0.54284;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0204305;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:113:113:24:24:0.175182:11:13:67:46:11:13:67:46 chr7 142460412 . A C 65.94 PASS AF=0.12963;AO=14;DP=108;FAO=14;FDP=108;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.0157427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.112;QD=2.44228;RBI=0.0161859;REFB=-0.00479847;REVB=-0.00376199;RO=94;SAF=6;SAR=8;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217796;STB=0.650958;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0199313;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:108:108:94:94:14:14:0.12963:8:6:57:37:8:6:57:37 chr7 142460415 . T C 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=-0.0240792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.23;QD=1.40154;RBI=0.0608306;REFB=0.000536235;REVB=0.0558619;RO=88;SAF=6;SAR=3;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381213;STB=0.544018;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0239468;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:88:90:9:9:0.0909091:3:6:56:32:3:6:56:34 chr7 142460865 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0139646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4054;QD=14.2411;RBI=0.0173068;REFB=-0.013446;REVB=0.0102231;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700616;STB=0.540034;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0199673;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:12:19:12:10:12:19 chr7 142470290 . T C 154.8 PASS AF=0.304348;AO=20;DP=70;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.000976039;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.981;QD=8.97407;RBI=0.00920899;REFB=-0.0105924;REVB=0.00915712;RO=48;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836771;STB=0.525987;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0305012;OID=.;OPOS=142470290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:48:48:20:21:0.304348:13:7:20:28:13:8:20:28 chr7 142478897 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.717;QD=53.2761;RBI=0.0238658;REFB=0;REVB=0.00992934;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58256e-05;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr7 142479912 . C G 36.93 PASS AF=0.0892857;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.00418513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.964;QD=1.31888;RBI=0.0197479;REFB=-0.001228;REVB=-0.0192993;RO=102;SAF=4;SAR=6;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817302;STB=0.565086;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0249417;OID=.;OPOS=142479912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:112:112:102:102:10:10:0.0892857:6:4:48:54:6:4:48:54 chr7 142479915 . T C 500.92 PASS AF=0.477876;AO=51;DP=110;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0140873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.749;QD=17.7316;RBI=0.0145265;REFB=-0.0324113;REVB=-0.00354477;RO=56;SAF=27;SAR=24;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128141;STB=0.549361;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0159361;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:56:59:51:54:0.477876:24:27:22:34:26:28:25:34 chr7 142479917 . C T 35.61 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0107711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.401;QD=1.22803;RBI=0.0183774;REFB=-0.0028699;REVB=-0.0148901;RO=106;SAF=4;SAR=6;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103382;STB=0.583166;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0297447;OID=.;OPOS=142479917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:106:106:10:10:0.0862069:6:4:52:54:6:4:52:54 chr7 142479940 . C T 667.06 PASS AF=0.485507;AO=64;DP=135;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00460328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.555;QD=19.335;RBI=0.00939823;REFB=-0.0113356;REVB=-0.00819369;RO=71;SAF=29;SAR=35;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646441;STB=0.530091;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0193853;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:71:71:64:67:0.485507:35:29:37:34:36:31:37:34 chr7 142479954 . C T 804.59 PASS AF=0.547445;AO=74;DP=145;FAO=75;FDP=137;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00261533;FXX=0.0616396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.342;QD=23.4917;RBI=0.00842531;REFB=-0.00490675;REVB=0.00800911;RO=61;SAF=41;SAR=33;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786864;STB=0.543035;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0026729;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:137:61:62:74:75:0.547445:33:41:28:33:34:41:28:34 chr7 142480002 . C A 883.91 PASS AF=0.583942;AO=79;DP=137;FAO=80;FDP=137;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0130288;FXX=0.021427;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.419;QD=25.8075;RBI=0.013029;REFB=-0.0318902;REVB=6.58584e-05;RO=57;SAF=43;SAR=36;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161397;STB=0.589406;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0186504;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:57:57:79:80:0.583942:36:43:19:38:36:44:19:38 chr7 142480012 . C T 528.52 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0198097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.062;QD=14.7838;RBI=0.0205215;REFB=-0.0361032;REVB=0.00535788;RO=84;SAF=20;SAR=38;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217542;STB=0.626124;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0215104;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:84:85:58:58:0.405594:38:20:46:38:38:20:47:38 chr7 142480034 . C A 419.84 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=125;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0104205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.502;QD=12.9181;RBI=0.011464;REFB=-0.0093412;REVB=-0.00477873;RO=79;SAF=15;SAR=30;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252861;STB=0.625648;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0147542;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:79:80:45:50:0.384615:30:15:44:35:32:18:45:35 chr7 142480067 . C T 530.18 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0144969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.456;QD=22.5609;RBI=0.0191156;REFB=-0.00186738;REVB=0.0124597;RO=43;SAF=29;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173861;STB=0.600552;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00115171;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:44:50:50:0.531915:21:29:16:27:21:29:16:28 chr7 142481234 . T C 613.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.965;QD=61.3256;RBI=0.0439296;REFB=0;REVB=0.0431639;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101287;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr7 142481807 . C T 624.38 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234723;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.208;QD=59.4648;RBI=0.0334859;REFB=-0.158166;REVB=-0.0238822;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00116966;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:1:0 chr7 142481867 . C G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6235;QD=62.3467;RBI=0.0388345;REFB=0;REVB=0.00835554;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393718;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr7 142494043 . CAGAAA ACTGTG 58.51 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00052693;FXX=0.249688;HRUN=2;LEN=6;MLLD=340.2;QD=39.0069;RBI=0.00052693;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0005691;OID=.;OPOS=142494043;OREF=CAGAAA;OALT=ACTGTG;OMAPALT=ACTGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr7 142495126 . GG AT 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00208529;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=166.075;QD=8.6914;RBI=0.00967811;REFB=-0.0175;REVB=0.00945079;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.605793;STBP=0.474;TYPE=mnp;VARB=0.0386967;OID=.;OPOS=142495126;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:9:8:5:3:9:8 chr7 142498735 . A C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0243706;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.516;QD=9.91657;RBI=0.0244505;REFB=0.00194693;REVB=0.00197506;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456441;STB=0.77716;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00424014;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:11:6:7:2:11:6 chr7 142498738 . C G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0224285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.301;QD=9.91649;RBI=0.0237312;REFB=-0.00295014;REVB=0.00775453;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456441;STB=0.77716;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0071975;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:11:6:7:2:11:6 chr7 142498813 . G A 73.32 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0201791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5198;QD=3.1877;RBI=0.0438295;REFB=-0.00484607;REVB=0.0389079;RO=77;SAF=9;SAR=5;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768089;STB=0.558738;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.030041;OID=.;OPOS=142498813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:77:78:14:14:0.152174:5:9:45:32:5:9:45:33 chr7 142498833 . A T 513.9 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.013802;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5053;QD=21.4125;RBI=0.0272892;REFB=-0.00534589;REVB=0.0235415;RO=47;SAF=30;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924716;STB=0.540512;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00556727;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:19:30:24:23:20:29:24:23 chr7 142498837 . C T 498.99 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00981888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.559;QD=20.1611;RBI=0.0374324;REFB=0.00208002;REVB=0.0361217;RO=49;SAF=29;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688793;STB=0.537022;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00126456;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:48:49:0.494949:19:29:26:23:20:29:26:24 chr7 142498897 . A G 487.07 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00962148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.453;QD=17.3953;RBI=0.0146358;REFB=-0.0213471;REVB=-0.0110287;RO=58;SAF=29;SAR=23;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108538;STB=0.503596;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0243838;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:58:59:52:53:0.473214:23:29:33:25:23:30:33:26 chr7 142499071 . T C 353.93 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0351102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.541;QD=16.0879;RBI=0.0356299;REFB=-0.0152639;REVB=-0.00606313;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117429;STB=0.57217;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0204211;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:50:38:38:0.431818:23:15:25:24:23:15:26:24 chr7 142561447 . AGGGGGGGT AGGGGGGT,AGGGGGGTG 116.13 PASS AF=0.612903,0;AO=13,3;DP=32;FAO=19,0;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=15,0;FSAR=4,0;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0487888,-0.0880158;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=10.9428,17.3239;QD=14.9841;RBI=0.0547249,0.106496;REFB=-0.0799771,-0.00887656;REVB=0.0247886,0.0599553;RO=11;SAF=10,3;SAR=3,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.045895,0.582558;STB=0.522364,0.5;STBP=0.815,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0579228,0;OID=.,.;OPOS=142561448,142561454;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=AGGGGGGT,AGGGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903,0:13,3:32:19,0:31:12:15,0:4,0:9:3:43:11:10,3:3,0:8:3 chr7 142651321 . G A 141.85 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0121133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.835;QD=6.52177;RBI=0.0328129;REFB=-0.00926252;REVB=0.0304951;RO=65;SAF=4;SAR=17;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345403;STB=0.721774;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0507517;OID=.;OPOS=142651321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:66:21:21:0.241379:17:4:28:37:17:4:29:37 chr7 143001875 . A G 74.71 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0916089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5139;QD=3.39609;RBI=0.115074;REFB=0.00556478;REVB=-0.0696404;RO=74;SAF=6;SAR=8;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072887;STB=0.548949;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0409283;OID=.;OPOS=143001875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:74:74:14:14:0.159091:8:6:36:38:8:6:36:38 chr7 143017807 . G T 859.71 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000452042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.691;QD=54.585;RBI=0.00135257;REFB=-0.0761541;REVB=-0.0012748;RO=1;SAF=52;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899352;STB=0.521557;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000261846;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:9:52:1:0:9:52:1:1 chr7 143042837 . C T 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00798547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.772;QD=25.402;RBI=0.0119897;REFB=-0.0182515;REVB=-0.00894345;RO=21;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128354;STB=0.570096;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0167504;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:14:20:16:5:14:20:16:5 chr7 143050960 . ACC AC,A,CAC 107.36 PASS AF=0.565217,0.0434783,0.217391;AO=6,4,6;DP=24;FAO=13,1,5;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=7,1,1;FSAR=6,0,4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.124769,-0.0734629,0.0269515;FXX=0.0416493;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.06778,10.4709,19.6001;QD=18.672;RBI=0.317789,0.170667,0.115411;REFB=0.195669,0.122007,0.111149;REVB=0.292272,0.154047,0.11222;RO=4;SAF=3,4,1;SAR=3,0,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.168827,0.755207,-0.0921951;STB=0.567464,0.992027,0.533194;STBP=0.366,0.249,0.995;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0519102,-0.00649666,-0.00672904;OID=.,.,.;OPOS=143050961,143050961,143050960;OREF=C,CC,AC;OALT=-,-,CA;OMAPALT=AC,A,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:30:24:23:4:4:6,4,6:13,1,5:0.565217,0.0434783,0.217391:3,0,5:3,4,1:1:3:6,0,4:7,1,1:1:3 chr7 143053260 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.742;QD=62.9817;RBI=0.0350721;REFB=0;REVB=0.0165904;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134318;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr7 143053723 . C T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0256931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.445;QD=25.7108;RBI=0.0478387;REFB=-0.0186214;REVB=0.0403536;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21376;STB=0.620497;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00560377;OID=.;OPOS=143053723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:4:2:9:4:4:2 chr7 143088823 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.904;QD=55.0979;RBI=0.0480841;REFB=0;REVB=0.0478798;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232305;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr7 143088867 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.375;QD=49.5991;RBI=0.0258029;REFB=0;REVB=0.0253083;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14914e-05;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr7 143093538 . G A 1635.53 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1234;QD=60.0196;RBI=0.0214624;REFB=0;REVB=-0.0156721;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217074;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:61:47:0:0:62:47:0:0 chr7 143097100 . A G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0242407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7472;QD=19.6964;RBI=0.0267764;REFB=-0.0128822;REVB=-0.011374;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626175;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0143174;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:10:12:10:11:10:12 chr7 143141475 . T C 461.3 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.025751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.944;QD=52.7194;RBI=0.0605782;REFB=-0.157298;REVB=0.0548325;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508375;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.011321;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:21:12:0:0:21:12:1:1 chr7 143175154 . G A 367.18 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0231112;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.407;QD=12.6612;RBI=0.0240211;REFB=-0.0097356;REVB=-0.00654877;RO=72;SAF=24;SAR=20;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345773;STB=0.519676;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0167441;OID=.;OPOS=143175154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:20:24:37:35:20:24:37:35 chr7 143175345 . C T 534.69 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00848231;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.139;QD=19.9884;RBI=0.0154796;REFB=-0.0278061;REVB=0.0129486;RO=50;SAF=30;SAR=25;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394627;STB=0.522176;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0290633;OID=.;OPOS=143175345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:50:52:55:55:0.514019:25:30:25:25:25:30:26:26 chr7 143208968 . A G 128.6 PASS AF=0.3;AO=15;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0318932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9216;QD=8.57301;RBI=0.031898;REFB=-0.00800081;REVB=-0.000555442;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869563;STB=0.580067;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0185481;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:42:15:18:0.3:5:10:27:10:8:10:28:14 chr7 143270172 . A G 643.79 PASS AF=0.943396;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00487295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2626;QD=48.588;RBI=0.0244602;REFB=-0.184371;REVB=-0.0239699;RO=3;SAF=13;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968838;STB=0.551703;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00809272;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:53:3:3:47:50:0.943396:34:13:3:0:37:13:3:0 chr7 143701884 . C T 199.68 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00598552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4026;QD=19.9676;RBI=0.00855805;REFB=-0.00447381;REVB=0.00611668;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00757155;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:11:9:9:11:11:9 chr7 143748364 . T C 1116.54 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.572;QD=60.3532;RBI=0.0363964;REFB=0;REVB=0.0308096;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126565;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr7 143771408 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.825;QD=63.8718;RBI=0.0470684;REFB=0;REVB=0.0469351;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100711;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:15:32:0:0:15:33:0:0 chr7 143771536 . G A 1153.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.409;QD=60.7093;RBI=0.0280158;REFB=0;REVB=0.0251532;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101371;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr7 143771557 . T C 347.45 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0158887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.46;QD=17.1582;RBI=0.0202973;REFB=-0.00451565;REVB=-0.0126305;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351019;STB=0.519669;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00513271;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:18:19:21:23:18:19:21:23 chr7 143771937 . G C 883.81 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.815;QD=57.955;RBI=0.024636;REFB=0;REVB=0.00301717;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9267e-05;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:36:23:0:0:36:25:0:0 chr7 143807515 . T G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00681293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4094;QD=53.9322;RBI=0.0985975;REFB=-0.0457996;REVB=0.0983619;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00136477;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:21:9:1:0:21:9:1:0 chr7 143807518 . T C 447.4 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.78;QD=57.7292;RBI=0.00795847;REFB=0;REVB=0.000578958;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04575e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:21:8:0:0:21:10:0:0 chr7 143826603 . G T 584.45 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162764;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.003;QD=61.5212;RBI=0.0249234;REFB=0;REVB=0.0188747;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594755;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr7 143826697 . C A,G 386.93 PASS AF=0.325,0.475;AO=13,19;DP=40;FAO=13,19;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=13,2;FSAR=0,17;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0380207,-0.0215336;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=85.835,40.1797;QD=38.6925;RBI=0.0402028,0.0234071;REFB=-0.142736,-0.0194055;REVB=0.0130649,0.00917588;RO=8;SAF=13,2;SAR=0,17;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.799125,-0.549245;STB=0.998504,0.80913;STBP=0.197,0.001;TYPE=snp,snp;VARB=0.109163,0.0325952;OID=.,.;OPOS=143826697,143826697;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:40:8:8:13,19:13,19:0.325,0.475:0,17:13,2:7:1:0,17:13,2:7:1 chr7 143826729 . ACTT A 408.76 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024766;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.594;QD=56.3801;RBI=0.0284444;REFB=0;REVB=0.0139903;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00011391;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:29:29:0:7:22:0:0:4:0:7:20:0:0 chr7 143882673 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.471;QD=33.4282;RBI=0.0226767;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766942;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr7 143884103 . G A 375.76 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00205711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.155;QD=21.1697;RBI=0.0064906;REFB=-0.0384204;REVB=-0.00615599;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518842;STB=0.52872;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0301731;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:37:38:0.535211:14:23:18:14:15:23:18:15 chr7 144015434 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0249;QD=39.2064;RBI=0.0677692;REFB=0;REVB=-0.0505821;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210901;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 144015437 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.814;QD=40.7629;RBI=0.0122848;REFB=0;REVB=-0.00390778;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177655;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr7 144095600 . A G 130.4 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1336;QD=43.4676;RBI=0.0870263;REFB=0;REVB=-0.083299;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00274037;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 144098992 . G A 532.68 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066415;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8156;QD=57.5872;RBI=0.0821349;REFB=0;REVB=0.081866;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00505812;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:11:24:0:0:13:24:0:0 chr7 144547012 . T C 282.2 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0057252;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.805;QD=14.2885;RBI=0.00800643;REFB=-0.00207534;REVB=0.00559688;RO=49;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269845;STB=0.642545;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00392663;OID=.;OPOS=144547012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:49:47:32:32:0.405063:12:20:18:31:12:20:18:29 chr7 147674978 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00926948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.826;QD=9.93219;RBI=0.0203617;REFB=-0.0180868;REVB=0.0181294;RO=35;SAF=14;SAR=1;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544411;STB=0.844228;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0191968;OID=.;OPOS=147674978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:1:14:22:13:1:14:22:13 chr7 148106477 . C G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0137724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.303;QD=9.37563;RBI=0.0153962;REFB=-0.014092;REVB=0.00688233;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310705;STB=0.684017;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00901514;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:13:6:24:17:13:6:24:17 chr7 148106490 . G A 165.58 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00329182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.766;QD=9.7402;RBI=0.0139069;REFB=-0.00558647;REVB=-0.0135117;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267514;STB=0.663012;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0133905;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:46:22:22:0.323529:14:8:27:18:14:8:28:18 chr7 148113623 . ATAGTT A 304.21 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427884;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=327.886;QD=52.9059;RBI=0.0442932;REFB=0;REVB=0.0114474;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000108587;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:23:23:0:8:15:0:0:4:0:7:15:0:0 chr7 148131742 . G A 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00640792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.671;QD=49.9764;RBI=0.0521394;REFB=-0.0300875;REVB=0.0517441;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138614;STB=0.507457;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00374926;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:17:11:1:1:17:11:1:1 chr7 148143136 . A G 1622.83 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6493;QD=60.1048;RBI=0.0247405;REFB=0;REVB=-0.0133319;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158057;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:65:43:0:0:65:43:0:0 chr7 148481488 . G A 600.59 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158126;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.476;QD=61.5985;RBI=0.0204575;REFB=0;REVB=-0.0129797;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128915;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:17:22:0:0 chr7 148489820 . G A 132.68 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00415856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.418;QD=15.1637;RBI=0.00685788;REFB=-0.0120986;REVB=0.00545315;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376148;STB=0.521711;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0176452;OID=.;OPOS=148489820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:14:6:5:10:14:6 chr7 148525904 . C G 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0544834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8796;QD=18.0346;RBI=0.0651023;REFB=-0.0255982;REVB=0.0356352;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203914;STB=0.616329;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0296919;OID=.;OPOS=148525904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:7:15:13:14:7:15:13:14 chr7 148700542 . A C 59.13 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00382844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.293;QD=14.7813;RBI=0.0118809;REFB=-0.029983;REVB=0.0112472;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0300383;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:16:16:7:8:8:8:0.5:3:5:4:3:3:5:5:3 chr7 148712092 . G A 218.96 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00363321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.84;QD=23.6715;RBI=0.0109164;REFB=-0.0106567;REVB=0.010294;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426487;STB=0.523787;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0149764;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:6:10:12:9:6:10 chr7 148730171 . G A 250.9 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0162754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.408;QD=20.0716;RBI=0.0201027;REFB=0.00240909;REVB=0.0117997;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564209;STB=0.541632;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00279718;OID=.;OPOS=148730171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:12:11:14:12:13:11:14:12 chr7 148730181 . A G 217.18 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0101691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9061;QD=15.241;RBI=0.0165512;REFB=-0.0324021;REVB=0.0130589;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353931;STB=0.528729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0425869;OID=.;OPOS=148730181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:32:25:25:0.438596:13:12:15:14:13:12:17:15 chr7 148730191 . C T 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00172818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6893;QD=15.4092;RBI=0.0685293;REFB=-0.0132537;REVB=-0.0685075;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424094;STB=0.522517;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0155992;OID=.;OPOS=148730191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:34:27:27:0.442623:13:14:18:14:13:14:19:15 chr7 148801091 . G A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000142587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.779;QD=44.0905;RBI=0.000380181;REFB=0.00642444;REVB=0.000352429;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-4.05102e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:9:8:0:0:9:8:1:0 chr7 148801658 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.937;QD=58.1411;RBI=0.0423089;REFB=0;REVB=0.00706154;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246583;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr7 148822810 . C T 1731.18 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.439;QD=60.7432;RBI=0.062821;REFB=0;REVB=0.0201349;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57324e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:61:53:0:0:61:53:0:0 chr7 148822867 . TG T 605.63 PASS AF=0.492308;AO=57;DP=126;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.013418;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.345;QD=18.6348;RBI=0.0145022;REFB=-0.00452878;REVB=0.00550188;RO=65;SAF=23;SAR=34;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20198;STB=0.584699;STBP=0.069;TYPE=del;VARB=0.00566751;OID=.;OPOS=148822868;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492308:57:126:64:130:66:29:35:41:25:99:65:23:34:40:25 chr7 148848358 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.626;QD=52.7693;RBI=0.0322781;REFB=-0.0945952;REVB=0.027339;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00360994;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr7 148851213 . G A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.632;QD=59.8352;RBI=0.0325841;REFB=0;REVB=0.00309276;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001193;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr7 148937136 . C A 255.8 PASS AF=0.422535;AO=27;DP=68;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0462545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.448;QD=14.4112;RBI=0.0462698;REFB=-0.0103381;REVB=-0.00119022;RO=40;SAF=6;SAR=21;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140184;STB=0.552475;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0153169;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:40:41:27:30:0.422535:21:6:13:27:22:8:14:27 chr7 148947279 . A G 71.56 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0322103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6065;QD=16.838;RBI=0.0326267;REFB=-0.000532918;REVB=-0.00519584;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00240641;OID=.;OPOS=148947279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr7 148963763 . G A 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.018615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.196;QD=6.24858;RBI=0.0357823;REFB=-0.00280656;REVB=0.0305591;RO=45;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286382;STB=0.675824;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0116444;OID=.;OPOS=148963763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:8:6:30:15:8:6:30:15 chr7 148979649 . G T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0131452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.937;QD=14.647;RBI=0.013151;REFB=-0.00857833;REVB=0.000391604;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615321;STB=0.527375;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0120047;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:17:15:18:26:17:15:19:26 chr7 148991712 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.303;QD=42.182;RBI=0.0349622;REFB=0;REVB=0.03308;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297455;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 148991853 . G A 248.52 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00978069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.337;QD=25.4894;RBI=0.0429382;REFB=0.00643482;REVB=-0.0418094;RO=16;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104682;STB=0.505809;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00481285;OID=.;OPOS=148991853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:6:17:12:4:6:17:12:4 chr7 149112306 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.662;QD=58.5873;RBI=0.0249362;REFB=0;REVB=-0.0174133;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45207e-06;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr7 149152770 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.189;QD=53.9064;RBI=0.0134349;REFB=0;REVB=0.00939873;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16103e-05;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr7 149152906 . G A 785.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.607;QD=64.134;RBI=0.0205332;REFB=0;REVB=0.0121179;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04572e-05;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr7 149191460 . G A 337.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0208012;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.937;QD=17.0864;RBI=0.0215349;REFB=-0.0084164;REVB=-0.0055734;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110157;STB=0.561763;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00981119;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:16:20:19:24:16:20:19:24 chr7 149317053 . T C 745.28 PASS AF=0.478528;AO=76;DP=162;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00282155;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4735;QD=18.2891;RBI=0.0332703;REFB=-0.00690873;REVB=0.0331504;RO=86;SAF=41;SAR=35;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11548;STB=0.559721;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0114136;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:86:85:76:78:0.478528:35:41:36:50:36:42:36:49 chr7 149318375 . C T 177.47 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0246566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.613;QD=39.437;RBI=0.0248727;REFB=0.0582009;REVB=-0.00327153;RO=2;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151283;STB=0.583225;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000476185;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:11:5:2:0:11:5:2:0 chr7 149318471 . C T 230.74 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0314671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9796;QD=23.0741;RBI=0.0956088;REFB=0.02733;REVB=0.0902821;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991378;STB=0.535682;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0181078;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:18:21:22:0.55:12:9:6:13:13:9:6:12 chr7 149344105 . A G 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.054721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.077;QD=43.6826;RBI=0.0555135;REFB=0.071453;REVB=0.00934637;RO=2;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18245;STB=0.599891;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000425029;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:16:4:2:0:16:4:2:0 chr7 149404826 . C CT 85.76 PASS AF=0.375;AO=4;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0223541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.585;QD=8.57602;RBI=0.0574414;REFB=-0.0355569;REVB=-0.0529133;RO=35;SAF=0;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539334;STB=0.509421;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.0545627;OID=.;OPOS=149404827;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:4:39:15:40:25:5:10:8:17:85:35:0:4:13:22 chr7 149404827 . C T 80.68 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.017171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.825;QD=7.68407;RBI=0.0376761;REFB=-0.017576;REVB=-0.0335358;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246782;STB=0.649982;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.035158;OID=.;OPOS=149404827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:8:23:6:5:8:23 chr7 149416771 . C T 344.59 PASS AF=0.473684;AO=33;DP=74;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00503673;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.15;QD=18.1365;RBI=0.0132601;REFB=-0.0239786;REVB=0.0122663;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200218;STB=0.596017;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0239707;OID=.;OPOS=149416771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:40:33:36:0.473684:20:13:24:16:21:15:24:16 chr7 149418680 . G A 356.81 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0237483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.251;QD=20.389;RBI=0.0324677;REFB=-0.0168358;REVB=-0.0221398;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076723;STB=0.533316;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0276789;OID=.;OPOS=149418680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:21:16:11:21:21:16:12:21 chr7 149418856 . C T 351.99 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0165984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.971;QD=15.6441;RBI=0.0228236;REFB=-0.00755893;REVB=0.0156656;RO=48;SAF=10;SAR=28;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37039;STB=0.719118;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0135118;OID=.;OPOS=149418856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:52:38:38:0.422222:28:10:30:18:28:10:33:19 chr7 149421773 . A G 810.37 PASS AF=0.546763;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.021797;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.065;QD=23.3198;RBI=0.0234738;REFB=-0.0034837;REVB=-0.00871274;RO=62;SAF=35;SAR=41;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325506;STB=0.521544;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0025706;OID=.;OPOS=149421773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:62:63:76:76:0.546763:41:35:31:31:41:35:32:31 chr7 149426305 . G GC 604.41 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1006;QD=40.9767;RBI=0.147451;REFB=-0.0161044;REVB=0.0709717;RO=7;SAF=26;SAR=26;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00700513;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:60:59:59:0:32:27:0:0:8:7:26:26:6:1 chr7 149427409 . T G 1163.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.117;QD=60.4625;RBI=0.0894519;REFB=0;REVB=-0.0890883;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279476;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr7 149430367 . C T 145.24 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0537368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.776;QD=10.1921;RBI=0.0585242;REFB=-0.0177459;REVB=-0.0231829;RO=26;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162615;STB=0.633648;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0350289;OID=.;OPOS=149430367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:38:18:19:0.333333:15:3:7:19:15:4:14:24 chr7 149502637 . C T 507.66 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=0.0146562;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.222;QD=14.8222;RBI=0.0150878;REFB=-0.0124761;REVB=-0.00358279;RO=80;SAF=23;SAR=33;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946589;STB=0.548052;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0155892;OID=.;OPOS=149502637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:81:56:56:0.408759:33:23:26:54:33:23:27:54 chr7 149506211 . G GC 1882.46 PASS AF=1;AO=156;DP=171;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141799;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6972;QD=47.0615;RBI=0.141914;REFB=0;REVB=0.00571249;RO=15;SAF=74;SAR=82;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00118782;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:156:171:160:160:0:78:82:0:0:35:15:74:82:13:2 chr7 149509419 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0323249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5242;QD=12.7299;RBI=0.0526379;REFB=-0.0159146;REVB=0.0415434;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243311;STB=0.644834;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0264073;OID=.;OPOS=149509419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:7:5:6:3:7:5 chr7 149511902 . C T 139.81 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.077892;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1533;QD=18.0394;RBI=0.0891102;REFB=-0.0592745;REVB=-0.0432835;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.549291;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.055242;OID=.;OPOS=149511902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:15:16:15:15:0.483871:8:7:8:7:8:7:9:7 chr7 149511985 . A G 253.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00481674;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.035;QD=21.1466;RBI=0.00684564;REFB=-0.0200491;REVB=-0.00486434;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14747;STB=0.582691;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0235834;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:11:13:9:15:11:13:9:15 chr7 149513077 . G C 49.3 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.109403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1666;QD=14.0861;RBI=0.111677;REFB=0.0163084;REVB=-0.0224204;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.705362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0174509;OID=.;OPOS=149513077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:6:1:4:3:6:1 chr7 149513560 . T C 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0262603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.553;QD=19.2741;RBI=0.0271992;REFB=-0.0375588;REVB=-0.00708446;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243926;STB=0.513566;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0362012;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:20:17:18:19:20:17:18:19 chr7 149515754 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00225403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.899;QD=10.8848;RBI=0.0178446;REFB=-0.0151369;REVB=-0.0177016;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0171365;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:5:10:4:5:5:10 chr7 149516486 . A G 201.03 PASS AF=0.378788;AO=23;DP=64;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0135325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.533;QD=12.1836;RBI=0.0153319;REFB=-0.0209356;REVB=-0.00720686;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106353;STB=0.551682;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0322403;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:41:41:23:25:0.378788:15:8:18:23:16:9:18:23 chr7 149517978 . G T 262.88 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00132984;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.666;QD=17.2383;RBI=0.0103043;REFB=-0.0248723;REVB=0.0102182;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192832;STB=0.510825;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0233036;OID=.;OPOS=149517978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:15:17:16:13:15:17 chr7 149518148 . A G 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.066272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4227;QD=14.9771;RBI=0.0793644;REFB=-0.0457439;REVB=-0.0436661;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296373;STB=0.678806;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0448145;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:3:8:9:1:3:8 chr7 149518961 . T C 1068.71 PASS AF=0.427007;AO=113;DP=271;FAO=117;FDP=274;FR=.;FRO=157;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=0.00544591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6996;QD=15.6017;RBI=0.0221438;REFB=-0.0113242;REVB=0.0214637;RO=156;SAF=46;SAR=67;SRF=68;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308211;STB=0.523744;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0163475;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:274:156:157:113:117:0.427007:67:46:68:88:71:46:68:89 chr7 149522366 . T G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0176807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.322;QD=22.6;RBI=0.0486336;REFB=-0.0246532;REVB=-0.0453058;RO=20;SAF=18;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145745;STB=0.582133;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.020325;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:5:18:13:7:5:18:13:7 chr7 149523277 . A G 419.77 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0232086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.581;QD=13.221;RBI=0.0262472;REFB=-0.0251368;REVB=-0.0122588;RO=75;SAF=14;SAR=35;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291857;STB=0.670516;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0326332;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:78:49:49:0.385827:35:14:41:34:35:14:43:35 chr7 149523584 . C T 92.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.052164;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.177;QD=16.7896;RBI=0.0523484;REFB=0.0168076;REVB=0.00439075;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5401;STB=0.822802;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0310121;OID=.;OPOS=149523584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:10:1:6:5:10:1:6:5 chr7 149543269 . C T 337.76 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0103087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.677;QD=15.0115;RBI=0.0317818;REFB=-0.0108659;REVB=0.0300635;RO=53;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114243;STB=0.564501;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0154242;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:18:19:33:20:18:19:33:20 chr7 149556518 . C T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0250612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.256;QD=9.67079;RBI=0.0252218;REFB=-0.000502059;REVB=0.00284204;RO=35;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316021;STB=0.694216;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00110736;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:10:6:23:12:10:6:24:12 chr7 149558409 . G C 94.02 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0266954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.697;QD=22.1226;RBI=0.051401;REFB=-0.0453134;REVB=0.0439252;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219729;STB=0.604217;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0282584;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:5:5:1:5:6:5:1:5 chr7 149559273 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000722576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.505;QD=13.3417;RBI=0.00374256;REFB=0.00248251;REVB=0.00367214;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203622;STB=0.616912;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00333103;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:12:20:9:12:12:20 chr7 149559465 . C T 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00824739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8031;QD=20.6456;RBI=0.0304895;REFB=-0.0167027;REVB=0.0293528;RO=36;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649454;STB=0.542929;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0103735;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:23:17:18:18:23:17:19:18 chr7 149576818 . A G 55.54 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.177871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.377;QD=12.3421;RBI=0.17931;REFB=-0.0133032;REVB=-0.0226709;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357304;STB=0.610847;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0184704;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:17:18:10:10:6:8:0.444444:2:4:3:7:4:4:3:7 chr7 150028176 . G GC 40.26 PASS AF=0.129412;AO=15;DP=89;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0326348;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.142;QD=1.89463;RBI=0.0335039;REFB=-0.00154863;REVB=0.00758131;RO=74;SAF=13;SAR=2;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451108;STB=0.874229;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.138436;OID=.;OPOS=150028177;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129412:15:89:11:85:74:10:1:40:34:40:74:13:2:41:33 chr7 150028958 . A G 304.3 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00294681;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.998;QD=22.1311;RBI=0.00590479;REFB=-0.0105652;REVB=0.00511692;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972762;STB=0.553811;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00706367;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:31:31:0.563636:13:18:11:13:13:18:11:13 chr7 150034184 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0029595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.258;QD=11.0198;RBI=0.0097532;REFB=-0.0263506;REVB=-0.00929335;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0321488;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:5:3:2:4:5:3 chr7 150034378 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0193199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.924;QD=10.3792;RBI=0.030411;REFB=-0.00292042;REVB=-0.0234856;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.651856;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0034454;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:5:11:4:5:5:11 chr7 150035183 . C T 71.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0350683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.089;QD=8.39275;RBI=0.0351774;REFB=-0.0113021;REVB=0.0027682;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248998;STB=0.656368;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0245085;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:34:24:24:10:10:0.294118:8:2:9:15:8:2:9:15 chr7 150037660 . A G 93.0 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0237327;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.043;QD=8.45447;RBI=0.025032;REFB=-0.0218007;REVB=-0.00796003;RO=32;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918922;STB=0.557043;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.087419;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:32:32:12:12:0.272727:9:3:10:22:9:3:10:22 chr7 150068371 . T C 308.85 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00243058;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.354;QD=17.4001;RBI=0.00627046;REFB=-0.0167177;REVB=0.00578023;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015463;STB=0.507038;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0223183;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:33:34:0.478873:16:17:19:18:17:17:19:18 chr7 150068605 . G A 737.74 PASS AF=0.688889;AO=59;DP=88;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0900261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.18;QD=32.7883;RBI=0.0926299;REFB=-0.0315154;REVB=0.0218086;RO=29;SAF=27;SAR=32;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574326;STB=0.517236;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0184472;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:29:28:59:62:0.688889:32:27:13:16:32:30:12:16 chr7 150068620 . C T 550.72 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0866363;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.8965;QD=27.1961;RBI=0.0979408;REFB=-0.0794846;REVB=-0.0456786;RO=26;SAF=26;SAR=24;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604245;STB=0.501483;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0546886;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:26:31:50:50:0.617284:24:26:16:10:24:26:16:15 chr7 150068933 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.046354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.424;QD=14.1696;RBI=0.050836;REFB=-0.0203325;REVB=-0.0208712;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316368;STB=0.683866;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0160336;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:3:9:4:6:3:9 chr7 150070630 . A G 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00338258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.672;QD=26.0488;RBI=0.0250292;REFB=0.00344674;REVB=0.0247996;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185934;STB=0.605863;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000710609;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:10:2:2:3:10:2:2:3 chr7 150070663 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0255347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.244;QD=20.8921;RBI=0.026102;REFB=0.0150473;REVB=0.00541261;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249643;STB=0.644839;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0226235;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:3:3:8:2:3:3 chr7 150070814 . G A 420.45 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0208621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4767;QD=16.4883;RBI=0.0208661;REFB=0.00266728;REVB=-0.000412838;RO=56;SAF=24;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038874;STB=0.52173;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00331287;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:22:24:27:29:22:24:27:29 chr7 150093701 . A C 1039.62 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00254791;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.846;QD=56.9652;RBI=0.00883823;REFB=0.0197614;REVB=0.008463;RO=2;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025541;STB=0.513154;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000171295;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:70:71:0.972603:36:34:0:2:37:34:0:2 chr7 150217248 . A G 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00495159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.587;QD=15.0667;RBI=0.00781185;REFB=-0.0084303;REVB=0.00604209;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074042;STB=0.547798;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0114562;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:16:18:21:25:16:18:21:26 chr7 150217309 . C T 359.51 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.00834652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6757;QD=17.3259;RBI=0.0108691;REFB=-0.0212063;REVB=0.00696223;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285293;STB=0.65074;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0245298;OID=.;OPOS=150217309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:18:20:10:34:18:20:11:34 chr7 150218007 . ATAGT A 204.9 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0134425;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=4;MLLD=290.729;QD=16.0704;RBI=0.0136816;REFB=-0.00393245;REVB=0.00254663;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24628;STB=0.631381;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.00461822;OID=.;OPOS=150218008;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:23:55:23:51:28:13:10:9:19:99:29:13:10:9:20 chr7 150325175 . C T 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00454167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1462;QD=10.6316;RBI=0.0215326;REFB=-0.00100919;REVB=0.0210482;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279975;STB=0.666296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00429687;OID=.;OPOS=150325175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:10:3:4:4:10:3 chr7 150326819 . C T 203.0 PASS AF=0.339286;AO=14;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00110892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.083;QD=14.4998;RBI=0.0177262;REFB=-0.0173917;REVB=0.0176915;RO=25;SAF=14;SAR=0;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.786041;STB=0.720858;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0168758;OID=.;OPOS=150326819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:30:14:19:0.339286:0:14:15:10:3:16:17:13 chr7 150488616 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.829;QD=63.581;RBI=0.0302736;REFB=0;REVB=-0.0265311;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80051e-05;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr7 150490376 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0913651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5753;QD=18.8865;RBI=0.104371;REFB=-0.000336134;REVB=-0.0504556;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00337059;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr7 150491084 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.785;QD=56.1908;RBI=0.00705502;REFB=0;REVB=0.0056936;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64456e-05;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr7 150500729 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.011955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.62;QD=9.44521;RBI=0.0201291;REFB=-0.00938643;REVB=-0.0161944;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47111;STB=0.794397;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.013981;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:5:6:0.375:1:4:3:6:1:5:4:6 chr7 150501516 . A G 324.33 PASS AF=0.529412;AO=31;DP=63;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000201327;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.378;QD=19.0783;RBI=0.00609587;REFB=-0.0462908;REVB=0.00609254;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725012;STB=0.538107;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0382948;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:30:32:31:36:0.529412:19:12:14:16:23:13:14:18 chr7 150555915 . A G 620.32 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0140977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.64;QD=21.2075;RBI=0.0250134;REFB=-0.029579;REVB=-0.0206622;RO=53;SAF=38;SAR=24;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806252;STB=0.515286;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0244787;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:53:55:62:62:0.529915:24:38:32:21:24:38:32:23 chr7 150556002 . T C 417.19 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00731863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.818;QD=17.2039;RBI=0.00741983;REFB=-0.00668201;REVB=0.00122133;RO=54;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347052;STB=0.519453;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00770661;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:20:23:27:27:20:23:27:27 chr7 150556055 . CG GC 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311055;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.601;QD=57.8846;RBI=0.0313164;REFB=0;REVB=-0.00362807;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.30912e-05;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr7 150557622 . G A 325.15 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00668177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.776;QD=14.6136;RBI=0.00919477;REFB=-0.0118188;REVB=0.00631648;RO=53;SAF=15;SAR=20;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105925;STB=0.566818;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.013873;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:53:35:36:0.404494:20:15:28:25:21:15:28:25 chr7 150557665 . C G 120.62 PASS AF=0.272727;AO=16;DP=64;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0187573;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.789;QD=7.31028;RBI=0.0209857;REFB=-0.0090417;REVB=-0.00941093;RO=48;SAF=5;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281739;STB=0.610988;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0253829;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:48:48:16:18:0.272727:11:5:26:22:11:7:26:22 chr7 150648198 . A G 230.02 PASS AF=0.488889;AO=19;DP=49;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0384963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.657;QD=20.4466;RBI=0.0451722;REFB=-0.0879012;REVB=0.023634;RO=22;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187644;STB=0.653474;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0629628;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:45:22:22:19:22:0.488889:15:4:8:14:18:4:9:13 chr7 150648789 . T C 162.61 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0444481;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.43;QD=10.6627;RBI=0.0445354;REFB=-0.0165408;REVB=0.00278729;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673902;STB=0.530776;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.028806;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:41:40:21:21:0.344262:12:9:20:21:12:9:19:21 chr7 150649531 . G A 397.91 PASS AF=0.465909;AO=39;DP=86;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0279913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.327;QD=18.0868;RBI=0.10419;REFB=-0.0228499;REVB=0.100359;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833177;STB=0.551853;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0252759;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:46:47:39:41:0.465909:22:17:24:22:24:17:24:23 chr7 150649603 . G A 621.0 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00897316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.537;QD=17.9999;RBI=0.0242503;REFB=-0.00545103;REVB=0.0225291;RO=74;SAF=25;SAR=39;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10787;STB=0.559963;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00818759;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:74:64:64:0.463768:39:25:37:37:39:25:37:37 chr7 150695726 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.503;QD=61.3354;RBI=0.0284087;REFB=0;REVB=-0.0151796;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247464;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr7 150696111 . T C,G 2665.76 PASS AF=0.0994475,0.900552;AO=19,157;DP=177;FAO=18,163;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=0,72;FSAR=18,91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276796,0.0105368;FXX=0.0054942;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.5968,100.982;QD=58.9118;RBI=0.0222494,0.0359609;REFB=0,0;REVB=-0.0220766,0.0343826;RO=0;SAF=1,67;SAR=18,90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.49904e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.147051,0.00144007;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:177:181:0:0:19,157:18,163:0.0994475,0.900552:18,90:1,67:0:0:18,91:0,72:0:0 chr7 150700729 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0241764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.989;QD=14.7662;RBI=0.0340109;REFB=-0.0141052;REVB=0.0239216;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506399;STB=0.53716;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.014136;OID=.;OPOS=150700729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:13:12:17:15:13:12:18:15 chr7 150704250 . C G 264.74 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0103803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5659;QD=20.7635;RBI=0.0527512;REFB=-0.00840243;REVB=-0.0517198;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120826;STB=0.567245;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00778501;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:9:15:13:14:9:15 chr7 150715817 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.525;QD=33.4277;RBI=0.0770879;REFB=0;REVB=-0.0770421;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243619;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 150752608 . T G 759.14 PASS AF=0.982143;AO=50;DP=52;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0940994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4236;QD=54.2243;RBI=0.104351;REFB=-0.0474999;REVB=0.045104;RO=1;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268819;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00207492;OID=.;OPOS=150752608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:56:1:1:50:55:0.982143:33:17:1:0:33:22:1:0 chr7 150761314 . G A 330.74 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.346;QD=50.8833;RBI=0.067379;REFB=-0.120159;REVB=0.0521778;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00106691;OID=.;OPOS=150761314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:9:16:0:0:9:16:0:1 chr7 150763655 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.012;QD=46.8473;RBI=0.0315046;REFB=0;REVB=0.0246974;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55527e-05;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr7 150765065 . T C 3210.95 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.617;QD=64.219;RBI=0.0422956;REFB=0;REVB=0.0256608;RO=0;SAF=112;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55046e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:88:112:0:0:88:112:0:0 chr7 150767654 . T C 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00134515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.382;QD=15.8751;RBI=0.0231851;REFB=-0.00811645;REVB=-0.023146;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121211;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0100488;OID=.;OPOS=150767654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:3:7:8:2:3:7 chr7 150768786 . G A 918.16 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0206664;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.581;QD=55.6459;RBI=0.0235944;REFB=-0.189248;REVB=0.0113839;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314596;STB=0.516661;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00131844;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:2:0:35:29:2:0 chr7 150771196 . T G,TG 63.46 PASS AF=0,0.219178;AO=6,8;DP=75;FAO=0,16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=0,1;FSAR=0,15;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.055168,-0.171041;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.1163,22.4117;QD=3.47707;RBI=0.0632364,0.179293;REFB=-0.00831006,-0.054322;REVB=-0.0309084,-0.053769;RO=61;SAF=0,1;SAR=6,7;SRF=25;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.554171,-0.394067;STB=0.5,0.879597;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.14444;OID=.,.;OPOS=150771196,150771197;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:75:73:61:57:6,8:0,16:0,0.219178:6,7:0,1:25:36:0,15:0,1:23:34 chr7 150773779 . TGGGGGGGC GTGGGGGGC,TGGGGGCGG,TGGGGGGC,TGGGGGGCC 163.82 PASS AF=0.0363636,0.181818,0.527273,0;AO=2,2,15,2;DP=57;FAO=2,10,29,0;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=0,10,14,0;FSAR=2,0,15,0;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0148584,0.0358318,0.167082,0.0615597;FXX=0.0677851;HRUN=1,7,7,7;LEN=2,3,1,1;MLLD=46.6145,122.192,7.12482,14.8981;QD=11.9143;RBI=0.0196701,0.0408648,0.191153,0.126831;REFB=-0.0365613,-0.036214,-0.0984283,0.00540246;REVB=-0.0128896,-0.0196471,-0.0928614,-0.11089;RO=18;SAF=0,2,5,2;SAR=2,0,10,0;SRF=16;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.749985,0.399966,-0.492008,0.399966;STB=0.996262,0.998329,0.575029,0.5;STBP=0.043,0.031,0.153,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp;VARB=0.21154,0.180428,0.137434,0;OID=.,.,.,.;OPOS=150773779,150773785,150773780,150773786;OREF=TG,GGC,G,G;OALT=GT,CGG,-,C;OMAPALT=GTGGGGGGC,TGGGGGCGG,TGGGGGGC,TGGGGGGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:42:57:55:18:14:2,2,15,2:2,10,29,0:0.0363636,0.181818,0.527273,0:2,0,10,0:0,2,5,2:16:2:2,0,15,0:0,10,14,0:10:4 chr7 150773807 . A C,T 1019.29 PASS AF=0.0533333,0.906667;AO=5,67;DP=75;FAO=4,68;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=1,36;FSAR=3,32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0148351,0.0306084;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=37.5192,150.671;QD=54.3619;RBI=0.0149431,0.0328989;REFB=0.0101619,-6.45871e-05;REVB=-0.00179311,-0.0120607;RO=3;SAF=2,35;SAR=3,32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.361596,-0.0387952;STB=0.798623,0.519994;STBP=0.147,0.114;TYPE=snp,snp;VARB=0.037622,-0.00345279;OID=.,.;OPOS=150773807,150773807;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:75:75:3:3:5,67:4,68:0.0533333,0.906667:3,32:2,35:3:0:3,32:1,36:3:0 chr7 150972189 . G A 1564.35 PASS AF=0.903226;AO=112;DP=124;FAO=112;FDP=124;FR=.;FRO=12;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0640295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0587;QD=50.4628;RBI=0.0641389;REFB=-0.0206041;REVB=0.00374397;RO=9;SAF=50;SAR=62;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469449;STB=0.537566;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0120793;OID=.;OPOS=150972189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:124:9:12:112:112:0.903226:62:50:7:2:62:50:10:2 chr7 151049231 . C T 682.98 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00803548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.482;QD=52.5372;RBI=0.0117178;REFB=0.0494641;REVB=0.00852867;RO=2;SAF=18;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494652;STB=0.526305;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00041941;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:32:18:2:0:32:18:2:0 chr7 151093171 . G A 817.22 PASS AF=0.474576;AO=84;DP=180;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.022869;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.613;QD=18.4682;RBI=0.0743394;REFB=-0.0137042;REVB=0.0707344;RO=89;SAF=46;SAR=38;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12258;STB=0.578211;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0127354;OID=.;OPOS=151093171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:177:89:93:84:84:0.474576:38:46:37:52:38:46:37:56 chr7 151097323 . A G 991.5 PASS AF=0.490385;AO=101;DP=206;FAO=102;FDP=208;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=-0.000598153;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.36;QD=19.0673;RBI=0.0298151;REFB=-0.0105909;REVB=-0.0298091;RO=103;SAF=45;SAR=56;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443843;STB=0.523352;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.01084;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:103:106:101:102:0.490385:56:45:41:62:57:45:42:64 chr7 151106066 . C T 316.16 PASS AF=0.559322;AO=31;DP=57;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.005004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.383;QD=21.4348;RBI=0.0143054;REFB=-0.0239262;REVB=0.0134017;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102889;STB=0.540488;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0154728;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:26:26:31:33:0.559322:14:17:11:15:16:17:11:15 chr7 151133271 . G A 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00124651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.856;QD=25.7521;RBI=0.00789804;REFB=-0.0130179;REVB=0.00779905;RO=26;SAF=14;SAR=27;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062876;STB=0.534425;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00804402;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:27:14:11:15:27:14:11:15 chr7 151168534 . G A 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00430663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.865;QD=14.8345;RBI=0.00680788;REFB=-0.00634266;REVB=-0.00527259;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141705;STB=0.581152;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00937986;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:14:8:15:15:14:8:15:15 chr7 151504498 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00206054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.114;QD=17.2467;RBI=0.0227062;REFB=-0.00134825;REVB=-0.0226125;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259962;STB=0.646929;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00124947;OID=.;OPOS=151504498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:7:20:10:11:7:20 chr7 151597368 . G A 66.81 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0185587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.941;QD=6.07383;RBI=0.0252955;REFB=-0.0418814;REVB=-0.0171883;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147368;STB=0.509415;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.136898;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:44:44:34:34:10:10:0.227273:6:4:14:20:6:4:14:20 chr7 151668063 . A G 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000550554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.431;QD=28.7633;RBI=0.0176285;REFB=-0.00351138;REVB=0.0176199;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21421;STB=0.618918;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00187533;OID=.;OPOS=151668063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:13:6:6:3:13:6:6:3 chr7 151680072 . T C 2081.17 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00826762;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6576;QD=61.6643;RBI=0.108244;REFB=-0.0693165;REVB=0.107928;RO=1;SAF=59;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798815;STB=0.504201;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000368482;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:133:134:0.992593:74:59:1:0:75:59:1:0 chr7 151684256 . A G 138.9 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00311657;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.3844;QD=16.3407;RBI=0.0495982;REFB=-0.00593981;REVB=0.0495002;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530551;STB=0.7711;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.011085;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:18:18:14:16:0.470588:3:11:4:14:4:12:4:14 chr7 151722338 . G A 2854.43 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225544;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.684;QD=63.0812;RBI=0.0302718;REFB=0;REVB=0.0201911;RO=0;SAF=118;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109395;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:181:0:0:181:181:1:63:118:0:0:63:118:0:0 chr7 151722388 . A G 891.36 PASS AF=0.48913;AO=87;DP=180;FAO=90;FDP=184;FR=.;FRO=94;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=0.0030878;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.282;QD=19.3773;RBI=0.00700211;REFB=-0.0224303;REVB=-0.00628451;RO=90;SAF=52;SAR=35;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562682;STB=0.520508;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0132821;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:184:90:94:87:90:0.48913:35:52:59:31:35:55:61:33 chr7 151818708 . C T 267.32 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0673932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.888;QD=18.4359;RBI=0.067398;REFB=-0.0225274;REVB=-0.000807063;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062728;STB=0.535085;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0338902;OID=.;OPOS=151818708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:14:15:17:12:14:15 chr7 151832234 . A G 76.09 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.117449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.819;QD=12.1746;RBI=0.118069;REFB=-0.00689173;REVB=0.012085;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420733;STB=0.747625;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.027027;OID=.;OPOS=151832234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:4:11:3:7:4:11 chr7 151873853 . C T 201.48 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.022303;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9093;QD=20.1475;RBI=0.024299;REFB=-0.021548;REVB=-0.00964462;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15124;STB=0.574927;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0178081;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:20:20:20:0.5:10:10:7:14:10:10:7:13 chr7 151874498 . C T 407.27 PASS AF=0.820513;AO=27;DP=36;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00145776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.276;QD=41.7711;RBI=0.0920417;REFB=-0.0247907;REVB=0.0920302;RO=7;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155542;STB=0.588179;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00828765;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:36:39:7:7:27:32:0.820513:15:12:6:1:20:12:6:1 chr7 151878637 . G C 75.11 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0170606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.217;QD=12.5191;RBI=0.127338;REFB=-0.0109931;REVB=0.12619;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274414;STB=0.639072;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00750699;OID=.;OPOS=151878637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:24:13:14:10:10:0.416667:4:6:4:9:4:6:5:9 chr7 151945007 . C T 417.13 PASS AF=0.339744;AO=53;DP=156;FAO=53;FDP=156;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=1;FSRF=102;FSRR=1;FWDB=-0.00805444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.242;QD=10.6956;RBI=0.0551304;REFB=-0.00949282;REVB=0.0545389;RO=101;SAF=52;SAR=1;SRF=100;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167328;STB=0.596869;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.014941;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:101:103:53:53:0.339744:1:52:100:1:1:52:102:1 chr7 151945012 . GAAAAT GAAA,GAAAT 108.75 PASS AF=0.237805,0;AO=28,40;DP=166;FAO=39,0;FDP=164;FR=.;FRO=125;FSAF=37,0;FSAR=2,0;FSRF=125;FSRR=0;FWDB=-0.109535,-0.200725;FXX=0.0120475;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=20.3818,11.1777;QD=2.65254;RBI=0.12675,0.200762;REFB=-0.0683806,-0.0818305;REVB=-0.0637777,-0.00385786;RO=86;SAF=26,40;SAR=2,0;SRF=86;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.574173,0;STB=0.814007,0.5;STBP=0.628,1;TYPE=del,del;VARB=0.189337,0.029041;OID=.,.;OPOS=151945016,151945013;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237805,0:28,40:166:39,0:164:125:37,0:2,0:125:0:99:86:26,40:2,0:86:0 chr7 151945071 . G GT 408.82 PASS AF=0.277045;AO=96;DP=384;FAO=105;FDP=379;FR=.;FRO=274;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=129;FSRR=145;FWDB=0.0700516;FXX=0.0104436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.283;QD=4.31473;RBI=0.0915123;REFB=0.0183602;REVB=-0.0588835;RO=284;SAF=50;SAR=46;SRF=132;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704018;STB=0.524537;STBP=0.546;TYPE=ins;VARB=-0.0524017;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277045:96:384:105:379:274:53:52:129:145:99:284:50:46:132:152 chr7 151945101 . G C 51.52 PASS AF=0.0700637;AO=22;DP=314;FAO=22;FDP=314;FR=.;FRO=292;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=149;FSRR=143;FWDB=-0.0297863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1428;QD=0.656341;RBI=0.0563973;REFB=-0.00502967;REVB=0.0478898;RO=292;SAF=6;SAR=16;SRF=149;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262948;STB=0.721987;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0785613;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:314:314:292:292:22:22:0.0700637:16:6:149:143:16:6:149:143 chr7 151945140 . C T 140.61 PASS AF=0.141553;AO=31;DP=219;FAO=31;FDP=219;FR=.;FRO=188;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=97;FSRR=91;FWDB=-0.0427493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2998;QD=2.56821;RBI=0.0556824;REFB=-0.00761144;REVB=-0.0356796;RO=187;SAF=14;SAR=17;SRF=96;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786583;STB=0.555128;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0367897;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:187:188:31:31:0.141553:17:14:96:91:17:14:97:91 chr7 151945167 . G T 205.59 PASS AF=0.248;AO=31;DP=125;FAO=31;FDP=125;FR=.;FRO=94;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00830318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.531;QD=6.57884;RBI=0.0119834;REFB=-0.00954642;REVB=-0.00864054;RO=94;SAF=19;SAR=12;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063061;STB=0.53819;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0320737;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:94:94:31:31:0.248:12:19:53:41:12:19:53:41 chr7 151945204 . G A 330.32 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0304282;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.858;QD=30.7273;RBI=0.0817107;REFB=-0.026223;REVB=0.0758338;RO=16;SAF=24;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385898;STB=0.698862;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0153554;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:15:28:28:0.651163:4:24:7:9:4:24:7:8 chr7 151949068 . C G 153.91 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0465693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9696;QD=11.6155;RBI=0.0509903;REFB=0.011733;REVB=0.0207679;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240276;STB=0.640169;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0163668;OID=.;OPOS=151949068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:12:7:20:14:12:7:20:14 chr7 151962134 . G T 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0190799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0619;QD=1.93539;RBI=0.0358252;REFB=0.00356518;REVB=-0.0303217;RO=65;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277302;STB=0.697589;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0315288;OID=.;OPOS=151962134;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:65:66:8:8:0.108108:3:5:25:40:3:5:26:40 chr7 151962168 . C A 35.39 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=0.00591777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.218;QD=1.22036;RBI=0.0123528;REFB=-0.00206892;REVB=-0.010843;RO=105;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290914;STB=0.725096;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.015155;OID=.;OPOS=151962168;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:116:105:106:10:10:0.0862069:4:6:36:69:4:6:36:70 chr7 151962176 . T A 44.01 PASS AF=0.103175;AO=11;DP=124;FAO=13;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.0119161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.665;QD=1.39715;RBI=0.028308;REFB=-0.00510036;REVB=-0.0256778;RO=112;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356102;STB=0.588643;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0409265;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:126:112:113:11:13:0.103175:7:4:44:68:9:4:45:68 chr7 151970797 . A T 63.12 PASS AF=0.0864198;AO=20;DP=243;FAO=21;FDP=243;FR=.;FRO=222;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=134;FSRR=88;FWDB=0.00412157;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.091;QD=1.03896;RBI=0.0138445;REFB=-0.000186467;REVB=-0.0132168;RO=222;SAF=15;SAR=5;SRF=134;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186051;STB=0.611867;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0028787;OID=.;OPOS=151970797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:243:243:222:222:20:21:0.0864198:5:15:134:88:6:15:134:88 chr7 151970856 . T A 1616.21 PASS AF=0.628319;AO=142;DP=227;FAO=142;FDP=226;FR=.;FRO=84;FSAF=84;FSAR=58;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0186549;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7164;QD=28.6055;RBI=0.0334953;REFB=-0.015284;REVB=0.0278196;RO=84;SAF=84;SAR=58;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311366;STB=0.516788;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00446578;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:84:84:142:142:0.628319:58:84:46:38:58:84:46:38 chr7 151970859 . C T 57.05 PASS AF=0.0852018;AO=19;DP=228;FAO=19;FDP=223;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=117;FSRR=87;FWDB=-0.0143826;FXX=0.0219289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.546;QD=1.02339;RBI=0.018654;REFB=-1.81829e-05;REVB=-0.011879;RO=204;SAF=11;SAR=8;SRF=117;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00643407;STB=0.50507;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.000266841;OID=.;OPOS=151970859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:228:223:204:204:19:19:0.0852018:8:11:117:87:8:11:117:87 chr7 151970931 . G A 91.78 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0481556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9188;QD=4.03443;RBI=0.0711704;REFB=-0.0143797;REVB=-0.0524049;RO=75;SAF=12;SAR=4;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259913;STB=0.672498;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0626484;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:75:75:16:16:0.175824:4:12:42:33:4:12:42:33 chr7 152099906 . T A 935.25 PASS AF=0.666667;AO=81;DP=122;FAO=82;FDP=123;FR=.;FRO=41;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0276522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.06;QD=30.4146;RBI=0.0389368;REFB=-0.0172975;REVB=0.0274123;RO=40;SAF=43;SAR=38;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343142;STB=0.524428;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00758315;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:40:41:81:82:0.666667:38:43:19:21:38:44:19:22 chr7 152099917 . G A 948.23 PASS AF=0.65873;AO=80;DP=123;FAO=83;FDP=126;FR=.;FRO=43;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00463645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.519;QD=30.1025;RBI=0.0128772;REFB=-0.000951819;REVB=-0.0120136;RO=43;SAF=43;SAR=37;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318972;STB=0.518429;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000396762;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:43:43:80:83:0.65873:37:43:21:22:38:45:21:22 chr7 152099924 . T C 958.0 PASS AF=0.65873;AO=83;DP=127;FAO=83;FDP=126;FR=.;FRO=43;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0120706;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.899;QD=30.4128;RBI=0.0137298;REFB=-0.0142223;REVB=0.00654282;RO=43;SAF=43;SAR=40;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188009;STB=0.510139;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00837731;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:43:43:83:83:0.65873:40:43:21:22:40:43:21:22 chr7 154172154 . G A 458.95 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0522214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.748;QD=20.8613;RBI=0.0525416;REFB=-0.0056894;REVB=-0.00579216;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110957;STB=0.500253;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00617439;OID=.;OPOS=154172154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:22:23:22:20:22:23:22:21 chr7 154429560 . C T 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00399673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.914;QD=12.5664;RBI=0.0217349;REFB=-0.00171334;REVB=-0.0213643;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535969;STB=0.50308;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00261661;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:19:21:13:12:19:21 chr7 154461112 . A G 1293.37 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0283437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.2924;QD=59.4652;RBI=0.071684;REFB=-0.0974054;REVB=0.0658425;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885539;STB=0.509257;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00283689;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:32:53:1:0:32:53:2:0 chr7 154672601 . G A 328.83 PASS AF=0.479452;AO=33;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0102123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.371;QD=18.0183;RBI=0.0208066;REFB=-0.00204404;REVB=-0.0181279;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645936;STB=0.519989;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00185254;OID=.;OPOS=154672601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:38:38:33:35:0.479452:17:16:21:17:17:18:21:17 chr7 154679447 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1532;QD=60.3762;RBI=0.0588322;REFB=0;REVB=0.0154625;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221002;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr7 154685612 . G T 375.35 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7443;QD=55.6079;RBI=0.0889016;REFB=0;REVB=0.0524172;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270685;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr7 154738409 . T C 327.88 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.000371044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.688;QD=15.25;RBI=0.00995803;REFB=-0.00693754;REVB=0.00995111;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912334;STB=0.562385;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00777195;OID=.;OPOS=154738409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:50:36:36:0.418605:19:17:27:21:19:17:29:21 chr7 154760666 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0268463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.144;QD=22.9154;RBI=0.109997;REFB=0.00709925;REVB=-0.106671;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00522396;OID=.;OPOS=154760666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:3:1:3:6:3:1 chr7 154862621 . T A 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2867;QD=64.1346;RBI=0.0316338;REFB=0;REVB=-0.0307615;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188839;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr7 155150472 . G A 284.32 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00126325;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.655;QD=17.4963;RBI=0.0550885;REFB=-0.00348964;REVB=0.055074;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633126;STB=0.535376;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00754139;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:24:10:11:20:24:10 chr7 155150560 . A G 229.19 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0214302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0639;QD=14.1043;RBI=0.0309932;REFB=-0.0301426;REVB=0.0223902;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325598;STB=0.526177;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0188008;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:13:14:18:19:13:14:18:20 chr7 155150602 . T C 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00195127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.101;QD=15.2296;RBI=0.00326341;REFB=-0.00473818;REVB=0.00261579;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468637;STB=0.526999;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00720399;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:16:12:9:10:16:12 chr7 155150765 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.022319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.233;QD=17.8403;RBI=0.0249869;REFB=-0.011301;REVB=-0.0112344;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245508;STB=0.639808;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0170769;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:10:4:8:6:10:4 chr7 155151018 . G A 104.17 PASS AF=0.325;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0987953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5534;QD=10.4166;RBI=0.0992989;REFB=-0.0201099;REVB=0.00998809;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.562406;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0702412;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:12:13:0.325:6:6:17:10:6:7:17:10 chr7 155151045 . TG T,TGG 30.18 PASS AF=0.037037,0.407407;AO=5,7;DP=28;FAO=1,11;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1,8;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.153992,0.156875;FXX=0.0357015;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.0184,8.72391;QD=4.4712;RBI=0.167665,0.173201;REFB=0.0296359,-0.0286021;REVB=-0.0663182,0.0734083;RO=12;SAF=4,5;SAR=1,2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27779,0.150055;STB=0.987755,0.585202;STBP=0.488,0.509;TYPE=del,ins;VARB=0.0582338,0.119877;OID=.,.;OPOS=155151046,155151046;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.407407:5,7:28:1,11:27:15:1,8:0,3:9:6:31:12:4,5:1,2:7:5 chr7 155151095 . T C 75.1 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00341089;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.887;QD=10.7284;RBI=0.0204674;REFB=-0.0139652;REVB=-0.0201812;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406201;STB=0.698267;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0368193;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:18:18:9:10:0.357143:6:3:13:5:6:4:13:5 chr7 155151194 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0103292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.862;QD=22.1883;RBI=0.0166301;REFB=-0.0158999;REVB=0.0130333;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223687;STB=0.624898;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0192451;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:15:7:14:10:15:7 chr7 155151307 . A G 331.52 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0184211;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.976;QD=23.6801;RBI=0.0284569;REFB=-0.0289374;REVB=-0.02169;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478195;STB=0.5263;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0182326;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:14:9:15:18:14:9 chr7 155151367 . G T 318.19 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00211012;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.106;QD=20.5281;RBI=0.00211078;REFB=-0.015243;REVB=-5.31272e-05;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438524;STB=0.524287;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0316637;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:13:20:19:10:13:20:19:10 chr7 155151369 . C T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0116184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.799;QD=19.999;RBI=0.0216704;REFB=-0.0214599;REVB=0.0182926;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551928;STB=0.530594;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0171995;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:13:20:20:10:13:20:20:10 chr7 155151433 . T C 158.11 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=30;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0397875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.973;QD=19.7641;RBI=0.0400828;REFB=-0.0446521;REVB=-0.00485638;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523781;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0345522;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:15:15:17:0.53125:6:9:9:6:6:11:9:6 chr7 155151437 . G A 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0392338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4255;QD=21.5076;RBI=0.041764;REFB=-0.00662408;REVB=0.0143156;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940499;STB=0.505294;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0103855;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:9:6:7:11:9:6 chr7 155255332 . T C 221.9 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.023576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4589;QD=22.7594;RBI=0.030243;REFB=-0.0408259;REVB=0.0189424;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952036;STB=0.553143;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.031168;OID=.;OPOS=155255332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:9:8:13:9:9:8 chr7 155257216 . TAAAAACAAAAG TAAAAACAAAAAG,TAAAACAAAAG,TAAAACAAAAGA 381.68 PASS AF=0,0.9,0.1;AO=10,8,6;DP=62;FAO=0,54,6;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,6;FSAR=0,42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609679,-0.207157,-0.0790473;FXX=0.0322529;HRUN=4,5,5;LEN=1,1,7;MLLD=9.95178,8.31046,225.377;QD=25.4452;RBI=0.313272,1.13478,0.114366;REFB=0,0,0;REVB=-0.307282,1.11571,0.0826504;RO=26;SAF=0,8,6;SAR=10,0,0;SRF=0;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.879461,0.877354;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0,0.0178347,0.0902612;OID=.,.,.;OPOS=155257223,155257217,155257221;OREF=-,A,ACAAAAG;OALT=A,-,CAAAAGA;OMAPALT=TAAAAACAAAAAG,TAAAACAAAAG,TAAAACAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.9,0.1:10,8,6:62:0,54,6:60:0:0,12,6:0,42,0:0:0:12:26:0,8,6:10,0,0:0:26 chr7 155503920 . A T 298.23 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0156515;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.63;QD=18.6396;RBI=0.0570005;REFB=-0.0431978;REVB=-0.0548096;RO=31;SAF=7;SAR=25;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049068;STB=0.54345;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0483849;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:25:7:8:23:25:7:9:23 chr7 155530954 . T C 106.68 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0704749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8256;QD=13.3345;RBI=0.071285;REFB=-0.0495012;REVB=-0.0107158;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151078;STB=0.620518;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0592537;OID=.;OPOS=155530954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:18:19:12:13:0.40625:7:5:5:13:7:6:5:14 chr7 155755826 . A G 374.34 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0193202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.095;QD=31.8588;RBI=0.0260349;REFB=-0.0157861;REVB=-0.0174513;RO=16;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136308;STB=0.507458;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00866483;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:20:11:6:10:20:11:6:10 chr7 155757502 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.236;QD=61.6817;RBI=0.0152109;REFB=0;REVB=-0.00524958;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127482;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr7 156664783 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0136625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.605;QD=19.1804;RBI=0.0405581;REFB=0.00237959;REVB=-0.0381877;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202754;STB=0.616252;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00231953;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:5:6:4:9:5:6 chr7 156664907 . T A 69.72 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00270154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.292;QD=16.4041;RBI=0.0169416;REFB=-0.00284521;REVB=-0.0167248;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00140979;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr7 156761818 . G A,T 653.49 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=38,3;DP=41;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518635,0.0237689;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.9515,109.363;QD=58.0876;RBI=0.00523821,0.0249918;REFB=0,0;REVB=-0.000735207,-0.00772217;RO=0;SAF=19,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00587796,0.0837525;OID=.,.;OPOS=156761818,156761818;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:45:0:0:38,3:43,2:0.955556,0.0444444:19,3:19,0:0:0:24,2:19,0:0:0 chr7 156762224 . G C 937.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6548;QD=58.5925;RBI=0.0879269;REFB=0;REVB=0.0876357;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796519;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr7 156762248 . G A 973.67 PASS AF=0.958333;AO=67;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.565;QD=54.0926;RBI=0.0191242;REFB=-0.120892;REVB=-0.00706235;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165774;STB=0.510495;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000414137;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:1:3:67:69:0.958333:28:39:0:1:29:40:1:2 chr7 157061474 . T C 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.561;QD=60.3719;RBI=0.0221742;REFB=0;REVB=0.00396314;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29885e-05;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr7 157162068 . T C 233.07 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0305991;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5546;QD=14.3425;RBI=0.0311929;REFB=-0.00022365;REVB=0.00605742;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189101;STB=0.607762;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00194454;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:17:21:10:17:17:21 chr7 157162103 . A G 285.7 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0191808;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3429;QD=17.8563;RBI=0.0195883;REFB=-0.0154223;REVB=-0.00397473;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174868;STB=0.597906;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0137651;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:12:19:14:19:12:19:14:19 chr7 157319256 . TAAA T 292.76 PASS AF=0.59375;AO=35;DP=65;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0214086;FXX=0.0302984;HRUN=7;LEN=3;MLLD=40.4831;QD=18.2973;RBI=0.068353;REFB=0.0032809;REVB=-0.0649138;RO=21;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195265;STB=0.612504;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=-0.00265684;OID=.;OPOS=157319257;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375:35:65:38:64:26:12:26:15:11:99:21:12:23:13:8 chr7 157319423 . G C 671.92 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0267087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.873;QD=26.8768;RBI=0.027872;REFB=-0.0318683;REVB=0.00796822;RO=41;SAF=39;SAR=20;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423084;STB=0.523092;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0223416;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:20:39:25:16:20:39:25:16 chr7 157341700 . A G 135.86 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0424837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4772;QD=17.5301;RBI=0.0438494;REFB=0.0262179;REVB=0.0108584;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147222;STB=0.584302;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0275511;OID=.;OPOS=157341700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:9:7:9:6:9:7 chr7 157414064 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0114432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.111;QD=15.7055;RBI=0.0272319;REFB=-0.00344584;REVB=-0.0247109;RO=48;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196913;STB=0.611049;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00665521;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:14:22:20:28:14:22:20:28 chr7 157931119 . A G 1453.0 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.592;QD=63.174;RBI=0.0185022;REFB=0;REVB=-0.00173894;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90734e-05;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:50:41:0:0:50:42:0:0 chr7 157931144 . C T 1232.09 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.076;QD=60.102;RBI=0.0741397;REFB=-0.155738;REVB=0.0657263;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.505375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000492096;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:0:1:80:81:0.987805:46:34:0:0:46:35:0:1 chr7 157959636 . G A 246.77 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000789401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.928;QD=17.9468;RBI=0.0436343;REFB=-0.0193989;REVB=0.0436272;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146059;STB=0.58171;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0223342;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:10:18:13:14:10:18 chr7 157959911 . A G 70.04 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0393141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2546;QD=7.00446;RBI=0.039458;REFB=-0.00329372;REVB=0.00336667;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274751;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:28:30:10:10:0.25:5:5:14:14:5:5:15:15 chr7 157985149 . C G 177.25 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0376348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0449;QD=14.4693;RBI=0.0529905;REFB=-0.0257483;REVB=0.0373044;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278261;STB=0.516112;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0525025;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:15:15:9:10:15:15 chr7 158263331 . T C 578.97 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8639;QD=59.3812;RBI=0.0554265;REFB=0;REVB=-0.0449445;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246274;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr7 158263336 . G C 569.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.923;QD=59.9442;RBI=0.020986;REFB=0;REVB=0.0175911;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12124e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:26:10:0:0:27:11:0:0 chr7 158263344 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.896;QD=60.9783;RBI=0.0122095;REFB=0;REVB=0.00774242;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08529e-06;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C 132.36 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0231146;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.242;QD=13.5754;RBI=0.0239346;REFB=-0.0174869;REVB=0.00621137;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196948;STB=0.606149;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.0249637;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:15:41:15:39:24:11:4:14:10:99:23:11:4:13:10 chr7 158524504 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.892;QD=58.5877;RBI=0.0141962;REFB=0;REVB=0.0119733;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04121e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr7 158526495 . G A 1070.13 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256802;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4795;QD=58.6372;RBI=0.0673519;REFB=0.00998967;REVB=-0.062264;RO=1;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900989;STB=0.504761;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-5.66134e-05;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:52:20:0:1:52:20:0:1 chr7 158526880 . G A 714.93 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0665652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1595;QD=58.3616;RBI=0.0728675;REFB=-0.11708;REVB=0.0296438;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52173;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00730332;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:49:0:1:45:48:0.979592:34:11:0:0:37:11:1:0 chr7 158528233 . A G 198.26 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0564623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1389;QD=13.2172;RBI=0.0576137;REFB=-0.007627;REVB=0.0114607;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101478;STB=0.558123;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0136602;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:20:16:13:11:20:16 chr7 158534372 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6255;QD=47.8222;RBI=0.0398702;REFB=0;REVB=0.0330523;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088026;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr7 158534381 . G C 167.53 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012281;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.485;QD=41.8821;RBI=0.0522183;REFB=-0.0832289;REVB=-0.0507536;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571326;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000716505;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:3:12:0:0:3:12:0:1 chr7 158536267 . T C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0461706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.2;QD=25.367;RBI=0.0492474;REFB=0.00175121;REVB=-0.0171343;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191005;STB=0.510628;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00186901;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:7:14:9:5:7:14:9:5 chr7 158536334 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00968496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.34;QD=21.9436;RBI=0.020925;REFB=-0.00824769;REVB=0.0185488;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633569;STB=0.53567;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0129062;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:5:7:8:8:5:7 chr7 158536345 . A G 134.52 PASS AF=0.538462;AO=11;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0629919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.6882;QD=20.6952;RBI=0.135699;REFB=-0.0648358;REVB=-0.120192;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.519971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0452239;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:26:10:11:11:14:0.538462:4:7:5:5:7:7:5:6 chr7 158536376 . A C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.000351137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.071;QD=15.5715;RBI=0.00657148;REFB=-0.0172054;REVB=-0.0065621;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190272;STB=0.60957;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0168844;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:3:9:6:5:3:9 chr7 158536388 . A C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0158221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.288;QD=8.25449;RBI=0.0677743;REFB=0.00643474;REVB=-0.0659016;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.666172;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0206525;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:3:9:3:3:3:9 chr7 158672476 . C G 237.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337238;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.707;QD=49.9392;RBI=0.0348569;REFB=-0.0600795;REVB=-0.00881548;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216585;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 158672619 . A G 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0291288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.539;QD=32.9752;RBI=0.0504529;REFB=-0.0717052;REVB=-0.0411947;RO=5;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188832;STB=0.60427;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0141464;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:6:11:1:4:6:11:1:4 chr7 158715219 . A G 699.26 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3249;QD=60.8055;RBI=0.0688851;REFB=-0.0224404;REVB=0.0536704;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927516;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr7 158719084 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000741077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.864;QD=59.4356;RBI=0.0236317;REFB=0;REVB=0.02362;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09474e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr7 158827326 . G A 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0208353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0303;QD=11.4896;RBI=0.0242778;REFB=-0.0264062;REVB=0.012462;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673176;STB=0.568876;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0311664;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:32:16:16:0.333333:11:5:11:19:11:5:13:19 chr7 158851234 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.896;QD=50.4135;RBI=0.041689;REFB=0;REVB=0.0416538;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113101;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr8 381344 . C G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00757041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2232;QD=18.7949;RBI=0.0265699;REFB=-0.00873106;REVB=-0.0254686;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923585;STB=0.561472;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00838232;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:11:12:11:15:11:12:11:16 chr8 382957 . T C 178.98 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0174837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.856;QD=9.06211;RBI=0.0309225;REFB=-0.0206519;REVB=-0.0255053;RO=54;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164236;STB=0.515429;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0488653;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:55:24:24:0.303797:13:11:24:30:13:11:24:31 chr8 424771 . T C 231.89 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0496506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8684;QD=12.5347;RBI=0.0522048;REFB=-0.0241857;REVB=0.0161294;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361541;STB=0.516057;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.063989;OID=.;OPOS=424771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:45:28:29:0.391892:16:12:17:26:16:13:19:26 chr8 566619 . A G 30.3 PASS AF=0.3;AO=3;DP=10;FAO=3;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00098388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.712;QD=12.1203;RBI=0.0301598;REFB=-0.0674725;REVB=0.0301438;RO=5;SAF=2;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671606;STB=0.545144;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0625132;OID=.;OPOS=566619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:10:10:5:5:3:3:0.3:1:2:3:2:1:2:3:2 chr8 577101 . A G 754.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8395;QD=53.8977;RBI=0.0401482;REFB=-0.00595033;REVB=-0.0334009;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000381107;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:32:23:0:0:33:22:1:0 chr8 607766 . C G 574.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3969;QD=60.4672;RBI=0.0666927;REFB=0;REVB=-0.0121514;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877311;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:19:16:0:0:19:19:0:0 chr8 608018 . C T 431.65 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0164033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.632;QD=42.112;RBI=0.0210915;REFB=-0.0178988;REVB=-0.0132583;RO=8;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176843;STB=0.595183;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000234972;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:41:41:8:8:33:33:0.804878:16:17:8:0:16:17:8:0 chr8 608034 . T C 621.65 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.916;QD=60.6492;RBI=0.0582464;REFB=0;REVB=0.0450164;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61935e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:16:25:0:0 chr8 609879 . AT CC 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297404;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=149.181;QD=58.7817;RBI=0.0054345;REFB=0;REVB=0.00454851;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.41798e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr8 618728 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.044;QD=62.0203;RBI=0.0344439;REFB=0;REVB=0.0153027;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141791;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr8 939076 . G C 61.59 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0464806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2005;QD=6.65826;RBI=0.0582728;REFB=-0.0268359;REVB=-0.0351464;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510182;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.094716;OID=.;OPOS=939076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:27:28:9:9:0.243243:3:6:18:9:3:6:19:9 chr8 943486 . T A 39.59 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00162509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=13.1968;RBI=0.0102694;REFB=0.000208845;REVB=0.01014;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550714;STB=0.83222;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000161208;OID=.;OPOS=943486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:5:1:5:1:5:1 chr8 943494 . TG CA 57.69 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0293187;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.804;QD=15.3837;RBI=0.0385746;REFB=0.00311491;REVB=-0.0250682;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=mnp;VARB=0.000245543;OID=.;OPOS=943494;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:15:15:7:7:6:6:0.4:3:3:5:2:3:3:5:2 chr8 943504 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000415384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.264;QD=51.1844;RBI=0.0068011;REFB=0;REVB=0.0067884;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04254e-05;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr8 943507 . C CT 58.6 PASS AF=0.45;AO=3;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0208434;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=212.726;QD=11.7193;RBI=0.0233969;REFB=-0.0385564;REVB=-0.0106287;RO=18;SAF=0;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567432;STB=0.571265;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=0.0519503;OID=.;OPOS=943508;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:3:21:9:20:11:3:6:5:6:58:18:0:3:7:11 chr8 943508 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00119135;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.811;QD=6.25144;RBI=0.00602058;REFB=-0.00479281;REVB=-0.00590153;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238903;STB=0.651714;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00989075;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:5:12:3:3:5:12 chr8 977316 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0122316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.39;QD=5.57576;RBI=0.0135042;REFB=-0.0259179;REVB=0.00572292;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215907;STB=0.635916;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0456864;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:1:6:17:6:1:6:18:6 chr8 1616718 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0067323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.716;QD=21.5108;RBI=0.012965;REFB=-0.0194488;REVB=0.0110801;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154764;STB=0.595635;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0135657;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:11:6:8:7:12:6:8:7 chr8 1649960 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0342269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3411;QD=21.2931;RBI=0.0345726;REFB=-0.0182193;REVB=-0.00487718;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036776;STB=0.520644;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0184751;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:11:14:15:10:11:14 chr8 1651129 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0189522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.672;QD=22.7238;RBI=0.0193268;REFB=-0.00800302;REVB=-0.00378636;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.52775;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00488276;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:16:20:20:0.555556:10:10:5:9:10:10:7:9 chr8 1651759 . C G 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0259768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2233;QD=18.9487;RBI=0.0495447;REFB=0.0263625;REVB=0.0421887;RO=27;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222469;STB=0.624906;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0250545;OID=.;OPOS=1651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:20:8:14:13:20:8:14:13 chr8 1749333 . C T 105.76 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00152116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.584;QD=11.433;RBI=0.0681234;REFB=-0.000498336;REVB=0.0681064;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960675;STB=0.556876;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00425121;OID=.;OPOS=1749333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:15:9:6:7:15:9 chr8 1806229 . A C 245.27 PASS AF=0.337079;AO=26;DP=86;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0099711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.26;QD=11.0235;RBI=0.0229744;REFB=-0.00981498;REVB=0.0206979;RO=58;SAF=20;SAR=6;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250346;STB=0.590508;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0242787;OID=.;OPOS=1806229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:58:59:26:30:0.337079:6:20:34:24:9:21:34:25 chr8 1814737 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0542057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.549;QD=9.11039;RBI=0.0639902;REFB=-0.0114556;REVB=-0.0340072;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405711;STB=0.749375;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0270965;OID=.;OPOS=1814737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:10:6:6:2:10:6 chr8 1817367 . G A 346.93 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0546835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1234;QD=14.6074;RBI=0.0570392;REFB=-0.00648167;REVB=-0.0162228;RO=57;SAF=17;SAR=21;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174865;STB=0.598961;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0106287;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:21:17:35:22:21:17:35:22 chr8 1833801 . G C 402.1 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00811772;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9002;QD=12.0931;RBI=0.0167456;REFB=-0.00193527;REVB=0.0146464;RO=84;SAF=18;SAR=30;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129224;STB=0.578002;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00352776;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:84:85:48:48:0.360902:30:18:41:43:30:18:42:43 chr8 1846688 . C T 151.36 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0793526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8673;QD=12.8815;RBI=0.0907205;REFB=-0.00206072;REVB=0.0439701;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162552;STB=0.509525;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00866651;OID=.;OPOS=1846688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:11:19:11:6:11:19 chr8 1857548 . T C 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0298813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.192;QD=32.1187;RBI=0.0420747;REFB=-0.0590268;REVB=0.0296208;RO=11;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364656;STB=0.519984;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0274778;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:13:12:6:5:13:12:6:5 chr8 1873540 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0129449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.522;QD=11.6342;RBI=0.0196209;REFB=-0.0239864;REVB=0.0147448;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03914;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.038309;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:10:5:3:7:11:5 chr8 1876631 . C T 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0127219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.607;QD=25.2059;RBI=0.0220345;REFB=-0.0122039;REVB=-0.017991;RO=32;SAF=27;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158878;STB=0.586919;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0111635;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:19:27:12:20:19:27:12:20 chr8 1900911 . C T 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0191914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.748;QD=21.3617;RBI=0.0339734;REFB=-0.0227648;REVB=0.0280335;RO=35;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102405;STB=0.556563;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0181055;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:18:22:15:20:18:22:15:20 chr8 1905042 . C T 513.63 PASS AF=0.571429;AO=47;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0431832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.412;QD=24.4587;RBI=0.0431841;REFB=-0.000909483;REVB=-0.000269867;RO=36;SAF=28;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142462;STB=0.581128;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000697429;OID=.;OPOS=1905042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:36:36:47:48:0.571429:19:28:15:21:19:29:15:21 chr8 1905132 . G A 188.06 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.000360782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.707;QD=10.9019;RBI=0.022043;REFB=-0.00175016;REVB=0.02204;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264876;STB=0.652059;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00358848;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:12:12:33:12:12:12:33:12 chr8 1906630 . G T 912.77 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.83002e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.543;QD=57.9537;RBI=0.0204514;REFB=0;REVB=0.0204513;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027823;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr8 1952587 . G A 46.4 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.113348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.145;QD=9.76935;RBI=0.119513;REFB=-0.00865017;REVB=-0.0378879;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102163;STB=0.562327;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0186827;OID=.;OPOS=1952587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:8:4:3:4:8:4 chr8 1952789 . A G 349.72 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00843884;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6999;QD=19.984;RBI=0.00858346;REFB=-0.00308714;REVB=0.00156899;RO=34;SAF=9;SAR=27;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815273;STB=0.545428;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00223365;OID=.;OPOS=1952789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:27:9:11:23:27:9:11:23 chr8 1953194 . T G 685.86 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00516588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.657;QD=58.3713;RBI=0.0119313;REFB=-0.027896;REVB=0.010755;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000888191;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00437151;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:1:1:23:22:1:1 chr8 1953223 . C T 807.33 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.134;QD=64.5866;RBI=0.0793976;REFB=0;REVB=0.0670413;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912871;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:44:50:1:18:26:0:0:23:27:0:0 chr8 1953567 . C A 1536.88 PASS AF=0.990566;AO=97;DP=98;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.256;QD=57.9955;RBI=0.0476673;REFB=-0.0474445;REVB=0.0184267;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870244;STB=0.503999;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00081401;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:106:1:1:97:105:0.990566:43:54:1:0:43:62:1:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGA 1025.39 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=56,10;DP=72;FAO=62,8;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38,8;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878605,0.00660322;FXX=0.0540468;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=253.476,238.835;QD=58.5939;RBI=0.0358495,0.039526;REFB=0,0;REVB=0.0347561,0.0389705;RO=0;SAF=35,10;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000681981,-0.00132012;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=CAG,CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885714,0.114286:56,10:72:62,8:70:0:38,8:24,0:0:0:23:0:35,10:21,0:0:0 chr8 1953759 . A T 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7326;QD=58.5963;RBI=0.020817;REFB=0;REVB=0.000180025;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54528e-05;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr8 1954237 . G C 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.248;QD=62.1615;RBI=0.0139159;REFB=0;REVB=0.0115153;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82382e-06;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr8 1954587 . G A 418.61 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.508;QD=55.8141;RBI=0.0365602;REFB=0;REVB=0.033013;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97389e-05;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:7:17:0:0:9:21:0:0 chr8 2021547 . G A 947.88 PASS AF=0.617647;AO=83;DP=135;FAO=84;FDP=136;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0291044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7696;QD=27.8787;RBI=0.0424661;REFB=-0.0144677;REVB=0.0309241;RO=52;SAF=34;SAR=49;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426031;STB=0.500363;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0118735;OID=.;OPOS=2021547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:52:52:83:84:0.617647:49:34:21:31:50:34:21:31 chr8 2027633 . C G 325.8 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0282845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9199;QD=17.3757;RBI=0.0290445;REFB=-0.0198823;REVB=-0.00660105;RO=40;SAF=10;SAR=25;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24482;STB=0.637778;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0321297;OID=.;OPOS=2027633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:25:10:21:19:25:10:21:19 chr8 2040337 . T C 2525.91 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4636;QD=61.6075;RBI=0.0617646;REFB=0;REVB=-0.015366;RO=0;SAF=80;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204599;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:84:80:0:0:84:80:0:0 chr8 2048811 . A C 1511.49 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.451;QD=62.3297;RBI=0.0550736;REFB=0.092266;REVB=0.0533109;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.506665;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000217843;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:0:1:94:96:0.989691:57:37:0:0:59:37:1:0 chr8 2054171 . C T 314.32 PASS AF=0.426829;AO=31;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0171917;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.641;QD=15.3327;RBI=0.0173541;REFB=-0.024197;REVB=0.0023684;RO=43;SAF=9;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307622;STB=0.617043;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0286583;OID=.;OPOS=2054171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:47:31:35:0.426829:22:9:25:18:22:13:27:20 chr8 2056569 . C T 318.42 PASS AF=0.426829;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00578774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5142;QD=15.5328;RBI=0.01604;REFB=0.00278783;REVB=-0.0149594;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616622;STB=0.534572;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00443922;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:47:33:35:0.426829:17:16:20:27:18:17:20:27 chr8 2148550 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.146;QD=60.6095;RBI=0.0286554;REFB=0;REVB=0.0200553;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020182;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 44.44 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0289462;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=18;MLLD=350.657;QD=5.92576;RBI=0.0403092;REFB=-0.00960508;REVB=-0.0280526;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272656;STB=0.635141;STBP=0.476;TYPE=del;VARB=0.0348075;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:7:32:7:30:23:4:3:9:14:44:21:4:3:7:14 chr8 2148771 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.824;QD=50.4132;RBI=0.0327103;REFB=0;REVB=0.0111536;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383799;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr8 2793302 . T C 1038.44 PASS AF=0.779817;AO=74;DP=102;FAO=85;FDP=109;FR=.;FRO=24;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0114081;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=199.394;QD=38.1078;RBI=0.0124369;REFB=-0.00704383;REVB=-0.00495293;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539285;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000695447;OID=.;OPOS=2793302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:109:0:24:74:85:0.779817:28:46:0:0:38:47:9:15 chr8 2793745 . T TTGTA 107.81 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00953717;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=261.005;QD=13.4756;RBI=0.0102319;REFB=-0.0265228;REVB=0.00370592;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220188;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=ins;VARB=0.0356158;OID=.;OPOS=2793746;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:12:38:13:32:19:6:7:12:7:99:26:6:6:18:8 chr8 2795412 . ATT A,AT,TAT 192.54 PASS AF=0.121951,0.878049,0;AO=8,20,2;DP=41;FAO=5,36,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=4,19,0;FSAR=1,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426336,-0.0860031,-0.0539373;FXX=0.0238039;HRUN=8,8,1;LEN=2,1,2;MLLD=10.1739,6.94859,15.7281;QD=18.7845;RBI=0.054832,0.116817,0.0566982;REFB=0.0333554,0.0453177,0.0123589;REVB=0.0344808,0.0790545,0.0174774;RO=6;SAF=4,11,2;SAR=4,9,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.122361,0.0910982,0.658493;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0286469,0.00756052,0;OID=.,.,.;OPOS=2795413,2795413,2795412;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:41:41:6:0:8,20,2:5,36,0:0.121951,0.878049,0:4,9,0:4,11,2:2:4:1,17,0:4,19,0:0:0 chr8 2795835 . T C 410.19 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0427743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.039;QD=15.6263;RBI=0.043535;REFB=-0.0278884;REVB=0.00810273;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559295;STB=0.526479;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0326629;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:59:46:46:0.438095:24:22:31:27:24:22:31:28 chr8 2820032 . C A 56.2 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0133236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.059;QD=2.34149;RBI=0.015352;REFB=-0.00591417;REVB=-0.00762661;RO=84;SAF=6;SAR=6;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145581;STB=0.510399;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0435263;OID=.;OPOS=2820032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:84:84:12:12:0.125:6:6:41:43:6:6:41:43 chr8 2832139 . C G 626.47 PASS AF=0.512195;AO=62;DP=122;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0126381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.272;QD=20.3729;RBI=0.013149;REFB=-0.00732727;REVB=0.00362961;RO=59;SAF=14;SAR=48;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112854;STB=0.572091;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00445113;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:59:60:62:63:0.512195:48:14:19:40:49:14:20:40 chr8 2909992 . G A 1522.51 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0015247;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.974;QD=62.784;RBI=0.0124941;REFB=-0.0672247;REVB=-0.0124007;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.504347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=2.39918e-05;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:97:0:1:96:96:0.989691:39:57:0:0:39:57:1:0 chr8 2910020 . A G 1686.54 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134202;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.811;QD=59.7006;RBI=0.0143341;REFB=-0.0892402;REVB=0.00503629;RO=1;SAF=70;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673514;STB=0.503545;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.61594e-06;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:113:1:1:112:112:0.99115:42:70:1:0:42:70:1:0 chr8 2965244 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000216304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.594;QD=58.5878;RBI=0.00919453;REFB=0;REVB=-0.00919199;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24895e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr8 3265590 . C T 223.67 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0106767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.894;QD=22.94;RBI=0.0163424;REFB=-0.0343636;REVB=0.0123726;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592807;STB=0.527421;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0217474;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:20:22:0.564103:8:12:9:8:9:13:9:8 chr8 3558050 . G A 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.055;QD=60.2411;RBI=0.043542;REFB=0.0697985;REVB=0.0154985;RO=1;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078279;STB=0.504131;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000149333;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:60:21:0:1:60:22:0:1 chr8 3807528 . C T 303.57 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00946793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.049;QD=22.078;RBI=0.0377109;REFB=-0.0208806;REVB=0.036503;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433031;STB=0.507038;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0180395;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:24:31:31:0.563636:15:16:12:11:15:16:12:12 chr8 4985852 . T C 990.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5475;QD=59.1374;RBI=0.016676;REFB=0;REVB=-0.0164772;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123617;OID=.;OPOS=4985852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr8 5768667 . A T 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180905;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.93;QD=57.4157;RBI=0.0376464;REFB=0;REVB=0.0330149;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35882e-05;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr8 6272399 . G T 1268.51 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00739687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.123;QD=60.4052;RBI=0.028117;REFB=0.0176974;REVB=0.0271266;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101856;STB=0.505375;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00158989;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:46:37:0:1:46:37:0:1 chr8 6296550 . G T 1066.09 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0482792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3624;QD=58.4158;RBI=0.0482937;REFB=-0.0232954;REVB=-0.0011819;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000884907;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:0:1:40:32:0:1 chr8 6302183 . G C 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608519;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.948;QD=55.1418;RBI=0.061895;REFB=0;REVB=0.0113152;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389447;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr8 6302418 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.375;QD=55.0981;RBI=0.0819995;REFB=0;REVB=-0.072889;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026883;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr8 6377433 . C T 528.73 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=105;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0135022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.323;QD=19.9519;RBI=0.0217222;REFB=-0.0177392;REVB=0.0170159;RO=51;SAF=21;SAR=33;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521854;STB=0.524991;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.019575;OID=.;OPOS=6377433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:51:51:54:55:0.518868:33:21:17:34:34:21:17:34 chr8 6378763 . C T 402.46 PASS AF=0.597015;AO=37;DP=64;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0054732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.535;QD=24.0277;RBI=0.00803387;REFB=-0.0111954;REVB=0.00588108;RO=27;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820778;STB=0.544724;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0119551;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:27:27:37:40:0.597015:14:23:14:13:15:25:14:13 chr8 6389889 . C A,G 1480.47 PASS AF=0.616822,0.364486;AO=68,39;DP=107;FAO=66,39;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=31,19;FSAR=35,20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0179965,0.0230976;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=109.646,31.5703;QD=55.3446;RBI=0.0377118,0.0329723;REFB=-0.0267409,0.0393512;REVB=0.0331408,0.0235302;RO=0;SAF=31,19;SAR=37,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.3303e-08;STB=0.513885,0.523797;STBP=0.226,0.213;TYPE=snp,snp;VARB=0.0188932,-0.014036;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:107:107:0:2:68,39:66,39:0.616822,0.364486:37,20:31,19:0:0:35,20:31,19:0:2 chr8 6474473 . C G 430.3 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0206158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.638;QD=13.24;RBI=0.0210146;REFB=-0.00738947;REVB=0.00407469;RO=80;SAF=22;SAR=28;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304143;STB=0.517235;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0142229;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:80:50:50:0.384615:28:22:33:47:28:22:33:47 chr8 6478986 . C T 181.8 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0304227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3788;QD=10.6942;RBI=0.0638821;REFB=-0.0129853;REVB=0.0561728;RO=44;SAF=15;SAR=9;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041049;STB=0.52379;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0220348;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:9:15:29:15:9:15:29:15 chr8 6479042 . C T 244.31 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.06659;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.714;QD=12.8584;RBI=0.0669282;REFB=-0.0124251;REVB=-0.00671985;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586844;STB=0.533563;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0158191;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:47:29:29:0.381579:12:17:30:17:12:17:30:17 chr8 6500544 . C T 403.82 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00688009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.479;QD=22.1268;RBI=0.00716145;REFB=-0.0186159;REVB=0.00198767;RO=33;SAF=15;SAR=25;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164757;STB=0.509086;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0157737;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:25:15:13:20:25:15:13:20 chr8 6566351 . C G 3278.83 PASS AF=0.986175;AO=213;DP=216;FAO=214;FDP=217;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=140;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0376712;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.008;QD=60.4392;RBI=0.0400895;REFB=-0.0610962;REVB=0.013713;RO=3;SAF=74;SAR=139;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00928451;STB=0.504887;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00067156;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:216:217:3:3:213:214:0.986175:139:74:2:1:140:74:2:1 chr8 6615663 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.695;QD=60.2304;RBI=0.0356857;REFB=0;REVB=-0.0121376;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333468;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr8 6673377 . CA C 408.01 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108033;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.489;QD=56.2779;RBI=0.0139724;REFB=0;REVB=-0.00886096;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.55761e-06;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:30:29:29:0:10:19:0:0:4:0:10:18:0:0 chr8 6690276 . T C 491.06 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.043299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6661;QD=21.1207;RBI=0.0457787;REFB=0.0103475;REVB=0.0148621;RO=45;SAF=28;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016431;STB=0.502761;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00477685;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:45:47:48:0.516129:19:28:26:19:20:28:26:19 chr8 6735300 . T A 380.3 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458179;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.995;QD=56.3412;RBI=0.0495611;REFB=0;REVB=0.018895;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11563e-05;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 6735313 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.016519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.593;QD=19.7022;RBI=0.0178905;REFB=-0.00281927;REVB=-0.00686969;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00188792;OID=.;OPOS=6735313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:8:8:9:8:8:8 chr8 6793540 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0227252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.884;QD=16.9319;RBI=0.0237573;REFB=-0.0032835;REVB=-0.00692642;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190057;STB=0.624804;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00197564;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:3:8:6:6:3:9 chr8 6793581 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00590462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8647;QD=10.8844;RBI=0.0276241;REFB=0.00667158;REVB=0.0269856;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147874;STB=0.590145;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0219155;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:5:10:7:2:5:10 chr8 7154617 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.187;QD=37.4885;RBI=0.0368334;REFB=0;REVB=-0.00435563;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106494;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr8 7154641 . G C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0211672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.743;QD=23.3998;RBI=0.0250801;REFB=-0.0734176;REVB=-0.0134522;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0176056;OID=.;OPOS=7154641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:1:2:6:2:1:2 chr8 7154917 . A C 527.26 PASS AF=0.398693;AO=61;DP=153;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0537921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4939;QD=13.7846;RBI=0.056231;REFB=-0.029124;REVB=-0.0163807;RO=91;SAF=30;SAR=31;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612378;STB=0.53756;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0174277;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:91:92:61:61:0.398693:31:30:50:41:31:30:51:41 chr8 7215694 . A G 282.91 PASS AF=0.259259;AO=42;DP=162;FAO=42;FDP=162;FR=.;FRO=120;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=0.0328361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7856;QD=6.98543;RBI=0.034666;REFB=-0.00133377;REVB=0.011114;RO=119;SAF=21;SAR=21;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520334;STB=0.50617;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00553595;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:119:120:42:42:0.259259:21:21:59:60:21:21:59:61 chr8 7217172 . G A 212.13 PASS AF=0.164659;AO=41;DP=251;FAO=41;FDP=249;FR=.;FRO=208;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=102;FSRR=106;FWDB=-0.020901;FXX=0.00796781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.058;QD=3.40776;RBI=0.0210007;REFB=-0.00253189;REVB=-0.00204305;RO=208;SAF=22;SAR=19;SRF=102;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595415;STB=0.538563;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0146569;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:208:208:41:41:0.164659:19:22:102:106:19:22:102:106 chr8 7217795 . T G 38.37 PASS AF=0.0769231;AO=13;DP=169;FAO=13;FDP=169;FR=.;FRO=156;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=86;FWDB=0.0201419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.892;QD=0.908279;RBI=0.0201478;REFB=-0.00150875;REVB=0.000487033;RO=155;SAF=6;SAR=7;SRF=69;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184876;STB=0.511908;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0370544;OID=.;OPOS=7217795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:169:169:155:156:13:13:0.0769231:7:6:69:86:7:6:70:86 chr8 7217837 . A C 39.84 PASS AF=0.0909091;AO=11;DP=121;FAO=11;FDP=121;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=-0.0304259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.52;QD=1.31715;RBI=0.0313215;REFB=0.0022361;REVB=0.00743642;RO=110;SAF=5;SAR=6;SRF=41;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979163;STB=0.575904;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0248077;OID=.;OPOS=7217837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:121:121:110:110:11:11:0.0909091:6:5:41:69:6:5:41:69 chr8 7218632 . C T 69.04 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=153;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=74;FSRR=62;FWDB=0.0188566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8606;QD=1.80496;RBI=0.0284557;REFB=-0.0112623;REVB=-0.0213108;RO=136;SAF=11;SAR=6;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128986;STB=0.594481;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0538217;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:153:153:136:136:17:17:0.111111:6:11:74:62:6:11:74:62 chr8 7308386 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5807;QD=51.9158;RBI=0.0198809;REFB=0;REVB=0.00523649;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520717;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr8 7717884 . A G 814.8 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.899;QD=57.1787;RBI=0.0175333;REFB=0;REVB=-0.00896818;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183187;OID=.;OPOS=7717884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr8 7718187 . T G 144.94 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.627;QD=44.597;RBI=0.107372;REFB=0;REVB=-0.101209;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010179;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:4:7:0:0:5:8:0:0 chr8 7718266 . A T 75.03 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.664;QD=37.517;RBI=0.103437;REFB=0;REVB=0.103252;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149203;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:2:4:0:0:4:4:0:0 chr8 8098577 . G A 820.59 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469867;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.017;QD=57.5855;RBI=0.00937219;REFB=0;REVB=0.00810928;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27835e-05;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr8 8176221 . C T 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0118635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.896;QD=9.82182;RBI=0.022831;REFB=-0.0194056;REVB=-0.0195067;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123092;STB=0.574334;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0335269;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:10:13:5:6:10:13 chr8 8176554 . C T 676.72 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.015722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.209;QD=22.3709;RBI=0.0193063;REFB=-0.0229505;REVB=0.0112051;RO=55;SAF=22;SAR=44;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444663;STB=0.524383;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0118306;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:44:22:21:34:44:22:21:34 chr8 8560602 . C T 206.59 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.122;QD=48.6085;RBI=0.147878;REFB=0;REVB=0.131252;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494818;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:4:12:0:0:4:13:0:0 chr8 8560909 . G C 908.89 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254533;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.694;QD=56.8055;RBI=0.0464268;REFB=-0.140858;REVB=0.0388275;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00113544;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:0:1:35:28:0:1 chr8 8561391 . A AT 327.9 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.6664;QD=37.4739;RBI=0.181508;REFB=0;REVB=0.161454;RO=6;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00991473;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:36:35:35:0:10:25:0:0:6:6:10:20:1:5 chr8 8561399 . G T 519.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.442;QD=59.4105;RBI=0.0288451;REFB=0;REVB=0.0064214;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168775;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr8 8561442 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2084;QD=58.5848;RBI=0.0272007;REFB=0;REVB=-0.000781982;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571397;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr8 8561452 . A G 354.0 PASS AF=0.935484;AO=24;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00773683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3816;QD=45.6772;RBI=0.0151574;REFB=-0.148929;REVB=0.0130341;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522712;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0192714;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:31:31:0:2:24:29:0.935484:16:8:0:0:21:8:0:2 chr8 8561536 . TG CA 175.68 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480389;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.939;QD=46.848;RBI=0.0485864;REFB=0;REVB=0.00727371;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000176667;OID=.;OPOS=8561536;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:9:4:0:0:11:4:0:0 chr8 8561552 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5683;QD=44.6891;RBI=0.0879416;REFB=0;REVB=0.0568969;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469931;OID=.;OPOS=8561552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr8 8643582 . C G 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2796;QD=57.1023;RBI=0.0511921;REFB=0;REVB=0.00756631;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053341;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr8 8747894 . A G 1307.82 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0727074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7735;QD=60.1298;RBI=0.0736895;REFB=-0.14904;REVB=0.0119907;RO=1;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133408;STB=0.507041;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00345065;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:87:1:1:84:86:0.988506:35:49:0:1:35:51:0:1 chr8 8887542 . TAAC T 227.29 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00143193;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=267.121;QD=11.6559;RBI=0.00219508;REFB=-0.00221912;REVB=-0.00166371;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122203;STB=0.587218;STBP=0.212;TYPE=del;VARB=0.0024263;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448718:34:74:35:78:43:16:19:13:30:99:38:15:19:12:26 chr8 9145082 . T C 369.82 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0116843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.771;QD=25.0725;RBI=0.0129196;REFB=-0.0171554;REVB=0.00551295;RO=23;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182113;STB=0.591499;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0127595;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:23:35:36:0.610169:21:14:15:8:21:15:15:8 chr8 9414049 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.184;QD=62.0211;RBI=0.0335646;REFB=0;REVB=0.026931;RO=0;SAF=35;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115109;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:7:35:0:0:7:35:0:0 chr8 9414159 . G C 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0212623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.421;QD=14.6504;RBI=0.036256;REFB=-0.0242171;REVB=-0.0293669;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668579;STB=0.547107;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0247783;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:2:12:16:2:2:12:17:2 chr8 9414237 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.623;QD=55.0981;RBI=0.0378906;REFB=0;REVB=-0.0338462;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289496;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr8 9414503 . T C 761.18 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00152757;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1467;QD=53.4163;RBI=0.0187061;REFB=-0.0173079;REVB=0.0186436;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.517235;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00141262;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:1:2:55:55:0.964912:27:28:1:0:27:28:2:0 chr8 9414924 . G C 483.25 PASS AF=1;AO=6;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.503;QD=58.5752;RBI=0.0175953;REFB=0;REVB=0.00534512;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17916e-05;OID=.;OPOS=9414924;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:6:33:1:1:5:0:0:4:29:0:0 chr8 9415168 . G A 1507.26 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.616;QD=63.4637;RBI=0.00584529;REFB=0;REVB=0.00139197;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94843e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:41:53:0:0:41:54:0:0 chr8 9415390 . G A 1676.31 PASS AF=0.966102;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0101138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.598;QD=56.8241;RBI=0.0293845;REFB=-0.019115;REVB=0.0275891;RO=4;SAF=56;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00056429;STB=0.500297;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00148751;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:118:4:4:114:114:0.966102:58:56:2:2:58:56:2:2 chr8 9416258 . G C 192.19 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0111756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.501;QD=12.2026;RBI=0.0120552;REFB=-0.013278;REVB=0.00452022;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174642;STB=0.632301;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0207273;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:39:23:24:0.380952:14:9:20:16:15:9:23:16 chr8 9577940 . T C 1171.76 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.041;QD=60.8705;RBI=0.0076932;REFB=0;REVB=-0.00676413;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11884e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr8 9609331 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00664383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.645;QD=21.0136;RBI=0.0413654;REFB=-0.0557875;REVB=-0.0408283;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.624791;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.026108;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:1:6:6:5:1:6 chr8 9734267 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.873;QD=50.4135;RBI=0.0351222;REFB=0;REVB=0.0262207;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79995e-05;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr8 9734284 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.739;QD=46.848;RBI=0.0400207;REFB=0;REVB=0.0396701;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243035;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr8 10211175 . C T 1083.84 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358505;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1507;QD=60.2135;RBI=0.0169249;REFB=0;REVB=-0.0165409;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121856;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr8 10285810 . T C 256.32 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00982343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.708;QD=44.5768;RBI=0.0214964;REFB=-0.0430814;REVB=0.0191205;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.510907;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00638544;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:22:23:1:2:21:21:0.913043:13:8:1:0:13:8:1:1 chr8 10285825 . T G 223.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.098;QD=49.5725;RBI=0.0096909;REFB=0;REVB=0.00146852;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68471e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr8 10333811 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.644;QD=51.9154;RBI=0.131666;REFB=0;REVB=0.130637;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190787;OID=.;OPOS=10333811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr8 10383226 . C G 221.86 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.869;QD=49.3013;RBI=0.0564401;REFB=0;REVB=0.0204711;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166637;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:17:18:1:16:1:0:0:17:1:0:0 chr8 10390452 . C T 201.26 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0240557;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.927;QD=11.6674;RBI=0.0263125;REFB=-0.0111141;REVB=-0.0106616;RO=44;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299427;STB=0.672593;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0120048;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:9:16:16:28:9:16:16:28 chr8 10396054 . A C 1348.14 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442969;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7291;QD=61.2789;RBI=0.0450163;REFB=-0.112414;REVB=-0.00801528;RO=1;SAF=31;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150381;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00149473;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:56:31:1:0:56:31:1:0 chr8 10464755 . C T 37.05 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0289652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.159;QD=8.23298;RBI=0.0297603;REFB=-0.00518386;REVB=0.00683299;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164673;STB=0.615066;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0322689;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:1:5:10:1:1:5:11:1 chr8 10464885 . T C 919.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276116;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.028;QD=58.3625;RBI=0.0582594;REFB=0;REVB=0.0513006;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208223;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:17:44:0:0:19:44:0:0 chr8 10465748 . T C 126.81 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.467;QD=42.269;RBI=0.0339453;REFB=0;REVB=0.0028966;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321359;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:6:4:0:0:7:5:0:0 chr8 10465771 . G T 210.38 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1372;QD=44.2897;RBI=0.0958669;REFB=0;REVB=0.0788725;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00904028;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:1:0:16:19:1:7:9:0:1:8:11:0:0 chr8 10466839 . G T 295.5 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0286404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.324;QD=13.7442;RBI=0.035616;REFB=-0.0111032;REVB=-0.0211715;RO=52;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150157;STB=0.592013;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0199228;OID=.;OPOS=10466839;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:52:52:33:34:0.395349:12:21:26:26:12:22:26:26 chr8 10466864 . G C 212.7 PASS AF=0.320513;AO=17;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0186425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2126;QD=10.9075;RBI=0.029615;REFB=0.00420479;REVB=0.023011;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471112;STB=0.618084;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0822673;OID=.;OPOS=10466864;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:49:17:25:0.320513:8:9:24:21:8:17:25:24 chr8 10467160 . G A 328.72 PASS AF=0.336;AO=41;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0425947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6733;QD=10.5191;RBI=0.0551406;REFB=-0.00706962;REVB=0.0350167;RO=82;SAF=28;SAR=13;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206445;STB=0.611057;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0133394;OID=.;OPOS=10467160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:82:83:41:42:0.336:13:28:42:40:14:28:42:41 chr8 10467207 . C A 1786.19 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.41;QD=61.0663;RBI=0.106014;REFB=0;REVB=0.0941104;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364024;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:51:65:0:0:52:65:0:0 chr8 10467589 . T C 66.53 PASS AF=0.8;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0351255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9698;QD=26.6134;RBI=0.035324;REFB=-0.0225026;REVB=-0.00373958;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.571264;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00458148;OID=.;OPOS=10467589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:10:1:2:7:8:0.8:1:6:1:0:2:6:2:0 chr8 10467603 . C CA 34.18 PASS AF=0.5;AO=2;DP=14;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0274955;FXX=0.076864;HRUN=0;LEN=1;MLLD=182.664;QD=11.3946;RBI=0.0648658;REFB=-0.053924;REVB=-0.05875;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505787;STB=0.624529;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.0464774;OID=.;OPOS=10467604;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:2:14:6:12:6:5:1:4:2:32:12:2:0:8:4 chr8 10467627 . T C 56.82 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0098192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.045;QD=11.9617;RBI=0.0101187;REFB=-0.0401994;REVB=0.00244381;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132829;STB=0.580431;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.043009;OID=.;OPOS=10467627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:7:4:2:6:7:4 chr8 10467629 . T TTTC 58.92 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0118949;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=3;MLLD=214.51;QD=12.4044;RBI=0.022455;REFB=-0.0247071;REVB=-0.0190457;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.517197;STBP=0.957;TYPE=ins;VARB=0.0318669;OID=.;OPOS=10467630;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:19:8:19:11:6:2:8:3:58:10:6:2:7:3 chr8 10467637 . T C 90.29 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0255294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4407;QD=16.4161;RBI=0.0255319;REFB=-0.0249402;REVB=-0.000358778;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294979;STB=0.55037;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0147562;OID=.;OPOS=10467637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:22:11:11:10:11:0.5:3:7:8:3:4:7:8:3 chr8 10468172 . G A 104.63 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0107039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.73;QD=10.7312;RBI=0.0212939;REFB=-0.00119652;REVB=0.018408;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220484;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:14:12:6:7:14:12 chr8 10469030 . G A 69.55 PASS AF=0.4;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00902407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.721;QD=11.1275;RBI=0.0161957;REFB=-0.00890258;REVB=0.0134487;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174063;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:25:25:12:15:8:10:0.4:4:4:6:6:6:4:6:9 chr8 10469340 . G A 549.84 PASS AF=0.4;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00964054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.476;QD=14.6623;RBI=0.0174012;REFB=-0.0195866;REVB=0.0144866;RO=87;SAF=26;SAR=34;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112566;STB=0.553506;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0297809;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:87:90:60:60:0.4:34:26:47:40:34:26:47:43 chr8 10469817 . G A 854.08 PASS AF=0.438679;AO=93;DP=215;FAO=93;FDP=212;FR=.;FRO=119;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.021914;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.961;QD=16.1146;RBI=0.0284991;REFB=-0.0207539;REVB=0.0182202;RO=118;SAF=46;SAR=47;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457835;STB=0.527656;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.026597;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:212:118:119:93:93:0.438679:47:46:53:65:47:46:53:66 chr8 10470815 . G C 380.98 PASS AF=0.550725;AO=34;DP=66;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00396392;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.249;QD=22.0855;RBI=0.00963433;REFB=-0.0252907;REVB=-0.0087811;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107107;STB=0.550698;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0211975;OID=.;OPOS=10470815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:32:31:34:38:0.550725:18:16:19:13:19:19:19:12 chr8 10530218 . C T 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.357;QD=56.9529;RBI=0.0426956;REFB=0;REVB=0.0131242;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215887;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr8 10754511 . C T 1575.46 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268109;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.741;QD=60.0174;RBI=0.0283507;REFB=0;REVB=-0.00921608;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206015;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr8 10755218 . T C 339.83 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0090303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.694;QD=15.4468;RBI=0.0132525;REFB=-0.0193897;REVB=-0.00969959;RO=45;SAF=27;SAR=10;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326075;STB=0.544411;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0226953;OID=.;OPOS=10755218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:51:37:37:0.420455:10:27:34:11:10:27:34:17 chr8 10920326 . C T 808.58 PASS AF=0.539474;AO=80;DP=151;FAO=82;FDP=152;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.104128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2148;QD=21.2785;RBI=0.10455;REFB=-0.0172892;REVB=0.00938376;RO=68;SAF=41;SAR=39;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185363;STB=0.505617;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0159386;OID=.;OPOS=10920326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:68:70:80:82:0.539474:39:41:35:33:40:42:35:35 chr8 11162496 . A C 384.19 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0435888;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.195;QD=17.075;RBI=0.0453562;REFB=-0.0115722;REVB=0.0125378;RO=48;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119058;STB=0.553165;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.011431;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:50:40:40:0.444444:21:19:17:31:21:19:19:31 chr8 11184862 . G A 834.0 PASS AF=0.574627;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=134;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0365631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.428;QD=24.8954;RBI=0.0415166;REFB=0.020076;REVB=-0.0196663;RO=57;SAF=43;SAR=34;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234526;STB=0.501277;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.013935;OID=.;OPOS=11184862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:57:57:77:77:0.574627:34:43:32:25:34:43:32:25 chr8 11184937 . G A 370.24 PASS AF=0.411215;AO=41;DP=105;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0248332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3262;QD=13.8407;RBI=0.0276008;REFB=-0.00959277;REVB=-0.0120463;RO=62;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217914;STB=0.504671;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0219603;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:62:63:41:44:0.411215:22:19:30:32:22:22:31:32 chr8 11188703 . C T 308.26 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0722231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.601;QD=18.6824;RBI=0.0722557;REFB=-0.0319873;REVB=-0.00217076;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174395;STB=0.595685;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0165504;OID=.;OPOS=11188703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:32:33:0.5:21:11:17:15:22:11:17:16 chr8 11188752 . G A 303.88 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.019698;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.17;QD=17.3647;RBI=0.019983;REFB=-0.01145;REVB=0.00336256;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294859;STB=0.67217;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0107964;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:37:33:33:0.471429:10:23:14:22:10:23:14:23 chr8 11189316 . G C 502.72 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.080996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9955;QD=54.3481;RBI=0.107415;REFB=-0.159365;REVB=0.0705521;RO=3;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296888;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00707594;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:3:1:34:36:0.972973:18:16:2:1:19:17:1:0 chr8 11189344 . C G 217.78 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00145215;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.105;QD=16.7521;RBI=0.0173249;REFB=-0.013488;REVB=-0.0172639;RO=28;SAF=18;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414928;STB=0.735094;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104715;OID=.;OPOS=11189344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:6:18:9:19:6:18:9:19 chr8 11189488 . T C 1880.21 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0755092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.394;QD=60.652;RBI=0.0755344;REFB=-0.0607175;REVB=-0.00195118;RO=1;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736582;STB=0.503875;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=3.31881e-05;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:64:59:0:1:64:59:0:1 chr8 11189533 . A C 859.06 PASS AF=0.69697;AO=69;DP=99;FAO=69;FDP=99;FR=.;FRO=30;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00317837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.04;QD=34.7094;RBI=0.00320327;REFB=-0.0202482;REVB=-0.000398631;RO=29;SAF=41;SAR=28;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100689;STB=0.559626;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0104188;OID=.;OPOS=11189533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:29:30:69:69:0.69697:28:41:12:17:28:41:12:18 chr8 11189535 . T C 216.0 PASS AF=0.28866;AO=27;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00894574;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7502;QD=8.90721;RBI=0.0707549;REFB=-0.00950215;REVB=0.0701871;RO=70;SAF=11;SAR=16;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229942;STB=0.640945;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0231534;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:70:69:27:28:0.28866:16:11:42:28:17:11:41:28 chr8 11204165 . C T 804.95 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.307;QD=64.3957;RBI=0.0265862;REFB=0;REVB=-0.025842;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191567;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr8 11204184 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.384;QD=62.3509;RBI=0.0136479;REFB=0;REVB=-0.00372415;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4363e-05;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr8 11301753 . A C 3639.29 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122478;FXX=0.012875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1152;QD=63.292;RBI=0.0126237;REFB=0;REVB=-0.00305733;RO=0;SAF=137;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41121e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:230:0:0:229:230:1:92:137:0:0:92:138:0:0 chr8 11414237 . T C 958.59 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.074174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0528;QD=57.2292;RBI=0.0782347;REFB=-0.08636;REVB=0.0248774;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00126077;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:27:39:0:0:27:39:1:0 chr8 11418385 . G A 979.42 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139332;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.261;QD=59.3588;RBI=0.0287066;REFB=0;REVB=0.0250985;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0521e-05;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr8 11418773 . C T 1120.35 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198489;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.7831;QD=58.9656;RBI=0.0203207;REFB=-0.0854555;REVB=0.0043531;RO=1;SAF=32;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145558;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000905407;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:43:32:1:0:43:32:1:0 chr8 11421793 . C T 1194.31 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00212353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.329;QD=59.7157;RBI=0.0573161;REFB=0.0126519;REVB=0.0572767;RO=1;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160428;STB=0.508472;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=1.35395e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:29:50:0:1:29:50:0:1 chr8 11614584 . G A 246.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00988259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.873;QD=15.9139;RBI=0.0451776;REFB=-0.018258;REVB=-0.0440834;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147832;STB=0.57588;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0345918;OID=.;OPOS=11614584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:17:11:18:15:17:11:18:16 chr8 11619163 . A G 236.34 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00329884;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.178;QD=24.2396;RBI=0.0235536;REFB=0.000590817;REVB=-0.0233214;RO=17;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127321;STB=0.57136;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.000401424;OID=.;OPOS=11619163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:17:17:22:22:0.564103:6:16:10:7:6:16:10:7 chr8 11619261 . T A 1396.87 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.721;QD=62.7809;RBI=0.132375;REFB=0;REVB=0.131756;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967836;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:41:48:0:0 chr8 11619334 . C T 460.99 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0364007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5732;QD=21.4413;RBI=0.036619;REFB=-0.0209711;REVB=0.00399249;RO=39;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967469;STB=0.554478;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0204313;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:41:45:45:0.523256:27:18:20:19:27:18:21:20 chr8 11619504 . T A 145.08 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0027934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.556;QD=20.7251;RBI=0.0129685;REFB=0.0100785;REVB=-0.0126641;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305574;STB=0.689431;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.012209;OID=.;OPOS=11619504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:11:12:15:16:0.571429:6:9:2:9:6:10:2:10 chr8 11619635 . T A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0108721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.181;QD=14.6525;RBI=0.015822;REFB=0.00393427;REVB=0.0114949;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00347142;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr8 11620115 . C G 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0351278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.526;QD=6.25138;RBI=0.0356762;REFB=-0.00172882;REVB=-0.00623121;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416902;STB=0.761737;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00397453;OID=.;OPOS=11620115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:5:1:8:8:5:1:8:9 chr8 11620781 . T C 773.78 PASS AF=0.468208;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=173;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.0196055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6675;QD=17.8908;RBI=0.0398866;REFB=-0.00135329;REVB=0.0347356;RO=92;SAF=42;SAR=39;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766052;STB=0.542355;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00163665;OID=.;OPOS=11620781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:92:92:81:81:0.468208:39:42:55:37:39:42:55:37 chr8 11621351 . C G 534.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5226;QD=59.4238;RBI=0.0611784;REFB=0;REVB=-0.042201;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02628e-05;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr8 11640784 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00261109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.412;QD=16.7551;RBI=0.0027291;REFB=-0.000846976;REVB=-0.000793849;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180257;STB=0.601827;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00119594;OID=.;OPOS=11640784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:17:11:14:10:17:11 chr8 11660362 . T C 438.59 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0567398;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.656;QD=14.2631;RBI=0.0579519;REFB=-0.00807237;REVB=-0.0117903;RO=72;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128611;STB=0.57611;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0118249;OID=.;OPOS=11660362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:73:50:50:0.406504:23:27:30:42:23:27:30:43 chr8 11667179 . C T 655.99 PASS AF=0.556522;AO=62;DP=113;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.019225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.995;QD=22.8171;RBI=0.0192855;REFB=-0.00731467;REVB=-0.00152629;RO=51;SAF=32;SAR=30;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213645;STB=0.518231;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00418789;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:51:51:62:64:0.556522:30:32:25:26:30:34:25:26 chr8 11683653 . T C 1520.91 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00848295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=337.024;QD=61.4508;RBI=0.00849537;REFB=0.0530591;REVB=0.000459301;RO=1;SAF=26;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663404;STB=0.506943;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-8.70345e-05;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:71:26:0:1:71:26:0:2 chr8 11689119 . G C 541.6 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0446397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4535;QD=24.901;RBI=0.045308;REFB=-0.0160867;REVB=-0.00775296;RO=37;SAF=21;SAR=29;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312644;STB=0.517121;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0134976;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:29:21:17:20:29:21:17:20 chr8 11701842 . A C 1029.71 PASS AF=0.972973;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000767735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8152;QD=55.6599;RBI=0.00416605;REFB=-0.0517763;REVB=0.0040947;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023628;STB=0.501912;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00156056;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:74:2:2:70:72:0.972973:39:31:0:2:41:31:1:1 chr8 11701887 . CTG C,CT 519.23 PASS AF=0.537634,0;AO=44,10;DP=98;FAO=50,0;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=20,0;FSAR=30,0;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00281192,0.00359164;FXX=0.069993;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=207.863,205.22;QD=22.3323;RBI=0.0233135,0.0235626;REFB=0.0024471,0.00347557;REVB=0.0231433,0.0232873;RO=43;SAF=16,7;SAR=28,3;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0520689,0.340132;STB=0.508925,0.5;STBP=0.863,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0013882,0;OID=.,.;OPOS=11701888,11701889;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537634,0:44,10:98:50,0:93:43:20,0:30,0:18:25:99:43:16,7:28,3:18:25 chr8 11702277 . C G 137.88 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00711004;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8182;QD=17.7905;RBI=0.00896274;REFB=-0.00166393;REVB=-0.00545692;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419651;STB=0.742508;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00204764;OID=.;OPOS=11702277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:3:12:6:10:3:12:6:10 chr8 11705677 . C G 684.47 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589762;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.988;QD=62.2248;RBI=0.00592967;REFB=0;REVB=0.000615641;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309889;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr8 11706581 . T G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.158;QD=57.385;RBI=0.0368846;REFB=0;REVB=0.0364455;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102706;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr8 11710888 . G C 671.73 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0489239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.083;QD=52.6843;RBI=0.0632097;REFB=-0.15661;REVB=0.0400239;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335887;STB=0.51785;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00218092;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:27:22:0:2:27:22:0:2 chr8 11793447 . T C 1856.98 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4084;QD=61.3878;RBI=0.044929;REFB=0;REVB=0.00483163;RO=0;SAF=29;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169311;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:92:29:0:0:92:29:0:0 chr8 11832079 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0100425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.953;QD=22.9824;RBI=0.0100612;REFB=-0.000748871;REVB=0.000612627;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470681;STB=0.526295;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000584409;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:12:10:10:15:12:10 chr8 11872239 . C A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.121519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1216;QD=17.827;RBI=0.123614;REFB=-0.00692877;REVB=-0.0226627;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0112321;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:4:7:8:4:4:7 chr8 11872272 . C A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.355;QD=12.3961;RBI=0.0107087;REFB=-0.00549313;REVB=-0.0107087;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427167;OID=.;OPOS=11872272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:5:0:0:5:5:0:0:5 chr8 11994957 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0111148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.994;QD=20.1601;RBI=0.0135579;REFB=-0.0149389;REVB=0.00776387;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224986;STB=0.626896;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00892623;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:10:4:9:7:10:4 chr8 11995274 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00433803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.692;QD=8.81092;RBI=0.0119311;REFB=-0.00948247;REVB=0.0111146;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0161562;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:6:5:3:3:6:5 chr8 12042821 . TC CT 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683512;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=340.784;QD=33.4285;RBI=0.0290729;REFB=0;REVB=0.028258;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00023648;OID=.;OPOS=12042821;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 12042880 . T C 95.25 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00547735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.086;QD=34.638;RBI=0.0390942;REFB=-0.00838398;REVB=0.0387086;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00128735;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr8 12516729 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2769;QD=59.4354;RBI=0.0263299;REFB=0;REVB=0.0111566;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596561;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr8 12516857 . T C 692.64 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365884;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9543;QD=62.967;RBI=0.0476987;REFB=0;REVB=-0.0306016;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267097;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr8 12580049 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000108572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.32;QD=54.5177;RBI=0.00523464;REFB=0;REVB=0.00523351;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47439e-05;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr8 12809667 . A T 973.53 PASS AF=0.38676;AO=111;DP=288;FAO=111;FDP=287;FR=.;FRO=176;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=92;FSRR=84;FWDB=0.00400106;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.668;QD=13.5684;RBI=0.014361;REFB=-0.016384;REVB=0.0137924;RO=173;SAF=46;SAR=65;SRF=90;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115492;STB=0.566848;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0194543;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:173:176:111:111:0.38676:65:46:90:83:65:46:92:84 chr8 12809691 . A G 940.66 PASS AF=0.389892;AO=108;DP=278;FAO=108;FDP=277;FR=.;FRO=169;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=85;FSRR=84;FWDB=-0.00175116;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.166;QD=13.5835;RBI=0.00675654;REFB=-0.0334227;REVB=-0.00652566;RO=169;SAF=45;SAR=63;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945631;STB=0.553182;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0267258;OID=.;OPOS=12809691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:169:169:108:108:0.389892:63:45:85:84:63:45:85:84 chr8 12809700 . G A 928.11 PASS AF=0.387681;AO=107;DP=276;FAO=107;FDP=276;FR=.;FRO=169;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=86;FSRR=83;FWDB=-0.018846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.672;QD=13.4509;RBI=0.0228973;REFB=-0.00950346;REVB=0.0130043;RO=168;SAF=45;SAR=62;SRF=86;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999419;STB=0.554506;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0148976;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:168:169:107:107:0.387681:62:45:86:82:62:45:86:83 chr8 12848420 . G C 133.82 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0215191;FXX=0.0724533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9612;QD=8.36401;RBI=0.0254462;REFB=-0.0101806;REVB=-0.0135808;RO=42;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374174;STB=0.540025;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0235713;OID=.;OPOS=12848420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:42:46:18:18:0.28125:10:8:20:22:10:8:23:23 chr8 12878637 . A G 961.85 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4858;QD=57.4239;RBI=0.037923;REFB=-0.0521425;REVB=-0.0378809;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107794;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:37:30:0:0 chr8 12878677 . T C 313.66 PASS AF=0.395604;AO=31;DP=86;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00774762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.183;QD=13.787;RBI=0.0281991;REFB=-0.0252907;REVB=0.0271139;RO=55;SAF=8;SAR=23;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183008;STB=0.563873;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0363855;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:55:55:31:36:0.395604:23:8:22:33:25:11:22:33 chr8 12878807 . T G 326.76 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.00501177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.941;QD=15.0236;RBI=0.00737825;REFB=-0.000346128;REVB=-0.00541485;RO=51;SAF=7;SAR=29;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928283;STB=0.552876;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000343937;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:29:7:13:38:29:7:13:38 chr8 12879062 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00675305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.025;QD=18.2512;RBI=0.00677294;REFB=-0.0207352;REVB=0.000518631;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182502;STB=0.604508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0224629;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:7:8:5:10:7:8 chr8 12879099 . G A 227.09 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00518535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.931;QD=21.1251;RBI=0.0216358;REFB=-0.00723523;REVB=-0.0210053;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181635;STB=0.602013;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00700804;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:8:13:9:13:8:13 chr8 12879198 . A T 195.31 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0516711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.778;QD=17.7551;RBI=0.0561275;REFB=-0.0193193;REVB=0.0219178;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278341;STB=0.607367;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0173521;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:24:18:20:0.454545:13:5:13:11:13:7:13:11 chr8 12879334 . T C 267.3 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00353922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4089;QD=21.8204;RBI=0.0117803;REFB=-0.0133272;REVB=-0.0112361;RO=24;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167808;STB=0.594327;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0130547;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:8:17:12:12:8:17:12:12 chr8 12879539 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0149007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.238;QD=18.7699;RBI=0.0212479;REFB=-0.0286934;REVB=0.0151474;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00401971;OID=.;OPOS=12879539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr8 12887172 . A G 415.69 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00943779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8795;QD=22.17;RBI=0.0137241;REFB=0.00871036;REVB=-0.00996383;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341967;STB=0.518846;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00430912;OID=.;OPOS=12887172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:20:21:16:18:20:21:16:18 chr8 12888908 . T G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0387335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.889;QD=17.5012;RBI=0.0387447;REFB=-0.00249101;REVB=0.000933002;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198594;STB=0.61103;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00292784;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:8:20:13:13:8:20 chr8 12901960 . AT A 37.02 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.252757;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.21095;QD=7.05116;RBI=0.258262;REFB=0.0481553;REVB=0.053039;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.518484;STBP=0.925;TYPE=del;VARB=-0.0414338;OID=.;OPOS=12901961;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:9:21:11:21:10:4:7:4:6:36:9:3:6:4:5 chr8 12941463 . T C 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.000235372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.27;QD=16.4049;RBI=0.0148267;REFB=-0.0224409;REVB=0.0148248;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144045;STB=0.574777;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0255251;OID=.;OPOS=12941463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:11:20:18:18:11:20:19:18 chr8 12943065 . T C 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0251817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.592;QD=32.352;RBI=0.0526199;REFB=0.0553674;REVB=0.0462033;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.522347;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00442952;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:1:2:11:11:0.846154:7:4:1:0:7:4:1:1 chr8 12957475 . C T 856.69 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.157;QD=56.1761;RBI=0.0200175;REFB=-0.125886;REVB=0.000434326;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92273e-05;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr8 12960281 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.072;QD=60.0309;RBI=0.0246059;REFB=0;REVB=0.0170057;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41954e-05;OID=.;OPOS=12960281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr8 13072177 . C T 1319.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000775809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.432;QD=62.1147;RBI=0.0295555;REFB=0;REVB=0.0295453;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0996e-05;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:29:50:0:0:34:51:0:0 chr8 13133881 . G T 82.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.025536;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3438;QD=8.22769;RBI=0.0328981;REFB=-0.0161342;REVB=-0.0207412;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161743;STB=0.588621;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0139529;OID=.;OPOS=13133881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:40:28:29:11:11:0.275:7:4:14:14:7:4:14:15 chr8 13356802 . G A 120.77 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0418128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.633;QD=14.6391;RBI=0.0418959;REFB=-0.0177264;REVB=0.00263777;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0209525;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:10:9:7:7:10:9 chr8 13356818 . TT CG,CT 448.12 PASS AF=0.375,0.625;AO=12,20;DP=32;FAO=12,20;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6,12;FSAR=6,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671386,0.00628055;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=181.107,222.363;QD=56.0149;RBI=0.0144473,0.0118893;REFB=0,0;REVB=0.0127925,0.0100951;RO=0;SAF=6,12;SAR=6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00349572,-0.00386632;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:96:32:32:0:0:12,20:12,20:0.375,0.625:6,8:6,12:0:0:6,8:6,12:0:0 chr8 13424583 . C T 1020.28 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.621;QD=59.1465;RBI=0.02952;REFB=0;REVB=0.0190204;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59028e-06;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:33:34:0:0:33:36:0:0 chr8 13425353 . T A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.333;QD=59.8389;RBI=0.0355281;REFB=0;REVB=0.0324484;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219139;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr8 13948110 . G A 319.72 PASS AF=0.72973;AO=26;DP=36;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00772472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.242;QD=34.5647;RBI=0.00798807;REFB=-0.0161424;REVB=0.00203418;RO=10;SAF=4;SAR=22;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20116;STB=0.613238;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00937595;OID=.;OPOS=13948110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:10:10:26:27:0.72973:22:4:4:6:23:4:4:6 chr8 15967464 . T C 223.57 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0153804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.805;QD=14.9045;RBI=0.0164174;REFB=-0.00221441;REVB=-0.00574239;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176941;STB=0.599926;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00401181;OID=.;OPOS=15967464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:23:11:13:13:23:11 chr8 15978063 . C T 968.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245769;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.597;QD=58.7171;RBI=0.0416054;REFB=0;REVB=0.0335706;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189933;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr8 15978111 . T C 69.68 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=42;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0233216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.726;QD=6.48183;RBI=0.0248312;REFB=0.00274265;REVB=0.00852595;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127463;STB=0.511605;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0140803;OID=.;OPOS=15978111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:43:29:33:9:10:0.232558:4:5:13:16:5:5:17:16 chr8 16043667 . C T 304.11 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000999822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.624;QD=19.9416;RBI=0.0983258;REFB=-0.0306127;REVB=-0.0983207;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118463;STB=0.536458;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0210606;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:25:29:32:32:0.52459:20:12:13:12:20:12:13:16 chr8 16927250 . A C 1264.24 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.553;QD=61.67;RBI=0.0522212;REFB=0;REVB=0.00778257;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153935;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr8 17079358 . A G 606.93 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108934;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.881;QD=62.2492;RBI=0.0116443;REFB=0;REVB=0.0041138;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799307;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr8 17092164 . G T 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5803;QD=61.5341;RBI=0.00313318;REFB=0;REVB=0.00274677;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71608e-05;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr8 17125768 . T C 714.96 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5446;QD=60.8477;RBI=0.0556948;REFB=-0.00480198;REVB=-0.0282362;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000391451;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:1:0 chr8 17142065 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.951;QD=58.5877;RBI=0.0383069;REFB=0;REVB=0.00991142;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114686;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr8 17157259 . G A 1357.1 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280061;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.983;QD=62.3953;RBI=0.0293405;REFB=0;REVB=0.00874798;RO=0;SAF=58;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67804e-05;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:27:58:0:0:28:59:0:0 chr8 17230644 . G C 1320.32 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000698295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.664;QD=58.6808;RBI=0.0108538;REFB=-0.0781282;REVB=0.0108313;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019332;STB=0.503875;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00109278;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:90:2:3:87:87:0.966667:48:39:0:2:48:39:1:2 chr8 17270759 . C T 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0405526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.746;QD=14.6508;RBI=0.0449615;REFB=-0.0416895;REVB=0.0194172;RO=31;SAF=3;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486599;STB=0.783217;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0359071;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:20:3:16:15:20:3:16:15 chr8 17270770 . T C 236.0 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0589212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2459;QD=19.2651;RBI=0.0617364;REFB=-0.0151094;REVB=-0.0184304;RO=26;SAF=2;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5277;STB=0.807354;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0252031;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:21:2:12:14:21:2:12:14 chr8 17270787 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.964;QD=63.2849;RBI=0.0237881;REFB=0;REVB=0.00119876;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64434e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr8 17396415 . G C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0193752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.495;QD=18.4896;RBI=0.0197744;REFB=-0.00958049;REVB=-0.0039537;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511632;STB=0.529043;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0112327;OID=.;OPOS=17396415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:14:12:9:13:14:12 chr8 17424920 . T A,C 349.04 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816174,0.039852;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.2881,123.082;QD=53.6984;RBI=0.0319306,0.0477559;REFB=0,0;REVB=-0.0308699,0.0263144;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150205,-0.00428519;OID=.,.;OPOS=17424920,17424920;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:1,17:1,7:0:0:1,17:1,7:0:0 chr8 17486282 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.146;QD=58.5865;RBI=0.0731989;REFB=0;REVB=0.0118764;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464844;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:27:5:0:0:28:5:0:0 chr8 17500223 . T C 1457.59 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603147;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7602;QD=63.3737;RBI=0.0604446;REFB=0;REVB=0.00396069;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309486;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:48:44:0:0 chr8 17503125 . C T 2016.0 PASS AF=0.957447;AO=136;DP=141;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0324644;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.5779;QD=57.1915;RBI=0.0390998;REFB=-0.00839194;REVB=-0.0217911;RO=1;SAF=92;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051397;STB=0.500359;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00216577;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:141:141:1:6:136:135:0.957447:44:92:1:0:44:91:4:2 chr8 17503270 . G C 448.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2627;QD=56.1108;RBI=0.0701838;REFB=0;REVB=0.06222;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353907;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:21:9:0:0:23:9:0:0 chr8 17503316 . T G 1054.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.031;QD=56.9801;RBI=0.0239024;REFB=-0.0568295;REVB=0.0167055;RO=2;SAF=22;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116462;STB=0.50616;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00190386;OID=.;OPOS=17503316;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:50:22:1:1:50:22:1:1 chr8 17581700 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.617;QD=39.2068;RBI=0.124891;REFB=0;REVB=-0.124429;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751435;OID=.;OPOS=17581700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr8 17611886 . G A 401.09 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000147297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.38;QD=24.3086;RBI=0.0104576;REFB=-0.0101959;REVB=0.0104566;RO=27;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620506;STB=0.534047;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00768954;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:17:22:13:14:17:22:13:14 chr8 17612456 . C T 448.28 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823744;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6227;QD=57.8428;RBI=0.0825617;REFB=0;REVB=0.00555736;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332346;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:27:31:1:18:9:0:0:20:11:0:0 chr8 17612518 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0630584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5035;QD=24.1057;RBI=0.0994917;REFB=0.027999;REVB=-0.0769561;RO=19;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11642;STB=0.56516;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0219226;OID=.;OPOS=17612518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:18:6:7:12:18:6:7:12 chr8 17612846 . T C 122.02 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0533665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.004;QD=9.20915;RBI=0.0537022;REFB=-0.00485156;REVB=-0.00599507;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150466;STB=0.590052;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0188233;OID=.;OPOS=17612846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:16:21:7:9:16:21 chr8 17612875 . A G 388.55 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.041476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.246;QD=31.7182;RBI=0.0453411;REFB=-0.0157812;REVB=0.0183182;RO=17;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130752;STB=0.571385;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0058853;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:16:16:12:5:16:16:12:5 chr8 17739538 . T C 940.93 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.623;QD=57.0258;RBI=0.0342254;REFB=-0.00784845;REVB=0.0309687;RO=1;SAF=49;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954527;STB=0.505049;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000175153;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:16:49:1:0:16:49:1:0 chr8 17743020 . G A 979.25 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127678;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.583;QD=59.3484;RBI=0.00811566;REFB=0;REVB=-0.0080146;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82475e-05;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:31:35:0:0 chr8 17796382 . AC GT 766.57 PASS AF=1;AO=47;DP=58;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000158835;FXX=0.0689536;HRUN=3;LEN=2;MLLD=213.574;QD=56.7831;RBI=0.0579587;REFB=0;REVB=0.0579585;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00027063;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:54:0:0:47:54:1:22:25:0:0:29:25:0:0 chr8 17814915 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.788;QD=57.2376;RBI=0.0148362;REFB=0;REVB=0.0140483;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7667e-05;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr8 17817553 . G T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0069692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.951;QD=7.32771;RBI=0.0171205;REFB=-0.00298876;REVB=-0.0156378;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.57503;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00811236;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:11:10:3:5:11:10 chr8 17819572 . C T 536.42 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00469856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.873;QD=23.8408;RBI=0.0121969;REFB=-0.00310543;REVB=-0.0112555;RO=39;SAF=19;SAR=31;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109201;STB=0.566183;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00261966;OID=.;OPOS=17819572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:40:50:50:0.555556:31:19:20:19:31:19:21:19 chr8 17820714 . A T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0507602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7435;QD=8.50759;RBI=0.0556252;REFB=-0.00150443;REVB=0.0227501;RO=31;SAF=10;SAR=2;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252681;STB=0.659038;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00607033;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:2:10:21:10:2:10:21:10 chr8 17885406 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9702;QD=53.9112;RBI=0.039677;REFB=0;REVB=-0.000299608;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000823872;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr8 17886747 . T A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00223735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4091;QD=18.4436;RBI=0.0108877;REFB=0.00498271;REVB=-0.0106553;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188266;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00486459;OID=.;OPOS=17886747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:2:7:6:5:2:7 chr8 17918934 . A G 2944.26 PASS AF=0.591011;AO=259;DP=441;FAO=263;FDP=445;FR=.;FRO=182;FSAF=126;FSAR=137;FSRF=88;FSRR=94;FWDB=0.0300852;FXX=0.0022421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5266;QD=26.4653;RBI=0.0305153;REFB=-0.0223146;REVB=0.00510564;RO=180;SAF=125;SAR=134;SRF=87;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000538018;STB=0.501814;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0173013;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:445:180:182:259:263:0.591011:134:125:87:93:137:126:88:94 chr8 18077007 . G C 739.97 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0292268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.848;QD=50.1677;RBI=0.0293718;REFB=-0.0446162;REVB=0.00291438;RO=2;SAF=21;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427924;STB=0.526103;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00236743;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:59:59:2:4:55:55:0.932203:34:21:2:0:34:21:3:1 chr8 18080644 . A T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00962301;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=178.723;QD=16.8244;RBI=0.0226827;REFB=-0.0121552;REVB=-0.0205403;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177121;STB=0.601061;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0156485;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:11:17:9:12:11:17 chr8 18080651 . A C 188.81 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0119382;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.183;QD=18.4201;RBI=0.0267827;REFB=-0.0054469;REVB=-0.0239749;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.566939;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0262037;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:22:19:19:0.463415:8:11:9:11:8:11:10:12 chr8 18080747 . T G 450.52 PASS AF=0.54321;AO=28;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0239452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.93;QD=22.248;RBI=0.252217;REFB=0.00765629;REVB=0.251078;RO=36;SAF=22;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275141;STB=0.52358;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000304539;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:37:28:44:0.54321:6:22:20:16:18:26:20:17 chr8 18080923 . G A 924.55 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109188;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0556;QD=58.7016;RBI=0.015126;REFB=0;REVB=0.0104678;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543887;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr8 18257795 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.157;QD=60.607;RBI=0.0618957;REFB=0;REVB=-0.0618843;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338748;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr8 18258103 . G A 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.025824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8368;QD=17.3962;RBI=0.0307715;REFB=-0.0263204;REVB=-0.0167335;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200611;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0270527;OID=.;OPOS=18258103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:8:5:8:5:8:5 chr8 18258316 . G A 467.27 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.778;QD=58.4085;RBI=0.0654304;REFB=0;REVB=0.0382395;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566385;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:25:32:1:15:10:0:0:15:17:0:0 chr8 18258370 . G A 69.52 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0441096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7395;QD=6.95199;RBI=0.0483205;REFB=-0.0105458;REVB=-0.0197286;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119979;STB=0.575605;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0310702;OID=.;OPOS=18258370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:40:30:30:10:10:0.25:4:6:15:15:4:6:15:15 chr8 18388177 . T G 855.03 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227947;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8751;QD=57.9683;RBI=0.00866302;REFB=0;REVB=0.00835775;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599039;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr8 18388195 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTT 151.16 PASS AF=0.15625,0.6875;AO=2,6;DP=37;FAO=5,22;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=2,20;FSAR=3,2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0691799,-0.169369;FXX=0.157853;HRUN=15,15;LEN=1,3;MLLD=161.348,8.89348;QD=18.895;RBI=0.0843153,0.29237;REFB=-0.0442558,-0.118267;REVB=-0.0481997,-0.238315;RO=3;SAF=1,6;SAR=1,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473628,0;STB=0.776909,0.555509;STBP=0.189,0.654;TYPE=snp,del;VARB=0.078834,-0.114125;OID=.,.;OPOS=18388206,18388196;OREF=T,TTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15625,0.6875:2,6:37:5,22:32:5:2,20:3,2:5:0:30:3:1,6:1,0:3:0 chr8 18457957 . A G 673.42 PASS AF=0.983333;AO=40;DP=56;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351428;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.8284;QD=44.8946;RBI=0.045927;REFB=-0.123923;REVB=0.0295681;RO=4;SAF=14;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277492;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0041058;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:60:4:1:40:59:0.983333:26:14:2:2:32:27:0:1 chr8 18662284 . T G 478.66 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.000371472;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.612;QD=16.9437;RBI=0.000771562;REFB=0.000487853;REVB=0.000676251;RO=61;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708332;STB=0.53949;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.000711242;OID=.;OPOS=18662284;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:21:31:32:29:21:31:32:29 chr8 18729817 . GT AG 886.75 PASS AF=0.942029;AO=61;DP=67;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0531593;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.33;QD=51.406;RBI=0.0577131;REFB=-0.158885;REVB=0.0224697;RO=5;SAF=21;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398324;STB=0.5081;STBP=0.645;TYPE=mnp;VARB=0.00265075;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:67:69:5:4:61:65:0.942029:40:21:3:2:41:24:2:2 chr8 19171316 . C T 112.99 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0175449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.9;QD=9.41545;RBI=0.0175514;REFB=-0.011064;REVB=-0.000477956;RO=32;SAF=1;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477224;STB=0.793889;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0412408;OID=.;OPOS=19171316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:34:14:14:0.291667:13:1:10:22:13:1:10:24 chr8 19177103 . A G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0530671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.984;QD=16.4436;RBI=0.056382;REFB=0.00695947;REVB=-0.0190475;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484036;STB=0.778472;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0187234;OID=.;OPOS=19177103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:4:16:9:18:4:16:9:18 chr8 19252189 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0380705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.999;QD=21.9719;RBI=0.0381892;REFB=-0.0313203;REVB=-0.00300899;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191248;STB=0.573709;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.024924;OID=.;OPOS=19252189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:21:23:23:0.522727:13:10:4:15:13:10:6:15 chr8 19316086 . G A 2034.62 PASS AF=1;AO=129;DP=133;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388157;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.567;QD=62.6038;RBI=0.0197163;REFB=0;REVB=0.0193304;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727018;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:130:0:0:129:130:1:65:64:0:0:65:65:0:0 chr8 19362768 . C T 740.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.482;QD=56.95;RBI=0.0425999;REFB=0;REVB=0.0371836;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146301;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:24:28:0:0 chr8 19363298 . C T 377.49 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00598571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.463;QD=21.2668;RBI=0.0068359;REFB=-0.0256284;REVB=0.00330163;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114775;STB=0.563347;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0229241;OID=.;OPOS=19363298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:19:19:21:12:19:19:21:12 chr8 19677915 . G A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00245044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.394;QD=20.0828;RBI=0.0132666;REFB=-0.016883;REVB=-0.0130384;RO=36;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052211;STB=0.528928;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0174318;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:21:17:14:22:21:17:14:22 chr8 19701615 . A G 32.14 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=2.80096e-05;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.953;QD=1.19052;RBI=0.0660334;REFB=-0.0114496;REVB=-0.0660334;RO=99;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330995;STB=0.758113;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0996645;OID=.;OPOS=19701615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:108:99:99:9:9:0.0833333:3:6:36:63:3:6:36:63 chr8 20008206 . G A 98.65 PASS AF=0.265306;AO=9;DP=46;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0125869;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.14;QD=8.05309;RBI=0.013165;REFB=-0.0142828;REVB=0.00385842;RO=37;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399573;STB=0.518367;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0391976;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:46:49:37:36:9:13:0.265306:8:1:13:24:8:5:13:23 chr8 20036713 . A G 1141.69 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0427022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.49;QD=56.3798;RBI=0.0453418;REFB=-0.230699;REVB=0.0152446;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133301;STB=0.504779;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00115742;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:81:1:3:77:78:0.962963:42:35:1:0:42:36:1:2 chr8 20038466 . T G 152.16 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0546832;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.561;QD=19.6334;RBI=0.0566867;REFB=-0.016172;REVB=0.0149375;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176662;STB=0.588118;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00976611;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:15:15:16:0.516129:11:4:7:9:12:4:6:9 chr8 20068163 . T G 1746.52 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.706;QD=60.7484;RBI=0.0348183;REFB=0;REVB=0.0284598;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03227e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:59:56:0:0 chr8 20110641 . C T 398.78 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.020099;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.764;QD=23.1178;RBI=0.0258928;REFB=-0.0265906;REVB=0.0163239;RO=30;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103451;STB=0.556933;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0223542;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:17:22:13:17:17:22:13:17 chr8 21455977 . CGT CG,TCG 152.4 PASS AF=0.489796,0;AO=20,3;DP=49;FAO=24,0;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=21,0;FSAR=3,0;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.0447548,-0.0420954;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=15.1551,19.6247;QD=12.441;RBI=0.20161,0.0449909;REFB=-0.0584554,-0.0377593;REVB=-0.19658,-0.0158795;RO=23;SAF=17,3;SAR=3,0;SRF=21;SRR=2;SSEN=0.375,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129881,0.453976;STB=0.505877,0.5;STBP=0.953,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0544501,0;OID=.,.;OPOS=21455979,21455977;OREF=T,CGT;OALT=-,TCG;OMAPALT=CG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:25:20,3:24,0:0.489796,0:3,0:17,3:21:2:3,0:21,0:22:3 chr8 21455993 . C T 222.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0207636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.846;QD=18.9633;RBI=0.021519;REFB=-0.0448777;REVB=0.00565139;RO=25;SAF=21;SAR=1;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363737;STB=0.714024;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.051801;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:1:21:21:4:1:21:21:4 chr8 21456116 . G A 186.17 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0299064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.806;QD=12.4115;RBI=0.0355309;REFB=-0.0118306;REVB=0.0191846;RO=37;SAF=4;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373069;STB=0.718704;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0130139;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:19:4:17:20:19:4:17:20 chr8 21550800 . A T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00602519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.043;QD=19.4662;RBI=0.0068605;REFB=-0.00943031;REVB=-0.00328078;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420867;STB=0.523788;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00554501;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:12:12:10:12:12:12 chr8 21827704 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.000720437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.929;QD=10.4718;RBI=0.00188056;REFB=-0.00112774;REVB=0.00173709;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591131;STB=0.535653;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00611875;OID=.;OPOS=21827704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:7:17:9:3:7:17 chr8 21833965 . C T 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0540649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.264;QD=4.42038;RBI=0.0622428;REFB=-0.000704326;REVB=-0.0308407;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387362;STB=0.526249;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00508552;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:5:3:15:22:5:3:15:22 chr8 21846586 . G C 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00960716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.091;QD=11.4257;RBI=0.0212689;REFB=-0.00530747;REVB=0.0189755;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281721;STB=0.516392;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0090011;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:13:8:15:22:13:8:15:22 chr8 21927460 . C G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000925947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.241;QD=54.7462;RBI=0.0140889;REFB=-0.10285;REVB=-0.0140584;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000983534;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:1:0:32:21:1:0 chr8 21939435 . C T 1479.92 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0723016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1673;QD=58.6105;RBI=0.0844844;REFB=-0.132185;REVB=0.0437047;RO=1;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735545;STB=0.503875;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00505695;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:64:36:0:1:64:36:0:1 chr8 21955116 . C T 255.22 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0317384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7181;QD=36.4605;RBI=0.136604;REFB=-0.000169832;REVB=0.132866;RO=6;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012889;STB=0.507036;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00277041;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:8:14:4:2:8:14:4:2 chr8 21956108 . A G 212.26 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0144932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.74;QD=12.3047;RBI=0.0983156;REFB=-0.0182551;REVB=-0.0972414;RO=43;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389379;STB=0.50224;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0143976;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:12:14:23:20:12:14:23:20 chr8 21961834 . G A 204.94 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00977368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3817;QD=10.6462;RBI=0.0127254;REFB=-0.00784336;REVB=0.00814922;RO=50;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2009;STB=0.611423;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0092836;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:50:51:26:26:0.337662:9:17:24:26:9:17:25:26 chr8 21965113 . T C 85.37 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0308547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4208;QD=8.32841;RBI=0.0310381;REFB=-0.0141407;REVB=0.00336935;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182126;STB=0.571309;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0265572;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:41:41:29:29:11:12:0.292683:7:4:15:14:7:5:15:14 chr8 21967304 . C T 597.62 PASS AF=0.508333;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0215458;FXX=0.00826378;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.0639;QD=19.9205;RBI=0.0219862;REFB=-0.0204846;REVB=-0.0043786;RO=55;SAF=29;SAR=31;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568306;STB=0.533505;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0176773;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:55:59:60:61:0.508333:31:29:23:32:31:30:25:34 chr8 21967309 . A C 614.19 PASS AF=0.529915;AO=61;DP=116;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00338749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6195;QD=20.998;RBI=0.0109838;REFB=-0.0569844;REVB=-0.0104484;RO=54;SAF=29;SAR=32;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744818;STB=0.555538;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0445956;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:54:55:61:62:0.529915:32:29:21:33:31:31:21:34 chr8 21984650 . A G 227.87 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0811405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.6041;QD=12.8376;RBI=0.12327;REFB=-0.056518;REVB=-0.0927988;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481927;STB=0.535186;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0555261;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:43:27:28:0.394366:14:13:12:16:14:14:19:24 chr8 21984945 . C T 229.61 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00345311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.554;QD=22.4005;RBI=0.00484715;REFB=0.00824311;REVB=-0.0034016;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981695;STB=0.555006;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00368422;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:9:10:9:13:9:10 chr8 22020619 . G C 278.83 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.038734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.575;QD=16.402;RBI=0.0666195;REFB=-0.0156835;REVB=0.0542018;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153748;STB=0.586921;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0263299;OID=.;OPOS=22020619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:21:16:9:22:21:16 chr8 22021037 . C A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0103942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.338;QD=12.9746;RBI=0.0221422;REFB=0.00624476;REVB=0.0195509;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289056;STB=0.517017;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00547029;OID=.;OPOS=22021037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:8:10:7:5:8:10 chr8 22021883 . G A 197.72 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000333501;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.859;QD=14.6458;RBI=0.0105313;REFB=-0.00508083;REVB=0.010526;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169038;STB=0.592509;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0062011;OID=.;OPOS=22021883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:31:23:23:0.425926:7:16:17:8:7:16:17:14 chr8 22021934 . G A 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00331661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1791;QD=12.7893;RBI=0.0905958;REFB=-0.0157966;REVB=0.0905351;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473803;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0571133;OID=.;OPOS=22021934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:12:10:7:7:12:11 chr8 22054197 . T C 136.25 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0236474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1118;QD=10.8996;RBI=0.0579087;REFB=-0.0130217;REVB=-0.0528603;RO=34;SAF=12;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141841;STB=0.585253;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0251138;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:4:12:22:12:4:12:22:12 chr8 22079355 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.607;QD=51.1846;RBI=0.0151388;REFB=0;REVB=-0.00667904;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8711e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr8 22084503 . C T 356.0 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0136447;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7344;QD=18.7368;RBI=0.0164426;REFB=-0.0398661;REVB=0.00917496;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767155;STB=0.542792;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.019923;OID=.;OPOS=22084503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:19:20:22:15:19:20 chr8 22105502 . T C 715.12 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.883;QD=62.1847;RBI=0.0593251;REFB=0;REVB=0.0579707;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205195;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:21:25:0:0 chr8 22262228 . AGCTGCT A 167.15 PASS AF=0.387755;AO=15;DP=41;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00176688;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=6;MLLD=278.104;QD=13.6447;RBI=0.00350907;REFB=-0.00320595;REVB=-0.00303179;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26636;STB=0.552574;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=0.00495401;OID=.;OPOS=22262229;OREF=GCTGCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:15:41:19:49:30:14:5:20:10:99:22:12:3:13:9 chr8 22262321 . T C 1036.94 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.997;QD=59.2537;RBI=0.0380546;REFB=0;REVB=-0.0346967;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92492e-05;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:32:38:0:0 chr8 22262379 . C T 505.83 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00646277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0297;QD=21.5248;RBI=0.0351708;REFB=-0.0423503;REVB=-0.0345719;RO=45;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111512;STB=0.5615;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0263519;OID=.;OPOS=22262379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:22:27:19:26:22:27:19:26 chr8 22262418 . A G 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262;QD=61.6933;RBI=0.0340666;REFB=0;REVB=0.0018722;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54898e-05;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 147.78 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0256674;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=3;MLLD=155.808;QD=10.7479;RBI=0.0257048;REFB=-0.00888651;REVB=0.00138534;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638048;STB=0.517223;STBP=0.838;TYPE=ins;VARB=0.015683;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:18:56:19:55:36:10:9:18:18:99:38:10:8:19:19 chr8 22388857 . G A 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0209401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.966;QD=21.5313;RBI=0.0256345;REFB=0.00127918;REVB=-0.0147865;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733571;STB=0.540519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00189608;OID=.;OPOS=22388857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:20:17:17:14:20:17:17:14 chr8 22428658 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3009;QD=53.9102;RBI=0.0520205;REFB=0;REVB=-0.0515088;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000833243;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr8 22442661 . A G 136.83 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0735114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6457;QD=18.2441;RBI=0.0740468;REFB=-0.0124699;REVB=-0.00888845;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153346;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:10:5:5:9:10:5:5:10 chr8 22463623 . C T 990.97 PASS AF=0.588608;AO=92;DP=157;FAO=93;FDP=158;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0103502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.594;QD=25.088;RBI=0.0107138;REFB=-0.0367068;REVB=0.0027675;RO=65;SAF=46;SAR=46;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645139;STB=0.536989;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.020247;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:65:65:92:93:0.588608:46:46:27:38:46:47:27:38 chr8 22471740 . G A 161.48 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0316871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3836;QD=10.5888;RBI=0.0506161;REFB=-0.0043162;REVB=-0.0394705;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12158;STB=0.570667;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00786363;OID=.;OPOS=22471740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:12:9:13:27:12:9:13:27 chr8 22471824 . G A 390.48 PASS AF=0.573529;AO=37;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000538062;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.904;QD=22.9692;RBI=0.00533756;REFB=-0.00829692;REVB=-0.00531037;RO=26;SAF=12;SAR=25;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141827;STB=0.566715;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00618927;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:26:29:37:39:0.573529:25:12:13:13:27:12:13:16 chr8 22472255 . C CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT 237.07 PASS AF=0.636364;AO=17;DP=43;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00846729;FXX=0.249943;HRUN=0;LEN=22;MLLD=359.951;QD=28.7354;RBI=0.010354;REFB=-0.0170394;REVB=-0.005959;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256022;STB=0.581735;STBP=0.261;TYPE=ins;VARB=0.0189519;OID=.;OPOS=22472256;OREF=-;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT;OMAPALT=CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:17:43:21:33:12:16:5:7:5:99:22:12:5:16:6 chr8 22472256 . G T 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0160353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.218;QD=5.268;RBI=0.0289639;REFB=-0.00418789;REVB=0.02412;RO=41;SAF=9;SAR=1;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461895;STB=0.817411;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00932686;OID=.;OPOS=22472256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:1:9:25:16:1:9:25:16 chr8 22473158 . C T 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00707409;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.623;QD=16.0925;RBI=0.00708711;REFB=-0.0087157;REVB=-0.000429304;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838301;STB=0.589119;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0144587;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:38:31:31:0.449275:21:10:13:19:21:10:18:20 chr8 22473465 . T C 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0106373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.625;QD=19.7364;RBI=0.0364905;REFB=-0.0430813;REVB=0.0349057;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694187;STB=0.538442;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0415918;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:14:24:26:11:14:24:26:11 chr8 22473850 . T C 166.29 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0158939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3535;QD=14.7812;RBI=0.0169602;REFB=-0.0250457;REVB=-0.00591878;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576169;STB=0.533296;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0370014;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:12:15:9:9:12:15 chr8 22477131 . ACAT A 167.99 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000843164;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.418;QD=14.932;RBI=0.0147417;REFB=-0.0135011;REVB=-0.0147176;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0242161;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:18:44:18:45:27:8:10:12:15:99:26:8:10:11:15 chr8 22481449 . A G 1702.84 PASS AF=0.54698;AO=120;DP=273;FAO=163;FDP=298;FR=.;FRO=135;FSAF=58;FSAR=105;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.122978;FXX=0.00334437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.133;QD=22.8569;RBI=0.123876;REFB=-0.0580371;REVB=-0.0148923;RO=87;SAF=18;SAR=102;SRF=20;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110425;STB=0.559932;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0273269;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:298:87:135:120:163:0.54698:102:18:20:67:105:58:65:70 chr8 22482851 . A C 775.69 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.699;QD=63.3215;RBI=0.0514754;REFB=0;REVB=-0.0145665;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303721;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:23:22:0:0:23:26:0:0 chr8 22491980 . G T 834.01 PASS AF=0.587786;AO=76;DP=130;FAO=77;FDP=131;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00635406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.509;QD=25.4659;RBI=0.0567502;REFB=-0.0149567;REVB=0.0563934;RO=53;SAF=40;SAR=36;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150447;STB=0.50725;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0106691;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:53:54:76:77:0.587786:36:40:28:25:37:40:29:25 chr8 22492052 . G A 550.41 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00365681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.029;QD=21.5847;RBI=0.00366295;REFB=-0.0115877;REVB=0.000212103;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475127;STB=0.530157;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00960118;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:47:47:54:55:0.539216:26:28:27:20:27:28:27:20 chr8 22584718 . T C 983.28 PASS AF=0.59589;AO=87;DP=147;FAO=87;FDP=146;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0956313;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1221;QD=26.9392;RBI=0.100096;REFB=0.0108073;REVB=-0.0295621;RO=59;SAF=41;SAR=46;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151182;STB=0.508205;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00824862;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:59:59:87:87:0.59589:46:41:29:30:46:41:29:30 chr8 22785159 . G A 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0187252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.74;QD=19.0231;RBI=0.0187432;REFB=-0.0189921;REVB=0.000820143;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174084;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:17:18:18:17:17:18:18:17 chr8 22864622 . T C 1587.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6477;QD=64.1521;RBI=0.0590477;REFB=0;REVB=0.00436456;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032315;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr8 22886020 . A G 1363.27 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.98;QD=61.9667;RBI=0.0204625;REFB=0;REVB=0.0156943;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43536e-06;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:82:88:1:39:43:0:0:43:45:0:0 chr8 22900701 . G A 540.82 PASS AF=0.574713;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00931905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.738;QD=24.8653;RBI=0.0106227;REFB=-0.0324247;REVB=0.00509872;RO=37;SAF=29;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146906;STB=0.57436;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0234411;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:37:37:49:50:0.574713:20:29:15:22:21:29:15:22 chr8 22926313 . G A 612.38 PASS AF=0.933333;AO=39;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0321041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.773;QD=54.4339;RBI=0.0350953;REFB=-0.0365218;REVB=0.0141778;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.508018;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00169477;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:1:3:39:42:0.933333:21:18:1:0:23:19:1:2 chr8 22960704 . G C 2081.09 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443611;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2445;QD=62.1221;RBI=0.0376187;REFB=0;REVB=0.0373562;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138314;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:131:134:1:72:59:0:0:75:59:0:0 chr8 22960873 . G C 194.39 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00876627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.481;QD=24.2989;RBI=0.0148073;REFB=-0.0378509;REVB=0.0119335;RO=12;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250314;STB=0.662462;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0169028;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:4:15:6:6:4:15:6:7 chr8 22974324 . C A,CA 92.03 PASS AF=0.142857,0.642857;AO=2,2;DP=15;FAO=2,9;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2,5;FSAR=0,4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0703807,0.0732095;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=93.1762,100.146;QD=26.293;RBI=0.114401,0.109894;REFB=-0.0835839,-0.0868413;REVB=0.0901894,0.0819578;RO=11;SAF=2,2;SAR=0,0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.523246,0.523246;STB=0.5,0.615147;STBP=1,0.226;TYPE=snp,ins;VARB=0.0480334,0.0432066;OID=.,.;OPOS=22974324,22974325;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:15:14:11:3:2,2:2,9:0.142857,0.642857:0,0:2,2:7:4:0,4:2,5:3:0 chr8 22974325 . G A 59.53 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0232289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.562;QD=14.8819;RBI=0.0796541;REFB=-0.0230181;REVB=0.0761918;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439457;STB=0.749529;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0155486;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:8:0:4:4:8:0 chr8 22974450 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4688;QD=35.5743;RBI=0.0772562;REFB=0;REVB=0.00184879;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00481246;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 22993108 . T C 341.93 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00840943;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.257;QD=18.2362;RBI=0.0277058;REFB=-0.00973072;REVB=0.0263988;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137535;STB=0.576795;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0155668;OID=.;OPOS=22993108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:39:36:36:0.48:21:15:22:17:21:15:22:17 chr8 23001988 . A G 716.75 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700046;FXX=0.062487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.62;QD=63.7112;RBI=0.106133;REFB=0;REVB=-0.105902;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650397;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr8 23021346 . G A 1011.49 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.435;QD=57.7993;RBI=0.0158893;REFB=-0.0873929;REVB=-0.00389635;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=6.22541e-06;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:26:43:0:0:26:43:0:1 chr8 23049292 . C T 1076.83 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.189;QD=58.2069;RBI=0.0433459;REFB=-0.0069928;REVB=0.0256756;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=9.4197e-05;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:0:1:70:73:0.986486:39:31:0:0:39:34:1:0 chr8 23059324 . C G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7229;QD=59.018;RBI=0.0635619;REFB=0;REVB=0.0306555;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012977;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr8 23060256 . T C 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4525;QD=59.3153;RBI=0.0228333;REFB=0;REVB=0.0224391;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012472;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr8 23147564 . G A 658.24 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0911916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8987;QD=59.8404;RBI=0.129993;REFB=-0.150321;REVB=0.0926403;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00466673;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:0:1:18:25:0:1 chr8 23148930 . A G 1837.35 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216207;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.721;QD=61.7598;RBI=0.0235241;REFB=0;REVB=0.00926968;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701564;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:53:66:0:0:53:66:0:0 chr8 23148940 . G A 2160.42 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.556;QD=63.078;RBI=0.0139349;REFB=0;REVB=0.0123348;RO=0;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2889e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:61:75:0:0:61:76:0:0 chr8 23150878 . T G 2019.09 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.566;QD=61.6517;RBI=0.0193325;REFB=0;REVB=0.0186431;RO=0;SAF=48;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95535e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:128:131:1:80:48:0:0:82:49:0:0 chr8 23152334 . A G 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.113;QD=57.1684;RBI=0.0640223;REFB=0;REVB=0.0594138;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135567;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr8 23153022 . T C 1591.96 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082589;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.745;QD=64.3214;RBI=0.0175972;REFB=0;REVB=0.0155388;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08311e-06;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:46:52:0:0:47:52:0:0 chr8 23154982 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.572;QD=53.2772;RBI=0.0271227;REFB=0;REVB=0.0234419;RO=0;SAF=18;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104614;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:1:18:0:0:2:21:0:0 chr8 23154989 . T G 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.593;QD=58.5785;RBI=0.049153;REFB=0;REVB=-0.037561;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71655e-05;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr8 23155130 . A C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9476;QD=55.6552;RBI=0.0312071;REFB=0;REVB=0.0289018;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175126;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr8 23167353 . T G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.697;QD=57.5435;RBI=0.00697051;REFB=0;REVB=-0.006052;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.89322e-06;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr8 23186007 . T C 210.01 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.158635;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.43;QD=13.7712;RBI=0.159516;REFB=0.00176616;REVB=0.0167371;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104857;STB=0.559952;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00495704;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:10:15:18:18:10:15:18:18 chr8 23225745 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0170084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.068;QD=14.6497;RBI=0.0272938;REFB=-0.00707939;REVB=0.0213464;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130454;STB=0.520803;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00903151;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:13:14:0.424242:3:10:12:6:4:10:13:6 chr8 23290451 . C T 350.0 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.000657078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.417;QD=15.2175;RBI=0.0103674;REFB=-0.00959269;REVB=-0.0103466;RO=45;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141869;STB=0.568684;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0165643;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:45:54:38:38:0.413043:24:14:23:22:24:14:26:28 chr8 23290534 . G A 180.82 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00600282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.53;QD=13.9093;RBI=0.027903;REFB=-0.0237814;REVB=0.0272497;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673583;STB=0.503872;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0505219;OID=.;OPOS=23290534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:12:19:13:8:12:19 chr8 23292985 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0304633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.36;QD=18.2504;RBI=0.0343934;REFB=0.00343639;REVB=0.0159653;RO=15;SAF=14;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603445;STB=0.85653;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00400754;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:1:14:7:8:1:14:7:8 chr8 23423669 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.265;QD=57.7116;RBI=0.0174343;REFB=0;REVB=-0.00580706;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85671e-05;OID=.;OPOS=23423669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr8 23423758 . G A 1188.86 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000511023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.514;QD=55.2958;RBI=0.0151907;REFB=-0.00154385;REVB=0.0151821;RO=4;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217072;STB=0.505455;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00015145;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:86:4:5:81:81:0.94186:41:40:1:3:41:40:2:3 chr8 23432326 . T A 699.4 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.571;QD=53.8;RBI=0.0373567;REFB=-0.158151;REVB=0.0215782;RO=1;SAF=9;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049451;STB=0.526305;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000389482;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:1:50:51:0.980769:41:9:1:0:42:9:1:0 chr8 23432776 . A C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000559475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.218;QD=63.4766;RBI=0.00401942;REFB=0;REVB=0.00398029;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28117e-06;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr8 23432907 . G T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00221914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.167;QD=22.9824;RBI=0.00398533;REFB=-0.000168275;REVB=-0.00331033;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159844;STB=0.589401;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000122085;OID=.;OPOS=23432907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:12:10:16:9:12:10 chr8 24207399 . G C 359.08 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.00156325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.315;QD=10.7188;RBI=0.00867221;REFB=-0.0185348;REVB=-0.00853015;RO=83;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233614;STB=0.628629;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0474269;OID=.;OPOS=24207399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:89:45:45:0.335821:21:24:27:56:21:24:30:59 chr8 24207438 . G A 396.55 PASS AF=0.342857;AO=48;DP=140;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.0327265;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.012;QD=11.3299;RBI=0.0405787;REFB=0.00134598;REVB=0.0239919;RO=91;SAF=26;SAR=22;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190128;STB=0.604787;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00378237;OID=.;OPOS=24207438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:91:92:48:48:0.342857:22:26:34:57:22:26:35:57 chr8 24211278 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.068;QD=53.2772;RBI=0.0254604;REFB=0;REVB=-0.0178526;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02534e-07;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr8 24211331 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.509;QD=60.6102;RBI=0.00902147;REFB=0;REVB=0.0069513;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52464e-05;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 851.61 PASS AF=0.684685;AO=71;DP=113;FAO=76;FDP=111;FR=.;FRO=35;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0152493;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=4;MLLD=260.071;QD=30.6887;RBI=0.0166505;REFB=-0.027328;REVB=0.00668581;RO=37;SAF=38;SAR=33;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138114;STB=0.512817;STBP=0.724;TYPE=ins;VARB=0.00823254;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684685:71:113:76:111:35:40:36:17:18:99:37:38:33:19:18 chr8 24211889 . T TGTC 57.95 PASS AF=0.118812;AO=15;DP=113;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.00930097;FXX=0.0471654;HRUN=0;LEN=3;MLLD=293.82;QD=2.29506;RBI=0.0153967;REFB=-0.00306843;REVB=-0.0122699;RO=97;SAF=8;SAR=7;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350569;STB=0.679442;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.0176717;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118812:15:113:12:101:89:8:4:41:48:57:97:8:7:49:48 chr8 24256470 . C T 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.446;QD=58.7761;RBI=0.0493744;REFB=0;REVB=0.0161868;RO=0;SAF=50;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205103;OID=.;OPOS=24256470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:15:50:0:0:15:50:0:0 chr8 24261526 . A G 1612.63 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274113;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.234;QD=60.2852;RBI=0.0314825;REFB=0;REVB=0.0154846;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89723e-05;OID=.;OPOS=24261526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:44:63:0:0:44:63:0:0 chr8 24339679 . G A 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0858286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.085;QD=30.6479;RBI=0.0858895;REFB=0.0168447;REVB=0.00323385;RO=13;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103509;STB=0.570842;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.007695;OID=.;OPOS=24339679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:14:27:27:0.658537:17:10:7:6:17:10:8:6 chr8 24356818 . A C 305.1 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0134192;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9193;QD=17.4341;RBI=0.107354;REFB=-0.0152921;REVB=0.106512;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168529;STB=0.581719;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.019564;OID=.;OPOS=24356818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:37:32:33:0.471429:21:11:19:18:21:12:19:18 chr8 24359068 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0130131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.493;QD=17.5645;RBI=0.0401143;REFB=-0.000252842;REVB=-0.0379449;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399761;STB=0.522374;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.000308669;OID=.;OPOS=24359068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:16:19:16:16:16:19 chr8 24366020 . T C 438.88 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00820989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.465;QD=21.9439;RBI=0.0708802;REFB=-0.0158262;REVB=0.0704031;RO=36;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152274;STB=0.576148;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0162099;OID=.;OPOS=24366020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:21:22:25:11:21:22:25:12 chr8 24774683 . C A 1143.97 PASS AF=0.975;AO=73;DP=75;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9143;QD=57.1983;RBI=0.0234966;REFB=-0.015757;REVB=0.0170364;RO=2;SAF=44;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210146;STB=0.510867;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000526587;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:80:2:2:73:78:0.975:29:44:2:0:33:45:2:0 chr8 24776423 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00900474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4562;QD=6.80676;RBI=0.020683;REFB=-0.00693237;REVB=-0.01862;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455694;STB=0.779136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0182598;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:7:20:3:6:7:20 chr8 24811064 . AGG A,AG 340.0 PASS AF=0,1;AO=16,32;DP=53;FAO=0,52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112519,-0.221918;FXX=0.0188644;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=9.54079,9.03477;QD=26.1537;RBI=0.164583,0.299375;REFB=0,0;REVB=-0.120113,-0.200941;RO=2;SAF=14,28;SAR=2,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609953,-0.0322;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0255265,-0.00894689;OID=.,.;OPOS=24811065,24811065;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:16,32:53:0,52:52:0:0,45:0,7:0:0:7:2:14,28:2,4:2:0 chr8 25136124 . G A 35.52 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0561475;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7022;QD=1.48016;RBI=0.0604767;REFB=-0.000601936;REVB=0.0224698;RO=86;SAF=2;SAR=7;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348486;STB=0.777161;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0151077;OID=.;OPOS=25136124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:86:87:9:9:0.09375:7:2:45:41:7:2:46:41 chr8 25182969 . C T 1063.46 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127693;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.41;QD=57.4846;RBI=0.0259701;REFB=-0.0165321;REVB=-0.022614;RO=2;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361604;STB=0.501912;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000175763;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:74:2:2:72:72:0.972973:31:41:1:1:31:41:1:1 chr8 25203022 . A G 613.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.56;QD=61.3164;RBI=0.0234897;REFB=0;REVB=-0.00726691;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81155e-05;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr8 25222165 . A G 1012.81 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158089;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.731;QD=59.5771;RBI=0.0230966;REFB=0;REVB=0.0168383;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437304;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr8 25230168 . C T 833.02 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1908;QD=57.4496;RBI=0.0508943;REFB=0;REVB=0.0163343;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069842;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr8 25234858 . A G 941.42 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0636342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5566;QD=50.8875;RBI=0.0689043;REFB=-0.075186;REVB=-0.026429;RO=5;SAF=31;SAR=37;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446005;STB=0.517167;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0413464;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:73:74:5:6:68:68:0.918919:37:31:4:1:37:31:4:2 chr8 25267622 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.769;QD=60.9763;RBI=0.0538806;REFB=0;REVB=-0.0426153;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45422e-05;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr8 25280800 . C G 940.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158162;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.457;QD=58.7838;RBI=0.0167697;REFB=0;REVB=-0.00557437;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91835e-07;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr8 25293832 . C A 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0280351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.925;QD=4.99966;RBI=0.0411508;REFB=-0.00678777;REVB=-0.0301235;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807291;STB=0.553724;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0210825;OID=.;OPOS=25293832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:6:3:15:23:6:3:15:23 chr8 25323777 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.045;QD=63.2867;RBI=0.0270607;REFB=0;REVB=0.0201002;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48066e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr8 25701661 . G A 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00160204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7727;QD=16.115;RBI=0.0287854;REFB=0.0124653;REVB=-0.0287407;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882001;STB=0.541837;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0191564;OID=.;OPOS=25701661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:15:9:13:15:15:9:13:16 chr8 25708267 . T C 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00935237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1297;QD=18.4939;RBI=0.0184375;REFB=-0.00764076;REVB=-0.0158894;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313114;STB=0.517471;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0157689;OID=.;OPOS=25708267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:18:12:11:19:18:12:11:19 chr8 26240646 . A G 2490.06 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157527;FXX=0.0180712;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.675;QD=61.1058;RBI=0.0239727;REFB=0.000946605;REVB=-0.0180705;RO=1;SAF=97;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726414;STB=0.503816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=9.02926e-05;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:65:97:0:1:65:97:0:1 chr8 26269191 . C T 760.36 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.575;QD=63.3635;RBI=0.0159588;REFB=0;REVB=0.0158856;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723904;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr8 26362201 . A T 808.43 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00338367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8804;QD=53.8956;RBI=0.00499265;REFB=-0.134884;REVB=0.00367115;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.518512;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00282839;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:26:32:0:0:26:32:0:2 chr8 26365716 . C T 410.13 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0540914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1898;QD=18.2279;RBI=0.0779217;REFB=0.0135681;REVB=0.0560885;RO=48;SAF=33;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350669;STB=0.700924;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0137509;OID=.;OPOS=26365716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:48:41:42:0.466667:8:33:24:24:8:34:24:24 chr8 26481771 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6797;QD=62.4651;RBI=0.0531305;REFB=0;REVB=0.0153767;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226207;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr8 26510792 . T C 2251.4 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242057;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.764;QD=62.5388;RBI=0.0408368;REFB=-0.0408834;REVB=0.0328896;RO=0;SAF=84;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50289;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000282013;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:144:0:1:141:143:0.993056:57:84:0:0:57:86:1:0 chr8 26628028 . A G 894.84 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.985;QD=57.7318;RBI=0.0499397;REFB=0;REVB=0.0291287;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212679;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:32:30:0:0 chr8 26636925 . T C,G 1085.62 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=71,3;DP=74;FAO=72,2;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133736,-0.0509838;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.1126,6.34882;QD=58.6824;RBI=0.0151119,0.0511482;REFB=0,0;REVB=-0.00703684,0.00409708;RO=0;SAF=31,3;SAR=40,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.18246e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000197692,0.152323;OID=.,.;OPOS=26636925,26636925;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:74:74:0:0:71,3:72,2:0.972973,0.027027:40,0:31,3:0:0:40,0:32,2:0:0 chr8 26944733 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.409;QD=58.7811;RBI=0.0196952;REFB=0;REVB=-0.0196287;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33558e-05;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr8 27101204 . T A,G 1722.31 PASS AF=0.942149,0.0330579;AO=113,5;DP=123;FAO=114,4;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=59,1;FSAR=55,3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00962654,-0.0247431;FXX=0.0162588;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=226.551,11.641;QD=56.9357;RBI=0.0166304,0.07806;REFB=-0.0285736,-0.00181498;REVB=0.013561,-0.0740348;RO=3;SAF=59,1;SAR=54,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00927995,-0.116878;STB=0.504727,0.545217;STBP=0.479,0.984;TYPE=snp,snp;VARB=0.00026787,0.153477;OID=.,.;OPOS=27101204,27101204;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:123:121:3:3:113,5:114,4:0.942149,0.0330579:54,4:59,1:1:2:55,3:59,1:1:2 chr8 27101206 . A C 1847.76 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00653189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6072;QD=59.605;RBI=0.0413378;REFB=0.0652606;REVB=-0.0408185;RO=2;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158294;STB=0.508332;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00197275;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:59:63:0:2:59:63:0:2 chr8 27147716 . A C 196.23 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000995097;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=193.947;QD=17.0631;RBI=0.0196023;REFB=-0.0115184;REVB=-0.0195771;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205605;STB=0.557464;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.016763;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:13:26:20:20:0.434783:8:12:4:9:8:12:13:13 chr8 27277537 . G A 315.29 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0119013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.628;QD=22.5208;RBI=0.0119401;REFB=-0.0121237;REVB=-0.000961554;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139719;STB=0.576877;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0115273;OID=.;OPOS=27277537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:17:15:7:17:17:15:7:17 chr8 27293865 . C T 460.27 PASS AF=0.339181;AO=58;DP=171;FAO=58;FDP=171;FR=.;FRO=113;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=0.00130636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.138;QD=10.7666;RBI=0.0126723;REFB=-0.00504879;REVB=-0.0126048;RO=111;SAF=24;SAR=34;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428848;STB=0.519399;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0109555;OID=.;OPOS=27293865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:111:113:58:58:0.339181:34:24:50:61:34:24:50:63 chr8 27308538 . G A 339.17 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00633162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.823;QD=17.8513;RBI=0.0107545;REFB=-0.0249151;REVB=0.00869308;RO=38;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121336;STB=0.552603;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0336218;OID=.;OPOS=27308538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:40:36:36:0.473684:18:18:24:14:18:18:24:16 chr8 27311703 . T C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00320296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.992;QD=11.7341;RBI=0.012231;REFB=-0.0114684;REVB=-0.0118042;RO=50;SAF=20;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332977;STB=0.692743;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0232088;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:8:20:21:29:8:20:21:29 chr8 27312040 . C T 169.15 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00321546;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.2668;QD=13.0113;RBI=0.0386214;REFB=-0.0399834;REVB=0.0384873;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510408;STB=0.523786;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0463091;OID=.;OPOS=27312040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:29:32:20:20:0.384615:8:12:16:13:8:12:18:14 chr8 27312135 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0310214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.686;QD=16.4078;RBI=0.0319842;REFB=-0.00120897;REVB=-0.00778863;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130137;STB=0.507456;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0017906;OID=.;OPOS=27312135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:19:10:7:14:19:10 chr8 27315876 . A G 264.06 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0211272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.949;QD=12.8808;RBI=0.0387484;REFB=-0.0211215;REVB=-0.0324821;RO=51;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658372;STB=0.53779;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0309181;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:20:11:21:30:20:11:21:30 chr8 27315900 . A G 278.92 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0022994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.215;QD=13.9458;RBI=0.0036887;REFB=-0.0128431;REVB=-0.00288432;RO=47;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422864;STB=0.526299;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0147642;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:48:31:32:0.4:19:12:20:27:20:12:20:28 chr8 27316117 . G A 373.04 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000602951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.08;QD=17.7637;RBI=0.00410273;REFB=-0.0115523;REVB=0.00405818;RO=40;SAF=27;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274635;STB=0.650111;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0132268;OID=.;OPOS=27316117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:45:39:39:0.464286:12:27:16:24:12:27:19:26 chr8 27324822 . T C 347.88 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-5.82284e-05;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.013;QD=16.9697;RBI=0.00244421;REFB=-5.55462e-05;REVB=-0.00244352;RO=44;SAF=11;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189664;STB=0.601968;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000134233;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:26:11:21:23:26:11:21:24 chr8 27324844 . G A 341.65 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0128952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1275;QD=18.4673;RBI=0.0363368;REFB=-0.0130379;REVB=0.0339718;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178098;STB=0.607717;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0126803;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:25:11:18:19:25:11:19:19 chr8 27328511 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00758563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.128;QD=16.417;RBI=0.00991744;REFB=-0.0136023;REVB=0.00638857;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112138;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0121293;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:11:5:6:8:11:5 chr8 27362587 . G A 320.19 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0275702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.068;QD=13.6249;RBI=0.0325873;REFB=0.00014463;REVB=0.0173729;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18889;STB=0.607418;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000113838;OID=.;OPOS=27362587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:20:16:36:22:20:16:36:22 chr8 27373923 . T C 218.88 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0739102;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.212;QD=15.6345;RBI=0.0846066;REFB=-0.0163018;REVB=0.0411771;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980875;STB=0.555511;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0307345;OID=.;OPOS=27373923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:13:18:12:13:13:18 chr8 27396208 . G A 221.85 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00716679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.635;QD=18.4876;RBI=0.0241052;REFB=-0.0259755;REVB=-0.0230151;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443258;STB=0.540217;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0436879;OID=.;OPOS=27396208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:22:22:0.458333:7:15:16:9:7:15:16:10 chr8 27401964 . A C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0442567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8029;QD=24.0295;RBI=0.0563506;REFB=0.0062199;REVB=0.0348818;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228246;STB=0.628396;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00692559;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:10:5:6:3:10:5:6:3 chr8 27462481 . A G 1453.06 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6011;QD=63.1765;RBI=0.00393998;REFB=0;REVB=0.00276429;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10713e-08;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:42:48:0:0:42:50:0:0 chr8 27528446 . T C 165.82 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0124841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.966;QD=22.1099;RBI=0.0625779;REFB=-0.0546389;REVB=-0.06132;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315068;STB=0.67672;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0267773;OID=.;OPOS=27528446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:3:10:6:11:3:10 chr8 27591164 . CA AA,TA,TT 885.72 PASS AF=0.0322581,0.967742,0;AO=3,51,2;DP=56;FAO=2,60,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21,0;FSAR=0,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678447,0.0828933,0.0922356;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=37.5307,69.7378,41.9174;QD=57.1429;RBI=0.0745761,0.083739,0.0955048;REFB=0,0,0;REVB=0.0309626,-0.0118706,-0.0247743;RO=0;SAF=3,18,0;SAR=0,33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,8.62909e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.140502,0.00106121,0;OID=.,.,.;OPOS=27591164,27591164,27591164;OREF=C,C,CA;OALT=A,T,TT;OMAPALT=AA,TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:62:0:0:3,51,2:2,60,0:0.0322581,0.967742,0:0,33,2:3,18,0:0:0:0,39,0:2,21,0:0:0 chr8 27592828 . G A 2185.25 PASS AF=0.985915;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0277282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.863;QD=61.5563;RBI=0.0839111;REFB=-0.0165858;REVB=0.0791973;RO=2;SAF=71;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132024;STB=0.506943;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00118817;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:142:2:2:138:140:0.985915:67:71:2:0:69:71:2:0 chr8 27631179 . A C 517.18 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.122;QD=59.1061;RBI=0.0403324;REFB=0;REVB=0.0317259;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308245;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr8 27737198 . A G 1043.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.089;QD=59.6194;RBI=0.0175451;REFB=0;REVB=-0.0130535;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08198e-06;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr8 27767171 . G A 169.02 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00393831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6684;QD=8.66783;RBI=0.00424301;REFB=-0.0078324;REVB=-0.00157887;RO=55;SAF=13;SAR=10;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110178;STB=0.565112;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0091576;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:10:13:36:19:10:13:36:19 chr8 27767231 . C G 599.35 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.011083;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.478;QD=30.7357;RBI=0.0219871;REFB=-0.00287897;REVB=-0.0189894;RO=25;SAF=36;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362194;STB=0.5294;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00106716;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:25:26:52:52:0.666667:16:36:16:9:16:36:16:10 chr8 27779093 . G A 70.05 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.02464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9023;QD=6.83382;RBI=0.0458539;REFB=-0.00788863;REVB=0.0386711;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328102;STB=0.68261;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0306667;OID=.;OPOS=27779093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:5:5:23:7:5:5:23:8 chr8 27915830 . T C 2780.9 PASS AF=0.948187;AO=183;DP=193;FAO=183;FDP=193;FR=.;FRO=10;FSAF=94;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00497147;FXX=0.0252513;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.1608;QD=57.6352;RBI=0.00506491;REFB=-0.186325;REVB=-0.000968433;RO=10;SAF=94;SAR=89;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111964;STB=0.505891;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00993226;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:193:193:10:10:183:183:0.948187:89:94:4:6:89:94:4:6 chr8 27918057 . T C 757.05 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00527161;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.806;QD=55.0582;RBI=0.0318979;REFB=-0.160002;REVB=0.0314593;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219106;STB=0.511624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00020473;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:55:1:1:54:54:0.981818:21:33:0:1:21:33:0:1 chr8 27927848 . TC T,TG 461.44 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=4,29;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124973,0.0397645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.0623,72.2132;QD=55.9322;RBI=0.0219519,0.0510129;REFB=0,0;REVB=0.0180472,0.0319546;RO=0;SAF=3,7;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00796435,0.00091273;OID=.,.;OPOS=27927849,27927849;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.030303,0.969697:4,29:33:1,32:33:0:0,10:1,22:0:0:6:0:3,7:1,22:0:0 chr8 28040712 . G A 195.9 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00292369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.736;QD=15.365;RBI=0.0230882;REFB=-0.0139531;REVB=-0.0229023;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167062;STB=0.509795;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0173958;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:29:20:22:0.431373:9:11:14:5:11:11:14:15 chr8 28286174 . T G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0501473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.991;QD=20.3975;RBI=0.0554184;REFB=-0.0404246;REVB=-0.023589;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134092;STB=0.582268;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0371042;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:14:17:10:16:14:17:10:17 chr8 28304769 . C T 753.51 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.076;QD=56.8684;RBI=0.0431256;REFB=0;REVB=0.00730912;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43849e-05;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:39:13:0:0:39:14:0:0 chr8 28574803 . G A 731.11 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.213;QD=56.2392;RBI=0.0604872;REFB=0;REVB=0.059296;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139721;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:28:20:0:0:32:20:0:0 chr8 28651298 . A C 32.38 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0303604;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=182.262;QD=16.1892;RBI=0.0347729;REFB=-0.0170659;REVB=0.0169527;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00556642;OID=.;OPOS=28651298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr8 28773172 . C A 143.45 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0065617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.783;QD=6.83092;RBI=0.0501192;REFB=-0.00889671;REVB=-0.0496878;RO=63;SAF=17;SAR=4;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375625;STB=0.733089;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0388664;OID=.;OPOS=28773172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:4:17:34:29:4:17:34:29 chr8 28908874 . T TAACC 79.28 PASS AF=0.23913;AO=10;DP=70;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0533052;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=4;MLLD=254.943;QD=6.89407;RBI=0.0533333;REFB=-0.00739065;REVB=-0.00173349;RO=57;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276225;STB=0.708186;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=0.0217806;OID=.;OPOS=28908875;OREF=-;OALT=AACC;OMAPALT=TAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:10:70:11:46:35:1:10:8:27:79:57:1:9:13:44 chr8 29005093 . A G 140.2 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.000264331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6604;QD=7.89862;RBI=0.0203593;REFB=-0.00855303;REVB=-0.0203576;RO=51;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225406;STB=0.633679;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0355502;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:10:10:16:35:10:10:16:35 chr8 29197672 . A G 151.14 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00447308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.017;QD=20.1522;RBI=0.0215328;REFB=-0.0107561;REVB=-0.021063;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587417;STB=0.562418;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0111339;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:4:12:9:4:4:12:9:5 chr8 29927300 . C G 972.71 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.508;QD=58.9519;RBI=0.0448232;REFB=0;REVB=0.012399;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103955;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:40:24:0:0:40:26:0:0 chr8 29927321 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.541;QD=58.0604;RBI=0.0348104;REFB=0;REVB=0.00484727;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27028e-05;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr8 29961951 . C T 599.87 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0195083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4005;QD=28.5651;RBI=0.0210002;REFB=-0.0317305;REVB=-0.00777392;RO=31;SAF=27;SAR=26;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454687;STB=0.502471;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0113557;OID=.;OPOS=29961951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:31:53:53:0.630952:26:27:16:15:26:27:16:15 chr8 29965519 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0377;QD=58.5869;RBI=0.0427997;REFB=0;REVB=-0.00721041;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387442;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr8 29989564 . A G 382.19 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0310886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.326;QD=17.9854;RBI=0.0319688;REFB=-0.022425;REVB=-0.00745015;RO=43;SAF=26;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238399;STB=0.633702;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.017414;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:43:45:39:40:0.470588:13:26:18:25:14:26:18:27 chr8 29996158 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00712979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.001;QD=21.0076;RBI=0.00723797;REFB=-0.0144127;REVB=0.00124672;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917663;STB=0.551914;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00995504;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:11:6:5:14:11:6 chr8 29996256 . T C 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00931297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.526;QD=17.7308;RBI=0.0441875;REFB=-0.0231048;REVB=0.043195;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154455;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0203345;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:8:11:7:10:8:11 chr8 30423886 . C CAG 456.3 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0120657;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.098;QD=17.7206;RBI=0.0132622;REFB=-0.0197214;REVB=0.00550499;RO=55;SAF=23;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722098;STB=0.535431;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.018252;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475728:49:107:49:103:54:23:26:29:25:99:55:23:26:30:25 chr8 30494732 . CTTGTT C,CT 66.78 PASS AF=0,0.45;AO=2,7;DP=20;FAO=0,9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00957207,-0.00976411;FXX=0.0475964;HRUN=2,2;LEN=5,4;MLLD=214.325,210.952;QD=13.3551;RBI=0.0597708,0.0643577;REFB=-0.00650465,-0.0159029;REVB=-0.0589994,-0.0636127;RO=11;SAF=0,6;SAR=2,1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.585255,0.396358;STB=0.5,0.571265;STBP=1,0.587;TYPE=del,del;VARB=0.0484749,0.0193665;OID=.,.;OPOS=30494733,30494733;OREF=TTGTT,TTGT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.45:2,7:20:0,9:20:11:0,6:0,3:6:5:64:11:0,6:2,1:6:5 chr8 30503255 . G A 60.78 PASS AF=0.727273;AO=6;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0999281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7592;QD=22.1024;RBI=0.153273;REFB=-0.0359818;REVB=0.116219;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.057386;OID=.;OPOS=30503255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:6:8:0.727273:4:2:1:2:5:3:1:2 chr8 30503371 . C T 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00270697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.78;QD=20.1566;RBI=0.0229958;REFB=0.00647974;REVB=-0.0228359;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177215;STB=0.59988;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00701335;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:4:10:8:8:4:10 chr8 30608976 . C T 848.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0896;QD=57.4982;RBI=0.0161797;REFB=0;REVB=-0.0156476;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52544e-05;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:17:42:0:0:17:42:0:0 chr8 30620840 . G GT,T 591.15 PASS AF=1,0;AO=41,6;DP=54;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.083013,-0.0627907;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=16.8165,9.70756;QD=46.3648;RBI=0.0963363,0.0684431;REFB=-0.0341625,-0.0599158;REVB=0.0488828,-0.0272357;RO=5;SAF=18,2;SAR=23,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00805437,-0.0553146;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00187847,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:51:5:0:41,6:51,0:1,0:23,4:18,2:2:3:29,0:22,0:0:0 chr8 30695226 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1222;QD=35.5757;RBI=0.049944;REFB=0;REVB=-0.00973394;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00465638;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr8 30701641 . C G 316.29 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00515293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.643;QD=17.8192;RBI=0.0273852;REFB=-0.0121268;REVB=0.026896;RO=37;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138854;STB=0.57742;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0160965;OID=.;OPOS=30701641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:17:17:24:13:17:17:24:13 chr8 30924557 . C T 736.77 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.064;QD=54.5756;RBI=0.0548835;REFB=-0.0301997;REVB=0.0486688;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00203207;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:27:25:1:0:28:25:1:0 chr8 30973957 . G T 1339.52 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.202;QD=62.3035;RBI=0.013416;REFB=0;REVB=-0.00224113;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73916e-05;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr8 30999280 . G T 734.15 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.94;QD=56.4729;RBI=0.0138624;REFB=0;REVB=0.00870403;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108017;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:25:27:0:0 chr8 32453358 . G A 447.2 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.37;QD=57.7027;RBI=0.0372838;REFB=0;REVB=0.0335641;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217481;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr8 32663420 . A G 1264.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.967;QD=61.6916;RBI=0.0283422;REFB=0;REVB=-0.00694924;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16619e-06;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:48:33:0:0:49:33:0:0 chr8 33246538 . A G 185.46 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0140212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.647;QD=8.42984;RBI=0.0314893;REFB=-0.00963904;REVB=-0.0281954;RO=61;SAF=16;SAR=9;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16104;STB=0.596936;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0286154;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:63:25:25:0.284091:9:16:31:30:9:16:32:31 chr8 33246591 . G C 141.64 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0632225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.23;QD=11.1088;RBI=0.0633034;REFB=-0.00794336;REVB=-0.00319911;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859308;STB=0.539859;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0287166;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:34:17:17:0.333333:7:10:18:13:7:10:18:16 chr8 33246685 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0372264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1311;QD=9.47529;RBI=0.0494524;REFB=-0.0266134;REVB=-0.0325535;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138194;STB=0.583176;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0321199;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:6:15:6:4:6:15 chr8 33313329 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00680364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.806;QD=20.5429;RBI=0.00801346;REFB=0.000393962;REVB=-0.00423392;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170033;STB=0.595774;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000393995;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:14:11:15:9:14:11 chr8 33356074 . A G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0229164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.869;QD=20.8712;RBI=0.0257113;REFB=-0.010157;REVB=0.0116581;RO=20;SAF=4;SAR=17;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535122;STB=0.801595;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.026393;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:17:4:16:4:17:4:16:4 chr8 33369944 . T C 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0139666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5866;QD=35.0849;RBI=0.0244188;REFB=0.0517774;REVB=0.0200303;RO=14;SAF=13;SAR=20;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630015;STB=0.534226;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0167258;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:20:13:4:10:20:13:4:10 chr8 33369994 . A G 417.69 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0385049;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.076;QD=36.321;RBI=0.0550473;REFB=0.00446638;REVB=-0.0393392;RO=13;SAF=13;SAR=20;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475053;STB=0.525787;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00227067;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:13:13:33:33:0.717391:20:13:4:9:20:13:4:9 chr8 33416189 . G A 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.000306767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5877;QD=21.8974;RBI=0.0232114;REFB=-0.00912706;REVB=0.0232094;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195698;STB=0.6077;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00759399;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:16:17:7:19:16:17:7:19 chr8 33416222 . C T 274.23 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0265423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.564;QD=19.9442;RBI=0.0287868;REFB=-0.00490885;REVB=-0.0111439;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163816;STB=0.598438;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0054583;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:29:29:0.527273:14:15:8:17:14:15:8:18 chr8 33437926 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0219484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.055;QD=24.1275;RBI=0.033828;REFB=0.00775549;REVB=-0.0257411;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202648;STB=0.613598;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00494082;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:4:7:6:11:4:7 chr8 33573577 . A G 78.54 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0676587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.885;QD=14.9601;RBI=0.0679325;REFB=-0.00740017;REVB=-0.00609269;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0492643;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:5:6:5:5:5:6 chr8 36694320 . C T 40.8 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0154748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1618;QD=2.09226;RBI=0.0154749;REFB=-0.00283219;REVB=7.56786e-05;RO=69;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143147;STB=0.606899;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0379119;OID=.;OPOS=36694320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:3:6:38:31:3:6:38:31 chr8 36694394 . C T 343.5 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0237581;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5398;QD=13.6039;RBI=0.0237671;REFB=0.00859698;REVB=-0.000654646;RO=62;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517932;STB=0.534636;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0135559;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:62:61:40:40:0.39604:20:20:28:34:20:20:27:34 chr8 36767024 . T C 291.43 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.00695632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.469;QD=14.3914;RBI=0.0130268;REFB=0.000974538;REVB=-0.011014;RO=48;SAF=13;SAR=20;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215875;STB=0.621022;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00129363;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:20:13:10:38:20:13:10:38 chr8 37456438 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00709269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.521;QD=7.48173;RBI=0.0196605;REFB=-0.00964923;REVB=-0.0183366;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118809;STB=0.574318;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0218934;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:6:4:14:14:6:4:14:14 chr8 37672471 . A G 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0463554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3318;QD=19.3828;RBI=0.05254;REFB=0.00747009;REVB=0.0247312;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109584;STB=0.561982;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00821457;OID=.;OPOS=37672471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:12:9:11:9:12:9 chr8 37688299 . C T 54.17 PASS AF=0.104478;AO=14;DP=134;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.0219614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7249;QD=1.61716;RBI=0.0219617;REFB=0.000402081;REVB=0.000118896;RO=119;SAF=9;SAR=5;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234472;STB=0.669574;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00225359;OID=.;OPOS=37688299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:134:134:119:120:14:14:0.104478:5:9:53:66:5:9:54:66 chr8 37702472 . G A 68.01 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00565791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3161;QD=14.3179;RBI=0.0059548;REFB=-0.038085;REVB=-0.00185681;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293173;STB=0.517204;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0681038;OID=.;OPOS=37702472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:2:8:7:2:2:8 chr8 37728017 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0165945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.125;QD=18.0864;RBI=0.0202993;REFB=-0.014116;REVB=0.0116913;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517474;STB=0.529047;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0197731;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:14:13:14:12:14:13 chr8 37728019 . T G 224.57 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0234436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2669;QD=17.6134;RBI=0.0326787;REFB=-0.000610055;REVB=-0.0227661;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173553;STB=0.509796;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.000546532;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:14:13:12:12:14:13 chr8 37730368 . G A 848.95 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0061236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0684;QD=54.7709;RBI=0.105222;REFB=-0.162487;REVB=0.105043;RO=2;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157582;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00299404;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:2:1:59:61:0.983871:31:28:1:1:33:28:1:0 chr8 37823043 . G A 193.49 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0213227;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0779;QD=13.8203;RBI=0.0615272;REFB=-0.0398449;REVB=0.0577143;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284342;STB=0.501627;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0625604;OID=.;OPOS=37823043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:13:20:14:9:13:20 chr8 37963239 . C T 248.37 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0184494;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.65;QD=13.4255;RBI=0.0189244;REFB=0.000845171;REVB=-0.00421376;RO=44;SAF=8;SAR=21;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299584;STB=0.678618;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00109505;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:44:45:29:29:0.391892:21:8:24:20:21:8:25:20 chr8 37979919 . G C 473.39 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.388;QD=57.3811;RBI=0.0448403;REFB=0;REVB=0.0445175;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440444;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr8 37985897 . A G 177.63 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0242851;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5303;QD=14.2101;RBI=0.103651;REFB=-0.00226598;REVB=-0.100766;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358246;STB=0.53009;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00132655;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:30:20:20:0.4:11:9:15:16:11:9:15:15 chr8 37996327 . G A 627.85 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=87;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0222349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3459;QD=28.8667;RBI=0.0459772;REFB=-0.00540238;REVB=-0.0402431;RO=32;SAF=43;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214242;STB=0.617178;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00469061;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:32:55:55:0.632184:12:43:17:15:12:43:17:15 chr8 38005835 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.17;QD=57.3858;RBI=0.0486153;REFB=0;REVB=0.0420735;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124924;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr8 38095662 . C T 269.67 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0139129;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.409;QD=16.0994;RBI=0.0233757;REFB=-0.0096126;REVB=-0.0187845;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15143;STB=0.592752;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0113789;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:12:18:16:20:12:18:16:21 chr8 38287238 . G A 293.04 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00580792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.524;QD=17.2378;RBI=0.00666071;REFB=-0.0188669;REVB=-0.00326084;RO=35;SAF=24;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762054;STB=0.555519;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0244285;OID=.;OPOS=38287238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:32:32:0.470588:8:24:24:11:8:24:24:12 chr8 38314933 . G A 117.55 PASS AF=0.194444;AO=17;DP=104;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0136031;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5692;QD=4.35358;RBI=0.0196095;REFB=-0.00679413;REVB=0.0141239;RO=84;SAF=12;SAR=5;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305902;STB=0.706468;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0186819;OID=.;OPOS=38314933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:84:87:17:21:0.194444:5:12:39:45:6:15:40:47 chr8 38369493 . A G 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0133439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.016;QD=21.9189;RBI=0.0137261;REFB=-0.00430322;REVB=-0.00321648;RO=29;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312151;STB=0.517232;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0038248;OID=.;OPOS=38369493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:20:16:14:15:20:16:14:15 chr8 38369926 . A C 366.09 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00762628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.257;QD=21.5348;RBI=0.0226675;REFB=-0.0101336;REVB=-0.0213461;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288184;STB=0.515915;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00729224;OID=.;OPOS=38369926;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:19:18:14:17:19:18:14:17 chr8 38373924 . T G 158.84 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00953807;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.241;QD=24.4363;RBI=0.0413191;REFB=-0.0226797;REVB=-0.0402032;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181774;STB=0.510191;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0246395;OID=.;OPOS=38373924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:6:4:6:10:6:4 chr8 38385942 . G C 403.45 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0336595;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8478;QD=21.8083;RBI=0.0634965;REFB=0.00450405;REVB=-0.053841;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845042;STB=0.554027;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00534997;OID=.;OPOS=38385942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:35:34:40:40:0.540541:20:20:21:14:20:20:21:13 chr8 38458371 . G T 528.49 PASS AF=0.405594;AO=57;DP=142;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0209668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.31;QD=14.7829;RBI=0.0253103;REFB=-0.00104124;REVB=0.0141777;RO=84;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1031;STB=0.55874;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00108387;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:84:85:57:58:0.405594:27:30:36:48:27:31:37:48 chr8 38458552 . G GTCT 2145.41 PASS AF=1;AO=133;DP=146;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214159;FXX=0.0492923;HRUN=0;LEN=3;MLLD=186.113;QD=63.5676;RBI=0.0476036;REFB=0;REVB=0.0425142;RO=8;SAF=72;SAR=61;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.3424e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:146:135:135:0:73:62:0:0:11:8:72:61:6:2 chr8 38458659 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.739;QD=62.0079;RBI=0.042168;REFB=0;REVB=-0.00778646;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55883e-05;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr8 38677932 . A G 575.72 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.291;QD=59.0484;RBI=0.0227748;REFB=0;REVB=0.00431658;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211074;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:19:20:0:0 chr8 38684853 . T C 1518.9 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416174;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.669;QD=59.5648;RBI=0.0416328;REFB=0;REVB=-0.00113154;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012615;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:61:41:0:0:61:41:0:0 chr8 38695996 . T C 374.23 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475935;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.155;QD=55.442;RBI=0.0591465;REFB=0;REVB=0.0351164;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677739;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr8 38707452 . A T 732.71 PASS AF=0.888889;AO=56;DP=63;FAO=56;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0165974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0406;QD=46.521;RBI=0.0233406;REFB=-0.0250934;REVB=-0.0164107;RO=6;SAF=32;SAR=24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132276;STB=0.516123;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0147627;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:6:7:56:56:0.888889:24:32:3:3:24:32:3:4 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1193.68 PASS AF=1,0;AO=78,4;DP=88;FAO=86,0;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687159,-0.0150914;FXX=0.0227247;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.9644,146.98;QD=55.52;RBI=0.135183,0.0526402;REFB=0,0;REVB=0.116416,-0.0504305;RO=3;SAF=38,0;SAR=40,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0359085,-0.782218;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00376187,0;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:78,4:88:86,0:86:0:41,0:45,0:0:0:6:3:38,0:40,4:3:0 chr8 38835666 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.526;QD=53.2771;RBI=0.0123384;REFB=0;REVB=0.0094021;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60217e-05;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr8 38848850 . C T 879.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.102;QD=57.641;RBI=0.0378892;REFB=0;REVB=0.0340834;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39432e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:30:25:0:0:34:27:0:0 chr8 38964647 . G A 1176.74 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017366;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.916;QD=61.1295;RBI=0.0189448;REFB=0;REVB=0.00757136;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258568;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr8 38965271 . C T 2048.93 PASS AF=0.940789;AO=143;DP=152;FAO=143;FDP=152;FR=.;FRO=9;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0356414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.35;QD=53.9193;RBI=0.0556429;REFB=-0.124664;REVB=0.0427297;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.529028;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000699468;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:152:152:0:9:143:143:0.940789:70:73:0:0:70:73:9:0 chr8 39080632 . C G 1695.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.536;QD=60.5442;RBI=0.0490933;REFB=0;REVB=-0.0408189;RO=0;SAF=44;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15358e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:68:44:0:0:68:44:0:0 chr8 39091526 . T C 1283.47 PASS AF=0.642045;AO=110;DP=175;FAO=113;FDP=176;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=101;FSRF=11;FSRR=52;FWDB=0.0455588;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.26;QD=29.1698;RBI=0.0529551;REFB=-0.0175952;REVB=0.0269934;RO=64;SAF=9;SAR=101;SRF=12;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194749;STB=0.558536;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0183991;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:64:63:110:113:0.642045:101:9:12:52:101:12:11:52 chr8 39128387 . C T 132.31 PASS AF=0.357143;AO=7;DP=26;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0453254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.769;QD=18.9016;RBI=0.0468756;REFB=-0.043356;REVB=-0.0119554;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0641206;OID=.;OPOS=39128387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:26:28:11:13:7:10:0.357143:3:4:5:6:5:5:6:7 chr8 39311600 . C T 2147.54 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00457648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.131;QD=61.3583;RBI=0.0494502;REFB=-0.146979;REVB=-0.049238;RO=2;SAF=80;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222039;STB=0.501168;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00193592;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:2:2:138:138:0.985714:58:80:1:1:58:80:1:1 chr8 39312886 . G A 401.92 PASS AF=0.40678;AO=41;DP=112;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.000500875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.337;QD=13.6243;RBI=0.00261727;REFB=-0.0236977;REVB=0.0025689;RO=64;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115595;STB=0.570795;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.026153;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:64:70:41:48:0.40678:18:23:29:35:21:27:31:39 chr8 39312965 . CA C 509.31 PASS AF=0.525;AO=77;DP=161;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0291108;FXX=0.0184038;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.0414;QD=12.7327;RBI=0.0517441;REFB=0.0367831;REVB=0.0427786;RO=73;SAF=31;SAR=46;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=-0.165495;STB=0.577226;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=-0.0311124;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525:77:161:84:160:76:35:49:44:32:99:73:31:46:43:30 chr8 39331031 . T C 178.9 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0202909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.986;QD=15.2257;RBI=0.0326814;REFB=0.0095905;REVB=-0.0256193;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639693;STB=0.536874;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0075007;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:13:15:9:10:13:15 chr8 39331093 . T C 156.39 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0129587;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.005;QD=12.0297;RBI=0.0195814;REFB=-0.0190161;REVB=-0.0146801;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876776;STB=0.550968;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0503242;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:13:20:10:9:13:20 chr8 39634625 . C A 70.3 PASS AF=0.138614;AO=14;DP=101;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=27;FWDB=-0.0210169;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.731;QD=2.78416;RBI=0.0247269;REFB=-0.00358386;REVB=-0.0130273;RO=84;SAF=8;SAR=6;SRF=59;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17636;STB=0.607001;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0254009;OID=.;OPOS=39634625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:101:101:84:87:14:14:0.138614:6:8:59:25:6:8:60:27 chr8 39862881 . C T 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00389908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.097;QD=8.1036;RBI=0.00863652;REFB=-0.00338687;REVB=-0.00770627;RO=48;SAF=13;SAR=7;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133403;STB=0.567702;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00694664;OID=.;OPOS=39862881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:50:20:20:0.285714:7:13:26:22:7:13:28:22 chr8 39872866 . A C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8832;QD=57.1754;RBI=0.0151201;REFB=0;REVB=0.0145265;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53108e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr8 39872935 . T A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.846;QD=57.8833;RBI=0.0284616;REFB=0;REVB=0.00887248;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10863e-05;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr8 39873478 . T C 137.57 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8514;QD=39.3049;RBI=0.0300232;REFB=-0.133203;REVB=0.00786868;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0122932;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:1:0:6:7:1:0 chr8 40011079 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.983;QD=56.7062;RBI=0.023241;REFB=0;REVB=-0.00526838;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001835;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr8 40012684 . C G 1012.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337105;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.366;QD=59.5574;RBI=0.034012;REFB=0;REVB=0.00451852;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30964e-05;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr8 41391704 . A G 498.25 PASS AF=0.386207;AO=56;DP=145;FAO=56;FDP=145;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00349519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1908;QD=13.7449;RBI=0.00515222;REFB=-0.00438799;REVB=0.00378536;RO=89;SAF=33;SAR=23;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163625;STB=0.592587;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00762774;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:89:89:56:56:0.386207:23:33:39:50:23:33:39:50 chr8 41391761 . A T 198.96 PASS AF=0.288462;AO=28;DP=97;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.012792;FXX=0.0280348;HRUN=8;LEN=1;MLLD=36.8481;QD=7.65239;RBI=0.0176265;REFB=-0.021701;REVB=-0.0121267;RO=69;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137824;STB=0.5619;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0315598;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:104:69:74:28:30:0.288462:13:15:29:40:14:16:33:41 chr8 41399354 . G A 93.77 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0206404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.664;QD=10.7168;RBI=0.0216656;REFB=-0.00189125;REVB=-0.00658596;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465625;STB=0.791375;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00542498;OID=.;OPOS=41399354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:35:23:23:12:12:0.342857:1:11:15:8:1:11:15:8 chr8 41507970 . C T 388.9 PASS AF=0.322785;AO=51;DP=159;FAO=51;FDP=158;FR=.;FRO=107;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.0327221;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7424;QD=9.84568;RBI=0.0336752;REFB=-0.00114979;REVB=-0.00795494;RO=107;SAF=25;SAR=26;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497534;STB=0.528759;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00369049;OID=.;OPOS=41507970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:107:107:51:51:0.322785:26:25:57:50:26:25:57:50 chr8 41512648 . GGTGT G,GGT 127.09 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,9;DP=12;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327413,0.0533424;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,2;MLLD=80.9948,85.9918;QD=42.3647;RBI=0.0587959,0.0890207;REFB=0,0;REVB=-0.0488361,0.071269;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.107949,0.0112613;OID=.,.;OPOS=41512649,41512649;OREF=GTGT,GT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:2,9:12:2,10:12:0:0,1:2,9:0:0:10:0:0,1:2,8:0:0 chr8 41517958 . A AG 1613.02 PASS AF=1;AO=154;DP=197;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.1936;QD=34.8762;RBI=0.14271;REFB=0;REVB=0.0186566;RO=32;SAF=68;SAR=86;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000693606;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:154:197:185:185:0:79:106:0:0:36:32:68:86:22:10 chr8 41519462 . A G 332.35 PASS AF=0.682927;AO=29;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00026655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.133;QD=32.424;RBI=0.0163059;REFB=-0.0497884;REVB=0.0163037;RO=12;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923061;STB=0.565172;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0196609;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:12:13:29:28:0.682927:17:12:3:9:16:12:3:10 chr8 41521663 . T C 549.22 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0278598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4735;QD=29.2915;RBI=0.0278625;REFB=-0.00954599;REVB=0.000384868;RO=26;SAF=23;SAR=26;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441308;STB=0.523955;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00653326;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:26:23:14:12:26:23:14:12 chr8 41525914 . C T 336.5 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0579091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7336;QD=14.7913;RBI=0.0595349;REFB=-0.00406092;REVB=0.0138183;RO=54;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116531;STB=0.506604;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00695258;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:23:14:21:33:23:14:21:33 chr8 41581149 . G A 142.13 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0139109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.703;QD=8.36077;RBI=0.0201675;REFB=-0.0238697;REVB=0.0146018;RO=45;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713245;STB=0.520689;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.040804;OID=.;OPOS=41581149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:48:20:20:0.294118:9:11:22:23:9:11:25:23 chr8 41583294 . C T 740.93 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00366902;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.747;QD=54.8833;RBI=0.0151502;REFB=-0.0588766;REVB=0.0146992;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00105197;OID=.;OPOS=41583294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:19:34:0:1:19:34:0:1 chr8 41787705 . CTCATT C 191.56 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405496;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=304.969;QD=47.8903;RBI=0.0415901;REFB=0;REVB=0.00924487;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000161301;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:16:16:0:9:7:0:0:4:0:8:7:0:0 chr8 41791283 . G A 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0133746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5651;QD=16.5613;RBI=0.03335;REFB=-0.00914759;REVB=0.0305506;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25855;STB=0.645463;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00603112;OID=.;OPOS=41791283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:10:17:11:20:10:17:11:20 chr8 41798417 . C T 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0224851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.533;QD=14.8438;RBI=0.0266664;REFB=-0.0144012;REVB=-0.014336;RO=58;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212189;STB=0.627529;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0174209;OID=.;OPOS=41798417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:60:44:44:0.423077:18:26:22:36:18:26:22:38 chr8 41906095 . A G 231.57 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0050946;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0559;QD=12.1877;RBI=0.00619;REFB=-0.0121371;REVB=-0.00351585;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272403;STB=0.656142;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0291984;OID=.;OPOS=41906095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:17:11:31:17:17:11:31:17 chr8 42013563 . T TATG 781.19 PASS AF=0.95;AO=56;DP=61;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00262261;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.421;QD=52.0792;RBI=0.00481438;REFB=-0.00664475;REVB=0.00403734;RO=3;SAF=29;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463114;STB=0.524582;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=9.71935e-05;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:56:61:57:60:3:29:28:3:0:11:3:29:27:3:0 chr8 42587464 . C T 382.5 PASS AF=0.704545;AO=26;DP=46;FAO=31;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0451389;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.144;QD=34.773;RBI=0.0469755;REFB=-0.033919;REVB=0.013007;RO=14;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867031;STB=0.512735;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.016922;OID=.;OPOS=42587464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:14:13:26:31:0.704545:18:8:6:8:18:13:6:7 chr8 42882555 . A ATTTGT 887.32 PASS AF=0.890411;AO=59;DP=75;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00149842;FXX=0.0640943;HRUN=3;LEN=5;MLLD=271.608;QD=48.6201;RBI=0.0168615;REFB=-0.033929;REVB=-0.0167948;RO=9;SAF=39;SAR=20;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879176;STB=0.527464;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.00264375;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890411:59:75:65:73:8:40:25:3:5:36:9:39:20:3:6 chr8 43008199 . GAA AAG,AGA,GA,G 93.06 PASS AF=0,0.157895,0.789474,0.0263158;AO=2,3,12,4;DP=35;FAO=0,6,30,1;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,13,1;FSAR=0,6,17,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202153,0.0463633,0.118001,0.0469502;FXX=0.0256345;HRUN=1,1,11,11;LEN=3,2,1,2;MLLD=23.5778,13.7161,3.20018,6.44247;QD=9.7962;RBI=0.0858475,0.151525,0.276763,0.162037;REFB=0.192153,0.374497,0.630617,0.371431;REVB=-0.0834334,-0.144258,-0.250346,-0.155086;RO=6;SAF=0,1,4,2;SAR=2,2,8,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.658493,-0.317885,-0.203483,-0.156622;STB=0.5,0.5,0.514276,0.989913;STBP=1,1,0.534,0.496;TYPE=mnp,mnp,del,del;VARB=0,-0.240229,0.0963669,-0.0456019;OID=.,.,.,.;OPOS=43008199,43008199,43008200,43008200;OREF=GAA,GA,A,AA;OALT=AAG,AG,-,-;OMAPALT=AAG,AGA,GA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:26:35:38:6:1:2,3,12,4:0,6,30,1:0,0.157895,0.789474,0.0263158:2,2,8,2:0,1,4,2:4:2:0,6,17,0:0,0,13,1:0:1 chr8 43054553 . T C 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.835;QD=57.8756;RBI=0.0208183;REFB=0;REVB=0.0171207;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13465e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr8 46951721 . C G 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0216242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1606;QD=15.2184;RBI=0.0234422;REFB=-0.00210915;REVB=0.00905161;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328845;STB=0.508353;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00350115;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:11:20:27:13:11:20:27:14 chr8 46951809 . G A 132.87 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00748355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6792;QD=18.3269;RBI=0.122958;REFB=-0.0190313;REVB=0.12273;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0130806;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:12:13:0.448276:5:7:5:7:6:7:5:9 chr8 46951813 . G T 122.87 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0284823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.266;QD=16.3832;RBI=0.0476378;REFB=-0.0176083;REVB=-0.0381853;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.592443;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0262579;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:11:12:0.4:6:5:5:8:6:6:5:10 chr8 47979781 . G C 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2274;QD=60.1977;RBI=0.0203553;REFB=0;REVB=-0.0184494;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224163;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr8 48102786 . C T 1018.12 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1588;QD=59.0217;RBI=0.026867;REFB=0;REVB=-0.019493;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253102;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:32:37:0:0 chr8 48102987 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.453;QD=54.5102;RBI=0.0765395;REFB=0;REVB=0.0754442;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076445;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr8 48104722 . G T 937.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2104;QD=58.5919;RBI=0.0330182;REFB=0;REVB=-0.0213042;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243623;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr8 48885436 . T A 1171.33 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00397623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.053;QD=57.138;RBI=0.017075;REFB=-0.0609486;REVB=0.0166056;RO=2;SAF=26;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350236;STB=0.513847;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000430537;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:2:3:79:79:0.963415:53:26:2:0:53:26:2:1 chr8 49375958 . T C 534.11 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00602073;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.347;QD=26.0542;RBI=0.00757673;REFB=0.00213675;REVB=-0.00459975;RO=29;SAF=33;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659481;STB=0.543341;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00119743;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:33:49:49:0.597561:16:33:17:12:16:33:19:14 chr8 50242815 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0215692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5785;QD=17.1569;RBI=0.0763397;REFB=0.000631322;REVB=-0.0732292;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117085;STB=0.534843;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00172184;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:15:17:0.459459:8:7:7:13:10:7:7:13 chr8 50242991 . G T 931.55 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048558;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.929;QD=59.1461;RBI=0.00824883;REFB=0;REVB=0.00666816;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000556574;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr8 51571172 . G A 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6744;QD=46.8378;RBI=0.046991;REFB=0;REVB=0.0468256;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188156;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr8 52232487 . G T 70.74 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.038173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2521;QD=7.25487;RBI=0.0754162;REFB=-0.000207588;REVB=-0.0650417;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169236;STB=0.510617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00609465;OID=.;OPOS=52232487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:12:17:6:4:12:17 chr8 52233408 . C T 356.72 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00238412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.887;QD=11.415;RBI=0.0121327;REFB=-0.014785;REVB=-0.0118961;RO=81;SAF=21;SAR=23;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921294;STB=0.505284;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0236758;OID=.;OPOS=52233408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:81:44:44:0.352:23:21:38:43:23:21:38:43 chr8 52321243 . T C 494.46 PASS AF=0.348571;AO=61;DP=175;FAO=61;FDP=175;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.00289038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.594;QD=11.302;RBI=0.00765266;REFB=-0.0074118;REVB=-0.00708583;RO=113;SAF=16;SAR=45;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268025;STB=0.652121;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0142887;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:113:114:61:61:0.348571:45:16:54:59:45:16:54:60 chr8 52321686 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0010869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.86;QD=17.1564;RBI=0.0065109;REFB=-0.0257424;REVB=-0.00641953;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631633;STB=0.863953;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0183505;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:2:15:5:15:2:15:5:15 chr8 52325767 . T G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0179896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.03;QD=11.6279;RBI=0.0180987;REFB=-0.0111731;REVB=-0.0019835;RO=46;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557715;STB=0.503223;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0218201;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:12:14:25:21:12:14:25:21 chr8 52325796 . G A 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.052494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0614;QD=10.562;RBI=0.0535972;REFB=0.00137071;REVB=-0.0108188;RO=49;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799117;STB=0.5466;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00421996;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:11:14:24:25:11:14:24:25 chr8 52366200 . G A 901.38 PASS AF=0.546584;AO=88;DP=161;FAO=88;FDP=161;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00756864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.181;QD=22.3945;RBI=0.0200892;REFB=-0.0051744;REVB=0.0186089;RO=73;SAF=41;SAR=47;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011565;STB=0.506315;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00414923;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:73:73:88:88:0.546584:47:41:33:40:47:41:33:40 chr8 52366217 . G A 919.39 PASS AF=0.572414;AO=83;DP=146;FAO=83;FDP=145;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0129767;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.942;QD=25.3624;RBI=0.0130726;REFB=-0.0213267;REVB=0.0015805;RO=62;SAF=38;SAR=45;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332375;STB=0.51119;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0133858;OID=.;OPOS=52366217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:62:62:83:83:0.572414:45:38:31:31:45:38:30:32 chr8 52366300 . A G 529.34 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0171662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.135;QD=27.8598;RBI=0.0466779;REFB=0.0175625;REVB=-0.0434068;RO=28;SAF=28;SAR=20;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417805;STB=0.522718;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0130112;OID=.;OPOS=52366300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:48:48:0.631579:20:28:18:10:20:28:18:10 chr8 52396241 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0122741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.418;QD=14.6503;RBI=0.0122765;REFB=-0.00651346;REVB=0.000244164;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389248;STB=0.522165;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0112119;OID=.;OPOS=52396241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:11:20:14:9:11:20 chr8 52730521 . C T 1096.03 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.443;QD=58.4549;RBI=0.0354418;REFB=0.0469218;REVB=0.0139335;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00066532;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:72:74:0.986667:41:31:0:1:43:31:0:1 chr8 52730864 . T C 367.82 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.022487;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.101;QD=34.2158;RBI=0.0238229;REFB=-0.0245267;REVB=-0.00786527;RO=12;SAF=17;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122319;STB=0.578001;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0126955;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:12:13:30:30:0.697674:13:17:4:8:13:17:4:9 chr8 52731975 . C A 40.07 PASS AF=0.14;AO=6;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00201637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.564;QD=3.20588;RBI=0.00474074;REFB=3.12791e-05;REVB=-0.00429055;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135709;STB=0.571225;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000435413;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:50:43:43:6:7:0.14:3:3:21:22:3:4:21:22 chr8 52733050 . T A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0415746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.57;QD=13.9478;RBI=0.0448123;REFB=-0.00419177;REVB=0.016724;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342576;STB=0.519976;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00703027;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:13:4:7:20:13:4:7:20 chr8 52746153 . C T 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00566252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.361;QD=9.37489;RBI=0.0732767;REFB=-0.00418255;REVB=-0.0730576;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156342;STB=0.59224;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00496711;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:9:10:16:25:9:10:16:25 chr8 53025605 . TTA T,TT,TTT 430.54 PASS AF=0,0.640625,0;AO=8,30,3;DP=69;FAO=0,41,0;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=0,20,0;FSAR=0,21,0;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0265893,0.024255,0.0203316;FXX=0.0447694;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=274.142,283.519,278.834;QD=26.9086;RBI=0.031154,0.0284531,0.0244225;REFB=-0.0253511,-0.0239959,-0.0222542;REVB=0.0162352,0.0148753,0.0135308;RO=26;SAF=1,16,1;SAR=7,14,2;SRF=8;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.319762,0.187279,0.0312409;STB=0.5,0.581891,0.5;STBP=1,0.102,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00516031,0.0199096,0;OID=.,.,.;OPOS=53025606,53025607,53025607;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.640625,0:8,30,3:69:0,41,0:64:23:0,20,0:0,21,0:6:17:99:26:1,16,1:7,14,2:8:18 chr8 53586706 . A G 1046.22 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.806;QD=58.1233;RBI=0.0563067;REFB=-0.137216;REVB=0.0328146;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103937;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000618211;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:26:45:1:0:26:45:1:0 chr8 54745538 . C G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.412;QD=58.5998;RBI=0.0206601;REFB=0;REVB=0.0184736;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226372;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr8 55539057 . G A 94.14 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00747578;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.057;QD=9.65579;RBI=0.00775024;REFB=-0.00405146;REVB=-0.00204422;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046513;STB=0.528254;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00512323;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:10:17:8:4:10:17 chr8 55541450 . G A 262.25 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0125716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.553;QD=14.5696;RBI=0.0222487;REFB=-0.00823682;REVB=0.0183564;RO=41;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272832;STB=0.645068;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0122277;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:41:41:29:31:0.430556:10:19:16:25:11:20:16:25 chr8 55541513 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0177604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.934;QD=17.6173;RBI=0.0314826;REFB=-0.00829601;REVB=0.0259947;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164399;STB=0.592757;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00725999;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:11:16:10:14:11:16 chr8 55541617 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0113937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.679;QD=17.9561;RBI=0.0150523;REFB=-0.0219678;REVB=-0.00983641;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205582;STB=0.618883;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0200827;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:13:3:6:11:13:3:6:11 chr8 55542244 . A G 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00185278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.667;QD=6.0294;RBI=0.0018658;REFB=-0.00175938;REVB=0.000220042;RO=49;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220959;STB=0.63811;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00715814;OID=.;OPOS=55542244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:5:10:24:25:5:10:24:25 chr8 55586495 . C T 556.24 PASS AF=0.530612;AO=50;DP=95;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0647303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2917;QD=22.7037;RBI=0.066017;REFB=-0.0367856;REVB=-0.0129703;RO=45;SAF=16;SAR=34;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764021;STB=0.544466;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0286805;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:45:46:50:52:0.530612:34:16:18:27:36:16:18:28 chr8 55632762 . C T 564.53 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00758316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.302;QD=22.1386;RBI=0.00923124;REFB=-0.0129465;REVB=0.00526417;RO=46;SAF=30;SAR=26;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424981;STB=0.523297;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0110229;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:26:30:27:19:26:30:27:19 chr8 56076708 . TTGC T 128.69 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00388766;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=267.983;QD=10.2949;RBI=0.0287719;REFB=-0.0114609;REVB=0.028508;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157788;STB=0.59146;STBP=0.284;TYPE=del;VARB=0.0150974;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:20:49:21:50:29:14:7:15:14:99:28:13:7:14:14 chr8 56076791 . G A 330.12 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0294641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.204;QD=18.34;RBI=0.0353605;REFB=-0.00812501;REVB=0.0195509;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114395;STB=0.57026;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00864486;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:35:35:0.486111:19:16:21:15:19:16:22:15 chr8 56651746 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00311178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.155;QD=15.2589;RBI=0.0169494;REFB=-0.0126536;REVB=0.0166613;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00934281;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:4:2:5:2:4:2 chr8 56652048 . CAT C 1436.26 PASS AF=0.545098;AO=138;DP=260;FAO=139;FDP=255;FR=.;FRO=116;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.00596916;FXX=0.0154434;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.434;QD=22.5296;RBI=0.0193669;REFB=-0.0175519;REVB=0.0184241;RO=117;SAF=83;SAR=55;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076442;STB=0.541163;STBP=0.131;TYPE=del;VARB=0.0127323;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545098:138:260:139:255:116:83:56:59:57:99:117:83:55:60:57 chr8 56657801 . C T 248.24 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00246799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8974;QD=16.2782;RBI=0.0255882;REFB=0.00595791;REVB=-0.0254689;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546039;STB=0.530784;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00870885;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:16:17:16:12:16:17 chr8 56686224 . T C 1048.01 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00549223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5321;QD=58.2229;RBI=0.00895978;REFB=-0.047908;REVB=0.00707905;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129547;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00289702;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:36:35:0:1:36:35:0:1 chr8 56821700 . T G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.007934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.321;QD=14.6858;RBI=0.0210949;REFB=-0.00926092;REVB=-0.019546;RO=43;SAF=9;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286173;STB=0.662905;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0109223;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:22:9:24:19:22:9:24:19 chr8 56821795 . T G 418.41 PASS AF=0.467391;AO=40;DP=90;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00747061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.432;QD=18.1916;RBI=0.00793613;REFB=-0.0229383;REVB=-0.00267808;RO=48;SAF=10;SAR=30;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363851;STB=0.684454;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0203881;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:48:49:40:43:0.467391:30:10:29:19:31:12:30:19 chr8 56821809 . C T 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.000421408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.142;QD=19.3148;RBI=0.009949;REFB=-0.00137826;REVB=-0.00994007;RO=46;SAF=14;SAR=30;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291498;STB=0.667264;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00146415;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:30:14:29:17:30:14:30:17 chr8 56821945 . G A 319.8 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0122151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6102;QD=18.5393;RBI=0.0667546;REFB=0.00356018;REVB=0.0656275;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527762;STB=0.522171;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00266072;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:18:16:18:16:18:16:18:17 chr8 56821963 . T C 121.15 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.185475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5631;QD=7.34226;RBI=0.185557;REFB=-0.00578957;REVB=-0.00551142;RO=33;SAF=1;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663282;STB=0.943951;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00475245;OID=.;OPOS=56821963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:48:18:18:0.272727:17:1:17:16:17:1:32:16 chr8 57285647 . T G 316.7 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00975673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.53;QD=12.9266;RBI=0.0434577;REFB=-0.0186313;REVB=0.0423483;RO=62;SAF=24;SAR=12;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138559;STB=0.579665;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0317483;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:12:24:34:28:12:24:34:28 chr8 57294571 . C G 84.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00600153;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.313;QD=8.28827;RBI=0.0208818;REFB=-0.00377447;REVB=0.0200008;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114211;STB=0.508912;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0105654;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:42:41:28:30:11:11:0.268293:5:6:15:13:5:6:16:14 chr8 57358251 . C T 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0495761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.1;QD=24.4927;RBI=0.0691795;REFB=-0.0433628;REVB=0.0482494;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.57136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0293803;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:9:6:12:9:9:6 chr8 57829649 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00861627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.098;QD=8.81109;RBI=0.0430802;REFB=-0.0107775;REVB=0.0422097;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165502;STB=0.605667;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0126733;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:8:3:1:5:8:3 chr8 57872679 . T C 167.34 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0143538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2867;QD=23.081;RBI=0.0264136;REFB=-0.00911247;REVB=-0.0221731;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035106;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00722579;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:10:7:4:7:10:7:5:7 chr8 57876282 . C A 642.21 PASS AF=0.679012;AO=55;DP=81;FAO=55;FDP=81;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0247954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0369;QD=31.7139;RBI=0.0317123;REFB=0.00226464;REVB=0.0197702;RO=26;SAF=30;SAR=25;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420434;STB=0.522719;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000883059;OID=.;OPOS=57876282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:26:26:55:55:0.679012:25:30:16:10:25:30:16:10 chr8 58039269 . A G 517.57 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0210587;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.862;QD=17.6948;RBI=0.0425236;REFB=-0.0161311;REVB=-0.0369431;RO=62;SAF=29;SAR=26;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202213;STB=0.511232;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0208101;OID=.;OPOS=58039269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:62:62:55:55:0.470085:26:29:34:28:26:29:34:28 chr8 59329438 . A G 593.02 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0278372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1328;QD=20.6267;RBI=0.0472738;REFB=-0.00582182;REVB=-0.0382086;RO=55;SAF=27;SAR=33;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765559;STB=0.542059;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00523191;OID=.;OPOS=59329438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:33:27:20:35:33:27:20:35 chr8 59512334 . G A 1513.22 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.025;QD=59.9296;RBI=0.0400294;REFB=0;REVB=0.0339049;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99419e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:51:49:0:0:51:50:0:0 chr8 61488824 . T C 341.12 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00640468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.389;QD=14.0666;RBI=0.0204938;REFB=-0.00645595;REVB=0.0194673;RO=58;SAF=16;SAR=22;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156861;STB=0.593903;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.012589;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:59:38:38:0.391753:22:16:33:25:22:16:34:25 chr8 61488859 . A G 372.77 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0174682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9924;QD=14.3371;RBI=0.0174699;REFB=-0.0143143;REVB=-0.000243487;RO=60;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875405;STB=0.553945;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.019947;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:61:43:43:0.413462:23:20:33:27:23:20:34:27 chr8 61734625 . A G 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.019935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.098;QD=8.43609;RBI=0.0271483;REFB=-0.00428699;REVB=-0.018429;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108062;STB=0.564452;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00825656;OID=.;OPOS=61734625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:9:11:22:26:9:11:22:26 chr8 62544419 . G A 188.6 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0183589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.241;QD=11.606;RBI=0.0309667;REFB=-0.0128025;REVB=0.0249377;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401708;STB=0.543527;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0246227;OID=.;OPOS=62544419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:41:24:24:0.369231:11:13:22:16:11:13:25:16 chr8 62544428 . G T 236.63 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.022489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.415;QD=15.7753;RBI=0.0258289;REFB=-0.0170474;REVB=-0.0127034;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452043;STB=0.526562;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0167664;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:33:26:27:0.45:11:15:17:15:11:16:18:15 chr8 62566181 . G A 136.28 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0108196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.161;QD=6.98895;RBI=0.0114644;REFB=-0.000889458;REVB=-0.00379064;RO=58;SAF=13;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206972;STB=0.626174;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00460602;OID=.;OPOS=62566181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:7:13:28:30:7:13:28:30 chr8 62595068 . C T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0333859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.574;QD=20.8113;RBI=0.0337473;REFB=-0.00990096;REVB=-0.00492595;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.565658;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0162662;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:8:15:12:11:8:15 chr8 63659610 . G A 2200.36 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0040891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.114;QD=62.4217;RBI=0.0394848;REFB=-0.0254034;REVB=0.0392725;RO=1;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629761;STB=0.503311;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000275708;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:75:65:0:1:75:65:0:1 chr8 63775855 . CT C 151.67 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00853913;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.97;QD=18.3848;RBI=0.0227969;REFB=-0.01959;REVB=0.0211372;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154133;STB=0.588363;STBP=0.344;TYPE=del;VARB=0.020016;OID=.;OPOS=63775856;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:16:35:16:33:17:11:5:9:8:99:17:11:5:9:8 chr8 63942717 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0538114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.104;QD=14.0965;RBI=0.0568235;REFB=-0.00418338;REVB=-0.0182551;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264132;STB=0.654398;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00675743;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:5:9:4:7:5:9 chr8 63951237 . C T 69.6 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0238643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2759;QD=6.47448;RBI=0.0240428;REFB=-0.0071539;REVB=-0.00292466;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462953;STB=0.529354;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0411823;OID=.;OPOS=63951237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:6:4:12:21:6:4:12:21 chr8 63978658 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAAT 206.44 PASS AF=0.973684,0,0.0263158;AO=21,2,4;DP=38;FAO=37,0,1;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,1;FSAR=22,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104581,-0.0428508,0.0519155;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,2;MLLD=8.05268,8.9951,9.87501;QD=21.7304;RBI=0.135669,0.0825459,0.0688895;REFB=-0.03445,-0.0717042,-0.0393808;REVB=0.0864235,0.0705524,0.0452829;RO=6;SAF=7,2,2;SAR=14,0,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.658493,0.156622;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.00847148,0,-0.109752;OID=.,.,.;OPOS=63978659,63978666,63978659;OREF=A,AT,AA;OALT=-,TA,-;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.973684,0,0.0263158:21,2,4:38:37,0,1:38:0:15,0,1:22,0,0:0:0:5:6:7,2,2:14,0,2:2:4 chr8 64098729 . A AG 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247838;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=246.002;QD=61.3756;RBI=0.034859;REFB=0;REVB=0.0245136;RO=2;SAF=42;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.44323e-05;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:82:80:80:0:42:38:0:0:7:2:42:38:2:0 chr8 65290650 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00248336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.74;QD=14.6983;RBI=0.0177399;REFB=-0.0169514;REVB=0.0175652;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108217;STB=0.562834;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0258723;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:11:12:10:6:11:12 chr8 67380528 . T C 296.37 PASS AF=0.409639;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0102965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1061;QD=14.2827;RBI=0.0386811;REFB=0.011736;REVB=0.0372855;RO=49;SAF=21;SAR=11;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204136;STB=0.535449;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0298321;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:49:32:34:0.409639:11:21:33:16:13:21:33:16 chr8 67590460 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00637484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.089;QD=11.882;RBI=0.0284387;REFB=-0.00742589;REVB=-0.027715;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122836;STB=0.572233;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0132798;OID=.;OPOS=67590460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:10:18:8:7:10:18 chr8 67592152 . T C 320.81 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0303988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2857;QD=13.7981;RBI=0.044378;REFB=-0.00310255;REVB=0.0323315;RO=57;SAF=21;SAR=15;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241328;STB=0.513754;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00656653;OID=.;OPOS=67592152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:15:21:32:25:15:21:32:25 chr8 67772011 . T A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0137275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.396;QD=13.4417;RBI=0.0140033;REFB=-0.00329059;REVB=-0.00276553;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.641907;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0056861;OID=.;OPOS=67772011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:6:7:3:7:6:7 chr8 67803141 . G T 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0133438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.018;QD=22.5841;RBI=0.0324155;REFB=0.000862592;REVB=-0.0295417;RO=32;SAF=26;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136028;STB=0.582444;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00107844;OID=.;OPOS=67803141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:15:26:15:17:15:26:15:18 chr8 68110139 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.014445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.979;QD=13.7526;RBI=0.0167938;REFB=-0.0055913;REVB=0.00856583;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964467;STB=0.52171;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00919856;OID=.;OPOS=68110139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:6:9:13:9:6:9:13:10 chr8 68494981 . C CATT 660.27 PASS AF=0.503817;AO=60;DP=133;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.000973416;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.111;QD=20.1608;RBI=0.0155454;REFB=-0.0132175;REVB=-0.0155149;RO=64;SAF=37;SAR=23;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238214;STB=0.61646;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0140489;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.503817:60:133:66:131:65:39:27:23:42:99:64:37:23:23:41 chr8 68536470 . A G 370.93 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0211513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.465;QD=27.9944;RBI=0.0212123;REFB=-0.0216308;REVB=0.00160831;RO=18;SAF=14;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436635;STB=0.523796;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0121198;OID=.;OPOS=68536470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:21:14:6:12:21:14:6:12 chr8 68864728 . G A 317.65 PASS AF=0.492958;AO=30;DP=66;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0374922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.468;QD=17.8956;RBI=0.0418986;REFB=-0.048497;REVB=0.0187037;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10001;STB=0.520956;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0477293;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:35:36:30:35:0.492958:16:14:20:15:17:18:20:16 chr8 68968166 . C A 577.81 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00293157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.458;QD=18.49;RBI=0.00672944;REFB=-0.0179916;REVB=-0.00605733;RO=64;SAF=29;SAR=31;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868866;STB=0.543493;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0210467;OID=.;OPOS=68968166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:65:60:60:0.48:31:29:25:39:31:29:26:39 chr8 68968171 . G A 517.45 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00260523;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.272;QD=16.6919;RBI=0.00537849;REFB=-0.0170551;REVB=0.00470541;RO=65;SAF=28;SAR=28;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111579;STB=0.583495;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0240534;OID=.;OPOS=68968171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:65:68:56:56:0.451613:28:28:25:40:26:30:26:42 chr8 69012364 . G A 1608.25 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00314411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.099;QD=59.0184;RBI=0.00568887;REFB=0.021225;REVB=-0.00474109;RO=1;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958853;STB=0.50505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-8.04255e-05;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:49:59:0:1:49:59:0:1 chr8 69020496 . T C 915.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130282;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7538;QD=57.2352;RBI=0.0360827;REFB=0;REVB=0.0336486;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777942;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:64:1:0:64:64:1:39:25:0:1:39:25:0:0 chr8 69021701 . G T 64.34 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00426639;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.811;QD=4.76621;RBI=0.0249174;REFB=0.000335062;REVB=-0.0245495;RO=42;SAF=8;SAR=2;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366774;STB=0.747436;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00120173;OID=.;OPOS=69021701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:56:54:42:44:10:10:0.185185:2:8:22:20:2:8:23:21 chr8 69136871 . T A 433.38 PASS AF=0.52381;AO=42;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0135998;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.281;QD=20.6373;RBI=0.0296916;REFB=-0.0124324;REVB=0.0263938;RO=37;SAF=16;SAR=26;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269243;STB=0.63611;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0218233;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:40:42:44:0.52381:26:16:26:11:26:18:28:12 chr8 69143589 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00457948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.993;QD=19.9928;RBI=0.0081411;REFB=-0.00228889;REVB=-0.00673097;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590749;STB=0.533303;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00148703;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:10:13:11:11:10:13 chr8 69218620 . C T 136.78 PASS AF=0.46875;AO=8;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0322056;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.84;QD=17.098;RBI=0.0323145;REFB=-0.0188918;REVB=-0.00265035;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226511;STB=0.655546;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0194009;OID=.;OPOS=69218620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:17:8:15:0.46875:4:4:10:4:8:7:13:4 chr8 69699756 . G A 239.54 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.104862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1936;QD=20.3865;RBI=0.106796;REFB=-0.00750738;REVB=-0.0202291;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403423;STB=0.532319;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00851662;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:24:22:23:0.489362:11:11:10:12:11:12:11:13 chr8 69730432 . G A,T 491.27 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262816,0.00919032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.5467,176.193;QD=57.7966;RBI=0.0732743,0.0175404;REFB=0,0;REVB=-0.0683988,-0.01494;RO=0;SAF=18,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00734251,0.0273999;OID=.,.;OPOS=69730432,69730432;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:14,0:18,2:0:0:14,0:18,2:0:0 chr8 69730488 . G C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.35;QD=56.9375;RBI=0.0186934;REFB=0;REVB=0.0105183;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28475e-05;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr8 70072423 . G A 450.61 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0081569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5527;QD=19.1748;RBI=0.0111115;REFB=-0.0248267;REVB=-0.00754523;RO=48;SAF=19;SAR=26;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453236;STB=0.529571;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0221341;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:26:19:18:30:26:19:18:31 chr8 70571313 . G A 169.01 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0214849;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1685;QD=15.3645;RBI=0.0278694;REFB=-0.0201131;REVB=-0.0177511;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787827;STB=0.545404;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0202683;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:11:15:9:9:11:15 chr8 70571531 . G A 245.13 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0154836;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.935;QD=23.3456;RBI=0.023304;REFB=-0.00893461;REVB=0.0174166;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813913;STB=0.545415;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00710892;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:11:8:12:11:11:8 chr8 70573004 . G A 541.6 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000659606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.707;QD=30.5129;RBI=0.0364501;REFB=-0.015141;REVB=0.0364442;RO=21;SAF=28;SAR=20;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687867;STB=0.506022;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00782478;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:23:48:48:0.676056:20:28:12:9:20:28:13:10 chr8 70584628 . T C 785.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5439;QD=64.1159;RBI=0.035582;REFB=0;REVB=-0.00577338;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387462;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr8 70602259 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.964;QD=37.4885;RBI=0.014608;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177337;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr8 70602299 . A G 749.16 PASS AF=0.878788;AO=49;DP=67;FAO=58;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0218559;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0477;QD=45.4034;RBI=0.0541622;REFB=0.0205839;REVB=0.0495567;RO=8;SAF=24;SAR=25;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101009;STB=0.556475;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00399944;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:66:8:8:49:58:0.878788:25:24:7:1:34:24:7:1 chr8 70602341 . A G 3742.74 PASS AF=0.965251;AO=249;DP=258;FAO=250;FDP=259;FR=.;FRO=9;FSAF=119;FSAR=131;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00315949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.604;QD=57.8029;RBI=0.0502071;REFB=-0.0234504;REVB=0.0501076;RO=9;SAF=118;SAR=131;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275966;STB=0.51436;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00148387;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:258:259:9:9:249:250:0.965251:131:118:8:1:131:119:8:1 chr8 70602526 . A G 130.19 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00376518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1474;QD=16.2741;RBI=0.00519865;REFB=-0.0388952;REVB=0.00358459;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.590117;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0122421;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:10:4:7:10:11:4:7:10 chr8 70602529 . A G 44.95 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00313731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.243;QD=7.49176;RBI=0.00613718;REFB=0.0129361;REVB=0.00527468;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0159633;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:6:7:0.291667:3:3:7:10:3:4:7:10 chr8 70602538 . T A 227.21 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604488;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.859;QD=50.4916;RBI=0.06167;REFB=0;REVB=-0.0122118;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233676;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr8 70612637 . C A 937.92 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00811707;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.876;QD=56.8438;RBI=0.00960259;REFB=-0.143006;REVB=0.00513059;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000357678;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:28:36:0:0:28:37:0:1 chr8 70612687 . G GA 218.1 PASS AF=1;AO=5;DP=32;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.9434;QD=30.0826;RBI=0.066924;REFB=0;REVB=-0.00360911;RO=27;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00328141;OID=.;OPOS=70612688;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:32:29:29:0:16:13:0:0:4:27:4:1:14:13 chr8 70612692 . G A 278.48 PASS AF=0.827586;AO=23;DP=28;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0305421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8749;QD=38.4116;RBI=0.0348413;REFB=-0.0334114;REVB=0.016766;RO=5;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183856;STB=0.592517;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0421054;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:29:5:5:23:24:0.827586:13:10:5:0:13:11:5:0 chr8 70744812 . G A 195.01 PASS AF=0.316456;AO=23;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0264681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.492;QD=9.87367;RBI=0.145784;REFB=-0.0275005;REVB=-0.143361;RO=41;SAF=22;SAR=1;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58741;STB=0.809356;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0359749;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:54:23:25:0.316456:1:22:28:13:3:22:28:26 chr8 70835081 . C T 547.97 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4977;QD=57.6814;RBI=0.0615477;REFB=-0.149404;REVB=-0.0583021;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.519989;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00298749;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:1:0:25:12:1:0 chr8 70964399 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0308256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.451;QD=21.972;RBI=0.0311608;REFB=-0.0151367;REVB=-0.00455798;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128376;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.016666;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:13:10:9:11:13:10:10:11 chr8 70967607 . T C 150.93 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0829649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3212;QD=19.4752;RBI=0.0842307;REFB=-0.0116349;REVB=0.014548;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142319;STB=0.580547;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0124369;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:10:5:8:8:10:5 chr8 71039118 . C G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0118255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.951;QD=11.8306;RBI=0.0127585;REFB=-0.00594683;REVB=0.00478929;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162248;STB=0.596102;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00912973;OID=.;OPOS=71039118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:7:11:5:6:7:11 chr8 71486568 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.363;QD=42.1826;RBI=0.059402;REFB=0;REVB=0.0582354;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431394;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr8 71575184 . A G 142.13 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.802;QD=43.7313;RBI=0.0104564;REFB=0;REVB=-0.0094993;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139552;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:4:9:0:0 chr8 71646084 . C T 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.004066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.067;QD=26.4606;RBI=0.00497979;REFB=-0.0115931;REVB=0.00287505;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181556;STB=0.599927;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00826179;OID=.;OPOS=71646084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:14:12:4:14:14:12:4:14 chr8 72111599 . A G 723.77 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127887;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.436;QD=56.7662;RBI=0.0130394;REFB=0;REVB=-0.00254437;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55713e-05;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr8 72129009 . G A,C 1044.0 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=66,4;DP=70;FAO=68,4;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156723,0.00546737;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.7437,149.551;QD=57.9998;RBI=0.0180247,0.0303778;REFB=0,0;REVB=0.0179564,-0.0298817;RO=0;SAF=31,2;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.769e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00404075,0.0401462;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:70:72:0:0:66,4:68,4:0.944444,0.0555556:35,2:31,2:0:0:36,1:32,3:0:0 chr8 72383124 . T C 189.81 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00378377;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.362;QD=20.5197;RBI=0.0132295;REFB=-0.0097592;REVB=0.0126769;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252917;STB=0.514271;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00676804;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:8:10:10:9:8:10 chr8 72754502 . G A 677.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.313;QD=61.5601;RBI=0.0240287;REFB=0;REVB=0.0239101;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415385;OID=.;OPOS=72754502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr8 72755647 . C CT 376.16 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065786;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.9337;QD=45.5956;RBI=0.1249;REFB=0;REVB=-0.10617;RO=4;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00387867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00695683;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:33:33:0:17:16:0:0:7:4:15:14:2:2 chr8 72935000 . C CTAA 277.89 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00533106;FXX=0.0416609;HRUN=4;LEN=3;MLLD=280.575;QD=16.1093;RBI=0.0243472;REFB=-0.00951518;REVB=-0.0237564;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740286;STB=0.568582;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=0.0151546;OID=.;OPOS=72935001;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449275:30:71:31:69:38:20:11:20:18:99:34:19:11:19:15 chr8 72935008 . C T 353.03 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0217495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.788;QD=18.5807;RBI=0.0268171;REFB=-0.0210077;REVB=0.015688;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142025;STB=0.57898;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0170874;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:19:18:25:14:19:18:25:14 chr8 72935039 . C T 467.66 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00669973;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.996;QD=18.3394;RBI=0.0157092;REFB=-0.0027123;REVB=0.0142089;RO=48;SAF=27;SAR=22;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086687;STB=0.548907;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00324347;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:52:49:50:0.490196:22:27:31:17:23:27:33:19 chr8 72935045 . G A,C 1594.86 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=4,102;DP=106;FAO=4,104;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=2,62;FSAR=2,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758774,0.00110656;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.073,60.3151;QD=59.0688;RBI=0.0473078,0.0245145;REFB=0,0;REVB=-0.0466953,0.0244895;RO=0;SAF=2,62;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15967,-0.00194046;OID=.,.;OPOS=72935045,72935045;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:106:108:0:0:4,102:4,104:0.037037,0.962963:2,40:2,62:0:0:2,42:2,62:0:0 chr8 72942210 . G T 690.13 PASS AF=1;AO=30;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.614;QD=62.7386;RBI=0.0607352;REFB=0;REVB=0.019272;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385582;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:30:44:1:10:20:0:0:23:21:0:0 chr8 72966002 . G A 817.71 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214354;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2004;QD=57.383;RBI=0.0323271;REFB=0;REVB=-0.0241984;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520885;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr8 72975801 . T G 1022.37 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217707;FXX=0.0270234;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.344;QD=56.7983;RBI=0.0226599;REFB=-0.118556;REVB=-0.00628562;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000316703;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:69:70:0.972222:36:33:0:0:36:34:1:1 chr8 72981327 . A G 1483.14 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00341315;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.772;QD=55.4445;RBI=0.00624422;REFB=-0.064611;REVB=0.00522883;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886897;STB=0.509089;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00037924;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:1:2:103:105:0.981308:53:50:0:1:54:51:0:2 chr8 74005131 . A G 484.37 PASS AF=0.327957;AO=61;DP=186;FAO=61;FDP=186;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=85;FWDB=-0.0467837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0066;QD=10.4166;RBI=0.0489145;REFB=-0.00494165;REVB=-0.01428;RO=121;SAF=30;SAR=31;SRF=36;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22795;STB=0.615893;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00733827;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:121:125:61:61:0.327957:31:30:36:85:31:30:40:85 chr8 74005179 . T G 208.88 PASS AF=0.275229;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=-0.00805444;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.146;QD=7.66516;RBI=0.0189043;REFB=-0.0124446;REVB=-0.0171026;RO=79;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278108;STB=0.663362;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0291116;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:79:30:30:0.275229:14:16:24:55:14:16:24:55 chr8 74153697 . G A 221.71 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.000747471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5156;QD=12.3174;RBI=0.0077928;REFB=-0.0116192;REVB=-0.00775687;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165935;STB=0.509547;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0151385;OID=.;OPOS=74153697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:11:16:26:19:11:16:26:19 chr8 74169337 . T C 281.62 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0237323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5928;QD=12.2444;RBI=0.0907582;REFB=0.0465052;REVB=0.0876004;RO=59;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247358;STB=0.514218;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0779454;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:20:13:22:37:20:13:22:37 chr8 74527996 . C T 400.27 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.859;QD=53.3697;RBI=0.0488591;REFB=-0.17128;REVB=0.025212;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00195889;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:0:1:16:13:0:1 chr8 74581290 . A AG 1143.63 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427276;FXX=0.0253133;HRUN=0;LEN=1;MLLD=211.928;QD=59.4093;RBI=0.0477654;REFB=-0.0687404;REVB=0.0213515;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=ins;VARB=0.000900769;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987013:75:77:76:77:1:39:37:0:1:3:1:38:37:0:1 chr8 74888616 . G C 369.22 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00443095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0399;QD=25.0322;RBI=0.0596335;REFB=-0.0191146;REVB=0.0594686;RO=20;SAF=16;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630389;STB=0.555954;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0282252;OID=.;OPOS=74888616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:23:36:36:0.610169:20:16:7:13:20:16:7:16 chr8 74893821 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00982857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.37;QD=15.1566;RBI=0.0217636;REFB=-0.0108871;REVB=-0.0194179;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259189;STB=0.514694;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00981396;OID=.;OPOS=74893821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:10:15:20:12:10:15:20:12 chr8 74893850 . C G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0160583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.517;QD=15.6454;RBI=0.0214271;REFB=-0.00440586;REVB=-0.0141863;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455424;STB=0.511617;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00805639;OID=.;OPOS=74893850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:8:14:19:9:8:14:19:10 chr8 74893880 . C T 177.72 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00455754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.577;QD=15.454;RBI=0.0438589;REFB=-0.00331304;REVB=0.0436215;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125323;STB=0.531882;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00450098;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:18:19:0.413043:4:14:20:6:5:14:21:6 chr8 74917084 . A G 1524.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2967;QD=59.7942;RBI=0.0416548;REFB=0;REVB=-0.0213157;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301452;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:67:35:0:0:67:35:0:0 chr8 74960935 . G A 242.01 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.030649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.439;QD=16.9835;RBI=0.0328172;REFB=0.00861734;REVB=-0.0117307;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184409;STB=0.562131;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00919486;OID=.;OPOS=74960935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:30:27:27:0.473684:13:14:8:18:13:14:12:18 chr8 75262798 . G C 1408.62 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2066;QD=61.2443;RBI=0.0773491;REFB=-0.117374;REVB=0.0737259;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885968;STB=0.504672;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00207198;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:92:1:1:90:91:0.98913:53:37:0:1:53:38:0:1 chr8 75274141 . T G 420.78 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00412437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.92;QD=38.2526;RBI=0.0138521;REFB=0.0141293;REVB=0.0132238;RO=11;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162146;STB=0.587504;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00561862;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:11:11:33:33:0.75:19:14:1:10:19:14:1:10 chr8 75460784 . T TG 1905.24 PASS AF=1;AO=130;DP=234;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087313;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4238;QD=45.9094;RBI=0.090441;REFB=0;REVB=-0.0235799;RO=80;SAF=78;SAR=52;SRF=69;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000464283;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:130:234:166:166:0:96:70:0:0:36:80:78:52:69:11 chr8 75460789 . A AG 1745.25 PASS AF=1;AO=149;DP=160;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779044;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.6393;QD=45.0387;RBI=0.0779246;REFB=0;REVB=-0.00177543;RO=8;SAF=90;SAR=59;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000935893;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:149:160:155:155:0:93:62:0:0:33:8:90:59:5:3 chr8 75614617 . A G 231.5 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0636925;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0832;QD=22.5853;RBI=0.0857646;REFB=-0.0248316;REVB=0.0574354;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230991;STB=0.628709;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0217768;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:14:5:12:10:14:5 chr8 75664694 . CA C 347.26 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0182439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.01;QD=22.4042;RBI=0.0221875;REFB=-0.0211152;REVB=0.0126272;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141832;STB=0.582901;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.014737;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564516:34:61:35:62:27:17:18:8:19:99:27:16:18:8:19 chr8 76452313 . G A 860.21 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9529;QD=57.3473;RBI=0.104022;REFB=0;REVB=0.10323;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868278;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:53:60:1:29:24:0:0:36:24:0:0 chr8 76468282 . G A 2412.47 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416988;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9608;QD=60.6909;RBI=0.0429101;REFB=-0.0785409;REVB=0.0101234;RO=0;SAF=86;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290979;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:159:0:0:158:159:1:72:86:0:0:73:86:0:0 chr8 76476396 . G A 1136.87 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0243772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6784;QD=57.5632;RBI=0.0532305;REFB=0.0549535;REVB=-0.0473206;RO=2;SAF=22;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124979;STB=0.506606;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00473331;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:55:22:1:1:55:22:1:1 chr8 76476457 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.164;QD=60.03;RBI=0.0758422;REFB=0;REVB=0.0129644;RO=0;SAF=16;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112612;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:56:16:0:0:56:16:0:0 chr8 76478768 . C T 8286.81 PASS AF=1;AO=522;DP=522;FAO=522;FDP=522;FR=.;FRO=0;FSAF=224;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244997;FXX=0.00191201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.4;QD=63.5004;RBI=0.00799617;REFB=0;REVB=0.00761159;RO=0;SAF=224;SAR=298;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70343e-06;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:522:522:0:0:522:522:1:298:224:0:0:298:224:0:0 chr8 77048621 . C A 458.66 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0172176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.257;QD=20.8482;RBI=0.0276717;REFB=-0.000730101;REVB=-0.0216629;RO=42;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121419;STB=0.55956;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000712185;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:25:20:13:29:25:20:14:29 chr8 77745635 . G A 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6279;QD=58.4138;RBI=0.0134353;REFB=0;REVB=-0.0130622;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.69833e-05;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr8 77765865 . C T 341.85 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0081113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.165;QD=15.8998;RBI=0.0108986;REFB=-0.0185006;REVB=0.0072791;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923873;STB=0.552042;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.023802;OID=.;OPOS=77765865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:20:17:27:22:20:17:27:22 chr8 77768204 . A T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0452469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8312;QD=13.031;RBI=0.0501092;REFB=0.00302794;REVB=-0.0215327;RO=42;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887219;STB=0.550526;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00350071;OID=.;OPOS=77768204;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:18:9:11:31:18:9:11:31 chr8 77777735 . C G 147.09 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00277253;FXX=0.0967586;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.836;QD=10.5063;RBI=0.0250301;REFB=-0.00271025;REVB=-0.0248761;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192674;STB=0.63144;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00768815;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:56:27:37:19:19:0.339286:7:12:12:15:7:12:16:21 chr8 77895865 . A G 457.91 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00941295;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.777;QD=55.5047;RBI=0.023078;REFB=-0.134554;REVB=0.0210711;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000605773;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:18:14:1:0 chr8 77912148 . G A 2157.9 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6777;QD=63.0043;RBI=0.0832289;REFB=0;REVB=-0.0412116;RO=0;SAF=52;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462047;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:85:52:0:0:85:52:0:0 chr8 77912230 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.205;QD=63.8716;RBI=0.0490523;REFB=0;REVB=0.0222231;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199127;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr8 79610710 . A G 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.854;QD=57.7108;RBI=0.022092;REFB=0;REVB=0.01658;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31654e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr8 80678427 . T C 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0315687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3513;QD=9.36203;RBI=0.0346652;REFB=-0.0190995;REVB=-0.0143211;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938625;STB=0.548768;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0337041;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:9:13:24:23:9:13:25:23 chr8 81116920 . G C 421.95 PASS AF=0.672414;AO=38;DP=57;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00320654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9213;QD=29.0997;RBI=0.0485273;REFB=0.00216637;REVB=0.0484212;RO=19;SAF=16;SAR=22;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503648;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.000319221;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:19:19:38:39:0.672414:22:16:8:11:23:16:8:11 chr8 81431919 . A T 33.34 PASS AF=0.173913;AO=4;DP=22;FAO=4;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0225936;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=47.5145;QD=5.79893;RBI=0.0303663;REFB=-0.00173129;REVB=-0.020289;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359137;STB=0.766141;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0290188;OID=.;OPOS=81431919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:22:23:14:17:4:4:0.173913:1:3:6:8:1:3:7:10 chr8 81905397 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.375;QD=60.9776;RBI=0.0308813;REFB=0;REVB=-0.0034445;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123763;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr8 82355621 . A G 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0474838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0092;QD=15.9143;RBI=0.072095;REFB=-0.0258901;REVB=-0.0542492;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332251;STB=0.692012;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0384613;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:5:10:4:9:5:10 chr8 82357112 . T C 828.57 PASS AF=0.59375;AO=76;DP=128;FAO=76;FDP=128;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00300771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.555;QD=25.8929;RBI=0.0119058;REFB=-0.01365;REVB=0.0115196;RO=51;SAF=38;SAR=38;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362342;STB=0.515621;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0110595;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:51:52:76:76:0.59375:38:38:28:23:38:38:28:24 chr8 82588521 . TTAAAAAAAA TAAAAAAAAG,TAAAAAAA,TTAAAAAAA 124.59 PASS AF=0.166667,0.472222,0.0277778;AO=2,5,4;DP=38;FAO=6,17,1;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=6,8,0;FSAR=0,9,1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.127265,0.00881095,-0.0989525;FXX=0.0526177;HRUN=7,7,8;LEN=9,2,1;MLLD=21.873,11.576,7.21228;QD=13.8429;RBI=0.215792,0.0154508,0.215671;REFB=-0.135738,-0.148973,-0.0700309;REVB=0.174269,0.0126923,-0.191631;RO=7;SAF=2,2,0;SAR=0,3,4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.732272,0.275355,-0.645224;STB=0.998518,0.62796,0.983447;STBP=0,0.145,0.567;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.202178,0.129974,-0.0761;OID=.,.,.;OPOS=82588522,82588522,82588523;OREF=TAAAAAAAA,TA,A;OALT=AAAAAAAAG,-,-;OMAPALT=TAAAAAAAAG,TAAAAAAA,TTAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.472222,0.0277778:2,5,4:38:6,17,1:36:12:6,8,0:0,9,1:2:10:54:7:2,2,0:0,3,4:1:6 chr8 82633452 . C G 265.22 PASS AF=0.528302;AO=29;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0373223;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.982;QD=20.0166;RBI=0.0418172;REFB=-0.0292734;REVB=-0.0188607;RO=23;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108548;STB=0.562454;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0271308;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:25:29:28:0.528302:21:8:9:14:20:8:10:15 chr8 86057894 . GTATT G 967.45 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285614;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=4;MLLD=271.94;QD=59.5353;RBI=0.0336033;REFB=0;REVB=0.0177038;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.92727e-05;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:67:65:65:0:30:35:0:0:5:0:30:35:0:0 chr8 86126827 . C CAACATT,T 1100.08 PASS AF=0.936709,0.0253165;AO=71,4;DP=79;FAO=74,2;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=40,0;FSAR=34,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.019892,-0.0608389;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=270.214,63.1157;QD=55.7005;RBI=0.0279133,0.0646092;REFB=-0.0333595,-0.0101467;REVB=0.0195821,0.0217479;RO=3;SAF=40,0;SAR=31,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00804834,-0.74182;STB=0.504949,0.993997;STBP=0.716,0.169;TYPE=ins,snp;VARB=0.00152704,0.0230745;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:71,4:74,2:0.936709,0.0253165:31,4:40,0:2:1:34,2:40,0:2:1 chr8 86162089 . A G 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00104996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3151;QD=12.3259;RBI=0.0215568;REFB=-0.030336;REVB=-0.0215312;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0446728;OID=.;OPOS=86162089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:9:8:6:5:9:8 chr8 86245799 . A G 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0443008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.562;QD=25.8982;RBI=0.0448969;REFB=-0.00102441;REVB=0.00729209;RO=21;SAF=4;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365342;STB=0.705709;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00143357;OID=.;OPOS=86245799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:24:4:10:11:24:4:10:11 chr8 86351997 . G A 300.32 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.012246;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.234;QD=18.2012;RBI=0.0123035;REFB=0.00435588;REVB=0.00118839;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728239;STB=0.530708;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00463962;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:32:33:0.5:19:13:16:17:19:14:16:17 chr8 86389403 . T C 369.3 PASS AF=0.389381;AO=43;DP=112;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0152145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3576;QD=13.0724;RBI=0.0231332;REFB=0.0183185;REVB=0.017426;RO=69;SAF=18;SAR=25;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812124;STB=0.537508;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0292056;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:69:69:43:44:0.389381:25:18:34:35:25:19:34:35 chr8 87226700 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00728199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.376;QD=17.7319;RBI=0.013045;REFB=-0.018547;REVB=-0.0108233;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187725;STB=0.608554;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0169238;OID=.;OPOS=87226700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:3:14:13:6:3:14:13:6 chr8 87229702 . A G 184.05 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00395587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.864;QD=17.1212;RBI=0.00398366;REFB=-0.0207217;REVB=0.000469749;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271321;STB=0.652492;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0146826;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:20:4:8:11:20:4 chr8 87229739 . C T 167.62 PASS AF=0.338462;AO=23;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00395629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2294;QD=10.3149;RBI=0.0628294;REFB=-0.0180269;REVB=-0.0627048;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555083;STB=0.508467;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0372679;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:23:22:0.338462:11:12:24:18:10:12:24:19 chr8 87229948 . T A 272.0 PASS AF=0.483871;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0132153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.349;QD=17.5484;RBI=0.0208055;REFB=-0.0208268;REVB=0.0160694;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169413;STB=0.568581;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0246182;OID=.;OPOS=87229948;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:32:28:30:0.483871:10:18:15:17:12:18:15:17 chr8 87241847 . G A 906.15 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0260184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8692;QD=56.6344;RBI=0.0261198;REFB=-0.13361;REVB=-0.0023001;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00196962;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:0:1:33:30:0:1 chr8 87474085 . A G 208.57 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0101797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.127;QD=18.1366;RBI=0.0500403;REFB=-0.01636;REVB=0.048994;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194062;STB=0.609756;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0207958;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:8:17:10:11:8:17 chr8 87479810 . C T 258.95 PASS AF=0.307018;AO=34;DP=114;FAO=35;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00528978;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9764;QD=9.08583;RBI=0.0168815;REFB=-0.00677615;REVB=-0.0160313;RO=80;SAF=15;SAR=19;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406711;STB=0.527903;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0153817;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:79:34:35:0.307018:19:15:38:42:20:15:37:42 chr8 87480890 . C T 317.61 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00279051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4361;QD=13.0973;RBI=0.0124551;REFB=-0.00527061;REVB=-0.0121385;RO=61;SAF=24;SAR=12;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720379;STB=0.54133;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0151647;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:12:24:37:24:12:24:37:24 chr8 87484669 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0651956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.704;QD=13.4553;RBI=0.0707606;REFB=-0.00783741;REVB=0.0275063;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00816703;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:6:9:7:4:6:9 chr8 87489562 . AAC A 125.09 PASS AF=0.291667;AO=23;DP=95;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0312655;FXX=0.0769157;HRUN=5;LEN=2;MLLD=284.656;QD=5.21191;RBI=0.0324411;REFB=-0.012973;REVB=-0.00865389;RO=61;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163902;STB=0.514915;STBP=0.886;TYPE=del;VARB=0.0281279;OID=.;OPOS=87489563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:23:95:28:96:68:13:15:33:35:99:61:12:11:31:30 chr8 87497176 . G A 129.39 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0361778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.435;QD=12.9385;RBI=0.0387557;REFB=-0.0223121;REVB=-0.0138985;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718389;STB=0.542032;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0275785;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:10:15:8:7:10:15 chr8 87666251 . T G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.286;QD=60.8828;RBI=0.0163988;REFB=0;REVB=0.00687542;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26241e-05;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr8 87679303 . A C 1516.54 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7939;QD=58.3285;RBI=0.0232708;REFB=-0.064702;REVB=0.00737198;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839826;STB=0.504424;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000607529;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:56:47:0:1:56:47:0:1 chr8 88622043 . T G 819.66 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343664;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.348;QD=57.52;RBI=0.0412873;REFB=0;REVB=0.041144;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44192e-05;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr8 88885583 . T C 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0521771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.943;QD=6.90897;RBI=0.055796;REFB=-0.00287482;REVB=0.019767;RO=47;SAF=7;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169748;STB=0.617148;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00994033;OID=.;OPOS=88885583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:49:17:17:0.257576:10:7:26:21:10:7:28:21 chr8 89081730 . T C 418.55 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=45;FWDB=0.0235817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.976;QD=17.6233;RBI=0.0577893;REFB=-0.00503716;REVB=0.052759;RO=52;SAF=7;SAR=36;SRF=7;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527881;STB=0.529399;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00855183;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:36:7:7:45:36:7:7:45 chr8 89340162 . G C 368.01 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0182741;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.85;QD=19.1175;RBI=0.0276262;REFB=-0.0232596;REVB=-0.0207188;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749604;STB=0.532308;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0305697;OID=.;OPOS=89340162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:36:39:38:38:0.493506:18:20:22:14:18:20:23:16 chr8 90770315 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.672;QD=60.2307;RBI=0.051469;REFB=0;REVB=0.0332591;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021865;OID=.;OPOS=90770315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr8 90958422 . T C 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0107601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.165;QD=20.9039;RBI=0.0332726;REFB=-0.0120423;REVB=0.0314847;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18942;STB=0.595772;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0135555;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:19:20:25:9:19:20:25:10 chr8 90967711 . A G 432.42 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0372323;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.84;QD=19.8812;RBI=0.037233;REFB=-0.00272371;REVB=0.00021866;RO=44;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101157;STB=0.505615;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00398;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:44:44:43:43:0.494253:22:21:21:23:22:21:21:23 chr8 90990479 . C G 970.12 PASS AF=0.531073;AO=93;DP=176;FAO=94;FDP=177;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00534199;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1294;QD=21.9235;RBI=0.0171607;REFB=-0.00393179;REVB=-0.016308;RO=81;SAF=40;SAR=53;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336958;STB=0.510296;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00347805;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:81:83:93:94:0.531073:53:40:38:43:53:41:38:45 chr8 90995019 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0118065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.632;QD=26.5502;RBI=0.0137896;REFB=-0.0104746;REVB=-0.00712457;RO=19;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829829;STB=0.545539;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00795141;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:13:19:9:10:13:19:9:10 chr8 91971071 . AA AATTCT,CT 171.78 PASS AF=0.36,0.04;AO=18,2;DP=55;FAO=18,2;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11,2;FSAR=7,0;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0125433,0.0229361;FXX=0.019604;HRUN=2,4;LEN=4,2;MLLD=236.115,132.01;QD=13.7422;RBI=0.0140944,0.024131;REFB=-0.00128961,-0.00709254;REVB=-0.00642791,0.00749933;RO=34;SAF=11,2;SAR=7,0;SRF=20;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0265565,0.403096;STB=0.51469,0.993508;STBP=0.895,0.207;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00737871,-0.0117162;OID=.,.;OPOS=91971073,91971071;OREF=-,AA;OALT=TTCT,CT;OMAPALT=AATTCT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:50:34:30:18,2:18,2:0.36,0.04:7,0:11,2:20:14:7,0:11,2:19:11 chr8 91990893 . G A 258.65 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0154562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8332;QD=16.422;RBI=0.0665376;REFB=-0.035119;REVB=-0.0647175;RO=34;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14972;STB=0.584749;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0255446;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:21:8:14:20:21:8:14:20 chr8 92021036 . C T 74.66 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0283342;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1504;QD=8.783;RBI=0.0905613;REFB=0.00464862;REVB=-0.0860147;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414787;STB=0.758943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0241512;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:36:34:22:24:10:10:0.294118:2:8:10:12:2:8:11:13 chr8 92083424 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3916;QD=57.1018;RBI=0.049141;REFB=0;REVB=0.0300927;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466589;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr8 92136728 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.414;QD=62.7621;RBI=0.0126944;REFB=0;REVB=0.0120245;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90255e-06;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr8 92364100 . T C 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0121062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.879;QD=12.3841;RBI=0.0281149;REFB=-0.015435;REVB=-0.0253749;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320179;STB=0.682206;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0286459;OID=.;OPOS=92364100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:17:12:35:14:17:12:35:14 chr8 92406021 . C T 502.91 PASS AF=0.481818;AO=56;DP=112;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0119603;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8012;QD=18.2875;RBI=0.0139061;REFB=1.63254e-05;REVB=0.00709444;RO=56;SAF=23;SAR=33;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658274;STB=0.560883;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00121521;OID=.;OPOS=92406021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:56:57:56:53:0.481818:33:23:27:29:33:20:28:29 chr8 92407524 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0516364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4392;QD=11.8411;RBI=0.0533032;REFB=-0.00553473;REVB=-0.0132257;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184262;STB=0.606842;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00750224;OID=.;OPOS=92407524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:15:8:20:19:15:8:20:19 chr8 92409697 . G A 209.39 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0362214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6446;QD=13.7307;RBI=0.050646;REFB=-0.014236;REVB=-0.0353982;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178465;STB=0.510196;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0166193;OID=.;OPOS=92409697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:10:15:21:15:10:15:21:15 chr8 92971404 . GTTTTT AGTTTT,GTTT,GTTTT,GTTTTA 205.1 PASS AF=0,0,0.674419,0.0465116;AO=2,5,20,2;DP=42;FAO=0,0,29,2;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,10,1;FSAR=0,0,19,1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.135067,-0.114965,-0.210015,-0.084287;FXX=0;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=14.3059,16.5513,11.0927,11.2773;QD=19.0794;RBI=0.154023,0.127362,0.237414,0.136773;REFB=-0.05393,-0.05111,-0.0941807,-0.0889541;REVB=-0.0740262,-0.0548095,-0.110722,-0.107716;RO=11;SAF=1,4,5,1;SAR=1,1,15,1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0465033,0.39117,-0.158079,0.0465033;STB=0.5,0.5,0.52292,0.570733;STBP=1,1,0.651,0.878;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.0292186,0.00724812,0.102326;OID=.,.,.,.;OPOS=92971404,92971405,92971405,92971409;OREF=GT,TT,T,T;OALT=AG,-,-,A;OMAPALT=AGTTTT,GTTT,GTTTT,GTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:40:42:43:11:12:2,5,20,2:0,0,29,2:0,0,0.674419,0.0465116:1,1,15,1:1,4,5,1:5:6:0,0,19,1:0,0,10,1:5:7 chr8 94746698 . G T 397.75 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016122;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.665;QD=56.8211;RBI=0.0395412;REFB=0;REVB=0.0361052;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011597;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr8 94794620 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.009;QD=56.9382;RBI=0.0252466;REFB=0;REVB=-0.00844411;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69702e-05;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr8 94808165 . A G 905.72 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7223;QD=56.6075;RBI=0.0323913;REFB=0.0517484;REVB=-0.0189462;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000849523;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:1:0:33:30:1:0 chr8 94827660 . A C 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0584756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.698;QD=12.619;RBI=0.0604702;REFB=-0.0232906;REVB=-0.0154029;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333975;STB=0.519215;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0315319;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:17:21:14:10:17:21 chr8 94935937 . T C 607.1 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00815635;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.762;QD=59.2291;RBI=0.00853928;REFB=-0.213341;REVB=0.00252849;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00209701;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:0:1:24:16:0:1 chr8 94936532 . G C 857.77 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.828;QD=57.1843;RBI=0.00902083;REFB=0;REVB=0.00650416;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128904;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chr8 95143186 . C G 351.45 PASS AF=0.962963;AO=27;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0573875;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.062;QD=52.0673;RBI=0.062216;REFB=-0.131287;REVB=0.0240312;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00300201;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:0:1:27:26:0.962963:13:14:0:0:13:13:0:1 chr8 95158259 . G A 1505.55 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2449;QD=59.0413;RBI=0.0276761;REFB=0;REVB=0.00651422;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318408;OID=.;OPOS=95158259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:102:0:0:95:102:1:53:42:0:0:54:48:0:0 chr8 95161102 . G A 849.3 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.674;QD=57.5796;RBI=0.0146046;REFB=0;REVB=0.00981423;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17179e-05;OID=.;OPOS=95161102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr8 95188850 . T C 2630.17 PASS AF=0.988439;AO=171;DP=174;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00713909;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.432;QD=60.8131;RBI=0.00779474;REFB=0.0243664;REVB=0.00312912;RO=2;SAF=85;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110661;STB=0.505813;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=1.73674e-06;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:174:173:2:2:171:171:0.988439:86:85:2:0:86:85:2:0 chr8 95272605 . G C 191.83 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.134854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7663;QD=11.8052;RBI=0.141551;REFB=0.0287444;REVB=0.043022;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146886;STB=0.584547;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0432132;OID=.;OPOS=95272605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:12:12:15:26:12:12:15:26 chr8 95403883 . AG GT 38.36 PASS AF=0.0657895;AO=5;DP=76;FAO=5;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.102815;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=74.0289;QD=2.01879;RBI=0.10477;REFB=-0.00162893;REVB=0.0201441;RO=60;SAF=2;SAR=3;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536221;STB=0.508737;STBP=0.993;TYPE=mnp;VARB=0.0459533;OID=.;OPOS=95403883;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:76:60:66:5:5:0.0657895:3:2:27:33:3:2:27:39 chr8 95531419 . T C 528.42 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00474951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.055;QD=24.8668;RBI=0.0227367;REFB=-0.0088166;REVB=0.0222351;RO=34;SAF=21;SAR=28;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761752;STB=0.542355;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00698684;OID=.;OPOS=95531419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:34:36:49:49:0.576471:28:21:18:16:28:21:19:17 chr8 95538468 . T C 106.27 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00662727;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.16;QD=19.3222;RBI=0.0223141;REFB=-0.0156564;REVB=0.0213072;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652227;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0133006;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:9:10:12:12:0.545455:5:7:6:3:5:7:6:4 chr8 95541371 . T A 333.68 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.00841163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.396;QD=24.2679;RBI=0.0386717;REFB=-0.0444289;REVB=0.0377458;RO=22;SAF=27;SAR=6;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12152;STB=0.566229;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0279669;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:6:27:20:2:6:27:20:2 chr8 95559092 . T C 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0225484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.622;QD=25.3397;RBI=0.0248755;REFB=-0.0167612;REVB=0.0105051;RO=20;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142014;STB=0.507807;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00933691;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:13:18:12:8:13:18:12:8 chr8 95560485 . T C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.038357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.082;QD=17.1553;RBI=0.03914;REFB=-0.0237699;REVB=-0.00778958;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131045;STB=0.574991;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0290598;OID=.;OPOS=95560485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:11:9:10:7:11:9 chr8 95680229 . C T 442.51 PASS AF=0.5;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0476197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5173;QD=20.1141;RBI=0.0523949;REFB=-0.0117629;REVB=0.0218538;RO=43;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948112;STB=0.547804;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0113512;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:44:44:44:0.5:16:28:23:20:16:28:24:20 chr8 95690579 . T C 600.28 PASS AF=0.586957;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00606185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.018;QD=26.0992;RBI=0.0244028;REFB=-0.0168763;REVB=-0.0236379;RO=38;SAF=19;SAR=34;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297997;STB=0.510726;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0111687;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:38:38:53:54:0.586957:34:19:15:23:34:20:15:23 chr8 95719387 . A T 182.29 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00862315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9006;QD=11.5741;RBI=0.0433307;REFB=-0.011536;REVB=-0.042464;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078455;STB=0.545415;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.022419;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:12:11:22:18:12:11:22:18 chr8 95841189 . TG GT,TGT 82.94 PASS AF=0,0.380282;AO=7,21;DP=71;FAO=0,27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=0,24;FSAR=0,3;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0751859,0.0631007;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=28.9231,12.9521;QD=4.67264;RBI=0.0775933,0.0633925;REFB=-0.0148018,-0.130678;REVB=-0.0191782,-0.0060747;RO=41;SAF=7,19;SAR=0,2;SRF=14;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.728721,0.665489;STB=0.5,0.853801;STBP=1,0;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.172297;OID=.,.;OPOS=95841189,95841191;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:83:71:71:41:44:7,21:0,27:0,0.380282:0,2:7,19:14:27:0,3:0,24:17:27 chr8 95877787 . T C 530.45 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0166505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.228;QD=22.5722;RBI=0.0184394;REFB=-0.0141904;REVB=0.0079229;RO=43;SAF=16;SAR=34;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914844;STB=0.546295;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0110705;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:44:50:50:0.531915:34:16:18:25:34:16:18:26 chr8 95888307 . C T 269.69 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0142715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7727;QD=23.9725;RBI=0.0540815;REFB=0.0156973;REVB=-0.0521645;RO=16;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181702;STB=0.563301;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0237501;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:20:25:25:0.555556:17:8:9:7:17:8:9:11 chr8 95918288 . C T 570.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380829;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.372;QD=60.0831;RBI=0.0589423;REFB=0;REVB=0.0449876;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78084e-05;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr8 95938422 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.844;QD=62.3507;RBI=0.0156442;REFB=0;REVB=0.00636298;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72391e-05;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr8 95942244 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.518;QD=59.8385;RBI=0.0552172;REFB=0;REVB=0.0329652;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90881e-05;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150128;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.606;QD=57.1775;RBI=0.00724195;REFB=0;REVB=0.00708463;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.97884e-05;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:51:51:51:0:21:30:0:0:4:0:21:30:0:0 chr8 96053782 . GCT G 341.4 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00201476;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.455;QD=19.5085;RBI=0.015997;REFB=-0.00891188;REVB=0.0158696;RO=32;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559499;STB=0.512188;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.0105872;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:35:69:36:70:34:15:21:15:19:99:32:14:21:13:19 chr8 96085190 . C T 290.94 PASS AF=0.275;AO=43;DP=164;FAO=44;FDP=160;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=116;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.00812094;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3965;QD=7.27358;RBI=0.144357;REFB=-0.0105403;REVB=-0.144129;RO=78;SAF=25;SAR=18;SRF=58;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196165;STB=0.566483;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0204444;OID=.;OPOS=96085190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:160:78:116:43:44:0.275:18:25:58:20:18:26:58:58 chr8 97847358 . G T 1661.09 PASS AF=0.950413;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00367939;FXX=0.00819605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.1212;QD=54.9121;RBI=0.0112178;REFB=-0.0555347;REVB=-0.0105972;RO=5;SAF=54;SAR=60;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588979;STB=0.506368;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00551362;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:119:121:5:6:114:115:0.950413:60:54:2:3:62:53:2:4 chr8 98289986 . C T 1539.43 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.718;QD=58.6449;RBI=0.053517;REFB=-0.00452937;REVB=0.0365666;RO=1;SAF=58;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811183;STB=0.504273;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000144314;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:46:58:1:0:46:58:1:0 chr8 98698964 . A G 79.35 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0548747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7617;QD=3.27199;RBI=0.055521;REFB=-0.00613432;REVB=-0.00844679;RO=79;SAF=7;SAR=8;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180564;STB=0.507576;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0316477;OID=.;OPOS=98698964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:95:97:79:82:15:15:0.154639:8:7:38:41:8:7:39:43 chr8 98943446 . T C 628.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2043;QD=59.8257;RBI=0.00815447;REFB=0;REVB=-0.00444603;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00575934;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:27:13:0:0:29:13:0:0 chr8 98954012 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1679;QD=61.3315;RBI=0.0165526;REFB=0;REVB=-0.0114764;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282811;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr8 99030280 . T C 300.18 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00755966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6487;QD=16.6769;RBI=0.0590459;REFB=-0.00350419;REVB=0.0585599;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07219;STB=0.538438;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00421224;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:32:33:0.458333:17:15:15:23:18:15:15:24 chr8 99039774 . C T 571.22 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.010225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.61;QD=19.2006;RBI=0.0129345;REFB=-0.0134904;REVB=-0.00792158;RO=60;SAF=34;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895513;STB=0.504949;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0158545;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:25:34:34:26:25:34:34:26 chr8 99044528 . C T 50.1 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00523198;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4348;QD=3.28554;RBI=0.0148028;REFB=-0.0101113;REVB=-0.0138474;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424789;STB=0.793692;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0128546;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:62:61:52:52:9:9:0.147541:7:2:30:22:7:2:30:22 chr8 99045792 . G A 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00600554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.803;QD=7.62934;RBI=0.0250202;REFB=-0.00988388;REVB=0.0242888;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158878;OID=.;OPOS=99045792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:4:4:9:10:4:4:10:10 chr8 99045978 . A C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0451185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0394;QD=16.1718;RBI=0.0514371;REFB=-0.00542588;REVB=-0.0247003;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122295;STB=0.507033;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0106876;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:11:9:7:9:11:9 chr8 99205612 . C T 1589.8 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000562611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.517;QD=59.9925;RBI=0.0265398;REFB=0;REVB=0.0265338;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39635e-05;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr8 99208190 . A C 676.42 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141482;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.243;QD=54.1136;RBI=0.0411264;REFB=-0.0989242;REVB=0.0386162;RO=1;SAF=40;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494362;STB=0.526305;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000701706;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:9:40:0:1:9:40:0:1 chr8 99234772 . T G 239.58 PASS AF=0.511111;AO=24;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0541404;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5798;QD=21.2963;RBI=0.0556579;REFB=-0.0517046;REVB=0.0129084;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758717;STB=0.508467;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0707933;OID=.;OPOS=99234772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:22:24:23:0.511111:16:8:8:11:15:8:8:14 chr8 99441904 . G T 1024.21 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.844;QD=59.3746;RBI=0.00833406;REFB=0;REVB=-0.00104947;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15226e-06;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:69:0:0:64:69:1:28:36:0:0:31:38:0:0 chr8 100133706 . T G 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00705466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.28;QD=21.3877;RBI=0.0275148;REFB=-0.0228821;REVB=0.0265951;RO=27;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693877;STB=0.538438;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0174474;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:21:12:12:15:21:12:12:15 chr8 100844758 . T C 319.48 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0180269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.183;QD=15.7768;RBI=0.0180497;REFB=-0.0215811;REVB=-0.000906296;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175744;STB=0.599226;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0277019;OID=.;OPOS=100844758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:21:25:13:22:21:25 chr8 100975002 . A G 357.42 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0051445;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.167;QD=49.299;RBI=0.014391;REFB=-0.015989;REVB=0.0134401;RO=2;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000220338;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:17:10:2:0:17:10:2:0 chr8 101153024 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.024;QD=60.7157;RBI=0.0133541;REFB=0;REVB=-0.0066101;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50076e-06;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr8 101252680 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0234223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.886;QD=13.4056;RBI=0.0235047;REFB=-2.2029e-05;REVB=0.00196601;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352262;STB=0.512728;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000248156;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:9:14:19:14:9:14:20:14 chr8 101253184 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00551391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.888;QD=20.563;RBI=0.00730914;REFB=-0.00787007;REVB=-0.00479795;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309842;STB=0.671528;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00820764;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:19:6:18:11:19:6 chr8 101721756 . A C 87.68 PASS AF=0.134752;AO=19;DP=141;FAO=19;FDP=141;FR=.;FRO=122;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0113679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.177;QD=2.48749;RBI=0.015969;REFB=-0.00227304;REVB=-0.0112151;RO=122;SAF=17;SAR=2;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528718;STB=0.872437;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0299691;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:141:141:122:122:19:19:0.134752:2:17:61:61:2:17:61:61 chr8 101721812 . G A 103.41 PASS AF=0.12766;AO=24;DP=190;FAO=24;FDP=188;FR=.;FRO=164;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=85;FWDB=-0.0192682;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.405;QD=2.20025;RBI=0.0451513;REFB=-0.00536031;REVB=0.0408335;RO=162;SAF=19;SAR=5;SRF=78;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397129;STB=0.777037;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0194915;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:162:164:24:24:0.12766:5:19:78:84:5:19:79:85 chr8 101721817 . T C 117.07 PASS AF=0.135417;AO=26;DP=192;FAO=26;FDP=192;FR=.;FRO=166;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=87;FWDB=0.0295095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2228;QD=2.43901;RBI=0.0320507;REFB=0.00849477;REVB=0.0125076;RO=164;SAF=21;SAR=5;SRF=78;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428749;STB=0.794176;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0451723;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:164:166:26:26:0.135417:5:21:78:86:5:21:79:87 chr8 101721839 . C A 123.36 PASS AF=0.147727;AO=26;DP=177;FAO=26;FDP=176;FR=.;FRO=150;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=83;FWDB=-0.000754104;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.101;QD=2.80373;RBI=0.0166607;REFB=-0.00091969;REVB=-0.0166436;RO=151;SAF=21;SAR=5;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455905;STB=0.807456;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00479302;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:151:150:26:26:0.147727:5:21:68:83:5:21:67:83 chr8 101721870 . G A 58.7 PASS AF=0.106383;AO=15;DP=141;FAO=15;FDP=141;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=0.00170023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.024;QD=1.66518;RBI=0.0147458;REFB=-0.00274518;REVB=-0.0146475;RO=126;SAF=10;SAR=5;SRF=58;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247035;STB=0.682003;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0223787;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:141:141:126:126:15:15:0.106383:5:10:58:68:5:10:58:68 chr8 101721899 . C A 49.37 PASS AF=0.100775;AO=13;DP=129;FAO=13;FDP=129;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0106597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5565;QD=1.53077;RBI=0.0133411;REFB=-0.00408446;REVB=-0.00802219;RO=115;SAF=8;SAR=5;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14281;STB=0.611537;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.023527;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:129:129:115:116:13:13:0.100775:5:8:57:58:5:8:57:59 chr8 101752155 . C T 356.05 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.028747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4445;QD=24.5554;RBI=0.0841823;REFB=-0.0380275;REVB=-0.0791219;RO=22;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1459;STB=0.571388;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0301529;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:23:35:35:0.603448:20:15:14:8:20:15:14:9 chr8 101970394 . T C 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081876;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.108;QD=62.0379;RBI=0.0141828;REFB=0;REVB=-0.0115808;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8711e-05;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr8 102209357 . A T 1250.3 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00964796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.072;QD=60.2557;RBI=0.013399;REFB=-0.167509;REVB=-0.00929792;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000401352;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:37:45:0:0:37:45:1:0 chr8 102504974 . C G 208.19 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0238843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.696;QD=26.8633;RBI=0.0259297;REFB=-0.0259746;REVB=0.010094;RO=11;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184168;STB=0.510194;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0139375;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:16:4:2:9:16:4:2:9 chr8 102678859 . G C 401.95 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0100307;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.435;QD=18.6953;RBI=0.0100414;REFB=-0.0185033;REVB=-0.000464228;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804074;STB=0.551066;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0164527;OID=.;OPOS=102678859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:17:24:22:22:17:24:22:23 chr8 103137693 . T C 875.23 PASS AF=0.39313;AO=101;DP=260;FAO=103;FDP=262;FR=.;FRO=159;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=94;FSRR=65;FWDB=-0.00420918;FXX=0.00380214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8631;QD=13.3623;RBI=0.0139451;REFB=-0.0128544;REVB=-0.0132947;RO=159;SAF=54;SAR=47;SRF=95;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690861;STB=0.523313;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0259794;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:159:159:101:103:0.39313:47:54:95:64:46:57:94:65 chr8 103572992 . C G 699.93 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.062366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.3592;QD=53.8407;RBI=0.0683026;REFB=-0.0995343;REVB=0.0278519;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.50704;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00103813;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:35:16:0:0:35:16:0:1 chr8 103573001 . C G 718.67 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.8094;QD=57.4938;RBI=0.068097;REFB=-0.161327;REVB=0.0627738;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.508667;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00424394;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:1:2:47:48:0.96:32:15:0:1:33:15:1:1 chr8 103573006 . G A,C 773.55 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=46,2;DP=48;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605622,-0.02781;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.854,162.026;QD=63.1472;RBI=0.0629066,0.0312521;REFB=0,0;REVB=0.0170136,0.0142583;RO=0;SAF=14,2;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000279009,0.147742;OID=.,.;OPOS=103573006,103573006;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:49:0:0:46,2:48,1:0.979592,0.0204082:32,0:14,2:0:0:33,0:15,1:0:0 chr8 103663912 . T G 175.53 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0680697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1336;QD=13.7666;RBI=0.0685488;REFB=-0.0010116;REVB=0.00809072;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301461;STB=0.67452;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00391866;OID=.;OPOS=103663912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:14:6:18:13:14:6:18:13 chr8 103845372 . G A 510.4 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00398709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.034;QD=23.4664;RBI=0.00419874;REFB=-0.00314511;REVB=-0.00131624;RO=38;SAF=19;SAR=29;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023192;STB=0.505266;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0021797;OID=.;OPOS=103845372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:39:48:48:0.551724:29:19:14:24:29:19:15:24 chr8 104081226 . A G 257.35 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00450806;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.461;QD=11.3123;RBI=0.00682647;REFB=-0.013982;REVB=0.00512622;RO=60;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111597;STB=0.564623;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0251557;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:60:60:31:31:0.340659:14:17:27:33:14:17:27:33 chr8 104145561 . C T 171.9 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0192692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.563;QD=26.4465;RBI=0.10387;REFB=-0.0509361;REVB=0.102067;RO=7;SAF=14;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182729;STB=0.505488;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0343451;OID=.;OPOS=104145561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:7:9:16:17:0.653846:2:14:7:0:2:15:8:1 chr8 104312341 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0150147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.533;QD=5.39765;RBI=0.0154471;REFB=-0.00651504;REVB=0.00362906;RO=35;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404622;STB=0.526259;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0134229;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:2:7:28:7:2:7:28:7 chr8 104337096 . A G 318.27 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00446363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.44;QD=15.5251;RBI=0.00595734;REFB=-0.00461169;REVB=-0.00394536;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751125;STB=0.510113;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00802425;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:18:17:22:24:18:17:22:25 chr8 104337367 . A C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0149424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1319;QD=16.0423;RBI=0.0167388;REFB=-0.0143069;REVB=-0.00754394;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413986;STB=0.523784;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0310342;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:12:14:11:8:12:14 chr8 104343686 . G A 353.92 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0250283;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.191;QD=13.1081;RBI=0.0284972;REFB=-0.0104351;REVB=-0.0136263;RO=62;SAF=27;SAR=15;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696126;STB=0.543518;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00882882;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:62:66:42:42:0.388889:15:27:36:26:15:27:38:28 chr8 104343822 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.552;QD=62.3507;RBI=0.0564414;REFB=0;REVB=0.0141117;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149532;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr8 104384780 . A G 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.018856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0025;QD=10.4729;RBI=0.0195021;REFB=-0.00265185;REVB=-0.00497833;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438589;STB=0.525785;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00550491;OID=.;OPOS=104384780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:20:17:8:11:20:17 chr8 104394744 . T C 749.32 PASS AF=0.412621;AO=85;DP=207;FAO=85;FDP=206;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=75;FWDB=0.00363977;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0545;QD=14.5498;RBI=0.0280701;REFB=-0.00764029;REVB=0.0278331;RO=120;SAF=31;SAR=54;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208774;STB=0.509744;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0186381;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:120:121:85:85:0.412621:54:31:46:74:54:31:46:75 chr8 104411282 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0160863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.688;QD=20.4561;RBI=0.0162677;REFB=-0.00880695;REVB=0.00242229;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.591136;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00688415;OID=.;OPOS=104411282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:10:5:9:8:10:5 chr8 104412388 . C A 225.2 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0283491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.455;QD=17.6626;RBI=0.0311498;REFB=-0.0208387;REVB=0.0129088;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385395;STB=0.531888;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0300309;OID=.;OPOS=104412388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:11:13:13:13:11:13:13:14 chr8 104427359 . A C 453.72 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.017473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3241;QD=22.4059;RBI=0.0176863;REFB=-0.031263;REVB=-0.00273859;RO=37;SAF=34;SAR=10;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463162;STB=0.52544;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0301619;OID=.;OPOS=104427359;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:10:34:30:7:10:34:30:7 chr8 104427541 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0216024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.678;QD=24.0275;RBI=0.0309641;REFB=0.00794114;REVB=0.0221835;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139114;STB=0.578826;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00334433;OID=.;OPOS=104427541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:3:5:11:3:3:5 chr8 104427578 . T C 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0234382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.633;QD=18.1162;RBI=0.0512036;REFB=-0.0116948;REVB=-0.0455243;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924797;STB=0.552574;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0224732;OID=.;OPOS=104427578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:12:8:9:9:12:8 chr8 104432545 . A G 666.57 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0290921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.371;QD=24.239;RBI=0.0405029;REFB=-0.020119;REVB=0.0281804;RO=46;SAF=24;SAR=40;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165341;STB=0.590249;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0118319;OID=.;OPOS=104432545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:46:46:64:64:0.581818:40:24:27:19:40:24:27:19 chr8 104677531 . A G 489.64 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00642933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.138;QD=24.7917;RBI=0.00668803;REFB=-0.00662962;REVB=-0.00184215;RO=32;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714531;STB=0.509929;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00444466;OID=.;OPOS=104677531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:22:24:17:15:22:24:18:15 chr8 104934028 . G A 647.88 PASS AF=0.584906;AO=61;DP=108;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00758173;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.691;QD=24.4484;RBI=0.00834134;REFB=-0.0136063;REVB=0.00347784;RO=42;SAF=34;SAR=27;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235671;STB=0.622038;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0109285;OID=.;OPOS=104934028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:42:44:61:62:0.584906:27:34:10:32:28:34:11:33 chr8 105263979 . C T 167.03 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0194191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.317;QD=14.5247;RBI=0.0195043;REFB=-0.0124141;REVB=-0.00182065;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275997;STB=0.663058;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.016123;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:15:3:10:18:15:3:10:18 chr8 105361095 . C T 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0312199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.412;QD=16.5337;RBI=0.0383858;REFB=-0.02943;REVB=-0.0223335;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814279;STB=0.546872;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0198889;OID=.;OPOS=105361095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:8:15:13:5:8:15 chr8 105361354 . G C 399.13 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.023252;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.252;QD=15.3511;RBI=0.0232594;REFB=-0.00751245;REVB=0.000586623;RO=59;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597694;STB=0.533582;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00937687;OID=.;OPOS=105361354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:59:45:45:0.432692:27:18:27:32:27:18:27:32 chr8 105367121 . A G 221.26 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0406518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.587;QD=18.0622;RBI=0.0418587;REFB=-0.023748;REVB=0.00997921;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793939;STB=0.554364;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0247419;OID=.;OPOS=105367121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:7:14:16:11:7:15:16:11 chr8 105509902 . T C 65.55 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0135933;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.874;QD=3.64141;RBI=0.0243997;REFB=-0.000699018;REVB=-0.0202625;RO=61;SAF=9;SAR=3;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36378;STB=0.739033;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00288027;OID=.;OPOS=105509902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:73:72:61:60:12:12:0.166667:3:9:28:33:3:9:28:32 chr8 107710044 . T A 1479.52 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1662;QD=58.5948;RBI=0.0383846;REFB=-0.0652775;REVB=0.000763735;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00298565;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:48:52:0:0:48:52:1:0 chr8 107749773 . G A 68.85 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0120085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.301;QD=3.35831;RBI=0.0172701;REFB=-0.012818;REVB=-0.0124118;RO=68;SAF=7;SAR=6;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845546;STB=0.562521;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0706744;OID=.;OPOS=107749773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:68:69:13:13:0.158537:6:7:32:36:6:7:32:37 chr8 107781946 . G A 53.14 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0319993;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.664;QD=2.56109;RBI=0.0322101;REFB=-0.00313289;REVB=-0.0036793;RO=72;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269203;STB=0.692122;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0221504;OID=.;OPOS=107781946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:84:83:72:72:11:11:0.13253:8:3:35:37:8:3:35:37 chr8 107782065 . A G 326.13 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0386517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.979;QD=20.0692;RBI=0.0411514;REFB=-0.0332975;REVB=-0.0141237;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118237;STB=0.565655;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0233559;OID=.;OPOS=107782065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:14:20:14:17:14:20:14:17 chr8 107782395 . G A 246.54 PASS AF=0.575;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0161337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9321;QD=24.654;RBI=0.0861895;REFB=-0.00607062;REVB=0.084666;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338162;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00741894;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:22:23:0.575:12:10:7:10:12:11:7:10 chr8 108970367 . A G 1590.78 PASS AF=0.990741;AO=108;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00485235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.575;QD=58.9179;RBI=0.0123145;REFB=-0.0603696;REVB=0.0113182;RO=0;SAF=75;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000609461;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:108:107:0.990741:33:75:0:0:33:74:1:0 chr8 110255497 . AAT A,AAA 214.83 PASS AF=0.931034,0;AO=10,7;DP=44;FAO=27,0;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9,0;FSAR=18,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.206079,0.130551;FXX=0.256345;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=16.3735,6.91081;QD=29.6312;RBI=0.212307,0.132551;REFB=-0.116984,-0.0819641;REVB=-0.0510442,0.0229347;RO=20;SAF=2,0;SAR=8,7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.454543,-0.758886;STB=0.512811,0.5;STBP=0.753,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00209932,0;OID=.,.;OPOS=110255498,110255499;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931034,0:10,7:44:27,0:29:2:9,0:18,0:1:1:11:20:2,0:8,7:12:8 chr8 110346652 . C A 379.83 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0125514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.334;QD=19.2319;RBI=0.0368548;REFB=-0.0113824;REVB=0.0346517;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121714;STB=0.558735;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00937649;OID=.;OPOS=110346652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:15:23:19:21:16:23:19:21 chr8 110439252 . C A 446.46 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00944131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.172;QD=29.2758;RBI=0.00944821;REFB=-0.028362;REVB=0.000361069;RO=20;SAF=20;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228313;STB=0.512404;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0136836;OID=.;OPOS=110439252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:21:20:9:11:21:20:9:11 chr8 110656396 . G T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00557626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.93;QD=24.0275;RBI=0.0135125;REFB=-0.010956;REVB=-0.0123083;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380628;STB=0.713979;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0084874;OID=.;OPOS=110656396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:7:1:10:4:7:1 chr8 110657355 . T G 287.84 PASS AF=0.553191;AO=23;DP=45;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0403217;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.071;QD=24.4973;RBI=0.0419053;REFB=-0.0219857;REVB=0.0114113;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159353;STB=0.6382;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0110414;OID=.;OPOS=110657355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:17:21:23:26:0.553191:13:10:4:13:13:13:4:17 chr8 110657391 . G C 271.78 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.00193469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.982;QD=19.4126;RBI=0.0120755;REFB=-0.0198615;REVB=0.0119195;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341631;STB=0.693316;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0141361;OID=.;OPOS=110657391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:14:15:3:23:14:15:3:24 chr8 110657514 . G A,C 596.38 PASS AF=0.925,0.075;AO=37,3;DP=40;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550318,0.0277359;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.197,19.3485;QD=59.6383;RBI=0.0637266,0.0287328;REFB=0,0;REVB=0.0321338,0.00750282;RO=0;SAF=17,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0006115,0.144346;OID=.,.;OPOS=110657514,110657514;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:40:40:0:0:37,3:37,3:0.925,0.075:20,2:17,1:0:0:20,2:17,1:0:0 chr8 111946844 . G C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1943;QD=57.2013;RBI=0.0858474;REFB=0;REVB=0.0840187;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146249;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr8 113241088 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.814;QD=64.4154;RBI=0.0393221;REFB=0;REVB=0.0277152;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14408e-05;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr8 113364696 . A G 669.82 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3058;QD=62.3092;RBI=0.13991;REFB=0;REVB=0.0855195;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253837;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr8 113516042 . G A 65.89 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0280044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.404;QD=3.71193;RBI=0.0337411;REFB=-0.00190327;REVB=-0.0188206;RO=57;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01091;STB=0.507031;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00827839;OID=.;OPOS=113516042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:57:59:12:12:0.169014:6:6:28:29:6:6:30:29 chr8 113516207 . CTGAAAAAAAAAAG ACTAAAAAAAAAAG,CTAAAAAAAAAAAA,CTAAAAAAAAAAAG,CTAAAAAAAAAAG,CTGAAAAAAAAAG,CTGAAAAAAAAG 139.91 PASS AF=0,0,0.121212,0.242424,0.424242,0;AO=3,2,2,4,7,4;DP=36;FAO=0,0,4,8,14,0;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,2,3,7,0;FSAR=0,0,2,5,7,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00586777,-0.00458868,-0.00404737,-0.00456065,-0.0138577,-0.00932742;FXX=0.0571265;HRUN=1,1,1,1,10,10;LEN=3,12,1,1,1,2;MLLD=118.553,117.502,118.065,116.415,4.45827,9.91119;QD=16.9585;RBI=0.012076,0.0444222,0.0315533,0.0131503,0.268864,0.15177;REFB=-0.0169989,-0.00551886,-0.0112391,-0.0140618,-0.203959,-0.105666;REVB=-0.0105546,-0.0441846,-0.0312927,-0.0123341,0.268507,0.151483;RO=7;SAF=2,1,1,1,4,3;SAR=1,1,1,3,3,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0.240731,0.0720733,0.0720733,-0.198753,0.119504,0.326128;STB=0.5,0.5,0.545229,0.526249,0.523776,0.5;STBP=1,1,0.91,0.917,0.781,1;TYPE=mnp,mnp,snp,del,del,del;VARB=0,0,0.0585918,-0.0144878,0.128986,0.133629;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=113516207,113516209,113516209,113516209,113516210,113516210;OREF=CTG,GAAAAAAAAAAG,G,G,A,AA;OALT=ACT,AAAAAAAAAAAA,A,-,-,-;OMAPALT=ACTAAAAAAAAAAG,CTAAAAAAAAAAAA,CTAAAAAAAAAAAG,CTAAAAAAAAAAG,CTGAAAAAAAAAG,CTGAAAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:27:36:33:7:7:3,2,2,4,7,4:0,0,4,8,14,0:0,0,0.121212,0.242424,0.424242,0:1,1,1,3,3,1:2,1,1,1,4,3:3:4:0,0,2,5,7,0:0,0,2,3,7,0:3:4 chr8 114186003 . T C 1418.21 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392376;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.659;QD=63.0314;RBI=0.0268385;REFB=0;REVB=0.0265501;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3308e-05;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:33:57:0:0:33:57:0:0 chr8 114388990 . T A 71.95 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0461029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.832;QD=3.83749;RBI=0.0489857;REFB=-0.00383763;REVB=-0.0165565;RO=60;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782049;STB=0.535216;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0216594;OID=.;OPOS=114388990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:73:75:60:62:13:13:0.173333:7:6:24:36:7:6:26:36 chr8 116422149 . T C 55.76 PASS AF=0.0888889;AO=16;DP=147;FAO=16;FDP=180;FR=.;FRO=164;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=105;FSRR=59;FWDB=-0.00424936;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=126.942;QD=1.23908;RBI=0.0216172;REFB=0.00128276;REVB=-0.0211955;RO=131;SAF=9;SAR=7;SRF=96;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228423;STB=0.573188;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00716255;OID=.;OPOS=116422149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:147:180:131:164:16:16:0.0888889:7:9:96:35:7:9:105:59 chr8 116422150 . T C 32.1 PASS AF=0.0638298;AO=11;DP=166;FAO=12;FDP=188;FR=.;FRO=176;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=110;FSRR=66;FWDB=-0.00226765;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=134.008;QD=0.683045;RBI=0.0198802;REFB=-0.000204113;REVB=-0.0197504;RO=154;SAF=3;SAR=8;SRF=109;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445734;STB=0.754589;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00224762;OID=.;OPOS=116422150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:166:188:154:176:11:12:0.0638298:8:3:109:45:8:4:110:66 chr8 116423424 . T A,C 571.67 PASS AF=0.097561,0.878049;AO=4,36;DP=41;FAO=4,36;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=2,21;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270995,0.0310853;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=167.27,204.531;QD=55.7727;RBI=0.0271003,0.0314036;REFB=-0.125182,-0.128791;REVB=-0.000208248,0.00445981;RO=1;SAF=2,21;SAR=2,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166656,0.0301788;STB=0.599516,0.51612;STBP=0.523,0.301;TYPE=snp,snp;VARB=0.0499939,0.00119479;OID=.,.;OPOS=116423424,116423424;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:41:41:1:1:4,36:4,36:0.097561,0.878049:2,15:2,21:0:1:2,15:2,21:0:1 chr8 116423490 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.372;QD=60.9786;RBI=0.0874165;REFB=0;REVB=0.086906;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374878;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 673.97 PASS AF=1,0;AO=28,13;DP=45;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332903,-0.0723771;FXX=0.0227221;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=265.155,255.693;QD=62.6948;RBI=0.033588,0.0725807;REFB=0,0;REVB=0.0044619,0.00543306;RO=1;SAF=4,12;SAR=24,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102852,-0.0363094;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000145948,0;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:1:0:28,13:43,0:1,0:24,1:4,12:1:0:27,0:16,0:0:0 chr8 116631493 . A T 107.61 PASS AF=0.160305;AO=21;DP=131;FAO=21;FDP=131;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=0.00636495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.366;QD=3.28574;RBI=0.00778335;REFB=0.000522393;REVB=-0.00447973;RO=110;SAF=6;SAR=15;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348767;STB=0.729399;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00450035;OID=.;OPOS=116631493;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:110:110:21:21:0.160305:15:6:62:48:15:6:62:48 chr8 116635872 . T TA 244.47 PASS AF=0.443182;AO=36;DP=93;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0350481;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0923;QD=11.1124;RBI=0.0505045;REFB=-0.00152583;REVB=0.0363639;RO=54;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13171;STB=0.580603;STBP=0.187;TYPE=ins;VARB=0.00150616;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443182:36:93:39:88:49:26:13:26:23:99:54:23:13:28:26 chr8 117035009 . C T 306.68 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00698093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.265;QD=10.8559;RBI=0.0232818;REFB=-0.00997469;REVB=-0.0222105;RO=73;SAF=19;SAR=20;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554448;STB=0.535923;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0159145;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:73:74:39:39:0.345133:20:19:32:41:20:19:32:42 chr8 117791733 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.033;QD=56.7066;RBI=0.0598642;REFB=0;REVB=0.0581897;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375015;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr8 117858389 . G A 359.74 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00767814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.122;QD=13.8362;RBI=0.0227276;REFB=-0.0066243;REVB=-0.0213914;RO=62;SAF=19;SAR=23;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333456;STB=0.518868;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0122386;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:23:19:30:32:23:19:30:32 chr8 118819578 . C T 228.32 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0182032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.313;QD=22.2754;RBI=0.0247721;REFB=-0.00402755;REVB=0.0168017;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806612;STB=0.528276;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00389163;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:14:7:8:11:14:8:8:11 chr8 118832020 . G A 129.99 PASS AF=0.608696;AO=11;DP=21;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0433693;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.4073;QD=22.6075;RBI=0.0465914;REFB=-0.0998769;REVB=-0.0170256;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166212;STB=0.571322;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0414749;OID=.;OPOS=118832020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:21:23:5:9:11:14:0.608696:9:2:1:4:10:4:4:5 chr8 119391791 . T C 1098.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.234;QD=60.1975;RBI=0.0414389;REFB=0;REVB=0.00190054;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152835;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr8 119964052 . G C 3440.79 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.697;QD=62.5597;RBI=0.0292794;REFB=0;REVB=0.0287736;RO=0;SAF=116;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95855e-05;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:220:220:1:104:116:0:0:104:116:0:0 chr8 120429024 . G A 247.6 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.127075;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.063;QD=31.9479;RBI=0.127117;REFB=-0.0198587;REVB=0.00327447;RO=9;SAF=1;SAR=20;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157893;STB=0.517225;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00844866;OID=.;OPOS=120429024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:32:31:9:9:21:22:0.709677:20:1:1:8:20:2:1:8 chr8 120435908 . A G 550.62 PASS AF=0.609756;AO=49;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0109331;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.913;QD=26.8596;RBI=0.0369383;REFB=-0.00732233;REVB=0.0352832;RO=32;SAF=22;SAR=27;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104665;STB=0.552073;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00529437;OID=.;OPOS=120435908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:49:50:0.609756:27:22:19:13:27:23:19:13 chr8 120575184 . G A 288.5 PASS AF=0.301587;AO=17;DP=66;FAO=19;FDP=63;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0132579;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9769;QD=18.3172;RBI=0.0602373;REFB=0.0107723;REVB=0.0587602;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372012;STB=0.665807;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00307625;OID=.;OPOS=120575184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:28:30:17:19:0.301587:6:11:8:20:8:11:9:21 chr8 120596023 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.527;QD=60.6103;RBI=0.0120328;REFB=0;REVB=-0.00241462;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7754e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr8 120724209 . T C 1264.63 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.35;QD=61.6894;RBI=0.0375003;REFB=0;REVB=0.0330703;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61456e-05;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr8 120744345 . G A 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00521827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.91;QD=7.01129;RBI=0.041926;REFB=-0.00929485;REVB=-0.0416;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926156;STB=0.547753;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0505739;OID=.;OPOS=120744345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:39:40:13:13:0.245283:7:6:21:18:7:6:21:19 chr8 120790304 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.882;QD=57.3853;RBI=0.021346;REFB=0;REVB=0.0211937;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06289e-05;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr8 120803637 . C G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7893;QD=60.0287;RBI=0.0379231;REFB=0;REVB=-0.0265473;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68775e-06;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr8 120847078 . C G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.467;QD=64.1522;RBI=0.033985;REFB=0;REVB=0.0112861;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103465;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr8 120847123 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000322505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.371;QD=58.2396;RBI=0.00349624;REFB=0;REVB=-0.00348133;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59075e-06;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr8 120847188 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.531;QD=56.9569;RBI=0.0346493;REFB=0;REVB=-0.00568703;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36673e-05;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr8 120903471 . C CA 911.52 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360142;FXX=0.0312451;HRUN=0;LEN=1;MLLD=242.447;QD=58.8078;RBI=0.0549393;REFB=0;REVB=0.0414886;RO=1;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000293978;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:64:62:62:0:40:22:0:0:5:1:38:22:1:0 chr8 121013770 . A G 371.8 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00125752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.821;QD=25.6416;RBI=0.00383977;REFB=-0.0137222;REVB=-0.00362802;RO=22;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122891;STB=0.506727;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00686979;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:19:17:10:12:19:17:10:12 chr8 121061879 . G A 649.05 PASS AF=0.606383;AO=56;DP=93;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.031562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.236;QD=27.6191;RBI=0.0366677;REFB=-0.0195724;REVB=0.0186644;RO=37;SAF=33;SAR=23;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564751;STB=0.526187;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0136885;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:37:37:56:57:0.606383:23:33:19:18:24:33:19:18 chr8 121210069 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0353055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.08;QD=16.6185;RBI=0.0353676;REFB=-0.016349;REVB=-0.00209635;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153133;STB=0.587111;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0159611;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:14:14:8:15:14:14 chr8 121215991 . T C 395.21 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00930125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.969;QD=22.911;RBI=0.017879;REFB=-0.0157734;REVB=-0.0152692;RO=30;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510805;STB=0.528118;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0106115;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:22:17:15:15:22:17:15:15 chr8 121228679 . A C 742.41 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00914683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4273;QD=19.537;RBI=0.0974967;REFB=-0.00765911;REVB=0.0970667;RO=75;SAF=41;SAR=34;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122248;STB=0.513265;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00878062;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:75:76:75:76:0.5:34:41:42:33:35:41:43:33 chr8 121256150 . T C 427.57 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0340456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5323;QD=28.0374;RBI=0.0706843;REFB=0.0125098;REVB=-0.0619449;RO=21;SAF=31;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531314;STB=0.528995;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00792863;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:9:31:15:6:9:31:15:6 chr8 121259861 . CG CA,C 1409.69 PASS AF=0.639098,0.315789;AO=77,31;DP=137;FAO=85,42;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=42,24;FSAR=43,18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00736164,0.0249017;FXX=0.029195;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=210.619,11.4117;QD=42.3968;RBI=0.0104884,0.0449086;REFB=-0.036799,-0.110336;REVB=0.0074708,-0.0373723;RO=8;SAF=37,14;SAR=40,17;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0.450091;SSEP=0,0;SSSB=-0.0256516,-0.0658566;STB=0.510603,0.530106;STBP=0.452,0.268;TYPE=snp,del;VARB=0.0184845,0.0994428;OID=.,.;OPOS=121259862,121259862;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.639098,0.315789:77,31:137:85,42:133:6:42,24:43,18:2:4:99:8:37,14:40,17:5:3 chr8 121354602 . CT C,CTT,GC 30.18 PASS AF=0.204545,0,0;AO=7,6,2;DP=46;FAO=9,0,0;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0671104,-0.0710869,0.0208007;FXX=0.0638162;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.84058,8.41643,28.1596;QD=2.74361;RBI=0.0800785,0.0808598,0.0412841;REFB=0.0205497,-0.0227895,0.0110572;REVB=0.0436893,-0.0385351,0.035661;RO=26;SAF=4,3,0;SAR=3,3,2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.102829,-0.185258,-0.554046;STB=0.621629,0.5,0.5;STBP=0.481,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=-0.0195313,0.0149628,0;OID=.,.,.;OPOS=121354603,121354603,121354602;OREF=T,-,CT;OALT=-,T,GC;OMAPALT=C,CTT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:44:26:35:7,6,2:9,0,0:0.204545,0,0:3,3,2:4,3,0:17:9:5,0,0:4,0,0:21:14 chr8 121383048 . T C 382.15 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00442347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4653;QD=52.7105;RBI=0.00473658;REFB=-0.00880719;REVB=0.00169354;RO=1;SAF=3;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131957;STB=0.571372;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0035466;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:25:3:1:0:25:3:1:0 chr8 121528385 . T C 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00770496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.938;QD=11.13;RBI=0.010817;REFB=-0.029569;REVB=-0.00759211;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272469;STB=0.658081;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0297097;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:8:13:14:24:8:13:14:24 chr8 121530190 . A G 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0173207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.509;QD=20.7238;RBI=0.0185474;REFB=-0.00863869;REVB=0.00663338;RO=33;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217071;STB=0.512018;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00718453;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:20:17:16:17:20:17:16:17 chr8 123966159 . G C 593.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6599;QD=60.8663;RBI=0.0960348;REFB=0;REVB=0.094361;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136714;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr8 123985708 . A G 767.67 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=134;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.000984519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.324;QD=22.9154;RBI=0.0010505;REFB=-0.0130985;REVB=-0.000366432;RO=61;SAF=28;SAR=45;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512184;STB=0.528049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00928917;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:61:61:73:73:0.544776:45:28:27:34:45:28:27:34 chr8 124027562 . C T 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0136104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.94;QD=17.331;RBI=0.013728;REFB=-0.0166966;REVB=-0.00179326;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123279;STB=0.56883;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0147111;OID=.;OPOS=124027562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:33:17:19:22:33:17 chr8 124027628 . T C 831.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000527088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8849;QD=57.3289;RBI=0.00342224;REFB=0;REVB=-0.0033814;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00398e-05;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chr8 124034976 . G A 30.71 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0929457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.068;QD=2.2745;RBI=0.0961747;REFB=-0.00539886;REVB=-0.0247115;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865861;STB=0.573833;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0231751;OID=.;OPOS=124034976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:3:3:27:20:3:3:28:20 chr8 124169554 . G A 1525.95 PASS AF=0.938596;AO=107;DP=115;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00228379;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.737;QD=53.5421;RBI=0.0183155;REFB=0.0198391;REVB=0.0181726;RO=7;SAF=69;SAR=38;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797874;STB=0.542161;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000251033;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:115:114:7:7:107:107:0.938596:38:69:0:7:38:69:0:7 chr8 124206324 . G A 471.24 PASS AF=0.5625;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00487102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.717;QD=23.5619;RBI=0.0109828;REFB=0.00459178;REVB=0.00984351;RO=34;SAF=15;SAR=29;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856785;STB=0.545434;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00369667;OID=.;OPOS=124206324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:35:44:45:0.5625:29:15:15:19:30:15:15:20 chr8 124265918 . G A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0300436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.018;QD=8.62757;RBI=0.0308816;REFB=0.00811103;REVB=-0.00714541;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201894;STB=0.636116;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0184674;OID=.;OPOS=124265918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:4:7:12:14:4:7:12:15 chr8 124357019 . C A 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00259768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.194;QD=2.67212;RBI=0.0584031;REFB=-0.000158354;REVB=-0.0583453;RO=45;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199783;STB=0.651721;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.000618793;OID=.;OPOS=124357019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:45:49:7:7:0.125:2:5:25:20:2:5:27:22 chr8 124382158 . TTCA T 43.19 PASS AF=0.266667;AO=9;DP=39;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0384813;FXX=0.302255;HRUN=2;LEN=3;MLLD=136.468;QD=5.75829;RBI=0.0404923;REFB=-0.0376889;REVB=-0.0126022;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493669;STB=0.723561;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=0.0610097;OID=.;OPOS=124382159;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:9:39:8:30:22:2:6:12:10:43:27:3:6:21:6 chr8 124440174 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.014815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.445;QD=13.631;RBI=0.0252573;REFB=0.000758524;REVB=-0.020456;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200579;STB=0.620366;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.000882561;OID=.;OPOS=124440174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:5:4:2:6:5:4 chr8 124448736 . A G 432.26 PASS AF=0.709091;AO=39;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0237459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.814;QD=31.4367;RBI=0.0297486;REFB=0.0114807;REVB=0.0179196;RO=16;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131579;STB=0.571391;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00804056;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:16:39:39:0.709091:24:15:10:6:24:15:10:6 chr8 124448804 . T A 373.86 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0027407;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5211;QD=27.19;RBI=0.0106606;REFB=-0.0350732;REVB=-0.0103023;RO=19;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224668;STB=0.624929;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0187927;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:19:19:35:36:0.654545:23:12:13:6:24:12:13:6 chr8 124449466 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.011112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3241;QD=15.2585;RBI=0.0508576;REFB=-0.0174539;REVB=-0.0496288;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00517043;OID=.;OPOS=124449466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr8 124453543 . T A 474.65 PASS AF=0.736842;AO=34;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0100168;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=37.9887;QD=33.3089;RBI=0.131165;REFB=-0.0236989;REVB=0.130782;RO=15;SAF=22;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028678;STB=0.513941;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0115338;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:34:42:0.736842:12:22:9:6:19:23:9:6 chr8 124525483 . C T 659.25 PASS AF=0.561404;AO=62;DP=113;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0168387;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4397;QD=23.1315;RBI=0.0319816;REFB=0.0112728;REVB=0.0271897;RO=50;SAF=30;SAR=32;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134673;STB=0.566018;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00935918;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:50:50:62:64:0.561404:32:30:16:34:34:30:16:34 chr8 124664113 . T A 756.11 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00274196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4513;QD=54.9897;RBI=0.117973;REFB=-0.15646;REVB=0.117941;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00353761;OID=.;OPOS=124664113;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:54:54:0.981818:24:30:0:0:24:30:0:1 chr8 124664130 . C T 867.07 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0686021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4913;QD=53.3583;RBI=0.0707361;REFB=-0.0680057;REVB=-0.0172437;RO=3;SAF=31;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435212;STB=0.52307;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00862024;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:65:65:3:3:62:62:0.953846:31:31:3:0:31:31:3:0 chr8 124664167 . T C 1269.43 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.708;QD=61.1776;RBI=0.0355343;REFB=0;REVB=0.0353118;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115131;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:45:38:0:0 chr8 124664792 . C T 1231.04 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228508;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.957;QD=61.5521;RBI=0.0239671;REFB=0;REVB=0.00722913;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71672e-05;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr8 124664873 . AT GC 1456.84 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216063;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.969;QD=63.3407;RBI=0.02354;REFB=0;REVB=0.00934337;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.15582e-05;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr8 124710729 . C T 224.99 PASS AF=0.337349;AO=27;DP=82;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0123096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.192;QD=10.8429;RBI=0.0192385;REFB=-0.00655451;REVB=0.014785;RO=50;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126326;STB=0.614628;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0084494;OID=.;OPOS=124710729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:55:27:28:0.337349:17:10:24:26:18:10:29:26 chr8 124749610 . C T 750.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8612;QD=56.6062;RBI=0.0204021;REFB=0;REVB=0.0180001;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317782;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:18:33:0:0:19:34:0:0 chr8 124824826 . G A 1306.05 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.533;QD=60.7466;RBI=0.0156227;REFB=-0.0199018;REVB=0.0058497;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-3.9019e-05;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:35:50:0:0:35:50:0:1 chr8 124987478 . T C 1491.54 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.58;QD=63.47;RBI=0.0311737;REFB=0;REVB=0.0199194;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128885;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr8 125072426 . T C 709.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.017;QD=63.1104;RBI=0.0510397;REFB=0;REVB=0.0461722;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81325e-05;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:20:22:0:0:22:23:0:0 chr8 125076589 . T G 1211.99 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0719087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2305;QD=59.8515;RBI=0.0740439;REFB=0.00713363;REVB=0.017653;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000288297;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:44:36:0:0:44:36:1:0 chr8 125107201 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00864779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.028;QD=56.6227;RBI=0.0123445;REFB=-0.0993437;REVB=0.00880919;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000169676;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:1:0:35:28:1:0 chr8 125107207 . C T 890.14 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0183683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1615;QD=54.778;RBI=0.0222707;REFB=-0.100146;REVB=-0.0125932;RO=2;SAF=27;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336963;STB=0.517851;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00093007;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:36:27:2:0:36:27:2:0 chr8 125463250 . T C 1434.05 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.107;QD=63.0351;RBI=0.0158177;REFB=0;REVB=0.00364679;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84865e-05;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr8 125463544 . T C 401.43 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.010295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.081;QD=16.3848;RBI=0.0227791;REFB=-0.0271879;REVB=0.02032;RO=55;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515023;STB=0.533964;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0389313;OID=.;OPOS=125463544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:56:42:42:0.428571:22:20:29:26:22:20:30:26 chr8 125498547 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.723;QD=57.1774;RBI=0.0268901;REFB=0;REVB=0.0253969;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27328e-05;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr8 125562029 . C T 666.25 PASS AF=0.662791;AO=57;DP=86;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0154693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.69;QD=30.9885;RBI=0.0159475;REFB=-0.00315177;REVB=0.00387564;RO=29;SAF=24;SAR=33;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103587;STB=0.556084;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00189398;OID=.;OPOS=125562029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:29:29:57:57:0.662791:33:24:17:12:33:24:17:12 chr8 125564642 . A T 179.52 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.337;QD=21.7605;RBI=0.00783136;REFB=0.00140596;REVB=0.00783136;RO=15;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011066;OID=.;OPOS=125564642;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:18:0:0:15:18:0:0:15 chr8 125565328 . T C 993.41 PASS AF=0.617021;AO=87;DP=141;FAO=87;FDP=141;FR=.;FRO=54;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0174084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.267;QD=28.1819;RBI=0.0423449;REFB=-0.0176442;REVB=0.038601;RO=54;SAF=48;SAR=39;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101996;STB=0.555217;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00926009;OID=.;OPOS=125565328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:54:54:87:87:0.617021:39:48:22:32:39:48:22:32 chr8 125568162 . A G 253.76 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0132121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.03;QD=20.3008;RBI=0.0134426;REFB=-0.0345569;REVB=-0.00247887;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752782;STB=0.539904;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0326654;OID=.;OPOS=125568162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:25:23:25:0.5:11:12:11:14:12:13:11:14 chr8 125568623 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.636;QD=62.3501;RBI=0.0416988;REFB=0;REVB=0.00514488;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100791;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr8 126283111 . G T 244.06 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360155;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.171;QD=51.3818;RBI=0.0360464;REFB=0;REVB=-0.00149193;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118903;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr8 126449406 . C T 1139.09 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.79;QD=59.1736;RBI=0.0394757;REFB=-0.0846826;REVB=0.0320804;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141235;STB=0.507461;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000288507;OID=.;OPOS=126449406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:33:43:0:1:33:43:0:1 chr8 126450286 . ATTTTG A 337.96 PASS AF=0.666667;AO=37;DP=47;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.015598;FXX=0.0338926;HRUN=4;LEN=5;MLLD=229.208;QD=23.7168;RBI=0.0158639;REFB=0.0164494;REVB=-0.00289211;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.553045;STBP=0.29;TYPE=del;VARB=-0.0101458;OID=.;OPOS=126450287;OREF=TTTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:37:47:38:57:19:18:20:6:13:99:0:17:20:0:0 chr8 127683774 . G A,T 771.61 PASS AF=0.1,0.9;AO=4,44;DP=49;FAO=5,45;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=4,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534565,-0.00331188;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=128.502,160.387;QD=61.729;RBI=0.0246727,0.0191145;REFB=0,0;REVB=0.0240866,0.0188254;RO=0;SAF=1,19;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.040359,0.000275517;OID=.,.;OPOS=127683774,127683774;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:49:50:0:0:4,44:5,45:0.1,0.9:3,25:1,19:0:0:4,26:1,19:0:0 chr8 127683850 . T C 1253.36 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224305;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.543;QD=60.4028;RBI=0.027492;REFB=-0.0981516;REVB=0.015896;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976474;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00039364;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:48:34:0:1:48:34:0:1 chr8 128428638 . G A 843.69 PASS AF=0.41048;AO=94;DP=229;FAO=94;FDP=229;FR=.;FRO=135;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=0.0146267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.244;QD=14.7369;RBI=0.0163169;REFB=-0.00886482;REVB=-0.00723199;RO=135;SAF=51;SAR=43;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721479;STB=0.540376;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0136417;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:135:135:94:94:0.41048:43:51:64:71:43:51:64:71 chr8 128428795 . G A 279.94 PASS AF=0.261745;AO=39;DP=149;FAO=39;FDP=149;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.033786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8719;QD=7.5151;RBI=0.0382462;REFB=0.00172728;REVB=-0.0179242;RO=109;SAF=17;SAR=22;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170703;STB=0.507157;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00818213;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:109:110:39:39:0.261745:22:17:49:60:22:17:49:61 chr8 128428823 . G C 302.02 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=132;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0153267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.02;QD=9.1522;RBI=0.0160611;REFB=-0.00546132;REVB=-0.00480128;RO=92;SAF=18;SAR=22;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597133;STB=0.534937;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0154117;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:92:92:40:40:0.30303:22:18:46:46:22:18:46:46 chr8 128429262 . G C 347.37 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0926581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9218;QD=51.4619;RBI=0.0968433;REFB=-0.0284337;REVB=0.0281621;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617811;STB=0.533307;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00926257;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:19:7:1:0:19:7:1:0 chr8 128429510 . G A 482.98 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5206;QD=58.543;RBI=0.0968093;REFB=0;REVB=0.0959762;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115715;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr8 128429519 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.388;QD=62.3509;RBI=0.022999;REFB=0;REVB=0.0223554;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51902e-05;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr8 128429660 . T C 817.62 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1685;QD=57.3768;RBI=0.0160576;REFB=0;REVB=0.00953611;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89752e-05;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr8 128429721 . T C 332.95 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2165;QD=53.2721;RBI=0.0951249;REFB=0;REVB=0.0175207;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435884;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr8 128429732 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.449;QD=49.599;RBI=0.0270794;REFB=0;REVB=-0.0148316;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04954e-05;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr8 128430478 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000405863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.567;QD=45.8065;RBI=0.128454;REFB=0;REVB=0.128453;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986745;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr8 128430807 . C A 421.4 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00982566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.017;QD=29.0624;RBI=0.0110885;REFB=-0.0336805;REVB=0.00513925;RO=19;SAF=16;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391407;STB=0.521295;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0150695;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:23:16:9:10:23:16:9:10 chr8 128430872 . A AATG,ATG 374.5 PASS AF=0.852941,0;AO=22,5;DP=37;FAO=29,0;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=12,0;FSAR=17,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00143355,-0.00900499;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,2;MLLD=275.284,258.237;QD=44.0586;RBI=0.00949318,0.0124902;REFB=-0.0239079,-0.0271097;REVB=0.00938431,0.00865535;RO=8;SAF=11,0;SAR=11,5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0607734,-0.711762;STB=0.502091,0.5;STBP=0.998,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00457682,0;OID=.,.;OPOS=128430873,128430873;OREF=-,-;OALT=ATG,TG;OMAPALT=AATG,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941,0:22,5:37:29,0:34:5:12,0:17,0:2:3:24:8:11,0:11,5:3:5 chr8 128431385 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0173209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.991;QD=13.4559;RBI=0.0188326;REFB=-0.00905243;REVB=0.00739291;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385972;STB=0.726859;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0197365;OID=.;OPOS=128431385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:10:5:8:3:10:5 chr8 128431694 . A G 374.8 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0220405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.839;QD=26.3019;RBI=0.0222508;REFB=-0.0363273;REVB=-0.00305147;RO=21;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731758;STB=0.540037;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0218228;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:15:21:10:11:15:21:10:11 chr8 128432206 . C A 155.65 PASS AF=0.447368;AO=13;DP=34;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0205836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.882;QD=16.384;RBI=0.0393379;REFB=-0.0249478;REVB=0.0335229;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272467;STB=0.624835;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0293801;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:21:21:13:17:0.447368:11:2:7:14:14:3:7:14 chr8 128747953 . G T 490.0 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0705452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.643;QD=56.0004;RBI=0.0724474;REFB=-0.0317873;REVB=-0.0164926;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000783017;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:18:16:0:0:18:16:1:0 chr8 129011513 . T C 693.46 PASS AF=0.55;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0256439;FXX=0.0551138;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4024;QD=23.1152;RBI=0.0313147;REFB=-0.00587097;REVB=0.0179723;RO=47;SAF=32;SAR=33;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112262;STB=0.574978;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00964179;OID=.;OPOS=129011513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:120:47:54:65:66:0.55:33:32:30:17:33:33:36:18 chr8 129021179 . G A 636.06 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0102603;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.109;QD=54.1326;RBI=0.0148069;REFB=-0.000120945;REVB=0.0106757;RO=4;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243634;STB=0.513001;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00014992;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:47:4:4:43:43:0.914894:26:17:1:3:26:17:1:3 chr8 129022785 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.315;QD=58.0607;RBI=0.00531491;REFB=0;REVB=0.00402254;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92108e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr8 129022816 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.035;QD=58.0611;RBI=0.0224128;REFB=0;REVB=0.00893423;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3214e-05;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr8 129022818 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.514;QD=58.0608;RBI=0.0214764;REFB=0;REVB=0.00638572;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28948e-05;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:38:22:0:0:38:23:0:0 chr8 129162433 . G A 138.58 PASS AF=0.518519;AO=8;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0021499;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=195.266;QD=20.5306;RBI=0.0139849;REFB=-0.0102641;REVB=-0.0138186;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.530077;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00626036;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:26:27:6:10:8:14:0.518519:4:4:4:2:6:8:5:5 chr8 129232773 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0310414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7546;QD=13.4857;RBI=0.0353066;REFB=-0.0115863;REVB=0.0168222;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0166377;OID=.;OPOS=129232773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr8 130760850 . A G 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.753;QD=64.1346;RBI=0.0457479;REFB=0;REVB=0.0447204;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190296;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr8 130762291 . G A 1494.85 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00795317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.954;QD=56.4094;RBI=0.00796141;REFB=-0.0107056;REVB=0.000362026;RO=3;SAF=48;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715815;STB=0.503774;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=7.05049e-06;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:55:48:1:2:55:48:1:2 chr8 131124559 . T C 634.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113983;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.391;QD=61.8759;RBI=0.0350817;REFB=0;REVB=0.0331784;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128222;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr8 131140180 . G A 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00632148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.732;QD=12.5795;RBI=0.0156729;REFB=-0.00981636;REVB=-0.0143415;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319677;STB=0.688054;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0465538;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:13:18:5:12:13:18 chr8 131149288 . GA G 69.13 PASS AF=0.35;AO=24;DP=88;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.130099;FXX=0.0908988;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.83107;QD=3.45668;RBI=0.138734;REFB=-0.0227275;REVB=-0.0481799;RO=46;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177077;STB=0.527008;STBP=0.707;TYPE=del;VARB=-0.0634695;OID=.;OPOS=131149289;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:24:88:28:80:52:13:15:22:30:69:46:7:17:20:26 chr8 131921956 . A G 628.89 PASS AF=0.451389;AO=64;DP=143;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.0222202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.726;QD=17.4692;RBI=0.0223954;REFB=0.00292666;REVB=-0.00279555;RO=76;SAF=33;SAR=31;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620525;STB=0.53964;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00270996;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:76:79:64:65:0.451389:31:33:44:32:31:34:47:32 chr8 132936405 . C T 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0172577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.762;QD=12.8682;RBI=0.0336786;REFB=-0.0105589;REVB=-0.028921;RO=51;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172633;STB=0.599125;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.018979;OID=.;OPOS=132936405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:11:20:25:26:11:20:25:26 chr8 132982824 . A G 396.33 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0538601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8654;QD=25.9887;RBI=0.0566302;REFB=0.016199;REVB=0.0174949;RO=23;SAF=10;SAR=28;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358679;STB=0.51964;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00826987;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:28:10:7:16:28:10:7:16 chr8 133013981 . G A 182.65 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0370871;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0122;QD=13.0462;RBI=0.0404184;REFB=-0.00542358;REVB=-0.0160685;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184081;STB=0.616329;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00938208;OID=.;OPOS=133013981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:22:22:0.392857:7:15:17:16:7:15:17:17 chr8 133089975 . A G 1304.73 PASS AF=0.956522;AO=85;DP=90;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00867262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.52;QD=56.7276;RBI=0.0943078;REFB=-0.0086855;REVB=-0.0939082;RO=3;SAF=33;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411323;STB=0.516542;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00135569;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:92:3:4:85:88:0.956522:52:33:3:0:54:34:3:1 chr8 133092138 . G A 596.77 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0128347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.915;QD=23.4028;RBI=0.0143621;REFB=-0.00567602;REVB=-0.00644513;RO=44;SAF=18;SAR=40;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138025;STB=0.507543;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00525687;OID=.;OPOS=133092138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:40:18:13:31:40:18:13:31 chr8 133101818 . G A 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.854;QD=59.6733;RBI=0.0346382;REFB=0;REVB=0.0046336;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74658e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr8 133107830 . T C 1730.91 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.13;QD=60.7337;RBI=0.0370398;REFB=0;REVB=0.0281621;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8576e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:112:114:1:53:59:0:0:53:61:0:0 chr8 133111201 . C T 144.2 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00284351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.18;QD=8.60871;RBI=0.00859936;REFB=-0.0099573;REVB=-0.00811563;RO=45;SAF=15;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301267;STB=0.682733;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.043439;OID=.;OPOS=133111201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:47:20:20:0.298507:5:15:23:22:5:15:24:23 chr8 133112392 . G A 1025.68 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.17;QD=59.4595;RBI=0.0200793;REFB=0;REVB=0.0053185;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87746e-05;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:41:25:0:0:43:26:0:0 chr8 133113531 . A T 597.76 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.225;QD=59.7761;RBI=0.0252796;REFB=0;REVB=0.00229618;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93506e-05;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr8 133175766 . A T 43.86 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0248086;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.2779;QD=5.65875;RBI=0.0607945;REFB=0.000834102;REVB=0.0555023;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657525;STB=0.54335;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00157241;OID=.;OPOS=133175766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:8:16:5:2:8:16 chr8 133584558 . A G 707.14 PASS AF=0.616162;AO=29;DP=92;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0289346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9007;QD=28.5712;RBI=0.0402612;REFB=-0.0191802;REVB=0.0279956;RO=35;SAF=28;SAR=1;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653649;STB=0.565942;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0131122;OID=.;OPOS=133584558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:99:35:38:29:61:0.616162:1:28:22:13:33:28:24:14 chr8 133590719 . C T 678.2 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0291628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5134;QD=24.2214;RBI=0.0377889;REFB=-0.0410439;REVB=0.024032;RO=47;SAF=41;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129209;STB=0.570554;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0305696;OID=.;OPOS=133590719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:47:65:65:0.580357:24:41:22:25:24:41:22:25 chr8 133637659 . G A 518.73 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0269181;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4205;QD=20.3423;RBI=0.0287983;REFB=-0.0302604;REVB=0.0102351;RO=48;SAF=21;SAR=32;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552289;STB=0.536163;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0311509;OID=.;OPOS=133637659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:48:49:53:53:0.519608:32:21:22:26:32:21:23:26 chr8 133859871 . T A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.843;QD=57.1062;RBI=0.0274988;REFB=0;REVB=0.0219843;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23721e-06;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr8 133984058 . C T 714.32 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0117435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.028;QD=19.1765;RBI=0.0205834;REFB=-0.0145401;REVB=-0.0169047;RO=77;SAF=37;SAR=34;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352297;STB=0.515831;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0205077;OID=.;OPOS=133984058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:78:71:71:0.47651:34:37:43:34:34:37:43:35 chr8 134024224 . A G 64.89 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0477364;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6134;QD=2.76112;RBI=0.0591795;REFB=-0.00758748;REVB=-0.0349778;RO=81;SAF=3;SAR=10;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244789;STB=0.673868;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.052855;OID=.;OPOS=134024224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:94:81:81:13:13:0.138298:10:3:33:48:10:3:33:48 chr8 134108453 . C T 529.97 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0171613;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8024;QD=20.5812;RBI=0.019003;REFB=0.0135519;REVB=-0.00816101;RO=49;SAF=33;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357105;STB=0.519678;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0118927;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:49:49:54:54:0.524272:21:33:28:21:21:33:28:21 chr8 134108546 . T C 499.71 PASS AF=0.45;AO=53;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.014021;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.118;QD=16.6571;RBI=0.0160945;REFB=-0.002841;REVB=-0.00790215;RO=61;SAF=26;SAR=27;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956879;STB=0.533321;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00363875;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:66:53:54:0.45:27:26:36:25:27:27:37:29 chr8 134114771 . C T 189.28 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0161995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.779;QD=21.6324;RBI=0.0201137;REFB=-0.00364051;REVB=0.0119222;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220328;STB=0.592717;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00281125;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:16:18:19:0.542857:7:11:6:11:8:11:6:10 chr8 134125682 . G A 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00252323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.01;QD=19.518;RBI=0.0327414;REFB=0.0144335;REVB=-0.032644;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22495;STB=0.625578;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00771925;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:10:16:10:18:10:16 chr8 134292516 . A G 120.7 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0238972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0603;QD=14.6297;RBI=0.0240231;REFB=0.00297753;REVB=-0.00245686;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13069;STB=0.575652;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00517248;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:7:12:7:7:7:12 chr8 134488007 . G A 81.57 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0316148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9877;QD=8.3659;RBI=0.0316202;REFB=-0.00380897;REVB=-0.000585601;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161743;STB=0.599815;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0188003;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:14:14:4:7:14:14 chr8 135602581 . A G 905.91 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6006;QD=56.6191;RBI=0.123526;REFB=-0.00336664;REVB=0.0391606;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00165166;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:28:35:0:0:28:35:0:1 chr8 135612595 . A G 557.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.346;QD=60.2219;RBI=0.0530772;REFB=0;REVB=0.0528474;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167329;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:14:21:0:0:16:21:0:0 chr8 135612745 . A G 1553.4 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371283;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.589;QD=64.0577;RBI=0.0552557;REFB=0;REVB=0.0409229;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150902;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr8 135614705 . A G 1036.97 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465954;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7107;QD=59.2555;RBI=0.0429882;REFB=0;REVB=-0.0427349;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356388;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr8 135614972 . A G 1218.96 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0295218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4675;QD=58.7451;RBI=0.0319626;REFB=-0.077902;REVB=-0.0122504;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.502986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00563048;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:0:2:81:81:0.975904:50:31:0:0:50:31:1:1 chr8 135649848 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0280553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.518;QD=19.0179;RBI=0.0335592;REFB=-0.0263167;REVB=0.0184152;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149262;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0285566;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:7:7:10:5:7:7 chr8 136659426 . G A 657.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000236032;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.375;QD=62.5825;RBI=0.016434;REFB=0;REVB=0.0164323;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28617e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr8 139143942 . A G 489.94 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.103434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7381;QD=55.993;RBI=0.10442;REFB=-0.0412987;REVB=0.0143161;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190857;STB=0.510198;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.000253922;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:24:10:0:1:24:10:0:1 chr8 139164192 . G A 165.73 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00755713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.755;QD=12.5077;RBI=0.0142611;REFB=0.00172143;REVB=0.0120941;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305924;STB=0.658379;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00363481;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:33:20:20:0.377358:13:7:20:11:13:7:20:13 chr8 139165068 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0253058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.203;QD=19.9283;RBI=0.0465599;REFB=-0.00714689;REVB=-0.0390826;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152892;STB=0.586078;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00918209;OID=.;OPOS=139165068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:8:1:3:9:8:1 chr8 139165272 . TG CA 149.93 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00982032;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.62;QD=8.10449;RBI=0.0160692;REFB=-0.0125062;REVB=0.0127193;RO=52;SAF=11;SAR=10;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13397;STB=0.585097;STBP=0.393;TYPE=mnp;VARB=0.0367115;OID=.;OPOS=139165272;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:53:21:21:0.283784:10:11:33:19:10:11:34:19 chr8 139165289 . T C 193.69 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00112577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.603;QD=10.1944;RBI=0.031642;REFB=-0.00935197;REVB=0.031622;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162191;STB=0.599287;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0265333;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:12:13:33:17:12:13:34:17 chr8 139626176 . C G 1541.83 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232853;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6215;QD=59.8769;RBI=0.0271811;REFB=0;REVB=-0.0140215;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.849e-05;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr8 139647262 . A G 563.82 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.994;QD=59.349;RBI=0.0223896;REFB=0;REVB=0.0155977;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202584;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:21:17:0:0 chr8 139672671 . T C 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.313;QD=56.0107;RBI=0.0209778;REFB=-0.0504676;REVB=-0.0127572;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00403137;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr8 139697478 . T C 6291.96 PASS AF=1;AO=398;DP=406;FAO=407;FDP=407;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391227;FXX=0.0169078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9716;QD=61.8374;RBI=0.040559;REFB=-0.120203;REVB=0.0106981;RO=1;SAF=195;SAR=203;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532463;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:406:407:1:0:398:407:1:203:195:1:0:207:200:0:0 chr8 139712323 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.473;QD=57.1062;RBI=0.022079;REFB=0;REVB=0.00924598;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66487e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr8 139749758 . G T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0214467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.988;QD=15.6454;RBI=0.0215131;REFB=-0.000471739;REVB=0.00168966;RO=29;SAF=5;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149703;STB=0.586123;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000722602;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:17:5:10:19:17:5:10:19 chr8 139767379 . C T 484.82 PASS AF=0.51087;AO=45;DP=90;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00126765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.532;QD=21.0791;RBI=0.00130554;REFB=-0.0124198;REVB=0.000312265;RO=45;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0127546;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:45:45:45:47:0.51087:27:18:18:27:29:18:18:27 chr8 139768085 . G A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.605;QD=47.8185;RBI=0.0278706;REFB=0;REVB=0.019554;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036543;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr8 139824057 . G A 131.23 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0115004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.703;QD=14.1871;RBI=0.0174211;REFB=-0.0215826;REVB=0.0130857;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103647;STB=0.560358;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0206488;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:11:11:9:6:11:11 chr8 139838912 . T C 351.76 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0163562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.816;QD=18.0392;RBI=0.0468222;REFB=-0.0133723;REVB=0.0438725;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107238;STB=0.565872;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0160916;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:41:37:37:0.474359:20:17:23:17:20:17:24:17 chr8 140120719 . C T 631.05 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0205298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.213;QD=26.8533;RBI=0.0206035;REFB=-0.0106534;REVB=-0.00174019;RO=37;SAF=29;SAR=27;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056242;STB=0.524763;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00791949;OID=.;OPOS=140120719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:38:56:56:0.595745:27:29:22:15:27:29:22:16 chr8 140630990 . A G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.011874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0047;QD=15.6246;RBI=0.0202092;REFB=-0.00509262;REVB=-0.016353;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294677;STB=0.669369;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00291415;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:8:15:6:11:8:15 chr8 140945896 . G A 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0397469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.527;QD=12.8718;RBI=0.0422544;REFB=-0.0257176;REVB=-0.0143396;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128751;STB=0.58238;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0368112;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:9:10:20:11:9:10:21:11 chr8 141310644 . G A 2189.22 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=143;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0347247;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.504;QD=61.6682;RBI=0.0383476;REFB=-0.070769;REVB=-0.0162708;RO=2;SAF=71;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132035;STB=0.506943;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000118442;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:142:2:2:140:140:0.985915:69:71:2:0:69:71:2:0 chr8 141461062 . G A 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.32;QD=59.6753;RBI=0.0374318;REFB=0;REVB=0.0308813;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387308;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr8 141461185 . A G 701.77 PASS AF=1;AO=35;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.691;QD=57.2874;RBI=0.0550361;REFB=0;REVB=0.0548475;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565115;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:35:49:1:6:29:0:0:19:30:0:0 chr8 141461266 . A G 1292.53 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614441;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.496;QD=60.1177;RBI=0.065711;REFB=0;REVB=0.0232928;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145086;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:78:86:1:28:50:0:0:32:54:0:0 chr8 141461267 . C G 35.84 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.016336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.0363;QD=1.52509;RBI=0.0258658;REFB=-0.0318223;REVB=0.0200543;RO=85;SAF=6;SAR=3;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821112;STB=0.564738;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0348906;OID=.;OPOS=141461267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:3:6:51:34:3:6:51:34 chr8 141559358 . G A 710.65 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.694;QD=54.6651;RBI=0.0301339;REFB=-0.0516947;REVB=0.0219695;RO=1;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268819;STB=0.51428;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00122843;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:17:33:0:1:17:34:0:1 chr8 141561427 . G A 79.39 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0171419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.195;QD=7.05727;RBI=0.0182302;REFB=-0.000893508;REVB=-0.00620422;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760116;STB=0.561068;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00217875;OID=.;OPOS=141561427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:4:7:19:14:4:7:19:15 chr8 141566311 . C T 1424.55 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0265985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.181;QD=60.619;RBI=0.0292792;REFB=-0.162238;REVB=0.0122389;RO=2;SAF=52;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178826;STB=0.509432;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00132399;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:2:2:92:92:0.978723:40:52:2:0:40:52:2:0 chr8 141568622 . G A 2133.6 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000730403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6554;QD=62.7531;RBI=0.00591725;REFB=0;REVB=-0.005872;RO=0;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18062e-05;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:75:61:0:0:75:61:0:0 chr8 141774282 . A C 471.6 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0724266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7329;QD=55.4826;RBI=0.0954885;REFB=0.198074;REVB=0.062229;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00774191;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:23:10:0:1:23:10:0:1 chr8 141780818 . T C 645.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.978;QD=61.4284;RBI=0.0601465;REFB=0;REVB=0.0563531;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041694;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:11:30:0:0:12:30:0:0 chr8 141840645 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000999174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.893;QD=57.2376;RBI=0.00676222;REFB=0;REVB=0.00668799;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26084e-05;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr8 142146708 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.557;QD=62.6662;RBI=0.0188742;REFB=0;REVB=0.0143039;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32342e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr8 142148144 . C T 369.39 PASS AF=0.323944;AO=46;DP=143;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.024962;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.599;QD=10.4054;RBI=0.0368232;REFB=-0.00677141;REVB=-0.0270712;RO=96;SAF=25;SAR=21;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750884;STB=0.543459;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0154012;OID=.;OPOS=142148144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:96:96:46:46:0.323944:21:25:46:50:21:25:46:50 chr8 142152442 . A G 1572.88 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.231;QD=59.9192;RBI=0.0511182;REFB=0;REVB=0.0486294;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182326;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr8 142154291 . G A 476.17 PASS AF=0.479592;AO=45;DP=96;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00278785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.25;QD=19.4356;RBI=0.00475958;REFB=-0.019726;REVB=0.00385766;RO=50;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338651;STB=0.511532;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0160016;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:50:51:45:47:0.479592:25:20:24:26:25:22:25:26 chr8 142161032 . A C 449.71 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0119906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.108;QD=18.935;RBI=0.0167667;REFB=-0.0157926;REVB=-0.0117196;RO=50;SAF=20;SAR=25;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183223;STB=0.601807;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0218282;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:25:20:32:18:25:20:32:18 chr8 142161873 . C T 308.02 PASS AF=0.583333;AO=24;DP=45;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0724803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0253;QD=25.6682;RBI=0.0821842;REFB=0.00438439;REVB=0.0387407;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101317;STB=0.519217;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00130321;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:20:20:24:28:0.583333:17:7:8:12:18:10:8:12 chr8 142161888 . G A 279.57 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.026964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8959;QD=27.275;RBI=0.0331764;REFB=-0.0266598;REVB=0.019329;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966222;STB=0.562452;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0252346;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:16:25:25:0.609756:15:10:4:11:15:10:4:12 chr8 142168337 . C T 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.005856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.118;QD=15.2183;RBI=0.0242283;REFB=-0.010473;REVB=-0.0235099;RO=41;SAF=8;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257136;STB=0.646486;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0299772;OID=.;OPOS=142168337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:23:8:20:21:23:8:20:21 chr8 142185580 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00966032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.041;QD=16.9796;RBI=0.0206524;REFB=-0.00391877;REVB=-0.0182538;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199382;STB=0.511227;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00366246;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:15:14:12:14:15:14 chr8 142185718 . T C 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0803056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9014;QD=14.4084;RBI=0.0808031;REFB=-0.00579584;REVB=0.00895273;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190232;STB=0.597979;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0126586;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:8:10:10:17:8:10:11:17 chr8 142200467 . G A 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0130804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.281;QD=17.587;RBI=0.0135261;REFB=-0.0188355;REVB=0.00344373;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673758;STB=0.538426;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0316987;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:12:16:14:8:12:16 chr8 142202847 . G A 60.65 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0117061;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5682;QD=15.162;RBI=0.106779;REFB=-0.0213814;REVB=0.106135;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260084;STB=0.617308;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0383031;OID=.;OPOS=142202847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:16:6:8:8:8:0.5:7:1:2:4:7:1:2:6 chr8 142202856 . C T 73.01 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0730562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.39;QD=11.2321;RBI=0.0741563;REFB=-0.0399689;REVB=-0.0127257;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190233;STB=0.588075;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0682643;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:26:16:16:9:10:0.384615:6:3:3:13:7:3:3:13 chr8 142202884 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.749;QD=56.4868;RBI=0.0240212;REFB=-0.0502313;REVB=0.0183401;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5263;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00166836;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:26:9:0:0:26:9:1:0 chr8 142218119 . G A 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0517444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3503;QD=21.5082;RBI=0.0656446;REFB=-0.0259213;REVB=0.0403948;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125134;STB=0.570392;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0159496;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:6:9:8:10:6:9 chr8 142221361 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.548;QD=53.2772;RBI=0.0102723;REFB=0;REVB=0.00142492;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41769e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr8 142222374 . A G 2263.18 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6447;QD=63.3056;RBI=0.0272449;REFB=0;REVB=-0.0221042;RO=0;SAF=78;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302627;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:64:78:0:0:64:79:0:0 chr8 142222445 . T C 2190.76 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=148;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0281976;FXX=0.0270252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8022;QD=60.8545;RBI=0.0295426;REFB=-0.0478979;REVB=0.00881255;RO=3;SAF=62;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427718;STB=0.50225;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00049028;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:148:144:3:3:141:141:0.979167:79:62:1:2:79:62:1:2 chr8 142225990 . G A 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7362;QD=56.992;RBI=0.102611;REFB=0;REVB=0.0953146;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695131;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr8 142228149 . G A 369.3 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0224025;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.646;QD=14.6257;RBI=0.0224039;REFB=-0.011607;REVB=0.00024884;RO=56;SAF=26;SAR=16;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642036;STB=0.505481;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0189507;OID=.;OPOS=142228149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:59:42:42:0.415842:16:26:35:21:16:26:36:23 chr8 142228686 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00335484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.8;QD=16.1558;RBI=0.00644479;REFB=-0.0208635;REVB=-0.00550276;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178544;STB=0.600677;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0299365;OID=.;OPOS=142228686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:11:16:13:19:11:16:13:19 chr8 142228809 . T C 382.97 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00855983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0321;QD=52.8233;RBI=0.0180826;REFB=-0.15787;REVB=-0.0159283;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00366536;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr8 142229834 . G A 585.24 PASS AF=0.334842;AO=74;DP=220;FAO=74;FDP=221;FR=.;FRO=147;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=0.00598706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.965;QD=10.5926;RBI=0.0227001;REFB=-0.0156635;REVB=0.0218964;RO=145;SAF=43;SAR=31;SRF=80;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346046;STB=0.520394;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0304471;OID=.;OPOS=142229834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:145:147:74:74:0.334842:31:43:80:65:31:43:81:66 chr8 142229891 . A G 3123.69 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.869;QD=61.5505;RBI=0.0378477;REFB=0;REVB=0.0196037;RO=0;SAF=115;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96936e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:203:0:0:202:203:1:87:115:0:0:88:115:0:0 chr8 142238339 . C A 238.68 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0195143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.996;QD=27.2772;RBI=0.0206411;REFB=-0.0238687;REVB=0.00672636;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196332;STB=0.622924;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0163992;OID=.;OPOS=142238339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:13:22:22:0.628571:8:14:4:8:8:14:4:9 chr8 142266691 . A C 1585.12 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.348;QD=64.0452;RBI=0.0322742;REFB=0;REVB=0.0279618;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8285e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:44:52:0:0:46:53:0:0 chr8 142367335 . T C 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4964;QD=56.1831;RBI=0.10816;REFB=0;REVB=-0.0830545;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00355576;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr8 142367400 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.196;QD=58.1421;RBI=0.0567552;REFB=0;REVB=0.02965;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020911;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr8 142367559 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.442;QD=44.0921;RBI=0.0139333;REFB=-0.0549251;REVB=-0.00736376;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000729212;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:6:10:0:1:6:11:0:1 chr8 142441642 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.82;QD=59.8394;RBI=0.031573;REFB=0;REVB=-0.00747962;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03129e-05;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr8 142446819 . G A 627.18 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.000991065;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.928;QD=24.5953;RBI=0.0712027;REFB=-0.027563;REVB=0.0711958;RO=41;SAF=34;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773878;STB=0.537537;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0169;OID=.;OPOS=142446819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:41:42:60:60:0.588235:26:34:19:22:26:34:20:22 chr8 142446923 . C T 969.49 PASS AF=0.597222;AO=86;DP=144;FAO=86;FDP=144;FR=.;FRO=58;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0435447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.008;QD=26.9302;RBI=0.0435899;REFB=-0.0255715;REVB=-0.00198547;RO=57;SAF=47;SAR=39;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130321;STB=0.567069;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.03895;OID=.;OPOS=142446923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:57:58:86:86:0.597222:39:47:21:36:39:47:22:36 chr8 142446937 . C T 500.23 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0555217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.989;QD=14.7126;RBI=0.0556301;REFB=-0.0316997;REVB=0.00347165;RO=63;SAF=22;SAR=33;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283749;STB=0.589253;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0296896;OID=.;OPOS=142446937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:80:55:55:0.404412:33:22:27:36:33:22:44:36 chr8 142459814 . C T 1684.59 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0151965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.912;QD=57.5927;RBI=0.015669;REFB=-0.0291156;REVB=0.00381909;RO=4;SAF=44;SAR=69;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752973;STB=0.501648;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.000195811;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:4:3:113:114:0.974359:69:44:2:2:69:45:1:2 chr8 142476529 . G A 705.45 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.828;QD=61.3434;RBI=0.0556744;REFB=0;REVB=0.0460166;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035318;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:26:18:0:0:27:19:0:0 chr8 142488837 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.192;QD=58.2393;RBI=0.0420286;REFB=0;REVB=0.0327645;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210464;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr8 142490079 . G A 1565.14 PASS AF=1;AO=67;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883402;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.64;QD=58.51;RBI=0.0207198;REFB=0;REVB=0.0187422;RO=1;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303423;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:1:0:67:107:1:21:46:0:1:47:60:0:0 chr8 142490080 . T A 188.35 PASS AF=0.261682;AO=26;DP=105;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.00213152;FXX=0.0183469;HRUN=7;LEN=1;MLLD=72.7564;QD=7.04122;RBI=0.012417;REFB=-0.0132308;REVB=0.0122327;RO=79;SAF=8;SAR=18;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403788;STB=0.729212;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0252651;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:79:79:26:28:0.261682:18:8:51:28:19:9:51:28 chr8 142490120 . G T 1269.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00687227;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.15;QD=60.4593;RBI=0.0353887;REFB=0.0781408;REVB=0.034715;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.506328;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000293581;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:44:39:1:0:44:39:1:0 chr8 143425553 . C T 357.9 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.091182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5006;QD=19.6112;RBI=0.0959433;REFB=-0.00919279;REVB=0.029849;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119958;STB=0.506663;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0104331;OID=.;OPOS=143425553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:19:18:18:18:19:18:18:18 chr8 143425720 . T C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0710325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.673;QD=8.45116;RBI=0.0715987;REFB=-0.01146;REVB=-0.00898605;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.622822;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0213464;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:9:9:28:14:9:9:29:14 chr8 143603418 . G C 522.43 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.050421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8865;QD=21.1082;RBI=0.0517406;REFB=0.0238832;REVB=0.0116109;RO=48;SAF=27;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12725;STB=0.564964;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0328246;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:49:50:50:0.505051:23:27:19:29:23:27:20:29 chr8 143623459 . G T 487.49 PASS AF=0.428571;AO=53;DP=125;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0158106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.046;QD=15.4758;RBI=0.0209015;REFB=-0.0198167;REVB=0.0136711;RO=72;SAF=29;SAR=24;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376174;STB=0.526696;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0267344;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:72:72:53:54:0.428571:24:29:42:30:25:29:42:30 chr8 143694775 . G C 779.5 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.946;QD=63.6324;RBI=0.0426829;REFB=0;REVB=0.0300321;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164911;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:16:31:0:0:16:33:0:0 chr8 143746087 . CCA C 680.98 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0131948;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=2;MLLD=302.145;QD=41.9067;RBI=0.0132366;REFB=-0.001148;REVB=0.0010517;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513919;STBP=0.393;TYPE=del;VARB=-3.01027e-05;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938462:61:62:61:65:4:32:29:3:1:5:0:32:29:0:0 chr8 143747318 . C T 260.36 PASS AF=0.276119;AO=35;DP=132;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=0.0948426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.848;QD=7.77181;RBI=0.0990826;REFB=-0.00668032;REVB=-0.0286748;RO=97;SAF=14;SAR=21;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239401;STB=0.518103;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0178476;OID=.;OPOS=143747318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:97:97:35:37:0.276119:21:14:37:60:22:15:37:60 chr8 143761931 . C T 266.91 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0229869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0823;QD=20.1444;RBI=0.0405983;REFB=0.00268435;REVB=-0.0334638;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985106;STB=0.563713;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00543356;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:13:15:10:14:13:15:10:15 chr8 143763490 . T C 222.73 PASS AF=0.769231;AO=19;DP=25;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0101468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.081;QD=34.2666;RBI=0.0408574;REFB=-0.0628276;REVB=0.0395774;RO=6;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201784;STB=0.613515;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00816351;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:6:6:19:20:0.769231:14:5:4:2:15:5:4:2 chr8 143808951 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.488;QD=46.8459;RBI=0.0493747;REFB=0;REVB=0.00969914;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591154;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr8 143867905 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00977824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.384;QD=12.0243;RBI=0.0155097;REFB=-0.00714104;REVB=0.012039;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103661;STB=0.560879;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00884415;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:5:15:8:4:5:15 chr8 143957151 . A C 56.4 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0186983;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.68;QD=9.80784;RBI=0.030983;REFB=-0.0228123;REVB=0.0247047;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137746;STB=0.604132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0432721;OID=.;OPOS=143957151;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:16:15:8:8:0.347826:5:3:8:8:5:3:8:7 chr8 143959250 . T C 721.37 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00142706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4887;QD=58.8875;RBI=0.00191191;REFB=-0.00654923;REVB=-0.00127236;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313349;STB=0.51666;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=3.71592e-05;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:29:18:0:2:29:18:0:2 chr8 143960597 . G A 136.36 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0284457;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9378;QD=15.5843;RBI=0.0912671;REFB=-0.00945324;REVB=0.0867209;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241819;STB=0.653639;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0102616;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:10:5:11:8:10:5:12:8 chr8 143961005 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.34;QD=63.583;RBI=0.0355265;REFB=0;REVB=0.0340875;RO=0;SAF=40;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89183e-05;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:7:40:0:0:7:40:0:0 chr8 143994266 . A G 48.74 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0141432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0511;QD=3.89943;RBI=0.0527294;REFB=-0.0081648;REVB=-0.0507972;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223595;STB=0.64321;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0276757;OID=.;OPOS=143994266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:41:42:8:8:0.16:3:5:18:23:3:5:19:23 chr8 143994702 . G T 238.58 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0402747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.316;QD=28.9184;RBI=0.0577045;REFB=-0.0477461;REVB=0.0413251;RO=11;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312066;STB=0.517226;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0265237;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:7:15:7:4:7:15:7:4 chr8 143994806 . A T 536.73 PASS AF=0.549451;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.01733;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.739;QD=23.5923;RBI=0.0226495;REFB=-0.0283343;REVB=-0.0145833;RO=42;SAF=31;SAR=18;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530489;STB=0.542582;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0265477;OID=.;OPOS=143994806;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:41:49:50:0.549451:18:31:29:13:19:31:29:12 chr8 143995743 . C T 290.39 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0162725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3628;QD=14.1652;RBI=0.0178894;REFB=0.00708068;REVB=-0.00743207;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696007;STB=0.539587;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0124243;OID=.;OPOS=143995743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:14:19:25:24:14:19:25:24 chr8 143995761 . C T 1195.39 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.383;QD=59.7693;RBI=0.0442487;REFB=-0.137025;REVB=0.0229395;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000657832;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:36:43:0:0:36:43:1:0 chr8 143996539 . T C 622.25 PASS AF=0.584158;AO=60;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.021075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5923;QD=24.6435;RBI=0.0408825;REFB=0.00370541;REVB=-0.0350317;RO=41;SAF=31;SAR=29;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758957;STB=0.550033;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00450401;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:42:60:59:0.584158:29:31:17:24:28:31:17:25 chr8 143996553 . G A 684.52 PASS AF=0.62766;AO=57;DP=92;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0242561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.793;QD=29.1287;RBI=0.0253304;REFB=-0.01982;REVB=0.00729868;RO=34;SAF=28;SAR=29;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142004;STB=0.5191;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0117873;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:34:35:57:59:0.62766:29:28:16:18:29:30:16:19 chr8 144102747 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0160793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.796;QD=12.6192;RBI=0.0481223;REFB=-0.020551;REVB=0.0453565;RO=38;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36621;STB=0.711681;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0211739;OID=.;OPOS=144102747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:6:18:16:22:6:18:16:22 chr8 144124609 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0313146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.133;QD=16.8228;RBI=0.0313325;REFB=-0.00667171;REVB=0.00105746;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00384202;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:4:1:2:5:4:1 chr8 144239859 . A G 590.08 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0258837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2528;QD=26.8219;RBI=0.0483521;REFB=-0.0168877;REVB=0.0408407;RO=35;SAF=25;SAR=28;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19654;STB=0.606846;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0155003;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:28:25:26:9:28:25:26:9 chr8 144240257 . C G 687.56 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0475458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1438;QD=22.1794;RBI=0.0487742;REFB=0.0277789;REVB=0.0108778;RO=56;SAF=42;SAR=25;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790853;STB=0.539943;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0220875;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:57:67:67:0.540323:25:42:30:26:25:42:31:26 chr8 144295782 . G T 296.84 PASS AF=0.355769;AO=36;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0729337;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0285;QD=11.4168;RBI=0.121461;REFB=-0.00201912;REVB=0.0971261;RO=68;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255145;STB=0.521728;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00544399;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:67:36:37:0.355769:22:14:25:43:22:15:25:42 chr8 144332012 . T C 669.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3537;QD=62.3067;RBI=0.0417246;REFB=0;REVB=0.0395703;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218508;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr8 144332082 . T C 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0088231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.13;QD=12.0834;RBI=0.0462478;REFB=-0.0165173;REVB=-0.0453984;RO=30;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478405;STB=0.78411;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0430445;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:13:3:18:12:13:3:18:12 chr8 144333315 . G A 332.21 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0225262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.853;QD=12.6556;RBI=0.0225447;REFB=-0.0208575;REVB=-0.000912589;RO=64;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407575;STB=0.527511;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0405256;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:21:19:28:36:21:19:28:37 chr8 144333434 . G A 188.29 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0370415;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.234;QD=12.7657;RBI=0.0384448;REFB=-0.0443224;REVB=0.0102925;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285958;STB=0.663656;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0510587;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:36:23:23:0.389831:9:14:12:24:9:14:12:24 chr8 144351631 . CA C,CG 1238.85 PASS AF=0.0609756,0.939024;AO=15,67;DP=84;FAO=5,77;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=4,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336156,0.030356;FXX=0.0238067;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.074,226.364;QD=60.4318;RBI=0.0385868,0.0376469;REFB=0,0;REVB=0.0189456,0.0222667;RO=0;SAF=1,18;SAR=14,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0687621,-0.00271697;OID=.,.;OPOS=144351632,144351632;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0609756,0.939024:15,67:84:5,77:82:0:1,18:4,59:0:0:14:0:1,18:14,49:0:0 chr8 144357213 . G C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0459596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.061;QD=10.5419;RBI=0.0515306;REFB=-0.00518632;REVB=-0.0233049;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126972;STB=0.576134;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0201072;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:9:12:5:6:9:12 chr8 144391924 . CT TC 87.5 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.062206;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=109.833;QD=13.4615;RBI=0.0904599;REFB=-0.0387992;REVB=-0.0656765;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659388;STB=0.877481;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.0161002;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:2:9:1:14:2:9:1:14 chr8 144391930 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0303698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.617;QD=14.7006;RBI=0.0429655;REFB=-0.00654399;REVB=-0.0303926;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659388;STB=0.878577;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0275551;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:11:12:0.444444:2:9:1:14:2:10:1:14 chr8 144400036 . C T 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00222307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8095;QD=12.0696;RBI=0.014825;REFB=-0.00938805;REVB=-0.0146574;RO=44;SAF=20;SAR=6;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616464;STB=0.535686;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00709039;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:6:20:32:12:6:20:32:12 chr8 144403485 . G C 1344.58 PASS AF=0.599034;AO=122;DP=206;FAO=124;FDP=207;FR=.;FRO=83;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0133556;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.029;QD=25.9821;RBI=0.0134489;REFB=-0.0166606;REVB=-0.00158194;RO=83;SAF=67;SAR=55;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403767;STB=0.525155;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0119158;OID=.;OPOS=144403485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:83:83:122:124:0.599034:55:67:50:33:57:67:50:33 chr8 144406705 . C T 795.55 PASS AF=0.691489;AO=65;DP=94;FAO=65;FDP=94;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00944286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.575;QD=33.8532;RBI=0.0464651;REFB=-0.0381054;REVB=-0.0454955;RO=29;SAF=36;SAR=29;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122841;STB=0.500662;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107267;OID=.;OPOS=144406705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:29:29:65:65:0.691489:29:36:16:13:29:36:16:13 chr8 144409934 . C A 2478.96 PASS AF=0.987879;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=110;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0231024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.286;QD=60.096;RBI=0.0246298;REFB=-0.00682797;REVB=0.00853859;RO=2;SAF=110;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857295;STB=0.504504;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00019901;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:2:2:163:163:0.987879:53:110:2:0:53:110:2:0 chr8 144409938 . A AG 1832.63 PASS AF=1;AO=143;DP=164;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018432;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7901;QD=47.9118;RBI=0.0436743;REFB=0;REVB=-0.0395942;RO=15;SAF=97;SAR=46;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000289292;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:143:164:153:153:0:104:49:0:0:33:15:97:46:11:4 chr8 144461522 . G A 502.2 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0585713;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.036;QD=32.9314;RBI=0.0593269;REFB=-0.0373786;REVB=0.00943838;RO=16;SAF=21;SAR=23;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507463;STB=0.534816;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0160489;OID=.;OPOS=144461522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:16:17:44:44:0.721311:23:21:6:10:23:21:6:11 chr8 144567079 . T C 437.65 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00676303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.787;QD=21.6122;RBI=0.00947019;REFB=-0.0124576;REVB=-0.00662917;RO=38;SAF=8;SAR=34;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154639;STB=0.58918;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0119315;OID=.;OPOS=144567079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:38:42:43:0.530864:34:8:12:26:35:8:12:26 chr8 144620183 . T C 53.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00579424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.768;QD=8.30462;RBI=0.0143869;REFB=-0.0239379;REVB=-0.0131685;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400023;STB=0.524936;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0736297;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:13:5:2:6:13:5 chr8 144620342 . T C 572.57 PASS AF=0.576087;AO=50;DP=90;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00743568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.458;QD=24.8945;RBI=0.0415206;REFB=-0.0248353;REVB=0.0408494;RO=39;SAF=25;SAR=25;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112808;STB=0.563628;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0198408;OID=.;OPOS=144620342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:39:39:50:53:0.576087:25:25:25:14:27:26:25:14 chr8 144620871 . A G 592.63 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00927279;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.875;QD=20.4355;RBI=0.0193767;REFB=-0.021092;REVB=-0.0170139;RO=56;SAF=29;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458942;STB=0.525264;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0213968;OID=.;OPOS=144620871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:56:56:60:60:0.517241:31:29:30:26:31:29:30:26 chr8 144621035 . G A 818.98 PASS AF=0.566176;AO=75;DP=134;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0115026;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.706;QD=24.0876;RBI=0.031007;REFB=-0.0045115;REVB=0.0287945;RO=58;SAF=39;SAR=36;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531377;STB=0.537658;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0039945;OID=.;OPOS=144621035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:58:59:75:77:0.566176:36:39:34:24:38:39:35:24 chr8 144621084 . T G 626.94 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0194474;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.389;QD=24.5859;RBI=0.0200136;REFB=-0.00292475;REVB=0.00472701;RO=41;SAF=27;SAR=33;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100732;STB=0.549983;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00170856;OID=.;OPOS=144621084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:41:42:60:60:0.588235:33:27:24:17:33:27:24:18 chr8 144621091 . A T 705.65 PASS AF=0.631068;AO=64;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00183849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.843;QD=27.404;RBI=0.0157085;REFB=-0.0125724;REVB=-0.0156006;RO=38;SAF=28;SAR=36;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115193;STB=0.558621;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00790755;OID=.;OPOS=144621091;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:38:64:65:0.631068:36:28:23:15:36:29:23:15 chr8 144624492 . A G 429.5 PASS AF=0.75;AO=37;DP=50;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0486077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1159;QD=33.0386;RBI=0.0491459;REFB=0.0129585;REVB=0.00725361;RO=13;SAF=18;SAR=19;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119924;STB=0.512814;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000358873;OID=.;OPOS=144624492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:50:52:13:13:37:39:0.75:19:18:6:7:19:20:6:7 chr8 144642178 . T C 843.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.118;QD=57.1606;RBI=0.0655135;REFB=0;REVB=-0.00824137;RO=0;SAF=7;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60738e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36651e-05;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:51:7:0:0:51:8:0:0 chr8 144642596 . T C 144.95 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5356;QD=44.5999;RBI=0.0908221;REFB=0;REVB=0.00145216;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00504201;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:8:3:0:0:8:5:0:0 chr8 144642626 . A G 203.02 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.354;QD=47.7702;RBI=0.0256117;REFB=0;REVB=-0.0114261;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140987;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr8 144643603 . G A 1461.22 PASS AF=0.980392;AO=101;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00752015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.678;QD=57.3028;RBI=0.0185229;REFB=-0.118422;REVB=-0.0169276;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000365484;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:0:2:101:100:0.980392:37:64:0:0:38:62:2:0 chr8 144649968 . C T 1423.34 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350168;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7029;QD=58.6942;RBI=0.0751402;REFB=-0.0990577;REVB=0.0664821;RO=1;SAF=41;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114259;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000773997;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:97:1:1:96:96:0.989691:55:41:1:0:55:41:1:0 chr8 144654249 . G A 394.16 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00567615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.275;QD=14.8741;RBI=0.0109089;REFB=-0.0152694;REVB=-0.00931584;RO=61;SAF=22;SAR=23;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120271;STB=0.567515;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0201438;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:23:22:37:24:23:22:37:24 chr8 144654255 . A G 1659.28 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.36;QD=60.3376;RBI=0.0572678;REFB=0;REVB=-0.0566488;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140059;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:49:61:0:0:49:61:0:0 chr8 144654594 . G T 105.43 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00515358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6518;QD=8.10966;RBI=0.0160604;REFB=0.00272769;REVB=0.0152111;RO=38;SAF=12;SAR=2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525146;STB=0.825846;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.018604;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:2:12:17:21:2:12:17:21 chr8 144654693 . G C 103.91 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0345813;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.868;QD=7.29168;RBI=0.035352;REFB=-0.00687443;REVB=-0.00734186;RO=40;SAF=11;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266342;STB=0.650173;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0268148;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:40:42:15:15:0.263158:4:11:21:19:4:11:23:19 chr8 144657152 . C G 385.14 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00209017;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=108.894;QD=23.3416;RBI=0.0684354;REFB=-0.0283708;REVB=-0.0684035;RO=23;SAF=29;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169186;STB=0.600535;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0212265;OID=.;OPOS=144657152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:28:38:38:0.575758:9:29:13:10:9:29:16:12 chr8 144657600 . G A 496.31 PASS AF=0.681818;AO=43;DP=65;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0282089;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.674;QD=30.0791;RBI=0.0387791;REFB=-0.0374323;REVB=0.0266098;RO=18;SAF=13;SAR=30;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01597;STB=0.516846;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0132035;OID=.;OPOS=144657600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:18:21:43:45:0.681818:30:13:5:13:30:15:8:13 chr8 144658711 . G A 308.09 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0246808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1348;QD=13.3953;RBI=0.0489168;REFB=0.00661346;REVB=0.042234;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156199;STB=0.596254;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00959414;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:57:57:34:35:0.380435:18:16:35:22:19:16:35:22 chr8 144662306 . CAG ACC,CAC 311.68 PASS AF=0,0.583333;AO=3,15;DP=48;FAO=0,28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=0,12;FSAR=0,16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0858644,-0.00083048;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=3,1;MLLD=57.01,65.7523;QD=25.9735;RBI=0.0880311,0.0205579;REFB=0.00359823,-0.0611834;REVB=-0.0194111,-0.0205412;RO=16;SAF=3,3;SAR=0,12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.594791,-0.373052;STB=0.5,0.530099;STBP=1,0.64;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0157436;OID=.,.;OPOS=144662306,144662308;OREF=CAG,G;OALT=ACC,C;OMAPALT=ACC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:16:20:3,15:0,28:0,0.583333:0,12:3,3:9:7:0,16:0,12:10:10 chr8 144662353 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0197914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.813;QD=16.1724;RBI=0.0213583;REFB=-0.0175987;REVB=0.0080298;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753757;STB=0.543423;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0203917;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:9:11:10:6:9:11 chr8 144671244 . C A,G 369.09 PASS AF=0.482759,0.482759;AO=14,14;DP=29;FAO=14,14;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=4,4;FSAR=10,10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00695149,-0.00614207;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=201.215,210.391;QD=50.909;RBI=0.0548204,0.0430991;REFB=0.131897,0.0314686;REVB=0.0543779,0.0426592;RO=1;SAF=4,4;SAR=10,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100543,-0.100543;STB=0.555473,0.555473;STBP=0.255,0.255;TYPE=snp,snp;VARB=0.00977248,-0.00224763;OID=.,.;OPOS=144671244,144671244;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:29:29:1:1:14,14:14,14:0.482759,0.482759:10,10:4,4:1:0:10,10:4,4:1:0 chr8 144671685 . G C 192.92 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.04;QD=42.8702;RBI=0.166895;REFB=-0.0668927;REVB=0.161637;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0040551;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:5:11:0:1:6:11:0:1 chr8 144671956 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.462;QD=26.0262;RBI=0.0121548;REFB=-0.00734659;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336952;OID=.;OPOS=144671956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr8 144681714 . G A 678.83 PASS AF=0.585586;AO=62;DP=108;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0805779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1632;QD=24.4623;RBI=0.107384;REFB=-0.0344276;REVB=0.070982;RO=46;SAF=29;SAR=33;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759381;STB=0.542923;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0269869;OID=.;OPOS=144681714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:46:46:62:65:0.585586:33:29:26:20:35:30:26:20 chr8 144681777 . G T 281.07 PASS AF=0.395349;AO=31;DP=78;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00663173;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.1362;QD=13.073;RBI=0.00800755;REFB=-0.031152;REVB=0.00448786;RO=47;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848582;STB=0.563995;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0373494;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:47:52:31:34:0.395349:14:17:22:25:16:18:22:30 chr8 144682311 . G C 386.47 PASS AF=0.267943;AO=56;DP=209;FAO=56;FDP=209;FR=.;FRO=153;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=-0.0183302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.771;QD=7.39646;RBI=0.0191617;REFB=-0.00880855;REVB=-0.00558356;RO=153;SAF=25;SAR=31;SRF=72;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030088;STB=0.517817;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0252097;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:153:153:56:56:0.267943:31:25:72:81:31:25:72:81 chr8 144688736 . C G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0194673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.368;QD=18.4834;RBI=0.0215627;REFB=-0.0173907;REVB=-0.00927228;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14704;STB=0.583694;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0307949;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:11:10:12:7:11:10 chr8 144694890 . G C 95.76 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0626405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7495;QD=11.6074;RBI=0.07972;REFB=-0.0443138;REVB=-0.0493097;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575862;STB=0.779393;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0814329;OID=.;OPOS=144694890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:20:12:13:0.393939:2:10:6:15:3:10:6:14 chr8 144732363 . T C 686.32 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.255;QD=62.3924;RBI=0.0663243;REFB=0;REVB=0.0624254;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460313;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr8 144732418 . A G 727.22 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.727;QD=63.2367;RBI=0.0345463;REFB=0;REVB=-0.0097601;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78117e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr8 144732450 . G A 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0245262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.783;QD=24.9284;RBI=0.0249233;REFB=0.00802897;REVB=0.00443111;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928746;STB=0.551682;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0101988;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:9:10:16:9:9:10 chr8 144734383 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000368229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.687;QD=18.4438;RBI=0.00178218;REFB=-0.000843331;REVB=-0.00174372;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000508589;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr8 144735977 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.114;QD=57.7081;RBI=0.0467221;REFB=0;REVB=0.0193692;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114838;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr8 144774233 . T C 240.0 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0194506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.239;QD=15.9997;RBI=0.0202122;REFB=-0.0213917;REVB=0.00549627;RO=32;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22602;STB=0.61157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0209614;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:27:28:0.466667:9:18:14:18:10:18:14:18 chr8 144775871 . C A 353.76 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0447302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3038;QD=35.3757;RBI=0.0658194;REFB=-0.0560071;REVB=-0.0482846;RO=11;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16877;STB=0.591705;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0096799;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:40:11:11:29:29:0.725:14:15:2:9:14:15:2:9 chr8 144776109 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.041;QD=53.9111;RBI=0.0245401;REFB=0;REVB=-0.0235686;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278829;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr8 144801243 . C T 941.03 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.3;QD=57.0319;RBI=0.0383459;REFB=0.0252906;REVB=-0.00119562;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-1.78977e-05;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:1:0:33:32:1:0 chr8 144802989 . T TC 32.26 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0337662;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.064;QD=4.44997;RBI=0.0798421;REFB=-0.0261941;REVB=-0.0723506;RO=23;SAF=0;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.734556;STB=0.847466;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.0886401;OID=.;OPOS=144802990;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:6:29:7:29:22:1:6:13:9:32:23:0:6:14:9 chr8 144808747 . G A 113.84 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0883041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5194;QD=18.2151;RBI=0.114345;REFB=0.00911658;REVB=0.0726445;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152196;STB=0.59984;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.000543349;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:4:8:6:6:4:9:6:6 chr8 144811338 . C G 980.95 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253873;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.94;QD=57.703;RBI=0.0288517;REFB=-0.0619221;REVB=-0.013708;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.513509;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000877582;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:66:67:0.985294:18:48:0:0:18:49:0:1 chr8 144822037 . G T 861.64 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=141;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0113343;FXX=0.0137922;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.518;QD=24.1019;RBI=0.0195553;REFB=-0.0260325;REVB=0.0159356;RO=61;SAF=45;SAR=35;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412747;STB=0.503999;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0232448;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:61:63:80:80:0.559441:35:45:34:27:35:45:36:27 chr8 144885580 . A G 2381.73 PASS AF=0.981707;AO=155;DP=158;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.13227;FXX=0.0120475;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7099;QD=58.091;RBI=0.137802;REFB=0.000747419;REVB=-0.038651;RO=3;SAF=72;SAR=83;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00476295;STB=0.502107;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000859863;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:164:3:3:155:161:0.981707:83:72:1:2:89:72:1:2 chr8 144889172 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.554;QD=59.1431;RBI=0.0448277;REFB=0;REVB=0.0117728;RO=0;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49753e-05;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:53:14:0:0:53:14:0:0 chr8 144890873 . A T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.951;QD=53.9066;RBI=0.0736363;REFB=0;REVB=0.0203297;RO=0;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522331;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:23:1:0:0:23:1:0:0 chr8 144893084 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00805889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.765;QD=19.4209;RBI=0.0090042;REFB=-0.0300002;REVB=0.0040162;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154846;STB=0.586406;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0259481;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:12:15:11:18:12:15 chr8 144894496 . G A 880.16 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.108;QD=56.7842;RBI=0.0341339;REFB=0;REVB=0.0150852;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399501;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:36:24:0:0:36:26:0:0 chr8 144895553 . G A 198.7 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0729973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9344;QD=15.5844;RBI=0.138091;REFB=-0.0183923;REVB=0.11722;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092053;STB=0.552194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0413188;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:22:7:7:15:22:7 chr8 144904690 . A G 563.85 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0454938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7485;QD=57.8307;RBI=0.051303;REFB=-0.0169788;REVB=0.0237132;RO=1;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164365;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00488698;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:28:9:0:1:28:10:0:1 chr8 144917790 . A G 222.65 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.016832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.376;QD=12.5434;RBI=0.0243648;REFB=-0.0161671;REVB=-0.0176161;RO=44;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197163;STB=0.596102;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0267321;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:44:26:27:0.380282:17:9:23:21:17:10:23:21 chr8 144940222 . A C 694.59 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00947031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.786;QD=23.1531;RBI=0.0143036;REFB=-0.028075;REVB=-0.0107195;RO=53;SAF=22;SAR=45;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124771;STB=0.568375;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0176792;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:53:67:67:0.558333:45:22:25:28:45:22:25:28 chr8 144940230 . G C 938.81 PASS AF=0.591549;AO=84;DP=142;FAO=84;FDP=142;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00748363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.773;QD=26.4454;RBI=0.0366542;REFB=-0.0449792;REVB=0.0358821;RO=58;SAF=27;SAR=57;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909208;STB=0.549487;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0300059;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:58:58:84:84:0.591549:57:27:25:33:57:27:25:33 chr8 144940290 . C G 96.6 PASS AF=0.114155;AO=25;DP=220;FAO=25;FDP=219;FR=.;FRO=194;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=114;FWDB=-0.011211;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8118;QD=1.76437;RBI=0.0216733;REFB=-0.0051613;REVB=-0.0185484;RO=194;SAF=10;SAR=15;SRF=80;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158632;STB=0.511355;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0444408;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:220:219:194:194:25:25:0.114155:15:10:80:114:15:10:80:114 chr8 144940300 . G A 1648.41 PASS AF=0.64;AO=144;DP=226;FAO=144;FDP=225;FR=.;FRO=81;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00296474;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.379;QD=29.3051;RBI=0.0226417;REFB=-0.0135433;REVB=0.0224468;RO=80;SAF=64;SAR=80;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215228;STB=0.513539;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0081324;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:80:81:144:144:0.64:80:64:33:47:80:64:33:48 chr8 144940331 . C T 114.72 PASS AF=0.123894;AO=28;DP=226;FAO=28;FDP=226;FR=.;FRO=198;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=82;FSRR=116;FWDB=-0.00109956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.953;QD=2.03051;RBI=0.0028796;REFB=-0.00447963;REVB=0.00266141;RO=195;SAF=9;SAR=19;SRF=80;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119198;STB=0.587232;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0293185;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:195:198:28:28:0.123894:19:9:80:115:19:9:82:116 chr8 144941419 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00951644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.997;QD=10.1404;RBI=0.0187408;REFB=-0.0142817;REVB=0.0161448;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13378;STB=0.579327;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0477268;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:6:22:9:4:6:22 chr8 144942903 . T C 86.3 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.104794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1595;QD=13.2774;RBI=0.117546;REFB=-0.0183333;REVB=-0.0532474;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358948;STB=0.695286;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0177851;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:9:5:8:3:9:6 chr8 144944161 . C T 132.74 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00733679;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4258;QD=10.6193;RBI=0.060491;REFB=0.00063415;REVB=-0.0600444;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00425847;STB=0.502535;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00327021;OID=.;OPOS=144944161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:34:16:16:0.32:9:7:15:19:9:7:15:19 chr8 144944176 . T C 113.73 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0311756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.932;QD=7.98102;RBI=0.0316307;REFB=-0.0141583;REVB=-0.00534632;RO=41;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191704;STB=0.511613;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.051283;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:10:6:16:25:10:6:16:25 chr8 144945792 . T C 704.66 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0127433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.626;QD=21.1928;RBI=0.0127435;REFB=-0.02111;REVB=-7.17436e-05;RO=63;SAF=36;SAR=33;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113143;STB=0.565199;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.019572;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:64:69:69:0.518797:33:36:41:22:33:36:42:22 chr8 144946252 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0137994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.702;QD=15.5722;RBI=0.01494;REFB=-0.0152728;REVB=0.00572532;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094561;STB=0.555448;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0193972;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:9:3:2:9:9:3 chr8 144946345 . G A 407.23 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0180745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.468;QD=22.9423;RBI=0.0481845;REFB=-0.0176639;REVB=0.044666;RO=31;SAF=26;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112134;STB=0.561816;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00895998;OID=.;OPOS=144946345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:14:26:16:15:14:26:16:15 chr8 144946818 . C T 502.95 PASS AF=0.382166;AO=60;DP=157;FAO=60;FDP=157;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.00477855;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2546;QD=12.8141;RBI=0.0805272;REFB=-0.00830906;REVB=0.0803853;RO=97;SAF=25;SAR=35;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196196;STB=0.610899;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0158412;OID=.;OPOS=144946818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:97:97:60:60:0.382166:35:25:58:39:35:25:58:39 chr8 144990528 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0628284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.823;QD=14.6525;RBI=0.0634442;REFB=-0.0338585;REVB=-0.008818;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0238731;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr8 144991176 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00569416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.85;QD=22.5853;RBI=0.0063061;REFB=-0.0145068;REVB=-0.00270988;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00426856;OID=.;OPOS=144991176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:3:3:5:6:3:3 chr8 144991788 . G A 277.05 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00210621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.753;QD=23.0876;RBI=0.0178462;REFB=-0.0169152;REVB=0.0177215;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312376;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208692;OID=.;OPOS=144991788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:25:26:0.541667:13:12:10:11:13:13:11:11 chr8 144992103 . T C 813.3 PASS AF=0.590551;AO=74;DP=127;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0220213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.78;QD=25.6157;RBI=0.0220246;REFB=-0.0154614;REVB=-0.000378208;RO=52;SAF=37;SAR=37;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116823;STB=0.560354;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0123776;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:52:52:74:75:0.590551:37:37:34:18:37:38:34:18 chr8 144992361 . T C 246.86 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.106808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.134;QD=24.6858;RBI=0.106825;REFB=-0.0265296;REVB=-0.00190718;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170973;STB=0.604309;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0243197;OID=.;OPOS=144992361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:12:11:4:12:12:11:4:13 chr8 144992862 . A G 238.87 PASS AF=0.512195;AO=18;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0078347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.186;QD=23.3043;RBI=0.00811643;REFB=-0.0259623;REVB=-0.00211986;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146011;STB=0.594307;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0201868;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:18:21:0.512195:4:14:11:6:4:17:12:6 chr8 144993069 . G A 437.59 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00659372;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.699;QD=14.1157;RBI=0.0173939;REFB=-0.0136946;REVB=0.0160957;RO=74;SAF=24;SAR=26;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211559;STB=0.511938;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0226189;OID=.;OPOS=144993069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:74:74:50:50:0.403226:26:24:37:37:26:24:37:37 chr8 144995964 . G A 120.91 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.010761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1217;QD=14.6553;RBI=0.0107739;REFB=0.00876459;REVB=0.000527332;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442069;STB=0.657272;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0152178;OID=.;OPOS=144995964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:13:14:0.424242:12:1:6:13:12:2:6:13 chr8 144999619 . T TC 45.26 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0541708;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.5305;QD=18.1048;RBI=0.0649974;REFB=-0.00920225;REVB=-0.0359193;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502096;STB=0.799037;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0487097;OID=.;OPOS=144999620;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:6:10:7:10:3:1:6:3:0:14:3:1:5:3:0 chr8 145066886 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.523;QD=57.1771;RBI=0.027007;REFB=0;REVB=-0.0188204;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268709;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr8 145106301 . AC A 81.07 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.120882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6831;QD=7.04952;RBI=0.149974;REFB=-0.0368653;REVB=0.0887676;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468456;STB=0.768961;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0805978;OID=.;OPOS=145106302;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:18:45:19:46:27:5:14:20:7:81:23:4:14:16:7 chr8 145107795 . G A 818.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.203;QD=57.4056;RBI=0.0227533;REFB=0;REVB=0.0204319;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27544e-05;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr8 145112198 . TGGGCT TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT 411.42 PASS AF=0.189655,0.724138,0.0344828,0;AO=5,17,3,8;DP=59;FAO=11,42,2,0;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=10,24,0,0;FSAR=1,18,2,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0199969,0.690749,0.335673,-0.0599367;FXX=0.0169463;HRUN=3,3,3,0;LEN=2,1,3,1;MLLD=107.209,10.5297,11.3592,110.102;QD=28.3742;RBI=0.0749506,0.698351,0.344346,0.0833298;REFB=-0.0560763,-0.155149,-0.0964128,0.00203254;REVB=-0.0722338,-0.102763,-0.0767959,-0.0578917;RO=21;SAF=4,3,0,8;SAR=1,14,3,0;SRF=19;SRR=2;SSEN=0,0.641975,0,0;SSEP=0,0.386139,0,0;SSSB=-0.242433,-0.645782,-0.794766,0.672094;STB=0.731172,0.516121,0.991947,0.5;STBP=0.04,0.474,0.382,1;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.13377,0.104346,0.0253475,0;OID=.,.,.,.;OPOS=145112201,145112199,145112201,145112203;OREF=GC,G,GCT,-;OALT=CG,-,CTG,G;OMAPALT=TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.189655,0.724138,0.0344828,0:5,17,3,8:59:11,42,2,0:58:3:10,24,0,0:1,18,2,0:1:2:60:21:4,3,0,8:1,14,3,0:19:2 chr8 145150832 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.844;QD=55.6549;RBI=0.0187705;REFB=0;REVB=0.00124282;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129541;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr8 145160646 . T C 380.33 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.396;QD=54.3322;RBI=0.0352768;REFB=0;REVB=0.008505;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933785;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:10:16:0:0:11:17:0:0 chr8 145161823 . G A 102.77 PASS AF=1;AO=5;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.914;QD=41.1089;RBI=0.0850587;REFB=0;REVB=0.0720772;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056223;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:5:10:1:2:3:0:0:7:3:0:0 chr8 145161896 . T C 551.41 PASS AF=0.974359;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.887;QD=56.5545;RBI=0.0523076;REFB=-0.229114;REVB=0.0451319;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0237779;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:1:1:35:38:0.974359:18:17:1:0:20:18:1:0 chr8 145163414 . C G 781.99 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6701;QD=63.8358;RBI=0.0175813;REFB=0;REVB=0.000953522;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149949;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:12:37:0:0:12:37:0:0 chr8 145163478 . GC G 138.5 PASS AF=0.962963;AO=9;DP=30;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.149134;FXX=0.181763;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.25495;QD=20.5188;RBI=0.216184;REFB=-0.0302804;REVB=0.156507;RO=2;SAF=9;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.533333;SSSB=0;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=del;VARB=0.0155968;OID=.;OPOS=145163479;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:9:30:26:27:1:18:8:1:0:5:2:9:0:2:0 chr8 145164847 . A G 375.12 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5089;QD=55.573;RBI=0.139811;REFB=0;REVB=-0.135466;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00404568;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr8 145168611 . A G 519.86 PASS AF=0.737705;AO=43;DP=60;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00491342;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.913;QD=34.0891;RBI=0.0103692;REFB=-0.0224869;REVB=0.00913116;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.659269;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00200393;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:0:16:43:45:0.737705:13:30:0:0:15:30:1:15 chr8 145170440 . A C,G 959.18 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=62,3;DP=65;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=43,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943535,-0.0719154;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=152.714,14.2092;QD=58.1323;RBI=0.0135538,0.0831328;REFB=0,0;REVB=0.0097303,-0.041704;RO=0;SAF=20,1;SAR=42,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000403639,0.13647;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:65:66:0:0:62,3:64,2:0.969697,0.030303:42,2:20,1:0:0:43,2:21,0:0:0 chr8 145170704 . A C,T 460.84 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=2,31;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.17107,0.0268821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.9921,51.7725;QD=55.8592;RBI=0.171559,0.0417117;REFB=0,0;REVB=-0.0129413,-0.0318939;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.11278,0.00480148;OID=.,.;OPOS=145170704,145170704;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:33:33:0:0:2,31:1,32:0.030303,0.969697:0,16:2,15:0:0:0,16:1,16:0:0 chr8 145223288 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.961;QD=56.7039;RBI=0.0542355;REFB=0;REVB=0.016975;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343686;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 145578296 . A G 1059.76 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.443;QD=59.7046;RBI=0.0236084;REFB=0;REVB=-0.0233193;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17533e-05;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:21:50:0:0:21:50:0:0 chr8 145580006 . GC G 37.87 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.000511299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7324;QD=6.88626;RBI=0.150208;REFB=-0.0742671;REVB=-0.150207;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0.385675;SSEP=0;SSSB=-0.653494;STB=0.892703;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0802796;OID=.;OPOS=145580007;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:1:7:11:3:37:14:1:7:11:3 chr8 145580535 . C G 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0181426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.383;QD=32.2577;RBI=0.0217045;REFB=-0.0209753;REVB=0.0119134;RO=8;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710907;STB=0.538971;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00753475;OID=.;OPOS=145580535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:8:13:6:2:8:13:6:2 chr8 145603114 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.42;QD=57.1774;RBI=0.00541857;REFB=0;REVB=0.00528926;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6497e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr8 145617910 . A G 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0226406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.94;QD=31.7355;RBI=0.0227165;REFB=-0.0124094;REVB=-0.00185505;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164255;STB=0.50908;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00359288;OID=.;OPOS=145617910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:7:9:3:2:7:9:3:2 chr8 145618597 . G A 43.7 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0107525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.817;QD=21.8524;RBI=0.0111077;REFB=0.000769333;REVB=-0.00278654;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-1.7883e-05;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:2:0:4:2:2:0 chr8 145620232 . C T 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0143348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.174;QD=9.10167;RBI=0.0156731;REFB=-0.0125926;REVB=0.00633721;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360864;STB=0.723608;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0157911;OID=.;OPOS=145620232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:10:9:7:2:10:9 chr8 145620661 . C A 39.26 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0147687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.84;QD=13.0878;RBI=0.019954;REFB=-0.0129646;REVB=-0.0134181;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327571;STB=0.687061;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0246824;OID=.;OPOS=145620661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:6:0:1:5:6:0 chr8 145623963 . G A 143.81 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0528159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.433;QD=8.84994;RBI=0.0555189;REFB=-0.0248798;REVB=0.0171121;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262234;STB=0.630647;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0536708;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:45:19:20:0.307692:10:9:32:14:10:10:31:14 chr8 145639726 . T C 593.37 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00491657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6688;QD=20.6389;RBI=0.0264132;REFB=-0.0192117;REVB=0.0259516;RO=55;SAF=27;SAR=33;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441323;STB=0.524264;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0158934;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:33:27:22:33:33:27:22:33 chr8 145640411 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.537;QD=62.3509;RBI=0.0173264;REFB=0;REVB=-0.00113404;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22821e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr8 145641264 . GCCT GC,GCT 130.33 PASS AF=0,0.613636;AO=9,15;DP=44;FAO=0,27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=0,22;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.126124,-0.0485981;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=20.2369,15.0083;QD=11.8478;RBI=0.189284,0.123718;REFB=-0.00388286,-0.0993583;REVB=-0.141142,-0.113773;RO=17;SAF=4,15;SAR=5,0;SRF=5;SRR=12;SSEN=0.219199,0.219199;SSEP=0,0;SSSB=0.169117,0.842897;STB=0.5,0.734581;STBP=1,0.001;TYPE=del,del;VARB=-0.00517781,0.0805559;OID=.,.;OPOS=145641266,145641265;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.613636:9,15:44:0,27:44:17:0,22:0,5:5:12:95:17:4,15:5,0:5:12 chr8 145641328 . C T 766.95 PASS AF=0.738095;AO=62;DP=84;FAO=62;FDP=84;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00664946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.744;QD=36.5214;RBI=0.0409053;REFB=-0.00084888;REVB=0.0403612;RO=21;SAF=31;SAR=31;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561097;STB=0.535703;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000393107;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:21:22:62:62:0.738095:31:31:8:13:31:31:8:14 chr8 145641564 . T G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00777892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.212;QD=18.7955;RBI=0.0103981;REFB=-0.00912412;REVB=-0.00689995;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842958;STB=0.555094;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0117321;OID=.;OPOS=145641564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:14:9:8:18:14:9:8:19 chr8 145642002 . C T 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0999194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6882;QD=24.3888;RBI=0.100451;REFB=-0.0251887;REVB=0.0103229;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219561;STB=0.62263;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0312751;OID=.;OPOS=145642002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:5:9:7:13:5:9 chr8 145661320 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0157968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.788;QD=19.5232;RBI=0.0168639;REFB=-0.00821726;REVB=-0.00590336;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00574587;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:6:6:7:7:6:6 chr8 145661675 . G A 68.76 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0434719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0641;QD=18.3366;RBI=0.137329;REFB=-0.0124993;REVB=0.130267;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088444;STB=0.551599;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0222816;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:5:1:1:8:5:1 chr8 145665407 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0271415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.851;QD=11.9197;RBI=0.0476015;REFB=-0.0332134;REVB=-0.0391055;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0529344;OID=.;OPOS=145665407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:6:3:2:5:6:3 chr8 145665516 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.086;QD=58.5878;RBI=0.00541832;REFB=0;REVB=0.00326442;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22131e-06;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr8 145665761 . G A 711.48 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0217387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.992;QD=25.4102;RBI=0.0438462;REFB=-0.0410489;REVB=0.0380778;RO=45;SAF=33;SAR=34;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957161;STB=0.552021;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0228397;OID=.;OPOS=145665761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:45:67:67:0.598214:34:33:28:17:34:33:28:17 chr8 145689915 . G A 943.45 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.455;QD=56.3254;RBI=0.0713487;REFB=-0.0979872;REVB=0.0673552;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00114134;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:37:28:0:1:38:28:0:1 chr8 145690308 . C T 1471.21 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.498;QD=63.2779;RBI=0.0317002;REFB=0;REVB=0.0126863;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104435;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr8 145690348 . G A 1175.89 PASS AF=0.911111;AO=82;DP=90;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0142022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5286;QD=52.2619;RBI=0.0273199;REFB=-0.0486432;REVB=0.0233382;RO=8;SAF=50;SAR=32;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624469;STB=0.533101;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0468754;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:8:8:82:82:0.911111:32:50:2:6:32:50:2:6 chr8 145690396 . A C 1309.81 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592699;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4164;QD=60.9215;RBI=0.0592881;REFB=0.154813;REVB=-0.00147174;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.504672;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00103831;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:0:1:85:85:0.988372:32:53:0:0:32:53:1:0 chr8 145692385 . C T 237.82 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0453;QD=50.0675;RBI=0.0275096;REFB=0;REVB=-0.0105589;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222358;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr8 145693720 . A G 3237.96 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.258;QD=61.9706;RBI=0.0144578;REFB=0;REVB=0.0142683;RO=0;SAF=107;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30908e-06;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:102:107:0:0:102:107:0:0 chr8 145723419 . T G 641.75 PASS AF=0.587629;AO=58;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00638339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5378;QD=26.464;RBI=0.00673673;REFB=-0.0145509;REVB=-0.0021531;RO=37;SAF=32;SAR=26;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662342;STB=0.528463;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0128915;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:40:58:57:0.587629:26:32:17:20:26:31:19:21 chr8 145737636 . A G 769.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1812;QD=56.9854;RBI=0.0534711;REFB=0;REVB=-0.0440024;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000911688;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr8 145738767 . CGG CCG,CG,CGC 770.54 PASS AF=0.0517241,0.948276,0;AO=4,50,3;DP=58;FAO=3,55,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0;FSAR=3,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572131,0.00331757,-0.0264485;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.1842,22.7993,4.68242;QD=53.1407;RBI=0.0818585,0.0806196,0.0886826;REFB=0,0,0;REVB=-0.0585446,-0.0805513,-0.0846468;RO=0;SAF=0,21,1;SAR=4,29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.20481e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.038954,-0.00710128,0.0961602;OID=.,.,.;OPOS=145738768,145738768,145738769;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCG,CG,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0517241,0.948276,0:4,50,3:58:3,55,0:58:0:0,22,0:3,33,0:0:0:9:0:0,21,1:4,29,2:0:0 chr8 145742514 . A G 3536.66 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286704;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.032;QD=62.874;RBI=0.0344242;REFB=0;REVB=0.0190535;RO=0;SAF=94;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38545e-05;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:225:0:0:221:225:1:127:94:0:0:131:94:0:0 chr8 145745182 . T C 1548.18 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.218;QD=59.5453;RBI=0.0282928;REFB=0;REVB=0.00277889;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138082;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:47:57:0:0 chr8 145753789 . CA C,CC 142.62 PASS AF=0.300654,0.0392157;AO=44,7;DP=159;FAO=46,6;FDP=153;FR=.;FRO=101;FSAF=22,0;FSAR=24,6;FSRF=28;FSRR=73;FWDB=-0.060069,-0.0381872;FXX=0.0555521;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.97641,24.4212;QD=3.7285;RBI=0.104648,0.0458858;REFB=-0.0506558,-0.0306271;REVB=0.0856911,0.025441;RO=83;SAF=22,1;SAR=22,6;SRF=16;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.356774,-0.0935003;STB=0.640017,0.997549;STBP=0.038,0.056;TYPE=del,snp;VARB=-0.0176197,0.125227;OID=.,.;OPOS=145753790,145753790;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.300654,0.0392157:44,7:159:46,6:153:101:22,0:24,6:28:73:99:83:22,1:22,6:16:67 chr8 145753850 . T G 94.89 PASS AF=0.140845;AO=19;DP=141;FAO=20;FDP=142;FR=.;FRO=122;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.0129104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.871;QD=2.67282;RBI=0.0180804;REFB=-0.00374707;REVB=-0.0126579;RO=116;SAF=10;SAR=9;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152493;STB=0.638872;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0213376;OID=.;OPOS=145753850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:141:142:116:122:19:20:0.140845:9:10:47:69:9:11:47:75 chr8 145755228 . GGC G,GG,GGG 140.34 PASS AF=0.823529,0.0588235,0.0588235;AO=4,5,6;DP=20;FAO=14,1,1;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0,0;FSAR=11,1,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.244049,-0.0898663,-0.3455;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=20.544,10.9062,5.12011;QD=33.0209;RBI=0.245779,0.20735,0.418041;REFB=-0.0591905,-0.119875,-0.123633;REVB=-0.0291105,0.186864,0.235347;RO=3;SAF=0,1,0;SAR=4,4,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.305263,0,0;SSEP=0,0.326531,0;SSSB=0,0.23409,0;STB=0.521709,0.5,0.5;STBP=0.653,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00954941,0.0965045,0.0897375;OID=.,.,.;OPOS=145755229,145755230,145755230;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.823529,0.0588235,0.0588235:4,5,6:20:14,1,1:17:1:3,0,0:11,1,1:0:1:7:3:0,1,0:4,4,6:0:3 chr8 145756170 . G A 2287.44 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336478;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.887;QD=63.9844;RBI=0.059107;REFB=0;REVB=0.0485949;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196937;OID=.;OPOS=145756170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:141:143:1:76:65:0:0:78:65:0:0 chr8 145773341 . TCTG T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00173306;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=351.938;QD=21.8421;RBI=0.0358546;REFB=-0.0229148;REVB=0.0358127;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00775647;OID=.;OPOS=145773342;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:6:8:6:8:2:3:3:1:1:10:2:3:3:1:1 chr8 146010817 . C A 254.96 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.00854298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.267;QD=10.9661;RBI=0.0335188;REFB=-0.00131705;REVB=-0.0324118;RO=59;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172;STB=0.599511;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0019574;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:62:31:31:0.333333:17:14:18:41:17:14:19:43 chr8 146032842 . G A 297.98 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0259766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.935;QD=20.9108;RBI=0.0261984;REFB=-0.00161441;REVB=-0.00340174;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102889;STB=0.557025;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00237803;OID=.;OPOS=146032842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:14:17:11:15:14:17:11:15 chr8 146068594 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00147027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.116;QD=12.481;RBI=0.0505366;REFB=-0.0186402;REVB=0.0505152;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272843;STB=0.516102;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0169205;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:9:10:6:6:9:10 chr8 146115367 . A G 304.61 PASS AF=0.532258;AO=29;DP=57;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0453755;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.158;QD=19.6525;RBI=0.0460039;REFB=-0.0178566;REVB=0.0075778;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171732;STB=0.621286;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0163359;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:24:29:29:33:0.532258:17:12:15:9:20:13:19:10 chr8 146203412 . A G 550.16 PASS AF=0.695652;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0178505;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.4;QD=31.8935;RBI=0.0187281;REFB=-0.0160369;REVB=-0.00566602;RO=21;SAF=20;SAR=28;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612736;STB=0.533156;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00774108;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:21:21:48:48:0.695652:28:20:11:10:28:20:11:10 chr8 146229161 . T A 725.92 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00483261;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.336;QD=54.7864;RBI=0.00527997;REFB=-0.163008;REVB=-0.00212696;RO=1;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030361;STB=0.516123;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000175608;OID=.;OPOS=146229161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:15:37:0:1:15:37:0:1 chr9 14889 . A G 36.46 PASS AF=0.07;AO=14;DP=201;FAO=14;FDP=200;FR=.;FRO=186;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=101;FSRR=85;FWDB=-0.00858653;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7023;QD=0.729201;RBI=0.0310603;REFB=-0.000975298;REVB=-0.0298498;RO=186;SAF=9;SAR=5;SRF=102;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105353;STB=0.595449;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0296172;OID=.;OPOS=14889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:201:200:186:186:14:14:0.07:5:9:102:84:5:9:101:85 chr9 116800 . C G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00435916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.183;QD=13.9597;RBI=0.023257;REFB=-0.0775456;REVB=-0.0228448;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235769;STB=0.639615;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0277143;OID=.;OPOS=116800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:2:5:3:4:2:5 chr9 116832 . T C 39.88 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0159149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.445;QD=14.5009;RBI=0.0179549;REFB=-0.0344315;REVB=0.0083124;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00654937;OID=.;OPOS=116832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:5:6:0.545455:3:2:1:4:3:3:1:4 chr9 117877 . C T 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0181381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.289;QD=29.7798;RBI=0.0470936;REFB=-0.0721996;REVB=0.0434605;RO=4;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162773;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0160977;OID=.;OPOS=117877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:7:6:2:2:7:6:2:2 chr9 118098 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00162809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.435;QD=3.44795;RBI=0.0108471;REFB=-0.0035339;REVB=0.0107242;RO=46;SAF=7;SAR=1;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331426;STB=0.745927;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0285589;OID=.;OPOS=118098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:1:7:31:15:1:7:31:15 chr9 154795 . T C 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9634;QD=58.0567;RBI=0.0432599;REFB=0;REVB=0.0377293;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02251e-05;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr9 161674 . C T 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00269244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.193;QD=17.2219;RBI=0.00444258;REFB=-0.00914838;REVB=-0.00353374;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115894;STB=0.565015;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00996148;OID=.;OPOS=161674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:13:19:17:19:13:19:17:19 chr9 162405 . C G 88.27 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.101;QD=39.2304;RBI=0.0547087;REFB=0;REVB=-0.00149157;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00366671;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:8:1:0:0 chr9 163985 . A G 134.54 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0235405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.593;QD=16.3082;RBI=0.0259894;REFB=-0.015342;REVB=-0.0110132;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892394;STB=0.524966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0245756;OID=.;OPOS=163985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:9:5:8:10:9:6:8:10 chr9 215534 . C T 510.98 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00067004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.702;QD=21.2907;RBI=0.00889357;REFB=-0.00477959;REVB=0.0088683;RO=47;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581732;STB=0.532121;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00332616;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:23:26:28:19:23:26:28:19 chr9 271638 . C T 216.6 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0531188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2558;QD=13.5377;RBI=0.0561941;REFB=-0.00793903;REVB=0.0183348;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584953;STB=0.540115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0111593;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:12:14:22:15:12:14:23:15 chr9 286476 . C A 518.48 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.018888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.678;QD=18.0341;RBI=0.0222599;REFB=-0.00481286;REVB=0.0117791;RO=60;SAF=29;SAR=26;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16589;STB=0.591804;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00479026;OID=.;OPOS=286476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:26:29:21:39:26:29:21:39 chr9 286593 . C A 495.73 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=-0.0147841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0846;QD=14.9092;RBI=0.0174191;REFB=-0.00464775;REVB=0.00921178;RO=78;SAF=22;SAR=33;SRF=20;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162863;STB=0.590878;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0104465;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:78:55:55:0.413534:33:22:20:58:33:22:20:58 chr9 312124 . T C 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00634844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0338;QD=15.7806;RBI=0.0197534;REFB=-0.00853588;REVB=-0.0187054;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.546178;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00835976;OID=.;OPOS=312124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:15:14:13:10:15:14 chr9 312194 . A T 308.67 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0599104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.943;QD=18.4283;RBI=0.0612917;REFB=-0.0190113;REVB=-0.0129387;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152189;STB=0.506845;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0331756;OID=.;OPOS=312194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:32:34:33:33:0.492537:18:15:14:18:18:15:15:19 chr9 312264 . G A 244.12 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0184085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.712;QD=18.7781;RBI=0.0201827;REFB=-0.0203133;REVB=0.00827473;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235129;OID=.;OPOS=312264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:12:14:14:12:12:14 chr9 334337 . A G 309.57 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00153062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.917;QD=13.6076;RBI=0.0819577;REFB=-0.00757021;REVB=0.0819434;RO=56;SAF=18;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385498;STB=0.502199;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0113659;OID=.;OPOS=334337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:17:18:29:27:17:18:29:27 chr9 336687 . C A 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-2.4824e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.395;QD=15.2354;RBI=0.006123;REFB=-0.0144669;REVB=0.00612295;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771172;STB=0.551188;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0194103;OID=.;OPOS=336687;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:15:13:19:16:15:13:20:16 chr9 370244 . A G 83.53 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00904379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9738;QD=9.82671;RBI=0.0200501;REFB=0.00390653;REVB=-0.0178946;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171006;STB=0.602992;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00899866;OID=.;OPOS=370244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:9:14:5:6:9:14 chr9 377111 . G C 445.5 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00636154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.715;QD=18.371;RBI=0.00663685;REFB=-0.0390433;REVB=-0.00189171;RO=52;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055946;STB=0.525;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0307426;OID=.;OPOS=377111;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:52:44:45:0.463918:22:22:29:23:22:23:29:23 chr9 429719 . T C 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.255;QD=56.9934;RBI=0.0573067;REFB=0;REVB=0.0555107;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416181;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr9 433978 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.196;QD=58.2379;RBI=0.0104442;REFB=0;REVB=-0.00498761;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08483e-05;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr9 441952 . G A 1004.7 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000547078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.797;QD=55.8168;RBI=0.0392733;REFB=0;REVB=0.0392695;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045808;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:64:72:1:44:20:0:0:50:22:0:0 chr9 676954 . T C 233.71 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000573924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.607;QD=24.6014;RBI=0.0359315;REFB=-0.0268982;REVB=0.0359269;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022094;STB=0.512304;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0150311;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:7:9:13:9:7:9 chr9 712137 . G C 312.45 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0144592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.373;QD=29.7567;RBI=0.0381418;REFB=-0.0136045;REVB=0.0352949;RO=15;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117869;STB=0.555514;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00631003;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:15:26:27:0.642857:11:15:6:9:12:15:6:9 chr9 712156 . T G 247.9 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0380287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0066;QD=24.7897;RBI=0.0408234;REFB=-0.00921975;REVB=-0.0148449;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767451;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0135917;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:12:11:6:10:12:11:7:10 chr9 712674 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0134488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.035;QD=19.4206;RBI=0.0238613;REFB=-0.0117876;REVB=-0.0197102;RO=27;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938227;STB=0.552449;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0120408;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:9:20:16:11:9:20:16:11 chr9 712766 . G A 210.39 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00213037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.805;QD=15.5847;RBI=0.00899855;REFB=-0.0123759;REVB=0.00874273;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186439;STB=0.505572;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0118732;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:7:17:21:8:7:17:21:9 chr9 713307 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000530994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.786;QD=14.0966;RBI=0.027606;REFB=-0.0148034;REVB=-0.0276009;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0161618;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:8:6:5:6:8:6 chr9 730054 . A G 230.14 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0220835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9498;QD=14.3836;RBI=0.0221157;REFB=-0.0216434;REVB=0.00119272;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500632;STB=0.528434;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0556905;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:21:16:13:14:21:16 chr9 738434 . C T 510.31 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0121603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.855;QD=21.4867;RBI=0.0144104;REFB=-0.0103323;REVB=-0.0077321;RO=46;SAF=14;SAR=34;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220279;STB=0.624946;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00684135;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:46:48:49:0.515789:34:14:24:22:35:14:24:22 chr9 740901 . C T 301.93 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00105492;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.728;QD=17.0101;RBI=0.00689813;REFB=0.000284694;REVB=-0.00681699;RO=38;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217262;STB=0.627192;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000729676;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:38:32:33:0.464789:22:10:20:18:23:10:20:18 chr9 742240 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00895291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.651;QD=23.2181;RBI=0.0153396;REFB=-0.0471288;REVB=0.0124559;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00558364;OID=.;OPOS=742240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr9 742342 . A G 238.29 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3857;QD=50.1655;RBI=0.00585623;REFB=0;REVB=-0.000324007;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0680418;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:9:8:0:0:11:8:0:0 chr9 841971 . T A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0142215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.32;QD=13.2056;RBI=0.0153192;REFB=0.0249188;REVB=0.00569441;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0482542;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:1:5:5:1:1:5 chr9 969044 . A G 318.46 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0109106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.315;QD=13.2691;RBI=0.0327552;REFB=-0.0139139;REVB=-0.0308846;RO=60;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186615;STB=0.51067;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0286403;OID=.;OPOS=969044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:21:15:26:34:21:15:26:34 chr9 991114 . A G 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0173736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8819;QD=13.3414;RBI=0.0174701;REFB=0.0297579;REVB=0.0018335;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829241;STB=0.547898;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.035696;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:14:7:13:19:14:7:13:19 chr9 1001922 . C G 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0056547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1682;QD=14.3339;RBI=0.0134863;REFB=0.0182569;REVB=-0.0122436;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265831;STB=0.654983;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0286758;OID=.;OPOS=1001922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:14:12:12:5:14:12 chr9 1056728 . G C 207.32 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00529503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.793;QD=15.0776;RBI=0.011165;REFB=-0.0156294;REVB=-0.00982957;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273855;STB=0.501556;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0222157;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:13:18:14:10:13:18 chr9 2101545 . T A 556.54 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.457;QD=60.166;RBI=0.0347624;REFB=0;REVB=-8.9976e-05;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404063;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr9 2116037 . G A 495.03 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0210964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2887;QD=20.6264;RBI=0.0274778;REFB=0.0108893;REVB=-0.017606;RO=48;SAF=24;SAR=24;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169834;STB=0.593712;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0111218;OID=.;OPOS=2116037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:24:24:15:33:24:24:15:33 chr9 2717922 . C G 456.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.326;QD=57.1163;RBI=0.0325633;REFB=0;REVB=0.0181617;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369366;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr9 2718534 . C G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00794973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.335;QD=16.0324;RBI=0.00817298;REFB=-0.00427222;REVB=-0.0018972;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14559;STB=0.583252;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00897535;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:10:18:10:10:10:18 chr9 2811505 . G A 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0158533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.431;QD=20.9977;RBI=0.0203561;REFB=-0.0109359;REVB=-0.0127689;RO=36;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111193;STB=0.561661;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0170964;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:27:13:16:20:27:13:16:20 chr9 4118208 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.792;QD=33.4285;RBI=0.0328672;REFB=0;REVB=-0.00683333;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609669;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr9 4118668 . T C 234.47 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00537104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.38;QD=13.0261;RBI=0.0138834;REFB=-0.0116734;REVB=-0.0128024;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147885;STB=0.590488;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0202565;OID=.;OPOS=4118668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:44:28:28:0.388889:13:15:17:26:13:15:17:27 chr9 4386423 . A G 739.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1418;QD=54.7467;RBI=0.0393794;REFB=-0.057538;REVB=0.0170154;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000954913;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:1:0 chr9 4564432 . G A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0230612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.091;QD=17.9916;RBI=0.0343045;REFB=0.00572305;REVB=-0.0253963;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142549;STB=0.579896;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00348101;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:11:18:14:16:11:18:14:16 chr9 4576680 . T C 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0110937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.462;QD=15.0665;RBI=0.0662509;REFB=-0.0163488;REVB=0.0653155;RO=47;SAF=23;SAR=11;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113601;STB=0.56449;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0203928;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:11:23:27:20:11:23:27:20 chr9 4622453 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.036294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.32;QD=7.83714;RBI=0.038823;REFB=-0.00807809;REVB=0.0137832;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248764;STB=0.657425;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0224579;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:8:8:2:5:8:8 chr9 4625429 . T C 321.11 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0507909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3931;QD=18.8887;RBI=0.0535211;REFB=-0.00297367;REVB=0.0168757;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268649;STB=0.514956;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00489638;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:15:19:20:14:15:19:20:14 chr9 4629170 . T TAAAA 59.75 PASS AF=0.416667;AO=6;DP=26;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.064406;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=4;MLLD=51.047;QD=9.95799;RBI=0.0672368;REFB=-0.00896447;REVB=0.019304;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.517207;STBP=0.915;TYPE=ins;VARB=0.00503704;OID=.;OPOS=4629171;OREF=-;OALT=AAAA;OMAPALT=TAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:6:26:10:24:14:4:6:6:8:59:17:3:3:7:10 chr9 4711440 . T A 280.86 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0124587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5732;QD=17.8325;RBI=0.0270383;REFB=-0.0388739;REVB=0.0239969;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160289;STB=0.560909;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0437537;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:32:29:31:0.492063:20:9:15:17:20:11:15:17 chr9 4860300 . A G 344.7 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0446256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1127;QD=21.8857;RBI=0.0696685;REFB=-0.0146943;REVB=0.0535;RO=28;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108269;STB=0.559527;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00997058;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:13:22:21:7:13:22:21:7 chr9 5050706 . C T 313.85 PASS AF=0.479452;AO=33;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0329295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7898;QD=17.197;RBI=0.125165;REFB=-0.0265354;REVB=-0.120756;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789446;STB=0.505127;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0298798;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:38:33:35:0.479452:14:19:21:16:16:19:21:17 chr9 5055695 . T C 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00418771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.863;QD=2.40045;RBI=0.01856;REFB=-0.00376097;REVB=-0.0180814;RO=63;SAF=4;SAR=5;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574805;STB=0.541703;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0422766;OID=.;OPOS=5055695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:5:4:31:32:5:4:31:32 chr9 5081780 . G A 661.59 PASS AF=0.835821;AO=51;DP=62;FAO=56;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0367463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.5801;QD=39.4981;RBI=0.0496645;REFB=-0.0631484;REVB=0.0334107;RO=11;SAF=30;SAR=21;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112304;STB=0.56214;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00653447;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:62:67:11:11:51:56:0.835821:21:30:10:1:26:30:10:1 chr9 5081782 . GGT GG,G 445.99 PASS AF=0,1;AO=19,8;DP=69;FAO=0,45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.445161,0.197147;FXX=0.328309;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=9.71096,23.358;QD=39.6431;RBI=0.726845,0.261414;REFB=0,0;REVB=0.574574,0.171668;RO=41;SAF=18,8;SAR=1,0;SRF=14;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0.457831,0;SSSB=0.735876,0.746575;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00643613,0.04182;OID=.,.;OPOS=5081784,5081783;OREF=T,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:19,8:69:0,45:45:0:0,31:0,14:0:0:9:41:18,8:1,0:14:27 chr9 5092466 . G A 559.75 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0291119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.032;QD=28.705;RBI=0.0297097;REFB=0.0112786;REVB=0.00593023;RO=28;SAF=26;SAR=24;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132221;STB=0.507184;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00815245;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:24:26:14:14:24:26:14:14 chr9 5094034 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00655004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.945;QD=16.4439;RBI=0.00909515;REFB=-0.0170237;REVB=0.00631021;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105581;STB=0.560449;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0207267;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:12:15:9:11:12:15 chr9 5095049 . ATAGAG A 58.44 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00209819;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=5;MLLD=293.197;QD=12.3029;RBI=0.0210306;REFB=-0.0177989;REVB=0.0209257;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090156;STB=0.580431;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=0.0290617;OID=.;OPOS=5095050;OREF=TAGAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:7:19:8:19:11:6:2:7:4:58:11:5:2:7:4 chr9 5095095 . A C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00588738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.392;QD=12.0517;RBI=0.0396055;REFB=0.00401847;REVB=0.0391654;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197653;STB=0.629382;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00379164;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:3:6:10:2:3:6:11:2 chr9 5095167 . A C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0280664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.899;QD=18.2486;RBI=0.0286244;REFB=-0.0382837;REVB=0.00562485;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0342111;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:5:7:7:6:5:7 chr9 5095191 . T A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00178853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.844;QD=18.2478;RBI=0.00234752;REFB=-0.0269228;REVB=-0.00152052;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0267643;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:4:8:7:6:4:8 chr9 5096433 . A G 189.86 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00286845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.692;QD=11.3352;RBI=0.00769009;REFB=-0.00596923;REVB=-0.00713509;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110076;STB=0.563764;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.012789;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:24:19:13:11:24:19 chr9 5098223 . T C 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00750291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6052;QD=14.8509;RBI=0.0149685;REFB=0.00561735;REVB=-0.0129523;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101077;STB=0.558437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00577131;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:15:14:11:8:15:14 chr9 5109431 . G A 324.53 PASS AF=0.460526;AO=36;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.030489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0243;QD=17.0803;RBI=0.0453459;REFB=0.0101979;REVB=0.033566;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261809;STB=0.501128;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0125697;OID=.;OPOS=5109431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:36:35:0.460526:19:17:20:20:18:17:20:21 chr9 5109485 . G T 214.02 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0187994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.467;QD=14.7603;RBI=0.0193893;REFB=-0.000724007;REVB=-0.00474668;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205188;STB=0.508373;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00109662;OID=.;OPOS=5109485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:33:25:25:0.431034:14:11:13:18:14:11:15:18 chr9 5164260 . T G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00970974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.981;QD=19.1804;RBI=0.0133101;REFB=-0.00867121;REVB=-0.00910387;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232786;STB=0.631394;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00921494;OID=.;OPOS=5164260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:2:9:7:6:2:9 chr9 5231712 . T A 147.65 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0217387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6948;QD=26.8449;RBI=0.0314096;REFB=-0.0485369;REVB=-0.0226715;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218296;STB=0.512179;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0214066;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:7:8:4:3:7:8:4:3 chr9 5335470 . C T 538.55 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0351001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.687;QD=20.5162;RBI=0.0478524;REFB=-0.0158114;REVB=-0.0325244;RO=50;SAF=34;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457468;STB=0.519077;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0146188;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:50:50:54:55:0.52381:20:34:29:21:21:34:29:21 chr9 5431913 . A G 226.92 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.01666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.906;QD=15.3846;RBI=0.0324104;REFB=-0.00439934;REVB=-0.0278006;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070653;STB=0.513079;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00607599;OID=.;OPOS=5431913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:12:14:17:15:12:14:17:16 chr9 5557672 . T C 1559.01 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00209956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6883;QD=57.7409;RBI=0.00721616;REFB=0.0276786;REVB=-0.00690397;RO=0;SAF=69;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10424e-08;STB=0.507142;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-5.22173e-05;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:0:2:106:106:0.981481:37:69:0:0:37:69:2:0 chr9 5732483 . T C 1080.32 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.874;QD=60.018;RBI=0.0982456;REFB=0;REVB=0.098209;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228432;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr9 5774225 . T G 1788.13 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.127;QD=60.1053;RBI=0.0358356;REFB=-0.110567;REVB=0.0289713;RO=1;SAF=51;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922187;STB=0.504854;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0011669;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:67:51:1:0:67:51:1:0 chr9 5909152 . T G 698.87 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000433972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2236;QD=54.8133;RBI=0.0181976;REFB=-0.0137397;REVB=0.0181924;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00582605;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chr9 5968416 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.779;QD=51.1846;RBI=0.0374241;REFB=0;REVB=0.0369057;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194556;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr9 5969249 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.627;QD=62.9829;RBI=0.0361052;REFB=0;REVB=0.0339824;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148655;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr9 6007500 . G A 445.24 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=137;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.00810023;FXX=0.0289834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.804;QD=13.2908;RBI=0.0292902;REFB=-0.00282575;REVB=0.0281478;RO=74;SAF=31;SAR=20;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455119;STB=0.512183;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00551705;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:74:83:51:51:0.380597:20:31:48:26:20:31:52:31 chr9 6253571 . C T 306.22 PASS AF=0.425;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0388083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2635;QD=15.311;RBI=0.0565928;REFB=-0.0429755;REVB=-0.0411905;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415469;STB=0.508119;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0513082;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:42:46:34:34:0.425:18:16:18:24:18:16:21:25 chr9 6328947 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.987;QD=50.4134;RBI=0.0509985;REFB=0;REVB=0.0508022;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265137;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr9 6329888 . A G 804.27 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.029;QD=64.3416;RBI=0.129215;REFB=0;REVB=-0.00487613;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456831;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr9 6330380 . A C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000288565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.213;QD=19.3431;RBI=0.00469059;REFB=-0.000195612;REVB=0.0046817;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.527747;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000208612;OID=.;OPOS=6330380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:8:10:9:9:8:10 chr9 6330915 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.937;QD=57.1752;RBI=0.00393798;REFB=0;REVB=-0.000818205;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64703e-06;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr9 6592868 . G C 252.77 PASS AF=0.5;AO=19;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00792848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.79;QD=21.0642;RBI=0.0171089;REFB=-0.012835;REVB=0.0151609;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00765048;OID=.;OPOS=6592868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:24:19:24:0.5:7:12:12:7:9:15:15:9 chr9 6606634 . C T 89.27 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00274424;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.872;QD=13.7335;RBI=0.012821;REFB=-0.00716866;REVB=-0.0125239;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317416;STB=0.651929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0164711;OID=.;OPOS=6606634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:14:15:11:11:0.423077:6:5:2:12:6:5:3:12 chr9 6606639 . A G 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0210775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.458;QD=14.0795;RBI=0.024632;REFB=-0.0118046;REVB=-0.0127466;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.018323;OID=.;OPOS=6606639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr9 6606645 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00302637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.237;QD=11.3689;RBI=0.0137339;REFB=0.00547644;REVB=0.0133963;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106522;STB=0.589906;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00639753;OID=.;OPOS=6606645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:17:19:11:11:0.366667:6:5:6:11:6:5:6:13 chr9 6610326 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0353011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4876;QD=11.9536;RBI=0.05128;REFB=0.0102259;REVB=0.037195;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249111;STB=0.648983;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0089546;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:7:4:5:3:7:4 chr9 6645251 . C T 255.89 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00838225;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.068;QD=28.4324;RBI=0.0215803;REFB=-0.0173752;REVB=-0.0198858;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393343;STB=0.52172;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0123058;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:12:11:7:6:12:11:7:6 chr9 6984172 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00332357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.337;QD=13.7522;RBI=0.0112815;REFB=-0.0163764;REVB=-0.0107808;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167764;STB=0.509791;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0307481;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:8:15:10:5:8:15 chr9 7103816 . C T 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0168955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.125;QD=17.1423;RBI=0.0187524;REFB=-0.0127123;REVB=-0.00813592;RO=60;SAF=26;SAR=26;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320768;STB=0.51785;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0136326;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:26:26:32:28:26:26:32:28 chr9 7798435 . C T 707.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.399;QD=62.8653;RBI=0.0129089;REFB=0;REVB=-0.00541318;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16866e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chr9 7798518 . G C 1339.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2559;QD=62.3094;RBI=0.07242;REFB=0;REVB=0.0594332;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582904;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr9 8389364 . C G 747.87 PASS AF=0.554688;AO=71;DP=128;FAO=71;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0127438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.115;QD=23.3709;RBI=0.0165851;REFB=-0.0356955;REVB=0.0106141;RO=41;SAF=38;SAR=33;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130406;STB=0.511809;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0245136;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:41:57:71:71:0.554688:33:38:14:27:33:38:29:28 chr9 8465598 . A G 570.27 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0224905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.146;QD=20.5503;RBI=0.0226549;REFB=0.00824231;REVB=0.00272457;RO=53;SAF=28;SAR=30;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424567;STB=0.523356;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00827775;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:58:58:0.522523:30:28:23:30:30:28:23:30 chr9 8485834 . G A 437.45 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0256689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.781;QD=23.0236;RBI=0.0256803;REFB=-0.0374112;REVB=-0.000766362;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417458;STB=0.527884;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0430342;OID=.;OPOS=8485834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:42:43:0.565789:22:20:14:19:22:21:14:19 chr9 8486482 . T C 247.24 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00899362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.682;QD=13.7356;RBI=0.0117366;REFB=-0.00200266;REVB=0.00754069;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177843;STB=0.510138;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00289569;OID=.;OPOS=8486482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:23:20:13:16:23:20 chr9 8518143 . T C 776.61 PASS AF=0.524476;AO=75;DP=143;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0353726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.43;QD=21.7232;RBI=0.0358501;REFB=-0.013276;REVB=-0.00583177;RO=68;SAF=46;SAR=29;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138711;STB=0.57618;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0149369;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:68:68:75:75:0.524476:29:46:31:37:29:46:31:37 chr9 8518395 . G A 604.23 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0299283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.086;QD=23.9299;RBI=0.0331096;REFB=-0.030331;REVB=-0.0141613;RO=43;SAF=25;SAR=33;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452007;STB=0.524706;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0240291;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:33:25:21:22:33:25:21:22 chr9 8528506 . A G 37.62 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.050918;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.6456;QD=9.40503;RBI=0.060572;REFB=-0.0336153;REVB=-0.0328073;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357304;STB=0.719306;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0432784;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:7:3:4:2:7:3 chr9 12821447 . C A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0286066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.162;QD=22.7198;RBI=0.0286771;REFB=-0.01779;REVB=0.00200821;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115717;STB=0.565126;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0133552;OID=.;OPOS=12821447;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:6:3:7:7:6:3 chr9 13105959 . T G 734.49 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.001;QD=62.5099;RBI=0.0877837;REFB=0;REVB=0.0870723;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177597;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr9 13112116 . A G 1553.17 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.933;QD=62.7545;RBI=0.0390581;REFB=-0.058408;REVB=-0.0208251;RO=1;SAF=48;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097792;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000742224;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:50:48:1:0:50:48:1:0 chr9 13150531 . T C 1563.01 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160176;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.83;QD=60.1159;RBI=0.0272753;REFB=0;REVB=0.0220766;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46166e-06;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:41:63:0:0:41:63:0:0 chr9 13176312 . C T 986.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.778;QD=58.8951;RBI=0.0410414;REFB=0;REVB=0.0054549;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121832;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr9 14086120 . G C 437.41 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00519442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.911;QD=24.3006;RBI=0.0084745;REFB=-0.0134887;REVB=0.00669591;RO=30;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109572;STB=0.559972;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00957291;OID=.;OPOS=14086120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:20:22:20:10:20:22:20:10 chr9 14618856 . C T 224.87 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0278943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.759;QD=19.9883;RBI=0.0380338;REFB=-0.0152128;REVB=-0.025855;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141866;STB=0.580049;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0129383;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:13:10:13:9:13:10 chr9 14737506 . T G 452.56 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0135728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7921;QD=27.8497;RBI=0.0534383;REFB=-0.0185791;REVB=-0.0516858;RO=23;SAF=18;SAR=24;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174295;STB=0.594428;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00916082;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:24:18:4:19:24:18:4:19 chr9 14747412 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0183978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.175;QD=15.7383;RBI=0.020616;REFB=-0.00968712;REVB=-0.00930273;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234599;STB=0.631494;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0127406;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:10:26:14:15:10:26 chr9 14775853 . A G 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.000821577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.1;QD=21.4482;RBI=0.00224607;REFB=-0.00530295;REVB=0.00209041;RO=36;SAF=17;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225447;STB=0.512445;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00219138;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:24:17:14:22:24:17:14:22 chr9 14801710 . C A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.104;QD=62.3145;RBI=0.017006;REFB=0;REVB=0.0161744;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69357e-05;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr9 14846036 . C G 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0107148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.433;QD=16.3815;RBI=0.0121054;REFB=-0.00951254;REVB=0.00563324;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106004;STB=0.559654;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0111162;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:15:22:23:24:15:22:23:24 chr9 14859356 . T C 293.54 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00382951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2504;QD=19.9008;RBI=0.00912801;REFB=-0.00498362;REVB=-0.00828586;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822308;STB=0.545628;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00684311;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:10:18:17:14:10:18 chr9 15188106 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.948;QD=60.7151;RBI=0.0287224;REFB=0;REVB=0.0216305;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16263e-05;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr9 15464898 . C A 410.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9043;QD=56.6822;RBI=0.0489121;REFB=0;REVB=-0.0488661;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000762723;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr9 15486870 . A G 302.46 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00219154;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.752;QD=16.5729;RBI=0.00606759;REFB=-0.0160705;REVB=0.00565799;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118161;STB=0.572828;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0143234;OID=.;OPOS=15486870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:40:40:32:33:0.452055:19:13:21:19:20:13:21:19 chr9 15544214 . G A 199.85 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0240303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.674;QD=15.6743;RBI=0.0340884;REFB=-0.00910904;REVB=0.0241778;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635824;STB=0.548975;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0118872;OID=.;OPOS=15544214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:10:11:17:12:11:11:17:12 chr9 15571630 . T A 85.19 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00268665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5968;QD=11.3592;RBI=0.0199632;REFB=-0.0348362;REVB=-0.0197815;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642199;STB=0.538391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0582059;OID=.;OPOS=15571630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:8:11:7:4:8:11 chr9 15784631 . A G 135.96 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00277269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.296;QD=17.5437;RBI=0.00819421;REFB=-0.00791217;REVB=0.00771085;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125748;STB=0.583229;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00964221;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:6:9:11:4:6:9:12:4 chr9 15922137 . A G 195.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0131023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.657;QD=12.6174;RBI=0.0164583;REFB=-0.0206644;REVB=0.00996017;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140625;STB=0.58058;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0258549;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:24:14:12:12:24:14 chr9 16417431 . G A 1638.07 PASS AF=0.990991;AO=107;DP=108;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00165721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.545;QD=59.0295;RBI=0.00165878;REFB=-0.125767;REVB=-7.23334e-05;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978547;STB=0.50505;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00054218;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:111:1:1:107:110:0.990991:59:48:1:0:61:49:1:0 chr9 16685539 . T C 189.25 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2332;QD=47.3133;RBI=0.0330164;REFB=0;REVB=0.0236737;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46397e-05;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:8:5:0:0:8:8:0:0 chr9 17001122 . C A 463.47 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.010724;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.664;QD=21.5569;RBI=0.0267221;REFB=-0.0221367;REVB=-0.0244759;RO=41;SAF=33;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126793;STB=0.570338;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0125111;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:41:45:45:0.523256:12:33:25:16:12:33:25:16 chr9 17001200 . C A 1868.56 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120211;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.982;QD=60.7662;RBI=0.0120244;REFB=-0.134125;REVB=0.000279522;RO=1;SAF=76;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621043;STB=0.503267;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000329863;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:123:1:1:122:122:0.99187:46:76:1:0:46:76:1:0 chr9 17001216 . A C 601.83 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0198809;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.141;QD=20.0609;RBI=0.0221592;REFB=-0.0112356;REVB=-0.00978684;RO=57;SAF=43;SAR=18;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141093;STB=0.580341;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00990324;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:59:61:61:0.508333:18:43:32:25:18:43:33:26 chr9 17309145 . A G 577.36 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0266445;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.196;QD=19.7389;RBI=0.0415932;REFB=-0.0220861;REVB=0.0319385;RO=57;SAF=28;SAR=31;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637525;STB=0.530293;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0321545;OID=.;OPOS=17309145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:57:58:59:59:0.504274:31:28:23:34:31:28:24:34 chr9 17342383 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.925;QD=64.4152;RBI=0.0201542;REFB=0;REVB=0.0043379;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112291;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr9 17394536 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1588;QD=39.2053;RBI=0.050519;REFB=0;REVB=-0.036506;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00352646;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr9 17394996 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.123;QD=58.7814;RBI=0.0532995;REFB=0;REVB=0.0520079;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94632e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr9 17409366 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.552;QD=61.683;RBI=0.0229115;REFB=0;REVB=0.0142507;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2594e-05;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr9 17457520 . AG GA 52.64 PASS AF=0.0879121;AO=6;DP=94;FAO=8;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0463134;FXX=0.0319115;HRUN=8;LEN=2;MLLD=36.3134;QD=2.314;RBI=0.06799;REFB=-0.00743704;REVB=0.0497766;RO=78;SAF=5;SAR=1;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305128;STB=0.830761;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.023401;OID=.;OPOS=17457520;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:94:91:78:79:6:8:0.0879121:1:5:44:34:1:7:44:35 chr9 18504916 . T A 206.27 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00542546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.371;QD=16.8385;RBI=0.0268416;REFB=-0.013913;REVB=0.0262875;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212567;STB=0.52069;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0145109;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:28:18:21:0.428571:9:9:11:12:12:9:13:15 chr9 18651156 . C T 538.67 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9104;QD=59.8519;RBI=0.0516862;REFB=0;REVB=0.0516647;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609032;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr9 18651282 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.012;QD=57.1059;RBI=0.0178677;REFB=0;REVB=0.0162096;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91633e-05;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr9 18776840 . A C 650.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.572;QD=61.9885;RBI=0.0251514;REFB=0;REVB=-0.0225368;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170308;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr9 18777368 . T C 671.33 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.421;QD=62.4497;RBI=0.0173548;REFB=0;REVB=0.010232;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51522e-05;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:17:24:0:0:18:25:0:0 chr9 18887908 . G C 425.34 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0293047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0985;QD=21.5362;RBI=0.0309185;REFB=-0.0374543;REVB=-0.00985845;RO=37;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182744;STB=0.601064;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0273839;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:27:15:21:16:27:15:21:16 chr9 18950787 . G A 598.57 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0123851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8735;QD=16.8612;RBI=0.0169202;REFB=0.00855425;REVB=0.0115284;RO=77;SAF=16;SAR=47;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239741;STB=0.643134;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0156798;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:79:63:63:0.443662:47:16:36:41:47:16:38:41 chr9 18950895 . T C 617.52 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0101585;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.947;QD=19.0007;RBI=0.0106009;REFB=-0.0170531;REVB=-0.00303055;RO=65;SAF=12;SAR=51;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206586;STB=0.610218;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0181552;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:65:67:63:63:0.484615:51:12:23:42:51:12:23:44 chr9 19032907 . A G 646.14 PASS AF=0.515625;AO=60;DP=123;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=0.00521188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.326;QD=20.1919;RBI=0.00734613;REFB=-0.0214251;REVB=-0.00517706;RO=59;SAF=18;SAR=42;SRF=14;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693494;STB=0.575059;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0224746;OID=.;OPOS=19032907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:59:62:60:66:0.515625:42:18:14:45:42:24:14:48 chr9 19058052 . G A 101.67 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=29;FWDB=0.000616524;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.995;QD=3.63091;RBI=0.0132721;REFB=-0.00145413;REVB=-0.0132578;RO=88;SAF=10;SAR=9;SRF=59;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1884;STB=0.63658;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00645805;OID=.;OPOS=19058052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:88:93:19:19:0.169643:9:10:59:29:9:10:64:29 chr9 19060197 . A T 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0296704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.228;QD=22.1866;RBI=0.030612;REFB=0.000959719;REVB=0.00753415;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111258;STB=0.562446;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000828128;OID=.;OPOS=19060197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:16:8:10:12:16:8:10:12 chr9 19087154 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00298209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.927;QD=15.1966;RBI=0.0286195;REFB=-0.0010338;REVB=-0.0284637;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162458;STB=0.593621;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00109803;OID=.;OPOS=19087154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:6:12:7:7:6:12 chr9 19116543 . G A 484.64 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.000679311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0974;QD=21.0715;RBI=0.0394705;REFB=0.00285847;REVB=0.0394647;RO=43;SAF=29;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153808;STB=0.575038;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00225098;OID=.;OPOS=19116543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:45:47:47:0.51087:18:29:19:24:18:29:21:24 chr9 19119674 . A G 255.41 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0388986;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.858;QD=15.7174;RBI=0.0624915;REFB=-0.00344016;REVB=0.0489089;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288404;STB=0.661664;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00598067;OID=.;OPOS=19119674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:36:28:29:0.446154:14:14:29:8:15:14:28:8 chr9 19461193 . G T 711.3 PASS AF=0.507143;AO=69;DP=137;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0178962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5753;QD=20.3228;RBI=0.0477655;REFB=0.00132441;REVB=-0.0442862;RO=68;SAF=35;SAR=34;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465174;STB=0.528693;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00201423;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:68:69:69:71:0.507143:34:35:38:30:35:36:39:30 chr9 19492973 . A G 263.12 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00594277;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.422;QD=14.8237;RBI=0.0287053;REFB=-0.0119497;REVB=-0.0280834;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155541;STB=0.58773;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0173499;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:13:28:16:14:13:28 chr9 19576949 . T G 1287.33 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.645;QD=60.5803;RBI=0.0419125;REFB=-0.106924;REVB=0.0200126;RO=1;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956961;STB=0.505049;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000643485;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:49:35:0:1:49:35:0:1 chr9 19622268 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00018053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.848;QD=34.6652;RBI=0.0238895;REFB=-0.0524825;REVB=0.0238888;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00291042;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr9 19786217 . G A 291.05 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00542403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6731;QD=26.459;RBI=0.0234996;REFB=-0.00234217;REVB=-0.0228651;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247132;STB=0.636574;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000472684;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:16:10:13:5:16:10:13:5 chr9 20418323 . T C 101.19 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00999444;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.799;QD=7.63677;RBI=0.0138942;REFB=-0.0131719;REVB=-0.00965193;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221003;STB=0.634735;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0319135;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:39:39:14:14:0.264151:8:6:24:15:8:6:24:15 chr9 20789610 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0147983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.083;QD=12.1823;RBI=0.0289234;REFB=-0.0152056;REVB=0.024851;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20027;STB=0.618812;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0297593;OID=.;OPOS=20789610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:9:6:6:4:9:6 chr9 20866974 . C G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2048;QD=58.0594;RBI=0.0573791;REFB=0;REVB=-0.0561392;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413119;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr9 20988426 . A G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00135999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.736;QD=59.0423;RBI=0.00922535;REFB=-0.0219789;REVB=-0.00912456;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-1.40134e-05;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:25:16:0:0:25:16:0:1 chr9 21029330 . T C 738.42 PASS AF=0.964912;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0362982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.271;QD=51.8186;RBI=0.0444859;REFB=-0.0340869;REVB=0.0257183;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548722;STB=0.503648;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00148579;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:57:2:2:52:55:0.964912:22:30:1:1:22:33:1:1 chr9 21077716 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0241799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.803;QD=15.1604;RBI=0.0284585;REFB=-0.00791607;REVB=0.0150072;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106752;STB=0.561964;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00828823;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:9:13:11:5:9:13 chr9 21187121 . T A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0107718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.22;QD=15.9172;RBI=0.0174039;REFB=-0.0179795;REVB=-0.0136699;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185962;STB=0.606587;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0294955;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:11:4:6:7:11:4 chr9 21187311 . C T 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0064685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.612;QD=20.9038;RBI=0.0189753;REFB=-0.025608;REVB=-0.0178387;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901423;STB=0.549904;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0236532;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:23:16:18:17:23:16:18:17 chr9 21206763 . G T 306.78 PASS AF=0.406977;AO=32;DP=83;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00706794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8724;QD=14.2687;RBI=0.00716404;REFB=-0.0187696;REVB=-0.00116947;RO=51;SAF=10;SAR=22;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300023;STB=0.628498;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0316429;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:51:51:32:35:0.406977:22:10:30:21:22:13:30:21 chr9 21207000 . C G 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00496827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.603;QD=2.99733;RBI=0.0378798;REFB=-0.00225384;REVB=-0.0375525;RO=58;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324999;STB=0.729134;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0163252;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:58:59:10:10:0.144928:3:7:25:33:3:7:25:34 chr9 21207005 . C G 58.09 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0169836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.747;QD=3.27291;RBI=0.0332342;REFB=0.000276993;REVB=-0.0285669;RO=60;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228659;STB=0.655417;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00291495;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:4:7:27:33:4:7:27:33 chr9 21207031 . T C 43.53 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0183233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.424;QD=2.45235;RBI=0.0789109;REFB=-0.012743;REVB=-0.0767541;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077523;STB=0.576156;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0820624;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:69:71:47:62:9:9:0.126761:4:5:29:18:4:5:29:33 chr9 21207037 . A T 41.58 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00943426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.147;QD=2.18817;RBI=0.045671;REFB=-0.0182711;REVB=-0.0446859;RO=67;SAF=5;SAR=4;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931001;STB=0.568362;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0957704;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:4:5:32:35:4:5:32:35 chr9 21207129 . G A 850.56 PASS AF=0.715789;AO=67;DP=94;FAO=68;FDP=95;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00299532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.248;QD=35.8132;RBI=0.00495729;REFB=-0.0231155;REVB=0.00395003;RO=26;SAF=27;SAR=40;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170793;STB=0.587696;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00924476;OID=.;OPOS=21207129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:26:27:67:68:0.715789:40:27:19:7:41:27:19:8 chr9 21227622 . A C 76.61 PASS AF=0.206897;AO=9;DP=56;FAO=12;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0114466;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.127;QD=5.28362;RBI=0.023109;REFB=-0.00484932;REVB=0.0200748;RO=34;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492752;STB=0.762282;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0141075;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:56:58:34:46:9:12:0.206897:6:3:26:8:9:3:27:19 chr9 21228040 . C G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.017189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.559;QD=17.8006;RBI=0.0174866;REFB=-0.0132225;REVB=-0.00321244;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01706;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:12:12:10:10:12:12 chr9 21228182 . GC TG 41.99 PASS AF=0;AO=41;DP=98;FAO=0;FDP=57;FR=.;FRO=57;FSAF=0;FSAR=0;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0328605;FXX=0.429957;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.689;QD=2.94674;RBI=0.038991;REFB=-0.00048314;REVB=-0.0209877;RO=56;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.129339;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:57:56:57:41:0:0:21:20:30:26:0:0:31:26 chr9 21304803 . G A 221.93 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0242978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.514;QD=18.4938;RBI=0.0256506;REFB=-0.0148448;REVB=0.00822;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265418;STB=0.649869;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0194984;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:18:8:13:9:18:8 chr9 21350620 . G A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.002434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.876;QD=17.9426;RBI=0.0116129;REFB=-0.0131611;REVB=-0.0113549;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186436;STB=0.603499;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0119566;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:6:23:17:11:6:23 chr9 21482089 . G A,T 705.11 PASS AF=0.914894,0.0851064;AO=41,4;DP=45;FAO=43,4;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935982,0.0158344;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.8053,59.2974;QD=60.0092;RBI=0.0265061,0.0164995;REFB=0,0;REVB=0.0247985,-0.0046374;RO=0;SAF=21,2;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00276599,0.0495416;OID=.,.;OPOS=21482089,21482089;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:45:47:0:0:41,4:43,4:0.914894,0.0851064:20,2:21,2:0:0:22,2:21,2:0:0 chr9 21482125 . T TA 355.17 PASS AF=0.580247;AO=44;DP=82;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0244743;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.6227;QD=17.5394;RBI=0.0248995;REFB=0.0490642;REVB=-0.00458189;RO=36;SAF=18;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029696;STB=0.515982;STBP=0.738;TYPE=ins;VARB=-0.0372674;OID=.;OPOS=21482126;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580247:44:82:47:81:34:19:28:15:19:99:36:18:26:16:20 chr9 21699392 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0647116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2548;QD=22.8307;RBI=0.0672783;REFB=-0.0693528;REVB=-0.0184059;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376142;STB=0.716191;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0329865;OID=.;OPOS=21699392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:13:2:5:5:13:2:5:5 chr9 21699406 . G A 410.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000852094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3826;QD=56.6889;RBI=0.00378086;REFB=0;REVB=0.00368359;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97766e-05;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr9 21699444 . C T 523.8 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269844;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.187;QD=59.8628;RBI=0.0490727;REFB=0;REVB=-0.0409875;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054992;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr9 21816758 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00225148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.403;QD=9.85806;RBI=0.00830414;REFB=0.0019079;REVB=0.0079931;RO=29;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415377;STB=0.751483;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00411607;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:3:10:12:17:3:10:12:17 chr9 21968199 . C G 1097.41 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7517;QD=60.1319;RBI=0.0478388;REFB=0;REVB=-0.0223449;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464407;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr9 22029445 . G A 294.47 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0035883;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.82;QD=21.8124;RBI=0.0533863;REFB=-0.00320236;REVB=0.0532655;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176691;STB=0.588178;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00382948;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:29:30:0.555556:16:13:16:8:16:14:16:8 chr9 24545513 . G A 1285.6 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227439;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.726;QD=60.4989;RBI=0.0322049;REFB=-0.135724;REVB=0.0228007;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000332283;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:0:1:83:84:0.988235:41:42:0:0:42:42:0:1 chr9 24905556 . A G 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00403507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.916;QD=17.9199;RBI=0.00406598;REFB=-0.00686813;REVB=0.000500385;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111718;STB=0.562461;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00728248;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:19:15:18:14:19:15 chr9 25677698 . A C 103.82 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0388947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.223;QD=13.8421;RBI=0.0453007;REFB=-0.049219;REVB=-0.0232242;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449392;STB=0.555473;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0650402;OID=.;OPOS=25677698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:4:8:12:5:5:8:12:5 chr9 25678640 . T A 414.02 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0386932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.661;QD=21.7903;RBI=0.0393413;REFB=-0.0316759;REVB=0.00711161;RO=35;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697068;STB=0.538443;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0267126;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:20:21:15:20:20:21:15:20 chr9 26116150 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.162;QD=42.1826;RBI=0.0543449;REFB=0;REVB=0.00327884;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406104;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr9 26116157 . G A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4286;QD=42.1759;RBI=0.102901;REFB=0;REVB=-0.00637246;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00582464;OID=.;OPOS=26116157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr9 27183463 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.178;QD=59.4356;RBI=0.0175607;REFB=0;REVB=0.00507394;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3778e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr9 27202870 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.708;QD=55.6561;RBI=0.0197375;REFB=0;REVB=-0.00263584;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06456e-05;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr9 27284785 . G T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.99;QD=61.3341;RBI=0.0301412;REFB=0;REVB=0.0182616;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154426;OID=.;OPOS=27284785;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr9 27292474 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.891;QD=61.3331;RBI=0.0385626;REFB=0;REVB=0.0305453;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159022;OID=.;OPOS=27292474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr9 27328886 . C A 333.58 PASS AF=0.369369;AO=39;DP=109;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0120056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.259;QD=12.021;RBI=0.012114;REFB=-0.006929;REVB=0.00161724;RO=64;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714064;STB=0.543638;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0116128;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:64:70:39:41:0.369369:20:19:27:37:20:21:31:39 chr9 27328964 . C T 2300.28 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223615;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.403;QD=63.0214;RBI=0.022587;REFB=-0.0819392;REVB=-0.00318414;RO=0;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06798e-08;STB=0.503546;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000239035;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:144:145:0.993151:70:74:0:0:70:75:0:1 chr9 27378301 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0738683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.804;QD=15.2589;RBI=0.0738771;REFB=-0.0254876;REVB=0.00113496;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0190318;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr9 27524731 . A G 580.46 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.318;QD=61.1013;RBI=0.0597402;REFB=0;REVB=0.0576764;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936512;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:32:38:1:24:8:0:0:30:8:0:0 chr9 27949327 . C T 85.26 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00401579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.363;QD=11.3678;RBI=0.00415595;REFB=-0.00553134;REVB=-0.00107021;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334551;STB=0.674268;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00866059;OID=.;OPOS=27949327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:10:11:0.366667:4:6:5:13:5:6:5:14 chr9 32069857 . T G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4776;QD=56.1855;RBI=0.049937;REFB=0;REVB=0.0499099;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108297;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr9 32425910 . A G 890.34 PASS AF=0.546667;AO=82;DP=150;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0289113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0748;QD=23.7425;RBI=0.0294739;REFB=-0.0222783;REVB=-0.00573144;RO=68;SAF=51;SAR=31;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379173;STB=0.502072;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0175181;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:68:68:82:82:0.546667:31:51:42:26:31:51:42:26 chr9 32436014 . A G 206.28 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0140965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.211;QD=16.8389;RBI=0.0172746;REFB=-0.0172769;REVB=-0.009985;RO=28;SAF=17;SAR=4;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374191;STB=0.521451;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0284305;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:4:17:22:6:4:17:22:6 chr9 32450187 . T C 90.65 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00500443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.558;QD=10.6651;RBI=0.0189392;REFB=-0.016425;REVB=-0.018266;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136395;STB=0.589127;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0272663;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:33:34:21:22:11:12:0.352941:8:3:8:13:9:3:8:14 chr9 32459450 . T G 328.86 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0020638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.259;QD=18.0199;RBI=0.0267474;REFB=0.000704547;REVB=0.0266677;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12948;STB=0.563147;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000452968;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:15:19:16:22:16:19:16:22 chr9 32498291 . A G 667.85 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.672;QD=62.1252;RBI=0.0318692;REFB=0;REVB=0.028211;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70459e-05;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:20:23:0:0 chr9 32784838 . T C 235.2 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0385263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.4;QD=25.4265;RBI=0.0386138;REFB=0.00465774;REVB=0.00259746;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128189;STB=0.571362;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.004639;OID=.;OPOS=32784838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:14:8:8:7:14:8:8:7 chr9 32785399 . C T 1622.17 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415705;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.62;QD=60.0804;RBI=0.0512716;REFB=0;REVB=-0.0511027;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113422;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:51:56:0:0:52:56:0:0 chr9 32785888 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=356.806;QD=50.4135;RBI=0.0187715;REFB=0;REVB=0.017159;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52334e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr9 32786553 . T C 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.93;QD=56.1791;RBI=0.0202059;REFB=0;REVB=0.00660706;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128795;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 32786586 . G T 296.54 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.142;QD=49.4231;RBI=0.0380067;REFB=-0.0249194;REVB=0.00601231;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000835955;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:0:1:22:23:0.958333:10:12:0:0:10:13:1:0 chr9 32786653 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.04;QD=55.6561;RBI=0.0165255;REFB=0;REVB=-0.000228853;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17506e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr9 32820257 . C T 696.78 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0168218;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.08;QD=54.6493;RBI=0.0176224;REFB=-0.0781581;REVB=-0.0052515;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00259449;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chr9 33026572 . T C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1888;QD=64.4115;RBI=0.0778945;REFB=0;REVB=-0.0131362;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773115;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr9 33352826 . C CAAA 833.31 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991327;FXX=0.095223;HRUN=0;LEN=3;MLLD=177.985;QD=58.4781;RBI=0.0160432;REFB=0;REVB=0.0126139;RO=4;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00913243;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.58721e-05;OID=.;OPOS=33352827;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:63:57:57:0:25:32:0:0:5:4:24:32:2:2 chr9 33395196 . A G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.107;QD=44.0924;RBI=0.0374905;REFB=-0.0317658;REVB=-0.0200121;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000538182;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:5:12:1:0:5:12:1:0 chr9 33442952 . G A 382.55 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0285961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6928;QD=25.5031;RBI=0.0332473;REFB=0.0214894;REVB=0.0169602;RO=23;SAF=10;SAR=27;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297436;STB=0.516302;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0133474;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:27:10:7:16:27:10:7:16 chr9 33447424 . C G 1017.35 PASS AF=0.442149;AO=107;DP=242;FAO=107;FDP=242;FR=.;FRO=135;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=0.00536996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.946;QD=16.8157;RBI=0.0136699;REFB=-0.0128034;REVB=-0.012571;RO=135;SAF=46;SAR=61;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374387;STB=0.520792;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0150684;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:135:135:107:107:0.442149:61:46:63:72:61:46:63:72 chr9 33461567 . A G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0160229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.439;QD=14.6515;RBI=0.0161142;REFB=-0.0252645;REVB=0.00171264;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0462142;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:3:5:3:5:3:5 chr9 33461574 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0686538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.209;QD=11.9195;RBI=0.0986311;REFB=-0.0118139;REVB=-0.0708148;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0174468;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:4:5:3:4:4:5 chr9 33466219 . A C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0177158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.361;QD=15.3789;RBI=0.0211664;REFB=-0.0230982;REVB=0.011583;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20736;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0242729;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:9:5:7:5:9:5 chr9 33524684 . G A 724.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.62;QD=62.9748;RBI=0.0268621;REFB=0;REVB=0.0237096;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14714e-05;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:28:14:0:0:30:16:0:0 chr9 33618358 . A G 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0109132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.868;QD=15.6162;RBI=0.0187732;REFB=-0.0113782;REVB=-0.0152753;RO=53;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350012;STB=0.524126;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0200409;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:23:16:20:33:23:16:20:34 chr9 33625082 . G C 453.47 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.0105295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.131;QD=14.9906;RBI=0.0107826;REFB=-0.00991055;REVB=-0.00232247;RO=69;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152002;STB=0.579113;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0136693;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:29:22:20:49:29:22:21:49 chr9 33625185 . C T 640.88 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0249557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.329;QD=26.1584;RBI=0.0249576;REFB=-0.00846091;REVB=-0.000305991;RO=41;SAF=17;SAR=40;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809634;STB=0.544314;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00516705;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:40:17:16:25:40:17:16:25 chr9 33638046 . G C 217.67 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0308057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3873;QD=16.7441;RBI=0.0787637;REFB=-0.0242488;REVB=0.0724895;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286073;STB=0.516168;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0393215;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:16:12:11:13:16:12 chr9 33794797 . TGA T 57.64 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0239378;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.466;QD=3.84281;RBI=0.0569067;REFB=-0.0188958;REVB=-0.0516271;RO=46;SAF=8;SAR=2;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251607;STB=0.697974;STBP=0.212;TYPE=del;VARB=0.0595579;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:10:58:10:60:50:8:2:30:20:57:46:8:2:29:17 chr9 33794809 . G A 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0495157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7881;QD=4.56718;RBI=0.0547035;REFB=0.0129652;REVB=-0.0232523;RO=54;SAF=11;SAR=2;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360808;STB=0.741507;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0131334;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:54:54:13:13:0.19403:2:11:33:21:2:11:33:21 chr9 33794812 . G T 76.49 PASS AF=0.19403;AO=11;DP=65;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0142954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.822;QD=4.5664;RBI=0.0145622;REFB=-0.00609693;REVB=-0.00277483;RO=54;SAF=9;SAR=2;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305427;STB=0.741507;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0713876;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:65:67:54:54:11:13:0.19403:2:9:33:21:2:11:33:21 chr9 33796690 . TGAG T 407.34 PASS AF=0.363636;AO=48;DP=138;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0165817;FXX=0.0434751;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.594;QD=12.3436;RBI=0.019423;REFB=-0.00428232;REVB=-0.0101144;RO=80;SAF=20;SAR=28;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119537;STB=0.568499;STBP=0.26;TYPE=del;VARB=0.00790179;OID=.;OPOS=33796691;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:48:138:48:132:84:20:28:44:40:99:80:20:28:42:38 chr9 33796799 . A T 34.44 PASS AF=0.09;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00577431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.882;QD=1.3776;RBI=0.0164879;REFB=-0.00113852;REVB=-0.0154437;RO=91;SAF=2;SAR=7;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327948;STB=0.763039;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0114229;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:100:91:91:9:9:0.09:7:2:46:45:7:2:46:45 chr9 33797951 . A C 47.15 PASS AF=0.125;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0425806;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.095;QD=2.35766;RBI=0.0432639;REFB=-0.00363468;REVB=-0.00765852;RO=71;SAF=6;SAR=4;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100066;STB=0.566717;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0340885;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:81:80:71:70:10:10:0.125:4:6:48:23:4:6:47:23 chr9 33797962 . A G 60.89 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.0281752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.236;QD=3.00673;RBI=0.0285793;REFB=-0.00350912;REVB=-0.00478891;RO=69;SAF=8;SAR=4;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199824;STB=0.513738;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0200423;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:81:81:69:69:12:12:0.148148:4:8:45:24:4:8:45:24 chr9 33797987 . G T 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=-0.0289309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.247;QD=2.28984;RBI=0.0298529;REFB=-0.00489906;REVB=-0.00736206;RO=63;SAF=7;SAR=2;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142619;STB=0.596667;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0420076;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:63:65:9:9:0.121622:2:7:43:20:2:7:45:20 chr9 33797999 . A G 45.65 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0159422;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3473;QD=2.72543;RBI=0.0248239;REFB=0.0068362;REVB=-0.0190282;RO=57;SAF=7;SAR=2;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164768;STB=0.63083;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0211556;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:67:57:58:9:9:0.134328:2:7:38:19:2:7:38:20 chr9 33798016 . CA CG,TG 526.38 PASS AF=0.777778,0.0740741;AO=39,4;DP=54;FAO=42,4;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=26,2;FSAR=16,2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0171929,-0.00663644;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=100.831,132.472;QD=38.9909;RBI=0.0318599,0.0307235;REFB=-0.0186918,-0.00738928;REVB=-0.0268227,-0.0299982;RO=8;SAF=23,2;SAR=16,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0115622,-0.127513;STB=0.50101,0.582928;STBP=1,0.82;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00835689,0.030332;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:54:54:8:8:39,4:42,4:0.777778,0.0740741:16,2:23,2:5:3:16,2:26,2:5:3 chr9 33798052 . C T 44.47 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00138076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.746;QD=3.12046;RBI=0.0243658;REFB=-0.00848598;REVB=-0.0243266;RO=48;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525109;STB=0.547824;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0623342;OID=.;OPOS=33798052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:48:49:8:8:0.140351:3:5:28:20:3:5:28:21 chr9 33798075 . T C 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0104005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.469;QD=6.22521;RBI=0.0160374;REFB=-0.0113839;REVB=-0.0122078;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531239;STB=0.533283;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.029853;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:25:18:6:7:25:18 chr9 33798079 . T C 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0220216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.828;QD=3.67746;RBI=0.0222683;REFB=-0.00529343;REVB=0.00330507;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111631;STB=0.569131;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0251537;OID=.;OPOS=33798079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:3:5:23:20:3:5:24:20 chr9 33917498 . T C 281.35 PASS AF=0.555556;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0835458;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2289;QD=25.0086;RBI=0.086256;REFB=-0.0146306;REVB=0.0214522;RO=19;SAF=3;SAR=20;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255356;STB=0.65332;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00923709;OID=.;OPOS=33917498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:23:25:0.555556:20:3:6:13:22:3:6:13 chr9 33923478 . TGGGGGGGC ATGGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCA,TGGGGGGCG 188.06 PASS AF=0,0.806452,0.193548,0;AO=2,9,5,4;DP=30;FAO=0,25,6,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,5,0;FSAR=0,13,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156225,0.405991,0.221125,0.0831322;FXX=0;HRUN=1,7,7,7;LEN=2,1,2,2;MLLD=81.1479,7.75932,19.7638,14.5634;QD=24.2662;RBI=0.166101,0.425733,0.242935,0.174572;REFB=-0.0269741,-0.0411753,-0.00571566,-0.012871;REVB=-0.0564182,-0.128139,-0.100605,-0.153507;RO=6;SAF=2,1,4,3;SAR=0,8,1,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.524163,-0.58021,-0.0477139,-0.113038;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0802763,-0.125116,-0.0143946;OID=.,.,.,.;OPOS=33923478,33923479,33923485,33923485;OREF=TG,G,GC,GC;OALT=AT,-,CA,CG;OMAPALT=ATGGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCA,TGGGGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:31:30:31:6:0:2,9,5,4:0,25,6,0:0,0.806452,0.193548,0:0,8,1,1:2,1,4,3:5:1:0,13,1,0:0,12,5,0:0:0 chr9 33927899 . G A 1381.13 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0618595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.1;QD=58.7714;RBI=0.0719933;REFB=-0.168359;REVB=0.0368297;RO=4;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210341;STB=0.51648;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00272347;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:4:3:90:91:0.968085:44:46:1:3:44:47:0:3 chr9 33932594 . G A 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0132494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.158;QD=3.02365;RBI=0.0133138;REFB=-0.00461862;REVB=0.00130808;RO=49;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369755;STB=0.772445;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0219081;OID=.;OPOS=33932594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:49:50:8:8:0.137931:7:1:18:31:7:1:18:32 chr9 33935736 . A G 725.77 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00623997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.047;QD=52.7835;RBI=0.0231149;REFB=-0.100443;REVB=0.0222567;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040906;STB=0.521731;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00109161;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:2:2:52:53:0.963636:22:30:0:2:22:31:0:2 chr9 33941759 . T C 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00419231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.037;QD=11.8835;RBI=0.00421673;REFB=-0.0194236;REVB=-0.000453105;RO=47;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867917;STB=0.505006;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0344564;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:14:13:23:24:14:13:23:24 chr9 33971740 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0172636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.324;QD=20.4561;RBI=0.0291872;REFB=-0.0145244;REVB=0.0235342;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315986;STB=0.67903;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.014583;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:10:5:12:5:10:5 chr9 34017106 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=4.70335e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.672;QD=15.6509;RBI=0.0193811;REFB=-0.0171519;REVB=-0.019381;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384175;STB=0.522156;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0265633;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:10:11:9:7:10:11 chr9 34088022 . G GAAAGA 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161431;FXX=0;HRUN=0;LEN=5;MLLD=346.919;QD=40.7629;RBI=0.0371228;REFB=0;REVB=0.0334291;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000118965;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:6:4:0:0:4:0:6:4:0:0 chr9 34107505 . C T 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4126;QD=62.6654;RBI=0.0424922;REFB=0;REVB=-0.0105008;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293984;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr9 34251943 . G C 711.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326694;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.824;QD=63.2836;RBI=0.0529656;REFB=0;REVB=-0.0416901;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90354e-05;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr9 34252466 . GCTAA G 595.06 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180536;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.693;QD=61.0321;RBI=0.021962;REFB=0;REVB=0.0125059;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.26042e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:39:39:39:0:20:19:0:0:4:0:15:19:0:0 chr9 34256347 . C T 329.03 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0163745;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.78;QD=43.8703;RBI=0.0291712;REFB=-0.164417;REVB=0.0241419;RO=3;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842653;STB=0.55878;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00209149;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:3:4:26:26:0.866667:11:15:3:0:11:15:4:0 chr9 34310927 . T C 357.42 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0045212;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.039;QD=19.0623;RBI=0.0295436;REFB=-0.00262625;REVB=0.0291956;RO=38;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113786;STB=0.56344;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00256873;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:14:23:19:19:14:23:19:19 chr9 34370020 . T A 130.33 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2475;QD=43.4423;RBI=0.134374;REFB=0;REVB=0.0842186;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00691328;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr9 34371788 . A T 440.76 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.000561527;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.764;QD=16.6326;RBI=0.0118394;REFB=-0.034644;REVB=-0.0118261;RO=56;SAF=21;SAR=27;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261685;STB=0.515062;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0329979;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:48:49:0.462264:27:21:26:30:28:21:26:31 chr9 34372783 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.943;QD=56.9569;RBI=0.0327617;REFB=0;REVB=0.0309992;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31718e-05;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr9 34372873 . C G 776.81 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.731;QD=56.495;RBI=0.0183951;REFB=0;REVB=0.0177092;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157025;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:21:34:0:0 chr9 34382726 . A G 1567.77 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.557;QD=63.9907;RBI=0.0590357;REFB=0;REVB=0.0193425;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423716;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:63:35:0:0:63:35:0:0 chr9 34397545 . A G 437.56 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0235385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4818;QD=16.5118;RBI=0.0237409;REFB=-0.00203128;REVB=-0.00309325;RO=58;SAF=37;SAR=11;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270947;STB=0.65267;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00197938;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:11:37:31:27:11:37:31:27 chr9 34521148 . G A 1004.11 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.23;QD=59.065;RBI=0.0504934;REFB=0;REVB=-0.000202678;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102496;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:39:29:0:0 chr9 34521544 . G A 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0185701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9073;QD=13.6272;RBI=0.0608577;REFB=-0.0213123;REVB=0.0579553;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0561613;OID=.;OPOS=34521544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:5:3:4:4:5:3:5:4 chr9 34622389 . A C 576.21 PASS AF=0.97561;AO=36;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.947;QD=56.2157;RBI=0.0296702;REFB=-0.0454233;REVB=-0.0255972;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00972076;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:41:1:1:36:40:0.97561:17:19:0:1:20:20:0:1 chr9 34658586 . G A 54.87 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.0374304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.587;QD=2.81374;RBI=0.0375889;REFB=-0.00124258;REVB=-0.00344852;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162958;STB=0.611322;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0245979;OID=.;OPOS=34658586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:6:5:22:45:6:5:22:45 chr9 34709541 . G C 31.05 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0152568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.417;QD=2.38868;RBI=0.046767;REFB=-0.000988436;REVB=-0.0442084;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183255;STB=0.648848;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0791351;OID=.;OPOS=34709541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:4:2:22:23:4:2:23:23 chr9 34723744 . C A 96.7 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0338858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9833;QD=12.4776;RBI=0.046994;REFB=-0.0156687;REVB=0.0325606;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0531854;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:7:12:8:4:7:12 chr9 34723935 . C T 65.7 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00437597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.911;QD=11.4264;RBI=0.0189381;REFB=-0.0204253;REVB=-0.0184256;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0537895;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:7:7:4:5:7:7 chr9 34724241 . C A 170.15 PASS AF=0.359375;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.000439611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.761;QD=10.6343;RBI=0.00328047;REFB=-0.0105795;REVB=-0.00325088;RO=41;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378355;STB=0.695482;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0252094;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:41:41:22:23:0.359375:6:16:16:25:7:16:16:25 chr9 34725047 . C T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00373919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.866;QD=13.0315;RBI=0.0107677;REFB=-0.00423469;REVB=0.0100976;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852603;STB=0.504882;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00641569;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:19:23:15:12:19:23 chr9 34725742 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.906;QD=35.5759;RBI=0.0575475;REFB=0;REVB=0.0523957;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718744;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 34726418 . T C 72.98 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00685597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0692;QD=3.99878;RBI=0.0316463;REFB=-0.00835774;REVB=-0.0308947;RO=60;SAF=9;SAR=4;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226012;STB=0.649654;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0355405;OID=.;OPOS=34726418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:13:13:0.178082:4:9:31:29:4:9:31:29 chr9 34726524 . G A 456.99 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00520068;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.444;QD=15.3609;RBI=0.0395936;REFB=-0.00957336;REVB=0.0392505;RO=67;SAF=21;SAR=30;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112986;STB=0.559417;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.013986;OID=.;OPOS=34726524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:67:68:51:51:0.428571:30:21:35:32:30:21:35:33 chr9 34728065 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00204892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.366;QD=21.613;RBI=0.00377542;REFB=-0.014207;REVB=-0.00317108;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150974;STB=0.508467;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0132991;OID=.;OPOS=34728065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:9:14:15:9:9:14 chr9 34729392 . A G 586.57 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0654541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.93;QD=23.4628;RBI=0.0657207;REFB=0.00820276;REVB=-0.00591309;RO=46;SAF=32;SAR=22;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236029;STB=0.512972;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0118799;OID=.;OPOS=34729392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:22:32:26:20:22:32:26:20 chr9 34834494 . C T 314.0 PASS AF=0.310606;AO=41;DP=132;FAO=41;FDP=132;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.000312464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.86;QD=9.51499;RBI=0.0273816;REFB=-0.021603;REVB=-0.0273798;RO=90;SAF=23;SAR=18;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201817;STB=0.507325;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0484277;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:91:41:41:0.310606:18:23:52:38:18:23:52:39 chr9 34834880 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.928;QD=33.4284;RBI=0.0343955;REFB=0;REVB=0.0153027;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108815;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 34835217 . C T 167.71 PASS AF=0.24;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00838468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.46;QD=6.7083;RBI=0.016139;REFB=-0.00715754;REVB=-0.0137901;RO=75;SAF=13;SAR=11;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191111;STB=0.61997;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0193398;OID=.;OPOS=34835217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:75:76:24:24:0.24:11:13:29:46:11:13:29:47 chr9 34835273 . A C 279.16 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00839054;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.449;QD=10.4357;RBI=0.0100372;REFB=-0.00408077;REVB=-0.0055085;RO=70;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855984;STB=0.543501;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0195807;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:70:71:36:36:0.336449:20:16:26:44:20:16:27:44 chr9 34835573 . G A 578.66 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0129701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.5;QD=15.6393;RBI=0.0129729;REFB=-0.00792552;REVB=0.000271388;RO=86;SAF=38;SAR=24;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212785;STB=0.619258;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0145822;OID=.;OPOS=34835573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:62:62:0.418919:24:38:35:51:24:38:35:51 chr9 34835861 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.337;QD=60.2304;RBI=0.0166636;REFB=0;REVB=-0.00561769;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249099;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr9 34978431 . G A 223.58 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00553058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.196;QD=14.9051;RBI=0.0198563;REFB=0.00279805;REVB=-0.0190705;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245874;STB=0.630943;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00423973;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:16:10:21:12:16:10:21:13 chr9 35043291 . G T 255.12 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0717833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6225;QD=22.1839;RBI=0.0727596;REFB=-0.0136681;REVB=-0.0118789;RO=22;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243605;STB=0.637377;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0103626;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:18:6:11:11:18:6:11:11 chr9 35044493 . T A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0461482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.507;QD=16.454;RBI=0.0550291;REFB=-0.0269297;REVB=0.0299758;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0295973;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr9 35062972 . C T 139.71 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0162782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.754;QD=12.4182;RBI=0.0164298;REFB=7.20428e-05;REVB=0.00222633;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985913;STB=0.577683;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.000103955;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:29:15:16:0.355556:8:7:11:18:8:8:11:18 chr9 35089403 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0418102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6553;QD=12.6371;RBI=0.0459092;REFB=-0.00203453;REVB=0.018962;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272467;STB=0.664137;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00433693;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:2:11:14:7:2:11:14:7 chr9 35089432 . AG A 140.35 PASS AF=0.947368;AO=12;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.124745;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.2182;QD=29.5467;RBI=0.243158;REFB=0.0722045;REVB=-0.208721;RO=3;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.285418;SSSB=0.0387972;STB=0.545402;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=-0.0141739;OID=.;OPOS=35089433;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:12:18:18:19:1:13:5:0:1:6:3:9:3:2:1 chr9 35105257 . G A 319.06 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00609282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7548;QD=13.4341;RBI=0.0348162;REFB=-0.0222487;REVB=0.0342789;RO=58;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260255;STB=0.519683;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0358848;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:17:19:32:26:17:19:33:26 chr9 35107858 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.665;QD=50.4132;RBI=0.00679854;REFB=0;REVB=-0.00649736;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06338e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 35401993 . G A 288.78 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0131747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.27;QD=16.269;RBI=0.0135029;REFB=-0.00200908;REVB=0.0029591;RO=39;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048878;STB=0.527514;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00231603;OID=.;OPOS=35401993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:14:18:20:19:14:18:20:19 chr9 35546735 . A G 326.92 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227691;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.603;QD=54.4874;RBI=0.0245121;REFB=0;REVB=-0.00907798;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452471;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr9 35559213 . C T 234.39 PASS AF=0.490196;AO=22;DP=48;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0202599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.872;QD=18.3837;RBI=0.0204954;REFB=-0.0235708;REVB=-0.00309781;RO=26;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263057;STB=0.633218;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0246007;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:26:26:22:25:0.490196:5:17:14:12:6:19:14:12 chr9 35606884 . G A 394.09 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00125925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.793;QD=15.4543;RBI=0.00550181;REFB=0.00609696;REVB=0.00535576;RO=55;SAF=31;SAR=13;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173444;STB=0.596108;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0107707;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:58:44:44:0.431373:13:31:30:25:13:31:32:26 chr9 35660990 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.082;QD=57.6802;RBI=0.0188664;REFB=0;REVB=0.0185528;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104815;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr9 35662251 . T C 804.64 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582925;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1681;QD=57.4741;RBI=0.0338761;REFB=0;REVB=0.0333708;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191766;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:28:28:0:0 chr9 35705759 . G A 354.79 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0614787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.545;QD=17.7394;RBI=0.0615854;REFB=-0.0194588;REVB=-0.00362347;RO=41;SAF=25;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163556;STB=0.574472;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0256766;OID=.;OPOS=35705759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:37:38:0.475:12:25:21:20:13:25:22:20 chr9 35715184 . C T 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00784602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.295;QD=1.87098;RBI=0.02881;REFB=-0.00603204;REVB=-0.027721;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222016;STB=0.517192;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0589298;OID=.;OPOS=35715184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:4:3:25:36:4:3:25:36 chr9 35732997 . C T 511.21 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00986366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.51;QD=17.0404;RBI=0.0106932;REFB=-0.0146916;REVB=0.00412956;RO=63;SAF=19;SAR=36;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371526;STB=0.532008;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0214266;OID=.;OPOS=35732997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:65:55:55:0.458333:36:19:24:39:36:19:26:39 chr9 35753170 . C A 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0206625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.985;QD=22.0085;RBI=0.0209886;REFB=-0.0114706;REVB=-0.00368548;RO=31;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680765;STB=0.537614;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0104063;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:25:13:13:18:25:13:13:18 chr9 35841783 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.096;QD=55.0982;RBI=0.0837496;REFB=0;REVB=0.049263;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786608;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 35870001 . T C 170.45 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0186113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.361;QD=25.2524;RBI=0.0305195;REFB=-0.00555252;REVB=-0.024188;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810739;STB=0.545399;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00476808;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:12:5:4:6:12:5:4:6 chr9 35906519 . G A 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.014973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.468;QD=21.9727;RBI=0.0205486;REFB=-0.0133538;REVB=0.0140731;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424814;STB=0.523789;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0116013;OID=.;OPOS=35906519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:9:12:12:11:9:12 chr9 35906624 . G A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0247735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9144;QD=11.0929;RBI=0.027376;REFB=-0.00623188;REVB=0.0116497;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0104601;OID=.;OPOS=35906624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr9 36066899 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.361;QD=56.7066;RBI=0.0559073;REFB=0;REVB=0.0527477;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881782;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr9 36085307 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.826;QD=63.5828;RBI=0.074188;REFB=0;REVB=-0.019153;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116904;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr9 36087876 . G A 1697.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.317;QD=60.6071;RBI=0.0809998;REFB=0;REVB=0.0144973;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012671;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:112:0:0:105:112:1:56:49:0:0:57:55:0:0 chr9 36087944 . C T 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0137672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.958;QD=14.0542;RBI=0.0161342;REFB=-0.00819011;REVB=-0.00841291;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299052;STB=0.670024;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00933077;OID=.;OPOS=36087944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:12:23:9:16:12:23 chr9 36169598 . T C 541.88 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318981;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.418;QD=60.2086;RBI=0.0508756;REFB=0;REVB=0.0396338;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388893;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 36674842 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0352253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.035;QD=21.7443;RBI=0.0613933;REFB=-0.0154265;REVB=-0.0502823;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244687;STB=0.639793;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.021278;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:5:6:12:3:5:6 chr9 36840623 . G A 673.3 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.448;QD=61.2093;RBI=0.134461;REFB=0;REVB=0.0758531;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137936;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:1:0:42:44:1:26:16:1:0:27:17:0:0 chr9 37429814 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.978;QD=52.6128;RBI=0.0537188;REFB=0;REVB=-0.000882648;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647974;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 37439785 . G GAAAC 115.41 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00926617;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=289.892;QD=19.2349;RBI=0.0307167;REFB=-0.00104238;REVB=0.0292858;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171635;STB=0.578384;STBP=0.491;TYPE=ins;VARB=0.00139606;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:12:25:13:24:11:10:3:7:4:88:12:9:3:7:5 chr9 37441808 . A G 469.45 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589621;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.558;QD=58.6816;RBI=0.0674258;REFB=0;REVB=-0.0327065;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162621;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr9 37492367 . C T 1212.83 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.481;QD=59.8929;RBI=0.0322718;REFB=-0.0205849;REVB=-0.0295022;RO=1;SAF=46;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101822;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000857558;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:34:46:1:0:34:46:1:0 chr9 37492679 . G T 1419.37 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.561;QD=61.7118;RBI=0.0239736;REFB=0.00739367;REVB=0.00224311;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-3.57113e-05;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:46:45:0:0:46:45:0:1 chr9 37493588 . C A,T 674.35 PASS AF=0.0784314,0.901961;AO=4,45;DP=50;FAO=4,46;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=4,29;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457744,-0.00418627;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.4177,227.766;QD=52.8904;RBI=0.0663158,0.0430065;REFB=0.0369807,0.074455;REVB=0.0479843,0.0428023;RO=1;SAF=4,29;SAR=0,16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.0284632;STB=0.995941,0.514279;STBP=0.099,0.283;TYPE=snp,snp;VARB=0.0662094,-0.00445684;OID=.,.;OPOS=37493588,37493588;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:50:51:1:1:4,45:4,46:0.0784314,0.901961:0,16:4,29:0:1:0,17:4,29:0:1 chr9 37500895 . T C 545.12 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0540973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1586;QD=57.3811;RBI=0.0547433;REFB=-0.0649985;REVB=-0.00838532;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00782706;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr9 37501844 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.335;QD=55.0986;RBI=0.0371305;REFB=0;REVB=-0.0100989;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65185e-05;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 37503087 . G A 1371.15 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0858;QD=62.3249;RBI=0.103424;REFB=0;REVB=0.102941;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563078;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:49:37:0:0:51:37:0:0 chr9 37503124 . G A 1032.95 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4962;QD=58.1945;RBI=0.0706148;REFB=-0.111317;REVB=0.0121816;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275349;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:38:32:1:0:38:33:0:0 chr9 37707441 . G A 149.98 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00821904;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.469;QD=18.1788;RBI=0.0226435;REFB=-0.00598753;REVB=0.0210992;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411352;STB=0.737664;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00740621;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:3:13:7:10:3:13:7:10 chr9 37740439 . C T 398.95 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0288373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.155;QD=20.9972;RBI=0.0302748;REFB=-0.0316121;REVB=0.00921833;RO=36;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410591;STB=0.522716;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0195203;OID=.;OPOS=37740439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:23:17:17:19:23:17:17:19 chr9 37740637 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0229245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.407;QD=21.0648;RBI=0.0289609;REFB=-0.00755847;REVB=-0.0176976;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741341;STB=0.541632;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00755945;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:11:13:11:13:11:13 chr9 37782111 . C T 227.24 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0079469;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.232;QD=19.7597;RBI=0.0167652;REFB=0.00345726;REVB=-0.014762;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116405;STB=0.588156;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00399694;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:26:24:22:22:0.478261:12:10:15:11:12:10:15:9 chr9 37888101 . C T 199.49 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00465311;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.641;QD=11.239;RBI=0.0177186;REFB=-0.00645236;REVB=0.0170967;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470615;STB=0.53904;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0157189;OID=.;OPOS=37888101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:46:46:24:25:0.352113:13:11:23:23:14:11:23:23 chr9 37974743 . T C 1148.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549043;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.136;QD=60.4295;RBI=0.00966347;REFB=0;REVB=0.00795222;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013154;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:40:36:0:0 chr9 38395928 . C T 261.76 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00882721;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.621;QD=16.3601;RBI=0.0274718;REFB=0.00848197;REVB=0.026015;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198286;STB=0.525425;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00839655;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:34:29:30:0.46875:11:18:18:12:11:19:20:14 chr9 38395940 . T C 601.34 PASS AF=0.833333;AO=43;DP=61;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0780453;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2374;QD=40.0892;RBI=0.0822738;REFB=-0.0398115;REVB=0.0260367;RO=0;SAF=35;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54187e-08;STB=0.63883;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.027711;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:61:60:0:10:43:50:0.833333:8:35:0:0:13:37:0:10 chr9 38396002 . C T 281.69 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0196411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7489;QD=22.5354;RBI=0.0319855;REFB=-0.02945;REVB=-0.0252448;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120169;STB=0.542024;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0468978;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:24:26:26:0.52:12:14:15:7:12:14:15:9 chr9 38396502 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5916;QD=61.3354;RBI=0.00905329;REFB=0;REVB=-0.00436792;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18086e-05;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr9 38398150 . G C 397.6 PASS AF=0.52;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00314694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.972;QD=21.2054;RBI=0.0279416;REFB=-0.0466816;REVB=-0.0277639;RO=24;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305659;STB=0.608823;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0420978;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:24:34:39:39:0.52:24:15:20:4:24:15:21:13 chr9 38528528 . TATT ATAC,TATC 301.53 PASS AF=0,0.492537;AO=3,29;DP=68;FAO=0,33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=0,16;FSAR=0,17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00148449,0.00637048;FXX=0.0147037;HRUN=2,3;LEN=4,1;MLLD=216.831,227.067;QD=18.0017;RBI=0.0140243,0.0286702;REFB=-0.00574608,-0.00730402;REVB=0.0139455,0.0279535;RO=33;SAF=0,15;SAR=3,14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.553187,-0.0267648;STB=0.5,0.52259;STBP=1,0.718;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0307784,0.0134293;OID=.,.;OPOS=38528528,38528531;OREF=TATT,T;OALT=ATAC,C;OMAPALT=ATAC,TATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:67:33:34:3,29:0,33:0,0.492537:3,14:0,15:18:15:0,17:0,16:18:16 chr9 38572051 . C A 496.5 PASS AF=0.426357;AO=53;DP=127;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00529111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.554;QD=15.3953;RBI=0.00906924;REFB=0.0018811;REVB=-0.00736582;RO=74;SAF=26;SAR=27;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463305;STB=0.525816;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00255189;OID=.;OPOS=38572051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:74:74:53:55:0.426357:27:26:33:41:28:27:33:41 chr9 39103743 . C T 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0145297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.637;QD=17.5359;RBI=0.0217654;REFB=-0.00780231;REVB=-0.0162056;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157568;STB=0.588183;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0142704;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:20:14:22:16:20:14:22:16 chr9 39118196 . C A 155.16 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0712527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1049;QD=22.9866;RBI=0.0767359;REFB=-0.0307221;REVB=0.0284859;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244687;STB=0.599867;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0239845;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:11:11:15:16:0.592593:3:12:6:5:4:12:6:5 chr9 39118205 . G T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0164572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.611;QD=21.944;RBI=0.0783738;REFB=0.00600721;REVB=0.0766264;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219838;STB=0.624832;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00445988;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:6:6:4:12:6:6 chr9 39118207 . A G 152.16 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0387076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.869;QD=20.9872;RBI=0.0461338;REFB=0.0226581;REVB=-0.0251009;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257931;STB=0.646862;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0168144;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:6:7:4:12:6:7 chr9 39287976 . C T 95.63 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0378543;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.14;QD=20.1336;RBI=0.0417325;REFB=-0.0259985;REVB=-0.0175686;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188135;STB=0.608486;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0126666;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:4:4:8:3:4:4 chr9 40503105 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.897;QD=23.2181;RBI=0.0170434;REFB=-0.0561563;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0249735;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr9 40774051 . T A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0181052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.932;QD=16.9793;RBI=0.0183208;REFB=-0.0217793;REVB=0.00280226;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161346;STB=0.509084;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0284688;OID=.;OPOS=40774051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:15:14:13:13:15:14 chr9 40784183 . A G 742.53 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.02;QD=57.1173;RBI=0.0728203;REFB=0;REVB=-0.00195143;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158708;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:36:11:0:0:36:16:0:0 chr9 43822686 . C A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0160007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.518;QD=14.6525;RBI=0.0172548;REFB=0.00354755;REVB=0.00645795;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00137956;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr9 43822704 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00349234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.785;QD=12.3961;RBI=0.0291344;REFB=-0.00253582;REVB=0.0289244;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00601655;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:3:2:4:1:3:2 chr9 66457451 . T C 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0170388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9977;QD=4.28897;RBI=0.0284337;REFB=-0.00174175;REVB=0.022763;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580381;STB=0.884914;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00692794;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:6:1:21:11:6:1:21:11 chr9 66457465 . T G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=8.33695e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.742;QD=8.89942;RBI=0.0356556;REFB=-0.0135096;REVB=-0.0356555;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348831;STB=0.696344;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0438473;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:7:4:17:8:7:4:17:9 chr9 66457480 . G A 50.93 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0539018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2138;QD=5.36154;RBI=0.0604063;REFB=0.0346915;REVB=0.0272674;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313685;STB=0.70779;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0130827;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:6:2:15:15:6:2:15:15 chr9 66457549 . A G 39.79 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0146303;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.656;QD=2.44851;RBI=0.0587955;REFB=-0.0121345;REVB=-0.0569461;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119544;STB=0.588012;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0733803;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:70:65:57:57:8:8:0.123077:5:3:27:30:5:3:27:30 chr9 66457562 . C T 40.39 PASS AF=0.121212;AO=7;DP=68;FAO=8;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0193364;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.811;QD=2.44794;RBI=0.0278948;REFB=-0.0121916;REVB=-0.0201054;RO=45;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318238;STB=0.71373;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.035338;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:68:66:45:58:7:8:0.121212:5:2:25:20:6:2:28:30 chr9 66457585 . G T 39.79 PASS AF=0.131148;AO=6;DP=59;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0237525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.566;QD=2.60942;RBI=0.025095;REFB=-0.0146537;REVB=0.00809817;RO=53;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42948;STB=0.64741;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0641326;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:59:61:53:53:6:8:0.131148:1:5:24:29:3:5:24:29 chr9 66457588 . T C 89.99 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00373873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8311;QD=5.90091;RBI=0.00633915;REFB=-0.0015801;REVB=-0.00511925;RO=47;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391951;STB=0.524555;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00864887;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:61:47:47:14:14:0.229508:7:7:22:25:7:7:22:25 chr9 66457593 . CAG AGG,CGA,CGG 445.54 PASS AF=0.105263,0,0.631579;AO=4,2,31;DP=56;FAO=6,0,36;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0,16;FSAR=1,0,20;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00270738,-0.0608487,-0.000880381;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=148.561,52.9845,182.009;QD=31.2658;RBI=0.0191371,0.0791638,0.0355197;REFB=-0.0258116,0.0418244,-0.0416867;REVB=0.0189446,-0.0506393,0.0355088;RO=15;SAF=4,0,16;SAR=0,2,15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.745918,-0.462547,0.14848;STB=0.868463,0.5,0.553542;STBP=0.055,1,0.26;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0496962,0,0.0121328;OID=.,.,.;OPOS=66457593,66457594,66457594;OREF=CA,AG,A;OALT=AG,GA,G;OMAPALT=AGG,CGA,CGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:56:57:15:15:4,2,31:6,0,36:0.105263,0,0.631579:0,2,15:4,0,16:4:11:1,0,20:5,0,16:4:11 chr9 66457605 . C T 30.71 PASS AF=0.111111;AO=5;DP=53;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0278933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.282;QD=2.27465;RBI=0.0430556;REFB=-0.00144661;REVB=-0.0327986;RO=48;SAF=4;SAR=1;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410239;STB=0.851828;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0273137;OID=.;OPOS=66457605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:54:48:48:5:6:0.111111:1:4:20:28:1:5:20:28 chr9 66457652 . C T 63.11 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.043287;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.935;QD=7.64965;RBI=0.0471433;REFB=-0.0128035;REVB=-0.0186742;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162722;STB=0.510181;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0544327;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:34:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:11:13:5:4:11:13 chr9 66458182 . AA AG,GG 53.4 PASS AF=0.06,0.0466667;AO=9,7;DP=149;FAO=9,7;FDP=150;FR=.;FRO=134;FSAF=1,3;FSAR=8,4;FSRF=48;FSRR=86;FWDB=0.0434193,-8.4872e-05;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=54.384,247.073;QD=1.42402;RBI=0.0445358,0.0111009;REFB=0.0017551,-0.00104501;REVB=0.00990968,-0.0111005;RO=129;SAF=1,3;SAR=8,4;SRF=46;SRR=83;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.314437,0.0725711;STB=0.805774,0.56943;STBP=0.106,0.738;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00677966,0.00824205;OID=.,.;OPOS=66458183,66458182;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:149:150:129:134:9,7:9,7:0.06,0.0466667:8,4:1,3:46:83:8,4:1,3:48:86 chr9 66458195 . T G 148.15 PASS AF=0.183099;AO=22;DP=144;FAO=26;FDP=142;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=75;FWDB=-0.0284817;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1188;QD=4.17326;RBI=0.0334664;REFB=-0.00645312;REVB=0.0175725;RO=116;SAF=6;SAR=16;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130152;STB=0.580826;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0164901;OID=.;OPOS=66458195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:116:116:22:26:0.183099:16:6:42:74:19:7:41:75 chr9 66458231 . GC G 626.51 PASS AF=0.795455;AO=65;DP=94;FAO=70;FDP=88;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0247128;FXX=0.1287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8193;QD=28.4779;RBI=0.031084;REFB=-0.06292;REVB=-0.0188546;RO=18;SAF=19;SAR=46;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713888;STB=0.501639;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=0.0232307;OID=.;OPOS=66458232;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.795455:65:94:70:88:18:19:51:5:13:54:18:19:46:5:13 chr9 66458238 . G A 77.07 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=55;FWDB=-0.0334643;FXX=0.0918274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.658;QD=3.46371;RBI=0.0343634;REFB=-0.00263737;REVB=-0.00780947;RO=75;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132022;STB=0.587041;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0412766;OID=.;OPOS=66458238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:98:89:75:75:14:14:0.157303:9:5:20:55:9:5:20:55 chr9 68415318 . G A 30.89 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.0295931;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.524;QD=0.928969;RBI=0.0296126;REFB=-0.00159549;REVB=-0.00107384;RO=121;SAF=3;SAR=7;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259079;STB=0.721217;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.035224;OID=.;OPOS=68415318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:121:123:10:10:0.075188:7:3:65:56:7:3:67:56 chr9 68415338 . A C 209.57 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=119;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0306365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0947;QD=7.04429;RBI=0.0307596;REFB=-0.0025177;REVB=0.00274938;RO=87;SAF=21;SAR=10;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257463;STB=0.658674;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0180951;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:87:88:31:31:0.260504:10:21:41:46:10:21:41:47 chr9 68415352 . A G 57.51 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.00384464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.709;QD=2.09141;RBI=0.00745534;REFB=-0.00392557;REVB=-0.00638755;RO=97;SAF=5;SAR=8;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147342;STB=0.606577;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0276475;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:110:97:97:13:13:0.118182:8:5:49:48:8:5:49:48 chr9 68415353 . T G 106.1 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=108;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.00643899;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.637;QD=3.9664;RBI=0.0164995;REFB=-0.00445663;REVB=-0.0151912;RO=89;SAF=12;SAR=7;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229072;STB=0.64438;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0398193;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:89:88:19:19:0.17757:7:12:40:49:7:12:40:48 chr9 68415366 . A T 51.61 PASS AF=0.122449;AO=10;DP=95;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0180272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.942;QD=2.10669;RBI=0.0260965;REFB=-0.00214768;REVB=-0.0188691;RO=81;SAF=5;SAR=5;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367975;STB=0.520374;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.015418;OID=.;OPOS=68415366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:95:98:81:86:10:12:0.122449:5:5:38:43:6:6:41:45 chr9 68415386 . G A 43.65 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0567999;FXX=0.0533262;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9852;QD=2.45938;RBI=0.0649704;REFB=-0.0156122;REVB=-0.0315423;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318459;STB=0.720258;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.07877;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:75:71:66:62:9:9:0.126761:3:6:26:40:3:6:25:37 chr9 68415388 . A T 626.52 PASS AF=0.71831;AO=49;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0288809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.573;QD=35.2971;RBI=0.0378295;REFB=-0.0242452;REVB=0.0244329;RO=17;SAF=19;SAR=30;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412583;STB=0.515092;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0074475;OID=.;OPOS=68415388;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:17:17:49:51:0.71831:30:19:8:9:30:21:8:9 chr9 69002294 . C T 106.42 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0102187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.715;QD=12.1622;RBI=0.0102454;REFB=-0.0389729;REVB=-0.000738498;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129953;STB=0.50768;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0312172;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:15:7:4:9:15:7 chr9 69002304 . C G 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0156569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.561;QD=14.6641;RBI=0.0198053;REFB=-0.0167977;REVB=0.0121291;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00703053;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:14:7:5:10:14:7 chr9 69002317 . T C 145.69 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0202715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.393;QD=16.1881;RBI=0.0358742;REFB=-0.0289185;REVB=-0.0295978;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412697;STB=0.523779;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.013243;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:13:7:5:11:13:7 chr9 70999315 . T C 213.96 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00099508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.519;QD=14.7556;RBI=0.00781845;REFB=-0.000173932;REVB=0.00775486;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188838;STB=0.607508;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000163128;OID=.;OPOS=70999315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:16:9:18:15:16:9:18:15 chr9 71396239 . C T 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0115772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.741;QD=15.6179;RBI=0.0135869;REFB=-0.021359;REVB=-0.00711136;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457137;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0109189;OID=.;OPOS=71396239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:15:10:8:10:15:10 chr9 71396746 . A G 226.48 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820346;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.061;QD=50.3294;RBI=0.085005;REFB=0;REVB=0.0222747;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983261;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr9 71397734 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.762;QD=51.9167;RBI=0.0600615;REFB=0;REVB=0.0176985;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000495048;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr9 71549954 . T C 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.000956973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.38;QD=2.25301;RBI=0.0025417;REFB=-0.00710501;REVB=0.00235466;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329156;STB=0.749376;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.028258;OID=.;OPOS=71549954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:68:59:60:8:8:0.117647:6:2:31:28:6:2:32:28 chr9 71628207 . G C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00277711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.469;QD=6.54442;RBI=0.0929649;REFB=-0.00209076;REVB=-0.0929234;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109026;STB=0.568802;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00635578;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:17:7:3:5:17:7 chr9 71843023 . C A 487.41 PASS AF=0.945946;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0545852;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.249;QD=52.6928;RBI=0.0699646;REFB=-0.0795455;REVB=0.0437666;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825435;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00329649;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:37:2:2:33:35:0.945946:14:19:1:1:14:21:1:1 chr9 71986315 . T C 208.69 PASS AF=0.327586;AO=14;DP=53;FAO=19;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0118169;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.611;QD=14.3924;RBI=0.0120731;REFB=-0.021778;REVB=-0.00247405;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488251;STB=0.799718;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.030202;OID=.;OPOS=71986315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:15:32:14:19:0.327586:2:12:6:9:5:14:7:25 chr9 72002911 . T TGTTATA 389.24 PASS AF=0.393162;AO=45;DP=120;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.002304;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=6;MLLD=330.659;QD=13.3073;RBI=0.00403628;REFB=-0.00222286;REVB=0.00331408;RO=72;SAF=21;SAR=24;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211192;STB=0.513629;STBP=0.82;TYPE=ins;VARB=0.00328164;OID=.;OPOS=72002912;OREF=-;OALT=GTTATA;OMAPALT=TGTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393162:45:120:46:117:71:21:25:34:37:99:72:21:24:35:37 chr9 72131577 . A C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.78;QD=55.0947;RBI=0.0164626;REFB=0;REVB=-0.0113941;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07629e-06;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 72373624 . A G 2343.17 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.078;QD=63.7597;RBI=0.0264572;REFB=0;REVB=0.0238097;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258097;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:67:78:0:0:68:79:0:0 chr9 72472831 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.492;QD=64.0207;RBI=0.00721903;REFB=0;REVB=-0.00714159;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06068e-05;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr9 72741247 . C T 265.4 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00869018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.581;QD=17.9931;RBI=0.00943608;REFB=-0.0266635;REVB=-0.00367702;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115994;STB=0.506489;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0281933;OID=.;OPOS=72741247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:19:10:10:20:19:10:10:20 chr9 72741298 . G A 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0384205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.033;QD=12.7366;RBI=0.0387433;REFB=-0.00246919;REVB=0.00499088;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484298;STB=0.536992;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00488567;OID=.;OPOS=72741298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:10:6:9:18:10:6:9:19 chr9 72741312 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.652;QD=60.9779;RBI=0.0338001;REFB=0;REVB=0.024661;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332414;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr9 72755128 . TAAAG T,TG 176.93 PASS AF=0,0.473684;AO=6,19;DP=59;FAO=0,27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=0,12;FSAR=0,15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.005781,0.0222344;FXX=0.0172384;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=214.9,97.6301;QD=12.416;RBI=0.0200346,0.0298013;REFB=-0.00168197,-0.0129614;REVB=-0.0191825,-0.0198431;RO=29;SAF=0,10;SAR=6,9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.677819,0.0454997;STB=0.5,0.52939;STBP=1,0.672;TYPE=del,del;VARB=0,0.0144174;OID=.,.;OPOS=72755129,72755129;OREF=AAAG,AAA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684:6,19:59:0,27:57:30:0,12:0,15:15:15:99:29:0,10:6,9:14:15 chr9 72841360 . A T 175.8 PASS AF=0.558824;AO=15;DP=30;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0198297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.5194;QD=20.6829;RBI=0.0807624;REFB=-0.064871;REVB=0.0782902;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.549947;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0579107;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:15:15:15:19:0.558824:8:7:8:7:11:8:8:7 chr9 72897434 . G A 1324.81 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.032206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111;QD=60.9108;RBI=0.033099;REFB=0.050546;REVB=0.00763659;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101887;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-6.8839e-05;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:40:46:1:0:40:46:1:0 chr9 72897440 . T C 344.2 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00486209;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.605;QD=16.1975;RBI=0.0170468;REFB=-0.000744631;REVB=0.0163388;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962615;STB=0.554234;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000996469;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:48:37:37:0.435294:15:22:24:24:15:22:24:24 chr9 73150984 . C T 1389.87 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.178;QD=62.466;RBI=0.0175438;REFB=0;REVB=0.0142547;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123446;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:44:43:0:0:45:44:0:0 chr9 73151715 . C T 1134.48 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0137922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.01;QD=56.7239;RBI=0.0256354;REFB=-0.190313;REVB=-0.021609;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.518982;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00107019;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:0:3:77:77:0.9625:39:38:0:0:39:38:3:0 chr9 73151970 . C T 1120.64 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000411649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.778;QD=58.9808;RBI=0.0361683;REFB=-0.121602;REVB=0.0361659;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000581785;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:42:33:0:1:42:33:0:1 chr9 73213414 . A G 378.86 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00528341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.8687;QD=14.1628;RBI=0.0222002;REFB=-0.00660999;REVB=-0.0215624;RO=63;SAF=25;SAR=19;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467942;STB=0.526417;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00878476;OID=.;OPOS=73213414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:19:25:33:30:19:25:33:30 chr9 73240431 . T G 85.24 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0189288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6452;QD=11.3653;RBI=0.0307334;REFB=0.0143947;REVB=0.0242124;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020408;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0232774;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:9:10:6:5:9:10 chr9 73408518 . T G 3828.0 PASS AF=0.991803;AO=241;DP=243;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=147;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0511229;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.415;QD=62.7541;RBI=0.0558319;REFB=-0.0567873;REVB=0.022442;RO=2;SAF=146;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173713;STB=0.500923;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000160383;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:243:244:2:2:241:242:0.991803:95:146:1:1:95:147:1:1 chr9 73461337 . T A 570.18 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0353972;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.44;QD=21.7212;RBI=0.037483;REFB=-0.0281769;REVB=0.0123294;RO=48;SAF=29;SAR=28;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079646;STB=0.543674;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0241857;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:28:29:29:19:28:29:29:19 chr9 74332970 . G A 396.23 PASS AF=0.345324;AO=48;DP=139;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.000220423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.687;QD=11.4023;RBI=0.00598191;REFB=0.00434403;REVB=-0.00597785;RO=91;SAF=18;SAR=30;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151487;STB=0.587119;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00930255;OID=.;OPOS=74332970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:91:91:48:48:0.345324:30:18:46:45:30:18:46:45 chr9 74834384 . C T 727.9 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.794;QD=57.0902;RBI=0.0209723;REFB=0;REVB=0.00841361;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31266e-05;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:21:30:0:0 chr9 74846104 . A G 785.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.139;QD=57.1174;RBI=0.00544342;REFB=0;REVB=-0.000942185;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1878e-06;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:34:21:0:0 chr9 74969669 . CAA CAC,C 125.88 PASS AF=0.135135,0.27027;AO=5,10;DP=38;FAO=5,10;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4,9;FSAR=1,1;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0265108,-0.0049837;FXX=0.0263089;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=121.351,196.773;QD=13.6087;RBI=0.040109,0.00779429;REFB=-0.00882715,-0.00140625;REVB=0.0300983,0.00599281;RO=20;SAF=4,9;SAR=1,1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.320998,0.505151;STB=0.732321,0.824218;STBP=0.346,0.038;TYPE=snp,del;VARB=-0.0407156,0.00261219;OID=.,.;OPOS=74969671,74969670;OREF=A,AA;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.135135,0.27027:5,10:38:5,10:37:22:4,9:1,1:12:10:80:20:4,9:1,1:11:9 chr9 74969864 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0461797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4299;QD=18.2487;RBI=0.0769611;REFB=-0.0186945;REVB=0.0615665;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443113;STB=0.754317;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.02012;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:9:3:10:3:9:3 chr9 74975136 . T C 1208.03 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1393;QD=61.1663;RBI=0.0486219;REFB=0;REVB=0.0178776;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429479;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr9 75303653 . C T 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-5.09798e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.516;QD=15.1647;RBI=0.00374341;REFB=-0.00128054;REVB=-0.00374306;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100239;STB=0.558061;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00192896;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:10:10:9:6:10:10 chr9 75315438 . G A 162.06 PASS AF=0.4;AO=15;DP=42;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00365305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.798;QD=14.405;RBI=0.0260413;REFB=-0.0252438;REVB=0.0257838;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873334;STB=0.589131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0435526;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:27:27:15:18:0.4:10:5:11:16:13:5:11:16 chr9 75545882 . G A 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0113402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.743;QD=16.2025;RBI=0.0151838;REFB=-0.00139397;REVB=0.010097;RO=55;SAF=14;SAR=27;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264606;STB=0.649032;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00199141;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:27:14:33:22:27:14:33:22 chr9 75775235 . A G 181.66 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0242579;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.414;QD=11.9121;RBI=0.025763;REFB=-0.00697842;REVB=-0.00867683;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497535;STB=0.540854;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0107684;OID=.;OPOS=75775235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:22:23:0.377049:12:10:19:19:13:10:19:19 chr9 77407636 . C T 238.76 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00532156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.068;QD=14.045;RBI=0.00617842;REFB=-0.00420752;REVB=0.00313909;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165043;STB=0.593684;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0058953;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:15:25:13:15:15:25 chr9 77415000 . T C 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0243838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8141;QD=17.0959;RBI=0.0533092;REFB=-0.0324408;REVB=0.0474057;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629108;STB=0.554377;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0248794;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:8:6:7:7:8:6:8:7 chr9 77415284 . A C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00106128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.221;QD=13.0315;RBI=0.0173676;REFB=-0.00160107;REVB=-0.0173352;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852603;STB=0.504882;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00243479;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:19:23:15:12:19:23 chr9 77416972 . C T 629.17 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=126;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00872428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9906;QD=19.8165;RBI=0.0115871;REFB=0.00131217;REVB=0.00762549;RO=63;SAF=34;SAR=29;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436037;STB=0.528003;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00116401;OID=.;OPOS=77416972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:63:63:63:64:0.503937:29:34:37:26:30:34:37:26 chr9 77436641 . G A 1147.57 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00346624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.149;QD=58.8497;RBI=0.0217456;REFB=0.0244834;REVB=0.0214676;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141198;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=9.82715e-05;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:78:1:1:74:77:0.987179:41:33:1:0:41:36:1:0 chr9 77472604 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.096;QD=51.9166;RBI=0.0568427;REFB=0;REVB=0.0168557;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425107;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr9 77502160 . G A 546.94 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687094;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.456;QD=57.5727;RBI=0.0783842;REFB=-0.135201;REVB=0.037724;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456599;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:0:37:38:1:22:15:1:0:22:16:0:0 chr9 77518062 . C G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0990113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.093;QD=45.1036;RBI=0.100412;REFB=-0.0128027;REVB=0.0167109;RO=1;SAF=14;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00252681;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:4:14:1:0:4:14:1:0 chr9 77563087 . C T 228.93 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00106398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.035;QD=21.8026;RBI=0.00112956;REFB=-0.0275064;REVB=-0.000379271;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253785;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0271465;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:12:9:8:12:13:9:8:12 chr9 77684690 . A C 278.63 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0307971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9674;QD=16.3901;RBI=0.0759822;REFB=-0.0213379;REVB=0.069461;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550393;STB=0.510441;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0287713;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:30:31:0.455882:18:12:15:22:19:12:15:22 chr9 78773953 . G A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0100915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.908;QD=12.3073;RBI=0.0100941;REFB=0.00407643;REVB=-0.000228487;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387526;STB=0.522275;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00570129;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:10:15:26:15:10:15:26:15 chr9 78790153 . A G 154.89 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0563055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5498;QD=32.6081;RBI=0.0725942;REFB=-0.103951;REVB=-0.0458215;RO=4;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692969;STB=0.538409;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0271375;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:10:5:2:2:10:5:2:2 chr9 78790157 . G C 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0187877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9995;QD=11.9486;RBI=0.0251765;REFB=-0.00882192;REVB=0.0167595;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0108152;OID=.;OPOS=78790157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:4:7:5:3:4:7 chr9 78790162 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0406113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.889;QD=11.9536;RBI=0.0510627;REFB=-0.0199819;REVB=-0.0309535;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0319206;OID=.;OPOS=78790162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:4:7:5:3:4:7 chr9 78790167 . G C 48.81 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0506757;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.402;QD=11.4841;RBI=0.0559303;REFB=-0.0118871;REVB=-0.023668;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0198278;OID=.;OPOS=78790167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:4:6:4:3:4:6 chr9 78790172 . G C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0127827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.114;QD=10.3902;RBI=0.0246205;REFB=-0.00108203;REVB=-0.0210421;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00498494;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:4:7:4:3:4:7 chr9 78790177 . G C 99.62 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00400053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6527;QD=26.5652;RBI=0.00408938;REFB=-0.0254115;REVB=0.000847817;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680141;STB=0.53839;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00554202;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:2:2:7:4:2:2 chr9 78790182 . G C 62.68 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0241448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6413;QD=20.8945;RBI=0.0458484;REFB=-0.0221827;REVB=-0.0389756;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0201322;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr9 78790187 . G C 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0857803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.364;QD=16.4478;RBI=0.0951077;REFB=-0.023333;REVB=-0.0410756;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0240481;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:2:2:5:1:2:2 chr9 78910241 . A C 703.87 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.00600528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.562;QD=19.4171;RBI=0.00752005;REFB=-0.0119658;REVB=-0.00452635;RO=75;SAF=25;SAR=45;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297673;STB=0.516467;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0135112;OID=.;OPOS=78910241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:70:70:0.482759:45:25:29:46:45:25:29:46 chr9 78910273 . G A 749.89 PASS AF=0.503268;AO=76;DP=150;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.01106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.084;QD=19.6049;RBI=0.0111402;REFB=-0.0164726;REVB=-0.00133431;RO=74;SAF=30;SAR=46;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154073;STB=0.511116;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0179495;OID=.;OPOS=78910273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:74:76:76:77:0.503268:46:30:28:46:47:30:28:48 chr9 78937974 . C T 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00930758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0171;QD=12.1193;RBI=0.0216691;REFB=0.00198568;REVB=-0.0195684;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909538;STB=0.552585;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00328607;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:9:14:20:18:9:14:20:18 chr9 78942956 . A G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0221638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7906;QD=19.6976;RBI=0.0265812;REFB=-0.0127676;REVB=-0.014674;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427514;STB=0.513501;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.020133;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:9:12:11:10:9:12:12:10 chr9 79009106 . A C 277.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.519;QD=50.4635;RBI=0.0666589;REFB=0;REVB=0.0160116;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202674;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr9 79118329 . G A 424.64 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0248919;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.939;QD=18.6653;RBI=0.024921;REFB=-0.0183994;REVB=0.00120311;RO=48;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553405;STB=0.53085;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0145954;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:48:48:43:43:0.472527:24:19:24:24:24:19:24:24 chr9 79118631 . AC A 122.55 PASS AF=0.44898;AO=23;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0439087;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.8596;QD=10.0043;RBI=0.0508948;REFB=-0.0441282;REVB=-0.0257352;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200335;STB=0.587705;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.0500773;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:23:50:22:49:27:14:8:13:14:99:25:15:8:11:14 chr9 79118661 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0110124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.988;QD=18.9979;RBI=0.017981;REFB=-0.0203877;REVB=-0.0142142;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159995;STB=0.589247;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0232804;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:12:19:13:17:12:19:13:17 chr9 79120475 . A T 100.21 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0195173;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.552;QD=14.3154;RBI=0.0195191;REFB=0.00155941;REVB=0.000266281;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953953;STB=0.571312;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00167153;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:16:12:12:0.428571:6:6:6:9:6:6:6:10 chr9 79121085 . G T 560.87 PASS AF=0.460938;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00159059;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3422;QD=17.5272;RBI=0.0232929;REFB=-0.0161087;REVB=-0.0232386;RO=70;SAF=22;SAR=36;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149117;STB=0.572328;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0192432;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:69:58:59:0.460938:36:22:37:33:36:23:36:33 chr9 79186750 . G T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0326068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.353;QD=17.2298;RBI=0.0400916;REFB=-0.00771423;REVB=0.0233266;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00596102;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr9 79186765 . C G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0263583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.223;QD=31.2416;RBI=0.0297243;REFB=-0.059308;REVB=-0.0137396;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225438;STB=0.624826;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.037305;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:6:8:0:4:6:8:0:4 chr9 79186781 . T C 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0159323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2467;QD=36.3418;RBI=0.0205299;REFB=0.0178803;REVB=0.0129476;RO=5;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267694;STB=0.646906;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00371411;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:6:14:0:5:6:14:0:5 chr9 79186787 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00795908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.903;QD=8.89996;RBI=0.009459;REFB=-0.00158849;REVB=-0.00511133;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548521;STB=0.543402;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0051315;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:4:7:17:8:4:7:18:8 chr9 79186820 . A C 535.84 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00322832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4855;QD=38.2739;RBI=0.0730077;REFB=-0.0114188;REVB=-0.0729363;RO=11;SAF=36;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213338;STB=0.615328;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0086035;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:45:45:0.803571:9:36:4:7:9:36:4:7 chr9 79186890 . T G 35.5 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.105314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6255;QD=7.47445;RBI=0.108462;REFB=-0.0165648;REVB=-0.025942;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152232;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0762251;OID=.;OPOS=79186890;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:19:13:13:5:6:0.315789:2:3:6:7:2:4:6:7 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=32;DP=110;LEN=15;RO=78;SAF=17;SAR=10;SRF=44;SRR=39;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:110:78:32:10:17:44:39 chr9 79318471 . C T 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0187994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.819;QD=6.7589;RBI=0.0295362;REFB=-0.00524954;REVB=-0.0227809;RO=49;SAF=11;SAR=6;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356222;STB=0.510626;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0165978;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:50:17:17:0.253731:6:11:33:16:6:11:33:17 chr9 79318677 . T C 485.28 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=17;FWDB=-0.0489112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0495;QD=16.45;RBI=0.0643185;REFB=0.0083477;REVB=0.0417679;RO=63;SAF=33;SAR=20;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115518;STB=0.570197;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0106266;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:63:65:53:53:0.449153:20:33:46:17:20:33:48:17 chr9 79318921 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0163315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.023;QD=14.0975;RBI=0.0194623;REFB=-0.0190085;REVB=0.010586;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254806;STB=0.649248;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0260488;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:10:8:9:4:10:8 chr9 79318998 . A G 90.28 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0604954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0772;QD=18.0569;RBI=0.0606344;REFB=-0.0475136;REVB=0.00410307;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.65085;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0443101;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:7:8:10:10:0.5:7:3:5:2:7:3:5:3 chr9 79320640 . C T 358.08 PASS AF=0.544118;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.04466;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.384;QD=21.0634;RBI=0.0448063;REFB=-0.023408;REVB=0.00361811;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187301;STB=0.538441;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0298709;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:31:34:37:0.544118:15:19:14:10:16:21:15:16 chr9 79321276 . T C 247.36 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0119537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2038;QD=25.3702;RBI=0.0197902;REFB=-0.0280404;REVB=-0.0157721;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219498;STB=0.620596;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0154639;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:14:9:2:14:14:9:2:14 chr9 79321871 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0130966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.4;QD=11.1851;RBI=0.0144154;REFB=-0.0275207;REVB=-0.00602355;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358815;STB=0.529381;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0470855;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:10:9:15:19:10:9:15:20 chr9 79322068 . G T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0267002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.326;QD=11.6337;RBI=0.0860782;REFB=0.0192612;REVB=-0.0818325;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644098;STB=0.538385;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0368142;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:7:9:5:5:7:9 chr9 79322674 . A G 270.02 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00693179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.81;QD=12.001;RBI=0.0129914;REFB=-0.0252636;REVB=-0.0109876;RO=53;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321977;STB=0.53123;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0717865;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:58:32:32:0.355556:17:15:25:28:17:15:30:28 chr9 79322720 . A G 186.21 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0196592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.914;QD=12.414;RBI=0.0214202;REFB=-0.00689674;REVB=-0.00850536;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103988;STB=0.515405;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00522801;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:13:10:16:20:13:10:17:20 chr9 79324179 . G A 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0175475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.372;QD=8.80974;RBI=0.0204809;REFB=0.00205749;REVB=-0.010562;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336785;STB=0.699503;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00640235;OID=.;OPOS=79324179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:1:10:4:2:1:10 chr9 79324741 . T C 194.85 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00985668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6335;QD=14.171;RBI=0.0354931;REFB=-0.0172601;REVB=0.034097;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22506;STB=0.63881;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0317765;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:7:16:15:16:7:16:15:17 chr9 79324818 . G T 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0488701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8962;QD=21.2634;RBI=0.0594066;REFB=-0.0155306;REVB=0.0337765;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110265;STB=0.561738;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0135018;OID=.;OPOS=79324818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:13:5:8:12:13:5 chr9 79325558 . G C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0279688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3155;QD=16.993;RBI=0.0645544;REFB=-0.0306454;REVB=-0.058181;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010536;STB=0.505924;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0241236;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:17:13:12:15:17:13 chr9 79325615 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0431801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5687;QD=15.8813;RBI=0.0603136;REFB=0.0030856;REVB=-0.0421095;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.599808;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00847645;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:7:3:5:5:7:3 chr9 79471995 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0289563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.589;QD=13.4417;RBI=0.0337267;REFB=-0.018187;REVB=-0.0172922;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.641907;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0194693;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:6:7:3:7:6:7 chr9 79986057 . A G 151.29 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00415585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6013;QD=12.8757;RBI=0.0297982;REFB=-0.0119968;REVB=-0.0295069;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241824;STB=0.523901;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0206464;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:13:16:9:8:13:17 chr9 80049298 . C T 600.29 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00292966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.632;QD=26.0996;RBI=0.0221466;REFB=-0.00416838;REVB=0.021952;RO=38;SAF=32;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188725;STB=0.603009;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00358236;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:22:32:13:25:22:32:13:25 chr9 80250143 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.068;QD=54.5177;RBI=0.0762473;REFB=0;REVB=0.0211703;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275482;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr9 80335288 . C T 162.45 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00113793;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1136;QD=27.0758;RBI=0.0214703;REFB=-7.38591e-05;REVB=-0.0214402;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161363;STB=0.590785;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000198984;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:8:8:16:16:0.666667:13:3:3:5:13:3:3:5 chr9 80780518 . G C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4015;QD=60.2035;RBI=0.049287;REFB=0;REVB=0.00168515;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360083;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr9 80851350 . G C 350.79 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0171956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8431;QD=20.6349;RBI=0.036328;REFB=-0.0231456;REVB=-0.0320006;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530973;STB=0.529395;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.022744;OID=.;OPOS=80851350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:18:18:14:18:18:18:14:18 chr9 80912115 . G C 120.15 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0525902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2661;QD=14.1354;RBI=0.0861519;REFB=-0.024048;REVB=-0.068238;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27918;STB=0.663474;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0228406;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:9:11:4:10:9:11 chr9 80919756 . T G 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.018921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.371;QD=18.4987;RBI=0.02256;REFB=-0.0219431;REVB=0.0122861;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164158;STB=0.59177;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0161737;OID=.;OPOS=80919756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:10:17:12:15:10:17 chr9 82187750 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.518;QD=60.7162;RBI=0.0116134;REFB=0;REVB=-0.0105632;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25048e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=35;DP=66;LEN=4;RO=31;SAF=15;SAR=40;SRF=7;SRR=4;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:66:31:35:40:15:7:4 chr9 84214974 . T G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00959706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.78;QD=12.0714;RBI=0.0116692;REFB=-0.0172215;REVB=0.00663827;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910805;STB=0.552587;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0303609;OID=.;OPOS=84214974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:14:10:20:20:14:10:20:20 chr9 84226744 . C T 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0391364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3679;QD=23.158;RBI=0.0576044;REFB=-0.0277697;REVB=0.0422683;RO=23;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342045;STB=0.501886;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.017396;OID=.;OPOS=84226744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:21:11:8:15:21:11:8:15 chr9 84267147 . T C 994.05 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00246671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7038;QD=57.6261;RBI=0.0567054;REFB=-0.0887478;REVB=0.0566517;RO=1;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209962;STB=0.511108;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00154424;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:22:46:0:1:22:46:0:1 chr9 84268878 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00609848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.417;QD=14.0975;RBI=0.0326632;REFB=-0.00415502;REVB=0.0320888;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09589;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00781745;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:5:8:12:5:5:8:12:6 chr9 84340199 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0122042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.669;QD=14.7014;RBI=0.0192907;REFB=-0.0120781;REVB=0.0149395;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692817;STB=0.540471;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00902196;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:6:9:8:4:6:9 chr9 84607758 . T A 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0512689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.727;QD=25.4978;RBI=0.0550285;REFB=-0.0201447;REVB=0.0199907;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354642;STB=0.519704;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0165431;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:9:7:9:14:9:7 chr9 85627408 . G A 307.3 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0043137;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.504;QD=15.7591;RBI=0.0245525;REFB=-0.0017415;REVB=0.0241706;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103844;STB=0.547917;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00236377;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:44:33:34:0.435897:16:17:26:16:16:18:27:17 chr9 85863174 . C A 258.48 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0054111;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.127;QD=18.4625;RBI=0.0333834;REFB=-0.0107957;REVB=0.0329419;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00934527;OID=.;OPOS=85863174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:10:18:18:10:10:18 chr9 86258685 . A C 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.024579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.018;QD=12.0244;RBI=0.0246474;REFB=-0.017818;REVB=0.00183385;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351471;STB=0.71693;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0273167;OID=.;OPOS=86258685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:11:1:5:15:11:1:5:15 chr9 86278817 . C A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0201096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.847;QD=18.0737;RBI=0.0212427;REFB=-0.022087;REVB=-0.00684514;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137482;STB=0.507687;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0211908;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:14:16:17:14:14:16:17:14 chr9 86278913 . C T 383.83 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0125144;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.264;QD=19.9393;RBI=0.0129453;REFB=-0.0119745;REVB=0.00331226;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807432;STB=0.544823;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0111535;OID=.;OPOS=86278913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:20:18:22:17:20:18 chr9 86284178 . C A 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.731;QD=60.374;RBI=0.00816339;REFB=0;REVB=0.00386828;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28951e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr9 86327898 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00610343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.319;QD=58.6486;RBI=0.0231804;REFB=0.126901;REVB=0.0223625;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00057705;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:0:1:26:14:0:1 chr9 86607917 . C G 788.05 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0164069;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.616;QD=51.6756;RBI=0.029452;REFB=0.00377181;REVB=0.0244589;RO=3;SAF=30;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013264;STB=0.507359;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-1.69157e-05;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:61:3:3:57:58:0.95082:27:30:2:1:28:30:2:1 chr9 86617265 . A G 754.6 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.759;QD=54.8799;RBI=0.0146037;REFB=0.0091127;REVB=-0.000904229;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000392474;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:53:54:0.981818:22:31:0:0:23:31:0:1 chr9 86618233 . C A 379.54 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.526;QD=54.2203;RBI=0.0422734;REFB=0;REVB=0.0392748;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633457;OID=.;OPOS=86618233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:25:28:1:10:15:0:0:13:15:0:0 chr9 86895771 . G A 124.76 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.043506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.196;QD=7.67723;RBI=0.0435598;REFB=-0.0111055;REVB=-0.00216402;RO=46;SAF=6;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252653;STB=0.659615;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0207866;OID=.;OPOS=86895771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:47:18:18:0.276923:12:6:25:21:12:6:26:21 chr9 86907537 . C A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0274514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1425;QD=17.0639;RBI=0.0326997;REFB=-0.00375049;REVB=-0.0177676;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218981;STB=0.512306;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00666152;OID=.;OPOS=86907537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:14:17:16:12:14:17 chr9 86920236 . T C 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0018438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.45;QD=16.755;RBI=0.0193718;REFB=-0.00618679;REVB=-0.0192838;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182299;STB=0.510301;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00825072;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:10:18:15:9:10:18 chr9 88455675 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0189426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2547;QD=3.54004;RBI=0.0222063;REFB=-0.0038689;REVB=-0.0115886;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744072;STB=0.552458;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.03059;OID=.;OPOS=88455675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:14:18:3:3:14:18 chr9 88692336 . C T 273.3 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00371054;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1496;QD=23.7654;RBI=0.0038422;REFB=0.0271437;REVB=-0.000997202;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1144;STB=0.579379;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0225536;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:21:25:25:0.543478:10:15:16:6:10:15:16:5 chr9 88694179 . G T 79.17 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0251979;FXX=0.124961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9643;QD=11.3103;RBI=0.0355006;REFB=-0.0248385;REVB=-0.0250072;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627713;STB=0.841488;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0909958;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:32:28:16:18:10:10:0.357143:8:2:14:2:8:2:14:4 chr9 89772284 . A G 175.22 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.051;QD=46.7261;RBI=0.150844;REFB=0;REVB=0.149748;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106336;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:6:9:0:0 chr9 90265015 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.013877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.154;QD=27.2217;RBI=0.0140256;REFB=-0.0369835;REVB=0.0020362;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116251;STB=0.564304;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0226819;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:15:10:9:7:15:10:9:7 chr9 90321583 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0498679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.829;QD=25.2873;RBI=0.053417;REFB=-0.0424749;REVB=0.0191458;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151559;STB=0.585252;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0202082;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:12:4:4:5:12:4:4:5 chr9 90322023 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00423572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.497;QD=12.1432;RBI=0.01539;REFB=-0.00499606;REVB=-0.0147956;RO=32;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25778;STB=0.664833;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0110697;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:4:15:19:13:4:15:19:14 chr9 90343780 . A C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.936;QD=54.5156;RBI=0.0257797;REFB=0;REVB=0.02542;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189102;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr9 90388370 . G A 322.77 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00596982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0975;QD=28.6908;RBI=0.0535542;REFB=-0.0191336;REVB=0.0532205;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434396;STB=0.502391;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0249021;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:8:9:15:13:8:9 chr9 90388539 . T A 206.61 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0414092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.967;QD=13.1182;RBI=0.0427982;REFB=-0.0122431;REVB=0.0108152;RO=38;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051013;STB=0.502922;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0190278;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:17:8:12:26:17:8:12:26 chr9 90500405 . A C 1008.85 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.121;QD=59.3441;RBI=0.0310331;REFB=0;REVB=0.014702;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97958e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:36:29:0:0:38:30:0:0 chr9 90501448 . C A 2585.36 PASS AF=0.994083;AO=148;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9459;QD=61.192;RBI=0.0544687;REFB=0;REVB=0.0118072;RO=0;SAF=71;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514617;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:169:0:0:148:168:0.994083:77:71:0:0:79:89:0:0 chr9 90501832 . C A 134.55 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00555432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4689;QD=5.32879;RBI=0.0114348;REFB=-0.00734884;REVB=-0.00999521;RO=79;SAF=11;SAR=10;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220239;STB=0.508962;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0247456;OID=.;OPOS=90501832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:79:80:21:21:0.207921:10:11:40:39:10:11:41:39 chr9 90502458 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00025237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5721;QD=55.6556;RBI=0.0298901;REFB=0;REVB=-0.0298891;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00069195;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr9 90502819 . T C 1630.19 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.309;QD=59.8235;RBI=0.00775889;REFB=0;REVB=0.00759749;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366547;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:56:52:0:0:57:52:0:0 chr9 90503007 . A G 830.54 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.213;QD=57.2783;RBI=0.056651;REFB=0;REVB=0.035074;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487728;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:37:21:0:0 chr9 90503451 . G A 1026.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9624;QD=59.4902;RBI=0.0369629;REFB=0;REVB=0.0264551;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23685e-06;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr9 90538288 . C T 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.236;QD=56.1719;RBI=0.0779115;REFB=0;REVB=0.035064;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722788;OID=.;OPOS=90538288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr9 90588903 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.198726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6743;QD=8.40283;RBI=0.201258;REFB=0.0216523;REVB=0.0318249;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339012;STB=0.727463;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0326574;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:7:2:10:10:7:2:11:10 chr9 90746054 . TG T 31.75 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0513988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2238;QD=3.52772;RBI=0.0720366;REFB=-0.0817723;REVB=0.0504722;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.570681;SSSB=0.653778;STB=0.886368;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.129161;OID=.;OPOS=90746055;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:13:36:12:36:24:11:1:10:14:31:21:12:1:8:13 chr9 91262343 . A ATGG 121.56 PASS AF=0.4;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0131172;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.117;QD=13.8928;RBI=0.0357499;REFB=-0.00121342;REVB=0.0332565;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.639808;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.00205544;OID=.;OPOS=91262344;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:36:14:35:21:6:8:14:7:99:21:6:7:14:7 chr9 91262387 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.050887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4546;QD=18.4834;RBI=0.0513335;REFB=0.00510463;REVB=-0.00675537;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323943;STB=0.684017;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00523568;OID=.;OPOS=91262387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:14:7:13:6:14:7 chr9 91262522 . T A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0221256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8553;QD=14.9039;RBI=0.0363946;REFB=-0.00543994;REVB=-0.0288967;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208185;STB=0.624906;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00530329;OID=.;OPOS=91262522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:15:11:21:12:15:11:22:12 chr9 91360755 . CT C 179.05 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0182897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.686;QD=16.656;RBI=0.0277235;REFB=-0.003091;REVB=0.0208346;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191355;STB=0.631571;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.00511869;OID=.;OPOS=91360756;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:18:42:19:43:24:6:13:13:11:99:23:6:12:12:11 chr9 91618102 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0208072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.735;QD=12.7296;RBI=0.0244471;REFB=-0.0131222;REVB=-0.0128343;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0245607;OID=.;OPOS=91618102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:5:7:4:5:5:7 chr9 91619274 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0306627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.948;QD=16.7276;RBI=0.0342019;REFB=-0.0182516;REVB=0.0151515;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259379;STB=0.649255;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0337007;OID=.;OPOS=91619274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:11:8:11:5:11:8 chr9 91652414 . A T 785.57 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.245;QD=64.1278;RBI=0.0223444;REFB=0;REVB=0.00525939;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03574e-05;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr9 91656963 . T C 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.693;QD=60.8501;RBI=0.016951;REFB=0.00855634;REVB=0.000241407;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014927;STB=0.507933;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.000142497;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:15:31:1:0:15:31:1:0 chr9 91974047 . AG A 60.88 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0371451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0926;QD=6.24432;RBI=0.047842;REFB=-0.0217861;REVB=-0.0301513;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341848;STB=0.719621;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.0401743;OID=.;OPOS=91974048;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:12:39:12:39:27:3:9:15:12:60:26:3:9:14:12 chr9 92003679 . C T 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0148895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.438;QD=16.195;RBI=0.0155778;REFB=-0.0049757;REVB=0.0045794;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121403;STB=0.568464;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00510073;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:23:13:22:24:23:13:22:24 chr9 92006275 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00753897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2429;QD=16.7848;RBI=0.0179349;REFB=0.00158313;REVB=-0.0162735;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512992;STB=0.50823;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00225962;OID=.;OPOS=92006275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:33:29:29:0.467742:11:18:17:13:11:18:20:13 chr9 92221010 . C T 368.31 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0281252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8133;QD=47.5233;RBI=0.0331397;REFB=-0.0944917;REVB=-0.0175275;RO=3;SAF=5;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212311;STB=0.615293;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00769673;OID=.;OPOS=92221010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:23:5:3:0:23:5:3:0 chr9 93372692 . A G 585.57 PASS AF=0.531532;AO=58;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0328283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.091;QD=21.1015;RBI=0.0378964;REFB=-0.0140681;REVB=0.0189326;RO=52;SAF=36;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219391;STB=0.622854;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0163476;OID=.;OPOS=93372692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:58:59:0.531532:22:36:19:33:22:37:19:33 chr9 93650852 . GCCCT GCCCC,GCCT 31.69 PASS AF=0.0588235,0.205882;AO=2,9;DP=34;FAO=2,7;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2,5;FSAR=0,2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0210948,-0.0841286;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=141.708,15.5539;QD=3.72818;RBI=0.0682588,0.191721;REFB=-0.0112082,-0.124809;REVB=-0.0649174,-0.172277;RO=22;SAF=2,6;SAR=0,3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.44653,0.0381968;STB=0.993767,0.5997;STBP=0.201,0.639;TYPE=snp,del;VARB=0.0934395,0.122658;OID=.,.;OPOS=93650856,93650853;OREF=T,C;OALT=C,-;OMAPALT=GCCCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.205882:2,9:34:2,7:34:25:2,5:0,2:15:10:23:22:2,6:0,3:14:8 chr9 94456643 . GT CC,CT 747.68 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,45;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=3,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545325,0.0282589;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=100.367,94.3567;QD=62.3068;RBI=0.0193938,0.0379072;REFB=0,0;REVB=0.0186114,0.0252665;RO=0;SAF=0,14;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0267341,-0.00237871;OID=.,.;OPOS=94456643,94456643;OREF=GT,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:3,45:3,45:0.0625,0.9375:3,31:0,14:0:0:3,31:0,14:0:0 chr9 94456705 . T A 181.25 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0142441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7824;QD=18.5895;RBI=0.0255045;REFB=-0.00191899;REVB=-0.0211562;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244769;STB=0.628365;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000291146;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:20:18:19:0.487179:12:6:2:16:12:7:3:17 chr9 94456713 . TC T,TT 440.23 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=3,27;DP=30;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542244,0.000672828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=322.678,337.648;QD=56.8042;RBI=0.00874494,0.00603467;REFB=0,0;REVB=-0.00686083,-0.00599705;RO=0;SAF=0,10;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00920243,0.000557147;OID=.,.;OPOS=94456714,94456714;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:3,27:30:1,30:31:0:0,10:1,20:0:0:4:0:0,10:3,17:0:0 chr9 94485232 . G A 331.17 PASS AF=0.439024;AO=33;DP=79;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0133687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.519;QD=16.1545;RBI=0.0148246;REFB=-0.0107594;REVB=-0.00640662;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125143;STB=0.56753;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0138655;OID=.;OPOS=94485232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:46:33:36:0.439024:15:18:19:26:16:20:20:26 chr9 94486321 . C T 468.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827565;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.874;QD=58.6207;RBI=0.0100543;REFB=0;REVB=0.00570993;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67835e-05;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr9 94486688 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.015371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.303;QD=15.8827;RBI=0.0154186;REFB=-0.00151463;REVB=-0.00121049;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26049;STB=0.649727;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00105094;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:8:2:5:5:8:2 chr9 94495608 . T C 134.45 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763264;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.5326;QD=44.818;RBI=0.141687;REFB=0;REVB=0.119372;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119036;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:1:0:10:12:1:6:4:0:1:7:5:0:0 chr9 94518328 . C T 789.1 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371355;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.266;QD=64.4161;RBI=0.00737436;REFB=0;REVB=-0.00637109;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88426e-05;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr9 94794455 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0121689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2285;QD=14.7015;RBI=0.063332;REFB=0.0202647;REVB=0.062152;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238913;STB=0.63617;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0203182;OID=.;OPOS=94794455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:13:2:4:8:13:2 chr9 94972916 . T A 105.19 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0471227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.891;QD=8.95271;RBI=0.0472009;REFB=-0.00656225;REVB=-0.00271692;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154589;STB=0.560888;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0102837;OID=.;OPOS=94972916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:13:14:0.297872:8:5:17:16:8:6:17:16 chr9 94985637 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0152849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.14;QD=18.645;RBI=0.0199736;REFB=-0.0230856;REVB=0.0128576;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0188507;OID=.;OPOS=94985637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:8:5:4:10:8:5 chr9 95009708 . C G 337.39 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00795406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2144;QD=24.9917;RBI=0.0457328;REFB=-0.0279261;REVB=0.0450358;RO=20;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505627;STB=0.520535;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0179041;OID=.;OPOS=95009708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:21:33:33:0.611111:22:11:8:12:22:11:8:13 chr9 95219248 . A G 392.92 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0750863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3082;QD=22.4524;RBI=0.0752372;REFB=-0.0203751;REVB=-0.00476231;RO=31;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066941;STB=0.536824;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0104432;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:17:22:20:11:17:22:20:11 chr9 95219597 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000868284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.286;QD=51.9166;RBI=0.0251551;REFB=0;REVB=-0.0251401;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341714;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr9 95237024 . CTCA C,CTCATCA 91.86 PASS AF=0.4375,0.25;AO=4,3;DP=19;FAO=7,4;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0;FSAR=6,4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00183031,-0.0279234;FXX=0.111049;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=191.58,112.849;QD=22.9638;RBI=0.0413764,0.0286915;REFB=-0.0968144,-0.0260186;REVB=-0.0413359,-0.00659444;RO=6;SAF=1,0;SAR=3,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254893,-0.672276;STB=0.666109,0.996097;STBP=0.315,0.13;TYPE=del,ins;VARB=0.0223086,0.0929395;OID=.,.;OPOS=95237025,95237025;OREF=TCA,-;OALT=-,TCA;OMAPALT=C,CTCATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0.25:4,3:19:7,4:16:5:1,0:6,4:2:3:38:6:1,0:3,3:3:3 chr9 95284982 . T G 175.28 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0250692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.318;QD=10.0159;RBI=0.0327855;REFB=-0.00801309;REVB=0.0211287;RO=47;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871003;STB=0.551078;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0126224;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:10:13:23:24:10:13:23:24 chr9 95380726 . G A 70.95 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0109052;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.512;QD=15.7658;RBI=0.016184;REFB=-0.00565011;REVB=0.0119583;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36755;STB=0.713832;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00433356;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:3:6:2:7:3:6:2:7 chr9 95475352 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0111685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0971;QD=20.8374;RBI=0.013144;REFB=-0.00140696;REVB=0.00693032;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289354;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00249006;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:1:4:3:6:1:4 chr9 95609564 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0166832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.957;QD=12.4137;RBI=0.0299618;REFB=-0.00524357;REVB=-0.0248873;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154047;STB=0.589045;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0105246;OID=.;OPOS=95609564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:15:8:18:19:15:8:18:19 chr9 95738781 . C A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00494116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.847;QD=18.0812;RBI=0.00592448;REFB=-0.0287204;REVB=0.00326871;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421518;STB=0.523534;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0370118;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:20:21:22:25:20:21:22:25 chr9 95780465 . A G 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.449;QD=62.4626;RBI=0.0427727;REFB=0;REVB=0.0323007;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39471e-06;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr9 95887320 . G T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0743367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.474;QD=19.0001;RBI=0.0781464;REFB=-0.0124514;REVB=0.0241019;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221949;STB=0.62671;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.011981;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:9:8:12:5:9:8 chr9 95993326 . T C 899.09 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=183;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=-0.00398844;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.027;QD=19.7602;RBI=0.00567473;REFB=-0.0161923;REVB=0.00403671;RO=92;SAF=46;SAR=44;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120182;STB=0.566023;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0172234;OID=.;OPOS=95993326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:92:92:90:90:0.494505:44:46:59:33:44:46:59:33 chr9 96051521 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.965;QD=47.8223;RBI=0.0178177;REFB=0;REVB=0.0112495;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33227e-05;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr9 96052295 . C G 51.78 PASS AF=0.222222;AO=4;DP=17;FAO=4;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0704719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.906;QD=11.5058;RBI=0.100646;REFB=-0.0240671;REVB=-0.0718563;RO=10;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145897;OID=.;OPOS=96052295;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:17:18:10:10:4:4:0.222222:2:2:5:5:2:2:5:5 chr9 96055063 . C T 502.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.563;QD=59.0839;RBI=0.198052;REFB=0;REVB=0.0199971;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698986;OID=.;OPOS=96055063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr9 96097662 . G A 161.04 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00890689;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.534;QD=24.7755;RBI=0.0598823;REFB=-0.0115084;REVB=0.0592162;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889661;STB=0.549936;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00559741;OID=.;OPOS=96097662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:5:5:6:10:5:5 chr9 96097673 . G A 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0418108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.437;QD=11.3686;RBI=0.0427607;REFB=-0.00601528;REVB=0.0089628;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195548;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0398637;OID=.;OPOS=96097673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:11:11:0.366667:6:5:11:6:6:5:12:7 chr9 96097747 . C T 255.65 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00590602;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.168;QD=21.7571;RBI=0.0302982;REFB=-0.0244496;REVB=-0.029717;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242423;STB=0.635146;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0321919;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:6:17:11:13:6:17 chr9 96209943 . T C 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0392025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.362;QD=6.88088;RBI=0.0392028;REFB=-0.0139211;REVB=-0.000140916;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113095;STB=0.58319;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0446576;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:38:39:12:12:0.235294:8:4:16:22:8:4:17:22 chr9 96238578 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000684769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.36;QD=28.0161;RBI=0.000730729;REFB=-0.00931337;REVB=-0.000255062;RO=20;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443903;STB=0.529392;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00425435;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:20:29:30:0.6:19:10:8:12:20:10:8:12 chr9 96320951 . C T 366.41 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0728022;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8587;QD=20.9374;RBI=0.0768911;REFB=-0.00611938;REVB=0.0247403;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145038;STB=0.580398;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00836949;OID=.;OPOS=96320951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:23:14:18:15:23:14:18:15 chr9 96328303 . T C 481.7 PASS AF=0.575;AO=45;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0399177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.755;QD=24.0849;RBI=0.0437738;REFB=-0.0361215;REVB=-0.0179644;RO=34;SAF=29;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952645;STB=0.544969;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0339956;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:34:45:46:0.575:16:29:18:16:17:29:18:16 chr9 96860722 . T A 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0428594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.644;QD=15.3771;RBI=0.0993589;REFB=0.00485798;REVB=0.0896397;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00332752;OID=.;OPOS=96860722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:6:8:5:7:6:8 chr9 97055376 . G A 187.56 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00928954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.608;QD=12.5043;RBI=0.00975308;REFB=-0.0340054;REVB=0.00297104;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253731;STB=0.64527;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0393503;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:12:25:10:13:12:25 chr9 97062852 . A T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0396284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.016;QD=20.7377;RBI=0.0523654;REFB=-0.00139202;REVB=0.0342305;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29513;STB=0.666481;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00325687;OID=.;OPOS=97062852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:5:11:6:12:5:11 chr9 97062981 . C T 101.51 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0464595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2137;QD=16.9178;RBI=0.0470041;REFB=0.00501986;REVB=0.00713406;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00227656;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:3:9:9:3:3:9 chr9 97080944 . GAGA G 357.95 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251928;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.128;QD=55.0694;RBI=0.0130017;REFB=0;REVB=-0.0127553;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.67164e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:26:26:0:5:21:0:0:4:0:5:20:0:0 chr9 97082699 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00409957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.611;QD=21.0649;RBI=0.00818476;REFB=-0.0180855;REVB=0.00708406;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670041;STB=0.52196;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0172042;OID=.;OPOS=97082699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:23:24:0.5:15:8:10:14:15:9:10:14 chr9 97087857 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0218038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.881;QD=21.8418;RBI=0.0284915;REFB=-0.0409156;REVB=0.0183401;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595526;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:1:1:3:3:1:1 chr9 97321251 . G A 335.89 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00414786;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.229;QD=19.472;RBI=0.0354373;REFB=-0.00495398;REVB=-0.0351937;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150053;STB=0.583734;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00832778;OID=.;OPOS=97321251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:24:11:16:18:24:11:16:18 chr9 97325726 . A G 192.86 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000425975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.391;QD=14.8354;RBI=0.0165784;REFB=-0.0026623;REVB=-0.0165729;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.514375;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00278283;OID=.;OPOS=97325726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:30:22:22:0.423077:9:13:17:11:9:13:17:13 chr9 97349591 . G T 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0174362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.336;QD=21.839;RBI=0.0311858;REFB=-0.00761155;REVB=0.025856;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101223;STB=0.556478;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00555799;OID=.;OPOS=97349591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:17:7:10:15:17:7 chr9 97349666 . C G 228.97 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.037564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.169;QD=18.3174;RBI=0.037693;REFB=-0.0378083;REVB=0.00311601;RO=20;SAF=18;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277823;STB=0.56565;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0348868;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:27:21:22:0.44:3:18:13:7:4:18:20:7 chr9 97365720 . T C 809.97 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.751;QD=56.8402;RBI=0.0214527;REFB=0;REVB=0.0169849;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73466e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:15:40:0:0:16:41:0:0 chr9 97369149 . C T 1415.09 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8311;QD=62.8931;RBI=0.0924261;REFB=0;REVB=0.0141438;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533745;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:57:33:0:0:57:33:0:0 chr9 97572244 . G A 590.51 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.078241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0793;QD=26.8415;RBI=0.084976;REFB=-0.0036459;REVB=0.0331553;RO=35;SAF=18;SAR=35;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170687;STB=0.592373;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00379765;OID=.;OPOS=97572244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:35:18:5:30:35:18:5:30 chr9 98209594 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191751;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=317.186;QD=52.6132;RBI=0.0473931;REFB=0;REVB=0.0433407;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75631e-05;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr9 98215822 . G A 624.44 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00754649;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.717;QD=24.9776;RBI=0.0367039;REFB=-0.0379815;REVB=0.0359197;RO=38;SAF=27;SAR=32;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180635;STB=0.591566;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0358437;OID=.;OPOS=98215822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:41:59:59:0.59:32:27:27:11:32:27:28:13 chr9 99060704 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0072232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.249;QD=17.2467;RBI=0.00722653;REFB=-0.0644413;REVB=0.000219359;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274106;OID=.;OPOS=99060704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:9:18:14:7:9:18 chr9 99064296 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00366874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.034;QD=14.2416;RBI=0.00407417;REFB=-0.00627514;REVB=-0.00177179;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159446;STB=0.591465;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0150919;OID=.;OPOS=99064296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:8:14:15:16:8:14:15:16 chr9 99150582 . G T 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0211878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.85;QD=14.1926;RBI=0.0292743;REFB=-0.0142835;REVB=-0.0202005;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23825;STB=0.638118;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0234505;OID=.;OPOS=99150582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:8:14:6:9:8:14 chr9 99522247 . T C 57.54 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0760098;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.116;QD=4.51289;RBI=0.11761;REFB=0.00436577;REVB=-0.0897473;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240934;STB=0.636092;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0235489;OID=.;OPOS=99522247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:52:51:31:42:9:9:0.176471:5:4:8:23:5:4:12:30 chr9 99525909 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0084891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.862;QD=11.2558;RBI=0.0218351;REFB=-0.00232765;REVB=-0.0201173;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345943;STB=0.709978;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00335465;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:5:7:2:6:5:7 chr9 99694495 . G A 316.32 PASS AF=0.283784;AO=41;DP=147;FAO=42;FDP=148;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.0170784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.235;QD=8.54905;RBI=0.0191831;REFB=-0.004955;REVB=0.00873612;RO=106;SAF=9;SAR=32;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461488;STB=0.776337;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0271086;OID=.;OPOS=99694495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:106:106:41:42:0.283784:32:9:63:43:33:9:63:43 chr9 99735205 . A T 278.41 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0145539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.464;QD=16.3771;RBI=0.0157184;REFB=-0.0107866;REVB=-0.00593737;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19398;STB=0.608953;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0222043;OID=.;OPOS=99735205;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:23:14:18:13:23:14 chr9 100053194 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0339812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.398;QD=19.8256;RBI=0.03591;REFB=-0.0033154;REVB=0.0116106;RO=25;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134479;STB=0.575285;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00453007;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:9:18:13:12:9:18:13:12 chr9 100087345 . A G 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0212805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4709;QD=12.1806;RBI=0.0723825;REFB=-0.012147;REVB=-0.0691836;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0398003;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:7:8:7:3:7:8 chr9 100105735 . T C 255.5 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.014688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.685;QD=17.9299;RBI=0.0181064;REFB=0.00133976;REVB=0.0105879;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781199;STB=0.543695;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000612795;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:18:11:13:15:18:11 chr9 100105782 . C G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00704313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.8;QD=18.4269;RBI=0.0107799;REFB=-0.0206877;REVB=-0.00816089;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958236;STB=0.553534;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0205749;OID=.;OPOS=100105782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:17:11:14:14:17:11 chr9 100139161 . A G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0162988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5603;QD=18.0491;RBI=0.0227819;REFB=-0.0547946;REVB=-0.0159174;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468762;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0265897;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:2:6:7:3:2:6 chr9 100365086 . A G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00407095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.551;QD=13.0368;RBI=0.00577604;REFB=-0.0296881;REVB=0.00409757;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268064;STB=0.515678;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0324557;OID=.;OPOS=100365086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:15:17:10:8:15:17 chr9 100367044 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000235079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.633;QD=18.4984;RBI=0.00261739;REFB=-0.00683633;REVB=0.00260682;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162503;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804984;OID=.;OPOS=100367044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:13:14:13:13:13:14:14:13 chr9 100367810 . G A 216.3 PASS AF=0.329114;AO=23;DP=81;FAO=26;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0480185;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.99;QD=10.9518;RBI=0.0483428;REFB=-0.0094099;REVB=0.00559008;RO=51;SAF=17;SAR=6;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347992;STB=0.63589;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0305521;OID=.;OPOS=100367810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:51:51:23:26:0.329114:6:17:23:28:9:17:23:28 chr9 100367813 . A G 238.29 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00581851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.418;QD=11.7675;RBI=0.0120665;REFB=-0.00447533;REVB=-0.010571;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128314;STB=0.580149;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0148672;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:52:29:29:0.358025:12:17:24:27:12:17:24:28 chr9 100380093 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.020635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.336;QD=9.18854;RBI=0.0283382;REFB=-0.0266013;REVB=0.0194229;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291083;STB=0.517734;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0483176;OID=.;OPOS=100380093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:13:12:5:6:13:12 chr9 100388197 . C T 448.47 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0157664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.544;QD=18.6864;RBI=0.033965;REFB=-0.00613703;REVB=0.0300839;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126424;STB=0.512529;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.006752;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:24:21:24:26:24:21:25:26 chr9 100420976 . G A 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.031092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1408;QD=19.3421;RBI=0.0333869;REFB=-0.00586726;REVB=0.0121644;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154992;STB=0.588134;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00403908;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:9:9:12:6:9:9 chr9 100433367 . G T 120.96 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0289202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.997;QD=6.91222;RBI=0.0327553;REFB=-0.0189724;REVB=-0.0153796;RO=51;SAF=6;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326733;STB=0.703485;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.061309;OID=.;OPOS=100433367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:51:52:18:18:0.257143:12:6:31:20:12:6:32:20 chr9 100616583 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.465;QD=55.0983;RBI=0.0071627;REFB=0;REVB=0.00673765;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75397e-05;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr9 100617375 . T C 1467.88 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.251;QD=63.1347;RBI=0.00953274;REFB=0;REVB=-0.00932504;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04744e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:41:50:0:0:43:50:0:0 chr9 100617433 . A C 369.56 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0168636;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6712;QD=22.0633;RBI=0.0173795;REFB=-0.0187101;REVB=0.00420311;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032998;STB=0.518209;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0240067;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:15:15:20:17:15:15 chr9 100617479 . G T 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0181668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7396;QD=9.89817;RBI=0.0499569;REFB=0.0045789;REVB=0.0465367;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102189;STB=0.561206;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0163863;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:11:21:8:6:11:21 chr9 100617583 . T C 300.6 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0260986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.606;QD=21.4717;RBI=0.0299024;REFB=-0.0193595;REVB=0.0145951;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497033;STB=0.527532;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0271131;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:13:18:13:12:13:18:13:12 chr9 100617949 . T C 180.65 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00711838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1793;QD=12.9035;RBI=0.00922419;REFB=-0.00705029;REVB=-0.00586638;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950431;STB=0.538045;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0066575;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:9:13:16:16:9:13:18:16 chr9 100618578 . C T 168.87 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0599912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7072;QD=24.1239;RBI=0.074397;REFB=0.0127142;REVB=-0.0439996;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307576;STB=0.517221;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0123258;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:6:5:7:10:6:5 chr9 100672338 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00825495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.757;QD=15.3788;RBI=0.00846608;REFB=-0.0128931;REVB=-0.00187893;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0122095;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr9 100675816 . A G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0253312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.509;QD=12.9736;RBI=0.0316134;REFB=0.000758583;REVB=0.0189139;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122388;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00104876;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:16:18:12:12:0.4:6:6:6:10:6:6:6:12 chr9 100684719 . A C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0183509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.843;QD=16.6611;RBI=0.0565249;REFB=-0.0104361;REVB=-0.0534632;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177806;STB=0.599447;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0180743;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:23:9:13:15:23:9 chr9 100684757 . A G 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000676421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.958;QD=22.5829;RBI=0.0425384;REFB=-0.0219632;REVB=-0.0425331;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10749;STB=0.559954;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0203141;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:15:9:13:13:15:9 chr9 101533220 . C T 536.37 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260548;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.71;QD=57.9859;RBI=0.0371553;REFB=0;REVB=0.0264889;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868843;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:37:0:0:35:37:1:24:11:0:0:26:11:0:0 chr9 101611795 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00684538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.082;QD=28.0162;RBI=0.0157298;REFB=-0.00712499;REVB=0.0141622;RO=20;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742897;STB=0.540956;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00627913;OID=.;OPOS=101611795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:18:12:10:10:18:12:10:10 chr9 101767245 . G A 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00138053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.693;QD=20.6463;RBI=0.00194997;REFB=-0.0102337;REVB=-0.00137714;RO=37;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128779;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102986;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:26:14:13:24:26:14:13:24 chr9 101767303 . G A 178.83 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00945439;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.385;QD=14.5981;RBI=0.0128634;REFB=-0.00551295;REVB=-0.00872244;RO=28;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152791;STB=0.575136;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.012681;OID=.;OPOS=101767303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:30:19:19:0.387755:15:4:9:19:15:4:9:21 chr9 101767315 . G A 355.96 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.012514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.055;QD=30.2944;RBI=0.036173;REFB=-0.0147228;REVB=0.0339395;RO=15;SAF=9;SAR=21;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12838;STB=0.528479;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0106203;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:15:17:30:30:0.638298:21:9:2:13:21:9:4:13 chr9 101784438 . A G 504.39 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0185843;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.808;QD=21.93;RBI=0.0206585;REFB=-0.0240596;REVB=0.00902217;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100933;STB=0.554325;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0212195;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:44:48:48:0.521739:24:24:26:16:24:24:27:17 chr9 101814730 . CT C 223.56 PASS AF=0.529412;AO=37;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0724646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.717;QD=13.1508;RBI=0.074364;REFB=-0.0534728;REVB=0.0167;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135672;STB=0.583287;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0464127;OID=.;OPOS=101814731;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:37:68:36:68:32:15:21:19:13:99:30:16:21:18:12 chr9 101822220 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0094532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.538;QD=16.4079;RBI=0.00979631;REFB=-0.00152281;REVB=0.00256993;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383183;STB=0.72236;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00195405;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:17:4:15:14:17:4:15:14 chr9 101831995 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7667;QD=55.0986;RBI=0.082312;REFB=0;REVB=0.081982;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142327;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 101832262 . A AG,G 154.52 PASS AF=0.777778,0.0555556;AO=3,2;DP=28;FAO=14,1;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=9,1;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0482544,-0.0258864;FXX=0.279888;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=20.5054,120.281;QD=34.338;RBI=0.125271,0.026784;REFB=0.0364934,0.0308341;REVB=0.115605,0.00687595;RO=23;SAF=2,2;SAR=1,0;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.333065,0.567298;STB=0.615217,0.994936;STBP=0.061,0.102;TYPE=ins,snp;VARB=0.0277114,0.00396515;OID=.,.;OPOS=101832263,101832262;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:28:18:23:3:3,2:14,1:0.777778,0.0555556:1,0:2,2:8:15:5,0:9,1:0:3 chr9 101832264 . T G 156.85 PASS AF=0.68;AO=2;DP=18;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00284468;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=47.7696;QD=25.0954;RBI=0.279531;REFB=-0.0372469;REVB=0.279517;RO=4;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569412;STB=0.590135;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0265695;OID=.;OPOS=101832264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:25:4:8:2:17:0.68:0:2:3:1:11:6:5:3 chr9 101890227 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0042925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.806;QD=23.4331;RBI=0.00429266;REFB=-0.000611132;REVB=3.6762e-05;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114994;STB=0.564098;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000506252;OID=.;OPOS=101890227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:12:8:13:11:12:8 chr9 101890980 . A G 264.85 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00583036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.307;QD=10.9217;RBI=0.0188868;REFB=-0.00715239;REVB=0.0179644;RO=64;SAF=23;SAR=9;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266491;STB=0.661086;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0168287;OID=.;OPOS=101890980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:65:32:32:0.329897:9:23:32:32:9:23:32:33 chr9 101913699 . G T 467.62 PASS AF=0.410448;AO=39;DP=124;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.00724907;FXX=0.0428541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.904;QD=13.9589;RBI=0.0100163;REFB=-0.00983115;REVB=0.00691208;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464364;STB=0.526511;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0191263;OID=.;OPOS=101913699;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:134:63:79:39:55:0.410448:20:19:28:35:31:24:31:48 chr9 101947879 . ATGT A 686.61 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695757;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.846;QD=63.8704;RBI=0.00850431;REFB=0;REVB=0.00489034;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000696809;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:47:43:43:0:21:22:0:0:4:0:21:23:0:0 chr9 101984010 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0237682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.395;QD=18.744;RBI=0.0295974;REFB=-0.0213838;REVB=0.0176375;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00923066;OID=.;OPOS=101984010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:4:0:2:5:4:0 chr9 102067887 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.521;QD=33.4259;RBI=0.0663369;REFB=0;REVB=0.00197631;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149766;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr9 102068344 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5003;QD=33.4235;RBI=0.120736;REFB=0;REVB=-0.0466574;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0149728;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr9 102068770 . T C 1302.05 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.138;QD=62.0022;RBI=0.0360604;REFB=0;REVB=0.0280012;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02331e-05;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr9 102068832 . G A 2287.94 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0917456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0095;QD=59.8155;RBI=0.112429;REFB=-0.118491;REVB=0.0649852;RO=0;SAF=84;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0051407;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:153:0:1:150:152:0.993464:66:84:0:0:67:85:0:1 chr9 102627371 . CT C 42.8 PASS AF=0.233645;AO=20;DP=106;FAO=25;FDP=107;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=58;FWDB=-0.145688;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5464;QD=1.60016;RBI=0.160415;REFB=-0.017351;REVB=0.0671412;RO=77;SAF=16;SAR=4;SRF=22;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592229;STB=0.851105;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0618548;OID=.;OPOS=102627372;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233645:20:106:25:107:82:20:5:24:58:42:77:16:4:22:55 chr9 102713580 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.328;QD=61.3362;RBI=0.0252148;REFB=0;REVB=-0.00332122;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182077;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr9 102731149 . G A 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00636323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.662;QD=9.29711;RBI=0.0070218;REFB=-0.00750672;REVB=-0.00296901;RO=43;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162631;STB=0.652042;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0121941;OID=.;OPOS=102731149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:51:23:23:0.310811:8:15:22:21:8:15:22:29 chr9 102732237 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.556;QD=51.9167;RBI=0.0559082;REFB=0;REVB=0.00631245;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414261;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr9 103060386 . T G 958.79 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5569;QD=57.2412;RBI=0.0466412;REFB=-0.131346;REVB=0.0288154;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0030352;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:35:31:0:0:35:31:0:1 chr9 103064530 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.308;QD=57.6735;RBI=0.0155378;REFB=0;REVB=0.0139843;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92029e-05;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr9 103204463 . CA C 42.23 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0357859;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.37941;QD=2.44835;RBI=0.117894;REFB=-0.0849392;REVB=0.112332;RO=39;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259343;STB=0.619883;STBP=0.187;TYPE=del;VARB=0.113717;OID=.;OPOS=103204464;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:21:69:21:69:48:14:7:24:24:42:39:14:7:17:22 chr9 104133628 . C T 239.42 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.44;QD=50.4035;RBI=0.0912305;REFB=0;REVB=0.0883724;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641611;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:13:6:0:0 chr9 104152790 . G C 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0221062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.85;QD=18.8949;RBI=0.0258255;REFB=-0.0124722;REVB=-0.0133518;RO=44;SAF=30;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217986;STB=0.622101;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0129991;OID=.;OPOS=104152790;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:11:30:23:21:11:30:23:21 chr9 104152846 . G A 541.72 PASS AF=0.525253;AO=46;DP=94;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0107442;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.06;QD=21.8878;RBI=0.0154374;REFB=-0.0195159;REVB=-0.0110848;RO=48;SAF=33;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219167;STB=0.603985;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0195489;OID=.;OPOS=104152846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:48:47:46:52:0.525253:13:33:24:24:16:36:23:24 chr9 104170422 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0158028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.466;QD=25.2766;RBI=0.0170418;REFB=-0.00226846;REVB=0.00637913;RO=12;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40135;STB=0.723898;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00188605;OID=.;OPOS=104170422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:14:5:10:2:14:5:10:2 chr9 104324545 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.245;QD=58.7817;RBI=0.0211067;REFB=0;REVB=0.0177377;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39912e-05;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr9 104449063 . C T 1430.07 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=93;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.241;QD=59.5862;RBI=0.0165872;REFB=-0.0576321;REVB=-0.0123447;RO=1;SAF=51;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920437;STB=0.500893;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00123079;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:96:1:2:91:94:0.979167:40:51:1:0:43:51:1:1 chr9 104499575 . T C 1579.9 PASS AF=0.973214;AO=107;DP=111;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0629655;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0616;QD=56.4252;RBI=0.0631898;REFB=-0.117928;REVB=0.00531889;RO=2;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166475;STB=0.512818;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00322678;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:112:2:3:107:109:0.973214:56:51:0:2:57:52:0:3 chr9 105018910 . A C 174.92 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0189774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.3;QD=19.9907;RBI=0.0320489;REFB=-0.0187304;REVB=0.0258262;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327536;STB=0.518498;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0161072;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:6:11:11:7:6:11 chr9 105780618 . G A 1700.7 PASS AF=0.982759;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.061335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3244;QD=58.6449;RBI=0.0916805;REFB=-0.080186;REVB=0.068142;RO=2;SAF=51;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149855;STB=0.500917;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00254169;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:116:2:2:112:114:0.982759:61:51:1:1:63:51:1:1 chr9 106864417 . T A,TA 34.0 PASS AF=0,0.289474;AO=4,8;DP=38;FAO=0,11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=0,8;FSAR=0,3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0108299,0.0919832;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=184.385,8.34074;QD=3.57906;RBI=0.0203165,0.221178;REFB=-0.000926343,-0.0154148;REVB=0.0171893,0.201144;RO=23;SAF=1,8;SAR=3,0;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.394319,0.720193;STB=0.5,0.608487;STBP=1,0.414;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.01956;OID=.,.;OPOS=106864417,106864418;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:38:38:23:27:4,8:0,11:0,0.289474:3,0:1,8:14:9:0,3:0,8:16:11 chr9 106875752 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.013577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.827;QD=10.9409;RBI=0.0194286;REFB=-0.00463495;REVB=-0.0138974;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172518;STB=0.602234;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00997933;OID=.;OPOS=106875752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:6:14:6:5:6:14 chr9 107266596 . T C 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=0.00280024;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=289.601;QD=13.7259;RBI=0.00467384;REFB=-0.00695683;REVB=-0.00374211;RO=49;SAF=23;SAR=9;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490241;STB=0.527842;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0106141;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:9:23:37:12:9:23:37:12 chr9 107266774 . C G 432.05 PASS AF=0.505882;AO=41;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00878596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.647;QD=20.3316;RBI=0.0126947;REFB=-0.0300244;REVB=0.00916313;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967329;STB=0.518183;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0313924;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:41:43:0.505882:18:23:24:18:20:23:24:18 chr9 107266844 . A G 210.74 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0132564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.541;QD=13.1714;RBI=0.0170052;REFB=-0.0185966;REVB=-0.0106511;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041769;STB=0.524253;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0371467;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:38:25:26:0.40625:14:11:14:21:14:12:16:22 chr9 107266943 . G A 164.05 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0203615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.22;QD=13.6706;RBI=0.028287;REFB=-0.00675671;REVB=0.0196358;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216429;STB=0.62487;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0244573;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:9:21:9:9:9:21 chr9 107267352 . T C 624.93 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.00163774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5424;QD=15.9218;RBI=0.0253101;REFB=-0.0119792;REVB=0.025257;RO=88;SAF=35;SAR=34;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038447;STB=0.521428;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0150145;OID=.;OPOS=107267352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:88:69:69:0.43949:34:35:48:40:34:35:48:40 chr9 107298444 . C T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0218924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.695;QD=15.1957;RBI=0.0224888;REFB=-0.0196734;REVB=-0.00514481;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470819;STB=0.739838;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0164921;OID=.;OPOS=107298444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:17:18:0.409091:13:4:18:8:13:5:18:8 chr9 107299001 . C A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00198393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.083;QD=18.8287;RBI=0.0124755;REFB=-0.0105879;REVB=0.0123167;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137584;STB=0.507805;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00948434;OID=.;OPOS=107299001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:8:14:13:7:8:14 chr9 107331504 . C A 298.84 PASS AF=0.5;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0179201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.351;QD=18.6777;RBI=0.0289387;REFB=-0.0415458;REVB=-0.0227227;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980847;STB=0.547029;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0367068;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:32:32:32:0.5:14:18:14:17:14:18:15:17 chr9 107360922 . A G 359.31 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00911032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7379;QD=12.9482;RBI=0.0165657;REFB=-0.00499468;REVB=-0.0138357;RO=68;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742946;STB=0.542124;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00550167;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:23:20:27:41:23:20:27:41 chr9 107361312 . T C 316.96 PASS AF=0.532258;AO=19;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000100289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.736;QD=20.4493;RBI=0.0148709;REFB=-0.0285638;REVB=-0.0148705;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102876;STB=0.561366;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0207621;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:29:19:33:0.532258:13:6:11:16:15:18:12:17 chr9 107361439 . G C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00981322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.595;QD=17.2466;RBI=0.0105497;REFB=-0.00713343;REVB=-0.00387251;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417047;STB=0.523787;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0100901;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:13:14:10:11:13:14 chr9 107361460 . G A 53.01 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0178109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.497;QD=7.0685;RBI=0.0499917;REFB=-0.0178228;REVB=0.0467113;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0495452;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:11:11:4:4:11:11 chr9 107361642 . G A 318.6 PASS AF=0.413793;AO=33;DP=84;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00185228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.958;QD=14.6481;RBI=0.00198674;REFB=-0.00955041;REVB=0.000718476;RO=49;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144963;STB=0.611877;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0112954;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:49:51:33:36:0.413793:13:20:23:26:13:23:23:28 chr9 107367132 . G A 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0795085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1159;QD=15.5669;RBI=0.0801123;REFB=-0.0354742;REVB=-0.00981699;RO=35;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277934;STB=0.657325;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0525753;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:9:19:14:21:9:19:14:21 chr9 107379895 . G T 206.36 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.026911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.965;QD=19.196;RBI=0.02694;REFB=-0.0192438;REVB=0.0012501;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021567;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0207712;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:11:11:10:11:11:11 chr9 107380396 . T G 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00969285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.426;QD=9.18978;RBI=0.01681;REFB=-0.0135977;REVB=-0.013734;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840697;STB=0.550948;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0268617;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:15:20:7:7:15:20 chr9 107456763 . T C 382.45 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00433107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.527;QD=52.7521;RBI=0.0223956;REFB=-0.0863783;REVB=0.0219728;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00211729;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr9 107457275 . A C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.565;QD=55.6044;RBI=0.0226781;REFB=-0.0378388;REVB=0.00903611;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012925;STB=0.506847;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00062428;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:22:36:1:0:22:36:1:0 chr9 107457532 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1172;QD=57.6768;RBI=0.0162535;REFB=0;REVB=-0.013729;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010905;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr9 107457759 . C T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.437;QD=56.0101;RBI=0.0193363;REFB=0.000491467;REVB=0.0100688;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000137167;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr9 107562804 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=332.467;QD=60.9786;RBI=0.0103655;REFB=0;REVB=-0.000446671;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35935e-05;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr9 107586753 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.897;QD=58.5995;RBI=0.0144782;REFB=0;REVB=0.0144434;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52595e-05;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr9 107588033 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000886402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4233;QD=21.1301;RBI=0.0221577;REFB=-0.00547997;REVB=-0.02214;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161549;STB=0.509083;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00543506;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:13:8:8:14:13:8 chr9 107591272 . G T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.916;QD=62.4642;RBI=0.0607006;REFB=0;REVB=0.00508447;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145153;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr9 107620867 . C T 262.08 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0656393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2455;QD=10.3793;RBI=0.0797141;REFB=-0.00487517;REVB=-0.0452307;RO=66;SAF=19;SAR=15;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101633;STB=0.563662;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00734107;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:66:67:34:34:0.336634:15:19:31:35:15:19:31:36 chr9 107624029 . C T 537.39 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0314875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0312;QD=17.6192;RBI=0.0435114;REFB=-0.0108697;REVB=0.0300296;RO=65;SAF=28;SAR=29;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148493;STB=0.582301;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.01349;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:29:28:42:23:29:28:42:23 chr9 108152199 . G A 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00698249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.514;QD=55.6041;RBI=0.0138784;REFB=0.0504674;REVB=0.0119939;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000148619;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:33:25:0:0:33:25:1:0 chr9 108398331 . T G 238.23 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00938799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5097;QD=16.1513;RBI=0.0115988;REFB=-0.00939299;REVB=0.00681159;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113241;STB=0.563863;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0113762;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:18:14:15:12:18:14 chr9 108425267 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.065;QD=53.362;RBI=0.0658526;REFB=-0.139056;REVB=0.0650262;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00275139;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr9 108536426 . ATT A,AT 424.15 PASS AF=0,1;AO=5,36;DP=43;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277286,0.00540406;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=7.50282,16.3282;QD=39.4557;RBI=0.135885,0.266803;REFB=0,0;REVB=-0.135857,-0.266748;RO=1;SAF=1,12;SAR=4,24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.277405,-0.0374036;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00637964;OID=.,.;OPOS=108536427,108536427;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,36:43:0,43:43:0:0,14:0,29:0:0:8:1:1,12:4,24:1:0 chr9 109689859 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.611;QD=60.2039;RBI=0.0410278;REFB=0;REVB=0.0408365;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57166e-05;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr9 109691676 . A G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.768;QD=59.7967;RBI=0.0785491;REFB=-0.081043;REVB=0.0734706;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00225538;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:0:1:19:24:0:1 chr9 110084328 . C T 283.3 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0274307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.349;QD=15.1095;RBI=0.0276377;REFB=-0.0119828;REVB=-0.00337625;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19973;STB=0.612833;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0170752;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:13:19:17:26:13:19:17:26 chr9 110249505 . C T 662.47 PASS AF=0.9;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.073054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.884;QD=52.9975;RBI=0.101005;REFB=-0.103656;REVB=0.0697505;RO=5;SAF=26;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012797;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:49:50:5:5:44:45:0.9:18:26:3:2:18:27:3:2 chr9 110425506 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.553;QD=47.8224;RBI=0.0277984;REFB=0;REVB=0.00867039;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122245;OID=.;OPOS=110425506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr9 111617650 . G A 290.61 PASS AF=0.5;AO=29;DP=61;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0235908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6652;QD=18.1631;RBI=0.0898777;REFB=-0.0270922;REVB=0.0867264;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106531;STB=0.531231;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0211835;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:32:32:29:32:0.5:13:16:14:18:16:16:14:18 chr9 111618163 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.012458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.157;QD=11.0865;RBI=0.0214158;REFB=-0.0142941;REVB=-0.0174194;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12719;STB=0.575112;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.020269;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:18:7:5:8:18:7 chr9 111618309 . T C 316.35 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0782549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3366;QD=25.8244;RBI=0.0783943;REFB=-0.0275042;REVB=0.00467305;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378587;STB=0.520943;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0211424;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:12:16:13:8:12:16:13:8 chr9 111618602 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1301;QD=61.3343;RBI=0.0528934;REFB=0;REVB=0.0161745;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495063;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr9 111618796 . C T 333.45 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00324054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.266;QD=19.0541;RBI=0.00374748;REFB=-0.0209358;REVB=0.00188216;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951489;STB=0.575452;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0202485;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:35:34:35:0.5:12:22:18:15:12:23:18:17 chr9 111618926 . A G 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000815072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.624;QD=18.1744;RBI=0.0144329;REFB=-0.0227011;REVB=-0.0144098;RO=31;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238644;STB=0.626781;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0244481;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:32:31:31:0.492063:21:10:18:13:21:10:18:14 chr9 111625913 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.378;QD=58.7816;RBI=0.0134222;REFB=0;REVB=0.0132544;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69826e-05;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr9 111653574 . C G 598.93 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0210188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0408;QD=21.3903;RBI=0.0219833;REFB=-0.00695222;REVB=0.00644017;RO=52;SAF=32;SAR=28;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011964;STB=0.506569;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00726651;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:28:32:27:25:28:32:27:25 chr9 111727670 . C G 173.17 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0343164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3152;QD=19.2414;RBI=0.0376507;REFB=-0.0179887;REVB=0.0154906;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237188;STB=0.527747;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00865195;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:17:18:0.5:9:8:8:10:9:9:8:10 chr9 111754288 . T C 1002.21 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155336;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.887;QD=58.099;RBI=0.0216355;REFB=-0.106783;REVB=0.0150599;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455307;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:1:0:68:69:1:35:33:1:0:35:34:0:0 chr9 111755008 . C T 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0367451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.218;QD=24.5159;RBI=0.0400826;REFB=-0.0217064;REVB=-0.0160129;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331718;STB=0.518445;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0137005;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:9:13:17:10:9:13 chr9 111781779 . T C 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000527843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.799;QD=21.1963;RBI=0.0313023;REFB=-0.00128608;REVB=0.0312978;RO=32;SAF=24;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602593;STB=0.542034;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000918138;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:14:24:18:14:14:24:18:15 chr9 111782670 . G A 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.15432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3714;QD=12.7305;RBI=0.168074;REFB=0.00783856;REVB=0.0665911;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542617;STB=0.830316;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0150219;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:1:8:5:7:1:8:5:7 chr9 111868885 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00145584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.48;QD=21.5459;RBI=0.00672425;REFB=-0.0162993;REVB=-0.00656476;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147608;STB=0.583217;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0137576;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:7:3:7:7:7:3 chr9 111945049 . T G 314.69 PASS AF=0.426829;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0536147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2949;QD=15.3508;RBI=0.0625598;REFB=-0.010892;REVB=0.0322366;RO=47;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564792;STB=0.544149;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.016586;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:47:33:35:0.426829:22:11:18:29:24:11:18:29 chr9 112069477 . T A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.851;QD=56.1896;RBI=0.0619094;REFB=0;REVB=0.00795804;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446476;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 112087048 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.762;QD=55.6554;RBI=0.0462864;REFB=0;REVB=0.00123519;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289236;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:16:8:0:0:16:11:0:0 chr9 112219474 . C G 137.84 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00641558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.538;QD=13.4476;RBI=0.0412142;REFB=-0.0129889;REVB=0.0407118;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115578;STB=0.54853;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0182914;OID=.;OPOS=112219474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:15:16:0.390244:7:8:16:9:7:9:16:9 chr9 112225600 . C T 340.29 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0135212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.263;QD=16.3998;RBI=0.0442906;REFB=0.00661406;REVB=-0.0421763;RO=46;SAF=12;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399457;STB=0.528025;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0102447;OID=.;OPOS=112225600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:36:37:0.445783:24:12:17:29:25:12:17:29 chr9 112629397 . G A 109.28 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0169384;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.699;QD=12.8568;RBI=0.0216092;REFB=-0.00687728;REVB=-0.0134182;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279998;STB=0.695852;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00574048;OID=.;OPOS=112629397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:21:13:13:0.382353:11:2:6:11:11:2:8:13 chr9 112629858 . A G 619.98 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.934;QD=59.0458;RBI=0.046679;REFB=-0.1672;REVB=0.0443439;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000889935;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:42:0:1:41:41:0.97619:23:18:0:0:23:18:1:0 chr9 112899361 . A C 609.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.654;QD=59.4376;RBI=0.0184379;REFB=0;REVB=0.0184085;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69144e-05;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr9 112900199 . T C 223.47 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.013163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6236;QD=19.4322;RBI=0.0905594;REFB=-0.00308996;REVB=-0.0895977;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100802;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00179287;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:24:22:22:0.478261:9:13:10:11:9:13:10:14 chr9 112900341 . G GGAAGCT,T 43.67 PASS AF=0.26087,0.0434783;AO=5,2;DP=24;FAO=6,1;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5,0;FSAR=1,1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000909247,-0.0348326;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=235.83,195.941;QD=7.59447;RBI=0.00791975,0.0515269;REFB=-0.0021015,-0.00361492;REVB=0.00786739,0.03797;RO=16;SAF=4,1;SAR=1,1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.420479,0.062606;STB=0.805374,0.988464;STBP=0.105,0.472;TYPE=ins,snp;VARB=0.0227819,0.00580286;OID=.,.;OPOS=112900342,112900341;OREF=-,G;OALT=GAAGCT,T;OMAPALT=GGAAGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:23:16:16:5,2:6,1:0.26087,0.0434783:1,1:4,1:7:9:1,1:5,0:7:9 chr9 112900785 . A G 75.0 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0244603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8428;QD=11.1112;RBI=0.0374603;REFB=-0.0285611;REVB=0.028372;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.531188;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0517465;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:9:10:0.37037:4:5:11:6:4:6:11:6 chr9 112931646 . G A 675.69 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00934738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2131;QD=58.7555;RBI=0.0412016;REFB=-0.135497;REVB=0.0401273;RO=1;SAF=38;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850201;STB=0.545433;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0127302;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:46:1:1:43:45:0.978261:5:38:0:1:5:40:0:1 chr9 112932329 . G A 1098.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.366;QD=60.2079;RBI=0.0303244;REFB=0;REVB=0.0136352;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89414e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:44:28:0:0:44:29:0:0 chr9 112960852 . C T 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00389944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.27;QD=21.2776;RBI=0.00698891;REFB=-0.0110962;REVB=0.00579993;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140347;STB=0.513487;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0107246;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:23:16:13:20:23:16:13:21 chr9 112960858 . T C 1043.78 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7315;QD=59.6447;RBI=0.0271732;REFB=0;REVB=-0.0204684;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25422e-05;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr9 112960869 . A G 993.78 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155389;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.365;QD=59.33;RBI=0.0316014;REFB=0;REVB=-0.0275172;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95653e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr9 112963504 . A G 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00631151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.955;QD=59.172;RBI=0.0133476;REFB=0.0259482;REVB=0.0117611;RO=1;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010633;STB=0.505616;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=2.50771e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:44:31:0:1:44:32:0:1 chr9 112963699 . C T 114.03 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0864325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7295;QD=18.2445;RBI=0.0990402;REFB=0.0307029;REVB=0.0483569;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177943;STB=0.611504;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0233143;OID=.;OPOS=112963699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:10:3:1:10:10:3:1:11 chr9 112963702 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0551907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.144;QD=16.1191;RBI=0.0599771;REFB=0.0103871;REVB=0.0234785;RO=13;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295575;STB=0.676556;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.011534;OID=.;OPOS=112963702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:11:1:3:10:11:1:3:10 chr9 113006420 . A G 943.3 PASS AF=1;AO=36;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123768;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4565;QD=55.4881;RBI=0.0916681;REFB=-0.0720369;REVB=0.0908287;RO=1;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242841;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:68:1:0:36:68:1:6:30:0:1:16:52:0:0 chr9 113006421 . T G 291.84 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0201968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.203;QD=16.918;RBI=0.0476104;REFB=-0.0947911;REVB=0.0431142;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155468;STB=0.581609;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00626988;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:36:37:31:32:0.463768:9:22:30:6:10:22:30:7 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 144.96 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00721474;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=8;MLLD=347.301;QD=10.1724;RBI=0.0129601;REFB=-0.00842679;REVB=-0.0107662;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136152;STB=0.572441;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.0160238;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:19:58:19:57:38:7:12:18:20:99:37:7:12:18:19 chr9 113166697 . T A 1362.35 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299336;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.599;QD=62.6369;RBI=0.0178792;REFB=0;REVB=0.0176268;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123654;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr9 113169630 . TG CA 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02606;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.251;QD=60.2307;RBI=0.0326595;REFB=0;REVB=0.0196855;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000306067;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr9 113192220 . A C 130.96 PASS AF=0.313725;AO=17;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00156514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2042;QD=10.2715;RBI=0.0476611;REFB=-0.00319251;REVB=0.0476354;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401004;STB=0.772941;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00552012;OID=.;OPOS=113192220;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:35:17:16:0.313725:11:6:24:9:11:5:26:9 chr9 113208250 . T G 729.45 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.548;QD=57.2116;RBI=0.0557944;REFB=0;REVB=-0.0125745;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00257e-05;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:32:19:0:0 chr9 113261483 . C T 536.17 PASS AF=0.518868;AO=56;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00573867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.897;QD=20.2327;RBI=0.073661;REFB=-0.0134119;REVB=-0.0734372;RO=49;SAF=17;SAR=39;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118609;STB=0.555364;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0157987;OID=.;OPOS=113261483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:51:56:55:0.518868:39:17:21:28:38:17:21:30 chr9 113457799 . A G 394.41 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00870058;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.519;QD=19.2396;RBI=0.0211364;REFB=-0.0231486;REVB=-0.0192626;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240171;STB=0.598619;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0259374;OID=.;OPOS=113457799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:38:42:39:40:0.487805:23:16:26:12:23:17:26:16 chr9 113459655 . C T 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0126938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.562;QD=18.335;RBI=0.0181435;REFB=0.00353124;REVB=-0.0129634;RO=36;SAF=13;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194618;STB=0.602195;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00424786;OID=.;OPOS=113459655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:35:35:0.486111:22:13:21:15:22:13:21:16 chr9 113538122 . G A 302.81 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00597045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.131;QD=17.0595;RBI=0.0168347;REFB=-0.0213962;REVB=0.0157405;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610788;STB=0.534226;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0232777;OID=.;OPOS=113538122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:16:17:22:16:16:17:22:16 chr9 113636353 . T A,G 570.25 PASS AF=0.05,0.925;AO=2,37;DP=40;FAO=2,37;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,15;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00655614,0.0246103;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=154.897,248.752;QD=57.0251;RBI=0.0102901,0.0257521;REFB=-0.0678287,-0.0701669;REVB=0.0079311,0.00758329;RO=1;SAF=0,15;SAR=2,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0208135;STB=0.5,0.511105;STBP=1,0.506;TYPE=snp,snp;VARB=0.0847615,0.000139525;OID=.,.;OPOS=113636353,113636353;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:1:1:2,37:2,37:0.05,0.925:2,22:0,15:0:1:2,22:0,15:0:1 chr9 113636379 . C T 180.41 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0429979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4788;QD=16.0363;RBI=0.0456093;REFB=-0.0156083;REVB=0.0152115;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413986;STB=0.523784;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.023274;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:12:14:11:8:12:14 chr9 113636486 . G C 189.33 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0310039;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4556;QD=19.9293;RBI=0.0314728;REFB=-0.013225;REVB=-0.00541225;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018818;STB=0.52783;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.014135;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:12:7:7:11:12:7:8:11 chr9 113637854 . G A 194.29 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0159383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1992;QD=24.2865;RBI=0.0349294;REFB=-0.0590053;REVB=0.0310811;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146285;STB=0.581234;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0477427;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:3:10:11:8:3:10 chr9 114089882 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.000721832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.325;QD=21.5107;RBI=0.0254232;REFB=-0.0206744;REVB=-0.0254129;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276426;STB=0.664964;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0182193;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:8:13:5:13:8:13:5:14 chr9 114090279 . A G 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0138048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8038;QD=17.4004;RBI=0.0291065;REFB=-0.0327002;REVB=-0.0256245;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0268057;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:8:5:5:8:8:5 chr9 114125854 . T A 59.35 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00202291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.695;QD=15.8266;RBI=0.0307038;REFB=-0.0352304;REVB=-0.0306371;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246937;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0426525;OID=.;OPOS=114125854;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:4:4:5:1:4:4:5:2 chr9 114174415 . T C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0300366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.584;QD=24.3832;RBI=0.0521171;REFB=-0.0208561;REVB=0.042591;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114214;STB=0.506347;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0150509;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:17:9:7:14:17:9:7:14 chr9 114184259 . G C 168.4 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0648477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1061;QD=10.3633;RBI=0.10586;REFB=-0.0102744;REVB=-0.083673;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161237;STB=0.509425;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0157655;OID=.;OPOS=114184259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:9:13:26:17:9:13:26:17 chr9 114190337 . G A 266.9 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0137902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4068;QD=11.3575;RBI=0.0178753;REFB=0.00258651;REVB=-0.0113735;RO=62;SAF=13;SAR=19;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318763;STB=0.68282;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00399613;OID=.;OPOS=114190337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:62:32:32:0.340426:19:13:43:19:19:13:43:19 chr9 114195587 . G A 321.79 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0222493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.832;QD=23.8365;RBI=0.0225493;REFB=-0.0193006;REVB=0.00366558;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214149;STB=0.511785;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.011256;OID=.;OPOS=114195587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:9:13:18:14:9:13 chr9 114326505 . T G 488.05 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0551241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.969;QD=16.8294;RBI=0.0580915;REFB=-0.0104773;REVB=0.018329;RO=63;SAF=30;SAR=23;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223863;STB=0.624354;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00983689;OID=.;OPOS=114326505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:23:30:21:42:23:30:21:42 chr9 114345775 . C T 72.96 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0368046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0268;QD=3.9977;RBI=0.0377349;REFB=-0.00169437;REVB=0.0083273;RO=59;SAF=10;SAR=3;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248774;STB=0.661495;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0136904;OID=.;OPOS=114345775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:59:60:13:13:0.178082:3:10:35:24:3:10:36:24 chr9 114359624 . C A 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00730722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.053;QD=20.7504;RBI=0.0129837;REFB=-0.00096253;REVB=-0.0107323;RO=38;SAF=29;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150392;STB=0.58358;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000830847;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:12:29:21:17:12:29:21:17 chr9 114366094 . G C 295.76 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00742929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.737;QD=20.3973;RBI=0.00813556;REFB=-0.010122;REVB=0.00331558;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441809;STB=0.53123;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0121744;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:30:31:0.534483:16:14:14:13:17:14:14:13 chr9 114371322 . T A 230.64 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0420228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.294;QD=14.4151;RBI=0.114205;REFB=-0.00719431;REVB=0.106192;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14884;STB=0.584752;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0128527;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:18:19:10:17:18:19 chr9 114371493 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=-0.106072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.728;QD=11.6665;RBI=0.106334;REFB=0.00258662;REVB=-0.0074544;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395148;STB=0.723457;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0153589;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:2:24:9:5:2:24 chr9 114411945 . G T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0124728;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.306;QD=13.0911;RBI=0.0132236;REFB=0.00219303;REVB=0.00439231;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016668;STB=0.509789;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00282588;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:12:8:5:8:12:8 chr9 114454544 . T C 917.93 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.029565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4208;QD=52.453;RBI=0.032575;REFB=-0.0727106;REVB=0.0136763;RO=3;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175199;STB=0.502617;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00356017;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:3:4:66:66:0.942857:30:36:1:2:30:36:2:2 chr9 114454580 . A G 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.807;QD=59.4954;RBI=0.010953;REFB=0;REVB=0.0108903;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78802e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr9 114456644 . TAAAAA TAAAA,TAAAAT 75.06 PASS AF=0.424242,0.0606061;AO=14,2;DP=35;FAO=14,2;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8,2;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0102656,-0.0238381;FXX=0.0571265;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.8199,223.467;QD=9.09761;RBI=0.175422,0.0238697;REFB=-0.0645305,-0.00951152;REVB=0.175121,-0.00122707;RO=15;SAF=8,2;SAR=6,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0946828,0.554201;STB=0.555476,0.994775;STBP=0.567,0.162;TYPE=del,snp;VARB=0.0662247,0.0796777;OID=.,.;OPOS=114456645,114456649;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242,0.0606061:14,2:35:14,2:33:17:8,2:6,0:8:9:62:15:8,2:6,0:7:8 chr9 114462322 . A G 867.34 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0665842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.915;QD=55.9574;RBI=0.0704688;REFB=-0.136751;REVB=0.0230736;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.511624;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000750438;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:59:61:0.983871:40:19:1:0:40:21:1:0 chr9 114464487 . T C 939.11 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00912994;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1711;QD=54.4412;RBI=0.100403;REFB=-0.176553;REVB=0.0999872;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.505318;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00427983;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:68:69:1:3:65:66:0.956522:30:35:1:0:30:36:2:1 chr9 114470127 . A G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0162664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2476;QD=13.784;RBI=0.0672903;REFB=-0.00472017;REVB=0.0652946;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625972;STB=0.556389;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0189989;OID=.;OPOS=114470127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:14:9:14:17:14:9:16:17 chr9 114490308 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.966;QD=62.3504;RBI=0.0219819;REFB=0;REVB=0.0188095;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64705e-05;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr9 114980967 . T C 113.14 PASS AF=0.318182;AO=10;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0365977;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=39.3274;QD=10.2857;RBI=0.0513861;REFB=-0.0106095;REVB=-0.0360713;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405414;STB=0.663231;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0230489;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:30:10:14:0.318182:7:3:16:8:9:5:18:12 chr9 114982463 . T C 145.38 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.06453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.625;QD=13.8457;RBI=0.0651872;REFB=-0.0167982;REVB=-0.00923315;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43233;STB=0.698713;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00799141;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:15:17:0.404762:10:5:19:6:10:7:19:6 chr9 114982549 . C T 155.39 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00597614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.468;QD=15.1602;RBI=0.0248876;REFB=-0.0172799;REVB=-0.0241595;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300915;STB=0.674346;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0386895;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:14:10:12:5:14:10 chr9 115034899 . A T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0246396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.31;QD=12.0244;RBI=0.025761;REFB=-0.0136506;REVB=0.00751781;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185289;STB=0.610913;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.021649;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:12:8:3:9:12:8 chr9 115095743 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.198;QD=59.8394;RBI=0.0168243;REFB=0;REVB=0.0148722;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56655e-05;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 115567184 . T C 876.1 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0539466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.124;QD=54.7561;RBI=0.0592622;REFB=-0.111088;REVB=0.0245311;RO=2;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287932;STB=0.501525;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00497443;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:28:34:1:1:28:34:1:1 chr9 115580008 . G C 283.16 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0143534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.081;QD=17.4253;RBI=0.0213656;REFB=2.19801e-05;REVB=-0.0158263;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845063;STB=0.554421;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.000136903;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:16:15:19:14:16:15:20:14 chr9 115600848 . T C 1064.07 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00705903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.663;QD=58.3053;RBI=0.00711713;REFB=-0.0808768;REVB=0.000907541;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00232471;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:0:1:72:72:0.986301:43:29:0:0:43:29:0:1 chr9 115617061 . T C 303.49 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0248245;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.522;QD=18.119;RBI=0.0253068;REFB=-0.0213277;REVB=-0.00491712;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150822;STB=0.582161;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0210024;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:34:32:33:0.492537:18:14:21:14:18:15:21:13 chr9 115632969 . A G 1549.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.502;QD=63.8849;RBI=0.0448316;REFB=0;REVB=0.0163571;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111401;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:64:33:0:0:64:33:0:0 chr9 115635641 . C G 375.88 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00896089;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.408;QD=13.7936;RBI=0.0117801;REFB=0.00280288;REVB=-0.00764673;RO=63;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722985;STB=0.540883;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00400255;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:65:44:44:0.40367:20:24:30:33:20:24:31:34 chr9 115637018 . G A 119.46 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0848977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9824;QD=13.6529;RBI=0.0903202;REFB=-0.0209458;REVB=0.0308239;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775117;STB=0.545388;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0360043;OID=.;OPOS=115637018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:9:12:9:5:9:12 chr9 115637215 . T C 331.87 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0436609;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3663;QD=21.4109;RBI=0.0566219;REFB=0.0115375;REVB=0.0360522;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198735;STB=0.617578;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00978438;OID=.;OPOS=115637215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:28:34:34:0.548387:13:21:11:18:13:21:10:18 chr9 115652836 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0103767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.617;QD=13.037;RBI=0.0160528;REFB=-0.0105876;REVB=0.0122481;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123489;STB=0.572317;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0174193;OID=.;OPOS=115652836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:16:16:7:11:16:16 chr9 115652881 . G T 109.57 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0109124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4534;QD=24.3487;RBI=0.0114279;REFB=-0.0432366;REVB=-0.00339354;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405126;STB=0.760384;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0432643;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:5:6:12:12:0.666667:10:2:4:1:10:2:5:1 chr9 115759519 . G A 322.29 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00372176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5405;QD=16.5275;RBI=0.00854613;REFB=-0.0232703;REVB=0.00769317;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189213;STB=0.599943;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0204886;OID=.;OPOS=115759519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:21:14:25:17:21:14:25:18 chr9 115818949 . A T 203.07 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0359527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.654;QD=21.953;RBI=0.0548225;REFB=-0.0135456;REVB=-0.0413874;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279142;STB=0.662037;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0182546;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:7:12:5:12:7:13:5:12 chr9 115925104 . C T 740.12 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00200236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.155;QD=22.5989;RBI=0.0381639;REFB=-0.00618578;REVB=-0.0381113;RO=58;SAF=45;SAR=26;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855993;STB=0.548271;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00583017;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:60:71:71:0.541985:26:45:31:27:26:45:32:28 chr9 115926197 . TG T 968.07 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.026;QD=48.4034;RBI=0.1627;REFB=0;REVB=-0.159924;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00289517;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:80:80:80:0:44:36:0:0:17:0:44:35:0:0 chr9 115926263 . C G 398.89 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0373309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.297;QD=18.3395;RBI=0.0426805;REFB=-0.0237917;REVB=-0.020689;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427093;STB=0.529397;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0249259;OID=.;OPOS=115926263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:21:20:24:21:21:20:25:21 chr9 115928275 . T C 1191.42 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.459;QD=59.5708;RBI=0.0364759;REFB=0.0975515;REVB=0.0328029;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108815;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000537303;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:43:35:0:1:43:36:0:1 chr9 115931692 . A G 333.91 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00856169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8035;QD=14.2088;RBI=0.0670526;REFB=-0.00710991;REVB=-0.0665037;RO=57;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137179;STB=0.57794;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00863034;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:16:21:25:32:16:21:25:32 chr9 115931703 . G A 615.78 PASS AF=0.591398;AO=54;DP=92;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0270515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.963;QD=26.4853;RBI=0.0331178;REFB=-0.0150978;REVB=0.0191052;RO=37;SAF=25;SAR=29;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778676;STB=0.532618;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00884542;OID=.;OPOS=115931703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:37:38:54:55:0.591398:29:25:21:16:29:26:21:17 chr9 115948550 . A G 228.38 PASS AF=0.578947;AO=19;DP=35;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0284731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.807;QD=24.0402;RBI=0.0350708;REFB=-0.0613054;REVB=-0.0204755;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167198;STB=0.566417;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0359619;OID=.;OPOS=115948550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:16:16:19:22:0.578947:7:12:13:3:7:15:13:3 chr9 115950706 . A C 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00261554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.732;QD=21.293;RBI=0.0165933;REFB=-0.0286232;REVB=-0.0163858;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0305719;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:12:13:13:12:12:13 chr9 115968797 . C T 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000663049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.45;QD=16.2726;RBI=0.00816316;REFB=-0.00187686;REVB=-0.00813619;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129929;STB=0.573157;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00227932;OID=.;OPOS=115968797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:13:19:18:21:13:19:18:21 chr9 115985499 . G C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00291954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.498;QD=25.4983;RBI=0.00305835;REFB=-0.00190674;REVB=-0.000910906;RO=16;SAF=19;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40292;STB=0.726553;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00108278;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:4:19:6:10:4:19:6:10 chr9 116028559 . C A 60.66 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0355595;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.564;QD=15.1646;RBI=0.0362715;REFB=-0.00789763;REVB=0.00715119;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00896081;OID=.;OPOS=116028559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:9:8:0.5:5:4:3:5:4:4:3:5 chr9 116044998 . A G 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.035197;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.16;QD=26.5702;RBI=0.0370343;REFB=-0.029397;REVB=-0.0115198;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680141;STB=0.53839;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0115022;OID=.;OPOS=116044998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:2:2:7:4:2:2 chr9 116059567 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0613656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.972;QD=10.2403;RBI=0.071753;REFB=-0.0225671;REVB=0.0371853;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0387744;OID=.;OPOS=116059567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:11:8:5:5:11:8 chr9 116060124 . T C 232.21 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00208943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.848;QD=23.8164;RBI=0.0169032;REFB=-0.0196273;REVB=0.0167736;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133867;STB=0.57481;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0223332;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:9:8:14:8:9:8 chr9 116060221 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0252082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2067;QD=21.6125;RBI=0.042138;REFB=-0.013731;REVB=0.0337661;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179402;STB=0.60109;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0152099;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:11:12:17:7:11:12 chr9 116060487 . T C 168.24 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0958686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.374;QD=19.2272;RBI=0.0982848;REFB=-0.0319099;REVB=-0.0216589;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139639;STB=0.521715;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0357659;OID=.;OPOS=116060487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:13:17:17:18:0.514286:12:5:2:11:12:6:5:12 chr9 116061628 . T C 158.12 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.029033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5601;QD=17.0937;RBI=0.102159;REFB=-0.0651154;REVB=0.0979466;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189159;STB=0.609236;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0797638;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:8:12:13:4:8:12 chr9 116078520 . T C 307.51 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0179126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8945;QD=21.2077;RBI=0.0187088;REFB=-0.00522146;REVB=0.00539989;RO=25;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207927;STB=0.608225;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00409041;OID=.;OPOS=116078520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:10:22:11:14:10:22:12:14 chr9 116082647 . C G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0343734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.002;QD=14.6497;RBI=0.0421597;REFB=-0.0255245;REVB=-0.0244113;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0452515;OID=.;OPOS=116082647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:6:13:8:6:6:13 chr9 116122954 . A G 320.46 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0207376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.188;QD=27.273;RBI=0.0283221;REFB=-0.00805738;REVB=-0.0192897;RO=19;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127411;STB=0.507037;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00459472;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:21:7:5:14:21:7:5:14 chr9 116132334 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00462574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.355;QD=13.0887;RBI=0.0232971;REFB=-0.0155352;REVB=0.0228332;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345303;STB=0.703437;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0177217;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:12:15:4:12:12:15 chr9 116136198 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00974126;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.49;QD=23.2362;RBI=0.0109553;REFB=0.00030861;REVB=0.00501257;RO=13;SAF=16;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41001;STB=0.73531;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000162653;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:2:16:7:6:2:16:7:6 chr9 116153900 . A G 714.88 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808874;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.72;QD=57.1903;RBI=0.0811866;REFB=0;REVB=0.00696369;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236223;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr9 116356373 . G C 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.093;QD=57.3783;RBI=0.0509087;REFB=0;REVB=0.0271007;RO=0;SAF=14;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257961;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:43:14:0:0:43:14:0:0 chr9 116356516 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.981;QD=44.6898;RBI=0.0613297;REFB=0;REVB=-0.0380104;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144006;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr9 116356529 . C G 116.18 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.117;QD=42.2461;RBI=0.0559927;REFB=0;REVB=0.0489219;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307858;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr9 116764283 . C T 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.586;QD=58.5958;RBI=0.0238467;REFB=0;REVB=0.0212732;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61549e-05;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr9 116764897 . T TC 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00795948;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=149.576;QD=13.2068;RBI=0.0706875;REFB=-0.0289123;REVB=-0.0702379;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345446;STB=0.780223;STBP=0.098;TYPE=ins;VARB=0.04362;OID=.;OPOS=116764898;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:12:6:12:6:5:1:2:4:36:6:5:1:3:3 chr9 116770776 . C T 740.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.028;QD=63.058;RBI=0.0547666;REFB=0;REVB=0.00418877;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204799;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:11:32:0:0:12:35:0:0 chr9 116770785 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.912;QD=62.3509;RBI=0.0396052;REFB=0;REVB=0.0222181;RO=0;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131817;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:9:34:0:0:9:34:0:0 chr9 116813001 . T C 1098.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3403;QD=58.5876;RBI=0.047385;REFB=-0.0344451;REVB=-0.0203259;RO=1;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955829;STB=0.505049;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000254953;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:49:25:0:1:49:25:0:1 chr9 116958216 . C T 1068.87 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.403;QD=57.0066;RBI=0.0431111;REFB=-0.0839146;REVB=0.0234911;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151029;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:75:0:0:72:75:1:27:45:0:0:27:48:0:0 chr9 116967438 . A G 417.47 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00795017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.896;QD=17.2151;RBI=0.0100836;REFB=-0.0581103;REVB=-0.00620277;RO=54;SAF=29;SAR=14;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235345;STB=0.632246;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0428216;OID=.;OPOS=116967438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:14:29:24:30:14:29:24:30 chr9 116968512 . C T 451.45 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0166215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.374;QD=24.7372;RBI=0.104;REFB=-0.0546036;REVB=-0.102663;RO=30;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937399;STB=0.551348;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0287903;OID=.;OPOS=116968512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:19:24:13:17:19:24:13:17 chr9 116980052 . C T 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0808893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0753;QD=22.1873;RBI=0.0927307;REFB=0.00389015;REVB=0.045342;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104819;STB=0.558767;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000318853;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:10:8:12:9:10:8 chr9 117033022 . T C 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0106809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7577;QD=12.6189;RBI=0.0230761;REFB=-0.00841003;REVB=0.0204554;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298407;STB=0.525585;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0102103;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:11:13:19:18:11:13:19:19 chr9 117044751 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.556;QD=55.4101;RBI=0.0271099;REFB=-0.0763802;REVB=0.0198341;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125779;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000160188;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:37:20:0:1:37:20:0:1 chr9 117050998 . G A 879.29 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2652;QD=56.7283;RBI=0.142201;REFB=0;REVB=0.140187;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747006;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:37:25:0:0 chr9 117051586 . C G 883.4 PASS AF=1;AO=34;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2549;QD=56.0888;RBI=0.235091;REFB=0;REVB=0.219505;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199158;OID=.;OPOS=117051586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:34:63:1:7:27:0:0:24:39:0:0 chr9 117063997 . G A 78.02 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0791832;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.96;QD=4.80095;RBI=0.0802812;REFB=-0.00421195;REVB=-0.0132322;RO=51;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187411;STB=0.629793;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0240343;OID=.;OPOS=117063997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:65:65:51:52:13:13:0.2:4:9:28:23:4:9:28:24 chr9 117071744 . A G 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0335592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6772;QD=27.3135;RBI=0.0804472;REFB=-0.0635564;REVB=-0.0731131;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375201;STB=0.520813;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.020956;OID=.;OPOS=117071744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:15:6:4:8:15:6:4:8 chr9 117085526 . G A 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.32;QD=50.1326;RBI=0.0192264;REFB=0.0755659;REVB=-0.0149333;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00125169;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:1:0:10:14:1:0 chr9 117085635 . T C 420.88 PASS AF=1;AO=21;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433738;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.7561;QD=56.1177;RBI=0.0480969;REFB=0;REVB=0.0207851;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314407;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:21:30:1:15:6:0:0:15:15:0:0 chr9 117103973 . A G 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0424049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.01;QD=11.2665;RBI=0.0495795;REFB=-0.00144064;REVB=-0.0256896;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552514;STB=0.532226;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00614567;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:18:18:11:9:18:18 chr9 117122202 . C T 265.16 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0118219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.951;QD=17.977;RBI=0.0207338;REFB=-0.0136504;REVB=0.0170333;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129423;STB=0.507241;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0135554;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:12:17:18:12:12:17:18:12 chr9 117124731 . G A 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0156081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0303;QD=24.3819;RBI=0.0817753;REFB=0.0362688;REVB=0.0802719;RO=21;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059713;STB=0.533307;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0179856;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:20:6:6:15:20:6:6:15 chr9 117166246 . A G 312.38 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00182402;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.567;QD=19.5236;RBI=0.0118684;REFB=-0.00486106;REVB=-0.0117274;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598841;STB=0.528876;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0104344;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:31:31:31:33:0.515625:19:12:14:17:20:13:14:17 chr9 117166338 . G C 340.33 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0282221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.323;QD=48.6185;RBI=0.0377406;REFB=-0.105554;REVB=0.0250572;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281527;STB=0.508664;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00137335;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:16:10:0:1:16:10:1:1 chr9 117169033 . A G 288.89 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0141368;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.901;QD=16.0493;RBI=0.0252495;REFB=-0.0150884;REVB=-0.0209209;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308469;STB=0.51738;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0131453;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:15:17:20:20:15:17:20:20 chr9 117170310 . C T 100.1 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0300375;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6836;QD=13.3471;RBI=0.0320391;REFB=0.00513221;REVB=0.0111467;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00661445;OID=.;OPOS=117170310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:18:18:12:12:0.4:5:7:11:7:5:7:11:7 chr9 117186677 . A G 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0111225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.311;QD=20.44;RBI=0.0342661;REFB=-0.0195061;REVB=-0.0324107;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060113;STB=0.533313;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0178368;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:17:16:12:17:17:16:12:17 chr9 117188566 . C T 1693.46 PASS AF=0.983607;AO=111;DP=117;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00629827;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.847;QD=55.5234;RBI=0.0387491;REFB=0.0154013;REVB=0.0382338;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.508195;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000434552;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:117:122:0:2:111:120:0.983607:52:59:0:0:60:60:2:0 chr9 117266853 . T A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0622058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9789;QD=14.6534;RBI=0.0625938;REFB=-0.0238111;REVB=-0.00695905;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.739831;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.013176;OID=.;OPOS=117266853;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:2:3:1:5:2:3 chr9 117377843 . G C 145.43 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0382369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.634;QD=16.1588;RBI=0.0444037;REFB=-0.0300198;REVB=-0.0225749;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306714;STB=0.675465;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0393078;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:14:6:10:6:14:6 chr9 117428960 . T C 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0535543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.629;QD=15.6249;RBI=0.0540425;REFB=-0.0110581;REVB=-0.0072478;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174965;STB=0.588131;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0295133;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:7:10:9:13:7:10:10:13 chr9 117430524 . G A 265.1 PASS AF=0.336449;AO=32;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0228777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.71;QD=9.9103;RBI=0.0229805;REFB=-0.00387225;REVB=0.00217032;RO=60;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540654;STB=0.517675;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00471437;OID=.;OPOS=117430524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:70:32:36:0.336449:15:17:29:31:15:21:39:31 chr9 117430611 . A T 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0171869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.816;QD=10.4707;RBI=0.0557743;REFB=-0.0135008;REVB=-0.0530602;RO=52;SAF=18;SAR=8;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270653;STB=0.658412;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0206251;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:8:18:24:28:8:18:24:28 chr9 117433685 . C T 554.99 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00846971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7456;QD=18.4996;RBI=0.0875229;REFB=0.00827863;REVB=-0.0871121;RO=61;SAF=27;SAR=31;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160037;STB=0.592044;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0105824;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:31:27:39:22:31:27:40:22 chr9 117552885 . T C 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0142324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.163;QD=15.8509;RBI=0.026492;REFB=-0.0150665;REVB=-0.0223443;RO=56;SAF=22;SAR=22;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504948;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0167923;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:22:22:28:28:22:22:28:29 chr9 117553249 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7155;QD=47.8223;RBI=0.0714945;REFB=0;REVB=0.0711409;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277464;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr9 117792583 . C G 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000236815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7982;QD=18.7624;RBI=0.022621;REFB=-0.0025048;REVB=0.0226198;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758244;STB=0.54228;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00307054;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:15:23:21:19:15:23:21:19 chr9 117797597 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0151662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.784;QD=14.3349;RBI=0.0365895;REFB=-0.0121558;REVB=0.0332984;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012121;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0178804;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:15:11:7:10:15:11 chr9 117808785 . T A 730.57 PASS AF=0.503356;AO=72;DP=150;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=21;FWDB=0.000497083;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.056;QD=19.6127;RBI=0.015343;REFB=-0.00682493;REVB=0.0153349;RO=73;SAF=53;SAR=19;SRF=52;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275082;STB=0.502325;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00787991;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:73:74:72:75:0.503356:19:53:52:21:21:54:53:21 chr9 117846580 . T C 1194.95 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281298;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.14;QD=61.2794;RBI=0.00381524;REFB=0;REVB=-0.00257744;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73757e-05;OID=.;OPOS=117846580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:36:42:0:0 chr9 117848394 . T C 785.05 PASS AF=1;AO=44;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.031;QD=57.0943;RBI=0.0833926;REFB=0;REVB=0.0066669;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16802e-06;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:44:55:1:30:14:0:0:30:25:0:0 chr9 117849314 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.852;QD=62.667;RBI=0.0284154;REFB=0;REVB=0.00196493;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61792e-05;OID=.;OPOS=117849314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr9 117853022 . C T 1429.28 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0173885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8677;QD=57.7485;RBI=0.0175412;REFB=-0.0327932;REVB=-0.00230996;RO=2;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189577;STB=0.524267;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0116643;OID=.;OPOS=117853022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:2:5:94:94:0.949495:49:45:0:2:49:45:0:5 chr9 118163563 . C T 381.73 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0429361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4115;QD=17.1563;RBI=0.0440283;REFB=-0.0222404;REVB=-0.00974579;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109827;STB=0.561613;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.025987;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:24:16:25:24:24:16:25:24 chr9 119106881 . C A 1346.33 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544912;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.943;QD=62.6202;RBI=0.0641899;REFB=0;REVB=0.0339271;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35438e-05;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr9 119158814 . T C 727.43 PASS AF=0.963636;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00876056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.695;QD=52.9039;RBI=0.0242818;REFB=0.0413535;REVB=0.0226463;RO=2;SAF=32;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285163;STB=0.515146;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000355561;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:55:2:2:50:53:0.963636:18:32:2:0:21:32:2:0 chr9 119160791 . T C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8067;QD=45.801;RBI=0.0331116;REFB=0;REVB=0.0148844;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000615141;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr9 119161253 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.039;QD=46.848;RBI=0.0435105;REFB=0;REVB=0.0200424;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980364;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr9 119162545 . C A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.999;QD=57.3938;RBI=0.0284668;REFB=-0.0716388;REVB=-0.0169252;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000568069;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr9 119163989 . A G 3220.16 PASS AF=1;AO=207;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089456;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4827;QD=61.6299;RBI=0.093522;REFB=0;REVB=0.0272764;RO=1;SAF=99;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478747;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433575;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:210:209:1:0:207:209:1:108:99:1:0:108:101:0:0 chr9 119199820 . C G 769.22 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9614;QD=56.9794;RBI=0.107929;REFB=0;REVB=-0.0357001;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814145;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr9 119462112 . C T 605.98 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316272;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.513;QD=59.1195;RBI=0.0326383;REFB=-0.0389018;REVB=-0.00806116;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000580977;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:1:0 chr9 119463189 . T C 751.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320479;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6405;QD=63.9524;RBI=0.0686254;REFB=0;REVB=0.0606826;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110222;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr9 119495697 . T C 1561.16 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000435069;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.638;QD=60.0448;RBI=0.0120144;REFB=0;REVB=0.0120065;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7718e-05;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:105:104:1:51:54:0:0:50:54:0:0 chr9 119770480 . C T 1445.52 PASS AF=0.959184;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.019872;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.342;QD=59.0006;RBI=0.0229203;REFB=-0.00312821;REVB=0.0114211;RO=3;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299155;STB=0.510202;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000119512;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:3:4:93:94:0.959184:46:47:0:3:47:47:1:3 chr9 120039299 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.819;QD=63.8873;RBI=0.00866526;REFB=0;REVB=0.0049319;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83876e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr9 120039324 . GCTGAT G 377.46 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00635159;FXX=0.0810738;HRUN=1;LEN=5;MLLD=249.859;QD=14.8023;RBI=0.00975038;REFB=-0.00228692;REVB=0.00739778;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180612;STB=0.515311;STBP=0.804;TYPE=del;VARB=0.00193675;OID=.;OPOS=120039325;OREF=CTGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421569:43:109:43:102:59:23:20:30:29:99:58:23:20:30:28 chr9 120053776 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.335;QD=59.1432;RBI=0.0223977;REFB=0;REVB=0.019882;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48811e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr9 120470358 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.843;QD=63.8718;RBI=0.0346449;REFB=0;REVB=0.0184388;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177195;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr9 121928928 . T G 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00325932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.521;QD=12.7782;RBI=0.0521728;REFB=-0.00295204;REVB=0.0520709;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302009;STB=0.677085;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00270334;OID=.;OPOS=121928928;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:4:10:4:6:4:10 chr9 122001000 . G A 355.39 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0140706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.958;QD=14.8079;RBI=0.0207881;REFB=-0.00317572;REVB=-0.0153024;RO=56;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272036;STB=0.501628;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00433413;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:57:38:39:0.40625:22:16:25:31:22:17:25:32 chr9 123117363 . G A 298.65 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0131714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.38;QD=23.8921;RBI=0.0346888;REFB=-0.04158;REVB=-0.0320909;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128829;STB=0.571811;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0313366;OID=.;OPOS=123117363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:10:17:11:12:10:17:11:12 chr9 123117437 . A C 380.26 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0147744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9869;QD=20.8361;RBI=0.023581;REFB=-0.0293039;REVB=0.0183788;RO=33;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933859;STB=0.548953;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0243983;OID=.;OPOS=123117437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:34:38:39:0.534247:20:18:12:21:20:19:13:21 chr9 123170732 . A AG 242.93 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210462;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.253;QD=44.1687;RBI=0.07916;REFB=0;REVB=0.076311;RO=25;SAF=2;SAR=1;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000465958;OID=.;OPOS=123170733;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:22:22:0:7:15:0:0:4:25:2:1:6:19 chr9 123170733 . C G 317.18 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0110143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.785;QD=45.3108;RBI=0.051437;REFB=-0.106799;REVB=0.0502439;RO=3;SAF=6;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108322;STB=0.558774;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00830358;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:19:6:2:1:19:6:2:1 chr9 123220829 . A G 727.41 PASS AF=0.632075;AO=67;DP=106;FAO=67;FDP=106;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0141428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.082;QD=27.4496;RBI=0.0144509;REFB=-0.0359275;REVB=0.00296776;RO=39;SAF=37;SAR=30;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258219;STB=0.513988;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0173853;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:39:39:67:67:0.632075:30:37:23:16:30:37:23:16 chr9 123291036 . C G 349.85 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00415206;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.496;QD=22.2124;RBI=0.0133781;REFB=-0.0330831;REVB=0.0127175;RO=26;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21928;STB=0.62106;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.012844;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:28:35:35:0.555556:13:22:9:17:13:22:10:18 chr9 123301346 . T G 154.8 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00932682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.499;QD=10.8628;RBI=0.0112087;REFB=-0.0188891;REVB=-0.00621652;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078171;STB=0.552188;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.045789;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:8:12:24:12:8:12:25:12 chr9 123342259 . C A 750.9 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260268;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.045;QD=63.9063;RBI=0.0419676;REFB=0;REVB=0.0329224;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201795;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr9 123342275 . A G 594.3 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.401;QD=60.9542;RBI=0.0341758;REFB=0;REVB=-0.025;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64323e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr9 123618971 . A G 162.13 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0286465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.424;QD=12.0099;RBI=0.0356376;REFB=-0.0161138;REVB=-0.0211995;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166328;STB=0.586312;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0236432;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:9:11:13:20:9:11:14:20 chr9 123671520 . G A 39.21 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0509997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8985;QD=11.204;RBI=0.0873673;REFB=0.00343964;REVB=0.0709372;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00914721;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr9 123769200 . C T 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00437168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.128;QD=17.0633;RBI=0.00580725;REFB=-0.00302471;REVB=-0.00382263;RO=30;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174676;STB=0.591372;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00572984;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:9:19:15:15:9:19:16:15 chr9 123780005 . G A 308.28 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00692734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1624;QD=13.4035;RBI=0.0305897;REFB=-0.0150831;REVB=-0.029795;RO=55;SAF=13;SAR=22;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207116;STB=0.618296;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0356895;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:57:35:35:0.380435:22:13:31:24:22:13:32:25 chr9 123850770 . G A 1064.16 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000474874;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.706;QD=59.9527;RBI=0.0129799;REFB=0;REVB=0.0129712;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218738;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:25:45:0:0:26:45:0:0 chr9 123860689 . C T 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0225084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.018;QD=8.92384;RBI=0.0695632;REFB=-0.00808384;REVB=-0.065821;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248062;STB=0.505956;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0202132;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:9:10:23:19:9:10:23:20 chr9 123917020 . T A 464.27 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00920397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.792;QD=18.3868;RBI=0.0125573;REFB=-0.0224358;REVB=-0.00854238;RO=53;SAF=26;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126793;STB=0.516477;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.024301;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:52:48:49:0.485149:22:26:28:25:22:27:27:25 chr9 123929770 . C T 316.24 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0161226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6206;QD=31.6239;RBI=0.0268271;REFB=0.0184551;REVB=-0.0214419;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792521;STB=0.543406;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0076234;OID=.;OPOS=123929770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:14:13:8:5:14:13:8:5 chr9 124043860 . CA C 247.24 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00405661;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.311;QD=19.3909;RBI=0.0113461;REFB=0.00808716;REVB=-0.0105961;RO=25;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127919;STB=0.571849;STBP=0.345;TYPE=del;VARB=-0.00672462;OID=.;OPOS=124043861;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:26:51:26:51:25:18:8:14:11:99:25:18:8:14:11 chr9 124045949 . GTTCA G,GTTCATTCATTCA 274.88 PASS AF=0.490566,0.150943;AO=17,14;DP=50;FAO=26,8;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=20,1;FSAR=6,7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0461817,-0.0959124;FXX=0.171848;HRUN=2,2;LEN=4,8;MLLD=89.1189,102.561;QD=20.7457;RBI=0.0476382,0.0971703;REFB=-0.0255295,-0.00766175;REVB=-0.0116895,-0.0155851;RO=3;SAF=12,7;SAR=5,7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0128205,-0.0530824;STB=0.600775,0.847547;STBP=0.17,0.036;TYPE=del,ins;VARB=0.0716103,0.0530058;OID=.,.;OPOS=124045950,124045950;OREF=TTCA,-;OALT=-,TTCATTCA;OMAPALT=G,GTTCATTCATTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566,0.150943:17,14:50:26,8:53:19:20,1:6,7:11:8:99:3:12,7:5,7:2:1 chr9 124046830 . CT CC,C 218.4 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,15;DP=17;FAO=3,15;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955164,-0.0181258;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.1475,31.2255;QD=48.5334;RBI=0.0486526,0.0987144;REFB=0,0;REVB=0.0477057,-0.097036;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0373966,-0.0112932;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:2,15:17:3,15:18:0:0,6:3,9:0:0:14:0:0,6:2,9:0:0 chr9 124047246 . A C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0350436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.135;QD=12.3961;RBI=0.0410254;REFB=-0.010197;REVB=-0.0213314;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00731879;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr9 124047774 . A G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00391402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2222;QD=22.5807;RBI=0.0229969;REFB=0.012876;REVB=0.0226613;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00593558;OID=.;OPOS=124047774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:3:4:6:6:3:4 chr9 124048461 . T C 358.11 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0478197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.601;QD=14.6168;RBI=0.0478197;REFB=-0.0122426;REVB=4.50135e-05;RO=57;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113187;STB=0.56407;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0140434;OID=.;OPOS=124048461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:59:39:39:0.397959:22:17:31:26:22:17:32:27 chr9 124065224 . G A 250.31 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00578034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.763;QD=18.5416;RBI=0.0460378;REFB=-0.0123299;REVB=0.0456735;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132205;STB=0.556286;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00874074;OID=.;OPOS=124065224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:27:27:27:0.5:11:16:11:14:11:16:13:14 chr9 124083614 . C T 333.6 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000712543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.308;QD=27.2328;RBI=0.00819048;REFB=0.0118777;REVB=0.00815943;RO=16;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210233;STB=0.576218;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0112189;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:20:28:29:0.591837:12:16:4:12:12:17:8:12 chr9 124093762 . T C 183.0 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.00129101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6969;QD=17.4286;RBI=0.0107557;REFB=-0.00136291;REVB=0.0106779;RO=20;SAF=17;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969548;STB=0.534553;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00184783;OID=.;OPOS=124093762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:23:19:19:0.452381:2:17:17:3:2:17:20:3 chr9 124094800 . T C 366.42 PASS AF=0.487179;AO=24;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0223719;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.699;QD=18.7907;RBI=0.0246769;REFB=-0.0355178;REVB=0.0104138;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342282;STB=0.537796;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0332672;OID=.;OPOS=124094800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:40:24:38:0.487179:16:8:24:12:16:22:26:14 chr9 124218133 . C T 227.25 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0116837;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.481;QD=18.1799;RBI=0.0131559;REFB=-0.00492791;REVB=-0.00604711;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275691;STB=0.656005;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00296085;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:24:24:0.48:17:7:15:11:17:7:15:11 chr9 124241369 . T G 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00568587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.048;QD=12.6188;RBI=0.0306549;REFB=-0.00895977;REVB=-0.030123;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873704;STB=0.54996;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0141407;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:28:10:8:16:28:10 chr9 124256817 . C T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0198988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.974;QD=19.6441;RBI=0.0645982;REFB=-0.0136007;REVB=0.0614571;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.014222;OID=.;OPOS=124256817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr9 124256975 . G T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00375515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.465;QD=19.0783;RBI=0.0147919;REFB=-0.0079609;REVB=-0.0143074;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119597;STB=0.506662;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00834296;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:13:18:19:13:13:18 chr9 124521260 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0785806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.18;QD=17.4005;RBI=0.0788043;REFB=-0.0205024;REVB=-0.00593338;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207446;STB=0.618013;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0107113;OID=.;OPOS=124521260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:10:3:6:7:10:3 chr9 124794020 . G T 238.26 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0286637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1879;QD=16.1531;RBI=0.0434285;REFB=-0.0106418;REVB=0.0326256;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201471;STB=0.613301;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0206999;OID=.;OPOS=124794020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:11:21:12:15:11:21 chr9 124855211 . C T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.03466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.764;QD=16.4536;RBI=0.0423109;REFB=-0.0422852;REVB=0.0242671;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0450542;OID=.;OPOS=124855211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:2:2:5:1:2:2 chr9 124914613 . C T 249.87 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0125668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.035;QD=16.6582;RBI=0.0158496;REFB=-0.00603701;REVB=-0.00965832;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09285;STB=0.552219;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00419969;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:14:18:13:15:14:18 chr9 124966449 . C T 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0024098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4369;QD=13.4521;RBI=0.0613051;REFB=-0.0103934;REVB=-0.0612577;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272488;STB=0.661345;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.011446;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:8:7:8:3:8:7 chr9 124975989 . GCCCCCGA GCCCCGA,GCCCCGAC,GCCCCGGA 61.87 PASS AF=0.65,0,0;AO=5,3,2;DP=22;FAO=13,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0790544,-0.0459727,-0.0931592;FXX=0.130378;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,1;MLLD=10.6422,49.6732,15.1573;QD=12.3741;RBI=0.234658,0.0473606,0.128645;REFB=-0.147223,-0.02184,-0.0640885;REVB=-0.220941,-0.0113816,-0.0887186;RO=6;SAF=3,3,2;SAR=2,0,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.231195,0.606014,0.524163;STB=0.545388,0.5,0.5;STBP=0.713,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.108792,0.116209,0;OID=.,.,.;OPOS=124975990,124975994,124975994;OREF=C,CGA,C;OALT=-,GAC,G;OMAPALT=GCCCCGA,GCCCCGAC,GCCCCGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65,0,0:5,3,2:22:13,0,0:20:7:10,0,0:3,0,0:6:1:36:6:3,3,2:2,0,0:5:1 chr9 125133479 . T C 700.58 PASS AF=0.981481;AO=48;DP=50;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.227;QD=51.8951;RBI=0.0423292;REFB=-0.110655;REVB=0.0260114;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00498235;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:54:1:1:48:53:0.981481:30:18:1:0:32:21:1:0 chr9 125239253 . T C 239.1 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.43;QD=50.3376;RBI=0.0103942;REFB=0;REVB=-0.000346667;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102977;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr9 125273574 . G A 1539.31 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3816;QD=58.6405;RBI=0.031011;REFB=0.121397;REVB=0.0246518;RO=1;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811183;STB=0.504273;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000600173;OID=.;OPOS=125273574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:58:46:0:1:58:46:0:1 chr9 125289083 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.305;QD=47.8216;RBI=0.0481999;REFB=0;REVB=-0.0399179;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212518;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr9 125289521 . G A,GA 173.19 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=13,2;DP=15;FAO=14,1;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027051,0.0184135;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=160.215,140.96;QD=46.1847;RBI=0.029176,0.0213349;REFB=0,0;REVB=-0.0109309,-0.010776;RO=0;SAF=6,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00105643,-0.019485;OID=.,.;OPOS=125289521,125289522;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:15:15:0:0:13,2:14,1:0.933333,0.0666667:7,1:6,1:0:0:8,0:6,1:0:0 chr9 125315542 . C T 591.63 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.168;QD=60.6801;RBI=0.034015;REFB=0;REVB=0.033872;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71011e-05;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:19:20:0:0 chr9 125315557 . T C 619.73 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0459;QD=59.0216;RBI=0.0863535;REFB=0;REVB=0.0674407;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661493;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:19:20:0:0:19:23:0:0 chr9 125315778 . G C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1645;QD=62.668;RBI=0.0703634;REFB=0;REVB=0.0421015;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121454;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr9 125316033 . T C 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.25;QD=58.1329;RBI=0.0585731;REFB=0;REVB=0.0478572;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028521;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr9 125316042 . T C 375.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000777685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.391;QD=55.5654;RBI=0.00616825;REFB=0;REVB=0.00611903;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79332e-05;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr9 125316179 . T G 724.11 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7358;QD=54.6498;RBI=0.0483516;REFB=-0.0537475;REVB=0.0288209;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00163495;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:36:16:1:0:36:16:1:0 chr9 125316350 . C T 1552.43 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018713;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.017;QD=63.3644;RBI=0.0240754;REFB=0;REVB=-0.0151475;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197776;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:42:54:0:0:42:56:0:0 chr9 125316455 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.134;QD=62.3497;RBI=0.0569375;REFB=0;REVB=-0.0166247;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417149;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr9 125330125 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8771;QD=51.9164;RBI=0.0294772;REFB=0;REVB=-0.0162163;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511127;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr9 125330184 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4248;QD=42.1823;RBI=0.054168;REFB=0;REVB=0.0237223;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134744;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr9 125330325 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.621;QD=49.5977;RBI=0.0551641;REFB=0;REVB=-0.0503423;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999144;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr9 125330678 . T G 1263.3 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.079;QD=60.1569;RBI=0.0346731;REFB=0.00934595;REVB=0.0132903;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000191903;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:38:45:0:0:37:46:0:1 chr9 125330739 . G A 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3708;QD=62.9067;RBI=0.0142533;REFB=0;REVB=-0.011227;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116093;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr9 125377087 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3499;QD=59.8347;RBI=0.0406442;REFB=0;REVB=0.0192027;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853808;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr9 125377223 . A C 217.14 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0160871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.891;QD=14.009;RBI=0.0177284;REFB=-0.0392305;REVB=0.0074498;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301953;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0534098;OID=.;OPOS=125377223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:36:25:26:0.419355:15:10:15:20:15:11:15:21 chr9 125377505 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.245;QD=50.4131;RBI=0.0458713;REFB=0;REVB=0.0396895;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47933e-05;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr9 125377734 . A G 65.31 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0344047;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.879;QD=9.67547;RBI=0.0379358;REFB=-0.00309364;REVB=-0.0159825;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363009;STB=0.682526;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0230924;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:27:16:18:9:9:0.333333:3:6:5:11:3:6:7:11 chr9 125378014 . T G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0141964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.44;QD=9.56962;RBI=0.0178898;REFB=-0.000447627;REVB=-0.0108861;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152616;STB=0.595475;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.000527183;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:3:12:7:1:3:12 chr9 125390874 . A C 744.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.637;QD=63.3668;RBI=0.0361464;REFB=0;REVB=0.000224196;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8409e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:27:18:0:0:27:20:0:0 chr9 125391026 . A C 802.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.272;QD=57.2865;RBI=0.0799626;REFB=0;REVB=0.0797073;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146231;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:16:38:0:0:17:39:0:0 chr9 125391127 . C T 143.46 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0115409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8664;QD=16.8775;RBI=0.0322102;REFB=-0.0150575;REVB=0.0300716;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.526283;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0636231;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:15:16:0.470588:7:8:11:7:7:9:11:7 chr9 125391241 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0511199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.074;QD=17.3782;RBI=0.0511907;REFB=-0.0053039;REVB=-0.00269224;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00294609;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:6:4:5:6:6:4 chr9 125391369 . A G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0141477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2792;QD=20.2093;RBI=0.0599579;REFB=-0.0440047;REVB=-0.0582648;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233879;STB=0.63359;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0161385;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:4:6:4:9:4:6 chr9 125391409 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.010521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.852;QD=22.831;RBI=0.012837;REFB=-0.0320002;REVB=0.00735509;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0238676;OID=.;OPOS=125391409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:5:5:7:8:5:5 chr9 125424507 . A C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0157227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1039;QD=14.3349;RBI=0.0244783;REFB=-0.00146176;REVB=0.0187611;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342268;STB=0.700347;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00209164;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:13:4:14:12:13:4:14:12 chr9 125486968 . G A 1623.14 PASS AF=0.973684;AO=107;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0443866;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.893;QD=56.9523;RBI=0.0473028;REFB=-0.0584707;REVB=0.0163519;RO=4;SAF=19;SAR=88;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842135;STB=0.508286;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000387318;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:4:3:107:111:0.973684:88:19:1:3:89:22:0:3 chr9 125512193 . C A 717.69 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1749;QD=62.4077;RBI=0.163889;REFB=0;REVB=0.0426864;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270167;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:23:16:0:0:25:21:0:0 chr9 125512575 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.071;QD=55.0977;RBI=0.01916;REFB=0;REVB=0.0127938;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165065;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 125512770 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8607;QD=53.273;RBI=0.0604932;REFB=0;REVB=0.0604932;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145165;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:23:0:0:0:23:0:0:0 chr9 125512788 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6428;QD=61.3275;RBI=0.0744916;REFB=0;REVB=0.0618943;RO=0;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116213;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:35:5:0:0:35:5:0:0 chr9 125512795 . G C 648.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.298;QD=61.7983;RBI=0.0627323;REFB=0;REVB=-0.0175723;RO=0;SAF=5;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52432e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169934;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:36:5:0:0:37:5:0:0 chr9 125512826 . G A 874.01 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233765;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6396;QD=56.388;RBI=0.029457;REFB=-0.0178479;REVB=0.0179235;RO=1;SAF=14;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325115;STB=0.517236;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000294164;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:46:14:1:0:47:14:1:0 chr9 125524836 . A G 489.83 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.38403e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.2766;QD=57.6271;RBI=0.00531497;REFB=0;REVB=0.00531431;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569417;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:24:10:0:0 chr9 125582173 . C T 194.92 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0218756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6198;QD=17.3261;RBI=0.0220235;REFB=-0.0159953;REVB=0.00254834;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984044;STB=0.505612;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0126848;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:14:11:9:11:14:11 chr9 125637471 . A T 397.24 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.335;QD=54.7914;RBI=0.0209005;REFB=0;REVB=-0.0203557;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354982;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:1:0:27:29:1:18:9:0:1:19:10:0:0 chr9 125637648 . T C 130.26 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.272;QD=43.4202;RBI=0.0413877;REFB=0;REVB=0.0303585;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297386;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr9 125652757 . G A 891.54 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.355;QD=57.5188;RBI=0.0168507;REFB=0;REVB=-0.00461016;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609708;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:59:62:1:30:29:0:0:32:30:0:0 chr9 125659716 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0264571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3283;QD=15.7816;RBI=0.0338063;REFB=-0.0182647;REVB=-0.021045;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120646;STB=0.568082;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0188253;OID=.;OPOS=125659716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:8:15:22:7:8:15:22:7 chr9 126028395 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.632;QD=63.5825;RBI=0.0330385;REFB=0;REVB=0.0277138;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154154;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr9 126118600 . C T 302.35 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00136329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.261;QD=14.5712;RBI=0.0541316;REFB=-0.0169153;REVB=0.0541144;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201442;STB=0.606681;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0420698;OID=.;OPOS=126118600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:18:16:32:16:18:16:32:17 chr9 126125318 . C A 1504.42 PASS AF=0.990476;AO=101;DP=103;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9168;QD=57.3112;RBI=0.0629052;REFB=-0.120334;REVB=0.0570748;RO=2;SAF=37;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529361;STB=0.506492;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00393635;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:105:2:1:101:104:0.990476:64:37:1:1:66:38:1:0 chr9 126128211 . T C 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0120353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.936;QD=21.9714;RBI=0.0170184;REFB=-0.0411047;REVB=-0.0120323;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152556;STB=0.585828;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.032111;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:8:9:7:13:8:9 chr9 126128253 . G C 123.94 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0337342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7194;QD=18.362;RBI=0.0338836;REFB=-0.0252805;REVB=0.00317839;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926398;STB=0.552995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0237234;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:7:6:5:9:7:6 chr9 126129904 . C T 1683.14 PASS AF=0.556738;AO=157;DP=282;FAO=157;FDP=282;FR=.;FRO=125;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=0.0225279;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4489;QD=23.8743;RBI=0.0415382;REFB=-0.0102091;REVB=-0.0348987;RO=125;SAF=76;SAR=81;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488488;STB=0.526541;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0104932;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:125:125:157:157:0.556738:81:76:68:57:81:76:68:57 chr9 126131161 . G A 104.6 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0066014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.727;QD=11.6216;RBI=0.00684072;REFB=-0.0213938;REVB=-0.00179357;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398785;STB=0.745392;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0398281;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:10:3:13:9:11:3:13:9 chr9 126133547 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.004;QD=52.6129;RBI=0.0975307;REFB=0;REVB=0.0472487;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110499;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 126134542 . G A 452.21 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0103242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.175;QD=22.059;RBI=0.0360866;REFB=-0.0313018;REVB=0.0345782;RO=35;SAF=16;SAR=28;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125924;STB=0.589936;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0345448;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:38:44:44:0.536585:28:16:18:17:28:16:21:17 chr9 126136247 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0451289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1614;QD=13.5802;RBI=0.106312;REFB=-0.00358341;REVB=-0.0962583;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12645;STB=0.573054;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00376231;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:21:7:6:11:21:7 chr9 126140055 . C T 537.21 PASS AF=0.477064;AO=50;DP=106;FAO=52;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.00506406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.761;QD=19.7141;RBI=0.0187901;REFB=-0.0312153;REVB=-0.0180948;RO=39;SAF=30;SAR=20;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250533;STB=0.64848;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0188831;OID=.;OPOS=126140055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:39:47:50:52:0.477064:20:30:11:28:21:31:13:34 chr9 126142990 . ATTTT ACTTT,ATTT,ATTTC 170.17 PASS AF=0.047619,0.452381,0.047619;AO=2,18,2;DP=43;FAO=2,19,2;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=0,15,2;FSAR=2,4,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0391255,-0.118676,-0.100362;FXX=0.0232504;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=77.8501,18.1738,24.0902;QD=16.2065;RBI=0.160251,0.230811,0.139453;REFB=0.00386242,-0.0556347,-0.00969281;REVB=-0.155401,-0.197964,-0.0968217;RO=18;SAF=0,15,2;SAR=2,3,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0.449456,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.499987,0.414132,0.545442;STB=0.993866,0.709539,0.99527;STBP=0.206,0.021,0.108;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00581506,-0.0189034,0.146505;OID=.,.,.;OPOS=126142991,126142991,126142994;OREF=T,T,T;OALT=C,-,C;OMAPALT=ACTTT,ATTT,ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.047619,0.452381,0.047619:2,18,2:43:2,19,2:42:19:0,15,2:2,4,0:8:11:99:18:0,15,2:2,3,0:8:10 chr9 126143429 . C CTCTT 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00261673;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=365.163;QD=12.2129;RBI=0.019267;REFB=-0.012047;REVB=0.0190885;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136893;STB=0.580663;STBP=0.505;TYPE=ins;VARB=0.0198951;OID=.;OPOS=126143430;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:13:35:13:35:22:6:7:13:9:99:22:6:7:13:9 chr9 126144746 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3401;QD=39.2064;RBI=0.156202;REFB=0;REVB=-0.0660692;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0136776;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr9 126144758 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.209;QD=37.4885;RBI=0.047523;REFB=0;REVB=0.0263613;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573673;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr9 126770249 . GC G,GG 3043.3 PASS AF=0.0990099,0.90099;AO=26,174;DP=200;FAO=20,182;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=17,78;FSAR=3,104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228294,0.0221278;FXX=0.00492587;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.583,286.398;QD=60.2634;RBI=0.0465568,0.043089;REFB=0,0;REVB=0.0405753,0.0369733;RO=0;SAF=20,74;SAR=6,100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.14057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0163997,0.00141193;OID=.,.;OPOS=126770250,126770250;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0990099,0.90099:26,174:200:20,182:202:0:17,78:3,104:0:0:37:0:20,74:6,100:0:0 chr9 126783433 . G C 1202.56 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.407;QD=60.8891;RBI=0.0210429;REFB=0;REVB=-0.00633034;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18417e-05;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:41:38:0:0 chr9 127101924 . C T 1408.7 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0208558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2664;QD=53.6647;RBI=0.0750584;REFB=0.0156879;REVB=-0.0721027;RO=4;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411889;STB=0.517318;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00154506;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:105:4:5:100:100:0.952381:44:56:0:4:44:56:1:4 chr9 127113660 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0211718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.095;QD=17.5646;RBI=0.0213621;REFB=-0.0121279;REVB=0.00284484;RO=35;SAF=10;SAR=22;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36924;STB=0.706295;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00849127;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:22:10:25:10:22:10:25:10 chr9 127113732 . C T 257.97 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00570236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.762;QD=18.4266;RBI=0.00944578;REFB=0.0023014;REVB=-0.00753033;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340232;STB=0.693818;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00460773;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:9:18:8:20:9:19:8:20 chr9 127220392 . G C 233.67 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0228873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4857;QD=24.5964;RBI=0.0526455;REFB=-0.0419552;REVB=0.0474101;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768372;STB=0.542676;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0195404;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:5:11:13:9:5:11 chr9 127220938 . G C 300.6 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00773394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2381;QD=21.4714;RBI=0.0269338;REFB=-0.00476521;REVB=0.0257995;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497033;STB=0.527532;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00387094;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:13:18:13:12:13:18:13:12 chr9 127228575 . AG A 31.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.23262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7723;QD=6.25255;RBI=0.232673;REFB=0.0491439;REVB=0.00493954;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.392405;SSSB=-0.20901;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=-0.0409184;OID=.;OPOS=127228576;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:20:8:20:12:3:5:8:4:31:10:3:5:6:4 chr9 127228596 . A G 136.42 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00266434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.446;QD=19.4886;RBI=0.0378478;REFB=0.00109412;REVB=-0.0377539;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436168;STB=0.749643;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00306054;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:9:4:12:3:9:4 chr9 127230891 . G A 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00351866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.516;QD=16.4502;RBI=0.0180515;REFB=-0.0152989;REVB=-0.0177052;RO=45;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165888;STB=0.593309;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0229685;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:22:14:25:20:22:14:25:20 chr9 127231774 . C G 50.41 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0139999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4681;QD=6.72075;RBI=0.0907155;REFB=-0.0252124;REVB=-0.0896288;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250934;STB=0.633024;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0650524;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:30:30:21:22:8:8:0.266667:4:4:15:6:4:4:15:7 chr9 127563364 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.828;QD=63.8714;RBI=0.0864983;REFB=0;REVB=0.0799824;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392162;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr9 127566378 . A C,G 598.0 PASS AF=0.075,0.925;AO=3,37;DP=40;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130987,-0.00334694;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.519,148.997;QD=59.8002;RBI=0.0179274,0.0901048;REFB=0,0;REVB=-0.0122399,-0.0900426;RO=0;SAF=3,23;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0692335,-0.0220098;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:40:40:0:0:3,37:3,37:0.075,0.925:0,14:3,23:0:0:0,14:3,23:0:0 chr9 127576804 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0385283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.206;QD=10.034;RBI=0.0419227;REFB=-0.022742;REVB=-0.0165252;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0133088;OID=.;OPOS=127576804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr9 127617963 . G A 163.62 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0122915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.921;QD=13.3563;RBI=0.0521744;REFB=-0.0245849;REVB=0.0507059;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957846;STB=0.555497;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0436201;OID=.;OPOS=127617963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:23:8:6:12:23:8 chr9 127618162 . G A 298.76 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00662778;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.205;QD=22.9814;RBI=0.0317482;REFB=-0.0300607;REVB=0.0310486;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084127;STB=0.538436;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.022537;OID=.;OPOS=127618162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:29:30:0.576923:15:14:13:9:15:15:13:9 chr9 127618776 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9955;QD=47.8173;RBI=0.0356405;REFB=0;REVB=0.0355285;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr9 127618791 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00632648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.486;QD=22.5856;RBI=0.0147456;REFB=-0.00935651;REVB=0.0133195;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00578077;OID=.;OPOS=127618791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:4:2:3:8:4:2 chr9 127618839 . C G 288.98 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00720996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5649;QD=46.2366;RBI=0.0224051;REFB=-0.0502949;REVB=-0.0212133;RO=2;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245642;STB=0.513296;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0316823;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:8:15:1:1:8:15:1:1 chr9 127618856 . T G 170.33 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0141066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.643;QD=25.2338;RBI=0.0177513;REFB=-0.0231755;REVB=-0.0107755;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685942;STB=0.526285;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0135115;OID=.;OPOS=127618856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:8:8:6:4:8:9:6:4 chr9 127619088 . T C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0271321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.872;QD=25.7315;RBI=0.0271355;REFB=-0.0133735;REVB=0.000426953;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391783;STB=0.521722;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00701931;OID=.;OPOS=127619088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:10:9:11:15:10:9 chr9 127639695 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0673825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8596;QD=11.8139;RBI=0.0810008;REFB=-0.0287397;REVB=-0.0449525;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459362;STB=0.777298;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0318272;OID=.;OPOS=127639695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:12:11:11:2:12:11 chr9 127674200 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.848;QD=58.6005;RBI=0.0177755;REFB=0;REVB=-0.00181897;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92003e-05;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr9 127915947 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00365129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.895;QD=13.2308;RBI=0.0178858;REFB=-0.0103123;REVB=-0.0175092;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251434;STB=0.646886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0238075;OID=.;OPOS=127915947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:17:12:11:6:17:12 chr9 127951863 . G A 103.36 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00992959;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0492;QD=17.2265;RBI=0.0943235;REFB=0.0464218;REVB=0.0937994;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488972;STB=0.742721;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0426651;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:24:12:12:13:12:0.5:1:12:7:5:1:11:8:4 chr9 127962916 . G A 579.51 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269123;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.368;QD=61.0013;RBI=0.0467841;REFB=0;REVB=0.0467066;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144553;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr9 127962972 . G A 205.09 PASS AF=0.442308;AO=19;DP=48;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0242593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.077;QD=15.7763;RBI=0.0250967;REFB=-0.00901355;REVB=0.00642911;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652617;STB=0.52172;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0117043;OID=.;OPOS=127962972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:29:29:19:23:0.442308:11:8:14:15:11:12:14:15 chr9 127975654 . C T 109.4 PASS AF=0.291667;AO=11;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0103022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.351;QD=9.1163;RBI=0.0731793;REFB=-0.018232;REVB=-0.0724505;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405169;STB=0.770945;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0262806;OID=.;OPOS=127975654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:34:11:14:0.291667:1:10:13:6:3:11:14:20 chr9 128064673 . T G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.196;QD=55.6506;RBI=0.00242004;REFB=0;REVB=0.00151712;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1181e-06;OID=.;OPOS=128064673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr9 128072273 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5373;QD=63.8711;RBI=0.00936815;REFB=0;REVB=0.00761152;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123001;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr9 128074807 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2182;QD=60.2297;RBI=0.0296514;REFB=0;REVB=-0.0148949;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189747;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr9 128199873 . C T 302.95 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0225482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8615;QD=11.3254;RBI=0.0236951;REFB=0.0185554;REVB=0.00728262;RO=69;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243961;STB=0.514011;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0327129;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:69:38:38:0.35514:19:19:33:36:19:19:33:36 chr9 128692068 . C T 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0162821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.848;QD=27.2513;RBI=0.0162823;REFB=-0.00490941;REVB=-6.35544e-05;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912786;STB=0.55399;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0105348;OID=.;OPOS=128692068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:17:10:8:8:17:10:9:9 chr9 128728459 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0598526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.651;QD=15.5715;RBI=0.0644329;REFB=0.0103928;REVB=0.0238595;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126336;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00640188;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:6:6:7:4:6:6 chr9 129102840 . G A 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00670053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.875;QD=25.3399;RBI=0.00943411;REFB=-0.0144939;REVB=0.00664118;RO=19;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17544;STB=0.610543;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00901128;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:20:31:31:0.607843:23:8:9:10:23:8:10:10 chr9 129265715 . C G 1529.89 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5707;QD=63.7456;RBI=0.0649402;REFB=0;REVB=0.0629537;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304429;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr9 129453229 . A G 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0195539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.612;QD=17.223;RBI=0.0227479;REFB=-0.0265807;REVB=-0.0116239;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295483;STB=0.516564;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0300394;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:18:18:17:15:18:18 chr9 129455587 . G C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00682077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.888;QD=17.8403;RBI=0.0213549;REFB=-0.0380048;REVB=0.0202364;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325273;STB=0.651985;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0186177;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:8:6:1:12:8:6:2:12 chr9 129595895 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.9;QD=48.7373;RBI=0.0364044;REFB=0;REVB=0.0178827;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336086;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr9 129598292 . CA C 72.37 PASS AF=0.421053;AO=12;DP=40;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0179131;FXX=0.0499875;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9398;QD=7.6177;RBI=0.276166;REFB=-0.102795;REVB=0.275584;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42436;STB=0.663271;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.157452;OID=.;OPOS=129598293;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:12:40:16:38:22:9:7:6:16:72:23:8:4:6:17 chr9 129643296 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.203;QD=45.8059;RBI=0.139596;REFB=0;REVB=-0.00412412;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00329511;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:9:4:0:1:10:4:0:0 chr9 129645251 . C T 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419907;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.534;QD=57.9085;RBI=0.0226416;REFB=0;REVB=0.0222488;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10255e-05;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr9 129646733 . TTTTGTTG TTTG,TTTTG,TTTTGT 537.28 PASS AF=0,0.578947,0.0350877;AO=15,32,13;DP=108;FAO=0,66,4;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=0,30,4;FSAR=0,36,0;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0204945,0.0380399,0.0196244;FXX=0.0952305;HRUN=6,2,2;LEN=4,3,2;MLLD=199.814,206.832,206.428;QD=18.8519;RBI=0.0236705,0.0402036,0.0245506;REFB=-0.0209693,-0.0177304,-0.0192925;REVB=0.0118436,0.0130114,0.0147517;RO=0;SAF=8,6,13;SAR=7,26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.566667,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.574303,0.998336;STBP=1,0.058,0.001;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0126937,0.0409539;OID=.,.,.;OPOS=129646734,129646735,129646739;OREF=TTTG,TTG,TG;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTTG,TTTTG,TTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.578947,0.0350877:15,32,13:108:0,66,4:114:44:0,30,4:0,36,0:12:32:99:0:8,6,13:7,26,0:0:0 chr9 129646775 . A G 1367.52 PASS AF=1;AO=25;DP=102;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031068;FXX=0.0480723;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.477;QD=55.2533;RBI=0.0609669;REFB=0;REVB=0.052457;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196763;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:99:0:0:25:99:1:12:13:0:0:64:35:0:0 chr9 129647227 . G C 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0165343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8628;QD=16.0647;RBI=0.0406229;REFB=-0.0193536;REVB=0.0371058;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280656;STB=0.516111;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0210267;OID=.;OPOS=129647227;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:10:14:10:8:10:14 chr9 129752239 . C T 542.39 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364736;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.562;QD=60.2651;RBI=0.0471514;REFB=0;REVB=0.029882;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271143;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr9 129831659 . T A 555.55 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.000515571;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=222.47;QD=43.5722;RBI=0.0107709;REFB=-0.140401;REVB=0.0107585;RO=7;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438461;STB=0.523455;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000939728;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:24:20:2:5:24:20:2:5 chr9 130074000 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 31.07 PASS AF=0.258065,0.0645161;AO=6,2;DP=32;FAO=8,2;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.130584,-0.0482469;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=12.9331,72.1543;QD=4.00892;RBI=0.130817,0.0482652;REFB=-0.0749197,-0.00934254;REVB=0.00781822,-0.00133006;RO=17;SAF=3,2;SAR=3,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0.30303,0;SSEP=0,0;SSSB=0.311628,0.661835;STB=0.671854,0.995678;STBP=0.274,0.097;TYPE=del,mnp;VARB=0.105293,0.0102069;OID=.,.;OPOS=130074001,130074006;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065,0.0645161:6,2:32:8,2:31:21:5,2:3,0:8:13:25:17:3,2:3,0:4:13 chr9 130169874 . A G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0266378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.343;QD=16.0289;RBI=0.0282114;REFB=-0.0161861;REVB=-0.00929032;RO=30;SAF=19;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369215;STB=0.710103;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0163282;OID=.;OPOS=130169874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:6:19:12:18:6:19:12:18 chr9 130191186 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.056803;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2282;QD=12.0148;RBI=0.057184;REFB=-0.0201718;REVB=-0.00658976;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117509;STB=0.568198;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0328657;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:19:15:11:9:19:15 chr9 130197414 . A G 460.67 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0504979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7718;QD=21.18;RBI=0.0943927;REFB=-0.015028;REVB=-0.0797492;RO=42;SAF=18;SAR=27;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190853;STB=0.605458;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00836468;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:27:18:26:16:27:18:26:16 chr9 130206762 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0221077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2721;QD=10.1412;RBI=0.0307557;REFB=-0.0150768;REVB=0.0213814;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211998;STB=0.629409;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0258016;OID=.;OPOS=130206762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:23:25:12:12:0.324324:8:4:12:11:8:4:13:12 chr9 130219669 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00197138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.277;QD=17.2298;RBI=0.0166011;REFB=0.0124169;REVB=-0.0164837;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325838;STB=0.6918;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0102403;OID=.;OPOS=130219669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:4:2:6:2:4:2 chr9 130242166 . A G 681.49 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000669407;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8987;QD=61.9538;RBI=0.0127276;REFB=0;REVB=-0.01271;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31698e-05;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:19:25:0:0 chr9 130259618 . A C 556.7 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9688;QD=60.1838;RBI=0.0755069;REFB=0;REVB=-0.0627928;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170392;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr9 130267777 . C G 57.52 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0088695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.444;QD=13.5347;RBI=0.0280844;REFB=-0.0124326;REVB=0.0266471;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504538;STB=0.752885;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.011996;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:17:17:9:9:6:8:0.470588:2:4:1:8:3:5:1:8 chr9 130269551 . CTG CT,GCT 59.04 PASS AF=0.241379,0;AO=9,5;DP=59;FAO=14,0;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0579475,0.0233906;FXX=0.0169463;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=13.9024,23.3787;QD=4.0714;RBI=0.236212,0.0937735;REFB=0.0112746,0.00430436;REVB=-0.228994,-0.0908095;RO=38;SAF=8,0;SAR=1,5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.439142,-0.661742;STB=0.502509,0.5;STBP=0.995,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0671279,0;OID=.,.;OPOS=130269553,130269551;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:58:38:44:9,5:14,0:0.241379,0:1,5:8,0:23:15:6,0:8,0:25:19 chr9 130341253 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0486608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.913;QD=14.3338;RBI=0.0498895;REFB=0.0100643;REVB=0.0110038;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443365;STB=0.749604;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0120448;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:0:10:5:4:0:10 chr9 130475011 . T C 280.97 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0722808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9143;QD=22.4773;RBI=0.108404;REFB=-0.00677514;REVB=0.0807897;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715993;STB=0.539969;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00651733;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:10:14:13:13:10:14 chr9 130475442 . A C 346.26 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0203043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9698;QD=16.8907;RBI=0.0328614;REFB=-0.00366083;REVB=-0.0258381;RO=41;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112786;STB=0.543455;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0040881;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:45:37:37:0.45122:16:21:28:13:16:21:29:16 chr9 130477739 . TGGGGGC TGGGGCG 75.37 PASS AF=0.229167;AO=8;DP=46;FAO=11;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.11964;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=2;MLLD=89.4271;QD=6.28088;RBI=0.12185;REFB=-0.00229313;REVB=-0.0231003;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.689844;STB=0.883076;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.0236889;OID=.;OPOS=130477744;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:8:46:11:48:32:9:2:7:25:51:24:7:1:5:19 chr9 130477768 . G A 143.24 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0674078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.749;QD=15.0781;RBI=0.0674078;REFB=-0.00248175;REVB=-7.6009e-06;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619123;STB=0.535671;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00194134;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:7:15:10:6:7:15 chr9 130489558 . A G 398.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0163275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.079;QD=19.6995;RBI=0.0337207;REFB=-0.0164785;REVB=-0.0295042;RO=38;SAF=30;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247582;STB=0.652095;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00775077;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:40:41:41:0.506173:11:30:18:20:11:30:18:22 chr9 130493513 . A G 333.42 PASS AF=0.577778;AO=24;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00639292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.508;QD=29.6377;RBI=0.0291801;REFB=-0.0389553;REVB=-0.0284711;RO=12;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251207;STB=0.605495;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0253021;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:12:13:24:26:0.577778:8:16:12:0:9:17:12:1 chr9 130494791 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.010909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.45;QD=16.4798;RBI=0.0157189;REFB=-0.0188978;REVB=-0.0113171;RO=25;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313043;STB=0.681608;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0151847;OID=.;OPOS=130494791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:4:15:13:12:4:15:13:12 chr9 130494811 . T C 168.66 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0452032;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.464;QD=15.3326;RBI=0.0553068;REFB=-0.00623247;REVB=-0.0318672;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333222;STB=0.663788;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0320021;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:26:18:18:0.409091:5:13:9:14:5:13:12:14 chr9 130494957 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.355;QD=60.3763;RBI=0.0530332;REFB=0;REVB=0.0328619;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131574;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr9 130495633 . C G 313.83 PASS AF=0.530612;AO=21;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.01919;FXX=0.019996;HRUN=7;LEN=1;MLLD=210.704;QD=25.6184;RBI=0.0240098;REFB=-0.0228925;REVB=0.0144296;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109734;STB=0.6328;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0053066;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:14:18:21:26:0.530612:5:16:9:5:6:20:9:9 chr9 130504070 . G A 322.83 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0133466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.285;QD=11.7394;RBI=0.0185124;REFB=-0.0168577;REVB=0.0128287;RO=70;SAF=17;SAR=23;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130967;STB=0.574962;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0256964;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:70:40:40:0.363636:23:17:38:32:23:17:38:32 chr9 130536717 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.503;QD=62.022;RBI=0.0352858;REFB=0;REVB=0.0263287;RO=0;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1764e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:36:6:0:0:36:6:0:0 chr9 130586621 . C G 176.54 PASS AF=0.404255;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00360524;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0136;QD=15.0247;RBI=0.0414163;REFB=-0.0120245;REVB=0.041259;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234306;STB=0.589192;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0167277;OID=.;OPOS=130586621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:17:19:0.404255:6:11:12:16:8:11:12:16 chr9 130630639 . A G 1481.85 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.7;QD=63.0576;RBI=0.0921941;REFB=0;REVB=0.0920944;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744915;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:89:94:1:41:48:0:0:45:49:0:0 chr9 130647583 . T C 1011.93 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429529;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8137;QD=59.5253;RBI=0.0726331;REFB=0;REVB=-0.072506;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159153;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr9 130648680 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.366;QD=55.0966;RBI=0.0206003;REFB=0;REVB=0.0192569;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272757;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr9 130653131 . G A 228.71 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00063743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.912;QD=11.7285;RBI=0.020443;REFB=-0.00347524;REVB=0.0204331;RO=49;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150532;STB=0.581955;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00955661;OID=.;OPOS=130653131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:19:9:22:27:19:9:22:28 chr9 130670310 . A G 88.49 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.476;QD=39.3282;RBI=0.0766596;REFB=0;REVB=0.0758048;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306517;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:1:6:0:0:3:6:0:0 chr9 130677112 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.333;QD=52.6075;RBI=0.0129934;REFB=0;REVB=-0.00516517;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41924e-05;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr9 130690412 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.457;QD=56.7066;RBI=0.0332383;REFB=0;REVB=0.0200523;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00323e-05;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:25:4:0:0:25:4:0:0 chr9 130698043 . A G 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.678;QD=57.7087;RBI=0.0461019;REFB=0;REVB=0.0351428;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203489;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr9 130698845 . C T 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307737;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.76;QD=61.3539;RBI=0.0317296;REFB=0;REVB=-0.0077296;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09384e-05;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr9 130703852 . A AAAC 115.65 PASS AF=0.65;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00556581;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=227.297;QD=23.1306;RBI=0.0219269;REFB=-0.00421867;REVB=-0.0212087;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480991;STB=0.768816;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00104163;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:12:24:13:20:7:3:10:7:0:44:12:2:10:8:4 chr9 130829039 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7872;QD=53.2726;RBI=0.0449077;REFB=0;REVB=-0.0448855;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653071;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr9 130860866 . T C 781.47 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.71;QD=63.7933;RBI=0.054973;REFB=0;REVB=0.0434947;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138307;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr9 130864676 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.516;QD=60.2303;RBI=0.0102048;REFB=0;REVB=0.00971419;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20382e-05;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr9 130869499 . A T 740.77 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174152;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6033;QD=56.9819;RBI=0.0174167;REFB=0;REVB=-0.000229535;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21859e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr9 130883511 . C T 1822.47 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.968;QD=61.2594;RBI=0.0427354;REFB=0;REVB=0.012804;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21521e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr9 130965795 . C A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000640555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.764;QD=20.3971;RBI=0.000818495;REFB=-0.01155;REVB=-0.000509534;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871137;STB=0.548356;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00934284;OID=.;OPOS=130965795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:17:14:15:12:17:14:15:12 chr9 130984755 . C T 234.95 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00210618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.087;QD=15.4065;RBI=0.0147282;REFB=-0.0223025;REVB=0.0145768;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146552;STB=0.568576;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0262529;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:10:16:16:18:11:16:16:18 chr9 130984809 . C T 367.38 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0209373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.977;QD=21.9329;RBI=0.0385441;REFB=0.000890571;REVB=-0.0323617;RO=30;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467389;STB=0.525811;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.000439236;OID=.;OPOS=130984809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:14:23:17:13:14:23:17:13 chr9 131019698 . G A 120.17 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0131554;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.924;QD=13.3519;RBI=0.0153644;REFB=-0.00154386;REVB=0.00793714;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576655;STB=0.533849;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00330131;OID=.;OPOS=131019698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:9:13:9:5:9:13 chr9 131021486 . G A 267.56 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00589209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.953;QD=21.8418;RBI=0.0528729;REFB=-0.00551207;REVB=0.0525436;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330838;STB=0.529581;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00441064;OID=.;OPOS=131021486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:14:11:11:12:14:11:12:12 chr9 131022826 . C T 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0467543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.548;QD=5.5396;RBI=0.0564879;REFB=-0.0145363;REVB=-0.0317005;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145794;STB=0.594367;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0436343;OID=.;OPOS=131022826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:11:18:4:4:11:18 chr9 131085373 . G C 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0260064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.767;QD=57.1999;RBI=0.0260404;REFB=0.0792933;REVB=-0.00133049;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034749;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00726591;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:26:16:0:2:26:16:0:2 chr9 131088076 . G A 205.79 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.036195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3469;QD=15.8303;RBI=0.0442378;REFB=-0.0239419;REVB=0.0254344;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176195;STB=0.594516;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0211033;OID=.;OPOS=131088076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:27:29:23:23:0.442308:12:11:8:19:12:11:9:20 chr9 131110892 . G A 323.71 PASS AF=0.366972;AO=39;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0299948;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.549;QD=11.8794;RBI=0.0311883;REFB=0.000572904;REVB=-0.00854516;RO=69;SAF=26;SAR=13;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169256;STB=0.602567;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00156909;OID=.;OPOS=131110892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:69:39:40:0.366972:13:26:36:33:13:27:36:33 chr9 131196695 . C T 562.91 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5125;QD=59.2538;RBI=0.0533613;REFB=0;REVB=0.0423137;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015052;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr9 131196704 . G A 565.59 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.129;QD=59.536;RBI=0.0474316;REFB=0;REVB=0.0219855;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238361;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr9 131199576 . A C 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.117;QD=63.5667;RBI=0.072303;REFB=0;REVB=-0.0722052;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239602;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr9 131235321 . A G 270.49 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.989;QD=51.521;RBI=0.0347835;REFB=0;REVB=0.0250741;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82547e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:16:21:1:10:6:0:0:15:6:0:0 chr9 131246310 . A G 43.99 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0496687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.787;QD=6.76837;RBI=0.0543649;REFB=-0.012592;REVB=-0.0221035;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136363;STB=0.585974;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0657815;OID=.;OPOS=131246310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:6:13:4:3:6:13 chr9 131247176 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2626;QD=37.4873;RBI=0.0398492;REFB=0;REVB=0.0257133;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08026e-05;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 131285955 . A G 1031.75 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106181;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.494;QD=59.8118;RBI=0.0230913;REFB=0;REVB=-0.0205052;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56332e-05;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr9 131303522 . G A 757.46 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132071;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.603;QD=55.0881;RBI=0.0228538;REFB=0.107335;REVB=0.0186512;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136612;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000388674;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:34:20:0:1:34:20:0:1 chr9 131346218 . A C 1000.56 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.495;QD=58.8564;RBI=0.0244892;REFB=0;REVB=0.0183565;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747602;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:24:39:0:0:29:39:0:0 chr9 131360750 . C T 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0384144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.434;QD=25.0396;RBI=0.0434988;REFB=-0.0242588;REVB=0.020408;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202452;STB=0.612813;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0129252;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:18:8:11:9:18:8:11:9 chr9 131375701 . A G 464.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.198;QD=58.1138;RBI=0.0261313;REFB=0;REVB=0.0214826;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5264e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:12:20:0:0 chr9 131379967 . C T 222.2 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0512776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.71;QD=18.5169;RBI=0.0515427;REFB=-0.010079;REVB=-0.0052209;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147383;STB=0.583937;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0122218;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:15:7:12:14:15:7:12:14 chr9 131390472 . C A 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.000302476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.518;QD=12.739;RBI=0.0210361;REFB=-0.0220571;REVB=-0.0210339;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306568;STB=0.677062;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0222317;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:1:9:5:3:1:9 chr9 131397066 . C T 75.57 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0586363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0687;QD=11.6255;RBI=0.0620684;REFB=-0.0281808;REVB=0.0203536;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501911;STB=0.7994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0220659;OID=.;OPOS=131397066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:11:5:8:2:11:5 chr9 131397479 . G A 285.31 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0143479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.298;QD=15.4219;RBI=0.0298688;REFB=-0.0139757;REVB=0.026197;RO=42;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176172;STB=0.599935;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0161038;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:22:10:20:22:22:10:20:22 chr9 131398636 . C T 130.56 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0279161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.527;QD=13.7431;RBI=0.0304733;REFB=-0.00772548;REVB=-0.0122194;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171272;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00867587;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:10:13:6:9:10:13 chr9 131403096 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0137782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.472;QD=8.30758;RBI=0.0253002;REFB=0.00363175;REVB=-0.0212193;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31835;STB=0.691898;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00857697;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:14:4:4:4:14:4 chr9 131465167 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6001;QD=49.5989;RBI=0.0861213;REFB=0;REVB=-0.0858271;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00258775;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr9 131479023 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.714;QD=63.583;RBI=0.0388328;REFB=0;REVB=0.0388162;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108574;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr9 131483749 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.583;QD=55.0986;RBI=0.014748;REFB=0;REVB=0.0139643;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71293e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr9 131492850 . T C 271.15 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.333;QD=51.6471;RBI=0.0536744;REFB=0;REVB=-0.000394415;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127519;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:12:7:0:0:12:9:0:0 chr9 131585069 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.945;QD=57.6799;RBI=0.0716578;REFB=0;REVB=-0.015249;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220399;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr9 131588652 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0419;QD=53.2765;RBI=0.0788346;REFB=0;REVB=-0.0690066;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507778;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr9 131670919 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4727;QD=47.8212;RBI=0.0472558;REFB=0;REVB=0.0124572;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150332;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr9 131678501 . CGG CGC,CG 447.34 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=4,14;DP=55;FAO=6,50;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=6,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103374,0.76099;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=157.175,10.3991;QD=31.9529;RBI=0.137459,0.763578;REFB=0,0;REVB=-0.0906019,0.0628121;RO=32;SAF=0,2;SAR=4,12;SRF=27;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767523,-0.70743;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.235374,0.0120976;OID=.,.;OPOS=131678503,131678502;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857:4,14:55:6,50:56:0:0,29:6,21:0:0:29:32:0,2:4,12:27:5 chr9 131680187 . C T 293.72 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0303497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.664;QD=19.913;RBI=0.0319972;REFB=-0.0146615;REVB=0.010135;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129314;STB=0.572035;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00736871;OID=.;OPOS=131680187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:20:11:14:14:20:11:14:14 chr9 131767666 . T TC 90.7 PASS AF=0.514286;AO=4;DP=38;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0518996;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.673;QD=10.3656;RBI=0.0639966;REFB=0.029733;REVB=0.0374431;RO=34;SAF=4;SAR=0;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557247;STB=0.541619;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=-0.00272982;OID=.;OPOS=131767667;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:4:38:18:35:17:12:6:10:7:61:34:4:0:20:14 chr9 131767668 . A C 152.64 PASS AF=0.459459;AO=14;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0504417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.293;QD=16.5018;RBI=0.0555085;REFB=-0.00906614;REVB=-0.0231695;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218499;STB=0.534843;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0316144;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:11:20:14:17:0.459459:5:9:4:7:7:10:13:7 chr9 131778155 . AG GA,TA 61.74 PASS AF=0.413793,0;AO=5,2;DP=29;FAO=12,0;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.136013,0.0166004;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,2;MLLD=27.9922,68.6901;QD=8.51609;RBI=0.136091,0.0382268;REFB=-0.0766416,-0.016128;REVB=-0.004625,-0.0344342;RO=14;SAF=0,0;SAR=5,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.745918,-0.608678;STB=0.618844,0.5;STBP=0.331,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0240908,0;OID=.,.;OPOS=131778155,131778155;OREF=AG,AG;OALT=GA,TA;OMAPALT=GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:29:14:17:5,2:12,0:0.413793,0:5,2:0,0:9:5:8,0:4,0:9:8 chr9 131804785 . T C 250.31 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0256278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.724;QD=14.5106;RBI=0.0289174;REFB=-0.0180992;REVB=0.0133953;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681568;STB=0.538596;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0697832;OID=.;OPOS=131804785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:17:12:14:26:17:12:14:26 chr9 131823611 . T C 93.08 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0248716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9111;QD=19.5961;RBI=0.0331425;REFB=-0.0299617;REVB=0.0219049;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304629;STB=0.705499;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0249303;OID=.;OPOS=131823611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:9:8:10:11:0.578947:3:7:3:6:3:8:2:6 chr9 131846957 . T C 150.92 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0189948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.141;QD=12.5769;RBI=0.0343619;REFB=-0.0188229;REVB=0.0286346;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113664;STB=0.56693;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.036441;OID=.;OPOS=131846957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:14:17:11:6:14:17 chr9 131860900 . A AT 484.48 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905386;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=173.077;QD=55.3696;RBI=0.0926281;REFB=0;REVB=0.0195632;RO=33;SAF=2;SAR=2;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000192456;OID=.;OPOS=131860901;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:37:35:35:0:23:12:0:0:4:33:2:2:23:10 chr9 131860901 . G T 414.96 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0168834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.049;QD=47.4239;RBI=0.0246173;REFB=-0.210429;REVB=0.0179154;RO=4;SAF=21;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423499;STB=0.522807;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00245794;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:31:31:0.885714:10:21:2:2:10:21:2:2 chr9 131909736 . C T 220.55 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.141504;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9433;QD=14.4622;RBI=0.141698;REFB=-0.0222457;REVB=-0.007417;RO=30;SAF=6;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312891;STB=0.725624;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0244546;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:30:35:25:26:0.42623:19:6:16:14:20:6:21:14 chr9 131938242 . CCG CC,C 34.52 PASS AF=0,0.24;AO=3,5;DP=26;FAO=0,6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=0,5;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.042935,0.0618464;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=1,2;MLLD=13.6633,26.2186;QD=5.52397;RBI=0.101886,0.0647329;REFB=-0.0538587,-0.0560853;REVB=-0.0923978,0.0191147;RO=15;SAF=0,4;SAR=3,1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.311747,0;SSSB=-0.569668,0.503591;STB=0.5,0.881274;STBP=1,0.068;TYPE=del,del;VARB=0.0156241,0.15889;OID=.,.;OPOS=131938244,131938243;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.24:3,5:26:0,6:25:19:0,5:0,1:5:14:33:15:0,4:3,1:5:10 chr9 132400480 . G A 453.8 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00990957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.904;QD=55.0065;RBI=0.0136914;REFB=-0.0583908;REVB=-0.00944747;RO=1;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103104;STB=0.545424;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000731279;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:4:27:0:1:5:27:0:1 chr9 132402908 . C G 814.19 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3572;QD=57.1363;RBI=0.0325142;REFB=0;REVB=-0.00803076;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349545;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr9 132404183 . C A 455.23 PASS AF=0.386861;AO=52;DP=136;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00978835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.505;QD=13.2913;RBI=0.0127286;REFB=-0.00546197;REVB=0.00813669;RO=84;SAF=32;SAR=20;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630919;STB=0.528012;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00761883;OID=.;OPOS=132404183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:84:84:52:53:0.386861:20:32:47:37:21:32:47:37 chr9 132571791 . TTC T 32.45 PASS AF=0.208333;AO=11;DP=52;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00481152;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=2;MLLD=32.9684;QD=2.70441;RBI=0.0721967;REFB=-0.0436333;REVB=-0.0720362;RO=38;SAF=2;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418791;STB=0.771362;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.178361;OID=.;OPOS=132571792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333:11:52:10:48:38:2:8:20:18:32:38:2:9:19:19 chr9 132573536 . G T 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00876075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.72;QD=11.3449;RBI=0.0460119;REFB=-0.0121043;REVB=-0.0451701;RO=38;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266501;STB=0.66438;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0152776;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:6:16:19:19:6:16:19:20 chr9 132585058 . G A 378.94 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0200718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.063;QD=10.4536;RBI=0.0223547;REFB=-0.0174144;REVB=-0.00984155;RO=98;SAF=19;SAR=28;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101235;STB=0.558641;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0317161;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:98:98:47:47:0.324138:28:19:48:50:28:19:48:50 chr9 132591425 . C T 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0253734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4246;QD=9.91306;RBI=0.0536474;REFB=0.0164425;REVB=0.0472677;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30146;STB=0.685825;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0269016;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:9:8:2:7:9:8 chr9 132591509 . A G 122.99 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0227172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8623;QD=16.398;RBI=0.0330103;REFB=-0.0240814;REVB=-0.0239501;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236183;STB=0.635327;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0338279;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:5:11:6:8:5:11 chr9 132597021 . C T 1770.82 PASS AF=0.505848;AO=173;DP=342;FAO=173;FDP=342;FR=.;FRO=169;FSAF=71;FSAR=102;FSRF=42;FSRR=127;FWDB=-0.0514088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.678;QD=20.7113;RBI=0.0632239;REFB=-0.0394755;REVB=-0.0368021;RO=166;SAF=71;SAR=102;SRF=42;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150579;STB=0.585163;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0379112;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:166:169:173:173:0.505848:102:71:42:124:102:71:42:127 chr9 132618578 . T C 341.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.923;QD=54.583;RBI=0.0525822;REFB=0;REVB=0.00732991;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177359;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:16:7:0:0:16:9:0:0 chr9 132620364 . T C 390.05 PASS AF=1;AO=20;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.219;QD=55.7212;RBI=0.00980783;REFB=0;REVB=0.00556419;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41476e-05;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:20:28:1:10:10:0:0:10:18:0:0 chr9 132623293 . C T 320.74 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.050348;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5499;QD=51.3185;RBI=0.0935681;REFB=-0.180898;REVB=0.0788674;RO=1;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206148;STB=0.511102;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00859369;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:25:1:1:24:24:0.96:22:2:0:1:22:2:0:1 chr9 132623868 . T C 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6162;QD=60.7128;RBI=0.0590266;REFB=0;REVB=0.0586186;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179471;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr9 132630664 . TGAC T 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611758;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=3;MLLD=339.272;QD=36.2815;RBI=0.0623378;REFB=0;REVB=0.0119798;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000730956;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:3:3:0:0:3:0:3:3:0:0 chr9 132631680 . T C 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.801;QD=55.6381;RBI=0.0361786;REFB=0;REVB=0.0298618;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21985e-05;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr9 132636031 . A G 300.12 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7078;QD=52.1947;RBI=0.0742655;REFB=0;REVB=-0.0362267;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140183;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:14:9:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 300.32 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121007,-0.0597033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=194.78,152.088;QD=52.2289;RBI=0.0152029,0.0597416;REFB=0,0;REVB=0.00920343,0.00213935;RO=0;SAF=7,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-4.65125e-05,0.0799072;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:14,0:7,2:0:0:14,0:7,2:0:0 chr9 132649662 . A G,T 693.63 PASS AF=0.884615,0.0961538;AO=45,6;DP=51;FAO=46,5;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20,4;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158402,-0.0185251;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.536,165.244;QD=53.3558;RBI=0.0466816,0.0559619;REFB=-0.12646,-0.137902;REVB=0.043912,0.0528068;RO=0;SAF=19,5;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.15971e-08,-3.18042e-08;STB=0.50943,0.66592;STBP=0.504,0.23;TYPE=snp,snp;VARB=0.00283113,0.0133036;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:51:52:0:1:45,6:46,5:0.884615,0.0961538:26,1:19,5:0:0:26,1:20,4:0:1 chr9 132649709 . TTA T,TTT 41.88 PASS AF=0.28,0;AO=4,2;DP=32;FAO=7,0;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.115109,0.0795765;FXX=0.0740466;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=28.5598,22.1783;QD=6.70061;RBI=0.147711,0.079652;REFB=-0.0308298,-0.00574895;REVB=0.0925658,0.00346704;RO=23;SAF=1,0;SAR=3,2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130397,-0.435414;STB=0.770536,0.5;STBP=0.151,1;TYPE=del,snp;VARB=0.116481,0;OID=.,.;OPOS=132649710,132649711;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28,0:4,2:32:7,0:25:18:1,0:6,0:8:10:42:23:1,0:3,2:8:15 chr9 132662786 . C T 137.97 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0566684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9013;QD=29.046;RBI=0.0591603;REFB=-0.0398293;REVB=0.0169891;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289969;STB=0.545389;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0151334;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:4:5:14:14:0.736842:6:8:2:2:6:8:2:3 chr9 132686186 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.617;QD=57.5443;RBI=0.0329076;REFB=0;REVB=0.0328684;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37078e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr9 132720770 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00712006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.916;QD=21.5109;RBI=0.00722279;REFB=-0.0181206;REVB=-0.00121391;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594314;STB=0.533302;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0150996;OID=.;OPOS=132720770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:6:13:13:8:6:13 chr9 132848699 . G C 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.009305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.304;QD=12.3925;RBI=0.0131714;REFB=0.015003;REVB=-0.00932221;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068991;STB=0.552557;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0245901;OID=.;OPOS=132848699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:7:7:10:13:7:7:10:14 chr9 132871091 . TAGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC T,TAGGTTCTTTTTCAGTGGCTTTAAGC 45.19 PASS AF=0.2,0;AO=8,5;DP=37;FAO=7,0;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.000827906,-0.159708;FXX=0.0540395;HRUN=1,4;LEN=24,1;MLLD=388.308,14.0774;QD=5.16426;RBI=0.00395836,0.176916;REFB=0.000861701,-0.0568698;REVB=-0.00387081,-0.0761097;RO=21;SAF=5,4;SAR=3,1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0640626,0.299801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.000461488,0;OID=.,.;OPOS=132871092,132871098;OREF=AGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC,-;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAGGTTCTTTTTCAGTGGCTTTAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0:8,5:37:7,0:35:28:4,0:3,0:16:12:44:21:5,4:3,1:12:9 chr9 132872686 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.026582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4721;QD=12.2165;RBI=0.027209;REFB=-0.0054134;REVB=-0.0058075;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25702;STB=0.649814;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00859023;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:8:19:7:8:8:19 chr9 132883161 . C CCTT 346.45 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0429327;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=3;MLLD=221.005;QD=16.6963;RBI=0.0452845;REFB=-0.033525;REVB=0.0144038;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157608;STB=0.623244;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.0347361;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445783:37:89:37:83:46:15:22:29:17:99:52:15:22:29:23 chr9 133048501 . G A 850.89 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.732;QD=57.6877;RBI=0.0383138;REFB=0;REVB=-0.00481609;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158971;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr9 133234706 . TGCCCCCC CTGCCCCC,TGCCCCCA 32.74 PASS AF=0,0.0923077;AO=3,6;DP=66;FAO=0,6;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=0,5;FSAR=0,1;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0368156,-0.0141303;FXX=0.0151492;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=90.8885,25.1206;QD=2.01481;RBI=0.0422225,0.088688;REFB=-0.0233791,-0.06727;REVB=0.0206724,0.0875551;RO=39;SAF=2,5;SAR=1,1;SRF=17;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.222749,0.462998;STB=0.5,0.857476;STBP=1,0.089;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.224519;OID=.,.;OPOS=133234706,133234713;OREF=TGC,C;OALT=CTG,A;OMAPALT=CTGCCCCC,TGCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:66:65:39:56:3,6:0,6:0,0.0923077:1,1:2,5:17:22:0,1:0,5:23:33 chr9 133284310 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.218;QD=54.5175;RBI=0.0563143;REFB=0;REVB=0.0314714;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752071;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr9 133294244 . G A 536.76 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638846;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.381;QD=59.6396;RBI=0.0826596;REFB=0;REVB=0.0524535;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152068;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:32:36:1:16:16:0:0:16:20:0:0 chr9 133346920 . A G 1244.34 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0612425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.307;QD=59.2543;RBI=0.0614797;REFB=-0.0796538;REVB=-0.00539494;RO=1;SAF=28;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016609;STB=0.508473;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000682082;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:53:28:1:0:54:29:1:0 chr9 133553993 . C T 206.24 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00158446;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.771;QD=16.1758;RBI=0.00705417;REFB=-0.0156561;REVB=-0.00687393;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191387;STB=0.574765;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0188342;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:28:23:23:0.45098:13:10:15:8:13:10:16:12 chr9 133558282 . A G 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.537;QD=57.835;RBI=0.0309396;REFB=-0.0820445;REVB=0.0124586;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000402202;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr9 133576256 . T C 85.34 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00465817;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.182;QD=17.0671;RBI=0.0785178;REFB=-0.0347557;REVB=0.0783795;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216798;STB=0.608497;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0241261;OID=.;OPOS=133576256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:20:11:10:10:10:0.5:4:6:9:2:4:6:8:2 chr9 133710246 . A T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0123324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.981;QD=9.13237;RBI=0.0135145;REFB=0.00175127;REVB=0.00552753;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260022;STB=0.655968;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00371733;OID=.;OPOS=133710246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:16:6:5:5:16:6 chr9 133710804 . T C 704.9 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00338629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.671;QD=58.7419;RBI=0.0291425;REFB=-0.0374204;REVB=0.0289451;RO=2;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375754;STB=0.519991;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00091243;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:24:22:0:2:24:22:0:2 chr9 133710819 . T TC 836.26 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312339;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.3716;QD=53.9519;RBI=0.040982;REFB=0;REVB=0.0265325;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000676382;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:62:62:62:0:24:38:0:0:5:0:23:38:0:0 chr9 133760159 . T C,TC 96.46 PASS AF=0,0.314815;AO=2,19;DP=55;FAO=0,17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=0,9;FSAR=0,8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0213405,0.0594985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.859,17.7001;QD=7.14509;RBI=0.0278027,0.170021;REFB=-0.00604245,-0.0909115;REVB=-0.0178206,-0.159271;RO=34;SAF=2,7;SAR=0,12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.497603,-0.0163368;STB=0.5,0.638557;STBP=1,0.192;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.196526;OID=.,.;OPOS=133760159,133760160;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:55:54:34:37:2,19:0,17:0,0.314815:0,12:2,7:13:21:0,8:0,9:12:25 chr9 133787225 . A G 275.67 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=9.47709e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.639;QD=13.6132;RBI=0.00631332;REFB=-0.0256765;REVB=-0.00631261;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287582;STB=0.533612;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0297017;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:48:31:33:0.407407:16:15:21:25:16:17:22:26 chr9 133884820 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2082;QD=33.4285;RBI=0.0568946;REFB=0;REVB=-0.0553778;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00745727;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr9 133936571 . C G 423.38 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0151;QD=54.6298;RBI=0.0349512;REFB=-0.0832676;REVB=0.0201553;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0084765;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:30:31:1:13:17:1:0:13:18:0:0 chr9 133946909 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.252;QD=64.4143;RBI=0.0182302;REFB=0;REVB=0.00242456;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71332e-05;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr9 133946915 . C G 740.17 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.041;QD=56.9362;RBI=0.0298856;REFB=0;REVB=0.0287519;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102453;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr9 133948049 . A G 1687.47 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.304;QD=59.7335;RBI=0.0406315;REFB=0;REVB=0.0224216;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127511;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:113:0:0:107:113:1:62:45:0:0:65:48:0:0 chr9 133981629 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0363229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.987;QD=19.3686;RBI=0.0386645;REFB=0.0123255;REVB=0.0132511;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123877;STB=0.571284;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00901165;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:3:4:4:6:3:4 chr9 133986980 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.145;QD=52.6132;RBI=0.0187692;REFB=0;REVB=0.0187129;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19109e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 133987060 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.057;QD=50.4135;RBI=0.0356481;REFB=0;REVB=0.03434;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184106;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 133996460 . T G 412.24 PASS AF=0.885714;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00674057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.3038;QD=47.1134;RBI=0.0238665;REFB=-0.0684823;REVB=0.0228949;RO=3;SAF=25;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136287;STB=0.55245;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0013247;OID=.;OPOS=133996460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:34:35:3:4:30:31:0.885714:5:25:1:2:6:25:2:2 chr9 133996503 . T A 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.509;QD=59.4297;RBI=0.0438021;REFB=0;REVB=0.00521893;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62998e-05;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr9 134001158 . C G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0316466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.63;QD=25.4293;RBI=0.0358521;REFB=-0.0109775;REVB=-0.0168483;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175918;STB=0.597899;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.010565;OID=.;OPOS=134001158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:6:9:8:14:6:9 chr9 134020092 . C T 92.25 PASS AF=0.55;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.115283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3422;QD=18.451;RBI=0.118038;REFB=-0.0533434;REVB=0.0253528;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474169;STB=0.810104;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0301513;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:20:8:9:11:11:0.55:10:1:4:4:10:1:5:4 chr9 134021630 . A G 138.83 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.1119;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9942;QD=18.511;RBI=0.112243;REFB=-0.0599555;REVB=-0.00877284;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116279;STB=0.566284;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0747538;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:8:7:9:6:8:7:9:6 chr9 134050938 . C T 55.9 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=59;FSRR=26;FWDB=-0.000721293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.772;QD=2.30534;RBI=0.0297821;REFB=-0.00138627;REVB=-0.0297734;RO=84;SAF=11;SAR=1;SRF=58;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402227;STB=0.808608;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00842086;OID=.;OPOS=134050938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:97:97:84:85:12:12:0.123711:1:11:58:26:1:11:59:26 chr9 134133539 . G T 704.77 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.108;QD=62.6462;RBI=0.0410808;REFB=0;REVB=-0.0119808;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61087e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:14:31:0:0 chr9 134136515 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.314;QD=60.0305;RBI=0.0599127;REFB=0;REVB=-0.0543261;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62885e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:44:28:0:0 chr9 134136677 . A G 531.21 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359007;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.15;QD=59.0237;RBI=0.0373641;REFB=0;REVB=0.0103544;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128795;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:30:36:1:17:13:0:0:19:17:0:0 chr9 134183379 . C T 724.76 PASS AF=0.931034;AO=52;DP=56;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0338275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2478;QD=49.9831;RBI=0.0634922;REFB=-0.168036;REVB=0.0537305;RO=4;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696071;STB=0.537023;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00510693;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:56:58:4:4:52:54:0.931034:25:27:0:4:25:29:0:4 chr9 134183503 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.558;QD=55.2226;RBI=0.0526267;REFB=-0.0786293;REVB=0.0441117;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.508472;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00046068;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:1:0:27:29:1:0 chr9 134334588 . A G 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0680806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7407;QD=20.4382;RBI=0.0683082;REFB=-0.011932;REVB=0.00557222;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125917;STB=0.561366;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0107643;OID=.;OPOS=134334588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:18:15:17:11:18:15:17:12 chr9 134346315 . T C 558.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659662;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7785;QD=60.423;RBI=0.0666178;REFB=0;REVB=0.00929492;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112179;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr9 134350323 . C G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.611;QD=50.4108;RBI=0.0499132;REFB=0;REVB=0.040202;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362855;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 134350458 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.294;QD=58.1421;RBI=0.0499912;REFB=0;REVB=0.047446;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213006;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr9 134350647 . T C 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239646;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.928;QD=58.6133;RBI=0.0120257;REFB=0;REVB=-0.0117845;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15713e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr9 134351065 . G T 172.83 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0561189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8721;QD=36.385;RBI=0.144433;REFB=-0.0915626;REVB=0.133085;RO=2;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113838;STB=0.588126;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0251394;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:2:3:16:16:0.842105:9:7:2:0:9:7:3:0 chr9 134351343 . C T 195.8 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.114106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4942;QD=25.2648;RBI=0.114243;REFB=-0.0153681;REVB=-0.0055764;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152827;STB=0.585274;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0120729;OID=.;OPOS=134351343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:7:5:12:7:7:5 chr9 134373770 . G C 293.35 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674975;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1509;QD=53.3356;RBI=0.0720174;REFB=0;REVB=-0.0251117;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00267644;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 134385436 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.768;QD=63.8707;RBI=0.0961704;REFB=0;REVB=-0.0250043;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000697965;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr9 134386744 . T C 501.78 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.373;QD=59.0327;RBI=0.0373163;REFB=0;REVB=0.0356994;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172283;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:25:9:0:0 chr9 134387488 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.454;QD=56.7052;RBI=0.0269632;REFB=0;REVB=0.0159753;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42036e-05;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr9 134401335 . C T 551.05 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1267;QD=59.5732;RBI=0.0742471;REFB=0;REVB=-0.039953;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177129;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr9 134406071 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.448;QD=57.6805;RBI=0.110731;REFB=0;REVB=-0.00871448;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747426;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr9 134463408 . C A 180.9 PASS AF=0.297619;AO=23;DP=83;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00929758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.555;QD=8.61426;RBI=0.00987491;REFB=-0.00539901;REVB=0.00332698;RO=59;SAF=8;SAR=15;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309842;STB=0.644747;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.014221;OID=.;OPOS=134463408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:59:59:23:25:0.297619:15:8:36:23:15:10:36:23 chr9 135102254 . C T 626.1 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0229212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.776;QD=18.6896;RBI=0.0234069;REFB=-0.021135;REVB=-0.00474331;RO=70;SAF=32;SAR=32;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107923;STB=0.559683;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0251987;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:32:32:43:27:32:32:43:27 chr9 135105964 . A G 691.49 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243171;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9127;QD=62.8623;RBI=0.0421179;REFB=0;REVB=0.0343889;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056285;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr9 135139901 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.448;QD=47.8222;RBI=0.0314486;REFB=0;REVB=0.0313668;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742127;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr9 135172412 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.75;QD=57.0008;RBI=0.0140659;REFB=0;REVB=0.00340429;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9426e-05;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr9 135173685 . T C 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.1154;QD=63.8668;RBI=0.0335172;REFB=0;REVB=-0.0284873;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97854e-05;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr9 135203838 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.608;QD=56.9368;RBI=0.0219661;REFB=0;REVB=0.0196099;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48731e-05;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr9 135263573 . G T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0094;QD=59.4325;RBI=0.0570473;REFB=0;REVB=0.0436681;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77521e-05;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr9 135277341 . C A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0887177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.633;QD=24.3282;RBI=0.097972;REFB=-0.0440315;REVB=0.0415653;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.631145;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0107079;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:1:1:6:1:1:1 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=65;DP=64;LEN=76;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=8;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:64:0:65:30:28:8:0 chr9 135374764 . G A 434.71 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00455114;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.984;QD=18.113;RBI=0.0093561;REFB=-0.0267177;REVB=-0.00817458;RO=51;SAF=17;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940232;STB=0.549977;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0334732;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:51:52:43:44:0.458333:26:17:25:26:26:18:26:26 chr9 135374898 . T C 1914.93 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5415;QD=61.772;RBI=0.0311311;REFB=0;REVB=-0.0231091;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187327;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:59:65:0:0:59:65:0:0 chr9 135448320 . C A 713.83 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113001;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.99;QD=57.1063;RBI=0.0173241;REFB=0;REVB=0.0131313;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019363;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr9 135470414 . T C 419.96 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00481509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.892;QD=14.6073;RBI=0.0105145;REFB=-0.01297;REVB=-0.00934713;RO=67;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950447;STB=0.553387;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00883172;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:25:23:26:41:25:23:26:41 chr9 135767185 . C T 328.15 PASS AF=0.53125;AO=31;DP=61;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00342966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.326;QD=20.509;RBI=0.0146845;REFB=-0.0171737;REVB=0.0142784;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107977;STB=0.510116;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0135686;OID=.;OPOS=135767185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:30:30:31:34:0.53125:10:21:20:10:12:22:20:10 chr9 135771331 . GGA G,GG 93.77 PASS AF=0,0.541667;AO=3,10;DP=25;FAO=0,13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.111911,-0.180574;FXX=0;HRUN=7,3;LEN=2,1;MLLD=28.6096,28.5757;QD=15.6281;RBI=0.2706,0.18307;REFB=-0.0467939,-0.0426364;REVB=-0.246374,0.0301301;RO=11;SAF=0,7;SAR=3,3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.793296,-0.255248;STB=0.5,0.675266;STBP=1,0.11;TYPE=del,del;VARB=0,0.0245323;OID=.,.;OPOS=135771332,135771333;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.541667:3,10:25:0,13:24:11:0,7:0,6:10:1:73:11:0,7:3,3:10:1 chr9 135772717 . G A 347.58 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0432118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0742;QD=19.8618;RBI=0.0473689;REFB=-0.0383605;REVB=-0.0194049;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503617;STB=0.55614;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0418381;OID=.;OPOS=135772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:28:34:36:36:0.514286:19:17:15:13:19:17:20:14 chr9 135821099 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.100912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.742;QD=13.7734;RBI=0.101205;REFB=-0.00819894;REVB=-0.00770286;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203373;STB=0.616908;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.013909;OID=.;OPOS=135821099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:11:20:9:11:11:20 chr9 135864529 . G A 693.57 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0188588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.398;QD=28.3092;RBI=0.0224462;REFB=-0.00205668;REVB=0.0121728;RO=38;SAF=24;SAR=36;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165729;STB=0.590134;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00174523;OID=.;OPOS=135864529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:38:60:60:0.612245:36:24:24:14:36:24:24:14 chr9 135961809 . T C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072543;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.509;QD=56.7414;RBI=0.0243952;REFB=0;REVB=0.0232917;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101728;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr9 135968511 . C CTG 769.44 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464361;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.169;QD=64.1201;RBI=0.0464431;REFB=0;REVB=0.000810551;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.49564e-05;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:48:48:0:23:25:0:0:4:0:22:25:0:0 chr9 135974079 . G C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.984;QD=60.6097;RBI=0.0439655;REFB=0;REVB=0.0438835;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313105;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr9 135974100 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.37;QD=59.0187;RBI=0.0392838;REFB=0;REVB=0.0333613;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13837e-05;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr9 135985796 . C T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0310381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.446;QD=16.0337;RBI=0.031164;REFB=-0.0204484;REVB=0.00279836;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174079;STB=0.5999;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0185479;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:16:12:12:8:16:12 chr9 136031346 . A G 286.96 PASS AF=0.541667;AO=22;DP=44;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0123899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.651;QD=23.9132;RBI=0.0350469;REFB=-0.0335702;REVB=0.0327837;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851245;STB=0.514275;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0323928;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:22:22:22:26:0.541667:13:9:7:15:17:9:7:15 chr9 136037742 . G A 357.05 PASS AF=0.528571;AO=35;DP=68;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0465888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6297;QD=20.403;RBI=0.0775292;REFB=-0.0377716;REVB=0.0619698;RO=33;SAF=10;SAR=25;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340557;STB=0.706468;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0363614;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:33:33:35:37:0.528571:25:10:22:11:27:10:23:10 chr9 136081283 . C T 144.78 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=102;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.024543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9378;QD=5.51551;RBI=0.0496424;REFB=-0.028187;REVB=-0.043151;RO=79;SAF=12;SAR=11;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141562;STB=0.569223;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0309651;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:79:82:23:23:0.219048:11:12:50:29:11:12:50:32 chr9 136081289 . T C 132.68 PASS AF=0.205607;AO=22;DP=107;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0248098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.147;QD=4.95993;RBI=0.034053;REFB=-0.00846466;REVB=-0.0233256;RO=81;SAF=11;SAR=11;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132791;STB=0.588707;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0358891;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:81:85:22:22:0.205607:11:11:49:32:11:11:52:33 chr9 136081356 . T G 104.2 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0465822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.765;QD=5.08282;RBI=0.0490286;REFB=-0.00247366;REVB=-0.015294;RO=65;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307798;STB=0.519458;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0130926;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:8:9:36:29:8:9:36:29 chr9 136081362 . G A 96.28 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0462306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.38;QD=4.87475;RBI=0.04703;REFB=-0.000616262;REVB=-0.00863416;RO=63;SAF=9;SAR=7;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288442;STB=0.518377;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00669501;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:79:79:63:63:16:16:0.202532:7:9:34:29:7:9:34:29 chr9 136081364 . GC G 51.96 PASS AF=0.239437;AO=16;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0264028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.3623;QD=2.92752;RBI=0.0572012;REFB=-0.0247555;REVB=-0.0507432;RO=51;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649823;STB=0.553628;STBP=0.641;TYPE=del;VARB=0.0774192;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239437:16:71:17:71:54:10:7:28:26:51:51:9:7:26:25 chr9 136083580 . T G 49.37 PASS AF=0.100775;AO=13;DP=129;FAO=13;FDP=129;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.00237773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.5;QD=1.53072;RBI=0.0124252;REFB=-0.00178768;REVB=0.0121956;RO=115;SAF=5;SAR=8;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102508;STB=0.574094;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0200727;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:129:129:115:116:13:13:0.100775:8:5:54:61:8:5:54:62 chr9 136083638 . C G 81.85 PASS AF=0.146552;AO=16;DP=116;FAO=17;FDP=116;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=0.101828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6213;QD=2.82244;RBI=0.102174;REFB=-3.07394e-05;REVB=-0.00839951;RO=100;SAF=6;SAR=10;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201656;STB=0.552179;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0029254;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:116:116:100:99:16:17:0.146552:10:6:36:64:10:7:35:64 chr9 136131289 . C T 157.66 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0302697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.706;QD=16.5955;RBI=0.032381;REFB=-0.0158103;REVB=0.0115011;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.517664;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0183577;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:12:8:7:10:13:8 chr9 136131347 . G A 125.21 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0210432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.7759;QD=10.4343;RBI=0.0454904;REFB=0.000345568;REVB=0.0403307;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374191;STB=0.512518;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.000149897;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:30:33:15:15:0.3125:8:7:15:15:8:7:16:17 chr9 136131437 . C T 152.32 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0367616;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6373;QD=12.6929;RBI=0.051002;REFB=0.0039465;REVB=0.0353523;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.56693;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00653951;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:31:17:17:0.354167:11:6:13:16:11:6:14:17 chr9 136131472 . A T 130.62 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.035416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.754;QD=13.7499;RBI=0.0412661;REFB=-0.000119084;REVB=-0.0211801;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259214;STB=0.666433;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.000599534;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:11:4:11:11:11:4:12:11 chr9 136131651 . G A 452.21 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00954846;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.732;QD=21.7932;RBI=0.0144964;REFB=-0.0224282;REVB=0.0109074;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15773;STB=0.586918;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0153663;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:25:14:24:20:25:14 chr9 136132873 . T C 550.4 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=-0.0102918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.924;QD=21.5844;RBI=0.0115356;REFB=-0.0170661;REVB=0.00521033;RO=47;SAF=30;SAR=25;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19103;STB=0.60436;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0197145;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:25:30:36:11:25:30:36:11 chr9 136132908 . T TC 365.0 PASS AF=0.520548;AO=35;DP=78;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0140908;FXX=0.0135117;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.318;QD=20.0002;RBI=0.0162002;REFB=-0.00454133;REVB=0.00799358;RO=38;SAF=23;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200985;STB=0.641179;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.00669921;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520548:35:78:38:73:35:26:12:14:21:99:38:23:12:17:21 chr9 136133506 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0256292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.398;QD=18.8206;RBI=0.0272413;REFB=-0.00138427;REVB=0.00923196;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302688;STB=0.674689;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000937115;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:4:6:3:9:4:6 chr9 136135237 . AT GC 146.36 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0309932;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.027;QD=15.8226;RBI=0.0581787;REFB=-0.000380108;REVB=-0.049236;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106066;STB=0.560902;STBP=0.512;TYPE=mnp;VARB=0.000120172;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:14:7:7:9:14:7 chr9 136136770 . A C 124.83 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0639775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.66;QD=17.8321;RBI=0.0754466;REFB=0.0016404;REVB=-0.0399885;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129571;STB=0.574359;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000681983;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:7:7:9:5:7:7 chr9 136177993 . G A 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00678061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.41;QD=18.1589;RBI=0.00709323;REFB=-0.00832545;REVB=0.00208261;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109098;STB=0.560852;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0107224;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:17:19:16:23:17:19:16:23 chr9 136199466 . G A 500.85 PASS AF=0.44;AO=53;DP=123;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.000805675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.138;QD=16.0272;RBI=0.0122644;REFB=-0.0215712;REVB=0.0122379;RO=68;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389996;STB=0.518921;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0231345;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:68:70:53:55:0.44:26:27:32:36:28:27:32:38 chr9 136199503 . G A 1974.16 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745615;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2216;QD=62.1781;RBI=0.0817914;REFB=0;REVB=0.0336216;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330623;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:71:56:0:0:71:56:0:0 chr9 136219594 . G A 322.32 PASS AF=0.5;AO=32;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0170878;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.834;QD=18.9598;RBI=0.0171061;REFB=-0.00471105;REVB=-0.000790683;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558592;STB=0.544245;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00787347;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:32:34:0.5:15:17:16:18:15:19:16:18 chr9 136227260 . A G 449.58 PASS AF=0.48913;AO=43;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0127669;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.602;QD=19.547;RBI=0.0253068;REFB=-0.0451463;REVB=0.0218504;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122021;STB=0.576889;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0519474;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:47:43:45:0.48913:20:23:19:28:20:25:19:28 chr9 136229833 . C G 430.94 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0316317;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.256;QD=22.3867;RBI=0.0489298;REFB=-0.0144381;REVB=0.0373304;RO=35;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407796;STB=0.502247;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00885825;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:42:42:0.545455:17:25:21:14:17:25:21:14 chr9 136268038 . C T 372.94 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00802046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6488;QD=17.7588;RBI=0.0194895;REFB=-0.0307751;REVB=0.0177627;RO=44;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288855;STB=0.516679;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0314608;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:44:45:38:39:0.464286:17:21:23:21:17:22:24:21 chr9 136268084 . A G 348.55 PASS AF=0.493151;AO=31;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.026789;FXX=0.0394685;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.4948;QD=19.0986;RBI=0.0267961;REFB=-0.0598105;REVB=0.000614311;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133442;STB=0.522132;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0322182;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:30:37:31:36:0.493151:11:20:15:15:15:21:20:17 chr9 136277480 . A G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.057329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.168;QD=18.7111;RBI=0.060692;REFB=-0.0282581;REVB=0.0199226;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.542122;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0280041;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:10:9:10:8:10:9 chr9 136291063 . C T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0152618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.058;QD=15.6037;RBI=0.0361613;REFB=-0.0218925;REVB=0.0327829;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177235;STB=0.599323;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0234035;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:28:10:13:17:28:10 chr9 136295290 . A C 930.75 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.4409;QD=55.5669;RBI=0.117474;REFB=0;REVB=0.117213;RO=2;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00392913;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:67:2:0:62:67:1:32:30:0:2:36:31:0:0 chr9 136301982 . C G 487.87 PASS AF=0.625;AO=44;DP=71;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00756482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.505;QD=27.1036;RBI=0.0162457;REFB=-0.00683214;REVB=0.0143769;RO=27;SAF=25;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866787;STB=0.541777;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00466849;OID=.;OPOS=136301982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:27:27:44:45:0.625:19:25:12:15:20:25:12:15 chr9 136304497 . A G 238.66 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.014679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.274;QD=20.3112;RBI=0.0483994;REFB=-0.0166672;REVB=-0.0461197;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295977;STB=0.667782;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0114801;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:24:23:23:0.489362:7:16:8:14:7:16:9:15 chr9 136308542 . C T 413.88 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00406195;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4387;QD=21.783;RBI=0.0120446;REFB=-0.00976307;REVB=-0.011339;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626951;STB=0.527318;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0152846;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:21:20:14:20:21:20:15:20 chr9 136324239 . C A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00346134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.97;QD=22.5829;RBI=0.0178943;REFB=-0.0291931;REVB=-0.0175563;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212363;STB=0.511849;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0195062;OID=.;OPOS=136324239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:19:7:6:18:19:7:6:18 chr9 136328657 . T C 545.15 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0765524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.448;QD=57.3837;RBI=0.0836797;REFB=-0.0573141;REVB=0.0337938;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000291032;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:22:15:0:0:22:15:0:1 chr9 136340200 . T G 424.6 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.112;QD=56.6136;RBI=0.0768903;REFB=0;REVB=0.0706047;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718957;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:10:12:0:0:14:16:0:0 chr9 136379890 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.042;QD=55.6561;RBI=0.00855207;REFB=0;REVB=-0.00604096;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12367e-07;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr9 136412170 . C T 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0007498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.026;QD=21.9526;RBI=0.0107201;REFB=-0.0156219;REVB=0.0106938;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059825;STB=0.533088;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00977021;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:12:13:19:13:12:13 chr9 136412236 . A T 337.88 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0259022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.66;QD=17.5523;RBI=0.0262076;REFB=-0.0114142;REVB=0.00398951;RO=41;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686515;STB=0.53844;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0162547;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:21:15:20:21:21:15:20:21 chr9 136412255 . A C 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0124565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.337;QD=12.7848;RBI=0.0245881;REFB=-0.00356346;REVB=-0.0211994;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473053;STB=0.527136;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00852991;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:21:22:15:12:21:22 chr9 136518097 . A G 1585.8 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.273;QD=63.4319;RBI=0.0128103;REFB=0;REVB=-0.0041058;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135261;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:41:57:0:0:42:58:0:0 chr9 136521635 . C CG 56.95 PASS AF=0.266667;AO=13;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00818217;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.4332;QD=5.06224;RBI=0.0273386;REFB=-0.0234281;REVB=-0.0260854;RO=32;SAF=2;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621516;STB=0.931552;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.063665;OID=.;OPOS=136521636;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:13:45:12:45:33:1:11:24:9:56:32:2:11:23:9 chr9 136524163 . T C 90.93 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0139179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.685;QD=6.06216;RBI=0.0139664;REFB=-0.000890829;REVB=-0.00116288;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679575;STB=0.549929;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00333134;OID=.;OPOS=136524163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:60:45:46:14:14:0.233333:7:7:20:25:7:7:20:26 chr9 136536679 . G A 728.64 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7371;QD=63.3597;RBI=0.0897522;REFB=0;REVB=0.0875792;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828106;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:26:18:0:0:28:18:0:0 chr9 136536793 . C G 870.88 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.2424;QD=56.1857;RBI=0.024621;REFB=-0.102442;REVB=0.0178027;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00131499;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:34:27:0:0:34:27:1:0 chr9 136555629 . T C 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0441776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.243;QD=14.0534;RBI=0.0444128;REFB=-0.0116909;REVB=-0.00456421;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161905;STB=0.592517;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.032832;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:17:18:9:16:17:18 chr9 136559460 . C T 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0514799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.019;QD=12.0488;RBI=0.0516733;REFB=0.00253027;REVB=-0.00446591;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00808679;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:5:8:3:6:5:8 chr9 136573412 . G A 461.46 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00335834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.941;QD=18.8351;RBI=0.00359099;REFB=-0.0225674;REVB=0.00127151;RO=52;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258133;STB=0.514382;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0309992;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:26:20:24:28:26:20:24:28 chr9 136599146 . C T 1184.92 PASS AF=0.489627;AO=118;DP=241;FAO=118;FDP=241;FR=.;FRO=123;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=77;FSRR=46;FWDB=0.0036864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1861;QD=19.6667;RBI=0.0344986;REFB=-0.0109469;REVB=0.0343011;RO=123;SAF=69;SAR=49;SRF=77;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397628;STB=0.521843;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0102167;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:123:123:118:118:0.489627:49:69:77:46:49:69:77:46 chr9 136627121 . GGGC G,GG,GGG,GGGG 149.94 PASS AF=0.2,0.7,0,0;AO=3,5,3,4;DP=27;FAO=4,14,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=1,8,0,0;FSAR=3,6,0,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0505887,-0.236127,-0.66449,-0.490082;FXX=0;HRUN=7,7,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=16.5695,16.4606,8.72771,4.72183;QD=29.9869;RBI=0.0688123,0.257462,0.694666,0.499373;REFB=0.00449532,-0.0117968,-0.0540895,-0.0539662;REVB=0.0466467,0.10262,0.202518,0.0958772;RO=6;SAF=0,2,1,0;SAR=3,3,2,4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.305263,0;SSSB=-0.606014,0.231195,0.208152,-0.65814;STB=0.599463,0.509078,0.5,0.5;STBP=0.614,0.885,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.00956354,-0.019139,0.0867561,0;OID=.,.,.,.;OPOS=136627122,136627123,136627124,136627124;OREF=GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.7,0,0:3,5,3,4:27:4,14,0,0:20:2:1,8,0,0:3,6,0,0:1:1:11:6:0,2,1,0:3,3,2,4:1:5 chr9 136628770 . T C 326.53 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00262263;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.68;QD=14.6756;RBI=0.00473244;REFB=-0.0150964;REVB=-0.00393926;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370402;STB=0.539304;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0228298;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:53:35:36:0.404494:18:17:23:24:18:18:23:30 chr9 136629256 . CTG C 33.92 PASS AF=0.146341;AO=5;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.100395;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=117.157;QD=3.30929;RBI=0.181096;REFB=-0.0476385;REVB=-0.15072;RO=30;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225675;STB=0.576685;STBP=0.769;TYPE=del;VARB=0.195573;OID=.;OPOS=136629257;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146341:5:41:6:41:35:2:4:9:26:33:30:2:3:7:23 chr9 136897990 . CTTT CTTC,CT,CTT 111.48 PASS AF=0.214286,0.5,0.178571;AO=4,4,8;DP=31;FAO=6,14,5;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=3,8,3;FSAR=3,6,2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0133634,0.226986,0.435052;FXX=0.151469;HRUN=13,13,13;LEN=1,2,1;MLLD=208.012,7.16527,4.67517;QD=15.9263;RBI=0.0657984,0.272578,0.467715;REFB=-0.00121148,0.0806525,0.129192;REVB=-0.064427,-0.150918,-0.171717;RO=4;SAF=1,0,6;SAR=3,4,2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.548203,-0.794086,-0.220925;STB=0.66617,0.57884,0.666107;STBP=0.199,0.2,0.341;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0317119,0.173622,0.0776772;OID=.,.,.;OPOS=136897993,136897991,136897991;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTC,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.5,0.178571:4,4,8:31:6,14,5:28:3:3,8,3:3,6,2:3:0:35:4:1,0,6:3,4,2:4:0 chr9 136913355 . T C 407.26 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00502064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.275;QD=22.944;RBI=0.0111042;REFB=-0.0305814;REVB=0.00990432;RO=31;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591892;STB=0.532609;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0215832;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:26:14:13:18:26:14:13:18 chr9 137005023 . C T 468.71 PASS AF=0.505495;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0342948;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.388;QD=20.6028;RBI=0.0342958;REFB=-0.0287177;REVB=0.00026728;RO=45;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12062;STB=0.570848;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0273113;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:45:45:46:0.505495:19:26:20:25:19:27:20:25 chr9 137271318 . C A 1266.96 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=90;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0537322;FXX=0.0109878;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.1287;QD=56.3093;RBI=0.0609418;REFB=-0.109501;REVB=0.0287532;RO=5;SAF=41;SAR=44;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333701;STB=0.517643;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00269445;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:90:90:5:5:85:85:0.944444:44:41:4:1:44:41:4:1 chr9 137332311 . T G 559.55 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0191826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.788;QD=19.1299;RBI=0.0331421;REFB=-0.0288398;REVB=0.0270265;RO=59;SAF=24;SAR=34;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720174;STB=0.53983;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0294749;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:34:24:29:30:34:24:29:30 chr9 137544513 . C T 234.8 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0220094;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.272;QD=24.0817;RBI=0.0285291;REFB=-0.0336419;REVB=0.0181521;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169743;STB=0.512809;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0295668;OID=.;OPOS=137544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:20:22:0.564103:9:11:9:8:11:11:9:8 chr9 137582900 . C T 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00524035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.911;QD=4.81372;RBI=0.0269238;REFB=-0.0163621;REVB=0.0264088;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109383;STB=0.5713;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0303661;OID=.;OPOS=137582900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:6:5:25:21:6:5:25:21 chr9 137619195 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0326995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.247;QD=11.8818;RBI=0.0474087;REFB=-0.00979118;REVB=0.0343268;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114947;STB=0.567812;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0168831;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:12:16:7:8:12:16 chr9 137630587 . T C 180.66 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.031401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7326;QD=13.8967;RBI=0.0326627;REFB=0.00702597;REVB=0.00899033;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758736;STB=0.543684;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0101363;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:17:14:8:13:17:14 chr9 137672012 . C T 402.77 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0145553;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.374;QD=24.4102;RBI=0.032106;REFB=-0.0377549;REVB=-0.0286171;RO=26;SAF=18;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567764;STB=0.537717;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0154008;OID=.;OPOS=137672012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:26:27:39:39:0.590909:21:18:10:16:21:18:10:17 chr9 137686906 . C T 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.991;QD=58.6114;RBI=0.0409076;REFB=0.110871;REVB=-0.0195432;RO=1;SAF=47;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995914;STB=0.505262;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000185271;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:26:47:1:0:26:47:1:0 chr9 137690318 . A G,T 751.67 PASS AF=0.0344828,0.931034;AO=3,53;DP=57;FAO=2,54;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=2,17;FSAR=0,37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0174232,0.0418303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.0223,62.926;QD=51.8395;RBI=0.0715928,0.0737577;REFB=-0.170065,-0.126758;REVB=0.0694404,0.0607489;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.19417e-08;STB=0.992443,0.507619;STBP=0.312,0.562;TYPE=snp,snp;VARB=0.161162,1.00473e-05;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:57:58:0:2:3,53:2,54:0.0344828,0.931034:0,36:3,17:0:0:0,37:2,17:1:1 chr9 137735592 . G A 426.64 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0174516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.714;QD=19.175;RBI=0.0174871;REFB=-0.022872;REVB=-0.0011149;RO=46;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693437;STB=0.538525;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0235331;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:23:20:18:28:23:20:18:28 chr9 137775139 . A G 369.16 PASS AF=0.36;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.046886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2904;QD=11.8133;RBI=0.101794;REFB=-0.00457443;REVB=-0.0903529;RO=79;SAF=23;SAR=22;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019436;STB=0.507109;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00653619;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:79:80:45:45:0.36:22:23:39:40:22:23:40:40 chr9 137775155 . T C 368.22 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00491616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.103;QD=12.9201;RBI=0.0140931;REFB=0.00264381;REVB=-0.0132078;RO=69;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016673;STB=0.51396;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00249248;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:21:23:35:34:21:23:35:35 chr9 137775212 . G A 551.86 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.025905;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9014;QD=29.4327;RBI=0.0873116;REFB=-0.00690855;REVB=0.0833802;RO=27;SAF=21;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141564;STB=0.515619;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.005323;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:27:26:49:49:0.653333:28:21:11:16:28:21:10:16 chr9 137801314 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0184494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.772;QD=13.0887;RBI=0.0194403;REFB=-0.009936;REVB=0.00612722;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24723;STB=0.656516;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0137131;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:5:11:12:14:5:11:12:15 chr9 137801416 . T C 88.12 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0279127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.959;QD=14.0987;RBI=0.0402773;REFB=-0.0056051;REVB=-0.0290369;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.565099;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00840103;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:10:11:0.44:5:5:6:8:5:6:6:8 chr9 137801800 . T C 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0122968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.099;QD=14.6215;RBI=0.0481544;REFB=0.0208219;REVB=0.0465579;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890584;STB=0.555523;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0373548;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:33:33:0.4125:18:15:17:29:18:15:17:30 chr9 137968919 . G A,GAA 1331.96 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=6,75;DP=91;FAO=6,81;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=6,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056177,0.0169537;FXX=0.0439512;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=33.9782,240.992;QD=61.2397;RBI=0.101766,0.0352357;REFB=0,0;REVB=0.101611,0.030889;RO=3;SAF=0,30;SAR=6,45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.778585,-0.0201052;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0494294,0.00153106;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:91:87:3:0:6,75:6,81:0.0689655,0.931034:6,45:0,30:2:1:6,46:0,35:0:0 chr9 137978552 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0190846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5742;QD=17.9428;RBI=0.0204287;REFB=-0.00917428;REVB=0.00728774;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264779;STB=0.647251;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00657708;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:15:13:22:7:15:13:22:7 chr9 137982127 . T C 268.1 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00639136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.964;QD=16.2483;RBI=0.00669315;REFB=-0.0207402;REVB=0.00198717;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132647;STB=0.556331;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0229358;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:36:36:28:30:0.454545:15:13:12:24:17:13:12:24 chr9 138236212 . T G 388.59 PASS AF=0.42;AO=40;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0254279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.553;QD=15.5437;RBI=0.0288444;REFB=0.00156062;REVB=0.0136169;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699824;STB=0.537673;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0023582;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:58:40:42:0.42:18:22:26:28:19:23:28:30 chr9 138376763 . C T 44.3 PASS AF=0.170732;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0317612;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.298;QD=4.3216;RBI=0.123863;REFB=-0.0153246;REVB=-0.119721;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126998;STB=0.514245;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0402965;OID=.;OPOS=138376763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:40:41:33:34:6:7:0.170732:3:3:20:13:3:4:20:14 chr9 138378856 . A G 157.24 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0143253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.058;QD=7.9614;RBI=0.0335022;REFB=-0.0155703;REVB=-0.030285;RO=57;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512716;STB=0.530658;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0375363;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:13:9:21:36:13:9:21:36 chr9 138379002 . T G 502.16 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134756;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.66;QD=59.0781;RBI=0.0299711;REFB=0;REVB=0.0267708;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132445;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr9 138391299 . T A 220.42 PASS AF=0.534884;AO=19;DP=41;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0249041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7427;QD=20.5041;RBI=0.0280293;REFB=-0.0109695;REVB=-0.0128619;RO=20;SAF=17;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499043;STB=0.696141;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0308537;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:20:19:23:0.534884:2:17:10:10:4:19:10:10 chr9 138394124 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0419354;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.971;QD=17.6438;RBI=0.0439901;REFB=-0.00842947;REVB=0.0132872;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341797;STB=0.676989;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0140749;OID=.;OPOS=138394124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:2:7:2:4:2:7:3:4 chr9 138395122 . G A 358.13 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00529318;FXX=0.0256377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.131;QD=18.8488;RBI=0.0112624;REFB=-0.0105215;REVB=-0.00994103;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123947;STB=0.568715;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.011353;OID=.;OPOS=138395122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:23:14:10:29:23:14:10:29 chr9 138439806 . C T 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0627092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4554;QD=29.0498;RBI=0.0649765;REFB=-0.00633202;REVB=-0.0170146;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211852;STB=0.618149;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.004399;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:9:5:4:1:9:5:4:1 chr9 138439809 . T C 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.204;QD=29.0496;RBI=0.0261157;REFB=-0.000236065;REVB=0.00721239;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211852;STB=0.618149;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-5.3841e-05;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:9:5:4:1:9:5:4:1 chr9 138440525 . C G 217.15 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00809541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.563;QD=12.2339;RBI=0.0112636;REFB=-0.00989517;REVB=-0.00783159;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233219;STB=0.63232;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0629127;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:27:28:0.394366:12:15:14:28:12:16:15:28 chr9 138440527 . T C 247.32 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0381197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.297;QD=13.7397;RBI=0.0391432;REFB=-0.0155147;REVB=-0.00889275;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232462;STB=0.639005;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0416198;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:43:28:29:0.402778:12:16:15:28:12:17:15:28 chr9 138440554 . G C 554.81 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00811566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.824;QD=24.9351;RBI=0.00936204;REFB=-0.00106311;REVB=0.00466732;RO=37;SAF=22;SAR=29;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104961;STB=0.551994;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000659365;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:38:51:51:0.573034:29:22:21:16:29:22:21:17 chr9 138440562 . C T 544.28 PASS AF=0.536842;AO=50;DP=94;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0829311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.054;QD=22.9172;RBI=0.0831263;REFB=0.0307774;REVB=-0.00569358;RO=44;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110919;STB=0.555534;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0244297;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:44:44:50:51:0.536842:27:23:26:18:27:24:26:18 chr9 138440624 . G C 391.6 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00442558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7873;QD=22.0621;RBI=0.0162714;REFB=-0.00460614;REVB=-0.015658;RO=32;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614813;STB=0.533893;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00154724;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:20:19:18:14:20:19:18:14 chr9 138440641 . T C 871.26 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308773;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.665;QD=57.1315;RBI=0.0366627;REFB=0;REVB=0.0197672;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69946e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:26:34:1:0:26:35:0:0 chr9 138441760 . C A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0103299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.073;QD=10.0334;RBI=0.137909;REFB=-0.0256363;REVB=0.137522;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0585992;OID=.;OPOS=138441760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr9 138456155 . C A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00998587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.239;QD=16.9316;RBI=0.0166891;REFB=-0.0295132;REVB=-0.0133719;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0313803;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr9 138457209 . C G 210.7 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0108831;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.93;QD=17.5581;RBI=0.128736;REFB=0.0054635;REVB=0.128275;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196221;STB=0.61166;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00182989;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:10:17:9:12:10:17 chr9 138457475 . CT C 164.12 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.048584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.434;QD=21.8826;RBI=0.0491943;REFB=-0.00421179;REVB=-0.00772458;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214341;STB=0.629043;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=0.00257979;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:16:30:17:30:13:3:14:5:8:99:13:3:13:5:8 chr9 138458462 . C T 745.48 PASS AF=0.503311;AO=75;DP=150;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0826532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0669;QD=19.7478;RBI=0.0834797;REFB=0.0103086;REVB=0.0117181;RO=75;SAF=25;SAR=50;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918696;STB=0.552963;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00934819;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:75:75:75:76:0.503311:50:25:32:43:51:25:32:43 chr9 138458570 . C T 867.38 PASS AF=0.51497;AO=87;DP=168;FAO=86;FDP=167;FR=.;FRO=81;FSAF=59;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00884321;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.079;QD=20.7756;RBI=0.0174066;REFB=-0.0121184;REVB=-0.0149929;RO=80;SAF=58;SAR=29;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132159;STB=0.588107;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00889923;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:80:81:87:86:0.51497:29:58:42:38:27:59:42:39 chr9 138515991 . A G 317.21 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0147721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4427;QD=25.8949;RBI=0.0160335;REFB=0.0153387;REVB=-0.0062336;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182812;STB=0.601085;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0114771;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:14:7:16:12:14:7 chr9 138516190 . T C 219.17 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0136691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1405;QD=13.9158;RBI=0.0197607;REFB=-0.000666206;REVB=-0.0142703;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151646;STB=0.577611;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000205216;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:22:14:14:12:22:15 chr9 138518010 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.491;QD=64.154;RBI=0.0117119;REFB=0;REVB=0.00730677;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57283e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:39:60:0:0:39:60:0:0 chr9 138523332 . C A 936.98 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.92846e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.362;QD=58.5616;RBI=0.0199727;REFB=0;REVB=0.0199727;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35742e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:31:30:0:0:34:30:0:0 chr9 138586198 . G A 245.23 PASS AF=0.814815;AO=19;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.01124;FXX=0.0357015;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.972;QD=36.3307;RBI=0.03054;REFB=0.0156648;REVB=0.0283964;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.572815;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000924685;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:27:27:0:5:19:22:0.814815:12:7:0:0:13:9:4:1 chr9 138586966 . GC AA 1328.55 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260669;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=2;MLLD=151.674;QD=62.5202;RBI=0.047673;REFB=0;REVB=0.0399153;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00018589;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:37:48:0:0 chr9 138590928 . C T 102.49 PASS AF=0.521739;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0133999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.188;QD=17.8235;RBI=0.0148095;REFB=-0.0366752;REVB=-0.00630596;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.562393;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0334096;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:8:11:10:12:0.521739:4:6:5:3:4:8:6:5 chr9 138591266 . A G 333.31 PASS AF=0.514706;AO=32;DP=65;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0243672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.338;QD=19.6064;RBI=0.0245423;REFB=-0.022415;REVB=-0.00292606;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1519;STB=0.600609;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.017828;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:33:33:32:35:0.514706:16:16:11:22:16:19:11:22 chr9 138644203 . T C 140.68 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0363533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.613;QD=12.5052;RBI=0.0463463;REFB=0.00775942;REVB=0.0287476;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110099;STB=0.520932;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0160437;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:29:16:16:0.355556:6:10:18:7:6:10:19:10 chr9 138836941 . GCCT G 227.42 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0103651;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=3;MLLD=240.277;QD=16.2441;RBI=0.0147843;REFB=-0.0306327;REVB=-0.0105422;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=-0.0170458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0253559;OID=.;OPOS=138836942;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:30:58:30:56:26:15:15:13:13:99:23:15:15:12:11 chr9 138838140 . T C 753.87 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.553;QD=56.8962;RBI=0.0113838;REFB=0;REVB=-0.00182779;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62425e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr9 138898893 . C G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.928;QD=58.2391;RBI=0.00610895;REFB=0;REVB=0.00470423;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79995e-06;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr9 138899253 . G GCA 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0439149;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.5;QD=26.0262;RBI=0.0477931;REFB=-0.0689104;REVB=0.0188589;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=ins;VARB=0.0169777;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:8:6:7:1:2:4:0:1:6:2:2:4:1:1 chr9 138903671 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6279;QD=43.486;RBI=0.0415795;REFB=0;REVB=0.0359062;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177649;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr9 138905136 . C T 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0126281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.223;QD=14.1671;RBI=0.013825;REFB=-0.0280432;REVB=0.00562675;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143506;STB=0.581449;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0396297;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:15:18:20:29:15:18:20:29 chr9 139100805 . T C 438.17 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0213564;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.684;QD=16.6923;RBI=0.0223246;REFB=-0.00605516;REVB=0.00650328;RO=57;SAF=29;SAR=19;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12856;STB=0.571801;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00635284;OID=.;OPOS=139100805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:57:57:48:48:0.457143:19:29:27:30:19:29:27:30 chr9 139110654 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0078776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.748;QD=20.268;RBI=0.0164135;REFB=-0.00178444;REVB=0.0143995;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850945;STB=0.5479;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00169901;OID=.;OPOS=139110654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:13:8:10:11:13:8 chr9 139142710 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.268;QD=45.8066;RBI=0.00264109;REFB=0;REVB=-4.66328e-07;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84838e-05;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 139142808 . T C 546.51 PASS AF=0.928571;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0498959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3941;QD=52.0484;RBI=0.128907;REFB=-0.152533;REVB=0.118859;RO=3;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529293;STB=0.526303;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.016204;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:39:42:3:3:36:39:0.928571:25:11:0:3:27:12:0:3 chr9 139252495 . G A 2579.93 PASS AF=1;AO=165;DP=169;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517402;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.17;QD=62.167;RBI=0.110187;REFB=0;REVB=0.0972835;RO=0;SAF=90;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00312e-05;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:166:0:0:165:166:1:75:90:0:0:75:91:0:0 chr9 139258825 . C A 49.78 PASS AF=0.15;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0113156;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.405;QD=3.31885;RBI=0.0164727;REFB=-0.00662999;REVB=0.011971;RO=46;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668447;STB=0.505606;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0540826;OID=.;OPOS=139258825;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:60:46:51:9:9:0.15:5:4:18:28:5:4:23:28 chr9 139273402 . C T 86.8 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.068;QD=12.8593;RBI=0.0408827;REFB=-0.00695154;REVB=-0.0408282;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0085323;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:8:8:5:6:8:8 chr9 139343719 . C T 642.31 PASS AF=1;AO=28;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196926;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.562;QD=62.6647;RBI=0.197335;REFB=0;REVB=0.0127004;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206592;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:28:41:1:24:4:0:0:26:15:0:0 chr9 139389432 . C T 222.76 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0328786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.664;QD=18.1842;RBI=0.0340069;REFB=-0.0293558;REVB=-0.00868735;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451108;STB=0.525668;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0317556;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:16:11:8:14:16:11 chr9 139391636 . G A 2640.23 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.517;QD=62.1229;RBI=0.0204381;REFB=0;REVB=0.0203117;RO=0;SAF=94;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84117e-06;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:76:94:0:0:76:94:0:0 chr9 139395187 . G A 94.19 PASS AF=0.217391;AO=13;DP=68;FAO=15;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.016953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.621;QD=5.46037;RBI=0.049727;REFB=-0.0145929;REVB=0.0467479;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5679;STB=0.712017;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0573032;OID=.;OPOS=139395187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:68:69:27:53:13:15:0.217391:10:3:21:6:12:3:23:30 chr9 139397707 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.16;QD=56.1914;RBI=0.117177;REFB=0;REVB=0.104663;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778735;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr9 139407932 . A G 631.59 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.625;QD=61.6183;RBI=0.0285665;REFB=0;REVB=-0.00953309;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117572;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:17:24:0:0 chr9 139418260 . A G 213.79 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.319;QD=45.0077;RBI=0.0202286;REFB=-0.0639733;REVB=0.000409531;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0019649;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:18:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:0:1 chr9 139510820 . G A 144.54 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0164932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.543;QD=15.2142;RBI=0.0204895;REFB=-0.0200196;REVB=-0.012157;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102765;STB=0.57423;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0335688;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:6:10:11:10:6:10:11:11 chr9 139510938 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00469558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.884;QD=15.2915;RBI=0.0271052;REFB=-0.026821;REVB=-0.0266954;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205756;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr9 139616742 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.153;QD=43.4861;RBI=0.0104464;REFB=0;REVB=-0.00941188;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117303;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 139617759 . G T 99.54 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00711801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.212;QD=5.45448;RBI=0.0072753;REFB=-0.00506128;REVB=-0.00150466;RO=57;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152942;STB=0.595807;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0160307;OID=.;OPOS=139617759;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:7:9:25:32:7:9:25:32 chr9 139621326 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0124103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.22;QD=8.69141;RBI=0.0125979;REFB=-0.00760764;REVB=-0.00216566;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107891;STB=0.56684;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0179079;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:8:9:5:3:8:9 chr9 139649578 . C CA 220.57 PASS AF=1;AO=4;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.69218;QD=25.2082;RBI=0.14588;REFB=0;REVB=0.1166;RO=32;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0103053;OID=.;OPOS=139649579;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:36:35:35:0:15:20:0:0:6:32:1:3:15:17 chr9 139649580 . G A 444.89 PASS AF=0.871795;AO=33;DP=38;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0588019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3138;QD=45.6292;RBI=0.0612136;REFB=-0.0612079;REVB=0.0170127;RO=5;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769604;STB=0.538439;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0436678;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:38:39:5:5:33:34:0.871795:16:17:1:4:17:17:1:4 chr9 139650060 . C A 868.48 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0225178;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.7895;QD=54.28;RBI=0.0359203;REFB=-0.161334;REVB=0.027986;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515147;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00350464;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:32:30:0:0:32:30:0:2 chr9 139652338 . C G 1025.13 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00169735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2478;QD=55.4122;RBI=0.013947;REFB=-0.117169;REVB=0.0138434;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270022;STB=0.521121;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00240817;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:2:3:71:71:0.959459:34:37:0:2:34:37:0:3 chr9 139656670 . T C,G 1665.9 PASS AF=0.95614,0.0350877;AO=105,8;DP=114;FAO=109,4;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=70,1;FSAR=39,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324316,-0.0617498;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=138.945,22.3779;QD=58.4528;RBI=0.0448301,0.0617498;REFB=-0.0388553,-0.0213563;REVB=0.0309504,2.24976e-06;RO=1;SAF=66,5;SAR=39,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0120121,0.125393;STB=0.506328,0.571096;STBP=0.277,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000913582,0.19637;OID=.,.;OPOS=139656670,139656670;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:114:114:1:1:105,8:109,4:0.95614,0.0350877:39,3:66,5:0:1:39,3:70,1:0:1 chr9 139656706 . A C 2153.81 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480471;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.104;QD=61.9802;RBI=0.00496768;REFB=0;REVB=-0.001262;RO=0;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110072;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:139:0:0:134:139:1:59:75:0:0:61:78:0:0 chr9 139657834 . G C 980.44 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00800203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.147;QD=53.723;RBI=0.0318778;REFB=-0.0247163;REVB=0.0308571;RO=4;SAF=45;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111912;STB=0.505927;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00229018;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:4:4:69:69:0.945205:24:45:3:1:24:45:3:1 chr9 139690840 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.574;QD=64.4152;RBI=0.0400118;REFB=0;REVB=0.0331274;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23673e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr9 139700605 . T C 731.89 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185974;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2415;QD=63.643;RBI=0.0488348;REFB=0;REVB=0.045155;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921157;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr9 139701108 . A C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0644;QD=56.1875;RBI=0.127218;REFB=0;REVB=-0.0543621;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00361955;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 139726239 . A G 234.8 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=50;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0445801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7221;QD=17.7204;RBI=0.0889591;REFB=-0.0264046;REVB=-0.0769828;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152979;STB=0.546748;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0224113;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:25:26:25:27:0.509434:17:8:12:13:17:10:12:14 chr9 139732331 . G C 1659.55 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.648;QD=60.3474;RBI=0.0168242;REFB=0;REVB=0.0133113;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67172e-06;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr9 139735209 . T C 111.59 PASS AF=0.181034;AO=20;DP=117;FAO=21;FDP=116;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0168203;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.903;QD=3.84787;RBI=0.016891;REFB=-0.0119846;REVB=0.00154294;RO=93;SAF=10;SAR=10;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144375;STB=0.600559;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0494755;OID=.;OPOS=139735209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:93:95:20:21:0.181034:10:10:36:57:10:11:38:57 chr9 139739643 . T C 236.3 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.527;QD=49.7482;RBI=0.0623732;REFB=0;REVB=0.032557;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289943;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr9 139749067 . C T 727.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.714;QD=63.2396;RBI=0.0738566;REFB=0;REVB=0.0136107;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536709;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr9 139752898 . CT C,CG 582.68 PASS AF=0.121951,0.878049;AO=4,31;DP=35;FAO=5,36;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417028,0.0389862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.889,140.287;QD=56.8471;RBI=0.0460561,0.0495933;REFB=0,0;REVB=0.0195457,0.0306524;RO=0;SAF=2,15;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0332924,0.0080249;OID=.,.;OPOS=139752899,139752899;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.121951,0.878049:4,31:35:5,36:41:0:3,20:2,16:0:0:18:0:2,15:2,16:0:0 chr9 139839904 . T G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0668394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.682;QD=16.4159;RBI=0.067084;REFB=-0.0125065;REVB=-0.00572313;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298506;STB=0.517216;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0120913;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:5:11:10:4:5:11 chr9 139840543 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9711;QD=46.8459;RBI=0.0426989;REFB=0;REVB=-0.0277428;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7435e-05;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr9 139848688 . C T 1623.67 PASS AF=0.990909;AO=105;DP=105;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.462;QD=59.0424;RBI=0.0208118;REFB=0.0288916;REVB=0.0148349;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-8.59847e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:110:0:1:105:109:0.990909:60:45:0:0:64:45:1:0 chr9 139872048 . A G 1988.95 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.632;QD=62.1546;RBI=0.0567912;REFB=0;REVB=-0.0517267;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57331e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:64:64:0:0:64:64:0:0 chr9 139878317 . C T 418.24 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.112894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.445;QD=53.9666;RBI=0.114071;REFB=-0.141451;REVB=0.0163469;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00400198;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr9 139878828 . T C 465.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.625;QD=58.1836;RBI=0.0396885;REFB=0;REVB=0.0311058;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39028e-05;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr9 139902214 . A G 944.19 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175901;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9346;QD=57.2236;RBI=0.0734913;REFB=0.0030991;REVB=-0.0713552;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000718488;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:0:1:35:30:0:1 chr9 139904037 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.945;QD=47.8222;RBI=0.0562919;REFB=0;REVB=-0.0504674;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128532;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr9 139906359 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.624;QD=62.3499;RBI=0.0524845;REFB=0;REVB=0.0509638;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233264;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr9 139912484 . A G 366.2 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.434;QD=54.2516;RBI=0.0071507;REFB=0;REVB=-0.0025848;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643418;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr9 139913239 . T G 1300.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.252;QD=61.2187;RBI=0.0332018;REFB=0;REVB=0.0196333;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65257e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:32:49:0:0:35:50:0:0 chr9 139923265 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.223;QD=59.4356;RBI=0.0332759;REFB=0;REVB=0.0183371;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125664;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr9 139926402 . T C 267.39 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.053944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4813;QD=42.7827;RBI=0.0630285;REFB=0.00251921;REVB=0.0325981;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368142;STB=0.519982;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00204107;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:11:11:2:1:11:11:2:1 chr9 139937795 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0900607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.947;QD=58.0607;RBI=0.0999973;REFB=0;REVB=0.0434573;RO=0;SAF=7;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131547;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:54:7:0:0:54:7:0:0 chr9 139937799 . G A 888.42 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00516798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7063;QD=56.4078;RBI=0.0126671;REFB=-0.107006;REVB=-0.0115649;RO=0;SAF=8;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00147914;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:54:8:0:0:54:8:0:1 chr9 139943549 . G A 237.91 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.921;QD=45.317;RBI=0.0406787;REFB=-0.115532;REVB=0.0212208;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00174204;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:19:20:0.952381:9:10:0:0:10:10:1:0 chr9 139973820 . C T 1742.42 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6149;QD=60.606;RBI=0.0698067;REFB=0;REVB=-0.0365517;RO=1;SAF=11;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117753;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:1:0:114:115:1:103:11:1:0:103:12:0:0 chr9 139981627 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.757;QD=52.6125;RBI=0.0315779;REFB=0;REVB=-0.00868407;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198979;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr9 140002220 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.787;QD=39.2026;RBI=0.0496175;REFB=0;REVB=0.0483431;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525987;OID=.;OPOS=140002220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr9 140002963 . G A 504.78 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=65;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0389841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.872;QD=31.0631;RBI=0.0392056;REFB=-0.00203154;REVB=0.00416142;RO=20;SAF=26;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129647;STB=0.507019;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000542501;OID=.;OPOS=140002963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:20:45:45:0.692308:19:26:12:8:19:26:12:8 chr9 140002989 . T C 772.94 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0228503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9961;QD=50.6843;RBI=0.0343133;REFB=-0.13097;REVB=0.0255983;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200576;STB=0.538448;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00511733;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:61:1:4:56:57:0.934426:23:33:0:1:24:33:0:4 chr9 140003427 . A G 446.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.343;QD=57.6635;RBI=0.00784244;REFB=0;REVB=-0.00504491;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02626e-05;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr9 140006202 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.803;QD=50.4133;RBI=0.0769952;REFB=0;REVB=0.0713178;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556727;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 140006425 . C G 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.528;QD=46.9586;RBI=0.0497617;REFB=-0.00291321;REVB=0.0434857;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000754708;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:0:1:9:11:0:1 chr9 140115243 . AG GA 76.44 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0145842;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=33.734;QD=13.2946;RBI=0.0153994;REFB=-0.0118874;REVB=-0.00494401;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137251;STB=0.517182;STBP=0.996;TYPE=mnp;VARB=0.0240531;OID=.;OPOS=140115243;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:24:23:10:11:6:6:0.26087:1:5:9:1:1:5:9:2 chr9 140115554 . G A 138.85 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0163727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.495;QD=19.8363;RBI=0.0253682;REFB=-0.00717211;REVB=-0.0193773;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27002;STB=0.673226;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00982811;OID=.;OPOS=140115554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:11:4:7:5:11:4:8:5 chr9 140120396 . C T 42.42 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0552104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.776;QD=18.8534;RBI=0.055352;REFB=-0.0316652;REVB=-0.00395686;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418591;STB=0.79893;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00131014;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:1:5:0:2:1:5:0:3 chr9 140123132 . C G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00590543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6605;QD=22.5855;RBI=0.116228;REFB=-0.0329218;REVB=-0.116077;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161641;STB=0.592415;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0161;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:3:3:3:8:3:3 chr9 140128085 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0286632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1377;QD=18.6414;RBI=0.0494476;REFB=-0.0133191;REVB=0.0402926;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593965;STB=0.503368;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00904122;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:15:9:8:13:15:9 chr9 140130606 . A T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0611;QD=56.9976;RBI=0.021823;REFB=0;REVB=-0.0216277;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180565;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr9 140139184 . A G 237.97 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0038306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.969;QD=16.1337;RBI=0.00828157;REFB=-0.0199524;REVB=0.0073424;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106739;STB=0.536206;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0174421;OID=.;OPOS=140139184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:11:16:21:9:11:16:21:11 chr9 140139757 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.548;QD=44.6852;RBI=0.109247;REFB=0;REVB=0.107693;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161879;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:9:4:0:0 chr9 140146956 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0303547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.322;QD=15.1962;RBI=0.0314316;REFB=-0.00517043;REVB=-0.00815696;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134185;STB=0.576842;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0070302;OID=.;OPOS=140146956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:7:19:11:7:7:19 chr9 140147273 . C T 359.64 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0137793;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.972;QD=17.1255;RBI=0.0138865;REFB=-0.0232226;REVB=0.00172283;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126146;STB=0.56726;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.031595;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:46:37:38:0.452381:22:15:24:21:22:16:25:21 chr9 140147561 . C T 83.15 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0264391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3426;QD=19.5637;RBI=0.0340838;REFB=-0.0360328;REVB=0.02151;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.549903;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0285198;OID=.;OPOS=140147561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:16:17:6:7:10:10:0.588235:6:4:1:5:6:4:2:5 chr9 140150476 . C T 173.1 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00292602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.157;QD=18.7133;RBI=0.0146463;REFB=-0.0132145;REVB=-0.014351;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155642;STB=0.511099;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0165274;OID=.;OPOS=140150476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:6:11:12:7:7:11:12:7 chr9 140177040 . A T 1084.2 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0302671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7427;QD=58.6053;RBI=0.0430771;REFB=0.0198616;REVB=-0.0306519;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00704004;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:0:1:35:38:0:1 chr9 140242634 . G C 341.81 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0274997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1383;QD=12.8983;RBI=0.0379839;REFB=-0.0191508;REVB=-0.026202;RO=65;SAF=20;SAR=21;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711551;STB=0.540422;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.035983;OID=.;OPOS=140242634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:21:20:36:29:21:20:36:29 chr9 140243844 . C T 181.88 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=33;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0186091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.786;QD=20.7864;RBI=0.0191592;REFB=-0.015569;REVB=-0.00455813;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149707;STB=0.561975;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.022646;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:16:16:17:19:0.542857:4:13:10:6:5:14:10:6 chr9 140245792 . C T 164.22 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000816261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.486;QD=11.1334;RBI=0.0114047;REFB=-0.0043966;REVB=-0.0113754;RO=38;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343092;STB=0.70155;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0114206;OID=.;OPOS=140245792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:5:16:18:20:5:16:18:20 chr9 140247143 . T G 803.08 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000362175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.373;QD=55.3846;RBI=0.0291911;REFB=-0.056258;REVB=-0.0291888;RO=1;SAF=43;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108441;STB=0.505745;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00280006;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:14:43:1:0:14:43:1:0 chr9 140250818 . C G,T 824.39 PASS AF=0.101695,0.898305;AO=5,53;DP=59;FAO=6,53;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=4,34;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449898,-0.0452609;FXX=0.0166639;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.0545,115.155;QD=55.8907;RBI=0.00580324,0.0507183;REFB=0,0;REVB=-0.00366562,0.0228866;RO=0;SAF=4,34;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.97342e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0650816,-0.000233647;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:59:59:0:0:5,53:6,53:0.101695,0.898305:1,19:4,34:0:0:2,19:4,34:0:0 chr9 140262426 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0418571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.971;QD=17.827;RBI=0.0452338;REFB=-0.0300941;REVB=0.0171489;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793454;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0249392;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:6:6:6:4:6:6:6:5 chr9 140330976 . T C 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.782;QD=57.541;RBI=0.081933;REFB=0;REVB=-0.0810032;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63628e-05;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr9 140332478 . A G 364.55 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316097;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.163;QD=56.0847;RBI=0.0356026;REFB=0;REVB=0.0163821;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558378;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr9 140356422 . G C 236.28 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00117791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.643;QD=17.5019;RBI=0.0028265;REFB=-0.0240996;REVB=0.00256936;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232275;STB=0.630155;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0301961;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:9:19:11:15:9:19 chr9 140357972 . A G 541.66 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331495;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.87;QD=60.1849;RBI=0.0046078;REFB=0;REVB=0.00320045;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71444e-05;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 140374861 . A G 695.51 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586555;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.929;QD=56.7761;RBI=0.00593535;REFB=0;REVB=-0.00090754;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122379;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr9 140392616 . G A 204.4 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0108382;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7374;QD=24.7753;RBI=0.0126004;REFB=-0.0265681;REVB=0.00642664;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125965;STB=0.506323;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00552216;OID=.;OPOS=140392616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:19:20:0.606061:7:12:8:5:8:12:8:5 chr9 140414410 . C T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00887965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.331;QD=13.7413;RBI=0.0172434;REFB=-0.0261569;REVB=0.0147813;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176062;STB=0.599933;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.029914;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:14:15:15:28:14:15:15:28 chr9 140611436 . T C 99.5 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00323409;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.43;QD=13.7246;RBI=0.00442486;REFB=-0.0118486;REVB=0.00301995;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599834;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0230299;OID=.;OPOS=140611436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:10:7:7:5:10:7 chr9 140638416 . G A 197.74 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0628725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.404;QD=14.6477;RBI=0.0648105;REFB=-0.0174616;REVB=0.0157306;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266625;STB=0.652042;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0171386;OID=.;OPOS=140638416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:19:12:15:8:19:12 chr9 140638461 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0961552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7727;QD=12.8691;RBI=0.0965719;REFB=-0.0335548;REVB=-0.00896124;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266414;STB=0.653237;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0219654;OID=.;OPOS=140638461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:13:8:21:12:13:8:21:12 chr9 140679695 . G C 335.42 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0151959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6419;QD=20.0251;RBI=0.0569197;REFB=0.00914339;REVB=0.0548538;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402297;STB=0.536606;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00776548;OID=.;OPOS=140679695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:32:34:35:0.522388:17:17:18:15:18:17:18:14 chr9 140687468 . A G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0157323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.373;QD=21.839;RBI=0.0176293;REFB=-0.00185026;REVB=-0.00795544;RO=24;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203494;STB=0.614363;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00213999;OID=.;OPOS=140687468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:8:17:11:13:8:17:11:13 chr9 140707560 . G T 119.55 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.000652776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2913;QD=13.6631;RBI=0.0276816;REFB=-0.0304724;REVB=-0.0276739;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240764;STB=0.639808;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0370731;OID=.;OPOS=140707560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:14:7:8:6:14:7 chr9 140777306 . C G 199.93 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.040647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6177;QD=11.5902;RBI=0.0407785;REFB=-0.0233944;REVB=-0.003272;RO=43;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513099;STB=0.549961;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0339281;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:44:24:25:0.362319:10:14:27:16:11:14:28:16 chr9 140786918 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5046;QD=56.9979;RBI=0.0441463;REFB=0;REVB=0.0418432;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150293;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr9 140878616 . G A 1943.15 PASS AF=0.962687;AO=129;DP=134;FAO=129;FDP=134;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0307088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.474;QD=58.0045;RBI=0.0335564;REFB=-0.122382;REVB=0.0135277;RO=4;SAF=71;SAR=58;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316465;STB=0.520658;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000516313;OID=.;OPOS=140878616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:134:134:4:5:129:129:0.962687:58:71:0:4:58:71:0:5 chr9 140881314 . A C 747.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.569;QD=63.6401;RBI=0.088841;REFB=0;REVB=0.0842403;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190648;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:17:26:0:0:21:26:0:0 chr9 140911670 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.391;QD=56.7016;RBI=0.0268707;REFB=0;REVB=0.00749138;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218941;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 140952690 . G A 1097.95 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1156;QD=60.1619;RBI=0.0528301;REFB=0;REVB=0.0446383;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334507;OID=.;OPOS=140952690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr9 141016262 . T G 485.28 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=8;FWDB=-0.00513213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1395;QD=17.8086;RBI=0.00524742;REFB=0.000398782;REVB=-0.00109392;RO=57;SAF=39;SAR=13;SRF=49;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150563;STB=0.582753;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.000505023;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:13:39:49:8:13:39:49:8 chr9 141069563 . A G 242.25 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0319406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8978;QD=29.364;RBI=0.0346976;REFB=-0.0386272;REVB=0.0135546;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110187;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:14:8:4:7:14:8:4:7 chr9 141107536 . G GGCA 42.39 PASS AF=0.205882;AO=5;DP=43;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.032217;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=162.382;QD=4.98685;RBI=0.0780831;REFB=-0.0230802;REVB=-0.0711269;RO=36;SAF=4;SAR=1;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354944;STB=0.824687;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.156443;OID=.;OPOS=141107537;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:5:43:7:34:27:6:1:13:14:42:36:4:1:18:18 chr10 294953 . A G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3333;QD=56.6998;RBI=0.0865368;REFB=0;REVB=0.0250852;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762118;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr10 299342 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.028399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.26;QD=14.8342;RBI=0.0313021;REFB=-0.00219996;REVB=0.0131652;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032989;STB=0.501885;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00252912;OID=.;OPOS=299342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:8:14:19:11:8:14:19:11 chr10 323283 . A G 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0073391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.796;QD=13.4844;RBI=0.0401792;REFB=-0.0220544;REVB=-0.0395032;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176743;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0189399;OID=.;OPOS=323283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:7:4:5:4:7:4 chr10 373048 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.035;QD=59.5008;RBI=0.0361855;REFB=0;REVB=0.0255445;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179829;OID=.;OPOS=373048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr10 429977 . G A 126.72 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0211186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.88;QD=18.7726;RBI=0.0672962;REFB=-0.022487;REVB=-0.0638967;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256161;STB=0.624826;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0242841;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:14:14:0.518519:8:6:9:3:8:6:9:4 chr10 445061 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.162;QD=57.2025;RBI=0.0335828;REFB=0;REVB=0.0272572;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516091;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr10 459940 . G A 443.52 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.346;QD=57.2278;RBI=0.030475;REFB=0;REVB=0.0304393;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403827;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr10 696237 . G A 1096.94 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180373;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.296;QD=57.7336;RBI=0.0283707;REFB=-0.12012;REVB=0.0218987;RO=1;SAF=46;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101746;STB=0.50877;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000284724;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:76:1:1:74:75:0.986842:28:46:1:0:28:47:0:1 chr10 1018585 . T G 225.53 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00314684;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.384;QD=19.6112;RBI=0.00314688;REFB=-0.0247053;REVB=-1.66601e-05;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105241;STB=0.548149;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0280396;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:24:22:22:0.478261:9:13:12:13:9:13:12:12 chr10 1046712 . G A 390.71 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0173517;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.922;QD=18.8293;RBI=0.0174185;REFB=-0.0266592;REVB=-0.00152366;RO=39;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332749;STB=0.544007;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0427224;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:39:43:40:40:0.481928:18:22:20:19:18:22:20:23 chr10 1068639 . C T 426.31 PASS AF=0.453608;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0159763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.189;QD=17.5798;RBI=0.0202237;REFB=-0.00486523;REVB=0.0123999;RO=53;SAF=26;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771787;STB=0.548069;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00429454;OID=.;OPOS=1068639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:53:43:44:0.453608:17:26:28:25:17:27:28:25 chr10 1081791 . G GCCTGGCCCA 189.35 PASS AF=0.301205;AO=23;DP=85;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0267058;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=9;MLLD=253.429;QD=9.12507;RBI=0.0267989;REFB=-0.00989701;REVB=-0.00223219;RO=59;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159594;STB=0.537987;STBP=0.647;TYPE=ins;VARB=0.0237593;OID=.;OPOS=1081792;OREF=-;OALT=CCTGGCCCA;OMAPALT=GCCTGGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301205:23:85:25:83:58:13:12:27:31:99:59:11:12:29:30 chr10 1089616 . T C 245.06 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00526362;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.644;QD=22.7961;RBI=0.00917781;REFB=-0.00286078;REVB=-0.00751841;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290823;STB=0.66251;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000880437;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:6:14:8:15:6:14 chr10 1142208 . T C 1072.2 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.698;QD=57.1838;RBI=0.0381216;REFB=-0.0765411;REVB=0.0266858;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111301;STB=0.502054;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00200033;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:42:31:0:1:42:31:1:1 chr10 1175894 . A G 1018.11 PASS AF=0.946667;AO=72;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0470808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6088;QD=54.2991;RBI=0.0785772;REFB=-0.201185;REVB=0.0629109;RO=3;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388238;STB=0.52777;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0095251;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:4:72:71:0.946667:35:37:0:3:34:37:0:4 chr10 1230968 . C T 466.83 PASS AF=0.377483;AO=56;DP=152;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.0726155;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9256;QD=12.3663;RBI=0.0726534;REFB=-0.0171674;REVB=-0.00234733;RO=95;SAF=40;SAR=16;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167396;STB=0.60164;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0326342;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:95:94:56:57:0.377483:16:40:55:40:16:41:54:40 chr10 3143643 . A C 580.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447258;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.844;QD=61.1084;RBI=0.051922;REFB=0;REVB=0.0263723;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464807;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr10 3155620 . A G 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1247;QD=59.3199;RBI=0.0610425;REFB=0;REVB=-0.0534502;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121224;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr10 3172121 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0149281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.713;QD=22.3968;RBI=0.0207085;REFB=-0.0104577;REVB=0.0143525;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855201;STB=0.53843;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0137718;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:10:15:11:11:10:15:12:11 chr10 3178815 . G C 364.36 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0134047;FXX=0.164687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.098;QD=20.5274;RBI=0.0136148;REFB=-0.0214613;REVB=-0.00238247;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158323;STB=0.563717;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0154873;OID=.;OPOS=3178815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:71:31:36:35:35:0.492958:16:19:11:20:16:19:15:21 chr10 3178816 . T C 31.95 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0405514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.6084;QD=1.48599;RBI=0.0476549;REFB=-0.0219116;REVB=-0.0250314;RO=73;SAF=7;SAR=1;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515707;STB=0.883905;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0250125;OID=.;OPOS=3178816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:81:86:73:78:8:8:0.0930233:1:7:30:43:1:7:34:44 chr10 3178881 . C T 137.85 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0223722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.987;QD=11.4871;RBI=0.0248772;REFB=-0.0058432;REVB=-0.0108792;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105643;STB=0.562423;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0454096;OID=.;OPOS=3178881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:13:19:8:8:13:19 chr10 3179703 . C T 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00962583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4055;QD=13.3342;RBI=0.0305542;REFB=-0.0248464;REVB=0.0289983;RO=53;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018655;STB=0.501065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117563;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:15:18:29:24:15:18:29:24 chr10 3179708 . A G 313.08 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0154472;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.333;QD=14.231;RBI=0.0377605;REFB=-0.0261528;REVB=-0.0344563;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171344;STB=0.514843;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0486163;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:36:53:35:35:0.397727:15:20:27:9:15:20:29:24 chr10 3180227 . T C 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3557;QD=59.1408;RBI=0.0285515;REFB=0;REVB=-0.0285159;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242764;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr10 3180316 . T C 161.27 PASS AF=0.37037;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0466345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.662;QD=11.946;RBI=0.0572166;REFB=-0.0315382;REVB=0.0331507;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654866;STB=0.537;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0354996;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:34:34:18:20:0.37037:9:9:15:19:10:10:15:19 chr10 3181003 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.519;QD=59.4353;RBI=0.036147;REFB=0;REVB=0.03562;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321805;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr10 3189380 . C T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.677;QD=57.5428;RBI=0.020655;REFB=0;REVB=0.0205667;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57728e-05;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr10 3190265 . A G 696.41 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0877893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9532;QD=56.8499;RBI=0.13808;REFB=-0.111151;REVB=0.106579;RO=2;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494049;STB=0.538445;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00942168;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:2:3:46:46:0.938776:18:28:0:2:18:28:0:3 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T 84.39 PASS AF=0.40625;AO=14;DP=36;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0152119;FXX=0.135099;HRUN=6;LEN=13;MLLD=284.321;QD=10.5485;RBI=0.0166271;REFB=0.000630339;REVB=0.00671256;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=0.14117;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=-0.000662442;OID=.;OPOS=3193558;OREF=AAAAAAGAAACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:14:36:13:32:19:9:4:13:6:84:14:10:4:8:6 chr10 3197856 . C G 407.67 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0201134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.847;QD=25.8837;RBI=0.0305596;REFB=-0.0294725;REVB=0.0230074;RO=24;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958552;STB=0.55237;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0153733;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:20:19:15:9:20:19:15:9 chr10 3200292 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000133033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.274;QD=60.2304;RBI=0.0320422;REFB=0;REVB=0.0320419;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137908;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr10 3202065 . T C 1250.52 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119842;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.793;QD=61.7543;RBI=0.113475;REFB=0;REVB=0.11284;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360702;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:40:38:0:0:43:38:0:0 chr10 3206027 . A G 1151.52 PASS AF=0.975;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0317218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.659;QD=57.576;RBI=0.0432944;REFB=-0.122935;REVB=0.0294641;RO=2;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193062;STB=0.509997;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00126818;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:80:2:2:75:78:0.975:48:27:0:2:49:29:0:2 chr10 3208557 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.346;QD=61.6838;RBI=0.035556;REFB=0;REVB=0.0333362;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114283;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr10 3208567 . T TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG 81.3 PASS AF=0.289474;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00330882;FXX=0;HRUN=1;LEN=25;MLLD=528.119;QD=8.55808;RBI=0.00401891;REFB=-0.0204603;REVB=0.00228108;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360469;STB=0.72686;STBP=0.082;TYPE=ins;VARB=0.033599;OID=.;OPOS=3208568;OREF=-;OALT=GCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG;OMAPALT=TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:10:38:11:38:27:3:8:16:11:81:26:3:7:16:10 chr10 3214369 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.262;QD=60.9786;RBI=0.0249743;REFB=0;REVB=-0.00114485;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103835;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr10 5019959 . G A 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.234;QD=58.5776;RBI=0.0607469;REFB=0;REVB=0.0491813;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026482;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr10 5032239 . A AG 51.82 PASS AF=0.36;AO=5;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0223466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.9135;QD=8.29065;RBI=0.0328968;REFB=-0.00192392;REVB=0.0241419;RO=20;SAF=2;SAR=3;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458604;STB=0.762262;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.00462623;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:5:25:9:25:16:4:5:14:2:51:20:2:3:16:4 chr10 5032240 . G GA,GGA 32.23 PASS AF=0.12,0.16;AO=4,4;DP=25;FAO=3,4;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2,2;FSAR=1,2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00907925,-0.0155337;FXX=0;HRUN=9,1;LEN=1,2;MLLD=7.3163,31.3855;QD=5.15607;RBI=0.198988,0.131261;REFB=-0.0721676,-0.0338152;REVB=0.198781,0.130339;RO=15;SAF=3,2;SAR=1,2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0806035,-0.360561;STB=0.614709,0.726371;STBP=0.809,0.432;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00750952,-0.0126998;OID=.,.;OPOS=5032241,5032241;OREF=-,-;OALT=A,GA;OMAPALT=GA,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12,0.16:4,4:25:3,4:25:18:2,2:1,2:14:4:22:15:3,2:1,2:12:3 chr10 5046907 . A G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00315702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5396;QD=10.9362;RBI=0.00850924;REFB=0.00133161;REVB=-0.00790193;RO=33;SAF=13;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356171;STB=0.708799;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00519623;OID=.;OPOS=5046907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:3:13:18:15:3:13:19:15 chr10 5046957 . A T 435.82 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.272;QD=54.4778;RBI=0.0482214;REFB=-0.0704512;REVB=0.022857;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00437555;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:0:1:11:20:0:1 chr10 5120157 . G T 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0330854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.765;QD=28.226;RBI=0.0330858;REFB=0.00563007;REVB=0.000162097;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111553;STB=0.562397;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00185181;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:6:6:3:1:6:6:3:1 chr10 5136651 . C G 702.2 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0107885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.819;QD=25.7688;RBI=0.0182849;REFB=-0.0170912;REVB=0.014763;RO=43;SAF=20;SAR=46;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248493;STB=0.635466;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00653892;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:43:66:66:0.605505:46:20:27:16:46:20:27:16 chr10 5139685 . G A 217.01 PASS AF=0.433333;AO=22;DP=57;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000789414;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.551;QD=14.4675;RBI=0.00104678;REFB=-0.0104248;REVB=-0.000687442;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411983;STB=0.516117;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0156199;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:35:34:22:26:0.433333:14:8:14:21:16:10:14:20 chr10 5149701 . AGG AGA,AG 356.18 PASS AF=0.605263,0.236842;AO=23,9;DP=38;FAO=23,9;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=11,9;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0157325,-0.0385044;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=232.199,17.0052;QD=37.4922;RBI=0.0183763,0.0390982;REFB=0.00543451,0.0631406;REVB=0.00949614,-0.00678845;RO=6;SAF=11,9;SAR=12,0;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.447038;SSSB=0.184039,0.840898;STB=0.599917,0.998665;STBP=0.056,0;TYPE=snp,del;VARB=0.00363256,0.0498696;OID=.,.;OPOS=5149703,5149702;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.605263,0.236842:23,9:38:23,9:38:6:11,9:12,0:0:6:55:6:11,9:12,0:0:6 chr10 5197881 . A G 104.59 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0113455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9958;QD=19.9213;RBI=0.0181073;REFB=-0.0275635;REVB=0.0141123;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704983;STB=0.540469;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0321709;OID=.;OPOS=5197881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:2:10:7:2:2:10:7:2 chr10 5199934 . G C 668.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4053;QD=62.2112;RBI=0.0713769;REFB=0;REVB=0.0261385;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850504;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:17:26:0:0 chr10 5202060 . C T 223.22 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0113674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3071;QD=42.518;RBI=0.0199401;REFB=0.101573;REVB=0.0163826;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.549948;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00964946;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:21:2:2:18:19:0.904762:10:8:2:0:10:9:2:0 chr10 5202104 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.974;QD=49.5987;RBI=0.0608565;REFB=0;REVB=-0.0387496;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300284;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 5202145 . T A 45.56 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00675153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.84;QD=26.0359;RBI=0.0199081;REFB=0.0101685;REVB=-0.0187283;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000645387;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr10 5244441 . A G 253.41 PASS AF=0.519231;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0205013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.743;QD=19.4933;RBI=0.0387236;REFB=-0.0104388;REVB=-0.0328513;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680617;STB=0.55696;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0140943;OID=.;OPOS=5244441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:25:25:27:0.519231:8:17:14:9:8:19:15:10 chr10 5246584 . C A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.037378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.562;QD=16.0718;RBI=0.0373782;REFB=-0.00365564;REVB=-9.94562e-05;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101772;STB=0.557153;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0040273;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:11:24:17:12:11:24 chr10 5255024 . C CG 1021.74 PASS AF=0.908046;AO=11;DP=93;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0570771;FXX=0.0333296;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.836;QD=46.9767;RBI=0.0684963;REFB=-0.0966073;REVB=0.0378675;RO=77;SAF=2;SAR=9;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520782;STB=0.544433;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0103371;OID=.;OPOS=5255025;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.908046:11:93:79:87:8:41:38:8:0:32:77:2:9:49:28 chr10 5255025 . A G 850.04 PASS AF=0.755556;AO=66;DP=88;FAO=68;FDP=90;FR=.;FRO=22;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0294407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.138;QD=37.7797;RBI=0.0364717;REFB=-0.109179;REVB=-0.0215274;RO=14;SAF=38;SAR=28;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958055;STB=0.50331;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0077703;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:14:22:66:68:0.755556:28:38:4:10:30:38:12:10 chr10 5415798 . G A 242.06 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.00783009;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3413;QD=12.103;RBI=0.0558822;REFB=-0.0235232;REVB=0.0553309;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333396;STB=0.691166;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0448151;OID=.;OPOS=5415798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:48:51:29:29:0.3625:17:12:35:13:17:12:37:14 chr10 5415954 . A G 870.23 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000335093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.076;QD=56.1436;RBI=0.00623619;REFB=0.0182858;REVB=-0.00622719;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000928481;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:31:30:0:0:31:30:0:1 chr10 5435918 . G A 337.78 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0113126;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6366;QD=25.0209;RBI=0.0450306;REFB=-0.0162511;REVB=0.0435865;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112904;STB=0.566971;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0150332;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:21:32:33:0.611111:17:15:7:15:18:15:6:15 chr10 5436260 . A G 198.2 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=52;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0216958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.399;QD=14.1571;RBI=0.0276;REFB=-0.0265072;REVB=-0.0170602;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28573;STB=0.607058;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0351353;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:31:32:20:24:0.428571:12:8:21:10:12:12:22:10 chr10 5437365 . A G 389.94 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00151656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.427;QD=21.6635;RBI=0.020025;REFB=-0.000538617;REVB=-0.0199675;RO=32;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782936;STB=0.536566;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000539314;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:39:39:0.541667:22:17:17:15:22:17:17:16 chr10 5446794 . C T 109.93 PASS AF=0.35;AO=12;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00439156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7827;QD=10.9928;RBI=0.0275466;REFB=-0.0125729;REVB=-0.0271943;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235578;STB=0.571327;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0292819;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:26:26:12:14:0.35:8:4:14:12:8:6:14:12 chr10 5471200 . C T 1525.44 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9488;QD=59.8211;RBI=0.0373669;REFB=0;REVB=0.0282671;RO=0;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279796;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:63:39:0:0:63:39:0:0 chr10 5495218 . T C 753.44 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000701747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.998;QD=61.505;RBI=0.0666087;REFB=-0.027203;REVB=0.066605;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.507933;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000795746;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:49:48:0.979592:17:32:0:0:17:31:1:0 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAA,TAT 1293.64 PASS AF=0.784091,0.147727,0,0.0681818;AO=46,43,5,10;DP=116;FAO=69,13,0,6;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29,6,0,6;FSAR=40,7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133726,-0.00366769,-0.0110631,-0.00706862;FXX=0.0833246;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,1,2,3;MLLD=140.083,137.423,104.31,127.063;QD=58.802;RBI=0.207383,0.145104,0.15586,0.139437;REFB=0,0,0,0;REVB=0.207379,0.145058,0.155467,0.139258;RO=7;SAF=10,27,5,9;SAR=36,16,0,1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0275251,0.130631,0.798302,0.619789;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp;VARB=-0.0149598,0.0184841,0.0290443,0.046703;OID=.,.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703,5499703;OREF=A,A,AT,ATA;OALT=-,T,TA,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:116:88:7:0:46,43,5,10:69,13,0,6:0.784091,0.147727,0,0.0681818:36,16,0,1:10,27,5,9:1:6:40,7,0,0:29,6,0,6:0:0 chr10 5541230 . T C 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0189602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.155;QD=11.845;RBI=0.0246909;REFB=-0.00958131;REVB=-0.0158162;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277532;STB=0.660071;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0211108;OID=.;OPOS=5541230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:27:18:17:9:27:18 chr10 5567366 . G A 429.64 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00894089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9865;QD=17.3591;RBI=0.0140224;REFB=-0.015653;REVB=-0.0108023;RO=55;SAF=30;SAR=13;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271369;STB=0.64096;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0139387;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:43:44:0.444444:13:30:24:31:14:30:24:31 chr10 5567695 . G A 1302.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.478;QD=62.0154;RBI=0.0595192;REFB=0;REVB=0.0287434;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149419;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:30:53:0:0:31:53:0:0 chr10 5567967 . G T 520.37 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00790914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.181;QD=20.4066;RBI=0.00883714;REFB=-0.0173355;REVB=0.00394215;RO=49;SAF=29;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678818;STB=0.537421;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0170544;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:24:29:23:26:24:29:23:26 chr10 5673528 . G A 92.36 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0105349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.697;QD=8.79611;RBI=0.0137814;REFB=-0.00176329;REVB=-0.00888495;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181326;STB=0.61886;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00714229;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:29:30:12:12:0.285714:6:6:10:19:6:6:10:20 chr10 5682070 . C T 409.73 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0107792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9316;QD=20.7457;RBI=0.0107932;REFB=-0.028581;REVB=-0.00054999;RO=38;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546959;STB=0.53027;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0304524;OID=.;OPOS=5682070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:19:22:18:20:19:22:18:20 chr10 5765637 . C T 80.2 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0163411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.486;QD=10.6938;RBI=0.027474;REFB=-0.0128717;REVB=-0.022086;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978809;STB=0.589906;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0733192;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:29:30:19:19:10:11:0.366667:4:6:13:6:5:6:13:6 chr10 5781628 . T G 277.49 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0359371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2565;QD=20.5545;RBI=0.0479223;REFB=0.0100949;REVB=-0.0317028;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056155;STB=0.531228;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0152604;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:13:12:12:17:13:12 chr10 5781969 . A T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0307166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8588;QD=15.7004;RBI=0.0614599;REFB=0.00318737;REVB=0.0532335;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405441;STB=0.7365;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00209261;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:12:3:11:8:12:3:11:8 chr10 5788608 . G C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00705807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.514;QD=16.8228;RBI=0.0116025;REFB=-0.0343366;REVB=0.0092088;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.017745;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:2:3:6:1:2:3 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 75.24 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0119743;FXX=0;HRUN=2;LEN=9;MLLD=357.835;QD=14.3317;RBI=0.0120024;REFB=-0.00874881;REVB=-0.000820532;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.00927945;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:21:10:21:11:3:7:5:6:74:11:3:7:5:6 chr10 5790420 . T C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.588;QD=43.4787;RBI=0.0417575;REFB=0;REVB=0.031818;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26398e-05;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr10 5790616 . A G 206.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0133286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.999;QD=17.2433;RBI=0.027267;REFB=-0.0231557;REVB=0.0237873;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174079;STB=0.5999;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0304663;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:12:15:15:6:12:15 chr10 5804531 . G A 294.02 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0100726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.608;QD=12.6462;RBI=0.0144248;REFB=-0.00398611;REVB=0.0103256;RO=59;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978245;STB=0.556083;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00547531;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:16:18:26:33:16:18:26:33 chr10 5853817 . G C 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0122835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.829;QD=9.19672;RBI=0.0140341;REFB=-0.00589076;REVB=0.00678763;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00873428;OID=.;OPOS=5853817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:7:6:3:4:7:6 chr10 5855225 . G A 216.78 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00297803;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.6621;QD=21.6779;RBI=0.0266707;REFB=-0.0156462;REVB=-0.026504;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247124;STB=0.62253;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00861453;OID=.;OPOS=5855225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:11:10:14:4:11:10:14:5 chr10 5920121 . T C 339.97 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.468;QD=54.3959;RBI=0.016133;REFB=0;REVB=0.0154273;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21563e-05;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr10 5925971 . C A 340.03 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7191;QD=54.4053;RBI=0.0386317;REFB=0;REVB=-0.0356061;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189989;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr10 5979119 . C T 398.72 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0230857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1504;QD=20.9851;RBI=0.0251181;REFB=-0.0102933;REVB=-0.00989778;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430237;STB=0.523798;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00939401;OID=.;OPOS=5979119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:18:22:18:18:18:22:18:18 chr10 6150677 . C A 658.06 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=107;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.00253178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6045;QD=24.6003;RBI=0.0114007;REFB=0.0222445;REVB=-0.011116;RO=40;SAF=24;SAR=39;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102095;STB=0.548248;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0255565;OID=.;OPOS=6150677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:40:44:63:63:0.588785:39:24:10:30:39:24:12:32 chr10 6191735 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1355;QD=60.9742;RBI=0.0409709;REFB=0;REVB=-0.0274545;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588262;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr10 6287695 . G A 37.66 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0215727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.235;QD=9.41556;RBI=0.022662;REFB=0.00197385;REVB=0.0069415;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.608323;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0298856;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:2:4:5:4:2:4:5:5 chr10 6392848 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.114;QD=60.2289;RBI=0.0243671;REFB=0;REVB=0.0233552;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21529e-05;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr10 6393009 . A G 255.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8893;QD=51.1644;RBI=0.0705647;REFB=0;REVB=-0.0698429;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179671;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 6393260 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.639;QD=55.656;RBI=0.0126365;REFB=0;REVB=0.006639;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76427e-05;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr10 6393706 . ACAGG A 118.37 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276377;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=4;MLLD=222.541;QD=43.0446;RBI=0.073699;REFB=0;REVB=0.0683206;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000328594;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:12:11:11:0:5:6:0:0:4:0:4:5:0:0 chr10 6394362 . TTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCA TTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCA,TTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCC 92.45 PASS AF=0.571429,0.142857;AO=6,2;DP=20;FAO=8,2;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0470306,0.202467;FXX=0.363471;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=109.914,28.9013;QD=26.4136;RBI=0.138993,0.202519;REFB=-0.057935,-0.128464;REVB=0.130794,-0.00459181;RO=5;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.290708,0;STB=0.642549,0.5;STBP=0.288,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0438994,-0.000546481;OID=.,.;OPOS=6394363,6394414;OREF=TCCA,A;OALT=-,C;OMAPALT=TTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCA,TTCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0.142857:6,2:20:8,2:14:4:5,2:3,0:4:0:27:5:5,2:1,0:5:0 chr10 6472891 . G T 351.17 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0523455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.193;QD=23.4114;RBI=0.0713818;REFB=-0.0708754;REVB=0.0485316;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168986;STB=0.592542;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0349412;OID=.;OPOS=6472891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:19:6:16:19:19:6 chr10 6498723 . G A 470.7 PASS AF=0.592105;AO=43;DP=74;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00335057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.422;QD=24.7737;RBI=0.0137816;REFB=-0.0295539;REVB=-0.0133681;RO=31;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129331;STB=0.57828;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0142975;OID=.;OPOS=6498723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:31:31:43:45:0.592105:25:18:8:23:25:20:8:23 chr10 6527143 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00786109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.858;QD=11.1853;RBI=0.014163;REFB=0.0085758;REVB=-0.0117811;RO=35;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372112;STB=0.720273;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0115727;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:4:15:17:18:4:15:17:18 chr10 6557031 . C T 128.61 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00789373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.765;QD=5.53155;RBI=0.0109623;REFB=-0.00625045;REVB=-0.0076067;RO=73;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371143;STB=0.52322;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0189846;OID=.;OPOS=6557031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:73:20:20:0.215054:11:9:35:38:11:9:35:38 chr10 7285632 . A G 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9385;QD=58.1257;RBI=0.0395901;REFB=0;REVB=0.014831;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599297;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr10 7605067 . C T 735.87 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0223313;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.54;QD=51.6399;RBI=0.0393999;REFB=-0.0852119;REVB=0.0324602;RO=2;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784626;STB=0.515269;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00108976;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:2:3:54:54:0.947368:33:21:1:1:33:21:2:1 chr10 7605077 . TC T 690.74 PASS AF=1;AO=53;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150072;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.1552;QD=48.4731;RBI=0.130652;REFB=0;REVB=-0.129787;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00356034;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:59:57:57:0:23:34:0:0:12:0:21:32:0:0 chr10 7605101 . A G 1027.85 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0604844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.98;QD=57.9071;RBI=0.0705497;REFB=-0.0068519;REVB=-0.0363165;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.508769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000277048;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:41:27:1:0:42:28:1:0 chr10 7618501 . A G 983.21 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.808;QD=58.6992;RBI=0.020566;REFB=0;REVB=-0.00520036;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24843e-05;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:30:37:0:0 chr10 7618686 . T G 708.44 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.755;QD=62.9728;RBI=0.0586795;REFB=0;REVB=0.0346256;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485415;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:36:45:1:15:21:0:0:15:30:0:0 chr10 7749183 . C T 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0291409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1064;QD=18.1508;RBI=0.0319329;REFB=-0.00945046;REVB=-0.0130582;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677185;STB=0.528275;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.014803;OID=.;OPOS=7749183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:21:21:0.456522:9:12:12:12:9:12:13:12 chr10 7763661 . A G 1048.01 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.416;QD=58.2229;RBI=0.0354312;REFB=0.0544675;REVB=0.0190137;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-9.97616e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:0:1:34:37:0:1 chr10 7797903 . C CAACT,T 641.55 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=43;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176665,-0.00205619;FXX=0.0232504;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=238.193,54.1641;QD=61.1;RBI=0.0349502,0.0530753;REFB=0,0;REVB=0.0301565,-0.0530354;RO=0;SAF=22,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000426452,-0.00498191;OID=.,.;OPOS=7797904,7797903;OREF=-,C;OALT=AACT,T;OMAPALT=CAACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:18,0:22,2:0:0:18,0:22,2:0:0 chr10 7805677 . C T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0397473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.842;QD=5.71702;RBI=0.0404752;REFB=-0.00279721;REVB=-0.00764194;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665171;STB=0.543368;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00686935;OID=.;OPOS=7805677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:12:16:5:3:12:16 chr10 8006798 . A G 386.86 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.02015;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.153;QD=35.9871;RBI=0.0203353;REFB=-0.0162369;REVB=0.00273865;RO=12;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827544;STB=0.504502;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00591301;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:43:12:12:31:31:0.72093:15:16:6:6:15:16:6:6 chr10 8007559 . GT CC 81.37 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0244069;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.094;QD=18.0827;RBI=0.0454835;REFB=0.0015904;REVB=0.0383803;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222514;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=mnp;VARB=0.000235912;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:7:8:10:10:0.555556:4:6:2:5:4:6:2:6 chr10 8116079 . C T 353.56 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00342671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.532;QD=23.9702;RBI=0.00649126;REFB=-0.00864111;REVB=0.00551309;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1029;STB=0.55649;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00439103;OID=.;OPOS=8116079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:18:17:15:9:18:17:15:9 chr10 11299735 . A T 609.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.692;QD=60.9228;RBI=0.0330625;REFB=0;REVB=0.0207123;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03546e-06;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr10 11373418 . A ATC 962.62 PASS AF=0.704348;AO=76;DP=121;FAO=81;FDP=115;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.000581862;FXX=0.0573723;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.101;QD=33.4825;RBI=0.0116276;REFB=-0.00466761;REVB=-0.011613;RO=34;SAF=32;SAR=44;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046113;STB=0.532011;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=0.00138566;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.704348:76:121:81:115:34:32:49:17:17:99:34:32:44:17:17 chr10 11373420 . G C 110.17 PASS AF=0.18018;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.0058814;FXX=0.0901565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3785;QD=3.97005;RBI=0.0340526;REFB=-0.0105113;REVB=-0.0335409;RO=90;SAF=12;SAR=8;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262984;STB=0.663002;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00689573;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:111:90:91:20:20:0.18018:8:12:35:55:8:12:36:55 chr10 11375816 . C T 577.99 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0234907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.203;QD=24.3365;RBI=0.0237817;REFB=-0.00329975;REVB=-0.00370924;RO=41;SAF=37;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201409;STB=0.616884;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00372499;OID=.;OPOS=11375816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:16:37:19:22:16:37:19:23 chr10 11504313 . C T 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3805;QD=61.3291;RBI=0.0472873;REFB=0;REVB=-0.0424751;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000807943;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr10 11789382 . G A 539.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305647;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2683;QD=59.9461;RBI=0.03965;REFB=0;REVB=0.025257;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130991;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr10 11789405 . G A 727.57 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4599;QD=63.2673;RBI=0.0506688;REFB=0;REVB=-0.0134058;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171183;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr10 11797436 . T C 884.35 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000357444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3072;QD=56.149;RBI=0.0695063;REFB=-0.115104;REVB=-0.0695054;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00332199;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:34:28:0:1:34:28:0:1 chr10 11797467 . G A 1013.4 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.017;QD=57.9085;RBI=0.0865743;REFB=-0.145523;REVB=0.0858174;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00112584;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:35:34:0:0:35:34:0:1 chr10 11805354 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.607;QD=56.9568;RBI=0.0105674;REFB=0;REVB=-0.000255748;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34774e-05;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr10 11805357 . G A 730.58 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4608;QD=56.198;RBI=0.0634227;REFB=0;REVB=0.0406005;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104112;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:23:28:1:0:23:29:0:0 chr10 11912431 . C T 1811.04 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00353791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.5638;QD=59.3782;RBI=0.0168742;REFB=-0.0828729;REVB=0.0164992;RO=1;SAF=45;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104383;STB=0.510868;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000359596;OID=.;OPOS=11912431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:1:2:120:120:0.983607:75:45:1:0:75:45:2:0 chr10 11913907 . A T 223.03 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0429213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.921;QD=16.5204;RBI=0.0575395;REFB=-0.0350443;REVB=-0.0383217;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125562;STB=0.587085;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0421074;OID=.;OPOS=11913907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:29:24:25:0.462963:9:15:15:15:9:16:14:15 chr10 12071397 . G A 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.805;QD=60.2035;RBI=0.0152761;REFB=0;REVB=0.0104262;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92611e-05;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr10 12111090 . T C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0211;QD=60.0296;RBI=0.0703758;REFB=0;REVB=0.0456286;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7398e-05;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr10 12131081 . T G 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00306901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8409;QD=56.9377;RBI=0.0222562;REFB=-0.0178921;REVB=-0.0220435;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000160045;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:0:1:15:21:0:1 chr10 12143105 . C G 837.65 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.925;QD=56.7896;RBI=0.0722986;REFB=0;REVB=-0.0716577;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108264;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr10 12148259 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.874;QD=59.4357;RBI=0.0189899;REFB=0;REVB=-0.0157918;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44492e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr10 12148286 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4572;QD=59.4308;RBI=0.0970794;REFB=0;REVB=0.0960388;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119004;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr10 12149939 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.771;QD=55.6552;RBI=0.0372609;REFB=0;REVB=0.0214415;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181605;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr10 12191933 . C T 252.44 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00158469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.163;QD=17.1145;RBI=0.0117126;REFB=-0.00365832;REVB=-0.0116049;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344344;STB=0.702551;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00415893;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:21:7:18:12:21:7:19:12 chr10 12209752 . T C 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0329177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.747;QD=13.223;RBI=0.0340654;REFB=-0.0126249;REVB=0.00876801;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262587;STB=0.639235;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0103962;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:13:11:25:10:13:11:25:11 chr10 12212186 . T A 293.28 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0249835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.968;QD=23.0021;RBI=0.0253412;REFB=-0.00390448;REVB=0.00424271;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249401;STB=0.63736;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00404085;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:5:17:13:16:5:17 chr10 12214812 . T C 94.44 PASS AF=0.162162;AO=18;DP=111;FAO=18;FDP=111;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00168273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5673;QD=3.40316;RBI=0.00981957;REFB=-0.00820424;REVB=0.00967432;RO=93;SAF=8;SAR=10;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770902;STB=0.551045;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0440344;OID=.;OPOS=12214812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:111:111:93:93:18:18:0.162162:10:8:47:46:10:8:47:46 chr10 12292348 . G T 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0277581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.391;QD=12.5688;RBI=0.0278655;REFB=-0.00474818;REVB=-0.00244407;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359716;STB=0.521144;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00928666;OID=.;OPOS=12292348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:13:13:7:8:13:13 chr10 12803016 . T C 85.47 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=94;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00832663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.885;QD=3.56119;RBI=0.0367083;REFB=-0.00625389;REVB=-0.0357515;RO=79;SAF=8;SAR=6;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138862;STB=0.543423;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0322736;OID=.;OPOS=12803016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:94:96:79:80:14:16:0.166667:6:8:46:33:6:10:46:34 chr10 12867598 . C G 231.55 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0412271;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.051;QD=22.5905;RBI=0.041519;REFB=-0.0308764;REVB=-0.00491451;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138884;STB=0.577909;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.019668;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:10:9:14:8:10:9 chr10 12940455 . A G 437.19 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.981;QD=56.412;RBI=0.0505851;REFB=0;REVB=-0.0121016;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306684;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr10 13152400 . T A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0126444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.091;QD=20.5465;RBI=0.0184634;REFB=-0.0103597;REVB=0.0134543;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818141;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:7:15:15:7:7:15:15:7 chr10 13158261 . TC T,TT 135.75 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,10;DP=13;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224021,-0.00459179;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.941,170.842;QD=45.2504;RBI=0.0421742,0.0391812;REFB=0,0;REVB=0.0357325,0.0389112;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0171748,0.0171508;OID=.,.;OPOS=13158262,13158262;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,10:13:1,11:12:0:0,3:1,8:0:0:4:0:0,3:2,7:0:0 chr10 13166076 . A G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.727;QD=62.3475;RBI=0.0207513;REFB=0;REVB=-0.00177853;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9072e-05;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 13206233 . A T 1029.32 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.847;QD=58.8182;RBI=0.035195;REFB=0;REVB=0.0155912;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96231e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:29:39:0:0:30:40:0:0 chr10 13237084 . T TC 59.78 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0496133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.7343;QD=9.9635;RBI=0.13047;REFB=-0.0133309;REVB=-0.120668;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583385;STB=0.842944;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0052964;OID=.;OPOS=13237085;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:10:24:10:24:14:1:9:8:6:59:13:1:9:8:5 chr10 13239651 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.000154827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.816;QD=18.8207;RBI=0.00173168;REFB=-0.00255467;REVB=-0.00172475;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00131556;OID=.;OPOS=13239651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr10 13243513 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0198089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.784;QD=17.3782;RBI=0.022962;REFB=-0.0170637;REVB=-0.0116129;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310257;STB=0.675404;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0204403;OID=.;OPOS=13243513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:1:9:6:5:1:9 chr10 13275553 . T G 310.57 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233195;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.27;QD=54.0122;RBI=0.0425982;REFB=0;REVB=0.0425344;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000850385;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr10 13337588 . G A 676.8 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.945;QD=60.1602;RBI=0.0231752;REFB=-0.0919023;REVB=0.00810194;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.50943;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=3.63684e-05;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:1:0:18:26:1:0 chr10 13375906 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.148;QD=60.9784;RBI=0.0115774;REFB=0;REVB=-0.0105127;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24682e-05;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr10 13481427 . T A 173.0 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0275386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9293;QD=11.3444;RBI=0.0297791;REFB=-0.0131481;REVB=-0.0113321;RO=39;SAF=16;SAR=6;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111762;STB=0.565309;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0284732;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:6:16:25:14:6:16:25:14 chr10 13494594 . T C 440.79 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00303237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.264;QD=17.457;RBI=0.0379475;REFB=0.00190217;REVB=0.0378262;RO=53;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326901;STB=0.522689;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00181436;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:47:47:0.465347:25:22:23:30:25:22:23:31 chr10 13534851 . A G 186.57 PASS AF=0.454545;AO=16;DP=40;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00614403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.473;QD=16.9611;RBI=0.0255663;REFB=-0.00386041;REVB=0.024817;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173892;STB=0.522705;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00724729;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:24:24:16:20:0.454545:6:10:11:13:10:10:11:13 chr10 13633835 . A G 1135.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5479;QD=60.5417;RBI=0.0957669;REFB=0;REVB=-0.0604214;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100937;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr10 13685766 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.161;QD=56.706;RBI=0.0798662;REFB=0;REVB=-0.0775584;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308675;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 13687890 . G A 306.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.043;QD=53.2709;RBI=0.0554053;REFB=0;REVB=0.00398368;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348211;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr10 13769842 . A G 753.69 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.566;QD=55.8286;RBI=0.0298699;REFB=0;REVB=0.0281458;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044618;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:21:29:0:0:23:31:0:0 chr10 14425204 . T A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0240904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6857;QD=14.8512;RBI=0.0285138;REFB=-0.00593249;REVB=0.0152541;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108024;STB=0.570044;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00619971;OID=.;OPOS=14425204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:9:19:11:8:9:20 chr10 14705494 . G C 180.37 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.108369;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8513;QD=21.8632;RBI=0.117091;REFB=0.00372727;REVB=0.0443456;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268946;STB=0.515135;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00404995;OID=.;OPOS=14705494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:7:8:9:9:7:8 chr10 14816448 . G A 200.1 PASS AF=0.403226;AO=22;DP=59;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000433966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.626;QD=12.9099;RBI=0.00231683;REFB=-0.0267603;REVB=0.00227582;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137114;STB=0.527936;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0445568;OID=.;OPOS=14816448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:37:37:22:25:0.403226:8:14:19:18:11:14:19:18 chr10 14885878 . G A 242.89 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0182851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.523;QD=8.99597;RBI=0.0182852;REFB=-0.0140023;REVB=-4.97905e-05;RO=71;SAF=12;SAR=21;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154877;STB=0.601312;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0216271;OID=.;OPOS=14885878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:75:33:33:0.305556:21:12:35:36:21:12:38:37 chr10 14945080 . A G 151.23 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00804461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.759;QD=8.40177;RBI=0.0115476;REFB=-0.0109913;REVB=-0.00828438;RO=47;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947865;STB=0.517911;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0277173;OID=.;OPOS=14945080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:47:51:21:21:0.291667:10:11:25:22:10:11:28:23 chr10 14951152 . C T 223.23 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0410055;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.474;QD=18.6026;RBI=0.0487691;REFB=-0.00384514;REVB=-0.0264002;RO=24;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392341;STB=0.725393;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00799102;OID=.;OPOS=14951152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:5:17:9:15:5:17:10:16 chr10 15008493 . A C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0170538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.483;QD=16.4805;RBI=0.0172126;REFB=-0.00945353;REVB=-0.00233315;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276375;STB=0.659508;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0167598;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:5:14:12:13:5:14:12:13 chr10 15057374 . G A 458.97 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00117414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.376;QD=20.8622;RBI=0.00239558;REFB=0.00706221;REVB=0.00208811;RO=43;SAF=18;SAR=27;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476099;STB=0.526304;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00639085;OID=.;OPOS=15057374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:27:18:15:28:27:18:15:28 chr10 15180451 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0245678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.573;QD=19.6966;RBI=0.0276707;REFB=-0.00691001;REVB=0.0127316;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021567;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0059454;OID=.;OPOS=15180451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:11:11:10:11:11:11 chr10 15256194 . G A 86.05 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.126519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3955;QD=14.9649;RBI=0.126552;REFB=-0.0463332;REVB=-0.00286735;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236841;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0386945;OID=.;OPOS=15256194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:23:9:12:11:11:0.478261:7:4:6:3:7:4:8:4 chr10 15573050 . A G 1158.25 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.172;QD=59.3976;RBI=0.0662269;REFB=-0.066934;REVB=0.054896;RO=1;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137161;STB=0.507245;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000795874;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:34:43:0:1:34:43:0:1 chr10 15713667 . C G 54.69 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228843;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.452;QD=36.4603;RBI=0.0246815;REFB=0;REVB=0.00924566;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07918e-05;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 16547058 . A G 1245.94 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.897;QD=61.5278;RBI=0.0218731;REFB=0;REVB=-0.00609536;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08686e-05;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr10 16556204 . C CAT 51.91 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00419814;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.228;QD=6.10682;RBI=0.0231557;REFB=-0.00611597;REVB=-0.022772;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539804;STB=0.845837;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.0224074;OID=.;OPOS=16556205;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:8:35:8:34:26:7:1:12:14:51:27:7:1:12:15 chr10 16943371 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.549;QD=56.9569;RBI=0.028449;REFB=0;REVB=0.0147196;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76975e-06;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr10 16967401 . C T 731.39 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133634;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.012;QD=63.5994;RBI=0.0386086;REFB=0;REVB=-0.0362221;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001324;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr10 16979661 . T C 268.31 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0335794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.262;QD=26.1763;RBI=0.0395758;REFB=0.00522023;REVB=-0.0209444;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107262;STB=0.565764;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00174729;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:11:13:11:5:12:13:11:5 chr10 16979714 . T C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0144925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.472;QD=19.0581;RBI=0.0211151;REFB=-0.00378503;REVB=-0.0153562;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0065838;OID=.;OPOS=16979714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:10:10:10:9:10:10 chr10 17024503 . G A 685.95 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00692829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.63;QD=58.3786;RBI=0.00918961;REFB=-0.0267265;REVB=-0.00603719;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.517234;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000260304;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:17:28:1:0:17:28:2:0 chr10 17024615 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.619;QD=56.1912;RBI=0.0473774;REFB=0;REVB=0.00969999;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229871;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr10 17113563 . C T 402.6 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00867455;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9991;QD=16.104;RBI=0.0279744;REFB=-0.0232167;REVB=-0.0265955;RO=56;SAF=30;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192027;STB=0.608057;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0309765;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:56:44:44:0.44:14:30:28:28:14:30:28:28 chr10 17147521 . G T 159.18 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0101811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6164;QD=10.1067;RBI=0.0374701;REFB=-0.00501145;REVB=-0.0360604;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408904;STB=0.516264;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0105468;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:42:21:21:0.333333:9:12:23:17:9:12:25:17 chr10 17152994 . G A 180.97 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00787547;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.234;QD=11.1369;RBI=0.00856458;REFB=0.00477518;REVB=-0.00336585;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108493;STB=0.556115;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00886797;OID=.;OPOS=17152994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:14:9:20:21:14:9:20:22 chr10 17156151 . A G 704.74 PASS AF=0.958333;AO=39;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0129309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.462;QD=58.728;RBI=0.0147736;REFB=0.0072211;REVB=0.00714498;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516659;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000223493;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:0:2:39:46:0.958333:22:17:0:0:29:17:0:2 chr10 17187634 . G C 642.44 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00164933;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.257;QD=59.7619;RBI=0.00394502;REFB=0.0237275;REVB=0.0035837;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.508471;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-2.03117e-07;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:13:29:0:0:13:29:1:0 chr10 17204187 . G A 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4768;QD=60.9717;RBI=0.0410549;REFB=0;REVB=0.025621;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94649e-05;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr10 17216556 . C T 306.2 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3541;QD=53.2521;RBI=0.0619439;REFB=0;REVB=0.0233787;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000692441;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 1240.76 PASS AF=0.314286,0.685714;AO=44,30;DP=141;FAO=44,96;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=0,59;FSAR=44,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848962,1.06315;FXX=0.0209776;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=217.495,10.1905;QD=35.4502;RBI=0.0849233,1.06356;REFB=0.00206768,0.016847;REVB=-0.00214702,0.0292545;RO=53;SAF=0,2;SAR=44,28;SRF=48;SRR=5;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.892963,-0.80939;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0243241,-0.0141431;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.314286,0.685714:44,30:141:44,96:140:0:0,59:44,37:0:0:99:53:0,2:44,28:48:5 chr10 17891705 . A G 695.53 PASS AF=0.426966;AO=76;DP=179;FAO=76;FDP=178;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=0.0444815;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.314;QD=15.6299;RBI=0.0468255;REFB=-0.00950596;REVB=0.0146293;RO=103;SAF=45;SAR=31;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208105;STB=0.613607;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0135536;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:103:102:76:76:0.426966:31:45:40:63:31:45:40:62 chr10 18242304 . T C 179.77 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545529;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.585;QD=47.9387;RBI=0.00796724;REFB=0;REVB=-0.00580662;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65171e-06;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 18242311 . A G 67.48 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00299575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.534;QD=13.4957;RBI=0.0500839;REFB=-0.0147487;REVB=-0.0499943;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.709231;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0138083;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:8:3:6:3:8:3 chr10 18266989 . G A 132.98 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0281106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.68;QD=15.1971;RBI=0.0287256;REFB=-0.00834894;REVB=-0.00591217;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.538411;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0157543;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:20:14:15:0.428571:8:6:8:10:8:7:8:12 chr10 18829981 . A ATGTT 771.36 PASS AF=0.821918;AO=59;DP=77;FAO=60;FDP=73;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0212988;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=4;MLLD=231.853;QD=42.2665;RBI=0.0217481;REFB=-0.0460909;REVB=0.0043979;RO=16;SAF=23;SAR=36;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193734;STB=0.580084;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.00413978;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821918:59:77:60:73:13:24:36:11:2:73:16:23:36:14:2 chr10 18965160 . G A 164.63 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00770567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.775;QD=9.54399;RBI=0.0113719;REFB=-0.00839289;REVB=-0.00836321;RO=47;SAF=6;SAR=16;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435127;STB=0.754879;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0400756;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:16:6:31:16:16:6:31:16 chr10 19492832 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.182;QD=58.5867;RBI=0.0581128;REFB=0;REVB=-0.00750658;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148715;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr10 19498278 . G A 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0085658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.991;QD=55.411;RBI=0.019419;REFB=-0.0720052;REVB=0.0174277;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000164142;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:57:57:0.982759:31:26:0:0:31:26:1:0 chr10 19620407 . A C 751.47 PASS AF=0.506944;AO=73;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0181417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0594;QD=20.8743;RBI=0.0297308;REFB=-0.013286;REVB=0.0235542;RO=70;SAF=36;SAR=37;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121486;STB=0.562698;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0180237;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:71:73:73:0.506944:37:36:25:45:37:36:26:45 chr10 19620439 . A G 708.83 PASS AF=0.486667;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.00694266;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.969;QD=18.902;RBI=0.0340649;REFB=-0.00459284;REVB=0.03335;RO=77;SAF=37;SAR=36;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133114;STB=0.573362;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0037043;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:77:77:73:73:0.486667:36:37:28:49:36:37:28:49 chr10 19636869 . G T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.026979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3426;QD=17.4006;RBI=0.031087;REFB=-0.0182068;REVB=0.0154447;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200611;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00770799;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:8:5:8:5:8:5 chr10 19641035 . T C 541.8 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00914654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.248;QD=22.3422;RBI=0.0168395;REFB=-0.0304603;REVB=-0.014139;RO=45;SAF=28;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134596;STB=0.502651;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0195217;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:46:51:51:0.525773:23:28:24:21:23:28:25:21 chr10 19678286 . C T 515.44 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0176784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.75;QD=24.8406;RBI=0.0184771;REFB=-0.0376394;REVB=-0.00537392;RO=35;SAF=12;SAR=36;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189335;STB=0.60427;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0444322;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:36:12:16:19:36:12:16:19 chr10 19678497 . G A 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0103847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4884;QD=13.7837;RBI=0.0125311;REFB=-0.026807;REVB=0.00701327;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221385;STB=0.503885;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0258585;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:16:16:11:12:17:16 chr10 19777926 . T C 717.48 PASS AF=0.347656;AO=88;DP=259;FAO=89;FDP=256;FR=.;FRO=167;FSAF=20;FSAR=69;FSRF=40;FSRR=127;FWDB=-0.00572563;FXX=0.0115826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.785;QD=11.2107;RBI=0.0188764;REFB=-0.0132839;REVB=-0.0179871;RO=165;SAF=20;SAR=68;SRF=39;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146556;STB=0.513645;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0247274;OID=.;OPOS=19777926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:256:165:167:88:89:0.347656:68:20:39:126:69:20:40:127 chr10 19778056 . G A 1505.15 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222403;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9493;QD=59.6101;RBI=0.0268569;REFB=0;REVB=0.0150553;RO=0;SAF=33;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57864e-05;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:67:33:0:0:67:34:0:0 chr10 19778072 . A G 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00230316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.598;QD=59.7162;RBI=0.00430322;REFB=-0.0401319;REVB=0.00363499;RO=1;SAF=28;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166031;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=4.02478e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:50:28:1:0:50:29:1:0 chr10 19820222 . T C 565.96 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=148;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.00958687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.257;QD=15.2962;RBI=0.0415615;REFB=-0.00633411;REVB=0.0404407;RO=87;SAF=31;SAR=30;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118244;STB=0.566268;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0086678;OID=.;OPOS=19820222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:87:61:61:0.412162:30:31:54:33:30:31:54:33 chr10 19884264 . G A 81.62 PASS AF=0.191781;AO=13;DP=78;FAO=14;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.03005;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.369;QD=4.47213;RBI=0.0338067;REFB=-0.00915342;REVB=-0.0154884;RO=40;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050778;STB=0.630589;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0403529;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:78:73:40:59:13:14:0.191781:8:5:17:23:8:6:35:24 chr10 19887292 . T G 400.19 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0142608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.705;QD=18.6133;RBI=0.0174295;REFB=-0.0196398;REVB=0.0100208;RO=43;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191248;STB=0.50894;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0193158;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:45:41:41:0.476744:23:18:18:25:23:18:19:26 chr10 19896830 . C A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.284;QD=60.6103;RBI=0.0164624;REFB=0;REVB=0.0149027;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67731e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr10 20500592 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.428;QD=57.8849;RBI=0.0457353;REFB=0;REVB=0.0407565;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95875e-05;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr10 20506418 . G A 221.74 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0218267;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.798;QD=11.9861;RBI=0.0242957;REFB=0.00381321;REVB=0.0106712;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893194;STB=0.535493;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00755431;OID=.;OPOS=20506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:47:27:27:0.364865:17:10:13:31:17:10:15:32 chr10 20534333 . A G 156.08 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00633469;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6373;QD=10.9529;RBI=0.0687273;REFB=0.0031054;REVB=0.0684347;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371369;STB=0.521717;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00381937;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:37:20:20:0.350877:8:12:21:16:8:12:21:16 chr10 21071191 . G C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00616995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.435;QD=17.6893;RBI=0.00821709;REFB=-0.00828172;REVB=-0.00542699;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820088;STB=0.53438;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0125552;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:26:21:21:0.446809:11:10:13:10:11:10:14:12 chr10 21074344 . A G 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5489;QD=60.3713;RBI=0.0632816;REFB=0;REVB=0.0611721;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371218;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr10 21074455 . T C 448.4 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00613603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.207;QD=18.6832;RBI=0.0087366;REFB=-0.0180271;REVB=0.00621911;RO=51;SAF=19;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295294;STB=0.516445;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0134723;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:26:19:20:31:26:19:20:31 chr10 21104613 . T C 157.78 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0223937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.449;QD=16.6086;RBI=0.0250499;REFB=-0.000273277;REVB=-0.0112259;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.571343;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00029158;OID=.;OPOS=21104613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:10:11:11:6:10:11 chr10 21112137 . A T 261.86 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00516507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.899;QD=21.8218;RBI=0.00535305;REFB=-0.0133385;REVB=0.00140613;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592592;STB=0.54268;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0129243;OID=.;OPOS=21112137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:11:13:14:9:12:13:14:9 chr10 21414892 . C G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.94;QD=63.8705;RBI=0.0122397;REFB=0;REVB=0.000798327;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25384e-05;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr10 21415006 . T C 520.86 PASS AF=0.504673;AO=53;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0121222;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.264;QD=19.4715;RBI=0.0200388;REFB=-0.0153704;REVB=-0.0159563;RO=49;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596514;STB=0.524768;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0158917;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:53:53:54:0.504673:23:30:31:18:23:31:33:20 chr10 21435340 . ACACT A 125.66 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0294978;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=4;MLLD=235.701;QD=10.2579;RBI=0.0328677;REFB=-0.00357948;REVB=-0.0144973;RO=32;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226288;STB=0.654544;STBP=0.171;TYPE=del;VARB=0.00724499;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122:14:50:15:49:34:4:11:16:18:99:32:4:10:15:17 chr10 21806832 . A C 306.72 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0107438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.698;QD=15.7293;RBI=0.0127718;REFB=-0.0219243;REVB=0.00690578;RO=44;SAF=21;SAR=12;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250372;STB=0.507458;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.024285;OID=.;OPOS=21806832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:33:34:0.435897:12:21:29:15:12:22:29:15 chr10 21827796 . G A 216.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00758532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.214;QD=22.1862;RBI=0.0159728;REFB=-0.000483729;REVB=0.0140568;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104009;STB=0.558767;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000514571;OID=.;OPOS=21827796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:18:21:21:0.538462:12:9:9:7:12:9:10:8 chr10 21950592 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00250243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4971;QD=12.73;RBI=0.0357469;REFB=0.0392102;REVB=0.0356592;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368393;STB=0.713877;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0436515;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:2:10:4:5:2:10 chr10 22498468 . C T 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0166844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.135;QD=20.3159;RBI=0.0206793;REFB=-0.00901184;REVB=0.0122173;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274686;STB=0.656076;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0141275;OID=.;OPOS=22498468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:10:8:14:5:10:8 chr10 22498484 . C CAGA 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00698346;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.4;QD=17.56;RBI=0.0107559;REFB=-0.0138968;REVB=-0.00818053;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273901;STB=0.667479;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.0117046;OID=.;OPOS=22498485;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:18:40:18:39:21:5:13:12:9:99:22:5:13:12:10 chr10 22498749 . A T 1771.86 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4805;QD=60.063;RBI=0.0503196;REFB=-0.0301041;REVB=0.0165644;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657252;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:118:118:0:0:117:118:1:50:67:0:0:50:68:0:0 chr10 22518522 . T C 208.98 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0243392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.92;QD=27.8639;RBI=0.0736713;REFB=0.0020759;REVB=-0.0695346;RO=10;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789741;STB=0.548968;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000554399;OID=.;OPOS=22518522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:15:4:3:7:16:4:3:7 chr10 22701451 . A G 60.49 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0106297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.599;QD=6.20395;RBI=0.0107168;REFB=-0.00690428;REVB=-0.00136367;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598522;STB=0.555429;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0165645;OID=.;OPOS=22701451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:3:6:18:11:3:6:18:12 chr10 22825596 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0143506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9704;QD=10.1733;RBI=0.0229857;REFB=-0.0117548;REVB=0.0179556;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0169027;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr10 22839628 . T C 398.98 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0312014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.867;QD=20.9992;RBI=0.032098;REFB=-0.00295275;REVB=-0.00753358;RO=36;SAF=25;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134134;STB=0.574287;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00276956;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:15:25:17:19:15:25:17:19 chr10 23003226 . A G 460.52 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0103245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3626;QD=14.5047;RBI=0.0468566;REFB=-0.00485225;REVB=-0.045705;RO=73;SAF=25;SAR=27;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015626;STB=0.51624;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00749858;OID=.;OPOS=23003226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:73:75:52:52:0.409449:27:25:34:39:27:25:34:41 chr10 23297252 . G A 891.51 PASS AF=0.464286;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=196;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.021541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0653;QD=18.1941;RBI=0.0363749;REFB=-0.00910379;REVB=0.0293107;RO=92;SAF=38;SAR=53;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563757;STB=0.511252;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0111685;OID=.;OPOS=23297252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:92:105:91:91:0.464286:53:38:44:48:53:38:46:59 chr10 23297301 . C T 641.9 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=147;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0238158;FXX=0.0408136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.509;QD=18.2098;RBI=0.0509152;REFB=-0.00982518;REVB=-0.0450018;RO=72;SAF=22;SAR=43;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381157;STB=0.540675;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0117464;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:141:72:76:65:65:0.460993:43:22:27:45:43:22:31:45 chr10 23482635 . T C 40.92 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.226776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.849;QD=14.8804;RBI=0.226777;REFB=-0.0418555;REVB=-0.000309583;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0338491;OID=.;OPOS=23482635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:10:11:5:5:5:6:0.545455:4:1:3:2:4:2:3:2 chr10 23556110 . A G 307.4 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00840258;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.036;QD=21.1997;RBI=0.025601;REFB=-0.0499312;REVB=0.0241828;RO=25;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160652;STB=0.524214;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0289571;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:26:31:32:0.551724:18:13:10:15:18:14:10:16 chr10 23633566 . C A 245.24 PASS AF=0.337079;AO=29;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0190299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.935;QD=11.0219;RBI=0.0220049;REFB=-0.0143247;REVB=-0.0110488;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135365;STB=0.552943;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0310868;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:57:59:29:30:0.337079:16:13:19:38:17:13:21:38 chr10 23688486 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00330003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.934;QD=11.1044;RBI=0.0194981;REFB=-0.0138946;REVB=0.0192169;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496025;STB=0.806717;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0172535;OID=.;OPOS=23688486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:4:6:1:6:4:6 chr10 23688521 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00675295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.575;QD=8.25462;RBI=0.0227957;REFB=-0.0108403;REVB=0.0217725;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0107279;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:4:8:1:5:4:8 chr10 23688542 . T A 30.03 PASS AF=0.3125;AO=6;DP=15;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0372724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.4948;QD=7.50847;RBI=0.179671;REFB=0.0340057;REVB=0.175763;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613938;STB=0.835974;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0028012;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:16:8:11:6:5:0.3125:1:5:1:7:1:4:3:8 chr10 24564653 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0332244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.786;QD=20.8932;RBI=0.0403912;REFB=-0.0340012;REVB=0.0229692;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0135693;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:2:4:6:4:2:4 chr10 24832283 . C G 83.3 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00455041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.586;QD=20.8241;RBI=0.0171388;REFB=-0.0147135;REVB=0.0165236;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.013201;OID=.;OPOS=24832283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:4:2:2:8:4:2 chr10 24832885 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0243095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.811;QD=17.3782;RBI=0.0248555;REFB=-0.0170303;REVB=0.00518116;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400039;STB=0.734219;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0242839;OID=.;OPOS=24832885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:2:9:4:6:2:9:4:6 chr10 24833137 . C T 158.26 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00539237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9579;QD=16.6592;RBI=0.0100958;REFB=-0.0293836;REVB=-0.0085351;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213306;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0377833;OID=.;OPOS=24833137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:12:9:11:6:12:9 chr10 24873369 . C G 135.87 PASS AF=0.292308;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00166113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.351;QD=8.36097;RBI=0.00782677;REFB=-0.00924146;REVB=0.00764847;RO=45;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855839;STB=0.533298;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0219914;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:45:46:18:19:0.292308:12:6:18:27:12:7:19:27 chr10 24879281 . A G 954.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.562;QD=58.7094;RBI=0.023869;REFB=0;REVB=0.017662;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2318e-06;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:37:26:0:0:39:26:0:0 chr10 24889668 . C T 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00328832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.369;QD=24.0261;RBI=0.0063946;REFB=-0.0356812;REVB=-0.00548433;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467187;STB=0.526278;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0246784;OID=.;OPOS=24889668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:4:4:6:8:4:4 chr10 24908686 . T C 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00382562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8949;QD=20.1579;RBI=0.0262692;REFB=-0.0126561;REVB=-0.0259891;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177215;STB=0.59988;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0171108;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:10:4:8:8:10:4 chr10 24909512 . G A 108.85 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.000483399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4522;QD=4.68178;RBI=0.0324132;REFB=-0.00390899;REVB=-0.0324096;RO=75;SAF=7;SAR=11;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165539;STB=0.60587;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00998048;OID=.;OPOS=24909512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:75:75:18:18:0.193548:11:7:39:36:11:7:39:36 chr10 24929141 . G A 2534.68 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.43;QD=61.0767;RBI=0.0416282;REFB=-0.0632892;REVB=0.040732;RO=0;SAF=70;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106611;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:166:166:0:0:165:166:1:95:70:0:0:95:71:0:0 chr10 25197468 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0059112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6553;QD=10.8233;RBI=0.0362314;REFB=0.0153281;REVB=-0.0357459;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299736;STB=0.67895;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0285011;OID=.;OPOS=25197468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:14:9:8:4:14:9 chr10 25197541 . C T 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0208318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.562;QD=10.1853;RBI=0.027798;REFB=-0.00778842;REVB=-0.0184055;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263274;STB=0.662903;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0150431;OID=.;OPOS=25197541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:8:7:23:10:8:7:24:10 chr10 25197663 . C T 107.95 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0691576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.392;QD=13.0852;RBI=0.0708464;REFB=-0.00740884;REVB=0.0153764;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.507031;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0240055;OID=.;OPOS=25197663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:9:11:7:6:9:11 chr10 25197695 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0219086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.593;QD=14.6498;RBI=0.0239493;REFB=-0.0156951;REVB=0.0096738;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045221;STB=0.526278;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0190088;OID=.;OPOS=25197695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:9:10:8:6:9:10 chr10 25241520 . C A 843.31 PASS AF=0.690909;AO=64;DP=102;FAO=76;FDP=110;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.143994;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.976;QD=30.6658;RBI=0.144118;REFB=-0.0435321;REVB=0.0059741;RO=36;SAF=29;SAR=35;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127827;STB=0.511405;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0221296;OID=.;OPOS=25241520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:110:36:34:64:76:0.690909:35:29:17:19:43:33:16:18 chr10 25312689 . A G 608.85 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9748;QD=60.8849;RBI=0.0500542;REFB=0;REVB=-0.0251195;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295891;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr10 25313818 . C T 164.44 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371538;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9088;QD=46.9815;RBI=0.0398998;REFB=0;REVB=0.0145461;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101569;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr10 25314536 . GAA GA,GAC 588.33 PASS AF=1,0;AO=21,20;DP=43;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030811,-0.168509;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.813,4.9543;QD=54.7284;RBI=0.0405403,0.419149;REFB=0,0;REVB=0.0263476,-0.383784;RO=0;SAF=20,3;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78928e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000248844,0.0531251;OID=.,.;OPOS=25314537,25314538;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,20:43:43,0:43:0:24,0:19,0:0:0:4:0:20,3:1,17:0:0 chr10 25314637 . G C 1467.78 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00912405;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.843;QD=61.1577;RBI=0.0285266;REFB=-0.156725;REVB=0.0270282;RO=2;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178856;STB=0.509432;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000422092;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:2:2:94:94:0.979167:52:42:0:2:52:42:0:2 chr10 25861632 . C T 432.23 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00758811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6131;QD=13.5072;RBI=0.0252837;REFB=-0.0258729;REVB=-0.0241181;RO=78;SAF=26;SAR=24;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765928;STB=0.543339;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0393676;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:24:26:35:43:24:26:35:43 chr10 25888180 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.5;QD=35.5759;RBI=0.0214697;REFB=0;REVB=-0.0212829;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302546;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr10 26993597 . AT A 86.07 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0150309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9329;QD=7.02593;RBI=0.0291567;REFB=-0.00722356;REVB=0.0249837;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167947;STB=0.578369;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=0.0225143;OID=.;OPOS=26993598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:18:48:19:49:30:13:6:17:13:86:26:13:5:15:11 chr10 27303605 . A T 423.08 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0425295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1287;QD=21.978;RBI=0.0476853;REFB=-0.0525733;REVB=0.021567;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118561;STB=0.550636;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0402634;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:32:35:41:42:0.545455:17:24:14:18:17:25:17:18 chr10 27317778 . T C 162.04 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00576639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.095;QD=12.0028;RBI=0.00691204;REFB=-0.00978053;REVB=0.00381119;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172013;STB=0.5999;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0254216;OID=.;OPOS=27317778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:8:12:15:19:8:12:15:19 chr10 27317840 . C T 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0440892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3306;QD=10.3794;RBI=0.0519183;REFB=-0.0195259;REVB=-0.0274163;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218091;STB=0.62843;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0296461;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:7:11:15:21:7:11:15:21 chr10 27377283 . A T 334.54 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0196313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.485;QD=27.309;RBI=0.0196608;REFB=-0.031348;REVB=-0.0010776;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376673;STB=0.51339;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0152844;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:20:28:29:0.591837:14:14:11:9:14:15:11:9 chr10 27381349 . T C 224.19 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00419365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.062;QD=17.5835;RBI=0.0302662;REFB=-0.0197732;REVB=0.0299742;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617012;STB=0.534854;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0240866;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:14:13:10:14:14:13 chr10 27389197 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.129;QD=45.8064;RBI=0.0322299;REFB=0;REVB=0.0157116;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124693;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr10 27400861 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8249;QD=52.613;RBI=0.0369373;REFB=0;REVB=-0.0122125;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000697861;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr10 27434483 . G A 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.017933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.146;QD=18.2939;RBI=0.0226757;REFB=-0.00910947;REVB=-0.0138778;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140092;STB=0.512567;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00892304;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:20:24:28:22:20:24:29:22 chr10 27437964 . T C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00347235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.29;QD=21.7452;RBI=0.00419482;REFB=-0.0169397;REVB=-0.00235357;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210827;STB=0.618918;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0223713;OID=.;OPOS=27437964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:9:7:13:6:9:7 chr10 27442121 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00357696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.302;QD=19.0179;RBI=0.0224551;REFB=0.00162201;REVB=0.0221684;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121067;STB=0.550392;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.000851685;OID=.;OPOS=27442121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:7:8:5:8:7:8:6:8 chr10 27443083 . A T 75.08 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=13;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0059906;FXX=0.076864;HRUN=8;LEN=1;MLLD=290.56;QD=25.0267;RBI=0.00730421;REFB=-0.0312337;REVB=0.00417901;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0103498;OID=.;OPOS=27443083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:13:12:2:2:5:8:0.666667:1:4:2:0:1:7:2:0 chr10 27459670 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00267969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.082;QD=24.0303;RBI=0.02413;REFB=-0.00386144;REVB=0.0239807;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132903;STB=0.574487;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00130273;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:6:3:8:7:6:3 chr10 27475444 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0102849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.385;QD=15.6509;RBI=0.0124802;REFB=-0.0143008;REVB=0.00706933;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267453;STB=0.651003;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0150167;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:3:18:10:6:3:18 chr10 27475693 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0256854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.68;QD=22.5346;RBI=0.0267606;REFB=-3.94074e-05;REVB=0.00750914;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.53842;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=5.11259e-06;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:5:10:14:5:5:10 chr10 27508758 . T C 339.25 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0502285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3993;QD=20.5607;RBI=0.0529989;REFB=-0.0108854;REVB=-0.016911;RO=29;SAF=25;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179956;STB=0.588182;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0111414;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:31:35:35:0.530303:10:25:15:14:10:25:17:14 chr10 27687225 . A G 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00134587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.606;QD=21.0496;RBI=0.00776429;REFB=-0.0036439;REVB=-0.00764675;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976179;STB=0.5054;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00299838;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:17:19:16:15:17:19:16:15 chr10 27687534 . C CT 52.05 PASS AF=0.590909;AO=10;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.150468;FXX=0.0832986;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.10064;QD=9.46398;RBI=0.158522;REFB=-0.0639862;REVB=-0.0498879;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539815;STB=0.657299;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.14603;OID=.;OPOS=27687535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:10:23:13:22:9:5:8:7:2:32:11:2:8:9:2 chr10 27687775 . T C 807.96 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00247248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.209;QD=53.864;RBI=0.0135688;REFB=-0.0238497;REVB=0.0133416;RO=2;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325048;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00201205;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:28:30:0:2:28:30:0:2 chr10 27687965 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.161562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4162;QD=14.6571;RBI=0.16238;REFB=0.00812282;REVB=0.0162808;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330187;STB=0.692012;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0100088;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:11:6:9:4:11:6 chr10 27687994 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0550224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.001;QD=12.0515;RBI=0.0631024;REFB=0.0150165;REVB=0.0308942;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316785;STB=0.685902;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00829478;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:10:3:5:4:10:3 chr10 27702624 . G T 125.76 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0152836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.181;QD=18.6308;RBI=0.0164268;REFB=-0.00978708;REVB=0.0060208;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692208;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0208375;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:13:14:0.518519:5:8:7:6:6:8:7:6 chr10 27702726 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0540684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.884;QD=17.8274;RBI=0.0546902;REFB=-0.00762941;REVB=-0.00822363;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181486;STB=0.604144;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00608595;OID=.;OPOS=27702726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:4:7:5:7:4:7 chr10 27702744 . A G 108.81 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.055617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2988;QD=24.1806;RBI=0.0718272;REFB=0.0102601;REVB=-0.0454522;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294792;STB=0.666388;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00471143;OID=.;OPOS=27702744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:1:5:4:8:1:5 chr10 27963892 . C T 1513.46 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4085;QD=63.061;RBI=0.0353448;REFB=0;REVB=-0.0328008;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445493;OID=.;OPOS=27963892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:50:44:0:0:52:44:0:0 chr10 27964470 . G A 1097.22 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386294;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.343;QD=58.5184;RBI=0.0395507;REFB=0;REVB=0.00848697;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221046;OID=.;OPOS=27964470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:27:44:0:0:31:44:0:0 chr10 28224075 . G A 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00787743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.821;QD=21.1966;RBI=0.0156101;REFB=-0.00586131;REVB=-0.0134767;RO=33;SAF=29;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218899;STB=0.621915;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00252728;OID=.;OPOS=28224075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:9:29:18:15:9:29:18:15 chr10 28228865 . A G 1102.06 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313876;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.7;QD=60.3867;RBI=0.0160918;REFB=0;REVB=-0.0157827;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14749e-05;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr10 28228926 . C T 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00976977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.084;QD=24.9347;RBI=0.0176862;REFB=-0.0190264;REVB=0.0147429;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502304;STB=0.527516;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00918802;OID=.;OPOS=28228926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:18:19:14:10:18:19:14:10 chr10 28270419 . T A 39.03 PASS AF=0.135593;AO=6;DP=57;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.12369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.1893;QD=2.64628;RBI=0.124725;REFB=-0.00327805;REVB=-0.0160323;RO=51;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35186;STB=0.550532;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0316051;OID=.;OPOS=28270419;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:57:59:51:51:6:8:0.135593:5:1:23:28:5:3:22:29 chr10 28378758 . T C 243.44 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00193579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.406;QD=12.8125;RBI=0.0024713;REFB=0.00167955;REVB=0.00153623;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669832;STB=0.52553;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00260808;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:47:29:29:0.381579:13:16:22:23:13:16:24:23 chr10 28731618 . T C 258.64 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0272909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.798;QD=13.9804;RBI=0.0295317;REFB=-0.0316106;REVB=0.0112838;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545428;STB=0.533311;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0395743;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:43:44:29:30:0.405405:15:14:23:20:16:14:23:21 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 699.29 PASS AF=1,0;AO=47,3;DP=51;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187761,-0.0828917;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.0864,5.32418;QD=54.8464;RBI=0.0327068,0.08785;REFB=0,0;REVB=0.0267804,0.0290961;RO=0;SAF=27,3;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000198356,0;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:47,3:51:51,0:51:0:30,0:21,0:0:0:4:0:27,3:20,0:0:0 chr10 28970487 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.286;QD=54.5174;RBI=0.0662421;REFB=0;REVB=-0.044045;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33518e-05;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr10 29163413 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.001;QD=53.2769;RBI=0.0156203;REFB=0;REVB=-0.0104651;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011239;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr10 29578084 . A G 698.84 PASS AF=0.980392;AO=51;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5532;QD=54.8111;RBI=0.0713661;REFB=0.0465782;REVB=-0.0704878;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00210861;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:51:50:0.980392:29:22:0:0:29:21:1:0 chr10 29599972 . G A 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00849573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.312;QD=15.3078;RBI=0.0131151;REFB=0.0047875;REVB=-0.0099914;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782607;STB=0.504422;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.005552;OID=.;OPOS=29599972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:18:16:22:24:18:16:22:24 chr10 29606197 . C G 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0272285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.053;QD=12.3074;RBI=0.029291;REFB=-0.0207583;REVB=0.0107969;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196029;STB=0.604235;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0333912;OID=.;OPOS=29606197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:11:14:15:25:11:14:16:25 chr10 29606270 . A T 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0117221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.479;QD=16.6608;RBI=0.0421406;REFB=-0.0108338;REVB=-0.0404774;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555555;STB=0.531228;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.012626;OID=.;OPOS=29606270;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:13:19:15:13:13:19 chr10 29746346 . C CTGTT 267.74 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00239764;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.296;QD=18.4645;RBI=0.0236926;REFB=-0.00737957;REVB=0.0235709;RO=30;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338103;STB=0.668101;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.00587216;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:28:59:29:58:29:18:11:8:21:99:30:18:10:8:22 chr10 29747417 . C T 168.88 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0247055;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.196;QD=15.3524;RBI=0.0291721;REFB=-0.00450172;REVB=0.015513;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457137;STB=0.512806;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00641351;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:26:18:18:0.409091:8:10:15:10:8:10:15:11 chr10 29754609 . T C 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00339303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.879;QD=15.7729;RBI=0.0035376;REFB=0.00575385;REVB=0.00100097;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139887;STB=0.578458;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00723749;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:25:8:10:17:25:8 chr10 29759225 . A G 589.79 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0129238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8738;QD=24.0732;RBI=0.069617;REFB=0.00643507;REVB=-0.0684069;RO=44;SAF=21;SAR=33;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556914;STB=0.530577;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00616479;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:33:21:20:24:33:21:20:24 chr10 29783908 . A G 148.45 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00253686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.354;QD=6.25043;RBI=0.0394535;REFB=-0.00584461;REVB=-0.0393718;RO=72;SAF=9;SAR=13;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197827;STB=0.616009;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0119829;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:72:73:22:22:0.231579:13:9:41:31:13:9:41:32 chr10 29784072 . G C 427.82 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00338223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.41;QD=27.6015;RBI=0.0257355;REFB=-0.0338097;REVB=0.0255123;RO=22;SAF=22;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17899;STB=0.597396;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0230474;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:18:22:6:16:18:22:6:16 chr10 29784114 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6011;QD=62.3497;RBI=0.0315915;REFB=0;REVB=-0.00900731;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143756;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr10 29822032 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9615;QD=53.2761;RBI=0.0570015;REFB=0;REVB=0.0280744;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133695;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:5:17:0:0:5:18:0:0 chr10 29833998 . A G 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0010506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.845;QD=30.6481;RBI=0.0161796;REFB=-0.0174765;REVB=0.0161455;RO=14;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034818;STB=0.519111;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0110803;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:15:12:7:7:15:12:7:7 chr10 29834003 . G A 298.25 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00839273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.323;QD=29.8251;RBI=0.023665;REFB=-0.00995257;REVB=0.0221268;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245595;STB=0.513503;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00155108;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:14:12:7:7:14:12:7:7 chr10 29839787 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00790793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.58;QD=16.993;RBI=0.0414863;REFB=-0.0180009;REVB=-0.0407257;RO=30;SAF=19;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293583;STB=0.665642;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0165294;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:8:19:12:18:8:19:12:18 chr10 29839864 . A C 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0379664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2828;QD=13.343;RBI=0.0408158;REFB=-0.00563466;REVB=-0.0149827;RO=63;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722514;STB=0.540964;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00933416;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:20:21:28:35:20:21:28:35 chr10 29840038 . A G 460.1 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0123787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.497;QD=18.5899;RBI=0.0166664;REFB=-0.0163243;REVB=-0.0111596;RO=52;SAF=17;SAR=29;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146162;STB=0.587006;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0172568;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:46:46:0.464646:29:17:27:25:29:17:28:25 chr10 29840164 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0529278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.454;QD=13.9598;RBI=0.0567653;REFB=-0.0134357;REVB=0.0205171;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0131498;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr10 29843833 . C T 103.87 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00463697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6734;QD=13.403;RBI=0.0740561;REFB=-0.0277199;REVB=-0.0739108;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0503198;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:7:5:10:8:7:6:10:8 chr10 30000844 . T G 550.06 PASS AF=0.533333;AO=54;DP=103;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0152127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.703;QD=20.9547;RBI=0.0721593;REFB=-0.00277978;REVB=0.0705375;RO=49;SAF=24;SAR=30;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178711;STB=0.603737;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0040888;OID=.;OPOS=30000844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:49:49:54:56:0.533333:30:24:32:17:32:24:32:17 chr10 30629226 . G A 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0278343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.782;QD=9.65129;RBI=0.0325194;REFB=-0.00670441;REVB=0.0168156;RO=33;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398403;STB=0.739313;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00936021;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:10:4:21:12:10:4:21:12 chr10 30728101 . T C 1471.32 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.725;QD=63.2826;RBI=0.0609179;REFB=0;REVB=0.0609095;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158668;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:40:52:0:0:41:52:0:0 chr10 30728250 . A G 1476.12 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120596;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.991;QD=63.4892;RBI=0.0200056;REFB=0;REVB=0.0159621;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95228e-05;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr10 30918549 . G C 438.42 PASS AF=0.416667;AO=49;DP=119;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.00144247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.29;QD=14.614;RBI=0.0200061;REFB=-0.00800405;REVB=-0.019954;RO=70;SAF=24;SAR=25;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12989;STB=0.56664;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00893749;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:70:70:49:50:0.416667:25:24:43:27:25:25:43:27 chr10 30918597 . T C 257.2 PASS AF=0.323529;AO=34;DP=101;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0283296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.56;QD=10.0862;RBI=0.0291232;REFB=0.00204376;REVB=-0.00675249;RO=67;SAF=17;SAR=17;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111317;STB=0.543802;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00458423;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:67:69:34:33:0.323529:17:17:40:27:16:17:40:29 chr10 30989188 . G C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.831;QD=57.7124;RBI=0.0606234;REFB=0;REVB=-0.00230888;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22497e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr10 30993404 . G A 308.3 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0990396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8123;QD=24.1805;RBI=0.0990833;REFB=-0.00822366;REVB=-0.00294425;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115416;STB=0.512187;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00801996;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:29:30:0.588235:12:17:12:9:12:18:12:9 chr10 30993448 . G A 971.92 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.067;QD=58.904;RBI=0.046127;REFB=0;REVB=0.0143939;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180696;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr10 31001494 . A C 618.34 PASS AF=0.90566;AO=46;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0349254;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=72.7153;QD=46.6672;RBI=0.0447791;REFB=-0.125511;REVB=0.0280248;RO=2;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447127;STB=0.550999;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00315989;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:53:53:2:5:46:48:0.90566:20:26:0:2:22:26:0:5 chr10 31138817 . G A 92.18 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0112194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.323;QD=18.4362;RBI=0.047419;REFB=-0.00435584;REVB=0.0460726;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.594426;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0026896;OID=.;OPOS=31138817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:6:3:6:5:6:3 chr10 31146643 . T C 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0175897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.324;QD=21.173;RBI=0.0178447;REFB=0.0122853;REVB=-0.00300581;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00725532;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:3:5:5:7:3:5 chr10 31651824 . T C 154.49 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0195883;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.082;QD=21.3083;RBI=0.0195885;REFB=-0.0164943;REVB=-0.000100942;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.510903;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0125398;OID=.;OPOS=31651824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:13:16:16:0.551724:7:9:7:7:7:9:7:6 chr10 31816596 . C T 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0287548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9685;QD=15.1031;RBI=0.0363956;REFB=-0.0117496;REVB=-0.0223115;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988097;STB=0.555962;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0114963;OID=.;OPOS=31816596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:13:20:23:22:13:20:23:22 chr10 32045045 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.431;QD=53.2772;RBI=0.0395906;REFB=0;REVB=0.0135468;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305939;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr10 32095666 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.824;QD=61.3363;RBI=0.0119307;REFB=0;REVB=-0.00755515;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16749e-06;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr10 32120678 . C T 372.12 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6178;QD=55.1292;RBI=0.0466667;REFB=0;REVB=0.0268633;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563758;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:7:16:0:0:10:17:0:0 chr10 32128611 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.086;QD=47.8146;RBI=0.0328374;REFB=-0.0569699;REVB=0.0234831;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00339524;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:0:1:7:14:0:1 chr10 32141460 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.214;QD=63.8718;RBI=0.049107;REFB=0;REVB=0.0482204;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132639;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr10 32345710 . G A 1607.35 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00582524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4503;QD=58.9853;RBI=0.00584376;REFB=-0.0241934;REVB=0.000464882;RO=1;SAF=41;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703255;STB=0.503703;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000566511;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:67:41:0:1:67:41:0:1 chr10 32635834 . G A 481.68 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1134;QD=58.3855;RBI=0.0266935;REFB=0;REVB=-0.0241363;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365402;OID=.;OPOS=32635834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:25:8:0:0 chr10 32699547 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.316;QD=62.3509;RBI=0.0352471;REFB=0;REVB=0.0348216;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06252e-05;OID=.;OPOS=32699547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr10 32745248 . A C 400.19 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00228621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.052;QD=53.3591;RBI=0.00388037;REFB=-0.00589939;REVB=0.00313537;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=2.76386e-06;OID=.;OPOS=32745248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr10 32856746 . A C 137.72 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.615;QD=39.3493;RBI=0.0331595;REFB=-0.164214;REVB=-0.0129398;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0023332;OID=.;OPOS=32856746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:5:8:0:0:5:8:0:1 chr10 32974969 . A G 465.34 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407007;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5674;QD=58.1674;RBI=0.08174;REFB=0;REVB=0.0708864;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155288;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:1:0:31:32:1:16:15:0:1:17:15:0:0 chr10 33018351 . G A,C 1557.6 PASS AF=0.0471698,0.95283;AO=6,100;DP=106;FAO=5,101;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=5,39;FSAR=0,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984695,0.00800407;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.02,271.212;QD=58.7772;RBI=0.0101203,0.00930383;REFB=0,0;REVB=0.00233617,0.004743;RO=0;SAF=6,38;SAR=0,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0649574,-0.000617042;OID=.,.;OPOS=33018351,33018351;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:106:106:0:0:6,100:5,101:0.0471698,0.95283:0,62:6,38:0:0:0,62:5,39:0:0 chr10 33123824 . G C 770.5 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.357;QD=62.8981;RBI=0.0357272;REFB=0;REVB=0.0194023;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397361;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr10 33143396 . G A 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9778;QD=62.3367;RBI=0.0164674;REFB=0;REVB=-0.0142468;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019593;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr10 33190285 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.837;QD=44.6889;RBI=0.0563288;REFB=0;REVB=0.0495208;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686407;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr10 33200468 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.058;QD=63.2861;RBI=0.0200502;REFB=0;REVB=0.0171561;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134186;OID=.;OPOS=33200468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr10 33209266 . G T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.514;QD=57.5452;RBI=0.0375518;REFB=0;REVB=0.0372516;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58926e-05;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr10 33466566 . C T 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0178291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.876;QD=17.9371;RBI=0.0221294;REFB=-0.0011828;REVB=-0.0131084;RO=22;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503979;STB=0.790361;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00301475;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:3:16:8:14:3:16:8:14 chr10 33466843 . T C 115.41 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0506513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.961;QD=18.4659;RBI=0.0623148;REFB=-0.0308806;REVB=0.0362986;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.633942;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0842737;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:25:25:11:12:13:13:0.52:5:8:4:7:5:8:4:8 chr10 33468014 . T C 173.58 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.00317944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.756;QD=16.9347;RBI=0.0404838;REFB=-0.0245699;REVB=0.0403588;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331008;STB=0.664673;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0215252;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:22:18:19:0.463415:10:8:3:20:11:8:3:19 chr10 33469181 . A G 318.52 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0114432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.928;QD=23.1652;RBI=0.0138103;REFB=-0.0156157;REVB=-0.00773167;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161805;STB=0.58911;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0163099;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:14:18:8:15:14:18:8:15 chr10 33491728 . G A 458.94 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000207955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.976;QD=20.861;RBI=0.0184573;REFB=-0.00707217;REVB=0.0184561;RO=42;SAF=31;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177407;STB=0.605157;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00526259;OID=.;OPOS=33491728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:43:45:45:0.511364:14:31:21:21:14:31:21:22 chr10 33495267 . C T 288.47 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=70;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0149635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.452;QD=16.0261;RBI=0.0149877;REFB=-0.0143309;REVB=-0.000851257;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149897;STB=0.568921;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0150669;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:40:30:32:0.444444:21:9:17:22:22:10:17:23 chr10 33502240 . C T 356.58 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0255788;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0294;QD=18.7671;RBI=0.028366;REFB=-0.0257405;REVB=0.0122619;RO=40;SAF=27;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14114;STB=0.583979;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0280817;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:40:39:37:37:0.486842:10:27:24:16:10:27:23:16 chr10 33510663 . G A 367.32 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.045685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.56;QD=16.5089;RBI=0.0525963;REFB=-0.00826056;REVB=0.0260625;RO=50;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128137;STB=0.507201;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0109163;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:19:20:25:25:19:20:25:25 chr10 33510768 . G A 192.76 PASS AF=0.45614;AO=17;DP=53;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0157381;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.276;QD=13.5271;RBI=0.0519001;REFB=-0.019783;REVB=0.0494564;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342268;STB=0.526296;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0375317;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:26:31:17:26:0.45614:4:13:12:14:13:13:14:17 chr10 33552696 . A G 993.92 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205503;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1902;QD=59.3384;RBI=0.0445278;REFB=0;REVB=0.0395021;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5705e-05;OID=.;OPOS=33552696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr10 33577361 . G A 854.04 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4861;QD=56.0029;RBI=0.0665674;REFB=-0.152044;REVB=-0.024719;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00376215;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:1:0:26:34:1:0 chr10 34591402 . C T 557.08 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.621;QD=60.2247;RBI=0.0439624;REFB=0;REVB=-0.042175;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508071;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr10 34620220 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0496552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.935;QD=17.9528;RBI=0.0502902;REFB=-0.000393688;REVB=0.00796646;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481927;STB=0.527007;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.000232678;OID=.;OPOS=34620220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:12:16:14:13:12:16 chr10 34688287 . G A 560.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066699;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0312;QD=60.6415;RBI=0.0118068;REFB=0;REVB=0.00974227;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018068;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr10 35302705 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00765712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.427;QD=17.1002;RBI=0.0249494;REFB=-0.0255645;REVB=-0.0237453;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117957;STB=0.56808;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.023715;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:6:9:10:4:6:9 chr10 35321414 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0158053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.612;QD=16.9415;RBI=0.0173305;REFB=-0.00116541;REVB=-0.00710905;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647991;STB=0.53715;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00180541;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:9:15:13:6:9:15 chr10 35338699 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00936516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.139;QD=14.5588;RBI=0.00938791;REFB=-0.00954778;REVB=-0.000653196;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139025;STB=0.578887;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0118659;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:14:21:12:14:14:21 chr10 35362977 . A G 192.62 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0122917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.723;QD=14.8165;RBI=0.0238279;REFB=-0.0221929;REVB=-0.0204128;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074053;STB=0.542396;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0287066;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:8:14:17:13:8:14:17:13 chr10 35426755 . A G 231.15 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0294287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.924;QD=16.5106;RBI=0.0336493;REFB=-0.0201792;REVB=-0.0163166;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091505;STB=0.551493;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0223868;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:19:11:12:14:19:11 chr10 35464778 . C T 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0050737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.831;QD=10.4362;RBI=0.0179305;REFB=-0.00608156;REVB=-0.0171977;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193776;STB=0.615237;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0106919;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:12:21:7:8:12:21 chr10 35772402 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00403525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.645;QD=8.5118;RBI=0.01947;REFB=-0.00750394;REVB=-0.0190473;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815562;STB=0.549903;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0119391;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:8:16:6:4:8:16 chr10 35896957 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0013452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7356;QD=11.0908;RBI=0.0120928;REFB=0.0161163;REVB=0.0120178;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.069193;OID=.;OPOS=35896957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:5:1:1:4:5:1 chr10 35928724 . G A 49.01 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0241869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.885;QD=4.00078;RBI=0.0478413;REFB=-0.00395924;REVB=0.041277;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391876;STB=0.757751;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0275914;OID=.;OPOS=35928724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:29:12:5:3:29:12 chr10 36723415 . C A 156.08 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00518491;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.376;QD=10.953;RBI=0.0211471;REFB=0.00227114;REVB=-0.0205016;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332173;STB=0.508763;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00689227;OID=.;OPOS=36723415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:37:20:20:0.350877:10:10:17:15:10:10:18:19 chr10 36812362 . C T 593.14 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0220947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9839;QD=24.7141;RBI=0.0398162;REFB=-0.00282403;REVB=-0.0331233;RO=41;SAF=19;SAR=35;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112953;STB=0.557576;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00512883;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:42:54:54:0.5625:35:19:20:21:35:19:20:22 chr10 37508450 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.155;QD=54.5176;RBI=0.0350178;REFB=0;REVB=0.0157172;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035697;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr10 37890955 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.27;QD=53.9072;RBI=0.0671046;REFB=0;REVB=0.0670569;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193183;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr10 37891465 . G T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6485;QD=62.3487;RBI=0.0438325;REFB=0;REVB=-0.00827448;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588943;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr10 37891576 . G A 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9718;QD=64.1512;RBI=0.0323093;REFB=0;REVB=0.0159662;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140425;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr10 38407519 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00831432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.78;QD=9.11038;RBI=0.00833146;REFB=0.00234122;REVB=-0.000534101;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202856;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00681628;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:9:7:5:3:9:7 chr10 38645403 . T C 553.05 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00599115;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.68;QD=20.8699;RBI=0.00738769;REFB=-0.0389623;REVB=-0.0043225;RO=49;SAF=20;SAR=36;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285689;STB=0.508846;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0307868;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:49:50:56:56:0.528302:36:20:16:33:36:20:17:33 chr10 38672144 . A C 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00337459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.12;QD=14.412;RBI=0.0274469;REFB=-0.00636114;REVB=0.0272387;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585465;STB=0.533943;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00970775;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:14:14:10:8:14:14 chr10 38740000 . T C 137.85 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.039656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0315;QD=19.6926;RBI=0.0409904;REFB=-0.00538276;REVB=0.0103737;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798372;STB=0.518844;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000235683;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:11:12:14:16:0.571429:9:5:5:6:10:6:5:7 chr10 38740029 . C T 57.37 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00303188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.432;QD=12.748;RBI=0.0397459;REFB=-0.0155793;REVB=0.0396301;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0101315;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:4:6:6:2:4:6 chr10 38740050 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0545209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.258;QD=11.1041;RBI=0.0602046;REFB=-0.00928959;REVB=0.0255355;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341391;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0104371;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:4:6:6:1:4:6 chr10 38740353 . T C 236.92 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0770065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.969;QD=13.5381;RBI=0.0776896;REFB=-0.0350253;REVB=0.0102799;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319037;STB=0.685899;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0154051;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:17:11:29:12:17:11:30:12 chr10 38740382 . T C 254.32 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0251417;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.771;QD=15.1835;RBI=0.0251632;REFB=-0.0102266;REVB=-0.00104104;RO=38;SAF=8;SAR=21;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406523;STB=0.729904;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00909203;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:21:8:26:12:21:8:26:12 chr10 38740546 . G T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0247257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.73;QD=14.2614;RBI=0.0249795;REFB=-0.025163;REVB=0.00355129;RO=24;SAF=2;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285215;STB=0.66996;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0400094;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:14:2:7:17:14:2:7:17 chr10 38740590 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0385772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.959;QD=10.6346;RBI=0.0386883;REFB=-0.0119775;REVB=0.00293021;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627332;STB=0.53836;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0124019;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:2:11:7:1:2:11 chr10 42965636 . C T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00475425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.187;QD=8.81213;RBI=0.0336398;REFB=-0.00323159;REVB=-0.0333022;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320805;STB=0.695219;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0153875;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:20:23:10:10:0.30303:8:2:9:11:8:2:10:13 chr10 43089965 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.594;QD=56.9998;RBI=0.0287806;REFB=0;REVB=0.0244065;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137658;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr10 43281089 . T C 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00678707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.618;QD=21.3762;RBI=0.00720979;REFB=-0.0123607;REVB=-0.00243244;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174487;STB=0.509795;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00926709;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:12:10:10:13:12:10 chr10 43312807 . C T 449.53 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0423013;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.09;QD=18.7304;RBI=0.0423131;REFB=-0.0127933;REVB=-0.00100002;RO=51;SAF=16;SAR=29;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653919;STB=0.536343;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0158843;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:51:51:45:45:0.46875:29:16:15:36:29:16:15:36 chr10 43595968 . A G 435.6 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00741253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9312;QD=19.3602;RBI=0.00835739;REFB=-0.0435852;REVB=0.00386011;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124732;STB=0.579018;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0446171;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:46:43:44:0.488889:24:19:26:19:25:19:27:19 chr10 43606687 . A G 3535.12 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126772;FXX=0.0173905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.424;QD=62.5685;RBI=0.012679;REFB=0;REVB=0.00021761;RO=0;SAF=100;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083306;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:226:0:0:222:226:1:122:100:0:0:122:104:0:0 chr10 43613843 . G T 595.52 PASS AF=0.443709;AO=62;DP=148;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.033129;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.383;QD=15.7754;RBI=0.0345098;REFB=-0.0404001;REVB=0.00966402;RO=85;SAF=23;SAR=39;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130722;STB=0.566041;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0501527;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:85:84:62:67:0.443709:39:23:42:43:42:25:41:43 chr10 43690131 . GCAGA G 130.81 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0110617;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.927;QD=11.8915;RBI=0.0165647;REFB=-0.0131576;REVB=-0.0123299;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299448;STB=0.666444;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.0222629;OID=.;OPOS=43690132;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:15:47:15:44:29:5:10:17:12:99:28:5:10:17:11 chr10 43690189 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.248;QD=56.9561;RBI=0.0297337;REFB=0;REVB=0.0229565;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107072;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr10 43691691 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0819901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4715;QD=16.8835;RBI=0.084544;REFB=-0.00128782;REVB=-0.0206231;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464814;STB=0.772547;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0036868;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:2:13:8:9:2:13:8:9 chr10 43696279 . A G 386.96 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0251229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4832;QD=15.9573;RBI=0.0590783;REFB=0.00441499;REVB=-0.0534705;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00580373;STB=0.50327;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00784807;OID=.;OPOS=43696279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:20:21:29:27:20:21:29:27 chr10 43701471 . C T 140.15 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.125408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.354;QD=23.3581;RBI=0.126546;REFB=-0.0343896;REVB=0.0169318;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696635;STB=0.522355;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0385233;OID=.;OPOS=43701471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:24:10:9:13:14:0.583333:5:8:7:3:4:10:6:3 chr10 43701478 . G A 121.07 PASS AF=0.619048;AO=9;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0905192;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2228;QD=23.0599;RBI=0.0970244;REFB=-0.076857;REVB=0.0349286;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.529366;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0548625;OID=.;OPOS=43701478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:7:8:9:13:0.619048:4:5:4:3:4:9:5:3 chr10 43837352 . A G 218.38 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00883494;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.491;QD=45.9746;RBI=0.0380303;REFB=-0.0173573;REVB=0.0369898;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=4.56951e-05;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:19:1:1:17:18:0.947368:10:7:0:1:11:7:0:1 chr10 43881703 . T C 457.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00119283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.645;QD=17.7779;RBI=0.00433371;REFB=-0.02654;REVB=0.00416631;RO=53;SAF=16;SAR=33;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231296;STB=0.633781;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0203647;OID=.;OPOS=43881703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:33:16:30:23:33:16:31:23 chr10 43978087 . A G 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1846;QD=50.8352;RBI=0.0762232;REFB=-0.0158589;REVB=-0.0267847;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00577069;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:0:1:11:14:0:1 chr10 44052903 . A C 693.52 PASS AF=1;AO=37;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048319;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.174;QD=54.3939;RBI=0.0488917;REFB=0;REVB=0.00746159;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229672;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:51:0:0:37:51:1:23:14:0:0:22:29:0:0 chr10 44053013 . G C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000148269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.556;QD=58.9615;RBI=0.00252352;REFB=0;REVB=-0.00251917;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89969e-06;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr10 44053585 . C T 447.21 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.164;QD=57.7051;RBI=0.0733117;REFB=0;REVB=-0.0618179;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114173;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr10 44788299 . C CT 100.04 PASS AF=1;AO=3;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.668;QD=40.0171;RBI=0.0555852;REFB=0;REVB=0.0555852;RO=7;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000387392;OID=.;OPOS=44788300;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:10:10:10:0:0:10:0:0:4:7:0:3:0:7 chr10 44788300 . C T 44.35 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7782;QD=5.91384;RBI=0.0623384;REFB=-0.128628;REVB=0.0623384;RO=23;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0547761;OID=.;OPOS=44788300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:30:23:23:7:7:0.233333:7:0:0:23:7:0:0:23 chr10 44788758 . G A 622.89 PASS AF=0.534483;AO=61;DP=115;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0117265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.878;QD=21.4791;RBI=0.0202875;REFB=0.00618433;REVB=0.0165551;RO=52;SAF=24;SAR=37;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123589;STB=0.563114;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00609765;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:52:54:61:62:0.534483:37:24:28:24:37:25:29:25 chr10 44788826 . C T 547.25 PASS AF=0.491379;AO=55;DP=114;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0706445;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3318;QD=18.8708;RBI=0.0890145;REFB=-0.00096324;REVB=0.0541566;RO=59;SAF=33;SAR=22;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134194;STB=0.580795;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00248237;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:59:59:55:57:0.491379:22:33:27:32:22:35:27:32 chr10 44793355 . G A 117.95 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0824742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6259;QD=13.1058;RBI=0.0862469;REFB=-0.0160021;REVB=0.0252299;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156862;STB=0.59079;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0325603;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:5:17:9:5:5:17 chr10 44871444 . CTTTTCTTTTTTC CTTTCTTTTTTC,CTTTTCTTTTT,CTTTTCTTTTTC 34.48 PASS AF=0,0.219512,0.0731707;AO=6,7,6;DP=48;FAO=0,9,3;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=0,8,1;FSAR=0,1,2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.299539,-0.194136,-0.245026;FXX=0.0681663;HRUN=4,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=12.5935,22.5514,10.7032;QD=3.3638;RBI=0.315919,0.194283,0.245461;REFB=-0.048093,-0.0814925,-0.11846;REVB=0.100405,-0.00755041,0.0146011;RO=14;SAF=6,6,4;SAR=0,1,2;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0.489362,0.489362;SSEP=0.493007,0,0;SSSB=0.818174,0.679685,0.53658;STB=0.5,0.8383,0.665561;STBP=1,0.045,0.669;TYPE=del,del,del;VARB=0.0129571,0.145131,0.128818;OID=.,.,.;OPOS=44871445,44871455,44871450;OREF=T,TC,T;OALT=-,-,-;OMAPALT=CTTTCTTTTTTC,CTTTTCTTTTT,CTTTTCTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.219512,0.0731707:6,7,6:48:0,9,3:41:29:0,8,1:0,1,2:15:14:26:14:6,6,4:0,1,2:2:12 chr10 45430462 . C T 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0271565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.322;QD=20.8905;RBI=0.0272247;REFB=-0.00363918;REVB=-0.00192588;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105414;STB=0.505841;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00306444;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:15:17:14:13:15:17:14:13 chr10 45473317 . C T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0476931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.846;QD=19.8667;RBI=0.0496728;REFB=-0.0216495;REVB=0.0138834;RO=45;SAF=25;SAR=19;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230969;STB=0.627769;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0360226;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:19:25:14:31:19:25:14:31 chr10 45496120 . A T 205.61 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00361765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5019;QD=11.1142;RBI=0.0302186;REFB=-0.0378878;REVB=-0.0300012;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400551;STB=0.578453;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0316745;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:48:26:26:0.351351:12:14:19:19:12:14:20:28 chr10 45499799 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00206399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.653;QD=8.81108;RBI=0.12168;REFB=0.0209814;REVB=0.121662;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0279323;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr10 45499886 . TC T 34.31 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00521145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.795;QD=6.86274;RBI=0.0101356;REFB=-0.00601355;REVB=0.00869317;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0159339;OID=.;OPOS=45499887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:5:20:6:20:14:3:3:7:7:34:14:2:3:7:7 chr10 45799950 . T G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0320824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0382;QD=13.2052;RBI=0.0646865;REFB=-0.0319834;REVB=0.0561699;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372539;STB=0.713771;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0164868;OID=.;OPOS=45799950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:6:0:2:4:6:0 chr10 45869748 . C T 267.56 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00317393;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.043;QD=18.1397;RBI=0.0975213;REFB=2.5881e-05;REVB=0.0974697;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136958;STB=0.576419;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00102706;OID=.;OPOS=45869748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:20:10:14:15:20:10 chr10 45953767 . A G 1659.45 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.18;QD=60.3438;RBI=0.0313345;REFB=0;REVB=0.0150439;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58984e-05;OID=.;OPOS=45953767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:54:56:0:0:54:56:0:0 chr10 45958856 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.572;QD=50.4135;RBI=0.0341554;REFB=0;REVB=0.014621;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250947;OID=.;OPOS=45958856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr10 45958881 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1113;QD=43.4861;RBI=0.0217082;REFB=0;REVB=-0.00643655;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144309;OID=.;OPOS=45958881;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr10 46143958 . T G 109.78 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0240024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8319;QD=7.31882;RBI=0.0250179;REFB=-0.0147334;REVB=-0.0070557;RO=44;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985914;STB=0.560268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0285414;OID=.;OPOS=46143958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:10:6:20:24:10:6:20:24 chr10 46965018 . C G 396.49 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0174563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.342;QD=17.8198;RBI=0.0188577;REFB=-0.0222988;REVB=-0.00713387;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430266;STB=0.524064;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0209678;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:24:17:22:26:24:17:22:26 chr10 46965727 . G A 293.7 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00660503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.341;QD=23.0349;RBI=0.0110531;REFB=-0.022435;REVB=0.00886255;RO=22;SAF=20;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188481;STB=0.589038;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0143344;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:8:20:11:11:9:20:11:11 chr10 46967672 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.020576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.91;QD=24.5996;RBI=0.0269758;REFB=-0.0127548;REVB=0.0174449;RO=16;SAF=3;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431883;STB=0.744835;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00616469;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:19:3:9:7:19:3:9:7 chr10 46998894 . G A 188.0 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0226931;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4299;QD=13.9262;RBI=0.0585888;REFB=-0.0651579;REVB=0.0540155;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956672;STB=0.565161;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0418709;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:31:31:22:23:0.425926:10:12:14:17:10:13:14:17 chr10 46998995 . C G 266.73 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.015918;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.508;QD=13.1717;RBI=0.0240227;REFB=-0.0375232;REVB=0.0179919;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389478;STB=0.522279;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0485613;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:15:16:24:26:15:16:24:26 chr10 46998999 . G A 532.01 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0385029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7744;QD=25.6388;RBI=0.0516031;REFB=-0.0210055;REVB=0.0343571;RO=33;SAF=24;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409863;STB=0.516218;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0269399;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:34:49:49:0.590361:25:24:18:15:25:24:18:16 chr10 46999019 . G A 434.34 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0052505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.931;QD=23.7993;RBI=0.0291163;REFB=-0.0217425;REVB=0.028639;RO=31;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558023;STB=0.530624;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.014669;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:22:20:17:14:22:20:17:14 chr10 46999030 . C T 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00387248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.45;QD=14.9204;RBI=0.015914;REFB=-0.0402816;REVB=0.0154356;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630661;STB=0.528033;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0530651;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:13:15:17:19:13:15:18:19 chr10 46999151 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0180463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.769;QD=16.1723;RBI=0.0343677;REFB=-0.0220638;REVB=0.0292485;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122295;STB=0.507033;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0188437;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:9:11:9:7:9:11 chr10 46999178 . A C 199.81 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=39;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.010031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.059;QD=19.4933;RBI=0.0115617;REFB=-0.00818503;REVB=0.00574912;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.535945;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00672564;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:21:21:18:20:0.487805:8:10:13:8:9:11:13:8 chr10 46999189 . CA CG,TG 640.68 PASS AF=0.488372,0.511628;AO=21,22;DP=43;FAO=21,22;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13,14;FSAR=8,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373821,0.0193192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=93.9014,152.86;QD=59.5985;RBI=0.00904495,0.0193311;REFB=0,0;REVB=-0.00823632,-0.000677675;RO=0;SAF=13,14;SAR=8,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0048348,0.00357439;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:43:0:0:21,22:21,22:0.488372,0.511628:8,8:13,14:0:0:8,8:13,14:0:0 chr10 46999198 . G T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0112062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.955;QD=21.1302;RBI=0.0159325;REFB=-0.0287151;REVB=-0.0113255;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161549;STB=0.509083;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0284386;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:13:8:8:14:13:8 chr10 46999465 . A G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0151172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.542;QD=21.7429;RBI=0.0153835;REFB=-0.0207075;REVB=0.00284984;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153108;STB=0.549931;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0127978;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:11:3:4:7:11:4:4:7 chr10 46999484 . G T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0154752;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.318;QD=9.76018;RBI=0.0371515;REFB=-0.00703876;REVB=-0.0337751;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16606;STB=0.599747;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0154396;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:2:10:5:2:2:10 chr10 46999577 . G T 55.51 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0222694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.929;QD=10.0922;RBI=0.0222813;REFB=-0.016988;REVB=0.000725726;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319625;STB=0.723463;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0395867;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:14:14:7:8:0.363636:1:6:9:5:1:7:9:5 chr10 46999590 . GC AG,GCATGAGGGAG 104.22 PASS AF=0.0666667,0.366667;AO=2,10;DP=31;FAO=2,11;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2,8;FSAR=0,3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0114125,-0.000627855;FXX=0.0322477;HRUN=2,1;LEN=2,9;MLLD=195.536,213.967;QD=13.8965;RBI=0.0158407,0.00362311;REFB=-0.0236678,-0.0279015;REVB=0.0109855,0.00356829;RO=17;SAF=2,8;SAR=0,2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.456158,0.137036;STB=0.992705,0.516099;STBP=0.328,0.96;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00268625,0.040321;OID=.,.;OPOS=46999590,46999592;OREF=GC,-;OALT=AG,ATGAGGGAG;OMAPALT=AG,GCATGAGGGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:88:31:30:17:17:2,10:2,11:0.0666667,0.366667:0,2:2,8:12:5:0,3:2,8:12:5 chr10 46999596 . G A 96.61 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0285624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2049;QD=12.4659;RBI=0.0542728;REFB=-0.0273372;REVB=0.046149;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175519;STB=0.589607;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0477861;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:31:19:19:10:12:0.387097:2:8:15:4:4:8:15:4 chr10 46999604 . A G 404.54 PASS AF=0.909091;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00563217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.208;QD=49.0356;RBI=0.0738172;REFB=-0.0490762;REVB=0.073602;RO=2;SAF=21;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062667;STB=0.507687;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00735586;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:33:2:3:26:30:0.909091:5:21:1:1:8:22:2:1 chr10 46999732 . G A 765.51 PASS AF=0.509804;AO=78;DP=154;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00691055;FXX=0.00649309;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.762;QD=20.0133;RBI=0.0173587;REFB=-0.012273;REVB=0.0159239;RO=75;SAF=46;SAR=32;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514072;STB=0.528275;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0113637;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:75:75:78:78:0.509804:32:46:40:35:32:46:40:35 chr10 46999747 . T C 655.83 PASS AF=0.455128;AO=70;DP=155;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0135199;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1915;QD=16.8162;RBI=0.0196368;REFB=-0.0321396;REVB=-0.0142414;RO=84;SAF=38;SAR=32;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705616;STB=0.503267;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0291197;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:84:85:70:71:0.455128:32:38:45:39:33:38:46:39 chr10 46999922 . G T 157.12 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000764158;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.039;QD=20.9491;RBI=0.0179703;REFB=-0.0210762;REVB=0.0179541;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993111;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0163525;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:30:17:14:16:16:0.533333:11:5:7:10:11:5:7:7 chr10 47000004 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6687;QD=58.5844;RBI=0.0593844;REFB=0;REVB=-0.0507089;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00094269;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr10 47000071 . G A 194.61 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0131829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.982;QD=17.299;RBI=0.0285111;REFB=-0.00502699;REVB=-0.0252803;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154895;STB=0.599904;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0133911;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:10:9:8:17:10:10:8:17 chr10 47000079 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00893539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.421;QD=23.4331;RBI=0.0096875;REFB=-0.0327123;REVB=0.00374253;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161318;STB=0.580576;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0234948;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:16:8:10:9:16:8:10:10 chr10 47000146 . C T 145.56 PASS AF=0.625;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0338646;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.931;QD=24.2607;RBI=0.0401541;REFB=-0.0807541;REVB=0.0215763;RO=5;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050881;STB=0.545393;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0462164;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:24:5:9:14:15:0.625:10:4:1:4:10:5:4:5 chr10 47000188 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.423;QD=45.803;RBI=0.0494282;REFB=0;REVB=0.0063812;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262791;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr10 47000239 . C T 69.53 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00153026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.693;QD=16.359;RBI=0.0283293;REFB=-0.0175723;REVB=0.0282879;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657708;STB=0.518476;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0160894;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:2:7:5:2:2:7:6:2 chr10 47000321 . G A 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00742008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.787;QD=17.4221;RBI=0.0608299;REFB=-0.00460119;REVB=0.0603756;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532649;STB=0.53606;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00656578;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:31:31:0.476923:13:18:21:12:13:18:22:12 chr10 47000366 . C G 415.26 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0227208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5874;QD=19.3142;RBI=0.0230231;REFB=-0.0115674;REVB=0.00371884;RO=43;SAF=23;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03115;STB=0.522436;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00788366;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:19:23:25:18:19:23:26:18 chr10 47000374 . T C 426.66 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.064352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.234;QD=19.1759;RBI=0.0650877;REFB=-0.0112531;REVB=-0.00975847;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081588;STB=0.550291;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0122449;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:21:22:27:18:21:22:28:18 chr10 47000381 . T C 1358.51 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.525;QD=62.4604;RBI=0.0241216;REFB=0;REVB=0.0170335;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35092e-08;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr10 47000426 . T C 1695.65 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8307;QD=60.5588;RBI=0.0339136;REFB=0;REVB=0.0184734;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20966e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:61:51:0:0 chr10 47000487 . G A 536.11 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00712431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.847;QD=20.2305;RBI=0.00789676;REFB=-0.00942576;REVB=0.00340632;RO=51;SAF=17;SAR=37;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148744;STB=0.574252;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0098666;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:54:55:0.518868:37:17:24:27:37:18:24:27 chr10 47000547 . G T 398.51 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00501132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.71;QD=19.4393;RBI=0.0135431;REFB=0.00696266;REVB=-0.0125818;RO=41;SAF=11;SAR=29;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193049;STB=0.594922;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00960691;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:29:11:19:22:29:12:19:22 chr10 47000728 . T C 509.43 PASS AF=0.52;AO=47;DP=95;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0122263;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.604;QD=20.377;RBI=0.0133046;REFB=-0.0336574;REVB=0.00524691;RO=47;SAF=28;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154173;STB=0.58655;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0286662;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:47:48:47:52:0.52:19:28:20:27:20:32:21:27 chr10 47000863 . A G 1211.3 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128833;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.046;QD=59.8174;RBI=0.0165311;REFB=0.00277413;REVB=0.0103584;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000576523;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:78:80:0.987654:38:40:1:0:38:42:1:0 chr10 47000873 . T A,G 1128.14 PASS AF=0.589744,0.410256;AO=46,29;DP=75;FAO=46,32;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=18,23;FSAR=28,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181457,-0.00371281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.2917,158.971;QD=57.8533;RBI=0.0393555,0.00641845;REFB=0,0;REVB=0.0349226,-0.0052356;RO=0;SAF=18,22;SAR=28,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.06241e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.010251,0.00936286;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:78:0:0:46,29:46,32:0.589744,0.410256:28,7:18,22:0:0:28,9:18,23:0:0 chr10 47000898 . C T 374.48 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0208914;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.132;QD=18.0474;RBI=0.0419654;REFB=-0.027417;REVB=-0.0363956;RO=44;SAF=29;SAR=10;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35621;STB=0.699828;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0223864;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:10:29:17:27:10:29:17:27 chr10 47001032 . G A 163.16 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00859759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.202;QD=15.178;RBI=0.0119843;REFB=-0.0294826;REVB=-0.00834902;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189676;STB=0.575676;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0427962;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:24:19:19:0.44186:12:7:12:9:12:7:12:12 chr10 47001098 . C T 135.93 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0107835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.622;QD=9.70898;RBI=0.0467323;REFB=-0.012785;REVB=-0.0454711;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983387;STB=0.517837;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0236504;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:34:38:18:18:0.321429:9:9:20:14:9:9:20:18 chr10 47001371 . C G 1361.55 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.544;QD=61.8886;RBI=0.00996497;REFB=0;REVB=0.00122693;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19069e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:85:88:1:43:42:0:0:43:45:0:0 chr10 47001409 . G A 370.12 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0193133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.638;QD=14.0998;RBI=0.0197671;REFB=0.00132627;REVB=0.00421137;RO=60;SAF=27;SAR=16;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135595;STB=0.577569;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00196041;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:62:43:43:0.409524:16:27:30:30:16:27:31:31 chr10 47001485 . A T 494.86 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0127183;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.878;QD=16.0931;RBI=0.0190003;REFB=-0.00431223;REVB=-0.0141159;RO=69;SAF=29;SAR=25;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299654;STB=0.516756;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0117923;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:69:69:54:54:0.439024:25:29:35:34:25:29:35:34 chr10 47001504 . G T 545.36 PASS AF=0.491525;AO=54;DP=114;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0114719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.767;QD=18.4869;RBI=0.0123275;REFB=-0.00845539;REVB=0.00451259;RO=60;SAF=25;SAR=29;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035273;STB=0.508194;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0103968;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:60:60:54:58:0.491525:29:25:28:32:30:28:28:32 chr10 47001543 . C T 668.67 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0120201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.932;QD=22.8605;RBI=0.0125561;REFB=-0.0115715;REVB=-0.00362943;RO=50;SAF=26;SAR=39;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501779;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0115017;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:50:52:65:65:0.555556:39:26:20:30:39:26:21:31 chr10 47001786 . A C 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0126928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.878;QD=18.6733;RBI=0.0129139;REFB=-0.0231365;REVB=0.00237909;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157259;STB=0.508767;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0171392;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:14:21:21:15:14:21:21:15 chr10 47001946 . T C 162.89 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0100186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.781;QD=12.0658;RBI=0.015214;REFB=-0.00953395;REVB=-0.0114495;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224826;STB=0.629509;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0117872;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:33:34:19:20:0.37037:10:9:9:24:10:10:10:24 chr10 47001954 . C T 102.48 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0287415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0301;QD=7.7344;RBI=0.0579802;REFB=-0.0207058;REVB=-0.0503551;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102698;STB=0.521708;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0787811;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:34:39:14:14:0.264151:9:5:15:19:9:5:15:24 chr10 47001984 . G A 696.59 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0496119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.455;QD=52.5731;RBI=0.0626637;REFB=-0.125686;REVB=0.0382806;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5238;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00144472;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:51:51:0.962264:31:20:0:0:31:20:2:0 chr10 47002079 . T C 265.76 PASS AF=0.367816;AO=29;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0253649;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.145;QD=12.2187;RBI=0.0344657;REFB=-0.0205672;REVB=0.0233347;RO=51;SAF=13;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132506;STB=0.576958;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0433102;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:55:29:32:0.367816:16:13:29:22:19:13:29:26 chr10 47002118 . T A 512.62 PASS AF=0.509615;AO=52;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0152898;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.573;QD=19.7161;RBI=0.048619;REFB=-0.0151347;REVB=0.0461522;RO=44;SAF=27;SAR=25;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167084;STB=0.623071;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0141059;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:51:52:53:0.509615:25:27:14:30:25:28:14:37 chr10 47002127 . T C,G 1429.45 PASS AF=0.959596,0.030303;AO=93,4;DP=98;FAO=95,3;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=37,1;FSAR=58,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00464581,-0.0106303;FXX=0.0294089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.995,111.344;QD=57.7556;RBI=0.0317281,0.0252805;REFB=-0.0445083,0.00627025;REVB=0.0313862,0.0229369;RO=1;SAF=37,1;SAR=56,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0126406,-0.272709;STB=0.506665,0.665547;STBP=0.289,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.000851653,0.139417;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:98:99:1:1:93,4:95,3:0.959596,0.030303:56,3:37,1:1:0:58,2:37,1:1:0 chr10 47002135 . A G 470.36 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.030058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.885;QD=17.2609;RBI=0.0822522;REFB=-0.00347538;REVB=-0.0765633;RO=57;SAF=14;SAR=37;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227295;STB=0.632549;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00558931;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:58:51:51:0.46789:37:14:28:29:37:14:29:29 chr10 47002501 . T A 354.88 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00899994;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.904;QD=24.06;RBI=0.0566569;REFB=-0.02182;REVB=0.0559376;RO=24;SAF=24;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171099;STB=0.58223;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.012459;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:34:35:0.59322:10:24:12:12:11:24:12:12 chr10 47002542 . C A 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.916;QD=60.5448;RBI=0.0484187;REFB=0;REVB=0.00329801;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106763;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr10 47002606 . G A 364.5 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0162312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5068;QD=18.4556;RBI=0.0383752;REFB=-0.0105681;REVB=-0.0347736;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487892;STB=0.512085;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00802222;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:37:38:0.481013:13:24:24:16:14:24:25:16 chr10 47002617 . T C 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0344106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9684;QD=18.6058;RBI=0.0575345;REFB=0.00332504;REVB=-0.04611;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511201;STB=0.528441;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00469841;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:15:24:28:14:15:24:28:14 chr10 47002724 . G A 197.13 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0773257;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1672;QD=14.6022;RBI=0.0781316;REFB=-0.0315141;REVB=0.011193;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174631;STB=0.61101;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0321722;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:31:23:23:0.425926:16:7:14:16:16:7:15:16 chr10 47002757 . A G 754.21 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1561;QD=61.5681;RBI=0.0736285;REFB=0;REVB=-0.0678234;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715809;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:32:13:0:0:33:16:0:0 chr10 47002792 . T C 149.02 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.000857464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.141;QD=9.61428;RBI=0.0110035;REFB=-0.01872;REVB=0.0109701;RO=42;SAF=6;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2147;STB=0.627453;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0329448;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:14:6:20:22:14:6:20:22 chr10 47002917 . T C 827.24 PASS AF=1;AO=48;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248053;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.312;QD=57.0513;RBI=0.0076628;REFB=0;REVB=0.00725021;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525822;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:48:58:1:31:17:0:0:31:27:0:0 chr10 47002937 . A G 241.22 PASS AF=0.459016;AO=25;DP=57;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0587785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7466;QD=15.8178;RBI=0.0665563;REFB=-0.0150818;REVB=-0.0312224;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235617;STB=0.642105;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.020805;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:32:33:25:28:0.459016:12:13:9:23:12:16:10:23 chr10 47002942 . C G 208.98 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0499198;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3772;QD=15.1986;RBI=0.0590655;REFB=-0.00282534;REVB=-0.0315712;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267217;STB=0.666532;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00342812;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:31:24:24:0.436364:9:15:10:19:9:15:10:21 chr10 47003115 . C T 267.06 PASS AF=0.392405;AO=23;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=-0.0274364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.097;QD=13.5222;RBI=0.0275533;REFB=-0.0142136;REVB=-0.0025359;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312185;STB=0.63554;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0216914;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:48:23:31:0.392405:12:11:9:34:19:12:9:39 chr10 47003177 . A G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00890014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.44;QD=15.8125;RBI=0.0215234;REFB=-0.0155522;REVB=0.019597;RO=43;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560842;STB=0.536236;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0111426;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:22:12:13:30:22:12:13:31 chr10 47003215 . T C 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0226679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.663;QD=15.4097;RBI=0.0253748;REFB=-0.0128343;REVB=0.0114038;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624657;STB=0.53529;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0153314;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:13:21:15:12:13:21 chr10 47003229 . C G 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0023654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7781;QD=12.8721;RBI=0.00671784;REFB=-0.00999027;REVB=0.00628763;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111933;STB=0.565241;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0165846;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:15:17:12:7:15:17 chr10 47003250 . C T 150.64 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0509648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.8;QD=11.1588;RBI=0.0510179;REFB=-0.013374;REVB=-0.0023283;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102573;STB=0.560279;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0175959;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:14:21:13:6:14:21 chr10 47003615 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.000121262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.006;QD=14.2591;RBI=0.0176979;REFB=-0.00752727;REVB=-0.0176975;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119446;STB=0.55988;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00659113;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:15:14:24:16:15:14:24:17 chr10 47003896 . C T 299.97 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00584082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.277;QD=16.4367;RBI=0.0107896;REFB=-0.0130633;REVB=0.00907198;RO=40;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112892;STB=0.563597;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0161253;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:21:12:19:21:21:12:19:21 chr10 47004036 . G C 209.63 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00910726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.0253;QD=18.2285;RBI=0.0381247;REFB=-0.0875763;REVB=-0.037021;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.566947;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0267449;OID=.;OPOS=47004036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:21:25:21:21:0.456522:10:11:10:11:10:11:10:15 chr10 47004068 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00246893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.706;QD=17.3252;RBI=0.00499354;REFB=-0.0110875;REVB=-0.00434049;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263634;STB=0.651006;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0100711;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:11:14:6:14:11:14 chr10 47004182 . G A 573.57 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.3711;QD=60.3757;RBI=0.0480518;REFB=0;REVB=0.0453395;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529401;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:11:22:0:0:16:22:0:0 chr10 47004217 . T C 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00287933;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.136;QD=16.7894;RBI=0.0111026;REFB=-0.0049787;REVB=-0.0107227;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192683;STB=0.597327;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00499816;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:21:17:17:0.447368:6:11:10:12:6:11:10:11 chr10 47004289 . C T 242.63 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0286784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7133;QD=22.5699;RBI=0.0312977;REFB=-0.0254053;REVB=-0.0125338;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174216;STB=0.597476;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0274116;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:8:12:9:14:8:12 chr10 47004355 . C CA 334.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.017083;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=233.654;QD=27.8547;RBI=0.0172266;REFB=-0.0163853;REVB=0.00222002;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655848;STB=0.524479;STBP=0.703;TYPE=ins;VARB=0.0138296;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.604167:29:48:29:48:19:14:15:8:11:99:18:14:15:7:11 chr10 47004362 . C T 327.04 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0037853;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.396;QD=26.1633;RBI=0.00902375;REFB=-0.00381615;REVB=0.00819144;RO=20;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826457;STB=0.555949;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000830365;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:19:31:31:0.62:15:16:8:12:15:16:7:12 chr10 47004633 . CA TG 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0422351;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.067;QD=10.0752;RBI=0.0437878;REFB=-0.0147899;REVB=0.0115573;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.512165;STBP=0.967;TYPE=mnp;VARB=0.0122809;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:9:5:3:5:9:5 chr10 47004702 . A G 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00182731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3175;QD=10.9391;RBI=0.0753685;REFB=0.00482275;REVB=-0.0753464;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.529358;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0162754;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:10:10:6:5:10:10 chr10 47004816 . GCACACAC GCACA,GCACAC 548.31 PASS AF=0,0.568421;AO=11,38;DP=103;FAO=0,54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=0,29;FSAR=0,25;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0102178,0.00908455;FXX=0.0594001;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=234.729,243.264;QD=23.0868;RBI=0.0102497,0.0136801;REFB=-0.0201843,-0.0166534;REVB=0.000808641,0.0102282;RO=42;SAF=4,24;SAR=7,14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.224876,0.082597;STB=0.5,0.510759;STBP=1,0.818;TYPE=del,del;VARB=0,0.0106987;OID=.,.;OPOS=47004821,47004817;OREF=CAC,CA;OALT=-,-;OMAPALT=GCACA,GCACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.568421:11,38:103:0,54:95:41:0,29:0,25:21:20:99:42:4,24:7,14:23:19 chr10 47004971 . A G 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.034336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.63;QD=13.3124;RBI=0.0397059;REFB=-0.0158474;REVB=-0.0199398;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244444;STB=0.640894;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0276835;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:15:18:7:15:15:18 chr10 47004994 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0460011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.35;QD=6.5261;RBI=0.0599723;REFB=0.000718845;REVB=-0.0384783;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257095;STB=0.666173;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00454084;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:10:10:2:5:10:10 chr10 47005224 . C T 49.61 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00410814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.431;QD=15.2638;RBI=0.00422483;REFB=0.00118067;REVB=-0.000986114;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00104473;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr10 47005267 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0129505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.477;QD=16.1188;RBI=0.0363322;REFB=-0.0253697;REVB=-0.0339457;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506435;STB=0.529362;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0156679;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:8:5:4:8:8:5 chr10 47005466 . C T 907.61 PASS AF=0.536145;AO=89;DP=166;FAO=89;FDP=166;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.00917365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.448;QD=21.8701;RBI=0.0157477;REFB=-0.0114251;REVB=-0.0127998;RO=75;SAF=54;SAR=35;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041286;STB=0.514482;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.010493;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:75:77:89:89:0.536145:35:54:49:26:35:54:49:28 chr10 47005504 . T C 763.92 PASS AF=0.418367;AO=82;DP=193;FAO=82;FDP=196;FR=.;FRO=114;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=73;FSRR=41;FWDB=-0.011943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.941;QD=15.5902;RBI=0.014095;REFB=-0.0194496;REVB=0.00748563;RO=110;SAF=53;SAR=29;SRF=71;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000995206;STB=0.503801;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0200559;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:196:110:114:82:82:0.418367:29:53:71:39:29:53:73:41 chr10 47005575 . C T 891.04 PASS AF=0.52381;AO=87;DP=170;FAO=88;FDP=168;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=0.00291065;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.375;QD=21.2153;RBI=0.00767778;REFB=-0.0078358;REVB=0.00710468;RO=80;SAF=41;SAR=46;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155403;STB=0.587007;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00808595;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:80:80:87:88:0.52381:46:41:52:28:47:41:52:28 chr10 47005611 . CAGA C 470.55 PASS AF=0.463636;AO=49;DP=107;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0193011;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.438;QD=17.1111;RBI=0.0210021;REFB=-0.0106107;REVB=-0.00827998;RO=54;SAF=25;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428322;STB=0.526587;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.0113268;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463636:49:107:51:110:59:26:25:33:26:99:54:25:24:30:24 chr10 47087078 . G T 327.92 PASS AF=0.318182;AO=42;DP=133;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0320737;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2174;QD=9.93694;RBI=0.0360967;REFB=-0.0132364;REVB=-0.0165604;RO=89;SAF=25;SAR=17;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19572;STB=0.609704;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0249396;OID=.;OPOS=47087078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:89:90:42:42:0.318182:17:25:38:51:17:25:39:51 chr10 47087474 . C T 1506.91 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7854;QD=58.5207;RBI=0.0355028;REFB=0.0744482;REVB=-0.00692829;RO=1;SAF=44;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106609;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00223301;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:58:44:1:0:58:44:1:0 chr10 47087501 . C T 120.47 PASS AF=0.190909;AO=21;DP=110;FAO=21;FDP=110;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.0372772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.615;QD=4.38087;RBI=0.0388652;REFB=-0.00568966;REVB=0.0109958;RO=89;SAF=10;SAR=11;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106592;STB=0.567623;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0350499;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:89:89:21:21:0.190909:11:10:35:54:11:10:35:54 chr10 47087608 . TG CA,CG 1558.92 PASS AF=0.211009,0.788991;AO=22,83;DP=109;FAO=23,86;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=10,39;FSAR=13,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917619,0.00369317;FXX=0.00909008;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=70.3546,113.521;QD=57.208;RBI=0.0455972,0.0791215;REFB=0,0;REVB=0.0446644,0.0790353;RO=1;SAF=10,38;SAR=12,45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0369717,0.0104093;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0551509,0.00241147;OID=.,.;OPOS=47087608,47087608;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:109:109:1:0:22,83:23,86:0.211009,0.788991:12,45:10,38:0:1:13,47:10,39:0:0 chr10 47087680 . C T 1589.74 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5807;QD=59.99;RBI=0.0107993;REFB=0;REVB=0.00386245;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31842e-05;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:47:59:0:0:47:59:0:0 chr10 47087730 . G GT 675.16 PASS AF=1;AO=13;DP=91;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163711;FXX=0.438153;HRUN=0;LEN=1;MLLD=88.8942;QD=54.013;RBI=0.163711;REFB=0;REVB=0.000103706;RO=76;SAF=13;SAR=0;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00449113;OID=.;OPOS=47087731;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:91:50:50:0:50:0:0:0:4:76:13:0:38:38 chr10 47087731 . C T 1011.19 PASS AF=0.852273;AO=73;DP=89;FAO=75;FDP=88;FR=.;FRO=13;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.151289;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2242;QD=45.963;RBI=0.151305;REFB=-0.152079;REVB=0.0021497;RO=15;SAF=35;SAR=38;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165809;STB=0.574693;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0292501;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:89:88:15:13:73:75:0.852273:38:35:15:0:38:37:13:0 chr10 47087830 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.826;QD=62.3509;RBI=0.0447681;REFB=0;REVB=0.0168796;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209547;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr10 47416908 . A G 3164.49 PASS AF=0.504026;AO=311;DP=621;FAO=313;FDP=621;FR=.;FRO=308;FSAF=188;FSAR=125;FSRF=137;FSRR=171;FWDB=-0.00699914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.408;QD=20.3832;RBI=0.070123;REFB=-0.009585;REVB=0.0697728;RO=305;SAF=187;SAR=124;SRF=136;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142131;STB=0.578018;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00683505;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:621:621:305:308:311:313:0.504026:124:187:136:169:125:188:137:171 chr10 47756065 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0376449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.419;QD=26.6016;RBI=0.1049;REFB=-0.0709117;REVB=0.0979131;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14689;STB=0.583138;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0228596;OID=.;OPOS=47756065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:2:0:3:5:2:0 chr10 48370595 . G A 810.98 PASS AF=0.898551;AO=61;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0851287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8617;QD=47.0133;RBI=0.136341;REFB=-0.0867375;REVB=0.106498;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111936;STB=0.50236;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0108387;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:69:69:3:7:61:62:0.898551:33:28:1:2:34:28:3:4 chr10 49400731 . G A 237.47 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00686544;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8465;QD=13.5696;RBI=0.033875;REFB=-0.0137299;REVB=0.033172;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019434;STB=0.522662;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0231306;OID=.;OPOS=49400731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:42:28:28:0.4:11:17:25:15:11:17:27:15 chr10 49659083 . GC G,GG 484.65 PASS AF=0.76087,0.195652;AO=31,9;DP=47;FAO=35,9;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=28,0;FSAR=7,9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.257133,0.160388;FXX=0.0212721;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.2601,18.084;QD=42.1431;RBI=0.265136,0.223694;REFB=-0.0502101,-0.0651007;REVB=0.064654,0.155931;RO=6;SAF=24,0;SAR=7,9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0258234,-0.82629;STB=0.524576,0.99794;STBP=0.341,0.077;TYPE=del,snp;VARB=0.0186593,-0.0110709;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.76087,0.195652:31,9:47:35,9:46:2:28,0:7,9:1:1:60:6:24,0:7,9:5:1 chr10 49659351 . C T 263.4 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.04125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.551;QD=19.5113;RBI=0.0539576;REFB=-0.0192119;REVB=0.0347831;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108648;STB=0.560398;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0197506;OID=.;OPOS=49659351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:18:8:12:16:18:8 chr10 49659559 . C T 307.57 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0142211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.817;QD=20.8519;RBI=0.0176408;REFB=-0.0284841;REVB=0.0104384;RO=26;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194297;STB=0.603031;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.032283;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:31:32:0.542373:23:8:12:14:23:9:13:14 chr10 49659637 . T C 122.95 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0255852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.431;QD=16.3936;RBI=0.039391;REFB=-0.00871557;REVB=0.0299507;RO=15;SAF=0;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.801497;STB=0.797683;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0134235;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:13:14:0.466667:13:0:6:9:13:1:6:10 chr10 49667795 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.994;QD=58.7795;RBI=0.00906776;REFB=0;REVB=0.00892818;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56969e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr10 49687800 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.011;QD=42.1777;RBI=0.0302202;REFB=0;REVB=-0.0252244;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95839e-05;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr10 49860258 . A G 358.25 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.651;QD=55.115;RBI=0.0334149;REFB=0;REVB=0.0218085;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48604e-06;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr10 49998824 . C T 343.36 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0213972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.959;QD=13.8731;RBI=0.0241202;REFB=-0.00840557;REVB=0.0111331;RO=59;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180765;STB=0.594914;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0169372;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:61:38:38:0.383838:12:26:31:28:12:26:33:28 chr10 50013402 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.502;QD=58.2396;RBI=0.026774;REFB=0;REVB=-0.0121483;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24109e-05;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr10 50025396 . G A 438.41 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0351251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.213;QD=30.2355;RBI=0.0354761;REFB=-0.0508642;REVB=-0.00497754;RO=16;SAF=22;SAR=18;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221539;STB=0.633834;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00512464;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:18:40:40:0.689655:18:22:2:14:18:22:2:16 chr10 50038800 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.596;QD=56.1916;RBI=0.0194166;REFB=0;REVB=0.0107353;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06574e-05;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr10 50083111 . T C 1301.4 PASS AF=0.926316;AO=88;DP=95;FAO=88;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.013323;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.0803;QD=54.7959;RBI=0.013339;REFB=-0.0397615;REVB=0.000652465;RO=6;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069157;STB=0.531651;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0025941;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:95:95:6:7:88:88:0.926316:38:50:0:6:38:50:1:6 chr10 50109902 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5633;QD=56.1909;RBI=0.0271716;REFB=0;REVB=-0.0271118;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324042;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr10 50121784 . T C 1080.15 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9382;QD=60.0083;RBI=0.0890222;REFB=0;REVB=0.0739223;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140187;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr10 50122181 . C A 582.48 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.772;QD=58.248;RBI=0.0270459;REFB=-0.137332;REVB=0.0132673;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000848676;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr10 50184949 . C T 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0168483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.748;QD=32.4313;RBI=0.0169086;REFB=0.00873782;REVB=0.00142645;RO=10;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181793;STB=0.599433;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00271697;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:13:11:8:2:13:11:8:2 chr10 50186415 . C T 272.46 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0122576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.751;QD=14.9292;RBI=0.0133304;REFB=-0.0243161;REVB=-0.00523934;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245006;STB=0.638774;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0236002;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:11:20:17:25:11:20:17:25 chr10 50227785 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.795;QD=60.3755;RBI=0.0610743;REFB=0;REVB=0.0321413;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208406;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:48:26:0:0:48:26:0:0 chr10 50339754 . G T 423.17 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0193684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6216;QD=23.8404;RBI=0.0242157;REFB=0.00150747;REVB=0.0145349;RO=30;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019155;STB=0.51051;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00116841;OID=.;OPOS=50339754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:16:25:19:11:16:25:19:11 chr10 50364264 . A G 107.25 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0284471;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5659;QD=5.57152;RBI=0.0307987;REFB=-0.00117468;REVB=-0.0118034;RO=60;SAF=9;SAR=8;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489517;STB=0.503064;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0143866;OID=.;OPOS=50364264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:8:9:32:28:8:9:32:28 chr10 50374819 . T C 208.85 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0273218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0261;QD=20.885;RBI=0.0563917;REFB=-0.0183434;REVB=0.0493309;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.503646;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0175836;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:9:11:11:8:9:12:11:8 chr10 50531363 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00173134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.352;QD=20.8931;RBI=0.0479483;REFB=0.00347138;REVB=0.047917;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27786;STB=0.658231;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.002551;OID=.;OPOS=50531363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:5:1:6:4:5:1 chr10 50531604 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.383;QD=54.5163;RBI=0.0103827;REFB=0;REVB=0.00654409;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42695e-05;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr10 50532683 . T C 57.02 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0296411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4436;QD=28.5117;RBI=0.102989;REFB=0.00655373;REVB=0.0986312;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0147471;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr10 50533617 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7024;QD=42.1737;RBI=0.0598906;REFB=0;REVB=0.0155553;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013688;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:9:11:1:6:3:0:0:7:4:0:0 chr10 50534598 . CG CA,C 259.22 PASS AF=0.46875,0.28125;AO=15,6;DP=32;FAO=15,9;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=6,9;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0176655,-0.100782;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=76.5748,26.9825;QD=32.4018;RBI=0.0400721,0.102123;REFB=-0.0472028,-0.0310206;REVB=0.0359681,0.0164977;RO=8;SAF=6,6;SAR=9,0;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.552795;SSSB=0.186819,0.814339;STB=0.603646,0.998691;STBP=0.249,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0245209,-0.0300634;OID=.,.;OPOS=50534599,50534599;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.46875,0.28125:15,6:32:15,9:32:8:6,9:9,0:1:7:70:8:6,6:9,0:1:7 chr10 50678231 . ATTTTTTG AATTTTTG,ATTTTT,ATTTTTG,GATTTTTG 60.92 PASS AF=0,0,0.418182,0;AO=2,9,13,3;DP=55;FAO=0,0,23,0;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=0,0,17,0;FSAR=0,0,6,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0294806,-0.0744953,-0.0355176,-0.0248947;FXX=0;HRUN=6,6,6,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=29.514,73.2202,8.53474,32.6664;QD=4.43046;RBI=0.0684148,0.0758211,0.0622812,0.0342049;REFB=-0.0847585,-0.016308,-0.174019,-0.0916177;REVB=-0.0617372,-0.0141174,-0.0511611,-0.023457;RO=28;SAF=0,7,12,1;SAR=2,2,1,2;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.491525,0.491525,0;SSSB=-0.499993,0.278098,0.553769,-0.245026;STB=0.5,0.5,0.599166,0.5;STBP=1,1,0.247,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0690919,0,0.184334,0;OID=.,.,.,.;OPOS=50678232,50678237,50678232,50678231;OREF=T,TG,T,AT;OALT=A,-,-,GA;OMAPALT=AATTTTTG,ATTTTT,ATTTTTG,GATTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:63:55:55:28:32:2,9,13,3:0,0,23,0:0,0,0.418182,0:2,2,1,2:0,7,12,1:16:12:0,0,6,0:0,0,17,0:19:13 chr10 50678250 . CA C,CC 54.58 PASS AF=0.147541,0.114754;AO=10,6;DP=59;FAO=9,7;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=3,1;FSAR=6,6;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.00597563,0.0271552;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.7332,25.0018;QD=3.57884;RBI=0.0367621,0.0868374;REFB=-0.0919494,-0.0471328;REVB=-0.0362732,0.0824823;RO=39;SAF=2,1;SAR=8,5;SRF=30;SRR=9;SSEN=0.408602,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.621589,-0.63009;STB=0.785989,0.911527;STBP=0.106,0.075;TYPE=del,snp;VARB=0.141008,0.153452;OID=.,.;OPOS=50678251,50678251;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147541,0.114754:10,6:59:9,7:61:45:3,1:6,6:32:13:21:39:2,1:8,5:30:9 chr10 50683438 . T C 1016.74 PASS AF=0.504854;AO=104;DP=206;FAO=104;FDP=206;FR=.;FRO=102;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.00529716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.665;QD=19.7425;RBI=0.00575499;REFB=-0.0149058;REVB=0.00224944;RO=95;SAF=55;SAR=49;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057269;STB=0.519155;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0069142;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:95:102:104:104:0.504854:49:55:44:51:49:55:50:52 chr10 50723684 . G A 663.23 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.949;QD=61.696;RBI=0.016699;REFB=0;REVB=0.00835409;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298908;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr10 50724016 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.791;QD=58.4197;RBI=0.0229234;REFB=0;REVB=0.00126238;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77306e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr10 50732280 . C T 148.18 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00542026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.715;QD=17.9611;RBI=0.0378036;REFB=-0.0280225;REVB=0.037413;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270594;STB=0.666465;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0280503;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:10:6:11:5:10:6:12:5 chr10 50740600 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0383544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.222;QD=21.2931;RBI=0.043799;REFB=-0.0102904;REVB=-0.0211493;RO=25;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233033;STB=0.631468;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00607841;OID=.;OPOS=50740600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:7:18:12:13:7:18:12:13 chr10 50740876 . G C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0319714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.428;QD=10.8236;RBI=0.0460723;REFB=-0.0202002;REVB=0.0331736;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911075;STB=0.540994;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0215341;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:5:7:11:11:5:7:12:11 chr10 50819182 . T C 356.95 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0153785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.969;QD=19.2945;RBI=0.0237325;REFB=-0.0328465;REVB=0.0180757;RO=37;SAF=23;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167348;STB=0.582667;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.019127;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:13:23:17:20:14:23:17:20 chr10 50820345 . C A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.559;QD=57.1056;RBI=0.0387341;REFB=0;REVB=0.00704392;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20094e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr10 50820424 . G T 297.36 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0450039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4453;QD=23.7888;RBI=0.0612609;REFB=0.00360526;REVB=0.0415638;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129281;STB=0.571603;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00499228;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:6:17:16:11:6:17 chr10 50820693 . G T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0046053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.928;QD=14.2308;RBI=0.00468342;REFB=-0.0221087;REVB=0.000851871;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147047;STB=0.576963;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0275469;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:17:9:17:18:17:9:17:19 chr10 50856652 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.435;QD=55.6559;RBI=0.0394533;REFB=0;REVB=0.0342321;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74776e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr10 50863147 . T C 1252.15 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.813;QD=61.0803;RBI=0.0239326;REFB=0;REVB=-0.0066972;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29381e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:33:48:0:0:33:49:0:0 chr10 50916484 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.767;QD=56.9567;RBI=0.0136609;REFB=0;REVB=0.00974653;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07572e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr10 50942763 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6685;QD=62.0217;RBI=0.0115954;REFB=0;REVB=-0.00495517;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75262e-05;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr10 50960209 . G A 538.83 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.11;QD=59.8704;RBI=0.0880731;REFB=0;REVB=0.0860085;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193468;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:1:0:32:36:1:20:12:0:1:24:12:0:0 chr10 51465552 . A T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.687;QD=46.848;RBI=0.00782489;REFB=0;REVB=-0.00677593;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2169e-05;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr10 51549545 . G T 727.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.708;QD=61.9517;RBI=0.0744874;REFB=0;REVB=0.0740925;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152552;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:19:24:0:0:22:25:0:0 chr10 51568378 . T G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0124012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.957;QD=16.406;RBI=0.0140097;REFB=-0.0103766;REVB=0.00651786;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162529;STB=0.59879;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.012333;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:19:12:20:16:19:12:21:16 chr10 51623147 . C T 30.97 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000235769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9196;QD=12.3879;RBI=0.0570969;REFB=-0.0374837;REVB=0.0570964;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0449485;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr10 51623866 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0787006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.146;QD=14.0439;RBI=0.0790467;REFB=-0.0131794;REVB=0.0073894;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0041017;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr10 51827762 . TA T,TG 366.77 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=4,23;DP=27;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213649,0.0202062;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.521,158.008;QD=54.3355;RBI=0.0275485,0.0378052;REFB=0,0;REVB=0.0173914,0.0319522;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0664905,0.00938244;OID=.,.;OPOS=51827763,51827763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:4,23:27:3,24:27:0:3,20:0,4:0:0:12:0:4,19:0,4:0:0 chr10 52002980 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.73;QD=63.872;RBI=0.0129187;REFB=0;REVB=-0.000454492;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77099e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr10 52005153 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.72;QD=57.1025;RBI=0.0258602;REFB=0;REVB=0.0253119;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27503e-05;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr10 52103707 . A G 196.1 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0147837;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.913;QD=14.0073;RBI=0.0214338;REFB=-0.00590874;REVB=-0.0155193;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097023;STB=0.514006;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.012633;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:17:15:11:12:18:15 chr10 53059406 . T C 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0168846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.174;QD=12.0467;RBI=0.0175723;REFB=0.00108587;REVB=-0.00486799;RO=53;SAF=11;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993858;STB=0.557379;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00168312;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:19:11:24:29:19:11:24:29 chr10 54405572 . A G 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.745;QD=58.5786;RBI=0.0432787;REFB=0;REVB=-0.0309675;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12717e-06;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr10 54528266 . G C 109.83 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00682725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2938;QD=14.644;RBI=0.0216993;REFB=-0.0177897;REVB=-0.0205973;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.562406;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0470527;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:13:13:0.433333:7:6:6:9:7:6:6:11 chr10 55568972 . T G 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0047709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.762;QD=16.8937;RBI=0.043278;REFB=-0.0436675;REVB=0.0430143;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873092;STB=0.548918;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0354611;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:17:15:14:23:17:15:14:23 chr10 55569202 . T G 137.61 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-6.91086e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.366;QD=18.9801;RBI=0.0055752;REFB=-0.039565;REVB=-0.00557477;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662356;STB=0.549932;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0406399;OID=.;OPOS=55569202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:5:9:8:6:5:10:8:6 chr10 55582905 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.554;QD=58.4197;RBI=0.0102715;REFB=0;REVB=0.00129522;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48968e-06;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr10 55949151 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.999;QD=58.5877;RBI=0.0193773;REFB=0;REVB=-0.0166736;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02202e-05;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr10 55955444 . T G 923.61 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00134615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.855;QD=56.8374;RBI=0.0507793;REFB=-0.139967;REVB=0.0507614;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171708;STB=0.509088;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000833178;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:27:37:0:1:27:37:0:1 chr10 56335031 . A G 341.72 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0311447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.919;QD=15.8941;RBI=0.0311661;REFB=0.00277591;REVB=0.00115574;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795006;STB=0.544743;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00511359;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:19:18:20:29:19:18:20:29 chr10 56335060 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAG 641.94 PASS AF=0.339806,0.533981;AO=17,42;DP=108;FAO=35,55;FDP=103;FR=.;FRO=13;FSAF=18,31;FSAR=17,24;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.282459,-0.0422588;FXX=0.046292;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.15455,208.1;QD=24.9298;RBI=0.298291,0.0423678;REFB=-0.379929,-0.036727;REVB=-0.0958879,-0.00303684;RO=17;SAF=7,23;SAR=10,19;SRF=0;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.417684,0.286914;STB=0.638224,0.606519;STBP=0.008,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.110672,0.0186007;OID=.,.;OPOS=56335061,56335067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.339806,0.533981:17,42:108:35,55:103:13:18,31:17,24:0:13:99:17:7,23:10,19:0:17 chr10 56345303 . T C 234.14 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0164262;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.401;QD=23.4138;RBI=0.0164271;REFB=-0.028906;REVB=0.0001715;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125495;STB=0.570072;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0235039;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:7:11:10:12:7:11 chr10 56345335 . T C 229.51 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0581942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.111;QD=22.3909;RBI=0.0623347;REFB=-0.000173646;REVB=-0.0223395;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102686;STB=0.55747;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00129574;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:8:11:10:12:8:11 chr10 57327576 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9416;QD=45.8063;RBI=0.0489797;REFB=0;REVB=0.00803715;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150907;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr10 57360079 . G T 669.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4669;QD=62.3119;RBI=0.102604;REFB=0;REVB=0.0981466;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018304;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr10 58118630 . T C 1100.47 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070124;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1871;QD=60.2997;RBI=0.0702846;REFB=0;REVB=0.00474915;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194429;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:51:21:0:0:51:22:0:0 chr10 60145342 . G C 604.66 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0015913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.603;QD=27.1759;RBI=0.0118843;REFB=-0.0531711;REVB=-0.0117773;RO=34;SAF=23;SAR=31;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322213;STB=0.512501;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0347622;OID=.;OPOS=60145342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:35:54:54:0.606742:31:23:16:18:31:23:16:19 chr10 60573753 . G T 367.2 PASS AF=0.464286;AO=37;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00541038;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.617;QD=17.4856;RBI=0.0389478;REFB=-0.0314559;REVB=0.0385702;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479473;STB=0.522924;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.035489;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:45:37:39:0.464286:17:20:24:20:19:20:25:20 chr10 60577393 . T C 384.79 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0470882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2277;QD=20.5219;RBI=0.0671878;REFB=-0.0224191;REVB=0.0479261;RO=36;SAF=23;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548265;STB=0.530383;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0319156;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:16:23:19:17:16:23:19:17 chr10 60588553 . T C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00260872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.42;QD=12.998;RBI=0.00509007;REFB=-0.00719638;REVB=-0.00437074;RO=56;SAF=22;SAR=12;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670873;STB=0.53396;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0115813;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:57:34:34:0.373626:12:22:33:23:12:22:34:23 chr10 61005244 . G C 346.01 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0107795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3471;QD=24.7153;RBI=0.0470236;REFB=-0.0264898;REVB=0.0457714;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313795;STB=0.517231;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0113268;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:20:14:10:12:20:14:10:12 chr10 61011325 . C T 533.86 PASS AF=0.4;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.011712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.416;QD=13.7771;RBI=0.0392262;REFB=-0.00950181;REVB=-0.0374369;RO=91;SAF=29;SAR=33;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631147;STB=0.535458;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0166192;OID=.;OPOS=61011325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:93:62:62:0.4:33:29:48:43:33:29:49:44 chr10 61122268 . T TTA 375.98 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557184;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.227;QD=55.7011;RBI=0.0620484;REFB=0;REVB=0.0273031;RO=8;SAF=19;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000564354;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:34:27:27:0:20:7:0:0:4:8:19:7:7:1 chr10 61414011 . G T 439.99 PASS AF=0.517647;AO=42;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00215987;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.398;QD=20.7055;RBI=0.00239039;REFB=-0.00549075;REVB=0.00102418;RO=40;SAF=26;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193903;STB=0.58517;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00435241;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:41:42:44:0.517647:16:26:16:24:18:26:17:24 chr10 61549657 . AT A 90.22 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0189226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1251;QD=9.25327;RBI=0.0827389;REFB=0.00231974;REVB=0.080546;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172774;STB=0.501627;STBP=0.998;TYPE=del;VARB=0.00956646;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:16:39:16:39:23:7:9:10:13:90:22:7:9:10:12 chr10 61551428 . T C 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00380763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.331;QD=25.5723;RBI=0.0123001;REFB=0.0147437;REVB=0.0116959;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163614;STB=0.509083;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00602387;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:8:16:11:6:8:16:11:6 chr10 61552692 . G T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0183175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.83;QD=16.417;RBI=0.0297918;REFB=-0.0160582;REVB=-0.0234952;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112138;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0190699;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:11:5:6:8:11:5 chr10 61552774 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8373;QD=51.1839;RBI=0.0405944;REFB=0;REVB=0.0335515;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154837;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr10 61665886 . C A 572.42 PASS AF=0.527273;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00586771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.132;QD=20.8153;RBI=0.0204402;REFB=-0.0224367;REVB=-0.0195799;RO=51;SAF=30;SAR=27;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875991;STB=0.546584;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.024996;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:51:52:57:58:0.527273:27:30:32:19:28:30:32:20 chr10 61719159 . C T 506.36 PASS AF=0.515789;AO=42;DP=88;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00359009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.87;QD=21.3203;RBI=0.00850484;REFB=-0.00914419;REVB=0.00770997;RO=46;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630603;STB=0.516122;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0114314;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:46:46:42:49:0.515789:20:22:21:25:25:24:21:25 chr10 61719232 . A AT 907.93 PASS AF=1;AO=73;DP=81;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9003;QD=47.165;RBI=0.0209513;REFB=0;REVB=-0.0112118;RO=8;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000917311;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:81:77:77:0:35:42:0:0:16:8:35:38:1:7 chr10 61719385 . T G 156.59 PASS AF=0.548387;AO=15;DP=29;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0190788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5363;QD=20.2047;RBI=0.0450455;REFB=-0.0742782;REVB=0.0408056;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414277;STB=0.663832;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0517729;OID=.;OPOS=61719385;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:14:14:15:17:0.548387:3:12:5:9:5:12:5:9 chr10 61788623 . T G 125.9 PASS AF=0.518519;AO=12;DP=25;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.010813;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=200.763;QD=18.6517;RBI=0.011406;REFB=-0.00222481;REVB=-0.00362968;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518492;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00156235;OID=.;OPOS=61788623;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:4:13:12:14:0.518519:6:6:2:2:7:7:6:7 chr10 61840347 . G A 286.72 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0222084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.55;QD=24.4019;RBI=0.0226821;REFB=-0.0155203;REVB=0.00461142;RO=20;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076893;STB=0.535183;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0123033;OID=.;OPOS=61840347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:26:26:0.553191:19:7:7:13:19:7:7:14 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 803.99 PASS AF=0,1,0;AO=11,52,5;DP=75;FAO=0,69,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0;FSAR=0,52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133681,-0.0922759,0.0288213;FXX=0.0416609;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.12837,15.1266,4.59521;QD=46.6082;RBI=0.2119,0.235352,0.0673299;REFB=0,0,0;REVB=-0.16441,-0.216508,-0.0608494;RO=1;SAF=5,10,1;SAR=6,42,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0815441,-0.0447794,-0.277405;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00553817,0.0190574;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,52,5:75:0,69,0:69:0:0,17,0:0,52,0:0:0:5:1:5,10,1:6,42,4:1:0 chr10 61868716 . C A 308.72 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0371372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.938;QD=18.1598;RBI=0.0373662;REFB=-0.00758706;REVB=0.00413052;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773078;STB=0.50432;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00925105;OID=.;OPOS=61868716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:12:21:22:13:12:21:22:13 chr10 61941170 . G A 59.68 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0088656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.146;QD=3.51068;RBI=0.0267794;REFB=-0.00283382;REVB=-0.0252693;RO=56;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326097;STB=0.513489;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0109848;OID=.;OPOS=61941170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:56:57:11:11:0.161765:6:5:24:32:6:5:25:32 chr10 61965625 . A G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00192408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.816;QD=19.6176;RBI=0.0215532;REFB=-0.0175982;REVB=-0.0214671;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532738;STB=0.523873;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0168828;OID=.;OPOS=61965625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:36:37:0.506849:22:14:12:24:23:14:12:24 chr10 62630615 . T C 105.64 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0040858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.947;QD=16.253;RBI=0.0306265;REFB=-0.0165573;REVB=0.0303528;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179293;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0106508;OID=.;OPOS=62630615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:7:5:3:10:8:5:3:10 chr10 62645873 . A G 138.94 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0427716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.855;QD=12.0814;RBI=0.0714545;REFB=-0.0107592;REVB=0.0572393;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502413;STB=0.51722;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0180157;OID=.;OPOS=62645873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:6:10:18:11:6:10:18:12 chr10 63170292 . A G 184.89 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0611913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.65;QD=12.1238;RBI=0.0651429;REFB=-0.0238014;REVB=-0.0223434;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260943;STB=0.515047;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0411151;OID=.;OPOS=63170292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:14:24:14:9:14:24 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 1291.25 PASS AF=0.275862,0.594828,0.0517241;AO=35,43,6;DP=125;FAO=32,69,6;FDP=116;FR=.;FRO=9;FSAF=32,35,6;FSAR=0,34,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0058271,0.0302027,-0.0301457;FXX=0.0866074;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=162.434,168.055,236.404;QD=44.5258;RBI=0.00766618,0.0303785,0.0310708;REFB=-0.0153037,-0.0133537,-0.0187127;REVB=-0.00498148,-0.00326318,-0.00752502;RO=11;SAF=33,12,6;SAR=2,31,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.445732,-0.117967,0.736639;STB=0.999465,0.520054,0.998;STBP=0,0.319,0.003;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0880107,0.00181616,0.0352525;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:84:125:116:11:9:35,43,6:32,69,6:0.275862,0.594828,0.0517241:2,31,0:33,12,6:6:5:0,34,0:32,35,6:3:6 chr10 63520698 . T C 1320.83 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.826;QD=62.1566;RBI=0.0322877;REFB=0;REVB=0.00994579;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80338e-05;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr10 63958112 . T C 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.263;QD=58.4177;RBI=0.0715091;REFB=0;REVB=0.0304072;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262941;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr10 63995983 . C T 1339.68 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.38;QD=62.3106;RBI=0.0349944;REFB=0;REVB=-0.0348801;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92443e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:43:43:0:0 chr10 64000878 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9297;QD=55.0982;RBI=0.0556857;REFB=0;REVB=0.0381431;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825765;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr10 64110037 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.000831817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7187;QD=16.4264;RBI=0.0446578;REFB=0.00368549;REVB=-0.0446501;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177484;STB=0.603574;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00536344;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:5:6:8:3:5:6 chr10 64159333 . G T 110.72 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00471807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.72;QD=26.052;RBI=0.0467556;REFB=-0.0393731;REVB=-0.046517;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.554364;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0140261;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:2:3:5:7:2:3 chr10 64415184 . A G 571.36 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0329192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.857;QD=21.9756;RBI=0.0329731;REFB=-0.0204015;REVB=0.00188593;RO=46;SAF=29;SAR=28;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460538;STB=0.520088;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0142575;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:47:57:57:0.548077:28:29:26:20:28:29:26:21 chr10 64565011 . G A 1191.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3267;QD=61.0971;RBI=0.0464405;REFB=0;REVB=0.0431089;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436231;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:36:40:0:0:38:40:0:0 chr10 64566572 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.233;QD=57.6797;RBI=0.0483212;REFB=0;REVB=0.0434562;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623354;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr10 64567364 . C T 2931.51 PASS AF=1;AO=182;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585721;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5775;QD=63.384;RBI=0.0252602;REFB=0;REVB=-0.0245717;RO=0;SAF=110;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34441e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:182:185:1:72:110:0:0:73:112:0:0 chr10 64567938 . C T 516.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.832;QD=59.0372;RBI=0.0154634;REFB=0;REVB=0.0104439;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41302e-05;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr10 64572037 . ATT A,AT 285.47 PASS AF=0,1;AO=6,39;DP=59;FAO=0,56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396049,-0.0814912;FXX=0.0508388;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.82729,7.09727;QD=20.3905;RBI=0.105516,0.205054;REFB=0.106832,0.0659577;REVB=0.0978014,0.188165;RO=8;SAF=4,24;SAR=2,15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.271446,0.0787505;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00719076,0.00156216;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,39:59:0,56:56:0:0,32:0,24:0:0:5:8:4,24:2,15:3:5 chr10 64572093 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.981;QD=58.06;RBI=0.0177279;REFB=0;REVB=0.0167571;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05181e-05;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr10 64573771 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.173;QD=52.6131;RBI=0.0361128;REFB=0;REVB=-0.0135176;RO=0;SAF=21;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130699;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:1:21:0:0:1:21:0:0 chr10 64869942 . A G 174.02 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0239758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8383;QD=19.336;RBI=0.0366795;REFB=-0.0125531;REVB=0.0277587;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226446;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0073603;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:8:10:9:8:8:10:9:9 chr10 64945364 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0297868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7129;QD=15.1957;RBI=0.0324435;REFB=-0.0108139;REVB=-0.0128582;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192804;STB=0.59985;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0155885;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:10:4:8:9:10:4:8:10 chr10 64967445 . A T 817.63 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.43;QD=57.3774;RBI=0.0420535;REFB=0;REVB=0.0116958;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383191;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 104.67 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0634425;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=234.617;QD=19.9365;RBI=0.0635251;REFB=-0.0470263;REVB=0.00323814;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629385;STB=0.648383;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0349414;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:12:21:12:21:9:3:9:5:4:66:6:3:9:2:4 chr10 64974380 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0153572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.902;QD=13.4858;RBI=0.0157046;REFB=-0.000680216;REVB=0.00328486;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00453671;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:6:5:5:4:6:5 chr10 65322381 . G T 106.85 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0177272;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.32;QD=7.77106;RBI=0.0282067;REFB=-0.00818032;REVB=-0.0219399;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090909;STB=0.555481;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0188165;OID=.;OPOS=65322381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:40:40:15:15:0.272727:9:6:19:21:9:6:19:21 chr10 67726392 . C T 295.31 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0105771;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8467;QD=21.4773;RBI=0.0465589;REFB=-0.0809592;REVB=0.0453416;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267157;STB=0.515429;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0627132;OID=.;OPOS=67726392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:18:24:29:31:0.563636:14:15:10:8:14:17:14:10 chr10 68040325 . C T 247.8 PASS AF=0.489796;AO=21;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00312845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.822;QD=20.2283;RBI=0.0171154;REFB=-0.0130813;REVB=-0.0168271;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284033;STB=0.530587;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0143419;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:24:25:21:24:0.489796:12:9:11:13:12:12:11:14 chr10 68685929 . G C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0196467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.438;QD=23.3815;RBI=0.0244579;REFB=-0.00607472;REVB=0.0145669;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103608;STB=0.558077;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00165193;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:7:7:7:12:7:7 chr10 68857397 . T G 265.02 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0072897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4035;QD=23.5571;RBI=0.0114683;REFB=0.00697517;REVB=0.00885332;RO=20;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10251;STB=0.563301;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00519084;OID=.;OPOS=68857397;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:24:25:0.555556:8:16:11:9:8:17:11:9 chr10 69676716 . G A 96.82 PASS AF=0.205128;AO=14;DP=77;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00443191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.005;QD=4.96521;RBI=0.0113983;REFB=-0.000155167;REVB=-0.0105014;RO=61;SAF=8;SAR=6;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240475;STB=0.564024;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000485261;OID=.;OPOS=69676716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:77:78:61:62:14:16:0.205128:6:8:36:25:8:8:36:26 chr10 69773841 . G A 484.24 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0696849;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.8873;QD=17.6087;RBI=0.0698559;REFB=0.00229748;REVB=-0.00488518;RO=56;SAF=29;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874352;STB=0.548685;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00497745;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:58:52:52:0.472727:23:29:26:30:23:29:27:31 chr10 69905300 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0827378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.406;QD=19.1084;RBI=0.0827393;REFB=-0.00321898;REVB=0.000500128;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218043;STB=0.651856;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00353504;OID=.;OPOS=69905300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:6:9:9:0.6:4:5:1:4:4:5:1:5 chr10 69917921 . C T 1171.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.413;QD=60.8749;RBI=0.0481111;REFB=0;REVB=-0.0183992;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22381e-05;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr10 69917925 . T C 1052.6 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0169796;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=312.578;QD=55.3998;RBI=0.0181771;REFB=-0.155559;REVB=0.00648846;RO=3;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935685;STB=0.512192;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000487813;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:76:3:2:74:74:0.973684:40:34:1:2:40:34:0:2 chr10 69926097 . T C 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1558;QD=58.2357;RBI=0.0105748;REFB=0;REVB=-0.00406238;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60019e-05;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr10 69926319 . C A 304.85 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.022881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3966;QD=26.509;RBI=0.0275987;REFB=-0.00919347;REVB=-0.0154321;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00909265;STB=0.512186;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00662591;OID=.;OPOS=69926319;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:19:26:27:0.586957:14:12:9:11:15:12:9:10 chr10 69926325 . C T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=13;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.001936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.027;QD=22.3976;RBI=0.00256433;REFB=-0.0094744;REVB=0.00168158;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599057;STB=0.533303;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00990674;OID=.;OPOS=69926325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:13:22:0.536585:1:12:9:10:10:12:9:10 chr10 69926334 . C G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0146895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.368;QD=15.6257;RBI=0.0246711;REFB=-0.00317924;REVB=-0.0198212;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674181;STB=0.538876;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00293739;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:11:12:10:7:11:12 chr10 69933921 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0145918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.636;QD=12.0147;RBI=0.0183944;REFB=-0.00513225;REVB=-0.0111996;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224583;STB=0.513047;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00494046;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:16:18:11:9:16:18 chr10 69933969 . G A 258.07 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0188933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.642;QD=13.9497;RBI=0.0213248;REFB=-0.0092021;REVB=0.00988888;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119527;STB=0.568178;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0134243;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:19:11:21:23:19:11:21:23 chr10 69948844 . TA CA,CG 1279.25 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=81,3;DP=84;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=55,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020866,-0.00606483;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=98.5384,147.883;QD=60.9166;RBI=0.00283935,0.0155105;REFB=0,0;REVB=0.00192563,-0.0142756;RO=0;SAF=26,3;SAR=55,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00174407,0.0245228;OID=.,.;OPOS=69948844,69948844;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:84:0:0:81,3:81,3:0.964286,0.0357143:55,0:26,3:0:0:55,0:26,3:0:0 chr10 69959242 . C A 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0173509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.495;QD=16.3826;RBI=0.0195164;REFB=-0.0193773;REVB=-0.00893513;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907776;STB=0.550996;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0199761;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:21:21:33:23:21:21:33:23 chr10 69991749 . T G 238.58 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0154724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.46;QD=27.266;RBI=0.0588248;REFB=-0.0145408;REVB=0.0567535;RO=13;SAF=20;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113321;STB=0.563317;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00629059;OID=.;OPOS=69991749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:2:20:11:2:2:20:11:2 chr10 70044031 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0978478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1254;QD=23.3999;RBI=0.123983;REFB=0.00167303;REVB=-0.0761423;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790568;STB=0.545342;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0136729;OID=.;OPOS=70044031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:1:2:4:4:1:2 chr10 70051810 . A G 342.66 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-6.44096e-05;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=270.338;QD=16.1252;RBI=0.00284249;REFB=0.000675888;REVB=-0.00284176;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222176;STB=0.512501;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000815104;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:20:17:21:27:20:17:21:27 chr10 70051928 . A G 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.019282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.855;QD=15.5561;RBI=0.0267098;REFB=-0.0214358;REVB=-0.018483;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560665;STB=0.531627;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0258066;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:17:17:25:20:17:17:25:20 chr10 70102936 . T A 834.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8457;QD=57.5202;RBI=0.0699275;REFB=0;REVB=0.00654037;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676382;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr10 70103272 . G C 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.000700809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9711;QD=10.2704;RBI=0.00252297;REFB=-0.00520689;REVB=-0.00242368;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217053;STB=0.62876;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0156982;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:22:13:9:7:22:13 chr10 70103958 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0386264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.298;QD=11.0192;RBI=0.0387144;REFB=-0.00979855;REVB=0.00260808;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0321577;OID=.;OPOS=70103958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:4:4:1:5:4:4 chr10 70105178 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0268399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6402;QD=11.1762;RBI=0.0289007;REFB=-0.0154318;REVB=-0.0107178;RO=53;SAF=12;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133554;STB=0.57741;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0283772;OID=.;OPOS=70105178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:16:12:29:24:16:12:29:24 chr10 70105286 . C A 143.4 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00208196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3114;QD=8.43516;RBI=0.0250163;REFB=0.00256629;REVB=-0.0249295;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059234;STB=0.535363;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00819944;OID=.;OPOS=70105286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:9:11:24:24:9:11:24:24 chr10 70105560 . G A 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0500576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6034;QD=19.7597;RBI=0.0671503;REFB=-0.00807973;REVB=-0.0447593;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195159;STB=0.589402;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00658798;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:15:8:4:20:15:8:5:20 chr10 70173879 . CAT C,CAC 326.6 PASS AF=0.451613,0.112903;AO=26,7;DP=64;FAO=28,7;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=9,2;FSAR=19,5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0274141,0.0384191;FXX=0.0746157;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=219.632,83.2479;QD=21.071;RBI=0.0292268,0.0390991;REFB=-0.00784156,-0.00677687;REVB=0.0101328,-0.00726038;RO=28;SAF=9,2;SAR=17,5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0467062,-0.142045;STB=0.546728,0.607154;STBP=0.509,0.636;TYPE=del,snp;VARB=0.0102158,-0.00583368;OID=.,.;OPOS=70173880,70173881;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613,0.112903:26,7:64:28,7:62:27:9,2:19,5:11:16:99:28:9,2:17,5:11:17 chr10 70221194 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0108816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.991;QD=20.0175;RBI=0.0132154;REFB=-0.00385496;REVB=-0.00749917;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327536;STB=0.518498;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00401409;OID=.;OPOS=70221194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:6:11:11:7:6:11 chr10 70225504 . G T 192.03 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0471887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6285;QD=11.8172;RBI=0.0634214;REFB=0.023712;REVB=0.0423734;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212591;STB=0.51228;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0372178;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:11:13:23:18:11:13:23:18 chr10 70227964 . C T 168.24 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0116358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9137;QD=16.0233;RBI=0.0213889;REFB=0.00903857;REVB=-0.017947;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972163;STB=0.555497;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0114703;OID=.;OPOS=70227964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:6:18:12:6:6:18 chr10 70231701 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0074842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.193;QD=23.0884;RBI=0.0076824;REFB=-0.00946765;REVB=-0.00173377;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256983;STB=0.642735;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.010629;OID=.;OPOS=70231701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:4:14:10:12:4:14 chr10 70332672 . T A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00386428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.938;QD=9.44176;RBI=0.00482272;REFB=-0.00487528;REVB=-0.00288548;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236249;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.003167;OID=.;OPOS=70332672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:8:10:6:6:0.375:3:3:6:2:3:3:6:4 chr10 70333555 . C T 322.64 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000186089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.675;QD=28.0557;RBI=0.0103561;REFB=-0.00218864;REVB=0.0103544;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139246;STB=0.515912;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000719924;OID=.;OPOS=70333555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:11:16:11:7:12:16:11:7 chr10 70406518 . A T 93.23 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0786891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4367;QD=9.81343;RBI=0.0938405;REFB=-0.016011;REVB=0.051128;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194556;STB=0.61798;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0389308;OID=.;OPOS=70406518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:13:13:4:8:13:13 chr10 70495544 . T C 552.61 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854902;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3912;QD=59.7418;RBI=0.0874112;REFB=0;REVB=0.0182248;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00719494;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:26:10:0:0:26:11:0:0 chr10 70502288 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.53;QD=54.7457;RBI=0.0277571;REFB=0.139987;REVB=0.0223659;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000765843;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:24:29:0:0:24:29:0:1 chr10 70534744 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8466;QD=40.7628;RBI=0.0283946;REFB=0;REVB=0.0246572;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285119;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr10 70641860 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4953;QD=60.9784;RBI=0.0349809;REFB=0;REVB=-0.0111458;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219857;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr10 70696713 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.339;QD=59.4356;RBI=0.0325179;REFB=0;REVB=0.0235822;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15787e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr10 70700944 . A G 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5604;QD=46.0606;RBI=0.0407584;REFB=0.0570341;REVB=-0.0382256;RO=1;SAF=1;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299996;STB=0.666442;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00518148;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:18:1:1:0:18:1:1:0 chr10 70992664 . C T 1008.44 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.826;QD=59.3201;RBI=0.0463635;REFB=0;REVB=0.0311804;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342653;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:43:25:0:0 chr10 71018660 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.925;QD=56.9569;RBI=0.007667;REFB=0;REVB=0.00163374;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46404e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr10 71026510 . C A 164.16 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0314753;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9804;QD=12.3891;RBI=0.0417945;REFB=-0.0123223;REVB=-0.027497;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386123;STB=0.72303;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0418423;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:6:14:11:22:6:14:11:22 chr10 71027231 . G C 416.41 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0156436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.532;QD=22.2084;RBI=0.0340155;REFB=-0.0547993;REVB=0.0302049;RO=33;SAF=25;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118343;STB=0.564377;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0450426;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:40:41:0.546667:15:25:16:17:16:25:16:18 chr10 71055459 . T C 115.57 PASS AF=1;AO=5;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.240258;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=34.3696;QD=42.0258;RBI=0.256071;REFB=0;REVB=0.0885927;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252246;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:5:11:1:4:1:0:0:7:4:0:0 chr10 71060610 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.4;QD=51.9133;RBI=0.035597;REFB=0;REVB=0.0044797;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401921;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr10 71060621 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00589064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.263;QD=9.75976;RBI=0.008756;REFB=0.0163576;REVB=0.00647826;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462091;STB=0.528223;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0194069;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:3:9:5:2:3:9 chr10 71060634 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.938;QD=49.5988;RBI=0.00869406;REFB=0;REVB=-0.000622974;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02906e-05;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr10 71142420 . G A 846.48 PASS AF=1;AO=35;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5094;QD=58.3781;RBI=0.214833;REFB=0;REVB=0.100163;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336442;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:35:58:1:20:15:0:0:20:38:0:0 chr10 71164655 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.029505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.987;QD=23.8203;RBI=0.0419754;REFB=-0.030994;REVB=-0.0298561;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22272;STB=0.624299;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0162101;OID=.;OPOS=71164655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:8:14:6:11:8:14:6:11 chr10 71168685 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.425;QD=60.9779;RBI=0.0418967;REFB=0;REVB=0.041362;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38677e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr10 71168727 . C T 488.08 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0180137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5838;QD=24.4039;RBI=0.0341914;REFB=-0.0038648;REVB=0.0290613;RO=34;SAF=30;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213695;STB=0.617301;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00243306;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:16:30:13:21:16:30:13:21 chr10 71332204 . A G 194.88 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00933642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.412;QD=17.3225;RBI=0.0127042;REFB=-0.00740389;REVB=0.00861559;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106481;STB=0.506077;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00954832;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:9:16:13:7:9:16 chr10 71390392 . C T 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.028165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.646;QD=27.3141;RBI=0.0364581;REFB=-0.00342147;REVB=-0.0231501;RO=12;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262373;STB=0.642745;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00325168;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:6:15:12:0:6:15:12:0 chr10 71392557 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0141395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.6;QD=11.198;RBI=0.0447948;REFB=-0.014918;REVB=-0.0425047;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0343699;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:10:12:5:7:10:12 chr10 71392692 . T C 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0473048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.474;QD=23.2578;RBI=0.047495;REFB=-0.0119237;REVB=0.00424681;RO=37;SAF=28;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346892;STB=0.519076;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0101398;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:18:28:21:16:18:28:21:16 chr10 71620436 . A AC 353.68 PASS AF=1;AO=32;DP=44;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521727;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9492;QD=35.3676;RBI=0.135307;REFB=0;REVB=-0.124843;RO=10;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00132654;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:44:40:40:0:17:23:0:0:8:10:12:20:7:3 chr10 71647223 . A C 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000241533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.936;QD=21.6258;RBI=0.00724872;REFB=-0.000509942;REVB=0.00724469;RO=38;SAF=15;SAR=28;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200374;STB=0.610797;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000406222;OID=.;OPOS=71647223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:28:15:22:16:28:15:22:16 chr10 71657272 . A G 756.86 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000834829;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.317;QD=55.0442;RBI=0.00278703;REFB=-0.0963525;REVB=-0.00265906;RO=1;SAF=19;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00032479;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:35:19:1:0:35:19:1:0 chr10 71658512 . G A 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.833;QD=59.4957;RBI=0.0106966;REFB=0;REVB=-0.00185843;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53167e-05;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr10 71718724 . C G 346.22 PASS AF=0.349398;AO=26;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0391793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.457;QD=16.6852;RBI=0.048793;REFB=-0.0156228;REVB=0.0290815;RO=45;SAF=19;SAR=7;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112419;STB=0.517958;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0119126;OID=.;OPOS=71718724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:44:26:29:0.349398:7:19:29:16:10:19:30:14 chr10 71876382 . C T 505.78 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237566;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.871;QD=59.503;RBI=0.03439;REFB=0;REVB=-0.0248656;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065442;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr10 71905695 . A G 71.65 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0079939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.778;QD=7.96161;RBI=0.08065;REFB=-0.0141243;REVB=-0.0802528;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112343;STB=0.517207;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0592398;OID=.;OPOS=71905695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:9:10:0.277778:3:6:15:11:4:6:15:11 chr10 71905735 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00743994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.739;QD=12.4554;RBI=0.0139356;REFB=-0.0195942;REVB=0.0117833;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254597;STB=0.514717;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0341021;OID=.;OPOS=71905735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:10:11:17:17:10:11:17:17 chr10 71912229 . A T 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00736014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.659;QD=15.699;RBI=0.0421913;REFB=-0.0127744;REVB=-0.0415444;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108301;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0289662;OID=.;OPOS=71912229;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:8:11:7:8:8:11 chr10 72043389 . T G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.377;QD=57.2008;RBI=0.00981339;REFB=0;REVB=-0.00711329;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17125e-06;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr10 72060345 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0399609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.051;QD=15.101;RBI=0.041278;REFB=-0.00765901;REVB=0.0103443;RO=31;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157233;STB=0.589667;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0109044;OID=.;OPOS=72060345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:8:16:16:15:8:16:16:15 chr10 72179746 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.495;QD=46.8452;RBI=0.0764822;REFB=0;REVB=0.00884266;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110801;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 72181460 . G T 430.49 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8931;QD=55.5465;RBI=0.0290942;REFB=0;REVB=-0.0122068;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456538;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:17:14:0:0 chr10 72195439 . T C 556.62 PASS AF=1;AO=19;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3633;QD=60.1746;RBI=0.0700137;REFB=0;REVB=-0.00466407;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398597;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:19:37:1:15:4:0:0:15:22:0:0 chr10 72289701 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0254656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.535;QD=14.0965;RBI=0.0346243;REFB=-0.0248182;REVB=-0.0234595;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498728;STB=0.529356;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0316269;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:11:3:2:9:11:3 chr10 72289778 . C T 169.51 PASS AF=0.439024;AO=19;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0169216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.603;QD=16.5376;RBI=0.0319892;REFB=-0.0304305;REVB=0.0271471;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321382;STB=0.551474;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0302487;OID=.;OPOS=72289778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:19:18:0.439024:11:8:10:12:11:7:11:12 chr10 72307101 . C T 210.72 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0162812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.333;QD=14.0479;RBI=0.01868;REFB=-0.0165353;REVB=-0.00915776;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175177;STB=0.592517;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0211219;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:18:16:16:9:18:17 chr10 72307122 . G A 62.38 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0103828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4879;QD=4.53687;RBI=0.0724135;REFB=-0.0085682;REVB=0.0716653;RO=45;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356802;STB=0.741414;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0432808;OID=.;OPOS=72307122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:8:2:21:24:8:2:21:24 chr10 72324143 . A G 1569.36 PASS AF=0.964286;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0072816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7729;QD=56.0486;RBI=0.00780283;REFB=0.0417154;REVB=-0.00280401;RO=4;SAF=47;SAR=61;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216187;STB=0.5114;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0111033;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:112:4:4:108:108:0.964286:61:47:3:1:61:47:3:1 chr10 72358577 . G A 702.0 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00361791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3867;QD=25.7614;RBI=0.0405743;REFB=0.00622768;REVB=0.0404127;RO=43;SAF=40;SAR=26;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186534;STB=0.510142;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00427204;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:43:66:66:0.605505:26:40:25:18:26:40:25:18 chr10 72492065 . T C 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0143571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.728;QD=2.84584;RBI=0.0193967;REFB=-0.0046155;REVB=-0.0130424;RO=45;SAF=1;SAR=6;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509113;STB=0.864964;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0169484;OID=.;OPOS=72492065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:45:47:7:7:0.12963:6:1:26:19:6:1:27:20 chr10 72500762 . CT C,CC 681.76 PASS AF=0.365385,0.615385;AO=14,30;DP=45;FAO=19,32;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18,6;FSAR=1,26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0946072,0.186686;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.739,198.084;QD=52.4427;RBI=0.0948974,0.18693;REFB=0.0527503,0.076544;REVB=-0.00741673,-0.00955438;RO=1;SAF=14,3;SAR=0,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.132185;STB=0.513499,0.538436;STBP=0.643,0.112;TYPE=del,snp;VARB=0.0192157,0.00233862;OID=.,.;OPOS=72500763,72500763;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.365385,0.615385:14,30:45:19,32:52:1:18,6:1,26:1:0:45:1:14,3:0,27:1:0 chr10 72500863 . C G 1029.97 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0393486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.862;QD=58.0265;RBI=0.0484432;REFB=0.0356157;REVB=0.0282564;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000524096;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:38:32:1:0:38:32:1:0 chr10 72503344 . G A 1618.92 PASS AF=0.973684;AO=107;DP=110;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00948407;FXX=0.0172399;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.509;QD=56.8041;RBI=0.0503456;REFB=-0.110398;REVB=0.0494442;RO=2;SAF=75;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124884;STB=0.509552;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000203928;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:114:2:3:107:111:0.973684:32:75:2:0:34:77:3:0 chr10 72517830 . G A 584.97 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3221;QD=59.9965;RBI=0.0942462;REFB=0;REVB=0.0760175;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222631;OID=.;OPOS=72517830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr10 72518009 . A G 870.97 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8131;QD=56.1915;RBI=0.010751;REFB=-0.125703;REVB=-0.00230255;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00304596;OID=.;OPOS=72518009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:1:0:27:34:1:0 chr10 72520213 . C A 121.67 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0312905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.145;QD=7.05321;RBI=0.0384144;REFB=-0.00242373;REVB=0.022284;RO=51;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126361;STB=0.576838;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0105891;OID=.;OPOS=72520213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:8:10:23:28:8:10:23:28 chr10 72520660 . T C 710.28 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0692;QD=60.4491;RBI=0.0376691;REFB=-0.10863;REVB=-0.0305362;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00292193;OID=.;OPOS=72520660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:0:1 chr10 72535007 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.18;QD=62.0211;RBI=0.0326657;REFB=0;REVB=0.0184629;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319295;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr10 72619205 . C T 1490.68 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.446;QD=62.7656;RBI=0.0437479;REFB=0;REVB=0.0374733;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136496;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:90:95:1:45:45:0:0:50:45:0:0 chr10 73044580 . G A 415.11 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0152844;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.679;QD=24.418;RBI=0.038778;REFB=-0.0244314;REVB=-0.0356387;RO=25;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171471;STB=0.56878;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0221183;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:25:28:40:40:0.588235:21:19:18:7:21:19:18:10 chr10 73051388 . T C 483.25 PASS AF=0.472727;AO=50;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00473595;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.474;QD=17.5728;RBI=0.00899697;REFB=-0.0306159;REVB=-0.00764959;RO=58;SAF=28;SAR=22;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771289;STB=0.543291;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0286502;OID=.;OPOS=73051388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:58:50:52:0.472727:22:28:37:21:23:29:37:21 chr10 73082563 . A G 1532.16 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191924;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.347;QD=60.0846;RBI=0.0621704;REFB=0;REVB=0.0591339;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130323;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:102:0:0:100:102:1:61:39:0:0:62:40:0:0 chr10 73104056 . A G 232.28 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00916804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.645;QD=23.8233;RBI=0.0189344;REFB=-0.0284725;REVB=0.0165668;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137421;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227294;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:9:12:10:7:9:13:10:7 chr10 73111408 . C T 432.54 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0158067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.35;QD=20.5972;RBI=0.0442459;REFB=0.00108181;REVB=0.0413261;RO=41;SAF=23;SAR=19;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139515;STB=0.58146;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000153885;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:42:43:0.511905:19:23:16:25:19:24:16:25 chr10 73115941 . TG CA 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.000806173;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.599;QD=22.5829;RBI=0.00396102;REFB=0.00422713;REVB=0.00387812;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273615;STB=0.652453;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=-0.00525364;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:7:17:10:16:7:17 chr10 73121913 . A G 239.02 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0559753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.295;QD=20.784;RBI=0.0565402;REFB=-0.0111004;REVB=0.00797192;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207035;STB=0.521803;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00366938;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:11:12:12:10:11:12:13:10 chr10 73121945 . T C 260.58 PASS AF=0.509091;AO=22;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0317193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.675;QD=18.9514;RBI=0.0317476;REFB=-0.0160036;REVB=0.00134003;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178422;STB=0.510631;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0142934;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:27:22:28:0.509091:6:16:14:11:12:16:16:11 chr10 73270906 . T C 789.59 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00633664;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.435;QD=55.4099;RBI=0.00761179;REFB=0.0663473;REVB=0.00421739;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-4.88506e-06;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:55:56:0.982456:35:20:0:0:35:21:1:0 chr10 73270982 . G A 365.02 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0663764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.576;QD=52.1457;RBI=0.0669583;REFB=-0.0845341;REVB=-0.00880785;RO=1;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206757;STB=0.511103;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00112429;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:22:5:0:1:22:5:0:1 chr10 73377054 . G A 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.000521067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.112;QD=7.48175;RBI=0.0063541;REFB=-0.00572629;REVB=-0.0063327;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537559;STB=0.831066;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0138621;OID=.;OPOS=73377054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:8:2:19:9:8:2:19:9 chr10 73455201 . T C 190.66 PASS AF=0.4;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.131158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.623;QD=15.2528;RBI=0.132433;REFB=-0.00279266;REVB=-0.0183339;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157788;STB=0.61259;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00266056;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:28:30:20:20:0.4:13:7:14:14:13:7:16:14 chr10 73455273 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0650684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.861;QD=17.8005;RBI=0.065076;REFB=0.0228234;REVB=-0.000999833;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166352;STB=0.594502;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0240819;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:15:9:11:9:15:9 chr10 73466709 . T C 370.39 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0143615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.395;QD=11.948;RBI=0.0497414;REFB=-0.0169702;REVB=-0.047623;RO=79;SAF=28;SAR=17;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227127;STB=0.629718;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0299653;OID=.;OPOS=73466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:79:45:45:0.362903:17:28:33:46:17:28:33:46 chr10 73472868 . C G 138.7 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000661037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.806;QD=11.5582;RBI=0.0324402;REFB=-0.0163666;REVB=0.0324335;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325466;STB=0.703537;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0472325;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:10:16:0.333333:8:2:14:18:13:3:14:18 chr10 73472882 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0267433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.175;QD=15.577;RBI=0.0304667;REFB=-0.0142424;REVB=0.014595;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394532;STB=0.514694;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00705897;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:15:9:12:17:15:9:12:18 chr10 73492079 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00262752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8661;QD=20.3166;RBI=0.0141631;REFB=-0.00078738;REVB=0.0139172;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863395;STB=0.54854;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00113614;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:13:5:7:12:13:5 chr10 73498355 . G A 298.57 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0193243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.78;QD=18.6607;RBI=0.0194632;REFB=-0.018847;REVB=-0.00232105;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142868;OID=.;OPOS=73498355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:16:16:16:16:16:16:16:16 chr10 73501556 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0100958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1142;QD=16.9412;RBI=0.012456;REFB=-0.000731893;REVB=0.00729556;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118016;STB=0.567496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0017321;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:13:11:11:8:13:11 chr10 73520632 . A C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0687;QD=56.9542;RBI=0.0818379;REFB=0;REVB=0.0804749;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824641;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr10 73521578 . G A 182.35 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0124756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.872;QD=13.2615;RBI=0.0281434;REFB=-0.0087203;REVB=0.0252271;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173422;STB=0.59958;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0194015;OID=.;OPOS=73521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:14:19:9:13:14:19 chr10 73544093 . C G 386.68 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0179603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.497;QD=20.9014;RBI=0.04287;REFB=-0.0211683;REVB=-0.0389264;RO=35;SAF=11;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168782;STB=0.593822;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0345491;OID=.;OPOS=73544093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:28:11:16:19:28:11:16:19 chr10 73550969 . G A 547.51 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00958564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.963;QD=17.6616;RBI=0.0243831;REFB=-0.0245392;REVB=0.0224199;RO=65;SAF=34;SAR=24;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165952;STB=0.505719;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0241394;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:66:58:58:0.467742:24:34:37:28:24:34:38:28 chr10 73558886 . G A 118.93 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0143466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.511;QD=13.2148;RBI=0.0143934;REFB=-0.0111859;REVB=0.00115948;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142661;STB=0.583218;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0145497;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:14:8:7:7:14:8 chr10 73558952 . C T 224.49 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00307293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.346;QD=17.607;RBI=0.00575496;REFB=-0.0164757;REVB=0.00486586;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312283;STB=0.67518;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0392544;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:27:24:24:0.470588:16:8:17:8:16:8:18:9 chr10 73562744 . G A 220.46 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00614886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.095;QD=14.2234;RBI=0.0168369;REFB=-0.0157752;REVB=-0.0156739;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367886;STB=0.509529;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0196263;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:36:26:26:0.419355:9:17:23:12:9:17:23:13 chr10 73571765 . T C 332.67 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0497737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9968;QD=26.6137;RBI=0.0497737;REFB=0.0224444;REVB=-4.8293e-05;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129252;STB=0.57138;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0186368;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:16:13:13:8:16:13:13:8 chr10 73574843 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0101287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.707;QD=14.1953;RBI=0.0283483;REFB=-0.000680994;REVB=0.0264771;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155071;STB=0.589629;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0017465;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:7:15:8:7:7:15 chr10 73576307 . C T 239.67 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.326;QD=50.4564;RBI=0.044708;REFB=0;REVB=0.0267076;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539549;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr10 73579489 . G A 50.66 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.0192588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7424;QD=2.85388;RBI=0.0195516;REFB=-0.014035;REVB=-0.00337094;RO=60;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427794;STB=0.791272;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0854339;OID=.;OPOS=73579489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:60:61:10:10:0.140845:3:7:20:40:3:7:20:41 chr10 73585526 . A G 658.91 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0176293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.476;QD=56.0771;RBI=0.0491521;REFB=-0.246501;REVB=0.0458817;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.503573;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00161849;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:47:0:3:44:44:0.93617:17:27:0:0:17:27:2:1 chr10 74237247 . C CT,T 853.96 PASS AF=1,0;AO=51,7;DP=63;FAO=62,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284534,-0.00171719;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.45,179.432;QD=55.094;RBI=0.270225,0.0715749;REFB=0.022152,0.0136523;REVB=-0.268723,-0.0715543;RO=3;SAF=38,0;SAR=13,7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0969983,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00630964,0;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:62:3:0:51,7:62,0:1,0:13,7:38,0:0:3:23,0:39,0:0:0 chr10 74326527 . C G 370.07 PASS AF=0.632653;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0557847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.113;QD=30.21;RBI=0.0557866;REFB=-0.0139492;REVB=-0.000464888;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121293;STB=0.570628;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0064131;OID=.;OPOS=74326527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:30:31:0.632653:17:13:11:7:18:13:11:7 chr10 75558867 . G A 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00720979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8327;QD=16.749;RBI=0.0357287;REFB=0.00803943;REVB=0.0349936;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722334;STB=0.540516;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00843689;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:16:23:17:16:16:23 chr10 75632760 . C T 179.18 PASS AF=0.348485;AO=21;DP=64;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00646116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.811;QD=10.8592;RBI=0.0403103;REFB=0.0036082;REVB=0.0397891;RO=40;SAF=2;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586561;STB=0.864536;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0257058;OID=.;OPOS=75632760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:40:43:21:23:0.348485:19:2:21:19:21:2:23:20 chr10 75673101 . T C 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0169274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4674;QD=16.6244;RBI=0.0416802;REFB=-0.00249428;REVB=-0.0380881;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722219;STB=0.515128;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00176313;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:5:8:9:4:5:8:9:5 chr10 75849799 . A C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0148911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.162;QD=27.2218;RBI=0.0150541;REFB=-0.0167933;REVB=-0.00220915;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119251;STB=0.565764;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0112958;OID=.;OPOS=75849799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:13:12:5:11:13:12:5:11 chr10 75865065 . G A 223.68 PASS AF=0.488889;AO=19;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0593142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7975;QD=19.8825;RBI=0.0766897;REFB=4.64893e-05;REVB=-0.0486121;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261396;STB=0.652033;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00241629;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:23:19:22:0.488889:13:6:11:7:15:7:14:9 chr10 75871735 . C G 1136.41 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.799;QD=60.6083;RBI=0.0700547;REFB=0;REVB=0.0698871;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62198e-05;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:35:37:0:0:38:37:0:0 chr10 75878915 . C CTA 361.61 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00998535;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.8;QD=39.0927;RBI=0.01417;REFB=-0.0177672;REVB=0.010054;RO=8;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971821;STB=0.546282;STBP=0.277;TYPE=ins;VARB=0.00768646;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.783784:28:37:29:37:8:12:17:5:3:51:8:11:17:5:3 chr10 75883134 . C CTT,T 790.16 PASS AF=0.948276,0.0344828;AO=52,4;DP=61;FAO=55,2;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26,2;FSAR=29,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00980058,-0.0267032;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=211.378,119.395;QD=54.4936;RBI=0.0119987,0.027484;REFB=-0.0800914,-0.0968896;REVB=0.00692232,-0.00650439;RO=4;SAF=25,3;SAR=27,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0696071,-0.338535;STB=0.509431,0.5;STBP=0.317,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00169889,0.0535926;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:61:58:4:1:52,4:55,2:0.948276,0.0344828:27,1:25,3:4:0:29,0:26,2:1:0 chr10 75896391 . T C 216.51 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0138984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.913;QD=12.1975;RBI=0.0140926;REFB=-0.0093677;REVB=0.00233162;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156639;STB=0.501079;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0121359;OID=.;OPOS=75896391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:44:26:27:0.380282:11:15:26:18:11:16:26:18 chr10 75936611 . C T 525.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512836;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.016;QD=60.1047;RBI=0.0633644;REFB=0;REVB=0.0372161;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747526;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr10 76790261 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0220688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.815;QD=20.8928;RBI=0.0269594;REFB=0.000538184;REVB=0.0154848;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224249;STB=0.6248;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000646721;OID=.;OPOS=76790261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:9:1:0:6:9:1:0:6 chr10 76790612 . TG T 150.37 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.134532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5339;QD=35.3819;RBI=0.138302;REFB=0.043363;REVB=-0.03207;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=-0.0164511;STB=0.512179;STBP=0.873;TYPE=del;VARB=-0.0248817;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:14:17:15:17:2:6:9:1:1:9:2:6:8:1:1 chr10 76797632 . G A 345.07 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00695025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.968;QD=16.6299;RBI=0.0791823;REFB=-0.0218674;REVB=0.0788767;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597575;STB=0.533498;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0374874;OID=.;OPOS=76797632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:15:22:30:16:15:22:30:16 chr10 76854564 . C T 1250.04 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.591;QD=60.2429;RBI=0.0313593;REFB=-0.101852;REVB=0.00160777;RO=1;SAF=49;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956759;STB=0.505049;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000503657;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:33:49:1:0:33:49:1:0 chr10 76855412 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.265;QD=63.2861;RBI=0.0247967;REFB=0;REVB=0.0172964;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97116e-07;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr10 76861680 . T C 910.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3009;QD=57.7822;RBI=0.0413769;REFB=0;REVB=-0.0174804;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124284;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr10 76867899 . T C 591.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.678;QD=60.6865;RBI=0.0397143;REFB=0;REVB=0.0389108;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731196;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:28:10:0:0:28:11:0:0 chr10 77198245 . C T 230.97 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0302766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0375;QD=16.498;RBI=0.0493928;REFB=-0.00179834;REVB=-0.0390253;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225367;STB=0.512702;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00196327;OID=.;OPOS=77198245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:18:12:11:15:18:12 chr10 78629795 . C G 133.43 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0178287;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.555;QD=13.6848;RBI=0.0179913;REFB=-0.011836;REVB=0.00241334;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.571334;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0111723;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:10:14:7:8:10:14 chr10 78944590 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0045986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.95;QD=19.7019;RBI=0.0496751;REFB=-0.0290075;REVB=0.0494618;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225945;STB=0.512805;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0181417;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:7:9:10:7:7:9 chr10 79550544 . C T 36.17 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0436294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1999;QD=6.57678;RBI=0.0659472;REFB=-0.0218955;REVB=-0.0494521;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493865;STB=0.832223;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0744749;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:1:5:6:9:1:5:6:10 chr10 79570870 . GC CG,GCT 261.18 PASS AF=0,0.8;AO=2,5;DP=34;FAO=0,24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=0,22;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0429641,0.0231821;FXX=0.117612;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=94.9118,19.8061;QD=34.8233;RBI=0.21859,0.0258435;REFB=0.0428872,-0.0208257;REVB=-0.214326,-0.0114226;RO=26;SAF=0,5;SAR=2,0;SRF=24;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.773574,0.549608;STB=0.5,0.559955;STBP=1,0.654;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00679444;OID=.,.;OPOS=79570870,79570872;OREF=GC,-;OALT=CG,T;OMAPALT=CG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:34:30:26:6:2,5:0,24:0,0.8:2,0:0,5:24:2:0,2:0,22:6:0 chr10 79570873 . G T 278.57 PASS AF=0.694444;AO=23;DP=33;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.000179782;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=49.3821;QD=30.9526;RBI=0.206913;REFB=-0.104578;REVB=0.206913;RO=10;SAF=19;SAR=4;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192259;STB=0.60777;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.032725;OID=.;OPOS=79570873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:33:36:10:11:23:25:0.694444:4:19:10:0:5:20:11:0 chr10 79579222 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0134768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.334;QD=10.3792;RBI=0.0138457;REFB=-0.00500517;REVB=-0.00317464;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.571265;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00858877;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:7:9:6:3:7:9 chr10 79584178 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.06;QD=53.9112;RBI=0.060596;REFB=0;REVB=0.0427289;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623281;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr10 79616605 . T C 1499.17 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276813;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.119;QD=59.967;RBI=0.0309152;REFB=0;REVB=0.0137659;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40442e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr10 79628875 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.908;QD=51.1837;RBI=0.0451866;REFB=0;REVB=0.0451614;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304258;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr10 79628961 . G A 148.67 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0830041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9638;QD=10.8127;RBI=0.08462;REFB=-0.00641794;REVB=0.0164576;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502701;STB=0.519211;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0185334;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:9:10:20:15:9:10:20:16 chr10 79785947 . G A 73.34 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0132491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.196;QD=4.07433;RBI=0.0136118;REFB=0.000175605;REVB=-0.00312148;RO=59;SAF=8;SAR=5;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134783;STB=0.588607;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00073182;OID=.;OPOS=79785947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:59:59:13:13:0.180556:5:8:30:29:5:8:30:29 chr10 79793688 . C T 726.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.512;QD=63.2042;RBI=0.0669433;REFB=0;REVB=0.0455838;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566511;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:43:46:1:25:18:0:0:27:19:0:0 chr10 79799959 . C A 304.37 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0182622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5437;QD=15.0305;RBI=0.0442725;REFB=-0.0281886;REVB=-0.0403304;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327217;STB=0.518508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0399963;OID=.;OPOS=79799959;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:17:17:22:25:17:17:22:25 chr10 79800410 . G A 58.72 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.0079277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.138;QD=2.66915;RBI=0.0245854;REFB=-0.00472399;REVB=-0.0232722;RO=76;SAF=8;SAR=4;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644781;STB=0.545377;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0294181;OID=.;OPOS=79800410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:76:76:12:12:0.136364:4:8:47:29:4:8:47:29 chr10 80310465 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00666685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.129;QD=28.5377;RBI=0.00779766;REFB=0.000758343;REVB=-0.00404432;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=9.14873e-06;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr10 80310636 . G A 2083.69 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.054;QD=62.6674;RBI=0.0048991;REFB=0;REVB=-0.00301755;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76964e-06;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:64:68:0:0:64:69:0:0 chr10 81053475 . G A 238.71 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0330642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.29;QD=20.3161;RBI=0.0367916;REFB=0.00769192;REVB=-0.0161363;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156284;STB=0.574522;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0195061;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:12:10:15:9:12:11:15:9 chr10 81145701 . G C 42.78 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0670847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9387;QD=7.43914;RBI=0.108606;REFB=-0.0280263;REVB=-0.0854107;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.08702;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:8:8:3:4:8:8 chr10 81272814 . G C 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00592705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.104;QD=28.7636;RBI=0.0186162;REFB=-0.0181171;REVB=-0.0176475;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148089;STB=0.581666;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0117428;OID=.;OPOS=81272814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:2:7:10:9:2:7 chr10 81273085 . C T 180.14 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0635513;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.887;QD=22.5178;RBI=0.0748712;REFB=-0.00405292;REVB=-0.0395845;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270493;STB=0.639987;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00181609;OID=.;OPOS=81273085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:13:5:8:5:13:5:8:6 chr10 81273490 . A C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0421647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.831;QD=24.8032;RBI=0.0509245;REFB=-0.00952124;REVB=0.0285559;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113004;STB=0.564382;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0045168;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:3:7:2:2:3:7:2:2 chr10 81273879 . A G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0129233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.454;QD=27.3839;RBI=0.0272845;REFB=0.017071;REVB=0.0240298;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178335;STB=0.599815;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00371415;OID=.;OPOS=81273879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:3:0:4:6:3:0 chr10 81274334 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.914;QD=33.4285;RBI=0.0173371;REFB=0;REVB=-0.0091921;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000683365;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 81275154 . G T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0420309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.979;QD=8.6915;RBI=0.0480894;REFB=-0.00580728;REVB=-0.0233665;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00877094;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:10:7:3:5:10:7 chr10 81275625 . TG TGT,T,TT 230.89 PASS AF=0.230769,0.153846,0.538462;AO=5,5,11;DP=24;FAO=6,4,14;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=6,2,8;FSAR=0,2,6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.135108,0.0113549,0.0104206;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=6.17583,242.082,242.827;QD=35.5209;RBI=0.509596,0.056523,0.0768736;REFB=-0.0351133,-0.0028338,-0.00298304;REVB=0.491359,0.0553707,0.0761641;RO=1;SAF=5,2,7;SAR=0,3,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.169284,-0.0599362;STB=0.5,0.66592,0.555478;STBP=1,0.375,0.298;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.0555231,-0.0116285,0.0046011;OID=.,.,.;OPOS=81275627,81275626,81275626;OREF=-,G,G;OALT=T,-,T;OMAPALT=TGT,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.230769,0.153846,0.538462:5,5,11:24:6,4,14:26:2:6,2,8:0,2,6:2:0:37:1:5,2,7:0,3,4:1:0 chr10 81275669 . A C 74.79 PASS AF=0.3;AO=15;DP=35;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0225385;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.7745;QD=7.47908;RBI=0.165945;REFB=-0.0671136;REVB=-0.164408;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.643824;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0447025;OID=.;OPOS=81275669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:35:40:19:28:15:12:0.3:8:7:9:10:4:8:13:15 chr10 81275738 . C T 178.92 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0194161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8351;QD=12.5559;RBI=0.0203766;REFB=-0.00890656;REVB=-0.00618234;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112908;STB=0.565158;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0239752;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:13:9:18:17:13:9:18:17 chr10 81275840 . A G 231.55 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0190652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.39;QD=23.7488;RBI=0.0195081;REFB=-0.01065;REVB=-0.00413326;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0137002;OID=.;OPOS=81275840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:8:9:11:11:8:9 chr10 81275976 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00331731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.771;QD=16.9414;RBI=0.00473366;REFB=0.0156731;REVB=-0.00337683;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662337;STB=0.537857;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0156258;OID=.;OPOS=81275976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:11:13:9:10:11:13 chr10 81317045 . G T 619.66 PASS AF=0.433962;AO=68;DP=158;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.000922714;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.565;QD=15.5888;RBI=0.00957539;REFB=-0.0125255;REVB=0.00953083;RO=90;SAF=35;SAR=33;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828429;STB=0.549904;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0164628;OID=.;OPOS=81317045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:90:90:68:69:0.433962:33:35:39:51:33:36:39:51 chr10 81318663 . C G 282.44 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0390944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6004;QD=28.9683;RBI=0.0679465;REFB=-0.0790875;REVB=0.055573;RO=14;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667754;STB=0.536812;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0454135;OID=.;OPOS=81318663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:15:10:7:7:15:10:7:7 chr10 81319423 . C T 517.93 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0352564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.015;QD=54.5194;RBI=0.0388736;REFB=-0.0734408;REVB=0.0163752;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583611;STB=0.531232;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00338192;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:15:20:0:2:15:21:0:2 chr10 81319458 . C T 489.99 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.702;QD=55.999;RBI=0.0306288;REFB=-0.0808587;REVB=0.0168701;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0044827;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chr10 81319483 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.958;QD=56.1901;RBI=0.0444209;REFB=0;REVB=0.0131022;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210444;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr10 81371341 . G T 62.6 PASS AF=0.181818;AO=9;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.0354343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2505;QD=4.55304;RBI=0.0433647;REFB=-0.00117184;REVB=0.0249982;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244467;STB=0.708746;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00805271;OID=.;OPOS=81371341;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:46:45:9:10:0.181818:4:5:34:12:5:5:34:11 chr10 81371698 . C T 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.024795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6933;QD=20.9001;RBI=0.0294313;REFB=-0.00709874;REVB=-0.0158559;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866594;STB=0.548351;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00854503;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:9:15:20:8:9:15 chr10 81372081 . A G 231.23 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0236566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3913;QD=16.5165;RBI=0.0810086;REFB=-0.0389155;REVB=-0.0774775;RO=29;SAF=22;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336261;STB=0.705477;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.039762;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:4:22:17:12:4:22:17:13 chr10 81373777 . C T 345.92 PASS AF=0.381818;AO=39;DP=109;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0514621;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.842;QD=12.5788;RBI=0.070989;REFB=-0.023801;REVB=0.0488988;RO=65;SAF=22;SAR=17;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453287;STB=0.505635;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.056352;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:65:68:39:42:0.381818:17:22:34:31:20:22:35:33 chr10 81471458 . A C 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0055579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6084;QD=14.7973;RBI=0.00739319;REFB=0.0150092;REVB=0.00487535;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251218;STB=0.649179;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0316421;OID=.;OPOS=81471458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:5:8:9:2:5:8 chr10 81701722 . T C 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.297;QD=57.383;RBI=0.100219;REFB=0;REVB=-0.006538;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319688;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr10 81702243 . C T 543.08 PASS AF=0.478992;AO=55;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.000996791;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.518;QD=18.2547;RBI=0.00105366;REFB=-0.0122066;REVB=0.000341488;RO=59;SAF=18;SAR=37;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178332;STB=0.594251;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0147418;OID=.;OPOS=81702243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:62:55:57:0.478992:37:18:30:29:39:18:30:32 chr10 81706324 . A G 782.33 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1093;QD=63.8634;RBI=0.0417909;REFB=0;REVB=-0.037554;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000495539;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:44:49:1:26:18:0:0:28:21:0:0 chr10 81841692 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.912;QD=61.3364;RBI=0.0215314;REFB=0;REVB=-0.00268588;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29822e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr10 81904059 . G A 158.8 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0184929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.953;QD=8.35786;RBI=0.0184929;REFB=-0.0161422;REVB=-2.0709e-05;RO=53;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239333;STB=0.648322;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0467343;OID=.;OPOS=81904059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:14:8:30:23:14:8:31:23 chr10 81915136 . T C 851.03 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4524;QD=57.697;RBI=0.0365403;REFB=0;REVB=0.0209141;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01175e-05;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:31:28:0:0 chr10 81917708 . A G 539.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.03;QD=59.9052;RBI=0.0274648;REFB=0;REVB=0.0109732;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156914;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr10 81926702 . G A 3150.45 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.411;QD=61.7736;RBI=0.0437284;REFB=0;REVB=0.0437164;RO=0;SAF=139;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4352e-05;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:203:204:1:64:139:0:0:65:139:0:0 chr10 81930716 . C G 136.12 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0289592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8883;QD=10.4705;RBI=0.0786833;REFB=-0.0153509;REVB=-0.0731603;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16742;STB=0.599877;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0577725;OID=.;OPOS=81930716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:12:5:15:20:12:5:15:20 chr10 82013008 . C T 485.68 PASS AF=0.652174;AO=33;DP=68;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0241142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1361;QD=28.1553;RBI=0.10532;REFB=-0.0245469;REVB=-0.102522;RO=20;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240148;STB=0.506021;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.02165;OID=.;OPOS=82013008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:20:24:33:45:0.652174:16:17:11:9:18:27:14:10 chr10 82013134 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.736;QD=60.3767;RBI=0.0510592;REFB=0;REVB=0.0441561;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77776e-05;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr10 82013146 . T C 1146.84 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.965;QD=59.576;RBI=0.0107184;REFB=0;REVB=-0.00560126;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04803e-05;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:39:38:0:0 chr10 82033594 . G A 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.525;QD=62.9069;RBI=0.0317962;REFB=0;REVB=0.00491806;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7282e-05;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr10 82034842 . A G 1007.34 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5364;QD=59.2553;RBI=0.115068;REFB=0;REVB=0.096425;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139349;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:26:40:0:0:28:40:0:0 chr10 82034854 . T C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.256;QD=59.6782;RBI=0.0301723;REFB=0;REVB=0.0115162;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43321e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr10 82040052 . A G 804.83 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3974;QD=64.3864;RBI=0.0443397;REFB=0;REVB=-0.00917049;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255823;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr10 82045354 . G C 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0418885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7914;QD=22.188;RBI=0.0422828;REFB=-0.0184167;REVB=-0.00576154;RO=22;SAF=5;SAR=19;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12912;STB=0.572799;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0119556;OID=.;OPOS=82045354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:19:5:7:15:19:5:7:15 chr10 82095968 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.915;QD=52.6132;RBI=0.0102946;REFB=0;REVB=0.00488974;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71714e-05;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr10 82192713 . T A 132.61 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0159392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.046;QD=15.1553;RBI=0.0221409;REFB=-0.0413112;REVB=0.0153676;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381145;STB=0.717134;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0281431;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:4:16:6:9:4:16 chr10 82369219 . T A 336.41 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00767778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5488;QD=14.7871;RBI=0.0650567;REFB=-0.0125611;REVB=0.0646021;RO=54;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904869;STB=0.551285;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0172299;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:16:21:26:28:16:21:26:28 chr10 85962741 . C T 146.98 PASS AF=0.181818;AO=26;DP=143;FAO=26;FDP=143;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=-0.0200257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.348;QD=4.11126;RBI=0.043525;REFB=-0.00358258;REVB=-0.0386444;RO=117;SAF=19;SAR=7;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209531;STB=0.635873;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0123584;OID=.;OPOS=85962741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:117:117:26:26:0.181818:7:19:68:49:7:19:68:49 chr10 85993836 . A G 549.51 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657652;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.92;QD=59.4067;RBI=0.00767085;REFB=0;REVB=0.00394858;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022342;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:25:12:0:0 chr10 86274871 . C T 2216.8 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.403;QD=63.3371;RBI=0.0284685;REFB=0;REVB=0.0254068;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77016e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:76:64:0:0:76:64:0:0 chr10 87359435 . A C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=14;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0309269;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=252.598;QD=18.3009;RBI=0.0356463;REFB=-0.00852266;REVB=-0.0177254;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154289;STB=0.579924;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00904131;OID=.;OPOS=87359435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:23:14:20:0.465116:6:8:13:5:8:12:17:6 chr10 87359826 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.29;QD=45.8034;RBI=0.0310469;REFB=0;REVB=-0.0178803;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07475e-05;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr10 88195479 . A G 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00472667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.814;QD=3.96488;RBI=0.00673875;REFB=-0.00455698;REVB=0.00480306;RO=49;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883127;STB=0.559205;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0248042;OID=.;OPOS=88195479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:5:5:21:28:5:5:21:28 chr10 88203068 . T C 229.62 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.000636619;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.03;QD=28.7026;RBI=0.00713659;REFB=-0.0462391;REVB=0.00710814;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993583;STB=0.505489;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0275851;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:11:11:21:21:0.65625:6:15:8:3:6:15:8:3 chr10 88419098 . T C 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.026111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.518;QD=2.56864;RBI=0.0338384;REFB=-0.0126374;REVB=-0.0215234;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141261;STB=0.619624;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.044148;OID=.;OPOS=88419098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:42:44:6:6:0.12:3:3:26:16:3:3:28:16 chr10 88422116 . C T 394.29 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0103584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.924;QD=14.8788;RBI=0.0106797;REFB=-0.0151657;REVB=-0.00259998;RO=60;SAF=10;SAR=35;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274228;STB=0.661613;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0288701;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:61:45:45:0.424528:35:10:27:33:35:10:28:33 chr10 88423659 . G T 135.19 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00721304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.755;QD=6.75933;RBI=0.00879937;REFB=-0.0132842;REVB=0.00503994;RO=60;SAF=12;SAR=8;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651937;STB=0.539644;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0338014;OID=.;OPOS=88423659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:8:12:39:21:8:12:39:21 chr10 88426614 . TC T 105.9 PASS AF=0.4;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0634293;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4775;QD=4.98343;RBI=0.123917;REFB=-0.0215724;REVB=0.106452;RO=45;SAF=21;SAR=12;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154912;STB=0.506242;STBP=0.933;TYPE=del;VARB=0.060289;OID=.;OPOS=88426615;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:33:85:34:85:51:21:13:32:19:99:45:21:12:28:17 chr10 88505700 . T G 274.16 PASS AF=0.509804;AO=22;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000482077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.753;QD=21.5024;RBI=0.0092208;REFB=-0.0164693;REVB=0.00920819;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609466;STB=0.50788;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0162858;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:22:26:0.509804:10:12:11:12:14:12:11:12 chr10 88635779 . C A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0676452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4633;QD=14.2613;RBI=0.0973812;REFB=0.00400504;REVB=-0.0700516;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451865;STB=0.526283;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0142049;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:10:14:10:6:10:14 chr10 88683890 . T A 451.75 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948302;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.029;QD=58.2899;RBI=0.0107948;REFB=0;REVB=0.00515752;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155198;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr10 88702350 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5451;QD=51.9139;RBI=0.0632207;REFB=0;REVB=0.0578832;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225075;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr10 88717140 . T A 1460.25 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.175;QD=62.1381;RBI=0.0412958;REFB=0;REVB=0.0391877;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020394;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:39:53:0:0:41:53:0:0 chr10 88717154 . C T 463.68 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0172073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.311;QD=17.4975;RBI=0.0189056;REFB=-0.0237785;REVB=0.00783136;RO=45;SAF=27;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249237;STB=0.5306;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0238272;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:45:56:50:50:0.471698:23:27:23:22:23:27:27:29 chr10 88719392 . G A 39.05 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.0142642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.417;QD=1.47373;RBI=0.0418216;REFB=-0.00524081;REVB=-0.0393139;RO=96;SAF=6;SAR=4;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199545;STB=0.515594;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0598028;OID=.;OPOS=88719392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:96:96:10:10:0.0943396:4:6:56:40:4:6:56:40 chr10 88719789 . C G 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00573729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6562;QD=23.7566;RBI=0.0528319;REFB=0.0451474;REVB=-0.0525194;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975814;STB=0.554413;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.038678;OID=.;OPOS=88719789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:10:16:11:11:10:16:11:11 chr10 88722398 . A T 151.41 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00860558;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2429;QD=18.9265;RBI=0.0147179;REFB=0.0117775;REVB=0.0119398;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229204;STB=0.630978;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0116534;OID=.;OPOS=88722398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:11:5:9:7:11:5:9:7 chr10 88730106 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0575419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7869;QD=11.1041;RBI=0.0694065;REFB=0.00903964;REVB=0.0388098;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425185;STB=0.765078;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00432365;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:5:5:6:1:5:5 chr10 88730177 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0148159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.345;QD=13.9595;RBI=0.0251962;REFB=-0.0339143;REVB=0.0203799;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.768342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0225316;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:1:6:3:3:1:6:3:4 chr10 88730312 . T C 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00196385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7597;QD=19.3682;RBI=0.0317034;REFB=-0.00212361;REVB=-0.0316425;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804595;STB=0.557453;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0187392;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:6:10:10:4:6:10:11:4 chr10 88768253 . A G 143.4 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00257757;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.696;QD=16.87;RBI=0.0337615;REFB=-0.0144483;REVB=0.033663;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253924;STB=0.514685;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0178807;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:14:14:0.411765:5:9:12:6:5:9:12:6 chr10 88768657 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0251306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3312;QD=20.5426;RBI=0.0375261;REFB=-0.015783;REVB=-0.0278687;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197324;STB=0.511102;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0161171;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:12:13:13:11:12:13 chr10 88782084 . A G 155.74 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.136189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.876;QD=15.5739;RBI=0.163606;REFB=-0.0310346;REVB=-0.0906607;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254988;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0325633;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:14:9:11:6:14:9 chr10 88911363 . A G 46.68 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0406958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6641;QD=10.3741;RBI=0.0438114;REFB=-0.0180456;REVB=0.0162263;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0201065;OID=.;OPOS=88911363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:4:7:3:4:4:7 chr10 88913903 . C G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0166457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.554;QD=27.3834;RBI=0.0188737;REFB=-0.0498579;REVB=-0.0088959;RO=3;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141327;STB=0.578805;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0116992;OID=.;OPOS=88913903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:2:8:3:0:2:8:3:0 chr10 88930249 . A T 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00877703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.178;QD=9.11107;RBI=0.017249;REFB=-0.00670793;REVB=-0.014849;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505953;STB=0.806805;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0237131;OID=.;OPOS=88930249;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:15:16:8:8:0.333333:1:7:7:8:1:7:8:8 chr10 88939898 . C T 342.4 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0365734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3858;QD=18.7614;RBI=0.0458103;REFB=-0.00240495;REVB=-0.0275857;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086554;STB=0.548189;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00182788;OID=.;OPOS=88939898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:16:21:17:19:16:21 chr10 88939962 . TT CA,CT 770.77 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,47;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328961,0.000545417;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=152.137,179.634;QD=62.9196;RBI=0.0371023,0.0279506;REFB=0,0;REVB=0.0171589,0.0279453;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0605111,-0.00363053;OID=.,.;OPOS=88939962,88939962;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:2,47:2,47:0.0408163,0.959184:2,29:0,18:0:0:2,29:0,18:0:0 chr10 89127064 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0034059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.104;QD=18.8206;RBI=0.0222583;REFB=-0.020049;REVB=-0.0219962;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353535;STB=0.709233;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0146776;OID=.;OPOS=89127064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:1:11:7:3:1:11:7:3 chr10 89267957 . C T 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00519694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.254;QD=19.345;RBI=0.0107582;REFB=-0.000899531;REVB=-0.0094197;RO=41;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128234;STB=0.571392;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000937535;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:15:25:20:21:15:25:20:21 chr10 89420789 . A G 884.95 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.418;QD=58.0292;RBI=0.103502;REFB=0;REVB=0.0194707;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276992;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:42:18:0:0:43:18:0:0 chr10 89513452 . C T 752.49 PASS AF=0.417085;AO=78;DP=194;FAO=83;FDP=199;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.00218385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6586;QD=15.1253;RBI=0.00903413;REFB=-0.0208733;REVB=-0.0087662;RO=114;SAF=42;SAR=36;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961822;STB=0.535606;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0301833;OID=.;OPOS=89513452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:199:114:116:78:83:0.417085:36:42:51:63:40:43:53:63 chr10 89624075 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0132929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8437;QD=11.9197;RBI=0.0282584;REFB=-0.0203432;REVB=0.0249366;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41721;STB=0.736402;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0278874;OID=.;OPOS=89624075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:9:0:2:5:9:0 chr10 89720907 . T G 421.0 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0699991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8866;QD=14.772;RBI=0.0716321;REFB=-0.0116439;REVB=-0.0152081;RO=66;SAF=23;SAR=25;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411079;STB=0.523101;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0168083;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:25:23:29:37:25:23:29:37 chr10 90342837 . C G 415.74 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0292265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7339;QD=16.1452;RBI=0.0302698;REFB=-0.0235739;REVB=-0.0078783;RO=57;SAF=24;SAR=22;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109621;STB=0.561198;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0373419;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:22:24:36:21:22:24:36:21 chr10 90345429 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0876096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1679;QD=22.9237;RBI=0.0877936;REFB=-0.0340714;REVB=0.00568134;RO=25;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463053;STB=0.525532;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0228725;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:21:13:11:14:21:13:11:14 chr10 90350418 . T C 152.88 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0061313;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.429;QD=19.1101;RBI=0.0194365;REFB=-0.00280542;REVB=0.0184441;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221033;STB=0.624853;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00169663;OID=.;OPOS=90350418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:16:16:16:16:0.5:8:8:12:4:8:8:12:4 chr10 90353833 . C T 489.7 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0426801;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.878;QD=24.4852;RBI=0.0435984;REFB=-0.00777112;REVB=-0.00890117;RO=34;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281124;STB=0.515412;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00520295;OID=.;OPOS=90353833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:26:20:16:18:26:20:16:18 chr10 90354423 . G C 38.9 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0309038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7563;QD=9.72461;RBI=0.0338863;REFB=0.0289824;REVB=-0.0139008;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.04686;OID=.;OPOS=90354423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:7:10:6:6:0.375:4:2:4:3:4:2:4:6 chr10 90354430 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0124586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.777;QD=8.81111;RBI=0.027031;REFB=-0.00990009;REVB=-0.0239887;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0240974;OID=.;OPOS=90354430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr10 90356555 . A T 220.0 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0070318;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4809;QD=24.4446;RBI=0.0232223;REFB=-0.00969153;REVB=0.0221321;RO=14;SAF=0;SAR=20;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.815537;STB=0.644988;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0246531;OID=.;OPOS=90356555;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:15:20:21:0.583333:20:0:1:13:20:1:2:13 chr10 90356598 . A G 673.89 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000373687;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5489;QD=62.6872;RBI=0.0584681;REFB=0;REVB=-0.0584669;RO=0;SAF=6;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000540757;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:37:6:0:0:37:6:0:0 chr10 90433345 . T A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00157794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.937;QD=26.3156;RBI=0.00233252;REFB=-0.0194856;REVB=-0.00171778;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238269;STB=0.643438;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00937141;OID=.;OPOS=90433345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:13:9:10:3:13:9:11:3 chr10 90703465 . C T 249.93 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=3.72656e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.955;QD=16.662;RBI=0.0725328;REFB=-0.00899547;REVB=-0.0725328;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100826;STB=0.541637;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0121131;OID=.;OPOS=90703465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:11:17:15:15:11:17:17:15 chr10 90703524 . C G 359.46 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0137014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3054;QD=19.9701;RBI=0.0227699;REFB=-0.0100546;REVB=-0.0181862;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481119;STB=0.526697;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.023697;OID=.;OPOS=90703524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:17:20:17:18:17:20:17:18 chr10 90749256 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00595206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.579;QD=18.0736;RBI=0.0281686;REFB=-0.0280568;REVB=0.0275326;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528766;STB=0.510197;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.02524;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:31:30:30:0.491803:18:12:12:14:18:12:13:18 chr10 90771829 . T C 281.51 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5641;QD=51.1834;RBI=0.060248;REFB=0;REVB=-0.0139643;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317939;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:20:22:1:13:7:0:1:15:7:0:0 chr10 90823124 . T C 192.19 PASS AF=0.542857;AO=16;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0208004;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.762;QD=21.9651;RBI=0.0210179;REFB=-0.0388292;REVB=0.00301634;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.533298;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0228412;OID=.;OPOS=90823124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:16:16:19:0.542857:6:10:6:7:7:12:9:7 chr10 90966546 . C T 371.87 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929087;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9772;QD=55.0921;RBI=0.101419;REFB=-0.00938642;REVB=0.0406664;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153393;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr10 90966996 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2984;QD=55.6558;RBI=0.0237511;REFB=0;REVB=0.00327351;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488661;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr10 91007360 . T G 673.14 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.602;QD=62.618;RBI=0.0383964;REFB=0;REVB=0.00600343;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186298;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:38:43:1:12:26:0:0:12:31:0:0 chr10 91066460 . T A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0201984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.174;QD=9.18859;RBI=0.0250482;REFB=0.00179251;REVB=-0.0148134;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223495;STB=0.636116;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00443691;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:14:11:7:4:14:11 chr10 91066769 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.084;QD=62.671;RBI=0.0104039;REFB=0;REVB=-0.0100307;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29365e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr10 91067595 . C G 811.94 PASS AF=0.637931;AO=65;DP=109;FAO=74;FDP=116;FR=.;FRO=42;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.025036;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.179;QD=27.9979;RBI=0.0324984;REFB=-0.0166;REVB=0.0207207;RO=40;SAF=36;SAR=29;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380443;STB=0.502356;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00985977;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:116:40:42:65:74:0.637931:29:36:20:20:33:41:23:19 chr10 91099943 . C G 302.86 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00192197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.015;QD=27.5323;RBI=0.0324219;REFB=-0.0297264;REVB=-0.0323649;RO=17;SAF=20;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216447;STB=0.62006;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.019609;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:7:20:8:9:7:20:8:9 chr10 91100068 . C A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0622962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.114;QD=9.56946;RBI=0.0623215;REFB=-0.00484388;REVB=0.00177715;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368003;STB=0.721148;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0160273;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:4:11:3:5:4:11 chr10 91143529 . T A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.019975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.603;QD=18.902;RBI=0.0231434;REFB=-0.0222089;REVB=0.0116884;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204623;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:22:12:12:22:22:12:12:22 chr10 91162182 . C T 186.75 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0162696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1509;QD=19.658;RBI=0.0217591;REFB=-0.0557134;REVB=0.0144485;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405752;STB=0.731445;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0538709;OID=.;OPOS=91162182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:12:7:15:4:12:7 chr10 91162497 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0154141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.519;QD=46.0586;RBI=0.0180919;REFB=-0.0177534;REVB=-0.00947218;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=3.73251e-05;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr10 91178000 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00242169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.536;QD=11.8304;RBI=0.0352508;REFB=-0.00619323;REVB=-0.0351675;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.683863;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0107621;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:3:8:8:9:3:8:8:10 chr10 91222287 . A C 337.55 PASS AF=0.566667;AO=35;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0515937;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.958;QD=22.5032;RBI=0.0530664;REFB=-0.00922509;REVB=-0.0124151;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180498;STB=0.607496;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0081348;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:26:35:34:0.566667:16:19:8:18:15:19:8:18 chr10 91343930 . TTAAAAAAAT TAAAAAAT,TTAAAAAAT,TTAAAAAATA 89.49 PASS AF=0.678571,0,0;AO=7,4,2;DP=25;FAO=19,0,0;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.133919,-0.221194,-0.437632;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=12.3378,7.39605,10.1421;QD=12.7841;RBI=0.162612,0.221882,0.437953;REFB=-0.00347283,0.0114066,-0.0148275;REVB=-0.092241,-0.0174657,-0.0167633;RO=7;SAF=2,1,2;SAR=5,3,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.161108,0.158242,0.732272;STB=0.512182,0.5,0.5;STBP=0.848,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0113468,-0.0712835,0;OID=.,.,.;OPOS=91343931,91343932,91343938;OREF=TA,A,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=TAAAAAAT,TTAAAAAAT,TTAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571,0,0:7,4,2:25:19,0,0:28:9:7,0,0:12,0,0:3:6:46:7:2,1,2:5,3,0:1:6 chr10 91352966 . G A 402.39 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0257872;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7893;QD=14.7665;RBI=0.0277204;REFB=-0.0026337;REVB=-0.0101707;RO=63;SAF=20;SAR=26;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139925;STB=0.578662;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0029297;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:63:46:46:0.422018:26:20:36:27:26:20:36:27 chr10 91498127 . T C 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0239606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8844;QD=16.1058;RBI=0.0305749;REFB=0.000536442;REVB=0.0189925;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199919;STB=0.616587;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000189676;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:14:3:7:15:14:3:7:15 chr10 91738556 . C A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.168;QD=61.5352;RBI=0.0347433;REFB=0;REVB=-0.0346901;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303564;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr10 91923501 . G A 941.13 PASS AF=0.984848;AO=66;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.519;QD=57.0379;RBI=0.0250427;REFB=-0.168687;REVB=0.0224363;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=3.81719e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:66:65:0.984848:34:32:0:0:33:32:0:1 chr10 92503619 . T C 174.43 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=45;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00356017;FXX=0.0869376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7688;QD=16.6121;RBI=0.0221736;REFB=-0.00605757;REVB=0.021886;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286446;STB=0.655273;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0131857;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:24:24:19:18:0.428571:12:7:16:8:11:7:16:8 chr10 92509326 . T C 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0205069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.341;QD=1.9353;RBI=0.0554884;REFB=-0.00440387;REVB=-0.05156;RO=65;SAF=6;SAR=2;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211723;STB=0.671185;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0256964;OID=.;OPOS=92509326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:65:66:8:8:0.108108:2:6:38:27:2:6:38:28 chr10 93608142 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.585;QD=62.9826;RBI=0.0287271;REFB=0;REVB=0.00768415;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119725;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr10 93667635 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.537;QD=59.8394;RBI=0.0486585;REFB=0;REVB=0.0242886;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179405;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr10 93841227 . A G 889.18 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145926;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.932;QD=58.3069;RBI=0.147072;REFB=0;REVB=0.018325;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408888;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:57:61:1:37:20:0:0:37:24:0:0 chr10 94594565 . G A 385.96 PASS AF=0.603175;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0274303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.849;QD=24.5056;RBI=0.032809;REFB=-0.0159909;REVB=-0.0180003;RO=25;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474585;STB=0.518637;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0090428;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:25:37:38:0.603175:23:14:11:14:23:15:11:14 chr10 94695617 . C T 398.85 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000981567;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.165;QD=56.9779;RBI=0.0291693;REFB=0;REVB=-0.0291528;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965038;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr10 95072906 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.175;QD=59.9375;RBI=0.0218128;REFB=0;REVB=0.00381555;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52105e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr10 95083039 . C T 413.04 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00890088;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.832;QD=18.5635;RBI=0.0172221;REFB=-0.00723743;REVB=-0.0147436;RO=47;SAF=9;SAR=33;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825599;STB=0.546252;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00944113;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:47:42:42:0.47191:33:9:13:34:33:9:13:34 chr10 95168634 . A G 434.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0134784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7855;QD=18.2936;RBI=0.0235006;REFB=-0.0211046;REVB=-0.0192513;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532785;STB=0.529737;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0280528;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:20:24:25:26:20:24:25:26 chr10 95216623 . A G 116.21 PASS AF=0.318182;AO=11;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0375537;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.075;QD=10.5643;RBI=0.0379786;REFB=-0.00515416;REVB=-0.00566526;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274871;STB=0.615223;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0128149;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:30:11:14:0.318182:7:4:13:8:8:6:18:12 chr10 95237963 . A G 390.76 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=45;FWDB=-0.0222906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7893;QD=16.6282;RBI=0.0450817;REFB=-0.0291387;REVB=-0.0391853;RO=53;SAF=14;SAR=27;SRF=8;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23346;STB=0.629159;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0321112;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:27:14:8:45:27:14:8:45 chr10 95262981 . A G 348.05 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00574464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5821;QD=51.5625;RBI=0.0524744;REFB=-0.156377;REVB=0.052159;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00465168;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr10 95276742 . G C 762.4 PASS AF=0.543478;AO=66;DP=129;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.004502;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.348;QD=22.0985;RBI=0.0168349;REFB=0.000891521;REVB=0.0162218;RO=62;SAF=32;SAR=34;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154998;STB=0.567408;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.000846239;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:138:62:63:66:75:0.543478:34:32:41:21:36:39:42:21 chr10 95279506 . A T 265.32 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00472599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.865;QD=17.9877;RBI=0.00780048;REFB=-0.00374014;REVB=0.00620584;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471945;STB=0.526421;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00316134;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:15:15:16:13:15:15 chr10 95279653 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.569;QD=55.0986;RBI=0.022289;REFB=0;REVB=0.00835413;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113935;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr10 95288874 . A G 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0288353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.228;QD=16.8936;RBI=0.0290517;REFB=-0.00988441;REVB=0.00353881;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.581408;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0138689;OID=.;OPOS=95288874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:14:23:15:17:14:23 chr10 95381773 . T A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.246;QD=58.6;RBI=0.0141598;REFB=0;REVB=0.0114973;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20242e-06;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr10 95389041 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.941;QD=57.1771;RBI=0.0271787;REFB=0;REVB=-0.00721685;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51201e-05;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr10 95389083 . A G 718.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.005;QD=62.4804;RBI=0.0291817;REFB=0;REVB=0.0167227;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547057;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr10 95395364 . C G 445.44 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.687;QD=52.4049;RBI=0.0272269;REFB=-0.00351387;REVB=-0.0247648;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=9.57662e-05;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:14:18:0:2:14:18:0:2 chr10 95431668 . A G 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.021365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.13;QD=10.4737;RBI=0.0219272;REFB=-0.00048347;REVB=0.00493362;RO=37;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141529;STB=0.583582;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00499669;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:13:6:16:21:13:6:16:21 chr10 95433124 . A G 92.53 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0173123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.31;QD=18.5053;RBI=0.0198821;REFB=-0.0309144;REVB=0.00977647;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0356387;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:10:11:0.55:7:3:4:5:8:3:4:5 chr10 95454681 . G C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.022769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.262;QD=17.4896;RBI=0.0239461;REFB=0.00435757;REVB=0.00741545;RO=30;SAF=6;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33758;STB=0.691279;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00517117;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:22:6:16:14:22:6:16:14 chr10 95458141 . A G 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0154043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.396;QD=14.4188;RBI=0.0154168;REFB=-0.00969367;REVB=-0.000618711;RO=37;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242652;STB=0.638194;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0184826;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:9:18:16:21:9:18:16:21 chr10 95459817 . C T 517.72 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0103614;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5019;QD=17.8523;RBI=0.029708;REFB=-0.00551481;REVB=-0.0278425;RO=61;SAF=27;SAR=28;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939248;STB=0.552094;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00714862;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:61:55:55:0.474138:28:27:36:25:28:27:36:25 chr10 95552653 . T C 739.27 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0420647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.3212;QD=54.7608;RBI=0.0436758;REFB=-0.205005;REVB=0.0117533;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00382986;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:26:27:0:0:26:27:0:1 chr10 95718600 . T C 339.32 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00504901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.793;QD=20.5648;RBI=0.0493113;REFB=-0.0686979;REVB=0.0490522;RO=31;SAF=9;SAR=26;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360143;STB=0.519988;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0348118;OID=.;OPOS=95718600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:26:9:9:22:26:9:9:22 chr10 95720490 . C T 795.8 PASS AF=0.578125;AO=73;DP=128;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0178331;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.427;QD=24.8686;RBI=0.0178551;REFB=-0.00402724;REVB=0.000886816;RO=55;SAF=35;SAR=38;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048475;STB=0.519944;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00304192;OID=.;OPOS=95720490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:55:54:73:74:0.578125:38:35:23:32:39:35:23:31 chr10 95720501 . T C 796.41 PASS AF=0.568182;AO=74;DP=131;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00555951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.502;QD=24.1336;RBI=0.0155228;REFB=-0.0146401;REVB=0.014493;RO=55;SAF=34;SAR=40;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326027;STB=0.519832;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0113269;OID=.;OPOS=95720501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:55:57:74:75:0.568182:40:34:23:32:40:35:24:33 chr10 95791613 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0275296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.002;QD=13.0538;RBI=0.028274;REFB=-0.00767643;REVB=0.00644491;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394253;STB=0.522594;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0138794;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:15:8:11:24:15:8:11:24 chr10 95791763 . G A 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00575526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.061;QD=21.4069;RBI=0.00913735;REFB=-0.0164416;REVB=-0.00709705;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169311;STB=0.593691;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0129831;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:13:19:10:16:13:19:10:16 chr10 95931087 . G T 457.06 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00996207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.351;QD=23.1421;RBI=0.0112961;REFB=-0.0158059;REVB=0.00532541;RO=35;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115079;STB=0.506326;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00777221;OID=.;OPOS=95931087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:22:22:17:18:22:22:17:18 chr10 96014682 . C A 217.84 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00271398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.872;QD=16.7572;RBI=0.0107213;REFB=-0.00421938;REVB=-0.0103721;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263574;STB=0.649225;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00328449;OID=.;OPOS=96014682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:8:16:11:17:8:16:11:17 chr10 96039597 . G C 281.23 PASS AF=0.75;AO=21;DP=29;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00780606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.845;QD=35.1542;RBI=0.0574657;REFB=-0.0174851;REVB=0.056933;RO=8;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141906;STB=0.560927;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00274939;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:29:32:8:8:21:24:0.75:13:8:1:7:16:8:1:7 chr10 96058298 . C T 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0400669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.686;QD=27.2318;RBI=0.0409906;REFB=0.0308524;REVB=0.00865317;RO=17;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612715;STB=0.533954;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00978143;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:20:6:5:12:20:6:5:12 chr10 96066341 . A G 362.69 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00295565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.709;QD=20.7251;RBI=0.00548213;REFB=-0.00112158;REVB=0.00461713;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041156;STB=0.529396;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00109776;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:18:19:18:14:18:19:19:14 chr10 96106240 . G C 131.33 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0204779;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.696;QD=13.133;RBI=0.0205693;REFB=-0.0500427;REVB=0.00193735;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867922;STB=0.550952;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0132314;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:13:12:6:9:13:12 chr10 96305729 . T C 711.61 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398906;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.589;QD=63.2545;RBI=0.0414423;REFB=0;REVB=0.0112338;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105661;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr10 96313960 . A C 1533.23 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122491;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.595;QD=63.8847;RBI=0.0507833;REFB=0;REVB=0.0492839;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03798e-05;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr10 97071749 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00906589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.786;QD=14.6524;RBI=0.0599829;REFB=-0.000219748;REVB=0.0592938;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00101562;OID=.;OPOS=97071749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr10 97072008 . T C 86.93 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00741561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5358;QD=13.3739;RBI=0.022595;REFB=0.00333994;REVB=0.0213434;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00323387;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:7:8:5:6:7:8 chr10 97072040 . A G 103.36 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0118489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.571;QD=17.2271;RBI=0.015302;REFB=0.0150451;REVB=0.00968271;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0125875;OID=.;OPOS=97072040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:6:6:7:5:6:6 chr10 97096837 . GCCC GCCCG,GCC 43.93 PASS AF=0.428571,0.142857;AO=5,2;DP=15;FAO=6,2;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6,0;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0217379,-0.11468;FXX=0.0666222;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=53.1649,24.4096;QD=12.5519;RBI=0.0754541,0.119208;REFB=-0.0533197,0.0280364;REVB=-0.072255,0.0325404;RO=6;SAF=5,0;SAR=0,2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.794076;STB=0.5,0.997484;STBP=1,0.011;TYPE=ins,del;VARB=0.156599,0.0224183;OID=.,.;OPOS=97096841,97096838;OREF=-,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCG,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.142857:5,2:15:6,2:14:6:6,0:0,2:6:0:32:6:5,0:0,2:6:0 chr10 97106165 . T C 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0180431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.39;QD=19.9745;RBI=0.0194049;REFB=-0.00152869;REVB=0.00714101;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224193;STB=0.626775;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00157499;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:12:8:13:7:12:8 chr10 97127462 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0190009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.755;QD=16.417;RBI=0.0255831;REFB=-0.00176955;REVB=-0.0171307;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276179;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00131404;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:9:5:10:5:9:5:10:6 chr10 97141523 . G A 315.43 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0457428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7027;QD=22.5303;RBI=0.0473483;REFB=-0.0334463;REVB=-0.0122253;RO=23;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715525;STB=0.545774;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0142132;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:11:21:17:6:11:21:18:6 chr10 97174164 . A G 277.84 PASS AF=0.517241;AO=25;DP=53;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0142578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.166;QD=19.1612;RBI=0.0528136;REFB=-0.0450739;REVB=0.0508527;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483703;STB=0.550425;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0436324;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:28:28:25:30:0.517241:12:13:16:12:16:14:16:12 chr10 97192324 . A G 2238.69 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2429;QD=62.6208;RBI=0.0381618;REFB=0.0103796;REVB=0.00231242;RO=1;SAF=85;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841493;STB=0.504347;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000159808;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:143:1:1:141:142:0.993007:56:85:0:1:57:85:0:1 chr10 97447373 . A T 2162.96 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.319;QD=62.2434;RBI=0.0741782;REFB=-0.11545;REVB=0.0727609;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.503105;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000533526;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:139:139:0:1:138:138:0.992806:80:58:0:0:80:58:0:1 chr10 97698370 . C T 595.02 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.066;QD=61.0281;RBI=0.0343869;REFB=0;REVB=0.00765965;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102367;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr10 97817650 . G T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0113511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.188;QD=15.172;RBI=0.0229187;REFB=-0.0193254;REVB=0.0199103;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112025;STB=0.564877;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0327688;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:11:13:11:6:11:13 chr10 97917517 . G A 344.49 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00520916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.739;QD=31.3168;RBI=0.00617981;REFB=0.00271076;REVB=-0.00332486;RO=14;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746375;STB=0.554257;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00167128;OID=.;OPOS=97917517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:14:15:29:29:0.659091:11:18:7:7:11:18:7:8 chr10 97920062 . G A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0114207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.957;QD=20.8719;RBI=0.0120791;REFB=0.00124953;REVB=-0.00393327;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00104647;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr10 97920099 . T C,TC 739.95 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787007,-0.056073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=10.7935,31.7883;QD=61.6621;RBI=0.0995892,0.152206;REFB=0,0;REVB=0.0610264,0.1415;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00492131,0.00266455;OID=.,.;OPOS=97920099,97920100;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:0,23:2,23:0:0:0,23:2,23:0:0 chr10 97990583 . A G 179.18 PASS AF=0.475;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0265573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.7;QD=17.9179;RBI=0.0265891;REFB=-0.0387683;REVB=-0.00129839;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159503;STB=0.549021;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0407111;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:18:21:16:19:0.475:7:9:7:11:10:9:8:13 chr10 98078127 . C T 734.46 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.151;QD=51.5409;RBI=0.0215822;REFB=-0.122782;REVB=0.0176321;RO=3;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513124;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00134219;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:57:3:1:53:56:0.982456:26:27:0:3:28:28:0:1 chr10 98078239 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3824;QD=57.1753;RBI=0.0635509;REFB=0;REVB=0.0492545;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105876;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr10 98287261 . G C 530.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102078;FXX=0.0263089;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.275;QD=57.377;RBI=0.0195537;REFB=-0.0811513;REVB=0.0166777;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000218999;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:1:0:17:19:1:0 chr10 98380277 . C T 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2082;QD=64.1389;RBI=0.0412901;REFB=0;REVB=0.0210031;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412374;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr10 98386558 . G A 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9637;QD=58.0546;RBI=0.0178475;REFB=0;REVB=0.00579034;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110897;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr10 98742081 . G A 131.57 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0406057;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7015;QD=21.9277;RBI=0.0483075;REFB=0.000466775;REVB=-0.0261685;RO=10;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195175;STB=0.612063;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00367223;OID=.;OPOS=98742081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:2:12:7:3:2:12:7:3 chr10 98742750 . A C 221.68 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00161808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8694;QD=12.3157;RBI=0.0250969;REFB=-0.00568421;REVB=0.0250447;RO=45;SAF=21;SAR=6;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446533;STB=0.757765;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0204346;OID=.;OPOS=98742750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:6:21:17:28:6:21:17:28 chr10 98806512 . G C 159.24 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.137866;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6226;QD=17.6936;RBI=0.138552;REFB=-0.0232996;REVB=-0.013768;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150546;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0102805;OID=.;OPOS=98806512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:15:17:14:15:0.416667:7:7:10:5:7:8:10:7 chr10 98808866 . C G 493.27 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.006;QD=58.032;RBI=0.028204;REFB=0;REVB=0.00552394;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114635;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:16:18:0:0 chr10 98819317 . A G 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.529;QD=60.6053;RBI=0.0524177;REFB=0;REVB=0.00689539;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75702e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr10 98901433 . C T 338.78 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0096065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.042;QD=17.8305;RBI=0.0115632;REFB=-0.0410057;REVB=0.00643608;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279067;STB=0.509045;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0228491;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:15:20:24:16:15:21:24:16 chr10 98901434 . G A 402.18 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0131023;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1169;QD=21.4494;RBI=0.0228582;REFB=-0.0486321;REVB=0.0187303;RO=34;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353928;STB=0.513805;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0612723;OID=.;OPOS=98901434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:16:24:19:15:16:24:20:15 chr10 98901438 . TG CA,CG 995.3 PASS AF=0.376812,0.623188;AO=26,43;DP=72;FAO=26,43;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=12,27;FSAR=14,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252685,-0.00270859;FXX=0.0416609;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=61.9994,83.1113;QD=57.6982;RBI=0.00407827,0.0121053;REFB=0,0;REVB=0.00320114,0.0117984;RO=0;SAF=12,27;SAR=14,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0329715,0.00648638;OID=.,.;OPOS=98901438,98901438;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:69:0:0:26,43:26,43:0.376812,0.623188:14,16:12,27:0:0:14,16:12,27:0:0 chr10 98901463 . T C 44.51 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.000942129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5058;QD=2.04663;RBI=0.0166113;REFB=-0.00972259;REVB=-0.0165846;RO=77;SAF=5;SAR=5;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054611;STB=0.54015;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0463841;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:77:77:10:10:0.114943:5:5:35:42:5:5:35:42 chr10 98901472 . C T 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0348948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.491;QD=17.0934;RBI=0.0389185;REFB=-0.0109881;REVB=-0.0172338;RO=51;SAF=10;SAR=31;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395092;STB=0.722418;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122593;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:31:10:32:19:31:10:32:19 chr10 98901475 . T C 297.25 PASS AF=0.376344;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00648411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.323;QD=12.7851;RBI=0.031766;REFB=-0.00922612;REVB=0.0310971;RO=59;SAF=6;SAR=28;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520457;STB=0.805893;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0370205;OID=.;OPOS=98901475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:58:34:35:0.376344:28:6:37:22:29:6:37:21 chr10 98901480 . T C 417.2 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00672283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.687;QD=17.2041;RBI=0.0330348;REFB=-0.0132611;REVB=0.0323435;RO=54;SAF=9;SAR=34;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444054;STB=0.75039;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00941085;OID=.;OPOS=98901480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:34:9:34:20:34:9:34:20 chr10 98901487 . C T 491.11 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0372252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.289;QD=19.8429;RBI=0.0586875;REFB=-0.0153856;REVB=-0.0453708;RO=51;SAF=12;SAR=36;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369057;STB=0.705793;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102944;OID=.;OPOS=98901487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:36:12:32:19:36:12:32:19 chr10 98901493 . TG CA 543.31 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00949849;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=150.114;QD=22.6379;RBI=0.012672;REFB=-0.0277451;REVB=0.008388;RO=45;SAF=16;SAR=35;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321595;STB=0.677163;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0330004;OID=.;OPOS=98901493;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:35:16:31:14:35:16:31:14 chr10 98901498 . C T 321.03 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.00132874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.181;QD=13.8079;RBI=0.0238954;REFB=-0.00814364;REVB=-0.0238585;RO=56;SAF=28;SAR=8;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528625;STB=0.795664;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0257016;OID=.;OPOS=98901498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:57:36:36:0.387097:8:28:15:41:8:28:16:41 chr10 98901503 . C T 244.45 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.0230256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1813;QD=10.8644;RBI=0.0383757;REFB=-0.0221184;REVB=-0.0307004;RO=60;SAF=25;SAR=5;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596233;STB=0.845101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0451747;OID=.;OPOS=98901503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:5:25:18:42:5:25:18:42 chr10 98901528 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.88;QD=58.9614;RBI=0.0659583;REFB=0;REVB=0.00840887;RO=0;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151681;OID=.;OPOS=98901528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:47:19:0:0:47:19:0:0 chr10 99006083 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00285927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.316;QD=24.493;RBI=0.0033514;REFB=0.0044334;REVB=-0.00174827;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116766;STB=0.565154;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00263659;OID=.;OPOS=99006083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:13:8:8:7:13:8:8:7 chr10 99019177 . A G 1025.53 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.16;QD=59.4508;RBI=0.0124065;REFB=0;REVB=0.0107191;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86436e-06;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr10 99080246 . CT C 971.02 PASS AF=1;AO=93;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3075;QD=36.6422;RBI=0.102772;REFB=0;REVB=0.0820051;RO=2;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00211323;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:106:106:106:0:53:53:0:0:20:2:51:42:0:2 chr10 99080871 . G T 161.92 PASS AF=0.695652;AO=17;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0142308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.579;QD=28.1595;RBI=0.0244749;REFB=-0.0246378;REVB=0.0199124;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500611;STB=0.51722;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0109563;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:5:7:17:16:0.695652:10:7:2:3:10:6:3:4 chr10 99125949 . C T 1347.71 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0381347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.845;QD=57.9661;RBI=0.0479866;REFB=-0.215673;REVB=0.0291284;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.520829;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00229763;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:93:93:1:4:89:89:0.956989:43:46:1:0:43:46:4:0 chr10 99139511 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0446512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.579;QD=20.838;RBI=0.0512886;REFB=-0.0148989;REVB=0.0252346;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157607;STB=0.589973;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00634611;OID=.;OPOS=99139511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:4:1:4:5:4:1 chr10 99160965 . A G 752.79 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.094438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2021;QD=61.4526;RBI=0.0956402;REFB=-0.0348152;REVB=0.015117;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0030361;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:22:26:1:0:22:26:1:0 chr10 99205686 . A G 222.55 PASS AF=0.488889;AO=20;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0266919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.855;QD=19.782;RBI=0.0288258;REFB=-0.0136615;REVB=0.0108844;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143588;STB=0.577709;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0170878;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:23:23:20:22:0.488889:10:10:8:15:11:11:8:15 chr10 99219885 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0161526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.61;QD=14.9788;RBI=0.0179542;REFB=-0.0256601;REVB=-0.00783895;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0312466;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:4:6:5:5:5:6 chr10 99220707 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0165248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.451;QD=21.3529;RBI=0.0430676;REFB=-0.0121197;REVB=0.0397712;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189634;STB=0.608515;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0114527;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:5:4:3:10:5:4 chr10 99229489 . G A 159.2 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00179687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8213;QD=17.6884;RBI=0.0322952;REFB=-0.0032143;REVB=-0.0322452;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34437;STB=0.699733;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00177377;OID=.;OPOS=99229489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:3:14:10:9:3:14:10:9 chr10 99240048 . C T 300.53 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.667;QD=21.4662;RBI=0.0880998;REFB=-0.0237292;REVB=0.0138772;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383599;STB=0.530616;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0183924;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:17:14:12:12:17:14:13:12 chr10 99240758 . G C 1139.99 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513873;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.211;QD=60.7996;RBI=0.0141536;REFB=0;REVB=0.0131878;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50561e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr10 99337572 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7641;QD=56.9381;RBI=0.045168;REFB=0;REVB=0.0450945;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399061;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr10 99350017 . G C 110.61 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0945889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9959;QD=15.2568;RBI=0.0975545;REFB=0.00918281;REVB=0.0238709;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25507;STB=0.670447;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0113073;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:10:3:7:8:10:3:8:8 chr10 99350128 . A G 336.37 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00134691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.707;QD=28.0309;RBI=0.0234407;REFB=-0.00803194;REVB=-0.0234019;RO=19;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271211;STB=0.636004;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00448009;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:19:9:13:6:19:10:13:6 chr10 99371344 . C A 1434.34 PASS AF=0.93578;AO=101;DP=109;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0358518;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.105;QD=52.6363;RBI=0.0398149;REFB=-0.0887816;REVB=0.0173169;RO=4;SAF=63;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028522;STB=0.522325;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00111833;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:109:109:4:7:101:102:0.93578:38:63:1:3:39:63:2:5 chr10 99376092 . T C 375.47 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0677395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1967;QD=18.3157;RBI=0.0706467;REFB=-0.00858385;REVB=0.0200577;RO=43;SAF=11;SAR=28;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491699;STB=0.527491;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0103838;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:28:11:14:29:28:11:14:29 chr10 99376152 . A G 317.8 PASS AF=0.507246;AO=32;DP=66;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.00401482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.455;QD=18.4233;RBI=0.025712;REFB=-0.0214342;REVB=-0.0253966;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156179;STB=0.58363;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0191081;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:31:34:32:35:0.507246:21:11:6:25:24:11:6:28 chr10 99410790 . T C 122.09 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0452352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7648;QD=9.21429;RBI=0.0453928;REFB=-0.0237203;REVB=0.00377963;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20639;STB=0.622497;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0502397;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:8:8:12:25:8:8:12:25 chr10 99422648 . A G 435.78 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0923;QD=54.4719;RBI=0.0802016;REFB=-0.0429126;REVB=0.0647322;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00328281;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:21:10:0:0:21:10:0:1 chr10 99434760 . C T 251.17 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.017827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.572;QD=41.8618;RBI=0.0194941;REFB=-0.13712;REVB=-0.00788778;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.512184;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00252797;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:1:3:21:21:0.875:12:9:0:1:12:9:1:2 chr10 99435006 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8397;QD=48.737;RBI=0.0480383;REFB=0;REVB=0.0392408;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102514;OID=.;OPOS=99435006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr10 99439541 . G C 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3466;QD=64.1413;RBI=0.079123;REFB=0;REVB=0.0377088;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402664;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr10 99473729 . C G 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108079;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.598;QD=43.7057;RBI=0.0361637;REFB=0;REVB=0.0345109;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029171;OID=.;OPOS=99473729;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr10 99664456 . T C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0144431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.352;QD=13.0607;RBI=0.0145006;REFB=-0.0125858;REVB=0.00128911;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294969;STB=0.666553;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0193184;OID=.;OPOS=99664456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:13:13:31:9:13:13:31:9 chr10 99969568 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0111384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.641;QD=11.2565;RBI=0.0531613;REFB=-0.0207845;REVB=0.0519813;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0345378;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:8:4:5:3:8:4 chr10 99991408 . A G 1159.89 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509454;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.579;QD=61.0469;RBI=0.0540578;REFB=0;REVB=0.018078;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026481;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr10 100017453 . T G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0147447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.797;QD=26.3989;RBI=0.0222322;REFB=-0.0187206;REVB=-0.0166393;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132849;STB=0.555494;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00918877;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:10:8:6:3:10:8:6:4 chr10 100018844 . G A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6524;QD=56.9547;RBI=0.0430384;REFB=0;REVB=0.0359574;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585008;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr10 100144782 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0631898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.729;QD=12.4824;RBI=0.0635392;REFB=-0.0272325;REVB=0.006654;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356085;STB=0.711497;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0141681;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:8:11:3:9:8:11 chr10 100147060 . A G 277.39 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0108867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.877;QD=18.4925;RBI=0.0212902;REFB=-0.0102663;REVB=0.0182962;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619243;STB=0.518507;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00897267;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:29:29:29:31:0.516667:15:14:12:17:17:14:12:17 chr10 100148176 . A G 74.95 PASS AF=0.344828;AO=11;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.057102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1373;QD=10.3382;RBI=0.0580117;REFB=-0.0152541;REVB=0.0102333;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244882;STB=0.676633;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0194471;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:11:10:0.344828:7:4:3:15:6:4:3:16 chr10 100167396 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00155992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.692;QD=23.7579;RBI=0.0271085;REFB=-0.00184206;REVB=0.0270636;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263791;STB=0.514695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00217941;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:15:11:10:12:15:11:10:12 chr10 100184062 . CC AG 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00615367;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.382;QD=13.0911;RBI=0.00616968;REFB=-0.0155555;REVB=0.000444178;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105786;STB=0.562401;STBP=0.61;TYPE=mnp;VARB=0.022874;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:8:12:9:4:8:12 chr10 100219314 . G A 747.74 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425707;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.3;QD=56.4329;RBI=0.05811;REFB=0;REVB=0.0395539;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189444;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:27:26:0:0 chr10 100219374 . T A 803.83 PASS AF=1;AO=41;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.403;QD=64.3061;RBI=0.0679162;REFB=0;REVB=0.0679045;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310105;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:41:50:1:21:20:0:0:29:21:0:0 chr10 101090139 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00125197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9017;QD=16.8984;RBI=0.0154888;REFB=-0.019352;REVB=0.0154381;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0101424;OID=.;OPOS=101090139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:6:3:3:7:6:3 chr10 101090428 . T G 207.85 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0464862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.401;QD=13.6295;RBI=0.0508048;REFB=0.0100741;REVB=-0.0204979;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657736;STB=0.53752;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0126362;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:21:15:12:13:21:15 chr10 101152191 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.412;QD=52.6103;RBI=0.00752318;REFB=0;REVB=0.00521951;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011332;OID=.;OPOS=101152191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr10 101166544 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0122422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.164;QD=14.6471;RBI=0.0237702;REFB=-0.00340566;REVB=-0.0203752;RO=44;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844705;STB=0.542346;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00446253;OID=.;OPOS=101166544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:20:12:20:24:20:12:20:25 chr10 101445591 . A C 378.67 PASS AF=0.5;AO=36;DP=76;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0226246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.269;QD=18.9336;RBI=0.023319;REFB=-0.0101846;REVB=-0.00564808;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023532;STB=0.512494;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0122535;OID=.;OPOS=101445591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:40:40:36:40:0.5:18:18:19:21:20:20:19:21 chr10 101451194 . A C 122.42 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0104194;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9083;QD=8.44261;RBI=0.0262746;REFB=-0.0172655;REVB=0.0241204;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110636;STB=0.50209;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0379202;OID=.;OPOS=101451194;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:41:17:17:0.293103:10:7:16:22:10:7:17:24 chr10 101451259 . T C 468.02 PASS AF=0.693548;AO=41;DP=60;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0208026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7906;QD=30.1946;RBI=0.0390649;REFB=-0.0549385;REVB=0.0330653;RO=18;SAF=15;SAR=26;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198309;STB=0.51863;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0618776;OID=.;OPOS=101451259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:18:19:41:43:0.693548:26:15:6:12:27:16:6:13 chr10 101473218 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3475;QD=53.9095;RBI=0.055003;REFB=0;REVB=-0.0535912;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108873;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 101502968 . A G 250.42 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00780071;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3924;QD=16.4212;RBI=0.109135;REFB=-0.00784224;REVB=-0.108855;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398243;STB=0.502391;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0100329;OID=.;OPOS=101502968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:30:33:27:28:0.459016:16:11:11:19:16:12:14:19 chr10 101544447 . A T 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.984;QD=62.1616;RBI=0.0378073;REFB=0;REVB=0.0085117;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10605e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr10 101563815 . G A 323.64 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0033899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0075;QD=14.2258;RBI=0.0418161;REFB=-0.035092;REVB=-0.0416784;RO=52;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263095;STB=0.536596;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0246666;OID=.;OPOS=101563815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:55:36:36:0.395604:13:23:32:20:13:23:32:23 chr10 101604207 . C T 181.8 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0553783;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.917;QD=11.3628;RBI=0.0565799;REFB=-0.00813504;REVB=-0.0115987;RO=40;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231703;STB=0.613709;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0143115;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:40:41:23:23:0.359375:17:6:18:22:17:6:17:24 chr10 101639796 . G A 414.28 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00145036;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.966;QD=18.8308;RBI=0.027178;REFB=-0.0188012;REVB=0.0271392;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265653;STB=0.660942;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0228957;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:41:46:42:42:0.477273:26:16:28:13:26:16:32:14 chr10 101639877 . A C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.00954212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.471;QD=13.0315;RBI=0.00977459;REFB=-0.00356651;REVB=0.0021191;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265161;STB=0.6499;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00624569;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:32:10:13:14:32:10 chr10 101645498 . T C 226.39 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0308832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.871;QD=17.0859;RBI=0.0310777;REFB=-0.00335385;REVB=-0.00347166;RO=28;SAF=18;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318383;STB=0.680166;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00859903;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:7:18:11:17:7:18:11:17 chr10 101657880 . G A 130.01 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00405796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.498;QD=8.66707;RBI=0.0470456;REFB=-0.00173378;REVB=-0.0468703;RO=41;SAF=14;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205527;STB=0.618461;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00897084;OID=.;OPOS=101657880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:4:14:26:15:4:14:27:15 chr10 101689378 . G C 197.47 PASS AF=0.44;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00827374;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.128;QD=15.7976;RBI=0.0139701;REFB=-0.016698;REVB=-0.0112565;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592711;STB=0.511226;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0177095;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:30:28:22:22:0.44:9:13:16:14:9:13:16:12 chr10 102295836 . C G 724.53 PASS AF=0.496599;AO=68;DP=140;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.0465427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9107;QD=19.7152;RBI=0.0654852;REFB=-0.0214481;REVB=-0.0460662;RO=72;SAF=35;SAR=33;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168432;STB=0.591645;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0215382;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:147:72:74:68:73:0.496599:33:35:24:48:36:37:24:50 chr10 102506070 . G C 3512.96 PASS AF=1;AO=174;DP=229;FAO=228;FDP=228;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=128;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.243907;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2776;QD=61.6309;RBI=0.247294;REFB=0;REVB=-0.0407875;RO=1;SAF=77;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228656;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:229:228:1:0:174:228:1:97:77:1:0:100:128:0:0 chr10 102684380 . C A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0214432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7402;QD=16.1188;RBI=0.0336307;REFB=0.0255471;REVB=-0.0259078;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179293;STB=0.602678;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0283798;OID=.;OPOS=102684380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:10:3:5:7:10:3 chr10 102744331 . A T 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00494256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.995;QD=17.2649;RBI=0.0277743;REFB=-0.00553979;REVB=0.027331;RO=42;SAF=26;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255442;STB=0.643879;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00460718;OID=.;OPOS=102744331;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:10:26:20:22:10:26:20:22 chr10 102770082 . T G 811.23 PASS AF=0.512195;AO=74;DP=155;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00595766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6429;QD=19.7861;RBI=0.014833;REFB=-0.0231926;REVB=0.0135839;RO=80;SAF=36;SAR=38;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596354;STB=0.518946;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0234211;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:164:80:80:74:84:0.512195:38:36:44:36:40:44:45:35 chr10 102770327 . A G 85.28 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0338773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.358;QD=14.2139;RBI=0.0361174;REFB=-0.0799374;REVB=-0.0125219;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198747;STB=0.555453;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0466444;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:24:12:13:10:11:0.458333:3:7:6:6:4:7:7:6 chr10 102824349 . G C 695.32 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0281619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8723;QD=56.7606;RBI=0.0335603;REFB=-0.0701511;REVB=-0.0182538;RO=3;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242715;STB=0.512929;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0391394;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:21:25:1:2:21:25:1:2 chr10 103124606 . A G 6013.17 PASS AF=0.912473;AO=417;DP=457;FAO=417;FDP=457;FR=.;FRO=40;FSAF=89;FSAR=328;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0104283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.426;QD=52.6317;RBI=0.0122008;REFB=-0.00109436;REVB=-0.00633313;RO=40;SAF=89;SAR=328;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679855;STB=0.535817;STBP=0;TYPE=snp;VARB=2.21936e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:40:40:417:417:0.912473:328:89:20:20:328:89:20:20 chr10 103124633 . T C 156.18 PASS AF=0.10148;AO=48;DP=473;FAO=48;FDP=473;FR=.;FRO=425;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=103;FSRR=322;FWDB=0.00262594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.08;QD=1.32076;RBI=0.00814147;REFB=0.00114252;REVB=-0.00770636;RO=424;SAF=12;SAR=36;SRF=103;SRR=321;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117078;STB=0.509242;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00867533;OID=.;OPOS=103124633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:473:424:425:48:48:0.10148:36:12:103:321:36:12:103:322 chr10 103124647 . A G 6127.14 PASS AF=0.906183;AO=424;DP=470;FAO=425;FDP=469;FR=.;FRO=44;FSAF=94;FSAR=331;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.018468;FXX=0.00212761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.512;QD=52.257;RBI=0.0185521;REFB=0.0043118;REVB=0.00176426;RO=44;SAF=94;SAR=330;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690209;STB=0.53642;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000337684;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:469:44:44:424:425:0.906183:330:94:22:22:331:94:22:22 chr10 103124689 . A G 104.0 PASS AF=0.0880196;AO=36;DP=377;FAO=36;FDP=409;FR=.;FRO=373;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=104;FSRR=269;FWDB=-0.0914452;FXX=0.00243896;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.9897;QD=1.01713;RBI=0.0914789;REFB=-0.00199316;REVB=-0.00248319;RO=340;SAF=4;SAR=32;SRF=83;SRR=257;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256956;STB=0.741466;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0144739;OID=.;OPOS=103124689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:409:340:373:36:36:0.0880196:32:4:83:257:32:4:104:269 chr10 103124696 . T C 5041.13 PASS AF=0.899743;AO=343;DP=384;FAO=350;FDP=389;FR=.;FRO=39;FSAF=83;FSAR=267;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0427428;FXX=0.00256404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.435;QD=51.8368;RBI=0.0430362;REFB=-0.0124149;REVB=-0.00501733;RO=39;SAF=82;SAR=261;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636979;STB=0.533423;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000508599;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:389:39:39:343:350:0.899743:261:82:19:20:267:83:19:20 chr10 103124715 . A G 3719.86 PASS AF=0.878788;AO=256;DP=292;FAO=261;FDP=297;FR=.;FRO=36;FSAF=76;FSAR=185;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0581493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.482;QD=50.0991;RBI=0.0581983;REFB=-0.0439008;REVB=-0.00238808;RO=36;SAF=72;SAR=184;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688867;STB=0.533754;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00349082;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:297:36:36:256:261:0.878788:184:72:19:17:185:76:19:17 chr10 103124726 . A G 3013.51 PASS AF=0.869388;AO=209;DP=242;FAO=213;FDP=245;FR=.;FRO=32;FSAF=71;FSAR=142;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0419215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.015;QD=49.2001;RBI=0.0461807;REFB=-0.0285102;REVB=0.0193711;RO=32;SAF=69;SAR=140;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301637;STB=0.51515;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00217835;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:32:32:209:213:0.869388:140:69:14:18:142:71:14:18 chr10 103124731 . A G 32.73 PASS AF=0.0642202;AO=14;DP=218;FAO=14;FDP=218;FR=.;FRO=204;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=126;FWDB=-0.0252835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.708;QD=0.600459;RBI=0.0252878;REFB=-0.00179119;REVB=0.00046749;RO=204;SAF=5;SAR=9;SRF=78;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285161;STB=0.52528;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0359349;OID=.;OPOS=103124731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:218:218:204:204:14:14:0.0642202:9:5:78:126:9:5:78:126 chr10 103124736 . C T 2012.82 PASS AF=0.839779;AO=145;DP=175;FAO=152;FDP=181;FR=.;FRO=29;FSAF=58;FSAR=94;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00236148;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.601;QD=44.4823;RBI=0.014635;REFB=-0.0287467;REVB=0.0144432;RO=28;SAF=57;SAR=88;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226584;STB=0.517034;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00837912;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:181:28:29:145:152:0.839779:88:57:13:15:94:58:14:15 chr10 103124746 . G A 1555.4 PASS AF=0.805556;AO=115;DP=142;FAO=116;FDP=144;FR=.;FRO=28;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.018797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.496;QD=43.2057;RBI=0.0211764;REFB=-0.0432233;REVB=0.00975259;RO=27;SAF=44;SAR=71;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232638;STB=0.517395;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0091679;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:27:28:115:116:0.805556:71:44:12:15:72:44:13:15 chr10 103558701 . G A 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0200259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.953;QD=21.5314;RBI=0.0299032;REFB=-0.0158102;REVB=-0.0222073;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126074;STB=0.569583;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0123622;OID=.;OPOS=103558701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:17:20:12:19:17:20:12:19 chr10 103577726 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0410109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.562;QD=12.8607;RBI=0.0484183;REFB=-0.0221762;REVB=-0.0257378;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.555391;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0218435;OID=.;OPOS=103577726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:5:3:2:5:5:3 chr10 103827737 . T G 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00959083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.991;QD=14.2611;RBI=0.0104633;REFB=-0.0219684;REVB=0.00418299;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12938;STB=0.574908;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0276315;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:9:15:8:8:9:15 chr10 103900729 . G A 236.27 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0101462;FXX=0.105245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3826;QD=18.5309;RBI=0.012488;REFB=-0.0264971;REVB=0.00728038;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653606;STB=0.536812;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.03299;OID=.;OPOS=103900729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:51:26:26:25:25:0.490196:17:8:10:16:17:8:10:16 chr10 103904763 . TC T 34.6 PASS AF=0.384615;AO=12;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.214063;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=9.19802;QD=5.32343;RBI=0.227898;REFB=-0.0918746;REVB=0.0781942;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107737;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=del;VARB=0.0981186;OID=.;OPOS=103904764;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:12:25:10:26:16:4:6:9:7:34:11:7:5:5:6 chr10 103920475 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0130746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.406;QD=9.49163;RBI=0.016173;REFB=-0.0125745;REVB=0.00951942;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0178171;OID=.;OPOS=103920475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:9:9:5:4:9:9 chr10 103991381 . G A 387.25 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0254653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5193;QD=23.8305;RBI=0.135044;REFB=0.00447537;REVB=0.132621;RO=27;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221987;STB=0.512189;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00062153;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:18:20:15:12:18:20:15:12 chr10 104136469 . T C 592.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.335;QD=60.7394;RBI=0.0522512;REFB=0;REVB=0.0511124;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140711;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr10 104160434 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.688;QD=59.4298;RBI=0.0076038;REFB=0;REVB=-0.00627796;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08214e-06;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 104184081 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00616269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.022;QD=20.8996;RBI=0.00651412;REFB=-0.00527007;REVB=-0.00211071;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132722;STB=0.573718;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00530007;OID=.;OPOS=104184081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:9:15:13:15:9:15 chr10 104184953 . C G 212.11 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.029633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.19;QD=27.3687;RBI=0.0514597;REFB=-0.0285811;REVB=-0.0420712;RO=9;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158282;STB=0.561979;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00902507;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:9:11:20:20:0.645161:6:14:4:5:6:14:6:5 chr10 104214048 . A T 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0593784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.21;QD=14.075;RBI=0.0594254;REFB=-0.0269447;REVB=-0.00236291;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0514577;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:7:9:5:7:7:9 chr10 104229785 . C T 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00381352;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.473;QD=23.3696;RBI=0.00419722;REFB=-0.0223907;REVB=-0.0017532;RO=26;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173751;STB=0.595614;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0186951;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:14:22:10:16:14:22:10:16 chr10 104231054 . A G 201.87 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0158981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.199;QD=21.2499;RBI=0.0293367;REFB=-0.0686822;REVB=-0.0246555;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169787;STB=0.574509;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0455216;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:6:13:9:9:7:13:9:9 chr10 104236457 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3901;QD=60.9771;RBI=0.043805;REFB=0;REVB=-0.0329836;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06017e-05;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr10 104239100 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00528548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.98;QD=19.6689;RBI=0.0090039;REFB=-0.0143392;REVB=0.00728931;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189871;STB=0.585492;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00950364;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:19:19:19:0.5:13:6:9:8:13:6:9:10 chr10 104386934 . T C 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.033303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4533;QD=21.9711;RBI=0.0474325;REFB=0.0364708;REVB=0.033775;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538292;STB=0.503016;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0315819;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:9:12:13:10:9:12 chr10 104389932 . T G 1151.4 PASS AF=1;AO=67;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.545;QD=60.6001;RBI=0.0543003;REFB=0;REVB=0.0294949;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872307;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:67:76:1:27:40:0:0:27:49:0:0 chr10 104435746 . C T 820.47 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00314514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.016;QD=55.6251;RBI=0.0230744;REFB=-0.127093;REVB=-0.022859;RO=1;SAF=17;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269356;STB=0.514281;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000365273;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:41:17:1:0:41:17:1:0 chr10 104436641 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0106189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.286;QD=27.2218;RBI=0.0114821;REFB=-0.00171439;REVB=-0.00436771;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754261;STB=0.528884;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00105033;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:24:24:0.615385:11:13:6:8:11:13:7:8 chr10 104574329 . A T 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0115222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.93;QD=21.746;RBI=0.01155;REFB=-0.0118325;REVB=0.00080205;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170322;STB=0.595155;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00946344;OID=.;OPOS=104574329;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:6:14:11:11:6:14 chr10 104574562 . T G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0424151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.322;QD=11.6337;RBI=0.04265;REFB=-0.0320834;REVB=0.00446946;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134484;STB=0.578806;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0616725;OID=.;OPOS=104574562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:2:14:8:2:2:14 chr10 104596924 . C A 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0019374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.3;QD=16.6318;RBI=0.0112606;REFB=-0.0109019;REVB=-0.0110927;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693838;STB=0.538984;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0115484;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:15:19:20:21:15:19:20:21 chr10 104596981 . G A 359.5 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0121645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2308;QD=17.3252;RBI=0.0245461;REFB=-0.0358421;REVB=-0.0213199;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687495;STB=0.538442;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0226412;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:21:17:17:28:21:17:17:28 chr10 104628234 . T C 417.3 PASS AF=0.538462;AO=36;DP=73;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0181755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0061;QD=21.4;RBI=0.0326742;REFB=-0.0265128;REVB=0.0271524;RO=36;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517703;STB=0.507459;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0258218;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:36:36:36:42:0.538462:14:22:20:16:18:24:20:16 chr10 104661484 . T C 406.97 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00755895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=351.557;QD=38.759;RBI=0.00767027;REFB=-0.0109257;REVB=0.00130203;RO=9;SAF=14;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285871;STB=0.515051;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00276691;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:9:10:32:32:0.761905:18:14:4:5:18:14:5:5 chr10 104678579 . G T 698.68 PASS AF=0.535433;AO=67;DP=126;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.105228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7356;QD=22.0056;RBI=0.10523;REFB=0.00391822;REVB=-0.000607637;RO=59;SAF=34;SAR=33;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298107;STB=0.519679;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00344147;OID=.;OPOS=104678579;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:59:59:67:68:0.535433:33:34:32:27:34:34:32:27 chr10 104814162 . T C 315.18 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0170978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7797;QD=17.5102;RBI=0.0172671;REFB=-0.0123695;REVB=-0.00241147;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636583;STB=0.535693;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0131193;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:13:20:20:17:13:21:21:17 chr10 104835919 . C T 526.92 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.03037;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.99;QD=23.9509;RBI=0.0325151;REFB=-0.0110673;REVB=0.0116145;RO=39;SAF=25;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228311;STB=0.51253;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00909115;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:39:39:49:49:0.556818:24:25:21:18:24:25:21:18 chr10 104849468 . G A 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00813475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.935;QD=7.40614;RBI=0.0125576;REFB=-0.0196602;REVB=-0.00956655;RO=40;SAF=5;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368646;STB=0.723325;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0547351;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:9:5:27:13:9:5:27:13 chr10 104851301 . G T 534.26 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00844608;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.377;QD=24.0116;RBI=0.00850707;REFB=0.00269363;REVB=0.00101684;RO=37;SAF=26;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769636;STB=0.545559;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00243183;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:37:39:49:50:0.561798:23:26:16:21:23:27:17:22 chr10 105049105 . C G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.951;QD=59.6791;RBI=0.0239614;REFB=0;REVB=-0.0151631;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40269e-06;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr10 105154089 . A G 1090.36 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8802;QD=57.3872;RBI=0.020348;REFB=-0.0595183;REVB=-0.0177061;RO=2;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203049;STB=0.501073;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-4.30573e-05;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:40:34:1:1:40:34:1:1 chr10 105194086 . C T 240.43 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0667402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4176;QD=43.7146;RBI=0.0741002;REFB=-0.164638;REVB=-0.0321961;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317962;STB=0.533301;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0162411;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:6:14:1:0:6:14:2:0 chr10 105205302 . A C 741.08 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1018;QD=57.0062;RBI=0.151959;REFB=0;REVB=0.146968;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224206;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:23:26:0:0:26:26:0:0 chr10 105215016 . A G 766.41 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.51;QD=63.8671;RBI=0.03527;REFB=0;REVB=0.00911432;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183847;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:19:29:0:0 chr10 105218252 . A G 1246.57 PASS AF=1;AO=65;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.778;QD=61.5591;RBI=0.0306207;REFB=0;REVB=-0.00403116;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98807e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:65:81:1:37:28:0:0:41:40:0:0 chr10 105218359 . T C 917.94 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.298;QD=58.2816;RBI=0.035554;REFB=0;REVB=0.03511;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90644e-05;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:30:31:0:0:30:33:0:0 chr10 105233110 . C T 755.21 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0420859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2259;QD=61.6501;RBI=0.143943;REFB=-0.0853341;REVB=0.137653;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200087;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00385724;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:49:1:1:47:48:0.979592:23:24:0:1:24:24:0:1 chr10 105362209 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.95;QD=59.0175;RBI=0.0875055;REFB=0;REVB=-0.0838967;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272471;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr10 105372696 . G A 396.93 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0267157;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1678;QD=23.0105;RBI=0.0279648;REFB=-0.0168135;REVB=-0.00826442;RO=29;SAF=23;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283214;STB=0.504613;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00891406;OID=.;OPOS=105372696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:29:30:39:39:0.565217:16:23:17:12:16:23:18:12 chr10 105657316 . G C 499.64 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0243799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.512;QD=54.0155;RBI=0.0253277;REFB=-0.148369;REVB=0.00686379;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518991;STB=0.527762;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00180691;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:17:18:0:2:17:18:0:2 chr10 105659826 . T C 1380.83 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283683;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.67;QD=62.7649;RBI=0.049882;REFB=0;REVB=0.0410299;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133628;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr10 105762591 . G A 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00728151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.597;QD=18.7755;RBI=0.0162739;REFB=-0.024869;REVB=-0.0145541;RO=26;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384407;STB=0.521507;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0228349;OID=.;OPOS=105762591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:9:17:18:8:9:17:18:8 chr10 105796819 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8197;QD=57.1951;RBI=0.0915735;REFB=0;REVB=-0.0900365;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217624;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr10 105798872 . T C 347.2 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0113757;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.264;QD=14.4668;RBI=0.0167328;REFB=-0.0200953;REVB=-0.0122711;RO=57;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185784;STB=0.505492;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0315467;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:58:38:38:0.395833:20:18:28:29:20:18:28:30 chr10 105799216 . G T 373.6 PASS AF=0.430108;AO=38;DP=91;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0100873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0202;QD=16.0687;RBI=0.0272765;REFB=-0.0121226;REVB=-0.0253427;RO=53;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608316;STB=0.545186;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0180425;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:53:53:38:40:0.430108:18:20:31:22:19:21:32:21 chr10 105801253 . G A 297.23 PASS AF=0.54;AO=19;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0245767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1603;QD=23.7782;RBI=0.0912949;REFB=-0.037088;REVB=0.0879246;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151886;STB=0.510261;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0362076;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:23:19:27:0.54:15:4:7:14:17:10:9:14 chr10 105805497 . C T 414.41 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0276451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4603;QD=21.8112;RBI=0.0276643;REFB=-0.0109299;REVB=0.00103204;RO=35;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08422;STB=0.546496;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00934864;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:17:24:17:18:17:24:17:18 chr10 105816916 . C T 410.58 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0154256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8983;QD=13.3523;RBI=0.0154604;REFB=-0.00472466;REVB=-0.00103671;RO=74;SAF=34;SAR=14;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196161;STB=0.616529;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00884398;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:75:48:48:0.390244:14:34:40:34:14:34:40:35 chr10 105817891 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00675019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.735;QD=18.163;RBI=0.035114;REFB=-0.00335896;REVB=-0.0344591;RO=41;SAF=25;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048813;STB=0.535695;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00470644;OID=.;OPOS=105817891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:38:38:0.475:13:25:25:16:13:25:25:17 chr10 105882765 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0240962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.368;QD=18.3009;RBI=0.0273286;REFB=-0.0180493;REVB=-0.0128927;RO=23;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400655;STB=0.732038;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0169703;OID=.;OPOS=105882765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:17:3:11:12:17:3:11:12 chr10 105957714 . A G 472.52 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0070632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4566;QD=16.1545;RBI=0.0109147;REFB=0.00150814;REVB=0.0083212;RO=64;SAF=23;SAR=29;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263758;STB=0.510797;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00116301;OID=.;OPOS=105957714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:65:52:52:0.444444:29:23:30:34:29:23:30:35 chr10 105963553 . A G 45.52 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0282253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3617;QD=8.67038;RBI=0.0413367;REFB=-0.00990025;REVB=0.0302002;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.599733;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0129444;OID=.;OPOS=105963553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:10:4:3:4:10:4 chr10 106028157 . G T 242.14 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0193164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.873;QD=29.3508;RBI=0.025364;REFB=-0.0293068;REVB=0.0164379;RO=11;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09929;STB=0.545414;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.020921;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:11:11:21:22:0.666667:11:10:7:4:11:11:7:4 chr10 106039185 . A G 282.86 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0213527;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.072;QD=17.1428;RBI=0.0228783;REFB=-0.010302;REVB=-0.00821434;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032397;STB=0.518179;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0122533;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:14:17:18:17:14:17:18:17 chr10 106907440 . C T 632.87 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0474425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.601;QD=27.2203;RBI=0.0483197;REFB=-0.0426932;REVB=0.00916537;RO=35;SAF=22;SAR=34;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262841;STB=0.527436;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0385195;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:35:37:56:56:0.602151:34:22:15:20:34:22:17:20 chr10 107022192 . A G 57.41 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0142145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.167;QD=2.49608;RBI=0.0306238;REFB=-0.000318352;REVB=0.027125;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615457;STB=0.543406;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00299753;OID=.;OPOS=107022192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:6:6:44:36:6:6:44:36 chr10 108367020 . C T 352.92 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0529467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3646;QD=13.1933;RBI=0.0559757;REFB=-0.00145769;REVB=0.0181638;RO=62;SAF=14;SAR=28;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279094;STB=0.662422;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00313936;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:65:42:42:0.392523:28:14:37:25:28:14:39:26 chr10 108380213 . G A 397.19 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0116672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.769;QD=14.1852;RBI=0.0247378;REFB=-0.00999283;REVB=0.0218137;RO=65;SAF=23;SAR=23;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719746;STB=0.535699;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00806191;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:23:23:37:28:23:23:37:29 chr10 108389111 . A G 334.13 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00809912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.225;QD=12.851;RBI=0.0134001;REFB=-0.00797919;REVB=-0.0106756;RO=64;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014761;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:20:20:32:32:20:20:32:32 chr10 108729824 . C T 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0228626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6528;QD=20.4408;RBI=0.0341087;REFB=0.0125128;REVB=-0.0253122;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111382;STB=0.561612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0090621;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:19:19:22:13:19:19:22:13 chr10 111625016 . A G 437.87 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0181009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199;QD=15.638;RBI=0.0181279;REFB=-0.0161539;REVB=-0.000988603;RO=63;SAF=21;SAR=28;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143111;STB=0.58012;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0204072;OID=.;OPOS=111625016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:28:21:36:27:28:21:36:27 chr10 111895214 . G A 342.89 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00364818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.473;QD=16.1361;RBI=0.00667187;REFB=-0.00523664;REVB=-0.00558611;RO=48;SAF=23;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618589;STB=0.534865;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00771366;OID=.;OPOS=111895214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:14:23:27:21:14:23:27:21 chr10 111987960 . C T 167.31 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.012594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.505;QD=23.0765;RBI=0.0125977;REFB=0.00661452;REVB=0.000304932;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112978;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00395577;OID=.;OPOS=111987960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:11:12:17:17:0.586207:8:9:6:5:8:9:6:6 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 44.66 PASS AF=0,0.285714;AO=3,5;DP=18;FAO=0,8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0303489,0.00730141;FXX=0.096743;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=194.962,197.301;QD=6.38;RBI=0.0315613,0.0103967;REFB=-0.00843052,-0.00779231;REVB=0.00866387,0.00740134;RO=1;SAF=3,0;SAR=0,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0;STB=0.5,0.51882;STBP=1,0.919;TYPE=del,del;VARB=0,0.0241457;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.285714:3,5:18:0,8:28:20:0,3:0,5:8:12:44:1:3,0:0,5:0:1 chr10 112266771 . C T 591.14 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0600997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2668;QD=20.384;RBI=0.0859924;REFB=-0.014389;REVB=0.0615038;RO=56;SAF=29;SAR=31;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108322;STB=0.559579;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.018991;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:31:29:34:22:31:29:34:22 chr10 112266822 . GC AT 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205162;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.433;QD=57.2707;RBI=0.0205163;REFB=0;REVB=5.2582e-05;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.8416e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr10 112271257 . C G 445.78 PASS AF=0.714286;AO=33;DP=55;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0500786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4927;QD=31.8416;RBI=0.0544708;REFB=0.023904;REVB=-0.0214291;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523244;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00601468;OID=.;OPOS=112271257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:0:16:33:40:0.714286:24:9:0:0:30:10:5:11 chr10 112361870 . A G 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8602;QD=62.1613;RBI=0.0758068;REFB=0;REVB=0.0511431;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476152;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr10 112402492 . G C,T 1075.69 PASS AF=0.418919,0.581081;AO=31,43;DP=74;FAO=31,43;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=18,16;FSAR=13,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178144,-0.00576004;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.3533,152.524;QD=58.1453;RBI=0.0355894,0.0107609;REFB=0,0;REVB=-0.03081,-0.00908945;RO=0;SAF=18,16;SAR=13,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.33668e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.015579,0.0124643;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:74:74:0:0:31,43:31,43:0.418919,0.581081:13,27:18,16:0:0:13,27:18,16:0:0 chr10 112572458 . G C 1080.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3186;QD=60.0068;RBI=0.0291208;REFB=0;REVB=0.0265564;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36284e-05;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:36:36:0:0 chr10 112581547 . G A 140.61 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0813046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.877;QD=9.37427;RBI=0.0818662;REFB=-0.0148466;REVB=-0.00957282;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433016;STB=0.507035;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.031307;OID=.;OPOS=112581547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:39:41:19:19:0.316667:10:9:17:22:10:9:19:22 chr10 112595684 . C T 74.63 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.00125707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.958;QD=5.05972;RBI=0.00637189;REFB=-0.0123682;REVB=-0.00624666;RO=46;SAF=8;SAR=4;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106479;STB=0.573219;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0472848;OID=.;OPOS=112595684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:46:47:12:12:0.20339:4:8:34:12:4:8:35:12 chr10 112595719 . G C 364.59 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00668736;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.47;QD=23.5222;RBI=0.0639349;REFB=0.0099898;REVB=0.0635842;RO=26;SAF=25;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693509;STB=0.538023;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00880272;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:26:36:36:0.580645:11:25:20:6:11:25:20:6 chr10 112641053 . A G 87.71 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0113736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.211;QD=14.0342;RBI=0.0919402;REFB=-0.0126805;REVB=0.091234;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245576;STB=0.642612;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0639324;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:10:4:6:5:10:4 chr10 112696741 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0150713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.054;QD=9.19933;RBI=0.153928;REFB=-0.00838235;REVB=-0.153189;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157892;STB=0.599679;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0153498;OID=.;OPOS=112696741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:10:3:1:6:10:3 chr10 112839026 . A G 388.45 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.033401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.995;QD=15.0854;RBI=0.0345845;REFB=-0.0145522;REVB=0.00896997;RO=59;SAF=16;SAR=28;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234377;STB=0.631798;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.016866;OID=.;OPOS=112839026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:28:16:35:24:28:16:35:24 chr10 112839579 . A G 255.67 PASS AF=0.430556;AO=25;DP=76;FAO=31;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00269621;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.365;QD=14.2041;RBI=0.0129576;REFB=-0.0107029;REVB=-0.012674;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115444;STB=0.516391;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0254926;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:72:27:41:25:31:0.430556:18:7:5:22:19:12:17:24 chr10 112839624 . G A 198.57 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.107969;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3932;QD=13.2381;RBI=0.109015;REFB=-0.0200714;REVB=-0.0150589;RO=36;SAF=3;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398601;STB=0.734333;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0267718;OID=.;OPOS=112839624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:21:3:14:22:21:3:14:22 chr10 112839940 . T C 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00613122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.893;QD=26.3137;RBI=0.0301187;REFB=-0.0209317;REVB=0.029488;RO=13;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.562439;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0211864;OID=.;OPOS=112839940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:18:4:4:9:18:4:4:10 chr10 113913222 . T C 871.24 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575861;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.368;QD=58.083;RBI=0.0684122;REFB=0;REVB=0.0369335;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105932;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:26:34:0:0 chr10 113917085 . T A 1554.79 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285568;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.129;QD=64.1152;RBI=0.00432406;REFB=0;REVB=-0.00324694;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404931;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr10 113920465 . G A 1922.15 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356063;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1591;QD=61.5087;RBI=0.0888169;REFB=0;REVB=0.0813673;RO=1;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463029;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:1:0:124:125:1:70:54:0:1:71:54:0:0 chr10 113935379 . T C 526.09 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6346;QD=56.8747;RBI=0.0389875;REFB=-0.119828;REVB=0.0148938;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00581196;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:0:1 chr10 113940329 . T C 1218.1 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.795;QD=60.9048;RBI=0.0550372;REFB=0;REVB=0.0435598;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248191;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:30:48:0:0:32:48:0:0 chr10 114186624 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.141;QD=59.5017;RBI=0.0146522;REFB=0;REVB=0.0044209;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58799e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr10 114200355 . G A 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0191781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1823;QD=25.7289;RBI=0.0280783;REFB=0.00597712;REVB=-0.0205083;RO=19;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179599;STB=0.59992;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00561776;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:8:18:9:10:8:18:9:10 chr10 114831434 . A T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0114561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.225;QD=14.3343;RBI=0.0115128;REFB=-0.0209751;REVB=-0.00114096;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776002;STB=0.545135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0310445;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:11:15:11:6:11:15 chr10 114925369 . C A 345.97 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0251279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6;QD=23.4557;RBI=0.0251979;REFB=-0.0338574;REVB=0.00187624;RO=24;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509435;STB=0.528036;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0232428;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:24:11:9:15:24:11:9:15 chr10 115334124 . C T 203.03 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0415862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2977;QD=12.3051;RBI=0.0429725;REFB=0.000825451;REVB=-0.0108271;RO=41;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297461;STB=0.672876;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00351829;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:6:19:21:20:6:19:21:20 chr10 115340443 . C T 45.0 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00481639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.446;QD=7.49976;RBI=0.122713;REFB=0.00725303;REVB=-0.122618;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34828;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0296978;OID=.;OPOS=115340443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:14:17:6:7:0.291667:5:1:6:8:5:2:8:9 chr10 115370254 . A G 261.21 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0156485;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.811;QD=16.8521;RBI=0.0388327;REFB=-0.00383729;REVB=-0.0355402;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.551688;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00389084;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:18:15:16:13:18:15 chr10 115370274 . T C 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0629084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4452;QD=16.7837;RBI=0.0639892;REFB=-0.018872;REVB=0.0117112;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.551688;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0151204;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:18:15:16:13:18:15 chr10 115375528 . C A 396.72 PASS AF=0.494253;AO=41;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.013215;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.135;QD=18.2399;RBI=0.0175219;REFB=-0.0323727;REVB=-0.0115056;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585382;STB=0.541692;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0296447;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:34:44:41:43:0.494253:16:25:23:11:18:25:22:22 chr10 115392919 . T A 291.71 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0890346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.3217;QD=11.5529;RBI=0.104231;REFB=0.00555405;REVB=-0.0541929;RO=62;SAF=15;SAR=21;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248276;STB=0.635259;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00878303;OID=.;OPOS=115392919;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:62:65:36:36:0.356436:21:15:40:22:21:15:41:24 chr10 115393929 . G A 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00487159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.278;QD=18.807;RBI=0.00650136;REFB=-0.0234244;REVB=-0.00430526;RO=37;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137528;STB=0.576616;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0208262;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:15:21:16:21:15:21:16:21 chr10 115393948 . C T 297.15 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0102726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7061;QD=18.2861;RBI=0.0252944;REFB=-0.001675;REVB=-0.0231145;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982654;STB=0.554879;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00283377;OID=.;OPOS=115393948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:18:15:18:14:18:15 chr10 115405615 . T C 488.87 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=88;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0566527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3823;QD=21.9719;RBI=0.0567415;REFB=0.000164701;REVB=0.00317205;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582563;STB=0.526305;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000260307;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:42:46:47:0.52809:25:21:22:20:25:22:22:20 chr10 115405664 . C T 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0135208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.306;QD=19.5284;RBI=0.0139602;REFB=-0.00629804;REVB=-0.00347478;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696294;STB=0.538696;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0036539;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:22:17:20:19:22:17:20:19 chr10 115409840 . C T 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0110866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.128;QD=16.4725;RBI=0.0170937;REFB=-0.0261515;REVB=0.0130109;RO=59;SAF=18;SAR=31;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922458;STB=0.55158;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0333423;OID=.;OPOS=115409840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:31:18:27:32:31:18:27:32 chr10 115410234 . T C 306.65 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.00452016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.66;QD=10.8548;RBI=0.0287883;REFB=-0.00763558;REVB=0.0284313;RO=73;SAF=16;SAR=23;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259921;STB=0.644215;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0204373;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:73:74:39:39:0.345133:23:16:47:26:23:16:47:27 chr10 115411598 . C A 310.16 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0261519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.852;QD=28.1965;RBI=0.0265793;REFB=-0.0315226;REVB=0.00474774;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967565;STB=0.563712;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.015813;OID=.;OPOS=115411598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:13:14:6:10:13:14:6:11 chr10 115411614 . AC CG,GC 659.28 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=2,39;DP=42;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374457,0.0223823;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=18.1609,54.951;QD=61.3281;RBI=0.0381795,0.0375583;REFB=0,0;REVB=-0.00744977,0.0301605;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.108635,0.00150692;OID=.,.;OPOS=115411614,115411614;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:42:43:0:0:2,39:1,42:0.0232558,0.976744:0,24:2,15:0:0:0,24:1,18:0:0 chr10 115412793 . A G 265.22 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0833006;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.067;QD=19.646;RBI=0.0888825;REFB=-0.0141725;REVB=-0.0310018;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308883;STB=0.517229;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0113738;OID=.;OPOS=115412793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:28:28:0.518519:15:13:13:13:15:13:13:13 chr10 115417289 . G A 1247.08 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183137;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.056;QD=61.5843;RBI=0.0211111;REFB=0;REVB=0.0105019;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172677;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:46:33:0:0:47:34:0:0 chr10 115439530 . G C 242.38 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0447144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0796;QD=14.9159;RBI=0.146392;REFB=0.0002973;REVB=-0.139396;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165721;STB=0.59382;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00253992;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:15:22:12:16:15:22 chr10 115439569 . C T 1137.04 PASS AF=0.975;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0333977;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.153;QD=56.8521;RBI=0.0522379;REFB=-0.134793;REVB=0.0401671;RO=3;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034173;STB=0.511902;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000866246;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:3:2:76:78:0.975:40:36:0:3:41:37:0:2 chr10 115439640 . CTT C 252.46 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0864832;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.3401;QD=12.0218;RBI=0.0871432;REFB=0.00222741;REVB=-0.0107051;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106082;STB=0.575737;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=-0.00325424;OID=.;OPOS=115439641;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:38:84:39:84:45:17:22:26:19:99:39:17:21:22:17 chr10 115489152 . C G 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00770737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.089;QD=21.9698;RBI=0.00862255;REFB=0.00115041;REVB=0.00386586;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110482;STB=0.562433;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00104765;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:16:4:5:12:16:4:5:12 chr10 115489167 . G A 188.79 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00282501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.836;QD=21.5756;RBI=0.0388667;REFB=-0.0397176;REVB=0.0387639;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101231;STB=0.564781;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0316908;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:14:4:5:11:15:4:5:11 chr10 115525175 . T C 138.36 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00924166;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.054;QD=11.2943;RBI=0.0179433;REFB=-0.00760114;REVB=0.0153803;RO=34;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419502;STB=0.757257;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00827305;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:33:16:16:0.326531:4:12:13:21:4:12:12:21 chr10 115526177 . A G 233.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00952496;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.217;QD=18.3255;RBI=0.0277696;REFB=-0.0179579;REVB=0.026085;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106646;STB=0.549257;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0208114;OID=.;OPOS=115526177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:26:25:25:0.490196:13:12:15:10:13:12:15:11 chr10 115601189 . GAGA G 339.32 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00453157;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.465;QD=23.0046;RBI=0.00531206;REFB=-0.0230088;REVB=0.00277179;RO=25;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151301;STB=0.570093;STBP=0.256;TYPE=del;VARB=0.0172536;OID=.;OPOS=115601190;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576271:33:59:34:59:25:24:10:14:11:99:25:24:9:14:11 chr10 115609831 . TA T,TT 57.22 PASS AF=0.25,0;AO=12,5;DP=72;FAO=19,0;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=10,0;FSAR=9,0;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.116347,-0.0478736;FXX=0.0256377;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.70224,13.3851;QD=3.01156;RBI=0.118581,0.0752209;REFB=-0.0263313,-0.0425402;REVB=-0.022907,-0.0580198;RO=44;SAF=5,5;SAR=7,0;SRF=22;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102908,0.60004;STB=0.526435,0.5;STBP=0.826,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00671968,-0.0170197;OID=.,.;OPOS=115609832,115609832;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:12,5:72:19,0:76:57:10,0:9,0:32:25:57:44:5,5:7,0:22:22 chr10 115609915 . C G 302.37 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0113018;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.598;QD=16.7981;RBI=0.0333975;REFB=-0.0152078;REVB=-0.0314271;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170544;STB=0.59684;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0171116;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:39:33:33:0.458333:21:12:20:17:21:12:21:18 chr10 115668149 . A G 397.6 PASS AF=0.435644;AO=42;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00213125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.097;QD=15.7465;RBI=0.037593;REFB=-0.00267869;REVB=0.0375326;RO=57;SAF=23;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142445;STB=0.509087;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00344305;OID=.;OPOS=115668149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:57:57:42:44:0.435644:19:23:32:25:20:24:32:25 chr10 115675025 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0294574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.958;QD=15.5715;RBI=0.0333911;REFB=-0.0116621;REVB=-0.0157235;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114818;STB=0.566257;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0119238;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:9:3:4:7:9:3 chr10 115805056 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0244116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.046;QD=16.3859;RBI=0.0246528;REFB=-0.0216967;REVB=-0.00344018;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0192163;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:2:6:5:4:2:6 chr10 115922563 . G A 200.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0151752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.904;QD=15.1665;RBI=0.0152898;REFB=-0.0199172;REVB=0.00186855;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118363;STB=0.582712;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0295311;OID=.;OPOS=115922563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:11:12:18:10:11:12:20:10 chr10 116032519 . A G 197.52 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0299443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5019;QD=18.8116;RBI=0.0660767;REFB=-0.00974136;REVB=-0.0589022;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046355;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00741254;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:11:11:9:11:11:11 chr10 116050008 . A G 138.87 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0279237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4094;QD=7.50624;RBI=0.0280297;REFB=-0.0091896;REVB=0.00243546;RO=53;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110365;STB=0.573696;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0259158;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:54:20:20:0.27027:8:12:27:26:8:12:27:27 chr10 116050080 . G A 161.43 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0386971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6241;QD=8.84556;RBI=0.039962;REFB=-0.00668546;REVB=0.00997484;RO=51;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423204;STB=0.50251;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0178861;OID=.;OPOS=116050080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:12:10:23:28:12:10:23:28 chr10 116073696 . C T 1207.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.913;QD=61.1601;RBI=0.0132775;REFB=0;REVB=0.00111785;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97231e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 820.68 PASS AF=1;AO=55;DP=61;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717925;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=3;MLLD=210.558;QD=57.5918;RBI=0.0130621;REFB=0;REVB=-0.0109123;RO=3;SAF=18;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.2977e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:61:57:57:0:20:37:0:0:5:3:18:37:2:1 chr10 116307504 . A G 804.97 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345866;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.778;QD=57.4979;RBI=0.0383687;REFB=0;REVB=-0.0166109;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44687e-05;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr10 116593175 . C T 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0290844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6433;QD=20.8097;RBI=0.0472409;REFB=-0.00724547;REVB=-0.0372263;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117974;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00721443;OID=.;OPOS=116593175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:12:11:14:9:12:11 chr10 116602805 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0303952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.494;QD=24.2681;RBI=0.0337712;REFB=-0.018506;REVB=-0.0147182;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990277;STB=0.554422;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0162525;OID=.;OPOS=116602805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:15:18:9:13:15:18:9:13 chr10 116621893 . A C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0313806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.184;QD=14.697;RBI=0.0317118;REFB=-0.0154281;REVB=0.00457107;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786929;STB=0.54507;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0186689;OID=.;OPOS=116621893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:12:18:11:10:12:18 chr10 116623277 . G C 371.75 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0182437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.909;QD=17.4942;RBI=0.0311399;REFB=0.00210463;REVB=-0.025236;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10565;STB=0.559291;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00348123;OID=.;OPOS=116623277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:13:26:26:20:13:26:26:20 chr10 116659253 . A G 217.71 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00670838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2695;QD=17.4166;RBI=0.0197183;REFB=0.0014552;REVB=-0.0185421;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102497;STB=0.538426;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00177651;OID=.;OPOS=116659253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:21:22:0.44:14:7:12:16:14:8:12:16 chr10 116710930 . T C 347.65 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0149105;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.6;QD=19.5857;RBI=0.015297;REFB=-0.00972233;REVB=0.00341715;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15032;STB=0.583083;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00688438;OID=.;OPOS=116710930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:15:21:26:9:15:21:26:9 chr10 116931101 . C CTT,T 351.29 PASS AF=0.807692,0.192308;AO=20,6;DP=27;FAO=21,5;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=9,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235667,-0.0301629;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=43.817,237.781;QD=54.0451;RBI=0.0381088,0.0317269;REFB=0,0;REVB=0.0299482,-0.00983863;RO=1;SAF=11,1;SAR=9,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0484648,0.0789211;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00170514,0.0170411;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:27:26:1:0:20,6:21,5:0.807692,0.192308:9,5:11,1:0:1:9,5:12,0:0:0 chr10 117075175 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.668;QD=57.1047;RBI=0.0394796;REFB=0;REVB=-0.00577893;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165985;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr10 117823739 . A G 881.32 PASS AF=0.969697;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.148;QD=53.4133;RBI=0.0230753;REFB=0.0351803;REVB=-0.0123701;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304298;STB=0.514701;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0019109;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:66:2:2:61:64:0.969697:30:31:0:2:33:31:0:2 chr10 117884950 . G A 1265.41 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.706;QD=61.7275;RBI=0.0506857;REFB=0;REVB=0.0494081;RO=0;SAF=25;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84211e-05;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:56:25:0:0:57:25:0:0 chr10 118030615 . G A 105.14 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0137076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3485;QD=15.0192;RBI=0.048341;REFB=-0.0128267;REVB=0.0463568;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464022;STB=0.713936;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0222973;OID=.;OPOS=118030615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:10:2:9:6:10:3:9:6 chr10 118228763 . T C 2497.85 PASS AF=0.987952;AO=161;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0448713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4179;QD=60.1891;RBI=0.0461318;REFB=-0.164325;REVB=-0.0107103;RO=3;SAF=84;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00505397;STB=0.505746;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00205531;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:3:2:161:164:0.987952:77:84:2:1:78:86:2:0 chr10 118231305 . A G 1306.21 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00937216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.185;QD=60.7538;RBI=0.0237398;REFB=-0.140498;REVB=0.0218115;RO=1;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000405551;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:39:46:1:0:39:46:1:0 chr10 118231360 . G A 989.07 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133111;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.332;QD=59.0492;RBI=0.0771148;REFB=0;REVB=0.0759573;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77811e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:36:29:0:0:37:30:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 965.83 PASS AF=0.0895522,0.910448;AO=9,57;DP=68;FAO=6,61;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=2,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121551,0.00953062;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.45,191.919;QD=57.6613;RBI=0.0226451,0.0225194;REFB=0,0;REVB=0.0191064,0.0204032;RO=0;SAF=6,23;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0263004,0.00473591;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0895522,0.910448:9,57:68:6,61:67:0:4,27:2,34:0:0:17:0:6,23:3,34:0:0 chr10 118363642 . T C 2140.41 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.434;QD=62.9532;RBI=0.0350843;REFB=0;REVB=0.0336295;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123274;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:79:57:0:0:79:57:0:0 chr10 118364967 . G C 216.6 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0032652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.509;QD=13.3293;RBI=0.0169075;REFB=-0.0153628;REVB=-0.0165892;RO=39;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281118;STB=0.660654;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0202352;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:17:9:24:15:17:9:24:15 chr10 118380511 . A G 206.48 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.029;QD=48.5839;RBI=0.0413929;REFB=0;REVB=0.0357608;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259785;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1302.94 PASS AF=1,0;AO=84,5;DP=91;FAO=91,0;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184579,0.0649911;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=23.5945,5.19742;QD=57.272;RBI=0.207292,0.0656104;REFB=0,0;REVB=0.0943422,-0.00899359;RO=1;SAF=41,2;SAR=43,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0114132,-0.169284;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00373533,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:1:0:84,5:91,0:1,0:43,3:41,2:1:0:46,0:45,0:0:0 chr10 118434410 . G A 108.07 PASS AF=0.142857;AO=23;DP=161;FAO=23;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=138;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.0736084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.431;QD=2.68494;RBI=0.0890008;REFB=-0.0104448;REVB=-0.0500296;RO=121;SAF=15;SAR=8;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250042;STB=0.643546;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.07378;OID=.;OPOS=118434410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:121:138:23:23:0.142857:8:15:55:66:8:15:67:71 chr10 118440715 . G A 241.81 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0300596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5037;QD=16.9691;RBI=0.0379397;REFB=-0.0273488;REVB=0.0231482;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832719;STB=0.54684;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.039952;OID=.;OPOS=118440715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:14:16:12:15:14:16 chr10 118620459 . A C 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0208401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6437;QD=21.5365;RBI=0.0208664;REFB=-0.00965473;REVB=-0.00104719;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954208;STB=0.552702;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00742626;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:24:18:20:17:24:18:20:17 chr10 118890573 . T C 297.62 PASS AF=0.5625;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0599813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2365;QD=24.8013;RBI=0.0624267;REFB=-0.0485069;REVB=0.0173014;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816009;STB=0.559956;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0233058;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:25:27:0.5625:13:12:8:13:13:14:8:13 chr10 118896088 . G A 273.85 PASS AF=0.223958;AO=43;DP=191;FAO=43;FDP=192;FR=.;FRO=149;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=-0.050892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.158;QD=5.70528;RBI=0.0528477;REFB=-0.0150743;REVB=0.0142438;RO=148;SAF=17;SAR=26;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916794;STB=0.558905;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0508305;OID=.;OPOS=118896088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:148:149:43:43:0.223958:26:17:69:79:26:17:70:79 chr10 118927196 . C G 622.73 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0255935;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.1704;QD=18.5888;RBI=0.0281299;REFB=-0.0151655;REVB=0.0116732;RO=66;SAF=35;SAR=29;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127473;STB=0.505415;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0139592;OID=.;OPOS=118927196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:66:70:64:64:0.477612:29:35:37:29:29:35:39:31 chr10 118957027 . A G 2274.21 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.322;QD=63.6144;RBI=0.00262887;REFB=0;REVB=-0.00223891;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29497e-06;OID=.;OPOS=118957027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:72:71:0:0:72:71:0:0 chr10 119003564 . T G 226.68 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0310277;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.339;QD=20.1489;RBI=0.0559874;REFB=0.00239196;REVB=0.0466033;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046491;STB=0.536049;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.001071;OID=.;OPOS=119003564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:23:22:22:0.488889:13:9:11:13:13:9:11:12 chr10 119026566 . T C 292.16 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00914127;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.415;QD=16.6946;RBI=0.0269185;REFB=-0.0158326;REVB=0.0253188;RO=38;SAF=6;SAR=26;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26326;STB=0.649895;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0272686;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:26:6:15:23:26:6:15:23 chr10 119133968 . G C 544.91 PASS AF=0.403846;AO=63;DP=156;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.000982431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.334;QD=13.9721;RBI=0.011834;REFB=-0.00544063;REVB=-0.0117931;RO=93;SAF=29;SAR=34;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136283;STB=0.507668;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00778738;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:93:93:63:63:0.403846:34:29:44:49:34:29:44:49 chr10 119134058 . T C 421.42 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0483001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5163;QD=13.4853;RBI=0.0821334;REFB=-0.0185313;REVB=-0.0664304;RO=76;SAF=32;SAR=17;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183863;STB=0.604341;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0195361;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:49:49:0.392:17:32:37:39:17:32:37:39 chr10 119308944 . T C 806.31 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011325;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.68;QD=57.5939;RBI=0.0703835;REFB=0;REVB=0.0694664;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500678;OID=.;OPOS=119308944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:35:21:0:0 chr10 120069611 . T C 327.88 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298805;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.826;QD=54.6463;RBI=0.0134545;REFB=0;REVB=-0.0131185;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121396;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr10 120353910 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.244;QD=53.9112;RBI=0.0291188;REFB=0;REVB=0.00857154;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115856;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 120790845 . GCA G 74.61 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=56;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00378548;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.259;QD=5.14542;RBI=0.0338843;REFB=-0.00888633;REVB=-0.0336722;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31651;STB=0.724923;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0236359;OID=.;OPOS=120790846;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:11:56:12:58:46:8:4:17:29:74:43:7:4:16:27 chr10 120791060 . A C 278.6 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663173;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.244;QD=53.0658;RBI=0.0676745;REFB=0;REVB=0.0134849;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572657;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 546.67 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00791641;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=358.463;QD=48.5929;RBI=0.0107438;REFB=-0.00177141;REVB=0.00726359;RO=6;SAF=15;SAR=24;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726592;STB=0.538987;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=0.000183966;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:39:45:39:45:6:15:24:4:2:32:6:15:24:4:2 chr10 120792684 . A G 256.05 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.627;QD=51.21;RBI=0.086656;REFB=0;REVB=0.0864024;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400648;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr10 120792703 . C A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00406293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.314;QD=49.398;RBI=0.0101127;REFB=0.0391123;REVB=0.00926068;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000459624;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:9:14:0:0:9:14:0:1 chr10 120820528 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.228;QD=47.8222;RBI=0.046839;REFB=0;REVB=-0.00700643;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457033;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 120828969 . A G 195.46 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434468;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.182;QD=48.8643;RBI=0.0442172;REFB=0;REVB=0.00821835;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86758e-05;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 120896027 . G A 1089.89 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00463454;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1357;QD=58.9129;RBI=0.0717797;REFB=0.0524341;REVB=-0.0716299;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000404653;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:42:31:0:0:42:31:0:1 chr10 120909794 . CTGGGGCT CTGGGACT,CTGGGCGT,CTGGGCT,CTGGGCTG,GCTGGGCT 354.83 PASS AF=0,0,0.875,0,0.0208333;AO=2,2,24,3,3;DP=49;FAO=0,0,42,0,1;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,11,0,0;FSAR=0,0,31,0,1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0165471,-0.105643,0.177187,0.148011,0.135854;FXX=0;HRUN=4,4,4,4,1;LEN=1,2,1,3,3;MLLD=30.097,34.4252,12.3177,11.9311,8.34663;QD=29.5694;RBI=0.0170801,0.107512,0.180939,0.161376,0.146244;REFB=-0.0425041,-0.0646213,-0.174963,-0.102928,-0.0948747;REVB=0.00423377,-0.0199578,0.0366569,-0.0643038,-0.0541384;RO=13;SAF=2,2,3,0,0;SAR=0,0,21,3,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.569211,0.569211,-0.342421,-0.620235,-0.620235;STB=0.5,0.5,0.518652,0.5,0.986861;STBP=1,1,0.544,1,0.508;TYPE=snp,mnp,del,mnp,mnp;VARB=-0.0016755,0,0.105972,0.0299403,-0.128995;OID=.,.,.,.,.;OPOS=120909799,120909799,120909796,120909799,120909794;OREF=G,GC,G,GCT,CTG;OALT=A,CG,-,CTG,GCT;OMAPALT=CTGGGACT,CTGGGCGT,CTGGGCT,CTGGGCTG,GCTGGGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:12:49:48:13:5:2,2,24,3,3:0,0,42,0,1:0,0,0.875,0,0.0208333:0,0,21,3,3:2,2,3,0,0:6:7:0,0,31,0,1:0,0,11,0,0:2:3 chr10 120917445 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000781043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.348;QD=17.5585;RBI=0.00967512;REFB=-0.00979602;REVB=0.00964354;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224918;STB=0.618908;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.01258;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:5:13:10:10:5:13:11:10 chr10 120919246 . T C 362.06 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343657;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4402;QD=55.7013;RBI=0.0448035;REFB=0;REVB=0.0287464;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783662;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr10 120928808 . C T 344.62 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00644969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.497;QD=19.1455;RBI=0.031576;REFB=-0.0303561;REVB=-0.0309103;RO=36;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200615;STB=0.611052;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0220861;OID=.;OPOS=120928808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:18:18:10:26:18:18:10:26 chr10 120933324 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0791;QD=49.5983;RBI=0.0281655;REFB=0;REVB=-0.0204443;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000642267;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr10 121199310 . T C 276.17 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0115884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9801;QD=18.4115;RBI=0.0387371;REFB=-0.0238487;REVB=0.0369631;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222707;STB=0.624913;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0243601;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:21:9:16:14:21:9:16:14 chr10 121436362 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.219;QD=61.3356;RBI=0.0144638;REFB=0;REVB=0.0107303;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06644e-05;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr10 121551581 . A C 484.73 PASS AF=0.75;AO=41;DP=55;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0026986;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.894;QD=34.6238;RBI=0.03372;REFB=-0.00781769;REVB=0.0336118;RO=14;SAF=22;SAR=19;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165289;STB=0.506011;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00230377;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:55:56:14:14:41:42:0.75:19:22:8:6:19:23:8:6 chr10 121579040 . T C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0316664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.468;QD=11.2612;RBI=0.0330079;REFB=-0.00238156;REVB=-0.00931438;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260495;STB=0.652872;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00727251;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:9:21:7:8:9:21 chr10 121586827 . A G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0534943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.555;QD=11.1307;RBI=0.0597823;REFB=-0.0196691;REVB=-0.0266886;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54637;STB=0.840319;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0425283;OID=.;OPOS=121586827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:15:17:10:10:0.37037:9:1:8:7:9:1:9:8 chr10 121588537 . A G 271.97 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0108413;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.693;QD=12.2233;RBI=0.0230792;REFB=-0.0181176;REVB=0.0203744;RO=57;SAF=19;SAR=13;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958134;STB=0.555204;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0283844;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:57:57:32:32:0.359551:13:19:29:28:13:19:29:28 chr10 121588554 . T A 234.87 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0364408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6038;QD=11.0526;RBI=0.0364464;REFB=-0.0107898;REVB=-0.000643719;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483676;STB=0.522433;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0216036;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:13:16:28:27:13:16:29:27 chr10 121589402 . T G 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0212529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1208;QD=19.9401;RBI=0.0275063;REFB=-0.00692771;REVB=0.0174617;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685959;STB=0.53812;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00370338;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:14:15:14:18:14:15 chr10 121602732 . C T 282.91 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0446744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5474;QD=14.8899;RBI=0.118985;REFB=-0.00858357;REVB=-0.110279;RO=44;SAF=26;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26598;STB=0.652731;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00690213;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:6:26:27:17:6:26:27:17 chr10 121671651 . T C 548.92 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00786576;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.596;QD=15.6835;RBI=0.0393314;REFB=-0.016956;REVB=0.0385369;RO=81;SAF=26;SAR=33;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168274;STB=0.594206;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0252196;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:140:81:81:59:59:0.421429:33:26:49:32:33:26:49:32 chr10 121679013 . A G 1274.7 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.245;QD=59.2882;RBI=0.0192778;REFB=-0.0447139;REVB=0.00876906;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123019;STB=0.512817;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=8.46407e-05;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:46:38:1:0:46:38:2:0 chr10 121685559 . G A 182.57 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00842902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.618;QD=13.2779;RBI=0.0169547;REFB=-0.0118756;REVB=-0.014711;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152749;STB=0.588152;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0220457;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:15:7:15:18:15:7:15:18 chr10 121693246 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0117606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.062;QD=20.456;RBI=0.0141599;REFB=0.00357706;REVB=0.0078861;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146652;STB=0.582188;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00298382;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:3:12:11:6:3:12 chr10 121701160 . G T 163.46 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0150161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.036;QD=14.2139;RBI=0.015212;REFB=-0.0087977;REVB=0.00243343;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158046;STB=0.590143;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.012528;OID=.;OPOS=121701160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:17:18:0.391304:11:6:13:13:11:7:15:13 chr10 122216862 . C T 786.13 PASS AF=0.513514;AO=74;DP=146;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0215587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.392;QD=21.2468;RBI=0.0306398;REFB=-0.0451109;REVB=-0.0217719;RO=72;SAF=44;SAR=30;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680467;STB=0.531666;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0417731;OID=.;OPOS=122216862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:72:72:74:76:0.513514:30:44:48:24:30:46:48:24 chr10 122358342 . G C 769.4 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6668;QD=56.9926;RBI=0.0497157;REFB=0;REVB=0.00297282;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353039;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:32:22:0:0 chr10 122358604 . C T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.071;QD=52.7696;RBI=0.0221762;REFB=-0.0643497;REVB=0.0184139;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00277973;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:0:1:17:11:0:1 chr10 122358657 . AC AGTGTC,GT,TC 210.42 PASS AF=0.166667,0.111111,0.722222;AO=2,3,14;DP=20;FAO=3,2,13;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2,4;FSAR=1,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395419,0.0395025,0.0497696;FXX=0;HRUN=0,3,3;LEN=4,2,1;MLLD=147.798,58.7346,71.2283;QD=46.76;RBI=0.0138021,0.0409792,0.0607692;REFB=0,0,0;REVB=0.0132235,-0.0109016,-0.0348695;RO=0;SAF=1,2,4;SAR=1,1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.63386e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=0.0382871,0.0164612,-0.00296811;OID=.,.,.;OPOS=122358658,122358657,122358657;OREF=-,AC,A;OALT=GTGT,GT,T;OMAPALT=AGTGTC,GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:15:20:18:0:0:2,3,14:3,2,13:0.166667,0.111111,0.722222:1,1,10:1,2,4:0:0:1,0,9:2,2,4:0:0 chr10 122358876 . TGA T 279.79 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0119558;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.644;QD=26.0268;RBI=0.0132002;REFB=-0.00744676;REVB=0.0055949;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581605;STB=0.531573;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=0.00616013;OID=.;OPOS=122358877;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581395:25:44:25:43:18:12:13:10:8:99:16:12:13:9:7 chr10 122359040 . A G 210.41 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0447242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.441;QD=23.3787;RBI=0.0529432;REFB=-0.0282941;REVB=0.0283326;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255391;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0125148;OID=.;OPOS=122359040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:10:10:8:7:11:10:8:7 chr10 122359580 . C A 238.5 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00880572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.451;QD=16.1694;RBI=0.0126237;REFB=-0.030244;REVB=0.0090453;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120866;STB=0.563863;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0335454;OID=.;OPOS=122359580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:26:27:0.457627:15:11:17:14:15:12:18:14 chr10 122649482 . A G 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00110758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.62;QD=12.3073;RBI=0.0134026;REFB=0.00133251;REVB=-0.0133567;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113385;STB=0.565166;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00277931;OID=.;OPOS=122649482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:24:17:13:12:24:17 chr10 122663585 . G A 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00476041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.692;QD=14.4733;RBI=0.00523116;REFB=-0.00291302;REVB=-0.00216876;RO=42;SAF=22;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28452;STB=0.662536;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00321611;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:8:22:20:22:8:22:20:22 chr10 123298158 . T C 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.917;QD=61.1349;RBI=0.0416601;REFB=0;REVB=0.0405446;RO=0;SAF=89;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13228e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:62:89:0:0:62:89:0:0 chr10 123596254 . T C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0241747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5643;QD=10.3773;RBI=0.0366181;REFB=-0.0219196;REVB=0.0275039;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104147;STB=0.562369;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0422348;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:4:12:6:3:4:12 chr10 123673339 . T C 286.42 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0186324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8636;QD=26.0385;RBI=0.0222453;REFB=-0.00572455;REVB=0.0121527;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745561;STB=0.519069;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0036699;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:18:25:26:0.590909:17:8:7:10:17:9:7:11 chr10 123733511 . C G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0125344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.399;QD=22.8309;RBI=0.0338592;REFB=0.00217953;REVB=-0.0314536;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207891;STB=0.618866;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00477857;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:13:2:3:7:13:2:3:7 chr10 123844477 . GGC G,GG 46.36 PASS AF=0,0.4;AO=6,4;DP=24;FAO=0,10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.186181,-0.0590077;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=2,1;MLLD=19.4213,13.6982;QD=7.41839;RBI=0.216472,0.0679546;REFB=-0.00576556,-0.0750591;REVB=-0.110439,0.0337035;RO=13;SAF=5,4;SAR=1,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0.360215;SSEP=0,0;SSSB=0.375164,0.670429;STB=0.5,0.808233;STBP=1,0.05;TYPE=del,del;VARB=0.0869058,0.112223;OID=.,.;OPOS=123844478,123844479;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:6,4:24:0,10:25:15:0,9:0,1:8:7:40:13:5,4:1,0:7:6 chr10 123845322 . T C 625.36 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000970899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1009;QD=61.0111;RBI=0.0327272;REFB=0;REVB=0.0327128;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413896;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:9:31:0:0:9:32:0:0 chr10 123976391 . C A 1043.09 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0226029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.964;QD=55.6317;RBI=0.0240336;REFB=-0.0893146;REVB=-0.00816859;RO=3;SAF=39;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349969;STB=0.518513;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00119974;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:3:3:72:72:0.96:33:39:3:0:33:39:3:0 chr10 124001539 . G C 183.11 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00455068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4795;QD=18.3112;RBI=0.0658473;REFB=-0.0266909;REVB=0.0656899;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265909;STB=0.650234;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0316522;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:6:15:8:11:6:15 chr10 124089036 . G A 894.52 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0419302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.832;QD=55.0474;RBI=0.0419726;REFB=-0.0675387;REVB=-0.00188557;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.517236;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000361107;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:28:35:0:1:28:35:0:2 chr10 124096035 . T C 305.65 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.104;QD=53.1562;RBI=0.00879814;REFB=0;REVB=-0.00360963;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1627e-06;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr10 124096041 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.152;QD=55.6557;RBI=0.0264187;REFB=0;REVB=-0.00617736;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0509e-05;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr10 124096061 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.913;QD=60.2307;RBI=0.0201103;REFB=0;REVB=0.0112236;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34571e-05;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr10 124183698 . T G 123.24 PASS AF=0.22093;AO=20;DP=87;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00523969;FXX=0.0444395;HRUN=22;LEN=1;MLLD=155.319;QD=5.73198;RBI=0.0172096;REFB=0.00353654;REVB=-0.0163925;RO=63;SAF=8;SAR=12;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209823;STB=0.601352;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00836281;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:63:67:20:19:0.22093:12:8:36:27:11:8:37:30 chr10 124183699 . T G 122.29 PASS AF=0.206522;AO=18;DP=90;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00545322;FXX=0.0107515;HRUN=22;LEN=1;MLLD=155.884;QD=5.31676;RBI=0.0222617;REFB=0.00341368;REVB=-0.0215835;RO=69;SAF=5;SAR=13;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389281;STB=0.736593;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0101634;OID=.;OPOS=124183699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:69:73:18:19:0.206522:13:5:41:28:14:5:41:32 chr10 124183732 . T C 3152.26 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838917;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2741;QD=61.8089;RBI=0.0294462;REFB=0;REVB=-0.0282259;RO=0;SAF=84;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71499e-05;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:204:0:0:204:204:1:120:84:0:0:120:84:0:0 chr10 124189197 . A G 193.01 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.028225;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1519;QD=13.5446;RBI=0.0429916;REFB=-0.0276718;REVB=0.0324288;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515487;STB=0.502956;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0526846;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:34:34:23:23:0.403509:6:17:25:9:6:17:25:9 chr10 124214355 . C T 640.16 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00679618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.688;QD=20.1626;RBI=0.00778056;REFB=-0.043757;REVB=-0.00378801;RO=62;SAF=29;SAR=36;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193154;STB=0.510635;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0516455;OID=.;OPOS=124214355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:62:65:65:0.511811:36:29:29:33:36:29:29:33 chr10 124214448 . G T 237.13 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0020412;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.005;QD=15.8088;RBI=0.00484318;REFB=-0.0144146;REVB=0.00439203;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199556;STB=0.51127;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0166677;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:12:15:19:14:12:15:19:14 chr10 124329672 . TC CT 647.01 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13803;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.63;QD=44.6212;RBI=0.149512;REFB=-0.0922761;REVB=0.057459;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000156063;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:0:54:58:1:22:32:0:1:24:34:0:0 chr10 124329710 . C A 884.88 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.244;QD=58.0247;RBI=0.0193893;REFB=0;REVB=-0.00254861;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07155e-05;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr10 124329746 . A T 597.2 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0262288;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.382;QD=46.8394;RBI=0.0384349;REFB=-0.00714906;REVB=0.0280943;RO=4;SAF=22;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781107;STB=0.529399;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000195286;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:4:5:45:46:0.901961:23:22:4:0:23:23:4:1 chr10 124330427 . C T 1290.86 PASS AF=0.978022;AO=83;DP=89;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0724069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0648;QD=56.7412;RBI=0.0771328;REFB=-0.112182;REVB=-0.0265839;RO=5;SAF=42;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531137;STB=0.510202;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00580049;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:91:5:2:83:89:0.978022:41:42:5:0:41:48:2:0 chr10 124331867 . C T 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.172;QD=63.8871;RBI=0.014009;REFB=0;REVB=0.000783604;RO=0;SAF=74;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19606e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:72:74:0:0:72:74:0:0 chr10 124339332 . T C 1782.71 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6921;QD=60.9473;RBI=0.0379942;REFB=0;REVB=0.00995168;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83866e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:57:59:0:0:58:59:0:0 chr10 124348685 . G T 637.17 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00851814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4372;QD=20.2275;RBI=0.0384328;REFB=-0.0183423;REVB=0.0374769;RO=62;SAF=26;SAR=38;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268907;STB=0.514822;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0187074;OID=.;OPOS=124348685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:38:26:27:35:38:26:27:35 chr10 124402677 . A G 920.45 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5421;QD=58.4414;RBI=0.0417717;REFB=0;REVB=-0.0359839;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123372;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chr10 124457452 . C T 1203.92 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.076;QD=60.9578;RBI=0.00971509;REFB=0;REVB=0.00491685;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133633;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:37:42:0:0 chr10 124457906 . C T 669.29 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00351571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.426;QD=24.5611;RBI=0.0069851;REFB=0.0064241;REVB=0.00603585;RO=45;SAF=26;SAR=38;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808974;STB=0.544112;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00406036;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:45:64:64:0.587156:38:26:23:22:38:26:23:22 chr10 124459139 . T C 187.86 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.014292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0193;QD=20.3094;RBI=0.0143363;REFB=-0.0392091;REVB=0.00112519;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385552;STB=0.521717;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0365696;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:5:13:13:6:5:13 chr10 124459248 . G T 404.58 PASS AF=0.57971;AO=36;DP=65;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00865675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.782;QD=23.4539;RBI=0.00914322;REFB=-0.0288053;REVB=-0.00294266;RO=28;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156452;STB=0.5507;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0244759;OID=.;OPOS=124459248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:28:29:36:40:0.57971:16:20:10:18:20:20:11:18 chr10 124585833 . T C 392.73 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00264793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.428;QD=23.8018;RBI=0.0242725;REFB=-0.00968154;REVB=0.0241276;RO=24;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589244;STB=0.532694;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0080848;OID=.;OPOS=124585833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:27:38:39:0.590909:19:19:14:10:19:20:16:11 chr10 124610027 . G A 308.25 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.023605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0736;QD=15.8077;RBI=0.0376622;REFB=-0.0202663;REVB=-0.029347;RO=43;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130754;STB=0.580597;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0252312;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:44:34:34:0.435897:13:21:21:22:13:21:21:23 chr10 124647891 . C T 480.53 PASS AF=0.547619;AO=42;DP=80;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0313016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2069;QD=22.8826;RBI=0.0543592;REFB=-0.00599996;REVB=0.0444425;RO=37;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18375;STB=0.573151;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00714407;OID=.;OPOS=124647891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:37:38:42:46:0.547619:14:28:17:20:17:29:18:20 chr10 124647973 . C T 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000918506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.14;QD=16.7506;RBI=0.0337273;REFB=-0.00873051;REVB=-0.0337148;RO=39;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316173;STB=0.517756;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0107255;OID=.;OPOS=124647973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:15:18:20:19:15:18:20:19 chr10 124740079 . G A 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00623922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.374;QD=21.2775;RBI=0.0112581;REFB=-0.0268404;REVB=0.00937108;RO=34;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978087;STB=0.553919;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.032607;OID=.;OPOS=124740079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:22:17:11:23:22:17:11:23 chr10 124742792 . G A 178.98 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=7;FWDB=-0.0232359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.76;QD=10.8475;RBI=0.02837;REFB=-0.00855465;REVB=0.0162772;RO=41;SAF=19;SAR=4;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554781;STB=0.51281;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0162811;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:43:23:23:0.348485:4:19:35:6:4:19:36:7 chr10 124742895 . G C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.00177893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.026;QD=12.3074;RBI=0.00803945;REFB=-0.0160262;REVB=-0.00784017;RO=41;SAF=20;SAR=4;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952071;STB=0.562832;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0254187;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:24:25:0.378788:4:20:32:9:4:21:32:9 chr10 124816515 . C G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0327222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2609;QD=15.1968;RBI=0.0499203;REFB=-0.0237639;REVB=-0.0377;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0272032;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:8:10:6:8:8:10 chr10 125426412 . A G 64.67 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0267881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.565;QD=8.0838;RBI=0.0283789;REFB=0.000302109;REVB=-0.00936786;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421684;STB=0.58316;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00126705;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:32:22:22:8:10:0.3125:1:7:13:9:3:7:13:9 chr10 125426565 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.008;QD=57.8848;RBI=0.00572848;REFB=0;REVB=-0.00504826;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53685e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr10 125449015 . G A 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.819;QD=62.6684;RBI=0.019539;REFB=0;REVB=0.00570255;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40877e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr10 125450857 . C G 838.17 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.045;QD=56.8249;RBI=0.0863442;REFB=0;REVB=0.0368255;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302266;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:36:21:0:0:36:23:0:0 chr10 125506302 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.507;QD=56.1916;RBI=0.00434104;REFB=0;REVB=0.00334454;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39294e-06;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr10 125521533 . G A 186.9 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000199721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.744;QD=14.6584;RBI=0.00470617;REFB=0.00773502;REVB=0.00470193;RO=30;SAF=18;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528451;STB=0.807367;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00613867;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:3:18:12:18:3:18:12:18 chr10 125521590 . G A 127.69 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0121347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.554;QD=11.8782;RBI=0.0122709;REFB=0.00190369;REVB=0.00182276;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169479;STB=0.610964;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00533586;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:6:9:12:15:6:9:12:16 chr10 125528048 . G A 870.25 PASS AF=0.46114;AO=89;DP=193;FAO=89;FDP=193;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.00275647;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.939;QD=18.0364;RBI=0.0173785;REFB=-0.0120682;REVB=0.0171585;RO=103;SAF=41;SAR=48;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710329;STB=0.536742;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0198073;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:103:104:89:89:0.46114:48:41:55:48:48:41:55:49 chr10 125804385 . A G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.000703999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.008;QD=12.4668;RBI=0.0178488;REFB=-0.0136294;REVB=-0.0178349;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259043;STB=0.658379;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0234666;OID=.;OPOS=125804385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:13:7:19:13:13:7:20:13 chr10 126089434 . G A 386.17 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.06;QD=55.1676;RBI=0.018312;REFB=0;REVB=0.0143079;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175415;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:15:11:0:0:16:12:0:0 chr10 126172863 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.06;QD=59.0138;RBI=0.0528478;REFB=0;REVB=0.00768114;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355063;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:18:16:0:0 chr10 126517989 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0219173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.935;QD=13.0147;RBI=0.0255741;REFB=-0.0275278;REVB=0.0131783;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217008;STB=0.62488;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0359282;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:11:21:9:11:11:21 chr10 126674093 . T A,C 493.92 PASS AF=0.111111,0.861111;AO=4,31;DP=35;FAO=4,31;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=4,12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020381,0.0215362;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.288,162.354;QD=54.8802;RBI=0.0265694,0.0217125;REFB=-0.233638,-0.196755;REVB=-0.0170454,0.00276123;RO=0;SAF=0,19;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.47712e-08;STB=0.995941,0.512812;STBP=0.078,0.531;TYPE=snp,snp;VARB=0.0234402,0.00437569;OID=.,.;OPOS=126674093,126674093;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:35:36:0:1:4,31:4,31:0.111111,0.861111:4,12:0,19:0:0:4,12:0,19:1:0 chr10 126674227 . C CT 1037.19 PASS AF=1;AO=89;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637683;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.8174;QD=42.3342;RBI=0.103933;REFB=0;REVB=-0.0820713;RO=4;SAF=41;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00133568;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:99:98:98:0:46:52:0:0:20:4:41:48:2:2 chr10 126677239 . GAAGAAAAG GAAGAA,GAAG 98.9 PASS AF=0.181818,0.409091;AO=4,9;DP=24;FAO=4,9;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4,3;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00292421,0.00859385;FXX=0.0832986;HRUN=4,4;LEN=3,5;MLLD=240.484,257.657;QD=17.9821;RBI=0.0178493,0.0335705;REFB=-0.0131715,0.000515928;REVB=0.0176081,0.0324519;RO=8;SAF=4,3;SAR=0,6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.633251,-0.417055;STB=0.995319,0.758111;STBP=0.355,0.068;TYPE=del,del;VARB=0.0216088,-0.0013401;OID=.,.;OPOS=126677245,126677240;OREF=AAG,AAGAA;OALT=-,-;OMAPALT=GAAGAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.181818,0.409091:4,9:24:4,9:22:9:4,3:0,6:8:1:65:8:4,3:0,6:7:1 chr10 126677262 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0264232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9422;QD=11.1311;RBI=0.050676;REFB=-0.00467982;REVB=-0.043242;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0376189;OID=.;OPOS=126677262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:11:6:3:7:11:6 chr10 126677266 . A T 134.3 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0245874;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.9035;QD=21.4878;RBI=0.0881394;REFB=-0.0505686;REVB=-0.0846405;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310905;STB=0.646828;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0264885;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:25:8:10:14:14:0.56:3:11:3:5:3:11:5:5 chr10 126677287 . GACAA G 94.72 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00522181;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=309.036;QD=10.8254;RBI=0.0164944;REFB=-0.00484933;REVB=-0.015646;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923577;STB=0.545376;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=0.0091323;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:12:35:12:35:23:9:3:16:7:94:22:9:3:15:7 chr10 126677308 . A T 170.14 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.106636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.7618;QD=17.0136;RBI=0.108423;REFB=-0.0119176;REVB=-0.0196084;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393467;STB=0.728877;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0166419;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:3:15:11:11:3:15:11:11 chr10 126677323 . A T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00915928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.164;QD=17.4276;RBI=0.0153247;REFB=-0.027865;REVB=0.0122863;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263141;STB=0.651997;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0345971;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:13:10:4:15:13:10 chr10 126677363 . T C 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0337828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.8298;QD=7.89629;RBI=0.0459555;REFB=0.00538002;REVB=0.031155;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196918;STB=0.52825;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00343623;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:29:30:11:11:0.268293:4:7:18:11:4:7:18:12 chr10 126677366 . CT CG,TG 96.9 PASS AF=0.324324,0;AO=12,3;DP=40;FAO=12,0;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0040679,-0.00331898;FXX=0.0749813;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=149.071,213.272;QD=10.4761;RBI=0.0251576,0.00685551;REFB=-0.0252593,-0.00835368;REVB=0.0248265,-0.00599853;RO=24;SAF=7,3;SAR=5,0;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0470445,0.558418;STB=0.516102,0.5;STBP=0.915,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0744214,0;OID=.,.;OPOS=126677367,126677366;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:40:37:24:25:12,3:12,0:0.324324,0:5,0:7,3:13:11:5,0:7,0:14:11 chr10 126677391 . A C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0105181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5564;QD=7.03218;RBI=0.0472894;REFB=-0.0159507;REVB=0.0461048;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840726;STB=0.571265;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0452161;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:3:6:15:10:3:6:15:11 chr10 126677420 . T C 73.99 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0212918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.9427;QD=9.86558;RBI=0.03338;REFB=-0.00838143;REVB=0.0257077;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117753;STB=0.533267;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0204399;OID=.;OPOS=126677420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:20:20:9:10:0.333333:5:4:11:9:5:5:11:9 chr10 126677425 . G T 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00820989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4962;QD=9.10186;RBI=0.10753;REFB=-0.00248257;REVB=-0.107216;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21557;STB=0.590353;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00317066;OID=.;OPOS=126677425;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:5:4:11:6:5:4:11:8 chr10 126677429 . A T 53.63 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=1.2427e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.499;QD=7.94524;RBI=0.0276963;REFB=-0.0174626;REVB=-0.0276963;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.64185;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0243234;OID=.;OPOS=126677429;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:10:8:5:3:11:8 chr10 126683071 . G C 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0104366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.216;QD=1.64911;RBI=0.0237693;REFB=-0.000849377;REVB=0.0213555;RO=73;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392757;STB=0.797005;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00860381;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:2:6:29:44:2:6:29:44 chr10 126683087 . T C 58.71 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.00896991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.02;QD=2.66867;RBI=0.0182945;REFB=-0.00793639;REVB=0.0159445;RO=76;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131034;STB=0.590763;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0560262;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:76:76:12:12:0.136364:6:6:30:46:6:6:30:46 chr10 126683092 . G A 36.72 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0227932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.775;QD=1.6142;RBI=0.0730229;REFB=-0.006848;REVB=-0.0693744;RO=79;SAF=3;SAR=6;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104052;STB=0.566776;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0466549;OID=.;OPOS=126683092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:79:82:9:9:0.0989011:6:3:33:46:6:3:33:49 chr10 126683099 . G A 42.31 PASS AF=0.106383;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.00636378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6929;QD=1.80061;RBI=0.0377388;REFB=-0.00680594;REVB=0.0371983;RO=84;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119662;STB=0.591359;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0573004;OID=.;OPOS=126683099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:94:84:84:10:10:0.106383:7:3:33:51:7:3:33:51 chr10 126683111 . C T 49.32 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0102708;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.069;QD=2.07668;RBI=0.0348518;REFB=-0.00475397;REVB=-0.033304;RO=84;SAF=3;SAR=8;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116257;STB=0.586501;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0275003;OID=.;OPOS=126683111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:96:95:84:84:11:11:0.115789:8:3:30:54:8:3:30:54 chr10 126683123 . A C 90.78 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0587522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6883;QD=4.08006;RBI=0.0607442;REFB=-0.00755423;REVB=-0.0154285;RO=73;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144125;STB=0.592591;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0312965;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:89:89:73:73:16:16:0.179775:9:7:24:49:9:7:24:49 chr10 126683132 . A T 75.07 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.020284;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.416;QD=3.41222;RBI=0.0343293;REFB=0.000360804;REVB=-0.0276959;RO=72;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697747;STB=0.543563;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00164251;OID=.;OPOS=126683132;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:89:88:72:74:14:14:0.159091:8:6:27:45:8:6:28:46 chr10 126683146 . C A 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0102977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.012;QD=3.51365;RBI=0.0191611;REFB=-0.00782279;REVB=-0.0161587;RO=72;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332536;STB=0.522153;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0496088;OID=.;OPOS=126683146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:72:72:14:14:0.162791:8:6:29:43:8:6:29:43 chr10 126683150 . AC AT,GT 93.31 PASS AF=0.119048,0.0833333;AO=10,7;DP=84;FAO=10,7;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=2,5;FSAR=8,2;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00367926,0.017159;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=74.3046,126.346;QD=4.44329;RBI=0.064092,0.0507752;REFB=0.00296031,-0.00154779;REVB=-0.0639863,-0.047788;RO=67;SAF=2,5;SAR=8,2;SRF=28;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296898,0.328219;STB=0.718084,0.755767;STBP=0.18,0.221;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0824593,0.06731;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:84:84:67:67:10,7:10,7:0.119048,0.0833333:8,2:2,5:28:39:8,2:2,5:28:39 chr10 126683152 . G A 75.96 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00944983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.463;QD=3.61727;RBI=0.0221692;REFB=-0.00247688;REVB=0.0200542;RO=68;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407117;STB=0.524441;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00857137;OID=.;OPOS=126683152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:84:84:68:70:14:14:0.166667:8:6:27:41:8:6:28:42 chr10 126683162 . C T 111.01 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.00704528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.66;QD=5.04583;RBI=0.00966817;REFB=-0.00732647;REVB=-0.006621;RO=69;SAF=7;SAR=11;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408771;STB=0.521029;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0107656;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:70:18:18:0.204545:11:7:29:40:11:7:29:41 chr10 126683190 . C A 86.24 PASS AF=0.208955;AO=13;DP=64;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0116268;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.624;QD=5.14881;RBI=0.0199345;REFB=-0.00549024;REVB=-0.0161926;RO=51;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1149;STB=0.582401;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0204349;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:64:67:51:53:13:14:0.208955:9:4:20:31:10:4:20:33 chr10 126714714 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.971;QD=56.1911;RBI=0.0438999;REFB=0;REVB=0.0412873;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206806;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr10 126714947 . ACCCCT ACCC,ACCCCTG,ACCCT 89.44 PASS AF=0,0.15,0.55;AO=2,2,7;DP=20;FAO=0,3,11;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=0,3,2;FSAR=0,0,9;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00977425,0.0627764,0.223143;FXX=0;HRUN=4,1,4;LEN=2,1,1;MLLD=38.3748,21.1671,16.8484;QD=17.8878;RBI=0.17064,0.0689524,0.260407;REFB=-0.0202363,-0.0897883,-0.017223;REVB=-0.170359,-0.028523,-0.134235;RO=7;SAF=0,2,1;SAR=2,0,6;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.804017,0,-0.662668;STB=0.5,0.5,0.799434;STBP=1,1,0.003;TYPE=del,ins,del;VARB=0,0.192825,0.0146479;OID=.,.,.;OPOS=126714951,126714953,126714948;OREF=CT,-,C;OALT=-,G,-;OMAPALT=ACCC,ACCCCTG,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.15,0.55:2,2,7:20:0,3,11:20:6:0,3,2:0,0,9:6:0:30:7:0,2,1:2,0,6:7:0 chr10 126714966 . A G 224.76 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5681;QD=47.318;RBI=0.0539624;REFB=0;REVB=-0.0521858;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644996;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr10 126715242 . GGC G,GG 47.64 PASS AF=0,0.447368;AO=5,12;DP=39;FAO=0,17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0657812,0.00536611;FXX=0.0256345;HRUN=3,7;LEN=2,1;MLLD=18.5301,8.53932;QD=5.01458;RBI=0.271399,0.180139;REFB=-0.0406207,-0.129209;REVB=-0.263307,-0.180059;RO=19;SAF=1,6;SAR=4,6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524569,-0.192474;STB=0.5,0.63814;STBP=1,0.137;TYPE=del,del;VARB=-0.00819889,0.150695;OID=.,.;OPOS=126715243,126715244;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.447368:5,12:39:0,17:38:21:0,7:0,10:14:7:44:19:1,6:4,6:13:6 chr10 126715946 . C T 56.18 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0108061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.866;QD=2.99607;RBI=0.0268519;REFB=-0.00708196;REVB=-0.0245816;RO=63;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046413;STB=0.525501;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0364434;OID=.;OPOS=126715946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:63:64:11:11:0.146667:6:5:31:32:6:5:31:33 chr10 126721441 . C A 358.57 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.837;QD=55.1645;RBI=0.038057;REFB=0;REVB=0.0237327;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03878e-05;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:22:2:0:0:23:3:0:0 chr10 126727602 . T A 84.56 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.00114728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.848;QD=3.97913;RBI=0.00459774;REFB=-0.00211307;REVB=0.0044523;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199363;STB=0.628048;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.012939;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:70:70:15:15:0.176471:8:7:22:48:8:7:22:48 chr10 126727604 . T C 84.98 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0281338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5031;QD=4.04653;RBI=0.0281339;REFB=-0.00857185;REVB=4.40397e-05;RO=69;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193006;STB=0.623834;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0296755;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:69:69:15:15:0.178571:8:7:22:47:8:7:22:47 chr10 126727630 . T G 68.51 PASS AF=0.179104;AO=11;DP=71;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.00376835;FXX=0.0694348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.44;QD=4.0904;RBI=0.0248547;REFB=-0.00500411;REVB=0.0245673;RO=55;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412217;STB=0.727807;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0125267;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:71:67:55:55:11:12:0.179104:4:7:16:39:5:7:16:39 chr10 127462525 . A G 89.43 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00246848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7364;QD=15.5528;RBI=0.0508674;REFB=-0.0209403;REVB=-0.0508074;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0393256;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:5:7:7:4:5:7 chr10 127579186 . C A 92.17 PASS AF=0.157895;AO=18;DP=114;FAO=18;FDP=114;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0328826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.244;QD=3.23414;RBI=0.0329119;REFB=-0.00775185;REVB=-0.00138959;RO=95;SAF=10;SAR=8;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129519;STB=0.589843;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0374866;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:114:114:95:96:18:18:0.157895:8:10:43:52:8:10:43:53 chr10 127579210 . T C 160.52 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=117;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0116688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2843;QD=5.4878;RBI=0.029251;REFB=-0.00232581;REVB=0.0268227;RO=90;SAF=12;SAR=14;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344717;STB=0.525672;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0102547;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:90:91:26:26:0.222222:14:12:44:46:14:12:45:46 chr10 127579238 . G T 62.41 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.00356266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.109;QD=2.18996;RBI=0.00961388;REFB=-0.00578154;REVB=-0.00892939;RO=98;SAF=6;SAR=8;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1252;STB=0.588403;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0413922;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:98:100:14:14:0.122807:8:6:52:46:8:6:53:47 chr10 127579264 . A G 78.7 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0179097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4871;QD=3.148;RBI=0.031441;REFB=-0.00891395;REVB=-0.0258415;RO=85;SAF=8;SAR=7;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638037;STB=0.543218;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0579952;OID=.;OPOS=127579264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:100:100:85:85:15:15:0.15:7:8:41:44:7:8:41:44 chr10 127724778 . A G 96.83 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0056135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.901;QD=12.9107;RBI=0.0160047;REFB=-0.028429;REVB=-0.0149879;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307581;STB=0.636132;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0238235;OID=.;OPOS=127724778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:30:18:18:11:12:0.4:3:8:8:10:4:8:8:10 chr10 127753478 . G A 909.39 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.986;QD=57.7392;RBI=0.0501107;REFB=0;REVB=0.0498812;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383394;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:37:26:0:0 chr10 127789698 . T C 666.32 PASS AF=0.485507;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0118081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9224;QD=19.3137;RBI=0.0304902;REFB=-0.00849451;REVB=0.0281109;RO=70;SAF=41;SAR=25;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20656;STB=0.611907;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00766196;OID=.;OPOS=127789698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:70:71:66:67:0.485507:25:41:28:42:26:41:28:43 chr10 127834139 . T G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00640271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.681;QD=19.1805;RBI=0.0115383;REFB=0.00582941;REVB=-0.0095988;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202754;STB=0.616252;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00531842;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:6:5:9:4:6:5 chr10 128019025 . C G 207.15 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00677938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4201;QD=17.63;RBI=0.0234604;REFB=-0.00430963;REVB=0.0224595;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142698;STB=0.508122;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00668673;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:12:14:11:10:12:14 chr10 128150096 . G T 194.39 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0516515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4447;QD=14.1376;RBI=0.0746841;REFB=-0.0249803;REVB=-0.0539429;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177777;STB=0.609282;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0305046;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:10:13:12:19:10:13:12:20 chr10 128192985 . C T 250.78 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00888055;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.878;QD=25.7208;RBI=0.0089738;REFB=-0.0152798;REVB=0.00129031;RO=17;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474226;STB=0.559393;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0113699;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:16:23:23:0.589744:5:18:14:3:5:18:14:2 chr10 128202435 . T C 183.7 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0283648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.9713;QD=17.9218;RBI=0.0742946;REFB=-0.0123995;REVB=0.0686668;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232385;STB=0.596755;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0197688;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:22:19:19:0.463415:12:7:12:7:12:7:12:10 chr10 128926013 . A G 1537.29 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015604;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.093;QD=59.7007;RBI=0.0211798;REFB=0;REVB=0.0143213;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67453e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:103:103:1:42:61:0:0:42:61:0:0 chr10 128974621 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0861091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.802;QD=45.8054;RBI=0.0863815;REFB=0;REVB=0.00685438;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121459;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr10 129216658 . T C 385.37 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0216883;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.222;QD=17.7182;RBI=0.0249235;REFB=-0.0231791;REVB=-0.01228;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624381;STB=0.528721;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0307482;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:47:40:40:0.45977:20:20:26:20:20:20:26:21 chr10 129249662 . G A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.03;QD=63.5796;RBI=0.0815828;REFB=0;REVB=0.0755892;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355717;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr10 129249676 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00898331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.938;QD=17.6896;RBI=0.0317395;REFB=-0.0130179;REVB=0.0304417;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261577;STB=0.648564;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0192399;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:17:9:13:8:17:9 chr10 129249693 . G A 211.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00602375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.043;QD=16.6162;RBI=0.0767339;REFB=-0.00848083;REVB=0.0764971;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240646;STB=0.636247;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0154179;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:18:10:14:9:18:10 chr10 129249701 . C G 805.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.465;QD=64.4491;RBI=0.10975;REFB=0;REVB=0.0904242;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202059;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr10 129249925 . T C 366.38 PASS AF=0.409524;AO=40;DP=103;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0102359;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.541;QD=13.9572;RBI=0.0360428;REFB=-0.052237;REVB=0.0345588;RO=60;SAF=21;SAR=19;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979955;STB=0.573288;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0214822;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:60:62:40:43:0.409524:19:21:37:23:22:21:38:24 chr10 129534478 . A AGCGCGGC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192129;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=313.295;QD=35.5759;RBI=0.0652801;REFB=0;REVB=0.0623887;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000890408;OID=.;OPOS=129534479;OREF=-;OALT=GCGCGGC;OMAPALT=AGCGCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:6:1:0:0:4:0:6:1:0:0 chr10 129534679 . T C 1335.8 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.873;QD=62.1303;RBI=0.0590975;REFB=0;REVB=0.0561737;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20992e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:37:43:0:0:43:43:0:0 chr10 129534739 . C G 1598.01 PASS AF=0.958333;AO=110;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0113725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.201;QD=53.2669;RBI=0.0122976;REFB=-0.106943;REVB=0.00467936;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.520322;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0149615;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:120:120:0:5:110:115:0.958333:54:56:0:0:59:56:0:5 chr10 129534864 . A C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.358;QD=60.0305;RBI=0.0448562;REFB=0;REVB=-0.00649114;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30792e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr10 129845902 . G A 216.49 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0138821;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.011;QD=15.192;RBI=0.0481661;REFB=-0.00915184;REVB=0.0461222;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980875;STB=0.546182;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00779271;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:13:12:18:13:13:12:18:14 chr10 129845903 . C T 303.16 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.016065;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.99;QD=21.6545;RBI=0.0166488;REFB=-0.0182656;REVB=-0.00437034;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082001;STB=0.545425;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0325154;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:31:31:0.553571:13:18:12:13:13:18:12:13 chr10 129859992 . T C 347.43 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00956147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.519;QD=17.1568;RBI=0.0121841;REFB=-0.00557855;REVB=0.00755189;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710553;STB=0.539856;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00720823;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:22:15:21:23:22:15:21:23 chr10 129866449 . C G 326.07 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.046211;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0798;QD=22.4873;RBI=0.0646414;REFB=-0.00298314;REVB=0.0452001;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103893;STB=0.566627;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00309159;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:25:33:33:0.568966:17:16:16:10:17:16:16:9 chr10 129871690 . A G 214.93 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00626134;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.6489;QD=16.533;RBI=0.0981076;REFB=0.00644148;REVB=-0.0979076;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119687;STB=0.555329;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0150854;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:28:24:24:0.461538:11:13:18:9:11:13:18:10 chr10 129883370 . A G 635.69 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0344208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4729;QD=16.6193;RBI=0.0508746;REFB=-0.0155527;REVB=-0.0374624;RO=84;SAF=35;SAR=34;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306421;STB=0.517041;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0193088;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:84:84:69:69:0.45098:34:35:40:44:34:35:40:44 chr10 129883933 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000334726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.6;QD=15.5688;RBI=0.00378207;REFB=0.00441083;REVB=-0.00376723;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159077;STB=0.590098;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00494235;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:18:10:18:17:18:10:18:17 chr10 129897531 . GA GAA,G 48.74 PASS AF=0,0.475;AO=6,15;DP=40;FAO=0,19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=0,8;FSAR=0,11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.134483,0.187851;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.51146,7.15534;QD=4.87448;RBI=0.153718,0.203611;REFB=0.0070087,0.015788;REVB=0.0744541,-0.0785456;RO=14;SAF=4,7;SAR=2,8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399996,0.156623;STB=0.5,0.521716;STBP=1,0.812;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0249278;OID=.,.;OPOS=129897532,129897532;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.475:6,15:40:0,19:40:21:0,8:0,11:8:13:47:14:4,7:2,8:4:10 chr10 129901271 . C A 89.56 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0156837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.378;QD=3.77109;RBI=0.0384937;REFB=-0.001343;REVB=-0.0351537;RO=79;SAF=5;SAR=11;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218586;STB=0.645107;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00779298;OID=.;OPOS=129901271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:79:79:16:16:0.168421:11:5:38:41:11:5:38:41 chr10 129903592 . G A 388.84 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0117134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.782;QD=16.2016;RBI=0.0190654;REFB=-0.0100839;REVB=0.0150428;RO=55;SAF=14;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150407;STB=0.589726;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.021443;OID=.;OPOS=129903592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:55:40:41:0.427083:26:14:27:28:27:14:27:28 chr10 129903802 . A G 258.74 PASS AF=0.518519;AO=26;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00760276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.754;QD=19.1656;RBI=0.0188278;REFB=-0.0171094;REVB=-0.0172245;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031098;STB=0.515141;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.025081;OID=.;OPOS=129903802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:26:26:28:0.518519:16:10:8:13:17:11:11:15 chr10 129904560 . C T 85.55 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00125406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.466;QD=11.4071;RBI=0.0302918;REFB=-0.0111312;REVB=0.0302658;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143277;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0155182;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:19:19:10:11:0.366667:5:5:12:7:6:5:12:7 chr10 129906903 . C T 668.36 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00291855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.579;QD=21.2178;RBI=0.00492198;REFB=0.00793291;REVB=0.00396333;RO=59;SAF=19;SAR=47;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236218;STB=0.634762;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00825992;OID=.;OPOS=129906903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:60:66:66:0.52381:47:19:32:27:47:19:33:27 chr10 129917560 . T C 360.54 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00208809;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2985;QD=20.03;RBI=0.0088464;REFB=-0.0332501;REVB=0.00859644;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103519;STB=0.551756;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0327158;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:23:13:9:26:24:13:9:26 chr10 131760506 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0143963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.819;QD=18.3452;RBI=0.0172132;REFB=-0.00886848;REVB=-0.0094362;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274772;STB=0.655563;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00557407;OID=.;OPOS=131760506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:13:5:10:7:13:5 chr10 132303374 . G C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00140762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.808;QD=11.4392;RBI=0.00589858;REFB=-0.00759858;REVB=-0.00572817;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43516;STB=0.759089;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00836805;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:10:3:15:9:10:3:15:9 chr10 132890691 . A AAT 44.48 PASS AF=0.13913;AO=20;DP=122;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=25;FWDB=-0.122953;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=2;MLLD=17.2345;QD=1.54701;RBI=0.162591;REFB=-0.0367328;REVB=0.106387;RO=84;SAF=14;SAR=6;SRF=68;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18545;STB=0.502887;STBP=0.984;TYPE=ins;VARB=0.122427;OID=.;OPOS=132890692;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.13913:20:122:16:115:99:12:4:74:25:44:84:14:6:68:16 chr10 132891254 . G A 170.35 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00687004;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.313;QD=22.7132;RBI=0.0101222;REFB=-0.03136;REVB=-0.00743381;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.562427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0174706;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:15:13:17:17:0.566667:8:9:6:9:8:9:5:8 chr10 132915099 . C T 104.25 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.012325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.583;QD=6.31834;RBI=0.019248;REFB=-0.0187855;REVB=-0.0147844;RO=48;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274244;STB=0.652797;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.048766;OID=.;OPOS=132915099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:50:16:16:0.242424:6:10:19:29:6:10:21:29 chr10 133948634 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.679;QD=60.2289;RBI=0.00815908;REFB=0;REVB=-0.00517325;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77539e-06;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr10 133954011 . C T 713.39 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.00579647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.457;QD=18.2921;RBI=0.00808381;REFB=-0.0166404;REVB=-0.00563462;RO=80;SAF=49;SAR=26;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539197;STB=0.534075;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0201366;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:81:75:75:0.480769:26:49:48:32:26:49:48:33 chr10 133961494 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0597793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.718;QD=16.9796;RBI=0.0626769;REFB=-0.0144458;REVB=0.0188369;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131864;STB=0.581136;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0137411;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:12:14:19:9:12:14:20:9 chr10 133963466 . A G 1761.04 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117856;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2246;QD=60.7256;RBI=0.0118944;REFB=0;REVB=0.00160542;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32849e-05;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:55:61:0:0:55:61:0:0 chr10 133981682 . G A 603.3 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421489;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.84;QD=58.8584;RBI=0.0490827;REFB=0.0194536;REVB=0.0251513;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=5.77713e-05;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr10 134013990 . G A 240.28 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0726277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.224;QD=43.6874;RBI=0.075864;REFB=-0.102063;REVB=0.0219219;RO=2;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130869;STB=0.571354;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00226889;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:14:6:2:0:14:6:2:0 chr10 134017295 . A G 629.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.855;QD=61.3727;RBI=0.0354985;REFB=0;REVB=0.00409773;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276886;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:12:26:0:0:13:28:0:0 chr10 134018834 . C T 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0176606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.206;QD=18.584;RBI=0.0177126;REFB=-0.00480293;REVB=-0.0013563;RO=52;SAF=30;SAR=19;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070708;STB=0.539281;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00592783;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:19:30:28:24:19:30:28:24 chr10 134036193 . A G 179.03 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0040672;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5465;QD=14.9188;RBI=0.0624607;REFB=-0.00287661;REVB=-0.0623281;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177034;STB=0.509794;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00334451;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:5:14:21:7:5:14:21:8 chr10 134039242 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0113707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.016;QD=16.0427;RBI=0.0125417;REFB=-0.0166795;REVB=0.00529157;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143955;STB=0.583241;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.033264;OID=.;OPOS=134039242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:10:16:14:5:10:16 chr10 134145136 . A G 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0096913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.357;QD=19.9897;RBI=0.114445;REFB=-0.000826452;REVB=-0.114034;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455261;STB=0.541722;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0001407;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:22:22:0.488889:7:15:14:8:7:15:14:9 chr10 134145138 . C G 226.9 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0546278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4136;QD=21.1068;RBI=0.0633666;REFB=0.0120871;REVB=-0.0321113;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150575;STB=0.508467;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0104489;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:7:15:14:7:7:15:14:7 chr10 134145166 . T C 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0547086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9195;QD=15.1587;RBI=0.0571037;REFB=-0.0198678;REVB=-0.0163648;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629161;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0240061;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:11:11:7:9:11:11 chr10 134145293 . G T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.000575517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2892;QD=11.9536;RBI=0.0420729;REFB=-0.0158018;REVB=0.042069;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09343;STB=0.555425;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0128303;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:2:9:6:2:2:9 chr10 134145336 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.027597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6689;QD=14.0438;RBI=0.0530055;REFB=0.0198199;REVB=0.0452548;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0126018;OID=.;OPOS=134145336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr10 134161633 . A G 86.45 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0380005;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.82;QD=14.4076;RBI=0.0412556;REFB=-0.023291;REVB=-0.0160618;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731962;STB=0.587485;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0161292;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:24:13:13:10:11:0.458333:8:2:2:11:8:3:2:11 chr10 134596092 . AT A,TA 59.44 PASS AF=0.272727,0.0454545;AO=16,2;DP=45;FAO=12,2;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8,0;FSAR=4,2;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.173831,-0.0463168;FXX=0.0638162;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.2035,142.723;QD=5.40338;RBI=0.299845,0.0740474;REFB=-0.0985115,-0.0113677;REVB=-0.244315,-0.0577734;RO=22;SAF=11,0;SAR=5,2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.363461,-0.431599;STB=0.70736,0.993508;STBP=0.11,0.216;TYPE=del,mnp;VARB=0.0678863,-0.0696501;OID=.,.;OPOS=134596093,134596092;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:45:44:22:30:16,2:12,2:0.272727,0.0454545:5,2:11,0:7:15:4,2:8,0:11:19 chr10 134598628 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.727;QD=62.3508;RBI=0.0285878;REFB=0;REVB=0.00120101;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184392;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr10 134622408 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5047;QD=60.2281;RBI=0.0946968;REFB=0;REVB=0.0945545;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990659;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr10 134623959 . T C 573.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.772;QD=60.3951;RBI=0.0351032;REFB=0;REVB=-0.0192257;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7224e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr10 134624504 . C T 508.79 PASS AF=0.52;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0462523;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.797;QD=20.3514;RBI=0.0498432;REFB=-0.0155809;REVB=-0.018576;RO=48;SAF=23;SAR=29;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786517;STB=0.543291;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0210739;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:48:48:52:52:0.52:29:23:17:31:29:23:17:31 chr10 134648179 . AG A 36.06 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0819304;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.975;QD=4.37068;RBI=0.178002;REFB=-0.0412873;REVB=0.158025;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460327;STB=0.82697;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0808363;OID=.;OPOS=134648180;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:8:33:10:33:23:8:2:7:16:36:21:6:2:7:14 chr10 134659572 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0255484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4743;QD=18.7669;RBI=0.091467;REFB=-0.00149327;REVB=-0.0878265;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00288076;OID=.;OPOS=134659572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr10 134659626 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.334;QD=47.8223;RBI=0.0244952;REFB=0;REVB=-0.0110325;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4093e-05;OID=.;OPOS=134659626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr10 134663840 . G A 146.38 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0146406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.561;QD=16.7288;RBI=0.0175161;REFB=-0.0205808;REVB=-0.00961583;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352469;STB=0.716137;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0182664;OID=.;OPOS=134663840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:12:4:11:7:12:4:12:7 chr10 134672609 . C T 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0153152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.229;QD=13.7244;RBI=0.016201;REFB=-0.00505287;REVB=-0.00528369;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208357;STB=0.608628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00811408;OID=.;OPOS=134672609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:16:14:12:32:16:14:13:32 chr10 134682802 . C T 157.01 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0497031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7723;QD=16.104;RBI=0.0886046;REFB=-0.0110421;REVB=0.0733511;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158032;STB=0.50908;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0182859;OID=.;OPOS=134682802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:10:12:9:8:10:12 chr10 134698626 . T C 267.18 PASS AF=0.5;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0135081;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.892;QD=18.4262;RBI=0.0135089;REFB=-0.0234786;REVB=0.00014827;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112359;STB=0.534418;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0224649;OID=.;OPOS=134698626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:26:29:29:29:0.5:15:14:16:10:15:14:16:13 chr10 134722022 . A G 424.11 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00462866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.605;QD=32.0084;RBI=0.0283041;REFB=-0.0262449;REVB=-0.027923;RO=15;SAF=16;SAR=22;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594652;STB=0.532241;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0120036;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:15:38:38:0.716981:22:16:8:7:22:16:8:7 chr10 134735672 . A G 1829.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201342;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.767;QD=61.4964;RBI=0.0294434;REFB=0;REVB=0.0214833;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337433;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:63:56:0:0:63:56:0:0 chr10 134736026 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.000915964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.926;QD=20.4858;RBI=0.0135377;REFB=-0.0243347;REVB=-0.0135067;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213559;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:7:4:5:9:7:4 chr10 134736052 . G T 178.82 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0726269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.935;QD=24.6647;RBI=0.0728025;REFB=-0.0235404;REVB=0.00505341;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138634;STB=0.577687;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0148909;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:5:13:6:5:5:13:6:5 chr10 134736076 . T G 524.01 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117082;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.692;QD=59.8871;RBI=0.0165377;REFB=0;REVB=0.0116796;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03728e-05;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr10 134738232 . A G 303.69 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00617181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.817;QD=12.5231;RBI=0.0166287;REFB=-0.0186168;REVB=-0.0154409;RO=61;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721529;STB=0.544278;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0377787;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:61:62:34:35:0.360825:20:14:29:32:21:14:29:33 chr10 134748331 . C T 356.7 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.000195052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.078;QD=17.8348;RBI=0.00901958;REFB=-0.0143701;REVB=-0.00901747;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612098;STB=0.540216;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0158194;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:42:37:38:0.475:17:20:20:22:17:21:20:22 chr10 134777790 . G A 837.1 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000355414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.177;QD=55.8065;RBI=0.0342105;REFB=-0.0412518;REVB=0.0342087;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=9.25737e-05;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:39:20:0:0:39:20:1:0 chr10 134884516 . G A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0222295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6959;QD=25.3674;RBI=0.0310091;REFB=-0.0307352;REVB=0.0216198;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117234;STB=0.5479;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0307904;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:10:11:9:4:10:11:9:5 chr10 134884546 . A G 132.58 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0227393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.619;QD=16.0708;RBI=0.0269351;REFB=-0.0176758;REVB=0.0144369;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106803;STB=0.573675;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0297339;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:11:6:7:8:12:6 chr10 134884595 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0183555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.238;QD=14.5589;RBI=0.0191589;REFB=-0.0230492;REVB=0.00549002;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756298;STB=0.543047;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0233705;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:16:19:16:10:16:19 chr10 134884610 . C G 178.03 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00363385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0123;QD=10.6284;RBI=0.0320364;REFB=0.00134066;REVB=0.0318296;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239916;STB=0.649392;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00158687;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:44:23:23:0.343284:16:7:21:20:16:7:23:21 chr10 134886618 . G C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0157211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.832;QD=14.0975;RBI=0.0161214;REFB=-0.0167402;REVB=0.00357032;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0218293;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:8:9:7:6:8:10 chr10 134942101 . C T 57.72 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0318768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4185;QD=2.53728;RBI=0.0485201;REFB=-0.00759852;REVB=0.0365796;RO=79;SAF=9;SAR=3;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281716;STB=0.701402;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0559747;OID=.;OPOS=134942101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:3:9:42:37:3:9:42:37 chr10 134997480 . C T 733.27 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6281;QD=55.3409;RBI=0.0804804;REFB=0;REVB=0.0649889;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276642;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:1:0:49:53:1:26:23:1:0:29:24:0:0 chr10 134999602 . G C 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4165;QD=61.6804;RBI=0.0363446;REFB=0;REVB=0.0238549;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381474;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr10 135000148 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.311;QD=35.5759;RBI=0.0235597;REFB=0;REVB=0.0235597;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600539;OID=.;OPOS=135000148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr10 135000159 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4594;QD=33.4285;RBI=0.04202;REFB=0;REVB=-0.04202;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383191;OID=.;OPOS=135000159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr10 135012162 . T C 75.29 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0360965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.56;QD=12.5487;RBI=0.0501472;REFB=-0.002307;REVB=-0.0348107;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63616;STB=0.868962;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00568698;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:24:14:14:9:10:0.416667:2:7:1:13:2:8:1:13 chr10 135012652 . T C 190.21 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0209885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6538;QD=21.7381;RBI=0.0504061;REFB=-0.0192455;REVB=-0.0458285;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35805;STB=0.701974;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0319514;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:11:5:14:5:11:5 chr10 135015427 . C A 80.69 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461924;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2561;QD=40.345;RBI=0.0902797;REFB=0;REVB=0.0775673;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109839;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr10 135015667 . C T 383.52 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00485273;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8376;QD=34.8655;RBI=0.0107;REFB=-0.0135369;REVB=0.00953625;RO=10;SAF=21;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120264;STB=0.588183;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00441594;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:10:13:31:31:0.704545:10:21:9:1:10:21:12:1 chr10 135016089 . T C 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0891233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.184;QD=60.0685;RBI=0.0899115;REFB=-0.0302557;REVB=0.0118794;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.505493;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000460049;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:0:1:80:81:0.987805:45:35:0:0:45:36:0:1 chr10 135016175 . T G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0244841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.685;QD=8.24618;RBI=0.0280438;REFB=-0.00702105;REVB=0.0136741;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108749;STB=0.567382;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0247206;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:5:10:4:3:5:10 chr10 135051562 . A G 244.26 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0121002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.258;QD=17.4473;RBI=0.0135077;REFB=-0.0150077;REVB=-0.00600366;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127993;STB=0.571753;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00776854;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:11:18:13:14:11:18 chr10 135076596 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000944101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.868;QD=59.4356;RBI=0.0501108;REFB=0;REVB=0.0501019;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163914;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr10 135082346 . A G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2549;QD=57.2314;RBI=0.0483266;REFB=0;REVB=-0.0436632;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263796;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr10 135084232 . C CAGA 1310.93 PASS AF=0.94;AO=89;DP=103;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00245857;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.717;QD=52.4371;RBI=0.0425623;REFB=-0.0499707;REVB=0.0424912;RO=7;SAF=39;SAR=50;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778131;STB=0.532602;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.00344359;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.94:89:103:94:100:6:43:51:6:0:18:7:39:50:7:0 chr10 135084322 . A G 1540.27 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8691;QD=59.8163;RBI=0.0965568;REFB=0;REVB=-0.0546808;RO=0;SAF=27;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746358;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:76:27:0:0:76:27:0:0 chr10 135085321 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.039;QD=52.6125;RBI=0.0980538;REFB=0;REVB=-0.0902683;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541185;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr10 135085426 . A G 654.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018521;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.681;QD=62.3651;RBI=0.0211205;REFB=0;REVB=-0.0101513;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82437e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr10 135085754 . G A 2048.89 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00417501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.433;QD=61.6207;RBI=0.0141261;REFB=0.0529864;REVB=0.013495;RO=1;SAF=38;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123421;STB=0.506492;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-6.57091e-05;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:94:38:1:0:94:38:1:0 chr10 135086380 . C T 67.66 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589877;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.58;QD=38.6649;RBI=0.0663387;REFB=0;REVB=0.0303524;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328212;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr10 135087521 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.357;QD=56.7066;RBI=0.0299256;REFB=0;REVB=-0.0248023;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59293e-05;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr10 135089035 . A G 1488.1 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462734;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1298;QD=59.5239;RBI=0.051783;REFB=0;REVB=0.0232433;RO=0;SAF=66;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592295;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:98:100:1:32:66:0:0:34:66:0:0 chr10 135097434 . A G 507.08 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025811;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.083;QD=59.6565;RBI=0.0290329;REFB=0;REVB=-0.013293;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351581;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr10 135098672 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.6;QD=56.0115;RBI=0.0756932;REFB=-0.0420879;REVB=0.0749621;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00138184;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:0:1 chr10 135098830 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.503;QD=59.4356;RBI=0.0185484;REFB=0;REVB=0.0167702;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4183e-05;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr10 135098845 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.641;QD=59.4343;RBI=0.0455857;REFB=0;REVB=0.0454846;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43392e-05;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr10 135160950 . C T 273.03 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.6565;QD=47.4827;RBI=0.0213659;REFB=-0.116132;REVB=0.0213659;RO=1;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00618563;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:21:0:0:1:22:0:0:1 chr10 135165790 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.439;QD=57.6807;RBI=0.038805;REFB=0;REVB=0.012707;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251756;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr10 135180430 . A G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.181;QD=59.8535;RBI=0.0245984;REFB=0;REVB=-0.0206255;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06301e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr10 135184126 . G A 1734.44 PASS AF=0.951613;AO=118;DP=125;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0411427;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.785;QD=55.9497;RBI=0.0597729;REFB=-0.0747655;REVB=0.0433598;RO=3;SAF=57;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864961;STB=0.507255;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00278555;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:125:124:3:6:118:118:0.951613:61:57:2:1:61:57:2:4 chr10 135186806 . A G 144.95 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7036;QD=44.6008;RBI=0.0726551;REFB=0;REVB=0.0584536;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327594;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr10 135204950 . C G 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.54;QD=56.9932;RBI=0.0485364;REFB=0;REVB=0.0183665;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200438;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr10 135205009 . C G 1004.53 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.861;QD=56.5935;RBI=0.0393106;REFB=-0.156049;REVB=0.00138477;RO=2;SAF=41;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005193;STB=0.508769;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000598103;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:2:1:69:70:0.985915:28:41:1:1:28:42:0:1 chr10 135216218 . C T 129.27 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0826878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8732;QD=12.9274;RBI=0.0972537;REFB=-0.0139283;REVB=0.0511959;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106613;STB=0.575656;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0281979;OID=.;OPOS=135216218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:6:9:12:12:6:9:12:13 chr10 135233541 . A G 1585.65 PASS AF=0.981481;AO=102;DP=106;FAO=106;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.651;QD=58.7277;RBI=0.00138418;REFB=0;REVB=0.000294428;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135748;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:108:0:0:102:106:0.981481:40:62:0:0:42:64:0:0 chr10 135271789 . C T 886.78 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00644809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.107;QD=56.3036;RBI=0.0176241;REFB=-0.138508;REVB=0.0164022;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209702;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000660966;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:22:39:0:1:23:39:1:0 chr10 135278193 . A G 500.76 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.848;QD=58.9127;RBI=0.0231369;REFB=0;REVB=-0.00152465;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90153e-05;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr10 135278244 . CTGGGGTGTGGGGT CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA 188.86 PASS AF=0.75,0.25;AO=8,5;DP=17;FAO=12,4;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201401,0.0232512;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=163.491,88.5869;QD=47.2156;RBI=0.0551795,0.0240183;REFB=0,0;REVB=0.0513727,-0.00602174;RO=0;SAF=7,3;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0338329,0.0221427;OID=.,.;OPOS=135278245,135278257;OREF=TGGGGTG,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:8,5:17:12,4:16:0:8,2:4,2:0:0:23:0:7,3:1,2:0:0 chr10 135279809 . AT AG,GG 420.08 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258862,0.00561532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=197.793,185.659;QD=56.0112;RBI=0.0260393,0.0214387;REFB=0,0;REVB=0.00282019,-0.0206902;RO=0;SAF=18,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0032432,0.00663106;OID=.,.;OPOS=135279810,135279809;OREF=T,AT;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:10,2:18,0:0:0:10,2:18,0:0:0 chr10 135280765 . C T 1212.82 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.347;QD=59.8926;RBI=0.0225893;REFB=-0.058171;REVB=0.00951691;RO=1;SAF=51;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919411;STB=0.504853;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000451829;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:29:51:1:0:29:51:1:0 chr10 135347397 . T C 958.19 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9568;QD=57.2051;RBI=0.0297629;REFB=-0.0771637;REVB=-0.0242247;RO=1;SAF=51;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304518;STB=0.516124;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0049501;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:15:51:0:1:15:51:0:1 chr10 135351362 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.153;QD=62.3498;RBI=0.0162943;REFB=0;REVB=-0.00191011;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.986e-05;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr10 135368163 . A G 181.36 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0125258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.901;QD=16.487;RBI=0.0125274;REFB=-0.000141597;REVB=0.000201763;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627176;STB=0.503593;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000121439;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:13:12:9:10:13:12 chr10 135368590 . T C 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00829866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.712;QD=13.7269;RBI=0.0117753;REFB=-0.00494382;REVB=-0.00835406;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323723;STB=0.685561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00401167;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:21:15:18:7:21:15 chr10 135369532 . T C 384.84 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0350848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9316;QD=20.8022;RBI=0.0587329;REFB=-0.0296858;REVB=-0.0471021;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892899;STB=0.55491;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0257303;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:35:38:39:0.527027:20:18:13:22:20:19:13:22 chr10 135370343 . G A 154.38 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0577802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8936;QD=10.6469;RBI=0.0590247;REFB=-0.017054;REVB=0.0120564;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200833;STB=0.617838;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0333563;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:13:7:20:18:13:7:20:18 chr10 135370633 . C T 57.52 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0886807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0357;QD=13.5333;RBI=0.0959273;REFB=0.0384421;REVB=0.0365757;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298237;STB=0.682379;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0144527;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:3:6:7:1:3:6 chr10 135372870 . C G 209.74 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0256556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.131;QD=18.6432;RBI=0.0382767;REFB=-0.019934;REVB=-0.0284059;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223937;STB=0.5127;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0231699;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:12:12:11:10:12:12 chr10 135373591 . C T 77.31 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0732364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8716;QD=13.4446;RBI=0.0733292;REFB=-0.0133855;REVB=0.00368701;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239425;STB=0.641907;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.032932;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:7:6:7:3:7:6 chr10 135381443 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0192883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.997;QD=12.3962;RBI=0.0216778;REFB=-0.0409029;REVB=0.00989383;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0644321;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr10 135381623 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.437;QD=51.1843;RBI=0.020697;REFB=0;REVB=-0.00276546;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83535e-05;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr10 135381766 . C T 361.75 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.076529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.344;QD=51.6791;RBI=0.0830949;REFB=-0.136747;REVB=0.032374;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00118828;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chr10 135381927 . T G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.806;QD=49.5935;RBI=0.0440122;REFB=0;REVB=-0.0431143;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165339;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr10 135440203 . A T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0186929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.714;QD=22.5807;RBI=0.0266423;REFB=-0.0117901;REVB=0.0189839;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191213;STB=0.607311;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00531567;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:1:6:7:5:1:6 chr11 193722 . A G 43.23 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0518396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.565;QD=5.5775;RBI=0.057936;REFB=0.000998805;REVB=-0.0258697;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446805;STB=0.811518;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00999066;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:1:6:12:11:1:6:12:12 chr11 193863 . T C 564.0 PASS AF=0.79661;AO=45;DP=59;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0431202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.933;QD=38.2373;RBI=0.0494103;REFB=0.00252262;REVB=0.0241253;RO=12;SAF=24;SAR=21;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782247;STB=0.536008;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000709679;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:12:12:45:47:0.79661:21:24:4:8:23:24:4:8 chr11 193865 . T G 251.72 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0126198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9544;QD=17.0654;RBI=0.0312135;REFB=-0.00478918;REVB=0.0285486;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330929;STB=0.685789;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00368372;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:9:19:10:21:9:19:10:21 chr11 197337 . G A 409.14 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00647932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.344;QD=23.3793;RBI=0.00886215;REFB=0.00187541;REVB=0.00604617;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448585;STB=0.51816;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00116851;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:17:23:15:14:17:23:16:14 chr11 214421 . G C 303.62 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0548607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.348;QD=25.8404;RBI=0.0594415;REFB=-0.0217365;REVB=-0.0228821;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431581;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0181509;OID=.;OPOS=214421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:15:12:9:11:15:12:9:11 chr11 223796 . A G 140.83 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00457066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2046;QD=13.1003;RBI=0.012415;REFB=-0.00370679;REVB=0.011543;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948443;STB=0.545397;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0310691;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:6:10:14:12:6:10:15:12 chr11 223832 . C A 239.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.108;QD=50.3916;RBI=0.0548679;REFB=0;REVB=0.0415671;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924332;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr11 233067 . C T 313.57 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.00408784;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.91;QD=20.2306;RBI=0.0143615;REFB=-0.0114198;REVB=-0.0137674;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252653;STB=0.642985;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0105232;OID=.;OPOS=233067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:29:32:33:0.532258:16:16:6:23:16:17:6:23 chr11 233212 . C A 44.43 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00888555;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5516;QD=5.92385;RBI=0.0485788;REFB=-0.00579409;REVB=-0.0477592;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045161;STB=0.529329;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0134881;OID=.;OPOS=233212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:9:14:4:3:9:14 chr11 237087 . A G 851.15 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.256;QD=57.7049;RBI=0.0204524;REFB=0;REVB=-0.0151432;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84501e-06;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:30:29:0:0 chr11 244106 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8633;QD=55.6546;RBI=0.0341559;REFB=0;REVB=0.0341295;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716071;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr11 244108 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.924;QD=55.0987;RBI=0.0146091;REFB=0;REVB=0.0143116;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25544e-05;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 244115 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.55;QD=55.0984;RBI=0.0348753;REFB=0;REVB=0.0256139;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373465;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 244129 . C T 393.15 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7379;QD=56.1642;RBI=0.0263566;REFB=0;REVB=-0.0210012;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42578e-05;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr11 244141 . G A 340.42 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.872;QD=54.4668;RBI=0.0279519;REFB=0;REVB=0.019987;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134717;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 244167 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0599247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8509;QD=49.3978;RBI=0.060269;REFB=-0.0720033;REVB=0.00643301;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00165742;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:1:0:10:13:1:0 chr11 244171 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.004;QD=53.9112;RBI=0.0273928;REFB=0;REVB=0.0154032;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82631e-05;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr11 244197 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.926;QD=51.1846;RBI=0.0333277;REFB=0;REVB=-0.00419179;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164192;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 244414 . C T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4484;QD=60.6059;RBI=0.0174558;REFB=0;REVB=-0.0140626;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11247e-05;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr11 244490 . ATACCTTTTAGTACCTTTTAGA ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA 388.18 PASS AF=0,1;AO=4,21;DP=28;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204901,0.0243651;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=213.984,341.41;QD=55.4541;RBI=0.0244051,0.0420406;REFB=0,0;REVB=0.0132577,0.0342601;RO=0;SAF=0,9;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,9.72528e-05;OID=.,.;OPOS=244501,244491;OREF=TACCTTTTAGA,TACCTTTTAG;OALT=-,-;OMAPALT=ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,21:28:0,28:28:0:0,10:0,18:0:0:4:0:0,9:4,12:0:0 chr11 250877 . C T 134.55 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0115319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.466;QD=14.5462;RBI=0.0135115;REFB=-0.00649228;REVB=-0.00704095;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.505148;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00707355;OID=.;OPOS=250877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:9:6:9:12:9:7:9:12 chr11 280221 . A C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0781526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.023;QD=26.0265;RBI=0.0781915;REFB=0.0299134;REVB=-0.0024653;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00287059;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr11 280816 . AT TC 359.51 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0253186;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.73;QD=19.6993;RBI=0.0550053;REFB=-0.0130879;REVB=-0.0488319;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229273;STB=0.627125;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.0151529;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:22:15:24:12:22:15:24:12 chr11 284538 . T C 169.62 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0346049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.381;QD=18.847;RBI=0.0366776;REFB=-0.0306211;REVB=-0.0121551;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0541551;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:9:8:9:9:9:9:9:9 chr11 290816 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.4;QD=57.1769;RBI=0.0166034;REFB=0;REVB=-0.0130493;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96319e-06;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr11 290891 . T C 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0128132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.654;QD=26.4611;RBI=0.0366081;REFB=-0.0324752;REVB=-0.0342924;RO=18;SAF=21;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289544;STB=0.662023;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.017662;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:5:21:9:9:5:21:9:9 chr11 290918 . G A 330.84 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0184644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.328;QD=25.4495;RBI=0.0250242;REFB=-0.0232004;REVB=-0.0168901;RO=20;SAF=22;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178576;STB=0.598382;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0297178;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:10:22:9:11:10:22:9:11 chr11 293188 . T C 259.75 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0670848;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.526;QD=20.3725;RBI=0.074871;REFB=-0.0316841;REVB=0.0332461;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0332159;OID=.;OPOS=293188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:27:27:0.529412:9:18:15:8:9:18:16:8 chr11 299411 . C G 229.65 PASS AF=0.511111;AO=18;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0614056;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.027;QD=20.4136;RBI=0.0631905;REFB=-0.0301035;REVB=-0.0149127;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699535;STB=0.619128;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0238108;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:11:22:18:23:0.511111:13:5:4:7:14:9:14:8 chr11 308290 . T C 758.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4644;QD=63.2226;RBI=0.0426717;REFB=0;REVB=0.00211847;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67678e-05;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:32:14:0:0:34:14:0:0 chr11 308314 . T C 726.4 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.341;QD=63.1649;RBI=0.0221345;REFB=0;REVB=-0.017329;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21855e-05;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:37:9:0:0:37:9:0:0 chr11 308354 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0413877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.715;QD=8.8118;RBI=0.0470908;REFB=-0.0108417;REVB=-0.0224632;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300331;STB=0.518481;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0196484;OID=.;OPOS=308354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:8:2:5:18:8:2:5:18 chr11 308362 . T TC 314.33 PASS AF=1;AO=4;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724889;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.079;QD=44.9042;RBI=0.0728242;REFB=0;REVB=-0.00698062;RO=26;SAF=0;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000355745;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:30:28:28:0:8:20:0:0:4:26:0:4:9:17 chr11 308363 . G C 392.9 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.99;QD=56.1286;RBI=0.0616915;REFB=0;REVB=-0.00708469;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340949;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr11 308426 . G C 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0501;QD=57.67;RBI=0.0107536;REFB=0;REVB=-0.00259016;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122497;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr11 309127 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.559;QD=64.4153;RBI=0.0466214;REFB=0;REVB=-0.0135878;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124135;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr11 314207 . C G 850.24 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0851986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1813;QD=57.6431;RBI=0.110166;REFB=0;REVB=0.0698406;RO=4;SAF=40;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151578;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:4:0:52:59:1:12:40:4:0:14:45:0:0 chr11 400040 . A G 331.45 PASS AF=0.492958;AO=36;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0120357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.809;QD=18.6733;RBI=0.0139978;REFB=-0.0133281;REVB=-0.00714706;RO=35;SAF=10;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205174;STB=0.605318;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.01033;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:36:35:0.492958:26:10:17:18:25:10:17:19 chr11 400109 . A G 483.63 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.593;QD=58.6215;RBI=0.0432091;REFB=0;REVB=0.0213924;RO=0;SAF=2;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265318;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:30:2:0:0:31:2:0:0 chr11 403980 . G A 385.91 PASS AF=0.52;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00457599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.711;QD=20.582;RBI=0.0494138;REFB=-0.026619;REVB=-0.0492015;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224553;STB=0.535252;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0309254;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:30:36:39:39:0.52:21:18:13:17:21:18:14:22 chr11 404317 . C T 170.12 PASS AF=0.45;AO=19;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.101179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4689;QD=17.0118;RBI=0.131053;REFB=-0.0273033;REVB=0.0832919;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462776;STB=0.555494;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0379734;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:19:18:0.45:9:10:10:11:8:10:10:12 chr11 404468 . G A 297.03 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0228195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7942;QD=18.2785;RBI=0.0831934;REFB=-0.0258325;REVB=0.0800025;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280041;STB=0.507688;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0227056;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:33:32:32:0.492308:16:16:15:17:16:16:16:17 chr11 406042 . AG A,AA 1215.16 PASS AF=0.025,0.975;AO=9,71;DP=82;FAO=2,78;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=2,41;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863656,0.0154667;FXX=0.0243873;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.18,177.132;QD=60.7582;RBI=0.0116588,0.0159112;REFB=0,0;REVB=-0.00783182,-0.00373437;RO=0;SAF=6,37;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.12261e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0150012,0.00261387;OID=.,.;OPOS=406043,406043;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:9,71:82:2,78:80:0:2,41:0,37:0:0:5:0:6,37:3,34:0:0 chr11 428385 . A G 201.63 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3264;QD=47.4424;RBI=0.0165392;REFB=0;REVB=0.0136714;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013419;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr11 428489 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00872016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.409;QD=20.8359;RBI=0.0357935;REFB=-0.00583098;REVB=0.034715;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536388;STB=0.815495;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0160173;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:4:1:8:1:4:1 chr11 429659 . C T 225.87 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00680973;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.817;QD=17.0471;RBI=0.00683148;REFB=-0.0143954;REVB=0.000544727;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069798;STB=0.503934;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0137659;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:11:17:15:10:11:17 chr11 431757 . C T 304.94 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0515117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.962;QD=17.6775;RBI=0.0544253;REFB=-0.0147131;REVB=0.0175686;RO=35;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258199;STB=0.652238;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0102615;OID=.;OPOS=431757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:23:10:20:15:23:10:21:15 chr11 431834 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1908;QD=51.1787;RBI=0.0482865;REFB=0;REVB=0.002567;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585538;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr11 433387 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.294;QD=57.1063;RBI=0.0158353;REFB=0;REVB=-0.00166624;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30088e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr11 490028 . G A 152.5 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0653793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.467;QD=7.01165;RBI=0.0656076;REFB=-0.010454;REVB=-0.00546903;RO=64;SAF=7;SAR=15;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17471;STB=0.613153;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0380932;OID=.;OPOS=490028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:65:22:22:0.252874:15:7:29:35:15:7:30:35 chr11 549959 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.458;QD=57.2026;RBI=0.0627404;REFB=0;REVB=0.0319103;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578868;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 551753 . G A 2540.21 PASS AF=0.982249;AO=163;DP=170;FAO=166;FDP=169;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0187822;FXX=0.028734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.702;QD=60.1234;RBI=0.0475797;REFB=-0.0935223;REVB=0.0437156;RO=2;SAF=70;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165995;STB=0.501608;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000135718;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:170:169:2:3:163:166:0.982249:93:70:1:1:96:70:1:2 chr11 554166 . C G 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.331;QD=57.5414;RBI=0.0257254;REFB=0;REVB=-0.00848631;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4399e-05;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr11 554214 . G C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.687;QD=57.3843;RBI=0.0842682;REFB=0;REVB=-0.00457192;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490307;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr11 556521 . C G 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6001;QD=60.958;RBI=0.0238314;REFB=0;REVB=-0.0237651;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286458;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr11 556857 . G C 713.79 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.486;QD=53.8711;RBI=0.0646193;REFB=-0.110088;REVB=0.0401781;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00139202;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:0:1:50:52:0.981132:30:20:0:0:31:21:1:0 chr11 557989 . C T 1549.15 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9035;QD=63.8825;RBI=0.084844;REFB=0;REVB=0.040141;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704983;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:37:60:0:0:37:60:0:0 chr11 558884 . C T 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.733;QD=53.2579;RBI=0.09685;REFB=0;REVB=0.00886123;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922288;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 559016 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.308;QD=37.4885;RBI=0.0406063;REFB=0;REVB=-0.0352659;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358957;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 610277 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.602;QD=60.2269;RBI=0.0625915;REFB=0;REVB=-0.0051195;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470767;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 614864 . C T 629.51 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0622754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.271;QD=57.2285;RBI=0.0628328;REFB=-0.205613;REVB=0.00835094;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208598;STB=0.521729;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00222926;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:42:42:0.954545:20:22:1:0:20:22:2:0 chr11 616970 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.679;QD=53.9112;RBI=0.0229929;REFB=0;REVB=0.0215564;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83353e-05;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 617537 . C T 786.53 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.073391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.882;QD=55.1949;RBI=0.0737973;REFB=-0.00464743;REVB=-0.00773373;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000379851;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:1:0:32:24:1:0 chr11 617967 . C G 1135.19 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.887;QD=60.5437;RBI=0.0996739;REFB=0;REVB=0.00942417;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132514;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:41:34:0:0 chr11 618998 . G A 418.94 PASS AF=0.8;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.155884;FXX=0.0697512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.768;QD=41.8935;RBI=0.156182;REFB=-0.0251849;REVB=0.0096436;RO=0;SAF=3;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.707155;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0019341;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:43:40:0:8:32:32:0.8:29:3:0:0:29:3:5:3 chr11 653968 . T C 133.41 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0124598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.774;QD=15.6956;RBI=0.0126085;REFB=-0.0276286;REVB=0.0019305;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072901;STB=0.542112;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.02548;OID=.;OPOS=653968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:10:9:6:9:10:9 chr11 720197 . C T 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.033057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6521;QD=18.64;RBI=0.034358;REFB=-0.0251407;REVB=0.00936544;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119823;STB=0.55432;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0255854;OID=.;OPOS=720197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:11:10:8:15:11:10:9:15 chr11 721570 . C T 321.46 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0191203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.185;QD=23.8117;RBI=0.0464546;REFB=-0.00716314;REVB=0.0423373;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230888;STB=0.629554;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00652788;OID=.;OPOS=721570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:15:16:18:4:16:16:18:4 chr11 771034 . A G 707.81 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0607;QD=62.9161;RBI=0.0604205;REFB=0;REVB=-0.0152046;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361101;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 772490 . G A 227.93 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0160627;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2987;QD=20.7209;RBI=0.0610533;REFB=-0.0294131;REVB=0.0589024;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17177;STB=0.626606;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0313831;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:22:22:22:0.5:16:6:9:11:16:6:11:11 chr11 790762 . G A 113.09 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0533378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.4786;QD=19.6675;RBI=0.0558522;REFB=-0.00967176;REVB=0.0165695;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416756;STB=0.526986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0066586;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:23:9:10:12:13:0.565217:6:6:4:5:7:6:4:6 chr11 793582 . C CG 35.73 PASS AF=0.183099;AO=14;DP=73;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0753348;FXX=0.013887;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.8555;QD=2.01291;RBI=0.0812263;REFB=-0.00829357;REVB=-0.0303708;RO=58;SAF=12;SAR=2;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603751;STB=0.74345;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.190003;OID=.;OPOS=793583;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183099:14:73:13:71:58:9:4:22:36:35:58:12:2:20:38 chr11 804212 . C A 306.71 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0333427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.725;QD=18.3111;RBI=0.0451615;REFB=-0.0252882;REVB=0.0304602;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23328;STB=0.625595;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.038613;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:33:34:32:33:0.492537:17:15:24:9:18:15:24:10 chr11 822560 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0086218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.566;QD=6.85044;RBI=0.00862244;REFB=-0.00489498;REVB=0.000104696;RO=31;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231724;STB=0.649667;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0106315;OID=.;OPOS=822560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:2:8:20:11:2:8:20:11 chr11 822588 . C T 112.95 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00221305;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.693;QD=15.5786;RBI=0.0117641;REFB=-0.0173938;REVB=0.011554;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42628;STB=0.757377;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0227203;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:1:12:11:5:1:12:11:5 chr11 823861 . C CG,G 32.33 PASS AF=0.137255,0;AO=12,2;DP=51;FAO=7,0;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0189241,-0.0355612;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=64.1968,146;QD=2.53588;RBI=0.0738248,0.0590348;REFB=-0.00416471,-0.00971642;REVB=-0.0713581,-0.0471223;RO=34;SAF=10,1;SAR=2,1;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.466512,0.025163;STB=0.635956,0.5;STBP=0.513,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.122025,0;OID=.,.;OPOS=823862,823861;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:51:51:34:44:12,2:7,0:0.137255,0:2,1:10,1:16:18:2,0:5,0:25:19 chr11 824428 . G T 654.29 PASS AF=0.567568;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0163463;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.21;QD=23.5782;RBI=0.0193806;REFB=-0.00945251;REVB=0.0104119;RO=42;SAF=37;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298955;STB=0.511016;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00558622;OID=.;OPOS=824428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:42:48:63:63:0.567568:26:37:23:19:26:37:27:21 chr11 828916 . G A 390.21 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0125012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.288;QD=19.0344;RBI=0.0127894;REFB=-0.016742;REVB=0.00269953;RO=42;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256524;STB=0.514279;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0165677;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:23:17:19:23:23:17:19:23 chr11 829539 . A G 556.65 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0272712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.616;QD=22.7204;RBI=0.0362289;REFB=-0.0344718;REVB=-0.0238498;RO=45;SAF=15;SAR=37;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167917;STB=0.588824;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0300341;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:46:52:52:0.530612:37:15:21:24:37:15:21:25 chr11 830487 . C T 99.31 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0684039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.359;QD=26.4825;RBI=0.0684402;REFB=-0.0444263;REVB=0.00222816;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680141;STB=0.53839;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0591251;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:2:2:7:4:2:2 chr11 831122 . C T 202.84 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0150971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.456;QD=16.2272;RBI=0.0151594;REFB=-0.0186166;REVB=0.00137291;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208926;STB=0.60293;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0280655;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:11:9:19:10:11:10:19:10 chr11 837582 . G A 230.93 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0622911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9035;QD=16.4952;RBI=0.0651712;REFB=-0.00497299;REVB=-0.01916;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152328;STB=0.586139;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0143215;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:9:17:15:15:9:17:15:15 chr11 840477 . A G 94.7 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0121026;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.505;QD=18.9406;RBI=0.0232631;REFB=-0.0184835;REVB=-0.0198671;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0200052;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:3:6:7:4:3:6 chr11 862652 . T C 556.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8295;QD=60.186;RBI=0.0444963;REFB=0;REVB=-0.040383;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000978145;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:8:29:0:0:8:29:0:0 chr11 870095 . G A 202.74 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0205037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.895;QD=20.7942;RBI=0.0229674;REFB=-0.0191482;REVB=0.0103489;RO=18;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680106;STB=0.545412;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0152717;OID=.;OPOS=870095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:17:3:2:16:17:3:2:17 chr11 870446 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0131758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.467;QD=13.774;RBI=0.0322509;REFB=-0.00844586;REVB=-0.0294367;RO=30;SAF=17;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444221;STB=0.755262;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0121921;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:3:17:15:15:3:17:16:15 chr11 900929 . C G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00170816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.447;QD=14.652;RBI=0.032733;REFB=0.0265619;REVB=0.0326884;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0360636;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:4:4:3:5:4:4 chr11 903070 . G C 594.37 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.647;QD=60.9614;RBI=0.00978172;REFB=0;REVB=0.00963351;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10162e-05;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 985547 . C T 130.3 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00225126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.952;QD=13.3645;RBI=0.0182717;REFB=-0.00950168;REVB=-0.0181325;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285454;STB=0.679749;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0131429;OID=.;OPOS=985547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:4:10:11:13:4:11:11:13 chr11 1010649 . C T 143.38 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0493808;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.252;QD=13.988;RBI=0.0523307;REFB=-0.0076542;REVB=-0.0173217;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173098;STB=0.599883;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00522693;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:7:18:9:7:7:18 chr11 1010694 . C T 196.43 PASS AF=0.72;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.040338;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3731;QD=31.4289;RBI=0.0476609;REFB=-0.000183209;REVB=-0.0253852;RO=7;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450981;STB=0.524971;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00150396;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:27:25:7:7:18:18:0.72:14:4:2:5:14:4:2:5 chr11 1013987 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0553198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9831;QD=25.6499;RBI=0.0560604;REFB=-0.0145093;REVB=0.00908252;RO=17;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12867;STB=0.584546;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0161156;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:16:9:9:8:16:9:10:8 chr11 1016588 . G C 51.93 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00361682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.244;QD=9.44106;RBI=0.00393286;REFB=-0.0201822;REVB=0.00154468;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885977;STB=0.583112;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0421599;OID=.;OPOS=1016588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:22:22:14:14:7:8:0.363636:5:2:5:9:6:2:5:9 chr11 1016594 . A G 66.19 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0365919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1348;QD=12.0351;RBI=0.155794;REFB=-0.028078;REVB=-0.151436;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.619962;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0429367;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:10:13:9:9:0.409091:7:2:4:6:7:2:5:8 chr11 1016604 . ACT GGC 116.3 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0252581;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=3;MLLD=105.796;QD=17.8921;RBI=0.0434959;REFB=-0.0227455;REVB=-0.0354108;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976611;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=mnp;VARB=0.0143187;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:11:13:13:13:0.5:8:5:3:8:8:5:3:10 chr11 1016614 . G T 277.81 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0445251;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0895;QD=25.843;RBI=0.0454326;REFB=0.0465385;REVB=0.00903544;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694597;STB=0.530782;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.035563;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:18:25:25:0.581395:18:7:4:15:18:7:4:14 chr11 1016618 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0189772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.075;QD=19.1095;RBI=0.0246416;REFB=-0.0253598;REVB=0.0157185;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12984;STB=0.571936;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0232203;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:20:7:4:22:20:7:4:22 chr11 1016704 . C A 66.62 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=47;FWDB=-0.0865636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9478;QD=3.86206;RBI=0.0900099;REFB=-0.013386;REVB=-0.024668;RO=55;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262312;STB=0.675614;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0722101;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:67:69:55:57:12:12:0.173913:11:1:10:45:11:1:10:47 chr11 1016724 . A G 98.99 PASS AF=0.225352;AO=15;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=45;FWDB=-0.0225209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.527;QD=5.57688;RBI=0.0257094;REFB=-0.0227661;REVB=-0.0124009;RO=53;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223365;STB=0.575671;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0585914;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:71:71:53:55:15:16:0.225352:12:3:10:43:12:4:10:45 chr11 1016776 . C T 220.29 PASS AF=0.48;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0133423;FXX=0.107124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.746;QD=17.6229;RBI=0.0230239;REFB=-0.0405799;REVB=-0.0187639;RO=26;SAF=5;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306557;STB=0.517312;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0390378;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:50:26:26:24:24:0.48:19:5:6:20:19:5:6:20 chr11 1016779 . G A 38.6 PASS AF=0.127273;AO=6;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.060262;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.065;QD=2.80721;RBI=0.0627196;REFB=-0.00521036;REVB=-0.0173849;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774157;STB=0.59968;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0843464;OID=.;OPOS=1016779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:55:55:48:48:6:7:0.127273:5:1:10:38:6:1:10:38 chr11 1016789 . T A 62.76 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=0.0308155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2279;QD=4.25502;RBI=0.031214;REFB=-0.012999;REVB=0.00497164;RO=48;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24654;STB=0.670759;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0986293;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:59:59:48:48:11:11:0.186441:10:1:9:39:10:1:9:39 chr11 1016795 . C G 45.6 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=40;FWDB=-0.0520281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7689;QD=3.25747;RBI=0.0791719;REFB=-0.00208179;REVB=-0.0596763;RO=43;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682653;STB=0.605036;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0274608;OID=.;OPOS=1016795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:43:48:9:8:0.142857:7:2:8:35:6:2:8:40 chr11 1016800 . G A 110.0 PASS AF=0.215686;AO=10;DP=52;FAO=11;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0316758;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.115;QD=8.62778;RBI=0.0432882;REFB=-0.0307742;REVB=-0.0295045;RO=35;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285001;STB=0.729398;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.108058;OID=.;OPOS=1016800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:52:51:35:36:10:11:0.215686:9:1:8:27:10:1:9:27 chr11 1016802 . T A 67.97 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0573077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.662;QD=5.54869;RBI=0.0643078;REFB=-0.014955;REVB=-0.0291774;RO=37;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306067;STB=0.697187;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.113867;OID=.;OPOS=1016802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:49:37:39:10:10:0.204082:9:1:9:28:9:1:9:30 chr11 1016810 . G T 150.4 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=48;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0150243;FXX=0.227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.349;QD=17.694;RBI=0.0792156;REFB=-0.0387458;REVB=-0.0777778;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358427;STB=0.856326;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0944516;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:34:29:15:9:10:0.294118:8:1:9:20:9:1:9:6 chr11 1016825 . G A 58.64 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=69;FWDB=0.0265537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1218;QD=2.69606;RBI=0.0428925;REFB=-0.00525925;REVB=-0.0336849;RO=75;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253892;STB=0.663665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0433297;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:87:87:75:75:12:12:0.137931:10:2:6:69:10:2:6:69 chr11 1016833 . G T 42.19 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=80;FWDB=-0.0153065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.354;QD=1.72201;RBI=0.0265972;REFB=-0.00514584;REVB=0.0217513;RO=84;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259698;STB=0.687237;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0473927;OID=.;OPOS=1016833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:98:84:88:10:10:0.102041:8:2:8:76:8:2:8:80 chr11 1016834 . G A 70.87 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=74;FWDB=0.0787845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6731;QD=2.9226;RBI=0.0811574;REFB=-0.00866759;REVB=0.0194814;RO=78;SAF=1;SAR=13;SRF=9;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159472;STB=0.598914;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0857062;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:97:97:78:83:14:14:0.14433:13:1:9:69:13:1:9:74 chr11 1016869 . AG CA,TG 547.62 PASS AF=0.102564,0.538462;AO=8,42;DP=84;FAO=8,42;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=1,9;FSAR=7,33;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00721498,0.0159242;FXX=0.0714201;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=155.933,106.452;QD=28.0829;RBI=0.00956553,0.0192281;REFB=-0.0171744,-0.0191323;REVB=0.00628041,-0.0107769;RO=27;SAF=1,9;SAR=7,33;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.306345,-0.0823011;STB=0.6994,0.540442;STBP=0.298,0.492;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0620851,0.0126163;OID=.,.;OPOS=1016869,1016869;OREF=AG,A;OALT=CA,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:78:27:28:8,42:8,42:0.102564,0.538462:7,33:1,9:8:19:7,33:1,9:8:20 chr11 1016887 . G A 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0385732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.675;QD=2.84585;RBI=0.0390949;REFB=-0.00700666;REVB=-0.00636527;RO=47;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255632;STB=0.697012;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0386162;OID=.;OPOS=1016887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:6:1:14:33:6:1:14:33 chr11 1016889 . GG AA,GA 91.35 PASS AF=0.1,0.16;AO=5,8;DP=48;FAO=5,8;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=1,4;FSAR=4,4;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0109956,-0.0076238;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=154.351,176.551;QD=7.30762;RBI=0.0315757,0.0379756;REFB=-0.0125982,-0.0162105;REVB=-0.0295994,-0.0372025;RO=35;SAF=1,4;SAR=4,4;SRF=10;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130879,0.267997;STB=0.586292,0.688484;STBP=0.741,0.311;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0469615,0.0502617;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:48:50:35:37:5,8:5,8:0.1,0.16:4,4:1,4:10:25:4,4:1,4:10:27 chr11 1016894 . G A 57.05 PASS AF=0.219512;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0290414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.975;QD=5.56612;RBI=0.0291037;REFB=-0.0224916;REVB=0.00190365;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272131;STB=0.706407;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0717079;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:40:41:32:32:8:9:0.219512:4:4:9:23:4:5:9:23 chr11 1016914 . G T 64.9 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0410647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1197;QD=9.98472;RBI=0.102599;REFB=-0.0418161;REVB=0.0940224;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273865;STB=0.666296;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0510972;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:10:7:6:3:10:7 chr11 1016928 . C G 199.71 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0271647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.698;QD=36.3116;RBI=0.0680052;REFB=-0.0829478;REVB=0.0623442;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12193;STB=0.566935;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0293679;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:11:7:3:1:11:7:3:1 chr11 1016933 . C T 35.36 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0345433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.771;QD=5.4399;RBI=0.0483542;REFB=-0.0258604;REVB=-0.0338363;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107663;STB=0.555366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0917641;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:4:2:8:11:4:2:8:12 chr11 1017029 . T G 292.74 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=0.0199944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2184;QD=17.22;RBI=0.0512313;REFB=-0.0281153;REVB=-0.0471685;RO=35;SAF=3;SAR=29;SRF=2;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11183;STB=0.565832;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0185814;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:29:3:2:33:29:3:2:34 chr11 1017069 . G A 59.07 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=67;FWDB=-0.0406239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2956;QD=2.71578;RBI=0.0406259;REFB=-0.0166249;REVB=0.00040561;RO=75;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159607;STB=0.606151;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0607801;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:75:75:12:12:0.137931:10:2:8:67:10:2:8:67 chr11 1017084 . G A 223.86 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=63;FWDB=-0.00792994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.66;QD=8.77896;RBI=0.0103713;REFB=-0.0127839;REVB=-0.00668437;RO=72;SAF=8;SAR=22;SRF=9;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253234;STB=0.645083;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0351076;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:72:30:30:0.294118:22:8:9:63:22:8:9:63 chr11 1017110 . C T 150.15 PASS AF=0.215686;AO=24;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=65;FWDB=-0.00884147;FXX=0.0642143;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.47;QD=5.88807;RBI=0.00925253;REFB=-0.0165858;REVB=-0.00272724;RO=76;SAF=3;SAR=21;SRF=14;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142635;STB=0.666481;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0763466;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:76:80:24:22:0.215686:21:3:14:62:20:2:15:65 chr11 1017112 . GT CC,GC 260.7 PASS AF=0.221053,0.136842;AO=23,20;DP=103;FAO=21,13;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=2,2;FSAR=19,11;FSRF=12;FSRR=49;FWDB=0.0044738,0.043698;FXX=0.0776624;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=152.801,125.075;QD=10.9767;RBI=0.023952,0.0450402;REFB=-0.0216367,-0.0222061;REVB=0.0235304,0.0109133;RO=54;SAF=3,2;SAR=20,18;SRF=10;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.124751,-0.217054;STB=0.661505,0.561941;STBP=0.214,0.729;TYPE=mnp,snp;VARB=0.043252,0.00381675;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:95:54:61:23,20:21,13:0.221053,0.136842:20,18:3,2:10:44:19,11:2,2:12:49 chr11 1017173 . G A 451.45 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=46;FWDB=0.0206379;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.888;QD=17.1982;RBI=0.0206604;REFB=-0.0358063;REVB=-0.00096381;RO=56;SAF=7;SAR=41;SRF=10;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601275;STB=0.536826;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0411629;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:48:49:0.466667:41:7:10:46:42:7:10:46 chr11 1017183 . G T 116.44 PASS AF=0.190476;AO=20;DP=105;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=75;FWDB=0.0671022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3227;QD=4.43597;RBI=0.0678107;REFB=-0.0108344;REVB=-0.00977671;RO=85;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34085;STB=0.704339;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0404966;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:85:85:20:20:0.190476:14:6:10:75:14:6:10:75 chr11 1017220 . T C 490.94 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.000770986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.288;QD=25.8387;RBI=0.00530506;REFB=-0.0656651;REVB=-0.00524874;RO=30;SAF=12;SAR=34;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165103;STB=0.589337;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0864705;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:34:12:3:27:34:12:3:27 chr11 1017231 . A G 409.58 PASS AF=0.569444;AO=34;DP=65;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=28;FWDB=0.0319874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.428;QD=22.7543;RBI=0.0327061;REFB=-0.0430257;REVB=0.00681865;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=3;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282983;STB=0.618997;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0433388;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:31:31:34:41:0.569444:21:13:3:28:28:13:3:28 chr11 1017239 . CG TA 272.1 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=32;FWDB=0.031904;FXX=0.0714184;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.504;QD=16.7446;RBI=0.0324641;REFB=-0.0287548;REVB=-0.00600418;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=3;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292158;STB=0.666578;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=0.0248504;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:65:35:35:29:30:0.461538:20:9:3:32:20:10:3:32 chr11 1017302 . G C 35.37 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=45;FWDB=0.0931893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7686;QD=2.52623;RBI=0.095091;REFB=-0.0151184;REVB=0.0189224;RO=49;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188387;STB=0.629337;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.120595;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:56:56:49:49:7:7:0.125:6:1:4:45:6:1:4:45 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 304.9 PASS AF=0,0.795455,0.204545;AO=14,8,7;DP=40;FAO=0,35,9;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,1;FSAR=0,31,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.304279,0.574515,0.094044;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=13.4156,8.16583,132.661;QD=27.7177;RBI=0.386054,0.576103,0.11214;REFB=0,0,0;REVB=-0.237597,-0.0427413,-0.0610823;RO=5;SAF=0,0,1;SAR=14,8,6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.837061,-0.79802,-0.413035;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0196132,0.0974648;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.795455,0.204545:14,8,7:40:0,35,9:44:0:0,4,1:0,31,8:0:0:52:5:0,0,1:14,8,6:3:2 chr11 1017325 . A C 104.02 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=39;FWDB=-0.0280956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8534;QD=7.29982;RBI=0.0440404;REFB=-0.0203004;REVB=-0.0339145;RO=40;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294949;STB=0.679828;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0675622;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:42:15:15:0.263158:12:3:3:37:12:3:3:39 chr11 1017337 . TC CA 55.57 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=48;FWDB=-0.0277316;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.183;QD=3.58503;RBI=0.038388;REFB=-0.00571918;REVB=-0.0265442;RO=52;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447924;STB=0.770713;STBP=0.335;TYPE=mnp;VARB=0.0481116;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:62:52:52:10:10:0.16129:7:3:4:48:7:3:4:48 chr11 1017384 . G C 51.42 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.00573783;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.042;QD=5.14176;RBI=0.0215314;REFB=-0.00392971;REVB=-0.0207528;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330594;STB=0.705494;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0124404;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:40:32:32:8:8:0.2:5:3:5:27:5:3:5:27 chr11 1017418 . TGGG TGG,TGGT 131.79 PASS AF=0.25,0.625;AO=5,8;DP=16;FAO=4,10;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=0,5;FSAR=4,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0134168,-0.0157578;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.9445,42.553;QD=32.9474;RBI=0.143578,0.0736383;REFB=0.0287801,0.0541055;REVB=-0.14295,0.0719325;RO=2;SAF=0,5;SAR=5,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.78221,-0.14689;STB=0.996649,0.583171;STBP=0.036,0.27;TYPE=del,snp;VARB=0.0639426,-0.0103812;OID=.,.;OPOS=1017419,1017421;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.625:5,8:16:4,10:16:2:0,5:4,5:2:0:20:2:0,5:5,3:2:0 chr11 1017440 . C T 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.000101561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.265;QD=7.96495;RBI=0.0233867;REFB=-0.00995773;REVB=-0.0233865;RO=26;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179056;STB=0.607661;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0353456;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:8:2:3:23:8:2:3:23 chr11 1017443 . C G 50.0 PASS AF=0.235294;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0173703;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.943;QD=5.88291;RBI=0.0238386;REFB=-0.00954923;REVB=-0.0163264;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225524;STB=0.608462;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0505192;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:36:34:26:26:7:8:0.235294:5:2:4:22:6:2:4:22 chr11 1017744 . T C 82.63 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=69;FWDB=0.0177589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.843;QD=3.63229;RBI=0.0177929;REFB=-0.0128825;REVB=0.00109945;RO=72;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111466;STB=0.583533;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0400753;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:87:91:72:76:15:15:0.164835:13:2:7:65:13:2:7:69 chr11 1017746 . T G 160.67 PASS AF=0.25;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=61;FWDB=0.0052576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9417;QD=6.98571;RBI=0.00874395;REFB=-0.00904225;REVB=-0.00698673;RO=68;SAF=2;SAR=21;SRF=8;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104334;STB=0.561439;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0103841;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:68:69:23:23:0.25:21:2:8:60:21:2:8:61 chr11 1017773 . G A 188.71 PASS AF=0.268041;AO=25;DP=97;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=-0.00273994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7248;QD=7.78169;RBI=0.0173573;REFB=-0.0103068;REVB=0.0171397;RO=69;SAF=1;SAR=24;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568566;STB=0.873135;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0665526;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:71:25:26:0.268041:24:1:19:50:25:1:20:51 chr11 1017783 . A G 341.63 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.012077;FXX=0.144217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.28;QD=15.3543;RBI=0.0276334;REFB=-0.0136198;REVB=-0.0248547;RO=50;SAF=7;SAR=30;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233425;STB=0.607415;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0130729;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:89:50:51:37:38:0.426966:30:7:18:32:30:8:18:33 chr11 1017789 . A C 71.59 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=69;FWDB=-0.0103759;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.452;QD=2.6032;RBI=0.0334789;REFB=-0.0026064;REVB=-0.0318305;RO=93;SAF=3;SAR=12;SRF=26;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134098;STB=0.588704;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.050934;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:109:110:93:95:15:15:0.136364:12:3:26:67:12:3:26:69 chr11 1017793 . T G 95.2 PASS AF=0.163636;AO=18;DP=108;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=64;FWDB=0.00149068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3786;QD=3.4618;RBI=0.0348944;REFB=0.00371756;REVB=-0.0348625;RO=90;SAF=3;SAR=15;SRF=27;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231773;STB=0.662187;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0247661;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:108:110:90:92:18:18:0.163636:15:3:27:63:15:3:28:64 chr11 1017797 . C G 89.59 PASS AF=0.172727;AO=13;DP=105;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=-0.0266312;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.299;QD=3.25797;RBI=0.0328179;REFB=-0.0125133;REVB=-0.0191779;RO=91;SAF=3;SAR=10;SRF=28;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11817;STB=0.6861;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0666005;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:105:110:91:91:13:19:0.172727:10:3:28:63:16:3:29:62 chr11 1017834 . G A 75.38 PASS AF=0.137931;AO=14;DP=114;FAO=16;FDP=116;FR=.;FRO=100;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=69;FWDB=-0.0178179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.509;QD=2.59926;RBI=0.0191094;REFB=-0.00680077;REVB=0.00690599;RO=100;SAF=2;SAR=12;SRF=31;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278854;STB=0.735315;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0360242;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:114:116:100:100:14:16:0.137931:12:2:31:69:14:2:31:69 chr11 1017845 . C G 329.62 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0888722;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.366;QD=12.4384;RBI=0.0902408;REFB=-0.0368539;REVB=-0.015657;RO=63;SAF=4;SAR=36;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430854;STB=0.763472;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0459408;OID=.;OPOS=1017845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:66:40:40:0.377358:36:4:22:41:36:4:24:42 chr11 1017858 . A G 290.97 PASS AF=0.336283;AO=37;DP=111;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=-0.05075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0008;QD=10.2997;RBI=0.0618874;REFB=-0.0552628;REVB=-0.0354189;RO=72;SAF=5;SAR=32;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282641;STB=0.684836;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0758861;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:72:75:37:38:0.336283:32:5:21:51:33:5:23:52 chr11 1017883 . C A 86.29 PASS AF=0.153153;AO=17;DP=107;FAO=17;FDP=111;FR=.;FRO=94;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=66;FWDB=-0.0255413;FXX=0.0430997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4138;QD=3.10942;RBI=0.0259989;REFB=-0.0121851;REVB=-0.00485642;RO=85;SAF=1;SAR=16;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512343;STB=0.849268;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0491462;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:107:111:85:94:17:17:0.153153:16:1:28:57:16:1:28:66 chr11 1017891 . GCA GCG,TGA 65.97 PASS AF=0.0784314,0;AO=9,5;DP=113;FAO=8,0;FDP=102;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=87;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=24;FSRR=63;FWDB=0.00799037,0.0139743;FXX=0.0892777;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.218,75.7745;QD=2.58715;RBI=0.0951216,0.0795957;REFB=-0.00623494,-0.0126263;REVB=-0.0947854,-0.0783594;RO=71;SAF=1,1;SAR=8,4;SRF=23;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.342281,-0.152797;STB=0.713642,0.5;STBP=0.338,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0855976,0;OID=.,.;OPOS=1017893,1017891;OREF=A,GC;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:113:102:71:87:9,5:8,0:0.0784314,0:8,4:1,1:23:48:7,0:1,0:24:63 chr11 1017935 . A G 147.01 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.064997;FXX=0.03571;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8284;QD=7.2599;RBI=0.0883886;REFB=-0.00862894;REVB=-0.0598994;RO=59;SAF=1;SAR=20;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585404;STB=0.874514;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0240086;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:59:60:21:21:0.259259:20:1:20:39:20:1:20:40 chr11 1018295 . T C 47.32 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0300628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8174;QD=11.1342;RBI=0.0300644;REFB=-0.013787;REVB=-0.000315467;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167433;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0218196;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:3:7:5:2:3:7 chr11 1018374 . T A 339.6 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0356244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3538;QD=48.5144;RBI=0.0565323;REFB=-0.0808133;REVB=0.0438954;RO=2;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062667;STB=0.533871;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0281774;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:21:5:1:1:21:5:1:1 chr11 1019375 . C T 1141.55 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.981;QD=60.0814;RBI=0.0188881;REFB=0;REVB=0.0174575;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342592;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:53:22:0:0:54:22:0:0 chr11 1026400 . CGGGGGGCA CGGGGGCA,CGGGGGCAG 51.96 PASS AF=0.219512,0.0731707;AO=18,5;DP=85;FAO=18,6;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=9,1;FSAR=9,5;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.132003,-0.09211;FXX=0.03529;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=9.07416,48.0561;QD=2.53484;RBI=0.159899,0.0959783;REFB=-0.0930762,-0.0116609;REVB=-0.0902373,-0.026974;RO=39;SAF=11,1;SAR=7,4;SRF=15;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0.533333,0;SSSB=0.256898,-0.24179;STB=0.592006,0.736286;STBP=0.398,0.298;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0436597,0.287314;OID=.,.;OPOS=1026401,1026406;OREF=G,GCA;OALT=-,CAG;OMAPALT=CGGGGGCA,CGGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512,0.0731707:18,5:85:18,6:82:58:9,1:9,5:22:36:40:39:11,1:7,4:15:24 chr11 1075747 . T C 1519.41 PASS AF=1;AO=88;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.611;QD=63.3088;RBI=0.0339848;REFB=0;REVB=0.0135365;RO=3;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30613e-05;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:3:0:88:96:1:41:47:0:3:44:52:0:0 chr11 1080576 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00837239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.91;QD=9.49528;RBI=0.0145762;REFB=-0.00818359;REVB=0.0119318;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332306;STB=0.699657;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00848344;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:16:8:7:4:16:8 chr11 1081074 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00887097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.211;QD=11.7419;RBI=0.00887097;REFB=-0.00872359;REVB=-9.46063e-07;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20658;STB=0.619097;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00804561;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:24:12:11:10:24:12 chr11 1081112 . G C 101.73 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.040574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6462;QD=9.04228;RBI=0.047221;REFB=-0.00719767;REVB=-0.0241572;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206439;STB=0.608235;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0227276;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:13:13:0.288889:6:7:22:9:6:7:22:10 chr11 1081151 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0398163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9842;QD=5.78787;RBI=0.043278;REFB=-0.0169579;REVB=0.0169602;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291872;STB=0.696744;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0434959;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:4:3:15:7:4:3:16:7 chr11 1081757 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00575653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.514;QD=11.4398;RBI=0.0107409;REFB=0.0031671;REVB=0.00906799;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19924;STB=0.618791;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00480328;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:9:5:5:4:9:5 chr11 1083293 . T C 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0404637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.153;QD=14.1381;RBI=0.0410126;REFB=-0.00958291;REVB=-0.00668779;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232219;STB=0.636159;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00966481;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:10:10:10:4:10:10 chr11 1084821 . T C 564.26 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0116313;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.503;QD=24.0109;RBI=0.0140953;REFB=-0.0211775;REVB=0.00796181;RO=41;SAF=28;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151691;STB=0.506576;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0156919;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:41:42:52:52:0.553191:24:28:22:19:24:28:22:20 chr11 1087972 . C T 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0293533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.671;QD=12.3264;RBI=0.0302631;REFB=-0.0310235;REVB=-0.0073647;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106522;STB=0.562803;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0629974;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:11:6:5:6:11:6 chr11 1093710 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.213;QD=40.7627;RBI=0.0265708;REFB=0;REVB=0.0152801;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766448;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 1094690 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.796;QD=34.6655;RBI=0.0255304;REFB=-0.0724019;REVB=0.0255304;RO=1;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00899296;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:10:0:0:1:10:0:0:1 chr11 1094752 . CAA CA,CAC,CCA 281.4 PASS AF=0.913043,0,0.0869565;AO=7,7,6;DP=22;FAO=21,0,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,1;FSAR=11,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0935191,-0.112514,-0.153385;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=25.1736,6.12634,19.9748;QD=48.9385;RBI=0.11003,0.280492,0.217381;REFB=0,0,0;REVB=-0.0579717,-0.256936,-0.154037;RO=0;SAF=6,0,3;SAR=1,7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00582388,0,0.0535462;OID=.,.,.;OPOS=1094753,1094754,1094753;OREF=A,A,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=CA,CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.913043,0,0.0869565:7,7,6:22:21,0,2:23:0:10,0,1:11,0,1:0:0:8:0:6,0,3:1,7,3:0:0 chr11 1096494 . T C 1624.34 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3502;QD=60.1609;RBI=0.0488694;REFB=0;REVB=0.00489846;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19762e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:108:0:0:98:108:1:53:45:0:0:55:53:0:0 chr11 1101649 . T C 551.51 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8784;QD=53.8054;RBI=0.110568;REFB=-0.0770934;REVB=0.10751;RO=3;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143933;STB=0.51999;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0151848;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:41:3:1:37:40:0.97561:25:12:1:2:28:12:1:0 chr11 1151695 . C T 359.02 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0206292;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.32;QD=16.5065;RBI=0.0305236;REFB=-0.0132445;REVB=0.0224972;RO=49;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145613;STB=0.582046;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0129067;OID=.;OPOS=1151695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:14:24:24:25:14:24:24:25 chr11 1158073 . T C 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.302;QD=62.9069;RBI=0.0294121;REFB=0;REVB=0.0149174;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91019e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr11 1161315 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2153;QD=55.0979;RBI=0.0425375;REFB=0;REVB=0.00518927;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106596;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr11 1212877 . A G 199.73 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=-0.0138931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7023;QD=9.62562;RBI=0.0183201;REFB=-0.0178343;REVB=-0.011942;RO=54;SAF=11;SAR=15;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377667;STB=0.706526;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0456282;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:57:26:26:0.313253:15:11:41:13:15:11:42:15 chr11 1212899 . G A 33.43 PASS AF=0.109375;AO=8;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00863945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8929;QD=2.08963;RBI=0.0113063;REFB=-0.0186952;REVB=-0.00729323;RO=54;SAF=7;SAR=1;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502629;STB=0.848297;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.199725;OID=.;OPOS=1212899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:54:57:8:7:0.109375:1:7:25:29:1:6:27:30 chr11 1212921 . C T 69.84 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00706789;FXX=0.0769083;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.409;QD=5.81984;RBI=0.0193025;REFB=-0.00439066;REVB=-0.017962;RO=38;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485267;STB=0.812399;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0385615;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:52:48:38:38:10:10:0.208333:2:8:15:23:2:8:15:23 chr11 1212927 . C A 38.85 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0008672;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4843;QD=2.93212;RBI=0.0760663;REFB=-0.00868985;REVB=0.0760613;RO=46;SAF=1;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498194;STB=0.860685;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0671367;OID=.;OPOS=1212927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:55:53:46:46:7:7:0.132075:6:1:26:20:6:1:26:20 chr11 1212943 . C T 31.45 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0090019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6673;QD=2.41914;RBI=0.0311438;REFB=-0.0125583;REVB=0.0298145;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194836;STB=0.648848;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.116154;OID=.;OPOS=1212943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:23:23:4:2:23:23 chr11 1212954 . C A 91.3 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0426919;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.68;QD=7.77026;RBI=0.0440807;REFB=-0.0290662;REVB=0.0109778;RO=34;SAF=1;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656129;STB=0.82824;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0887288;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:47:34:34:12:13:0.276596:11:1:21:13:11:2:20:14 chr11 1213125 . G A 49.76 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0397827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2235;QD=4.23455;RBI=0.0526003;REFB=-0.0215037;REVB=-0.0344111;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197392;STB=0.607308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0669445;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:47:33:39:8:8:0.170213:6:2:13:20:6:2:14:25 chr11 1213174 . A G 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=35;FWDB=0.000524961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.612;QD=6.57186;RBI=0.00616819;REFB=-0.0234928;REVB=-0.00614581;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61995;STB=0.856802;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0318656;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:5:6:2:34:5:6:2:35 chr11 1213177 . C T 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=36;FWDB=0.011222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.174;QD=5.42449;RBI=0.0414717;REFB=-0.00306905;REVB=-0.0399246;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607674;STB=0.856734;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00808576;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:4:6:4:36:4:6:4:36 chr11 1213204 . C G 72.64 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=0.0477597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.198;QD=4.76356;RBI=0.0498837;REFB=-0.0039751;REVB=-0.0144014;RO=48;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457626;STB=0.783361;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0298818;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:5:7:10:38:5:7:10:39 chr11 1220760 . T C 360.03 PASS AF=0.434783;AO=36;DP=89;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0256997;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7484;QD=15.6533;RBI=0.0263039;REFB=-0.0376705;REVB=-0.00560569;RO=50;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167336;STB=0.578908;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0461673;OID=.;OPOS=1220760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:50:52:36:40:0.434783:13:23:24:26:16:24:24:28 chr11 1220796 . T C 329.42 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0265185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.679;QD=12.4311;RBI=0.0280409;REFB=-0.00941679;REVB=-0.00911367;RO=65;SAF=26;SAR=14;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286191;STB=0.666895;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0197685;OID=.;OPOS=1220796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:66:40:40:0.377358:14:26:25:40:14:26:25:41 chr11 1220913 . C T 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0182435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.14;QD=14.0981;RBI=0.0337388;REFB=-0.0658527;REVB=0.028381;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0498924;OID=.;OPOS=1220913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:5:9:7:4:5:9 chr11 1250488 . C T 357.11 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0450661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.32;QD=26.952;RBI=0.0541353;REFB=-0.0308071;REVB=0.0299945;RO=19;SAF=12;SAR=22;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268977;STB=0.514697;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0146019;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:22:12:6:13:22:12:6:13 chr11 1252708 . G C 173.6 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0234755;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.467;QD=17.8048;RBI=0.0253796;REFB=-0.029897;REVB=-0.00964481;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206746;STB=0.63143;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0252005;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:12:6:11:9:12:6:12:9 chr11 1253942 . T C 356.0 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0203467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.839;QD=30.2977;RBI=0.020622;REFB=-0.0349396;REVB=0.00335799;RO=17;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316748;STB=0.517386;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0247164;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:19:11:7:10:19:11:7:10 chr11 1253969 . A G 33.5 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.197;QD=3.43551;RBI=0.0351817;REFB=-0.00218103;REVB=-0.0202068;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2829;STB=0.699355;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0158053;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:14:19:2:4:14:19 chr11 1253976 . A G 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0522838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.822;QD=3.54006;RBI=0.0680422;REFB=-0.0141013;REVB=-0.0435447;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302526;STB=0.711191;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0411394;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:13:19:2:4:13:19 chr11 1253980 . A G 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0229503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0217;QD=3.88692;RBI=0.0663013;REFB=-0.0322194;REVB=-0.0622025;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407127;STB=0.749251;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0525741;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:35:26:29:6:6:0.171429:2:4:8:18:2:4:10:19 chr11 1255773 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0242442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.293;QD=19.1821;RBI=0.0244409;REFB=-0.0127236;REVB=-0.00309493;RO=43;SAF=15;SAR=26;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220971;STB=0.622967;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0121693;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:26:15:26:17:26:15:26:17 chr11 1258240 . CA TG 47.78 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0117954;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.119;QD=1.91101;RBI=0.0135041;REFB=-0.00309447;REVB=-0.00657495;RO=89;SAF=7;SAR=4;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787802;STB=0.558826;STBP=0.677;TYPE=mnp;VARB=0.0218373;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:89:89:11:11:0.11:4:7:51:38:4:7:51:38 chr11 1258283 . G A 66.56 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0170143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.389;QD=3.02565;RBI=0.0212942;REFB=-0.0042993;REVB=-0.0128045;RO=74;SAF=9;SAR=4;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11438;STB=0.586069;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0198791;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:88:74:75:13:13:0.147727:4:9:45:29:4:9:45:30 chr11 1258286 . C T 66.89 PASS AF=0.149425;AO=12;DP=86;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0166952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.092;QD=3.07553;RBI=0.0318811;REFB=-0.00829295;REVB=-0.0271602;RO=74;SAF=9;SAR=3;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196993;STB=0.578821;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.072464;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:86:87:74:74:12:13:0.149425:3:9:45:29:4:9:45:29 chr11 1258295 . A G 52.56 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0151039;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.384;QD=2.47344;RBI=0.0221878;REFB=-0.00709228;REVB=-0.0162533;RO=71;SAF=8;SAR=3;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181816;STB=0.639731;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0420451;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:86:85:71:74:11:11:0.129412:3:8:42:29:3:8:43:31 chr11 1261562 . G A 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0300811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.965;QD=6.58819;RBI=0.0310822;REFB=-0.0158668;REVB=-0.00782528;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863448;STB=0.545378;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0333607;OID=.;OPOS=1261562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:39:40:12:12:0.230769:5:7:20:19:5:7:21:19 chr11 1268513 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.428;QD=17.2298;RBI=0.00774888;REFB=-0.0164367;REVB=-0.00774888;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127183;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:8:0:0:5:8:0:0:6 chr11 1269215 . C T 324.06 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0331642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.138;QD=30.8631;RBI=0.0332016;REFB=-0.0103381;REVB=0.00157674;RO=14;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034818;STB=0.511937;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00360149;OID=.;OPOS=1269215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:14:14:27:28:0.666667:15:12:7:7:15:13:7:7 chr11 1272858 . C T 66.35 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0390623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6095;QD=26.5395;RBI=0.0484138;REFB=-0.0433806;REVB=-0.0286012;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288883;STB=0.666221;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0433245;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:2:0:6:2:2:0 chr11 1309956 . C T 187.06 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0216386;FXX=0.0985777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.099;QD=11.6913;RBI=0.0254087;REFB=-0.0142911;REVB=-0.0133181;RO=29;SAF=19;SAR=4;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105176;STB=0.726899;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0239386;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:64:29:41:23:23:0.359375:4:19:22:7:4:19:22:19 chr11 1501670 . G C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8526;QD=59.4334;RBI=0.0572614;REFB=0;REVB=-0.0567921;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882851;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr11 1502097 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.561;QD=57.1775;RBI=0.0238959;REFB=0;REVB=-0.0202934;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89061e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr11 1507731 . A G 338.25 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.406;QD=54.1196;RBI=0.0372911;REFB=0;REVB=0.00921357;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43938e-05;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:22:25:1:9:13:0:0:11:14:0:0 chr11 1651830 . G T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0592876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.019;QD=12.1824;RBI=0.0654388;REFB=-0.00746726;REVB=0.0276986;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622745;STB=0.875286;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0262674;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:9:1:10:5:9:1:10:5 chr11 1651917 . C T 94.54 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00142922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8849;QD=21.0093;RBI=0.0716541;REFB=-0.017606;REVB=0.0716399;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119385;STB=0.567454;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0155653;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:1:6:8:3:1:6 chr11 1652021 . C A 71.79 PASS AF=0.6;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0110047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.885;QD=19.1437;RBI=0.0447483;REFB=-0.094622;REVB=0.0433741;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261101;STB=0.578784;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0291848;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:5:6:9:9:0.6:6:3:0:5:6:3:1:5 chr11 1652103 . G C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0160307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.359;QD=25.711;RBI=0.0309732;REFB=-0.0126969;REVB=0.026502;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169984;STB=0.594902;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00704562;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:1:5:7:6:1:5 chr11 1855854 . G C 565.61 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=53;FSRF=8;FSRR=51;FWDB=-0.0190297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.928;QD=19.1731;RBI=0.0350534;REFB=-0.0403569;REVB=0.0294383;RO=55;SAF=6;SAR=53;SRF=8;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953498;STB=0.543176;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0424515;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:59:59:59:0.5:53:6:8:47:53:6:8:51 chr11 1857173 . T C 651.79 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.029;QD=62.0757;RBI=0.0625544;REFB=0;REVB=0.0195944;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1812e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:31:42:1:25:6:0:0:28:14:0:0 chr11 1857747 . T C 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00314063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2978;QD=15.6684;RBI=0.0524416;REFB=0.00477246;REVB=-0.0523475;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474641;STB=0.52676;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00635049;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:18:19:28:22:18:19:28:22 chr11 1857751 . C G 377.38 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.022832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7758;QD=16.2314;RBI=0.0253371;REFB=-0.019275;REVB=-0.010985;RO=53;SAF=22;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289286;STB=0.501628;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0252817;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:18:22:29:24:18:22:29:24 chr11 1858262 . C T 205.84 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00155942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.602;QD=23.5243;RBI=0.0181549;REFB=-0.0154421;REVB=0.0180878;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.571359;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00954841;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:10:10:5:9:10:10:5:10 chr11 1861760 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.90103e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.66;QD=59.8393;RBI=0.0428881;REFB=0;REVB=0.0428881;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273178;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr11 1862260 . G A 50.7 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00745542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.655;QD=3.43742;RBI=0.00747038;REFB=-0.0063509;REVB=0.000472531;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233147;STB=0.658807;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0407974;OID=.;OPOS=1862260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:58:59:49:50:9:9:0.152542:7:2:19:30:7:2:19:31 chr11 1874404 . C T 115.09 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0152434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.468;QD=19.1812;RBI=0.0181644;REFB=-0.0219929;REVB=-0.00987832;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139543;STB=0.579497;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0160913;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:4:7:6:7:4:7 chr11 1887806 . T A 582.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025178;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.308;QD=61.3137;RBI=0.0319415;REFB=0;REVB=0.0196551;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322152;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:32:6:0:0:32:6:0:0 chr11 1890990 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.084;QD=56.1909;RBI=0.0398999;REFB=0;REVB=0.0190547;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59305e-05;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr11 1891722 . C T 316.15 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0309723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4124;QD=46.837;RBI=0.0353139;REFB=-0.0374062;REVB=-0.0169644;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544279;STB=0.562446;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00820721;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:27:1:2:24:24:0.888889:8:16:0:1:7:17:0:2 chr11 1902768 . G A 1427.91 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063645;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.219;QD=60.7623;RBI=0.0809132;REFB=-0.0888929;REVB=0.0499626;RO=2;SAF=24;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089989;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:94:2:0:90:94:1:66:24:2:0:66:28:0:0 chr11 1910707 . T C 65.52 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129263;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3172;QD=37.4427;RBI=0.138249;REFB=0;REVB=0.0490302;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00423897;OID=.;OPOS=1910707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:1:4:0:0:2:5:0:0 chr11 1911115 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.997;QD=37.4885;RBI=0.00807385;REFB=0;REVB=-0.000481998;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275615;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 1959707 . C T 416.18 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.060913;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.974;QD=21.9043;RBI=0.0677246;REFB=-0.0198309;REVB=0.0296011;RO=34;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379609;STB=0.511477;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0126132;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:15:26:23:11:15:26:23:12 chr11 1974029 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.321;QD=53.2772;RBI=0.0149735;REFB=0;REVB=0.00240429;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86151e-05;OID=.;OPOS=1974029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 1993975 . C A 786.74 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.779;QD=64.2238;RBI=0.0952137;REFB=0;REVB=0.0662283;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823198;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:31:16:0:0:31:18:0:0 chr11 2167543 . T G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0122467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.237;QD=18.4438;RBI=0.0214606;REFB=-0.017366;REVB=0.0176232;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00954665;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr11 2167618 . A C,G 339.99 PASS AF=0.0740741,0.888889;AO=2,24;DP=27;FAO=2,24;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=2,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0220055,-0.0138732;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.151,64.4644;QD=50.3693;RBI=0.0233085,0.0274421;REFB=-0.0254209,-0.0207409;REVB=-0.00768402,0.0236771;RO=1;SAF=0,10;SAR=2,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0440956;STB=0.993266,0.52379;STBP=0.232,0.298;TYPE=snp,snp;VARB=0.112182,0.0117651;OID=.,.;OPOS=2167618,2167618;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:1:1:2,24:2,24:0.0740741,0.888889:2,14:0,10:1:0:2,14:0,10:1:0 chr11 2168375 . G C 552.67 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.2474;QD=59.7477;RBI=0.0523577;REFB=0;REVB=-0.0308509;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110435;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr11 2169014 . A G 30.98 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0025961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7634;QD=12.3936;RBI=0.0484097;REFB=-0.0249155;REVB=0.0483401;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389209;STB=0.726606;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.052301;OID=.;OPOS=2169014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:5:0:2:3:5:0 chr11 2189113 . G C 204.47 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0165461;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2849;QD=14.1017;RBI=0.0387576;REFB=-0.00626339;REVB=-0.0350482;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194684;STB=0.616429;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00930025;OID=.;OPOS=2189113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:13:11:9:24:13:11:9:25 chr11 2189727 . GC G,GG 32.42 PASS AF=0.285714,0.047619;AO=7,2;DP=20;FAO=6,1;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3,1;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.264398,-0.106483;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.3329,21.0361;QD=6.17451;RBI=0.275857,0.117266;REFB=-0.110025,-0.0660957;REVB=-0.0786822,0.0491185;RO=11;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.298077,0;SSSB=0.0263346,0.552517;STB=0.59968,0.986952;STBP=0.565,0.516;TYPE=del,snp;VARB=0.119144,0.038778;OID=.,.;OPOS=2189728,2189728;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.047619:7,2:20:6,1:21:14:3,1:3,0:9:5:25:11:4,2:3,0:6:5 chr11 2190951 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.59;QD=55.6556;RBI=0.0300613;REFB=0;REVB=0.0102112;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033532;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr11 2291715 . G T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0177807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9544;QD=18.7115;RBI=0.0182731;REFB=-0.0116122;REVB=-0.00421349;RO=18;SAF=16;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336206;STB=0.687918;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0221326;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:2:16:12:6:2:16:13:6 chr11 2291980 . T TC 47.88 PASS AF=0.264151;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00469364;FXX=0.0185151;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.1161;QD=3.61385;RBI=0.00472648;REFB=-0.00557305;REVB=-0.000556132;RO=41;SAF=1;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56244;STB=0.878346;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.193112;OID=.;OPOS=2291981;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264151:13:54:14:53:39:1:13:18:21:47:41:1:12:18:23 chr11 2291982 . T A 272.75 PASS AF=0.509434;AO=22;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0280908;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2876;QD=20.5847;RBI=0.038794;REFB=-0.025144;REVB=0.0267559;RO=22;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533094;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0242984;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:23:22:27:0.509434:16:6:6:16:17:10:7:16 chr11 2323029 . T C 166.37 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0059031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.983;QD=14.7887;RBI=0.0271654;REFB=-0.0137259;REVB=-0.0265162;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440337;STB=0.525396;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0173515;OID=.;OPOS=2323029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:12:6:8:19:12:6:8:19 chr11 2324041 . A G 196.51 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0246881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.001;QD=28.0732;RBI=0.0289283;REFB=-0.0210345;REVB=-0.0150779;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814684;STB=0.504499;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.023372;OID=.;OPOS=2324041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:28:7:7:18:18:0.642857:8:10:4:3:8:10:4:3 chr11 2329995 . C T 334.56 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.034146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8705;QD=27.3109;RBI=0.034426;REFB=-0.0307928;REVB=-0.00438207;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614344;STB=0.533875;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0158312;OID=.;OPOS=2329995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:14:15:12:8:14:15:12:8 chr11 2330563 . C T 540.85 PASS AF=0.566667;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0188125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.057;QD=24.0375;RBI=0.0194109;REFB=-0.0362278;REVB=-0.00478254;RO=40;SAF=25;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607394;STB=0.543064;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0263845;OID=.;OPOS=2330563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:39:50:51:0.566667:25:25:17:23:25:26:16:23 chr11 2343016 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0066;QD=55.6557;RBI=0.0295682;REFB=0;REVB=-0.00213978;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043221;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr11 2424541 . C G 125.03 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.016126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.186;QD=17.8617;RBI=0.0166131;REFB=-0.0470304;REVB=-0.00399369;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185034;STB=0.594448;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0188861;OID=.;OPOS=2424541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:11:3:5:8:11:3:5:9 chr11 2424684 . A C 682.66 PASS AF=1;AO=23;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.093;QD=63.5035;RBI=0.134963;REFB=0;REVB=0.124154;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558618;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:23:43:1:3:20:0:0:17:26:0:0 chr11 2427291 . A C 283.81 PASS AF=0.507692;AO=28;DP=58;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00220045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.021;QD=17.4652;RBI=0.0592114;REFB=-0.0493012;REVB=-0.0591705;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272827;STB=0.670191;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0578727;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:65:27:32:28:33:0.507692:13:15:6:21:13:20:8:24 chr11 2432666 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0199846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.861;QD=8.73788;RBI=0.0359818;REFB=0.00658708;REVB=-0.0299217;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10924;STB=0.566785;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0279236;OID=.;OPOS=2432666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:7:13:5:4:7:13 chr11 2432964 . T C 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0162034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.47;QD=12.7389;RBI=0.0355603;REFB=-0.00269526;REVB=-0.0316542;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00397996;OID=.;OPOS=2432964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:4:6:5:3:4:6 chr11 2439542 . A G 217.77 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0104252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.582;QD=16.7519;RBI=0.0165927;REFB=-0.0110354;REVB=-0.0129086;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156751;STB=0.57686;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0115308;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:12:12:9:18:12:12:10:18 chr11 2870070 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0145988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.406;QD=19.6924;RBI=0.0189959;REFB=-0.0254231;REVB=0.012154;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544984;STB=0.530465;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0211416;OID=.;OPOS=2870070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:10:15:14:12:10:15 chr11 2870108 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.383;QD=64.1538;RBI=0.011795;REFB=0;REVB=-0.0101882;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1665e-05;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr11 2920666 . C T 234.29 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0277721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3564;QD=13.0158;RBI=0.0283371;REFB=-0.021635;REVB=-0.00563055;RO=44;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271775;STB=0.655402;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0168672;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:10:18:17:27:10:18:17:27 chr11 2924610 . G A 257.69 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0350839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.341;QD=19.822;RBI=0.0357383;REFB=-0.0090792;REVB=-0.00680762;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118468;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.008056;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:15:12:11:13:15:12:12:13 chr11 2929552 . A G 162.05 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=39;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0140778;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.114;QD=15.4333;RBI=0.0146487;REFB=-0.013001;REVB=-0.00404989;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213434;STB=0.644998;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0287036;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:21:24:13:18:0.428571:6:7:7:14:6:12:10:14 chr11 2929553 . T G 30.89 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0643985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1128;QD=2.87386;RBI=0.0745705;REFB=-0.0321135;REVB=-0.0375978;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2643;STB=0.825668;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0695327;OID=.;OPOS=2929553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:40:43:34:37:6:6:0.139535:2:4:15:19:1:5:17:20 chr11 2937951 . C T 311.8 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00584758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.126;QD=16.6291;RBI=0.0101206;REFB=-0.0129493;REVB=0.00826026;RO=40;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240421;STB=0.628495;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0141093;OID=.;OPOS=2937951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:33:34:0.453333:22:11:23:17:22:12:24:17 chr11 2943352 . C T 84.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0137171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2511;QD=5.82192;RBI=0.0140786;REFB=-0.00481348;REVB=0.00316996;RO=40;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170999;STB=0.548314;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0166754;OID=.;OPOS=2943352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:57:58:40:45:13:13:0.224138:6:7:27:13:6:7:27:18 chr11 2943671 . G C 540.99 PASS AF=0.398734;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=33;FWDB=-0.0184921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.007;QD=13.696;RBI=0.0215557;REFB=-0.0246156;REVB=-0.0110766;RO=93;SAF=36;SAR=27;SRF=62;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10508;STB=0.550546;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0347201;OID=.;OPOS=2943671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:93:95:63:63:0.398734:27:36:62:31:27:36:62:33 chr11 2999507 . G T 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133117;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.047;QD=58.4388;RBI=0.0226408;REFB=0;REVB=0.0183141;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50419e-05;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr11 3028140 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0248583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.363;QD=13.4415;RBI=0.0378869;REFB=0.00260599;REVB=-0.0285917;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20469;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00914817;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:5:8:4:6:5:8 chr11 3061780 . C T 182.99 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00727477;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1027;QD=14.3522;RBI=0.0109503;REFB=-0.00048609;REVB=-0.00818456;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320476;STB=0.698419;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00049587;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:17:4:13:16:17:4:14:16 chr11 3242957 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.019777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.905;QD=13.5049;RBI=0.0215492;REFB=-0.00895324;REVB=-0.00855784;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0142436;OID=.;OPOS=3242957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:6:11:6:6:6:11 chr11 3243346 . C T 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.050588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0205;QD=10.0304;RBI=0.109526;REFB=0.00058465;REVB=-0.0971428;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404236;STB=0.732751;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00597731;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:7:0:1:4:7:0 chr11 3243367 . G T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00692512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.991;QD=11.0198;RBI=0.0214195;REFB=-0.013237;REVB=-0.0202691;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545312;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.009747;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:14:5:8:5:6:0.428571:1:4:4:1:1:5:7:1 chr11 3243412 . A C 38.22 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0499795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.26;QD=10.1913;RBI=0.0566546;REFB=-0.0293421;REVB=0.0266796;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219799;STB=0.635901;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00991962;OID=.;OPOS=3243412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:5:4:4:2:5:4 chr11 3243427 . T C 69.62 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0327751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1421;QD=16.3817;RBI=0.0331302;REFB=-0.00201482;REVB=-0.00483806;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305806;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00238441;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:4:5:1:6:4:5:2:6 chr11 3243638 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0176396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.84;QD=19.6924;RBI=0.018515;REFB=-0.0167739;REVB=-0.0056259;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121095;STB=0.567848;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0132101;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:13:12:16:10:13:12 chr11 3243665 . C T 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0157532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9724;QD=20.2735;RBI=0.0283224;REFB=0.00488543;REVB=0.0235371;RO=24;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204644;STB=0.616097;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00244068;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:17:6:11:13:17:6:11:13 chr11 3243673 . G C 237.14 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00727497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0223;QD=20.1824;RBI=0.0379149;REFB=-0.031917;REVB=0.0372104;RO=24;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204644;STB=0.616097;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0344159;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:17:6:11:13:17:6:11:13 chr11 3243909 . G A 30.47 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0116091;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=319.18;QD=11.0796;RBI=0.154565;REFB=-0.00629979;REVB=-0.154128;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331615;STB=0.529298;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00707946;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:6:5:5:0.454545:1:4:5:0:1:4:5:1 chr11 3244005 . TC T 656.16 PASS AF=0.983051;AO=50;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.110306;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.1034;QD=44.4855;RBI=0.152451;REFB=0.0461201;REVB=-0.105232;RO=2;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144916;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=-0.00246821;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983051:50:59:58:59:1:27:31:0:1:7:2:24:26:1:1 chr11 3244029 . C T 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0617949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3203;QD=8.51737;RBI=0.0854645;REFB=-0.00763907;REVB=-0.0590387;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130944;STB=0.568036;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0129758;OID=.;OPOS=3244029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:10:9:16:28:10:9:17:28 chr11 3249552 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00786123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.996;QD=10.1733;RBI=0.0926552;REFB=-0.00455576;REVB=0.0923211;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542893;STB=0.812863;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0173329;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:5:1:6:2:5:1:6:3 chr11 3249829 . G A 217.97 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00766108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.464;QD=15.5695;RBI=0.0098224;REFB=-0.012467;REVB=0.00614714;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2174;STB=0.623277;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0202308;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:18:13:16:9:18:13 chr11 3249984 . C T 159.42 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0123427;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.827;QD=16.7814;RBI=0.0229452;REFB=-0.0174311;REVB=-0.0193427;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541022;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0226304;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:11:10:8:9:11:10 chr11 3361087 . T C 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0205358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.038;QD=15.1705;RBI=0.0205938;REFB=-0.0119749;REVB=0.00154356;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141484;STB=0.581303;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0206164;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:8:16:9:8:8:16 chr11 3436490 . C T 53.3 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000153466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8897;QD=6.87725;RBI=0.0139424;REFB=-0.0338022;REVB=0.0139415;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146666;STB=0.578313;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0432541;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:31:22:23:8:8:0.258065:5:3:11:11:5:3:11:12 chr11 3436492 . A G 52.55 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0468567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.279;QD=6.56859;RBI=0.0500593;REFB=-0.0208966;REVB=-0.0176177;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100486;STB=0.564352;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0666238;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:11:13:5:3:11:13 chr11 3661140 . T C 279.71 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.106;QD=48.6452;RBI=0.0454384;REFB=-0.00695962;REVB=0.0436994;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000538598;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:7:14:1:0:8:14:1:0 chr11 3661585 . A ATGG 143.75 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0129597;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.432;QD=31.9452;RBI=0.0154842;REFB=-0.00572028;REVB=-0.00847396;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225438;STB=0.624826;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.000646759;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:14:19:14:18:4:6:8:4:0:21:4:6:8:4:0 chr11 3714489 . C T 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00307187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8363;QD=56.3584;RBI=0.00500072;REFB=0.0300963;REVB=0.00394598;RO=2;SAF=36;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18567;STB=0.599943;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000968024;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:4:36:0:2:4:36:0:2 chr11 3838910 . G C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.487;QD=40.7575;RBI=0.141357;REFB=0;REVB=0.106007;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00452043;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr11 3838953 . T C 75.01 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.507;QD=37.5043;RBI=0.0423647;REFB=0;REVB=0.0422024;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832598;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr11 4103524 . A G 353.81 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0391107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8596;QD=29.4844;RBI=0.0502346;REFB=-0.0156588;REVB=0.0315257;RO=18;SAF=5;SAR=25;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384903;STB=0.714122;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0108514;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:25:5:11:7:25:5:11:7 chr11 4113200 . A G 369.0 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000619829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5294;QD=23.8065;RBI=0.0206596;REFB=-0.0240299;REVB=-0.0206503;RO=24;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617059;STB=0.535601;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0124379;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:25:36:37:0.596774:21:15:12:12:21:16:13:12 chr11 4141132 . C A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00624561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.386;QD=22.534;RBI=0.0197673;REFB=-0.0336946;REVB=0.0187547;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365105;STB=0.520483;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0232702;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:8:7:8:11:8:7 chr11 4159457 . A G 205.06 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0243262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3902;QD=16.405;RBI=0.0291827;REFB=-0.0052029;REVB=0.0161204;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159149;STB=0.59146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0313636;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:14:15:14:7:14:15 chr11 4159466 . G A 777.24 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.166;QD=62.1794;RBI=0.0308547;REFB=-0.108618;REVB=0.016657;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160359;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:50:1:0:48:50:1:27:21:0:1:29:21:0:0 chr11 4388905 . C T 129.98 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.35;QD=43.325;RBI=0.057332;REFB=0;REVB=0.055517;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911503;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr11 4389587 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.379;QD=39.2062;RBI=0.0426539;REFB=0;REVB=-0.00151611;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355263;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 4592708 . C CAG 326.55 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00477799;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.168;QD=11.0694;RBI=0.0182723;REFB=0.00353284;REVB=-0.0176366;RO=77;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800488;STB=0.545995;STBP=0.469;TYPE=ins;VARB=-0.00620367;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347458:41:119:41:118:77:21:20:34:43:99:77:21:20:34:43 chr11 4608542 . C T 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0108494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.984;QD=22.8806;RBI=0.0126474;REFB=-0.0276058;REVB=-0.00649974;RO=25;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174002;STB=0.501886;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0256317;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:19:16:12:13:19:16:12:14 chr11 4615234 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0150644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.798;QD=10.2399;RBI=0.0163992;REFB=-0.00638144;REVB=0.00648059;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759402;STB=0.545369;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0180977;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:16:3:2:8:16:3 chr11 4615390 . C T 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.402;QD=58.6463;RBI=0.0226104;REFB=-0.0336316;REVB=0.0202619;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000437912;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:17:23:0:0:17:23:1:0 chr11 4615508 . C G 219.0 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00302609;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7555;QD=11.5265;RBI=0.0128085;REFB=-0.0125899;REVB=-0.0124459;RO=49;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662538;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.011475;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:49:49:27:27:0.355263:18:9:19:30:18:9:19:30 chr11 4703165 . C A 619.11 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0747136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7504;QD=58.9624;RBI=0.0758383;REFB=-0.159388;REVB=-0.0130127;RO=1;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446131;STB=0.523798;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0109466;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:10:31:0:1:10:31:0:1 chr11 4712079 . A G 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0310391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.897;QD=15.9774;RBI=0.0314054;REFB=-0.00142509;REVB=-0.00478273;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208232;STB=0.617572;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00126076;OID=.;OPOS=4712079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:21:11:22:18:21:11:22:18 chr11 4730985 . C T 659.65 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.67;QD=59.9677;RBI=0.0258211;REFB=-0.132242;REVB=-0.0216836;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00097188;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr11 4731180 . G A 1085.36 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115095;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1039;QD=60.2979;RBI=0.0148914;REFB=0;REVB=-0.00944903;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610727;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:25:46:0:0:25:47:0:0 chr11 4731468 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.618;QD=57.3855;RBI=0.0588672;REFB=0;REVB=0.00212394;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429476;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr11 4731583 . C T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0388819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.993;QD=56.8272;RBI=0.0421087;REFB=-0.0961767;REVB=0.016166;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000813383;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:0:1:40:24:0:1 chr11 4928621 . G A 487.91 PASS AF=0.452991;AO=51;DP=115;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0409521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9332;QD=16.6809;RBI=0.0410066;REFB=0.0120634;REVB=0.00211429;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146187;STB=0.593316;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0191662;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:63:64:51:53:0.452991:27:24:39:24:29:24:40:24 chr11 4929061 . C G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0212427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.697;QD=13.4416;RBI=0.03163;REFB=-0.00961386;REVB=-0.0234351;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00996419;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:8:5:4:6:8:5 chr11 4945196 . T G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0623038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6218;QD=16.1185;RBI=0.0623239;REFB=0.00631312;REVB=-0.00158498;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0100142;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:7:6:5:7:7:6 chr11 4945229 . G A 69.6 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0020412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5479;QD=16.3774;RBI=0.00965279;REFB=0.00439844;REVB=-0.00943451;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00348282;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr11 4964753 . A G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.227;QD=63.4763;RBI=0.0182968;REFB=0;REVB=-0.0117708;RO=0;SAF=31;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9863e-06;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:63:31:0:0:63:31:0:0 chr11 4965301 . G T 636.66 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287903;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3023;QD=62.1129;RBI=0.0295815;REFB=0;REVB=-0.00679585;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232466;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:42:41:1:16:26:0:0:16:25:0:0 chr11 4967468 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.329;QD=57.1758;RBI=0.0320725;REFB=0;REVB=0.031955;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75534e-05;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr11 4968198 . C A 340.23 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0198038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2272;QD=48.6038;RBI=0.111019;REFB=0.0459383;REVB=-0.109239;RO=2;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515722;STB=0.527757;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.021583;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:17:9:0:2:17:9:0:2 chr11 4976086 . C T 543.92 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236307;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9882;QD=60.4356;RBI=0.0311695;REFB=0;REVB=0.0203256;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447028;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr11 4976291 . G A 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0110166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.716;QD=10.1038;RBI=0.0129091;REFB=-0.00165072;REVB=-0.00672898;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708362;STB=0.533411;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00381473;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:9:11:19:20:9:11:20:20 chr11 4976554 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.778;QD=49.599;RBI=0.0260877;REFB=0;REVB=-0.0223895;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277469;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr11 4976811 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2235;QD=44.6884;RBI=0.150093;REFB=0;REVB=-0.149951;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00736314;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 5010905 . A G 400.53 PASS AF=0.533333;AO=38;DP=73;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00410357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.79;QD=21.3617;RBI=0.0111578;REFB=-0.00213183;REVB=0.0103758;RO=35;SAF=29;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146267;STB=0.588391;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00166457;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:35:35:38:40:0.533333:9:29:22:13:9:31:22:13 chr11 5013423 . T TG 239.76 PASS AF=0.509804;AO=17;DP=55;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0280268;FXX=0.0192271;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.175;QD=18.8049;RBI=0.0509379;REFB=0.00274261;REVB=-0.0425344;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727272;STB=0.608002;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=-0.00356626;OID=.;OPOS=5013424;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:17:55:26:51:25:9:17:14:11:99:38:7:10:18:20 chr11 5013424 . T G 49.2 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00763511;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=137.264;QD=3.28033;RBI=0.00865901;REFB=-0.00307018;REVB=0.00408456;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.727463;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0185778;OID=.;OPOS=5013424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:7:2:24:27:7:2:24:27 chr11 5020416 . A G 241.75 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0330756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.452;QD=12.3974;RBI=0.0330966;REFB=-0.00446744;REVB=-0.00117978;RO=49;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337734;STB=0.530015;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00724263;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:28:29:0.371795:14:14:23:26:14:15:23:26 chr11 5020509 . C T 359.33 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00808191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.635;QD=12.9487;RBI=0.00808775;REFB=-0.0146682;REVB=-0.000307391;RO=67;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773922;STB=0.539345;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0217027;OID=.;OPOS=5020509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:68:43:43:0.387387:20:23:31:36:20:23:32:36 chr11 5020799 . C T 286.39 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00965584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.535;QD=15.6926;RBI=0.00965798;REFB=-0.00466098;REVB=0.000203105;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139626;STB=0.578897;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00730903;OID=.;OPOS=5020799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:12:20:20:21:12:20:20:21 chr11 5020832 . C T 340.42 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00670959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1874;QD=18.156;RBI=0.0414554;REFB=-0.0197216;REVB=-0.0409089;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938888;STB=0.552482;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0135826;OID=.;OPOS=5020832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:14:22:20:19:14:22:20:19 chr11 5067984 . A G 632.67 PASS AF=0.525;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00420569;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.267;QD=21.089;RBI=0.00429565;REFB=-0.0133775;REVB=-0.000874502;RO=57;SAF=31;SAR=32;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144366;STB=0.507934;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0117139;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:57:57:63:63:0.525:32:31:29:28:32:31:29:28 chr11 5068137 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0252497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.167;QD=10.2403;RBI=0.0380905;REFB=-0.0198663;REVB=0.0285191;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495682;STB=0.79195;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0165284;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:15:4:7:3:15:4 chr11 5068177 . A T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0249951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.219;QD=10.1734;RBI=0.0282973;REFB=-0.0113562;REVB=-0.0132659;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0100562;OID=.;OPOS=5068177;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr11 5068661 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0204353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.249;QD=20.8931;RBI=0.0218303;REFB=-0.00373402;REVB=-0.00767847;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00258753;OID=.;OPOS=5068661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:2:4:6:4:2:4 chr11 5079946 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.454;QD=57.0007;RBI=0.0233131;REFB=0;REVB=0.00143102;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61988e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr11 5080068 . G A 122.85 PASS AF=0.65;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0111465;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9438;QD=24.569;RBI=0.0472645;REFB=-0.0790852;REVB=0.0459313;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249663;STB=0.641964;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0317481;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:7:7:13:13:0.65:10:3:4:3:10:3:4:3 chr11 5141902 . T C 176.75 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0121761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.25;QD=20.7946;RBI=0.0211579;REFB=-0.0151692;REVB=0.0173031;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107873;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:16:18:18:0.529412:9:9:7:8:9:9:8:8 chr11 5141980 . A G 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00243184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.437;QD=20.3156;RBI=0.00613012;REFB=-0.0199159;REVB=0.00562712;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173386;STB=0.509794;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0222756;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:6:12:13:6:6:12 chr11 5142270 . T G 224.6 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00679805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.714;QD=17.616;RBI=0.0108135;REFB=0.0146497;REVB=-0.00840941;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067977;STB=0.538429;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0156006;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:15:12:9:15:15:12 chr11 5172786 . A G 457.91 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.295;QD=57.2391;RBI=0.0374819;REFB=0;REVB=0.0374394;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105918;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:13:16:0:0:16:16:0:0 chr11 5172795 . A AC 75.25 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0508611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.80645;QD=8.36158;RBI=0.112362;REFB=-0.00308593;REVB=0.100192;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193058;STB=0.577271;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=0.021049;OID=.;OPOS=5172796;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:13:35:20:36:16:11:9:6:10:59:20:7:6:7:13 chr11 5221645 . C G 306.28 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0024459;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.344;QD=47.12;RBI=0.00274291;REFB=-0.180994;REVB=0.00124143;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.583258;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00202875;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:19:5:1:0:19:5:2:0 chr11 5248243 . A G 1043.84 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.808;QD=59.6481;RBI=0.00417737;REFB=0;REVB=0.00403319;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22974e-05;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr11 5269583 . GTGA AGAG 773.55 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027474;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.408;QD=64.4625;RBI=0.046732;REFB=0;REVB=0.0378028;RO=0;SAF=39;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000182957;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:9:39:0:0:9:39:0:0 chr11 5322737 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.949;QD=47.8224;RBI=0.0405057;REFB=0;REVB=-0.0350861;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07063e-05;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr11 5323071 . C T 772.39 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201009;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.529;QD=64.3656;RBI=0.00247444;REFB=0;REVB=-0.00144304;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25465e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr11 5344592 . A C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0191486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5608;QD=22.8305;RBI=0.0775617;REFB=-0.0165403;REVB=0.0751609;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12026;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0128815;OID=.;OPOS=5344592;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:7:3:7:8:7:3 chr11 5344772 . T C 182.62 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00876206;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.722;QD=13.7825;RBI=0.0190143;REFB=-0.0298294;REVB=-0.0168751;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442495;STB=0.513357;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0401819;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:12:9:12:19:13:9:12:19 chr11 5344847 . A G 174.8 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0123552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6024;QD=19.4222;RBI=0.0177413;REFB=0.00464531;REVB=0.0127319;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195856;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00242071;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:7:11:7:11:7:11 chr11 5344902 . C G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00858835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.511;QD=14.7988;RBI=0.0508089;REFB=-0.00493992;REVB=-0.0500778;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363201;STB=0.709789;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00405684;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:3:10:4:7:3:10 chr11 5345128 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=16;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0010994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.351;QD=21.7444;RBI=0.0166994;REFB=-0.00764388;REVB=-0.0166632;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0051373;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:16:15:0.576923:8:8:5:5:7:8:5:6 chr11 5345170 . A G 126.78 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0460289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.84;QD=19.5052;RBI=0.0489023;REFB=-0.0157324;REVB=0.0165158;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135393;STB=0.576816;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00899124;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:8:4:7:7:8:4 chr11 5345486 . G A 225.29 PASS AF=0.469388;AO=19;DP=45;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0172611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.416;QD=18.3912;RBI=0.0176856;REFB=-0.0108101;REVB=0.00385153;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10353;STB=0.552167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0147054;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:26:26:19:23:0.469388:10:9:15:11:12:11:15:11 chr11 5364276 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0021568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.382;QD=17.8275;RBI=0.00222313;REFB=-0.00520478;REVB=-0.000539009;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0056841;OID=.;OPOS=5364276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:6:5:5:7:6:5 chr11 5364450 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00412341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4921;QD=10.0339;RBI=0.0231766;REFB=-0.00443317;REVB=-0.0228068;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478981;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00545598;OID=.;OPOS=5364450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:2:5:1:4:2:5 chr11 5372751 . A C 582.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.109;QD=59.7734;RBI=0.0617706;REFB=0;REVB=-0.0609754;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038847;OID=.;OPOS=5372751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr11 5372856 . A G 335.38 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000155572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.324;QD=16.9814;RBI=0.0260435;REFB=-0.0261826;REVB=0.0260431;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358126;STB=0.506326;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0269546;OID=.;OPOS=5372856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:43:36:36:0.455696:18:18:18:21:18:18:21:22 chr11 5373006 . T C 789.54 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141835;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.19;QD=57.4213;RBI=0.0155359;REFB=0;REVB=0.00633981;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021422;OID=.;OPOS=5373006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr11 5373095 . T C 267.96 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00224561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.718;QD=16.2397;RBI=0.0145159;REFB=-0.0159263;REVB=0.0143412;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268955;STB=0.515141;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0153488;OID=.;OPOS=5373095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:19:17:15:15:19:17 chr11 5373104 . A G 977.38 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229584;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.104;QD=59.2351;RBI=0.0251272;REFB=0;REVB=0.0102122;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416821;OID=.;OPOS=5373104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr11 5373111 . G A 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0420731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0235;QD=57.4354;RBI=0.0441697;REFB=-0.060964;REVB=0.0134468;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000923001;OID=.;OPOS=5373111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:30:37:0:0:30:37:0:1 chr11 5373114 . G A 922.01 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154544;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.224;QD=55.8794;RBI=0.0203494;REFB=-0.0932564;REVB=0.0132386;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000405131;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:63:65:0.984848:28:35:1:0:28:37:1:0 chr11 5373129 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.813;QD=60.3765;RBI=0.030732;REFB=0;REVB=0.0129407;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82937e-05;OID=.;OPOS=5373129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr11 5373170 . C G 1538.8 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.931;QD=63.4558;RBI=0.0124336;REFB=0;REVB=0.00681698;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86219e-05;OID=.;OPOS=5373170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:42:52:0:0:42:55:0:0 chr11 5373221 . C T 37.85 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0460509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2857;QD=1.74033;RBI=0.0463037;REFB=-0.00246441;REVB=-0.00483122;RO=78;SAF=7;SAR=2;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270233;STB=0.71136;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0249859;OID=.;OPOS=5373221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:2:7:44:34:2:7:44:34 chr11 5373242 . T G 1091.16 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.806;QD=58.1954;RBI=0.0269341;REFB=-0.119862;REVB=0.0103331;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155053;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000551578;OID=.;OPOS=5373242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:30:43:0:1:31:43:0:1 chr11 5373251 . C T 1030.5 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.022;QD=58.0562;RBI=0.0400212;REFB=-0.162247;REVB=0.0257119;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000522471;OID=.;OPOS=5373251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:71:0:1:70:70:0.985915:29:41:0:0:29:41:0:1 chr11 5373311 . T C 521.57 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6803;QD=46.362;RBI=0.192287;REFB=0;REVB=0.13628;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110565;OID=.;OPOS=5373311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:22:23:0:0 chr11 5373334 . A G 581.81 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166684;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.347;QD=61.2427;RBI=0.0358754;REFB=0;REVB=0.0317681;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370109;OID=.;OPOS=5373334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr11 5373562 . C A 292.52 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470988;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.337;QD=53.1857;RBI=0.0520938;REFB=0;REVB=0.0222592;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03894e-05;OID=.;OPOS=5373562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 5410934 . T G 457.9 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0946567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7276;QD=50.8779;RBI=0.0996626;REFB=-0.130615;REVB=0.0311886;RO=1;SAF=7;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.514842;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0180832;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:36:36:1:3:33:33:0.916667:26:7:1:0:26:7:1:2 chr11 5411031 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.064;QD=51.1841;RBI=0.0386688;REFB=0;REVB=-0.0368778;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000651014;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr11 5411239 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.731;QD=59.4331;RBI=0.0367731;REFB=0;REVB=0.0361179;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257344;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr11 5411395 . C A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.35;QD=58.7803;RBI=0.0599526;REFB=0;REVB=0.0574628;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340537;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr11 5411398 . T G 954.78 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6058;QD=58.7556;RBI=0.0282153;REFB=0;REVB=0.0202484;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59928e-06;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr11 5411579 . GT AC 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418107;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.244;QD=57.5453;RBI=0.00925597;REFB=0;REVB=0.00825782;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.45449e-05;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr11 5424050 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0373686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4901;QD=60.1579;RBI=0.0379139;REFB=-0.0519295;REVB=0.00640732;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000754877;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr11 5424430 . A G 591.22 PASS AF=0.43038;AO=64;DP=153;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.0117232;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.248;QD=14.9676;RBI=0.0119043;REFB=-0.00974586;REVB=0.00206861;RO=82;SAF=28;SAR=36;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613686;STB=0.545184;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0135618;OID=.;OPOS=5424430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:158:82:90:64:68:0.43038:36:28:31:51:37:31:34:56 chr11 5443442 . G C 611.63 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.723;QD=61.1634;RBI=0.012018;REFB=0;REVB=0.00871276;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26565e-06;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 5443641 . A G 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0288782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5171;QD=4.36656;RBI=0.0435526;REFB=-0.00333363;REVB=-0.0326018;RO=47;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363374;STB=0.521434;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0104811;OID=.;OPOS=5443641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:58:60:47:49:11:11:0.183333:5:6:27:20:5:6:28:21 chr11 5443700 . C T 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00080936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.074;QD=60.6004;RBI=0.000820458;REFB=0;REVB=0.000134489;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03513e-06;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr11 5443739 . T C 582.54 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186803;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.253;QD=58.2544;RBI=0.032952;REFB=-0.172897;REVB=0.0271456;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000751865;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:25:14:0:0:25:14:0:1 chr11 5443867 . C T 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9808;QD=56.1812;RBI=0.0188616;REFB=0;REVB=-0.00274684;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152376;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 5443887 . T C 230.21 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.009;QD=46.0426;RBI=0.0251811;REFB=0.0396898;REVB=0.00543813;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000518479;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr11 5443893 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6708;QD=47.8199;RBI=0.0282561;REFB=0;REVB=-0.0260753;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104779;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 5444061 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.335;QD=55.6554;RBI=0.0257656;REFB=0;REVB=0.0238002;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59404e-05;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr11 5444136 . C T 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8035;QD=62.7616;RBI=0.0117782;REFB=0;REVB=-0.00946412;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010545;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr11 5444353 . T C 460.85 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000726244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2087;QD=55.8602;RBI=0.0033837;REFB=-0.012023;REVB=0.00330484;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306407;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:16:16:1:0:16:17:0:0 chr11 5462255 . C G 215.57 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0225416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.076;QD=19.1614;RBI=0.0611379;REFB=-0.0208945;REVB=-0.0568306;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244983;STB=0.644324;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0239846;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:10:11:18:5:11:11:18:5 chr11 5462374 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.013041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3118;QD=16.0286;RBI=0.0183758;REFB=0.00113774;REVB=0.0129462;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183593;STB=0.604241;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00130383;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:15:15:17:8:15:15 chr11 5462702 . G A 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0239282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.164;QD=26.6367;RBI=0.0353464;REFB=-0.0125946;REVB=0.0260156;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012092;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:3:5:10:6:3:5 chr11 5475118 . A G 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.013026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.886;QD=21.4298;RBI=0.0144576;REFB=-0.0132737;REVB=0.00627253;RO=29;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690021;STB=0.503815;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0114401;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:13:22:18:11:13:22:18:11 chr11 5510284 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.796;QD=58.0589;RBI=0.0449401;REFB=0;REVB=-0.00384446;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75771e-05;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr11 5510497 . T C 1436.98 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318484;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3661;QD=63.164;RBI=0.0396383;REFB=0;REVB=0.023598;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168449;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:35:56:0:0:35:56:0:0 chr11 5510626 . T C 727.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271157;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.611;QD=57.0882;RBI=0.049187;REFB=0;REVB=0.0410377;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204423;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr11 5510928 . G A 305.94 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1317;QD=53.2063;RBI=0.146732;REFB=0;REVB=-0.00873594;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948077;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 5529865 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.681;QD=59.0174;RBI=0.0173475;REFB=0;REVB=0.0112122;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45297e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 5530705 . C T 269.5 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0129883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.823;QD=18.9125;RBI=0.0132638;REFB=-0.0175302;REVB=0.0026894;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770368;STB=0.543001;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00920754;OID=.;OPOS=5530705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:16:13:15:13:16:13:15:13 chr11 5536537 . A C 1377.34 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0905671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5787;QD=61.2152;RBI=0.095103;REFB=-0.0318287;REVB=-0.0290202;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101908;STB=0.505375;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000357314;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:42:46:1:0:43:46:1:0 chr11 5536848 . G A 1255.98 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337768;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.991;QD=60.5291;RBI=0.0337855;REFB=-0.0122799;REVB=0.000767682;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0011266;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chr11 5565906 . A G 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00784037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.321;QD=20.3964;RBI=0.0191283;REFB=-0.00901276;REVB=0.0174476;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174333;STB=0.597092;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00446028;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:10:21:13:14:10:21:13:14 chr11 5566030 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.479;QD=53.277;RBI=0.029828;REFB=0;REVB=-0.00477039;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70982e-05;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 5566365 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.522;QD=62.979;RBI=0.153843;REFB=0;REVB=0.152735;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651529;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 5602275 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7056;QD=59.4257;RBI=0.0725244;REFB=0;REVB=0.0706892;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923144;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr11 5602438 . T A 594.85 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3855;QD=59.4848;RBI=0.117875;REFB=0;REVB=0.0863127;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312068;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:22:17:0:1:23:17:0:0 chr11 5602605 . G A 447.33 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.272;QD=57.7193;RBI=0.0131438;REFB=0;REVB=-0.00577783;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11666e-05;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:11:20:0:0 chr11 5602615 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6295;QD=59.017;RBI=0.0696893;REFB=0;REVB=-0.0047271;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941135;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr11 5602679 . T C 652.49 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.94;QD=62.142;RBI=0.0715644;REFB=0;REVB=0.0640927;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521785;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:13:27:0:0:15:27:0:0 chr11 5602790 . A G 1419.96 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273172;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.545;QD=63.1094;RBI=0.0279716;REFB=0;REVB=0.00601497;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235487;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:48:42:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1513.46 PASS AF=0.0934579,0.88785;AO=15,89;DP=107;FAO=10,95;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=3,47;FSAR=7,48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0273454,0.0308135;FXX=0.0446389;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.356,229.85;QD=56.5781;RBI=0.0416553,0.0421778;REFB=0.0408917,0.0451515;REVB=0.0314228,0.0288011;RO=0;SAF=6,43;SAR=9,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.624739,0.510414;STBP=0.114,0.264;TYPE=del,snp;VARB=0.0135913,-0.00195982;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0934579,0.88785:15,89:107:10,95:107:2:3,47:7,48:2:0:34:0:6,43:9,46:0:0 chr11 5602968 . G A 1524.98 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.043;QD=58.6531;RBI=0.0350124;REFB=-0.0490577;REVB=0.029089;RO=1;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075924;STB=0.503999;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000186734;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:104:1:1:103:103:0.990385:62:41:0:1:62:41:0:1 chr11 5625847 . A G 724.17 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.046299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.23;QD=54.654;RBI=0.046428;REFB=-0.0508076;REVB=0.00345843;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000196657;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:22:30:0:1:22:30:0:1 chr11 5629607 . G A 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0068145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.268;QD=17.7599;RBI=0.00926155;REFB=-0.00137447;REVB=0.00627207;RO=56;SAF=26;SAR=25;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758966;STB=0.504215;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00151911;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:25:26:29:27:25:26:29:27 chr11 5632212 . G A 2748.05 PASS AF=0.983425;AO=178;DP=182;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00804544;FXX=0.0109284;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.05;QD=60.7304;RBI=0.0257017;REFB=-0.0472153;REVB=0.02441;RO=3;SAF=85;SAR=93;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597688;STB=0.50314;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000543973;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:182:181:3:3:178:178:0.983425:93:85:2:1:93:85:2:1 chr11 5664831 . C A 182.33 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00609969;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.581;QD=7.67707;RBI=0.0073826;REFB=-0.0109139;REVB=-0.00415892;RO=70;SAF=11;SAR=14;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193857;STB=0.616189;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0263476;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:70:25:25:0.263158:14:11:42:28:14:11:42:28 chr11 5688940 . C T 47.66 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0614971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8624;QD=11.9154;RBI=0.0784498;REFB=0.00206971;REVB=0.0487081;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52739;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00857312;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:6:3:6:1:6:3 chr11 5691191 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000642188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.199;QD=40.763;RBI=0.0301894;REFB=0;REVB=-0.0301826;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109436;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 5691214 . A C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0094713;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.651;QD=12.7389;RBI=0.0179507;REFB=-0.00843793;REVB=0.0152487;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250633;STB=0.666296;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00845656;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:4:4:2:7:4:4:2:8 chr11 5700340 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.74;QD=53.2771;RBI=0.0656394;REFB=0;REVB=0.0474424;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36292e-05;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr11 5701074 . C A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00561478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.19;QD=15.9165;RBI=0.0487139;REFB=0.0277509;REVB=-0.0483893;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159492;STB=0.592666;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0315772;OID=.;OPOS=5701074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:8:7:4:9:8:7 chr11 5701409 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.013016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2678;QD=18.8861;RBI=0.0181979;REFB=-0.0171981;REVB=-0.0127181;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0100531;OID=.;OPOS=5701409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:2:3:5:3:2:3 chr11 5719667 . T C 161.53 PASS AF=0.408163;AO=15;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0067956;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1303;QD=13.1863;RBI=0.136957;REFB=-0.0181384;REVB=0.136788;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208223;STB=0.542578;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0321891;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:29:15:20:0.408163:6:9:11:16:11:9:11:18 chr11 5719750 . G C 193.94 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0122732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.6337;QD=18.4701;RBI=0.0123482;REFB=-0.0575295;REVB=-0.00135865;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258674;STB=0.662421;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0269615;OID=.;OPOS=5719750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:17:18:0.428571:10:7:3:16:10:8:3:17 chr11 5758062 . T C 1250.5 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0898231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4253;QD=60.2653;RBI=0.0898831;REFB=-0.118111;REVB=0.00328575;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00142508;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:1:0:43:39:1:0 chr11 5758118 . A C 1098.94 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.574;QD=60.2161;RBI=0.0265765;REFB=0;REVB=0.0149761;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51929e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:33:40:0:0 chr11 5758646 . T C 205.33 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000421984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.428;QD=15.7942;RBI=0.00121877;REFB=-0.0533422;REVB=0.00114338;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719429;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0418905;OID=.;OPOS=5758646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:11:12:13:16:11:12:13:16 chr11 5776287 . C T 2160.79 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00810013;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.847;QD=62.1811;RBI=0.0112057;REFB=-0.113986;REVB=0.00774303;RO=1;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694018;STB=0.503649;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000299309;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:1:1:137:138:0.992806:68:69:0:1:68:70:0:1 chr11 5776470 . T G 753.33 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6109;QD=61.4959;RBI=0.0310867;REFB=0.00544084;REVB=0.0257046;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000295868;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr11 5776484 . A T 192.35 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00293419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1926;QD=16.0292;RBI=0.0271262;REFB=-0.00575845;REVB=-0.026967;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180969;STB=0.604436;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.010245;OID=.;OPOS=5776484;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:13:15:14:6:13:15 chr11 5776623 . A T 699.59 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261798;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.748;QD=60.8339;RBI=0.0374357;REFB=-0.0987497;REVB=0.0267592;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000653019;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:0:1:24:21:0:1 chr11 5809308 . A T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.434;QD=54.8226;RBI=0.0148748;REFB=0.0311022;REVB=0.00524672;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000458796;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr11 5809477 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0133258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4097;QD=21.0154;RBI=0.0172226;REFB=-0.0281259;REVB=-0.0109105;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199753;STB=0.611525;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0211403;OID=.;OPOS=5809477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:2:11:10:6:2:11 chr11 5809548 . G A 146.98 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00836331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0543;QD=14.6976;RBI=0.0255944;REFB=-0.0218924;REVB=0.0241894;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089233;STB=0.56368;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0288821;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:11:5:9:14:12:5:9:14 chr11 5809673 . C T 424.04 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0118401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3666;QD=19.9546;RBI=0.0209509;REFB=-0.0352994;REVB=0.0172844;RO=43;SAF=12;SAR=30;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160041;STB=0.597218;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0341477;OID=.;OPOS=5809673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:42:42:43:0.505882:30:12:19:24:31:12:19:23 chr11 5809746 . C T 290.84 PASS AF=0.463768;AO=22;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0226733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4513;QD=16.8603;RBI=0.0453125;REFB=-0.00476451;REVB=-0.039232;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908149;STB=0.630165;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00852206;OID=.;OPOS=5809746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:22:32:0.463768:14:8:16:20:24:8:17:20 chr11 5817841 . C T 572.11 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0094877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.665;QD=16.1159;RBI=0.0102826;REFB=0.00332829;REVB=0.00396422;RO=81;SAF=27;SAR=34;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365714;STB=0.520445;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00394357;OID=.;OPOS=5817841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:34:27:33:48:34:27:33:48 chr11 5817896 . G A 372.76 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0140569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.469;QD=14.337;RBI=0.0142578;REFB=0.00759956;REVB=-0.00238452;RO=61;SAF=17;SAR=26;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207285;STB=0.501169;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0115095;OID=.;OPOS=5817896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:26:17:24:37:26:17:24:37 chr11 5841856 . C T 742.89 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0571987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.758;QD=52.1326;RBI=0.0582414;REFB=-0.116616;REVB=0.010971;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362146;STB=0.518512;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00239528;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:2:2:54:55:0.964912:29:25:2:0:29:26:2:0 chr11 5842310 . T G 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00337017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.368;QD=24.5164;RBI=0.00388282;REFB=-0.0207122;REVB=-0.00192827;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143485;STB=0.579383;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.012651;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:16:6:12:15:16:6 chr11 5842356 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0135131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.981;QD=24.493;RBI=0.0140087;REFB=-0.0216005;REVB=0.003693;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012846;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:10:5:7:14:10:5 chr11 5862532 . A C 45.62 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0515487;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.505;QD=7.29905;RBI=0.0530968;REFB=0.000607326;REVB=-0.0127279;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385725;STB=0.760171;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00402819;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:19:18:7:7:0.28:2:5:7:12:2:5:6:12 chr11 5862653 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.000117105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.136;QD=17.9407;RBI=0.00615111;REFB=0.00106852;REVB=0.00614999;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141531;STB=0.580917;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00142648;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:12:10:6:13:12:10 chr11 5862731 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00601801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.041;QD=16.1154;RBI=0.0825991;REFB=0.00144322;REVB=-0.0823795;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236853;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00181865;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:14:15:13:11:14:15 chr11 5862780 . T C 236.08 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.107388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1803;QD=21.4616;RBI=0.108251;REFB=-0.0233673;REVB=0.0136399;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1327;STB=0.587551;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0168035;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:15:8:10:10:15:8:11:10 chr11 5862845 . A G 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0270506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.303;QD=25.5725;RBI=0.0273447;REFB=0.0034085;REVB=-0.00399937;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488322;STB=0.509796;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00210994;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:15:9:5:11:15:9:6:11 chr11 5862937 . C A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0553978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.174;QD=28.9922;RBI=0.0568469;REFB=-0.0153218;REVB=-0.0127538;RO=14;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785137;STB=0.543343;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00974365;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:17:8:6:8:17:8:6:8 chr11 5862984 . G C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0117478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.474;QD=19.941;RBI=0.0130504;REFB=-0.0123697;REVB=-0.00568348;RO=29;SAF=7;SAR=25;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10633;STB=0.559401;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00307012;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:25:7:9:20:25:7:9:20 chr11 5863013 . T C 324.29 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.006841;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.866;QD=19.3608;RBI=0.0189147;REFB=-0.031811;REVB=0.0176342;RO=33;SAF=10;SAR=24;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945152;STB=0.50526;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0249714;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:24:10:10:23:24:10:10:23 chr11 5863113 . G A 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0107726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.118;QD=22.2223;RBI=0.0139974;REFB=-0.00650279;REVB=-0.00893746;RO=39;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585744;STB=0.504235;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00670672;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:40:46:46:0.534884:28:18:15:24:28:18:16:24 chr11 5906192 . A C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00370535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.89;QD=22.9084;RBI=0.00506241;REFB=-0.00400338;REVB=-0.0034494;RO=17;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311965;STB=0.675876;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00158144;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:5:16:7:10:5:16:7:10 chr11 5906205 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0177689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5124;QD=17.9408;RBI=0.0198694;REFB=-0.00332258;REVB=0.00889149;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35732;STB=0.705646;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00935314;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:4:15:10:12:4:15:10:12 chr11 5968728 . T C 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0455637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5445;QD=16.7851;RBI=0.0470884;REFB=-0.0275828;REVB=0.0118856;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586526;STB=0.531229;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0288909;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:14:15:18:13:14:15:19:14 chr11 6007272 . A G 199.71 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0370534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.919;QD=19.9714;RBI=0.0370636;REFB=-0.0318558;REVB=-0.000870846;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289479;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:9:11:11:9:9:11 chr11 6007396 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00205487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.46;QD=14.7937;RBI=0.0506395;REFB=0.00149458;REVB=-0.0505978;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115825;STB=0.578859;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00218434;OID=.;OPOS=6007396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:11:7:13:13:11:7:14:13 chr11 6007613 . T G 313.23 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0182625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.488;QD=19.577;RBI=0.050612;REFB=-0.00440041;REVB=-0.0472023;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237019;STB=0.635608;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0026022;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:14:18:9:22:14:19:9:22 chr11 6007680 . A G 186.73 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00310795;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.057;QD=15.2429;RBI=0.0135432;REFB=-0.00780839;REVB=-0.0131818;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301342;STB=0.67781;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0175669;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:21:21:0.428571:9:12:7:20:9:12:7:21 chr11 6007743 . A G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00485838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3117;QD=19.6972;RBI=0.0127223;REFB=-0.0291261;REVB=-0.0117581;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102867;STB=0.557981;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0377245;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:8:14:11:10:8:14 chr11 6007772 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00221884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.49;QD=21.9446;RBI=0.00873279;REFB=-0.0104816;REVB=0.0084462;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219838;STB=0.624832;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00854107;OID=.;OPOS=6007772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:6:6:12:4:6:6 chr11 6023581 . A G 255.57 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.017496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.149;QD=22.2232;RBI=0.0342079;REFB=-0.0166104;REVB=0.0293951;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330233;STB=0.511053;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0161827;OID=.;OPOS=6023581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:7:16:16:6:7:17:16:6 chr11 6023640 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0254937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.648;QD=17.4016;RBI=0.027028;REFB=-0.0370778;REVB=0.00897703;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228078;STB=0.628964;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.030863;OID=.;OPOS=6023640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:11:2:5:8:11:2 chr11 6023818 . G A 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00152742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.926;QD=13.4585;RBI=0.00153333;REFB=-0.00875285;REVB=0.000134451;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14358;STB=0.583234;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0164492;OID=.;OPOS=6023818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:18:8:7:9:18:8 chr11 6129837 . C T 250.18 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0266316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3517;QD=20.0141;RBI=0.0783484;REFB=0.00902828;REVB=0.0736833;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942901;STB=0.505315;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00684971;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:10:16:15:9:10:16 chr11 6173346 . G T 78.29 PASS AF=0.47619;AO=7;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0337236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.772;QD=14.9121;RBI=0.0347442;REFB=-0.00873472;REVB=-0.00835926;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381916;STB=0.708714;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0177062;OID=.;OPOS=6173346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:21:21:11:11:7:10:0.47619:3:4:2:9:4:6:2:9 chr11 6173364 . T A 255.45 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7223;QD=51.0895;RBI=0.0298776;REFB=0;REVB=-0.0297977;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000961318;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr11 6221169 . A G 1119.79 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.615;QD=58.9365;RBI=0.0478988;REFB=-0.0394755;REVB=-0.0100503;RO=1;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012289;STB=0.506492;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000174912;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:38:37:0:1:38:37:0:1 chr11 6221214 . T A 1201.2 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700788;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7087;QD=61.5999;RBI=0.0331324;REFB=0;REVB=0.0323828;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089514;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr11 6231080 . G T 274.02 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0107426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5847;QD=12.8953;RBI=0.0110053;REFB=-0.00208518;REVB=-0.00239002;RO=53;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308019;STB=0.517636;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00347679;OID=.;OPOS=6231080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:16:16:25:28:16:16:25:28 chr11 6231731 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.322;QD=62.0204;RBI=0.0621643;REFB=0;REVB=-0.0127098;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176209;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 6239344 . G A 50.08 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3753;QD=33.3892;RBI=0.0730271;REFB=0;REVB=0.0615093;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00774522;OID=.;OPOS=6239344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 6243804 . A G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00267004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.054;QD=20.9184;RBI=0.00581167;REFB=0.0044466;REVB=-0.00516202;RO=26;SAF=24;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201637;STB=0.612687;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00635399;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:7:24:15:11:7:24:15:11 chr11 6262715 . G A 270.02 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0426609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.273;QD=22.9806;RBI=0.0435522;REFB=-0.0183392;REVB=0.00876598;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167715;STB=0.509362;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0140167;OID=.;OPOS=6262715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:11:11:12:13:11:11 chr11 6292065 . C A 102.62 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00742722;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.315;QD=16.4199;RBI=0.0111641;REFB=-0.0086986;REVB=0.00833502;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309193;STB=0.677144;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00456246;OID=.;OPOS=6292065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:7:5:10:3:7:5:10:3 chr11 6292387 . C T 269.43 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0202849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.693;QD=18.9074;RBI=0.020683;REFB=-0.0231691;REVB=0.0040383;RO=28;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204462;STB=0.614347;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0197621;OID=.;OPOS=6292387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:19:10:16:12:19:10:16:12 chr11 6340525 . A T 76.04 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0292023;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.518;QD=10.8627;RBI=0.0358108;REFB=-0.00529202;REVB=-0.0207277;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614997;STB=0.860149;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0472449;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:3:15:2:8:3:15 chr11 6340706 . A G 101.54 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00341425;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.057;QD=7.52144;RBI=0.0100089;REFB=-0.00942889;REVB=-0.00940857;RO=39;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987224;STB=0.571718;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0260164;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:5:9:22:17:5:9:22:18 chr11 6411935 . T C 223.78 PASS AF=0.485714;AO=12;DP=28;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0580004;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0824;QD=25.5747;RBI=0.058001;REFB=0.026406;REVB=0.000246172;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.701902;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00148634;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:35:0:15:12:17:0.485714:9:3:0:0:11:6:12:3 chr11 6415463 . G A 236.81 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.01332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.4;QD=26.3126;RBI=0.0436456;REFB=-0.0177956;REVB=-0.0415634;RO=14;SAF=19;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316108;STB=0.67838;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0152051;OID=.;OPOS=6415463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:3:19:8:6:3:19:8:6 chr11 6422834 . G A 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0514769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2274;QD=18.2468;RBI=0.0572706;REFB=-0.010576;REVB=0.0251007;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278882;STB=0.677477;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00630214;OID=.;OPOS=6422834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:11:4:8:6:11:4:9:6 chr11 6471722 . T G 153.89 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0473131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.409;QD=9.92853;RBI=0.0482969;REFB=-0.0134389;REVB=-0.00969865;RO=40;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427457;STB=0.529946;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0239724;OID=.;OPOS=6471722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:41:20:21:0.33871:16:4:9:31:17:4:9:32 chr11 6549779 . A C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.789;QD=64.1537;RBI=0.014337;REFB=0;REVB=-0.0120147;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91911e-06;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:14:35:0:0:14:35:0:0 chr11 6549995 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.06;QD=55.0984;RBI=0.0290663;REFB=0;REVB=0.0106693;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116905;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr11 6550004 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.235;QD=54.5174;RBI=0.0245308;REFB=0;REVB=-0.000591023;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171797;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr11 6550309 . G A 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010266;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.643;QD=62.9972;RBI=0.0104621;REFB=0;REVB=0.0020161;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41655e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr11 6555365 . A G 548.24 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8502;QD=57.7095;RBI=0.1278;REFB=-0.0706509;REVB=0.0123306;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00585712;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:1:0:36:38:1:21:15:1:0:21:17:0:0 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 236.57 PASS AF=0.108696,0.413043;AO=5,17;DP=48;FAO=5,19;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=5,10;FSAR=0,9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.000953302,-0.0254679;FXX=0.061212;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=169.934,287.165;QD=20.5715;RBI=0.0161147,0.0315538;REFB=-0.00982912,-0.0105512;REVB=-0.0160864,-0.0186287;RO=22;SAF=5,9;SAR=0,8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.664841,-0.0158032;STB=0.997488,0.510298;STBP=0.042,0.918;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0328585,0.00999087;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:46:22:22:5,17:5,19:0.108696,0.413043:0,8:5,9:12:10:0,9:5,10:12:10 chr11 6585007 . G A 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.785;QD=62.6652;RBI=0.0473829;REFB=0;REVB=-0.0327817;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10639e-06;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr11 6622714 . G A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7178;QD=63.866;RBI=0.0373107;REFB=0;REVB=0.0185314;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500189;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr11 6630028 . TC T 726.23 PASS AF=0.987952;AO=71;DP=86;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300335;FXX=0.0348797;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8141;QD=34.9991;RBI=0.0450894;REFB=0.00634608;REVB=-0.033631;RO=4;SAF=30;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=-0.0335883;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.00133469;OID=.;OPOS=6630029;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987952:71:86:82:83:1:38:44:0:1:10:4:30:41:3:1 chr11 6634149 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.166;QD=60.3767;RBI=0.021973;REFB=0;REVB=0.020787;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51803e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:24:50:0:0:24:50:0:0 chr11 6634189 . G A 1207.85 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.425;QD=61.1568;RBI=0.00172235;REFB=0;REVB=-0.00117112;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41586e-06;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr11 6638506 . A C,T 681.82 PASS AF=0.1,0.8;AO=7,45;DP=59;FAO=6,48;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=1,24;FSAR=5,24;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0376729,0.016292;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=50.9025,167.113;QD=45.4545;RBI=0.0506241,0.0242291;REFB=0.00534928,-0.04565;REVB=-0.0338165,0.0179338;RO=6;SAF=2,21;SAR=5,24;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.414385,-0.0805905;STB=0.83222,0.537022;STBP=0.055,0.126;TYPE=snp,snp;VARB=0.122738,0.00566323;OID=.,.;OPOS=6638506,6638506;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:59:60:6:6:7,45:6,48:0.1,0.8:5,24:2,21:5:1:5,24:1,24:5:1 chr11 6643801 . C T 123.11 PASS AF=0.186441;AO=21;DP=117;FAO=22;FDP=118;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=33;FWDB=-0.00149713;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.886;QD=4.17315;RBI=0.00244067;REFB=-0.0088422;REVB=-0.00192755;RO=96;SAF=10;SAR=11;SRF=63;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229793;STB=0.627011;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0444629;OID=.;OPOS=6643801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:96:96:21:22:0.186441:11:10:63:33:11:11:63:33 chr11 6661447 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00740901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.982;QD=21.2674;RBI=0.0470341;REFB=0.0191427;REVB=0.0464469;RO=14;SAF=16;SAR=1;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433558;STB=0.52456;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0193731;OID=.;OPOS=6661447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:1:16:13:1:1:16:13:1 chr11 6735869 . A G 319.99 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00245561;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6172;QD=20.9829;RBI=0.014506;REFB=-0.0193091;REVB=-0.0142966;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378112;STB=0.520945;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0119429;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:14:14:18:15:14:14 chr11 6738411 . A G 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0158056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4647;QD=30.8106;RBI=0.0895301;REFB=0.002026;REVB=0.0881239;RO=13;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16281;STB=0.589322;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000762019;OID=.;OPOS=6738411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:15:11:9:4:15:11:9:4 chr11 6738728 . T C 244.31 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00786123;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.585;QD=22.7266;RBI=0.0351161;REFB=0.000454077;REVB=-0.0342249;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128376;STB=0.507181;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0010088;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:11:9:10:13:11:9 chr11 6739109 . G A 435.76 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0439802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4908;QD=54.4705;RBI=0.0614019;REFB=0.0289149;REVB=-0.0428478;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0171847;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:19:13:0:0:19:12:1:0 chr11 6739407 . A G 613.41 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0132182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.269;QD=53.3398;RBI=0.0289543;REFB=0.00670014;REVB=0.025761;RO=3;SAF=27;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324129;STB=0.513416;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00123404;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:3:4:42:42:0.913043:15:27:2:1:15:27:2:2 chr11 6739814 . C T 447.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.918;QD=57.7905;RBI=0.0762405;REFB=0;REVB=0.0399203;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422588;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:1:0:29:31:1:13:16:1:0:13:18:0:0 chr11 6739822 . T C 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8322;QD=57.6691;RBI=0.0348809;REFB=0;REVB=-0.00684427;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022232;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 6740308 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00461546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.473;QD=10.9409;RBI=0.00462185;REFB=-0.020899;REVB=0.00024281;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310237;STB=0.686764;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.037727;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:9:11:3:8:9:11 chr11 6789929 . C A 443.55 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0149146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.126;QD=16.7378;RBI=0.0699979;REFB=-0.00428893;REVB=0.0683905;RO=57;SAF=20;SAR=29;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131734;STB=0.573448;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00643538;OID=.;OPOS=6789929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:29:20:31:26:29:20:31:26 chr11 6790106 . T C 474.27 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00346812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1533;QD=17.7297;RBI=0.014092;REFB=-0.00413481;REVB=0.0136586;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037997;STB=0.521124;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00399491;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:32:19:23:33:32:19:23:33 chr11 6806496 . T C 363.04 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0092671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.109;QD=15.6145;RBI=0.0178687;REFB=-0.0145083;REVB=-0.0152778;RO=53;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411762;STB=0.535637;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0197218;OID=.;OPOS=6806496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:38:39:0.419355:20:18:23:30:20:19:23:31 chr11 6806827 . G T 187.34 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.025995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3006;QD=14.6934;RBI=0.0274402;REFB=0.00182669;REVB=0.00878785;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141135;STB=0.580929;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00158518;OID=.;OPOS=6806827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:17:13:12:9:17:13 chr11 6807163 . C G 297.66 PASS AF=0.52459;AO=30;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00632456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.739;QD=19.5184;RBI=0.00695457;REFB=-0.019907;REVB=0.00289241;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759857;STB=0.540958;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0160696;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:29:29:30:32:0.52459:15:15:12:17:16:16:12:17 chr11 6807243 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.981;QD=53.9112;RBI=0.0401536;REFB=0;REVB=0.0051783;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181468;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 6816778 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.958;QD=52.613;RBI=0.0194784;REFB=0;REVB=0.00552805;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115716;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 6891113 . A G 571.1 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.019856;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1646;QD=17.1759;RBI=0.0519015;REFB=-0.0297204;REVB=0.0479532;RO=65;SAF=19;SAR=41;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117413;STB=0.595929;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0332546;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:65:73:60:60:0.451128:41:19:28:37:41:19:35:38 chr11 6891385 . G A 283.09 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0148523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.448;QD=17.4209;RBI=0.0497729;REFB=-0.00560583;REVB=0.0475052;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120118;STB=0.567523;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00531025;OID=.;OPOS=6891385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:10:21:19:15:10:21:19:15 chr11 6891528 . C G 211.02 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0458959;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5977;QD=13.8372;RBI=0.0505503;REFB=-0.0155076;REVB=0.0211872;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073364;STB=0.504596;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0217585;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:32:36:25:25:0.409836:12:13:19:13:12:13:19:17 chr11 6891605 . A G 239.84 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0118658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1301;QD=16.5406;RBI=0.0127056;REFB=-0.0410353;REVB=-0.00454259;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124346;STB=0.569923;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0495691;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:19:12:14:13:19:12 chr11 6891705 . A ATG,G 188.21 PASS AF=0.418605,0.0465116;AO=18,2;DP=43;FAO=18,2;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8,2;FSAR=10,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0371055,0.0355552;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=115.102,120.185;QD=17.5078;RBI=0.0387933,0.0360705;REFB=-0.0109834,-0.00403333;REVB=0.011318,-0.00607552;RO=23;SAF=8,2;SAR=10,0;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159573,0.450372;STB=0.591298,0.993663;STBP=0.333,0.197;TYPE=ins,snp;VARB=0.0065482,0.0545103;OID=.,.;OPOS=6891706,6891705;OREF=-,A;OALT=TG,G;OMAPALT=ATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:18,2:18,2:0.418605,0.0465116:10,0:8,2:14:9:10,0:8,2:14:9 chr11 6891758 . A C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0184645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.277;QD=16.9315;RBI=0.0422789;REFB=-0.0154638;REVB=-0.0380338;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0229767;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr11 6913127 . A G 41.11 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0713459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.858;QD=16.4454;RBI=0.0738982;REFB=0.00270629;REVB=-0.0192536;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00331876;OID=.;OPOS=6913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:1:3:1:5:1:3 chr11 6913244 . A G 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6057;QD=55.0858;RBI=0.0485005;REFB=0;REVB=-0.0475868;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407838;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr11 6942476 . C A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0132535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5728;QD=12.7823;RBI=0.0132632;REFB=-0.0239407;REVB=0.00050672;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0117194;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:7:7:6:4:7:7 chr11 6942695 . C T 233.35 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0137872;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.963;QD=14.8158;RBI=0.0183399;REFB=0.00293943;REVB=-0.012094;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215191;STB=0.517634;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00484748;OID=.;OPOS=6942695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:36:27:27:0.428571:18:9:12:22:18:9:13:23 chr11 6942726 . G C 333.2 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0912128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7991;QD=21.8493;RBI=0.0930246;REFB=-0.000744651;REVB=0.0182703;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584593;STB=0.509549;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.000372086;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:27:34:34:0.557377:22:12:9:17:22:12:9:18 chr11 6976988 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.512;QD=51.9162;RBI=0.0192061;REFB=0;REVB=-0.0163908;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125411;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr11 7022038 . A G 367.73 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0206597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6785;QD=21.9542;RBI=0.0468011;REFB=0.000896831;REVB=-0.0419942;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704034;STB=0.538814;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00108321;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:18:19:18:12:18:19:18:12 chr11 7022160 . A G 929.42 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.066;QD=57.1949;RBI=0.0689957;REFB=0;REVB=0.0492824;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160947;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:58:65:1:33:25:0:0:40:25:0:0 chr11 7022531 . A T 1008.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.301;QD=59.319;RBI=0.0393062;REFB=0;REVB=-0.0203571;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05567e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr11 7022717 . T C 698.85 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00413745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.747;QD=54.8118;RBI=0.0169158;REFB=-0.0367721;REVB=0.0164021;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00184688;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:1:0:27:23:1:0 chr11 7059960 . A C 670.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.995;QD=62.3343;RBI=0.0276231;REFB=0;REVB=-0.00366126;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73455e-05;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr11 7063755 . C T 1302.81 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.601;QD=61.3087;RBI=0.0149671;REFB=0;REVB=0.012784;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43112e-06;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:45:38:0:0:45:40:0:0 chr11 7071031 . G A 741.67 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.121329;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6827;QD=53.9399;RBI=0.121668;REFB=-0.0212773;REVB=-0.00907217;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268896;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00557705;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:1:1:51:54:0.981818:34:17:1:0:34:20:1:0 chr11 7079038 . G A 1731.05 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412059;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.293;QD=60.7384;RBI=0.0421203;REFB=0;REVB=-0.00872892;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39003e-05;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:114:0:0:113:114:1:63:50:0:0:64:50:0:0 chr11 7110363 . G A 487.42 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0130022;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.143;QD=15.1138;RBI=0.0139896;REFB=-0.015024;REVB=-0.00516264;RO=75;SAF=33;SAR=21;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242065;STB=0.501359;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0172807;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:75:75:54:54:0.418605:21:33:46:29:21:33:46:29 chr11 7324475 . T C 423.65 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.055;QD=56.487;RBI=0.0219172;REFB=0;REVB=0.0108419;RO=0;SAF=1;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203726;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:28:1:0:0:29:1:0:0 chr11 7335424 . C G 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00514048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.483;QD=12.1431;RBI=0.0140878;REFB=0.00229658;REVB=0.0131165;RO=33;SAF=4;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472487;STB=0.7761;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00667402;OID=.;OPOS=7335424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:15:4:21:12:15:4:21:12 chr11 7509566 . A T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0643184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.904;QD=5.78738;RBI=0.0646423;REFB=-0.0121534;REVB=-0.00646253;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214284;STB=0.636016;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0630945;OID=.;OPOS=7509566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:6:17:4:3:6:17 chr11 7619518 . T C 1202.19 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662865;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.65;QD=61.6507;RBI=0.041561;REFB=0;REVB=0.041029;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70129e-05;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr11 7661047 . TCTC T 326.68 PASS AF=0.472973;AO=32;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0101074;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.621;QD=17.6584;RBI=0.01108;REFB=-0.0309678;REVB=0.00453934;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149537;STB=0.595091;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.0303894;OID=.;OPOS=7661048;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472973:32:75:35:74:39:20:15:29:10:99:35:19:13:26:9 chr11 7670440 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000660887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.761;QD=62.0081;RBI=0.0158121;REFB=0;REVB=0.0157982;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39162e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr11 7674823 . T C 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0171563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1192;QD=19.7383;RBI=0.0494734;REFB=0.0110016;REVB=0.0464034;RO=44;SAF=31;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318087;STB=0.677225;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00615326;OID=.;OPOS=7674823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:12:31:17:27:12:31:17:27 chr11 7687715 . T C 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0177423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.701;QD=14.392;RBI=0.0177771;REFB=-0.00626863;REVB=0.0011104;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486892;STB=0.53348;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0086368;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:20:16:26:27:20:16:27:27 chr11 7710877 . C T 277.58 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00326071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.111;QD=16.0916;RBI=0.0204471;REFB=-0.0111306;REVB=-0.0201855;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346273;STB=0.519519;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0116245;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:12:19:22:16:12:19:22:16 chr11 7712471 . C T 166.77 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.019953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.495;QD=10.9357;RBI=0.0207281;REFB=0.00129866;REVB=0.00561524;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121503;STB=0.586571;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00200214;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:39:21:22:0.360656:13:8:11:28:13:9:11:28 chr11 7716855 . T A 1865.9 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0475923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8657;QD=59.7087;RBI=0.0754366;REFB=-0.0729855;REVB=-0.058529;RO=2;SAF=92;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102161;STB=0.505375;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00654286;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:31:92:2:0:31:92:2:0 chr11 7721870 . G A 1621.8 PASS AF=0.957627;AO=114;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.058282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1816;QD=54.9762;RBI=0.0837908;REFB=-0.102119;REVB=0.0602006;RO=3;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256466;STB=0.503677;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0105384;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:118:118:3:5:114:113:0.957627:54:60:0:3:55:58:3:2 chr11 7721974 . C T 352.42 PASS AF=0.401961;AO=42;DP=103;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0218823;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.222;QD=13.8204;RBI=0.0274318;REFB=-0.0164324;REVB=-0.0165429;RO=61;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601317;STB=0.541527;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0241003;OID=.;OPOS=7721974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:61:42:41:0.401961:21:21:27:34:20:21:27:34 chr11 7727872 . T C 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0203598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.557;QD=7.78039;RBI=0.0246607;REFB=-0.000200449;REVB=0.0139151;RO=44;SAF=4;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447773;STB=0.770239;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00123634;OID=.;OPOS=7727872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:13:4:27:17:13:4:27:17 chr11 7727886 . C T 522.22 PASS AF=0.707692;AO=45;DP=65;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00056987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.018;QD=32.1367;RBI=0.00202781;REFB=0.0023833;REVB=-0.00194609;RO=19;SAF=25;SAR=20;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159404;STB=0.587728;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00241645;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:19:45:46:0.707692:20:25:5:14:20:26:5:14 chr11 7749695 . C T 399.01 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.033575;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.623;QD=20.7276;RBI=0.0343529;REFB=-0.0149358;REVB=-0.00726907;RO=37;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764008;STB=0.542351;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0126884;OID=.;OPOS=7749695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:37:40:40:0.519481:25:15:17:20:25:15:17:20 chr11 7847208 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8882;QD=60.61;RBI=0.0576165;REFB=0;REVB=-0.0524149;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736454;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr11 7847466 . A G 136.37 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116576;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.315;QD=41.9592;RBI=0.11676;REFB=0;REVB=-0.00656617;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105694;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:13:0:0:10:13:1:10:0:0:0:10:3:0:0 chr11 7847472 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0316206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.68;QD=33.9782;RBI=0.0317181;REFB=0.0247765;REVB=0.00248597;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812822;STB=0.545376;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00119329;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:9:3:1:1:9:3:1:1 chr11 7871011 . A G 1805.98 PASS AF=1;AO=102;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2658;QD=60.7052;RBI=0.03301;REFB=0;REVB=0.0179223;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193707;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:102:119:1:65:37:0:0:76:43:0:0 chr11 7871012 . T G 46.52 PASS AF=0.1;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=69;FWDB=-0.0152927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.8514;QD=1.55077;RBI=0.0456177;REFB=-0.0147877;REVB=0.042978;RO=108;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360748;STB=0.527561;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0186439;OID=.;OPOS=7871012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:120:108:108:12:12:0.1:8:4:39:69:8:4:39:69 chr11 7949350 . A G 1590.88 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00957947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.17;QD=58.9217;RBI=0.012356;REFB=0.0849216;REVB=0.00780421;RO=1;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082534;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-4.76664e-06;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:1:1:105:107:0.990741:57:48:0:1:59:48:0:1 chr11 7949791 . A C 58.32 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0355134;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6119;QD=12.2784;RBI=0.0492861;REFB=-0.0235633;REVB=0.0341749;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305926;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0158162;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:5:6:2:6:5:6 chr11 7949860 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0162032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.626;QD=24.3901;RBI=0.0173762;REFB=-0.00374027;REVB=0.0062761;RO=14;SAF=16;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277525;STB=0.656542;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00239949;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:4:16:7:7:4:16:7:7 chr11 7950024 . A G 67.15 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0260922;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9682;QD=11.6783;RBI=0.0288;REFB=-0.0211323;REVB=0.0121918;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291729;STB=0.728627;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0361766;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:16:14:8:9:0.391304:2:6:8:8:2:7:6:8 chr11 7961130 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0225799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.304;QD=19.3697;RBI=0.0234184;REFB=-0.00633972;REVB=-0.00621032;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204358;STB=0.511613;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00531911;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:5:10:11:5:5:10 chr11 8014479 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00195848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.995;QD=8.08967;RBI=0.019803;REFB=-0.000530849;REVB=0.0197059;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584169;STB=0.867341;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0010099;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:8:1:13:9:8:1:13:9 chr11 8115663 . G A 365.95 PASS AF=0.590164;AO=34;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0352311;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.764;QD=23.9969;RBI=0.0354431;REFB=-0.0260277;REVB=-0.00387103;RO=25;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463053;STB=0.504777;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0165739;OID=.;OPOS=8115663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:34:36:0.590164:13:21:14:11:14:22:15:10 chr11 8123499 . G A 267.53 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0190971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.434;QD=22.2944;RBI=0.0346354;REFB=-0.0170547;REVB=-0.0288949;RO=22;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830491;STB=0.589985;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0151396;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:25:25:0.520833:7:18:14:8:6:19:14:9 chr11 8127495 . T C 487.11 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.026289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3839;QD=21.6491;RBI=0.0943971;REFB=-0.00659024;REVB=-0.0906625;RO=43;SAF=18;SAR=29;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531114;STB=0.529341;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00525448;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:29:18:19:24:29:18:19:24 chr11 8159892 . G T 440.34 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=7.76091e-05;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.512;QD=19.1453;RBI=0.0108894;REFB=-0.0158672;REVB=-0.0108891;RO=48;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427577;STB=0.523799;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0167623;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:48:44:44:0.478261:24:20:24:24:24:20:24:24 chr11 8174966 . G A 264.71 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00873636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0749;QD=24.0643;RBI=0.0278425;REFB=0.0168338;REVB=-0.0264364;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384979;STB=0.509426;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0154029;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:9:15:11:8:10:15:11:8 chr11 8251921 . G C 355.03 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0476606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.977;QD=16.3233;RBI=0.048822;REFB=-0.0381168;REVB=-0.0105857;RO=49;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163041;STB=0.500917;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0490023;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:17:21:27:22:17:21:27:22 chr11 8486310 . C A 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00895048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.605;QD=11.216;RBI=0.0191846;REFB=-0.0341166;REVB=-0.0169687;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557058;STB=0.532234;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0661895;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:11:15:30:18:11:15:30:18 chr11 8662516 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0449448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2331;QD=16.1988;RBI=0.0617463;REFB=0.0229942;REVB=0.0423387;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00411763;OID=.;OPOS=8662516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:2:3:2:0:2:3:3:0 chr11 8669609 . CA C 75.48 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.206293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.751;QD=6.86182;RBI=0.211823;REFB=-0.0670449;REVB=0.048085;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203;STB=0.57694;STBP=0.396;TYPE=del;VARB=0.0690873;OID=.;OPOS=8669610;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:18:44:19:44:25:6:13:11:14:75:22:7:11:9:13 chr11 8671369 . C T 377.47 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00958227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1124;QD=16.2353;RBI=0.00963146;REFB=-0.00855778;REVB=0.000972113;RO=52;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634374;STB=0.530958;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00886694;OID=.;OPOS=8671369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:16:24:28:24:16:24:29:24 chr11 8693405 . G A,T 1038.22 PASS AF=0.375,0.625;AO=27,45;DP=72;FAO=27,45;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=12,23;FSAR=15,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825149,-0.00749901;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=126.945,137.031;QD=57.6791;RBI=0.0235671,0.0142731;REFB=0,0;REVB=-0.0220753,0.0121444;RO=0;SAF=12,23;SAR=15,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0266841,0.0114129;OID=.,.;OPOS=8693405,8693405;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:72:0:0:27,45:27,45:0.375,0.625:15,22:12,23:0:0:15,22:12,23:0:0 chr11 8717003 . C T 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0199932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.083;QD=20.9182;RBI=0.0466764;REFB=1.86148e-05;REVB=-0.0421777;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501575;STB=0.527791;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.000583708;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:15:16:15:11:15:16:15:11 chr11 8718042 . A C 46.68 PASS AF=0.185185;AO=4;DP=29;FAO=5;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.00466718;FXX=0.0689417;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.1901;QD=6.91623;RBI=0.00466718;REFB=0.0124983;REVB=0;RO=19;SAF=4;SAR=0;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0409009;OID=.;OPOS=8718042;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:27:19:19:4:5:0.185185:0:4:19:0:0:5:19:0 chr11 8751889 . C G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0299002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.69;QD=10.3899;RBI=0.0445639;REFB=-0.00374548;REVB=0.0330442;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734487;STB=0.545316;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0127087;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:9:2:1:6:9:2 chr11 8788168 . A T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.139;QD=63.5828;RBI=0.0148547;REFB=0;REVB=5.30577e-05;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59397e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr11 8788225 . A C 721.8 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.676;QD=62.7652;RBI=0.052698;REFB=0;REVB=0.035276;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121905;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:38:46:1:23:15:0:0:29:17:0:0 chr11 8866808 . C G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0209896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8096;QD=21.9444;RBI=0.04371;REFB=-0.00604879;REVB=0.0383406;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126935;STB=0.571341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00907471;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:8:4:8:8:8:4 chr11 8938934 . C T 209.61 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0492663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.432;QD=18.6319;RBI=0.0512723;REFB=-0.0219976;REVB=-0.0142016;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114699;STB=0.565154;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0165741;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:12:12:13:8:12:12 chr11 8942942 . C T 779.97 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0081569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.746;QD=24.5659;RBI=0.00874575;REFB=-0.0171696;REVB=0.00315486;RO=54;SAF=31;SAR=42;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739674;STB=0.540329;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.012863;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:54:54:73:73:0.574803:42:31:28:26:42:31:28:26 chr11 8942999 . G A 1807.54 PASS AF=0.991667;AO=115;DP=116;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.083;QD=60.2514;RBI=0.039405;REFB=0.0785571;REVB=-0.0141784;RO=1;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725029;STB=0.503759;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=5.64399e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:120:1:1:115:119:0.991667:65:50:0:1:66:53:0:1 chr11 8947021 . A G 208.3 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9428;QD=49.0126;RBI=0.232785;REFB=0;REVB=-0.081737;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495039;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:7:5:0:0:8:9:0:0 chr11 8947179 . G A 241.54 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00802362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.02;QD=28.4159;RBI=0.0189739;REFB=-0.0232455;REVB=-0.0171939;RO=11;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285729;STB=0.50276;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0200693;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:33:34:11:12:22:22:0.647059:13:9:4:7:13:9:5:7 chr11 8947283 . G C 245.59 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0677012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2417;QD=23.9595;RBI=0.0893966;REFB=-0.0076048;REVB=0.0583807;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707973;STB=0.539412;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00531535;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:11:7:11:12:11:7 chr11 8948680 . A T 230.01 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00613908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0975;QD=23.0009;RBI=0.00614024;REFB=0.00438374;REVB=0.000119158;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139605;STB=0.507805;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00346545;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:6:12:15:7:6:12 chr11 8959370 . G A 686.49 PASS AF=0.641304;AO=58;DP=91;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00371652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.321;QD=29.8475;RBI=0.0186887;REFB=-0.0264441;REVB=0.0183155;RO=31;SAF=23;SAR=35;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366541;STB=0.52413;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0125714;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:31:33:58:59:0.641304:35:23:14:17:36:23:15:18 chr11 8959511 . T G 521.89 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0245924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.643;QD=50.9161;RBI=0.02476;REFB=-0.165122;REVB=-0.00287647;RO=4;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069257;STB=0.537018;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0021463;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:25:12:0:4:25:12:0:4 chr11 8959545 . C A 271.9 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00453292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.239;QD=19.4212;RBI=0.0213554;REFB=0.00468059;REVB=-0.0208688;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628746;STB=0.535031;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00395708;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:12:15:14:15:12:15 chr11 8968878 . GAGGACAT G 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00660017;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=361.908;QD=10.0305;RBI=0.0085312;REFB=0.00797228;REVB=0.00540547;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=-0.0118781;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:12:5:12:7:3:2:4:3:30:6:3:2:3:3 chr11 9005036 . T A 968.54 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.076;QD=58.6996;RBI=0.00873038;REFB=0;REVB=-0.00835262;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45514e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chr11 9009175 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.100585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5483;QD=19.3687;RBI=0.100591;REFB=0.0065573;REVB=0.0011711;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207621;STB=0.620002;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-2.35232e-06;OID=.;OPOS=9009175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:4:3:7:3:4:3 chr11 9045960 . T A 590.01 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0104479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.411;QD=16.9787;RBI=0.0147874;REFB=-0.0106215;REVB=-0.0104647;RO=76;SAF=38;SAR=24;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177686;STB=0.595664;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0179157;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:77:62:62:0.446043:24:38:33:43:24:38:34:43 chr11 9052423 . A C 820.33 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134796;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.679;QD=57.5671;RBI=0.136186;REFB=0;REVB=0.0194092;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422767;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 9069046 . G A 403.22 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0239537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.931;QD=19.2007;RBI=0.0408515;REFB=-0.0198845;REVB=0.0330917;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340706;STB=0.512189;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0214366;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:19:21:21:22:20:21:21:22 chr11 9225486 . C G 371.57 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00119733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.751;QD=22.8658;RBI=0.0120673;REFB=-0.0277231;REVB=-0.0120077;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119328;STB=0.565483;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0254962;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:21:16:8:20:21:16:8:20 chr11 9228785 . G A 39.09 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0199215;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1627;QD=9.19781;RBI=0.0201646;REFB=-0.00366422;REVB=0.00312181;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00421621;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:18:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:6:5:4:2:6:5 chr11 9316937 . G A 720.15 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.007;QD=62.6216;RBI=0.129059;REFB=0;REVB=0.0475063;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343331;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:29:17:0:0 chr11 9406349 . T C 1412.62 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.765;QD=62.7832;RBI=0.0419371;REFB=0;REVB=0.0122185;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26882e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:45:45:0:0 chr11 9537904 . G C 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.819;QD=58.1292;RBI=0.0140988;REFB=0;REVB=0.0102934;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37708e-06;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr11 9754221 . C T 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0103372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.058;QD=18.4811;RBI=0.011504;REFB=-0.0177498;REVB=0.00504826;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323943;STB=0.684017;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0236533;OID=.;OPOS=9754221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:14:7:13:6:14:7 chr11 9769483 . C T 207.58 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0085989;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.987;QD=16.2811;RBI=0.01817;REFB=-0.00219548;REVB=-0.0160065;RO=28;SAF=5;SAR=18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433065;STB=0.747067;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00254838;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:18:5:18:10:18:5:18:10 chr11 9769562 . C G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0221857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.82;QD=18.777;RBI=0.0226235;REFB=-0.0126344;REVB=-0.00442953;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333217;STB=0.68558;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0120178;OID=.;OPOS=9769562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:6:20:10:16:6:20 chr11 9771886 . TCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACA TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA 117.93 PASS AF=0,0.65;AO=4,3;DP=20;FAO=0,13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00791392,-0.00361453;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=199.326,201.835;QD=23.5851;RBI=0.00908802,0.00931246;REFB=-0.0458581,-0.0468697;REVB=0.00446789,0.00858238;RO=4;SAF=3,2;SAR=1,1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.397043,0.348651;STB=0.5,0.516104;STBP=1,0.892;TYPE=del,del;VARB=0.0174454,0.0242975;OID=.,.;OPOS=9771908,9771887;OREF=AAAACA,CAAAA;OALT=-,-;OMAPALT=TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.65:4,3:20:0,13:20:7:0,8:0,5:4:3:40:4:3,2:1,1:1:3 chr11 9800601 . G A 557.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.356;QD=60.2444;RBI=0.024375;REFB=0;REVB=-0.00559681;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01218e-05;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr11 9800821 . T C 184.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00537735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7327;QD=18.4796;RBI=0.020406;REFB=0.0110239;REVB=0.0196848;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185783;STB=0.510563;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00829743;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:6:13:14:7:6:13:14:7 chr11 10521764 . T C 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0245861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.314;QD=19.2113;RBI=0.0262419;REFB=0.00232795;REVB=0.00917406;RO=40;SAF=10;SAR=29;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203913;STB=0.614158;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00364593;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:29:10:18:22:29:10:18:22 chr11 10533952 . T C 279.01 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0277533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.464;QD=27.2207;RBI=0.0403302;REFB=-0.00603463;REVB=0.0292623;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915269;STB=0.550714;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00378977;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:8:17:9:7:8:17:9:7 chr11 10555589 . A G 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0108041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7628;QD=17.694;RBI=0.0332355;REFB=0.00313836;REVB=-0.0314304;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218608;STB=0.621576;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00659212;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:18:17:28:11:18:17:28:11 chr11 10597081 . G A 468.36 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00461771;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.771;QD=19.3139;RBI=0.00462112;REFB=-0.0169088;REVB=0.00017726;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177657;STB=0.629085;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0177697;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:44:51:46:46:0.474227:21:25:15:29:21:25:15:36 chr11 10647702 . G A 607.55 PASS AF=0.504065;AO=60;DP=121;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0055759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.856;QD=19.7577;RBI=0.00558732;REFB=-0.0252669;REVB=0.000357025;RO=61;SAF=40;SAR=20;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197088;STB=0.604388;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0250463;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:61:61:60:62:0.504065:20:40:28:33:21:41:28:33 chr11 10650328 . TCC TC,TCG,TTC 528.29 PASS AF=0.0277778,0,0.972222;AO=6,2,28;DP=37;FAO=1,0,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,21;FSAR=1,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070547,-0.0302426,0.0286507;FXX=0.0270197;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=23.7743,5.47702,45.6619;QD=58.6991;RBI=0.124395,0.162326,0.0840193;REFB=0,0,0;REVB=-0.102456,-0.159484,0.0789834;RO=0;SAF=3,0,18;SAR=3,2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.062396,0.0362521,0.00400415;OID=.,.,.;OPOS=10650329,10650330,10650329;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=TC,TCG,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0277778,0,0.972222:6,2,28:37:1,0,35:36:0:0,0,21:1,0,14:0:0:5:0:3,0,18:3,2,10:0:0 chr11 10655609 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3624;QD=56.9565;RBI=0.0496399;REFB=0;REVB=-0.00486308;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290563;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr11 10673739 . T C,G 4037.27 PASS AF=0.94697,0.0530303;AO=249,15;DP=264;FAO=250,14;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=111,13;FSAR=139,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834174,-0.0230857;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.33,89.0662;QD=61.1708;RBI=0.0119789,0.028822;REFB=0,0;REVB=0.00859711,-0.0172557;RO=0;SAF=110,14;SAR=139,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00116178,0.061773;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:264:264:0:0:249,15:250,14:0.94697,0.0530303:139,1:110,14:0:0:139,1:111,13:0:0 chr11 10715124 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.078;QD=63.583;RBI=0.0522044;REFB=0;REVB=0.0478219;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59962e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 10786175 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0164;QD=57.7119;RBI=0.0528671;REFB=0;REVB=-0.0475082;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511139;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr11 10822350 . C T 1999.25 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.877;QD=61.9923;RBI=0.0174594;REFB=0;REVB=0.0173499;RO=0;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290999;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:73:55:0:0:74:55:0:0 chr11 10823079 . T C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0160236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.448;QD=19;RBI=0.016075;REFB=-0.0125742;REVB=0.00128451;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170902;STB=0.597581;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0106837;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:8:9:12:5:8:9 chr11 10828361 . C A 313.18 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0461164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3075;QD=19.5735;RBI=0.0474239;REFB=0.00360578;REVB=-0.0110591;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807322;STB=0.544906;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00276363;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:16:15:19:14:16:15 chr11 11373508 . T C 600.5 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107937;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5352;QD=61.5898;RBI=0.0157244;REFB=0;REVB=0.0114347;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206417;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 11373587 . A G 980.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.57;QD=58.5467;RBI=0.0263877;REFB=0;REVB=0.013834;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43302e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr11 11373635 . C T 1568.48 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7576;QD=64.0194;RBI=0.0309177;REFB=0;REVB=-0.00677832;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011213;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr11 11373808 . T G 1557.27 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.499;QD=59.3246;RBI=0.0436631;REFB=0;REVB=-0.0387822;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93676e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:57:48:0:0 chr11 11373925 . A C 1332.73 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00500946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1288;QD=57.9449;RBI=0.0065307;REFB=-0.189802;REVB=0.0041899;RO=3;SAF=46;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299022;STB=0.51546;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00954025;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:3:3:88:89:0.967391:42:46:3:0:42:47:3:0 chr11 11373960 . C T 439.43 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0223484;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5678;QD=21.7001;RBI=0.030811;REFB=-0.0128007;REVB=-0.02121;RO=38;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377437;STB=0.520824;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0301724;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:38:38:43:43:0.530864:20:23:22:16:20:23:22:16 chr11 11374016 . T A 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.675;QD=62.7621;RBI=0.0328855;REFB=0;REVB=-0.0256574;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21333e-06;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr11 11374269 . A G 362.29 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.047405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.107;QD=13.2951;RBI=0.0476669;REFB=-0.00511296;REVB=-0.00499032;RO=64;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452898;STB=0.516204;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0084286;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:66:43:43:0.394495:22:21:34:30:22:21:34:32 chr11 11374283 . T G 2205.0 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.014236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.064;QD=61.6783;RBI=0.0168306;REFB=0.023948;REVB=0.00897807;RO=2;SAF=67;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139801;STB=0.507352;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=3.40768e-05;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:74:67:2:0:74:67:2:0 chr11 11913585 . G T 926.59 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00121626;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.674;QD=57.0212;RBI=0.00575682;REFB=-0.0351926;REVB=-0.00562687;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-5.2523e-06;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:0:1:25:39:0:1 chr11 11976628 . G A 482.78 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.030859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4348;QD=20.7647;RBI=0.0495547;REFB=-0.0112851;REVB=-0.0387736;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289228;STB=0.516004;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0149546;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:24:23:24:22:24:23:24:22 chr11 11986061 . T C 850.81 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.819;QD=57.682;RBI=0.0500013;REFB=0;REVB=-0.0178386;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95497e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr11 12023771 . AAC A,AA,AAA 283.71 PASS AF=0,0.4,0.0571429;AO=10,10,18;DP=84;FAO=0,28,4;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=0,16,3;FSAR=0,12,1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.010947,0.0124292,0.0131795;FXX=0.0540468;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=209.663,212.804,212.892;QD=16.2122;RBI=0.0203318,0.0197208,0.0195829;REFB=-0.00791772,-0.00653982,-0.00551618;REVB=-0.0171332,-0.0153109,-0.0144842;RO=40;SAF=8,6,7;SAR=2,4,11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0.55102,0,0;SSEP=0.391304,0,0;SSSB=0.314318,0.0315666,-0.214203;STB=0.5,0.504422,0.670145;STBP=1,0.96,0.556;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00757505,0.00602156,0.0323632;OID=.,.,.;OPOS=12023772,12023773,12023773;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4,0.0571429:10,10,18:84:0,28,4:70:38:0,16,3:0,12,1:22:16:66:40:8,6,7:2,4,11:23:17 chr11 12225946 . T G 194.78 PASS AF=0.371429;AO=21;DP=65;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0113371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.592;QD=11.1303;RBI=0.0150484;REFB=-0.0173753;REVB=0.00989572;RO=43;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125199;STB=0.600149;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.039096;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:43:44:21:26:0.371429:13:8:21:22:17:9:22:22 chr11 12246233 . G C 1381.83 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0157137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9368;QD=58.1822;RBI=0.0462869;REFB=0.0113935;REVB=-0.043538;RO=4;SAF=44;SAR=47;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212505;STB=0.511222;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00714016;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:95:95:4:4:91:91:0.957895:47:44:3:1:47:44:3:1 chr11 12285090 . C T 916.75 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.508;QD=58.2065;RBI=0.0512228;REFB=0;REVB=0.0359637;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111155;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:18:42:0:0:20:43:0:0 chr11 12315186 . G A 993.93 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391104;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.244;QD=59.3389;RBI=0.0426682;REFB=0;REVB=-0.0170573;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210747;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr11 12315407 . G C 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.786;QD=51.8947;RBI=0.0580259;REFB=0;REVB=0.0573112;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133947;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr11 12315716 . C T 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0273276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.539;QD=48.6088;RBI=0.0325063;REFB=-0.091385;REVB=0.0176028;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579914;STB=0.531226;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00102141;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:11:15:2:0:11:15:2:0 chr11 12315848 . C T 152.37 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7489;QD=40.6311;RBI=0.0143218;REFB=0.0567232;REVB=-0.00761712;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00550788;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chr11 12315891 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.543;QD=51.184;RBI=0.0635087;REFB=0;REVB=-0.0255677;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197647;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr11 12315915 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.676;QD=53.911;RBI=0.03054;REFB=0;REVB=-0.0246918;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68759e-05;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr11 12495339 . A G 104.64 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0217193;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.713;QD=5.10451;RBI=0.0319383;REFB=-0.0127333;REVB=-0.0234164;RO=62;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243442;STB=0.53983;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.036542;OID=.;OPOS=12495339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:62:65:17:17:0.207317:11:6:23:39:11:6:26:39 chr11 12534707 . G A 619.84 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.203;QD=59.0321;RBI=0.0520351;REFB=-0.0111629;REVB=0.0409717;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000439771;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr11 12550685 . C T 723.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.435;QD=56.7196;RBI=0.0190819;REFB=0;REVB=0.0190432;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424178;OID=.;OPOS=12550685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:21:30:0:0 chr11 12903443 . C T 575.21 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.073;QD=58.9958;RBI=0.0431414;REFB=0;REVB=0.00920729;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249501;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr11 13398129 . T A 972.69 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.29;QD=58.9509;RBI=0.0598894;REFB=0;REVB=0.0564737;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102086;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr11 13441126 . A G 313.18 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0168609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.931;QD=18.4225;RBI=0.0276452;REFB=-0.0173419;REVB=-0.0219082;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106686;STB=0.546406;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0228028;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:33:31:32:0.470588:10:21:17:13:10:22:20:13 chr11 13443250 . C T 367.84 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00362366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.55;QD=21.9604;RBI=0.0120625;REFB=-0.0152791;REVB=-0.0115054;RO=30;SAF=12;SAR=24;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145467;STB=0.569936;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0118268;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:36:37:0.552239:24:12:15:15:24:13:15:15 chr11 13929046 . T A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000565981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.143;QD=45.1041;RBI=0.0103421;REFB=-0.0140368;REVB=-0.0103266;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00055932;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr11 14101493 . G GC 480.49 PASS AF=1;AO=46;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213607;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.0866;QD=38.4394;RBI=0.0836164;REFB=0;REVB=0.0808419;RO=5;SAF=31;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00813409;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:51:50:50:0:34:16:0:0:9:5:31:15:3:2 chr11 14264916 . A G 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00740673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.681;QD=20.4407;RBI=0.0074248;REFB=-0.0120873;REVB=-0.000517826;RO=35;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212128;STB=0.511745;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0141435;OID=.;OPOS=14264916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:15:23:22:13:15:23:22:13 chr11 14632570 . A C 159.73 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000852571;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.663;QD=15.5835;RBI=0.0093681;REFB=-0.0139707;REVB=0.00932922;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219204;STB=0.512643;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0230858;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:8:16:11:6:8:16 chr11 14810746 . G A 88.62 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.068439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.316;QD=4.66431;RBI=0.0684659;REFB=-0.00340181;REVB=0.00191699;RO=61;SAF=5;SAR=10;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811377;STB=0.552309;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0131454;OID=.;OPOS=14810746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:10:5:24:37:10:5:24:37 chr11 14810762 . A G 304.65 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0140358;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.017;QD=17.1631;RBI=0.0146576;REFB=0.00184492;REVB=0.00422378;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000796299;STB=0.500447;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00225288;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:20:13:15:23:20:13:15:23 chr11 14991539 . T C 1733.28 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.441;QD=59.7683;RBI=0.0217513;REFB=-0.084156;REVB=0.0169624;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.503759;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000699716;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:49:66:0:0:49:66:1:0 chr11 15199957 . T C 547.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5915;QD=59.1384;RBI=0.0600429;REFB=0;REVB=0.0481348;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155158;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr11 16010680 . T C 40.93 PASS AF=0.0802469;AO=11;DP=157;FAO=13;FDP=162;FR=.;FRO=149;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=-0.029034;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.953;QD=1.01072;RBI=0.0436355;REFB=-0.00330659;REVB=-0.0325743;RO=142;SAF=8;SAR=3;SRF=58;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3371;STB=0.737359;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.053497;OID=.;OPOS=16010680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:157:162:142:149:11:13:0.0802469:3:8:58:84:4:9:63:86 chr11 16133413 . A G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0162702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.694;QD=16.9798;RBI=0.0294065;REFB=-0.0323872;REVB=0.0244953;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504043;STB=0.527252;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0215604;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:26:26:0.472727:13:13:15:12:13:13:16:13 chr11 16848077 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.016994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2268;QD=22.9574;RBI=0.0285196;REFB=-0.0188634;REVB=0.0229036;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123823;STB=0.569294;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00694627;OID=.;OPOS=16848077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:3:8:9:7:3:8 chr11 16863881 . G T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0251445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.711;QD=19.0583;RBI=0.0275753;REFB=-0.00967543;REVB=0.0113205;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266896;STB=0.515136;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0121046;OID=.;OPOS=16863881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:11:9:8:11:11:9 chr11 16872822 . C G 333.05 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0417947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3202;QD=19.0312;RBI=0.0419494;REFB=-0.0189181;REVB=-0.00359965;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257713;STB=0.514348;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0156641;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:16:19:18:17:16:19:18:17 chr11 17108868 . ACT A 210.56 PASS AF=0.479167;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00869978;FXX=0.142832;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.96;QD=17.5468;RBI=0.0224194;REFB=0.00568681;REVB=-0.0206626;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185871;STB=0.593137;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=-0.00594243;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167:21:56:23:48:25:8:15:13:12:99:25:7:14:13:12 chr11 17172133 . T C 311.53 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0414726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.26;QD=19.1709;RBI=0.0415113;REFB=-0.0167912;REVB=-0.00179146;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123254;STB=0.568678;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0212505;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:15:17:13:20:15:17 chr11 17333663 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8403;QD=47.8202;RBI=0.0800452;REFB=0;REVB=0.0796294;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027945;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr11 17339127 . T C 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0121926;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.872;QD=25.5725;RBI=0.03569;REFB=-0.00323214;REVB=0.0335428;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128583;STB=0.571369;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0023193;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:10:7:14:10:10:7 chr11 17393644 . A G 47.17 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0170916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.406;QD=10.4829;RBI=0.0212835;REFB=-0.0352415;REVB=-0.0126832;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0432195;OID=.;OPOS=17393644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:3:8:4:3:3:8 chr11 17408404 . C T 227.97 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00770193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.624;QD=9.49862;RBI=0.0136837;REFB=-0.0066337;REVB=-0.0113104;RO=65;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15941;STB=0.602631;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0115215;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:67:29:29:0.302083:13:16:27:38:13:16:27:40 chr11 17408630 . C T 242.58 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00443131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.334;QD=14.0626;RBI=0.0362702;REFB=-0.0291637;REVB=-0.0359985;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087456;STB=0.558243;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0232631;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:37:40:28:29:0.42029:15:13:14:23:16:13:14:26 chr11 17409572 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000143515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.106;QD=12.4819;RBI=0.00305556;REFB=-0.0195412;REVB=0.00305219;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467161;STB=0.502758;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0455393;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:8:11:7:5:8:11 chr11 17418477 . C A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00555891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4651;QD=16.1153;RBI=0.00822299;REFB=-0.00360337;REVB=0.00605938;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204739;STB=0.616017;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00451813;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:12:17:9:15:12:17 chr11 17419279 . C T 318.75 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0223799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.476;QD=20.9018;RBI=0.02322;REFB=-0.0252523;REVB=0.00618918;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12219;STB=0.567688;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0235806;OID=.;OPOS=17419279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:19:14:16:12:19:14:16:12 chr11 17448704 . G A 115.76 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00163788;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.886;QD=10.5236;RBI=0.0033998;REFB=-0.00980048;REVB=0.00297926;RO=30;SAF=12;SAR=2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416043;STB=0.755877;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0346315;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:2:12:17:13:2:12:17:13 chr11 17452492 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.916;QD=57.0004;RBI=0.0576991;REFB=0;REVB=0.0517289;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256125;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr11 17491730 . G A 732.92 PASS AF=0.578512;AO=69;DP=120;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0112515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.627;QD=24.2288;RBI=0.0147238;REFB=-0.018799;REVB=-0.00949705;RO=51;SAF=35;SAR=34;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104905;STB=0.567778;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0193946;OID=.;OPOS=17491730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:51:51:69:70:0.578512:34:35:19:32:34:36:18:33 chr11 17519742 . C G 202.15 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0203447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7784;QD=12.0685;RBI=0.0425941;REFB=-0.0288171;REVB=0.0374212;RO=42;SAF=21;SAR=4;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324008;STB=0.690613;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.042569;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:4:21:26:16:4:21:26:16 chr11 17522638 . G A 272.2 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0239221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1929;QD=17.2824;RBI=0.0239373;REFB=-0.022453;REVB=0.000852665;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338808;STB=0.518975;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0260396;OID=.;OPOS=17522638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:11:19:22:11:11:19:22:11 chr11 17542439 . T C 219.95 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00443931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.743;QD=13.9648;RBI=0.0456955;REFB=-0.00471033;REVB=0.0454793;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257136;STB=0.521211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00695028;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:36:24:27:0.428571:10:14:19:15:13:14:20:16 chr11 17593709 . T C 294.67 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.00677589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.222;QD=10.4306;RBI=0.027807;REFB=-0.0157781;REVB=-0.0269689;RO=75;SAF=19;SAR=19;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382678;STB=0.522112;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0350281;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:75:38:38:0.336283:19:19:35:40:19:19:35:40 chr11 17596313 . G A 662.13 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0102223;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.875;QD=21.7092;RBI=0.0260143;REFB=-0.00708173;REVB=0.0239218;RO=57;SAF=35;SAR=30;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551998;STB=0.530294;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00377685;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:57:57:65:65:0.532787:30:35:27:30:30:35:27:30 chr11 17598187 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0308053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.947;QD=13.4863;RBI=0.0311386;REFB=-0.0314959;REVB=-0.00454362;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259257;STB=0.651856;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0272476;OID=.;OPOS=17598187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:3:8:4:5:3:8 chr11 17600033 . G A 567.01 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00892689;FXX=0.0514668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1086;QD=17.5817;RBI=0.0220397;REFB=-0.0193447;REVB=0.0201509;RO=66;SAF=36;SAR=23;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927277;STB=0.55338;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0295158;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:129:66:70:59:59:0.457364:23:36:34:32:23:36:36:34 chr11 17615203 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00260996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.895;QD=11.7419;RBI=0.00995975;REFB=-0.00440763;REVB=-0.0096117;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102039;STB=0.559323;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00770198;OID=.;OPOS=17615203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:8:13:19:17:8:13:19:17 chr11 17627613 . G C 581.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.455;QD=59.6733;RBI=0.0454697;REFB=0;REVB=0.0391379;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002314;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:17:22:0:0 chr11 17631751 . C T 283.62 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0522646;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.6799;QD=23.1529;RBI=0.0532757;REFB=-0.0247702;REVB=0.0103302;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117931;STB=0.565865;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.014015;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:10:16:11:12:10:16:11:12 chr11 17632651 . C T 511.89 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.000304111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8671;QD=24.0889;RBI=0.00718581;REFB=-0.0141114;REVB=-0.00717937;RO=37;SAF=13;SAR=35;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102075;STB=0.556185;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00867564;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:35:13:14:23:35:13:14:23 chr11 17656686 . C T 170.56 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.043613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2331;QD=10.8293;RBI=0.0455421;REFB=-0.0153382;REVB=0.0131146;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105509;STB=0.553266;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0302916;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:10:12:18:22:10:12:19:22 chr11 17663444 . C T 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00505636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.952;QD=19.0233;RBI=0.0149548;REFB=-0.0392998;REVB=0.014074;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512654;STB=0.528532;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0295981;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:18:17:19:16:18:17:19:16 chr11 17663742 . G C 538.61 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.0158837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.284;QD=21.9839;RBI=0.0525887;REFB=-0.0326226;REVB=-0.0501326;RO=47;SAF=38;SAR=13;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000477277;STB=0.500263;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.03134;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:13:38:35:12:13:38:35:12 chr11 17809639 . C T 302.82 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0399919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.2278;QD=15.3325;RBI=0.0476007;REFB=-0.0530013;REVB=-0.0258162;RO=42;SAF=24;SAR=10;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453088;STB=0.5263;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0652989;OID=.;OPOS=17809639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:42:45:34:34:0.43038:10:24:28:14:10:24:30:15 chr11 17809724 . T C 327.82 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.0086397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0509;QD=15.7987;RBI=0.0447909;REFB=-0.00219989;REVB=0.0439497;RO=46;SAF=25;SAR=11;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538525;STB=0.534394;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00237551;OID=.;OPOS=17809724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:11:25:34:12:11:25:35:12 chr11 17948311 . T C 229.42 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00395021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.7;QD=22.3828;RBI=0.0597993;REFB=-0.00540324;REVB=0.0596687;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227238;STB=0.625797;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00590527;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:16:3:9:13:16:3 chr11 17981047 . C T 166.37 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000841054;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.702;QD=14.1595;RBI=0.0115692;REFB=0.00483587;REVB=-0.0115385;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409314;STB=0.523783;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0143121;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:15:14:8:10:15:14 chr11 18159169 . A G 1142.98 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.486;QD=60.1566;RBI=0.024373;REFB=0;REVB=-0.0160898;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424876;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:34:40:0:0:34:42:0:0 chr11 18159254 . A G 998.25 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000475683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.785;QD=53.9597;RBI=0.0559868;REFB=-0.0705035;REVB=-0.0559848;RO=4;SAF=32;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555112;STB=0.529403;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00444314;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:4:4:70:70:0.945946:38:32:4:0:38:32:4:0 chr11 18194944 . T A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.084;QD=59.5017;RBI=0.0346906;REFB=0;REVB=0.0157552;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8975e-05;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr11 18195051 . T C 817.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.875;QD=57.3706;RBI=0.0899325;REFB=0;REVB=0.00187699;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019477;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr11 18210580 . C T 671.54 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0905859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0167;QD=52.6695;RBI=0.129188;REFB=-0.139423;REVB=0.0921065;RO=2;SAF=15;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158556;STB=0.516122;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00708179;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:2:1:47:50:0.980392:32:15:1:1:35:15:1:0 chr11 18210674 . C T 319.28 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=-0.00501852;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.786;QD=13.0318;RBI=0.0238655;REFB=-0.0141889;REVB=-0.0233319;RO=62;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975248;STB=0.555526;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0306867;OID=.;OPOS=18210674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:24:12:16:46:24:12:16:46 chr11 18231749 . T G 501.64 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3391;QD=59.0163;RBI=0.0647883;REFB=0;REVB=0.0434282;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15309e-05;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:25:9:0:0 chr11 18231915 . T C 92.37 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00292778;FXX=0.0370233;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.319;QD=14.21;RBI=0.0148422;REFB=-0.0312175;REVB=-0.0145505;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0237028;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:27:26:10:14:10:11:0.423077:5:5:6:4:6:5:7:7 chr11 18253176 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.942;QD=53.9095;RBI=0.0188746;REFB=0;REVB=0.0133516;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164515;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 18267027 . C T 1377.39 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7475;QD=62.6087;RBI=0.0336969;REFB=0;REVB=0.0323173;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111268;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr11 18267463 . A G 96.04 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0543637;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9979;QD=10.9757;RBI=0.0640624;REFB=-0.029579;REVB=-0.0338906;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181833;STB=0.609973;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0362743;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:14:9:3:9:14:9 chr11 18267471 . A G 223.47 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0149305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.845;QD=26.2904;RBI=0.033512;REFB=-0.00933236;REVB=-0.0300023;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10307;STB=0.547782;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00485114;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:9:11:9:4:9:12:9:4 chr11 18291321 . T C 484.73 PASS AF=0.376712;AO=55;DP=147;FAO=55;FDP=146;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.00845721;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.367;QD=13.2804;RBI=0.00935829;REFB=-0.0100961;REVB=0.00400663;RO=92;SAF=28;SAR=27;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098144;STB=0.552652;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0173896;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:92:91:55:55:0.376712:27:28:55:37:27:28:54:37 chr11 18301129 . AG GA 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0143083;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.974;QD=20.2095;RBI=0.0399298;REFB=-0.00906398;REVB=0.0372781;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355333;STB=0.706053;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.0116971;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:5:5:11:2:5:5 chr11 18301400 . G A 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0391598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.645;QD=3.80273;RBI=0.0455851;REFB=-0.00859577;REVB=0.0233348;RO=47;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23605;STB=0.658586;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0227132;OID=.;OPOS=18301400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:5:4:30:17:5:4:30:17 chr11 18327684 . G T 358.46 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.158;QD=55.147;RBI=0.0391605;REFB=0;REVB=0.0370109;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002146;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr11 18333436 . A T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00324797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.254;QD=9.2582;RBI=0.0166667;REFB=-0.0135635;REVB=0.0163472;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270587;STB=0.66637;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.03387;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:3:9:15:13:3:9:15:13 chr11 18388128 . G C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0276908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.888;QD=11.4394;RBI=0.0296986;REFB=0.00282668;REVB=0.0107345;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132226;STB=0.578393;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00681395;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:10:14:6:7:10:14 chr11 18424451 . C T 398.85 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0149734;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.85;QD=18.1297;RBI=0.0181549;REFB=-0.00489096;REVB=-0.0102663;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857064;STB=0.547846;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00555533;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:47:41:41:0.465909:19:22:21:26:19:22:21:26 chr11 18424487 . A G 378.53 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00411772;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4665;QD=18.2425;RBI=0.00854198;REFB=-0.0252245;REVB=-0.00748397;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184229;STB=0.503729;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0175168;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:44:38:39:0.46988:20:18:20:24:21:18:20:24 chr11 18467821 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.506;QD=57.5452;RBI=0.0354715;REFB=0;REVB=0.0237827;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72047e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr11 18505604 . C A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0247984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4653;QD=10.1684;RBI=0.0299602;REFB=-0.0198707;REVB=-0.0168122;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0285582;OID=.;OPOS=18505604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:12:10:5:6:12:10 chr11 18553284 . T A 40.54 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0282102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3455;QD=2.57392;RBI=0.0698457;REFB=-0.00325756;REVB=0.0638953;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118857;STB=0.586824;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0252033;OID=.;OPOS=18553284;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:3:5:29:26:3:5:29:26 chr11 18555901 . C G 240.23 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0177277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.646;QD=21.3542;RBI=0.0217792;REFB=-0.00481879;REVB=0.0126516;RO=21;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224011;STB=0.619052;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00581654;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:5:18:12:9:5:18:13:9 chr11 18555949 . T C 141.7 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000371006;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.903;QD=12.8817;RBI=0.010617;REFB=-0.014225;REVB=-0.0106106;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249406;STB=0.64687;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0194433;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:13:15:5:11:13:15 chr11 18633897 . T C 386.73 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0752205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4209;QD=20.9041;RBI=0.0755599;REFB=-0.0190995;REVB=0.00715361;RO=35;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113498;STB=0.562867;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.017305;OID=.;OPOS=18633897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:15:24:17:18:15:24:17:18 chr11 18724558 . C T 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0128529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.976;QD=10.1675;RBI=0.0244041;REFB=-0.00433613;REVB=-0.0207452;RO=38;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121801;STB=0.572437;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00827662;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:15:4:11:27:15:4:11:27 chr11 18735396 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.622;QD=58.5875;RBI=0.0451712;REFB=0;REVB=0.0151549;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109898;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 18735947 . T C 505.53 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383444;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.499;QD=59.4746;RBI=0.0496035;REFB=0;REVB=0.0314677;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501397;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr11 18737095 . C T 1116.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.762;QD=60.3567;RBI=0.0457435;REFB=0;REVB=-0.00183474;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132874;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:43:31:0:0 chr11 18738281 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.428;QD=57.1996;RBI=0.0413257;REFB=0;REVB=-0.0396339;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240544;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 18743091 . G A 568.12 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0191416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.195;QD=24.9721;RBI=0.052258;REFB=-0.0209228;REVB=0.0486261;RO=39;SAF=27;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502352;STB=0.50275;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0133982;OID=.;OPOS=18743091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:25:27:20:19:25:27:20:19 chr11 18751479 . G T 139.87 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00392135;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9533;QD=11.6556;RBI=0.012155;REFB=-0.0135542;REVB=0.0115051;RO=31;SAF=14;SAR=2;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406703;STB=0.74206;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0258467;OID=.;OPOS=18751479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:2:14:19:12:2:14:20:12 chr11 18955861 . C T 101.67 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0106909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.952;QD=18.4846;RBI=0.0114659;REFB=-0.00182975;REVB=-0.00414367;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.599854;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00155417;OID=.;OPOS=18955861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:8:3:1:9:9:3:1:9 chr11 19167850 . A G 421.3 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0134435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.765;QD=20.8049;RBI=0.0195507;REFB=-0.00220635;REVB=-0.0141952;RO=39;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161271;STB=0.589233;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00154383;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:25:17:23:16:25:17:23:16 chr11 19245854 . T C 1175.07 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804997;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.997;QD=61.0426;RBI=0.0237834;REFB=0;REVB=0.0223796;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133933;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr11 19252263 . T A 692.59 PASS AF=0.44186;AO=74;DP=170;FAO=76;FDP=172;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00898654;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.534;QD=16.1067;RBI=0.0135053;REFB=-0.00961724;REVB=0.0100815;RO=93;SAF=46;SAR=28;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151187;STB=0.57141;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00884577;OID=.;OPOS=19252263;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:93:96:74:76:0.44186:28:46:44:49:30:46:46:50 chr11 19612775 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7512;QD=58.5856;RBI=0.055599;REFB=0;REVB=-0.0469069;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016236;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 19799522 . GCCCCG GCCCC,GCCCG 604.03 PASS AF=0.456522,0;AO=50,20;DP=144;FAO=63,0;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=28,0;FSAR=35,0;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00491685,-0.407737;FXX=0.0212751;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=98.1291,15.8772;QD=17.508;RBI=0.0061115,0.422458;REFB=-0.0270995,-0.0501994;REVB=0.00362973,-0.110552;RO=58;SAF=17,16;SAR=33,4;SRF=18;SRR=40;SSEN=0,0.4;SSEP=0,0.492063;SSSB=0.0322492,0.564063;STB=0.502446,0.5;STBP=0.965,1;TYPE=del,del;VARB=0.0311205,0;OID=.,.;OPOS=19799527,19799523;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522,0:50,20:144:63,0:138:75:28,0:35,0:33:42:99:58:17,16:33,4:18:40 chr11 19955194 . G C 238.45 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00192321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.222;QD=16.1662;RBI=0.01861;REFB=-0.013752;REVB=0.0185104;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215465;STB=0.621599;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0149868;OID=.;OPOS=19955194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:19:13:17:10:19:13 chr11 19955500 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0133657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.108;QD=18.9983;RBI=0.0174507;REFB=-0.0110326;REVB=0.0112199;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246229;STB=0.620576;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0117533;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:30:31:31:0.508197:19:12:19:9:19:12:19:11 chr11 19970558 . T C 1589.83 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.451;QD=59.9937;RBI=0.0224743;REFB=0;REVB=-0.0188334;RO=0;SAF=30;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61877e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:75:30:0:0:76:30:0:0 chr11 19970579 . C G,T 1858.03 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=6,116;DP=122;FAO=6,117;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=4,79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979723,0.0184262;FXX=0.0159987;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.3567,101.457;QD=60.4236;RBI=0.0472501,0.0213291;REFB=0,0;REVB=-0.0462232,0.0107428;RO=0;SAF=2,37;SAR=4,79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.1823e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0565311,-0.00128614;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:122:123:0:0:6,116:6,117:0.0487805,0.95122:4,79:2,37:0:0:4,79:2,38:0:0 chr11 20065779 . C G 58.76 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.11396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7763;QD=14.6904;RBI=0.114916;REFB=0.0121445;REVB=-0.0147911;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0067831;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:15:16:7:8:8:8:0.5:6:2:3:4:6:2:3:5 chr11 20067064 . C T 807.52 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276736;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.377;QD=57.68;RBI=0.0615435;REFB=0;REVB=0.0549707;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386948;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr11 20089792 . G C 856.6 PASS AF=0.59542;AO=78;DP=131;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00506624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1238;QD=26.1556;RBI=0.0178923;REFB=-0.0281363;REVB=-0.0171601;RO=53;SAF=37;SAR=41;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261441;STB=0.514204;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0187759;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:53:53:78:78:0.59542:41:37:27:26:41:37:27:26 chr11 20089944 . T C 278.14 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0122056;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.332;QD=15.452;RBI=0.0152684;REFB=-0.00577153;REVB=0.00917324;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05594;STB=0.531578;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00740985;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:18:13:15:26:18:13:15:26 chr11 20099112 . A T 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00716053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.202;QD=9.18978;RBI=0.00794318;REFB=-0.00699386;REVB=0.00343815;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220939;STB=0.632477;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0135041;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:24:11:7:7:24:11 chr11 20099541 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0353525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8488;QD=9.56891;RBI=0.0354632;REFB=-0.0275592;REVB=-0.00279961;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415863;STB=0.739846;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.065657;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:14:1:3:5:14:1 chr11 20101704 . C T 500.97 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00179457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.834;QD=19.4551;RBI=0.0153321;REFB=-0.0327545;REVB=0.0152267;RO=50;SAF=30;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512608;STB=0.523909;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0306081;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:51:52:52:0.504854:22:30:26:24:22:30:27:24 chr11 20101744 . C A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0306472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3257;QD=18.4583;RBI=0.0613706;REFB=-0.0307589;REVB=-0.0531704;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230072;STB=0.506326;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0422582;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:19:19:21:19:19:19:21:20 chr11 20112417 . A C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00367485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.248;QD=23.8208;RBI=0.0149122;REFB=-0.0225727;REVB=-0.0144524;RO=17;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2677;STB=0.62488;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0222274;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:5:16:8:9:6:16:8:9 chr11 20117232 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.018;QD=58.781;RBI=0.0436675;REFB=0;REVB=0.0432635;RO=0;SAF=52;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107459;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:13:52:0:0:13:52:0:0 chr11 20124914 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.332;QD=64.415;RBI=0.0327258;REFB=0;REVB=-0.0299304;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248842;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr11 20140387 . A G 1056.8 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2347;QD=57.907;RBI=0.046685;REFB=-0.122763;REVB=0.0124609;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033499;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:73:1:0:70:73:1:40:30:0:1:43:30:0:0 chr11 20140471 . A G 976.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774901;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6139;QD=59.1807;RBI=0.0785854;REFB=0;REVB=0.013075;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185408;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr11 20177936 . TG T 34.31 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.119651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1549;QD=6.53534;RBI=0.200013;REFB=-0.0642489;REVB=-0.160277;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596146;STB=0.844052;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0924888;OID=.;OPOS=20177937;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:21:7:21:14:1:6:9:5:34:13:1:7:9:4 chr11 20405203 . T C 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0142256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.188;QD=9.18991;RBI=0.0151341;REFB=-0.0111789;REVB=0.00516483;RO=34;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272152;STB=0.68013;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0502939;OID=.;OPOS=20405203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:11:3:14:20:11:3:15:20 chr11 20429454 . T C 320.31 PASS AF=0.5;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00541126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.787;QD=18.8415;RBI=0.0151729;REFB=-0.0158746;REVB=0.0141752;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254391;STB=0.650087;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0101259;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:32:34:0.5:21:11:21:13:23:11:21:13 chr11 20529886 . G A 1062.22 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.671;QD=59.8432;RBI=0.00967068;REFB=0;REVB=0.000673287;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11856e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr11 20622975 . G A 166.13 PASS AF=0.5;AO=16;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0564077;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0717;QD=18.4588;RBI=0.0666331;REFB=-0.0344132;REVB=0.0354704;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313311;STB=0.588134;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0439336;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:18:16:18:0.5:12:4:11:9:12:6:9:9 chr11 20623023 . C T 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0042043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.148;QD=10.8091;RBI=0.0221977;REFB=-0.0179566;REVB=0.0217959;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10274;STB=0.559939;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0342955;OID=.;OPOS=20623023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:24:12:8:11:24:12 chr11 20623042 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.911;QD=57.5453;RBI=0.0226889;REFB=0;REVB=0.0109455;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45299e-05;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr11 20623156 . C G 694.83 PASS AF=0.978261;AO=41;DP=43;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242145;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9715;QD=60.4199;RBI=0.118638;REFB=-0.0871643;REVB=0.11614;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.023217;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:46:1:1:41:45:0.978261:16:25:0:1:20:25:0:1 chr11 20629164 . G A 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0447457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.406;QD=25.1833;RBI=0.0448917;REFB=-0.016297;REVB=-0.00361707;RO=22;SAF=17;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151143;STB=0.582615;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00753569;OID=.;OPOS=20629164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:18:17:6:16:18:17:6:16 chr11 20639400 . A G 734.01 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00450585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2667;QD=54.3714;RBI=0.00655521;REFB=-0.106714;REVB=-0.0047611;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.506327;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00226642;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:52:53:0.981481:39:13:0:0:39:14:0:1 chr11 20673867 . G A 610.32 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0198891;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.925;QD=21.2285;RBI=0.0237668;REFB=-0.00669204;REVB=0.013011;RO=51;SAF=36;SAR=25;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152234;STB=0.519282;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00448892;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:51:54:61:61:0.530435:25:36:31:20:25:36:34:20 chr11 20805286 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.8;QD=55.6557;RBI=0.0173701;REFB=0;REVB=-0.00336707;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12364e-05;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 20959394 . C T 287.07 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.0540333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5265;QD=15.948;RBI=0.0639768;REFB=0.00133225;REVB=-0.0342554;RO=39;SAF=2;SAR=30;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3192;STB=0.681673;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00391324;OID=.;OPOS=20959394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:30:2:7:32:30:2:7:33 chr11 21305927 . T C 1155.31 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0233347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.459;QD=57.7656;RBI=0.0270983;REFB=-0.179323;REVB=0.013777;RO=1;SAF=33;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141253;STB=0.514282;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00141313;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:77:78:0.975:44:33:1:0:44:34:2:0 chr11 21581805 . C T 1022.83 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3953;QD=56.0457;RBI=0.0523955;REFB=-0.0757468;REVB=0.0403271;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119679;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000470968;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:73:1:1:69:72:0.986301:39:30:0:1:42:30:0:1 chr11 22242729 . T C 270.92 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0440528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.749;QD=12.1759;RBI=0.0469919;REFB=-0.00819351;REVB=0.016358;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215293;STB=0.622692;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0189496;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:17:15:16:41:17:15:16:41 chr11 22364846 . CTT CTC,C,CT 147.11 PASS AF=0.0649351,0,0.454545;AO=3,8,26;DP=78;FAO=5,0,35;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=0,0,6;FSAR=5,0,29;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0266975,0.0290454,0.0578086;FXX=0.0253133;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=191.366,17.675,8.49981;QD=7.64192;RBI=0.0971415,0.151478,0.291365;REFB=-0.00590876,-0.0724597,-0.144855;REVB=-0.0934009,-0.148667,-0.285572;RO=30;SAF=0,0,4;SAR=3,8,22;SRF=26;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.755915,-0.834283,-0.648617;STB=0.998857,0.5,0.828384;STBP=0.001,1,0;TYPE=snp,del,del;VARB=0.192623,0,0.0672783;OID=.,.,.;OPOS=22364848,22364847,22364847;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTC,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0649351,0,0.454545:3,8,26:78:5,0,35:77:37:0,0,6:5,0,29:30:7:99:30:0,0,4:3,8,22:26:4 chr11 22401037 . CT C 58.03 PASS AF=0.422535;AO=27;DP=72;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00709456;FXX=0.013887;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.14629;QD=3.26942;RBI=0.193702;REFB=-0.077401;REVB=0.193573;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766816;STB=0.511019;STBP=0.897;TYPE=del;VARB=0.093188;OID=.;OPOS=22401038;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422535:27:72:30:71:41:13:17:17:24:58:33:11:16:16:17 chr11 22647366 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0167704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3704;QD=21.0062;RBI=0.0630533;REFB=-0.00732151;REVB=0.0607821;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543015;STB=0.550434;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0078752;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:6:13:10:6:6:13:10:7 chr11 22696451 . A G 914.13 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.769;QD=58.0399;RBI=0.0499951;REFB=0;REVB=0.0497074;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011964;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:63:0:0:56:63:1:22:34:0:0:29:34:0:0 chr11 22709973 . C A 1763.53 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00662886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4323;QD=59.7806;RBI=0.032746;REFB=0.0225386;REVB=-0.032068;RO=1;SAF=67;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959315;STB=0.50495;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000636164;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:49:67:0:1:50:67:0:1 chr11 22881002 . C T 223.7 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.039551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.689;QD=12.7831;RBI=0.0700825;REFB=-0.00926659;REVB=-0.0578557;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197996;STB=0.624911;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0213437;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:43:27:27:0.385714:15:12:26:15:15:12:28:15 chr11 24784862 . A T 749.09 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0304881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.731;QD=19.8436;RBI=0.0309234;REFB=-0.0283876;REVB=-0.00517004;RO=74;SAF=37;SAR=39;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977184;STB=0.556571;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0233476;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:75:76:76:0.503311:39:37:28:46:39:37:28:47 chr11 25098938 . G C 1572.99 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2508;QD=59.3582;RBI=0.10942;REFB=0;REVB=-0.0282511;RO=0;SAF=32;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434904;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:106:0:0:94:106:1:62:32:0:0:62:44:0:0 chr11 26481611 . G A 300.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.426;QD=52.2523;RBI=0.0552181;REFB=0;REVB=0.0263801;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493348;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:17:4:0:0:19:4:0:0 chr11 26568966 . A G 1515.48 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026323;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8636;QD=63.145;RBI=0.0264047;REFB=0;REVB=-0.00207642;RO=0;SAF=32;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975958;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:63:32:0:0:63:33:0:0 chr11 26586801 . G A 439.7 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00863616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.952;QD=16.9114;RBI=0.0116255;REFB=-0.01731;REVB=0.00778266;RO=55;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898193;STB=0.55367;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0297895;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:56:48:48:0.461538:28:20:18:37:28:20:18:38 chr11 26587133 . T C 465.14 PASS AF=0.46789;AO=50;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0433068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.866;QD=17.0694;RBI=0.0501639;REFB=-0.0332745;REVB=0.0253166;RO=56;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598808;STB=0.536828;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0371091;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:58:50:51:0.46789:29:21:27:29:29:22:29:29 chr11 26621117 . A C 485.09 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.000899534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.099;QD=14.9257;RBI=0.00851886;REFB=-0.0232961;REVB=-0.00847123;RO=76;SAF=26;SAR=28;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192651;STB=0.510828;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0292021;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:76:54:54:0.415385:28:26:38:38:28:26:38:38 chr11 26677947 . C T 615.37 PASS AF=0.544643;AO=60;DP=113;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0366565;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.694;QD=21.9774;RBI=0.0698525;REFB=0.0155179;REVB=-0.0594615;RO=50;SAF=30;SAR=30;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09956;STB=0.56164;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0140677;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:50:51:60:61:0.544643:30:30:19:31:30:31:19:32 chr11 26692733 . T C 1264.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0105;QD=61.6888;RBI=0.00729785;REFB=0;REVB=-0.00417112;RO=0;SAF=25;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78262e-05;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:57:25:0:0:57:25:0:0 chr11 26692742 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.611;QD=61.6949;RBI=0.0430293;REFB=0;REVB=-0.0132476;RO=0;SAF=25;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100983;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:57:25:0:0:57:25:0:0 chr11 26702664 . C T 1435.51 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00249258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1421;QD=61.0857;RBI=0.0620713;REFB=-0.0671396;REVB=-0.0620213;RO=1;SAF=40;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117028;STB=0.506172;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000558786;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:91:93:0.989362:51:40:1:0:53:40:1:0 chr11 26732923 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.054;QD=56.1914;RBI=0.0290993;REFB=0;REVB=0.0249854;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328804;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr11 26734209 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.056;QD=58.6001;RBI=0.0459869;REFB=0;REVB=0.0235871;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21606e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr11 27077118 . C T 1199.72 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.955;QD=59.9861;RBI=0.0323807;REFB=-0.0707795;REVB=0.023904;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175182;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:1:0:79:80:1:37:42:0:1:38:42:0:0 chr11 27388910 . T C 598.25 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0116823;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.925;QD=27.8254;RBI=0.013267;REFB=-0.0266477;REVB=0.00628785;RO=32;SAF=32;SAR=21;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723508;STB=0.511178;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0144346;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:32:33:53:53:0.616279:21:32:19:13:21:32:19:14 chr11 27390089 . T C 957.73 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00276519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.855;QD=54.7273;RBI=0.0503795;REFB=-0.102685;REVB=-0.0503035;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430369;STB=0.501703;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000185184;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:70:2:2:66:68:0.971429:28:38:1:1:30:38:1:1 chr11 27517670 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.733;QD=53.2728;RBI=0.0257412;REFB=0;REVB=-0.00281873;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123862;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 27679662 . T C 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.825;QD=59.5369;RBI=0.0435234;REFB=-0.0387724;REVB=0.0349674;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000235451;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:46:32:1:0:46:32:1:0 chr11 27679916 . C T 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0217512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.307;QD=20.9356;RBI=0.0245841;REFB=-0.00599745;REVB=0.011457;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220267;STB=0.628026;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00491157;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:19:15:20:8:19:15:21:8 chr11 27680744 . A T 265.4 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0461586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.2143;QD=17.993;RBI=0.0507864;REFB=-0.00228276;REVB=-0.0211813;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137374;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00241123;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:13:17:16:13:13:17 chr11 28134974 . C A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.614;QD=58.9627;RBI=0.00566975;REFB=0;REVB=-0.00298889;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17352e-06;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr11 30255185 . C T 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.997;QD=58.7781;RBI=0.0207855;REFB=0;REVB=0.0177704;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42428e-05;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr11 30432220 . A T 761.93 PASS AF=0.445055;AO=81;DP=182;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=-0.0877382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2263;QD=16.7457;RBI=0.0898719;REFB=-0.0173478;REVB=0.0194671;RO=100;SAF=43;SAR=38;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188573;STB=0.606748;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0202695;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:100:101:81:81:0.445055:38:43:34:66:38:43:34:67 chr11 30965855 . A T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.823;QD=62.6693;RBI=0.0411746;REFB=0;REVB=-0.034028;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213457;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr11 31327316 . C T 280.33 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0344646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2546;QD=10.5783;RBI=0.0546849;REFB=-0.00840229;REVB=0.0424574;RO=69;SAF=14;SAR=22;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201198;STB=0.517496;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0241052;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:70:36:36:0.339623:22:14:28:41:22:14:29:41 chr11 31458730 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5711;QD=51.1833;RBI=0.0392162;REFB=0;REVB=-0.0391814;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120028;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr11 32103440 . T G 203.76 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00200102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.005;QD=14.2988;RBI=0.0477821;REFB=-0.0395354;REVB=-0.0477402;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263224;STB=0.592513;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0452822;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:33:24:24:0.421053:16:8:16:10:16:8:16:17 chr11 32124579 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0146431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.511;QD=13.9183;RBI=0.0151593;REFB=0.00484083;REVB=-0.003922;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630533;STB=0.546306;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00522945;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:25:26:0.412698:12:13:17:20:12:14:17:20 chr11 32124978 . T C 239.64 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0315066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6647;QD=18.086;RBI=0.0751999;REFB=0.0251585;REVB=0.0682815;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768025;STB=0.530168;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0242736;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:25:26:0.490566:15:10:13:14:15:11:13:14 chr11 32125961 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00626532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.248;QD=18.7119;RBI=0.0168062;REFB=-0.00149883;REVB=-0.0155947;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119094;STB=0.567494;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00113829;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:12:7:9:9:12:7 chr11 32134168 . ATTTTTTATTTTA ATTTTTATTTTA,ATTTTTATTTTAT,ATTTTTTATTTTTA,TATTTTTATTTTA 217.44 PASS AF=0.651163,0.0465116,0.255814,0;AO=14,8,7,2;DP=42;FAO=28,2,11,0;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26,2,2,0;FSAR=2,0,9,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.149186,-0.186039,-0.142643,-0.108039;FXX=0.0444346;HRUN=6,6,4,1;LEN=1,7,1,2;MLLD=10.9806,46.1502,11.5959,13.0834;QD=20.2268;RBI=0.28642,0.187179,0.217132,0.250417;REFB=-0.0618431,0.0431684,-0.0813364,-0.0684342;REVB=0.244499,-0.0206252,0.163705,0.225912;RO=4;SAF=14,8,2,1;SAR=0,0,5,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.82527,0.775448,-0.298189,-0.237547;STB=0.518506,0.5,0.666323,0.5;STBP=0.62,1,0.039,1;TYPE=del,mnp,ins,mnp;VARB=0.0232962,-0.00374219,0.152404,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32134169,32134174,32134176,32134168;OREF=T,TATTTTA,-,AT;OALT=-,ATTTTAT,T,TA;OMAPALT=ATTTTTATTTTA,ATTTTTATTTTAT,ATTTTTTATTTTTA,TATTTTTATTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:59:42:43:4:2:14,8,7,2:28,2,11,0:0.651163,0.0465116,0.255814,0:0,0,5,1:14,8,2,1:3:1:2,0,9,0:26,2,2,0:2:0 chr11 32417945 . T C 325.97 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0481561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4985;QD=29.634;RBI=0.0515613;REFB=-0.0107814;REVB=-0.0184271;RO=16;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210423;STB=0.615955;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00371693;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:19:9:10:6:19:9:10:6 chr11 32449661 . G A 180.75 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0138153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4328;QD=16.4322;RBI=0.0908942;REFB=-0.0600808;REVB=0.0898382;RO=25;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254639;STB=0.524449;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0804768;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:4:14:19:6:4:15:19:6 chr11 32624405 . C T 264.76 PASS AF=0.488889;AO=17;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00541237;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.69;QD=23.5341;RBI=0.0224515;REFB=-0.0113864;REVB=0.0217893;RO=21;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309601;STB=0.567505;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.021932;OID=.;OPOS=32624405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:20:17:22:0.488889:4:13:10:11:8:14:10:10 chr11 32657266 . T C 194.99 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00878985;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.65;QD=17.332;RBI=0.0116886;REFB=-0.00128723;REVB=0.00770466;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375884;STB=0.711674;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00108529;OID=.;OPOS=32657266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:5:20:8:12:5:20 chr11 32722320 . A T 317.71 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0546565;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.1707;QD=16.5045;RBI=0.0747322;REFB=-0.0345447;REVB=-0.0509664;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180512;STB=0.589583;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0256923;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:40:41:34:36:0.467532:20:14:24:16:21:15:24:17 chr11 32874926 . G A 304.71 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00655443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.845;QD=26.4966;RBI=0.0108456;REFB=-0.00367667;REVB=0.00864094;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582875;STB=0.503223;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00240624;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:14:13:9:10:14:13:9:10 chr11 32954344 . G A 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.364;QD=58.4119;RBI=0.0244023;REFB=0;REVB=0.0174621;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64745e-06;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr11 32956244 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3083;QD=52.7691;RBI=0.0726112;REFB=-0.0740774;REVB=0.0698056;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0114388;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:1:0:18:10:1:0 chr11 32956620 . A G 590.81 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.692;QD=56.2671;RBI=0.0145148;REFB=-0.0641094;REVB=-0.00718818;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284076;STB=0.529397;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00257636;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:24:16:1:0:24:16:2:0 chr11 33076191 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.876;QD=57.5439;RBI=0.0129448;REFB=0;REVB=0.00664307;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11009e-05;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr11 33564123 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00298369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.57;QD=17.1;RBI=0.0133932;REFB=-0.0191069;REVB=0.0130566;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188032;STB=0.620527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0187745;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:4:10:7:7:4:11 chr11 33565593 . C T 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.00580228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.518;QD=8.88624;RBI=0.0174895;REFB=0.00983902;REVB=-0.016499;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283524;STB=0.666481;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0238257;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:6:9:30:7:6:9:30:7 chr11 33581306 . G A 445.26 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00633187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3661;QD=20.4718;RBI=0.00837569;REFB=-0.00826717;REVB=0.00548266;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631903;STB=0.53974;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0100216;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:43:43:44:0.505747:24:19:22:21:25:19:22:21 chr11 33631423 . G A 236.42 PASS AF=0.479167;AO=20;DP=45;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0230256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.114;QD=19.7019;RBI=0.0230478;REFB=-0.0155513;REVB=0.00101105;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573397;STB=0.526293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0175028;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:24:25:20:23:0.479167:12:8:11:13:14:9:11:14 chr11 33640104 . A C 269.85 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00535299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.527;QD=22.9663;RBI=0.0111503;REFB=-0.0194573;REVB=-0.00978135;RO=22;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108128;STB=0.559955;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0181168;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:7:18:18:4:7:18:18:4 chr11 33667333 . A G 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0310031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.503;QD=18.3408;RBI=0.0325382;REFB=-0.00623456;REVB=-0.0098764;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274772;STB=0.655563;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00806665;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:13:5:10:7:13:5 chr11 33689652 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0239389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.818;QD=13.459;RBI=0.0435933;REFB=-0.00844179;REVB=0.0364322;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16909;STB=0.59923;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0180975;OID=.;OPOS=33689652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:14:12:5:11:14:12 chr11 33690455 . T C 489.63 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00975286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.739;QD=22.2559;RBI=0.0180713;REFB=0.00849567;REVB=0.0152136;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705566;STB=0.543197;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00634513;OID=.;OPOS=33690455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:41:41:46:47:0.534091:24:22:23:18:25:22:23:18 chr11 33881016 . T C 386.85 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.161;QD=55.2636;RBI=0.12083;REFB=0;REVB=0.014247;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702457;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:17:5:0:0:17:11:0:0 chr11 34093349 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 783.3 PASS AF=1,0;AO=62,4;DP=79;FAO=76,0;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0940627,-0.045649;FXX=0.0379699;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=13.3765,4.50024;QD=41.2264;RBI=0.193364,0.0512879;REFB=0,0;REVB=0.168943,0.0233798;RO=5;SAF=25,0;SAR=37,4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.368421,0;SSSB=0.0298647,-0.672226;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0016482,0;OID=.,.;OPOS=34093350,34093355;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:62,4:79:76,0:76:0:29,0:47,0:0:0:4:5:25,0:37,4:1:4 chr11 34122369 . G T 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.353;QD=62.7616;RBI=0.0178383;REFB=0;REVB=-0.0172643;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62562e-05;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr11 34152939 . T C 1003.83 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.139;QD=58.1928;RBI=0.0804808;REFB=0;REVB=0.0803191;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186508;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:68:69:1:42:26:0:0:43:26:0:0 chr11 34154641 . C T 453.88 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.8728;QD=55.0162;RBI=0.0339969;REFB=-0.0780662;REVB=0.0165927;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00266332;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr11 34482908 . C T 227.04 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0654453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.769;QD=13.5545;RBI=0.0664474;REFB=-0.00803338;REVB=0.0114961;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074322;STB=0.542342;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0112579;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:25:15:12:15:25:15 chr11 34501596 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.024;QD=62.3488;RBI=0.0524184;REFB=0;REVB=0.0398675;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282774;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr11 34643955 . G A 405.67 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0222834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.233;QD=17.2624;RBI=0.0264012;REFB=-0.0153873;REVB=-0.0141588;RO=49;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079198;STB=0.521366;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.023263;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:52:41:42:0.446809:25:16:23:26:25:17:23:29 chr11 34668143 . C T 510.82 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0294507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.663;QD=21.2842;RBI=0.0305562;REFB=-0.0321875;REVB=-0.00814498;RO=47;SAF=18;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475022;STB=0.5193;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0310931;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:47:47:48:49:0.510417:30:18:20:27:30:19:20:27 chr11 34680400 . T A 207.82 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0159061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.403;QD=17.6872;RBI=0.0593652;REFB=0.00146681;REVB=-0.0571946;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173827;STB=0.575683;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00172987;OID=.;OPOS=34680400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:20:21:0.446809:6:14:14:12:7:14:14:12 chr11 34680634 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000255176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.034;QD=62.671;RBI=0.00599327;REFB=0;REVB=-0.00598784;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17863e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr11 34680853 . G T 727.04 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282753;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.828;QD=57.0227;RBI=0.0478343;REFB=0;REVB=0.0385828;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012306;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr11 34909926 . T G 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=76;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00550787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=368.269;QD=58.9879;RBI=0.00634175;REFB=0.0312915;REVB=0.00314343;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000484757;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:76:75:0.986842:43:33:0:0:42:33:0:1 chr11 34910397 . C T 719.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.184;QD=56.4569;RBI=0.042874;REFB=0;REVB=0.0228736;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118879;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:25:24:0:0:26:25:0:0 chr11 34918375 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.129;QD=57.202;RBI=0.0219156;REFB=0;REVB=-0.0206709;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59424e-05;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr11 34937813 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.293;QD=62.3466;RBI=0.0336297;REFB=0;REVB=0.0233144;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193588;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr11 34937931 . G A 230.74 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0596856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.898;QD=46.1475;RBI=0.0633098;REFB=-0.129794;REVB=0.0211132;RO=1;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130434;STB=0.571347;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000963246;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:16:3:1:0:16:3:1:0 chr11 34938265 . C T 1007.91 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00455254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.549;QD=55.2277;RBI=0.022276;REFB=-0.0678348;REVB=0.0218059;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000463756;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:0:3:70:70:0.958904:35:35:0:0:35:35:2:1 chr11 34963416 . T C 1082.26 PASS AF=1;AO=70;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132595;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.941;QD=59.3018;RBI=0.027661;REFB=0;REVB=0.0242758;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136821;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:70:73:1:39:31:0:0:40:33:0:0 chr11 34991727 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.951;QD=61.3363;RBI=0.0161922;REFB=0;REVB=-0.00485748;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10971e-05;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr11 34999745 . C G 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115347;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8163;QD=61.3544;RBI=0.0137109;REFB=0;REVB=-0.00741215;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97586e-05;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr11 35017205 . G T 689.02 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.469;QD=62.6383;RBI=0.037407;REFB=0;REVB=-0.0214745;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95618e-05;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr11 35017363 . C A 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.216;QD=54.5166;RBI=0.0123704;REFB=0;REVB=0.000414714;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4521e-05;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:18:7:0:0 chr11 35201842 . C T 253.06 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0186641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0973;QD=19.0988;RBI=0.0202817;REFB=-0.0122882;REVB=0.00793721;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598413;STB=0.529893;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0119403;OID=.;OPOS=35201842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:26:27:27:0.509434:12:15:15:9:12:15:16:10 chr11 35226155 . A G 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00742376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.061;QD=21.8975;RBI=0.0354362;REFB=-0.0177639;REVB=-0.0346498;RO=26;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171265;STB=0.594991;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0194408;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:10:23:13:13:10:23:13:13 chr11 35229673 . T C 897.66 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7689;QD=57.9134;RBI=0.0567969;REFB=0;REVB=0.0548583;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336559;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:32:27:0:0:35:27:0:0 chr11 35274829 . A G 947.39 PASS AF=0.477387;AO=95;DP=199;FAO=95;FDP=199;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=65;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.00506648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3846;QD=19.043;RBI=0.0305553;REFB=-0.0219362;REVB=0.0301323;RO=100;SAF=30;SAR=65;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182985;STB=0.602919;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0583499;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:100:104:95:95:0.477387:65:30:50:50:65:30:52:52 chr11 36310941 . G A 323.53 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0214637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.712;QD=14.5404;RBI=0.0226255;REFB=0.000108848;REVB=0.00715707;RO=53;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124865;STB=0.561764;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-4.02348e-05;OID=.;OPOS=36310941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:53:35:36:0.404494:18:17:32:21:18:18:32:21 chr11 36422792 . G A 392.9 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.229;QD=56.1292;RBI=0.0440705;REFB=0;REVB=0.0434968;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184536;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:11:15:0:0:12:16:0:0 chr11 36484208 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.165;QD=58.0606;RBI=0.0590515;REFB=0;REVB=0.0487247;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157021;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr11 36595600 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3655;QD=42.1823;RBI=0.178414;REFB=0;REVB=-0.0169959;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838138;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr11 36597313 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0317;QD=58.1364;RBI=0.0763024;REFB=0;REVB=0.000107261;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141751;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 36598365 . AT A 43.2 PASS AF=0.238462;AO=38;DP=131;FAO=31;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.0810673;FXX=0.00763301;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.43277;QD=1.32934;RBI=0.23451;REFB=-0.0711556;REVB=-0.220052;RO=62;SAF=13;SAR=25;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228073;STB=0.504079;STBP=0.955;TYPE=del;VARB=0.0162711;OID=.;OPOS=36598366;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238462:38:131:31:130:99:13:18:41:58:43:62:13:25:34:28 chr11 36601170 . G A 1184.93 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2159;QD=59.9965;RBI=0.0585347;REFB=0;REVB=-0.00634513;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98601e-05;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:52:26:0:0:53:26:0:0 chr11 40137543 . T C 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00458086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.149;QD=17.2;RBI=0.0047077;REFB=-0.0143982;REVB=-0.00108543;RO=56;SAF=30;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126863;STB=0.57072;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0237149;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:19:30:27:29:19:30:27:29 chr11 41144553 . C T 676.13 PASS AF=0.387755;AO=76;DP=196;FAO=76;FDP=196;FR=.;FRO=120;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.0638504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5911;QD=13.7986;RBI=0.0659977;REFB=-0.0196198;REVB=-0.0166978;RO=120;SAF=32;SAR=44;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684421;STB=0.538619;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0317327;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:120:120:76:76:0.387755:44:32:58:62:44:32:58:62 chr11 43911365 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.174;QD=64.4127;RBI=0.0176685;REFB=0;REVB=0.00804622;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20386e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr11 43940644 . G T 884.53 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0135543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.827;QD=53.6077;RBI=0.0135705;REFB=-0.0843712;REVB=-0.000661444;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.508668;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000562184;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:1:3:63:63:0.954545:33:30:0:1:33:30:2:1 chr11 43946967 . A G 1138.99 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00455041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5843;QD=59.1682;RBI=0.00518294;REFB=-0.0473983;REVB=0.00248126;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00066681;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:48:28:1:0:48:28:1:0 chr11 43946995 . G A 199.85 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0362495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6089;QD=13.5491;RBI=0.0404749;REFB=-0.000831667;REVB=-0.0180052;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870674;STB=0.563747;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00115974;OID=.;OPOS=43946995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:23:24:0.40678:14:9:11:24:14:10:11:24 chr11 43947990 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7358;QD=52.61;RBI=0.0316937;REFB=0;REVB=-0.0283091;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411481;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 44077643 . A C 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0326658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.057;QD=15.0993;RBI=0.0354808;REFB=-0.0133728;REVB=-0.0138504;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111221;STB=0.563327;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0222676;OID=.;OPOS=44077643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:15:16:15:9:15:16 chr11 44080210 . T C 359.49 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0115247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.903;QD=19.9718;RBI=0.0289302;REFB=-0.0276569;REVB=0.0265356;RO=35;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129031;STB=0.571872;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0327028;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:26:11:15:20:26:11:15:20 chr11 44096238 . G A 239.83 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0360038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.387;QD=43.6053;RBI=0.0410919;REFB=-0.0350772;REVB=-0.0198057;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.509424;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0107306;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:19:20:0.909091:8:11:1:0:8:12:1:1 chr11 44104981 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0127439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.709;QD=21.7379;RBI=0.017244;REFB=-0.0313075;REVB=-0.0116168;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615874;STB=0.531578;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0224779;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:34:40:40:0.540541:18:22:20:12:18:22:21:13 chr11 44129290 . C A 308.28 PASS AF=0.380435;AO=33;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00333507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.699;QD=13.4034;RBI=0.00645171;REFB=-0.012159;REVB=0.00552285;RO=44;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242164;STB=0.607978;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.017921;OID=.;OPOS=44129290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:57:33:35:0.380435:11:22:19:25:13:22:26:31 chr11 44129462 . C T 270.66 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0263799;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.615;QD=16.6561;RBI=0.0301945;REFB=-0.0140255;REVB=-0.0146904;RO=34;SAF=8;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661195;STB=0.531785;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0140808;OID=.;OPOS=44129462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:35:30:30:0.461538:22:8:11:23:22:8:11:24 chr11 44286566 . G A 746.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.7;QD=63.5649;RBI=0.0597623;REFB=0;REVB=0.0568378;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253015;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr11 44297054 . T C 2051.13 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.783;QD=62.1554;RBI=0.0282694;REFB=0;REVB=0.0242451;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29565e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:66:66:0:0:66:66:0:0 chr11 44331309 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2662;QD=42.1825;RBI=0.160267;REFB=0;REVB=0.146077;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0098196;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr11 44331509 . C G 649.15 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.5;QD=57.7025;RBI=0.0137652;REFB=-0.175007;REVB=0.00557705;RO=2;SAF=9;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935087;STB=0.549976;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00099163;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:2:2:43:43:0.955556:34:9:2:0:34:9:2:0 chr11 44636833 . G A 829.34 PASS AF=0.538961;AO=79;DP=150;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00155731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.851;QD=21.5413;RBI=0.00836701;REFB=-0.0186944;REVB=0.0082208;RO=71;SAF=33;SAR=46;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167132;STB=0.501353;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0172025;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:71:71:79:83:0.538961:46:33:31:40:47:36:31:40 chr11 44924950 . GC G,GG 536.62 PASS AF=0.435115,0.0152672;AO=54,5;DP=132;FAO=57,2;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=24,0;FSAR=33,2;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00858232,0.00259616;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.557,120.165;QD=16.3854;RBI=0.0112777,0.00965887;REFB=-0.0102058,-0.00784094;REVB=-0.00731643,-0.00930343;RO=70;SAF=24,0;SAR=30,5;SRF=27;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.060501,-0.480932;STB=0.518512,0.993853;STBP=0.747,0.21;TYPE=del,snp;VARB=0.0146066,0.0718641;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435115,0.0152672:54,5:132:57,2:131:72:24,0:33,2:28:44:99:70:24,0:30,5:27:43 chr11 44925038 . A G 672.47 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.00122804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.225;QD=21.6925;RBI=0.00842423;REFB=-0.0269573;REVB=-0.00833424;RO=57;SAF=25;SAR=41;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107122;STB=0.552434;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0271311;OID=.;OPOS=44925038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:58:66:66:0.532258:41:25:15:42:41:25:16:42 chr11 44925359 . C CT 131.24 PASS AF=0.45098;AO=19;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.149295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3986;QD=10.2934;RBI=0.170598;REFB=-0.0239563;REVB=-0.0825495;RO=32;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105555;STB=0.59366;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=0.0141258;OID=.;OPOS=44925360;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:19:52:23:51:28:4:19:8:20:99:32:4:15:9:23 chr11 44940873 . G A 340.59 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109643;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0683;QD=50.4581;RBI=0.0213621;REFB=-0.125842;REVB=0.0183337;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.003399;OID=.;OPOS=44940873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:25:26:0.962963:13:12:0:0:14:12:0:1 chr11 45670395 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0380491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.153;QD=16.065;RBI=0.0420204;REFB=-0.00319008;REVB=-0.0178321;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711626;STB=0.540938;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00674566;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:13:11:7:11:13:11 chr11 45670969 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00772505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.938;QD=18.2489;RBI=0.0195445;REFB=-0.0352592;REVB=0.0179531;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02024;STB=0.51161;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0282484;OID=.;OPOS=45670969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:2:11:10:2:2:11:10:2 chr11 45672261 . A G 84.76 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00133525;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.541;QD=10.2737;RBI=0.0980455;REFB=-0.0135456;REVB=-0.0980364;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220022;STB=0.633889;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0206237;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:12:10:3:8:12:10 chr11 45793218 . G C 376.75 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0229587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5909;QD=18.6048;RBI=0.0888864;REFB=-0.0200793;REVB=0.0858702;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799854;STB=0.544569;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0225079;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:21:18:23:19:21:18:23:19 chr11 45834197 . GT CT,GC 781.17 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=3,34;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567681,0.0120492;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=159.817,197.976;QD=55.7975;RBI=0.00572009,0.0121263;REFB=0,0;REVB=-0.000702341,0.00136572;RO=0;SAF=3,0;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0539312,0.000214047;OID=.,.;OPOS=45834197,45834198;OREF=G,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:56:56:0:0:3,34:3,53:0.0535714,0.946429:0,34:3,0:0:0:0,35:3,18:0:0 chr11 45834201 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0115713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.72;QD=19.9671;RBI=0.0161161;REFB=-0.0166466;REVB=0.0112176;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183647;STB=0.601703;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00605534;OID=.;OPOS=45834201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:15:14:7:19:15:14:7:19 chr11 45848227 . A G 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0354528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.747;QD=2.37874;RBI=0.0363413;REFB=-0.00346415;REVB=-0.00798656;RO=58;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165652;STB=0.512165;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0232035;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:5:3:21:37:5:3:21:37 chr11 45848232 . T C 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0630548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.192;QD=2.37886;RBI=0.0634623;REFB=-0.00868369;REVB=-0.00717956;RO=58;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546202;STB=0.504022;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.04371;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:5:3:22:36:5:3:22:36 chr11 45848271 . A G 54.87 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0205669;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.377;QD=3.37679;RBI=0.0354336;REFB=-0.00513321;REVB=-0.0288537;RO=55;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231132;STB=0.515892;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0248908;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:55:55:10:10:0.153846:6:4:23:32:6:4:23:32 chr11 45848275 . T C 60.9 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.000661888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.336;QD=3.69099;RBI=0.0447035;REFB=0.00192067;REVB=0.0446986;RO=54;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804954;STB=0.547738;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.01062;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:54:55:11:11:0.166667:7:4:23:31:7:4:23:32 chr11 45868849 . GC CG,GCG 465.03 PASS AF=0,1;AO=4,30;DP=37;FAO=0,37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284067,0.179799;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=4.82337,18.5887;QD=50.2731;RBI=0.0490276,0.187811;REFB=0,0;REVB=0.0399595,0.0542718;RO=2;SAF=4,10;SAR=0,20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.725637,-0.0216314;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00801782;OID=.,.;OPOS=45868849,45868851;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:37:37:2:0:4,30:0,37:0,1:0,20:4,10:1:1:0,22:0,15:0:0 chr11 45889294 . G A 388.15 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00295084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.65;QD=21.2685;RBI=0.00753991;REFB=-0.00934249;REVB=0.0069385;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696398;STB=0.54524;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00723617;OID=.;OPOS=45889294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:21:18:18:15:21:18:19:15 chr11 45903613 . A C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0187414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.534;QD=22.5998;RBI=0.0525423;REFB=-0.0176834;REVB=-0.0490862;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427499;STB=0.50239;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015862;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:16:7:6:14:16:7:6:14 chr11 45903814 . A AGT,T 128.58 PASS AF=0.5,0.136364;AO=9,3;DP=34;FAO=11,3;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6,0;FSAR=5,3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0984351,0.064772;FXX=0.0434594;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=145.92,81.5411;QD=23.3784;RBI=0.0986637,0.0651467;REFB=-0.0764283,-0.112845;REVB=0.00671193,-0.00697714;RO=20;SAF=6,0;SAR=3,3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.394059,-0.528374;STB=0.571299,0.995161;STBP=0.545,0.193;TYPE=ins,snp;VARB=0.0851874,0.0494218;OID=.,.;OPOS=45903815,45903814;OREF=-,A;OALT=GT,T;OMAPALT=AGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:34:22:20:8:9,3:11,3:0.5,0.136364:3,3:6,0:6:14:5,3:6,0:3:5 chr11 45935384 . A G 871.64 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268578;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.588;QD=58.109;RBI=0.0314642;REFB=0;REVB=-0.0163908;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556851;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:26:32:0:0:26:34:0:0 chr11 45937267 . C T 123.07 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0835268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.075;QD=37.869;RBI=0.0939479;REFB=-0.138177;REVB=0.0430054;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00904495;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr11 45949534 . C T 599.6 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6867;QD=58.4975;RBI=0.0381809;REFB=0;REVB=0.020701;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399307;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:41:1:0:39:41:1:20:19:0:1:22:19:0:0 chr11 46342081 . TG T 571.58 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.117202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.9405;QD=43.9678;RBI=0.146703;REFB=-0.0456772;REVB=0.0882358;RO=2;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313625;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.00277975;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980769:50:52:51:52:1:21:30:0:1:7:2:21:29:0:2 chr11 46401517 . A G 63.9 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0460828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.896;QD=2.66257;RBI=0.0499677;REFB=0.001851;REVB=-0.0193169;RO=81;SAF=10;SAR=3;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350262;STB=0.753699;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0183385;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:96:81:83:13:13:0.135417:3:10:40:41:3:10:40:43 chr11 46569401 . G A 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0152574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.855;QD=2.91626;RBI=0.0197985;REFB=0.00579184;REVB=-0.0126171;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278126;STB=0.713471;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0468294;OID=.;OPOS=46569401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:5:1:14:25:5:1:14:25 chr11 46637494 . C T 65.31 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0187281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.809;QD=10.45;RBI=0.024085;REFB=-0.000415253;REVB=-0.0151441;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.529345;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000666598;OID=.;OPOS=46637494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:25:15:16:8:9:0.36:6:2:6:9:6:3:6:10 chr11 46702920 . T C 1142.67 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00231506;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.872;QD=59.3597;RBI=0.00232702;REFB=-0.11897;REVB=0.000235611;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-8.32321e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr11 46745003 . C T 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0185173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.441;QD=13.405;RBI=0.024405;REFB=-0.0134171;REVB=-0.015897;RO=32;SAF=21;SAR=2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476532;STB=0.77338;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0209611;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:23:23:0.403509:2:21:20:12:2:21:22:12 chr11 46801502 . T C 272.23 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000565321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.832;QD=45.3723;RBI=0.0674834;REFB=-0.156895;REVB=0.067481;RO=2;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13106;STB=0.562441;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00473531;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:21:22:0.916667:6:15:0:2:7:15:0:2 chr11 46879973 . A G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0138009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.449;QD=25.3154;RBI=0.0159179;REFB=-0.0239271;REVB=-0.00793199;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407504;STB=0.503594;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.018961;OID=.;OPOS=46879973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:19:20:0.606061:5:14:9:4:6:14:9:4 chr11 46879990 . T C 513.06 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.54;QD=57.0064;RBI=0.0909198;REFB=-0.0322065;REVB=0.0907497;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210792;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:10:25:0:1:11:25:0:0 chr11 46890165 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0114994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.257;QD=21.0137;RBI=0.0127901;REFB=-0.0139492;REVB=0.005599;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00871864;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:3:4:6:5:3:4 chr11 46890197 . G A 99.63 PASS AF=0.48;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.019667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.64;QD=15.9415;RBI=0.0841127;REFB=-0.0063262;REVB=0.0817811;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160312;STB=0.519967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0101934;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:12:13:10:12:0.48:4:6:7:5:6:6:7:6 chr11 46893108 . T C 238.18 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0384366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.51;QD=20.2703;RBI=0.055979;REFB=0.0228754;REVB=-0.0406974;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729128;STB=0.541189;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0224252;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:9:15:16:7:9:15 chr11 46897446 . G A 764.87 PASS AF=0.5;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00156597;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.135;QD=20.6722;RBI=0.0108004;REFB=-0.0161469;REVB=0.0106863;RO=74;SAF=24;SAR=50;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10699;STB=0.559089;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0179988;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:74:74:74:74:0.5:50:24:32:42:50:24:32:42 chr11 46898771 . T C 469.58 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.000976212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9092;QD=18.5972;RBI=0.00705196;REFB=-0.0100358;REVB=-0.00698406;RO=51;SAF=31;SAR=17;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124307;STB=0.511806;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0122445;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:51:52:48:49:0.485149:17:31:33:18:18:31:34:18 chr11 46907982 . C T 358.12 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00143013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.631;QD=31.1412;RBI=0.0116059;REFB=-0.0568283;REVB=0.0115175;RO=15;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105731;STB=0.570523;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0143722;OID=.;OPOS=46907982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:30:30:0.652174:19:11:8:7:19:11:9:7 chr11 46914583 . T C 710.0 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.131863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0724;QD=54.6153;RBI=0.13781;REFB=0.0105581;REVB=-0.0400449;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0023644;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr11 46914598 . A G 786.78 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630686;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2807;QD=64.2269;RBI=0.0630876;REFB=0;REVB=-0.00154942;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383445;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr11 46969616 . T C 708.99 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.794;QD=63.0216;RBI=0.0442864;REFB=0;REVB=0.0382462;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143043;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:28:17:0:0 chr11 47185680 . G A 274.52 PASS AF=0.568182;AO=23;DP=41;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0626181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.01;QD=24.9561;RBI=0.0800693;REFB=-0.0548236;REVB=0.0499005;RO=18;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122749;STB=0.528132;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0384313;OID=.;OPOS=47185680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:18:19:23:25:0.568182:7:16:10:8:9:16:11:8 chr11 47188314 . T C 956.79 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.686;QD=58.8795;RBI=0.0617811;REFB=0;REVB=0.005574;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88708e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:59:65:1:21:38:0:0:21:44:0:0 chr11 47188411 . C T 343.21 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00505732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.014;QD=18.8061;RBI=0.00809797;REFB=-0.00246902;REVB=0.00632461;RO=36;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814688;STB=0.554424;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00228089;OID=.;OPOS=47188411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:36:36:0.493151:12:24:21:15:12:24:21:16 chr11 47196982 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.013768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.788;QD=21.5106;RBI=0.0176733;REFB=-0.000167321;REVB=0.0110809;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112634;STB=0.506323;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00017504;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:12:7:8:13:12:7 chr11 47238522 . T C 746.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8375;QD=63.5684;RBI=0.0550789;REFB=0;REVB=-0.00184424;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329321;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr11 47266762 . G A 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0182801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.361;QD=26.4909;RBI=0.0234166;REFB=-0.0137733;REVB=-0.0146347;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011361;STB=0.506322;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00848765;OID=.;OPOS=47266762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:4:13:7:2:4:13:7:2 chr11 47266808 . T G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00608125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.996;QD=11.4399;RBI=0.0127444;REFB=-0.0303656;REVB=0.0111999;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1951;STB=0.631369;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0334969;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:4:9:12:11:4:9:12:12 chr11 47267079 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0592711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.764;QD=25.8982;RBI=0.0592927;REFB=-0.0298411;REVB=-0.00159926;RO=21;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913205;STB=0.550687;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0394753;OID=.;OPOS=47267079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:9:19:12:9:9:19:12:9 chr11 47269129 . C T 198.01 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0309993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9672;QD=14.6672;RBI=0.0654101;REFB=0.0215975;REVB=-0.057598;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171728;STB=0.509795;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0294001;OID=.;OPOS=47269129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:17:14:10:13:17:14 chr11 47269159 . T C 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8981;QD=58.9559;RBI=0.00941733;REFB=0;REVB=0.000926025;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0688e-05;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr11 47270255 . C T 600.09 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0117777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8768;QD=46.1609;RBI=0.0526873;REFB=-0.0248415;REVB=-0.051354;RO=4;SAF=22;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781356;STB=0.550999;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0110093;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:52:52:4:5:46:47:0.903846:24:22:4:0:25:22:5:0 chr11 47282024 . C T 282.23 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00689864;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.873;QD=22.5781;RBI=0.0227636;REFB=0.0295422;REVB=0.0216931;RO=22;SAF=22;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151319;STB=0.508397;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0136124;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:6:22:17:5:6:22:17:5 chr11 47282893 . C A 63.21 PASS AF=0.186047;AO=9;DP=89;FAO=16;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.178508;FXX=0.0337041;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.8419;QD=2.93995;RBI=0.239128;REFB=-0.00665134;REVB=0.159113;RO=43;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651968;STB=0.906877;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00129013;OID=.;OPOS=47282893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:89:86:43:70:9:16:0.186047:1:8:13:30:1:15:37:33 chr11 47306585 . G A 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0177318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.995;QD=21.8974;RBI=0.0261859;REFB=-0.0282363;REVB=0.0192687;RO=26;SAF=23;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395253;STB=0.717897;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0123874;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:10:23:5:21:10:23:5:21 chr11 47331116 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.672;QD=57.5435;RBI=0.0347103;REFB=0;REVB=0.00251475;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010319;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr11 47346145 . G A 248.59 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=9.73269e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.944;QD=16.3008;RBI=0.0138961;REFB=-0.019132;REVB=-0.0138957;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085427;STB=0.555515;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0221413;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:10:17:18:15:10:18:18:15 chr11 47354787 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.37;QD=57.8246;RBI=0.0241116;REFB=-0.0177768;REVB=0.00725282;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=3.1019e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:38:38:0.974359:21:17:0:0:21:17:0:1 chr11 47358997 . G A 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0101638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.724;QD=12.181;RBI=0.0212036;REFB=-0.00866158;REVB=0.0186088;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0157202;OID=.;OPOS=47358997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr11 47364762 . A G 734.92 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.166;QD=62.5461;RBI=0.0293162;REFB=0;REVB=0.022785;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214403;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr11 47364772 . CT CTC,TC 64.08 PASS AF=0.26,0;AO=10,2;DP=50;FAO=13,0;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0211583,-0.0177636;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=54.2599,65.8657;QD=5.12648;RBI=0.0229586,0.0207032;REFB=-0.00487323,-0.00409428;REVB=-0.00891205,0.0106337;RO=37;SAF=4,2;SAR=6,0;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0737948,0.44477;STB=0.501546,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.103173,0.0794991;OID=.,.;OPOS=47364774,47364772;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:50:50:37:37:10,2:13,0:0.26,0:6,0:4,2:17:20:7,0:6,0:17:20 chr11 47431728 . A G 409.45 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4813;QD=52.8324;RBI=0.0393085;REFB=-0.100989;REVB=-0.0330075;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0093078;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:29:30:0.967742:13:16:1:0:13:17:1:0 chr11 47434986 . G A 164.9 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0292898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.23;QD=14.0342;RBI=0.0642216;REFB=-0.0402531;REVB=0.0571535;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277377;STB=0.660336;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0569472;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:7:11:10:19:7:11:10:19 chr11 47440403 . G T 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0168965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.597;QD=2.21998;RBI=0.0422226;REFB=-0.00774353;REVB=-0.0386944;RO=55;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186295;STB=0.643136;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.044465;OID=.;OPOS=47440403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:2:5:31:24:2:5:31:24 chr11 47460306 . A G 274.19 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0347136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6441;QD=24.9262;RBI=0.0565116;REFB=-0.00715191;REVB=-0.0445929;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338527;STB=0.518832;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00360039;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:18:7:6:13:18:7:6:13 chr11 47469439 . A G 303.08 PASS AF=0.384615;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0275353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.407;QD=13.322;RBI=0.036145;REFB=-0.0161366;REVB=-0.0234152;RO=55;SAF=9;SAR=25;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337794;STB=0.672029;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0186578;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:55:56:34:35:0.384615:25:9:31:24:25:10:31:25 chr11 47579103 . CCG ATA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148446;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=331.727;QD=35.5759;RBI=0.0148446;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000104997;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 47579119 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.412;QD=62.3509;RBI=0.0567599;REFB=0;REVB=0.00904482;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136313;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr11 47593945 . A C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.26458e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.076;QD=57.7119;RBI=0.0366826;REFB=0;REVB=0.0366825;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97124e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr11 47609867 . G A 964.89 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0427135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.332;QD=55.9354;RBI=0.0657795;REFB=0.0469098;REVB=0.050025;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262331;STB=0.513509;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000403586;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:66:67:0.971014:35:31:0:2:36:31:0:2 chr11 47681370 . T G 66.51 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000766259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.857;QD=26.6026;RBI=0.0105257;REFB=-0.154603;REVB=0.0104978;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00177262;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:0:2:2:6:0:2 chr11 47748509 . T C 1156.93 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100517;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.472;QD=60.8911;RBI=0.0338952;REFB=0;REVB=0.0323705;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03976e-05;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr11 47826090 . A C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.738;QD=49.3981;RBI=0.0460277;REFB=0.060901;REVB=0.0370976;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838249;STB=0.545413;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000240249;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:18:5:1:0:18:5:1:0 chr11 47834592 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.735;QD=39.2068;RBI=0.0621433;REFB=0;REVB=0.0176731;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163912;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 47857253 . T C,G 480.1 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=34;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100124,-0.00129559;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.2421,195.993;QD=58.1939;RBI=0.0178897,0.00773098;REFB=0,0;REVB=-0.0178616,-0.00762164;RO=0;SAF=15,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000543145,0.00461541;OID=.,.;OPOS=47857253,47857253;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:34:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:16,0:15,2:0:0:16,0:15,2:0:0 chr11 47869489 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0221998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.488;QD=3.54005;RBI=0.0293332;REFB=-0.00495056;REVB=-0.019173;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137895;STB=0.509771;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.026061;OID=.;OPOS=47869489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:21:11:2:4:21:11 chr11 48118347 . T TA 316.15 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.9729;QD=40.7939;RBI=0.152947;REFB=0;REVB=-0.0855208;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0075981;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:31:31:31:0:16:15:0:0:6:1:14:13:1:0 chr11 48145247 . T C 400.22 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0129441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.61;QD=18.6149;RBI=0.0241299;REFB=-0.0203871;REVB=0.0203642;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427093;STB=0.523798;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0234614;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:20:21:21:24:20:21:21:24 chr11 48145375 . A C 192.99 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0314136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8308;QD=16.425;RBI=0.103703;REFB=0.00930243;REVB=0.0988306;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999497;STB=0.539406;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0106814;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:8:11:13:14:9:11:13:14 chr11 48146622 . G A 346.75 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0144242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.755;QD=16.9148;RBI=0.0151883;REFB=-0.0062435;REVB=-0.00475658;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723342;STB=0.54665;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00577479;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:21:15:22:23:22:15:22:23 chr11 48185115 . G A 298.71 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00986965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.473;QD=23.8967;RBI=0.0159104;REFB=-0.0172522;REVB=0.0124792;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131256;STB=0.57308;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0150103;OID=.;OPOS=48185115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:10:13:11:16:10:13 chr11 48190383 . A T 756.01 PASS AF=1;AO=38;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117236;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.214;QD=63.0011;RBI=0.0193791;REFB=0;REVB=0.0154307;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448556;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:38:48:1:21:17:0:0:24:24:0:0 chr11 48190527 . T C 785.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0776203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1502;QD=64.1459;RBI=0.0999284;REFB=0;REVB=0.0629347;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155052;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr11 48238421 . T G 1272.46 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619238;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.432;QD=60.5933;RBI=0.0651932;REFB=-0.148639;REVB=0.0203862;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00218477;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:83:83:0.988095:38:45:0:0:38:45:1:0 chr11 48238549 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.982;QD=60.8828;RBI=0.0373605;REFB=0;REVB=0.027253;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05025e-06;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr11 48239182 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.842;QD=51.1844;RBI=0.00902265;REFB=0;REVB=0.00866217;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17111e-05;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr11 48267589 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3274;QD=33.4276;RBI=0.114909;REFB=0;REVB=0.111492;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134316;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr11 48285842 . A G 978.3 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231854;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.478;QD=59.2911;RBI=0.0484972;REFB=0;REVB=0.0425959;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163191;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:58:66:1:37:21:0:0:44:22:0:0 chr11 48328644 . C T 650.67 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.211;QD=61.9686;RBI=0.0446582;REFB=0;REVB=0.00702953;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172189;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr11 48346513 . T C 31.79 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00648865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3971;QD=2.49344;RBI=0.0142378;REFB=-0.00705105;REVB=-0.0126733;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589887;STB=0.900618;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0522664;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:1:5:12:32:1:5:13:32 chr11 48346523 . C T 35.85 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0319859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2249;QD=2.43032;RBI=0.0406089;REFB=0.00300021;REVB=0.0250197;RO=52;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558234;STB=0.89647;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0176998;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:1:6:18:34:1:6:18:34 chr11 48346535 . G C 34.42 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.112774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.36;QD=2.22067;RBI=0.11551;REFB=-0.0109067;REVB=-0.024988;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547431;STB=0.897823;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.102867;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:62:53:55:7:7:0.112903:1:6:19:34:1:6:19:36 chr11 48346541 . A T 47.35 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.015461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1369;QD=2.95945;RBI=0.0301115;REFB=-0.00779792;REVB=-0.0258392;RO=51;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611939;STB=0.915604;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0354176;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:51:55:9:9:0.140625:1:8:18:33:1:8:19:36 chr11 48346547 . C T 58.68 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0177224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.107;QD=3.35324;RBI=0.0491284;REFB=-0.000646551;REVB=-0.0458205;RO=57;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55848;STB=0.870394;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00115233;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:68:70:57:59:11:11:0.157143:2:9:19:38:2:9:19:40 chr11 48346551 . C A 80.43 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00312274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.427;QD=4.28936;RBI=0.0410741;REFB=-0.0118513;REVB=-0.0409552;RO=60;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417451;STB=0.770254;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0371081;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:75:60:61:14:14:0.186667:4:10:22:38:4:10:22:39 chr11 48346579 . C A 170.35 PASS AF=0.25;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.00246111;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.021;QD=7.09805;RBI=0.0051099;REFB=-0.0139677;REVB=-0.00447817;RO=72;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238364;STB=0.633228;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.047131;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:72:72:24:24:0.25:11:13:25:47:11:13:26:46 chr11 48346588 . A C 165.72 PASS AF=0.234234;AO=26;DP=111;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.00132787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.442;QD=5.97183;RBI=0.00841425;REFB=-0.00991457;REVB=-0.00830881;RO=85;SAF=13;SAR=13;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110656;STB=0.567517;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0239938;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:85:85:26:26:0.234234:13:13:35:50:13:13:35:50 chr11 48346604 . T G 235.31 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.00560395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.076;QD=7.29654;RBI=0.00561944;REFB=-0.00326713;REVB=-0.000417014;RO=93;SAF=19;SAR=15;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144013;STB=0.58536;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0130488;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:93:95:34:34:0.263566:15:19:41:52:15:19:42:53 chr11 48346615 . G A 273.76 PASS AF=0.271429;AO=38;DP=142;FAO=38;FDP=140;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00711286;FXX=0.0140835;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7632;QD=7.82184;RBI=0.00842962;REFB=-0.00461672;REVB=-0.00452391;RO=99;SAF=22;SAR=16;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127173;STB=0.571929;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0136211;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:99:102:38:38:0.271429:16:22:47:52:16:22:49:53 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 200.55 PASS AF=0.293333;AO=43;DP=157;FAO=44;FDP=150;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00702902;FXX=0.0384591;HRUN=5;LEN=9;MLLD=314.611;QD=5.34793;RBI=0.0224731;REFB=-0.005554;REVB=-0.0213456;RO=105;SAF=25;SAR=18;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115947;STB=0.590868;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.0176929;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293333:43:157:44:150:106:26:18:49:57:99:105:25:18:51:54 chr11 48346681 . G A 384.63 PASS AF=0.295455;AO=52;DP=177;FAO=52;FDP=176;FR=.;FRO=124;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.011434;FXX=0.0112353;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.675;QD=8.74157;RBI=0.0118273;REFB=0.00154395;REVB=-0.00302498;RO=124;SAF=30;SAR=22;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122009;STB=0.571339;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00133722;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:124:124:52:52:0.295455:22:30:59:65:22:30:59:65 chr11 48346729 . G C 135.03 PASS AF=0.181818;AO=24;DP=133;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.00643959;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.114;QD=4.09174;RBI=0.0149606;REFB=-0.00474847;REVB=-0.0135038;RO=108;SAF=5;SAR=19;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382206;STB=0.742583;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0194141;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:108:108:24:24:0.181818:19:5:53:55:19:5:52:56 chr11 48346791 . C T 123.62 PASS AF=0.19802;AO=17;DP=99;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00323228;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.627;QD=4.89591;RBI=0.00434786;REFB=-0.00612301;REVB=0.00290796;RO=80;SAF=5;SAR=12;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251914;STB=0.70659;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0238393;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:80:81:17:20:0.19802:12:5:39:41:15:5:40:41 chr11 48346822 . A C 110.18 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00577254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.482;QD=4.89708;RBI=0.00976136;REFB=-0.000834092;REVB=0.00787158;RO=70;SAF=6;SAR=12;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213275;STB=0.625811;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00207984;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:70:72:18:18:0.2:12:6:35:35:12:6:35:37 chr11 48346843 . C T 108.34 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0315461;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.899;QD=5.77823;RBI=0.0318425;REFB=-0.0074438;REVB=-0.00433442;RO=57;SAF=6;SAR=11;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132366;STB=0.576957;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0213126;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:57:58:17:17:0.226667:11:6:26:31:11:6:26:32 chr11 48346916 . G C 214.69 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0335688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.212;QD=8.763;RBI=0.0398849;REFB=-0.00842926;REVB=-0.0215393;RO=70;SAF=14;SAR=14;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229459;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:70:70:28:28:0.285714:14:14:35:35:14:14:35:35 chr11 48346924 . T C 192.3 PASS AF=0.264706;AO=26;DP=100;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00770652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6732;QD=7.54122;RBI=0.0384616;REFB=-0.00160184;REVB=0.0376816;RO=74;SAF=14;SAR=12;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637813;STB=0.528281;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00542244;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:74:75:26:27:0.264706:12:14:36:38:13:14:36:39 chr11 48346932 . G A 202.74 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00559919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.701;QD=7.6506;RBI=0.0106568;REFB=-0.00265717;REVB=-0.00906728;RO=76;SAF=16;SAR=13;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078823;STB=0.542344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0036938;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:77:29:29:0.273585:13:16:37:39:13:16:38:39 chr11 48346961 . AA TG 208.83 PASS AF=0.275229;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0154087;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.416;QD=7.66346;RBI=0.0311712;REFB=-0.00862586;REVB=-0.0270964;RO=78;SAF=16;SAR=14;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559881;STB=0.528745;STBP=0.738;TYPE=mnp;VARB=0.0196415;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:78:79:30:30:0.275229:14:16:38:40:14:16:39:40 chr11 48346999 . T G 267.6 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0157608;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6138;QD=9.14883;RBI=0.0242973;REFB=-0.00710566;REVB=-0.018492;RO=82;SAF=14;SAR=22;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133616;STB=0.582244;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.038254;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:82:81:36:36:0.307692:22:14:41:41:22:14:41:40 chr11 48347014 . G A 252.81 PASS AF=0.284553;AO=35;DP=123;FAO=35;FDP=123;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0527269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.67;QD=8.22139;RBI=0.0551167;REFB=-0.00473571;REVB=0.0160538;RO=86;SAF=13;SAR=22;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171077;STB=0.609327;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0422569;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:88:35:35:0.284553:22:13:44:42:22:13:46:42 chr11 48347023 . C T 309.22 PASS AF=0.322581;AO=38;DP=123;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.00171975;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.439;QD=9.97471;RBI=0.00174847;REFB=-0.00855936;REVB=-0.00031563;RO=82;SAF=15;SAR=23;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139101;STB=0.584373;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0159952;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:82:84:38:40:0.322581:23:15:42:40:24:16:44:40 chr11 48347067 . C T 310.15 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=122;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0253821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.589;QD=10.1687;RBI=0.0267109;REFB=-0.0227557;REVB=-0.00831999;RO=82;SAF=12;SAR=28;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256747;STB=0.649407;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0486096;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:82:82:40:40:0.327869:28:12:42:40:28:12:42:40 chr11 48347100 . C T 307.43 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0340828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.429;QD=13.2227;RBI=0.0366005;REFB=-0.00658725;REVB=0.0133401;RO=58;SAF=12;SAR=23;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231241;STB=0.632423;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0138115;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:23:12:32:26:23:12:32:26 chr11 48347124 . A G 274.87 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0289342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1147;QD=13.0889;RBI=0.0917186;REFB=-0.02301;REVB=-0.0870351;RO=50;SAF=12;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218963;STB=0.624922;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0337665;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:50:52:32:32:0.380952:20:12:29:21:20:12:30:22 chr11 48347130 . C G 280.01 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00815742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0971;QD=14.1777;RBI=0.0200862;REFB=0.00427031;REVB=-0.0183551;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218311;STB=0.623849;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00651565;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:19:13:29:18:19:13:29:18 chr11 48347140 . T C 1157.27 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.417;QD=59.3471;RBI=0.0464218;REFB=-0.0678288;REVB=0.011534;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000510849;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:37:40:0:0:37:40:1:0 chr11 48347142 . C T 280.9 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0597256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.758;QD=14.405;RBI=0.0598099;REFB=-0.00679252;REVB=0.00317407;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154351;STB=0.587525;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0065179;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:18:14:27:19:18:14:27:19 chr11 48347144 . T C 278.84 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0350134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.135;QD=13.942;RBI=0.0372135;REFB=-0.0210745;REVB=0.0126058;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154351;STB=0.59901;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0198106;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:48:32:32:0.4:18:14:27:19:18:14:29:19 chr11 48347267 . T C 264.3 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00338115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.439;QD=9.69908;RBI=0.00339985;REFB=-0.00127671;REVB=0.000356147;RO=73;SAF=19;SAR=16;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059597;STB=0.501583;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0045234;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:74:35:35:0.321101:16:19:40:33:16:19:40:34 chr11 48347306 . G T 214.04 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00702736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.263;QD=7.51007;RBI=0.00705612;REFB=-0.00563804;REVB=0.000636494;RO=83;SAF=15;SAR=16;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563898;STB=0.533613;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0190245;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:83:31:31:0.27193:16:15:44:39:16:15:44:39 chr11 48347342 . G A 175.54 PASS AF=0.243243;AO=27;DP=111;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0380339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.009;QD=6.32579;RBI=0.0404232;REFB=-0.0106892;REVB=-0.0136916;RO=81;SAF=11;SAR=16;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167619;STB=0.58817;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0317385;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:81:84:27:27:0.243243:16:11:44:37:16:11:44:40 chr11 48347346 . A T 175.63 PASS AF=0.243243;AO=26;DP=110;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0100253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.819;QD=6.32901;RBI=0.0377696;REFB=-0.00996437;REVB=-0.0364148;RO=83;SAF=11;SAR=15;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147949;STB=0.596864;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.045678;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:83:84:26:27:0.243243:15:11:45:38:16:11:45:39 chr11 48347358 . C T 154.74 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0223134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.223;QD=5.95168;RBI=0.0260204;REFB=-0.00459539;REVB=0.0133857;RO=77;SAF=9;SAR=15;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165399;STB=0.615845;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00237894;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:77:80:24:24:0.230769:15:9:39:38:15:9:42:38 chr11 48347363 . C T 146.37 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0176766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.515;QD=5.85481;RBI=0.0206718;REFB=-0.00570515;REVB=-0.0107173;RO=78;SAF=6;SAR=16;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310675;STB=0.694157;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.016649;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:78:22:22:0.22:16:6:40:38:16:6:40:38 chr11 48347392 . T C 101.17 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0220451;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.092;QD=5.69966;RBI=0.0258348;REFB=-0.00742531;REVB=0.0134703;RO=54;SAF=3;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362587;STB=0.738009;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0297486;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:54:55:16:16:0.225352:13:3:24:30:13:3:25:30 chr11 48347419 . A G 60.26 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0620753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1936;QD=6.02554;RBI=0.0678811;REFB=0.00948741;REVB=0.0274681;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294134;STB=0.69849;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.015488;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:8:1:8:23:8:1:8:23 chr11 48366958 . T G 193.02 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00937264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.155;QD=13.7872;RBI=0.0119448;REFB=-0.00743194;REVB=0.00740479;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515463;STB=0.517227;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00212343;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:14:9:11:21:14:9:12:21 chr11 48366971 . GG CA 164.11 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00290875;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=2;MLLD=343.845;QD=12.3854;RBI=0.00582847;REFB=-0.0067628;REVB=-0.00505076;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067871;STB=0.503933;STBP=0.989;TYPE=mnp;VARB=0.0105663;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:12:8:13:20:12:8:13:20 chr11 48367050 . T TAG 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00500577;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.47;QD=14.0472;RBI=0.00772256;REFB=-0.0256224;REVB=0.00588049;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101845;STB=0.559255;STBP=0.507;TYPE=ins;VARB=0.0383505;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:18:47:18:47:29:7:11:14:15:99:29:7:11:14:15 chr11 48367073 . A C 565.27 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00712251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.019;QD=53.8355;RBI=0.00727907;REFB=-0.0276853;REVB=0.0015016;RO=2;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445938;STB=0.510997;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000933253;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:2:3:39:39:0.928571:20:19:0:2:20:19:1:2 chr11 48367097 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00412539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.258;QD=5.3773;RBI=0.00501901;REFB=-0.00422117;REVB=-0.0028586;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28345;STB=0.687524;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.015456;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:12:13:2:5:12:13 chr11 48367133 . C A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0647103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2484;QD=5.21553;RBI=0.105029;REFB=-0.00882523;REVB=-0.0827269;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171939;STB=0.614991;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0131974;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:11:10:2:4:11:10 chr11 48367136 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0118723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.505;QD=5.68927;RBI=0.0517207;REFB=-0.0101661;REVB=-0.0503397;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195321;STB=0.610731;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0347371;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:2:4:9:9:2:4:10:9 chr11 48367155 . T A 48.74 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00746395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1042;QD=7.49867;RBI=0.0255846;REFB=-0.0458418;REVB=-0.0244717;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260867;STB=0.624574;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0660515;OID=.;OPOS=48367155;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:26:14:16:6:6:0.230769:2:4:6:8:2:4:8:8 chr11 48367163 . A G 35.37 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0219583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9122;QD=5.65875;RBI=0.0494102;REFB=-0.0170807;REVB=-0.0442629;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444608;STB=0.529312;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.041041;OID=.;OPOS=48367163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:12:7:2:4:12:7 chr11 48367170 . G A 35.54 PASS AF=0.24;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.046744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5246;QD=5.68598;RBI=0.137445;REFB=-0.0275508;REVB=-0.129253;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206131;STB=0.700985;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0582069;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:25:17:19:6:6:0.24:1:5:12:5:1:5:12:7 chr11 48367190 . A T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00325969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.077;QD=9.47556;RBI=0.00470029;REFB=0.00902418;REVB=-0.00338632;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430323;STB=0.526262;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0151337;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:14:7:3:7:14:7 chr11 48367195 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0156853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.81;QD=11.1976;RBI=0.0191171;REFB=0.00367991;REVB=-0.0109286;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763543;STB=0.521702;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0235385;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:20:22:12:12:0.352941:4:8:12:8:4:8:14:8 chr11 48367249 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0100256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.883;QD=17.6896;RBI=0.0126183;REFB=-0.00523628;REVB=0.00766213;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191115;STB=0.608857;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00355936;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:15:11:13:8:15:11 chr11 48367252 . G A 206.02 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0152923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0177;QD=16.8179;RBI=0.0465699;REFB=-0.00404741;REVB=0.0439875;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156676;STB=0.589657;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00621001;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:15:13:13:8:15:13 chr11 48367311 . T C 347.38 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00767833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4558;QD=17.1544;RBI=0.014816;REFB=-0.0156119;REVB=-0.0126711;RO=44;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600315;STB=0.533697;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0135441;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:24:13:18:26:24:13:18:26 chr11 48367363 . C T 420.19 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0360508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6584;QD=17.8804;RBI=0.0369472;REFB=-0.0480421;REVB=-0.00808934;RO=50;SAF=13;SAR=30;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126226;STB=0.566635;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0529914;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:51:43:43:0.457447:30:13:21:29:30:13:21:30 chr11 48367387 . C T 338.16 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0933462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7356;QD=15.5476;RBI=0.0948119;REFB=-0.0231755;REVB=0.0166067;RO=51;SAF=9;SAR=27;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130667;STB=0.583285;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0315627;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:50:36:37:0.425287:27:9:18:33:28:9:18:32 chr11 48367419 . G A 198.01 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0222784;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.9;QD=11.0007;RBI=0.022283;REFB=-0.00653649;REVB=-0.000452821;RO=47;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260156;STB=0.515139;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0181675;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:17:8:16:31:17:8:16:31 chr11 48367424 . C G 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.02446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.582;QD=10.0151;RBI=0.0265901;REFB=-0.00156056;REVB=-0.0104278;RO=47;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475521;STB=0.527952;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00358459;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:16:7:16:31:16:7:16:31 chr11 48367455 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00887596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.129;QD=13.774;RBI=0.00987998;REFB=0.00311784;REVB=0.00433951;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210901;STB=0.512183;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00405304;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:13:18:12:8:13:18 chr11 48367469 . TG CA 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0122841;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.516;QD=10.4387;RBI=0.0135649;REFB=-0.029727;REVB=-0.00575372;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146659;STB=0.587654;STBP=0.484;TYPE=mnp;VARB=0.0441163;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:11:16:6:7:11:16 chr11 48367474 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0131217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.487;QD=11.4396;RBI=0.0164329;REFB=-0.00133429;REVB=-0.00989247;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872131;STB=0.551788;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00183319;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:11:13:6:7:11:13 chr11 48367499 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0216766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.413;QD=10.8848;RBI=0.023265;REFB=-0.0139036;REVB=0.00844895;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0263377;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:6:9:3:6:6:9 chr11 48367511 . T G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0123049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.348;QD=14.6537;RBI=0.0154529;REFB=0.0020381;REVB=-0.00934783;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0065309;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr11 48373748 . C G 81.45 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.020103;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7773;QD=6.93149;RBI=0.0209214;REFB=-0.0128025;REVB=-0.00579433;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280107;STB=0.665105;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0165945;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:47:47:35:36:11:11:0.234043:7:4:21:14:7:4:21:15 chr11 48373770 . T A 81.57 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.000357635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.436;QD=6.04218;RBI=0.0297885;REFB=-0.0046724;REVB=0.0297863;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475702;STB=0.789022;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0130687;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:53:54:41:42:12:12:0.222222:9:3:27:14:9:3:27:15 chr11 48373797 . C T 77.91 PASS AF=0.214286;AO=11;DP=57;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0127894;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.196;QD=5.56521;RBI=0.0130576;REFB=-3.50869e-05;REVB=-0.00263288;RO=44;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326473;STB=0.726919;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-2.33971e-05;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:56:44:44:11:12:0.214286:7:4:28:16:8:4:28:16 chr11 48373805 . G A 53.54 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0703594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1676;QD=3.89415;RBI=0.0707754;REFB=-0.00494009;REVB=-0.00766202;RO=46;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253179;STB=0.668946;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0281357;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:55:46:46:9:9:0.163636:5:4:30:16:5:4:30:16 chr11 48373815 . A G 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00926822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1594;QD=2.58865;RBI=0.0176172;REFB=-0.00367901;REVB=0.0149821;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297228;STB=0.711011;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0263198;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:4:3:34:16:4:3:34:16 chr11 48373817 . C T 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0227952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=2.58907;RBI=0.0254533;REFB=0.00232346;REVB=-0.0113246;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255794;STB=0.711011;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0218736;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:45:50:7:7:0.122807:4:3:29:16:4:3:34:16 chr11 48373885 . A G 333.92 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.00777473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.339;QD=12.033;RBI=0.0222396;REFB=-0.0157754;REVB=-0.0208364;RO=70;SAF=15;SAR=26;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300225;STB=0.670887;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0339995;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:26:15:45:25:26:15:45:25 chr11 48373900 . A G 346.52 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0192447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5665;QD=12.4871;RBI=0.0196755;REFB=-0.00110037;REVB=-0.0040943;RO=68;SAF=15;SAR=27;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29496;STB=0.663202;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00309527;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:69:42:42:0.378378:27:15:43:25:27:15:43:26 chr11 48373936 . A G 468.47 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0155266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4538;QD=18.0182;RBI=0.0164008;REFB=0.00299282;REVB=0.00528316;RO=54;SAF=18;SAR=32;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252073;STB=0.639944;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0033064;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:32:18:34:20:32:18:34:20 chr11 48373946 . C A 538.87 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0217693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.455;QD=21.7724;RBI=0.0219275;REFB=-0.0160051;REVB=0.00262879;RO=47;SAF=33;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214676;STB=0.623594;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0088423;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:48:51:51:0.515152:18:33:19:28:18:33:19:29 chr11 48373976 . T G 493.8 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0340559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.489;QD=22.9672;RBI=0.0340875;REFB=-0.0241929;REVB=0.0014676;RO=39;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151605;STB=0.583465;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0157435;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:29:18:22:17:29:18:22:17 chr11 48373986 . A G 455.35 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0989232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.801;QD=22.7675;RBI=0.0993631;REFB=-0.0159161;REVB=-0.00933986;RO=36;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162726;STB=0.589614;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00992936;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:27:17:21:15:27:17:21:15 chr11 48374000 . C CT 138.65 PASS AF=0.536232;AO=30;DP=73;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0484419;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.8278;QD=8.03794;RBI=0.111616;REFB=0.000850496;REVB=0.100556;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028557;STB=0.55822;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.0107021;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536232:30:73:37:69:32:14:23:16:16:99:39:13:17:18:21 chr11 48387098 . A C 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00385761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.885;QD=4.36806;RBI=0.0173135;REFB=-0.00704759;REVB=-0.0168783;RO=43;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193717;STB=0.631281;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.016514;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:3:6:22:21:3:6:22:21 chr11 48387107 . T C 45.29 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00740368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.178;QD=3.29375;RBI=0.0399797;REFB=-0.0025748;REVB=-0.0392882;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242124;STB=0.682684;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.108985;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:54:55:46:47:8:8:0.145455:2:6:26:20:2:6:26:21 chr11 48387115 . G A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00173309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.969;QD=2.3512;RBI=0.014597;REFB=-0.0027886;REVB=-0.0144937;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135862;STB=0.604903;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0255331;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:26:21:2:4:26:21 chr11 48387118 . G A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0136073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.92;QD=2.28087;RBI=0.0142885;REFB=-0.0024688;REVB=-0.00435912;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193751;STB=0.649496;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0367899;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:2:4:24:24:2:4:24:24 chr11 48387301 . G A 35.05 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00801287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.575;QD=5.00644;RBI=0.0463517;REFB=-0.00815452;REVB=0.0456538;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.571196;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.019298;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:28:19:22:6:6:0.214286:3:3:10:9:3:3:13:9 chr11 48387335 . C A 180.38 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0127869;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.736;QD=15.3518;RBI=0.0132099;REFB=-0.0204152;REVB=-0.00331605;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822525;STB=0.526168;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0145357;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:14:14:8:11:15:13 chr11 48387370 . A G 242.78 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00450638;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.533;QD=14.0743;RBI=0.00465002;REFB=-0.00603856;REVB=0.00114684;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758463;STB=0.557235;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00744788;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:41:28:28:0.405797:13:15:18:21:13:15:18:23 chr11 48387424 . G T 308.4 PASS AF=0.432099;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.000648913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.542;QD=15.2297;RBI=0.0103864;REFB=-0.0186459;REVB=0.0103661;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164989;STB=0.575912;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.023309;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:46:33:35:0.432099:17:16:15:31:19:16:15:31 chr11 48387490 . G A 282.41 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0271386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.013;QD=12.4134;RBI=0.0327494;REFB=-0.012967;REVB=-0.0183308;RO=58;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170619;STB=0.509798;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0212726;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:20:13:22:36:20:13:22:36 chr11 48387506 . A G 202.74 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0189767;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5041;QD=10.0117;RBI=0.024772;REFB=-0.0109096;REVB=-0.0159228;RO=52;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684974;STB=0.528928;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0258776;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:55:26:26:0.320988:15:11:19:33:15:11:21:34 chr11 48387526 . G T 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0143302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.18;QD=8.10352;RBI=0.0186785;REFB=-0.00895928;REVB=0.0119804;RO=50;SAF=7;SAR=13;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883866;STB=0.553137;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0106;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:13:7:21:29:13:7:21:29 chr11 48387535 . T C 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00509009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3133;QD=7.78007;RBI=0.013129;REFB=0.0134669;REVB=0.0121022;RO=44;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204953;STB=0.624846;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00932614;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:12:5:20:24:12:5:20:24 chr11 48387540 . G T 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0196899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.911;QD=6.45731;RBI=0.0198393;REFB=-0.00286948;REVB=0.00243011;RO=42;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113636;STB=0.571317;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0109943;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:8:5:20:22:8:5:20:22 chr11 48387919 . G A 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=7;DP=85;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0117635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.88;QD=1.48423;RBI=0.0120791;REFB=0.000734457;REVB=0.00274309;RO=78;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134471;STB=0.656759;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00249832;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:86:78:78:7:8:0.0930233:3:4:35:43:3:5:35:43 chr11 48387930 . T C 51.59 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00826982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.931;QD=2.37189;RBI=0.0101134;REFB=-0.0034757;REVB=0.00582159;RO=76;SAF=6;SAR=5;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103265;STB=0.573672;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00686317;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:5:6:35:41:5:6:35:41 chr11 48387946 . G T 50.63 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.013736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.959;QD=2.25007;RBI=0.0150752;REFB=-0.00221567;REVB=-0.00621152;RO=73;SAF=6;SAR=5;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130585;STB=0.621302;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00918256;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:73:79:11:11:0.122222:5:6:32:41:5:6:32:47 chr11 48387960 . T C 57.7 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0218618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9645;QD=2.53638;RBI=0.0218984;REFB=0.0012043;REVB=0.0012653;RO=78;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210766;STB=0.650922;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00371359;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:90:91:78:79:12:12:0.131868:5:7:32:46:5:7:32:47 chr11 48387978 . T A 100.64 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0108849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.664;QD=4.4728;RBI=0.0122403;REFB=-0.00391802;REVB=-0.00559862;RO=73;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354417;STB=0.723981;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0210748;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:6:11:26:47:6:11:26:47 chr11 48387983 . T C 100.24 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.00451895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.428;QD=4.60892;RBI=0.00519343;REFB=-0.00328183;REVB=0.00255944;RO=70;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336545;STB=0.712201;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0446607;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:70:70:17:17:0.195402:6:11:26:44:6:11:26:44 chr11 48997107 . G A 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8152;QD=60.8504;RBI=0.0480372;REFB=-0.12185;REVB=-0.00864794;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00361762;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:1:0:18:28:1:0 chr11 48997334 . T G 512.0 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175724;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.882;QD=56.8888;RBI=0.0175767;REFB=-0.0301265;REVB=-0.000390534;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000612668;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:35:35:0.972222:20:15:0:0:20:15:1:0 chr11 49000558 . G A 436.28 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035004;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.818;QD=58.1711;RBI=0.0467262;REFB=0;REVB=0.0309525;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483146;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr11 49176021 . A G 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0110548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.133;QD=6.43998;RBI=0.0135252;REFB=0.006426;REVB=-0.00779246;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123002;STB=0.576811;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0208872;OID=.;OPOS=49176021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:9:5:20:24:9:5:20:24 chr11 49196490 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0241943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.256;QD=12.73;RBI=0.0293724;REFB=0.00438049;REVB=-0.0166546;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303064;STB=0.682485;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00934958;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:6:6:2:7:6:6 chr11 49197416 . A G 170.81 PASS AF=0.391304;AO=19;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00135464;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.912;QD=14.8529;RBI=0.00170783;REFB=-0.0137958;REVB=0.00104002;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210678;STB=0.639663;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0271402;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:28:19:18:0.391304:10:9:19:9:10:8:19:9 chr11 49207315 . A G 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00800116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.173;QD=11.3328;RBI=0.0167048;REFB=-0.0196205;REVB=-0.0146639;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844256;STB=0.56089;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0245572;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:7:7:11:15:7:7:11:16 chr11 49221885 . T A 331.64 PASS AF=0.336;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0121728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.644;QD=10.6126;RBI=0.016866;REFB=-0.00131825;REVB=-0.0116742;RO=82;SAF=27;SAR=15;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168021;STB=0.593594;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00269009;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:82:83:42:42:0.336:15:27:41:41:15:27:42:41 chr11 49227620 . A G 391.42 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0182796;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0389;QD=21.7454;RBI=0.0313943;REFB=-0.0103101;REVB=-0.0255237;RO=33;SAF=28;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187951;STB=0.60426;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0101614;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:11:28:17:16:11:28:17:16 chr11 49598178 . G A 2099.51 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8603;QD=62.6721;RBI=0.0364461;REFB=0;REVB=0.0256725;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108605;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:60:72:0:0:61:73:0:0 chr11 49598207 . T C 400.28 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0193367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6785;QD=13.3427;RBI=0.0379122;REFB=-0.0116064;REVB=-0.0326102;RO=72;SAF=25;SAR=22;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104723;STB=0.5098;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.017599;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:22:25:39:33:22:25:40:33 chr11 49598209 . T C 1802.68 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.18;QD=60.0893;RBI=0.0306597;REFB=-0.022011;REVB=0.0157964;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.503875;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000273428;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:119:120:0:1:119:119:0.991667:55:64:0:0:55:64:1:0 chr11 49830142 . G T 596.63 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=0.00501585;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.849;QD=22.3039;RBI=0.0117908;REFB=-0.0277453;REVB=-0.0106708;RO=48;SAF=30;SAR=29;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246067;STB=0.634027;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0170149;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:29:30:10:38:29:30:10:38 chr11 49974371 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.872;QD=62.0218;RBI=0.0267581;REFB=0;REVB=-0.0166596;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4178e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr11 49974670 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00372844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.729;QD=12.9747;RBI=0.0454821;REFB=-0.0113196;REVB=-0.045329;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010556;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:9:9:6:6:9:9 chr11 49974931 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.748;QD=45.8067;RBI=0.0640769;REFB=0;REVB=0.0640591;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677556;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 50003191 . C A 517.34 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0054374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2571;QD=21.5559;RBI=0.0221661;REFB=0.00418563;REVB=0.0214888;RO=46;SAF=20;SAR=30;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181242;STB=0.59996;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00807384;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:30:20:28:18:30:20:28:18 chr11 51411510 . C T 703.21 PASS AF=0.510791;AO=59;DP=128;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.014609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.84;QD=20.2362;RBI=0.0154986;REFB=-0.0212913;REVB=0.00517526;RO=66;SAF=31;SAR=28;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816998;STB=0.525348;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0217972;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:139:66:68:59:71:0.510791:28:31:29:37:36:35:30:38 chr11 51412379 . T C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-9.72926e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.154;QD=11.9713;RBI=0.0413507;REFB=-0.0143963;REVB=-0.0413506;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244952;STB=0.646222;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.054942;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:13:4:14:19:13:4:14:19 chr11 51515460 . C T 300.0 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00477827;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.046;QD=15.7896;RBI=0.0703771;REFB=-0.0424762;REVB=0.0702147;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994346;STB=0.562812;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0483569;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:19:14:22:20:19:14:23:20 chr11 51515640 . A G 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0406654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.499;QD=5.15542;RBI=0.0421461;REFB=-0.000352787;REVB=0.0110735;RO=55;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130917;STB=0.587674;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00243215;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:55:56:15:15:0.211268:8:7:20:35:8:7:20:36 chr11 51515912 . C T 369.57 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0309868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3422;QD=22.3979;RBI=0.0453493;REFB=-0.0183145;REVB=-0.0331116;RO=27;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597038;STB=0.534767;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0129632;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:37:37:0.560606:15:22:14:13:15:22:15:14 chr11 51516000 . C T 224.77 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00146384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5414;QD=19.9795;RBI=0.0220894;REFB=-0.0153289;REVB=0.0220408;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.599911;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0160404;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:22:22:0.488889:12:10:14:8:12:10:15:8 chr11 51516036 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0627352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.83;QD=15.9166;RBI=0.0634784;REFB=-0.0214723;REVB=0.00968558;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169167;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0104713;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:8:5:8:6:8:5:9:6 chr11 55111238 . C A 211.06 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0643102;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.247;QD=11.8905;RBI=0.0648793;REFB=-0.00410537;REVB=-0.00857434;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113443;STB=0.50655;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00694514;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:16:29:17:9:16:29 chr11 55111584 . A T 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00638961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.897;QD=14.054;RBI=0.0248403;REFB=-0.0105275;REVB=-0.0240044;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499562;STB=0.536589;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0158538;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:13:12:18:16:13:12:19:16 chr11 55322298 . C T 361.81 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0478862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.187;QD=15.5619;RBI=0.0531185;REFB=-0.0565075;REVB=-0.0229889;RO=54;SAF=13;SAR=26;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19767;STB=0.611881;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0780271;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:26:13:28:26:26:13:28:26 chr11 55322507 . G A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00823892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1218;QD=15.783;RBI=0.0137785;REFB=-0.0224582;REVB=0.0110439;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297983;STB=0.672821;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0267908;OID=.;OPOS=55322507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:7:10:4:10:7:10 chr11 55322539 . G A 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00260419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.014;QD=17.0322;RBI=0.00862096;REFB=-0.0121031;REVB=-0.00821822;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.555494;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0253138;OID=.;OPOS=55322539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:10:12:8:10:10:12 chr11 55322638 . C T 295.69 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0176962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.44;QD=17.9209;RBI=0.0271315;REFB=-0.0122595;REVB=-0.020566;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10322;STB=0.551149;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00657861;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:20:12:16:17:20:12:16:18 chr11 55339676 . G T 246.42 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.002421;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.307;QD=13.3198;RBI=0.00927052;REFB=0.00199314;REVB=-0.00894882;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066825;STB=0.502355;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00299876;OID=.;OPOS=55339676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:45:29:29:0.391892:13:16:24:20:13:16:25:20 chr11 55339702 . C T 277.02 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00163947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.745;QD=13.851;RBI=0.0260333;REFB=-0.0296229;REVB=-0.0259816;RO=47;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164387;STB=0.512731;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0127589;OID=.;OPOS=55339702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:48:31:32:0.4:13:18:28:19:14:18:28:20 chr11 55339829 . A G 682.87 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0134269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.45;QD=52.5283;RBI=0.0134557;REFB=0.00457844;REVB=0.000878713;RO=2;SAF=30;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303527;STB=0.516123;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-2.97733e-05;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:20:30:2:0:20:30:2:0 chr11 55340379 . T C 447.04 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0097211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9372;QD=21.0371;RBI=0.0210146;REFB=-0.00192337;REVB=0.018631;RO=41;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716164;STB=0.539597;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00197706;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:24:20:22:19:24:20:22:19 chr11 55371807 . A T 64.33 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00245563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0414;QD=23.3932;RBI=0.0491589;REFB=0.0263493;REVB=0.0490975;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226465;STB=0.631225;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00344263;OID=.;OPOS=55371807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:2:1:6:2:2:1 chr11 55406022 . C G 239.9 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0119923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.999;QD=13.9071;RBI=0.0140269;REFB=-0.0142055;REVB=-0.00727582;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867371;STB=0.5431;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0204464;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:27:28:0.405797:10:17:22:18:11:17:22:19 chr11 55418693 . T C 224.07 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00553735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.131;QD=19.4846;RBI=0.0123683;REFB=-0.0147222;REVB=0.0110595;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986588;STB=0.542131;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0145466;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:10:12:15:8:10:12:15:9 chr11 55541098 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3028;QD=58.5869;RBI=0.0594388;REFB=0;REVB=-0.0535264;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120943;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr11 55563336 . A T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0174806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.016;QD=11.6341;RBI=0.0930617;REFB=-0.020979;REVB=-0.0914052;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154872;STB=0.593026;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0323977;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:9:7:3:7:9:7 chr11 55563776 . T G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.473;QD=59.4248;RBI=0.0571731;REFB=-0.103199;REVB=0.0394861;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00092416;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:16:26:0:0:16:26:1:0 chr11 55587117 . T A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.534;QD=46.0578;RBI=0.0151261;REFB=-0.0515243;REVB=-0.000626049;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.516112;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00605177;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:15:4:0:0:15:4:0:1 chr11 55587511 . A G 945.56 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00384952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.929;QD=56.4511;RBI=0.00562642;REFB=0.0110515;REVB=-0.00410339;RO=1;SAF=21;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219605;STB=0.511108;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000336455;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:44:21:1:0:44:22:1:0 chr11 55606302 . G T 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0278626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.32;QD=9.41573;RBI=0.0311622;REFB=-0.00777768;REVB=-0.0139557;RO=35;SAF=4;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410249;STB=0.71769;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0194418;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:39:18:18:0.315789:14:4:20:15:14:4:20:19 chr11 55606818 . C T 132.17 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00290008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.593;QD=24.0313;RBI=0.0543281;REFB=-0.0184559;REVB=0.0542506;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.538405;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00918224;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:7:8:14:14:0.636364:4:10:4:3:4:10:5:3 chr11 55652971 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.348;QD=46.8478;RBI=0.00396604;REFB=0;REVB=0.00138742;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78299e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr11 55653164 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0422624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.04;QD=12.0517;RBI=0.0479756;REFB=-0.0176221;REVB=-0.0227058;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.599782;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0232543;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:5:8:4:5:5:8 chr11 55656483 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.087;QD=48.7373;RBI=0.0505956;REFB=0;REVB=0.0144172;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431468;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr11 55681336 . G A 236.42 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0174964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5105;QD=15.7612;RBI=0.0358111;REFB=-0.0189776;REVB=-0.031246;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235683;STB=0.505614;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0191806;OID=.;OPOS=55681336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:15:12:15:17:15:12:15:18 chr11 55681494 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.221;QD=59.8378;RBI=0.0321839;REFB=0;REVB=0.0319175;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012064;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 55746891 . G A 1937.11 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016236;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6125;QD=61.9876;RBI=0.0272056;REFB=0;REVB=-0.0218297;RO=0;SAF=45;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000739365;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:80:45:0:0:80:45:0:0 chr11 55761221 . C T 676.45 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0429;QD=60.1289;RBI=0.0401175;REFB=-0.119681;REVB=0.0149873;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521729;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00354939;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:11:33:0:0:11:33:0:1 chr11 55761738 . T G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.824;QD=63.8708;RBI=0.0134702;REFB=0;REVB=-0.00309833;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33348e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr11 55762060 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0439689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.355;QD=13.4559;RBI=0.0441607;REFB=0.00510942;REVB=-0.00411199;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263079;STB=0.651929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00265091;OID=.;OPOS=55762060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:3:12:6:5:3:12 chr11 55798152 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0293174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.801;QD=54.481;RBI=0.0308423;REFB=-0.0243362;REVB=-0.00957805;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=6.05424e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:0:1:16:15:0:1 chr11 55872876 . C T 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.288;QD=63.7972;RBI=0.0379866;REFB=0;REVB=0.0121564;RO=0;SAF=76;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74173e-05;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:69:76:0:0:69:76:0:0 chr11 55873024 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.456;QD=63.0525;RBI=0.0118196;REFB=0;REVB=0.00055598;RO=0;SAF=59;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30854e-05;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:32:59:0:0:32:59:0:0 chr11 55873368 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8144;QD=62.0206;RBI=0.0181234;REFB=0;REVB=0.0119003;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25555e-05;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr11 55890257 . C T 2044.35 PASS AF=0.957447;AO=135;DP=141;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0324154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2079;QD=57.9957;RBI=0.0553959;REFB=0.0200057;REVB=-0.0449215;RO=6;SAF=79;SAR=56;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678772;STB=0.503575;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.000831703;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:141:141:6:6:135:135:0.957447:56:79:4:2:56:79:4:2 chr11 56000403 . C G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.807;QD=55.016;RBI=0.0164887;REFB=-0.0907445;REVB=0.0118091;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065947;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:53:1:0:51:53:1:26:25:1:0:27:26:0:0 chr11 56043604 . A G 375.38 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0084449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.571;QD=17.8751;RBI=0.0263654;REFB=-0.0187531;REVB=-0.0249763;RO=45;SAF=11;SAR=28;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129966;STB=0.573002;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0173966;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:28:11:18:27:28:11:18:27 chr11 56043702 . G C 264.11 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0139114;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.047;QD=26.4112;RBI=0.0151871;REFB=-0.0265802;REVB=0.00609271;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785987;STB=0.543443;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0140654;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:5:11:14:10:5:11 chr11 56058197 . G A 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.000557055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.729;QD=15.1037;RBI=0.0185151;REFB=-0.00739423;REVB=0.0185067;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12999;STB=0.5789;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0101327;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:17:16:27:17:17:16:28:17 chr11 56086147 . T G 161.37 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0511326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1202;QD=18.9843;RBI=0.0618603;REFB=-0.0194552;REVB=0.034816;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377521;STB=0.717659;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0326511;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:3:14:8:9:3:14:8:9 chr11 56113516 . T C 249.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0100567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.045;QD=16.9259;RBI=0.117359;REFB=-0.00012613;REVB=0.116927;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712872;STB=0.539972;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000903267;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:20:11:12:16:20:11 chr11 56113575 . A G 422.88 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00545624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.55;QD=18.3862;RBI=0.026399;REFB=-0.0100028;REVB=-0.025829;RO=49;SAF=28;SAR=14;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527512;STB=0.537831;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0109047;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:42:43:0.467391:14:28:35:14:15:28:35:14 chr11 56113593 . C A 412.73 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.000219322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.354;QD=15.8741;RBI=0.00361533;REFB=-0.0101296;REVB=-0.00360867;RO=57;SAF=27;SAR=19;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827888;STB=0.549979;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0114084;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:19:27:38:19:19:27:39:19 chr11 56127746 . A G 671.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.339;QD=62.4358;RBI=0.0380733;REFB=0;REVB=0.0380048;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50233e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:13:28:0:0:15:28:0:0 chr11 56128081 . A G 328.66 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0366125;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2498;QD=17.7654;RBI=0.0519899;REFB=-0.00659591;REVB=-0.0369117;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184645;STB=0.594874;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00468262;OID=.;OPOS=56128081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:39:35:35:0.472973:17:18:12:26:17:18:13:26 chr11 56128524 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.304;QD=61.683;RBI=0.00727871;REFB=0;REVB=-0.00201279;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98925e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr11 56143156 . C T 349.86 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.026687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.997;QD=15.2112;RBI=0.0288539;REFB=-0.0233675;REVB=-0.0109704;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046819;STB=0.534947;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0241023;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:21:16:21:33:21:17:21:33 chr11 56143158 . A G 339.45 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0186772;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.65;QD=14.9211;RBI=0.0202416;REFB=-0.00667055;REVB=-0.00780265;RO=54;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551877;STB=0.531233;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0130987;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:20:17:22:32:20:17:22:32 chr11 56143434 . C G 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0113589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.119;QD=12.5922;RBI=0.0203115;REFB=-0.0144115;REVB=0.0168384;RO=48;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011843;STB=0.506795;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0240029;OID=.;OPOS=56143434;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:13:16:27:21:13:16:27:21 chr11 56143570 . A G 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00170545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0309;QD=2.92833;RBI=0.0142684;REFB=0.00359096;REVB=-0.0141662;RO=51;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702559;STB=0.550532;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00952719;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:3:5:29:22:3:5:29:22 chr11 56143592 . C T 183.55 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00395215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.519;QD=11.842;RBI=0.00527067;REFB=-0.0231819;REVB=-0.00348718;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157156;STB=0.59116;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0257149;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:8:15:20:19:8:15:20:19 chr11 56143690 . C A 236.39 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0727622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.673;QD=19.699;RBI=0.0727862;REFB=-0.0117355;REVB=0.00186828;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106017;STB=0.572454;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0464233;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:8:15:13:11:8:15:13:12 chr11 56143696 . C T 177.14 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0367503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.652;QD=15.0759;RBI=0.0486103;REFB=-0.0496582;REVB=0.0318179;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10041;STB=0.567502;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.130637;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:13:13:8:13:13:13 chr11 56143716 . TG CA 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0176029;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.184;QD=5.71703;RBI=0.0260179;REFB=-0.00344188;REVB=0.019159;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109243;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=mnp;VARB=0.017712;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:13:15:5:3:13:15 chr11 56143723 . T C 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00797911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.561;QD=4.55552;RBI=0.0164731;REFB=-0.00448772;REVB=-0.0144117;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461395;STB=0.53116;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0182729;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:14:16:4:3:14:16 chr11 56143725 . C G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0151102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.57;QD=3.88749;RBI=0.0346441;REFB=-0.00143889;REVB=-0.0311753;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204699;STB=0.514238;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0165484;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:14:15:3:3:14:15 chr11 56143729 . CC TG 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00953905;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=242.967;QD=3.64933;RBI=0.0208759;REFB=-0.0005977;REVB=-0.0185691;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191504;STB=0.513469;STBP=0.931;TYPE=mnp;VARB=0.00333275;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:15:16:3:3:15:16 chr11 56143966 . C T 419.39 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00653995;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.583;QD=22.3676;RBI=0.00764888;REFB=-0.0157392;REVB=0.00396665;RO=36;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748791;STB=0.510146;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0127261;OID=.;OPOS=56143966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:36:34:41:41:0.546667:19:22:19:17:19:22:19:15 chr11 56143977 . A G 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0105422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.433;QD=18.8072;RBI=0.0138757;REFB=-0.0118942;REVB=0.00902194;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116531;STB=0.50649;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0131514;OID=.;OPOS=56143977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:20:17:17:19:20:17 chr11 56184888 . G A 280.87 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0154178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.563;QD=10.5987;RBI=0.0154247;REFB=-0.00862428;REVB=0.000460984;RO=69;SAF=25;SAR=11;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143101;STB=0.579328;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0193697;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:70:36:36:0.339623:11:25:40:29:11:25:41:29 chr11 56185159 . A G 55.58 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0296013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5321;QD=10.1053;RBI=0.037975;REFB=-0.0473311;REVB=-0.0237879;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527668;STB=0.828027;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0750479;OID=.;OPOS=56185159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:6:8:1:7:6:8 chr11 56185327 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0260536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.315;QD=16.6272;RBI=0.026055;REFB=-0.0109209;REVB=0.000274451;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185092;STB=0.60719;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0158946;OID=.;OPOS=56185327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:7:7:4:9:7:7 chr11 56185345 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.297;QD=55.0985;RBI=0.0496741;REFB=0;REVB=0.0464942;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229699;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 56185689 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0102932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.7;QD=14.1316;RBI=0.0103603;REFB=-0.0118862;REVB=-0.00117679;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374753;STB=0.521716;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0237903;OID=.;OPOS=56185689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:19:12:8:11:19:12 chr11 56237410 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0455475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2568;QD=9.13237;RBI=0.0494924;REFB=-0.019953;REVB=0.0193628;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373879;STB=0.731889;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0295053;OID=.;OPOS=56237410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:11:11:2:8:11:11 chr11 56237722 . T A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0141658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.627;QD=13.336;RBI=0.0174075;REFB=-0.000696755;REVB=0.0101168;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157922;STB=0.581706;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00134049;OID=.;OPOS=56237722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:5:10:12:11:5:10:13:11 chr11 56258310 . C T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0158176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.225;QD=15.219;RBI=0.0343128;REFB=-0.0227941;REVB=-0.0304495;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254247;STB=0.642833;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0287938;OID=.;OPOS=56258310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:14:17:12:29:14:17:12:29 chr11 56294275 . T C 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1816;QD=60.5979;RBI=0.0504975;REFB=0;REVB=-0.033596;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73368e-05;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr11 56294338 . G A 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.892;QD=54.6368;RBI=0.0515941;REFB=-0.0928763;REVB=0.0485454;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00068421;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:19:32:0:1:19:32:0:1 chr11 56310222 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.809;QD=54.517;RBI=0.0308256;REFB=0;REVB=0.017375;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434973;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 56344260 . A G 510.33 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0129005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2168;QD=52.3418;RBI=0.0668815;REFB=-0.0561752;REVB=0.0656255;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841969;STB=0.51964;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00639934;OID=.;OPOS=56344260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:2:3:36:36:0.923077:21:15:1:1:21:15:2:1 chr11 56344993 . C A 830.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.721;QD=57.2765;RBI=0.0398058;REFB=0;REVB=0.0379674;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89825e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:33:20:0:0:38:20:0:0 chr11 56380546 . CCAGA C 667.08 PASS AF=0.885714;AO=61;DP=67;FAO=62;FDP=70;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00900603;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=4;MLLD=268.978;QD=38.1186;RBI=0.0439571;REFB=-0.05166;REVB=0.0430246;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.523368;STBP=0.331;TYPE=del;VARB=0.00697981;OID=.;OPOS=56380547;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.885714:61:67:62:70:8:44:18:7:1:17:0:44:17:0:0 chr11 56431216 . C T 1084.39 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00647071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.397;QD=58.6157;RBI=0.0257336;REFB=-0.136818;REVB=0.0249068;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.509431;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000399965;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:47:26:0:0:47:26:1:0 chr11 56467881 . T C 439.92 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0099332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0822;QD=13.1319;RBI=0.0170155;REFB=0.00349808;REVB=0.0138152;RO=83;SAF=25;SAR=26;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304076;STB=0.517255;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00552652;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:83:51:51:0.380597:26:25:43:40:26:25:43:40 chr11 56467926 . A G 552.19 PASS AF=0.360656;AO=66;DP=183;FAO=66;FDP=183;FR=.;FRO=117;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.0140312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8688;QD=12.0697;RBI=0.0317508;REFB=0.00271982;REVB=-0.0284822;RO=117;SAF=31;SAR=35;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580198;STB=0.533014;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00522398;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:117:117:66:66:0.360656:35:31:61:56:35:31:61:56 chr11 56468020 . TG CA 442.95 PASS AF=0.357616;AO=54;DP=152;FAO=54;FDP=151;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0250189;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.011;QD=11.7337;RBI=0.0250209;REFB=-0.017256;REVB=0.00031807;RO=94;SAF=27;SAR=27;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355785;STB=0.50993;STBP=0.866;TYPE=mnp;VARB=0.0282317;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:94:97:54:54:0.357616:27:27:44:50:27:27:47:50 chr11 56468044 . T G 1881.9 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.006875;FXX=0.00769172;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.653;QD=58.3536;RBI=0.0130002;REFB=-0.00768859;REVB=-0.0110335;RO=2;SAF=56;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157248;STB=0.506214;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-1.91204e-05;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:129:2:4:125:125:0.968992:69:56:1:1:69:56:1:3 chr11 56468047 . AC GT,TT 1953.98 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=122,5;DP=127;FAO=124,4;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56,3;FSAR=68,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153907,0.00852877;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=218.19,168.918;QD=61.0617;RBI=0.0159989,0.00987108;REFB=0,0;REVB=0.00436934,0.00496974;RO=0;SAF=54,4;SAR=68,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.72266e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-8.21232e-05,0.0198772;OID=.,.;OPOS=56468047,56468047;OREF=AC,AC;OALT=GT,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:127:128:0:0:122,5:124,4:0.96875,0.03125:68,1:54,4:0:0:68,1:56,3:0:0 chr11 56468111 . C T 440.93 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0037796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.139;QD=14.6975;RBI=0.00556088;REFB=-0.0197047;REVB=-0.00407897;RO=67;SAF=25;SAR=25;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160444;STB=0.591631;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0277304;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:67:70:50:50:0.416667:25:25:23:44:25:25:24:46 chr11 56468198 . A G 345.38 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0482343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.727;QD=17.7117;RBI=0.0590971;REFB=-0.0121289;REVB=-0.0341457;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182236;STB=0.516505;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0139741;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:41:36:37:0.474359:20:16:19:22:21:16:19:22 chr11 56468200 . C T 333.11 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0321399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2629;QD=16.4499;RBI=0.0334664;REFB=-0.0201199;REVB=-0.00932866;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247308;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:20:16:20:25:20:16:20:25 chr11 56468202 . G A 335.54 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00352492;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.285;QD=16.7769;RBI=0.0265941;REFB=-0.0385589;REVB=0.0263595;RO=44;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999999;STB=0.505615;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0549715;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:44:36:36:0.45:20:16:20:24:20:16:20:24 chr11 56468212 . G A 388.54 PASS AF=0.487805;AO=38;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.018754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.807;QD=18.953;RBI=0.0425494;REFB=-0.0122607;REVB=0.0381935;RO=42;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105277;STB=0.55377;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00729771;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:38:40:0.487805:24:14:20:22:25:15:20:22 chr11 56468259 . C T 384.82 PASS AF=0.470588;AO=37;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0154895;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.644;QD=18.1091;RBI=0.0157875;REFB=-0.0583581;REVB=-0.00305313;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147294;STB=0.519119;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0347231;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:35:45:37:40:0.470588:17:20:13:22:19:21:22:23 chr11 56508525 . A G 619.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00985486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.704;QD=59.0399;RBI=0.0126849;REFB=-0.0346948;REVB=0.00798684;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00245334;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr11 56510623 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.96;QD=42.1826;RBI=0.0857234;REFB=0;REVB=0.0126006;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130746;OID=.;OPOS=56510623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr11 56510672 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.01;QD=44.6898;RBI=0.0193964;REFB=0;REVB=-0.000845609;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57834e-05;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr11 56570012 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.439;QD=53.2768;RBI=0.0383771;REFB=0;REVB=0.0239094;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444613;OID=.;OPOS=56570012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr11 56570095 . A T 526.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.376;QD=58.5051;RBI=0.034035;REFB=0;REVB=0.0258721;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418647;OID=.;OPOS=56570095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr11 56570229 . G A 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0762774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4734;QD=49.3962;RBI=0.0773509;REFB=-0.00296956;REVB=0.0128421;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000379748;OID=.;OPOS=56570229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:0:1:12:11:0:1 chr11 56756664 . G A,T 1052.48 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=64,8;DP=72;FAO=66,6;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33,6;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000440574,-0.00824403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.088,198.793;QD=58.4711;RBI=0.0292155,0.00829964;REFB=0,0;REVB=-0.0292122,-0.00095918;RO=0;SAF=31,8;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0163328,0.0817757;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:72:72:0:0:64,8:66,6:0.916667,0.0833333:33,0:31,8:0:0:33,0:33,6:0:0 chr11 56757021 . G A 1217.32 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106856;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.867;QD=61.6363;RBI=0.0106881;REFB=0;REVB=-0.000234092;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050422;OID=.;OPOS=56757021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr11 56954846 . C T 554.32 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=0.00992158;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.259;QD=19.7972;RBI=0.0208474;REFB=-0.0185149;REVB=0.0183352;RO=53;SAF=29;SAR=27;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194877;STB=0.616701;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0141293;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:55:56:57:0.508929:27:29:39:14:28:29:41:14 chr11 56956516 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0676824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1144;QD=18.6418;RBI=0.0696735;REFB=-0.0168156;REVB=0.0165377;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.550274;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0161099;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:14:12:14:11:14:12 chr11 57004344 . G T 428.7 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.62;QD=57.1594;RBI=0.0469727;REFB=0;REVB=0.0467331;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624988;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:12:13:0:0:17:13:0:0 chr11 57077464 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8689;QD=57.1048;RBI=0.0362269;REFB=0;REVB=-0.0202855;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000556384;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr11 57137424 . C T 164.19 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0893096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9778;QD=11.1312;RBI=0.0933329;REFB=-0.0120407;REVB=0.0271077;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167286;STB=0.596063;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0241235;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:38:21:21:0.355932:12:9:21:15:12:9:22:16 chr11 57147016 . A G 1543.93 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222866;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.214;QD=59.9586;RBI=0.0224603;REFB=0;REVB=-0.00278802;RO=0;SAF=67;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9511e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:36:67:0:0:36:67:0:0 chr11 57148175 . A G 1171.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.101;QD=60.8794;RBI=0.00856776;REFB=0;REVB=-0.000235443;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97857e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr11 57155001 . G A 2011.03 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270194;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.577;QD=61.4056;RBI=0.0366201;REFB=-0.100004;REVB=0.0247182;RO=1;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674106;STB=0.503496;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000214866;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:129:130:0.992366:70:59:0:1:71:59:0:1 chr11 57155288 . T C 3296.59 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268753;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.263;QD=62.1998;RBI=0.0449126;REFB=0;REVB=0.0359842;RO=0;SAF=99;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1973e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:0:0:212:212:1:113:99:0:0:113:99:0:0 chr11 57157405 . A G 83.54 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0125401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0061;QD=20.8862;RBI=0.0188852;REFB=-0.0408869;REVB=-0.0141208;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144541;STB=0.583159;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0243938;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:3:3:3:7:3:3 chr11 57313469 . C G 2505.51 PASS AF=0.899497;AO=175;DP=198;FAO=179;FDP=199;FR=.;FRO=20;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.027115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.3474;QD=50.362;RBI=0.0539119;REFB=-0.110967;REVB=0.0465969;RO=17;SAF=76;SAR=99;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139281;STB=0.507143;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0172888;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:198:199:17:20:175:179:0.899497:99:76:6:11:102:77:10:10 chr11 57314055 . G A 126.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00438578;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.635;QD=17.5142;RBI=0.0240169;REFB=0.000513719;REVB=0.0236131;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568636;STB=0.829284;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00312827;OID=.;OPOS=57314055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:12:2:11:4:12:2:11:4 chr11 57353983 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.657;QD=46.848;RBI=0.0282153;REFB=0;REVB=0.00240853;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173523;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr11 57463500 . T C 719.11 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0348056;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0233;QD=61.2009;RBI=0.0354289;REFB=-0.0209925;REVB=0.00661629;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00227991;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:0:1:17:29:0:1 chr11 57468129 . T C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2797;QD=57.7098;RBI=0.0536468;REFB=0;REVB=0.0205553;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337194;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr11 57571232 . C T 487.16 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401947;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.767;QD=59.0501;RBI=0.0242296;REFB=0;REVB=-0.0238938;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271075;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr11 57575679 . T C 62.91 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0102437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.729;QD=3.99411;RBI=0.0218136;REFB=-0.0042202;REVB=0.0192588;RO=52;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198281;STB=0.630455;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.026905;OID=.;OPOS=57575679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:52:52:11:11:0.174603:6:5:32:20:6:5:32:20 chr11 57798723 . A G 224.85 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000950254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.447;QD=19.9868;RBI=0.0383796;REFB=-0.021951;REVB=0.0383679;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.510195;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.016837;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:12:10:9:13:12:10:10:13 chr11 57798942 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.120261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.796;QD=11.8818;RBI=0.120264;REFB=0.00206572;REVB=-0.000961789;RO=28;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24191;STB=0.647905;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00514108;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:14:1:4:24:14:1:4:24 chr11 57799183 . C T 111.38 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0251414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.578;QD=15.9118;RBI=0.0316443;REFB=-0.0102958;REVB=-0.0192165;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00966135;OID=.;OPOS=57799183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:6:9:5:8:6:9 chr11 57799371 . G C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00868992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.194;QD=11.3675;RBI=0.0136467;REFB=-0.00817487;REVB=-0.0105222;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232226;STB=0.639731;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0156203;OID=.;OPOS=57799371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:10:9:3:8:10:9 chr11 57947264 . C G 891.49 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169454;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.991;QD=58.4586;RBI=0.0260711;REFB=0;REVB=0.019813;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13047e-05;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr11 57948952 . G A 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.109;QD=55.0882;RBI=0.0455645;REFB=0;REVB=0.0241482;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021441;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 57958775 . C T 817.47 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.75;QD=57.366;RBI=0.0382426;REFB=0;REVB=0.00192858;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128403;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 57958972 . C A 556.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3503;QD=60.1749;RBI=0.025566;REFB=0;REVB=-0.000288889;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440037;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 57971195 . G A 687.34 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.923;QD=62.4852;RBI=0.0245292;REFB=0;REVB=0.00841086;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6976e-05;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:24:18:0:0:24:20:0:0 chr11 57971201 . G A 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0419829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.57;QD=58.3757;RBI=0.0424545;REFB=-0.0184209;REVB=-0.00631054;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493883;STB=0.526304;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00350035;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:27:18:2:0:27:18:2:0 chr11 57982229 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.644;QD=62.6697;RBI=0.00597566;REFB=0;REVB=0.00244939;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30437e-06;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr11 57982584 . T C 791.64 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.039454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5675;QD=53.6707;RBI=0.0414418;REFB=-0.0760597;REVB=0.012681;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177934;STB=0.501497;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00245537;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:31:26:1:0:31:26:1:1 chr11 57982620 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.198;QD=63.87;RBI=0.0439958;REFB=0;REVB=-0.0182438;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47243e-05;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr11 57982726 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.795;QD=57.2025;RBI=0.0327623;REFB=0;REVB=-0.0165276;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77146e-05;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr11 57982763 . A G 192.78 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0425407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5574;QD=40.5847;RBI=0.0560454;REFB=0.021871;REVB=0.0364881;RO=2;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130187;STB=0.571342;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-9.7377e-05;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:6:11:0:2:6:11:0:2 chr11 57982832 . T A 229.96 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0821146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8975;QD=45.9916;RBI=0.0852989;REFB=-0.0995655;REVB=-0.0230889;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0079781;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr11 57982896 . G T 785.87 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.715;QD=64.1528;RBI=0.0178349;REFB=0;REVB=-0.0163644;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.878e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr11 57983194 . A G 255.32 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.582;QD=51.063;RBI=0.0527561;REFB=0;REVB=-0.00530905;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208891;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr11 57996312 . C G 737.87 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.516;QD=55.6882;RBI=0.0203551;REFB=0;REVB=1.7099e-05;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193029;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:29:23:0:1:30:23:0:0 chr11 58034543 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.244;QD=57.8835;RBI=0.0148666;REFB=0;REVB=0.0134084;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71745e-05;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr11 58123152 . T C 786.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00409946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.428;QD=55.2216;RBI=0.0405175;REFB=-0.09947;REVB=0.0403096;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.511107;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00185903;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:1:0:34:22:1:0 chr11 58125620 . T A,C 729.52 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175908,0.00259474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.081,170.536;QD=56.1173;RBI=0.0443931,0.00824622;REFB=0,0;REVB=-0.0443582,-0.00782736;RO=0;SAF=0,31;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0543748,0.000517069;OID=.,.;OPOS=58125620,58125620;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:2,19:0,31:0:0:2,19:0,31:0:0 chr11 58126305 . A T 450.03 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000361981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.625;QD=48.6521;RBI=0.0038903;REFB=-0.0436032;REVB=-0.00387342;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.562462;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00276713;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:0:4:33:33:0.891892:19:14:0:0:19:14:4:0 chr11 58190088 . T A 298.68 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0338005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.123;QD=23.8942;RBI=0.0342784;REFB=-0.0146895;REVB=0.00570389;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335858;STB=0.684094;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.019088;OID=.;OPOS=58190088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:2:21:14:13:2:21 chr11 58207204 . A G 681.47 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.652;QD=60.5754;RBI=0.0608121;REFB=-0.0890969;REVB=0.0447314;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576807;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr11 58318619 . C G 1150.28 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00762985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.671;QD=57.5142;RBI=0.0094246;REFB=-0.168006;REVB=-0.0055325;RO=2;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000311094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54705e-05;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:2:2:77:78:0.975:38:39:1:1:39:39:1:1 chr11 58478084 . T C 1431.37 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0115071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9658;QD=56.1323;RBI=0.034039;REFB=-0.0793266;REVB=0.032035;RO=3;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220506;STB=0.511626;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00249899;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:3:3:99:99:0.970588:63:36:0:3:63:36:0:3 chr11 58491921 . A T 217.08 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00369608;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.358;QD=21.1789;RBI=0.0232312;REFB=-0.00605437;REVB=0.0229352;RO=17;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452519;STB=0.75039;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0094503;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:20:21:21:0.512195:17:4:12:5:17:4:13:7 chr11 58602309 . C T 176.42 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00147522;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7353;QD=20.1618;RBI=0.0284828;REFB=-0.0115635;REVB=0.0284446;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980718;STB=0.571351;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0118522;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:17:18:18:0.514286:9:9:7:11:9:9:6:11 chr11 58973982 . GTA G 388.86 PASS AF=0.852941;AO=20;DP=37;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0516366;FXX=0.128172;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.306;QD=45.7478;RBI=0.0760542;REFB=-0.222315;REVB=0.0558382;RO=4;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302126;STB=0.666536;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0097754;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941:20:37:29:34:5:5:24:5:0:23:4:4:16:4:0 chr11 58982071 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000262163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.525;QD=60.2306;RBI=0.0262149;REFB=0;REVB=-0.0262136;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126902;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr11 59058590 . C G 1111.21 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.196;QD=60.0655;RBI=0.0343546;REFB=0;REVB=0.0335947;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63687e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:32:38:0:0:35:39:0:0 chr11 59132798 . G C 271.86 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.000501691;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.457;QD=23.1372;RBI=0.00620976;REFB=-0.0148843;REVB=0.00618946;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295826;STB=0.663097;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0117679;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:19:3:12:13:19:3 chr11 59132882 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0241455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.077;QD=25.2545;RBI=0.0261666;REFB=-0.0175234;REVB=-0.010084;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463479;STB=0.525867;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.007213;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:6:5:7:11:6:5 chr11 59189912 . G A 316.46 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00439847;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.496;QD=20.0926;RBI=0.0300826;REFB=-0.0295185;REVB=-0.0297594;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369692;STB=0.520535;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0244178;OID=.;OPOS=59189912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:33:33:0.52381:14:19:16:14:14:19:16:14 chr11 59210761 . C G 590.55 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0363953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0113;QD=26.8432;RBI=0.0555813;REFB=-0.00737656;REVB=0.0420079;RO=34;SAF=19;SAR=34;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409702;STB=0.51776;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00406799;OID=.;OPOS=59210761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:35:53:53:0.602273:34:19:14:20:34:19:14:21 chr11 59211188 . G A 199.95 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0287145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0337;QD=15.3808;RBI=0.0349169;REFB=-0.023427;REVB=-0.0198663;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883814;STB=0.55945;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0541266;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:8:14:16:13:8:15:16:13 chr11 59211265 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00480108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.269;QD=11.1978;RBI=0.0200951;REFB=-0.00732776;REVB=-0.0195131;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378991;STB=0.726884;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0138625;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:13:9:9:3:13:9 chr11 59211421 . C T 672.74 PASS AF=0.489209;AO=66;DP=137;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00745958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.041;QD=19.3593;RBI=0.0106749;REFB=-0.0026281;REVB=-0.00763592;RO=71;SAF=34;SAR=32;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471415;STB=0.532985;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00325876;OID=.;OPOS=59211421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:71:71:66:68:0.489209:32:34:33:38:32:36:33:38 chr11 59224608 . A G 1434.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4561;QD=63.0484;RBI=0.0419804;REFB=0;REVB=0.0389928;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313721;OID=.;OPOS=59224608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:36:53:0:0:38:53:0:0 chr11 59224720 . A G 1245.97 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6106;QD=60.7789;RBI=0.0744238;REFB=0;REVB=-0.0150676;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227781;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:77:82:1:33:44:0:0:33:49:0:0 chr11 59224885 . G C 2270.73 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190828;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8781;QD=60.1518;RBI=0.0238591;REFB=-0.0577388;REVB=0.0143214;RO=1;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647135;STB=0.503401;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=6.06581e-05;OID=.;OPOS=59224885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:73:77:0:1:73:77:0:1 chr11 59225221 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.293;QD=62.9785;RBI=0.0250661;REFB=0;REVB=-0.00841031;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151736;OID=.;OPOS=59225221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr11 59271637 . T C 1190.21 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.059;QD=61.0366;RBI=0.072796;REFB=0;REVB=0.0635279;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210471;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:25:53:0:0:25:53:0:0 chr11 59323951 . G A 2023.11 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0138084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.743;QD=59.9441;RBI=0.0163669;REFB=-0.218167;REVB=0.00878645;RO=2;SAF=72;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130185;STB=0.502717;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000385562;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:2:3:132:132:0.977778:60:72:2:0:60:72:2:1 chr11 59362554 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG 185.65 PASS AF=0.857143,0.0571429;AO=19,4;DP=36;FAO=30,2;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=12,2;FSAR=18,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.251417,0.144234;FXX=0.0277701;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.21175,7.92362;QD=21.2169;RBI=0.285853,0.147724;REFB=0.131699,0.0516233;REVB=0.13602,-0.0319228;RO=8;SAF=6,2;SAR=13,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.446429,0;SSSB=-0.177295,-0.127513;STB=0.524983,0.991947;STBP=0.402,0.367;TYPE=del,snp;VARB=-0.0147921,-0.0484979;OID=.,.;OPOS=59362555,59362560;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0.0571429:19,4:36:30,2:35:3:12,2:18,0:2:1:12:8:6,2:13,2:5:3 chr11 59425032 . GT G 52.26 PASS AF=0.21;AO=23;DP=100;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0224553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.904;QD=2.09026;RBI=0.20236;REFB=-0.00908139;REVB=-0.201111;RO=68;SAF=9;SAR=14;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239179;STB=0.521718;STBP=0.828;TYPE=del;VARB=0.00209204;OID=.;OPOS=59425033;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21:23:100:21:100:79:12:9:43:36:52:68:9:14:40:28 chr11 59480951 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.308;QD=53.2772;RBI=0.010476;REFB=0;REVB=-0.00882816;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91869e-06;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 59603364 . G A 254.39 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00225938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.907;QD=13.0457;RBI=0.00314155;REFB=-0.00918427;REVB=-0.00218278;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105381;STB=0.553995;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0141546;OID=.;OPOS=59603364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:48:30:30:0.384615:13:17:21:24:13:17:23:25 chr11 59631480 . G A 492.71 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00688456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.074;QD=17.4411;RBI=0.0104351;REFB=0.00115871;REVB=0.00784177;RO=58;SAF=20;SAR=32;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144408;STB=0.584436;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0017345;OID=.;OPOS=59631480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:60:52:53:0.469027:32:20:31:27:33:20:32:28 chr11 59814173 . G A 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00540454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6037;QD=21.387;RBI=0.0267601;REFB=-0.00562912;REVB=-0.0262086;RO=27;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191626;STB=0.605996;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00698997;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:13:20:10:17:13:20:10:17 chr11 59831716 . C A 137.92 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0109249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.461;QD=11.4936;RBI=0.0189656;REFB=-0.00866566;REVB=-0.0155029;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731445;STB=0.543423;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0200183;OID=.;OPOS=59831716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:6:10:18:14:6:10:18:14 chr11 59837097 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000198375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.174;QD=14.6687;RBI=0.00793926;REFB=0.00414659;REVB=0.00793678;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174917;STB=0.599914;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00973325;OID=.;OPOS=59837097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:8:16:16:16:8:16:16:16 chr11 59837721 . T TTATGAAAA 168.48 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00114413;FXX=0;HRUN=2;LEN=8;MLLD=381.112;QD=16.0457;RBI=0.00324035;REFB=-0.0123535;REVB=-0.00303163;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129068;STB=0.516556;STBP=0.872;TYPE=ins;VARB=0.0155575;OID=.;OPOS=59837722;OREF=-;OALT=TATGAAAA;OMAPALT=TTATGAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:17:47:18:42:24:7:11:10:14:99:30:6:11:14:16 chr11 59945745 . T C 212.59 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0532022;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.865;QD=18.4858;RBI=0.0533032;REFB=-0.0138032;REVB=0.00328081;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916019;STB=0.533302;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0120451;OID=.;OPOS=59945745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:14:7:6:18:14:7:7:18 chr11 59946302 . C T 145.6 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.287;QD=44.7987;RBI=0.0261869;REFB=0;REVB=-0.0134906;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539785;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:8:5:0:0 chr11 59947252 . C T 276.04 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0278729;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.586;QD=13.1448;RBI=0.0295491;REFB=-0.00525552;REVB=0.00981057;RO=52;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109209;STB=0.562461;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00504462;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:52:32:32:0.380952:18:14:28:24:18:14:28:24 chr11 60050125 . A G 739.56 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.514;QD=56.8892;RBI=0.0352909;REFB=0;REVB=-0.0256117;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87638e-06;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr11 60070176 . A G 149.31 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0165311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.832;QD=11.9448;RBI=0.0182516;REFB=-0.00850222;REVB=-0.00773592;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159798;STB=0.509423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0108197;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:9:8:16:17:9:8:16:17 chr11 60073597 . C T 1489.67 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0538441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5084;QD=60.1888;RBI=0.0556042;REFB=-0.0706312;REVB=0.0138796;RO=3;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260849;STB=0.513759;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0116951;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:53:43:0:3:53:43:0:3 chr11 60105313 . T C 447.57 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.000605461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8094;QD=21.062;RBI=0.0249433;REFB=-0.0262642;REVB=0.0249359;RO=41;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980034;STB=0.554095;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0167653;OID=.;OPOS=60105313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:23:21:15:26:23:21:15:26 chr11 60183042 . A T 66.28 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000393025;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.319;QD=10.6041;RBI=0.0186971;REFB=-0.00941128;REVB=0.018693;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.648314;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0161822;OID=.;OPOS=60183042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:16:16:9:9:0.36:6:3:9:7:6:3:9:7 chr11 60183073 . C G 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0379293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7527;QD=6.92692;RBI=0.0411709;REFB=0.00313376;REVB=-0.0160128;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111604;STB=0.571195;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00804321;OID=.;OPOS=60183073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:9:6:3:3:9:6 chr11 60183392 . T G 218.47 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00662356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.16;QD=13.6545;RBI=0.0108686;REFB=-0.00809951;REVB=-0.00861715;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051244;STB=0.538623;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0142484;OID=.;OPOS=60183392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:25:26:0.40625:10:15:21:17:10:16:21:17 chr11 60183937 . G T 169.14 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0163576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.426;QD=25.058;RBI=0.0279862;REFB=-0.00832195;REVB=-0.022708;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.57768;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0065223;OID=.;OPOS=60183937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:12:4:4:6:13:4:4:6 chr11 60197173 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0104883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.444;QD=14.6494;RBI=0.0265438;REFB=-0.0138094;REVB=0.0243838;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183534;STB=0.605916;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0161873;OID=.;OPOS=60197173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:13:6:7:7:13:6 chr11 60197182 . T C 110.8 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0136853;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.306;QD=13.8498;RBI=0.014102;REFB=-0.000397491;REVB=0.0034025;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224007;STB=0.630141;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0013804;OID=.;OPOS=60197182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:13:6:7:6:13:6 chr11 60264947 . C T 155.69 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0155713;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.925;QD=14.4829;RBI=0.0163676;REFB=-0.0309374;REVB=0.00504323;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.658027;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0413509;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:26:17:17:0.395349:4:13:13:12:4:13:14:12 chr11 60265002 . C T 203.79 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00492814;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.378;QD=19.8817;RBI=0.020427;REFB=0.0109958;REVB=-0.0198236;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155274;STB=0.588147;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0105268;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:19:21:20:20:0.487805:8:12:8:11:8:12:9:12 chr11 60285575 . A G 1789.29 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737192;FXX=0.0491763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.813;QD=61.6995;RBI=0.00906502;REFB=0;REVB=0.00527535;RO=0;SAF=70;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137969;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:46:70:0:0:46:70:0:0 chr11 60291413 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4552;QD=64.1532;RBI=0.0076647;REFB=0;REVB=-0.00319997;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69523e-05;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr11 60531346 . T G 336.89 PASS AF=0.546875;AO=29;DP=58;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0012739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.343;QD=21.0553;RBI=0.00651166;REFB=-0.015244;REVB=-0.00638584;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181924;STB=0.504048;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.012376;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:25:29:29:35:0.546875:11:18:15:10:16:19:16:13 chr11 60559805 . A G 616.73 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819127;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1015;QD=61.6727;RBI=0.0822405;REFB=0;REVB=0.00733578;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204881;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr11 60567335 . T C 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0462912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.448;QD=13.9585;RBI=0.0465832;REFB=-0.0216443;REVB=-0.00520771;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0389257;OID=.;OPOS=60567335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:4:3:4:3:4:3 chr11 60610065 . G A 446.73 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.791;QD=57.6427;RBI=0.0130067;REFB=0;REVB=-0.00178083;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3022e-05;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr11 60620585 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.337;QD=61.3345;RBI=0.0374089;REFB=0;REVB=-0.0273576;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40156e-06;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr11 60620590 . C G 689.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8363;QD=62.656;RBI=0.0541099;REFB=0;REVB=-0.0493828;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390183;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr11 60635091 . T C 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9571;QD=45.7914;RBI=0.0508836;REFB=0;REVB=-0.00525746;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132049;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr11 60638461 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.316;QD=58.0596;RBI=0.00845119;REFB=0;REVB=0.00554217;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56967e-05;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr11 60638470 . A G 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1952;QD=57.8712;RBI=0.0381136;REFB=0;REVB=-0.0202306;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202855;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr11 60640660 . G A 250.15 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0228183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.13;QD=20.0119;RBI=0.0238083;REFB=0.0026306;REVB=0.00679387;RO=25;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354609;STB=0.691363;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00151553;OID=.;OPOS=60640660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:7:17:8:17:7:17:9:17 chr11 60668828 . AC A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0239361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.632;QD=5.78798;RBI=0.0396226;REFB=-0.00597002;REVB=-0.0315755;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538458;STB=0.832592;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.0145814;OID=.;OPOS=60668829;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:7:30:7:30:23:2:5:18:5:43:23:2:5:18:5 chr11 60689445 . T C 803.46 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.687;QD=54.4721;RBI=0.154919;REFB=-0.120146;REVB=-0.00641672;RO=1;SAF=5;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335664;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:59:1:0:52:59:1:47:5:1:0:47:12:0:0 chr11 60695301 . C A 1796.8 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.518;QD=59.3983;RBI=0.0538929;REFB=-0.117794;REVB=0.0361472;RO=2;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139663;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000402017;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:121:121:2:1:119:120:0.991736:67:52:0:2:68:52:0:1 chr11 60703777 . G A 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8184;QD=57.668;RBI=0.142277;REFB=0;REVB=0.0394667;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196194;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr11 60705454 . A G 726.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0481;QD=60.5298;RBI=0.0496859;REFB=0;REVB=-0.0127194;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00973725;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:20:24:0:0:20:28:0:0 chr11 60892606 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.667;QD=51.916;RBI=0.102373;REFB=0;REVB=0.0744822;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429072;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr11 60893235 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.459;QD=62.9829;RBI=0.038094;REFB=0;REVB=0.0177316;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81919e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr11 60899767 . A G 726.27 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000894678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3283;QD=63.1542;RBI=0.0192638;REFB=0;REVB=0.019243;RO=0;SAF=41;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194951;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:5:41:0:0:5:41:0:0 chr11 61106892 . G C 673.39 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686513;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8015;QD=62.6413;RBI=0.0251735;REFB=0;REVB=-0.0242193;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435089;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr11 61108974 . G A 213.4 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9531;QD=47.4224;RBI=0.195286;REFB=0;REVB=0.173116;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0094601;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:1:0:15:18:1:7:8:0:1:10:8:0:0 chr11 61112802 . C T 647.06 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.143;QD=57.5163;RBI=0.0190801;REFB=-0.070697;REVB=-0.00874084;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409436;STB=0.502617;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0137061;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:2:2:42:43:0.955556:19:23:1:1:19:24:1:1 chr11 61165280 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9299;QD=61.0488;RBI=0.0308057;REFB=0;REVB=-0.0242114;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261785;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr11 61165731 . C CA 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208302;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=329.156;QD=54.5177;RBI=0.0222679;REFB=0;REVB=0.00787168;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000103301;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:10:15:0:0:4:0:10:15:0:0 chr11 61165741 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.517;QD=53.9112;RBI=0.0230163;REFB=0;REVB=0.0126999;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45374e-05;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 61166306 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.37821e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.464;QD=43.4862;RBI=0.090071;REFB=0;REVB=0.0900709;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835828;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr11 61179285 . G A 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.055;QD=61.6918;RBI=0.0308609;REFB=0;REVB=0.0285442;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04257e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr11 61204361 . A C 940.16 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080555;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.386;QD=58.7597;RBI=0.0428862;REFB=0;REVB=0.0421229;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048441;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:1:0:64:64:1:36:28:1:0:36:28:0:0 chr11 61249383 . C A 712.16 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220511;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2732;QD=63.3027;RBI=0.02919;REFB=0;REVB=0.0191261;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225162;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr11 61404766 . C T 1840.74 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.597;QD=61.3579;RBI=0.0491702;REFB=0;REVB=-0.0491394;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174744;OID=.;OPOS=61404766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr11 61511133 . G A 837.05 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00575241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.469;QD=55.8034;RBI=0.040392;REFB=-0.124935;REVB=0.0399803;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00408774;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:0:1:31:28:0:1 chr11 61513952 . G A 2645.2 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.182;QD=61.876;RBI=0.0220713;REFB=0;REVB=-0.00257368;RO=0;SAF=52;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51951e-05;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:168:171:1:116:52:0:0:118:53:0:0 chr11 61534872 . A C 880.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1265;QD=57.7517;RBI=0.0615273;REFB=0;REVB=0.0436947;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003494;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:20:35:0:0:21:40:0:0 chr11 61551356 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00902388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7373;QD=54.4817;RBI=0.0149568;REFB=-0.105434;REVB=0.0119279;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00277707;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr11 61564299 . G T 191.05 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3038;QD=47.7625;RBI=0.0755319;REFB=0;REVB=0.000113237;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588089;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCT 149.87 PASS AF=0.181818,0.257576,0.0151515;AO=19,9,3;DP=68;FAO=12,17,1;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=4,14,0;FSAR=8,3,1;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.105875,-0.115026,-0.0281796;FXX=0.043472;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.3061,11.3483,220.519;QD=9.08284;RBI=0.301405,0.217405,0.0738293;REFB=-0.0421051,-0.1027,0.00391208;REVB=-0.282198,-0.184483,-0.0682399;RO=26;SAF=12,6,0;SAR=7,3,3;SRF=26;SRR=0;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.474485,-0.61399,-0.873703;STB=0.82887,0.511614,0.996232;STBP=0.026,0.957,0.087;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0428254,0.0636658,0.119285;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578349;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.181818,0.257576,0.0151515:19,9,3:68:12,17,1:66:36:4,14,0:8,3,1:30:6:50:26:12,6,0:7,3,3:26:0 chr11 61582708 . T C 214.21 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8656;QD=45.0962;RBI=0.0544124;REFB=0.0375066;REVB=-0.0526951;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0232457;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:1:0:11:7:1:0 chr11 61593816 . C T 715.59 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048176;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.651;QD=57.2469;RBI=0.0714912;REFB=0;REVB=0.0528211;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251242;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 61630518 . C T 289.19 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0295581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.529;QD=24.6119;RBI=0.0341722;REFB=-0.0412597;REVB=-0.0171482;RO=12;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045005;STB=0.519378;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0311599;OID=.;OPOS=61630518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:12:21:26:26:0.553191:15:11:6:6:15:11:8:13 chr11 61658800 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.164;QD=40.7629;RBI=0.0324465;REFB=0;REVB=-0.00386856;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719409;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr11 61672235 . T C 183.06 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.027144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2837;QD=25.2493;RBI=0.123194;REFB=-0.0323323;REVB=-0.120166;RO=11;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19826;STB=0.611516;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.024519;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:4:14:6:5:4:14:6:5 chr11 61719360 . A AG 34.52 PASS AF=0.232558;AO=11;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00943674;FXX=0.0227221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=13.8929;QD=3.21142;RBI=0.0750088;REFB=-0.099469;REVB=-0.0744128;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113625;STB=0.827435;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.172601;OID=.;OPOS=61719361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:11:44:10:43:33:9:1:19:14:34:31:8:3:20:11 chr11 61719387 . T C 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.093229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0581;QD=12.2117;RBI=0.100886;REFB=0.0062308;REVB=0.0385526;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156584;STB=0.591793;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00362001;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:15:7:6:7:15:7 chr11 61722645 . C A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00648271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.071;QD=19.9285;RBI=0.0305649;REFB=0.00349688;REVB=0.0298695;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334219;STB=0.691969;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00310619;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:6:3:9:3:6:3 chr11 61727485 . C T 213.97 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00939223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.663;QD=20.8754;RBI=0.00967639;REFB=-0.0427211;REVB=-0.00232778;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0203209;OID=.;OPOS=61727485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:11:9:10:11:11:9 chr11 61730234 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.936;QD=51.1845;RBI=0.130319;REFB=0;REVB=0.129896;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860037;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr11 61895741 . A G 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0320641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.927;QD=26.3721;RBI=0.0357581;REFB=-0.0332533;REVB=-0.0158283;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181102;STB=0.59992;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0201655;OID=.;OPOS=61895741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:12:12:4:12:12:12:4:12 chr11 61897359 . C T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0647183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3946;QD=21.7435;RBI=0.0648772;REFB=0.0170924;REVB=0.00453862;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0121127;OID=.;OPOS=61897359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:7:9:12:7:7:9 chr11 61906374 . T C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0345423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4796;QD=5.53919;RBI=0.035295;REFB=0.00498683;REVB=0.00725074;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135762;STB=0.589924;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0246737;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:2:6:19:10:2:6:19:10 chr11 61913196 . G T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.026533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.207;QD=26.048;RBI=0.0318311;REFB=-0.0313787;REVB=0.0175846;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.529363;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0136297;OID=.;OPOS=61913196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:2:3:6:6:2:3 chr11 62009851 . T C 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00675008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2429;QD=2.14545;RBI=0.00738952;REFB=-0.00704372;REVB=0.00300691;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256402;STB=0.697035;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0615386;OID=.;OPOS=62009851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:2:4:22:28:2:4:22:28 chr11 62010863 . C T 588.18 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00252481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.51;QD=23.7647;RBI=0.00262398;REFB=-0.0159644;REVB=-0.000714573;RO=45;SAF=24;SAR=30;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108852;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:30:24:20:25:30:24:20:25 chr11 62160723 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0146734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.572;QD=18.6422;RBI=0.0210274;REFB=-0.0130926;REVB=-0.0150614;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177586;STB=0.599911;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0181927;OID=.;OPOS=62160723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:6:18:12:9:6:18 chr11 62160729 . G A 195.6 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0116585;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8782;QD=17.009;RBI=0.0209567;REFB=-0.0369283;REVB=0.0174145;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171522;STB=0.605282;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.031772;OID=.;OPOS=62160729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:26:20:20:0.434783:11:9:7:18:11:9:7:19 chr11 62236219 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.454;QD=43.4853;RBI=0.0393366;REFB=0;REVB=0.0155649;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662345;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr11 62292882 . G T 1060.47 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9804;QD=59.7449;RBI=0.0902179;REFB=0;REVB=-0.0901326;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000822997;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr11 62293699 . A G 35.96 PASS AF=0.105882;AO=8;DP=84;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.00475409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.74;QD=1.69217;RBI=0.00983989;REFB=-0.0084626;REVB=0.00861523;RO=75;SAF=5;SAR=3;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768031;STB=0.50264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0621903;OID=.;OPOS=62293699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:84:85:75:76:8:9:0.105882:3:5:42:33:4:5:42:34 chr11 62371595 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0273716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.993;QD=27.2217;RBI=0.0288857;REFB=-0.0229369;REVB=-0.00922911;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820839;STB=0.545416;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0120314;OID=.;OPOS=62371595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:14:10:8:7:14:10:8:7 chr11 62378801 . T C 527.41 PASS AF=0.453846;AO=50;DP=133;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=-0.00154272;FXX=0.0647435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.018;QD=16.2279;RBI=0.0260802;REFB=-0.00877918;REVB=0.0260346;RO=49;SAF=28;SAR=22;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259603;STB=0.639955;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00592336;OID=.;OPOS=62378801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:49:71:50:59:0.453846:22:28:13:36:27:32:20:51 chr11 62381106 . G C 159.92 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4426;QD=45.6904;RBI=0.215971;REFB=0;REVB=0.198281;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128961;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr11 62383715 . G C 84.47 PASS AF=1;AO=3;DP=12;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695079;FXX=0.333056;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7906;QD=42.2347;RBI=0.0159477;REFB=0;REVB=0.0143532;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0187905;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:8:0:0:3:8:1:1:2:0:0:6:2:0:0 chr11 62430659 . T A,C 616.93 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=38,3;DP=41;FAO=38,3;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362341,0.0304873;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=262.092,224.351;QD=60.188;RBI=0.0377096,0.0361077;REFB=0,0;REVB=0.0104452,-0.0193465;RO=0;SAF=30,0;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.26572e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000380015,0.202619;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:41:41:0:0:38,3:38,3:0.926829,0.0731707:8,3:30,0:0:0:8,3:30,0:0:0 chr11 62439569 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.707;QD=59.3226;RBI=0.0644354;REFB=0;REVB=0.0627659;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189616;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr11 62495890 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0176459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.588;QD=15.2624;RBI=0.0434666;REFB=-0.0114812;REVB=-0.0397237;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0155861;OID=.;OPOS=62495890;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:10:6:7:6:10:6 chr11 62563353 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.106;QD=57.2025;RBI=0.0102571;REFB=0;REVB=0.000312464;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39867e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr11 62609112 . A G 1213.35 PASS AF=0.688742;AO=103;DP=150;FAO=104;FDP=151;FR=.;FRO=47;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00382887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2478;QD=32.1417;RBI=0.0376289;REFB=0.00113228;REVB=-0.0374336;RO=45;SAF=53;SAR=50;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145528;STB=0.509302;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.000942198;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:45:47:103:104:0.688742:50:53:22:23:50:54:23:24 chr11 62609122 . T C 80.77 PASS AF=0.104762;AO=22;DP=210;FAO=22;FDP=210;FR=.;FRO=188;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=86;FSRR=102;FWDB=-0.00327909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.823;QD=1.5384;RBI=0.0419273;REFB=-0.000182559;REVB=-0.0417989;RO=187;SAF=17;SAR=5;SRF=86;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379071;STB=0.779098;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000724398;OID=.;OPOS=62609122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:210:210:187:188:22:22:0.104762:5:17:86:101:5:17:86:102 chr11 62609171 . TATT CTGC 2645.53 PASS AF=0.813765;AO=198;DP=259;FAO=201;FDP=247;FR=.;FRO=46;FSAF=114;FSAR=87;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00422945;FXX=0.0463303;HRUN=1;LEN=4;MLLD=211.292;QD=42.8426;RBI=0.0340156;REFB=-0.0276853;REVB=0.0337516;RO=45;SAF=113;SAR=85;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368831;STB=0.516783;STBP=0.257;TYPE=mnp;VARB=0.00716122;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:247:45:46:198:201:0.813765:85:113:21:24:87:114:22:24 chr11 62847453 . T C 630.47 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1953;QD=61.5094;RBI=0.0400556;REFB=0;REVB=0.0329587;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429797;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr11 62848487 . A C 632.17 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.8;QD=61.6747;RBI=0.112682;REFB=0;REVB=0.109421;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283697;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr11 62886319 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.768;QD=46.8478;RBI=0.053447;REFB=0;REVB=0.0486281;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110902;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr11 62902172 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.661;QD=56.7063;RBI=0.0322126;REFB=0;REVB=-0.00776661;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120157;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr11 62910849 . T C 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.715;QD=62.3147;RBI=0.0237738;REFB=0;REVB=0.0236136;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38704e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr11 62911079 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.831;QD=57.3855;RBI=0.0436533;REFB=0;REVB=0.0294484;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028716;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr11 63057925 . G A 658.64 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.025;QD=59.8765;RBI=0.0365322;REFB=-0.11789;REVB=0.0247721;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000854831;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:26:17:0:0:26:17:1:0 chr11 63064823 . T C 1162.56 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0747466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2582;QD=58.1282;RBI=0.0886637;REFB=-0.176142;REVB=0.0476887;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515621;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00320731;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:0:2:78:78:0.975:47:31:0:0:47:31:2:0 chr11 63072310 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.352;QD=62.671;RBI=0.0335603;REFB=0;REVB=-0.0305955;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119362;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr11 63129876 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.246;QD=56.7063;RBI=0.0295514;REFB=0;REVB=0.00959292;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198031;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr11 63256441 . C G 248.16 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.0559358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6983;QD=13.9806;RBI=0.0832044;REFB=-0.0122403;REVB=0.0615967;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193851;STB=0.609052;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0207648;OID=.;OPOS=63256441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:18:11:9:33:18:11:9:33 chr11 63258416 . T C 834.01 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.109;QD=57.5182;RBI=0.00991953;REFB=0;REVB=-0.00835609;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59754e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr11 63313644 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.422;QD=59.8555;RBI=0.047994;REFB=0;REVB=0.0470175;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117039;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr11 63413962 . AAAAT A 719.98 PASS AF=0.969231;AO=53;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0213263;FXX=0.0441112;HRUN=4;LEN=4;MLLD=275.901;QD=44.3062;RBI=0.0226438;REFB=-0.0502253;REVB=0.00761135;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514281;STBP=0.239;TYPE=del;VARB=0.00131332;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.969231:53:66:63:65:2:34:29:2:0:5:0:27:26:0:0 chr11 63487386 . T C 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.378;QD=63.2734;RBI=0.011882;REFB=0;REVB=0.00921175;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52627e-06;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr11 63661820 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00175589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.362;QD=12.9747;RBI=0.0168227;REFB=-0.00437425;REVB=0.0167308;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.571306;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0047563;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:8:10:8:4:8:10 chr11 63681513 . T C 525.25 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0531702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8856;QD=56.7835;RBI=0.0586718;REFB=0.0118885;REVB=0.0248054;RO=1;SAF=33;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139709;STB=0.507459;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00175805;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:2:33:1:0:3:33:1:0 chr11 63742174 . C T 454.79 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00367191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.432;QD=17.492;RBI=0.0165103;REFB=-0.0296053;REVB=0.0160968;RO=54;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802331;STB=0.53332;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0306464;OID=.;OPOS=63742174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:54:55:48:49:0.471154:28:20:27:27:28:21:27:28 chr11 63764961 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0234174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.405;QD=15.5715;RBI=0.0293732;REFB=-0.0285872;REVB=0.0177316;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190272;STB=0.60957;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0275793;OID=.;OPOS=63764961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:3:9:6:5:3:9 chr11 63883985 . T C 236.45 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.117736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7738;QD=15.7631;RBI=0.119501;REFB=0.0107245;REVB=-0.0204619;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.504421;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0076704;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:8:19:22:10:8:19:23:10 chr11 63884027 . C T 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0239628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.096;QD=16.477;RBI=0.0239888;REFB=-0.013421;REVB=0.00111533;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138984;STB=0.56515;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0175222;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:9:10:16:8:9:10:16:9 chr11 63884453 . C T 431.98 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0180308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7443;QD=17.8137;RBI=0.0188101;REFB=-0.00747571;REVB=0.00535804;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133463;STB=0.578986;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00806013;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:21:23:20:32:21:23:20:33 chr11 63884474 . C T 390.9 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0520684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2455;QD=16.6341;RBI=0.0523731;REFB=-0.0241505;REVB=-0.00564063;RO=53;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130637;STB=0.57318;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0249453;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:21:20:19:34:21:20:19:34 chr11 63885632 . A G 554.51 PASS AF=0.95;AO=39;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0593766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9939;QD=55.4507;RBI=0.0676837;REFB=-0.0520589;REVB=0.0324886;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346908;STB=0.508716;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0152419;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:39:38:0.95:13:26:0:1:13:25:1:1 chr11 63886539 . C T 439.64 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0359834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.367;QD=18.9092;RBI=0.0370816;REFB=-0.0113688;REVB=-0.0089576;RO=47;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134548;STB=0.57249;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0182959;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:48:44:45:0.483871:26:18:26:21:26:19:27:21 chr11 63962095 . A G 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0577197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.133;QD=28.5594;RBI=0.0577584;REFB=-0.0434858;REVB=0.0021152;RO=10;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19553;STB=0.608582;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0191676;OID=.;OPOS=63962095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:14:6:6:4:14:6:6:4 chr11 63988045 . G A 594.0 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0139782;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.862;QD=27.3103;RBI=0.0143213;REFB=-0.0218537;REVB=0.00311577;RO=32;SAF=37;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170738;STB=0.50995;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0163992;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:32:34:53:53:0.609195:16:37:23:9:16:37:23:11 chr11 63994692 . T C 1606.16 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.103;QD=64.2463;RBI=0.0340788;REFB=0;REVB=0.0116057;RO=0;SAF=30;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97036e-05;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:68:30:0:0:68:32:0:0 chr11 63994696 . T C 1498.14 PASS AF=1;AO=84;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.243688;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1121;QD=60.5308;RBI=0.245053;REFB=0;REVB=0.0258333;RO=0;SAF=18;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00603594;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:84:99:1:66:18:0:0:67:32:0:0 chr11 63997329 . A G 1519.81 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00708775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.028;QD=58.4542;RBI=0.049253;REFB=-0.0440169;REVB=-0.0487403;RO=1;SAF=62;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075924;STB=0.503999;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=9.11216e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:41:62:1:0:41:62:1:0 chr11 63997338 . T C 1731.74 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.913;QD=60.7629;RBI=0.0547956;REFB=0;REVB=0.0515577;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63079e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:44:68:0:0:44:70:0:0 chr11 64004643 . C G 169.91 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.014207;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.179;QD=23.4355;RBI=0.0190853;REFB=-0.0244305;REVB=-0.012744;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204677;STB=0.614328;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0150748;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:9:3:9:8:9:3 chr11 64004692 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00639409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1429;QD=10.9408;RBI=0.0323462;REFB=-0.0041998;REVB=-0.0317079;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21057;STB=0.627206;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00841687;OID=.;OPOS=64004692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:11:9:3:8:11:9 chr11 64011441 . T C 711.71 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.122134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.933;QD=54.7466;RBI=0.12322;REFB=-0.160782;REVB=0.0163285;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.507933;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000695124;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:0:1:51:51:0.980769:31:20:0:0:31:20:0:1 chr11 64011556 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00128578;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=357.52;QD=16.4544;RBI=0.00393528;REFB=-0.00926745;REVB=0.0037193;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00597524;OID=.;OPOS=64011556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:2:2:5:1:2:2 chr11 64012225 . G C 537.15 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.769;QD=58.0703;RBI=0.115617;REFB=0;REVB=0.104747;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185933;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:1:0:34:37:1:21:13:0:1:22:15:0:0 chr11 64022459 . A G 1513.21 PASS AF=1;AO=86;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.604;QD=59.929;RBI=0.0310157;REFB=0;REVB=0.0300844;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75922e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:86:101:1:50:36:0:0:54:47:0:0 chr11 64023971 . G A 444.92 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0488691;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.206;QD=20.2237;RBI=0.0493933;REFB=-0.00882636;REVB=0.00717731;RO=44;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214762;STB=0.511912;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00761749;OID=.;OPOS=64023971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:44:44:44:0.5:17:27:26:18:17:27:26:18 chr11 64026685 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0299066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.95;QD=13.4855;RBI=0.045762;REFB=-0.0386619;REVB=-0.0346375;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0513661;OID=.;OPOS=64026685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:4:7:5:4:4:7 chr11 64034911 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0216437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.683;QD=11.1042;RBI=0.0395248;REFB=-0.0261455;REVB=0.0330721;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0194015;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:3:6:4:3:4:6 chr11 64084113 . A G 987.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.74;QD=58.9594;RBI=0.0284277;REFB=0;REVB=-0.00295258;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48514e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr11 64085785 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.195;QD=58.1379;RBI=0.0593908;REFB=0;REVB=-0.00906563;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423447;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 64108664 . C G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000982743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.574;QD=18.2495;RBI=0.0196907;REFB=-0.00987278;REVB=0.0196662;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.526276;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00786241;OID=.;OPOS=64108664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:8:5:4:7:8:5:4:8 chr11 64109118 . T G 208.07 PASS AF=0.567568;AO=18;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0122916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.649;QD=22.4936;RBI=0.01902;REFB=-0.0281141;REVB=-0.0145148;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.53122;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0241323;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:16:18:21:0.567568:8:10:8:6:9:12:8:8 chr11 64110668 . G A 377.07 PASS AF=0.362205;AO=45;DP=122;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0062821;FXX=0.0230751;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.765;QD=11.8761;RBI=0.00978932;REFB=-0.0284372;REVB=-0.00750773;RO=72;SAF=25;SAR=20;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604419;STB=0.515989;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0453695;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:72:81:45:46:0.362205:20:25:36:36:21:25:42:39 chr11 64110683 . G C 447.84 PASS AF=0.45614;AO=49;DP=112;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0217318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.918;QD=15.7135;RBI=0.0296918;REFB=-0.0182009;REVB=0.0202319;RO=63;SAF=24;SAR=25;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659801;STB=0.545437;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.046856;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:63:62:49:52:0.45614:25:24:35:28:27:25:35:27 chr11 64111928 . T C 239.86 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0108325;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.519;QD=25.9305;RBI=0.0142221;REFB=0.020155;REVB=0.00921553;RO=8;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119634;STB=0.522368;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00600649;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:8:15:21:22:0.594595:11:10:4:4:12:10:6:9 chr11 64116843 . A C 366.71 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6028;QD=52.3875;RBI=0.113753;REFB=-0.149785;REVB=-0.010596;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00472534;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:0:1:27:27:0.964286:19:8:0:0:19:8:1:0 chr11 64124515 . T C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0519321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.212;QD=13.5754;RBI=0.0519999;REFB=-0.00195128;REVB=-0.00265439;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696731;STB=0.540919;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00317056;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:7:12:9:4:7:12 chr11 64124823 . C T 604.92 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.000611218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.966;QD=24.4412;RBI=0.022075;REFB=-0.0174194;REVB=-0.0220665;RO=43;SAF=18;SAR=37;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119369;STB=0.561479;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.015234;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:44:55:55:0.555556:37:18:20:23:37:18:20:24 chr11 64124940 . T G 283.84 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.012119;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6655;QD=23.6534;RBI=0.10061;REFB=0.0382605;REVB=0.0998771;RO=13;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894256;STB=0.589405;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00232973;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:13:21:23:25:0.520833:11:12:5:8:13:12:6:15 chr11 64127744 . A G 120.06 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0105245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.51;QD=14.1243;RBI=0.0310741;REFB=0.00460194;REVB=-0.0292375;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726024;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00924503;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:10:10:6:8:10:10 chr11 64359286 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0567763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.296;QD=14.17;RBI=0.0604219;REFB=-0.0105297;REVB=0.0206702;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0209658;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:6:5:5:5:7:5 chr11 64360274 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0419453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.036;QD=13.4557;RBI=0.0428836;REFB=-0.0220877;REVB=-0.00892154;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210453;STB=0.624759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.029882;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:7:8:8:3:7:8 chr11 64367324 . CA C,CG 1176.87 PASS AF=0.0126582,0.987342;AO=12,66;DP=79;FAO=1,78;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132671,0.0399688;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.7665,86.9916;QD=59.5883;RBI=0.0133102,0.0412013;REFB=0,0;REVB=0.00107061,0.0100022;RO=0;SAF=9,42;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.1333e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0440286,0.0130911;OID=.,.;OPOS=64367325,64367325;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0126582,0.987342:12,66:79:1,78:79:0:0,51:1,27:0:0:3:0:9,42:3,24:0:0 chr11 64418900 . G A 286.36 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0137412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.355;QD=14.499;RBI=0.0372896;REFB=-0.0257181;REVB=-0.0346655;RO=45;SAF=11;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264933;STB=0.649481;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0558407;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:32:33:0.417722:21:11:27:18:22:11:27:19 chr11 64507680 . A C 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7017;QD=51.1759;RBI=0.123411;REFB=0;REVB=0.115376;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019451;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:1:19:0:0:1:19:0:0 chr11 64508512 . G A 171.01 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0474952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.646;QD=18.0008;RBI=0.0511212;REFB=-0.0253793;REVB=-0.0189098;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369472;STB=0.533296;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0214485;OID=.;OPOS=64508512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:10:7:9:11:11:7:9:11 chr11 64511050 . G C 393.37 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0108254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.56;QD=22.4781;RBI=0.0111561;REFB=-0.0552394;REVB=-0.0026961;RO=31;SAF=15;SAR=24;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254537;STB=0.514012;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0416148;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:24:15:11:20:24:15:11:20 chr11 64519062 . T C 173.8 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0535915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3104;QD=19.3109;RBI=0.0998488;REFB=-0.0534878;REVB=0.0842481;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178387;STB=0.5999;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0565199;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:15:3:6:12:15:3 chr11 64521406 . G A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00383239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.065;QD=5.12603;RBI=0.0261368;REFB=-0.014573;REVB=0.0258543;RO=37;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314278;STB=0.710727;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0370417;OID=.;OPOS=64521406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:7:2:17:20:7:2:17:20 chr11 64527223 . G A 518.41 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0105177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.994;QD=22.7874;RBI=0.0422512;REFB=-0.00263592;REVB=0.0409212;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105225;STB=0.557867;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00246843;OID=.;OPOS=64527223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:23:26:17:25:23:26:17:25 chr11 64543927 . G GT 136.94 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.122911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.0501;QD=12.4489;RBI=0.129262;REFB=0.0252049;REVB=0.0400185;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117528;STB=0.557321;STBP=0.523;TYPE=ins;VARB=-0.0280205;OID=.;OPOS=64543928;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:21:43:21:44:23:14:7:13:10:99:22:14:7:12:10 chr11 64559898 . T C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.787;QD=43.4764;RBI=0.0493738;REFB=0;REVB=0.0486456;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511663;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr11 64572018 . T C 469.2 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659633;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.99;QD=58.6493;RBI=0.0815047;REFB=0;REVB=0.0478732;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000889279;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr11 64572557 . A G 689.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.946;QD=62.636;RBI=0.0330025;REFB=0;REVB=0.0283312;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269191;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr11 64572602 . G A 247.01 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0132971;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.582;QD=19.3736;RBI=0.0193991;REFB=0.00270975;REVB=-0.0141249;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510725;STB=0.528619;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00257708;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:9:17:15:10:9:17:15:10 chr11 64591679 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.207;QD=52.6131;RBI=0.0148274;REFB=0;REVB=-0.00407438;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44097e-05;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr11 64606177 . C T 695.67 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.137281;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=66.0576;QD=60.4928;RBI=0.13989;REFB=-0.0273533;REVB=0.0268925;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00142957;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr11 64621856 . A G 240.42 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.861;QD=50.6144;RBI=0.0832593;REFB=0;REVB=0.0813757;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641173;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:5:11:0:0:8:11:0:0 chr11 64622869 . G C 797.03 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017131;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9917;QD=55.9315;RBI=0.0306916;REFB=0.0261276;REVB=-0.0254657;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000153676;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:56:56:0.982456:34:22:0:0:34:22:0:1 chr11 64645871 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.059;QD=57.1775;RBI=0.0264462;REFB=0;REVB=0.00910631;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53041e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr11 64677293 . G C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0494979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8797;QD=37.892;RBI=0.0635378;REFB=-0.0401214;REVB=0.0398374;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128042;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0189278;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:1:0:9:3:1:0 chr11 64680819 . G A 91.79 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0283839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.531;QD=8.74173;RBI=0.0284289;REFB=-0.0113081;REVB=0.00159825;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199858;STB=0.622741;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0252267;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:4:8:15:15:4:8:15:15 chr11 64680829 . G A 93.37 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0530894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1762;QD=9.82814;RBI=0.0535295;REFB=-0.00859498;REVB=-0.00684956;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152316;STB=0.592434;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0340976;OID=.;OPOS=64680829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:14:12:4:8:14:12 chr11 64695360 . G A 369.04 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0021276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.69;QD=19.9481;RBI=0.00409967;REFB=-0.0122588;REVB=-0.00350437;RO=36;SAF=10;SAR=27;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202355;STB=0.616574;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0141281;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:27:10:17:19:28:10:17:19 chr11 64789194 . T C 269.76 PASS AF=0.362637;AO=32;DP=90;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0295346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.841;QD=11.8576;RBI=0.0300313;REFB=-0.00731354;REVB=-0.00543979;RO=56;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158747;STB=0.597027;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0130438;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:56:58:32:33:0.362637:16:16:20:36:16:17:21:37 chr11 64799998 . T C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0075414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.363;QD=17.49;RBI=0.00886542;REFB=-0.0113508;REVB=-0.0046608;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233684;STB=0.621275;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0140601;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:16:12:20:9:16:12:20:10 chr11 64807294 . G A 293.01 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0152559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.945;QD=22.981;RBI=0.023054;REFB=-0.0379692;REVB=0.0172843;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190917;STB=0.595622;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0479552;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:17:12:14:7:17:12:14:8 chr11 64833935 . G A 626.36 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0016826;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.512;QD=20.3693;RBI=0.00320446;REFB=-0.00435666;REVB=-0.00272716;RO=56;SAF=20;SAR=43;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152296;STB=0.579099;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00408291;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:56:60:63:63:0.512195:43:20:27:29:43:20:28:32 chr11 64851453 . CTTA CT,CTA 243.39 PASS AF=0,1;AO=4,16;DP=20;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0814871,-0.0454715;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=90.8173,21.658;QD=48.677;RBI=0.0825669,0.0460477;REFB=0,0;REVB=0.0133098,0.00726149;RO=0;SAF=4,8;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00214446;OID=.,.;OPOS=64851455,64851454;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,16:20:0,20:20:0:0,12:0,8:0:0:4:0:4,8:0,8:0:0 chr11 64852421 . T C 738.31 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7723;QD=54.6897;RBI=0.0305182;REFB=0.00449653;REVB=0.0191207;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129067;STB=0.506664;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.000170071;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:36:16:0:1:37:16:0:1 chr11 64855986 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0362804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.325;QD=14.0975;RBI=0.0362806;REFB=-0.0223674;REVB=-0.000126784;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371638;STB=0.706183;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0227235;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:10:3:10:7:10:3:10:8 chr11 64856500 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.39;QD=44.6898;RBI=0.0368143;REFB=0;REVB=0.0367597;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720466;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 64878661 . T C 677.37 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0617722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.526;QD=57.6483;RBI=0.0788184;REFB=-0.0282061;REVB=0.0489545;RO=2;SAF=9;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357564;STB=0.514495;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0135762;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:47:2:2:43:45:0.957447:34:9:1:1:34:11:1:1 chr11 64882789 . C T 282.56 PASS AF=0.492537;AO=28;DP=62;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0309029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1752;QD=16.869;RBI=0.0416819;REFB=-0.0268831;REVB=0.0279713;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319192;STB=0.667743;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0293642;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:34:34:28:33:0.492537:16:12:26:8:19:14:26:8 chr11 64884052 . G A 743.14 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0338326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.098;QD=59.4515;RBI=0.0420155;REFB=-0.127537;REVB=0.024913;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669768;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:24:24:0:0:24:24:1:1 chr11 64895202 . A G 409.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.711;QD=56.4282;RBI=0.0891443;REFB=0;REVB=0.0857573;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120126;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:26:29:1:6:20:0:0:8:21:0:0 chr11 64900270 . G T 258.69 PASS AF=0.344086;AO=31;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0817491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9591;QD=11.1265;RBI=0.0980756;REFB=-0.0231968;REVB=0.054184;RO=62;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272716;STB=0.669189;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0455251;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:61:31:32:0.344086:12:19:23:39:12:20:22:39 chr11 64948277 . A C 254.61 PASS AF=0.439394;AO=30;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=-0.00833465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.97;QD=15.4309;RBI=0.0190779;REFB=-0.0083268;REVB=-0.017161;RO=36;SAF=20;SAR=10;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19732;STB=0.621817;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00556926;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:30:29:0.439394:10:20:30:6:10:19:31:6 chr11 64950970 . C T 295.82 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=40;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0862549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.392;QD=28.8602;RBI=0.0871042;REFB=-0.0394632;REVB=0.0121337;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508664;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0227687;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:15:25:26:0.634146:15:10:6:9:15:11:6:9 chr11 64972286 . G C 392.92 PASS AF=0.488095;AO=36;DP=79;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00916098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.307;QD=18.7106;RBI=0.0122925;REFB=-0.0384797;REVB=0.00819641;RO=41;SAF=12;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222743;STB=0.573725;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0381094;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:41:43:36:41:0.488095:24:12:23:18:24:17:24:19 chr11 64981472 . G C 141.14 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0668167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5049;QD=13.4415;RBI=0.0668745;REFB=-0.0104555;REVB=0.00277978;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140791;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:13:13:8:8:13:13 chr11 64981522 . C A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00960894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.367;QD=21.0151;RBI=0.0805324;REFB=-0.0219575;REVB=0.0799571;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234285;STB=0.645397;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0219625;OID=.;OPOS=64981522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:16:16:0.551724:9:7:9:3:9:7:10:3 chr11 64981587 . G A 150.83 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.035138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.15;QD=14.0306;RBI=0.0408804;REFB=-0.0161177;REVB=0.0208933;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630306;STB=0.832175;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0251723;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:15:17:0.395349:12:3:22:4:13:4:22:4 chr11 64981837 . C T 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0128884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.924;QD=15.3769;RBI=0.0168893;REFB=-0.0408405;REVB=0.0109149;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0519778;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr11 64981853 . G T 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0638765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2599;QD=19.5177;RBI=0.108769;REFB=0.0254249;REVB=0.0880373;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203831;STB=0.615228;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0220208;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:3:9:7:7:3:9 chr11 64990041 . G C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.534;QD=58.1375;RBI=0.0399888;REFB=0;REVB=0.0210964;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179587;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr11 65000718 . A AT 466.73 PASS AF=0.945946;AO=4;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0749935;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=138.24;QD=50.4567;RBI=0.0759868;REFB=-0.104261;REVB=0.012246;RO=33;SAF=1;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323237;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.0095895;OID=.;OPOS=65000719;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945946:4:37:35:37:2:17:18:2:0:9:33:1:3:18:15 chr11 65000719 . C T 407.26 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0286016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.612;QD=44.0278;RBI=0.0449961;REFB=-0.110858;REVB=0.0347361;RO=4;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056453;STB=0.502616;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00432359;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:37:37:4:6:31:31:0.837838:15:16:1:3:15:16:3:3 chr11 65004301 . G T 1061.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.644;QD=59.8095;RBI=0.114076;REFB=0;REVB=0.0703921;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654265;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:27:40:0:0:28:43:0:0 chr11 65004309 . C T 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0424393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.732;QD=6.91311;RBI=0.0482282;REFB=-0.00754556;REVB=-0.0229098;RO=51;SAF=13;SAR=5;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204182;STB=0.633989;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.028484;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:52:18:18:0.257143:5:13:29:22:5:13:29:23 chr11 65043405 . A AC 30.2 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0593619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.7116;QD=2.51674;RBI=0.102702;REFB=-0.0744252;REVB=0.0838081;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255219;STB=0.581253;STBP=0.587;TYPE=ins;VARB=0.188052;OID=.;OPOS=65043406;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:11:48:11:48:37:5:6:13:24:30:36:6:5:12:24 chr11 65089792 . G C 501.27 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.7858;QD=58.9728;RBI=0.0732569;REFB=0;REVB=-0.033304;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327671;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr11 65120386 . CTTTTT CTTTTC,CTTTT 175.17 PASS AF=0.5,0.266667;AO=12,5;DP=33;FAO=15,8;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=5,4;FSAR=10,4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0173197,-0.0138131;FXX=0.0908816;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=215.923,4.88315;QD=23.3558;RBI=0.0296675,0.0713833;REFB=-0.0278559,-0.177731;REVB=0.0240871,0.0700341;RO=8;SAF=4,4;SAR=8,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0324761,0.430337;STB=0.533288,0.53325;STBP=0.689,0.825;TYPE=snp,del;VARB=0.00765451,0.135699;OID=.,.;OPOS=65120391,65120387;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTC,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.266667:12,5:33:15,8:30:7:5,4:10,4:3:4:33:8:4,4:8,1:3:5 chr11 65144075 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.989;QD=53.9112;RBI=0.0222828;REFB=0;REVB=0.00336206;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126465;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 65161129 . C T 696.14 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.785;QD=60.5337;RBI=0.0554865;REFB=-0.13801;REVB=-0.0349051;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00136173;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:22:23:0:0:22:23:1:0 chr11 65180883 . A G 1362.68 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572858;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.073;QD=62.6518;RBI=0.0582022;REFB=0;REVB=0.0102878;RO=0;SAF=17;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10601e-05;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:70:17:0:0:70:17:0:0 chr11 65347636 . G C 670.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5773;QD=62.328;RBI=0.0781691;REFB=0;REVB=0.0768212;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872095;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr11 65349063 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00065802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.367;QD=33.4285;RBI=0.0367119;REFB=0;REVB=0.0367061;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357504;OID=.;OPOS=65349063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 65349756 . T G 74.92 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.148;QD=37.4623;RBI=0.0780055;REFB=0;REVB=0.0493096;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881705;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr11 65349849 . A T 60.85 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.3127;QD=34.7743;RBI=0.0905998;REFB=0;REVB=0.0657936;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150508;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr11 65351074 . G A 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0061694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.958;QD=11.8803;RBI=0.00744581;REFB=-0.00727379;REVB=-0.00416877;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197133;STB=0.613905;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0129373;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:4:11:24:4:4:11:24:4 chr11 65380916 . G A 1469.07 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0371526;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6579;QD=57.0514;RBI=0.0552571;REFB=-0.122736;REVB=0.0409027;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.511109;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000835123;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:0:2:101:101:0.980583:44:57:0:0:44:57:0:2 chr11 65383896 . G C 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.002;QD=62.1595;RBI=0.0298013;REFB=0;REVB=-0.00764831;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217066;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:31:54:0:0:31:54:0:0 chr11 65385606 . A G 708.97 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.322;QD=63.0198;RBI=0.010047;REFB=0;REVB=0.0092784;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21272e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr11 65387378 . T A,G 1220.33 PASS AF=0.950617,0.0493827;AO=77,4;DP=81;FAO=77,4;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44,4;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447223,-0.0145721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.9199,183.375;QD=60.2634;RBI=0.0721879,0.0191906;REFB=0,0;REVB=0.0566657,-0.0124874;RO=0;SAF=44,4;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.58027e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0106795,0.112906;OID=.,.;OPOS=65387378,65387378;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:81:81:0:0:77,4:77,4:0.950617,0.0493827:33,0:44,4:0:0:33,0:44,4:0:0 chr11 65393486 . G A 78.42 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.016056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.547;QD=9.50579;RBI=0.0288509;REFB=-0.0148301;REVB=-0.0239704;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812577;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131204;OID=.;OPOS=65393486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:32:33:22:22:10:11:0.333333:3:7:14:8:4:7:14:8 chr11 65393536 . AC A 32.02 PASS AF=0.380952;AO=3;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.198255;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.802;QD=6.09926;RBI=0.238004;REFB=-0.0665957;REVB=0.131683;RO=13;SAF=3;SAR=0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0.47541;SSEP=0;SSSB=0.64472;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.117336;OID=.;OPOS=65393537;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:3:22:8:21:13:7:1:7:6:32:13:3:0:6:7 chr11 65408966 . G A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0312846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.569;QD=5.69647;RBI=0.0331801;REFB=0.00672129;REVB=0.0110541;RO=32;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218953;STB=0.659989;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0196371;OID=.;OPOS=65408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:32:33:9:9:0.214286:7:2:12:20:7:2:13:20 chr11 65412467 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00850461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.329;QD=56.4877;RBI=0.0362077;REFB=-0.00103926;REVB=0.0351947;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000123189;OID=.;OPOS=65412467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:1:0:15:20:1:0 chr11 65417434 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.804;QD=48.7372;RBI=0.0449879;REFB=0;REVB=0.0387916;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673461;OID=.;OPOS=65417434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 65423082 . G A 974.73 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285029;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7952;QD=59.0747;RBI=0.0285971;REFB=0;REVB=-0.00231952;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383559;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:28:38:0:0 chr11 65429235 . GT GTG,TG 115.63 PASS AF=0.3375,0;AO=19,8;DP=82;FAO=27,0;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=23,0;FSAR=4,0;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0165908,-0.0498131;FXX=0.0243873;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=12.4898,20.4688;QD=5.78144;RBI=0.0169375,0.0619375;REFB=-0.0935315,-0.0269512;REVB=-0.00340922,0.036809;RO=52;SAF=17,8;SAR=2,0;SRF=32;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.464279,0.629627;STB=0.685476,0.5;STBP=0.042,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.16462,0.048853;OID=.,.;OPOS=65429237,65429235;OREF=-,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:52:53:19,8:27,0:0.3375,0:2,0:17,8:32:20:4,0:23,0:35:18 chr11 65617113 . AG A,CA 489.4 PASS AF=1,0;AO=32,3;DP=39;FAO=39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841595,-0.0122234;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=17.6563,5.9985;QD=50.1946;RBI=0.0891403,0.0348692;REFB=0,0;REVB=-0.0293798,-0.0326565;RO=0;SAF=18,2;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.002003,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617113;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32,3:39,0:1,0:14,1:18,2:0:0:18,0:21,0:0:0 chr11 65623519 . G A 983.61 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000485205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.291;QD=56.2063;RBI=0.00639877;REFB=-0.0644317;REVB=0.00638035;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.512496;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000732341;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:39:29:0:1:39:29:0:2 chr11 65624934 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.715;QD=61.336;RBI=0.0309791;REFB=0;REVB=0.0013939;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48927e-05;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr11 65628334 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.619;QD=53.2765;RBI=0.0679141;REFB=0;REVB=0.0644985;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812744;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 65629932 . T C 411.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.388;QD=56.7792;RBI=0.0586079;REFB=0;REVB=0.0433718;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184031;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:14:15:0:0 chr11 65629934 . G C 411.11 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.951;QD=56.705;RBI=0.0298685;REFB=0;REVB=-0.00212872;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88456e-05;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr11 65631167 . C T 842.36 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.21;QD=55.2367;RBI=0.0217361;REFB=-0.0209951;REVB=0.018744;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132917;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000243195;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:59:60:0.983607:24:35:1:0:24:36:1:0 chr11 65631973 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.503;QD=62.6707;RBI=0.054498;REFB=0;REVB=0.0541564;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034214;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr11 65632262 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.858;QD=63.8719;RBI=0.0257896;REFB=0;REVB=0.0224206;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29307e-05;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 65636053 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.581;QD=53.9112;RBI=0.0175458;REFB=0;REVB=0.00557852;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114705;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 65638719 . G A 456.1 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3849;QD=55.285;RBI=0.0761575;REFB=-0.128801;REVB=0.00265057;RO=1;SAF=23;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00771223;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:0:32:33:1:9:23:1:0:9:24:0:0 chr11 65649774 . A G 463.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.059;QD=57.9945;RBI=0.00713363;REFB=0;REVB=-0.00582037;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.69882e-05;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr11 65649984 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5539;QD=47.8222;RBI=0.0299299;REFB=0;REVB=0.0234546;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827974;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 65684929 . C T 661.3 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182422;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=342.205;QD=60.1177;RBI=0.0192162;REFB=0.066309;REVB=0.00604013;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-8.61741e-05;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:44:43:0.977273:21:23:1:0:20:23:1:0 chr11 65685225 . T C 487.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384218;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.051;QD=59.0443;RBI=0.0394426;REFB=0;REVB=-0.039255;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142111;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr11 65713207 . T C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5976;QD=64.4098;RBI=0.0242949;REFB=0;REVB=-0.00217891;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137562;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 65733393 . C T 937.96 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.814;QD=55.9975;RBI=0.0630743;REFB=-0.162526;REVB=0.0247215;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185238;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:1:0:65:67:1:38:27:0:1:39:28:0:0 chr11 65787666 . G A 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0244157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.61;QD=24.2748;RBI=0.0245694;REFB=-0.0219583;REVB=0.0027437;RO=21;SAF=21;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258741;STB=0.642763;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0131818;OID=.;OPOS=65787666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:10:21:7:14:10:21:7:14 chr11 65788072 . C G,T 114.11 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,9;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194347,0.0168789;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.4145,196.772;QD=41.4942;RBI=0.0206519,0.0491733;REFB=0,0;REVB=-0.00698523,0.0461857;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0624592,0.0042144;OID=.,.;OPOS=65788072,65788072;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:11:11:0:0:2,9:2,9:0.181818,0.818182:0,4:2,5:0:0:0,4:2,5:0:0 chr11 65793454 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00501825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.574;QD=21.0138;RBI=0.0116453;REFB=-0.018315;REVB=0.0105085;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32916;STB=0.68393;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0160613;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:7:0:5:6:7:0 chr11 65793797 . G A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0514787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.568;QD=12.3388;RBI=0.104389;REFB=-0.00315816;REVB=0.0908132;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115418;STB=0.578884;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00650125;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:39:24:24:0.380952:13:11:13:24:13:11:13:26 chr11 65803383 . T C 236.81 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0288027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8612;QD=26.312;RBI=0.0298215;REFB=0.0277894;REVB=0.00772852;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492302;STB=0.50273;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0306379;OID=.;OPOS=65803383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:9:5:8:14:9:5 chr11 65809875 . C A 338.57 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0258354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.61;QD=26.5548;RBI=0.0258462;REFB=-0.0459999;REVB=-0.000744155;RO=19;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222149;STB=0.622382;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0161862;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:23:9:11:8:23:9:11:8 chr11 65810209 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0424221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.55;QD=16.386;RBI=0.0424309;REFB=-0.0561981;REVB=0.000862941;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955156;STB=0.58423;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.02952;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:5:4:4:3:5:4:5:3 chr11 65810749 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.78;QD=59.0168;RBI=0.0409094;REFB=0;REVB=0.0292301;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156273;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:28:34:1:16:12:0:0:21:13:0:0 chr11 65820673 . A G 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0388805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.349;QD=16.384;RBI=0.0431124;REFB=-0.0194934;REVB=0.0186276;RO=56;SAF=15;SAR=30;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119947;STB=0.567345;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0193116;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:30:15:25:31:30:15:25:31 chr11 65826704 . G A 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0102839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5234;QD=9.19523;RBI=0.0863484;REFB=-0.0351037;REVB=-0.0857338;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157892;STB=0.599679;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0201405;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:10:3:1:6:10:3 chr11 65868310 . T A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5465;QD=57.2008;RBI=0.0796419;REFB=0;REVB=-0.0635704;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217514;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr11 65985000 . A C 742.94 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0166535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7579;QD=59.4355;RBI=0.0256057;REFB=-0.077058;REVB=-0.0194502;RO=2;SAF=32;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285;STB=0.515145;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00170381;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:16:32:2:0:16:32:2:0 chr11 66006323 . G C 156.0 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0515868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3904;QD=15.5995;RBI=0.0520097;REFB=0.0120962;REVB=0.00661943;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733111;STB=0.554189;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0314275;OID=.;OPOS=66006323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:9:8:12:10:9:8:13:10 chr11 66010633 . T C 538.81 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.446;QD=59.868;RBI=0.0109919;REFB=0;REVB=0.00570097;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53304e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:15:19:0:0:17:19:0:0 chr11 66031660 . C T 67.94 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0472855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.541;QD=18.1177;RBI=0.047512;REFB=-0.0235964;REVB=-0.00463317;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239249;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0220744;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:3:6:8:9:0.6:4:4:0:3:4:5:2:4 chr11 66035286 . CA C 553.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3721;QD=59.8337;RBI=0.141127;REFB=0;REVB=-0.139913;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00149931;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:37:37:37:0:19:18:0:0:4:0:19:18:0:0 chr11 66049820 . C T 58.8 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0110541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.243;QD=2.67265;RBI=0.0406417;REFB=-0.0165466;REVB=-0.0391095;RO=72;SAF=2;SAR=10;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369281;STB=0.749532;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0550616;OID=.;OPOS=66049820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:84:88:72:76:12:12:0.136364:10:2:31:41:10:2:31:45 chr11 66083511 . C T 187.54 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0297788;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.825;QD=12.5029;RBI=0.030836;REFB=-0.00219171;REVB=0.00800495;RO=37;SAF=18;SAR=5;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401617;STB=0.733327;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00424271;OID=.;OPOS=66083511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:5:18:16:21:5:18:16:21 chr11 66099987 . C T 54.93 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00799866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.495;QD=9.15493;RBI=0.0138227;REFB=-0.000309601;REVB=0.0112734;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.741696;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00172983;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:7:8:0.333333:6:1:6:10:7:1:6:10 chr11 66100152 . T C 760.42 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1254;QD=56.3277;RBI=0.144985;REFB=0;REVB=0.143945;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188372;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:50:54:1:24:26:0:0:28:26:0:0 chr11 66105194 . G A 207.8 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00806599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8075;QD=17.6848;RBI=0.0463874;REFB=-0.0108271;REVB=0.0456808;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139664;STB=0.563317;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0163738;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:26:21:21:0.446809:15:6:10:14:15:6:10:16 chr11 66106138 . C G 37.59 PASS AF=0.2;AO=3;DP=16;FAO=3;FDP=15;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0792088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8386;QD=10.0237;RBI=0.145587;REFB=-0.0162293;REVB=-0.122154;RO=8;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294841;STB=0.691333;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0605251;OID=.;OPOS=66106138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:16:15:8:8:3:3:0.2:1:2:7:1:1:2:7:1 chr11 66107674 . A G 369.37 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.422;QD=54.721;RBI=0.0218671;REFB=0;REVB=0.0101892;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675243;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:11:16:0:0 chr11 66161072 . C T 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0233274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.24;QD=13.5741;RBI=0.0238509;REFB=-0.00853783;REVB=-0.00496977;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418597;STB=0.742768;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00440451;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:14:5:9:4:14:5 chr11 66358126 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.897;QD=57.1061;RBI=0.0295625;REFB=0;REVB=0.0180295;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47919e-05;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr11 66360458 . T A 215.9 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0421887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5964;QD=17.992;RBI=0.0602404;REFB=-0.0428536;REVB=0.0430003;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150686;STB=0.562444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.062456;OID=.;OPOS=66360458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:26:21:22:0.458333:10:11:10:17:11:11:10:16 chr11 66392168 . G A 65.16 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00473836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.72;QD=10.8595;RBI=0.0600313;REFB=-0.0449597;REVB=0.059844;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212338;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0702431;OID=.;OPOS=66392168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:8:7:6:3:8:7 chr11 66463955 . C T 103.84 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0171602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.97;QD=11.8673;RBI=0.0244519;REFB=-0.0287954;REVB=0.017419;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396511;STB=0.533283;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0521399;OID=.;OPOS=66463955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:12:13:0.371429:7:5:8:13:7:6:9:13 chr11 66466181 . T C 53.23 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00228258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.642;QD=3.80195;RBI=0.0193895;REFB=-0.00264319;REVB=0.0192546;RO=47;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23605;STB=0.658586;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0121326;OID=.;OPOS=66466181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:5:4:30:17:5:4:30:17 chr11 66480243 . G A 154.85 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0673315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.842;QD=22.9409;RBI=0.0706052;REFB=-0.0338037;REVB=0.0212499;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06032;STB=0.533938;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0207967;OID=.;OPOS=66480243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:5:6:10:6:5:6 chr11 66834252 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.315;QD=60.7162;RBI=0.039641;REFB=0;REVB=0.000683294;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82269e-05;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr11 66837965 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.691;QD=58.5874;RBI=0.0243944;REFB=0;REVB=0.0230729;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64241e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr11 66995603 . T C 709.85 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.867;QD=54.6038;RBI=0.0377436;REFB=-0.120852;REVB=0.0272951;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241289;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00039477;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:19:31:0:1:19:32:0:1 chr11 67007690 . G T 204.16 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0362274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1459;QD=12.5637;RBI=0.0366727;REFB=-0.00461252;REVB=-0.00569748;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442015;STB=0.509379;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00701972;OID=.;OPOS=67007690;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:11:14:22:17:11:14:23:17 chr11 67050292 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.69;QD=43.0158;RBI=0.0576571;REFB=-0.116056;REVB=0.055178;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00777501;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr11 67054011 . TA T 145.01 PASS AF=0.888889;AO=17;DP=28;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.205022;FXX=0.0357015;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6572;QD=21.4827;RBI=0.285946;REFB=-0.0193964;REVB=0.199326;RO=7;SAF=1;SAR=16;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342807;STB=0.533307;STBP=0.649;TYPE=del;VARB=0.0484303;OID=.;OPOS=67054012;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:17:28:24:27:3:3:21:0:3:10:7:1:16:2:5 chr11 67068859 . T C 471.89 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.1299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.232;QD=55.5165;RBI=0.133412;REFB=0.104934;REVB=0.0304094;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00235229;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:1:0 chr11 67071584 . C G 1386.61 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.109091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2799;QD=60.2874;RBI=0.109532;REFB=-0.179836;REVB=-0.00981731;RO=1;SAF=35;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133487;STB=0.502537;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00372812;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:55:35:1:0:55:35:1:1 chr11 67177278 . G A 824.1 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00132621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7083;QD=54.0391;RBI=0.00876366;REFB=-0.0191324;REVB=0.00866273;RO=2;SAF=40;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230088;STB=0.512191;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000430328;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:19:40:2:0:19:40:2:0 chr11 67191449 . T C 292.39 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0254108;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.548;QD=19.4928;RBI=0.0266827;REFB=-0.0270739;REVB=-0.00813999;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167405;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173409;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:31:31:0.516667:15:16:15:13:15:16:15:14 chr11 67191984 . C A 67.88 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00119788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.355;QD=13.5758;RBI=0.0384459;REFB=-0.00824677;REVB=0.0384272;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47116;STB=0.810772;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0193444;OID=.;OPOS=67191984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:10:11:9:9:0.45:8:1:5:5:8:1:6:5 chr11 67192555 . G A 542.39 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.00737173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.322;QD=23.0805;RBI=0.0504413;REFB=-0.00745849;REVB=0.0498997;RO=43;SAF=25;SAR=25;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206099;STB=0.607671;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00725531;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:43:50:51:0.542553:25:25:32:11:25:26:32:11 chr11 67200812 . C T 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0208531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3464;QD=24.1052;RBI=0.0713077;REFB=0.00662864;REVB=0.0681904;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119295;STB=0.56661;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00098607;OID=.;OPOS=67200812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:16:8:9:10:16:8:9:10 chr11 67200819 . C T 229.4 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0744645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6451;QD=21.3393;RBI=0.0853986;REFB=-0.0425778;REVB=0.0418085;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952693;STB=0.550711;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0496489;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:22:23:0.534884:14:8:9:10:15:8:9:11 chr11 67202156 . C T 81.24 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0118545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.807;QD=18.0535;RBI=0.0123062;REFB=0.00753634;REVB=0.00330346;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264286;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00286903;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:2:6:4:6:2:6 chr11 67203442 . C T 329.57 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00725126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.753;QD=13.3161;RBI=0.0130899;REFB=-0.0159408;REVB=-0.0108979;RO=62;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865902;STB=0.504948;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.02967;OID=.;OPOS=67203442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:20:17:28:34:20:17:28:34 chr11 67257037 . C G 288.68 PASS AF=0.604651;AO=22;DP=39;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00593878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.929;QD=26.8541;RBI=0.0192458;REFB=-0.0119567;REVB=0.0183066;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126138;STB=0.503594;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00796996;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:17:17:22:26:0.604651:10:12:9:8:12:14:9:8 chr11 67257556 . C T 167.95 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00268773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.25;QD=17.6785;RBI=0.00300083;REFB=-0.0225159;REVB=0.00133458;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.609567;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0362964;OID=.;OPOS=67257556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:16:4:7:11:16:4 chr11 67257823 . C A 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9841;QD=58.5788;RBI=0.0815562;REFB=0;REVB=-0.0140135;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122407;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 67258391 . A G 539.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.984;QD=58.2886;RBI=0.0337546;REFB=0;REVB=0.0237462;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816928;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:23:14:0:0 chr11 67263767 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.061;QD=50.1338;RBI=0.059558;REFB=-0.0686036;REVB=0.0545287;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00341271;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr11 67352689 . A G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00922292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.041;QD=13.2105;RBI=0.0161389;REFB=-0.0083365;REVB=-0.0132439;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376409;STB=0.694208;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.012568;OID=.;OPOS=67352689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:7:7:18:3:7:7:18:4 chr11 67379927 . T C 32.93 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0676395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6524;QD=2.99397;RBI=0.0801312;REFB=-0.00694011;REVB=-0.0429639;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260024;STB=0.666112;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0449294;OID=.;OPOS=67379927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:36:38:6:6:0.136364:4:2:20:16:4:2:20:18 chr11 67430762 . T C 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.745;QD=58.5757;RBI=0.0254373;REFB=0;REVB=0.0198171;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9409e-05;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 67431910 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00626924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.137;QD=12.1201;RBI=0.00692561;REFB=-0.024211;REVB=0.00294291;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386675;STB=0.522274;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0285415;OID=.;OPOS=67431910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:15:8:12:26:15:8:12:26 chr11 67431974 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00921922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.272;QD=16.9407;RBI=0.0100592;REFB=-0.0308087;REVB=0.00402416;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914146;STB=0.552373;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0326723;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:11:13:12:7:11:13 chr11 67432804 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.476;QD=52.7689;RBI=0.0729367;REFB=-0.0364123;REVB=0.0639278;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.526297;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000910956;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:9:19:0:0:9:19:0:1 chr11 67432854 . T C 580.17 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172293;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0616;QD=61.0709;RBI=0.0195031;REFB=0;REVB=0.00913899;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121988;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:15:23:0:0 chr11 67433869 . C T 152.36 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2348;QD=40.6285;RBI=0.0372611;REFB=-0.0446134;REVB=0.0246001;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0202743;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:4:10:0:0:4:10:1:0 chr11 67434416 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.822;QD=43.4862;RBI=0.0738791;REFB=0;REVB=0.0731158;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341389;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr11 67564197 . T C 191.46 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.295;QD=47.864;RBI=0.0674516;REFB=0;REVB=0.0639771;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113069;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr11 67564238 . C T 83.2 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0415293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.099;QD=23.7713;RBI=0.0437644;REFB=-0.00889641;REVB=0.0138072;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.545366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00659381;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:9:10:0.714286:6:3:1:3:6:4:1:3 chr11 67564241 . C T 86.69 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0304416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.814;QD=24.7676;RBI=0.0314063;REFB=-0.0156785;REVB=-0.00772431;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0130075;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:1:3:6:4:1:3 chr11 67572698 . G T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=10;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.309;QD=39.318;RBI=0.0537267;REFB=-0.0459118;REVB=0.0263981;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00245553;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:10:13:0.928571:5:5:0:0:8:5:0:1 chr11 67663113 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.209;QD=35.5759;RBI=0.0226372;REFB=0;REVB=0.0183821;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891261;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr11 67663116 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.699;QD=37.4884;RBI=0.0364374;REFB=0;REVB=0.0164147;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908667;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 675.93 PASS AF=1,0;AO=44,3;DP=51;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129129,0.0399785;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.9266,4.26786;QD=53.0139;RBI=0.214393,0.050293;REFB=0,0;REVB=0.171143,-0.0305141;RO=4;SAF=30,0;SAR=14,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0322733,-0.683038;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0076339,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:4:0:44,3:51,0:1,0:14,3:30,0:2:2:19,0:32,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 550.07 PASS AF=1,0;AO=33,5;DP=40;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948507,-0.119454;FXX=0.0499875;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.682,4.88244;QD=57.9022;RBI=0.0122359,0.180912;REFB=0,0;REVB=-0.00772979,-0.135868;RO=2;SAF=14,0;SAR=19,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0466723,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000551294,0.0358989;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:2:0:33,5:38,0:1,0:19,5:14,0:0:2:24,0:14,0:0:0 chr11 67789138 . C T 452.8 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0262648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.797;QD=22.088;RBI=0.0498299;REFB=-0.019467;REVB=0.042346;RO=38;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520339;STB=0.522717;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0193249;OID=.;OPOS=67789138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:38:43:44:0.536585:20:23:18:20:21:23:18:20 chr11 67789293 . G GC 727.6 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8271;QD=47.7111;RBI=0.0778613;REFB=0;REVB=0.0260999;RO=2;SAF=19;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000903955;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:63:61:61:0:19:42:0:0:13:2:19:42:1:1 chr11 67789312 . C G 35.85 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0311314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8927;QD=2.65552;RBI=0.031399;REFB=-0.00991281;REVB=0.00409068;RO=44;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372219;STB=0.764226;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.100577;OID=.;OPOS=67789312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:54:54:44:47:7:7:0.12963:6:1:18:26:6:1:18:29 chr11 67793509 . C T 214.72 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00750629;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0481;QD=12.4474;RBI=0.0107227;REFB=-0.0359722;REVB=0.00765716;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601971;STB=0.537008;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0516676;OID=.;OPOS=67793509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:41:43:26:26:0.376812:10:16:23:18:10:16:24:19 chr11 67811641 . C T 157.14 PASS AF=0.213115;AO=26;DP=122;FAO=26;FDP=122;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.009751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.629;QD=5.15199;RBI=0.0268743;REFB=-0.00532622;REVB=-0.0250429;RO=95;SAF=21;SAR=5;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335922;STB=0.710347;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0230897;OID=.;OPOS=67811641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:95:96:26:26:0.213115:5:21:55:40:5:21:56:40 chr11 67814979 . G C 1497.31 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580954;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2417;QD=63.7154;RBI=0.0609857;REFB=0;REVB=-0.0185523;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657907;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:45:48:0:0:45:49:0:0 chr11 67957518 . A T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.403;QD=61.6816;RBI=0.0305144;REFB=0;REVB=-0.00947014;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18342e-05;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr11 68030173 . C A 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0630344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9827;QD=14.1925;RBI=0.0689206;REFB=0.0050002;REVB=-0.0278696;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594022;STB=0.5345;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00549602;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:9:13:8:7:9:13 chr11 68171013 . T C 1468.16 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0106115;FXX=0.0103082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.748;QD=61.1735;RBI=0.0154638;REFB=0.0754006;REVB=0.0112483;RO=2;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215398;STB=0.511361;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-9.98775e-05;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:2:2:94:94:0.979167:43:51:0:2:43:51:0:2 chr11 68192690 . G A 285.47 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0199516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.835;QD=18.4171;RBI=0.0215646;REFB=-0.00398834;REVB=0.00818308;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598841;STB=0.533455;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00500369;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:17:14:12:19:17:14 chr11 68549340 . A G 740.13 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463834;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.842;QD=56.9332;RBI=0.0209525;REFB=0;REVB=0.0204327;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14053e-05;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr11 68671477 . T C 38.17 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.050465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2048;QD=10.1789;RBI=0.0510466;REFB=-0.00739;REVB=-0.00768397;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.010307;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr11 68773403 . G A 315.09 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00451554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.982;QD=20.0058;RBI=0.0326646;REFB=-0.0116183;REVB=0.032351;RO=30;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254081;STB=0.645072;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00944687;OID=.;OPOS=68773403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:11:21:11:19:11:22:11:19 chr11 68777183 . G T 77.78 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0469489;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.982;QD=12.4449;RBI=0.0469885;REFB=-0.00353856;REVB=0.00192973;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00547134;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:10:10:0.4:7:3:7:8:7:3:7:8 chr11 68822738 . CT C,CC 796.09 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=7,49;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179931,0.0168567;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=256.237,273.342;QD=56.8636;RBI=0.0860504,0.0852132;REFB=0,0;REVB=0.0841483,0.0835292;RO=0;SAF=1,27;SAR=6,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0332445,0.000359293;OID=.,.;OPOS=68822739,68822739;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:7,49:56:1,55:56:0:0,28:1,27:0:0:3:0:1,27:6,22:0:0 chr11 68834968 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.77;QD=48.7342;RBI=0.00502279;REFB=0;REVB=0.00228674;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38456e-05;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 68846399 . A T 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00541523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0998;QD=22.911;RBI=0.0464701;REFB=-0.020251;REVB=-0.0461535;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956144;STB=0.552546;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0159565;OID=.;OPOS=68846399;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:19:20:19:11:19:20:19:11 chr11 68851414 . T C 493.44 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000301041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.54;QD=25.6332;RBI=0.0270318;REFB=-0.00468898;REVB=-0.0270301;RO=31;SAF=18;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215571;STB=0.511787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00279293;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:28:18:13:18:28:18:13:18 chr11 68854012 . A G 771.49 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=144;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.025496;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.944;QD=21.5802;RBI=0.0255118;REFB=-0.0157477;REVB=-0.000897607;RO=69;SAF=40;SAR=34;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347481;STB=0.519079;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0122877;OID=.;OPOS=68854012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:69:69:74:74:0.517483:34:40:40:29:34:40:40:29 chr11 69063136 . C T 912.34 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.428;QD=55.2935;RBI=0.0181653;REFB=-0.0392456;REVB=0.00978161;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.514281;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00141871;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:30:34:1:0:30:34:2:0 chr11 69063393 . T C 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.545;QD=60.2186;RBI=0.0296351;REFB=0;REVB=0.0246325;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45036e-05;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr11 69063510 . G A 447.06 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.472;QD=57.6856;RBI=0.0851008;REFB=0;REVB=0.0833381;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523644;OID=.;OPOS=69063510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr11 69063728 . G C 516.0 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0299934;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=235.844;QD=49.1424;RBI=0.0347283;REFB=-0.0814207;REVB=0.0175057;RO=4;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103539;STB=0.514011;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.000580354;OID=.;OPOS=69063728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:4:5:37:37:0.880952:26:11:1:3:26:11:1:4 chr11 69462910 . G A 554.6 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0431337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.804;QD=55.4597;RBI=0.0433853;REFB=-0.000622774;REVB=0.00466627;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519773;STB=0.527763;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000121102;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:21:17:2:0:21:17:2:0 chr11 69933891 . G A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00273951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.935;QD=23.163;RBI=0.00731878;REFB=0.0144535;REVB=-0.00678672;RO=23;SAF=19;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270397;STB=0.651678;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00981929;OID=.;OPOS=69933891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:7:19:10:13:7:19:10:13 chr11 70007311 . A G 264.7 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0474588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.386;QD=20.7606;RBI=0.0884723;REFB=0.00257452;REVB=-0.074666;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238106;STB=0.513265;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00496578;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:14:10:12:15:14:10 chr11 70007392 . A G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00290431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.719;QD=19.0785;RBI=0.0182959;REFB=-0.0310643;REVB=-0.0180639;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698145;STB=0.538898;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0271635;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:15:16:14:18:15:16 chr11 70016247 . T TG 290.18 PASS AF=0.472441;AO=48;DP=130;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0318845;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2154;QD=9.13949;RBI=0.0904756;REFB=0.0173357;REVB=0.0846712;RO=75;SAF=18;SAR=30;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191392;STB=0.513371;STBP=0.798;TYPE=ins;VARB=-0.0241061;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472441:48:130:60:127:67:22:38:23:44:99:75:18:30:28:47 chr11 70253475 . C T 270.71 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0121057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.208;QD=16.9193;RBI=0.0241525;REFB=-0.0196338;REVB=-0.0208997;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125231;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0205959;OID=.;OPOS=70253475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:29:30:0.46875:12:17:15:18:13:17:15:19 chr11 70282629 . A C 390.52 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0043175;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.874;QD=21.1093;RBI=0.00888468;REFB=-0.00993873;REVB=0.0077651;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751963;STB=0.503524;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0106445;OID=.;OPOS=70282629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:36:35:39:39:0.527027:22:17:16:20:22:17:15:20 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 182.28 PASS AF=0.5;AO=24;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00200421;FXX=0;HRUN=4;LEN=12;MLLD=379.679;QD=14.0212;RBI=0.0134316;REFB=-0.00230454;REVB=-0.0132812;RO=22;SAF=19;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260862;STB=0.638182;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=0.00230338;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:52:26:52:26:20:6:14:12:99:22:19:5:12:10 chr11 71146691 . A G 249.95 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0592703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.644;QD=12.046;RBI=0.0600612;REFB=-0.00871743;REVB=-0.00971475;RO=52;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423871;STB=0.51806;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0173297;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:15:15:28:24:15:15:28:25 chr11 71146952 . G A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.000936383;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.835;QD=12.9139;RBI=0.00792887;REFB=-0.0155079;REVB=-0.00787338;RO=37;SAF=20;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383217;STB=0.723925;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0195471;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:4:20:20:17:4:20:20:17 chr11 71152461 . A G 206.08 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00619701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.221;QD=15.8524;RBI=0.0112603;REFB=-0.0103172;REVB=-0.00940169;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295102;STB=0.516764;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.02107;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:11:12:16:13:11:12:16:13 chr11 71155129 . G A 435.56 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00996185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.329;QD=18.5343;RBI=0.0169897;REFB=-0.00413068;REVB=-0.0137627;RO=50;SAF=25;SAR=19;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507984;STB=0.528289;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00450489;OID=.;OPOS=71155129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:19:25:31:19:19:25:31:19 chr11 71155153 . A G 398.07 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00610213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7368;QD=18.3019;RBI=0.019245;REFB=-0.00066661;REVB=-0.018252;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206988;STB=0.51154;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000566365;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:16:25:29:17:16:25:29:17 chr11 71174553 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0525633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.002;QD=16.0646;RBI=0.0531892;REFB=0.00771087;REVB=0.00813604;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318058;STB=0.66655;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00366198;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:14:12:24:6:14:12:24:7 chr11 71184678 . A C 2143.53 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0553955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.949;QD=62.1314;RBI=0.0648349;REFB=-0.128608;REVB=0.0336883;RO=1;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674335;STB=0.503546;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00148309;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:70:67:0:1:70:67:0:1 chr11 71185479 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0488428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2993;QD=17.8516;RBI=0.0496982;REFB=-0.0182377;REVB=0.00918139;RO=39;SAF=25;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22904;STB=0.622982;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00607294;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:11:25:18:21:11:25:19:21 chr11 71185518 . T C 381.77 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0344827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.141;QD=17.1584;RBI=0.0346941;REFB=-0.0216727;REVB=0.00382457;RO=49;SAF=25;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155634;STB=0.587348;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0240448;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:15:25:23:26:15:25:23:26 chr11 71189436 . T C 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0066937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.87;QD=14.5325;RBI=0.0260565;REFB=-0.00343123;REVB=-0.0251821;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395683;STB=0.515598;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00478902;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:13:16:20:19:13:16:21:19 chr11 71191817 . C T 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00276856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.166;QD=13.3345;RBI=0.00390121;REFB=-0.0182315;REVB=0.00274855;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558747;STB=0.531995;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0246502;OID=.;OPOS=71191817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:10:16:22:17:10:16:22:17 chr11 71192439 . C A 420.58 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00207143;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.204;QD=22.734;RBI=0.0134452;REFB=-0.0162849;REVB=-0.0132846;RO=33;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319759;STB=0.517599;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0100331;OID=.;OPOS=71192439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:33:41:41:0.554054:19:22:19:14:19:22:19:14 chr11 71249386 . T C 167.71 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.072262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.489;QD=41.9275;RBI=0.0755311;REFB=-0.141918;REVB=-0.0219806;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00383837;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:0:1:5:10:0:1 chr11 71260243 . T C 191.5 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0120802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.312;QD=22.5299;RBI=0.0149195;REFB=0.00136931;REVB=0.00875546;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807502;STB=0.574384;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00129302;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:15:4:4:10:15:4:5:10 chr11 71260296 . G A 122.96 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0595599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6562;QD=16.3941;RBI=0.061795;REFB=-0.0031854;REVB=0.0164695;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00706447;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr11 71276632 . T C 38.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00308512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.307;QD=11.9869;RBI=0.0312064;REFB=-0.0285659;REVB=0.0310535;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0322541;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr11 71277598 . A C 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0181611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.837;QD=18.835;RBI=0.0187717;REFB=-0.0144939;REVB=0.00474881;RO=53;SAF=22;SAR=30;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130498;STB=0.572239;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0138737;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:30:22:30:23:30:22:30:23 chr11 71277647 . CCGCT C 131.87 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=36;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0191812;FXX=0.0714116;HRUN=2;LEN=4;MLLD=289.969;QD=13.5254;RBI=0.0224728;REFB=-0.00716588;REVB=-0.0117094;RO=17;SAF=1;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558878;STB=0.718026;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.00551521;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:17:36:19:39:20:2:17:7:13:99:17:1:16:7:10 chr11 71279936 . A C 224.6 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0443067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1567;QD=15.4897;RBI=0.0494759;REFB=0.00232213;REVB=-0.0220176;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360907;STB=0.509427;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00268091;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:30:32:24:26:0.448276:19:5:7:23:20:6:7:25 chr11 71293892 . C A 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0153802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.536;QD=24.1261;RBI=0.0299749;REFB=-0.00524023;REVB=0.0257282;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141024;STB=0.578634;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00262811;OID=.;OPOS=71293892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:3:8:9:8:3:8 chr11 71318195 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0394;QD=39.2063;RBI=0.149851;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00963244;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr11 71498601 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0440421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.146;QD=11.0924;RBI=0.0744971;REFB=0.000893953;REVB=0.0600842;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554117;STB=0.873803;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00168787;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:6:5:5:0.454545:4:1:4:0:4:1:6:0 chr11 71498648 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0262394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.621;QD=14.6523;RBI=0.0422508;REFB=0.00152424;REVB=0.0331152;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601011;STB=0.856027;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000241501;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:5:0:5:1:5:0 chr11 71498671 . G C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0302499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.587;QD=14.0438;RBI=0.0581443;REFB=-0.0273232;REVB=0.0496559;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554117;STB=0.832095;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0140976;OID=.;OPOS=71498671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:4:0:4:1:4:0 chr11 71507232 . C G 32.89 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0433282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0383;QD=2.99031;RBI=0.0690206;REFB=0.0118395;REVB=0.0537262;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104246;STB=0.557181;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0582453;OID=.;OPOS=71507232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:36:38:6:6:0.136364:2:4:21:15:2:4:23:15 chr11 71507261 . A G 198.68 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0733044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.123;QD=19.3833;RBI=0.0775885;REFB=-0.001806;REVB=-0.0254252;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119952;STB=0.568054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00372214;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:11:10:7:13:11:10 chr11 71544269 . C T 207.98 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.07833;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8725;QD=14.856;RBI=0.0793149;REFB=-0.00283974;REVB=0.0124607;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809336;STB=0.530278;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0093532;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:14:9:15:17:14:10:15:17 chr11 71707489 . T C 690.65 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.945;QD=62.7864;RBI=0.0619622;REFB=0;REVB=0.0435285;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273135;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:27:17:0:0 chr11 71708013 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.626;QD=58.1421;RBI=0.0147902;REFB=0;REVB=-0.00306424;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70697e-05;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr11 71714526 . G C 860.07 PASS AF=0.913043;AO=63;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0210265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.799;QD=49.859;RBI=0.0680022;REFB=-0.229614;REVB=0.0646698;RO=6;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128051;STB=0.568159;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00162053;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:69:69:6:6:63:63:0.913043:19:44:0:6:19:44:0:6 chr11 71817142 . G A 112.37 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0166814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.951;QD=16.6471;RBI=0.0238327;REFB=-0.0249784;REVB=-0.0170214;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446506;STB=0.765588;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0208108;OID=.;OPOS=71817142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:4:9:2:11:4:9:2:12 chr11 71906957 . A G 167.87 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00030079;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.632;QD=14.9213;RBI=0.0093158;REFB=-0.0213353;REVB=0.00931094;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0315034;OID=.;OPOS=71906957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:27:18:18:0.4:8:10:15:13:8:10:15:12 chr11 71941212 . A G 519.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6974;QD=59.4031;RBI=0.0162685;REFB=0;REVB=0.000498091;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235504;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr11 72070005 . C T 118.87 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.070999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2443;QD=5.16817;RBI=0.0722213;REFB=0.00385084;REVB=0.0132311;RO=72;SAF=7;SAR=12;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884352;STB=0.512807;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0120175;OID=.;OPOS=72070005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:72:73:19:19:0.206522:12:7:27:45:12:7:28:45 chr11 72281818 . A G 98.58 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0171711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.808;QD=7.30231;RBI=0.0181171;REFB=-0.00363427;REVB=-0.00577787;RO=40;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438662;STB=0.502699;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00938394;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:54:54:40:40:14:14:0.259259:8:6:17:23:8:6:17:23 chr11 72281884 . C T 214.09 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0357411;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5764;QD=14.2726;RBI=0.0366517;REFB=-0.0182252;REVB=-0.00811917;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306704;STB=0.517469;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0262824;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:22:13:10:15:22:13 chr11 72287350 . A G 323.26 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.843;QD=53.8763;RBI=0.0423826;REFB=0;REVB=0.0203717;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290983;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:22:2:0:0:22:2:0:0 chr11 72288599 . G A 914.2 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.056;QD=57.1374;RBI=0.0681394;REFB=0;REVB=0.0667462;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056444;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:63:64:1:28:35:0:1:29:35:0:0 chr11 72290629 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.732;QD=44.6898;RBI=0.0394515;REFB=0;REVB=-0.0286694;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000531458;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 72291927 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.695;QD=44.6896;RBI=0.0332575;REFB=0;REVB=0.0316615;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1641e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 72293602 . A G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7444;QD=56.933;RBI=0.0507082;REFB=0;REVB=0.0426752;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473387;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr11 72295502 . T C 1047.73 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407356;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.305;QD=59.8702;RBI=0.00684962;REFB=0;REVB=-0.00550667;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0806e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr11 72295906 . A G 348.89 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.967;QD=53.6757;RBI=0.0475478;REFB=0;REVB=0.0153379;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591935;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr11 72342133 . C T 33.62 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.01012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.378;QD=3.20163;RBI=0.0237833;REFB=-0.00368201;REVB=0.0215228;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777665;STB=0.555379;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0343812;OID=.;OPOS=72342133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:10:26:4:2:10:26 chr11 72408055 . G C 839.57 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224264;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.396;QD=57.9014;RBI=0.0659464;REFB=0;REVB=0.062016;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336767;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr11 72408216 . CG C 77.96 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.144876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.227;QD=11.9934;RBI=0.187775;REFB=-0.0631642;REVB=-0.119459;RO=10;SAF=0;SAR=14;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.849567;STB=0.880491;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0790532;OID=.;OPOS=72408217;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:14:26:15:26:11:1:14:8:3:50:10:0:14:8:2 chr11 72466156 . T C 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00587141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.962;QD=31.2251;RBI=0.00932482;REFB=-0.00190171;REVB=0.00724423;RO=8;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533158;STB=0.529382;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00116146;OID=.;OPOS=72466156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:8:12:4:4:8:12:4:4 chr11 72532569 . G T 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.798;QD=57.1912;RBI=0.0531715;REFB=0;REVB=0.00333135;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123142;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr11 72532621 . T G 410.43 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.364;QD=56.6114;RBI=0.0222768;REFB=0;REVB=0.0184113;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100978;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr11 72532708 . C T 227.99 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00466907;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.472;QD=43.426;RBI=0.00747302;REFB=-0.0827382;REVB=-0.00583487;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.571351;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00111283;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:22:21:0:2:19:19:0.904762:13:6:0:0:13:6:2:0 chr11 72536345 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0135747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.918;QD=12.4136;RBI=0.0147592;REFB=-0.00820257;REVB=-0.00579333;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657324;STB=0.526131;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0114565;OID=.;OPOS=72536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:14:9:12:24:14:9:13:24 chr11 72945341 . C T 1491.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5601;QD=63.4708;RBI=0.0439579;REFB=0;REVB=0.0192511;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375519;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr11 72946020 . C T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0213503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.49;QD=19.9289;RBI=0.0420668;REFB=-0.0429402;REVB=0.0362461;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0280631;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:6:3:5:7:6:3 chr11 72946140 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.040583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5418;QD=19.1338;RBI=0.078676;REFB=-0.0431247;REVB=0.0674013;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.02397;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr11 73105577 . C A 30.32 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0751842;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4329;QD=1.68421;RBI=0.0828978;REFB=0.00112488;REVB=0.0349196;RO=65;SAF=4;SAR=3;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154337;STB=0.526456;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00163229;OID=.;OPOS=73105577;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:72:65:65:7:7:0.0972222:3:4:38:27:3:4:39:26 chr11 73120648 . G A 140.63 PASS AF=0.212963;AO=22;DP=107;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00185866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.08;QD=5.20849;RBI=0.00647032;REFB=-0.00657064;REVB=-0.00619761;RO=85;SAF=14;SAR=8;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195726;STB=0.599751;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0186584;OID=.;OPOS=73120648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:85:85:22:23:0.212963:8:14:41:44:9:14:41:44 chr11 73387057 . TTAAGTA T 465.25 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429189;FXX=0.0697512;HRUN=3;LEN=6;MLLD=239.518;QD=46.5249;RBI=0.0430934;REFB=0;REVB=0.00387389;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.85348e-05;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:42:40:40:0:25:15:0:0:8:1:21:14:1:0 chr11 73390772 . GAA G,GAG 366.27 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=20,4;DP=25;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641622,-0.018673;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=38.9856,217.274;QD=54.2619;RBI=0.110028,0.0725008;REFB=0,0;REVB=-0.0893831,-0.0700548;RO=0;SAF=16,3;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000162893,0.0285811;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:20,4:25:24,3:27:0:18,2:6,1:0:0:14:0:16,3:4,1:0:0 chr11 73441772 . A C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00169008;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.403;QD=47.8797;RBI=0.0097137;REFB=-0.074286;REVB=0.00956555;RO=2;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488216;STB=0.526295;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00391357;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:18:7:0:2:18:7:0:2 chr11 74043708 . G A 289.47 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.145;QD=52.6302;RBI=0.0706548;REFB=0;REVB=0.0445458;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226077;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:16:22:1:5:11:0:0:7:15:0:0 chr11 74046975 . C T 850.34 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.585;QD=57.6505;RBI=0.00919879;REFB=0;REVB=-0.00611874;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82244e-06;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr11 74049569 . A G 1153.33 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4922;QD=60.7018;RBI=0.00322763;REFB=0;REVB=-0.000445811;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31919e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr11 74053547 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.018;QD=58.4197;RBI=0.00864755;REFB=0;REVB=0.00511502;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85019e-05;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr11 74167409 . T C 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7765;QD=55.0813;RBI=0.0341986;REFB=0;REVB=-0.00963094;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105658;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 74168411 . A G 266.99 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0273171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3541;QD=20.1502;RBI=0.0505938;REFB=0.0227086;REVB=0.0425853;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508017;STB=0.528282;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0197896;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:14:11:14:14:14:11 chr11 74204269 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.901;QD=58.5871;RBI=0.062954;REFB=0;REVB=0.0619426;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325171;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr11 74278090 . C T 1306.55 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320383;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.915;QD=62.2167;RBI=0.032544;REFB=0;REVB=0.00571475;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001231;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr11 74278176 . C T 322.84 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.020014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0037;QD=19.2739;RBI=0.0454951;REFB=-0.0586834;REVB=-0.0408564;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134075;STB=0.507458;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.03265;OID=.;OPOS=74278176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:17:17:16:17:17:17:16:17 chr11 74329615 . T C 357.96 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.3;QD=55.07;RBI=0.116445;REFB=0;REVB=0.112214;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919873;OID=.;OPOS=74329615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:7:17:0:0:8:18:0:0 chr11 74396330 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4282;QD=63.8711;RBI=0.0140663;REFB=0;REVB=0.0113573;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127908;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr11 74408740 . C T 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0715614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2968;QD=18.7945;RBI=0.120586;REFB=-0.0113305;REVB=-0.0970568;RO=26;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283473;STB=0.672158;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0103579;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:6:17:12:14:6:17:12:15 chr11 74419357 . C T 731.9 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4908;QD=60.9918;RBI=0.0206122;REFB=0.00701621;REVB=0.000142517;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000683554;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:20:27:1:0:20:27:1:0 chr11 74419378 . C G,T 712.24 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=4,42;DP=46;FAO=4,42;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305858,0.0261052;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.282,48.4915;QD=61.934;RBI=0.0387829,0.027952;REFB=0,0;REVB=-0.0238459,0.0099918;RO=0;SAF=4,22;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144902,-0.00202729;OID=.,.;OPOS=74419378,74419378;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:46:46:0:0:4,42:4,42:0.0869565,0.913043:0,20:4,22:0:0:0,20:4,22:0:0 chr11 74459955 . C T 140.06 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0678855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5855;QD=20.7495;RBI=0.0680453;REFB=-0.0438767;REVB=0.00465953;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913102;STB=0.551655;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.037059;OID=.;OPOS=74459955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:5:7:7:8:5:7 chr11 74546846 . C T 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00931481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.923;QD=3.23058;RBI=0.0169989;REFB=0.0024358;REVB=0.0142196;RO=51;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101796;STB=0.564558;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0118;OID=.;OPOS=74546846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:51:52:9:9:0.147541:6:3:21:30:6:3:21:31 chr11 74553074 . C T 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.408;QD=59.141;RBI=0.0369704;REFB=0;REVB=-0.0205794;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56906e-05;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr11 74553077 . T C 317.92 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0141293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.935;QD=18.1669;RBI=0.025058;REFB=-0.0114978;REVB=0.0206946;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967992;STB=0.562139;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0204003;OID=.;OPOS=74553077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:21:13:17:18:21:13:18:18 chr11 74559446 . G C 657.55 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00802858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.276;QD=59.7772;RBI=0.0792805;REFB=-0.127168;REVB=0.078873;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00404563;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:1:0:22:21:1:0 chr11 74559481 . C T 521.82 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.844;QD=59.6364;RBI=0.089203;REFB=0;REVB=0.0843441;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443389;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:16:16:0:0:19:16:0:0 chr11 74563077 . G A 1044.21 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.617;QD=59.669;RBI=0.0614107;REFB=0;REVB=0.0555748;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284252;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr11 74705696 . T C 500.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.675;QD=58.8928;RBI=0.0363905;REFB=0;REVB=0.0269422;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04627e-05;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr11 74862391 . A G 253.04 PASS AF=0.913043;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0855604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1227;QD=44.0064;RBI=0.0867204;REFB=0.043276;REVB=0.0141367;RO=2;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765591;STB=0.538425;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000552506;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:23:2:2:19:21:0.913043:11:8:0:2:12:9:0:2 chr11 74873754 . GCACAGAAAA G,GCACAGAAAAA 41.81 PASS AF=0.3,0.1;AO=5,2;DP=20;FAO=6,2;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3,1;FSAR=3,1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.014391,0.113587;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=9,1;MLLD=281.02,13.7033;QD=8.36255;RBI=0.0150813,0.114082;REFB=-0.0113228,0.0470677;REVB=0.00451039,-0.0106214;RO=11;SAF=3,1;SAR=2,1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.154572,0.0465033;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0365917,0.119988;OID=.,.;OPOS=74873755,74873760;OREF=CACAGAAAA,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCACAGAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.1:5,2:20:6,2:20:12:3,1:3,1:6:6:35:11:3,1:2,1:5:6 chr11 74880370 . G A 334.36 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0119336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.565;QD=17.1466;RBI=0.0263631;REFB=-0.0217349;REVB=0.0235075;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203932;STB=0.502317;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0203621;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:23:13:14:27:23:13:15:27 chr11 74883577 . G A 445.0 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.048;QD=57.4199;RBI=0.0711384;REFB=0;REVB=0.0366175;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671949;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:27:31:1:16:11:0:0:16:15:0:0 chr11 74904362 . T C 1271.38 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.605;QD=61.2713;RBI=0.0266205;REFB=0;REVB=0.0195953;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21576e-06;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:31:50:0:0:33:50:0:0 chr11 74907582 . C T 958.2 PASS AF=0.482234;AO=90;DP=192;FAO=95;FDP=197;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.011615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.706;QD=19.4559;RBI=0.0250154;REFB=-0.00964432;REVB=0.0221554;RO=102;SAF=46;SAR=44;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364748;STB=0.528086;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00883709;OID=.;OPOS=74907582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:197:102:102:90:95:0.482234:44:46:56:46:48:47:56:46 chr11 74977067 . C T 130.68 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0263973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.737;QD=13.7557;RBI=0.0314072;REFB=-0.00672885;REVB=-0.0170175;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307074;STB=0.689407;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00743114;OID=.;OPOS=74977067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:5:10:8:14:5:10:8:15 chr11 74977233 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00625938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.513;QD=26.5503;RBI=0.0298188;REFB=-0.0166332;REVB=0.0291544;RO=19;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607296;STB=0.533312;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0101876;OID=.;OPOS=74977233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:14:18:9:10:14:18:9:10 chr11 74995350 . C T 435.81 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4505;QD=54.4761;RBI=0.0477617;REFB=0.0440799;REVB=-0.0174789;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00127153;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr11 75110627 . C T 126.88 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0149092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.784;QD=19.5196;RBI=0.0252876;REFB=-0.00388896;REVB=-0.020425;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597973;STB=0.533852;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00616652;OID=.;OPOS=75110627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:2:10:11:3:2:10 chr11 75145952 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.972;QD=60.6103;RBI=0.0243465;REFB=0;REVB=0.0102242;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26602e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr11 75152243 . C T 74.76 PASS AF=0.6;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00849801;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.046;QD=19.9358;RBI=0.0225584;REFB=-0.016803;REVB=-0.0208966;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0167556;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:6:6:9:9:0.6:3:6:3:3:3:6:3:3 chr11 75160575 . G A 536.21 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0139839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6246;QD=17.4377;RBI=0.0180987;REFB=-0.0186261;REVB=0.0114897;RO=66;SAF=38;SAR=19;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12508;STB=0.569742;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0139724;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:19:38:36:30:19:38:36:30 chr11 75277628 . A G 723.37 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.427;QD=56.7352;RBI=0.0450582;REFB=0;REVB=0.0404058;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019032;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:32:19:0:0 chr11 75277757 . C G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0197788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.654;QD=16.0649;RBI=0.022845;REFB=-0.0227355;REVB=-0.0114321;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157028;STB=0.590803;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0381089;OID=.;OPOS=75277757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:14:10:5:13:14:10 chr11 75279846 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0163461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.59;QD=28.2832;RBI=0.0186476;REFB=-0.0169764;REVB=0.00897439;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244462;STB=0.513501;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00721093;OID=.;OPOS=75279846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:7:5:10:12:7:5 chr11 75282882 . G A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0238624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.453;QD=14.3342;RBI=0.0243709;REFB=-0.00745602;REVB=-0.00495237;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30209;STB=0.675844;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.016294;OID=.;OPOS=75282882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:5:12:11:15:5:12:11:15 chr11 75298797 . A G 183.46 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0221175;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7656;QD=17.0662;RBI=0.0525789;REFB=-0.0414729;REVB=0.0477007;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324503;STB=0.656168;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0249649;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:24:18:19:0.44186:7:11:5:15:8:11:7:17 chr11 75428958 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0498904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.362;QD=15.782;RBI=0.0499026;REFB=-0.00695074;REVB=0.00109947;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125424;STB=0.571366;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0065678;OID=.;OPOS=75428958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:15:14:14:9:15:14 chr11 75507548 . C A 48.49 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0688472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3011;QD=3.1286;RBI=0.0707429;REFB=-0.00454211;REVB=-0.016267;RO=53;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151039;STB=0.606498;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0400386;OID=.;OPOS=75507548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:6:3:24:29:6:3:24:29 chr11 75852448 . C T 1049.02 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220104;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.086;QD=59.944;RBI=0.0230848;REFB=0;REVB=0.00696057;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08563e-05;OID=.;OPOS=75852448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:40:29:0:0:41:29:0:0 chr11 75946552 . G A 1702.17 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121224;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.683;QD=59.7253;RBI=0.0167672;REFB=-0.00255381;REVB=0.0115839;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.504201;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0002105;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:0:1:112:113:0.991228:53:59:0:0:54:59:1:0 chr11 76115231 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00625398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.001;QD=19.3688;RBI=0.0475018;REFB=-0.0062103;REVB=0.0470883;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144176;STB=0.581939;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00510592;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:6:1:3:7:6:1 chr11 76207633 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.993;QD=58.1418;RBI=0.0121859;REFB=0;REVB=-0.00522016;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80257e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr11 76368553 . A G 650.85 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.557;QD=61.9861;RBI=0.0686044;REFB=0;REVB=0.0444947;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131957;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr11 76368639 . A C 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0212472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.049;QD=23.412;RBI=0.0212689;REFB=-0.0185958;REVB=0.000959424;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171171;STB=0.594378;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0179561;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:23:12:14:11:23:12:14:11 chr11 76370792 . A G 802.26 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.532;QD=64.1806;RBI=0.0196948;REFB=0;REVB=0.00545901;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62904e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr11 76372052 . A G 688.84 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3085;QD=62.6221;RBI=0.109098;REFB=0;REVB=-0.10902;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168599;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr11 76372418 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0849841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2433;QD=54.5174;RBI=0.0877327;REFB=0;REVB=0.0217883;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012018;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr11 76405613 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0253529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.815;QD=13.9181;RBI=0.0253991;REFB=0.00216319;REVB=-0.00153262;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139115;STB=0.50793;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00378637;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:19:18:13:13:19:18 chr11 76415209 . G A 221.29 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0615525;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.041;QD=16.3915;RBI=0.0640844;REFB=-0.0334153;REVB=0.0178355;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877207;STB=0.556823;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0254574;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:29:25:25:0.462963:12:13:11:15:12:13:12:17 chr11 76418737 . A G 76.62 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00582618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7006;QD=12.7703;RBI=0.0361632;REFB=-0.0351939;REVB=-0.0356908;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0312689;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr11 76430684 . A C 235.9 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0253762;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.333;QD=15.4685;RBI=0.0273834;REFB=-0.014754;REVB=-0.0102909;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039586;STB=0.531112;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0222358;OID=.;OPOS=76430684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:34:27:27:0.442623:12:15:17:16:12:15:17:17 chr11 76507692 . T A 742.37 PASS AF=0.577236;AO=68;DP=120;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0205442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6196;QD=24.142;RBI=0.0347309;REFB=-0.0164364;REVB=0.028003;RO=51;SAF=32;SAR=36;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309717;STB=0.529565;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0185812;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:51:52:68:71:0.577236:36:32:22:29:36:35:22:30 chr11 76637651 . G A 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0170446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.833;QD=16.8086;RBI=0.0184531;REFB=-0.0116133;REVB=-0.00707082;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223995;STB=0.620618;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0305986;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:24:11:22:19:24:11:22:20 chr11 76637680 . G A 285.57 PASS AF=0.445946;AO=29;DP=71;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0789575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.027;QD=15.4364;RBI=0.0793031;REFB=0.00329688;REVB=0.00739569;RO=41;SAF=6;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380592;STB=0.636592;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00309221;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:41:41:29:33:0.445946:23:6:22:19:23:10:22:19 chr11 76687399 . A C 227.97 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00171545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.828;QD=11.5425;RBI=0.00740741;REFB=-0.000742351;REVB=0.00720604;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110547;STB=0.564009;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00116198;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:17:11:25:26:17:11:25:26 chr11 76701606 . G A 423.57 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0021986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.847;QD=21.4466;RBI=0.0167653;REFB=-0.0225595;REVB=-0.0166205;RO=37;SAF=14;SAR=27;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697379;STB=0.545434;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0243851;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:37:41:42:0.531646:27:14:10:27:27:15:10:27 chr11 76732308 . G A 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00187404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0319;QD=21.388;RBI=0.0138816;REFB=-0.0102207;REVB=-0.0137546;RO=23;SAF=12;SAR=21;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122757;STB=0.591014;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00568737;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:27:33:33:0.55:21:12:5:18:21:12:5:22 chr11 76732949 . T C 54.57 PASS AF=0.32;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0106996;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.704;QD=8.73115;RBI=0.0205299;REFB=-0.0221152;REVB=-0.0175213;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328342;STB=0.719556;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0838115;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:25:15:17:8:8:0.32:4:4:3:12:4:4:3:14 chr11 76751541 . CT C 239.17 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0225;QD=45.5564;RBI=0.0673241;REFB=0;REVB=-0.00871877;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00433326;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:15:6:0:0:4:0:15:6:0:0 chr11 76751584 . CT C,CG 592.21 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=38,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157126,-8.70451e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=264.642,245.492;QD=57.7763;RBI=0.0438903,0.0609035;REFB=0,0;REVB=-0.0438621,-0.0609034;RO=0;SAF=25,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00106174,0.0334997;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.97561,0.0243902:38,2:41:40,1:41:0:25,1:15,0:0:0:5:0:25,1:13,1:0:0 chr11 76751603 . CT C 530.3 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1626;QD=46.1131;RBI=0.0812052;REFB=0;REVB=-0.0480469;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00313431;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:46:46:0:30:16:0:0:10:0:29:16:0:0 chr11 76799004 . T C 871.42 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363028;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.932;QD=58.0946;RBI=0.068033;REFB=0;REVB=0.0679361;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71476e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr11 76814110 . G A 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0890821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.441;QD=21.892;RBI=0.0900409;REFB=-0.0464455;REVB=-0.0131052;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129463;STB=0.5636;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0259959;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:28:35:35:0.555556:20:15:16:11:20:15:16:12 chr11 76827360 . A G 342.27 PASS AF=0.430233;AO=38;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00752227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1966;QD=15.9194;RBI=0.0835315;REFB=-0.0336031;REVB=-0.0831921;RO=48;SAF=7;SAR=31;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337978;STB=0.685467;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0670379;OID=.;OPOS=76827360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:38:37:0.430233:31:7:22:26:30:7:22:27 chr11 76836864 . G A 2183.74 PASS AF=0.972414;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0202339;FXX=0.00684885;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.186;QD=60.241;RBI=0.0232475;REFB=-0.0292452;REVB=0.0114469;RO=4;SAF=59;SAR=82;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438864;STB=0.502309;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000104597;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:145:4:4:141:141:0.972414:82:59:2:2:82:59:2:2 chr11 76853783 . T C 465.74 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0689397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.917;QD=49.0254;RBI=0.0752962;REFB=0.0352921;REVB=0.0302794;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.520493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00199571;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:0:4:33:34:0.894737:19:14:0:0:19:15:1:3 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 167.79 PASS AF=0.5;AO=22;DP=51;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0016212;FXX=0.058812;HRUN=3;LEN=22;MLLD=611.752;QD=13.9824;RBI=0.0152705;REFB=-0.00249209;REVB=0.0151842;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819438;STB=0.562232;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.00235125;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:22:51:24:48:24:13:11:10:14:99:22:13:9:11:11 chr11 76910766 . C T 356.54 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0258264;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9133;QD=19.0153;RBI=0.0305803;REFB=-0.0131059;REVB=0.0163753;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109522;STB=0.560978;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0159852;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:16:21:17:21:16:21:17:21 chr11 76912636 . A T 328.61 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0189765;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.581;QD=17.7628;RBI=0.0233443;REFB=-0.00787093;REVB=-0.0135958;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133098;STB=0.500772;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00907961;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:39:35:35:0.472973:18:17:19:19:18:17:19:20 chr11 76917220 . A G 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0207216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5233;QD=17.9383;RBI=0.020744;REFB=-0.0102089;REVB=0.000965673;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018094;STB=0.510298;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0126223;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:12:10:9:10:12:10 chr11 76919478 . C A 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.000362129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7723;QD=15.2601;RBI=0.0030804;REFB=0.00149254;REVB=-0.00305904;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355219;STB=0.713862;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00472168;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:1:12:12:4:1:12:12:4 chr11 76928149 . A G 1761.55 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0105246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.974;QD=58.2329;RBI=0.0105445;REFB=-0.0708128;REVB=0.000647121;RO=3;SAF=42;SAR=76;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158694;STB=0.50836;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0021876;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:3:3:118:118:0.975207:76:42:2:1:76:42:2:1 chr11 76954788 . T TA 141.55 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.015215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.6006;QD=10.4853;RBI=0.0182192;REFB=-0.0701792;REVB=-0.0100222;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117201;STB=0.570698;STBP=0.387;TYPE=ins;VARB=0.0780889;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:22:54:24:54:30:13:11:20:10:99:32:12:10:21:11 chr11 76954812 . T C 213.55 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0150992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8006;QD=16.1171;RBI=0.0563112;REFB=0.00125848;REVB=0.0542491;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116742;STB=0.565984;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000899546;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:18:11:12:12:18:11 chr11 76954833 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0668877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.039;QD=16.8247;RBI=0.0669065;REFB=-0.0171483;REVB=-0.00158641;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594165;STB=0.533948;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.019151;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:15:13:11:10:15:13 chr11 77614592 . C T 55.05 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=83;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0318174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.722;QD=2.62154;RBI=0.0375951;REFB=-0.00672474;REVB=-0.020026;RO=71;SAF=5;SAR=6;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132979;STB=0.54754;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.027205;OID=.;OPOS=77614592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:83:84:71:72:11:12:0.142857:6:5:40:31:6:6:40:32 chr11 77639402 . G A 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0422936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7242;QD=14.9022;RBI=0.0471315;REFB=-0.0108215;REVB=0.0207997;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220779;STB=0.624906;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0139539;OID=.;OPOS=77639402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:22:12:15:11:22:12 chr11 77734209 . T C 241.49 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0187142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.011;QD=21.9539;RBI=0.0280842;REFB=-0.0184424;REVB=-0.0209404;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120482;STB=0.564459;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0313034;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:20:21:22:23:0.522727:13:9:11:9:14:9:11:10 chr11 77790653 . T C 506.48 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.018555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.409;QD=19.1123;RBI=0.0229352;REFB=-0.00160238;REVB=-0.013481;RO=53;SAF=19;SAR=34;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348509;STB=0.691893;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00119296;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:34:19:40:13:34:19:40:13 chr11 77813941 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0110585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.555;QD=12.0156;RBI=0.0287521;REFB=-0.0133517;REVB=0.0265404;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32987;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0282058;OID=.;OPOS=77813941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:2:5:2:4:2:5 chr11 77882393 . T C 373.13 PASS AF=0.45977;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00620024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.294;QD=17.1556;RBI=0.0152923;REFB=-0.0270384;REVB=0.0139789;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687341;STB=0.54021;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0215342;OID=.;OPOS=77882393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:44:47:38:40:0.45977:20:18:24:20:20:20:27:20 chr11 77921527 . G C 464.22 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00157475;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.209;QD=27.3072;RBI=0.00963;REFB=-0.0352705;REVB=-0.00950037;RO=26;SAF=24;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402888;STB=0.51565;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0205399;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:26:25:43:43:0.632353:19:24:16:10:19:24:15:10 chr11 78277277 . A G 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00705667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.335;QD=24.5993;RBI=0.0112067;REFB=-0.0104289;REVB=-0.00870596;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472435;STB=0.526292;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00688214;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:9:7:11:11:9:7 chr11 78279790 . T G 715.17 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0157827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.065;QD=57.2138;RBI=0.0182034;REFB=-0.00556773;REVB=-0.00907016;RO=3;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830779;STB=0.504423;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=3.32302e-05;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:28:19:1:2:28:19:1:2 chr11 78290350 . G A 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0220399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.121;QD=21.9587;RBI=0.0311788;REFB=0.0161383;REVB=-0.0220536;RO=30;SAF=21;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162097;STB=0.589367;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0132443;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:16:21:11:19:16:21:11:19 chr11 78498022 . C T 290.3 PASS AF=0.55102;AO=20;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0168245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.111;QD=23.6976;RBI=0.0327767;REFB=-0.0185032;REVB=0.0281292;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.532601;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0216862;OID=.;OPOS=78498022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:20:27:0.55102:7:13:9:13:14:13:9:13 chr11 78614359 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0740423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1487;QD=13.9587;RBI=0.0902091;REFB=-0.0264816;REVB=0.0515308;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597519;STB=0.856121;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0290855;OID=.;OPOS=78614359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:1:6:1:6:1:6 chr11 79133220 . T C 742.92 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329559;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9416;QD=63.2274;RBI=0.044821;REFB=0;REVB=0.030378;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258343;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:20:25:0:0:20:27:0:0 chr11 81264998 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.348;QD=60.9783;RBI=0.0138207;REFB=0;REVB=0.01371;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94994e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 82443672 . C G 271.55 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00114898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4637;QD=45.2578;RBI=0.00129205;REFB=0.0493088;REVB=0.000590961;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430223;STB=0.523343;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00559703;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:16:6:1:1:16:6:1:1 chr11 82443817 . G A 507.75 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0771672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2288;QD=56.4163;RBI=0.0772694;REFB=-0.0669212;REVB=0.00397318;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00337355;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:11:23:1:0:12:23:1:0 chr11 82535963 . C T 320.54 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00832091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.071;QD=27.2802;RBI=0.0113783;REFB=-0.0304614;REVB=0.00776067;RO=19;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121943;STB=0.566965;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0160829;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:10:18:15:4:10:18:15:4 chr11 82643760 . G T 199.34 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0248489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2893;QD=27.4948;RBI=0.0288863;REFB=0.0243551;REVB=-0.0147293;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111712;STB=0.561978;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00990094;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:4:6:8:11:4:6 chr11 82878197 . T A 104.6 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0107576;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.528;QD=18.1905;RBI=0.0207919;REFB=-0.0203559;REVB=-0.0177927;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116603;STB=0.567449;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0173663;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:4:7:9:3:4:7 chr11 82973004 . C T 55.8 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0145866;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.632;QD=8.58498;RBI=0.0155913;REFB=-0.00662981;REVB=0.00550617;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113585;STB=0.57124;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0154257;OID=.;OPOS=82973004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:6:12:6:2:6:12 chr11 82984985 . T A 176.77 PASS AF=0.431818;AO=11;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0251804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0153;QD=16.0697;RBI=0.0457857;REFB=0.00829927;REVB=0.0382397;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340247;STB=0.624563;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.114013;OID=.;OPOS=82984985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:23:11:19:0.431818:4:7:5:12:8:11:8:15 chr11 82996986 . A C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.656;QD=58.8006;RBI=0.0437463;REFB=0.0533622;REVB=0.0273827;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129601;STB=0.506848;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-5.51967e-05;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:0:1:36:38:0:1 chr11 83170748 . T C 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0135452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.552;QD=19.8247;RBI=0.018795;REFB=-0.0244671;REVB=-0.01303;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389473;STB=0.521723;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0201309;OID=.;OPOS=83170748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:10:15:15:12:10:15 chr11 85195025 . A C 2805.89 PASS AF=0.978495;AO=182;DP=186;FAO=182;FDP=186;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=134;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0141374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.253;QD=60.3417;RBI=0.0477933;REFB=0.0295726;REVB=-0.0456545;RO=4;SAF=48;SAR=134;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123687;STB=0.506501;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000658272;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:186:186:4:4:182:182:0.978495:134:48:2:2:134:48:2:2 chr11 85195075 . T C 3472.08 PASS AF=0.962025;AO=228;DP=238;FAO=228;FDP=237;FR=.;FRO=9;FSAF=64;FSAR=164;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0073724;FXX=0.0042015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.975;QD=58.6006;RBI=0.00891566;REFB=-0.00477189;REVB=0.00501365;RO=9;SAF=64;SAR=164;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145503;STB=0.507647;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=1.85155e-05;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:238:237:9:9:228:228:0.962025:164:64:4:5:164:64:4:5 chr11 85195154 . A T 2986.98 PASS AF=0.970874;AO=197;DP=203;FAO=200;FDP=206;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=129;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0442981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.401;QD=57.9996;RBI=0.0647973;REFB=-0.0712999;REVB=0.0472902;RO=6;SAF=69;SAR=128;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194253;STB=0.509854;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00231845;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:203:206:6:6:197:200:0.970874:128:69:4:2:129:71:4:2 chr11 85195185 . T C 2044.1 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0276823;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.803;QD=60.1205;RBI=0.0282679;REFB=-0.0378415;REVB=0.00572406;RO=3;SAF=56;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105381;STB=0.505546;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00064526;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:136:3:3:133:133:0.977941:77:56:2:1:77:56:2:1 chr11 85195190 . CA GG 1671.88 PASS AF=0.982759;AO=104;DP=107;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.020709;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.498;QD=57.651;RBI=0.0382021;REFB=-0.056561;REVB=0.032102;RO=2;SAF=46;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209256;STB=0.501234;STBP=0.871;TYPE=mnp;VARB=0.000703572;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:116:2:2:104:114:0.982759:58:46:1:1:65:49:1:1 chr11 85195226 . T C 526.92 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.466;QD=56.9643;RBI=0.020801;REFB=-0.166876;REVB=-0.00482788;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000992853;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:0:1:20:16:0:1 chr11 85195232 . A G 45.85 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.75;QD=8.73426;RBI=0.010991;REFB=-0.0141212;REVB=0.010991;RO=14;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188882;OID=.;OPOS=85195232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:6:7:0.333333:6:0:0:14:7:0:0:14 chr11 85195235 . TT CG,TG 34.79 PASS AF=0.15,0.15;AO=3,3;DP=20;FAO=3,3;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=240.162,266.241;QD=6.95798;RBI=0.0210247,0.0167405;REFB=-0.016226,-0.0131146;REVB=-0.0210247,-0.0167405;RO=14;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.061463,0.0357854;OID=.,.;OPOS=85195235,85195236;OREF=TT,T;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:20:20:14:14:3,3:3,3:0.15,0.15:3,3:0,0:0:14:3,3:0,0:0:14 chr11 85375787 . TCTC T 154.7 PASS AF=0.5;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00366679;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.317;QD=18.1999;RBI=0.0362363;REFB=-0.0193629;REVB=-0.0360503;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403838;STB=0.53;STBP=0.732;TYPE=del;VARB=0.0201452;OID=.;OPOS=85375788;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:34:17:34:17:10:7:9:8:99:17:8:6:9:8 chr11 85435242 . G T 74.95 PASS AF=0.126866;AO=17;DP=134;FAO=17;FDP=134;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=-0.00615472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.591;QD=2.23738;RBI=0.0161087;REFB=-0.00157003;REVB=-0.0148865;RO=117;SAF=9;SAR=8;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651316;STB=0.545563;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00858491;OID=.;OPOS=85435242;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:134:134:117:117:17:17:0.126866:8:9:68:49:8:9:68:49 chr11 85435730 . C T 1190.04 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.394;QD=61.0276;RBI=0.062916;REFB=0;REVB=-0.0628915;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015972;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:54:24:0:0:54:24:0:0 chr11 85436352 . G A 1287.78 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.266;QD=59.8966;RBI=0.0178347;REFB=-0.126938;REVB=0.0138934;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106453;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000246281;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:44:41:0:1:44:41:0:1 chr11 85436394 . T C 1302.48 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.949;QD=62.0227;RBI=0.0534031;REFB=0;REVB=0.0531331;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89497e-05;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:47:36:0:0:48:36:0:0 chr11 85436500 . T C 596.82 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.322;QD=59.682;RBI=0.0410254;REFB=0;REVB=0.0258574;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290401;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:20:19:1:0:20:20:0:0 chr11 85436699 . A G 1146.56 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713087;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.201;QD=60.3454;RBI=0.0174544;REFB=0;REVB=0.0159313;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101872;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr11 85436868 . G A,C 899.51 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=3,59;DP=62;FAO=3,60;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=3,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824194,0.00536049;FXX=0.0156226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.6557,133.096;QD=57.1117;RBI=0.0193128,0.031794;REFB=0,0;REVB=0.0174658,0.0313388;RO=0;SAF=0,36;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0633597,-0.00258101;OID=.,.;OPOS=85436868,85436868;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:62:63:0:0:3,59:3,60:0.047619,0.952381:3,23:0,36:0:0:3,24:0,36:0:0 chr11 85437896 . A G 607.55 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101065;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4093;QD=59.2735;RBI=0.0856869;REFB=0;REVB=0.0850888;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316595;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:17:21:0:0:19:22:0:0 chr11 85447611 . T C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7725;QD=60.3737;RBI=0.0574178;REFB=0;REVB=-0.0139293;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205545;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr11 85456703 . T C 1512.82 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0265;QD=59.9136;RBI=0.00622151;REFB=0;REVB=0.00526071;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20784e-05;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr11 85565397 . G A 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00388779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.408;QD=26.3048;RBI=0.0247539;REFB=-0.0153228;REVB=-0.0244467;RO=21;SAF=11;SAR=25;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158574;STB=0.508666;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0117625;OID=.;OPOS=85565397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:25:11:6:15:25:11:6:15 chr11 85968623 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0868716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1031;QD=20.1596;RBI=0.0882286;REFB=0.0225072;REVB=-0.0154145;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106233;STB=0.560268;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0175159;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:7:7:10:6:7:7 chr11 86098680 . T C 1040.55 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7844;QD=57.8085;RBI=0.0822507;REFB=-0.0204726;REVB=0.0682689;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00151038;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:1:0:34:37:1:0 chr11 86123536 . C T 103.49 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0414035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.392;QD=6.17857;RBI=0.0414037;REFB=-0.00164298;REVB=-0.000138473;RO=50;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489985;STB=0.52236;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00418634;OID=.;OPOS=86123536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:50:51:16:16:0.238806:8:8:27:23:8:8:27:24 chr11 86520632 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.161;QD=58.2384;RBI=0.0375725;REFB=0;REVB=0.0358153;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101258;OID=.;OPOS=86520632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr11 86520752 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.192;QD=59.8394;RBI=0.0397974;REFB=0;REVB=0.0184536;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144741;OID=.;OPOS=86520752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 86521453 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000457439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.332;QD=6.26147;RBI=0.00980027;REFB=0.000995734;REVB=0.00978959;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283315;STB=0.683671;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00225397;OID=.;OPOS=86521453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:5:2:11:10:5:2:11:10 chr11 86521957 . GA AA,G 34.79 PASS AF=0.0571429,0.171429;AO=5,5;DP=36;FAO=2,6;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2,2;FSAR=0,4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0107302,0.0789053;FXX=0.0277701;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=231.842,15.3462;QD=3.97569;RBI=0.0362725,0.23354;REFB=-0.00286268,0.0309155;REVB=-0.034649,0.219806;RO=22;SAF=4,3;SAR=1,2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.32522,0.0647329;STB=0.994193,0.679407;STBP=0.186,0.357;TYPE=snp,del;VARB=0.0729746,0.0162488;OID=.,.;OPOS=86521957,86521958;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:36:35:22:27:5,5:2,6:0.0571429,0.171429:1,2:4,3:12:10:0,4:2,2:15:12 chr11 86659524 . G A 221.79 PASS AF=0.397059;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0043202;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.891;QD=13.0463;RBI=0.018884;REFB=-0.025771;REVB=-0.0183831;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909616;STB=0.503814;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0335467;OID=.;OPOS=86659524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:38:41:25:27:0.397059:14:11:20:18:14:13:20:21 chr11 86660886 . G A 1538.91 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.823;QD=59.7637;RBI=0.0202195;REFB=0;REVB=-0.00998149;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49806e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr11 87013438 . G A 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00736253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.989;QD=54.3574;RBI=0.00846411;REFB=-0.0183983;REVB=0.00417544;RO=2;SAF=39;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235879;STB=0.512496;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000672344;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:21:39:2:0:21:39:2:0 chr11 87034002 . C T 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00936289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.532;QD=52.9625;RBI=0.0177929;REFB=0.0775867;REVB=-0.0151302;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.524985;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000696019;OID=.;OPOS=87034002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:14:19:1:0:14:19:2:0 chr11 88045583 . A G 1011.3 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5997;QD=57.7885;RBI=0.0148675;REFB=0.0279991;REVB=-0.00701859;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000428648;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:40:29:0:0:40:29:0:1 chr11 88645129 . T A 615.19 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00842113;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.974;QD=53.495;RBI=0.012208;REFB=-0.158926;REVB=0.00883859;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034749;STB=0.510912;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00141701;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:46:46:2:4:42:42:0.913043:26:16:0:2:26:16:2:2 chr11 89133449 . C T 1324.33 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154892;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.741;QD=62.3216;RBI=0.0155183;REFB=0;REVB=-0.000949588;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95128e-06;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr11 89402626 . T C 407.82 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0243299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8219;QD=17.7312;RBI=0.027171;REFB=-0.0192957;REVB=0.0120962;RO=49;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160878;STB=0.584679;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0324967;OID=.;OPOS=89402626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:17:25:21:28:17:25:22:28 chr11 89424073 . T C 51.22 PASS AF=0.129412;AO=10;DP=84;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=5.53472e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.427;QD=2.41035;RBI=0.00557908;REFB=-0.000614642;REVB=0.00557881;RO=74;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15254;STB=0.562786;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00443124;OID=.;OPOS=89424073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:84:85:74:74:10:11:0.129412:6:4:39:35:6:5:39:35 chr11 89609064 . A G 191.1 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0022908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.483;QD=15.5999;RBI=0.0301716;REFB=-0.0163512;REVB=-0.0300845;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269508;STB=0.673463;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0184257;OID=.;OPOS=89609064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:29:19:20:0.408163:6:13:12:16:6:14:12:17 chr11 89774236 . C G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0158492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2776;QD=12.0152;RBI=0.0311042;REFB=-0.00144984;REVB=0.0267633;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32987;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00525786;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:2:5:2:4:2:5 chr11 89774448 . G A 44.71 PASS AF=0.140351;AO=7;DP=55;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0622447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5638;QD=3.13768;RBI=0.0642999;REFB=-0.0123286;REVB=0.0161265;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213801;STB=0.565444;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0754624;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:55:57:48:49:7:8:0.140351:5:2:22:26:5:3:22:27 chr11 89804291 . TTTC T 35.77 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.014072;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=3;MLLD=153.482;QD=5.96202;RBI=0.0428593;REFB=-0.0404881;REVB=-0.0404833;RO=15;SAF=0;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.821149;STB=0.89264;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0474154;OID=.;OPOS=89804292;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:6:25:7:24:17:1:6:13:4:35:15:0:6:13:2 chr11 89868755 . G A 288.8 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0225367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.573;QD=16.2706;RBI=0.0277701;REFB=-0.015288;REVB=-0.0162258;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108612;STB=0.56096;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0211224;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:25:14:15:17:25:14 chr11 89916080 . G C 400.04 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00984651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.124;QD=21.6235;RBI=0.0115181;REFB=-0.00487752;REVB=0.00597597;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496435;STB=0.519543;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00447805;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:39:40:0.540541:15:24:19:15:16:24:19:15 chr11 89935586 . G T 471.63 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0189634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7067;QD=20.9615;RBI=0.0553616;REFB=-0.0345441;REVB=-0.0520124;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117876;STB=0.565189;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0324042;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:26:20:25:19:26:20:25:19 chr11 89939448 . G A 187.29 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00082391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1949;QD=20.8103;RBI=0.024651;REFB=-0.0523084;REVB=0.0246372;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220328;STB=0.63144;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0161306;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:18:19:0.527778:11:7:11:6:12:7:11:6 chr11 91545212 . C G 626.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7381;QD=61.0848;RBI=0.111802;REFB=0;REVB=0.0870785;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220761;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:23:16:0:0:23:18:0:0 chr11 92088177 . C T 216.29 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0759542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.133;QD=14.4195;RBI=0.0759601;REFB=-0.0210973;REVB=0.000951263;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093881;STB=0.540024;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0248362;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:34:25:26:0.433333:17:8:13:19:17:9:14:20 chr11 92531356 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00556372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.618;QD=17.0333;RBI=0.0157696;REFB=-0.0255921;REVB=-0.0147555;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219509;STB=0.624151;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.024969;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:5:17:10:8:5:17 chr11 92532677 . T C 46.7 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0133895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3934;QD=10.3772;RBI=0.0145868;REFB=-0.0217812;REVB=0.0057876;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0332629;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chr11 92534442 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.109;QD=59.0184;RBI=0.0346201;REFB=0;REVB=0.0089696;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30801e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 92538349 . G A 197.74 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.011148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.89;QD=18.832;RBI=0.0115984;REFB=-0.00991225;REVB=0.00320078;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113503;STB=0.576846;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0095364;OID=.;OPOS=92538349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:11:10:12:8:12:10 chr11 92627848 . A G 1286.64 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287945;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.08;QD=62.0069;RBI=0.0288448;REFB=0;REVB=0.0017023;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16951e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr11 92629305 . C T 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9045;QD=59.9358;RBI=0.0209019;REFB=0;REVB=-0.00309973;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108949;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr11 92629599 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2529;QD=28.5377;RBI=0.0123921;REFB=0.0945728;REVB=0.000191907;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0217287;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:5:2:0:0:5:2:0:1 chr11 92718127 . G C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00663301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.965;QD=13.6609;RBI=0.00677108;REFB=0.00326367;REVB=0.00136042;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376409;STB=0.714036;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00431176;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:3:18:7:7:3:18 chr11 93141580 . C A 108.84 PASS AF=0.40625;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00167006;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.63;QD=13.6044;RBI=0.00471889;REFB=-0.00641695;REVB=-0.00441349;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150282;STB=0.606048;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00991589;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:20:19:11:13:0.40625:7:4:10:10:9:4:9:10 chr11 93211764 . A G 1047.51 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0406;QD=58.195;RBI=0.0591741;REFB=-0.00389115;REVB=0.0540628;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000687194;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:36:35:0:0:36:35:0:1 chr11 93212254 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.502;QD=58.4196;RBI=0.0232978;REFB=0;REVB=0.0169314;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124328;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr11 93400796 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0375899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.214;QD=10.4385;RBI=0.0396201;REFB=-0.014152;REVB=-0.01252;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172223;STB=0.591298;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0261318;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:8:5:14:12:8:5:14:13 chr11 93402006 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00835805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.544;QD=15.6255;RBI=0.00870138;REFB=-0.00858489;REVB=0.00242011;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359294;STB=0.520686;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0153018;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:10:13:9:8:10:13 chr11 93402096 . C A 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0648247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.096;QD=45.1035;RBI=0.0666305;REFB=-0.00231451;REVB=-0.015407;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000715023;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:0:1:10:8:0:1 chr11 93408831 . G A 473.1 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.666;QD=55.659;RBI=0.0290341;REFB=-0.114921;REVB=-0.0161036;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526299;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000468534;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:0:1:33:33:0.970588:24:9:0:0:24:9:1:0 chr11 93425159 . C A 1766.34 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3618;QD=60.9084;RBI=0.0415412;REFB=0;REVB=0.0207975;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018106;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:67:49:0:0:67:49:0:0 chr11 93431931 . C A 166.56 PASS AF=0.421053;AO=11;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0273914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.784;QD=17.5327;RBI=0.0275077;REFB=-0.0104218;REVB=0.00252648;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131313;STB=0.507033;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0235188;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:11:16:0.421053:6:5:11:8:7:9:11:9 chr11 93460160 . A C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.014371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.018;QD=13.631;RBI=0.0143891;REFB=-0.0117462;REVB=0.0007207;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0246156;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr11 93462607 . A T 217.22 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0340461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6095;QD=11.2842;RBI=0.0353042;REFB=-0.00397914;REVB=-0.00934083;RO=50;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175958;STB=0.510196;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00596775;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:15:12:23:27:15:12:23:27 chr11 93463117 . G A 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00470238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0926;QD=19.154;RBI=0.0579918;REFB=-0.0520141;REVB=-0.0578009;RO=23;SAF=17;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150645;STB=0.586118;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0275414;OID=.;OPOS=93463117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:4:17:16:7:4:17:16:7 chr11 93464175 . A C 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00967362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.21;QD=20.2671;RBI=0.0209497;REFB=-0.0212013;REVB=0.0185826;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273367;STB=0.639872;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0237706;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:12:9:15:5:12:9:15:6 chr11 93471345 . C G 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0193709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.088;QD=19.44;RBI=0.0286199;REFB=-0.0261729;REVB=-0.0210681;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588368;STB=0.532739;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.027337;OID=.;OPOS=93471345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:13:16:15:16:13:16 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1440.43 PASS AF=0.0521739,0.869565;AO=6,96;DP=119;FAO=6,100;FDP=115;FR=.;FRO=9;FSAF=5,54;FSAR=1,46;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00509356,-0.0129277;FXX=0.0254216;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=67.5196,193.676;QD=50.102;RBI=0.0124232,0.0240821;REFB=-0.0689519,-0.0492875;REVB=0.011331,0.020318;RO=11;SAF=5,50;SAR=1,46;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.164673,-0.0757968;STB=0.565019,0.529122;STBP=0.812,0.046;TYPE=snp,ins;VARB=0.124115,0.00151219;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:119:115:11:9:6,96:6,100:0.0521739,0.869565:1,46:5,50:10:1:1,46:5,54:8:1 chr11 93517874 . C G 328.67 PASS AF=0.539683;AO=30;DP=60;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.06715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.482;QD=20.868;RBI=0.067263;REFB=-0.0316629;REVB=0.00389784;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164066;STB=0.555523;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0197544;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:29:29:30:34:0.539683:17:13:18:11:17:17:18:11 chr11 93517886 . G C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0786433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.886;QD=24.3832;RBI=0.0808486;REFB=-0.0310165;REVB=-0.0187543;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125985;STB=0.569979;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0308299;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:13:8:14:12:13:8 chr11 93529655 . G A 190.05 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0106024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.081;QD=21.7204;RBI=0.0230035;REFB=-0.0164523;REVB=-0.0204144;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209928;STB=0.618056;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0123162;OID=.;OPOS=93529655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:6:10:7:12:6:10 chr11 93797618 . C CG 492.19 PASS AF=1;AO=5;DP=41;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113136;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.3684;QD=51.809;RBI=0.121099;REFB=0;REVB=0.0431883;RO=36;SAF=3;SAR=2;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0029991;OID=.;OPOS=93797619;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:41:38:38:0:21:17:0:0:4:36:3:2:20:16 chr11 93797619 . A G 444.65 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0533659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2654;QD=46.8056;RBI=0.0755924;REFB=-0.100204;REVB=0.0535378;RO=5;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134675;STB=0.507242;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0133011;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:38:38:5:5:33:33:0.868421:15:18:3:2:15:18:3:2 chr11 93844989 . C T 385.6 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0596149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.456;QD=23.3697;RBI=0.0647251;REFB=-0.0198952;REVB=-0.025207;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108916;STB=0.552604;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00990118;OID=.;OPOS=93844989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:21:16:16:12:21:17:16:12 chr11 93845511 . A G 990.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.294;QD=59.1208;RBI=0.0545404;REFB=0;REVB=0.0412409;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121648;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr11 93862493 . A C 1507.53 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1411;QD=59.119;RBI=0.094446;REFB=0;REVB=-0.0454091;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000732916;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:46:55:0:0:46:56:0:0 chr11 93911579 . GC G 34.12 PASS AF=0.206349;AO=14;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0801044;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.8002;QD=2.16664;RBI=0.0802823;REFB=-0.000514455;REVB=-0.00534179;RO=46;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0.416667;SSSB=0.188419;STB=0.59836;STBP=0.473;TYPE=del;VARB=-0.0123284;OID=.;OPOS=93911580;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349:14:63:13:63:50:6:7:17:33:34:46:7:7:16:30 chr11 94231257 . C G 789.19 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0202639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.7;QD=50.9157;RBI=0.0207551;REFB=-0.0744991;REVB=0.0044887;RO=4;SAF=25;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852707;STB=0.504528;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00929088;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:4:4:58:58:0.935484:33:25:2:2:33:25:2:2 chr11 94245740 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.782;QD=57.1759;RBI=0.0259592;REFB=0;REVB=0.0093578;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131438;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr11 94261255 . C G 1749.33 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.347;QD=60.8464;RBI=0.0518197;REFB=0;REVB=0.0179974;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81874e-05;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr11 94602414 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00657565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.616;QD=16.3859;RBI=0.0170138;REFB=-0.0103463;REVB=0.0156918;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00412812;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr11 94699507 . A AT 793.62 PASS AF=1;AO=69;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.017;QD=38.2465;RBI=0.12291;REFB=0;REVB=0.122626;RO=7;SAF=37;SAR=32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00210617;OID=.;OPOS=94699508;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:83:83:83:0:50:33:0:0:17:7:37:32:5:2 chr11 94758838 . C T 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00943239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.357;QD=21.8385;RBI=0.0143352;REFB=-0.026878;REVB=-0.0107948;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162653;STB=0.590838;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0202932;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:8:16:12:13:8:16 chr11 94800902 . G GC 1070.33 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9383;QD=46.0357;RBI=0.11458;REFB=0;REVB=0.0388943;RO=2;SAF=55;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169225;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000868762;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:93:93:93:0:58:35:0:0:20:2:55:35:2:0 chr11 94802776 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.773;QD=63.2867;RBI=0.0157669;REFB=0;REVB=0.0112491;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08882e-07;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr11 94862577 . G T 414.33 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0893769;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.219;QD=14.4114;RBI=0.0913197;REFB=-0.00606768;REVB=0.0187366;RO=66;SAF=26;SAR=22;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740805;STB=0.545962;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00905628;OID=.;OPOS=94862577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:67:48:48:0.417391:22:26:31:35:22:26:31:36 chr11 94963937 . G A 130.63 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.635;QD=43.5436;RBI=0.0800356;REFB=0;REVB=0.0673514;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101909;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr11 95502128 . G C 91.25 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00603468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.732;QD=8.48869;RBI=0.00626269;REFB=-0.00851218;REVB=-0.00167449;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246456;STB=0.660124;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0199435;OID=.;OPOS=95502128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:25:31:12:12:0.27907:5:7:9:16:5:7:11:20 chr11 95512060 . A G 259.38 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0163843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2029;QD=14.2127;RBI=0.0386878;REFB=0.000837233;REVB=0.0350471;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446603;STB=0.525407;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00125743;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:19:24:18:12:19:24 chr11 95521648 . A G 217.17 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0800845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3801;QD=18.8842;RBI=0.0834519;REFB=-0.0225229;REVB=0.0234671;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677185;STB=0.523788;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0665448;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:21:22:0.478261:12:9:12:12:12:10:12:12 chr11 95528714 . C T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00423713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.373;QD=18.9137;RBI=0.00623557;REFB=-0.00225467;REVB=-0.00457484;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130333;STB=0.562002;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00170432;OID=.;OPOS=95528714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:15:14:9:18:15:14:10:18 chr11 95564259 . A G 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.0856333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6532;QD=6.31716;RBI=0.102586;REFB=0.0142389;REVB=-0.0564874;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382255;STB=0.729322;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0252507;OID=.;OPOS=95564259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:22:3:3:5:22:3 chr11 95580926 . G A 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0162495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.645;QD=16.384;RBI=0.0219185;REFB=-0.00239251;REVB=-0.0147096;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153714;STB=0.508605;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00284528;OID=.;OPOS=95580926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:21:24:29:27:21:24:29:27 chr11 95657111 . T G 263.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0564425;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1006;QD=14.8528;RBI=0.0639768;REFB=-0.0261028;REVB=-0.030121;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272337;STB=0.646314;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0450616;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:12:18:13:27:12:18:14:27 chr11 95825797 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.069;QD=57.6805;RBI=0.0908409;REFB=0;REVB=-0.089784;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207364;OID=.;OPOS=95825797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr11 96125435 . CTT CTC,C 183.5 PASS AF=0.0517241,0.344828;AO=2,20;DP=57;FAO=3,20;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=1,8;FSAR=2,12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.000316796,-0.0207924;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=270.248,43.7915;QD=12.655;RBI=0.0105951,0.0291539;REFB=0.00137628,0.00450722;REVB=-0.0105904,0.0204359;RO=34;SAF=1,8;SAR=1,12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.131146,-0.263003;STB=0.772636,0.659421;STBP=0.457,0.078;TYPE=snp,del;VARB=0.025099,-0.0137025;OID=.,.;OPOS=96125437,96125436;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0517241,0.344828:2,20:57:3,20:58:35:1,8:2,12:23:12:99:34:1,8:1,12:22:12 chr11 96126361 . A G 169.45 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0181754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5083;QD=16.5312;RBI=0.0188568;REFB=-0.0127374;REVB=-0.00502339;RO=23;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107344;STB=0.561971;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0323799;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:4:14:16:7:4:14:16:7 chr11 97716872 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.622;QD=50.4135;RBI=0.0892991;REFB=0;REVB=0.0550256;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532344;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 98991112 . C T 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0190632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.476;QD=17.6712;RBI=0.0245252;REFB=-0.00685867;REVB=-0.0154298;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146482;STB=0.516118;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00676522;OID=.;OPOS=98991112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:30:30:0.483871:15:15:15:16:15:15:15:17 chr11 99690285 . ATCT AGCT,GCTA 480.11 PASS AF=0.75,0;AO=36,2;DP=56;FAO=42,0;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=19,0;FSAR=23,0;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0601733,0.00895404;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,4;MLLD=179.789,145.892;QD=34.2937;RBI=0.0602415,0.00933446;REFB=0.00100438,-8.1908e-05;REVB=-0.00286375,-0.00263766;RO=14;SAF=15,1;SAR=21,1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0317902,0.148032;STB=0.524127,0.5;STBP=0.567,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000255075,0;OID=.,.;OPOS=99690286,99690285;OREF=T,ATCT;OALT=G,GCTA;OMAPALT=AGCT,GCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:14:14:36,2:42,0:0.75,0:21,1:15,1:5:9:23,0:19,0:5:9 chr11 99690428 . T G 178.18 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0576907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.003;QD=14.8482;RBI=0.084522;REFB=-0.0201913;REVB=-0.0617718;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173827;STB=0.592501;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0595267;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:18:19:0.395833:10:8:8:20:11:8:8:21 chr11 100226883 . T A 477.84 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00208304;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.455;QD=21.9694;RBI=0.0114136;REFB=-0.0267156;REVB=0.0112219;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368247;STB=0.526304;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0212072;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:40:41:46:46:0.528736:21:25:20:20:21:25:20:21 chr11 100814570 . A G 1577.08 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288464;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.009;QD=64.3708;RBI=0.0029593;REFB=0;REVB=0.000660536;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38374e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:61:37:0:0:61:37:0:0 chr11 100830579 . G A 129.19 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0389431;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8252;QD=8.47139;RBI=0.0636127;REFB=-0.00700203;REVB=0.0502992;RO=43;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240451;STB=0.644282;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0300574;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:43:43:18:18:0.295082:6:12:20:23:6:12:20:23 chr11 100846936 . A G 804.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.988;QD=64.3929;RBI=0.0341176;REFB=0;REVB=-0.00201353;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46919e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr11 100847050 . A G 268.26 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.332;QD=51.0972;RBI=0.0305765;REFB=0;REVB=0.00796829;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344961;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr11 100847069 . G A 195.14 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644749;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.629;QD=48.7857;RBI=0.00673454;REFB=0;REVB=0.00194522;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82544e-05;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 100859439 . G A 246.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00921407;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.214;QD=23.4527;RBI=0.0233072;REFB=-0.0108013;REVB=0.0214086;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153366;STB=0.586128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00570986;OID=.;OPOS=100859439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:6:17:11:8:6:17:11:8 chr11 100863096 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0136454;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.044;QD=19.7627;RBI=0.0278199;REFB=-0.00702909;REVB=0.0242435;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19247;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00984102;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:15:10:14:9:15:10 chr11 100863354 . C A 232.43 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00751115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.065;QD=12.564;RBI=0.0182065;REFB=-0.00504299;REVB=-0.0165849;RO=46;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643381;STB=0.53701;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00952881;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:18:10:19:27:18:10:19:27 chr11 100863595 . T TGTCTGTGG 215.71 PASS AF=0.350649;AO=24;DP=79;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00602694;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=8;MLLD=306.939;QD=11.2055;RBI=0.0113456;REFB=-0.0105172;REVB=-0.00961238;RO=51;SAF=18;SAR=6;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3796;STB=0.734385;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.014958;OID=.;OPOS=100863596;OREF=-;OALT=GTCTGTGG;OMAPALT=TGTCTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350649:24:79:27:77:50:21:6:22:28:99:51:18:6:22:29 chr11 100864367 . G A 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.915;QD=64.1527;RBI=0.0301537;REFB=0;REVB=0.0156829;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69724e-05;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr11 100909991 . T C 273.74 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0106088;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.119;QD=21.4698;RBI=0.0190985;REFB=0.00243099;REVB=0.015881;RO=23;SAF=8;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210012;STB=0.617196;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0025956;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:20:8:12:11:20:8:12:11 chr11 100921665 . C A 926.39 PASS AF=0.464789;AO=94;DP=208;FAO=99;FDP=213;FR=.;FRO=114;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.00294621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.703;QD=17.397;RBI=0.00941984;REFB=-0.0173907;REVB=0.00894725;RO=110;SAF=48;SAR=46;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192138;STB=0.513529;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0198602;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:213:110:114:94:99:0.464789:46:48:54:56:47:52:57:57 chr11 100922202 . G A 409.09 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.021712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.571;QD=17.982;RBI=0.0217644;REFB=-0.00657307;REVB=0.00150887;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014369;STB=0.512964;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00699033;OID=.;OPOS=100922202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:49:42:42:0.461538:19:23:27:21:19:23:28:21 chr11 100933412 . C A 283.6 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0304298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.952;QD=19.9016;RBI=0.0320225;REFB=-0.021514;REVB=-0.00997351;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174038;STB=0.596429;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0293112;OID=.;OPOS=100933412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:8:19:15:15:8:19 chr11 100998771 . C G 132.83 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0185741;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.269;QD=14.7587;RBI=0.0749763;REFB=-0.00474043;REVB=-0.0726392;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607709;STB=0.530571;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00386802;OID=.;OPOS=100998771;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:21:15:15:0.416667:5:10:13:5:5:10:13:8 chr11 101323770 . C T 391.55 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00807615;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.957;QD=21.7529;RBI=0.00811704;REFB=-0.0129999;REVB=-0.000813707;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057233;STB=0.538442;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0127395;OID=.;OPOS=101323770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:33:39:39:0.541667:21:18:18:16:21:18:18:15 chr11 101347093 . A G 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00191506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.823;QD=10.6982;RBI=0.0213857;REFB=-0.000518693;REVB=-0.0212997;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108844;STB=0.564886;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0011581;OID=.;OPOS=101347093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:18:14:8:7:18:14 chr11 101771248 . G A 508.48 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00697142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.214;QD=56.4982;RBI=0.00722579;REFB=-0.175938;REVB=-0.00190034;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00127848;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:16:19:0:0:16:19:0:1 chr11 101826949 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.016;QD=39.2068;RBI=0.0580566;REFB=0;REVB=0.010903;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714831;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 101832478 . G T 115.69 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4609;QD=42.0703;RBI=0.12909;REFB=0;REVB=-0.0760719;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0110845;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 101833644 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.047;QD=56.7065;RBI=0.026415;REFB=0;REVB=0.0258585;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7399e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 101857758 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.335;QD=51.182;RBI=0.0741659;REFB=0;REVB=0.0363409;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432462;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr11 102201804 . G A 236.23 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00120499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.882;QD=17.4986;RBI=0.022564;REFB=-0.0108684;REVB=0.0225318;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120468;STB=0.558694;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00951577;OID=.;OPOS=102201804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:12:15:11:15:13:15 chr11 102495998 . T G 840.93 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7384;QD=57.0125;RBI=0.122818;REFB=0;REVB=-0.0685301;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170959;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:37:22:0:0 chr11 102552656 . A AAT 30.35 PASS AF=0.176471;AO=5;DP=36;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.172868;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=27.4499;QD=3.57022;RBI=0.234007;REFB=-0.0397992;REVB=0.15772;RO=29;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175337;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.167738;OID=.;OPOS=102552657;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:5:36:6:34:28:3:3:14:14:30:29:3:2:13:16 chr11 102563739 . C T 408.3 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0379468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6492;QD=18.1466;RBI=0.0414257;REFB=-0.00616498;REVB=-0.0166173;RO=47;SAF=13;SAR=28;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234791;STB=0.640815;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00716258;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:47:48:41:42:0.466667:28:13:26:21:29:13:27:21 chr11 102567207 . T A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00373208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.752;QD=11.6672;RBI=0.00454311;REFB=-0.0209819;REVB=-0.00259064;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119122;STB=0.570792;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.045456;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:14:12:5:9:14:12 chr11 102576358 . T C 1029.16 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0028427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.835;QD=57.9808;RBI=0.0287997;REFB=-0.152198;REVB=0.0286591;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000881145;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:69:70:0.985915:36:33:0:0:37:33:1:0 chr11 102593248 . T C 1351.96 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254973;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.7926;QD=62.159;RBI=0.0378004;REFB=0;REVB=-0.0279062;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321996;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:35:51:0:0:36:51:0:0 chr11 102595492 . G A,T 619.98 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=34,7;DP=41;FAO=36,6;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=16,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163143,0.00420418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.272,171.635;QD=59.0457;RBI=0.0269479,0.0229022;REFB=0,0;REVB=0.0214483,0.0225131;RO=0;SAF=19,2;SAR=15,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.40663e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00283205,0.0239012;OID=.,.;OPOS=102595492,102595492;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:41:42:0:0:34,7:36,6:0.857143,0.142857:15,5:19,2:0:0:16,5:20,1:0:0 chr11 102666182 . C T 51.09 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0271999;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.861;QD=2.29621;RBI=0.0273917;REFB=-0.00164388;REVB=-0.00323642;RO=78;SAF=7;SAR=4;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166948;STB=0.620398;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00824259;OID=.;OPOS=102666182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:89:89:78:78:11:11:0.123596:4:7:39:39:4:7:39:39 chr11 102666316 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.36;QD=63.5799;RBI=0.0464339;REFB=0;REVB=0.00517259;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025039;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:36:11:0:0:36:11:0:0 chr11 102709425 . A G 943.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06003;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.995;QD=58.9431;RBI=0.0711476;REFB=0;REVB=0.0381889;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229988;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr11 102713465 . A G 1704.0 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247476;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.679;QD=59.7895;RBI=0.0251749;REFB=-0.0557812;REVB=0.00461842;RO=1;SAF=66;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714047;STB=0.503759;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=7.46555e-05;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:1:1:113:113:0.991228:47:66:1:0:47:66:1:0 chr11 102713620 . T C 480.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198097;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.5736;QD=53.3859;RBI=0.031624;REFB=-0.0675886;REVB=0.0246506;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520821;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00479853;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:0:2:34:34:0.944444:11:23:0:0:11:23:2:0 chr11 102736642 . T C 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0165881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8482;QD=23.8243;RBI=0.0166326;REFB=0.000736416;REVB=0.00121521;RO=28;SAF=10;SAR=29;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156435;STB=0.58635;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.000727795;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:29:10:12:16:29:10:12:16 chr11 102738795 . G T 538.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6884;QD=59.8173;RBI=0.0758498;REFB=0;REVB=-0.0367321;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192321;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 102988504 . A T 345.08 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0117592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8848;QD=16.6304;RBI=0.0119697;REFB=-0.00364555;REVB=0.00223544;RO=46;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227029;STB=0.512737;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00451949;OID=.;OPOS=102988504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:25:12:14:32:25:12:14:32 chr11 103029516 . A G 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0104907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.497;QD=22.3817;RBI=0.0113411;REFB=-0.0109065;REVB=0.00430875;RO=28;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201447;STB=0.611049;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0109589;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:22:14:18:10:22:14:18:10 chr11 103047007 . C A 1785.79 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7242;QD=61.0527;RBI=0.0992557;REFB=0;REVB=-0.0670537;RO=0;SAF=38;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49722e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561034;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:79:38:0:0:79:38:0:0 chr11 103057048 . A G 522.98 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00191377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.194;QD=17.1468;RBI=0.00191894;REFB=-0.0036323;REVB=0.00014079;RO=66;SAF=36;SAR=20;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693062;STB=0.538639;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00470183;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:20:36:38:28:20:36:38:28 chr11 103058126 . C T 403.24 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0112236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.24;QD=24.8146;RBI=0.0131762;REFB=-0.0336666;REVB=-0.0069023;RO=26;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095251;STB=0.505218;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0197628;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:17:22:15:11:17:22:15:11 chr11 103082590 . G A 1748.45 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.235;QD=60.8156;RBI=0.0047915;REFB=0;REVB=0.00400013;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72712e-06;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:49:65:0:0:50:65:0:0 chr11 103229027 . T C 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000772631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9297;QD=62.655;RBI=0.0113259;REFB=0;REVB=0.0112995;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65244e-05;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr11 103275034 . G T 350.86 PASS AF=0.452381;AO=34;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.034112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4921;QD=16.7076;RBI=0.0345859;REFB=-0.0115982;REVB=0.00570607;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240356;STB=0.534865;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0121309;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:46:34:38:0.452381:14:20:26:20:15:23:25:21 chr11 103278054 . T C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0118756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.651;QD=17.4229;RBI=0.040215;REFB=0.0143094;REVB=0.0384216;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453377;STB=0.525407;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0124719;OID=.;OPOS=103278054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:17:17:17:14:17:17 chr11 103908735 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.013535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.763;QD=15.7005;RBI=0.0135778;REFB=-0.0249552;REVB=0.00107705;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917711;STB=0.553119;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0366607;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:11:8:5:10:11:8 chr11 103908968 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0200818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.816;QD=12.8689;RBI=0.0200834;REFB=-0.000530132;REVB=0.000253135;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408967;STB=0.748034;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00107111;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:4:7:3:12:4:7:3:13 chr11 103909754 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0185032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.992;QD=10.0752;RBI=0.042471;REFB=-0.0137056;REVB=0.0382285;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34871;STB=0.713729;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0156812;OID=.;OPOS=103909754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:6:8:2:6:6:8 chr11 103909897 . A G 126.99 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0407624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.298;QD=19.5366;RBI=0.0407628;REFB=-0.0122835;REVB=-0.000188747;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513374;STB=0.569516;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0125809;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:11:12:13:14:0.538462:4:9:7:4:4:10:7:5 chr11 104758035 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8773;QD=56.188;RBI=0.0342843;REFB=0;REVB=-0.0116832;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000593288;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 104761100 . T C 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.661;QD=51.1739;RBI=0.0202671;REFB=0;REVB=-0.0141554;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19486e-06;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr11 104761206 . C T 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00246686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4538;QD=58.2422;RBI=0.0521052;REFB=-0.118278;REVB=-0.0520468;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0032941;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:0:1:23:16:0:1 chr11 104763117 . G A 790.34 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205236;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.898;QD=64.5174;RBI=0.0206081;REFB=0;REVB=0.00186431;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01829e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr11 104763716 . A G 621.01 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00755873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.683;QD=55.2013;RBI=0.0100114;REFB=-0.170275;REVB=0.00656452;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149055;STB=0.506119;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00122962;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:1:3:42:42:0.933333:31:11:0:1:31:11:1:2 chr11 104767998 . C CA 210.05 PASS AF=1;AO=5;DP=39;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039782;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.34505;QD=23.3387;RBI=0.0646776;REFB=0;REVB=0.050996;RO=33;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00743836;OID=.;OPOS=104767999;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:39:36:36:0:9:27:0:0:6:33:3:2:8:25 chr11 104768000 . G A,T 544.47 PASS AF=0.871795,0.102564;AO=33,5;DP=39;FAO=34,4;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=9,2;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266337,-0.0733943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.1007,15.4833;QD=55.8426;RBI=0.045832,0.074076;REFB=-0.107427,0.0129337;REVB=0.037299,0.0100265;RO=1;SAF=8,3;SAR=25,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0183273,0.169284;STB=0.509798,0.599516;STBP=0.621,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=0.00759016,0.142459;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:39:39:1:1:33,5:34,4:0.871795,0.102564:25,2:8,3:0:1:25,2:9,2:0:1 chr11 104768098 . T C 476.8 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0307;QD=56.0939;RBI=0.0400133;REFB=-0.0520919;REVB=0.033877;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904536;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:23:10:0:1:24:10:0:0 chr11 104819327 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.48;QD=57.3858;RBI=0.0099801;REFB=0;REVB=-0.00253178;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65361e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr11 104839222 . A G 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.761;QD=57.8252;RBI=0.0417394;REFB=-0.130756;REVB=-0.00142558;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000571792;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:23:15:1:0 chr11 104869708 . G C 868.81 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.996;QD=57.9204;RBI=0.0195115;REFB=0;REVB=0.0194169;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40997e-05;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:32:26:0:0:34:26:0:0 chr11 105223502 . T C 954.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3609;QD=58.7637;RBI=0.0325504;REFB=0;REVB=0.00399067;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277718;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr11 105878844 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8064;QD=59.4351;RBI=0.0210516;REFB=0;REVB=0.0181436;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45345e-05;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr11 106647222 . G A 904.32 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0952989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2006;QD=56.52;RBI=0.0957936;REFB=-0.0114591;REVB=-0.00972359;RO=1;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119514;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00108943;OID=.;OPOS=106647222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:1:1:61:63:0.984375:39:22:0:1:40:23:0:1 chr11 106849400 . G A 682.49 PASS AF=0.584071;AO=64;DP=113;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=-0.00438277;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.698;QD=24.1588;RBI=0.0157415;REFB=-0.00516987;REVB=-0.015119;RO=48;SAF=37;SAR=27;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15998;STB=0.577394;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0037942;OID=.;OPOS=106849400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:47:64:66:0.584071:27:37:37:11:27:39:36:11 chr11 107381765 . G A 101.1 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0630176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1506;QD=16.8498;RBI=0.115083;REFB=-0.0399048;REVB=-0.0962963;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581219;STB=0.54831;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0461428;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:4:8:8:3:4:8:9:3 chr11 107420530 . A G 246.84 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0211249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.668;QD=15.925;RBI=0.021283;REFB=-0.00901692;REVB=0.00258956;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571552;STB=0.532235;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0133984;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:15:19:14:14:15:19 chr11 107424680 . T C 61.1 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0536396;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3093;QD=3.70277;RBI=0.0569083;REFB=-0.00728886;REVB=0.0190091;RO=54;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571094;STB=0.532104;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00742349;OID=.;OPOS=107424680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:67:66:54:55:11:11:0.166667:7:4:22:32:7:4:22:33 chr11 107578721 . C G 248.59 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.08291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.339;QD=25.4963;RBI=0.0833168;REFB=-0.000716389;REVB=-0.00822288;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209157;STB=0.616335;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000970416;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:15:8:10:6:15:8:10:6 chr11 107663403 . T C 54.28 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0298313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.305;QD=9.04617;RBI=0.0548243;REFB=-0.0133497;REVB=0.0459977;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208434;OID=.;OPOS=107663403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:14:16:7:8:0.333333:4:3:5:9:5:3:6:10 chr11 107917087 . A G 631.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6599;QD=61.6535;RBI=0.0668038;REFB=0;REVB=0.0076193;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109505;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 108141828 . A G 123.9 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.002218;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.948;QD=4.907;RBI=0.00345968;REFB=-0.00360815;REVB=0.00265515;RO=77;SAF=5;SAR=15;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248572;STB=0.653467;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0124135;OID=.;OPOS=108141828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:77:81:20:20:0.19802:15:5:33:44:15:5:34:47 chr11 108183167 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.887;QD=56.7066;RBI=0.067798;REFB=0;REVB=0.0322604;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449979;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr11 108345515 . G GA 173.33 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00453778;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=187.52;QD=11.7512;RBI=0.0251872;REFB=-0.00554413;REVB=0.0247751;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180428;STB=0.574264;STBP=0.376;TYPE=ins;VARB=0.0062878;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440678:25:59:26:59:33:20:6:22:11:99:33:20:5:22:11 chr11 108380335 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.348;QD=62.6711;RBI=0.0390917;REFB=0;REVB=0.00805912;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115507;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr11 108381247 . C T 803.46 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00351561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.97;QD=55.4113;RBI=0.00518499;REFB=-0.0620059;REVB=-0.00381112;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000287886;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:56:57:0.982759:22:34:0:0:23:34:0:1 chr11 108381756 . T G 32.27 PASS AF=0.101124;AO=8;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.154252;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.0442;QD=1.45023;RBI=0.154931;REFB=-0.0283553;REVB=-0.0144808;RO=55;SAF=7;SAR=1;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560604;STB=0.885784;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.220049;OID=.;OPOS=108381756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:89:89:55:80:8:9:0.101124:1:7:21:34:1:8:37:43 chr11 108384207 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.071;QD=60.9771;RBI=0.0255868;REFB=0;REVB=-0.0127337;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77154e-05;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr11 108409784 . T A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.469;QD=57.712;RBI=0.0451397;REFB=0;REVB=0.03116;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26199e-06;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr11 108464209 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.838;QD=57.2372;RBI=0.0708007;REFB=0;REVB=-0.0663025;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124499;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr11 109296550 . A G 137.86 PASS AF=0.517241;AO=16;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00127974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2969;QD=19.0156;RBI=0.0330034;REFB=-0.0152056;REVB=-0.0329785;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104792;STB=0.558748;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0155051;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:16:15:0.517241:10:6:3:9:9:6:4:10 chr11 109297750 . G A 70.53 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.010768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.143;QD=3.61673;RBI=0.0122683;REFB=-0.00220103;REVB=-0.00587874;RO=64;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293639;STB=0.685445;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00840897;OID=.;OPOS=109297750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:64:65:13:13:0.166667:5:8:24:40:5:8:25:40 chr11 109298127 . T G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0117643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.361;QD=8.691;RBI=0.0121985;REFB=-0.012913;REVB=-0.00322552;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0379937;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:7:10:5:3:7:10 chr11 110448226 . A C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00178079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.324;QD=27.2217;RBI=0.0147101;REFB=-0.0057915;REVB=0.0146019;RO=16;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26837;STB=0.649867;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00390241;OID=.;OPOS=110448226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:20:5:8:8:20:5:8:8 chr11 110462776 . T C 126.25 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.00100783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.538;QD=4.46884;RBI=0.00118625;REFB=0.00178123;REVB=0.000625667;RO=91;SAF=12;SAR=10;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14745;STB=0.593218;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00676108;OID=.;OPOS=110462776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:91:91:22:22:0.19469:10:12:39:52:10:12:39:52 chr11 111164651 . T C 191.47 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00591655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.692;QD=9.69486;RBI=0.0109331;REFB=-0.00461885;REVB=0.00919383;RO=54;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877;STB=0.551474;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0101392;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:13:12:30:24:13:12:30:24 chr11 111167557 . A C 140.12 PASS AF=0.6;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000790407;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.111;QD=22.4191;RBI=0.0114625;REFB=-0.0235385;REVB=0.0114352;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142995;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0219899;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:25:10:10:15:15:0.6:9:6:6:4:9:6:6:4 chr11 111167776 . C G 218.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0150626;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.128;QD=22.3918;RBI=0.0166893;REFB=-0.0178368;REVB=-0.00718697;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685444;STB=0.528274;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0172399;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:14:7:7:10:14:7:7:11 chr11 111167792 . T G 205.23 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0150456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.613;QD=21.0496;RBI=0.0220695;REFB=-0.0303296;REVB=-0.016146;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240324;STB=0.609646;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0369874;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:15:5:9:9:15:6:9:9 chr11 111168767 . C T 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00127148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.41;QD=24.2682;RBI=0.0267253;REFB=-0.00536144;REVB=-0.0266951;RO=22;SAF=24;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117171;STB=0.564665;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00140959;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:9:24:13:9:9:24:13:9 chr11 111325007 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0111452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.824;QD=17.6438;RBI=0.0944799;REFB=-0.0162621;REVB=-0.0938202;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092312;STB=0.553081;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00829627;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:1:6:7:2:1:6 chr11 111327213 . G A 393.2 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.629;QD=56.1715;RBI=0.0548493;REFB=0;REVB=0.0119171;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332369;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr11 111368047 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.781;QD=62.9829;RBI=0.0236423;REFB=0;REVB=-0.0138155;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104813;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr11 111420364 . A G 787.43 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141081;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.008;QD=57.2674;RBI=0.0318585;REFB=0;REVB=0.0285644;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66568e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 600.06 PASS AF=0.903226;AO=50;DP=63;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.008851;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=3;MLLD=270.444;QD=38.7133;RBI=0.0133262;REFB=-0.0312625;REVB=0.00996226;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523163;STBP=0.291;TYPE=del;VARB=0.00285591;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903226:50:63:56:62:6:34:22:5:1:11:0:32:18:0:0 chr11 111553893 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.37;QD=52.6127;RBI=0.0448679;REFB=0;REVB=0.037537;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253521;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 111724133 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0594;QD=53.9109;RBI=0.0466902;REFB=0;REVB=-0.043508;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432969;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr11 111749349 . A T 1043.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.488;QD=59.64;RBI=0.0100945;REFB=0;REVB=0.00281935;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56155e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:28:42:0:0 chr11 111795085 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.031;QD=37.4885;RBI=0.0169579;REFB=0;REVB=-0.0141237;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000781555;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 111848531 . C T 399.99 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00853489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4856;QD=53.3324;RBI=0.0149269;REFB=-0.215205;REVB=0.0122461;RO=1;SAF=22;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02071;STB=0.511104;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0138349;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:7:22:1:0:7:22:1:0 chr11 111853106 . G GC 422.33 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.0586;QD=40.2221;RBI=0.0608377;REFB=0;REVB=-0.0413843;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000662711;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:42:42:42:0:24:18:0:0:8:2:21:18:2:0 chr11 111896324 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.386;QD=58.1413;RBI=0.0135089;REFB=0;REVB=0.0048863;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01047e-05;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr11 111904179 . TGGGAAAAAAAA TGGAAAAAAAA,TGGGAAAAAAA,TGGGAAAAAAAG 34.96 PASS AF=0,0.244898,0.0408163;AO=6,16,2;DP=49;FAO=0,12,2;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=0,7,0;FSAR=0,5,2;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0392359,-0.117258,-0.0659079;FXX=0;HRUN=3,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=21.2719,7.33586,24.7985;QD=2.85373;RBI=0.468835,0.124384,0.0661955;REFB=-0.00462981,-0.0617439,-0.0215916;REVB=-0.46719,-0.0414948,-0.00616391;RO=17;SAF=0,12,0;SAR=6,4,2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.775928,0.0513059,-0.626525;STB=0.5,0.509076,0.99544;STBP=1,0.959,0.106;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0224338,-0.0250424;OID=.,.,.;OPOS=111904180,111904183,111904190;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TGGAAAAAAAA,TGGGAAAAAAA,TGGGAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.244898,0.0408163:6,16,2:49:0,12,2:49:35:0,7,0:0,5,2:20:15:28:17:0,12,0:6,4,2:12:5 chr11 111908162 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4678;QD=64.1531;RBI=0.0244016;REFB=0;REVB=-0.0243243;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199366;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr11 111916647 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4393;QD=62.0202;RBI=0.0489952;REFB=0;REVB=-0.0261152;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000987839;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 111956989 . C A 1492.32 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.179;QD=63.5029;RBI=0.035487;REFB=0;REVB=0.0353654;RO=0;SAF=70;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12294e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:22:70:0:0:24:70:0:0 chr11 112020916 . T G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0308788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.627;QD=19.7024;RBI=0.034065;REFB=-0.00458737;REVB=0.0143848;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379006;STB=0.713076;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00360255;OID=.;OPOS=112020916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:3:13:6:11:3:13 chr11 112040027 . A G 320.07 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0341866;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4616;QD=15.6133;RBI=0.0344609;REFB=0.00158222;REVB=0.00433931;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126468;STB=0.571388;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000315514;OID=.;OPOS=112040027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:20:15:26:21:20:15:26:21 chr11 112065434 . T C 850.62 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.842;QD=57.6692;RBI=0.0419702;REFB=0;REVB=0.0337966;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82366e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:24:35:0:0 chr11 112088499 . A C 1645.58 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710724;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4975;QD=58.2507;RBI=0.132481;REFB=-0.0897721;REVB=0.132291;RO=2;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259779;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:2:0:110:113:1:44:66:0:2:47:66:0:0 chr11 112123095 . A G 739.79 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000908161;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3841;QD=61.6492;RBI=0.12647;REFB=-0.169509;REVB=-0.126466;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00404778;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:0:1:17:30:0:1 chr11 112223299 . G A 686.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.653;QD=62.385;RBI=0.022847;REFB=0;REVB=0.0187271;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48891e-05;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr11 112832339 . GC G 185.06 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3202;QD=46.2652;RBI=0.110092;REFB=0;REVB=-0.0995483;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0116946;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:16:16:16:0:12:4:0:0:4:0:10:4:0:0 chr11 112832353 . T C 123.27 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.863;QD=37.9296;RBI=0.0143014;REFB=-0.100138;REVB=-0.00841796;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00173416;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:3:9:1:0:3:9:1:0 chr11 112832358 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.616;QD=44.6898;RBI=0.0153991;REFB=0;REVB=-0.0107913;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37194e-06;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr11 113111501 . T C 55.35 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0628924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2505;QD=10.0629;RBI=0.0797261;REFB=0.0234137;REVB=-0.0489979;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237013;STB=0.723463;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0430729;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:7:8:0.363636:6:1:4:10:7:1:5:9 chr11 113113515 . G A 994.21 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0595159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.575;QD=57.6353;RBI=0.0595161;REFB=-0.0361564;REVB=0.00014675;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000303967;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:0:1:36:32:0:1 chr11 113146785 . T C 214.12 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0170588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.134;QD=14.7671;RBI=0.0262354;REFB=-0.00758096;REVB=-0.0199323;RO=30;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753768;STB=0.567605;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.011014;OID=.;OPOS=113146785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:33:25:25:0.431034:6:19:21:9:6:19:22:11 chr11 113194168 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000212399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.789;QD=53.2772;RBI=0.0258677;REFB=0;REVB=0.0258669;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135966;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 113266821 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000567523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.863;QD=61.3358;RBI=0.0206031;REFB=0;REVB=0.0205953;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68943e-05;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr11 113270015 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5289;QD=62.0207;RBI=0.119092;REFB=0;REVB=0.00478555;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000726077;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr11 113270374 . C T 1808.89 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.722;QD=60.2963;RBI=0.0999772;REFB=-0.0590948;REVB=0.0961009;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306218;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:120:0:0:117:120:1:60:57:0:0:62:58:0:0 chr11 113270828 . G A 1116.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3208;QD=60.3686;RBI=0.0390887;REFB=0;REVB=0.0335846;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205897;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr11 113283477 . A G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.004;QD=59.042;RBI=0.0156698;REFB=-0.1411;REVB=-0.00493089;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0027494;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:14:27:0:0:14:27:0:1 chr11 113285064 . A AG 39.2 PASS AF=0.138614;AO=20;DP=100;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.035359;FXX=0.00980296;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.809;QD=1.5523;RBI=0.0592601;REFB=-0.00639533;REVB=-0.0475553;RO=79;SAF=0;SAR=20;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741433;STB=0.872666;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.16818;OID=.;OPOS=113285065;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138614:20:100:14:101:87:1:13:34:53:39:79:0:20:34:45 chr11 113561025 . G A 690.31 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00321405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9022;QD=22.6331;RBI=0.0157453;REFB=0.00256867;REVB=0.0154138;RO=55;SAF=26;SAR=41;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541876;STB=0.502965;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00191042;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:55:55:67:67:0.54918:41:26:21:34:41:26:21:34 chr11 113561054 . A G 717.91 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0132757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.262;QD=22.9733;RBI=0.0133675;REFB=-0.0116405;REVB=-0.00156398;RO=56;SAF=25;SAR=44;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111956;STB=0.506125;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00763659;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:56:69:69:0.552:44:25:21:35:44:25:21:35 chr11 113561057 . A G 720.95 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00969776;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8379;QD=23.2566;RBI=0.0101522;REFB=-0.00493536;REVB=0.0030033;RO=53;SAF=25;SAR=44;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128918;STB=0.500632;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244386;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:53:55:69:69:0.556452:44:25:20:33:44:25:20:35 chr11 113567640 . TG T 272.97 PASS AF=0.6875;AO=32;DP=49;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0644669;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7812;QD=22.7471;RBI=0.11814;REFB=0.00979538;REVB=-0.0989998;RO=15;SAF=2;SAR=30;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.252101;SSSB=-0.149476;STB=0.584847;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=-0.00531999;OID=.;OPOS=113567641;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:32:49:33:48:15:2:31:2:13:70:15:2:30:2:13 chr11 113576932 . A G 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.075779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2516;QD=15.2539;RBI=0.0759779;REFB=-0.0207117;REVB=0.00549322;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14681;STB=0.585275;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0493319;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:15:5:11:19:15:5:11:19 chr11 113670052 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.986;QD=60.978;RBI=0.00912316;REFB=0;REVB=0.00594375;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14983e-05;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr11 113679119 . C T 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0354761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5611;QD=13.5755;RBI=0.0409807;REFB=0.0222196;REVB=0.0205149;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196894;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0286137;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:8:11:5:8:8:11 chr11 113803104 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0302485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8963;QD=12.143;RBI=0.0651653;REFB=-0.00891918;REVB=-0.0577196;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130329;STB=0.576119;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0121231;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:7:12:17:16:7:12:17:16 chr11 113846077 . C T 423.63 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0146837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.568;QD=16.1381;RBI=0.0238211;REFB=-0.0447081;REVB=-0.0187571;RO=58;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219837;STB=0.512285;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0485559;OID=.;OPOS=113846077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:29:18:21:37:29:18:21:37 chr11 113860425 . A G 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0221668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.984;QD=23.1634;RBI=0.0429466;REFB=-0.0087262;REVB=-0.0367837;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899539;STB=0.558058;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00928797;OID=.;OPOS=113860425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:15:11:7:15:15:11:7:16 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 343.1 PASS AF=0.25,0.75,0;AO=9,12,7;DP=61;FAO=15,45,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15,21,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107902,-0.230802,-0.391562;FXX=0.0163908;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=146.954,6.95386,12.5522;QD=22.8733;RBI=0.141012,0.732935,0.499124;REFB=0.0119147,0.101205,0.059243;REVB=0.0907835,0.695647,0.309522;RO=17;SAF=9,5,7;SAR=0,7,0;SRF=2;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.844781,0.336532,0.833887;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.114809,-0.0135606,0;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75,0:9,12,7:61:15,45,0:60:0:15,21,0:0,24,0:0:0:86:17:9,5,7:0,7,0:2:15 chr11 114421857 . T C 150.1 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00941064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.558;QD=12.7746;RBI=0.0160295;REFB=-0.00470461;REVB=0.0129764;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264837;STB=0.507763;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00951764;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:16:17:0.361702:9:7:12:17:10:7:12:18 chr11 114421861 . G A 150.88 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0270473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4375;QD=12.5731;RBI=0.0362007;REFB=0.0106212;REVB=0.024061;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281768;STB=0.51652;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0197263;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:12:19:10:7:12:19 chr11 114421895 . G A 92.61 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0186807;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.431;QD=8.41936;RBI=0.0343241;REFB=-0.00915328;REVB=-0.0287954;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50846;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0171759;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:27:32:12:12:0.272727:8:4:9:18:8:4:11:21 chr11 114421909 . T C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0313029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.559;QD=7.04931;RBI=0.0375229;REFB=0.000679749;REVB=0.0206905;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105027;STB=0.58316;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00220762;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:7:3:11:18:7:3:12:18 chr11 114421912 . A G 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00122087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.065;QD=8.23031;RBI=0.00422642;REFB=-0.00457833;REVB=-0.00404625;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133465;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:24:25:10:10:0.285714:6:4:10:14:6:4:10:15 chr11 114453267 . G T 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0369099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2863;QD=14.9476;RBI=0.0369874;REFB=-0.0151458;REVB=-0.00239285;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734077;STB=0.541566;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0200295;OID=.;OPOS=114453267;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:20:22:14:17:20:22 chr11 114453437 . C T 596.04 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0125799;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.849;QD=17.6603;RBI=0.0512728;REFB=0.00587243;REVB=0.0497056;RO=73;SAF=21;SAR=41;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477759;STB=0.526597;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00760294;OID=.;OPOS=114453437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:73:73:62:62:0.459259:41:21:28:45:41:21:28:45 chr11 114568942 . T C 538.85 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0496046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1987;QD=20.5277;RBI=0.0884035;REFB=-0.0356312;REVB=-0.0731749;RO=48;SAF=29;SAR=26;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759689;STB=0.532006;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.022254;OID=.;OPOS=114568942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:50:55:55:0.52381:26:29:21:27:26:29:23:27 chr11 114569054 . A G 448.94 PASS AF=0.505618;AO=43;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00279565;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7463;QD=20.1773;RBI=0.0262315;REFB=-0.022522;REVB=-0.0260821;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155097;STB=0.583297;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0225501;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:44:43:45:0.505618:23:20:28:16:24:21:28:16 chr11 114576626 . A T 167.1 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0488945;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.4131;QD=11.7265;RBI=0.0517577;REFB=-0.0242837;REVB=0.016976;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062203;STB=0.545411;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0508838;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:12:9:17:18:12:9:18:18 chr11 114577188 . AT A 95.82 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0572358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.3592;QD=9.82719;RBI=0.0772867;REFB=-0.0393704;REVB=-0.0519354;RO=21;SAF=0;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.826229;STB=0.882565;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0480609;OID=.;OPOS=114577189;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:17:39:18:39:21:1:17:11:10:95:21:0:17:11:10 chr11 115044850 . C A 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00514026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.64;QD=33.3165;RBI=0.00962781;REFB=-0.0198727;REVB=0.00814079;RO=9;SAF=19;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596865;STB=0.522917;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00510046;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:9:10:25:25:0.714286:6:19:6:3:6:19:7:3 chr11 115085457 . G A 160.04 PASS AF=0.180723;AO=29;DP=166;FAO=30;FDP=166;FR=.;FRO=136;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=64;FWDB=-0.0117598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.932;QD=3.85643;RBI=0.0122297;REFB=-0.00829147;REVB=0.00335753;RO=136;SAF=22;SAR=7;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312494;STB=0.677958;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0285078;OID=.;OPOS=115085457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:136:136:29:30:0.180723:7:22:72:64:8:22:72:64 chr11 116633825 . C T 256.36 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0242464;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.547;QD=17.9904;RBI=0.0476801;REFB=-0.0141665;REVB=-0.0410549;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146761;STB=0.584354;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0153578;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:29:28:28:0.491228:10:18:13:14:10:18:14:15 chr11 116661488 . C T 363.29 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00228891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.354;QD=18.1645;RBI=0.0232416;REFB=-0.0328564;REVB=0.0231287;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236221;STB=0.501319;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0304863;OID=.;OPOS=116661488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:18:20:22:20:18:20:22:20 chr11 116661826 . T C 264.36 PASS AF=0.461538;AO=28;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-5.55741e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.962;QD=16.2685;RBI=0.00898875;REFB=-0.023474;REVB=-0.00898858;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117266;STB=0.548988;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0250554;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:28:30:0.461538:12:16:24:11:12:18:24:11 chr11 116662579 . C T 257.71 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0284019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.349;QD=23.4285;RBI=0.0363563;REFB=-0.0322039;REVB=-0.0226961;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114994;STB=0.564098;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.044164;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:12:8:13:11:12:8 chr11 116692334 . C T 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0279085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.824;QD=19.7008;RBI=0.0322895;REFB=-0.0161219;REVB=-0.0162396;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429402;STB=0.741995;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0078302;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:5:12:3:13:5:12:3:13 chr11 116693464 . C T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0272683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.886;QD=17.1583;RBI=0.0290276;REFB=-0.0243837;REVB=0.00995177;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531187;STB=0.52975;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0263849;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:19:18:19:25:19:18:19:25 chr11 116701535 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=13;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0396737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.755;QD=20.0174;RBI=0.0398558;REFB=-0.0303369;REVB=-0.00380486;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.516111;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0367135;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:13:18:0.514286:10:3:7:9:10:8:7:10 chr11 116732041 . G T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0126228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.448;QD=22.581;RBI=0.0912036;REFB=-0.0144925;REVB=-0.0903258;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252478;STB=0.63981;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00544436;OID=.;OPOS=116732041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:7:0:3:9:7:0 chr11 117042377 . G A 270.21 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0151695;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.282;QD=20.7851;RBI=0.0209958;REFB=-0.0211675;REVB=-0.0145158;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232079;STB=0.625252;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0196938;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:24:27:28:0.538462:10:17:9:16:11:17:8:16 chr11 117077034 . A G 156.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0569998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.432;QD=15.6234;RBI=0.0570145;REFB=-0.00146662;REVB=0.00129284;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359294;STB=0.520686;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00297628;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:13:10:8:9:13:10 chr11 117156552 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.034997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3296;QD=14.1386;RBI=0.0503166;REFB=-0.00347823;REVB=0.0361521;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249257;STB=0.655527;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00307941;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:13:6:8:6:14:6 chr11 117160347 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.379;QD=56.9382;RBI=0.0325893;REFB=0;REVB=-0.0176339;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11511e-05;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr11 117160518 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00838626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.642;QD=23.3816;RBI=0.0130724;REFB=-0.0188066;REVB=0.0100279;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127709;STB=0.571354;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0125767;OID=.;OPOS=117160518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:5:9:9:10:5:9 chr11 117163824 . C G 305.97 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0456235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7572;QD=19.1234;RBI=0.0736492;REFB=0.00134576;REVB=0.0578162;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728319;STB=0.5475;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00221053;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:32:33:0.515625:15:17:19:12:16:17:19:12 chr11 117252489 . T C 862.56 PASS AF=0.511494;AO=73;DP=160;FAO=89;FDP=174;FR=.;FRO=85;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=26;FWDB=0.0188835;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.342;QD=19.8289;RBI=0.0271338;REFB=-0.0235385;REVB=-0.0194849;RO=80;SAF=47;SAR=26;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590867;STB=0.501449;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0244293;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:174:80:85:73:89:0.511494:26:47:56:24:27:62:59:26 chr11 117265137 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.037086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.264;QD=22.3407;RBI=0.0371736;REFB=-0.0304884;REVB=-0.00255015;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25898;STB=0.64688;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.020382;OID=.;OPOS=117265137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:7:7:14:4:7:7 chr11 117266312 . C G 228.83 PASS AF=0.5;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00126837;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.758;QD=20.8025;RBI=0.0194602;REFB=-0.0204895;REVB=0.0194188;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186975;STB=0.590829;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0179842;OID=.;OPOS=117266312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:22:22:0.5:11:11:6:15:11:11:7:15 chr11 117267884 . A G 456.35 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0280749;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8944;QD=20.0595;RBI=0.0436828;REFB=-0.0258119;REVB=-0.0334662;RO=47;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309967;STB=0.505615;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0226999;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:46:44:45:0.494505:21:23:23:24:22:23:23:23 chr11 117282800 . G T 285.0 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00479478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.559;QD=23.7502;RBI=0.0344832;REFB=-0.0407186;REVB=0.0341482;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130028;STB=0.572094;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.021044;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:11:15:16:6:11:15:16:6 chr11 117303858 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.115;QD=57.7124;RBI=0.0157505;REFB=0;REVB=-0.00334582;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77228e-05;OID=.;OPOS=117303858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr11 117335686 . G A 274.47 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0013304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.695;QD=19.9613;RBI=0.0440053;REFB=0.00409384;REVB=0.0439852;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180489;STB=0.510043;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00337109;OID=.;OPOS=117335686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:14:12:14:15:14:12 chr11 117335722 . T C 1019.17 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9929;QD=58.2381;RBI=0.0595748;REFB=0;REVB=0.0588228;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657069;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:36:30:0:0:38:32:0:0 chr11 117691386 . G A 84.21 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0786536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1531;QD=10.5267;RBI=0.0787711;REFB=-0.015004;REVB=0.00430066;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150282;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0223413;OID=.;OPOS=117691386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:7:4:10:10:7:4:10:11 chr11 117693255 . T C 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0451657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.061;QD=19.7637;RBI=0.046044;REFB=-0.0320593;REVB=-0.00895033;RO=33;SAF=11;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13376;STB=0.574542;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0302751;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:24:11:15:18:24:11:15:18 chr11 117774394 . A G 736.85 PASS AF=0.964286;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0785988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9735;QD=52.632;RBI=0.0868644;REFB=0.0117116;REVB=0.0369818;RO=2;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494789;STB=0.522719;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00441183;OID=.;OPOS=117774394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:56:2:2:51:54:0.964286:18:33:0:2:21:33:0:2 chr11 117789242 . C G 328.05 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0194277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.614;QD=15.8098;RBI=0.0723862;REFB=-0.000629304;REVB=-0.0697304;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.002404;STB=0.501354;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00013496;OID=.;OPOS=117789242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:16:20:26:21:16:20:26:21 chr11 117789317 . T C 30.16 PASS AF=0.120482;AO=3;DP=75;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0453723;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.587;QD=1.45343;RBI=0.0501195;REFB=-0.0100668;REVB=0.0212914;RO=72;SAF=0;SAR=3;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439721;STB=0.905535;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.175147;OID=.;OPOS=117789317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:75:83:72:73:3:10:0.120482:3:0:41:31:9:1:42:31 chr11 117789342 . TGGG CGGC 101.27 PASS AF=0.202899;AO=13;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.025613;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=4;MLLD=117.963;QD=5.87065;RBI=0.0257644;REFB=-0.0445232;REVB=-0.00278945;RO=45;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511627;STB=0.749687;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.101863;OID=.;OPOS=117789342;OREF=TGGG;OALT=CGGC;OMAPALT=CGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:69:69:45:50:13:14:0.202899:4:9:11:34:5:9:15:35 chr11 117800033 . G A 497.2 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0201972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.353;QD=23.6761;RBI=0.0264427;REFB=-0.0240282;REVB=0.0170672;RO=37;SAF=12;SAR=35;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168791;STB=0.593178;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0198523;OID=.;OPOS=117800033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:35:12:16:21:35:12:16:21 chr11 117857338 . G C 137.87 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00114602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1587;QD=11.4891;RBI=0.00854998;REFB=0.00180448;REVB=-0.00847283;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703329;STB=0.541615;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00386873;OID=.;OPOS=117857338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:14:18:8:8:14:18 chr11 117859209 . G A 274.73 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0633811;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.074;QD=24.4203;RBI=0.0831124;REFB=-0.0378868;REVB=0.0537635;RO=19;SAF=5;SAR=20;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726084;STB=0.533306;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0323515;OID=.;OPOS=117859209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:20:5:5:14:20:5:5:15 chr11 117864047 . A G 107.55 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.083542;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.481;QD=11.6275;RBI=0.0836765;REFB=-0.0245981;REVB=0.00474195;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103661;STB=0.519201;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0461396;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:24:12:13:0.351351:8:4:5:15:9:4:8:16 chr11 117869670 . A G 314.9 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.58;QD=52.4834;RBI=0.0317501;REFB=0;REVB=0.0316439;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563643;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 117965595 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0239137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.851;QD=21.2639;RBI=0.0246595;REFB=-0.0269536;REVB=0.00601876;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135243;STB=0.576391;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00969979;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:8:10:14:6:8:10 chr11 117965602 . C T 142.76 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0338201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3343;QD=15.0272;RBI=0.045;REFB=-0.0192687;REVB=0.029685;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044353;STB=0.507033;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0293938;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:10:6:7:14:10:6:8:14 chr11 117982495 . T G 869.87 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.059;QD=56.1203;RBI=0.0302921;REFB=0.0537097;REVB=0.0252777;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00135443;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:61:61:0.983871:21:40:0:0:21:40:1:0 chr11 117988082 . T C 841.06 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000300317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.426;QD=54.2619;RBI=0.0134644;REFB=-0.00390949;REVB=-0.013461;RO=2;SAF=42;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143934;STB=0.507631;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000125208;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:18:42:1:1:18:42:1:1 chr11 117988654 . G C 418.01 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.26;QD=53.9367;RBI=0.0444387;REFB=-0.107482;REVB=-0.00090103;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00113516;OID=.;OPOS=117988654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:0:1 chr11 118037794 . AG A 30.91 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0445633;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.18;QD=6.18186;RBI=0.116693;REFB=-0.112776;REVB=-0.107849;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.461538;SSSB=-0.184599;STB=0.529329;STBP=0.861;TYPE=del;VARB=0.133059;OID=.;OPOS=118037795;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:21:7:20:13:3:4:5:8:30:11:2:5:5:6 chr11 118074337 . A G 63.87 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0094852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0636;QD=9.82607;RBI=0.028393;REFB=-0.0218698;REVB=-0.0267617;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154634;STB=0.594378;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0422464;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:9:8:3:6:9:8 chr11 118081345 . A T 389.4 PASS AF=0.52;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=9.98506e-05;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.667;QD=20.7681;RBI=0.00392256;REFB=-0.00331651;REVB=-0.00392129;RO=35;SAF=14;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137709;STB=0.570576;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00466795;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:36:39:39:0.52:25:14:18:17:25:14:18:18 chr11 118083664 . A G 390.76 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.000219328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5674;QD=16.628;RBI=0.0171866;REFB=-0.00971481;REVB=0.0171852;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668917;STB=0.54402;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0114454;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:40:41:0.43617:20:20:30:23:21:20:30:23 chr11 118107805 . A G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0199406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.157;QD=13.2307;RBI=0.0199882;REFB=-0.0147404;REVB=-0.00137809;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208218;STB=0.512181;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0254247;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:5:12:20:9:5:12:20:9 chr11 118110977 . T C 497.24 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0363978;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6705;QD=19.1248;RBI=0.0398442;REFB=0.00291783;REVB=-0.01621;RO=52;SAF=27;SAR=25;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121358;STB=0.567034;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00268365;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:52:52:52:52:0.5:25:27:20:32:25:27:20:32 chr11 118393396 . A G 496.63 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0388366;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0779;QD=21.5926;RBI=0.0388731;REFB=0.0027128;REVB=-0.00168469;RO=44;SAF=22;SAR=25;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067652;STB=0.531661;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00188155;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:44:44:47:48:0.521739:25:22:24:20:25:23:24:20 chr11 118405068 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.629;QD=48.7322;RBI=0.00688818;REFB=0;REVB=-0.000984049;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61624e-05;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr11 118405305 . G A 464.5 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.529;QD=58.0629;RBI=0.0582188;REFB=0;REVB=0.0370457;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344465;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr11 118405835 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.307;QD=58.5876;RBI=0.11007;REFB=0;REVB=0.00481686;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479602;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr11 118406328 . CAGTGTGGAAGC CAG,CAGC 88.27 PASS AF=0,1;AO=2,7;DP=9;FAO=0,9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205044,0.033743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=9,8;MLLD=277.093,324;QD=39.2293;RBI=0.02273,0.0370574;REFB=0,0;REVB=0.00980934,0.0153188;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000414022;OID=.,.;OPOS=118406331,118406329;OREF=TGTGGAAGC,AGTGTGGA;OALT=-,-;OMAPALT=CAG,CAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,7:9:0,9:9:0:0,1:0,8:0:0:4:0:0,1:2,6:0:0 chr11 118430519 . C T 584.22 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0549203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4837;QD=58.4216;RBI=0.0738694;REFB=-0.122981;REVB=-0.0494009;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00380934;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:1:0:19:20:1:0 chr11 118471423 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9701;QD=57.5438;RBI=0.016177;REFB=0;REVB=0.00775713;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239442;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr11 118472354 . C A 1139.26 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521869;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5369;QD=60.7605;RBI=0.0797081;REFB=0;REVB=0.0602487;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971922;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr11 118484631 . T C 30.41 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.03374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6499;QD=2.21199;RBI=0.0645355;REFB=-0.0026554;REVB=-0.0550131;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180834;STB=0.599681;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0206459;OID=.;OPOS=118484631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:46:49:6:6:0.109091:3:3:16:30:3:3:19:30 chr11 118505676 . GTA GA,GAG 711.95 PASS AF=1,0;AO=52,3;DP=56;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507627,0.00480372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=75.9548,63.8148;QD=49.9616;RBI=0.106519,0.11944;REFB=0,0;REVB=-0.106398,-0.119343;RO=0;SAF=27,1;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-6.05546e-05,-0.104774;OID=.,.;OPOS=118505677,118505677;OREF=T,TA;OALT=-,AG;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:52,3:56:57,0:57:0:29,0:28,0:0:0:4:0:27,1:25,2:0:0 chr11 118509668 . A G 193.06 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0235111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6081;QD=14.8507;RBI=0.0546871;REFB=-0.0205145;REVB=-0.0493751;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.571366;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0235609;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:30:22:22:0.423077:10:12:18:10:10:12:20:10 chr11 118529017 . T G 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.265;QD=37.4822;RBI=0.0748605;REFB=0;REVB=0.0420101;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298686;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 118529069 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1011;QD=45.8064;RBI=0.0836333;REFB=0;REVB=0.082478;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317383;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 118529078 . G C 133.02 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0700134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6787;QD=35.4725;RBI=0.0732981;REFB=-0.0870323;REVB=0.0216965;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.562406;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.016277;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:7:6:0:1:7:6:0:2 chr11 118529703 . G A 108.66 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0132214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0274;QD=13.582;RBI=0.0183119;REFB=-0.003191;REVB=0.0126696;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147914;STB=0.59985;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00285084;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:6:7:7:11:6:7:7:12 chr11 118620859 . AAAAT A 47.63 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-9.89187e-05;FXX=0.049975;HRUN=5;LEN=4;MLLD=331.396;QD=10.0281;RBI=0.00650284;REFB=-0.00552294;REVB=-0.00650209;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408238;STB=0.742287;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.00951454;OID=.;OPOS=118620860;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:20:7:19:12:4:3:2:10:47:12:4:3:2:10 chr11 118621824 . AG AGT,GT 815.37 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=56,3;DP=64;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941073,0.00925646;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,2;MLLD=22.0098,9.19715;QD=50.9608;RBI=0.113937,0.0892111;REFB=-0.0269476,0.000142616;REVB=0.113547,0.0887295;RO=3;SAF=29,3;SAR=27,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0176765,0.712642;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00790034,0.00821633;OID=.,.;OPOS=118621826,118621824;OREF=-,AG;OALT=T,GT;OMAPALT=AGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:64:64:3:0:56,3:61,3:0.953125,0.046875:27,0:29,3:1:2:29,0:32,3:0:0 chr11 118622744 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0482;QD=60.9765;RBI=0.0201407;REFB=0;REVB=-0.0196999;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246083;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr11 118757201 . C G 88.34 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.565;QD=39.2616;RBI=0.0294843;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141978;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:0:9:0:0 chr11 118828942 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00298581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.622;QD=16.4158;RBI=0.0144638;REFB=-0.00725757;REVB=0.0141523;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180419;STB=0.591261;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00813701;OID=.;OPOS=118828942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:10:4:7:8:10:4:7:9 chr11 118865465 . C T 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00498295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.573;QD=16.8955;RBI=0.0170304;REFB=-0.022325;REVB=-0.0162851;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0225218;OID=.;OPOS=118865465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:3:6:6:4:3:6 chr11 118867803 . G C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.06303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8429;QD=11.4401;RBI=0.0639416;REFB=-0.0233932;REVB=0.0107589;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111091;STB=0.565515;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0407097;OID=.;OPOS=118867803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:7:17:8:5:7:17 chr11 118872404 . T C 300.14 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.002281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5254;QD=13.9599;RBI=0.0329445;REFB=-0.00753576;REVB=0.0328655;RO=52;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21596;STB=0.62332;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0118587;OID=.;OPOS=118872404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:11:23:25:27:11:23:25:27 chr11 118886117 . C T 139.36 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0407591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8127;QD=12.3872;RBI=0.0427734;REFB=0.0211353;REVB=0.0129716;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121034;STB=0.571338;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0353872;OID=.;OPOS=118886117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:15:14:6:10:15:14 chr11 118890022 . C T 187.36 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0554538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8658;QD=14.6947;RBI=0.0808049;REFB=-0.00115442;REVB=0.0587734;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5118;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00529037;OID=.;OPOS=118890022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:8:12:18:12:8:13:18:12 chr11 118895686 . C T 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.056566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9981;QD=18.3149;RBI=0.0568994;REFB=-0.0124244;REVB=0.00615114;RO=43;SAF=27;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115774;STB=0.564819;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0118235;OID=.;OPOS=118895686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:12:27:25:18:12:27:25:18 chr11 118898435 . AC A,CA 696.47 PASS AF=0.959184,0.0204082;AO=45,3;DP=50;FAO=47,1;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0325895,-0.012899;FXX=0.019996;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=24.7488,9.79644;QD=56.8543;RBI=0.102174,0.0390928;REFB=0.17338,0.210304;REVB=0.0968373,0.0369034;RO=0;SAF=21,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50943,0.989913;STBP=0.517,0.496;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00127798,0.00942544;OID=.,.;OPOS=118898436,118898435;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:49:0:1:45,3:47,1:0.959184,0.0204082:24,2:21,1:0:0:26,0:21,1:0:1 chr11 118919206 . T C 570.16 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382842;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.497;QD=60.0167;RBI=0.042835;REFB=-0.0949566;REVB=0.0192135;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862935;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr11 118925341 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00326832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.494;QD=11.198;RBI=0.00536564;REFB=-0.00819695;REVB=0.00425538;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911075;STB=0.554364;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00863678;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:11:11:7:5:11:11 chr11 118927013 . T TC 412.45 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7966;QD=39.2811;RBI=0.139492;REFB=-0.0328592;REVB=0.121036;RO=6;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00875265;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:45:42:42:0:16:26:0:0:6:6:14:25:2:4 chr11 118940957 . C G 260.87 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0106103;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.36;QD=20.4605;RBI=0.0134637;REFB=-0.00483206;REVB=0.00828811;RO=23;SAF=19;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201821;STB=0.605014;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0049777;OID=.;OPOS=118940957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:23:24:27:27:0.529412:8:19:11:12:8:19:12:12 chr11 118947634 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0183444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.654;QD=11.6337;RBI=0.0191646;REFB=-0.00718439;REVB=-0.00554668;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.630875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0111171;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:8:8:7:3:8:8 chr11 118949331 . C T 102.7 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0334702;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9144;QD=16.4317;RBI=0.033471;REFB=0.00356611;REVB=0.00023937;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244233;STB=0.639785;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00238918;OID=.;OPOS=118949331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:6:6:10:3:6:6:10:3 chr11 118967758 . T C 537.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486111;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.017;QD=61.3756;RBI=0.0449707;REFB=0;REVB=0.0447072;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182134;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr11 118983434 . C T 269.75 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0143292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.327;QD=16.6002;RBI=0.0245956;REFB=-0.00868513;REVB=0.0199905;RO=35;SAF=9;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319773;STB=0.680129;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00806714;OID=.;OPOS=118983434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:21:9:22:13:21:9:22:13 chr11 119005088 . C T 460.92 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1935;QD=57.615;RBI=0.093413;REFB=0;REVB=0.0341444;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142246;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr11 119005132 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0105639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.466;QD=10.1731;RBI=0.0186277;REFB=0.0044154;REVB=0.0153426;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00278417;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr11 119031841 . G GC 166.33 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0958369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.4897;QD=36.9621;RBI=0.114864;REFB=-0.0324634;REVB=0.0633167;RO=3;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14342;STB=0.549939;STBP=0.312;TYPE=ins;VARB=0.0189978;OID=.;OPOS=119031842;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:15:18:16:18:2:9:7:2:0:8:3:8:7:3:0 chr11 119043656 . C T 1167.53 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00740176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.797;QD=58.3767;RBI=0.0127207;REFB=-0.0600065;REVB=0.0103455;RO=2;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000606876;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00025796;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:38:40:1:1:39:40:1:0 chr11 119052826 . C A 3669.79 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865399;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7364;QD=63.0007;RBI=0.101995;REFB=0;REVB=0.0539796;RO=0;SAF=108;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360168;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:233:0:0:230:233:1:122:108:0:0:123:110:0:0 chr11 119054488 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0101976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.117;QD=17.6895;RBI=0.0124999;REFB=-0.0141794;REVB=-0.00722893;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137865;STB=0.588392;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0176045;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:12:14:8:13:12:14 chr11 119059404 . G A 277.34 PASS AF=0.888889;AO=19;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0246388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.288;QD=41.0874;RBI=0.0264371;REFB=-0.0461788;REVB=0.00958395;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.636235;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00641697;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:0:3:19:24:0.888889:4:15:0:0:4:20:0:3 chr11 119063908 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0777865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.604;QD=17.8273;RBI=0.0793944;REFB=-0.0219894;REVB=0.0158973;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341189;STB=0.697328;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.034229;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:4:7:3:9:4:7 chr11 119065709 . G C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2534;QD=53.9056;RBI=0.0331777;REFB=0;REVB=-0.0193667;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120937;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 119179542 . A ATCTT 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00265601;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=245.986;QD=15.4716;RBI=0.0313338;REFB=-0.00030027;REVB=-0.0312211;RO=49;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305453;STB=0.517232;STBP=0.796;TYPE=ins;VARB=0.000300377;OID=.;OPOS=119179543;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423529:36:85:36:85:49:21:15:30:19:99:49:21:15:30:19 chr11 119180650 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00704363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.983;QD=14.2624;RBI=0.00704457;REFB=-0.0296902;REVB=0.000114898;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858883;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0450491;OID=.;OPOS=119180650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:7:9:11:12:7:9:11:13 chr11 119216231 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.618;QD=53.9106;RBI=0.0339122;REFB=0;REVB=-0.000733703;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321042;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 119229964 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.14;QD=61.0491;RBI=0.0199229;REFB=0;REVB=0.0197999;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63806e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr11 119244095 . C T 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.191;QD=64.412;RBI=0.0177547;REFB=0;REVB=0.0154478;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40409e-05;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 119252199 . T G 3319.15 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.086;QD=62.0401;RBI=0.0736718;REFB=0;REVB=0.0617822;RO=0;SAF=119;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.422e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:214:0:0:211:214:1:92:119:0:0:94:120:0:0 chr11 119290034 . G C 208.41 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119675;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=327.129;QD=41.6814;RBI=0.0129069;REFB=-0.119194;REVB=-0.00483406;RO=2;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151898;STB=0.583236;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000805575;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:5:13:0:2:5:13:0:2 chr11 119510644 . A C 3063.41 PASS AF=0.990148;AO=200;DP=203;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00875746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3746;QD=60.3627;RBI=0.0175705;REFB=-0.0326178;REVB=0.0152325;RO=2;SAF=106;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100248;STB=0.50027;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00139117;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:203:2:2:200:201:0.990148:94:106:0:2:95:106:1:1 chr11 119532034 . C T 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0745242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1983;QD=16.9924;RBI=0.0900017;REFB=-0.00435615;REVB=0.0504622;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100917;STB=0.556919;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00787613;OID=.;OPOS=119532034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:13:17:18:9:13:17 chr11 119879327 . C T 269.23 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0215815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.55;QD=21.5382;RBI=0.0535346;REFB=-0.0244014;REVB=-0.0489918;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470681;STB=0.503152;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0224842;OID=.;OPOS=119879327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:24:25:26:0.52:10:15:12:10:11:15:14:10 chr11 119879425 . T C 126.6 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0577185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.917;QD=11.2531;RBI=0.0697518;REFB=-0.00478366;REVB=0.0391649;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561997;STB=0.54432;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0121233;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:8:7:15:14:8:7:16:14 chr11 119993897 . CCT C 364.77 PASS AF=0.894737;AO=31;DP=37;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0374442;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.945;QD=38.3968;RBI=0.0401576;REFB=-0.142542;REVB=0.014511;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571386;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.00662979;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:31:37:34:38:4:12:22:4:0:11:0:11:20:0:0 chr11 119999191 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.781;QD=54.8829;RBI=0.0518276;REFB=-0.0487201;REVB=0.00195424;RO=1;SAF=37;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125691;STB=0.506664;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000705257;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:17:37:1:0:17:37:1:0 chr11 120040695 . C T 237.89 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0559237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1804;QD=20.6858;RBI=0.0926988;REFB=-0.0504493;REVB=-0.0739298;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276981;STB=0.657384;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0480611;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:5:18:12:11:5:18:12:11 chr11 120041110 . T A 378.46 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0122978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.355;QD=16.4548;RBI=0.0188635;REFB=-0.00715718;REVB=-0.0143037;RO=52;SAF=24;SAR=16;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780567;STB=0.543757;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00829358;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:16:24:35:17:16:24:35:17 chr11 120041444 . C T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00751444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.594;QD=19.6923;RBI=0.0104163;REFB=0.0178934;REVB=0.0072134;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016234;STB=0.509084;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0193716;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:13:12:12:14:13:12 chr11 120042081 . G A 131.3 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0265962;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.905;QD=13.4666;RBI=0.0271907;REFB=-0.00160267;REVB=-0.00565484;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252682;STB=0.646282;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00197209;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:7:17:7:8:7:17 chr11 120097639 . G A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0399055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.363;QD=14.2608;RBI=0.0406792;REFB=-0.0286455;REVB=0.00789629;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0478115;OID=.;OPOS=120097639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:12:12:8:8:12:12 chr11 120175749 . A G 817.78 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148058;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9933;QD=56.3988;RBI=0.0228836;REFB=0;REVB=0.0174484;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513095;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:27:26:0:0:32:26:0:0 chr11 120176454 . C T 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0168622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.001;QD=6.33856;RBI=0.0217724;REFB=-0.00572986;REVB=-0.0137733;RO=47;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321811;STB=0.519973;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.020874;OID=.;OPOS=120176454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:9:6:20:27:9:6:20:27 chr11 120187971 . G A 239.27 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0359274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3286;QD=20.8059;RBI=0.0365133;REFB=-0.00833546;REVB=0.00651519;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231063;STB=0.629107;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00932938;OID=.;OPOS=120187971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:6:17:11:12:6:17 chr11 120189261 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0102956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.083;QD=13.0228;RBI=0.0358194;REFB=-0.017014;REVB=0.0343079;RO=44;SAF=9;SAR=19;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375058;STB=0.713725;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.02161;OID=.;OPOS=120189261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:19:9:30:14:19:9:30:14 chr11 120190141 . T C 259.58 PASS AF=0.278195;AO=36;DP=128;FAO=37;FDP=133;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=33;FWDB=-0.00215845;FXX=0.00746213;HRUN=9;LEN=1;MLLD=168.298;QD=7.80685;RBI=0.0159333;REFB=-0.004887;REVB=-0.0157864;RO=75;SAF=12;SAR=24;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362119;STB=0.747639;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122726;OID=.;OPOS=120190141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:133:75:96:36:37:0.278195:24:12:49:26:26:11:63:33 chr11 120198093 . G A 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.014102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.405;QD=12.0529;RBI=0.0199067;REFB=-0.0103443;REVB=-0.0140502;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428568;STB=0.777253;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0178662;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:11:13:9:9:0.409091:3:6:2:9:3:6:2:11 chr11 120292570 . T A 917.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.896;QD=58.2492;RBI=0.0457991;REFB=0;REVB=0.0116545;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235707;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:33:28:0:0:33:30:0:0 chr11 120355230 . A G 287.93 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0226362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0693;QD=18.5764;RBI=0.0227445;REFB=-0.00393157;REVB=0.00221739;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195797;STB=0.630167;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00482551;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:31:30:31:0.5:19:11:17:12:20:11:19:12 chr11 120357842 . CTT C 169.86 PASS AF=0.490196;AO=16;DP=53;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0722192;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=2;MLLD=40.8112;QD=13.3221;RBI=0.0738583;REFB=-0.0131024;REVB=-0.0154735;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192439;STB=0.548857;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=0.0118073;OID=.;OPOS=120357843;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490196:16:53:25:51:26:12:13:10:16:99:20:6:10:4:16 chr11 120776001 . G A 329.32 PASS AF=0.492958;AO=27;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0116433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.149;QD=18.5534;RBI=0.0625773;REFB=-0.0249087;REVB=0.0614845;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214936;STB=0.521307;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0221901;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:27:35:0.492958:9:18:16:19:17:18:17:19 chr11 120823608 . G A 442.0 PASS AF=0.53012;AO=42;DP=79;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0351314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.982;QD=21.3013;RBI=0.0355875;REFB=-0.0234474;REVB=0.00567966;RO=35;SAF=13;SAR=29;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204885;STB=0.620091;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.026616;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:35:39:42:44:0.53012:29:13:19:16:29:15:23:16 chr11 120827609 . A G 664.03 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0764763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3126;QD=49.1874;RBI=0.0874144;REFB=-0.208231;REVB=-0.0423397;RO=4;SAF=37;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180914;STB=0.500963;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0228454;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:54:4:4:50:50:0.925926:13:37:3:1:13:37:3:1 chr11 120996292 . A G 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00822182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.856;QD=22.884;RBI=0.0111331;REFB=-0.035785;REVB=0.00750654;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162266;STB=0.589198;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0202008;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:17:21:10:19:17:21:10:19 chr11 120998942 . C T 658.68 PASS AF=0.576577;AO=62;DP=110;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0364145;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.908;QD=23.7364;RBI=0.0365957;REFB=-0.00359592;REVB=-0.00363693;RO=47;SAF=29;SAR=33;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335321;STB=0.518408;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00364443;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:47:47:62:64:0.576577:33:29:20:27:34:30:20:27 chr11 121000784 . T C 112.0 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0152281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3235;QD=14.9337;RBI=0.0190711;REFB=-0.0128572;REVB=-0.011481;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139734;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0313911;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:15:17:13:13:0.433333:8:5:8:7:8:5:9:8 chr11 121008674 . C T 33.7 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00696028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.273;QD=1.68515;RBI=0.0218573;REFB=-0.0017624;REVB=-0.0207194;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273301;STB=0.692318;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0129856;OID=.;OPOS=121008674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:70:72:8:8:0.1:3:5:27:43:3:5:29:43 chr11 121032978 . G A 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.381;QD=55.5194;RBI=0.0251047;REFB=-0.03728;REVB=0.0125484;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000859846;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:0:1:13:20:0:1 chr11 121038810 . C T 308.09 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0144035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.52;QD=18.3935;RBI=0.0204408;REFB=-0.0146727;REVB=-0.014504;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202755;STB=0.613097;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.011424;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:21:13:20:13:21:13 chr11 121403229 . T C 1363.2 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178782;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.044;QD=62.6758;RBI=0.0192842;REFB=0;REVB=-0.00722827;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40998e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:46:41:0:0 chr11 121437819 . C G 696.76 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00522154;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.372;QD=54.6479;RBI=0.00522315;REFB=-0.158261;REVB=0.000129473;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00094467;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr11 121448090 . T G 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0123626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.042;QD=28.2832;RBI=0.0156299;REFB=0.00240058;REVB=0.00956339;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291635;STB=0.516114;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.000915465;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:12:10:6:6:12:10:6:6 chr11 121475922 . T A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.638;QD=56.9364;RBI=0.0153831;REFB=0;REVB=0.00510042;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57013e-05;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr11 121491782 . G A 937.13 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7295;QD=58.5704;RBI=0.0261246;REFB=0;REVB=-0.025917;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102581;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr11 122022927 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.477;QD=64.1524;RBI=0.0863496;REFB=0;REVB=-0.0789469;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120788;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr11 122322268 . A C 695.59 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0509677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2161;QD=28.6839;RBI=0.0515743;REFB=0.0339342;REVB=-0.00788651;RO=37;SAF=19;SAR=41;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158126;STB=0.508587;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.019736;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:37:60:60:0.618557:41:19:11:26:41:19:11:26 chr11 122430682 . C A 243.94 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00728206;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.651;QD=12.8389;RBI=0.00907758;REFB=-0.00559207;REVB=0.00541978;RO=47;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755394;STB=0.543366;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0127809;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:11:18:26:21:11:18:26:21 chr11 122646967 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00400087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.631;QD=15.1604;RBI=0.00753166;REFB=-0.00772052;REVB=-0.00638114;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258665;STB=0.649167;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00877531;OID=.;OPOS=122646967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:8:14:6:10:8:14 chr11 122665437 . A G 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0130198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.908;QD=28.0481;RBI=0.0486338;REFB=-0.0357616;REVB=0.0468587;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20905;STB=0.615296;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.015968;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:16:10:11:5:16:10:11:5 chr11 122738261 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00690532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.427;QD=20.1601;RBI=0.00776444;REFB=-0.0106691;REVB=-0.00355008;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00892343;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:7:7:8:8:7:7 chr11 122742050 . T C 111.9 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0263704;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.31;QD=23.5586;RBI=0.0315136;REFB=-0.0368848;REVB=0.0172542;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.519967;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00517606;OID=.;OPOS=122742050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:20:19:7:7:11:12:0.631579:7:4:2:5:8:4:2:5 chr11 122742428 . T G 54.5 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.000614589;FXX=0.124922;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.084;QD=15.5708;RBI=0.0339968;REFB=-0.000143965;REVB=0.0339912;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.705362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0036188;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:6:1:4:3:6:1 chr11 122743348 . C T 125.46 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.025034;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9942;QD=8.96142;RBI=0.0856932;REFB=-0.00528583;REVB=-0.0819549;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167898;STB=0.599886;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0093176;OID=.;OPOS=122743348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:24:15:9:8:24:15 chr11 122795688 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00276148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.241;QD=14.6538;RBI=0.0164319;REFB=-0.00131727;REVB=-0.0161982;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211985;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00266899;OID=.;OPOS=122795688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:5:3:1:6:5:3:2:6 chr11 122928622 . A G 87.92 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0195937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.857;QD=14.0671;RBI=0.0200217;REFB=-0.021871;REVB=-0.00411775;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454269;STB=0.723767;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0292275;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:14:14:10:11:0.44:7:3:11:3:7:4:11:3 chr11 122929624 . A G 273.95 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00155291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.406;QD=15.2192;RBI=0.0139265;REFB=-0.0144298;REVB=0.0138396;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885726;STB=0.502241;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0199443;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:15:16:21:19:15:16:21:20 chr11 123065683 . C T 1396.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2125;QD=62.751;RBI=0.0769131;REFB=0;REVB=0.0289193;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498789;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr11 123493258 . C T 457.14 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.028141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1718;QD=17.7531;RBI=0.0379913;REFB=-0.0203447;REVB=0.025523;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035127;STB=0.519536;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.021358;OID=.;OPOS=123493258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:29:20:24:30:29:20:24:30 chr11 123597001 . G A 88.02 PASS AF=0.135714;AO=19;DP=140;FAO=19;FDP=140;FR=.;FRO=121;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=0.00259491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.16;QD=2.5148;RBI=0.0108036;REFB=0.000428911;REVB=0.0104873;RO=120;SAF=10;SAR=9;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193615;STB=0.516599;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00433477;OID=.;OPOS=123597001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:140:140:120:121:19:19:0.135714:9:10:65:55:9:10:66:55 chr11 123598941 . T C 330.42 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00545135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.442;QD=13.4867;RBI=0.00639016;REFB=-0.009024;REVB=0.00333419;RO=60;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191939;STB=0.604339;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0132875;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:15:22:25:35:15:22:26:35 chr11 123624806 . G A 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0178972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.836;QD=3.33643;RBI=0.0525188;REFB=-0.00659007;REVB=-0.0493753;RO=47;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063477;STB=0.54491;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0565013;OID=.;OPOS=123624806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:5:3:20:27:5:3:20:27 chr11 123676231 . G T 284.34 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0326627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.974;QD=20.3101;RBI=0.0354905;REFB=-0.0202161;REVB=-0.0138824;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123256;STB=0.582678;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0198024;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:26:29:30:0.535714:12:17:12:15:12:18:11:15 chr11 123753937 . A G 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0170162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.296;QD=21.5314;RBI=0.0301958;REFB=-0.0160497;REVB=-0.0249446;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555384;STB=0.530661;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0178815;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:19:18:13:18:19:18:13:18 chr11 123754844 . T C 786.76 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.236;QD=64.2254;RBI=0.0486791;REFB=0;REVB=0.0392049;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249434;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr11 123777497 . GC AT 63.38 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0278001;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.855;QD=18.1081;RBI=0.0306294;REFB=-0.0123294;REVB=0.0128574;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=mnp;VARB=0.0233801;OID=.;OPOS=123777497;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr11 123777536 . G A 170.29 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.000998011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7771;QD=17.0285;RBI=0.0158472;REFB=-0.0201593;REVB=0.0158157;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31051;STB=0.674829;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0227784;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:4:18:9:9:4:18 chr11 123777736 . T C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0248263;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.501;QD=25.2766;RBI=0.0250173;REFB=0.00846418;REVB=0.00308516;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157791;STB=0.58754;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00508217;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:3:9:10:9:3:9 chr11 123777986 . T C 154.37 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0434128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.25;QD=17.1523;RBI=0.0438338;REFB=-0.0171489;REVB=0.00606124;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557722;STB=0.553445;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0203054;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:11:5:5:14:11:6:5:14 chr11 123778031 . G A 235.21 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00980807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.507;QD=25.4277;RBI=0.0171867;REFB=-0.0135838;REVB=0.0141133;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236029;STB=0.620591;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00845707;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:12:9:2:13:13:9:2:13 chr11 123778173 . T G 102.15 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0879398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6316;QD=29.1847;RBI=0.0966095;REFB=-0.00524919;REVB=0.0399998;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680236;STB=0.526268;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00847826;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:14:3:3:10:11:0.785714:5:5:2:1:5:6:2:1 chr11 123813823 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00505321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.333;QD=15.7842;RBI=0.00966164;REFB=0.0213184;REVB=-0.00823482;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.678337;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00961485;OID=.;OPOS=123813823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:6:8:4:12:6:8:4:13 chr11 123813940 . G C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.033129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.513;QD=16.4264;RBI=0.0628948;REFB=-0.0180401;REVB=-0.0534624;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177484;STB=0.603574;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0273561;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:5:6:8:3:5:6 chr11 123814489 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0142906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.864;QD=19.7024;RBI=0.0190854;REFB=0.00715911;REVB=0.0126502;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243487;STB=0.638613;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00589093;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:5:12:7:9:5:12:7:9 chr11 123894119 . A G 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0146831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.067;QD=5.46125;RBI=0.01721;REFB=-0.00183899;REVB=-0.00897727;RO=50;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209442;STB=0.631397;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00341084;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:6:8:20:30:6:8:20:30 chr11 123894136 . A G 82.02 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0260413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.013;QD=4.55666;RBI=0.0268758;REFB=-0.00684265;REVB=0.00664512;RO=57;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767083;STB=0.555477;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0395231;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:57:58:14:14:0.194444:7:7:25:32:7:7:25:33 chr11 123909627 . T C 141.36 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00909272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.184;QD=13.1497;RBI=0.0122782;REFB=-0.00624061;REVB=0.00825091;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153548;STB=0.592036;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0442957;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:15:16:0.372093:6:9:19:7:7:9:19:8 chr11 123909637 . G T 149.94 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00336135;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.85;QD=13.6313;RBI=0.0425878;REFB=-0.014839;REVB=-0.042455;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110046;STB=0.564438;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0176811;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:24:12:16:0.363636:3:9:14:7:7:9:16:8 chr11 123909695 . G C 242.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00746119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.051;QD=14.9216;RBI=0.084333;REFB=0.000140456;REVB=0.0840023;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227972;STB=0.629619;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000108805;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:20:17:19:9:20:17 chr11 124015994 . C T 286.09 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0334286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.747;QD=20.4352;RBI=0.0547201;REFB=-0.0226571;REVB=-0.0433223;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417262;STB=0.523155;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0243495;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:13:17:16:10:13:17:16:10 chr11 124056377 . T C 292.38 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.023043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3046;QD=14.6192;RBI=0.0428429;REFB=0.00385472;REVB=-0.0361183;RO=47;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122647;STB=0.569626;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00449756;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:13:20:23:24:13:20:23:24 chr11 124056566 . G A 270.52 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0582705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5958;QD=23.5233;RBI=0.10604;REFB=-0.0425545;REVB=0.0885952;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688945;STB=0.541633;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0316415;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:17:21:25:25:0.543478:13:12:8:9:13:12:12:9 chr11 124056732 . T G 263.99 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=61;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00318046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.304;QD=15.9994;RBI=0.0223378;REFB=-0.0264656;REVB=0.0221103;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647651;STB=0.533311;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0296324;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:29:36:24:30:0.454545:10:14:15:14:10:20:22:14 chr11 124056787 . G A 157.75 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0180515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7028;QD=16.1799;RBI=0.02556;REFB=-0.0626315;REVB=-0.0180957;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481396;STB=0.768848;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0311817;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:17:17:0.435897:2:15:10:10:2:15:12:10 chr11 124095414 . C G 568.82 PASS AF=0.42069;AO=60;DP=144;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.00359242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.243;QD=15.6914;RBI=0.0597999;REFB=-0.00274083;REVB=0.0596919;RO=84;SAF=31;SAR=29;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820937;STB=0.541179;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00390798;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:84:84:60:61:0.42069:29:31:50:34:29:32:50:34 chr11 124095525 . T C 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0170283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.91;QD=13.368;RBI=0.0203674;REFB=-0.0155005;REVB=-0.0111744;RO=55;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571507;STB=0.532604;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0168567;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:16:18:32:23:16:18:32:23 chr11 124095647 . A C 274.97 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00239273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3569;QD=13.2515;RBI=0.0323215;REFB=-0.0433876;REVB=-0.0322329;RO=51;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11421;STB=0.552377;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0714406;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:51:31:32:0.385542:19:12:25:26:19:13:25:26 chr11 124096122 . G A 39.31 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0621956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6862;QD=3.02371;RBI=0.0668714;REFB=-0.00605237;REVB=-0.0245661;RO=44;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192333;STB=0.644766;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.063332;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:3:4:18:26:3:4:18:27 chr11 124096195 . G A 41.6 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0448472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8936;QD=3.96235;RBI=0.0558317;REFB=-0.00744048;REVB=-0.0332552;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465833;STB=0.629241;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00950925;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:34:35:8:7:0.166667:5:3:14:20:5:2:15:20 chr11 124096247 . G A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0103713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.561;QD=10.4387;RBI=0.0136112;REFB=-0.0092822;REVB=0.00881477;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273809;STB=0.666389;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0192292;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:10:3:12:15:10:3:12:15 chr11 124120821 . T C 396.12 PASS AF=0.644068;AO=36;DP=57;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0476052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.26;QD=26.8556;RBI=0.122804;REFB=-0.0498811;REVB=0.113201;RO=21;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802193;STB=0.533196;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0467969;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:21:21:36:38:0.644068:18:18:8:13:20:18:8:13 chr11 124121199 . G C 379.62 PASS AF=0.351145;AO=46;DP=132;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0024863;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.114;QD=11.5915;RBI=0.0115652;REFB=-0.00885955;REVB=0.0112948;RO=85;SAF=22;SAR=24;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488507;STB=0.527988;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0137311;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:85:85:46:46:0.351145:24:22:37:48:24:22:37:48 chr11 124134743 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0525173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7221;QD=7.83697;RBI=0.152085;REFB=-0.0100446;REVB=-0.14273;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0138857;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:6:10:4:3:6:10 chr11 124135009 . G A 227.72 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.00371164;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.349;QD=15.1816;RBI=0.0104424;REFB=-0.00670543;REVB=-0.00976051;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350455;STB=0.68675;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.017086;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:34:26:26:0.433333:11:15:7:26:11:15:8:26 chr11 124135438 . G A 213.94 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0010361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6692;QD=12.7727;RBI=0.0171389;REFB=-0.0126761;REVB=-0.0171075;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362581;STB=0.513197;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0160869;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:41:25:26:0.38806:17:8:14:26:17:9:15:26 chr11 124135481 . C T 251.89 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0339889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5012;QD=15.0381;RBI=0.0380269;REFB=-0.0294904;REVB=0.0170529;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302022;STB=0.501709;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0371598;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:19:10:13:25:19:10:13:25 chr11 124179835 . C T 637.02 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00433177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1843;QD=23.377;RBI=0.0165642;REFB=0.0115644;REVB=-0.0159877;RO=47;SAF=30;SAR=32;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546524;STB=0.529854;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00893186;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:32:30:26:21:32:30:26:21 chr11 124180082 . A G 88.44 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.01016;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.695;QD=13.1027;RBI=0.0131721;REFB=-0.0145165;REVB=0.00838333;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185652;STB=0.571292;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0206625;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:7:9:8:3:6:10 chr11 124180282 . A C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0018079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.836;QD=9.18859;RBI=0.0261402;REFB=-0.00077179;REVB=-0.0260776;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631833;STB=0.538393;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00137951;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:15:10:5:6:15:10 chr11 124252422 . G A 144.6 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00401074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.03;QD=18.0751;RBI=0.0043412;REFB=-0.00554298;REVB=-0.00166133;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162948;STB=0.630978;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00594865;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:16:14:16:0.5:9:5:8:7:11:5:9:7 chr11 124252718 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0574077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0968;QD=18.251;RBI=0.0586744;REFB=-0.0138905;REVB=-0.0121262;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493924;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:7:8:8:7:7:8 chr11 124252750 . G A 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0830831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.763;QD=11.9492;RBI=0.0831317;REFB=-0.0110127;REVB=-0.00284218;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0138615;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:6:5:3:5:6:5 chr11 124252892 . A G 93.36 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0261123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3687;QD=9.82766;RBI=0.0282288;REFB=-0.0210699;REVB=-0.0107244;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175384;STB=0.605096;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0419324;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:9:17:6:6:9:17 chr11 124253147 . A G 171.93 PASS AF=0.4;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0283182;FXX=0.081616;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9807;QD=15.2828;RBI=0.0392728;REFB=0.0192516;REVB=0.0272109;RO=31;SAF=3;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409838;STB=0.692823;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0274002;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:45:31:27:18:18:0.4:15:3:15:16:15:3:11:16 chr11 124253161 . G A 131.78 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0394921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9222;QD=15.0609;RBI=0.0420167;REFB=-0.0167057;REVB=0.0143451;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328654;STB=0.726942;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0195769;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:11:3:10:10:12:3:11:9 chr11 124253170 . G A 132.11 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.015791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.977;QD=14.6786;RBI=0.0162744;REFB=0.000690835;REVB=-0.00393709;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387559;STB=0.740394;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00118323;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:12:3:11:9:12:3:12:9 chr11 124253181 . T C 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0125926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.806;QD=22.3404;RBI=0.0126128;REFB=-0.0166958;REVB=0.000714289;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088825;STB=0.549944;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00947227;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:7:7:11:7:7:7 chr11 124266906 . C T 120.79 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00942479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.776;QD=14.6407;RBI=0.081467;REFB=-0.0141684;REVB=-0.08092;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.586084;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0207503;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:8:10:6:8:8:11 chr11 124266912 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0256692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.643;QD=15.1969;RBI=0.025837;REFB=-0.0172925;REVB=-0.00293918;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00880567;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:8:10:6:8:8:10 chr11 124294236 . A G 350.29 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0176144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.531;QD=28.0236;RBI=0.0207926;REFB=-0.0276805;REVB=0.0110484;RO=20;SAF=21;SAR=9;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18907;STB=0.603032;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0205812;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:9:21:18:2:9:21:18:2 chr11 124294349 . C A 234.99 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0087133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.922;QD=31.3319;RBI=0.0122473;REFB=-0.0242772;REVB=-0.00860668;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017341;STB=0.512184;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00831239;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:30:9:8:21:22:0.733333:10:11:5:4:10:12:4:4 chr11 124294377 . A G 205.87 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0033881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9489;QD=31.672;RBI=0.0178248;REFB=-0.057803;REVB=-0.0174998;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117106;STB=0.564449;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0316754;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:2:5:9:10:2:5 chr11 124310622 . A G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.01396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.848;QD=22.5808;RBI=0.0273347;REFB=-0.0144816;REVB=-0.0235012;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.538396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0123852;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:3:4:8:4:3:4 chr11 124440362 . C G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00801863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.164;QD=19.3697;RBI=0.00836106;REFB=-0.00378285;REVB=0.00236831;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213749;STB=0.620116;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00508655;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:3:12:9:7:3:12 chr11 124440617 . C T 727.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.811;QD=63.2223;RBI=0.0476834;REFB=0;REVB=0.00537417;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74962e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:26:16:0:0:28:18:0:0 chr11 124610011 . C CG,CGG 94.99 PASS AF=0.555556,0.037037;AO=11,3;DP=28;FAO=15,1;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=14,1;FSAR=1,0;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0912582,-0.0482677;FXX=0.0357015;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.0928,15.2976;QD=14.0724;RBI=0.117867,0.0711976;REFB=0.0575286,0.0320712;REVB=-0.0745962,-0.0523386;RO=13;SAF=10,3;SAR=1,0;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14812,0.53842;STB=0.538406,0.981909;STBP=0.814,0.624;TYPE=ins,ins;VARB=-0.103013,-0.0488348;OID=.,.;OPOS=124610012,124610012;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.037037:11,3:28:15,1:27:11:14,1:1,0:10:1:54:13:10,3:1,0:11:2 chr11 124742365 . G A 267.99 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0110781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2744;QD=13.9214;RBI=0.0511188;REFB=-0.0205776;REVB=0.0499039;RO=44;SAF=7;SAR=24;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124815;STB=0.562457;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0737803;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:46:31:31:0.402597:24:7:14:30:24:7:14:32 chr11 124747837 . G A 190.9 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00379287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.591;QD=11.5694;RBI=0.0337359;REFB=0.00308253;REVB=0.033522;RO=42;SAF=7;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291031;STB=0.669146;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00737111;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:17:7:23:19:17:7:23:19 chr11 124750447 . CCGGAGT C 77.91 PASS AF=0.5;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0112712;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=6;MLLD=254.434;QD=15.5826;RBI=0.0169754;REFB=-0.0360252;REVB=-0.0126934;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=del;VARB=0.045442;OID=.;OPOS=124750448;OREF=CGGAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:21:10:20:10:6:4:4:6:74:10:6:3:4:6 chr11 124766128 . A G 604.98 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00768791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.532;QD=24.4437;RBI=0.0436569;REFB=-0.0193568;REVB=-0.0429746;RO=42;SAF=21;SAR=34;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616337;STB=0.541437;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0111676;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:44:55:55:0.555556:34:21:13:29:34:21:13:31 chr11 124766203 . C T 354.48 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=87;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0109818;FXX=0.0109878;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.764;QD=15.7545;RBI=0.0161503;REFB=-0.0329243;REVB=-0.0118419;RO=49;SAF=19;SAR=18;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25117;STB=0.622162;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0269412;OID=.;OPOS=124766203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:49:52:37:38:0.422222:18:19:13:36:19:19:15:37 chr11 124766488 . G A 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0385075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.898;QD=5.37253;RBI=0.0393719;REFB=-0.00210477;REVB=0.00820466;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107242;STB=0.507025;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00728125;OID=.;OPOS=124766488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:11:19:5:3:11:19 chr11 124767067 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0299765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.354;QD=13.959;RBI=0.0499446;REFB=0.0264765;REVB=0.0399484;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00543829;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:4 chr11 124767686 . G T 202.78 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00642106;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.115;QD=20.2782;RBI=0.0479471;REFB=-0.039204;REVB=-0.0475152;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261066;STB=0.646916;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0548416;OID=.;OPOS=124767686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:14:6:12:8:14:6 chr11 124789755 . T C 951.26 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318208;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4892;QD=59.454;RBI=0.0327868;REFB=0;REVB=0.00790036;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643217;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:45:18:0:0:46:18:0:0 chr11 124793682 . T C 817.71 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.317;QD=57.3829;RBI=0.0173582;REFB=0;REVB=0.00765861;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14128e-05;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr11 124947149 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0044483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.191;QD=17.6173;RBI=0.0145419;REFB=-0.0325527;REVB=-0.0138448;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147016;STB=0.583262;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0389888;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:14:13:8:16:14:13 chr11 124947396 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0347287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.953;QD=22.5346;RBI=0.0350905;REFB=-0.00893569;REVB=0.00502605;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341015;STB=0.68937;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00685041;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:13:2:11:8:13:2 chr11 124951311 . T C 285.26 PASS AF=0.432432;AO=21;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00214324;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=251.542;QD=15.4192;RBI=0.00645354;REFB=-0.00783541;REVB=-0.00608726;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283464;STB=0.51361;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00968564;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:42:21:32:0.432432:7:14:18:8:10:22:28:14 chr11 124955032 . T C 393.69 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9056;QD=56.2419;RBI=0.0792297;REFB=0;REVB=0.0610688;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001082;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr11 124971329 . C T 45.64 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00938902;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.695;QD=2.72487;RBI=0.0268474;REFB=-0.0023912;REVB=-0.0251521;RO=59;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025546;STB=0.526968;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0190282;OID=.;OPOS=124971329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:67:59:58:9:9:0.134328:4:5:34:25:4:5:34:24 chr11 124972208 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.207;QD=56.7064;RBI=0.0293171;REFB=0;REVB=0.0288311;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130587;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr11 124972518 . A G 697.65 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00632975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3902;QD=54.7178;RBI=0.0586295;REFB=-0.00667995;REVB=0.0582868;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0013673;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:49:50:0.980392:24:25:0:0:25:25:1:0 chr11 124972522 . T C 719.85 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000890918;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.852;QD=56.459;RBI=0.0614803;REFB=0;REVB=0.0614738;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209892;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:25:26:0:0 chr11 125003004 . A G 482.94 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.254;QD=58.5381;RBI=0.018076;REFB=0;REVB=0.0115972;RO=0;SAF=4;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09084e-06;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:29:4:0:0:29:4:0:0 chr11 125299879 . G A 123.19 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00739948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.25;QD=7.3548;RBI=0.0123202;REFB=-0.00420684;REVB=-0.00985062;RO=49;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200365;STB=0.620785;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0146902;OID=.;OPOS=125299879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:8:10:19:30:8:10:19:30 chr11 125301587 . T C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290476;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.822;QD=57.142;RBI=0.0619864;REFB=0;REVB=-0.054759;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92226e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr11 125443429 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0165596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.561;QD=13.9117;RBI=0.0171408;REFB=-0.00890349;REVB=-0.00442584;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50724;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0164512;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:14:7:10:20:14:7:10:21 chr11 125443473 . A C 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0282762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0597;QD=14.1366;RBI=0.045077;REFB=-0.0244396;REVB=0.0351055;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151967;STB=0.588113;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0373712;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:7:13:7:7:7:13 chr11 125452300 . A AC 394.53 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182826;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.353;QD=40.4641;RBI=0.0188777;REFB=0;REVB=0.00470285;RO=3;SAF=17;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148786;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:41:39:39:0:18:21:0:0:8:3:17:21:2:1 chr11 125452313 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0173846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.621;QD=14.262;RBI=0.027232;REFB=-0.0264926;REVB=-0.0209608;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131994;STB=0.576825;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.032153;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:12:12:10:6:12:12 chr11 125525195 . A G 1883.58 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00252915;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.024;QD=60.7608;RBI=0.0147227;REFB=0.0238124;REVB=-0.0145038;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.503703;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00322889;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:0:1:123:123:0.991935:56:67:0:0:56:67:1:0 chr11 125648503 . G A 804.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.648;QD=64.3524;RBI=0.0417797;REFB=0;REVB=-0.0135866;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22914e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr11 125707761 . A C 211.63 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000998736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.417;QD=19.686;RBI=0.0122427;REFB=-0.0386962;REVB=0.0122019;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586231;STB=0.542332;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0337414;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:13:7:9:13:14:7:9:13 chr11 125708198 . C T 506.47 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.624;QD=57.8827;RBI=0.00869716;REFB=0;REVB=-0.00238684;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102252;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:11:20:0:0:12:23:0:0 chr11 125708293 . T G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0111623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.995;QD=25.8143;RBI=0.0215475;REFB=-0.018596;REVB=-0.0184308;RO=20;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336073;STB=0.518625;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0128719;OID=.;OPOS=125708293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:11:16:11:9:11:16:11:9 chr11 125763746 . C G 380.89 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0363804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0801;QD=14.3731;RBI=0.0378978;REFB=-0.0186104;REVB=0.0106165;RO=60;SAF=21;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091434;STB=0.560229;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0245181;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:62:44:44:0.415094:23:21:34:26:23:21:36:26 chr11 125766044 . C A 114.28 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0125287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.373;QD=10.1578;RBI=0.0145442;REFB=0.000230084;REVB=-0.00738689;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35518;STB=0.710964;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00112385;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:9:5:21:10:9:5:21:10 chr11 125766173 . A C 601.17 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.625;QD=58.6508;RBI=0.0476417;REFB=-0.131322;REVB=0.0288547;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0018981;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:0:1:23:17:0:1 chr11 125770425 . A C 324.16 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00305653;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0709;QD=14.0938;RBI=0.0130981;REFB=-0.0264868;REVB=-0.0127365;RO=56;SAF=24;SAR=12;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109415;STB=0.562464;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0433423;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:56:36:36:0.391304:12:24:32:24:12:24:32:24 chr11 125788678 . T C 1991.04 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.515;QD=61.7376;RBI=0.0247483;REFB=0;REVB=0.0138606;RO=1;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75807e-05;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:1:0:128:129:1:73:55:0:1:74:55:0:0 chr11 125810714 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0560345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.996;QD=24.0304;RBI=0.0570774;REFB=0.00516344;REVB=-0.0108608;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.599867;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00112724;OID=.;OPOS=125810714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:3:6:6:9:3:6 chr11 125810721 . G A 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0460473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6973;QD=24.0252;RBI=0.0520563;REFB=0.020606;REVB=0.0242797;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.642653;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0172335;OID=.;OPOS=125810721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:2:6:5:9:2:6 chr11 125812875 . G A 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.009569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2993;QD=17.3773;RBI=0.0380894;REFB=0.02183;REVB=0.0368678;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182474;STB=0.510216;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0170915;OID=.;OPOS=125812875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:15:22:19:14:15:22 chr11 125813527 . G A 235.89 PASS AF=0.489362;AO=20;DP=44;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00176282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.032;QD=20.0758;RBI=0.0073181;REFB=-0.0151724;REVB=0.00710261;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046355;STB=0.554683;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0153382;OID=.;OPOS=125813527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:22:24:20:23:0.489362:11:9:11:11:13:10:13:11 chr11 125825708 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00346042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.493;QD=15.9168;RBI=0.00845816;REFB=0.0122953;REVB=-0.0077179;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0096694;OID=.;OPOS=125825708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:7:8:6:7:7:8 chr11 125830697 . T C 289.42 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0308465;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9846;QD=22.6994;RBI=0.0523603;REFB=-0.014383;REVB=0.0423095;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084127;STB=0.546527;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0128239;OID=.;OPOS=125830697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:22:29:29:0.568627:15:14:13:9:15:14:13:9 chr11 125830970 . A T 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.721;QD=59.8523;RBI=0.0116209;REFB=0;REVB=-0.000804629;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97729e-05;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr11 125831701 . G A 243.58 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0155988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8265;QD=17.0933;RBI=0.0398585;REFB=-0.0138663;REVB=0.0366793;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179592;STB=0.600962;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0137187;OID=.;OPOS=125831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:18:12:16:11:18:12 chr11 125891269 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.665;QD=62.4652;RBI=0.0224426;REFB=0;REVB=-0.0217717;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62944e-05;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr11 126045822 . T C 320.08 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0450014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0473;QD=21.3389;RBI=0.0498683;REFB=-0.0208797;REVB=-0.0214876;RO=27;SAF=7;SAR=26;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380505;STB=0.712189;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0177443;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:26:7:17:10:26:7:17:10 chr11 126045830 . C G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0207026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.036;QD=15.1566;RBI=0.0218679;REFB=-0.0263797;REVB=-0.00704331;RO=32;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372201;STB=0.709521;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0104477;OID=.;OPOS=126045830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:9:16:8:24:9:16:8:24 chr11 126074192 . A G 409.04 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0604846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3384;QD=20.7111;RBI=0.0643628;REFB=-0.00320941;REVB=0.0220044;RO=37;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224722;STB=0.619328;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00459548;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:28:13:21:16:28:13:21:17 chr11 126081403 . T C 878.49 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505935;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.989;QD=58.5663;RBI=0.0122347;REFB=0;REVB=-0.0111396;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152473;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr11 126139100 . T C 713.73 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268012;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.266;QD=59.4774;RBI=0.0582345;REFB=-0.153941;REVB=0.0517007;RO=2;SAF=30;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013067;STB=0.506955;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00465176;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:48:2:2:46:46:0.958333:16:30:1:1:16:30:1:1 chr11 126139313 . T A 742.91 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0369783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9292;QD=59.433;RBI=0.0442663;REFB=-0.234585;REVB=-0.0243333;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348198;STB=0.518511;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0104285;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:2:2:48:48:0.96:22:26:2:0:22:26:2:0 chr11 126151545 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0116764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.369;QD=16.728;RBI=0.0153319;REFB=-0.0242815;REVB=0.00993625;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990533;STB=0.534841;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0250875;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:10:6:5:13:10:6:6:13 chr11 126162468 . G A 331.82 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0197509;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1484;QD=22.8838;RBI=0.019834;REFB=-0.0134883;REVB=-0.00181445;RO=20;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315375;STB=0.506325;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0215908;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:25:33:33:0.568966:18:15:9:11:18:15:11:14 chr11 126174038 . C T 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00966956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.251;QD=18.7763;RBI=0.0433637;REFB=-0.0193135;REVB=0.0422718;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071012;STB=0.539846;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0215666;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:14:12:10:16:14:12 chr11 126174164 . C T 264.57 PASS AF=0.484375;AO=27;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0115206;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7991;QD=16.5354;RBI=0.0824387;REFB=0.00687898;REVB=0.0816297;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255193;STB=0.609493;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0163194;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:35:33:27:31:0.484375:10:17:13:22:14:17:11:22 chr11 126176578 . G A 919.94 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.375;QD=58.4088;RBI=0.00704336;REFB=0;REVB=0.0066214;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77446e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr11 126201403 . T C 163.72 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0595166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5436;QD=13.365;RBI=0.0731938;REFB=0.00221602;REVB=0.042604;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635434;STB=0.536996;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00536593;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:12:19:10:8:12:19 chr11 126277216 . C T 329.46 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0158434;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.555;QD=17.8088;RBI=0.0163357;REFB=-0.0116917;REVB=0.00398017;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109927;STB=0.567069;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0154005;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:17:18:24:14:17:18:25:14 chr11 126278075 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0139064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.404;QD=17.6894;RBI=0.0306218;REFB=-0.0208641;REVB=-0.027282;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174086;STB=0.568802;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0357085;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:16:5:3:22:16:5:4:22 chr11 126294817 . G A 411.66 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.455;QD=56.7802;RBI=0.112247;REFB=0;REVB=0.103713;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968477;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:8:18:0:0:8:21:0:0 chr11 126310082 . A T 152.03 PASS AF=0.369565;AO=15;DP=44;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00289308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.477;QD=13.2196;RBI=0.023362;REFB=-0.0316728;REVB=-0.0231821;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18797;STB=0.646886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0631705;OID=.;OPOS=126310082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:29:15:17:0.369565:6:9:12:16:6:11:12:17 chr11 126310132 . C T 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00444198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.517;QD=2.21991;RBI=0.0178086;REFB=-0.000804511;REVB=0.0172457;RO=55;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941521;STB=0.571225;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0111959;OID=.;OPOS=126310132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:3:4:27:28:3:4:27:28 chr11 126870418 . C T 255.77 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0101835;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.285;QD=21.7676;RBI=0.0150664;REFB=-0.0212132;REVB=0.0111037;RO=22;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299477;STB=0.682707;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0102985;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:23:24:24:0.510638:19:5:11:11:19:5:12:11 chr11 128328913 . G A 955.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.576;QD=58.7721;RBI=0.0436178;REFB=0;REVB=-0.0239923;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01923e-05;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:44:19:0:0:44:21:0:0 chr11 128333503 . T C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6682;QD=57.6747;RBI=0.0596043;REFB=0;REVB=0.0161606;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014585;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 128638216 . TGGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG 701.7 PASS AF=0,1,0;AO=13,55,3;DP=75;FAO=0,73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41,0;FSAR=0,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376722,-0.0753567,-0.00710176;FXX=0.0394685;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=9.24139,11.9484,27.5209;QD=38.4491;RBI=0.0740432,0.13927,0.0256994;REFB=0,0,0;REVB=-0.0637432,-0.117122,-0.0246987;RO=2;SAF=4,34,0;SAR=9,21,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.17961,-0.0269236,-0.74993;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0224303,-0.02753,0;OID=.,.,.;OPOS=128638217,128638217,128638223;OREF=GG,G,GC;OALT=-,-,CG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:13,55,3:75:0,73,0:73:0:0,41,0:0,32,0:0:0:5:2:4,34,0:9,21,3:2:0 chr11 128651893 . A G 376.75 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00319259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.386;QD=18.6049;RBI=0.00323137;REFB=-0.00868473;REVB=-0.000499142;RO=42;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109973;STB=0.561372;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0101329;OID=.;OPOS=128651893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:24:15:21:21:24:15:21:21 chr11 128708009 . G A 817.82 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.625;QD=57.3911;RBI=0.0312873;REFB=0;REVB=0.00750813;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30458e-05;OID=.;OPOS=128708009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr11 128781339 . T C 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0103866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.447;QD=16.7689;RBI=0.0104332;REFB=-0.015878;REVB=-0.000984847;RO=56;SAF=25;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286155;STB=0.516075;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0178866;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:18:25:31:25:18:25:31:25 chr11 128781978 . T G 157.84 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0134238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1963;QD=16.6151;RBI=0.0340232;REFB=0.0114476;REVB=-0.031263;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261743;STB=0.659999;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0147707;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:11:5:12:9:12:5:12:9 chr11 128782002 . T C 225.69 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0144346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.036;QD=20.0612;RBI=0.0144348;REFB=-0.0144384;REVB=-7.70255e-05;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199077;STB=0.631456;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0154949;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:21:22:0.488889:14:7:12:10:15:7:13:10 chr11 128782012 . C G 779.93 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6192;QD=62.3942;RBI=0.0449724;REFB=-0.0501234;REVB=-0.0214747;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121149;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:1:0:49:50:1:31:18:0:1:32:18:0:0 chr11 128804960 . C T 105.83 PASS AF=0.6;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0816093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.809;QD=21.1666;RBI=0.0816158;REFB=-0.00588005;REVB=-0.00103285;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23572;STB=0.59985;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0060159;OID=.;OPOS=128804960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:10:12:0.6:6:4:1:7:8:4:1:7 chr11 128805548 . G A 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0438905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.495;QD=18.0543;RBI=0.0442143;REFB=-0.00515703;REVB=0.00534093;RO=35;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194175;STB=0.608629;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00292285;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:21:12:20:15:21:12:20:15 chr11 128805557 . T C 335.96 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0247462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.479;QD=19.7626;RBI=0.0279625;REFB=-0.00786251;REVB=0.0130202;RO=30;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165589;STB=0.616181;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00669193;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:33:35:35:0.514706:23:12:16:14:23:12:19:14 chr11 128839156 . T C 644.49 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00682925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.922;QD=18.0277;RBI=0.0455911;REFB=-0.0202656;REVB=0.0450767;RO=76;SAF=35;SAR=31;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672287;STB=0.540728;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0257015;OID=.;OPOS=128839156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:77:66:66:0.461538:31:35:35:41:31:35:35:42 chr11 128839526 . C G 515.35 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00686672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.964;QD=22.1654;RBI=0.00718883;REFB=-0.0162144;REVB=0.00212778;RO=42;SAF=14;SAR=35;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218237;STB=0.633276;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0183189;OID=.;OPOS=128839526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:44:49:49:0.526882:35:14:22:20:35:14:24:20 chr11 128868239 . T C 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00311177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.292;QD=14.1655;RBI=0.0082931;REFB=-0.00570366;REVB=-0.00768715;RO=63;SAF=15;SAR=29;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228198;STB=0.629008;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0142824;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:29:15:35:28:29:15:35:28 chr11 128993384 . C T 92.13 PASS AF=0.147287;AO=19;DP=129;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=0.00322374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3733;QD=2.85661;RBI=0.042964;REFB=0.000751925;REVB=-0.0428428;RO=110;SAF=7;SAR=12;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420409;STB=0.528467;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00533643;OID=.;OPOS=128993384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:129:129:110:110:19:19:0.147287:12:7:44:66:12:7:44:66 chr11 129072915 . C G 35.93 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.042637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3002;QD=6.24919;RBI=0.0665839;REFB=0.00286659;REVB=0.0511421;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763349;STB=0.605698;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00303679;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:15:17:5:6:0.26087:3:2:7:8:4:2:8:9 chr11 129159815 . C A 37.78 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0229651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7356;QD=10.7955;RBI=0.0251199;REFB=-0.0422538;REVB=-0.010179;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216847;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0707794;OID=.;OPOS=129159815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:14:8:8:5:6:0.428571:3:2:5:3:4:2:5:3 chr11 129312660 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2745;QD=60.609;RBI=0.0415226;REFB=0;REVB=0.0270009;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930455;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr11 129321066 . C T 150.25 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00578785;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.896;QD=18.7815;RBI=0.00603507;REFB=-0.0225056;REVB=0.00170964;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0201178;OID=.;OPOS=129321066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:7:9:10:6:7:9:10:6 chr11 129321818 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.542;QD=37.488;RBI=0.0257161;REFB=0;REVB=-0.0103937;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11031e-05;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 129729707 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0244582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.995;QD=16.1978;RBI=0.0757333;REFB=-0.0215476;REVB=0.0716752;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0256056;OID=.;OPOS=129729707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr11 129746707 . G T 660.48 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.000740147;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.509;QD=18.3468;RBI=0.0193773;REFB=-0.0123854;REVB=0.0193632;RO=70;SAF=34;SAR=33;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178756;STB=0.576726;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0116163;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:77:67:67:0.465278:33:34:22:48:33:34:28:49 chr11 129754644 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0111726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.86;QD=13.4559;RBI=0.019718;REFB=-0.0167195;REVB=-0.0162473;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0165725;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:6:9:7:4:6:9 chr11 129754668 . T C 98.84 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00534795;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.348;QD=13.178;RBI=0.00606004;REFB=-0.0160378;REVB=-0.00285019;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0212833;OID=.;OPOS=129754668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr11 129758327 . G A 236.99 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00897603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.76;QD=19.7494;RBI=0.010888;REFB=-0.0144269;REVB=0.00616279;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151672;STB=0.585512;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0184087;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:15:10:13:10:15:10 chr11 129784637 . G A 166.22 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.109901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.428;QD=13.2973;RBI=0.113491;REFB=-0.077324;REVB=-0.0283196;RO=31;SAF=17;SAR=1;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.76664;STB=0.948017;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0643469;OID=.;OPOS=129784637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:1:17:7:24:1:17:7:25 chr11 129794950 . T C 1008.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6734;QD=59.32;RBI=0.037674;REFB=0;REVB=0.0358933;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300136;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr11 129801043 . C T 1358.2 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6854;QD=62.446;RBI=0.0245201;REFB=0;REVB=0.0230617;RO=0;SAF=25;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153244;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:61:25:0:0:61:26:0:0 chr11 129801124 . T C 698.87 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00313669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.443;QD=54.8134;RBI=0.0215336;REFB=0.0342129;REVB=0.021304;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303442;STB=0.516122;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000147265;OID=.;OPOS=129801124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:35:15:1:0:35:15:1:0 chr11 129817935 . C T 72.64 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.00809223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0903;QD=3.09092;RBI=0.0280243;REFB=-0.00154786;REVB=-0.0268305;RO=77;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.51885e-08;STB=0.503101;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0115146;OID=.;OPOS=129817935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:92:94:77:80:14:14:0.148936:8:6:33:44:8:6:34:46 chr11 129873028 . C T 643.87 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0648188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4632;QD=16.7238;RBI=0.0699049;REFB=-0.0350101;REVB=-0.0261767;RO=84;SAF=25;SAR=45;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156797;STB=0.587307;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0357197;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:45:25:43:41:45:25:43:41 chr11 129970126 . C T 341.76 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0136097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.241;QD=18.4736;RBI=0.0306901;REFB=-0.0111574;REVB=-0.0275075;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123474;STB=0.568824;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0128257;OID=.;OPOS=129970126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:16:20:16:22:16:20:16:22 chr11 130066335 . C T 78.29 PASS AF=0.4;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0627139;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3981;QD=12.5263;RBI=0.077552;REFB=-0.0195326;REVB=-0.0456211;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.631268;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.056749;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:25:14:15:9:10:0.4:1:8:11:3:1:9:12:3 chr11 130068491 . G C 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0162763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.051;QD=20.4549;RBI=0.02538;REFB=-0.0110321;REVB=-0.0194738;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179024;STB=0.51011;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0156118;OID=.;OPOS=130068491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:5:10:11:6:5:10 chr11 130271678 . T G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.737;QD=63.5815;RBI=0.0509877;REFB=0;REVB=0.0384708;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362533;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr11 130281380 . C G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0162493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.275;QD=19.4992;RBI=0.0204424;REFB=-0.00906564;REVB=-0.0124036;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836259;STB=0.54653;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.010193;OID=.;OPOS=130281380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:14:16:14:18:14:16 chr11 130281488 . G A 373.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038184;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.853;QD=57.4036;RBI=0.0582924;REFB=0;REVB=0.0440452;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264842;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr11 130340962 . A G 526.52 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=121;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0142828;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.865;QD=17.5507;RBI=0.0143896;REFB=-0.0194856;REVB=-0.00174993;RO=63;SAF=22;SAR=33;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043975;STB=0.514674;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0248113;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:63:64:55:56:0.466667:33:22:28:35:33:23:28:36 chr11 130542882 . C T 912.26 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0519174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.283;QD=56.1391;RBI=0.0536153;REFB=0.0881645;REVB=-0.0133858;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119558;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0114019;OID=.;OPOS=130542882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:39:24:0:1:39:25:0:1 chr11 130750642 . A C 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0111622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.065;QD=20.4043;RBI=0.0162311;REFB=0.00527861;REVB=-0.0117837;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139001;STB=0.577519;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0048666;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:28:32:32:0.533333:13:19:11:15:13:19:12:16 chr11 130775688 . C T 210.89 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00692154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.571;QD=12.2255;RBI=0.00699238;REFB=-0.025034;REVB=0.00099283;RO=43;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203501;STB=0.625592;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0332925;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:43:25:26:0.376812:11:14:16:27:11:15:16:27 chr11 130775782 . C T 302.09 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0096316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.107;QD=14.3854;RBI=0.010173;REFB=-0.00551603;REVB=-0.00327452;RO=50;SAF=24;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210206;STB=0.619987;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00766667;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:10:24:26:24:10:24:26:24 chr11 130776524 . T C 105.84 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00769436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.062;QD=11.4418;RBI=0.00990413;REFB=-0.00613741;REVB=0.00623608;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380116;STB=0.738748;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0322009;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:10:3:13:10:10:3:14:10 chr11 130776613 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0548634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.24;QD=11.1974;RBI=0.0558017;REFB=-0.00551813;REVB=-0.01019;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911075;STB=0.554364;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0157237;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:11:11:7:5:11:11 chr11 130780015 . C T 164.14 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0260892;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.003;QD=12.3879;RBI=0.0284961;REFB=-0.00802053;REVB=0.0114623;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280281;STB=0.516236;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0102998;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:11:9:14:19:11:9:14:19 chr11 130780225 . C A 707.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.203;QD=62.8769;RBI=0.0816751;REFB=0;REVB=0.032764;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133512;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr11 130784754 . C G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0261606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1415;QD=20.16;RBI=0.0466921;REFB=0.0170282;REVB=-0.0386752;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402008;STB=0.522699;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0107498;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:4:12:11:3:4:12:11:3 chr11 130784971 . C G 225.14 PASS AF=0.567568;AO=16;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00156499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2832;QD=24.3392;RBI=0.0862442;REFB=-0.030814;REVB=0.08623;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204358;STB=0.559944;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0686334;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:16:21:0.567568:5:11:10:5:10:11:10:5 chr11 131531000 . T C 833.8 PASS AF=0.480663;AO=70;DP=182;FAO=87;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0131727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.601;QD=18.4265;RBI=0.0131758;REFB=-0.00783393;REVB=-0.000282861;RO=70;SAF=31;SAR=39;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217699;STB=0.548978;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00439934;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:70:94:70:87:0.480663:39:31:48:22:48:39:51:43 chr11 131531015 . T G 924.74 PASS AF=0.473171;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=205;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.000528159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.522;QD=18.0437;RBI=0.00871066;REFB=-0.0148383;REVB=-0.00869464;RO=105;SAF=43;SAR=54;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111666;STB=0.563899;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00894311;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:105:108:97:97:0.473171:54:43:59:46:54:43:61:47 chr11 131531223 . A G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0135797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6047;QD=15.4188;RBI=0.0261458;REFB=-0.0150183;REVB=-0.0223427;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129593;STB=0.572798;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00971944;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:19:13:12:30:19:13:12:30 chr11 131531564 . A T 583.22 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00232743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.703;QD=25.3572;RBI=0.0346859;REFB=-0.0190675;REVB=-0.0346078;RO=39;SAF=25;SAR=28;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00790166;STB=0.504321;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.013266;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:53:53:0.576087:28:25:18:21:28:25:18:21 chr11 131531720 . C T 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0127708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.371;QD=19.6906;RBI=0.0156909;REFB=-0.00793159;REVB=-0.00911655;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389078;STB=0.530465;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00617859;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:12:14:14:10:12:14:15:10 chr11 132177633 . A C 1344.96 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.114;QD=61.8371;RBI=0.0101054;REFB=0;REVB=0.0066957;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12416e-05;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:84:87:1:46:38:0:0:47:40:0:0 chr11 132289761 . G A 374.6 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0518293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7927;QD=13.7467;RBI=0.0543133;REFB=-0.0064814;REVB=0.0162375;RO=65;SAF=32;SAR=12;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267433;STB=0.652101;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0149987;OID=.;OPOS=132289761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:12:32:32:33:12:32:32:33 chr11 133714522 . G A 772.13 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893423;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.73;QD=57.195;RBI=0.0901885;REFB=0;REVB=0.0123257;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236093;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:33:19:0:0:34:20:0:0 chr11 133814191 . A G 482.22 PASS AF=0.481481;AO=50;DP=106;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0106375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.924;QD=17.8599;RBI=0.0135021;REFB=-0.0148999;REVB=-0.00831562;RO=55;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561084;STB=0.526134;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0140488;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:55:56:50:52:0.481481:28:22:21:34:29:23:22:34 chr11 133815981 . C G 33.02 PASS AF=0.222222;AO=4;DP=25;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0106682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.365;QD=4.89235;RBI=0.0485662;REFB=-0.0124451;REVB=0.04738;RO=21;SAF=1;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220971;STB=0.745344;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0784465;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:25:27:21:21:4:6:0.222222:3:1:9:12:5:1:9:12 chr11 134018656 . T C 1193.95 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661725;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.851;QD=61.2281;RBI=0.0459348;REFB=0;REVB=0.0454557;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183628;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr11 134019112 . G T 295.74 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0137217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.993;QD=22.3199;RBI=0.0163944;REFB=-0.0100747;REVB=0.00897175;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192453;STB=0.606569;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00855218;OID=.;OPOS=134019112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:19:11:14:9:19:11:14:9 chr11 134021477 . G T 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.314;QD=62.0108;RBI=0.0236976;REFB=0;REVB=0.0013827;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146298;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr11 134022388 . T A 91.9 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0179683;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.4381;QD=10.2111;RBI=0.0228113;REFB=-0.0213027;REVB=-0.0140534;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431099;STB=0.760384;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00815764;OID=.;OPOS=134022388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:34:36:19:24:12:12:0.333333:2:10:9:10:2:10:12:12 chr11 134047243 . T C 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4325;QD=59.9236;RBI=0.0265278;REFB=0;REVB=-0.0246055;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131429;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr11 134073019 . A T 88.16 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.8;QD=39.1825;RBI=0.0341356;REFB=0;REVB=-0.0309398;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142006;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 134115652 . G A 226.75 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00114825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.3474;QD=36.2801;RBI=0.0156344;REFB=-0.00443094;REVB=-0.0155921;RO=4;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969608;STB=0.564044;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000229155;OID=.;OPOS=134115652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:4:5:20:20:0.8:17:3:0:4:17:3:0:5 chr11 134128449 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00565096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7775;QD=4.01731;RBI=0.0121212;REFB=0.00529848;REVB=0.0107234;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321534;STB=0.730831;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0320557;OID=.;OPOS=134128449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:1:5:17:11:1:5:17:11 chr11 134131491 . T G 250.22 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0104023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.129;QD=20.0177;RBI=0.0235044;REFB=-0.0140632;REVB=-0.0210772;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153553;STB=0.586661;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0182698;OID=.;OPOS=134131491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:14:12:15:9:14:12 chr11 134132157 . C T 98.58 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00479901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.058;QD=14.0824;RBI=0.00885662;REFB=-0.0126021;REVB=-0.00744374;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955706;STB=0.555467;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0193312;OID=.;OPOS=134132157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:12:4:4:8:12:4 chr11 134151975 . G C 271.44 PASS AF=0.363636;AO=30;DP=87;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00455273;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.908;QD=12.3384;RBI=0.0230646;REFB=-0.00689596;REVB=0.0226108;RO=57;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257641;STB=0.617575;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0136767;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:57:56:30:32:0.363636:12:18:21:36:14:18:21:35 chr11 134151995 . G A 546.52 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0858087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.734;QD=26.0247;RBI=0.12664;REFB=-0.0219897;REVB=0.0931367;RO=34;SAF=18;SAR=32;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152144;STB=0.583217;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0171016;OID=.;OPOS=134151995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:32:18:19:15:32:18:19:15 chr11 134182375 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.549;QD=58.9625;RBI=0.0671836;REFB=0;REVB=0.0665706;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191543;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr11 134188542 . T C 276.99 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00221824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.56;QD=11.3058;RBI=0.0179298;REFB=-0.0078557;REVB=0.017792;RO=65;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275205;STB=0.515938;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0170885;OID=.;OPOS=134188542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:18:15:28:37:18:15:28:37 chr11 134208701 . C T 231.96 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0148749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.045;QD=23.791;RBI=0.0296321;REFB=-0.0138525;REVB=-0.0256281;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140481;STB=0.578383;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00553175;OID=.;OPOS=134208701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:10:7:13:9:10:7 chr11 134208765 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0142276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.306;QD=18.6449;RBI=0.0153983;REFB=0.0143156;REVB=-0.00588919;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00805814;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:8:5:7:7:8:5 chr11 134249321 . T C 587.99 PASS AF=0.623529;AO=48;DP=89;FAO=53;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00353774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.284;QD=27.67;RBI=0.0404556;REFB=-0.0093952;REVB=0.0403006;RO=31;SAF=34;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178638;STB=0.567955;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00388081;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:85:31:32:48:53:0.623529:14:34:15:16:19:34:15:17 chr12 90902 . C T 1255.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576161;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.671;QD=61.9803;RBI=0.0628887;REFB=0;REVB=0.0252067;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450812;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr12 92934 . G A 599.19 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=50;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00553476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.894;QD=46.995;RBI=0.0263478;REFB=-0.0278809;REVB=0.0257599;RO=5;SAF=19;SAR=26;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715931;STB=0.538578;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00212964;OID=.;OPOS=92934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:51:5:5:45:46:0.901961:26:19:4:1:27:19:4:1 chr12 235022 . C T 415.14 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154392;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.193;QD=57.2612;RBI=0.019274;REFB=0;REVB=0.0115376;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204403;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr12 280349 . C A 768.23 PASS AF=0.340426;AO=96;DP=282;FAO=96;FDP=282;FR=.;FRO=186;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=87;FSRR=99;FWDB=-0.00847306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0631;QD=10.8969;RBI=0.0109072;REFB=-0.0134063;REVB=0.00686833;RO=184;SAF=43;SAR=53;SRF=86;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226091;STB=0.513181;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0267706;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:184:186:96:96:0.340426:53:43:86:98:53:43:87:99 chr12 284058 . T C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0364147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1502;QD=6.31728;RBI=0.0492414;REFB=-0.0143685;REVB=-0.0331464;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16408;STB=0.608386;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0300242;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:7:1:5:20:7:1:5:20 chr12 311949 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0248843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7724;QD=13.4594;RBI=0.0573652;REFB=-0.011322;REVB=-0.051687;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108251;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0140255;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:10:16:10:6:10:16 chr12 406292 . G A 1213.23 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.217;QD=59.9127;RBI=0.0182524;REFB=-0.128834;REVB=0.00689173;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133348;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000278421;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:45:35:1:0:45:35:1:0 chr12 427575 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.762;QD=58.0605;RBI=0.0613822;REFB=0;REVB=-0.0122499;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334713;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr12 547683 . T C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0381776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.815;QD=27.3838;RBI=0.0421514;REFB=-0.0484766;REVB=-0.0178666;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680236;STB=0.538385;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0219909;OID=.;OPOS=547683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:5:5:2:1:5:5:2:1 chr12 654098 . T C 173.19 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0183853;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.425;QD=7.6126;RBI=0.0201387;REFB=-0.00812961;REVB=-0.00821886;RO=67;SAF=7;SAR=17;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337641;STB=0.703601;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0218867;OID=.;OPOS=654098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:67:67:24:24:0.263736:17:7:38:29:17:7:38:29 chr12 662448 . T C 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.585;QD=61.1579;RBI=0.0413696;REFB=0;REVB=0.0307183;RO=0;SAF=76;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46747e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:42:76:0:0:42:76:0:0 chr12 862989 . T C 1144.43 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1517;QD=59.4511;RBI=0.0593741;REFB=-0.0176465;REVB=-0.0405042;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094566;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:76:77:1:27:49:0:0:28:49:0:0 chr12 939302 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.661;QD=60.2305;RBI=0.0471038;REFB=0;REVB=0.0123931;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263756;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr12 974326 . G C 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00783777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.417;QD=12.8977;RBI=0.0123922;REFB=-0.0246739;REVB=0.0095988;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29313;STB=0.658359;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.029367;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:7:10:9:20:7:10:10:20 chr12 974355 . T TC 275.35 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.092474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7457;QD=44.0559;RBI=0.0939847;REFB=0;REVB=0.0167836;RO=7;SAF=1;SAR=22;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00382239;OID=.;OPOS=974356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:30:25:25:0:2:23:0:0:5:7:1:22:6:1 chr12 974404 . T C 288.65 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.742;QD=52.4826;RBI=0.0844675;REFB=0;REVB=-0.00200441;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202427;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:19:1:0:0:20:2:0:0 chr12 987482 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0177166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.093;QD=18.3451;RBI=0.0259047;REFB=0.0015801;REVB=-0.0188991;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281066;STB=0.659813;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0010189;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:12:6:11:6:12:6 chr12 990912 . A C 286.41 PASS AF=0.510204;AO=23;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0137794;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.955;QD=23.3804;RBI=0.0607326;REFB=-0.00698566;REVB=-0.0591488;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14249;STB=0.603462;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00563615;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:22:23:25:0.510204:9:14:16:5:11:14:17:5 chr12 994014 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00991242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.755;QD=22.5345;RBI=0.0213933;REFB=-0.0362129;REVB=0.0189583;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717531;STB=0.540151;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0237815;OID=.;OPOS=994014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:10:5:8:11:10:5 chr12 994487 . G C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=24;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00264997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.34;QD=49.3984;RBI=0.00605574;REFB=-0.048102;REVB=0.00544515;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=1.0265e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:24:23:0.958333:10:14:0:0:10:13:1:0 chr12 998365 . G T 221.7 PASS AF=0.583333;AO=18;DP=33;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0208036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1926;QD=24.6329;RBI=0.0840153;REFB=-0.0346479;REVB=0.0813989;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268946;STB=0.516114;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0249004;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:15:15:18:21:0.583333:9:9:7:8:12:9:7:8 chr12 1017197 . C T 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.814;QD=47.8134;RBI=0.0321573;REFB=0;REVB=-0.0294234;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028356;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 1902766 . T G 1433.61 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0247984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.112;QD=55.1388;RBI=0.0290098;REFB=-0.036665;REVB=-0.0150534;RO=2;SAF=47;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197561;STB=0.501158;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000415967;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:2:4:100:100:0.961538:53:47:2:0:53:47:2:2 chr12 1995403 . T C 1824.18 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195286;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.873;QD=61.3169;RBI=0.0863433;REFB=0;REVB=0.0841059;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01599e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 150.87 PASS AF=0.365385;AO=16;DP=66;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0172953;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=3;MLLD=143.24;QD=11.6057;RBI=0.0173822;REFB=-0.0553974;REVB=0.00173597;RO=49;SAF=5;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292588;STB=0.684017;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.114756;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385:16:66:19:52:33:6:13:20:13:99:49:5:11:27:22 chr12 2750919 . A G 224.84 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.000250353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.748;QD=7.88912;RBI=0.000871955;REFB=-0.00893855;REVB=0.000835242;RO=82;SAF=13;SAR=19;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853217;STB=0.550693;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0213102;OID=.;OPOS=2750919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:19:13:39:43:19:13:39:43 chr12 2760761 . C G 502.49 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0118912;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.254;QD=15.8263;RBI=0.0129522;REFB=-0.0120344;REVB=0.00513406;RO=70;SAF=24;SAR=31;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021088;STB=0.512615;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0155845;OID=.;OPOS=2760761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:72:55:55:0.433071:31:24:32:38:31:24:33:39 chr12 2791130 . C T 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.02545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.832;QD=24.2743;RBI=0.0255123;REFB=-0.0115248;REVB=0.00178287;RO=21;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225963;STB=0.624755;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00457948;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:21:10:13:8:21:10:13:8 chr12 2791132 . A G 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00503585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.084;QD=24.2743;RBI=0.0135646;REFB=-0.00474668;REVB=-0.0125951;RO=21;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225963;STB=0.624755;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00376182;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:21:10:13:8:21:10:13:8 chr12 2791205 . A G 757.56 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.617;QD=54.1117;RBI=0.0372526;REFB=0.0904734;REVB=0.0193585;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000466777;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:28:26:1:0:28:27:1:0 chr12 2801158 . C G 277.7 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0160072;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.731;QD=20.5703;RBI=0.0162581;REFB=-0.011533;REVB=0.00284499;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974348;STB=0.554103;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0105492;OID=.;OPOS=2801158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:15:10:15:14:15:10 chr12 2801469 . C CT 98.25 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0687596;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5255;QD=5.17085;RBI=0.0881581;REFB=-0.0552118;REVB=0.0551722;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043167;STB=0.539449;STBP=0.572;TYPE=ins;VARB=0.0530811;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:31:79:32:76:44:16:16:25:19:98:43:16:15:24:19 chr12 2944024 . G C 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00291244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.931;QD=23.6163;RBI=0.00316209;REFB=-0.0200276;REVB=-0.00123146;RO=23;SAF=19;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200544;STB=0.610213;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0109631;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:14:19:7:16:14:19:7:16 chr12 2968458 . T C 706.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.242;QD=62.7837;RBI=0.0506206;REFB=0;REVB=-0.0407135;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000958106;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr12 2996174 . A G 497.52 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00129686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.904;QD=26.5342;RBI=0.0134356;REFB=-0.00422012;REVB=0.0133729;RO=29;SAF=15;SAR=31;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120186;STB=0.565735;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00456644;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:31:15:14:15:31:15:14:15 chr12 2997397 . G A 265.05 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0386634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8313;QD=34.2004;RBI=0.0395795;REFB=-0.0478552;REVB=-0.00846656;RO=8;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108511;STB=0.559271;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0180577;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:12:11:2:6:12:11:2:6 chr12 3310439 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.914;QD=57.7124;RBI=0.0335926;REFB=0;REVB=0.0154413;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95005e-05;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr12 3387697 . T C 496.11 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0722579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9757;QD=17.8778;RBI=0.0723071;REFB=-0.0034977;REVB=-0.00266682;RO=57;SAF=27;SAR=26;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164438;STB=0.585434;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00188259;OID=.;OPOS=3387697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:26:27:39:18:26:27:39:19 chr12 3391032 . T G 710.83 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381067;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.268;QD=63.1846;RBI=0.0426507;REFB=0;REVB=-0.0191562;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41031e-05;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr12 3392558 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0338459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.631;QD=15.379;RBI=0.0659457;REFB=0.000562569;REVB=0.0565976;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43744;STB=0.731348;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000346929;OID=.;OPOS=3392558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:11:2:8:4:11:3 chr12 3409149 . G A 43.86 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00447203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.648;QD=6.2657;RBI=0.0323979;REFB=-0.0114678;REVB=0.0320878;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572649;STB=0.872776;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0508289;OID=.;OPOS=3409149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:6:1:13:7:6:1:14:7 chr12 3409211 . G A 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0237437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.503;QD=5.21424;RBI=0.0498258;REFB=-0.00328089;REVB=-0.0438047;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557365;STB=0.536819;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00741288;OID=.;OPOS=3409211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:13:18:5:3:13:18 chr12 3409277 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.28;QD=60.9784;RBI=0.048833;REFB=0;REVB=0.0476534;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111324;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr12 3749874 . T C 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00221101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.953;QD=25.0371;RBI=0.00269357;REFB=-0.00456678;REVB=0.00153842;RO=23;SAF=27;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124184;STB=0.568381;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00409216;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:9:27:14:9:9:27:14:9 chr12 3782647 . A T 395.34 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00917423;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.918;QD=22.5911;RBI=0.0241863;REFB=-0.0176951;REVB=-0.0223788;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258601;STB=0.515766;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00976714;OID=.;OPOS=3782647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:31:38:39:0.557143:19:19:17:15:19:20:17:14 chr12 3782701 . C T 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.001699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.513;QD=24.7804;RBI=0.0243424;REFB=-0.0068531;REVB=-0.0242831;RO=27;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777123;STB=0.54258;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00517289;OID=.;OPOS=3782701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:22:18:15:12:22:18:15:12 chr12 3788145 . C T 443.38 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0806823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.208;QD=23.0329;RBI=0.0807068;REFB=0.000684461;REVB=-0.00198847;RO=34;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717158;STB=0.544009;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-3.94933e-05;OID=.;OPOS=3788145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:34:34:42:43:0.558442:21:21:20:14:22:21:20:14 chr12 3788188 . C T 426.96 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0347502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.153;QD=24.7515;RBI=0.0359531;REFB=0.0227036;REVB=0.00922203;RO=27;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146634;STB=0.586625;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0131718;OID=.;OPOS=3788188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:22:19:18:9:22:19:19:9 chr12 3788222 . G A 353.56 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00834392;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.046;QD=26.1898;RBI=0.0343797;REFB=-0.0235937;REVB=0.0333518;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18776;STB=0.602533;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0177895;OID=.;OPOS=3788222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:20:34:34:0.62963:18:16:15:5:18:16:15:5 chr12 3789452 . C T 395.56 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0579654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3576;QD=34.3964;RBI=0.0691234;REFB=-0.050933;REVB=0.0376571;RO=14;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225599;STB=0.512287;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0248105;OID=.;OPOS=3789452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:15:17:8:6:15:17:8:6 chr12 3806147 . T C 506.25 PASS AF=0.551724;AO=39;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0209676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.357;QD=23.2756;RBI=0.0230922;REFB=-0.0260689;REVB=0.00967503;RO=37;SAF=6;SAR=33;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201462;STB=0.510775;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0192538;OID=.;OPOS=3806147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:39:39:48:0.551724:33:6:11:26:33:15:13:26 chr12 4411093 . TC CT,TCT 225.64 PASS AF=0.3,0.483333;AO=15,8;DP=62;FAO=18,29;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=8,10;FSAR=10,19;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.225453,0.167421;FXX=0.0322529;HRUN=11,6;LEN=2,1;MLLD=13.8217,7.43604;QD=15.0426;RBI=0.230405,0.307711;REFB=-0.0283472,-0.16462;REVB=0.0475112,0.258178;RO=27;SAF=4,5;SAR=11,3;SRF=5;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122584,0.502775;STB=0.626737,0.568137;STBP=0.111,0.242;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0042335,0.164268;OID=.,.;OPOS=4411093,4411095;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:62:60:27:13:15,8:18,29:0.3,0.483333:11,3:4,5:5:22:10,19:8,10:2:11 chr12 4414126 . G A 152.48 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.28;QD=40.662;RBI=0.0165293;REFB=-0.117891;REVB=0.0165293;RO=1;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543701;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:14:0:0:1:14:0:0:1 chr12 4459032 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0421711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.733;QD=14.6654;RBI=0.0424098;REFB=-0.0299916;REVB=-0.00449319;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14369;STB=0.588114;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0257756;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:21:15:15:0.416667:10:5:9:10:10:5:10:11 chr12 4461485 . G A 391.14 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00883867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.124;QD=27.4483;RBI=0.0122028;REFB=-0.000472285;REVB=-0.00841339;RO=20;SAF=20;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902278;STB=0.549216;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000250658;OID=.;OPOS=4461485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:17:20:8:12:17:20:8:12 chr12 4462161 . C T 437.18 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00354111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.032;QD=21.5892;RBI=0.0294816;REFB=-0.00291126;REVB=-0.0292682;RO=35;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593577;STB=0.552017;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00348061;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:38:43:43:0.530864:24:19:18:17:24:19:21:17 chr12 4478080 . T A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0270849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.321;QD=18.0355;RBI=0.0319764;REFB=-0.0181087;REVB=-0.016997;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723099;STB=0.540947;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0210631;OID=.;OPOS=4478080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:8:19:14:8:8:19 chr12 4553332 . A G 870.97 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00399532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3209;QD=56.1916;RBI=0.0482076;REFB=-0.14443;REVB=0.0480417;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192603;STB=0.510201;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00220397;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:24:37:0:1:24:37:0:1 chr12 4553383 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.847;QD=63.5829;RBI=0.0435276;REFB=0;REVB=0.00416832;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17522e-05;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr12 4554548 . G C 1481.7 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112036;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4028;QD=63.051;RBI=0.0673015;REFB=0;REVB=0.0663625;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884615;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:1:0:89:94:1:47:42:0:1:50:44:0:0 chr12 4671429 . G T 1138.63 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293622;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.412;QD=60.7268;RBI=0.0308454;REFB=0;REVB=0.00944994;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00402e-05;OID=.;OPOS=4671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr12 4705317 . C T 204.62 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00822424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8551;QD=14.6155;RBI=0.0175829;REFB=-0.0185802;REVB=-0.0155409;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271428;STB=0.661854;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0295305;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:32:23:24:0.428571:16:7:18:14:17:7:18:14 chr12 4708199 . A G 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0210484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.594;QD=23.7576;RBI=0.0222234;REFB=-0.024397;REVB=-0.0071304;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118083;STB=0.506574;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0232858;OID=.;OPOS=4708199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:15:11:9:13:15:11:9:13 chr12 4716572 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0693396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0427;QD=16.4168;RBI=0.0698382;REFB=-0.00291968;REVB=-0.00832979;RO=16;SAF=12;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55061;STB=0.820554;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000971852;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:2:12:5:11:2:12:5:11 chr12 4735737 . A G 509.3 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00708865;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9458;QD=16.4289;RBI=0.0637268;REFB=-0.00627552;REVB=-0.0633313;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13778;STB=0.531627;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00514188;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:124:60:69:55:55:0.443548:31:24:35:25:31:24:34:35 chr12 4735968 . AGA CAG 36.03 PASS AF=0.433333;AO=15;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0420653;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=22.408;QD=4.80463;RBI=0.0603994;REFB=-0.110235;REVB=0.0433428;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874813;STB=0.562406;STBP=0.612;TYPE=mnp;VARB=0.347273;OID=.;OPOS=4735968;OREF=AGA;OALT=CAG;OMAPALT=CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:29:30:14:17:15:13:0.433333:5:10:8:6:6:7:11:6 chr12 4736495 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.574;QD=57.884;RBI=0.00757582;REFB=0;REVB=0.004372;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44888e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr12 4736631 . A G 1116.69 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5291;QD=60.3616;RBI=0.0303756;REFB=0;REVB=-0.00600328;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151073;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr12 4736677 . G C 226.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.000177404;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1454;QD=13.3445;RBI=0.0186086;REFB=-0.00806042;REVB=-0.0186078;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689946;STB=0.540452;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0174029;OID=.;OPOS=4736677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:41:27:27:0.397059:14:13:14:20:14:13:17:24 chr12 4736690 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6508;QD=59.1409;RBI=0.0351972;REFB=0;REVB=0.0304221;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20415e-05;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr12 4737318 . A G 345.46 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345977;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8676;QD=55.2741;RBI=0.0197078;REFB=0;REVB=-0.0194017;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333639;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr12 4737459 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.867;QD=59.4356;RBI=0.0229094;REFB=0;REVB=-0.0119336;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52559e-05;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr12 4737715 . C T 1102.62 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.965;QD=58.8061;RBI=0.0582036;REFB=-0.142546;REVB=0.014255;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000386387;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:0:1 chr12 4740515 . A T 843.58 PASS AF=0.565217;AO=78;DP=138;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0418867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.784;QD=24.4517;RBI=0.0435153;REFB=-0.0206869;REVB=0.0117936;RO=58;SAF=40;SAR=38;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235301;STB=0.512817;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0173665;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:58:60:78:78:0.565217:38:40:28:30:38:40:29:31 chr12 4794351 . A G 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.0171061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.366;QD=7.24284;RBI=0.0171095;REFB=-0.0015684;REVB=-0.000338606;RO=56;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233955;STB=0.639219;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0062114;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:11:9:15:41:11:9:15:41 chr12 4920404 . T C 122.33 PASS AF=0.146067;AO=26;DP=178;FAO=26;FDP=178;FR=.;FRO=152;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=88;FSRR=64;FWDB=-0.0174557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.435;QD=2.74906;RBI=0.0241441;REFB=-0.00431365;REVB=-0.0166804;RO=151;SAF=13;SAR=13;SRF=87;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973252;STB=0.567365;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0241897;OID=.;OPOS=4920404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:151:152:26:26:0.146067:13:13:87:64:13:13:88:64 chr12 4921689 . C T 165.69 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0198559;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8112;QD=20.0837;RBI=0.0364622;REFB=0.0036201;REVB=0.0305817;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131511;STB=0.574382;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00205649;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:6:10:8:9:6:10 chr12 4923697 . G T 1828.92 PASS AF=1;AO=97;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.879;QD=60.964;RBI=0.0325969;REFB=0;REVB=0.0265248;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363582;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:97:120:1:54:43:0:0:68:52:0:0 chr12 5021228 . T C 1196.39 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.051258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.15;QD=59.8197;RBI=0.0536942;REFB=-0.125745;REVB=0.0159899;RO=1;SAF=49;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095643;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0010756;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:30:49:1:0:30:49:1:0 chr12 5021348 . G C 144.69 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.027;QD=44.521;RBI=0.0136503;REFB=0;REVB=0.00969148;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156791;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr12 5021984 . T A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.719;QD=55.6534;RBI=0.0419775;REFB=0;REVB=0.0418622;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478015;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr12 5022041 . G A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0730875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.518;QD=36.3466;RBI=0.0879468;REFB=-0.0473746;REVB=-0.0489169;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000179125;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr12 5022438 . C T 814.86 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.89;QD=57.1831;RBI=0.0230002;REFB=0;REVB=0.0043277;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94084e-05;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:32:23:0:0:34:23:0:0 chr12 5023713 . T C 754.37 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.36;QD=56.9335;RBI=0.0693361;REFB=0;REVB=0.0693278;RO=0;SAF=39;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275239;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:13:39:0:0:14:39:0:0 chr12 5023959 . A T 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7498;QD=59.8325;RBI=0.00947333;REFB=0;REVB=-0.00677789;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67747e-06;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr12 5025094 . T C 1112.96 PASS AF=0.987654;AO=71;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00178869;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.708;QD=54.9612;RBI=0.122411;REFB=0.00339458;REVB=0.122398;RO=4;SAF=65;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233587;STB=0.503816;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000329474;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:4:1:71:80:0.987654:6:65:0:4:15:65:1:0 chr12 5154462 . T C,G 743.38 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=50,2;DP=53;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176465,-0.0350195;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.657,136.993;QD=55.0653;RBI=0.0195118,0.0362904;REFB=0,0;REVB=0.00832541,-0.0095199;RO=0;SAF=28,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000662155,0.0717484;OID=.,.;OPOS=5154462,5154462;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:53:54:0:0:50,2:52,2:0.962963,0.037037:22,2:28,0:0:0:22,2:30,0:0:0 chr12 5603632 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.74;QD=57.6807;RBI=0.0283958;REFB=0;REVB=0.00419793;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116239;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr12 5603989 . C T 647.27 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000429581;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.779;QD=23.1168;RBI=0.0112697;REFB=0.000396561;REVB=-0.0112615;RO=48;SAF=24;SAR=39;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162426;STB=0.584748;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000173236;OID=.;OPOS=5603989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:49:63:63:0.5625:39:24:28:20:39:24:28:21 chr12 5674754 . G A 857.57 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00681117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.004;QD=53.5981;RBI=0.0339441;REFB=-0.0780877;REVB=0.0332537;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.515147;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00183326;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:32:30:0:1:32:30:0:2 chr12 6054395 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.0301437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.248;QD=14.5586;RBI=0.0301898;REFB=-0.011396;REVB=-0.00166771;RO=35;SAF=4;SAR=22;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330726;STB=0.518853;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0132416;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:22:4:6:29:22:4:6:29 chr12 6091000 . A G 1969.3 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7119;QD=62.0251;RBI=0.0228219;REFB=0;REVB=0.00700523;RO=0;SAF=72;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52318e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:55:72:0:0:55:72:0:0 chr12 6105387 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00692305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.154;QD=18.4983;RBI=0.0336686;REFB=0.00596512;REVB=-0.0329491;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164158;STB=0.59177;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00437986;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:10:17:12:15:10:17 chr12 6127891 . C A 115.51 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0440685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7758;QD=8.251;RBI=0.0444915;REFB=-0.0107358;REVB=-0.00611999;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149149;STB=0.602206;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0264844;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:38:40:16:16:0.285714:7:9:26:12:7:9:28:12 chr12 6127919 . T G 197.31 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00788948;FXX=0.0983445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.193;QD=14.35;RBI=0.00900795;REFB=-0.0263383;REVB=-0.00434733;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124087;STB=0.584833;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0275195;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:55:37:32:23:23:0.418182:12:11:22:15:12:11:20:12 chr12 6127943 . A G 885.2 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.03;QD=58.0456;RBI=0.0190719;REFB=0;REVB=0.0142141;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64126e-05;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr12 6128326 . C T 240.15 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00956075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.255;QD=20.8825;RBI=0.0561168;REFB=-0.0203884;REVB=0.0552964;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138886;STB=0.564916;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.028667;OID=.;OPOS=6128326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:12:10:14:9:12:11:14:9 chr12 6128443 . T C 622.14 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4333;QD=60.6961;RBI=0.0385658;REFB=0;REVB=0.000992864;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925925;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:29:11:0:0:29:12:0:0 chr12 6143984 . T C 988.28 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.021;QD=59.0018;RBI=0.0100142;REFB=0;REVB=0.00418523;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09188e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:17:48:0:0:18:49:0:0 chr12 6153514 . A G 264.15 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0310024;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.88;QD=14.8815;RBI=0.0372285;REFB=-0.00838941;REVB=0.0206109;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124157;STB=0.507038;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0145949;OID=.;OPOS=6153514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:20:21:15:15:20:21 chr12 6153534 . T C 315.58 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00672308;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.671;QD=17.0585;RBI=0.0189872;REFB=-0.00335474;REVB=0.0177571;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028365;STB=0.515914;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00405218;OID=.;OPOS=6153534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:20:20:16:18:20:20 chr12 6167118 . C T 588.16 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00157981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.879;QD=19.9375;RBI=0.0136325;REFB=-0.0255315;REVB=0.0135406;RO=55;SAF=19;SAR=41;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254548;STB=0.653192;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166447;OID=.;OPOS=6167118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:58:60:60:0.508475:41:19:33:22:41:19:36:22 chr12 6167196 . A G 405.07 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00864134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.108;QD=22.5038;RBI=0.0180159;REFB=-0.0318715;REVB=-0.0158082;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984096;STB=0.545432;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0172809;OID=.;OPOS=6167196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:32:39:40:0.555556:23:16:16:14:24:16:16:16 chr12 6172202 . T C 608.1 PASS AF=0.432432;AO=62;DP=146;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0290512;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.749;QD=16.4351;RBI=0.0297109;REFB=-0.0285516;REVB=-0.00622632;RO=82;SAF=29;SAR=33;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452912;STB=0.522365;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0414431;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:82:84:62:64:0.432432:33:29:42:40:33:31:44:40 chr12 6173433 . C T 707.04 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00306432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.971;QD=23.1816;RBI=0.0128086;REFB=-0.0131949;REVB=0.0124367;RO=53;SAF=25;SAR=43;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403874;STB=0.52733;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0168982;OID=.;OPOS=6173433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:53:54:68:68:0.557377:43:25:22:31:43:25:23:31 chr12 6174414 . T G 304.85 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000890077;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.079;QD=19.6674;RBI=0.0193062;REFB=-0.0212561;REVB=0.0192857;RO=32;SAF=6;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252296;STB=0.593604;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0190972;OID=.;OPOS=6174414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:30:31:32:0.516129:25:6:13:19:25:7:11:19 chr12 6174423 . T A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0176697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.452;QD=20.4363;RBI=0.0332336;REFB=0.00359999;REVB=-0.028147;RO=26;SAF=7;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194293;STB=0.608745;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00648452;OID=.;OPOS=6174423;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:23:7:11:15:23:7:11:15 chr12 6204902 . CA C 286.25 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0392282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3196;QD=24.8912;RBI=0.0413168;REFB=0.00915083;REVB=-0.01297;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.593788;STBP=0.182;TYPE=del;VARB=-0.015972;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:26:46:26:46:20:14:12:15:5:99:20:14:12:15:5 chr12 6344600 . C A 1035.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.861;QD=59.1456;RBI=0.0259838;REFB=0;REVB=0.020774;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024977;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:42:26:0:0:44:26:0:0 chr12 6439470 . A G 610.46 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0030019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.555;QD=56.7866;RBI=0.0182562;REFB=-0.164857;REVB=0.0180077;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.500567;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000874872;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:21:20:1:0:21:20:1:1 chr12 6442346 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.804;QD=61.3326;RBI=0.0193712;REFB=0;REVB=-0.00217121;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350366;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr12 6457062 . T C 1541.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4608;QD=63.5472;RBI=0.0380119;REFB=0;REVB=-0.00893254;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216664;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:42:54:0:0:43:54:0:0 chr12 6484709 . T C 227.97 PASS AF=0.509434;AO=19;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0206332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.932;QD=17.2054;RBI=0.0356481;REFB=-0.0475792;REVB=-0.0290699;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210268;STB=0.511619;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0509578;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:26:19:27:0.509434:11:8:17:10:11:16:16:10 chr12 6495275 . C A 360.17 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0119642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.135;QD=22.8678;RBI=0.0263085;REFB=-0.0484681;REVB=-0.0234307;RO=25;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00581501;STB=0.519848;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0418252;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:27:36:36:0.571429:17:19:13:12:17:19:13:14 chr12 6560473 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.648;QD=62.9827;RBI=0.00760096;REFB=0;REVB=0.00153625;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2844e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr12 6562285 . C T 178.46 PASS AF=0.359375;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0110802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.618;QD=11.1536;RBI=0.0262455;REFB=-0.0170285;REVB=-0.023792;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133968;STB=0.57674;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0287158;OID=.;OPOS=6562285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:41:22:23:0.359375:8:14:29:10:8:15:31:10 chr12 6562293 . C T 188.85 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.025816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.162;QD=11.1088;RBI=0.0332912;REFB=-0.0331777;REVB=-0.02102;RO=43;SAF=16;SAR=7;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339699;STB=0.528067;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0447573;OID=.;OPOS=6562293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:23:24:0.352941:7:16:31:12:8:16:31:13 chr12 6562753 . A G 164.52 PASS AF=0.355932;AO=22;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00345545;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.291;QD=11.154;RBI=0.0107514;REFB=-0.0119546;REVB=0.010181;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522444;STB=0.512303;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0317146;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:38:22:21:0.355932:13:9:16:19:12:9:17:21 chr12 6562810 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.033149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.835;QD=7.48158;RBI=0.0350866;REFB=-7.09971e-05;REVB=-0.0114984;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420748;STB=0.526263;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000733946;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:15:13:5:5:15:13 chr12 6562823 . C T 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0211327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.571;QD=5.90502;RBI=0.0213596;REFB=-0.000198035;REVB=-0.00310502;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661942;STB=0.542751;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000868246;OID=.;OPOS=6562823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:15:12:4:4:15:12 chr12 6562836 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00292908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.404;QD=4.62921;RBI=0.0125081;REFB=-0.00917696;REVB=-0.0121603;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030816;OID=.;OPOS=6562836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:12:12:3:3:12:12 chr12 6572048 . A G 193.32 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0232453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6782;QD=14.8707;RBI=0.0559395;REFB=-0.0123824;REVB=-0.0508811;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118527;STB=0.561986;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0164702;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:30:22:22:0.423077:8:14:14:13:8:14:16:14 chr12 6573146 . T C 315.95 PASS AF=0.363636;AO=37;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0442591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7053;QD=12.7658;RBI=0.0683799;REFB=-0.0325702;REVB=-0.0521242;RO=61;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102003;STB=0.538136;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0242785;OID=.;OPOS=6573146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:63:37:36:0.363636:19:18:24:37:19:17:26:37 chr12 6573455 . A C 42.38 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00673588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.391;QD=4.84356;RBI=0.0182614;REFB=-0.013339;REVB=-0.0169737;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097573;STB=0.565841;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.069112;OID=.;OPOS=6573455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:18:10:2:5:18:10 chr12 6574105 . C G 110.74 PASS AF=0.75;AO=10;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.082963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2699;QD=27.6858;RBI=0.0838945;REFB=0.0577619;REVB=-0.0124669;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222789;STB=0.624804;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0199557;OID=.;OPOS=6574105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:10:12:0.75:6:4:0:4:6:6:0:4 chr12 6575044 . G T 136.53 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0471399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.162;QD=8.66843;RBI=0.0471433;REFB=0.00128129;REVB=-0.000572163;RO=44;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145357;STB=0.586576;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00476757;OID=.;OPOS=6575044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:8:11:20:24:8:11:20:24 chr12 6619284 . C G 219.51 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00263355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.746;QD=14.8821;RBI=0.0110953;REFB=-0.0187589;REVB=-0.0107782;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30183;STB=0.654616;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0183955;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:25:26:0.440678:16:9:22:11:16:10:22:11 chr12 6631169 . C A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0151588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.673;QD=28.4027;RBI=0.0173743;REFB=0.0201002;REVB=-0.00848974;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100685;STB=0.555504;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00727654;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:12:9:3:8:12:9:3:8 chr12 6637845 . T C 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0243645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.085;QD=19.344;RBI=0.0244198;REFB=-0.0123037;REVB=0.00164243;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195856;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0142837;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:7:11:7:11:7:11 chr12 6638116 . C T 441.37 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0200279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.191;QD=25.2209;RBI=0.0292359;REFB=-0.0103115;REVB=-0.0212985;RO=28;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783323;STB=0.542837;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0114324;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:21:21:17:11:21:21:17:11 chr12 6639088 . A G 1114.16 PASS AF=0.787611;AO=84;DP=108;FAO=89;FDP=113;FR=.;FRO=24;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.020889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1256;QD=39.4393;RBI=0.0322875;REFB=-0.0370212;REVB=0.0246198;RO=24;SAF=49;SAR=35;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354297;STB=0.515773;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0117685;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:24:24:84:89:0.787611:35:49:12:12:38:51:12:12 chr12 6646320 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0307965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7712;QD=12.8366;RBI=0.0435562;REFB=0.0038938;REVB=0.0308013;RO=37;SAF=8;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289248;STB=0.666111;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00895119;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:17:8:22:15:17:8:23:16 chr12 6647109 . T C 90.09 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.108532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.381;QD=7.66743;RBI=0.109405;REFB=-0.00912169;REVB=-0.013796;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100238;STB=0.553754;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0295637;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:8:4:14:20:8:4:14:21 chr12 6687192 . T C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0388665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4285;QD=4.3035;RBI=0.0426344;REFB=0.00552422;REVB=-0.0175239;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455768;STB=0.531146;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0391826;OID=.;OPOS=6687192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:14:12:3:3:14:12 chr12 6747295 . G A 75.46 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0264628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6935;QD=11.6094;RBI=0.159137;REFB=-0.0141656;REVB=-0.156921;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0067957;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:10:6:3:7:10:6 chr12 6761874 . C CG 48.53 PASS AF=0.177419;AO=13;DP=63;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0163535;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.8894;QD=3.13069;RBI=0.0205199;REFB=-0.00109142;REVB=-0.0123947;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278356;STB=0.827004;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0721475;OID=.;OPOS=6761875;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:13:63:11:62:51:9:2:21:30:48:49:9:4:23:26 chr12 6835068 . A G 170.7 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0444688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.267;QD=11.0129;RBI=0.0483587;REFB=-0.00837764;REVB=-0.0190024;RO=40;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144453;STB=0.558198;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0155129;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:40:21:22:0.354839:15:6:16:24:15:7:16:24 chr12 6835081 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0282082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.577;QD=18.3005;RBI=0.02825;REFB=-0.0294508;REVB=-0.00153528;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521471;STB=0.529699;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0371148;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:8:15:14:6:8:15 chr12 6836852 . A G 171.81 PASS AF=0.395833;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0221223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8053;QD=14.3178;RBI=0.0222499;REFB=-0.00832781;REVB=0.00237926;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251434;STB=0.665747;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0230524;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:17:19:0.395833:11:6:17:12:13:6:17:12 chr12 6836913 . G T 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00731439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.739;QD=14.0472;RBI=0.009056;REFB=0.00329814;REVB=-0.00533957;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33568;STB=0.695641;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00463;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:17:12:13:5:17:12 chr12 6840209 . G A 35.54 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000526452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8101;QD=5.68675;RBI=0.00390296;REFB=0.000163744;REVB=0.00386729;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167553;STB=0.610731;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.000200509;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:9:10:4:2:9:10 chr12 6887020 . T C 1519.05 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228814;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.043;QD=59.5706;RBI=0.0603276;REFB=0;REVB=0.0558199;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58252e-05;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:55:46:0:0:55:47:0:0 chr12 6925149 . C T 77.17 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0253022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.624;QD=13.4207;RBI=0.0267283;REFB=-0.0167371;REVB=0.0086139;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155332;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0240013;OID=.;OPOS=6925149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:5:5:4:8:5:5:5:8 chr12 6926363 . T C 620.51 PASS AF=1;AO=30;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7888;QD=47.7317;RBI=0.143296;REFB=-0.0731514;REVB=0.02112;RO=0;SAF=3;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117642;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:52:0:0:30:52:1:27:3:0:0:28:24:0:0 chr12 6928075 . T C 659.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.302;QD=61.3261;RBI=0.0587547;REFB=0;REVB=0.0312791;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122291;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:23:16:0:0:26:17:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1165.58 PASS AF=0.941176;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0830537;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=44.436;QD=54.8509;RBI=0.093005;REFB=-0.0904683;REVB=0.041857;RO=5;SAF=37;SAR=43;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376112;STB=0.519901;STBP=0.151;TYPE=mnp;VARB=0.00681114;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:85:85:5:5:80:80:0.941176:43:37:4:1:43:37:4:1 chr12 6933787 . A G 77.78 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0485224;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.534;QD=12.9637;RBI=0.0496482;REFB=-0.009858;REVB=-0.0105126;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0229083;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:7:7:4:6:7:7 chr12 6939850 . A G 93.76 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0962001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3969;QD=6.57975;RBI=0.0964598;REFB=-0.005034;REVB=-0.00707322;RO=43;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216758;STB=0.634567;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0109159;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:57:57:43:43:14:14:0.245614:5:9:20:23:5:9:20:23 chr12 6941021 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0306899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.044;QD=11.1978;RBI=0.0311422;REFB=-0.0109994;REVB=-0.00528838;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846107;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0234627;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:13:9:5:7:13:9 chr12 6942823 . A G 734.36 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.18;QD=55.4235;RBI=0.0697049;REFB=0;REVB=0.0280112;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050643;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:49:53:1:15:34:0:0:16:37:0:0 chr12 6948468 . T C 174.84 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0507203;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.419;QD=18.9019;RBI=0.0771907;REFB=-0.0203057;REVB=-0.0581881;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979282;STB=0.542122;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0322237;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:10:8:10:8:10:8:10:9 chr12 6948528 . T C 323.35 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0390675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.917;QD=21.9217;RBI=0.0390675;REFB=-0.0316211;REVB=4.04473e-05;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325299;STB=0.51796;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0248646;OID=.;OPOS=6948528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:19:14:10:16:19:14:10:16 chr12 6954875 . C T 1237.71 PASS AF=0.933333;AO=84;DP=90;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0610284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.135;QD=55.0095;RBI=0.066447;REFB=-0.226147;REVB=0.026282;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.519288;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00286024;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:90:90:0:6:84:84:0.933333:46:38:0:0:46:38:1:5 chr12 6958943 . A AG 51.8 PASS AF=0.292683;AO=10;DP=43;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0906006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4794;QD=5.05355;RBI=0.102921;REFB=-0.011715;REVB=0.0488297;RO=32;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527938;STB=0.761418;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.0287044;OID=.;OPOS=6958944;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:10:43:12:41:29:10:2:15:14:51:32:9:1:17:15 chr12 6965194 . A G 2160.63 PASS AF=0.992857;AO=136;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129266;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.632;QD=61.7321;RBI=0.0231366;REFB=-0.0569904;REVB=0.0191887;RO=1;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621439;STB=0.503144;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000771526;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:1:1:136:139:0.992857:76:60:0:1:79:60:0:1 chr12 7022085 . T A 1069.23 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294182;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.221;QD=60.2384;RBI=0.0318146;REFB=0;REVB=-0.0121135;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315771;OID=.;OPOS=7022085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr12 7023123 . A G 986.69 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0572369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0595;QD=57.1996;RBI=0.0586467;REFB=-0.0227385;REVB=-0.0127818;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00082548;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:34:33:1:0:34:34:1:0 chr12 7053022 . C T 382.91 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.428;QD=52.8155;RBI=0.0145979;REFB=0.0271736;REVB=-0.00484946;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000677049;OID=.;OPOS=7053022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:0:1:26:28:0.965517:10:16:0:0:10:18:0:1 chr12 7055860 . T C 698.62 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00719669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.029;QD=54.794;RBI=0.0072156;REFB=-0.022303;REVB=0.000522039;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000325086;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:31:19:0:0:31:19:1:0 chr12 7065635 . T C 804.67 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.666;QD=64.3737;RBI=0.0526167;REFB=0;REVB=0.0480427;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95288e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr12 7079215 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.344;QD=59.0187;RBI=0.0073397;REFB=0;REVB=0.0021137;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97894e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr12 7080212 . T C,G 632.42 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853401,-0.0217538;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=160.63,14.3992;QD=60.2302;RBI=0.0672708,0.0241007;REFB=0,0;REVB=0.0667272,0.0103738;RO=1;SAF=15,1;SAR=24,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0302234,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000134581,0.0966725;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:42:1:0:39,2:40,2:0.952381,0.047619:24,1:15,1:1:0:24,1:16,1:0:0 chr12 7170336 . G A 375.05 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0398515;FXX=0.046292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.176;QD=14.5649;RBI=0.0416441;REFB=-0.0118475;REVB=-0.0120868;RO=58;SAF=17;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195813;STB=0.512911;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0138004;OID=.;OPOS=7170336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:103:58:60:43:43:0.417476:26:17:24:34:26:17:25:35 chr12 7241055 . A G 438.61 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00645291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.131;QD=14.3808;RBI=0.0196259;REFB=-0.0100675;REVB=-0.0185347;RO=72;SAF=26;SAR=24;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640737;STB=0.50361;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0128885;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:50:50:0.409836:24:26:37:35:24:26:37:35 chr12 7241571 . G A 176.21 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0147435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2464;QD=14.9969;RBI=0.0334014;REFB=-0.00792454;REVB=-0.0299713;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364816;STB=0.711088;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0258077;OID=.;OPOS=7241571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:5:14:11:17:5:14:11:17 chr12 7242204 . C T 391.34 PASS AF=0.460674;AO=39;DP=87;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0564041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8182;QD=17.5881;RBI=0.130188;REFB=-0.00593491;REVB=0.117335;RO=47;SAF=25;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025206;STB=0.505298;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00957998;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:47:48:39:41:0.460674:14:25:29:18:15:26:30:18 chr12 7242299 . G A 389.83 PASS AF=0.427083;AO=39;DP=94;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00783767;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.974;QD=16.2431;RBI=0.00786159;REFB=-0.0250483;REVB=-0.000612784;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104442;STB=0.502091;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0239232;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:54:55:39:41:0.427083:17:22:31:23:17:24:32:23 chr12 7280880 . C G 545.22 PASS AF=0.410959;AO=59;DP=145;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00835928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.047;QD=14.9374;RBI=0.00841;REFB=-0.0129836;REVB=-0.000922274;RO=85;SAF=30;SAR=29;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00963222;STB=0.50297;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0158062;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:85:86:59:60:0.410959:29:30:44:41:29:31:44:42 chr12 7281317 . C T 410.7 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0326979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8382;QD=23.8086;RBI=0.0484971;REFB=0.012649;REVB=-0.0358164;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164887;STB=0.590121;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.013049;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:18:22:22:7:18:22:22:7 chr12 7309471 . C A 156.18 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00957191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.028;QD=10.9599;RBI=0.0192716;REFB=-0.0152903;REVB=0.0167264;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013377;STB=0.51998;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0266961;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:13:7:13:23:13:7:14:23 chr12 7463241 . A T 536.83 PASS AF=0.459677;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0218337;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.694;QD=17.3172;RBI=0.0218684;REFB=-0.0111936;REVB=-0.00123169;RO=65;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456314;STB=0.520886;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0137937;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:67:56:57:0.459677:31:25:26:39:31:26:28:39 chr12 7528471 . G A 568.73 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.000923651;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.713;QD=24.4614;RBI=0.0256499;REFB=-0.00612687;REVB=-0.0256332;RO=41;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980306;STB=0.505374;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00558953;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:41:52:52:0.55914:26:26:21:20:26:26:21:20 chr12 7551022 . A T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.342;QD=59.425;RBI=0.0324176;REFB=0.0160457;REVB=0.0181159;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000131035;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:0:1:16:26:0:1 chr12 7551050 . A C 677.01 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00922883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.783;QD=60.179;RBI=0.0206481;REFB=-0.158856;REVB=0.0184709;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302851;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000492297;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:15:29:0:1:15:29:0:1 chr12 7585247 . T C 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1796;QD=37.8902;RBI=0.0488317;REFB=-0.0263638;REVB=-0.0406973;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293687;STB=0.666322;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00254977;OID=.;OPOS=7585247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:11:1:1:0:11:1:1:0 chr12 7637795 . A G 395.67 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0119619;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.428;QD=20.0341;RBI=0.0158402;REFB=-0.0221878;REVB=-0.0103838;RO=37;SAF=37;SAR=3;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436661;STB=0.757834;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0187025;OID=.;OPOS=7637795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:39:40:40:0.506329:3:37:25:12:3:37:26:13 chr12 7649484 . T C 613.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0817;QD=61.3268;RBI=0.0303597;REFB=0;REVB=0.0303286;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333458;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr12 7772997 . G A 717.5 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=24;FWDB=0.00170824;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.819;QD=19.3918;RBI=0.00676518;REFB=-0.0198935;REVB=0.00654596;RO=74;SAF=38;SAR=33;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145133;STB=0.580941;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.022306;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:74:77:71:71:0.47973:33:38:51:23:33:38:53:24 chr12 7773058 . C A 593.29 PASS AF=0.43662;AO=61;DP=142;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0208828;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.757;QD=16.7124;RBI=0.0229094;REFB=-0.0209757;REVB=0.00942083;RO=80;SAF=31;SAR=30;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679303;STB=0.54224;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0262235;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:80:61:62:0.43662:30:31:46:34:31:31:46:34 chr12 7773096 . T C 387.39 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0366897;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7126;QD=14.0868;RBI=0.0463978;REFB=-0.00110589;REVB=0.0284011;RO=65;SAF=19;SAR=26;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215771;STB=0.621461;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00184975;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:26:19:41:24:26:19:41:24 chr12 7779227 . A G 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.122396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.79;QD=14.4899;RBI=0.125487;REFB=-0.00851951;REVB=-0.0276772;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238289;STB=0.636807;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0264444;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:9:21:9:10:9:21 chr12 7805236 . C G 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.022707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5665;QD=17.4892;RBI=0.0787944;REFB=-0.0188598;REVB=-0.0754517;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245072;STB=0.638194;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0176326;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:8:20:14:16:8:20:14:16 chr12 7867847 . G C 1452.87 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936965;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0056;QD=61.8243;RBI=0.106239;REFB=0;REVB=0.105825;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831205;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:94:0:0:85:94:1:42:43:0:0:45:49:0:0 chr12 7966958 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.12;QD=62.7621;RBI=0.0155052;REFB=0;REVB=-0.00296304;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11506e-05;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr12 7981418 . C A 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0268271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.826;QD=28.7489;RBI=0.0300419;REFB=-0.0246962;REVB=-0.0135212;RO=19;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313675;STB=0.51723;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0162157;OID=.;OPOS=7981418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:9:21:14:5:9:21:14:5 chr12 8043688 . G C 1320.78 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.623;QD=62.1542;RBI=0.0240753;REFB=0;REVB=0.0132249;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5783e-06;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr12 8048082 . T C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0523978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7839;QD=15.2612;RBI=0.06205;REFB=-0.00519169;REVB=-0.0332367;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00177231;OID=.;OPOS=8048082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr12 8074192 . G A 282.41 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0120148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.978;QD=23.5338;RBI=0.0149898;REFB=-0.0213785;REVB=0.00896314;RO=22;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175164;STB=0.505614;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.023532;OID=.;OPOS=8074192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:17:8:7:15:18:8:7:15 chr12 8192590 . G C 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00173234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1484;QD=18.1939;RBI=0.0802626;REFB=-0.0211176;REVB=-0.0802439;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065651;STB=0.543599;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0267519;OID=.;OPOS=8192590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:18:16:19:16:18:16:20:16 chr12 8249050 . C G 88.2 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.0194479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.806;QD=5.59983;RBI=0.0275648;REFB=-0.0120225;REVB=-0.0195346;RO=49;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278312;STB=0.669698;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0652764;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:8:6:11:38:8:6:11:38 chr12 8278181 . A T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0336175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9001;QD=17.325;RBI=0.0336175;REFB=-0.0192067;REVB=-2.42184e-05;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929098;STB=0.553137;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0182604;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:14:11:7:13:14:11 chr12 8374770 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3424;QD=39.2054;RBI=0.0411881;REFB=0;REVB=0.0404543;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132455;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 8374781 . C CACG 36.55 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0245105;FXX=0.124844;HRUN=0;LEN=3;MLLD=295.183;QD=20.8829;RBI=0.0261491;REFB=-0.0561045;REVB=-0.00911097;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=ins;VARB=0.019138;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:5:9:5:7:2:2:3:1:1:11:3:2:3:2:1 chr12 8375198 . C A 641.99 PASS AF=0.619565;AO=56;DP=93;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.00333273;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.406;QD=27.9128;RBI=0.00359497;REFB=-0.0403611;REVB=0.00134786;RO=34;SAF=24;SAR=32;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184897;STB=0.594264;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0179763;OID=.;OPOS=8375198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:34:35:56:57:0.619565:32:24:6:28:32:25:7:28 chr12 8376110 . T C 905.8 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225209;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.06;QD=58.4388;RBI=0.0233171;REFB=0;REVB=0.00604126;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78575e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:26:36:0:0 chr12 8543143 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.55;QD=33.4284;RBI=0.0604826;REFB=0;REVB=-0.0349506;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00434294;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr12 8693333 . G A 483.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7662;QD=58.5639;RBI=0.0465435;REFB=0;REVB=-0.0025467;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000931579;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr12 8757481 . G A 860.21 PASS AF=0.540541;AO=80;DP=148;FAO=80;FDP=148;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0149852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.438;QD=23.2488;RBI=0.0235667;REFB=-0.00380561;REVB=0.0181888;RO=67;SAF=32;SAR=48;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154926;STB=0.512602;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00393568;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:67:68:80:80:0.540541:48:32:28:39:48:32:29:39 chr12 8808006 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0133415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.393;QD=14.097;RBI=0.0151185;REFB=-0.000895529;REVB=0.00711157;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383131;STB=0.522354;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00117547;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:9:9:6:7:9:9 chr12 8926011 . T C 2177.12 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.768;QD=63.1051;RBI=0.0628513;REFB=0;REVB=0.0617564;RO=0;SAF=37;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50829e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:100:37:0:0:101:37:0:0 chr12 8975901 . C T 331.08 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0157987;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.402;QD=20.6924;RBI=0.0212409;REFB=-0.00528067;REVB=0.0141977;RO=30;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238992;STB=0.632574;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00582839;OID=.;OPOS=8975901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:22:12:19:11:22:12:19:11 chr12 9004512 . G A 1013.64 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.953;QD=57.9222;RBI=0.0274061;REFB=-0.17086;REVB=0.0213775;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0013685;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:70:0:1:66:69:0.985714:36:30:0:0:38:31:0:1 chr12 9004892 . C A 411.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.354;QD=56.6944;RBI=0.0344993;REFB=0;REVB=0.0300946;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288826;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr12 9013755 . C T 657.71 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8392;QD=61.1821;RBI=0.0201989;REFB=0;REVB=0.000546144;RO=0;SAF=3;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025512;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:39:3:0:0:39:4:0:0 chr12 9016573 . A G 1510.74 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.22;QD=63.61;RBI=0.00759916;REFB=0;REVB=-0.00474981;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9328e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:45:48:0:0:45:50:0:0 chr12 9020489 . A G 334.36 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201998;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.692;QD=51.4394;RBI=0.0285876;REFB=-0.157232;REVB=0.0202291;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00196557;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:26:0:1:24:25:0.961538:10:14:0:0:11:14:0:1 chr12 9020912 . A G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0252136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0563;QD=11.0158;RBI=0.02652;REFB=-0.00158926;REVB=0.00822078;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503844;STB=0.529873;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00398827;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:21:7:4:10:21:7 chr12 9070366 . T A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000184699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.678;QD=21.0649;RBI=0.00602716;REFB=-0.0265751;REVB=0.00602433;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131254;STB=0.585034;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0219395;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:9:15:11:12:9:15:11:13 chr12 9074259 . C T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0107238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.945;QD=15.6182;RBI=0.0260874;REFB=-0.021435;REVB=0.0237813;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662078;STB=0.529747;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0297375;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:5:13:16:8:5:13:17:8 chr12 9086898 . A G 727.96 PASS AF=0.607143;AO=68;DP=112;FAO=68;FDP=112;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00111017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.116;QD=25.9985;RBI=0.0534331;REFB=0.0136886;REVB=0.0534216;RO=44;SAF=33;SAR=35;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926429;STB=0.5503;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0091511;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:44:68:68:0.607143:35:33:27:17:35:33:27:17 chr12 9093001 . G A 233.52 PASS AF=0.510638;AO=15;DP=38;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.012839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5048;QD=19.8743;RBI=0.13329;REFB=-0.0453724;REVB=0.13267;RO=23;SAF=15;SAR=0;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.796167;STB=0.617062;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0861638;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:47:23:23:15:24:0.510638:0:15:14:9:5:19:14:9 chr12 9142297 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0135859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.471;QD=22.9574;RBI=0.0158086;REFB=-0.00512612;REVB=-0.00808292;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880825;STB=0.558063;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00259114;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:15:16:0.592593:11:4:4:7:12:4:4:7 chr12 9161648 . T C 229.53 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0162377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141;QD=22.3927;RBI=0.0322211;REFB=-0.011939;REVB=0.0278305;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129455;STB=0.60274;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0102797;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:19:22:22:0.536585:15:7:8:9:15:7:10:9 chr12 9232268 . T C 217.2 PASS AF=0.36;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0154671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.23;QD=11.5837;RBI=0.0243405;REFB=-0.0128884;REVB=0.0187944;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400547;STB=0.508975;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0233419;OID=.;OPOS=9232268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:48:26:27:0.36:11:15:26:22:12:15:26:22 chr12 9248233 . T C 1705.61 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00429536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.476;QD=57.8173;RBI=0.0179802;REFB=-0.0433825;REVB=0.0174596;RO=3;SAF=53;SAR=62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026118;STB=0.513759;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000391648;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:3:3:115:115:0.974576:62:53:3:0:62:53:3:0 chr12 9262488 . C T 122.81 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0193649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.752;QD=5.84788;RBI=0.0251108;REFB=-0.00759688;REVB=-0.015986;RO=63;SAF=12;SAR=7;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778759;STB=0.562433;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.022427;OID=.;OPOS=9262488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:65:19:19:0.22619:7:12:36:27:7:12:36:29 chr12 9268473 . A C 222.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0188259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8919;QD=18.9636;RBI=0.0439641;REFB=-0.0241211;REVB=0.0397294;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105241;STB=0.559632;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0276113;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:13:12:13:9:13:12 chr12 9305473 . T C 2162.56 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000259665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.042;QD=62.2319;RBI=0.020125;REFB=0.0358938;REVB=0.0201233;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.64421e-06;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:71:67:0:0:71:67:1:0 chr12 9307373 . T G 2184.92 PASS AF=0.993377;AO=143;DP=146;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0596787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2427;QD=57.8786;RBI=0.0946985;REFB=-0.0148705;REVB=0.0735273;RO=3;SAF=56;SAR=87;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112433;STB=0.504347;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000730904;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:146:151:3:1:143:150:0.993377:87:56:2:1:93:57:1:0 chr12 9312951 . G A 1157.15 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318542;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.54;QD=60.9025;RBI=0.0233508;REFB=0;REVB=0.0231326;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54041e-05;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr12 9316833 . G T 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0191063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7402;QD=2.92522;RBI=0.0290078;REFB=0.001844;REVB=0.0218266;RO=60;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281138;STB=0.691953;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0103852;OID=.;OPOS=9316833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:4:6:22:38:4:6:22:38 chr12 9317784 . A G 804.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.149;QD=64.3415;RBI=0.103803;REFB=0;REVB=0.0435261;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515183;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr12 9345272 . CA C,CG 943.89 PASS AF=0.0140845,0.971831;AO=43,25;DP=70;FAO=1,69;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25;FSAR=1,44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118028,0.0244019;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.6989,79.0344;QD=53.177;RBI=0.100895,0.059433;REFB=-0.0603897,-0.0342355;REVB=0.100203,0.0541926;RO=1;SAF=1,23;SAR=42,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0110545,0.183452;STB=0.5,0.505616;STBP=1,0.534;TYPE=del,snp;VARB=0.0534316,0.00328871;OID=.,.;OPOS=9345273,9345273;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0140845,0.971831:43,25:70:1,69:71:1:0,25:1,44:0:1:4:1:1,23:42,2:0:1 chr12 9345274 . C G 468.37 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0161675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.671;QD=25.6639;RBI=0.0376362;REFB=-0.0354898;REVB=0.0339867;RO=29;SAF=1;SAR=42;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.809087;STB=0.915991;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0059333;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:29:43:44:0.60274:42:1:23:6:42:2:23:6 chr12 9346792 . G C 754.36 PASS AF=0.894737;AO=55;DP=74;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0611037;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7351;QD=39.7032;RBI=0.0883192;REFB=-0.208192;REVB=0.06377;RO=9;SAF=42;SAR=13;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239664;STB=0.566647;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.120932;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:74:76:9:8:55:68:0.894737:13:42:0:9:26:42:0:8 chr12 9439294 . T C 444.82 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0191675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.732;QD=13.793;RBI=0.0197863;REFB=0.00765527;REVB=0.00490988;RO=77;SAF=25;SAR=26;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726118;STB=0.544609;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00826256;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:78:51:51:0.395349:26:25:43:34:26:25:44:34 chr12 9451397 . G A 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0203266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6153;QD=2.51698;RBI=0.0243608;REFB=0.00107626;REVB=0.0134268;RO=56;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427415;STB=0.531172;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00648724;OID=.;OPOS=9451397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:4:4:26:30:4:4:26:30 chr12 9451818 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3629;QD=33.4277;RBI=0.0738585;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00873167;OID=.;OPOS=9451818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 9571420 . C T 194.97 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=-0.0203187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.008;QD=8.57005;RBI=0.0215241;REFB=-0.00820934;REVB=-0.00710177;RO=64;SAF=4;SAR=22;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252699;STB=0.650253;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0275248;OID=.;OPOS=9571420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:65:26:26:0.285714:22:4:19:45:22:4:19:46 chr12 9571670 . T C 116.19 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.001;QD=42.25;RBI=0.186401;REFB=0;REVB=0.0147516;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209001;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:10:0:0:0:10:1:0:0 chr12 9572819 . C T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0200328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.236;QD=19.6452;RBI=0.0376539;REFB=-0.0201397;REVB=-0.0318827;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194374;STB=0.611445;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0144808;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:5:3:7:4:5:3 chr12 9573130 . C T 201.02 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00372417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.667;QD=11.8246;RBI=0.00631933;REFB=-0.02682;REVB=-0.00510534;RO=43;SAF=17;SAR=8;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527578;STB=0.530363;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0388931;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:8:17:31:12:8:17:31:12 chr12 9573223 . C A 506.91 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.00347883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.74;QD=23.5772;RBI=0.0362916;REFB=-0.00719316;REVB=-0.0361245;RO=38;SAF=37;SAR=10;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355128;STB=0.51646;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0140482;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:38:47:48:0.55814:10:37:31:7:10:38:31:7 chr12 9573224 . C T 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=0.0283132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.071;QD=12.7172;RBI=0.0286938;REFB=-0.00809123;REVB=0.00465789;RO=54;SAF=28;SAR=4;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227088;STB=0.632882;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00972408;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:4:28:41:13:4:28:41:13 chr12 9574002 . C T 1179.49 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.875;QD=60.4868;RBI=0.0448226;REFB=0;REVB=0.0352597;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91584e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:78:0:0:71:78:1:32:39:0:0:37:41:0:0 chr12 9574042 . C A 276.31 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0139979;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.72;QD=15.1404;RBI=0.0201269;REFB=-0.021553;REVB=-0.0144619;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646774;STB=0.536605;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0309691;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:42:42:31:31:0.424658:15:16:19:23:15:16:19:23 chr12 9578197 . A T 895.65 PASS AF=0.848101;AO=67;DP=80;FAO=67;FDP=79;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0343139;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2768;QD=45.3493;RBI=0.0377885;REFB=-0.0388851;REVB=-0.0158281;RO=11;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116303;STB=0.566648;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.013702;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:80:79:11:12:67:67:0.848101:39:28:0:11:39:28:0:12 chr12 9580395 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.54;QD=37.4885;RBI=0.0251335;REFB=0;REVB=0.011987;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399114;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr12 9581791 . T C 327.88 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0115824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.647;QD=20.4922;RBI=0.0187214;REFB=-0.0164108;REVB=-0.0147085;RO=28;SAF=24;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154761;STB=0.605995;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0209424;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:30:34:34:0.53125:10:24:15:13:10:24:15:15 chr12 9590052 . G A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00188462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.436;QD=25.4294;RBI=0.0350937;REFB=-0.0121369;REVB=0.0350431;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233427;STB=0.629425;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0167215;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:11:4:13:9:11:4 chr12 9597776 . G A 1880.36 PASS AF=0.954545;AO=124;DP=130;FAO=126;FDP=132;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0104643;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.701;QD=56.9807;RBI=0.0232453;REFB=-0.0334504;REVB=0.0207568;RO=5;SAF=65;SAR=59;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559092;STB=0.500722;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000762853;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:130:132:5:6:124:126:0.954545:59:65:3:2:61:65:3:3 chr12 9750669 . A G 373.25 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0222435;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.366;QD=17.7738;RBI=0.0228219;REFB=-0.0142409;REVB=-0.00510539;RO=45;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114608;STB=0.56407;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00853767;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:45:39:39:0.464286:22:17:25:20:22:17:25:20 chr12 9906143 . GTT G,GT,TGT,TTG 296.64 PASS AF=0,0.642857,0.339286,0;AO=6,19,15,2;DP=56;FAO=0,36,19,0;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27,0,0;FSAR=0,9,19,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.119739,-0.215846,-0.0931912,-0.0492167;FXX=0.0175408;HRUN=5,5,1,1;LEN=2,1,2,3;MLLD=9.74416,6.44747,23.8746,25.4092;QD=21.1888;RBI=0.142842,0.261811,0.0938822,0.0497076;REFB=-0.032001,-0.0447837,-0.0478344,-0.0380817;REVB=0.0778867,0.148174,0.0113695,0.00696831;RO=9;SAF=6,16,0,0;SAR=0,3,15,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.461538,0.461538,0,0;SSSB=0.778933,0.384913,-0.821746,-0.532037;STB=0.5,0.526301,0.5,0.5;STBP=1,0.138,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=-0.12704,0.0909394,-0.089045,0;OID=.,.,.,.;OPOS=9906144,9906144,9906143,9906143;OREF=TT,T,GT,GTT;OALT=-,-,TG,TTG;OMAPALT=G,GT,TGT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:56:56:9:1:6,19,15,2:0,36,19,0:0,0.642857,0.339286,0:0,3,15,2:6,16,0,0:3:6:0,9,19,0:0,27,0,0:0:1 chr12 9906151 . GA AG,G,GT 263.14 PASS AF=0,0.957447,0;AO=12,15,6;DP=53;FAO=0,45,0;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=0,13,0;FSAR=0,32,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.146873,0.159713,-0.0971388;FXX=0.113186;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.38631,8.38465,35.4096;QD=22.3952;RBI=0.164855,0.230357,0.0984557;REFB=0.168613,0.118934,0.12264;REVB=-0.0748692,0.166001,0.0160493;RO=9;SAF=0,3,6;SAR=12,12,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0.461538,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.794491,-0.0227757,0.798548;STB=0.5,0.515145,0.5;STBP=1,0.423,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0561159,0;OID=.,.,.;OPOS=9906151,9906152,9906152;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,T;OMAPALT=AG,G,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:7:53:47:9:2:12,15,6:0,45,0:0,0.957447,0:12,12,0:0,3,6:2:7:0,32,0:0,13,0:0:2 chr12 9994445 . GTGT G 752.46 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277349;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.803;QD=64.0391;RBI=0.0293449;REFB=0;REVB=0.00958644;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.84043e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:48:47:47:0:22:25:0:0:4:0:21:24:0:0 chr12 10015177 . A G 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0241875;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.081;QD=11.0961;RBI=0.0253122;REFB=-0.00613109;REVB=-0.00746163;RO=51;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830797;STB=0.54807;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0102883;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:15:12:19:32:15:12:19:32 chr12 10041364 . G A 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0141982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.073;QD=17.7159;RBI=0.0418618;REFB=-0.0183735;REVB=-0.0393804;RO=42;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077986;STB=0.543559;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0179101;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:19:18:17:25:19:18:17:25 chr12 10046052 . C A 454.43 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0171508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.527;QD=20.197;RBI=0.038958;REFB=0.0254074;REVB=0.0349796;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121371;STB=0.555367;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0243802;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:45:44:45:0.5:20:24:19:27:21:24:19:26 chr12 10069302 . C T 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0324758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.267;QD=17.5365;RBI=0.0325065;REFB=-0.0178241;REVB=-0.0014125;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804844;STB=0.545055;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.015509;OID=.;OPOS=10069302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:19:15:20:18:19:15:20:18 chr12 10131939 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00542981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6975;QD=24.292;RBI=0.0138875;REFB=0.0404538;REVB=-0.012782;RO=13;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919271;STB=0.551666;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0186104;OID=.;OPOS=10131939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:3:16:10:3:3:16:10:3 chr12 10136672 . G A 419.23 PASS AF=0.61194;AO=37;DP=63;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00822602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.924;QD=25.0288;RBI=0.00856021;REFB=-0.00669337;REVB=0.00236849;RO=24;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289585;STB=0.51862;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00392986;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:24:26:37:41:0.61194:23:14:10:14:24:17:12:14 chr12 10137557 . A C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00696911;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=219.649;QD=19.3862;RBI=0.00704369;REFB=-0.00246273;REVB=0.00102228;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705438;STB=0.53996;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00238403;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:11:10:8:12:11:10 chr12 10147850 . T C 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0146792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.416;QD=18.1915;RBI=0.019155;REFB=-0.01296;REVB=0.012306;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684408;STB=0.532451;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0127484;OID=.;OPOS=10147850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:22:18:23:21:22:18:23:22 chr12 10149406 . T C 1088.79 PASS AF=0.949367;AO=77;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0239192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9271;QD=55.1284;RBI=0.0246229;REFB=-0.202285;REVB=0.00584484;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122921;STB=0.500338;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00721783;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:79:79:1:4:77:75:0.949367:39:38:1:0:37:38:2:2 chr12 10149851 . C T 1245.97 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.464;QD=61.5296;RBI=0.013799;REFB=0;REVB=0.0137625;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62135e-05;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:44:36:0:0:45:36:0:0 chr12 10150974 . A G 258.9 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00553927;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.555;QD=20.3062;RBI=0.00579672;REFB=-0.0319423;REVB=0.00170836;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123582;STB=0.563205;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0234961;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:24:26:27:0.529412:9:17:13:12:10:17:12:12 chr12 10151642 . T C 1517.79 PASS AF=0.99;AO=97;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0246625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.895;QD=60.7118;RBI=0.128223;REFB=-0.103553;REVB=0.125829;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.505262;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00281686;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:97:99:0.99:45:52:0:0:47:52:0:1 chr12 10163375 . C A 89.85 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0133707;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0101;QD=6.65521;RBI=0.0768064;REFB=0.0076887;REVB=-0.0756337;RO=42;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319488;STB=0.70755;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0263763;OID=.;OPOS=10163375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:55:54:42:41:13:13:0.240741:9:4:24:18:9:4:24:17 chr12 10165469 . A G 2102.69 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.658;QD=62.7669;RBI=0.034789;REFB=0;REVB=0.0346912;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96432e-05;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:70:64:0:0:70:64:0:0 chr12 10167277 . G C 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.313;QD=61.3245;RBI=0.0276082;REFB=0;REVB=0.0251979;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76887e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr12 10366087 . AC AT,TT 336.12 PASS AF=0.96,0.04;AO=23,2;DP=25;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119222,0.0537097;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=141.481,131.572;QD=53.7797;RBI=0.119385,0.0570817;REFB=0,0;REVB=-0.00624006,-0.0193282;RO=0;SAF=2,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63689e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000684085,-0.0279105;OID=.,.;OPOS=10366088,10366087;OREF=C,AC;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:25:25:0:0:23,2:24,1:0.96,0.04:21,2:2,0:0:0:22,1:2,0:0:0 chr12 10366229 . CA C 62.11 PASS AF=0.5;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0273338;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.3826;QD=11.2924;RBI=0.127295;REFB=-0.0913968;REVB=-0.124326;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645154;STB=0.55037;STBP=0.702;TYPE=del;VARB=0.0804826;OID=.;OPOS=10366230;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:23:11:22:11:4:7:3:8:61:11:2:7:3:8 chr12 10367240 . CT C 708.05 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8391;QD=44.9557;RBI=0.0254258;REFB=0;REVB=0.000879361;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000708471;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:63:63:63:0:27:36:0:0:13:0:27:34:0:0 chr12 10462052 . T G 1280.18 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.346;QD=61.6956;RBI=0.101019;REFB=0;REVB=0.0201046;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362602;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:43:38:0:0:43:40:0:0 chr12 10525740 . C T 1339.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.792;QD=62.3209;RBI=0.0311131;REFB=0;REVB=-0.0304293;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37306e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:38:48:0:0 chr12 10532111 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.677;QD=44.6898;RBI=0.0191787;REFB=0;REVB=-0.0154588;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31428e-05;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr12 10532326 . T C 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.344;QD=56.9481;RBI=0.0116463;REFB=0;REVB=0.0111084;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73566e-05;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr12 10560957 . T C 170.85 PASS AF=0.298701;AO=18;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0215046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.046;QD=8.87516;RBI=0.0215048;REFB=-0.000230749;REVB=-9.01087e-05;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658547;STB=0.54593;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00060996;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:54:18:23:0.298701:8:10:22:22:10:13:27:27 chr12 10562025 . C T 327.63 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00126684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.584;QD=12.2477;RBI=0.0236697;REFB=-0.0132043;REVB=-0.0236358;RO=67;SAF=20;SAR=20;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156115;STB=0.588742;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0186823;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:40:40:0.373832:20:20:43:24:20:20:43:24 chr12 10562089 . A C 1973.58 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220297;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.061;QD=61.6745;RBI=0.022818;REFB=0;REVB=0.00594592;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132489;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:53:73:0:0:55:73:0:0 chr12 10562130 . C A 53.11 PASS AF=0.109244;AO=13;DP=119;FAO=13;FDP=119;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0124778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.396;QD=1.78526;RBI=0.0169693;REFB=-0.00125772;REVB=0.0115005;RO=106;SAF=9;SAR=4;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149109;STB=0.611472;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0141459;OID=.;OPOS=10562130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:119:119:106:106:13:13:0.109244:4:9:61:45:4:9:61:45 chr12 10570965 . C G 1954.6 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032452;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8501;QD=61.0814;RBI=0.0336442;REFB=-0.00115655;REVB=-0.00887699;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.503816;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00553779;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:0:1:126:127:0.992188:64:62:0:0:65:62:0:1 chr12 10571042 . A G 2219.7 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.518;QD=62.5267;RBI=0.0646907;REFB=-0.0239883;REVB=0.0342417;RO=1;SAF=68;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069413;STB=0.503649;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000277337;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:73:68:1:0:73:68:1:0 chr12 10571091 . T G 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.095;QD=60.3497;RBI=0.019828;REFB=0;REVB=-0.00301471;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.543e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr12 10571106 . G C 1572.6 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269948;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.292;QD=64.1877;RBI=0.0296934;REFB=0;REVB=0.0123686;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48705e-06;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr12 10572982 . A G 1593.55 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5733;QD=59.5718;RBI=0.0834804;REFB=0;REVB=0.0412285;RO=1;SAF=52;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689457;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:1:0:106:107:1:54:52:1:0:54:53:0:0 chr12 10573094 . CA CG,GG 748.6 PASS AF=0.489796,0.510204;AO=24,25;DP=49;FAO=24,25;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11,14;FSAR=13,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000330177,-0.00292051;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=254.947,257.167;QD=61.1102;RBI=0.0110906,0.00964611;REFB=0,0;REVB=0.0110857,0.00919337;RO=0;SAF=11,14;SAR=13,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00615749,-0.00540838;OID=.,.;OPOS=10573095,10573094;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:49:0:0:24,25:24,25:0.489796,0.510204:13,11:11,14:0:0:13,11:11,14:0:0 chr12 10587111 . A G 6474.77 PASS AF=0.774648;AO=495;DP=639;FAO=495;FDP=639;FR=.;FRO=144;FSAF=256;FSAR=239;FSRF=86;FSRR=58;FWDB=-0.00567625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.955;QD=40.5306;RBI=0.00587995;REFB=0.00216552;REVB=-0.00153428;RO=143;SAF=256;SAR=239;SRF=85;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327366;STB=0.518083;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00054596;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:639:639:143:144:495:495:0.774648:239:256:85:58:239:256:86:58 chr12 10587645 . C T 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.042726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.123;QD=4.65364;RBI=0.0576192;REFB=-0.00386461;REVB=-0.0386582;RO=46;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531449;STB=0.834682;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0203783;OID=.;OPOS=10587645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:46:47:11:11:0.189655:3:8:12:34:3:8:12:35 chr12 10588530 . C G 123.38 PASS AF=0.130045;AO=29;DP=224;FAO=29;FDP=223;FR=.;FRO=194;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=105;FSRR=89;FWDB=-0.0404879;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0231;QD=2.21317;RBI=0.0425588;REFB=0.0045093;REVB=0.0131142;RO=195;SAF=14;SAR=15;SRF=105;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702753;STB=0.550721;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0337386;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:195:194:29:29:0.130045:15:14:105:90:15:14:105:89 chr12 10588581 . T C 131.3 PASS AF=0.153409;AO=27;DP=176;FAO=27;FDP=176;FR=.;FRO=149;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=84;FWDB=-0.00303837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.363;QD=2.98402;RBI=0.00796882;REFB=-0.00852438;REVB=0.00736684;RO=147;SAF=18;SAR=9;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29136;STB=0.691311;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0356418;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:147:149:27:27:0.153409:9:18:64:83:9:18:65:84 chr12 10603669 . G GC 1699.75 PASS AF=1;AO=13;DP=120;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945258;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.065;QD=58.1112;RBI=0.0948311;REFB=0;REVB=0.0076028;RO=106;SAF=1;SAR=12;SRF=69;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.16299e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:120:117:117:0:69:48:0:0:10:106:1:12:69:37 chr12 10603670 . T C 1426.76 PASS AF=0.888889;AO=104;DP=118;FAO=104;FDP=117;FR=.;FRO=13;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0023333;FXX=0.0168053;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.943;QD=48.7782;RBI=0.0137013;REFB=-0.11322;REVB=0.0135012;RO=13;SAF=68;SAR=36;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12797;STB=0.567836;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00136241;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:118:117:13:13:104:104:0.888889:36:68:1:12:36:68:1:12 chr12 10659438 . T C 2351.95 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.992;QD=61.0896;RBI=0.0302389;REFB=0;REVB=0.0282102;RO=0;SAF=66;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65591e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:88:66:0:0:88:66:0:0 chr12 10659964 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.757;QD=61.6953;RBI=0.0290797;REFB=0;REVB=0.0286114;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19136e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr12 10675250 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7735;QD=62.9825;RBI=0.0290924;REFB=0;REVB=-0.0214453;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043279;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr12 10763205 . T C 72.64 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000407049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.687;QD=20.7554;RBI=0.00389956;REFB=-0.0118081;REVB=0.00387826;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34935;STB=0.76119;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00845467;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:13:14:4:5:9:9:0.642857:8:1:2:2:8:1:3:2 chr12 10763236 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1561;QD=51.9146;RBI=0.0223016;REFB=0;REVB=0.0143074;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943662;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr12 10771779 . C T 2614.68 PASS AF=0.492754;AO=254;DP=535;FAO=272;FDP=552;FR=.;FRO=280;FSAF=153;FSAR=119;FSRF=151;FSRR=129;FWDB=0.00846749;FXX=0.00180829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5917;QD=18.947;RBI=0.00924063;REFB=4.76935e-05;REVB=0.00370012;RO=276;SAF=143;SAR=111;SRF=150;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187545;STB=0.511926;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-3.86862e-05;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:552:276:280:254:272:0.492754:111:143:150:126:119:153:151:129 chr12 10782115 . T C 180.47 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0226744;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.116;QD=12.6647;RBI=0.0313208;REFB=-0.00554781;REVB=-0.021607;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786234;STB=0.554091;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0179541;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:35:22:22:0.385965:10:12:17:19:10:12:16:19 chr12 10782116 . G A 357.65 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0302326;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.477;QD=24.6654;RBI=0.0308552;REFB=-0.00929794;REVB=-0.00616689;RO=23;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467804;STB=0.525677;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00927111;OID=.;OPOS=10782116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:23:23:35:35:0.603448:19:16:12:11:19:16:12:11 chr12 10783729 . A G 235.46 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0206447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3004;QD=13.2651;RBI=0.0402101;REFB=-0.0199564;REVB=0.0345058;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147885;STB=0.584356;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.027941;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:13:15:17:26:13:15:17:26 chr12 10871667 . A G 1420.02 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5612;QD=61.076;RBI=0.134188;REFB=-0.0277265;REVB=0.129781;RO=2;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327019;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:93:2:0:91:93:1:56:35:0:2:58:35:0:0 chr12 10958658 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.31301e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.794;QD=60.5473;RBI=0.0429128;REFB=0;REVB=0.0429128;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53134e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr12 10959031 . C T 542.52 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000865627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.138;QD=21.486;RBI=0.00301972;REFB=-0.0149732;REVB=-0.00289299;RO=46;SAF=27;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181956;STB=0.504949;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0123314;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:27:27:24:22:27:27:24:23 chr12 10962115 . A G 285.24 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0553255;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0344;QD=20.0168;RBI=0.0597453;REFB=-0.013861;REVB=-0.022552;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629713;STB=0.503647;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00912461;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:23:27:30:30:0.526316:18:12:11:12:18:12:11:16 chr12 10978402 . G A,T 420.04 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984345,0.0116805;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.395,37.0595;QD=56.0053;RBI=0.0103476,0.0116959;REFB=0,0;REVB=-0.00319061,0.000599919;RO=0;SAF=15,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=1.88943e-05,0.114116;OID=.,.;OPOS=10978402,10978402;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:13,2:15,0:0:0:13,2:15,0:0:0 chr12 10999708 . T C 1206.69 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.283;QD=61.0984;RBI=0.0879405;REFB=0;REVB=0.0877143;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144829;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:36:43:0:0 chr12 10999780 . C T 580.51 PASS AF=0.588889;AO=51;DP=89;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0133734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3431;QD=25.8003;RBI=0.0212704;REFB=-0.0394294;REVB=0.0165402;RO=36;SAF=35;SAR=16;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834329;STB=0.551104;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0180835;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:36:37:51:53:0.588889:16:35:28:8:17:36:29:8 chr12 11034980 . G A 31.05 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0152556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.605;QD=12.4195;RBI=0.0307313;REFB=-0.0235947;REVB=0.0266773;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0207378;OID=.;OPOS=11034980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:4:1:4:1:4:1 chr12 11061122 . T C 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.013;QD=55.0054;RBI=0.052535;REFB=-0.0704429;REVB=0.0372313;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00117563;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr12 11083356 . A G 267.62 PASS AF=0.201754;AO=46;DP=228;FAO=46;FDP=228;FR=.;FRO=182;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=101;FSRR=81;FWDB=-0.0247282;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6165;QD=4.69512;RBI=0.0252499;REFB=-0.00316237;REVB=-0.00510637;RO=182;SAF=21;SAR=25;SRF=101;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125904;STB=0.578056;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.01194;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:182:182:46:46:0.201754:25:21:101:81:25:21:101:81 chr12 11083677 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.141;QD=62.0217;RBI=0.0522585;REFB=0;REVB=-0.00308634;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019602;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr12 11091432 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.167;QD=57.6804;RBI=0.0197751;REFB=0;REVB=0.0169191;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48238e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr12 11138683 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.839;QD=59.1425;RBI=0.016355;REFB=0;REVB=0.0127181;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85347e-06;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr12 11138852 . C T 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.498;QD=64.2833;RBI=0.0612238;REFB=0;REVB=-0.0439539;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09873e-06;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:62:38:0:0:62:38:0:0 chr12 11149711 . C A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.911;QD=57.2365;RBI=0.00701533;REFB=0;REVB=-0.00320054;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98389e-05;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr12 11149720 . A G 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00288813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.957;QD=52.8647;RBI=0.0162469;REFB=0.0223818;REVB=0.0159882;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.519992;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=2.36501e-05;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:29:24:2:0:29:24:2:0 chr12 11149769 . T C 865.07 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.852;QD=57.6713;RBI=0.0900003;REFB=0;REVB=0.0880108;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539815;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr12 11150033 . G T 758.83 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405776;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.779;QD=57.2699;RBI=0.0436305;REFB=0;REVB=0.0160338;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212233;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:44:53:1:21:23:0:0:24:29:0:0 chr12 11150046 . G T 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4844;QD=57.703;RBI=0.0269483;REFB=0;REVB=-0.00152901;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297336;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr12 11150054 . C T 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00365852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.247;QD=12.1194;RBI=0.00369012;REFB=-0.0212484;REVB=0.000481878;RO=38;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196892;STB=0.613934;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0287228;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:8:15:18:20:8:15:18:20 chr12 11150214 . G A 746.42 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9094;QD=63.5254;RBI=0.0796626;REFB=0;REVB=-0.0752835;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134238;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr12 11150319 . T C 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.532;QD=56.6909;RBI=0.0389637;REFB=0;REVB=0.0389346;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209972;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr12 11174372 . C G 39.05 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00222555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6472;QD=1.47373;RBI=0.0583867;REFB=0.00145494;REVB=-0.0583443;RO=96;SAF=8;SAR=2;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420816;STB=0.822491;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0138412;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:96:96:10:10:0.0943396:2:8:41:55:2:8:41:55 chr12 11174380 . C T 41.41 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.00692551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.23;QD=1.69015;RBI=0.0302921;REFB=-0.00289537;REVB=-0.0294898;RO=84;SAF=8;SAR=2;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397785;STB=0.805847;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.017128;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:98:84:88:10:10:0.102041:2:8:39:45:2:8:40:48 chr12 11174390 . G A 41.58 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0154945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.281;QD=1.71468;RBI=0.0349791;REFB=-0.000360432;REVB=-0.0313601;RO=87;SAF=8;SAR=2;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.815389;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00475815;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:87:87:10:10:0.103093:2:8:38:49:2:8:38:49 chr12 11174647 . G C 127.36 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00669081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5526;QD=9.26257;RBI=0.027811;REFB=0.00066651;REVB=0.0269942;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178266;STB=0.614274;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000834003;OID=.;OPOS=11174647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:7:10:16:21:7:10:16:22 chr12 11174753 . G A 483.73 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.892;QD=58.634;RBI=0.0396452;REFB=0;REVB=0.00831605;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281228;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:10:19:0:0:10:23:0:0 chr12 11183451 . A T 1552.58 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405344;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6721;QD=64.0241;RBI=0.0488516;REFB=0;REVB=-0.027266;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240693;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr12 11183506 . T A 44.82 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=0.00218356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.616;QD=1.65997;RBI=0.00624809;REFB=0.00390823;REVB=-0.00585412;RO=97;SAF=9;SAR=2;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316051;STB=0.748052;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0129165;OID=.;OPOS=11183506;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:97:97:11:11:0.101852:2:9:56:41:2:9:56:41 chr12 11183524 . T C 83.93 PASS AF=0.154545;AO=16;DP=110;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0147949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.788;QD=3.05214;RBI=0.0153324;REFB=-0.000263327;REVB=-0.00402393;RO=92;SAF=11;SAR=5;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148768;STB=0.559251;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00610093;OID=.;OPOS=11183524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:110:110:92:93:16:17:0.154545:5:11:53:39:6:11:54:39 chr12 11183576 . T C 242.29 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0201222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0471;QD=10.5345;RBI=0.0303323;REFB=0.00549883;REVB=-0.0226969;RO=62;SAF=15;SAR=15;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112098;STB=0.565175;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0106961;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:15:15:37:25:15:15:37:25 chr12 11183642 . A G 331.66 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0235104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7871;QD=12.6345;RBI=0.0275472;REFB=-0.0279749;REVB=0.0143566;RO=64;SAF=15;SAR=25;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138205;STB=0.583899;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0459716;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:65:40:40:0.380952:25:15:32:32:25:15:33:32 chr12 11183676 . C T 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0292272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.051;QD=11.6854;RBI=0.0335831;REFB=-0.00299608;REVB=-0.0165407;RO=55;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272045;STB=0.515713;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0089505;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:16:14:27:28:16:14:27:28 chr12 11183697 . C A 189.86 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0639619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.26;QD=11.3349;RBI=0.0646737;REFB=-0.0125976;REVB=-0.00956872;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590161;STB=0.534218;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.023524;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:22:21:13:11:22:21 chr12 11183708 . T C 141.79 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0188004;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9172;QD=9.45272;RBI=0.0479745;REFB=-0.00721647;REVB=0.0441373;RO=39;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17626;STB=0.607359;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0453481;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:41:19:19:0.316667:13:6:18:21:13:6:19:22 chr12 11183722 . A C 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0245242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3653;QD=7.81263;RBI=0.0349838;REFB=-0.00822539;REVB=0.0249486;RO=40;SAF=3;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341156;STB=0.711554;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00912355;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:12:3:18:22:12:3:18:22 chr12 11183752 . T C 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0114265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.903;QD=4.50891;RBI=0.0178383;REFB=0.00040624;REVB=-0.0136982;RO=42;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483568;STB=0.836838;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00352383;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:8:1:19:23:8:1:19:23 chr12 11244140 . G A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00751972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.902;QD=14.8326;RBI=0.0523683;REFB=-0.00679531;REVB=-0.0518256;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366492;STB=0.5072;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0113397;OID=.;OPOS=11244140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:16:18:26:20:16:18:26:22 chr12 11244166 . G C 1020.6 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00445234;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.147;QD=56.6997;RBI=0.0174331;REFB=-0.0223778;REVB=0.016855;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025541;STB=0.51351;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00117761;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:34:36:2:0:34:36:2:0 chr12 11244194 . T C 911.73 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0254822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.547;QD=55.2566;RBI=0.0268928;REFB=0.000275555;REVB=-0.00859538;RO=2;SAF=28;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325423;STB=0.517236;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=2.17133e-05;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:36:28:2:0:36:28:2:0 chr12 11244725 . C G 691.45 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.04699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.511;QD=49.3894;RBI=0.0554361;REFB=-0.0383714;REVB=-0.0294126;RO=3;SAF=33;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354868;STB=0.510305;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00539069;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:3:4:52:52:0.928571:19:33:2:1:19:33:2:2 chr12 11338613 . CA GG 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125268;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=348.336;QD=56.7066;RBI=0.0385122;REFB=0;REVB=0.0384919;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.08977e-05;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr12 11338781 . C A 1167.08 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1386;QD=60.6276;RBI=0.0366484;REFB=0;REVB=-0.0243867;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218556;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr12 11338957 . A G 255.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9725;QD=51.1542;RBI=0.0529774;REFB=0;REVB=0.0382657;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20362e-05;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr12 11338983 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.321;QD=45.8068;RBI=0.0694826;REFB=0;REVB=0.0221309;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309057;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr12 11339020 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.573;QD=42.1827;RBI=0.0391347;REFB=0;REVB=0.0391347;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276803;OID=.;OPOS=11339020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr12 11418954 . A G 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565176;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.791;QD=59.8604;RBI=0.00659721;REFB=0;REVB=-0.00340305;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63731e-06;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 11462275 . A G 791.9 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00362082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.031;QD=53.6881;RBI=0.0119597;REFB=-0.136712;REVB=0.0113984;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.501497;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000313055;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:57:57:0.966102:31:26:0:0:31:26:1:1 chr12 12230938 . C G 400.72 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.628;QD=55.2716;RBI=0.0372246;REFB=0;REVB=0.0267351;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858089;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:14:15:0:0 chr12 12240199 . C T 1676.43 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.621;QD=60.4119;RBI=0.0126905;REFB=0;REVB=0.00450833;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12004e-05;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr12 12301898 . C T 179.25 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0252265;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8265;QD=12.1523;RBI=0.0450898;REFB=-0.015208;REVB=-0.0373727;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179256;STB=0.612397;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.018617;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:36:37:22:22:0.372881:8:14:17:19:8:14:17:20 chr12 12483275 . G A 229.39 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0275716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.798;QD=14.1165;RBI=0.0874984;REFB=-0.019183;REVB=0.0830408;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144531;STB=0.508229;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0287713;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:11:16:22:16:11:16:22:16 chr12 12483713 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0895663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8237;QD=11.2573;RBI=0.0899613;REFB=-0.0114749;REVB=0.00842186;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860199;STB=0.55249;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0231341;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:10:2:1:7:10:2 chr12 12510097 . C T 2551.9 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359038;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7755;QD=61.8642;RBI=0.0362125;REFB=0;REVB=-0.00471794;RO=0;SAF=69;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629645;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:165:0:0:162:165:1:93:69:0:0:94:71:0:0 chr12 12814818 . C T 1313.59 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362936;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.211;QD=61.8158;RBI=0.0403418;REFB=0;REVB=-0.0176136;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142626;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:57:27:0:0:57:28:0:0 chr12 12871099 . T G 781.97 PASS AF=0.610169;AO=72;DP=119;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00673375;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.019;QD=26.5074;RBI=0.0615804;REFB=-0.0231853;REVB=-0.0612112;RO=46;SAF=32;SAR=40;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17893;STB=0.596988;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0145457;OID=.;OPOS=12871099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:46:46:72:72:0.610169:40:32:32:14:40:32:32:14 chr12 12874041 . T A 53.79 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0211705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2984;QD=3.91226;RBI=0.0400964;REFB=-0.000294394;REVB=0.0340519;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173386;STB=0.617277;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00577656;OID=.;OPOS=12874041;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:55:46:46:9:9:0.163636:4:5:19:27:4:5:19:27 chr12 12941884 . C T 1011.92 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240273;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.809;QD=59.5246;RBI=0.0109443;REFB=0;REVB=-0.0106773;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05217e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr12 12941956 . A ATCCT 787.77 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279766;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=4;MLLD=294.82;QD=57.2925;RBI=0.0350845;REFB=0;REVB=0.0211715;RO=7;SAF=16;SAR=38;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.31308e-05;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:62:55:55:0:16:39:0:0:4:7:16:38:5:2 chr12 12967127 . C T 449.78 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00658306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6795;QD=15.9213;RBI=0.0245242;REFB=-0.00154153;REVB=-0.0236241;RO=63;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478617;STB=0.526772;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00176802;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:23:27:31:32:23:27:31:32 chr12 13028653 . A G 550.15 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.046;QD=59.4754;RBI=0.0287534;REFB=0;REVB=0.0150209;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010129;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:33:37:1:26:7:0:0:26:11:0:0 chr12 13061294 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.95;QD=59.0187;RBI=0.021031;REFB=0;REVB=0.0195883;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26626e-05;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr12 13136623 . T C 265.68 PASS AF=0.54;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00203869;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.624;QD=21.2547;RBI=0.0378289;REFB=0.0130137;REVB=-0.037774;RO=17;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654787;STB=0.545421;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0106118;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:17:23:27:27:0.54:15:12:6:11:15:12:8:15 chr12 13208552 . C T 256.38 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0118644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7734;QD=13.4936;RBI=0.0391473;REFB=-0.00064333;REVB=-0.0373061;RO=45;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200004;STB=0.618347;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00015479;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:46:30:30:0.394737:15:15:31:14:15:15:32:14 chr12 13214537 . A G 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00736799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.61;QD=20.5624;RBI=0.00779899;REFB=-0.0212047;REVB=-0.00255674;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803382;STB=0.544486;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0139503;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:13:18:17:18:13:18 chr12 13221606 . T C 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8701;QD=58.0488;RBI=0.0386118;REFB=0;REVB=-0.00908639;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246564;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr12 13349823 . C T 1235.67 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441846;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1405;QD=60.2766;RBI=0.0530766;REFB=-0.0724822;REVB=0.0294082;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108063;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:1:0:80:82:1:40:40:1:0:41:41:0:0 chr12 13369196 . C T 153.91 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0573138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7814;QD=11.616;RBI=0.0747769;REFB=0.00231803;REVB=-0.0480283;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119253;STB=0.569647;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00750101;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:8:11:16:18:8:11:16:18 chr12 13369574 . A G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0111404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.817;QD=20.9186;RBI=0.0118169;REFB=-0.0222157;REVB=0.00394075;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125569;STB=0.559781;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0185367;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:15:16:9:16:15:16:10:16 chr12 13525603 . T G 204.47 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0179519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3053;QD=22.7185;RBI=0.0207067;REFB=-0.014076;REVB=0.0103196;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495686;STB=0.52775;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00761677;OID=.;OPOS=13525603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:7:9:10:10:7:9 chr12 13526328 . G T 81.26 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0501164;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5712;QD=7.55917;RBI=0.0530129;REFB=0.00509503;REVB=-0.0172832;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338253;STB=0.708149;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0145486;OID=.;OPOS=13526328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:44:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:21:11:7:4:21:11 chr12 13527882 . G A 330.05 PASS AF=0.546875;AO=31;DP=60;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00594332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.634;QD=20.6283;RBI=0.0288333;REFB=-0.0180833;REVB=0.0282141;RO=28;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551146;STB=0.539149;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0162774;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:28:29:31:35:0.546875:13:18:18:10:15:20:19:10 chr12 13593879 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.305;QD=60.6099;RBI=0.0839766;REFB=0;REVB=0.0147679;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227422;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr12 13717508 . G A 820.69 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.639;QD=55.6402;RBI=0.0943189;REFB=-0.137242;REVB=0.0930042;RO=1;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254817;STB=0.513509;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000354032;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:18:40:0:1:18:40:0:1 chr12 14018777 . G C 1039.94 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0383387;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.1458;QD=56.9829;RBI=0.0417188;REFB=-0.142217;REVB=0.0164501;RO=2;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109601;STB=0.50058;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00187769;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:37:34:1:1:37:34:1:1 chr12 14577892 . A T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0695927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0619;QD=18.3449;RBI=0.111268;REFB=0.00749667;REVB=0.0868179;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041688;STB=0.523781;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00233071;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:6:12:12:5:6:12 chr12 14587298 . A G 336.29 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00298434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.622;QD=28.0244;RBI=0.042716;REFB=0.0101627;REVB=0.0426116;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938141;STB=0.551688;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00916526;OID=.;OPOS=14587298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:16:13:11:8:16:13:11:8 chr12 14656768 . G C 820.1 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00705461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.926;QD=55.6002;RBI=0.0388823;REFB=0.0350706;REVB=0.038237;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00136288;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:14:44:0:0:14:44:1:0 chr12 14688644 . C T 423.9 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0307236;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.945;QD=20.9333;RBI=0.0447534;REFB=-0.00124793;REVB=-0.0325411;RO=39;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749672;STB=0.541475;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00157698;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:19:23:18:21:19:23:18:21 chr12 14706837 . A C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00726222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.879;QD=13.2308;RBI=0.0169556;REFB=-0.0220015;REVB=-0.0153217;RO=29;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363426;STB=0.714019;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0288907;OID=.;OPOS=14706837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:13:4:16:13:13:4:16:13 chr12 14794062 . G A 806.25 PASS AF=0.666667;AO=72;DP=108;FAO=72;FDP=108;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00532369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2818;QD=29.8612;RBI=0.00785605;REFB=-0.000769385;REVB=0.00577719;RO=36;SAF=34;SAR=38;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121552;STB=0.565471;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000304025;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:36:36:72:72:0.666667:38:34:10:26:38:34:10:26 chr12 14827463 . AATC A 360.43 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0035587;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=3;MLLD=337.137;QD=13.4741;RBI=0.0192047;REFB=-0.0126883;REVB=-0.0188721;RO=52;SAF=17;SAR=35;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265568;STB=0.647631;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0136061;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495327:52:108:53:107:54:18:35:34:20:99:52:17:35:32:20 chr12 14829893 . A C 3856.49 PASS AF=0.995968;AO=243;DP=247;FAO=247;FDP=248;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=143;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0403732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8295;QD=62.2014;RBI=0.0688741;REFB=-0.119822;REVB=0.0558001;RO=4;SAF=103;SAR=140;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240417;STB=0.502392;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00193289;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:247:248:4:1:243:247:0.995968:140:103:2:2:143:104:1:0 chr12 14926504 . A G 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00303176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.792;QD=22.9114;RBI=0.00543173;REFB=0.00262394;REVB=0.0045069;RO=30;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224553;STB=0.512353;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00206172;OID=.;OPOS=14926504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:18:21:17:13:18:21:17:13 chr12 14927994 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0134726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4148;QD=14.6983;RBI=0.0204488;REFB=-0.00812845;REVB=0.0153833;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108217;STB=0.562834;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00673254;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:12:11:6:10:12:11 chr12 14929667 . C G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00953493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3245;QD=9.1321;RBI=0.0135415;REFB=-0.0369004;REVB=0.00961544;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511128;STB=0.531188;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0788371;OID=.;OPOS=14929667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:12:10:5:5:12:10 chr12 14929872 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.7;QD=58.7807;RBI=0.0338989;REFB=0;REVB=0.00956724;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131177;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr12 14930055 . G T 234.48 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0101691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.324;QD=17.0532;RBI=0.0672024;REFB=-0.00041702;REVB=-0.0664285;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240382;STB=0.500772;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-7.80815e-05;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:27:29:26:26:0.472727:17:9:10:17:17:9:10:19 chr12 14982352 . G C 888.51 PASS AF=0.378182;AO=104;DP=275;FAO=104;FDP=275;FR=.;FRO=171;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=73;FSRR=98;FWDB=0.0475987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7581;QD=12.9238;RBI=0.0665357;REFB=-0.00112653;REVB=0.0464904;RO=169;SAF=48;SAR=56;SRF=71;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459822;STB=0.521735;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00231222;OID=.;OPOS=14982352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:169:171:104:104:0.378182:56:48:71:98:56:48:73:98 chr12 15081897 . A C 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.256;QD=62.9777;RBI=0.0692679;REFB=0;REVB=-0.066276;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246809;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 15103605 . A G 1782.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4831;QD=60.9433;RBI=0.0687645;REFB=0;REVB=0.0411662;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368441;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:72:44:0:0:72:45:0:0 chr12 15262179 . G A 197.67 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0267903;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.815;QD=12.5503;RBI=0.0284507;REFB=-0.0111706;REVB=0.00957704;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203805;STB=0.617432;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0192089;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:17:22:9:15:17:22 chr12 16189694 . T A 444.73 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0189437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.493;QD=13.79;RBI=0.0209749;REFB=-0.00525701;REVB=-0.00900463;RO=78;SAF=32;SAR=19;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15306;STB=0.586665;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.008815;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:78:51:51:0.395349:19:32:38:40:19:32:38:40 chr12 16347308 . G A 385.21 PASS AF=0.368;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0041428;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8032;QD=12.3266;RBI=0.00520554;REFB=-0.00104077;REVB=-0.00315195;RO=72;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066681;STB=0.522337;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00351931;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:72:79:46:46:0.368:24:22:30:42:24:22:35:44 chr12 16369828 . A T 519.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.186;QD=59.4067;RBI=0.0511056;REFB=0;REVB=0.0481455;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37121e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr12 16397677 . G A 1999.49 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00360937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.851;QD=60.5905;RBI=0.00363829;REFB=-0.137468;REVB=-0.000457867;RO=2;SAF=60;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111389;STB=0.503546;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-2.89663e-05;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:132:132:2:1:130:131:0.992424:70:60:1:1:70:61:0:1 chr12 16425656 . A T 202.06 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0105445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.85;QD=12.0632;RBI=0.0185793;REFB=-0.00362267;REVB=-0.0152972;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034487;STB=0.503103;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00598523;OID=.;OPOS=16425656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:42:24:25:0.373134:9:15:25:17:10:15:25:17 chr12 16430284 . G A 923.57 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.035666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.27;QD=56.8348;RBI=0.0360086;REFB=-0.125905;REVB=0.00495507;RO=1;SAF=39;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119536;STB=0.506022;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000675085;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:23:39:1:0:23:41:1:0 chr12 18435035 . C T 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0106002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7718;QD=3.63772;RBI=0.0264753;REFB=-0.00976109;REVB=0.0242606;RO=38;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51817;STB=0.861482;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0333918;OID=.;OPOS=18435035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:1:6:16:22:1:6:16:22 chr12 18847877 . T C 623.57 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00148345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.675;QD=23.0952;RBI=0.00908347;REFB=-0.00966233;REVB=0.00896152;RO=47;SAF=31;SAR=30;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528176;STB=0.528866;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00503241;OID=.;OPOS=18847877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:30:31:27:20:30:31:27:20 chr12 19329493 . T C 411.0 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.228;QD=56.6898;RBI=0.0298029;REFB=0;REVB=-0.0103949;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116533;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr12 19456594 . G C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.033199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.274;QD=13.5048;RBI=0.0446256;REFB=0.00416019;REVB=0.0298207;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882068;STB=0.551639;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00318849;OID=.;OPOS=19456594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:7:10:6:6:7:10 chr12 19598956 . C A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0458397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9306;QD=16.5353;RBI=0.0535514;REFB=0.00171154;REVB=-0.0276852;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333222;STB=0.691657;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00701233;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:14:9:13:5:14:9 chr12 20704503 . CG C 930.85 PASS AF=0.597222;AO=116;DP=218;FAO=129;FDP=216;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=120;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.045168;FXX=0.00917389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1178;QD=17.2379;RBI=0.0502891;REFB=-0.034248;REVB=-0.0221098;RO=88;SAF=1;SAR=115;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.8302;STB=0.804671;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0360276;OID=.;OPOS=20704504;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.597222:116:218:129:216:87:9:120:42:45:99:88:1:115:44:44 chr12 20704509 . T G 994.8 PASS AF=0.495146;AO=102;DP=206;FAO=102;FDP=206;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=96;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.050132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.114;QD=19.3165;RBI=0.0568452;REFB=-0.0156886;REVB=-0.0267983;RO=101;SAF=6;SAR=96;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605905;STB=0.847062;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0394515;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:101:104:102:102:0.495146:96:6:45:56:96:6:47:57 chr12 20766559 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.326;QD=56.9562;RBI=0.0693817;REFB=0;REVB=-0.00149812;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.084e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr12 20864356 . C T 166.95 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00614688;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.197;QD=12.8423;RBI=0.00645672;REFB=-0.0165406;REVB=0.00197616;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533249;STB=0.530857;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0249189;OID=.;OPOS=20864356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:16:16:9:11:16:16 chr12 20903757 . T C 171.99 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0194808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.072;QD=12.5086;RBI=0.0212524;REFB=-0.0482378;REVB=0.00849493;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229928;STB=0.503469;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0437936;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:11:10:15:18:11:10:16:18 chr12 20905250 . C T 380.83 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00162849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.318;QD=14.3711;RBI=0.00198569;REFB=-0.00782494;REVB=-0.00113621;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163106;STB=0.588196;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0121491;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:61:62:43:44:0.415094:23:20:38:23:23:21:39:23 chr12 20968665 . GTTTA G 92.96 PASS AF=0.311475;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.000662196;FXX=0.061529;HRUN=3;LEN=4;MLLD=151.46;QD=6.09562;RBI=0.0154376;REFB=-0.0170393;REVB=-0.0154234;RO=41;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213583;STB=0.632289;STBP=0.187;TYPE=del;VARB=0.0410749;OID=.;OPOS=20968666;OREF=TTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:18:63:19:61:42:13:6:21:21:92:41:12:6:20:21 chr12 21011480 . T G 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0021877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.623;QD=16.6369;RBI=0.0240799;REFB=-0.00700405;REVB=0.0239803;RO=53;SAF=10;SAR=31;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120379;STB=0.568028;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0106089;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:31:10:18:35:31:10:18:35 chr12 21011813 . C T 348.03 PASS AF=0.39604;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0851034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2743;QD=13.7835;RBI=0.0888805;REFB=-0.00839815;REVB=-0.0256351;RO=61;SAF=23;SAR=16;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187165;STB=0.529878;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0117077;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:39:40:0.39604:16:23:37:24:17:23:38:23 chr12 21013948 . C T 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00960821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8943;QD=12.2155;RBI=0.0505373;REFB=-0.0258673;REVB=-0.0496156;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446073;STB=0.751225;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0445328;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:11:4:18:8:11:4:18:9 chr12 21015760 . G A 448.03 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0146116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0625;QD=14.8108;RBI=0.0183878;REFB=-0.00278774;REVB=0.011163;RO=70;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109354;STB=0.566286;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00265711;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:70:50:51:0.421488:24:26:29:41:24:27:29:41 chr12 21036411 . A G 455.03 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0258651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.102;QD=16.5465;RBI=0.0534706;REFB=-0.0237226;REVB=-0.0467986;RO=59;SAF=28;SAR=22;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667868;STB=0.531586;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0222124;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:60:50:50:0.454545:22:28:37:22:22:28:37:23 chr12 21054369 . G A 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.552;QD=62.2775;RBI=0.0440135;REFB=0;REVB=0.0180928;RO=0;SAF=76;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51582e-05;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:53:76:0:0:53:76:0:0 chr12 21054918 . T C 511.94 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00881093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.654;QD=19.6899;RBI=0.0364231;REFB=-0.0168601;REVB=0.0353413;RO=50;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137113;STB=0.511624;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0155885;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:31:22:20:30:31:22:20:31 chr12 21176135 . T C 1933.46 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263704;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9803;QD=61.8706;RBI=0.147158;REFB=0;REVB=0.144776;RO=0;SAF=81;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.01748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489638;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:43:81:0:0:43:82:0:0 chr12 21201663 . G A 741.64 PASS AF=0.366667;AO=86;DP=237;FAO=88;FDP=240;FR=.;FRO=152;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=77;FSRR=75;FWDB=-0.00812516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.203;QD=12.3606;RBI=0.0367249;REFB=-0.0163077;REVB=0.0358148;RO=151;SAF=29;SAR=57;SRF=76;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193125;STB=0.600679;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0323033;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:151:152:86:88:0.366667:57:29:76:75:57:31:77:75 chr12 21243001 . C T 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0206881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.884;QD=23.4424;RBI=0.0207848;REFB=-0.00181033;REVB=-0.00200253;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270412;STB=0.514916;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00128598;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:18:13:10:12:18:13:10:12 chr12 21329738 . A G 174.09 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.159294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4199;QD=27.8551;RBI=0.167622;REFB=0.000584661;REVB=0.0521764;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12882;STB=0.571347;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00778219;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:9:8:2:6:9:8:2:6 chr12 21331549 . T C 1004.84 PASS AF=0.615385;AO=88;DP=143;FAO=88;FDP=143;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0349358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3576;QD=28.1073;RBI=0.0429867;REFB=-0.0305996;REVB=0.0250468;RO=55;SAF=43;SAR=45;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102109;STB=0.555224;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0231743;OID=.;OPOS=21331549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:55:55:88:88:0.615385:45:43:19:36:45:43:19:36 chr12 21331599 . T C 526.18 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.00325394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.387;QD=14.5153;RBI=0.0506546;REFB=-0.00327489;REVB=0.05055;RO=87;SAF=21;SAR=37;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961102;STB=0.554288;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0049755;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:87:87:58:58:0.4:37:21:39:48:37:21:39:48 chr12 21331625 . C T 811.41 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=130;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0145131;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.013;QD=25.1601;RBI=0.0190511;REFB=-0.00701509;REVB=-0.0123417;RO=55;SAF=31;SAR=44;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040119;STB=0.526773;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00850395;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:55:54:75:75:0.581395:44:31:20:35:44:31:19:35 chr12 21609773 . A G 190.63 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0178902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3252;QD=15.2506;RBI=0.0305067;REFB=-0.0189624;REVB=0.0247103;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353744;STB=0.70251;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0362084;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:7:13:9:21:7:13:9:21 chr12 21622051 . A C 459.15 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00612539;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.563;QD=20.6359;RBI=0.00616502;REFB=-0.0248446;REVB=-0.000697882;RO=44;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991868;STB=0.505492;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0241049;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:44:45:45:0.505618:22:23:22:22:22:23:22:22 chr12 21623179 . T C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0679092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.549;QD=10.1417;RBI=0.0680335;REFB=0.00422616;REVB=-0.00411003;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718642;STB=0.543306;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0177755;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:13:12:5:7:13:12 chr12 21623969 . A G 282.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0319737;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.701;QD=19.1412;RBI=0.0337442;REFB=-0.0198324;REVB=-0.0107867;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142204;STB=0.507931;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0208132;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:14:15:16:14:14:15 chr12 21654831 . G T 807.2 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.17;QD=53.8134;RBI=0.0330139;REFB=-0.107194;REVB=0.0230404;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.506491;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000532915;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:60:0:2:56:58:0.966667:39:17:0:0:39:19:1:1 chr12 21712574 . C A,T 791.77 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,54;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225391,-0.0276487;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.9978,69.9411;QD=56.5548;RBI=0.0243933,0.049666;REFB=0,0;REVB=0.00932851,-0.0412585;RO=0;SAF=1,31;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0922982,-0.00085165;OID=.,.;OPOS=21712574,21712574;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:56:56:0:0:2,54:1,55:0.0178571,0.982143:1,23:1,31:0:0:1,23:0,32:0:0 chr12 21713402 . T C 1084.32 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.137;QD=58.612;RBI=0.0235945;REFB=0.00870768;REVB=0.00264897;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=1.51569e-06;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:37:36:0:0:37:36:0:1 chr12 21797029 . A G 740.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.127;QD=63.0343;RBI=0.0502651;REFB=0;REVB=0.0151572;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157343;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr12 22017422 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.541;QD=48.7373;RBI=0.0410305;REFB=0;REVB=0.0244981;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433866;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr12 22063115 . A G 1227.4 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275441;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.328;QD=60.6123;RBI=0.0388044;REFB=0;REVB=0.0273333;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132683;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:39:40:0:0:42:39:0:0 chr12 22213786 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.633;QD=58.2379;RBI=0.0449556;REFB=0;REVB=-0.0423864;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79372e-05;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 22348500 . A G 1606.99 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.81;QD=64.2795;RBI=0.0357522;REFB=0;REVB=-0.00594222;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86684e-05;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr12 22354921 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00778111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.911;QD=58.6486;RBI=0.00839491;REFB=-0.0775433;REVB=-0.00315099;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00050489;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:0:1:22:18:0:1 chr12 22478425 . A G 1134.24 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0294541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.583;QD=56.7122;RBI=0.0294564;REFB=-0.142912;REVB=0.000364267;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.51685;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000867141;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:0:3:77:77:0.9625:43:34:0:0:43:34:0:3 chr12 22602796 . A G 124.24 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0853779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7268;QD=9.55668;RBI=0.0866563;REFB=-0.00168744;REVB=-0.0148302;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883986;STB=0.562422;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00198097;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:7:9:17:18:7:9:17:19 chr12 22814036 . A G 357.75 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0196663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1315;QD=17.4511;RBI=0.0346927;REFB=-0.0250653;REVB=-0.02858;RO=43;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134693;STB=0.581669;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0567436;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:15:23:20:23:15:23:20:24 chr12 24365357 . AGTTGT A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0343625;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=261.693;QD=12.0244;RBI=0.0380317;REFB=-0.00282186;REVB=-0.0162982;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.00444571;OID=.;OPOS=24365358;OREF=GTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:12:32:12:32:20:6:6:9:11:96:20:6:6:9:11 chr12 24859899 . G A 1036.41 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.937;QD=56.7898;RBI=0.0335902;REFB=-0.141406;REVB=0.0277111;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230558;STB=0.512192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000377981;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:40:31:0:2:40:31:0:2 chr12 24964383 . T C 469.09 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098852;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.69;QD=58.6361;RBI=0.0201225;REFB=0;REVB=0.017527;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166575;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr12 24964523 . C T 772.5 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00509963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7948;QD=61.8001;RBI=0.0693636;REFB=-0.012011;REVB=-0.0691759;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00509839;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr12 24967846 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00752458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.114;QD=14.0975;RBI=0.0134877;REFB=-0.0251754;REVB=0.0111938;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061658;STB=0.536026;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0320261;OID=.;OPOS=24967846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:10:8:5:8:10:8 chr12 24968131 . G A 205.18 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.099;QD=48.2782;RBI=0.0163368;REFB=0;REVB=0.00331354;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196852;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr12 24968150 . A C 272.91 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.27;QD=51.9828;RBI=0.0574008;REFB=0;REVB=0.0573589;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86541e-05;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr12 24970707 . TG T,TA 1025.51 PASS AF=0.0142857,0.985714;AO=7,59;DP=70;FAO=1,69;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536987,-0.000399163;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.754,87.7082;QD=58.6005;RBI=0.00600061,0.000637228;REFB=0,0;REVB=-0.00267802,-0.000496718;RO=0;SAF=0,36;SAR=7,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0178176,0.00129196;OID=.,.;OPOS=24970708,24970708;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0142857,0.985714:7,59:70:1,69:70:0:0,37:1,32:0:0:3:0:0,36:7,23:0:0 chr12 25054891 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0232727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7434;QD=9.9398;RBI=0.030618;REFB=-0.00661796;REVB=0.0198957;RO=45;SAF=18;SAR=4;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402909;STB=0.740264;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0187281;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:4:18:23:22:4:18:23:22 chr12 25148755 . C G 1274.17 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00166592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.511;QD=59.2637;RBI=0.0273097;REFB=-0.0666413;REVB=0.0272589;RO=2;SAF=64;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450307;STB=0.523804;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=3.68522e-05;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:20:64:0:2:20:64:0:2 chr12 25242595 . C G 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0300979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7774;QD=19.9065;RBI=0.0306346;REFB=0.000239267;REVB=-0.00570917;RO=42;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429031;STB=0.523798;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.000486079;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:21:21:23:19:21:21:23:19 chr12 25243115 . G C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00354536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.864;QD=14.0965;RBI=0.023926;REFB=-0.0195511;REVB=-0.0236619;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140286;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0176686;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:7:4:3:10:7:4:4:10 chr12 25311489 . G T 53.17 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0206107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.291;QD=7.33357;RBI=0.056699;REFB=-0.00591969;REVB=-0.0528202;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142215;STB=0.53263;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0212704;OID=.;OPOS=25311489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:29:19:21:8:8:0.275862:3:5:14:5:3:5:14:7 chr12 25343516 . C T 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00852053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4194;QD=15.2607;RBI=0.058751;REFB=-0.0171937;REVB=-0.0581298;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0232656;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:10:6:7:6:10:6 chr12 25357574 . CAA C 119.65 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0112991;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.563;QD=13.6744;RBI=0.0141276;REFB=-0.013415;REVB=-0.0084805;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113657;STB=0.565136;STBP=0.527;TYPE=del;VARB=0.014536;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:17:35:17:35:18:13:4:12:6:99:18:13:4:12:6 chr12 25357628 . TA T 48.83 PASS AF=0.466667;AO=8;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0450452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9249;QD=13.02;RBI=0.0577162;REFB=-0.0191128;REVB=-0.0360845;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363249;STB=0.615099;STBP=0.541;TYPE=del;VARB=0.00745768;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:8:15:7:15:8:5:2:7:1:47:7:5:3:7:0 chr12 25361091 . T C 1922.57 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166014;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.824;QD=60.0804;RBI=0.0586341;REFB=-0.131056;REVB=0.0562348;RO=2;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197866;STB=0.510415;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000620431;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:128:2:2:126:126:0.984375:47:79:0:2:47:79:0:2 chr12 25362217 . A G 521.14 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0347538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.86;QD=26.0571;RBI=0.0355344;REFB=-0.0123386;REVB=0.00740725;RO=31;SAF=22;SAR=26;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00486759;STB=0.5084;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0071005;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:32:48:48:0.6:26:22:14:17:26:22:14:18 chr12 25362465 . G A 389.22 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.176;QD=55.603;RBI=0.0467556;REFB=0;REVB=0.0355846;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111952;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:16:12:0:0 chr12 25362552 . A C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00691241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.965;QD=21.7452;RBI=0.00992641;REFB=0.000978943;REVB=0.00712405;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172991;STB=0.596916;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00144104;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:11:5:10:9:11:5 chr12 25368462 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.015;QD=62.3143;RBI=0.0241144;REFB=0;REVB=0.00577597;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46849e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr12 25380283 . C T 208.81 PASS AF=0.275229;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00361759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.396;QD=7.6629;RBI=0.0100373;REFB=-0.00684546;REVB=-0.00936276;RO=79;SAF=18;SAR=12;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380816;STB=0.522712;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0179195;OID=.;OPOS=25380283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:79:30:30:0.275229:12:18:45:34:12:18:45:34 chr12 25656756 . TAAA TAAAA,TAA,TA,TAAT 74.55 PASS AF=0.0645161,0.258065,0.16129,0.0645161;AO=5,5,4,2;DP=30;FAO=2,8,5,2;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=2,2,0,0;FSAR=0,6,5,2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.214564,0.206153,0.108964,0.0162303;FXX=0.0605877;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,2,1;MLLD=9.81909,9.72815,18.9211,198.136;QD=9.61982;RBI=0.224429,0.215561,0.113994,0.0289623;REFB=-0.0417264,0.0435347,0.0233256,0.00535494;REVB=0.0658093,-0.0629863,-0.0334875,-0.0239873;RO=11;SAF=5,0,1,0;SAR=0,5,3,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.694031,-0.75152,-0.408699,-0.622114;STB=0.992568,0.781938,0.998106,0.996262;STBP=0.331,0.055,0.003,0.043;TYPE=ins,del,del,snp;VARB=0.0611691,0.069487,0.0460812,0.0835317;OID=.,.,.,.;OPOS=25656757,25656757,25656757,25656759;OREF=-,A,AA,A;OALT=A,-,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAA,TA,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0645161,0.258065,0.16129,0.0645161:5,5,4,2:30:2,8,5,2:31:14:2,2,0,0:0,6,5,2:10:4:32:11:5,0,1,0:0,5,3,2:7:4 chr12 25671759 . T A 1392.14 PASS AF=0.989247;AO=84;DP=85;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0456786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.675;QD=59.877;RBI=0.124542;REFB=-0.0720948;REVB=0.115863;RO=1;SAF=45;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104104;STB=0.505493;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00463399;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:93:1:1:84:92:0.989247:39:45:1:0:47:45:1:0 chr12 26377232 . T C 268.95 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0133303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6368;QD=16.5508;RBI=0.0165415;REFB=-0.0101912;REVB=0.00979415;RO=35;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28525;STB=0.661356;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0158196;OID=.;OPOS=26377232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:8:22:16:19:8:22:16:19 chr12 26491838 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.849;QD=63.8718;RBI=0.00842248;REFB=0;REVB=0.00479219;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8704e-06;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 26732987 . G A 237.34 PASS AF=0.481481;AO=22;DP=51;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0957633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8946;QD=17.5807;RBI=0.0978864;REFB=-0.0186438;REVB=0.0202762;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411415;STB=0.502913;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0207227;OID=.;OPOS=26732987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:29:28:22:26:0.481481:12:10:12:17:15:11:12:16 chr12 26733062 . T C 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00233551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.239;QD=13.7478;RBI=0.00233883;REFB=0.0035288;REVB=-0.000124638;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189576;STB=0.608598;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00413499;OID=.;OPOS=26733062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:13:19:9:13:13:19 chr12 26749831 . G A 342.92 PASS AF=0.435294;AO=35;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00748166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.403;QD=16.1376;RBI=0.0136952;REFB=-0.0065398;REVB=-0.011471;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111734;STB=0.511176;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00795346;OID=.;OPOS=26749831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:35:37:0.435294:19:16:22:25:20:17:23:25 chr12 26755546 . C T 5425.19 PASS AF=1;AO=348;DP=351;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156841;FXX=0.00569784;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.456;QD=62.1798;RBI=0.0158393;REFB=-0.0982401;REVB=0.00221128;RO=2;SAF=181;SAR=167;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000219712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05298e-06;OID=.;OPOS=26755546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:351:349:2:0:348:349:1:167:181:1:1:167:182:0:0 chr12 26784850 . G A 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0171521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.196;QD=16.5069;RBI=0.0528666;REFB=-0.0249081;REVB=0.0500069;RO=49;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022826;STB=0.507201;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0330229;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:19:20:24:25:19:20:25:25 chr12 26834804 . T TACTC 393.43 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0125547;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=4;MLLD=310.962;QD=16.7415;RBI=0.0160741;REFB=-0.010729;REVB=-0.0100378;RO=53;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176449;STB=0.603961;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=0.0132361;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43617:40:96:41:94:53:26:15:24:29:99:53:25:15:24:29 chr12 26868322 . T C 1287.35 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00379264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.776;QD=60.5814;RBI=0.0181556;REFB=-0.0544649;REVB=0.017755;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104104;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=1.4708e-05;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:45:39:0:1:45:39:0:1 chr12 26943170 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.951;QD=62.3509;RBI=0.0214686;REFB=0;REVB=-0.00455822;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82535e-05;OID=.;OPOS=26943170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr12 27064232 . C T 292.36 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00550425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.052;QD=11.4649;RBI=0.00908061;REFB=-0.00489085;REVB=-0.00722223;RO=66;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857791;STB=0.549154;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00947913;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:22:14:21:45:22:14:21:45 chr12 27116346 . G A 78.06 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0178685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.13;QD=6.2444;RBI=0.0186714;REFB=-0.00281602;REVB=0.00541636;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182302;STB=0.62344;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00935973;OID=.;OPOS=27116346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:38:39:11:11:0.22:5:6:15:23:5:6:15:24 chr12 27165684 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0212285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.72;QD=26.0262;RBI=0.0226229;REFB=-0.0840998;REVB=-0.00781937;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00502725;OID=.;OPOS=27165684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr12 27175640 . A G 1376.71 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5006;QD=62.5776;RBI=0.0991489;REFB=0;REVB=-0.0861239;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000957645;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr12 27181513 . T G 192.93 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0125887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.62;QD=13.781;RBI=0.0126782;REFB=-0.00279625;REVB=0.00150401;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379565;STB=0.52172;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00920435;OID=.;OPOS=27181513;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:17:16:12:11:17:16 chr12 27234200 . T C 547.06 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0164502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.811;QD=17.367;RBI=0.0178902;REFB=-0.00615117;REVB=0.00703193;RO=60;SAF=20;SAR=38;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118575;STB=0.595408;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00490525;OID=.;OPOS=27234200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:60:68:58:58:0.460317:38:20:28:32:38:20:35:33 chr12 27234999 . T C 189.29 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00270461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.68;QD=13.0547;RBI=0.0142099;REFB=-0.0115194;REVB=0.0139501;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142936;STB=0.582019;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0112763;OID=.;OPOS=27234999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:20:15:13:10:20:15 chr12 27235381 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00109224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.384;QD=8.25452;RBI=0.017792;REFB=-0.00968955;REVB=0.0177584;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.713469;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0225077;OID=.;OPOS=27235381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:5:7:5:1:5:7 chr12 27470866 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.212;QD=61.3335;RBI=0.0445629;REFB=0;REVB=0.0445307;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113061;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr12 27627805 . G A 357.98 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0336019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.292;QD=19.6155;RBI=0.0355192;REFB=-0.0255796;REVB=-0.0115123;RO=36;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899551;STB=0.550094;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0324613;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:25:12:15:21:25:12:15:21 chr12 27641473 . G A 443.7 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.766;QD=57.252;RBI=0.0983785;REFB=0;REVB=0.0503827;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70104e-05;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:27:31:1:7:20:0:0:11:20:0:0 chr12 27648710 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0194291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.882;QD=19.4668;RBI=0.0274095;REFB=-0.0276496;REVB=-0.0193337;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141866;STB=0.569657;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0364095;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:9:13:10:13:9:13:11:13 chr12 27648777 . C T 93.55 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00873408;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.489;QD=17.8182;RBI=0.0154361;REFB=0.0315583;REVB=0.0127275;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0129095;OID=.;OPOS=27648777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:6:4:8:3:6:4 chr12 27648786 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1;QD=48.7365;RBI=0.052131;REFB=0;REVB=0.046417;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619018;OID=.;OPOS=27648786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 27800746 . G T 1529.95 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7853;QD=63.7479;RBI=0.0338597;REFB=0;REVB=-0.0305047;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299557;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:1:0:95:96:1:49:46:1:0:49:47:0:0 chr12 27800769 . G A 711.12 PASS AF=0.674157;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0177529;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.067;QD=31.9606;RBI=0.0214292;REFB=-0.0229399;REVB=0.0120019;RO=28;SAF=34;SAR=26;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10269;STB=0.550021;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0130074;OID=.;OPOS=27800769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:28:29:60:60:0.674157:26:34:11:17:26:34:12:17 chr12 27849795 . CA TG 352.02 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963858;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=2;MLLD=206.151;QD=54.1563;RBI=0.0103088;REFB=0;REVB=0.00365634;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00104824;OID=.;OPOS=27849795;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr12 27867706 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.607;QD=63.2867;RBI=0.0426051;REFB=0;REVB=-0.00915437;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46683e-05;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr12 27905915 . CTAAA CATAA,CTA,TCAAT 148.49 PASS AF=0.210526,0.473684,0.210526;AO=4,4,3;DP=21;FAO=4,9,4;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,0;FSAR=4,9,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0,0,0;FXX=0.136302;HRUN=1,6,2;LEN=2,2,5;MLLD=31.4292,19.0469,70.5521;QD=31.2607;RBI=0.0680604,0.0311208,0.00935084;REFB=-0.00352442,-0.0299306,-0.00887304;REVB=-0.0680604,0.0311208,-0.00935084;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=4,4,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0.34252,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0308237,0.0312771,0.0934109;OID=.,.,.;OPOS=27905916,27905917,27905915;OREF=TA,AA,CTAAA;OALT=AT,-,TCAAT;OMAPALT=CATAA,CTA,TCAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:29:21:19:2:2:4,4,3:4,9,4:0.210526,0.473684,0.210526:4,4,3:0,0,0:0:2:4,9,4:0,0,0:0:2 chr12 27915718 . A T 977.22 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166393;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.329;QD=59.2255;RBI=0.0216369;REFB=0;REVB=0.0138307;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42878e-06;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr12 27959201 . G A 311.26 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00602202;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.171;QD=18.8644;RBI=0.00614756;REFB=-0.0273132;REVB=0.00123601;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124311;STB=0.560403;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0269053;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:15:17:13:20:16:17:13:20 chr12 27959285 . TG T 94.43 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0727132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.9545;QD=15.1093;RBI=0.100622;REFB=-0.013371;REVB=-0.0695526;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0.323944;SSEP=0;SSSB=-0.218499;STB=0.624098;STBP=0.184;TYPE=del;VARB=0.00242192;OID=.;OPOS=27959286;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:25:14:25:11:5:9:7:4:67:11:5:9:7:4 chr12 28122893 . A G 177.92 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0139984;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.716;QD=10.314;RBI=0.0142567;REFB=-0.0105092;REVB=-0.00270133;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638327;STB=0.543689;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0296398;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:12:11:19:26:12:11:19:27 chr12 28457618 . A C 2052.08 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129176;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.398;QD=61.7168;RBI=0.015026;REFB=0.0960323;REVB=0.00767564;RO=0;SAF=62;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84852e-08;STB=0.503999;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=4.05847e-05;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:133:0:1:132:132:0.992481:70:62:0:0:70:62:1:0 chr12 28605426 . G A 1195.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133355;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.246;QD=61.3;RBI=0.00436196;REFB=0;REVB=0.00415311;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86273e-05;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr12 28658350 . C T 1240.77 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00356757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.386;QD=59.0843;RBI=0.00356874;REFB=-0.193771;REVB=9.11028e-05;RO=2;SAF=40;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230849;STB=0.512192;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000210534;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:84:2:2:81:82:0.97619:41:40:2:0:42:40:2:0 chr12 29423460 . G A 597.71 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0147012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5744;QD=31.0499;RBI=0.0608258;REFB=-0.00716982;REVB=0.0590225;RO=25;SAF=29;SAR=23;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751225;STB=0.540608;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00580794;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:25:52:52:0.675325:23:29:17:8:23:29:17:8 chr12 29521193 . A G 395.8 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0735727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.331;QD=14.0106;RBI=0.0736453;REFB=-0.00965092;REVB=-0.00326885;RO=67;SAF=19;SAR=27;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531488;STB=0.530022;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0119242;OID=.;OPOS=29521193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:27:19:31:36:27:19:31:36 chr12 29596332 . C T 92.99 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.00196922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.732;QD=2.92887;RBI=0.0325654;REFB=-0.0119621;REVB=-0.0325058;RO=107;SAF=8;SAR=11;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825408;STB=0.55957;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0570674;OID=.;OPOS=29596332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:127:127:107:108:19:19:0.149606:11:8:52:55:11:8:53:55 chr12 29626002 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00434236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.513;QD=16.5357;RBI=0.00870278;REFB=-0.0112841;REVB=0.00754203;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238134;STB=0.63431;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0156246;OID=.;OPOS=29626002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:7:11:19:4:7:11:19:4 chr12 29630081 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.521;QD=64.1538;RBI=0.00675966;REFB=0;REVB=-0.00623513;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95689e-05;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr12 29639186 . T C 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.03431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.152;QD=8.02193;RBI=0.03674;REFB=-0.0171678;REVB=0.0131398;RO=37;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123968;STB=0.576683;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0466075;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:8:5:18:19:8:5:18:19 chr12 29642573 . A C 147.88 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0559588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1082;QD=10.9539;RBI=0.0597942;REFB=-0.0139277;REVB=0.0210704;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208692;STB=0.596319;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0308309;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:35:18:19:0.351852:6:12:17:18:7:12:17:18 chr12 29648275 . G A 488.03 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=140;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0323978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.319;QD=13.845;RBI=0.0324011;REFB=-0.0109587;REVB=-0.000467713;RO=85;SAF=29;SAR=26;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788441;STB=0.547565;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0155618;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:85:86:55:55:0.390071:26:29:51:34:26:29:52:34 chr12 29655637 . C T 948.91 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033771;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2577;QD=56.6514;RBI=0.0460588;REFB=-0.0910012;REVB=-0.0313198;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00206821;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:67:0:1:63:66:0.985075:33:30:0:0:34:32:1:0 chr12 29656218 . A C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00318639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.01;QD=15.0638;RBI=0.0129733;REFB=-0.0118781;REVB=0.0125759;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241731;STB=0.637259;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.018655;OID=.;OPOS=29656218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:18:9:20:15:18:9:20:15 chr12 29709853 . T C 1113.77 PASS AF=0.652778;AO=94;DP=144;FAO=94;FDP=144;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00545475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.397;QD=30.938;RBI=0.00631703;REFB=-0.0384239;REVB=-0.003186;RO=50;SAF=32;SAR=62;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123068;STB=0.566463;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0165065;OID=.;OPOS=29709853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:50:50:94:94:0.652778:62:32:26:24:62:32:26:24 chr12 29736480 . A G 34.32 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0235624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6841;QD=5.27954;RBI=0.030178;REFB=-0.00244629;REVB=0.0188554;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134783;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:10:10:3:3:10:10 chr12 30781912 . A G 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00390126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.826;QD=26.6163;RBI=0.00491937;REFB=-0.0181927;REVB=0.00299673;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575985;STB=0.531834;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0133807;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:13:16:10:11:13:16:10:11 chr12 30782076 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00929952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.253;QD=17.2889;RBI=0.0168647;REFB=-0.0199255;REVB=0.014069;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129604;STB=0.572584;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0209362;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:13:20:14:16:13:20 chr12 30783546 . G T 472.39 PASS AF=0.619718;AO=43;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00463169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2885;QD=26.6136;RBI=0.0451429;REFB=-0.0102668;REVB=0.0449047;RO=26;SAF=32;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139642;STB=0.560947;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00476423;OID=.;OPOS=30783546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:27:43:44:0.619718:11:32:15:11:12:32:16:11 chr12 30805225 . TGA ATG,TG 118.24 PASS AF=0,0.553846;AO=3,25;DP=65;FAO=0,36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=0,15;FSAR=0,21;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0553384,-0.0182773;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=83.0528,6.76339;QD=7.27623;RBI=0.0553622,0.0219138;REFB=-0.0075649,-0.0698233;REVB=0.00162235,0.0120894;RO=29;SAF=3,10;SAR=0,15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.622762,0.0554051;STB=0.5,0.533315;STBP=1,0.585;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0747086;OID=.,.;OPOS=30805225,30805227;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:65:65:29:29:3,25:0,36:0,0.553846:0,15:3,10:10:19:0,21:0,15:10:19 chr12 30823971 . A G 785.6 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.029989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9164;QD=25.342;RBI=0.0300977;REFB=0.0105961;REVB=-0.00255549;RO=51;SAF=44;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.55544;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00787798;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:51:73:73:0.58871:29:44:24:27:29:44:24:27 chr12 30868002 . C T 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00510372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.923;QD=22.5296;RBI=0.00840393;REFB=-0.0108664;REVB=-0.00667669;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00698737;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:20:20:16:16:20:20:16:16 chr12 31107131 . A G 229.59 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0417351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.612;QD=22.3985;RBI=0.0417825;REFB=-0.00644825;REVB=-0.00199081;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0053182;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:10:9:10:12:10:9 chr12 31107955 . G A 212.88 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.028888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.293;QD=20.2743;RBI=0.0357695;REFB=-0.0274512;REVB=-0.0210936;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0268761;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:13:7:8:13:13:8:8:13 chr12 31135478 . T C 2131.63 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9769;QD=62.6949;RBI=0.0406653;REFB=0;REVB=-0.0349398;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207471;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:133:136:1:78:55:0:0:79:57:0:0 chr12 31135579 . T C 1732.2 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508115;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.479;QD=60.7788;RBI=0.0193167;REFB=0;REVB=0.0186364;RO=0;SAF=37;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112319;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:76:37:0:0:77:37:0:0 chr12 31231137 . C T 62.15 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0427611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7843;QD=2.46133;RBI=0.0774842;REFB=-0.00420512;REVB=-0.0646165;RO=87;SAF=4;SAR=9;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181174;STB=0.625002;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0307524;OID=.;OPOS=31231137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:101:87:88:13:13:0.128713:9:4:39:48:9:4:39:49 chr12 31237700 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.239;QD=59.0185;RBI=0.0112563;REFB=0;REVB=0.00658685;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25081e-05;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr12 31240862 . A T 928.81 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7128;QD=58.0504;RBI=0.0560021;REFB=0;REVB=0.0405714;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579388;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr12 31240925 . A G 1589.96 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.205;QD=59.9983;RBI=0.0584666;REFB=0;REVB=0.0582971;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141898;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:61:43:0:0:62:44:0:0 chr12 31242399 . T C 1880.33 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00939094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.128;QD=60.6559;RBI=0.0122335;REFB=0.0269651;REVB=-0.00784022;RO=1;SAF=56;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840822;STB=0.504424;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000131214;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:67:56:1:0:67:56:1:0 chr12 31244748 . G A 620.93 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0149075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7776;QD=55.1939;RBI=0.0379696;REFB=0.00173327;REVB=0.0349207;RO=3;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374477;STB=0.51999;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000137731;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:26:16:2:1:26:16:2:1 chr12 31249861 . C G 911.55 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.106397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9655;QD=55.2453;RBI=0.106896;REFB=-0.101409;REVB=0.0103157;RO=2;SAF=46;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153597;STB=0.508137;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00399325;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:18:46:1:1:18:46:1:1 chr12 31253995 . C T 651.51 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0764239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.816;QD=51.0985;RBI=0.0768958;REFB=-0.0608884;REVB=0.00850628;RO=3;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948625;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00117346;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:51:51:3:2:48:49:0.960784:28:20:1:2:29:20:1:1 chr12 31255263 . G A 669.46 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0906356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.47;QD=45.3872;RBI=0.104204;REFB=-0.154333;REVB=0.0514168;RO=6;SAF=8;SAR=44;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600438;STB=0.502512;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00326913;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:59:59:6:7:52:52:0.881356:44:8:0:6:44:8:1:6 chr12 31256545 . C CA 62.08 PASS AF=1;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030834;FXX=0.2997;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.1107;QD=35.4742;RBI=0.104736;REFB=0;REVB=0.100095;RO=6;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.712294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0093103;OID=.;OPOS=31256546;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:10:7:7:0:4:3:0:0:3:6:4:0:3:3 chr12 31256546 . G A,T 99.87 PASS AF=0.6,0.4;AO=6,4;DP=10;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,4;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426957,-0.0178473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.3997,20.1279;QD=39.9465;RBI=0.0989467,0.0683272;REFB=0,0;REVB=0.089261,0.0659551;RO=0;SAF=3,4;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00517133,0.113975;OID=.,.;OPOS=31256546,31256546;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:10:10:0:0:6,4:6,4:0.6,0.4:3,0:3,4:0:0:3,0:3,4:0:0 chr12 31256905 . T C 871.19 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0177627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.676;QD=56.2061;RBI=0.0508102;REFB=-0.0614195;REVB=0.0476042;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000613551;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:1:0:34:27:1:0 chr12 31267744 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.292;QD=46.8477;RBI=0.0298109;REFB=0;REVB=0.0024192;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204773;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr12 31285214 . A G 258.71 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0311629;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6698;QD=22.4965;RBI=0.0373538;REFB=0.0244842;REVB=0.0205956;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356997;STB=0.519983;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0230737;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:11:11:11:13:11:11 chr12 31285244 . T G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00899531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.01;QD=20.5465;RBI=0.0122952;REFB=-0.00983654;REVB=-0.00838197;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807409;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00535776;OID=.;OPOS=31285244;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:13:9:11:11:13:9 chr12 31291163 . G A 372.1 PASS AF=0.333333;AO=46;DP=139;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.00476049;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.719;QD=10.7856;RBI=0.00612515;REFB=-0.00885837;REVB=-0.00385425;RO=92;SAF=22;SAR=24;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173055;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:92:92:46:46:0.333333:24:22:44:48:24:22:44:48 chr12 31298383 . G C 264.73 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0406634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8842;QD=20.7635;RBI=0.0433821;REFB=-0.0266871;REVB=0.015116;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151517;STB=0.584354;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0243006;OID=.;OPOS=31298383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:15:9:15:12:15:9 chr12 31300975 . G A 68.5 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0139451;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.136;QD=4.72397;RBI=0.0464523;REFB=-0.0236828;REVB=-0.0443097;RO=43;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743006;STB=0.523767;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0646955;OID=.;OPOS=31300975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:58:43:47:11:11:0.189655:5:6:26:17:5:6:27:20 chr12 31303173 . G A 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0178636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.211;QD=55.464;RBI=0.0209962;REFB=-0.00149068;REVB=0.0110333;RO=2;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497733;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=6.75116e-05;OID=.;OPOS=31303173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:17:21:1:1:17:21:1:1 chr12 31307343 . C T 252.86 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0116277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.728;QD=21.0718;RBI=0.0176684;REFB=0.00389571;REVB=-0.0133029;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168371;STB=0.585034;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00495087;OID=.;OPOS=31307343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:9:15:10:13:9:15:11:13 chr12 31310977 . T A 351.16 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00965171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5424;QD=23.4103;RBI=0.0603396;REFB=0.00745306;REVB=-0.0595627;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174002;STB=0.509573;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00520201;OID=.;OPOS=31310977;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:13:12:16:19:13:12 chr12 31311990 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0173388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.866;QD=18.6417;RBI=0.0173498;REFB=-0.0140394;REVB=0.000618862;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100444;STB=0.556908;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0161357;OID=.;OPOS=31311990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:10:14:10:11:10:14 chr12 31476941 . CAAGT C 141.36 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0324906;FXX=0.0694348;HRUN=2;LEN=4;MLLD=226.409;QD=8.43959;RBI=0.0452649;REFB=-0.0167232;REVB=-0.0315163;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155844;STB=0.596374;STBP=0.23;TYPE=del;VARB=0.029887;OID=.;OPOS=31476942;OREF=AAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:25:72:25:67:42:14:11:17:25:99:41:14:11:17:24 chr12 31648826 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000761697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.373;QD=9.8303;RBI=0.00306847;REFB=-0.0131099;REVB=-0.00297243;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950042;STB=0.557426;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0285786;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:13:13:5:7:13:13 chr12 31659330 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00641244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.54;QD=16.9415;RBI=0.00651349;REFB=-0.0142203;REVB=-0.0011429;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22926;STB=0.631571;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0221363;OID=.;OPOS=31659330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:13:11:13:6:13:11 chr12 31944567 . T G 239.72 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.515;QD=50.4674;RBI=0.0406685;REFB=0;REVB=0.0323129;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213379;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr12 31945148 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0811108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.625;QD=5.8575;RBI=0.0828719;REFB=-0.0022544;REVB=-0.0169936;RO=32;SAF=8;SAR=1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502916;STB=0.835744;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.017659;OID=.;OPOS=31945148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:1:8:17:15:1:8:17:15 chr12 32135441 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.149;QD=55.0987;RBI=0.0323278;REFB=0;REVB=0.0170479;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012825;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr12 32261435 . A G 361.89 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279472;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.035;QD=55.6756;RBI=0.0481908;REFB=0;REVB=0.0392595;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328167;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr12 32481369 . C T 196.8 PASS AF=0.5;AO=16;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0171158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.596;QD=20.7155;RBI=0.129054;REFB=-0.0123118;REVB=-0.127914;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241852;STB=0.550405;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00212199;OID=.;OPOS=32481369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:9:17:16:19:0.5:4:12:7:2:7:12:9:8 chr12 32552769 . C G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00759883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.917;QD=19.0005;RBI=0.0205143;REFB=-0.0147827;REVB=-0.019055;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685931;STB=0.539123;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0131053;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:12:5:4:13:12:5 chr12 32735427 . C A 50.95 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0168687;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.406;QD=4.85279;RBI=0.0405721;REFB=-0.00644455;REVB=-0.0368991;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180578;STB=0.595009;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0234625;OID=.;OPOS=32735427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:12:22:4:4:13:21 chr12 32903765 . G A 345.02 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0446064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1976;QD=19.168;RBI=0.047803;REFB=-0.0250038;REVB=-0.0171869;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0452355;OID=.;OPOS=32903765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:35:36:0.5:17:18:19:16:17:19:19:17 chr12 38712142 . C G 2528.79 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.85;QD=61.6777;RBI=0.00935439;REFB=0;REVB=-0.000778935;RO=0;SAF=86;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.29459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87571e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:78:86:0:0:78:86:0:0 chr12 40148894 . TTA T,TT,TTT 275.42 PASS AF=0.512195,0,0;AO=18,13,13;DP=104;FAO=42,0,0;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=33,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=34;FSRR=6;FWDB=-0.0176623,-0.313743,-0.272814;FXX=0.1881;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.9444,8.50768,9.03316;QD=13.4351;RBI=0.199092,0.343432,0.274668;REFB=-0.0320503,0.0227502,0.0572196;REVB=-0.198307,-0.13968,0.0318631;RO=24;SAF=12,12,2;SAR=6,1,11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0972163,0.380191,-0.621269;STB=0.549158,0.5,0.5;STBP=0.478,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.02254,0,0;OID=.,.,.;OPOS=40148895,40148896,40148896;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195,0,0:18,13,13:104:42,0,0:82:40:33,0,0:9,0,0:34:6:99:24:12,12,2:6,1,11:18:6 chr12 40152900 . G A 1216.65 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.263;QD=60.8327;RBI=0.0114087;REFB=0;REVB=-0.00154635;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54109e-05;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:47:30:0:0:48:32:0:0 chr12 40499347 . G A 72.96 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00939005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.413;QD=9.12026;RBI=0.0128653;REFB=-0.0306248;REVB=-0.00879445;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627527;STB=0.538384;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0852002;OID=.;OPOS=40499347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:10:12:6:4:10:12 chr12 40619082 . G A 1494.96 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218281;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.767;QD=63.6153;RBI=0.0232441;REFB=0;REVB=-0.0231413;RO=0;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79842e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:64:30:0:0:64:30:0:0 chr12 40631791 . T C 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0063512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.431;QD=20.904;RBI=0.0399291;REFB=-0.0262602;REVB=0.0394208;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747723;STB=0.541327;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0226733;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:20:19:14:21:20:19:14:21 chr12 40645257 . C A 589.85 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0147485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.391;QD=21.6458;RBI=0.0148348;REFB=-0.00495519;REVB=0.00159739;RO=50;SAF=35;SAR=24;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587775;STB=0.503225;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00383729;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:59:59:0.541284:24:35:30:20:24:35:30:20 chr12 40835749 . T C 1973.9 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419667;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.478;QD=62.1702;RBI=0.042224;REFB=0;REVB=-0.00465425;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67381e-05;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr12 40837264 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.757;QD=58.5866;RBI=0.0411672;REFB=0;REVB=0.027576;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398055;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr12 40843504 . A C 917.73 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.171;QD=58.2685;RBI=0.0173958;REFB=0;REVB=-0.00407858;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74522e-05;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:26:37:0:0 chr12 41337435 . C T 213.58 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00205411;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.697;QD=19.8677;RBI=0.0676015;REFB=-0.0108484;REVB=-0.0675703;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106082;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0161673;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:12:10:12:9:12:10 chr12 41900463 . G A 261.19 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0199441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5936;QD=12.2915;RBI=0.0206504;REFB=-0.00806752;REVB=0.00535455;RO=53;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186267;STB=0.611624;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0227427;OID=.;OPOS=41900463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:31:31:0.364706:14:17:20:33:14:17:20:34 chr12 41967677 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.808;QD=58.4197;RBI=0.0445136;REFB=0;REVB=-0.0427181;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110328;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr12 42476001 . C A 189.04 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00616851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1063;QD=21.0045;RBI=0.0516183;REFB=0.0396821;REVB=-0.0512484;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247509;STB=0.640366;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0328074;OID=.;OPOS=42476001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:8:9:5:14:8:9 chr12 42606229 . T C 803.79 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802381;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.165;QD=57.4138;RBI=0.0374327;REFB=0;REVB=0.0365627;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52251e-05;OID=.;OPOS=42606229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr12 42629550 . T C 837.4 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300034;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.178;QD=57.7518;RBI=0.0325668;REFB=0;REVB=0.0126645;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356838;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr12 42636124 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.096;QD=59.8394;RBI=0.0282634;REFB=0;REVB=0.0268684;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04282e-05;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr12 42792751 . C T 1522.08 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00730237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5841;QD=58.5417;RBI=0.0280607;REFB=0.00116067;REVB=-0.0270939;RO=1;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104275;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000166337;OID=.;OPOS=42792751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:45:58:0:1:45:58:0:1 chr12 42839836 . A C 1346.78 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2112;QD=60.5294;RBI=0.0413987;REFB=0;REVB=0.023541;RO=2;SAF=51;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671666;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:2:0:87:89:1:36:51:1:1:37:52:0:0 chr12 42853084 . C A 650.56 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.804;QD=61.9585;RBI=0.0240523;REFB=0;REVB=0.0190807;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163943;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr12 42853520 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000638708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.158;QD=56.9568;RBI=0.0149054;REFB=0;REVB=-0.0148917;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83926e-05;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr12 42854086 . C T 47.13 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.00348315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9152;QD=1.84814;RBI=0.028717;REFB=-0.0049426;REVB=-0.028505;RO=91;SAF=6;SAR=5;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00481237;STB=0.503591;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213671;OID=.;OPOS=42854086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:102:91:91:11:11:0.107843:5:6:50:41:5:6:50:41 chr12 42854204 . CA C,CG 1220.54 PASS AF=0.170732,0.829268;AO=15,67;DP=82;FAO=14,68;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=10,45;FSAR=4,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128818,0.012991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=287.367,307.345;QD=59.5388;RBI=0.0508739,0.0534859;REFB=0,0;REVB=0.049216,0.0518842;RO=0;SAF=10,45;SAR=5,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00575557,-0.000386569;OID=.,.;OPOS=42854205,42854205;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.170732,0.829268:15,67:82:14,68:82:0:10,45:4,23:0:0:65:0:10,45:5,22:0:0 chr12 42854207 . A G 75.8 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=-0.0289986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.279;QD=3.60969;RBI=0.0299831;REFB=-0.0271895;REVB=-0.00762012;RO=69;SAF=10;SAR=5;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.149655;OID=.;OPOS=42854207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:84:84:69:69:15:15:0.178571:5:10:46:23:5:10:46:23 chr12 42863262 . A G 747.8 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736935;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7336;QD=63.6427;RBI=0.0750963;REFB=0;REVB=0.014447;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225448;OID=.;OPOS=42863262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr12 43846084 . T C 76.14 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00867843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.548;QD=3.62567;RBI=0.0164792;REFB=-0.00341667;REVB=0.0140088;RO=70;SAF=4;SAR=10;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175142;STB=0.617801;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0341152;OID=.;OPOS=43846084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:10:4:29:41:10:4:29:41 chr12 43860526 . A G 1009.35 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.282;QD=59.3733;RBI=0.0140576;REFB=0;REVB=0.0116041;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61163e-05;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:34:31:0:0:35:33:0:0 chr12 45269284 . C T 174.27 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0179937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3524;QD=11.6178;RBI=0.0252706;REFB=-0.00681412;REVB=-0.0177435;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574853;STB=0.533303;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00859964;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:21:17:11:11:21:17 chr12 45410075 . A G 278.12 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0034756;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.954;QD=13.567;RBI=0.00582697;REFB=-0.0182391;REVB=-0.00467694;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25341;STB=0.639016;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0186978;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:51:50:32:32:0.390244:15:17:15:36:15:17:15:35 chr12 45417666 . T C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0234459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.505;QD=21.0156;RBI=0.0503625;REFB=0.00055898;REVB=0.0445721;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367903;STB=0.708818;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-3.65372e-05;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:4:9:4:12:4:9 chr12 45725144 . C A 695.78 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0370801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4923;QD=20.0224;RBI=0.0504754;REFB=-0.0309269;REVB=-0.0342466;RO=70;SAF=34;SAR=35;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071783;STB=0.539572;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0386229;OID=.;OPOS=45725144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:70:69:69:0.496403:35:34:40:30:35:34:40:30 chr12 46321514 . A T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0110507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.315;QD=8.62785;RBI=0.0481801;REFB=-0.00934068;REVB=-0.0468956;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261869;STB=0.660091;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0131815;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:11:16:4:7:11:16 chr12 46367939 . G T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00691357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.39;QD=13.3679;RBI=0.00697705;REFB=-0.00331864;REVB=0.000939049;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181006;STB=0.605267;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00184119;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:12:19:8:10:12:19 chr12 46367944 . A G 334.61 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00464185;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.45;QD=27.3154;RBI=0.0134612;REFB=-0.00379875;REVB=0.0126355;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648239;STB=0.535792;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00321671;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:10:10:17:12:10:10 chr12 46385815 . C T 195.23 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0323141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6931;QD=8.58151;RBI=0.068234;REFB=-0.0300889;REVB=0.0600972;RO=65;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254948;STB=0.651049;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0369939;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:65:26:26:0.285714:10:16:26:39:10:16:26:39 chr12 46577071 . G A 475.89 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0234133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.48;QD=22.9344;RBI=0.0236698;REFB=-0.0260513;REVB=0.00347487;RO=36;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173925;STB=0.515716;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0182595;OID=.;OPOS=46577071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:37:46:46:0.554217:24:22:18:18:24:22:19:18 chr12 46758494 . A G 53.36 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00585389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.019;QD=7.90474;RBI=0.00597063;REFB=-0.0103944;REVB=0.00117488;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516809;STB=0.768678;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0219504;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:7:8:0.296296:2:5:4:14:3:5:4:15 chr12 46759017 . T A 162.12 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00407562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.024;QD=19.0725;RBI=0.0114733;REFB=-0.0220483;REVB=-0.010725;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.597581;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0176969;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:9:8:5:12:9:8 chr12 47168898 . G A 999.77 PASS AF=0.922078;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0228981;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.51;QD=51.9362;RBI=0.0446417;REFB=-0.0191286;REVB=0.0383218;RO=6;SAF=39;SAR=32;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730821;STB=0.503875;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00102034;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:77:77:6:6:71:71:0.922078:32:39:3:3:32:39:3:3 chr12 47470223 . T TTACTA 317.84 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00932553;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=5;MLLD=284.666;QD=18.9756;RBI=0.0168058;REFB=0.00341673;REVB=0.0139811;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035752;STB=0.507932;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=-0.00319152;OID=.;OPOS=47470224;OREF=-;OALT=TACTA;OMAPALT=TTACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:33:72:34:67:33:18:16:18:15:99:36:18:15:21:15 chr12 47471439 . G A 221.92 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00186502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.591;QD=16.1399;RBI=0.0197414;REFB=-0.00443374;REVB=-0.0196531;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208404;STB=0.608609;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000100698;OID=.;OPOS=47471439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:15:10:18:11:15:10:18:12 chr12 47581629 . T C 1613.85 PASS AF=0.982301;AO=101;DP=107;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.057707;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.211;QD=57.1275;RBI=0.081816;REFB=-0.0807761;REVB=0.0579979;RO=3;SAF=54;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725903;STB=0.508473;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000746474;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:113:3:2:101:111:0.982301:47:54:2:1:53:58:2:0 chr12 47740069 . C A 463.77 PASS AF=0.419355;AO=50;DP=122;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0215422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.681;QD=14.9604;RBI=0.0262532;REFB=-0.0165123;REVB=0.0150056;RO=72;SAF=26;SAR=24;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151424;STB=0.572553;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0354565;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:72:72:50:52:0.419355:24:26:27:45:26:26:27:45 chr12 47758032 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.373;QD=40.7629;RBI=0.0492371;REFB=0;REVB=0.0492371;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459997;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr12 48134695 . T C 160.39 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00869866;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1967;QD=17.3398;RBI=0.0455672;REFB=0.0098014;REVB=0.0447293;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278045;STB=0.515905;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00669085;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:10:10:9:8:10:10 chr12 48142636 . C T 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0146294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.715;QD=6.68523;RBI=0.0320911;REFB=-0.00727264;REVB=-0.0285626;RO=43;SAF=8;SAR=7;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175301;STB=0.6189;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0295675;OID=.;OPOS=48142636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:45:15:15:0.25:7:8:29:14:7:8:31:14 chr12 48144925 . T C 1218.89 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.947;QD=60.9445;RBI=0.0645469;REFB=0;REVB=0.0422856;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96546e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:75:80:1:26:49:0:0:28:52:0:0 chr12 48176792 . C T 804.02 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294926;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1465;QD=57.43;RBI=0.0853116;REFB=0;REVB=0.0800516;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171048;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:53:56:1:29:24:0:0:31:25:0:0 chr12 48176900 . T G 273.64 PASS AF=0.821429;AO=26;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00332137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0221;QD=39.0913;RBI=0.0359477;REFB=-0.00901128;REVB=-0.0357939;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010414;STB=0.58434;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0379951;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:2:5:26:23:0.821429:15:11:1:1:15:8:4:1 chr12 48177170 . C G 176.7 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.000100711;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.858;QD=14.136;RBI=0.0128644;REFB=-0.004318;REVB=-0.012864;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21673;STB=0.624875;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00743444;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:10:21:9:10:10:21 chr12 48177238 . A G 1201.79 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.858;QD=60.8503;RBI=0.00248239;REFB=0;REVB=0.00177304;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75773e-06;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:49:30:0:0 chr12 48272895 . A G 1659.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.104;QD=60.3454;RBI=0.0130901;REFB=0;REVB=0.010577;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55028e-05;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr12 48375568 . A G 337.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.508;QD=53.9437;RBI=0.0262273;REFB=0;REVB=-0.0170173;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209431;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr12 48375965 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.837;QD=50.4082;RBI=0.0832613;REFB=0;REVB=0.0367488;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141194;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr12 48376291 . G A 637.77 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.56;QD=60.7395;RBI=0.0767322;REFB=0;REVB=0.0756385;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656229;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr12 48380682 . G A 1359.14 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.555;QD=62.489;RBI=0.0172032;REFB=0;REVB=0.0010979;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70348e-06;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:54:32:0:0:54:33:0:0 chr12 48389643 . A C 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0502;QD=61.8117;RBI=0.041429;REFB=-0.124537;REVB=0.0297424;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00224331;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:38:11:0:0:38:11:0:1 chr12 48391416 . G T 1724.27 PASS AF=0.923077;AO=119;DP=130;FAO=120;FDP=130;FR=.;FRO=10;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0520668;FXX=0.0151504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=123.383;QD=53.0544;RBI=0.0521958;REFB=-0.0511593;REVB=0.00366791;RO=3;SAF=64;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217414;STB=0.518658;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000255386;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:130:130:3:10:119:120:0.923077:55:64:3:0:55:65:3:7 chr12 48398080 . T A,G 748.48 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=50,3;DP=54;FAO=50,4;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=28,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184044,0.00430374;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.987,41.0472;QD=55.4429;RBI=0.0449326,0.0413829;REFB=0,0;REVB=0.0409904,-0.0411585;RO=0;SAF=22,0;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00291902,0.222104;OID=.,.;OPOS=48398080,48398080;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:54:54:0:0:50,3:50,4:0.925926,0.0740741:28,3:22,0:0:0:28,4:22,0:0:0 chr12 48418710 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.00291957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2449;QD=10.6443;RBI=0.0163364;REFB=0.00897483;REVB=0.0160734;RO=38;SAF=14;SAR=6;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168793;STB=0.597258;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0169041;OID=.;OPOS=48418710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:6:14:31:7:6:14:31:7 chr12 48438140 . CATATATATATATATATATG CATATATATATATATATG,CATATATATATATATATGTA,TACATATATATATATATATG 420.69 PASS AF=0.966667,0,0.0333333;AO=22,2,2;DP=30;FAO=29,0,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,0;FSAR=10,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248534,0.192926,-0.0716661;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,3,3;MLLD=78.8994,74.6955,95.5888;QD=56.0918;RBI=0.270311,0.196185,0.1008;REFB=0,0,0;REVB=0.106298,-0.0356088,0.0708841;RO=0;SAF=14,2,1;SAR=8,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0161473,0,0.0504039;OID=.,.,.;OPOS=48438141,48438157,48438140;OREF=AT,ATG,CAT;OALT=-,GTA,TAC;OMAPALT=CATATATATATATATATG,CATATATATATATATATGTA,TACATATATATATATATATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:7:30:30:0:0:22,2,2:29,0,1:0.966667,0,0.0333333:8,0,1:14,2,1:0:0:10,0,1:19,0,0:0:0 chr12 48477422 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.639;QD=58.9627;RBI=0.0244103;REFB=0;REVB=-0.0237345;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1779e-05;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr12 48512285 . C A 886.58 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.396;QD=58.1364;RBI=0.052453;REFB=0;REVB=0.0493792;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215436;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:54:61:1:26:28:0:0:32:29:0:0 chr12 48512331 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.515;QD=59.3227;RBI=0.0299127;REFB=0;REVB=0.02718;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69761e-05;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:43:24:0:0:44:24:0:0 chr12 48516616 . T C 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0171117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.472;QD=9.33494;RBI=0.0189759;REFB=-0.00265333;REVB=-0.0082019;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120507;STB=0.572413;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.004469;OID=.;OPOS=48516616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:9:22:8:5:9:22 chr12 48525861 . A G 410.4 PASS AF=1;AO=17;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.252;QD=54.7195;RBI=0.0305524;REFB=0;REVB=0.0275027;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108523;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:17:30:1:7:10:0:0:20:10:0:0 chr12 48526712 . G A 1302.07 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.241;QD=62.0035;RBI=0.0297939;REFB=0;REVB=0.0142641;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115268;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr12 48541757 . A G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0398027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.484;QD=55.0093;RBI=0.0548462;REFB=-0.15856;REVB=0.0377339;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00426164;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:0:1:15:17:0:1 chr12 48578325 . A C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0154453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.433;QD=20.6005;RBI=0.0194254;REFB=-0.0378202;REVB=0.0117808;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155872;STB=0.5877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0564697;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:7:12:9:11:7:12 chr12 48578809 . T C 433.32 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00553033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.801;QD=20.6344;RBI=0.00864657;REFB=-0.00568482;REVB=0.00664669;RO=41;SAF=18;SAR=25;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116813;STB=0.564431;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00796162;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:25:18:12:29:25:18:12:29 chr12 48596241 . A G 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00794817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.33;QD=21.8935;RBI=0.0091385;REFB=0.00096453;REVB=0.00450987;RO=36;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835504;STB=0.546103;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00077469;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:18:24:17:19:18:24:17:19 chr12 48597053 . A G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00746646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.463;QD=23.4323;RBI=0.00853737;REFB=-0.00193563;REVB=-0.00413988;RO=20;SAF=4;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168787;STB=0.59515;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00187649;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:20:4:6:14:20:4:6:14 chr12 48723108 . C T 360.88 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.000222224;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9093;QD=15.0366;RBI=0.0177091;REFB=-0.00610143;REVB=0.0177077;RO=57;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151265;STB=0.585375;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0100576;OID=.;OPOS=48723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:57:39:39:0.40625:20:19:36:21:20:19:36:21 chr12 48723595 . G A 182.13 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00197488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.608;QD=16.9425;RBI=0.0215332;REFB=-0.0441509;REVB=0.0214424;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662337;STB=0.537857;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0491638;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:11:13:9:10:11:13 chr12 48866585 . A C 241.67 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00664578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.704;QD=10.2838;RBI=0.0371059;REFB=0.0040997;REVB=0.0365059;RO=64;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183395;STB=0.606673;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00535449;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:64:30:30:0.319149:14:16:24:40:14:16:24:40 chr12 48866792 . C T 229.66 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0517097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.982;QD=11.9304;RBI=0.0528654;REFB=-0.00335031;REVB=-0.0109938;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095461;STB=0.555002;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00547737;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:13:15:22:27:13:15:22:27 chr12 48919556 . A G 75.22 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00410771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.307;QD=4.36043;RBI=0.00890779;REFB=-0.00721045;REVB=-0.00790414;RO=56;SAF=6;SAR=7;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700907;STB=0.545587;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0328975;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:7:6:29:27:7:6:29:27 chr12 48919659 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0290347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.026;QD=9.7602;RBI=0.0297107;REFB=-0.00418281;REVB=0.00630182;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00632086;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:6:6:5:2:6:6 chr12 48919796 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00883908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.074;QD=19.9283;RBI=0.00997294;REFB=-0.0154461;REVB=0.00461845;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00745606;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:3:6:8:4:3:6 chr12 48920006 . G A 277.32 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0573968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3069;QD=16.0766;RBI=0.0578826;REFB=-0.0537689;REVB=-0.0074835;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13262;STB=0.568582;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0607305;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:11:20:19:18:11:20:20:18 chr12 48953682 . G A 267.03 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0332794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8651;QD=20.1535;RBI=0.0430684;REFB=-0.0343798;REVB=0.0273381;RO=24;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123351;STB=0.580726;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0357072;OID=.;OPOS=48953682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:9:19:13:11:9:19:13:12 chr12 48953932 . G A 361.83 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0201115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.7945;QD=32.8934;RBI=0.0320643;REFB=-0.0230071;REVB=0.0249729;RO=12;SAF=22;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234715;STB=0.655519;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0125301;OID=.;OPOS=48953932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:12:14:30:30:0.681818:8:22:4:8:8:22:4:10 chr12 48954030 . G A 338.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00473464;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.591;QD=28.1871;RBI=0.0136032;REFB=-0.00793526;REVB=0.0127526;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506078;STB=0.537994;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00520838;OID=.;OPOS=48954030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:18:19:29:29:0.604167:15:14:10:8:15:14:11:8 chr12 48954040 . A G 725.71 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9314;QD=56.918;RBI=0.0138496;REFB=0;REVB=0.00339438;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6381e-05;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:24:27:0:0 chr12 48954175 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0046385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.525;QD=26.3157;RBI=0.0150075;REFB=-0.00215132;REVB=0.0142727;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260651;STB=0.642744;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0017003;OID=.;OPOS=48954175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:13:1:9:13:13:1 chr12 48954225 . G C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.00731133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.792;QD=19.8479;RBI=0.0279346;REFB=0.00288749;REVB=-0.0269608;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434391;STB=0.740485;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00280575;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:13:0:8:7:13:0 chr12 48962869 . A G 555.06 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00978789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2846;QD=36.3972;RBI=0.0467096;REFB=0.0250427;REVB=0.0456726;RO=14;SAF=23;SAR=24;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565187;STB=0.530385;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00490121;OID=.;OPOS=48962869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:14:14:47:47:0.770492:24:23:5:9:24:23:5:9 chr12 49048738 . G T 247.68 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000762487;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.836;QD=24.1641;RBI=0.0126092;REFB=-0.00615692;REVB=0.0125862;RO=18;SAF=16;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252677;STB=0.641298;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00498129;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:7:16:7:11:7:16:7:11 chr12 49075811 . T G 276.76 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0157023;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.17;QD=18.1485;RBI=0.0158502;REFB=-0.0191191;REVB=-0.00216;RO=31;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130852;STB=0.506169;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0207497;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:29:30:0.491803:9:20:21:10:10:20:21:10 chr12 49086963 . G A 543.34 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0103583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.428;QD=25.2715;RBI=0.0267435;REFB=-0.0343501;REVB=-0.024656;RO=34;SAF=35;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185237;STB=0.61553;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.025516;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:34:36:50:50:0.581395:15:35:16:18:15:35:16:20 chr12 49177113 . T G 2184.3 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.812;QD=61.9659;RBI=0.027322;REFB=0;REVB=0.019243;RO=0;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144114;OID=.;OPOS=49177113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:141:0:0:136:141:1:62:74:0:0:64:77:0:0 chr12 49222217 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0351207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.764;QD=22.5805;RBI=0.0529426;REFB=-0.0558704;REVB=0.0396164;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289483;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:3:4:7:5:3:4 chr12 49239528 . G A 185.46 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0168819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.278;QD=8.42986;RBI=0.0182163;REFB=-0.0116702;REVB=-0.00684355;RO=62;SAF=13;SAR=12;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239528;STB=0.508637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.030271;OID=.;OPOS=49239528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:25:25:0.284091:12:13:31:31:12:13:32:31 chr12 49255798 . G C 1101.13 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035573;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8207;QD=57.2017;RBI=0.0366497;REFB=0.0565707;REVB=0.00881835;RO=2;SAF=32;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286479;STB=0.515147;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000795943;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:74:75:0.974026:42:32:2:0:43:32:2:0 chr12 49308284 . A G 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0202172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5249;QD=18.4776;RBI=0.0306992;REFB=-0.0156811;REVB=-0.023102;RO=38;SAF=11;SAR=25;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215985;STB=0.620924;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0162271;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:25:11:20:18:25:11:20:18 chr12 49312593 . A G 389.93 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0184601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3662;QD=21.6625;RBI=0.0382102;REFB=0.0215978;REVB=0.033455;RO=33;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189798;STB=0.604598;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0230691;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:22:17:22:11:22:17:22:11 chr12 49314862 . C A 485.45 PASS AF=0.5;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0396627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1112;QD=20.2271;RBI=0.0600764;REFB=-0.0152021;REVB=-0.0451225;RO=48;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280437;STB=0.510503;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0201624;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:47:48:0.5:25:22:21:27:26:22:21:27 chr12 49314994 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0236637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.741;QD=14.9785;RBI=0.0421982;REFB=-0.0055008;REVB=0.0349388;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00422706;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:5:6:4:6:5:6 chr12 49332092 . G A 512.08 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0157601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4198;QD=19.6955;RBI=0.0266022;REFB=-0.00715858;REVB=0.0214312;RO=50;SAF=28;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042512;STB=0.5187;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00718398;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:25:28:24:26:25:28:25:26 chr12 49333799 . G A 289.33 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.479;QD=11.6902;RBI=0.00570086;REFB=-0.0117125;REVB=-9.93058e-05;RO=65;SAF=17;SAR=17;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262119;STB=0.515143;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0231801;OID=.;OPOS=49333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:17:17:34:31:17:17:34:31 chr12 49334762 . G C 1094.8 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.981;QD=59.9888;RBI=0.0397813;REFB=0;REVB=-0.0394111;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23202e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:39:32:0:0:40:33:0:0 chr12 49359587 . T G 755.12 PASS AF=0.608696;AO=70;DP=115;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0278279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.196;QD=26.265;RBI=0.0412277;REFB=-0.0200197;REVB=0.0304192;RO=45;SAF=28;SAR=42;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506358;STB=0.527465;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0110979;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:45:45:70:70:0.608696:42:28:15:30:42:28:15:30 chr12 49359989 . G A 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0387955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.393;QD=31.6314;RBI=0.0389754;REFB=-0.0225765;REVB=0.00374129;RO=13;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790849;STB=0.543364;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0109964;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:11:16:6:7:11:16:6:7 chr12 49391196 . TC CT,T 292.13 PASS AF=0.15,0.216667;AO=27,45;DP=183;FAO=27,39;FDP=180;FR=.;FRO=114;FSAF=0,4;FSAR=27,35;FSRF=72;FSRR=42;FWDB=-0.0119407,-0.0815721;FXX=0.0476165;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=112.144,12.6711;QD=6.49168;RBI=0.045695,0.0979101;REFB=-0.0108877,-0.104993;REVB=-0.0441072,-0.0541515;RO=99;SAF=0,6;SAR=27,39;SRF=68;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.817618,-0.64292;STB=0.999638,0.896022;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0968674,0.0733712;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:183:180:99:114:27,45:27,39:0.15,0.216667:27,39:0,6:68:31:27,35:0,4:72:42 chr12 49427096 . GC G 65.82 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.115489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.6691;QD=6.12275;RBI=0.146567;REFB=-0.0985595;REVB=-0.0902445;RO=19;SAF=17;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.49697;SSSB=0.386867;STB=0.607254;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.0709916;OID=.;OPOS=49427097;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628:19:41:22:43:21:18:4:14:7:65:19:17:2:12:7 chr12 49434491 . AG A 41.89 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00752124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9111;QD=3.49116;RBI=0.190586;REFB=-0.0435086;REVB=-0.190438;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300813;STB=0.622482;STBP=0.345;TYPE=del;VARB=0.0275979;OID=.;OPOS=49434492;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:14:48:14:48:34:8:6:25:9:41:26:7:7:20:6 chr12 49500398 . G A 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0249711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.264;QD=17.331;RBI=0.0287079;REFB=-0.0177687;REVB=-0.0141629;RO=50;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070531;STB=0.539549;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0207989;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:16:25:27:23:16:25:27:23 chr12 49500509 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.001928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.471;QD=16.1154;RBI=0.0143675;REFB=-0.00494441;REVB=-0.0142376;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152367;STB=0.586592;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00476613;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:8:16:15:14:8:16:15:14 chr12 49522578 . T C 116.38 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0120387;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8896;QD=10.8255;RBI=0.0195128;REFB=0.000966451;REVB=0.0153563;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178774;STB=0.53686;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.000653372;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:29:14:14:0.325581:8:6:12:15:8:6:14:15 chr12 49522605 . C T 173.24 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00187064;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.703;QD=12.8328;RBI=0.0400662;REFB=-0.0140229;REVB=-0.0400225;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805773;STB=0.546573;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0330033;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:33:21:21:0.388889:8:13:18:15:8:13:18:15 chr12 49579696 . C G 198.22 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.000746377;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.886;QD=11.012;RBI=0.0135613;REFB=-0.0114896;REVB=-0.0135408;RO=49;SAF=15;SAR=9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878673;STB=0.57335;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0201722;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:49:47:24:25:0.347222:9:15:27:22:9:16:25:22 chr12 49580180 . T C 419.33 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0322205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0539;QD=17.6559;RBI=0.0396009;REFB=-0.00567476;REVB=-0.0230234;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623915;STB=0.540099;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00683145;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:52:43:43:0.452632:20:23:24:27:20:23:24:28 chr12 49667103 . A T 923.49 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00854521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.821;QD=56.8301;RBI=0.00943523;REFB=-0.123575;REVB=0.00400038;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000505412;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:44:20:0:0:44:20:1:0 chr12 49949710 . A AC,C 45.64 PASS AF=0.146341,0.0487805;AO=12,2;DP=44;FAO=6,2;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2,1;FSAR=4,1;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0249539,-0.0256285;FXX=0.0465008;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=124.912,135.07;QD=4.45233;RBI=0.0260415,0.0307029;REFB=0.000234568,0.0015898;REVB=-0.00744735,-0.0169071;RO=28;SAF=2,1;SAR=10,1;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.330746,0.0985901;STB=0.5,0.655737;STBP=1,0.717;TYPE=ins,snp;VARB=0.022933,0.063169;OID=.,.;OPOS=49949711,49949710;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:41:28:33:12,2:6,2:0.146341,0.0487805:10,1:2,1:11:17:4,1:2,1:11:22 chr12 49981386 . G T 705.23 PASS AF=0.622449;AO=60;DP=99;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00403665;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.489;QD=28.7849;RBI=0.0322683;REFB=-4.84493e-05;REVB=0.0320148;RO=37;SAF=25;SAR=35;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814224;STB=0.508054;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000193186;OID=.;OPOS=49981386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:37:37:60:61:0.622449:35:25:15:22:35:26:15:22 chr12 50025238 . A AC 33.31 PASS AF=0.259259;AO=4;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0671276;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.6012;QD=4.93454;RBI=0.0689826;REFB=0.00617579;REVB=-0.0158896;RO=21;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315945;STB=0.826583;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=-0.168373;OID=.;OPOS=50025239;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:4:27:7:27:20:6:1:9:11:33:21:3:1:10:11 chr12 50185334 . A G 375.44 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.444;QD=55.6209;RBI=0.00964134;REFB=0;REVB=-0.00844639;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85944e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:13:12:0:0:15:12:0:0 chr12 50186350 . G T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0107295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.656;QD=8.30763;RBI=0.0110793;REFB=-0.00753917;REVB=0.00276197;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5308;STB=0.836027;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0184466;OID=.;OPOS=50186350;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:10:8:7:1:10:8 chr12 50189602 . A G 872.9 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.429;QD=57.2393;RBI=0.0655749;REFB=0;REVB=-0.00480484;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61002e-05;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:35:22:0:0:35:26:0:0 chr12 50189807 . C A 212.87 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00357105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1901;QD=44.8142;RBI=0.0445452;REFB=-0.113165;REVB=0.0444019;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339667;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0106557;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:17:18:0.947368:4:13:1:0:5:13:1:0 chr12 50189834 . T G 250.56 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.638;QD=50.1122;RBI=0.0298291;REFB=0;REVB=0.0297104;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973931;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:2:15:0:0:3:17:0:0 chr12 50190653 . C T 432.41 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191203;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.753;QD=57.6545;RBI=0.0520298;REFB=0;REVB=0.0483892;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315974;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr12 50190667 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.183;QD=59.4356;RBI=0.006992;REFB=0;REVB=0.00267781;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77118e-05;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr12 50232169 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.028;QD=51.9167;RBI=0.0163079;REFB=0;REVB=0.0109432;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.91023e-06;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr12 50348078 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.962;QD=57.5452;RBI=0.0482168;REFB=0;REVB=0.00762647;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82302e-05;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr12 50369305 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.057;QD=57.1766;RBI=0.0286568;REFB=0;REVB=0.0163113;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148675;OID=.;OPOS=50369305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:15:36:0:0 chr12 50452829 . A C 38.98 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0745977;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3427;QD=2.94224;RBI=0.0746296;REFB=0.00433368;REVB=0.00218062;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197653;STB=0.673644;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0388066;OID=.;OPOS=50452829;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:53:43:46:7:7:0.132075:5:2:19:24:5:2:22:24 chr12 50523947 . A G 709.99 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3136;QD=60.425;RBI=0.0312744;REFB=-0.000256135;REVB=0.0256145;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000270481;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:25:20:0:1:25:21:0:1 chr12 50523964 . T C 708.23 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.859;QD=62.9535;RBI=0.0479671;REFB=0;REVB=-0.0111897;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119701;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr12 50529314 . C T 787.53 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112868;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.311;QD=57.2749;RBI=0.0156576;REFB=0;REVB=-0.0108522;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75659e-05;OID=.;OPOS=50529314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr12 50529736 . G A 187.26 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.692;QD=46.8151;RBI=0.0877188;REFB=0;REVB=0.0858825;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109646;OID=.;OPOS=50529736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:4:10:0:0:6:10:0:0 chr12 50537815 . A G 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.844;QD=62.4631;RBI=0.012368;REFB=0;REVB=0.0117264;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46819e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr12 50616346 . A G 103.29 PASS AF=0.235294;AO=6;DP=52;FAO=12;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00733235;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.3012;QD=8.101;RBI=0.149459;REFB=0.0270172;REVB=-0.149279;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345258;STB=0.523038;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0809483;OID=.;OPOS=50616346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:52:51:30:36:6:12:0.235294:2:4:11:19:8:4:13:23 chr12 50650041 . A C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0193551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5253;QD=18.0505;RBI=0.0331528;REFB=-0.00842905;REVB=-0.0269163;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.004347;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:5:3:5:5:5:3 chr12 50650057 . T C 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7898;QD=50.3988;RBI=0.0239552;REFB=0;REVB=0.00287316;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840359;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr12 50727706 . G C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0684149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.418;QD=11.6205;RBI=0.0685406;REFB=0.00417059;REVB=-0.00414926;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322414;STB=0.518778;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0071461;OID=.;OPOS=50727706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:20:15:8:12:20:15 chr12 50744119 . G A 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0284714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1506;QD=17.6878;RBI=0.0293593;REFB=-0.0346189;REVB=-0.00716568;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986659;STB=0.505613;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0339793;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:5:16:20:6:5:16:20:6 chr12 50744171 . T C 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0480875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4566;QD=15.1006;RBI=0.0522684;REFB=0.00405451;REVB=0.0204836;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161321;STB=0.500917;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00568552;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:7:17:22:9:7:17:22:9 chr12 50744753 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000487022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.893;QD=18.1185;RBI=0.0100234;REFB=-0.0126844;REVB=0.0100115;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104911;STB=0.559813;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0135207;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:10:10:7:11:10:10 chr12 50749221 . G C 682.93 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00415948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0187;QD=52.5327;RBI=0.0127131;REFB=-0.0429114;REVB=0.0120134;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361769;STB=0.519223;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0263929;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:25:25:2:0:25:25:2:0 chr12 50749227 . T G 644.17 PASS AF=0.941176;AO=49;DP=52;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0280873;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.171;QD=50.5233;RBI=0.032563;REFB=-0.120995;REVB=0.0164757;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.533319;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000649512;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:51:0:3:49:48:0.941176:22:27:0:0:21:27:0:3 chr12 50749294 . A G 183.55 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00125823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1418;QD=9.92186;RBI=0.0476397;REFB=0.00948896;REVB=-0.0476231;RO=50;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967258;STB=0.556771;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0238411;OID=.;OPOS=50749294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:14:10:25:25:14:10:25:25 chr12 50754563 . T G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00318415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.076;QD=10.941;RBI=0.00671974;REFB=-0.00868055;REVB=-0.00591744;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346893;STB=0.711797;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.014944;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:9:2:9:11:9:2:9:11 chr12 50824275 . C G 235.98 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00292226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6561;QD=19.2639;RBI=0.00293337;REFB=-0.00853285;REVB=-0.000255027;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219375;STB=0.63146;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00990808;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:22:23:0.469388:15:7:14:12:16:7:14:12 chr12 50870145 . G A 2893.93 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260731;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.169;QD=61.9023;RBI=0.0268341;REFB=-0.0214193;REVB=0.00634496;RO=1;SAF=75;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630608;STB=0.501049;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000358667;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:187:1:2:185:185:0.989305:110:75:1:0:110:75:1:1 chr12 51112586 . T C 257.62 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00780971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8646;QD=16.1009;RBI=0.0308079;REFB=-0.00226372;REVB=0.0298016;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112509;STB=0.551688;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00340524;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:12:16:16:19:13:16:16:19 chr12 51135275 . T C 677.44 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00485284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2462;QD=56.4537;RBI=0.020415;REFB=-0.0546067;REVB=0.0198299;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.517234;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00359822;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:1:3:45:45:0.9375:18:27:1:0:18:27:1:2 chr12 51141883 . A G 914.81 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017276;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.21;QD=55.4431;RBI=0.0294548;REFB=-0.0520377;REVB=-0.0238563;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270456;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00200198;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:64:64:0.969697:29:35:1:1:29:35:1:1 chr12 51235317 . A G 787.46 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154707;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8958;QD=64.2822;RBI=0.0168274;REFB=0;REVB=-0.0066197;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185378;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr12 51236802 . T C 59.37 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0343469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4322;QD=15.832;RBI=0.0509019;REFB=-0.0573585;REVB=0.0375672;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287934;STB=0.666295;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0575158;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:1:6:4:4:1:6 chr12 51333796 . C CA 171.54 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0264183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8684;QD=12.4758;RBI=0.128782;REFB=-0.0221414;REVB=-0.126044;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944744;STB=0.553272;STBP=0.449;TYPE=ins;VARB=0.0174403;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:26:55:26:55:29:10:16:14:15:99:29:10:16:14:15 chr12 51354803 . C T 719.4 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=145;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00504519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4005;QD=19.8456;RBI=0.0514117;REFB=-0.0033703;REVB=-0.0511635;RO=74;SAF=31;SAR=40;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465205;STB=0.525689;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00324846;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:74:71:71:0.489655:40:31:36:38:40:31:36:38 chr12 51393116 . C T 233.53 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0235083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.865;QD=24.5818;RBI=0.0235251;REFB=-0.0010657;REVB=-0.000887231;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109725;STB=0.560922;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.000925607;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:5:11:12:10:5:11 chr12 51402905 . T G 740.57 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353123;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.88;QD=56.9671;RBI=0.0678203;REFB=0;REVB=0.057902;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384248;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr12 51442944 . G A 2421.01 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.718;QD=61.2915;RBI=0.0384569;REFB=0;REVB=0.0329433;RO=0;SAF=69;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93905e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:89:69:0:0:89:69:0:0 chr12 51458391 . C T 62.62 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00302193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1673;QD=8.08031;RBI=0.0275235;REFB=-0.0183642;REVB=-0.0273571;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145403;STB=0.590701;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0443446;OID=.;OPOS=51458391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:10:12:6:3:10:12 chr12 51518787 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.006;QD=56.1916;RBI=0.0232225;REFB=0;REVB=-0.00355339;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011924;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr12 51636259 . C T 766.26 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.407;QD=63.8554;RBI=0.0290992;REFB=0;REVB=0.0097353;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45606e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr12 51639899 . A G 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0931979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.67;QD=18.2894;RBI=0.0937069;REFB=-0.013364;REVB=-0.00975428;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1519;STB=0.584564;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0215076;OID=.;OPOS=51639899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:11:22:16:16:11:22 chr12 51681903 . T C 2239.5 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141513;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.297;QD=63.5318;RBI=0.0224716;REFB=0;REVB=0.017456;RO=0;SAF=82;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08656e-05;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:59:82:0:0:59:82:0:0 chr12 51685831 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.629;QD=56.7066;RBI=0.0175458;REFB=0;REVB=0.0158571;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94008e-05;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr12 51707626 . C T 268.85 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.0226705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.663;QD=10.5433;RBI=0.0227166;REFB=-0.00644241;REVB=0.001447;RO=68;SAF=7;SAR=27;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15916;STB=0.593347;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0113211;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:27:7:21:47:27:7:21:47 chr12 51722311 . C T 785.35 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.9;QD=64.1103;RBI=0.0111029;REFB=0;REVB=-0.00729354;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19113e-06;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr12 51722409 . G GT 600.56 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.4558;QD=47.1025;RBI=0.0868284;REFB=0;REVB=-0.0673932;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00349624;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:51:51:51:0:21:30:0:0:11:1:21:28:0:1 chr12 51723499 . T C,G 582.69 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815096,-0.0113506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.798,204.603;QD=59.7625;RBI=0.0116886,0.0145424;REFB=0,0;REVB=0.00837773,0.00909102;RO=0;SAF=21,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00413602,0.0552927;OID=.,.;OPOS=51723499,51723499;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:16,0:21,2:0:0:16,0:21,2:0:0 chr12 51723598 . AGGGGGC AGGGC,AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 200.45 PASS AF=0,0.96,0,0;AO=3,10,5,4;DP=29;FAO=0,24,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,12,0,0;FSAR=0,12,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0916284,-0.0525691,0.170039,0.236927;FXX=0.0384468;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=9.9474,14.3826,8.08263,6.19914;QD=32.0712;RBI=0.290577,0.153592,0.543308,0.709834;REFB=-0.108935,-0.131434,-0.133878,-0.0513562;REVB=-0.275752,0.144316,-0.516014,-0.669126;RO=2;SAF=0,10,0,2;SAR=3,0,5,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.74993,0,-0.78221,-0.277405;STB=0.5,0.519983,0.5,0.5;STBP=1,0.51,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0386741,0.0148587,0.152257,0;OID=.,.,.,.;OPOS=51723599,51723603,51723599,51723603;OREF=GG,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=AGGGC,AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.96,0,0:3,10,5,4:29:0,24,0,0:25:1:0,12,0,0:0,12,0,0:0:1:5:2:0,10,0,2:3,0,5,2:2:0 chr12 51733734 . G A 1195.93 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0498895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.604;QD=59.7964;RBI=0.0652267;REFB=-0.121028;REVB=0.0420186;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000970866;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:43:36:0:1:43:36:0:1 chr12 51737607 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.129;QD=58.1421;RBI=0.00998351;REFB=0;REVB=-0.00553693;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90929e-06;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr12 51739648 . C G 734.47 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7498;QD=62.5078;RBI=0.027834;REFB=0;REVB=0.010622;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236162;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:16:30:0:0:16:31:0:0 chr12 51740387 . ACTGG A 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187391;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=4;MLLD=356.711;QD=43.7065;RBI=0.0355422;REFB=0;REVB=0.0302009;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.02934e-05;OID=.;OPOS=51740388;OREF=CTGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:13:11:11:0:5:6:0:0:4:0:5:6:0:0 chr12 51740409 . TA GG 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654574;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.252;QD=42.1826;RBI=0.0256666;REFB=0;REVB=-0.0248179;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000312718;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr12 51754613 . C T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.015691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.759;QD=17.4225;RBI=0.0199185;REFB=-0.0159594;REVB=-0.0122694;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307875;STB=0.525407;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0201581;OID=.;OPOS=51754613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:17:14:16:17:17:14:17:17 chr12 51853752 . GA G 64.44 PASS AF=0.365591;AO=27;DP=94;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.119312;FXX=0.0210504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.32387;QD=2.77144;RBI=0.122628;REFB=-0.0721442;REVB=0.0283228;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280151;STB=0.559106;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=0.0462648;OID=.;OPOS=51853753;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365591:27:94:34:93:59:17:17:35:24:64:49:15:12:26:23 chr12 51863437 . C G 643.48 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000168078;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.385;QD=29.2492;RBI=0.0120473;REFB=0.0102987;REVB=-0.0120462;RO=32;SAF=32;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694171;STB=0.537691;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00500599;OID=.;OPOS=51863437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:32:56:56:0.636364:24:32:15:17:24:32:15:17 chr12 51863543 . C T 269.54 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0273628;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.648;QD=28.3722;RBI=0.0311555;REFB=-0.0235711;REVB=0.0148977;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104068;STB=0.557474;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0153054;OID=.;OPOS=51863543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:8:6:14:10:8:6 chr12 51888761 . C T 339.16 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0195753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.041;QD=17.8505;RBI=0.0358867;REFB=-0.0153554;REVB=-0.0300776;RO=40;SAF=27;SAR=9;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319976;STB=0.517847;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0206338;OID=.;OPOS=51888761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:9:27:31:9:9:27:31:9 chr12 51901390 . A G 472.04 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0293719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0204;QD=22.2137;RBI=0.0438521;REFB=-0.0361557;REVB=-0.0325623;RO=38;SAF=17;SAR=29;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220516;STB=0.519817;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0540507;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:39:46:46:0.541176:29:17:15:23:29:17:16:23 chr12 52080965 . C T 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.196;QD=54.6362;RBI=0.042507;REFB=-0.0371491;REVB=-0.00748261;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268896;STB=0.51428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00012289;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:34:17:1:0:34:17:1:0 chr12 52082801 . G GC 65.01 PASS AF=0.259259;AO=11;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.004598;FXX=0.0526223;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.6431;QD=4.81536;RBI=0.0159044;REFB=-0.00353938;REVB=-0.0152252;RO=40;SAF=0;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731736;STB=0.883696;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0253295;OID=.;OPOS=52082802;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:11:55:14:54:40:1:13:19:21:65:40:0:11:18:22 chr12 52162796 . G A 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0125449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.328;QD=4.77055;RBI=0.0127353;REFB=-0.000684994;REVB=0.00219371;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165347;STB=0.60687;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00118819;OID=.;OPOS=52162796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:7:5:27:22:7:5:27:22 chr12 52184271 . T C 255.81 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.437;QD=51.1614;RBI=0.0382377;REFB=0;REVB=0.0118567;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196761;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr12 52200643 . C T 63.38 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0211223;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.518;QD=4.69517;RBI=0.021426;REFB=-0.0030119;REVB=-0.0035945;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231548;STB=0.65188;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0124339;OID=.;OPOS=52200643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:55:54:44:44:10:10:0.185185:4:6:18:26:4:6:18:26 chr12 52200742 . C A 401.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2807;QD=53.4959;RBI=0.0252998;REFB=-0.0938754;REVB=0.02296;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00382097;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:1:0 chr12 52204246 . T C 755.77 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144572;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.328;QD=57.0392;RBI=0.0150893;REFB=0;REVB=0.0043216;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27889e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr12 52211942 . G A 524.29 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110071;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.369;QD=59.9187;RBI=0.0174102;REFB=0;REVB=0.0134892;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08727e-05;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr12 52215102 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.583;QD=39.2047;RBI=0.0376343;REFB=0;REVB=0.0256919;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039135;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr12 52282060 . C T 348.7 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0137503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0207;QD=17.4352;RBI=0.0139207;REFB=-0.017384;REVB=-0.00217136;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323898;STB=0.503057;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.020193;OID=.;OPOS=52282060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:43:37:37:0.4625:17:20:23:17:17:20:23:20 chr12 52282873 . A T 122.22 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00576516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.266;QD=8.42872;RBI=0.0495978;REFB=-0.0204004;REVB=-0.0492616;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132842;STB=0.571344;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0481585;OID=.;OPOS=52282873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:7:10:19:21:7:10:20:21 chr12 52284233 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.108;QD=62.3509;RBI=0.0321343;REFB=0;REVB=-0.0290469;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91885e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr12 52284668 . C A 359.86 PASS AF=0.353846;AO=40;DP=126;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=0.116327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5949;QD=11.0725;RBI=0.125535;REFB=-0.0169515;REVB=0.0471918;RO=86;SAF=24;SAR=16;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28841;STB=0.618762;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.034885;OID=.;OPOS=52284668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:86:84:40:46:0.353846:16:24:30:56:21:25:30:54 chr12 52448614 . GAAG GAA,GAG 46.11 PASS AF=0,0.470588;AO=5,8;DP=17;FAO=0,8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.44311,-0.103629;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.9793,17.7696;QD=10.8496;RBI=0.451034,0.108162;REFB=-0.040019,-0.0550546;REVB=0.0841733,-0.030984;RO=4;SAF=5,1;SAR=0,7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0.45756;SSEP=0.349185,0;SSSB=0.745569,-0.336275;STB=0.5,0.860595;STBP=1,0.018;TYPE=del,del;VARB=0,0.02436;OID=.,.;OPOS=52448617,52448615;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.470588:5,8:17:0,8:17:9:0,1:0,7:7:2:46:4:5,1:0,7:2:2 chr12 52471159 . C T 474.69 PASS AF=0.516854;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0223039;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8112;QD=21.3346;RBI=0.0350208;REFB=-0.00754595;REVB=-0.0269999;RO=43;SAF=15;SAR=30;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772385;STB=0.500278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564294;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:45:46:0.516854:30:15:14:29:31:15:14:29 chr12 52564449 . C T 144.19 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0948723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5259;QD=12.8168;RBI=0.0986127;REFB=-0.0203979;REVB=0.0269021;RO=28;SAF=14;SAR=2;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286652;STB=0.681561;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0382697;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:28:16:17:0.377778:2:14:20:8:2:15:20:8 chr12 52565322 . G T 577.82 PASS AF=0.911111;AO=40;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00288434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.366;QD=51.3616;RBI=0.0442003;REFB=-0.235625;REVB=0.0441061;RO=4;SAF=34;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106754;STB=0.557739;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00169585;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:45:45:4:4:40:41:0.911111:6:34:2:2:6:35:2:2 chr12 52566047 . G A 211.1 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163032;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.252;QD=49.6706;RBI=0.0228684;REFB=0;REVB=0.0160365;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074583;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr12 52602013 . C T 1962.83 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0196758;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.269;QD=60.3946;RBI=0.0318507;REFB=-0.101951;REVB=0.0250466;RO=0;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509258;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000219069;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:130:0:2:128:128:0.984615:75:53:0:0:75:53:2:0 chr12 52631313 . A G 1258.13 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2167;QD=59.9107;RBI=0.13407;REFB=-0.120633;REVB=0.131203;RO=1;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00552228;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:0:82:84:1:29:53:0:1:30:54:0:0 chr12 52639302 . G C 736.38 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7756;QD=61.3646;RBI=0.0382403;REFB=-0.0813359;REVB=0.0148622;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429568;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:0:0:47:48:1:31:16:0:0:31:17:0:0 chr12 52649887 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.05;QD=58.0608;RBI=0.0150612;REFB=0;REVB=0.003884;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41465e-05;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr12 52661192 . A G 1646.7 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0371663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2959;QD=58.2902;RBI=0.0449629;REFB=-0.111688;REVB=-0.0253047;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075964;STB=0.507935;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00106256;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:112:113:1:2:111:111:0.982301:62:49:0:1:62:49:0:2 chr12 52661209 . T C 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0669778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.886;QD=63.0517;RBI=0.0673049;REFB=0;REVB=0.00662819;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07309e-05;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr12 52661302 . C A 206.95 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3023;QD=48.693;RBI=0.0440941;REFB=0;REVB=0.000157031;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161653;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr12 52679937 . C G 86.83 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.026932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.495;QD=24.8096;RBI=0.0501656;REFB=-0.0459651;REVB=0.0423232;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0084012;OID=.;OPOS=52679937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:1:3:6:4:1:3 chr12 52681056 . C T 207.38 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00489014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.071;QD=17.6492;RBI=0.0178582;REFB=-0.0292944;REVB=-0.0171756;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342285;STB=0.694264;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.03331;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:8:18:7:14:8:18 chr12 52681080 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0117782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.222;QD=18.9665;RBI=0.0193502;REFB=-0.0111979;REVB=-0.0153526;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292622;STB=0.665252;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.012661;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:8:17:8:14:8:17 chr12 52681416 . T C 368.52 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0033422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.535;QD=11.6991;RBI=0.00911448;REFB=-0.0165744;REVB=0.00847959;RO=81;SAF=25;SAR=20;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281802;STB=0.516122;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0333692;OID=.;OPOS=52681416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:20:25:47:34:20:25:47:34 chr12 52681437 . A G 429.24 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.00780548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.266;QD=13.1066;RBI=0.00787106;REFB=-0.0232319;REVB=-0.00101393;RO=79;SAF=24;SAR=26;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110273;STB=0.569316;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0448263;OID=.;OPOS=52681437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:79:81:50:50:0.381679:26:24:46:33:26:24:48:33 chr12 52681925 . A C 1380.85 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149626;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9814;QD=62.7661;RBI=0.0178847;REFB=0;REVB=0.00979701;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151029;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr12 52708420 . G A 643.09 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00313423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.748;QD=21.0848;RBI=0.031229;REFB=-0.0115084;REVB=0.0310713;RO=57;SAF=20;SAR=44;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710067;STB=0.535951;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00923153;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:58:64:64:0.52459:44:20:22:35:44:20:22:36 chr12 52708565 . A G 255.9 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00603086;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.292;QD=21.3252;RBI=0.0060689;REFB=-0.0280556;REVB=0.000678513;RO=25;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222028;STB=0.609991;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0354063;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:25:24:24:24:0.5:19:5:10:15:19:5:9:15 chr12 52709880 . A G 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.012965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.704;QD=13.8486;RBI=0.0450007;REFB=-0.0190534;REVB=-0.0430926;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250102;STB=0.644604;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0191601;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:8:17:7:9:8:17 chr12 52709883 . T C 128.79 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.104424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2539;QD=12.5648;RBI=0.11136;REFB=-0.0210958;REVB=-0.0386859;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200637;STB=0.617213;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0474406;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:9:17:7:8:9:17 chr12 52710309 . G A 762.6 PASS AF=0.442623;AO=77;DP=179;FAO=81;FDP=183;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.019914;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.854;QD=16.6689;RBI=0.020478;REFB=-0.0233439;REVB=0.00477321;RO=102;SAF=20;SAR=57;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191353;STB=0.587184;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0340842;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:183:102:102:77:81:0.442623:57:20:43:59:58:23:43:59 chr12 52710715 . G A 499.69 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0178051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7275;QD=18.3371;RBI=0.0211399;REFB=-0.00808768;REVB=0.0113962;RO=55;SAF=29;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518896;STB=0.52433;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0127258;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:24:29:27:28:24:29:28:28 chr12 52710721 . G C 564.04 PASS AF=0.508772;AO=57;DP=113;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00960107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.297;QD=19.7907;RBI=0.033043;REFB=0.00567374;REVB=-0.0316174;RO=56;SAF=30;SAR=27;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236492;STB=0.516974;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00576489;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:56:57:58:0.508772:27:30:28:28:27:31:28:28 chr12 52711549 . G A 331.43 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0174711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.817;QD=18.6723;RBI=0.055383;REFB=-0.0142426;REVB=0.0525551;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113851;STB=0.563367;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0135438;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:18:17:22:14:18:17:22:14 chr12 52753861 . C T 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9393;QD=60.8778;RBI=0.0919703;REFB=0;REVB=0.0665099;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989562;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr12 52774235 . A G 868.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.528;QD=57.8786;RBI=0.0193339;REFB=0;REVB=-0.000998381;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137303;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr12 52777502 . A G 1400.53 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023014;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.434;QD=62.9452;RBI=0.0275779;REFB=0;REVB=-0.0151952;RO=0;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03205e-05;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:28:61:0:0:28:61:0:0 chr12 52789509 . T C 447.24 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.307;QD=57.708;RBI=0.0297037;REFB=0;REVB=-0.0272027;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46547e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr12 52789597 . A G 360.28 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.851;QD=49.6934;RBI=0.0264242;REFB=-0.16596;REVB=-0.0036284;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.50953;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000898542;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:29:29:1:2:27:27:0.931034:17:10:1:0:17:10:1:1 chr12 52789605 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.322;QD=56.1915;RBI=0.0286875;REFB=0;REVB=0.0284254;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46936e-05;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr12 52818504 . T G 1324.23 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209211;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.413;QD=62.3169;RBI=0.0251822;REFB=0;REVB=0.014016;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34369e-05;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr12 52822258 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.873;QD=58.9627;RBI=0.0463806;REFB=0;REVB=0.0116084;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123526;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr12 52824352 . G A 1753.33 PASS AF=0.9375;AO=120;DP=130;FAO=120;FDP=128;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0366609;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.974;QD=54.7917;RBI=0.0396063;REFB=-0.00222409;REVB=0.0149877;RO=8;SAF=34;SAR=86;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023351;STB=0.512312;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000249237;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:130:128:8:8:120:120:0.9375:86:34:1:7:86:34:1:7 chr12 52825363 . G A 775.19 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00816175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.234;QD=53.4611;RBI=0.0558729;REFB=-0.0723494;REVB=-0.0552735;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000330356;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:0:2:56:56:0.965517:25:31:0:0:25:31:0:2 chr12 52827818 . T C 1048.02 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.155;QD=58.2233;RBI=0.0125424;REFB=-0.114449;REVB=-0.00678552;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00260702;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:38:33:0:0:38:33:1:0 chr12 52841765 . G A 773.44 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.6;QD=61.8753;RBI=0.0161784;REFB=0.0495729;REVB=-0.00289159;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140455;STB=0.507243;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000231398;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:33:15:0:1:34:15:0:1 chr12 52842736 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8711;QD=45.7966;RBI=0.118775;REFB=0;REVB=0.088494;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00719639;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:3:11:0:0 chr12 52843581 . A G 76.79 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=113;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.00437164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.909;QD=2.69434;RBI=0.0223285;REFB=-0.00660772;REVB=-0.0218964;RO=97;SAF=7;SAR=9;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135648;STB=0.59662;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0299948;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:113:114:97:98:16:16:0.140351:9:7:53:44:9:7:54:44 chr12 52843779 . T C 613.36 PASS AF=0.394444;AO=69;DP=179;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.00252412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.96;QD=13.6302;RBI=0.015141;REFB=-0.0166292;REVB=-0.0149291;RO=108;SAF=43;SAR=26;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175269;STB=0.602265;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0230771;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:108:109:69:71:0.394444:26:43:50:58:26:45:51:58 chr12 52844243 . A G 46.15 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=0.00539678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.587;QD=1.31859;RBI=0.0201159;REFB=0.00150481;REVB=-0.0193784;RO=127;SAF=6;SAR=7;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022007;STB=0.517063;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0221606;OID=.;OPOS=52844243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:140:127:127:13:13:0.0928571:7:6:61:66:7:6:61:66 chr12 52844246 . A G 60.5 PASS AF=0.110294;AO=15;DP=136;FAO=15;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=121;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.0350892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0834;QD=1.77948;RBI=0.0350893;REFB=-0.0120262;REVB=-9.98384e-05;RO=95;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232864;STB=0.555157;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0617298;OID=.;OPOS=52844246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:136:136:95:121:15:15:0.110294:7:8:33:62:7:8:57:64 chr12 52844265 . T C 1523.56 PASS AF=0.785714;AO=118;DP=152;FAO=121;FDP=154;FR=.;FRO=33;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0293423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.741;QD=39.573;RBI=0.0353777;REFB=-0.0188976;REVB=0.0197638;RO=33;SAF=56;SAR=62;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422531;STB=0.50296;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00179613;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:33:33:118:121:0.785714:62:56:16:17:64:57:16:17 chr12 52845801 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.37;QD=63.5822;RBI=0.0299936;REFB=0;REVB=0.0105459;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242366;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 52863038 . G A 1067.4 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00604309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.139;QD=58.4876;RBI=0.0450904;REFB=-0.113482;REVB=0.0446837;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000446489;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:33:39:0:0:33:39:0:1 chr12 52863064 . T C 52.94 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0131902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.571;QD=2.55131;RBI=0.0407126;REFB=-0.00355286;REVB=-0.0385167;RO=71;SAF=9;SAR=2;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438194;STB=0.813994;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0207953;OID=.;OPOS=52863064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:82:83:71:72:11:11:0.13253:2:9:33:38:2:9:33:39 chr12 52863213 . C T 1559.18 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.541;QD=57.7473;RBI=0.0172605;REFB=-0.0921218;REVB=0.00447534;RO=1;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921514;STB=0.50035;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00194749;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:1:2:106:106:0.981481:51:55:0:1:51:55:1:1 chr12 52863621 . T G 784.88 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.476;QD=57.0823;RBI=0.00709813;REFB=0;REVB=-0.00236729;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14658e-06;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:35:20:0:0 chr12 52865281 . A G 47.19 PASS AF=0.150943;AO=7;DP=52;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0464351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.005;QD=3.56145;RBI=0.0519984;REFB=-0.00765493;REVB=0.0234011;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150528;STB=0.650792;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0667656;OID=.;OPOS=52865281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:53:45:45:7:8:0.150943:3:4:20:25:3:5:20:25 chr12 52883807 . G A 138.93 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0164656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.848;QD=12.0809;RBI=0.045841;REFB=-0.00124672;REVB=0.0427818;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140886;STB=0.583228;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00441661;OID=.;OPOS=52883807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:15:15:6:10:15:15 chr12 52885316 . A G 423.89 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=0.00284271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9568;QD=12.3765;RBI=0.0546596;REFB=0.00407039;REVB=-0.0545856;RO=87;SAF=21;SAR=29;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183774;STB=0.60465;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00822172;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:87:87:50:50:0.364964:29:21:51:36:29:21:51:36 chr12 52885339 . CC TT 317.22 PASS AF=0.291667;AO=41;DP=144;FAO=42;FDP=144;FR=.;FRO=102;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.0259746;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.405;QD=8.81164;RBI=0.027825;REFB=-0.0137212;REVB=-0.0099774;RO=103;SAF=15;SAR=26;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238481;STB=0.649139;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0362949;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:103:102:41:42:0.291667:26:15:58:45:27:15:58:44 chr12 52885344 . G C 265.24 PASS AF=0.262069;AO=38;DP=145;FAO=38;FDP=145;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0132866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6219;QD=7.31704;RBI=0.0455836;REFB=0.00302779;REVB=-0.0436043;RO=107;SAF=15;SAR=23;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192809;STB=0.615046;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0117603;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:107:107:38:38:0.262069:23:15:59:48:23:15:59:48 chr12 52885350 . T C 269.64 PASS AF=0.258503;AO=38;DP=147;FAO=38;FDP=147;FR=.;FRO=109;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.010939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.648;QD=7.33712;RBI=0.0125684;REFB=-0.011935;REVB=-0.006189;RO=105;SAF=15;SAR=23;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159548;STB=0.608452;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0191918;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:105:109:38:38:0.258503:23:15:55:50:23:15:59:50 chr12 52885374 . G C 165.91 PASS AF=0.194444;AO=26;DP=141;FAO=28;FDP=144;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.0296893;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3269;QD=4.60852;RBI=0.0296944;REFB=-0.0260311;REVB=0.000546903;RO=113;SAF=8;SAR=18;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286766;STB=0.672359;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0347419;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:113:116:26:28:0.194444:18:8:60:53:19:9:62:54 chr12 52885377 . A G 177.72 PASS AF=0.202703;AO=29;DP=144;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.0186587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.868;QD=4.80315;RBI=0.0304856;REFB=-0.00088249;REVB=-0.0241086;RO=115;SAF=10;SAR=19;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216593;STB=0.654442;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0048264;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:115:118:29:30:0.202703:19:10:59:56:20:10:62:56 chr12 52885381 . C T 183.21 PASS AF=0.201342;AO=30;DP=149;FAO=30;FDP=149;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.00352774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.178;QD=4.91832;RBI=0.00909501;REFB=-0.00846843;REVB=-0.00838298;RO=119;SAF=10;SAR=20;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251331;STB=0.657552;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0227308;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:119:119:30:30:0.201342:20:10:63:56:20:10:63:56 chr12 52886478 . T C 843.96 PASS AF=0.926471;AO=61;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0252678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.376;QD=49.6445;RBI=0.0376891;REFB=-0.0736649;REVB=0.0279644;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129329;STB=0.515206;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00205199;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:68:68:1:5:61:63:0.926471:36:25:0:1:38:25:1:4 chr12 52886490 . A G 1206.54 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226994;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.641;QD=59.5824;RBI=0.0339123;REFB=0;REVB=0.0251949;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651394;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:74:81:1:44:30:0:0:45:36:0:0 chr12 52912906 . G T 529.87 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0507615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8928;QD=24.6453;RBI=0.0556153;REFB=-0.0263859;REVB=0.0227229;RO=37;SAF=17;SAR=32;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158398;STB=0.594411;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0153447;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:36:49:50:0.581395:32:17:20:17:33:17:20:16 chr12 52912909 . G T 503.52 PASS AF=0.566265;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00781722;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.69;QD=24.2662;RBI=0.0171651;REFB=-0.00300342;REVB=0.0152818;RO=35;SAF=17;SAR=29;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162379;STB=0.562674;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00202658;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:35:36:46:47:0.566265:29:17:20:15:30:17:18:18 chr12 52938364 . T C 1672.74 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986914;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.328;QD=60.279;RBI=0.0118121;REFB=0;REVB=0.00649052;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22625e-05;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:58:52:0:0:58:53:0:0 chr12 52938497 . A C 618.71 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.008;QD=60.3615;RBI=0.0921249;REFB=0;REVB=-0.0135688;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238869;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:35:41:1:20:15:0:0:21:20:0:0 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA,ATAAG 358.49 PASS AF=0.814815,0.0740741,0.111111;AO=22,2,3;DP=27;FAO=22,2,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2,2;FSAR=12,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245569,0.027311,0.00183627;FXX=0;HRUN=1,2,1;LEN=3,1,3;MLLD=213.461,27.0303,94.1009;QD=53.1096;RBI=0.0321842,0.0778351,0.0304299;REFB=0,0,0;REVB=0.0208034,-0.0728863,0.0303745;RO=0;SAF=10,2,2;SAR=12,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00329438,0.000769212,0.0343284;OID=.,.,.;OPOS=52939408,52939411,52939408;OREF=GAG,G,GAG;OALT=-,A,TAA;OMAPALT=AG,AGAGA,ATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.814815,0.0740741,0.111111:22,2,3:27:22,2,3:27:0:10,2,2:12,0,1:0:0:15:0:10,2,2:12,0,1:0:0 chr12 52943144 . G A 1180.36 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0644811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6953;QD=56.8849;RBI=0.0776711;REFB=-0.143282;REVB=0.0433012;RO=3;SAF=31;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198057;STB=0.505049;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0133544;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:3:1:79:82:0.987952:48:31:2:1:49:33:0:1 chr12 52965173 . T G 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00563909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.341;QD=19.0768;RBI=0.00946146;REFB=0.00122777;REVB=-0.00759736;RO=39;SAF=15;SAR=23;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288108;STB=0.659692;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00179506;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:23:15:28:11:23:15:28:11 chr12 52965722 . T C 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.007069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.25;QD=9.70527;RBI=0.0117571;REFB=-0.0146276;REVB=-0.00939461;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480702;STB=0.537806;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0334068;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:10:8:18:19:10:8:19:19 chr12 52965761 . C T 834.84 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.256;QD=57.575;RBI=0.109602;REFB=0;REVB=0.0459549;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500963;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:34:24:0:0 chr12 52965782 . T C 167.35 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0276868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3994;QD=11.7437;RBI=0.0607423;REFB=-0.00626861;REVB=-0.0540654;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303606;STB=0.676909;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00883425;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:15:6:20:16:15:6:20:16 chr12 52966390 . A T 239.54 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0110206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.531;QD=11.9771;RBI=0.0115286;REFB=-0.0135635;REVB=0.00338429;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233038;STB=0.633808;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0274011;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:12:17:19:32:12:17:19:32 chr12 52981512 . G A 620.57 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0148526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.933;QD=22.7731;RBI=0.0171297;REFB=-0.0232413;REVB=-0.00853389;RO=48;SAF=44;SAR=17;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789346;STB=0.504317;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0137732;OID=.;OPOS=52981512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:17:44:35:13:17:44:35:13 chr12 52985293 . A G 338.65 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0138577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4649;QD=15.2202;RBI=0.0328533;REFB=-0.023875;REVB=-0.0297877;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221098;STB=0.512501;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0249437;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:17:20:27:25:17:20:27:25 chr12 52986187 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00485518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.458;QD=21.9714;RBI=0.0252632;REFB=0.00428663;REVB=0.0247922;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538292;STB=0.503016;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00493833;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:12:9:10:13:12:9 chr12 52992812 . T C 296.52 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00113123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2865;QD=13.1788;RBI=0.0271137;REFB=0.00943364;REVB=0.0270901;RO=56;SAF=14;SAR=20;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229016;STB=0.630556;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0151715;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:20:14:35:21:20:14:35:21 chr12 52993209 . T C 64.47 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0369546;FXX=0.128991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.308;QD=9.55038;RBI=0.0369562;REFB=-0.0195817;REVB=0.000342771;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171013;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.088036;OID=.;OPOS=52993209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:27:17:18:8:9:0.333333:3:5:8:9:4:5:8:10 chr12 52994871 . G A 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00375444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.274;QD=13.2583;RBI=0.010244;REFB=-0.0135974;REVB=0.00953121;RO=45;SAF=4;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427692;STB=0.749797;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0278432;OID=.;OPOS=52994871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:25:4:20:25:25:4:20:25 chr12 52994990 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.026057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.845;QD=22.6783;RBI=0.026066;REFB=0.00560997;REVB=-0.000681572;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21313;STB=0.618849;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00539797;OID=.;OPOS=52994990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:8:2:0:5:8:2:0:5 chr12 53045626 . T C 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0556001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.374;QD=12.86;RBI=0.0636025;REFB=-0.00926258;REVB=-0.0308853;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0242021;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr12 53069014 . T C 489.72 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0413597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1634;QD=28.3897;RBI=0.0464222;REFB=-0.0464343;REVB=-0.0210808;RO=23;SAF=29;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525971;STB=0.508471;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0227;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:23:24:45:45:0.652174:16:29:15:8:16:29:16:8 chr12 53070121 . T G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5869;QD=57.2344;RBI=0.0724865;REFB=0;REVB=-0.0697207;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057512;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr12 53070145 . G A 264.8 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00328171;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8937;QD=17.9527;RBI=0.0377024;REFB=0.00218934;REVB=0.0375593;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129423;STB=0.507241;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.000962041;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:12:18:17:12:12:18 chr12 53085089 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.991;QD=51.1828;RBI=0.0144503;REFB=0;REVB=0.013374;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40886e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr12 53086645 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0243549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.19;QD=11.5764;RBI=0.0508783;REFB=-0.0215092;REVB=0.0446704;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25909;STB=0.649;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0228549;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:10:13:13:27:10:13:13:27 chr12 53088484 . C T 452.47 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0134087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7773;QD=22.3443;RBI=0.0510791;REFB=-0.0158616;REVB=-0.0492878;RO=36;SAF=30;SAR=13;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525753;STB=0.52568;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0111019;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:36:37:43:44:0.54321:13:30:27:9:14:30:27:10 chr12 53090190 . C T 195.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.028233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8146;QD=12.6171;RBI=0.0749013;REFB=-0.00551003;REVB=-0.0693766;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131106;STB=0.583264;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00748329;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:10:14:17:20:10:14:17:21 chr12 53091566 . C A 286.28 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00402041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.388;QD=10.41;RBI=0.00699429;REFB=-0.011421;REVB=-0.00572332;RO=73;SAF=20;SAR=17;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147862;STB=0.58532;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0248761;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:17:20:30:43:17:20:30:43 chr12 53096913 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.31;QD=53.2771;RBI=0.00204139;REFB=0;REVB=0.00204139;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52079e-06;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:23:0:0:0:23:0:0:0 chr12 53162638 . G A 1139.12 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.116;QD=59.1752;RBI=0.0617807;REFB=-0.134186;REVB=0.0583281;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106344;STB=0.505616;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000559367;OID=.;OPOS=53162638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:32:44:1:0:32:44:1:0 chr12 53162773 . A G 593.0 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.286;QD=60.8208;RBI=0.0751885;REFB=0;REVB=0.016993;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116745;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:19:20:0:0 chr12 53186122 . G A 651.54 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.025;QD=62.0518;RBI=0.0369728;REFB=0;REVB=-0.0110754;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60148e-05;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr12 53204614 . C T 651.97 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174937;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.695;QD=59.2698;RBI=0.0266717;REFB=0;REVB=0.0201333;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109412;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:44:0:0:41:44:1:24:17:0:0:24:20:0:0 chr12 53238347 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.545;QD=40.761;RBI=0.021085;REFB=0;REVB=0.0143174;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427847;OID=.;OPOS=53238347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr12 53240584 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.891;QD=62.6677;RBI=0.0546878;REFB=0;REVB=-0.0211927;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323012;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr12 53242579 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109035;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.7;QD=43.4862;RBI=0.0125704;REFB=0;REVB=0.0062553;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00645e-05;OID=.;OPOS=53242579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr12 53343493 . G A 671.63 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.104359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8218;QD=52.6769;RBI=0.104786;REFB=-0.107916;REVB=-0.00944225;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.527766;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00390267;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:17:32:0:0:17:32:0:2 chr12 53346514 . A G 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0319889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.11;QD=4.81367;RBI=0.0353003;REFB=0.000585689;REVB=-0.0149273;RO=46;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109383;STB=0.5713;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00305568;OID=.;OPOS=53346514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:5:6:21:25:5:6:21:25 chr12 53433089 . C A 1153.36 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.228;QD=60.7032;RBI=0.0399055;REFB=0;REVB=0.0388621;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131509;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr12 53433486 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.892;QD=58.5878;RBI=0.0303491;REFB=0;REVB=0.0168883;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92807e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr12 53434774 . G A 755.07 PASS AF=0.663158;AO=63;DP=95;FAO=63;FDP=95;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00539333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.213;QD=31.7925;RBI=0.00863081;REFB=0.0190571;REVB=0.00673816;RO=32;SAF=38;SAR=25;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263003;STB=0.514222;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00705075;OID=.;OPOS=53434774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:32:32:63:63:0.663158:25:38:18:14:25:38:18:14 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 437.73 PASS AF=0.684932;AO=49;DP=57;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00250114;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=11;MLLD=308.8;QD=23.9853;RBI=0.0325507;REFB=-0.055446;REVB=0.0324544;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.514846;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.0229046;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684932:49:57:50:73:23:35:15:17:6:99:0:34:15:0:0 chr12 53460140 . ATCCTCT A 115.41 PASS AF=0.382353;AO=10;DP=27;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.162802;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=6;MLLD=188.191;QD=13.5776;RBI=0.163168;REFB=-0.0215009;REVB=0.0109124;RO=6;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.850937;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0264688;OID=.;OPOS=53460141;OREF=TCCTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:10:27:13:34:21:1:12:10:11:99:6:0:10:0:6 chr12 53473083 . A AC 33.85 PASS AF=0.28;AO=9;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.201691;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.0663;QD=5.41655;RBI=0.208317;REFB=-0.0219991;REVB=-0.0521238;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.824;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.160838;OID=.;OPOS=53473084;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:9:24:7:25:18:1:6:10:8:33:14:3:6:8:6 chr12 53497402 . A G 324.22 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0370097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6409;QD=30.1598;RBI=0.087019;REFB=-0.00944059;REVB=-0.0787565;RO=13;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1195;STB=0.55858;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00476208;OID=.;OPOS=53497402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:13:15:28:28:0.651163:12:16:10:3:12:16:11:4 chr12 53497927 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.00978227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.885;QD=15.9165;RBI=0.0352354;REFB=-0.00902562;REVB=0.0338502;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305532;STB=0.671326;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00697171;OID=.;OPOS=53497927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:14:1:4:9:14:1 chr12 53509933 . C T 478.46 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0025107;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.479;QD=19.529;RBI=0.00994167;REFB=-0.0223248;REVB=0.00961942;RO=51;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573987;STB=0.531901;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0225878;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:22:25:24:27:22:25:24:27 chr12 53604768 . A G 219.09 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0105317;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.895;QD=30.2199;RBI=0.0215822;REFB=-0.0270471;REVB=0.0188381;RO=9;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223189;STB=0.621517;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00661942;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:9:9:20:20:0.689655:6:14:9:0:6:14:9:0 chr12 53609488 . A C 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0266767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.871;QD=3.67731;RBI=0.0294731;REFB=-0.00649871;REVB=-0.0125307;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0373802;OID=.;OPOS=53609488;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:4:4:22:22:4:4:22:22 chr12 53662624 . C A 958.6 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.255;QD=57.2297;RBI=0.0285715;REFB=0.0955469;REVB=-0.0136731;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000265542;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:37:28:0:1:38:28:0:1 chr12 53670545 . C A 1312.95 PASS AF=0.967391;AO=86;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00639147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.86;QD=57.085;RBI=0.0472619;REFB=-0.0723014;REVB=0.0468277;RO=3;SAF=47;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774059;STB=0.504534;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00239822;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:92:3:3:86:89:0.967391:39:47:2:1:42:47:2:1 chr12 53681883 . A T 630.5 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.468;QD=61.5125;RBI=0.0118134;REFB=0;REVB=-0.00608744;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15677e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr12 53682326 . G A 1912.68 PASS AF=0.970588;AO=128;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0584885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2501;QD=56.2553;RBI=0.12605;REFB=-0.197396;REVB=0.111659;RO=7;SAF=80;SAR=48;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498933;STB=0.503261;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0101632;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:136:136:7:4:128:132:0.970588:48:80:1:6:52:80:2:2 chr12 53682986 . C T 65.48 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0268509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.541;QD=4.36566;RBI=0.0294046;REFB=-0.00620848;REVB=-0.0119858;RO=49;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837437;STB=0.555453;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0312826;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:4:7:28:21:4:7:28:21 chr12 53686703 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5438;QD=58.5871;RBI=0.106525;REFB=0;REVB=0.0864728;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237896;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr12 53693532 . AA GC 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185902;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.857;QD=39.6144;RBI=0.0204598;REFB=0;REVB=-0.00854444;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000143925;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 53700848 . C T 1500.08 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0357;QD=59.4091;RBI=0.0352287;REFB=0;REVB=0.0351684;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503811;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:36:63:0:0:38:63:0:0 chr12 53700860 . A G 1512.04 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.853;QD=59.8829;RBI=0.00608217;REFB=0;REVB=0.00508538;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56672e-06;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:41:59:0:0:42:59:0:0 chr12 53703021 . G A 720.62 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0283;QD=55.4322;RBI=0.0963501;REFB=0;REVB=0.072134;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253104;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:25:26:0:1:26:26:0:0 chr12 53722098 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.504;QD=57.1772;RBI=0.0272482;REFB=0;REVB=-0.0271159;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0937e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr12 53722128 . G A 670.54 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3167;QD=59.6032;RBI=0.108346;REFB=-0.0910464;REVB=0.0151142;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00858724;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chr12 53874907 . A G 41.22 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0517812;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6662;QD=3.74717;RBI=0.0786236;REFB=-0.0287352;REVB=-0.059164;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288874;STB=0.56372;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.158173;OID=.;OPOS=53874907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:38:37:6:7:0.159091:5:1:14:24:5:2:13:24 chr12 54067544 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3556;QD=40.7629;RBI=0.0195274;REFB=0;REVB=-0.0189933;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145896;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr12 54109659 . C T 543.63 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0606987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8234;QD=19.9495;RBI=0.109958;REFB=-0.02355;REVB=0.0916862;RO=53;SAF=25;SAR=31;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022474;STB=0.512392;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0332023;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:31:25:25:28:31:25:25:28 chr12 54109733 . A G 794.09 PASS AF=0.519481;AO=80;DP=154;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00495222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7761;QD=20.6258;RBI=0.0369503;REFB=-0.0197004;REVB=-0.036617;RO=73;SAF=37;SAR=43;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505572;STB=0.524555;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0167562;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:73:74:80:80:0.519481:43:37:38:35:43:37:38:36 chr12 54110197 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0297646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.373;QD=7.46444;RBI=0.10464;REFB=-0.0166377;REVB=-0.100317;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342331;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0328098;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:15:17:7:7:0.291667:2:5:6:9:2:5:8:9 chr12 54340077 . G A 453.75 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0125652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.904;QD=22.4071;RBI=0.0141874;REFB=-0.00632128;REVB=-0.00658774;RO=37;SAF=33;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783224;STB=0.543287;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00563786;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:11:33:25:12:11:33:25:12 chr12 54340204 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA 46.15 PASS AF=0.220779,0;AO=13,12;DP=80;FAO=17,0;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0129619,-0.0915283;FXX=0.0128189;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=17.7504,8.86077;QD=2.39743;RBI=0.0540995,0.123215;REFB=-0.035583,-0.0452592;REVB=0.0525237,0.0824891;RO=38;SAF=9,9;SAR=4,3;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.405184,0.472501;STB=0.675959,0.5;STBP=0.117,1;TYPE=del,del;VARB=0.116894,0;OID=.,.;OPOS=54340210,54340205;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220779,0:13,12:80:17,0:77:60:11,0:6,0:25:35:45:38:9,9:4,3:13:25 chr12 54367061 . T G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.134;QD=64.4147;RBI=0.0370814;REFB=0;REVB=0.0148252;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111661;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr12 54370108 . G T 393.9 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0176786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0232;QD=25.4127;RBI=0.0245066;REFB=-0.0106391;REVB=-0.0169717;RO=24;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105912;STB=0.558028;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00842687;OID=.;OPOS=54370108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:23:15:13:11:23:15:13:11 chr12 54496166 . G T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00360614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3289;QD=15.1668;RBI=0.020924;REFB=-0.025927;REVB=0.0206109;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387559;STB=0.726942;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0371833;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:11:9:12:3:11:9 chr12 54496219 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0450006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.047;QD=16.6268;RBI=0.0479606;REFB=-0.00404217;REVB=-0.0165881;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268587;STB=0.657839;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00325129;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:11:2:5:9:11:2:5:9 chr12 54711574 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5718;QD=35.5744;RBI=0.0838851;REFB=0;REVB=0.0836137;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00720019;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 54734289 . A G 188.17 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=-0.00507911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.259;QD=6.96936;RBI=0.0673257;REFB=-0.00785831;REVB=-0.0671339;RO=79;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268053;STB=0.662232;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.016647;OID=.;OPOS=54734289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:80:28:28:0.259259:13:15:25:54:13:15:25:55 chr12 54740379 . T G 106.55 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0454298;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.924;QD=12.9148;RBI=0.108319;REFB=-0.02059;REVB=-0.0983322;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306545;STB=0.636132;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00905206;OID=.;OPOS=54740379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:34:33:15:18:10:12:0.363636:7:3:9:6:8:4:10:8 chr12 54756815 . A G 395.35 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0350198;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9198;QD=17.378;RBI=0.0400984;REFB=-0.0417892;REVB=-0.0195318;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140741;STB=0.572386;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0393827;OID=.;OPOS=54756815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:50:41:41:0.450549:21:20:31:18:21:20:31:19 chr12 54767812 . G A 228.89 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0158462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.448;QD=16.0624;RBI=0.0182207;REFB=-0.0174306;REVB=0.0089939;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314253;STB=0.635661;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0136342;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:31:26:26:0.45614:15:11:21:6:15:11:21:10 chr12 54792388 . TCTTTTTG GTCTTTTG,TCTTTT,TCTTTTG 80.33 PASS AF=0,0.264151,0.0188679;AO=4,9,8;DP=55;FAO=0,14,1;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=0,10,1;FSAR=0,4,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0273813,-0.122287,-0.137351;FXX=0.036357;HRUN=1,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=145.664,24.5623,13.0849;QD=6.0625;RBI=0.0711722,0.153399,0.209771;REFB=-0.00914978,-0.0622345,-0.0676169;REVB=-0.0656944,-0.0926134,-0.158552;RO=29;SAF=0,7,8;SAR=4,2,0;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.567822,0.464966,0.759276;STB=0.5,0.71398,0.991418;STBP=1,0.086,0.262;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.147004,0.0879878;OID=.,.,.;OPOS=54792388,54792394,54792390;OREF=TCT,TG,T;OALT=GTC,-,-;OMAPALT=GTCTTTTG,TCTTTT,TCTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:55:53:29:38:4,9,8:0,14,1:0,0.264151,0.0188679:4,2,0:0,7,8:11:18:0,4,0:0,10,1:16:22 chr12 54795790 . C T 168.81 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00931208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.638;QD=10.3882;RBI=0.0132127;REFB=-0.0140103;REVB=0.00937338;RO=43;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25903;STB=0.629096;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0329997;OID=.;OPOS=54795790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:43:21:22:0.338462:7:14:19:24:8:14:19:24 chr12 54799450 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000893256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.397;QD=55.6557;RBI=0.00446537;REFB=0;REVB=-0.00437511;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26073e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr12 54905815 . C G 877.66 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0505259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.795;QD=54.8535;RBI=0.0547128;REFB=-0.173959;REVB=0.0209911;RO=2;SAF=23;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392923;STB=0.520827;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00111611;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:39:23:2:0:39:23:2:0 chr12 54911426 . C T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00367319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.561;QD=8.99469;RBI=0.0116997;REFB=-0.00341078;REVB=-0.0111081;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875624;STB=0.553105;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.007811;OID=.;OPOS=54911426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:10:19:7:5:10:19 chr12 54970454 . T C 1540.4 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7958;QD=59.8212;RBI=0.0311336;REFB=0;REVB=0.0151996;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70303e-05;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr12 54972992 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3281;QD=53.2771;RBI=0.051221;REFB=0;REVB=0.0192555;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011415;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr12 54973623 . T C 805.34 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00033759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.826;QD=56.5147;RBI=0.0164861;REFB=0;REVB=-0.0164826;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78105e-05;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr12 54974803 . C T 521.06 PASS AF=0.393548;AO=59;DP=154;FAO=61;FDP=155;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=0.031978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.994;QD=13.4468;RBI=0.0333431;REFB=-0.0051366;REVB=-0.00944308;RO=93;SAF=25;SAR=34;SRF=59;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225049;STB=0.616984;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00665303;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:93:94:59:61:0.393548:34:25:59:34:34:27:60:34 chr12 54975837 . T C 2399.14 PASS AF=0.947977;AO=164;DP=173;FAO=164;FDP=173;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=124;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0275157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9148;QD=55.4713;RBI=0.0573364;REFB=-0.107473;REVB=-0.0503026;RO=9;SAF=40;SAR=124;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958285;STB=0.550555;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00524652;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:173:173:9:9:164:164:0.947977:124:40:9:0:124:40:9:0 chr12 55248357 . G T 1568.16 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.649;QD=64.0065;RBI=0.0250368;REFB=0;REVB=0.0182771;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44834e-06;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:45:53:0:0:45:53:0:0 chr12 55250612 . A G 1304.85 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00275756;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.819;QD=58.645;RBI=0.00347206;REFB=-0.0500186;REVB=-0.00210975;RO=3;SAF=44;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312084;STB=0.51648;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00468708;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:42:44:3:0:42:44:3:0 chr12 55344024 . G A 1191.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7057;QD=61.0775;RBI=0.115792;REFB=0;REVB=0.113264;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496657;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:38:40:0:0 chr12 55344133 . C G 1903.19 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00601251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.197;QD=59.9429;RBI=0.0163071;REFB=-0.0292724;REVB=0.0151582;RO=2;SAF=46;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118763;STB=0.506249;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00140476;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:79:46:0:2:79:46:0:2 chr12 55355033 . C T 792.51 PASS AF=0.503106;AO=81;DP=161;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00174994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1388;QD=19.6896;RBI=0.00375347;REFB=0.00664153;REVB=0.00332058;RO=80;SAF=41;SAR=40;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571532;STB=0.503144;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00636331;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:80:80:81:81:0.503106:40:41:41:39:40:41:41:39 chr12 55368245 . G A 3168.67 PASS AF=0.990431;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0358358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.11;QD=60.6443;RBI=0.0363019;REFB=-0.0975655;REVB=0.00579855;RO=2;SAF=104;SAR=103;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39909e-05;STB=0.500023;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00024456;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:209:209:2:2:207:207:0.990431:103:104:1:1:103:104:1:1 chr12 55688267 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.745;QD=64.4151;RBI=0.0107655;REFB=0;REVB=0.00925946;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4058e-05;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr12 55714772 . G A 345.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000945104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.328;QD=53.1708;RBI=0.00285665;REFB=0;REVB=0.00269577;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235987;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr12 55714876 . C G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8598;QD=56.9537;RBI=0.0146299;REFB=0;REVB=0.00774838;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33599e-05;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr12 55715119 . G A 715.87 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026754;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.373;QD=56.1465;RBI=0.0333181;REFB=0;REVB=0.0198576;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977377;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr12 55715221 . GC CG,G 31.77 PASS AF=0.0333333,0.333333;AO=3,8;DP=30;FAO=1,10;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1,5;FSAR=0,5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000593178,0.0552668;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=97.2926,9.52658;QD=4.23552;RBI=0.0314411,0.103218;REFB=-0.00882424,-0.0824216;REVB=0.0314355,0.0871755;RO=16;SAF=3,3;SAR=0,5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0.478673;SSEP=0,0;SSSB=0.615578,-0.137746;STB=0.989205,0.517207;STBP=0.477,0.947;TYPE=mnp,del;VARB=0.122943,0.163011;OID=.,.;OPOS=55715221,55715222;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:30:30:16:19:3,8:1,10:0.0333333,0.333333:0,5:3,3:8:8:0,5:1,5:10:9 chr12 55794976 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.844;QD=57.3824;RBI=0.0150569;REFB=0;REVB=0.0144238;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74792e-05;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr12 55806238 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.576;QD=57.8843;RBI=0.0317316;REFB=0;REVB=0.0170884;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67264e-05;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr12 55807293 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.849;QD=39.3178;RBI=0.030502;REFB=-0.0459082;REVB=0.0287852;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00144082;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:1:0:8:5:1:0 chr12 55808469 . C G 1643.47 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131151;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5139;QD=59.7624;RBI=0.0248326;REFB=0;REVB=-0.0210868;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760775;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:48:60:0:0:49:61:0:0 chr12 55820121 . C T 1077.59 PASS AF=0.961039;AO=75;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0583321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4492;QD=55.9785;RBI=0.0583848;REFB=0.0162922;REVB=0.00248093;RO=2;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210203;STB=0.516849;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00650119;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:2:3:75:74:0.961039:44:31:0:2:43:31:0:3 chr12 55863224 . C G 1168.81 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3999;QD=60.7176;RBI=0.0556749;REFB=0;REVB=-0.00902697;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81822e-05;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:39:38:0:0 chr12 55863381 . A G 330.09 PASS AF=0.961538;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9766;QD=50.7833;RBI=0.0199582;REFB=-0.0156394;REVB=-0.00279567;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0105148;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:26:25:0.961538:18:8:0:0:17:8:0:1 chr12 55886294 . G A 496.86 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0376952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3137;QD=55.2065;RBI=0.0400168;REFB=-0.0652411;REVB=0.0134319;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207674;STB=0.510198;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.000695681;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:33:35:0.972222:11:22:1:0:11:24:1:0 chr12 55886489 . T A 586.01 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0132654;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.0109;QD=45.0774;RBI=0.0389195;REFB=-0.166571;REVB=0.036589;RO=6;SAF=20;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142957;STB=0.507637;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.022934;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:52:52:6:6:46:46:0.884615:26:20:3:3:26:20:3:3 chr12 55945119 . A G 677.72 PASS AF=1;AO=29;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046646;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.883;QD=63.0433;RBI=0.0480208;REFB=0;REVB=0.0114085;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194653;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:29:43:1:12:17:0:0:12:31:0:0 chr12 56031611 . A G 51.58 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0869896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4138;QD=18.7558;RBI=0.0871005;REFB=-0.0353927;REVB=-0.0043945;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0126666;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr12 56089357 . C T 1437.56 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465584;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.868;QD=63.1895;RBI=0.0561843;REFB=0;REVB=0.0314481;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09486e-05;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr12 56233518 . G A 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0321893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2006;QD=26.0468;RBI=0.0531552;REFB=-0.0188802;REVB=0.0423004;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522328;STB=0.529363;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00891614;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:3:2:6:6:3:2 chr12 56236531 . A G 2404.63 PASS AF=0.993711;AO=156;DP=156;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2174;QD=60.4939;RBI=0.0811521;REFB=-0.148783;REVB=0.0741726;RO=0;SAF=108;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06969e-08;STB=0.502283;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000596753;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:159:0:1:156:158:0.993711:48:108:0:0:49:109:1:0 chr12 56295734 . A G 191.54 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.446;QD=47.8838;RBI=0.0595985;REFB=0;REVB=0.0518619;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255653;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:12:16:1:10:2:0:0:14:2:0:0 chr12 56330572 . G A 237.25 PASS AF=0.269841;AO=34;DP=126;FAO=34;FDP=126;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=61;FWDB=0.000270403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.47;QD=7.53179;RBI=0.0413908;REFB=-0.0099055;REVB=0.0413899;RO=92;SAF=15;SAR=19;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132729;STB=0.578548;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0233624;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:92:92:34:34:0.269841:19:15:31:61:19:15:31:61 chr12 56335107 . A G 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0246683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.111;QD=9.60059;RBI=0.0277667;REFB=-0.00739631;REVB=-0.0127461;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262969;STB=0.657342;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0212219;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:5:12:18:19:5:12:18:19 chr12 56347206 . C T 454.05 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0140747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4485;QD=28.8285;RBI=0.0183246;REFB=-0.0189653;REVB=0.0117344;RO=21;SAF=16;SAR=26;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954058;STB=0.5517;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00890856;OID=.;OPOS=56347206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:26:16:5:16:26:16:5:16 chr12 56348028 . G A 149.59 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0201018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5918;QD=11.9671;RBI=0.0204555;REFB=-0.000416926;REVB=-0.00378744;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180265;STB=0.510626;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000946275;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:8:9:18:15:8:9:18:15 chr12 56388479 . A G 120.02 PASS AF=0.131915;AO=31;DP=251;FAO=31;FDP=235;FR=.,HEALED;FRO=204;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=127;FWDB=-0.0419206;FXX=0.0674576;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.0857;QD=2.04282;RBI=0.0701546;REFB=-0.0290376;REVB=-0.0562524;RO=151;SAF=12;SAR=19;SRF=52;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590589;STB=0.508853;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.172947;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:235:151:204:31:31:0.131915:19:12:52:99:19:12:77:127 chr12 56398454 . G C 1043.51 PASS AF=0.96;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.028395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8335;QD=55.6539;RBI=0.0382605;REFB=-0.0124903;REVB=0.0256435;RO=3;SAF=39;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034992;STB=0.518513;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00466659;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:75:3:3:71:72:0.96:32:39:3:0:33:39:3:0 chr12 56420725 . TGGGGGC GTGGGGC,TGGGGC,TGGGGCG 340.26 PASS AF=0,1,0;AO=2,20,2;DP=45;FAO=0,45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655914,0.00933298,-0.0177084;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=122.659,10.0237,102.301;QD=30.2451;RBI=0.0753111,0.123222,0.0214254;REFB=0.03955,-0.0345794,-0.0225277;REVB=-0.0370071,0.122868,0.0120607;RO=6;SAF=2,8,0;SAR=0,12,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.658493,0.0294061,-0.562437;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0439324,0;OID=.,.,.;OPOS=56420725,56420726,56420730;OREF=TG,G,GC;OALT=GT,-,CG;OMAPALT=GTGGGGC,TGGGGC,TGGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:45:45:6:0:2,20,2:0,45,0:0,1,0:0,12,2:2,8,0:2:4:0,27,0:0,18,0:0:0 chr12 56435929 . C G 246.58 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1098;QD=46.9667;RBI=0.0349414;REFB=-0.192138;REVB=0.0312711;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0118969;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:12:8:0:0:12:8:1:0 chr12 56551339 . C A,CAA,CAAA 138.03 PASS AF=0.0434783,0.130435,0.521739;AO=2,4,8;DP=26;FAO=1,3,12;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=1,1,5;FSAR=0,2,7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00598999,0.0173195,0.0159337;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=207.608,21.5335,26.5066;QD=24.0047;RBI=0.052411,0.100666,0.0666468;REFB=-0.00530369,0.100724,0.0650737;REVB=-0.0520676,0.0991651,0.0647141;RO=9;SAF=1,2,3;SAR=1,2,5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.307174,0.300398,0.153362;STB=0.994993,0.665772,0.607311;STBP=0.123,0.773,0.266;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0134038,-0.0551404,-0.00380686;OID=.,.,.;OPOS=56551339,56551340,56551340;OREF=C,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,CAA,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:48:26:23:9:7:2,4,8:1,3,12:0.0434783,0.130435,0.521739:1,2,5:1,2,3:2:7:0,2,7:1,1,5:1:6 chr12 56647911 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1183;QD=58.0607;RBI=0.0536467;REFB=0;REVB=0.0378063;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93294e-06;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr12 56649601 . A G 2582.22 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.829;QD=61.8496;RBI=0.0766014;REFB=0;REVB=0.0363508;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09136e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:167:0:0:163:167:1:87:76:0:0:88:79:0:0 chr12 56663299 . GCC GC,G,TAG 1011.27 PASS AF=0.589474,0.178947,0.231579;AO=25,13,18;DP=97;FAO=56,17,22;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54,4,0;FSAR=2,13,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.577254,0.29296,0.125187;FXX=0.0206164;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,3;MLLD=13.5208,19.6241,119.41;QD=42.5798;RBI=0.583248,0.296079,0.137773;REFB=-0.0190218,-0.0183432,-0.0585199;REVB=0.083406,0.0428607,0.0575301;RO=32;SAF=25,0,0;SAR=0,13,18;SRF=30;SRR=2;SSEN=0.551402,0.551402,0;SSEP=0.483906,0.483906,0;SSSB=0.792492,-0.87288,-0.87993;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.00321443,0.0286113,0.0657883;OID=.,.,.;OPOS=56663300,56663300,56663299;OREF=C,CC,GCC;OALT=-,-,TAG;OMAPALT=GC,G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:97:95:32:0:25,13,18:56,17,22:0.589474,0.178947,0.231579:0,13,18:25,0,0:30:2:2,13,22:54,4,0:0:0 chr12 56711371 . C T 1475.91 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124427;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.716;QD=63.4802;RBI=0.0131265;REFB=0;REVB=0.00418136;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11505e-05;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr12 56722060 . T G 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5041;QD=62.3436;RBI=0.0218512;REFB=0;REVB=0.0218184;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214152;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr12 56755422 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0261554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.951;QD=23.0883;RBI=0.0275152;REFB=-0.0298574;REVB=0.00854289;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927713;STB=0.551586;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0223987;OID=.;OPOS=56755422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:4:14:15:7:4:14 chr12 56814653 . G A 421.84 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00196505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.737;QD=18.1436;RBI=0.00428832;REFB=-0.00804824;REVB=-0.0038116;RO=48;SAF=30;SAR=13;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161721;STB=0.603867;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0105501;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:48:50:43:43:0.462366:13:30:26:22:13:30:26:24 chr12 56815922 . C T 354.22 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0134713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.881;QD=27.7823;RBI=0.018718;REFB=-0.0238484;REVB=0.0129957;RO=18;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175936;STB=0.59569;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0120658;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:14:19:15:3:14:19:15:3 chr12 56822378 . T A 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0251445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7294;QD=15.1645;RBI=0.0681622;REFB=-0.00451584;REVB=0.0633549;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241819;STB=0.653639;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0070006;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:10:5:11:8:10:5:12:8 chr12 56825311 . C T 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00432343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.102;QD=31.5155;RBI=0.0272243;REFB=-0.000137643;REVB=-0.0268788;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619103;STB=0.53403;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000113843;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:5:5:14:9:5:5 chr12 56827694 . C G 180.97 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00544384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0573;QD=16.4516;RBI=0.00644457;REFB=-0.0216767;REVB=0.0034492;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627176;STB=0.503593;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0268777;OID=.;OPOS=56827694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:13:12:9:10:13:12 chr12 56862886 . T C,G 741.22 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=48,4;DP=52;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846553,-0.00166373;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.04,58.9715;QD=55.9415;RBI=0.0243014,0.0319072;REFB=0,0;REVB=0.0227792,-0.0318638;RO=0;SAF=18,3;SAR=30,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.73384e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00966028,0.0488099;OID=.,.;OPOS=56862886,56862886;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:53:0:0:48,4:50,3:0.943396,0.0566038:30,1:18,3:0:0:32,0:18,3:0:0 chr12 56956213 . T C 571.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4094;QD=60.1914;RBI=0.0255948;REFB=0;REVB=0.0207308;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70294e-05;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr12 56989729 . GTT G,GT 132.87 PASS AF=0,1;AO=7,16;DP=26;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144595,-0.249118;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.53122,6.79305;QD=20.441;RBI=0.147946,0.255372;REFB=-0.0180819,-0.0105537;REVB=-0.0313082,-0.0561715;RO=3;SAF=1,4;SAR=6,12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175667,0.101506;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0426269,-0.0163546;OID=.,.;OPOS=56989730,56989730;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:7,16:26:0,26:26:0:0,5:0,21:0:0:3:3:1,4:6,12:0:3 chr12 56991062 . T C 191.05 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00920864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.262;QD=13.4069;RBI=0.00922785;REFB=-0.00670583;REVB=-0.000595181;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268176;STB=0.660397;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0145187;OID=.;OPOS=56991062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:23:23:0.403509:18:5:14:18:18:5:15:19 chr12 56992345 . GT GG,G 34.97 PASS AF=0.103448,0.206897;AO=3,7;DP=30;FAO=3,6;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=0,1;FSAR=3,5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0119586,-0.0102452;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=24.9064,10.6947;QD=4.82389;RBI=0.0452374,0.0634556;REFB=-0.0422708,-0.0845069;REVB=0.0436282,0.062623;RO=17;SAF=0,2;SAR=3,5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.620678,-0.281128;STB=0.99625,0.784679;STBP=0.064,0.148;TYPE=snp,del;VARB=0.101505,0.0767683;OID=.,.;OPOS=56992346,56992346;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.103448,0.206897:3,7:30:3,6:29:20:0,1:3,5:10:10:18:17:0,2:3,5:9:8 chr12 57106660 . A T 727.36 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.855;QD=63.2489;RBI=0.0337105;REFB=0;REVB=-0.014897;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15475e-05;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr12 57108203 . A G 1568.35 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.727;QD=64.0144;RBI=0.045707;REFB=0;REVB=-0.0168541;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09237e-05;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:46:52:0:0 chr12 57109792 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.965;QD=58.5859;RBI=0.0482851;REFB=0;REVB=0.0282494;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344601;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr12 57113876 . G T 730.92 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00399874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.773;QD=30.1411;RBI=0.0521844;REFB=-0.0120886;REVB=-0.052031;RO=35;SAF=26;SAR=36;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929973;STB=0.550296;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00590272;OID=.;OPOS=57113876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:35:35:62:62:0.639175:36:26:10:25:36:26:10:25 chr12 57114100 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149534;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.45;QD=45.1041;RBI=0.0198385;REFB=0.0575113;REVB=-0.013037;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00044569;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:1:0:11:7:1:0 chr12 57114307 . A T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.215;QD=57.6775;RBI=0.0165881;REFB=0;REVB=0.0153207;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55047e-05;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr12 57133140 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0019;QD=52.6126;RBI=0.0217497;REFB=0;REVB=0.00405913;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069243;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr12 57137828 . T A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.958;QD=58.9622;RBI=0.0238888;REFB=0;REVB=0.0214812;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96825e-05;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr12 57255195 . T C 364.44 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0259478;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2599;QD=20.8252;RBI=0.0702326;REFB=-0.0138115;REVB=0.0652636;RO=31;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090124;STB=0.537449;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0160315;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:33:37:37:0.528571:14:23:16:15:14:23:18:15 chr12 57398084 . C T 59.73 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=6;FWDB=-0.0199066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.672;QD=3.51381;RBI=0.0428171;REFB=-0.000321244;REVB=-0.0379082;RO=57;SAF=10;SAR=1;SRF=51;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05002;STB=0.534285;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00179093;OID=.;OPOS=57398084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:1:10:51:6:1:10:51:6 chr12 57422936 . A G 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0289141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4779;QD=17.1669;RBI=0.0459533;REFB=-0.0619688;REVB=-0.0357167;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330097;STB=0.510825;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0557917;OID=.;OPOS=57422936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:29:29:0.47541:13:16:16:15:13:16:17:15 chr12 57489648 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0416958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.823;QD=11.1764;RBI=0.0776999;REFB=-0.0150509;REVB=-0.0655648;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506168;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0233044;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:28:28:0.345679:14:14:26:26:14:14:26:27 chr12 57539113 . G A 592.64 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00128875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.155;QD=27.2476;RBI=0.00730945;REFB=-0.0461296;REVB=-0.00719495;RO=34;SAF=22;SAR=31;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830679;STB=0.545277;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0328894;OID=.;OPOS=57539113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:31:22:18:16:31:22:18:16 chr12 57561300 . C T 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0452174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2013;QD=2.70744;RBI=0.0454674;REFB=-0.001406;REVB=-0.00476214;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100862;STB=0.573542;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0120366;OID=.;OPOS=57561300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:4:2:11:31:4:2:11:31 chr12 57566977 . A G 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0331219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.237;QD=7.58764;RBI=0.0524377;REFB=-0.0107298;REVB=-0.0406527;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932384;STB=0.556555;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0257101;OID=.;OPOS=57566977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:7:10:23:22:7:10:23:22 chr12 57585144 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.141;QD=52.6132;RBI=0.0350488;REFB=0;REVB=0.0282768;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.196e-05;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr12 57589784 . A C 351.11 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1919;QD=54.017;RBI=0.0987293;REFB=0;REVB=0.0621853;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00665685;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:15:8:0:0:15:11:0:0 chr12 57590869 . T C 2456.83 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.049;QD=61.4208;RBI=0.0178731;REFB=0;REVB=-0.0109253;RO=0;SAF=68;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48143e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:92:68:0:0:92:68:0:0 chr12 57593101 . G A 936.29 PASS AF=0.806818;AO=71;DP=87;FAO=71;FDP=88;FR=.;FRO=17;FSAF=62;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=-0.083598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3295;QD=42.5586;RBI=0.0850899;REFB=-0.0249619;REVB=-0.0158642;RO=10;SAF=62;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332154;STB=0.742775;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00294019;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:87:88:10:17:71:71:0.806818:9:62:0:10:9:62:0:17 chr12 57593720 . CCG CC,C 151.04 PASS AF=0,0.72;AO=3,10;DP=27;FAO=0,18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4;FSAR=0,14;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0875312,0.065219;FXX=0.107105;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.6144,30.4139;QD=24.1669;RBI=0.212186,0.273942;REFB=-0.069435,-0.100515;REVB=0.19329,0.266066;RO=5;SAF=0,0;SAR=3,10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0.352941,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794084,-0.840897;STB=0.5,0.69976;STBP=1,0.008;TYPE=del,del;VARB=0,0.048634;OID=.,.;OPOS=57593722,57593721;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.72:3,10:27:0,18:25:7:0,4:0,14:6:1:33:5:0,0:3,10:5:0 chr12 57637593 . G A 504.12 PASS AF=0.638889;AO=45;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0196911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.23;QD=28.0065;RBI=0.0263485;REFB=-0.0144344;REVB=0.0175073;RO=26;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591301;STB=0.53557;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0108787;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:45:46:0.638889:23:22:15:11:24:22:15:11 chr12 57649840 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0124513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.016;QD=10.8531;RBI=0.0134553;REFB=-0.0090697;REVB=0.00510005;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128624;STB=0.554164;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0165653;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:39:21:21:0.35:7:14:20:16:7:14:23:16 chr12 57848708 . C G 274.85 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00687094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3286;QD=39.2643;RBI=0.00758536;REFB=-0.0366649;REVB=0.0032137;RO=5;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091928;STB=0.549957;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00596604;OID=.;OPOS=57848708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:11:12:4:1:11:12:4:1 chr12 57859431 . G A 304.03 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0404582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0846;QD=19.9364;RBI=0.0539749;REFB=-0.0127338;REVB=-0.0357272;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578594;STB=0.555783;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0118747;OID=.;OPOS=57859431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:29:31:32:0.52459:10:21:22:8:11:21:22:7 chr12 57865321 . G A 195.0 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000598593;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.815;QD=24.3749;RBI=0.00894236;REFB=-0.0100586;REVB=-0.0089223;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109095;STB=0.568036;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00452017;OID=.;OPOS=57865321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:10:13:19:19:0.59375:9:10:7:3:9:10:9:4 chr12 57865821 . G C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.011248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.79;QD=17.8517;RBI=0.0112593;REFB=-0.00243068;REVB=0.000504921;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146064;STB=0.592838;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0018201;OID=.;OPOS=57865821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:40:36:36:0.473684:17:19:14:24:17:19:14:26 chr12 57869582 . T C 149.33 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0369461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6651;QD=16.5924;RBI=0.0383951;REFB=-0.0186911;REVB=-0.0104484;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288517;STB=0.646886;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0220673;OID=.;OPOS=57869582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:19:19:15:17:0.472222:5:10:7:12:6:11:7:12 chr12 57870155 . A C 562.24 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00132204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.011;QD=26.4582;RBI=0.012435;REFB=-0.0231776;REVB=-0.0123645;RO=33;SAF=34;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481933;STB=0.534469;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0248745;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:34:51:51:0.6:17:34:20:13:17:34:20:14 chr12 57871555 . A G 79.49 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955238;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9057;QD=39.7435;RBI=0.0958916;REFB=0;REVB=0.00839077;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100959;OID=.;OPOS=57871555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:6:2:0:0 chr12 57977003 . C T 224.84 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=4.49009e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.166;QD=19.9858;RBI=0.00327388;REFB=-0.00143846;REVB=0.00327357;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100462;STB=0.556453;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00208443;OID=.;OPOS=57977003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:7:16:13:9:7:16 chr12 57977040 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00630245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.71;QD=16.4168;RBI=0.0126101;REFB=-0.0298128;REVB=-0.0109221;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112138;STB=0.564268;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0374358;OID=.;OPOS=57977040;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:5:11:8:6:5:11 chr12 57994743 . T G 1954.83 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0426712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2351;QD=61.0884;RBI=0.0737408;REFB=-0.0609101;REVB=-0.0601405;RO=0;SAF=41;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50289;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000262931;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:0:1:127:127:0.992188:86:41:0:0:86:41:0:1 chr12 57995089 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000780037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.529;QD=57.1989;RBI=0.0589441;REFB=0;REVB=0.0589389;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174845;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr12 58002599 . C T 394.55 PASS AF=0.660714;AO=36;DP=55;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0505625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6908;QD=28.1821;RBI=0.0725197;REFB=-0.0589601;REVB=0.051986;RO=19;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166556;STB=0.504345;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0289027;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:19:19:36:37:0.660714:18:18:10:9:18:19:10:9 chr12 58010163 . A G 356.56 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00969436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.605;QD=19.2735;RBI=0.0382241;REFB=-0.0133506;REVB=-0.0369744;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757553;STB=0.542182;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0158418;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:14:23:20:17:14:23:20:17 chr12 58015494 . G A 254.75 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0131225;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3765;QD=17.5687;RBI=0.0434914;REFB=-0.0239066;REVB=0.0414645;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912398;STB=0.551086;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0318975;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:19:11:13:15:19:11 chr12 58017701 . T G 300.05 PASS AF=0.551724;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00626277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.803;QD=20.6932;RBI=0.0101159;REFB=-0.032732;REVB=-0.00794408;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19334;STB=0.624919;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0424343;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:25:26:30:32:0.551724:20:10:14:11:22:10:15:11 chr12 58019472 . T G 354.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2859;QD=54.555;RBI=0.0576569;REFB=0;REVB=0.0143284;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143323;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr12 58026001 . G A 76.37 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0291734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4426;QD=8.98442;RBI=0.0325491;REFB=-0.0395613;REVB=-0.0144346;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138861;STB=0.608495;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0970805;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:34:34:23:23:10:11:0.323529:6:4:12:11:7:4:12:11 chr12 58112042 . GGAGGAT G 160.77 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.00699992;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=6;MLLD=192.525;QD=9.5982;RBI=0.0103241;REFB=-0.0523557;REVB=0.00758875;RO=32;SAF=7;SAR=20;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140025;STB=0.569845;STBP=0.434;TYPE=del;VARB=0.0782303;OID=.;OPOS=58112043;OREF=GAGGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:27:65:27:67:40:7:20:7:33:99:32:7:20:5:27 chr12 58112189 . A G 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.078;QD=58.1339;RBI=0.036543;REFB=0;REVB=0.0123231;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110016;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr12 58119044 . TG T 41.71 PASS AF=0.361111;AO=15;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0637425;FXX=0.0270197;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.81841;QD=4.63442;RBI=0.182331;REFB=-0.115938;REVB=-0.170826;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105699;STB=0.618884;STBP=0.351;TYPE=del;VARB=0.12666;OID=.;OPOS=58119045;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:15:37:13:36:23:5:8:5:18:41:18:3:12:5:13 chr12 58126234 . C A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00588995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.83;QD=16.5778;RBI=0.0181312;REFB=-0.0212383;REVB=-0.0171479;RO=37;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210363;STB=0.624922;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0257367;OID=.;OPOS=58126234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:12:20:15:22:12:20:15:23 chr12 58143016 . T G 320.66 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00418246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.306;QD=13.7917;RBI=0.00432836;REFB=-0.0121064;REVB=0.00111433;RO=54;SAF=21;SAR=14;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123732;STB=0.513267;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0168103;OID=.;OPOS=58143016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:57:35:36:0.387097:14:21:33:21:14:22:36:21 chr12 58174306 . T C 557.06 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0174778;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.65;QD=27.509;RBI=0.0270598;REFB=0.00783643;REVB=0.0206582;RO=31;SAF=21;SAR=29;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952324;STB=0.551757;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00254389;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:31:31:50:50:0.617284:29:21:9:22:29:21:9:22 chr12 58176614 . T C 145.3 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0499796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.061;QD=16.6061;RBI=0.0501628;REFB=-0.0159594;REVB=0.00428375;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557722;STB=0.531876;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0183768;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:14:5:5:11:14:5 chr12 58177437 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0469077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1698;QD=20.8377;RBI=0.0525207;REFB=0.00922009;REVB=-0.0236241;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00396053;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:3:2:6:3:3:2 chr12 58204283 . T C 1243.24 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0753333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.273;QD=61.3948;RBI=0.0754015;REFB=0;REVB=0.00320644;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211783;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr12 58220823 . C T 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=0.0174197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.091;QD=3.23058;RBI=0.0264085;REFB=0.00093958;REVB=-0.0198486;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601584;STB=0.884935;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00931414;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:7:2:40:12:7:2:40:12 chr12 58220841 . C T 41.38 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00873907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.449;QD=2.66945;RBI=0.0088739;REFB=-0.0043674;REVB=-0.00154103;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510661;STB=0.844381;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0190992;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:51:54:8:8:0.129032:6:2:36:15:6:2:38:16 chr12 58220844 . C T 34.15 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.025672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8679;QD=2.20316;RBI=0.0473832;REFB=0.00127567;REVB=0.0398261;RO=55;SAF=2;SAR=5;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449836;STB=0.818929;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00203288;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:5:2:38:17:5:2:38:17 chr12 58335626 . A T 738.07 PASS AF=0.6;AO=68;DP=114;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00383577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.14;QD=25.6721;RBI=0.0149486;REFB=-0.0273721;REVB=0.0144481;RO=46;SAF=36;SAR=32;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592652;STB=0.534944;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0222999;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:46:46:68:69:0.6:32:36:28:18:33:36:28:18 chr12 58350631 . C T 555.1 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0097954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2751;QD=22.4284;RBI=0.0225273;REFB=-0.00442331;REVB=-0.0202862;RO=47;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135341;STB=0.57444;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00474041;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:25:27:17:30:25:27:17:30 chr12 59206383 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0237021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.274;QD=12.2126;RBI=0.0240599;REFB=-0.0302593;REVB=-0.00413388;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237304;STB=0.513997;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0313362;OID=.;OPOS=59206383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:14:8:5:8:14:8 chr12 59270333 . C T 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00335824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.456;QD=23.3696;RBI=0.00655559;REFB=0.0042178;REVB=-0.0056301;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335679;STB=0.507242;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00302816;OID=.;OPOS=59270333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:16:20:14:11:16:20:14:12 chr12 59279660 . A T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0165413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.332;QD=21.6125;RBI=0.0171476;REFB=-0.000592684;REVB=-0.00451925;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546921;STB=0.5307;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000116354;OID=.;OPOS=59279660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:10:13:15:9:10:13 chr12 60127590 . A T 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0116848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.013;QD=22.5829;RBI=0.0143536;REFB=-0.0156736;REVB=0.00833609;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102403;STB=0.557231;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0165888;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:13:11:15:11:13:11 chr12 60169112 . T G 617.91 PASS AF=0.62069;AO=27;DP=94;FAO=54;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00557718;FXX=0.0744602;HRUN=6;LEN=1;MLLD=102.603;QD=28.4097;RBI=0.00968775;REFB=-0.11951;REVB=-0.00792133;RO=14;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216076;STB=0.586366;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.090476;OID=.;OPOS=60169112;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:87:14:26:27:54:0.62069:23:4:0:14:25:29:7:19 chr12 62104219 . A C 306.54 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0664781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8781;QD=27.2479;RBI=0.0737171;REFB=-0.00992832;REVB=0.0318571;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806132;STB=0.544521;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00843096;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:12:15:8:10:12:15:8:10 chr12 62114671 . T C 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0204815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9236;QD=14.6964;RBI=0.0414463;REFB=-0.00106763;REVB=0.036032;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481099;STB=0.527834;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00211926;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:14:9:7:9:14:9 chr12 62864450 . TA T,TT 46.34 PASS AF=0.272727,0;AO=7,4;DP=45;FAO=12,0;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0304702,-0.0152612;FXX=0.0222173;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.0811,19.551;QD=4.21259;RBI=0.0769591,0.022286;REFB=-0.0594755,-0.0391732;REVB=-0.0706702,-0.0162408;RO=29;SAF=7,0;SAR=0,4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67532,-0.658353;STB=0.653572,0.5;STBP=0.257,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0664938,0.161486;OID=.,.;OPOS=62864451,62864451;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727,0:7,4:45:12,0:44:32:9,0:3,0:18:14:42:29:7,0:0,4:18:11 chr12 62943562 . C T 45.38 PASS AF=0.0909091;AO=13;DP=142;FAO=13;FDP=143;FR=.;FRO=130;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0120399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.712;QD=1.26946;RBI=0.0192177;REFB=-0.00225327;REVB=-0.0149787;RO=129;SAF=9;SAR=4;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262976;STB=0.706693;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0302416;OID=.;OPOS=62943562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:142:143:129:130:13:13:0.0909091:4:9:60:69:4:9:60:70 chr12 63083521 . G A 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0552018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.498;QD=13.1035;RBI=0.0563037;REFB=-0.00970181;REVB=-0.0110844;RO=52;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11768;STB=0.567442;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0128199;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:20:12:25:27:20:12:25:27 chr12 63359549 . ACTGCTG A,ACTG 267.93 PASS AF=0.428571,0.571429;AO=8,12;DP=23;FAO=9,12;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225331,0.00968718;FXX=0.0869187;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=168.004,86.4042;QD=51.0346;RBI=0.0228322,0.0989752;REFB=0,0;REVB=0.00368364,0.0985;RO=0;SAF=5,7;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0510366,0.0251081;OID=.,.;OPOS=63359550,63359550;OREF=CTGCTG,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=A,ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.428571,0.571429:8,12:23:9,12:21:0:6,7:3,5:0:0:65:0:5,7:3,5:0:0 chr12 63544209 . A G 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0828522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3751;QD=20.8439;RBI=0.0828612;REFB=-0.0172612;REVB=-0.00122128;RO=47;SAF=27;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191531;STB=0.500524;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0178582;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:47:49:55:55:0.528846:28:27:22:25:28:27:24:25 chr12 63954300 . C T 817.55 PASS AF=0.6;AO=75;DP=125;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00140331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.805;QD=26.1617;RBI=0.0127203;REFB=-0.0177503;REVB=-0.0126427;RO=50;SAF=33;SAR=42;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885863;STB=0.548126;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0149906;OID=.;OPOS=63954300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:50:50:75:75:0.6:42:33:28:22:42:33:28:22 chr12 63954304 . T C 810.91 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=130;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00846261;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.039;QD=25.1446;RBI=0.0330292;REFB=-0.0134878;REVB=-0.0319266;RO=54;SAF=32;SAR=43;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113681;STB=0.5619;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0134354;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:54:54:75:75:0.581395:43:32:31:23:43:32:31:23 chr12 64062023 . A C 329.97 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0095199;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.972;QD=18.0806;RBI=0.0095457;REFB=-0.00664991;REVB=-0.000701324;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114597;STB=0.563651;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00677883;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:38:35:35:0.479452:23:12:9:29:23:12:9:29 chr12 64062052 . G A 278.83 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0233118;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.544;QD=16.1641;RBI=0.0235259;REFB=-0.0183067;REVB=0.0031666;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423231;STB=0.523794;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0196994;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:38:31:31:0.449275:20:11:12:26:20:11:12:26 chr12 64062065 . T C 297.8 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0266041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.833;QD=15.8827;RBI=0.0441718;REFB=-0.00463489;REVB=-0.0352615;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019877;STB=0.511197;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00984301;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:17:25:19:14:17:25 chr12 64173807 . G A 450.07 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.0139191;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.82;QD=15.792;RBI=0.0260676;REFB=-0.0503322;REVB=0.0220403;RO=62;SAF=27;SAR=23;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189496;STB=0.602617;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0648619;OID=.;OPOS=64173807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:62:64:50:50:0.438596:23:27:45:17:23:27:46:18 chr12 64472803 . A T 1465.96 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00537955;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3144;QD=58.6382;RBI=0.0146515;REFB=-0.112882;REVB=0.0136282;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.504761;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00191193;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:0:1:99:99:0.99:52:47:0:0:52:47:0:1 chr12 64485153 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0031301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.314;QD=23.0882;RBI=0.00987999;REFB=-0.0287884;REVB=-0.00937105;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169473;STB=0.59451;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0215878;OID=.;OPOS=64485153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:6:12:10:12:6:12 chr12 64519806 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.06;QD=63.4762;RBI=0.0152973;REFB=0;REVB=0.00974305;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5009e-05;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr12 64587633 . C A 520.15 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.77;QD=59.4457;RBI=0.0143965;REFB=0;REVB=0.00471017;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32781e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr12 64609499 . G T 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00589282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.649;QD=16.041;RBI=0.0277162;REFB=-0.0217339;REVB=-0.0270825;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1937;STB=0.610996;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0270308;OID=.;OPOS=64609499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:16:10:11:8:16:10 chr12 64609562 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.269;QD=57;RBI=0.0393769;REFB=0;REVB=0.0102488;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131107;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr12 64669090 . C A 1286.62 PASS AF=0.557078;AO=122;DP=220;FAO=122;FDP=219;FR=.;FRO=97;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0489567;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0551;QD=23.5;RBI=0.0774753;REFB=0.0286963;REVB=-0.0600472;RO=97;SAF=70;SAR=52;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056195;STB=0.503058;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0227356;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:97:97:122:122:0.557078:52:70:55:42:52:70:55:42 chr12 64671466 . G A 865.22 PASS AF=0.473404;AO=88;DP=187;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=-0.030377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.732;QD=18.409;RBI=0.0455851;REFB=-0.0457647;REVB=0.0339888;RO=96;SAF=42;SAR=46;SRF=62;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158674;STB=0.590846;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.033529;OID=.;OPOS=64671466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:96:99:88:89:0.473404:46:42:62:34:46:43:65:34 chr12 64712511 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.822;QD=60.6102;RBI=0.0315819;REFB=0;REVB=-0.0198562;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33727e-06;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr12 64749600 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0203668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.839;QD=19.4667;RBI=0.020368;REFB=-0.00264246;REVB=-0.000219169;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139823;STB=0.579324;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00305256;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:13:11:7:15:13:11 chr12 64838922 . G T 338.94 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.286;QD=54.2299;RBI=0.0525587;REFB=0;REVB=-0.00856056;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8232e-05;OID=.;OPOS=64838922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:23:0:0:0:24:1:0:0 chr12 64875787 . T A 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.285;QD=63.2823;RBI=0.0186166;REFB=0;REVB=0.0114109;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22945e-05;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr12 64895830 . GTA G 469.22 PASS AF=1;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101946;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=333.577;QD=58.6519;RBI=0.0285982;REFB=0;REVB=-0.0267194;RO=0;SAF=30;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.81759e-05;OID=.;OPOS=64895831;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:33:32:32:0:30:2:0:0:4:0:30:0:0:0 chr12 65108160 . G C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.943;QD=60.2045;RBI=0.0108318;REFB=0;REVB=0.00887475;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64677e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr12 65146532 . C T 153.52 PASS AF=0.237624;AO=22;DP=100;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0261036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.651;QD=6.08018;RBI=0.0297614;REFB=-0.00541547;REVB=-0.0142947;RO=77;SAF=10;SAR=12;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081307;STB=0.514839;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0331716;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:77:77:22:24:0.237624:12:10:40:37:12:12:40:37 chr12 65150485 . C T 213.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0548462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6687;QD=12.7384;RBI=0.0701311;REFB=-0.0219387;REVB=0.0437065;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182367;STB=0.6049;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0347019;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:20:21:9:17:20:21 chr12 65154730 . C G 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00917183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.848;QD=11.3237;RBI=0.0157448;REFB=0.0108274;REVB=-0.0127975;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105424;STB=0.506117;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0191968;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:12:11:20:21:12:11:20:21 chr12 65514266 . T C 1116.61 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.919;QD=60.3576;RBI=0.0882058;REFB=0;REVB=0.0411915;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829756;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr12 65641985 . C T 406.38 PASS AF=0.333333;AO=50;DP=150;FAO=50;FDP=150;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0349491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9055;QD=10.8368;RBI=0.0473266;REFB=-0.00288732;REVB=-0.0319119;RO=99;SAF=30;SAR=20;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11105;STB=0.560951;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00592867;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:99:100:50:50:0.333333:20:30:50:49:20:30:51:49 chr12 66358347 . C T 1116.59 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5455;QD=60.3564;RBI=0.0122772;REFB=0;REVB=0.00635699;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65106e-05;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:34:40:0:0 chr12 66359752 . C A 801.59 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.837;QD=57.2566;RBI=0.0218913;REFB=0;REVB=0.00965189;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89152e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr12 66532493 . A G 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0201373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.531;QD=9.26198;RBI=0.0304001;REFB=-0.0204629;REVB=0.022774;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204415;STB=0.512181;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0347535;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:10:7:15:23:10:7:15:23 chr12 66546100 . A G 95.15 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00303254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.1;QD=11.1945;RBI=0.0199258;REFB=-0.00780896;REVB=-0.0196937;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198826;STB=0.617462;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00756756;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:7:15:6:6:7:15 chr12 66562977 . T C 527.39 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00690567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0395;QD=32.9618;RBI=0.0207376;REFB=0.00957744;REVB=0.0195541;RO=18;SAF=25;SAR=21;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804623;STB=0.543459;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00204078;OID=.;OPOS=66562977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:18:46:46:0.71875:21:25:7:11:21:25:7:11 chr12 66605228 . A G 385.32 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00772941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.053;QD=28.542;RBI=0.0525055;REFB=-0.054051;REVB=-0.0519334;RO=18;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509501;STB=0.527762;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0248804;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:19:17:10:8:19:17:10:8 chr12 66686545 . T G 367.81 PASS AF=0.542857;AO=39;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00757976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3227;QD=21.0176;RBI=0.0644009;REFB=-0.0182796;REVB=-0.0639533;RO=30;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299738;STB=0.5315;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0358506;OID=.;OPOS=66686545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:32:39:38:0.542857:13:26:21:9:13:25:23:9 chr12 66696410 . C T 320.18 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.00203546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.093;QD=11.538;RBI=0.0338386;REFB=0.00243432;REVB=-0.0337773;RO=71;SAF=25;SAR=15;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228818;STB=0.51312;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00361771;OID=.;OPOS=66696410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:71:71:40:40:0.36036:15:25:43:28:15:25:43:28 chr12 66698895 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0621081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.706;QD=43.486;RBI=0.0624123;REFB=0;REVB=0.00615475;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000587199;OID=.;OPOS=66698895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 66700273 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.017513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.395;QD=16.8835;RBI=0.0177199;REFB=-0.0107853;REVB=-0.00269993;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338505;STB=0.693625;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0189386;OID=.;OPOS=66700273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:12:5:10:5:12:5 chr12 66703917 . T C 49.68 PASS AF=0.135135;AO=9;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0118318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.729;QD=2.68562;RBI=0.0240618;REFB=-0.00587063;REVB=-0.0209519;RO=63;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114313;STB=0.612679;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0421402;OID=.;OPOS=66703917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:63:64:9:10:0.135135:4:5:29:34:4:6:30:34 chr12 66717784 . T A 626.19 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00556136;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.557;QD=23.4088;RBI=0.00556259;REFB=-0.0142587;REVB=-0.000116998;RO=44;SAF=30;SAR=31;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811586;STB=0.543264;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00877051;OID=.;OPOS=66717784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:44:46:61:61:0.570093:31:30:17:27:31:30:18:28 chr12 66717910 . G T 631.0 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00973503;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6805;QD=26.2916;RBI=0.0199242;REFB=-0.00480142;REVB=-0.017384;RO=37;SAF=30;SAR=26;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557077;STB=0.525326;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00257783;OID=.;OPOS=66717910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:37:40:56:56:0.583333:26:30:17:20:26:30:19:21 chr12 66786091 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=17;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.665;QD=57.2022;RBI=0.0380169;REFB=0;REVB=0.0215143;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464078;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:17:30:1:11:6:0:0:11:19:0:0 chr12 67706466 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0310463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8545;QD=24.1058;RBI=0.0535141;REFB=0.00213119;REVB=-0.0435877;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273842;STB=0.651048;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00561718;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:16:3:12:12:16:3 chr12 68045403 . G A 1205.19 PASS AF=0.589189;AO=107;DP=182;FAO=109;FDP=185;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=79;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0180373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.229;QD=26.0582;RBI=0.0180379;REFB=-0.0015014;REVB=-0.000143288;RO=75;SAF=28;SAR=79;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115092;STB=0.552176;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00106664;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:75:76:107:109:0.589189:79:28:29:46:79:30:29:47 chr12 68052178 . G T 540.1 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0106227;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.257;QD=51.4377;RBI=0.0339326;REFB=-0.0601777;REVB=0.032227;RO=3;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757762;STB=0.552604;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000935697;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:3:4:38:38:0.904762:17:21:0:3:17:21:0:4 chr12 68595787 . A G 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0102981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.655;QD=18.7751;RBI=0.0147184;REFB=-0.016148;REVB=-0.0105156;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170582;STB=0.595515;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0143333;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:11:15:10:16:11:15:10:16 chr12 68708761 . C T 307.43 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=6;FWDB=-0.00820759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.418;QD=13.2228;RBI=0.0264526;REFB=-0.0176963;REVB=0.0251471;RO=58;SAF=27;SAR=8;SRF=52;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224813;STB=0.625683;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0394075;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:8:27:52:6:8:27:52:6 chr12 68720627 . G A 430.64 PASS AF=0.344595;AO=50;DP=149;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0109301;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.258;QD=11.6389;RBI=0.0141154;REFB=-0.0177902;REVB=0.00893187;RO=95;SAF=26;SAR=24;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528238;STB=0.51655;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0324457;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:95:97:50:51:0.344595:24:26:45:50:25:26:47:50 chr12 68724951 . G T 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00775825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.669;QD=13.95;RBI=0.0121789;REFB=-0.0115567;REVB=-0.009388;RO=50;SAF=12;SAR=21;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288345;STB=0.663696;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0182028;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:21:12:32:18:21:12:32:18 chr12 69082805 . G A 216.67 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0306857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7468;QD=13.3333;RBI=0.039765;REFB=0.0227248;REVB=0.0252912;RO=39;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435581;STB=0.748365;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0215501;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:7:19:12:27:7:19:12:27 chr12 69115698 . G A 429.71 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0514539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8605;QD=16.2156;RBI=0.0655988;REFB=-0.00960799;REVB=-0.0406903;RO=57;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100036;STB=0.550999;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0110678;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:57:58:48:48:0.45283:22:26:25:32:22:26:26:32 chr12 69186904 . G A 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0174021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.658;QD=25.2544;RBI=0.0291888;REFB=-0.0178261;REVB=0.0234341;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152457;STB=0.585268;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0134263;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:12:6:6:5:12:6:6:5 chr12 69187427 . T A,G 491.25 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213176,0.0252953;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.456,189.093;QD=57.7945;RBI=0.0521159,0.0380082;REFB=0,0;REVB=-0.0475565,-0.0283686;RO=0;SAF=15,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000187585,0.144083;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:17,2:15,0:0:0:17,2:15,0:0:0 chr12 69187585 . G GA 615.11 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176919;FXX=0.0192271;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.536;QD=48.2435;RBI=0.0177612;REFB=0;REVB=0.00156787;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226552;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.71912e-05;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:53:51:51:0:28:23:0:0:11:2:26:23:1:1 chr12 69265578 . A G 331.08 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.000352753;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.587;QD=15.7655;RBI=0.0152923;REFB=-0.018987;REVB=-0.0152882;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885059;STB=0.549766;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.030747;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:48:36:36:0.428571:15:21:32:16:15:21:32:16 chr12 69645864 . A G 324.63 PASS AF=1;AO=9;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508981;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.827;QD=54.1042;RBI=0.0543059;REFB=0;REVB=0.0189343;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169146;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:9:24:1:7:2:0:0:12:12:0:0 chr12 69646914 . G A 83.31 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0287815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.242;QD=10.0983;RBI=0.0345784;REFB=-0.000319677;REVB=0.0191647;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510108;STB=0.808416;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000492224;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:9:2:14:8:9:2:14:8 chr12 69794856 . G A 633.32 PASS AF=0.894737;AO=50;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.055907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3743;QD=44.4435;RBI=0.055911;REFB=-0.0293381;REVB=-0.000668885;RO=5;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580711;STB=0.522813;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0191484;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:57:57:5:6:50:51:0.894737:23:27:1:4:23:28:2:4 chr12 69964108 . T A 46.68 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0215216;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.9378;QD=2.87258;RBI=0.0515503;REFB=0.00347163;REVB=0.0468428;RO=55;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235984;STB=0.659437;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0144197;OID=.;OPOS=69964108;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:9:9:0.138462:3:6:26:29:3:6:27:29 chr12 69972381 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8112;QD=55.0975;RBI=0.0208116;REFB=0;REVB=-0.0200035;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336936;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr12 69986788 . A G 1062.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.321;QD=59.8373;RBI=0.0211034;REFB=0;REVB=0.0210725;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37443e-05;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr12 70037520 . G A 2146.91 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00119915;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.743;QD=62.2292;RBI=0.0142753;REFB=-0.0917581;REVB=-0.0142248;RO=1;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725792;STB=0.503816;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-9.08572e-06;OID=.;OPOS=70037520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:1:1:137:137:0.992754:65:72:0:1:65:72:0:1 chr12 70091432 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.586;QD=57;RBI=0.0591595;REFB=0;REVB=0.0521843;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188686;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr12 70209474 . AAAAA ACAAA,CAAAA,CAAAC 665.74 PASS AF=0.954545,0,0.0454545;AO=13,2,2;DP=44;FAO=42,0,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0,2;FSAR=20,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488046,0.003915,0.00370427;FXX=0;HRUN=14,14,14;LEN=1,1,5;MLLD=260.115,235.14,232.42;QD=60.5219;RBI=0.00581647,0.00507876,0.00479553;REFB=0,0,0;REVB=-0.00316425,-0.00323521,-0.00304556;RO=0;SAF=5,1,2;SAR=8,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.60098e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.000415793,-0.0126404,0.0212178;OID=.,.,.;OPOS=70209475,70209474,70209474;OREF=A,A,AAAAA;OALT=C,C,CAAAC;OMAPALT=ACAAA,CAAAA,CAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:7:44:44:0:0:13,2,2:42,0,2:0.954545,0,0.0454545:8,1,0:5,1,2:0:0:20,0,0:22,0,2:0:0 chr12 70321450 . C T 317.79 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.5;QD=52.9648;RBI=0.0124611;REFB=0;REVB=0.00410447;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40292e-05;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:10:12:0:0:12:12:0:0 chr12 70330087 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00658934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.729;QD=21.7465;RBI=0.00934254;REFB=-0.00447658;REVB=-0.00662296;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537294;STB=0.538428;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00300419;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:7:15:14:5:7:15:15:5 chr12 70352297 . C T 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00701363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2529;QD=3.83337;RBI=0.0368858;REFB=-0.00230136;REVB=-0.0362129;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849127;STB=0.558458;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0106647;OID=.;OPOS=70352297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:3:4:23:13:3:4:23:13 chr12 70760520 . G T 336.21 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00251682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5752;QD=19.4906;RBI=0.0994228;REFB=-0.000264532;REVB=0.0993909;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241257;STB=0.612185;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0021495;OID=.;OPOS=70760520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:34:35:35:0.507246:16:19:26:6:16:19:26:8 chr12 70837621 . G A 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00707616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.078;QD=11.8802;RBI=0.0112279;REFB=-0.002927;REVB=-0.00871743;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112207;STB=0.566575;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.004098;OID=.;OPOS=70837621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:16:12:5:10:16:12 chr12 70912510 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.471;QD=58.4183;RBI=0.0256456;REFB=0;REVB=0.0214752;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10978e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr12 70928616 . G A 339.96 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0360143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.442;QD=29.5618;RBI=0.0386039;REFB=-0.0260605;REVB=0.0139008;RO=17;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390381;STB=0.521457;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0138585;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:12:17:9:8:12:17:9:8 chr12 70928724 . A G 483.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.511;QD=58.6294;RBI=0.022465;REFB=0;REVB=0.00686865;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02462e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr12 70953277 . T C 659.81 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00536325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.277;QD=19.9942;RBI=0.0258599;REFB=-0.00969492;REVB=0.0252977;RO=65;SAF=33;SAR=33;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346219;STB=0.52272;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.011881;OID=.;OPOS=70953277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:66:66:66:0.5:33:33:35:30:33:33:36:30 chr12 70963619 . G A 434.15 PASS AF=0.478261;AO=42;DP=89;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0520444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.512;QD=18.8759;RBI=0.0537134;REFB=-0.0270978;REVB=0.0132859;RO=47;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00769458;STB=0.501991;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0216564;OID=.;OPOS=70963619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:47:48:42:44:0.478261:20:22:25:22:20:24:26:22 chr12 70965764 . G A 288.81 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0311311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.228;QD=16.271;RBI=0.0323584;REFB=0.0104394;REVB=0.00882741;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125084;STB=0.507038;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0154962;OID=.;OPOS=70965764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:20:19:16:16:20:19 chr12 70990054 . T C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00733032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.975;QD=9.5899;RBI=0.0191114;REFB=-0.00170219;REVB=-0.0176497;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751011;STB=0.535261;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00493952;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:8:5:13:16:8:5:13:17 chr12 71002865 . T A 1457.41 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00349352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.869;QD=62.0175;RBI=0.0192694;REFB=-0.0488175;REVB=0.01895;RO=0;SAF=63;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52795e-08;STB=0.508195;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000340248;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:30:63:0:0:30:63:0:1 chr12 71002893 . C T 1608.12 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5242;QD=59.0137;RBI=0.0276719;REFB=0.0787507;REVB=-0.0120841;RO=1;SAF=68;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692987;STB=0.503649;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000221072;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:40:68:1:0:40:68:1:0 chr12 71003524 . CTT C,CCT 224.25 PASS AF=0.380282,0.0140845;AO=23,3;DP=71;FAO=27,1;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12,0;FSAR=15,1;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00497662,-0.0548128;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=305.846,38.164;QD=12.634;RBI=0.00930692,0.0598125;REFB=-0.0107381,0.0113743;REVB=-0.0078646,-0.0239392;RO=43;SAF=10,1;SAR=13,2;SRF=14;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127328,0.00837886;STB=0.57511,0.986704;STBP=0.348,0.506;TYPE=del,snp;VARB=0.0159325,0.137332;OID=.,.;OPOS=71003525,71003525;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380282,0.0140845:23,3:71:27,1:71:43:12,0:15,1:14:29:99:43:10,1:13,2:14:29 chr12 71029733 . C T 354.33 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0101465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8415;QD=21.4746;RBI=0.0154127;REFB=-0.00877639;REVB=-0.0116017;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148025;STB=0.581865;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00707113;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:14:22:13:17:14:22:13:17 chr12 71054946 . C A 347.8 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0515384;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0746;QD=16.3672;RBI=0.0551927;REFB=-0.0205275;REVB=-0.0197491;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161556;STB=0.584765;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0198028;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:16:21:19:28:16:21:20:28 chr12 71139664 . T C 1553.3 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.316;QD=63.3999;RBI=0.051139;REFB=0;REVB=0.0502732;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136824;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:45:52:0:0:46:52:0:0 chr12 71509652 . T A 556.28 PASS AF=0.393939;AO=64;DP=163;FAO=65;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.000836676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2417;QD=13.4854;RBI=0.0360602;REFB=-0.0126064;REVB=-0.0360505;RO=98;SAF=24;SAR=40;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104623;STB=0.547191;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0120147;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:98:100:64:65:0.393939:40:24:46:52:40:25:46:54 chr12 71519096 . G C 141.04 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0207253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.76;QD=7.94586;RBI=0.0234605;REFB=-0.0130907;REVB=-0.0109936;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225929;STB=0.630495;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0316921;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:51:20:20:0.28169:14:6:24:26:14:6:24:27 chr12 71519173 . G A 414.75 PASS AF=0.690909;AO=37;DP=53;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.037105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.589;QD=30.164;RBI=0.037134;REFB=-0.0428169;REVB=-0.00146724;RO=16;SAF=16;SAR=21;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105068;STB=0.57443;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0136713;OID=.;OPOS=71519173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:16:17:37:38:0.690909:21:16:4:12:20:18:4:13 chr12 71523134 . A C 53.35 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0251904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.379;QD=7.62175;RBI=0.0264426;REFB=-1.66644e-05;REVB=0.00804062;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000395791;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:9:11:4:4:9:11 chr12 71523199 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAC 120.11 PASS AF=0.214286,0,0.714286;AO=3,2,2;DP=15;FAO=3,0,10;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2,0,1;FSAR=1,0,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0827561,-3.29139e-05,0.021558;FXX=0.0666222;HRUN=12,1,12;LEN=2,1,1;MLLD=6.35072,220.792,221.9;QD=34.3182;RBI=0.094903,0.0332928,0.0392238;REFB=-0.33597,-0.0582799,-0.0629607;REVB=-0.0464543,0.0332927,0.0327682;RO=0;SAF=2,1,0;SAR=1,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.665547,0.5,0.526264;STBP=0.558,1,0.652;TYPE=del,ins,snp;VARB=-0.0297082,0.0029848,0.00821848;OID=.,.,.;OPOS=71523200,71523210,71523209;OREF=AA,-,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.214286,0,0.714286:3,2,2:15:3,0,10:14:1:2,0,1:1,0,9:0:1:17:0:2,1,0:1,1,2:0:0 chr12 71533494 . C T 606.74 PASS AF=0.6;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0172054;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.183;QD=26.9662;RBI=0.0299579;REFB=-0.0145327;REVB=0.0245245;RO=36;SAF=26;SAR=27;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699291;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105462;OID=.;OPOS=71533494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:36:36:53:54:0.6:27:26:18:18:27:27:18:18 chr12 71533534 . C G 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00500415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.188;QD=15.2244;RBI=0.00542951;REFB=-0.00222075;REVB=-0.00210665;RO=52;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591137;STB=0.503342;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.002659;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:19:18:25:27:19:18:25:27 chr12 71533581 . G A 362.97 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0207657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.326;QD=21.6697;RBI=0.021251;REFB=0.00415994;REVB=0.00451559;RO=30;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173569;STB=0.584368;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00557296;OID=.;OPOS=71533581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:25:11:15:15:25:12:15:15 chr12 71960208 . G A 909.82 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112315;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.19;QD=58.6982;RBI=0.0138277;REFB=0;REVB=-0.00806582;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143545;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 72018028 . A G 423.69 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.100926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7344;QD=16.7799;RBI=0.106865;REFB=-0.045142;REVB=0.0351292;RO=55;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233218;STB=0.51303;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0595593;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:27:19:24:31:27:19:24:31 chr12 72071045 . A G 934.03 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00748217;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.725;QD=56.6076;RBI=0.00748725;REFB=0.141461;REVB=-0.000275684;RO=1;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192711;STB=0.509801;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000174806;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:64:65:0.984848:24:40:0:1:25:40:0:1 chr12 72179614 . A T 167.32 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0321071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.011;QD=23.0784;RBI=0.0365566;REFB=-0.012219;REVB=0.0174791;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00894657;OID=.;OPOS=72179614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:6:6:9:8:6:6 chr12 72307616 . A G 152.24 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0222796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8351;QD=20.9983;RBI=0.0486469;REFB=0.0204936;REVB=-0.0432451;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106458;STB=0.559927;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.01961;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:4:9:9:7:4:9 chr12 72372862 . A G 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0381476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.289;QD=9.59991;RBI=0.038367;REFB=-0.010573;REVB=-0.00409725;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945958;STB=0.563803;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0241986;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:37:17:17:0.314815:9:8:14:22:9:8:14:23 chr12 72416235 . A T 398.36 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00226067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.214;QD=13.0611;RBI=0.00539472;REFB=-0.00600525;REVB=0.0048982;RO=75;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246078;STB=0.513961;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.010527;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:75:47:47:0.385246:24:23:35:40:24:23:35:40 chr12 73058186 . G A 608.62 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.01668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.858;QD=17.9006;RBI=0.0168272;REFB=-0.00852175;REVB=0.00222083;RO=73;SAF=27;SAR=36;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364467;STB=0.520249;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0107752;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:63:63:0.463235:36:27:34:39:36:27:34:39 chr12 74851233 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.681;QD=43.4856;RBI=0.0227165;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029709;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr12 74932159 . G C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.354;QD=60.8828;RBI=0.0340406;REFB=0;REVB=0.0323403;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32212e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr12 74932327 . C T 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00100896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.435;QD=41.6803;RBI=0.0040986;REFB=0.000823877;REVB=0.00397247;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.555494;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-7.18436e-05;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:0:2:8:10:0:2 chr12 74932565 . T C 808.58 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0176809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.474;QD=53.9052;RBI=0.0177384;REFB=0.0251332;REVB=0.00142721;RO=2;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004415;STB=0.502341;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0070432;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:33:25:1:1:33:25:1:1 chr12 74933166 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.92;QD=60.8827;RBI=0.0284007;REFB=0;REVB=0.0275925;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98836e-05;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:41:36:0:0 chr12 74934634 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.009;QD=63.2852;RBI=0.0380558;REFB=0;REVB=0.0261402;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114316;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr12 74934637 . T C 692.02 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.63;QD=60.1759;RBI=0.0206347;REFB=0;REVB=-0.00498984;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495798;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:21:22:0:0:21:25:0:0 chr12 74934909 . AGTGTGTGTGTGTGTGTA AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG 333.3 PASS AF=0.88,0.12;AO=17,5;DP=30;FAO=22,3;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255821,0.0865843;FXX=0.137883;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=193.496,107.785;QD=53.3284;RBI=0.0528274,0.100412;REFB=0,0;REVB=0.0527655,-0.0508503;RO=0;SAF=4,1;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00518241,0.0507817;OID=.,.;OPOS=74934910,74934918;OREF=GTGTGTGT,GTGTGTGTA;OALT=-,ATGTGTGTG;OMAPALT=AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.88,0.12:17,5:30:22,3:25:0:7,1:15,2:0:0:16:0:4,1:13,4:0:0 chr12 75715330 . C A 433.68 PASS AF=0.42735;AO=42;DP=110;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0166058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.842;QD=14.8266;RBI=0.0211823;REFB=-0.0157016;REVB=-0.0131506;RO=66;SAF=15;SAR=27;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764752;STB=0.504165;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0219513;OID=.;OPOS=75715330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:117:66:67:42:50:0.42735:27:15:28:38:28:22:29:38 chr12 75893388 . T A 447.9 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0163309;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.944;QD=20.8327;RBI=0.020785;REFB=-0.0433042;REVB=-0.0128576;RO=41;SAF=28;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912589;STB=0.545636;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0298306;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:42:44:44:0.511628:16:28:22:19:16:28:23:19 chr12 75893404 . C A 456.93 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0451905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.439;QD=23.1357;RBI=0.045588;REFB=-0.0174965;REVB=-0.00600675;RO=35;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131613;STB=0.572389;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0317374;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:18:26:15:20:18:26:15:20 chr12 75902186 . T C 524.1 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00434067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.663;QD=21.3918;RBI=0.0145334;REFB=-0.010862;REVB=0.01387;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100226;STB=0.560188;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00893441;OID=.;OPOS=75902186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:48:50:50:0.510204:27:23:27:20:27:23:28:20 chr12 76351726 . C G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0335997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3964;QD=12.0205;RBI=0.0449217;REFB=-0.00762219;REVB=0.0298165;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108647;STB=0.564012;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0125852;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:15:10:7:7:15:10 chr12 76424937 . TTGC CTGT,T 206.3 PASS AF=0,0.851852;AO=2,16;DP=18;FAO=0,23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=0,10;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0849696,0.110167;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=222.557,173.196;QD=30.5624;RBI=0.0911963,0.114224;REFB=-0.0387489,-0.0816762;REVB=0.0331201,0.0301697;RO=0;SAF=0,5;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.36667e-08;STB=0.5,0.528029;STBP=1,0.478;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0199741;OID=.,.;OPOS=76424937,76424938;OREF=TTGC,TGC;OALT=CTGT,-;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:18:27:0:4:2,16:0,23:0,0.851852:2,11:0,5:0:0:0,13:0,10:1:3 chr12 76425476 . G A 996.19 PASS AF=0.609589;AO=76;DP=146;FAO=89;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0210927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.3857;QD=27.2928;RBI=0.127384;REFB=-0.0115741;REVB=0.125626;RO=46;SAF=42;SAR=34;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821397;STB=0.526148;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00804214;OID=.;OPOS=76425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:46:57:76:89:0.609589:34:42:20:26:44:45:25:32 chr12 76426110 . GGA G 147.6 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0038186;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=238.181;QD=11.3536;RBI=0.017821;REFB=-0.0288227;REVB=-0.0174071;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20775;STB=0.602561;STBP=0.21;TYPE=del;VARB=0.03965;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:23:48:23:52:29:10:13:18:11:99:24:10:13:16:8 chr12 76427103 . GAC G 539.31 PASS AF=0.636364;AO=44;DP=76;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00701363;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.059;QD=28.0162;RBI=0.0092859;REFB=0.00107761;REVB=-0.0060858;RO=28;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158455;STB=0.582905;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=-0.000295837;OID=.;OPOS=76427104;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:44:76:49:77:28:22:27:19:9:99:28:20:24:19:9 chr12 76427547 . C CTTAAT 109.88 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271394;FXX=0.166528;HRUN=2;LEN=5;MLLD=254.266;QD=43.9505;RBI=0.0209321;REFB=0;REVB=0.0207554;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000153476;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:15:10:10:0:7:3:0:0:3:4:6:3:4:0 chr12 76449900 . T C 722.87 PASS AF=0.916667;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0144971;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.7054;QD=48.1914;RBI=0.0571922;REFB=-0.0230279;REVB=-0.0553244;RO=4;SAF=24;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728765;STB=0.504586;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00454245;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:58:60:4:5:54:55:0.916667:30:24:2:2:30:25:2:3 chr12 76453966 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.952;QD=64.4152;RBI=0.0183434;REFB=0;REVB=-0.0180994;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113335;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr12 76709606 . T C 432.29 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00778331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.432;QD=28.8195;RBI=0.0288915;REFB=-0.00688354;REVB=0.0278233;RO=19;SAF=14;SAR=26;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110452;STB=0.553164;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00350298;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:20:40:40:0.666667:26:14:10:9:26:14:10:10 chr12 76709610 . T C 445.76 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.022437;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.759;QD=28.7586;RBI=0.0224962;REFB=-0.0391973;REVB=-0.00163154;RO=21;SAF=14;SAR=27;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090165;STB=0.549128;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.011851;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:21:21:41:41:0.66129:27:14:10:11:27:14:10:11 chr12 77256681 . T G 256.71 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0100451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5689;QD=23.337;RBI=0.0423079;REFB=0.00142477;REVB=0.0410981;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105204;STB=0.558774;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.000403277;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:10:10:9:15:10:10 chr12 77449790 . A G 1448.21 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00332139;FXX=0.0312467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.529;QD=62.2887;RBI=0.00518029;REFB=0.0279839;REVB=0.00397539;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.505049;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-1.33152e-06;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:93:1:1:92:92:0.989247:43:49:1:0:43:49:1:0 chr12 78225374 . A G 1044.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2288;QD=59.6667;RBI=0.050237;REFB=0;REVB=-0.026677;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54589e-05;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr12 78530979 . G A 397.78 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027112;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.86;QD=56.8257;RBI=0.0294806;REFB=0;REVB=-0.0115777;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237143;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr12 78542699 . T C 361.55 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634844;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.293;QD=55.6228;RBI=0.0667657;REFB=0;REVB=0.0206735;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288277;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr12 78562618 . A G 544.62 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0105687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.618;QD=18.6196;RBI=0.0138259;REFB=-0.0215567;REVB=-0.00891396;RO=60;SAF=26;SAR=31;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981302;STB=0.505433;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0235747;OID=.;OPOS=78562618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:31:26:28:32:31:26:28:32 chr12 78598891 . G A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00961379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.545;QD=16.6181;RBI=0.0143454;REFB=-0.0284389;REVB=-0.0106473;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471314;STB=0.526779;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0323379;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:15:8:11:17:15:8:11:17 chr12 78605521 . G GT,GTT 31.79 PASS AF=0.0888889,0.177778;AO=7,8;DP=47;FAO=4,8;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=2,1;FSAR=2,7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.276136,0.151432;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.15031,12.5314;QD=2.82549;RBI=0.329832,0.176901;REFB=-0.0363575,-0.0193627;REVB=-0.180382,-0.0914454;RO=27;SAF=2,1;SAR=5,7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0397335,-0.258158;STB=0.674908,0.718966;STBP=0.525,0.275;TYPE=ins,ins;VARB=-0.211083,0.0550288;OID=.,.;OPOS=78605522,78605522;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0888889,0.177778:7,8:47:4,8:45:33:2,1:2,7:10:23:18:27:2,1:5,7:7:20 chr12 79685913 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.438;QD=56.7063;RBI=0.0147023;REFB=0;REVB=0.00247942;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139806;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr12 80014907 . A C 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.000739221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.449;QD=18.4675;RBI=0.00560469;REFB=-0.00115331;REVB=-0.00555572;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282365;STB=0.51575;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00117341;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:17:23:24:20:17:23:24:20 chr12 80672871 . CG C 49.44 PASS AF=0.193878;AO=21;DP=98;FAO=19;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.022076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2748;QD=2.01793;RBI=0.0620867;REFB=-0.00109346;REVB=-0.0580294;RO=76;SAF=11;SAR=10;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103552;STB=0.502753;STBP=0.979;TYPE=del;VARB=0.00739173;OID=.;OPOS=80672872;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193878:21:98:19:98:79:11:8:46:33:49:76:11:10:46:30 chr12 80712420 . G A 1677.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.145;QD=60.4448;RBI=0.0147912;REFB=0;REVB=0.00662444;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68695e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr12 80735771 . T C 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.027301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.357;QD=26.3369;RBI=0.0294972;REFB=-0.0107288;REVB=0.0111688;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148878;STB=0.582022;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00515904;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:12:3:9:14:12:3 chr12 80737521 . C T 292.35 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00882508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.827;QD=16.2414;RBI=0.0182314;REFB=-0.0257554;REVB=-0.0159531;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255677;STB=0.661595;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0246481;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:36:39:33:33:0.458333:21:12:23:13:21:12:26:13 chr12 80747242 . A G 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0398965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.559;QD=21.9674;RBI=0.0407064;REFB=-0.0123585;REVB=0.00807927;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117295;STB=0.528273;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0182659;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:14:6:5:11:14:6:6:11 chr12 80752660 . A G 863.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1792;QD=57.5617;RBI=0.0348521;REFB=0;REVB=-0.00474125;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65991e-05;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr12 80761430 . G A 313.33 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0153178;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.715;QD=18.9896;RBI=0.0163469;REFB=-0.0134819;REVB=-0.00570824;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550686;STB=0.530708;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0134637;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:16:17:19:14:16:17 chr12 80761465 . G A 947.27 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00956513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.797;QD=55.7218;RBI=0.0517443;REFB=-0.110005;REVB=-0.0508526;RO=2;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254515;STB=0.501347;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000534408;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:2:2:66:66:0.970588:36:30:1:1:36:30:1:1 chr12 80765800 . A G 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0120397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.066;QD=20.7238;RBI=0.0122498;REFB=-0.0110272;REVB=0.00225885;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00139524;STB=0.500772;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00848785;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:19:18:16:17:19:18:16:17 chr12 80771813 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00685164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.832;QD=20.563;RBI=0.00779311;REFB=-0.0242022;REVB=-0.00371317;RO=25;SAF=8;SAR=21;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381515;STB=0.521158;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0188001;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:21:8:6:19:21:8:6:19 chr12 80816492 . C T 170.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0140796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0812;QD=17.028;RBI=0.0562158;REFB=-0.0286458;REVB=-0.054424;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313406;STB=0.680025;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0334562;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:5:13:9:13:5:13:9:13 chr12 80818876 . A G 713.44 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0291435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9552;QD=18.4112;RBI=0.0353162;REFB=0.0348645;REVB=0.0199473;RO=79;SAF=38;SAR=37;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000313699;STB=0.503011;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0381863;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:79:80:75:75:0.483871:37:38:40:39:37:38:41:39 chr12 80889829 . T A 739.48 PASS AF=0.57377;AO=69;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0104681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.923;QD=24.2452;RBI=0.0104782;REFB=-0.00994669;REVB=0.000459412;RO=52;SAF=25;SAR=44;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113132;STB=0.556945;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00866945;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:52:69:70:0.57377:44:25:26:26:44:26:26:26 chr12 80899901 . C A 162.76 PASS AF=0.607143;AO=15;DP=26;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00406811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.283;QD=23.252;RBI=0.0272212;REFB=-0.012805;REVB=0.0269155;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324202;STB=0.675113;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.011982;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:28:10:11:15:17:0.607143:11:4:7:3:12:5:8:3 chr12 80900397 . C G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0214322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8427;QD=24.2681;RBI=0.0661236;REFB=-0.00876921;REVB=-0.0625539;RO=21;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184302;STB=0.593163;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00460219;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:22:33:33:0.6:21:12:13:8:21:12:13:9 chr12 81329536 . A C 224.65 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0579012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0677;QD=15.4928;RBI=0.0843751;REFB=-0.0137539;REVB=0.0613728;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236231;STB=0.513359;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0148894;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:14:18:14:12:14:18 chr12 81472196 . G A 225.33 PASS AF=0.228758;AO=35;DP=153;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.0226974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6112;QD=5.89092;RBI=0.0240642;REFB=-0.0109495;REVB=0.0079945;RO=116;SAF=19;SAR=16;SRF=64;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112707;STB=0.512813;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0301623;OID=.;OPOS=81472196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:116:118:35:35:0.228758:16:19:64:52:16:19:66:52 chr12 81503374 . C T 100.2 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=114;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00413059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1248;QD=3.5159;RBI=0.0584191;REFB=-0.000112921;REVB=-0.0582729;RO=95;SAF=10;SAR=9;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266923;STB=0.517542;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00127895;OID=.;OPOS=81503374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:95:95:19:19:0.166667:9:10:48:47:9:10:48:47 chr12 81627238 . C T 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0347871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8381;QD=9.10915;RBI=0.0584636;REFB=-0.0286267;REVB=-0.0469877;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153202;STB=0.592808;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0433089;OID=.;OPOS=81627238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:4:12:5:3:4:12 chr12 81696487 . G A 424.73 PASS AF=0.457447;AO=41;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00390409;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.746;QD=18.0734;RBI=0.0225203;REFB=-0.0183684;REVB=-0.0221793;RO=51;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203468;STB=0.622199;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0320601;OID=.;OPOS=81696487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:41:43:0.457447:18:23:18:33:18:25:18:33 chr12 81769581 . C T 834.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2879;QD=57.5367;RBI=0.0234469;REFB=0;REVB=-0.02222;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161814;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr12 81833745 . G T 1053.99 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0055606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.758;QD=56.9727;RBI=0.0102227;REFB=-0.138431;REVB=0.00857803;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00278203;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:0:2:71:72:0.972973:38:33:0:0:38:34:1:1 chr12 82617454 . T G 425.35 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00740063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.501;QD=21.5366;RBI=0.038153;REFB=-0.0290713;REVB=0.0374284;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034115;STB=0.503342;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.024839;OID=.;OPOS=82617454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:37:41:42:0.531646:19:22:20:17:19:23:20:17 chr12 82783668 . C T 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.03;QD=55.0877;RBI=0.0276213;REFB=0;REVB=-0.0192221;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28545e-06;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 82792787 . C A 239.17 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.676;QD=50.3515;RBI=0.0189973;REFB=0;REVB=-0.0171962;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30867e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:9:8:0:0:9:10:0:0 chr12 83415669 . G A 340.53 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4926;QD=52.3892;RBI=0.143079;REFB=0;REVB=-0.134358;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170826;OID=.;OPOS=83415669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr12 85441217 . T C 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0145253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.18;QD=21.745;RBI=0.0145435;REFB=-0.0106642;REVB=0.00072605;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165061;STB=0.592936;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0130008;OID=.;OPOS=85441217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:10:10:15:7:10:10 chr12 88380094 . T C 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0111628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.458;QD=10.6984;RBI=0.0156649;REFB=-0.0009519;REVB=-0.01099;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200789;STB=0.627289;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00205696;OID=.;OPOS=88380094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:7:8:11:20:7:8:11:21 chr12 88440676 . G C 258.73 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.000506571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.166;QD=11.7605;RBI=0.00570558;REFB=-0.0202925;REVB=0.00568305;RO=56;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684108;STB=0.546112;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0491838;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:56:57:31:31:0.352273:12:19:31:25:12:19:31:26 chr12 88472996 . C T 429.2 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0145181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.36;QD=25.2471;RBI=0.0145185;REFB=-0.00480919;REVB=0.000110188;RO=27;SAF=11;SAR=29;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146253;STB=0.516235;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00327464;OID=.;OPOS=88472996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:27:40:41:0.602941:29:11:7:20:29:12:7:20 chr12 88505078 . T C 81.98 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0588806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4431;QD=8.62922;RBI=0.0649574;REFB=0.00223676;REVB=-0.0274323;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257528;STB=0.532934;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.010796;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:4:7:16:10:4:7:16:11 chr12 88547277 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.009;QD=61.3307;RBI=0.0420566;REFB=0;REVB=-0.0416598;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195125;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr12 88554595 . A C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0301891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.945;QD=9.41571;RBI=0.0304424;REFB=-0.00701882;REVB=-0.00391893;RO=39;SAF=5;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22951;STB=0.637366;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0153597;OID=.;OPOS=88554595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:13:5:18:21:13:5:18:21 chr12 88975467 . C T 94.68 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000815103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8248;QD=6.64424;RBI=0.0189218;REFB=0.00691879;REVB=-0.0189042;RO=43;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156501;STB=0.596878;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0232214;OID=.;OPOS=88975467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:8:6:24:19:8:6:24:19 chr12 89743223 . G A 2285.97 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460052;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.039;QD=63.0611;RBI=0.048641;REFB=-0.0857895;REVB=0.0157948;RO=0;SAF=50;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48344e-08;STB=0.502645;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000271797;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:94:50:0:0:94:50:0:1 chr12 89745477 . C A 1022.83 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9318;QD=59.2944;RBI=0.0488991;REFB=0;REVB=0.0227141;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625249;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr12 89853408 . G A 190.19 PASS AF=0.315217;AO=22;DP=88;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0212331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8157;QD=8.26929;RBI=0.0237174;REFB=-0.00345567;REVB=0.0105673;RO=61;SAF=6;SAR=16;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225708;STB=0.535187;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00198672;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:61:63:22:29:0.315217:16:6:27:34:18:11:27:36 chr12 89864162 . G A 1097.46 PASS AF=0.530612;AO=102;DP=195;FAO=104;FDP=196;FR=.;FRO=92;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=-0.0104442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.32;QD=22.3972;RBI=0.0483467;REFB=-0.0151185;REVB=-0.0472051;RO=93;SAF=67;SAR=35;SRF=60;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112592;STB=0.500866;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0148578;OID=.;OPOS=89864162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:93:92:102:104:0.530612:35:67:60:33:36:68:60:32 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGA T 103.45 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00209764;FXX=0.121175;HRUN=1;LEN=10;MLLD=305.51;QD=14.2689;RBI=0.00469387;REFB=0.0115991;REVB=-0.00419909;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105065;STB=0.618844;STBP=0.327;TYPE=del;VARB=-0.016189;OID=.;OPOS=89866055;OREF=AGAAAGAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:11:32:12:29:17:8:4:8:9:99:15:7:4:8:7 chr12 89917037 . G A 418.59 PASS AF=0.391304;AO=35;DP=94;FAO=36;FDP=92;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0182923;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.432;QD=18.1997;RBI=0.0223803;REFB=-0.00506967;REVB=0.0128946;RO=32;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878039;STB=0.577124;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00207988;OID=.;OPOS=89917037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:32:43:35:36:0.391304:14:21:16:16:15:21:19:24 chr12 89917518 . A G 228.45 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0927134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8615;QD=21.2508;RBI=0.0930383;REFB=-0.0136196;REVB=-0.00776932;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798932;STB=0.514273;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0100493;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:9:13:12:8:9:13:13:8 chr12 91348786 . G T 375.51 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0029933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.78;QD=18.3174;RBI=0.01978;REFB=-0.0158864;REVB=-0.0195522;RO=43;SAF=24;SAR=15;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358727;STB=0.51999;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0153533;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:15:24:28:15:15:24:28:15 chr12 91449636 . T G 583.51 PASS AF=0.462121;AO=62;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0403722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3916;QD=17.682;RBI=0.045227;REFB=-0.0101396;REVB=0.0203856;RO=69;SAF=32;SAR=30;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467676;STB=0.520951;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0122363;OID=.;OPOS=91449636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:71:62:61:0.462121:30:32:39:30:29:32:40:31 chr12 91449990 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0191165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.943;QD=17.3255;RBI=0.0276219;REFB=-0.00701997;REVB=-0.0199381;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795058;STB=0.545409;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00805402;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:12:13:12:8:12:13 chr12 91502250 . A G 1933.6 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.041;QD=61.8751;RBI=0.016951;REFB=0;REVB=-0.00590407;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79986e-06;OID=.;OPOS=91502250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:62:63:0:0:62:63:0:0 chr12 92380427 . G A 315.45 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0342411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.147;QD=22.5323;RBI=0.0482835;REFB=-0.0330639;REVB=-0.0340419;RO=24;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950956;STB=0.552598;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0119001;OID=.;OPOS=92380427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:11:21:13:11:11:21:13:11 chr12 92818482 . C T 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0288839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5452;QD=12.1813;RBI=0.0760879;REFB=0.0142808;REVB=-0.0703924;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364728;STB=0.71611;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0440797;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:10:5:7:3:10:5 chr12 92818786 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0062392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.246;QD=16.1724;RBI=0.00669183;REFB=-0.00193523;REVB=-0.0024193;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.002261;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:9:11:8:8:9:11 chr12 92819699 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0862163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.921;QD=7.32291;RBI=0.0866582;REFB=-0.0138577;REVB=-0.00874043;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.620278;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0399674;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:7:7:2:4:7:7 chr12 92821860 . CT C 301.73 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=124;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0141423;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5889;QD=9.8124;RBI=0.0333372;REFB=-0.00723321;REVB=-0.0301888;RO=83;SAF=17;SAR=20;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693342;STB=0.532524;STBP=0.614;TYPE=del;VARB=0.0183772;OID=.;OPOS=92821861;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:37:124:41:123:82:19:22:42:40:99:83:17:20:43:40 chr12 92822903 . G C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0169725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.783;QD=15.7843;RBI=0.0169736;REFB=-0.00713357;REVB=0.000192536;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135697;STB=0.578829;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0131258;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:10:7:4:10:10:7 chr12 93102295 . G A 1377.47 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8329;QD=62.6123;RBI=0.0506881;REFB=0;REVB=-0.0435303;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361881;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:38:49:0:0:38:50:0:0 chr12 93147907 . A T 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.128;QD=60.1628;RBI=0.0590246;REFB=0;REVB=0.0417871;RO=0;SAF=41;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215219;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:67:41:0:0:67:41:0:0 chr12 93150102 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.224;QD=62.0215;RBI=0.0224341;REFB=0;REVB=-0.00215897;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33093e-05;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr12 93155535 . G A 1400.79 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144688;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.5;QD=62.9566;RBI=0.0332958;REFB=0;REVB=0.0299877;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38861e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:56:33:0:0:56:33:0:0 chr12 93166538 . A G 1146.47 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00110817;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.183;QD=53.9516;RBI=0.028596;REFB=-0.202354;REVB=0.0285745;RO=5;SAF=40;SAR=39;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105376;STB=0.500447;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000889111;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:85:85:5:6:79:79:0.929412:39:40:3:2:39:40:3:3 chr12 93196422 . T G 303.67 PASS AF=0.857143;AO=25;DP=30;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00337833;FXX=0.0666445;HRUN=9;LEN=1;MLLD=247.48;QD=43.382;RBI=0.0129375;REFB=-0.0483284;REVB=-0.0124886;RO=4;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079212;STB=0.541632;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00037657;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:30:28:4:4:25:24:0.857143:11:14:1:3:11:13:1:3 chr12 93202801 . C T 754.81 PASS AF=0.561538;AO=66;DP=123;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00785648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.505;QD=23.2249;RBI=0.0209913;REFB=-0.027528;REVB=0.0194657;RO=57;SAF=33;SAR=33;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518908;STB=0.547932;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0253851;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:130:57:57:66:73:0.561538:33:33:32:25:40:33:32:25 chr12 93692934 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00447048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.202;QD=21.1303;RBI=0.00859847;REFB=-0.00851983;REVB=-0.00734496;RO=20;SAF=3;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51893;STB=0.789308;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00984671;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:19:3:13:7:19:3:13:8 chr12 93969198 . A G 445.63 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0126646;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.943;QD=28.7505;RBI=0.0127117;REFB=0.0023646;REVB=-0.00109352;RO=21;SAF=22;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518481;STB=0.528183;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00118097;OID=.;OPOS=93969198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:21:21:41:41:0.66129:19:22:13:8:19:22:13:8 chr12 93969235 . C T 69.91 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0892431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4884;QD=6.65826;RBI=0.090542;REFB=-0.00926887;REVB=-0.0152817;RO=32;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452455;STB=0.800629;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0445741;OID=.;OPOS=93969235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:1:9:20:12:1:9:20:12 chr12 94243853 . C T 347.91 PASS AF=0.583333;AO=32;DP=57;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00660038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.066;QD=23.1943;RBI=0.0175021;REFB=-0.044464;REVB=0.0162098;RO=25;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123074;STB=0.542833;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0373198;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:25:25:32:35:0.583333:13:19:11:14:16:19:11:14 chr12 94543506 . C T 452.17 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0268282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2058;QD=18.8403;RBI=0.0293926;REFB=-0.0254948;REVB=0.0120073;RO=45;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12062;STB=0.554926;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0446131;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:50:45:46:0.479167:26:19:25:20:26:20:27:23 chr12 94620432 . G T 338.11 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0170243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3427;QD=22.9227;RBI=0.027972;REFB=0.0128089;REVB=0.0221948;RO=26;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177117;STB=0.579953;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0140948;OID=.;OPOS=94620432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:25:33:34:0.576271:13:20:10:16:14:20:10:15 chr12 94631496 . C T 346.12 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0098163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.694;QD=19.4995;RBI=0.0143362;REFB=-0.00391226;REVB=0.0104483;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112946;STB=0.562709;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00511355;OID=.;OPOS=94631496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:17:19:14:21:17:19:14:21 chr12 94645255 . A G 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.527;QD=60.9521;RBI=0.0186156;REFB=0;REVB=-0.0132333;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07406e-08;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chr12 94671743 . G C 1343.62 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0501126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.654;QD=61.0735;RBI=0.0532336;REFB=-0.0145721;REVB=0.0179595;RO=1;SAF=35;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133435;STB=0.507041;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00036128;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:51:35:1:0:52:35:1:0 chr12 94673277 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00982674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.615;QD=19.9056;RBI=0.00995868;REFB=-0.00460879;REVB=0.00161567;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10425;STB=0.557992;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00428649;OID=.;OPOS=94673277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:17:13:15:12:17:13:15:12 chr12 94769758 . A G 752.14 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.397;QD=56.7656;RBI=0.00363788;REFB=0;REVB=-0.00222432;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55187e-06;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr12 94772698 . AT A 51.69 PASS AF=0.303571;AO=13;DP=54;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0546041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6223;QD=3.69185;RBI=0.0946186;REFB=0.00759054;REVB=0.0772727;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205621;STB=0.70401;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=-0.0269062;OID=.;OPOS=94772699;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303571:13:54:17:56:39:10:7:11:28:51:34:6:7:10:24 chr12 94772742 . C T 130.04 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0625782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.152;QD=13.337;RBI=0.0626143;REFB=-0.00827536;REVB=-0.00212655;RO=24;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280157;STB=0.66642;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00903144;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:12:3:10:14:12:3:10:14 chr12 94909304 . A G 289.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.075;QD=52.7013;RBI=0.0973022;REFB=0;REVB=0.047641;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119723;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:16:4:0:0:16:6:0:0 chr12 94955644 . G T 594.87 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0169434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.569;QD=25.0473;RBI=0.0263721;REFB=-0.00998827;REVB=-0.0202091;RO=41;SAF=32;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196926;STB=0.607712;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0101216;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:22:32:14:27:22:32:14:27 chr12 94963527 . AT A,ATT 73.61 PASS AF=0.540541,0;AO=20,4;DP=38;FAO=20,0;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8,0;FSAR=12,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.15549,-0.162055;FXX=0.0263089;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.48689,8.46291;QD=7.95747;RBI=0.170109,0.183459;REFB=-0.0410802,0.0233817;REVB=0.0689917,-0.0859963;RO=13;SAF=8,2;SAR=12,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0113643,0.128996;STB=0.505612,0.5;STBP=0.962,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0676113,0;OID=.,.;OPOS=94963528,94963528;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540541,0:20,4:38:20,0:37:17:8,0:12,0:7:10:56:13:8,2:12,2:5:8 chr12 94963611 . C T 115.97 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0395327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.683;QD=20.169;RBI=0.0433631;REFB=-0.0138498;REVB=-0.0178194;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0121295;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:12:13:0.565217:6:6:5:5:6:7:5:5 chr12 94972290 . C T 284.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0778668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9009;QD=23.6735;RBI=0.0790274;REFB=-0.0486847;REVB=-0.013494;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052672;STB=0.529389;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0729146;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:18:8:8:14:18:8:8:14 chr12 94975799 . G A 352.54 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0020738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.389;QD=21.0473;RBI=0.0243419;REFB=0.00487358;REVB=-0.0242534;RO=31;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134353;STB=0.574462;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00236416;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:13:23:15:16:13:23:15:16 chr12 94976084 . T C 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00693855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.578;QD=19.6554;RBI=0.0136591;REFB=-0.0113938;REVB=-0.0117655;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225889;STB=0.512541;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0143049;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:19:21:22:18:19:21:22:18 chr12 94976159 . T C 323.34 PASS AF=0.583333;AO=24;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0350362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.062;QD=26.9447;RBI=0.0373315;REFB=-0.0198294;REVB=-0.012888;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146468;STB=0.602337;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0216951;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:24:28:0.583333:12:12:6:13:12:16:6:13 chr12 95387988 . T C 163.16 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0317044;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.4105;QD=13.319;RBI=0.033707;REFB=-0.0262508;REVB=0.0114452;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856491;STB=0.536996;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0324492;OID=.;OPOS=95387988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:18:18:0.367347:10:8:11:19:10:8:12:19 chr12 95470600 . A ATCTT,T 491.1 PASS AF=0.490566,0;AO=45,5;DP=121;FAO=52,0;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=21,0;FSAR=31,0;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00407622,0.0158061;FXX=0.045041;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=204.795,151.466;QD=18.5321;RBI=0.00487495,0.0200739;REFB=-0.0254813,-0.000730048;REVB=0.00267387,-0.0123746;RO=67;SAF=16,3;SAR=29,2;SRF=35;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.18074,0.0801517;STB=0.559255,0.5;STBP=0.216,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0242937,0;OID=.,.;OPOS=95470601,95470600;OREF=-,A;OALT=TCTT,T;OMAPALT=ATCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:106:67:54:45,5:52,0:0.490566,0:29,2:16,3:35:32:31,0:21,0:28:26 chr12 95500727 . C G 271.13 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0309299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0882;QD=30.1257;RBI=0.0371251;REFB=-0.0419653;REVB=0.0205332;RO=12;SAF=18;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328464;STB=0.681657;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0266838;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:6:18:3:9:6:18:3:9 chr12 95502303 . G A 268.56 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00847864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.272;QD=11.6767;RBI=0.022458;REFB=-0.00604533;REVB=-0.020796;RO=60;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181828;STB=0.604774;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0111953;OID=.;OPOS=95502303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:14:18:24:36:14:18:24:36 chr12 95603098 . G A 329.29 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00824803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7629;QD=23.5206;RBI=0.0539979;REFB=-0.00684928;REVB=0.0533642;RO=23;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342045;STB=0.507038;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00672343;OID=.;OPOS=95603098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:32:33:0.589286:21:11:8:15:21:12:8:15 chr12 95604290 . T C 418.0 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.012154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.396;QD=19.9049;RBI=0.0143708;REFB=0.00356858;REVB=0.00766808;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030998;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:41:42:0.5:21:20:20:22:22:20:20:22 chr12 95604547 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000293726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.88;QD=10.6681;RBI=0.00473777;REFB=-0.00410502;REVB=0.00472865;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635366;STB=0.885548;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00700101;OID=.;OPOS=95604547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:1:9:6:12:1:9:6:12 chr12 95604664 . A G 183.97 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00181931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.373;QD=16.7245;RBI=0.00579842;REFB=-0.00525465;REVB=0.00550562;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190857;STB=0.63144;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00845339;OID=.;OPOS=95604664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:19:19:0.431818:7:12:10:13:7:12:10:15 chr12 95637234 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5285;QD=56.1879;RBI=0.0793764;REFB=0;REVB=0.0663169;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546859;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr12 95681597 . G A 295.82 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00311222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.559;QD=20.4013;RBI=0.00328368;REFB=-0.0203188;REVB=0.0010472;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290379;STB=0.516119;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0149288;OID=.;OPOS=95681597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:14:13:16:15:14:13 chr12 95694394 . G A 669.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.441;QD=62.237;RBI=0.0456046;REFB=0;REVB=-0.00175052;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52142e-05;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr12 95694547 . A G 318.83 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0148949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.59;QD=26.5689;RBI=0.0245537;REFB=-0.00294178;REVB=-0.0195199;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165919;STB=0.591651;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00252875;OID=.;OPOS=95694547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:12:16:7:13:12:16:7:13 chr12 95695804 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.287;QD=59.4355;RBI=0.00413727;REFB=0;REVB=-0.00142669;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73497e-05;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr12 95879734 . C T 271.83 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00849708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.685;QD=19.4167;RBI=0.0246141;REFB=-0.02125;REVB=0.0231009;RO=27;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920479;STB=0.551415;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0241893;OID=.;OPOS=95879734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:19:10:12:15:19:10:12:15 chr12 95927762 . T C 851.68 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.09049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4941;QD=53.2302;RBI=0.0940769;REFB=-0.205358;REVB=0.0257297;RO=3;SAF=30;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154529;STB=0.508194;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0107517;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:64:64:3:3:61:61:0.953125:31:30:2:1:31:30:2:1 chr12 96052721 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00121995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.625;QD=24.9286;RBI=0.00156881;REFB=-0.0126611;REVB=-0.000986346;RO=19;SAF=19;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125987;STB=0.570379;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0217213;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:6:19:12:7:6:19:12:7 chr12 96284650 . A G 1053.49 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.738;QD=59.3513;RBI=0.0336084;REFB=0;REVB=-0.019159;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213343;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr12 96288860 . T C 2213.49 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350411;FXX=0.0198662;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.806;QD=59.8241;RBI=0.0433987;REFB=-0.0128123;REVB=0.0256042;RO=1;SAF=68;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694287;STB=0.503649;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=6.11615e-05;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:149:148:1:1:147:147:0.993243:79:68:1:0:79:68:1:0 chr12 96346594 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1918;QD=59.4342;RBI=0.0537242;REFB=0;REVB=0.024032;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123688;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr12 96374563 . T C 1118.01 PASS AF=0.917647;AO=78;DP=85;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00944507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.084;QD=52.612;RBI=0.0105137;REFB=-0.0481341;REVB=0.00461825;RO=6;SAF=41;SAR=37;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259648;STB=0.519765;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000517856;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:85:85:6:7:78:78:0.917647:37:41:2:4:37:41:2:5 chr12 96374614 . C T 785.56 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.778;QD=64.1271;RBI=0.0374697;REFB=0;REVB=0.0270523;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202668;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr12 96384249 . T C 855.74 PASS AF=1;AO=50;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.047;QD=57.0491;RBI=0.035592;REFB=0;REVB=0.031704;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265128;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:50:60:1:22:28:0:0:30:30:0:0 chr12 96387621 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=65;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4054;QD=56.8271;RBI=0.0193;REFB=-0.11663;REVB=0.00396887;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.509801;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00236603;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:65:64:0.984615:39:26:0:0:39:25:1:0 chr12 96387765 . T A 1362.12 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8588;QD=59.8734;RBI=0.100795;REFB=-0.0335746;REVB=0.0966666;RO=2;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311811;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:91:2:0:88:91:1:40:48:0:2:43:48:0:0 chr12 96661610 . TAAAAG T,TA 391.33 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=29,4;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356796,-0.00223952;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=5,4;MLLD=229.536,214.807;QD=47.4338;RBI=0.00771611,0.0022427;REFB=0,0;REVB=0.00684164,0.000119444;RO=0;SAF=19,2;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00114965,0.0047796;OID=.,.;OPOS=96661611,96661612;OREF=AAAAG,AAAG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.909091,0.0909091:29,4:33:30,3:33:0:19,2:11,1:0:0:8:0:19,2:10,2:0:0 chr12 96821251 . A T 1262.09 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1033;QD=60.0997;RBI=0.088643;REFB=-0.0824815;REVB=0.0398521;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039489;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:84:0:0:82:84:1:51:31:0:0:52:32:0:0 chr12 96883627 . G A 819.34 PASS AF=0.509202;AO=83;DP=163;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0670912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7649;QD=20.1065;RBI=0.0672072;REFB=0.0117627;REVB=-0.00394685;RO=80;SAF=33;SAR=50;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596448;STB=0.532798;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0131619;OID=.;OPOS=96883627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:80:80:83:83:0.509202:50:33:37:43:50:33:37:43 chr12 96927972 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0295467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6949;QD=25.7107;RBI=0.0405625;REFB=-0.0735231;REVB=-0.0277905;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300744;STB=0.669156;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0290464;OID=.;OPOS=96927972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:4:9:1:5:4:9:1:5 chr12 96927986 . A T 75.38 PASS AF=0.75;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0633807;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=27.4834;QD=25.1258;RBI=0.0849989;REFB=-0.128713;REVB=-0.0566365;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179867;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.046264;OID=.;OPOS=96927986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:11:12:2:3:9:9:0.75:4:5:1:1:4:5:1:2 chr12 96974751 . A G 960.66 PASS AF=0.516484;AO=94;DP=182;FAO=94;FDP=182;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=-0.00442712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.137;QD=21.1133;RBI=0.0206933;REFB=-0.0131184;REVB=-0.0202142;RO=88;SAF=40;SAR=54;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077406;STB=0.542364;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0117881;OID=.;OPOS=96974751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:88:88:94:94:0.516484:54:40:30:58:54:40:30:58 chr12 96992494 . C T 785.66 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.711;QD=64.1354;RBI=0.0167684;REFB=0;REVB=0.00585442;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119139;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr12 97020673 . T C 280.19 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0346252;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.874;QD=13.8367;RBI=0.0349752;REFB=0.00469247;REVB=0.00493561;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272727;STB=0.646303;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00517338;OID=.;OPOS=97020673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:15:17:13:35:15:17:14:35 chr12 97023937 . A C 145.12 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000297538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7425;QD=8.79535;RBI=0.048313;REFB=-0.00793034;REVB=0.048312;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764814;STB=0.54541;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0186827;OID=.;OPOS=97023937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:10:10:26:20:10:10:26:20 chr12 97038054 . G A 281.38 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0235621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.333;QD=19.4053;RBI=0.0267367;REFB=-0.0221296;REVB=0.0126365;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550716;STB=0.519987;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0217887;OID=.;OPOS=97038054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:28:30:30:0.517241:17:13:10:17:17:13:11:17 chr12 97098549 . T C 125.2 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00481103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0624;QD=10.4335;RBI=0.0734511;REFB=-0.00343624;REVB=0.0732934;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640785;STB=0.53841;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0122863;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:6:9:18:15:6:9:18:15 chr12 97102578 . G A 255.38 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4696;QD=51.0753;RBI=0.0618753;REFB=0;REVB=-0.00500462;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176696;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr12 97136239 . G A 727.17 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010935;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.647;QD=57.0326;RBI=0.00671729;REFB=0;REVB=0.00662769;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88826e-05;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr12 97254620 . G A 1918.83 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128447;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.481;QD=61.8977;RBI=0.0464994;REFB=0;REVB=0.0446901;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38295e-05;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:60:64:0:0:60:64:0:0 chr12 98115538 . A T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0243158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8083;QD=14.3342;RBI=0.0459888;REFB=-0.0137349;REVB=-0.0390347;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225517;STB=0.631902;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0101963;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:7:3:5:4:7:3 chr12 98332904 . TCA T 573.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209569;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.78;QD=62.0531;RBI=0.0288977;REFB=0;REVB=0.0198969;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.76673e-05;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:40:37:37:0:21:16:0:0:4:0:22:18:0:0 chr12 98897267 . C T 781.13 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187829;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8676;QD=56.8091;RBI=0.0514892;REFB=0;REVB=0.0479411;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10511e-06;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr12 99007623 . C T 186.18 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0268932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1802;QD=12.4118;RBI=0.0766449;REFB=-0.0182502;REVB=-0.0717718;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352325;STB=0.681664;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0187823;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:37:22:23:0.383333:7:15:13:24:8:15:13:24 chr12 99477625 . T C 1361.63 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315505;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2767;QD=62.6038;RBI=0.0402686;REFB=0;REVB=-0.0250226;RO=1;SAF=52;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376366;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:1:0:87:87:1:35:52:1:0:35:52:0:0 chr12 99640428 . T C 1587.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.69;QD=64.1411;RBI=0.00915447;REFB=0;REVB=0.00659625;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03186e-06;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:58:40:0:0:58:41:0:0 chr12 99640557 . T C 1569.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319458;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.432;QD=64.0588;RBI=0.0399407;REFB=0;REVB=0.0239734;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31795e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr12 100893636 . C T 1479.87 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0161842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7939;QD=58.6087;RBI=0.0779066;REFB=-0.0623117;REVB=-0.076207;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000192134;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:50:50:0:0:50:50:1:0 chr12 101017445 . T C 1861.52 PASS AF=0.984;AO=122;DP=127;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00625702;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.796;QD=59.5685;RBI=0.0903055;REFB=-0.023657;REVB=0.0900884;RO=2;SAF=61;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153192;STB=0.507935;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000702671;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:125:2:2:122:123:0.984:61:61:2:0:61:62:2:0 chr12 101018014 . T C 313.81 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2649;QD=52.3011;RBI=0.0516625;REFB=0;REVB=0.0149838;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177169;OID=.;OPOS=101018014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr12 101336201 . G C 352.59 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=0.00449199;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.027;QD=11.9522;RBI=0.00913269;REFB=-0.0105688;REVB=-0.0079516;RO=74;SAF=10;SAR=33;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365882;STB=0.518129;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0179775;OID=.;OPOS=101336201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:74:75:43:43:0.364407:33:10:19:55:33:10:19:56 chr12 101520689 . A G 318.32 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0548533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9791;QD=18.1899;RBI=0.0658072;REFB=-0.0111178;REVB=0.0363551;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635794;STB=0.50355;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.014439;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:22:14:13:21:22:14 chr12 101522078 . C G 149.13 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00371588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.579;QD=9.62122;RBI=0.00517184;REFB=-0.00964027;REVB=-0.00359725;RO=41;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134847;STB=0.588835;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0114355;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:13:7:19:22:13:7:20:22 chr12 101552075 . G A 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.27;QD=60.3748;RBI=0.0317396;REFB=0;REVB=0.0302553;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163381;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr12 101560328 . C A 220.87 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00843826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5736;QD=18.0304;RBI=0.0202228;REFB=0.00801048;REVB=-0.0183781;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240293;STB=0.514912;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0171654;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:27:22:22:0.44898:12:10:12:13:12:10:13:14 chr12 101561940 . A T 63.39 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00181761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.902;QD=8.74331;RBI=0.00211435;REFB=-0.0181827;REVB=0.00108018;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442164;STB=0.765442;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0311233;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:5:15:3:6:5:15 chr12 101587518 . C T 160.11 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00839531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.074;QD=13.626;RBI=0.0424721;REFB=-0.0141423;REVB=-0.0416341;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182975;STB=0.510626;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0196878;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:15:14:9:9:15:14 chr12 101588946 . GA G 101.15 PASS AF=0.527273;AO=26;DP=58;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0191183;FXX=0.0517152;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.0897;QD=7.35642;RBI=0.196149;REFB=-0.0814623;REVB=0.195215;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068799;STB=0.524573;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.112879;OID=.;OPOS=101588947;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527273:26:58:29:55:26:13:16:13:13:99:24:12:14:13:11 chr12 101683929 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.38;QD=58.1418;RBI=0.0032631;REFB=0;REVB=-0.00301482;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6662e-06;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr12 101732670 . C T 126.26 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.303;QD=42.0869;RBI=0.124909;REFB=0;REVB=0.123333;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0076496;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:2:10:0:0 chr12 101750814 . T A 881.13 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.832;QD=57.7787;RBI=0.00687644;REFB=0;REVB=0.00662425;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89214e-06;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:26:35:0:0 chr12 101755809 . T C 746.71 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.001;QD=63.5497;RBI=0.0345837;REFB=0;REVB=0.0334726;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9569e-05;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr12 101866174 . C A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3675;QD=59.8376;RBI=0.0112516;REFB=0;REVB=-0.0088472;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147771;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 102036305 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0418769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.227;QD=17.6715;RBI=0.0419461;REFB=-0.0408889;REVB=-0.00240776;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073074;STB=0.531433;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.036589;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:16:14:12:19:16:14:13:19 chr12 102045163 . C G 145.21 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0444962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.162;QD=12.6272;RBI=0.0508602;REFB=-0.0639437;REVB=-0.0246343;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121034;STB=0.585004;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0304483;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:10:6:14:15:11:6:14:15 chr12 102064118 . T C 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7764;QD=57.8816;RBI=0.0537022;REFB=0;REVB=-0.00955916;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000596444;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr12 102078205 . A G 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0168277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.827;QD=29.5807;RBI=0.0173982;REFB=-0.0136296;REVB=-0.00441886;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100585;STB=0.555502;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00798124;OID=.;OPOS=102078205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:6:4:12:9:6:4 chr12 102079418 . G A 1080.4 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304112;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.132;QD=60.0225;RBI=0.0648719;REFB=0;REVB=0.057302;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133727;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:37:32:0:0:39:33:0:0 chr12 102108345 . T C 1661.02 PASS AF=0.914729;AO=93;DP=127;FAO=118;FDP=129;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0298701;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.7778;QD=51.5046;RBI=0.0323166;REFB=-0.126631;REVB=-0.0123344;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523139;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00846028;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:127:129:0:11:93:118:0.914729:50:43:0:0:65:53:2:9 chr12 102117589 . C T 1631.12 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.118;QD=59.8575;RBI=0.025559;REFB=0;REVB=-0.0248174;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94826e-07;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:46:61:0:0:47:62:0:0 chr12 102151023 . A C 56.48 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0197226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2128;QD=2.37817;RBI=0.0202433;REFB=-0.00332627;REVB=-0.0045619;RO=83;SAF=8;SAR=4;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157287;STB=0.612945;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.023193;OID=.;OPOS=102151023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:83:83:12:12:0.126316:4:8:45:38:4:8:45:38 chr12 102158763 . T C 753.98 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.848;QD=61.549;RBI=0.021161;REFB=-0.154;REVB=0.00769518;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.51428;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000498947;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:31:17:1:0:31:17:1:0 chr12 102173654 . T C 714.92 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0688597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4749;QD=57.1936;RBI=0.0904413;REFB=-0.0411588;REVB=0.0586342;RO=3;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625686;STB=0.533319;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00285086;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:21:26:0:3:21:26:0:3 chr12 102279193 . G A,T 702.51 PASS AF=0.957447,0.0212766;AO=45,2;DP=47;FAO=45,1;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29,0;FSAR=16,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00887373,-0.000456059;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.8721,160.847;QD=59.7879;RBI=0.0205209,0.0118793;REFB=0.0344648,-0.0691962;REVB=-0.0185031,0.0118706;RO=0;SAF=30,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508471,0.989913;STBP=0.513,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.0023512,0.0958994;OID=.,.;OPOS=102279193,102279193;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:47:47:0:1:45,2:45,1:0.957447,0.0212766:15,2:30,0:0:0:16,1:29,0:1:0 chr12 102315357 . TTG T,TT,TTT 683.28 PASS AF=0,1,0;AO=10,12,24;DP=46;FAO=0,44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.1605,-0.161578,-0.153992;FXX=0.0434688;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=178.428,181.37,177.624;QD=62.1167;RBI=0.160509,0.161623,0.154106;REFB=0,0,0;REVB=-0.00165119,-0.00380823,-0.00593627;RO=0;SAF=1,1,13;SAR=9,11,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.8593e-08,-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00342512,-0.00130785,-0.0320665;OID=.,.,.;OPOS=102315358,102315359,102315359;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:10,12,24:46:0,44,0:44:0:0,15,0:0,29,0:0:0:3:0:1,1,13:9,11,11:0:0 chr12 102321186 . CTTTT CTTTC,CT,CTT,CTTT 175.96 PASS AF=0.2,0.566667,0.233333,0;AO=4,8,7,4;DP=32;FAO=6,17,7,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14,6,0;FSAR=5,3,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100347,-0.0145465,-0.0216448,-0.0414932;FXX=0.0624805;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,3,2,1;MLLD=253.758,13.4131,11.6652,8.191;QD=23.4607;RBI=0.0252221,0.0392926,0.048643,0.0804199;REFB=0,0,0,0;REVB=0.02314,0.0365007,0.043562,0.0688888;RO=0;SAF=1,5,7,3;SAR=3,3,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-4.86674e-08,4.46938e-08,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.016448,0.0391787,-0.0355963,0.0197876;OID=.,.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187,102321187;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.566667,0.233333,0:4,8,7,4:32:6,17,7,0:30:0:1,14,6,0:5,3,1,0:0:0:46:0:1,5,7,3:3,3,0,1:0:0 chr12 102455729 . G A 267.52 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0187259;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.185;QD=15.9716;RBI=0.0191291;REFB=0.00301539;REVB=0.00390681;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00709063;STB=0.503997;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00432887;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:17:20:16:14:17:20 chr12 102517804 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0255164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.02;QD=14.6982;RBI=0.02558;REFB=-0.0130816;REVB=0.00180239;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858883;STB=0.549777;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0227037;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:12:11:9:7:12:11 chr12 102542124 . C T 419.95 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.59;QD=14.607;RBI=0.0223232;REFB=-0.0152981;REVB=-0.0163489;RO=67;SAF=25;SAR=23;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950447;STB=0.553387;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0226416;OID=.;OPOS=102542124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:23:25:41:26:23:25:41:26 chr12 102545563 . A G 267.49 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00660852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.645;QD=18.4477;RBI=0.00682837;REFB=-0.00850443;REVB=-0.00171876;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319937;STB=0.517867;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00678895;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:11:18:17:12:11:18 chr12 102611371 . T G 100.17 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0476019;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8489;QD=14.3099;RBI=0.0513641;REFB=-0.00238868;REVB=0.0192959;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28299;STB=0.683625;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00694121;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:17:16:12:12:0.428571:5:7:5:12:5:7:4:12 chr12 102792569 . CT TC,TT 30.63 PASS AF=0,0.115385;AO=2,8;DP=52;FAO=0,6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=0,2;FSAR=0,4;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0761593,0.017391;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=16.5858,155.884;QD=2.3565;RBI=0.097778,0.017707;REFB=0.00133308,0.000249617;REVB=-0.0613212,0.00332989;RO=38;SAF=0,3;SAR=2,5;SRF=14;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.370963,0.0085521;STB=0.5,0.535092;STBP=1,0.929;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0332332;OID=.,.;OPOS=102792569,102792569;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:52:52:38:46:2,8:0,6:0,0.115385:2,5:0,3:14:24:0,4:0,2:17:29 chr12 102795811 . C A 449.32 PASS AF=0.55;AO=41;DP=77;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0191026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.877;QD=22.4658;RBI=0.0191752;REFB=-0.0136903;REVB=-0.001667;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465232;STB=0.505778;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0115984;OID=.;OPOS=102795811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:36:36:41:44:0.55:23:18:16:20:25:19:16:20 chr12 103237468 . G C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.251;QD=60.5468;RBI=0.0451621;REFB=0;REVB=-0.0441596;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77072e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr12 103246700 . C T 418.92 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0949361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.845;QD=54.0537;RBI=0.112528;REFB=0.0258639;REVB=0.0604124;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000332681;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:28:30:0.967742:17:11:0:1:17:13:0:1 chr12 104067812 . C T 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0434454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.58;QD=17.6835;RBI=0.0440709;REFB=-0.0154513;REVB=-0.00739897;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106976;STB=0.560917;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0179376;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:12:14:9:12:12:14 chr12 104086631 . C T 616.75 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106647;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.244;QD=61.6749;RBI=0.106807;REFB=0;REVB=-0.00585616;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174692;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr12 104092996 . T C 856.48 PASS AF=0.59542;AO=78;DP=131;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0188768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0363;QD=26.1522;RBI=0.018897;REFB=-0.0136882;REVB=-0.000874283;RO=53;SAF=32;SAR=46;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325318;STB=0.51768;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00647334;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:53:53:78:78:0.59542:46:32:24:29:46:32:24:29 chr12 104100617 . C T 3786.75 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316632;FXX=0.00826412;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.477;QD=63.1125;RBI=0.0318706;REFB=-0.0127797;REVB=-0.00362969;RO=2;SAF=118;SAR=122;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6415e-05;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:242:240:2:0:240:240:1:122:118:0:2:122:118:0:0 chr12 104123924 . A G 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0186883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.766;QD=20.072;RBI=0.0219402;REFB=-0.0213417;REVB=0.0114943;RO=31;SAF=11;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202424;STB=0.612681;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0151305;OID=.;OPOS=104123924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:23:11:17:14:23:11:17:14 chr12 104136316 . C T 844.19 PASS AF=0.460317;AO=85;DP=187;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=71;FWDB=-0.00684766;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.707;QD=17.8664;RBI=0.0104783;REFB=-0.0246584;REVB=0.00793127;RO=101;SAF=37;SAR=48;SRF=31;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130722;STB=0.574219;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0321917;OID=.;OPOS=104136316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:101:102:85:87:0.460317:48:37:31:70:49:38:31:71 chr12 104153004 . C G 385.54 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0204294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.886;QD=18.3593;RBI=0.0216498;REFB=-0.00977835;REVB=-0.00716606;RO=44;SAF=26;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270433;STB=0.627954;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0123394;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:44:44:38:40:0.47619:12:26:18:26:14:26:18:26 chr12 104186946 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.331;QD=58.5872;RBI=0.014343;REFB=0;REVB=-0.0139031;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117419;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr12 104235308 . C G 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.00796773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.877;QD=23.8985;RBI=0.0399116;REFB=-0.0501138;REVB=0.0391082;RO=25;SAF=30;SAR=6;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128352;STB=0.569858;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0341078;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:6:30:23:2:6:30:23:2 chr12 104254932 . G A 758.86 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00449138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.825;QD=53.253;RBI=0.0327641;REFB=-0.069817;REVB=-0.0324548;RO=2;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277141;STB=0.514701;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00111166;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:33:22:0:2:33:22:0:2 chr12 104309428 . G C 443.94 PASS AF=0.454545;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.00489244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9441;QD=17.9368;RBI=0.105173;REFB=-0.00974792;REVB=-0.105059;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117086;STB=0.616573;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00955646;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:54:43:45:0.454545:20:23:16:24:22:23:16:38 chr12 104309559 . C T 365.71 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0133976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9155;QD=11.3398;RBI=0.0254095;REFB=-0.0117033;REVB=-0.0215904;RO=84;SAF=20;SAR=25;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766794;STB=0.544022;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0257113;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:84:84:45:45:0.348837:25:20:43:41:25:20:43:41 chr12 104325459 . G C 617.32 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0221506;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8026;QD=22.2459;RBI=0.0533651;REFB=0.0296272;REVB=0.0485508;RO=51;SAF=30;SAR=31;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128853;STB=0.566606;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0194609;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:51:50:61:61:0.54955:31:30:33:18:31:30:32:18 chr12 104341103 . C T 120.12 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0171203;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.842;QD=12.986;RBI=0.0216782;REFB=-0.0137443;REVB=-0.0132981;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196894;STB=0.610532;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0365908;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:23:13:14:0.378378:5:8:8:11:6:8:9:14 chr12 104359779 . C T 61.12 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00946848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.704;QD=6.79064;RBI=0.019336;REFB=-0.0130557;REVB=0.0168591;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404027;STB=0.757372;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0774385;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:7:2:15:12:7:2:15:12 chr12 104408794 . C T 64.0 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.051062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8964;QD=9.48218;RBI=0.0510762;REFB=-0.00721891;REVB=-0.00120417;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244923;STB=0.649663;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00837405;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:10:8:6:3:10:8 chr12 104492191 . TTA T,TAA 41.13 PASS AF=0.238095,0;AO=7,7;DP=59;FAO=10,0;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0697759,-0.0907364;FXX=0.124974;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.8522,18.216;QD=3.91738;RBI=0.159062,0.133869;REFB=-0.0843965,0.00826673;REVB=-0.142941,0.098427;RO=35;SAF=4,6;SAR=3,1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108754,0.315123;STB=0.66637,0.5;STBP=0.241,1;TYPE=del,snp;VARB=0.101172,0;OID=.,.;OPOS=104492192,104492192;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095,0:7,7:59:10,0:42:32:5,0:5,0:23:9:42:35:4,6:3,1:23:12 chr12 104512832 . G A 205.84 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0162136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0531;QD=17.1535;RBI=0.0773623;REFB=-0.0136204;REVB=-0.0756442;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0338211;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr12 104645363 . G A 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0334017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.989;QD=10.9434;RBI=0.0358558;REFB=-0.015753;REVB=0.0130368;RO=37;SAF=15;SAR=5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669124;STB=0.539285;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0273444;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:5:15:26:11:5:15:26:11 chr12 104645405 . T C 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0169635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.971;QD=12.0713;RBI=0.0215189;REFB=-0.0221936;REVB=-0.0132403;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123937;STB=0.576862;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0330594;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:10:14:27:12:10:14:28:12 chr12 104698582 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0022613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.31;QD=6.01599;RBI=0.0136664;REFB=-0.0116677;REVB=-0.013478;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306855;STB=0.699421;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0347391;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:12:10:5:2:12:10 chr12 104985407 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.791;QD=47.8142;RBI=0.0137037;REFB=-0.106399;REVB=0.00465437;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=9.01941e-05;OID=.;OPOS=104985407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr12 104985443 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.918;QD=51.9166;RBI=0.0422358;REFB=0;REVB=-0.0298159;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80589e-07;OID=.;OPOS=104985443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr12 105433523 . T A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.731;QD=57.3851;RBI=0.0279638;REFB=0;REVB=-0.00444385;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94134e-05;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr12 105433580 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0502991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.237;QD=11.2668;RBI=0.0504228;REFB=-0.0192168;REVB=-0.0035304;RO=36;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347622;STB=0.705655;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.026099;OID=.;OPOS=105433580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:16:4:17:19:16:4:17:19 chr12 105434467 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.455;QD=57.0005;RBI=0.0280249;REFB=0;REVB=-0.0232852;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82264e-05;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr12 105464526 . T G 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0555692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7414;QD=3.02593;RBI=0.0570755;REFB=0.00226335;REVB=-0.0130262;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854591;STB=0.571225;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0248085;OID=.;OPOS=105464526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:4:3:22:22:4:3:23:22 chr12 105536238 . A T 462.2 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0144087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0489;QD=24.3262;RBI=0.034516;REFB=-0.0217758;REVB=-0.0313647;RO=31;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293292;STB=0.509576;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0129869;OID=.;OPOS=105536238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:32:44:44:0.578947:23:21:16:15:23:21:16:16 chr12 105546172 . G A 1324.32 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340574;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.556;QD=62.3208;RBI=0.0378663;REFB=0;REVB=0.0165515;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92774e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr12 105561664 . C T 745.12 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024401;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.691;QD=57.3172;RBI=0.0109479;REFB=0;REVB=0.0106725;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180493;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr12 105567068 . T A 1161.29 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0416;QD=60.327;RBI=0.0223555;REFB=0;REVB=-0.0214374;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357266;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:43:34:0:0 chr12 105567070 . T A 1158.43 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248607;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.231;QD=60.9698;RBI=0.0253374;REFB=0;REVB=-0.00489162;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79788e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:42:34:0:0 chr12 105567089 . T A 1045.06 PASS AF=0.973684;AO=70;DP=73;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0327888;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.7809;QD=55.003;RBI=0.0703912;REFB=-0.114395;REVB=0.0622882;RO=3;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969004;STB=0.501073;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00631807;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:76:3:2:70:74:0.973684:38:32:1:2:40:34:1:1 chr12 105568122 . G A 2450.44 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553513;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.91;QD=61.6462;RBI=0.0566326;REFB=0;REVB=0.0119785;RO=0;SAF=70;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106943;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:163:159:0:0:159:159:1:89:70:0:0:89:70:0:0 chr12 105568176 . G A 2092.4 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.531;QD=62.4596;RBI=0.030222;REFB=0;REVB=-0.00320671;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186522;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:130:134:1:72:58:0:0:75:59:0:0 chr12 106458579 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=3;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=198.001;QD=16.1992;RBI=0.0162448;REFB=-0.0208731;REVB=0.0162448;RO=1;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00779348;OID=.;OPOS=106458579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:1:3:3:5:0.625:3:0:0:1:5:0:0:3 chr12 106460938 . G C 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0440229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7784;QD=8.56735;RBI=0.0447492;REFB=-0.00520814;REVB=0.00802965;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125901;STB=0.577147;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0255699;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:5:9:20:17:5:9:20:17 chr12 106632131 . G C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0265761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.6;QD=11.1312;RBI=0.0280651;REFB=-0.016065;REVB=0.00901977;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155187;STB=0.592414;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0393388;OID=.;OPOS=106632131;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:6:11:5:5:6:11 chr12 106633569 . C T 507.65 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0776099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9807;QD=20.1048;RBI=0.0782112;REFB=-0.0138008;REVB=0.00967943;RO=49;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448559;STB=0.524743;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0177135;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:26:26:22:27:26:26:22:27 chr12 106647842 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0100365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.914;QD=20.456;RBI=0.0385951;REFB=-0.0116264;REVB=0.0372673;RO=15;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189718;STB=0.608554;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0018539;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:3:14:10:5:3:14:10:5 chr12 106704974 . G A 197.11 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0296113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.203;QD=10.9507;RBI=0.0319628;REFB=-0.00537776;REVB=0.0120331;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090588;STB=0.55247;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0154735;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:14:11:17:30:14:11:17:30 chr12 106838340 . T C 352.21 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0309482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.309;QD=18.2964;RBI=0.0310076;REFB=-0.0109525;REVB=-0.00191925;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250689;STB=0.639703;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0147472;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:14:23:14:26:14:23:14:26 chr12 106893863 . G T 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0339005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.049;QD=22.3902;RBI=0.0595209;REFB=-0.0328519;REVB=-0.0489234;RO=26;SAF=20;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275261;STB=0.651256;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0169347;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:14:20:6:20:14:20:6:20 chr12 106893930 . A T 183.26 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00332045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.373;QD=13.0897;RBI=0.0061389;REFB=-0.0085469;REVB=-0.00516341;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142791;STB=0.571365;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0189925;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:12:21:11:11:13:21 chr12 106895190 . G C 72.24 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0144425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.0958;QD=5.89724;RBI=0.0146241;REFB=-0.0385611;REVB=0.00229752;RO=33;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485086;STB=0.825473;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0407235;OID=.;OPOS=106895190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:49:49:33:34:8:8:0.163265:7:1:16:17:7:1:16:18 chr12 106903321 . T C 220.95 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0183993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.226;QD=18.0367;RBI=0.0266117;REFB=-0.00997395;REVB=0.0192263;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987944;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0124824;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:12:15:12:10:12:15 chr12 107083059 . C T 502.27 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0116378;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.894;QD=22.0777;RBI=0.0117183;REFB=-0.0199209;REVB=0.00137186;RO=42;SAF=23;SAR=25;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176586;STB=0.515339;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0177954;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:43:48:48:0.527473:25:23:21:21:25:23:22:21 chr12 107090201 . T C 458.86 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0129638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.007;QD=18.3546;RBI=0.0142005;REFB=-0.00559569;REVB=0.00579606;RO=54;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134434;STB=0.574989;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00843112;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:20:26:23:31:20:26:23:31 chr12 107395106 . A G 415.91 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206099;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2592;QD=57.3666;RBI=0.0239027;REFB=0;REVB=-0.0121066;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218755;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr12 107713696 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00137852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.432;QD=24.1277;RBI=0.00150696;REFB=-0.0144075;REVB=-0.000608776;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00662971;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:5:6:8:9:5:6 chr12 108140139 . C T 585.05 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00364296;FXX=0.0833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.486;QD=21.2747;RBI=0.0036596;REFB=-0.0053498;REVB=0.000348608;RO=46;SAF=32;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111784;STB=0.551706;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00382418;OID=.;OPOS=108140139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:110:46:52:58:58:0.527273:26:32:19:27:26:32:23:29 chr12 108618630 . C T 2064.92 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.597;QD=62.5732;RBI=0.0165871;REFB=0;REVB=0.0160262;RO=0;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52432e-05;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:76:56:0:0:76:56:0:0 chr12 108918146 . C T 1914.84 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.924;QD=61.7691;RBI=0.0141724;REFB=0;REVB=0.00697019;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16467e-05;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:63:61:0:0:63:61:0:0 chr12 108923950 . A G 279.57 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4131;QD=48.6213;RBI=0.0493722;REFB=-0.0614068;REVB=0.0325896;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00356425;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr12 108941679 . G A 310.39 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.41667e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.248;QD=51.7319;RBI=0.012511;REFB=0;REVB=0.012511;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015484;OID=.;OPOS=108941679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:21:24:1:13:8:0:0:14:10:0:0 chr12 108954823 . C T 784.89 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4111;QD=57.0826;RBI=0.0118698;REFB=0;REVB=0.00294729;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52045e-05;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr12 108954862 . G C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4422;QD=59.0421;RBI=0.0306544;REFB=-0.11834;REVB=0.00104976;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.518509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00282594;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:13:28:0:1:13:28:0:1 chr12 108955106 . C CT 481.98 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712493;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.7831;QD=47.022;RBI=0.082081;REFB=0;REVB=-0.0407532;RO=7;SAF=13;SAR=28;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00248281;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:48:41:41:0:13:28:0:0:9:7:13:28:4:3 chr12 108986112 . G C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0101848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.208;QD=12.0842;RBI=0.0152401;REFB=-0.00993581;REVB=0.0113372;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672479;STB=0.539722;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0209756;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:13:17:10:6:13:17 chr12 109040001 . A G 208.0 PASS AF=0.645161;AO=18;DP=29;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0177851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.815;QD=26.8387;RBI=0.030155;REFB=-0.0286462;REVB=0.0243519;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694283;STB=0.516113;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0125884;OID=.;OPOS=109040001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:31:11:11:18:20:0.645161:8:10:6:5:10:10:6:5 chr12 109182049 . T C 199.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.101019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.597;QD=15.6434;RBI=0.10273;REFB=-0.0245749;REVB=-0.0186708;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190118;STB=0.608596;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0346242;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:16:13:14:8:16:13 chr12 109198916 . T G 542.12 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0857295;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0144;QD=27.4489;RBI=0.0900188;REFB=-0.0213493;REVB=0.027456;RO=31;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789473;STB=0.536898;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0142809;OID=.;OPOS=109198916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:31:30:49:49:0.620253:26:23:18:13:26:23:17:13 chr12 109219903 . C G 451.64 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0279041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.916;QD=16.13;RBI=0.0284618;REFB=-0.0124609;REVB=0.0056069;RO=62;SAF=33;SAR=17;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193648;STB=0.510813;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0154979;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:17:33:42:20:17:33:42:20 chr12 109511256 . T C 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.417;QD=57.8812;RBI=0.0130806;REFB=0;REVB=0.00389774;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12535e-05;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr12 109519189 . C T 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0111377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5182;QD=16.407;RBI=0.0246789;REFB=-0.0208454;REVB=-0.0220227;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134752;STB=0.576852;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0303394;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:10:19:11:10:10:19 chr12 109524232 . A G 303.07 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00551859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.347;QD=14.6055;RBI=0.0100926;REFB=0.00598573;REVB=0.00845022;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155858;STB=0.588267;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00994996;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:15:19:20:29:15:19:20:29 chr12 109526013 . AT A,TT 31.58 PASS AF=0.183673,0;AO=12,3;DP=49;FAO=9,0;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0443949,0.0115526;FXX=0.019996;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=13.9837,245.519;QD=2.57795;RBI=0.0508261,0.0139965;REFB=-0.0319049,-0.000171547;REVB=-0.0247464,-0.00790181;RO=33;SAF=4,3;SAR=8,0;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.039661,0.597696;STB=0.834309,0.5;STBP=0.051,1;TYPE=del,snp;VARB=0.108582,0;OID=.,.;OPOS=109526014,109526013;OREF=T,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:33:40:12,3:9,0:0.183673,0:8,0:4,3:12:21:8,0:1,0:18:22 chr12 109577735 . C T 216.65 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0223925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.583;QD=13.3322;RBI=0.0223955;REFB=-0.00454243;REVB=0.000365583;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354151;STB=0.705737;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0077722;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:16:10:28:10:16:10:29:10 chr12 109605730 . C T 297.79 PASS AF=0.319672;AO=39;DP=122;FAO=39;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0103603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.781;QD=9.7636;RBI=0.01239;REFB=-0.00463193;REVB=0.0067953;RO=82;SAF=24;SAR=15;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218893;STB=0.623053;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00999778;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:82:83:39:39:0.319672:15:24:35:47:15:24:36:47 chr12 109617865 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.915;QD=58.2391;RBI=0.0315976;REFB=0;REVB=-0.0159628;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08335e-05;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr12 109623516 . G A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=-0.071758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.151;QD=6.02709;RBI=0.0756013;REFB=-0.000453645;REVB=-0.0237978;RO=30;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351299;STB=0.533255;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.000789487;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:8:1:3:27:8:1:4:27 chr12 109629457 . C T 611.8 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00377219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0187;QD=28.4559;RBI=0.0771137;REFB=-0.0307454;REVB=-0.0770214;RO=32;SAF=21;SAR=33;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18386;STB=0.599963;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0111925;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:32:32:54:54:0.627907:33:21:21:11:33:21:21:11 chr12 109671747 . T C 173.91 PASS AF=0.5;AO=12;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0685025;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.98;QD=20.4595;RBI=0.0692882;REFB=-0.00299956;REVB=-0.0104049;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259769;STB=0.518497;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0110492;OID=.;OPOS=109671747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:16:12:17:0.5:10:2:6:11:10:7:6:10 chr12 109675029 . T C 786.37 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00682824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.548;QD=54.2322;RBI=0.0326098;REFB=-0.0032872;REVB=0.0318869;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116172;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000126557;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:2:1:56:57:0.982759:27:29:1:1:28:29:1:0 chr12 109696838 . G A 393.08 PASS AF=0.435644;AO=42;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0169341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.081;QD=15.5677;RBI=0.0170282;REFB=-0.0147407;REVB=0.0017881;RO=54;SAF=28;SAR=14;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174911;STB=0.603978;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0197359;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:54:57:42:44:0.435644:14:28:27:27:14:30:29:28 chr12 109848567 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0200179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.373;QD=20.8117;RBI=0.0213644;REFB=-0.0130756;REVB=-0.0074647;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115893;STB=0.565161;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0158209;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:10:13:10:13:10:13 chr12 109883374 . T C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0415572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.935;QD=28.2252;RBI=0.041675;REFB=0.0110731;REVB=-0.00313112;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00233357;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:6:6:2:2:6:6:2:2 chr12 109887523 . T C 74.59 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00362401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.008;QD=22.9497;RBI=0.0288604;REFB=0.0177735;REVB=0.0286319;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228994;STB=0.63128;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00277637;OID=.;OPOS=109887523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:1:3:3:6:1:3 chr12 109894170 . AT A 30.42 PASS AF=0.305556;AO=5;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.280766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.8985;QD=3.38044;RBI=0.284247;REFB=0.016062;REVB=-0.0443524;RO=23;SAF=5;SAR=0;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724376;STB=0.888121;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=-0.128565;OID=.;OPOS=109894171;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:5:36:11:36:25:10:1:10:15:30:23:5:0:8:15 chr12 109937534 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000518039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.215;QD=17.1669;RBI=0.00189153;REFB=-0.00502778;REVB=0.00181921;RO=32;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885416;STB=0.556218;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00559435;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:32:28:29:0.47541:19:9:13:19:20:9:13:19 chr12 109939222 . TG GT,T 111.51 PASS AF=0.0294118,0.382353;AO=3,27;DP=68;FAO=2,26;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=2,16;FSAR=0,10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0190056,0.0189368;FXX=0.0285673;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=21.4605,10.1242;QD=6.55936;RBI=0.0305533,0.0689707;REFB=-0.00942448,-0.00530953;REVB=-0.0239226,-0.0663201;RO=32;SAF=3,13;SAR=0,14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0.75;SSEP=0,0;SSSB=0.501025,-0.107655;STB=0.994342,0.541031;STBP=0.188,0.586;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0965488,0.0117177;OID=.,.;OPOS=109939222,109939223;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:68:32:40:3,27:2,26:0.0294118,0.382353:0,14:3,13:19:13:0,10:2,16:22:18 chr12 109955708 . A C 586.8 PASS AF=0.54;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0112521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.667;QD=23.4719;RBI=0.0155399;REFB=-0.0341084;REVB=0.0107181;RO=45;SAF=17;SAR=36;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093441;STB=0.550394;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0300042;OID=.;OPOS=109955708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:46:53:54:0.54:36:17:19:26:37:17:19:27 chr12 109971481 . C G 75.19 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0499954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.279;QD=11.1392;RBI=0.0501455;REFB=-0.00991064;REVB=0.00387726;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588254;STB=0.860051;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00940529;OID=.;OPOS=109971481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:10:7:9:1:10:7 chr12 109993942 . G T 217.59 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0163173;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.348;QD=21.7592;RBI=0.017347;REFB=-0.0154096;REVB=-0.00588764;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468431;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0147649;OID=.;OPOS=109993942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:8:11:11:10:8:11 chr12 109994453 . T A 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0688646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5339;QD=13.6281;RBI=0.101486;REFB=-0.0545522;REVB=0.0745453;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436331;STB=0.752885;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0133777;OID=.;OPOS=109994453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:8:1:5:3:8:1 chr12 109994870 . A T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00621631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.924;QD=21.0075;RBI=0.0104904;REFB=-0.00349337;REVB=-0.00845026;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128426;STB=0.612668;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00231044;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:17:19:19:0.527778:14:5:6:9:14:5:8:9 chr12 110011229 . GC TT 188.56 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0792503;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.319;QD=27.9345;RBI=0.079267;REFB=-0.028329;REVB=-0.00162892;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449419;STB=0.537149;STBP=0.652;TYPE=mnp;VARB=0.0172664;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:9:9:13:18:0.666667:8:5:4:5:8:10:4:5 chr12 110226379 . G A 399.05 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0092735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6238;QD=23.824;RBI=0.0306192;REFB=-0.0119465;REVB=-0.0291811;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564873;STB=0.531019;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0065307;OID=.;OPOS=110226379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:21:18:15:13:21:18:15:13 chr12 110240838 . T G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.089;QD=53.9072;RBI=0.0342816;REFB=0;REVB=0.0249437;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02652e-05;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr12 110290073 . G A,T 233.76 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108394,-0.0284567;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=143.348,11.4317;QD=49.2116;RBI=0.0103036,0.0463013;REFB=0,0;REVB=0.0102464,0.0365243;RO=0;SAF=9,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00243135,0.165916;OID=.,.;OPOS=110290073,110290073;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:0:0:17,2:17,2:0.894737,0.105263:8,0:9,2:0:0:8,0:9,2:0:0 chr12 110368201 . G A 1092.48 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.891;QD=58.2658;RBI=0.0157033;REFB=-0.0105592;REVB=0.0137122;RO=1;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51485e-05;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:75:1:0:73:75:1:48:25:0:1:49:26:0:0 chr12 110974890 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.194;QD=54.5177;RBI=0.0162086;REFB=0;REVB=0.00876554;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36283e-05;OID=.;OPOS=110974890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr12 111057747 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0159962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.47;QD=11.8817;RBI=0.0190436;REFB=-0.00810831;REVB=-0.0103335;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774181;STB=0.545397;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0205807;OID=.;OPOS=111057747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:11:4:6:22:11:4:6:22 chr12 111375170 . A G 373.42 PASS AF=0.3125;AO=50;DP=161;FAO=50;FDP=160;FR=.;FRO=110;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.022041;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5145;QD=9.33556;RBI=0.0244578;REFB=0.000140812;REVB=-0.0106008;RO=111;SAF=22;SAR=28;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447905;STB=0.50879;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00154304;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:111:110:50:50:0.3125:28:22:53:58:27:23:52:58 chr12 111375172 . C T 413.76 PASS AF=0.335443;AO=53;DP=158;FAO=53;FDP=158;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0122466;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.25;QD=10.475;RBI=0.0127557;REFB=-0.0105976;REVB=-0.00356765;RO=104;SAF=25;SAR=28;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117517;STB=0.503354;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0210195;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:104:105:53:53:0.335443:28:25:48:56:28:25:49:56 chr12 111747963 . C T 791.86 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.803;QD=54.6107;RBI=0.0145232;REFB=0.0776131;REVB=-0.00360322;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229889;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-7.46312e-05;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:20:36:0:1:21:36:0:1 chr12 111760251 . G C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7658;QD=60.6051;RBI=0.0825232;REFB=0;REVB=-0.0727861;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494285;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr12 111785586 . T C 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00202639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.291;QD=28.5595;RBI=0.0925143;REFB=-0.0506897;REVB=0.0924921;RO=10;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092348;STB=0.55097;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0227127;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:9:11:7:3:9:11:7:3 chr12 111786082 . G C 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.669;QD=43.4721;RBI=0.0414337;REFB=0;REVB=-0.0271243;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74281e-05;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 111786676 . G A 69.23 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0115832;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.647;QD=13.8462;RBI=0.0128538;REFB=-0.00657819;REVB=0.00557229;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00730333;OID=.;OPOS=111786676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:12:11:9:9:0.45:4:5:5:7:4:5:5:6 chr12 111786892 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.009;QD=57.2377;RBI=0.0430394;REFB=0;REVB=0.0418119;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123066;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr12 111798553 . A G 2027.78 PASS AF=0.985075;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0461377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7071;QD=60.5307;RBI=0.0476399;REFB=-0.11255;REVB=-0.0118693;RO=1;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772787;STB=0.500569;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00251642;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:134:1:2:131:132:0.985075:61:70:0:1:61:71:1:1 chr12 111884608 . T C 1052.86 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599704;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.429;QD=60.1636;RBI=0.0117178;REFB=0;REVB=-0.0100669;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247257;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr12 111886967 . T A 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00400065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.078;QD=11.5708;RBI=0.0102895;REFB=-0.00633446;REVB=0.00947986;RO=41;SAF=4;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438344;STB=0.752775;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0130229;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:20:4:21:20:20:4:21:21 chr12 111993712 . C T 281.5 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0250457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.271;QD=17.0606;RBI=0.0276911;REFB=-0.0131671;REVB=0.0118114;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188256;STB=0.61283;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0101974;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:12:19:14:20:12:19:14:21 chr12 112191641 . G A 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.524;QD=56.695;RBI=0.177686;REFB=0;REVB=0.170738;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021101;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr12 112194727 . C T 263.19 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.745;QD=50.1308;RBI=0.0660506;REFB=0;REVB=0.0351466;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856476;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr12 112219728 . A G 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0215769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.852;QD=21.6117;RBI=0.0251497;REFB=-0.00877965;REVB=-0.0129208;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189612;STB=0.510629;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0109578;OID=.;OPOS=112219728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:12:11:12:12:12:11 chr12 112375990 . A C 236.04 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0364744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5291;QD=15.7362;RBI=0.0670608;REFB=-0.0144663;REVB=0.056274;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21073;STB=0.612816;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0221239;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:33:27:27:0.45:19:8:16:16:19:8:16:17 chr12 112416586 . C T 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0773512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.126;QD=29.8264;RBI=0.0903232;REFB=0.0604199;REVB=0.0466377;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219834;STB=0.51218;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.020873;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:4:2:6:10:4:2 chr12 112460103 . C CG,G 45.45 PASS AF=0.3125,0;AO=8,2;DP=31;FAO=10,0;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0653816,-0.0392949;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=34.0516,185.828;QD=5.68066;RBI=0.0701928,0.0511901;REFB=-0.0340559,-0.00615998;REVB=-0.0255397,-0.0328075;RO=21;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.582173,-0.679093;STB=0.853318,0.5;STBP=0.017,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.158411,0;OID=.,.;OPOS=112460104,112460103;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:31:32:21:22:8,2:10,0:0.3125,0:6,2:2,0:17:4:8,0:2,0:17:5 chr12 112460147 . T G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00916051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.279;QD=6.78748;RBI=0.036791;REFB=-0.00603653;REVB=-0.0356324;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122879;STB=0.578313;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0135052;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:12:11:3:5:12:11 chr12 112460749 . A G 1787.33 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909753;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.294;QD=61.1054;RBI=0.00970883;REFB=0;REVB=-0.00339063;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128695;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:73:43:0:0:74:43:0:0 chr12 112464893 . C T 377.2 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.014992;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.19;QD=23.9493;RBI=0.0155717;REFB=-0.0177475;REVB=-0.00420917;RO=27;SAF=13;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236014;STB=0.531465;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.014274;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:26:36:37:0.587302:23:13:9:18:23:14:8:18 chr12 112477055 . T C 211.79 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00628001;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.05;QD=19.7015;RBI=0.00628476;REFB=-0.0277933;REVB=-0.000244359;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102867;STB=0.557981;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0305584;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:14:8:10:11:14:8 chr12 112577990 . T C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0188786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.609;QD=27.1542;RBI=0.0189809;REFB=0.00215115;REVB=-0.00196859;RO=6;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.599839;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000801965;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:12:2:2:4:12:2:2:4 chr12 112580071 . C T 364.19 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0547092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.016;QD=21.1127;RBI=0.0552376;REFB=0.0149249;REVB=-0.00762193;RO=32;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674914;STB=0.537293;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0104475;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:19:18:13:19:19:18:13:19 chr12 112667675 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.022;QD=62.0218;RBI=0.0191876;REFB=0;REVB=-0.00072527;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79341e-05;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr12 112703732 . A C 182.02 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0161298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.309;QD=9.57978;RBI=0.01613;REFB=-0.00962085;REVB=6.94264e-05;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895396;STB=0.552588;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0240436;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:12:12:22:30:12:12:22:30 chr12 112704961 . A G 60.39 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00832911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.225;QD=8.05172;RBI=0.0176013;REFB=-0.00408732;REVB=-0.0155059;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48837;STB=0.79936;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0324231;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:7:14:2:7:7:14 chr12 112705013 . C T 83.15 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0227454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4352;QD=9.50281;RBI=0.0419564;REFB=-0.0157231;REVB=-0.035256;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190887;STB=0.615182;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0316189;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:9:15:5:6:9:15 chr12 113313470 . C T 777.23 PASS AF=0.411215;AO=88;DP=214;FAO=88;FDP=214;FR=.;FRO=126;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=0.0106518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2829;QD=14.5276;RBI=0.0517807;REFB=-0.0101626;REVB=0.0506733;RO=126;SAF=40;SAR=48;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228927;STB=0.512818;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0149145;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:126:126:88:88:0.411215:48:40:60:66:48:40:60:66 chr12 113319600 . C T 169.0 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00802697;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5243;QD=10.7301;RBI=0.041004;REFB=-0.0252522;REVB=-0.0402107;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408904;STB=0.503722;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.078343;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:21:22:0.349206:9:12:23:17:9:13:24:17 chr12 113325629 . T C 250.17 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.006694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.56;QD=12.2032;RBI=0.0137716;REFB=-0.00549226;REVB=-0.0120353;RO=51;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398584;STB=0.527513;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0107619;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:19:11:17:34:19:11:17:35 chr12 113348870 . G A 449.83 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00420357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7848;QD=16.9745;RBI=0.00478759;REFB=-0.000553587;REVB=-0.00229151;RO=56;SAF=33;SAR=16;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241114;STB=0.639325;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000154238;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:49:49:0.462264:16:33:24:32:16:33:24:33 chr12 113356516 . T C 160.47 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0154749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.847;QD=12.3438;RBI=0.0268161;REFB=-0.0170378;REVB=0.0219004;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123201;STB=0.516113;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0234234;OID=.;OPOS=113356516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:18:20:0.384615:8:10:20:10:8:12:20:12 chr12 113357193 . G A 233.69 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0734618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.633;QD=32.2325;RBI=0.076526;REFB=-0.00878582;REVB=-0.021438;RO=7;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217704;STB=0.528026;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000260918;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:7:8:21:21:0.724138:10:11:4:3:10:11:5:3 chr12 113357209 . G A 282.02 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0212932;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.565;QD=34.184;RBI=0.021548;REFB=-0.00583801;REVB=0.00330382;RO=9;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485391;STB=0.52656;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00259553;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:34:33:9:9:24:24:0.727273:13:11:5:4:13:11:5:4 chr12 113357237 . G C 339.87 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0098943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4923;QD=29.5542;RBI=0.0519374;REFB=-0.0527259;REVB=-0.0509862;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877617;STB=0.54816;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0225675;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:14:15:11:6:14:15:11:6 chr12 113357442 . G A 327.33 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0552511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9083;QD=20.4584;RBI=0.0658216;REFB=-0.0122029;REVB=0.0357742;RO=30;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660449;STB=0.531098;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0145272;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:22:11:8:22:23:11:8:22 chr12 113369715 . TA GT,T 199.1 PASS AF=0.0192308,0.423077;AO=2,20;DP=52;FAO=1,22;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=0,10;FSAR=1,12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00552698,0.00336627;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=166.784,162.417;QD=15.3156;RBI=0.0121902,0.00811832;REFB=-0.00379531,-0.0045783;REVB=-0.0108652,-0.00738751;RO=29;SAF=0,9;SAR=2,11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521293,-0.174197;STB=0.992109,0.593556;STBP=0.231,0.267;TYPE=mnp,del;VARB=0.0209666,0.0052511;OID=.,.;OPOS=113369715,113369716;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:52:29:29:2,20:1,22:0.0192308,0.423077:2,11:0,9:18:11:1,12:0,10:18:11 chr12 113369759 . G C 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0153095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.186;QD=17.6879;RBI=0.0444682;REFB=-0.0040962;REVB=-0.0417498;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878716;STB=0.560917;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00452409;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:21:21:0.446809:12:9:13:12:12:9:14:12 chr12 113376388 . G A 415.3 PASS AF=0.68;AO=33;DP=49;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0608491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7938;QD=33.224;RBI=0.0983265;REFB=-0.0843222;REVB=0.0772366;RO=16;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101803;STB=0.549267;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0399435;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:16:16:33:34:0.68:18:15:10:6:18:16:10:6 chr12 113376452 . C T 72.79 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0273844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.846;QD=24.2629;RBI=0.0304722;REFB=-0.069656;REVB=0.0133658;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.036464;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:12:12:2:2:7:8:0.666667:6:1:1:1:6:2:1:1 chr12 113386950 . T C 1142.44 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00184621;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.084;QD=59.3474;RBI=0.0042634;REFB=0.014247;REVB=0.00384293;RO=0;SAF=9;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30898e-08;STB=0.503703;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-2.72424e-06;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:67:9:0:0:67:9:0:1 chr12 113398918 . CG C,CA 773.56 PASS AF=0.178571,0.821429;AO=10,45;DP=55;FAO=10,46;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=10,17;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523258,-0.00806361;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.86,142.082;QD=55.2544;RBI=0.0531164,0.0114465;REFB=0,0;REVB=-0.00913046,-0.00812402;RO=0;SAF=10,17;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0485986,0.00196246;OID=.,.;OPOS=113398919,113398919;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.178571,0.821429:10,45:55:10,46:56:0:10,17:0,29:0:0:51:0:10,17:0,28:0:0 chr12 113425154 . C G 223.49 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.39;QD=49.6642;RBI=0.0349896;REFB=0;REVB=0.00315673;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08918e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:14:3:0:0:14:4:0:0 chr12 113435450 . A T 1324.34 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463528;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4482;QD=62.3219;RBI=0.0476481;REFB=0;REVB=0.0110343;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136307;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:48:36:0:0:49:36:0:0 chr12 113448288 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.313;QD=60.8833;RBI=0.0136432;REFB=0;REVB=0.0112251;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50246e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr12 113543660 . C T 37.56 PASS AF=0.3;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0407701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.505;QD=7.51164;RBI=0.0480413;REFB=-0.00156249;REVB=-0.0254119;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497665;STB=0.832223;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0037326;OID=.;OPOS=113543660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:19:20:13:14:6:6:0.3:1:5:5:8:1:5:5:9 chr12 113553481 . C T 803.77 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547603;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.636;QD=57.4123;RBI=0.0570992;REFB=0;REVB=0.0161749;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148511;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:43:13:0:0:43:13:0:0 chr12 113664624 . A C 477.85 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00235775;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.854;QD=21.9699;RBI=0.0159855;REFB=-0.0122006;REVB=0.0158107;RO=41;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127125;STB=0.507011;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0100571;OID=.;OPOS=113664624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:41:46:46:0.528736:22:24:22:19:22:24:22:19 chr12 113796566 . A C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0207045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.415;QD=13.486;RBI=0.0207105;REFB=-0.0175084;REVB=-0.000499211;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0231677;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:4:7:7:2:4:7 chr12 114261053 . G A 1016.53 PASS AF=0.551136;AO=97;DP=176;FAO=97;FDP=176;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.0119118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.762;QD=23.1029;RBI=0.03207;REFB=-0.0163621;REVB=0.0297757;RO=77;SAF=49;SAR=48;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106811;STB=0.557408;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0131477;OID=.;OPOS=114261053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:77:79:97:97:0.551136:48:49:49:28:48:49:50:29 chr12 114362483 . C T 490.31 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00375191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.893;QD=56.0352;RBI=0.00399344;REFB=-0.181414;REVB=-0.00136776;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00074623;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:12:22:0:0:12:22:0:1 chr12 114377899 . G C 1287.07 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726753;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.721;QD=62.0273;RBI=0.0489088;REFB=0;REVB=0.0483658;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26331e-05;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr12 114793240 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0143529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.161;QD=16.1061;RBI=0.0208511;REFB=-0.0179984;REVB=-0.0151249;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117594;STB=0.567489;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0229151;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:9:13:8:9:9:13 chr12 114793297 . T C 62.54 PASS AF=0.230769;AO=4;DP=27;FAO=6;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0233701;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.704;QD=9.62092;RBI=0.0233706;REFB=-0.0446158;REVB=-0.000157302;RO=8;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.655128;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0504622;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:27:26:8:15:4:6:0.230769:4:0:2:6:4:2:6:9 chr12 114837383 . C T 218.68 PASS AF=0.262295;AO=32;DP=121;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.000221005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.851;QD=7.16967;RBI=0.00282283;REFB=-0.00344338;REVB=-0.00281417;RO=85;SAF=15;SAR=17;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145135;STB=0.57989;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00953773;OID=.;OPOS=114837383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:85:90:32:32:0.262295:17:15:50:35:17:15:52:38 chr12 116155595 . G A 679.73 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0481239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9919;QD=22.8482;RBI=0.0514976;REFB=0.0116381;REVB=0.0183328;RO=50;SAF=40;SAR=26;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792294;STB=0.525599;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00979517;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:53:66:66:0.554622:26:40:35:15:26:40:35:18 chr12 116520393 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00387521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.169;QD=11.8306;RBI=0.00518604;REFB=-0.0123768;REVB=0.00344641;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0114307;OID=.;OPOS=116520393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:8:10:4:7:8:10 chr12 116586414 . CTATATATATATATATATATATAC CTATATATATATATATATATA,CTATATATATATATATATATAC 189.34 PASS AF=0,0.692308;AO=4,13;DP=25;FAO=0,18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=0,8;FSAR=0,10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0189701,0.229822;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=68.9698,85.7914;QD=29.1289;RBI=0.0263028,0.239219;REFB=-0.134261,-0.226948;REVB=0.0182201,0.0663881;RO=8;SAF=4,4;SAR=0,9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.791648,0.15565;STB=0.5,0.601664;STBP=1,0.157;TYPE=del,del;VARB=0,0.0948913;OID=.,.;OPOS=116586435,116586415;OREF=TAC,TA;OALT=-,-;OMAPALT=CTATATATATATATATATATA,CTATATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.692308:4,13:25:0,18:26:8:0,8:0,10:1:7:53:8:4,4:0,9:1:7 chr12 117217141 . T C 785.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.693;QD=57.1003;RBI=0.0382544;REFB=0;REVB=0.0306027;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127484;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr12 117219947 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.866;QD=33.4285;RBI=0.0403644;REFB=0;REVB=-0.0217252;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229675;OID=.;OPOS=117219947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 117289613 . G C 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.742;QD=61.6692;RBI=0.0750614;REFB=0;REVB=0.064111;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318697;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr12 117290182 . T C,TTTCCCC 726.6 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=3,41;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.073155,0.0131998;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,6;MLLD=41.1353,272.434;QD=61.8385;RBI=0.073432,0.0271641;REFB=0,0;REVB=0.00637228,0.0237414;RO=0;SAF=2,12;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0380698,-4.09025e-05;OID=.,.;OPOS=117290182,117290183;OREF=T,-;OALT=C,TTCCCC;OMAPALT=C,TTTCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:0:0:3,41:1,46:0.0212766,0.978723:1,29:2,12:0:0:0,32:1,14:0:0 chr12 117383320 . G A 810.49 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2251;QD=56.8762;RBI=0.0472846;REFB=0;REVB=0.0472423;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215414;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:21:34:0:0:21:36:0:0 chr12 117402622 . G T 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0173555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.628;QD=7.86767;RBI=0.0200657;REFB=-0.00531196;REVB=-0.0100707;RO=61;SAF=8;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100247;STB=0.560386;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0134801;OID=.;OPOS=117402622;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:15:8:26:35:15:8:26:35 chr12 117465857 . T C 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0180859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.353;QD=16.8918;RBI=0.018669;REFB=-0.00619957;REVB=0.00462959;RO=45;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450147;STB=0.502526;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00659876;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:13:24:29:16:13:24:29:16 chr12 117593387 . G A 1118.49 PASS AF=0.497778;AO=111;DP=221;FAO=112;FDP=225;FR=.;FRO=113;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.00198993;FXX=0.00881018;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.683;QD=19.8843;RBI=0.00504883;REFB=-0.0225497;REVB=0.00464014;RO=109;SAF=52;SAR=59;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986398;STB=0.542263;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0107461;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:225:109:113:111:112:0.497778:59:52:63:46:59:53:63:50 chr12 117593391 . A G 1164.19 PASS AF=0.513393;AO=114;DP=224;FAO=115;FDP=224;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=-0.0366007;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.4;QD=20.7892;RBI=0.0376307;REFB=-0.00153462;REVB=-0.0087442;RO=108;SAF=53;SAR=61;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967219;STB=0.552404;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000977898;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:108:109:114:115:0.513393:61:53:62:46:62:53:62:47 chr12 117701714 . A G 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.408;QD=61.3987;RBI=0.0380609;REFB=0.168859;REVB=-0.0366534;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00108863;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:42:47:0:1:42:47:0:1 chr12 117768725 . G A 92.63 PASS AF=0.126506;AO=21;DP=167;FAO=21;FDP=166;FR=.;FRO=145;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=-0.00551921;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.33;QD=2.23205;RBI=0.0276613;REFB=-0.0035425;REVB=-0.0271051;RO=135;SAF=18;SAR=3;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445585;STB=0.806;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0129571;OID=.;OPOS=117768725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:167:166:135:145:21:21:0.126506:3:18:72:63:3:18:80:65 chr12 117890947 . T C 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.37;QD=61.2095;RBI=0.0153612;REFB=0;REVB=-0.0106659;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59356e-07;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr12 117900360 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00439727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.025;QD=12.4555;RBI=0.0121053;REFB=-0.0023047;REVB=0.0112784;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668407;STB=0.538701;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00444109;OID=.;OPOS=117900360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:19:15:8:13:19:15 chr12 118020115 . G A 689.41 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.959;QD=62.6734;RBI=0.0175915;REFB=0;REVB=0.0162317;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87578e-05;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr12 118198833 . G C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0005518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.028;QD=14.7011;RBI=0.0617851;REFB=0.049841;REVB=0.0617826;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.670392;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0457322;OID=.;OPOS=118198833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:4:11:5:7:4:11 chr12 118199286 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.468;QD=54.5175;RBI=0.0582209;REFB=0;REVB=0.0302013;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115399;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr12 118467553 . A G 96.63 PASS AF=0.25;AO=14;DP=66;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000865296;FXX=0.104462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.33;QD=6.44176;RBI=0.00205411;REFB=-0.00917488;REVB=0.00186297;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129389;STB=0.517218;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0361383;OID=.;OPOS=118467553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:66:60:39:45:14:15:0.25:9:5:18:21:9:6:19:26 chr12 118473054 . T C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0146655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.324;QD=18.0352;RBI=0.0146825;REFB=-0.0125659;REVB=-0.000706884;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102583;STB=0.543821;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0207957;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:9:13:18:8:9:13:18:9 chr12 118506186 . A T 239.62 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.000412984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.788;QD=18.0843;RBI=0.0268917;REFB=-0.0117097;REVB=0.0268886;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120726;STB=0.567477;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0194221;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:19:8:11:15:19:8 chr12 118509191 . G A 491.79 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661015;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.169;QD=59.6104;RBI=0.0789953;REFB=0;REVB=0.0432534;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57025e-05;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr12 118517275 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.010808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.2218;QD=16.5265;RBI=0.0348888;REFB=-0.0187074;REVB=0.0331725;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466582;STB=0.549959;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0279452;OID=.;OPOS=118517275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:9:16:16:11:9:16:16:13 chr12 118682751 . C T 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0218292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9365;QD=14.6971;RBI=0.0396604;REFB=-0.00585222;REVB=-0.0331124;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041821;STB=0.524241;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00903513;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:11:12:9:7:11:12 chr12 118855405 . A G 1716.44 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000786984;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.748;QD=60.7588;RBI=0.024132;REFB=0;REVB=0.0241192;RO=0;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86339e-06;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:43:70:0:0:43:70:0:0 chr12 119431750 . G T 279.29 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00517246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.68;QD=18.9351;RBI=0.0157152;REFB=-0.00650619;REVB=0.0148395;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135077;STB=0.575231;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00775385;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:11:18:14:16:11:18 chr12 119866533 . A G 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0149958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.208;QD=23.2349;RBI=0.0205835;REFB=-0.0337821;REVB=0.0140998;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0148183;OID=.;OPOS=119866533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:6:7:9:9:6:7 chr12 119871266 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0112351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6549;QD=16.6178;RBI=0.014712;REFB=-0.0104977;REVB=0.00949816;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899296;STB=0.550976;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00883922;OID=.;OPOS=119871266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:12:16:11:12:12:16 chr12 119871387 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0286478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.891;QD=23.0879;RBI=0.0286483;REFB=-0.0292926;REVB=0.000175303;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159072;STB=0.589388;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0182437;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:16:6:8:10:16:6:8:10 chr12 119943081 . A G 65.82 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00130851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.529;QD=2.92523;RBI=0.00917546;REFB=-0.0106722;REVB=0.00908168;RO=77;SAF=7;SAR=6;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875214;STB=0.506015;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0527309;OID=.;OPOS=119943081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:77:77:13:13:0.144444:6:7:42:35:6:7:42:35 chr12 120067561 . T C 435.56 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0417075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.706;QD=19.3583;RBI=0.0421551;REFB=-0.0130711;REVB=0.00612699;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303831;STB=0.521212;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0112339;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:46:43:44:0.488889:24:19:18:26:25:19:18:28 chr12 120118264 . T C 239.83 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00564483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.792;QD=22.8414;RBI=0.0124625;REFB=-0.00389169;REVB=-0.0111108;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653289;STB=0.525965;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00322761;OID=.;OPOS=120118264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:11:11:11:8:11:12:11:8 chr12 120135626 . T C 38.83 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00995148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.837;QD=1.87131;RBI=0.0124101;REFB=-0.000991853;REVB=-0.00741478;RO=74;SAF=7;SAR=2;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255283;STB=0.69741;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00397755;OID=.;OPOS=120135626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:83:74:74:9:9:0.108434:2:7:43:31:2:7:43:31 chr12 120436408 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0063227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.929;QD=17.8275;RBI=0.0285648;REFB=-0.0216089;REVB=0.0278562;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341189;STB=0.697328;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.020725;OID=.;OPOS=120436408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:7:4:9:3:7:4 chr12 120527791 . G A 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0144876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8307;QD=17.4255;RBI=0.0191004;REFB=0.00547321;REVB=0.0124473;RO=23;SAF=3;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459341;STB=0.766151;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00839439;OID=.;OPOS=120527791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:16:3:13:10:16:3:13:10 chr12 120532202 . A G 197.99 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0231319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.496;QD=20.3071;RBI=0.0260107;REFB=-0.0105189;REVB=0.0118941;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167062;STB=0.593579;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0130679;OID=.;OPOS=120532202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:5:14:11:9:5:14 chr12 120532207 . TA T 32.32 PASS AF=0.275862;AO=9;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0576812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.0528;QD=4.45835;RBI=0.0890353;REFB=-0.0285922;REVB=-0.0678245;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175982;STB=0.611945;STBP=0.486;TYPE=del;VARB=0.0295975;OID=.;OPOS=120532208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:9:29:8:29:21:2:6:8:13:32:17:2:7:6:11 chr12 120534471 . C G 74.21 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0498067;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7552;QD=9.27632;RBI=0.0639209;REFB=-0.0109958;REVB=-0.0400646;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405356;STB=0.740767;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0396612;OID=.;OPOS=120534471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:5:17:4:6:5:17 chr12 120575549 . A C 1116.39 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.017;QD=60.3456;RBI=0.0431867;REFB=0;REVB=0.0244813;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145469;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:39:35:0:0 chr12 120580329 . C T 682.06 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=-0.0227065;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.271;QD=16.4352;RBI=0.0328181;REFB=-0.0146384;REVB=0.0236947;RO=92;SAF=38;SAR=36;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106214;STB=0.558991;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0179268;OID=.;OPOS=120580329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:92:74:74:0.445783:36:38:57:35:36:38:57:35 chr12 120589064 . G C 265.48 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0158158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7803;QD=11.0617;RBI=0.025962;REFB=-0.00756189;REVB=-0.0205885;RO=64;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361236;STB=0.520957;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0165424;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:17:15:28:36:17:15:28:36 chr12 120589160 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.712;QD=59.8377;RBI=0.0342871;REFB=0;REVB=-0.000434785;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94265e-05;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 120591143 . A G 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00521542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.933;QD=13.8305;RBI=0.010758;REFB=-0.0144374;REVB=0.00940923;RO=39;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167241;STB=0.595672;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0206461;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:18:9:19:20:18:9:19:20 chr12 120608031 . A G 168.43 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.000304751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.247;QD=15.668;RBI=0.00489164;REFB=-0.0117018;REVB=0.00488213;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16632;STB=0.594803;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0103887;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:19:6:7:11:19:6 chr12 120613565 . T C 123.93 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00721797;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0543;QD=9.53275;RBI=0.016654;REFB=8.55009e-05;REVB=-0.0150085;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725667;STB=0.543424;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00239792;OID=.;OPOS=120613565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:36:16:16:0.307692:7:9:18:18:7:9:18:18 chr12 120636549 . C A 138.36 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0443042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3424;QD=11.7751;RBI=0.0809404;REFB=8.43586e-05;REVB=-0.0677383;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080714;STB=0.534018;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00444419;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:7:9:19:11:7:9:19:12 chr12 120649970 . C T 56.79 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0622275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5862;QD=11.9555;RBI=0.0673989;REFB=0.0138471;REVB=0.0258913;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491325;STB=0.802399;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0332028;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:5:6:1:7:5:6 chr12 120661977 . T C,G 300.1 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274024,0.0211564;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.064,85.9348;QD=52.1916;RBI=0.0274979,0.0509784;REFB=0,0;REVB=0.00229086,0.046381;RO=0;SAF=14,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.5038e-05,0.0148325;OID=.,.;OPOS=120661977,120661977;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:7,0:14,2:0:0:7,0:14,2:0:0 chr12 120662505 . T C 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0605285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7821;QD=11.5907;RBI=0.0611445;REFB=-0.0091621;REVB=0.00865687;RO=43;SAF=14;SAR=11;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157279;STB=0.595596;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0164212;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:25:25:0.362319:11:14:30:13:11:14:31:13 chr12 120730900 . T C 339.12 PASS AF=0.64;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00381566;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.891;QD=27.1292;RBI=0.0364006;REFB=-0.00623234;REVB=0.0362001;RO=19;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396831;STB=0.514697;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0066932;OID=.;OPOS=120730900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:19:18:32:32:0.64:10:22:14:5:10:22:13:5 chr12 120731003 . A G 192.37 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00372805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.675;QD=8.01523;RBI=0.0137713;REFB=-0.000234084;REVB=-0.0132571;RO=69;SAF=16;SAR=10;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808322;STB=0.554413;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00054292;OID=.;OPOS=120731003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:69:70:26:26:0.270833:10:16:38:31:10:16:38:32 chr12 120741382 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0130485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.956;QD=11.3327;RBI=0.0176833;REFB=-0.0106968;REVB=-0.0119347;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20259;STB=0.629957;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0101822;OID=.;OPOS=120741382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:6:8:10:16:6:8:10:17 chr12 120741615 . G A 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0259044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6806;QD=20.438;RBI=0.0273568;REFB=-0.0408888;REVB=0.00879538;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193049;STB=0.606906;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0277639;OID=.;OPOS=120741615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:14:19:10:19:14:19:10:19 chr12 120750517 . A G 163.73 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0167301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6861;QD=13.366;RBI=0.05217;REFB=-0.00200539;REVB=-0.0494147;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276363;STB=0.516111;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00211585;OID=.;OPOS=120750517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:13:18:10:8:13:18 chr12 120762765 . C T 746.48 PASS AF=0.681319;AO=62;DP=91;FAO=62;FDP=91;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00164134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.553;QD=32.8122;RBI=0.0107231;REFB=-0.0266022;REVB=-0.0105967;RO=29;SAF=33;SAR=29;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029278;STB=0.515803;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0151588;OID=.;OPOS=120762765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:29:29:62:62:0.681319:29:33:14:15:29:33:14:15 chr12 120762837 . A G 232.13 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00537986;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.806;QD=10.0925;RBI=0.0338368;REFB=-0.0155814;REVB=-0.0334064;RO=63;SAF=17;SAR=12;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739344;STB=0.543349;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0349521;OID=.;OPOS=120762837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:63:29:29:0.315217:12:17:33:30:12:17:33:30 chr12 120882217 . G T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0147441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.415;QD=9.56963;RBI=0.0366473;REFB=0.000213589;REVB=-0.0335505;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169958;STB=0.604132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000717268;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:8:7:5:3:8:7 chr12 120882264 . AAAG A 64.72 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0161855;FXX=0;HRUN=7;LEN=3;MLLD=241.686;QD=8.92694;RBI=0.0173681;REFB=-0.00255648;REVB=0.00629938;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.52825;STBP=0.811;TYPE=del;VARB=0.00430566;OID=.;OPOS=120882265;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:10:30:11:29:18:6:5:9:9:64:20:5:5:9:11 chr12 120884328 . C T 216.0 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0137935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.742;QD=29.7924;RBI=0.0506277;REFB=-0.0434328;REVB=0.0487124;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667753;STB=0.536806;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0222243;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:3:6:11:9:3:6 chr12 120934407 . C T 431.01 PASS AF=0.52439;AO=41;DP=80;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0235338;FXX=0.0120467;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.8053;QD=21.0248;RBI=0.0546766;REFB=-0.0224493;REVB=0.0493528;RO=39;SAF=14;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157854;STB=0.581563;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0339662;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:39:39:41:43:0.52439:27:14:20:19:28:15:20:19 chr12 120934624 . A C 103.77 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000949629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8222;QD=18.8677;RBI=0.0233115;REFB=-0.0127425;REVB=-0.0232921;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274137;STB=0.666389;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.010602;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:4:7:3:7:4:8:3:7 chr12 120941412 . TA T 34.8 PASS AF=0.2;AO=14;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0649898;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.0492;QD=2.14145;RBI=0.0969842;REFB=0.00141107;REVB=-0.071988;RO=46;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727043;STB=0.658322;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=-0.0248542;OID=.;OPOS=120941413;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:14:65:13:65:52:6:7:14:38:34:46:5:9:14:32 chr12 120960057 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0069095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.176;QD=8.08928;RBI=0.0187632;REFB=-0.00430366;REVB=-0.0174447;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269229;STB=0.657736;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0143476;OID=.;OPOS=120960057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:2:7:12:9:2:7:13:9 chr12 120966921 . A G 103.6 PASS AF=0.521739;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0898044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.941;QD=18.0178;RBI=0.0917104;REFB=-0.0335732;REVB=0.0186;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259998;STB=0.68503;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0492042;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:9:12:0.521739:5:4:2:9:5:7:2:9 chr12 121017171 . A G 323.26 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0123563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4851;QD=19.5914;RBI=0.0194683;REFB=-0.0266241;REVB=0.0150445;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702107;STB=0.5389;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0224042;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:12:22:23:9:12:22:23:9 chr12 121093633 . C CGT 39.25 PASS AF=0.625;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.137057;FXX=0.27248;HRUN=1;LEN=2;MLLD=54.61;QD=19.6265;RBI=0.137687;REFB=-0.206026;REVB=-0.0131559;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=ins;VARB=0.154569;OID=.;OPOS=121093634;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:4:11:5:8:3:2:3:0:3:20:4:2:2:2:2 chr12 121131891 . C T 396.54 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00575683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.78;QD=17.822;RBI=0.042006;REFB=-0.031095;REVB=-0.0416097;RO=46;SAF=30;SAR=11;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24273;STB=0.649352;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0249938;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:48:41:41:0.460674:11:30:23:23:11:30:23:25 chr12 121174899 . T C 351.78 PASS AF=0.381818;AO=43;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0837491;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5464;QD=12.7921;RBI=0.0847726;REFB=-0.0134541;REVB=-0.013133;RO=66;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491298;STB=0.503471;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0192025;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:68:43:42:0.381818:20:23:35:31:20:22:36:32 chr12 121175211 . C T 79.98 PASS AF=0.115607;AO=19;DP=173;FAO=20;FDP=173;FR=.;FRO=153;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=85;FSRR=68;FWDB=-0.00519239;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.056;QD=1.84914;RBI=0.0170298;REFB=0.000642477;REVB=0.0162189;RO=151;SAF=14;SAR=5;SRF=83;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242018;STB=0.686323;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00518436;OID=.;OPOS=121175211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:173:173:151:153:19:20:0.115607:5:14:83:68:5:15:85:68 chr12 121175984 . T C 54.26 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0236406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.993;QD=8.68098;RBI=0.0293751;REFB=-0.000229593;REVB=0.0174361;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097172;STB=0.559852;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00233792;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:10:7:4:4:10:7 chr12 121176679 . C T 143.19 PASS AF=0.4;AO=17;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0710746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.992;QD=14.3192;RBI=0.0759826;REFB=-0.0185391;REVB=-0.0268655;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155405;STB=0.642666;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0177824;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:17:16:0.4:12:5:10:13:12:4:11:13 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 272.74 PASS AF=0.676471,0.0294118;AO=18,5;DP=35;FAO=23,1;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=12,1;FSAR=11,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0426597,-0.0250194;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=193.465,84.9368;QD=32.0875;RBI=0.0426842,0.0262252;REFB=-0.00458117,-0.0281795;REVB=0.00144623,0.00786082;RO=10;SAF=11,3;SAR=7,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0735028,0.105052;STB=0.506591,0.989266;STBP=0.935,0.5;TYPE=ins,snp;VARB=0.00351765,0.150496;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:10:10:18,5:23,1:0.676471,0.0294118:7,2:11,3:5:5:11,0:12,1:5:5 chr12 121435475 . G A 72.94 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00590895;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.353;QD=8.33628;RBI=0.0510946;REFB=-0.0116214;REVB=-0.0507518;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324412;STB=0.687482;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0166498;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:35:24:25:10:10:0.285714:3:7:10:14:3:7:11:14 chr12 121435533 . G C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00081004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.619;QD=10.7536;RBI=0.00765198;REFB=-0.0101146;REVB=-0.00760898;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196541;OID=.;OPOS=121435533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:10:16:8:5:10:16 chr12 121435587 . G T 94.39 PASS AF=0.324324;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00961393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.832;QD=10.2042;RBI=0.0673785;REFB=-0.0192887;REVB=0.0666891;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488185;STB=0.519966;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0517431;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:37:25:25:10:12:0.324324:6:4:9:16:8:4:9:16 chr12 121437221 . T C 776.15 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0231199;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.333;QD=50.8953;RBI=0.0241635;REFB=-0.00895793;REVB=0.0070246;RO=3;SAF=29;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148779;STB=0.515826;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00187259;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:62:61:3:4:57:57:0.934426:28:29:2:1:28:29:3:1 chr12 121437382 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.192;QD=43.4861;RBI=0.106941;REFB=0;REVB=0.00569812;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652924;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr12 121439598 . G A 447.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0101918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.052;QD=24.2071;RBI=0.0205265;REFB=-0.010393;REVB=0.0178175;RO=31;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135932;STB=0.574312;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00670971;OID=.;OPOS=121439598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:20:23:22:9:20:23:22:9 chr12 121442199 . T A 352.14 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0506937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2453;QD=28.746;RBI=0.0669802;REFB=-0.0527;REVB=0.0437778;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139826;STB=0.507687;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0399407;OID=.;OPOS=121442199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:20:10:6:13:20:10:6:13 chr12 121442214 . G A 288.89 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0776821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5777;QD=25.6793;RBI=0.0802483;REFB=-0.0327921;REVB=0.0201318;RO=19;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052929;STB=0.529389;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0374966;OID=.;OPOS=121442214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:18:8:7:12:18:8:7:12 chr12 121442241 . C T 96.71 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0132276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.737;QD=12.4788;RBI=0.0139609;REFB=-0.0210903;REVB=-0.00446512;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233862;STB=0.635637;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0282232;OID=.;OPOS=121442241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:4:15:7:5:4:15 chr12 121454257 . T A 850.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6325;QD=57.6939;RBI=0.0382009;REFB=0;REVB=0.010439;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532389;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr12 121600253 . T C 766.05 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0522;QD=63.8373;RBI=0.0226438;REFB=0;REVB=0.0129087;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033228;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 121615103 . G A 1361.98 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195275;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.107;QD=62.62;RBI=0.0202858;REFB=0;REVB=-0.00549451;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20153e-05;OID=.;OPOS=121615103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr12 121622304 . A C 44.62 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0225679;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.964;QD=5.94917;RBI=0.0298295;REFB=-0.00168878;REVB=-0.0195061;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483571;STB=0.811223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00632938;OID=.;OPOS=121622304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:22:23:7:7:0.233333:2:5:6:16:2:5:6:17 chr12 121622520 . A T 432.82 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350278;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.23;QD=57.7088;RBI=0.0370813;REFB=0;REVB=0.0121685;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139889;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr12 121622563 . G A 98.48 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0269551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7937;QD=14.0692;RBI=0.0275346;REFB=-0.0100971;REVB=0.00561929;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391968;STB=0.726918;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0174141;OID=.;OPOS=121622563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:4:12:4:8:4:12 chr12 121660524 . ATTC A 50.47 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0205663;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.577;QD=5.6075;RBI=0.0278606;REFB=-0.0105815;REVB=-0.0187946;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423107;STB=0.749625;STBP=0.102;TYPE=del;VARB=0.0242104;OID=.;OPOS=121660525;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:10:37:10:36:26:5:5:22:4:50:26:5:5:22:4 chr12 121660787 . T C 512.47 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3647;QD=58.5684;RBI=0.0217282;REFB=0;REVB=-0.0150425;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530349;OID=.;OPOS=121660787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:20:13:0:0:22:13:0:0 chr12 121666646 . A G 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0061926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.166;QD=33.3163;RBI=0.0274189;REFB=0.00292092;REVB=0.0267105;RO=10;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104481;STB=0.505716;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00106891;OID=.;OPOS=121666646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:12:13:5:5:12:13:5:5 chr12 121691096 . G A 194.42 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00970474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.383;QD=24.3028;RBI=0.012905;REFB=0.0119612;REVB=0.00850626;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0115914;OID=.;OPOS=121691096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:7:6:8:11:7:6 chr12 121707321 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0479356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.888;QD=13.7845;RBI=0.0499638;REFB=-0.0168563;REVB=-0.0140911;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141635;STB=0.580578;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0208053;OID=.;OPOS=121707321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:10:23:13:10:10:23 chr12 121712077 . T A 143.37 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0069491;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6024;QD=13.9877;RBI=0.00939514;REFB=-0.0111886;REVB=0.00632288;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838992;STB=0.549231;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0184091;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:3:13:19:6:3:13:19:6 chr12 121853164 . T C 156.31 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0365144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5804;QD=24.0472;RBI=0.0795328;REFB=-0.0145134;REVB=0.0706552;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111394;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.012769;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:6:4:9:7:6:4 chr12 121870922 . G A 146.27 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0258842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4002;QD=16.2518;RBI=0.106846;REFB=-0.0412977;REVB=0.103663;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27918;STB=0.598467;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.056909;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:20:20:14:16:0.444444:4:10:9:11:6:10:9:11 chr12 121871006 . A C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00314355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.817;QD=12.3289;RBI=0.0102173;REFB=-0.0067497;REVB=0.00972168;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201167;STB=0.60246;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0161879;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:4:7:7:9:4:7:8:9 chr12 121878659 . C T 781.29 PASS AF=0.660377;AO=69;DP=106;FAO=70;FDP=106;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00869439;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.707;QD=29.4827;RBI=0.00910086;REFB=-0.0126197;REVB=-0.00268947;RO=37;SAF=24;SAR=45;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403779;STB=0.521733;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00523507;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:37:36:69:70:0.660377:45:24:15:22:45:25:15:21 chr12 121880520 . G A 358.15 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0511832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.897;QD=22.3841;RBI=0.0534971;REFB=-0.0229397;REVB=0.0155635;RO=28;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128659;STB=0.570895;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0191229;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:16:20:11:17:16:20:11:17 chr12 121881848 . G A 277.21 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00448202;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.016;QD=25.7873;RBI=0.0138983;REFB=-0.0144294;REVB=0.0131558;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250209;STB=0.6463;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0161139;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:18:25:25:0.581395:12:13:3:14:12:13:3:15 chr12 122042844 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2377;QD=47.8138;RBI=0.0751182;REFB=-0.103654;REVB=0.0718901;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0086919;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:1:0:8:13:1:0 chr12 122079189 . C T 306.37 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00232685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.104;QD=29.8893;RBI=0.012929;REFB=-0.0344609;REVB=0.0127179;RO=13;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16281;STB=0.580702;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0210724;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:13:14:26:27:0.658537:11:15:4:9:11:16:5:9 chr12 122079441 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.45;QD=43.4862;RBI=0.0167946;REFB=0;REVB=0.0129625;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442787;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr12 122079668 . A G 36.57 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00408282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6315;QD=7.31322;RBI=0.0424443;REFB=-0.000171882;REVB=-0.0422475;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00386157;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:5:9:4:2:5:9 chr12 122079682 . A AT 70.39 PASS AF=0.695652;AO=13;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.113142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.15755;QD=12.2419;RBI=0.209307;REFB=-0.12445;REVB=-0.176092;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125599;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.100545;OID=.;OPOS=122079683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:13:23:16:23:7:7:9:3:4:25:9:5:8:5:4 chr12 122107255 . G A 195.84 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0268505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1307;QD=25.2698;RBI=0.0317457;REFB=-0.0131148;REVB=0.0169364;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134459;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501464;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:10:12:19:19:0.612903:8:11:6:4:8:11:7:5 chr12 122234089 . T A 1132.34 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149013;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3198;QD=60.3916;RBI=0.047617;REFB=0;REVB=0.0452253;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106618;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:24:50:0:0:24:51:0:0 chr12 122243905 . C T 1138.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562687;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.108;QD=60.725;RBI=0.0599304;REFB=0;REVB=0.0206275;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53318e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:76:75:1:46:30:0:0:45:30:0:0 chr12 122248582 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.501;QD=60.6094;RBI=0.0493937;REFB=0;REVB=0.0259818;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106217;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr12 122255311 . AC A 41.37 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.240925;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5053;QD=4.86717;RBI=0.250743;REFB=0.0414714;REVB=0.0694762;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300856;STB=0.716638;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=-0.0932825;OID=.;OPOS=122255312;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:10:34:12:34:22:4:8:15:7:41:19:4:6:13:6 chr12 122295335 . T C 257.72 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0011067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.797;QD=18.4088;RBI=0.00914893;REFB=-0.0213565;REVB=0.00908175;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162654;STB=0.517844;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0328978;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:14:14:14:13:14:14:15:13 chr12 122326812 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0348324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4714;QD=16.1187;RBI=0.0446341;REFB=0.00904019;REVB=-0.0279089;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179293;STB=0.602678;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0156028;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:10:3:5:7:10:3 chr12 122355716 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.829;QD=64.1532;RBI=0.055678;REFB=0;REVB=0.0164716;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142761;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr12 122620179 . TG T 51.31 PASS AF=0.5;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0631078;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3274;QD=6.84176;RBI=0.0917043;REFB=-0.0874207;REVB=-0.0665363;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.334694;SSSB=-0.0459857;STB=0.571338;STBP=0.483;TYPE=del;VARB=0.110152;OID=.;OPOS=122620180;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:30:15:30:15:9:6:11:4:51:12:8:5:8:4 chr12 122674032 . C T 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5086;QD=60.9656;RBI=0.0418644;REFB=0;REVB=0.0348773;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456391;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr12 122674758 . G A 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.326;QD=60.2152;RBI=0.0356558;REFB=0;REVB=0.0306934;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740195;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr12 122676013 . A C 986.88 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.298;QD=58.918;RBI=0.0174435;REFB=0;REVB=-0.00936737;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41279e-05;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:30:37:0:0 chr12 122689161 . C G 714.83 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000743278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3515;QD=57.1865;RBI=0.0977581;REFB=-0.02022;REVB=0.0977553;RO=3;SAF=34;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795308;STB=0.504236;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00673918;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:3:3:47:47:0.94:13:34:2:1:13:34:2:1 chr12 122689181 . C G 715.53 PASS AF=0.946429;AO=54;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0625048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1468;QD=51.1096;RBI=0.0872836;REFB=-0.101636;REVB=-0.0609228;RO=2;SAF=36;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254644;STB=0.52054;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0216215;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:54:53:0.946429:18:36:2:0:18:35:3:0 chr12 122689244 . C T 882.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.295;QD=56.0345;RBI=0.0891925;REFB=0;REVB=0.0562095;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184757;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:26:31:0:0:28:35:0:0 chr12 122691257 . G A 68.1 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0300469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.453;QD=14.3376;RBI=0.0312232;REFB=-0.0356309;REVB=0.0084895;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36755;STB=0.689242;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0149442;OID=.;OPOS=122691257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:6:3:7:2:6:3:7:3 chr12 122691738 . C A 524.0 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509159;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.491;QD=59.8854;RBI=0.0856488;REFB=0;REVB=0.0688715;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059673;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr12 122692820 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.746;QD=45.8065;RBI=0.0291421;REFB=0;REVB=0.00378308;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383567;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr12 122756342 . G A 988.77 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.259;QD=59.0308;RBI=0.0385709;REFB=0;REVB=0.0336196;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103784;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:61:67:1:38:23:0:0:42:25:0:0 chr12 122989234 . GA G,GC 2147.66 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=18,119;DP=138;FAO=3,135;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=2,64;FSAR=1,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614959,0.00158949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.3042,76.7663;QD=62.2509;RBI=0.0322708,0.198021;REFB=0,0;REVB=0.0316794,0.198014;RO=0;SAF=2,63;SAR=16,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0026066,-0.000413996;OID=.,.;OPOS=122989235,122989235;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:18,119:138:3,135:138:0:2,64:1,71:0:0:3:0:2,63:16,56:0:0 chr12 123087442 . A G 524.38 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.453;QD=58.2642;RBI=0.0966635;REFB=0;REVB=-0.00659036;RO=0;SAF=1;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614102;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:29:36:1:28:1:0:0:27:9:0:0 chr12 123105143 . C T 157.82 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00288337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.41;QD=12.1399;RBI=0.00540847;REFB=-0.0174098;REVB=-0.00457578;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111228;STB=0.578864;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0294504;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:18:19:0.365385:10:8:18:15:11:8:18:15 chr12 123185864 . A G 117.95 PASS AF=0.153846;AO=24;DP=157;FAO=24;FDP=156;FR=.;FRO=132;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=81;FSRR=51;FWDB=-0.00565935;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.18;QD=3.02424;RBI=0.0690199;REFB=-0.00204463;REVB=-0.0687875;RO=130;SAF=15;SAR=9;SRF=80;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129926;STB=0.510195;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.011622;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:130:132:24:24:0.153846:9:15:80:50:9:15:81:51 chr12 123185962 . T G 30.05 PASS AF=0.0655738;AO=12;DP=184;FAO=12;FDP=183;FR=.;FRO=171;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=100;FSRR=71;FWDB=-0.00624327;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4292;QD=0.6568;RBI=0.0258722;REFB=0.00325442;REVB=0.0251076;RO=171;SAF=4;SAR=8;SRF=100;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262143;STB=0.724388;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0507184;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:184:183:171:171:12:12:0.0655738:8:4:100:71:8:4:100:71 chr12 123200247 . G C 1729.45 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.42;QD=60.6824;RBI=0.0178199;REFB=0;REVB=-0.00389452;RO=1;SAF=68;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35161e-05;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:1:0:113:114:1:45:68:1:0:45:69:0:0 chr12 123200334 . T C 357.98 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.388;QD=55.0742;RBI=0.0546281;REFB=0;REVB=0.0303003;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131125;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr12 123200693 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.363;QD=58.1361;RBI=0.0286793;REFB=0;REVB=0.0265653;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002736;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:16:15:1:0:16:16:0:0 chr12 123200768 . T G 761.33 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.864;QD=63.444;RBI=0.00662988;REFB=0;REVB=-0.0013881;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20613e-05;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:17:31:0:0 chr12 123200937 . T G 651.16 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2872;QD=62.0155;RBI=0.0345056;REFB=0;REVB=0.0318704;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243178;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:27:15:0:0 chr12 123246781 . T A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.031206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.544;QD=16.3848;RBI=0.0316622;REFB=0.00513425;REVB=0.0053557;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00307453;OID=.;OPOS=123246781;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr12 123253852 . T C 115.15 PASS AF=0.191919;AO=19;DP=99;FAO=19;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=-0.0230864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.637;QD=4.65239;RBI=0.103393;REFB=-0.00812488;REVB=0.100782;RO=79;SAF=14;SAR=5;SRF=55;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631442;STB=0.536997;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0226093;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:79:80:19:19:0.191919:5:14:55:24:5:14:56:24 chr12 123253856 . C CAT,T 1371.53 PASS AF=0.619469,0.292035;AO=69,34;DP=114;FAO=70,33;FDP=113;FR=.;FRO=10;FSAF=48,26;FSAR=22,7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0104762,-0.023739;FXX=0.00877116;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=169.303,70.627;QD=48.5496;RBI=0.0379538,0.0845412;REFB=-0.106003,-0.0579641;REVB=0.0364793,-0.0811398;RO=9;SAF=48,26;SAR=21,8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0212483,-0.00706502;STB=0.502074,0.529513;STBP=0.939,0.574;TYPE=ins,snp;VARB=0.0257793,0.0383338;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:114:113:9:10:69,34:70,33:0.619469,0.292035:21,8:48,26:7:2:22,7:48,26:7:3 chr12 123333065 . C T 123.76 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0136884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0065;QD=8.68511;RBI=0.0211525;REFB=-0.0126392;REVB=-0.0161263;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760907;STB=0.545402;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0267229;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:14:26:10:7:14:26 chr12 123339929 . G C 53.4 PASS AF=0.195652;AO=8;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.100801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9188;QD=4.64334;RBI=0.111215;REFB=-0.0157073;REVB=0.0469885;RO=37;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618947;STB=0.911464;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0643783;OID=.;OPOS=123339929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:46:46:37:37:8:9:0.195652:7:1:25:12:8:1:25:12 chr12 123340453 . G GC 54.77 PASS AF=0.375;AO=7;DP=28;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.101324;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1311;QD=9.12814;RBI=0.119041;REFB=0.00559125;REVB=0.0624839;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21781e-08;STB=0.590145;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=-0.0159316;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:7:28:9:24:15:7:2:10:5:54:21:5:2:15:6 chr12 123344021 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00298903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.472;QD=21.5108;RBI=0.0173293;REFB=-0.0025507;REVB=-0.0170696;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925453;STB=0.560983;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00205656;OID=.;OPOS=123344021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:8:13:13:5:8:13:14:5 chr12 123345736 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.529;QD=46.848;RBI=0.0118996;REFB=0;REVB=0.00900939;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23652e-05;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr12 123350150 . ATTTCCTTT ATTCCTTT,ATTTC,ATTTCCTT 37.06 PASS AF=0,0.333333,0;AO=2,6,2;DP=18;FAO=0,6,0;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3,0;FSAR=0,3,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.11373,-0.039868,-0.113728;FXX=0;HRUN=3,2,3;LEN=1,4,1;MLLD=20.6749,109.611,16.9283;QD=8.23487;RBI=0.204479,0.0693725,0.137437;REFB=-0.0543261,-0.00893748,-0.0203907;REVB=-0.169932,-0.0567722,-0.0771674;RO=8;SAF=1,3,2;SAR=1,3,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.590874;STB=0.5,0.555373,0.5;STBP=1,0.755,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.00865031,0;OID=.,.,.;OPOS=123350151,123350155,123350156;OREF=T,CTTT,T;OALT=-,-,-;OMAPALT=ATTCCTTT,ATTTC,ATTTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333,0:2,6,2:18:0,6,0:18:12:0,3,0:0,3,0:7:5:37:8:1,3,2:1,3,0:4:4 chr12 123351712 . C CG 41.49 PASS AF=0.22973;AO=21;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.019551;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.4553;QD=2.24244;RBI=0.0687235;REFB=-0.0301773;REVB=-0.0658838;RO=53;SAF=19;SAR=2;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643704;STB=0.863953;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.130559;OID=.;OPOS=123351713;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22973:21:74:17:74:57:15:2:25:32:41:53:19:2:21:32 chr12 123435020 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.035649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4247;QD=8.24622;RBI=0.0613621;REFB=-0.000133;REVB=-0.0499445;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516084;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.000707907;OID=.;OPOS=123435020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:2:5:10:4:2:5:11:4 chr12 123460823 . A G 1072.48 PASS AF=0.627586;AO=91;DP=147;FAO=91;FDP=145;FR=.;FRO=54;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00999913;FXX=0.0333311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.087;QD=29.5858;RBI=0.0235113;REFB=-0.0566774;REVB=0.0212791;RO=47;SAF=55;SAR=36;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367864;STB=0.511746;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0347881;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:47:54:91:91:0.627586:36:55:31:16:36:55:31:23 chr12 123471094 . G A 260.25 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=43;FWDB=0.0304149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.881;QD=12.1046;RBI=0.0304171;REFB=-0.0312624;REVB=0.00036836;RO=55;SAF=7;SAR=24;SRF=12;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122101;STB=0.507023;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.037322;OID=.;OPOS=123471094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:24:7:12:43:24:7:12:43 chr12 123495289 . C A 294.99 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0477759;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.317;QD=19.9996;RBI=0.0609763;REFB=-0.0420101;REVB=0.037889;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079103;STB=0.555252;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0397686;OID=.;OPOS=123495289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:29:31:0.525424:10:19:16:12:10:21:16:12 chr12 123645803 . G A 571.61 PASS AF=0.495798;AO=58;DP=116;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0348517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.313;QD=19.2136;RBI=0.0359447;REFB=-0.00675703;REVB=0.0087967;RO=58;SAF=36;SAR=22;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328249;STB=0.523314;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00747798;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:58:60:58:59:0.495798:22:36:34:24:22:37:35:25 chr12 123665695 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0285726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.469;QD=21.065;RBI=0.0285828;REFB=-0.0278998;REVB=0.000763495;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164663;STB=0.592942;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0205531;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:17:7:11:13:17:7:11:13 chr12 123705962 . C T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0350439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.928;QD=25.2873;RBI=0.0360498;REFB=-0.0121653;REVB=-0.00845636;RO=8;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242838;STB=0.645011;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00292463;OID=.;OPOS=123705962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:16:16:0.64:11:5:0:8:11:5:0:9 chr12 123738494 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00173353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.197;QD=20.8921;RBI=0.042804;REFB=0.00743822;REVB=0.0427689;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354335;STB=0.705427;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00370231;OID=.;OPOS=123738494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:4:2:8:2:4:2 chr12 123746357 . C G 272.94 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0452976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6711;QD=24.2609;RBI=0.0474194;REFB=-0.0309798;REVB=0.014026;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708107;STB=0.504832;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0148525;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:9:16:12:7:9:16:13:7 chr12 123789056 . T G 684.17 PASS AF=0.564103;AO=65;DP=117;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0184795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.9;QD=23.3904;RBI=0.0201603;REFB=-0.0121013;REVB=-0.00805873;RO=50;SAF=34;SAR=31;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294896;STB=0.523357;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00829605;OID=.;OPOS=123789056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:51:65:66:0.564103:31:34:28:22:32:34:29:22 chr12 123794104 . G T 397.55 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0287055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.357;QD=28.9126;RBI=0.0293594;REFB=-0.00128458;REVB=0.00616195;RO=18;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103178;STB=0.505615;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.000632557;OID=.;OPOS=123794104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:15:22:11:7:15:22:11:7 chr12 123799938 . C T 353.54 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00101921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8579;QD=23.969;RBI=0.0329837;REFB=0.0114348;REVB=-0.0329679;RO=24;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145025;STB=0.579665;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00880541;OID=.;OPOS=123799938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:20:15:15:9:20:15:15:9 chr12 123799974 . A G 295.76 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0131083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.971;QD=22.3217;RBI=0.0235037;REFB=-0.0196635;REVB=0.0195089;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144754;STB=0.579947;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0172937;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:15:8:16:14:15:8 chr12 123806219 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0184646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.39;QD=13.1195;RBI=0.0326156;REFB=-0.018272;REVB=0.0268856;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063457;STB=0.536369;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0274432;OID=.;OPOS=123806219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:14:11:19:19:14:11:19:19 chr12 123825559 . C T 143.19 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.000198416;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.51;QD=10.8068;RBI=0.017952;REFB=-0.0166028;REVB=0.0179509;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512182;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0350893;OID=.;OPOS=123825559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:35:17:18:0.339623:6:11:22:12:7:11:22:13 chr12 123879666 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00126223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.677;QD=18.1541;RBI=0.0121312;REFB=-0.00593425;REVB=0.0120653;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117994;STB=0.566947;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00777837;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:10:15:10:11:10:15 chr12 123879668 . G C 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0166804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.242;QD=19.4655;RBI=0.0434041;REFB=0.0111303;REVB=-0.0400709;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156284;STB=0.588156;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00127732;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:9:15:10:12:9:15 chr12 123879768 . AA CG 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0201428;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=139.627;QD=14.0975;RBI=0.0208691;REFB=0.00456405;REVB=-0.00545772;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732572;STB=0.542649;STBP=0.717;TYPE=mnp;VARB=-0.00488369;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:7:11:7:6:7:11 chr12 123889486 . G C 40.26 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.029057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9538;QD=2.06453;RBI=0.0597403;REFB=0.00910494;REVB=-0.0521976;RO=67;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362847;STB=0.758939;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.075148;OID=.;OPOS=123889486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:76:78:67:69:9:9:0.115385:7:2:35:32:7:2:35:34 chr12 123889492 . A C 78.53 PASS AF=0.177215;AO=13;DP=80;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0300068;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.732;QD=3.97632;RBI=0.0304166;REFB=-0.00935339;REVB=-0.00497652;RO=65;SAF=3;SAR=10;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372929;STB=0.763213;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.018985;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:79:65:65:13:14:0.177215:10:3:34:31:11:3:34:31 chr12 123892095 . T C 203.35 PASS AF=0.28125;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0343142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.998;QD=8.47288;RBI=0.0386412;REFB=-0.00999786;REVB=0.0177675;RO=69;SAF=16;SAR=11;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866903;STB=0.551685;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0218956;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:69:27:27:0.28125:11:16:36:33:11:16:36:33 chr12 123892186 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0150212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.383;QD=15.2375;RBI=0.018463;REFB=-0.00465884;REVB=-0.0107354;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119353;STB=0.567708;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00511806;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:19:17:10:18:19:17 chr12 123892235 . G A 142.7 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0105778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0624;QD=22.8318;RBI=0.0268232;REFB=0.0130216;REVB=-0.0246494;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984057;STB=0.542318;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0152817;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:6:8:7:3:6:9:7:3 chr12 123892590 . C T 147.68 PASS AF=0.215517;AO=25;DP=117;FAO=25;FDP=116;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.00909968;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.524;QD=5.09256;RBI=0.015606;REFB=-0.00767243;REVB=-0.0126784;RO=90;SAF=10;SAR=15;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234914;STB=0.648533;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0270622;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:90:91:25:25:0.215517:15:10:53:37:15:10:54:37 chr12 123892824 . C T 482.69 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.753;QD=58.5076;RBI=0.00606776;REFB=0;REVB=0.000143699;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72345e-05;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr12 124008073 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4206;QD=57.2363;RBI=0.0351412;REFB=0;REVB=-0.0295692;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369461;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr12 124069213 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0907;QD=52.6123;RBI=0.0800218;REFB=0;REVB=-0.0539079;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00314488;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr12 124090453 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.842;QD=60.0767;RBI=0.0203318;REFB=0;REVB=-0.0134823;RO=0;SAF=31;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15812e-06;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:76:31:0:0:76:31:0:0 chr12 124118087 . T C 89.38 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0621747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9011;QD=9.16685;RBI=0.0744628;REFB=-0.0150679;REVB=-0.0409758;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324451;STB=0.698282;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0355987;OID=.;OPOS=124118087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:39:39:27:27:12:12:0.307692:9:3:14:13:9:3:14:13 chr12 124144572 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT 90.34 PASS AF=0.666667,0.244444,0;AO=11,9,3;DP=47;FAO=30,11,0;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=16,2,0;FSAR=14,9,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.216783,0.159714,0.127387;FXX=0.062487;HRUN=11,11,1;LEN=1,1,2;MLLD=2.97707,17.919,16.3702;QD=8.03019;RBI=0.300374,0.192736,0.138214;REFB=-0.125365,-0.0878809,-0.0874725;REVB=-0.207917,-0.107882,-0.0536239;RO=10;SAF=7,0,1;SAR=4,9,2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0578471,-0.814938,-0.37802;STB=0.525675,0.691912,0.5;STBP=0.456,0.048,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0673759,0.1379,0;OID=.,.,.;OPOS=124144573,124144583,124144572;OREF=T,T,CT;OALT=-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:47:45:10:4:11,9,3:30,11,0:0.666667,0.244444,0:4,9,2:7,0,1:7:3:14,9,0:16,2,0:3:1 chr12 124209332 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.904;QD=47.8209;RBI=0.0863158;REFB=0;REVB=0.0148861;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812361;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr12 124210782 . T C 582.26 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.136;QD=58.2258;RBI=0.124457;REFB=-0.0887755;REVB=0.122278;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00169789;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:12:27:0:0:12:27:1:0 chr12 124229429 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.035;QD=57.884;RBI=0.0463238;REFB=0;REVB=0.0302133;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257049;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr12 124243707 . T C 789.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192864;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.021;QD=64.4172;RBI=0.0206673;REFB=0;REVB=0.00742777;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64845e-05;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr12 124265687 . T C 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.018636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.182;QD=20.5426;RBI=0.0195237;REFB=-0.0105909;REVB=-0.00582;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370966;STB=0.520537;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00802185;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:19:20:20:16:19:20:20:16 chr12 124267703 . T C 545.26 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0173691;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.897;QD=33.5545;RBI=0.0289777;REFB=-0.0268996;REVB=0.0231952;RO=18;SAF=27;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387994;STB=0.520949;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00733605;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:18:18:47:47:0.723077:20:27:9:9:20:27:9:9 chr12 124274474 . A G 361.88 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0175;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.033;QD=14.0535;RBI=0.0176571;REFB=-0.00986686;REVB=-0.00234997;RO=60;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186884;STB=0.598646;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0188678;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:60:61:42:42:0.407767:22:20:18:42:22:20:19:42 chr12 124325977 . T G 300.92 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00604273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.631;QD=14.1608;RBI=0.0415499;REFB=-0.0166512;REVB=-0.0411082;RO=51;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124821;STB=0.570989;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0252578;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:14:20:24:27:14:20:24:27 chr12 124829234 . C T 1500.28 PASS AF=0.989691;AO=91;DP=94;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.815;QD=61.8671;RBI=0.0749574;REFB=-0.0585179;REVB=0.0733916;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000755712;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:97:0:1:91:96:0.989691:54:37:0:0:59:37:0:1 chr12 124829255 . A G 1217.07 PASS AF=0.9875;AO=58;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515435;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.041;QD=60.8536;RBI=0.0541592;REFB=0;REVB=0.016628;RO=0;SAF=12;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00522667;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:0:58:79:0.9875:46:12:0:0:47:32:0:0 chr12 124829497 . C A 177.91 PASS AF=0.231405;AO=25;DP=127;FAO=28;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0476243;FXX=0.0472404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.38;QD=5.88134;RBI=0.0587436;REFB=-0.0164576;REVB=-0.0343909;RO=64;SAF=6;SAR=19;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212676;STB=0.682793;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0521594;OID=.;OPOS=124829497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:121:64:93:25:28:0.231405:19:6:25:39:20:8:48:45 chr12 124838720 . C T 417.5 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00989073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.789;QD=17.2165;RBI=0.0136631;REFB=-0.0234755;REVB=0.00942617;RO=51;SAF=18;SAR=25;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14558;STB=0.596329;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0296728;OID=.;OPOS=124838720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:51:54:43:43:0.443299:25:18:29:22:25:18:32:22 chr12 124856660 . T A 936.85 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.84;QD=58.5532;RBI=0.0506552;REFB=0;REVB=0.0426824;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236594;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr12 124968349 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.044245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7996;QD=10.3789;RBI=0.0469711;REFB=-0.00681366;REVB=-0.0157692;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217481;STB=0.629368;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00827427;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:12:4:4:5:12:4 chr12 124968359 . C T 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.120064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3953;QD=22.719;RBI=0.125393;REFB=0.0332666;REVB=0.0361694;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203306;STB=0.615819;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00960915;OID=.;OPOS=124968359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:3:11:5:4:3:11:5:4 chr12 124979789 . T G 460.73 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00866794;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.898;QD=28.7958;RBI=0.0216795;REFB=-0.0160438;REVB=0.0198713;RO=22;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302542;STB=0.516459;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0101017;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:22:22:42:42:0.65625:23:19:11:11:23:19:11:11 chr12 125284748 . A G 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0195922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.209;QD=29.6347;RBI=0.0298913;REFB=-0.0137302;REVB=-0.0225751;RO=16;SAF=6;SAR=22;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458948;STB=0.753235;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126404;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:22:6:14:2:22:6:14:2 chr12 125298877 . G A 715.86 PASS AF=0.609091;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=110;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00497779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.895;QD=26.0313;RBI=0.0638033;REFB=-0.00345782;REVB=0.0636088;RO=43;SAF=27;SAR=40;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194643;STB=0.605701;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00300755;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:43:43:67:67:0.609091:40:27:29:14:40:27:29:14 chr12 125324553 . C T 107.02 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010477;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.08;QD=42.8072;RBI=0.0314842;REFB=0;REVB=-0.0296899;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165743;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr12 125324570 . C T 128.68 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0231037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.608;QD=32.17;RBI=0.0364487;REFB=-0.182051;REVB=0.028191;RO=3;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471602;STB=0.526274;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00377374;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:3:10:2:1:3:10:2:1 chr12 125386076 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.364;QD=54.5148;RBI=0.00513194;REFB=0;REVB=-0.000444127;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5141e-05;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr12 125386091 . A G 33.08 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0311298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5578;QD=4.90052;RBI=0.0417522;REFB=-0.0163786;REVB=-0.0278241;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407207;STB=0.743446;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0725104;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:26:27:20:21:6:6:0.222222:4:2:14:6:4:2:14:7 chr12 125386114 . T A 52.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0261708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.335;QD=7.04692;RBI=0.0266309;REFB=-0.0190191;REVB=0.00492889;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34426;STB=0.713796;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0646231;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:15:7:5:3:15:7 chr12 125396488 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00912496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.014;QD=16.4266;RBI=0.0406116;REFB=-0.0163971;REVB=-0.0395731;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373023;STB=0.719552;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0146151;OID=.;OPOS=125396488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:2:9:5:6:2:9:5:6 chr12 125397061 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0438656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.454;QD=13.2053;RBI=0.0444533;REFB=-0.0235502;REVB=-0.00720437;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345446;STB=0.713468;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0304094;OID=.;OPOS=125397061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:3:3:1:5:3:3 chr12 125397364 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00783307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.138;QD=15.1969;RBI=0.018665;REFB=-0.0140904;REVB=-0.0169418;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219339;STB=0.624843;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0154586;OID=.;OPOS=125397364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:15:3:5:9:15:3 chr12 125397750 . A G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3873;QD=64.4092;RBI=0.0587138;REFB=0;REVB=-0.058469;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799729;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr12 125398039 . G C 226.39 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0239985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8463;QD=17.0862;RBI=0.0249003;REFB=-0.0258681;REVB=0.0066406;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194244;STB=0.622809;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0299131;OID=.;OPOS=125398039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:28:25:25:0.471698:12:13:19:7:12:13:21:7 chr12 125398517 . G A 452.78 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.399;QD=54.8829;RBI=0.0182621;REFB=-0.0204999;REVB=0.00263827;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00157463;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:16:15:1:0:17:15:1:0 chr12 125399068 . C T 742.43 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.058516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7829;QD=59.3944;RBI=0.0843112;REFB=-0.0869393;REVB=0.060698;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0314514;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:24:24:1:1:24:24:1:1 chr12 125399150 . G A 371.06 PASS AF=0.4;AO=43;DP=108;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0295962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8143;QD=13.4932;RBI=0.0307653;REFB=-0.0192889;REVB=-0.00840052;RO=63;SAF=15;SAR=28;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220692;STB=0.616967;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0325199;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:63:66:43:44:0.4:28:15:35:28:29:15:35:31 chr12 125399167 . T C 668.68 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.00429644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.663;QD=21.2279;RBI=0.0339122;REFB=-0.0146529;REVB=-0.033639;RO=57;SAF=36;SAR=30;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192339;STB=0.59997;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0127953;OID=.;OPOS=125399167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:57:60:66:66:0.52381:30:36:18:39:30:36:20:40 chr12 125411882 . GT AC 188.02 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00666041;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.808;QD=12.3291;RBI=0.00816206;REFB=0.00154168;REVB=0.00471785;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12298;STB=0.576859;STBP=0.403;TYPE=mnp;VARB=-0.0022893;OID=.;OPOS=125411882;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:38:23:23:0.377049:10:13:25:12:10:13:26:12 chr12 125412470 . C T 263.46 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00491604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.091;QD=16.4661;RBI=0.00551863;REFB=-0.000939635;REVB=-0.00250756;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111628;STB=0.569573;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00142423;OID=.;OPOS=125412470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:29:30:0.46875:17:12:18:16:18:12:18:16 chr12 125424502 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00773438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.518;QD=14.7422;RBI=0.00954102;REFB=-0.0109463;REVB=-0.00558664;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969463;STB=0.505611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0145665;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:13:12:8:9:13:12 chr12 125424510 . T A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00273392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.868;QD=16.4804;RBI=0.0112882;REFB=0.00135165;REVB=-0.0109522;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370151;STB=0.533945;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00217718;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:8:11:13:11:8:11:13:12 chr12 125432618 . G A 223.08 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00925297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.329;QD=16.5243;RBI=0.0104384;REFB=-0.00220643;REVB=0.00483138;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908903;STB=0.551141;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00237989;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:9:20:15:10:9:20 chr12 125434580 . C T 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.355;QD=57.835;RBI=0.0554814;REFB=-0.0480071;REVB=0.0470953;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171851;STB=0.509088;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000618334;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:27:42:0:1:27:42:0:1 chr12 125434716 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0068389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.962;QD=15.7907;RBI=0.0313868;REFB=-0.0228063;REVB=-0.0306327;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110799;STB=0.56246;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0287128;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:17:22:14:17:17:22 chr12 125437019 . T C 721.98 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3337;QD=62.7807;RBI=0.0180603;REFB=0;REVB=7.74212e-05;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41384e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:16:30:0:0 chr12 125438516 . T C 830.88 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4981;QD=57.3018;RBI=0.0329274;REFB=0;REVB=0.0318723;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131695;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:25:31:0:0:27:31:0:0 chr12 125438523 . C T 818.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.406;QD=57.4089;RBI=0.0821141;REFB=0;REVB=0.0697689;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289821;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr12 125441347 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0029591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4685;QD=18.6452;RBI=0.0352164;REFB=-0.0344218;REVB=0.0350918;RO=9;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250746;STB=0.746662;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0410787;OID=.;OPOS=125441347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:9:13:12:14:0.518519:1:11:7:2:1:13:9:4 chr12 125441359 . T C 118.71 PASS AF=0.52;AO=14;DP=27;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00852526;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.734;QD=18.9935;RBI=0.0278433;REFB=-0.0227762;REVB=-0.026506;RO=12;SAF=13;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34392;STB=0.69527;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0187284;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:25:12:12:14:13:0.52:1:13:9:3:1:12:9:3 chr12 125448960 . C T 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0161988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.868;QD=7.78056;RBI=0.0166454;REFB=-0.0184665;REVB=-0.00382973;RO=44;SAF=6;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329392;STB=0.697539;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0403431;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:11:6:28:16:11:6:28:16 chr12 125451767 . G A 250.38 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0129789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.676;QD=27.8195;RBI=0.0154708;REFB=0.0155143;REVB=-0.00841977;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144616;STB=0.572454;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00729694;OID=.;OPOS=125451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:36:12:13:22:23:0.638889:8:14:5:7:8:15:6:7 chr12 125467158 . C T 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.998;QD=63.0497;RBI=0.0379364;REFB=0;REVB=-0.0332776;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05011e-05;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr12 125562809 . G A 827.82 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108346;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.944;QD=56.1231;RBI=0.0117891;REFB=-0.0809329;REVB=0.00464687;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00031623;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:0:1:29:29:0:1 chr12 125587278 . G A 536.55 PASS AF=0.604938;AO=48;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0452171;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3033;QD=26.4961;RBI=0.0624706;REFB=-0.0312062;REVB=0.0431045;RO=33;SAF=15;SAR=33;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684885;STB=0.521436;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0178762;OID=.;OPOS=125587278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:32:48:49:0.604938:33:15:13:20:33:16:12:20 chr12 125834095 . C A 312.57 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0051402;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.31;QD=18.9438;RBI=0.0079548;REFB=0.00234204;REVB=-0.006071;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502677;STB=0.545427;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00198303;OID=.;OPOS=125834095;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:23:33:33:33:0.5:18:15:12:11:18:15:18:15 chr12 125834395 . T C 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0189438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8909;QD=24.3891;RBI=0.0393609;REFB=-0.0725513;REVB=-0.0345024;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816629;STB=0.529382;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0363413;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:10:10:5:8:10:10:6:8 chr12 126068417 . T C 2008.39 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.786;QD=62.2758;RBI=0.0221553;REFB=0;REVB=0.000135809;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17714e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:57:72:0:0:57:72:0:0 chr12 126139525 . G A 207.78 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00635208;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.799;QD=16.2965;RBI=0.00635344;REFB=-0.0126859;REVB=-0.00013113;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174848;STB=0.599228;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00850094;OID=.;OPOS=126139525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:12:16:9:14:12:16 chr12 126141881 . CCGTG CCGTGTG,C 188.79 PASS AF=0.25,0.6;AO=4,4;DP=22;FAO=5,12;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=0,3;FSAR=5,9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.168045,-0.0130163;FXX=0.230681;HRUN=1,3;LEN=2,4;MLLD=34.3411,127.345;QD=37.758;RBI=0.186209,0.0281925;REFB=-0.054027,-0.145506;REVB=0.0802168,0.0250079;RO=2;SAF=0,0;SAR=4,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.560811;SSSB=-0.767801,-0.767801;STB=0.997492,0.66637;STBP=0.004,0.036;TYPE=ins,del;VARB=0.0921704,0.0623664;OID=.,.;OPOS=126141883,126141882;OREF=-,CGTG;OALT=GT,-;OMAPALT=CCGTGTG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.6:4,4:22:5,12:20:3:0,3:5,9:3:0:37:2:0,0:4,4:2:0 chr12 127067932 . A G 73.01 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0841626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4286;QD=20.8603;RBI=0.0855035;REFB=-0.0731096;REVB=0.0150831;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0211868;OID=.;OPOS=127067932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:3:2:4:5:3:2 chr12 127068865 . A G 70.68 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.063725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2234;QD=31.4129;RBI=0.0692882;REFB=-0.163471;REVB=-0.0272024;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0178817;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:9:9:0:1:8:8:0.888889:6:2:0:0:6:2:0:1 chr12 127068892 . C T 323.27 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1868;QD=53.8785;RBI=0.0961;REFB=0;REVB=-0.076461;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030146;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr12 127650467 . G C 6578.98 PASS AF=0.979215;AO=423;DP=432;FAO=424;FDP=433;FR=.;FRO=9;FSAF=232;FSAR=192;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0160324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3581;QD=60.7758;RBI=0.0183293;REFB=0.00375154;REVB=0.00888412;RO=8;SAF=232;SAR=191;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061972;STB=0.502153;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-5.5453e-05;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:432:433:8:9:423:424:0.979215:191:232:3:5:192:232:4:5 chr12 127650471 . AT GG 7213.68 PASS AF=1;AO=417;DP=477;FAO=468;FDP=468;FR=.;FRO=0;FSAF=276;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400566;FXX=0.0188675;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.05;QD=61.6554;RBI=0.0414529;REFB=-0.0263588;REVB=0.0106686;RO=7;SAF=234;SAR=183;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00879787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00147644;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:477:468:7:0:417:468:1:183:234:2:5:192:276:0:0 chr12 127650538 . A G 13705.3 PASS AF=0.978818;AO=877;DP=896;FAO=878;FDP=897;FR=.;FRO=19;FSAF=418;FSAR=460;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0278624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9238;QD=61.1161;RBI=0.0630643;REFB=0.00305847;REVB=-0.0565755;RO=18;SAF=418;SAR=459;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303759;STB=0.501066;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0001506;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:896:897:18:19:877:878:0.978818:459:418:10:8:460:418:10:9 chr12 127650583 . T G 11560.2 PASS AF=0.979058;AO=745;DP=762;FAO=748;FDP=764;FR=.;FRO=16;FSAF=364;FSAR=384;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0505307;FXX=0.00130717;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.856;QD=60.5246;RBI=0.0535833;REFB=0.0285816;REVB=0.0178274;RO=16;SAF=363;SAR=382;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450933;STB=0.50234;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00166439;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:762:764:16:16:745:748:0.979058:382:363:6:10:384:364:6:10 chr12 127650599 . A G 9081.1 PASS AF=0.984899;AO=511;DP=608;FAO=587;FDP=596;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=284;FSAR=303;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0477514;FXX=0.0181216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.905;QD=60.947;RBI=0.0487304;REFB=-0.0566674;REVB=0.00971876;RO=10;SAF=214;SAR=297;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824367;STB=0.503955;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000326586;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:608:596:10:9:511:587:0.984899:297:214:2:8:303:284:2:7 chr12 127650616 . G A 2128.85 PASS AF=0.422018;AO=230;DP=545;FAO=230;FDP=545;FR=.;FRO=315;FSAF=105;FSAR=125;FSRF=145;FSRR=170;FWDB=-0.0280284;FXX=0.00183147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.169;QD=15.6246;RBI=0.0292698;REFB=-0.00475958;REVB=0.00843398;RO=314;SAF=105;SAR=125;SRF=145;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550529;STB=0.50221;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00618392;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:545:545:314:315:230:230:0.422018:125:105:145:169:125:105:145:170 chr12 127650639 . A G 5174.34 PASS AF=0.97832;AO=268;DP=357;FAO=361;FDP=369;FR=.;FRO=8;FSAF=144;FSAR=217;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0393238;FXX=0.00539069;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.146;QD=56.0904;RBI=0.0433964;REFB=-0.0406139;REVB=0.0183544;RO=6;SAF=132;SAR=136;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136042;STB=0.50337;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0023482;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:357:369:6:8:268:361:0.97832:136:132:1:5:217:144:2:6 chr12 127650662 . T C 1304.06 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000221863;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.875;QD=58.6092;RBI=0.00197313;REFB=-0.00552232;REVB=0.00196062;RO=3;SAF=22;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022024;STB=0.511625;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000448355;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:85:86:0.966292:63:22:0:3:63:23:0:3 chr12 127650669 . A G 368.29 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.045678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.095;QD=47.5215;RBI=0.0456804;REFB=-0.00256708;REVB=0.000470603;RO=3;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071485;STB=0.538435;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000453395;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:18:10:0:3:18:10:0:3 chr12 127650675 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.18;QD=26.0262;RBI=0.0536089;REFB=-0.0252161;REVB=-0.0408971;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00818918;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr12 127650883 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.065;QD=44.6892;RBI=0.0524321;REFB=0;REVB=0.0393056;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737678;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr12 127650890 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.216;QD=48.7373;RBI=0.00878539;REFB=0;REVB=0.00462447;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50927e-05;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr12 128778703 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1708;QD=59.8367;RBI=0.0413891;REFB=0;REVB=0.00972111;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449337;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr12 128899673 . A G 1230.27 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181995;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2611;QD=61.5135;RBI=0.0440645;REFB=0;REVB=-0.0401305;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128712;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr12 129181810 . A G 2720.93 PASS AF=0.972826;AO=177;DP=184;FAO=179;FDP=184;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00828018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.509;QD=59.1506;RBI=0.0484033;REFB=0.0231672;REVB=-0.0476898;RO=5;SAF=81;SAR=96;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303428;STB=0.50174;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000769259;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:184:184:5:5:177:179:0.972826:96:81:2:3:96:83:2:3 chr12 129181834 . A G 3326.85 PASS AF=1;AO=214;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134594;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.402;QD=61.8948;RBI=0.0206763;REFB=-0.10125;REVB=0.0156956;RO=0;SAF=103;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524041;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:216:215:0:0:214:215:1:111:103:0:0:111:104:0:0 chr12 129189941 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0198063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.614;QD=14.6539;RBI=0.0224177;REFB=-0.00402068;REVB=0.0105006;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0037089;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr12 129189986 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0588065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.161;QD=12.3961;RBI=0.0600705;REFB=-0.00434962;REVB=-0.0122581;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00531055;OID=.;OPOS=129189986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr12 129190021 . A G 222.14 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6404;QD=49.3652;RBI=0.0909128;REFB=0;REVB=0.087433;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209597;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:6:12:0:0 chr12 129190474 . G A 496.26 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00421866;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.38;QD=14.704;RBI=0.00774389;REFB=-0.0120985;REVB=0.0064939;RO=76;SAF=35;SAR=20;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343136;STB=0.530747;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0204312;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:76:80:55:55:0.407407:20:35:46:30:20:35:47:33 chr12 129278864 . A G 253.96 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0523833;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.8518;QD=44.1672;RBI=0.0884378;REFB=-0.163024;REVB=-0.0712547;RO=2;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542215;STB=0.529385;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00933774;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:23:2:2:20:21:0.913043:16:4:0:2:16:5:0:2 chr12 129298735 . C G 433.54 PASS AF=0.361702;AO=49;DP=139;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=30;FWDB=0.0517741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2283;QD=12.2991;RBI=0.0573449;REFB=-0.0412336;REVB=0.0246553;RO=90;SAF=32;SAR=17;SRF=60;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0861099;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:90:90:49:51:0.361702:17:32:60:30:17:34:60:30 chr12 129298779 . C T 107.38 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0632481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5174;QD=4.56915;RBI=0.0675712;REFB=-0.0203016;REVB=0.0237812;RO=76;SAF=16;SAR=2;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623824;STB=0.896599;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0950745;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:76:18:18:0.191489:2:16:29:47:2:16:29:47 chr12 129298799 . T C 121.57 PASS AF=0.256757;AO=18;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0270736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8133;QD=6.57106;RBI=0.0615566;REFB=-0.0151779;REVB=-0.0552832;RO=55;SAF=3;SAR=15;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535234;STB=0.834424;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0351394;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:18:19:0.256757:15:3:33:22:16:3:33:22 chr12 129298848 . G A 344.05 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=50;FWDB=0.0237905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.879;QD=13.1066;RBI=0.0308089;REFB=-0.0125172;REVB=0.0195755;RO=64;SAF=7;SAR=34;SRF=14;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084583;STB=0.548362;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0194238;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:34:7:14:50:34:7:14:50 chr12 129299385 . G A 137.56 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0153304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.708;QD=11.229;RBI=0.0185956;REFB=-0.00654115;REVB=-0.0105251;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404204;STB=0.724385;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00784283;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:33:16:16:0.326531:10:6:24:8:10:6:24:9 chr12 129348666 . C T 83.56 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.017605;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9437;QD=11.1408;RBI=0.017811;REFB=-0.0201574;REVB=-0.00270086;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279572;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0203381;OID=.;OPOS=129348666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:30:18:19:10:11:0.366667:7:3:10:8:7:4:10:9 chr12 129383848 . GTGT G 909.2 PASS AF=0.618321;AO=78;DP=134;FAO=81;FDP=131;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00576655;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.924;QD=27.7618;RBI=0.0103252;REFB=-0.0196014;REVB=0.00856491;RO=48;SAF=40;SAR=38;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791399;STB=0.551139;STBP=0.174;TYPE=del;VARB=0.0115903;OID=.;OPOS=129383849;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.618321:78:134:81:131:50:41:40:32:18:99:48:40:38:30:18 chr12 129559557 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.876;QD=58.2379;RBI=0.0377493;REFB=0;REVB=0.00977012;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40623e-05;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr12 129566406 . C T 164.33 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0319279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.761;QD=13.6945;RBI=0.0361634;REFB=-0.0206866;REVB=-0.0169824;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201628;STB=0.608572;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0383234;OID=.;OPOS=129566406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:12:6:15:14:12:6:15:15 chr12 130647709 . G C 1037.82 PASS AF=0.45;AO=108;DP=239;FAO=108;FDP=240;FR=.;FRO=132;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=76;FSRR=56;FWDB=0.0125907;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.48;QD=17.2969;RBI=0.0125949;REFB=-0.0377928;REVB=0.000323547;RO=131;SAF=56;SAR=52;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536393;STB=0.531593;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0508742;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:131:132:108:108:0.45:52:56:75:56:52:56:76:56 chr12 130649316 . CTTTT CTTCT,CTTTC,CT 412.94 PASS AF=0.295455,0,0.704545;AO=5,2,13;DP=47;FAO=13,0,31;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,14;FSAR=10,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163732,0.00180311,0.171208;FXX=0.119976;HRUN=13,13,13;LEN=1,1,3;MLLD=161.87,162.346,12.2664;QD=37.5398;RBI=0.051739,0.0502653,0.184839;REFB=0.0322049,0.0353511,-0.0165973;REVB=-0.0517131,-0.0502329,-0.069667;RO=0;SAF=0,0,4;SAR=5,2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=-0.00559105,0,0.0404513;OID=.,.,.;OPOS=130649319,130649320,130649317;OREF=T,T,TTT;OALT=C,C,-;OMAPALT=CTTCT,CTTTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.295455,0,0.704545:5,2,13:47:13,0,31:44:0:3,0,14:10,0,17:0:0:90:0:0,0,4:5,2,9:0:0 chr12 130649543 . C G 888.37 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.579;QD=56.4047;RBI=0.0353732;REFB=-0.0805252;REVB=0.0141768;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000407375;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:34:28:0:1:34:28:0:1 chr12 130649687 . T C 287.7 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0225749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.92;QD=18.5615;RBI=0.0238998;REFB=-0.00441951;REVB=-0.00784693;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720245;STB=0.548864;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00289679;OID=.;OPOS=130649687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:13:18:15:15:13:18:15:16 chr12 130650016 . G C 470.73 PASS AF=0.460177;AO=49;DP=110;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0409616;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.554;QD=16.6629;RBI=0.0478813;REFB=-0.0248172;REVB=0.0247944;RO=55;SAF=17;SAR=32;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143214;STB=0.603191;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0165287;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:55:61:49:52:0.460177:32:17:27:28:35:17:31:30 chr12 130650180 . A G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00735173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.936;QD=16.5616;RBI=0.0166094;REFB=0.00129584;REVB=-0.0148937;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938681;STB=0.552827;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00102095;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:18:13:14:13:18:13 chr12 130839165 . G A 413.64 PASS AF=0.457447;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0173593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0838;QD=17.6016;RBI=0.0224219;REFB=-0.00535415;REVB=0.0141914;RO=50;SAF=25;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251112;STB=0.501812;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00398319;OID=.;OPOS=130839165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:42:43:0.457447:17:25:31:19:17:26:31:20 chr12 130847389 . A G 199.85 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0442818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.036;QD=11.5858;RBI=0.044448;REFB=-0.00987382;REVB=-0.0038407;RO=44;SAF=5;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258468;STB=0.651717;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0142248;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:20:5:17:27:20:5:17:27 chr12 130884346 . CA AC,CG 334.13 PASS AF=0,0.591837;AO=2,29;DP=49;FAO=0,29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=0,14;FSAR=0,15;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0259909,-0.0182972;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=110.698,207.866;QD=27.2755;RBI=0.0322422,0.0186412;REFB=-0.0373302,-0.033338;REVB=-0.0190796,-0.00356466;RO=18;SAF=2,14;SAR=0,15;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.413769,-0.243309;STB=0.5,0.648441;STBP=1,0.019;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0126854;OID=.,.;OPOS=130884346,130884347;OREF=CA,A;OALT=AC,G;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:49:18:20:2,29:0,29:0,0.591837:0,15:2,14:15:3:0,15:0,14:17:3 chr12 130897150 . G T 205.32 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.00112817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.667;QD=10.666;RBI=0.0099782;REFB=-0.0090933;REVB=-0.00991422;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306164;STB=0.675206;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0134903;OID=.;OPOS=130897150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:13:13:12:39:13:13:12:39 chr12 130912757 . C T 221.37 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0738732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9943;QD=18.4473;RBI=0.08211;REFB=-3.72099e-05;REVB=-0.035844;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219375;STB=0.624883;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.000417722;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:15:7:14:12:15:7:14:12 chr12 130941150 . G C 754.2 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.409;QD=56.9205;RBI=0.00581547;REFB=0;REVB=-0.00468891;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0328e-05;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr12 131275484 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.259;QD=58.4188;RBI=0.00358705;REFB=0;REVB=-0.0028463;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99804e-07;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr12 131276448 . G T 1470.16 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0055418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.006;QD=61.2567;RBI=0.00726212;REFB=-0.146683;REVB=0.00469328;RO=2;SAF=57;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439596;STB=0.506665;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000580382;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:2:1:94:95:0.989583:37:57:1:1:37:58:0:1 chr12 131296908 . C G 75.1 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.316;QD=37.5489;RBI=0.02187;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103556;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr12 131299974 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9618;QD=63.8665;RBI=0.027729;REFB=0;REVB=0.0200699;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310844;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr12 131306314 . C G 1208.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5042;QD=61.2092;RBI=0.0963339;REFB=0;REVB=0.0569173;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951215;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr12 131466562 . T C 836.81 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00314377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.505;QD=55.7876;RBI=0.0161776;REFB=-0.0703712;REVB=0.0158692;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=4.28944e-05;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:0:1:29:30:0:1 chr12 131590404 . G A 711.31 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00694631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.376;QD=29.0329;RBI=0.0098894;REFB=-0.018662;REVB=0.00703911;RO=37;SAF=30;SAR=31;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413189;STB=0.522431;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0113146;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:37:37:61:61:0.622449:31:30:16:21:31:30:16:21 chr12 131620588 . A G 289.64 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00289606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4537;QD=17.8241;RBI=0.0118932;REFB=-0.0237745;REVB=0.0115352;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116669;STB=0.571245;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0190384;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:13:18:15:18:13:19:15:18 chr12 131622735 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.289;QD=60.609;RBI=0.0154437;REFB=0;REVB=0.014656;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8457e-05;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr12 131623730 . A C 1226.33 PASS AF=0.512605;AO=113;DP=229;FAO=122;FDP=238;FR=.;FRO=116;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.0611539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.033;QD=20.6106;RBI=0.0620664;REFB=-0.0082081;REVB=0.0106038;RO=115;SAF=59;SAR=54;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800453;STB=0.52569;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00974296;OID=.;OPOS=131623730;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:238:115:116:113:122:0.512605:54:59:50:65:63:59:50:66 chr12 132237848 . T C 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.721;QD=54.5079;RBI=0.0217302;REFB=0;REVB=0.0142474;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010523;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:23:2:0:0:23:2:0:0 chr12 132271113 . T C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.794;QD=59.9372;RBI=0.00578489;REFB=0;REVB=0.00553812;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19459e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:44:57:0:0:44:57:0:0 chr12 132285934 . G A 331.15 PASS AF=0.682927;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0263466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9078;QD=32.3076;RBI=0.0406704;REFB=-0.0181545;REVB=0.0309829;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170033;STB=0.595788;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0088489;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:27:28:0.682927:14:13:10:3:15:13:10:3 chr12 132323250 . C G 1642.34 PASS AF=0.966942;AO=103;DP=110;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0843739;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.8818;QD=54.2923;RBI=0.184636;REFB=-0.174433;REVB=0.16423;RO=6;SAF=57;SAR=46;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231443;STB=0.500141;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0172061;OID=.;OPOS=132323250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:110:121:6:4:103:117:0.966942:46:57:2:4:58:59:2:2 chr12 132325239 . G A 660.04 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0125813;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.805;QD=19.8508;RBI=0.0172175;REFB=-0.0100537;REVB=0.0117538;RO=67;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774741;STB=0.542784;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00823469;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:67:67:66:66:0.496241:27:39:34:33:27:39:34:33 chr12 132326298 . G A 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00343058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.817;QD=12.0047;RBI=0.00984085;REFB=-0.00951395;REVB=0.00922352;RO=58;SAF=9;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34679;STB=0.700297;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0190352;OID=.;OPOS=132326298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:23:9:34:24:23:9:34:24 chr12 132335718 . CCG CCC,CC,C 127.96 PASS AF=0,0,0.678571;AO=2,3,5;DP=29;FAO=0,0,19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=0,0,14;FSAR=0,0,5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0439425,0.0514524,0.102366;FXX=0.0344709;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=9.60971,8.45879,15.9441;QD=18.2801;RBI=0.20149,0.206736,0.102952;REFB=-0.0168546,-0.114442,-0.104925;REVB=-0.19664,-0.200231,-0.0109734;RO=6;SAF=0,2,4;SAR=2,1,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.562437,0.317885,0.429493;STB=0.5,0.5,0.707945;STBP=1,1,0.005;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0675139,0.078568;OID=.,.,.;OPOS=132335720,132335720,132335719;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.678571:2,3,5:29:0,0,19:28:9:0,0,14:0,0,5:1:8:44:6:0,2,4:2,1,1:2:4 chr12 132396603 . C T 1258.33 PASS AF=0.532751;AO=119;DP=228;FAO=122;FDP=229;FR=.;FRO=107;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=0.0176056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.455;QD=21.9795;RBI=0.0271199;REFB=-0.0438088;REVB=0.0206285;RO=95;SAF=52;SAR=67;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302883;STB=0.533993;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.034567;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:95:107:119:122:0.532751:67:52:45:50:67:55:56:51 chr12 132402020 . T C 1244.26 PASS AF=0.896907;AO=83;DP=94;FAO=87;FDP=97;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0184559;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.983;QD=51.3098;RBI=0.0556416;REFB=0.00376154;REVB=0.0524916;RO=8;SAF=21;SAR=62;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285423;STB=0.521817;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00627943;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:94:97:8:10:83:87:0.896907:62:21:1:7:66:21:4:6 chr12 132403161 . A C,G 757.49 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01108,0.0475437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.152,249.656;QD=56.1104;RBI=0.0166807,0.0487241;REFB=0,0;REVB=0.0124691,0.0106602;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.05892e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.145768,-0.000327481;OID=.,.;OPOS=132403161,132403161;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:0,39:2,13:0:0:0,39:2,13:0:0 chr12 132406666 . G C 379.14 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0218572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2205;QD=10.4591;RBI=0.0420322;REFB=-0.0275184;REVB=-0.0359023;RO=96;SAF=16;SAR=31;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259527;STB=0.656404;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0506658;OID=.;OPOS=132406666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:96:98:47:47:0.324138:31:16:54:42:31:16:56:42 chr12 132508389 . A G 210.06 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0103674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6428;QD=14.0039;RBI=0.0135259;REFB=-0.00803787;REVB=-0.0086872;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893044;STB=0.550979;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0140442;OID=.;OPOS=132508389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:18:17:10:15:18:17 chr12 132514288 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00101034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.751;QD=17.4276;RBI=0.00587501;REFB=0.000943616;REVB=-0.00578748;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394278;STB=0.723745;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000795329;OID=.;OPOS=132514288;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:17:6:13:6:17:6 chr12 132560957 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0208345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.513;QD=14.5586;RBI=0.0544693;REFB=-0.00251978;REVB=-0.0503272;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587296;STB=0.540952;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00550698;OID=.;OPOS=132560957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:13:13:15:19:13:13:15:20 chr12 132561987 . C T 668.26 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0520698;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.878;QD=16.1025;RBI=0.0555892;REFB=-0.0241727;REVB=-0.0194652;RO=91;SAF=40;SAR=33;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205479;STB=0.517923;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0270597;OID=.;OPOS=132561987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:91:93:73:73:0.439759:33:40:48:43:33:40:48:45 chr12 132589649 . C T 96.71 PASS AF=0.222222;AO=15;DP=71;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00599798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.066;QD=5.37298;RBI=0.00910265;REFB=-0.00537323;REVB=-0.00684708;RO=56;SAF=6;SAR=9;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138169;STB=0.52916;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0251614;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:71:72:56:56:15:16:0.222222:9:6:23:33:10:6:23:33 chr12 132598995 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.112756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4245;QD=10.1403;RBI=0.120359;REFB=0.0138483;REVB=-0.0420987;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258518;STB=0.657631;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0281575;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:12:16:10:3:12:16 chr12 132624252 . G A 136.54 PASS AF=0.340426;AO=13;DP=44;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0101861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.109;QD=11.6201;RBI=0.0257925;REFB=-0.0271827;REVB=-0.0236959;RO=31;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287759;STB=0.710317;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0675475;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:31:31:13:16:0.340426:3:10:17:14:3:13:17:14 chr12 132626105 . CG C 52.62 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0459578;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.8549;QD=6.7891;RBI=0.0491893;REFB=-0.000374881;REVB=-0.0175348;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.590753;STBP=0.444;TYPE=del;VARB=0.00908413;OID=.;OPOS=132626106;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:11:32:12:31:19:8:4:10:9:52:19:7:4:10:9 chr12 132626425 . G A 527.49 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.019053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3283;QD=20.8905;RBI=0.0649617;REFB=-0.0089475;REVB=0.0621048;RO=47;SAF=32;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814607;STB=0.540484;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00721926;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:53:53:0.524752:21:32:24:23:21:32:25:23 chr12 132626668 . T C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00985351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.229;QD=13.8496;RBI=0.0279764;REFB=-0.0156622;REVB=0.0261837;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836018;STB=0.54853;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0225453;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:16:9:7:9:16:9 chr12 132627365 . G A 255.52 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00688838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.72;QD=20.4412;RBI=0.0276034;REFB=-0.0039267;REVB=0.0267301;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151672;STB=0.585512;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00439983;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:23:23:0.46:13:10:15:10:13:10:15:10 chr12 132630822 . C T 444.75 PASS AF=0.471698;AO=39;DP=95;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0102407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.52;QD=16.7831;RBI=0.0196769;REFB=-0.0233574;REVB=0.0168021;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199438;STB=0.584442;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0270935;OID=.;OPOS=132630822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:106:56:56:39:50:0.471698:19:20:18:38:26:24:18:38 chr12 132633449 . C G 230.4 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0958808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8446;QD=24.2527;RBI=0.0959559;REFB=-0.0383476;REVB=-0.00379546;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159118;STB=0.588159;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0337951;OID=.;OPOS=132633449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:12:4:10:12:12:4 chr12 132635521 . T C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0152962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.282;QD=19.3697;RBI=0.0332836;REFB=-0.0255661;REVB=-0.0295605;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0191109;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr12 132682481 . T G 1774.88 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.093;QD=60.6796;RBI=0.0213959;REFB=0;REVB=0.0194443;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55436e-05;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:60:56:0:0:61:56:0:0 chr12 132682484 . A G 1783.73 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.344;QD=60.4656;RBI=0.0729689;REFB=0;REVB=0.00490132;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664027;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:115:118:1:61:54:0:0:61:57:0:0 chr12 132688137 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00521218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.389;QD=15.2295;RBI=0.0404381;REFB=-0.0320026;REVB=-0.0401008;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139408;STB=0.580559;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0427702;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:14:14:7:12:14:14 chr12 132811498 . TC T 154.34 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0368066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8766;QD=22.0491;RBI=0.0680398;REFB=-0.0704709;REVB=-0.0572249;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347362;STB=0.525869;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=0.0314672;OID=.;OPOS=132811499;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571:18:28:19:28:9:7:12:4:5:47:9:7:11:4:5 chr12 133102403 . C T 481.01 PASS AF=0.402985;AO=51;DP=131;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0469624;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.836;QD=14.3584;RBI=0.0514859;REFB=-0.0218532;REVB=0.021103;RO=80;SAF=29;SAR=22;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167317;STB=0.606888;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0375695;OID=.;OPOS=133102403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:80:80:51:54:0.402985:22:29:33:47:22:32:33:47 chr12 133127964 . G A 324.08 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0364956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.184;QD=16.8355;RBI=0.0387441;REFB=-0.0201814;REVB=0.013007;RO=42;SAF=10;SAR=25;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131972;STB=0.574424;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0252319;OID=.;OPOS=133127964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:25:10:17:25:25:10:17:25 chr12 133128069 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0158584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.921;QD=9.49175;RBI=0.0201123;REFB=-0.0269856;REVB=0.01237;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298001;STB=0.615122;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.050197;OID=.;OPOS=133128069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:18:18:8:9:0.333333:6:2:9:9:6:3:9:9 chr12 133158097 . T C 57.52 PASS AF=0.28125;AO=6;DP=29;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00631331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.521;QD=7.18939;RBI=0.00672768;REFB=-0.0115277;REVB=0.00232461;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150725;STB=0.553081;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0316102;OID=.;OPOS=133158097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:29:32:23:23:6:9:0.28125:5:1:4:19:7:2:4:19 chr12 133181399 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.433;QD=60.2307;RBI=0.0366521;REFB=0;REVB=-0.0116414;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49063e-05;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr12 133182818 . G A 466.38 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016221;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.691;QD=58.297;RBI=0.0563213;REFB=0;REVB=0.0539348;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417525;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr12 133196596 . T C 329.38 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258446;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.204;QD=54.8961;RBI=0.0444127;REFB=0;REVB=0.0361185;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10978e-05;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr12 133201947 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.181;QD=59.4353;RBI=0.0594743;REFB=0;REVB=0.017416;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412925;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 133202004 . C T 396.51 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.064102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0006;QD=51.1623;RBI=0.0806568;REFB=0.0727168;REVB=0.0489536;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000292511;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:31:1:1:28:30:0.967742:16:12:1:0:17:13:1:0 chr12 133208979 . T C 1558.83 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140914;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.743;QD=59.955;RBI=0.0171759;REFB=0;REVB=0.00982068;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120375;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:102:104:1:46:56:0:0:47:57:0:0 chr12 133219831 . T C 1511.61 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.583;QD=63.6468;RBI=0.0373897;REFB=0;REVB=0.0328387;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11142e-05;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:40:54:0:0:41:54:0:0 chr12 133236000 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.154;QD=57.0007;RBI=0.0191939;REFB=0;REVB=0.00816038;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98972e-05;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:41:13:0:0:41:13:0:0 chr12 133295353 . C T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.191;QD=58.4202;RBI=0.0431589;REFB=-0.109029;REVB=0.0373971;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.505616;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00161879;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:28:44:0:0:28:44:1:0 chr12 133363376 . G T 807.4 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.972;QD=64.5919;RBI=0.0699437;REFB=0;REVB=-0.0106666;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74632e-05;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:26:20:0:0:26:24:0:0 chr12 133365733 . G A 338.8 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00307742;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.357;QD=20.2266;RBI=0.011571;REFB=-0.0254919;REVB=0.0111542;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077311;STB=0.53542;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0302378;OID=.;OPOS=133365733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:16:19:14:17:16:19:15:17 chr12 133372459 . T C 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00916994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.379;QD=2.60633;RBI=0.0359133;REFB=-0.00459677;REVB=0.0347229;RO=65;SAF=5;SAR=5;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142376;STB=0.599808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0255475;OID=.;OPOS=133372459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:5:5:25:40:5:5:25:40 chr12 133378440 . C T 1677.7 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.11;QD=60.4578;RBI=0.0451682;REFB=0;REVB=0.017078;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129933;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:66:44:0:0:66:45:0:0 chr12 133411987 . G C 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.449;QD=58.529;RBI=0.0309612;REFB=0.000522532;REVB=-0.0116768;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886767;STB=0.504672;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=1.1365e-05;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:48:53:1:0:48:53:1:0 chr12 133433173 . T C 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6351;QD=57.1953;RBI=0.0839523;REFB=0;REVB=-0.0838274;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168634;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 133502802 . T G 1661.65 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3572;QD=59.8794;RBI=0.0568962;REFB=0;REVB=-0.00845397;RO=1;SAF=62;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204052;OID=.;OPOS=133502802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:1:0:110:111:1:48:62:1:0:48:63:0:0 chr12 133587980 . C T 575.62 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.715;QD=60.5919;RBI=0.0357683;REFB=0;REVB=-0.00278693;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134119;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr12 133634450 . A C 157.07 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.206;QD=44.8781;RBI=0.0505753;REFB=0;REVB=0.00366128;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351833;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr12 133660718 . A G 69.48 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.507;QD=34.7403;RBI=0.0194131;REFB=0;REVB=0.00463478;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389578;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr12 133781231 . GA G 548.95 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111896;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.6089;QD=46.7187;RBI=0.121231;REFB=0;REVB=0.046649;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00430653;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:48:47:47:0:29:18:0:0:10:0:29:18:0:0 chr12 133781428 . A C 1295.1 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.877;QD=59.545;RBI=0.0301899;REFB=-0.178475;REVB=0.0028523;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129769;STB=0.501799;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000636148;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:1:2:85:85:0.977011:49:36:1:0:49:36:1:1 chr12 133781605 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.777;QD=63.8713;RBI=0.0201395;REFB=0;REVB=0.0163652;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87787e-05;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr12 133795885 . G A 2262.29 PASS AF=0.974843;AO=153;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0331823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.215;QD=56.9129;RBI=0.034186;REFB=-0.183112;REVB=0.00822322;RO=2;SAF=77;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.02245e-05;STB=0.506049;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00158516;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:2:4:153:155:0.974843:76:77:1:1:76:79:3:1 chr12 133795960 . A G 1358.57 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.504;QD=62.4632;RBI=0.011881;REFB=0;REVB=0.0105771;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30008e-05;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:51:35:0:0:51:36:0:0 chr12 133810751 . C T 508.95 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0270052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.905;QD=17.55;RBI=0.029933;REFB=-0.0356054;REVB=-0.0129115;RO=59;SAF=25;SAR=30;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289932;STB=0.502369;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0407222;OID=.;OPOS=133810751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:61:55:55:0.474138:30:25:27:32:30:25:28:33 chr13 19600126 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00354852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.289;QD=10.3905;RBI=0.0469452;REFB=-0.0182508;REVB=0.0468109;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0245409;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:3:8:4:3:3:8 chr13 19600200 . C T 57.97 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0185809;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.442;QD=12.2034;RBI=0.056041;REFB=-0.0265037;REVB=-0.0528711;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0272753;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:4:7:4:4:4:7 chr13 19600475 . C A 319.81 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4002;QD=18.5397;RBI=0.048311;REFB=-0.0014629;REVB=-0.0282367;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053856;STB=0.523546;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00164915;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:35:34:34:0.492754:20:14:16:18:20:14:16:19 chr13 19600529 . G A 240.53 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00854099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.326;QD=21.3805;RBI=0.011626;REFB=-0.0155646;REVB=-0.00788773;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424814;STB=0.533951;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.017619;OID=.;OPOS=19600529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:23:23:0.511111:12:11:9:12:12:11:9:13 chr13 19999913 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.133;QD=48.6258;RBI=0.0181757;REFB=-0.0459749;REVB=0.0150359;RO=1;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225693;STB=0.512184;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00130716;OID=.;OPOS=19999913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:20:2:0:1:20:2:0:1 chr13 19999927 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.906;QD=53.9111;RBI=0.00800951;REFB=0;REVB=0.00479478;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27093e-05;OID=.;OPOS=19999927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr13 20000630 . T C 441.16 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.628;QD=55.1445;RBI=0.0205521;REFB=-0.129975;REVB=-0.001765;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118677;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:1:0:30:32:1:13:17:1:0:14:18:0:0 chr13 20038584 . A G 169.99 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0173157;FXX=0.0644953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.722;QD=23.4473;RBI=0.0174401;REFB=-0.0206661;REVB=0.00207973;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165905;STB=0.59379;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0146559;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:4:13:7:5:4:13:7:5 chr13 20066994 . T C 98.27 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00380561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.1354;QD=4.09468;RBI=0.00387956;REFB=0.00365089;REVB=-0.000753884;RO=79;SAF=7;SAR=10;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774076;STB=0.505045;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0240865;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:96:96:79:79:17:17:0.177083:10:7:33:46:10:7:33:46 chr13 20277413 . T C 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0852424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.622;QD=6.68538;RBI=0.0876798;REFB=-0.00499145;REVB=-0.0205302;RO=45;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194508;STB=0.620525;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0231952;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:10:5:22:23:10:5:22:23 chr13 20398669 . T C 195.88 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0853394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5784;QD=25.2747;RBI=0.0898533;REFB=-0.0271537;REVB=0.0281213;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632488;STB=0.535175;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0208957;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:8:11:8:4:8:11:8:4 chr13 20398742 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0318371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1265;QD=19.3685;RBI=0.0318622;REFB=-0.0399609;REVB=0.00126355;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871479;STB=0.549903;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0152141;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:5:2:4:6:5:2 chr13 20438606 . GGGCAGTACT G 173.98 PASS AF=0.347368;AO=30;DP=93;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0137051;FXX=0;HRUN=4;LEN=9;MLLD=332.828;QD=7.32543;RBI=0.0202395;REFB=-0.0160884;REVB=-0.0148933;RO=61;SAF=8;SAR=22;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345513;STB=0.67416;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0280766;OID=.;OPOS=20438607;OREF=GGCAGTACT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347368:30:93:33:95:62:10:23:35:27:99:61:8:22:34:27 chr13 20625631 . G A 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.000483051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.455;QD=1.74056;RBI=0.0139593;REFB=-0.00329614;REVB=0.0139509;RO=77;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119835;STB=0.515429;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0317654;OID=.;OPOS=20625631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:77:78:9:9:0.103448:5:4:35:42:5:4:36:42 chr13 20716411 . C T 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0112639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.637;QD=8.80997;RBI=0.0421558;REFB=-0.00734176;REVB=-0.0406231;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0168664;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:5:6:4:2:5:6 chr13 20716533 . G T 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6113;QD=45.1008;RBI=0.0951004;REFB=-0.0436139;REVB=0.0855061;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00593969;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:1:0 chr13 21205192 . G A,T 605.37 PASS AF=0.975,0.025;AO=37,2;DP=39;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378703,0.0102737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.828,98.0723;QD=60.5372;RBI=0.0507111,0.044481;REFB=0,0;REVB=0.0337262,0.0432783;RO=0;SAF=21,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000584897,0.085838;OID=.,.;OPOS=21205192,21205192;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:40:0:0:37,2:39,1:0.975,0.025:16,1:21,1:0:0:16,1:23,0:0:0 chr13 21306140 . A G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00701261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.116;QD=17.3255;RBI=0.00796331;REFB=-0.00907373;REVB=0.00377328;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136625;STB=0.577702;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0122816;OID=.;OPOS=21306140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:16:9:10:10:16:9 chr13 21356650 . T A 746.88 PASS AF=0.41;AO=81;DP=199;FAO=82;FDP=200;FR=.;FRO=118;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.016416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8891;QD=14.9375;RBI=0.0340055;REFB=-0.00302081;REVB=-0.0297807;RO=118;SAF=40;SAR=41;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871455;STB=0.552081;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00504949;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:118:118:81:82:0.41:41:40:68:50:42:40:68:50 chr13 21358061 . A G 58.54 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.018794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3399;QD=14.636;RBI=0.0204771;REFB=-0.0301055;REVB=-0.00812992;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.642474;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0159659;OID=.;OPOS=21358061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:4:4:2:6:4:4 chr13 21562832 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.556;QD=53.2772;RBI=0.028757;REFB=0;REVB=0.0184132;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238346;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr13 21562948 . G A 190.7 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9464;QD=47.6751;RBI=0.171175;REFB=0;REVB=0.16612;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345075;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:1:0:14:16:1:10:4:0:1:11:5:0:0 chr13 21612791 . G A 1015.78 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.931;QD=58.8861;RBI=0.0252073;REFB=0;REVB=0.000875157;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158051;OID=.;OPOS=21612791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:40:29:0:0 chr13 21620085 . T C 708.36 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00351165;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.215;QD=59.0303;RBI=0.0134869;REFB=-0.21794;REVB=0.0130217;RO=2;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268574;STB=0.51428;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00139703;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:48:2:2:46:46:0.958333:34:12:0:2:34:12:0:2 chr13 21714920 . G A 649.34 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.704;QD=60.4041;RBI=0.0281443;REFB=0;REVB=0.0276659;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7363e-05;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:16:26:0:1:17:26:0:0 chr13 21720956 . C T 582.3 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5195;QD=58.2298;RBI=0.0397042;REFB=-0.057055;REVB=-0.0369151;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000861244;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:0:1:16:23:0:1 chr13 21729252 . T C 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00144056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.894;QD=11.845;RBI=0.00152056;REFB=-0.00642695;REVB=-0.000486727;RO=45;SAF=24;SAR=2;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654906;STB=0.886198;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.008698;OID=.;OPOS=21729252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:2:24:19:26:2:24:19:26 chr13 21729267 . G A 204.37 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00529074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4752;QD=11.5139;RBI=0.00751031;REFB=-0.0135957;REVB=0.00533037;RO=46;SAF=24;SAR=1;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.73038;STB=0.880089;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110148;OID=.;OPOS=21729267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:45:25:26:0.366197:1:24:20:26:2:24:20:25 chr13 21732094 . C T 1144.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.519;QD=59.4787;RBI=0.00986255;REFB=-0.0824934;REVB=-0.00947433;RO=0;SAF=20;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133655;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:76:77:1:56:20:0:0:57:20:0:0 chr13 21742311 . C T 499.02 PASS AF=0.394366;AO=55;DP=140;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0135641;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.006;QD=14.057;RBI=0.01907;REFB=-0.0272385;REVB=-0.0134045;RO=81;SAF=20;SAR=35;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192577;STB=0.603055;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0254888;OID=.;OPOS=21742311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:81:86:55:56:0.394366:35:20:44:37:36:20:45:41 chr13 21746600 . TG T 151.7 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00339101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.539;QD=13.4844;RBI=0.0289359;REFB=-0.00801965;REVB=0.0287366;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775601;STB=0.607727;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=0.0161019;OID=.;OPOS=21746601;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778:16:46:17:45:28:10:7:21:7:99:29:10:6:20:9 chr13 21750538 . G A 424.99 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00700587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.255;QD=18.8883;RBI=0.0643762;REFB=-0.00717403;REVB=0.0639939;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479403;STB=0.519991;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00863962;OID=.;OPOS=21750538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:19:24:28:18:19:24:28:19 chr13 21751528 . A AC 354.38 PASS AF=1;AO=33;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854129;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6252;QD=31.5001;RBI=0.298016;REFB=0.0232528;REVB=0.285514;RO=13;SAF=10;SAR=23;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0170955;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:47:45:45:0:12:33:0:0:5:13:10:23:3:10 chr13 21752154 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.293;QD=57.2006;RBI=0.0121694;REFB=0;REVB=0.00536729;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26312e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr13 21949267 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00263049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.406;QD=16.8984;RBI=0.00394135;REFB=-0.0038403;REVB=-0.00293509;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00576463;OID=.;OPOS=21949267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:6:3:4:6:6:3 chr13 22275394 . A G 1329.47 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.036;QD=61.8356;RBI=0.0401661;REFB=0;REVB=0.0334525;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112888;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:36:49:0:0:36:50:0:0 chr13 22275583 . G A 878.05 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965627;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.963;QD=57.5771;RBI=0.0161983;REFB=0;REVB=-0.0130055;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237497;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:33:28:0:0 chr13 23251016 . CT C 228.0 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.6882;QD=45.5997;RBI=0.117689;REFB=0;REVB=0.0366096;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00429385;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:8:12:0:0:4:0:8:11:0:0 chr13 23253313 . T C 560.65 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481346;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.486;QD=59.0159;RBI=0.0788467;REFB=-0.115251;REVB=0.0624489;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331665;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr13 23253392 . G A 118.62 PASS AF=0.4;AO=13;DP=36;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0031136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.75;QD=11.8624;RBI=0.00350723;REFB=-0.00715499;REVB=0.00161436;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454102;STB=0.665395;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0153047;OID=.;OPOS=23253392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:40:21:24:13:16:0.4:11:2:11:10:11:5:14:10 chr13 23824783 . T G 377.96 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0234255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7001;QD=26.9975;RBI=0.0234376;REFB=-0.0172837;REVB=0.000751397;RO=20;SAF=18;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981273;STB=0.553542;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0116383;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:18:18:7:13:18:18:7:13 chr13 23824818 . G A 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00591757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2671;QD=13.4155;RBI=0.0555113;REFB=-0.00954316;REVB=0.055195;RO=35;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131783;STB=0.601179;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0185894;OID=.;OPOS=23824818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:37:25:25:0.403226:19:6:12:23:19:6:14:23 chr13 23898509 . T C 563.64 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00528105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3928;QD=21.0705;RBI=0.0157038;REFB=-0.0206512;REVB=-0.0147892;RO=50;SAF=29;SAR=28;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954812;STB=0.505247;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0152805;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:28:29:26:24:28:29:26:24 chr13 23898664 . A G 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.89;QD=58.4142;RBI=0.03624;REFB=0;REVB=-0.00981167;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93541e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr13 23905711 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0260517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3177;QD=21.1726;RBI=0.0782351;REFB=-0.0251681;REVB=0.0737703;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019302;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:6:6:3:4:6:6:4:4 chr13 23907677 . C T 832.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.19;QD=57.4251;RBI=0.0106125;REFB=0;REVB=0.00855102;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63079e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr13 23907909 . A G 228.96 PASS AF=0.457627;AO=23;DP=55;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00695456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.24;QD=15.523;RBI=0.0170147;REFB=-0.00492615;REVB=0.0155285;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353356;STB=0.717239;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00435659;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:32:32:23:27:0.457627:14:9:24:8:18:9:24:8 chr13 23909162 . A G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0294687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.678;QD=27.3838;RBI=0.030183;REFB=0.00967312;REVB=-0.00652792;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680236;STB=0.538385;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00214869;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:5:5:1:2:5:5:1:2 chr13 23911820 . A G 104.48 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0228545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9547;QD=19.9013;RBI=0.0230215;REFB=-0.0290304;REVB=-0.00276825;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125311;STB=0.571312;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0233609;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:6:3:6:6:6:3 chr13 23928762 . C A 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00410678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.472;QD=16.2684;RBI=0.0266353;REFB=-0.0298274;REVB=0.0263168;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128581;STB=0.573675;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0252915;OID=.;OPOS=23928762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:12:6:7:8:12:6 chr13 23929842 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0105343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.577;QD=19.976;RBI=0.0146203;REFB=-0.00347824;REVB=0.0101381;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658045;STB=0.553137;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00413798;OID=.;OPOS=23929842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:13:7:8:11:13:7:9:11 chr13 24234517 . A G 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0351834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7254;QD=10.8509;RBI=0.0606823;REFB=-0.0123383;REVB=-0.0494416;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147378;STB=0.508579;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0232527;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:11:12:23:20:11:12:23:20 chr13 24243200 . T C 260.03 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10909;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.893;QD=52.0055;RBI=0.11065;REFB=0;REVB=0.0185139;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00091095;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr13 24243204 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.102638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.862;QD=22.5809;RBI=0.103058;REFB=0.00677321;REVB=0.00928857;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418959;STB=0.745235;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00499404;OID=.;OPOS=24243204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:11:1:3:4:11:1:3:4 chr13 24411772 . T C 740.83 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.518;QD=56.9865;RBI=0.0432836;REFB=0;REVB=0.0426569;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94683e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr13 24465743 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.584;QD=56.6985;RBI=0.051344;REFB=0;REVB=-0.00689563;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236195;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr13 24468704 . G A 325.52 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0355475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.288;QD=11.0347;RBI=0.0612854;REFB=0.00267494;REVB=0.0499227;RO=77;SAF=25;SAR=16;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898596;STB=0.551757;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00455785;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:77:77:41:41:0.347458:16:25:41:36:16:25:41:36 chr13 24471039 . T G 1192.71 PASS AF=0.766129;AO=95;DP=124;FAO=95;FDP=124;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=3.68976e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.14;QD=38.4744;RBI=0.000141705;REFB=-0.0176059;REVB=0.000136817;RO=29;SAF=35;SAR=60;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275566;STB=0.514703;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00734144;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:29:29:95:95:0.766129:60:35:9:20:60:35:9:20 chr13 24471048 . C T 1256.84 PASS AF=0.808333;AO=97;DP=120;FAO=97;FDP=120;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0148005;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.229;QD=41.8947;RBI=0.0164281;REFB=-0.0265149;REVB=0.00712935;RO=23;SAF=33;SAR=64;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203417;STB=0.51083;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00201591;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:23:23:97:97:0.808333:64:33:9:14:64:33:9:14 chr13 24797913 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00266993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.639;QD=11.6342;RBI=0.00852548;REFB=-0.0157283;REVB=0.00809662;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397865;STB=0.523762;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0272704;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:7:9:6:4:7:9 chr13 24895559 . A G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0388022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9288;QD=7.52615;RBI=0.0421079;REFB=0.00518205;REVB=0.0163543;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151847;STB=0.595526;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0160009;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:13:11:3:6:13:11 chr13 24895684 . A G 451.58 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00795348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2898;QD=22.0281;RBI=0.00817172;REFB=-0.0133519;REVB=0.00187594;RO=38;SAF=16;SAR=28;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119123;STB=0.565789;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0148092;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:28:16:19:19:28:16:19:19 chr13 24895805 . G A 199.51 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00296264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.341;QD=7.3894;RBI=0.00540709;REFB=-0.00982822;REVB=0.0045232;RO=79;SAF=20;SAR=9;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28933;STB=0.673454;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0213818;OID=.;OPOS=24895805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:79:29:29:0.268519:9:20:36:43:9:20:36:43 chr13 25000617 . C G 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0196485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.487;QD=32.9594;RBI=0.0206524;REFB=0.00387078;REVB=0.00636061;RO=14;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808549;STB=0.544178;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00211274;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:17:13:8:6:17:13:8:6 chr13 25008588 . A G 1101.97 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384052;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3395;QD=60.3817;RBI=0.0384511;REFB=0;REVB=0.0018774;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228884;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr13 25008630 . A G 1300.85 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.462;QD=61.9453;RBI=0.049046;REFB=0;REVB=0.0465801;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47636e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr13 25008903 . G T 481.13 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.007;QD=56.604;RBI=0.0839139;REFB=0;REVB=0.0172347;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543202;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:22:11:1:0:22:12:0:0 chr13 25009099 . A C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.769;QD=61.6825;RBI=0.0276283;REFB=0;REVB=-0.0216279;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221755;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr13 25009297 . G T 235.91 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00611404;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.867;QD=19.258;RBI=0.00611766;REFB=-0.00819658;REVB=0.000210526;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923585;STB=0.552167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00978797;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:15:11:12:11:15:11 chr13 25009441 . C G 336.27 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0141013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.004;QD=28.0221;RBI=0.0162444;REFB=-0.0125964;REVB=-0.00806442;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061047;STB=0.538895;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0107065;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:11:17:10:9:11:18:10:9 chr13 25009485 . C G 224.21 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0169958;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9535;QD=25.6243;RBI=0.0299157;REFB=-0.0035393;REVB=0.0246189;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713466;STB=0.509528;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00259922;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:14:21:21:0.6:10:11:8:7:10:11:7:7 chr13 25016008 . C T 249.15 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.010042;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.091;QD=13.652;RBI=0.0113635;REFB=-0.0072862;REVB=-0.00531872;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308117;STB=0.51759;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0107183;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:13:16:23:21:13:16:23:21 chr13 25016092 . C T 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0398588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7112;QD=16.8239;RBI=0.0415476;REFB=-0.0478224;REVB=-0.011725;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0602906;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:12:16:11:10:12:16 chr13 25016762 . G A 63.88 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.019962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.012;QD=3.40669;RBI=0.0217552;REFB=-0.000472678;REVB=-0.00864914;RO=61;SAF=8;SAR=4;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161898;STB=0.623642;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00318762;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:61:63:12:12:0.16:4:8:33:28:4:8:33:30 chr13 25020863 . G A 556.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.058;QD=60.1077;RBI=0.00310969;REFB=0;REVB=0.00292595;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21943e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:18:17:0:0:19:18:0:0 chr13 25021200 . A C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.356;QD=51.1799;RBI=0.0195101;REFB=0;REVB=0.00476214;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06923e-05;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr13 25021211 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.551;QD=51.1845;RBI=0.011761;REFB=0;REVB=0.0097397;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91836e-05;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr13 25021245 . A G 289.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.788;QD=46.3182;RBI=0.0206173;REFB=-0.0701688;REVB=0.00848789;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321753;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.015665;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:11:12:1:1:11:12:1:1 chr13 25027744 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.684;QD=59.3222;RBI=0.00578714;REFB=0;REVB=-0.0046693;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98904e-06;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr13 25029218 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7839;QD=57.7119;RBI=0.0487341;REFB=0;REVB=0.00152298;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553861;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr13 25265103 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.931;QD=57.7118;RBI=0.00987098;REFB=0;REVB=-0.00370751;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18291e-05;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr13 25265139 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5033;QD=60.3762;RBI=0.0755359;REFB=0;REVB=-0.06853;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579587;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr13 25266932 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.07;QD=47.8219;RBI=0.00584787;REFB=0;REVB=-0.00262454;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11113e-05;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr13 25378476 . A G 297.15 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00893504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.257;QD=18.2858;RBI=0.0542238;REFB=-0.0343128;REVB=0.0534826;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168007;STB=0.601087;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0275277;OID=.;OPOS=25378476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:13:19:13:19:13:19:13:20 chr13 25417893 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0101142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.032;QD=14.9787;RBI=0.0122766;REFB=-0.0234773;REVB=0.00695833;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0227868;OID=.;OPOS=25417893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:6:5:5:5:6:5 chr13 25419176 . A G 233.39 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0123651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8512;QD=16.9741;RBI=0.0176591;REFB=-0.0198659;REVB=0.0126075;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891358;STB=0.505018;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.01238;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:15:11:12:17:15:11:12:17 chr13 25428002 . C A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0348864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5026;QD=20.2082;RBI=0.0460789;REFB=0.0388633;REVB=-0.0301033;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159391;STB=0.591095;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0324253;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:5:5:4:9:5:5 chr13 25433204 . C A 566.72 PASS AF=0.53271;AO=56;DP=106;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0151293;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.539;QD=21.1859;RBI=0.0178046;REFB=-0.00596283;REVB=-0.00938662;RO=49;SAF=23;SAR=33;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253577;STB=0.636288;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00730623;OID=.;OPOS=25433204;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:49:50:56:57:0.53271:33:23:35:14:34:23:35:15 chr13 25440318 . G A 269.98 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0466718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7907;QD=22.9771;RBI=0.0652806;REFB=-0.0066446;REVB=-0.0456431;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160582;STB=0.589671;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00344523;OID=.;OPOS=25440318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:9:13:10:15:9:13 chr13 25460428 . A G 766.1 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00216978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.952;QD=51.939;RBI=0.00243203;REFB=0.0599003;REVB=0.00109855;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514497;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00155291;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:0:3:56:56:0.949153:21:35:0:0:22:34:1:2 chr13 25466955 . T C 859.88 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0105369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.183;QD=54.5956;RBI=0.0242494;REFB=-0.0393304;REVB=0.0218405;RO=2;SAF=47;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249909;STB=0.513364;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=8.99487e-05;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:60:61:0.968254:13:47:1:1:13:48:1:1 chr13 25487103 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.671;QD=63.8716;RBI=0.0417388;REFB=0;REVB=0.0255053;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01012e-05;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr13 25542441 . G A 618.02 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0655739;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5998;QD=58.859;RBI=0.0656267;REFB=-0.165106;REVB=-0.00263132;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00684426;OID=.;OPOS=25542441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:26:15:0:0:26:15:0:1 chr13 25671271 . A G 83.48 PASS AF=0.136364;AO=18;DP=132;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=-0.00717182;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.295;QD=2.52971;RBI=0.0330028;REFB=-0.00702082;REVB=-0.0322142;RO=114;SAF=7;SAR=11;SRF=47;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304775;STB=0.521029;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0467576;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:132:132:114:114:18:18:0.136364:11:7:47:67:11:7:47:67 chr13 25671274 . C T 77.08 PASS AF=0.131783;AO=17;DP=130;FAO=17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=0.013746;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.612;QD=2.39012;RBI=0.0174459;REFB=-0.00144804;REVB=-0.0107428;RO=111;SAF=6;SAR=11;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692307;STB=0.545135;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0182552;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:130:129:111:112:17:17:0.131783:11:6:45:66:11:6:45:67 chr13 25671292 . C T 84.97 PASS AF=0.123457;AO=20;DP=163;FAO=20;FDP=162;FR=.;FRO=142;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=85;FWDB=-0.0320949;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2911;QD=2.09811;RBI=0.090524;REFB=-0.00707687;REVB=-0.0846434;RO=142;SAF=7;SAR=13;SRF=57;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678607;STB=0.548041;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0613692;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:163:162:142:142:20:20:0.123457:13:7:57:85:13:7:57:85 chr13 25671310 . TTATGA T 43.73 PASS AF=0.134146;AO=22;DP=163;FAO=22;FDP=164;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=83;FWDB=-0.00991067;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=5;MLLD=334.986;QD=1.0665;RBI=0.021108;REFB=-0.00537354;REVB=-0.0186367;RO=136;SAF=9;SAR=13;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225369;STB=0.505716;STBP=0.974;TYPE=del;VARB=0.0325474;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134146:22:163:22:164:142:9:13:59:83:43:136:9:13:58:78 chr13 25671320 . A G 94.25 PASS AF=0.127907;AO=22;DP=172;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=86;FWDB=-0.01943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.087;QD=2.19197;RBI=0.0766011;REFB=-0.00951801;REVB=-0.0740959;RO=147;SAF=9;SAR=13;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337583;STB=0.515746;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0789014;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:172:172:147:150:22:22:0.127907:13:9:64:83:13:9:64:86 chr13 25671332 . CA C 34.0 PASS AF=0.127907;AO=21;DP=172;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=83;FWDB=0.0922568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.7223;QD=0.790666;RBI=0.105903;REFB=0.0158047;REVB=-0.0520021;RO=146;SAF=8;SAR=13;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823577;STB=0.533447;STBP=0.761;TYPE=del;VARB=-0.0886771;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127907:21:172:22:172:150:9:13:67:83:33:146:8:13:65:81 chr13 25671369 . G T 76.23 PASS AF=0.10929;AO=19;DP=182;FAO=20;FDP=183;FR=.;FRO=163;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=93;FWDB=-0.0420258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0274;QD=1.66631;RBI=0.0422979;REFB=-0.00348961;REVB=-0.00479022;RO=161;SAF=9;SAR=10;SRF=70;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476591;STB=0.518541;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0190078;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:182:183:161:163:19:20:0.10929:10:9:70:91:11:9:70:93 chr13 25671398 . C T 63.02 PASS AF=0.10241;AO=17;DP=166;FAO=17;FDP=166;FR=.;FRO=149;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=84;FWDB=-0.00880635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.753;QD=1.51856;RBI=0.00970108;REFB=-0.00199032;REVB=-0.0040693;RO=148;SAF=8;SAR=9;SRF=65;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381626;STB=0.531013;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0200287;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:166:166:148:149:17:17:0.10241:9:8:65:83:9:8:65:84 chr13 25743537 . A T 161.51 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0129365;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.65;QD=11.9637;RBI=0.0185611;REFB=-0.00182668;REVB=-0.0133103;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613024;STB=0.543353;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00227937;OID=.;OPOS=25743537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:33:34:20:20:0.37037:11:9:13:20:11:9:13:21 chr13 25743781 . G C 250.82 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0105677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.523;QD=17.0049;RBI=0.0560826;REFB=0.0165243;REVB=-0.055078;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191746;STB=0.608115;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0176615;OID=.;OPOS=25743781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:16:15:19:9:16:15 chr13 25825889 . T C 1952.16 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8021;QD=61.9734;RBI=0.0207554;REFB=0;REVB=0.00967336;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011364;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:69:57:0:0:69:57:0:0 chr13 25831888 . T C 1281.21 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00838631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.901;QD=56.317;RBI=0.0216681;REFB=-0.0544238;REVB=-0.0199794;RO=2;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236738;STB=0.530113;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00510322;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:91:91:2:5:86:86:0.945055:39:47:0:2:39:47:0:5 chr13 25876011 . G A 1736.74 PASS AF=0.983051;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0301659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.331;QD=58.8726;RBI=0.031609;REFB=-0.112945;REVB=0.00944187;RO=2;SAF=39;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237241;STB=0.511903;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000275167;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:118:2:2:114:116:0.983051:75:39:2:0:75:41:2:0 chr13 26273385 . G C 859.67 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0163581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0858;QD=54.5824;RBI=0.0238187;REFB=-0.0568107;REVB=-0.017313;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782079;STB=0.504145;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00227825;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:23:38:1:1:23:38:1:1 chr13 26967566 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.021916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3054;QD=5.19168;RBI=0.0347175;REFB=0.00700035;REVB=-0.0269257;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381282;STB=0.749319;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0307388;OID=.;OPOS=26967566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:5:2:16:10:5:2:16:10 chr13 27333205 . C T 112.43 PASS AF=0.226667;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=-0.00944879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.945;QD=5.99637;RBI=0.114683;REFB=-0.0109113;REVB=-0.114293;RO=44;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241477;STB=0.555494;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0201856;OID=.;OPOS=27333205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:55:16:17:0.226667:11:5:13:31:12:5:13:42 chr13 27976692 . C T 229.45 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544856;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.841;QD=50.9879;RBI=0.0563132;REFB=0;REVB=0.01423;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202341;OID=.;OPOS=27976692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr13 28009031 . G C 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.391;QD=58.7763;RBI=0.0740783;REFB=0;REVB=0.0740503;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264295;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr13 28009920 . G C 780.97 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011606;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.485;QD=56.7982;RBI=0.00796741;REFB=0;REVB=-0.00788242;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111089;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr13 28121707 . G A 1025.78 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.56;QD=59.4656;RBI=0.0142615;REFB=0;REVB=0.00846162;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94622e-06;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr13 28143229 . A G 902.31 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2215;QD=58.2134;RBI=0.0888537;REFB=0;REVB=-0.0817064;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120186;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr13 28602313 . A G 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0262327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.368;QD=4.11598;RBI=0.0284103;REFB=-0.000643045;REVB=-0.0109083;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487122;STB=0.507872;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0039448;OID=.;OPOS=28602313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:4:7:32:18:4:7:32:19 chr13 28610183 . A G 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.848;QD=61.3229;RBI=0.0268284;REFB=0;REVB=0.0174759;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72854e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr13 28624294 . G A 1132.76 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195243;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.396;QD=60.4137;RBI=0.0202134;REFB=0;REVB=0.00523257;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00447e-06;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:40:35:0:0 chr13 28636084 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.324;QD=56.9383;RBI=0.0310054;REFB=0;REVB=0.0246891;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51067e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr13 28713051 . T C 102.42 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0837811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0159;QD=7.72976;RBI=0.0839088;REFB=-0.0150041;REVB=0.00462743;RO=38;SAF=2;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386874;STB=0.73873;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0372788;OID=.;OPOS=28713051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:39:14:14:0.264151:12:2:15:23:12:2:15:24 chr13 28835527 . T C,TC 1169.44 PASS AF=0.0128205,0.987179;AO=3,72;DP=80;FAO=1,77;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=1,43;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138965,0.00593963;FXX=0.0249969;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=245.381,267.447;QD=59.9712;RBI=0.00515929,0.00797608;REFB=0,0;REVB=-0.00496862,-0.00532341;RO=3;SAF=2,41;SAR=1,31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.255936,0.0181442;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00273388,-3.30757e-05;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:80:78:3:0:3,72:1,77:0.0128205,0.987179:1,31:2,41:1:2:0,34:1,43:0:0 chr13 28869147 . G C,GGATATAAAC 509.54 PASS AF=0.0238095,0.880952;AO=2,31;DP=44;FAO=1,37;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=1,21;FSAR=0,16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0126592,-0.00808936;FXX=0.0454442;HRUN=2,2;LEN=1,9;MLLD=164.635,184.849;QD=48.528;RBI=0.0248821,0.0158499;REFB=0.0199563,-0.0377552;REVB=0.0214212,0.0136302;RO=8;SAF=1,18;SAR=1,13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128706,-0.0173131;STB=0.988136,0.506699;STBP=0.484,0.808;TYPE=snp,ins;VARB=0.00601614,0.000360161;OID=.,.;OPOS=28869147,28869148;OREF=G,-;OALT=C,GATATAAAC;OMAPALT=C,GGATATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:44:42:8:4:2,31:1,37:0.0238095,0.880952:1,13:1,18:5:3:0,16:1,21:2:2 chr13 28883061 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.805;QD=51.9167;RBI=0.016226;REFB=0;REVB=0.00749044;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53197e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr13 28970917 . C T 108.69 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7669;QD=36.2314;RBI=0.0840526;REFB=-0.034471;REVB=-0.0832033;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0419105;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr13 29233343 . G C 123.87 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.022069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3158;QD=17.0852;RBI=0.100711;REFB=0.00353233;REVB=0.0982633;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483391;STB=0.804735;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00161446;OID=.;OPOS=29233343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:15:13:14:0.482759:1:12:10:6:1:13:9:6 chr13 29274977 . T TA 44.24 PASS AF=0.348837;AO=12;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.124963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3114;QD=4.1149;RBI=0.173524;REFB=-0.0649756;REVB=-0.120394;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116635;STB=0.634737;STBP=0.173;TYPE=ins;VARB=0.035345;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:12:43:15:43:28:5:10:15:13:44:27:5:7:14:13 chr13 29275102 . T C 492.36 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4906;QD=57.9246;RBI=0.0280467;REFB=0;REVB=0.00956198;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043648;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:23:9:0:0:25:9:0:0 chr13 29275129 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000940675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.348;QD=52.6129;RBI=0.0032756;REFB=0;REVB=0.00313762;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54274e-05;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr13 29598842 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0243574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.72;QD=20.7383;RBI=0.0303934;REFB=-0.0131598;REVB=-0.018179;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983768;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0136608;OID=.;OPOS=29598842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:9:7:10:8:9:7 chr13 29898768 . A C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.125;QD=55.6542;RBI=0.0267512;REFB=0;REVB=0.00514093;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232023;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr13 30084173 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.584;QD=57.1054;RBI=0.0142906;REFB=0;REVB=0.0127607;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77394e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:15:39:0:0:16:39:0:0 chr13 30087778 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.092;QD=53.9112;RBI=0.0602831;REFB=0;REVB=0.0239776;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355298;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr13 30091714 . G A 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.462;QD=60.5422;RBI=0.0297909;REFB=0;REVB=0.0238701;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75357e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAA,AAC 2153.76 PASS AF=0.992754,0,0,0.00724638;AO=31,22,6,83;DP=142;FAO=137,0,0,1;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0,0,0;FSAR=80,0,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118006,0.0519996,-0.0262743,0.0346999;FXX=0.0212751;HRUN=5,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=192.74,184.717,178.147,173.919;QD=62.4278;RBI=0.144354,0.101963,0.0919924,0.109859;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0831428,-0.0877072,-0.0881605,-0.104235;RO=0;SAF=29,22,6,3;SAR=2,0,0,80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0.000396837,0,0,-0.0795037;OID=.,.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819,30091819;OREF=AG,G,G,G;OALT=-,-,A,C;OMAPALT=A,AA,AAA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992754,0,0,0.00724638:31,22,6,83:142:137,0,0,1:138:0:57,0,0,0:80,0,0,1:0:0:5:0:29,22,6,3:2,0,0,80:0:0 chr13 30107067 . G C 935.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.099;QD=58.4982;RBI=0.0103486;REFB=0;REVB=0.0102634;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4688e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:31:33:0:0 chr13 30781111 . C A 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0389022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.273;QD=26.3394;RBI=0.0393803;REFB=-0.0143957;REVB=-0.00611767;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032152;STB=0.517793;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0103451;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:16:7:4:11:16:7:4:11 chr13 31036681 . A G 565.84 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022612;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.373;QD=61.1719;RBI=0.0231303;REFB=0;REVB=-0.00486909;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94872e-05;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr13 31205422 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0118075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.3;QD=5.83276;RBI=0.0165805;REFB=-0.00413382;REVB=-0.0116402;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198462;STB=0.611322;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0170637;OID=.;OPOS=31205422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:6:5:12:28:6:5:13:28 chr13 31287979 . G GTA 234.76 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0170451;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.466;QD=15.3939;RBI=0.0181114;REFB=-0.0594523;REVB=0.00612279;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603868;STB=0.535953;STBP=0.651;TYPE=ins;VARB=0.0552135;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442623:26:68:27:61:34:16:11:18:16:99:42:15:11:24:18 chr13 31531009 . G A 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0394372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.901;QD=11.6202;RBI=0.0444254;REFB=0.00341218;REVB=0.020453;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886397;STB=0.551814;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00305193;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:14:6:13:22:14:6:13:22 chr13 31543095 . C T 135.3 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00212667;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4507;QD=24.5991;RBI=0.00433203;REFB=-0.00303949;REVB=-0.00377409;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00132055;OID=.;OPOS=31543095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:5:3:8:6:5:3 chr13 31728703 . T C 161.77 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0280961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.235;QD=28.1331;RBI=0.0283188;REFB=-0.00432276;REVB=-0.00354483;RO=7;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309522;STB=0.51722;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00203556;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:6:10:4:3:6:10:4:3 chr13 31821240 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.424;QD=56.9978;RBI=0.0637058;REFB=0;REVB=-0.063409;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264453;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr13 31821992 . T C 912.41 PASS AF=0.942857;AO=64;DP=68;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0244492;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.476;QD=52.1379;RBI=0.0264297;REFB=-0.0948893;REVB=0.0100383;RO=4;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033101;STB=0.51793;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00138732;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:70:4:4:64:66:0.942857:29:35:1:3:29:37:1:3 chr13 31891746 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1728;QD=61.6815;RBI=0.0426126;REFB=0;REVB=0.0423387;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423494;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr13 31905557 . C T 855.9 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.252608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.117;QD=54.3426;RBI=0.281862;REFB=0;REVB=0.125041;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118831;OID=.;OPOS=31905557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:38:23:0:0:39:24:0:0 chr13 32360547 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.572;QD=58.6006;RBI=0.0165626;REFB=0;REVB=-0.00855794;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67896e-06;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr13 32360583 . A G 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0403025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.19;QD=18.4976;RBI=0.040741;REFB=-0.0187937;REVB=0.00596095;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166799;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:16:11:11:16:16:11 chr13 32371361 . A G 679.43 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00141682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3741;QD=19.4123;RBI=0.00660038;REFB=-0.021418;REVB=0.00644652;RO=71;SAF=25;SAR=43;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120003;STB=0.5633;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.020833;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:72:68:68:0.485714:43:25:35:36:43:25:35:37 chr13 32376718 . A G 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3009;QD=63.577;RBI=0.0939703;REFB=0;REVB=-0.00357144;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966476;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr13 32676096 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0161702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.393;QD=8.30758;RBI=0.0269662;REFB=-0.0171808;REVB=0.0215801;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450262;STB=0.777113;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0365747;OID=.;OPOS=32676096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:6:12:2:6:6:12 chr13 32676114 . A G 170.46 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.012958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.026;QD=25.254;RBI=0.0237418;REFB=-0.00979018;REVB=-0.0198937;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2184;STB=0.622491;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0035811;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:12:5:6:4:12:5:6:4 chr13 32776603 . T C 476.74 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.019253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1432;QD=19.4589;RBI=0.0199785;REFB=-0.0210669;REVB=0.00533513;RO=50;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123604;STB=0.512478;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0204046;OID=.;OPOS=32776603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:26:21:23:27:26:21:24:27 chr13 32785086 . G A 197.2 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0177349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.628;QD=21.3184;RBI=0.0206492;REFB=-0.0209499;REVB=-0.0105765;RO=16;SAF=17;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549599;STB=0.827307;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00686595;OID=.;OPOS=32785086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:19:19:0.513514:2:17:6:10:2:17:6:11 chr13 32832149 . T C 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0009513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.305;QD=15.7806;RBI=0.0632425;REFB=-0.00734991;REVB=0.0632354;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918505;STB=0.55227;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00705719;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:14:15:14:9:14:15 chr13 32885654 . T C 45.12 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0612675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1958;QD=8.2043;RBI=0.0666346;REFB=-0.0209068;REVB=-0.0262004;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611001;STB=0.538348;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.037458;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:10:5:2:5:10:5 chr13 32885658 . G A 65.87 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00973075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.599;QD=11.455;RBI=0.0101005;REFB=-0.0130661;REVB=-0.00270803;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325655;STB=0.73781;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0265269;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:13:14:9:9:0.391304:1:8:9:4:1:8:9:5 chr13 32911888 . A G 113.8 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00473165;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.154;QD=26.777;RBI=0.0163664;REFB=-0.0297515;REVB=0.0156675;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0172104;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:18:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr13 32912299 . T C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0281979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.641;QD=17.1561;RBI=0.0286246;REFB=-0.0119401;REVB=0.00492415;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477634;STB=0.527365;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0114659;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:8:12:11:6:8:12 chr13 32913055 . A G 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2674;QD=62.16;RBI=0.00320099;REFB=0;REVB=-0.00212518;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40906e-06;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr13 32915005 . G C 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1642;QD=57.3831;RBI=0.0368869;REFB=0;REVB=0.0366547;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255027;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr13 32929232 . A G 255.65 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.111071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0825;QD=29.2169;RBI=0.118002;REFB=-0.0274564;REVB=0.0398437;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12148;STB=0.56703;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0213358;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:14:9:7:5:14:9:7:5 chr13 32976608 . A G 401.47 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0694147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.338;QD=13.4947;RBI=0.069419;REFB=-0.00502159;REVB=0.000771829;RO=72;SAF=25;SAR=22;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932688;STB=0.552759;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0117371;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:72:47:47:0.394958:22:25:32:40:22:25:32:40 chr13 32976640 . TTTG T 67.84 PASS AF=0.263158;AO=13;DP=59;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0377005;FXX=0.0499917;HRUN=3;LEN=3;MLLD=207.072;QD=4.76042;RBI=0.0378097;REFB=-0.00451748;REVB=-0.00287115;RO=42;SAF=2;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423728;STB=0.790857;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.00855052;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:13:59:15:57:42:2:13:19:23:67:42:2:11:19:23 chr13 32976645 . T A 112.32 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00996282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.578;QD=7.74649;RBI=0.0110519;REFB=0.000659053;REVB=-0.00478409;RO=42;SAF=2;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462098;STB=0.798478;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00238809;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:15:16:0.275862:13:2:19:23:14:2:19:23 chr13 32976648 . G C 105.29 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.000370439;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9476;QD=7.52098;RBI=0.0313681;REFB=0.00202041;REVB=-0.0313659;RO=41;SAF=2;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471182;STB=0.795466;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00861496;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:13:2:19:22:13:2:19:22 chr13 32981142 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.018961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8526;QD=16.897;RBI=0.0231468;REFB=0.00636929;REVB=0.0132761;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34303;STB=0.705371;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00519839;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:6:3:1:9:6:3 chr13 32981279 . T A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0100709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.18;QD=15.7844;RBI=0.0175916;REFB=-0.0151867;REVB=-0.0144236;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246747;STB=0.64335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0166655;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:8:9:4:10:8:9 chr13 33232435 . A G 116.21 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0112047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.721;QD=11.3377;RBI=0.0386953;REFB=-0.0182683;REVB=0.0370376;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184235;STB=0.629957;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0477532;OID=.;OPOS=33232435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:14:14:0.341463:8:6:15:10:8:6:17:10 chr13 33315206 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00913579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.501;QD=14.3343;RBI=0.0121089;REFB=-0.00411783;REVB=-0.00794748;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0117052;OID=.;OPOS=33315206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:4:6:3:6:4:6 chr13 33337578 . A G 106.25 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0362451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.936;QD=11.8057;RBI=0.0363282;REFB=-0.0019423;REVB=0.00245675;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0037277;OID=.;OPOS=33337578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:8:15:7:6:8:15 chr13 33349845 . A G 466.7 PASS AF=0.541176;AO=43;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00528605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.81;QD=21.9625;RBI=0.00670044;REFB=-0.00793799;REVB=0.00411747;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148581;STB=0.572488;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00735946;OID=.;OPOS=33349845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:39:43:46:0.541176:19:24:15:24:21:25:15:24 chr13 33590851 . T C 499.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.849;QD=58.7732;RBI=0.0864372;REFB=0;REVB=-0.0828109;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000761572;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr13 33635835 . T C 562.27 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0004546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.285;QD=57.6685;RBI=0.0156574;REFB=-0.0345695;REVB=0.0156508;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00267003;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:16:22:0:0:16:22:0:1 chr13 33700374 . T G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0298483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.915;QD=14.7984;RBI=0.0314106;REFB=-0.00994561;REVB=0.0097829;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0148598;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr13 33703656 . T C 273.9 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0188014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.978;QD=14.6078;RBI=0.0210524;REFB=0.00178564;REVB=0.0094716;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671557;STB=0.528949;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0018661;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:43:31:32:0.426667:15:16:25:18:15:17:25:18 chr13 33704065 . T C 77.94 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.086426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5229;QD=14.1701;RBI=0.181628;REFB=-0.0316162;REVB=0.159747;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227889;STB=0.658282;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0433504;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:9:10:0.454545:2:7:11:1:3:7:11:1 chr13 33704290 . G A 444.5 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00168008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2815;QD=15.1967;RBI=0.0216021;REFB=-0.0275749;REVB=0.0215366;RO=67;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636866;STB=0.535737;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0339405;OID=.;OPOS=33704290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:23:27:32:35:23:27:32:35 chr13 35644952 . A C 382.41 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0108905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2105;QD=19.8655;RBI=0.0264477;REFB=-0.0240124;REVB=0.0241014;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814793;STB=0.54519;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0199141;OID=.;OPOS=35644952;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:16:22:19:20:16:22 chr13 35733539 . A C 247.59 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=70;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0081531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.271;QD=13.755;RBI=0.00878973;REFB=-0.00640142;REVB=0.00328427;RO=43;SAF=20;SAR=7;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314741;STB=0.6399;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00916384;OID=.;OPOS=35733539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:43:43:27:29:0.402778:7:20:20:23:9:20:20:23 chr13 35735976 . A G 724.42 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0165113;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8428;QD=17.3514;RBI=0.0165847;REFB=-0.00493397;REVB=-0.00155806;RO=90;SAF=35;SAR=42;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873151;STB=0.54841;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00521092;OID=.;OPOS=35735976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:90:90:77:77:0.461078:42:35:49:41:42:35:49:41 chr13 35747681 . A G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0131154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.2;QD=19.2749;RBI=0.0131441;REFB=0.00345979;REVB=-0.000867274;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616294;STB=0.534853;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00431936;OID=.;OPOS=35747681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:13:13:13:10:13:13 chr13 36246436 . T C 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00426115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.953;QD=13.0718;RBI=0.0126361;REFB=-0.0150772;REVB=-0.011896;RO=50;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968015;STB=0.555519;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0241016;OID=.;OPOS=36246436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:20:11:22:28:20:11:22:28 chr13 36385031 . G T 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0133936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.31;QD=13.4957;RBI=0.0153247;REFB=0.00129249;REVB=-0.00744695;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102435;STB=0.55845;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00186044;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:16:13:24:20:16:13:24:20 chr13 36402426 . A G 496.94 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0233452;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.397;QD=23.3854;RBI=0.0249621;REFB=-0.0221643;REVB=-0.00883777;RO=37;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637601;STB=0.542038;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0194085;OID=.;OPOS=36402426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:38:47:47:0.552941:18:29:20:17:18:29:20:18 chr13 36639771 . A C 271.05 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00486244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6675;QD=23.5697;RBI=0.0958787;REFB=-0.0209966;REVB=0.0957554;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116599;STB=0.577554;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0316981;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:16:9:10:10:16:9:11:10 chr13 36744910 . C T 326.25 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0164746;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.82;QD=24.6224;RBI=0.0172103;REFB=-0.0119587;REVB=-0.00497821;RO=19;SAF=7;SAR=25;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821325;STB=0.511066;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0062281;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:21:32:32:0.603774:25:7:4:15:25:7:5:16 chr13 36801415 . C T 506.4 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0255853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.705;QD=19.1093;RBI=0.0262217;REFB=-0.0112616;REVB=-0.00574222;RO=53;SAF=28;SAR=25;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688039;STB=0.538006;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0118514;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:25:28:32:21:25:28:32:21 chr13 36828237 . T C 267.32 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0680053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4196;QD=18.4358;RBI=0.137937;REFB=-0.0106663;REVB=0.120008;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615989;STB=0.534418;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0146269;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:16:13:15:14:16:13 chr13 36855375 . C T 260.74 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0207946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8438;QD=18.9628;RBI=0.0208482;REFB=0.0191173;REVB=-0.00149398;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389841;STB=0.510631;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0183213;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:12:16:16:10:12:16:16:11 chr13 36855405 . A G 215.89 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00358585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.626;QD=20.0828;RBI=0.0198461;REFB=-0.00017232;REVB=-0.0195194;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035222;STB=0.519979;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00161144;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:19:19:0.44186:7:12:14:7:7:12:14:7 chr13 36857639 . T C 253.22 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0226639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6414;QD=17.4636;RBI=0.100799;REFB=-0.0360133;REVB=0.0982178;RO=30;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207401;STB=0.51162;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0526993;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:7:21:23:7:7:21:23:7 chr13 36877978 . T C 164.11 PASS AF=0.377358;AO=21;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0154392;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=178.186;QD=12.3858;RBI=0.0158363;REFB=-0.00779567;REVB=-0.00352441;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107815;STB=0.590818;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0126085;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:33:21:20:0.377358:12:9:17:15:12:8:18:15 chr13 36886469 . T C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00829634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.296;QD=15.5754;RBI=0.00837002;REFB=-0.0204634;REVB=0.00110817;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289332;STB=0.664122;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0326987;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:12:19:8:17:12:19 chr13 36939688 . C T 282.41 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0100683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8446;QD=12.4136;RBI=0.03224;REFB=-0.00189461;REVB=-0.0306275;RO=58;SAF=17;SAR=16;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231908;STB=0.501333;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00368642;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:16:17:30:28:16:17:30:28 chr13 36939758 . A G 542.23 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00232877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.016;QD=15.1674;RBI=0.00330617;REFB=-0.0048395;REVB=0.00234683;RO=84;SAF=31;SAR=28;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141546;STB=0.507953;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00654668;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:84:59:59:0.412587:28:31:43:41:28:31:43:41 chr13 37269835 . G A 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00113821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.702;QD=16.0893;RBI=0.0188685;REFB=-0.0165771;REVB=-0.0188341;RO=50;SAF=27;SAR=11;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22875;STB=0.629462;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0198746;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:11:27:25:25:11:27:25:25 chr13 37270174 . A G 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00438285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.213;QD=30.8603;RBI=0.00503705;REFB=0.0304397;REVB=-0.00248244;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432098;STB=0.523787;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0055746;OID=.;OPOS=37270174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:10:11:4:5:10:11:4:5 chr13 37372429 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4475;QD=51.1836;RBI=0.154948;REFB=0;REVB=0.148827;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605292;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr13 37393672 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 63.45 PASS AF=0.5625,0;AO=6,3;DP=18;FAO=9,0;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.15513,0.061915;FXX=0.0587889;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=27.774,14.6846;QD=15.8635;RBI=0.167507,0.116923;REFB=-0.0547501,-0.0195621;REVB=-0.063192,0.0991847;RO=7;SAF=3,3;SAR=3,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.465896,0;STB=0.683894,0.5;STBP=0.186,1;TYPE=del,del;VARB=0.0566743,0;OID=.,.;OPOS=37393677,37393673;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625,0:6,3:18:9,0:16:7:6,0:3,0:7:0:48:7:3,3:3,0:7:0 chr13 37580139 . G A 387.26 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0115915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.916;QD=23.8316;RBI=0.0146734;REFB=-0.0176741;REVB=0.00899703;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999796;STB=0.505492;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0131607;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:23:15:11:16:23:15:11:16 chr13 37583831 . G A 144.37 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0360179;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.102;QD=20.6237;RBI=0.0382315;REFB=-0.0320037;REVB=-0.0128203;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515323;STB=0.564015;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0204684;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:14:15:0.535714:9:5:5:7:10:5:6:7 chr13 37625601 . T C 279.52 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.259;QD=48.6128;RBI=0.0272597;REFB=-0.0903819;REVB=0.0186329;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00115972;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:11:11:0:0:11:11:0:1 chr13 37679268 . G T 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0113763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1542;QD=19.9739;RBI=0.011458;REFB=-0.0153008;REVB=0.00136563;RO=20;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132479;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:4:16:16:4:4:16:16:4 chr13 37679535 . G C 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00516198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.139;QD=15.2711;RBI=0.00987345;REFB=-0.0106524;REVB=-0.00841659;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105774;STB=0.51146;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0141833;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:19:16:21:26:19:16:21:27 chr13 37679729 . C T 108.82 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0730107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2498;QD=24.1829;RBI=0.088917;REFB=-0.0224457;REVB=0.0507511;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510973;STB=0.528799;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0121948;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:2:4:7:5:2:4 chr13 37679776 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0312557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.902;QD=16.8226;RBI=0.0461534;REFB=0.0109342;REVB=0.0339591;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00929335;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:1:4:5:2:1:4 chr13 38153486 . AT A 42.55 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0845497;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1881;QD=3.21129;RBI=0.199493;REFB=-0.0530233;REVB=0.180689;RO=33;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572157;STB=0.805567;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0939379;OID=.;OPOS=38153487;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:15:53:15:53:38:12:3:14:24:42:33:13:2:13:20 chr13 38357471 . G A 415.26 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0325788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.183;QD=19.3142;RBI=0.0330071;REFB=-0.0112143;REVB=-0.00530004;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875194;STB=0.50943;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00988486;OID=.;OPOS=38357471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:44:42:42:0.488372:26:16:16:25:26:16:16:28 chr13 38924083 . A T 1604.84 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4941;QD=59.9941;RBI=0.0125784;REFB=0;REVB=-0.00817262;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30169e-05;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:47:59:0:0:48:59:0:0 chr13 38924263 . T C 1540.14 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4407;QD=59.8112;RBI=0.0691454;REFB=0;REVB=-0.0588691;RO=0;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000589606;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:65:38:0:0:65:38:0:0 chr13 38932206 . A T 40.27 PASS AF=0.121212;AO=6;DP=94;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.00389748;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.274;QD=1.62721;RBI=0.0696347;REFB=-0.00348373;REVB=-0.0695256;RO=86;SAF=6;SAR=0;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475429;STB=0.731778;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0284487;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:94:99:86:87:6:12:0.121212:0:6:55:31:2:10:54:33 chr13 38932207 . TAT TA,TT,TTA,TTT 192.77 PASS AF=0.386364,0.318182,0.181818,0.0227273;AO=10,18,13,16;DP=98;FAO=17,14,8,1;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=1,12,3,1;FSAR=16,2,5,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0323686,-0.00323419,-0.0311106,-0.00348262;FXX=0.352889;HRUN=9,1,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=4.02957,148.493,11.6012,148.891;QD=17.5249;RBI=0.51887,0.0965415,0.453176,0.0125701;REFB=-0.0221858,-0.025032,-0.0350478,-0.0199658;REVB=-0.517859,-0.0964873,-0.452107,-0.012078;RO=33;SAF=2,16,8,15;SAR=8,2,5,1;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.457498,0.471561,0.0483821,0.593255;STB=0.627268,0.697341,0.545344,0.992027;STBP=0.2,0.023,0.747,0.249;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.0928206,0.00542214,-0.0481775,0.0115268;OID=.,.,.,.;OPOS=38932209,38932208,38932208,38932208;OREF=T,A,AT,A;OALT=-,-,TA,T;OMAPALT=TA,TT,TTA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.386364,0.318182,0.181818,0.0227273:10,18,13,16:98:17,14,8,1:44:4:1,12,3,1:16,2,5,0:1:3:74:33:2,16,8,15:8,2,5,1:19:14 chr13 39262057 . G A 1546.41 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.823;QD=63.7695;RBI=0.0206448;REFB=0;REVB=0.00627686;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55365e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:54:41:0:0:54:43:0:0 chr13 39262435 . C G 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0197625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.272;QD=16.9399;RBI=0.0222782;REFB=-0.0137639;REVB=0.0102841;RO=22;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827631;STB=0.563069;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0198458;OID=.;OPOS=39262435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:24:19:19:0.44186:15:4:6:16:15:4:7:17 chr13 39263713 . GT G,GC 572.49 PASS AF=0.425,0.575;AO=9,28;DP=39;FAO=17,23;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8,10;FSAR=9,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147228,-0.01046;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.1558,39.6606;QD=57.2486;RBI=0.0294568,0.168083;REFB=0,0;REVB=0.0255136,-0.167757;RO=0;SAF=7,9;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.62669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00435185,0.0614156;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.425,0.575:9,28:39:17,23:40:0:8,10:9,13:0:0:56:0:7,9:2,19:0:0 chr13 39264690 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.379;QD=56.0119;RBI=0.0111413;REFB=-0.0233445;REVB=0.00263428;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00042611;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:1:0:12:22:1:0 chr13 39266397 . G A 321.3 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0140184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2993;QD=18.9002;RBI=0.0155654;REFB=0.0288027;REVB=0.00676518;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157407;STB=0.587578;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0286485;OID=.;OPOS=39266397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:15:19:13:21:15:19:13:21 chr13 39430313 . A AT 608.47 PASS AF=1;AO=11;DP=68;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06961;FXX=0.0735186;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.124;QD=38.6329;RBI=0.074711;REFB=0;REVB=0.0271328;RO=57;SAF=1;SAR=10;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.636706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000876988;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:68:63:63:0:37:26:0:0:13:57:1:10:36:21 chr13 39430314 . C G,T 943.24 PASS AF=0.147059,0.838235;AO=10,57;DP=68;FAO=10,57;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=0,36;FSAR=10,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00315446,0.0112663;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=47.4432,216.252;QD=55.4847;RBI=0.0151316,0.0167314;REFB=0.154658,0.0191195;REVB=-0.0147991,0.0123698;RO=1;SAF=0,36;SAR=10,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819712,-0.0129222;STB=0.998146,0.506847;STBP=0.04,0.534;TYPE=snp,snp;VARB=0.0682308,6.62346e-05;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:68:68:1:1:10,57:10,57:0.147059,0.838235:10,21:0,36:1:0:10,21:0,36:1:0 chr13 39433606 . A G 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0403394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.193;QD=22.8839;RBI=0.0403658;REFB=-0.0133258;REVB=-0.00145911;RO=29;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406644;STB=0.522376;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00782396;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:19:19:16:13:19:19:16:13 chr13 39540589 . TC T 906.48 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214046;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.515;QD=58.4826;RBI=0.0305459;REFB=0;REVB=0.021792;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.0803e-05;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:63:62:62:0:25:37:0:0:5:0:25:37:0:0 chr13 39586343 . G C 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0108495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.85;QD=19.4997;RBI=0.0231239;REFB=-0.0124068;REVB=0.0204206;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169151;STB=0.594203;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0121196;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:12:20:13:17:12:20:13:17 chr13 39587865 . A C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0222327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.261;QD=17.8275;RBI=0.0227034;REFB=-0.0426732;REVB=-0.00459891;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183634;STB=0.605879;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0251279;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:6:5:8:4:6:5 chr13 39587889 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0339634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.482;QD=14.7014;RBI=0.0398797;REFB=-0.0202245;REVB=-0.0209017;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225663;STB=0.615187;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.025054;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:8:4:8:6:8:4:8:7 chr13 40021260 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00562567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.525;QD=16.755;RBI=0.0120346;REFB=-0.00768929;REVB=-0.0106388;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570018;STB=0.503223;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0117494;OID=.;OPOS=40021260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:13:15:13:11:13:15 chr13 40229891 . G A 262.7 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00568437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1153;QD=19.4594;RBI=0.14428;REFB=-0.0356995;REVB=0.144168;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181374;STB=0.608564;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0440768;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:15:13:17:8:15:13:18:8 chr13 40229957 . T A 455.55 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00999732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.329;QD=25.6646;RBI=0.0107605;REFB=-0.0125747;REVB=0.00398017;RO=27;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212823;STB=0.504585;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00777525;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:28:43:43:0.605634:22:21:14:13:22:21:14:14 chr13 40230229 . C T 383.92 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0076352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4939;QD=17.6516;RBI=0.0378932;REFB=-0.0376379;REVB=-0.037116;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104159;STB=0.563187;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0112108;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:20:20:18:28:20:20:18:29 chr13 40230294 . T C 612.89 PASS AF=0.441379;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.00433799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.898;QD=16.9073;RBI=0.00951827;REFB=-0.0198532;REVB=0.00847227;RO=81;SAF=27;SAR=37;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405146;STB=0.522574;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0266247;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:81:64:64:0.441379:37:27:31:50:37:27:31:50 chr13 40238175 . C T 177.62 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00652546;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.676;QD=14.2094;RBI=0.0112165;REFB=-0.00423734;REVB=-0.009123;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692642;STB=0.53009;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00549444;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:30:20:20:0.4:9:11:14:15:9:11:15:15 chr13 40268818 . A T 2462.25 PASS AF=0.49501;AO=251;DP=500;FAO=248;FDP=501;FR=.;FRO=253;FSAF=106;FSAR=142;FSRF=107;FSRR=146;FWDB=0.00499052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.716;QD=19.6587;RBI=0.00742596;REFB=-0.00487761;REVB=0.00549904;RO=243;SAF=107;SAR=144;SRF=104;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00155372;STB=0.50232;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00500141;OID=.;OPOS=40268818;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:501:243:253:251:248:0.49501:144:107:104:139:142:106:107:146 chr13 41133080 . A G 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00582291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.997;QD=8.6982;RBI=0.0252159;REFB=0.00014512;REVB=-0.0245344;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311218;STB=0.693879;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00161012;OID=.;OPOS=41133080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:8:6:5:2:8:6 chr13 41134122 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.000618721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.71;QD=12.329;RBI=0.0159807;REFB=-0.0154443;REVB=-0.0159687;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0208584;OID=.;OPOS=41134122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:9:8:6:5:9:8 chr13 41323397 . C T 374.5 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00936565;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.162;QD=20.5204;RBI=0.0125086;REFB=0.0388709;REVB=-0.00829157;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012855;STB=0.505777;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0345487;OID=.;OPOS=41323397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:35:38:38:0.520548:18:20:19:17:18:20:18:17 chr13 41340950 . T C 47.03 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000366731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6752;QD=4.47873;RBI=0.0287002;REFB=-0.00527341;REVB=0.0286978;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260253;STB=0.709744;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.058571;OID=.;OPOS=41340950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:41:42:34:34:7:8:0.190476:3:4:12:22:3:5:12:22 chr13 41379272 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00302534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.349;QD=25.2441;RBI=0.0045481;REFB=-4.79005e-06;REVB=-0.00339596;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572719;STB=0.531769;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-3.10834e-05;OID=.;OPOS=41379272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:11:11:16:12:11:11 chr13 41383962 . C G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0109499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.801;QD=19.7024;RBI=0.0124593;REFB=-0.00896321;REVB=-0.00594415;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225945;STB=0.512805;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00784904;OID=.;OPOS=41383962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:7:9:10:7:7:9 chr13 41515182 . T C 244.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0298117;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.511;QD=15.2998;RBI=0.0427055;REFB=-0.010007;REVB=0.0305782;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791808;STB=0.504481;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.015936;OID=.;OPOS=41515182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:19:17:13:15:19:17 chr13 41515286 . T A 722.48 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00655559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.395;QD=18.8883;RBI=0.00677802;REFB=-0.00620188;REVB=0.00172217;RO=77;SAF=33;SAR=42;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145212;STB=0.502123;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0050335;OID=.;OPOS=41515286;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:77:78:75:75:0.490196:42:33:34:43:42:33:34:44 chr13 41515368 . T C 679.39 PASS AF=0.492754;AO=67;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0186299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.087;QD=19.6924;RBI=0.0391587;REFB=-0.0263062;REVB=0.0344431;RO=70;SAF=32;SAR=35;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750425;STB=0.500213;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.024786;OID=.;OPOS=41515368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:70:67:68:0.492754:35:32:34:36:35:33:34:36 chr13 41517985 . A G 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0135014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.382;QD=17.7623;RBI=0.0143069;REFB=-0.0131948;REVB=0.00473269;RO=44;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667862;STB=0.50922;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0126469;OID=.;OPOS=41517985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:21:18:20:24:21:18:20:25 chr13 41533052 . T C 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0205031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.294;QD=20.5457;RBI=0.029792;REFB=-0.0132395;REVB=0.0216145;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847083;STB=0.547782;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0203389;OID=.;OPOS=41533052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:10:12:14:8:10:12 chr13 41657136 . A T 251.62 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00934587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.565;QD=15.0223;RBI=0.00993533;REFB=-0.0210642;REVB=0.0033713;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201339;STB=0.620569;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0292071;OID=.;OPOS=41657136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:18:10:21:17:19:10:21:17 chr13 41657340 . C T 187.55 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00297999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.421;QD=23.4431;RBI=0.0493995;REFB=-0.00753481;REVB=-0.0493095;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203883;STB=0.615242;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.015499;OID=.;OPOS=41657340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:17:17:0.53125:12:5:7:6:12:5:7:6 chr13 41705495 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.917;QD=58.1421;RBI=0.0492055;REFB=0;REVB=0.0418235;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208835;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr13 41706800 . A G 771.39 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082661;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.313;QD=57.1401;RBI=0.00843516;REFB=0;REVB=-0.00168034;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49292e-06;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr13 41767395 . AT A 43.88 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.079703;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5298;QD=9.75011;RBI=0.0802285;REFB=-0.0585666;REVB=0.0091675;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.320833;SSSB=-0.278203;STB=0.677062;STBP=0.275;TYPE=del;VARB=0.0595155;OID=.;OPOS=41767396;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:19:8:18:10:5:3:9:1:43:9:5:3:8:1 chr13 41834744 . C T 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3787;QD=64.1512;RBI=0.0647442;REFB=0;REVB=0.00858543;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651695;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr13 41902939 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=42;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0481;QD=55.4102;RBI=0.0496497;REFB=0.0838594;REVB=0.0190213;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00111568;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:42:57:0.982759:25:17:0:0:27:30:0:1 chr13 42032572 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0649594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.745;QD=19.386;RBI=0.0716466;REFB=-0.0362968;REVB=-0.0302242;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133915;STB=0.564291;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0379391;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:12:8:11:9:12:8:11:10 chr13 42381889 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00803735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.095;QD=12.8689;RBI=0.0273026;REFB=-0.0111063;REVB=0.0260928;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.599822;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0271114;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:6:10:5:6:6:10 chr13 42442546 . A G 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00301964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7998;QD=15.1005;RBI=0.0163329;REFB=-0.0118366;REVB=0.0160514;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716874;STB=0.540673;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0157293;OID=.;OPOS=42442546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:12:19:13:11:12:19 chr13 42465713 . C T 43.82 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0307825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.771;QD=6.26023;RBI=0.0325409;REFB=-0.00498742;REVB=-0.010552;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272656;STB=0.672809;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00969481;OID=.;OPOS=42465713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:14:7:4:3:14:7 chr13 42772717 . G T 885.91 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.491;QD=58.0923;RBI=0.0141568;REFB=0;REVB=0.00975779;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29412e-05;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr13 42793479 . G A 754.62 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9631;QD=56.9522;RBI=0.0650473;REFB=0;REVB=0.0650305;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781685;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr13 42803341 . T C 1803.6 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5547;QD=61.1391;RBI=0.0432762;REFB=0;REVB=0.0392895;RO=1;SAF=60;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115008;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:1:0:117:118:1:57:60:1:0:57:61:0:0 chr13 42875721 . A G 215.62 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0359039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2747;QD=15.1313;RBI=0.0400771;REFB=-0.0226489;REVB=0.0178069;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.546182;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0731747;OID=.;OPOS=42875721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:14:18:12:13:14:18 chr13 42876861 . T C 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0144605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.904;QD=17.4005;RBI=0.0155637;REFB=-0.0131494;REVB=-0.0057553;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27476;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0104277;OID=.;OPOS=42876861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:8:5:9:4:8:5 chr13 42877265 . G C 114.65 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.050281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6008;QD=10.4223;RBI=0.0643792;REFB=-0.00462367;REVB=-0.0402057;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816695;STB=0.548949;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0110186;OID=.;OPOS=42877265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:15:15:8:6:15:15 chr13 43462422 . A T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0302733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.421;QD=21.9707;RBI=0.0606092;REFB=-0.0243136;REVB=0.0525072;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810706;STB=0.54541;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.01738;OID=.;OPOS=43462422;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:6:11:11:9:6:11 chr13 43469157 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.467;QD=58.7816;RBI=0.0340712;REFB=0;REVB=-0.0317775;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14614e-05;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr13 43469211 . G A 1152.37 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00293277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.034;QD=58.3477;RBI=0.00780734;REFB=-0.180742;REVB=-0.00723556;RO=1;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137161;STB=0.507245;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000278057;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:34:43:0:1:34:44:0:1 chr13 43597865 . A G 237.36 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0128006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.254;QD=26.3733;RBI=0.0231724;REFB=-0.0297465;REVB=-0.019316;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267081;STB=0.50273;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0176382;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:14:21:22:0.611111:8:13:8:5:8:14:9:5 chr13 43639845 . A C 42.1 PASS AF=0.28;AO=5;DP=23;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0132032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.614;QD=6.73678;RBI=0.0212028;REFB=-0.00889816;REVB=0.0165902;RO=18;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133606;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.037703;OID=.;OPOS=43639845;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:25:18:18:5:7:0.28:3:2:7:11:5:2:7:11 chr13 43788158 . G A 311.82 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0301258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.749;QD=16.6306;RBI=0.0367767;REFB=-0.0162065;REVB=-0.0210941;RO=40;SAF=24;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062745;STB=0.530368;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0177945;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:10:24:26:14:10:24:27:14 chr13 44457925 . A G 346.75 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0496689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.845;QD=13.3365;RBI=0.0516051;REFB=-0.0121696;REVB=-0.0140029;RO=63;SAF=24;SAR=17;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836697;STB=0.547505;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.023385;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:17:24:32:31:17:24:32:31 chr13 45563464 . G C 503.95 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00605432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.183;QD=17.5287;RBI=0.0081456;REFB=-0.0160465;REVB=0.0054494;RO=61;SAF=23;SAR=31;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320974;STB=0.517845;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0209513;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:31:23:28:33:31:23:28:33 chr13 46039407 . G T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0290855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.198;QD=18.8206;RBI=0.0299048;REFB=-0.0127815;REVB=-0.00695217;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217336;STB=0.624787;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0120152;OID=.;OPOS=46039407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:4:6:4:8:4:6 chr13 46067593 . G A 209.79 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0909119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7246;QD=15.5397;RBI=0.104572;REFB=0.0123844;REVB=0.0516751;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212558;STB=0.609293;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.015805;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:14:9:6:24:15:9:6:24 chr13 46077381 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.125;QD=44.6898;RBI=0.0393944;REFB=0;REVB=0.0295162;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12553e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr13 46103935 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.38;QD=57.1033;RBI=0.0911211;REFB=0;REVB=0.0905724;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003503;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr13 46108853 . TG CA 1141.89 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502579;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.28;QD=60.901;RBI=0.00676436;REFB=0;REVB=-0.00452747;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.27833e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr13 46115731 . C A 458.95 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.026597;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8484;QD=20.6268;RBI=0.0566145;REFB=-0.0256981;REVB=0.049978;RO=43;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17982;STB=0.609325;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0215092;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:43:44:44:45:0.505618:29:15:23:20:30:15:24:20 chr13 46137837 . T C 2307.79 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.344;QD=61.1336;RBI=0.0467326;REFB=0;REVB=0.0438618;RO=0;SAF=66;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4397e-05;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:85:66:0:0:85:66:0:0 chr13 46170609 . C T 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00580756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.163;QD=15.652;RBI=0.0137769;REFB=-0.00756082;REVB=-0.012493;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261743;STB=0.651374;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00948615;OID=.;OPOS=46170609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:9:12:5:11:9:12 chr13 46541673 . T A 573.51 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.036463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.409;QD=55.9525;RBI=0.0394444;REFB=-0.1609;REVB=0.0150438;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.523797;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000648289;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:0:2:39:39:0.95122:19:20:0:0:19:20:2:0 chr13 46562935 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.563;QD=59.8393;RBI=0.0652347;REFB=0;REVB=0.0476054;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256545;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr13 46629944 . A G 654.98 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665632;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.795;QD=62.3786;RBI=0.0669944;REFB=0;REVB=0.00758847;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87681e-05;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr13 46641466 . A G 224.6 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00333728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.508;QD=17.6157;RBI=0.00849906;REFB=-0.0307473;REVB=0.00781643;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227306;STB=0.627352;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0336551;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:20:7:12:12:20:7 chr13 46641481 . T C 771.81 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015557;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.278;QD=64.3177;RBI=0.024604;REFB=0;REVB=0.0190614;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85779e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:19:29:0:0 chr13 46648094 . C T 199.5 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00220654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.943;QD=15.647;RBI=0.00405344;REFB=0.00600096;REVB=-0.00340023;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129495;STB=0.580576;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0076153;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:13:9:8:20:13:9:8:21 chr13 46656669 . A G 1443.2 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320786;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.215;QD=63.4374;RBI=0.0329596;REFB=0;REVB=0.00756966;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831009;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr13 46700642 . G T 235.8 PASS AF=0.376623;AO=26;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0017539;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.489;QD=12.2493;RBI=0.0152396;REFB=0.00325323;REVB=0.0151383;RO=49;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121124;STB=0.523708;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00405139;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:49:48:26:29:0.376623:11:15:23:26:14:15:23:25 chr13 46708291 . T C 333.72 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00898226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.321;QD=21.8835;RBI=0.0215792;REFB=-0.00662519;REVB=0.0196209;RO=25;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046133;STB=0.508192;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00436836;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:27:34:34:0.557377:17:17:14:11:17:17:14:13 chr13 46946157 . C T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0276581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.381;QD=10.973;RBI=0.0282681;REFB=-0.0149073;REVB=0.0058405;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141254;STB=0.584499;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0206731;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:10:5:14:17:10:5:14:17 chr13 46948548 . G A 120.07 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00138996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.812;QD=12.9805;RBI=0.00506611;REFB=-0.0129891;REVB=0.00487171;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266846;STB=0.654953;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0159413;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:23:14:14:0.378378:9:5:13:8:9:5:14:9 chr13 47260054 . T C 769.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1103;QD=56.9923;RBI=0.0207848;REFB=0;REVB=0.0124465;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342537;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr13 47273458 . G C 446.99 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0183484;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.211;QD=22.9223;RBI=0.0183633;REFB=0.00316405;REVB=0.000738591;RO=34;SAF=24;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245748;STB=0.519117;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00302878;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:34:35:43:43:0.551282:19:24:20:14:19:24:21:14 chr13 47279454 . A G 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00928058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.15;QD=17.497;RBI=0.02401;REFB=-0.00218521;REVB=-0.0221439;RO=46;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190087;STB=0.510633;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0023647;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:23:16:18:28:23:16:18:28 chr13 47308109 . A G 2017.8 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.714;QD=62.0863;RBI=0.0264842;REFB=0;REVB=0.012467;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61125e-05;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:128:130:1:63:65:0:0:65:65:0:0 chr13 47315984 . T C 929.89 PASS AF=0.985294;AO=60;DP=61;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0726533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.874;QD=54.6993;RBI=0.0727239;REFB=-0.218357;REVB=-0.00320373;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00453095;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:68:1:1:60:67:0.985294:34:26:1:0:34:33:1:0 chr13 47354101 . C T 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.019782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8389;QD=23.7568;RBI=0.0300429;REFB=-0.00288371;REVB=0.0226108;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975814;STB=0.554413;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00343273;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:10:16:11:11:10:16:11:11 chr13 47469940 . G A 309.49 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00622434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.218;QD=16.0774;RBI=0.0181157;REFB=-0.00142279;REVB=0.0170129;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119805;STB=0.573726;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00183531;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:20:13:22:21:21:13:22:21 chr13 47470824 . C T 239.25 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.432;QD=50.3678;RBI=0.0859018;REFB=0;REVB=0.0659446;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396879;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr13 48033224 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6826;QD=57.2024;RBI=0.0350913;REFB=0;REVB=-0.0349698;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000760795;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr13 48547467 . A T 191.5 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0211645;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8561;QD=15.633;RBI=0.0229129;REFB=-0.00895685;REVB=0.00877856;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125114;STB=0.561345;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0159476;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:27:28:21:21:0.428571:9:12:12:15:9:12:13:15 chr13 49107241 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.453;QD=45.8041;RBI=0.0338385;REFB=0;REVB=-0.0201171;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114914;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr13 49339052 . A G 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0177074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.771;QD=13.3339;RBI=0.0190928;REFB=-0.0186795;REVB=-0.00714028;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482327;STB=0.528264;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0183765;OID=.;OPOS=49339052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:9:15:10:5:9:15 chr13 49776080 . A G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0175877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.664;QD=10.8841;RBI=0.0177112;REFB=-0.079065;REVB=-0.00208798;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271745;STB=0.659885;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0232554;OID=.;OPOS=49776080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:3:12:5:4:3:12 chr13 49794650 . C A 331.65 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00874637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.636;QD=15.9831;RBI=0.0148844;REFB=-0.0245603;REVB=0.0120435;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203704;STB=0.503524;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0345314;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:14:22:29:17:14:22:29:18 chr13 49840024 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4994;QD=57.1754;RBI=0.0475765;REFB=0;REVB=-0.0430738;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000763153;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr13 49866869 . G C 435.15 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00594164;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8452;QD=20.2396;RBI=0.0319085;REFB=-0.0185275;REVB=-0.0313504;RO=39;SAF=17;SAR=26;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968262;STB=0.512093;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0200603;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:39:43:43:43:0.5:26:17:15:24:26:17:18:25 chr13 50008301 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.924;QD=61.6827;RBI=0.0250323;REFB=0;REVB=0.000358256;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96723e-05;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr13 50050620 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6491;QD=60.6075;RBI=0.0782382;REFB=0;REVB=0.0239921;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000809749;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr13 50057097 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4918;QD=53.9112;RBI=0.0701817;REFB=0;REVB=-0.0388165;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481639;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr13 50057633 . A G 2315.59 PASS AF=0.993197;AO=143;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.719;QD=63.0094;RBI=0.0499866;REFB=-0.073848;REVB=0.0461521;RO=1;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074882;STB=0.503936;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000787191;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:143:146:0.993197:63:80:0:1:63:83:0:1 chr13 50080847 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.915;QD=56.6975;RBI=0.077903;REFB=0;REVB=1.11575e-05;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454092;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr13 50106584 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.949;QD=39.2068;RBI=0.0538155;REFB=0;REVB=0.00804008;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412139;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr13 50123622 . G C 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.89329e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.477;QD=63.276;RBI=0.103029;REFB=0;REVB=0.103029;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139397;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr13 50126382 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6464;QD=39.3156;RBI=0.0538444;REFB=-0.0138818;REVB=0.0527167;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0129439;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:5:8:0:0:5:8:0:1 chr13 50141345 . G A 695.79 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.642;QD=60.5034;RBI=0.0116394;REFB=-0.015359;REVB=0.00395041;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000899384;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:0:1:25:20:0:1 chr13 50273831 . T C 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4277;QD=62.0141;RBI=0.0289771;REFB=0;REVB=0.0230471;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89099e-05;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr13 50273970 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8357;QD=57.1768;RBI=0.0143284;REFB=0;REVB=0.00146188;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12576e-05;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr13 50283819 . T C 985.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.866;QD=58.8531;RBI=0.0393648;REFB=0;REVB=0.0386884;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8055e-05;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chr13 50296115 . C T 469.6 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370611;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3702;QD=58.7001;RBI=0.0808123;REFB=0;REVB=0.071813;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01176;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:8:24:0:0 chr13 50587718 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.784;QD=35.5757;RBI=0.215939;REFB=0;REVB=0.0419187;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543282;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr13 50588490 . T C 37.25 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0171747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.18;QD=8.76577;RBI=0.0176569;REFB=-0.0473054;REVB=-0.00409861;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0948387;OID=.;OPOS=50588490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:6:5:2:4:6:5 chr13 50588492 . T C 36.05 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0125868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0048;QD=6.86751;RBI=0.0714312;REFB=-0.0307077;REVB=-0.0703135;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.686886;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0599883;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:6:9:2:4:6:9 chr13 50588494 . T C 87.94 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00849205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3755;QD=14.0701;RBI=0.131642;REFB=-0.0380692;REVB=-0.131368;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519653;STB=0.8054;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0384616;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:4:10:2:9:4:10 chr13 50588496 . T C 312.12 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0189017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9854;QD=43.0512;RBI=0.051712;REFB=-0.111499;REVB=0.0481338;RO=4;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494164;STB=0.526739;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.015549;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:29:29:4:4:25:25:0.862069:11:14:3:1:11:14:3:1 chr13 50590423 . G C 97.16 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0464172;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.91;QD=11.1044;RBI=0.0465581;REFB=-0.00261669;REVB=0.00361929;RO=22;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335648;STB=0.722468;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0107838;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:36:35:22:23:12:12:0.342857:2:10:13:9:2:10:13:10 chr13 50591480 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.958;QD=48.737;RBI=0.0402443;REFB=0;REVB=-0.0102996;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295011;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr13 50656582 . T A 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000787869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.792;QD=19.8665;RBI=0.00896062;REFB=-0.0176667;REVB=-0.00892592;RO=45;SAF=34;SAR=10;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353688;STB=0.697737;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0266792;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:10:34:19:26:10:34:19:26 chr13 51387124 . A G 209.99 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0387976;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4834;QD=13.7701;RBI=0.0440378;REFB=-0.0145479;REVB=-0.0208343;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036853;STB=0.521036;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0305647;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:20:16:12:13:20:16 chr13 51594741 . T G 210.86 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00397685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3788;QD=14.0576;RBI=0.0178184;REFB=-0.0237507;REVB=-0.0173689;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431906;STB=0.543472;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.028577;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:35:25:25:0.416667:11:14:16:15:11:14:17:18 chr13 51603768 . T C 282.19 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00522369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.766;QD=22.5751;RBI=0.0247924;REFB=-0.00615207;REVB=0.0242359;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656402;STB=0.536713;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00586791;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:13:11:10:16:13:11 chr13 51941943 . T C 210.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000977965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9854;QD=19.1499;RBI=0.0722106;REFB=-0.0232942;REVB=0.0722039;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864829;STB=0.548973;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0238084;OID=.;OPOS=51941943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:12:11:12:9:12:11 chr13 51956225 . T G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0116343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.166;QD=16.1719;RBI=0.0136321;REFB=-0.00678511;REVB=0.00710476;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412697;STB=0.523779;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00804498;OID=.;OPOS=51956225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:7:13:11:5:7:13 chr13 51958756 . C T 199.28 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0481021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.0431;QD=21.5442;RBI=0.0654444;REFB=-0.0456153;REVB=0.0443752;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.586736;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0714341;OID=.;OPOS=51958756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:8:9:14:6:8:9 chr13 51958840 . G T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0610908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.581;QD=15.5715;RBI=0.0729573;REFB=-0.0242732;REVB=-0.0398833;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260718;STB=0.515124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.012501;OID=.;OPOS=51958840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:3:9:8:3:3:9 chr13 52515354 . A G 867.83 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.514;QD=56.9066;RBI=0.0336381;REFB=0;REVB=0.0106314;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75293e-05;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:56:61:1:39:17:0:0:44:17:0:0 chr13 52515982 . A AAC 961.02 PASS AF=0.933333;AO=65;DP=76;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0119928;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=259.796;QD=51.2543;RBI=0.031445;REFB=-0.0390607;REVB=0.0290682;RO=10;SAF=31;SAR=34;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558321;STB=0.535201;STBP=0.04;TYPE=ins;VARB=0.00105512;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:65:76:70:75:5:33:37:5:0:18:10:31:34:7:3 chr13 52523808 . C T 740.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.31;QD=56.9805;RBI=0.0362945;REFB=0;REVB=0.0154301;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72143e-05;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:14:37:0:0:15:37:0:0 chr13 52524488 . T C 500.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8038;QD=58.9039;RBI=0.0512792;REFB=0;REVB=-0.0450864;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133633;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr13 52544805 . C G 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9539;QD=60.4463;RBI=0.0312969;REFB=0;REVB=-0.0242673;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024574;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr13 52548140 . A C 388.61 PASS AF=0.433962;AO=41;DP=101;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0178167;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9842;QD=14.6646;RBI=0.0718079;REFB=-0.010638;REVB=0.0695625;RO=57;SAF=25;SAR=16;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106338;STB=0.546558;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0190825;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:57:60:41:46:0.433962:16:25:29:28:20:26:29:31 chr13 52548743 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00398411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.945;QD=16.562;RBI=0.00516269;REFB=-0.0111602;REVB=0.00328333;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12873;STB=0.572466;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0154184;OID=.;OPOS=52548743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:13:18:12:15:13:18 chr13 52603194 . G T 341.74 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.013292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.132;QD=15.8949;RBI=0.0133631;REFB=-0.00245288;REVB=-0.00137607;RO=49;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180319;STB=0.60144;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00466315;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:16:21:19:30:16:21:19:30 chr13 52603775 . C T 151.24 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0211217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.186;QD=16.804;RBI=0.0397537;REFB=-0.0507924;REVB=-0.0336783;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313419;STB=0.640865;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0340254;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:6:10:5:13:7:10:6:13 chr13 52605675 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0255681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.927;QD=18.767;RBI=0.0406747;REFB=-0.0434652;REVB=0.0316339;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248069;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr13 52607169 . T C 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0239583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.539;QD=21.7444;RBI=0.0278823;REFB=-0.00335134;REVB=0.0142625;RO=16;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377328;STB=0.714041;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000878244;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:4:15:6:10:4:15:6:10 chr13 52971869 . G A 184.74 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0134881;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.968;QD=17.1849;RBI=0.0398037;REFB=-0.016469;REVB=0.0374487;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303854;STB=0.673889;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0219108;OID=.;OPOS=52971869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:15:9:13:6:15:9 chr13 52971893 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0163989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.719;QD=20.7374;RBI=0.0276584;REFB=0.0238657;REVB=0.0222725;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247442;STB=0.639842;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0160492;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:6:10:6:12:6:10 chr13 53035783 . T C 321.76 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2062;QD=49.5011;RBI=0.0429675;REFB=-0.00291014;REVB=-0.0246273;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00224511;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:26:1:1:24:25:0.961538:15:9:0:1:15:10:0:1 chr13 53035925 . A G 169.62 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.38;QD=45.2322;RBI=0.081722;REFB=0;REVB=0.00368313;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855875;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr13 53050479 . G A 226.95 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0347789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3337;QD=15.6517;RBI=0.0352359;REFB=-0.00592495;REVB=-0.00565621;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156136;STB=0.588573;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00522657;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:16:16:17:9:16:16 chr13 53422553 . A G 304.67 PASS AF=0.516129;AO=33;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0772585;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4081;QD=19.6558;RBI=0.0774745;REFB=-0.0975645;REVB=0.00578218;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193049;STB=0.624425;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.011251;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:33:32:0.516129:19:14:19:10:19:13:20:10 chr13 53608632 . C T 341.45 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.818;QD=54.6312;RBI=0.00879032;REFB=0;REVB=0.00502472;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10348e-05;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:11:14:0:0 chr13 55748673 . T C 462.04 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0107121;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8771;QD=14.5526;RBI=0.0257851;REFB=-0.0278379;REVB=0.0234547;RO=73;SAF=32;SAR=20;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579782;STB=0.533992;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0464172;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:75:52:52:0.409449:20:32:41:32:20:32:42:33 chr13 58207237 . G A 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0125184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.787;QD=6.57182;RBI=0.0125262;REFB=-0.00784977;REVB=-0.00044343;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134744;STB=0.576329;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.023366;OID=.;OPOS=58207237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:7:4:17:19:7:4:17:20 chr13 58458584 . G A 195.98 PASS AF=0.141914;AO=43;DP=303;FAO=43;FDP=303;FR=.;FRO=260;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=136;FSRR=124;FWDB=-0.0258027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.309;QD=2.58723;RBI=0.0386086;REFB=-0.00856882;REVB=-0.0287201;RO=259;SAF=22;SAR=21;SRF=135;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123266;STB=0.50983;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0632479;OID=.;OPOS=58458584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:259:260:43:43:0.141914:21:22:135:124:21:22:136:124 chr13 60240961 . C T 238.76 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0319267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.541;QD=14.0446;RBI=0.0321562;REFB=-0.0187569;REVB=-0.00383485;RO=39;SAF=4;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323568;STB=0.699219;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0213751;OID=.;OPOS=60240961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:24:4:14:25:24:4:15:25 chr13 60324979 . G A 356.22 PASS AF=0.47561;AO=36;DP=77;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0531245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0101;QD=17.3766;RBI=0.0544371;REFB=-0.0159102;REVB=0.011882;RO=41;SAF=29;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378919;STB=0.649778;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0108633;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:41:43:36:39:0.47561:7:29:19:22:10:29:21:22 chr13 61986918 . C A 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1884;QD=56.6967;RBI=0.0479104;REFB=0;REVB=-0.0181345;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318677;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr13 64413292 . G C 236.37 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00223182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.802;QD=13.507;RBI=0.022322;REFB=-0.00156517;REVB=0.0222101;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250124;STB=0.514275;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00678387;OID=.;OPOS=64413292;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:20:22:14:14:20:22 chr13 64413296 . A G 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0069651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.011;QD=13.5147;RBI=0.0109635;REFB=-0.00263434;REVB=-0.00846671;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250124;STB=0.514275;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00463501;OID=.;OPOS=64413296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:20:22:14:14:20:22 chr13 64413891 . T A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0406527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.129;QD=19.1804;RBI=0.0503732;REFB=0.0165185;REVB=-0.029746;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216462;STB=0.624791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0219426;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:5:6:10:3:5:6 chr13 64413947 . A C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0215411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7683;QD=18.1184;RBI=0.0230486;REFB=0.0128334;REVB=-0.00819869;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138116;STB=0.57823;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0143182;OID=.;OPOS=64413947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:6:14:10:8:6:14 chr13 64415170 . ACCCCCC ACCCCC,ACCCCCTC,ACCCCCT 83.81 PASS AF=0.333333,0,0.533333;AO=3,2,4;DP=15;FAO=5,0,8;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0,4;FSAR=2,0,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.049727,-0.00527665,0.0415407;FXX=0;HRUN=6,0,6;LEN=1,1,1;MLLD=8.2217,122.279,108.107;QD=22.3483;RBI=0.487352,0.0681242,0.07796;REFB=0.0185959,-0.00270311,0.0136236;REVB=0.484809,0.0679195,0.0659707;RO=3;SAF=3,0,3;SAR=0,2,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.403509,0,0;SSEP=0.589286,0,0;SSSB=0.712642,-0.599865,0.305979;STB=0.529293,0.5,0.5;STBP=0.911,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.189795,0,-0.0045495;OID=.,.,.;OPOS=64415171,64415176,64415176;OREF=C,-,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=ACCCCC,ACCCCCTC,ACCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.333333,0,0.533333:3,2,4:15:5,0,8:15:2:3,0,4:2,0,4:1:1:15:3:3,0,3:0,2,1:1:2 chr13 64417500 . C G 382.23 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.019054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.509;QD=19.8558;RBI=0.0193372;REFB=-0.000163973;REVB=-0.00329713;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19192;STB=0.605664;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000170705;OID=.;OPOS=64417500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:23:16:8:30:23:16:8:30 chr13 67800935 . G A 931.49 PASS AF=0.883117;AO=66;DP=79;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0216185;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.848;QD=48.3892;RBI=0.021676;REFB=-0.116051;REVB=0.00157782;RO=9;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126276;STB=0.563362;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00309501;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:79:77:9:9:66:68:0.883117:29:37:0:9:31:37:0:9 chr13 67802339 . A T 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.621;QD=64.0214;RBI=0.0182039;REFB=0;REVB=0.00744572;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13338e-05;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr13 69267981 . T C 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00990283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.239;QD=29.5807;RBI=0.0171319;REFB=-0.0332978;REVB=-0.0139798;RO=10;SAF=18;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534891;STB=0.529385;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0148851;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:3:18:9:1:3:18:9:1 chr13 73280182 . T C 596.32 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438451;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.395;QD=61.1612;RBI=0.04486;REFB=0;REVB=0.0094882;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256909;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr13 73301655 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.411;QD=62.6711;RBI=0.0130487;REFB=0;REVB=0.00457821;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42414e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr13 73301728 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000633396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7492;QD=47.8219;RBI=0.00731888;REFB=0;REVB=0.00729143;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201669;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr13 73319171 . T C 370.15 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.000616984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.054;QD=17.0181;RBI=0.0454909;REFB=-0.0166994;REVB=0.0454867;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134518;STB=0.565184;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.014257;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:48:38:39:0.448276:14:24:24:24:15:24:24:24 chr13 73329358 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.558;QD=57.6797;RBI=0.0156029;REFB=0;REVB=0.00475292;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14864e-05;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr13 73343039 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.604;QD=54.5173;RBI=0.0497484;REFB=0;REVB=-0.00381163;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570272;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr13 73349359 . G C 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00126934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.209;QD=15.1031;RBI=0.0378235;REFB=-0.0199697;REVB=-0.0378022;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805116;STB=0.545427;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0298586;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:45:33:33:0.423077:15:18:20:23:15:18:21:24 chr13 73350079 . T C 659.04 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00682934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4294;QD=21.6078;RBI=0.016996;REFB=-0.0337269;REVB=0.0155636;RO=57;SAF=25;SAR=40;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19595;STB=0.607562;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0340545;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:57:65:65:0.532787:40:25:35:22:40:25:35:22 chr13 73369642 . A G 336.59 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0402551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.975;QD=17.2612;RBI=0.0553033;REFB=0.0142653;REVB=0.0379207;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174029;STB=0.588697;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00807136;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:19:17:12:29:19:17:13:29 chr13 73649915 . GC G 61.0 PASS AF=0.394737;AO=16;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.178328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.3363;QD=6.42081;RBI=0.201806;REFB=-0.0372858;REVB=0.0944713;RO=21;SAF=16;SAR=0;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.833168;STB=0.89028;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0419945;OID=.;OPOS=73649916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:16:38:15:38:23:14:1:10:13:60:21:16:0:8:13 chr13 73650112 . C A 76.83 PASS AF=0.380952;AO=5;DP=23;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00961883;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.115;QD=14.634;RBI=0.0126266;REFB=-0.00350269;REVB=-0.00817986;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480681;STB=0.626586;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0165813;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:21:13:11:5:8:0.380952:3:2:11:2:3:5:9:2 chr13 73650117 . G A 79.89 PASS AF=0.392857;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00463859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.006;QD=11.4123;RBI=0.0132582;REFB=-0.0132356;REVB=-0.0124203;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30335;STB=0.632826;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0389825;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:28:17:17:9:11:0.392857:3:6:15:2:3:8:15:2 chr13 74269256 . G T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0468315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4583;QD=21.971;RBI=0.0515068;REFB=0.0418025;REVB=0.021442;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317036;STB=0.675521;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0365625;OID=.;OPOS=74269256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:2:15:10:10:2:15 chr13 74518210 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0385009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.548;QD=12.0244;RBI=0.0523428;REFB=-0.0152058;REVB=0.0354606;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763543;STB=0.545377;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0210408;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:8:12:8:4:8:12 chr13 74863339 . C A 180.98 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0383927;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.266;QD=22.623;RBI=0.0569705;REFB=-0.0215664;REVB=-0.0420908;RO=13;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869583;STB=0.577889;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.021697;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:14:18:18:0.5625:14:4:4:9:14:4:5:9 chr13 74988714 . C T 1053.36 PASS AF=0.424908;AO=115;DP=274;FAO=116;FDP=273;FR=.;FRO=157;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=82;FSRR=75;FWDB=-0.0121254;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.75;QD=15.4339;RBI=0.0366613;REFB=-0.0337127;REVB=-0.0345981;RO=145;SAF=65;SAR=50;SRF=82;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000306573;STB=0.522085;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0445968;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:145:157:115:116:0.424908:50:65:82:63:51:65:82:75 chr13 75814018 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000600519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.454;QD=52.612;RBI=0.0367443;REFB=0;REVB=0.0367394;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105976;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr13 75814349 . A T 169.81 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0269263;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.473;QD=16.5669;RBI=0.028435;REFB=-0.0199956;REVB=0.00913921;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159573;STB=0.591298;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0243617;OID=.;OPOS=75814349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:14:9:10:8:14:9 chr13 75814384 . C T 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00858122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.449;QD=25.7311;RBI=0.00868532;REFB=0.00359641;REVB=-0.00134069;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188894;STB=0.60473;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0041113;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:7:12:10:16:7:12 chr13 75884216 . C T 708.86 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.014;QD=59.072;RBI=0.0722523;REFB=0;REVB=0.00168783;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305105;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:48:0:0:43:48:1:28:15:0:0:28:20:0:0 chr13 75936519 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.295;QD=52.6132;RBI=0.0228317;REFB=0;REVB=0.016546;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78809e-06;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr13 76124151 . C T 384.95 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.000980814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.061;QD=17.9047;RBI=0.103766;REFB=-0.0227144;REVB=-0.103762;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120776;STB=0.561454;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0285427;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:18:22:19:26:18:22:20:26 chr13 76143572 . T C 242.42 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.014412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.161;QD=14.9184;RBI=0.025088;REFB=-0.00245857;REVB=0.0205354;RO=35;SAF=23;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192603;STB=0.637794;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0024181;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:37:28:28:0.430769:5:23:24:11:5:23:24:13 chr13 76378459 . T C 1526.15 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00379027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.016;QD=61.6624;RBI=0.0382931;REFB=0.0576657;REVB=0.038105;RO=2;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034608;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000353201;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:99:2:1:97:98:0.989899:40:57:1:1:41:57:1:0 chr13 76382100 . C T 341.02 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.892;QD=54.5628;RBI=0.0588539;REFB=0;REVB=0.044484;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479979;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr13 76423248 . T C 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5729;QD=57.541;RBI=0.0651136;REFB=0;REVB=0.062055;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547572;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr13 76457183 . T C 575.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.615;QD=60.5825;RBI=0.0159288;REFB=0;REVB=0.00198118;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27509e-05;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr13 76709108 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.903;QD=60.6103;RBI=0.0564835;REFB=0;REVB=0.0451205;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147475;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr13 76709223 . C A 1282.44 PASS AF=0.965909;AO=38;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0135582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6688;QD=58.2926;RBI=0.0495145;REFB=-0.0324034;REVB=0.0476221;RO=0;SAF=35;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51456;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00353074;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:0:3:38:85:0.965909:3:35:0:0:50:35:0:3 chr13 77522725 . GACTT G 248.94 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00244321;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.438;QD=18.105;RBI=0.00382425;REFB=-0.0103369;REVB=-0.00294204;RO=31;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162523;STB=0.612816;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.00829198;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909:27:59:27:55:28:19:8:14:14:99:31:19:8:17:14 chr13 77527764 . T A 300.92 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.000431282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.886;QD=16.266;RBI=0.01523;REFB=0.00214041;REVB=0.0152238;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181247;STB=0.601889;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00303231;OID=.;OPOS=77527764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:25:16:19:14:25:16 chr13 77738664 . A G 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.37;QD=57.3838;RBI=0.0125876;REFB=0;REVB=0.00237851;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84503e-05;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr13 78146301 . C T 1400.04 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0963769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7012;QD=61.5404;RBI=0.112038;REFB=-0.0241796;REVB=-0.057131;RO=1;SAF=63;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746502;STB=0.503936;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000619226;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:27:63:1:0:27:63:1:0 chr13 78192207 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.865;QD=51.9167;RBI=0.0100458;REFB=0;REVB=-0.00326208;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70655e-05;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr13 78216873 . A G 1069.43 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290666;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.109;QD=58.5989;RBI=0.0294224;REFB=-0.0244749;REVB=0.00456194;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126112;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000170993;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:37:35:0:1:37:35:0:1 chr13 78338016 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00387649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.722;QD=15.6537;RBI=0.00996875;REFB=-0.00847562;REVB=0.00918416;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13588;STB=0.576864;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00952239;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:14:18:11:15:14:18 chr13 78475313 . T C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0260628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2883;QD=17.1561;RBI=0.0263164;REFB=-0.0129101;REVB=0.00364435;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11188;STB=0.563686;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0147917;OID=.;OPOS=78475313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:14:6:7:10:14:6 chr13 78477674 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.729;QD=57.3827;RBI=0.0383378;REFB=0;REVB=-0.0380223;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40762e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr13 79174091 . T A 381.44 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-7.83751e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.859;QD=27.7408;RBI=0.00499019;REFB=-0.0132748;REVB=0.00498958;RO=19;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753336;STB=0.541153;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00847841;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:13:23:10:9:13:23:10:9 chr13 79188534 . T A 374.41 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0084643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.909;QD=15.6003;RBI=0.0100042;REFB=-0.0038996;REVB=-0.00533289;RO=56;SAF=17;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114694;STB=0.564753;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00617185;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:23:17:30:26:23:17:30:26 chr13 79194750 . TGA T 200.39 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00650776;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.234;QD=13.8199;RBI=0.00974441;REFB=-0.0104992;REVB=-0.00725276;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534454;STBP=0.674;TYPE=del;VARB=0.0154545;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:22:59:24:58:34:12:12:19:15:99:33:12:10:18:15 chr13 79940811 . T C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00108028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.448;QD=24.0658;RBI=0.0378632;REFB=-0.00939655;REVB=0.0378477;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133557;STB=0.57438;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00749048;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:8:2:6:10:8:2 chr13 80910786 . C A 333.96 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0247388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5302;QD=46.0627;RBI=0.0367991;REFB=0.0201818;REVB=0.0272426;RO=3;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075205;STB=0.54051;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0125565;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:17:9:0:3:17:9:0:3 chr13 80910851 . A C 203.66 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00276118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.88;QD=38.7915;RBI=0.00426639;REFB=0.0139742;REVB=0.00325238;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.516111;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000636227;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:1:3:18:18:0.857143:8:10:1:0:8:10:2:1 chr13 80911525 . G A 548.69 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00319985;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.591;QD=57.757;RBI=0.0349558;REFB=0.00459226;REVB=0.034809;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=9.60267e-05;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:0:1:18:19:0:1 chr13 80943632 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0383576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.938;QD=21.5457;RBI=0.0499196;REFB=-0.00649136;REVB=0.0319478;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12611;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00328044;OID=.;OPOS=80943632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:6:4:8:6:6:4 chr13 86367009 . C A 1050.14 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.446;QD=59.1628;RBI=0.0212555;REFB=0;REVB=0.0200598;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21305e-05;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:41:28:0:0:42:29:0:0 chr13 86367973 . CT C,TC 174.0 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=18;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0931499,-0.0638143;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.5321,4.84067;QD=36.6318;RBI=0.11285,0.122934;REFB=0,0;REVB=0.0637037,-0.105073;RO=0;SAF=10,0;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00178338,0;OID=.,.;OPOS=86367974,86367973;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:19:0:0:13,2:19,0:1,0:3,2:10,0:0:0:5,0:14,0:0:0 chr13 86369120 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.719;QD=55.0986;RBI=0.00355282;REFB=0;REVB=-0.00332512;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02903e-05;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr13 88330998 . T C 211.84 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0167535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.641;QD=16.6151;RBI=0.0480256;REFB=-0.000471006;REVB=0.0450086;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555195;STB=0.531489;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000855078;OID=.;OPOS=88330998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:15:13:12:11:15:13 chr13 88331241 . T TTGTA 37.5 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00629521;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=299.98;QD=8.82373;RBI=0.00743388;REFB=-0.00733527;REVB=-0.00395384;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148611;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=ins;VARB=0.0128237;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:5:17:6:17:11:2:4:3:8:37:11:2:3:3:8 chr13 92345579 . C T 1529.51 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.05;QD=63.7296;RBI=0.064975;REFB=0;REVB=-0.0646956;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105038;OID=.;OPOS=92345579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr13 95034749 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00877552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5923;QD=20.1592;RBI=0.0121617;REFB=-0.0623474;REVB=0.00842;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166101;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0409075;OID=.;OPOS=95034749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:7:7:11:5:7:7 chr13 95097956 . C T 282.33 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0894684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5986;QD=22.5864;RBI=0.091505;REFB=0.00596329;REVB=-0.0191983;RO=23;SAF=4;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330394;STB=0.701947;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00380871;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:22:4:10:13:22:4:11:13 chr13 95273447 . G A 314.38 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0109764;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4132;QD=16.9933;RBI=0.0109777;REFB=-0.0143248;REVB=-0.000169813;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249565;STB=0.639546;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0207865;OID=.;OPOS=95273447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:14:20:13:27:14:20:13:27 chr13 95364046 . C G 417.03 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00063275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.854;QD=15.4457;RBI=0.0225405;REFB=-0.0287114;REVB=-0.0225316;RO=61;SAF=27;SAR=20;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132772;STB=0.574436;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0412131;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:20:27:27:34:20:27:27:34 chr13 95673518 . T C 1939.81 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00355407;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.111;QD=61.0965;RBI=0.00535888;REFB=-0.060521;REVB=-0.00401075;RO=1;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693679;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-3.96754e-05;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:127:1:1:126:126:0.992126:68:58:0:1:68:58:0:1 chr13 95673938 . TA T,TG 1272.41 PASS AF=0.264368,0.735632;AO=22,61;DP=88;FAO=23,64;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=13,27;FSAR=10,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528035,0.0558125;FXX=0.0113623;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.08,121.744;QD=58.5017;RBI=0.0605317,0.0639754;REFB=0,0;REVB=0.0295952,0.0312699;RO=0;SAF=13,27;SAR=9,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00281286,-0.0014711;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.264368,0.735632:22,61:88:23,64:87:0:13,27:10,37:0:0:99:0:13,27:9,34:0:0 chr13 95714976 . C T 263.79 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0182832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.827;QD=17.5861;RBI=0.0183999;REFB=0.00752803;REVB=-0.00206919;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930556;STB=0.558782;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0064541;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:28:29:0.483333:10:18:17:14:10:19:17:14 chr13 95726541 . A G 296.8 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00160853;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.209;QD=23.744;RBI=0.0432683;REFB=-0.0124227;REVB=-0.0432384;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203924;STB=0.611911;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0126092;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:29:29:0.58:13:16:17:4:13:16:17:4 chr13 95727780 . T C 362.93 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0295575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7332;QD=21.996;RBI=0.0297242;REFB=0.0165088;REVB=-0.00314362;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102946;STB=0.547593;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0122528;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:23:13:14:15:23:14:14:15 chr13 95858978 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.597;QD=60.6103;RBI=0.0147694;REFB=0;REVB=0.00885615;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06614e-06;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr13 95858996 . T C 465.83 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.958;QD=58.2287;RBI=0.0200632;REFB=0;REVB=0.0181794;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80938e-05;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:17:13:0:0:19:13:0:0 chr13 95859035 . C A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0173543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.65;QD=9.19975;RBI=0.0184499;REFB=-0.0096338;REVB=-0.00626322;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343745;STB=0.71926;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0433929;OID=.;OPOS=95859035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:5:8:6:1:5:8 chr13 95861804 . A G 655.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425767;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.218;QD=62.3873;RBI=0.0426138;REFB=0;REVB=0.00177786;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68506e-05;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr13 95862627 . C T 439.36 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0120073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.773;QD=24.7526;RBI=0.0142817;REFB=-0.00252104;REVB=-0.00773236;RO=29;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553228;STB=0.530278;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00174346;OID=.;OPOS=95862627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:19:23:18:11:19:23:18:11 chr13 95988412 . T C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0243014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.844;QD=11.0158;RBI=0.0269022;REFB=-0.00521956;REVB=-0.01154;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124419;STB=0.574359;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0127582;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:15:13:5:9:15:13 chr13 96230279 . T G 331.95 PASS AF=0.492958;AO=32;DP=68;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0283617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6262;QD=18.7017;RBI=0.0497319;REFB=-0.0340046;REVB=0.0408519;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137216;STB=0.563717;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0370283;OID=.;OPOS=96230279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:36:36:32:35:0.492958:18:14:21:15:19:16:21:15 chr13 96239805 . G A 592.53 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0224255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8489;QD=24.6886;RBI=0.0643668;REFB=-0.00191246;REVB=0.0603339;RO=42;SAF=27;SAR=27;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760922;STB=0.541651;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00262923;OID=.;OPOS=96239805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:27:27:17:25:27:27:17:25 chr13 96506664 . A G 241.17 PASS AF=0.4;AO=24;DP=69;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0209253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.938;QD=12.8624;RBI=0.0209492;REFB=-0.00931426;REVB=-0.000999144;RO=45;SAF=1;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683917;STB=0.692166;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0139523;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:45:45:24:30:0.4:23:1:21:24:24:6:21:24 chr13 96540141 . T C 3760.9 PASS AF=0.958333;AO=250;DP=262;FAO=253;FDP=264;FR=.;FRO=11;FSAF=102;FSAR=151;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00966999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8448;QD=56.9834;RBI=0.0341469;REFB=-0.0168881;REVB=0.0327491;RO=11;SAF=101;SAR=149;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117527;STB=0.506145;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00274636;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:262:264:11:11:250:253:0.958333:149:101:6:5:151:102:6:5 chr13 96540143 . T C 4064.19 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727248;FXX=0.0187963;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.074;QD=62.2864;RBI=0.0474605;REFB=0;REVB=0.0469;RO=1;SAF=105;SAR=150;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62159e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:261:1:0:255:261:1:150:105:0:1:156:105:0:0 chr13 96540204 . T G 1316.52 PASS AF=0.454545;AO=139;DP=307;FAO=140;FDP=308;FR=.;FRO=168;FSAF=45;FSAR=95;FSRF=70;FSRR=98;FWDB=-0.00563727;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.329;QD=17.0976;RBI=0.0168005;REFB=-0.00700044;REVB=0.0158265;RO=167;SAF=44;SAR=95;SRF=70;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111385;STB=0.557105;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00870811;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:308:167:168:139:140:0.454545:95:44:70:97:95:45:70:98 chr13 96638636 . A C 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0111182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.844;QD=18.3095;RBI=0.011246;REFB=-0.00859499;REVB=-0.00169074;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166074;STB=0.509267;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0111389;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:16:21:22:18:16:21:22:18 chr13 96821982 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.554;QD=61.684;RBI=0.0321442;REFB=0;REVB=0.0317626;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76424e-05;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr13 97489457 . G A 419.54 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00878509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.868;QD=22.9884;RBI=0.0164125;REFB=0.00582469;REVB=-0.0138633;RO=31;SAF=29;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333672;STB=0.67804;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00222538;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:41:41:0.561644:12:29:9:22:12:29:10:22 chr13 97639414 . C T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0206909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.814;QD=18.6422;RBI=0.0267698;REFB=-0.00396139;REVB=-0.0169856;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352015;STB=0.519981;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00592625;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:10:14:13:8:10:14 chr13 98045158 . A G 345.35 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00909845;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0265;QD=19.1858;RBI=0.035691;REFB=-0.0313328;REVB=0.0345118;RO=36;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999288;STB=0.555525;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0300045;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:18:18:22:14:18:18:22:14 chr13 98829176 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.162;QD=55.0969;RBI=0.0557653;REFB=0;REVB=0.00233778;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83718e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr13 99088113 . C T 204.41 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0231455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.964;QD=15.1418;RBI=0.0259996;REFB=-0.0233496;REVB=0.0118433;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110308;STB=0.57888;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0274199;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:30:23:24:0.444444:15:8:14:17:16:8:14:16 chr13 99100547 . T C 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.997;QD=58.5979;RBI=0.0245826;REFB=0;REVB=0.0238659;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72791e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr13 99112680 . C T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7606;QD=45.8034;RBI=0.0129053;REFB=0;REVB=-0.0118974;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000739768;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr13 99324524 . T C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0448771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.312;QD=21.7424;RBI=0.0450603;REFB=0.0202941;REVB=-0.00405936;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163157;STB=0.592683;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00519688;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:5:6:11:4:5:6 chr13 99356611 . CA TG 664.48 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0159863;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.213;QD=23.9452;RBI=0.0251065;REFB=-0.00323444;REVB=-0.0193591;RO=47;SAF=27;SAR=37;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135068;STB=0.573701;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.00221262;OID=.;OPOS=99356611;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:47:64:64:0.576577:37:27:28:19:37:27:28:19 chr13 99447005 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5377;QD=59.3228;RBI=0.0650251;REFB=0;REVB=0.0100756;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282229;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr13 99448441 . T A 340.68 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.229;QD=54.5081;RBI=0.0182984;REFB=0;REVB=0.0180894;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23335e-05;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:16:8:1:0:16:9:0:0 chr13 99853119 . T G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.00780913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.112;QD=7.4651;RBI=0.0118646;REFB=-0.00436251;REVB=0.00893238;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645636;STB=0.881677;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0289201;OID=.;OPOS=99853119;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:5:2:15:1:5:2:16:1 chr13 99853443 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2592;QD=35.5759;RBI=0.0602235;REFB=0;REVB=-0.0602235;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00495224;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr13 99948097 . A G 814.35 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021307;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.623;QD=57.1476;RBI=0.0221973;REFB=0;REVB=-0.00622343;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39359e-05;OID=.;OPOS=99948097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:32:23:0:0:33:24:0:0 chr13 99948178 . C A 654.62 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.954;QD=62.3443;RBI=0.0376785;REFB=0;REVB=-0.0206986;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270857;OID=.;OPOS=99948178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:23:14:0:0:23:19:0:0 chr13 100188585 . A T 128.29 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.014473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.862;QD=20.5262;RBI=0.0150207;REFB=-0.0211988;REVB=-0.00401934;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105797;STB=0.559915;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0290387;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:7:4:7:7:7:4 chr13 100436131 . CAT C 1056.49 PASS AF=1;AO=68;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217489;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.48;QD=60.3708;RBI=0.0253666;REFB=0;REVB=0.0130556;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000194894;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:72:70:70:0:43:27:0:0:6:0:41:27:0:0 chr13 100436228 . G C 395.68 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0158344;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8449;QD=17.3925;RBI=0.0215115;REFB=0.000814047;REVB=-0.0145607;RO=49;SAF=29;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147898;STB=0.578907;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00166361;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:41:41:0.450549:12:29:28:21:12:29:29:21 chr13 100517177 . ATCTCTCTCTCTCTTTTTCTGTGTGTGTGTGTG ATCTCTCTCTCTCTTTTTCTGTGTGTGTGTG,ATCTCTCTCTCTCTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA,ATCTCTCTCTCTTTTTCTGTGTGTGTGTGTG 391.96 PASS AF=0.464286,0.0535714,0.196429;AO=18,3,7;DP=63;FAO=26,3,11;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=6,1,2;FSAR=20,2,9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0281298,-0.0351936,-0.0625469;FXX=0.0967586;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=164.086,153.255,110.05;QD=27.9972;RBI=0.0313288,0.0376836,0.0634213;REFB=-0.0578416,-0.0333976,-0.0378859;REVB=-0.0137914,-0.0134709,0.010495;RO=10;SAF=1,1,2;SAR=17,2,5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.298931,0.181205,0.108508;STB=0.541838,0.519869,0.611425;STBP=0.547,0.961,0.43;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0503909,0.00363263,0.0939395;OID=.,.,.;OPOS=100517196,100517209,100517178;OREF=TG,G,TC;OALT=-,A,-;OMAPALT=ATCTCTCTCTCTCTTTTTCTGTGTGTGTGTG,ATCTCTCTCTCTCTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA,ATCTCTCTCTCTTTTTCTGTGTGTGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286,0.0535714,0.196429:18,3,7:63:26,3,11:56:16:6,1,2:20,2,9:5:11:99:10:1,1,2:17,2,5:2:8 chr13 100518580 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.843;QD=57.7114;RBI=0.047051;REFB=0;REVB=-0.0441029;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130431;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr13 100537232 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.308;QD=59.6794;RBI=0.0368709;REFB=0;REVB=0.0111994;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1721e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr13 100945533 . G A 1008.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.502;QD=59.3187;RBI=0.0252151;REFB=0;REVB=0.0125343;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16099e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr13 101287340 . C T 778.52 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.356;QD=63.5528;RBI=0.0199527;REFB=0;REVB=-0.00128513;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26993e-05;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:33:16:0:0 chr13 101287365 . T C 817.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.311;QD=57.3341;RBI=0.0373884;REFB=0;REVB=-0.037243;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244968;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:40:16:0:0:40:17:0:0 chr13 101322622 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.806;QD=62.671;RBI=0.0715106;REFB=0;REVB=0.0574201;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99372e-05;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr13 101720300 . T G 359.13 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00483376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3558;QD=19.9518;RBI=0.0105153;REFB=-0.00321199;REVB=0.00933845;RO=35;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981174;STB=0.554551;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.001516;OID=.;OPOS=101720300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:24:13:16:19:24:13:16:19 chr13 101735211 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00453885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.382;QD=17.4275;RBI=0.00453885;REFB=-0.00344801;REVB=3.07337e-06;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00464621;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:10:13:10:9:10:13 chr13 101736075 . A G 1037.82 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1985;QD=59.3039;RBI=0.112847;REFB=0;REVB=-0.108049;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000645516;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:24:44:0:0:25:45:0:0 chr13 101747984 . G A 280.67 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00019586;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.433;QD=22.912;RBI=0.00818686;REFB=-0.0153605;REVB=-0.00818451;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933852;STB=0.565672;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0172299;OID=.;OPOS=101747984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:24:26:0.530612:9:15:12:11:9:17:12:11 chr13 101795317 . A C 709.26 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123474;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1861;QD=56.7408;RBI=0.0747301;REFB=0;REVB=0.0747199;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120914;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:26:22:0:0:28:22:0:0 chr13 101795422 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.359;QD=59.5007;RBI=0.00767301;REFB=0;REVB=-0.000583021;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28617e-05;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr13 102220193 . G T 72.6 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0099478;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.193;QD=7.84876;RBI=0.0100304;REFB=-0.0147652;REVB=-0.00128439;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543724;STB=0.811086;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0395874;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:37:26:27:10:10:0.27027:3:7:5:21:3:7:6:21 chr13 102366825 . A G 148.58 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0452022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3261;QD=10.8054;RBI=0.0774307;REFB=-0.00548838;REVB=-0.0628671;RO=36;SAF=13;SAR=6;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887573;STB=0.551672;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00810455;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:6:13:27:9:6:13:27:9 chr13 102431351 . G C 1015.35 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105349;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.889;QD=58.0203;RBI=0.0108939;REFB=-0.0430834;REVB=-0.00277355;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113915;STB=0.506022;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-6.87525e-06;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:28:41:1:0:28:41:1:0 chr13 103275386 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0361756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6706;QD=10.6439;RBI=0.0366773;REFB=-0.00888977;REVB=0.00604525;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142101;STB=0.58325;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0217413;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:12:8:20:18:12:8:20:18 chr13 103339365 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0124542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.592;QD=9.93234;RBI=0.0131133;REFB=-0.00071186;REVB=0.00410505;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220417;STB=0.631413;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00124042;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:7:8:12:23:7:8:12:23 chr13 103346806 . C G 137.83 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0542661;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=325.21;QD=39.3812;RBI=0.0563033;REFB=-0.156879;REVB=0.0150084;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571311;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000920214;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:1:0:10:3:1:0 chr13 103384824 . G A 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150865;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.576;QD=56.2294;RBI=0.0275952;REFB=0;REVB=-0.0231061;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70889e-05;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr13 103385015 . A G 817.25 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.491;QD=57.3512;RBI=0.0637608;REFB=0;REVB=0.0575475;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156058;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:31:22:0:0:35:22:0:0 chr13 103385299 . A C 859.71 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.291;QD=54.5846;RBI=0.0267861;REFB=-0.0122433;REVB=0.0176804;RO=2;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277491;STB=0.514701;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000300871;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:33:28:0:2:33:28:0:2 chr13 103385798 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.211;QD=61.6832;RBI=0.0255681;REFB=0;REVB=0.0242655;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96179e-05;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:28:11:0:0:28:13:0:0 chr13 103386116 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.797;QD=62.6709;RBI=0.0332672;REFB=0;REVB=0.0120707;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122519;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr13 103386283 . A G 2144.94 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172243;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.147;QD=63.0864;RBI=0.0100556;REFB=0;REVB=0.00990703;RO=0;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056153;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:67:69:0:0:67:69:0:0 chr13 103388220 . A G 908.9 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.2;QD=57.7076;RBI=0.0237387;REFB=0;REVB=-0.00436143;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372706;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:39:24:0:0 chr13 103388370 . C T 276.05 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0230008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2712;QD=13.3036;RBI=0.0445867;REFB=0.00934903;REVB=0.038196;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207775;STB=0.591871;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.013048;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:47:51:32:32:0.385542:14:18:17:30:14:18:21:30 chr13 103391634 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0342755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0299;QD=12.7298;RBI=0.0753594;REFB=0.00319515;REVB=-0.0671136;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196246;STB=0.615148;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0175629;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:9:3:4:5:9:3 chr13 103394003 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0838847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.448;QD=15.2588;RBI=0.0838895;REFB=0.00762576;REVB=-0.000896714;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00674471;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr13 103394716 . T C 166.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000417316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.597;QD=12.5414;RBI=0.0228123;REFB=-0.0137437;REVB=-0.0228085;RO=30;SAF=17;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385656;STB=0.759702;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0265576;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:33:20:20:0.377358:3:17:17:13:3:17:17:16 chr13 103395819 . C T 1166.65 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.338;QD=60.6051;RBI=0.00551014;REFB=0;REVB=0.005361;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97265e-06;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr13 103396716 . C G 417.18 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0266032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.878;QD=25.2834;RBI=0.0268594;REFB=0.0029112;REVB=0.00370092;RO=25;SAF=21;SAR=19;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22723;STB=0.629624;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00300099;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:26:40:40:0.606061:19:21:5:20:19:21:5:21 chr13 103397583 . C G 425.32 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0374929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0343;QD=21.5351;RBI=0.0375014;REFB=0.00128041;REVB=0.000797884;RO=37;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138055;STB=0.576318;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000556436;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:26:16:20:17:26:16:20:17 chr13 103397937 . T G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0207868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.386;QD=28.4025;RBI=0.0246854;REFB=-0.02637;REVB=-0.0133146;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235789;STB=0.630937;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0175043;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:15:6:7:4:15:6:7:4 chr13 103400083 . G A 262.39 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00379396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9731;QD=14.9936;RBI=0.00904438;REFB=-0.012022;REVB=0.00821016;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226804;STB=0.627035;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.012502;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:40:30:30:0.428571:18:12:24:14:18:12:25:15 chr13 103400729 . G A 114.53 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.054276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.875;QD=19.0879;RBI=0.0544948;REFB=-0.0176089;REVB=0.00487838;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0138157;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:4:7:7:6:4:7 chr13 103402522 . C T 236.61 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00151096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.607;QD=15.774;RBI=0.0204224;REFB=-0.0198601;REVB=-0.0203665;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703935;STB=0.503976;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0190964;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:21:12:10:17:21:12 chr13 103410782 . T C 187.84 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0237707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.3;QD=21.4668;RBI=0.0732924;REFB=-0.00388566;REVB=0.0693306;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261824;STB=0.521718;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00900832;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:18:20:0.571429:7:11:9:5:9:11:9:6 chr13 103410914 . A T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000313097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.251;QD=17.064;RBI=0.003008;REFB=0.00248622;REVB=0.00299166;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423766;STB=0.523793;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0029404;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:18:13:13:15:18:13 chr13 103420680 . C A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000831889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.431;QD=19.523;RBI=0.00878194;REFB=-0.038024;REVB=0.00874245;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120721;STB=0.568865;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0100052;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:6:6:5:9:6:6 chr13 103449202 . T C 503.7 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00811411;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.61;QD=19.753;RBI=0.00821332;REFB=-0.00698018;REVB=-0.00127275;RO=50;SAF=24;SAR=28;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192371;STB=0.605931;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00563899;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:50:50:52:52:0.509804:28:24:34:16:28:24:34:16 chr13 103493825 . C G 91.16 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0454181;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.121;QD=6.0776;RBI=0.0457549;REFB=0.00514662;REVB=-0.00554103;RO=44;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245937;STB=0.656333;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00684356;OID=.;OPOS=103493825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:61:60:44:46:14:14:0.233333:10:4:21:23:10:4:22:24 chr13 103504517 . T C 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.439;QD=62.9068;RBI=0.00859908;REFB=0;REVB=0.00589218;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58635e-05;OID=.;OPOS=103504517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr13 103506686 . C G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00451529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.264;QD=15.2679;RBI=0.0130932;REFB=-0.0103683;REVB=0.01229;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448534;STB=0.525404;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0188776;OID=.;OPOS=103506686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:15:18:13:13:15:18 chr13 103510736 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0867631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4216;QD=12.4823;RBI=0.0890791;REFB=0.0185769;REVB=0.0201804;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.635637;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0144452;OID=.;OPOS=103510736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:4:14:7:5:4:15 chr13 103511301 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.849;QD=56.9569;RBI=0.0313552;REFB=0;REVB=0.00794171;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10692e-05;OID=.;OPOS=103511301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr13 103513951 . A G 256.4 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0162933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0487;QD=22.791;RBI=0.0229542;REFB=0.0105324;REVB=-0.0161686;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163424;STB=0.577715;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0124163;OID=.;OPOS=103513951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:14:6:12:12:14:7 chr13 103527849 . G C 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00210555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.292;QD=54.7454;RBI=0.00603674;REFB=-0.0112746;REVB=0.00565763;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.506847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00020073;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:36:17:0:0:36:17:0:1 chr13 103527930 . G C 704.49 PASS AF=0.94;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00722711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.297;QD=56.3594;RBI=0.0155058;REFB=0.0142425;REVB=0.0137186;RO=3;SAF=13;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525543;STB=0.525885;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000908431;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:50:3:3:45:47:0.94:32:13:2:1:33:14:2:1 chr13 103528337 . G A 323.64 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00737716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.957;QD=17.0338;RBI=0.0112041;REFB=0.00118721;REVB=0.00843268;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19261;STB=0.59072;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00166277;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:34:35:0.460526:18:16:11:29:19:16:12:29 chr13 103705044 . A C 311.27 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0411393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.731;QD=16.601;RBI=0.0411839;REFB=-0.0412794;REVB=-0.00191754;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186585;STB=0.598516;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0321275;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:34:34:0.453333:21:13:23:17:21:13:23:18 chr13 107144320 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0312028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.11;QD=55.6055;RBI=0.0384082;REFB=0.0152683;REVB=0.022396;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-3.30055e-05;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr13 107145463 . G C 2275.81 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.997;QD=63.6591;RBI=0.0414135;REFB=0;REVB=0.00959241;RO=0;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18889e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:82:59:0:0:82:61:0:0 chr13 108862378 . T G 31.83 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0597722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.021;QD=2.49636;RBI=0.059774;REFB=-0.000370435;REVB=-0.000463512;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293546;STB=0.724298;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00132387;OID=.;OPOS=108862378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:51:44:45:6:6:0.117647:4:2:26:18:4:2:27:18 chr13 108863591 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00530866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.04;QD=18.6417;RBI=0.0236045;REFB=-0.0130502;REVB=0.0229998;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226616;STB=0.642737;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.013373;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:26:25:25:0.490196:18:7:12:11:18:7:14:12 chr13 108885972 . G T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00775711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.024;QD=14.6657;RBI=0.012977;REFB=-0.019083;REVB=0.0104034;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136602;STB=0.578846;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0253691;OID=.;OPOS=108885972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:7:14:8:7:7:14 chr13 109661359 . C G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.332;QD=55.6546;RBI=0.0493688;REFB=0;REVB=0.0454106;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027126;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr13 109717928 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.443;QD=46.847;RBI=0.031304;REFB=0;REVB=0.01329;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172682;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr13 109779906 . C T 361.32 PASS AF=0.528571;AO=35;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0758448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8398;QD=20.647;RBI=0.0841706;REFB=-0.00189643;REVB=-0.0365001;RO=22;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140284;STB=0.540519;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00233553;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:22:33:35:37:0.528571:15:20:13:9:17:20:15:18 chr13 109793474 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0843729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0885;QD=53.9108;RBI=0.101196;REFB=0;REVB=-0.0558742;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00372948;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr13 109793720 . A C 2052.61 PASS AF=1;AO=130;DP=134;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462681;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.825;QD=62.6751;RBI=0.0485759;REFB=0;REVB=0.0147945;RO=0;SAF=47;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33083e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:131:0:0:130:131:1:83:47:0:0:83:48:0:0 chr13 110408608 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.343;QD=59.678;RBI=0.029973;REFB=0;REVB=-0.0257206;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84079e-05;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr13 110435953 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00653826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.206;QD=16.6269;RBI=0.0847569;REFB=-0.0156195;REVB=-0.0845043;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0208794;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:8:6:7:6:8:6 chr13 110813709 . G A 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0024142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.14;QD=35.0851;RBI=0.00426885;REFB=-0.0262804;REVB=-0.00352062;RO=14;SAF=12;SAR=21;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379205;STB=0.520648;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0127685;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:21:12:6:8:21:12:6:8 chr13 110819586 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.233;QD=64.4148;RBI=0.0203553;REFB=0;REVB=0.00954368;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01732e-05;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr13 110827574 . T A 295.47 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0450065;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.009;QD=17.6398;RBI=0.0721217;REFB=-0.0114558;REVB=0.0563557;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339274;STB=0.518976;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0163945;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:19:13:13:22:19:13:13:22 chr13 110827580 . C T 349.89 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0107648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.114;QD=17.9432;RBI=0.0525262;REFB=-0.0186582;REVB=-0.0514113;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451733;STB=0.535975;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.025854;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:39:41:37:37:0.474359:21:16:15:24:21:16:15:26 chr13 110833702 . C T 287.98 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00562158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.165;QD=18.5796;RBI=0.0105024;REFB=0.00507144;REVB=0.00887117;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436012;STB=0.532204;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00282699;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:15:16:14:16:15:16:14:17 chr13 110839550 . T G 1479.66 PASS AF=0.990291;AO=94;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1497;QD=57.4627;RBI=0.0469312;REFB=0;REVB=0.00852778;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028626;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:0:94:102:0.990291:56:38:0:0:56:46:0:0 chr13 110843985 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.798;QD=58.5878;RBI=0.0320598;REFB=0;REVB=0.0212351;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104651;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr13 110857823 . C T 959.05 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395888;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.164;QD=59.0186;RBI=0.0459862;REFB=0;REVB=0.0233979;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144938;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr13 110857895 . A G 775.49 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385962;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.579;QD=63.3055;RBI=0.0394607;REFB=0;REVB=-0.00821433;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153781;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:37:11:0:0:37:12:0:0 chr13 110861785 . C G 375.77 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0130108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.313;QD=23.8583;RBI=0.0287006;REFB=-0.0924908;REVB=-0.0255821;RO=26;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801102;STB=0.544018;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0464808;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:21:16:14:12:21:16:14:12 chr13 111077197 . G A 2278.46 PASS AF=0.945455;AO=155;DP=166;FAO=156;FDP=165;FR=.;FRO=9;FSAF=81;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.023028;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.04;QD=55.2354;RBI=0.0368647;REFB=-0.207398;REVB=0.0287875;RO=2;SAF=81;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000548276;STB=0.522253;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00257437;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:166:165:2:9:155:156:0.945455:74:81:1:1:75:81:1:8 chr13 111088456 . A T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.012189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7211;QD=17.5877;RBI=0.0213094;REFB=0.0135111;REVB=0.0174791;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260331;STB=0.647557;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0143222;OID=.;OPOS=111088456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:9:19:9:13:9:19 chr13 111088472 . GTTA G 214.91 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0154656;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=131.363;QD=15.9191;RBI=0.0163817;REFB=-0.010603;REVB=0.00540121;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120173;STB=0.566882;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.00727833;OID=.;OPOS=111088473;OREF=TTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537037:29:54:29:54:25:11:18:13:12:99:25:11:18:13:12 chr13 111090909 . T C 136.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0145475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7273;QD=10.4719;RBI=0.0149038;REFB=-0.0118364;REVB=0.0032396;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286821;STB=0.666496;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.019784;OID=.;OPOS=111090909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:27:8:8:9:27:8 chr13 111090924 . G A 210.52 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0233709;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.892;QD=15.5937;RBI=0.031642;REFB=-0.00730662;REVB=0.0213312;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147263;STB=0.601143;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.008137;OID=.;OPOS=111090924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:30:24:24:0.444444:14:10:16:12:14:10:18:12 chr13 111091024 . C T 253.15 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0427914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.329;QD=19.1056;RBI=0.043562;REFB=-0.0101805;REVB=-0.00815755;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495727;STB=0.527757;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0155444;OID=.;OPOS=111091024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:10:16:18:9:10:16 chr13 111098226 . C T 301.52 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00081892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.156;QD=16.7511;RBI=0.0143844;REFB=-0.0126567;REVB=-0.0143611;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419008;STB=0.523546;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0144598;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:13:20:22:17:13:20:22:17 chr13 111102042 . G A 871.52 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.937;QD=56.2269;RBI=0.0275745;REFB=-0.174008;REVB=0.00666601;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000720474;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:1:0:34:27:1:0 chr13 111102126 . C T 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.213;QD=59.4313;RBI=0.0124091;REFB=0;REVB=0.00257551;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07429e-05;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr13 111109618 . G C 181.5 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00198283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9251;QD=24.2004;RBI=0.055805;REFB=-0.0172159;REVB=0.0557698;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813951;STB=0.545405;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.011545;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:4:8:10:8:4:8 chr13 111134858 . T C 300.59 PASS AF=0.542373;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00970916;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.724;QD=20.3793;RBI=0.0121933;REFB=-0.0438157;REVB=0.00737628;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161231;STB=0.600596;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0184196;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:25:27:30:32:0.542373:10:20:12:13:11:21:12:15 chr13 111154058 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.748;QD=57.0006;RBI=0.0249767;REFB=0;REVB=-0.0191723;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11647e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr13 111154061 . T C 817.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.68;QD=57.3719;RBI=0.0885218;REFB=0;REVB=0.0208181;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394345;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr13 111155773 . T C 558.39 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196499;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.474;QD=60.3663;RBI=0.0221176;REFB=0;REVB=0.0101524;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020725;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr13 111155779 . G A 207.51 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00640067;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.982;QD=24.4132;RBI=0.0139516;REFB=-0.0396121;REVB=0.0123967;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138909;STB=0.538884;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0229604;OID=.;OPOS=111155779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:12:14:20:20:0.588235:9:11:9:3:9:11:9:5 chr13 111156499 . C T 2118.32 PASS AF=0.943396;AO=139;DP=148;FAO=150;FDP=159;FR=.;FRO=9;FSAF=98;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0737363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2731;QD=53.2912;RBI=0.0741295;REFB=-0.0260106;REVB=-0.00762467;RO=9;SAF=93;SAR=46;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844224;STB=0.539818;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0252248;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:148:159:9:9:139:150:0.943396:46:93:0:9:52:98:0:9 chr13 111158874 . A G 1013.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3268;QD=58.7773;RBI=0.0179983;REFB=0;REVB=0.0114203;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76439e-05;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:65:69:1:34:31:0:0:34:35:0:0 chr13 111164614 . T C 508.82 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0153749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.386;QD=20.7682;RBI=0.0211623;REFB=-0.00627806;REVB=-0.0145415;RO=48;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269939;STB=0.520949;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00566017;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:29:20:21:27:29:20:22:27 chr13 111176393 . A G 290.62 PASS AF=0.542373;AO=29;DP=55;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00253788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.965;QD=19.7027;RBI=0.0621283;REFB=-0.0198058;REVB=-0.0620764;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180489;STB=0.503224;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.015614;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:26:27:29:32:0.542373:15:14:12:14:18:14:12:15 chr13 111279817 . A G 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0353653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3476;QD=16.5029;RBI=0.0378218;REFB=0.00298793;REVB=-0.0134083;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489472;STB=0.50276;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00505629;OID=.;OPOS=111279817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:14:16:14:12:14:16 chr13 111291044 . T C 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.012507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.078;QD=15.9136;RBI=0.0125574;REFB=-0.00760851;REVB=-0.00112439;RO=37;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319973;STB=0.680728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00871924;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:9:21:14:23:9:21:14:23 chr13 111298392 . A G 784.87 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.738;QD=57.0815;RBI=0.0418205;REFB=0;REVB=-0.0179243;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42895e-05;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr13 111315405 . G A 33.44 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0859675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5322;QD=19.111;RBI=0.150345;REFB=-0.0472508;REVB=0.123341;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0290966;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr13 111319754 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.537;QD=57.1063;RBI=0.0146056;REFB=0;REVB=-0.0127034;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0026e-05;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr13 111340101 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.398;QD=52.6125;RBI=0.145388;REFB=0;REVB=0.143151;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201738;OID=.;OPOS=111340101;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr13 111368164 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.083;QD=33.4281;RBI=0.0298227;REFB=0;REVB=0.0297474;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330679;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr13 111531885 . C A 763.72 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435205;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.786;QD=63.6435;RBI=0.0438495;REFB=0;REVB=0.00536132;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123668;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:42:48:1:22:20:0:0:23:25:0:0 chr13 111532288 . G A 441.11 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00118142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.673;QD=16.0402;RBI=0.00351179;REFB=-0.00621223;REVB=0.0033071;RO=61;SAF=19;SAR=30;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153652;STB=0.58599;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0107129;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:30:19:33:28:30:19:33:28 chr13 111563052 . C T 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0259236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.147;QD=17.5534;RBI=0.0419557;REFB=-0.000271569;REVB=-0.0329887;RO=41;SAF=30;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384007;STB=0.718094;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000471255;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:6:30:21:20:6:30:21:20 chr13 111806245 . A G 268.8 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.537;QD=51.1992;RBI=0.0063872;REFB=0;REVB=0.00262445;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236551;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:5:14:0:0:5:16:0:0 chr13 111870037 . T C 316.76 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214554;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7057;QD=55.0881;RBI=0.0795045;REFB=0;REVB=0.0765547;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403442;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr13 111980537 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.059;QD=63.195;RBI=0.0481522;REFB=0;REVB=0.0201857;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135176;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr13 112725196 . T C 173.74 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0193939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.4762;QD=19.3047;RBI=0.020897;REFB=0.0104184;REVB=0.00778215;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809187;STB=0.553516;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00144557;OID=.;OPOS=112725196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:15:3:2:15:15:3:2:16 chr13 112725791 . G A 565.67 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0520125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1175;QD=53.8734;RBI=0.0520965;REFB=0.0379816;REVB=0.00295672;RO=3;SAF=24;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725066;STB=0.503874;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.023561;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:3:3:39:39:0.928571:15:24:2:1:15:24:2:1 chr13 113052388 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.01034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.84;QD=15.7005;RBI=0.0107888;REFB=-0.00496194;REVB=0.00307945;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0064014;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:10:9:7:8:10:9 chr13 113053470 . T A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00699973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.442;QD=12.0828;RBI=0.0135771;REFB=-0.0213246;REVB=-0.0116336;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29183;STB=0.66817;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0408383;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:8:13:12:23:8:13:12:23 chr13 113153217 . C A 352.51 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00525262;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.855;QD=20.4355;RBI=0.0106296;REFB=-0.0137111;REVB=0.00924115;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019204;STB=0.51612;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00792054;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:33:35:36:0.521739:23:12:10:21:24:12:12:21 chr13 113153271 . G A 243.38 PASS AF=0.491228;AO=25;DP=55;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.014229;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.486;QD=17.0795;RBI=0.0211449;REFB=-0.00465177;REVB=0.0156411;RO=29;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453362;STB=0.506168;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00570634;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:29:29:25:28:0.491228:19:6:8:21:20:8:8:21 chr13 113473629 . G A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0280391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5236;QD=18.7112;RBI=0.0313336;REFB=-0.0089491;REVB=-0.0139858;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218046;STB=0.623744;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00869241;OID=.;OPOS=113473629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:7:12:7:11:7:12 chr13 113479820 . A G 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1788;QD=61.6927;RBI=0.0121126;REFB=0;REVB=0.00782395;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01207e-06;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr13 113508725 . G A 236.09 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0406545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6923;QD=19.2729;RBI=0.043336;REFB=-0.0221965;REVB=0.0150075;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242899;STB=0.527249;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0247294;OID=.;OPOS=113508725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:22:23:0.469388:13:9:10:16:13:10:10:16 chr13 113508839 . G C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2726;QD=56.19;RBI=0.0610533;REFB=0;REVB=0.0588709;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081481;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr13 113527967 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00985588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5736;QD=8.73771;RBI=0.0195197;REFB=-0.0401612;REVB=0.0168488;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442164;STB=0.765442;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0335976;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:5:15:3:6:5:15 chr13 113530199 . G A 418.68 PASS AF=0.634921;AO=39;DP=62;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00480452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.277;QD=26.583;RBI=0.0159023;REFB=-0.00656556;REVB=0.0151591;RO=21;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194112;STB=0.613278;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00461604;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:21:23:39:40:0.634921:23:16:15:6:23:17:17:6 chr13 113534907 . T C 711.24 PASS AF=0.482993;AO=70;DP=144;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.00807521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.824;QD=19.3534;RBI=0.0349473;REFB=-0.0256553;REVB=-0.0340015;RO=73;SAF=30;SAR=40;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427951;STB=0.536153;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0242884;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:73:76:70:71:0.482993:40:30:28:45:40:31:28:48 chr13 113656216 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.439;QD=58.5987;RBI=0.0319618;REFB=0;REVB=0.0246302;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32125e-05;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr13 113681183 . C T 81.27 PASS AF=0.222222;AO=11;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0374962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8002;QD=6.02028;RBI=0.0411734;REFB=-0.00767811;REVB=-0.0170083;RO=39;SAF=10;SAR=1;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352034;STB=0.657595;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.031474;OID=.;OPOS=113681183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:39:42:11:12:0.222222:1:10:29:10:2:10:29:13 chr13 113720476 . C T 146.31 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00434138;FXX=0.124922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5071;QD=41.8039;RBI=0.0420384;REFB=0.0736064;REVB=-0.0418136;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00293237;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:14:0:1:13:13:0.928571:7:6:0:0:7:6:1:0 chr13 113728781 . G A 1905.5 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.901;QD=61.4676;RBI=0.0395795;REFB=0;REVB=0.00695965;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675738;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:64:59:0:0:64:60:0:0 chr13 113747070 . A C 351.15 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0864307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.909;QD=23.4097;RBI=0.0933279;REFB=-0.000686485;REVB=-0.0352113;RO=23;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196028;STB=0.603012;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000287745;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:25:35:35:0.583333:17:18:18:5:17:18:19:6 chr13 113747124 . A G 452.83 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00552241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.524;QD=54.8882;RBI=0.0110498;REFB=0.102006;REVB=-0.00957089;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00182959;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:15:16:0:1:16:16:0:1 chr13 113747135 . T C 519.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1055;QD=59.4005;RBI=0.0394133;REFB=0;REVB=0.00692134;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290038;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr13 113747336 . CT C,TT 35.18 PASS AF=0.25,0;AO=7,2;DP=43;FAO=12,0;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.216597,0.0792738;FXX=0;HRUN=7,6;LEN=1,1;MLLD=9.74125,16.8128;QD=2.93148;RBI=0.22349,0.085501;REFB=-0.0136122,0.0353466;REVB=-0.0550763,-0.0320326;RO=27;SAF=4,0;SAR=3,2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107181,-0.463741;STB=0.520799,0.5;STBP=0.88,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0773555,0.00117452;OID=.,.;OPOS=113747337,113747336;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:43:48:27:36:7,2:12,0:0.25,0:3,2:4,0:13:14:6,0:6,0:17:19 chr13 113792754 . T C 546.97 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000860289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.808;QD=53.3633;RBI=0.0151774;REFB=-0.133223;REVB=0.015153;RO=3;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684162;STB=0.536566;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000455785;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:19:19:0:3:19:19:0:3 chr13 113801737 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.813;QD=58.2393;RBI=0.0193429;REFB=0;REVB=0.00922895;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11183e-05;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr13 113812961 . CG CA,TA 573.87 PASS AF=0.925,0.05;AO=37,2;DP=41;FAO=37,2;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151335,0.00239074;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=151.146,67.998;QD=57.3871;RBI=0.115116,0.0458428;REFB=-0.168325,0.0464802;REVB=0.114117,0.0457804;RO=0;SAF=24,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.518508,0.993266;STBP=0.254,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00104351,0.120499;OID=.,.;OPOS=113812962,113812961;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:40:0:1:37,2:37,2:0.925,0.05:13,0:24,2:0:0:13,0:24,2:0:1 chr13 113818900 . A G 1122.59 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00672312;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.066;QD=59.0838;RBI=0.0105219;REFB=-0.111477;REVB=0.00809389;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=4.27735e-05;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:49:26:0:0:49:26:0:1 chr13 113965176 . C A 179.82 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322396;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.719;QD=47.953;RBI=0.0402522;REFB=0;REVB=0.0241008;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130443;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr13 114083316 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00712897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.017;QD=18.8285;RBI=0.0112114;REFB=-0.0104969;REVB=0.00865292;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839961;STB=0.547572;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0151897;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:13:9:10:10:13:9 chr13 114150107 . C T 206.38 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00670579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.865;QD=15.8751;RBI=0.0122834;REFB=-0.0129545;REVB=-0.0102914;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137318;STB=0.547486;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0156492;OID=.;OPOS=114150107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:29:22:23:0.442308:16:6:11:17:16:7:11:18 chr13 114175038 . G A 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00990775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.543;QD=13.5512;RBI=0.0146793;REFB=-0.0103023;REVB=0.0108314;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311596;STB=0.517817;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.014889;OID=.;OPOS=114175038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:13:11:15:20:13:11:15:20 chr13 114265331 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0256105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.736;QD=16.4079;RBI=0.0260049;REFB=0.00605709;REVB=-0.00451219;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00811281;OID=.;OPOS=114265331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:16:13:10:11:16:13 chr13 114303764 . C T 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0119285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0019;QD=22.8639;RBI=0.0379964;REFB=-0.0100954;REVB=-0.0360754;RO=27;SAF=10;SAR=26;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208378;STB=0.615317;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00752685;OID=.;OPOS=114303764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:26:10:14:13:26:10:14:13 chr13 114309226 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0228022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.687;QD=12.4135;RBI=0.0269207;REFB=-0.0226429;REVB=0.0143102;RO=37;SAF=17;SAR=6;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129278;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.027412;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:6:17:27:10:6:17:27:10 chr13 114312354 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.625;QD=59.8385;RBI=0.0139937;REFB=0;REVB=0.0139025;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00441e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr13 114322289 . A G 1018.95 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.395;QD=59.0693;RBI=0.0723284;REFB=0;REVB=0.0720907;RO=1;SAF=46;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285886;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82936e-05;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:1:0:62:69:1:16:46:0:1:23:46:0:0 chr13 114498190 . G A 373.27 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00405236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8371;QD=15.5528;RBI=0.0183785;REFB=-0.0227894;REVB=0.0179262;RO=55;SAF=15;SAR=25;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012489;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0300632;OID=.;OPOS=114498190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:56:40:40:0.416667:25:15:20:35:25:15:21:35 chr13 114623880 . G A 709.12 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.881;QD=63.0331;RBI=0.0854819;REFB=0;REVB=0.0420565;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600136;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr13 114747187 . G C 631.33 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7984;QD=61.5934;RBI=0.0271827;REFB=0;REVB=0.0245328;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126371;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr13 115004914 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0043845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.29;QD=19.8504;RBI=0.0103614;REFB=-0.014288;REVB=-0.00938802;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058655;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0113206;OID=.;OPOS=115004914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:7:6:8:7:7:6 chr13 115004935 . T C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0876305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1285;QD=20.4846;RBI=0.0922092;REFB=-0.0137268;REVB=-0.0286958;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160162;STB=0.59078;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0214327;OID=.;OPOS=115004935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:7:4:8:6:7:4 chr14 19378030 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.629;QD=39.2067;RBI=0.106028;REFB=0;REVB=0.102636;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345589;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr14 19553764 . A G 68.72 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.6579;QD=30.544;RBI=0.0871618;REFB=-0.0907941;REVB=-0.0871618;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110558;OID=.;OPOS=19553764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:8:0:0:1:8:0:0:1 chr14 19574244 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0768653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.794;QD=37.4883;RBI=0.0774589;REFB=0;REVB=-0.00957086;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116753;OID=.;OPOS=19574244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr14 19685269 . C T 35.01 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0752858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.099;QD=23.343;RBI=0.0755739;REFB=-0.0946959;REVB=0.00659203;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00452534;OID=.;OPOS=19685269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr14 20216298 . T C 1512.85 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3223;QD=59.9149;RBI=0.0399507;REFB=0;REVB=0.0389675;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313105;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr14 20248828 . C T 1172.51 PASS AF=0.678322;AO=97;DP=143;FAO=97;FDP=143;FR=.;FRO=46;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0174221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.348;QD=32.7974;RBI=0.0237158;REFB=-0.0276027;REVB=0.0160906;RO=45;SAF=49;SAR=48;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035125;STB=0.501658;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0148423;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:45:46:97:97:0.678322:48:49:23:22:48:49:23:23 chr14 20248836 . G A 80.35 PASS AF=0.128571;AO=18;DP=140;FAO=18;FDP=140;FR=.;FRO=122;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0159326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.429;QD=2.2958;RBI=0.0197034;REFB=-0.00722405;REVB=-0.0115921;RO=121;SAF=4;SAR=14;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37765;STB=0.762304;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0346667;OID=.;OPOS=20248836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:140:140:121:122:18:18:0.128571:14:4:63:58:14:4:63:59 chr14 20249176 . G A 924.89 PASS AF=0.653226;AO=81;DP=124;FAO=81;FDP=124;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00722519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.923;QD=29.8351;RBI=0.0116489;REFB=0.000781151;REVB=-0.00913753;RO=43;SAF=26;SAR=55;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698691;STB=0.537768;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000393576;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:43:43:81:81:0.653226:55:26:18:25:55:26:18:25 chr14 20249456 . G A 256.36 PASS AF=0.340659;AO=32;DP=90;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0251069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5922;QD=11.2685;RBI=0.0255086;REFB=-0.0207402;REVB=0.00450875;RO=58;SAF=19;SAR=13;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112661;STB=0.513149;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0408801;OID=.;OPOS=20249456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:58:60:32:31:0.340659:13:19:35:23:13:18:36:24 chr14 20295834 . T C 1507.41 PASS AF=0.681081;AO=124;DP=183;FAO=126;FDP=185;FR=.;FRO=59;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.01209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.275;QD=32.5926;RBI=0.016937;REFB=-0.0181372;REVB=0.0118614;RO=58;SAF=59;SAR=65;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266902;STB=0.519302;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00775156;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:58:59:124:126:0.681081:65:59:25:33:65:61:25:34 chr14 20296278 . G A 253.79 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=119;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0303355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3095;QD=8.53057;RBI=0.0319079;REFB=-0.0113447;REVB=0.00989319;RO=84;SAF=20;SAR=15;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440909;STB=0.525911;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0253777;OID=.;OPOS=20296278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:84:84:35:35:0.294118:15:20:51:33:15:20:51:33 chr14 20389606 . G A 223.99 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=46;FWDB=-0.0254558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.702;QD=10.6659;RBI=0.0261095;REFB=-0.0056359;REVB=-0.00580615;RO=55;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144041;STB=0.567752;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00895368;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:56:28:28:0.333333:21:7:9:46:21:7:10:46 chr14 20389721 . G A 127.59 PASS AF=0.32;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00122073;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.546;QD=10.2068;RBI=0.0215023;REFB=-0.0130639;REVB=-0.0214676;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112693;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0234775;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:35:34:15:16:0.32:8:7:13:22:8:8:13:21 chr14 20403909 . T C 292.32 PASS AF=0.27972;AO=40;DP=144;FAO=40;FDP=143;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=-0.00777334;FXX=0.00694396;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.55;QD=8.17687;RBI=0.00782871;REFB=-0.0041794;REVB=-0.000929479;RO=102;SAF=9;SAR=31;SRF=35;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179345;STB=0.612587;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00868435;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:102:103:40:40:0.27972:31:9:35:67:31:9:36:67 chr14 20404238 . G A 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00645292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.274;QD=8.43584;RBI=0.0264036;REFB=-0.00753093;REVB=0.0256029;RO=41;SAF=14;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479748;STB=0.790941;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0307055;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:3:14:18:23:3:14:18:23 chr14 20404736 . G A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0257631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.738;QD=25.3678;RBI=0.0259897;REFB=-0.0277318;REVB=-0.00342418;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119429;STB=0.566333;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0151984;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:9:5:11:10:9:5 chr14 20404767 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0133093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.156;QD=14.7016;RBI=0.0135998;REFB=-0.00410001;REVB=-0.0027961;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832381;STB=0.548308;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00397303;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:10:5:5:7:10:5 chr14 20443872 . C G 258.45 PASS AF=0.676471;AO=21;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0185436;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.168;QD=30.4057;RBI=0.0273708;REFB=-0.0364493;REVB=-0.0201319;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210027;STB=0.522235;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0164039;OID=.;OPOS=20443872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:34:11:11:21:23:0.676471:7:14:7:4:7:16:7:4 chr14 20443943 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0271609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.192;QD=16.1189;RBI=0.0276373;REFB=0.00097359;REVB=0.0051097;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00138428;OID=.;OPOS=20443943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:6:7:4:8:6:7 chr14 20444012 . A T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0125735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7808;QD=16.8981;RBI=0.0743494;REFB=-0.0334513;REVB=-0.0732785;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22118;STB=0.628944;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0156647;OID=.;OPOS=20444012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:4:5:3:7:4:5 chr14 20444026 . T G 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0329579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.86;QD=9.75484;RBI=0.0352167;REFB=-0.0192539;REVB=-0.0124095;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.691747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0292901;OID=.;OPOS=20444026;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:10:12:7:7:0.368421:2:5:5:5:2:5:5:7 chr14 20444193 . A C 343.63 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00791702;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7764;QD=15.7991;RBI=0.0160395;REFB=0.00545874;REVB=-0.0139494;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334675;STB=0.507765;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00716755;OID=.;OPOS=20444193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:49:50:37:37:0.425287:19:18:24:25:19:18:25:25 chr14 20444441 . C A 210.58 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0127836;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.184;QD=17.9219;RBI=0.024973;REFB=-0.0161297;REVB=0.021453;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627176;STB=0.513172;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0160126;OID=.;OPOS=20444441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:19:21:0.446809:9:10:13:12:10:11:13:13 chr14 20444490 . C T 150.69 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00932171;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.309;QD=18.2653;RBI=0.0109696;REFB=-0.031072;REVB=0.00578252;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265217;STB=0.515133;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0274245;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:9:8:8:8:9:8 chr14 20444607 . C G 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.01858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.841;QD=21.7408;RBI=0.0424885;REFB=-0.0184553;REVB=-0.0382107;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052179;STB=0.529373;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0269106;OID=.;OPOS=20444607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:3:8:10:5:3:8 chr14 20470737 . G A 1102.47 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.124;QD=58.7985;RBI=0.0375373;REFB=0.0267807;REVB=0.0348366;RO=1;SAF=26;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178459;STB=0.509431;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-3.7645e-05;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:48:26:1:0:48:26:1:0 chr14 20470852 . CT C 313.23 PASS AF=1;AO=44;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807739;FXX=0.0675584;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.65129;QD=18.1579;RBI=0.103867;REFB=0.0207523;REVB=0.0652981;RO=14;SAF=14;SAR=30;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00121247;OID=.;OPOS=20470853;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:70:69:69:0:20:49:0:0:4:14:14:30:3:11 chr14 20470903 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00575478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.45;QD=55.4105;RBI=0.0063332;REFB=-0.0782454;REVB=-0.00264422;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=4.31718e-06;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:36:21:0:0:36:21:0:1 chr14 20482471 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.125;QD=33.4285;RBI=0.0118954;REFB=0;REVB=0.00489081;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299787;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr14 20502120 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.918;QD=61.681;RBI=0.0105695;REFB=0;REVB=-0.00842748;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47779e-05;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr14 20528359 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7418;QD=45.8068;RBI=0.0988302;REFB=0;REVB=-0.0766571;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00644009;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 20586042 . G C 311.43 PASS AF=0.507692;AO=30;DP=62;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=-0.0120358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.244;QD=19.165;RBI=0.0128548;REFB=-0.0105467;REVB=0.00451495;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41066;STB=0.700981;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0132163;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:31:32:30:33:0.507692:12:18:4:27:15:18:4:28 chr14 20586432 . C T 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00187084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.698;QD=23.7566;RBI=0.00988988;REFB=-0.0272598;REVB=0.00971131;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690176;STB=0.538432;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0185738;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:12:10:14:12:12:10 chr14 20665538 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00851077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.814;QD=15.2625;RBI=0.0129735;REFB=-0.00631369;REVB=-0.00979169;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00819855;OID=.;OPOS=20665538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:8:8:9:4:8:8 chr14 20665627 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.013031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.8;QD=19.7019;RBI=0.0188462;REFB=-0.0411362;REVB=-0.0136152;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0386203;OID=.;OPOS=20665627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr14 20665640 . G A 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00188936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.699;QD=19.3636;RBI=0.0103746;REFB=-0.0224728;REVB=0.0102011;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192921;STB=0.609618;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0288692;OID=.;OPOS=20665640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:9:6:10:6:9:6 chr14 20665887 . G C 562.3 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882614;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3306;QD=60.789;RBI=0.0342871;REFB=0;REVB=0.0331316;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107844;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr14 20692188 . T C 310.18 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181316;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.882;QD=47.7199;RBI=0.0785058;REFB=-0.0226002;REVB=0.0763833;RO=2;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228528;STB=0.624879;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000414211;OID=.;OPOS=20692188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:3:21:0:2:3:21:0:2 chr14 20692291 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.251;QD=62.3502;RBI=0.0546636;REFB=0;REVB=-0.0160037;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89949e-05;OID=.;OPOS=20692291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr14 20692453 . G T 776.66 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9333;QD=56.484;RBI=0.0509866;REFB=0;REVB=0.0244495;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111486;OID=.;OPOS=20692453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:37:16:0:0:39:16:0:0 chr14 20692574 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.501;QD=60.2286;RBI=0.0540258;REFB=0;REVB=0.051605;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237471;OID=.;OPOS=20692574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr14 20692595 . G C 96.17 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0312037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4869;QD=12.4091;RBI=0.0595386;REFB=-0.0300455;REVB=0.0507068;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979377;STB=0.55804;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0431945;OID=.;OPOS=20692595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:8:11:8:4:8:11 chr14 20692643 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.178;QD=61.3362;RBI=0.0425231;REFB=0;REVB=0.0411549;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113209;OID=.;OPOS=20692643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr14 20697589 . C T 364.1 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0207858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.569;QD=15.8303;RBI=0.0459744;REFB=-0.0144408;REVB=-0.0410073;RO=53;SAF=20;SAR=19;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739113;STB=0.541622;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0187524;OID=.;OPOS=20697589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:19:20:31:22:19:20:31:22 chr14 20698068 . G T 37.05 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0276642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.192;QD=8.2341;RBI=0.136693;REFB=-0.0173163;REVB=-0.133864;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0196812;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:6:6:4:2:6:6 chr14 20698239 . T C 359.51 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00477132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.695;QD=17.3258;RBI=0.0321504;REFB=-0.00705401;REVB=-0.0317944;RO=45;SAF=7;SAR=31;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149154;STB=0.584306;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00811687;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:31:7:13:32:31:7:13:32 chr14 20698298 . T G 319.37 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.079685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2621;QD=15.9687;RBI=0.101331;REFB=-0.0191394;REVB=-0.0625953;RO=45;SAF=8;SAR=27;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108353;STB=0.5614;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0405297;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:27:8:14:31:27:8:14:31 chr14 20757804 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4522;QD=56.1916;RBI=0.0986562;REFB=0;REVB=0.0985575;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182477;OID=.;OPOS=20757804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr14 20784718 . G T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.4;QD=56.1881;RBI=0.0302289;REFB=0;REVB=0.0017683;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285831;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr14 20811332 . C T 1055.67 PASS AF=0.519802;AO=105;DP=202;FAO=105;FDP=202;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.00805556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.644;QD=20.9043;RBI=0.00934781;REFB=-0.00313527;REVB=-0.00474231;RO=97;SAF=55;SAR=50;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115463;STB=0.563163;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00328191;OID=.;OPOS=20811332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:97:97:105:105:0.519802:50:55:38:59:50:55:38:59 chr14 20815011 . TCC T,TCT 384.08 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=3,24;DP=28;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216708,0.0512945;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=40.5252,269.507;QD=54.8686;RBI=0.00555201,0.0555372;REFB=0,0;REVB=-0.00511162,0.0212898;RO=0;SAF=0,12;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0264972,0.00207036;OID=.,.;OPOS=20815012,20815013;OREF=CC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857:3,24:28:3,25:28:0:0,13:3,12:0:0:14:0:0,12:3,12:0:0 chr14 20824181 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2672;QD=57.2024;RBI=0.0222664;REFB=0;REVB=0.0215871;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463716;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 20825321 . T TTTCAC 564.91 PASS AF=0.973684;AO=34;DP=47;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0656324;FXX=0.136333;HRUN=1;LEN=5;MLLD=257.825;QD=59.4642;RBI=0.0677238;REFB=-0.0332186;REVB=0.0167005;RO=9;SAF=8;SAR=26;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105343;STB=0.508767;STBP=0.625;TYPE=ins;VARB=0.00106279;OID=.;OPOS=20825322;OREF=-;OALT=TTCAC;OMAPALT=TTTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973684:34:47:37:38:1:9:28:0:1:6:9:8:26:4:5 chr14 20825323 . T G 528.57 PASS AF=0.863636;AO=39;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0330525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.488;QD=48.052;RBI=0.0372137;REFB=-0.0296141;REVB=-0.0170996;RO=3;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446131;STB=0.513416;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00427946;OID=.;OPOS=20825323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:3:6:39:38:0.863636:30:9:0:3:29:9:1:5 chr14 20837033 . T C 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0232815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.62;QD=17.1668;RBI=0.02365;REFB=0.00573981;REVB=-0.00415872;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104615;STB=0.568814;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00929661;OID=.;OPOS=20837033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:10:19:17:14:10:19:17:15 chr14 20844383 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0763057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.722;QD=11.6343;RBI=0.0763166;REFB=-0.0223487;REVB=0.0012845;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015192;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0337748;OID=.;OPOS=20844383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:5:11:7:3:5:11 chr14 20845521 . A C 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0151535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.282;QD=13.4957;RBI=0.0205256;REFB=-0.0112351;REVB=-0.0138445;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162606;STB=0.592773;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0178036;OID=.;OPOS=20845521;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:12:17:19:25:12:17:19:25 chr14 20846950 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0253179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.224;QD=12.7299;RBI=0.0272942;REFB=0.00173099;REVB=0.0101968;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542617;STB=0.830316;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00136686;OID=.;OPOS=20846950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:7:5:8:1:7:5 chr14 20849169 . G A 106.55 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0255665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5274;QD=12.535;RBI=0.0293966;REFB=-0.0214082;REVB=-0.0145093;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117418;STB=0.550382;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0508817;OID=.;OPOS=20849169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:7:13:7:6:8:13 chr14 20850093 . C T 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00416694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.361;QD=23.258;RBI=0.0265086;REFB=-0.0150748;REVB=0.026179;RO=37;SAF=29;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308834;STB=0.516984;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00989246;OID=.;OPOS=20850093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:17:29:22:15:17:29:22:15 chr14 20852029 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0298656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.082;QD=16.4169;RBI=0.0307736;REFB=-0.00357981;REVB=-0.00742005;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.52937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00383313;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:6:10:8:6:6:10 chr14 20852267 . C T 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.026221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.098;QD=7.32723;RBI=0.026628;REFB=-0.0190342;REVB=0.00463741;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171993;STB=0.608422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0441126;OID=.;OPOS=20852267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:11:10:5:3:11:10 chr14 20852817 . G A 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0468978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.693;QD=18.826;RBI=0.0494786;REFB=-0.0285478;REVB=0.0157714;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211188;STB=0.618935;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0309111;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:6:16:10:10:6:16 chr14 20854734 . A G 675.71 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572266;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.078;QD=62.8563;RBI=0.00645001;REFB=0;REVB=-0.00297553;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18783e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr14 20864049 . A G 251.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0461629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.043;QD=17.0616;RBI=0.049727;REFB=-0.0106243;REVB=-0.0184869;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140686;STB=0.57846;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00795111;OID=.;OPOS=20864049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:18:10:7:24:18:10:7:24 chr14 20872863 . A G 252.43 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0486592;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9844;QD=26.5711;RBI=0.0573322;REFB=-0.0177841;REVB=-0.0303194;RO=16;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09458;STB=0.565161;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0056473;OID=.;OPOS=20872863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:15:23:23:0.605263:13:10:9:7:13:10:9:6 chr14 20872881 . G T 177.41 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00403915;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.773;QD=20.2754;RBI=0.0173979;REFB=-0.0115312;REVB=0.0169225;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265834;STB=0.541355;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0093685;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:17:17:18:0.514286:8:9:9:9:8:10:8:9 chr14 20874411 . T C 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00991544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.164;QD=17.9552;RBI=0.02845;REFB=-0.0106609;REVB=0.0266662;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0110742;OID=.;OPOS=20874411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:8:9:9:7:8:9 chr14 20897064 . C T 293.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232917;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.775;QD=53.3303;RBI=0.00903271;REFB=0;REVB=-0.00872724;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56372e-05;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr14 20897676 . T C 547.26 PASS AF=0.553191;AO=48;DP=90;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00952347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.844;QD=23.2878;RBI=0.0142406;REFB=-0.0287206;REVB=0.0105876;RO=42;SAF=30;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266708;STB=0.51877;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0246644;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:42:42:48:52:0.553191:18:30:25:17:19:33:25:17 chr14 20898308 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0389177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.402;QD=11.104;RBI=0.0423785;REFB=-0.0129726;REVB=-0.0167734;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0184722;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr14 20916958 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0168793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.095;QD=16.884;RBI=0.039165;REFB=-0.0068368;REVB=0.0353411;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112057;STB=0.56423;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0079433;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:7:10:7:8:7:10 chr14 20920250 . T C 316.12 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0313051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.576;QD=20.729;RBI=0.0371951;REFB=-0.019397;REVB=-0.0200864;RO=28;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147313;STB=0.581906;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0224394;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:23:10:13:15:23:10:13:15 chr14 21024619 . A G 1376.72 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4252;QD=62.5782;RBI=0.065894;REFB=0;REVB=-0.0362478;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17847e-05;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:38:49:0:0:38:50:0:0 chr14 21024786 . A G 1507.3 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.874;QD=58.5359;RBI=0.0308997;REFB=-0.0706404;REVB=0.0175647;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939421;STB=0.50495;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000130852;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:50:51:0:1:50:52:0:1 chr14 21081996 . C T 1574.05 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.43;QD=62.962;RBI=0.0398746;REFB=-0.0107937;REVB=0.0360859;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106585;STB=0.505617;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000134246;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:44:55:0:1:44:55:0:1 chr14 21109141 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.629;QD=54.5164;RBI=0.0561841;REFB=0;REVB=0.0539831;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464256;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr14 21109170 . T A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0275703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.156;QD=56.4872;RBI=0.0315119;REFB=-0.0335755;REVB=0.0152604;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183486;STB=0.509798;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00498746;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:10:25:1:0:10:25:1:0 chr14 21149930 . T C 523.05 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0172722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.491;QD=23.7748;RBI=0.0203713;REFB=-0.00393421;REVB=0.0108011;RO=39;SAF=20;SAR=29;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04147;STB=0.52274;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00223653;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:29:20:14:25:29:20:14:25 chr14 21151483 . T G 1048.89 PASS AF=0.454167;AO=109;DP=240;FAO=109;FDP=240;FR=.;FRO=131;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=0.0355526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.326;QD=17.4815;RBI=0.0355644;REFB=-0.00511118;REVB=-0.000915027;RO=131;SAF=60;SAR=49;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113433;STB=0.562789;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00437223;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:131:131:109:109:0.454167:49:60:57:74:49:60:57:74 chr14 21152167 . G C 281.65 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00224871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.874;QD=14.8235;RBI=0.0520361;REFB=-0.0144043;REVB=0.0519875;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179184;STB=0.600915;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0187804;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:31:32:0.421053:17:14:27:16:18:14:27:17 chr14 21167797 . T C 286.16 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00152888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.209;QD=18.1686;RBI=0.0515599;REFB=-0.00810456;REVB=0.0515372;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456629;STB=0.525531;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0115197;OID=.;OPOS=21167797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:17:15:13:18:17:15 chr14 21168055 . T C 307.25 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00301778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.09;QD=18.3435;RBI=0.0043053;REFB=-0.0119727;REVB=0.00307061;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153422;STB=0.567827;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00906715;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:32:33:0.492537:17:15:10:23:18:15:11:23 chr14 21168084 . C T 772.57 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00521976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7501;QD=61.8055;RBI=0.00752186;REFB=-0.000248182;REVB=0.00541595;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000207597;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:32:17:0:0:32:17:0:1 chr14 21215923 . G T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0110866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.159;QD=14.6575;RBI=0.0721614;REFB=-0.00803027;REVB=-0.0713047;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279278;STB=0.662901;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0178752;OID=.;OPOS=21215923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:10:7:9:4:10:7 chr14 21215997 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0113198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.813;QD=26.4134;RBI=0.0128629;REFB=-0.0105653;REVB=0.00610871;RO=17;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253586;STB=0.641849;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00656194;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:5:20:9:8:5:20:9:8 chr14 21216499 . C T 739.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5168;QD=62.918;RBI=0.0262825;REFB=0;REVB=-0.016361;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31687e-05;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:32:15:0:0 chr14 21238318 . G A 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.582;QD=47.8153;RBI=0.0536495;REFB=0;REVB=0.0490329;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264935;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr14 21250124 . G A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0308107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.912;QD=29.0499;RBI=0.0316195;REFB=-0.0442249;REVB=0.00710588;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.599873;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0157134;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:4:10:5:0:4:10:5:0 chr14 21250366 . T C 1126.48 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027665;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.341;QD=59.2886;RBI=0.0585067;REFB=-0.0975049;REVB=0.0515527;RO=1;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101759;STB=0.505375;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00083754;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:76:1:1:75:75:0.986842:46:29:0:1:46:29:0:1 chr14 21360216 . C G 133.19 PASS AF=0.516129;AO=12;DP=27;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0460762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.77;QD=17.1857;RBI=0.126888;REFB=-0.0184866;REVB=0.118226;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173698;STB=0.644166;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0369575;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:31:15:15:12:16:0.516129:7:5:9:6:11:5:9:6 chr14 21424365 . A G 376.64 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0130389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.302;QD=21.219;RBI=0.0167207;REFB=-0.0170459;REVB=0.0104676;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11223;STB=0.547312;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0136784;OID=.;OPOS=21424365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:37:38:0.535211:17:20:13:19:18:20:14:19 chr14 21458320 . CCCCG C 426.34 PASS AF=0.484848;AO=55;DP=140;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0265924;FXX=0.0769177;HRUN=5;LEN=4;MLLD=262.141;QD=12.9195;RBI=0.0267437;REFB=-0.00746279;REVB=0.00283991;RO=72;SAF=24;SAR=31;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.571611;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.00682665;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:55:140:64:132:68:26:38:37:31:99:72:24:31:40:32 chr14 21463050 . G C 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0121216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.809;QD=16.0502;RBI=0.017083;REFB=-0.00254695;REVB=-0.0120373;RO=52;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486089;STB=0.527412;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00512873;OID=.;OPOS=21463050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:25:14:21:31:25:14:21:31 chr14 21467913 . T G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.025741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.454;QD=20.9024;RBI=0.0293601;REFB=-0.0184468;REVB=0.0141214;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20846;STB=0.615241;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0153417;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:14:19:9:19:14:19:9:19 chr14 21486137 . G C 982.54 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.164;QD=58.6593;RBI=0.0230647;REFB=0;REVB=-0.0189827;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07293e-05;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:64:67:1:40:24:0:0:41:26:0:0 chr14 21486671 . A G 288.9 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0454494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.861;QD=16.2758;RBI=0.0471245;REFB=-0.0300711;REVB=0.0124527;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084931;STB=0.513361;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0370037;OID=.;OPOS=21486671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:34:39:32:32:0.450704:14:18:16:18:14:18:21:18 chr14 21500455 . T A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.52;QD=58.1391;RBI=0.0267733;REFB=0;REVB=0.0223985;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55755e-05;OID=.;OPOS=21500455;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr14 21511458 . G C 390.23 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605384;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5032;QD=50.3526;RBI=0.0612348;REFB=-0.0991836;REVB=0.00920892;RO=3;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715383;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00635625;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:3:1:29:30:0.967742:18:11:0:3:19:11:0:1 chr14 21511497 . C T 750.53 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827811;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.666;QD=63.8745;RBI=0.00834045;REFB=0;REVB=0.00101787;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60915e-05;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr14 21511789 . G A 734.26 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00623425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.351;QD=61.188;RBI=0.0879049;REFB=-0.148582;REVB=0.0876836;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00437243;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:1:0:27:20:1:0 chr14 21526079 . C T 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.325;QD=52.768;RBI=0.0225543;REFB=-0.0340429;REVB=0.0159196;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000920976;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr14 21542753 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00997202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.725;QD=18.6449;RBI=0.0253686;REFB=-0.0145516;REVB=0.0233265;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287029;STB=0.660189;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00995335;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:12:1:5:9:12:1 chr14 21549893 . G C 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0284422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.238;QD=12.8633;RBI=0.032621;REFB=-0.0590726;REVB=0.0159741;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300057;STB=0.68509;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0546751;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:3:5:6:1:3:5 chr14 21551058 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0263149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.565;QD=11.6341;RBI=0.0401753;REFB=-0.00725959;REVB=0.0303576;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00980833;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:7:9:4:6:7:9 chr14 21551069 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00139721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.093;QD=12.1823;RBI=0.0084028;REFB=-0.0432414;REVB=0.00828582;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20027;STB=0.618812;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.031272;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:6:9:4:6:6:9 chr14 21556963 . A AT,T 179.76 PASS AF=0.447368,0.0789474;AO=17,3;DP=38;FAO=17,3;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9,3;FSAR=8,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0798894,0.0118434;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=24.4004,28.2056;QD=18.9221;RBI=0.179316,0.0262273;REFB=0.0118958,-0.012901;REVB=0.160537,0.023401;RO=18;SAF=9,3;SAR=8,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126365,0.647452;STB=0.571823,0.996836;STBP=0.437,0.039;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0132508,-0.0161634;OID=.,.;OPOS=21556964,21556963;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:17,3:17,3:0.447368,0.0789474:8,0:9,3:7:11:8,0:9,3:7:11 chr14 21562560 . T C 142.85 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00681168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8792;QD=14.6515;RBI=0.0125184;REFB=-0.0317547;REVB=0.0105029;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16468;STB=0.615248;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0400274;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:23:16:16:0.410256:8:8:7:14:8:8:7:16 chr14 21570273 . T C 214.75 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0288339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.6;QD=21.4747;RBI=0.0322039;REFB=-0.00878648;REVB=-0.0143421;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00808199;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:9:10:10:11:9:10 chr14 21570614 . A C 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00941348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.757;QD=16.4196;RBI=0.0175721;REFB=-0.0147555;REVB=-0.014838;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105776;STB=0.559522;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0158253;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:19:15:16:13:19:15 chr14 21623290 . T C 321.4 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00853322;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8722;QD=16.0699;RBI=0.0322124;REFB=-0.016765;REVB=0.0310616;RO=43;SAF=15;SAR=19;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272932;STB=0.643278;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0235706;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:45:34:35:0.4375:19:15:31:12:20:15:31:14 chr14 21623489 . C T 121.38 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00572757;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.729;QD=13.4865;RBI=0.0258776;REFB=-0.00458798;REVB=-0.0252357;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734615;STB=0.504304;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00602351;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:8:14:9:5:8:14 chr14 21623836 . G A 214.13 PASS AF=0.438596;AO=26;DP=54;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00841962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5549;QD=15.0268;RBI=0.0273314;REFB=-0.0297684;REVB=-0.0260022;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243047;STB=0.598481;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0473287;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:28:32:26:25:0.438596:17:9:17:11:16:9:17:15 chr14 21624197 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00846224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.133;QD=22.6785;RBI=0.00850766;REFB=-0.0316855;REVB=0.000877913;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262037;STB=0.646804;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0174014;OID=.;OPOS=21624197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:0:5:6:4:0:5 chr14 21770681 . A G 1153.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.199;QD=60.7045;RBI=0.0393035;REFB=0;REVB=-0.0329081;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.79021e-05;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr14 21785790 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.637;QD=57.1976;RBI=0.124189;REFB=0;REVB=-0.123447;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00231359;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr14 21829129 . C G 1083.5 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110232;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.074;QD=60.1946;RBI=0.0113689;REFB=0;REVB=-0.00278234;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45217e-06;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr14 21831052 . T C 568.26 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.75;QD=59.8173;RBI=0.0631063;REFB=0;REVB=0.0616236;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321446;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:15:23:0:0 chr14 21871653 . C T 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4114;QD=60.5999;RBI=0.0289345;REFB=0;REVB=-0.0278825;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219521;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr14 21899631 . C T 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0652338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.31;QD=17.4968;RBI=0.0659687;REFB=-0.00476722;REVB=-0.00981929;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216063;STB=0.620877;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0117778;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:15:24:18:28:15:24:18:28 chr14 21945415 . A G 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0137558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4336;QD=9.66811;RBI=0.0529037;REFB=0.000590329;REVB=-0.051084;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131104;STB=0.576852;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00286857;OID=.;OPOS=21945415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:10:11:28:16:10:11:28:16 chr14 21960816 . T C 286.35 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00147467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.966;QD=24.3699;RBI=0.00615463;REFB=-0.0200967;REVB=-0.00597535;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177069;STB=0.603979;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0176811;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:9:16:9:12:9:17:9:12 chr14 21960916 . A G 476.88 PASS AF=0.637681;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0112214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.874;QD=27.6453;RBI=0.0143302;REFB=-0.0152696;REVB=-0.00891271;RO=25;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588389;STB=0.526304;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00866578;OID=.;OPOS=21960916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:43:44:0.637681:17:26:13:12:18:26:13:12 chr14 21960969 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0139402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.373;QD=10.8326;RBI=0.0227267;REFB=-0.0081388;REVB=-0.0179492;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420569;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011562;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:18:41:21:22:0.349206:8:13:12:6:8:14:26:15 chr14 21967438 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00481732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.726;QD=12.5628;RBI=0.0136073;REFB=-0.00855349;REVB=0.0127261;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333148;STB=0.519213;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0120619;OID=.;OPOS=21967438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:17:18:12:10:17:18 chr14 21967916 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.016176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.054;QD=15.6261;RBI=0.0170735;REFB=-0.00432965;REVB=0.00546278;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968596;STB=0.554189;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00644432;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:23:17:17:0.425:8:9:9:12:8:9:10:13 chr14 21991626 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0672809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.312;QD=15.8821;RBI=0.0689646;REFB=0.00515099;REVB=0.0151455;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437098;STB=0.749374;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00296036;OID=.;OPOS=21991626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:9:1:4:5:9:1:4:6 chr14 21991754 . G A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000846261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5972;QD=3.63774;RBI=0.0470075;REFB=-0.0112732;REVB=-0.0469998;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14824;STB=0.603482;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0406521;OID=.;OPOS=21991754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:4:3:21:17:4:3:21:17 chr14 22038450 . G A 156.58 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0252763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4179;QD=18.9797;RBI=0.0324903;REFB=-0.0230871;REVB=0.0204139;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50908;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0301812;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:13:3:3:13:14:3:3:13 chr14 22038525 . G T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00619448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.024;QD=19.0178;RBI=0.0182513;REFB=-0.00748722;REVB=-0.0171679;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220407;STB=0.62426;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00996604;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:3:11:8:7:3:11 chr14 22038658 . CT C,CC 215.07 PASS AF=1,0;AO=4,13;DP=18;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108015,-0.167198;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.378,150.675;QD=50.6047;RBI=0.123056,0.192289;REFB=0,0;REVB=-0.0589539,-0.0949727;RO=0;SAF=0,9;SAR=4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00247083,0;OID=.,.;OPOS=22038659,22038659;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,13:18:17,0:17:0:9,0:8,0:0:0:4:0:0,9:4,4:0:0 chr14 22102439 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.387;QD=37.4885;RBI=0.0219244;REFB=0;REVB=-0.0132221;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13053e-05;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr14 22102592 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.814;QD=40.7629;RBI=0.0488254;REFB=0;REVB=0.0177319;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509763;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr14 22102612 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.113;QD=43.4837;RBI=0.0659487;REFB=0;REVB=-0.0658138;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116947;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr14 22102745 . C A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.033;QD=58.587;RBI=0.059912;REFB=0;REVB=0.0515879;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396154;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr14 22111660 . C T 2094.62 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0511245;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.817;QD=61.1568;RBI=0.053981;REFB=-0.200099;REVB=0.0173272;RO=2;SAF=79;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166718;STB=0.508771;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000759614;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:137:2:2:135:135:0.985401:56:79:0:2:56:79:0:2 chr14 22133416 . A G 668.82 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.949;QD=62.2161;RBI=0.0266393;REFB=0;REVB=0.0187793;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45296e-05;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr14 22133648 . G A 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4581;QD=56.9969;RBI=0.0354149;REFB=0;REVB=0.0295193;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463044;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr14 22133997 . A G 1051.7 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.291;QD=58.4281;RBI=0.0350905;REFB=0;REVB=-0.0235443;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017122;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:43:27:0:0:43:29:0:0 chr14 22236756 . G C 182.48 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0107713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9273;QD=9.35771;RBI=0.0774849;REFB=-0.00106743;REVB=0.0767326;RO=54;SAF=9;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232085;STB=0.636829;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00464991;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:15:9:31:23:15:9:31:23 chr14 22237070 . C T 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.017739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.318;QD=10.1987;RBI=0.0183544;REFB=-0.0170636;REVB=-0.00471286;RO=51;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566123;STB=0.533097;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.033827;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:13:12:27:24:13:12:27:24 chr14 22237127 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.704;QD=57.0008;RBI=0.0206735;REFB=0;REVB=0.0205282;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56747e-05;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr14 22294079 . T G 271.66 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0111761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.543;QD=23.6223;RBI=0.0211753;REFB=0.00240519;REVB=0.0179858;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183616;STB=0.602329;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00260872;OID=.;OPOS=22294079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:21:23:25:0.543478:12:11:14:6:14:11:14:7 chr14 22314985 . T C 1356.49 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.702;QD=62.3675;RBI=0.0426206;REFB=0;REVB=-0.00223431;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52976e-05;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:52:33:0:0:52:35:0:0 chr14 22315212 . A G 1590.4 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.05;QD=60.0152;RBI=0.0518089;REFB=0;REVB=0.00853298;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33683e-05;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:49:56:0:0:49:57:0:0 chr14 22315296 . C T 520.35 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00573739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4189;QD=20.4058;RBI=0.00758225;REFB=-0.00185508;REVB=0.00495711;RO=49;SAF=32;SAR=21;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772758;STB=0.504259;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.000764524;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:21:32:30:19:21:32:30:19 chr14 22320728 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00486799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.627;QD=19.9408;RBI=0.00509277;REFB=-0.010944;REVB=0.00149632;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103358;STB=0.557342;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00931375;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:11:18:16:16:11:18 chr14 22321124 . T C 267.11 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00664948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.691;QD=14.4385;RBI=0.00806806;REFB=-0.00517458;REVB=0.00456925;RO=43;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443228;STB=0.532143;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00797809;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:30:31:0.418919:20:10:16:27:21:10:16:27 chr14 22322690 . G A 217.98 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00681806;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0918;QD=11.6255;RBI=0.0082059;REFB=0.00471252;REVB=0.00456627;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665616;STB=0.538433;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00805856;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:26:22:14:13:26:22 chr14 22337393 . G A 381.64 PASS AF=0.549296;AO=36;DP=69;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.049363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6335;QD=21.5011;RBI=0.0545941;REFB=-0.0475639;REVB=-0.0233197;RO=32;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833585;STB=0.539454;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0245713;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:32:32:36:39:0.549296:19:17:12:20:21:18:12:20 chr14 22356491 . G T 163.96 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0187828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5407;QD=12.8596;RBI=0.0876418;REFB=0.0197194;REVB=0.0856054;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.644298;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0401222;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:32:19:19:0.372549:8:11:9:11:8:11:11:21 chr14 22356551 . T C 230.72 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00928808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5899;QD=17.7475;RBI=0.0465878;REFB=0.00318687;REVB=0.0456526;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319577;STB=0.679856;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00238094;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:8:17:9:18:8:17:9:18 chr14 22362971 . A G 450.49 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.023347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7126;QD=14.6499;RBI=0.0438513;REFB=-0.01396;REVB=-0.0371194;RO=72;SAF=21;SAR=30;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640225;STB=0.536048;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0288327;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:30:21:34:38:30:21:34:38 chr14 22386484 . A G 457.87 PASS AF=0.462963;AO=48;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.000719028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.549;QD=16.958;RBI=0.0156406;REFB=-0.0141344;REVB=-0.015624;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152444;STB=0.593484;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0211602;OID=.;OPOS=22386484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:48:50:0.462963:24:24:38:20:26:24:38:20 chr14 22386489 . T A 459.8 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0379196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7467;QD=18.5777;RBI=0.03844;REFB=-0.00980387;REVB=0.00630346;RO=53;SAF=23;SAR=23;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136154;STB=0.575725;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0115226;OID=.;OPOS=22386489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:23:23:34:19:23:23:34:19 chr14 22386659 . G A 158.06 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00330052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5539;QD=16.6384;RBI=0.0418165;REFB=-0.0311684;REVB=0.0416861;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234155;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0238276;OID=.;OPOS=22386659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:8:8:11:10:9:8:11:10 chr14 22392304 . G A 91.17 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00327251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3164;QD=5.7885;RBI=0.00427161;REFB=-0.0035145;REVB=0.00274542;RO=47;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268512;STB=0.607452;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0142197;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:62:63:47:48:15:15:0.238095:10:5:26:21:9:6:26:22 chr14 22392366 . C T 110.44 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.000824774;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.929;QD=6.13567;RBI=0.0134356;REFB=-0.000601868;REVB=0.0134103;RO=55;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142323;STB=0.588131;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00217678;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:10:7:29:26:10:7:29:26 chr14 22392626 . A C 250.09 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.052362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6824;QD=14.4982;RBI=0.0585326;REFB=-0.00444199;REVB=-0.0261587;RO=39;SAF=6;SAR=23;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307364;STB=0.685199;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00450367;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:29:29:0.42029:23:6:18:21:23:6:19:21 chr14 22392703 . G C 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00544046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.909;QD=17.7106;RBI=0.0199896;REFB=-0.0183463;REVB=0.019235;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792629;STB=0.544417;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0173986;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:21:12:16:20:21:12:16:20 chr14 22409571 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00891061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.93;QD=13.4417;RBI=0.0221719;REFB=-0.00120054;REVB=-0.0203025;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000759452;OID=.;OPOS=22409571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:5:8:5:5:5:8 chr14 22509188 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5731;QD=56.7046;RBI=0.0334703;REFB=0;REVB=-0.033125;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359744;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 22521051 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.077;QD=63.2866;RBI=0.0200521;REFB=0;REVB=0.0106385;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53815e-05;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:14:31:0:0:15:31:0:0 chr14 22538988 . G C 228.88 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0060498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5863;QD=16.0619;RBI=0.00693762;REFB=-0.0272813;REVB=0.00339565;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776015;STB=0.505197;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0258259;OID=.;OPOS=22538988;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:31:25:26:0.45614:16:9:8:20:17:9:11:20 chr14 22555013 . T C 281.22 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0143514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3195;QD=21.2239;RBI=0.0243791;REFB=-0.00945273;REVB=0.0197073;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135287;STB=0.57518;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00774371;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:11:13:11:18:11:13 chr14 22591988 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117069;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.82;QD=63.872;RBI=0.0140589;REFB=0;REVB=0.00778457;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66996e-06;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr14 22600863 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.217;QD=57.2377;RBI=0.0168765;REFB=0;REVB=-0.0122475;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81731e-07;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr14 22616547 . A G 117.96 PASS AF=0.384615;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0101873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.936;QD=12.0982;RBI=0.010953;REFB=-0.00760854;REVB=-0.00402349;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420088;STB=0.520521;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.014641;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:24:13:15:0.384615:6:7:12:12:8:7:12:12 chr14 22631678 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0102765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.425;QD=11.2669;RBI=0.011391;REFB=-0.0063912;REVB=-0.00491401;RO=35;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154194;STB=0.583247;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0110694;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:6:14:20:15:6:14:21:15 chr14 22636784 . A C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00682614;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.509;QD=15.1566;RBI=0.0172888;REFB=-0.00882311;REVB=0.0158841;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901225;STB=0.568573;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00981665;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:32:25:25:0.438596:11:14:14:16:11:14:14:18 chr14 22636874 . C T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.016419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5153;QD=22.5793;RBI=0.0694436;REFB=-0.0743059;REVB=0.0674747;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.538396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.046513;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:3:4:8:4:3:4 chr14 22670458 . C T 362.07 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0327493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6762;QD=17.88;RBI=0.0354762;REFB=0.00497479;REVB=-0.0136397;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1655;STB=0.592059;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0073607;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:18:20:30:13:18:20:30:13 chr14 22670975 . G A 168.8 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0379988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1552;QD=24.1135;RBI=0.049592;REFB=-0.0329646;REVB=-0.0318662;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112978;STB=0.506322;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0222242;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:5:6:9:8:5:6 chr14 22690209 . A C 179.95 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.042779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3928;QD=15.9955;RBI=0.0559003;REFB=-0.0368751;REVB=-0.0359834;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1593;STB=0.576836;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0485566;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:26:19:19:0.422222:4:15:16:8:4:15:18:8 chr14 22695084 . C T 198.66 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0434661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.327;QD=20.912;RBI=0.06402;REFB=0.0209503;REVB=0.0470028;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182772;STB=0.611309;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0161062;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:8:11:14:4:9:11:14:4 chr14 22695093 . T G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.019458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.903;QD=6.5953;RBI=0.0255701;REFB=-0.0140955;REVB=0.0165897;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14954;STB=0.596667;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0370289;OID=.;OPOS=22695093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:2:7:19:9:2:7:19:9 chr14 22739862 . A T 345.69 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0126233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6053;QD=22.3023;RBI=0.0152222;REFB=0.00321076;REVB=-0.00850698;RO=27;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904872;STB=0.549971;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00262761;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:13:22:14:13:13:22:14:13 chr14 22740245 . A G 197.42 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0521213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.535;QD=14.6237;RBI=0.0525659;REFB=-0.0186896;REVB=-0.00682219;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108098;STB=0.509023;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0255231;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:22:23:0.425926:13:9:13:18:13:10:13:18 chr14 22740270 . G A 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00935438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.778;QD=15.6436;RBI=0.0108456;REFB=-0.0109141;REVB=0.00548836;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282491;STB=0.516114;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0115769;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:14:15:12:10:14:15 chr14 22887459 . CG C 507.77 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.9368;QD=44.1535;RBI=0.123765;REFB=0;REVB=0.0824629;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.0229174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00578197;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:46:46:0:21:25:0:0:9:1:20:25:1:0 chr14 22891883 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.323;QD=52.6132;RBI=0.0269834;REFB=0;REVB=-0.000119161;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380994;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:14:8:0:0 chr14 22942890 . G T 1572.73 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.312;QD=59.9134;RBI=0.0608778;REFB=0;REVB=0.0564076;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23115e-05;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr14 22947903 . C T 789.17 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175512;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.405;QD=64.422;RBI=0.0193575;REFB=0;REVB=0.00816509;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88564e-05;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr14 22964880 . A C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2186;QD=59.0176;RBI=0.140971;REFB=0;REVB=0.0237074;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181791;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr14 22972783 . AC A 1150.37 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037968;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.2605;QD=48.4365;RBI=0.120422;REFB=0;REVB=-0.11428;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0017782;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:96:95:95:0:32:63:0:0:20:0:32:61:0:0 chr14 22978335 . C T 1268.14 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330199;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4602;QD=61.8604;RBI=0.0518514;REFB=0;REVB=0.0399782;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10463e-06;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr14 22984586 . A C 1178.42 PASS AF=0.977011;AO=56;DP=90;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00886011;FXX=0.0439512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.179;QD=54.1801;RBI=0.0296291;REFB=-0.0188392;REVB=0.0282733;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.500678;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000831855;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:87:0:2:56:85:0.977011:16:40:0:0:45:40:1:1 chr14 22988972 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.153;QD=61.684;RBI=0.0135683;REFB=0;REVB=0.00366272;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45441e-06;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr14 22993278 . A AG 670.78 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7734;QD=41.2786;RBI=0.0408446;REFB=0;REVB=0.0113147;RO=3;SAF=26;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00145198;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:65:65:0:28:37:0:0:13:3:26:35:2:1 chr14 22997524 . A G 1539.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2157;QD=63.49;RBI=0.0281941;REFB=0;REVB=-0.0139435;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249638;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:52:42:0:0:54:43:0:0 chr14 22998590 . AG A 648.32 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137264;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.1824;QD=48.9295;RBI=0.0144659;REFB=0;REVB=-0.0045659;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000426951;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:54:53:53:0:27:26:0:0:11:0:27:26:0:0 chr14 22998619 . AC AA,A 713.39 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,45;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953406,-0.0483314;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=4.07327,26.1667;QD=59.4487;RBI=0.0241203,0.0603522;REFB=0,0;REVB=0.022156,0.0361449;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00845671,-0.00256203;OID=.,.;OPOS=22998620,22998620;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:2,45:48:1,47:48:0:1,23:0,24:0:0:4:0:1,22:1,23:0:0 chr14 23000062 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3146;QD=61.683;RBI=0.0444762;REFB=0;REVB=0.018633;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357392;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr14 23025932 . A T 2321.56 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409529;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.492;QD=61.0937;RBI=0.0431895;REFB=0;REVB=0.0137185;RO=0;SAF=59;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42846e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:92:59:0:0:92:60:0:0 chr14 23044002 . G T 138.72 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00817221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.577;QD=19.817;RBI=0.0499735;REFB=-0.0154515;REVB=-0.0493008;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303438;STB=0.673226;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00721587;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:5:8:4:11:5:8 chr14 23067266 . TTCTCTCTCTCTCTCTG TTCTCTCTCTCTCTCT,TTCTCTCTCTCTCTG 41.04 PASS AF=0,0.145455;AO=15,8;DP=60;FAO=0,8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=43;FSRR=4;FWDB=-0.436107,-0.112222;FXX=0.0517152;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=14.6657,129.5;QD=2.98484;RBI=0.437429,0.131299;REFB=-0.0844419,-0.0299319;REVB=-0.0339837,-0.068159;RO=22;SAF=15,7;SAR=0,1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0.526316,0;SSEP=0.202802,0;SSSB=0.778338,0.207919;STB=0.5,0.588046;STBP=1,0.805;TYPE=del,del;VARB=0,0.207617;OID=.,.;OPOS=23067282,23067267;OREF=G,TC;OALT=-,-;OMAPALT=TTCTCTCTCTCTCTCT,TTCTCTCTCTCTCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.145455:15,8:60:0,8:55:47:0,7:0,1:43:4:41:22:15,7:0,1:17:5 chr14 23072578 . G A 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00502344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.696;QD=26.5706;RBI=0.0236143;REFB=-0.0443755;REVB=-0.0230738;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828319;STB=0.545838;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0326673;OID=.;OPOS=23072578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:10:10:17:11:10:10 chr14 23081223 . T C 177.3 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0257002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.345;QD=11.4385;RBI=0.0258181;REFB=-0.0250688;REVB=-0.00246474;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259695;STB=0.652703;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0675308;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:13:10:8:30:13:10:8:31 chr14 23226040 . C T 33.69 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0260467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.576;QD=3.64228;RBI=0.0308637;REFB=-0.00571802;REVB=-0.0165572;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513469;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0401951;OID=.;OPOS=23226040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:3:3:15:15:3:3:16:15 chr14 23235808 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.188;QD=57.7095;RBI=0.0135938;REFB=0;REVB=-0.010143;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38385e-06;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr14 23236524 . C T 808.66 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.49;QD=53.9104;RBI=0.0285104;REFB=-0.0757543;REVB=-0.00989574;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000276875;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:14:44:0:0:14:44:2:0 chr14 23242827 . AT AC,GC 376.99 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=29;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145348,-0.0226188;FXX=0.0689417;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=68.5283,204.745;QD=55.8508;RBI=0.0366956,0.0245506;REFB=0,0;REVB=0.0366668,-0.00954568;RO=0;SAF=10,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00669418,-0.0423907;OID=.,.;OPOS=23242828,23242827;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:29:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:15,2:10,0:0:0:15,2:10,0:0:0 chr14 23248112 . A G 111.36 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0256921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8323;QD=15.9089;RBI=0.0589488;REFB=-0.028048;REVB=0.0530554;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509315;STB=0.529367;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0495288;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:5:10:8:5:5:10 chr14 23282110 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0237333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.036;QD=19.5232;RBI=0.0270901;REFB=-0.0363532;REVB=0.0130615;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.023643;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:5:7:9:5:5:7 chr14 23282449 . C T 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.020672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.715;QD=29.6346;RBI=0.0266967;REFB=-0.0176146;REVB=0.0168932;RO=15;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174762;STB=0.585185;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0100428;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:16:28:28:0.636364:11:17:5:10:11:17:6:10 chr14 23299286 . T C 732.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.61;QD=61.0539;RBI=0.0360967;REFB=-0.0208755;REVB=0.0263355;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776909;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:48:0:0:46:48:1:32:14:0:0:34:14:0:0 chr14 23303641 . A C 642.5 PASS AF=0.980392;AO=44;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.073;QD=50.3925;RBI=0.0348264;REFB=0.077903;REVB=0.0210991;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000917587;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:44:50:0.980392:24:20:0:0:28:22:1:0 chr14 23306048 . C T 221.79 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0148298;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=291.519;QD=40.3261;RBI=0.01811;REFB=-0.0598063;REVB=0.0103947;RO=3;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788517;STB=0.542815;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00305824;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:22:22:3:3:19:19:0.863636:16:3:0:3:16:3:0:3 chr14 23312923 . T C 242.44 PASS AF=0.5;AO=10;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0530506;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6945;QD=18.649;RBI=0.0594481;REFB=-0.0185043;REVB=0.0268275;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452148;STB=0.520108;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0173419;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:26:10:26:0.5:8:2:14:10:10:16:15:11 chr14 23321900 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.846;QD=48.7365;RBI=0.0249734;REFB=0;REVB=0.0173941;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268679;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr14 23371255 . G GGGC 77.57 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0492868;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=3;MLLD=219.053;QD=28.2074;RBI=0.0934313;REFB=-0.10853;REVB=0.0793739;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.567407;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=0.0133203;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:8:12:9:11:2:2:7:1:1:11:3:2:6:1:2 chr14 23374100 . A G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0214099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.494;QD=13.9118;RBI=0.0261246;REFB=-0.0280678;REVB=-0.0149703;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225235;STB=0.627797;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0418912;OID=.;OPOS=23374100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:24:7:9:12:24:7 chr14 23374435 . G A 787.26 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.407;QD=57.2553;RBI=0.0514601;REFB=0;REVB=0.0506029;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407327;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:44:55:1:24:20:0:0:35:20:0:0 chr14 23374862 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.613;QD=60.2303;RBI=0.0324691;REFB=0;REVB=-0.00171346;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41583e-05;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr14 23398902 . C T 617.19 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494261;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.097;QD=61.7193;RBI=0.0734156;REFB=0;REVB=0.0542854;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456297;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr14 23398990 . T G 410.95 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.074;QD=53.0252;RBI=0.0615202;REFB=0.00723784;REVB=-0.0160804;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000396909;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:14:15:0:1:14:16:0:1 chr14 23398995 . G A 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0251868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0471;QD=22.1423;RBI=0.0489802;REFB=-0.105461;REVB=0.0420082;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522387;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0606493;OID=.;OPOS=23398995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:6:7:8:9:6:7 chr14 23426182 . C A 298.65 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.123;QD=51.9388;RBI=0.099039;REFB=0;REVB=0.0431437;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554638;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr14 23495512 . T C 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.000566971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.642;QD=3.33641;RBI=0.0260156;REFB=2.52149e-05;REVB=-0.0260094;RO=47;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385482;STB=0.758949;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.000524247;OID=.;OPOS=23495512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:3:5:14:33:3:5:14:33 chr14 23512751 . C CT 80.4 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0933742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5481;QD=12.3699;RBI=0.111948;REFB=-0.0147543;REVB=-0.0617536;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257347;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=-0.0213117;OID=.;OPOS=23512752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:26:13:26:13:5:8:3:10:65:12:6:7:2:10 chr14 23512922 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0155926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2122;QD=17.8274;RBI=0.044152;REFB=0.0161746;REVB=-0.041307;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795217;STB=0.545382;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.019581;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:9:2:3:9:9:2 chr14 23549378 . GC G,GG 823.15 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=6,52;DP=58;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851332,-0.00759757;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=276.925,287.499;QD=56.7691;RBI=0.0535544,0.0478735;REFB=0,0;REVB=0.0528734,0.0472668;RO=0;SAF=2,28;SAR=4,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0283708,0.000542595;OID=.,.;OPOS=23549379,23549379;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0172414,0.982759:6,52:58:1,57:58:0:1,29:0,28:0:0:4:0:2,28:4,24:0:0 chr14 23567443 . C T 52.74 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00821218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.291;QD=21.094;RBI=0.0225918;REFB=-0.0346758;REVB=0.0210464;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00770482;OID=.;OPOS=23567443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr14 23567774 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.423;QD=61.3358;RBI=0.0149174;REFB=0;REVB=0.00275575;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17414e-05;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr14 23568018 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.776;QD=33.4285;RBI=0.0541616;REFB=0;REVB=-0.00616468;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119034;OID=.;OPOS=23568018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 23569106 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.923;QD=61.3327;RBI=0.040937;REFB=0;REVB=-0.019048;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05868e-05;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr14 23571671 . A T 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0057578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.783;QD=55.8047;RBI=0.00713157;REFB=-0.00866925;REVB=-0.00420796;RO=1;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111038;STB=0.50588;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=2.35419e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:42:17:0:1:42:17:0:1 chr14 23728766 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.010665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.292;QD=16.1192;RBI=0.0211326;REFB=-0.0291025;REVB=-0.0182441;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0357865;OID=.;OPOS=23728766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:8:5:8:4:8:5 chr14 23744800 . ACATCATCATCATCATCATCATCA ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT 75.9 PASS AF=0.4375,0.1875;AO=6,2;DP=16;FAO=7,3;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1,1;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0637702,-0.0760008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=110.13,159.363;QD=18.9746;RBI=0.0691217,0.0795288;REFB=-0.0253288,-0.0413545;REVB=-0.0266678,-0.0234247;RO=5;SAF=0,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.666317,0.798912;STBP=0.756,0.823;TYPE=del,snp;VARB=0.0367616,0.0688348;OID=.,.;OPOS=23744801,23744823;OREF=CAT,A;OALT=-,T;OMAPALT=ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0.1875:6,2:16:7,3:16:6:1,1:6,2:0:6:40:5:0,0:6,2:0:5 chr14 23745533 . C T 245.69 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0349296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3618;QD=23.9693;RBI=0.0570226;REFB=0.00596934;REVB=-0.0450722;RO=18;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375145;STB=0.709702;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0110325;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:17:6:13:5:17:6:13:5 chr14 23777099 . G A 380.98 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00778446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.932;QD=22.4107;RBI=0.00850671;REFB=-0.0187928;REVB=0.0034302;RO=27;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674851;STB=0.56227;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0137684;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:30:38:38:0.558824:15:23:14:13:15:23:14:16 chr14 23777374 . A G 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.815;QD=63.0514;RBI=0.0290029;REFB=0;REVB=0.00269479;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37504e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr14 23780568 . TTTAA T,TTA,TTAAA,TTTTA 103.23 PASS AF=0.238095,0.380952,0,0;AO=4,7,3,3;DP=31;FAO=5,8,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=2,4,0,0;FSAR=3,4,0,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00516669,-0.00911771,0.115496,-0.113109;FXX=0.0454339;HRUN=6,6,6,6;LEN=4,2,1,1;MLLD=39.1541,22.9083,11.1186,13.6604;QD=19.6635;RBI=0.0239797,0.0457841,0.138554,0.137313;REFB=-0.0353588,-0.0673288,-0.0966111,0.0940825;REVB=0.0234165,0.044867,0.0765374,-0.0778547;RO=10;SAF=2,3,3,0;SAR=2,4,0,3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0.391304,0.391304,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.335037,-0.352313,0.573898,-0.747687;STB=0.770567,0.687096,0.5,0.5;STBP=0.224,0.226,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0.0553044,0.0123843,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=23780569,23780570,23780570,23780571;OREF=TTAA,TA,T,A;OALT=-,-,A,T;OMAPALT=T,TTA,TTAAA,TTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.238095,0.380952,0,0:4,7,3,3:31:5,8,0,0:21:8:2,4,0,0:3,4,0,0:7:1:55:10:2,3,3,0:2,4,0,3:8:2 chr14 23821361 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00339814;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.36;QD=21.1692;RBI=0.0133287;REFB=-0.0251758;REVB=0.0128883;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00809317;OID=.;OPOS=23821361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr14 23834208 . T C 86.87 PASS AF=0.113402;AO=22;DP=194;FAO=22;FDP=194;FR=.;FRO=172;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=106;FWDB=-0.0714793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0199;QD=1.7911;RBI=0.0882085;REFB=-0.000609258;REVB=-0.051686;RO=164;SAF=13;SAR=9;SRF=59;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282864;STB=0.677547;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000840042;OID=.;OPOS=23834208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:194:194:164:172:22:22:0.113402:9:13:59:105:9:13:66:106 chr14 23944505 . G A 713.69 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9561;QD=60.7392;RBI=0.043944;REFB=0.0983234;REVB=0.0341587;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00106576;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:28:17:1:0:29:17:1:0 chr14 23944514 . C A 632.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.114;QD=61.7263;RBI=0.0200863;REFB=0;REVB=0.00505633;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15495e-05;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:27:14:0:0 chr14 23947374 . G A 755.79 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264777;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.46;QD=57.0408;RBI=0.0265021;REFB=0;REVB=0.00113657;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02563e-05;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr14 23992742 . T G 269.15 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00807928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.809;QD=16.5632;RBI=0.0270584;REFB=-0.00908068;REVB=-0.0258241;RO=35;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207403;STB=0.616941;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.011759;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:10:20:16:19:10:20:16:19 chr14 23994517 . A G 441.22 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0128528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.693;QD=25.2128;RBI=0.0250866;REFB=-0.0248895;REVB=-0.021544;RO=28;SAF=23;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869804;STB=0.547596;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0223495;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:19:23:12:16:19:23:12:16 chr14 24026493 . A G 336.52 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0089;QD=53.8439;RBI=0.0289607;REFB=0;REVB=-0.0253299;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631908;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:19:5:0:0:20:5:0:0 chr14 24028906 . GGC G,GG 448.65 PASS AF=0,0.984375;AO=16,23;DP=67;FAO=0,63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.139655,0.105287;FXX=0.0153822;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=8.2688,11.2465;QD=28.0403;RBI=0.147165,0.284722;REFB=0.184883,0.0171315;REVB=-0.0464113,0.264539;RO=18;SAF=0,15;SAR=16,8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0.466667,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.817847,0.169419;STB=0.5,0.506847;STBP=1,0.507;TYPE=del,del;VARB=0,0.0194108;OID=.,.;OPOS=24028907,24028908;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.984375:16,23:67:0,63:64:1:0,27:0,36:0:1:5:18:0,15:16,8:8:10 chr14 24261219 . T C 422.26 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00866873;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8782;QD=20.598;RBI=0.0516187;REFB=-0.0563811;REVB=0.0508856;RO=41;SAF=34;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327782;STB=0.6759;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0382707;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:40:42:42:0.512195:8:34:21:20:8:34:21:19 chr14 24261273 . G C 418.94 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00641596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.851;QD=20.19;RBI=0.0245293;REFB=-0.0151027;REVB=0.0236754;RO=41;SAF=33;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291482;STB=0.663116;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0211737;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:9:33:21:20:9:33:21:20 chr14 24261275 . C T 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.012117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.235;QD=20.2134;RBI=0.0141751;REFB=-0.010508;REVB=-0.00735605;RO=41;SAF=33;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291482;STB=0.663116;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00672013;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:9:33:21:20:9:33:21:20 chr14 24261340 . A G 202.05 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.119076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4852;QD=21.268;RBI=0.121239;REFB=0.030607;REVB=0.0227955;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116263;STB=0.574393;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.018666;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:8:11:8:10:8:12:8:10 chr14 24458162 . G C 364.3 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00493204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1077;QD=21.1191;RBI=0.0467938;REFB=-0.0119711;REVB=-0.0465331;RO=32;SAF=12;SAR=25;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183173;STB=0.601603;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0153871;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:25:12:17:15:25:12:17:15 chr14 24526206 . T C 139.75 PASS AF=0.361111;AO=10;DP=33;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0100307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.471;QD=15.5275;RBI=0.0110501;REFB=-0.0179394;REVB=0.00463579;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.678114;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0365585;OID=.;OPOS=24526206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:16:18:10:13:0.361111:4:6:5:11:4:9:7:11 chr14 24527220 . C T 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0300013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.104;QD=15.1605;RBI=0.0509666;REFB=-0.0235629;REVB=0.0412009;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826904;STB=0.547884;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0372439;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:10:12:10:6:10:12 chr14 24529209 . C T 187.54 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0363746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.997;QD=20.2749;RBI=0.039319;REFB=-0.00187116;REVB=0.0149291;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522087;STB=0.514271;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0020864;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:10:9:7:10:10:9:8:10 chr14 24529260 . C T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00960795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.584;QD=19.7024;RBI=0.0273512;REFB=-0.0196149;REVB=0.0256082;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129484;STB=0.57339;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0214927;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:7:9:7:10:7:9 chr14 24529890 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.996;QD=56.7057;RBI=0.088072;REFB=0;REVB=0.0152729;RO=0;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278726;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:27:2:0:0:27:2:0:0 chr14 24543808 . G C 151.11 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00997866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.019;QD=20.1482;RBI=0.0460248;REFB=-0.0194384;REVB=0.04493;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0204863;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:8:6:7:9:8:6 chr14 24545366 . T C 177.36 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0518848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.767;QD=20.866;RBI=0.052064;REFB=0.000239877;REVB=-0.00431567;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14541;STB=0.581312;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000984576;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:3:13:12:6:3:13 chr14 24545375 . C T 142.67 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0101074;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.253;QD=13.5874;RBI=0.031598;REFB=0.0042529;REVB=0.0299378;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533805;STB=0.53121;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00492015;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:11:15:10:6:11:15 chr14 24545835 . C T 171.37 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.118544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.272;QD=15.2329;RBI=0.122491;REFB=-0.031985;REVB=0.0308445;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335463;STB=0.507035;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0553297;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:11:14:10:9:12:14 chr14 24549778 . G A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00135148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.306;QD=17.9423;RBI=0.00593063;REFB=-0.0107338;REVB=-0.00577459;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462648;STB=0.525878;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0110256;OID=.;OPOS=24549778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:19:10:11:17:19:10 chr14 24551796 . A AC,C 56.8 PASS AF=0.0873786,0.0679612;AO=19,7;DP=105;FAO=9,7;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=2,6;FSAR=7,1;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0345069,-0.045421;FXX=0.0190458;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=52.5173,63.922;QD=2.20573;RBI=0.0363315,0.0492071;REFB=-0.00707155,-0.00463042;REVB=-0.0113688,-0.0189282;RO=78;SAF=3,6;SAR=16,1;SRF=28;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.32596,0.512579;STB=0.625057,0.909101;STBP=0.483,0.067;TYPE=ins,snp;VARB=0.181123,0.107744;OID=.,.;OPOS=24551797,24551796;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:105:103:78:87:19,7:9,7:0.0873786,0.0679612:16,1:3,6:28:50:7,1:2,6:29:58 chr14 24567498 . A C 1539.3 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00933393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8752;QD=58.64;RBI=0.0869627;REFB=0.0596559;REVB=-0.0864603;RO=1;SAF=70;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137507;STB=0.507245;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00120436;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:34:70:0:1:34:70:0:1 chr14 24587639 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00295832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.778;QD=19.44;RBI=0.0139158;REFB=-0.0114068;REVB=-0.0135977;RO=29;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858191;STB=0.547795;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0104222;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:13:18:14:15:13:18:14:15 chr14 24587667 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00345484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.227;QD=19.6658;RBI=0.0077306;REFB=-0.0186133;REVB=-0.00691565;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105256;STB=0.558524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0234153;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:15:17:14:20:15:17 chr14 24592500 . CTTTT CTTT,CTTTC 41.75 PASS AF=0.175,0.05;AO=10,2;DP=40;FAO=7,2;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2,1;FSAR=5,1;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.115805,-0.0940733;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.7827,30.7102;QD=4.17502;RBI=0.200639,0.127116;REFB=-0.03008,-0.0134218;REVB=-0.163845,-0.0854902;RO=28;SAF=4,1;SAR=6,1;SRF=7;SRR=21;SSEN=0.394737,0;SSEP=0,0;SSSB=0.196878,0.253882;STB=0.504574,0.695316;STBP=1,0.708;TYPE=del,snp;VARB=-0.0575185,0.176424;OID=.,.;OPOS=24592501,24592504;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0.05:10,2:40:7,2:40:31:2,1:5,1:9:22:35:28:4,1:6,1:7:21 chr14 24614361 . T G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.109;QD=59.8539;RBI=0.041573;REFB=0;REVB=0.0383679;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001253;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr14 24615435 . T C 581.17 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00453296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.119;QD=22.7909;RBI=0.00786285;REFB=-0.0150104;REVB=-0.00642469;RO=45;SAF=32;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134158;STB=0.507345;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0120168;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:25:32:26:19:25:32:26:19 chr14 24617238 . C T 146.67 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0112281;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.371;QD=8.88904;RBI=0.0264042;REFB=-0.015442;REVB=0.023898;RO=45;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130567;STB=0.58528;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0459719;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:20:20:0.30303:12:8:23:22:12:8:24:22 chr14 24629744 . G A 478.68 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0140325;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.038;QD=18.0634;RBI=0.0142836;REFB=-0.0041973;REVB=-0.00266605;RO=54;SAF=26;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060554;STB=0.528639;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00621064;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:54:55:51:51:0.481132:25:26:24:30:25:26:25:30 chr14 24641838 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0130671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.681;QD=11.2567;RBI=0.0165099;REFB=0.00919373;REVB=-0.010091;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305926;STB=0.666222;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0309166;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:2:6:5:6:2:6:6:6 chr14 24642348 . C T 250.94 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00646474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.346;QD=19.6814;RBI=0.0103915;REFB=-0.0302347;REVB=0.0081358;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15535;STB=0.586761;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0236648;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:9:16:12:14:9:16 chr14 24646406 . G GGAA 469.75 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=39;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0138485;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=263.388;QD=49.447;RBI=0.0401116;REFB=-0.0688267;REVB=0.0376451;RO=4;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533005;STB=0.5263;STBP=0.35;TYPE=ins;VARB=0.00599989;OID=.;OPOS=24646407;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:33:39:34:38:4:17:17:1:3:19:4:17:16:1:3 chr14 24647814 . T C 703.87 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.02;QD=62.5659;RBI=0.0751914;REFB=0;REVB=0.0308402;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277111;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:14:31:0:0 chr14 24653523 . G C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00791938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.951;QD=10.3903;RBI=0.0107903;REFB=-0.0197288;REVB=-0.00732904;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0345908;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr14 24653954 . G A 168.86 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000296082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.979;QD=24.1221;RBI=0.0043412;REFB=-0.0470499;REVB=0.00433109;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112978;STB=0.506322;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0437566;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:5:6:9:8:5:6 chr14 24653965 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0581209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.29;QD=12.9745;RBI=0.064532;REFB=0.0155296;REVB=0.0280418;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.017774;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr14 24654488 . TT CC,TC 721.41 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=3,47;DP=52;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336492,0.0214485;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=34.5663,130.473;QD=55.4931;RBI=0.0442334,0.0298825;REFB=0,0;REVB=-0.0287111,-0.0208068;RO=0;SAF=3,20;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0186741,0.00878273;OID=.,.;OPOS=24654488,24654489;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:52:0:0:3,47:3,49:0.0576923,0.942308:0,27:3,20:0:0:0,28:3,21:0:0 chr14 24657407 . T G 1188.47 PASS AF=1;AO=49;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.424;QD=61.7389;RBI=0.121515;REFB=0;REVB=0.113302;RO=0;SAF=43;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326955;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:49:77:1:6:43:0:0:32:45:0:0 chr14 24682767 . C T 256.01 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0104969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0257;QD=13.4741;RBI=0.0483208;REFB=-0.00786156;REVB=0.0471669;RO=46;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115248;STB=0.565992;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0233725;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:20:10:20:26:20:10:20:26 chr14 24702789 . C T 268.68 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0250402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.937;QD=13.9574;RBI=0.0253507;REFB=-0.00383813;REVB=-0.00395586;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153905;STB=0.594191;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00486055;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:12:19:21:24:12:19:21:25 chr14 24728294 . G T 296.0 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0176505;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.346;QD=26.3108;RBI=0.0210286;REFB=-0.00567158;REVB=0.0114308;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273682;STB=0.650974;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00406115;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:15:11:15:4:15:11:15:4 chr14 24736027 . G A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0422373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.963;QD=16.5624;RBI=0.0490371;REFB=0.0158837;REVB=0.0249127;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604885;STB=0.546951;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00598235;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:31:27:27:0.465517:17:10:9:20:17:10:9:22 chr14 24736961 . T C 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0083318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.259;QD=22.4802;RBI=0.0400737;REFB=-0.00603511;REVB=-0.039198;RO=31;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907003;STB=0.549974;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00451231;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:22:17:17:14:22:17:17:14 chr14 24771256 . T C 2062.47 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.083;QD=61.5663;RBI=0.0639968;REFB=-0.0084463;REVB=0.0555766;RO=0;SAF=76;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03346e-08;STB=0.504347;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.39883e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:0:1:131:133:0.992537:55:76:0:0:57:76:0:1 chr14 24786060 . G A 360.71 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00977577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.425;QD=17.5955;RBI=0.0129433;REFB=-0.0412916;REVB=0.00848305;RO=43;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549719;STB=0.525933;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0443193;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:25:13:17:26:25:13:17:27 chr14 24786293 . T G 386.98 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0218518;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.631;QD=41.8355;RBI=0.0230249;REFB=-0.00402695;REVB=0.00725567;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.678876;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00199449;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:37:0:7:30:30:0.810811:25:5:0:0:25:5:6:1 chr14 24786622 . A C 463.55 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0239159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.796;QD=19.9375;RBI=0.024444;REFB=-0.00512811;REVB=0.00505328;RO=47;SAF=28;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110917;STB=0.561577;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00677463;OID=.;OPOS=24786622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:18:28:23:24:18:28:23:24 chr14 24786976 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.384;QD=59.838;RBI=0.0469912;REFB=0;REVB=0.0409882;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322437;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr14 24787937 . G A 121.28 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.00902391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.827;QD=5.57626;RBI=0.0152901;REFB=-0.0100686;REVB=-0.0123432;RO=68;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198197;STB=0.622631;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0249581;OID=.;OPOS=24787937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:68:68:19:19:0.218391:9:10:25:43:9:10:25:43 chr14 24793600 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.42;QD=40.7626;RBI=0.0193738;REFB=0;REVB=0.0183881;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230516;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr14 24807631 . T C 679.72 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0135698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2457;QD=17.208;RBI=0.0550742;REFB=-0.0261502;REVB=0.0533762;RO=84;SAF=37;SAR=36;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869899;STB=0.551077;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.036231;OID=.;OPOS=24807631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:85:73:73:0.462025:36:37:35:49:36:37:35:50 chr14 24839083 . G C 193.61 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00550538;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.4953;QD=24.2015;RBI=0.0558604;REFB=-0.0181813;REVB=-0.0555884;RO=13;SAF=15;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168011;STB=0.594606;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00347754;OID=.;OPOS=24839083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:4:15:8:5:4:15:8:5 chr14 24843620 . T C 206.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000358946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.238;QD=17.2451;RBI=0.0372265;REFB=-0.00434626;REVB=-0.0372247;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682584;STB=0.538885;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00596513;OID=.;OPOS=24843620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:16:11:10:11:16:11 chr14 24846757 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9885;QD=56.1907;RBI=0.0650075;REFB=0;REVB=0.0400999;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113305;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr14 24868621 . GGGC G,GG,GGGG 293.85 PASS AF=0.1875,0.484375,0;AO=9,10,4;DP=58;FAO=12,31,0;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=10,17,0;FSAR=2,14,0;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.169315,-0.205236,0.277849;FXX=0.0302984;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=20.1139,14.1894,8.33117;QD=18.3656;RBI=0.205887,0.293254,0.284905;REFB=-0.0635601,-0.14721,-0.123226;REVB=0.11714,0.209466,0.0630173;RO=27;SAF=7,7,1;SAR=2,3,3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0.509542,0.509542,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.332621,0.222876,-0.305563;STB=0.651885,0.548642,0.5;STBP=0.272,0.443,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0306961,0.0901262,0.029767;OID=.,.,.;OPOS=24868622,24868623,24868624;OREF=GGC,GC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1875,0.484375,0:9,10,4:58:12,31,0:64:21:10,17,0:2,14,0:14:7:99:27:7,7,1:2,3,3:14:13 chr14 24878370 . C T 364.0 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.013466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.872;QD=18.1998;RBI=0.0249702;REFB=-0.00943187;REVB=-0.021028;RO=41;SAF=9;SAR=29;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332568;STB=0.68225;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0090094;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:29:9:23:18:29:9:23:19 chr14 24886673 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00514562;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.328;QD=5.00557;RBI=0.00527214;REFB=-0.00443879;REVB=0.00114809;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33919;STB=0.734406;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0147027;OID=.;OPOS=24886673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:13:9:1:5:13:9 chr14 24888335 . T C 533.77 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00812084;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.52;QD=25.4176;RBI=0.0211713;REFB=-0.0074847;REVB=-0.0195519;RO=36;SAF=2;SAR=47;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544345;STB=0.824371;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00594486;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:36:35:49:49:0.583333:47:2:11:25:47:2:12:23 chr14 24898558 . C T 724.1 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0683947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.6;QD=51.7215;RBI=0.0725416;REFB=-0.231502;REVB=-0.0241753;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029429;STB=0.515146;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00323852;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:22:31:2:0:22:32:2:0 chr14 24901249 . A C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0031904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.561;QD=10.0752;RBI=0.00974074;REFB=-0.0228815;REVB=0.00920344;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19274;STB=0.615126;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.047392;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:11:3:3:5:11:3 chr14 24901276 . G T 128.62 PASS AF=0.777778;AO=12;DP=17;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.126427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.693;QD=28.582;RBI=0.177888;REFB=-0.222647;REVB=0.125142;RO=5;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167444;STB=0.571337;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0733851;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:17:18:5:4:12:14:0.777778:1:11:5:0:2:12:4:0 chr14 24906534 . G A 219.95 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00784323;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8517;QD=17.251;RBI=0.0185371;REFB=-0.0312538;REVB=-0.0167961;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130542;STB=0.573709;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0314439;OID=.;OPOS=24906534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:12:15:10:14:12:15 chr14 24907508 . C CA 371.69 PASS AF=0.477612;AO=60;DP=141;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0873766;FXX=0.0428541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0956;QD=11.0951;RBI=0.0897478;REFB=-0.042211;REVB=0.0204938;RO=74;SAF=23;SAR=37;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644077;STB=0.543475;STBP=0.354;TYPE=ins;VARB=0.0439937;OID=.;OPOS=24907509;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477612:60:141:64:134:70:25:39:33:37:99:74:23:37:33:41 chr14 24907552 . C T 574.43 PASS AF=0.5;AO=58;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00741272;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.873;QD=19.4723;RBI=0.007423;REFB=-0.0128749;REVB=-0.000390513;RO=59;SAF=22;SAR=36;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424953;STB=0.526801;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.012968;OID=.;OPOS=24907552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:58:59:0.5:36:22:25:34:37:22:25:34 chr14 24907580 . G A 425.26 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00854826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5255;QD=21.5323;RBI=0.0195694;REFB=-0.0102744;REVB=0.0176037;RO=36;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370373;STB=0.514699;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00848076;OID=.;OPOS=24907580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:42:42:0.531646:24:18:17:19:24:18:17:20 chr14 24909362 . T C 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00347161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.349;QD=23.412;RBI=0.00382347;REFB=0.00206364;REVB=0.00160214;RO=25;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863996;STB=0.547502;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00126362;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:17:18:10:15:17:18:10:15 chr14 24909475 . C G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0094963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.193;QD=14.6655;RBI=0.0577171;REFB=-0.0151566;REVB=-0.0569306;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211553;STB=0.607412;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.010566;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:21:14:15:0.416667:7:7:4:11:8:7:6:15 chr14 24909629 . C A 514.54 PASS AF=0.511905;AO=30;DP=87;FAO=43;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=-0.0497039;FXX=0.0869471;HRUN=6;LEN=1;MLLD=80.8801;QD=24.502;RBI=0.0509519;REFB=-0.00427182;REVB=-0.0112079;RO=12;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344531;STB=0.677891;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0285259;OID=.;OPOS=24909629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:12:21:30:43:0.511905:10:20:0:12:19:24:0:21 chr14 24909731 . C T 224.13 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.107459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4413;QD=14.2304;RBI=0.108257;REFB=-0.0276581;REVB=-0.0131214;RO=29;SAF=7;SAR=26;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247774;STB=0.570558;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0371887;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:36:33:27:0.428571:26:7:13:16:20:7:13:23 chr14 24910210 . C A 575.99 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00396914;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.705;QD=19.6921;RBI=0.00400464;REFB=-0.0176535;REVB=0.000532085;RO=56;SAF=17;SAR=42;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123847;STB=0.562039;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0137809;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:56:58:59:59:0.504274:42:17:23:33:42:17:23:35 chr14 24910973 . TT GA 289.03 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0222962;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.1194;QD=18.9528;RBI=0.0423199;REFB=-0.00688138;REVB=0.0359701;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128463;STB=0.579016;STBP=0.28;TYPE=mnp;VARB=0.00699185;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:30:30:31:0.508197:12:18:22:8:13:18:22:8 chr14 24911452 . T C 174.76 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.12938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.421;QD=17.476;RBI=0.130094;REFB=-0.0114725;REVB=0.0136056;RO=21;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213159;STB=0.517224;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0110958;OID=.;OPOS=24911452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:14:4:5:16:14:5:5:16 chr14 24970942 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3158;QD=46.8474;RBI=0.0169388;REFB=0;REVB=0.00907135;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937327;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr14 24975435 . G T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.843;QD=39.318;RBI=0.0448617;REFB=-0.00232763;REVB=-0.0266642;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000374568;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr14 25043671 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0245315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.951;QD=11.1312;RBI=0.0272749;REFB=-0.0120688;REVB=0.0119217;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.683837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.014956;OID=.;OPOS=25043671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:10:7:7:3:10:7 chr14 25076836 . G A 43.54 PASS AF=0.0823529;AO=14;DP=171;FAO=14;FDP=170;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=67;FWDB=-0.00882818;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9007;QD=1.02456;RBI=0.0553295;REFB=-0.00733762;REVB=-0.0546207;RO=153;SAF=9;SAR=5;SRF=87;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880706;STB=0.569319;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0665112;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:171:170:153:156:14:14:0.0823529:5:9:87:66:5:9:89:67 chr14 25100282 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00669722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.373;QD=20.8376;RBI=0.0190757;REFB=-0.0353752;REVB=0.0178615;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143326;STB=0.583134;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0441054;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:3:2:2:7:3:2 chr14 25101589 . G C 69.68 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0103191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.363;QD=3.48385;RBI=0.027653;REFB=-0.00651653;REVB=-0.0256555;RO=67;SAF=7;SAR=6;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573248;STB=0.538402;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0270521;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:67:67:13:13:0.1625:6:7:33:34:6:7:33:34 chr14 25101629 . T C 90.94 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0497421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8312;QD=3.95409;RBI=0.0752812;REFB=0.00264242;REVB=0.0565066;RO=76;SAF=10;SAR=6;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253085;STB=0.664693;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0133871;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:76:76:16:16:0.173913:6:10:32:44:6:10:32:44 chr14 25101878 . C CT 186.05 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.024897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8841;QD=8.55393;RBI=0.0318247;REFB=0.0153934;REVB=0.019823;RO=53;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090854;STB=0.551694;STBP=0.464;TYPE=ins;VARB=-0.0218118;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390805:34:87:34:87:53:17:17:31:22:99:53:17:17:31:22 chr14 25101897 . C T 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00503092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.6;QD=14.61;RBI=0.00506922;REFB=0.00108544;REVB=0.000621969;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139749;STB=0.573281;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00154286;OID=.;OPOS=25101897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:20:18:34:22:20:18:34:23 chr14 25102160 . C T 237.09 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00325609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.333;QD=19.7575;RBI=0.0439308;REFB=-0.0507822;REVB=0.0438099;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115482;STB=0.565161;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0553924;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:11:14:10:13:11:14 chr14 25103414 . G A 434.8 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00720636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.319;QD=18.3075;RBI=0.00801393;REFB=-0.00587651;REVB=0.00350591;RO=50;SAF=10;SAR=34;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18262;STB=0.598979;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0119851;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:44:44:0.463158:34:10:19:31:34:10:19:32 chr14 25288513 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0153632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.942;QD=16.4805;RBI=0.0153923;REFB=-0.017192;REVB=-0.000945277;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154895;STB=0.588288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0130284;OID=.;OPOS=25288513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:17:8:9:10:17:8 chr14 29238428 . CCTTTT C 113.6 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0146526;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=5;MLLD=287.777;QD=26.7304;RBI=0.0251271;REFB=0.00167614;REVB=0.0204126;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215993;STB=0.529363;STBP=0.745;TYPE=del;VARB=-0.000656844;OID=.;OPOS=29238429;OREF=CTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:11:17:12:17:5:6:6:3:2:29:4:6:5:2:2 chr14 29261304 . TAAAAA TAAAA,TAAAAAAAC 69.83 PASS AF=0.130435,0.347826;AO=5,5;DP=23;FAO=3,8;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3,6;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.174633,-0.0623238;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=7.39934,156.845;QD=12.1438;RBI=0.177365,0.063783;REFB=-0.118908,-0.0528961;REVB=0.0310125,0.0135651;RO=10;SAF=5,4;SAR=0,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.670252,0;STB=0.994222,0.571265;STBP=0.336,0.734;TYPE=del,ins;VARB=0.112936,0.0459201;OID=.,.;OPOS=29261305,29261310;OREF=A,-;OALT=-,AAC;OMAPALT=TAAAA,TAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.130435,0.347826:5,5:23:3,8:23:12:3,6:0,2:10:2:59:10:5,4:0,1:8:2 chr14 30045978 . C T 291.51 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00834429;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.812;QD=16.6574;RBI=0.00971947;REFB=-0.000792608;REVB=-0.00498407;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206713;STB=0.615655;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000741572;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:12:26:15:17:12:26 chr14 31059969 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1953;QD=59.4354;RBI=0.0296134;REFB=0;REVB=0.000613282;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298409;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:30:5:0:0:30:5:0:0 chr14 31099738 . A G 772.28 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0692529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7427;QD=61.7827;RBI=0.0692644;REFB=-0.0036711;REVB=0.00126171;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00111568;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:23:25:0:1:24:25:0:1 chr14 31108977 . T C 837.13 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00842579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.367;QD=55.8083;RBI=0.0102226;REFB=-0.0493374;REVB=0.00578857;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=7.98787e-05;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:31:28:0:0:31:28:1:0 chr14 31191772 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0108582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.065;QD=14.5589;RBI=0.0108743;REFB=-0.00219041;REVB=0.000592084;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567106;STB=0.503223;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00239482;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:15:20:15:11:15:20 chr14 31359847 . T A 706.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.751;QD=62.8248;RBI=0.0497653;REFB=0;REVB=0.0429449;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454865;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr14 31381351 . T C 210.3 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.000788424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.42;QD=15.578;RBI=0.0032891;REFB=-0.013727;REVB=0.0031932;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443193;STB=0.514694;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.028953;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:24:24:0.444444:15:9:11:18:15:9:12:18 chr14 31578762 . C T 158.01 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0198395;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.194;QD=11.0882;RBI=0.0282438;REFB=-0.0182214;REVB=-0.0201024;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897337;STB=0.552188;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0376648;OID=.;OPOS=31578762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:8:12:25:12:8:12:25:12 chr14 31582380 . A G 809.26 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0603214;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4174;QD=51.3819;RBI=0.0603298;REFB=-0.0392787;REVB=0.00100298;RO=5;SAF=46;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037528;STB=0.502731;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0145129;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:63:5:4:59:59:0.936508:13:46:3:2:13:46:3:1 chr14 31582526 . T C 724.85 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=0.00658633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.417;QD=20.563;RBI=0.0128844;REFB=-0.0184187;REVB=0.0110738;RO=70;SAF=46;SAR=25;SRF=50;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671725;STB=0.536903;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0167795;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:70:70:71:71:0.503546:25:46:50:20:25:46:50:20 chr14 31583173 . G A 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0352556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.263;QD=11.2829;RBI=0.0356801;REFB=-0.003808;REVB=-0.00548744;RO=50;SAF=15;SAR=12;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507997;STB=0.52939;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00684967;OID=.;OPOS=31583173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:12:15:30:20:12:15:30:20 chr14 31598248 . A G 95.0 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0385816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7073;QD=11.1761;RBI=0.0707665;REFB=-0.0207331;REVB=-0.0593241;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0833e-08;STB=0.529363;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0354296;OID=.;OPOS=31598248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:34:22:22:11:12:0.352941:5:6:12:10:6:6:12:10 chr14 31619392 . T C 162.2 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0284344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.561;QD=17.535;RBI=0.0286114;REFB=-0.00749533;REVB=-0.00317827;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460992;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0105722;OID=.;OPOS=31619392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:17:18:0.486486:8:9:11:8:9:9:11:8 chr14 31647241 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.010751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.696;QD=15.1658;RBI=0.010781;REFB=-0.00749739;REVB=0.000802594;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287264;STB=0.660749;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0131654;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:25:5:10:13:25:5 chr14 31763142 . T G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00650969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.775;QD=12.2128;RBI=0.00655007;REFB=-0.00803168;REVB=0.000726188;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409598;STB=0.524192;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00792462;OID=.;OPOS=31763142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:11:11:6:7:11:11 chr14 31819047 . C T 687.01 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.413;QD=59.7402;RBI=0.0250007;REFB=-0.0617364;REVB=0.0055778;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00297229;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:44:45:0.978261:24:20:0:0:25:20:0:1 chr14 31819913 . A G 144.8 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.31;QD=44.5543;RBI=0.08129;REFB=0;REVB=0.0251708;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039131;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr14 31864485 . G C 1355.88 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623527;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.248;QD=62.3395;RBI=0.0360553;REFB=0;REVB=0.0355121;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108507;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr14 32071665 . G A 1533.72 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284061;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.493;QD=63.905;RBI=0.0285863;REFB=0;REVB=0.00320466;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157845;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr14 32414145 . C A,G 751.29 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329802,0.0337959;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=147.131,9.39029;QD=62.6074;RBI=0.0463657,0.0454277;REFB=0,0;REVB=0.0325896,-0.0303564;RO=0;SAF=23,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000212547,0.127587;OID=.,.;OPOS=32414145,32414145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:48:0:0:46,2:46,2:0.958333,0.0416667:23,1:23,1:0:0:23,1:23,1:0:0 chr14 32419331 . C T 217.62 PASS AF=0.376812;AO=24;DP=67;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0151994;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.103;QD=12.6158;RBI=0.0158661;REFB=-0.00478102;REVB=-0.00455106;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444854;STB=0.550686;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0103055;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:43:43:24:26:0.376812:13:11:18:25:13:13:18:25 chr14 32621636 . G A 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.01186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.646;QD=20.4487;RBI=0.0126789;REFB=-0.00857564;REVB=-0.00448279;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051064;STB=0.528289;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00974468;OID=.;OPOS=32621636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:20:24:21:22:20:24:21:22 chr14 32625732 . T A 710.92 PASS AF=0.448864;AO=76;DP=175;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0246455;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2588;QD=16.1572;RBI=0.084865;REFB=-0.0127992;REVB=0.0812076;RO=99;SAF=40;SAR=36;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031843;STB=0.513308;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0188313;OID=.;OPOS=32625732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:99:97:76:79:0.448864:36:40:49:50:38:41:48:49 chr14 32625839 . A T 38.14 PASS AF=0.125;AO=9;DP=94;FAO=12;FDP=96;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=72;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0381175;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=12.7207;QD=1.58912;RBI=0.0761262;REFB=0.00582849;REVB=-0.0658958;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187996;STB=0.512275;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.124702;OID=.;OPOS=32625839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:94:96:38:72:9:12:0.125:6:3:8:30:7:5:29:43 chr14 32960254 . G A 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1328;QD=61.533;RBI=0.0218307;REFB=0;REVB=0.00152823;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145697;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr14 33046388 . A G 775.26 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00335317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.757;QD=53.4663;RBI=0.0399286;REFB=0.00461244;REVB=0.0397875;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.521731;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-6.39402e-05;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:1:2:55:56:0.965517:33:22:1:0:34:22:2:0 chr14 33201716 . G C 511.05 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0232088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0378;QD=15.4862;RBI=0.0415879;REFB=-0.00611208;REVB=0.0345095;RO=76;SAF=28;SAR=28;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040532;STB=0.522719;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00827845;OID=.;OPOS=33201716;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:28:28:41:35:28:28:41:35 chr14 33292743 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.463;QD=47.8223;RBI=0.0185324;REFB=0;REVB=0.010219;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55667e-05;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr14 33293022 . A G 167.67 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0136416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5639;QD=19.7257;RBI=0.0144327;REFB=-0.0110694;REVB=0.00471265;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100061;STB=0.545406;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0261491;OID=.;OPOS=33293022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:6:11:12:4:6:12:12:4 chr14 33293122 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.078;QD=55.0979;RBI=0.0511139;REFB=0;REVB=0.04976;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030431;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr14 33293531 . T A 207.05 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00804284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.009;QD=11.192;RBI=0.0173287;REFB=-0.0195551;REVB=-0.0153492;RO=48;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849113;STB=0.549318;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0264603;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:10:16:26:22:10:16:26:22 chr14 33294042 . G A 193.99 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0480213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.176;QD=16.8683;RBI=0.0481785;REFB=-0.00618651;REVB=0.00388852;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21122;STB=0.62057;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00982701;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:10:16:8:12:10:16 chr14 34266729 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00862932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.482;QD=24.9293;RBI=0.00905665;REFB=-0.00401605;REVB=-0.00274917;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338527;STB=0.518832;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00249778;OID=.;OPOS=34266729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:7:18:13:6:7:18:13:6 chr14 34393602 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.526;QD=46.9594;RBI=0.0417873;REFB=-0.114036;REVB=0.0075952;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00077854;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr14 35062312 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0026142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.563;QD=20.4561;RBI=0.00910558;REFB=-0.0192398;REVB=-0.00872224;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.564981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0130381;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:5:10:9:8:5:10 chr14 35099099 . A G 605.36 PASS AF=0.931818;AO=42;DP=45;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0168768;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8218;QD=55.0331;RBI=0.0461714;REFB=0.0240751;REVB=0.0429764;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446492;STB=0.536568;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0232672;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:44:2:3:42:41:0.931818:20:22:0:2:19:22:0:3 chr14 35242828 . G A 145.69 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0167084;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.281;QD=20.813;RBI=0.0297739;REFB=-0.0447175;REVB=-0.0246438;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112427;STB=0.564015;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0329315;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:7:6:5:10:7:6 chr14 35263983 . T C 214.06 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0188619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9962;QD=22.533;RBI=0.0241158;REFB=-0.0147908;REVB=0.0150267;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131193;STB=0.582203;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0157327;OID=.;OPOS=35263983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:11:9:5:12:11:10:5:12 chr14 35591174 . T C 664.33 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0522416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5308;QD=20.7604;RBI=0.073259;REFB=-0.0250364;REVB=-0.0513584;RO=60;SAF=23;SAR=43;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235518;STB=0.629883;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0215039;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:62:66:66:0.515625:43:23:37:23:43:23:38:24 chr14 35592538 . C G 228.31 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0281645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4004;QD=21.7437;RBI=0.0281647;REFB=-0.00683401;REVB=-0.000105925;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138884;STB=0.591027;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0100268;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:14:8:10:9:14:8:11:9 chr14 35761675 . C G 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0253974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.701;QD=14.1188;RBI=0.0286614;REFB=-0.0209498;REVB=0.0132834;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420595;STB=0.523959;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0294468;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:11:16:21:17:11:16:21:17 chr14 35873770 . G A 2330.18 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6051;QD=60.1338;RBI=0.0758359;REFB=-0.107529;REVB=0.0742324;RO=1;SAF=90;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749085;STB=0.502762;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000633281;OID=.;OPOS=35873770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:153:154:0.993548:63:90:0:1:64:90:1:0 chr14 36005056 . CTT C,CT 168.64 PASS AF=0.147059,0.705882;AO=5,20;DP=35;FAO=5,24;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=1,5;FSAR=4,19;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0249563,-0.0441266;FXX=0.0285633;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=12.2841,10.4144;QD=19.8402;RBI=0.0623363,0.119313;REFB=-0.0042839,-0.00120678;REVB=0.0571226,0.110853;RO=9;SAF=1,5;SAR=4,15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.162006,0.111137;STB=0.5,0.502182;STBP=1,0.998;TYPE=del,del;VARB=-0.0324974,0.0283134;OID=.,.;OPOS=36005057,36005057;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.147059,0.705882:5,20:35:5,24:34:5:1,5:4,19:1:4:11:9:1,5:4,15:1:8 chr14 36005659 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0182077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2794;QD=13.4857;RBI=0.0327426;REFB=0.0132292;REVB=-0.0272131;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0123707;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr14 36096362 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0220351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7668;QD=20.8989;RBI=0.0393281;REFB=-0.000899216;REVB=-0.0325754;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2302;STB=0.628646;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00042751;OID=.;OPOS=36096362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:13:11:20:8:13:11 chr14 36153177 . T C 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.53;QD=11.4184;RBI=0.0203093;REFB=-0.0174973;REVB=0.0188458;RO=47;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693778;STB=0.540264;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0288498;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:17:9:19:28:17:9:19:28 chr14 36191030 . A G 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0118612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.613;QD=13.0315;RBI=0.0123098;REFB=-0.0172254;REVB=0.00329288;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134362;STB=0.576866;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0263393;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:18:24:12:15:18:24 chr14 36400983 . T G 208.4 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00168696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.946;QD=11.4191;RBI=0.00386098;REFB=-0.0136541;REVB=0.00347295;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714871;STB=0.541452;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.031883;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:16:10:21:26:16:10:21:26 chr14 36789729 . T G 1272.11 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.141;QD=61.3064;RBI=0.037964;REFB=0;REVB=-0.000257296;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50612e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:42:39:0:0:43:40:0:0 chr14 36789775 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.409;QD=56.9565;RBI=0.0113371;REFB=0;REVB=-0.00699233;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85656e-05;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr14 36789795 . G A 483.27 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.387;QD=58.5784;RBI=0.00720711;REFB=0;REVB=-0.00552625;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49024e-06;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr14 36840650 . A T 854.33 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.236;QD=56.0215;RBI=0.0297603;REFB=-0.0186456;REVB=0.0236469;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-1.16851e-05;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:28:32:0:0:28:32:1:0 chr14 36840695 . A G 454.0 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0128157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.037;QD=23.5842;RBI=0.0128291;REFB=-0.0216041;REVB=0.000584773;RO=32;SAF=26;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118845;STB=0.559113;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0234211;OID=.;OPOS=36840695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:18:26:14:18:18:26:15:18 chr14 36947081 . C T 407.28 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0244907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.432;QD=22.9451;RBI=0.0246767;REFB=-0.0313316;REVB=-0.0030235;RO=31;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106896;STB=0.505879;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0300748;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:16:24:19:12:16:24:19:12 chr14 37063123 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.838;QD=54.5155;RBI=0.0174366;REFB=0;REVB=0.0173682;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014558;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr14 37063294 . A G 409.99 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00101305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.687;QD=51.2487;RBI=0.00962364;REFB=-0.0256198;REVB=0.00957017;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664522;STB=0.53569;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000283699;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:17:13:2:0:17:13:2:0 chr14 37135752 . C T 1324.84 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.057493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0703;QD=60.9121;RBI=0.0648225;REFB=-0.0663587;REVB=0.0299418;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000882166;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:1:0:37:49:1:0 chr14 37180685 . T C 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.422;QD=61.6938;RBI=0.0567752;REFB=0;REVB=0.0185232;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125893;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr14 37203697 . G A 232.42 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0212971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2898;QD=12.563;RBI=0.0216739;REFB=-0.0306125;REVB=-0.00402411;RO=45;SAF=8;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25745;STB=0.643046;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0486854;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:20:8:23:22:20:8:23:23 chr14 37344229 . A AG 103.03 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0219701;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.044;QD=18.7335;RBI=0.0235656;REFB=-0.00755944;REVB=0.00852366;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449774;STB=0.740286;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0304293;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:12:23:12:22:10:2:10:6:4:77:11:2:10:7:4 chr14 37641880 . C A 359.38 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0994715;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1461;QD=51.3406;RBI=0.103036;REFB=-0.0912525;REVB=-0.0268677;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00375961;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:26:27:0.964286:14:12:1:0:14:13:1:0 chr14 38061742 . C T 501.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.966;QD=59.0544;RBI=0.0783962;REFB=0;REVB=0.0697641;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407541;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr14 38218343 . A G 277.41 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0112471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.035;QD=20.5486;RBI=0.0334156;REFB=-0.021484;REVB=-0.031466;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894955;STB=0.549771;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0175326;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:13:12:17:12:13:12 chr14 38260034 . T C 401.33 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00407656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.199;QD=21.6937;RBI=0.0220441;REFB=-0.0356344;REVB=0.0216639;RO=34;SAF=25;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12383;STB=0.572406;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0311174;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:34:39:40:0.540541:14:25:17:17:14:26:17:17 chr14 38266074 . C T 242.16 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0204943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3657;QD=16.9935;RBI=0.0512166;REFB=-0.000305007;REVB=-0.0469375;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172585;STB=0.597912;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-5.22517e-05;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:21:6:11:19:21:6:11:19 chr14 39517925 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.547;QD=57.2025;RBI=0.0286973;REFB=0;REVB=0.0182832;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67716e-06;OID=.;OPOS=39517925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr14 39556185 . G C 1377.34 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7235;QD=62.6061;RBI=0.111629;REFB=0;REVB=0.0114436;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627489;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr14 39736680 . T C 684.18 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.055;QD=53.6614;RBI=0.0204511;REFB=-0.135901;REVB=0.0150603;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000503665;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:22:27:0:0:22:28:1:0 chr14 39777676 . G C 4990.82 PASS AF=1;AO=316;DP=321;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245518;FXX=0.018633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.641;QD=63.1749;RBI=0.0479374;REFB=0;REVB=0.0411729;RO=0;SAF=174;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44052e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015534;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:321:316:0:0:316:316:1:142:174:0:0:142:174:0:0 chr14 39784014 . A G 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.075403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.437;QD=25.3597;RBI=0.0772816;REFB=-0.0492737;REVB=-0.0169361;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287518;STB=0.516107;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0204711;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:3:5:10:5:3:5 chr14 39784909 . C T 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00138588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.408;QD=5.99303;RBI=0.0166852;REFB=0.00350466;REVB=-0.0166276;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252284;STB=0.660709;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0159798;OID=.;OPOS=39784909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:22:14:6:4:22:14 chr14 39818028 . A G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00663287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.675;QD=16.2721;RBI=0.0399138;REFB=-0.0178629;REVB=0.0393588;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876518;STB=0.549265;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0219572;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:23:16:16:16:23:16 chr14 39818145 . G A 675.43 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00323496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.6576;QD=52.9751;RBI=0.00392233;REFB=-0.011739;REVB=0.00221805;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00891086;OID=.;OPOS=39818145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:51:1:1:46:50:0.980392:25:21:0:1:25:25:0:1 chr14 39901091 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00864612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.122;QD=6.25116;RBI=0.0250783;REFB=-0.00890632;REVB=0.0235407;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16883;STB=0.608351;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0590207;OID=.;OPOS=39901091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:6:11:3:3:6:11 chr14 42360633 . T C 1063.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.035;QD=59.9081;RBI=0.0565106;REFB=0;REVB=0.0562939;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59077e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:47:22:0:0:49:22:0:0 chr14 42998026 . T C 455.74 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.275;QD=55.241;RBI=0.0351356;REFB=-0.120424;REVB=0.0177698;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00193463;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:33:0:1:32:32:0.969697:21:11:0:0:21:11:1:0 chr14 44974922 . A T 447.97 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0145849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.648;QD=23.8916;RBI=0.0263924;REFB=-0.0115436;REVB=-0.0219963;RO=32;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535148;STB=0.529398;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00855601;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:16:27:18:14:16:27:18:14 chr14 44974966 . G A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00800407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.328;QD=19.1772;RBI=0.00820976;REFB=-0.00220445;REVB=-0.00182623;RO=46;SAF=30;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715006;STB=0.539873;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00214631;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:13:30:29:17:13:30:29:17 chr14 44975052 . A G 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0205559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4328;QD=15.1555;RBI=0.0312897;REFB=-0.0132574;REVB=0.0235902;RO=31;SAF=21;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450039;STB=0.753616;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0195806;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:4:21:14:17:4:21:15:17 chr14 44975510 . C T 257.76 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00845785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.944;QD=30.3242;RBI=0.00999698;REFB=-0.00235245;REVB=0.00532958;RO=9;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132657;STB=0.596819;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000608989;OID=.;OPOS=44975510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:9:11:23:23:0.676471:12:11:2:7:12:11:2:9 chr14 44975606 . G T 221.83 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0253061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8995;QD=18.4859;RBI=0.0702423;REFB=-0.00772165;REVB=0.0655254;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734584;STB=0.541629;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0120326;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:15:11:11:11:15:11 chr14 47120557 . C T 332.58 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00441599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.57;QD=11.8779;RBI=0.0193894;REFB=-0.00129922;REVB=-0.0188798;RO=70;SAF=26;SAR=15;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10482;STB=0.556185;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0022236;OID=.;OPOS=47120557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:71:41:41:0.366071:15:26:38:32:15:26:39:32 chr14 47309496 . G T 1008.25 PASS AF=1;AO=53;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.518;QD=57.6142;RBI=0.0421359;REFB=0;REVB=0.0409718;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163622;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:53:70:1:27:26:0:0:38:32:0:0 chr14 47341131 . C G 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0076192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.64;QD=44.092;RBI=0.00910814;REFB=-0.125557;REVB=-0.00499058;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830155;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00691579;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:1:0:12:5:1:0 chr14 47528470 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0028;QD=57.7083;RBI=0.0412551;REFB=0;REVB=0.0283261;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29262e-05;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr14 47528540 . T C 263.71 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00562325;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.202;QD=15.0691;RBI=0.00923558;REFB=-0.0169352;REVB=0.00732632;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119661;STB=0.567524;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0202996;OID=.;OPOS=47528540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:14:26:16:14:14:26 chr14 50019391 . A C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0103256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.282;QD=12.1824;RBI=0.0103272;REFB=-0.0368379;REVB=0.000181401;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0457183;OID=.;OPOS=50019391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr14 50019417 . G C 97.16 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00638706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.185;QD=12.9551;RBI=0.0166691;REFB=-0.024173;REVB=-0.0153968;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0379564;OID=.;OPOS=50019417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:18:18:11:12:0.4:6:5:9:9:6:6:9:9 chr14 50044392 . T C 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0156594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.657;QD=20.2678;RBI=0.0168593;REFB=-0.0119216;REVB=-0.00624649;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329728;STB=0.68405;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00925508;OID=.;OPOS=50044392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:4:17:9:12:4:17 chr14 50058984 . A G 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0159685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.305;QD=15.2903;RBI=0.0163566;REFB=-0.0246967;REVB=-0.00354213;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0350988;OID=.;OPOS=50058984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:5:4:6:3:5:4 chr14 50065359 . C G 321.85 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0457677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0415;QD=13.9934;RBI=0.0479029;REFB=-0.00175553;REVB=-0.0141422;RO=56;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09;STB=0.551253;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00208907;OID=.;OPOS=50065359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:15:21:28:28:15:21:28:28 chr14 50065717 . G C 167.58 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0213797;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.24;QD=11.7601;RBI=0.0245582;REFB=0.0030464;REVB=0.0120836;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04444;STB=0.525749;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00245667;OID=.;OPOS=50065717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:14:22:12:9:14:22 chr14 50068299 . C G 226.4 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.026514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5072;QD=17.0869;RBI=0.0456295;REFB=-0.0377598;REVB=-0.0371356;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397674;STB=0.510566;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0337434;OID=.;OPOS=50068299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:11:13:14:14:12:13:14:14 chr14 50092471 . T C 175.32 PASS AF=0.6;AO=16;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00153033;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.651;QD=23.3764;RBI=0.00733338;REFB=-0.0024684;REVB=0.00717193;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249664;STB=0.620308;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00650749;OID=.;OPOS=50092471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:12:16:18:0.6:10:6:9:4:10:8:9:3 chr14 50100386 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00711778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.656;QD=14.0975;RBI=0.0202952;REFB=-0.00559808;REVB=-0.0190061;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328858;STB=0.502614;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00789286;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:8:5:6:11:8:5:7:11 chr14 50101370 . G A 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.013809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.618;QD=17.9232;RBI=0.0317081;REFB=-0.0262458;REVB=0.0285432;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149436;STB=0.583695;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0368745;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:26:14:23:23:26:14:23:23 chr14 50101682 . C G 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0294934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.361;QD=23.3186;RBI=0.0313993;REFB=-0.0255004;REVB=-0.0107727;RO=38;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385256;STB=0.52116;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0184299;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:22:25:22:16:22:25:22:16 chr14 50195679 . A G 1591.11 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202658;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.195;QD=64.2873;RBI=0.0282687;REFB=0;REVB=0.0197083;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00112e-06;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:63:36:0:0:63:36:0:0 chr14 50251369 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000794973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.865;QD=57.106;RBI=0.0039604;REFB=0;REVB=-0.0038798;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10073e-06;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr14 50298962 . T A 900.37 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.554;QD=56.273;RBI=0.0259793;REFB=-0.0283946;REVB=0.0234045;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000202108;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:27:35:0:1:27:36:0:1 chr14 50320391 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.077;QD=44.6894;RBI=0.132274;REFB=0;REVB=-0.130161;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000871375;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr14 50472405 . G A 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0258457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.512;QD=16.5615;RBI=0.0346724;REFB=-0.00749154;REVB=-0.0231122;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687579;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.010508;OID=.;OPOS=50472405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:17:14:12:15:17:14 chr14 50474062 . C G 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00549309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.786;QD=23.3483;RBI=0.00596992;REFB=-0.0121227;REVB=-0.00233793;RO=28;SAF=11;SAR=27;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061489;STB=0.53388;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00791567;OID=.;OPOS=50474062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:27:11:10:18:27:11:10:18 chr14 50477643 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.911;QD=60.2294;RBI=0.0317944;REFB=0;REVB=-0.0172252;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31654e-05;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr14 50535374 . C A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0129352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.291;QD=19.5765;RBI=0.0137962;REFB=-0.00937196;REVB=0.00479737;RO=31;SAF=24;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361779;STB=0.701629;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0120859;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:9:24:10:21:9:24:10:21 chr14 50575411 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.015;QD=51.9167;RBI=0.0166498;REFB=0;REVB=0.0113296;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73037e-05;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr14 50616878 . G A 1223.7 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.291;QD=61.1849;RBI=0.054261;REFB=0;REVB=0.0534733;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109311;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr14 50623657 . G A 1202.45 PASS AF=0.757812;AO=96;DP=128;FAO=97;FDP=128;FR=.;FRO=31;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0174876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6679;QD=37.5764;RBI=0.0210649;REFB=-0.0540822;REVB=-0.0117437;RO=32;SAF=49;SAR=47;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778724;STB=0.536374;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0109749;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:32:31:96:97:0.757812:47:49:11:21:48:49:11:20 chr14 50623669 . G A 93.46 PASS AF=0.154472;AO=19;DP=123;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0804004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.849;QD=3.03949;RBI=0.102143;REFB=-0.0043937;REVB=-0.0629998;RO=101;SAF=4;SAR=15;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336755;STB=0.73282;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0584413;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:123:123:101:104:19:19:0.154472:15:4:46:55:15:4:48:56 chr14 50623679 . G A 987.76 PASS AF=0.724138;AO=83;DP=116;FAO=84;FDP=116;FR=.;FRO=32;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0260597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3872;QD=34.0608;RBI=0.0262135;REFB=-0.0538379;REVB=-0.00283494;RO=33;SAF=36;SAR=47;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546359;STB=0.536111;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0487205;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:33:32:83:84:0.724138:47:36:11:22:47:37:10:22 chr14 50623683 . A G 894.39 PASS AF=0.706422;AO=77;DP=109;FAO=77;FDP=109;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0486017;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8978;QD=32.8216;RBI=0.0772968;REFB=-0.116446;REVB=0.0601055;RO=32;SAF=36;SAR=41;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682728;STB=0.536658;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0145655;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:32:32:77:77:0.706422:41:36:11:21:41:36:11:21 chr14 50704331 . C T 310.39 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358958;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.054;QD=53.9801;RBI=0.0361727;REFB=0;REVB=-0.00446748;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8017e-05;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr14 50713679 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.376;QD=47.8223;RBI=0.0137081;REFB=0;REVB=-0.0030744;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28212e-05;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr14 50732098 . T C 207.48 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0170136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7302;QD=17.6576;RBI=0.0178582;REFB=-0.00420131;REVB=0.00542712;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191115;STB=0.608857;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0101459;OID=.;OPOS=50732098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:15:11:13:8:15:11 chr14 50769717 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-7.71593e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.652;QD=18.8203;RBI=0.00705491;REFB=0.0254301;REVB=-0.00705449;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0210873;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:6:4:6:6:6:4 chr14 50778816 . A C 65.56 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0110283;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.456;QD=11.9208;RBI=0.0379662;REFB=-0.0248439;REVB=-0.0363292;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293173;STB=0.533258;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0292633;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:22:10:13:9:9:0.409091:2:7:8:2:3:6:8:5 chr14 50786004 . A G 73.73 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0100668;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.3703;QD=12.8223;RBI=0.0557932;REFB=-0.0658518;REVB=0.0548775;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386833;STB=0.651897;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0781346;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:21:23:13:13:8:10:0.434783:3:5:3:10:5:5:3:10 chr14 50788213 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00375063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.104;QD=14.8514;RBI=0.0416677;REFB=0.0054461;REVB=-0.0414986;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949934;STB=0.505489;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00929884;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:14:15:10:9:14:15 chr14 50798742 . T TA 55.03 PASS AF=0.52381;AO=4;DP=26;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0285314;FXX=0.192234;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.621;QD=10.481;RBI=0.0447691;REFB=-0.0346578;REVB=-0.0344997;RO=19;SAF=1;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465792;STB=0.571292;STBP=0.58;TYPE=ins;VARB=0.0523949;OID=.;OPOS=50798743;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:4:26:11:21:10:8:3:6:4:54:19:1:3:13:6 chr14 50798743 . G A 84.12 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.018413;FXX=0.142806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.251;QD=14.0207;RBI=0.0423193;REFB=-0.023805;REVB=-0.0381037;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.663456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0242394;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:27:24:13:14:10:10:0.416667:3:7:6:7:3:7:6:8 chr14 50799126 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0172422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5528;QD=19.1093;RBI=0.019826;REFB=-0.0276928;REVB=-0.00978653;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133351;STB=0.507457;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0241312;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:10:16:17:10:10:16 chr14 50802727 . A C 225.98 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00486428;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4753;QD=17.055;RBI=0.00506709;REFB=-0.0225078;REVB=0.00141925;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483703;STB=0.527251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0304886;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:16:12:12:13:16:12 chr14 50802840 . A G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.016926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9063;QD=19.1556;RBI=0.0307683;REFB=0.0136431;REVB=0.0256944;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353336;STB=0.519981;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0185631;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:14:9:9:12:14:9 chr14 50824839 . G A 236.78 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0183537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3332;QD=24.2847;RBI=0.020935;REFB=-0.0246145;REVB=0.0100705;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578724;STB=0.534412;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0292421;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:16:22:23:0.589744:13:9:5:10:14:9:5:11 chr14 50844367 . G GA 87.38 PASS AF=0.3125;AO=16;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0958482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.2423;QD=5.46147;RBI=0.143891;REFB=-0.0334062;REVB=0.10732;RO=46;SAF=16;SAR=0;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.825274;STB=0.857448;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0817984;OID=.;OPOS=50844368;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:16:65:20:64:44:17:3:14:30:87:46:16:0:13:33 chr14 50935150 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.031;QD=59.8394;RBI=0.0435372;REFB=0;REVB=0.0106294;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128383;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr14 51057727 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0284756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.01;QD=14.5588;RBI=0.0297314;REFB=-0.0181217;REVB=0.00854974;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243747;STB=0.638299;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0201727;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:22:13:16:10:22:13 chr14 51192659 . G A 675.23 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00105716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4366;QD=17.5384;RBI=0.00307651;REFB=0.00892296;REVB=-0.00288917;RO=81;SAF=36;SAR=36;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041303;STB=0.525967;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00783925;OID=.;OPOS=51192659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:81:82:72:72:0.467532:36:36:37:44:36:36:37:45 chr14 51204996 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0519592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.902;QD=15.1961;RBI=0.0552328;REFB=-0.00294098;REVB=0.0187325;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118338;STB=0.568107;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00300124;OID=.;OPOS=51204996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:16:10:9:9:16:10 chr14 51223789 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00835943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.03;QD=21.7444;RBI=0.0178792;REFB=-0.0270201;REVB=-0.0158046;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.583226;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0138629;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:3:8:8:7:3:8 chr14 51224374 . T G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00829822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.572;QD=17.0333;RBI=0.0280757;REFB=-0.0109085;REVB=-0.0268213;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874523;STB=0.549945;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0181193;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:13:9:9:9:13:9 chr14 51224417 . G C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0247103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6938;QD=19.6678;RBI=0.026942;REFB=0.0188462;REVB=0.0107365;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046477;STB=0.526288;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0173952;OID=.;OPOS=51224417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:10:9:10:9:10:9 chr14 51237701 . A G 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0666041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.972;QD=16.7503;RBI=0.0683079;REFB=-0.0133376;REVB=0.0151614;RO=39;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129813;STB=0.572821;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0177639;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:15:18:16:23:15:18:16:23 chr14 51239067 . C G 751.74 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8643;QD=62.6448;RBI=0.00844019;REFB=0;REVB=0.00731935;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519523;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:20:28:0:0 chr14 51324884 . A G 212.87 PASS AF=0.625;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00534461;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.085;QD=26.6092;RBI=0.0138766;REFB=-0.00783864;REVB=0.012806;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226277;STB=0.624883;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00295754;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:12:12:20:20:0.625:10:10:2:10:10:10:2:10 chr14 51324894 . AAG A 92.46 PASS AF=0.52;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00382619;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=237.928;QD=14.7939;RBI=0.00838652;REFB=-0.00812029;REVB=0.00746284;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138703;STB=0.526276;STBP=0.859;TYPE=del;VARB=0.00599851;OID=.;OPOS=51324895;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:11:20:13:25:12:5:8:4:8:79:6:4:7:1:5 chr14 51368610 . A G 321.93 PASS AF=0.336066;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00625321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.441;QD=10.5551;RBI=0.00681045;REFB=-0.0147088;REVB=-0.00269808;RO=77;SAF=22;SAR=19;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342088;STB=0.512033;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0376483;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:81:41:41:0.336066:19:22:39:38:19:22:42:39 chr14 51378590 . CT CC,C 308.84 PASS AF=0.0566038,0.367925;AO=6,32;DP=106;FAO=6,39;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=5,23;FSAR=1,16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00909365,0.00193756;FXX=0.0275204;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=28.0333,21.9095;QD=11.6543;RBI=0.0799745,0.0109188;REFB=-0.0346365,-0.0133276;REVB=0.0794558,-0.0107456;RO=53;SAF=5,22;SAR=1,10;SRF=28;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.36698,0.184627;STB=0.836327,0.57999;STBP=0.126,0.211;TYPE=snp,del;VARB=0.028067,0.0209174;OID=.,.;OPOS=51378591,51378591;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0566038,0.367925:6,32:106:6,39:106:61:5,23:1,16:28:33:99:53:5,22:1,10:28:25 chr14 51383432 . G A 199.71 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0056756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.067;QD=19.9715;RBI=0.012032;REFB=-0.00347695;REVB=0.0106093;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231598;STB=0.629416;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0049041;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:16:4:9:11:16:4 chr14 51446216 . T G 1645.76 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0169153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.651;QD=56.7505;RBI=0.0173938;REFB=-0.0257724;REVB=-0.00405165;RO=4;SAF=51;SAR=61;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193909;STB=0.505369;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0014492;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:116:116:4:3:112:113:0.974138:61:51:3:1:61:52:2:1 chr14 51710861 . A G 392.27 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0687087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.984;QD=18.4596;RBI=0.0690864;REFB=-0.0192173;REVB=0.00721434;RO=42;SAF=12;SAR=28;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321155;STB=0.667359;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0139732;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:44:40:41:0.482353:28:12:27:15:28:13:28:16 chr14 51716188 . T G 312.02 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.514;QD=29.7161;RBI=0.0266837;REFB=0.000601424;REVB=0.00905587;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107564;STB=0.50274;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.000449589;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:26:27:0.642857:16:10:6:9:16:11:6:9 chr14 51716467 . G A 265.07 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0451249;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.992;QD=25.2447;RBI=0.0510348;REFB=-0.011648;REVB=0.0238389;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819634;STB=0.545418;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00943391;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:18:18:24:24:0.571429:9:15:13:5:9:15:13:5 chr14 51722690 . T C 226.97 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00895317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9492;QD=13.5504;RBI=0.0335364;REFB=-0.00558863;REVB=0.0323192;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207083;STB=0.518833;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0106156;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:14:13:18:21:14:13:18:22 chr14 52182081 . T A 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.686;QD=58.9583;RBI=0.0140489;REFB=0;REVB=0.011002;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28602e-05;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr14 52186972 . A G 832.29 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364636;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.48;QD=56.4264;RBI=0.0379589;REFB=0;REVB=-0.0105492;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538885;OID=.;OPOS=52186972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:28:31:0:0 chr14 52195290 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.355;QD=49.599;RBI=0.0510156;REFB=0;REVB=-0.0509884;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426014;OID=.;OPOS=52195290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr14 52195320 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0398127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.131;QD=46.9601;RBI=0.0511161;REFB=-0.0727049;REVB=0.0320594;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00212722;OID=.;OPOS=52195320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr14 52384093 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.24;QD=59.0186;RBI=0.037494;REFB=0;REVB=0.0255585;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014901;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr14 52496387 . C A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=334.251;QD=57.3858;RBI=0.0225883;REFB=0;REVB=0.0163504;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93276e-07;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr14 52496407 . C T 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00128348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8191;QD=54.6355;RBI=0.0493515;REFB=-0.0252576;REVB=-0.0493348;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000144573;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:30:21:0:0:30:21:1:0 chr14 52507429 . A G 2528.76 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.271;QD=61.677;RBI=0.0203675;REFB=0;REVB=-0.0108839;RO=0;SAF=72;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44934e-06;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:164:0:0:162:164:1:90:72:0:0:92:72:0:0 chr14 52520368 . C T 875.49 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0444868;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.346;QD=56.4831;RBI=0.0960553;REFB=-0.0480085;REVB=0.0851326;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000734861;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr14 52520853 . A G 1243.6 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.755;QD=61.4123;RBI=0.0305242;REFB=0;REVB=0.0264398;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43738e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:46:34:0:0:46:35:0:0 chr14 52535648 . G T 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.183;QD=60.2224;RBI=0.0262502;REFB=0;REVB=0.0256144;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184804;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr14 52536512 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.398;QD=59.4336;RBI=0.0295335;REFB=0;REVB=-0.00498295;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614694;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:14:16:0:0:14:21:0:0 chr14 52741950 . A G 573.43 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0021896;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.903;QD=55.9444;RBI=0.00680436;REFB=-0.12664;REVB=0.00644243;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.504514;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000355894;OID=.;OPOS=52741950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:23:16:0:0:23:16:1:1 chr14 52906081 . T G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00474772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.272;QD=18.9977;RBI=0.00892471;REFB=-0.00501866;REVB=0.00755709;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215696;STB=0.619966;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00503562;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:10:20:13:18:10:20 chr14 52907353 . C T 262.52 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.01322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.056;QD=11.6674;RBI=0.0346545;REFB=-0.0140495;REVB=-0.0320338;RO=57;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226272;STB=0.635275;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0114381;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:57:58:32:32:0.355556:12:20:24:33:12:20:24:34 chr14 52937255 . C T 152.75 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0379503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.852;QD=13.5777;RBI=0.0414807;REFB=-0.00332138;REVB=-0.0167459;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277166;STB=0.526285;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00751141;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:9:8:12:15:9:8:12:16 chr14 52978071 . GA G 80.22 PASS AF=0.619048;AO=14;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.056782;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.5661;QD=15.2808;RBI=0.166979;REFB=-0.0823424;REVB=0.157028;RO=7;SAF=13;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.473684;SSSB=0.436908;STB=0.737985;STBP=0.064;TYPE=del;VARB=0.0585683;OID=.;OPOS=52978072;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:14:21:13:21:8:12:1:5:3:33:7:13:1:4:3 chr14 53124807 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0198151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.586;QD=16.728;RBI=0.0210166;REFB=0.00488249;REVB=0.00700421;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17504;STB=0.59988;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0067171;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:6:13:8:8:6:13 chr14 53238779 . TA T 41.22 PASS AF=0.448276;AO=14;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.157721;FXX=0.0333222;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.24729;QD=5.68504;RBI=0.173622;REFB=-0.178374;REVB=-0.0725852;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188477;STB=0.534832;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=0.177426;OID=.;OPOS=53238780;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:14:30:13:29:16:3:10:3:13:40:15:2:12:4:11 chr14 53244637 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00329683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.442;QD=16.4266;RBI=0.0033493;REFB=0.00913631;REVB=0.000590502;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00715081;OID=.;OPOS=53244637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:4:7:8:3:4:7 chr14 53345342 . A T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000215296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.644;QD=15.6996;RBI=0.028379;REFB=-0.0327765;REVB=-0.0283782;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312891;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0332468;OID=.;OPOS=53345342;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:15:15:0.441176:5:10:6:12:5:10:7:12 chr14 53345378 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.27;QD=59.4353;RBI=0.0305226;REFB=0;REVB=0.0270069;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126207;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr14 53348540 . T G 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0288292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.37;QD=29.0927;RBI=0.031506;REFB=-0.00626061;REVB=0.0127085;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187692;STB=0.603685;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00260471;OID=.;OPOS=53348540;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:16:8:8:5:16:8:8:5 chr14 53529669 . A T 769.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.189;QD=56.99;RBI=0.0054306;REFB=0;REVB=-0.00361562;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05385e-07;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr14 53619463 . G A 214.69 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.068548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.457;QD=45.1976;RBI=0.0686772;REFB=-0.121549;REVB=0.00421007;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.538418;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00483919;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:0:1:6:12:0:1 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 236.92 PASS AF=0.115385,0.730769;AO=3,15;DP=26;FAO=3,19;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=3,13;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0186796,-0.0472995;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=97.2305,140.422;QD=36.4488;RBI=0.0187969,0.0496444;REFB=-0.0813933,-0.0774747;REVB=-0.00209628,0.0150772;RO=5;SAF=3,11;SAR=0,4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.658479,0.073529;STB=0.995228,0.536044;STBP=0.13,0.496;TYPE=snp,ins;VARB=0.0766139,0.0171608;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:26:26:5:4:3,15:3,19:0.115385,0.730769:0,4:3,11:3:2:0,6:3,13:2:2 chr14 53619544 . G A 683.25 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.464;QD=58.1485;RBI=0.0402168;REFB=-0.0980724;REVB=0.0350102;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00414886;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:47:0:2:44:45:0.957447:23:21:0:0:24:21:1:1 chr14 54875276 . C A 481.77 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000573671;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.742;QD=58.3958;RBI=0.0176449;REFB=0;REVB=-0.0176356;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289711;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:16:17:0:0 chr14 54875514 . A G 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.407;QD=56.1666;RBI=0.0471538;REFB=0;REVB=-0.00785687;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409584;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr14 55154053 . C G,T 2184.64 PASS AF=0.0496454,0.950355;AO=8,133;DP=141;FAO=7,134;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=5,69;FSAR=2,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493366,-0.00235369;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.132,89.632;QD=61.9755;RBI=0.0530633,0.00274088;REFB=0,0;REVB=-0.0195348,-0.00140448;RO=0;SAF=5,69;SAR=3,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.116884,0.00327118;OID=.,.;OPOS=55154053,55154053;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:141:141:0:0:8,133:7,134:0.0496454,0.950355:3,64:5,69:0:0:2,65:5,69:0:0 chr14 55255673 . C T 536.42 PASS AF=0.442748;AO=55;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0347965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.466;QD=16.3792;RBI=0.0470055;REFB=-0.0412418;REVB=-0.0316026;RO=60;SAF=31;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914517;STB=0.59287;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0479509;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:73:55:58:0.442748:24:31:28:32:26:32:28:45 chr14 55308770 . C A 1606.96 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4586;QD=60.0733;RBI=0.0379407;REFB=0;REVB=-0.0175776;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303322;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr14 55344901 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0189441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.3;QD=20.4858;RBI=0.0206019;REFB=-0.0137048;REVB=-0.00809673;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711125;STB=0.540481;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00945048;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:4:7:10:4:4:7 chr14 55369090 . C T 181.72 PASS AF=0.169154;AO=34;DP=201;FAO=34;FDP=201;FR=.;FRO=167;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=86;FSRR=81;FWDB=0.000656676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.789;QD=3.61638;RBI=0.00760638;REFB=-0.00418315;REVB=0.00757798;RO=167;SAF=27;SAR=7;SRF=86;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38174;STB=0.750081;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0149343;OID=.;OPOS=55369090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:167:167:34:34:0.169154:7:27:86:81:7:27:86:81 chr14 55423847 . T C 409.13 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0153895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.678;QD=23.3788;RBI=0.0160012;REFB=-0.0220167;REVB=0.00438182;RO=28;SAF=17;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570099;STB=0.51816;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0155269;OID=.;OPOS=55423847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:30:40:40:0.571429:23:17:14:14:23:17:14:16 chr14 55511365 . T TTTTC 232.07 PASS AF=0.367089;AO=20;DP=95;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0178058;FXX=0.0813859;HRUN=5;LEN=4;MLLD=214.849;QD=11.7506;RBI=0.0193421;REFB=-0.0100707;REVB=-0.00755442;RO=66;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907332;STB=0.522197;STBP=0.788;TYPE=ins;VARB=0.0172625;OID=.;OPOS=55511366;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367089:20:95:29:79:50:12:17:19:31:99:66:9:11:25:41 chr14 55512273 . C A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0468095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4833;QD=10.8846;RBI=0.0599555;REFB=0.0160584;REVB=0.0374638;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350904;STB=0.713775;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0286707;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:8:7:7:2:8:7 chr14 55513848 . G C 128.59 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0290378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.666;QD=13.5356;RBI=0.0347643;REFB=-0.0130051;REVB=0.0191146;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125503;STB=0.572859;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0229586;OID=.;OPOS=55513848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:8:15:8:7:8:15 chr14 55536180 . C T 33.6 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00769948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9758;QD=3.5369;RBI=0.0683008;REFB=-0.00826906;REVB=-0.0678655;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25372;STB=0.666112;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0429502;OID=.;OPOS=55536180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:2:4:14:17:2:4:15:17 chr14 55604935 . C A 511.03 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0206829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.783;QD=21.293;RBI=0.0206849;REFB=-0.0250556;REVB=0.000287834;RO=46;SAF=31;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213217;STB=0.622865;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0283741;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:18:31:18:28:18:31:18:29 chr14 55605036 . A C 459.73 PASS AF=0.523256;AO=41;DP=82;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0258499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.009;QD=21.3829;RBI=0.0470972;REFB=-0.0248626;REVB=-0.0393692;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435341;STB=0.522717;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0239277;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:39:41:41:45:0.523256:22:19:20:19:23:22:22:19 chr14 55619311 . A G 138.17 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0820388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6294;QD=22.1069;RBI=0.0980038;REFB=-0.0363734;REVB=0.0536132;RO=10;SAF=11;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450164;STB=0.717096;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0377228;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:3:11:2:8:4:11:2:8 chr14 55655729 . C A 53.23 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0179557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.644;QD=3.80248;RBI=0.0368928;REFB=-0.00338328;REVB=-0.0322284;RO=46;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408829;STB=0.534173;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.021194;OID=.;OPOS=55655729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:46:47:9:9:0.160714:3:6:32:14:3:6:33:14 chr14 55818517 . T A 209.66 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0276833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1392;QD=14.7132;RBI=0.061625;REFB=0.000141761;REVB=0.055057;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234915;STB=0.640464;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00208543;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:8:16:14:18:8:17:14:18 chr14 55818706 . T C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00908494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.366;QD=16.4441;RBI=0.00918833;REFB=-0.00952553;REVB=-0.00137446;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173955;STB=0.599898;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0103593;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:13:14:7:13:13:14 chr14 55819791 . G A 224.72 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0112524;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.647;QD=19.1248;RBI=0.0164156;REFB=0.0052369;REVB=-0.0119522;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369256;STB=0.50209;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00308644;OID=.;OPOS=55819791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:9:16:14:8:9:16 chr14 55834828 . T A,TAAA 183.8 PASS AF=0.031746,0.349206;AO=5,14;DP=68;FAO=2,22;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=0,10;FSAR=2,12;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0263155,-0.0724546;FXX=0.0307645;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=160.198,42.4331;QD=11.67;RBI=0.0264349,0.0727425;REFB=-0.00206744,0.0041156;REVB=0.00251004,0.00646544;RO=41;SAF=3,7;SAR=2,7;SRF=27;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0713313,-0.193337;STB=0.997085,0.680085;STBP=0.028,0.041;TYPE=snp,ins;VARB=0.0349017,-0.00663921;OID=.,.;OPOS=55834828,55834829;OREF=T,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:63:41:39:5,14:2,22:0.031746,0.349206:2,7:3,7:27:14:2,12:0,10:29:10 chr14 55835745 . G C 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0146109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.252;QD=22.193;RBI=0.0192351;REFB=-0.0173168;REVB=0.0125104;RO=32;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738123;STB=0.554371;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0140766;OID=.;OPOS=55835745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:34:41:41:0.546667:18:23:15:17:18:23:15:19 chr14 55835773 . A AAAT 179.9 PASS AF=0.383333;AO=17;DP=66;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0178116;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=3;MLLD=235.28;QD=11.9936;RBI=0.017948;REFB=-0.00702115;REVB=-0.0022086;RO=45;SAF=4;SAR=13;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496089;STB=0.667001;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.00990782;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383333:17:66:23:60:37:8:15:23:14:99:45:4:13:30:15 chr14 55864130 . A G 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.244;QD=57.8348;RBI=0.0195581;REFB=-0.0573955;REVB=0.0164662;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00162749;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:37:32:0:0:37:32:0:1 chr14 56763886 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0106546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.214;QD=18.7442;RBI=0.0525632;REFB=0.0129376;REVB=0.051472;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00342794;OID=.;OPOS=56763886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:2:2:4:3:2:2 chr14 57052511 . G T 456.54 PASS AF=0.363014;AO=53;DP=146;FAO=53;FDP=146;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0228527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.121;QD=12.508;RBI=0.0582274;REFB=-0.0223773;REVB=-0.0535554;RO=89;SAF=20;SAR=33;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824478;STB=0.55601;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0264745;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:89:93:53:53:0.363014:33:20:40:49:33:20:43:50 chr14 57099859 . G A 742.24 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.967;QD=56.0183;RBI=0.0225887;REFB=0;REVB=0.00670666;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34133e-05;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:25:24:0:0:27:26:0:0 chr14 57101682 . A G 1488.16 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491207;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3885;QD=63.3258;RBI=0.0520146;REFB=0;REVB=0.0171079;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300549;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:45:47:0:0:47:47:0:0 chr14 57672950 . A G 42.52 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0355196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.7285;QD=2.93216;RBI=0.0402851;REFB=-0.00171583;REVB=0.0190065;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225105;STB=0.620406;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0319313;OID=.;OPOS=57672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:55:58:47:50:8:8:0.137931:4:4:15:32:4:4:18:32 chr14 57858194 . C G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0663586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7616;QD=9.56833;RBI=0.0694689;REFB=-0.00973261;REVB=0.0205541;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189262;STB=0.612662;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00485832;OID=.;OPOS=57858194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:13:2:2:6:13:2 chr14 57866623 . A G 1389.88 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=94;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0104743;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.556;QD=60.4296;RBI=0.0433145;REFB=-0.0189725;REVB=0.042029;RO=2;SAF=44;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210524;STB=0.510867;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0018831;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:92:2:2:89:90:0.978261:45:44:2:0:45:45:2:0 chr14 57876265 . G A 1558.24 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329661;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2169;QD=59.9323;RBI=0.0346172;REFB=0;REVB=-0.0105635;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272345;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:40:64:0:0:40:64:0:0 chr14 57876574 . CTTA CCTA,CT,CTA,CTAA 894.07 PASS AF=0.920635,0,0,0.0793651;AO=29,14,10,7;DP=64;FAO=58,0,0,5;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0,0,5;FSAR=25,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126883,-0.0563838,-0.0639854,-0.00816798;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=33.3334,7.75125,18.432,11.0469;QD=56.766;RBI=0.249453,0.39596,0.0998261,0.316904;REFB=0,0,0,0;REVB=0.214773,-0.391925,-0.0766232,0.316799;RO=0;SAF=20,1,10,7;SAR=9,13,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.011031,0,0,0.0981617;OID=.,.,.,.;OPOS=57876575,57876576,57876575,57876576;OREF=T,TA,T,T;OALT=C,-,-,A;OMAPALT=CCTA,CT,CTA,CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.920635,0,0,0.0793651:29,14,10,7:64:58,0,0,5:63:0:33,0,0,5:25,0,0,0:0:0:14:0:20,1,10,7:9,13,0,0:0:0 chr14 57938124 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1496;QD=57.1766;RBI=0.0281854;REFB=0;REVB=-0.0281336;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322261;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr14 57938260 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0288;QD=63.8714;RBI=0.0161016;REFB=0;REVB=0.0120882;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146126;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr14 57945689 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.815;QD=62.9822;RBI=0.105611;REFB=0;REVB=0.0240494;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016224;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr14 57948380 . T C 580.52 PASS AF=0.975;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0541565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.315;QD=58.0518;RBI=0.0940926;REFB=-0.0806395;REVB=0.0769448;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000861794;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:40:0:1:37:39:0.975:22:15:0:0:23:16:1:0 chr14 57957664 . T A 1885.68 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00905049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.687;QD=59.8628;RBI=0.0103812;REFB=-0.0423352;REVB=-0.00508505;RO=2;SAF=64;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146142;STB=0.507691;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=3.91772e-05;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:126:2:2:124:124:0.984127:60:64:2:0:60:64:2:0 chr14 58304280 . G A 491.06 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0467624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2209;QD=17.2302;RBI=0.0549518;REFB=-0.0330599;REVB=-0.0288614;RO=60;SAF=34;SAR=19;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108222;STB=0.565463;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0448893;OID=.;OPOS=58304280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:61:53:53:0.464912:19:34:32:28:19:34:32:29 chr14 58598252 . G C 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00380731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6264;QD=18.1523;RBI=0.0450754;REFB=-0.00731198;REVB=0.0449144;RO=24;SAF=17;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477035;STB=0.780901;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0101549;OID=.;OPOS=58598252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:4:17:8:16:4:17:8:17 chr14 58604793 . G A 257.45 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00743286;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.224;QD=18.0667;RBI=0.0191783;REFB=-0.0036292;REVB=0.0176793;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809193;STB=0.561754;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00407284;OID=.;OPOS=58604793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:29:28:28:0.491228:15:13:14:11:15:13:17:12 chr14 58678057 . G A 394.24 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=105;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0156542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2593;QD=14.8769;RBI=0.0263277;REFB=-0.0271214;REVB=-0.0211682;RO=61;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834283;STB=0.554194;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0194603;OID=.;OPOS=58678057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:61:61:44:45:0.424528:27:17:19:42:27:18:19:42 chr14 58706609 . C T 558.77 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00162221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.573;QD=17.4616;RBI=0.00272179;REFB=-0.00747577;REVB=0.00218554;RO=69;SAF=37;SAR=22;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161293;STB=0.58981;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0102008;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:22:37:32:37:22:37:32:37 chr14 58766617 . A G 251.21 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0409416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2829;QD=20.5068;RBI=0.0410063;REFB=-0.00575643;REVB=0.00230269;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204837;STB=0.615288;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00703654;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:15:10:15:9:15:10 chr14 58831142 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.069852;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.672;QD=25.4667;RBI=0.069852;REFB=-0.0231519;REVB=3.46841e-05;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173072;STB=0.636032;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000489577;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:1:3:7:9:0.75:5:2:1:0:7:2:2:1 chr14 58838668 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0205508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.863;QD=13.459;RBI=0.0326197;REFB=0.000908892;REVB=-0.025332;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.599867;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00199441;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:10:16:12:4:10:16 chr14 58839339 . A C 481.38 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.779;QD=53.4871;RBI=0.0261525;REFB=-0.0273569;REVB=0.0198355;RO=2;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618158;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00115065;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:15:19:1:1:15:19:1:1 chr14 58917454 . G A 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0067029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.175;QD=56.4163;RBI=0.0207848;REFB=0.00550999;REVB=0.0196743;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=6.46715e-05;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:1:0:36:26:1:0 chr14 58937416 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000285257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1727;QD=63.8705;RBI=0.0240348;REFB=0;REVB=-0.0240331;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031771;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr14 58953746 . C G 632.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.667;QD=61.6593;RBI=0.0285261;REFB=0;REVB=-0.00421384;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385721;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr14 59010649 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000310365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.932;QD=53.277;RBI=0.0157673;REFB=0;REVB=0.0157642;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62217e-05;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr14 59112732 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.894;QD=45.8068;RBI=0.0091589;REFB=0;REVB=-0.00862029;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78612e-05;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA 314.97 PASS AF=0.326316,0.0631579;AO=31,6;DP=96;FAO=31,6;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=14,5;FSAR=17,1;FSRF=15;FSRR=43;FWDB=0.00639378,0.0251035;FXX=0.0206164;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=264.931,51.4212;QD=13.262;RBI=0.0181594,0.0334742;REFB=-0.0114468,-0.00468857;REVB=-0.0169966,0.0221435;RO=57;SAF=14,5;SAR=17,1;SRF=15;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.221111,0.581893;STB=0.630081,0.915713;STBP=0.104,0.153;TYPE=del,snp;VARB=0.0278489,0.00841475;OID=.,.;OPOS=59730423,59730425;OREF=AGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326316,0.0631579:31,6:96:31,6:95:58:14,5:17,1:15:43:99:57:14,5:17,1:15:42 chr14 59789727 . G A 269.48 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0463932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.728;QD=14.1833;RBI=0.0492462;REFB=0.00913797;REVB=-0.0165183;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213311;STB=0.620499;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0148877;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:16:15:31:14:16:15:31:14 chr14 59797235 . A G 618.4 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.174;QD=56.2177;RBI=0.0214834;REFB=-0.22617;REVB=0.0141837;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00264642;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:2:2:41:42:0.954545:23:18:1:1:24:18:1:1 chr14 59835972 . A C 224.25 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00231344;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=280.848;QD=42.7149;RBI=0.0154467;REFB=-0.0446874;REVB=0.0152725;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.562433;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00029229;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:12:7:1:0:12:7:2:0 chr14 59939727 . T C 315.58 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0355937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9924;QD=17.5321;RBI=0.0393203;REFB=-0.0425166;REVB=0.0167086;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298082;STB=0.665515;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0450517;OID=.;OPOS=59939727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:9:29:15:19:9:29 chr14 59950417 . T G 201.4 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0235425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0169;QD=18.3091;RBI=0.0368644;REFB=-0.0330297;REVB=0.0283678;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198794;STB=0.603074;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0348274;OID=.;OPOS=59950417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:22:23:20:21:0.477273:6:14:11:11:7:14:11:12 chr14 59950690 . A C 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0180776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.083;QD=15.3747;RBI=0.0203233;REFB=-0.0199773;REVB=-0.0092862;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.032627;OID=.;OPOS=59950690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:9:5:5:7:9:5 chr14 59951278 . T C 141.79 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0210942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9308;QD=11.1211;RBI=0.0236622;REFB=-0.033038;REVB=0.0107206;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844443;STB=0.561969;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0681303;OID=.;OPOS=59951278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:11:6:14:19:11:6:15:19 chr14 59988324 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0131816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.455;QD=17.4901;RBI=0.0344067;REFB=-0.0105717;REVB=-0.0317816;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131836;STB=0.574412;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0143692;OID=.;OPOS=59988324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:21:7:11:19:21:7:11:19 chr14 60004844 . C T 37.2 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0266707;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5269;QD=5.95135;RBI=0.0270131;REFB=-0.00518227;REVB=-0.0042876;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235388;STB=0.659768;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0181225;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:26:25:19:19:6:6:0.24:5:1:6:13:5:1:6:13 chr14 60031996 . G A 506.4 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00426137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.132;QD=19.1093;RBI=0.00446127;REFB=-0.00761683;REVB=-0.00132048;RO=53;SAF=28;SAR=25;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102071;STB=0.556402;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00651102;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:25:28:22:31:25:28:22:31 chr14 60043422 . A G 1090.32 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0277682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.698;QD=57.3854;RBI=0.0365;REFB=-0.105499;REVB=-0.0236891;RO=2;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201241;STB=0.510635;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00146751;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:46:28:0:2:46:28:0:2 chr14 60062671 . A C 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.000324588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.574;QD=26.4119;RBI=0.0356286;REFB=0.000320534;REVB=0.0356271;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745561;STB=0.541367;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-1.34956e-05;OID=.;OPOS=60062671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:17:8:7:10:17:8:7:10 chr14 60063472 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9189;QD=60.2036;RBI=0.0600552;REFB=0;REVB=0.0455599;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678865;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr14 60574539 . A G 180.81 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0244743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8652;QD=13.9082;RBI=0.0260563;REFB=0.00500444;REVB=0.008941;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107983;STB=0.561985;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0117831;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:18:13:11:10:18:13 chr14 60574617 . C T 102.77 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000200356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4919;QD=13.7021;RBI=0.0300735;REFB=-0.0147047;REVB=-0.0300729;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848265;STB=0.56561;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0162864;OID=.;OPOS=60574617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:4:8:10:7:4:9:10:7 chr14 60575240 . T C 208.36 PASS AF=0.456522;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00265881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3163;QD=18.1179;RBI=0.0340045;REFB=-0.0105515;REVB=0.0339004;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196208;STB=0.584339;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0110487;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:25:25:19:21:0.456522:10:9:7:18:12:9:7:18 chr14 60575869 . A G 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0143534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.027;QD=19.0757;RBI=0.0231749;REFB=-0.00786125;REVB=-0.018195;RO=51;SAF=14;SAR=32;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734171;STB=0.540965;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00917542;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:32:14:19:32:32:14:19:32 chr14 60576637 . A T 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00406353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.438;QD=21.8825;RBI=0.00559551;REFB=-0.0251303;REVB=-0.00384675;RO=27;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172999;STB=0.509549;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0194848;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:22:12:9:18:22:12:9:18 chr14 60576951 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0116634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.737;QD=16.417;RBI=0.01288;REFB=-0.00866403;REVB=0.00546444;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298506;STB=0.517216;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0116716;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:5:11:10:4:5:11 chr14 60581863 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0126023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.413;QD=12.4555;RBI=0.0173823;REFB=-0.00293006;REVB=0.0119718;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137136;STB=0.507929;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00435473;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:15:19:12:9:15:19 chr14 60581935 . C T 352.83 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00352719;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.231;QD=17.8648;RBI=0.0127371;REFB=-0.018201;REVB=0.012239;RO=42;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458145;STB=0.525636;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0179532;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:15:22:23:19:15:22:23:19 chr14 60582053 . G A 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0222854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.894;QD=19.9904;RBI=0.0226137;REFB=-0.00205451;REVB=-0.00383947;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115442;STB=0.565349;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00344217;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:13:10:7:15:13:10 chr14 60585131 . A G 304.79 PASS AF=0.385417;AO=25;DP=94;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0205272;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.0757;QD=12.6996;RBI=0.045825;REFB=-0.0333358;REVB=-0.0409703;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475723;STB=0.571307;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0266151;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:42:59:25:37:0.385417:12:13:20:22:14:23:30:29 chr14 60591829 . T C 495.08 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00406882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.436;QD=23.298;RBI=0.00842297;REFB=-0.00547224;REVB=-0.00737504;RO=38;SAF=20;SAR=27;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257321;STB=0.514133;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00514651;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:27:20:15:23:27:20:15:23 chr14 60591887 . G A 430.66 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00314109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.395;QD=20.0309;RBI=0.0158809;REFB=-0.0215643;REVB=0.0155671;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213088;STB=0.511814;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0236009;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:24:19:18:25:24:19:18:25 chr14 60601308 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00815437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.075;QD=18.3009;RBI=0.0162032;REFB=-0.0158675;REVB=-0.0140018;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872089;STB=0.504849;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0195121;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:8:12:13:9:8:12:14:9 chr14 60611585 . T C 173.76 PASS AF=0.323944;AO=22;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00315691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9868;QD=9.7894;RBI=0.0393248;REFB=-0.00816421;REVB=0.0391979;RO=47;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314481;STB=0.526953;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.01349;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:48:22:23:0.323944:13:9:18:29:13:10:19:29 chr14 60611648 . C T 356.78 PASS AF=0.4;AO=35;DP=98;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00635915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.869;QD=13.5914;RBI=0.0131662;REFB=-0.0182762;REVB=0.0115286;RO=63;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529843;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0264531;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:105:63:63:35:42:0.4:20:15:27:36:26:16:27:36 chr14 60611675 . G A 386.92 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0122492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.336;QD=14.0696;RBI=0.0151307;REFB=-0.00140477;REVB=-0.00888241;RO=64;SAF=15;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825135;STB=0.552608;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00425592;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:65:45:45:0.409091:30:15:26:38:30:15:27:38 chr14 60615914 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0365695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9027;QD=16.199;RBI=0.0893385;REFB=-0.0579481;REVB=0.081511;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0370688;OID=.;OPOS=60615914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr14 60616042 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00274208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2132;QD=22.322;RBI=0.00476294;REFB=-0.0094574;REVB=-0.00389443;RO=23;SAF=21;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371898;STB=0.520534;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00918203;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:9:21:17:6:9:21:17:6 chr14 60864583 . G T 1952.26 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.579;QD=61.9766;RBI=0.0295732;REFB=0;REVB=0.0226664;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40399e-05;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:71:54:0:0:71:55:0:0 chr14 60900113 . C T 1194.77 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.707;QD=59.7386;RBI=0.0250834;REFB=-0.136952;REVB=0.00526779;RO=1;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000150743;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:44:35:0:1:44:35:0:1 chr14 60903757 . G A 650.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.01;QD=61.9974;RBI=0.0541316;REFB=0;REVB=-0.00151426;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294741;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:29:13:0:0 chr14 60923783 . C T 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0708;QD=62.9725;RBI=0.0290292;REFB=0;REVB=0.0175148;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51654e-05;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr14 60932752 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1996;QD=57.6781;RBI=0.0443463;REFB=0;REVB=0.016036;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520719;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr14 61124940 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.05;QD=62.0215;RBI=0.0132145;REFB=0;REVB=-0.0131577;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45822e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr14 61176485 . T C 304.1 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.64;QD=52.8869;RBI=0.0217306;REFB=0;REVB=0.0176613;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221357;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr14 61180657 . T G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.48;QD=59.8554;RBI=0.0390629;REFB=0;REVB=0.0236085;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68669e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr14 61445967 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.277;QD=59.8393;RBI=0.0272089;REFB=0;REVB=0.0262679;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226441;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr14 61449328 . T A 1393.49 PASS AF=0.925926;AO=100;DP=108;FAO=100;FDP=108;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00993796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.759;QD=51.6109;RBI=0.016266;REFB=-0.0787747;REVB=0.0128772;RO=5;SAF=37;SAR=63;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165246;STB=0.510271;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00115651;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:108:108:5:8:100:100:0.925926:63:37:1:4:63:37:4:4 chr14 61509924 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.037;QD=59.8394;RBI=0.0185651;REFB=0;REVB=0.0123176;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34246e-05;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr14 61748487 . C G 321.47 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00620312;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4988;QD=16.0734;RBI=0.0224185;REFB=0.00848176;REVB=-0.0215432;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12;STB=0.567529;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0130474;OID=.;OPOS=61748487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:45:35:35:0.4375:19:16:26:19:19:16:26:19 chr14 61924239 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00352493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.898;QD=17.2464;RBI=0.0382189;REFB=-0.0117094;REVB=-0.038056;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687895;STB=0.523787;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00877282;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:20:21:0.4375:11:9:14:13:11:10:14:13 chr14 61924241 . A C 164.3 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00579273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.03;QD=13.4121;RBI=0.0190295;REFB=-0.00704398;REVB=0.0181264;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173468;STB=0.601254;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0236804;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:17:14:11:7:17:14 chr14 62037421 . C T 165.5 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00648535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.383;QD=11.4135;RBI=0.0115522;REFB=-0.00497996;REVB=-0.00956003;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13198;STB=0.585894;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0102699;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:13:8:18:18:13:8:19:18 chr14 62203623 . G A 153.23 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0173087;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.604;QD=20.4306;RBI=0.0440342;REFB=-0.0137731;REVB=-0.0404898;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892964;STB=0.521711;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0125543;OID=.;OPOS=62203623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:14:16:16:0.533333:4:12:10:5:4:12:10:4 chr14 62213848 . T C 727.2 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0125392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.017;QD=52.887;RBI=0.0171819;REFB=-0.0461061;REVB=0.0117467;RO=2;SAF=23;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392157;STB=0.520825;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00185103;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:30:23:2:0:30:23:2:0 chr14 62462766 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.86;QD=60.6102;RBI=0.0365869;REFB=0;REVB=-0.0193282;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94254e-05;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr14 62463129 . G T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0117099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.593;QD=13.6609;RBI=0.0146148;REFB=0.00253279;REVB=-0.00874478;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.65647;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00569059;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:11:3:9:11:11:3:9:12 chr14 62463214 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.293;QD=53.277;RBI=0.0334164;REFB=0;REVB=-0.0287786;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391444;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr14 63174616 . T C 1207.62 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.776;QD=61.1456;RBI=0.0682505;REFB=0;REVB=-0.060876;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000700019;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr14 63174960 . C T 260.08 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=51;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00115725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.593;QD=19.2654;RBI=0.00119797;REFB=-0.0286139;REVB=-0.000309683;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166023;STB=0.610254;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0252793;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:26:26:25:28:0.518519:16:9:14:12:19:9:14:12 chr14 63784407 . A AG,G 308.36 PASS AF=0.625,0.375;AO=14,9;DP=29;FAO=15,9;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=6,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503309,0.00295899;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.1134,29.748;QD=51.394;RBI=0.0781706,0.0029914;REFB=0,0;REVB=-0.0598117,-0.000439193;RO=6;SAF=9,0;SAR=5,9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0139697,-0.81218;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0186894,0.0321908;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:29:24:6:0:14,9:15,9:0.625,0.375:5,9:9,0:4:2:6,9:9,0:0:0 chr14 64423187 . C A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0147264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.433;QD=18.4832;RBI=0.0147267;REFB=-0.00539969;REVB=9.94125e-05;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352017;STB=0.698537;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0113137;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:5:16:7:12:5:16 chr14 64494278 . C T 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00660185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.955;QD=18.4124;RBI=0.0522455;REFB=-0.0130299;REVB=-0.0518267;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128393;STB=0.571787;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00952009;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:12:21:17:17:12:21:17:17 chr14 64496763 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.014496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.641;QD=15.6997;RBI=0.0181764;REFB=-0.0163202;REVB=0.0109657;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320951;STB=0.518494;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.02035;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:7:12:9:6:7:12 chr14 64498037 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0150147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.975;QD=10.6346;RBI=0.0150568;REFB=-0.00206368;REVB=-0.00112519;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118061;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0041858;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:8:5:4:4:8:5 chr14 64518321 . A G 75.32 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0310034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.274;QD=11.1585;RBI=0.0790136;REFB=-0.00426859;REVB=0.0726769;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104401;STB=0.581924;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0150177;OID=.;OPOS=64518321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:8:8:4:6:8:9 chr14 64519035 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6765;QD=37.4884;RBI=0.0618028;REFB=0;REVB=0.0615153;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032771;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 64519709 . A T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00258982;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.993;QD=16.8984;RBI=0.0310405;REFB=-0.00695032;REVB=-0.0309322;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00566416;OID=.;OPOS=64519709;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:5:4:4:6:5:4 chr14 64522674 . G C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00853208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4024;QD=17.5601;RBI=0.0161013;REFB=-0.0204656;REVB=-0.0136549;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203361;STB=0.615263;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0261839;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:15:6:9:9:15:6 chr14 64522843 . A G 252.24 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0511161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5236;QD=18.3446;RBI=0.0947919;REFB=-0.0186504;REVB=0.0798289;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153374;STB=0.562868;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00901329;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:27:27:28:0.509091:10:17:13:15:11:17:13:14 chr14 64551688 . C T 331.39 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0301082;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.879;QD=18.4106;RBI=0.0321627;REFB=-0.000233754;REVB=-0.0113109;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134402;STB=0.57512;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000371364;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:13:22:18:19:13:22:18:19 chr14 64554517 . A G 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.053626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.768;QD=18.4894;RBI=0.0547693;REFB=0.0063864;REVB=0.0111322;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340711;STB=0.692141;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0132309;OID=.;OPOS=64554517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:7:19:8:14:7:19 chr14 64565582 . T C 113.69 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00323708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.625;QD=10.5758;RBI=0.0102914;REFB=-0.0125084;REVB=0.00976907;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751011;STB=0.564366;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0308805;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:29:13:14:0.325581:8:5:13:16:9:5:13:16 chr14 64612845 . C T 254.55 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00438516;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.807;QD=21.2123;RBI=0.030616;REFB=0.00172403;REVB=0.0303004;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239829;STB=0.642742;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00176115;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:14:10:16:7:14:10:17:7 chr14 64612858 . C A 250.33 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0241347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.767;QD=20.0267;RBI=0.0241718;REFB=-0.00924656;REVB=0.00133804;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28768;STB=0.661633;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0157551;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:18:8:15:9:18:8 chr14 64637147 . C A 368.8 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0122833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2965;QD=27.3184;RBI=0.0290645;REFB=-0.00546567;REVB=0.0263414;RO=19;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446714;STB=0.524402;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0025985;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:19:16:10:9:19:16:10:9 chr14 64657684 . C A 350.03 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00239313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.5;QD=15.2186;RBI=0.0122151;REFB=-0.00413796;REVB=-0.0119784;RO=53;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186684;STB=0.611052;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00548547;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:54:38:38:0.413043:14:24:24:29:14:24:24:30 chr14 64669554 . A G 35.93 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00415538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.562;QD=1.52889;RBI=0.0322196;REFB=-0.000397773;REVB=-0.0319505;RO=85;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844878;STB=0.565892;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00399598;OID=.;OPOS=64669554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:5:4:44:41:5:4:44:41 chr14 64805001 . A G 114.81 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0149641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.438;QD=20.875;RBI=0.0503854;REFB=-0.0278132;REVB=0.048112;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416756;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0227741;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:6:6:4:5:6:7:4:5 chr14 64907000 . C T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00768846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.245;QD=15.3051;RBI=0.0128871;REFB=-0.0106649;REVB=-0.0103424;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727006;STB=0.541173;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0148937;OID=.;OPOS=64907000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:19:11:17:22:19:11:17:22 chr14 64935720 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.633;QD=45.8052;RBI=0.0489628;REFB=0;REVB=0.0449599;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219267;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 64988279 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.569;QD=60.2296;RBI=0.0061096;REFB=0;REVB=-0.00220472;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81659e-06;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr14 64988924 . T C 1120.72 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0540824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.261;QD=58.9852;RBI=0.0629388;REFB=-0.0079415;REVB=0.0321928;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00046832;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:32:42:1:0:32:43:1:0 chr14 65008251 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8024;QD=50.4124;RBI=0.0438039;REFB=0;REVB=-0.0184129;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413924;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr14 65016702 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.872;QD=48.7373;RBI=0.0213082;REFB=0;REVB=0.00457456;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09657e-05;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr14 65197791 . C A 180.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0368308;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.321;QD=15.0168;RBI=0.0578325;REFB=-0.0237138;REVB=-0.044588;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243285;STB=0.5045;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0514946;OID=.;OPOS=65197791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:11:8:12:15:11:8:12:17 chr14 65216120 . C T 363.98 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0556623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.722;QD=15.825;RBI=0.0559586;REFB=-0.0350573;REVB=0.00575105;RO=53;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997084;STB=0.556145;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0352762;OID=.;OPOS=65216120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:20:19:31:22:20:19:31:22 chr14 65246623 . T C 195.06 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0915972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0036;QD=19.506;RBI=0.0984789;REFB=0.0160766;REVB=-0.0361669;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175954;STB=0.590812;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0178077;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:5:15:11:8:5:15:12:8 chr14 65249052 . C G 368.92 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00453585;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.549;QD=22.0248;RBI=0.00622154;REFB=-0.0221379;REVB=-0.00425836;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18837;STB=0.603779;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0155802;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:30:37:37:0.552239:21:16:20:10:21:16:20:10 chr14 65253232 . T C 602.21 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0798505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1118;QD=26.4707;RBI=0.0799992;REFB=-0.0261519;REVB=-0.00487624;RO=37;SAF=27;SAR=26;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172709;STB=0.513025;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0102498;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:37:53:54:0.593407:26:27:18:19:26:28:18:19 chr14 65260227 . T G 187.58 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0294546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.213;QD=14.7121;RBI=0.0296203;REFB=-0.00522319;REVB=0.00312886;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744285;STB=0.542815;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00607427;OID=.;OPOS=65260227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:12:18:14:7:12:18 chr14 65263300 . C T 313.69 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00541804;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.849;QD=17.4272;RBI=0.00544074;REFB=-0.0224007;REVB=0.000496418;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118279;STB=0.570691;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0255664;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:33:34:0.472222:18:15:22:16:18:16:23:15 chr14 65263347 . C T 528.54 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0135556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.294;QD=22.2543;RBI=0.0160061;REFB=-0.0106687;REVB=0.00851126;RO=45;SAF=26;SAR=24;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648511;STB=0.53573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0106865;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:24:26:20:25:24:26:20:25 chr14 65289705 . T C 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0442749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.512;QD=2.35121;RBI=0.0495849;REFB=-0.00282249;REVB=-0.0223247;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780466;STB=0.558638;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0220491;OID=.;OPOS=65289705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:4:2:13:34:4:2:13:34 chr14 65412748 . G C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.083;QD=56.1842;RBI=0.0171715;REFB=0;REVB=0.0137786;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45662e-05;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr14 65417070 . C A 756.34 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.185273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.25;QD=53.0766;RBI=0.186449;REFB=-0.128674;REVB=0.0209073;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000646073;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00256194;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:57:2:2:53:55:0.964912:27:26:1:1:27:28:1:1 chr14 65419293 . A G 152.49 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2332;QD=40.6651;RBI=0.0410336;REFB=0.00576542;REVB=-0.0226669;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533286;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000376924;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:1:1:13:14:0.933333:7:6:0:1:7:7:0:1 chr14 65543057 . T A,TA 36.72 PASS AF=0.037037,0.296296;AO=3,3;DP=30;FAO=1,8;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1,2;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00122685,-0.0196845;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=252.185,10.0979;QD=5.43927;RBI=0.00781865,0.0335442;REFB=-0.0056172,-0.142836;REVB=0.0077218,0.0271613;RO=24;SAF=2,1;SAR=1,2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.220637,-0.13701;STB=0.990673,0.651767;STBP=0.26,0.355;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0302019,0.19228;OID=.,.;OPOS=65543057,65543058;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:30:27:24:18:3,3:1,8:0.037037,0.296296:1,2:2,1:11:13:0,6:1,2:8:10 chr14 65878807 . C T 125.82 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0151153;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.78;QD=17.3539;RBI=0.0480632;REFB=0.00669135;REVB=0.0456246;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232288;STB=0.6301;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00728324;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:14:1:3:11:14:1 chr14 65878909 . C T 164.62 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0228618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.921;QD=14.6327;RBI=0.0237235;REFB=-0.00815057;REVB=-0.0063356;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360897;STB=0.675122;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0248904;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:4:13:12:15:5:13:12:15 chr14 66028446 . A G 751.21 PASS AF=0.890625;AO=56;DP=63;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0819452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.545;QD=46.9507;RBI=0.0819456;REFB=-0.087883;REVB=0.000238677;RO=2;SAF=7;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117186;STB=0.652112;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000729005;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:63:64:2:7:56:57:0.890625:49:7:2:0:49:8:7:0 chr14 66209496 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.020404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.83;QD=11.5637;RBI=0.0286087;REFB=-0.0139352;REVB=-0.0200534;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454373;STB=0.767103;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0208029;OID=.;OPOS=66209496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:4:11:9:20:4:11:9:20 chr14 66479652 . G T 526.8 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0652137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.841;QD=56.9514;RBI=0.0678513;REFB=-0.00557919;REVB=0.0187343;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406473;STB=0.521727;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000491212;OID=.;OPOS=66479652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:25:11:1:0:25:11:1:0 chr14 66479768 . A C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.647;QD=58.781;RBI=0.0124444;REFB=0;REVB=0.000862145;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22689e-05;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr14 66479771 . G A 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4606;QD=59.675;RBI=0.0808336;REFB=0;REVB=0.0711848;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789349;OID=.;OPOS=66479771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr14 66974474 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.582;QD=46.848;RBI=0.0144949;REFB=0;REVB=0.0108086;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208954;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr14 67147816 . T C 464.77 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.628;QD=58.0967;RBI=0.0497459;REFB=0;REVB=0.0470162;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126466;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 67671701 . C T 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0291869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8981;QD=13.9579;RBI=0.0326826;REFB=-0.021761;REVB=-0.0147064;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.705362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0264559;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:6:1:4:3:6:1 chr14 67769177 . A C 638.34 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0106681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.185;QD=18.7748;RBI=0.0289715;REFB=-0.0208113;REVB=-0.0269358;RO=69;SAF=30;SAR=35;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524728;STB=0.535458;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0215705;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:69:71:65:65:0.477941:35:30:28:41:35:30:28:43 chr14 67800316 . G A 271.54 PASS AF=0.538462;AO=26;DP=50;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0422473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.457;QD=20.8873;RBI=0.0422473;REFB=-0.0146301;REVB=-5.67474e-05;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715993;STB=0.554756;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0113484;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:24:24:26:28:0.538462:13:13:10:14:13:15:10:14 chr14 67800815 . G A 186.44 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00918036;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0546;QD=18.644;RBI=0.0265998;REFB=-0.0178215;REVB=0.0249654;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612775;STB=0.549021;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0199796;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:21:19:19:0.475:10:9:9:13:10:9:8:13 chr14 67938818 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0115502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.329;QD=19.058;RBI=0.0245683;REFB=0.00320641;REVB=-0.0216839;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281394;STB=0.660588;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.002223;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:9:11:5:14:9:11 chr14 67939483 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0768838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1351;QD=12.73;RBI=0.0769351;REFB=-0.0205563;REVB=-0.00280977;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00648418;OID=.;OPOS=67939483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:6:6:5:4:6:6 chr14 68035879 . A G 232.15 PASS AF=0.415385;AO=28;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0337574;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.4;QD=14.2859;RBI=0.115327;REFB=-0.0224923;REVB=-0.110276;RO=37;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212667;STB=0.609993;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0366846;OID=.;OPOS=68035879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:28:27:0.415385:7:21:21:16:7:20:22:16 chr14 68042255 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.748;QD=60.6097;RBI=0.0487039;REFB=0;REVB=0.0287184;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162482;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr14 68045935 . G A 901.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.121;QD=58.1906;RBI=0.0799944;REFB=0;REVB=0.0282848;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033395;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr14 68053802 . T C 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8683;QD=55.6312;RBI=0.0298164;REFB=0;REVB=-0.00443577;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336019;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr14 68053977 . A C 1287.53 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0811202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1913;QD=60.5896;RBI=0.082149;REFB=-0.0203991;REVB=-0.0129608;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0005287;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:83:84:0.988235:44:39:1:0:44:40:0:1 chr14 68055613 . C G 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.00186974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.948;QD=17.5644;RBI=0.00480028;REFB=-0.00298572;REVB=-0.00442117;RO=35;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15298;STB=0.585013;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00350008;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:12:20:27:8:12:20:27:8 chr14 68172894 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0187203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9902;QD=19.6681;RBI=0.0228585;REFB=0.00464108;REVB=-0.0131173;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269045;STB=0.620118;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00647264;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:14:4:9:10:14:5:9:10 chr14 68213744 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.234;QD=56.9565;RBI=0.0415016;REFB=0;REVB=0.0182795;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202658;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr14 68213792 . A G 351.52 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0136492;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.313;QD=33.4783;RBI=0.0207897;REFB=-0.0490183;REVB=0.0156816;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06281;STB=0.544358;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0241617;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:12:13:29:29:0.690476:13:16:8:4:13:16:9:4 chr14 68214788 . T C 73.73 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0113246;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.554;QD=8.42614;RBI=0.0237427;REFB=-0.0159109;REVB=-0.0208678;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338981;STB=0.685394;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.028763;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:35:20:25:10:10:0.285714:5:5:4:16:5:5:6:19 chr14 68218165 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.016776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.743;QD=24.1272;RBI=0.0177788;REFB=-0.0166059;REVB=-0.00588646;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630185;STB=0.535171;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.011985;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:8:3:6:11:8:3 chr14 68234539 . T C 902.32 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.728;QD=58.2144;RBI=0.0421763;REFB=0;REVB=0.0297376;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94982e-05;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr14 68256111 . GTTTT GTTT,GTTTC 45.4 PASS AF=0.32,0.12;AO=7,3;DP=24;FAO=8,3;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2,0;FSAR=6,3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0394469,-0.034741;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.5291,22.8767;QD=7.26431;RBI=0.0791332,0.04061;REFB=-0.104938,-0.0540354;REVB=0.0686003,0.0210294;RO=11;SAF=3,0;SAR=4,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0.411765,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116701,-0.657411;STB=0.674535,0.996095;STBP=0.244,0.071;TYPE=del,snp;VARB=0.142593,0.0643948;OID=.,.;OPOS=68256112,68256115;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTT,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.12:7,3:24:8,3:25:14:2,0:6,3:7:7:31:11:3,0:4,3:6:5 chr14 68264866 . GA G,GG 368.84 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=6,21;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234904,0.0168615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=266.663,275.346;QD=54.6427;RBI=0.0263962,0.0188058;REFB=0,0;REVB=0.0120399,0.00832742;RO=0;SAF=3,7;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000899807,0.00444193;OID=.,.;OPOS=68264867,68264867;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0740741,0.925926:6,21:27:2,25:27:0:2,8:0,17:0:0:9:0:3,7:3,14:0:0 chr14 68616597 . G A 340.2 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0456494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3393;QD=48.6005;RBI=0.0625771;REFB=-0.0815734;REVB=0.0428022;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.512039;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0068938;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:9:17:1:0:9:17:1:1 chr14 68935789 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5458;QD=60.2038;RBI=0.018736;REFB=0;REVB=0.0109927;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015408;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr14 69012355 . C G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.278;QD=62.98;RBI=0.0448698;REFB=0;REVB=0.0151142;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78642e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr14 69345647 . C T 63.05 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0119646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.834;QD=8.40645;RBI=0.0133354;REFB=-0.014219;REVB=-0.00588914;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526696;STB=0.820038;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0233333;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:6:15:2:7:6:15 chr14 69352230 . G A 535.74 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0172549;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8119;QD=25.8189;RBI=0.0563608;REFB=-0.00107771;REVB=0.0536545;RO=33;SAF=23;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114232;STB=0.512563;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00145218;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:33:34:49:49:0.590361:26:23:16:17:26:23:17:17 chr14 69695792 . G A 766.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4975;QD=63.8431;RBI=0.0484051;REFB=0;REVB=0.0421962;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701324;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr14 69703158 . A G 1665.33 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.012835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.48;QD=58.4326;RBI=0.0284377;REFB=-0.0971816;REVB=-0.0253765;RO=2;SAF=46;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201921;STB=0.510636;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000307783;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:66:46:2:0:66:46:2:0 chr14 69704553 . G T 1178.8 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00436396;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.187;QD=58.2125;RBI=0.0247986;REFB=-0.122398;REVB=0.0244116;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.501752;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000735335;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:81:0:2:79:79:0.975309:34:45:0:0:34:45:1:1 chr14 69799806 . C T 221.01 PASS AF=0.740741;AO=17;DP=25;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.143967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2577;QD=32.7427;RBI=0.151696;REFB=-0.101031;REVB=-0.047804;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530245;STB=0.505612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0385401;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:27:7:7:17:20:0.740741:9:8:4:3:9:11:4:3 chr14 69799892 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0330156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.535;QD=15.5715;RBI=0.035643;REFB=-0.0057148;REVB=-0.013431;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00521486;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:6:6:5:6:6:6 chr14 69922552 . T C 281.62 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00873205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.353;QD=14.6293;RBI=0.0439775;REFB=-0.0181172;REVB=0.0431019;RO=45;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133272;STB=0.575787;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0334115;OID=.;OPOS=69922552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:21:11:21:24:21:11:21:24 chr14 70037611 . A T 1363.66 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00875887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.146;QD=61.2882;RBI=0.0316046;REFB=-0.0718363;REVB=0.0303666;RO=1;SAF=36;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129808;STB=0.506848;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000106853;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:52:36:1:0:52:36:1:0 chr14 70038786 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0391;QD=52.6131;RBI=0.0439815;REFB=0;REVB=-0.0244756;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102849;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr14 70171418 . T C 273.84 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0944206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.907;QD=17.6669;RBI=0.0947811;REFB=-0.0308485;REVB=0.0082589;RO=30;SAF=7;SAR=23;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431472;STB=0.729998;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.015581;OID=.;OPOS=70171418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:32:30:30:0.483871:23:7:21:9:23:7:21:11 chr14 70180778 . C G 919.98 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1841;QD=58.4112;RBI=0.0216825;REFB=0;REVB=0.00447918;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164103;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr14 70418881 . G A 236.17 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0116794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9865;QD=17.494;RBI=0.0123866;REFB=-0.0245388;REVB=-0.00412547;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108765;STB=0.502913;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0402667;OID=.;OPOS=70418881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:14:11:12:16:15:11:12:16 chr14 70477508 . C T 1793.13 PASS AF=0.945736;AO=122;DP=129;FAO=122;FDP=129;FR=.;FRO=7;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0365984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.159;QD=55.601;RBI=0.0450295;REFB=-0.116797;REVB=0.0262338;RO=6;SAF=63;SAR=59;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016285;STB=0.512519;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00249149;OID=.;OPOS=70477508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:129:129:6:7:122:122:0.945736:59:63:2:4:59:63:2:5 chr14 70634087 . A G 1540.24 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.753;QD=59.8152;RBI=0.0366172;REFB=0;REVB=-0.031827;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67232e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:45:58:0:0:45:58:0:0 chr14 70712880 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.539;QD=53.2772;RBI=0.017381;REFB=0;REVB=0.015081;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129663;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr14 70713156 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.16;QD=56.938;RBI=0.0178328;REFB=0;REVB=0.00991241;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.061e-05;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr14 70827773 . T C 940.64 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276832;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6875;QD=58.7898;RBI=0.0276832;REFB=0;REVB=-7.03919e-05;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199982;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr14 70924462 . A G 597.92 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246198;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.291;QD=61.3247;RBI=0.0267169;REFB=0;REVB=-0.0103761;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72553e-05;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr14 70924501 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.602;QD=62.022;RBI=0.0359002;REFB=0;REVB=-0.0220259;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32235e-05;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr14 70925257 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3193;QD=59.4336;RBI=0.0269948;REFB=0;REVB=-0.00100363;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236833;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chr14 71109153 . C G 54.45 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00557159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.815;QD=8.71242;RBI=0.00675458;REFB=-0.0198312;REVB=-0.00381861;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470147;STB=0.779257;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0495519;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:14:3:5:3:14:3 chr14 71139279 . G T 321.28 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0252639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.614;QD=16.2671;RBI=0.0252691;REFB=-0.00551935;REVB=0.000512193;RO=41;SAF=7;SAR=28;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286985;STB=0.558788;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00891592;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:44:35:35:0.443038:28:7:9:32:28:7:12:32 chr14 71232147 . C T 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.011754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.948;QD=22.835;RBI=0.0290225;REFB=-0.0259919;REVB=0.0265358;RO=37;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789789;STB=0.543459;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0214319;OID=.;OPOS=71232147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:25:20:20:17:25:20:20:17 chr14 71444788 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.169;QD=51.9167;RBI=0.0210881;REFB=0;REVB=0.0122427;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30402e-05;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 71581398 . C CT 104.11 PASS AF=0.55;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.119105;FXX=0.0476077;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.1939;QD=10.411;RBI=0.222289;REFB=-0.0196783;REVB=-0.187687;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0310015;OID=.;OPOS=71581399;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:21:48:22:40:18:11:11:9:9:54:23:11:10:15:8 chr14 72055468 . A C 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.569;QD=59.0131;RBI=0.0514258;REFB=0;REVB=0.0502472;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290475;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr14 72117156 . T C 461.11 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6458;QD=57.639;RBI=0.0137465;REFB=0;REVB=-0.0128347;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079504;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr14 72457365 . T G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.438;QD=62.6711;RBI=0.0275842;REFB=0;REVB=0.009482;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49692e-05;OID=.;OPOS=72457365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr14 72457682 . A C 742.68 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0304971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.275;QD=53.0488;RBI=0.0366637;REFB=-0.0167567;REVB=0.0203508;RO=2;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427822;STB=0.522719;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00126817;OID=.;OPOS=72457682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:21:33:0:2:21:33:0:2 chr14 72458188 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.588;QD=46.848;RBI=0.0132276;REFB=0;REVB=0.00944028;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68627e-06;OID=.;OPOS=72458188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr14 73079291 . G GA,GAA 247.87 PASS AF=0,1;AO=5,15;DP=22;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.313158,0.169477;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=19.9763,35.9777;QD=45.0672;RBI=0.383399,0.206407;REFB=0,0;REVB=0.221195,0.117819;RO=1;SAF=5,7;SAR=0,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0607183;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0143468;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,15:22:0,22:22:0:0,13:0,9:0:0:5:1:5,7:0,8:1:0 chr14 73240486 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9955;QD=33.4285;RBI=0.0409107;REFB=0;REVB=0.0408628;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389474;OID=.;OPOS=73240486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 73358945 . A C 1556.49 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.643;QD=59.8649;RBI=0.031802;REFB=0;REVB=-0.0149419;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19839e-06;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:56:47:0:0:56:48:0:0 chr14 73360819 . T TTGTC 414.77 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00349813;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=332.41;QD=47.4022;RBI=0.0172595;REFB=-0.00401826;REVB=0.0169013;RO=4;SAF=2;SAR=29;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377155;STB=0.707143;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.000433075;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.885714:31:35:31:35:4:2:29:3:1:19:4:2:29:3:1 chr14 73404752 . G C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0180067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.969;QD=13.4559;RBI=0.0297441;REFB=0.00282359;REVB=-0.0236743;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206621;STB=0.623511;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00301551;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:2:9:10:5:2:9:10:5 chr14 73413830 . G A 156.22 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0299155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.715;QD=15.6223;RBI=0.0325268;REFB=-0.0124154;REVB=-0.0127693;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158032;STB=0.520686;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.028742;OID=.;OPOS=73413830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:8:9:12:10:8:9:13:10 chr14 73422259 . C G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.013105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4386;QD=19.5184;RBI=0.0197545;REFB=-0.0203304;REVB=-0.0147817;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735725;STB=0.540955;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0201329;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:16:12:9:17:16:12:9:17 chr14 73429676 . G GA 198.97 PASS AF=0.478873;AO=29;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.103689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.2966;QD=11.2094;RBI=0.14198;REFB=-0.000216437;REVB=0.0969892;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999465;STB=0.578208;STBP=0.219;TYPE=ins;VARB=0.00989142;OID=.;OPOS=73429677;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478873:29:71:34:71:37:16:18:23:14:99:39:15:14:24:15 chr14 73440864 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0281928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.894;QD=18.0871;RBI=0.0304036;REFB=-0.00627492;REVB=0.0113818;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369173;STB=0.707735;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0135523;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:19:7:18:9:19:7:18:9 chr14 73448583 . G A 213.89 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.03028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.287;QD=20.8669;RBI=0.044505;REFB=0.000761327;REVB=-0.0326161;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193081;STB=0.608196;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000653629;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:6:14:10:11:6:14 chr14 73459917 . C T 1697.72 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.885;QD=59.5691;RBI=0.0326295;REFB=-0.154043;REVB=0.0308098;RO=1;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703426;STB=0.503649;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000703691;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:67:45:0:1:68:45:0:1 chr14 73465003 . A G 604.63 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486381;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.909;QD=58.9881;RBI=0.0509117;REFB=-0.154252;REVB=-0.0150446;RO=1;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153811;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0018232;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:30:10:0:1:30:10:0:1 chr14 73730695 . A G 71.3 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00422375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.203;QD=12.3998;RBI=0.0114248;REFB=-0.0160819;REVB=0.0106153;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340422;STB=0.603583;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0340058;OID=.;OPOS=73730695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:23:12:13:8:10:0.434783:4:4:10:2:4:6:10:3 chr14 73957772 . A G 50.24 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.144722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4914;QD=16.7471;RBI=0.147858;REFB=-0.0522298;REVB=-0.03029;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237226;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.053814;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:3:2:5:2:3:2 chr14 73958375 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00508588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.091;QD=17.8275;RBI=0.027635;REFB=-0.0112151;REVB=-0.027163;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00960868;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:5:6:4:8:5:6 chr14 73958812 . T C 451.88 PASS AF=0.594595;AO=41;DP=71;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00640749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.9;QD=24.4257;RBI=0.00713663;REFB=-0.0459429;REVB=-0.00314254;RO=30;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057001;STB=0.545097;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0286871;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:30:30:41:44:0.594595:23:18:11:19:23:21:11:19 chr14 73963383 . T C 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0157939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.826;QD=20.6401;RBI=0.0231787;REFB=-0.0295486;REVB=0.0169647;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124413;STB=0.568927;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0267753;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:15:21:14:18:15:21:14:18 chr14 73969610 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0817287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.882;QD=7.7974;RBI=0.086272;REFB=-0.00855769;REVB=0.0276275;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889948;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0244222;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:11:12:4:5:11:12 chr14 73989859 . C T 1193.77 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323392;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.473;QD=61.2192;RBI=0.0324275;REFB=0;REVB=0.00239154;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5411e-05;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr14 74061968 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0601;QD=59.0158;RBI=0.0130475;REFB=0;REVB=0.0108986;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89567e-05;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr14 74083846 . C T 113.78 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0165485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1864;QD=18.2044;RBI=0.020021;REFB=-0.0721477;REVB=0.0112688;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0237327;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:7:5:5:8:7:5 chr14 74083901 . G A 37.55 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0252237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.513;QD=7.15276;RBI=0.0375429;REFB=-0.0316905;REVB=-0.0278071;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.52373;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0504004;OID=.;OPOS=74083901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:21:13:15:6:6:0.285714:3:3:7:6:3:3:8:7 chr14 74168625 . G A 673.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248981;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.994;QD=62.6912;RBI=0.0249365;REFB=0;REVB=0.00138241;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26145e-05;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr14 74196686 . T C 1135.54 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.106;QD=60.5622;RBI=0.062872;REFB=0;REVB=0.0612248;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137714;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:30:43:0:0:32:43:0:0 chr14 74196792 . T C 911.07 PASS AF=1;AO=45;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3049;QD=57.8458;RBI=0.164973;REFB=0;REVB=-0.0223832;RO=0;SAF=2;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265535;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:45:63:1:43:2:0:0:43:20:0:0 chr14 74196844 . T C 677.51 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00653772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.719;QD=56.4593;RBI=0.00750629;REFB=-0.106632;REVB=0.00368816;RO=3;SAF=11;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139925;STB=0.507459;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000513116;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:34:11:1:2:34:11:1:2 chr14 74196872 . G C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00715015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.722;QD=16.0426;RBI=0.00729104;REFB=-0.00130616;REVB=0.00142641;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204715;STB=0.615891;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00197384;OID=.;OPOS=74196872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:5:21:12:7:5:21 chr14 74203789 . G A 225.95 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0212077;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.298;QD=20.0847;RBI=0.02872;REFB=0.00442135;REVB=-0.0193668;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438392;STB=0.748194;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00516775;OID=.;OPOS=74203789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:5:17:7:16:5:17:7:16 chr14 74206481 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3748;QD=61.3347;RBI=0.0409021;REFB=0;REVB=-0.0388091;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431085;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr14 74324807 . G A 170.73 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.017291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5689;QD=12.885;RBI=0.0372238;REFB=-0.00414149;REVB=0.0329642;RO=32;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291345;STB=0.639396;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00772847;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:20:21:0.396226:5:15:16:16:6:15:16:16 chr14 74340797 . A T 332.6 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00434877;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.795;QD=18.4777;RBI=0.00436709;REFB=0.0195547;REVB=-0.000399536;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214774;STB=0.501198;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.022025;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:17:20:19:16:17:20 chr14 74404756 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0519553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.446;QD=23.3816;RBI=0.0523488;REFB=-0.0206673;REVB=0.00640681;RO=14;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807502;STB=0.545404;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0188722;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:4:15:10:4:4:15:10:4 chr14 74425056 . C A 389.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0192318;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=21.3328;RBI=0.0202389;REFB=-0.00335729;REVB=0.00630493;RO=34;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198196;STB=0.609428;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00130449;OID=.;OPOS=74425056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:34:39:39:0.534247:23:16:22:12:23:16:22:12 chr14 74428445 . G A 253.14 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0179322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6138;QD=15.113;RBI=0.0184997;REFB=0.0227181;REVB=-0.00454698;RO=38;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135561;STB=0.576952;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0242814;OID=.;OPOS=74428445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:10:19:20:18:10:19:20:18 chr14 74441684 . G A 104.18 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0594734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3636;QD=20.8361;RBI=0.0778164;REFB=-0.0844292;REVB=-0.0501827;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.59984;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0547258;OID=.;OPOS=74441684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:6:2:6:6:6:2 chr14 74489735 . G A 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0202245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.902;QD=14.6472;RBI=0.0235061;REFB=-0.0138882;REVB=-0.0119793;RO=45;SAF=9;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232406;STB=0.632566;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0135579;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:23:9:22:23:23:9:22:23 chr14 74514674 . A T 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.097;QD=58.0576;RBI=0.0499675;REFB=0;REVB=-0.0490299;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5089e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 74523869 . A G 140.12 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=2.97618e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.82;QD=20.7587;RBI=0.0202727;REFB=-0.0132986;REVB=0.0202727;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578055;STB=0.509542;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0112925;OID=.;OPOS=74523869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:27:11:12:15:15:0.555556:4:11:8:3:4:11:9:3 chr14 74523949 . G A 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0242308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9941;QD=15.7716;RBI=0.0555092;REFB=-0.00618677;REVB=-0.0499414;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243869;STB=0.513787;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00611296;OID=.;OPOS=74523949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:20:13:10:17:20:13 chr14 74539317 . GAAAAAAAC GAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAC 33.04 PASS AF=0,0.157895,0.263158;AO=4,3,5;DP=32;FAO=0,3,5;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2,2;FSAR=0,1,3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0103051,0.0105282,-0.0704219;FXX=0;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,1;MLLD=264.469,267.329,12.9667;QD=6.95594;RBI=0.0190196,0.0193911,0.0978119;REFB=0.000528786,0.000922752,-0.0347805;REVB=-0.015986,-0.016284,0.0678817;RO=14;SAF=3,2,1;SAR=1,1,4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.291996,0.184841,-0.362145;STB=0.5,0.78103,0.594243;STBP=1,0.404,0.676;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0873025,-0.0307354,0.0741315;OID=.,.,.;OPOS=74539325,74539325,74539318;OREF=C,C,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.157895,0.263158:4,3,5:32:0,3,5:19:11:0,2,2:0,1,3:3:8:20:14:3,2,1:1,1,4:7:7 chr14 74759006 . C T 785.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.448;QD=64.1367;RBI=0.105658;REFB=0;REVB=-0.00754832;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182179;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr14 74759301 . G T 113.57 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7995;QD=41.2964;RBI=0.11535;REFB=0;REVB=0.112508;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103948;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:8:3:0:0 chr14 74759477 . C T 919.55 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4226;QD=58.384;RBI=0.0288123;REFB=0;REVB=-0.00322901;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139491;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr14 74766352 . A G 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0135206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2755;QD=54.0135;RBI=0.0440688;REFB=-0.111933;REVB=0.0419434;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.535694;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0121636;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:1:2:35:35:0.945946:13:22:0:1:13:22:0:2 chr14 74874557 . G A 49.24 PASS AF=0.16;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0399226;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.08;QD=3.93921;RBI=0.041349;REFB=-0.00593806;REVB=-0.0107669;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502721;STB=0.526249;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0311235;OID=.;OPOS=74874557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:51:50:41:42:8:8:0.16:3:5:24:17:3:5:25:17 chr14 74876181 . T G 1497.96 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5534;QD=60.5235;RBI=0.0529258;REFB=0.0283149;REVB=0.00353318;RO=3;SAF=53;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126818;STB=0.504672;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.000113339;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:3:1:96:98:0.989899:43:53:1:2:45:53:1:0 chr14 74943295 . T C 141.22 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00113585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0601;QD=21.7261;RBI=0.0151974;REFB=-0.0229299;REVB=0.0151549;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258891;STB=0.643901;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0286911;OID=.;OPOS=74943295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:1:10:9:6:1:10 chr14 74976452 . C T 207.86 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0160261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7388;QD=17.6903;RBI=0.0537533;REFB=-0.0145696;REVB=-0.0513086;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418656;STB=0.53438;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0134112;OID=.;OPOS=74976452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:11:10:13:12:11:10:14:12 chr14 74991855 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00944968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.493;QD=7.76198;RBI=0.00945347;REFB=-0.00913003;REVB=0.00026791;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.578691;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0117331;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:8:5:3:3:8:5 chr14 74992800 . A G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0143518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.753;QD=14.8515;RBI=0.0225994;REFB=-0.00210791;REVB=-0.0174574;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973477;STB=0.505489;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00270797;OID=.;OPOS=74992800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:9:10:15:13:9:10:15:14 chr14 74995804 . A G 41.77 PASS AF=0.0895522;AO=12;DP=134;FAO=12;FDP=134;FR=.;FRO=122;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=-0.0242455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.419;QD=1.24686;RBI=0.0253756;REFB=-0.00182019;REVB=0.00748855;RO=122;SAF=5;SAR=7;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142961;STB=0.611885;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0183962;OID=.;OPOS=74995804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:134:134:122:122:12:12:0.0895522:7:5:66:56:7:5:66:56 chr14 75159007 . G A 325.6 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00944768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6871;QD=29.5999;RBI=0.0425941;REFB=-0.0132879;REVB=-0.0415331;RO=15;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152024;STB=0.51302;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00641178;OID=.;OPOS=75159007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:16:28:28:0.636364:13:15:8:7:13:15:8:8 chr14 75179734 . C G 428.92 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.056431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1915;QD=25.2305;RBI=0.0579724;REFB=-0.0179579;REVB=0.0132796;RO=27;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148541;STB=0.581355;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0285632;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:25:16:16:11:25:16:16:11 chr14 75245368 . C T 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.13916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.072;QD=16.063;RBI=0.14042;REFB=-0.0239971;REVB=0.0187739;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137426;STB=0.57886;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0361149;OID=.;OPOS=75245368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:14:10:10:8:14:10 chr14 75248669 . G T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0235091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.637;QD=12.1826;RBI=0.0273317;REFB=0.0135207;REVB=-0.0139408;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.586045;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0113519;OID=.;OPOS=75248669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:6:4:4:10:6:4:4:11 chr14 75279395 . T A 944.71 PASS AF=1;AO=49;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000487468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.516;QD=58.1362;RBI=0.0232595;REFB=0;REVB=0.0232543;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77357e-05;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:49:65:1:25:24:0:0:25:40:0:0 chr14 75359670 . G A 1105.38 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567402;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.081;QD=59.7504;RBI=0.0590876;REFB=0;REVB=0.016489;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245258;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:51:21:0:0:51:23:0:0 chr14 75373245 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.921;QD=63.8692;RBI=0.0236781;REFB=0;REVB=-0.0045779;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63899e-05;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr14 75373475 . T C 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.287;QD=64.147;RBI=0.0300058;REFB=0;REVB=0.0261243;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36574e-05;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr14 75412908 . A G 1318.16 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196312;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.025;QD=62.0313;RBI=0.0150266;REFB=0;REVB=-0.0148978;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108148;OID=.;OPOS=75412908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:84:85:1:52:32:0:0:52:33:0:0 chr14 75483812 . T C 426.08 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0247586;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.888;QD=16.3878;RBI=0.0252291;REFB=-0.0176579;REVB=0.00484996;RO=57;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609929;STB=0.534086;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0184622;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:57:57:47:47:0.451923:21:26:28:29:21:26:28:29 chr14 75513828 . G A 306.55 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0232935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6159;QD=27.2493;RBI=0.0866755;REFB=0.00155208;REVB=-0.0834868;RO=18;SAF=19;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242338;STB=0.634343;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00416359;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:8:19:7:11:8:19:7:11 chr14 75513883 . T C 736.04 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2727;QD=61.3367;RBI=0.0777216;REFB=-0.064459;REVB=0.0756201;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187641;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:1:0:47:48:1:23:24:0:1:24:24:0:0 chr14 75514003 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00515634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7117;QD=7.46446;RBI=0.0208922;REFB=-0.00356713;REVB=-0.0202459;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871158;STB=0.555391;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0074432;OID=.;OPOS=75514003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:6:11:5:2:6:11 chr14 75538217 . G T 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0300315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.975;QD=15.5667;RBI=0.0837229;REFB=0.0287072;REVB=-0.0781514;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0369426;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr14 75544470 . T A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0185044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.911;QD=12.8607;RBI=0.0218095;REFB=-0.00901246;REVB=-0.0115429;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0163067;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:4:4:4:3:4:4 chr14 75574087 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0110261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.086;QD=21.3766;RBI=0.0252209;REFB=-0.0236745;REVB=0.0226831;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286626;STB=0.660243;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0151064;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:16:6:14:9:16:6 chr14 75590822 . G A 460.01 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0343461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2169;QD=26.6674;RBI=0.0349345;REFB=-0.0370356;REVB=-0.0063845;RO=26;SAF=30;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204101;STB=0.611745;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0260085;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:13:30:11:15:13:30:11:15 chr14 75590846 . A T 242.39 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00561793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.909;QD=14.9166;RBI=0.0252834;REFB=-0.0352845;REVB=0.0246514;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130255;STB=0.573718;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0395875;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:22:15:15:13:22:15 chr14 75600697 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00661586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.6;QD=24.0266;RBI=0.010272;REFB=-0.0332086;REVB=0.00785772;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205435;STB=0.615223;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0144001;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:2:6:6:8:2:6 chr14 75746690 . C T 170.05 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000503669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3969;QD=17.005;RBI=0.0354467;REFB=-0.00834695;REVB=0.0354431;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251204;STB=0.643905;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00721389;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:9:13:6:12:9:13 chr14 75747844 . G A 90.58 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0414593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2655;QD=8.235;RBI=0.0679516;REFB=-0.00942511;REVB=-0.0538382;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716395;STB=0.543789;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0521848;OID=.;OPOS=75747844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:4:8:23:9:4:8:23:9 chr14 75758885 . A G 710.61 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00592533;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9858;QD=54.6624;RBI=0.0126111;REFB=-0.013492;REVB=0.0111324;RO=1;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285164;STB=0.515146;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000140699;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:16:35:0:1:16:35:0:1 chr14 75759060 . C T 168.62 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0185583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.018;QD=16.0594;RBI=0.0187197;REFB=-0.00915351;REVB=0.00245324;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414175;STB=0.523783;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0138425;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:11:13:9:9:11:13 chr14 75904660 . A G 2162.49 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.063;QD=62.23;RBI=0.0724556;REFB=-0.023539;REVB=-0.0517272;RO=1;SAF=79;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798987;STB=0.504201;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=3.12273e-05;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:59:79:0:1:59:79:0:1 chr14 75937022 . G A 571.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.569;QD=60.1872;RBI=0.0371044;REFB=0;REVB=0.00710013;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220837;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr14 76045362 . T C 262.45 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00273496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.414;QD=32.8056;RBI=0.00464757;REFB=-0.0134688;REVB=0.00375764;RO=9;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846782;STB=0.54618;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00475452;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:18:5:1:8:18:5:1:8 chr14 76045963 . C G 54.27 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00653175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5331;QD=8.68337;RBI=0.0212296;REFB=0.00346119;REVB=-0.0201998;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098437;STB=0.560295;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00917943;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:5:12:5:3:5:12 chr14 76330181 . G A 419.32 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.973;QD=55.9099;RBI=0.0359361;REFB=0;REVB=0.0319347;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292541;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr14 76368544 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.978;QD=62.9829;RBI=0.0328762;REFB=0;REVB=0.032599;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36721e-05;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr14 76452515 . A G 412.09 PASS AF=0.396825;AO=42;DP=119;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00756876;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.139;QD=13.0821;RBI=0.0206591;REFB=-0.0204174;REVB=0.0192227;RO=68;SAF=25;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889036;STB=0.507674;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0299104;OID=.;OPOS=76452515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:126:68:76:42:50:0.396825:17:25:35:33:23:27:42:34 chr14 76619167 . A C 64.83 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00644015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.747;QD=10.3726;RBI=0.021168;REFB=-0.000696736;REVB=-0.0201645;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00167119;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:10:6:4:5:10:6 chr14 76662370 . T C 331.93 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0131127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.161;QD=13.8306;RBI=0.0193453;REFB=-0.0117172;REVB=0.0142232;RO=59;SAF=24;SAR=13;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192049;STB=0.609639;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0184402;OID=.;OPOS=76662370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:13:24:28:31:13:24:28:31 chr14 76662376 . G GT 129.88 PASS AF=0.404494;AO=28;DP=93;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.158134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.712;QD=5.83745;RBI=0.158499;REFB=-0.0336893;REVB=0.0107489;RO=59;SAF=17;SAR=11;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135504;STB=0.630695;STBP=0.049;TYPE=ins;VARB=0.0547247;OID=.;OPOS=76662377;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404494:28:93:36:89:53:24:12:24:29:99:59:17:11:29:30 chr14 76662446 . C T 305.96 PASS AF=0.565217;AO=23;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0601819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2602;QD=26.6053;RBI=0.0639582;REFB=-0.0405927;REVB=-0.0216516;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13941;STB=0.560929;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0374936;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:18:23:26:0.565217:12:11:9:4:14:12:11:7 chr14 76957887 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.096;QD=63.2849;RBI=0.00955415;REFB=0;REVB=-0.00387122;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63617e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr14 77236328 . C T 145.71 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00467721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.021;QD=8.96669;RBI=0.00583909;REFB=-0.0185768;REVB=-0.00349553;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265872;STB=0.642824;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0213678;OID=.;OPOS=77236328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:45:20:20:0.307692:7:13:18:25:7:13:20:25 chr14 77236380 . C T 274.52 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0227593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.087;QD=19.9653;RBI=0.0235819;REFB=-0.022884;REVB=-0.00617409;RO=26;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304298;STB=0.67009;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0290551;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:21:8:16:10:21:8:16:10 chr14 77239567 . A G 213.02 PASS AF=0.45098;AO=24;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00103381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.483;QD=16.7072;RBI=0.0262263;REFB=-0.016665;REVB=-0.026206;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450608;STB=0.500894;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0154472;OID=.;OPOS=77239567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:24:23:0.45098:10:14:17:10:9:14:17:11 chr14 77255478 . TG T 101.21 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0136253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2247;QD=8.09712;RBI=0.0272303;REFB=-0.00706416;REVB=0.0235762;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136499;STB=0.598224;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.015161;OID=.;OPOS=77255479;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:19:50:19:50:31:8:11:18:13:99:29:8:11:16:13 chr14 77294950 . C T 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00071676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7141;QD=16.0715;RBI=0.0134877;REFB=0.0239705;REVB=0.0134687;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17971;STB=0.601217;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0286;OID=.;OPOS=77294950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:21:14:17:12:21:14 chr14 77323782 . G A 85.89 PASS AF=0.37931;AO=12;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0406303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0623;QD=11.8465;RBI=0.0429224;REFB=-0.0099524;REVB=-0.0138388;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159493;STB=0.596102;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0178613;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:15:18:12:11:0.37931:6:6:10:5:6:5:11:7 chr14 77332367 . C T 468.07 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0186334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.635;QD=22.8325;RBI=0.0230809;REFB=-0.00895425;REVB=0.0136207;RO=36;SAF=24;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494302;STB=0.533319;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00518144;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:21:24:17:19:21:24:17:20 chr14 77492891 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.000624924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.622;QD=19.2765;RBI=0.012363;REFB=-0.0207708;REVB=0.0123472;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212964;STB=0.617503;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0198813;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:7:26:19:15:7:26 chr14 77494682 . G A 294.11 PASS AF=0.445946;AO=30;DP=72;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.0840566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4894;QD=15.8979;RBI=0.140076;REFB=-0.0293184;REVB=0.112052;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349964;STB=0.665408;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0417195;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:42:41:30:33:0.445946:16:14:6:36:19:14:6:35 chr14 77691753 . T C 170.91 PASS AF=0.653846;AO=15;DP=24;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00280689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.072;QD=26.2936;RBI=0.0262716;REFB=-0.0163496;REVB=0.0261213;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206195;STB=0.605261;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00895838;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:26:9:9:15:17:0.653846:8:7:7:2:9:8:7:2 chr14 77697967 . A G 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.53;QD=62.0172;RBI=0.0281045;REFB=0;REVB=-0.0268412;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308122;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr14 77703057 . A G 302.09 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273253;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.636;QD=52.5369;RBI=0.0281032;REFB=0;REVB=-0.00656655;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288891;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr14 77718232 . C T 75.23 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0312777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.767;QD=4.36102;RBI=0.0346197;REFB=-0.00530759;REVB=-0.0148402;RO=55;SAF=10;SAR=3;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378571;STB=0.742073;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0183434;OID=.;OPOS=77718232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:55:56:13:13:0.188406:3:10:26:29:3:10:27:29 chr14 77745193 . A C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0187011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.2;QD=12.9221;RBI=0.0312277;REFB=-0.00343637;REVB=-0.0250088;RO=34;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258871;STB=0.650033;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00782275;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:6:16:17:17:6:16:17:17 chr14 77746112 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0701968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.733;QD=11.1041;RBI=0.0710444;REFB=-0.00346941;REVB=-0.0109414;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352313;STB=0.709151;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000886446;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:8:2:4:3:8:2 chr14 77751925 . C T 316.84 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0165772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8892;QD=15.2693;RBI=0.0293383;REFB=0.0168555;REVB=0.0242061;RO=48;SAF=12;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103169;STB=0.558465;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0218386;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:23:12:21:27:23:12:21:27 chr14 77794283 . T C 490.55 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0122572;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3334;QD=17.0626;RBI=0.0122832;REFB=-0.013809;REVB=0.000799161;RO=62;SAF=26;SAR=27;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163825;STB=0.590876;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0183997;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:27:26:20:42:27:26:20:42 chr14 77796641 . G A 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.105525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4946;QD=13.9654;RBI=0.111535;REFB=-0.00293393;REVB=0.0361174;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190918;STB=0.608039;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00695171;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:15:15:14:30:15:15:14:30 chr14 77926011 . C T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4457;QD=57.5427;RBI=0.0510115;REFB=0;REVB=-0.0504525;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392411;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr14 77928525 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.794;QD=58.5877;RBI=0.0177722;REFB=0;REVB=0.00116933;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215461;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr14 77935520 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.795;QD=59.679;RBI=0.0647721;REFB=0;REVB=-0.00570412;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184413;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr14 77951124 . C G,T 757.18 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861732,0.0221914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.524,104.037;QD=56.0872;RBI=0.00861841,0.0323681;REFB=0,0;REVB=0.000136792,0.0235635;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0117605,0.00137713;OID=.,.;OPOS=77951124,77951124;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:0,25:2,27:0:0:0,25:2,27:0:0 chr14 77976325 . T C 212.63 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878693;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.098;QD=50.0307;RBI=0.0413033;REFB=0;REVB=0.0403578;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014644;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr14 77987958 . C A 650.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.529;QD=61.9897;RBI=0.0851092;REFB=0;REVB=-0.0838076;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026197;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr14 78014103 . G A 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0148002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.106;QD=31.6788;RBI=0.0168313;REFB=-0.00632033;REVB=0.00801537;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221193;STB=0.512182;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00224549;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:10:9:3:4:10:9:3:4 chr14 78028803 . A G 497.71 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.901;QD=58.5536;RBI=0.0306796;REFB=0;REVB=0.0131951;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335459;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:18:16:0:0 chr14 78174473 . A C 349.85 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.021562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7965;QD=15.2109;RBI=0.06724;REFB=-0.0283307;REVB=-0.063689;RO=54;SAF=10;SAR=28;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663967;STB=0.537675;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0386755;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:28:10:17:37:28:10:17:37 chr14 78184566 . C A 845.5 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.015;QD=57.3223;RBI=0.0104439;REFB=0;REVB=0.00822301;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30828e-05;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:31:26:0:0:33:26:0:0 chr14 78188878 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0257875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.039;QD=5.95778;RBI=0.0399826;REFB=-0.0165251;REVB=-0.0305551;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393166;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0444444;OID=.;OPOS=78188878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:1:5:9:8:1:5:10:8 chr14 78197365 . C T 256.19 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.091;QD=51.2388;RBI=0.0622366;REFB=0;REVB=0.011908;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206321;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:11:9:0:0 chr14 78287414 . T C 287.89 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0282133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0095;QD=25.0342;RBI=0.0452315;REFB=-0.0541644;REVB=0.0353539;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692378;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0296111;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:11:9:14:12:11:9 chr14 78390880 . T C 113.26 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00119159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.821;QD=18.1214;RBI=0.00570259;REFB=-0.0183218;REVB=0.00557671;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443113;STB=0.754317;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0269216;OID=.;OPOS=78390880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:3:9:3:10:3:9 chr14 78710044 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00122302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.039;QD=21.9722;RBI=0.0378405;REFB=-0.0266367;REVB=0.0378207;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217751;STB=0.630958;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0302994;OID=.;OPOS=78710044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:13:10:14:6:13:10:15:6 chr14 80669580 . T C 358.13 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0186762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.572;QD=22.3832;RBI=0.0206276;REFB=-0.011051;REVB=0.00875757;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127699;STB=0.507038;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00718523;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:20:16:12:16:20:16:12:16 chr14 80963383 . A AGC 756.19 PASS AF=0.918033;AO=55;DP=72;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00321905;FXX=0.102926;HRUN=0;LEN=2;MLLD=281.688;QD=49.5863;RBI=0.00808941;REFB=-0.0798558;REVB=-0.00742134;RO=11;SAF=34;SAR=21;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110776;STB=0.553172;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.00165937;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918033:55:72:56:61:5:35:21:0:5:22:11:34:21:3:8 chr14 81307115 . G T 40.77 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0448271;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3962;QD=2.58879;RBI=0.0599119;REFB=-0.00633314;REVB=-0.0397487;RO=55;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010885;STB=0.507917;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0364778;OID=.;OPOS=81307115;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:4:4:28:27:4:4:27:28 chr14 81610583 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6381;QD=53.9108;RBI=0.0232258;REFB=0;REVB=0.0208859;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691522;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr14 81737076 . A C 292.66 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00364195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1731;QD=14.818;RBI=0.0191681;REFB=-0.021212;REVB=0.0188189;RO=45;SAF=9;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173673;STB=0.607261;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0229858;OID=.;OPOS=81737076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:24:9:19:26:24:9:20:26 chr14 81743565 . T C 111.47 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0170171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.208;QD=15.9239;RBI=0.0187419;REFB=-0.0147123;REVB=-0.00785355;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219892;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0310326;OID=.;OPOS=81743565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:8:7:9:4:8:7 chr14 81744736 . A G 294.13 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0219715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4308;QD=15.2796;RBI=0.0339283;REFB=-0.0581681;REVB=-0.0258531;RO=42;SAF=10;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617013;STB=0.553936;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0736814;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:44:33:33:0.428571:23:10:15:27:23:10:17:27 chr14 81952724 . G A 87.16 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.130882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5943;QD=4.41334;RBI=0.132839;REFB=-0.0042428;REVB=0.0227161;RO=62;SAF=6;SAR=9;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261749;STB=0.653268;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.013421;OID=.;OPOS=81952724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:62:64:15:15:0.189873:9:6:38:24:9:6:38:26 chr14 86088056 . T C 367.82 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.954;QD=54.4913;RBI=0.0537835;REFB=0;REVB=-0.00461958;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514428;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:16:9:0:0:16:11:0:0 chr14 86088125 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0324037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.191;QD=12.7389;RBI=0.0326;REFB=-0.0178096;REVB=-0.00357207;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0399483;OID=.;OPOS=86088125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:4:6:6:2:4:6 chr14 86091415 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3447;QD=55.0987;RBI=0.0331051;REFB=0;REVB=-0.0249318;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65237e-05;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr14 86092246 . A G 250.61 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00706378;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4504;QD=14.3204;RBI=0.0252817;REFB=-0.000969768;REVB=0.0242748;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041077;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0019288;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:28:29:0.414286:16:12:16:25:17:12:16:25 chr14 86093344 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00956847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5259;QD=17.4542;RBI=0.0155101;REFB=-0.00491395;REVB=-0.0122068;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161364;STB=0.590485;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00518207;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:18:11:15:12:18:11 chr14 86093378 . C T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00920988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.022;QD=19.3865;RBI=0.0233537;REFB=-0.0108988;REVB=0.021461;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14268;STB=0.579164;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0111733;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:18:17:22:12:18:17:22:12 chr14 86094035 . G A 159.59 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0200511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3296;QD=14.1856;RBI=0.0260816;REFB=0.0272592;REVB=0.0166795;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12816;STB=0.555495;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0443617;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:17:18:0.4:8:9:11:16:9:9:11:16 chr14 88400353 . C T 105.27 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00995699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.446;QD=11.0813;RBI=0.0155333;REFB=-0.00169434;REVB=-0.0119223;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317237;STB=0.687229;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00397465;OID=.;OPOS=88400353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:17:8:8:5:17:8 chr14 88400449 . TG CA,CG 605.09 PASS AF=0.512195,0.487805;AO=21,20;DP=41;FAO=21,20;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7,11;FSAR=14,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288695,0.0310183;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=159.584,85.0244;QD=59.0328;RBI=0.0191258,0.0477607;REFB=0,0;REVB=0.0189067,0.0363173;RO=0;SAF=7,11;SAR=14,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00977598,0.0111486;OID=.,.;OPOS=88400449,88400449;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:21,20:21,20:0.512195,0.487805:14,9:7,11:0:0:14,9:7,11:0:0 chr14 88400486 . A G 36.08 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0317348;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.586;QD=5.3451;RBI=0.0320029;REFB=0.00792253;REVB=0.00413385;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335001;STB=0.743446;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00922971;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:28:27:19:21:6:6:0.222222:2:4:7:12:2:4:7:14 chr14 88401213 . T C 612.42 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0987;QD=61.2417;RBI=0.125117;REFB=0;REVB=0.124056;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016091;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr14 88407875 . T A 1179.31 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431333;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.746;QD=61.2631;RBI=0.0433167;REFB=0;REVB=0.00398174;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143765;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:40:35:0:0:40:37:0:0 chr14 88407888 . A G 325.98 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0413666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9126;QD=17.3855;RBI=0.0474704;REFB=-0.0135547;REVB=0.023286;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135373;STB=0.575715;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0327226;OID=.;OPOS=88407888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:16:19:16:24:16:19:16:24 chr14 88411947 . T C 1613.29 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123735;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5841;QD=60.3099;RBI=0.0252586;REFB=0;REVB=0.0220202;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24106e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:48:59:0:0:48:59:0:0 chr14 88414211 . G A 194.18 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0117414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.912;QD=11.422;RBI=0.0228669;REFB=-0.0109125;REVB=0.0196223;RO=43;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699337;STB=0.50404;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.018222;OID=.;OPOS=88414211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:17:8:14:29:17:8:14:29 chr14 88453422 . AGG AG,AGA 280.93 PASS AF=0.375,0.583333;AO=10,11;DP=24;FAO=9,14;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=3,6;FSAR=6,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412947,0.10316;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.477,30.1356;QD=46.8222;RBI=0.0749948,0.105238;REFB=-0.0084825,-0.155981;REVB=-0.0626016,0.0208073;RO=1;SAF=2,5;SAR=8,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.176689,-0.0815441;STB=0.571265,0.538406;STBP=0.286,0.298;TYPE=del,snp;VARB=-0.0351538,0.10213;OID=.,.;OPOS=88453423,88453424;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=AG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.583333:10,11:24:9,14:24:1:3,6:6,8:1:0:20:1:2,5:8,6:1:0 chr14 88477413 . C T 888.11 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0833768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0463;QD=56.388;RBI=0.0864642;REFB=-0.0431635;REVB=-0.022899;RO=1;SAF=20;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230178;STB=0.512191;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000101865;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:42:20:1:0:42:20:1:0 chr14 88477882 . A C 214.24 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00699823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.799;QD=14.7751;RBI=0.026324;REFB=-0.0232084;REVB=-0.0253768;RO=33;SAF=19;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248209;STB=0.642389;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0316402;OID=.;OPOS=88477882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:6:19:18:15:6:19:18:15 chr14 88651826 . A AAC,AC 142.69 PASS AF=0.258621,0.0862069;AO=11,8;DP=78;FAO=15,5;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13,1;FSAR=2,4;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0178122,-0.00568098;FXX=0.0169463;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=118.663,120.032;QD=9.84096;RBI=0.0429123,0.0403234;REFB=-0.0581883,-0.0577421;REVB=-0.0390408,-0.0399212;RO=56;SAF=11,2;SAR=0,6;SRF=22;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.743614,-0.190827;STB=0.861755,0.681013;STBP=0.003,0.432;TYPE=ins,ins;VARB=0.1493,0.112038;OID=.,.;OPOS=88651827,88651827;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258621,0.0862069:11,8:78:15,5:58:38:13,1:2,4:14:24:97:56:11,2:0,6:22:34 chr14 88652389 . C T 824.94 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.0224845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.857;QD=21.427;RBI=0.0229785;REFB=-0.0119311;REVB=-0.00473906;RO=71;SAF=50;SAR=32;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470893;STB=0.521325;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0096142;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:71:72:82:82:0.532468:32:50:47:24:32:50:47:25 chr14 88693725 . G C 193.18 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0163166;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.612;QD=13.7986;RBI=0.0471997;REFB=-0.0205277;REVB=-0.0442898;RO=33;SAF=18;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422872;STB=0.743579;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0206262;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:5:18:13:20:5:18:13:20 chr14 88792816 . T G 1175.7 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115289;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.39;QD=61.0751;RBI=0.0424008;REFB=0;REVB=0.0423851;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09297e-05;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr14 88852279 . TG T,TT 675.46 PASS AF=1,0;AO=46,3;DP=54;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300866,0.00529822;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=21.2432,7.39926;QD=47.4009;RBI=0.0810827,0.0223372;REFB=0,0;REVB=-0.0752941,-0.0216998;RO=1;SAF=30,1;SAR=16,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0.028473,0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00301677,-0.0290039;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,3:54:57,0:57:0:32,0:25,0:0:0:4:1:30,1:16,2:0:1 chr14 89094243 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5759;QD=58.5877;RBI=0.0614343;REFB=0;REVB=-0.0569687;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134398;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr14 89445481 . C T 354.25 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0169989;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9267;QD=21.1492;RBI=0.0353331;REFB=-0.0491448;REVB=-0.0309752;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537587;STB=0.529699;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0426662;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:31:36:36:0.537313:21:15:11:20:21:15:11:20 chr14 89627942 . C T 66.38 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0773736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1446;QD=12.6432;RBI=0.0814547;REFB=-0.0741344;REVB=0.0254594;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225785;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.080978;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:5:7:7:2:5:7 chr14 89750819 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.65;QD=62.6701;RBI=0.0414379;REFB=0;REVB=0.01716;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340219;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr14 89867978 . T C 1525.9 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589616;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4433;QD=59.8394;RBI=0.00610629;REFB=0;REVB=0.00158811;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05137e-05;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr14 90095445 . T C 40.25 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0137701;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.154;QD=8.94482;RBI=0.0177464;REFB=-0.00873433;REVB=-0.0111946;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.555373;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0156749;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:18:11:12:6:6:0.333333:3:3:7:4:3:3:7:5 chr14 90178913 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.482;QD=57.2023;RBI=0.0267411;REFB=0;REVB=0.00481821;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012552;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr14 90178992 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00149272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.104;QD=16.1065;RBI=0.015926;REFB=-0.0152019;REVB=-0.0158559;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.592708;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0129153;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:8:14:8:9:8:14 chr14 90302996 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.69;QD=51.1831;RBI=0.0222086;REFB=0;REVB=0.0149392;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408294;OID=.;OPOS=90302996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr14 90341494 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1709;QD=63.2849;RBI=0.0207264;REFB=0;REVB=-0.017532;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08964e-05;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr14 90745422 . T C 1080.47 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.114;QD=60.026;RBI=0.0218162;REFB=0;REVB=0.0205628;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45306e-05;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr14 90767607 . C T 1238.14 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1552;QD=61.1427;RBI=0.0306338;REFB=0;REVB=0.00319496;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116724;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr14 90865462 . C G 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.752;QD=64.1494;RBI=0.0190862;REFB=0;REVB=0.00524587;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45618e-05;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr14 90871478 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.814;QD=60.5102;RBI=0.0199147;REFB=-0.0606525;REVB=0.0143454;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00024866;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr14 91084338 . C T 252.88 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0126201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9705;QD=17.4402;RBI=0.0266841;REFB=-0.0360897;REVB=0.0235112;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168275;STB=0.501237;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0431633;OID=.;OPOS=91084338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:15:13:14:15:15:13:14:16 chr14 91123575 . T C 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.591;QD=48.7299;RBI=0.0356155;REFB=0;REVB=-0.000703901;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348001;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr14 91161862 . C T 1844.72 PASS AF=0.438202;AO=195;DP=445;FAO=195;FDP=445;FR=.;FRO=250;FSAF=127;FSAR=68;FSRF=160;FSRR=90;FWDB=-0.0142706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.998;QD=16.5817;RBI=0.0156432;REFB=-0.0143355;REVB=-0.0064077;RO=246;SAF=127;SAR=68;SRF=157;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144234;STB=0.506947;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0198332;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:445:246:250:195:195:0.438202:68:127:157:89:68:127:160:90 chr14 91165572 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-8.28137e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0072;QD=15.9153;RBI=0.0260368;REFB=-0.0146025;REVB=-0.0260367;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485573;STB=0.527427;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0195442;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:15:19:17:11:15:19 chr14 91316481 . A G 405.08 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00847985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6588;QD=21.6043;RBI=0.0345423;REFB=0.00251136;REVB=0.0334853;RO=35;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169279;STB=0.57884;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000943741;OID=.;OPOS=91316481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:34:40:41:0.546667:24:16:21:14:24:17:20:14 chr14 91316521 . T C 328.79 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=67;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0070155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.302;QD=19.0605;RBI=0.00751082;REFB=-0.0150481;REVB=0.00268237;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815122;STB=0.53596;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0138826;OID=.;OPOS=91316521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:33:34:33:35:0.507246:18:15:18:15:18:17:19:15 chr14 91671124 . G A 224.53 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0503323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3204;QD=17.61;RBI=0.129627;REFB=0.000729964;REVB=0.119456;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230211;STB=0.639881;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0029995;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:16:8:15:11:16:8:16:11 chr14 91717214 . C T 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.013907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.229;QD=18.0145;RBI=0.0140823;REFB=-0.0130249;REVB=0.00221498;RO=53;SAF=19;SAR=32;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213533;STB=0.627401;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00928001;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:55:51:51:0.481132:32:19:32:21:32:19:34:21 chr14 91739081 . A G 307.82 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00320195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.915;QD=15.9907;RBI=0.00400854;REFB=-0.0099342;REVB=0.00241162;RO=43;SAF=25;SAR=8;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184525;STB=0.58606;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0103962;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:8:25:26:17:9:25:26:17 chr14 91739221 . TG T 74.88 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0390185;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2867;QD=7.88254;RBI=0.0438976;REFB=-0.0542074;REVB=0.0201137;RO=17;SAF=1;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0.349206;SSEP=0;SSSB=-0.532009;STB=0.802107;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.110802;OID=.;OPOS=91739222;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:19:38:19:38:19:1:18:6:13:72:17:1:18:6:11 chr14 91773494 . G A 245.87 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0104743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.575;QD=14.0494;RBI=0.0134926;REFB=-0.00345311;REVB=-0.00850513;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16402;STB=0.593341;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0132991;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:11:18:19:22:11:18:19:22 chr14 91883499 . G A 556.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.282;QD=60.2081;RBI=0.0489723;REFB=0;REVB=0.00582979;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252833;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr14 91925027 . G T 246.26 PASS AF=0.432836;AO=24;DP=63;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00526156;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.516;QD=14.7019;RBI=0.029708;REFB=-0.00315804;REVB=0.0292383;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226207;STB=0.631492;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00471362;OID=.;OPOS=91925027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:38:38:24:29:0.432836:12:12:27:11:16:13:26:12 chr14 91942087 . AG A 57.34 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.050297;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1516;QD=12.0723;RBI=0.0560967;REFB=-0.0628075;REVB=-0.0248405;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313604;STB=0.683812;STBP=0.256;TYPE=del;VARB=0.0215946;OID=.;OPOS=91942088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:20:8:19:11:4:4:9:2:57:11:4:4:9:2 chr14 92040793 . C G 485.38 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.023807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3212;QD=13.6727;RBI=0.0345873;REFB=-0.0228391;REVB=-0.02509;RO=87;SAF=30;SAR=25;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829703;STB=0.546858;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0287795;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:25:30:54:33:25:30:54:33 chr14 92084004 . C G 576.39 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143961;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5932;QD=60.6726;RBI=0.0240607;REFB=0;REVB=-0.0192787;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99092e-05;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr14 92088016 . G A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.57;QD=62.9797;RBI=0.0745301;REFB=0;REVB=-0.0743083;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189195;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr14 92181405 . G A 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0326342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.821;QD=52.962;RBI=0.0328872;REFB=-0.0237405;REVB=-0.00407204;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665844;STB=0.535692;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000502127;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:20:13:2:0:20:13:2:0 chr14 92249126 . G A 1296.3 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.896;QD=61.7286;RBI=0.0204295;REFB=0;REVB=0.0117901;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25802e-05;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:39:41:0:0:41:43:0:0 chr14 92251587 . A G 528.46 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00746653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.027;QD=17.914;RBI=0.0141299;REFB=-0.0202438;REVB=-0.0119961;RO=61;SAF=27;SAR=29;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398823;STB=0.526306;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0187558;OID=.;OPOS=92251587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:61:62:56:56:0.474576:29:27:32:29:29:27:33:29 chr14 92268615 . T G 742.71 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0284799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.118;QD=53.0509;RBI=0.0346347;REFB=-0.0909086;REVB=0.0197093;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324755;STB=0.517235;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00140215;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:26:28:2:0:26:28:2:0 chr14 92280037 . T C 159.55 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0142845;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.885;QD=21.2736;RBI=0.0547005;REFB=-0.00705342;REVB=0.0528024;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221099;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0130642;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:14:14:15:16:0.533333:11:4:7:7:11:5:7:7 chr14 92344300 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0792688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9955;QD=11.9534;RBI=0.0877925;REFB=0.0248694;REVB=0.0377357;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313604;STB=0.683812;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0263003;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:2:9:4:4:2:9 chr14 92347680 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6553;QD=62.6684;RBI=0.0177129;REFB=0;REVB=0.014111;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256029;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr14 92353655 . A G 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00192502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.822;QD=19.3855;RBI=0.0192978;REFB=-0.0109462;REVB=0.0192016;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646361;STB=0.536549;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0106446;OID=.;OPOS=92353655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:12:9:10:10:12:9 chr14 92441066 . C T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.023084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.627;QD=13.0146;RBI=0.064844;REFB=-0.0201143;REVB=-0.060596;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270793;STB=0.666496;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0228704;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:6:14:14:17:6:14:14:18 chr14 92530513 . C T 277.46 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.014052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.039;QD=18.4971;RBI=0.0149133;REFB=0.00840814;REVB=-0.00499474;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133701;STB=0.516881;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00906337;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:17:13:13:16:17:13:14:16 chr14 92537223 . G T 313.17 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0181892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0605;QD=19.5733;RBI=0.0293235;REFB=-0.00471693;REVB=0.0230005;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117583;STB=0.565179;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00497783;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:18:15:10:21:18:15:10:21 chr14 92537354 . C G 123.69 PASS AF=0.35;AO=12;DP=42;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0197915;FXX=0.0697512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.644;QD=12.3685;RBI=0.0424098;REFB=-0.0169027;REVB=-0.0375085;RO=20;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528122;STB=0.868458;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0304401;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:20:26:12:14:0.35:2:10:7:13:2:12:7:19 chr14 92537379 . T C 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0434949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4844;QD=4.42003;RBI=0.0638955;REFB=-0.00898977;REVB=-0.0468063;RO=35;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601942;STB=0.856463;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0348514;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:45:35:37:8:8:0.177778:2:6:7:28:2:6:9:28 chr14 92548785 . C T 143.33 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0839174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9099;QD=14.7001;RBI=0.0847153;REFB=-0.0185038;REVB=-0.0115997;RO=22;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572132;STB=0.843504;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0126322;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:14:2:14:8:14:2:15:8 chr14 92549586 . G A 265.7 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00723865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.466;QD=18.0132;RBI=0.0075787;REFB=-0.00644345;REVB=-0.00224471;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935263;STB=0.561278;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00755821;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:12:17:14:15:12:17:14:16 chr14 92559678 . G C 311.23 PASS AF=0.6;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00251198;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.772;QD=27.6645;RBI=0.00272257;REFB=-0.00641198;REVB=-0.00104992;RO=18;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163076;STB=0.590424;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00286748;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:18:18:27:27:0.6:19:8:9:9:19:8:9:9 chr14 92588002 . T G 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.019886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.261;QD=19.3672;RBI=0.130855;REFB=-0.0188076;REVB=-0.129335;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302492;STB=0.674342;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0249495;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:2:5:3:7:2:5 chr14 92792255 . G A 644.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7939;QD=61.3576;RBI=0.065212;REFB=0;REVB=0.0366143;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184114;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr14 92909073 . T C,G 802.66 PASS AF=0.847458,0.152542;AO=47,8;DP=57;FAO=50,9;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=29,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114644,0.001457;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.951,128.953;QD=54.4175;RBI=0.0926753,0.0235792;REFB=0,0;REVB=0.0919635,-0.0235342;RO=0;SAF=21,2;SAR=26,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000704554,0.164355;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:57:59:0:0:47,8:50,9:0.847458,0.152542:26,6:21,2:0:0:29,7:21,2:0:0 chr14 92920371 . C T 1312.16 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0265686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.686;QD=59.6436;RBI=0.0267864;REFB=-0.00870317;REVB=-0.00340928;RO=2;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01933;STB=0.510202;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=7.06075e-05;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:48:38:0:2:48:38:0:2 chr14 92950085 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00217297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.726;QD=17.542;RBI=0.0258582;REFB=-0.0289368;REVB=-0.0257668;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137254;STB=0.566917;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.025609;OID=.;OPOS=92950085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:4:11:9:6:4:11:10:6 chr14 92958502 . TG T 94.57 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00363165;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.672;QD=9.22633;RBI=0.0261148;REFB=-7.50751e-05;REVB=0.0258611;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054299;STB=0.518488;STBP=0.906;TYPE=del;VARB=-0.000383422;OID=.;OPOS=92958503;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:11:41:12:41:29:4:8:9:20:94:28:4:7:9:19 chr14 92959216 . G A 320.2 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0518317;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.932;QD=20.9966;RBI=0.0524038;REFB=-0.0284225;REVB=0.00772203;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162569;STB=0.598146;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0197188;OID=.;OPOS=92959216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:33:33:0.540984:20:13:16:11:20:13:17:11 chr14 92959228 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0100962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8122;QD=15.7724;RBI=0.0291186;REFB=-0.00537898;REVB=-0.0273122;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192231;STB=0.608509;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00637322;OID=.;OPOS=92959228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:13:20:11:16:13:20 chr14 92981606 . C G 411.77 PASS AF=0.5;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0126587;FXX=0.0114929;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.4272;QD=19.1523;RBI=0.025303;REFB=-0.0214368;REVB=0.0219089;RO=40;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836831;STB=0.548511;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.014474;OID=.;OPOS=92981606;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:40:43:41:43:0.5:24:17:13:27:25:18:14:29 chr14 93118038 . A G 352.88 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00363326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.959;QD=15.8595;RBI=0.0093735;REFB=-0.0239067;REVB=-0.00864072;RO=51;SAF=14;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127653;STB=0.572088;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0352785;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:24:14:25:26:24:14:25:26 chr14 93118668 . C T 151.23 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0295962;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.723;QD=26.3006;RBI=0.0515528;REFB=0.0437103;REVB=0.0422109;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.578841;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00392772;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:25:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:5:3:9:6:5:3 chr14 93118669 . G A 55.54 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0644679;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.105;QD=8.88707;RBI=0.0645278;REFB=-0.00890966;REVB=-0.00278077;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0467753;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:7:10:3:5:7:10 chr14 93119407 . C T 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0340465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.794;QD=32.9593;RBI=0.0485575;REFB=-0.0235274;REVB=0.0346218;RO=14;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814629;STB=0.544556;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0104621;OID=.;OPOS=93119407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:19:11:7:7:19:11:7:7 chr14 93172971 . G A 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00107456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.31;QD=2.75781;RBI=0.069486;REFB=-0.00764736;REVB=-0.0694777;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401283;STB=0.529329;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0529094;OID=.;OPOS=93172971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:3:4:29:19:3:4:29:19 chr14 93178191 . A G 1267.97 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581516;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.116;QD=61.852;RBI=0.0584439;REFB=0;REVB=0.00583813;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189381;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr14 93199080 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.739;QD=59.8394;RBI=0.0233435;REFB=0;REVB=-0.00763645;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46277e-05;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr14 93263982 . C G 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.051;QD=58.5877;RBI=0.0237271;REFB=0;REVB=0.00571993;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152401;OID=.;OPOS=93263982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr14 93275841 . A G 263.09 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1879;QD=47.8352;RBI=0.059187;REFB=-0.155797;REVB=0.0478878;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00819396;OID=.;OPOS=93275841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:13:8:0:0:13:8:0:1 chr14 93276654 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.436;QD=55.0987;RBI=0.0164866;REFB=0;REVB=0.00720121;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48421e-05;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 93398031 . G C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0111748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.561;QD=16.2713;RBI=0.0111749;REFB=-0.0225313;REVB=-4.37547e-05;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295851;STB=0.642672;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0130836;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:5:9:6:12:6:9:6:12 chr14 93399169 . G A 585.52 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.034675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8764;QD=21.0996;RBI=0.0851508;REFB=-0.0262561;REVB=0.0777709;RO=52;SAF=23;SAR=36;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223824;STB=0.622909;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0224279;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:36:23:34:18:36:23:34:18 chr14 93401178 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2951;QD=37.4857;RBI=0.039194;REFB=0;REVB=-0.00687341;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00314138;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 93407062 . A G 1102.47 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.291;QD=58.7984;RBI=0.035775;REFB=-0.0563891;REVB=0.0291192;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010398;STB=0.505493;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00224956;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:29:45:1:0:29:45:1:0 chr14 93407301 . C A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00202782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.255;QD=21.6305;RBI=0.00637576;REFB=-0.0139586;REVB=0.00604469;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159508;STB=0.588178;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00948827;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:8:16:14:16:8:16 chr14 93412743 . G A 138.5 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.017785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.601;QD=12.0437;RBI=0.078356;REFB=-0.0174134;REVB=0.0763109;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412582;STB=0.539826;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0422887;OID=.;OPOS=93412743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:10:5:11:19:11:5:11:19 chr14 93693831 . C T 300.71 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00318159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7667;QD=20.3871;RBI=0.0233044;REFB=-0.0112434;REVB=0.0230862;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158967;STB=0.568941;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00999476;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:27:31:32:0.542373:19:12:16:12:19:13:15:12 chr14 93703854 . G A 48.33 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.046354;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.344;QD=10.7398;RBI=0.058542;REFB=-0.00646896;REVB=-0.0357557;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0016415;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr14 93712353 . G C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00929378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.912;QD=5.19185;RBI=0.0101398;REFB=0.00106289;REVB=-0.00405466;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131509;STB=0.587971;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00325535;OID=.;OPOS=93712353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:16:10:2:5:16:10 chr14 93943998 . G A 390.24 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.000366575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.912;QD=16.4312;RBI=0.000592197;REFB=-0.00516132;REVB=0.000465103;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188785;STB=0.517445;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0075869;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:54:40:41:0.431579:20:20:26:28:20:21:26:28 chr14 93994954 . G A 416.52 PASS AF=0.401639;AO=48;DP=123;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00560531;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6386;QD=13.6565;RBI=0.0115957;REFB=0.00574067;REVB=-0.0101509;RO=72;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442372;STB=0.526569;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0108512;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:72:73:48:49:0.401639:24:24:33:39:24:25:34:39 chr14 94007075 . C T 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0122514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.576;QD=20.1554;RBI=0.0249836;REFB=-0.0243376;REVB=-0.0217734;RO=32;SAF=26;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153102;STB=0.585414;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0126263;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:9:26:19:13:9:26:19:13 chr14 94184981 . A T 96.13 PASS AF=0.521739;AO=2;DP=14;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.221844;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.682;QD=16.719;RBI=0.222419;REFB=-0.0962211;REVB=0.0159793;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561268;STB=0.521703;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.195914;OID=.;OPOS=94184981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:14:23:12:11:2:12:0.521739:0:2:6:6:6:6:5:6 chr14 94187832 . C T 77.89 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00884981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8297;QD=14.837;RBI=0.0131714;REFB=-0.0136503;REVB=-0.00975535;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512812;STB=0.789037;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0088861;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:11:0:6:4:11:0 chr14 94410275 . CA C 1172.48 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.5888;QD=46.8991;RBI=0.0239224;REFB=0;REVB=0.013996;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000498294;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:100:100:100:0:49:51:0:0:21:0:47:50:0:0 chr14 94417421 . G A 753.83 PASS AF=0.493671;AO=78;DP=158;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00642419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.149;QD=19.0843;RBI=0.011383;REFB=-0.0260373;REVB=-0.00939695;RO=77;SAF=41;SAR=37;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557303;STB=0.512996;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0218592;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:80:78:78:0.493671:37:41:40:37:37:41:40:40 chr14 94417541 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.841;QD=57.2376;RBI=0.0164115;REFB=0;REVB=0.00186231;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7161e-05;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr14 94417586 . G A 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0606164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5278;QD=22.6261;RBI=0.0891525;REFB=-0.0502689;REVB=0.0653745;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301495;STB=0.671982;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0416588;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:5:3:10:3:5:3 chr14 94467549 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00326081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.229;QD=14.0792;RBI=0.0613034;REFB=0.00173591;REVB=-0.0612166;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00307552;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:14:16:12:12:0.428571:3:9:11:3:3:9:12:4 chr14 94510964 . T C 152.85 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0122819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8265;QD=15.6764;RBI=0.0502718;REFB=-0.0196834;REVB=0.0487484;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592131;STB=0.844443;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0353704;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:14:3:17:4:14:3:18:4 chr14 94524216 . T C 200.81 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0174707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.224;QD=20.5963;RBI=0.0176969;REFB=-0.0256087;REVB=0.00282017;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200385;STB=0.612549;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0348359;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:13:6:11:9:13:6 chr14 94564035 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0228969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.837;QD=55.5185;RBI=0.025376;REFB=-0.131499;REVB=0.0109396;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00466468;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:23:10:0:1:23:10:0:1 chr14 94564039 . A G 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0562078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9693;QD=16.882;RBI=0.0580211;REFB=-0.0424161;REVB=-0.0143919;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877296;STB=0.560899;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0462046;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:10:5:4:12:10:5:4:13 chr14 94564058 . G A 100.69 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00766967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.648;QD=16.1105;RBI=0.0135557;REFB=-0.0148489;REVB=0.0111773;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0405048;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:4:9:8:4:4:9 chr14 94582130 . T TGGCCATGGC 193.91 PASS AF=0.42;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000403662;FXX=0;HRUN=2;LEN=9;MLLD=365.474;QD=15.5131;RBI=0.0175283;REFB=-0.0181053;REVB=-0.0175237;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289935;STB=0.516237;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=0.0252446;OID=.;OPOS=94582131;OREF=-;OALT=GGCCATGGC;OMAPALT=TGGCCATGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:19:50:21:50:29:10:11:13:16:99:29:8:11:13:16 chr14 94756450 . T A 724.05 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.078;QD=54.645;RBI=0.0233345;REFB=-0.0400754;REVB=0.0181772;RO=1;SAF=39;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348495;STB=0.518511;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000361385;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:13:39:0:1:13:39:0:1 chr14 94756750 . T C 731.63 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.263;QD=56.2789;RBI=0.0274419;REFB=0;REVB=0.00310901;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34852e-05;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr14 94756794 . T C 683.61 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00771363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1879;QD=58.1792;RBI=0.00940129;REFB=-0.0413638;REVB=0.00537439;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0152067;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:1:2:44:45:0.957447:20:24:1:0:20:25:1:1 chr14 94776221 . A C 1539.68 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.544;QD=59.7932;RBI=0.0238892;REFB=0;REVB=0.0139091;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25734e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr14 94912799 . G A 595.1 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0164418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.544;QD=16.0837;RBI=0.0264835;REFB=-0.00715383;REVB=0.0207616;RO=83;SAF=34;SAR=29;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396874;STB=0.528178;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0113071;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:83:85:63:63:0.425676:29:34:48:35:29:34:50:35 chr14 94912896 . T G 446.3 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0503488;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9833;QD=17.5021;RBI=0.0505461;REFB=-0.00163787;REVB=0.00446158;RO=53;SAF=26;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305267;STB=0.522122;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00119966;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:54:48:48:0.470588:22:26:27:26:22:26:27:27 chr14 94929541 . G A 1529.78 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8463;QD=63.7408;RBI=0.00439254;REFB=0;REVB=0.00327557;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24567e-05;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:45:51:0:0:45:51:0:0 chr14 94931105 . A G 463.76 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.3;QD=57.9705;RBI=0.0237287;REFB=0;REVB=0.0208835;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81219e-05;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr14 94933473 . C A 197.71 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00344093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.045;QD=14.1221;RBI=0.0149195;REFB=-0.00275621;REVB=0.0145173;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176723;STB=0.600509;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00426819;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:10:14:13:19:10:14:13:19 chr14 94933640 . A T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.052656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.746;QD=19.761;RBI=0.0530063;REFB=0.00513385;REVB=-0.00608402;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222267;STB=0.624673;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0063189;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:7:18:11:12:7:18 chr14 94933695 . G A 191.5 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0321624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0872;QD=22.5291;RBI=0.0508136;REFB=-0.000153663;REVB=0.0393395;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275822;STB=0.652853;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0024716;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:2:13:10:9:2:13 chr14 94933709 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0238892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.821;QD=12.9748;RBI=0.0259569;REFB=-0.0120434;REVB=-0.0101523;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567564;STB=0.845443;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0124557;OID=.;OPOS=94933709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:11:1:9:9:11:1:9:9 chr14 94936110 . G A 89.18 PASS AF=0.769231;AO=7;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0313539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.205;QD=27.4414;RBI=0.043172;REFB=-0.00506437;REVB=0.0296776;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367917;STB=0.713813;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00189932;OID=.;OPOS=94936110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:7:10:0.769231:5:2:3:0:8:2:3:0 chr14 95080803 . G A 73.02 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5842;QD=36.5083;RBI=0.233315;REFB=0;REVB=0.233267;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168882;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:1:0:7:8:1:2:5:0:1:3:5:0:0 chr14 95107973 . C T 195.71 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0421795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5693;QD=17.7921;RBI=0.0551078;REFB=-0.0638218;REVB=0.0354649;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144846;STB=0.504583;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0780059;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:10:13:11:9:11:13 chr14 95555205 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7386;QD=56.998;RBI=0.0112432;REFB=0;REVB=0.00760346;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145192;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr14 95562578 . G A 31.81 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0255372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6147;QD=2.49528;RBI=0.0455623;REFB=0.00225263;REVB=0.037733;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244935;STB=0.691682;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0167333;OID=.;OPOS=95562578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:4:2:24:20:4:2:25:20 chr14 95660242 . A G 721.73 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.938;QD=53.4617;RBI=0.013746;REFB=-0.120252;REVB=0.00530085;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392057;STB=0.5102;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-4.97687e-05;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:29:23:2:0:29:24:1:0 chr14 95670096 . T C 56.18 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00440729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.31;QD=2.99608;RBI=0.0247673;REFB=0.0035283;REVB=-0.024372;RO=64;SAF=8;SAR=3;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252829;STB=0.676588;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0155026;OID=.;OPOS=95670096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:64:64:11:11:0.146667:3:8:34:30:3:8:34:30 chr14 95786115 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0600731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.39;QD=14.1383;RBI=0.0617368;REFB=-0.00309642;REVB=-0.0142357;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151967;STB=0.588113;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0086371;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:7:13:7:7:7:13 chr14 95903307 . TAGA T 199.01 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0136414;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=175.415;QD=13.2671;RBI=0.0705792;REFB=-0.00910273;REVB=-0.0692484;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177471;STB=0.620587;STBP=0.147;TYPE=del;VARB=0.0195148;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:23:59:24:60:36:8:16:19:17:99:33:8:15:17:16 chr14 95906321 . G A 785.94 PASS AF=0.428571;AO=87;DP=203;FAO=87;FDP=203;FR=.;FRO=116;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.0172332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.084;QD=15.4865;RBI=0.0200581;REFB=-0.0249915;REVB=0.0102636;RO=116;SAF=34;SAR=53;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787412;STB=0.54396;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.025893;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:116:116:87:87:0.428571:53:34:54:62:53:34:54:62 chr14 95918625 . T C 158.45 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0124449;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7818;QD=9.90326;RBI=0.023977;REFB=-0.0030684;REVB=0.0204944;RO=42;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189805;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00641424;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:13:8:23:19:13:8:24:19 chr14 95921741 . C T 143.54 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00417066;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.85;QD=16.8869;RBI=0.00658653;REFB=-0.0273592;REVB=-0.00509784;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0339449;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:18:15:16:0.470588:8:7:10:10:8:8:10:8 chr14 95923670 . A C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0324163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.639;QD=14.7015;RBI=0.0356955;REFB=-0.020038;REVB=-0.014945;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152525;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0240179;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:4:11:7:5:4:11 chr14 95999820 . T C 547.27 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0286762;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.243;QD=23.0431;RBI=0.0303659;REFB=-0.00482277;REVB=-0.00998826;RO=44;SAF=33;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708928;STB=0.539057;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00624508;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:44:44:51:51:0.536842:18:33:25:19:18:33:25:19 chr14 96131432 . A G 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2629;QD=62.3382;RBI=0.0443238;REFB=0;REVB=-0.0281447;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797197;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr14 96136794 . A G 147.11 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00632407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1081;QD=16.8129;RBI=0.0410606;REFB=-0.0343881;REVB=0.0405706;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609174;STB=0.534841;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0418685;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:13:6:6:10:13:6 chr14 96157679 . T A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0135526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.283;QD=15.9155;RBI=0.0142032;REFB=-0.0143675;REVB=0.0042496;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279313;STB=0.657423;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0108846;OID=.;OPOS=96157679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:10:18:12:22:10:18:12:22 chr14 96178688 . C T 462.42 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0194316;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.087;QD=21.2605;RBI=0.0304633;REFB=0.0025513;REVB=0.0234612;RO=37;SAF=24;SAR=21;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148442;STB=0.561805;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00218318;OID=.;OPOS=96178688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:42:45:45:0.517241:21:24:13:24:21:24:17:25 chr14 96556914 . T C 831.16 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104784;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.454;QD=55.4104;RBI=0.0390284;REFB=-0.141668;REVB=0.0375954;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000946541;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:28:30:0:1:29:30:0:1 chr14 96557121 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.932;QD=53.907;RBI=0.0129697;REFB=0;REVB=0.00647342;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49965e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr14 96557825 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00671388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.703;QD=17.4019;RBI=0.0131622;REFB=-0.018924;REVB=0.0113211;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133014;OID=.;OPOS=96557825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:7:6:6:7:7:6 chr14 96557873 . G T 117.72 PASS AF=0.52;AO=9;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000565529;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5821;QD=18.8346;RBI=0.132003;REFB=-0.011463;REVB=0.132002;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0252377;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:11:12:9:13:0.52:3:6:5:6:5:8:5:7 chr14 96558235 . T C 210.25 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0306032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5337;QD=15.5741;RBI=0.0309343;REFB=0.00270596;REVB=-0.00451422;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498079;STB=0.528278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00444945;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:14:16:14:10:14:16 chr14 96558595 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00701631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.49;QD=18.1183;RBI=0.0424865;REFB=-0.024354;REVB=-0.0419031;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292454;STB=0.666481;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0298446;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:13:7:12:6:13:7 chr14 96558694 . C T 123.32 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0202548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.732;QD=17.0098;RBI=0.0221478;REFB=-0.0120406;REVB=-0.00895926;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122387;STB=0.529369;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0163439;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:10:3:5:10:10:4:5:10 chr14 96558881 . C G,T 817.18 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=55,3;DP=58;FAO=55,3;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105011,-0.00705402;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=212.402,9.9622;QD=56.3569;RBI=0.022315,0.0198553;REFB=0,0;REVB=0.0222903,0.01856;RO=0;SAF=20,1;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.67221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000323321,0.178791;OID=.,.;OPOS=96558881,96558881;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:0:0:55,3:55,3:0.948276,0.0517241:35,2:20,1:0:0:35,2:20,1:0:0 chr14 96559250 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00196678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.967;QD=18.7119;RBI=0.0197366;REFB=0.00122254;REVB=0.0196384;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178792;STB=0.600557;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000827518;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:15:4:7:11:15:4 chr14 96559459 . C A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.019551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.254;QD=12.4667;RBI=0.0205728;REFB=-0.013198;REVB=-0.00640294;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337059;STB=0.696762;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0221505;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:5:15:15:18:5:15:15:18 chr14 96559723 . G A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00704046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.734;QD=22.5343;RBI=0.00870101;REFB=-0.0199659;REVB=0.00511268;RO=24;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221881;STB=0.623072;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00993228;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:23:9:13:11:23:9:13:11 chr14 96559732 . G C 187.77 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0167546;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9749;QD=14.1714;RBI=0.0172732;REFB=-0.0186399;REVB=-0.00420084;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173319;STB=0.598507;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0291011;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:9:22:12:10:9:22 chr14 96559791 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0296803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.265;QD=14.1388;RBI=0.0307426;REFB=-0.0189316;REVB=0.00801185;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19746;STB=0.615217;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0172971;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:9:5:11:9:9:5:11:9 chr14 96560083 . A T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00379114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.256;QD=16.4059;RBI=0.00768502;REFB=-0.0138566;REVB=-0.00668482;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231814;STB=0.631059;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0131565;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:18:19:9:22:18:19 chr14 96560092 . G A 337.56 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0220548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2596;QD=20.1526;RBI=0.0329169;REFB=0.00564372;REVB=-0.0244358;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177862;STB=0.59823;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00620413;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:17:18:23:9:17:18:23:9 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 568.04 PASS AF=0.765432;AO=57;DP=71;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0271954;FXX=0.0581328;HRUN=4;LEN=9;MLLD=259.203;QD=28.0511;RBI=0.0454295;REFB=-0.0518035;REVB=0.0363902;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508507;STBP=0.765;TYPE=del;VARB=0.0123397;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.765432:57:71:62:81:19:37:25:12:7:70:0:32:25:0:0 chr14 96671278 . G A 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0214657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.016;QD=4.46179;RBI=0.0290483;REFB=-0.00477475;REVB=0.0195711;RO=53;SAF=5;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200923;STB=0.642641;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.021288;OID=.;OPOS=96671278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:53:55:13:13:0.191176:8:5:29:24:8:5:31:24 chr14 96707457 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.916;QD=57.2011;RBI=0.0512699;REFB=0;REVB=-0.0498698;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031071;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr14 96708667 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.889;QD=62.3508;RBI=0.0154265;REFB=0;REVB=0.0153784;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3237e-05;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr14 96708782 . A T 357.06 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.009656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.068;QD=19.3003;RBI=0.0168779;REFB=-0.0162018;REVB=0.0138429;RO=35;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115209;STB=0.542182;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0133182;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:37:36:37:0.5:13:23:18:17:14:23:20:17 chr14 96709230 . G A 132.93 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00661637;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1901;QD=10.8512;RBI=0.0155891;REFB=-0.00641141;REVB=-0.0141154;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424226;STB=0.761041;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0149243;OID=.;OPOS=96709230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:33:16:16:0.326531:5:11:9:22:5:11:9:24 chr14 96709359 . A AC 492.47 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.733;QD=45.8109;RBI=0.068905;REFB=0;REVB=0.0534892;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0027726;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:45:43:43:0:23:20:0:0:9:2:23:20:2:0 chr14 96730142 . A G 1616.85 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000362796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.281;QD=57.2338;RBI=0.0194673;REFB=-0.0760309;REVB=-0.019464;RO=3;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749178;STB=0.503948;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.000655242;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:3:3:110:110:0.973451:57:53:1:2:57:53:1:2 chr14 96751968 . TAAAAAAT ATAAAAAT,TAAAAAT,TAAAAATA 73.99 PASS AF=0.0238095,0.214286,0.166667;AO=2,11,5;DP=42;FAO=1,9,7;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=0,4,7;FSAR=1,5,0;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0294407,0.164902,0.039505;FXX=0.0232504;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=70.3685,8.44189,55.7793;QD=7.04631;RBI=0.0937857,0.271257,0.0648412;REFB=-0.00445466,-0.114197,-0.0208045;REVB=-0.0890449,-0.215377,-0.0514173;RO=16;SAF=0,4,5;SAR=2,7,0;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.656611,-0.37343,0.642913;STB=0.992405,0.640728,0.997949;STBP=0.255,0.357,0.02;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.148216,0.0881182,0.0584166;OID=.,.,.;OPOS=96751968,96751969,96751974;OREF=TA,A,AT;OALT=AT,-,TA;OMAPALT=ATAAAAAT,TAAAAAT,TAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:42:42:16:25:2,11,5:1,9,7:0.0238095,0.214286,0.166667:2,7,0:0,4,5:12:4:1,5,0:0,4,7:16:9 chr14 96771959 . A G 1323.28 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5904;QD=60.8406;RBI=0.0213506;REFB=-0.0485788;REVB=-0.00236372;RO=1;SAF=45;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104115;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-9.00993e-05;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:87:1:1:85:86:0.988506:40:45:1:0:41:45:1:0 chr14 96777468 . G C 190.49 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00659292;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.663;QD=14.653;RBI=0.00687464;REFB=-0.0227284;REVB=-0.00194784;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251465;STB=0.514375;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.026678;OID=.;OPOS=96777468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:17:13:9:13:17:13 chr14 96781912 . T C 763.45 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0398032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8315;QD=49.2551;RBI=0.0417652;REFB=-0.01011;REVB=-0.0126505;RO=4;SAF=34;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523187;STB=0.517154;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00642733;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:4:5:57:57:0.919355:23:34:4:0:23:34:4:1 chr14 96797724 . G A 854.87 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163131;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.557;QD=57.9574;RBI=0.0180655;REFB=0;REVB=0.00776175;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580852;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr14 96829290 . G A 987.88 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0217331;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.239;QD=54.882;RBI=0.0217786;REFB=0.141672;REVB=-0.00140731;RO=3;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449513;STB=0.523803;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0036533;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:72:3:3:69:69:0.958333:30:39:0:3:30:39:0:3 chr14 96851111 . C T 240.83 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0100426;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6766;QD=16.609;RBI=0.0148091;REFB=0.0214087;REVB=0.0108838;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602054;STB=0.524228;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0163609;OID=.;OPOS=96851111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:31:27:27:0.465517:16:11:15:17:16:11:14:17 chr14 96922752 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.727;QD=57.545;RBI=0.0586412;REFB=0;REVB=0.0521466;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192811;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr14 97104758 . A G 325.69 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0042039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.356;QD=26.5866;RBI=0.00624208;REFB=0.000335815;REVB=-0.00461419;RO=20;SAF=19;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289084;STB=0.66271;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000128084;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:20:28:29:0.591837:9:19:6:14:9:20:6:14 chr14 97299853 . A G 223.07 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0118797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8509;QD=16.5233;RBI=0.0119651;REFB=-0.0189413;REVB=0.00142641;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188264;STB=0.613946;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0174919;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:25:25:0.462963:11:14:10:18:11:14:10:19 chr14 97321689 . C T 306.28 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00630237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7732;QD=15.3139;RBI=0.0510109;REFB=-0.0164703;REVB=-0.05062;RO=46;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074042;STB=0.541826;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0185502;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:16:18:21:25:16:18:21:25 chr14 98435696 . T C 1868.79 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00949945;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.226;QD=60.2835;RBI=0.08723;REFB=-0.0152314;REVB=0.0867112;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=5.62685e-05;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:122:123:0.991935:58:64:0:0:59:64:1:0 chr14 98444369 . T C 788.56 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126962;FXX=0.0483793;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.409;QD=53.4614;RBI=0.0144711;REFB=-0.0144297;REVB=0.00694402;RO=2;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728412;STB=0.503392;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000478159;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:56:57:0.966102:22:34:1:1:23:34:1:1 chr14 98817896 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6366;QD=57.7111;RBI=0.0301546;REFB=0;REVB=-0.0282458;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391935;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr14 99182535 . C T 216.26 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00383813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.524;QD=22.1804;RBI=0.00626015;REFB=-0.0131852;REVB=-0.00494553;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335303;STB=0.518779;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0256384;OID=.;OPOS=99182535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:11:7:9:12:11:7 chr14 100039109 . C G 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000311342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.323;QD=15.6032;RBI=0.0118922;REFB=-0.00663287;REVB=-0.0118881;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194566;STB=0.518652;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0104587;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:30:30:0.441176:16:14:18:19:16:14:19:19 chr14 100049433 . C G 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0414564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5804;QD=10.9394;RBI=0.0623928;REFB=-0.0252604;REVB=0.0466286;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180561;STB=0.609948;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0517444;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:9:2:6:14:9:2:6:14 chr14 100189287 . C T 837.21 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.225;QD=55.8141;RBI=0.0204404;REFB=-0.0821999;REVB=0.0102882;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=1.67256e-05;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:35:24:1:0:35:24:1:0 chr14 100375707 . C T 787.75 PASS AF=0.593496;AO=73;DP=123;FAO=73;FDP=123;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00127968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5033;QD=25.6181;RBI=0.00627826;REFB=0.015342;REVB=0.00614646;RO=50;SAF=34;SAR=39;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193704;STB=0.510531;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0115945;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:50:50:73:73:0.593496:39:34:22:28:39:34:22:28 chr14 100380948 . T C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0086532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.733;QD=16.5041;RBI=0.00866157;REFB=-0.007427;REVB=-0.000380608;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14335;STB=0.580943;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00680563;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:16:10:16:14:16:10:16:14 chr14 100411737 . C A 212.7 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00491379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9236;QD=20.2576;RBI=0.00589514;REFB=-0.0161943;REVB=-0.00325688;RO=21;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108162;STB=0.561342;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0157619;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:5:16:14:7:5:16:14:7 chr14 100411767 . C T 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0075988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.237;QD=22.7931;RBI=0.0146765;REFB=-0.0233168;REVB=0.0125562;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439107;STB=0.524569;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0317205;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:13:8:8:16:13:8 chr14 100411771 . T G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0225616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.631;QD=22.7938;RBI=0.0319055;REFB=-0.0206516;REVB=0.0225596;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439107;STB=0.524569;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0236975;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:13:8:8:16:13:8 chr14 100411774 . G A 658.25 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.968;QD=59.8409;RBI=0.0430697;REFB=-0.156557;REVB=0.011746;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284424;STB=0.515144;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000455069;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:16:27:0:1:16:27:0:1 chr14 100615665 . T C 1045.98 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.199;QD=58.9284;RBI=0.0280477;REFB=0;REVB=0.0266897;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41975e-05;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:32:38:1:0:32:39:0:0 chr14 100615961 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6331;QD=33.4282;RBI=0.17604;REFB=0;REVB=0.158977;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136869;OID=.;OPOS=100615961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 100759046 . C A 75.16 PASS AF=0.692308;AO=7;DP=14;FAO=9;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.025048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.45;QD=23.1261;RBI=0.025063;REFB=-0.0544106;REVB=0.000866602;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.592358;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0190551;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:14:13:5:4:7:9:0.692308:1:6:3:2:1:8:3:1 chr14 100759277 . C T 401.54 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0235015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.131;QD=18.8959;RBI=0.0257033;REFB=-0.0170063;REVB=0.0104086;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979711;STB=0.505454;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0155156;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:21:20:21:23:21:20:21:23 chr14 100792482 . C A 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.287;QD=57.5402;RBI=0.0494898;REFB=0;REVB=0.048114;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149157;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr14 100795139 . G T 122.77 PASS AF=0.65;AO=10;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0408272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5698;QD=24.5531;RBI=0.0720145;REFB=-0.117847;REVB=0.0593231;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249643;STB=0.59984;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.021418;OID=.;OPOS=100795139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:20:6:7:10:13:0.65:8:2:3:3:9:4:4:3 chr14 100808845 . G A 1277.55 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.017;QD=61.5686;RBI=0.0599582;REFB=0;REVB=0.0533274;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150852;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:54:25:0:0:57:26:0:0 chr14 100832391 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.141;QD=60.0301;RBI=0.0410638;REFB=0;REVB=0.0289423;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147245;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr14 100847523 . T C 512.05 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206003;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8839;QD=56.8948;RBI=0.0212977;REFB=-0.0341713;REVB=-0.0054055;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0020523;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:0:1:18:17:0:1 chr14 100847707 . A G 257.19 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0115658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.239;QD=11.4305;RBI=0.0370606;REFB=-0.00738546;REVB=-0.0352096;RO=59;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232015;STB=0.633719;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0171354;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:13:18:22:37:13:18:22:37 chr14 100847930 . A G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00574641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.778;QD=15.6452;RBI=0.0127197;REFB=-0.0123305;REVB=-0.0113476;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030906;STB=0.517609;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0179191;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:18:11:9:13:18:11 chr14 100996312 . T C 463.64 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=56;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0035541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.295;QD=33.1171;RBI=0.0128836;REFB=-0.0517684;REVB=-0.0123837;RO=15;SAF=14;SAR=27;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418282;STB=0.522582;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0174527;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:15:41:41:0.732143:27:14:4:11:27:14:4:11 chr14 101005215 . T C 55.69 PASS AF=0.32;AO=5;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00416229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.775;QD=8.91034;RBI=0.00896183;REFB=-0.0591364;REVB=-0.0079366;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141542;STB=0.583101;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0867905;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:25:25:10:16:5:8:0.32:4:1:3:7:7:1:3:13 chr14 101005236 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0167447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.774;QD=9.19976;RBI=0.0167681;REFB=-0.00468683;REVB=-0.000885018;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157892;STB=0.599679;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0249542;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:3:10:6:1:3:10 chr14 101138230 . A C 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0107;QD=57.1707;RBI=0.0489274;REFB=0;REVB=0.0422203;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081401;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr14 101198417 . A G 1197.36 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.768;QD=60.6256;RBI=0.0217969;REFB=0;REVB=0.00644437;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29732e-07;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:46:33:0:0 chr14 101200645 . T C 184.86 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.656;QD=46.2142;RBI=0.025207;REFB=0;REVB=0.0246397;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32201e-05;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr14 101301038 . C G 163.89 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0742595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7326;QD=13.6579;RBI=0.0749874;REFB=-0.0132899;REVB=0.0104228;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190232;STB=0.575953;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0295744;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:30:18:18:0.375:10:8:17:10:10:8:17:13 chr14 101302211 . G T 283.96 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0150165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.698;QD=17.7472;RBI=0.0156188;REFB=-0.0257422;REVB=0.00429557;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820336;STB=0.51162;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.027138;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:33:30:31:0.484375:21:9:6:21:21:10:10:23 chr14 101302283 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0534256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.726;QD=15.1657;RBI=0.0539375;REFB=-0.024594;REVB=0.00741332;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131025;STB=0.575658;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0247877;OID=.;OPOS=101302283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:12:8:8:7:12:8 chr14 101350721 . T C 339.44 PASS AF=0.381818;AO=41;DP=109;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0257951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.528;QD=12.3431;RBI=0.049228;REFB=-0.00529492;REVB=0.0419286;RO=68;SAF=14;SAR=27;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487581;STB=0.533317;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0102983;OID=.;OPOS=101350721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:68:68:41:42:0.381818:27:14:26:42:28:14:26:42 chr14 101507727 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.71;QD=62.67;RBI=0.015896;REFB=0;REVB=0.0155533;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54348e-05;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr14 101522556 . T C 478.27 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00546943;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.397;QD=21.9893;RBI=0.0201435;REFB=-0.00672553;REVB=-0.0193867;RO=41;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126157;STB=0.569654;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00736126;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:41:46:46:0.528736:28:18:22:19:28:18:22:19 chr14 101531854 . A G 1089.31 PASS AF=0.557377;AO=102;DP=181;FAO=102;FDP=183;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.00635812;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.114;QD=23.8099;RBI=0.0405122;REFB=-0.0283894;REVB=-0.0400101;RO=79;SAF=39;SAR=63;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221352;STB=0.505628;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0239621;OID=.;OPOS=101531854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:79:81:102:102:0.557377:63:39:30:49:63:39:30:51 chr14 102028550 . C T 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.085676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5025;QD=20.5618;RBI=0.0857072;REFB=0.0126028;REVB=0.00231058;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191175;STB=0.605989;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00568699;OID=.;OPOS=102028550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:8:17:13:16:8:17 chr14 102446161 . G A 407.87 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0115888;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1544;QD=22.6594;RBI=0.0386781;REFB=-0.00966528;REVB=-0.0369012;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126262;STB=0.56941;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0108979;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:20:20:21:11:20:20:21:11 chr14 102550803 . G A 310.68 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414865;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3128;QD=54.0309;RBI=0.055118;REFB=0;REVB=-0.0362886;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216334;OID=.;OPOS=102550803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr14 102568296 . G A 809.48 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00452782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3332;QD=53.9656;RBI=0.0314219;REFB=-0.124871;REVB=-0.031094;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.51562;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00306386;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:1:2:58:58:0.966667:31:27:0:1:31:27:0:2 chr14 102568367 . T A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.123;QD=56.9549;RBI=0.0408357;REFB=0;REVB=0.0384393;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93455e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr14 102808655 . G C 132.6 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.000399023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.089;QD=15.154;RBI=0.0135135;REFB=-0.00977227;REVB=-0.0135076;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202667;STB=0.626304;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0130515;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:7:8:14:5:7:8:15:5 chr14 102814945 . G A 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00852782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.429;QD=27.2772;RBI=0.00860418;REFB=-0.015814;REVB=-0.00114382;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709935;STB=0.539143;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00895247;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:15:13:7:12:15:13:7:12 chr14 102822185 . T G 171.81 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0068419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.284;QD=7.46977;RBI=0.0156687;REFB=-0.00365623;REVB=-0.014096;RO=68;SAF=4;SAR=20;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453826;STB=0.778434;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0147479;OID=.;OPOS=102822185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:68:68:24:24:0.26087:20:4:34:34:20:4:34:34 chr14 102894593 . G A 174.15 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0150643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.962;QD=21.1087;RBI=0.0201149;REFB=-0.0306149;REVB=-0.0133296;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216459;STB=0.605948;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0266761;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:9:8:11:4:9:9:11:4 chr14 102965367 . TCACCA T,TC 105.57 PASS AF=0.571429,0;AO=9,2;DP=20;FAO=12,0;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.013759,0.00488945;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=219.952,217.709;QD=20.1085;RBI=0.0150229,0.0336884;REFB=-0.0366864,-0.0318881;REVB=-0.00603126,-0.0333317;RO=8;SAF=7,0;SAR=2,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0315978,-0.684179;STB=0.588097,0.5;STBP=0.426,1;TYPE=del,del;VARB=0.0282209,0;OID=.,.;OPOS=102965368,102965369;OREF=CACCA,ACCA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0:9,2:20:12,0:21:9:7,0:5,0:7:2:63:8:7,0:2,2:6:2 chr14 102965435 . A G 152.11 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0259632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2745;QD=15.2112;RBI=0.0340948;REFB=-0.0391036;REVB=0.0220991;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795846;STB=0.545405;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.051214;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:8:14:10:8:8:14 chr14 102965437 . A T 172.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0124551;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.499;QD=17.2329;RBI=0.080234;REFB=-0.030723;REVB=-0.0792614;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795846;STB=0.545405;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0360121;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:8:14:10:8:8:14 chr14 103161736 . A AG 713.85 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0717;QD=46.055;RBI=0.130875;REFB=0;REVB=-0.119639;RO=3;SAF=33;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00134912;OID=.;OPOS=103161737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:62:62:0:34:28:0:0:13:3:33:27:2:1 chr14 103195365 . G C 962.67 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240713;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.932;QD=58.3439;RBI=0.0242854;REFB=-0.0467119;REVB=0.00321726;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51466e-05;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr14 103338324 . T A 423.29 PASS AF=0.45;AO=51;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00670855;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=35.2425;QD=16.9315;RBI=0.0155123;REFB=-0.0452658;REVB=-0.0139866;RO=41;SAF=31;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099685;STB=0.528204;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0540194;OID=.;OPOS=103338324;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:55:51:45:0.45:20:31:20:21:19:26:29:26 chr14 103342049 . T C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0310946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.088;QD=16.4438;RBI=0.0322118;REFB=0.00133782;REVB=0.00840994;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.612785;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00147691;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:14:6:12:14:14:6:13:14 chr14 103370114 . CGGGGC CGGGC,CGGGGT 312.38 PASS AF=0.272727,0.5;AO=13,18;DP=47;FAO=12,22;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=10,17;FSAR=2,5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.064316,0.025811;FXX=0.0434688;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=11.733,192.233;QD=28.3985;RBI=0.205387,0.0423162;REFB=-0.259967,-0.0323709;REVB=-0.195057,-0.0335329;RO=9;SAF=9,16;SAR=4,2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0214541,0.256575;STB=0.651885,0.570827;STBP=0.201,0.307;TYPE=del,snp;VARB=0.157816,0.0282386;OID=.,.;OPOS=103370115,103370119;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=CGGGC,CGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.5:13,18:47:12,22:44:10:10,17:2,5:6:4:67:9:9,16:4,2:6:3 chr14 103370163 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00320192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.943;QD=15.6253;RBI=0.0325476;REFB=-0.0134226;REVB=0.0323897;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624681;STB=0.536044;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0189797;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:17:10:6:13:17:10 chr14 103440473 . G C 212.83 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0145154;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.544;QD=17.3741;RBI=0.0459921;REFB=-0.0236519;REVB=0.0436414;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040354;STB=0.503996;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0365406;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:7:14:17:10:8:14:17:10 chr14 103566785 . C T 540.34 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00694039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.19;QD=18.0113;RBI=0.00815668;REFB=-0.0127204;REVB=0.00428513;RO=63;SAF=27;SAR=30;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922669;STB=0.551163;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0165602;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:30:27:36:27:30:27:36:27 chr14 103566835 . C G 501.47 PASS AF=0.504854;AO=47;DP=97;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0280603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.897;QD=19.4744;RBI=0.0348905;REFB=-0.029279;REVB=0.0207356;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252041;STB=0.600554;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0362253;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:103:50:51:47:52:0.504854:28:19:34:16:28:24:34:17 chr14 103566904 . G A 342.3 PASS AF=0.420455;AO=38;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.000988776;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.331;QD=15.5591;RBI=0.00927011;REFB=-0.0114258;REVB=-0.00921723;RO=51;SAF=26;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168522;STB=0.609449;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0137578;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:38:37:0.420455:12:26:27:24:11:26:27:24 chr14 103568614 . T A 494.46 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00517896;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.072;QD=18.8367;RBI=0.0185908;REFB=-0.0263239;REVB=0.0178549;RO=50;SAF=17;SAR=35;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127255;STB=0.578481;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0292248;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:50:53:52:52:0.495238:35:17:23:27:35:17:25:28 chr14 103568981 . A C 40.51 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0659955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.072;QD=16.2028;RBI=0.0667951;REFB=-0.010863;REVB=-0.0103044;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719385;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0674806;OID=.;OPOS=103568981;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:5:0:1:3:5:1:1:3 chr14 103576415 . A G 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.879;QD=57.876;RBI=0.0740143;REFB=0;REVB=0.0258314;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014588;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr14 103576443 . TC CG 167.87 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.013259;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.67;QD=14.9216;RBI=0.024504;REFB=-0.0223596;REVB=-0.0206069;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830448;STB=0.540013;STBP=0.719;TYPE=mnp;VARB=0.033395;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:27:18:18:0.4:13:5:9:17:13:5:9:18 chr14 103593950 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.041;QD=44.6898;RBI=0.0266964;REFB=0;REVB=-0.00381749;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146754;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 103602278 . A G 260.2 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235247;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.103;QD=52.0407;RBI=0.0026721;REFB=0;REVB=0.00126728;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000933553;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr14 103808153 . A G 182.61 PASS AF=0.32;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0165877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.466;QD=9.73932;RBI=0.0633324;REFB=-0.0210389;REVB=0.0611216;RO=51;SAF=14;SAR=9;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104377;STB=0.517227;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0438781;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:51:23:24:0.32:9:14:31:20:10:14:31:20 chr14 103808199 . T TAAAC 126.01 PASS AF=0.271429;AO=18;DP=72;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0179399;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=249.792;QD=7.20043;RBI=0.0224334;REFB=0.00100425;REVB=-0.0134692;RO=53;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103863;STB=0.530981;STBP=0.807;TYPE=ins;VARB=-0.00328811;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271429:18:72:19:70:51:10:9:29:22:99:53:9:9:31:22 chr14 103808472 . C T 85.84 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00646817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6749;QD=12.7168;RBI=0.0262568;REFB=-0.00116022;REVB=-0.0254477;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350968;STB=0.68595;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000647501;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:11:4:7:4:11:5 chr14 103852725 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.98;QD=58.4193;RBI=0.0123553;REFB=0;REVB=0.000886376;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97584e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr14 103934488 . T C 756.83 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0023929;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.193;QD=61.7816;RBI=0.00244092;REFB=-0.0807024;REVB=-0.000481796;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-9.25086e-06;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr14 103969909 . A G 335.02 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000487189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.59;QD=19.4212;RBI=0.0169921;REFB=-0.0243454;REVB=-0.0169851;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387519;STB=0.520996;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0220827;OID=.;OPOS=103969909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:34:35:0.507246:20:14:15:18:20:15:16:18 chr14 103986255 . C T 1245.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.221;QD=61.5115;RBI=0.0561249;REFB=0;REVB=0.0448317;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125032;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:81:0:0:76:81:1:25:51:0:0:26:55:0:0 chr14 103996396 . G A 890.13 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.557;QD=56.5161;RBI=0.0385147;REFB=-0.159111;REVB=0.0249606;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00130514;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:30:32:0:0:30:32:1:0 chr14 104001517 . G A 512.07 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119128;FXX=0.0270197;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.41;QD=56.8968;RBI=0.0427759;REFB=-0.142038;REVB=0.0410836;RO=1;SAF=27;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170157;STB=0.509086;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000476011;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:8:27:1:0:8:27:1:0 chr14 104026955 . C T 71.06 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00797338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4541;QD=7.47981;RBI=0.0260143;REFB=-0.00596523;REVB=-0.0247623;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928416;STB=0.548093;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0344378;OID=.;OPOS=104026955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:3:7:17:10:3:7:18:10 chr14 104178442 . ACAG ACAGGCCCGGCGTGGA,TGGA 384.55 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=23,2;DP=32;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529601,-0.0110071;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=12,4;MLLD=520.283,165.903;QD=54.9358;RBI=0.00556586,0.0129611;REFB=0,0;REVB=0.00171203,0.00684343;RO=4;SAF=14,2;SAR=9,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115377,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000238961,0.0570506;OID=.,.;OPOS=104178446,104178442;OREF=-,ACAG;OALT=GCCCGGCGTGGA,TGGA;OMAPALT=ACAGGCCCGGCGTGGA,TGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:28:4:0:23,2:26,2:0.928571,0.0714286:9,0:14,2:4:0:12,0:14,2:0:0 chr14 104194169 . C T 555.02 PASS AF=0.410959;AO=60;DP=147;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.0058112;FXX=0.00680226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.5;QD=15.206;RBI=0.0070643;REFB=-0.0116476;REVB=0.00401674;RO=85;SAF=29;SAR=31;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133765;STB=0.571178;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0195175;OID=.;OPOS=104194169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:85:86:60:60:0.410959:31:29:52:33:31:29:52:34 chr14 104194196 . C G 2333.96 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00783225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.762;QD=63.0801;RBI=0.018147;REFB=-0.0945211;REVB=0.0163698;RO=0;SAF=81;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00316e-08;STB=0.503816;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00239665;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:148:0:1:146:147:0.993243:65:81:0:0:65:82:0:1 chr14 104429453 . A G 1244.36 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.965;QD=60.7003;RBI=0.0641377;REFB=0;REVB=0.0561112;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132282;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:82:1:0:81:82:1:39:42:0:1:40:42:0:0 chr14 104465037 . T C 976.45 PASS AF=0.945205;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0396158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8538;QD=53.504;RBI=0.0743996;REFB=0.00966314;REVB=0.0629753;RO=4;SAF=24;SAR=44;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725;STB=0.537026;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00452464;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:73:4:4:68:69:0.945205:44:24:4:0:44:25:4:0 chr14 104480071 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00657816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.387;QD=7.03214;RBI=0.0158602;REFB=0.00183666;REVB=-0.0144317;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270363;STB=0.673653;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0113244;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:7:2:11:15:7:2:11:15 chr14 104480201 . C A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.831;QD=57.7094;RBI=0.0465934;REFB=0;REVB=-0.0270871;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37106e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr14 104559552 . G C 339.5 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0120538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.224;QD=29.5219;RBI=0.0128598;REFB=-0.0217906;REVB=-0.00448125;RO=17;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708204;STB=0.538895;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.010988;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:15:14:10:7:15:14:10:7 chr14 104559623 . T C 476.91 PASS AF=0.547619;AO=44;DP=82;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0243691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.246;QD=22.7102;RBI=0.0332624;REFB=-0.0278762;REVB=0.0226392;RO=34;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644588;STB=0.516206;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0288528;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:34:38:44:46:0.547619:19:25:22:12:21:25:22:16 chr14 104559852 . T C 286.32 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0954093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3644;QD=24.3675;RBI=0.106709;REFB=-0.0248835;REVB=-0.0477891;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081648;STB=0.545419;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.016349;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:10:11:11:15:10:11 chr14 104559919 . T C 161.9 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.110131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.732;QD=19.6244;RBI=0.110385;REFB=-0.00414193;REVB=-0.00747549;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589725;STB=0.51611;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0123121;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:8:9:9:6:8:9:9:7 chr14 104559922 . C G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0139423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.814;QD=22.3411;RBI=0.0150505;REFB=-0.0114;REVB=0.00566843;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556163;STB=0.531215;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0127133;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:8:6:9:9:8:6 chr14 104563932 . G T 440.59 PASS AF=0.471154;AO=46;DP=101;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.00900995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.39;QD=16.9459;RBI=0.0318583;REFB=-0.00688918;REVB=0.0305577;RO=55;SAF=12;SAR=34;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800047;STB=0.513026;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00891222;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:55:55:46:49:0.471154:34:12:18:37:34:15:18:37 chr14 104571054 . C G 393.08 PASS AF=0.424528;AO=43;DP=103;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0697744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7106;QD=14.833;RBI=0.0759278;REFB=0.00647377;REVB=-0.0299428;RO=60;SAF=28;SAR=15;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19534;STB=0.614327;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0120217;OID=.;OPOS=104571054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:60:61:43:45:0.424528:15:28:28:32:15:30:29:32 chr14 104624146 . C G 360.91 PASS AF=0.486111;AO=31;DP=75;FAO=35;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0648536;FXX=0.0399947;HRUN=7;LEN=1;MLLD=212.514;QD=20.0506;RBI=0.0649822;REFB=-0.0203155;REVB=0.00408523;RO=18;SAF=7;SAR=24;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343879;STB=0.632945;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00103238;OID=.;OPOS=104624146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:18:33:31:35:0.486111:24:7:4:14:27:8:15:18 chr14 104633322 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0136087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.786;QD=17.4013;RBI=0.0141164;REFB=-0.0117077;REVB=-0.00375163;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0148598;OID=.;OPOS=104633322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr14 104640616 . G A 65.89 PASS AF=0.189655;AO=12;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0852753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6897;QD=4.54442;RBI=0.0860807;REFB=-0.0217254;REVB=0.0117476;RO=46;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18173;STB=0.579297;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.088472;OID=.;OPOS=104640616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:58:58:46:47:12:11:0.189655:5:7:20:26:5:6:21:26 chr14 104641792 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00222337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.094;QD=15.6262;RBI=0.0141162;REFB=-0.0050062;REVB=-0.01394;RO=26;SAF=16;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31416;STB=0.677309;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00587738;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:3:16:16:10:3:16:17:10 chr14 104642341 . A G 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0324289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.271;QD=13.9458;RBI=0.0326788;REFB=-0.0206862;REVB=0.00403405;RO=47;SAF=6;SAR=26;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1923;STB=0.606593;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0235434;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:26:6:15:32:26:6:15:33 chr14 104643409 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.254;QD=33.4284;RBI=0.00524312;REFB=0;REVB=-0.00524312;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232687;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr14 104643721 . C A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0195847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.468;QD=21.7438;RBI=0.0199806;REFB=-0.0109555;REVB=-0.00395779;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216161;STB=0.512179;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00976989;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:2:9:12:3:2:9 chr14 104643859 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0218894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.483;QD=13.631;RBI=0.0219643;REFB=-0.0170812;REVB=0.00181246;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.596769;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.019311;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:4:5:3:5:4:5 chr14 104644099 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0465869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.026;QD=18.7441;RBI=0.0699989;REFB=-0.010562;REVB=-0.0522447;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.675156;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00247846;OID=.;OPOS=104644099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:3:1:5:2:3:1 chr14 104646326 . A C 721.26 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.058;QD=62.7185;RBI=0.0342821;REFB=0;REVB=0.0297178;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21273e-05;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:27:17:0:0:27:19:0:0 chr14 104646771 . T C 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0554423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8894;QD=19.6921;RBI=0.0730765;REFB=-0.000929334;REVB=-0.0476059;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121095;STB=0.567848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00159232;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:12:13:10:16:12:13 chr14 104647224 . C T 352.89 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0200571;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1094;QD=20.7583;RBI=0.0305969;REFB=0.0195125;REVB=-0.0231059;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291724;STB=0.640951;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0178544;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:32:35:36:0.529412:20:15:26:8:20:16:24:8 chr14 104978998 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0263141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0303;QD=14.6498;RBI=0.090087;REFB=0.0549565;REVB=0.0861582;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0396936;OID=.;OPOS=104978998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 67.67 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000400552;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=9;MLLD=275.128;QD=9.02265;RBI=0.017219;REFB=-0.021566;REVB=-0.0172143;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557404;STB=0.536502;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=0.0462253;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:9:31:9:30:21:6:3:13:8:67:14:6:3:10:4 chr14 105058498 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.729;QD=59.8387;RBI=0.0462311;REFB=0;REVB=0.0352999;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444226;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr14 105070791 . G T 50.03 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9319;QD=33.3561;RBI=0.0708903;REFB=0;REVB=-0.00184452;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00671434;OID=.;OPOS=105070791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 105167807 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.703;QD=57.1762;RBI=0.0113322;REFB=0;REVB=0.00484814;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5705e-05;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr14 105177351 . CA C,CG 1530.97 PASS AF=0.959596,0.040404;AO=87,11;DP=99;FAO=95,4;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=52,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911868,0.0146671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.6624,66.4538;QD=61.8574;RBI=0.0343307,0.0163504;REFB=0,0;REVB=-0.0330975,-0.00722578;RO=0;SAF=43,0;SAR=44,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00206087,0.0085213;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959596,0.040404:87,11:99:95,4:99:0:43,0:52,4:0:0:9:0:43,0:44,11:0:0 chr14 105179194 . T C 954.65 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.629;QD=58.7479;RBI=0.0368025;REFB=0;REVB=0.0360333;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92299e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr14 105180565 . T C 933.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9005;QD=58.3704;RBI=0.0526118;REFB=0;REVB=-0.0509284;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229341;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:39:21:0:0:40:24:0:0 chr14 105180706 . A C 883.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.262;QD=57.9115;RBI=0.00488196;REFB=0;REVB=0.00345456;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13028e-06;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:34:27:0:0 chr14 105181691 . C T 382.57 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00838968;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3729;QD=22.5042;RBI=0.0218704;REFB=0.0138478;REVB=0.0201972;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954748;STB=0.552604;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0101051;OID=.;OPOS=105181691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:17:21:13:17:17:21:13:17 chr14 105196230 . A C 256.85 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.158;QD=51.3697;RBI=0.131167;REFB=0;REVB=0.0774813;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811129;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:8:9:0:0:11:9:0:0 chr14 105196235 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.563;QD=54.5162;RBI=0.0809258;REFB=0;REVB=0.0565263;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447423;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr14 105196365 . T C 1606.98 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4787;QD=64.2793;RBI=0.0133912;REFB=0;REVB=-0.00458112;RO=0;SAF=30;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84666e-05;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:69:30:0:0:70:30:0:0 chr14 105205649 . T TC 76.56 PASS AF=0.392857;AO=7;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.039003;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.275;QD=10.9369;RBI=0.0391375;REFB=-0.0218014;REVB=-0.00324219;RO=20;SAF=0;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.811033;STB=0.780018;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.138114;OID=.;OPOS=105205650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:7:28:11:28:17:3:8:13:4:76:20:0:7:16:4 chr14 105211221 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.861;QD=61.3363;RBI=0.0202074;REFB=0;REVB=0.016531;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28256e-05;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr14 105213343 . A G 961.58 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5383;QD=57.4078;RBI=0.135859;REFB=-0.118908;REVB=0.00339222;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033134;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:1:0:65:67:1:39:26:1:0:39:28:0:0 chr14 105220209 . G GA 1577.54 PASS AF=1;AO=43;DP=125;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639758;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.542;QD=54.3978;RBI=0.0864141;REFB=0;REVB=-0.0580905;RO=80;SAF=32;SAR=11;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00122423;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:125:116:116:0:64:52:0:0:9:80:32:11:38:42 chr14 105220210 . G A 791.22 PASS AF=0.615385;AO=72;DP=117;FAO=72;FDP=117;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0331219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.639;QD=27.0503;RBI=0.0374767;REFB=-0.175237;REVB=0.017534;RO=45;SAF=31;SAR=41;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21222;STB=0.614921;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0101458;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:45:45:72:72:0.615385:41:31:33:12:41:31:33:12 chr14 105222037 . C T 3116.53 PASS AF=0.990291;AO=204;DP=206;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0390871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.906;QD=60.5151;RBI=0.0490128;REFB=-0.0947192;REVB=0.0295712;RO=2;SAF=97;SAR=107;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881929;STB=0.504629;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000353167;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:206:206:2:2:204:204:0.990291:107:97:0:2:107:97:0:2 chr14 105223668 . G A 439.45 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00506017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.369;QD=21.9723;RBI=0.0194506;REFB=-0.0160971;REVB=0.0187809;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12;STB=0.566008;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0104762;OID=.;OPOS=105223668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:23:20:12:25:23:20:12:25 chr14 105239628 . A G 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0175857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.984;QD=5.37243;RBI=0.0195928;REFB=-0.00126225;REVB=0.00863832;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546337;STB=0.535627;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0121241;OID=.;OPOS=105239628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:20:10:3:5:20:10 chr14 105239894 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.655;QD=51.9158;RBI=0.0413324;REFB=0;REVB=0.0206133;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426779;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr14 105268740 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0117103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.198;QD=13.486;RBI=0.0296868;REFB=-0.00688207;REVB=0.0272795;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00717314;OID=.;OPOS=105268740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:7:4:2:7:7:4 chr14 105269326 . G A 82.48 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00214949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.516;QD=14.9965;RBI=0.00281028;REFB=-0.00951963;REVB=0.00181035;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.636115;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00799008;OID=.;OPOS=105269326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:22:22:11:11:10:11:0.5:7:3:7:4:7:4:7:4 chr14 105361934 . T C 338.01 PASS AF=0.586957;AO=25;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00148884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.142;QD=29.3919;RBI=0.011322;REFB=-0.0220734;REVB=0.0112237;RO=14;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336027;STB=0.505296;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.013552;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:15:25:27:0.586957:13:12:6:8:13:14:8:7 chr14 105393556 . G C 754.66 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0599446;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.246;QD=52.0453;RBI=0.0629871;REFB=-0.0221997;REVB=0.0193395;RO=3;SAF=25;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207812;STB=0.511037;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00242796;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:58:3:3:55:55:0.948276:30:25:2:1:30:25:2:1 chr14 105408987 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.000689759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.221;QD=11.2669;RBI=0.0153711;REFB=-0.00793701;REVB=0.0153556;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333778;STB=0.698448;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00711596;OID=.;OPOS=105408987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:12:8:25:10:12:8:26:10 chr14 105415352 . G C 572.44 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0278433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.023;QD=22.017;RBI=0.0343525;REFB=-0.0276526;REVB=0.0201208;RO=47;SAF=30;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129404;STB=0.507097;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0232345;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:27:30:24:23:27:30:24:23 chr14 105415731 . C T 269.89 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0471599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4388;QD=22.9692;RBI=0.0600634;REFB=-0.0253564;REVB=0.0371961;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470681;STB=0.526295;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0375294;OID=.;OPOS=105415731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:12:10:10:15:12:10 chr14 105416253 . C T 328.59 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0306235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6614;QD=15.4629;RBI=0.0383913;REFB=5.27472e-05;REVB=0.0231537;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100986;STB=0.556972;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.000141002;OID=.;OPOS=105416253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:19:17:28:21:19:17:28:21 chr14 105416844 . G A 276.32 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00689808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.984;QD=15.7896;RBI=0.00719722;REFB=-0.0125983;REVB=0.00205338;RO=39;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930729;STB=0.552524;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0283543;OID=.;OPOS=105416844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:18:13:20:19:18:13:20:19 chr14 105418303 . C T 496.53 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0617512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2489;QD=34.8442;RBI=0.0617691;REFB=0.0224501;REVB=0.00148704;RO=14;SAF=28;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140336;STB=0.575799;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00397645;OID=.;OPOS=105418303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:57:57:14:14:43:43:0.754386:15:28:5:9:15:28:5:9 chr14 105461067 . C T 198.6 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0189622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.157;QD=19.3759;RBI=0.022007;REFB=-0.0107133;REVB=0.0111688;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129649;STB=0.573694;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0199213;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:9:12:14:6:9:12 chr14 105478102 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0135737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.812;QD=17.9408;RBI=0.0189421;REFB=0.00412172;REVB=0.013212;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498262;STB=0.781277;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00566294;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:18:4:14:5:18:4 chr14 105609335 . A G 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0158353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.963;QD=13.4535;RBI=0.044244;REFB=-0.000554834;REVB=-0.0413131;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206119;STB=0.620478;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000675756;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:10:5:6:5:10:5 chr14 105611282 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.000788441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.468;QD=10.5421;RBI=0.0311294;REFB=-0.0153967;REVB=-0.0311195;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368974;STB=0.718553;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0182668;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:6:15:4:7:6:15 chr14 105617042 . C T 216.01 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0304658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.828;QD=29.7941;RBI=0.0307504;REFB=-0.0218491;REVB=-0.00417367;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315393;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145288;OID=.;OPOS=105617042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:9:11:5:4:9:11:5:4 chr14 105643619 . G A 101.35 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00310248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.529;QD=16.8919;RBI=0.0306945;REFB=-0.0133952;REVB=-0.0305373;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107737;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0256709;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:12:12:0.5:5:7:5:6:5:7:5:7 chr14 105916420 . C T 866.85 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0340602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.822;QD=53.3446;RBI=0.0572852;REFB=-0.0576785;REVB=0.0460598;RO=3;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435212;STB=0.52307;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00126645;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:31:31:0:3:31:31:0:3 chr14 105935824 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0240432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.057;QD=52.7696;RBI=0.0266016;REFB=-0.110449;REVB=0.011383;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00202004;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:0:1 chr14 105962234 . T C 877.94 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172181;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.611;QD=57.5699;RBI=0.0317687;REFB=0;REVB=0.0266981;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252743;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:21:39:0:0:22:39:0:0 chr14 105962369 . A G 776.06 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041366;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.33;QD=57.4857;RBI=0.0110099;REFB=0;REVB=-0.0102032;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774167;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr14 105995534 . G A 42.16 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.113553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7742;QD=18.7389;RBI=0.126254;REFB=-0.0160849;REVB=0.0551898;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161212;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:2:4:2:0:2:4:2:1 chr14 106053491 . C T 271.01 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.276;QD=51.6212;RBI=0.0121509;REFB=0;REVB=0.00839893;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218881;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr14 106053975 . G A 347.93 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0143385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8121;QD=19.8815;RBI=0.0706646;REFB=-0.0387007;REVB=0.0691946;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00143358;STB=0.500796;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0481822;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:16:18:19:17:16:18 chr14 106054428 . C G 57.46 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0463671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3437;QD=14.365;RBI=0.0627862;REFB=-0.0355536;REVB=0.0423344;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296554;STB=0.64255;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0620135;OID=.;OPOS=106054428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:8:8:7:8:0.5:4:3:1:7:5:3:1:7 chr14 106054456 . A G 128.66 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0488256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1441;QD=15.5954;RBI=0.0965853;REFB=-0.00666866;REVB=-0.0833353;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273127;STB=0.666464;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.015035;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:7:7:4:14:7:8:4:14 chr14 106054568 . A G 690.74 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0439238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.954;QD=21.7556;RBI=0.0439245;REFB=-0.0300722;REVB=0.00026165;RO=59;SAF=28;SAR=40;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687592;STB=0.537725;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0252476;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:40:28:29:30:40:28:29:30 chr14 106066454 . T C 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.376;QD=59.8931;RBI=0.0235955;REFB=-0.0585517;REVB=0.0177235;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010884;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00362778;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:0:1:43:37:0:1 chr14 106066690 . A C 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0288213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.711;QD=10.0311;RBI=0.0418369;REFB=-0.0228576;REVB=0.0303259;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0285791;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:3:3:2:3:4:3 chr14 106067298 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.805;QD=60.2306;RBI=0.0367706;REFB=0;REVB=-0.0367303;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348325;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr14 106067958 . C G,T 1953.9 PASS AF=0.0384615,0.953846;AO=5,123;DP=129;FAO=5,124;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=2,45;FSAR=3,79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0476521,0.0289193;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.2847,261.904;QD=60.12;RBI=0.0542543,0.0320312;REFB=-0.0899767,-0.110876;REVB=-0.0259387,0.0137721;RO=1;SAF=2,45;SAR=3,78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121807,0.00605252;STB=0.571154,0.503144;STBP=0.616,0.518;TYPE=snp,snp;VARB=0.178568,-2.58253e-05;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:129:130:1:1:5,123:5,124:0.0384615,0.953846:3,78:2,45:0:1:3,79:2,45:0:1 chr14 106090846 . T C 1970.76 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.74;QD=62.0711;RBI=0.0455279;REFB=0;REVB=0.0156337;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3509e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr14 106090927 . G T 3190.24 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.518;QD=61.6472;RBI=0.00386565;REFB=0;REVB=0.00119052;RO=0;SAF=105;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74865e-06;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:207:0:0:201:207:1:96:105:0:0:101:106:0:0 chr14 106091329 . G C 2277.06 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7378;QD=62.8155;RBI=0.015648;REFB=-0.00344476;REVB=0.00772808;RO=1;SAF=82;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576437;STB=0.50303;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=8.78373e-05;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:62:82:1:0:62:82:1:0 chr14 106091355 . T C 546.93 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0011842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.747;QD=17.3627;RBI=0.00728083;REFB=-0.0147937;REVB=0.00718388;RO=68;SAF=38;SAR=20;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14294;STB=0.579707;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0157597;OID=.;OPOS=106091355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:20:38:35:33:20:38:35:33 chr14 106091504 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.089;QD=62.9828;RBI=0.00622904;REFB=0;REVB=0.00593956;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08902e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr14 106091555 . C T 484.4 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.046;QD=58.7154;RBI=0.0473069;REFB=0;REVB=0.0235103;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209055;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:14:12:0:0:20:13:0:0 chr14 106091696 . A AC 145.09 PASS AF=1;AO=12;DP=37;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318782;FXX=0.499861;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.4448;QD=32.2411;RBI=0.03291;REFB=0;REVB=-0.00817573;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00993842;OID=.;OPOS=106091697;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:37:18:18:0:9:9:0:0:4:25:5:7:12:13 chr14 106091697 . T C,G 517.77 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=24,12;DP=36;FAO=24,12;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12,5;FSAR=12,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327978,0.0061463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.1628,141.272;QD=57.5302;RBI=0.0424395,0.0275177;REFB=0,0;REVB=-0.0269336,-0.0268225;RO=0;SAF=12,5;SAR=12,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.016671,0.0287306;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:88:36:36:0:0:24,12:24,12:0.666667,0.333333:12,7:12,5:0:0:12,7:12,5:0:0 chr14 106091743 . CA C,GC 450.26 PASS AF=1,0;AO=28,2;DP=33;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177933,-0.0560689;FXX=0.0605877;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=177.566,16.1122;QD=58.0981;RBI=0.0177991,0.061964;REFB=0,0;REVB=-0.00045504,-0.0263782;RO=0;SAF=11,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.31638e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000220843,0;OID=.,.;OPOS=106091744,106091743;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:31:0:0:28,2:31,0:1,0:17,0:11,2:0:0:17,0:14,0:0:0 chr14 106092152 . G A 2172.24 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00250972;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.69;QD=61.6239;RBI=0.0568396;REFB=-0.0465868;REVB=0.0567841;RO=2;SAF=82;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114542;STB=0.506023;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000316334;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:141:2:2:139:139:0.985816:57:82:2:0:57:82:2:0 chr14 106092335 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2546;QD=33.4269;RBI=0.182725;REFB=0;REVB=0.0832924;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228081;OID=.;OPOS=106092335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr14 106109752 . A C 2337.12 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375505;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.538;QD=61.1012;RBI=0.0383486;REFB=0;REVB=0.0077831;RO=0;SAF=79;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60783e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52972e-05;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:74:79:0:0:74:79:0:0 chr14 106110137 . C T 2140.37 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.249;QD=62.952;RBI=0.0318819;REFB=0;REVB=0.0286427;RO=0;SAF=85;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39074e-05;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:51:85:0:0:51:85:0:0 chr14 106110914 . G T 2153.81 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0119529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.93;QD=60.6707;RBI=0.0338922;REFB=-0.0191226;REVB=0.0317145;RO=3;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196621;STB=0.510343;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000195629;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:142:3:3:139:139:0.978873:71:68:0:3:71:68:0:3 chr14 106173790 . A G 361.74 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0681986;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0511;QD=27.826;RBI=0.0686478;REFB=-0.044729;REVB=-0.00784009;RO=17;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561681;STB=0.522498;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.016717;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:17:18:34:34:0.653846:21:13:8:9:21:13:8:10 chr14 106188230 . C T 353.16 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.839;QD=52.3203;RBI=0.185255;REFB=-0.0496304;REVB=0.000230159;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302008;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:27:1:0:24:27:1:9:15:1:0:9:18:0:0 chr14 106204113 . C T 1105.3 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0366692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.525;QD=56.682;RBI=0.0392836;REFB=-0.125332;REVB=0.0140915;RO=1;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010633;STB=0.502442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000376387;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:1:2:75:76:0.974359:44:31:0:1:45:31:1:1 chr14 106207843 . T C 716.48 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00931997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.891;QD=51.1773;RBI=0.0129377;REFB=-0.0375946;REVB=0.00897342;RO=3;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121669;STB=0.506465;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00280433;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:29:24:1:2:29:24:1:2 chr14 106209119 . T C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.176;QD=58.6113;RBI=0.0349961;REFB=0.014794;REVB=0.0241303;RO=1;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219878;STB=0.511625;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-7.46467e-05;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:21:52:0:1:21:52:0:1 chr14 106209340 . T C 982.68 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116008;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.629;QD=58.6671;RBI=0.0321773;REFB=0;REVB=0.0300133;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63827e-05;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:38:29:0:0 chr14 106209368 . G C 30.82 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0515678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.469;QD=1.38523;RBI=0.0541429;REFB=-0.00075394;REVB=-0.0164988;RO=81;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383785;STB=0.530895;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0400894;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:89:89:81:81:8:8:0.0898876:5:3:33:48:5:3:33:48 chr14 106209373 . T C 32.18 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0207681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.267;QD=1.51436;RBI=0.0241149;REFB=-0.0076518;REVB=-0.0122562;RO=77;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176585;STB=0.513983;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.085949;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:77:77:8:8:0.0941176:5:3:30:47:5:3:30:47 chr14 106237624 . C T 661.31 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251193;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.28;QD=60.1193;RBI=0.0260296;REFB=0.0784281;REVB=0.00682372;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000597148;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr14 106237642 . T G 336.65 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000534083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.21;QD=53.8641;RBI=0.00155772;REFB=0;REVB=0.00146331;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07006e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:8:17:0:0 chr14 106303846 . C T 428.07 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.405;QD=57.0762;RBI=0.0581498;REFB=0;REVB=0.0137119;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208029;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 106307418 . G A 673.2 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=0.016901;FXX=0.029584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.462;QD=16.4194;RBI=0.0208522;REFB=-0.00901481;REVB=0.0122136;RO=91;SAF=40;SAR=33;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161739;STB=0.589868;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0131876;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:164:91:91:73:73:0.445122:33:40:35:56:33:40:35:56 chr14 106321590 . C A 1007.43 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0210013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.089;QD=55.2017;RBI=0.088083;REFB=-0.120167;REVB=0.0855428;RO=2;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393449;STB=0.530603;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00135918;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:23:47:0:2:23:47:0:3 chr14 106321663 . T C 294.52 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0129579;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.106;QD=17.3247;RBI=0.0139543;REFB=-0.0060785;REVB=-0.00517832;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121352;STB=0.568138;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00819117;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:12:20:18:18:12:20:18:18 chr14 106321913 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0203276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.666;QD=7.83711;RBI=0.0332361;REFB=-0.0164845;REVB=0.026295;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112483;STB=0.571216;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0264682;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:6:10:5:2:6:10 chr14 106329435 . T G 219.71 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0281536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8904;QD=9.76468;RBI=0.0296071;REFB=0.0108846;REVB=-0.0091629;RO=62;SAF=14;SAR=14;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567734;STB=0.53331;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0247073;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:14:14:34:28:14:14:34:28 chr14 106329451 . GTA ACC 167.08 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0375202;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=178.177;QD=8.25091;RBI=0.037538;REFB=-0.0154288;REVB=0.0011543;RO=57;SAF=9;SAR=14;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161989;STB=0.602709;STBP=0.262;TYPE=mnp;VARB=0.0397497;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:58:23:23:0.283951:14:9:30:27:14:9:31:27 chr14 106350696 . A G 1310.67 PASS AF=0.412104;AO=143;DP=347;FAO=143;FDP=347;FR=.;FRO=204;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=104;FSRR=100;FWDB=0.00839523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.831;QD=15.1086;RBI=0.0161424;REFB=-0.0011099;REVB=-0.0137876;RO=204;SAF=58;SAR=85;SRF=104;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111084;STB=0.562032;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00186937;OID=.;OPOS=106350696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:347:204:204:143:143:0.412104:85:58:104:100:85:58:104:100 chr14 106357102 . G C 404.33 PASS AF=0.539683;AO=25;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00233404;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.324;QD=25.6717;RBI=0.0219445;REFB=-0.0227672;REVB=0.0218201;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689163;STB=0.55354;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0372119;OID=.;OPOS=106357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:18:22:25:34:0.539683:16:9:5:13:17:17:8:14 chr14 106370603 . G C 819.66 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0909999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5166;QD=55.57;RBI=0.0920942;REFB=-0.0705409;REVB=0.0141551;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000777;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:33:25:0:0:33:25:0:1 chr14 106382687 . C T 334.21 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0116545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6278;QD=16.7104;RBI=0.0184179;REFB=-0.0204795;REVB=-0.0142616;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273883;STB=0.52594;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0245971;OID=.;OPOS=106382687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:35:36:0.45:23:12:14:30:23:13:14:30 chr14 106385332 . G C 1514.19 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555943;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4294;QD=63.7553;RBI=0.0556238;REFB=0;REVB=0.0018101;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153754;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr14 106385363 . C G 438.26 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0135297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.241;QD=16.3837;RBI=0.017068;REFB=-0.00206593;REVB=-0.0104049;RO=57;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255956;STB=0.524199;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00270835;OID=.;OPOS=106385363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:57:58:48:49:0.457944:24:24:30:27:25:24:31:27 chr14 106471268 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00373803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6005;QD=19.8491;RBI=0.0063542;REFB=-0.00917425;REVB=-0.00513838;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240592;STB=0.639128;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0181861;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:13:2:4:9:13:2:4:9 chr14 106471273 . C T 147.2 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0813991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7426;QD=17.3178;RBI=0.0887134;REFB=0.00312696;REVB=0.035274;RO=18;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311675;STB=0.682653;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00136776;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:14:2:6:12:14:2:6:12 chr14 106471353 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0018949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.517;QD=17.8599;RBI=0.0239296;REFB=0.0139561;REVB=-0.0238545;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901754;STB=0.550384;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0153943;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:21:16:18:16:21:16 chr14 106471388 . C A 441.44 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00816196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.878;QD=22.3515;RBI=0.00841809;REFB=-0.0426285;REVB=0.00206075;RO=35;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239512;STB=0.501193;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0285858;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:36:42:43:0.544304:18:24:19:16:19:24:20:16 chr14 106471503 . T G 156.26 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0321908;FXX=0.061212;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9649;QD=13.5876;RBI=0.0322052;REFB=-0.00201585;REVB=0.000965279;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268624;STB=0.668231;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.011412;OID=.;OPOS=106471503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:28:29:17:17:0.369565:5:12:13:15:5:12:13:16 chr14 106471528 . C A 143.05 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0873489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3714;QD=14.6713;RBI=0.0887227;REFB=-0.0451651;REVB=-0.0155524;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303677;STB=0.676153;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0515837;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:9:14:5:11:9:14 chr14 106471534 . A G 106.72 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0368486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6614;QD=12.1963;RBI=0.0480508;REFB=-0.0146115;REVB=-0.0308392;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124865;STB=0.573876;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0256072;OID=.;OPOS=106471534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:11:11:5:8:11:11 chr14 106471547 . A G 137.64 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0662841;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1085;QD=17.2054;RBI=0.0855181;REFB=-0.0911824;REVB=0.0540348;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35308;STB=0.693625;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0472998;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:17:13:15:0.46875:4:9:6:12:5:10:5:12 chr14 106478401 . G A 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0231347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.06;QD=4.99982;RBI=0.0283762;REFB=-0.00347252;REVB=-0.0164315;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358908;STB=0.523757;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0182554;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:4:5:20:18:4:5:20:18 chr14 106478513 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.434;QD=61.684;RBI=0.0545122;REFB=0;REVB=0.0165587;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129074;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr14 106518418 . A G 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0190654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.96;QD=32.2485;RBI=0.0298142;REFB=-0.0100772;REVB=0.0229215;RO=5;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617306;STB=0.555494;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00407109;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:5:6:18:18:0.75:10:8:3:2:10:8:4:2 chr14 106518565 . C T 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0512775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7287;QD=57.1996;RBI=0.054178;REFB=-0.138434;REVB=-0.0174892;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00655729;OID=.;OPOS=106518565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:42:42:0.954545:17:25:0:1:17:25:1:1 chr14 106518848 . T C 480.31 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0524821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.402;QD=53.3675;RBI=0.0538557;REFB=-0.00958634;REVB=0.012086;RO=2;SAF=25;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359488;STB=0.51922;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00158353;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:9:25:2:0:9:25:2:0 chr14 106539280 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0753;QD=57.6785;RBI=0.0629294;REFB=0;REVB=-0.0365763;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287467;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr14 106552667 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.652;QD=40.7629;RBI=0.0854212;REFB=0;REVB=0.028966;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303628;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr14 106573251 . G A 188.11 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0112137;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.699;QD=27.8681;RBI=0.0112138;REFB=-0.0536246;REVB=3.17509e-05;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669182;STB=0.537149;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0310516;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:28:27:9:9:18:18:0.666667:8:10:4:5:8:10:4:5 chr14 106573311 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0193753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.159;QD=14.2619;RBI=0.0212344;REFB=-0.0395504;REVB=-0.008689;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247079;STB=0.51437;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0444542;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:11:5:8:16:11:5:8:16 chr14 106573352 . A T 94.6 PASS AF=0.280702;AO=14;DP=55;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0402423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.62;QD=6.63832;RBI=0.063622;REFB=-0.042541;REVB=0.049278;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113895;STB=0.543154;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.175166;OID=.;OPOS=106573352;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:55:57:41:41:14:16:0.280702:9:5:15:26:11:5:15:26 chr14 106573354 . A G 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0375492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4345;QD=7.98278;RBI=0.0396074;REFB=0.00604098;REVB=0.0126016;RO=41;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070984;STB=0.543154;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0144572;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:11:5:15:26:11:5:15:26 chr14 106573357 . GT TA 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0370671;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=56.1418;QD=7.30214;RBI=0.037068;REFB=-0.00580926;REVB=-0.000259633;RO=42;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157871;STB=0.597688;STBP=0.397;TYPE=mnp;VARB=0.0157828;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:11:4:16:26:11:4:16:26 chr14 106573364 . C T 112.18 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0402139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.423;QD=7.73672;RBI=0.0457904;REFB=-0.0206463;REVB=-0.0218999;RO=42;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090532;STB=0.555217;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0369597;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:11:5:16:26:11:5:16:26 chr14 106573662 . A G 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0116413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.947;QD=16.8768;RBI=0.0116606;REFB=0.000366964;REVB=-0.000671675;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.56423;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000492669;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:10:6:8:7:10:7 chr14 106586290 . C T 138.68 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000651405;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.95;QD=18.4909;RBI=0.000686531;REFB=-0.0292899;REVB=-0.000216784;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0269662;OID=.;OPOS=106586290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:15:14:15:0.5:9:5:9:7:9:6:9:6 chr14 106622076 . G A 192.45 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00310458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.904;QD=15.71;RBI=0.0158003;REFB=-0.00416426;REVB=-0.0154923;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224794;STB=0.639146;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00652988;OID=.;OPOS=106622076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:10:9:20:9:11:9:20:9 chr14 106622284 . G T 85.69 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00594704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5153;QD=11.819;RBI=0.0414495;REFB=-0.0163437;REVB=-0.0410206;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486163;STB=0.817463;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0438848;OID=.;OPOS=106622284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:1:10:10:7:1:10:10:8 chr14 106667592 . G A 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.868;QD=60.6046;RBI=0.0706369;REFB=0;REVB=0.0637264;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575196;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr14 106667786 . T C 115.28 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0387657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.377;QD=13.1744;RBI=0.0388058;REFB=-0.00205187;REVB=-0.00176274;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190337;STB=0.6284;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0035105;OID=.;OPOS=106667786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:7:6:6:15:7:7:6:15 chr14 106691691 . A G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0107132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.277;QD=5.21546;RBI=0.0249117;REFB=0.0048087;REVB=-0.0224905;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.518457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0183529;OID=.;OPOS=106691691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:19:21:6:6:0.222222:3:3:10:9:3:3:10:11 chr14 106780817 . A C 522.45 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.356;QD=59.7083;RBI=0.0821586;REFB=0;REVB=-0.00283523;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452714;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:16:13:0:0:17:18:0:0 chr14 106791006 . C T 320.37 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00802772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.086;QD=27.2651;RBI=0.0122325;REFB=-0.0248304;REVB=-0.00922988;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400468;STB=0.527667;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.016001;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:10:17:11:8:10:18:11:8 chr14 106791119 . A G 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00977823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.251;QD=9.69521;RBI=0.0235238;REFB=-0.0196729;REVB=-0.0213952;RO=54;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112666;STB=0.566176;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0298487;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:14:11:29:25:14:11:29:25 chr14 106791131 . A G 184.44 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0116237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.176;QD=10.1061;RBI=0.0140832;REFB=-0.00802673;REVB=0.00795159;RO=48;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119198;STB=0.563165;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0188899;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:48:49:24:24:0.328767:14:10:25:23:14:10:25:24 chr14 106791200 . GC AG 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0281726;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.107;QD=6.50713;RBI=0.0305648;REFB=-0.019294;REVB=-0.0118536;RO=45;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168539;STB=0.597567;STBP=0.434;TYPE=mnp;VARB=0.059181;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:46:15:15:0.245902:10:5:21:24:10:5:21:25 chr14 106805212 . C G 311.9 PASS AF=0.53125;AO=30;DP=61;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0882876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1815;QD=19.4936;RBI=0.0897689;REFB=-0.0603824;REVB=0.0162405;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755164;STB=0.503729;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0336957;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:29:30:30:34:0.53125:19:11:13:16:19:15:13:17 chr14 106805236 . C T 432.02 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0166277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.719;QD=20.3304;RBI=0.0168255;REFB=-0.0281859;REVB=0.00257287;RO=39;SAF=12;SAR=31;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154249;STB=0.597218;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0296339;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:42:43:43:0.505882:31:12:17:22:31:12:19:23 chr14 106805278 . A G 698.59 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0025861;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.845;QD=21.6616;RBI=0.020823;REFB=-0.000753649;REVB=-0.0206618;RO=60;SAF=18;SAR=50;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183002;STB=0.598056;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000457833;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:60:61:68:68:0.527132:50:18:27:33:50:18:27:34 chr14 106805341 . G A 54.73 PASS AF=0.0885417;AO=17;DP=192;FAO=17;FDP=192;FR=.;FRO=175;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=104;FWDB=-0.0453672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.212;QD=1.1403;RBI=0.0456844;REFB=-1.05762e-05;REVB=0.00537413;RO=174;SAF=6;SAR=11;SRF=71;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677967;STB=0.551012;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.000273662;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:192:192:174:175:17:17:0.0885417:11:6:71:103:11:6:71:104 chr14 106805343 . A G 54.98 PASS AF=0.0890052;AO=17;DP=190;FAO=17;FDP=191;FR=.;FRO=174;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=103;FWDB=-0.00201326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.601;QD=1.15151;RBI=0.0222978;REFB=0.000615485;REVB=-0.0222068;RO=173;SAF=6;SAR=11;SRF=71;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706824;STB=0.553169;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0131491;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:190:191:173:174:17:17:0.0890052:11:6:71:102:11:6:71:103 chr14 106805380 . GT GG,TG 951.48 PASS AF=0.4875,0.1;AO=75,16;DP=161;FAO=78,16;FDP=160;FR=.;FRO=66;FSAF=29,5;FSAR=49,11;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0362059,-0.122448;FXX=0.00621079;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=282.686,39.9883;QD=23.7869;RBI=0.0365286,0.12513;REFB=-0.0232428,-0.0172188;REVB=0.00484491,0.0257685;RO=65;SAF=27,5;SAR=48,11;SRF=28;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0637179,-0.157973;STB=0.5326,0.608979;STBP=0.408,0.379;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0200763,-0.0451645;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:65:66:75,16:78,16:0.4875,0.1:48,11:27,5:28:37:49,11:29,5:29:37 chr14 106805386 . G C 73.35 PASS AF=0.113924;AO=18;DP=158;FAO=18;FDP=158;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=-0.0388016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5865;QD=1.8569;RBI=0.0490906;REFB=-0.000960718;REVB=0.0300719;RO=139;SAF=6;SAR=12;SRF=56;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910635;STB=0.570056;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00758585;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:158:158:139:140:18:18:0.113924:12:6:56:83:12:6:57:83 chr14 106805395 . G A 697.6 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0334001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.422;QD=18.6027;RBI=0.0343479;REFB=-0.00453086;REVB=0.00801344;RO=80;SAF=27;SAR=43;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269798;STB=0.514966;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0102694;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:80:70:70:0.466667:43:27:33:47:43:27:33:47 chr14 106805402 . T G 86.41 PASS AF=0.131034;AO=19;DP=145;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.0278092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.048;QD=2.38385;RBI=0.0314511;REFB=0.00187217;REVB=-0.0146907;RO=126;SAF=7;SAR=12;SRF=54;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781121;STB=0.554487;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00724564;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:145:145:126:126:19:19:0.131034:12:7:54:72:12:7:54:72 chr14 106805408 . C T 601.43 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0294643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.156;QD=16.9416;RBI=0.0294776;REFB=-0.00741411;REVB=-0.000884458;RO=79;SAF=27;SAR=36;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240421;STB=0.513398;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00696097;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:79:63:63:0.443662:36:27:32:47:36:27:32:47 chr14 106805439 . TA CG,TG 1907.54 PASS AF=0.141732,0.858268;AO=18,108;DP=128;FAO=18,109;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=7,52;FSAR=11,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472321,0.00115306;FXX=0.00781189;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.6283,136.963;QD=60.0801;RBI=0.0184404,0.00209456;REFB=0,0;REVB=-0.0178253,0.00174861;RO=0;SAF=7,51;SAR=11,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60583e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00527932,0.00249215;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:128:127:0:0:18,108:18,109:0.141732,0.858268:11,57:7,51:0:0:11,57:7,52:0:0 chr14 106805481 . G A 46.96 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0081782;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.966;QD=2.31882;RBI=0.0209465;REFB=-0.00621218;REVB=-0.019284;RO=71;SAF=2;SAR=8;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368473;STB=0.770267;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.051965;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:81:71:71:10:10:0.123457:8:2:35:36:8:2:35:36 chr14 106805485 . C G 34.71 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.015676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4501;QD=1.80291;RBI=0.0171887;REFB=-0.000363154;REVB=0.0070507;RO=69;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260158;STB=0.702916;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00535474;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:6:2:32:37:6:2:32:37 chr14 106805508 . G A 801.54 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.959;QD=56.2486;RBI=0.0326036;REFB=0;REVB=0.0269156;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110956;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:29:27:0:1:30:27:0:0 chr14 106877390 . C G 547.8 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=0.0109655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.896;QD=19.0538;RBI=0.0110115;REFB=-0.0125902;REVB=-0.00100579;RO=58;SAF=43;SAR=14;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158495;STB=0.508769;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0109305;OID=.;OPOS=106877390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:14:43:43:15:14:43:43:15 chr14 106877445 . C T 564.15 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=16;FWDB=-0.00189728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4545;QD=18.1983;RBI=0.0437002;REFB=-0.0166156;REVB=-0.0436589;RO=65;SAF=42;SAR=17;SRF=49;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496079;STB=0.527437;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0251806;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:17:42:49:16:17:42:49:16 chr14 106877447 . A ATGATCT 541.23 PASS AF=0.471074;AO=55;DP=116;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=17;FWDB=0.0178672;FXX=0.0241916;HRUN=0;LEN=6;MLLD=283.475;QD=17.8918;RBI=0.0482939;REFB=-0.00839282;REVB=0.0448671;RO=57;SAF=38;SAR=17;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117338;STB=0.520951;STBP=0.71;TYPE=ins;VARB=0.009414;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471074:55:116:57:121:64:40:17:47:17:99:57:38:17:40:17 chr14 106877519 . A G 423.18 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0137446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4442;QD=23.8413;RBI=0.024867;REFB=-0.0201468;REVB=-0.0207233;RO=29;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135171;STB=0.562328;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0131376;OID=.;OPOS=106877519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:30:41:41:0.577465:15:26:23:6:15:26:23:7 chr14 106877551 . A C 128.07 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0607352;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6635;QD=13.1358;RBI=0.0626697;REFB=-0.028008;REVB=-0.0154508;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107662;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0490748;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:14:15:0.384615:5:9:15:8:5:10:16:8 chr14 106877556 . C G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00225455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.911;QD=17.7319;RBI=0.00498427;REFB=-0.0356298;REVB=0.00444522;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460992;STB=0.526285;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0320912;OID=.;OPOS=106877556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:11:8:8:9:11:8 chr14 106877618 . G C 49.72 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0567517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.006;QD=4.41993;RBI=0.0777167;REFB=0.00405711;REVB=-0.0530954;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164025;STB=0.511083;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0378627;OID=.;OPOS=106877618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:18:19:4:4:18:19 chr14 106877637 . A G 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00803333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.161;QD=6.7167;RBI=0.00837399;REFB=-0.00911907;REVB=-0.00236416;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254448;STB=0.659572;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0179871;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:4:9:20:21:4:9:20:21 chr14 106877646 . T C 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0307776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.868;QD=5.74861;RBI=0.0334054;REFB=-0.00987539;REVB=0.0129867;RO=48;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247037;OID=.;OPOS=106877646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:7:7:24:24:7:7:24:24 chr14 106877700 . G T 316.79 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00540681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.847;QD=12.9301;RBI=0.0197557;REFB=-0.0128182;REVB=-0.0190014;RO=62;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209363;STB=0.511984;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0264077;OID=.;OPOS=106877700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:22:14:23:39:22:14:23:39 chr14 106878056 . T G 213.95 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00868935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.453;QD=20.8735;RBI=0.0114941;REFB=-0.0242968;REVB=0.00752396;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130599;STB=0.564452;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0157801;OID=.;OPOS=106878056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:15:6:8:11:15:6:8:12 chr14 106878067 . T G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0182399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.742;QD=22.1886;RBI=0.0194669;REFB=-0.0127554;REVB=-0.00680174;RO=18;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154231;STB=0.587067;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00651685;OID=.;OPOS=106878067;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:16:5:7:11:16:5:7:11 chr14 106878071 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00182551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.897;QD=22.1886;RBI=0.0138195;REFB=-0.0369116;REVB=0.0136984;RO=18;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154231;STB=0.587067;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0170939;OID=.;OPOS=106878071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:16:5:7:11:16:5:7:11 chr14 106993886 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0166803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.274;QD=14.1955;RBI=0.026518;REFB=-0.0161183;REVB=0.0206149;RO=22;SAF=1;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.68103;STB=0.904549;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0177172;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:14:1:14:8:14:1:14:8 chr14 106993945 . T C 272.58 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.018703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.81;QD=19.1282;RBI=0.0420478;REFB=-0.0363652;REVB=0.0376592;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253554;STB=0.661707;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0301831;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:29:30:0.526316:20:9:16:11:21:9:17:10 chr14 106994009 . GCT TTC 363.25 PASS AF=0.648148;AO=31;DP=56;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0301158;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.789;QD=26.9073;RBI=0.0319062;REFB=-0.0495896;REVB=0.0105378;RO=18;SAF=7;SAR=24;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224942;STB=0.581267;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.0313209;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:18:19:31:35:0.648148:24:7:9:9:24:11:10:9 chr14 106994015 . G A 415.01 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0364126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.121;QD=30.1823;RBI=0.0373582;REFB=-0.0713151;REVB=0.00835199;RO=17;SAF=12;SAR=26;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166806;STB=0.590859;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0169825;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:17:38:38:0.690909:26:12:10:7:26:12:10:7 chr14 106994063 . C T 223.62 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0185726;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.513;QD=26.308;RBI=0.0190437;REFB=-0.0185138;REVB=-0.00421;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101923;STB=0.57136;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00788911;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:12:9:7:5:12:9:8:5 chr14 107013129 . A C 190.35 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0164809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6132;QD=22.3939;RBI=0.0344978;REFB=-0.020818;REVB=-0.0303064;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946752;STB=0.572802;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0152334;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:13:6:6:8:13:6:7:8 chr14 107013201 . G T 59.23 PASS AF=0.5;AO=5;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00201555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.392;QD=14.8076;RBI=0.0284298;REFB=-0.0201514;REVB=-0.0283582;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255761;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0218078;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:5:8:0.5:3:2:3:5:3:5:3:5 chr14 107034967 . T C 39.42 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0614547;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5254;QD=2.4256;RBI=0.0620058;REFB=-0.00347746;REVB=-0.0082486;RO=58;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109803;STB=0.588012;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0193976;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:65:58:57:8:8:0.123077:3:5:31:27:3:5:30:27 chr14 107048702 . G A 226.91 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00706945;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.479;QD=13.3476;RBI=0.016069;REFB=-0.0192633;REVB=-0.0144304;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849738;STB=0.54846;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.024741;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:15:12:15:26:15:12:15:26 chr14 107048749 . C G 237.96 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0319503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.022;QD=11.6078;RBI=0.0465407;REFB=-0.00406544;REVB=-0.033841;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12127;STB=0.57568;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0104099;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:13:16:23:29:13:16:23:30 chr14 107048767 . G T 102.36 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00310409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.058;QD=4.761;RBI=0.0237134;REFB=-0.00801264;REVB=0.0235093;RO=68;SAF=16;SAR=1;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702817;STB=0.945621;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0158286;OID=.;OPOS=107048767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:69:17:17:0.197674:1:16:25:43:1:16:25:44 chr14 107048804 . G A 337.58 PASS AF=0.39;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0188951;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.932;QD=13.5032;RBI=0.0189872;REFB=-0.00663343;REVB=-0.00186773;RO=59;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498632;STB=0.518509;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0117979;OID=.;OPOS=107048804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:59:61:39:39:0.39:18:21:29:30:18:21:31:30 chr14 107078567 . T C 261.45 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00992087;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5719;QD=16.5997;RBI=0.0233467;REFB=-0.0418892;REVB=-0.021134;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355327;STB=0.519986;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0373776;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:20:14:13:16:20:14 chr14 107078790 . C T 729.58 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336741;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.641;QD=53.0607;RBI=0.0363013;REFB=-0.129038;REVB=0.0135589;RO=2;SAF=24;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037641;STB=0.519992;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000846329;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:2:2:52:53:0.963636:28:24:2:0:29:24:2:0 chr14 107082756 . A T 253.34 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0041772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.607;QD=12.8275;RBI=0.0192234;REFB=-0.00775119;REVB=-0.0187641;RO=49;SAF=19;SAR=10;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1201;STB=0.576524;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0188094;OID=.;OPOS=107082756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:49:29:30:0.379747:10:19:27:22:10:20:27:22 chr14 107083283 . C T 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0188732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.053;QD=1.97711;RBI=0.0363125;REFB=-0.00127765;REVB=0.0310226;RO=59;SAF=1;SAR=6;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502018;STB=0.877044;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0279585;OID=.;OPOS=107083283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:6:1:35:24:6:1:35:24 chr14 107083286 . A G 38.77 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0370802;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.408;QD=2.31472;RBI=0.0494138;REFB=-0.000502353;REVB=-0.0326616;RO=60;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352643;STB=0.765774;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00170958;OID=.;OPOS=107083286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:67:60:59:8:8:0.119403:6:2:33:27:6:2:33:26 chr14 107083424 . T C 552.82 PASS AF=0.333333;AO=68;DP=217;FAO=74;FDP=222;FR=.;FRO=148;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=97;FWDB=-4.30742e-05;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4634;QD=9.96075;RBI=0.0045178;REFB=-0.00951982;REVB=0.0045176;RO=125;SAF=34;SAR=34;SRF=40;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205721;STB=0.595126;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0192742;OID=.;OPOS=107083424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:222:125:148:68:74:0.333333:34:34:40:85:38:36:51:97 chr14 107083633 . T C 500.16 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0103206;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6803;QD=22.996;RBI=0.0308044;REFB=-0.0193608;REVB=-0.0290241;RO=36;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063184;STB=0.542592;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0140741;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:36:39:47:48:0.551724:22:25:22:14:23:25:24:15 chr14 107095326 . C T 1061.07 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0286111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.5;QD=55.846;RBI=0.03328;REFB=-0.156465;REVB=-0.0169989;RO=3;SAF=25;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026598;STB=0.514078;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00237637;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:76:76:3:3:73:73:0.960526:48:25:2:1:48:25:2:1 chr14 107113780 . G A 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.020853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.107;QD=5.80843;RBI=0.0248448;REFB=-0.00274982;REVB=0.0135063;RO=42;SAF=9;SAR=3;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155128;STB=0.612702;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0217062;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:3:9:27:15:3:9:27:16 chr14 107113785 . C T 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0519801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.077;QD=6.07084;RBI=0.0557705;REFB=-0.0127955;REVB=-0.0202094;RO=46;SAF=10;SAR=4;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880827;STB=0.555473;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0606624;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:4:10:30:16:4:10:30:16 chr14 107113846 . A T 157.28 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0346866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.241;QD=7.9635;RBI=0.0581687;REFB=-0.00180283;REVB=-0.0466952;RO=55;SAF=15;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840153;STB=0.567402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0129026;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:57:22:22:0.278481:7:15:34:21:7:15:34:23 chr14 107113851 . C T 201.7 PASS AF=0.329114;AO=22;DP=76;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0205592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.422;QD=10.2124;RBI=0.0275075;REFB=-0.0249886;REVB=-0.0182751;RO=53;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643931;STB=0.579336;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0503914;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:53:53:22:26:0.329114:8:14:31:22:8:18:31:22 chr14 107113855 . A G 167.08 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0092581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.441;QD=8.25085;RBI=0.0125381;REFB=-0.0122191;REVB=-0.00845519;RO=58;SAF=16;SAR=7;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14344;STB=0.58621;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00989797;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:7:16:34:24:7:16:34:24 chr14 107113858 . A G 155.92 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0283358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.746;QD=7.69958;RBI=0.0330554;REFB=-0.0131992;REVB=-0.0170218;RO=58;SAF=15;SAR=7;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1249;STB=0.570486;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0365568;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:59:22:22:0.271605:7:15:34:24:7:15:35:24 chr14 107113968 . C A 51.89 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0414358;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.87;QD=5.32192;RBI=0.0417204;REFB=-0.0177697;REVB=-0.00486444;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177073;STB=0.615112;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0599291;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:20:11:4:4:20:11 chr14 107114009 . T C 74.73 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0379353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3118;QD=19.9269;RBI=0.0557107;REFB=-0.0333261;REVB=-0.0407995;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00652938;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:4:5:9:9:0.6:4:5:1:3:4:5:2:3 chr14 107114193 . A G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0115085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.038;QD=14.8518;RBI=0.0151051;REFB=-0.024612;REVB=0.00978351;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778986;STB=0.5045;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0413642;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:17:12:8:11:17:12 chr14 107131410 . A G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0449203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6786;QD=17.9554;RBI=0.045017;REFB=-0.0118114;REVB=-0.00294881;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513059;STB=0.529374;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0106542;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:12:5:4:12:12:5 chr14 107170005 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.184;QD=57.0001;RBI=0.0153809;REFB=0;REVB=-0.00614103;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24362e-05;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr14 107170219 . C G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.014694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.515;QD=19.156;RBI=0.0150555;REFB=-0.0138452;REVB=0.00327961;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100952;STB=0.505715;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0116467;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:9:14:13:8:9:14 chr14 107178832 . A G 1742.61 PASS AF=0.975;AO=116;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00532109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7799;QD=58.0871;RBI=0.0457618;REFB=-0.110143;REVB=-0.0454514;RO=3;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196412;STB=0.510343;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00321954;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:116:117:0.975:71:45:0:3:71:46:0:3 chr14 107178965 . A C 609.7 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0332682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.124;QD=25.4044;RBI=0.0334918;REFB=-0.0116973;REVB=-0.00386336;RO=39;SAF=22;SAR=33;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053431;STB=0.515278;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0105124;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:41:55:55:0.572917:33:22:13:26:33:22:15:26 chr14 107179268 . A G 344.31 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00521783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.738;QD=19.6748;RBI=0.00677816;REFB=-0.0138909;REVB=-0.00432639;RO=34;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660368;STB=0.541643;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0141751;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:23:12:14:20:24:12:14:20 chr14 107211211 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0112223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.146;QD=13.4557;RBI=0.0113042;REFB=-0.0120607;REVB=-0.00135767;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0230553;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:7:8:5:6:7:8 chr15 20462585 . A G 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.015998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.638;QD=12.1825;RBI=0.0160422;REFB=-0.0132638;REVB=0.00119131;RO=50;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409177;STB=0.523544;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0241207;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:14:15:24:26:14:15:24:26 chr15 20462603 . G T 46.48 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.000255341;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.696;QD=2.21356;RBI=0.00550245;REFB=-0.00458402;REVB=-0.00549652;RO=73;SAF=2;SAR=8;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417692;STB=0.806906;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0628498;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:85:84:73:74:10:10:0.119048:8:2:40:33:8:2:41:33 chr15 20476906 . T C 83.88 PASS AF=0.152381;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00683937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.486;QD=3.19537;RBI=0.026718;REFB=-0.00517171;REVB=0.0258278;RO=88;SAF=15;SAR=1;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618679;STB=0.926069;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0473805;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:105:105:88:89:16:16:0.152381:1:15:42:46:1:15:42:47 chr15 20476942 . C T 385.93 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0317759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.024;QD=14.8436;RBI=0.0411749;REFB=8.65286e-05;REVB=-0.0261852;RO=60;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102046;STB=0.562692;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000450786;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:43:44:0.423077:18:25:29:31:18:26:29:31 chr15 20645827 . A G 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0374409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.639;QD=20.1589;RBI=0.0405101;REFB=-0.00251559;REVB=-0.0154675;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235954;STB=0.636165;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00305363;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:14:2:4:10:14:2:4:10 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=35;DP=153;LEN=4;RO=118;SAF=19;SAR=22;SRF=60;SRR=52;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:153:118:35:22:19:60:52 chr15 20874897 . A G 2463.5 PASS AF=0.736059;AO=197;DP=267;FAO=198;FDP=269;FR=.;FRO=71;FSAF=99;FSAR=99;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0375507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.472;QD=36.632;RBI=0.0379997;REFB=-0.037442;REVB=-0.00582445;RO=70;SAF=99;SAR=98;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223323;STB=0.509293;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.012281;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:269:70:71:197:198:0.736059:98:99:32:38:99:99:33:38 chr15 20874927 . T A 619.62 PASS AF=0.315789;AO=77;DP=259;FAO=84;FDP=266;FR=.;FRO=182;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=81;FSRR=101;FWDB=-0.00758305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.658;QD=9.31759;RBI=0.015266;REFB=-0.00261474;REVB=0.0132495;RO=178;SAF=37;SAR=40;SRF=78;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511136;STB=0.505062;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00577073;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:266:178:182:77:84:0.315789:40:37:78:100:46:38:81:101 chr15 20876515 . A G 2096.0 PASS AF=0.79902;AO=162;DP=205;FAO=163;FDP=204;FR=.;FRO=41;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00768129;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.976;QD=41.098;RBI=0.0221195;REFB=-0.0281322;REVB=0.020743;RO=41;SAF=86;SAR=76;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021847;STB=0.500574;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00730736;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:41:41:162:163:0.79902:76:86:22:19:76:87:22:19 chr15 22368855 . T C 391.23 PASS AF=0.324841;AO=51;DP=157;FAO=51;FDP=157;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.00511075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.479;QD=9.96751;RBI=0.0112516;REFB=-0.00276557;REVB=0.010024;RO=106;SAF=23;SAR=28;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683967;STB=0.539524;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00582749;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:106:106:51:51:0.324841:28:23:54:52:28:23:54:52 chr15 22368862 . G A 1254.93 PASS AF=0.699346;AO=107;DP=153;FAO=107;FDP=153;FR=.;FRO=46;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0202163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.508;QD=32.8086;RBI=0.0292052;REFB=-0.0255793;REVB=-0.0210771;RO=46;SAF=48;SAR=59;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065586;STB=0.535174;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0111045;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:46:46:107:107:0.699346:59:48:26:20:59:48:26:20 chr15 22368905 . G A 277.44 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00309916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.686;QD=10.2754;RBI=0.00777924;REFB=-0.0115276;REVB=0.00713525;RO=72;SAF=19;SAR=17;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644645;STB=0.537285;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0216679;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:72:36:36:0.333333:17:19:42:30:17:19:42:30 chr15 22368957 . C T 354.92 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00160028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.232;QD=13.3933;RBI=0.00787446;REFB=-0.00706165;REVB=0.00771014;RO=63;SAF=21;SAR=21;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252203;STB=0.518859;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00686124;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:64:42:42:0.396226:21:21:33:30:21:21:34:30 chr15 22369132 . G A 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0250472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.318;QD=19.3148;RBI=0.0265536;REFB=-0.00972793;REVB=0.00881666;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464853;STB=0.502584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0101945;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:18:26:28:19:18:26:28:19 chr15 22369179 . A T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0184557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.333;QD=17.5879;RBI=0.0184679;REFB=-0.0162677;REVB=0.000671123;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212105;STB=0.619897;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0214219;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:20:8:11:11:20:8 chr15 22369248 . T C 501.51 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8954;QD=59.0016;RBI=0.0489008;REFB=0;REVB=0.0422523;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422812;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:23:11:0:0 chr15 22369373 . G A 124.05 PASS AF=0.189655;AO=21;DP=116;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.00404889;FXX=0.0645109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.802;QD=4.27753;RBI=0.00404902;REFB=0.00205473;REVB=-3.27054e-05;RO=86;SAF=12;SAR=9;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13413;STB=0.596188;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00843881;OID=.;OPOS=22369373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:86:94:21:22:0.189655:9:12:40:46:10:12:40:54 chr15 22382655 . A C 264.64 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0250995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3827;QD=12.9092;RBI=0.0434288;REFB=-0.0129502;REVB=-0.0354411;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517454;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0219848;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:30:31:0.378049:18:12:20:30:18:13:20:31 chr15 22382704 . G C 134.99 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0104567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6353;QD=6.74923;RBI=0.0106097;REFB=-0.00946053;REVB=0.00179576;RO=59;SAF=3;SAR=17;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472734;STB=0.790373;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0313376;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:60:20:20:0.25:17:3:29:30:17:3:29:31 chr15 22382728 . C T 276.79 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0299101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1275;QD=13.5019;RBI=0.0466788;REFB=-0.0328267;REVB=-0.0358371;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195652;STB=0.598127;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0556889;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:50:32:32:0.390244:14:18:18:30:14:18:20:30 chr15 22382739 . A G 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00230411;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.327;QD=58.8008;RBI=0.024858;REFB=-0.0575364;REVB=0.024751;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=1.78104e-05;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr15 22382821 . G C 425.54 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=28;FWDB=-0.0229557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.117;QD=12.6087;RBI=0.0239367;REFB=-0.0112321;REVB=0.00678245;RO=85;SAF=26;SAR=24;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168932;STB=0.595657;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0199286;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:85:85:50:50:0.37037:24:26:57:28:24:26:57:28 chr15 22382828 . C A 466.67 PASS AF=0.36;AO=54;DP=149;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=-0.0045142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.608;QD=12.4446;RBI=0.0149129;REFB=0.00794259;REVB=0.0142132;RO=95;SAF=28;SAR=26;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115668;STB=0.568564;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0178207;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:95:96:54:54:0.36:26:28:59:36:26:28:60:36 chr15 22382897 . A G 521.33 PASS AF=0.338624;AO=64;DP=189;FAO=64;FDP=189;FR=.;FRO=125;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.0174909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5198;QD=11.0334;RBI=0.0750457;REFB=-0.0103424;REVB=-0.0729789;RO=125;SAF=37;SAR=27;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306945;STB=0.517608;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0223573;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:125:125:64:64:0.338624:27:37:69:56:27:37:69:56 chr15 22383064 . C A 351.83 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0010084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2236;QD=12.0285;RBI=0.00189019;REFB=-0.00475787;REVB=0.00159874;RO=74;SAF=17;SAR=26;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117601;STB=0.567241;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00675885;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:74:43:43:0.367521:26:17:37:37:26:17:37:37 chr15 22383066 . A G 890.51 PASS AF=0.690265;AO=76;DP=111;FAO=78;FDP=113;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00772397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.562;QD=31.5226;RBI=0.0104141;REFB=0.00293987;REVB=0.00698532;RO=35;SAF=33;SAR=43;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641245;STB=0.533386;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000431168;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:35:35:76:78:0.690265:43:33:19:16:44:34:19:16 chr15 22383189 . G A 297.39 PASS AF=0.28777;AO=40;DP=139;FAO=40;FDP=139;FR=.;FRO=99;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0154619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.976;QD=8.55788;RBI=0.0234896;REFB=-0.00340278;REVB=0.0176831;RO=98;SAF=16;SAR=24;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481191;STB=0.532528;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00744689;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:98:99:40:40:0.28777:24:16:43:55:24:16:44:55 chr15 22383482 . GA G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00307503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.21;QD=12.9224;RBI=0.0121013;REFB=0.00393838;REVB=-0.0117041;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263591;STB=0.63624;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=-0.00422686;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:22:59:22:56:34:14:8:14:20:99:36:14:8:14:22 chr15 22413700 . A G 936.73 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0137065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6226;QD=54.3033;RBI=0.0274019;REFB=-0.0293526;REVB=-0.0237275;RO=3;SAF=22;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218901;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:44:22:1:2:44:22:1:2 chr15 22413954 . C T 1593.56 PASS AF=0.663317;AO=132;DP=200;FAO=132;FDP=199;FR=.;FRO=67;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0101135;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.685;QD=32.0314;RBI=0.0123559;REFB=-0.0285392;REVB=0.00709831;RO=66;SAF=80;SAR=52;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982113;STB=0.508419;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0137398;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:66:67:132:132:0.663317:52:80:39:27:52:80:39:28 chr15 22414005 . C T 1514.2 PASS AF=0.664921;AO=127;DP=191;FAO=127;FDP=191;FR=.;FRO=64;FSAF=84;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.000166905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.943;QD=31.711;RBI=0.0210102;REFB=-0.0213785;REVB=0.0210095;RO=64;SAF=84;SAR=43;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567686;STB=0.530537;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0160212;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:64:64:127:127:0.664921:43:84:37:27:43:84:37:27 chr15 22414190 . T C 969.71 PASS AF=0.75;AO=74;DP=100;FAO=75;FDP=100;FR=.;FRO=25;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0152163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7978;QD=38.7885;RBI=0.0262289;REFB=-0.00638284;REVB=0.021364;RO=25;SAF=41;SAR=33;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219673;STB=0.510168;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00187222;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:25:25:74:75:0.75:33:41:15:10:33:42:15:10 chr15 22440297 . A G 710.73 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.681;QD=60.4874;RBI=0.0512474;REFB=0;REVB=0.0295052;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00820235;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:27:17:0:0:27:20:0:0 chr15 22440322 . A G 791.96 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214616;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.931;QD=64.6494;RBI=0.0363281;REFB=0;REVB=-0.0293109;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703709;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr15 22440611 . A G 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0141108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.356;QD=14.3247;RBI=0.0238273;REFB=0.0389927;REVB=-0.0191996;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106901;STB=0.552202;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0313258;OID=.;OPOS=22440611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:28:28:0.41791:14:14:23:15:14:14:23:16 chr15 22440816 . A G 762.02 PASS AF=0.753086;AO=61;DP=83;FAO=61;FDP=81;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.021437;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.107;QD=37.6305;RBI=0.0275127;REFB=-0.0398865;REVB=-0.0172454;RO=20;SAF=32;SAR=29;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10304;STB=0.555269;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00798465;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:20:20:61:61:0.753086:29:32:6:14:29:32:6:14 chr15 22448406 . G A 70.67 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0152776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3381;QD=7.24848;RBI=0.0152864;REFB=-0.00543964;REVB=0.00051704;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14712;STB=0.593026;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0238567;OID=.;OPOS=22448406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:12:17:7:3:12:17 chr15 22448436 . G A 206.65 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0302175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.484;QD=11.0211;RBI=0.0314515;REFB=-0.00262625;REVB=0.00872344;RO=48;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264717;STB=0.658516;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00353604;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:26:26:0.346667:10:16:18:30:10:16:18:31 chr15 22448456 . C T 163.46 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0126842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7482;QD=7.51537;RBI=0.0155245;REFB=-0.00240556;REVB=-0.00895113;RO=64;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307591;STB=0.51854;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00664083;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:12:11:29:35:12:11:29:35 chr15 22448752 . C T 327.21 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0148531;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.337;QD=13.7773;RBI=0.0242397;REFB=0.000423373;REVB=0.0191559;RO=58;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448332;STB=0.517509;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000389581;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:36:37:0.389474:19:17:25:33:20:17:25:33 chr15 22840279 . G T 317.95 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.912;QD=52.9912;RBI=0.0424543;REFB=0;REVB=0.00378133;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574491;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:8:16:0:0 chr15 22873784 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.126;QD=61.3355;RBI=0.0117062;REFB=0;REVB=0.0016897;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67442e-05;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr15 22926229 . G A 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760939;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.239;QD=58.0826;RBI=0.0541551;REFB=0;REVB=-0.0536178;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143144;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr15 22960868 . G C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0193868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.012;QD=14.0963;RBI=0.0198507;REFB=-0.00418043;REVB=0.00426663;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.556415;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00962475;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:9:5:3:8:9:5 chr15 23052632 . T C 697.01 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321223;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.229;QD=54.6677;RBI=0.0328689;REFB=0.000172668;REVB=0.00696578;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132627;STB=0.507039;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=8.20326e-05;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:51:1:1:50:50:0.980392:35:15:0:1:35:15:0:1 chr15 23059394 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.883;QD=58.1366;RBI=0.00919971;REFB=0;REVB=0.00906069;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36504e-05;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr15 23098401 . C T 670.8 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.81;QD=59.6268;RBI=0.0811174;REFB=-0.098735;REVB=0.061083;RO=1;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493343;STB=0.526303;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000730436;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:9:34:0:1:9:35:0:1 chr15 23098449 . C T 926.63 PASS AF=0.851852;AO=69;DP=81;FAO=69;FDP=81;FR=.;FRO=12;FSAF=54;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0104329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.555;QD=45.7594;RBI=0.0249271;REFB=-0.0182374;REVB=0.0226388;RO=12;SAF=54;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460078;STB=0.524533;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00468891;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:12:12:69:69:0.851852:15:54:8:4:15:54:8:4 chr15 23098503 . G T 60.64 PASS AF=0.107143;AO=11;DP=111;FAO=12;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=28;FWDB=-0.0135353;FXX=0.0260847;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.824;QD=2.16587;RBI=0.0972615;REFB=-0.0059797;REVB=0.0963151;RO=69;SAF=6;SAR=5;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237209;STB=0.618632;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0220927;OID=.;OPOS=23098503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:111:112:69:96:11:12:0.107143:5:6:50:19:5:7:68:28 chr15 23098518 . G A 62.56 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=30;FWDB=0.0152437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7224;QD=2.21455;RBI=0.0247469;REFB=-0.00738454;REVB=0.0194946;RO=98;SAF=8;SAR=6;SRF=68;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162718;STB=0.615848;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0584589;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:113:98:99:14:14:0.123894:6:8:68:30:6:8:69:30 chr15 23158293 . A C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0190604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.54;QD=17.5011;RBI=0.0342725;REFB=-0.00519718;REVB=-0.0284835;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253039;STB=0.642744;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00700132;OID=.;OPOS=23158293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:12:16:8:18:12:16 chr15 23158339 . G C 248.34 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0551443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3726;QD=16.2845;RBI=0.0850491;REFB=-0.0416689;REVB=-0.0647491;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276325;STB=0.626281;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0425635;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:29:33:28:28:0.459016:19:9:18:11:19:9:18:15 chr15 23259835 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00198065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.954;QD=15.5713;RBI=0.0159564;REFB=-0.0190674;REVB=-0.015833;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0205256;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr15 23261950 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5699;QD=54.5124;RBI=0.0327163;REFB=0;REVB=-0.0231079;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05885e-06;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr15 23326356 . G C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00674365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.355;QD=7.04942;RBI=0.00773781;REFB=-0.00513399;REVB=-0.00379432;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459172;STB=0.52901;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.021051;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:3:7:20:10:3:7:20:10 chr15 23686598 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.181;QD=48.7369;RBI=0.0526826;REFB=0;REVB=-0.0446748;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00240552;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr15 23686632 . CA C,CG 144.47 PASS AF=0.608696,0.0434783;AO=3,12;DP=23;FAO=14,1;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=11,1;FSAR=3,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.12122,-0.124901;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.2847,50.334;QD=25.1258;RBI=0.12766,0.31426;REFB=-0.0156866,0.0428022;REVB=-0.0400344,-0.288374;RO=8;SAF=3,9;SAR=0,3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.277454;STB=0.633179,0.5;STBP=0.367,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000674998,0.0679972;OID=.,.;OPOS=23686633,23686633;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696,0.0434783:3,12:23:14,1:23:8:11,1:3,0:8:0:56:8:3,9:0,3:8:0 chr15 23686673 . G A 211.12 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586694;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4773;QD=49.6762;RBI=0.0587982;REFB=0;REVB=0.00388986;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150285;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:2:15:0:0:2:15:0:0 chr15 23687214 . C G 1266.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121954;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.244;QD=61.791;RBI=0.0503476;REFB=0;REVB=-0.0488482;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179251;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:54:28:0:0:54:28:0:0 chr15 23688944 . A G 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0849;QD=58.0561;RBI=0.0425387;REFB=0;REVB=0.0406957;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217515;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr15 23811592 . C T 205.22 PASS AF=0.540541;AO=15;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0475475;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.657;QD=22.1863;RBI=0.048212;REFB=-0.0167314;REVB=0.00797721;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221099;STB=0.590068;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0157514;OID=.;OPOS=23811592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:17:15:20:0.540541:11:4:7:7:15:5:7:10 chr15 23889033 . G T 130.57 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00665437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3803;QD=22.7086;RBI=0.0163195;REFB=-0.0210381;REVB=-0.0149011;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189634;STB=0.615819;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0301346;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:9:9:13:14:0.608696:10:3:4:5:11:3:4:5 chr15 23931507 . G A 330.07 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00182425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.859;QD=18.3373;RBI=0.00467512;REFB=-0.00596211;REVB=0.00430452;RO=31;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153763;STB=0.591648;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00359326;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:37:35:35:0.486111:12:23:15:16:12:23:18:19 chr15 24922230 . C G 271.46 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.967;QD=51.7074;RBI=0.0935942;REFB=0;REVB=0.0451224;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156918;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr15 24923390 . C T 545.38 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9376;QD=58.96;RBI=0.135095;REFB=0;REVB=0.123188;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010845;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:30:37:1:12:18:0:0:17:20:0:0 chr15 24924663 . T C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0112331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.722;QD=20.2683;RBI=0.0152057;REFB=-0.0287386;REVB=-0.0102484;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023105;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:13:8:8:13:13:8 chr15 24924729 . T C 286.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0140922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.682;QD=24.3816;RBI=0.0160884;REFB=0.00693183;REVB=-0.00776173;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999618;STB=0.545419;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00519101;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:11:15:9:11:11:15:10:11 chr15 24925133 . T G 67.66 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0556242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2466;QD=14.2449;RBI=0.0565947;REFB=-0.037573;REVB=0.010436;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0746296;OID=.;OPOS=24925133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr15 25307562 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.016;QD=56.9382;RBI=0.0350385;REFB=0;REVB=0.0116623;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0306e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr15 25319320 . T C 68.91 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0159143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.412;QD=5.99187;RBI=0.0344068;REFB=-0.00551589;REVB=0.0305052;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155208;STB=0.5998;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0257031;OID=.;OPOS=25319320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:19:17:6:4:19:17 chr15 25330550 . T A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0336132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.787;QD=16.0341;RBI=0.0337111;REFB=-0.00655837;REVB=-0.00256809;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172587;STB=0.599893;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0135612;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:15:5:11:17:15:5:11:17 chr15 25924539 . T C 774.94 PASS AF=0.387931;AO=80;DP=223;FAO=90;FDP=232;FR=.;FRO=142;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=0.0407286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7744;QD=13.3611;RBI=0.0617163;REFB=-0.00463283;REVB=0.0463689;RO=142;SAF=32;SAR=48;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666137;STB=0.522124;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00820646;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:232:142:142:80:90:0.387931:48:32:65:77:52:38:65:77 chr15 25926179 . C T 363.66 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0253294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.631;QD=15.8111;RBI=0.0253297;REFB=-0.00721728;REVB=0.000134133;RO=53;SAF=14;SAR=25;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232046;STB=0.630892;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0142071;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:25:14:31:22:25:14:31:22 chr15 25926186 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0155977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.682;QD=15.7059;RBI=0.0175482;REFB=-0.0138865;REVB=0.00804061;RO=48;SAF=14;SAR=22;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156222;STB=0.588186;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0175614;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:22:14:26:22:22:14:26:22 chr15 25961964 . A G 772.87 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000268305;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.907;QD=57.2492;RBI=0.00554494;REFB=0;REVB=-0.00553845;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41302e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr15 26063160 . CTTA C 238.07 PASS AF=0.515152;AO=32;DP=64;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00975724;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=223.282;QD=14.4283;RBI=0.0113288;REFB=0.00510865;REVB=-0.00575666;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698145;STB=0.514277;STBP=0.878;TYPE=del;VARB=-0.0046586;OID=.;OPOS=26063161;OREF=TTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:32:64:34:66:32:16:18:16:16:99:31:14:18:16:15 chr15 26327370 . A G 112.31 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0133912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.339;QD=7.74518;RBI=0.0136335;REFB=0.00251113;REVB=-0.0025586;RO=41;SAF=12;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277191;STB=0.679007;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00358161;OID=.;OPOS=26327370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:4:12:22:19:4:12:22:20 chr15 26327375 . C T 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0121448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.118;QD=8.4358;RBI=0.0164721;REFB=0.00173881;REVB=-0.0111281;RO=41;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212716;STB=0.628663;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0128617;OID=.;OPOS=26327375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:5:12:22:19:5:12:22:19 chr15 26327466 . C T 769.98 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206448;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.958;QD=64.1652;RBI=0.0403016;REFB=0;REVB=-0.0346123;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6522e-05;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr15 27182357 . T C 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0202933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.112;QD=14.9206;RBI=0.0207846;REFB=-0.00833775;REVB=-0.00449254;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183864;STB=0.603845;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0107674;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:24:13:15:13:24:13 chr15 27184435 . C T 306.96 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0165602;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.696;QD=15.5425;RBI=0.0351992;REFB=-0.00134358;REVB=0.0310603;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186351;STB=0.620187;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00207458;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:47:45:34:34:0.43038:17:17:15:32:17:17:13:32 chr15 27184482 . C T 204.36 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0124862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.919;QD=12.5758;RBI=0.0194884;REFB=-0.00937312;REVB=-0.0149631;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395207;STB=0.699027;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0178915;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:40:23:25:0.384615:9:14:9:30:11:14:9:31 chr15 27184517 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00223371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.873;QD=13.4056;RBI=0.0194052;REFB=-0.000251911;REVB=-0.0192762;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40448;STB=0.732104;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000130249;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:6:17:12:22:6:17:12:22 chr15 27188459 . C T 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0332903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.947;QD=18.9969;RBI=0.0398442;REFB=-0.0179331;REVB=0.0218932;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104816;STB=0.559372;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0216768;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:6:11:9:8:6:11 chr15 27193332 . G A 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0177565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.684;QD=17.4899;RBI=0.0204225;REFB=0.0116332;REVB=-0.0100889;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220455;STB=0.501237;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0183425;OID=.;OPOS=27193332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:16:14:13:15:16:14 chr15 27516740 . GAGTC G 242.67 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0105009;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=4;MLLD=346.31;QD=21.5706;RBI=0.0122987;REFB=-0.00379768;REVB=0.00640235;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106008;STB=0.60368;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.00351557;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511111:23:46:23:45:22:7:16:11:11:99:19:7:16:8:11 chr15 27772676 . C T 515.42 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0121252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.41;QD=17.6212;RBI=0.0147498;REFB=-0.00406857;REVB=0.00839857;RO=62;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457292;STB=0.525414;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00459383;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:31:24:30:32:31:24:30:32 chr15 28090173 . C T 1285.13 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408979;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.4;QD=61.934;RBI=0.0545371;REFB=0;REVB=0.0360784;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103992;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr15 28171294 . T G 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0211053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5451;QD=19.9231;RBI=0.0214154;REFB=0.0163881;REVB=0.00363092;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125311;STB=0.571312;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.011754;OID=.;OPOS=28171294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:6:3:6:6:6:3 chr15 28231793 . T C 1138.71 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694758;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.74;QD=60.731;RBI=0.105925;REFB=0;REVB=0.105697;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124616;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr15 28235773 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000144066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.531;QD=18.1541;RBI=0.0120896;REFB=-0.0151511;REVB=-0.0120888;RO=25;SAF=17;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463428;STB=0.765495;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0109761;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:4:17:9:16:4:17:9:16 chr15 28362459 . G A 447.58 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.034;QD=57.7523;RBI=0.0244412;REFB=0;REVB=0.0241041;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93111e-05;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr15 28414665 . T C 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.065;QD=58.031;RBI=0.0543945;REFB=0.00765103;REVB=0.0428147;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160235;STB=0.508472;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000178132;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:29:41:0:1:29:41:0:1 chr15 28419746 . G A 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0235403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.327;QD=14.6207;RBI=0.0253166;REFB=-0.00388148;REVB=0.00931585;RO=47;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228937;STB=0.629608;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00652231;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:13:20:18:29:13:20:18:29 chr15 28422609 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00408085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.25;QD=8.06774;RBI=0.013173;REFB=-0.00456323;REVB=-0.012525;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185697;STB=0.615187;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0196881;OID=.;OPOS=28422609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:8:4:16:17:8:4:16:17 chr15 28502279 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0137154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.697;QD=20.017;RBI=0.0137559;REFB=-0.0210828;REVB=-0.00105398;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.569543;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0195185;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:7:10:8:10:7:10 chr15 28517436 . T C 581.39 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00187458;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.868;QD=22.7998;RBI=0.00866599;REFB=-0.0121227;REVB=-0.00846081;RO=41;SAF=28;SAR=29;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533971;STB=0.508769;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00356067;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:41:45:57:57:0.558824:29:28:23:18:29:28:23:22 chr15 28517454 . G T 572.48 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0218996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.569;QD=22.0184;RBI=0.0223004;REFB=-0.0219679;REVB=-0.00420872;RO=47;SAF=27;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654388;STB=0.535882;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0156055;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:30:27:26:21:30:27:26:21 chr15 29034109 . C T 35.04 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0166197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.853;QD=5.19183;RBI=0.0392861;REFB=-0.0121886;REVB=-0.0355975;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22433;STB=0.649495;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.025083;OID=.;OPOS=29034109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:10:11:2:4:10:11 chr15 29034198 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00902806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.593;QD=19.523;RBI=0.00911209;REFB=-0.0186916;REVB=0.00123458;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256161;STB=0.644963;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0123132;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:9:3:8:6:9:3 chr15 29394009 . C T 306.84 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0117105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.311;QD=18.3186;RBI=0.0119405;REFB=-0.0233553;REVB=-0.00233227;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696002;STB=0.53886;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0242583;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:17:17:19:14:17:17 chr15 29415560 . G A 129.34 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0192725;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.646;QD=19.8982;RBI=0.0329877;REFB=-0.0351147;REVB=0.0267723;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125358;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.037693;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:7:5:8:6:7:5 chr15 29415698 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.994;QD=59.501;RBI=0.0219444;REFB=0;REVB=0.00406211;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99517e-05;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr15 29416901 . A G 177.24 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00535726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.788;QD=12.2235;RBI=0.0388777;REFB=-0.02957;REVB=-0.0385068;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314494;STB=0.681653;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0261346;OID=.;OPOS=29416901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:14:22:7:15:14:22 chr15 29418520 . C T 141.25 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0425086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9602;QD=13.4527;RBI=0.0430332;REFB=-0.011038;REVB=-0.00669875;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243225;STB=0.624833;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0501847;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:4:12:13:11:4:12:15:11 chr15 29418573 . AT GC 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00334821;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.293;QD=7.04801;RBI=0.0358654;REFB=-0.0132333;REVB=-0.0357087;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184739;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=mnp;VARB=0.0435575;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:2:6:16:5:2:6:16:6 chr15 29421014 . G C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0245162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.319;QD=13.6609;RBI=0.0401344;REFB=-0.0172339;REVB=-0.0317762;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911277;STB=0.553764;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0177195;OID=.;OPOS=29421014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:12:2:4:17:12:2:4:17 chr15 29421054 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.023425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.49;QD=15.1664;RBI=0.0256418;REFB=-0.00855705;REVB=0.0104294;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125289;STB=0.573422;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0109964;OID=.;OPOS=29421054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:13:2:4:16:13:2:4:16 chr15 29544656 . T C 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0134681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.557;QD=14.0983;RBI=0.0135397;REFB=-0.00617832;REVB=0.00139111;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0102123;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:7:7:7:4:7:7 chr15 29996472 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0112829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.947;QD=24.1571;RBI=0.0195464;REFB=-0.0180559;REVB=0.0159611;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888942;STB=0.548987;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0131476;OID=.;OPOS=29996472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:8:13:15:15:8:13 chr15 30008856 . C A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.911;QD=57.3846;RBI=0.0476366;REFB=0;REVB=0.0445874;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211469;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr15 30008889 . G A 868.1 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.16;QD=57.8736;RBI=0.00606313;REFB=0;REVB=0.00209098;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26788e-05;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr15 30664453 . C T 482.22 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4459;QD=56.7315;RBI=0.0872174;REFB=0;REVB=0.0310282;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00644561;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:24:9:1:0:24:10:0:0 chr15 31197564 . G A 714.35 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8837;QD=60.7956;RBI=0.0501205;REFB=-0.0131714;REVB=-0.0433186;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00124786;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:0:1:25:21:0:1 chr15 31222820 . T C 443.72 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0086195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9218;QD=17.7488;RBI=0.071584;REFB=-0.0127452;REVB=0.0710631;RO=53;SAF=18;SAR=27;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710971;STB=0.53085;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0152147;OID=.;OPOS=31222820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:55:45:45:0.45:27:18:25:28:27:18:25:30 chr15 31229420 . T C 1472.29 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1207;QD=63.3244;RBI=0.0281297;REFB=0;REVB=0.00268296;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120939;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:40:53:0:0:40:53:0:0 chr15 31231190 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.074;QD=53.2754;RBI=0.023918;REFB=0;REVB=0.0095383;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333291;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 31267147 . C T 716.11 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105767;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.505;QD=57.2891;RBI=0.01069;REFB=0;REVB=0.00155269;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.517e-05;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr15 31330280 . A G 1487.25 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123479;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.607;QD=63.9678;RBI=0.0192317;REFB=0;REVB=0.0147441;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219273;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr15 31342744 . C T 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.298;QD=61.6915;RBI=0.0442472;REFB=0;REVB=-0.0383173;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50832e-05;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr15 31362351 . GC G,GT 376.93 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=9,18;DP=29;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072075,0.0661251;FXX=0.0689417;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.482,243.666;QD=55.8411;RBI=0.0766703,0.0706224;REFB=0,0;REVB=0.0261443,0.0247991;RO=0;SAF=7,7;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000424338,0.00481158;OID=.,.;OPOS=31362352,31362352;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:9,18:29:3,24:27:0:1,13:2,11:0:0:13:0:7,7:2,11:0:0 chr15 31369123 . A G 940.88 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485039;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5992;QD=58.8049;RBI=0.0526992;REFB=0;REVB=0.0206054;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191359;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr15 31793930 . A G 565.82 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00336193;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.06;QD=24.3361;RBI=0.0121384;REFB=-0.0163615;REVB=0.0116635;RO=40;SAF=18;SAR=33;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143648;STB=0.577928;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0183819;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:40:41:51:52:0.55914:33:18:21:19:33:19:22:19 chr15 33010412 . G A 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0263;QD=55.6469;RBI=0.0431423;REFB=0;REVB=0.0328522;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101884;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr15 33023670 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1217;QD=58.5803;RBI=0.0689587;REFB=0;REVB=0.04589;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179327;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr15 33023685 . A C 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6113;QD=59.4231;RBI=0.0356961;REFB=0;REVB=0.0290298;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473499;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr15 33023951 . T C 464.76 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.891;QD=58.0953;RBI=0.0926123;REFB=0;REVB=0.0863692;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125889;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr15 33023985 . A G 423.68 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7604;QD=56.4906;RBI=0.180281;REFB=0;REVB=0.115979;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595221;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:23:30:1:10:13:0:0:11:19:0:0 chr15 33024567 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0378056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2832;QD=11.1977;RBI=0.038439;REFB=0.00177562;REVB=-0.00694962;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187393;STB=0.611467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00553233;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:9:13:5:7:9:13 chr15 33024699 . A G 34.64 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0367898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3175;QD=4.07517;RBI=0.0490891;REFB=-0.0225743;REVB=0.0325001;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1572;STB=0.583048;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0976482;OID=.;OPOS=33024699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:34:26:28:6:6:0.176471:2:4:14:12:2:4:16:12 chr15 33024767 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0319359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.855;QD=14.1953;RBI=0.0319829;REFB=-0.0207316;REVB=0.00173287;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076981;STB=0.543791;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0305319;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:8:15:23:9:8:15:23:9 chr15 33025627 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0196888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.371;QD=10.1407;RBI=0.0379089;REFB=-0.00994781;REVB=-0.032395;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377811;STB=0.522693;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0235137;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:12:16:7:6:12:16 chr15 33025979 . C T 149.04 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0439618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5569;QD=18.6302;RBI=0.0454732;REFB=0.0137235;REVB=0.0116265;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054861;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0151292;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:7:9:8:8:7:9 chr15 33026667 . A T 163.9 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0307699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3013;QD=20.4874;RBI=0.0320612;REFB=-0.0324682;REVB=0.00900744;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179024;STB=0.51011;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0247414;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:10:5:6:11:10:5 chr15 33191023 . A G 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000832909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.407;QD=16.0634;RBI=0.00153948;REFB=-0.0199646;REVB=-0.0012947;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592558;STB=0.53349;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0168413;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:15:16:15:11:15:16 chr15 33261250 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00719287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.055;QD=16.4544;RBI=0.00719287;REFB=-0.0223677;REVB=0;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105711;OID=.;OPOS=33261250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:0:6:4:0:0:6:4:0 chr15 33357262 . A G 260.4 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0217594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.828;QD=14.4666;RBI=0.0372234;REFB=-0.00996397;REVB=-0.0302011;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244554;STB=0.51388;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0154866;OID=.;OPOS=33357262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:15:15:22:20:15:15:22:20 chr15 33359370 . C T 453.56 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0197459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.025;QD=25.198;RBI=0.0260886;REFB=-0.027972;REVB=0.0170504;RO=29;SAF=12;SAR=31;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246099;STB=0.635269;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0163361;OID=.;OPOS=33359370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:31:12:17:12:31:12:17:12 chr15 33359574 . C A 672.08 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7073;QD=62.519;RBI=0.128547;REFB=0;REVB=-0.0121259;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132371;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:26:14:0:0:26:17:0:0 chr15 33381000 . A T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00517668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.835;QD=18.966;RBI=0.0126377;REFB=0.00381648;REVB=-0.0115288;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235347;STB=0.633678;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0027416;OID=.;OPOS=33381000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:11:14:7:15:11:14 chr15 33446258 . G A 251.82 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.000572738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0202;QD=14.8129;RBI=0.0215354;REFB=-0.0295975;REVB=0.0215278;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193126;STB=0.613778;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0462901;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:16:13:10:28:16:13:10:29 chr15 33446311 . G C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00413667;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.211;QD=14.231;RBI=0.00679175;REFB=-0.0154819;REVB=0.00538663;RO=36;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457904;STB=0.526133;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0165906;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:19:7:11:25:19:7:11:25 chr15 33446344 . T C 260.5 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00741142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.652;QD=18.9452;RBI=0.00778276;REFB=-0.00858071;REVB=-0.00237535;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241903;STB=0.526988;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0102909;OID=.;OPOS=33446344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:19:9:9:17:19:9:10:17 chr15 33840414 . A G 237.08 PASS AF=0.394366;AO=29;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0130752;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0824;QD=13.3568;RBI=0.0276249;REFB=-0.00653766;REVB=-0.0243346;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176005;STB=0.570521;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0189995;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:42:43:29:28:0.394366:16:13:26:16:15:13:25:18 chr15 33872250 . G A 49.37 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0343508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6298;QD=5.06308;RBI=0.0457133;REFB=-0.0164569;REVB=-0.0301616;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431973;STB=0.795883;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0877905;OID=.;OPOS=33872250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:39:39:31:31:8:8:0.205128:1:7:18:13:1:7:18:13 chr15 33936540 . A G 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0319508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0238;QD=16.0641;RBI=0.0504751;REFB=0.0156337;REVB=0.0390753;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120866;STB=0.568283;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0145944;OID=.;OPOS=33936540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:17:14:15:11:17:14 chr15 33954652 . C T 772.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257734;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.149;QD=57.217;RBI=0.0489879;REFB=0;REVB=0.0416599;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795238;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr15 34014753 . T C 1029.39 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021293;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3047;QD=57.9936;RBI=0.0265692;REFB=0.0389014;REVB=0.0158912;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00049045;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:30:40:0:0:30:40:0:1 chr15 34014913 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0210808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.83;QD=15.6258;RBI=0.0216428;REFB=-0.0160147;REVB=0.00489971;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198847;STB=0.615243;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0232078;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:12:11:5:12:12:11 chr15 34014987 . GC G,GG 39.88 PASS AF=0.333333,0.037037;AO=10,2;DP=27;FAO=9,1;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=3,1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0685014,-0.107772;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.1305,20.3388;QD=5.90881;RBI=0.0763707,0.111522;REFB=-0.138829,-0.084406;REVB=0.0337647,-0.0286753;RO=12;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198747,0;STB=0.514254,0.992314;STBP=0.968,0.22;TYPE=del,snp;VARB=0.193038,0.0306809;OID=.,.;OPOS=34014988,34014988;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.037037:10,2:27:9,1:27:17:6,0:3,1:11:6:35:12:7,1:3,1:6:6 chr15 34016274 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137423;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.351;QD=59.8394;RBI=0.0244801;REFB=0;REVB=0.0202589;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30656e-05;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr15 34032131 . G A 193.36 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00494923;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.817;QD=15.7847;RBI=0.011392;REFB=-0.00426846;REVB=-0.0102608;RO=29;SAF=3;SAR=17;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207035;STB=0.621125;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00899324;OID=.;OPOS=34032131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:29:20:20:0.408163:17:3:8:21:17:3:8:21 chr15 34113536 . A G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.103;QD=62.348;RBI=0.0285099;REFB=0;REVB=-0.022915;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17649e-05;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr15 34158529 . G C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0663962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2419;QD=18.637;RBI=0.0666995;REFB=-0.000501688;REVB=-0.0063536;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429897;STB=0.747449;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0021405;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:13:3:10:6:13:3:10:6 chr15 34159986 . T C 75.18 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0024985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.985;QD=10.0239;RBI=0.00496582;REFB=-0.0199107;REVB=0.00429149;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.608497;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0184389;OID=.;OPOS=34159986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:5:15:6:4:5:15 chr15 34168116 . C G 295.08 PASS AF=0.574074;AO=28;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0842144;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5346;QD=21.8578;RBI=0.104158;REFB=-0.0446537;REVB=0.0612924;RO=23;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137459;STB=0.571936;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0488122;OID=.;OPOS=34168116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:28:31:0.574074:9:19:12:11:10:21:12:11 chr15 34356988 . G A 920.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.333;QD=58.4526;RBI=0.047453;REFB=0;REVB=0.0465526;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23484e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:31:32:0:0 chr15 34357259 . T A 785.89 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.747;QD=64.1538;RBI=0.0470923;REFB=0;REVB=0.0176099;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65161e-05;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr15 34522985 . C G 1420.02 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709421;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6815;QD=63.1118;RBI=0.0530266;REFB=0;REVB=0.0525499;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328411;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr15 34524995 . G T 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000710824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.598;QD=58.9581;RBI=0.00210081;REFB=0;REVB=-0.0019769;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19404e-06;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr15 34525035 . T C 731.77 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.010211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2493;QD=51.3524;RBI=0.0291747;REFB=-0.026057;REVB=0.0273294;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.517964;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00158354;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:57:1:3:54:54:0.947368:19:35:1:0:19:35:1:2 chr15 34528948 . G A 442.99 PASS AF=0.891892;AO=32;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00812012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2745;QD=47.891;RBI=0.0413712;REFB=-0.0594563;REVB=0.0405665;RO=5;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474858;STB=0.513361;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0355036;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:5:4:32:33:0.891892:20:12:1:4:21:12:1:3 chr15 34640218 . C T 1032.11 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0632901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.782;QD=54.3216;RBI=0.0668949;REFB=-0.0953447;REVB=0.0216632;RO=2;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257717;STB=0.502958;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00111891;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:2:4:71:72:0.947368:32:39:1:1:32:40:2:2 chr15 34640378 . T C 278.19 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242505;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.971;QD=50.5803;RBI=0.0242522;REFB=-0.0585638;REVB=0.000283655;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049966;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:7:15:0:0 chr15 34648935 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.049;QD=53.2765;RBI=0.0387577;REFB=0;REVB=0.0386921;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299124;OID=.;OPOS=34648935;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr15 34649631 . G A 1263.05 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.878;QD=60.1455;RBI=0.0649846;REFB=-0.0387109;REVB=0.0480513;RO=1;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937721;STB=0.504949;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00112172;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:50:31:0:1:50:33:0:1 chr15 35080931 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.308;QD=57.1062;RBI=0.0186922;REFB=0;REVB=0.0155518;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24111e-06;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr15 35149008 . C T 879.47 PASS AF=0.914286;AO=64;DP=71;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00867695;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.617;QD=50.2553;RBI=0.0122311;REFB=0.000292435;REVB=0.00862029;RO=5;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529831;STB=0.533323;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-5.12514e-05;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:71:70:5:6:64:64:0.914286:42:22:0:5:42:22:0:6 chr15 35256624 . C G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00328766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.209;QD=12.1199;RBI=0.0143014;REFB=-0.00383735;REVB=-0.0139184;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800708;STB=0.54619;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00568219;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:21:17:12:11:21:17 chr15 35270904 . AG A 123.57 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.020327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4121;QD=17.6529;RBI=0.0386474;REFB=-0.0161106;REVB=-0.0328699;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663315;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0233979;OID=.;OPOS=35270905;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:28:14:28:14:10:4:10:4:99:14:10:3:10:4 chr15 35272234 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.585;QD=35.5759;RBI=0.0411264;REFB=0;REVB=-0.0178165;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590442;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr15 35273620 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00833199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.136;QD=12.0517;RBI=0.00893863;REFB=-0.0165334;REVB=0.00323682;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466795;STB=0.787955;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0142969;OID=.;OPOS=35273620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:6:7:8:1:6:7 chr15 35665765 . G C 337.77 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0335263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7244;QD=20.4706;RBI=0.0360638;REFB=-0.0173713;REVB=0.0132887;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103823;STB=0.555523;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0160399;OID=.;OPOS=35665765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:34:35:0.530303:20:14:16:14:21:14:16:15 chr15 36946303 . C G 491.61 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00467364;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.211;QD=15.7314;RBI=0.00747526;REFB=-0.0241627;REVB=-0.00583409;RO=71;SAF=29;SAR=25;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732223;STB=0.540998;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0332507;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:71:71:54:54:0.432:25:29:33:38:25:29:33:38 chr15 36983962 . T C 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00977143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.182;QD=22.884;RBI=0.0103973;REFB=-0.022119;REVB=0.00355301;RO=29;SAF=16;SAR=22;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149287;STB=0.581777;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0164749;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:22:16:7:22:22:16:7:22 chr15 37173267 . G A 988.86 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.458;QD=59.0366;RBI=0.0268376;REFB=0;REVB=-0.0266751;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216532;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:31:34:0:0:33:34:0:0 chr15 37183609 . CT C 145.74 PASS AF=0.496454;AO=59;DP=138;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0879676;FXX=0.013985;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.79524;QD=4.13438;RBI=0.236107;REFB=-0.079922;REVB=-0.219108;RO=52;SAF=30;SAR=29;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141037;STB=0.524798;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=0.0726928;OID=.;OPOS=37183610;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496454:59:138:70:141:71:38:32:42:29:99:52:30:29:35:17 chr15 37343040 . C G 234.99 PASS AF=0.510638;AO=21;DP=44;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0361325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3393;QD=19.9993;RBI=0.036992;REFB=-0.124997;REVB=-0.00792763;RO=23;SAF=2;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445349;STB=0.77041;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0579504;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:23:23:21:24:0.510638:19:2:9:14:22:2:9:14 chr15 38233869 . T C 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00284575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.252;QD=58.0319;RBI=0.00956679;REFB=-0.0120311;REVB=0.00913374;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154986;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000293426;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:30:40:0:1:30:40:0:1 chr15 38614525 . G A 1151.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=374.779;QD=60.62;RBI=0.0151213;REFB=0;REVB=0.0116854;RO=0;SAF=52;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14953e-07;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:19:52:0:0:20:56:0:0 chr15 38643574 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.415;QD=63.285;RBI=0.0183459;REFB=0;REVB=0.0164851;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02056e-05;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr15 38794566 . A G 291.16 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0526417;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6915;QD=19.0926;RBI=0.0529912;REFB=-0.0342823;REVB=-0.00607655;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729317;STB=0.540629;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.056853;OID=.;OPOS=38794566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:17:13:16:15:17:13 chr15 39545032 . T G 1275.31 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0238923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.183;QD=59.3167;RBI=0.0327617;REFB=-0.143119;REVB=0.0224161;RO=2;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185691;STB=0.509802;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000457871;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:50:34:0:2:50:34:0:2 chr15 39545268 . G A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.238;QD=58.1393;RBI=0.0706474;REFB=0;REVB=0.0702472;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372933;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr15 39889144 . A C 247.73 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.026128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5897;QD=16.2445;RBI=0.0300455;REFB=-0.00824632;REVB=0.0148344;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199556;STB=0.502391;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0104728;OID=.;OPOS=39889144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:15:12:14:19:16:12:14:19 chr15 40226414 . GGC G,GG,GGG 160.13 PASS AF=0,0.956522,0;AO=4,11,3;DP=26;FAO=0,22,0;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18,0;FSAR=0,4,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329158,0.182745,0.143726;FXX=0.0416493;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.00384,11.2313,5.40851;QD=27.8479;RBI=0.456876,0.188176,0.434321;REFB=0.0304188,-0.0629708,-0.109632;REVB=-0.455688,-0.044885,0.409851;RO=6;SAF=1,11,2;SAR=3,0,1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0.611111,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.623982,0,-0.502076;STB=0.5,0.513501,0.5;STBP=1,0.642,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0106689,0;OID=.,.,.;OPOS=40226415,40226416,40226416;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.956522,0:4,11,3:26:0,22,0:23:1:0,18,0:0,4,0:1:0:5:6:1,11,2:3,0,1:6:0 chr15 40226495 . T C 950.7 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000249998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.624;QD=55.1133;RBI=0.0206257;REFB=0.00509722;REVB=0.0206241;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024218;STB=0.512817;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-7.75035e-05;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:66:67:0.971014:28:38:2:0:29:38:2:0 chr15 40259848 . A C 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.59;QD=58.6001;RBI=0.0211521;REFB=0;REVB=0.00136976;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09743e-05;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:26:37:0:0:27:37:0:0 chr15 40265799 . A G 720.85 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0822696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8608;QD=54.404;RBI=0.0907537;REFB=0.0023175;REVB=-0.0383138;RO=1;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125594;STB=0.506664;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000476879;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:37:14:0:1:37:15:0:1 chr15 40327207 . ATCTTT A 538.69 PASS AF=0.423358;AO=54;DP=141;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.0135559;FXX=0.0352088;HRUN=1;LEN=5;MLLD=198.503;QD=15.7282;RBI=0.0200764;REFB=-0.00810448;REVB=0.0148088;RO=58;SAF=43;SAR=11;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249608;STB=0.652116;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0122316;OID=.;OPOS=40327208;OREF=TCTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423358:54:141:58:137:79:46:12:46:33:99:58:43:11:34:24 chr15 40327290 . A G 1216.41 PASS AF=0.544186;AO=116;DP=216;FAO=117;FDP=215;FR=.;FRO=98;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.00438057;FXX=0.0137608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.524;QD=22.6309;RBI=0.00500928;REFB=-0.0202411;REVB=0.0024297;RO=98;SAF=62;SAR=54;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312487;STB=0.519031;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0175608;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:98:98:116:117:0.544186:54:62:56:42:55:62:56:42 chr15 40327301 . G A 1257.05 PASS AF=0.566667;AO=118;DP=210;FAO=119;FDP=210;FR=.;FRO=91;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.0348076;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6807;QD=23.9438;RBI=0.0480761;REFB=-0.0115392;REVB=-0.0331624;RO=88;SAF=61;SAR=57;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05839;STB=0.530313;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00747501;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:88:91:118:119:0.566667:57:61:52:36:58:61:53:38 chr15 40327793 . CCTG C 188.01 PASS AF=0.277419;AO=47;DP=156;FAO=43;FDP=155;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=-0.00427993;FXX=0.0251557;HRUN=2;LEN=3;MLLD=320.769;QD=4.85198;RBI=0.0128319;REFB=-0.00857744;REVB=-0.0120971;RO=86;SAF=17;SAR=30;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266534;STB=0.55231;STBP=0.447;TYPE=del;VARB=0.0230146;OID=.;OPOS=40327794;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277419:47:156:43:155:112:13:30:41:71:99:86:17:30:33:53 chr15 40328575 . G C 1029.79 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521505;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.572;QD=59.6981;RBI=0.0707397;REFB=0;REVB=0.0477957;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72938e-05;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr15 40328665 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.00276026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.988;QD=11.2961;RBI=0.0212841;REFB=-0.0107653;REVB=-0.0211044;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320554;STB=0.656103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0259435;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:34:18:18:0.346154:11:7:4:26:11:7:6:28 chr15 40330564 . C T 618.78 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6746;QD=58.9313;RBI=0.0769764;REFB=-0.0915346;REVB=-0.0758496;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000909769;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr15 40383332 . G A 335.32 PASS AF=0.7;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0174143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.047;QD=33.5324;RBI=0.020811;REFB=-0.0201619;REVB=-0.0113946;RO=12;SAF=18;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051626;STB=0.519217;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0103763;OID=.;OPOS=40383332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:27:28:0.7:9:18:7:5:10:18:7:5 chr15 40383347 . T C 707.66 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.254;QD=62.9032;RBI=0.0315208;REFB=0;REVB=0.0286615;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40406e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:14:29:0:0:16:29:0:0 chr15 40383779 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.489;QD=53.2772;RBI=0.0173413;REFB=0;REVB=-0.00758581;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73446e-05;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 40426913 . C A 523.01 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0258089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.236;QD=26.4814;RBI=0.0286726;REFB=-0.00808362;REVB=-0.0124908;RO=31;SAF=19;SAR=29;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657662;STB=0.503588;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00636034;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:29:19:12:19:29:19:12:19 chr15 40477831 . G A 223.99 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0210219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6425;QD=13.1761;RBI=0.0297204;REFB=-0.00952693;REVB=0.0210091;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142992;STB=0.511543;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0207501;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:40:41:26:27:0.397059:12:14:21:19:12:15:22:19 chr15 40488851 . G A 92.76 PASS AF=0.3;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0308189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.004;QD=9.27649;RBI=0.0339522;REFB=-0.0147392;REVB=-0.0142459;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108949;STB=0.517213;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0360698;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:27:28:12:12:0.3:7:5:11:16:7:5:11:17 chr15 40558087 . G A 197.88 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00631788;FXX=0.040808;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.773;QD=16.8404;RBI=0.0116914;REFB=-0.0327878;REVB=-0.00983732;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18526;STB=0.599898;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0443299;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:27:20:20:0.425532:13:7:12:10:13:7:14:13 chr15 40564576 . C T 163.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00670725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.998;QD=20.457;RBI=0.00672998;REFB=-0.028849;REVB=0.000552626;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352672;STB=0.519976;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0220646;OID=.;OPOS=40564576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:4:11:13:4:4:11 chr15 40568685 . A T 250.0 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00484679;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.687;QD=16.129;RBI=0.0115238;REFB=-0.0211269;REVB=-0.010455;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862023;STB=0.548745;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0193926;OID=.;OPOS=40568685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:10:18:19:15:10:18:19:15 chr15 40573675 . G T 378.29 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00265954;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.359;QD=32.895;RBI=0.0279278;REFB=-0.0353296;REVB=0.0278009;RO=15;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905709;STB=0.504947;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0109889;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:15:31:31:0.673913:14:17:8:7:14:17:8:7 chr15 40573716 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.825;QD=57.1061;RBI=0.00475386;REFB=0;REVB=-0.00376724;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93246e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr15 40581543 . T C 307.36 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000346399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.63;QD=18.6279;RBI=0.00262921;REFB=-0.0211025;REVB=0.00260629;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982654;STB=0.545427;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0185195;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:14:18:15:18:15:18:15:18 chr15 40583876 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.518;QD=51.1835;RBI=0.0568338;REFB=0;REVB=0.0532044;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449259;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr15 40589002 . A G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00518872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.259;QD=12.0148;RBI=0.00557703;REFB=0.00149453;REVB=0.00204462;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488009;STB=0.537;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0025401;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:10:10:15:18:10:10:15:19 chr15 40590134 . G A 727.92 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.177;QD=57.0914;RBI=0.0413699;REFB=0;REVB=0.0391321;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84001e-05;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:25:24:0:0:27:24:0:0 chr15 40630073 . G A 294.52 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00173764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.655;QD=28.0492;RBI=0.00485901;REFB=-0.0126788;REVB=0.00453768;RO=13;SAF=7;SAR=19;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291825;STB=0.575696;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00702343;OID=.;OPOS=40630073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:16:26:26:0.619048:19:7:4:9:19:7:7:9 chr15 40646520 . CTT C,CT 577.04 PASS AF=0,1;AO=18,62;DP=90;FAO=0,90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041863,-0.0823595;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.56944,9.16901;QD=25.6461;RBI=0.136724,0.270273;REFB=0.0239559,0.0217995;REVB=-0.130157,-0.257419;RO=4;SAF=5,35;SAR=13,27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.177125,-0.0216099;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00289873;OID=.,.;OPOS=40646521,40646521;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:18,62:90:0,90:90:0:0,47:0,43:0:0:9:4:5,35:13,27:3:1 chr15 40655845 . C G 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1626;QD=49.5809;RBI=0.108896;REFB=0;REVB=0.056054;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00530622;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr15 40655873 . G C 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8636;QD=50.397;RBI=0.0802165;REFB=0;REVB=-0.0186261;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126772;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr15 40660515 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0395875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7169;QD=12.3956;RBI=0.100552;REFB=-0.0702445;REVB=0.0924314;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0814396;OID=.;OPOS=40660515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr15 40675155 . C A 189.55 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00325554;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7165;QD=15.1638;RBI=0.00362104;REFB=-0.0145791;REVB=0.00158537;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415451;STB=0.523787;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0328402;OID=.;OPOS=40675155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:10:11:14:15:10:11:14:15 chr15 40683702 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000804312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.466;QD=11.8305;RBI=0.0121816;REFB=-0.00438842;REVB=0.012155;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.516748;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00885986;OID=.;OPOS=40683702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:7:11:7:4:7:11 chr15 40750740 . A G 197.55 PASS AF=0.425926;AO=24;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0739649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1668;QD=14.633;RBI=0.0898397;REFB=-0.0111136;REVB=-0.0509939;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104619;STB=0.579734;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0132588;OID=.;OPOS=40750740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:31:24:23:0.425926:7:17:23:6:7:16:25:6 chr15 40751555 . C A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0212103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.181;QD=6.26146;RBI=0.031816;REFB=0.00872768;REVB=0.0237146;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32725;STB=0.705363;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0189776;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:15:6:4:3:15:6 chr15 40849408 . C T 321.7 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0173336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0164;QD=23.8298;RBI=0.0387044;REFB=-0.0360327;REVB=-0.0346061;RO=21;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760146;STB=0.552851;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.024605;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:20:12:10:11:20:12:11:11 chr15 40856989 . C T 375.0 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0295117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.152;QD=44.1172;RBI=0.0313651;REFB=-0.0864063;REVB=-0.0106221;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927899;STB=0.608618;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00123183;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:2:5:29:29:0.852941:20:9:2:0:20:9:5:0 chr15 40886015 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00355567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.553;QD=14.6655;RBI=0.00682698;REFB=-0.0140043;REVB=0.00582794;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203824;STB=0.636171;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0112224;OID=.;OPOS=40886015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:11:4:9:11:11:4:10:11 chr15 40886017 . C T 134.01 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0177625;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.033;QD=14.8903;RBI=0.0188396;REFB=-0.000749127;REVB=-0.00627888;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102929;STB=0.559918;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00282003;OID=.;OPOS=40886017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:9:12:10:5:9:12 chr15 40886020 . C G 145.48 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0331202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.908;QD=15.7276;RBI=0.0331958;REFB=-0.0301442;REVB=-0.00223955;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125006;STB=0.572397;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0474002;OID=.;OPOS=40886020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:9:12:11:5:9:12 chr15 40898643 . G C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0275008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5529;QD=12.5626;RBI=0.0347048;REFB=-0.0011261;REVB=0.021169;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274108;STB=0.65839;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00267558;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:7:15:15:20:7:15:15:20 chr15 40903684 . A G 445.81 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00470177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.729;QD=13.9316;RBI=0.012191;REFB=-0.00817787;REVB=-0.0112479;RO=76;SAF=23;SAR=28;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242277;STB=0.517872;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0113049;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:77:51:51:0.398438:28:23:36:40:28:23:37:40 chr15 40913840 . G T 228.8 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00669811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.717;QD=11.7335;RBI=0.0219282;REFB=-0.00538763;REVB=-0.0208802;RO=50;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094985;STB=0.554693;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0202274;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:15:13:19:31:15:13:19:31 chr15 40914177 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00491966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.481;QD=21.1716;RBI=0.0330921;REFB=-0.00122799;REVB=0.0327243;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00196945;OID=.;OPOS=40914177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:4:4:8:4:4:4 chr15 40914772 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00368527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.259;QD=16.4166;RBI=0.0201244;REFB=0.00139932;REVB=-0.0197841;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307902;STB=0.679494;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00233494;OID=.;OPOS=40914772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:3:11:8:8:3:11:8:8 chr15 40915045 . T G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00870388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.53;QD=11.257;RBI=0.00938729;REFB=-0.0159496;REVB=-0.00351618;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0231045;OID=.;OPOS=40915045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:8:4:5:3:8:4 chr15 40915894 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0180495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.927;QD=17.9527;RBI=0.0205956;REFB=-0.00468997;REVB=-0.00991938;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178571;STB=0.599927;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0125587;OID=.;OPOS=40915894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:18:10:15:12:18:10 chr15 41036410 . G T 322.76 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0194814;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9754;QD=20.4928;RBI=0.0197398;REFB=0.00362691;REVB=-0.00318333;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173446;STB=0.5953;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00786022;OID=.;OPOS=41036410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:29:33:34:0.539683:14:19:23:7:15:19:22:7 chr15 41063244 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.014;QD=42.1818;RBI=0.00351211;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54137e-05;OID=.;OPOS=41063244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr15 41105926 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.253;QD=54.5177;RBI=0.0084002;REFB=0;REVB=0.00813273;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33686e-05;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr15 41148199 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.88;QD=60.6102;RBI=0.0261586;REFB=0;REVB=0.0178589;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262795;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr15 41149161 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.236;QD=50.4134;RBI=0.0267763;REFB=0;REVB=0.0220569;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114021;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr15 41271718 . C T 1803.96 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.175;QD=61.1511;RBI=0.0239262;REFB=0;REVB=0.0230196;RO=1;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940323;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34495e-05;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:1:0:116:118:1:50:66:0:1:52:66:0:0 chr15 41348870 . G A 82.14 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0264951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6958;QD=5.47609;RBI=0.0268201;REFB=-0.00136725;REVB=-0.00416256;RO=47;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343598;STB=0.521817;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00691312;OID=.;OPOS=41348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:7:6:23:24:7:6:23:24 chr15 41476209 . T C 735.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3282;QD=62.5886;RBI=0.0447991;REFB=0;REVB=-0.0231336;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024161;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:34:11:0:0:34:13:0:0 chr15 41672302 . G A 75.11 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000480387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6827;QD=11.1268;RBI=0.0335747;REFB=-0.0275058;REVB=-0.0335713;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0433708;OID=.;OPOS=41672302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:6:11:7:3:6:11 chr15 41805237 . C T 54.86 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0136457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.85;QD=8.7777;RBI=0.0140319;REFB=-0.00911662;REVB=0.00326928;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522846;STB=0.791773;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00867259;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:14:17:8:8:0.32:2:6:3:11:2:6:5:12 chr15 41815516 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.615;QD=60.0309;RBI=0.0394733;REFB=0;REVB=0.017067;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38605e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr15 41819716 . C T 241.64 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00226735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9276;QD=10.2826;RBI=0.00620874;REFB=-0.0064717;REVB=0.00577993;RO=64;SAF=19;SAR=11;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067595;STB=0.539585;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0116499;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:64:30:30:0.319149:11:19:37:27:11:19:37:27 chr15 41820200 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00793952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.729;QD=11.8306;RBI=0.0128454;REFB=-0.000908714;REVB=-0.010098;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219335;STB=0.629404;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00165171;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:12:6:6:5:12:6 chr15 41821752 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0537356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.021;QD=13.0911;RBI=0.0539449;REFB=0.0158422;REVB=0.00474805;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304438;STB=0.678966;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0129111;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:12:8:9:4:12:8 chr15 41857303 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.027758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.438;QD=7.12527;RBI=0.0280293;REFB=-0.0093239;REVB=-0.00389044;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253539;STB=0.662168;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0141139;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:9:9:5:2:9:9 chr15 41988669 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00728241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.309;QD=6.482;RBI=0.016098;REFB=0.000296189;REVB=0.0143566;RO=33;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265139;STB=0.669509;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000877404;OID=.;OPOS=41988669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:7:3:17:16:7:3:17:16 chr15 41991315 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6;QD=55.0983;RBI=0.00904768;REFB=0;REVB=0.00551911;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78078e-05;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr15 42003316 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0234529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.424;QD=11.3323;RBI=0.0631206;REFB=-0.0142833;REVB=-0.0586018;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102754;STB=0.56089;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.021584;OID=.;OPOS=42003316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:11:16:7:7:11:16 chr15 42026764 . C T 1395.79 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.329;QD=62.7321;RBI=0.0405413;REFB=0;REVB=0.0336131;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78544e-05;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr15 42032383 . C G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0293992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.416;QD=16.9796;RBI=0.029417;REFB=-0.0228637;REVB=-0.00102334;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161346;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0234542;OID=.;OPOS=42032383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:14:15:13:13:14:15 chr15 42041712 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.018;QD=49.5979;RBI=0.071453;REFB=0;REVB=0.00254812;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337929;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr15 42109223 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0184147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.223;QD=21.5108;RBI=0.0214955;REFB=0.00355711;REVB=0.0110885;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940499;STB=0.505294;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00162119;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:9:6:7:11:9:6 chr15 42115747 . G C 909.4 PASS AF=0.61194;AO=79;DP=132;FAO=82;FDP=134;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0141807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.085;QD=27.1462;RBI=0.0161288;REFB=-0.0204635;REVB=0.00768414;RO=52;SAF=32;SAR=47;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154419;STB=0.583099;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0134662;OID=.;OPOS=42115747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:52:52:79:82:0.61194:47:32:32:20:49:33:32:20 chr15 42119900 . T C 380.56 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0247418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7598;QD=23.4191;RBI=0.055279;REFB=-0.000766962;REVB=-0.0494329;RO=27;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692657;STB=0.543208;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00138615;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:27:37:38:0.584615:20:17:10:17:20:18:10:17 chr15 42128568 . C G 206.27 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0624979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6227;QD=17.1894;RBI=0.0638516;REFB=-0.0310562;REVB=-0.0130781;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678115;STB=0.545413;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0630459;OID=.;OPOS=42128568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:15:6:6:20:15:6:6:21 chr15 42134097 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0161156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.144;QD=12.1823;RBI=0.0207795;REFB=-0.00539624;REVB=0.0131177;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571456;STB=0.835203;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00442197;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:3:12:2:8:3:12 chr15 42135988 . C T 1906.85 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0253747;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.993;QD=58.6723;RBI=0.0556173;REFB=-0.169658;REVB=0.0494915;RO=2;SAF=67;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139712;STB=0.500605;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000640006;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:130:2:2:126:128:0.984615:59:67:2:0:59:69:1:1 chr15 42138321 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.364;QD=51.1846;RBI=0.0333092;REFB=0;REVB=-0.0316205;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1289e-05;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr15 42139642 . C T 86.9 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0410032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.265;QD=12.874;RBI=0.0497254;REFB=-0.0414999;REVB=0.028131;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193627;STB=0.567454;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0311275;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:8:3:2:13:8:3:3:13 chr15 42143533 . T G 322.87 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0642871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6006;QD=28.6996;RBI=0.07285;REFB=-0.0139939;REVB=-0.034268;RO=17;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262609;STB=0.645458;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00907919;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:21:7:10:7:21:7:10:7 chr15 42149472 . T C 1281.68 PASS AF=1;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191626;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.502;QD=61.0324;RBI=0.0225967;REFB=0;REVB=0.0225153;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102765;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:1:0:82:84:1:43:39:0:1:45:39:0:0 chr15 42149506 . G C 940.73 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00575252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.241;QD=57.0137;RBI=0.00675235;REFB=0.0345807;REVB=-0.00353592;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000229347;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:35:29:0:1:35:30:0:1 chr15 42154738 . G A 413.51 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=0.0444801;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6854;QD=15.0366;RBI=0.0486714;REFB=-0.014756;REVB=0.0197592;RO=61;SAF=35;SAR=12;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510307;STB=0.522378;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.026548;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:61:63:47:47:0.427273:12:35:43:18:12:35:45:18 chr15 42158373 . G A 529.26 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0119568;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3891;QD=19.4224;RBI=0.0137317;REFB=-0.038313;REVB=-0.00675232;RO=54;SAF=14;SAR=41;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027011;STB=0.514936;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0589157;OID=.;OPOS=42158373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:54:54:55:55:0.504587:41:14:15:39:41:14:15:39 chr15 42166500 . C T 1728.07 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112556;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.822;QD=61.1707;RBI=0.0642718;REFB=0;REVB=0.0632786;RO=0;SAF=70;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473008;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:113:0:0:113:113:1:43:70:0:0:43:70:0:0 chr15 42171537 . A G 2438.58 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4297;QD=61.348;RBI=0.0435641;REFB=0;REVB=0.0383464;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89779e-05;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:78:81:0:0:78:81:0:0 chr15 42178155 . T C 1339.4 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4079;QD=62.2977;RBI=0.060825;REFB=0;REVB=0.0571017;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204317;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr15 42235316 . C T 296.81 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0144744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.75;QD=18.2654;RBI=0.0168053;REFB=-0.0207318;REVB=-0.0085387;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137679;STB=0.507688;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0232841;OID=.;OPOS=42235316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:17:16:16:16:17:16 chr15 42281719 . G A 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0452887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4398;QD=18.0863;RBI=0.0460155;REFB=0.00578669;REVB=-0.00814652;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511103;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0216132;OID=.;OPOS=42281719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:11:15:15:11:11:15:15:12 chr15 42287578 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.89;QD=62.6696;RBI=0.0479716;REFB=0;REVB=0.0478947;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276987;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr15 42297112 . GC G,GG 459.86 PASS AF=0.651163,0.0465116;AO=47,5;DP=84;FAO=56,4;FDP=86;FR=.;FRO=26;FSAF=29,0;FSAR=27,4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0511004,0.0643508;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.4486,14.5949;QD=21.3889;RBI=0.0517719,0.0643614;REFB=-0.0653959,-0.00309591;REVB=-0.00831156,-0.00116455;RO=24;SAF=24,0;SAR=23,5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0325581,-0.657735;STB=0.517851,0.997012;STBP=0.641,0.055;TYPE=del,snp;VARB=0.0592518,-0.157162;OID=.,.;OPOS=42297113,42297113;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651163,0.0465116:47,5:84:56,4:86:26:29,0:27,4:12:14:99:24:24,0:23,5:11:13 chr15 42302433 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00166906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0052;QD=13.4414;RBI=0.0284761;REFB=-0.019098;REVB=0.0284272;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18415;STB=0.606553;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0107568;OID=.;OPOS=42302433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:2:11:7:3:2:11 chr15 42302437 . G C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0418991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.645;QD=10.6347;RBI=0.0440985;REFB=-0.00834817;REVB=-0.0137528;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267229;STB=0.657205;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0107832;OID=.;OPOS=42302437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:2:11:5:3:2:11 chr15 42371752 . A T 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.745;QD=49.5941;RBI=0.0515654;REFB=0;REVB=-0.012886;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000943915;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 42373810 . G C 2766.75 PASS AF=0.989011;AO=175;DP=178;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0155914;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.346;QD=60.8076;RBI=0.0516339;REFB=-0.106794;REVB=0.0492237;RO=3;SAF=76;SAR=99;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184153;STB=0.50641;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000556325;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:178:182:3:2:175:180:0.989011:99:76:3:0:103:77:2:0 chr15 42377744 . C G 576.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.518;QD=60.6454;RBI=0.038614;REFB=0;REVB=0.0202403;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165338;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr15 42433802 . A G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.762;QD=58.78;RBI=0.0285063;REFB=0;REVB=-0.0171396;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04151e-05;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr15 42434254 . G A 274.8 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00317267;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.531;QD=24.4267;RBI=0.0400932;REFB=0.00408927;REVB=0.0399674;RO=18;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230919;STB=0.657705;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00152423;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:20:25:25:0.555556:6:19:9:9:6:19:9:11 chr15 42434837 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.1019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.379;QD=10.2403;RBI=0.103483;REFB=-0.0137479;REVB=0.0180334;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813642;STB=0.549196;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0361632;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:10:9:4:6:10:9 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 551.24 PASS AF=0.105263,0.894737,0;AO=11,24,4;DP=39;FAO=4,34,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20,0;FSAR=1,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397207,0.0529497,0.0545166;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=274.896,277.553,271.777;QD=58.0253;RBI=0.0423322,0.0550105,0.0564936;REFB=0,0,0;REVB=-0.0146382,-0.0149157,-0.0148141;RO=0;SAF=10,12,1;SAR=1,12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00435638,0.00520891,0;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737,0:11,24,4:39:4,34,0:38:0:3,20,0:1,14,0:0:0:13:0:10,12,1:1,12,3:0:0 chr15 42565588 . C A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.011655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.173;QD=17.033;RBI=0.0117617;REFB=-0.00280698;REVB=-0.00158105;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203;STB=0.511615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00294098;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:9:13:11:7:9:13 chr15 42568547 . C G 674.33 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101708;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.248;QD=62.7286;RBI=0.0142249;REFB=0;REVB=0.009945;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245073;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr15 42570718 . A G 289.77 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.916;QD=52.6851;RBI=0.0690364;REFB=0;REVB=0.0258549;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443966;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:14:8:0:0 chr15 42575963 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.82;QD=56.7065;RBI=0.0458519;REFB=0;REVB=0.0457603;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350647;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr15 42579948 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.688;QD=56.9563;RBI=0.0137827;REFB=0;REVB=-0.000142377;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83222e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr15 42709550 . T C 59.91 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00358899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.649;QD=5.7056;RBI=0.00655082;REFB=-0.00206427;REVB=-0.00548018;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387219;STB=0.745773;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0108404;OID=.;OPOS=42709550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:3:6:11:22:3:6:11:22 chr15 42957532 . T G 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0011896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3551;QD=21.1279;RBI=0.0182252;REFB=0.00561087;REVB=-0.0181863;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239271;STB=0.633078;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00295988;OID=.;OPOS=42957532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:4:17:12:10:4:17 chr15 42977526 . A C 114.48 PASS AF=0.684211;AO=11;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0513784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1286;QD=24.1018;RBI=0.0531644;REFB=-0.02821;REVB=-0.0136645;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364473;STB=0.660109;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0183541;OID=.;OPOS=42977526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:19:6:6:11:13:0.684211:2:9:2:4:3:10:2:4 chr15 42977676 . G A 142.14 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00425562;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.706;QD=21.8669;RBI=0.00508478;REFB=-0.00790913;REVB=0.00278294;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282875;STB=0.646282;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00443905;OID=.;OPOS=42977676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:8:11:14:15:0.576923:6:8:1:7:7:8:2:9 chr15 42979146 . A G 226.18 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0638044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2629;QD=15.5989;RBI=0.0678016;REFB=-0.0220459;REVB=0.0229358;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201953;STB=0.601552;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.022034;OID=.;OPOS=42979146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:8:23:14:12:9:23 chr15 42981022 . A G 342.78 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.014879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.079;QD=21.424;RBI=0.0272561;REFB=-0.0223936;REVB=-0.0228366;RO=28;SAF=25;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247353;STB=0.630989;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0261782;OID=.;OPOS=42981022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:35:35:0.546875:10:25:12:16:10:25:13:16 chr15 42981806 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00388062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.437;QD=18.0732;RBI=0.00972182;REFB=-0.0063221;REVB=-0.00891373;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24848;STB=0.638619;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0125521;OID=.;OPOS=42981806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:10:21:12:18:10:21 chr15 42982340 . C T 263.26 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00197596;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0192;QD=39.0021;RBI=0.024704;REFB=-0.0152035;REVB=0.0246248;RO=5;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315767;STB=0.517226;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0020767;OID=.;OPOS=42982340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:15:7:2:3:15:7:2:3 chr15 42983923 . A G 260.32 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0235827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9918;QD=24.7922;RBI=0.0462083;REFB=-0.0212356;REVB=0.0397374;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024996;STB=0.52725;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0116707;OID=.;OPOS=42983923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:16:7:5:13:16:8:5:13 chr15 43017426 . T G 41.1 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0134874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.217;QD=3.82344;RBI=0.0294557;REFB=-0.00990547;REVB=-0.0261864;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136853;STB=0.582546;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0525082;OID=.;OPOS=43017426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:19:16:4:3:19:17 chr15 43020983 . G A 73.68 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0681907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4489;QD=9.82397;RBI=0.0841882;REFB=-0.00753596;REVB=0.049373;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403168;STB=0.752692;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0186587;OID=.;OPOS=43020983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:3:7:6:13:3:7:6:14 chr15 43021563 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0246222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.075;QD=8.69783;RBI=0.0331205;REFB=0.00780608;REVB=0.0221521;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0287223;OID=.;OPOS=43021563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:4:9:3:4:5:9 chr15 43023482 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00933139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.147;QD=12.2166;RBI=0.00995884;REFB=-0.00592398;REVB=0.00347903;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139165;STB=0.599863;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0080851;OID=.;OPOS=43023482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:27:15:15:0.357143:5:10:13:11:5:10:14:13 chr15 43044193 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00477229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.733;QD=17.6896;RBI=0.0119375;REFB=0.0039186;REVB=-0.0109421;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405338;STB=0.523138;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00517006;OID=.;OPOS=43044193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:5:16:19:7:5:16:19:7 chr15 43093243 . G A 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0263339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2646;QD=20.5625;RBI=0.107025;REFB=0.00532248;REVB=0.103735;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250963;STB=0.6399;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00180194;OID=.;OPOS=43093243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:9:20:10:15:9:20:10:15 chr15 43170793 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.651;QD=47.8223;RBI=0.116435;REFB=0;REVB=0.108977;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214281;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr15 43507393 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0127167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.68;QD=14.3349;RBI=0.0223311;REFB=-0.0191629;REVB=-0.0183566;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905827;STB=0.552425;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0351754;OID=.;OPOS=43507393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:10:16:9:8:10:16 chr15 43512995 . G A 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00591475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.183;QD=10.4739;RBI=0.0163876;REFB=-0.0126981;REVB=-0.015283;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851886;STB=0.507684;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.032518;OID=.;OPOS=43512995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:37:19:19:0.339286:8:11:20:15:8:11:21:16 chr15 43527871 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0312323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.831;QD=25.8977;RBI=0.0324333;REFB=-0.0126301;REVB=-0.00874437;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166316;STB=0.591773;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0185446;OID=.;OPOS=43527871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:14:14:6:15:14:14:6:15 chr15 43531411 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.08;QD=52.6132;RBI=0.0441834;REFB=0;REVB=0.0409428;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30681e-05;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr15 43533091 . G A 272.07 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00807173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7112;QD=17.2742;RBI=0.0333979;REFB=-0.0203411;REVB=0.0324078;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109114;STB=0.561249;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0180511;OID=.;OPOS=43533091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:17:16:18:12:17:16 chr15 43545728 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.362;QD=59.0179;RBI=0.0348296;REFB=0;REVB=0.0340625;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228605;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr15 43568794 . G A 486.68 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00261197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.247;QD=16.6387;RBI=0.0115043;REFB=-0.00609207;REVB=0.0112038;RO=64;SAF=17;SAR=36;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140079;STB=0.578384;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0049639;OID=.;OPOS=43568794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:36:17:29:35:36:17:29:35 chr15 43571390 . C G 826.18 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.121724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5415;QD=51.636;RBI=0.122352;REFB=-0.187385;REVB=0.012387;RO=3;SAF=28;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479167;STB=0.524582;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0250547;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:64:64:3:3:60:61:0.953125:32:28:3:0:32:29:3:0 chr15 43571958 . C A 394.68 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0196468;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6194;QD=21.9269;RBI=0.0287515;REFB=-0.0327408;REVB=0.0209917;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592313;STB=0.503224;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0218494;OID=.;OPOS=43571958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:33:39:39:0.541667:18:21:17:15:18:21:18:15 chr15 43579566 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.868;QD=57.2007;RBI=0.0691499;REFB=0;REVB=-0.0682756;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282631;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr15 43579621 . C T 207.34 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.015448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.401;QD=24.3931;RBI=0.0231764;REFB=0.000141233;REVB=0.0172772;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698218;STB=0.538884;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-1.92598e-05;OID=.;OPOS=43579621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:9:5:9:11:9:5 chr15 43621947 . A G 1419.25 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.881;QD=61.7065;RBI=0.0352496;REFB=-0.00292428;REVB=0.0159127;RO=1;SAF=51;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920437;STB=0.504853;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=7.79652e-05;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:40:51:1:0:40:51:1:0 chr15 43622265 . C A 71.59 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0374538;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.712;QD=15.0712;RBI=0.037738;REFB=-0.0542907;REVB=-0.00462289;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187655;STB=0.555425;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0471632;OID=.;OPOS=43622265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:19:4:10:9:9:0.473684:2:7:2:2:2:7:7:3 chr15 43632549 . T C 828.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.914;QD=57.1718;RBI=0.0326556;REFB=0;REVB=0.0227299;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693435;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr15 43635247 . A G 155.81 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00127938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.192;QD=15.201;RBI=0.0175533;REFB=-0.00796754;REVB=0.0175066;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117594;STB=0.58964;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0070493;OID=.;OPOS=43635247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:24:17:17:0.414634:9:8:13:9:9:8:15:9 chr15 43650384 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7143;QD=44.6877;RBI=0.082948;REFB=0;REVB=0.0508639;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298744;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 43661802 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.601;QD=59.435;RBI=0.00601825;REFB=0;REVB=-0.00446495;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94066e-07;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr15 43690300 . T C 604.11 PASS AF=0.6;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00604796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.064;QD=26.8491;RBI=0.0163482;REFB=-0.019261;REVB=-0.0151884;RO=35;SAF=24;SAR=30;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300378;STB=0.52238;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0118863;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:36:54:54:0.6:30:24:17:18:30:24:18:18 chr15 43724646 . T G 1504.54 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.66;QD=62.6892;RBI=0.0393802;REFB=0;REVB=0.0337783;RO=1;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56779e-05;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:96:1:0:95:96:1:39:56:0:1:40:56:0:0 chr15 43748304 . A G 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00282122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.267;QD=54.6362;RBI=0.0125504;REFB=-0.00876384;REVB=0.0122292;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149495;STB=0.507933;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000237936;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:0:1:31:20:0:1 chr15 43762196 . C T 858.25 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.754;QD=57.2165;RBI=0.0153807;REFB=0;REVB=0.00786017;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143641;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:22:38:0:0 chr15 43767774 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000469278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3781;QD=53.2769;RBI=0.00986029;REFB=0;REVB=0.00984912;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133848;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr15 43816917 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00456799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.54;QD=10.2393;RBI=0.0406892;REFB=-0.0255861;REVB=0.040432;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084162;STB=0.551075;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0388713;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:12:7:3:7:12:7 chr15 43817406 . T C 182.56 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0578536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8576;QD=22.8198;RBI=0.0578581;REFB=0.00527558;REVB=0.000725338;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562804;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00901699;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:18:19:0.59375:7:11:7:6:8:11:7:6 chr15 43831724 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0106254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.915;QD=15.2624;RBI=0.0322157;REFB=-0.011815;REVB=-0.030413;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357536;STB=0.711851;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0174535;OID=.;OPOS=43831724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:7:9:11:2:7:9 chr15 43891426 . C G 523.79 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0196703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6454;QD=19.9538;RBI=0.0398934;REFB=0.0136841;REVB=0.0347068;RO=51;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928532;STB=0.551195;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0154171;OID=.;OPOS=43891426;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:25:29:22:29:25:29:22:29 chr15 43901551 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00917093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.21;QD=14.0984;RBI=0.0112587;REFB=-0.0153875;REVB=0.00653089;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.618857;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0104341;OID=.;OPOS=43901551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:18:13:13:0.419355:4:9:8:8:4:9:9:9 chr15 44038899 . C T 808.63 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232918;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.487;QD=53.9088;RBI=0.0256378;REFB=-0.0825028;REVB=0.0107141;RO=2;SAF=44;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219072;STB=0.511624;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000271873;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:14:44:1:1:14:44:1:1 chr15 44061802 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4437;QD=62.6691;RBI=0.0675799;REFB=0;REVB=0.0536657;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108054;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr15 44120559 . T G 611.88 PASS AF=1;AO=29;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.514;QD=59.6953;RBI=0.0679637;REFB=0;REVB=0.0362058;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317368;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:29:41:1:17:12:0:0:28:13:0:0 chr15 44120560 . C G 91.12 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0236134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.101;QD=8.88972;RBI=0.0362381;REFB=-0.0828461;REVB=0.0274882;RO=29;SAF=1;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527177;STB=0.835559;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0883847;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:29:29:12:12:0.292683:11:1:12:17:11:1:12:17 chr15 44943757 . A G 195.27 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0168491;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.66;QD=14.2012;RBI=0.0174982;REFB=-0.00468387;REVB=-0.00472161;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117241;STB=0.566872;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00544319;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:19:13:12:11:19:13 chr15 44966389 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6986;QD=46.8456;RBI=0.0522226;REFB=0;REVB=-0.0457323;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000856421;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr15 44989613 . T C 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00685223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.849;QD=5.84502;RBI=0.0320356;REFB=-0.0107465;REVB=-0.0312942;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106446;STB=0.568826;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0303694;OID=.;OPOS=44989613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:6:4:18:19:6:4:18:19 chr15 45047402 . A G 242.74 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0441448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5896;QD=22.5804;RBI=0.0441635;REFB=-0.00351339;REVB=0.00128591;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294562;STB=0.665134;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00360025;OID=.;OPOS=45047402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:16:7:13:7:16:7:13:7 chr15 45048651 . C T 138.97 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0238474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.616;QD=19.8527;RBI=0.0244003;REFB=-0.0262417;REVB=-0.00516457;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385042;STB=0.720988;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0218658;OID=.;OPOS=45048651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:3:12:5:8:3:12:5:8 chr15 45392075 . G A 833.46 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.339;QD=56.5056;RBI=0.0931995;REFB=0;REVB=0.0815863;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241332;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr15 45400358 . C G 584.6 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0150364;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.059;QD=54.381;RBI=0.0344494;REFB=-0.0600013;REVB=0.0309947;RO=3;SAF=25;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401613;STB=0.521462;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000510268;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:3:3:40:40:0.930233:15:25:1:2:15:25:1:2 chr15 45404066 . G A 1250.4 PASS AF=0.905263;AO=86;DP=95;FAO=86;FDP=95;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0246697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.153;QD=52.6482;RBI=0.0313626;REFB=-0.107677;REVB=0.0193653;RO=6;SAF=39;SAR=47;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264381;STB=0.52029;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00115664;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:95:95:6:9:86:86:0.905263:47:39:4:2:47:39:6:3 chr15 45408414 . C G 434.87 PASS AF=1;AO=17;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1538;QD=57.9825;RBI=0.248199;REFB=0;REVB=0.24547;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00465648;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:17:30:1:3:14:0:0:15:15:0:0 chr15 45408933 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.072;QD=60.2306;RBI=0.0522808;REFB=0;REVB=0.00914164;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229571;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr15 45444133 . T C 279.41 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0215553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.498;QD=14.3289;RBI=0.0354618;REFB=-0.013;REVB=-0.0281587;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736482;STB=0.549808;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0203992;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:46:31:32:0.410256:17:14:24:22:18:14:24:22 chr15 45444518 . A G 258.95 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0508643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0318;QD=18.8326;RBI=0.0510454;REFB=-0.0250948;REVB=-0.00429504;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507457;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.010984;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:27:28:0.509091:11:16:16:11:11:17:16:11 chr15 45446156 . C T 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0113693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.542;QD=13.5741;RBI=0.0426114;REFB=-0.000644459;REVB=0.0410667;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.59985;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000607844;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:7:12:6:7:7:12 chr15 45453032 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0252245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.061;QD=17.0591;RBI=0.0254148;REFB=-0.0247223;REVB=0.00310454;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106633;STB=0.505979;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0287735;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:17:16:18:20:17:16:18:20 chr15 45457458 . G T 664.14 PASS AF=0.5;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.0275829;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7139;QD=19.8249;RBI=0.0412266;REFB=-0.0116252;REVB=0.0306401;RO=67;SAF=46;SAR=21;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338266;STB=0.686511;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0105024;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:67:67:67:67:0.5:21:46:21:46:21:46:21:46 chr15 45457519 . T G 606.04 PASS AF=0.516393;AO=60;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0364559;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4804;QD=19.8701;RBI=0.0501925;REFB=-0.0224741;REVB=0.0345;RO=49;SAF=11;SAR=49;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369129;STB=0.715358;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0388136;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:49:59:60:63:0.516393:49:11:27:22:49:14:37:22 chr15 45467540 . C G 465.37 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.031;QD=58.1713;RBI=0.0636008;REFB=0;REVB=0.0318405;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146279;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:24:6:0:0:25:7:0:0 chr15 45470476 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0108958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.785;QD=12.1823;RBI=0.0449822;REFB=-0.00136915;REVB=-0.0436426;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20027;STB=0.618812;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00143929;OID=.;OPOS=45470476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:9:6:6:4:9:6 chr15 45545478 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0230811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.021;QD=10.9409;RBI=0.0231067;REFB=-0.00460681;REVB=-0.00108745;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493524;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0078753;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:9:11:6:5:9:11 chr15 45554267 . C A 275.38 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00503832;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.258;QD=16.4407;RBI=0.00533131;REFB=-0.00437807;REVB=-0.00174303;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552241;STB=0.56492;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00775653;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:36:30:31:0.462687:17:13:12:20:17:14:12:24 chr15 45653707 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0121366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.933;QD=23.0939;RBI=0.0124662;REFB=-0.0247655;REVB=-0.00284765;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159068;STB=0.508918;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0193077;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:4:8:11:6:4:8 chr15 45654327 . A G 317.85 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0302392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8504;QD=15.5047;RBI=0.0307928;REFB=0.00289024;REVB=0.00581266;RO=47;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315064;STB=0.501778;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00601792;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:15:20:27:20:15:20:27:20 chr15 45661678 . T A 426.83 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00462601;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.947;QD=18.9703;RBI=0.00649236;REFB=-0.0158742;REVB=0.0045553;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119249;STB=0.566131;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0164208;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:47:43:43:0.477778:18:25:33:14:18:25:33:14 chr15 45695695 . G A 524.01 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0141932;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8867;QD=19.9624;RBI=0.0332365;REFB=-0.0277257;REVB=0.0300536;RO=50;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538368;STB=0.533982;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0312227;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:50:51:54:54:0.514286:28:26:21:29:28:26:21:30 chr15 45779810 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.000216068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.056;QD=15.2373;RBI=0.00813739;REFB=-0.00341417;REVB=0.00813452;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428533;STB=0.502425;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00439262;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:18:10:13:23:18:10:13:23 chr15 45884279 . CTAAAAAAAT CTAAAAAAATA,CTAAAAAAT,TCAATAAAAT 56.8 PASS AF=0.0816327,0.204082,0.0612245;AO=7,12,3;DP=60;FAO=4,10,3;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=4,9,0;FSAR=0,1,3;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0225998,-0.0689393,-0.0175484;FXX=0.183303;HRUN=4,7,2;LEN=1,1,5;MLLD=12.2348,9.67245,167.113;QD=4.6364;RBI=0.0229509,0.133357,0.0202256;REFB=-0.102597,-0.0883868,-0.0109118;REVB=-0.00399903,0.114156,0.0100562;RO=21;SAF=7,10,0;SAR=0,2,3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.737783,0.436936,-0.580372;STB=0.99682,0.817411,0.996966;STBP=0.058,0.043,0.036;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.126862,0.103747,0.0283652;OID=.,.,.;OPOS=45884289,45884281,45884279;OREF=-,A,CTAAA;OALT=A,-,TCAAT;OMAPALT=CTAAAAAAATA,CTAAAAAAT,TCAATAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:60:49:21:32:7,12,3:4,10,3:0.0816327,0.204082,0.0612245:0,2,3:7,10,0:10:11:0,1,3:4,9,0:19:13 chr15 48053229 . C A 627.72 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00392809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0387;QD=57.0656;RBI=0.0294777;REFB=-0.0378336;REVB=-0.0292148;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164729;STB=0.508471;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0015714;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:14:28:1:0:14:28:1:1 chr15 48058071 . G A 397.67 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168189;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.313;QD=56.8096;RBI=0.0275973;REFB=0;REVB=0.02188;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68833e-05;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr15 48063076 . T C 1476.77 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208792;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.081;QD=63.5168;RBI=0.0208859;REFB=0;REVB=0.000528595;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23713e-05;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:94:93:1:57:37:0:0:56:37:0:0 chr15 48426484 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.796;QD=58.1405;RBI=0.00663054;REFB=0;REVB=0.00245682;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8862e-05;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr15 48443699 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1105;QD=62.0216;RBI=0.0352668;REFB=0;REVB=-0.0271611;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40317e-05;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr15 48460927 . C T 1540.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.477;QD=59.8271;RBI=0.0310599;REFB=0;REVB=-0.0265067;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61755e-05;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:66:37:0:0:66:37:0:0 chr15 48470298 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00664931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.145;QD=23.2183;RBI=0.0361807;REFB=0.0176828;REVB=-0.0355644;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00659417;OID=.;OPOS=48470298;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr15 48493620 . G A 383.88 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00322349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.35;QD=17.4493;RBI=0.0289171;REFB=-0.00832248;REVB=0.0287369;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126451;STB=0.568148;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00692047;OID=.;OPOS=48493620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:47:48:39:40:0.454545:19:20:18:29:20:20:18:30 chr15 48495508 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0131588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.514;QD=16.4805;RBI=0.0135285;REFB=-0.00466808;REVB=0.00314096;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335463;STB=0.519211;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00634277;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:11:14:10:9:11:14 chr15 48539174 . C T 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00684953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.946;QD=17.0898;RBI=0.013525;REFB=-0.0220503;REVB=0.0116623;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122833;STB=0.569222;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0272391;OID=.;OPOS=48539174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:16:12:14:11:16:12 chr15 48539587 . T C 837.64 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104158;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5225;QD=57.7684;RBI=0.0123506;REFB=0;REVB=-0.00663687;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103883;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr15 48580713 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.843;QD=57.6787;RBI=0.0119138;REFB=0;REVB=0.00580179;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30078e-05;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr15 48595192 . G T 96.68 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0959798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2253;QD=12.4744;RBI=0.0980038;REFB=-0.0128588;REVB=-0.0198146;RO=18;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404817;STB=0.732892;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0209481;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:2:10:9:9:2:10:10:9 chr15 48623812 . G A 106.74 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00158427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.383;QD=15.2484;RBI=0.0337043;REFB=-0.0174356;REVB=0.0336671;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350607;STB=0.713936;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0200769;OID=.;OPOS=48623812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:9:3:9:6:10:3:9:6 chr15 48701029 . C T 195.76 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.707;QD=41.2119;RBI=0.0204996;REFB=-0.0222224;REVB=0.00493153;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000794151;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:19:0:1:17:18:0.947368:11:6:0:0:11:7:1:0 chr15 48702457 . C A 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.293;QD=61.8133;RBI=0.0262639;REFB=-0.0418571;REVB=0.0240033;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000539549;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:31:18:1:0:31:18:1:0 chr15 48779530 . G C 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0190891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.2;QD=20.563;RBI=0.0191782;REFB=0.00488324;REVB=-0.00184636;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645217;STB=0.535694;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00435144;OID=.;OPOS=48779530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:15:20:20:11:15:20:20:11 chr15 48797307 . A G 389.92 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0251219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.65;QD=21.662;RBI=0.0340477;REFB=-0.00338051;REVB=-0.0229813;RO=33;SAF=24;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184858;STB=0.602098;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00589941;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:15:24:13:20:15:24:13:20 chr15 48807637 . C T 1358.46 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7234;QD=62.4579;RBI=0.0199367;REFB=0;REVB=-0.00602497;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80658e-05;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr15 49054772 . C A 289.65 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0155406;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.807;QD=13.7927;RBI=0.0155547;REFB=-0.0171425;REVB=-0.000661511;RO=51;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112365;STB=0.564045;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0208312;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:51:33:33:0.392857:19:14:27:24:19:14:27:24 chr15 49127199 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0345513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.07;QD=11.6341;RBI=0.0355856;REFB=-0.0221201;REVB=-0.00851711;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252639;STB=0.63969;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0346563;OID=.;OPOS=49127199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:8:2:6:9:8:2:6:10 chr15 49168840 . C T 92.46 PASS AF=0.101124;AO=27;DP=271;FAO=27;FDP=267;FR=.;FRO=240;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=120;FSRR=120;FWDB=0.00202067;FXX=0.0147596;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3265;QD=1.38519;RBI=0.0203663;REFB=-0.0013148;REVB=-0.0202659;RO=244;SAF=16;SAR=11;SRF=124;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102689;STB=0.583457;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.031876;OID=.;OPOS=49168840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:271:267:244:240:27:27:0.101124:11:16:124:120:11:16:120:120 chr15 49303978 . A G 132.79 PASS AF=0.205607;AO=22;DP=107;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.000420682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.736;QD=4.9641;RBI=0.00949161;REFB=-0.00378144;REVB=-0.00948228;RO=83;SAF=10;SAR=12;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265599;STB=0.524934;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0170855;OID=.;OPOS=49303978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:83:85:22:22:0.205607:12:10:36:47:12:10:36:49 chr15 49491143 . G A 770.03 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.985;QD=54.0369;RBI=0.0791978;REFB=-0.00497102;REVB=0.0702665;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348843;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000532558;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:2:1:55:56:0.982456:26:29:0:2:27:29:0:1 chr15 49716845 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.762;QD=59.8317;RBI=0.0377407;REFB=0;REVB=0.0359493;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222005;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr15 49777900 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3492;QD=33.4264;RBI=0.11213;REFB=0;REVB=0.0827285;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166459;OID=.;OPOS=49777900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr15 50152583 . G T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.119;QD=60.7159;RBI=0.0268907;REFB=0;REVB=-0.0231606;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9731e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr15 50189448 . C A 61.15 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00782647;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.537;QD=11.1173;RBI=0.0096461;REFB=-0.0263351;REVB=0.00563859;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166673;STB=0.666296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.063825;OID=.;OPOS=50189448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:37:22:23:13:8:8:0.363636:2:6:17:6:4:4:10:3 chr15 50226313 . G T 461.92 PASS AF=0.970588;AO=24;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.1303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1981;QD=54.3434;RBI=0.183681;REFB=-0.139258;REVB=0.129463;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00828305;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:0:1:24:33:0.970588:15:9:0:0:24:9:0:1 chr15 50311135 . C A 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7485;QD=58.1363;RBI=0.0419468;REFB=0;REVB=-0.000172987;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058507;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr15 50311148 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.967;QD=59.8394;RBI=0.0178827;REFB=0;REVB=0.00674164;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77257e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr15 50399125 . T C 312.88 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.000858347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.846;QD=15.6438;RBI=0.00704072;REFB=-0.0110987;REVB=-0.00698821;RO=45;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250046;STB=0.628498;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0168429;OID=.;OPOS=50399125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:45:34:35:0.4375:22:12:27:18:22:13:27:18 chr15 50534454 . T G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00383903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.35;QD=14.5589;RBI=0.00393133;REFB=-0.00701377;REVB=0.000846866;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446271;STB=0.502536;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00892937;OID=.;OPOS=50534454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:19:16:12:14:19:16 chr15 50534514 . T G 264.03 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0210496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.452;QD=15.3059;RBI=0.0226555;REFB=-0.0285401;REVB=-0.00837772;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630654;STB=0.53569;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0416506;OID=.;OPOS=50534514;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:12:18:21:18:12:18:21:18 chr15 50534703 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00983462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.132;QD=23.0884;RBI=0.0278367;REFB=-0.000814631;REVB=-0.0260416;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285098;STB=0.659575;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000391876;OID=.;OPOS=50534703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:7:15:6:12:7:15:6:12 chr15 50534832 . A G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0002505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6186;QD=16.4056;RBI=0.0262074;REFB=-0.00700923;REVB=0.0262062;RO=36;SAF=23;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08898;STB=0.56224;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00927452;OID=.;OPOS=50534832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:8:23:24:12:8:23:24:13 chr15 50773755 . G A 839.28 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993333;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.872;QD=57.8814;RBI=0.0145999;REFB=0;REVB=0.0106998;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119507;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr15 50867082 . G A 205.42 PASS AF=0.540541;AO=17;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.062874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2235;QD=22.208;RBI=0.0710747;REFB=-0.00526358;REVB=-0.0331431;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.573336;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00463098;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:17:17:20:0.540541:11:6:3:11:11:9:5:12 chr15 51217361 . T C 351.91 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00178201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.024;QD=14.2184;RBI=0.00258037;REFB=-0.00158756;REVB=0.00186621;RO=59;SAF=13;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175611;STB=0.605578;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00218943;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:39:39:0.393939:26:13:29:30:26:13:30:30 chr15 51295934 . G A 116.47 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.021078;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.257;QD=18.6353;RBI=0.0285461;REFB=-0.012098;REVB=-0.0192508;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10936;STB=0.562406;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0195858;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:6:7:8:4:6:7:8:4 chr15 51502844 . A C 861.32 PASS AF=0.54902;AO=84;DP=152;FAO=84;FDP=153;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00086335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2466;QD=22.5181;RBI=0.0887139;REFB=-0.0401049;REVB=0.0887097;RO=68;SAF=42;SAR=42;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241007;STB=0.509802;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0357216;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:68:69:84:84:0.54902:42:42:36:32:42:42:36:33 chr15 51507968 . G A 515.54 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0469064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.973;QD=16.1107;RBI=0.0469506;REFB=-0.0170233;REVB=0.00203678;RO=72;SAF=27;SAR=29;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179712;STB=0.510047;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0230806;OID=.;OPOS=51507968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:56:56:0.4375:29:27:36:36:29:27:36:36 chr15 51669625 . A C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0256895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.414;QD=11.257;RBI=0.0486715;REFB=-0.0108465;REVB=-0.0413397;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0254639;OID=.;OPOS=51669625;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr15 51675625 . C T 332.71 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00490522;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.758;QD=16.2298;RBI=0.00771032;REFB=0.00588938;REVB=-0.00594877;RO=46;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556387;STB=0.531318;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00870407;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:36:36:0.439024:16:20:23:23:16:20:23:23 chr15 51689772 . G A 603.33 PASS AF=0.401163;AO=69;DP=172;FAO=69;FDP=172;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=69;FWDB=0.0197992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.757;QD=14.0308;RBI=0.0206161;REFB=-0.00366538;REVB=0.00574566;RO=100;SAF=28;SAR=41;SRF=33;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845231;STB=0.547834;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00545474;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:100:103:69:69:0.401163:41:28:33:67:41:28:34:69 chr15 51780209 . C T 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0243621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8414;QD=9.9318;RBI=0.0303223;REFB=0.00108064;REVB=-0.0180535;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989432;STB=0.56748;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00993348;OID=.;OPOS=51780209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:8:7:13:21:8:7:13:22 chr15 51984490 . A G 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0122892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.684;QD=14.8343;RBI=0.0209615;REFB=0.00100131;REVB=0.0169812;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147839;STB=0.571366;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00116297;OID=.;OPOS=51984490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:10:12:20:9:10:12:20:10 chr15 52350879 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00511373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.34;QD=14.5588;RBI=0.0087235;REFB=-0.00753959;REVB=-0.00706748;RO=35;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134072;STB=0.576541;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00869347;OID=.;OPOS=52350879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:8:18:20:15:8:18:20:15 chr15 52357589 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0439574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.466;QD=16.8984;RBI=0.0509543;REFB=-0.00955658;REVB=0.0257698;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0119188;OID=.;OPOS=52357589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr15 52446139 . G A 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00900391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.335;QD=4.65902;RBI=0.00925395;REFB=-0.00770193;REVB=-0.00213664;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136094;STB=0.591484;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0320888;OID=.;OPOS=52446139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:18:17:3:5:18:17 chr15 52521383 . C T 140.19 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00147785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.503;QD=12.7447;RBI=0.00731383;REFB=-0.011902;REVB=-0.00716297;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213889;STB=0.645887;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0256792;OID=.;OPOS=52521383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:28:16:16:0.363636:10:6:15:11:10:6:17:11 chr15 52536592 . AGGGC AGGC,AGGGT 366.19 PASS AF=0.216216,0.648649;AO=7,22;DP=38;FAO=8,24;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=8,14;FSAR=0,10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.189385,0.00640119;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=19.0948,85.7961;QD=39.5878;RBI=0.192194,0.0153193;REFB=-0.0207556,0.0148621;REVB=0.03274,0.0139178;RO=5;SAF=7,13;SAR=0,9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0.469521,0;SSEP=0.435071,0;SSSB=0.806041,0.133547;STB=0.998265,0.566418;STBP=0.004,0.146;TYPE=del,snp;VARB=0.0596641,-0.00326691;OID=.,.;OPOS=52536593,52536596;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.216216,0.648649:7,22:38:8,24:37:5:8,14:0,10:1:4:49:5:7,13:0,9:1:4 chr15 52539673 . C T 331.04 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0109722;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0015;QD=15.7636;RBI=0.0971625;REFB=0.016306;REVB=0.096541;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238338;STB=0.519936;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0200687;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:48:36:36:0.428571:19:17:22:27:19:17:21:27 chr15 52556429 . A G 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9035;QD=57.1672;RBI=0.034767;REFB=0;REVB=-0.030917;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139896;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr15 52601033 . T C 261.33 PASS AF=0.441176;AO=27;DP=65;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0116772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.428;QD=15.3722;RBI=0.011957;REFB=-0.0269156;REVB=0.00257154;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265774;STB=0.516725;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0345982;OID=.;OPOS=52601033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:38:38:27:30:0.441176:10:17:23:15:11:19:23:15 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 274.24 PASS AF=1;AO=19;DP=30;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01309;FXX=0.19992;HRUN=3;LEN=9;MLLD=291.027;QD=54.8485;RBI=0.0268836;REFB=0;REVB=0.0234814;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000211105;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:30:20:20:0:9:11:0:0:3:9:9:10:4:5 chr15 52611451 . A G 853.53 PASS AF=0.534591;AO=84;DP=159;FAO=85;FDP=159;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0111065;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.073;QD=21.4724;RBI=0.0117534;REFB=-0.0321062;REVB=-0.00384561;RO=74;SAF=35;SAR=49;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163421;STB=0.591257;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0161885;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:74:74:84:85:0.534591:49:35:45:29:50:35:45:29 chr15 52643564 . G A 586.65 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00323041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.601;QD=19.7192;RBI=0.00431118;REFB=0.00666998;REVB=-0.00285495;RO=59;SAF=33;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830529;STB=0.545822;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00513564;OID=.;OPOS=52643564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:27:33:27:32:27:33:27:32 chr15 52667552 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.829;QD=59.5009;RBI=0.0343677;REFB=0;REVB=0.0271945;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29053e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr15 52689526 . T C 982.42 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2267;QD=56.138;RBI=0.0280996;REFB=-0.0308599;REVB=0.015263;RO=1;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160186;STB=0.502145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00126281;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:29:39:0:1:29:39:1:1 chr15 52689631 . T G 767.8 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.03;QD=54.8429;RBI=0.042227;REFB=-0.145711;REVB=-0.0401217;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00324941;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:56:1:1:54:55:0.982143:33:21:1:0:33:22:1:0 chr15 52901283 . TT CC 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349021;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=84.1142;QD=61.3364;RBI=0.0530531;REFB=0;REVB=0.0399559;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000311138;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr15 52901914 . T C 98.71 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0245753;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1078;QD=13.1612;RBI=0.0297219;REFB=0.00583093;REVB=0.0167166;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354572;STB=0.695334;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00571634;OID=.;OPOS=52901914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:19:18:12:12:0.4:8:4:13:6:8:4:12:6 chr15 53907948 . G A 803.78 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0717;QD=64.3025;RBI=0.0466455;REFB=0;REVB=0.0117396;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293655;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:23:24:0:0:26:24:0:0 chr15 53994493 . A G 907.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.039;QD=57.6443;RBI=0.0589863;REFB=0;REVB=0.0196536;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236179;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:35:25:0:0:37:26:0:0 chr15 54008795 . T C 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7898;QD=57.8824;RBI=0.0472438;REFB=0;REVB=0.0469861;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502303;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr15 54008845 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.88;QD=58.0604;RBI=0.0302352;REFB=0;REVB=-0.00284352;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122481;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr15 54306925 . G A 923.18 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0906;QD=56.811;RBI=0.0205519;REFB=-0.0386851;REVB=-0.00532573;RO=1;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106152;STB=0.505616;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000803161;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:20:44:1:0:20:44:1:0 chr15 54841874 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0323641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.865;QD=15.3789;RBI=0.0501705;REFB=-0.00466247;REVB=0.0383359;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509793;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:7:6:6:6:7:7 chr15 54847677 . C T 296.71 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00548292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.651;QD=15.6162;RBI=0.0192343;REFB=-0.0225897;REVB=-0.0184362;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825519;STB=0.537577;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0184214;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:43:32:33:0.434211:16:16:25:18:16:17:25:18 chr15 54919047 . A G 221.9 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0393815;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3205;QD=16.1382;RBI=0.0487936;REFB=0.0195506;REVB=0.0288082;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980391;STB=0.555511;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0131044;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:15:15:15:10:15:15 chr15 55619796 . T C 270.24 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00647345;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.167;QD=20.7879;RBI=0.00867481;REFB=-0.00833559;REVB=0.00577467;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883058;STB=0.538434;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00826432;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:24:28:28:0.538462:14:14:9:14:14:14:10:14 chr15 55632859 . G T 828.06 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7338;QD=57.1079;RBI=0.0338825;REFB=0;REVB=0.0267578;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598619;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:23:35:0:0 chr15 55653031 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0361995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4129;QD=16.8228;RBI=0.0455392;REFB=-0.0170332;REVB=-0.0276299;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00798145;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:1:4:2:5:1:4 chr15 55681641 . C T 46.15 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0224606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7598;QD=9.22907;RBI=0.03938;REFB=-0.002028;REVB=-0.0323466;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.521677;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00449427;OID=.;OPOS=55681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:10:13:6:7:0.35:4:2:4:6:4:3:6:7 chr15 55722872 . G C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0270599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8962;QD=11.3692;RBI=0.0287773;REFB=0.000393812;REVB=0.00979266;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020408;STB=0.512173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00056661;OID=.;OPOS=55722872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:10:9:5:6:10:9 chr15 55759193 . T C 147.7 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0428109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7441;QD=26.8536;RBI=0.0689728;REFB=-0.0562883;REVB=0.0540785;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595398;STB=0.533288;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0316448;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:5:10:4:3:5:10:4:3 chr15 55880106 . C A 707.07 PASS AF=0.560748;AO=57;DP=110;FAO=60;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00276659;FXX=0.0272702;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.653;QD=26.4327;RBI=0.0122556;REFB=-0.020711;REVB=0.0119393;RO=25;SAF=27;SAR=30;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026192;STB=0.527388;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00682527;OID=.;OPOS=55880106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:25:28:57:60:0.560748:30:27:13:12:33:27:15:13 chr15 55970041 . A G 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.000686551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.2;QD=15.6526;RBI=0.0105201;REFB=-0.00208208;REVB=0.0104977;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070653;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00281674;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:17:15:12:14:17:15 chr15 55972797 . T C 543.84 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0168917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.235;QD=22.8986;RBI=0.0168969;REFB=-0.0105664;REVB=0.000419393;RO=44;SAF=31;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929923;STB=0.551207;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00891863;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:20:31:22:22:20:31:22:22 chr15 56120962 . T C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.011277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.859;QD=8.737;RBI=0.0361292;REFB=-0.00785945;REVB=0.0343241;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23176;STB=0.639722;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.015039;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:15:5:4:5:15:5 chr15 56139153 . T C 547.9 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240229;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.435;QD=57.6734;RBI=0.253042;REFB=0;REVB=0.251899;RO=2;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192583;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:2:0:35:38:1:14:21:0:2:17:21:0:0 chr15 56140995 . T A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00999692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.087;QD=28.0163;RBI=0.0112048;REFB=-0.0351995;REVB=-0.00506061;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.559961;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0249309;OID=.;OPOS=56140995;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:15:15:13:7:15:15:13:7 chr15 56152729 . T C 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.000535434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.968;QD=13.0222;RBI=0.0187577;REFB=-0.00420985;REVB=-0.0187501;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230348;STB=0.630168;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00480805;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:16:12:10:34:16:12:10:34 chr15 56152872 . C T 333.05 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0150262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.154;QD=16.447;RBI=0.0159849;REFB=-0.00156536;REVB=0.0054524;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198573;STB=0.621556;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00397974;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:45:36:36:0.444444:16:20:15:28:16:20:15:30 chr15 56207811 . T G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00338867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.965;QD=25.1489;RBI=0.0241867;REFB=-0.0173847;REVB=0.0239481;RO=20;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046122;STB=0.533956;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0117332;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:11:16:13:7:11:16:14:7 chr15 56208535 . G A 136.65 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0169714;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.381;QD=16.0764;RBI=0.0283612;REFB=-0.00640562;REVB=0.0227229;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375681;STB=0.52171;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00803144;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:12:7:5:10:12:7 chr15 56258659 . A T 321.89 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0431095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.573;QD=27.9907;RBI=0.0555954;REFB=-0.0221099;REVB=-0.0351059;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394226;STB=0.521724;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0146777;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:8:10:14:14:8:10 chr15 56285695 . C T 302.19 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0139125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.482;QD=19.4959;RBI=0.0157776;REFB=-0.0276928;REVB=0.00744148;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603078;STB=0.533516;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0234967;OID=.;OPOS=56285695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:12:18:17:15:12:18 chr15 56322148 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0285393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.229;QD=18.8868;RBI=0.0314267;REFB=0.0336536;REVB=-0.0131585;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0594118;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr15 56322156 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0459572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5612;QD=20.8979;RBI=0.0481975;REFB=-0.0278168;REVB=-0.0145238;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00952468;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:2:2:6:2:2:2 chr15 56386577 . T G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.351;QD=59.3226;RBI=0.0147499;REFB=0;REVB=0.00109087;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88962e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr15 56387859 . T C 226.64 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00351157;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.766;QD=18.1308;RBI=0.0151182;REFB=-0.0216368;REVB=-0.0147047;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191309;STB=0.606661;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0254082;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:5:21:15:9:5:21 chr15 56387931 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.931;QD=60.9746;RBI=0.0643796;REFB=0;REVB=-0.0642475;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000767833;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr15 56388033 . T C 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0126114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.972;QD=19.6952;RBI=0.0440176;REFB=-0.00664647;REVB=0.0421722;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849174;STB=0.536877;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00877079;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:9:12:10:11:9:12:11:11 chr15 56471449 . T G 103.77 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0215167;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5513;QD=7.98189;RBI=0.0503166;REFB=4.05255e-05;REVB=-0.045484;RO=36;SAF=13;SAR=1;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582231;STB=0.881485;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00246631;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:38:14:14:0.269231:1:13:20:16:1:13:20:18 chr15 56721264 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.103;QD=60.2285;RBI=0.0422912;REFB=0;REVB=-0.0150364;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356945;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr15 56923714 . G A 857.09 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290981;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.224;QD=58.1074;RBI=0.0137298;REFB=0;REVB=0.0134179;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84129e-07;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr15 56946980 . T G 784.97 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2079;QD=57.0885;RBI=0.0427069;REFB=0;REVB=0.0421514;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423565;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr15 56968865 . C T 193.31 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0033884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.051;QD=15.7801;RBI=0.00374565;REFB=-0.0446217;REVB=0.00159643;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261263;STB=0.614539;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0796354;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:28:19:21:0.428571:11:8:19:9:11:10:19:9 chr15 57213283 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.02865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.016;QD=20.4857;RBI=0.0289676;REFB=0.00333527;REVB=0.00427812;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00419786;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:6:5:8:6:6:5 chr15 57730404 . T C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00811784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.953;QD=18.0733;RBI=0.0138165;REFB=-0.017759;REVB=-0.0111802;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104695;STB=0.558559;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0243181;OID=.;OPOS=57730404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:17:14:17:13:17:14 chr15 57730599 . C T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00642376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.285;QD=14.6998;RBI=0.0204244;REFB=-0.00199703;REVB=-0.0193879;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199941;STB=0.629428;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00309764;OID=.;OPOS=57730599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:4:10:6:6:4:11 chr15 57731335 . A C 526.68 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1389;QD=56.9384;RBI=0.0611378;REFB=-0.051692;REVB=0.0461608;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00201926;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:1:0:20:16:1:0 chr15 57731573 . C T 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0139153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8645;QD=9.84212;RBI=0.0745669;REFB=-0.0116223;REVB=0.073257;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630627;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.025916;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:7:13:7:3:7:13 chr15 57731728 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.786;QD=57.1051;RBI=0.0403834;REFB=0;REVB=0.0296172;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112622;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr15 57918069 . A G 419.96 PASS AF=0.506024;AO=40;DP=81;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0310584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.422;QD=20.2392;RBI=0.0323959;REFB=-0.000961939;REVB=-0.00921244;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235741;STB=0.507459;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000992035;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:41:40:42:0.506024:24:16:15:25:25:17:16:25 chr15 57918090 . A G 1084.0 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3583;QD=58.5944;RBI=0.0294548;REFB=-0.0712103;REVB=-0.000547395;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106301;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00228161;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:44:29:0:1:44:29:0:1 chr15 57967219 . T C 1194.83 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494788;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.815;QD=61.2732;RBI=0.0107723;REFB=0;REVB=-0.00956877;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19357e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr15 58006854 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0136929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.674;QD=32.3682;RBI=0.0351583;REFB=0.00420397;REVB=-0.0323823;RO=3;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100906;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00184734;OID=.;OPOS=58006854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:9:4:1:2:9:4:1:2 chr15 58256127 . C T 259.59 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0123215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.214;QD=13.8446;RBI=0.0296557;REFB=-0.00300731;REVB=-0.0269749;RO=45;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178232;STB=0.601741;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0058173;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:11:19:21:24:11:19:21:24 chr15 58444720 . A T 311.94 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00598373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.483;QD=14.1789;RBI=0.016843;REFB=-0.00490957;REVB=-0.0157442;RO=53;SAF=14;SAR=21;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975678;STB=0.555523;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00748773;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:21:14:26:27:21:14:26:27 chr15 58471368 . C T 1357.27 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000180692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.413;QD=62.403;RBI=0.0256704;REFB=0;REVB=0.0256698;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29835e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:40:43:0:0:44:43:0:0 chr15 58476281 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.321;QD=62.6664;RBI=0.0120403;REFB=0;REVB=0.00486061;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73642e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr15 58833993 . G A 231.39 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0165675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5297;QD=15.1732;RBI=0.0531977;REFB=-0.00284336;REVB=0.0505521;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159624;STB=0.597627;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00640351;OID=.;OPOS=58833993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:9:17:17:17:9:18:17:17 chr15 58837957 . A G 506.86 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0224806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1565;QD=20.4791;RBI=0.0225031;REFB=-0.000781407;REVB=-0.00100457;RO=49;SAF=17;SAR=32;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201815;STB=0.507243;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000944081;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:32:17:18:31:32:17:18:32 chr15 58838010 . A G 332.54 PASS AF=0.409639;AO=35;DP=100;FAO=34;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0133221;FXX=0.135403;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4472;QD=16.0261;RBI=0.0133283;REFB=-0.0172409;REVB=-0.000407388;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607313;STB=0.562464;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0108391;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:83:41:46:35:34:0.409639:19:16:19:22:17:17:18:28 chr15 58838038 . C G 425.48 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00137893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.118;QD=20.2611;RBI=0.0029446;REFB=-0.00917768;REVB=-0.00260178;RO=40;SAF=18;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571586;STB=0.501991;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00881336;OID=.;OPOS=58838038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:25:18:17:23:25:18:17:24 chr15 58853079 . C A 207.22 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.793;QD=48.7571;RBI=0.0627247;REFB=0;REVB=0.0613668;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571806;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:2:11:0:0:3:14:0:0 chr15 58853109 . A G 212.08 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.891;QD=47.128;RBI=0.190333;REFB=0;REVB=0.188844;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144947;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:2:14:0:0:3:15:0:0 chr15 58857378 . A G 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.000494771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.9;QD=19.4069;RBI=0.0100629;REFB=-0.0127506;REVB=0.0100508;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133318;STB=0.573938;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0149884;OID=.;OPOS=58857378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:13:17:20:8:13:17:20:8 chr15 58983318 . G C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0172285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.089;QD=13.7531;RBI=0.0176233;REFB=-0.00801091;REVB=0.00370964;RO=23;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159572;STB=0.594629;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0117488;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:13:2:5:18:13:2:5:18 chr15 58983425 . G C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0105633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.885;QD=12.5794;RBI=0.0105736;REFB=-0.000739196;REVB=-0.00046611;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.56693;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00119191;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:11:6:13:16:11:6:14:17 chr15 58983588 . T A 329.38 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0238071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0741;QD=20.9127;RBI=0.0241435;REFB=-0.00260345;REVB=0.00401641;RO=29;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076586;STB=0.542348;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0028371;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:16:18:18:11:16:18:18:11 chr15 59147037 . A T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.361;QD=58.1417;RBI=0.0543011;REFB=0;REVB=0.0395047;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423588;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr15 59147413 . T A 699.78 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00262031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.747;QD=54.8847;RBI=0.022496;REFB=-0.0951308;REVB=0.0223429;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000385202;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr15 59323048 . C G 93.13 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00438232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.836;QD=19.6065;RBI=0.0685558;REFB=-0.0549058;REVB=0.0684155;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0376527;OID=.;OPOS=59323048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:4:4:5:6:4:4 chr15 59347929 . C A 538.1 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0490294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.743;QD=24.1845;RBI=0.0491832;REFB=0.0263115;REVB=0.00388604;RO=39;SAF=26;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875119;STB=0.547963;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0196528;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:24:26:16:23:24:26:16:23 chr15 59368167 . G A 289.45 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0125704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.465;QD=13.9493;RBI=0.0244037;REFB=-0.018901;REVB=0.020917;RO=50;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114097;STB=0.565016;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0139406;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:13:20:25:25:13:20:25:25 chr15 59499179 . G A 279.57 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0181303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.975;QD=15.5317;RBI=0.0198562;REFB=-0.0274497;REVB=0.0080969;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103722;STB=0.566743;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0419316;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:40:31:32:0.444444:17:14:14:26:17:15:14:26 chr15 59499228 . C T 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0118557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.295;QD=16.4504;RBI=0.0129683;REFB=-0.0115575;REVB=0.00525529;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549062;STB=0.530847;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0144678;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:18:18:20:25:18:18:20:25 chr15 59499274 . C A 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00591758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.176;QD=17.067;RBI=0.00777186;REFB=-0.014198;REVB=-0.00503825;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140755;STB=0.578906;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.017812;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:16:22:20:26:16:22:20:26 chr15 59500116 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0224979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.837;QD=18.642;RBI=0.0320323;REFB=-0.00857322;REVB=0.0228015;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23972;STB=0.636231;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00723494;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:10:14:7:14:10:14 chr15 59682493 . C T 989.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.674;QD=58.2273;RBI=0.0157439;REFB=0;REVB=-0.00674712;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84638e-05;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:35:32:0:1:36:32:0:0 chr15 59784493 . C T 1052.06 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0308813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.133;QD=54.6525;RBI=0.0318391;REFB=-0.00155345;REVB=-0.00775083;RO=4;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358372;STB=0.518977;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=5.97195e-05;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:29:44:1:3:29:44:1:3 chr15 59910961 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.356;QD=18.767;RBI=0.0162982;REFB=-0.0223592;REVB=-0.0162982;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164798;OID=.;OPOS=59910961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr15 59911892 . G T 989.41 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.777;QD=59.069;RBI=0.0419473;REFB=0;REVB=0.0417709;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146903;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:38:29:0:0 chr15 59912253 . A C 664.76 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2819;QD=61.8381;RBI=0.0191567;REFB=0;REVB=0.00407396;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208965;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr15 59912625 . G A 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.419;QD=53.2652;RBI=0.107181;REFB=0;REVB=0.107082;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581958;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr15 59963488 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0340531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.847;QD=21.5108;RBI=0.0418658;REFB=-0.0152713;REVB=0.0243543;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.013225;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:9:10:10:11:9:10 chr15 60666686 . C T 410.38 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0102051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.775;QD=18.2389;RBI=0.0224444;REFB=0.000330184;REVB=-0.0199901;RO=48;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573397;STB=0.5032;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.000480731;OID=.;OPOS=60666686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:23:19:22:26:23:19:22:26 chr15 60678298 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.146;QD=51.9166;RBI=0.0469949;REFB=0;REVB=0.0094757;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77912e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr15 60690089 . A G 55.9 PASS AF=0.7;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0233646;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0299;QD=22.3592;RBI=0.0436465;REFB=-0.0223753;REVB=0.0368661;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.719257;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00696749;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:10:2:3:7:7:0.7:6:1:2:0:6:1:2:1 chr15 60715800 . T G 102.9 PASS AF=0.5;AO=10;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0339797;FXX=0.0370233;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.9722;QD=15.8306;RBI=0.122272;REFB=-0.0338548;REVB=0.117456;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172412;STB=0.613866;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0167174;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:10:13:10:13:0.5:5:5:3:7:6:7:4:9 chr15 60724118 . C G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0130595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.837;QD=19.3436;RBI=0.0134472;REFB=0.00288412;REVB=-0.00320584;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262847;STB=0.649825;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00389427;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:10:8:13:5:10:8 chr15 60734697 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0265202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.866;QD=20.7544;RBI=0.0339827;REFB=-0.0142205;REVB=0.0212486;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00859659;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:5:7:5:10:5:7 chr15 60789798 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4039;QD=57.385;RBI=0.0177226;REFB=0;REVB=-0.00972609;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8205e-05;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr15 61028973 . C T 304.46 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00620538;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.24;QD=25.3718;RBI=0.026504;REFB=-0.00687702;REVB=-0.0257674;RO=21;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158476;STB=0.588168;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00624694;OID=.;OPOS=61028973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:9:18:10:11:9:18:10:11 chr15 62202482 . C T 1872.67 PASS AF=0.582192;AO=168;DP=290;FAO=170;FDP=292;FR=.;FRO=122;FSAF=74;FSAR=96;FSRF=74;FSRR=48;FWDB=0.0062893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.494;QD=25.653;RBI=0.00630376;REFB=0.00246389;REVB=-0.000426818;RO=115;SAF=74;SAR=94;SRF=70;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126175;STB=0.57142;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00105547;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:292:115:122:168:170:0.582192:94:74:70:45:96:74:74:48 chr15 62259637 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.060147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8528;QD=14.2611;RBI=0.0602799;REFB=0.00240172;REVB=-0.00400034;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151826;STB=0.576825;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00575554;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:6:10:11:12:6:10:12:12 chr15 62539781 . A G 160.4 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00693113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.027;QD=18.3319;RBI=0.0348455;REFB=-0.00838873;REVB=-0.0341492;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.571823;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00699892;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:11:7:9:8:11:7 chr15 62978874 . G A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00130987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.976;QD=9.84353;RBI=0.00597239;REFB=-0.00726334;REVB=-0.00582698;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110149;STB=0.566536;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0157177;OID=.;OPOS=62978874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:12:8:5:5:12:8 chr15 62989978 . G A 182.12 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0675047;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.297;QD=22.7655;RBI=0.0686105;REFB=0.00338128;REVB=0.0122683;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000629997;OID=.;OPOS=62989978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:6:8:12:6:6:8 chr15 62990971 . C T 315.97 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0231158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6661;QD=45.1388;RBI=0.0471896;REFB=-0.0584286;REVB=-0.0411403;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.558774;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0142092;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:28:28:0:3:24:25:0.892857:18:6:0:0:19:6:2:1 chr15 63009804 . C T 451.84 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425874;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.401;QD=58.3025;RBI=0.0494601;REFB=0;REVB=0.025152;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594319;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr15 63047778 . C T 1438.6 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444438;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.921;QD=63.235;RBI=0.0620541;REFB=0;REVB=0.0433065;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144067;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:46:44:0:0:46:45:0:0 chr15 63111739 . T C 95.65 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.1216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.531;QD=11.9566;RBI=0.132279;REFB=-0.00231824;REVB=-0.052069;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307343;STB=0.640827;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0152614;OID=.;OPOS=63111739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:19:20:12:12:0.375:8:4:2:17:8:4:3:17 chr15 63127983 . G A 565.22 PASS AF=0.488;AO=38;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.0235184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.629;QD=18.087;RBI=0.144099;REFB=-0.0875164;REVB=0.142167;RO=59;SAF=34;SAR=4;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646289;STB=0.616224;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0530076;OID=.;OPOS=63127983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:64:38:61:0.488:4:34:20:39:26:35:22:42 chr15 63131117 . T A 191.16 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00211353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.826;QD=13.4148;RBI=0.00396894;REFB=-0.00260094;REVB=-0.00335939;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106098;STB=0.557554;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00376213;OID=.;OPOS=63131117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:34:23:23:0.403509:11:12:20:12:11:12:21:13 chr15 63351840 . C A 313.15 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8514;QD=50.1038;RBI=0.0585681;REFB=0.0572621;REVB=-0.0576836;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0190991;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:1:0:15:9:1:0 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=39;DP=81;LEN=5;RO=42;SAF=27;SAR=19;SRF=12;SRR=23;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:81:42:39:19:27:12:23 chr15 63433766 . G A 681.33 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0225894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6555;QD=57.9853;RBI=0.0290252;REFB=-0.0207293;REVB=-0.018226;RO=3;SAF=18;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720805;STB=0.524989;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00518617;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:3:2:44:45:0.957447:26:18:3:0:26:19:2:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 121.76 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00998682;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=299.72;QD=18.0391;RBI=0.00998832;REFB=-0.00428473;REVB=0.0001729;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288507;STB=0.504944;STBP=0.977;TYPE=del;VARB=0.00296302;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:16:27:16:27:11:6:10:4:7:67:9:6:10:3:6 chr15 63597857 . T G 257.32 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00465032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2626;QD=13.7237;RBI=0.032401;REFB=-0.0192282;REVB=-0.0320656;RO=44;SAF=21;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151677;STB=0.595242;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0219876;OID=.;OPOS=63597857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:9:21:25:19:9:21:25:20 chr15 63922752 . T A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0142591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.34;QD=19.9055;RBI=0.0150469;REFB=-0.016899;REVB=-0.00480479;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755796;STB=0.542028;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0103957;OID=.;OPOS=63922752;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:12:15:14:16:12:15 chr15 63932513 . G C 388.67 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00853549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.888;QD=14.2631;RBI=0.017867;REFB=-0.00730324;REVB=0.0156964;RO=62;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113685;STB=0.573263;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00794797;OID=.;OPOS=63932513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:64:45:45:0.412844:19:26:29:33:19:26:29:35 chr15 63937209 . C G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0183605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.701;QD=15.419;RBI=0.0183878;REFB=-0.00491325;REVB=-0.00100067;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239129;STB=0.513505;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00571476;OID=.;OPOS=63937209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:16:16:22:20:16:16:22:20 chr15 63953153 . A G 121.92 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.106857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8779;QD=25.6679;RBI=0.14306;REFB=-0.036411;REVB=0.0951192;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282611;STB=0.660109;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.048473;OID=.;OPOS=63953153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:10:3:4:2:10:3:4:2 chr15 63954029 . C T 274.57 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0120948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.111;QD=24.9606;RBI=0.0211631;REFB=-0.00801489;REVB=-0.0173664;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796407;STB=0.594961;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00561706;OID=.;OPOS=63954029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:16:19:25:25:0.568182:18:7:6:10:18:7:9:10 chr15 63970456 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00471891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.568;QD=21.3769;RBI=0.0181169;REFB=0.0060942;REVB=-0.0174915;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239191;STB=0.646333;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00392591;OID=.;OPOS=63970456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:16:7:12:9:16:7:13:9 chr15 63988357 . C G 310.75 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0664221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.806;QD=16.7972;RBI=0.0880377;REFB=0.00045384;REVB=0.0577818;RO=40;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181278;STB=0.501741;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0021036;OID=.;OPOS=63988357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:40:33:34:0.459459:11:22:26:14:12:22:26:14 chr15 64215375 . G C 407.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1818;QD=56.166;RBI=0.0720878;REFB=0;REVB=0.0607844;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024333;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:14:15:0:0 chr15 64385851 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8215;QD=51.9165;RBI=0.0384055;REFB=0;REVB=-0.0083278;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137887;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr15 64418397 . G A 406.3 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3155;QD=56.042;RBI=0.0422104;REFB=0;REVB=0.0148372;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950448;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:19:6:0:0:20:9:0:0 chr15 64430607 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=6;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.142;QD=43.4858;RBI=0.13275;REFB=0;REVB=0.0452238;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132133;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:6:12:1:3:3:0:0:7:5:0:0 chr15 64463365 . TTA T,TTT 40.2 PASS AF=0.347826,0;AO=5,7;DP=36;FAO=8,0;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.24462,0.121143;FXX=0.11534;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=13.6176,9.51218;QD=6.99207;RBI=0.288023,0.139745;REFB=-0.00840207,-0.0942871;REVB=-0.152045,-0.0696655;RO=15;SAF=3,0;SAR=2,7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0804279,-0.784423;STB=0.732738,0.5;STBP=0.124,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0762646,0.223111;OID=.,.;OPOS=64463366,64463367;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826,0:5,7:36:8,0:23:15:6,0:2,0:6:9:39:15:3,0:2,7:10:5 chr15 64634884 . C A 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.274;QD=56.6841;RBI=0.0671155;REFB=0;REVB=-0.0355529;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000853466;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr15 64710827 . T C 300.65 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00763337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.216;QD=21.4746;RBI=0.0164628;REFB=-0.029586;REVB=-0.0145861;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161781;STB=0.580593;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0189137;OID=.;OPOS=64710827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:31:31:0.553571:13:18:9:15:13:18:10:15 chr15 64737225 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.659;QD=57.6804;RBI=0.0198672;REFB=0;REVB=-0.00251691;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90578e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr15 64792896 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.076;QD=61.6798;RBI=0.0113902;REFB=0;REVB=0.00441773;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62223e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr15 64793617 . A G 820.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321472;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.675;QD=57.5683;RBI=0.0326367;REFB=0;REVB=0.00563142;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102426;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr15 64915106 . C T 735.63 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6926;QD=55.5193;RBI=0.0357467;REFB=0;REVB=0.0274319;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088018;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:28:24:0:1:29:24:0:0 chr15 64962630 . A C 289.18 PASS AF=0.423077;AO=31;DP=76;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0186022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3975;QD=14.8297;RBI=0.0533215;REFB=-0.0255145;REVB=-0.0499714;RO=45;SAF=9;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244851;STB=0.627711;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0305904;OID=.;OPOS=64962630;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:45:45:31:33:0.423077:22:9:23:22:23:10:23:22 chr15 64977358 . GTTTTTT GTTTTTA,GTTTTT 114.69 PASS AF=0.225,0.375;AO=8,10;DP=43;FAO=9,15;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7,6;FSAR=2,9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0591357,-0.109675;FXX=0.0697512;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=157.394,6.59003;QD=11.469;RBI=0.0596998,0.110714;REFB=-0.00966686,-0.127955;REVB=-0.00818798,0.0151285;RO=16;SAF=6,2;SAR=2,8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.509185,-0.0754431;STB=0.839347,0.619574;STBP=0.025,0.257;TYPE=snp,del;VARB=0.0532154,0.00110998;OID=.,.;OPOS=64977364,64977359;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.225,0.375:8,10:43:9,15:40:16:7,6:2,9:3:13:43:16:6,2:2,8:4:12 chr15 64977578 . A G 35.41 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0168851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.483;QD=5.6658;RBI=0.037;REFB=-0.0127392;REVB=-0.0329225;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230557;STB=0.515102;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.040117;OID=.;OPOS=64977578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:6:13:4:2:6:13 chr15 65032113 . G GT,T 65.98 PASS AF=0.521739,0;AO=7,4;DP=22;FAO=12,0;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000182746,-0.000446999;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=16.3386,153.547;QD=11.4741;RBI=0.0391128,0.00867098;REFB=-0.121489,-0.0226646;REVB=-0.0391123,-0.00865945;RO=11;SAF=3,4;SAR=4,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116701,0.67888;STB=0.518487,0.5;STBP=0.907,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.115908,0;OID=.,.;OPOS=65032114,65032113;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:11:11:7,4:12,0:0.521739,0:4,0:3,4:6:5:5,0:7,0:6:5 chr15 65041622 . C A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.785;QD=53.9085;RBI=0.0603195;REFB=0;REVB=0.0598315;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711103;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr15 65108504 . A T 744.07 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.318;QD=56.1558;RBI=0.0317617;REFB=0;REVB=0.0310219;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266721;OID=.;OPOS=65108504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:19:29:0:0:24:29:0:0 chr15 65157904 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0305274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.142;QD=7.46495;RBI=0.0318372;REFB=-0.0109255;REVB=0.00903797;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871158;STB=0.555391;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0464718;OID=.;OPOS=65157904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:6:11:5:2:6:11 chr15 65370353 . T C 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0305;QD=57.8716;RBI=0.024862;REFB=0;REVB=0.015449;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283174;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr15 65398457 . C T 99.6 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0121136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.397;QD=14.7553;RBI=0.0123987;REFB=-0.0185436;REVB=0.00264352;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407492;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0212827;OID=.;OPOS=65398457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:9:12:0.444444:7:2:9:6:7:5:9:6 chr15 65449169 . C T 754.15 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.635;QD=56.9171;RBI=0.0349002;REFB=0;REVB=0.0343178;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12781e-05;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr15 65489128 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.06;QD=58.5878;RBI=0.087069;REFB=0;REVB=0.0522239;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355758;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr15 65489688 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.101;QD=56.9568;RBI=0.0611626;REFB=0;REVB=-0.0572145;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0307e-05;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr15 65490901 . T C 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0102059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.396;QD=54.8096;RBI=0.0105041;REFB=0.0202857;REVB=0.00248548;RO=2;SAF=33;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277544;STB=0.514701;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000299554;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:29:33:2:0:29:33:2:0 chr15 65619427 . T A 67.87 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.348;QD=38.7807;RBI=0.0394394;REFB=0;REVB=0.0394394;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534598;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr15 65620156 . C T 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2385;QD=53.935;RBI=0.110646;REFB=-0.114181;REVB=0.0444207;RO=1;SAF=3;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132185;STB=0.571376;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0067392;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:27:3:1:0:27:3:1:0 chr15 65621441 . C A 319.48 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.093;QD=53.2463;RBI=0.11959;REFB=0;REVB=0.118637;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905313;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr15 65621857 . T C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8937;QD=59.8311;RBI=0.0862712;REFB=0;REVB=0.0497619;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179074;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr15 65667724 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.789;QD=59.838;RBI=0.0294714;REFB=0;REVB=0.00683376;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167908;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr15 65689267 . T C 189.67 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0245219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.087;QD=14.3145;RBI=0.0367923;REFB=-0.00703241;REVB=0.0274289;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.501729;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00907038;OID=.;OPOS=65689267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:22:22:0.415094:10:12:16:14:10:12:17:14 chr15 65703625 . C G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9083;QD=64.4078;RBI=0.0600911;REFB=0;REVB=-0.0197326;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446738;OID=.;OPOS=65703625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr15 65856653 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.897;QD=57.6804;RBI=0.0410831;REFB=0;REVB=0.0100454;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260579;OID=.;OPOS=65856653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr15 65994733 . C T 303.53 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00289304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.834;QD=14.6277;RBI=0.0326911;REFB=-0.0292892;REVB=-0.0325628;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212717;STB=0.510198;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.026724;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:47:49:33:34:0.409639:14:19:28:19:14:20:28:21 chr15 66011662 . CTTTTTT CCTTTTC,CTTTTTA,CTTT,TTTTTCT 256.05 PASS AF=0,0.681818,0.181818,0.136364;AO=2,4,3,2;DP=26;FAO=0,15,4,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,4,0;FSAR=0,11,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522873,-0.00506704,0.0236341,-0.00733095;FXX=0.185117;HRUN=14,14,14,3;LEN=6,1,3,6;MLLD=86.6696,142.747,6.12381,93.3524;QD=46.5552;RBI=0.0967617,0.0856403,0.277302,0.114911;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0966204,-0.0854902,-0.276293,-0.114677;RO=0;SAF=0,3,3,0;SAR=2,1,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0,-0.0112408,0.0952974,0.160335;OID=.,.,.,.;OPOS=66011663,66011668,66011663,66011662;OREF=TTTTTT,T,TTT,CTTTTT;OALT=CTTTTC,A,-,TTTTTC;OMAPALT=CCTTTTC,CTTTTTA,CTTT,TTTTTCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:26:26:22:0:0:2,4,3,2:0,15,4,3:0,0.681818,0.181818,0.136364:2,1,0,2:0,3,3,0:0:0:0,11,0,3:0,4,4,0:0:0 chr15 66023799 . G T 73.29 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0139402;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2219;QD=12.2144;RBI=0.0146611;REFB=-0.0497504;REVB=-0.00454067;RO=12;SAF=9;SAR=0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.774946;STB=0.81741;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0776952;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:24:24:12:14:9:10:0.416667:0:9:7:5:1:9:7:7 chr15 66257408 . T C 483.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6001;QD=58.5748;RBI=0.0587099;REFB=0;REVB=0.047367;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163523;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr15 66274690 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0413;QD=43.4861;RBI=0.0573022;REFB=0;REVB=0.0570633;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244406;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr15 66411441 . C T 1062.81 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.584;QD=59.8764;RBI=0.0465438;REFB=0;REVB=0.0454229;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124607;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr15 66612965 . T C 850.34 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410565;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.072;QD=57.6504;RBI=0.0412863;REFB=0;REVB=0.00435045;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19333e-05;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr15 66640619 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.492;QD=46.8473;RBI=0.0128407;REFB=0;REVB=-0.00136281;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75378e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr15 66644521 . C G 167.35 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000443955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.43;QD=44.6257;RBI=0.0779126;REFB=0;REVB=0.0779113;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416838;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr15 66820228 . CA C 55.68 PASS AF=0.465116;AO=16;DP=45;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0128834;FXX=0.0444346;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.78421;QD=5.1796;RBI=0.254423;REFB=-0.101107;REVB=0.254096;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858883;STB=0.511616;STBP=0.91;TYPE=del;VARB=0.1585;OID=.;OPOS=66820229;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:16:45:20:43:23:10:10:11:12:55:23:9:7:11:12 chr15 66821250 . A G 549.4 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.201;QD=59.3941;RBI=0.0325803;REFB=0;REVB=0.0187339;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276447;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:21:16:0:0 chr15 67073549 . C T 248.79 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0435105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.216;QD=21.6337;RBI=0.0464234;REFB=-0.0298525;REVB=0.0161856;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127528;STB=0.577554;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0256208;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:15:9:11:10:16:9:11:10 chr15 67234251 . A G 1008.32 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.029;QD=59.3131;RBI=0.0418909;REFB=0;REVB=0.021017;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39987e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr15 67457335 . A G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0097842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.953;QD=18.7953;RBI=0.0215482;REFB=-0.0171574;REVB=-0.0191988;RO=27;SAF=19;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218028;STB=0.625194;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0140662;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:4:19:18:9:4:19:18:9 chr15 67486775 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0118077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.874;QD=14.1695;RBI=0.0667314;REFB=-0.0172109;REVB=0.0656784;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198747;STB=0.617401;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.015629;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:6:6:7:3:6:6 chr15 67486847 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0135821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.01;QD=17.3782;RBI=0.0165643;REFB=-0.00286489;REVB=0.00948167;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.575089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0161083;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:3:7:6:5:3:7 chr15 67494304 . T G 180.49 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.0119981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.563;QD=16.0438;RBI=0.0120499;REFB=-0.00165762;REVB=0.00111609;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218327;STB=0.622787;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00262866;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:3:23:14:5:3:23 chr15 67528374 . T G 198.42 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.015252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1589;QD=13.2278;RBI=0.0353407;REFB=0.0172614;REVB=0.0318801;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883059;STB=0.543441;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0282207;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:15:9:16:19:15:9:16:20 chr15 67574440 . C G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0422875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.459;QD=14.6654;RBI=0.0423046;REFB=-0.0199487;REVB=-0.00120264;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104935;STB=0.560805;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0300142;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:9:12:7:8:9:12 chr15 67692502 . T C 1478.54 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026008;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8706;QD=58.5561;RBI=0.0274739;REFB=-0.103294;REVB=-0.00885414;RO=1;SAF=42;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111607;STB=0.505881;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00037987;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:58:42:1:0:58:42:1:0 chr15 67768151 . G C 856.3 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.977;QD=57.0863;RBI=0.0591461;REFB=0;REVB=0.0553495;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157092;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chr15 67951150 . G T 105.35 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0173392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.643;QD=11.0893;RBI=0.0343083;REFB=-0.0135329;REVB=-0.0296043;RO=24;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444473;STB=0.761917;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0215704;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:2:11:12:12:2:11:13:12 chr15 67962763 . A G 254.67 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00297161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.58;QD=12.2733;RBI=0.0059439;REFB=0.00159372;REVB=0.00514776;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916546;STB=0.542694;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0026287;OID=.;OPOS=67962763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:52:30:31:0.373494:16:14:20:32:17:14:20:32 chr15 68117300 . T A 240.2 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.034552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.533;QD=16.5652;RBI=0.0346316;REFB=-0.00560141;REVB=-0.00234796;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832719;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00493619;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:15:12:16:14:15:12:17:14 chr15 68583175 . T C 1070.1 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0251233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.039;QD=54.877;RBI=0.0569447;REFB=-0.0320788;REVB=0.0511031;RO=4;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497112;STB=0.526309;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000497474;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:78:4:4:74:74:0.948718:36:38:0:4:36:38:0:4 chr15 68603625 . C T 859.7 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0457279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.912;QD=54.584;RBI=0.0580621;REFB=-0.10561;REVB=0.0357794;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.515147;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00315304;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:60:61:0.968254:29:31:1:0:29:32:2:0 chr15 68605169 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.193;QD=63.872;RBI=0.0316651;REFB=0;REVB=0.0123797;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71788e-05;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr15 68607979 . C T 122.11 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0114955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1102;QD=9.21582;RBI=0.0458523;REFB=-0.0119576;REVB=0.0443879;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172318;STB=0.517744;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0487325;OID=.;OPOS=68607979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:10:6:13:23:10:6:13:24 chr15 68612556 . T C 379.13 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.0374361;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.582;QD=15.3185;RBI=0.0374601;REFB=-0.0116499;REVB=0.00133953;RO=57;SAF=15;SAR=27;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327102;STB=0.68346;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00681845;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:57:57:42:42:0.424242:27:15:39:18:27:15:39:18 chr15 68613778 . G T 340.5 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00105565;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.448;QD=20.6365;RBI=0.0157586;REFB=-0.0055603;REVB=-0.0157232;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223401;STB=0.629715;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0104682;OID=.;OPOS=68613778;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:15:20:9:21:15:20:9:22 chr15 68613787 . A G 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0123766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.285;QD=18.8071;RBI=0.0258007;REFB=-0.0206834;REVB=-0.0226384;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135359;STB=0.57528;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0260563;OID=.;OPOS=68613787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:14:23:17:19:14:23 chr15 68624396 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.38;QD=59.4355;RBI=0.012751;REFB=0;REVB=0.0116018;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48995e-05;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr15 68628049 . T G 490.82 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0176781;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.286;QD=22.0591;RBI=0.0263783;REFB=-0.0204432;REVB=0.019578;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151487;STB=0.578139;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0398852;OID=.;OPOS=68628049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:42:42:46:47:0.52809:21:25:30:12:21:26:30:12 chr15 68628143 . C T 597.07 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0493534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.681;QD=21.1351;RBI=0.0504607;REFB=-0.0281879;REVB=0.010513;RO=52;SAF=31;SAR=29;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790111;STB=0.538721;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0302472;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:53:60:60:0.530973:29:31:22:30:29:31:23:30 chr15 68649587 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.101;QD=57.1772;RBI=0.0370338;REFB=0;REVB=0.0303084;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185267;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr15 69019582 . G C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00927664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.181;QD=29.1641;RBI=0.0412044;REFB=-0.0494082;REVB=-0.0401466;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808542;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00878491;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:5:6:1:2:5:6:1:2 chr15 69325581 . C T 958.55 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612572;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7923;QD=58.9875;RBI=0.074619;REFB=0;REVB=0.0426093;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120849;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr15 69327825 . C T 961.52 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00586335;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.544;QD=57.4044;RBI=0.0358008;REFB=0.150016;REVB=0.0353174;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.505153;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000690146;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:65:66:0.985075:18:47:0:0:18:48:1:0 chr15 69542968 . G A 79.15 PASS AF=0.4;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00130714;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.611;QD=12.6632;RBI=0.0470312;REFB=-0.0473602;REVB=0.0470131;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11281;STB=0.567427;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0370406;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:25:15:15:10:10:0.4:7:3:6:9:7:3:6:9 chr15 69683945 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5984;QD=57.8847;RBI=0.0450588;REFB=0;REVB=-0.0443565;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416719;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:41:19:0:0:41:19:0:0 chr15 69697756 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.15;QD=59.8389;RBI=0.0179429;REFB=0;REVB=0.0109413;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59536e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr15 69728530 . A C 297.73 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0017068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.968;QD=15.8788;RBI=0.0103893;REFB=-0.0173646;REVB=-0.0102481;RO=42;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284877;STB=0.660616;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0222027;OID=.;OPOS=69728530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:11:22:16:26:11:22:16:26 chr15 69728949 . A G 1664.37 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123628;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.83;QD=59.4419;RBI=0.0152819;REFB=-0.0689557;REVB=-0.0089831;RO=1;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870981;STB=0.504504;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=3.84652e-05;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:109:111:0.991071:54:55:0:1:55:56:0:1 chr15 69732736 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.134;QD=60.2305;RBI=0.0193909;REFB=0;REVB=0.00753755;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93377e-05;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr15 69740350 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0523;QD=60.9781;RBI=0.0885225;REFB=0;REVB=0.0479595;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169699;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr15 69750313 . G C 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0223601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2342;QD=24.3872;RBI=0.0276137;REFB=-0.0185655;REVB=-0.0162032;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531482;STB=0.529576;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0133444;OID=.;OPOS=69750313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:4:10:13:7:4:10 chr15 70345626 . C T 648.15 PASS AF=0.567568;AO=63;DP=111;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0280101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.663;QD=23.3566;RBI=0.0287078;REFB=-0.0221696;REVB=-0.00629048;RO=48;SAF=20;SAR=43;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139013;STB=0.576167;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0140787;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:48:63:63:0.567568:43:20:23:25:43:20:23:25 chr15 70346923 . C T 146.57 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00841464;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8157;QD=24.4279;RBI=0.0372712;REFB=-0.072257;REVB=0.0363089;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468954;STB=0.526281;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0502197;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:9:9:15:15:0.625:9:6:3:6:9:6:3:6 chr15 70347362 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.363;QD=37.4885;RBI=0.110955;REFB=0;REVB=0.108662;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365954;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr15 70347816 . A AG 239.15 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000467494;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.238;QD=50.3477;RBI=0.00583792;REFB=0;REVB=0.00581917;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.38086e-05;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:19:19:0:9:10:0:0:4:1:9:10:1:0 chr15 70347920 . T C 797.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.154;QD=63.7883;RBI=0.0592479;REFB=0;REVB=-0.0589284;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97354e-05;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr15 70351788 . T C 192.49 PASS AF=0.320513;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00179975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.918;QD=9.87144;RBI=0.00336055;REFB=-0.00773019;REVB=0.00283799;RO=52;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163291;STB=0.59992;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0151377;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:24:25:0.320513:10:14:23:29:10:15:24:29 chr15 70368432 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0167671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.528;QD=19.5232;RBI=0.0772472;REFB=0.0133655;REVB=-0.0754055;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191435;STB=0.609591;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00810505;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:4:10:6:6:4:10:6:6 chr15 70960068 . G A 278.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489461;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.323;QD=53.0552;RBI=0.0502865;REFB=0;REVB=0.0115333;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180935;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr15 70991925 . G C 1651.16 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00882968;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.677;QD=58.9698;RBI=0.00992114;REFB=-0.125612;REVB=0.00452392;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.504347;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000378919;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:112:0:1:110:111:0.991071:54:56:0:0:54:57:1:0 chr15 71125093 . G A 92.22 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0249443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6093;QD=9.96965;RBI=0.113452;REFB=-0.00379989;REVB=0.110676;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195101;STB=0.618835;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0179334;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:37:25:25:12:12:0.324324:3:9:15:10:3:9:15:10 chr15 71125204 . A G 121.12 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.049081;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.2602;QD=9.14109;RBI=0.0494564;REFB=0.00359048;REVB=0.0060822;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171785;STB=0.627626;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0149403;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:33:37:16:16:0.301887:11:5:15:18:11:5:18:19 chr15 71184278 . G T 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0404661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8962;QD=10.7136;RBI=0.045191;REFB=-0.00306378;REVB=0.0201179;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137203;STB=0.508185;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00941023;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:10:4:8:21:10:4:8:21 chr15 71184495 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0129879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.851;QD=17.1666;RBI=0.0236162;REFB=-0.0340552;REVB=-0.0197241;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241037;STB=0.520142;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0285832;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:32:29:29:0.47541:20:9:10:20:20:9:11:21 chr15 71276480 . GCAA G 62.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00071238;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.756;QD=19.194;RBI=0.00777835;REFB=0.0156612;REVB=0.00774566;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239249;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=del;VARB=-0.00676171;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:8:13:8:13:5:4:4:3:2:26:3:4:4:3:0 chr15 71403406 . T C 117.21 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0288054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.125;QD=12.021;RBI=0.051686;REFB=-0.0166559;REVB=-0.0429149;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219579;STB=0.627742;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0214501;OID=.;OPOS=71403406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:19:6:6:8:19:6 chr15 72070075 . G A 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0181898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7591;QD=15.3762;RBI=0.01941;REFB=-0.0272075;REVB=0.00677357;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529032;STB=0.803112;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0127502;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:12:2:9:3:12:2 chr15 72104364 . A G 303.7 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00707856;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.306;QD=16.641;RBI=0.00848293;REFB=-0.0237679;REVB=0.00467483;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062575;STB=0.549266;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0261093;OID=.;OPOS=72104364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:40:32:33:0.452055:16:16:22:17:17:16:23:17 chr15 72104433 . T C 176.21 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.105489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3723;QD=20.731;RBI=0.107882;REFB=-0.0143342;REVB=-0.0225982;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806589;STB=0.511099;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.011004;OID=.;OPOS=72104433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:16:17:18:0.529412:11:6:4:11:12:6:5:11 chr15 72105928 . AC A 735.94 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486883;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.2773;QD=44.6023;RBI=0.0669661;REFB=0;REVB=-0.0459772;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00156856;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:67:66:66:0:23:43:0:0:14:0:22:43:0:0 chr15 72172883 . G C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0068295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.574;QD=15.7382;RBI=0.00688026;REFB=-0.0125691;REVB=-0.00083428;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152792;STB=0.586003;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0166364;OID=.;OPOS=72172883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:23:13:15:14:23:13 chr15 72191266 . C T 456.11 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0418252;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3589;QD=23.694;RBI=0.0423453;REFB=-0.025809;REVB=0.00661681;RO=33;SAF=25;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419056;STB=0.536017;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0263428;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:19:25:17:16:19:25:16:17 chr15 72432583 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.389;QD=56.7035;RBI=0.073801;REFB=0;REVB=0.00611963;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699231;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr15 72433182 . C T 786.74 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.202;QD=64.2239;RBI=0.038745;REFB=0;REVB=0.0164877;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104086;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr15 72637795 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.239;QD=60.9746;RBI=0.00670493;REFB=0;REVB=-0.00182666;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20686e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr15 72638892 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.782;QD=57.5452;RBI=0.025113;REFB=0;REVB=0.018342;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42006e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr15 72879653 . A ATTG 330.85 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=32;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00689325;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=301.684;QD=44.1138;RBI=0.0205684;REFB=0.0409227;REVB=-0.019379;RO=5;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495048;STB=0.538432;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=-0.00192357;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:25:32:26:30:4:12:14:3:1:20:5:11:14:3:2 chr15 72987588 . G T 714.19 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.143893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2137;QD=57.1351;RBI=0.147445;REFB=0.056602;REVB=-0.032172;RO=3;SAF=18;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335097;STB=0.51785;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0261946;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:29:18:2:1:29:18:2:1 chr15 73002035 . G A 674.71 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163532;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.175;QD=62.7639;RBI=0.0463754;REFB=0;REVB=0.0433965;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750296;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr15 73023937 . T C 1339.51 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7038;QD=62.3028;RBI=0.0515315;REFB=0;REVB=0.0371303;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447912;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr15 73027478 . T C 249.61 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00502452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1444;QD=18.4898;RBI=0.0242728;REFB=0.0174263;REVB=0.0237471;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197839;STB=0.610276;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0142014;OID=.;OPOS=73027478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:19:8:14:13:19:8 chr15 73044575 . G A 266.64 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.000665227;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.792;QD=20.1239;RBI=0.013637;REFB=-0.00612492;REVB=-0.0136208;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847192;STB=0.547136;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00515717;OID=.;OPOS=73044575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:15:10:14:14:15:10 chr15 73067234 . T C 469.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558287;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.305;QD=58.6417;RBI=0.0756398;REFB=0;REVB=0.0754335;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016104;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr15 73541513 . A G 168.43 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00579077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4096;QD=10.365;RBI=0.0106351;REFB=0.0134131;REVB=0.00892036;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115924;STB=0.583374;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0122857;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:43:22:22:0.338462:9:13:20:21:9:13:20:23 chr15 73545732 . T C 71.55 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00337162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.528;QD=19.0794;RBI=0.00600061;REFB=0.00879456;REVB=0.00496381;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0051152;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:3:3:4:5:3:3 chr15 73564881 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0205075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.086;QD=16.8248;RBI=0.0209773;REFB=-0.00993138;REVB=0.00441485;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275185;STB=0.657383;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0116662;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:17:11:14:7:17:11 chr15 73614114 . T C 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0159175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9642;QD=23.4303;RBI=0.0167326;REFB=-0.0259879;REVB=0.00515882;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131879;STB=0.5733;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.038826;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:6:14:13:11:6:14 chr15 74032783 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4418;QD=49.5991;RBI=0.10454;REFB=0;REVB=0.0855793;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471107;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr15 74244278 . C G 657.45 PASS AF=1;AO=35;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237248;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.543;QD=62.6142;RBI=0.0611083;REFB=0;REVB=0.0563148;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279014;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:35:42:1:20:15:0:0:26:16:0:0 chr15 74244344 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0144061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.889;QD=17.8271;RBI=0.033238;REFB=-0.00340288;REVB=0.0299538;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198673;STB=0.615179;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00563342;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:6:5:3:9:6:5 chr15 74275676 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0295221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.744;QD=12.7388;RBI=0.031998;REFB=-0.0186431;REVB=-0.0123415;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0253945;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:3:7:5:3:3:7 chr15 74277795 . T C 959.87 PASS AF=0.560976;AO=91;DP=164;FAO=92;FDP=164;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0201577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.845;QD=23.4114;RBI=0.023251;REFB=-0.00522635;REVB=-0.0115878;RO=71;SAF=32;SAR=59;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130975;STB=0.570454;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00390609;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:71:72:91:92:0.560976:59:32:36:35:60:32:36:36 chr15 74328116 . A G 41.77 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0715768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4364;QD=4.07535;RBI=0.108866;REFB=0.00400743;REVB=-0.0820274;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434659;STB=0.811757;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.041891;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:30:34:7:7:0.170732:2:5:10:20:2:5:10:24 chr15 74328141 . G T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0144158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1162;QD=7.67876;RBI=0.0177554;REFB=0.010865;REVB=0.0103654;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585234;STB=0.85656;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0280533;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:2:9:9:22:2:9:9:22 chr15 74368293 . A G 185.47 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00123188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.312;QD=8.43022;RBI=0.0619313;REFB=0.00621716;REVB=-0.0619191;RO=63;SAF=3;SAR=22;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514961;STB=0.814523;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0289116;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:63:25:25:0.284091:22:3:30:33:22:3:30:33 chr15 74368297 . C G 204.57 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00594845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.318;QD=8.61362;RBI=0.0211858;REFB=0.00433069;REVB=-0.0203335;RO=67;SAF=4;SAR=23;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42188;STB=0.76196;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0206356;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:68:27:27:0.284211:23:4:29:38:23:4:30:38 chr15 74467856 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0237316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.421;QD=10.1732;RBI=0.0237367;REFB=-0.00698698;REVB=0.00049126;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0135092;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:5:4:2:4:5:4 chr15 74500080 . G C 432.82 PASS AF=0.5375;AO=39;DP=77;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.019311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.814;QD=21.6409;RBI=0.0198375;REFB=-0.0442111;REVB=-0.00454027;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119958;STB=0.553242;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0404708;OID=.;OPOS=74500080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:37:37:39:43:0.5375:20:19:13:24:23:20:13:24 chr15 74565181 . G A 232.02 PASS AF=0.353659;AO=28;DP=81;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00197663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2811;QD=11.3181;RBI=0.0119668;REFB=-0.0124065;REVB=0.0118024;RO=53;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087452;STB=0.563288;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0284318;OID=.;OPOS=74565181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:53:53:28:29:0.353659:17:11:17:36:17:12:17:36 chr15 74622678 . G A 312.05 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022856;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.553;QD=54.2695;RBI=0.0256455;REFB=0;REVB=0.0116316;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344504;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr15 74709975 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0289142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.137;QD=21.5452;RBI=0.036321;REFB=0.00178385;REVB=0.0219814;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.583217;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00160153;OID=.;OPOS=74709975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:3:7:7:7:3:7 chr15 74710593 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0214696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.83;QD=17.8276;RBI=0.0220077;REFB=-0.021134;REVB=-0.00483688;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253906;STB=0.645157;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0192459;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:3:8:5:7:3:8 chr15 74749015 . A G 225.39 PASS AF=0.4;AO=17;DP=52;FAO=20;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0666305;FXX=0.0384541;HRUN=7;LEN=1;MLLD=95.9989;QD=18.0309;RBI=0.0686608;REFB=-0.00697544;REVB=-0.0165737;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.535945;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00669134;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:13:21:17:20:0.4:8:9:9:4:9:11:13:8 chr15 74783370 . C T 189.84 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00341895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4231;QD=21.6962;RBI=0.00965084;REFB=-0.024074;REVB=-0.00902494;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304947;STB=0.67155;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0190694;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:5:11:6:13:5:11 chr15 74889163 . C T 222.63 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0789711;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6377;QD=14.3634;RBI=0.0804371;REFB=-0.0116723;REVB=0.0152869;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110524;STB=0.550618;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0473313;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:26:27:0.435484:12:14:15:20:13:14:15:20 chr15 75012985 . T C 329.52 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00268585;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.084;QD=21.968;RBI=0.0217475;REFB=-0.0142555;REVB=-0.0215811;RO=26;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100592;STB=0.555523;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0147157;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:26:34:34:0.566667:14:20:12:14:14:20:12:14 chr15 75091247 . C T 424.01 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0189261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.178;QD=34.6129;RBI=0.0211501;REFB=-0.0210184;REVB=0.00944095;RO=15;SAF=20;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143796;STB=0.578267;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0143836;OID=.;OPOS=75091247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:14:20:5:10:14:20:5:10 chr15 75091664 . G A 367.49 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.011922;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.927;QD=18.3743;RBI=0.0470061;REFB=-0.0303984;REVB=0.0454691;RO=42;SAF=26;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139495;STB=0.57815;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0306379;OID=.;OPOS=75091664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:42:38:38:0.475:12:26:23:19:12:26:23:19 chr15 75131661 . A G 172.17 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0102588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.012;QD=26.4873;RBI=0.0159957;REFB=-0.0287336;REVB=-0.0122727;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208503;STB=0.511614;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0194405;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:4:5:10:7:4:5 chr15 75305040 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.254;QD=60.9769;RBI=0.0255718;REFB=0;REVB=0.0143994;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77157e-05;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr15 75311568 . T G 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0461605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7072;QD=1.96303;RBI=0.0534112;REFB=0.00529492;REVB=0.0268693;RO=71;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096774;STB=0.563244;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0314472;OID=.;OPOS=75311568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:71:72:9:9:0.111111:5:4:26:45:5:4:27:45 chr15 75312715 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.185;QD=46.848;RBI=0.0455045;REFB=0;REVB=-0.0453277;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051478;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr15 75336729 . A G 1251.61 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100206;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.809;QD=61.8079;RBI=0.0114873;REFB=0;REVB=0.00561669;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101161;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:33:46:0:0:35:46:0:0 chr15 75498548 . A G 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.204;QD=58.2342;RBI=0.0325592;REFB=0;REVB=0.0221878;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60596e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr15 75499602 . C A 554.76 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9791;QD=58.3952;RBI=0.0780839;REFB=0;REVB=0.0434867;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164853;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:22:13:0:0:23:15:0:0 chr15 75499619 . T C 499.36 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.366;QD=58.7486;RBI=0.0102262;REFB=0;REVB=-0.00906361;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68424e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr15 75499861 . G A 504.36 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269611;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6953;QD=59.3364;RBI=0.0309782;REFB=0;REVB=0.0152561;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148948;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr15 75499995 . T G 663.32 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0179336;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.496;QD=23.6899;RBI=0.0213292;REFB=-0.0262093;REVB=0.0115464;RO=46;SAF=36;SAR=28;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361783;STB=0.509088;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0154273;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:46:48:64:64:0.571429:28:36:28:18:28:36:28:20 chr15 75503147 . G A 1036.08 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0216958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.066;QD=56.7716;RBI=0.0237161;REFB=-0.00081285;REVB=0.00957832;RO=2;SAF=30;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304803;STB=0.516124;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=9.4334e-05;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:41:30:2:0:41:30:2:0 chr15 75562413 . A T 34.91 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00691867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.758;QD=4.50489;RBI=0.0165697;REFB=0.0048165;REVB=0.0150561;RO=24;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164482;STB=0.516075;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.012559;OID=.;OPOS=75562413;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:5:6:0.193548:2:3:11:13:3:3:12:13 chr15 75650836 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.026207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.681;QD=17.0333;RBI=0.0264427;REFB=-0.0159879;REVB=-0.00352251;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019438;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:11:11:9:9:11:11 chr15 75890811 . A T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0271591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.503;QD=16.4436;RBI=0.0359685;REFB=-0.016675;REVB=-0.0235822;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201065;STB=0.584539;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0358402;OID=.;OPOS=75890811;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:15:5:3:23:15:5:4:23 chr15 75932129 . G T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0735152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.512;QD=18.0504;RBI=0.0750005;REFB=-0.00601303;REVB=0.0148524;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.538383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00450788;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:3:5:7:3:3:5 chr15 75950602 . T C 240.97 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0189442;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.879;QD=20.9541;RBI=0.0190735;REFB=-0.0255178;REVB=-0.00221668;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429447;STB=0.522574;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0285244;OID=.;OPOS=75950602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:22:23:0.5:14:8:9:13:14:9:10:13 chr15 75972907 . GC G 38.79 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.157459;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7634;QD=4.08326;RBI=0.215399;REFB=-0.0486765;REVB=-0.146981;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=20;SRR=3;SSEN=0.386364;SSEP=0;SSSB=-0.572353;STB=0.834358;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.0914552;OID=.;OPOS=75972908;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:9:38:10:38:28:3:7:23:5:38:23:3:6:20:3 chr15 75981355 . G A 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0174534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8305;QD=3.24567;RBI=0.0183924;REFB=0.0109061;REVB=0.00580154;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246643;STB=0.676834;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.039982;OID=.;OPOS=75981355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:16:19:2:4:16:19 chr15 76078918 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0205698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8031;QD=17.3768;RBI=0.0685758;REFB=-0.0146994;REVB=-0.065418;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15431;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0178568;OID=.;OPOS=76078918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:3:8:5:4:3:8:5:5 chr15 76136768 . C T 1696.17 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=123;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=83;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0419951;FXX=0.00812942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.893;QD=55.6121;RBI=0.0425538;REFB=-0.0135029;REVB=0.00687249;RO=4;SAF=33;SAR=83;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541524;STB=0.52263;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=4.95294e-05;OID=.;OPOS=76136768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:123:122:4:6:116:116:0.95082:83:33:4:0:83:33:4:2 chr15 76191802 . G A 862.98 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344943;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.478;QD=57.5322;RBI=0.0368998;REFB=0;REVB=-0.013105;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165135;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr15 76298132 . A G 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8169;QD=37.4797;RBI=0.0324965;REFB=0;REVB=-0.0258671;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126918;OID=.;OPOS=76298132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr15 76496232 . G A 115.35 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00260721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6853;QD=19.2247;RBI=0.00312034;REFB=-0.0165943;REVB=-0.00171435;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271432;STB=0.655383;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0114633;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:4:7:4:9:4:7 chr15 76496977 . G C 1556.97 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.193;QD=58.7535;RBI=0.0178249;REFB=0.0279298;REVB=-0.0100931;RO=1;SAF=49;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958663;STB=0.50505;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-2.1094e-05;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:56:49:1:0:56:49:1:0 chr15 76578762 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00249113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.857;QD=18.4437;RBI=0.00587577;REFB=-0.00881482;REVB=0.00532155;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00420026;OID=.;OPOS=76578762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:5:4:4:7:5:4 chr15 76603679 . G C 64.02 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00208137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4009;QD=9.48459;RBI=0.0301145;REFB=0.000399352;REVB=-0.0300425;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120817;STB=0.573607;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00366283;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:10:8:5:4:10:8 chr15 76630303 . T C 811.97 PASS AF=0.52027;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.0362742;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.082;QD=21.945;RBI=0.036924;REFB=-0.0109577;REVB=0.0068966;RO=70;SAF=20;SAR=57;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131628;STB=0.570102;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00778405;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:70:71:77:77:0.52027:57:20:27:43:57:20:27:44 chr15 76634680 . T C 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00287334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.545;QD=28.048;RBI=0.0249245;REFB=0.00686322;REVB=0.0247583;RO=16;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538528;STB=0.529717;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00477945;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:11:15:8:8:11:15:8:8 chr15 76673716 . T C 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00366565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.282;QD=13.9172;RBI=0.00708792;REFB=-0.00350589;REVB=-0.00606643;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241718;STB=0.637577;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00378713;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:10:16:14:23:10:16:14:23 chr15 76726465 . G T 379.55 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00729359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.113;QD=16.6834;RBI=0.0358599;REFB=-0.0119004;REVB=-0.0351103;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177462;STB=0.52456;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00690705;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:51:40:40:0.43956:21:19:21:25:21:19:22:29 chr15 77176158 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00911652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.726;QD=17.6438;RBI=0.0388562;REFB=-0.0241447;REVB=0.0377716;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156783;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr15 77176200 . A T 52.97 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0022081;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.945;QD=17.6573;RBI=0.0228446;REFB=-0.0122807;REVB=0.0227377;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00943921;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr15 77324880 . A G 736.47 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.853;QD=56.6515;RBI=0.0252743;REFB=0;REVB=0.0251295;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41573e-05;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:18:28:0:0:24:28:0:0 chr15 77325279 . C T 725.5 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00663047;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.342;QD=20.4365;RBI=0.0173243;REFB=-0.0115832;REVB=0.0160052;RO=70;SAF=26;SAR=45;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727143;STB=0.537162;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0155155;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:71:71:71:0.5:45:26:31:39:45:26:31:40 chr15 77344793 . T A 411.85 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0163646;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.719;QD=26.5707;RBI=0.0168274;REFB=-0.0246034;REVB=-0.00391916;RO=23;SAF=25;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549037;STB=0.53002;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0126721;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:23:23:39:39:0.629032:14:25:13:10:14:25:13:10 chr15 77450964 . C T 762.14 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0153662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0918;QD=20.5983;RBI=0.0192829;REFB=0.00682419;REVB=0.0116495;RO=71;SAF=44;SAR=30;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919627;STB=0.541376;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00561291;OID=.;OPOS=77450964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:71:74:74:74:0.5:30:44:35:36:30:44:38:36 chr15 77764104 . C T 148.05 PASS AF=0.25;AO=21;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0108385;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.04;QD=6.72943;RBI=0.0257287;REFB=-0.00371094;REVB=-0.0233343;RO=66;SAF=10;SAR=11;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457801;STB=0.545414;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0110598;OID=.;OPOS=77764104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:66:66:21:22:0.25:11:10:29:37:11:11:29:37 chr15 77907145 . G A 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00319623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.982;QD=15.2292;RBI=0.0206651;REFB=-0.00222986;REVB=-0.0204164;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108024;STB=0.561998;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00214799;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:9:19:11:8:9:19 chr15 77907535 . C G 381.92 PASS AF=0.506494;AO=37;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=34;FWDB=-0.0223448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.152;QD=19.84;RBI=0.0430622;REFB=-0.00177648;REVB=-0.0368111;RO=37;SAF=9;SAR=28;SRF=3;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227027;STB=0.618823;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00141008;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:37:39:0.506494:28:9:3:34:28:11:4:34 chr15 77907775 . T C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000809654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.453;QD=16.9793;RBI=0.0304362;REFB=0.00617936;REVB=0.0304254;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944744;STB=0.553272;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00603949;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:10:16:15:14:10:16:15:14 chr15 77907784 . G A 281.19 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00866922;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.213;QD=19.0639;RBI=0.0253558;REFB=-0.0133797;REVB=0.0238277;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969617;STB=0.541639;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0143658;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:29:28:30:0.508475:12:16:14:16:12:18:15:14 chr15 78207625 . A G 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160749;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.027;QD=43.7063;RBI=0.0343531;REFB=0;REVB=-0.03036;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000813932;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 78208880 . G A 771.78 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100179;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.469;QD=57.1685;RBI=0.0209195;REFB=0;REVB=0.0183648;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262716;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr15 78209131 . T C 101.74 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3287;QD=40.6969;RBI=0.0260555;REFB=0;REVB=-0.0256156;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018022;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr15 78209436 . C T 517.67 PASS AF=0.880952;AO=36;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0166675;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.162;QD=49.3014;RBI=0.0356338;REFB=-0.126164;REVB=-0.0314954;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425118;STB=0.500667;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00208096;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:2:5:36:37:0.880952:21:15:0:2:22:15:2:3 chr15 78211345 . A G 311.16 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829594;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6623;QD=54.1146;RBI=0.0364057;REFB=0;REVB=0.0354479;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995423;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 78276594 . AC CA 165.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00833615;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=2;MLLD=155.381;QD=20.7049;RBI=0.0103537;REFB=0.00231098;REVB=-0.00614071;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347157;STB=0.741152;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=-0.00324906;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:15:17:17:0.53125:4:13:4:8:4:13:4:11 chr15 78276660 . A G 501.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2627;QD=58.967;RBI=0.0303748;REFB=0;REVB=-0.0194539;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347131;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr15 78317837 . C G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00022766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6014;QD=15.6246;RBI=0.0228116;REFB=-0.0114112;REVB=-0.0228105;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294677;STB=0.669369;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0161445;OID=.;OPOS=78317837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:15:8:11:6:15:8 chr15 78337293 . TGC CTG,TGG 98.37 PASS AF=0,0.35;AO=2,8;DP=40;FAO=0,14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00457899,-0.0256523;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=137.106,35.8359;QD=9.83729;RBI=0.0179376,0.215939;REFB=0.000383294,-0.0698979;REVB=-0.0173433,0.21441;RO=26;SAF=0,0;SAR=2,8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.602933,-0.795554;STB=0.5,0.927959;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.142704;OID=.,.;OPOS=78337293,78337295;OREF=TGC,C;OALT=CTG,G;OMAPALT=CTG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:40:40:26:26:2,8:0,14:0,0.35:2,8:0,0:19:7:0,13:0,1:19:7 chr15 78369815 . G A 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0398607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.761;QD=19.6996;RBI=0.0414895;REFB=-0.0180447;REVB=0.011511;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193005;STB=0.608575;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0165708;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:4:12:9:8:4:12 chr15 78403004 . A G 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0434471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.938;QD=59.7969;RBI=0.0464646;REFB=-0.035354;REVB=0.0164716;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.521729;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000409781;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:11:32:0:0:11:32:0:1 chr15 78466127 . T C 289.13 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00807621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.12;QD=32.1253;RBI=0.00808808;REFB=-0.00202667;REVB=-0.00043794;RO=11;SAF=1;SAR=24;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619629;STB=0.852387;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00248215;OID=.;OPOS=78466127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:24:1:6:5:24:1:6:5 chr15 78474476 . C T 318.52 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0233316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.012;QD=20.8864;RBI=0.0607322;REFB=-0.0372649;REVB=-0.0560717;RO=21;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255089;STB=0.535354;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0269048;OID=.;OPOS=78474476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:28:33:33:0.540984:20:13:9:12:20:13:9:19 chr15 78565478 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00622362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.383;QD=23.433;RBI=0.0168594;REFB=-0.0368656;REVB=-0.0156686;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277624;STB=0.515491;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0266132;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:9:11:14:10:9:11 chr15 78587910 . A G 1208.58 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.583;QD=61.1939;RBI=0.0260964;REFB=0;REVB=0.018288;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6806e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:48:31:0:0 chr15 78632830 . C G 772.23 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00285726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3559;QD=55.159;RBI=0.0415526;REFB=-0.138995;REVB=0.0414543;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00313329;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:0:1:55:55:0.982143:29:26:0:0:29:26:1:0 chr15 78633595 . T G 771.41 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.746;QD=57.1413;RBI=0.0597585;REFB=0;REVB=0.0534768;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52102e-05;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:49:54:1:22:27:0:0:27:27:0:0 chr15 78758677 . G C 843.2 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.301;QD=57.1658;RBI=0.0272992;REFB=0;REVB=0.00859036;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032718;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:30:27:0:0:30:29:0:0 chr15 78780104 . T C 738.91 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230768;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.61;QD=54.7341;RBI=0.0238255;REFB=-0.106536;REVB=0.00592583;RO=1;SAF=16;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285316;STB=0.515146;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000445452;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:37:16:1:0:37:16:1:0 chr15 78782811 . GT G,TG 48.0 PASS AF=0.2,0;AO=15,3;DP=76;FAO=15,0;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=2,0;FSAR=13,0;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.047385,-0.0342877;FXX=0.0131562;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=19.1017,33.8413;QD=2.55977;RBI=0.135313,0.0510419;REFB=-0.0432062,-0.027533;REVB=-0.126745,-0.0378104;RO=56;SAF=2,0;SAR=13,3;SRF=40;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.657349,-0.572118;STB=0.896803,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0709429,0;OID=.,.;OPOS=78782812,78782811;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:75:56:60:15,3:15,0:0.2,0:13,3:2,0:40:16:13,0:2,0:41:19 chr15 78789488 . C T 171.09 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0137865;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.86;QD=16.6917;RBI=0.0246479;REFB=-0.00609137;REVB=-0.0204317;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137255;STB=0.578089;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00879114;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:7:11:17:6:7:11:17:6 chr15 78789676 . T C 135.99 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00869925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.783;QD=17.5474;RBI=0.00987544;REFB=-0.00604425;REVB=0.00467412;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265245;STB=0.651969;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00414683;OID=.;OPOS=78789676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:10:6:10:5:10:6 chr15 78841220 . T C 196.55 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0232054;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.472;QD=24.5689;RBI=0.0346622;REFB=-0.00702703;REVB=0.0257484;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984436;STB=0.536386;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00394267;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:19:19:0.59375:10:9:4:8:10:9:5:8 chr15 78873119 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0153672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2962;QD=12.1823;RBI=0.0443497;REFB=-0.00919085;REVB=-0.0416022;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714454;STB=0.54229;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00462938;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:10:5:4:6:10:5 chr15 78885574 . T A 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0122831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.325;QD=20.3055;RBI=0.0168715;REFB=-0.0122705;REVB=0.0115661;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219951;STB=0.512189;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0105187;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:19:21:19:19:19:21:19:19 chr15 78887709 . G C,GTCTC 858.06 PASS AF=0.0606061,0.893939;AO=4,55;DP=67;FAO=4,59;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=3,25;FSAR=1,34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0123149,0.0351626;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=58.3497,246.962;QD=52.0038;RBI=0.0408823,0.0417548;REFB=0.0609189,0.00373984;REVB=0.0389834,0.0225179;RO=5;SAF=3,23;SAR=1,32;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609289,-0.06077;STB=0.545217,0.511987;STBP=0.984,0.501;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00896034,0.00425687;OID=.,.;OPOS=78887709,78887710;OREF=G,-;OALT=C,TCTC;OMAPALT=C,GTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:67:66:5:3:4,55:4,59:0.0606061,0.893939:1,32:3,23:4:1:1,34:3,25:2:1 chr15 78911181 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0186318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.195;QD=12.9746;RBI=0.0314677;REFB=-0.0248673;REVB=0.0253589;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167999;STB=0.599822;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0179341;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:11:7:3:9:11:7 chr15 78917399 . A G 240.91 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.000387541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.458;QD=13.2004;RBI=0.000784668;REFB=-0.0129656;REVB=-0.000682287;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213;STB=0.523976;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0125259;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:44:28:29:0.39726:16:12:18:26:16:13:18:26 chr15 79054900 . C G 127.22 PASS AF=0.583333;AO=11;DP=22;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0235877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2705;QD=21.2036;RBI=0.0262571;REFB=-0.0512477;REVB=-0.0115351;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512178;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0380902;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:24:11:10:11:14:0.583333:7:4:4:7:8:6:4:6 chr15 79058013 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.028969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.407;QD=9.09998;RBI=0.0310667;REFB=0.00249954;REVB=0.0112223;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166732;STB=0.510182;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00805204;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:8:1:2:17:8:1:2:17 chr15 79058572 . T G 115.92 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.667;QD=42.1533;RBI=0.100428;REFB=0;REVB=0.0990196;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167411;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr15 79058923 . G A 123.98 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0103153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.0742;QD=27.5513;RBI=0.0272536;REFB=-0.0880996;REVB=-0.025226;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343197;STB=0.692011;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0118462;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:4:9:0:5:4:9:0:5 chr15 79058968 . T C 344.93 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111928;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8966;QD=55.1881;RBI=0.0372963;REFB=0;REVB=0.0355772;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31299e-05;OID=.;OPOS=79058968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr15 79066581 . G A 265.21 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0309277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.793;QD=20.8005;RBI=0.0317338;REFB=-0.0258648;REVB=0.00710708;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387046;STB=0.53059;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0190922;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:14:13:10:13:14:13:10:14 chr15 79082108 . C T 81.72 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0134479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.307;QD=9.33974;RBI=0.0209468;REFB=-0.0142214;REVB=-0.0160599;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181957;STB=0.61155;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0387986;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:35:35:24:24:11:11:0.314286:3:8:14:10:3:8:14:10 chr15 79083120 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0275825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4544;QD=16.3856;RBI=0.0545562;REFB=-0.00677919;REVB=0.04707;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.583142;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00755282;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:4:4:6:3:4:4 chr15 79089007 . T C 1003.93 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1554;QD=57.3677;RBI=0.0434395;REFB=0.0690449;REVB=0.0413848;RO=0;SAF=56;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55885e-08;STB=0.519994;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00205057;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:13:56:0:0:12:57:0:1 chr15 79191209 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.625;QD=60.6102;RBI=0.0499275;REFB=0;REVB=0.00285289;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109092;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr15 79217690 . G C 482.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5842;QD=58.4614;RBI=0.0929452;REFB=0;REVB=0.00931072;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203054;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr15 79231518 . A G 623.91 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0180644;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.647;QD=47.9934;RBI=0.0201963;REFB=-0.215276;REVB=0.00903145;RO=4;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331893;STB=0.517678;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000945692;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:4:4:48:48:0.923077:25:23:1:3:25:23:1:3 chr15 79231526 . A AG 378.49 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=42;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0255953;FXX=0.0270197;HRUN=0;LEN=1;MLLD=230.038;QD=42.0548;RBI=0.0291518;REFB=-0.0126682;REVB=0.0139538;RO=12;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158211;STB=0.505572;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.00227589;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:25:42:30:36:6:14:16:3:3:30:12:10:15:8:4 chr15 79271213 . G A 260.56 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00616544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4899;QD=24.8155;RBI=0.0262601;REFB=-0.0340716;REVB=0.0255261;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179248;STB=0.599914;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0360352;OID=.;OPOS=79271213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:10:8:16:8:10:8 chr15 79277247 . A C 1496.63 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.191;QD=63.0158;RBI=0.0188231;REFB=0;REVB=0.0015984;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05076e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:46:46:0:0:46:49:0:0 chr15 79586361 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.481;QD=45.8068;RBI=0.0393752;REFB=0;REVB=0.038202;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62864e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr15 79587964 . C A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0250093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.645;QD=14.6983;RBI=0.025095;REFB=-0.00264099;REVB=-0.0020727;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512805;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00321567;OID=.;OPOS=79587964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:8:8:11:11:8:8:12:11 chr15 79588710 . C T 180.14 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0102975;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.541;QD=21.8347;RBI=0.0697204;REFB=-0.0323973;REVB=-0.0689557;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217526;STB=0.575675;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0329758;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:11:15:18:18:0.545455:9:9:9:2:9:9:10:5 chr15 79589174 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.28;QD=48.7373;RBI=0.05209;REFB=0;REVB=0.0452109;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69945e-05;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr15 79590208 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.377;QD=49.5992;RBI=0.0478205;REFB=0;REVB=-0.0357355;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07379e-05;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr15 79606137 . G A 714.96 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00487452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.802;QD=60.8476;RBI=0.0704395;REFB=-0.0116207;REVB=0.0702706;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000500931;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr15 79614418 . A G 1389.82 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445728;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.676;QD=62.4638;RBI=0.0299344;REFB=0;REVB=-0.0296007;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01148e-06;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:38:50:0:0:38:51:0:0 chr15 79750307 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.884;QD=59.8378;RBI=0.0405563;REFB=0;REVB=0.0404673;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232537;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr15 80215300 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.43;QD=58.5875;RBI=0.0318802;REFB=0;REVB=-0.0258284;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0662e-05;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr15 80216325 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.028791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7642;QD=16.0425;RBI=0.0290319;REFB=0.00541576;REVB=0.00373224;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377796;STB=0.713449;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00685097;OID=.;OPOS=80216325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:21:5:11:8:21:5 chr15 80216532 . A T 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=53;FWDB=-0.0322553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.563;QD=10.6754;RBI=0.0330667;REFB=-0.0056805;REVB=0.00727991;RO=64;SAF=1;SAR=30;SRF=11;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503133;STB=0.812345;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0164439;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:30:1:11:53:30:1:11:53 chr15 80217100 . A G 978.35 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610418;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2876;QD=59.294;RBI=0.0637499;REFB=0;REVB=0.0183834;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128412;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr15 80259964 . C T 409.79 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00693296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.326;QD=51.2233;RBI=0.0506359;REFB=-0.0263069;REVB=-0.050159;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266361;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0184318;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:1:2:30:30:0.9375:17:13:0:1:17:13:1:1 chr15 80260014 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8551;QD=57.2016;RBI=0.0199958;REFB=0;REVB=0.00108617;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304003;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr15 80263217 . C T 193.36 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0239688;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6787;QD=11.8993;RBI=0.0255589;REFB=-0.0111672;REVB=-0.00887457;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10291;STB=0.559274;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0157546;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:11:13:26:15:11:13:26:15 chr15 80263345 . A C,T 561.45 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=35,3;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389406,-0.0376761;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.093,206.666;QD=59.0998;RBI=0.0439316,0.0412001;REFB=0,0;REVB=-0.0203376,-0.0166722;RO=0;SAF=16,1;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00389723,0.0491164;OID=.,.;OPOS=80263345,80263345;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:38:38:0:0:35,3:35,3:0.921053,0.0789474:19,2:16,1:0:0:19,2:16,1:0:0 chr15 80263406 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1796;QD=55.6531;RBI=0.010663;REFB=0;REVB=-0.00134556;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162448;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr15 80454707 . G A 222.68 PASS AF=0.36;AO=26;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0481555;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1599;QD=11.8763;RBI=0.0517003;REFB=-0.00267916;REVB=-0.0188139;RO=48;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220997;STB=0.635727;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00444021;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:48:26:27:0.36:10:16:20:28:10:17:20:28 chr15 80890101 . T C 409.17 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00651223;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9672;QD=20.4586;RBI=0.0739852;REFB=-0.0121357;REVB=0.0736981;RO=39;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087716;STB=0.5486;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0142161;OID=.;OPOS=80890101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:39:41:41:0.5125:23:18:21:18:23:18:21:18 chr15 81212521 . T C 395.41 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0726216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.934;QD=17.5735;RBI=0.0738983;REFB=-0.0106046;REVB=-0.0136775;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226079;STB=0.519125;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00896367;OID=.;OPOS=81212521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:49:41:41:0.455556:24:17:21:27:24:17:22:27 chr15 81212608 . G A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.488;QD=59.8295;RBI=0.0162451;REFB=0;REVB=-0.0145757;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.467e-05;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr15 81475223 . C T 183.48 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00209885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.743;QD=17.4738;RBI=0.00731131;REFB=-0.00999174;REVB=-0.00700358;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321382;STB=0.507684;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0146091;OID=.;OPOS=81475223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:8:11:12:10:8:11:13:10 chr15 81578139 . C T 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0108654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.091;QD=19.3191;RBI=0.0148478;REFB=-0.014268;REVB=-0.0101192;RO=44;SAF=16;SAR=26;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489107;STB=0.527218;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0146195;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:26:16:19:25:26:16:19:25 chr15 81582868 . G A 579.97 PASS AF=0.595506;AO=52;DP=88;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.020085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.465;QD=26.0661;RBI=0.020102;REFB=-0.0297594;REVB=-0.000826414;RO=36;SAF=16;SAR=36;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114088;STB=0.555119;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0207758;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:36:36:52:53:0.595506:36:16:16:20:36:17:16:20 chr15 81600995 . A G 746.79 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.158;QD=63.5569;RBI=0.0261492;REFB=0;REVB=-0.00494464;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19672e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr15 81624768 . C T 204.58 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0104259;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.234;QD=20.9825;RBI=0.0353113;REFB=-0.0221483;REVB=0.0337371;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.637149;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0219585;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:20:19:20:20:0.512821:11:9:13:7:11:9:14:5 chr15 81625385 . C T 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00736832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.527;QD=19.056;RBI=0.0442051;REFB=-0.0199911;REVB=-0.0435867;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3223;STB=0.683705;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0211261;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:12:8:14:5:12:8 chr15 81636267 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00468609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.477;QD=17.9561;RBI=0.0173576;REFB=-0.0162196;REVB=0.0167131;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243709;STB=0.638925;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0132693;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:11:6:10:6:11:6 chr15 81637284 . G A 781.66 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=18;FWDB=-0.0191564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.362;QD=21.4154;RBI=0.0255501;REFB=-0.0240166;REVB=0.0169068;RO=70;SAF=45;SAR=30;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13524;STB=0.576451;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0200687;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:71:75:75:0.513699:30:45:52:18:30:45:53:18 chr15 82384085 . G C 194.59 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00623498;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.061;QD=13.8995;RBI=0.0140489;REFB=-0.00391808;REVB=0.0125896;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301204;STB=0.529386;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00539508;OID=.;OPOS=82384085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:33:23:23:0.410714:15:8:12:20:15:8:13:20 chr15 82444437 . A G 711.36 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.726;QD=58.0699;RBI=0.0265173;REFB=0.0105239;REVB=0.00389769;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518874;STB=0.502194;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000536263;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:46:47:0.959184:26:20:1:1:26:21:1:1 chr15 82512429 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.964;QD=63.2865;RBI=0.0566517;REFB=0;REVB=-0.0125232;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264644;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr15 82637060 . C CT 280.52 PASS AF=1;AO=8;DP=34;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878116;FXX=0.382241;HRUN=0;LEN=1;MLLD=122.432;QD=53.4316;RBI=0.170627;REFB=-0.057337;REVB=-0.146296;RO=25;SAF=8;SAR=0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.762564;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00221421;OID=.;OPOS=82637061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:8:34:21:21:0:18:3:0:0:4:25:8:0:10:15 chr15 82637061 . C T 294.79 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0540856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3387;QD=34.6806;RBI=0.057104;REFB=-0.192111;REVB=0.0183197;RO=9;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234305;STB=0.627806;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0234791;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:34:34:9:9:25:25:0.735294:15:10:8:1:15:10:8:1 chr15 82637078 . C CT 317.91 PASS AF=1;AO=5;DP=34;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549666;FXX=0.166611;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.844;QD=50.8648;RBI=0.149201;REFB=0;REVB=-0.138706;RO=29;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00798763;OID=.;OPOS=82637079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:34:25:25:0:14:11:0:0:3:29:5:0:13:16 chr15 82637079 . C T 288.09 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0414676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.246;QD=38.412;RBI=0.0421548;REFB=-0.188285;REVB=0.00758085;RO=5;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199811;STB=0.593142;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00813689;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:30:30:5:6:24:24:0.8:15:9:5:0:15:9:5:1 chr15 82637159 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.478;QD=35.5759;RBI=0.0474909;REFB=0;REVB=0.0474909;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121555;OID=.;OPOS=82637159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr15 83224696 . C T 1496.97 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111948;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.512;QD=59.8789;RBI=0.038063;REFB=0;REVB=0.0363795;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92873e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr15 83395340 . T C 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0145951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8031;QD=9.81951;RBI=0.0266353;REFB=-0.00514171;REVB=0.0222805;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490896;STB=0.791603;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0193226;OID=.;OPOS=83395340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:17:6:8:3:17:6 chr15 83428193 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0096054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.128;QD=7.03216;RBI=0.0284726;REFB=0.0113368;REVB=-0.0268034;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157281;STB=0.599772;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0327204;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:14:12:3:6:14:12 chr15 83502065 . AC CG 87.49 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0170677;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.811;QD=9.72082;RBI=0.0237316;REFB=-0.0234975;REVB=-0.0164888;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197651;STB=0.555464;STBP=0.636;TYPE=mnp;VARB=0.0531587;OID=.;OPOS=83502065;OREF=AC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:34:36:24:24:10:12:0.333333:6:4:10:14:6:6:10:14 chr15 83680287 . A G 572.52 PASS AF=0.415094;AO=65;DP=157;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.00416742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.434;QD=14.4031;RBI=0.0129639;REFB=-0.0233475;REVB=-0.0122758;RO=92;SAF=37;SAR=28;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306075;STB=0.509387;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0341725;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:92:93:65:66:0.415094:28:37:55:37:28:38:55:38 chr15 84488636 . A G 287.39 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00728276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.064;QD=15.9664;RBI=0.00927732;REFB=0.000336655;REVB=-0.00574717;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204429;STB=0.625346;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000502392;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:32:33:0.458333:16:16:11:27:16:17:11:28 chr15 84493651 . T C 296.5 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0217466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1952;QD=13.1779;RBI=0.029217;REFB=0.000166612;REVB=-0.0195121;RO=56;SAF=24;SAR=10;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237978;STB=0.636788;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000293276;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:10:24:28:28:10:24:28:28 chr15 84539619 . C G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.321;QD=56.9993;RBI=0.0200499;REFB=0;REVB=-0.00490824;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32691e-05;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr15 84581889 . G A 330.84 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.021042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.23;QD=25.4491;RBI=0.0460263;REFB=-0.0478859;REVB=0.0409348;RO=20;SAF=24;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480207;STB=0.5263;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0369166;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:8:24:16:4:8:24:16:4 chr15 84581904 . T C 753.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2758;QD=56.8463;RBI=0.150385;REFB=0;REVB=0.14673;RO=0;SAF=43;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116144;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:10:43:0:0:10:43:0:0 chr15 84582124 . G T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.864;QD=58.139;RBI=0.0383294;REFB=0;REVB=0.0283632;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467124;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr15 84639350 . C T 403.26 PASS AF=0.458333;AO=34;DP=77;FAO=33;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0281794;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.607;QD=22.4033;RBI=0.0290506;REFB=-0.0171764;REVB=0.00706089;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173093;STB=0.583893;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0187879;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:72:28:28:34:33:0.458333:20:14:6:22:19:14:7:21 chr15 84651185 . C A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.010468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.378;QD=13.8994;RBI=0.0144843;REFB=0.00349986;REVB=-0.0100108;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00438476;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:17:17:12:12:17:17 chr15 84651290 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.167;QD=53.277;RBI=0.0704532;REFB=0;REVB=0.0190167;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194579;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr15 84911245 . A G 81.98 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0890508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9411;QD=32.794;RBI=0.0913386;REFB=-0.0520627;REVB=0.0203148;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0382803;OID=.;OPOS=84911245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr15 85149771 . G T 753.25 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00851752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6467;QD=61.4894;RBI=0.0364941;REFB=-0.116084;REVB=0.0354862;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00273106;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:0:1 chr15 85163998 . G C 644.66 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.027;QD=58.6058;RBI=0.0553176;REFB=-0.0454237;REVB=0.051751;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100137;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:44:0:0:42:44:1:20:22:0:0:22:22:0:0 chr15 85186876 . ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 204.76 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.013932;FXX=0.0799893;HRUN=1;LEN=18;MLLD=470.735;QD=11.8698;RBI=0.0140425;REFB=-0.0078844;REVB=-0.0017586;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136263;STB=0.578884;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.015987;OID=.;OPOS=85186877;OREF=CTTGGCTCCGTGTTCCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319:25:74:25:69:44:15:10:21:23:99:44:15:10:21:23 chr15 85188994 . T C 392.19 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.131;QD=56.0268;RBI=0.0148548;REFB=0;REVB=0.0137236;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115232;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr15 85198362 . G T 272.54 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.646;QD=51.9118;RBI=0.0236773;REFB=0;REVB=0.0211216;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117418;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:3:17:0:0:4:17:0:0 chr15 85333953 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.616;QD=58.0611;RBI=0.0100551;REFB=0;REVB=0.00999567;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55487e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr15 85341859 . G A 545.53 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.155;QD=58.9762;RBI=0.0785675;REFB=0;REVB=0.0351458;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870523;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr15 85360101 . T C 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.318;QD=60.7478;RBI=0.052841;REFB=-0.0484522;REVB=0.0338135;RO=1;SAF=34;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137286;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000588436;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:51:34:1:0:51:34:1:0 chr15 85383839 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.394;QD=59.1432;RBI=0.0359631;REFB=0;REVB=0.0205032;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59525e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr15 85401259 . C T 1283.12 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535852;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8406;QD=60.3823;RBI=0.0622529;REFB=0;REVB=0.0316867;RO=1;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751054;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:1:0:83:85:1:55:28:0:1:56:29:0:0 chr15 85401419 . T C 830.96 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.667;QD=57.3076;RBI=0.0250312;REFB=0;REVB=0.0250045;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28995e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:28:28:0:0:30:28:0:0 chr15 85411941 . A G 758.13 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0508632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5094;QD=53.2022;RBI=0.0508998;REFB=-0.158708;REVB=0.00193055;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324832;STB=0.517235;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00579597;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:27:28:2:0:27:28:2:0 chr15 85447431 . G A 393.41 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00778269;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.007;QD=22.164;RBI=0.015118;REFB=-0.0281958;REVB=0.0129608;RO=32;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943932;STB=0.552143;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0301969;OID=.;OPOS=85447431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:32:39:39:0.549296:25:14:15:17:25:14:15:17 chr15 85448875 . C A 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00459365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.014;QD=14.8063;RBI=0.00558991;REFB=-0.0157695;REVB=0.0031852;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523569;STB=0.543455;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0219784;OID=.;OPOS=85448875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:52:36:36:0.409091:21:15:18:31:21:15:18:34 chr15 85467275 . C T 334.28 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.019463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9369;QD=19.3786;RBI=0.0201093;REFB=-0.00757227;REVB=0.0050575;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176214;STB=0.598339;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00444138;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:24:11:17:17:24:11:17:17 chr15 85476441 . G A 554.74 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.756;QD=59.9719;RBI=0.0288372;REFB=0;REVB=0.0287543;RO=0;SAF=3;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013228;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:33:3:0:0:34:3:0:0 chr15 85478410 . A G 569.64 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.129;QD=58.4244;RBI=0.0564816;REFB=0;REVB=-0.0399145;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176749;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:13:19:0:0:14:25:0:0 chr15 85478696 . C T 192.82 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.019661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.006;QD=14.8326;RBI=0.0198872;REFB=0.00921507;REVB=0.00299044;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432577;STB=0.744827;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0108123;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:7:23:7:15:7:23 chr15 86087309 . T C 831.88 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.231;QD=57.3708;RBI=0.0284948;REFB=0;REVB=0.0135528;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62791e-05;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:34:24:0:0 chr15 86125304 . C T 309.25 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00111618;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.58;QD=27.4885;RBI=0.00544104;REFB=-0.00554859;REVB=0.00532532;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683779;STB=0.537787;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00320563;OID=.;OPOS=86125304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:18:27:27:0.6:16:11:9:9:16:11:9:9 chr15 86284342 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.868;QD=58.2394;RBI=0.0478314;REFB=0;REVB=0.0467715;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104031;OID=.;OPOS=86284342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr15 86284363 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0103557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.648;QD=18.4131;RBI=0.0250747;REFB=-0.0228735;REVB=0.0228364;RO=34;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21906;STB=0.622747;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0169318;OID=.;OPOS=86284363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:10:23:16:18:10:23:16:18 chr15 86292324 . G C 777.16 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.661;QD=56.5208;RBI=0.0335656;REFB=0;REVB=0.0288001;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6142e-05;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:34:21:0:0 chr15 86313048 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.977;QD=61.6838;RBI=0.0340557;REFB=0;REVB=-0.0137184;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71468e-05;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr15 86697675 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0110181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.028;QD=15.7818;RBI=0.0276915;REFB=-0.00495277;REVB=-0.0254051;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918505;STB=0.55227;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00561797;OID=.;OPOS=86697675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:14:15:14:9:14:15 chr15 86807878 . C T 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0123937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.448;QD=12.7358;RBI=0.0530257;REFB=-0.00122609;REVB=0.051557;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.675253;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00221268;OID=.;OPOS=86807878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:7:3:5:3:7:3 chr15 86838497 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0146676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.197;QD=21.5099;RBI=0.0752558;REFB=-0.00607395;REVB=-0.0738126;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277238;STB=0.656857;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00903714;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:9:6:13:5:9:6 chr15 86940622 . T C 1287.18 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.545;QD=62.0329;RBI=0.0516972;REFB=0;REVB=0.0510034;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77679e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:42:35:0:0:48:35:0:0 chr15 86940673 . C T 401.18 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0352696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4551;QD=16.3748;RBI=0.0422369;REFB=-0.0118857;REVB=-0.0232381;RO=56;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258318;STB=0.514516;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00985349;OID=.;OPOS=86940673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:26:16:20:36:26:16:20:36 chr15 87217613 . A G 670.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.705;QD=62.3355;RBI=0.0321128;REFB=0;REVB=-0.00598775;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152021;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr15 87531281 . A C 1346.55 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=93;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00804062;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7226;QD=59.1888;RBI=0.0532423;REFB=-0.0652386;REVB=0.0526316;RO=3;SAF=52;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048957;STB=0.502176;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00204024;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:91:3:2:88:89:0.978022:36:52:2:1:36:53:1:1 chr15 88576185 . G C 868.18 PASS AF=0.547771;AO=82;DP=153;FAO=86;FDP=157;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0331433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2273;QD=22.1193;RBI=0.0582356;REFB=-0.00487759;REVB=0.0478843;RO=71;SAF=37;SAR=45;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475267;STB=0.529668;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00573205;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:71:71:82:86:0.547771:45:37:36:35:48:38:36:35 chr15 88679785 . G A 758.45 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116869;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.893;QD=57.2414;RBI=0.0338428;REFB=0;REVB=0.0317609;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420601;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr15 88680684 . G A 221.21 PASS AF=0.459016;AO=23;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0380298;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6972;QD=14.5053;RBI=0.0398405;REFB=-0.0455183;REVB=-0.0118743;RO=28;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255913;STB=0.583372;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0698761;OID=.;OPOS=88680684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:33:23:28:0.459016:6:17:14:14:11:17:15:18 chr15 89002870 . C T 228.88 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00779542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.527;QD=16.0615;RBI=0.0594495;REFB=-0.0105749;REVB=-0.0589362;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776654;STB=0.543826;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0120265;OID=.;OPOS=89002870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:18:13:13:13:18:13 chr15 89169858 . A G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.104;QD=52.6097;RBI=0.0165716;REFB=0;REVB=0.00117089;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153152;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr15 89172558 . G C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.559;QD=62.6686;RBI=0.0124835;REFB=0;REVB=0.00742084;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7014e-05;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr15 89173657 . A T 676.04 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000186405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.084;QD=61.4584;RBI=0.0404925;REFB=0;REVB=0.040492;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407023;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:18:24:0:0:20:24:0:0 chr15 89173732 . T C 1163.31 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0253121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1812;QD=58.1657;RBI=0.0281026;REFB=-0.0797199;REVB=-0.0122087;RO=1;SAF=33;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014127;STB=0.501968;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00856274;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:45:33:1:0:45:33:1:1 chr15 89174748 . G C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7799;QD=57.1983;RBI=0.0796166;REFB=0;REVB=0.00667992;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185102;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr15 89193497 . A T 232.16 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0380943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6966;QD=23.8115;RBI=0.042415;REFB=0.0130474;REVB=0.018651;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04913;STB=0.527421;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00697428;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:9:8:9:13:9:8 chr15 89195178 . G C 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.014652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.956;QD=9.93987;RBI=0.0152693;REFB=-0.00614324;REVB=0.00429772;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20487;STB=0.626393;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0112737;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:13:9:26:18:13:9:27:18 chr15 89195245 . C T 230.69 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0229971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1936;QD=17.7451;RBI=0.0490202;REFB=-0.0190217;REVB=0.043291;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140326;STB=0.507902;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0333133;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:8:17:18:9:8:17:18:9 chr15 89195526 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00306334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.34;QD=17.0326;RBI=0.00600261;REFB=-0.0407008;REVB=-0.0051621;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129221;STB=0.586981;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0135315;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:11:7:11:10:11:7:12:10 chr15 89391160 . C A 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0211474;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.929;QD=13.4159;RBI=0.0211956;REFB=-0.00235185;REVB=-0.00142863;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135682;STB=0.577313;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00351665;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:13:24:13:12:13:24 chr15 89392745 . T C 2437.69 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2454;QD=61.3256;RBI=0.00404288;REFB=0;REVB=-0.00198839;RO=0;SAF=76;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75636e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:157:159:1:81:76:0:0:82:77:0:0 chr15 89398330 . G A 110.7 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00511876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.306;QD=15.2694;RBI=0.024197;REFB=-0.0185119;REVB=0.0236494;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184269;STB=0.622855;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0201156;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:6:6:5:11:6:7:5:11 chr15 89398553 . C A 127.69 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0220126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9267;QD=11.8781;RBI=0.0252758;REFB=-0.00663033;REVB=-0.0124222;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197621;STB=0.632853;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00567024;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:14:15:0.348837:8:6:17:11:9:6:17:11 chr15 89401109 . A G 439.18 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0110758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.178;QD=18.1105;RBI=0.0191811;REFB=-0.00336153;REVB=0.0156602;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682986;STB=0.509255;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00488673;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:44:45:0.463918:24:20:24:28:25:20:24:28 chr15 89401615 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.468;QD=45.8054;RBI=0.0604408;REFB=0;REVB=-0.0117158;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335999;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr15 89402051 . A G 188.63 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.914;QD=47.1577;RBI=0.0214138;REFB=0;REVB=-0.0122494;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108497;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr15 89402239 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.245;QD=57.2023;RBI=0.0369898;REFB=0;REVB=0.0190561;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80009e-05;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr15 89402596 . T G 334.64 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0227161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.618;QD=21.9434;RBI=0.0371717;REFB=-0.0533806;REVB=-0.029423;RO=20;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255292;STB=0.592218;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0201254;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:27:34:34:0.557377:24:10:13:7:24:10:13:14 chr15 89417729 . G A 304.37 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00814429;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.104;QD=17.1477;RBI=0.0642522;REFB=-0.0275043;REVB=0.063734;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431937;STB=0.524266;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0197678;OID=.;OPOS=89417729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:38:33:33:0.464789:10:23:25:13:10:23:25:13 chr15 89418188 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0155109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.389;QD=15.2624;RBI=0.0156452;REFB=-0.0117085;REVB=0.00204549;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394106;STB=0.729966;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0335324;OID=.;OPOS=89418188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:10:6:10:3:10:6 chr15 89436244 . T C 246.63 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0164332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6615;QD=15.9118;RBI=0.0165679;REFB=-0.0405413;REVB=0.0021078;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760672;STB=0.542827;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0356576;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:12:22:16:12:12:22 chr15 89436295 . G A 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.019598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.904;QD=15.9782;RBI=0.0396142;REFB=-0.0264619;REVB=0.0344268;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937633;STB=0.552877;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0324387;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:19:13:20:20:19:13:20:20 chr15 89450003 . G A 153.15 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0177068;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0454;QD=20.4197;RBI=0.0214644;REFB=-0.00620152;REVB=0.0121321;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142319;STB=0.566585;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0173899;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:14:16:16:0.533333:8:8:5:10:8:8:5:9 chr15 89450546 . C T 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000177181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.698;QD=16.661;RBI=0.0289796;REFB=-0.0186493;REVB=0.028979;RO=32;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130379;STB=0.573715;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0234305;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:20:8:13:19:20:8:13:19 chr15 89450587 . G T 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00990945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.169;QD=22.1874;RBI=0.0196717;REFB=-0.0124147;REVB=0.0169935;RO=18;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270746;STB=0.653682;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0193514;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:17:4:8:10:17:4:8:10 chr15 89739259 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.721;QD=64.414;RBI=0.0532363;REFB=0;REVB=0.024449;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339723;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr15 89740616 . G A 862.96 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9738;QD=57.5309;RBI=0.0053779;REFB=0;REVB=0.00483702;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3005e-05;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:33:25:0:0:33:27:0:0 chr15 89744476 . G T 1571.59 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.41;QD=59.8701;RBI=0.0358258;REFB=0;REVB=-0.00655428;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79624e-06;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:49:52:0:0:50:55:0:0 chr15 89838236 . G A 933.23 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.091;QD=58.327;RBI=0.0739887;REFB=0;REVB=0.0174151;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530473;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:35:29:0:0 chr15 89864088 . G A 335.63 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0127832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.533;QD=19.7431;RBI=0.0168194;REFB=-0.0210726;REVB=-0.0109308;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758146;STB=0.542144;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0248841;OID=.;OPOS=89864088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:21:14:16:17:21:14:16:17 chr15 89878377 . A T 1962.72 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.034301;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.016;QD=60.3915;RBI=0.0463267;REFB=-0.046947;REVB=-0.0311385;RO=2;SAF=64;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784942;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:130:2:2:128:128:0.984615:64:64:1:1:64:64:1:1 chr15 90126121 . C T 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00432908;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.844;QD=14.8782;RBI=0.0123682;REFB=-0.00427131;REVB=0.0115858;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357663;STB=0.705591;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00604506;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:13:4:8:5:13:4 chr15 90128966 . C T 502.47 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00140506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.661;QD=19.5135;RBI=0.0285109;REFB=-0.00857062;REVB=-0.0284762;RO=49;SAF=25;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795682;STB=0.553052;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00864167;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:51:52:52:0.504854:27:25:28:21:27:25:30:21 chr15 90138670 . C T 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00173022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.028;QD=52.8646;RBI=0.0128976;REFB=0.00551462;REVB=-0.012781;RO=2;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104968;STB=0.505574;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.000244131;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:34:19:1:1:34:19:1:1 chr15 90167877 . A C 215.13 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00141455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.016;QD=21.5127;RBI=0.0156525;REFB=-0.0177557;REVB=0.0155884;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294818;STB=0.664964;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0105204;OID=.;OPOS=90167877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:5:14:8:13:5:14 chr15 90168108 . C T 769.81 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.317;QD=55.9864;RBI=0.0452433;REFB=0;REVB=0.0196995;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462572;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr15 90168693 . T A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00141292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.297;QD=17.5597;RBI=0.005908;REFB=-0.0146862;REVB=0.00573656;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163499;STB=0.593118;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.019951;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:13:8:10:8:13:8 chr15 90170237 . C T 166.42 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00908564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.32;QD=14.7926;RBI=0.00909024;REFB=-0.0196452;REVB=-0.000289199;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961317;STB=0.555495;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.024639;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:16:11:9:9:16:11 chr15 90174789 . C T 484.47 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0596828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2576;QD=21.064;RBI=0.0615815;REFB=-0.011257;REVB=0.0151736;RO=45;SAF=28;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134838;STB=0.574595;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0128119;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:19:28:20:25:19:28:20:25 chr15 90174824 . C T 493.93 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0127954;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.738;QD=19.5615;RBI=0.0205671;REFB=-0.0144667;REVB=-0.0161023;RO=48;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987742;STB=0.56378;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0111041;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:48:50:51:51:0.50495:27:24:28:20:27:24:30:20 chr15 90176073 . C A 291.77 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0759265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.431;QD=17.4189;RBI=0.0759825;REFB=-0.0249687;REVB=0.00291816;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104185;STB=0.550708;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0272095;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:18:13:11:24:19:13:11:24 chr15 90176432 . T G 1264.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.792;QD=61.707;RBI=0.0148992;REFB=0;REVB=0.00294221;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79717e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:34:47:0:0:35:47:0:0 chr15 90191827 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1597;QD=49.5992;RBI=0.071652;REFB=0;REVB=-0.0522578;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00229142;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr15 90192440 . GC G 56.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.235401;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.991;QD=9.38711;RBI=0.246172;REFB=-0.119689;REVB=-0.0720208;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547961;STB=0.850192;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.178494;OID=.;OPOS=90192441;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:24:9:24:15:1:8:9:6:54:14:1:8:8:6 chr15 90195967 . C G 1065.56 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0104247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.626;QD=56.0822;RBI=0.0110159;REFB=-0.0145755;REVB=-0.00356041;RO=2;SAF=40;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230622;STB=0.501438;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00199747;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:76:76:2:2:73:74:0.973684:33:40:2:0:33:41:1:1 chr15 90196008 . C T 125.7 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0045237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.538;QD=9.66954;RBI=0.025103;REFB=-0.00362403;REVB=0.0246921;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441186;STB=0.514688;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00890193;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:7:9:21:14:7:9:21:15 chr15 90210257 . G A 618.84 PASS AF=0.428571;AO=67;DP=159;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00125371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.074;QD=15.375;RBI=0.0126722;REFB=-0.0125554;REVB=0.01261;RO=92;SAF=34;SAR=33;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189391;STB=0.510348;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0162778;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:92:92:67:69:0.428571:33:34:45:47:34:35:45:47 chr15 90210263 . A G 2340.27 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584297;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.143;QD=60.3942;RBI=0.0411314;REFB=0;REVB=0.0407142;RO=0;SAF=75;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71359e-05;OID=.;OPOS=90210263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:155:0:0:144:155:1:69:75:0:0:81:74:0:0 chr15 90213229 . G C 474.13 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.033203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.541;QD=51.2572;RBI=0.0343102;REFB=-0.0154096;REVB=0.00864613;RO=2;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666239;STB=0.524112;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00108529;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:2:3:34:34:0.918919:13:21:0:2:13:21:1:2 chr15 90226947 . C A 786.79 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00707707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7424;QD=55.2135;RBI=0.0838044;REFB=0.0270002;REVB=-0.083505;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200576;STB=0.510634;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00492113;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:23:33:0:1:23:33:0:1 chr15 90245174 . T A 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1073;QD=63.2798;RBI=0.0487691;REFB=0;REVB=-0.0131461;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307586;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr15 90245253 . C T 123.18 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.544;QD=37.9012;RBI=0.0322401;REFB=-0.13592;REVB=0.0305286;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0036881;OID=.;OPOS=90245253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:7:5:0:0:7:5:1:0 chr15 90246336 . A G 544.94 PASS AF=1;AO=27;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176715;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.66;QD=60.549;RBI=0.0362908;REFB=0;REVB=0.0316977;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153846;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:27:36:1:12:15:0:0:19:17:0:0 chr15 90248819 . A T 634.65 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0149006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8891;QD=59.0369;RBI=0.0190789;REFB=-0.031833;REVB=0.0119154;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000353945;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:20:21:0:1:20:22:0:1 chr15 90260145 . T A 483.05 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9493;QD=58.5509;RBI=0.0186404;REFB=0;REVB=0.011645;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37793e-05;OID=.;OPOS=90260145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr15 90278758 . GC G,GT 50.9 PASS AF=0.26,0;AO=10,2;DP=51;FAO=13,0;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=12,0;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.111067,0.0376347;FXX=0.019604;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.2006,28.4441;QD=4.07193;RBI=0.157481,0.165227;REFB=-0.0607273,-0.0111194;REVB=-0.111645,-0.160884;RO=34;SAF=1,0;SAR=9,2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.506794,-0.414338;STB=0.860077,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=del,snp;VARB=0.127482,0;OID=.,.;OPOS=90278759,90278759;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26,0:10,2:51:13,0:50:37:1,0:12,0:16:21:50:34:1,0:9,2:15:19 chr15 90309135 . A G 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00141759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.166;QD=18.9487;RBI=0.0433374;REFB=-0.0322804;REVB=0.0433142;RO=27;SAF=6;SAR=22;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499577;STB=0.779326;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.033034;OID=.;OPOS=90309135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:22:6:21:6:22:6:21:6 chr15 90334240 . A G 508.09 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0104325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.636;QD=19.1732;RBI=0.0104717;REFB=-0.0105499;REVB=-0.000905539;RO=53;SAF=30;SAR=23;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525307;STB=0.529014;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00877108;OID=.;OPOS=90334240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:23:30:33:20:23:30:33:20 chr15 90335788 . C T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.031133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.428;QD=10.9731;RBI=0.0358903;REFB=8.4303e-05;REVB=-0.0178563;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11177;STB=0.576268;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000965877;OID=.;OPOS=90335788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:7:8:13:17:7:8:13:18 chr15 90344352 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0168125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.098;QD=9.76014;RBI=0.023213;REFB=0.00895261;REVB=0.0160057;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408238;STB=0.742287;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.016577;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:2:10:3:4:2:10 chr15 90346861 . C T 237.97 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0297232;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.751;QD=19.4263;RBI=0.041641;REFB=-0.0110133;REVB=-0.0291635;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218565;STB=0.62376;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00419766;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:15:11:15:8:15:11 chr15 90631834 . G A 222.15 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0295625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4684;QD=18.5123;RBI=0.0379252;REFB=-0.0078989;REVB=-0.0237567;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421143;STB=0.506573;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00749736;OID=.;OPOS=90631834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:15:7:7:18:15:7:8:18 chr15 90709544 . T TA 170.57 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796826;FXX=0.206825;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.3892;QD=29.6642;RBI=0.0836344;REFB=0;REVB=0.0254046;RO=26;SAF=1;SAR=2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177221;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00065938;OID=.;OPOS=90709545;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:29:23:23:0:11:12:0:0:3:26:1:2:13:13 chr15 90709545 . G A,T 405.69 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=27,2;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298648,0.00195539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.5231,165.974;QD=55.9571;RBI=0.0806271,0.0274497;REFB=0,0;REVB=0.074892,-0.02738;RO=0;SAF=13,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.39874e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00530077,0.131016;OID=.,.;OPOS=90709545,90709545;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:29:29:0:0:27,2:28,1:0.965517,0.0344828:14,1:13,1:0:0:15,0:13,1:0:0 chr15 90764219 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.944;QD=62.9828;RBI=0.0263897;REFB=0;REVB=0.0189026;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86935e-05;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr15 90768320 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00222573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.727;QD=18.9418;RBI=0.0202267;REFB=-0.0200655;REVB=0.0201038;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965545;STB=0.505373;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0166343;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:23:14:14:24:23:14:14:24 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 666.99 PASS AF=0.886364,0,0.113636;AO=5,18,21;DP=44;FAO=39,0,5;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,2;FSAR=14,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105637,0.0100273,-0.0162868;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=113.653,102.623,109.129;QD=60.6353;RBI=0.010705,0.0130837,0.0166302;REFB=0,0,0;REVB=-0.00173361,-0.00840459,-0.00336207;RO=0;SAF=0,11,16;SAR=5,7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.78933e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00142309,0.0779985,0.0102305;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.886364,0,0.113636:5,18,21:44:39,0,5:44:0:25,0,2:14,0,3:0:0:26:0:0,11,16:5,7,5:0:0 chr15 90772200 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.813;QD=59.4356;RBI=0.021756;REFB=0;REVB=0.020875;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91216e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr15 90772831 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8445;QD=59.4354;RBI=0.0449473;REFB=0;REVB=-0.0131397;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495986;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr15 90774259 . G C 478.43 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0259387;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.667;QD=51.722;RBI=0.0324218;REFB=-0.0562596;REVB=0.0194514;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.540517;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00628739;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:37:1:3:34:34:0.918919:17:17:1:0:17:17:3:0 chr15 90774447 . TAGAG T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502595;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=293.832;QD=51.9167;RBI=0.0528483;REFB=0;REVB=0.0163379;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000302555;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:9:12:0:0:4:0:9:12:0:0 chr15 90784207 . A G 1515.6 PASS AF=1;AO=89;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.441;QD=59.4353;RBI=0.0677523;REFB=0;REVB=0.0631302;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009114;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:89:102:1:47:42:0:0:60:42:0:0 chr15 90784250 . T C 1396.17 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.961;QD=62.7491;RBI=0.0331264;REFB=0;REVB=0.0302748;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34701e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr15 90794102 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.842;QD=52.6132;RBI=0.0506539;REFB=0;REVB=0.0505882;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192371;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr15 90794757 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.232;QD=53.2772;RBI=0.0432163;REFB=0;REVB=0.0064642;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319914;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr15 90794845 . G A 335.3 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.698;QD=53.6475;RBI=0.0721618;REFB=0;REVB=0.0399149;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877205;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr15 90796558 . G A 538.17 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4279;QD=59.7968;RBI=0.0553633;REFB=0;REVB=-0.0553309;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698332;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr15 90800408 . C G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8092;QD=63.5813;RBI=0.0152767;REFB=0;REVB=0.0149121;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109001;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr15 90800449 . C T 637.81 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.022;QD=60.7435;RBI=0.0173406;REFB=0;REVB=0.0149077;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79061e-05;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr15 90806375 . C T 130.88 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0322367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.373;QD=22.7615;RBI=0.0444995;REFB=-0.0111857;REVB=0.0306758;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749681;STB=0.559359;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00705675;OID=.;OPOS=90806375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:9:9:13:14:0.608696:9:4:2:7:9:5:2:7 chr15 90807138 . T G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0111281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.749;QD=13.9481;RBI=0.0143092;REFB=-0.0175484;REVB=0.00899552;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746002;STB=0.543427;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0295962;OID=.;OPOS=90807138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:13:14:10:7:13:14 chr15 90809633 . G A 364.69 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3138;QD=52.0987;RBI=0.0423777;REFB=-0.0352297;REVB=0.0323094;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00923914;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:27:27:0.964286:19:8:0:0:19:8:1:0 chr15 90818400 . A T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.691;QD=44.6869;RBI=0.0296597;REFB=0;REVB=0.027147;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016435;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 90818469 . C T 204.44 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0197241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.174;QD=22.7152;RBI=0.0274417;REFB=-0.0404744;REVB=0.0190789;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634919;STB=0.535677;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0395296;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:5:11:15:5:5:11 chr15 90818641 . G C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.027575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.089;QD=15.1969;RBI=0.0276862;REFB=-0.0151969;REVB=-0.00247877;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892394;STB=0.551811;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0113557;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:8:10:9:5:8:10 chr15 90818827 . G A 190.28 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5568;QD=47.5693;RBI=0.192806;REFB=0;REVB=0.192531;RO=1;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348508;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:1:14:0:1:2:14:0:0 chr15 90819132 . C T 289.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.523;QD=52.6649;RBI=0.030932;REFB=0;REVB=0.0209676;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51255e-05;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr15 90819641 . A C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7213;QD=60.6091;RBI=0.0502113;REFB=0;REVB=0.00877176;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532873;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr15 90819876 . T C 222.71 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8617;QD=49.4913;RBI=0.153913;REFB=0;REVB=0.153766;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00522653;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr15 90820063 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000867793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.288;QD=53.9112;RBI=0.0100652;REFB=0;REVB=-0.0100277;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5213e-05;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr15 90820721 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.87;QD=49.5982;RBI=0.0316657;REFB=0;REVB=0.0233962;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028311;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 90892293 . C T 1320.67 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9006;QD=62.1494;RBI=0.0238184;REFB=0;REVB=0.0164744;RO=0;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210169;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:61:23:0:0:61:24:0:0 chr15 90903311 . A G 646.79 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.037848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.637;QD=50.7288;RBI=0.0486022;REFB=-0.0400999;REVB=0.0304911;RO=2;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447272;STB=0.534869;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00129996;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:2:3:47:48:0.941176:20:27:0:2:20:28:0:3 chr15 91027512 . G A 59.74 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0527532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.211;QD=3.51408;RBI=0.0617579;REFB=-0.0127625;REVB=-0.0321113;RO=57;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386472;STB=0.526267;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0575037;OID=.;OPOS=91027512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:8:3:17:40:8:3:17:40 chr15 91424574 . G C 829.07 PASS AF=0.387755;AO=35;DP=247;FAO=95;FDP=245;FR=.;FRO=150;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=99;FSRR=51;FWDB=0.00687596;FXX=0.00809684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.687;QD=13.5358;RBI=0.0260242;REFB=-0.0108175;REVB=-0.0250994;RO=112;SAF=1;SAR=34;SRF=83;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.80749;STB=0.558035;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0184744;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:245:112:150:35:95:0.387755:34:1:83:29:41:54:99:51 chr15 91452595 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.101;QD=57.3845;RBI=0.0299058;REFB=0;REVB=-0.0131897;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23776e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr15 91474236 . T C 447.49 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.821;QD=57.741;RBI=0.0265638;REFB=0;REVB=0.00710996;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54126e-05;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:13:16:0:0:14:17:0:0 chr15 91474738 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.812;QD=63.1954;RBI=0.0481259;REFB=0;REVB=0.0424655;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61102e-05;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr15 91478544 . A C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6095;QD=50.4095;RBI=0.0538305;REFB=0;REVB=-0.05352;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104855;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr15 91509592 . T C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9351;QD=56.954;RBI=0.0668958;REFB=0;REVB=0.00248171;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000602049;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr15 91524841 . G T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.163;QD=57.2376;RBI=0.00593675;REFB=0;REVB=0.00322475;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03167e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr15 91525197 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=53.9072;RBI=0.0109183;REFB=0;REVB=0.0100074;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86661e-05;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr15 91543761 . C T 171.07 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.773;QD=45.6194;RBI=0.060975;REFB=0;REVB=-0.0153292;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617311;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr15 91548601 . G A 708.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.184;QD=62.9525;RBI=0.0533065;REFB=0;REVB=0.0504166;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341228;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr15 91836683 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000686997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.222;QD=57.3856;RBI=0.051111;REFB=0;REVB=0.0511064;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130157;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr15 92647645 . G C 375.51 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.388;QD=55.6311;RBI=0.0127461;REFB=0;REVB=-0.0023095;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08573e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:18:9:0:0 chr15 93015427 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00547406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.498;QD=16.4059;RBI=0.0133073;REFB=0.00334163;REVB=-0.0121293;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368662;STB=0.502073;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00178873;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:24:13:11:20:24:13 chr15 93198671 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2049;QD=58.5989;RBI=0.100945;REFB=0;REVB=0.00389511;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00083289;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 577.01 PASS AF=0.74359,0.25641;AO=26,11;DP=40;FAO=29,10;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4;FSAR=19,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089638,-0.0109954;FXX=0.0487686;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=225.513,108.435;QD=59.1805;RBI=0.0169691,0.0122502;REFB=0,0;REVB=0.0144084,-0.00540086;RO=0;SAF=8,5;SAR=18,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.28381e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0083097,0.00973835;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.74359,0.25641:26,11:40:29,10:39:0:10,4:19,6:0:0:75:0:8,5:18,6:0:0 chr15 93447631 . T G 477.76 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822986;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.458;QD=57.9107;RBI=0.0138602;REFB=0;REVB=0.0111523;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.587e-05;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:26:33:1:12:14:0:0:13:20:0:0 chr15 93510603 . A G 698.9 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.341;QD=54.8155;RBI=0.0261583;REFB=-0.0783576;REVB=0.0141719;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000227423;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:21:29:1:0:21:29:1:0 chr15 93521604 . A G 1218.92 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0127471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.326;QD=58.7433;RBI=0.0143112;REFB=-0.042337;REVB=-0.00650535;RO=2;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255771;STB=0.51351;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=6.02885e-06;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:36:45:0:2:36:45:0:2 chr15 93536197 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.404;QD=60.2304;RBI=0.0143399;REFB=0;REVB=0.000147364;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77756e-05;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr15 93567864 . A C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0322448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.387;QD=12.8732;RBI=0.0409741;REFB=-0.00444939;REVB=-0.0252814;RO=32;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657908;STB=0.53842;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00971254;OID=.;OPOS=93567864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:14:5:10:22:14:5:10:22 chr15 93570241 . T C 2285.87 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103923;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.465;QD=60.1545;RBI=0.0115237;REFB=-0.0822928;REVB=0.00497953;RO=0;SAF=60;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=5.69143e-06;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:152:0:1:151:151:0.993421:91:60:0:0:91:60:1:0 chr15 93586633 . G A 457.17 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4954;QD=57.1468;RBI=0.0728892;REFB=0;REVB=-0.0304782;RO=0;SAF=29;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476932;OID=.;OPOS=93586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:2:29:0:0:2:30:0:0 chr15 93587916 . T C 73.24 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.054988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.571;QD=9.76503;RBI=0.0555372;REFB=-0.00840307;REVB=0.00779127;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123852;STB=0.584591;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0616574;OID=.;OPOS=93587916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:7:3:4:15:7:3:4:16 chr15 93588264 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0248949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.998;QD=21.8422;RBI=0.0265088;REFB=-0.0531114;REVB=0.00910819;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0149091;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr15 93588289 . G A 86.72 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0228646;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=120.657;QD=24.7782;RBI=0.182298;REFB=-0.108942;REVB=0.180858;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179009;STB=0.599827;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00850344;OID=.;OPOS=93588289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:4:0:2:8:4:0 chr15 93588336 . A C 708.5 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.461;QD=62.9775;RBI=0.0237271;REFB=0;REVB=-0.0235654;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154574;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr15 93609460 . A T 1000.4 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.3;QD=58.8468;RBI=0.0403618;REFB=0;REVB=-0.0402675;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68184e-05;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:26:40:0:0:28:40:0:0 chr15 93616933 . C G 2035.58 PASS AF=0.992481;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0377428;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.599;QD=61.2206;RBI=0.0500252;REFB=-0.067291;REVB=0.0328329;RO=0;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000616959;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:0:1:130:132:0.992481:55:75:0:0:56:76:1:0 chr15 93616975 . A G 1023.38 PASS AF=1;AO=63;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.428;QD=58.479;RBI=0.0279806;REFB=0;REVB=-0.000685434;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64119e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:63:70:1:36:27:0:0:39:31:0:0 chr15 93749883 . G A 239.09 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0462621;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.996;QD=16.2092;RBI=0.0463517;REFB=0.000261903;REVB=0.00288063;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243704;STB=0.637399;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-8.25518e-05;OID=.;OPOS=93749883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:20:12:17:10:20:12 chr15 93750256 . G T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.013427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.306;QD=15.1604;RBI=0.0146876;REFB=-0.0310946;REVB=0.00595321;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309403;STB=0.517835;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0229699;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:5:17:12:4:5:17 chr15 94841691 . G A 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0171614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2471;QD=24.3824;RBI=0.0262701;REFB=-0.0216099;REVB=0.0198898;RO=25;SAF=1;SAR=36;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261088;STB=0.646605;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.011186;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:36:1:2:23:36:1:2:23 chr15 94884108 . G C 1328.03 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5301;QD=61.7686;RBI=0.0444484;REFB=0;REVB=0.0186252;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124239;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:83:86:1:44:39:0:0:45:41:0:0 chr15 94945704 . A G 296.84 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0726546;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5438;QD=23.7468;RBI=0.0916472;REFB=-0.00184218;REVB=0.0558616;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129252;STB=0.57138;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00238218;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:29:29:0.58:16:13:13:8:16:13:13:8 chr15 94945719 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.943;QD=56.9569;RBI=0.0186936;REFB=0;REVB=-0.0180715;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.779e-05;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr15 96289064 . T A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00415237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0433;QD=16.9795;RBI=0.00949019;REFB=0.0159745;REVB=-0.00853356;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111235;STB=0.562453;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0146886;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:19:10:12:14:19:10 chr15 96881264 . C CAACA 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0166399;FXX=0;HRUN=0;LEN=4;MLLD=298.391;QD=18.6424;RBI=0.0166504;REFB=-0.0134345;REVB=-0.000591546;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108188;STB=0.552583;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=0.0163929;OID=.;OPOS=96881265;OREF=-;OALT=AACA;OMAPALT=CAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:21:47:21:45:24:12:9:16:8:99:25:12:9:17:8 chr15 97896933 . A C 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00375484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.767;QD=24.5993;RBI=0.0079366;REFB=-0.00945695;REVB=0.0069922;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116966;STB=0.565158;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00433628;OID=.;OPOS=97896933;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:9:7:13:9:9:7 chr15 98015489 . A G 593.91 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.348;QD=60.9141;RBI=0.00455724;REFB=0;REVB=0.00197567;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06089e-05;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr15 98301844 . GCT G,GT,GTT,TGT 248.8 PASS AF=0,0,0.8,0.2;AO=2,2,14,2;DP=20;FAO=0,0,16,4;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15,0;FSAR=0,0,1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029537,0.00753403,0.00913852,-0.0012818;FXX=0.0908678;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=94.9756,111.013,125.498,123.551;QD=49.759;RBI=0.0220793,0.0203028,0.0163438,0.0296863;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0218809,0.0188531,0.0135502,0.0296587;RO=0;SAF=0,1,14,0;SAR=2,1,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0,0,0.000349386,0.00072692;OID=.,.,.,.;OPOS=98301845,98301845,98301845,98301844;OREF=CT,C,C,GC;OALT=-,-,T,TG;OMAPALT=G,GT,GTT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:19:20:20:0:0:2,2,14,2:0,0,16,4:0,0,0.8,0.2:2,1,0,2:0,1,14,0:0:0:0,0,1,4:0,0,15,0:0:0 chr15 98513845 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.296;QD=59.5015;RBI=0.0256022;REFB=0;REVB=0.0125762;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07238e-05;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr15 98995081 . A G 1090.35 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.018;QD=59.7454;RBI=0.0505346;REFB=0;REVB=0.0445783;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189567;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:44:28:0:0:45:28:0:0 chr15 99023968 . T G 179.46 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0138163;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.612;QD=14.9552;RBI=0.0145308;REFB=-0.00985436;REVB=-0.00450073;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630543;STB=0.536386;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0137418;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:17:12:9:10:17:12 chr15 99465473 . C T 361.04 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00611081;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.79;QD=20.0578;RBI=0.00790208;REFB=-0.0130145;REVB=0.00501008;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182362;STB=0.51612;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0199447;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:35:37:37:0.513889:21:16:14:20:21:16:14:21 chr15 99478225 . G A 335.38 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00275536;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.387;QD=19.1644;RBI=0.0115644;REFB=-0.0274936;REVB=0.0112314;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141163;STB=0.571388;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.025698;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:15:20:14:20:15:20:15:20 chr15 99500605 . C T 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0386676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.028;QD=31.2417;RBI=0.0635246;REFB=0.00618298;REVB=0.0504004;RO=3;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143087;STB=0.599866;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000510358;OID=.;OPOS=99500605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:3:4:14:14:0.777778:8:6:0:3:8:6:0:4 chr15 99501254 . ATTTTG ATTTG,ATTTGT 45.32 PASS AF=0.294872,0;AO=22,5;DP=78;FAO=23,0;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=19,0;FSAR=4,0;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.184383,-0.20781;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.5735,49.6696;QD=2.32418;RBI=0.204733,0.208152;REFB=-0.0808648,-0.00853798;REVB=-0.0889853,-0.0119407;RO=48;SAF=16,5;SAR=6,0;SRF=20;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.36467,0.622931;STB=0.785621,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0933676,0;OID=.,.;OPOS=99501255,99501258;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTG,ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294872,0:22,5:78:23,0:78:55:19,0:4,0:25:30:46:48:16,5:6,0:20:28 chr15 99503199 . GGT G 110.56 PASS AF=0.576923;AO=9;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0337714;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=151.651;QD=17.009;RBI=0.0522;REFB=-0.0719865;REVB=0.0398037;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.639793;STBP=0.146;TYPE=del;VARB=0.0334552;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:9:24:15:26:11:3:12:5:6:66:9:3:6:5:4 chr15 99504437 . C T 1409.08 PASS AF=0.970588;AO=96;DP=100;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0111346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.389;QD=55.2581;RBI=0.0146921;REFB=-0.143618;REVB=0.00958532;RO=2;SAF=41;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225679;STB=0.517238;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0012769;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:102:2:3:96:99:0.970588:55:41:2:0:57:42:3:0 chr15 99511873 . G A 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.026694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.001;QD=12.181;RBI=0.0405236;REFB=-0.00777469;REVB=-0.0304892;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147568;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:6:9:6:4:6:9 chr15 99653800 . T C 333.24 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0211614;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9247;QD=16.2555;RBI=0.161161;REFB=-0.00117754;REVB=0.159766;RO=46;SAF=26;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130986;STB=0.574089;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00292784;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:36:36:0.439024:10:26:28:18:10:26:28:18 chr15 99670265 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00283256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.737;QD=21.2644;RBI=0.0259557;REFB=-0.0169173;REVB=-0.0258007;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159398;STB=0.58056;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0182697;OID=.;OPOS=99670265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:15:5:7:10:15:5:7:11 chr15 99670518 . T C 40.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00821859;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.035;QD=12.6023;RBI=0.0227298;REFB=-0.0114964;REVB=0.0211919;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680342;STB=0.887823;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0154928;OID=.;OPOS=99670518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:8:7:6:6:0.461538:5:1:8:0:5:1:7:0 chr15 99670989 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.697;QD=46.848;RBI=0.0434949;REFB=0;REVB=0.00740374;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264462;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr15 99671760 . T C 1512.52 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.723;QD=59.9016;RBI=0.045128;REFB=0;REVB=-0.0425531;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73905e-05;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:44:57:0:0:44:57:0:0 chr15 99671795 . C T 512.65 PASS AF=0.416058;AO=56;DP=135;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=0.0170436;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.225;QD=14.9679;RBI=0.0203334;REFB=-0.0145698;REVB=-0.0110888;RO=78;SAF=27;SAR=29;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164283;STB=0.587756;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0239558;OID=.;OPOS=99671795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:78:80:56:57:0.416058:29:27:50:28:30:27:50:30 chr15 99672599 . G C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0120496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.765;QD=14.6525;RBI=0.0173261;REFB=-0.0255529;REVB=0.0124499;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0246681;OID=.;OPOS=99672599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr15 99672722 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0194032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.27;QD=18.4438;RBI=0.0197079;REFB=-0.0204031;REVB=0.00345218;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335209;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147933;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:6:5:4:4:6:5:4:5 chr15 99679489 . GAGAT G 69.18 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00399041;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=311.619;QD=5.76465;RBI=0.0084976;REFB=-0.008828;REVB=0.00750239;RO=39;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269512;STB=0.666297;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=0.0334;OID=.;OPOS=99679490;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333:10:50:10:48:38:2:8:14:24:69:39:2:8:15:24 chr15 99679655 . C A 153.76 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0102875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.677;QD=21.9657;RBI=0.011465;REFB=-0.0466223;REVB=0.00506106;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123823;STB=0.583234;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0318361;OID=.;OPOS=99679655;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:28:11:12:16:16:0.571429:7:9:8:3:7:9:9:3 chr15 99715352 . A G 676.72 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.996;QD=60.1528;RBI=0.0195908;REFB=0.00223943;REVB=-0.0158564;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000200043;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr15 99826011 . ATTTTTTT AATTTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA 86.33 PASS AF=0,0.740741,0;AO=2,7,2;DP=24;FAO=0,20,0;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4,0;FSAR=0,16,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.185848,0.110652,-0.219509;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=5.94931,7.785,20.1511;QD=12.79;RBI=0.231992,0.185973,0.229964;REFB=-0.0412107,0.102017,0.0735951;REVB=0.138854,0.149472,0.0685522;RO=7;SAF=0,0,2;SAR=2,7,0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.539624,-0.749044,0.67228;STB=0.5,0.533299,0.5;STBP=1,0.692,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.0299064,0;OID=.,.,.;OPOS=99826012,99826012,99826018;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.740741,0:2,7,2:24:0,20,0:27:7:0,4,0:0,16,0:2:5:19:7:0,0,2:2,7,0:2:5 chr15 100246936 . T C 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00357324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.316;QD=55.4099;RBI=0.00543823;REFB=-0.0503699;REVB=0.00409955;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=1.62761e-05;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:1:0:28:29:1:0 chr15 100246942 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.1;QD=58.0611;RBI=0.0158364;REFB=0;REVB=0.0121396;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69562e-05;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr15 100269796 . A G 747.91 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.749;QD=62.3257;RBI=0.0180373;REFB=0;REVB=-0.000885352;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680163;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:31:13:0:0:31:17:0:0 chr15 100332799 . A C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0013583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0844;QD=2.70725;RBI=0.00836237;REFB=-0.00697571;REVB=-0.00825132;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503626;STB=0.86428;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0260949;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:5:1:26:16:5:1:26:16 chr15 100341293 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0088017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.783;QD=14.7985;RBI=0.0337176;REFB=-0.0218605;REVB=0.0325485;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140078;STB=0.581253;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0105702;OID=.;OPOS=100341293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:9:4:5:6:9:4 chr15 100512047 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0234191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.882;QD=13.4559;RBI=0.0248976;REFB=0.00222488;REVB=-0.00845175;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484979;STB=0.815611;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00161092;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:10:1:6:8:10:1:7:8 chr15 100513117 . G A 42.81 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0348668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.153;QD=5.35065;RBI=0.0349169;REFB=-0.00881621;REVB=-0.00186868;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.522871;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0362623;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:24:25:6:7:0.21875:3:3:9:15:4:3:10:15 chr15 100514417 . CC TG 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.000597006;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.024;QD=18.8072;RBI=0.00205861;REFB=0.00822214;REVB=-0.00197014;RO=37;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163879;STB=0.591347;STBP=0.149;TYPE=mnp;VARB=-0.00893384;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:14:22:16:21:14:22:16:21 chr15 100514614 . T C 108.27 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00451725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.44;QD=13.534;RBI=0.00885519;REFB=-0.0187766;REVB=-0.00761635;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754579;STB=0.543976;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.02828;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:13:6:5:8:13:6 chr15 100672237 . T G 218.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.376;QD=48.468;RBI=0.101928;REFB=0;REVB=0.101091;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127436;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr15 100794363 . C T 482.89 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4498;QD=58.5326;RBI=0.0309892;REFB=0;REVB=-0.00783777;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427856;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr15 100801698 . G A 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.974;QD=54.6494;RBI=0.0186294;REFB=-0.0603291;REVB=0.0135473;RO=1;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030361;STB=0.516123;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00188694;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:15:37:0:1:15:37:0:1 chr15 100821467 . G A 2102.09 PASS AF=1;AO=126;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.024;QD=56.8133;RBI=0.0382005;REFB=-0.110604;REVB=0.00487544;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00692217;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:0:126:148:1:60:66:0:0:61:87:0:0 chr15 100821576 . G A 1357.19 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.902;QD=61.6903;RBI=0.0160807;REFB=0;REVB=-0.001235;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6459e-05;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:42:44:0:0:42:46:0:0 chr15 100942962 . T C 239.56 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.249;QD=50.4331;RBI=0.178102;REFB=0;REVB=0.00532189;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673377;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:12:5:0:0:12:7:0:0 chr15 101041896 . T C 519.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.781;QD=59.4242;RBI=0.039915;REFB=0;REVB=0.0396963;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336122;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:20:13:0:0:22:13:0:0 chr15 101113862 . C T 465.32 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0118609;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.158;QD=19.3884;RBI=0.0129705;REFB=-0.0185078;REVB=0.00524893;RO=50;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852662;STB=0.557899;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0235346;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:50:46:46:0.479167:28:18:24:26:28:18:25:25 chr15 101421451 . A G 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00437435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.997;QD=17.9195;RBI=0.005166;REFB=0.00684629;REVB=0.00274821;RO=34;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958501;STB=0.553718;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0113214;OID=.;OPOS=101421451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:11:21:19:15:11:21:19:15 chr15 101421673 . G A 170.88 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00934319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.009;QD=17.5265;RBI=0.00985157;REFB=-0.0390277;REVB=-0.00312381;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130549;STB=0.592725;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0516616;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:13:5:8:12:13:5:9:12 chr15 101464915 . T C 402.64 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0118054;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6927;QD=16.4343;RBI=0.0156916;REFB=-0.00629168;REVB=0.0103373;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016336;STB=0.513759;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00701757;OID=.;OPOS=101464915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:56:42:42:0.428571:23:19:24:31:23:19:24:32 chr15 101591923 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.597;QD=57.2369;RBI=0.0198356;REFB=0;REVB=0.0195037;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02345e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:14:42:0:0:14:42:0:0 chr15 101607450 . T C 646.1 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.014;QD=61.5336;RBI=0.0216198;REFB=0;REVB=-0.0212058;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67878e-05;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr15 101717680 . G T 657.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.939;QD=59.7995;RBI=0.0302948;REFB=-0.0848236;REVB=0.021318;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000475152;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:0:1:18:25:0:1 chr15 101718529 . T C 579.64 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0400081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9517;QD=24.6657;RBI=0.0414686;REFB=-0.0172229;REVB=-0.0109086;RO=41;SAF=25;SAR=28;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902945;STB=0.549441;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0123443;OID=.;OPOS=101718529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:28:25:24:17:28:25:24:17 chr15 101718950 . T C 303.29 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00132114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.002;QD=25.8123;RBI=0.0259553;REFB=-0.0134809;REVB=0.0259217;RO=20;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969038;STB=0.553805;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00899123;OID=.;OPOS=101718950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:9:18:11:9:9:18:11:9 chr15 101791359 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0158479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.261;QD=12.8689;RBI=0.0170581;REFB=-0.0259186;REVB=-0.00631055;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212575;STB=0.622452;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0388606;OID=.;OPOS=101791359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:2:14:8:3:2:14 chr15 101827855 . C T 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013409;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.602;QD=58.2606;RBI=0.021288;REFB=0;REVB=-0.0165342;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82107e-05;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr15 101910549 . AG A,AA 818.97 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=6,52;DP=58;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=3,32;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759933,0.00568516;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.535,249.347;QD=56.4804;RBI=0.0258747,0.0200372;REFB=0,0;REVB=-0.0247336,-0.0192137;RO=0;SAF=5,30;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0182884,0.00375922;OID=.,.;OPOS=101910550,101910550;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0517241,0.948276:6,52:58:3,55:58:0:3,32:0,23:0:0:8:0:5,30:1,22:0:0 chr15 101972225 . G A 287.63 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.036808;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4995;QD=15.7607;RBI=0.037018;REFB=0.0141408;REVB=-0.00393835;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091577;STB=0.551633;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0344186;OID=.;OPOS=101972225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:17:15:23:18:17:15:23:18 chr15 102192548 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.02;QD=45.8067;RBI=0.105883;REFB=0;REVB=0.0441903;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120713;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr15 102223771 . G A 770.02 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801416;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4426;QD=64.1682;RBI=0.0811661;REFB=0;REVB=0.0128552;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000514128;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr15 102224341 . G A 806.65 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774575;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.546;QD=57.6178;RBI=0.0550115;REFB=0;REVB=0.0544634;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700502;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr15 102516350 . G A 32.0 PASS AF=0.114754;AO=6;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0271429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9885;QD=2.09829;RBI=0.0705545;REFB=0.0094562;REVB=0.0651245;RO=54;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420444;STB=0.530717;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.06434;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:61:61:54:54:6:7:0.114754:3:3:25:29:4:3:25:29 chr16 103517 . A C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.016;QD=57.5439;RBI=0.0474603;REFB=0;REVB=-0.0241994;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65246e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr16 108585 . T C 710.14 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.616;QD=63.1232;RBI=0.0784445;REFB=0;REVB=0.0180868;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274329;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:40:45:1:23:17:0:0:26:19:0:0 chr16 109103 . T C 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0266818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.571;QD=16.1174;RBI=0.0451668;REFB=-0.0351625;REVB=0.0364433;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0504636;OID=.;OPOS=109103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:6:6:6:6:6:6:7:6 chr16 113883 . G GCC 255.24 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417589;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=35.5868;QD=44.3886;RBI=0.0428346;REFB=0;REVB=-0.00953928;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00205799;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:24:23:23:0:10:13:0:0:5:2:10:11:1:1 chr16 113886 . GC G,GG 259.14 PASS AF=1,0;AO=18,2;DP=24;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091855,0.0747801;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=17.6594,7.516;QD=45.0677;RBI=0.177055,0.0950095;REFB=0,0;REVB=0.151365,0.0586067;RO=1;SAF=10,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0539582,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0144748,0;OID=.,.;OPOS=113887,113887;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,2:24:23,0:23:0:11,0:12,0:0:0:3:1:10,0:8,2:0:1 chr16 322934 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0817949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.214;QD=21.1712;RBI=0.0819613;REFB=-0.055715;REVB=-0.00522018;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.59984;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00605296;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:6:2:6:6:6:2 chr16 336660 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00458351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.442;QD=8.30742;RBI=0.0115183;REFB=-0.0182358;REVB=-0.0105671;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504198;STB=0.531173;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0330943;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:12:6:3:5:12:6 chr16 336916 . C T 142.54 PASS AF=0.681818;AO=12;DP=20;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.120693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4489;QD=25.9162;RBI=0.166318;REFB=-0.0862472;REVB=0.114434;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12387;STB=0.538411;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0538889;OID=.;OPOS=336916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:22:8:7:12:15:0.681818:5:7:6:2:6:9:5:2 chr16 337691 . C T 156.92 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0139788;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.748;QD=14.597;RBI=0.0180871;REFB=-0.00863979;REVB=-0.0114777;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140705;STB=0.545135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00738043;OID=.;OPOS=337691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:27:26:17:17:0.395349:11:6:13:14:11:6:11:15 chr16 396264 . A G 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00783217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.577;QD=15.238;RBI=0.022466;REFB=-0.0181027;REVB=-0.0210566;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742837;STB=0.542153;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0225853;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:19:9:14:22:19:9:14:22 chr16 419092 . A G 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00834287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.165;QD=21.871;RBI=0.00991083;REFB=-0.00982884;REVB=-0.00534987;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931879;STB=0.542342;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00844467;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:12:16:10:12:12:16:11:12 chr16 424277 . G A 271.6 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0299667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5133;QD=20.8922;RBI=0.0340492;REFB=-0.0273696;REVB=-0.0161663;RO=24;SAF=23;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228887;STB=0.628803;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0331041;OID=.;OPOS=424277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:5:23:15:9:5:23:15:9 chr16 426432 . T C 161.44 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00829727;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.365;QD=18.4505;RBI=0.0293082;REFB=-0.0146336;REVB=0.0281092;RO=18;SAF=15;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538656;STB=0.721607;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0159137;OID=.;OPOS=426432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:1:15:11:7:2:15:11:7 chr16 427479 . T C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.055373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.576;QD=6.10499;RBI=0.065784;REFB=-0.0104935;REVB=-0.0355158;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149879;STB=0.59677;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0341055;OID=.;OPOS=427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:13:13:5:3:13:13 chr16 427516 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0242975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.649;QD=11.1977;RBI=0.0244696;REFB=-0.0164886;REVB=0.00289684;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418302;STB=0.524958;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0267468;OID=.;OPOS=427516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:12:10:5:7:12:10 chr16 427784 . G A 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0275109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.291;QD=26.4118;RBI=0.0276881;REFB=-0.0149193;REVB=0.00312732;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360994;STB=0.519984;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0100702;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:9:8:13:12:9:8 chr16 427820 . C T 236.46 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0586843;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5648;QD=24.2524;RBI=0.0587677;REFB=-0.0236891;REVB=-0.00312841;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0328704;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:8:9:11:11:8:9 chr16 456416 . T G 649.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.945;QD=61.846;RBI=0.0882582;REFB=0;REVB=0.0876078;RO=0;SAF=39;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06141e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164324;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:1:39:0:0:2:40:0:0 chr16 511421 . G C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0128934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3709;QD=17.9559;RBI=0.0130369;REFB=-0.0134705;REVB=-0.00192851;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396309;STB=0.725004;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0139243;OID=.;OPOS=511421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:4:13:5:11:4:13 chr16 547297 . T C 128.73 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00462632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.462;QD=8.44157;RBI=0.0206746;REFB=-0.00173251;REVB=-0.0201503;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803982;STB=0.547894;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00256413;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:11:7:14:29:11:7:14:29 chr16 570557 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.324;QD=55.0986;RBI=0.0147243;REFB=0;REVB=-0.00849936;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2748e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr16 601632 . T C 357.1 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0180947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.931;QD=13.6037;RBI=0.023706;REFB=-0.022968;REVB=-0.0153152;RO=63;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695609;STB=0.539307;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.031997;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:24:18:23:40:24:18:23:40 chr16 602313 . C A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.359;QD=53.273;RBI=0.0416296;REFB=0;REVB=0.0414546;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431084;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr16 603471 . A G 148.27 PASS AF=0.377778;AO=14;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0237076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.689;QD=13.1795;RBI=0.025297;REFB=-0.0207266;REVB=-0.00882527;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154289;STB=0.526729;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0259106;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:28:14:17:0.377778:8:6:5:13:11:6:11:17 chr16 614837 . G A 62.62 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00171511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.329;QD=20.8722;RBI=0.0358683;REFB=-0.00647738;REVB=0.0358273;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567155;STB=0.832405;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0261487;OID=.;OPOS=614837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:4:0:7:1:4:0 chr16 622565 . A G 876.54 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9907;QD=54.784;RBI=0.037722;REFB=-0.073916;REVB=0.0347911;RO=2;SAF=53;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407916;STB=0.521646;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00867218;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:9:53:1:1:9:53:1:1 chr16 622568 . G GATGT 200.57 PASS AF=0.4;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.00587375;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.388;QD=13.3711;RBI=0.0417437;REFB=-0.0224739;REVB=-0.0413284;RO=38;SAF=21;SAR=2;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290491;STB=0.687304;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.0308839;OID=.;OPOS=622569;OREF=-;OALT=ATGT;OMAPALT=GATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:23:65:24:60:36:22:2:28:8:99:38:21:2:30:8 chr16 624114 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5882;QD=39.2053;RBI=0.0659027;REFB=0;REVB=-0.065693;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189951;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr16 624713 . C T 954.21 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.426;QD=56.9679;RBI=0.0336228;REFB=-0.0107413;REVB=0.0212446;RO=1;SAF=5;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781054;STB=0.504064;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000191865;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:60:5:0:1:61:5:0:1 chr16 626161 . G T 103.08 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0112655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.706;QD=18.7412;RBI=0.114251;REFB=-0.00180983;REVB=0.113694;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.555466;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00265089;OID=.;OPOS=626161;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:6:5:3:7:7:5:3:7 chr16 630902 . C G 248.42 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0581523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.323;QD=25.4785;RBI=0.0581526;REFB=-0.00539349;REVB=0.000174558;RO=16;SAF=18;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205805;STB=0.615275;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00746945;OID=.;OPOS=630902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:5:18:9:7:5:18:9:7 chr16 632073 . C T 654.89 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141562;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.151;QD=62.3704;RBI=0.0451745;REFB=0;REVB=0.0428991;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183396;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr16 632115 . G A 749.97 PASS AF=0.964286;AO=43;DP=58;FAO=54;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213099;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.981;QD=53.5691;RBI=0.057189;REFB=-0.0837284;REVB=0.0530705;RO=4;SAF=27;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209449;STB=0.502007;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000840458;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:56:4:2:43:54:0.964286:16:27:3:1:24:30:1:1 chr16 632138 . C T 835.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.037;QD=56.6313;RBI=0.0702177;REFB=0;REVB=0.043447;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407922;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:28:28:0:0:30:29:0:0 chr16 632180 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.16;QD=63.5827;RBI=0.018249;REFB=0;REVB=-0.000545376;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92267e-05;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr16 632198 . T A 562.74 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196512;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4092;QD=59.2361;RBI=0.0263582;REFB=0;REVB=0.0175666;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618826;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:35:38:1:29:6:0:0:29:9:0:0 chr16 632225 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4507;QD=57.6777;RBI=0.0472835;REFB=0;REVB=0.0438604;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561315;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:26:4:0:0:26:5:0:0 chr16 632230 . CG C,CC 423.86 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=27,4;DP=31;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658774,0.0173408;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=291.635,272.614;QD=56.515;RBI=0.0699378,0.0266163;REFB=0,0;REVB=0.0234833,0.0201922;RO=0;SAF=2,3;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.18567e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00155667,0.047131;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.966667,0.0333333:27,4:31:29,1:30:0:4,1:25,0:0:0:3:0:2,3:25,1:0:0 chr16 632233 . T C 446.88 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5414;QD=57.662;RBI=0.0328194;REFB=0;REVB=0.00249124;RO=3;SAF=3;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048055;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:3:0:28:31:1:25:3:3:0:25:6:0:0 chr16 632283 . G A 119.67 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0684559;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3947;QD=21.7589;RBI=0.0721487;REFB=0.0031602;REVB=0.0227867;RO=9;SAF=1;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265052;STB=0.654253;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000591804;OID=.;OPOS=632283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:12:1:2:7:12:1:2:7 chr16 633125 . T C 1785.64 PASS AF=0.991667;AO=115;DP=116;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00611941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.827;QD=59.5213;RBI=0.0546452;REFB=-0.100331;REVB=0.0543015;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.504672;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000393475;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:120:0:1:115:119:0.991667:62:53:0:0:66:53:1:0 chr16 633353 . TG CA 1381.54 PASS AF=1;AO=84;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430477;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.112;QD=62.0916;RBI=0.0431625;REFB=0;REVB=-0.00314534;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.80523e-05;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:84:89:1:56:28:0:0:57:32:0:0 chr16 633706 . C T 773.01 PASS AF=0.50641;AO=78;DP=156;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=58;FWDB=0.0104094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.046;QD=19.8207;RBI=0.0105512;REFB=-0.01639;REVB=0.00172396;RO=76;SAF=29;SAR=49;SRF=18;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135214;STB=0.566145;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0164454;OID=.;OPOS=633706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:77:78:79:0.50641:49:29:18:58:50:29:19:58 chr16 633764 . G A 395.79 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.00471677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.764;QD=14.0103;RBI=0.00992524;REFB=-0.00376992;REVB=0.00873284;RO=66;SAF=13;SAR=33;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447093;STB=0.532489;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00650192;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:66:67:46:46:0.40708:33:13:21:45:33:13:22:45 chr16 678843 . C T 433.87 PASS AF=0.426087;AO=48;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0541453;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.074;QD=15.091;RBI=0.0581091;REFB=-0.0141809;REVB=0.0210938;RO=65;SAF=17;SAR=31;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167507;STB=0.519914;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.017065;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:66:48:49:0.426087:31:17:24:41:32:17:25:41 chr16 679814 . T C 1915.19 PASS AF=0.976923;AO=125;DP=129;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0171675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2075;QD=58.929;RBI=0.0228053;REFB=-0.0880421;REVB=0.015012;RO=2;SAF=49;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338666;STB=0.506347;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0154103;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:130:2:3:125:127:0.976923:76:49:1:1:76:51:2:1 chr16 679953 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0072596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.98;QD=17.6436;RBI=0.00831796;REFB=-0.00963765;REVB=-0.00406037;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0265148;OID=.;OPOS=679953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:4:3:5:4:4:3 chr16 681280 . G T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00573355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.232;QD=14.3343;RBI=0.061254;REFB=-0.0135484;REVB=-0.0609851;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0237263;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr16 681284 . C T 91.25 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00123271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9264;QD=17.3801;RBI=0.0193137;REFB=-0.0130888;REVB=0.0192743;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.571292;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0112122;OID=.;OPOS=681284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:6:4:3:8:6:4 chr16 701656 . C T 118.73 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0231453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1623;QD=13.1917;RBI=0.0239251;REFB=-0.00481445;REVB=0.00605853;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470702;STB=0.766002;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0148493;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:3:11:7:14:3:11:8:14 chr16 705360 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0309137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3705;QD=10.3901;RBI=0.0310399;REFB=-0.0424336;REVB=-0.00279573;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0212969;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr16 705844 . T C 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00706762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5009;QD=19.3796;RBI=0.0153945;REFB=-0.0319559;REVB=-0.0136762;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638525;STB=0.536047;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0335687;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:14:7:8:12:14:7 chr16 705920 . G C 201.93 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.021807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3303;QD=21.2557;RBI=0.0236679;REFB=0.0110402;REVB=0.00919921;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327776;STB=0.685518;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00999511;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:11:7:15:5:11:7 chr16 708275 . C A 519.3 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0690095;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.076;QD=23.8759;RBI=0.0966609;REFB=0.0555379;REVB=0.0676833;RO=39;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270353;STB=0.515145;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0411732;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:38:48:49:0.563218:20:28:24:15:21:28:23:15 chr16 709001 . C A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0422619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.197;QD=19.5232;RBI=0.0449418;REFB=-0.0245807;REVB=-0.015287;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179781;STB=0.601134;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.017304;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:10:2:5:9:10:2 chr16 711712 . C T 580.88 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0720237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.248;QD=21.9201;RBI=0.0782683;REFB=-0.071749;REVB=0.030635;RO=47;SAF=36;SAR=22;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214975;STB=0.517802;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0593306;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:48:58:58:0.54717:22:36:28:19:22:36:28:20 chr16 711905 . A G 251.63 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000800294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.241;QD=20.5408;RBI=0.0840832;REFB=-0.0199307;REVB=-0.0840794;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190601;STB=0.585012;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0209934;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:6:17:14:11:7:17:14:11 chr16 712867 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00925067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.202;QD=17.5599;RBI=0.0288113;REFB=-0.023123;REVB=-0.0272859;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291993;STB=0.667479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0228663;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:9:12:5:13:9:12 chr16 715990 . G A 166.5 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0526265;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8678;QD=15.8575;RBI=0.0868553;REFB=-0.061007;REVB=0.0690962;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748824;STB=0.527365;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.108109;OID=.;OPOS=715990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:17:20:14:17:0.404762:10:4:6:11:11:6:8:12 chr16 717523 . G T 364.77 PASS AF=0.632653;AO=29;DP=47;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00149642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.138;QD=29.7768;RBI=0.00523172;REFB=-0.0311076;REVB=0.00501314;RO=16;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701157;STB=0.566887;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0186253;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:16:18:29:31:0.632653:14:15:10:6:16:15:12:6 chr16 718514 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0466353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7717;QD=18.4438;RBI=0.0466741;REFB=-0.0165701;REVB=-0.00190321;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359995;STB=0.713794;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0170735;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:10:1:3:6:10:1:3:6 chr16 720986 . G A 218.31 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0718319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1969;QD=31.1866;RBI=0.071832;REFB=-0.0538391;REVB=0.000114234;RO=8;SAF=17;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936603;STB=0.551892;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0235355;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:3:17:6:2:3:17:6:2 chr16 737269 . C T 393.26 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0245126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3734;QD=16.9145;RBI=0.0251755;REFB=-0.0114559;REVB=0.00573955;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839594;STB=0.547058;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0136555;OID=.;OPOS=737269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:21:20:21:31:21:20:21:31 chr16 740404 . C G 299.11 PASS AF=0.571429;AO=25;DP=46;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00561588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9787;QD=24.4171;RBI=0.0275061;REFB=-0.0523736;REVB=0.0269267;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201073;STB=0.607291;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0492854;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:20:21:25:28:0.571429:14:11:4:16:16:12:4:17 chr16 746884 . A C 1183.27 PASS AF=0.579787;AO=102;DP=181;FAO=109;FDP=188;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0411225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6316;QD=25.1759;RBI=0.0551243;REFB=-0.0339222;REVB=0.0367101;RO=79;SAF=43;SAR=59;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484396;STB=0.521211;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0258467;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:188:79:79:102:109:0.579787:59:43:38:41:62:47:38:41 chr16 746914 . G A 1173.0 PASS AF=0.559585;AO=108;DP=193;FAO=108;FDP=193;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0163247;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.565;QD=24.3109;RBI=0.0212744;REFB=-0.00497034;REVB=0.013642;RO=85;SAF=42;SAR=66;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106634;STB=0.558101;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00341941;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:85:85:108:108:0.559585:66:42:44:41:66:42:44:41 chr16 772061 . C T 553.88 PASS AF=0.691176;AO=43;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00922205;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.499;QD=32.5812;RBI=0.0113179;REFB=-0.0226226;REVB=0.00656116;RO=13;SAF=27;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576212;STB=0.524989;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00982243;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:68:68:13:16:43:47:0.691176:16:27:8:5:19:28:8:8 chr16 772141 . G C 429.99 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0181928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.784;QD=22.6311;RBI=0.0181996;REFB=-0.0149694;REVB=0.00049543;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12768;STB=0.576024;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0204051;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:34:42:42:0.552632:22:20:21:12:22:20:22:12 chr16 773341 . G A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0244332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.326;QD=16.8975;RBI=0.0292515;REFB=-0.0444792;REVB=-0.0160833;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228715;STB=0.631334;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0588691;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:2:7:5:5:2:7 chr16 773367 . G T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.100298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4771;QD=10.8846;RBI=0.119984;REFB=0.048135;REVB=0.0658512;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0656367;OID=.;OPOS=773367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:5:10:4:5:5:10 chr16 774692 . A G 237.36 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0295311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0939;QD=16.0923;RBI=0.0901058;REFB=-0.0203669;REVB=-0.0851291;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143575;STB=0.516783;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0162296;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:11:15:18:14:11:16:18:14 chr16 813650 . G A 1081.07 PASS AF=0.516908;AO=107;DP=212;FAO=107;FDP=207;FR=.;FRO=100;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0110678;FXX=0.0416647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.258;QD=20.8903;RBI=0.013544;REFB=-0.0276577;REVB=0.0078067;RO=87;SAF=59;SAR=48;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943097;STB=0.544213;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0238727;OID=.;OPOS=813650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:207:87:100:107:107:0.516908:48:59:38:49:48:59:46:54 chr16 839262 . A G 1748.67 PASS AF=0.991453;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.120282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.451;QD=59.7837;RBI=0.120652;REFB=-0.0985219;REVB=-0.00943953;RO=0;SAF=35;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.78464e-08;STB=0.503184;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000466501;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:117:0:1:112:116:0.991453:77:35:0:0:78:38:0:1 chr16 842296 . T C 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0199096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.487;QD=6.78787;RBI=0.0246052;REFB=-0.00785841;REVB=-0.0144576;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455461;STB=0.77722;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0133383;OID=.;OPOS=842296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:18:5:5:3:18:5 chr16 843221 . C T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.019472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.764;QD=14.4733;RBI=0.038156;REFB=-0.02257;REVB=0.0328135;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147563;STB=0.508374;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0223334;OID=.;OPOS=843221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:14:16:23:19:14:16:23:19 chr16 855717 . C G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00463846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.794;QD=13.5806;RBI=0.00990079;REFB=-0.00788956;REVB=0.00874702;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.562427;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0138344;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:16:12:9:8:16:12 chr16 929711 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00120559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.21;QD=23.6744;RBI=0.0220348;REFB=-0.0312224;REVB=-0.0220018;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667197;STB=0.53724;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.033116;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:9:7:11:10:9:7 chr16 943317 . C CT 65.5 PASS AF=0.294118;AO=16;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00746075;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.9969;QD=5.13761;RBI=0.0866365;REFB=-0.00268185;REVB=-0.0863147;RO=36;SAF=1;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607121;STB=0.747809;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=-0.00812455;OID=.;OPOS=943318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:16:52:15:51:36:2:13:14:22:65:36:1:15:16:20 chr16 943361 . T C 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.044219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7871;QD=15.0665;RBI=0.0541057;REFB=-0.00776211;REVB=-0.0311787;RO=47;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700646;STB=0.539523;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0102594;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:21:13:15:32:21:13:15:32 chr16 1034834 . T C 597.27 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253601;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4436;QD=61.2581;RBI=0.0291669;REFB=0;REVB=0.0144074;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92361e-05;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr16 1116169 . A G 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0124346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.452;QD=20.1561;RBI=0.0279314;REFB=-0.0175117;REVB=-0.0250108;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192046;STB=0.593102;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0221596;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:6:10:5:8:6:10:6:8 chr16 1116444 . GA G,GG 146.73 PASS AF=1,0;AO=5,8;DP=13;FAO=13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762577,-0.104511;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.565,180.589;QD=45.1465;RBI=0.0836224,0.104706;REFB=0,0;REVB=0.0343143,0.00637547;RO=0;SAF=2,5;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000795579,0;OID=.,.;OPOS=1116445,1116445;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,8:13:13,0:13:0:7,0:6,0:0:0:4:0:2,5:3,3:0:0 chr16 1130129 . C T 198.95 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0157796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.684;QD=11.3687;RBI=0.0158969;REFB=-0.00789778;REVB=-0.00192786;RO=43;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380268;STB=0.727107;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.025952;OID=.;OPOS=1130129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:45:25:25:0.357143:9:16:12:31:9:16:12:33 chr16 1130167 . CG CA,GC 281.21 PASS AF=0.424658,0;AO=30,5;DP=81;FAO=31,0;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19,0;FSAR=12,0;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0177567,0.0688255;FXX=0.0987532;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=71.6018,30.8189;QD=15.4089;RBI=0.0267162,0.0968104;REFB=0.0040726,0.000611202;REVB=-0.0199613,-0.068083;RO=33;SAF=18,0;SAR=12,5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.191823,-0.601644;STB=0.619306,0.5;STBP=0.095,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00456302,0.166169;OID=.,.;OPOS=1130168,1130167;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:73:33:42:30,5:31,0:0.424658,0:12,5:18,0:13:20:12,0:19,0:17:25 chr16 1131181 . C T 1462.85 PASS AF=0.979167;AO=92;DP=95;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.985;QD=60.9519;RBI=0.0247757;REFB=-0.0189523;REVB=0.00738631;RO=2;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132043;STB=0.500667;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=5.20692e-05;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:96:2:2:92:94:0.979167:43:49:1:1:44:50:1:1 chr16 1131393 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.041;QD=46.8464;RBI=0.087853;REFB=0;REVB=-0.0866177;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125494;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr16 1252369 . C T 520.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.01442;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.623;QD=54.8288;RBI=0.0962485;REFB=-0.125373;REVB=0.0951622;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492024;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00153022;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:0:2:18:18:0:2 chr16 1260481 . T C 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.94;QD=51.8991;RBI=0.0165846;REFB=0;REVB=0.0164358;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47601e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr16 1261219 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0249126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.072;QD=16.7844;RBI=0.0256247;REFB=-0.0212307;REVB=-0.00599923;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106531;STB=0.567581;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0553533;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:16:13:18:14:16:13:19:14 chr16 1261222 . A G 261.06 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0245439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2182;QD=17.1185;RBI=0.0317829;REFB=-0.0165908;REVB=-0.0201928;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106531;STB=0.559778;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0169204;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:18:14:16:13:18:14 chr16 1261282 . T C 734.44 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.8;QD=61.2035;RBI=0.0172938;REFB=-0.111463;REVB=-0.00282226;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-7.48623e-06;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:1:0 chr16 1265600 . G A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0178259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5624;QD=18.636;RBI=0.0200221;REFB=-0.0551566;REVB=0.00911712;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172481;STB=0.597446;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0173724;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:4:12:9:7:4:12 chr16 1268485 . C T 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0404196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8621;QD=20.1587;RBI=0.0472122;REFB=0.0139809;REVB=0.0243977;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106233;STB=0.560268;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00544004;OID=.;OPOS=1268485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:7:7:10:6:7:7 chr16 1268494 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0231563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.798;QD=10.669;RBI=0.0374617;REFB=-0.00966015;REVB=-0.0294477;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129954;STB=0.60135;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0182944;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:7:3:7:10:7:3:8:10 chr16 1269029 . T C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00866251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.039;QD=19.7012;RBI=0.0153955;REFB=0.0147992;REVB=0.0127272;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292813;STB=0.666465;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0122125;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:5:12:6:10:5:12:6:10 chr16 1270111 . G A 405.58 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.010967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.13;QD=15.1617;RBI=0.0147404;REFB=-0.0185766;REVB=-0.00984909;RO=60;SAF=20;SAR=26;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11621;STB=0.569775;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0226163;OID=.;OPOS=1270111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:26:20:33:27:26:20:34:27 chr16 1270162 . G A 284.31 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0789381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9941;QD=24.7228;RBI=0.0987284;REFB=-0.0569003;REVB=0.0592965;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170148;STB=0.594521;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0444403;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:8:12:10:16:8:12 chr16 1270349 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.306;QD=33.4285;RBI=0.053904;REFB=0;REVB=0.035114;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336306;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 1271890 . G T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0264815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.93;QD=23.5282;RBI=0.155838;REFB=-0.00853721;REVB=0.153572;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128771;STB=0.507197;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00796347;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:8:7:9:11:8:7 chr16 1272038 . G A 357.08 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348009;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.062;QD=54.9351;RBI=0.0612489;REFB=0;REVB=0.0504016;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183348;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr16 1272865 . G A 2369.28 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000489768;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.025;QD=60.7509;RBI=0.0211039;REFB=0;REVB=0.0210982;RO=0;SAF=75;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4396e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:156:0:0:151:156:1:76:75:0:0:80:76:0:0 chr16 1278744 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00232144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.155;QD=10.0753;RBI=0.0325445;REFB=-0.0227024;REVB=-0.0324616;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212868;STB=0.631226;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0257383;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:8:6:2:6:8:6 chr16 1279574 . C G 58.74 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00435643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.544;QD=7.34254;RBI=0.0335267;REFB=-0.011931;REVB=-0.0332424;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173183;STB=0.608448;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0224776;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:12:11:3:6:12:11 chr16 1279584 . T C 113.82 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0297483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.573;QD=11.9808;RBI=0.0664686;REFB=-0.0155203;REVB=-0.0594399;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323012;STB=0.644944;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.034832;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:3:10:12:12:4:10:12:12 chr16 1279623 . G A 169.83 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00885641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.303;QD=12.1309;RBI=0.013546;REFB=-0.0119202;REVB=0.0102498;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15937;STB=0.567125;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0260709;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:35:21:21:0.375:8:13:15:17:8:13:18:17 chr16 1279704 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0136277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6013;QD=10.1405;RBI=0.0328555;REFB=-0.00620913;REVB=-0.0298959;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927648;STB=0.555897;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0135496;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:13:15:8:5:13:15 chr16 1279710 . G A 116.3 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0221208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.806;QD=11.6295;RBI=0.0223205;REFB=-0.0122498;REVB=0.00297907;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615386;STB=0.503644;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123096;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:11:15:8:6:11:15 chr16 1279714 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0261101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.282;QD=12.3942;RBI=0.0448199;REFB=-0.0144956;REVB=-0.0364291;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669221;STB=0.519057;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0406815;OID=.;OPOS=1279714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:10:13:8:6:11:13 chr16 1279717 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0655432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.381;QD=12.3949;RBI=0.0661921;REFB=-0.0284018;REVB=-0.00924572;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323337;STB=0.519057;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0438521;OID=.;OPOS=1279717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:11:13:8:6:11:13 chr16 1291188 . C T 150.9 PASS AF=0.789474;AO=13;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0402522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0558;QD=31.7692;RBI=0.0718729;REFB=0.0132481;REVB=0.0595439;RO=4;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150928;STB=0.583231;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00870827;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:19:19:4:4:13:15:0.789474:3:10:4:0:5:10:4:0 chr16 1291622 . A G 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00898185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.01;QD=9.62186;RBI=0.0728342;REFB=-0.0136773;REVB=-0.0722783;RO=39;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553545;STB=0.526288;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0290093;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:13:6:14:25:13:6:14:26 chr16 1306346 . C T 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0110123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.848;QD=12.7399;RBI=0.0212819;REFB=-0.0468;REVB=0.0182112;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926992;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.047541;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:2:6:6:3:2:6:7:3 chr16 1306355 . T C 69.38 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0411026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5344;QD=15.4188;RBI=0.0415543;REFB=-0.104391;REVB=-0.00611047;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782009;STB=0.565081;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0175816;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:18:18:8:9:9:9:0.5:3:6:6:2:3:6:7:2 chr16 1306559 . AG AC,A,GA 193.14 PASS AF=0,0.6,0.1;AO=2,14,5;DP=30;FAO=0,18,3;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=0,13,0;FSAR=0,5,3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0122014,0.10457,-0.00494142;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=1,1,2;MLLD=51.1584,20.2777,132.403;QD=25.7521;RBI=0.0573209,0.108208,0.0139363;REFB=0.043217,0.0278985,0.00629422;REVB=-0.0560073,-0.0278248,-0.0130309;RO=9;SAF=0,13,0;SAR=2,1,5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.565098,0.549219,-0.718987;STB=0.5,0.604528,0.995569;STBP=1,0.148,0.126;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0173108,0.0041745,0.036579;OID=.,.,.;OPOS=1306560,1306560,1306559;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,GA;OMAPALT=AC,A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:30:30:9:9:2,14,5:0,18,3:0,0.6,0.1:2,1,5:0,13,0:4:5:0,5,3:0,13,0:4:5 chr16 1306680 . C T 184.69 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00605882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.005;QD=19.4408;RBI=0.0200021;REFB=-0.0161717;REVB=0.0190624;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143117;STB=0.58111;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00683332;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:10:9:12:7:10:9 chr16 1306918 . C T 65.84 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.010337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.822;QD=3.70938;RBI=0.0122526;REFB=-0.000152161;REVB=-0.00657821;RO=57;SAF=9;SAR=3;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192676;STB=0.633907;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00170183;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:57:59:12:12:0.169014:3:9:35:22:3:9:36:23 chr16 1306921 . G A 65.36 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00541672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.019;QD=3.63094;RBI=0.00874954;REFB=0.000182488;REVB=-0.00687121;RO=60;SAF=9;SAR=3;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20944;STB=0.642602;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0012942;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:12:12:0.166667:3:9:36:24:3:9:36:24 chr16 1306927 . C T 61.49 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=9.09221e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3885;QD=3.0747;RBI=0.0116295;REFB=-0.0160922;REVB=0.0116291;RO=68;SAF=9;SAR=3;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271942;STB=0.688856;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0260758;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:68:68:12:12:0.15:3:9:37:31:3:9:37:31 chr16 1306971 . A G 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0129269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.375;QD=3.24044;RBI=0.0414362;REFB=-0.00374154;REVB=-0.0393682;RO=68;SAF=10;SAR=3;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302355;STB=0.723708;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0243469;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:68:71:13:13:0.154762:3:10:37:31:3:10:37:34 chr16 1306973 . A G 76.34 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00699867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1042;QD=3.6352;RBI=0.0191899;REFB=-0.00818586;REVB=-0.0178682;RO=67;SAF=10;SAR=4;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215552;STB=0.662841;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.044136;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:67:70:14:14:0.166667:4:10:37:30:4:10:37:33 chr16 1306981 . G A 511.89 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0069875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.392;QD=24.089;RBI=0.0274443;REFB=-0.00177322;REVB=0.0265399;RO=37;SAF=26;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207359;STB=0.51137;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00316386;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:22:26:21:16:22:26:21:16 chr16 1306986 . C T 67.67 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00916132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4832;QD=3.18446;RBI=0.0112153;REFB=-0.0043708;REVB=-0.00646943;RO=72;SAF=10;SAR=3;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333163;STB=0.728997;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0149687;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:3:10:37:35:3:10:37:35 chr16 1311333 . A G 234.8 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00655294;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.542;QD=12.6916;RBI=0.00857286;REFB=-0.0311123;REVB=-0.00552747;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677046;STB=0.527008;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0509074;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:46:27:28:0.378378:14:13:25:21:14:14:25:21 chr16 1312546 . T A 308.39 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00166322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.38;QD=18.4115;RBI=0.0115066;REFB=-0.00551372;REVB=0.0113858;RO=33;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028244;STB=0.509428;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00536663;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:13:20:19:14:13:20:20:14 chr16 1312826 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0201549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.283;QD=11.1851;RBI=0.0328194;REFB=0.00776083;REVB=-0.0259016;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103724;STB=0.56072;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0282561;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:17:18:8:11:17:18 chr16 1370597 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.389;QD=59.0181;RBI=0.039952;REFB=0;REVB=0.0120983;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135853;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr16 1370614 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.969;QD=56.1909;RBI=0.0575696;REFB=0;REVB=0.0575516;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310946;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr16 1370630 . A G 306.04 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7349;QD=53.2246;RBI=0.0554309;REFB=0;REVB=0.000623474;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877181;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr16 1374818 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.462;QD=56.1916;RBI=0.0127304;REFB=0;REVB=-0.0111753;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23056e-06;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 1384743 . CA AG,CAG 30.18 PASS AF=0.0285714,0.0857143;AO=4,13;DP=106;FAO=3,9;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=2,3;FSAR=1,6;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.0591693,-0.0608658;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=135.352,122.819;QD=1.14967;RBI=0.0610712,0.0643593;REFB=-0.00180096,-0.0019786;REVB=-0.0151225,-0.020916;RO=86;SAF=2,3;SAR=2,10;SRF=36;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0708486,-0.255757;STB=0.751744,0.55307;STBP=0.507,0.768;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0563075,0.076427;OID=.,.;OPOS=1384743,1384745;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:106:105:86:93:4,13:3,9:0.0285714,0.0857143:2,10:2,3:36:50:1,6:2,3:36:57 chr16 1389153 . C A 800.96 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2108;QD=57.2117;RBI=0.103307;REFB=0;REVB=0.102687;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130793;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr16 1391871 . C G 215.05 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0164337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4615;QD=21.5048;RBI=0.0169013;REFB=-0.0308723;REVB=0.0039483;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.521718;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.01852;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:12:9:7:10:12:9:9:10 chr16 1393020 . G A 55.4 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0202906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3577;QD=10.0725;RBI=0.0647127;REFB=-0.0174336;REVB=0.0614494;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135085;STB=0.583112;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0760874;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:9:5:2:6:9:5 chr16 1394507 . A C 802.45 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.21409e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.68;QD=56.3121;RBI=0.0276847;REFB=0;REVB=0.0276846;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323926;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:22:30:0:0:27:30:0:0 chr16 1395100 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0242887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.195;QD=12.8683;RBI=0.0247431;REFB=-0.00356788;REVB=-0.00472029;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349884;STB=0.670769;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0100458;OID=.;OPOS=1395100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:10:11:0.407407:4:6:4:12:5:6:4:12 chr16 1399462 . T A 171.24 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00988807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.744;QD=12.4539;RBI=0.0106553;REFB=-0.0158887;REVB=0.00397018;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288611;STB=0.658385;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0261209;OID=.;OPOS=1399462;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:14:7:20:13:14:7:20:14 chr16 1413427 . G A 97.01 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00285672;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.477;QD=13.8583;RBI=0.0146268;REFB=-0.0196941;REVB=0.0143451;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155187;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.023174;OID=.;OPOS=1413427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:28:17:16:10:12:0.428571:5:5:11:6:6:6:10:6 chr16 1419947 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.429;QD=57.2026;RBI=0.0182893;REFB=0;REVB=-0.00445798;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45477e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr16 1433766 . T C 1190.17 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.391;QD=61.0342;RBI=0.0329533;REFB=0;REVB=0.0165896;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48119e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr16 1447278 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.569;QD=56.1907;RBI=0.0451163;REFB=0;REVB=-0.0339812;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66701e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 1479250 . C T 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00237265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.605;QD=19.6091;RBI=0.00417783;REFB=-0.0141127;REVB=-0.00343872;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337705;STB=0.518762;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0148509;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:24:18:20:23:24:18:20:23 chr16 1484392 . G C 709.9 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000752349;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1873;QD=63.1022;RBI=0.110551;REFB=0;REVB=0.110548;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680997;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr16 1484473 . A G 719.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000546956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.086;QD=56.411;RBI=0.0382364;REFB=0;REVB=-0.0382325;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31201e-05;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:33:18:0:0 chr16 1503879 . T A 1171.48 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.799;QD=60.856;RBI=0.0136175;REFB=0;REVB=0.00913697;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58717e-06;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr16 1545448 . A G 1543.15 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012022;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9411;QD=59.9282;RBI=0.0159558;REFB=0;REVB=0.0104909;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335533;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:48:54:0:0:48:55:0:0 chr16 1559838 . T C 259.68 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00821745;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.998;QD=16.4873;RBI=0.0283709;REFB=-0.0122022;REVB=0.0271548;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152541;STB=0.58531;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0173766;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:25:9:12:17:25:9 chr16 1570661 . C A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0312762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.404;QD=11.4396;RBI=0.0481119;REFB=-0.0161335;REVB=0.0365589;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824663;STB=0.549218;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0234713;OID=.;OPOS=1570661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:9:15:9:4:9:15 chr16 1574863 . G A 426.74 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0481099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5639;QD=27.5316;RBI=0.0558504;REFB=-0.0392542;REVB=0.0283672;RO=22;SAF=23;SAR=17;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720566;STB=0.539213;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0180325;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:17:23:15:7:17:23:15:7 chr16 1591962 . G A 384.1 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0252529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.011;QD=20.2159;RBI=0.0273281;REFB=-0.0183086;REVB=0.010446;RO=37;SAF=24;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191722;STB=0.510633;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0173946;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:15:24:22:15:15:24:22:15 chr16 1608082 . A G 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0129902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.084;QD=21.0496;RBI=0.0142914;REFB=0.00445336;REVB=0.00595807;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110883;STB=0.561369;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00405904;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:21:15:17:14:21:15:17:14 chr16 1614097 . A G 309.55 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0135868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.066;QD=18.7603;RBI=0.0145649;REFB=-0.0124568;REVB=-0.00524761;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109143;STB=0.560849;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00907362;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:18:15:19:14:18:15 chr16 1784991 . T A 1163.11 PASS AF=0.530233;AO=114;DP=215;FAO=114;FDP=215;FR=.;FRO=101;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.0220456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3978;QD=21.6393;RBI=0.0664761;REFB=-0.00731793;REVB=0.0627141;RO=100;SAF=50;SAR=64;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357778;STB=0.517403;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0065383;OID=.;OPOS=1784991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:100:101:114:114:0.530233:64:50:48:52:64:50:48:53 chr16 1814440 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0134433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.885;QD=14.0958;RBI=0.0152238;REFB=-0.0102741;REVB=-0.00714435;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.565099;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0244886;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:7:6:6:5:8:6 chr16 1816537 . G A 205.33 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0149689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8252;QD=14.6666;RBI=0.0451687;REFB=-0.0155136;REVB=0.0426162;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765204;STB=0.543443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0123871;OID=.;OPOS=1816537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:11:21:14:10:11:21 chr16 1817614 . C T 258.32 PASS AF=0.251701;AO=37;DP=147;FAO=37;FDP=147;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=43;FWDB=0.0369234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.817;QD=7.02897;RBI=0.0478213;REFB=-0.0153502;REVB=-0.0303898;RO=110;SAF=24;SAR=13;SRF=67;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528411;STB=0.531838;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0585383;OID=.;OPOS=1817614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:110:110:37:37:0.251701:13:24:67:43:13:24:67:43 chr16 1818503 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.411;QD=45.8068;RBI=0.0746778;REFB=0;REVB=0.073883;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120848;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 1820992 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.039;QD=52.6132;RBI=0.0338473;REFB=0;REVB=0.0310877;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120177;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr16 1827836 . T C 275.8 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00990778;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.399;QD=25.0724;RBI=0.0324116;REFB=-0.0064045;REVB=0.0308602;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158156;STB=0.587635;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00421478;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:13:6:13:12:13:6 chr16 1836796 . C A 128.26 PASS AF=0.583333;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00880575;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.111;QD=21.3762;RBI=0.0187115;REFB=-0.000807085;REVB=-0.01651;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.562409;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-8.98613e-05;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:24:7:10:12:14:0.583333:8:4:3:4:9:5:5:5 chr16 1838640 . T C 444.63 PASS AF=0.379562;AO=51;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.000990135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.966;QD=12.9818;RBI=0.0021693;REFB=-0.0131477;REVB=-0.00193016;RO=85;SAF=32;SAR=19;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454345;STB=0.530503;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0223416;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:85:85:51:52:0.379562:19:32:50:35:19:33:50:35 chr16 1842209 . A G 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0165668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.672;QD=12.1812;RBI=0.04855;REFB=-0.0446621;REVB=-0.045636;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0408844;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:9:6:4:6:9:6 chr16 1843672 . T C 608.98 PASS AF=0.440789;AO=64;DP=149;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0204187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.369;QD=16.0259;RBI=0.0204783;REFB=-0.0219939;REVB=-0.00156038;RO=85;SAF=41;SAR=23;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189054;STB=0.586619;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0272106;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:85:85:64:67:0.440789:23:41:39:46:26:41:39:46 chr16 1859432 . G C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0925403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9438;QD=15.2906;RBI=0.0926491;REFB=-0.0242692;REVB=0.00448984;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124428;STB=0.573595;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0507356;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:3:6:7:2:3:6 chr16 1877558 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000455266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3295;QD=13.4557;RBI=0.0481775;REFB=-0.00645778;REVB=0.0481753;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143835;STB=0.585202;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00755033;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:9:6:3:8:9:6 chr16 1878031 . GC AT 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0147925;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.505;QD=12.329;RBI=0.0288496;REFB=-0.0080845;REVB=-0.0247685;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340247;STB=0.699657;STBP=0.102;TYPE=mnp;VARB=0.0186376;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:5:12:4:7:5:12 chr16 1878067 . C G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0219427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.969;QD=10.6347;RBI=0.0353845;REFB=-0.0137426;REVB=-0.0277594;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118061;STB=0.571254;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0161129;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:5:8:4:4:5:8 chr16 1878492 . G A 253.07 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0118481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.247;QD=15.1084;RBI=0.0126483;REFB=-0.00118573;REVB=-0.00442732;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156242;STB=0.588295;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00174056;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:15:23:13:16:15:23 chr16 1878521 . C G 126.57 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0165216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7366;QD=11.2509;RBI=0.0252974;REFB=-0.0187074;REVB=0.0191571;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31539;STB=0.695398;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0400622;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:5:10:11:18:5:10:11:19 chr16 1878597 . T C 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0304682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4005;QD=8.74388;RBI=0.0431999;REFB=-0.00101159;REVB=-0.0306255;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198959;STB=0.512175;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00266614;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:17:13:5:7:17:13 chr16 1878641 . A C 43.0 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0176066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0156;QD=5.37544;RBI=0.0876721;REFB=0.00182538;REVB=0.085886;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201036;STB=0.631216;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00236254;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:4:3:15:10:4:3:15:10 chr16 1878740 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0218776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.921;QD=14.6525;RBI=0.0297797;REFB=-0.0146575;REVB=-0.0202041;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00934923;OID=.;OPOS=1878740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr16 1894912 . C T 36.54 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0659376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2318;QD=8.59762;RBI=0.0891339;REFB=-0.0824765;REVB=0.0599758;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105052;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0694882;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:17:10:11:5:6:0.352941:2:3:5:5:3:3:5:6 chr16 1907828 . C A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.080225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3879;QD=6.3112;RBI=0.0867029;REFB=-0.00404497;REVB=-0.032884;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510356;STB=0.532644;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00804876;OID=.;OPOS=1907828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:4:6:19:15:4:6:19:15 chr16 1918125 . T G 385.97 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0100334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.384;QD=14.8449;RBI=0.0108781;REFB=-0.00675429;REVB=-0.00420293;RO=60;SAF=14;SAR=29;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316977;STB=0.667605;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00523487;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:60:60:43:44:0.423077:29:14:38:22:29:15:38:22 chr16 1961674 . G C 312.83 PASS AF=0.561404;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0204152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.229;QD=21.9533;RBI=0.035071;REFB=-0.0115925;REVB=0.0285165;RO=25;SAF=7;SAR=23;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888413;STB=0.569744;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00761254;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:25:25:30:32:0.561404:23:7:4:21:23:9:4:21 chr16 2011532 . G A 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0378851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6082;QD=19.172;RBI=0.0718886;REFB=0.0263926;REVB=-0.0610957;RO=32;SAF=9;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758278;STB=0.542346;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0278351;OID=.;OPOS=2011532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:24:9:11:21:24:9:11:21 chr16 2013756 . TC CC,CT 153.21 PASS AF=0.358491,0;AO=18,2;DP=53;FAO=19,0;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0629087,9.88539e-05;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=43.5977,27.7703;QD=11.5631;RBI=0.0726775,0.0086848;REFB=-0.00395631,0.0219904;REVB=0.036394,-0.00868424;RO=29;SAF=5,2;SAR=13,0;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0495562,0.611339;STB=0.505715,0.5;STBP=0.971,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00503072,0;OID=.,.;OPOS=2013756,2013756;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:34:18,2:19,0:0.358491,0:13,0:5,2:7:22:13,0:6,0:11:23 chr16 2014283 . A G 461.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.993;QD=57.6282;RBI=0.0379041;REFB=0;REVB=0.0271238;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013153;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:12:20:0:0 chr16 2024131 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0433;QD=54.517;RBI=0.0480099;REFB=0;REVB=0.047504;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469423;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 2024355 . G T 157.83 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0148289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.698;QD=12.141;RBI=0.0164177;REFB=-0.0166286;REVB=0.00704597;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14527;STB=0.576119;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0285559;OID=.;OPOS=2024355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:19:19:0.365385:12:7:16:16:12:7:16:17 chr16 2025206 . A C 68.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0229543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2608;QD=14.3296;RBI=0.0700238;REFB=0.0190818;REVB=0.0661546;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0182941;OID=.;OPOS=2025206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:6:4:3:6:6:4 chr16 2025678 . C A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0250234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3253;QD=12.7907;RBI=0.0393344;REFB=-0.00747885;REVB=0.0303484;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403331;STB=0.72947;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0152134;OID=.;OPOS=2025678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:20:3:7:7:20:3 chr16 2028402 . A C 240.89 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0127491;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8759;QD=14.3812;RBI=0.0130367;REFB=-0.0251263;REVB=-0.00272293;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442437;STB=0.516637;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0389892;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:13:15:22:16:13:15:22:17 chr16 2029083 . G A 164.25 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00799667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.244;QD=21.8995;RBI=0.00799683;REFB=-0.0507065;REVB=-5.02953e-05;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139462;STB=0.586715;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0298244;OID=.;OPOS=2029083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:13:3:4:9:14:3:4:9 chr16 2030127 . G A 353.72 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0136354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8686;QD=13.8714;RBI=0.0201483;REFB=-0.0131932;REVB=0.0148334;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130999;STB=0.507416;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0375467;OID=.;OPOS=2030127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:21:20:29:32:21:20:29:32 chr16 2034713 . G A 428.32 PASS AF=0.552632;AO=37;DP=69;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0286158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.716;QD=22.5433;RBI=0.0287676;REFB=-0.00834139;REVB=-0.00295161;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832901;STB=0.569587;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00717107;OID=.;OPOS=2034713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:76:32:34:37:42:0.552632:16:21:15:17:17:25:15:19 chr16 2048796 . C T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0523505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9363;QD=20.8711;RBI=0.0563242;REFB=-0.00848039;REVB=0.0207808;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173986;STB=0.509795;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00991975;OID=.;OPOS=2048796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:13:8:8:12:13:8:8:12 chr16 2048826 . C G 104.9 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0168615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.433;QD=16.1382;RBI=0.022197;REFB=0.00330088;REVB=0.014436;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213583;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:7:5:6:7:7:6:6:7 chr16 2049640 . A G 163.79 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.015315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2974;QD=13.3708;RBI=0.0741775;REFB=-0.0136769;REVB=-0.0725793;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50258;STB=0.784441;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.013977;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:18:18:0.367347:4:14:9:21:4:14:10:21 chr16 2049728 . C T 398.52 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0108029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.981;QD=18.1145;RBI=0.014389;REFB=-0.00388274;REVB=0.00950473;RO=42;SAF=27;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275316;STB=0.637727;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00258134;OID=.;OPOS=2049728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:47:41:41:0.465909:14:27:15:27:14:27:19:28 chr16 2049849 . T C 203.18 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0556601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.997;QD=21.9652;RBI=0.0627288;REFB=-0.0143379;REVB=-0.0289286;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722218;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0107592;OID=.;OPOS=2049849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:7:10:10:10:7:10 chr16 2050192 . G T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0084356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.667;QD=9.91652;RBI=0.0106895;REFB=-0.00558811;REVB=0.00656551;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46855;STB=0.771904;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00232689;OID=.;OPOS=2050192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:15:2:5:4:15:2 chr16 2144182 . G A 384.68 PASS AF=0.45977;AO=38;DP=85;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0431266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.823;QD=17.6863;RBI=0.0595666;REFB=-0.0199379;REVB=0.0410886;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268047;STB=0.661893;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0281528;OID=.;OPOS=2144182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:46:47:38:40:0.45977:23:15:31:15:25:15:32:15 chr16 2147241 . A T 282.92 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0337143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.155;QD=17.4106;RBI=0.0348926;REFB=-0.00966825;REVB=0.00899111;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114464;STB=0.563632;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0128974;OID=.;OPOS=2147241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:30:31:0.476923:11:19:17:16:11:20:18:16 chr16 2235117 . C T 70.16 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.144735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.478;QD=6.84476;RBI=0.14506;REFB=0.00214935;REVB=-0.00970306;RO=31;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151517;STB=0.593058;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00675958;OID=.;OPOS=2235117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:8:2:4:27:8:2:4:27 chr16 2257105 . C G 234.42 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00123644;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.3255;QD=15.1241;RBI=0.0339037;REFB=0.0102867;REVB=-0.0338811;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127775;STB=0.578764;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00887922;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:35:27:27:0.435484:14:13:12:22:14:13:12:23 chr16 2260567 . C T 377.77 PASS AF=0.47619;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0599216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.151;QD=17.989;RBI=0.0624503;REFB=-0.0232161;REVB=-0.017591;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11982;STB=0.595698;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0173151;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:44:44:37:40:0.47619:19:18:16:28:19:21:15:29 chr16 2260612 . T C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0163457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.575;QD=10.1676;RBI=0.0243761;REFB=-0.0202077;REVB=-0.0180835;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905785;STB=0.573569;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0411548;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:18:19:0.333333:11:7:12:26:11:8:12:26 chr16 2263146 . A G 240.2 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0334572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5081;QD=21.3509;RBI=0.0569954;REFB=-0.0146908;REVB=-0.046142;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330015;STB=0.531972;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.027464;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:9:14:12:9:9:14:12:10 chr16 2263516 . A G 92.64 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00876716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9751;QD=20.5874;RBI=0.0100095;REFB=-0.0414363;REVB=0.0048297;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497773;STB=0.792976;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0277235;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:18:18:7:7:11:11:0.611111:10:1:4:3:10:1:4:3 chr16 2284689 . C T 110.74 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=-0.0100734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.041;QD=4.02685;RBI=0.0170143;REFB=-0.00449799;REVB=0.0137118;RO=90;SAF=10;SAR=10;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185469;STB=0.61807;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0217749;OID=.;OPOS=2284689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:90:90:20:20:0.181818:10:10:58:32:10:10:58:32 chr16 2285357 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0177574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.853;QD=14.1955;RBI=0.0220636;REFB=-0.0321858;REVB=-0.0130949;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204049;STB=0.617501;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0215227;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:16:6:7:8:16:6 chr16 2293072 . C T 260.48 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.101591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.693;QD=18.9442;RBI=0.101616;REFB=-0.00224763;REVB=-0.0022518;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052687;STB=0.529391;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0021579;OID=.;OPOS=2293072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:10:17:16:12:10:17 chr16 2331430 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.401;QD=58.14;RBI=0.0229454;REFB=0;REVB=0.0227838;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05824e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr16 2512523 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00094885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.337;QD=47.819;RBI=0.0684731;REFB=0;REVB=0.0684666;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924775;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr16 2810331 . C T 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00692257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.583;QD=24.9282;RBI=0.00744561;REFB=-0.0126728;REVB=-0.00274137;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693373;STB=0.538431;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00812133;OID=.;OPOS=2810331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:13:6:10:15:13:6 chr16 2810373 . G A 107.23 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0341937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.999;QD=14.2973;RBI=0.0442591;REFB=-0.0112403;REVB=0.0281009;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057665;STB=0.562406;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0164548;OID=.;OPOS=2810373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:13:13:0.433333:6:7:9:6:6:7:11:6 chr16 2812647 . C T 210.78 PASS AF=0.625;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0140224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.576;QD=26.3477;RBI=0.0154293;REFB=-0.0397742;REVB=0.00643707;RO=9;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121884;STB=0.514691;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0243695;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:9:12:19:20:0.625:5:14:8:1:6:14:8:4 chr16 2814506 . G A 252.58 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0193978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.246;QD=15.5432;RBI=0.0221273;REFB=-0.00656951;REVB=-0.0106462;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019846;STB=0.521262;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0103566;OID=.;OPOS=2814506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:28:29:0.446154:13:15:20:16:14:15:20:16 chr16 2815237 . A C 374.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1807;QD=55.5046;RBI=0.0537197;REFB=0;REVB=0.0439693;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833257;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr16 2817499 . C G 386.19 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0195359;FXX=0.0363603;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1926;QD=14.5732;RBI=0.0214051;REFB=-0.0211553;REVB=-0.00874789;RO=60;SAF=29;SAR=15;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835871;STB=0.559201;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0508239;OID=.;OPOS=2817499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:60:62:44:44:0.415094:15:29:35:25:15:29:35:27 chr16 2817501 . C T 373.37 PASS AF=0.396396;AO=45;DP=112;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.110076;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0848;QD=13.4548;RBI=0.112642;REFB=-0.0241795;REVB=0.0239074;RO=67;SAF=30;SAR=15;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160689;STB=0.586701;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0301879;OID=.;OPOS=2817501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:67:67:45:44:0.396396:15:30:35:32:15:29:35:32 chr16 2818030 . G C 110.84 PASS AF=0.25;AO=16;DP=70;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0152952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.556;QD=6.1576;RBI=0.0325439;REFB=-0.00717147;REVB=-0.0287256;RO=52;SAF=12;SAR=4;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363636;STB=0.757667;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0554832;OID=.;OPOS=2818030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:52:54:16:18:0.25:4:12:24:28:4:14:24:30 chr16 2818161 . T C 538.3 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0539901;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6185;QD=20.3134;RBI=0.0592062;REFB=-0.0315589;REVB=-0.0242989;RO=51;SAF=31;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129435;STB=0.507133;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0200383;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:24:31:28:23:24:31:28:23 chr16 2818704 . T G 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00166067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.989;QD=23.1623;RBI=0.0198412;REFB=-0.075685;REVB=0.0197716;RO=23;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118587;STB=0.566381;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0528357;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:18:8:10:13:18:8:10:13 chr16 2820882 . G T 395.53 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00968801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.757;QD=20.5472;RBI=0.0126885;REFB=0.0015432;REVB=-0.00819388;RO=36;SAF=27;SAR=13;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470032;STB=0.515325;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00130133;OID=.;OPOS=2820882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:13:27:26:10:13:27:26:11 chr16 2821307 . GAA GA,GAC 111.09 PASS AF=0.40625,0.09375;AO=11,3;DP=32;FAO=13,3;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6,1;FSAR=7,2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0981683,-0.00227252;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.1542,20.8812;QD=13.8864;RBI=0.123337,0.0660735;REFB=-0.0134548,-0.00785922;REVB=0.0746653,0.0660344;RO=13;SAF=5,1;SAR=6,2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359362,-0.543225;STB=0.688862,0.846928;STBP=0.103,0.461;TYPE=del,snp;VARB=0.0126536,-0.0595023;OID=.,.;OPOS=2821308,2821309;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625,0.09375:11,3:32:13,3:32:16:6,1:7,2:13:3:88:13:5,1:6,2:11:2 chr16 2821525 . G A 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.451;QD=56.1751;RBI=0.0478001;REFB=0;REVB=0.0373066;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169878;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr16 2855008 . C T 475.55 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.034607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.69;QD=19.214;RBI=0.0350433;REFB=-0.00872913;REVB=-0.00551251;RO=52;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06856;STB=0.538147;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00738787;OID=.;OPOS=2855008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:26:21:27:25:26:21:27:25 chr16 2855028 . C T 496.03 PASS AF=0.49;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0307079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8014;QD=19.8413;RBI=0.0330033;REFB=-0.0129503;REVB=-0.0120933;RO=51;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105414;STB=0.551703;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0149778;OID=.;OPOS=2855028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:48:49:0.49:28:20:27:24:28:21:27:24 chr16 2871555 . G A 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0071523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.335;QD=21.8354;RBI=0.012159;REFB=-0.00316577;REVB=-0.00983286;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212096;STB=0.619464;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00234228;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:12:12:7:18:12:12 chr16 2983459 . C T 286.36 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0191417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.897;QD=15.6908;RBI=0.0368011;REFB=-0.0174421;REVB=-0.0314312;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658677;STB=0.534225;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.020816;OID=.;OPOS=2983459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:40:41:31:32:0.438356:15:16:18:22:16:16:18:23 chr16 2983483 . C G 1066.05 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4003;QD=58.4138;RBI=0.0494921;REFB=0.101247;REVB=0.0368767;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00105505;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:0:1:40:32:0:1 chr16 2986840 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.592;QD=42.1822;RBI=0.100098;REFB=0;REVB=0.00615559;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125881;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr16 3065455 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCG 216.86 PASS AF=0.547619,0.00793651;AO=48,9;DP=123;FAO=69,1;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=43,0;FSAR=26,1;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0351303,0.0164689;FXX=0.023254;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.76027,20.1332;QD=6.88445;RBI=0.0358567,0.0569055;REFB=-0.122046,-0.0529524;REVB=0.00718054,-0.0544703;RO=53;SAF=38,0;SAR=10,9;SRF=31;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.245539,-0.713091;STB=0.53266,0.991031;STBP=0.44,0.278;TYPE=del,snp;VARB=0.141344,0.00714493;OID=.,.;OPOS=3065456,3065462;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619,0.00793651:48,9:123:69,1:126:56:43,0:26,1:31:25:99:53:38,0:10,9:31:22 chr16 3065808 . G A 99.18 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00523196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.081;QD=6.50384;RBI=0.0692768;REFB=-0.00605063;REVB=0.0690789;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202002;STB=0.6077;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.020874;OID=.;OPOS=3065808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:46:15:15:0.245902:9:6:25:19:9:6:25:21 chr16 3065924 . G A 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0144917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.873;QD=20.2133;RBI=0.0149673;REFB=-0.0081332;REVB=-0.00374335;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332506;STB=0.518424;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00757075;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:22:20:18:23:22:20:18:23 chr16 3099998 . T C 403.13 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=56;FWDB=-0.0421818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.432;QD=12.404;RBI=0.043745;REFB=-0.00186135;REVB=-0.0115897;RO=80;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171933;STB=0.603262;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00207884;OID=.;OPOS=3099998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:82:48:48:0.369231:25:23:26:54:25:23:26:56 chr16 3119303 . GA AC,GG 98.02 PASS AF=0,0.265306;AO=2,11;DP=50;FAO=0,13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=0,6;FSAR=0,7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.195969,0.0833706;FXX=0.019996;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=33.9145,85.4623;QD=8.00123;RBI=0.196282,0.0836631;REFB=0.0362411,-0.00268052;REVB=0.0110653,0.00698953;RO=33;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.449995,-0.148171;STB=0.5,0.548515;STBP=1,0.69;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00867742;OID=.,.;OPOS=3119303,3119304;OREF=GA,A;OALT=AC,G;OMAPALT=AC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:98:50:49:33:36:2,11:0,13:0,0.265306:0,7:2,4:16:17:0,7:0,6:19:17 chr16 3132197 . A G 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0592026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0024;QD=19.9053;RBI=0.0819982;REFB=-0.000905485;REVB=-0.056734;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988581;STB=0.55502;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000875581;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:14:14:19:12:14:14 chr16 3165425 . A G 255.13 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00514939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.968;QD=22.1853;RBI=0.011705;REFB=-0.0024127;REVB=-0.0105115;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388191;STB=0.521721;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00641678;OID=.;OPOS=3165425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:10:12:12:12:10:12 chr16 3199713 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0396422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5616;QD=9.56964;RBI=0.0510559;REFB=-0.00595791;REVB=-0.0321746;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550847;STB=0.842438;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0149455;OID=.;OPOS=3199713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:1:7:6:9:1:7:6:9 chr16 3202685 . C CA 205.05 PASS AF=0.569767;AO=40;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.17341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.446;QD=9.53706;RBI=0.214779;REFB=-0.0198423;REVB=0.126724;RO=39;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146337;STB=0.553693;STBP=0.29;TYPE=ins;VARB=0.0163358;OID=.;OPOS=3202686;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.569767:40:86:49:86:37:26:23:15:22:99:39:22:18:15:24 chr16 3207446 . G A 1227.62 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.11;QD=60.6232;RBI=0.0265494;REFB=0;REVB=0.0172646;RO=1;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54317e-05;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:1:0:80:81:1:31:49:0:1:32:49:0:0 chr16 3208911 . G A 413.51 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.986;QD=55.1347;RBI=0.0362858;REFB=0;REVB=0.0359066;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169956;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:11:16:0:0:11:19:0:0 chr16 3208914 . T C 123.01 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0179133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.729;QD=16.4009;RBI=0.0310998;REFB=-0.00546566;REVB=-0.0254227;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112138;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00415562;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:11:5:6:8:11:5 chr16 3208995 . G C 85.66 PASS AF=0.478261;AO=7;DP=20;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00273418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.409;QD=14.8968;RBI=0.00446879;REFB=-0.0108081;REVB=0.00353473;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500083;STB=0.671941;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0028388;OID=.;OPOS=3208995;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:20:23:12:12:7:11:0.478261:1:6:5:7:3:8:5:7 chr16 3214964 . A G 304.8 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0124042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.21;QD=15.0519;RBI=0.0124187;REFB=-0.015975;REVB=-0.000599957;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198795;STB=0.605999;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0162553;OID=.;OPOS=3214964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:20:14:28:18:20:14:28:19 chr16 3225693 . C T 287.18 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0248472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2885;QD=15.736;RBI=0.0588269;REFB=-0.0211756;REVB=-0.0533218;RO=38;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106421;STB=0.584851;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0192403;OID=.;OPOS=3225693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:38:41:32:32:0.438356:11:21:21:17:11:21:21:20 chr16 3230588 . G A 148.93 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00662604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.215;QD=19.2161;RBI=0.0439968;REFB=-0.0226062;REVB=-0.043495;RO=15;SAF=14;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52083;STB=0.708546;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.023017;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:1:14:9:6:2:14:9:6 chr16 3234217 . C T 200.49 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0249022;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.717;QD=19.5596;RBI=0.0267119;REFB=-0.0297749;REVB=-0.00966443;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109584;STB=0.561982;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0313799;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:9:12:9:11:9:12 chr16 3241975 . G T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00943998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.097;QD=20.1561;RBI=0.0227968;REFB=-0.0077527;REVB=-0.0207504;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142941;STB=0.579774;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00629172;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:12:13:10:18:12:13 chr16 3243904 . G A 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00658761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.324;QD=9.1435;RBI=0.0271333;REFB=-0.0102965;REVB=-0.0263214;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112992;STB=0.566941;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0216617;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:18:24:9:10:18:24 chr16 3243922 . C A 170.13 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0472512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8757;QD=10.9764;RBI=0.0542604;REFB=-0.0160381;REVB=0.0266742;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132867;STB=0.57719;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0278699;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:17:23:10:12:17:23 chr16 3243942 . T C 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0127512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.542;QD=11.8203;RBI=0.0329692;REFB=-0.00608635;REVB=0.0304036;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609611;STB=0.519984;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0105795;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:43:25:25:0.367647:12:13:19:22:12:13:21:22 chr16 3243951 . C T 200.8 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0357093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.624;QD=11.8115;RBI=0.0365029;REFB=-0.00846441;REVB=-0.00757014;RO=43;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917103;STB=0.505296;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0155175;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:12:13:22:21:12:13:22:21 chr16 3254470 . T C 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0324106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5359;QD=14.6485;RBI=0.0631836;REFB=-0.0191979;REVB=-0.0542377;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300736;STB=0.675417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.021282;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:8:11:4:10:8:11 chr16 3254972 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00105819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.043;QD=18.9487;RBI=0.0283994;REFB=-0.0239017;REVB=-0.0283797;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800724;STB=0.544715;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.017797;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:12:15:13:15:12:15 chr16 3266071 . A G 227.13 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0588723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5103;QD=28.3907;RBI=0.0643467;REFB=-0.0184195;REVB=-0.0259721;RO=11;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431096;STB=0.523787;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0100367;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:14:7:3:8:14:7:3:8 chr16 3297073 . A G 675.82 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.007;QD=61.4385;RBI=0.0494227;REFB=0;REVB=0.0264326;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248706;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr16 3297175 . T C 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9675;QD=58.4118;RBI=0.0495849;REFB=0;REVB=-0.0380542;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000671529;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr16 3297181 . C T 937.72 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.534;QD=58.6074;RBI=0.0214569;REFB=0;REVB=0.00576951;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118035;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:30:34:0:0 chr16 3299749 . G A 1080.25 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.816;QD=60.014;RBI=0.0632001;REFB=0;REVB=0.0619126;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196071;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr16 3405994 . A G 627.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.708;QD=59.7647;RBI=0.0348965;REFB=-0.0679104;REVB=0.0309154;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808019;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr16 3406387 . C G 412.81 PASS AF=0.894737;AO=29;DP=33;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0323828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9439;QD=43.4539;RBI=0.0452608;REFB=-0.093721;REVB=0.0316211;RO=1;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132075;STB=0.599937;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.093584;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:33:38:1:4:29:34:0.894737:3:26:0:1:8:26:0:4 chr16 3419934 . G T 440.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.325;QD=56.7736;RBI=0.0456713;REFB=0;REVB=0.033305;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116108;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr16 3452193 . T G 701.64 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357961;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0041;QD=57.2767;RBI=0.0476587;REFB=0;REVB=-0.0314641;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000857207;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr16 3454741 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTA 38.05 PASS AF=0.25,0.125;AO=5,3;DP=25;FAO=6,3;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1,3;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.014014,0.0862737;FXX=0.039984;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.9962,25.8995;QD=6.34086;RBI=0.0797836,0.0866065;REFB=-0.0250022,-0.0307503;REVB=-0.0785432,0.0075849;RO=14;SAF=0,3;SAR=5,0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.647235,0.736641;STB=0.540398,0.997779;STBP=0.897,0.013;TYPE=del,snp;VARB=0.0216815,0.00975347;OID=.,.;OPOS=3454742,3454748;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.125:5,3:25:6,3:24:15:1,3:5,0:3:12:21:14:0,3:5,0:3:11 chr16 3486285 . C A 1327.28 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.954;QD=61.7338;RBI=0.0193582;REFB=0;REVB=0.0151129;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237257;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:47:39:0:0 chr16 3490922 . G C 234.33 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6208;QD=49.3327;RBI=0.0248649;REFB=0;REVB=-0.0238198;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158348;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr16 3534891 . C CA 259.61 PASS AF=1;AO=4;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.276;QD=43.2681;RBI=0.0292506;REFB=0;REVB=0.0292506;RO=21;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000788491;OID=.;OPOS=3534892;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:25:24:24:0:0:24:0:0:4:21:0:4:0:21 chr16 3534892 . G A,C 304.13 PASS AF=0.84,0.12;AO=21,3;DP=25;FAO=21,3;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=226.03,13.6576;QD=48.6605;RBI=0.0280762,0.0478574;REFB=0.0479685,0.189091;REVB=0.0280762,-0.0478574;RO=1;SAF=0,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.48577e-06,0.113244;OID=.,.;OPOS=3534892,3534892;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:25:1:1:21,3:21,3:0.84,0.12:21,3:0,0:0:1:21,3:0,0:0:1 chr16 3535116 . T C 1491.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3213;QD=63.472;RBI=0.0415898;REFB=0;REVB=-0.00618609;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170756;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr16 3535540 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.222;QD=60.2304;RBI=0.0638358;REFB=0;REVB=0.0616939;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139284;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr16 3536872 . G A 272.8 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.029;QD=51.961;RBI=0.0959686;REFB=0;REVB=0.0858362;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634858;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:13:6:0:0:15:6:0:0 chr16 3551067 . T C 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0228332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.848;QD=8.12709;RBI=0.024134;REFB=-0.0140531;REVB=-0.00781621;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362456;STB=0.538391;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0318154;OID=.;OPOS=3551067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:28:29:11:11:0.275:4:7:17:11:4:7:17:12 chr16 3554799 . T C 363.53 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0248395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.989;QD=18.1764;RBI=0.0274613;REFB=-0.00396122;REVB=-0.0117099;RO=42;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236221;STB=0.501319;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00540857;OID=.;OPOS=3554799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:20:18:20:22:20:18:20:22 chr16 3580565 . T C 312.76 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0108078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.636;QD=21.9478;RBI=0.0380014;REFB=-0.00935961;REVB=0.0364321;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895167;STB=0.504947;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0104167;OID=.;OPOS=3580565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:17:15:12:13:17:15:12:13 chr16 3594296 . C T 231.96 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00675486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.248;QD=18.5567;RBI=0.0165201;REFB=-0.0233532;REVB=0.015076;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0377216;OID=.;OPOS=3594296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:14:13:11:12:14:13 chr16 3602227 . AG A 215.15 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.194263;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.3656;QD=43.0304;RBI=0.205475;REFB=0;REVB=-0.0669469;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0145785;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:20:20:0:11:9:0:0:4:0:10:9:0:0 chr16 3613928 . A G 220.36 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.05774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7339;QD=16.0264;RBI=0.0592756;REFB=-0.0288939;REVB=-0.0134046;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652503;STB=0.50369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0242941;OID=.;OPOS=3613928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:13:17:14:11:13:17 chr16 3615301 . C T 572.12 PASS AF=0.385057;AO=66;DP=173;FAO=67;FDP=174;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=69;FWDB=0.0550431;FXX=0.00571396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.789;QD=13.1522;RBI=0.0550505;REFB=-0.0201354;REVB=0.000907435;RO=107;SAF=43;SAR=23;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318719;STB=0.682117;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0414422;OID=.;OPOS=3615301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:107:107:66:67:0.385057:23:43:38:69:23:44:38:69 chr16 3631472 . T C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0170072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3626;QD=18.7956;RBI=0.0190817;REFB=0.0107944;REVB=-0.00865251;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880988;STB=0.549956;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0151275;OID=.;OPOS=3631472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:13:14:14:9:13:14 chr16 3632416 . G A 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0125035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.366;QD=18.0542;RBI=0.0125805;REFB=-0.0238836;REVB=-0.0013897;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135613;STB=0.559076;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0203519;OID=.;OPOS=3632416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:35:33:33:0.485294:16:17:12:21:16:17:14:21 chr16 3639139 . A G 416.2 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0229756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.361;QD=16.9877;RBI=0.0423798;REFB=-0.0271642;REVB=-0.0356113;RO=53;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163769;STB=0.595251;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0230672;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:55:42:43:0.438776:20:22:19:34:20:23:20:35 chr16 3640274 . G A 335.84 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00195302;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.344;QD=19.4687;RBI=0.0118078;REFB=-0.0101369;REVB=0.0116452;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126586;STB=0.507038;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00922619;OID=.;OPOS=3640274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:18:17:17:17:18:17:17:17 chr16 3640785 . C T 298.5 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0696599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5445;QD=18.6564;RBI=0.069792;REFB=-0.026273;REVB=0.00429106;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560252;STB=0.531231;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0162622;OID=.;OPOS=3640785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:16:16:18:14:16:16:18:14 chr16 3645607 . A G 280.07 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00099834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1436;QD=16.7203;RBI=0.0852852;REFB=-0.0148714;REVB=-0.0852794;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126996;STB=0.555733;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0189632;OID=.;OPOS=3645607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:34:36:31:31:0.462687:17:14:20:14:17:14:20:16 chr16 3647692 . A C 112.3 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0995907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5843;QD=16.6374;RBI=0.101977;REFB=-0.0185628;REVB=-0.0219309;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106228;STB=0.561308;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00565362;OID=.;OPOS=3647692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:7:7:8:5:7:7 chr16 3650987 . T C 118.99 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0119698;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.289;QD=12.2037;RBI=0.0304148;REFB=-0.00611611;REVB=-0.0279604;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12338;STB=0.57242;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0275087;OID=.;OPOS=3650987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:17:8:6:8:17:8 chr16 3650991 . T C 128.53 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00375191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.344;QD=12.5395;RBI=0.00544193;REFB=-0.0167969;REVB=0.0039418;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289981;STB=0.60252;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0178835;OID=.;OPOS=3650991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:26:15:15:0.365854:7:8:17:4:7:8:18:8 chr16 3658540 . A T 454.85 PASS AF=0.457627;AO=48;DP=114;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0227688;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2208;QD=15.4188;RBI=0.0258551;REFB=-0.0227657;REVB=0.0122501;RO=58;SAF=22;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708032;STB=0.534005;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0188172;OID=.;OPOS=3658540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:58:64:48:54:0.457627:26:22:27:31:32:22:30:34 chr16 3707747 . G A 213.36 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.023399;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1473;QD=13.5468;RBI=0.0489931;REFB=-0.0175103;REVB=0.0430443;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18861;STB=0.59315;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0236918;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:35:37:24:26:0.412698:10:14:14:21:12:14:14:23 chr16 3713468 . G A 233.67 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0117476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.287;QD=24.5963;RBI=0.0429329;REFB=-0.008957;REVB=-0.0412944;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345072;STB=0.519213;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0040301;OID=.;OPOS=3713468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:8:8:10:12:8:8 chr16 3724352 . G A 618.43 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0010362;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.415;QD=23.5592;RBI=0.00643692;REFB=-0.0275335;REVB=0.00635297;RO=45;SAF=32;SAR=28;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104271;STB=0.556943;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0235071;OID=.;OPOS=3724352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:45:45:60:60:0.571429:28:32:18:27:28:32:18:27 chr16 3724465 . G C 1843.3 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9421;QD=60.436;RBI=0.0223352;REFB=-0.130384;REVB=-0.00726218;RO=0;SAF=45;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11218e-08;STB=0.503355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00119015;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:120:121:0.991803:75:45:0:0:74:47:0:1 chr16 3726074 . G C 288.7 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0162966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3028;QD=20.996;RBI=0.0310125;REFB=-0.0182168;REVB=0.0263856;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243285;STB=0.513504;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0166139;OID=.;OPOS=3726074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:20:10:9:16:20:10:9:16 chr16 3781313 . G A 301.93 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0334689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.921;QD=19.4792;RBI=0.0336562;REFB=-0.0224865;REVB=0.00354581;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579822;STB=0.532238;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0161446;OID=.;OPOS=3781313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:13:17:16:16:13:17 chr16 3795363 . G A 52.53 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0309374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.776;QD=6.56657;RBI=0.0309375;REFB=0.000362988;REVB=7.45262e-05;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048886;STB=0.531172;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00326;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:13:11:4:4:13:11 chr16 3820723 . T A 149.01 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0284168;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.381;QD=17.5301;RBI=0.0414681;REFB=-0.0451495;REVB=0.0302008;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188477;STB=0.609224;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.043044;OID=.;OPOS=3820723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:3:13:12:6:3:13:12:6 chr16 3860640 . A G 680.35 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0121307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.849;QD=22.8688;RBI=0.026804;REFB=-0.0123583;REVB=-0.0239019;RO=52;SAF=48;SAR=18;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124426;STB=0.565197;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0102269;OID=.;OPOS=3860640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:53:66:66:0.554622:18:48:31:21:18:48:32:21 chr16 3900479 . G A 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0233531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.775;QD=6.80726;RBI=0.023529;REFB=-0.000997067;REVB=0.00287163;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173848;STB=0.609518;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00189355;OID=.;OPOS=3900479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:11:16:4:5:11:16 chr16 4016676 . A G 239.91 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0124975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.525;QD=16.5456;RBI=0.0585844;REFB=-0.0143189;REVB=-0.0572358;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555086;STB=0.531227;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0165322;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:19:12:12:15:19:12 chr16 4027605 . C T 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0153349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.705;QD=19.368;RBI=0.0333799;REFB=-0.0183146;REVB=-0.0296489;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.588064;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0366968;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:2:5:5:5:2:5 chr16 4164364 . C T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00989537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5775;QD=10.5416;RBI=0.0452428;REFB=-0.0186206;REVB=-0.0441474;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126972;STB=0.576134;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.040643;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:12:9:6:5:12:9 chr16 4165069 . G A 96.16 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0220689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.656;QD=12.0202;RBI=0.022406;REFB=-0.02911;REVB=0.00387217;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463673;STB=0.768842;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0236926;OID=.;OPOS=4165069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:4:16:4:8:4:16 chr16 4165432 . T C,G 367.5 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254502,0.01363;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.7177,132.705;QD=54.4439;RBI=0.0315383,0.0147193;REFB=0,0;REVB=0.0186267,-0.00555704;RO=0;SAF=12,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00184493,0.0258227;OID=.,.;OPOS=4165432,4165432;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:13,1:12,1:0:0:13,1:12,1:0:0 chr16 4242028 . A T 92.19 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0146991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.115;QD=18.4386;RBI=0.0299608;REFB=-0.0135745;REVB=0.0261072;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164705;STB=0.594426;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00612017;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:3:6:5:6:3:6 chr16 4242093 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0566875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0435;QD=11.0861;RBI=0.0852972;REFB=-0.0271533;REVB=-0.0637349;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632438;STB=0.537756;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0492125;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:11:14:8:5:11:14 chr16 4245693 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.825;QD=57.1753;RBI=0.0634458;REFB=0;REVB=0.0551418;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187537;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr16 4257131 . C G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0414935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.425;QD=16.8229;RBI=0.061141;REFB=-0.0149835;REVB=-0.0449055;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0104329;OID=.;OPOS=4257131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr16 4257686 . A G 64.37 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=29;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00788843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.126;QD=8.04588;RBI=0.0318271;REFB=-0.029487;REVB=-0.030834;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424693;STB=0.705428;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0700404;OID=.;OPOS=4257686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:32:11:22:8:10:0.3125:1:7:6:5:2:8:12:10 chr16 4257729 . C T 43.92 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00051657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.297;QD=6.50646;RBI=0.0353448;REFB=-0.0263002;REVB=-0.0353411;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169726;STB=0.594953;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0652864;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:19:20:7:7:0.259259:2:5:11:8:2:5:12:8 chr16 4258005 . C G 47.18 PASS AF=0.5;AO=4;DP=11;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0199896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.681;QD=13.4806;RBI=0.029414;REFB=-0.0186365;REVB=0.0215777;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699385;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0256805;OID=.;OPOS=4258005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:11:14:7:7:4:7:0.5:2:2:4:3:2:5:4:3 chr16 4307646 . A G 1026.37 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1127;QD=59.4995;RBI=0.124466;REFB=0;REVB=0.105823;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130427;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:68:69:1:32:36:0:1:33:36:0:0 chr16 4310468 . C G 1237.64 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.43;QD=61.1178;RBI=0.0301655;REFB=0;REVB=0.00709067;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79655e-05;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:42:39:0:0 chr16 4386814 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000572609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.982;QD=57.1062;RBI=0.015376;REFB=0;REVB=0.0153653;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54077e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr16 4414987 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.886;QD=51.911;RBI=0.0485357;REFB=0;REVB=0.0112387;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121274;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr16 4431202 . A G 1604.69 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.664;QD=59.433;RBI=0.0866196;REFB=0;REVB=0.00144386;RO=1;SAF=50;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184906;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:57:50:1:0:57:51:0:0 chr16 4432029 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.939;QD=57.2025;RBI=0.0126158;REFB=0;REVB=-0.00776104;RO=0;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76481e-06;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:29:1:0:0:29:1:0:0 chr16 4445327 . C T 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292203;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.62;QD=56.9837;RBI=0.0135005;REFB=0;REVB=0.0131805;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02573e-05;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr16 4790503 . C T 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00726631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.357;QD=14.6213;RBI=0.00775403;REFB=-0.0192759;REVB=-0.00270661;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144301;STB=0.58873;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.02716;OID=.;OPOS=4790503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:12:21:23:23:12:21:23:24 chr16 4815608 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1161;QD=56.1897;RBI=0.0780754;REFB=0;REVB=-0.0700504;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373934;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr16 4861709 . G C 731.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.934;QD=56.2312;RBI=0.0297644;REFB=0;REVB=0.0256242;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300962;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr16 4933939 . G C 392.89 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.404;QD=56.1275;RBI=0.092929;REFB=0;REVB=0.0333793;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243986;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:25:28:1:16:9:0:0:17:11:0:0 chr16 4934549 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9206;QD=43.4821;RBI=0.170232;REFB=0;REVB=0.131174;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426927;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr16 4934564 . C G 146.09 PASS AF=1;AO=7;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8793;QD=44.9495;RBI=0.225789;REFB=0;REVB=0.0779515;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388774;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:7:13:1:1:6:0:0:2:11:0:0 chr16 4938160 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.958;QD=57.6807;RBI=0.0276157;REFB=0;REVB=-0.0258942;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6179e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr16 4940809 . A G 1258.98 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3298;QD=59.9516;RBI=0.0268192;REFB=-0.0100196;REVB=-0.0208552;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458453;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:84:1:0:81:84:1:48:33:1:0:48:36:0:0 chr16 4940825 . C T 572.36 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0329964;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.603;QD=27.5836;RBI=0.0330341;REFB=-0.0242391;REVB=-0.00157789;RO=32;SAF=23;SAR=28;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546384;STB=0.529739;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0166333;OID=.;OPOS=4940825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:32:32:51:51:0.614458:28:23:12:20:28:23:12:20 chr16 4942099 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000770733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.286;QD=22.1888;RBI=0.00530614;REFB=-0.00938254;REVB=0.00524987;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114343;STB=0.56426;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0061616;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:7:17:13:9:7:17:13:9 chr16 4944518 . C G 654.61 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384755;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.493;QD=62.3439;RBI=0.038519;REFB=0;REVB=-0.00182893;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86494e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr16 5061153 . C A 236.03 PASS AF=0.4;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00117209;FXX=0.0350816;HRUN=7;LEN=1;MLLD=248.537;QD=17.1658;RBI=0.0426905;REFB=-0.0345956;REVB=0.0426744;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120525;STB=0.602419;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0252114;OID=.;OPOS=5061153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:17:21:20:22:0.4:10:10:11:6:12:10:14:7 chr16 5064893 . C T 256.91 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0136169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.677;QD=16.057;RBI=0.0156029;REFB=-0.0199151;REVB=-0.00761781;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783026;STB=0.544202;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0219547;OID=.;OPOS=5064893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:18:11:16:19:18:11:16:19 chr16 5074952 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.146;QD=48.7373;RBI=0.0136507;REFB=0;REVB=0.00232008;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61909e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 5075226 . G A 222.87 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0328232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.211;QD=18.9676;RBI=0.0328235;REFB=-0.0254459;REVB=-0.000136137;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176766;STB=0.599037;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0306867;OID=.;OPOS=5075226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:5:20:14:8:5:20 chr16 5075542 . G A 899.04 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305078;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.039;QD=57.0821;RBI=0.0324696;REFB=0;REVB=-0.0111151;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398401;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:30:30:0:0:31:32:0:0 chr16 5077985 . C T 185.47 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0264139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.333;QD=19.0224;RBI=0.0456974;REFB=-0.016493;REVB=0.0372902;RO=19;SAF=2;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433331;STB=0.769197;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0112421;OID=.;OPOS=5077985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:17:2:8:11:17:2:9:11 chr16 5106184 . C T 258.97 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0122552;FXX=0.0555478;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.29;QD=15.2333;RBI=0.0259674;REFB=-0.0134369;REVB=-0.0228936;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143156;STB=0.555757;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00577908;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:35:39:29:29:0.426471:19:10:17:18:19:10:17:22 chr16 5132636 . C T 522.03 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.925;QD=56.4352;RBI=0.0541908;REFB=-0.0734036;REVB=0.0112729;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00276383;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:35:36:0.972973:15:20:0:0:15:21:0:1 chr16 5139217 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.954;QD=43.4862;RBI=0.0282854;REFB=0;REVB=0.0189437;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21741e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr16 5649140 . T A,TTAGGAAA 469.51 PASS AF=0,1;AO=2,28;DP=38;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900543,0.0453671;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,7;MLLD=50.4871,308.012;QD=58.6884;RBI=0.0155722,0.0489521;REFB=0,0;REVB=0.0127041,0.0183883;RO=6;SAF=0,12;SAR=2,16;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719959,-0.131883;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000114026;OID=.,.;OPOS=5649140,5649141;OREF=T,-;OALT=A,TAGGAAA;OMAPALT=A,TTAGGAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:38:32:6:0:2,28:0,32:0,1:2,16:0,12:5:1:0,19:0,13:0:0 chr16 6533549 . C A 111.58 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0175749;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.246;QD=14.8779;RBI=0.0320843;REFB=-0.00956392;REVB=-0.0268426;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0218772;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:7:10:7:6:7:10 chr16 6923966 . A G 740.06 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.8;QD=56.928;RBI=0.0253629;REFB=0;REVB=-0.000103656;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142794;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr16 7102036 . CT CC,C 306.1 PASS AF=0.0333333,0.422222;AO=5,30;DP=90;FAO=3,38;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=1,24;FSAR=2,14;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.000450158,0.000545675;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.7711,19.3343;QD=13.6042;RBI=0.0703356,0.101319;REFB=0.0180478,0.0197307;REVB=0.0703342,0.101317;RO=46;SAF=2,20;SAR=3,10;SRF=30;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.278444,0.0171557;STB=0.760377,0.50065;STBP=0.469,0.999;TYPE=snp,del;VARB=5.15067e-05,-0.0160444;OID=.,.;OPOS=7102037,7102037;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0333333,0.422222:5,30:90:3,38:90:49:1,24:2,14:31:18:99:46:2,20:3,10:30:16 chr16 7760884 . T G 342.24 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00231856;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.866;QD=17.3286;RBI=0.0148928;REFB=-0.00467069;REVB=0.0147112;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982227;STB=0.54228;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00291441;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:43:42:36:37:0.468354:19:17:16:27:20:17:16:26 chr16 7761529 . C T 500.67 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.845;QD=57.2189;RBI=0.0674549;REFB=0;REVB=0.0412559;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736677;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:15:18:0:0:15:20:0:0 chr16 8728953 . C T 1526.54 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0382062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.636;QD=57.6052;RBI=0.0386509;REFB=-0.173062;REVB=0.00584566;RO=2;SAF=53;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017568;STB=0.509257;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000779188;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:51:53:2:0:51:53:2:0 chr16 8729111 . C T 216.13 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00688221;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.067;QD=16.6257;RBI=0.0206073;REFB=-0.0186229;REVB=0.0194241;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15568;STB=0.588161;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0149777;OID=.;OPOS=8729111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:13:15:9:15:13:15 chr16 8729124 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00821667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.884;QD=20.2741;RBI=0.0243635;REFB=0.00851659;REVB=0.0229361;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181034;STB=0.510195;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00298485;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:13:11:11:12:13:11 chr16 8736028 . T C 1212.96 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0532398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3289;QD=59.8994;RBI=0.0606039;REFB=-0.0354061;REVB=-0.0289545;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119854;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000469902;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:1:0:41:39:1:0 chr16 8738427 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.165;QD=56.9382;RBI=0.0301632;REFB=0;REVB=0.0270086;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109753;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr16 8738499 . G A 1025.58 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.731;QD=59.4542;RBI=0.0721713;REFB=0;REVB=0.0190455;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405959;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr16 8738579 . A G 490.45 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.323;QD=56.0513;RBI=0.0579173;REFB=-0.15131;REVB=0.0341548;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00107607;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:1:0 chr16 8739954 . G A 871.25 PASS AF=1;AO=55;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044041;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0303;QD=58.0835;RBI=0.0830165;REFB=0;REVB=0.0703713;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890612;OID=.;OPOS=8739954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:55:60:1:26:29:0:0:30:30:0:0 chr16 8740015 . A C 877.01 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0204058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5784;QD=54.8128;RBI=0.0207018;REFB=-0.0626163;REVB=0.00348827;RO=2;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287932;STB=0.501525;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00169258;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:28:34:1:1:28:34:1:1 chr16 8740151 . G A 333.6 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0038643;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.327;QD=19.0627;RBI=0.00404848;REFB=-0.00527085;REVB=-0.00120723;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053852;STB=0.514301;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00430868;OID=.;OPOS=8740151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:17:18:19:14:17:18:19:16 chr16 8740235 . T C 475.03 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0144398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.682;QD=22.3543;RBI=0.0462412;REFB=-0.0277137;REVB=0.0439289;RO=38;SAF=26;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115032;STB=0.50052;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0257502;OID=.;OPOS=8740235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:39:46:46:0.541176:20:26:22:16:20:26:22:17 chr16 8740418 . T C 650.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6864;QD=61.9985;RBI=0.0024127;REFB=0;REVB=-0.000334413;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35462e-05;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr16 8740503 . G A 448.28 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.834;QD=57.8423;RBI=0.05375;REFB=0;REVB=0.035854;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307606;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27:31:1:12:15:0:0:16:15:0:0 chr16 8839954 . A G 224.57 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0278303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.614;QD=27.2211;RBI=0.0284443;REFB=-0.0114756;REVB=-0.00587848;RO=12;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258293;STB=0.648696;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00775585;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:12:12:20:21:0.636364:16:4:6:6:17:4:6:6 chr16 8841960 . T C 261.77 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00131723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.715;QD=17.1655;RBI=0.0311584;REFB=-0.0214898;REVB=0.0311305;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452709;STB=0.525406;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0232108;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:14:15:15:17:14:15:15:17 chr16 8868776 . C A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0348507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.483;QD=15.6537;RBI=0.0356748;REFB=-0.00594727;REVB=0.00762388;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484598;STB=0.527376;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00811506;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:20:12:11:15:20:12 chr16 8875763 . T C 339.19 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.432;QD=54.2697;RBI=0.0433862;REFB=0;REVB=0.00841872;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675669;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:9:12:0:0:9:16:0:0 chr16 8890172 . G A 257.57 PASS AF=0.676471;AO=22;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0225199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2358;QD=30.3025;RBI=0.0509066;REFB=-0.0291214;REVB=0.0456545;RO=11;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285729;STB=0.509426;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0132385;OID=.;OPOS=8890172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:11:11:22:23:0.676471:13:9:4:7:14:9:4:7 chr16 8952248 . A G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.512;QD=60.2308;RBI=0.0147333;REFB=0;REVB=0.0120575;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63483e-06;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr16 8979046 . A G 597.95 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023095;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.702;QD=61.3283;RBI=0.109712;REFB=0;REVB=-0.107254;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414714;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr16 9030444 . C G 834.09 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2633;QD=56.5485;RBI=0.101316;REFB=0;REVB=0.100097;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722587;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:36:21:0:0:38:21:0:0 chr16 9187256 . C T 185.21 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0237368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4114;QD=10.2895;RBI=0.0506059;REFB=-0.0115403;REVB=-0.0446936;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048096;STB=0.52808;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0212718;OID=.;OPOS=9187256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:13:11:20:28:13:11:20:28 chr16 9693953 . C G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00181595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.381;QD=13.9591;RBI=0.0444748;REFB=-0.0153129;REVB=-0.0444377;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0157889;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:2:5:2:5:2:5 chr16 9693997 . C G 60.24 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00299311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1031;QD=17.212;RBI=0.0320492;REFB=-0.0248718;REVB=0.0319091;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426988;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0166269;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:1:5:2:6:1:5 chr16 10315838 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0627701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3122;QD=18.4832;RBI=0.0680813;REFB=-0.0223734;REVB=-0.0263624;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244222;STB=0.639193;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0114753;OID=.;OPOS=10315838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:12:9:13:6:12:9 chr16 10524656 . GGAC G 52.36 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0198648;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=244.408;QD=6.34692;RBI=0.0216202;REFB=-0.0112265;REVB=0.00853378;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339012;STB=0.660047;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.039224;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:9:31:10:33:23:7:3:11:12:52:20:7:2:10:10 chr16 10574796 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0116588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=366.364;QD=19.1085;RBI=0.0117349;REFB=-0.00892621;REVB=0.00133442;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20145;STB=0.615147;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00676018;OID=.;OPOS=10574796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:1:5:5:4:1:5 chr16 10574813 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.015949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.871;QD=19.1083;RBI=0.0160464;REFB=-0.00484772;REVB=0.00176557;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20145;STB=0.615147;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00481826;OID=.;OPOS=10574813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:1:5:5:4:1:5 chr16 10631912 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.64;QD=59.8393;RBI=0.0252237;REFB=0;REVB=0.0142457;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135934;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr16 10769958 . T C,G 805.67 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672863,-0.00680196;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.989,169.987;QD=56.5382;RBI=0.0136384,0.00899634;REFB=0,0;REVB=0.011863,0.00588792;RO=0;SAF=29,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40922e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000888251,0.0445871;OID=.,.;OPOS=10769958,10769958;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:26,0:29,2:0:0:26,0:29,2:0:0 chr16 10775855 . G A 116.9 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0199971;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.851;QD=19.4829;RBI=0.0232579;REFB=-0.0188558;REVB=-0.0118762;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02066;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:5:6:7:6:5:6 chr16 10788406 . G T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0400231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.863;QD=19.1085;RBI=0.0408329;REFB=-0.0102053;REVB=-0.008092;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137772;STB=0.578784;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00585171;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:1:5:6:3:1:5 chr16 10989219 . C G 200.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00915372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6794;QD=15.1648;RBI=0.0487841;REFB=0.00745134;REVB=0.0479176;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288886;STB=0.518256;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00846788;OID=.;OPOS=10989219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:10:13:15:13:10:13:16:14 chr16 10995933 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.326;QD=56.1916;RBI=0.030113;REFB=0;REVB=0.0256202;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015335;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 11000848 . G C 277.81 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.01573;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8965;QD=18.8345;RBI=0.0179909;REFB=0.0119775;REVB=0.00873147;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158691;STB=0.598333;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0281989;OID=.;OPOS=11000848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:28:23:24:0.40678:12:11:18:10:13:11:18:10 chr16 11001770 . G T 205.11 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0394237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8281;QD=23.4412;RBI=0.0893428;REFB=0.0053185;REVB=0.0801743;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127839;STB=0.560917;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.000356378;OID=.;OPOS=11001770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:8:11:11:4:8:12:11:4 chr16 11002133 . C G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0740278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.815;QD=20.7381;RBI=0.0740573;REFB=-0.0100047;REVB=-0.00209002;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126312;STB=0.570847;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0142767;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:4:12:11:7:4:12 chr16 11002904 . G A 181.04 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000930887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2359;QD=11.3152;RBI=0.0649754;REFB=0.00149394;REVB=0.0649687;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475654;STB=0.50276;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00160436;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:18:23:13:10:18:23 chr16 11002927 . A G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000853302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.617;QD=58.7803;RBI=0.045306;REFB=0;REVB=0.045298;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6577e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr16 11016045 . C T 312.29 PASS AF=0.492537;AO=34;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00522968;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.543;QD=18.644;RBI=0.0178083;REFB=-0.0232925;REVB=-0.0170231;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545273;STB=0.552315;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0222085;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:34:34:33:0.492537:17:17:14:18:16:17:14:20 chr16 11023208 . T C 255.65 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0136121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.146;QD=17.9405;RBI=0.0138723;REFB=-0.0154998;REVB=-0.00267423;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549162;STB=0.530809;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00967729;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:10:18:17:12:10:18:17:12 chr16 11154770 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.779;QD=60.6101;RBI=0.0417726;REFB=0;REVB=0.0412766;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123057;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr16 11361895 . C G 791.85 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00244294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.55;QD=53.6844;RBI=0.0098661;REFB=-0.0296521;REVB=-0.00955886;RO=2;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598535;STB=0.503392;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00131962;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:2:2:56:57:0.966102:33:23:1:1:34:23:1:1 chr16 11362729 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1144;QD=57.1043;RBI=0.0561722;REFB=0;REVB=0.0553666;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402819;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr16 11367143 . G A 565.32 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0677669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.975;QD=53.8397;RBI=0.0736908;REFB=-0.153473;REVB=0.0289481;RO=2;SAF=18;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492729;STB=0.514698;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00138551;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:2:3:39:39:0.928571:21:18:2:0:21:18:2:1 chr16 11367154 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.694;QD=62.671;RBI=0.0229774;REFB=0;REVB=0.0089921;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220416;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr16 11367195 . G C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0137355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4435;QD=15.6192;RBI=0.0172787;REFB=-0.0175035;REVB=0.0104828;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212035;STB=0.621973;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0338397;OID=.;OPOS=11367195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:15:10:11:7:15:10 chr16 11374866 . G T 869.98 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452546;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0802;QD=57.9988;RBI=0.0630401;REFB=0;REVB=0.0438871;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141302;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr16 11387117 . A G 1419.57 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0127795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.755;QD=56.2205;RBI=0.0177464;REFB=-0.0560383;REVB=-0.0123134;RO=3;SAF=52;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111407;STB=0.505876;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00122608;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:3:3:98:98:0.970297:46:52:1:2:46:52:1:2 chr16 11387129 . C A 555.13 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00897101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.845;QD=22.4294;RBI=0.00908256;REFB=-0.0159136;REVB=-0.00141913;RO=47;SAF=32;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200643;STB=0.610549;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0133477;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:20:32:18:29:20:32:18:29 chr16 11387164 . T C 248.35 PASS AF=0.414286;AO=27;DP=68;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00476049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.103;QD=14.1916;RBI=0.0114661;REFB=-0.00550317;REVB=0.0104312;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403626;STB=0.73639;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.012349;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:41:41:27:29:0.414286:18:9:30:11:20:9:30:11 chr16 11643458 . T C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00409571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.378;QD=17.559;RBI=0.0202299;REFB=-0.0153706;REVB=-0.0198109;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022481;OID=.;OPOS=11643458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:6:12:13:7:6:12:14:7 chr16 11658459 . A AT 157.81 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0163117;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.309;QD=16.611;RBI=0.0163321;REFB=-0.00636245;REVB=0.00081678;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308395;STB=0.517664;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=0.00725716;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:17:38:17:38:21:7:10:8:13:99:21:7:10:8:13 chr16 11852354 . A C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4312;QD=53.9103;RBI=0.0836156;REFB=0;REVB=-0.0762269;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106596;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr16 11933678 . G C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0345988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.109;QD=19.976;RBI=0.0359005;REFB=0.00595047;REVB=-0.00957983;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.598913;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00795077;OID=.;OPOS=11933678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:7:13:9:11:7:13 chr16 11940390 . T C 190.23 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0033221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.021;QD=21.7406;RBI=0.0171487;REFB=-0.00919174;REVB=0.0168239;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113292;STB=0.574392;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00635217;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:10:8:5:11:10:9:5:11 chr16 11969724 . G C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1085;QD=60.2043;RBI=0.0223091;REFB=0;REVB=0.0124983;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136041;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr16 11991672 . T C 54.17 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0211014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.115;QD=9.42146;RBI=0.0216288;REFB=0.0185451;REVB=-0.00474702;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169958;STB=0.604132;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0109352;OID=.;OPOS=11991672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:7:8:3:5:7:8 chr16 12027474 . CAT C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653649;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264;QD=42.1826;RBI=0.0673943;REFB=0;REVB=0.0164139;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000433513;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:2:9:0:0:4:0:2:9:0:0 chr16 12027781 . A C 170.55 PASS AF=0.242991;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0202687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2036;QD=6.37577;RBI=0.0663494;REFB=-0.0171348;REVB=0.0631777;RO=81;SAF=18;SAR=8;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23954;STB=0.64659;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0609891;OID=.;OPOS=12027781;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:81:81:26:26:0.242991:8:18:41:40:8:18:41:40 chr16 12031448 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8995;QD=33.4284;RBI=0.112943;REFB=0;REVB=0.088593;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00899901;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr16 12060163 . A G 941.59 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.192;QD=57.0663;RBI=0.0373932;REFB=-0.163246;REVB=0.0242201;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000534249;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chr16 12061626 . G A 216.27 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00310373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.683;QD=15.1765;RBI=0.014856;REFB=0.0021609;REVB=-0.0145282;RO=30;SAF=5;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246905;STB=0.666518;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00474158;OID=.;OPOS=12061626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:32:25:25:0.438596:20:5:12:18:20:5:14:18 chr16 12162969 . A G 955.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.298;QD=58.7717;RBI=0.0217129;REFB=0;REVB=-0.000655416;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69437e-05;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr16 12183686 . C T 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0108454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.003;QD=16.0768;RBI=0.0294564;REFB=-0.00736712;REVB=0.0273872;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277842;STB=0.65565;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0128435;OID=.;OPOS=12183686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:20:14:30:13:20:14:30:13 chr16 12621157 . A C 181.33 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.015841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.838;QD=16.8675;RBI=0.016725;REFB=-0.0272669;REVB=0.0053655;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342129;STB=0.710065;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0398254;OID=.;OPOS=12621157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:15:4:12:11:15:4:13:11 chr16 12666984 . T A 245.85 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00869988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7708;QD=23.9849;RBI=0.0187451;REFB=-0.0118838;REVB=-0.016604;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042967;STB=0.507036;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00354408;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:18:23:23:0.560976:8:15:11:6:8:15:12:6 chr16 12757346 . GTTTTTTA GTATTTTT,GTTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA 99.23 PASS AF=0.0888889,0.0444444,0.333333,0;AO=3,7,9,2;DP=52;FAO=4,2,15,0;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=0,2,10,0;FSAR=4,0,5,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000638778,0.095626,0.0993982,0.0135306;FXX=0.09998;HRUN=6,6,6,6;LEN=6,2,1,1;MLLD=164.896,19.1819,11.5237,13.2385;QD=8.82032;RBI=0.050437,0.0958197,0.135472,0.0843399;REFB=0.00326311,0.0311988,-0.0243889,-0.0532528;REVB=-0.0504329,0.00609007,0.092047,0.0832475;RO=24;SAF=0,3,8,2;SAR=3,4,1,0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.54342,0.0143824,0.581648,0.525765;STB=0.996621,0.995795,0.677731,0.5;STBP=0.081,0.099,0.099,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.12452,0.0901331,0.0688414,0;OID=.,.,.,.;OPOS=12757348,12757352,12757347,12757352;OREF=TTTTTA,TA,T,T;OALT=ATTTTT,-,-,A;OMAPALT=GTATTTTT,GTTTTT,GTTTTTA,GTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0888889,0.0444444,0.333333,0:3,7,9,2:52:4,2,15,0:45:24:0,2,10,0:4,0,5,0:9:15:50:24:0,3,8,2:3,4,1,0:10:14 chr16 12758966 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.672;QD=57.2377;RBI=0.0103122;REFB=0;REVB=0.00748453;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47075e-07;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr16 13002359 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.056;QD=63.5826;RBI=0.0132544;REFB=0;REVB=0.0131289;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34436e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr16 14304175 . A C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0901487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.534;QD=18.8865;RBI=0.0916332;REFB=-0.0357476;REVB=0.0164273;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260045;STB=0.646763;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0271641;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:0:5:6:2:0:5 chr16 14311035 . T C 201.68 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.000518651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.821;QD=14.4054;RBI=0.010261;REFB=-0.0106443;REVB=0.0102479;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221369;STB=0.617551;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0110689;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:23:24:0.428571:14:9:19:12:14:10:20:12 chr16 14356373 . T C 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00202956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8496;QD=19.5189;RBI=0.00372055;REFB=0.00514194;REVB=-0.00311823;RO=26;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135108;STB=0.575701;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00325737;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:8:20:15:11:8:20:15:11 chr16 14356920 . A C 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00314642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.558;QD=27.235;RBI=0.017328;REFB=-0.0103258;REVB=0.01704;RO=14;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764437;STB=0.542336;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00729567;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:14:9:7:7:14:9:7:7 chr16 14359205 . G A 80.87 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0144812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.971;QD=19.0274;RBI=0.0354869;REFB=-0.024671;REVB=0.0323977;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.627655;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0175272;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:5:4:5:2:6:4:5:2 chr16 14359233 . T A 92.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=7.34028e-05;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.362;QD=16.7856;RBI=0.00328438;REFB=0.0259494;REVB=0.00328356;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336685;STB=0.716172;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0274658;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:12:11:11:11:0.5:7:4:9:3:7:4:9:2 chr16 14369420 . T TC 75.36 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0308732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.291;QD=11.1637;RBI=0.0407736;REFB=-0.0111691;REVB=0.0266332;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313073;STB=0.592443;STBP=0.366;TYPE=ins;VARB=0.0223349;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:10:27:12:27:15:6:6:5:10:75:17:6:4:5:12 chr16 14693755 . A G 505.51 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0165917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5714;QD=19.824;RBI=0.0232428;REFB=-0.0134982;REVB=0.0162771;RO=50;SAF=31;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051145;STB=0.528262;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0145872;OID=.;OPOS=14693755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:21:31:27:23:21:31:27:23 chr16 15082865 . C T 164.17 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.024479;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2542;QD=14.5925;RBI=0.0581011;REFB=-0.0209655;REVB=0.0526926;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458406;STB=0.795628;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0355855;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:12:6:21:5:13:5:22:5 chr16 15083131 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.219;QD=51.1845;RBI=0.0436842;REFB=0;REVB=-0.00966023;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3747e-05;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 15083383 . G A 193.5 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.012581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.025;QD=32.2504;RBI=0.0553769;REFB=-0.0194982;REVB=0.0539288;RO=5;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272391;STB=0.677204;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0121903;OID=.;OPOS=15083383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:5:6:18:18:0.75:14:4:4:1:14:4:5:1 chr16 15095675 . C A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0399965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0447;QD=14.9765;RBI=0.0423274;REFB=-0.0341963;REVB=-0.0138522;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122307;STB=0.571288;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0349339;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:7:4:5:5:7:4 chr16 15098047 . C G 264.59 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00464805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.132;QD=19.5989;RBI=0.00606514;REFB=-0.0128144;REVB=-0.00389634;RO=25;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147903;STB=0.595167;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0103349;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:8:20:14:11:8:20:14:12 chr16 15111218 . C T 90.66 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0292116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0369;QD=8.05893;RBI=0.0655071;REFB=-0.00442937;REVB=-0.0586333;RO=33;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330077;STB=0.705524;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.014237;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:3:9:16:17:3:9:16:17 chr16 15116625 . G T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.026062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8605;QD=10.2405;RBI=0.0311105;REFB=-0.0209187;REVB=-0.0169893;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.023904;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:8:11:6:4:8:11 chr16 15129970 . A G 168.87 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0312705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0509;QD=16.4752;RBI=0.0315991;REFB=-0.00117326;REVB=-0.00454554;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536527;STB=0.54343;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00248267;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:10:8:11:11:10:8:12:11 chr16 15131962 . A G 184.7 PASS AF=0.320988;AO=23;DP=74;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0159781;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.688;QD=9.12075;RBI=0.0314834;REFB=-0.0232439;REVB=-0.0271276;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173742;STB=0.641756;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0414094;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:51:55:23:26:0.320988:11:12:19:32:11:15:20:35 chr16 15131974 . G T 191.44 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.03803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7753;QD=9.69331;RBI=0.0388738;REFB=-0.00772446;REVB=-0.0080555;RO=53;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251659;STB=0.639417;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0453445;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:53:54:25:25:0.316456:11:14:18:35:11:14:19:35 chr16 15133889 . T G 355.8 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.0110814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.177;QD=11.2953;RBI=0.0134927;REFB=-0.0113139;REVB=0.00769771;RO=82;SAF=23;SAR=21;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142011;STB=0.581173;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0190158;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:82:44:44:0.349206:21:23:53:29:21:23:53:29 chr16 15155407 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.026787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.155;QD=13.9591;RBI=0.0274995;REFB=-0.0185906;REVB=-0.00621951;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351206;STB=0.705362;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0261295;OID=.;OPOS=15155407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:1:6:3:4:1:6 chr16 15178499 . G A 97.33 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0145484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.621;QD=6.1798;RBI=0.0365705;REFB=-0.00949816;REVB=-0.0335521;RO=48;SAF=12;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435567;STB=0.772953;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0277421;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:3:12:22:26:3:12:22:26 chr16 15221957 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8778;QD=42.1822;RBI=0.0485369;REFB=0;REVB=-0.0340232;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40494e-05;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr16 15248798 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.445;QD=33.4285;RBI=0.0325323;REFB=0;REVB=-0.0318635;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209396;OID=.;OPOS=15248798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 15689721 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0772747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.092;QD=18.248;RBI=0.0772748;REFB=-0.00871374;REVB=0.0001386;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10936;STB=0.562406;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00768585;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:8:4:6:7:8:4 chr16 15711335 . G A 194.29 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00452739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3087;QD=12.3357;RBI=0.00453785;REFB=-0.0104458;REVB=0.000307924;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177443;STB=0.602323;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0208985;OID=.;OPOS=15711335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:21:18:15:9:21:18 chr16 15761214 . C T 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0166049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.458;QD=16.1043;RBI=0.0213233;REFB=-0.0221465;REVB=-0.0133776;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.560437;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0269213;OID=.;OPOS=15761214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:17:17:0.435897:11:6:10:11:11:6:10:12 chr16 15781054 . A G 667.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.736;QD=62.0648;RBI=0.0827689;REFB=0;REVB=0.0815707;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242016;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:10:32:0:0:11:32:0:0 chr16 15793639 . C T 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0212144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5714;QD=19.8671;RBI=0.023585;REFB=-0.0345666;REVB=-0.0103054;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101204;STB=0.55614;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0331696;OID=.;OPOS=15793639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:20:14:19:17:20:14 chr16 15797811 . G T 85.42 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0398087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.216;QD=22.7793;RBI=0.0535562;REFB=-0.086298;REVB=0.0358264;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0536175;OID=.;OPOS=15797811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:4:5:7:10:0.666667:6:1:1:3:8:2:1:4 chr16 15809117 . C T 107.1 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00736951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6078;QD=12.2402;RBI=0.0409807;REFB=-0.00518526;REVB=-0.0403127;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00506709;OID=.;OPOS=15809117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:12:10:6:7:12:10 chr16 15814764 . G C 212.48 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0411664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7297;QD=10.2401;RBI=0.0532512;REFB=-0.00253712;REVB=0.033779;RO=56;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396435;STB=0.523144;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00801909;OID=.;OPOS=15814764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:12:15:33:23:12:15:33:23 chr16 15818653 . G A 338.73 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0147773;FXX=0.119976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.058;QD=30.7934;RBI=0.0267257;REFB=-0.0147994;REVB=-0.0222686;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218374;STB=0.571378;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.010254;OID=.;OPOS=15818653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:44:21:16:28:28:0.636364:16:12:15:6:16:12:10:6 chr16 15842023 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00598442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.104;QD=16.1192;RBI=0.0153499;REFB=-0.0253989;REVB=-0.0141353;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.585215;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0267207;OID=.;OPOS=15842023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:5:8:9:3:5:8 chr16 15843899 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00528737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.814;QD=45.1043;RBI=0.011979;REFB=-0.0388349;REVB=0.010749;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.571342;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000138296;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:3:15:0:0:3:15:0:1 chr16 15850204 . A G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0430777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.488;QD=14.7942;RBI=0.0454096;REFB=-0.0220667;REVB=-0.0143649;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096183;STB=0.544505;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0272154;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:10:8:14:12:10:8:14:13 chr16 15917197 . G A 612.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7003;QD=61.2328;RBI=0.0471424;REFB=0;REVB=0.00632637;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345355;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr16 15971028 . C G 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326694;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6833;QD=62.3657;RBI=0.0333273;REFB=0;REVB=0.00658925;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304947;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr16 15973654 . G T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000174281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.78;QD=22.3224;RBI=0.00313111;REFB=0.0112983;REVB=-0.00312626;RO=23;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258368;STB=0.514276;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0102876;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:10:20:16:7:10:20:16:7 chr16 16162019 . T C 885.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0616;QD=58.0566;RBI=0.111972;REFB=0;REVB=0.109469;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133978;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:38:22:0:0:39:22:0:0 chr16 16177275 . G A 409.66 PASS AF=0.6875;AO=31;DP=46;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0275086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.346;QD=34.1386;RBI=0.0275087;REFB=0.0169819;REVB=-3.14552e-05;RO=15;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162156;STB=0.579782;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00472011;OID=.;OPOS=16177275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:15:15:31:33:0.6875:22:9:8:7:23:10:8:7 chr16 16236650 . T C 424.17 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0103326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.991;QD=18.6447;RBI=0.011905;REFB=-0.00446485;REVB=0.00591317;RO=48;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958502;STB=0.559269;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00452883;OID=.;OPOS=16236650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:42:43:0.472527:23:19:17:31:23:20:17:31 chr16 16248895 . G A 409.79 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0154301;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.732;QD=19.2844;RBI=0.0308287;REFB=-0.0122753;REVB=-0.0266894;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540604;STB=0.517427;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00632187;OID=.;OPOS=16248895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:42:43:41:42:0.494118:21:20:18:24:22:20:19:24 chr16 16263663 . G A 255.7 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00822352;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.175;QD=17.9438;RBI=0.0122917;REFB=-0.0465412;REVB=-0.00913561;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125944;STB=0.530809;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0366882;OID=.;OPOS=16263663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:29:28:28:0.491228:18:10:10:17:18:10:12:17 chr16 16271357 . T C 862.84 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.399;QD=57.5223;RBI=0.00552484;REFB=0;REVB=0.00260779;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43426e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr16 16272670 . T C 1465.93 PASS AF=1;AO=73;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.047;QD=63.0509;RBI=0.140261;REFB=0;REVB=0.131277;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105676;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:73:93:1:27:46:0:0:47:46:0:0 chr16 17196433 . G C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00617737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4971;QD=10.3792;RBI=0.0738392;REFB=-0.0228669;REVB=-0.0735804;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553985;STB=0.533262;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0363057;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:13:3:2:7:13:3 chr16 17228368 . G A 624.07 PASS AF=0.529412;AO=62;DP=118;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.00997443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.651;QD=20.9771;RBI=0.0483148;REFB=-0.0314001;REVB=0.047274;RO=55;SAF=25;SAR=37;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272215;STB=0.646552;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0385905;OID=.;OPOS=17228368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:55:56:62:63:0.529412:37:25:40:15:38:25:40:16 chr16 18823192 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0305371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.789;QD=12.5687;RBI=0.0340248;REFB=-0.0111229;REVB=0.0150058;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30187;STB=0.677185;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0347421;OID=.;OPOS=18823192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:16:10:10:5:16:10 chr16 18823379 . T C 968.06 PASS AF=0.897436;AO=55;DP=72;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.011826;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=184.548;QD=49.6442;RBI=0.0197991;REFB=-0.0509769;REVB=0.0158793;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.504424;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000794528;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:72:78:0:8:55:70:0.897436:26:29:0:0:38:32:4:4 chr16 18839362 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0247046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.017;QD=23.0879;RBI=0.0257019;REFB=-0.00169549;REVB=0.00709026;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744335;STB=0.541628;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00130378;OID=.;OPOS=18839362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:9:9:9:13:9:9 chr16 18839496 . G C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0220717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.433;QD=17.956;RBI=0.0267665;REFB=-0.0307882;REVB=-0.0151422;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20463;STB=0.615255;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0423274;OID=.;OPOS=18839496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:3:14:10:6:3:14 chr16 18849858 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0165508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.628;QD=21.8983;RBI=0.0167527;REFB=-0.0201347;REVB=0.00259311;RO=25;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152101;STB=0.594991;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0178811;OID=.;OPOS=18849858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:23:10:12:13:23:10:13:13 chr16 18861335 . A G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0139172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.441;QD=16.0322;RBI=0.0605876;REFB=-0.0034421;REVB=0.0589675;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.538423;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00593282;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:13:15:12:8:13:15 chr16 19041595 . G A 788.16 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.107;QD=56.2969;RBI=0.015648;REFB=0;REVB=0.0102637;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72094e-05;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:25:31:0:0 chr16 19067933 . G A 944.88 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229303;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7099;QD=56.4106;RBI=0.0445497;REFB=0.007779;REVB=0.0381952;RO=1;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106152;STB=0.505493;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00165581;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:64:66:0.985075:20:44:1:0:21:45:1:0 chr16 19080184 . C T 729.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8999;QD=57.1821;RBI=0.00846693;REFB=0;REVB=0.00437993;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12324e-05;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr16 19080227 . C CTG,G 467.57 PASS AF=0.914286,0.0571429;AO=29,2;DP=37;FAO=32,2;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153336,0.0300427;FXX=0.0277701;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=291.255,74.7038;QD=53.4367;RBI=0.0156256,0.0300486;REFB=-0.000816825,3.39839e-05;REVB=0.00300682,-0.000595313;RO=2;SAF=13,0;SAR=16,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00626798,-0.639851;STB=0.513505,0.5;STBP=0.521,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0020566,0.0431085;OID=.,.;OPOS=19080228,19080227;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:37:35:2:1:29,2:32,2:0.914286,0.0571429:16,2:13,0:1:1:18,2:14,0:0:1 chr16 19085298 . C T 1419.67 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003604;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.182;QD=63.0964;RBI=0.00912405;REFB=0;REVB=0.00838209;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6442e-05;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr16 19131105 . G A 256.41 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0220353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3763;QD=22.7915;RBI=0.0542422;REFB=0.0207064;REVB=0.0495647;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0170673;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:16:8:7:14:16:8:7:14 chr16 19297219 . T G 278.59 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0241981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8714;QD=18.8874;RBI=0.024322;REFB=-0.0313969;REVB=0.00245224;RO=29;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226637;STB=0.627466;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.033491;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:23:7:13:16:23:7:13:16 chr16 19310092 . T C 178.52 PASS AF=0.415094;AO=18;DP=50;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0244359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.672;QD=13.4732;RBI=0.0316946;REFB=-0.0210046;REVB=-0.020185;RO=30;SAF=2;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377826;STB=0.557323;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0233196;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:30:31:18:22:0.415094:16:2:10:20:16:6:11:20 chr16 19509937 . TG CA,TGCA 751.62 PASS AF=0.0416667,0.791667;AO=3,56;DP=73;FAO=3,57;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=2,35;FSAR=1,22;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0169601,0.0261585;FXX=0.0136968;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=128.441,191.922;QD=41.7567;RBI=0.0322988,0.0267358;REFB=-0.012804,-0.083354;REVB=-0.0274876,0.00552602;RO=12;SAF=2,34;SAR=1,22;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.621088,0.173883;STB=0.8875,0.593187;STBP=0.544,0.001;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00282679,0.00305995;OID=.,.;OPOS=19509937,19509939;OREF=TG,-;OALT=CA,CA;OMAPALT=CA,TGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:73:72:12:12:3,56:3,57:0.0416667,0.791667:1,22:2,34:1:11:1,22:2,35:1:11 chr16 19514351 . G A 326.02 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0330445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.269;QD=17.3879;RBI=0.0333712;REFB=-0.0198683;REVB=0.00465795;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496487;STB=0.534227;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.014694;OID=.;OPOS=19514351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:17:18:18:21:17:18:18:22 chr16 19514483 . C T 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0856243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1226;QD=18.072;RBI=0.0876372;REFB=0.011998;REVB=-0.0186753;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266161;STB=0.649381;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0101839;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:21:9:18:13:21:9:18:13 chr16 19547357 . A G 486.7 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00194347;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.655;QD=21.1608;RBI=0.0371922;REFB=-0.00456442;REVB=0.0371414;RO=43;SAF=29;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153808;STB=0.59622;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00304948;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:43:45:47:47:0.51087:18:29:19:24:18:29:19:26 chr16 19547503 . C T 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0343635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.958;QD=15.8121;RBI=0.0356895;REFB=-0.013975;REVB=0.00963785;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167816;STB=0.600542;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0165325;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:20:14:25:18:20:14:26:18 chr16 19547747 . C G 85.42 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00907415;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2085;QD=17.983;RBI=0.0340378;REFB=-0.0571294;REVB=-0.0328059;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0589105;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:3:6:6:4:3:6 chr16 19868687 . G C 927.44 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0125099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.745;QD=52.9967;RBI=0.0129057;REFB=-0.0418727;REVB=-0.00317175;RO=3;SAF=20;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293952;STB=0.503596;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00209766;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:3:4:66:66:0.942857:46:20:1:2:46:20:1:3 chr16 20043330 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.181;QD=58.2394;RBI=0.0349498;REFB=0;REVB=0.034909;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013044;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr16 20328666 . C T 454.89 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0191683;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6183;QD=19.3569;RBI=0.0395285;REFB=-0.0188561;REVB=-0.0345699;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903523;STB=0.545004;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0191996;OID=.;OPOS=20328666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:49:45:45:0.478723:20:25:22:26:20:25:23:26 chr16 20334679 . C T 1551.16 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.34;QD=62.0462;RBI=0.0408686;REFB=0;REVB=0.0175535;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643065;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:49:47:0:0:49:51:0:0 chr16 20360101 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000708975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1341;QD=33.4284;RBI=0.0615485;REFB=0;REVB=0.0615444;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00607316;OID=.;OPOS=20360101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 20441053 . C G 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.842;QD=59.678;RBI=0.0301756;REFB=0;REVB=0.00433261;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91365e-05;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr16 20441084 . T C 850.79 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193852;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.77;QD=57.6809;RBI=0.0653739;REFB=0;REVB=0.0624336;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883469;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr16 20471450 . G A 334.84 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.727;QD=51.5132;RBI=0.020904;REFB=-0.0879714;REVB=0.0204753;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4444e-05;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:8:18:0:0 chr16 20476852 . T C 897.43 PASS AF=0.969697;AO=59;DP=61;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.636;QD=54.3899;RBI=0.0360905;REFB=-0.0352306;REVB=0.0312997;RO=2;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482397;STB=0.502424;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00109737;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:66:2:2:59:64:0.969697:25:34:1:1:27:37:1:1 chr16 20488696 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.761;QD=39.2066;RBI=0.0651239;REFB=0;REVB=-0.0266089;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446905;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 20552075 . G T 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00201708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.007;QD=24.8143;RBI=0.00369493;REFB=-0.00140378;REVB=0.00309579;RO=34;SAF=16;SAR=31;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301507;STB=0.665027;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00143358;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:31:16:25:9:31:16:25:9 chr16 20570660 . AT AC,CG 128.42 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=9,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000671839,-0.00411619;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=179.102,160.218;QD=42.8077;RBI=0.0158487,0.00750898;REFB=0,0;REVB=0.0158345,-0.00628027;RO=0;SAF=5,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0064975,0.0315931;OID=.,.;OPOS=20570661,20570660;OREF=T,AT;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:9,2:10,2:0.833333,0.166667:4,0:5,2:0:0:5,0:5,2:0:0 chr16 20576048 . C A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.082;QD=51.1788;RBI=0.0367249;REFB=0;REVB=0.0268424;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02333e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 20635418 . C T 255.63 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0222789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5338;QD=14.0073;RBI=0.0500039;REFB=-0.0180682;REVB=0.0447666;RO=42;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27122;STB=0.648048;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0335837;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:43:30:30:0.410959:10:20:17:25:10:20:18:25 chr16 20636814 . G A 304.89 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00262443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.538;QD=26.512;RBI=0.00279232;REFB=-0.0127621;REVB=0.00095363;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582875;STB=0.503223;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00840199;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:14:13:9:10:14:13:9:10 chr16 20638576 . A T 752.11 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7788;QD=56.7628;RBI=0.0629323;REFB=0;REVB=0.036426;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661461;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:26:27:0:0 chr16 20648702 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0135713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.855;QD=15.9154;RBI=0.0136344;REFB=-0.0174186;REVB=-0.00131018;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2668;STB=0.657423;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0197406;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:10:18:12:21:10:18:12:22 chr16 20748331 . C A 253.3 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0308222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4169;QD=17.4686;RBI=0.0331231;REFB=-0.0309815;REVB=-0.0121298;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337418;STB=0.5327;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0267731;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:30:28:28:0.482759:17:11:10:18:17:11:10:20 chr16 20753123 . T C 1434.02 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.476;QD=63.0337;RBI=0.0392223;REFB=0;REVB=0.0348504;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2779e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr16 20796387 . G C 341.97 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0152022;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9832;QD=17.315;RBI=0.0298495;REFB=0.00379761;REVB=0.0256882;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172504;STB=0.596917;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00681574;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:79:43:43:36:36:0.455696:23:13:23:20:23:13:23:20 chr16 20809283 . C A 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0202964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.198;QD=18.3351;RBI=0.0213212;REFB=-0.0146187;REVB=0.0065307;RO=37;SAF=24;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170192;STB=0.595324;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.021988;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:11:24:19:18:11:24:19:18 chr16 20811681 . C T 346.07 PASS AF=0.564516;AO=33;DP=60;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0160867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.967;QD=22.3274;RBI=0.0448527;REFB=-0.0195783;REVB=0.0418686;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07739;STB=0.526787;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.013197;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:27:27:33:35:0.564516:19:14:14:13:19:16:14:13 chr16 20855309 . A G 1317.7 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00993316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7442;QD=58.5645;RBI=0.0308468;REFB=-0.0378162;REVB=0.0292037;RO=3;SAF=38;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147137;STB=0.50777;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00677173;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:87:87:0.966667:49:38:2:1:49:38:2:1 chr16 20873767 . T G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0155393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.15;QD=17.956;RBI=0.0161353;REFB=-0.0210674;REVB=0.00434498;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264265;STB=0.653051;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0211065;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:3:13:10:7:3:13:10:7 chr16 20959918 . G A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00552384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.273;QD=20.7691;RBI=0.0123642;REFB=-0.00393268;REVB=0.0110617;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776579;STB=0.543346;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00409083;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:13:11:10:17:13:11 chr16 20966273 . G A 224.53 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00211426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.027;QD=17.6101;RBI=0.0707125;REFB=-0.0170034;REVB=0.0706809;RO=27;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197744;STB=0.6128;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0299589;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:5:19:17:10:5:19:17:10 chr16 20966362 . T C 293.13 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0107157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8606;QD=22.9902;RBI=0.0212339;REFB=-0.00717009;REVB=0.0183317;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084127;STB=0.546527;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00403251;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:9:13:14:15:9:13 chr16 20975069 . G A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00289033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.976;QD=26.3148;RBI=0.00614606;REFB=-0.0207773;REVB=0.00542403;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818896;STB=0.545413;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0165992;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:6:8:10:12:6:8 chr16 20975303 . A G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00108262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.666;QD=19.2748;RBI=0.00551413;REFB=-0.0116156;REVB=-0.0054068;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710306;STB=0.548405;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0130837;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:13:10:9:16:13:10:9:17 chr16 20975522 . A G 138.36 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0308952;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.049;QD=18.448;RBI=0.0310324;REFB=-0.00273656;REVB=0.00291453;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309186;STB=0.677477;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00141304;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:4:11:6:9:4:11:6:9 chr16 20976360 . T G 90.77 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00910743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.885;QD=8.0685;RBI=0.0102682;REFB=-0.006566;REVB=-0.0047424;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457167;STB=0.528254;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0576207;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:7:5:15:18:7:5:15:18 chr16 20981162 . T C 251.61 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0156495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.604;QD=14.8005;RBI=0.0522409;REFB=-0.000410347;REVB=0.0498418;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126227;STB=0.571816;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000964019;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:12:17:17:20:12:17:18:21 chr16 21008690 . T C 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0147805;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.117;QD=18.7627;RBI=0.0154541;REFB=-0.00729803;REVB=-0.00451284;RO=40;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578716;STB=0.532288;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00718245;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:25:13:16:24:25:13:16:24 chr16 21031026 . T C 544.42 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00194694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.505;QD=17.0131;RBI=0.00213886;REFB=-0.00409294;REVB=-0.000885528;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016931;STB=0.509431;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0055359;OID=.;OPOS=21031026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:30:28:35:35:30:28:35:35 chr16 21045369 . A G 107.91 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0113094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.735;QD=13.0796;RBI=0.0153504;REFB=0.00036525;REVB=-0.0103795;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231534;STB=0.651933;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.000857239;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:20:13:13:0.393939:9:4:10:9:9:4:11:9 chr16 21078693 . T G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0141017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.388;QD=19.3861;RBI=0.0152808;REFB=-0.00785683;REVB=0.00588602;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180259;STB=0.510194;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0109109;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:13:8:8:12:13:8 chr16 21190853 . A C 601.07 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.4;QD=58.6407;RBI=0.0382591;REFB=0.000455903;REVB=0.00783706;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000125838;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr16 21215672 . A G 225.33 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0186301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.927;QD=27.3127;RBI=0.0234343;REFB=-0.0353099;REVB=-0.0142157;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287659;STB=0.657982;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00597992;OID=.;OPOS=21215672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:1:11:10:11:1:11 chr16 21217061 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00695433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0312;QD=21.5099;RBI=0.0242241;REFB=-0.00140106;REVB=0.0232044;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686565;STB=0.538426;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00209894;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:5:14:14:7:5:14 chr16 21222672 . C A 244.17 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0156247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.168;QD=23.2545;RBI=0.0156913;REFB=-0.0169388;REVB=0.00144371;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128704;STB=0.562448;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0150681;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:22:23:0.547619:13:9:5:14:14:9:5:14 chr16 21222941 . C A 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00791184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.702;QD=20.5398;RBI=0.0278017;REFB=-0.03584;REVB=0.0266521;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306068;STB=0.671504;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0195001;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:18:7:15:9:18:7 chr16 21272591 . G C 343.67 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0223252;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.872;QD=13.8854;RBI=0.0738306;REFB=0.0269308;REVB=0.0703743;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115454;STB=0.565623;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0335134;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:61:61:38:38:0.383838:19:19:24:37:19:19:24:37 chr16 21289565 . C A 131.75 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0837447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.969;QD=14.2427;RBI=0.0852907;REFB=-0.0112546;REVB=-0.0161658;RO=22;SAF=1;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556532;STB=0.837732;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129653;OID=.;OPOS=21289565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:14:1:9:13:14:1:9:13 chr16 21531133 . C G 66.23 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00813911;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7135;QD=4.48989;RBI=0.00820812;REFB=-0.00961667;REVB=0.00106213;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938718;STB=0.553749;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0266316;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:60:59:49:48:11:11:0.186441:5:6:23:26:5:6:23:25 chr16 21531154 . G C 135.77 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0289176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.693;QD=6.87443;RBI=0.0324489;REFB=-0.00754884;REVB=-0.0147209;RO=59;SAF=10;SAR=10;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727357;STB=0.54426;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0287537;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:10:10:33:26:10:10:33:26 chr16 21531457 . T C 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0320619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2792;QD=10.2385;RBI=0.100584;REFB=-0.0120612;REVB=-0.0953372;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201317;STB=0.51217;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0141957;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:6:13:7:3:6:13 chr16 21531473 . G A 85.25 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0030908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7859;QD=11.3665;RBI=0.00385046;REFB=-0.00850857;REVB=0.0022963;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759404;STB=0.533271;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00425831;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:8:3:6:12:8:3:6:13 chr16 21531494 . T C 429.39 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.511;QD=57.2521;RBI=0.045471;REFB=0;REVB=0.0112523;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178474;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr16 21531609 . C T 66.48 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0284432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0362;QD=26.5919;RBI=0.0375168;REFB=-0.0621893;REVB=0.0244641;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175673;STB=0.599759;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00934607;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:0:2:4:4:0:2 chr16 21666714 . C T 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0143414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.864;QD=20.5418;RBI=0.0160438;REFB=-0.00630252;REVB=-0.00719239;RO=25;SAF=3;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443794;STB=0.755141;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00649732;OID=.;OPOS=21666714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:21:3:12:13:21:3:12:13 chr16 21690225 . C A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00703338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.333;QD=18.4834;RBI=0.00726933;REFB=-0.00907522;REVB=0.00183706;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955612;STB=0.554319;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00684384;OID=.;OPOS=21690225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:10:11:8:11:10:11 chr16 21730449 . C T 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00982172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.844;QD=20.158;RBI=0.00993241;REFB=-0.0131792;REVB=-0.0014787;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.566585;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0136162;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:5:9:8:8:5:9 chr16 21747633 . A C 146.87 PASS AF=0.265823;AO=20;DP=78;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00149768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.058;QD=7.4362;RBI=0.0112724;REFB=-0.00803462;REVB=-0.0111725;RO=58;SAF=10;SAR=10;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213081;STB=0.610402;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0247447;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:58:58:20:21:0.265823:10:10:39:19:10:11:39:19 chr16 21747639 . G T 187.14 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.0067148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.544;QD=8.70399;RBI=0.0352497;REFB=-0.00237501;REVB=-0.0346043;RO=58;SAF=13;SAR=12;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183409;STB=0.597109;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000641951;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:58:61:25:25:0.290698:12:13:39:19:12:13:40:21 chr16 21747662 . G A 257.97 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0321062;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.686;QD=11.3392;RBI=0.0330257;REFB=-0.0155405;REVB=-0.00773878;RO=58;SAF=17;SAR=14;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10339;STB=0.557128;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0265347;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:58:60:31:31:0.340659:14:17:37:21:14:17:38:22 chr16 22144318 . C T 290.37 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0469667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9094;QD=46.459;RBI=0.10635;REFB=-0.0980385;REVB=0.0954169;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.538428;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.013329;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:2:2:23:23:0.92:11:12:2:0:11:12:2:0 chr16 22161136 . T C 548.54 PASS AF=0.973684;AO=31;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.16674;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.401;QD=57.7406;RBI=0.166927;REFB=-0.0152554;REVB=0.00789814;RO=0;SAF=2;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00171222;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:0:1:31:37:0.973684:29:2:0:0:29:8:0:1 chr16 22167150 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0286231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.756;QD=12.8689;RBI=0.0307106;REFB=0.00631665;REVB=0.011129;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00997623;OID=.;OPOS=22167150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr16 22178256 . G A 701.53 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8895;QD=55.0221;RBI=0.1097;REFB=0;REVB=0.10968;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155725;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:48:51:1:16:32:0:0:18:33:0:0 chr16 22192896 . G A 187.63 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0546361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3398;QD=12.7205;RBI=0.0559468;REFB=-0.012652;REVB=-0.0120392;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584737;STB=0.527133;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00445151;OID=.;OPOS=22192896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:36:23:23:0.389831:15:8:12:22:15:8:14:22 chr16 22207121 . C T 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0197974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.471;QD=28.226;RBI=0.0289189;REFB=0.0333369;REVB=0.0210799;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378887;STB=0.521241;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00766254;OID=.;OPOS=22207121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:7:5:2:2:7:5:2:2 chr16 22237118 . A G 298.02 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0256147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5923;QD=20.9137;RBI=0.029265;REFB=-0.0360729;REVB=-0.0141537;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202634;STB=0.611854;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0220721;OID=.;OPOS=22237118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:15:16:7:19:15:16:7:19 chr16 22237273 . C G 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0219739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.298;QD=18.6402;RBI=0.0221915;REFB=-0.0151553;REVB=0.00309997;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139377;STB=0.578873;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0147474;OID=.;OPOS=22237273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:15:9:11:10:15:9 chr16 22262514 . C A 375.46 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.702;QD=53.6371;RBI=0.147571;REFB=0;REVB=-0.0204728;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014607;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:1:0:27:28:1:13:14:1:0:13:15:0:0 chr16 22269867 . A G 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.344;QD=53.9325;RBI=0.041289;REFB=-0.108546;REVB=0.027263;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00106397;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr16 22357850 . C CAG 688.73 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248668;FXX=0.0576812;HRUN=0;LEN=2;MLLD=268.597;QD=56.2225;RBI=0.0315951;REFB=0;REVB=0.0194909;RO=2;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.14234e-05;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:52:49:49:0:11:38:0:0:4:2:11:36:0:2 chr16 22826339 . A G 383.43 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00738609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.978;QD=17.6291;RBI=0.00827332;REFB=-0.0331957;REVB=-0.00372739;RO=47;SAF=14;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172833;STB=0.601372;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0320768;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:25:14:25:22:26:14:25:22 chr16 23072868 . A G 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.019217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.803;QD=8.92389;RBI=0.0235744;REFB=-0.00412431;REVB=-0.0136551;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321107;STB=0.689465;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00989699;OID=.;OPOS=23072868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:7:12:15:28:7:12:15:28 chr16 23077693 . A G 58.34 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00437689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.867;QD=4.76282;RBI=0.0105465;REFB=-0.00392337;REVB=0.00959535;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874767;STB=0.558689;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00876257;OID=.;OPOS=23077693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:6:3:16:24:6:3:16:24 chr16 23078857 . C T 316.38 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0188939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.632;QD=17.8242;RBI=0.0267423;REFB=-0.00254793;REVB=-0.0189254;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983609;STB=0.547799;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00205651;OID=.;OPOS=23078857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:33:34:0.478873:19:14:12:25:20:14:12:25 chr16 23200761 . T C 235.53 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0120257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.627;QD=17.4463;RBI=0.0177606;REFB=-0.0125295;REVB=0.0130698;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658746;STB=0.537009;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0118857;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:16:12:13:13:16:12 chr16 23200848 . T C 294.79 PASS AF=0.484848;AO=33;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0181002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9921;QD=17.866;RBI=0.0939022;REFB=-0.0107966;REVB=-0.0921412;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162371;STB=0.57731;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0155446;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:33:32:0.484848:14:19:13:20:14:18:14:20 chr16 23200921 . G A 151.01 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0044193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.242;QD=11.1855;RBI=0.00816322;REFB=-0.00699648;REVB=-0.00686353;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226684;STB=0.632049;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00837057;OID=.;OPOS=23200921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:13:22:8:11:13:22 chr16 23224416 . G A 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00120226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2002;QD=10.9363;RBI=0.0197937;REFB=-0.0102605;REVB=0.0197571;RO=34;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419502;STB=0.749687;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0155159;OID=.;OPOS=23224416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:4:12:13:21:4:12:13:21 chr16 23226787 . C G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.170092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3748;QD=18.0497;RBI=0.171096;REFB=-0.00784565;REVB=-0.0185072;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175521;STB=0.599822;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00503468;OID=.;OPOS=23226787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:1:7:7:3:1:7 chr16 23360199 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.655;QD=51.1842;RBI=0.0578731;REFB=0;REVB=-0.00501621;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169616;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr16 23477997 . CCA C 100.54 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00775036;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=2;MLLD=228.533;QD=10.3119;RBI=0.0131509;REFB=-0.0189814;REVB=-0.0106244;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149229;STB=0.588123;STBP=0.359;TYPE=del;VARB=0.0293347;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:15:40:16:39:23:6:10:12:11:99:22:6:9:12:10 chr16 23489711 . C G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00226478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.241;QD=11.4398;RBI=0.0209302;REFB=0.00403344;REVB=0.0208073;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310035;STB=0.685308;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00320863;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:5:9:3:6:5:9 chr16 23490353 . T G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0372693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.832;QD=14.0437;RBI=0.0389436;REFB=-0.00463467;REVB=-0.011296;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.699373;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00456967;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:3:2:0:3:3:2:0:4 chr16 23536684 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00624226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.992;QD=7.95466;RBI=0.0250531;REFB=-0.0134667;REVB=0.024263;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542234;STB=0.533895;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0247977;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:11:8:3:5:11:8 chr16 23546561 . G C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000348583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1926;QD=22.144;RBI=0.0290878;REFB=-0.0507284;REVB=-0.0290857;RO=13;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226441;STB=0.629043;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0393467;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:3:14:8:5:3:14:8:5 chr16 23563501 . C T 688.43 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=58;FWDB=0.0163365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.001;QD=18.9911;RBI=0.0192825;REFB=-0.0291911;REVB=-0.0102437;RO=75;SAF=22;SAR=47;SRF=18;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888243;STB=0.551298;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0206969;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:76:69:69:0.475862:47:22:18:57:47:22:18:58 chr16 23582153 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0312163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5239;QD=20.5462;RBI=0.0312323;REFB=-0.0117776;REVB=-0.00099984;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00749851;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:12:10:11:11:12:10 chr16 23585061 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3231;QD=55.6557;RBI=0.036891;REFB=0;REVB=-0.00117621;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411757;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr16 23607504 . G C 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00840045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9306;QD=20.0163;RBI=0.0106215;REFB=-0.0139993;REVB=0.00649985;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122168;STB=0.518498;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0131382;OID=.;OPOS=23607504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:7:11:10:6:7:11:11:6 chr16 23646191 . T C 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00250703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.342;QD=24.5871;RBI=0.0160495;REFB=0.0071624;REVB=0.0158525;RO=20;SAF=21;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11612;STB=0.575294;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00342148;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:11:21:10:10:11:21:10:11 chr16 23649187 . C T 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0663943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.118;QD=1.61377;RBI=0.0765816;REFB=-0.00703007;REVB=-0.0381647;RO=73;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137286;STB=0.613212;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0587403;OID=.;OPOS=23649187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:73:74:8:8:0.097561:3:5:37:36:3:5:37:37 chr16 23677006 . A G 862.47 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138567;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.444;QD=57.4979;RBI=0.0140099;REFB=0;REVB=-0.00206614;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018584;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:27:31:0:0:27:33:0:0 chr16 23701255 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0243497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.753;QD=13.6609;RBI=0.0429307;REFB=-0.0131898;REVB=-0.0353573;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.545388;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0188802;OID=.;OPOS=23701255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:12:9:5:9:12:9 chr16 23701538 . A G 333.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.13;QD=53.3145;RBI=0.04345;REFB=0;REVB=0.0155597;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42135e-05;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:7:16:0:0:9:16:0:0 chr16 23711925 . C G 919.2 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.249;QD=58.3621;RBI=0.0308892;REFB=0;REVB=-0.0193211;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83058e-06;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr16 24564879 . GTA G 97.78 PASS AF=0.733333;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0405226;FXX=0.210416;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.182;QD=26.0758;RBI=0.0535046;REFB=-0.123827;REVB=0.0349379;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143326;STB=0.533274;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.0464597;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:9:19:11:15:4:4:7:1:3:28:5:2:7:2:3 chr16 24834233 . C T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0208842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.898;QD=15.6501;RBI=0.0440768;REFB=-0.0120072;REVB=0.0388151;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190615;STB=0.618239;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0125677;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:7:9:15:5:7:9:16:5 chr16 24836213 . C A,CA 53.84 PASS AF=0,0.535714;AO=4,12;DP=31;FAO=0,15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0109102,0.0769946;FXX=0.0344709;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=230.12,8.35452;QD=7.69112;RBI=0.0127221,0.0839049;REFB=-0.00229811,-0.0756068;REVB=0.00654376,0.0333445;RO=13;SAF=2,2;SAR=2,10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.21835,-0.190657;STB=0.5,0.52628;STBP=1,0.793;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.126607;OID=.,.;OPOS=24836213,24836214;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:31:28:13:13:4,12:0,15:0,0.535714:2,10:2,2:4:9:0,10:0,5:5:8 chr16 24902194 . T C 1289.1 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.812;QD=60.6636;RBI=0.0320399;REFB=-0.0412999;REVB=0.0189697;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141366;STB=0.507461;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000438573;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:84:84:0.988235:33:51:0:1:33:51:0:1 chr16 25137289 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.893;QD=58.1419;RBI=0.0372135;REFB=0;REVB=0.0119015;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146674;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr16 25137385 . G A 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0141706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2867;QD=7.94656;RBI=0.0226274;REFB=-0.00233977;REVB=-0.0176407;RO=51;SAF=13;SAR=7;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221023;STB=0.513247;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00524478;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:7:13:34:17:7:13:34:17 chr16 25239805 . G C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0237766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4598;QD=19.155;RBI=0.0679046;REFB=-0.0124184;REVB=0.0636059;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119823;STB=0.567623;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0144226;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:8:15:11:10:8:15 chr16 25255506 . C T 320.25 PASS AF=0.651163;AO=25;DP=41;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0112408;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.948;QD=29.7905;RBI=0.0194842;REFB=-0.0104017;REVB=0.0159148;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112828;STB=0.572662;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00547043;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:16:15:25:28:0.651163:8:17:13:3:11:17:12:3 chr16 25258035 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00832251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.491;QD=11.4398;RBI=0.00832807;REFB=-0.0386613;REVB=-0.000304305;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175766;STB=0.605818;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0352091;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:7:7:3:6:7:7 chr16 25263278 . G A 237.83 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0312617;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7559;QD=15.8551;RBI=0.035849;REFB=-0.013733;REVB=-0.0175458;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551947;STB=0.531227;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0149342;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:10:17:19:14:10:17:19:14 chr16 27226106 . G A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00632731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.808;QD=15.626;RBI=0.0198345;REFB=-0.00624495;REVB=-0.0187982;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767178;STB=0.50442;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00633126;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:11:12:9:8:11:12 chr16 27238110 . C T 445.27 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00118526;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.548;QD=25.8129;RBI=0.00942771;REFB=-0.00335568;REVB=0.00935291;RO=28;SAF=27;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70682e-08;STB=0.510199;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0020383;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:28:27:42:42:0.608696:15:27:18:10:15:27:18:9 chr16 27246617 . T C 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0148955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1546;QD=15.6175;RBI=0.0173657;REFB=-0.0147656;REVB=0.00892703;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155977;STB=0.589645;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0149441;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:15:10:10:8:15:10 chr16 27356203 . A G 217.51 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00361034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2564;QD=22.8955;RBI=0.0245484;REFB=-0.0218431;REVB=0.0242814;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257995;STB=0.645017;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0047946;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:7:10:6:15:7:10 chr16 27366346 . ATTTG ATT,ATTG 54.02 PASS AF=0.210526,0.315789;AO=6,4;DP=19;FAO=4,6;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1;FSAR=4,5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0588479,0.104745;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=58.9013,13.6838;QD=11.3726;RBI=0.0819783,0.114477;REFB=-0.026308,-0.108187;REVB=-0.0570733,-0.0461879;RO=7;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767038,-0.722124;STB=0.996927,0.768236;STBP=0.033,0.128;TYPE=del,del;VARB=0.229759,0.112154;OID=.,.;OPOS=27366349,27366347;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATT,ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.210526,0.315789:6,4:19:4,6:19:9:0,1:4,5:5:4:22:7:0,0:6,4:4:3 chr16 27371158 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4068;QD=62.6702;RBI=0.0483348;REFB=0;REVB=0.00224085;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431116;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr16 27772901 . G A 397.34 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0265284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.72;QD=46.7456;RBI=0.0265674;REFB=0.0362597;REVB=-0.00143797;RO=4;SAF=14;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116053;STB=0.562459;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0020428;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:16:14:4:0:16:14:4:0 chr16 27974487 . T C 110.35 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0906263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7029;QD=11.6157;RBI=0.105475;REFB=-0.00447138;REVB=-0.0539618;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180844;STB=0.526278;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0130621;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:13:14:0.368421:6:7:12:11:7:7:13:11 chr16 28145165 . T A 96.93 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0106198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.187;QD=12.5072;RBI=0.0110328;REFB=-0.00404758;REVB=0.00299035;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272843;STB=0.516102;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00657152;OID=.;OPOS=28145165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:10:9:6:6:10:9 chr16 28222690 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0944064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.855;QD=14.1698;RBI=0.0952837;REFB=0.000289205;REVB=0.0129004;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34042;STB=0.693571;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000613735;OID=.;OPOS=28222690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:1:11:6:4:1:11 chr16 28354077 . G A 135.89 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0379011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2099;QD=6.8806;RBI=0.0379182;REFB=-0.0262489;REVB=-0.00113837;RO=57;SAF=17;SAR=3;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287859;STB=0.672116;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0737019;OID=.;OPOS=28354077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:57:59:20:20:0.253165:3:17:39:18:3:17:41:18 chr16 28354087 . T C 78.58 PASS AF=0.175;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.0173156;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.988;QD=3.92915;RBI=0.0176683;REFB=-0.0202785;REVB=-0.00351257;RO=64;SAF=10;SAR=4;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687865;STB=0.513256;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.077309;OID=.;OPOS=28354087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:81:80:64:66:14:14:0.175:4:10:46:18:4:10:48:18 chr16 28354090 . C G 108.38 PASS AF=0.219512;AO=17;DP=80;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.0605029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9583;QD=5.28705;RBI=0.0643003;REFB=-0.0149626;REVB=-0.0217699;RO=61;SAF=13;SAR=4;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709101;STB=0.561971;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0556824;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:61:64:17:18:0.219512:4:13:44:17:4:14:46:18 chr16 28354093 . T C 85.1 PASS AF=0.182927;AO=14;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=0.012861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5853;QD=4.15111;RBI=0.0347514;REFB=-0.0198958;REVB=-0.032284;RO=67;SAF=10;SAR=4;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266708;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.08983;OID=.;OPOS=28354093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:82:67:67:14:15:0.182927:4:10:49:18:4:11:49:18 chr16 28508447 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.904;QD=48.7236;RBI=0.0926733;REFB=0;REVB=0.0636879;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143497;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr16 28508716 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.052;QD=54.5175;RBI=0.112054;REFB=0;REVB=0.0353325;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214397;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr16 28602991 . A G 185.73 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.112294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.694;QD=19.0493;RBI=0.112455;REFB=-0.026334;REVB=-0.00601046;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679889;STB=0.538422;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0268228;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:14:6:7:12:14:6 chr16 28603393 . T C 223.04 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4093;QD=49.5652;RBI=0.0818779;REFB=0;REVB=0.0709413;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112046;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr16 28617485 . C T 1491.38 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.861;QD=63.4629;RBI=0.01771;REFB=0;REVB=-0.0175012;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99709e-05;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr16 28617507 . C T 86.36 PASS AF=0.153153;AO=17;DP=112;FAO=17;FDP=111;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0123136;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.334;QD=3.11213;RBI=0.035782;REFB=-0.00332782;REVB=-0.0335965;RO=93;SAF=6;SAR=11;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244405;STB=0.65912;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0501394;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:112:111:93:94:17:17:0.153153:11:6:51:42:11:6:51:43 chr16 28617552 . C G 152.23 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=131;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.00254151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.282;QD=4.64819;RBI=0.00872207;REFB=-0.000745452;REVB=-0.00834358;RO=102;SAF=8;SAR=18;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2505;STB=0.662116;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00236196;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:102:105:26:26:0.198473:18:8:51:51:18:8:53:52 chr16 28618150 . C T 54.8 PASS AF=0.106061;AO=14;DP=132;FAO=14;FDP=132;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.00143295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8447;QD=1.66072;RBI=0.0096297;REFB=0.00117422;REVB=0.00952249;RO=117;SAF=9;SAR=5;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128567;STB=0.592499;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0130803;OID=.;OPOS=28618150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:132:132:117:118:14:14:0.106061:5:9:63:54:5:9:64:54 chr16 28619911 . T C 69.79 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0245774;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.254;QD=3.48956;RBI=0.031574;REFB=-0.00570395;REVB=-0.0198209;RO=67;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173411;STB=0.51161;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.036096;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:80:67:67:13:13:0.1625:6:7:37:30:6:7:37:30 chr16 28619920 . A G 69.25 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.029266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.04;QD=3.41979;RBI=0.0294601;REFB=-0.00473357;REVB=0.00337635;RO=67;SAF=8;SAR=5;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621505;STB=0.548943;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0336331;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:67:68:13:13:0.160494:5:8:38:29:5:8:38:30 chr16 28620120 . C T 181.85 PASS AF=0.184358;AO=33;DP=179;FAO=33;FDP=179;FR=.;FRO=146;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=0.00712875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9007;QD=4.06356;RBI=0.0594091;REFB=-0.0140049;REVB=-0.0589798;RO=146;SAF=13;SAR=20;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111195;STB=0.570796;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0606778;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:146:146:33:33:0.184358:20:13:70:76:20:13:70:76 chr16 28621311 . T C 826.73 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=108;FAO=74;FDP=111;FR=.;FRO=37;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0341909;FXX=0.0263135;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1681;QD=29.7922;RBI=0.0357561;REFB=-0.0274863;REVB=-0.0104636;RO=34;SAF=41;SAR=27;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836518;STB=0.555876;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0124106;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:34:37:68:74:0.666667:27:41:16:18:28:46:17:20 chr16 28649787 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0110476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.799;QD=10.0752;RBI=0.0137594;REFB=-0.00776198;REVB=-0.00820183;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197299;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr16 28842311 . A G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00281635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.539;QD=44.0922;RBI=0.00641664;REFB=0.0125063;REVB=-0.00576553;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000211094;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:3:14:0:0:3:14:1:0 chr16 28847568 . G C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0131832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.699;QD=7.04801;RBI=0.0145472;REFB=-0.00544505;REVB=-0.00615015;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140986;STB=0.508906;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0120359;OID=.;OPOS=28847568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:14:8:3:5:14:8 chr16 28848366 . G A 508.21 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00401545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.377;QD=20.7432;RBI=0.00431582;REFB=-0.00927306;REVB=0.00158191;RO=49;SAF=19;SAR=30;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591795;STB=0.532697;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0111687;OID=.;OPOS=28848366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:30:19:16:33:30:19:16:33 chr16 28856665 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.01439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.219;QD=18.4893;RBI=0.0148251;REFB=-0.0223269;REVB=0.00356534;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721544;STB=0.513767;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0287951;OID=.;OPOS=28856665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:9:13:14:10:9:13:16:10 chr16 28883241 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0510729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.421;QD=16.8976;RBI=0.0514035;REFB=0.00797863;REVB=0.00582056;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32827;STB=0.713962;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00991907;OID=.;OPOS=28883241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:7:9:10:10:0.526316:6:4:0:7:6:4:0:9 chr16 28884920 . G A 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00419129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.49;QD=28.7722;RBI=0.0101879;REFB=-0.0477865;REVB=0.0092858;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506078;STB=0.52784;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0238762;OID=.;OPOS=28884920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:14:15:8:10:14:15:8:10 chr16 28893136 . AG A,AA 32.82 PASS AF=0.5,0;AO=3,4;DP=13;FAO=5,0;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0370249,0.0282533;FXX=0.0908265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.531,227.747;QD=13.1282;RBI=0.0370624,0.0283219;REFB=0.00244647,0.0025802;REVB=-0.00166671,-0.00196945;RO=6;SAF=2,1;SAR=1,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.388047;STB=0.726279,0.5;STBP=0.238,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0134591,0.0134966;OID=.,.;OPOS=28893137,28893137;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:3,4:13:5,0:10:5:1,0:4,0:3:2:19:6:2,1:1,3:4:2 chr16 28909622 . G A 205.88 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.010163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.78;QD=23.5293;RBI=0.0116492;REFB=-0.017424;REVB=-0.00569347;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754591;STB=0.529382;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0111437;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:8:12:7:7:8:12:8:7 chr16 28913710 . G T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00963452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.049;QD=21.3523;RBI=0.0135404;REFB=-0.00329021;REVB=0.00951405;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394853;STB=0.522354;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00247195;OID=.;OPOS=28913710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:3:6:8:5:3:6 chr16 28915527 . G A 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176503;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.035;QD=57.2361;RBI=0.0255519;REFB=0;REVB=0.0184762;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7466e-06;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr16 28944396 . C G 382.53 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8595;QD=52.7627;RBI=0.0480044;REFB=-0.0865241;REVB=0.0105078;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00476069;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:0:1 chr16 28993369 . C T 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0928947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6698;QD=24.5158;RBI=0.0974336;REFB=-0.00925723;REVB=-0.0293919;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458479;STB=0.525433;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00916012;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:7:15:17:10:7:15 chr16 28995757 . C A 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000861569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.64;QD=59.4194;RBI=0.0247932;REFB=0;REVB=0.0247782;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03478e-05;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr16 29057392 . A G 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.69;QD=52.6048;RBI=0.0544846;REFB=0;REVB=0.0299865;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111606;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr16 29097556 . C CAT 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.156335;FXX=0.0908265;HRUN=0;LEN=2;MLLD=89.9513;QD=42.4474;RBI=0.161741;REFB=0;REVB=-0.0414673;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00965795;OID=.;OPOS=29097557;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:10:10:0:6:4:0:0:4:1:6:4:0:1 chr16 29124421 . T C 1512.16 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0567005;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.558;QD=62.3572;RBI=0.0585431;REFB=-0.0209465;REVB=0.014572;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957941;STB=0.505049;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000236354;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:49:46:0:1:49:47:0:1 chr16 29580611 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7501;QD=46.8479;RBI=0.0715942;REFB=0;REVB=-0.0278927;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0036248;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr16 29624734 . A G 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00437993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9828;QD=6.01541;RBI=0.0203887;REFB=-0.0334512;REVB=-0.0199126;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272656;STB=0.65343;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0451402;OID=.;OPOS=29624734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:21:22:7:7:0.241379:3:4:7:14:3:4:8:14 chr16 29675928 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0216409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.493;QD=26.849;RBI=0.058574;REFB=-0.0163729;REVB=0.0544296;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016877;STB=0.509421;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0110107;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:6:9:4:3:6:9:4:3 chr16 29679989 . A G 412.66 PASS AF=0.939394;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0123121;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.566;QD=50.0188;RBI=0.0171851;REFB=-0.176027;REVB=-0.0119892;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517006;STB=0.52776;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00444592;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:33:2:2:29:31:0.939394:12:17:2:0:14:17:2:0 chr16 29680036 . TG T,TGGGATTATAGGTGTGAGCCAG 93.13 PASS AF=0.0208333,0.25;AO=8,8;DP=49;FAO=1,12;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=0,4;FSAR=1,8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.093686,-0.0215814;FXX=0.020404;HRUN=3,3;LEN=1,20;MLLD=20.4743,479.088;QD=7.76065;RBI=0.210563,0.0216173;REFB=-0.0752754,-0.0147424;REVB=-0.188573,0.00124555;RO=27;SAF=0,4;SAR=8,4;SRF=22;SRR=5;SSEN=0.465169,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819213,-0.395858;STB=0.992867,0.729373;STBP=0.246,0.074;TYPE=del,ins;VARB=0.0739908,0.0295984;OID=.,.;OPOS=29680037,29680037;OREF=G,-;OALT=-,GGGATTATAGGTGTGAGCCA;OMAPALT=T,TGGGATTATAGGTGTGAGCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0208333,0.25:8,8:49:1,12:48:35:0,4:1,8:23:12:90:27:0,4:8,4:22:5 chr16 29680256 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.504;QD=43.4861;RBI=0.0424565;REFB=0;REVB=0.00651053;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450743;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr16 29680389 . A C 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00752037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.731;QD=23.0086;RBI=0.0257128;REFB=-0.0123906;REVB=0.0245885;RO=24;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13995;STB=0.576793;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0129017;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:14:19:18:6:14:19:18:6 chr16 29680464 . A T 644.81 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=126;FAO=65;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.000194381;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.485;QD=19.1056;RBI=0.0177997;REFB=-0.00731877;REVB=0.0177987;RO=45;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255933;STB=0.502293;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00685899;OID=.;OPOS=29680464;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:135:45:70:52:65:0.481481:27:25:23:22:35:30:32:38 chr16 29708350 . A G 305.74 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0792;QD=53.1715;RBI=0.0241056;REFB=0;REVB=0.0156552;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22993e-05;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 29790864 . G A 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0129535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8964;QD=14.6055;RBI=0.081353;REFB=-0.00555855;REVB=0.0803152;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200265;STB=0.511357;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00943768;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:18:16:24:25:18:16:24:25 chr16 29791561 . T G 976.35 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6265;QD=57.4321;RBI=0.0389824;REFB=0.0820388;REVB=-0.0323514;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0100944;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:0:1:29:38:0:1 chr16 29791721 . G C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0538665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1566;QD=5.44339;RBI=0.0550388;REFB=-0.00297222;REVB=0.011299;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329408;STB=0.72495;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00845991;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:8:12:5:1:8:12 chr16 29808237 . A C 510.19 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0104815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6399;QD=26.5034;RBI=0.0753193;REFB=0.00783427;REVB=-0.0745864;RO=30;SAF=17;SAR=30;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150948;STB=0.582488;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00584537;OID=.;OPOS=29808237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:30:17:17:13:30:17:17:13 chr16 29808347 . C T 506.63 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.04978;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3108;QD=25.3314;RBI=0.0522712;REFB=-0.0465722;REVB=0.0159446;RO=32;SAF=13;SAR=34;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138258;STB=0.584729;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0125515;OID=.;OPOS=29808347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:32:33:47:47:0.5875:34:13:14:18:34:13:15:18 chr16 29814234 . G A 369.65 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00434509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.549;QD=22.4031;RBI=0.00754758;REFB=-0.0305709;REVB=-0.0061714;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186556;STB=0.510283;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0263809;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:20:17:14:15:20:17:14:15 chr16 29816417 . A G 167.16 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00766107;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.42;QD=14.5355;RBI=0.00791897;REFB=-0.0353301;REVB=0.00200451;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250308;STB=0.639663;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0312641;OID=.;OPOS=29816417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:28:18:18:0.391304:10:8:18:8:10:8:19:9 chr16 29821744 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.343;QD=57.7124;RBI=0.017727;REFB=0;REVB=-0.00953347;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108555;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr16 29825126 . T C 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00322141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.051;QD=59.4248;RBI=0.0132408;REFB=0.0590061;REVB=0.012843;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00070643;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr16 29826881 . C CA 230.05 PASS AF=0.469697;AO=76;DP=212;FAO=93;FDP=198;FR=.;FRO=105;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0757231;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.78458;QD=4.6474;RBI=0.076982;REFB=-0.0734277;REVB=0.0138654;RO=117;SAF=38;SAR=38;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598397;STB=0.513121;STBP=0.759;TYPE=ins;VARB=0.0451498;OID=.;OPOS=29826882;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:76:212:93:198:105:51:42:55:50:99:117:38:38:65:52 chr16 29851738 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0454178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.636;QD=10.0339;RBI=0.0474243;REFB=0.00248944;REVB=-0.0136488;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000818282;OID=.;OPOS=29851738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:4:3:4:1:4:3 chr16 29859237 . AGGGGAT AGGGAT,AGGGATG 106.65 PASS AF=0.42029,0.0144928;AO=24,6;DP=75;FAO=29,1;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=24,1;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.015542,-0.0147986;FXX=0.0675584;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=13.5524,60.6401;QD=6.18276;RBI=0.080336,0.0148078;REFB=-0.128409,-0.00652943;REVB=0.0788182,-0.000519827;RO=29;SAF=19,6;SAR=5,0;SRF=4;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592037,0.815432;STB=0.835594,0.995038;STBP=0,0.142;TYPE=del,mnp;VARB=0.111277,0.165855;OID=.,.;OPOS=29859238,29859241;OREF=G,GAT;OALT=-,ATG;OMAPALT=AGGGAT,AGGGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42029,0.0144928:24,6:75:29,1:69:39:24,1:5,0:9:30:98:29:19,6:5,0:4:25 chr16 29876150 . CA C 96.04 PASS AF=0.722222;AO=19;DP=37;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0338417;FXX=0.0270197;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.41982;QD=10.6711;RBI=0.0498632;REFB=0.0091372;REVB=0.0366207;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127572;STB=0.517228;STBP=0.745;TYPE=del;VARB=0.0676668;OID=.;OPOS=29876151;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:19:37:26:36:10:12:14:4:6:20:13:7:12:7:6 chr16 29882490 . C T 99.85 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0259661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5121;QD=15.3621;RBI=0.0352664;REFB=-0.00889795;REVB=-0.0238638;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00849994;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:7:7:5:7:7:7 chr16 29899123 . G T 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0453109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0609;QD=18.2488;RBI=0.0471468;REFB=0.00714185;REVB=0.0130284;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116279;STB=0.566284;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00474383;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:6:9:7:8:6:9 chr16 29908433 . C G 623.77 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2778;QD=60.856;RBI=0.10593;REFB=0;REVB=0.0118515;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000988542;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr16 29918034 . T C 53.08 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0134793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.998;QD=9.23181;RBI=0.0456196;REFB=-0.0093258;REVB=0.0435827;RO=15;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.758272;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0148992;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:23:15:15:7:8:0.347826:0:7:15:0:1:7:15:0 chr16 29994922 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0245323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.519;QD=15.3789;RBI=0.0255434;REFB=-9.53008e-05;REVB=-0.00711558;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185242;STB=0.605115;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000419976;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:10:2:1:13:10:2:1:13 chr16 29998200 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0106568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.434;QD=12.3388;RBI=0.0313248;REFB=0.00129502;REVB=-0.0294563;RO=39;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142039;STB=0.582451;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00292549;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:18:6:14:25:18:6:14:25 chr16 30006914 . T C 258.49 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0941724;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2086;QD=18.4637;RBI=0.109395;REFB=-0.0225297;REVB=-0.0556671;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180275;OID=.;OPOS=30006914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:28:28:28:0.5:19:9:9:19:19:9:9:19 chr16 30018500 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0792741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8866;QD=16.8967;RBI=0.103562;REFB=-0.0316786;REVB=-0.0666394;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.624753;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0182379;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:3:6:4:6:3:6 chr16 30021402 . C T 135.1 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00174331;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.055;QD=16.8876;RBI=0.00259517;REFB=-0.0124309;REVB=-0.00192244;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147222;STB=0.599867;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0113203;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:6:9:7:9:6:9:7:10 chr16 30034986 . G A 133.72 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0280718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.895;QD=19.8105;RBI=0.0297556;REFB=-0.0280886;REVB=0.00986776;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.545393;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0339106;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:11:12:12:15:0.555556:6:6:5:6:9:6:6:6 chr16 30037128 . A C 69.02 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00947372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.273;QD=13.8036;RBI=0.0177637;REFB=-0.0195293;REVB=-0.0150266;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.013793;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:11:8:9:0.45:3:5:6:3:3:6:7:4 chr16 30081367 . G T 137.76 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00126817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.784;QD=10.0188;RBI=0.0641264;REFB=-0.00591836;REVB=0.0641139;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509486;STB=0.795628;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0198525;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:13:5:28:9:13:5:28:9 chr16 30097630 . C T 92.11 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0192097;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.023;QD=24.5629;RBI=0.0470839;REFB=-0.0288853;REVB=0.042987;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160449;STB=0.592391;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0226856;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:15:5:5:10:10:0.666667:2:8:3:2:2:8:3:2 chr16 30119525 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.837;QD=57.2026;RBI=0.0333698;REFB=0;REVB=0.0143849;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128893;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr16 30198151 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.876;QD=55.6561;RBI=0.028555;REFB=0;REVB=0.0020754;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28409e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr16 30376509 . TC T 63.9 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0347893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.499;QD=7.30293;RBI=0.0520049;REFB=-0.0566553;REVB=-0.038655;RO=19;SAF=0;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.6;SSSB=-0.771284;STB=0.627277;STBP=0.228;TYPE=del;VARB=0.0914622;OID=.;OPOS=30376510;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:8:33:15:35:20:5:10:11:9:63:19:0:8:11:8 chr16 30393660 . G A 676.95 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.209;QD=60.1731;RBI=0.0202169;REFB=-0.0838012;REVB=0.014828;RO=1;SAF=36;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012875;STB=0.506846;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00018767;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:8:36:1:0:8:36:1:0 chr16 30408765 . C T 689.43 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.931;QD=62.6758;RBI=0.0410864;REFB=0;REVB=-0.021522;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124843;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr16 30536672 . A G 142.78 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00467249;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.44;QD=21.1521;RBI=0.00512829;REFB=-0.00427248;REVB=-0.00211358;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00407401;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:4:8:9:6:4:8 chr16 30566532 . A G 352.97 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.043194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.381;QD=13.1951;RBI=0.0432055;REFB=0.00276084;REVB=-0.000996243;RO=64;SAF=22;SAR=20;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581997;STB=0.537136;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00446049;OID=.;OPOS=30566532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:65:42:42:0.392523:20:22:37:27:20:22:38:27 chr16 30666367 . C T 183.99 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0124692;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.647;QD=24.5315;RBI=0.0124733;REFB=-0.0471126;REVB=0.000319737;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154706;STB=0.559936;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0295412;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:11:12:18:18:0.6:11:7:2:9:11:7:3:9 chr16 30724070 . G T 817.22 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8369;QD=57.3486;RBI=0.0613908;REFB=0;REVB=-0.0268984;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000870639;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr16 30734526 . C T 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0160332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.581;QD=5.48003;RBI=0.0178878;REFB=-0.00720317;REVB=0.00793163;RO=47;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136729;STB=0.58809;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0259521;OID=.;OPOS=30734526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:10:3:15:32:10:3:15:32 chr16 30734963 . C A 296.48 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.562;QD=49.4133;RBI=0.0510938;REFB=-0.0922136;REVB=-0.00217242;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000804126;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:1:0:16:7:1:0 chr16 30762640 . C T 510.76 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00881285;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.731;QD=52.386;RBI=0.00881411;REFB=-0.121143;REVB=0.000148681;RO=3;SAF=13;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964553;STB=0.551695;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00100423;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:23:13:3:0:23:13:3:0 chr16 30767531 . G A 350.82 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.011893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.953;QD=15.4208;RBI=0.0372739;REFB=-0.00270194;REVB=0.0353256;RO=53;SAF=12;SAR=26;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171846;STB=0.597462;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00721851;OID=.;OPOS=30767531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:26:12:25:28:26:12:25:28 chr16 30772004 . GAA G 62.98 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00858741;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=2;MLLD=31.7182;QD=10.0766;RBI=0.0235722;REFB=0.0133601;REVB=0.0219523;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160599;STB=0.523317;STBP=0.873;TYPE=del;VARB=-0.0200627;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:25:10:25:15:3:7:5:10:62:12:3:7:2:10 chr16 30779716 . A G 2324.19 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.111;QD=60.7631;RBI=0.0461408;REFB=0;REVB=0.0169047;RO=0;SAF=67;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62363e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:153:0:0:146:153:1:79:67:0:0:82:71:0:0 chr16 30780828 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.008;QD=51.1845;RBI=0.0398379;REFB=0;REVB=0.0105161;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350152;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr16 30794269 . A G 84.64 PASS AF=0.25;AO=4;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0788202;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3278;QD=9.40457;RBI=0.0806399;REFB=-0.0273245;REVB=-0.0170346;RO=19;SAF=2;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299437;STB=0.860663;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.109267;OID=.;OPOS=30794269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:37:36:19:23:4:9:0.25:2:2:10:9:8:1:13:10 chr16 30795298 . GCCC GCC,GCCT,GCTC 34.07 PASS AF=0.153846,0.0769231,0.0769231;AO=8,2,2;DP=26;FAO=4,2,2;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0,2;FSAR=2,2,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.155438,-0.0800059,-0.0670677;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=9.83274,201.618,198.003;QD=5.24152;RBI=0.181371,0.0831305,0.070094;REFB=-0.150414,-0.032317,-0.0389374;REVB=0.0934597,0.0225775,0.0203737;RO=12;SAF=6,0,2;SAR=2,2,0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.413789,-0.505787,0.630414;STB=0.5,0.994543,0.994543;STBP=1,0.186,0.172;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0966412,0.0524742,0.120985;OID=.,.,.;OPOS=30795299,30795301,30795300;OREF=C,C,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=GCC,GCCT,GCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846,0.0769231,0.0769231:8,2,2:26:4,2,2:26:18:2,0,2:2,2,0:9:9:14:12:6,0,2:2,2,0:4:8 chr16 30886643 . T C 73.96 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.045062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2217;QD=9.54268;RBI=0.0450815;REFB=-0.0450518;REVB=-0.00132442;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897431;STB=0.584246;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0621461;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:31:21:21:9:10:0.322581:4:5:10:11:4:6:10:11 chr16 30936081 . G A 625.95 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.0784371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.0618;QD=18.8257;RBI=0.0827193;REFB=-0.0106973;REVB=0.0262699;RO=67;SAF=31;SAR=33;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145616;STB=0.571204;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0107401;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:69:64:64:0.481203:33:31:22:45:33:31:24:45 chr16 30937201 . C T 216.57 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0103456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.521;QD=16.9859;RBI=0.0389243;REFB=-0.0490237;REVB=0.0375243;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108138;STB=0.558326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0425885;OID=.;OPOS=30937201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:27:22:24:0.470588:8:14:12:11:9:15:14:13 chr16 30964940 . A G 948.74 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.117373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3998;QD=55.8085;RBI=0.118024;REFB=-0.10895;REVB=-0.0123833;RO=2;SAF=23;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898087;STB=0.504321;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0172155;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:2:2:65:66:0.970588:42:23:1:1:42:24:1:1 chr16 30977125 . G A 41.07 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0471;QD=16.4298;RBI=0.00849891;REFB=-0.0895755;REVB=-0.00849891;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.063509;OID=.;OPOS=30977125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr16 30999462 . T C 273.83 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.108166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2784;QD=17.6665;RBI=0.108285;REFB=0.0108663;REVB=-0.00507563;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356671;STB=0.519987;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.013368;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:18:12:14:18:18:12:14:18 chr16 31075175 . G A 182.36 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0100486;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.154;QD=16.5785;RBI=0.0101009;REFB=0.00318696;REVB=0.00102732;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214454;STB=0.622515;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00326756;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:9:16:8:11:9:16 chr16 31075708 . C G 150.98 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.403;QD=43.1361;RBI=0.0572162;REFB=0;REVB=-0.00748559;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0071966;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr16 31088347 . G A 314.12 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0592292;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2503;QD=19.3307;RBI=0.060386;REFB=-0.0110151;REVB=0.0117631;RO=33;SAF=24;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407561;STB=0.733193;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0127404;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:33:32:33:33:0.507692:9:24:9:24:9:24:8:24 chr16 31088625 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00460783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.248;QD=16.9316;RBI=0.0108056;REFB=-0.019428;REVB=0.00977393;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282867;STB=0.661906;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0210633;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:9:3:7:5:9:3 chr16 31088893 . CAA CA,CAC 326.12 PASS AF=0.826087,0.173913;AO=8,4;DP=46;FAO=38,8;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=7,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.765923,0.0881634;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.15657,167.656;QD=28.3586;RBI=0.815414,0.108057;REFB=-0.0248896,0.0132809;REVB=-0.279752,-0.0624782;RO=21;SAF=5,0;SAR=3,4;SRF=21;SRR=0;SSEN=0.326923,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.60417,-0.867639;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00607177,0.102066;OID=.,.;OPOS=31088894,31088895;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.826087,0.173913:8,4:46:38,8:46:0:31,0:7,8:0:0:41:21:5,0:3,4:21:0 chr16 31090407 . G C 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0107626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.44;QD=26.9542;RBI=0.0270165;REFB=-0.036602;REVB=0.0247802;RO=19;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266424;STB=0.514577;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0240738;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:13:21:11:8:13:21:11:8 chr16 31092075 . G A 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00900027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.515;QD=13.0875;RBI=0.0104269;REFB=-0.039429;REVB=-0.00526458;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385084;STB=0.752944;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0210696;OID=.;OPOS=31092075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:20:13:13:0.393939:4:9:4:11:4:9:5:15 chr16 31093892 . A G 694.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.395;QD=54.4756;RBI=0.0321564;REFB=0;REVB=0.0208623;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144083;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:26:20:0:0:30:21:0:0 chr16 31093954 . C T 285.35 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0218441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.286;QD=20.0242;RBI=0.0228876;REFB=-0.0107672;REVB=-0.00683196;RO=27;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338996;STB=0.501886;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00978821;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:11:19:17:10:11:19:17:10 chr16 31096164 . G C 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0316851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.117;QD=13.9562;RBI=0.0413308;REFB=-0.00500852;REVB=0.0265385;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00979511;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr16 31102321 . C T 236.05 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00946524;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1527;QD=13.2984;RBI=0.0439635;REFB=-0.0422162;REVB=-0.0429324;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173897;STB=0.591935;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0301956;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:42:43:28:28:0.394366:16:12:25:17:16:12:25:18 chr16 31141826 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.791;QD=42.1826;RBI=0.0333583;REFB=0;REVB=-0.0328683;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000633943;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr16 31141880 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.444;QD=45.8068;RBI=0.0495608;REFB=0;REVB=0.0430469;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195853;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr16 31153105 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8893;QD=60.9782;RBI=0.0376223;REFB=0;REVB=-0.0155249;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100352;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr16 31195279 . C T 745.14 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0428426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.232;QD=53.224;RBI=0.0512342;REFB=-0.204951;REVB=0.0280972;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.517235;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00104299;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:0:2:54:54:0.964286:28:26:0:0:28:26:0:2 chr16 31230463 . C T 650.45 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.904;QD=61.9474;RBI=0.022139;REFB=0;REVB=0.0201358;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122243;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr16 31336719 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.087;QD=53.2765;RBI=0.00985972;REFB=0;REVB=0.00870445;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137481;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr16 31374535 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.675;QD=40.7629;RBI=0.0271084;REFB=0;REVB=0.00669429;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113064;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 31422429 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.582;QD=57.0004;RBI=0.044115;REFB=0;REVB=0.0362351;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0365e-05;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr16 31476458 . C T 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.797;QD=62.9687;RBI=0.0273909;REFB=0;REVB=0.00173181;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75068e-05;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr16 31500270 . G C 186.64 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0562734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1009;QD=27.6505;RBI=0.0648807;REFB=-0.018205;REVB=0.0322926;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195324;STB=0.537149;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00858887;OID=.;OPOS=31500270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:10:9:17:18:0.666667:9:8:5:5:10:8:5:4 chr16 31724836 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.084883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5609;QD=15.2921;RBI=0.133981;REFB=-0.047605;REVB=-0.103662;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0363981;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:2:7:6:3:2:7 chr16 31734054 . C T 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.040688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.001;QD=25.2545;RBI=0.0446285;REFB=-0.0147564;REVB=-0.0183355;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694283;STB=0.503872;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00775722;OID=.;OPOS=31734054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:5:6:10:8:5:6 chr16 31765220 . G A 167.77 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0775785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2247;QD=11.0016;RBI=0.0776363;REFB=-0.0404856;REVB=0.00299552;RO=39;SAF=4;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30297;STB=0.686831;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0735868;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:39:21:22:0.360656:17:4:16:23:18:4:16:23 chr16 31926619 . G A 114.29 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.135;QD=38.0971;RBI=0.0315609;REFB=-0.0847326;REVB=0.0175034;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170984;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:12:0:0:10:12:1:8:2:0:0:8:4:0:0 chr16 31985667 . G T 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000732082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1836;QD=4.36801;RBI=0.0317886;REFB=-0.0134046;REVB=-0.0317802;RO=42;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280811;STB=0.702863;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.049609;OID=.;OPOS=31985667;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:51:52:42:43:9:9:0.173077:2:7:24:18:2:7:24:19 chr16 32077537 . G T 288.53 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.00604965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.609;QD=9.69843;RBI=0.0205735;REFB=-0.00840343;REVB=0.019664;RO=79;SAF=23;SAR=15;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125209;STB=0.508986;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0161866;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:79:81:38:38:0.319328:15:23:47:32:15:23:48:33 chr16 32077580 . A G 387.77 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0150381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1373;QD=11.6623;RBI=0.0284194;REFB=-0.00769665;REVB=-0.0241147;RO=86;SAF=27;SAR=20;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187778;STB=0.510759;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0123834;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:86:47:47:0.353383:20:27:48:38:20:27:48:38 chr16 33629700 . G A 98.51 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0112991;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.486;QD=4.02071;RBI=0.0176099;REFB=-0.00634509;REVB=-0.0135069;RO=77;SAF=9;SAR=8;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020345;STB=0.501203;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233923;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:94:98:77:81:17:17:0.173469:8:9:42:35:8:9:43:38 chr16 33629846 . T A 156.42 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00396784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5602;QD=9.48025;RBI=0.0248505;REFB=0.00300959;REVB=0.0245316;RO=44;SAF=13;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607507;STB=0.544867;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00379822;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:21:21:0.318182:8:13:25:19:8:13:25:20 chr16 33629888 . G A 71.48 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.013134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.692;QD=3.76194;RBI=0.0143838;REFB=-0.00510909;REVB=-0.00586445;RO=62;SAF=10;SAR=3;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119587;STB=0.591109;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0278885;OID=.;OPOS=33629888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:62:63:13:13:0.171053:3:10:43:19:3:10:43:20 chr16 33629950 . G T 162.94 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=-0.000901971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.329;QD=9.17983;RBI=0.00092281;REFB=-0.00456819;REVB=-0.000195004;RO=48;SAF=13;SAR=9;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259679;STB=0.654425;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0119375;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:9:13:38:10:9:13:39:10 chr16 33629973 . G A 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.0292125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.761;QD=13.0231;RBI=0.0416184;REFB=-0.022699;REVB=-0.0296433;RO=44;SAF=15;SAR=13;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289689;STB=0.663163;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0254984;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:13:15:35:9:13:15:35:9 chr16 33630022 . A T 251.91 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00268636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.981;QD=10.3882;RBI=0.0173234;REFB=0.00232668;REVB=-0.0171139;RO=66;SAF=16;SAR=15;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106878;STB=0.562294;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00563827;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:15:16:28:38:15:16:28:38 chr16 33961249 . CC TG 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00101425;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.342;QD=3.4594;RBI=0.00538835;REFB=-0.00266812;REVB=0.00529204;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512989;STB=0.861258;STBP=0.053;TYPE=mnp;VARB=0.0128637;OID=.;OPOS=33961249;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:6:1:23:17:6:1:23:17 chr16 33961317 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.028341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.569;QD=19.9285;RBI=0.0291234;REFB=0.000885628;REVB=0.00670553;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96432e-05;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:3:6:8:4:3:6 chr16 33961327 . G T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00481205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.645;QD=26.0462;RBI=0.0300038;REFB=-0.0168541;REVB=-0.0296154;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810328;STB=0.545381;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0118994;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:1:4:8:4:1:4 chr16 33961607 . G T 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000593554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.997;QD=7.83777;RBI=0.012366;REFB=-0.0119513;REVB=0.0123517;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.723385;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0318356;OID=.;OPOS=33961607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:6:10:6:1:6:10 chr16 33961628 . A G 89.51 PASS AF=0.458333;AO=7;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0187854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2931;QD=14.9175;RBI=0.0412726;REFB=-0.0131739;REVB=0.0367496;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118161;STB=0.649179;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0791453;OID=.;OPOS=33961628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:13:13:7:11:0.458333:5:2:5:8:9:2:5:8 chr16 33961855 . T G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0253107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.198;QD=11.1034;RBI=0.033208;REFB=-0.0101382;REVB=0.0214975;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0201761;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:9:10:7:7:0.411765:6:1:3:6:6:1:4:6 chr16 33961880 . CA CG,TG 39.22 PASS AF=0.272727,0.272727;AO=3,3;DP=11;FAO=3,3;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2,1;FSAR=1,2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.002454,-0.0652387;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=68.8046,88.8316;QD=14.2626;RBI=0.032767,0.0787766;REFB=-0.022873,-0.0184359;REVB=-0.032675,-0.044155;RO=5;SAF=2,1;SAR=1,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.247694,-0.0671606;STB=0.665555,0.545144;STBP=0.618,0.937;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0244467,0.00594827;OID=.,.;OPOS=33961881,33961880;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:11:11:5:5:3,3:3,3:0.272727,0.272727:1,2:2,1:2:3:1,2:2,1:2:3 chr16 33962435 . G A 52.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0107685;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3861;QD=15.0991;RBI=0.0924993;REFB=0.00581476;REVB=0.0918703;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329175;STB=0.594352;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00822057;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:15:14:6:7:7:7:0.5:2:5:6:0:2:5:6:1 chr16 33962500 . T G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.048886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.244;QD=3.07313;RBI=0.0515102;REFB=-0.00106746;REVB=0.0162313;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526943;STB=0.862202;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00265314;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:43:36:37:6:6:0.139535:5:1:23:13:5:1:23:14 chr16 33962542 . T A 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0143788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.785;QD=2.93548;RBI=0.0153096;REFB=0.0026433;REVB=0.00525692;RO=46;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531426;STB=0.877784;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0291288;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:6:1:28:18:6:1:28:18 chr16 33962560 . AGG ACA,ACG,AG 522.9 PASS AF=0.653846,0.0384615,0.230769;AO=34,2,10;DP=51;FAO=34,2,12;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=14,2,12;FSAR=20,0,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0078951,0.0212416,0.0124305;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=169.24,93.0027,16.6824;QD=40.2233;RBI=0.0270901,0.0332856,0.0402693;REFB=-0.0510366,-0.0993,-0.0831042;REVB=0.0259141,0.0256266,0.0383027;RO=5;SAF=14,2,10;SAR=20,0,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.390476;SSSB=0.00289703,0.64233,0.814959;STB=0.517675,0.995001,0.998639;STBP=0.547,0.159,0.001;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.00581841,0.143283,0.140235;OID=.,.,.;OPOS=33962561,33962561,33962561;OREF=GG,G,G;OALT=CA,C,-;OMAPALT=ACA,ACG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.653846,0.0384615,0.230769:34,2,10:51:34,2,12:52:4:14,2,12:20,0,0:1:3:75:5:14,2,10:20,0,0:2:3 chr16 33962570 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0313642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.61;QD=19.8256;RBI=0.0319164;REFB=-0.00159794;REVB=-0.00591136;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101816;STB=0.556776;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00104081;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:15:10:14:13:15:10 chr16 33962582 . C T 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00548606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.8;QD=2.75769;RBI=0.0119029;REFB=-0.00495682;REVB=-0.0105633;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5095;STB=0.868987;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0208559;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:6:1:28:20:6:1:28:20 chr16 33962619 . G A 262.12 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0484392;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.077;QD=24.3831;RBI=0.0484737;REFB=-0.0287855;REVB=0.00182883;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191345;STB=0.604568;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0188574;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:23:24:0.55814:12:11:13:5:12:12:14:5 chr16 33962641 . G T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00246792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5446;QD=22.1438;RBI=0.0133221;REFB=-0.00795191;REVB=-0.0130915;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169801;STB=0.595221;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0106669;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:9:4:9:8:9:4 chr16 33962682 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.147141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.305;QD=11.6334;RBI=0.148647;REFB=-0.0137721;REVB=0.0211111;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965511;STB=0.557266;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0208421;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:11:5:4:6:11:5 chr16 33962697 . C T 41.35 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0293716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3573;QD=7.19073;RBI=0.0313583;REFB=-0.0121727;REVB=-0.0109844;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.616089;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0290565;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:22:23:14:16:6:7:0.304348:2:4:8:6:2:5:9:7 chr16 33962709 . C G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00874315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.72;QD=7.32268;RBI=0.013828;REFB=0.000661092;REVB=-0.0107131;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41176;STB=0.768237;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00357933;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:7:7:1:5:7:7 chr16 33962891 . A T 103.82 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00777344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.138;QD=10.1285;RBI=0.0249176;REFB=-0.00615323;REVB=0.0236741;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354878;STB=0.715049;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0223644;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:7:6:21:6:7:6:22:6 chr16 33962907 . AGGA TGGG 103.03 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00859922;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=4;MLLD=199.238;QD=9.58371;RBI=0.0186523;REFB=-0.00108253;REVB=0.0165518;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45135;STB=0.770999;STBP=0.084;TYPE=mnp;VARB=-0.00258873;OID=.;OPOS=33962907;OREF=AGGA;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:44:43:29:29:10:10:0.232558:6:4:23:6:6:4:23:6 chr16 33962923 . G A 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00116633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.073;QD=5.37912;RBI=0.0587945;REFB=0.00307865;REVB=0.058783;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925538;STB=0.54786;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0115329;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:42:43:11:11:0.203704:5:6:26:16:5:6:26:17 chr16 33962930 . G T 89.09 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0080732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.146;QD=5.74755;RBI=0.0154024;REFB=-0.00471093;REVB=-0.013117;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415056;STB=0.52603;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0475079;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:6:8:29:19:6:8:29:19 chr16 33962978 . AT GC 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.000748313;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.978;QD=1.72753;RBI=0.00867122;REFB=-0.00297487;REVB=-0.00863887;RO=64;SAF=5;SAR=2;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113339;STB=0.590637;STBP=0.654;TYPE=mnp;VARB=0.0137101;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:2:5:40:24:2:5:40:24 chr16 33962996 . T C 397.46 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00369529;FXX=0.0908973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.238;QD=22.7117;RBI=0.00875443;REFB=-0.00551743;REVB=0.00793631;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211908;STB=0.622023;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00161221;OID=.;OPOS=33962996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:70:28:29:38:38:0.542857:20:18:21:7:20:18:22:7 chr16 33963000 . T C 369.18 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.0148809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.779;QD=19.4305;RBI=0.019557;REFB=0.00415052;REVB=0.01269;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314452;STB=0.668406;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00360857;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:38:36:38:0.5:19:17:31:7:20:18:31:7 chr16 33963002 . G A 97.32 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0147577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.617;QD=5.05545;RBI=0.0172249;REFB=0.00383764;REVB=-0.00888308;RO=57;SAF=9;SAR=7;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183555;STB=0.590113;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0703108;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:57:61:16:16:0.207792:7:9:40:17:7:9:41:20 chr16 33963003 . A G 132.54 PASS AF=0.25974;AO=16;DP=73;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0080519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.363;QD=6.885;RBI=0.0221192;REFB=-0.00319224;REVB=0.0206016;RO=56;SAF=14;SAR=2;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426649;STB=0.618194;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00427417;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:56:57:16:20:0.25974:2:14:34:22:5:15:35:22 chr16 33963004 . G A 45.01 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0134912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.258;QD=1.7479;RBI=0.0187953;REFB=-0.00235341;REVB=-0.0130863;RO=92;SAF=3;SAR=8;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308717;STB=0.730689;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.087381;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:103:103:92:92:11:11:0.106796:8:3:49:43:8:3:49:43 chr16 33963015 . T C 1364.21 PASS AF=0.686391;AO=115;DP=168;FAO=116;FDP=169;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.00242032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.273;QD=32.289;RBI=0.0223412;REFB=-0.016925;REVB=0.0222097;RO=52;SAF=42;SAR=73;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203777;STB=0.612944;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00962667;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:52:53:115:116:0.686391:73:42:37:15:74:42:38:15 chr16 33963020 . C A 2366.22 PASS AF=0.817352;AO=148;DP=219;FAO=179;FDP=219;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=69;FSAR=110;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0721307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.087;QD=43.2186;RBI=0.0737021;REFB=-0.0454889;REVB=0.0151383;RO=39;SAF=43;SAR=105;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175719;STB=0.554412;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00919513;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:39:40:148:179:0.817352:105:43:27:12:110:69:27:13 chr16 33963046 . T C 8687.12 PASS AF=0.924883;AO=557;DP=609;FAO=591;FDP=639;FR=.;FRO=48;FSAF=272;FSAR=319;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00175978;FXX=0.00776385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.371;QD=54.3795;RBI=0.0868121;REFB=-0.0219773;REVB=0.0867943;RO=48;SAF=268;SAR=289;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311644;STB=0.517133;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00458562;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:609:639:48:48:557:591:0.924883:289:268:33:15:319:272:33:15 chr16 33963086 . A G 11089.6 PASS AF=0.960578;AO=731;DP=760;FAO=731;FDP=761;FR=.;FRO=30;FSAF=323;FSAR=408;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0351265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8102;QD=58.2898;RBI=0.0369754;REFB=-0.00881993;REVB=0.0115457;RO=27;SAF=323;SAR=408;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179977;STB=0.508965;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00137782;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:760:761:27:30:731:731:0.960578:408:323:19:8:408:323:20:10 chr16 33963106 . T C 11131.4 PASS AF=0.965654;AO=728;DP=758;FAO=731;FDP=757;FR=.;FRO=26;FSAF=312;FSAR=419;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.0233223;FXX=0.00263501;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.413;QD=58.8184;RBI=0.0280005;REFB=-0.0525839;REVB=0.0154951;RO=26;SAF=312;SAR=416;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030485;STB=0.515992;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00128183;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:758:757:26:26:728:731:0.965654:416:312:23:3:419:312:23:3 chr16 33963108 . A G 11155.2 PASS AF=0.966931;AO=718;DP=742;FAO=731;FDP=756;FR=.;FRO=25;FSAF=320;FSAR=411;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00645419;FXX=0.00132099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.572;QD=59.022;RBI=0.011717;REFB=-0.0140095;REVB=-0.00977914;RO=22;SAF=309;SAR=409;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145169;STB=0.506782;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000708318;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:742:756:22:25:718:731:0.966931:409:309:15:7:411:320:16:9 chr16 33963175 . C G 10246.1 PASS AF=1;AO=658;DP=683;FAO=664;FDP=664;FR=.;FRO=0;FSAF=306;FSAR=358;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193273;FXX=0.0334784;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.783;QD=61.7237;RBI=0.0298858;REFB=0.0207783;REVB=-0.0227952;RO=20;SAF=304;SAR=354;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68058e-06;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:683:664:20:0:658:664:1:354:304:11:9:358:306:0:0 chr16 33963202 . A G 7340.48 PASS AF=0.981328;AO=469;DP=478;FAO=473;FDP=482;FR=.;FRO=9;FSAF=208;FSAR=265;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00662473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.033;QD=60.9168;RBI=0.00873539;REFB=-0.0164631;REVB=0.00569386;RO=9;SAF=204;SAR=265;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125066;STB=0.506395;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000320209;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:478:482:9:9:469:473:0.981328:265:204:7:2:265:208:7:2 chr16 33963210 . AT GC 5869.94 PASS AF=0.979221;AO=377;DP=389;FAO=377;FDP=385;FR=.;FRO=8;FSAF=151;FSAR=226;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00284873;FXX=0.0153449;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.26;QD=60.9863;RBI=0.00298294;REFB=-0.0423847;REVB=-0.000884682;RO=8;SAF=151;SAR=226;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143759;STB=0.507538;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=0.000695423;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:389:385:8:8:377:377:0.979221:226:151:6:2:226:151:6:2 chr16 33963224 . T C 4057.21 PASS AF=0.970803;AO=265;DP=275;FAO=266;FDP=274;FR=.;FRO=8;FSAF=119;FSAR=147;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00348811;FXX=0.0108299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.028;QD=59.2294;RBI=0.006159;REFB=-0.0229748;REVB=-0.00507606;RO=9;SAF=118;SAR=147;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021;STB=0.508918;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000401623;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:275:274:9:8:265:266:0.970803:147:118:7:2:147:119:6:2 chr16 33963248 . T C 2743.08 PASS AF=0.938462;AO=183;DP=195;FAO=183;FDP=195;FR=.;FRO=12;FSAF=92;FSAR=91;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00111142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.892;QD=56.2683;RBI=0.0293813;REFB=-0.0212816;REVB=0.0293602;RO=12;SAF=92;SAR=91;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942254;STB=0.50496;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00153188;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:195:195:12:12:183:183:0.938462:91:92:7:5:91:92:7:5 chr16 33963279 . T C 3025.62 PASS AF=0.953488;AO=208;DP=215;FAO=205;FDP=215;FR=.;FRO=10;FSAF=97;FSAR=108;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.011434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6517;QD=56.2907;RBI=0.0598491;REFB=0.0145955;REVB=0.0587467;RO=7;SAF=100;SAR=108;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.515219;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00171278;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:215:215:7:10:208:205:0.953488:108:100:5:2:108:97:8:2 chr16 33963283 . C CGG 2205.58 PASS AF=0.970149;AO=161;DP=217;FAO=195;FDP=201;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.059277;FXX=0.0473911;HRUN=2;LEN=2;MLLD=27.6058;QD=43.8921;RBI=0.0842598;REFB=0.00604299;REVB=0.0598828;RO=30;SAF=75;SAR=86;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595923;STB=0.505205;STBP=0.391;TYPE=ins;VARB=-0.000178603;OID=.;OPOS=33963284;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.970149:161:217:195:201:6:96:99:4:2:11:30:75:86:20:10 chr16 33963288 . CA CG,GG 3230.14 PASS AF=0.964126,0;AO=205,8;DP=225;FAO=215,0;FDP=223;FR=.;FRO=8;FSAF=111,0;FSAR=104,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00771279,0.00101863;FXX=0.00888849;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=134.548,88.4585;QD=57.9398;RBI=0.00799569,0.0025472;REFB=0.00318493,0.00954905;REVB=-0.00210806,-0.00233465;RO=8;SAF=102,8;SAR=103,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000174255,0.783984;STB=0.500585,0.5;STBP=0.939,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-9.23311e-05,0;OID=.,.;OPOS=33963289,33963288;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:225:223:8:8:205,8:215,0:0.964126,0:103,0:102,8:4:4:104,0:111,0:4:4 chr16 33963329 . T C 3275.49 PASS AF=0.936441;AO=220;DP=235;FAO=221;FDP=236;FR=.;FRO=15;FSAF=109;FSAR=112;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00292691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3143;QD=55.5167;RBI=0.0319829;REFB=-0.00116841;REVB=0.0318487;RO=14;SAF=108;SAR=112;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172818;STB=0.506787;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.000318776;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:235:236:14:15:220:221:0.936441:112:108:9:5:112:109:9:6 chr16 33963332 . A G 3456.95 PASS AF=0.957983;AO=228;DP=238;FAO=228;FDP=238;FR=.;FRO=10;FSAF=113;FSAR=115;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0274491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.025;QD=58.0999;RBI=0.031503;REFB=-0.0133215;REVB=0.0154591;RO=10;SAF=113;SAR=115;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163401;STB=0.508586;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00126566;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:238:238:10:10:228:228:0.957983:115:113:7:3:115:113:7:3 chr16 33963395 . AT TC 2562.03 PASS AF=0.935829;AO=149;DP=196;FAO=175;FDP=187;FR=.;FRO=12;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0197333;FXX=0.045916;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.824;QD=54.8028;RBI=0.0583178;REFB=-0.0419185;REVB=0.0548777;RO=12;SAF=73;SAR=76;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367482;STB=0.519268;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.00317784;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:196:187:12:12:149:175:0.935829:76:73:9:3:96:79:9:3 chr16 33963424 . A G 1426.15 PASS AF=0.829457;AO=99;DP=122;FAO=107;FDP=129;FR=.;FRO=22;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0229881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.608;QD=44.2217;RBI=0.031613;REFB=-0.0324435;REVB=-0.0217009;RO=22;SAF=36;SAR=63;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977536;STB=0.53909;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0030115;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:129:22:22:99:107:0.829457:63:36:14:8:63:44:14:8 chr16 33963427 . T C 1173.41 PASS AF=0.791667;AO=83;DP=112;FAO=95;FDP=120;FR=.;FRO=25;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0146808;FXX=0.0476153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.571;QD=39.1137;RBI=0.0227322;REFB=-0.00982103;REVB=0.0173559;RO=23;SAF=33;SAR=50;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105428;STB=0.54852;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00183898;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:120:23:25:83:95:0.791667:50:33:15:8:56:39:16:9 chr16 33963437 . T C 1558.75 PASS AF=0.850746;AO=114;DP=134;FAO=114;FDP=134;FR=.;FRO=20;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0112797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6673;QD=46.5297;RBI=0.0195877;REFB=-0.00806963;REVB=-0.016014;RO=20;SAF=48;SAR=66;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051194;STB=0.527152;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00422917;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:134:134:20:20:114:114:0.850746:66:48:12:8:66:48:12:8 chr16 33963445 . A G 1608.09 PASS AF=0.855072;AO=115;DP=136;FAO=118;FDP=138;FR=.;FRO=20;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0288796;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9763;QD=46.6112;RBI=0.0318956;REFB=0.0256447;REVB=-0.0135387;RO=20;SAF=45;SAR=70;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603174;STB=0.528696;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00274853;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:136:138:20:20:115:118:0.855072:70:45:12:8:70:48:12:8 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1005.54 PASS AF=0.640777,0.174757;AO=64,18;DP=105;FAO=66,18;FDP=103;FR=.;FRO=19;FSAF=18,8;FSAR=48,10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00572392,0.00879284;FXX=0.0190458;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=195.281,114.456;QD=39.0501;RBI=0.0283965,0.0332273;REFB=0.0236739,0.0147235;REVB=0.0278136,0.0320428;RO=17;SAF=18,8;SAR=46,10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163303,-0.172565;STB=0.579975,0.568786;STBP=0.014,0.436;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00168961,-0.00853438;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:17:19:64,18:66,18:0.640777,0.174757:46,10:18,8:11:6:48,10:18,8:11:8 chr16 33963490 . T C 673.28 PASS AF=0.617647;AO=63;DP=102;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0388641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7598;QD=26.403;RBI=0.0921426;REFB=0.0138016;REVB=0.0835454;RO=39;SAF=18;SAR=45;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178742;STB=0.597452;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00790907;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:39:39:63:63:0.617647:45:18:20:19:45:18:20:19 chr16 33963528 . T C 727.94 PASS AF=0.714286;AO=60;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0039973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.91;QD=34.6639;RBI=0.0473147;REFB=-0.0116944;REVB=0.0471455;RO=24;SAF=24;SAR=36;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769351;STB=0.541449;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00534125;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:24:24:60:60:0.714286:36:24:13:11:36:24:13:11 chr16 33963560 . C A 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00358592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.003;QD=3.15228;RBI=0.0143086;REFB=-0.00755699;REVB=-0.013852;RO=57;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133924;STB=0.592628;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0338555;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:6:4:29:28:6:4:29:28 chr16 33963563 . G C 360.1 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000231916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.495;QD=22.8636;RBI=0.00877987;REFB=0.0110783;REVB=0.00877681;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115064;STB=0.563345;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00638411;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:20:16:16:11:20:16:16:11 chr16 33963571 . T C 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00563589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.743;QD=19.5189;RBI=0.0114482;REFB=-0.00636773;REVB=0.00996488;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809193;STB=0.554051;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00672044;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:15:13:14:11:15:13:15:11 chr16 33963588 . G A 41.82 PASS AF=0.159091;AO=5;DP=42;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0197952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.364;QD=3.80158;RBI=0.0232026;REFB=-0.0116868;REVB=-0.0121042;RO=37;SAF=1;SAR=4;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531136;STB=0.719956;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0699986;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:44:37:37:5:7:0.159091:4:1:26:11:4:3:26:11 chr16 33963591 . T C 61.39 PASS AF=0.230769;AO=7;DP=37;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.014041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.603;QD=6.29692;RBI=0.0215842;REFB=-0.00854218;REVB=0.0163929;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773881;STB=0.561271;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0666761;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:39:30:30:7:9:0.230769:3:4:19:11:4:5:19:11 chr16 33963595 . A G 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0274162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.277;QD=9.18782;RBI=0.0382389;REFB=-0.00111209;REVB=-0.0266564;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254659;STB=0.653205;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00280165;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:17:8:6:5:17:8 chr16 33963596 . AC AT,TG 90.09 PASS AF=0.294118,0.0588235;AO=10,2;DP=34;FAO=10,2;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5,1;FSAR=5,1;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00563971,0.0162184;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=119.557,159.926;QD=10.5986;RBI=0.0108034,0.0179993;REFB=-0.00829583,-0.0123136;REVB=-0.00921447,-0.00780625;RO=22;SAF=5,1;SAR=5,1;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.260022,-0.235641;STB=0.655968,0.70662;STBP=0.295,0.715;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0180972,0.0100259;OID=.,.;OPOS=33963597,33963596;OREF=C,AC;OALT=T,TG;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:34:34:22:22:10,2:10,2:0.294118,0.0588235:5,1:5,1:16:6:5,1:5,1:16:6 chr16 33963605 . T C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00296805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6528;QD=17.5595;RBI=0.0180861;REFB=-0.0420343;REVB=-0.0178409;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381998;STB=0.504499;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0224021;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:7:11:13:7:7:11:13:8 chr16 33963624 . T C 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00625721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.013;QD=7.47085;RBI=0.0305228;REFB=-0.00184407;REVB=-0.0298746;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191712;STB=0.5161;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00517877;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:27:32:11:11:0.255814:4:7:21:6:4:7:21:11 chr16 33963636 . AA GG 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00853301;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=266.703;QD=5.56796;RBI=0.0161606;REFB=-0.0036353;REVB=0.0137242;RO=39;SAF=7;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114632;STB=0.575186;STBP=0.671;TYPE=mnp;VARB=0.012353;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:3:7:24:15:3:7:24:15 chr16 33963643 . C T 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00122346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.23;QD=2.56868;RBI=0.0175084;REFB=-0.00129454;REVB=-0.0174656;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180126;STB=0.599681;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00764238;OID=.;OPOS=33963643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:40:44:6:6:0.12:3:3:26:14:3:3:27:17 chr16 33963678 . C T 340.21 PASS AF=0.622642;AO=31;DP=51;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.010142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.723;QD=25.6764;RBI=0.0141063;REFB=-0.0177308;REVB=-0.00980451;RO=16;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04888;STB=0.573335;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00963933;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:16:20:31:33:0.622642:16:15:9:7:18:15:13:7 chr16 33963708 . GT AC 72.53 PASS AF=0.207547;AO=10;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00624039;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.956;QD=5.47366;RBI=0.00673985;REFB=-0.00566844;REVB=0.0025462;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790995;STB=0.572819;STBP=0.568;TYPE=mnp;VARB=0.0417176;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:53:53:41:42:10:11:0.207547:4:6:22:19:4:7:23:19 chr16 33963722 . C G 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00811132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.239;QD=7.73061;RBI=0.0305333;REFB=-0.0017376;REVB=-0.0294362;RO=39;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543781;STB=0.533286;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00975156;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:6:8:24:15:6:8:24:15 chr16 33963732 . AG CA,CG 66.66 PASS AF=0.0740741,0.12963;AO=4,7;DP=54;FAO=4,7;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=2,5;FSAR=2,2;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0221211,-0.00654481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.019,116.062;QD=4.93796;RBI=0.0223388,0.0132323;REFB=-0.00433101,-0.00630834;REVB=-0.00311075,-0.0115004;RO=40;SAF=2,5;SAR=2,2;SRF=25;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.136718,0.119828;STB=0.61647,0.584163;STBP=0.671,0.695;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0265298,0.0298268;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:54:54:40:43:4,7:4,7:0.0740741,0.12963:2,2:2,5:25:15:2,2:2,5:27:16 chr16 33963737 . GC AT 150.82 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00933292;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.119;QD=11.3825;RBI=0.0212982;REFB=-0.0220393;REVB=-0.0191444;RO=35;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148105;STB=0.576613;STBP=0.624;TYPE=mnp;VARB=0.00982688;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:55:53:35:33:11:11:0.207547:4:7:26:9:4:7:24:9 chr16 33963758 . T C 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00467587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.515;QD=4.92236;RBI=0.0163274;REFB=-0.00195202;REVB=0.0156435;RO=32;SAF=7;SAR=1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419876;STB=0.800652;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0103396;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:1:7:19:13:1:7:19:14 chr16 33963769 . CCCCGGG ACCCGGC 47.06 PASS AF=0.3125;AO=4;DP=29;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00198027;FXX=0.466511;HRUN=5;LEN=7;MLLD=241.064;QD=11.7651;RBI=0.00223448;REFB=0.00678776;REVB=0.00103511;RO=9;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422489;STB=0.5996;STBP=0.678;TYPE=mnp;VARB=-0.00589277;OID=.;OPOS=33963769;OREF=CCCCGGG;OALT=ACCCGGC;OMAPALT=ACCCGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:29:16:9:11:4:5:0.3125:1:3:3:6:2:3:5:6 chr16 33963783 . G C,T 1253.27 PASS AF=0.646018,0.221239;AO=73,25;DP=113;FAO=73,25;FDP=113;FR=.;FRO=15;FSAF=20,18;FSAR=53,7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00130436,0.00763927;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=157.076,150.398;QD=44.3636;RBI=0.00423736,0.0145454;REFB=0.0146589,0.0151584;REVB=0.00403161,-0.0123778;RO=15;SAF=20,18;SAR=53,7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.074531,0.192341;STB=0.539785,0.606652;STBP=0.147,0.083;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00142747,0.00234808;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:113:113:15:15:73,25:73,25:0.646018,0.221239:53,7:20,18:7:8:53,7:20,18:7:8 chr16 33963809 . G C 2497.59 PASS AF=0.891089;AO=180;DP=202;FAO=180;FDP=202;FR=.;FRO=22;FSAF=46;FSAR=134;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0126098;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.021;QD=49.4573;RBI=0.0955173;REFB=-0.0711428;REVB=0.0946813;RO=22;SAF=46;SAR=134;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866874;STB=0.545838;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00588718;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:202:202:22:22:180:180:0.891089:134:46:13:9:134:46:13:9 chr16 33963816 . TG GA 2607.98 PASS AF=0.811715;AO=194;DP=239;FAO=194;FDP=239;FR=.;FRO=45;FSAF=58;FSAR=136;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00780845;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.688;QD=43.6482;RBI=0.00781012;REFB=-0.0146704;REVB=0.000161792;RO=44;SAF=58;SAR=136;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980837;STB=0.555069;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00523924;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:44:45:194:194:0.811715:136:58:24:20:136:58:25:20 chr16 33963822 . A G 3460.51 PASS AF=0.85;AO=255;DP=301;FAO=255;FDP=300;FR=.;FRO=45;FSAF=84;FSAR=171;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0103595;FXX=0.0066223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.827;QD=46.1402;RBI=0.0346591;REFB=-0.0164934;REVB=-0.0330747;RO=45;SAF=84;SAR=171;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707283;STB=0.537407;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00341301;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:300:45:45:255:255:0.85:171:84:25:20:171:84:25:20 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 5359.42 PASS AF=0.859155,0.0399061;AO=358,17;DP=430;FAO=366,17;FDP=426;FR=.;FRO=43;FSAF=144,17;FSAR=222,0;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00454395,-0.00115101;FXX=0.00930211;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=206.231,104.133;QD=50.3232;RBI=0.0133387,0.0411549;REFB=-0.00986042,0.010953;REVB=-0.0125409,-0.0411388;RO=50;SAF=140,17;SAR=218,0;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0408361,0.766741;STB=0.520518,0.999177;STBP=0.019,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00223265,-0.0430479;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:426:50:43:358,17:366,17:0.859155,0.0399061:218,0:140,17:28:22:222,0:144,17:25:18 chr16 33963855 . T C 9491.67 PASS AF=0.934114;AO=638;DP=684;FAO=638;FDP=683;FR=.;FRO=45;FSAF=250;FSAR=388;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0203195;FXX=0.00146197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4451;QD=55.5881;RBI=0.0615673;REFB=-0.0332329;REVB=0.0581176;RO=44;SAF=250;SAR=388;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284038;STB=0.514298;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00125435;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:684:683:44:45:638:638:0.934114:388:250:27:17:388:250:27:18 chr16 33963875 . A G 13749.1 PASS AF=0.987557;AO=863;DP=874;FAO=873;FDP=884;FR=.;FRO=11;FSAF=362;FSAR=511;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00907905;FXX=0.00785625;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4599;QD=62.2133;RBI=0.0980641;REFB=-0.0498542;REVB=-0.0976429;RO=11;SAF=359;SAR=504;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320106;STB=0.501675;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000776898;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:874:884:11:11:863:873:0.987557:504:359:6:5:511:362:6:5 chr16 33963881 . C G 13602.7 PASS AF=0.953191;AO=895;DP=942;FAO=896;FDP=940;FR=.;FRO=44;FSAF=366;FSAR=530;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00151934;FXX=0.00212312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.812;QD=57.8837;RBI=0.0597798;REFB=0.0189297;REVB=-0.0597605;RO=43;SAF=365;SAR=530;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177524;STB=0.5099;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00102387;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:942:940:43:44:895:896:0.953191:530:365:26:17:530:366:27:17 chr16 33963912 . T C 16724.4 PASS AF=0.974797;AO=1080;DP=1109;FAO=1083;FDP=1111;FR=.;FRO=28;FSAF=458;FSAR=625;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00218036;FXX=0.000899273;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.69;QD=60.2138;RBI=0.022071;REFB=-0.0349971;REVB=0.0219631;RO=27;SAF=456;SAR=624;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134046;STB=0.507505;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000577548;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:1109:1111:27:28:1080:1083:0.974797:624:456:19:8:625:458:20:8 chr16 33963961 . C G 17885.9 PASS AF=0.972269;AO=1155;DP=1192;FAO=1157;FDP=1190;FR=.;FRO=33;FSAF=470;FSAR=687;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0522144;FXX=0.00167784;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.129;QD=60.1205;RBI=0.0528698;REFB=-0.0664931;REVB=-0.00829881;RO=29;SAF=469;SAR=686;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120484;STB=0.507465;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00125687;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:1192:1190:29:33:1155:1157:0.972269:686:469:19:10:687:470:22:11 chr16 33963975 . A G 16349.7 PASS AF=0.956444;AO=1076;DP=1125;FAO=1076;FDP=1125;FR=.;FRO=49;FSAF=450;FSAR=626;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0121898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.572;QD=58.1322;RBI=0.017215;REFB=-0.023017;REVB=0.012156;RO=48;SAF=450;SAR=626;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189911;STB=0.510474;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000692342;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:1125:1125:48:49:1076:1076:0.956444:626:450:31:17:626:450:32:17 chr16 33963991 . A G 15839.2 PASS AF=0.97346;AO=1022;DP=1053;FAO=1027;FDP=1055;FR=.;FRO=28;FSAF=431;FSAR=596;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.03814;FXX=0.00565499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.286;QD=60.0539;RBI=0.0382067;REFB=-0.0443707;REVB=0.00225575;RO=27;SAF=428;SAR=594;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068952;STB=0.504129;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000940335;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:1053:1055:27:28:1022:1027:0.97346:594:428:15:12:596:431:16:12 chr16 33964017 . A G 12858.7 PASS AF=0.963595;AO=826;DP=859;FAO=847;FDP=879;FR=.;FRO=32;FSAF=371;FSAR=476;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00739283;FXX=0.00113635;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6696;QD=58.5149;RBI=0.00786842;REFB=-0.0168601;REVB=0.00269407;RO=31;SAF=367;SAR=459;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027639;STB=0.50229;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00065695;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:859:879:31:32:826:847:0.963595:459:367:15:16:476:371:16:16 chr16 33964062 . C T 112.98 PASS AF=0.0886364;AO=40;DP=441;FAO=39;FDP=440;FR=.;FRO=401;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=96;FSRR=305;FWDB=-0.0503561;FXX=0.00226752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.026;QD=1.02712;RBI=0.0578029;REFB=-0.0150949;REVB=0.0283804;RO=399;SAF=22;SAR=18;SRF=94;SRR=305;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393857;STB=0.762976;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0645663;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:440:399:401:40:39:0.0886364:18:22:94:305:18:21:96:305 chr16 33964064 . TG CC,CG 4325.7 PASS AF=0.0506024,0.759036;AO=21,314;DP=419;FAO=21,315;FDP=415;FR=.;FRO=79;FSAF=6,63;FSAR=15,252;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0209679,0.0439638;FXX=0.00954631;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.0525,87.0762;QD=41.6935;RBI=0.0209689,0.0439648;REFB=-0.0479508,-0.058836;REVB=-0.00020956,-0.00029184;RO=77;SAF=6,62;SAR=15,252;SRF=37;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.256272,-0.149427;STB=0.653343,0.576364;STBP=0.132,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0103298,0.00869225;OID=.,.;OPOS=33964064,33964064;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:419:415:77:79:21,314:21,315:0.0506024,0.759036:15,252:6,62:37:40:15,252:6,63:37:42 chr16 33964070 . AG GC 3835.37 PASS AF=0.784574;AO=287;DP=377;FAO=295;FDP=376;FR=.;FRO=81;FSAF=66;FSAR=229;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0155185;FXX=0.0182763;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.458;QD=40.8018;RBI=0.0248244;REFB=-0.0696288;REVB=0.0193759;RO=78;SAF=62;SAR=225;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127293;STB=0.570192;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0207101;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:376:78:81:287:295:0.784574:225:62:35:43:229:66:38:43 chr16 33964082 . T C 3703.55 PASS AF=0.783562;AO=285;DP=366;FAO=286;FDP=365;FR=.;FRO=79;FSAF=69;FSAR=217;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.00525741;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.75;QD=40.5869;RBI=0.00545922;REFB=-0.0156179;REVB=0.00147062;RO=77;SAF=68;SAR=217;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729482;STB=0.53927;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00790925;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:365:77:79:285:286:0.783562:217:68:29:48:217:69:30:49 chr16 33964091 . T C 4941.67 PASS AF=0.96131;AO=265;DP=335;FAO=323;FDP=336;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=91;FSAR=232;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.103519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.644;QD=58.8295;RBI=0.103617;REFB=-0.058551;REVB=0.00451147;RO=12;SAF=32;SAR=233;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054834;STB=0.50594;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00222371;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:335:336:12:12:265:323:0.96131:233:32:5:7:232:91:5:7 chr16 33964108 . G C 2400.28 PASS AF=0.708633;AO=196;DP=273;FAO=197;FDP=278;FR=.;FRO=81;FSAF=61;FSAR=136;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.00438061;FXX=0.0035841;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.239;QD=34.5364;RBI=0.0181905;REFB=-0.0234811;REVB=0.0176551;RO=77;SAF=60;SAR=136;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114806;STB=0.512164;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00461218;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:278:77:81:196:197:0.708633:136:60:25:52:136:61:28:53 chr16 33964119 . A G 68.5 PASS AF=0.0933333;AO=21;DP=225;FAO=21;FDP=225;FR=.;FRO=204;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=135;FWDB=-0.00308632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.164;QD=1.21784;RBI=0.00796066;REFB=-0.00115863;REVB=0.00733803;RO=199;SAF=6;SAR=15;SRF=68;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767543;STB=0.555501;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0128638;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:225:225:199:204:21:21:0.0933333:15:6:68:131:15:6:69:135 chr16 33964134 . G C 891.23 PASS AF=0.550336;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.04706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.637;QD=23.9256;RBI=0.0470641;REFB=0.000416976;REVB=-0.000620766;RO=67;SAF=31;SAR=51;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174521;STB=0.509527;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0020719;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:67:67:82:82:0.550336:51:31:24:43:51:31:24:43 chr16 33964143 . T C 688.84 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0927132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.316;QD=21.1949;RBI=0.116581;REFB=-0.0180061;REVB=-0.0706777;RO=62;SAF=29;SAR=39;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496859;STB=0.527265;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0139037;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:62:68:68:0.523077:39:29:23:39:39:29:23:39 chr16 33964153 . G T 86.53 PASS AF=0.145161;AO=18;DP=124;FAO=18;FDP=124;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.00329244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.532;QD=2.79123;RBI=0.0120896;REFB=-5.74606e-05;REVB=-0.0116326;RO=105;SAF=8;SAR=10;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203197;STB=0.509081;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.000295769;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:124:124:105:106:18:18:0.145161:10:8:45:60:10:8:46:60 chr16 33964154 . C T 227.54 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=124;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0440692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.089;QD=7.34007;RBI=0.0449163;REFB=-0.0123875;REVB=-0.00868239;RO=89;SAF=10;SAR=23;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230977;STB=0.639459;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0247684;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:89:91:33:33:0.266129:23:10:43:46:23:10:44:47 chr16 33964168 . G A 242.26 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0362631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.418;QD=9.40827;RBI=0.0404663;REFB=-0.0148499;REVB=0.0179585;RO=71;SAF=10;SAR=22;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298008;STB=0.674736;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0212014;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:71:32:32:0.31068:22:10:40:31:22:10:40:31 chr16 33964170 . C A 80.72 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00686002;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.899;QD=4.30494;RBI=0.0189189;REFB=-0.0053309;REVB=-0.0176313;RO=61;SAF=1;SAR=13;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567131;STB=0.884987;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0343846;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:76:75:61:61:14:14:0.186667:13:1:27:34:13:1:27:34 chr16 33964196 . T C 122.93 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0131565;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.668;QD=7.23129;RBI=0.0135948;REFB=-0.00127182;REVB=-0.00342444;RO=51;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793695;STB=0.540938;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00322465;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:51:50:18:18:0.264706:10:8:26:25:10:8:25:25 chr16 33964202 . C T 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00280445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.249;QD=24.4532;RBI=0.0120695;REFB=-0.0126604;REVB=-0.0117392;RO=24;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252976;STB=0.638812;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00881136;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:23:13:17:7:23:13:17:7 chr16 33964204 . T G 160.44 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.034519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.882;QD=10.3512;RBI=0.0388694;REFB=-0.00347981;REVB=0.0178681;RO=40;SAF=6;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354355;STB=0.714082;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0113547;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:15:6:24:16:15:6:25:16 chr16 33964233 . CC TA 39.76 PASS AF=0.108108;AO=4;DP=39;FAO=4;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0043736;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=2;MLLD=189.119;QD=4.2981;RBI=0.00728853;REFB=-0.00675533;REVB=-0.00583047;RO=30;SAF=3;SAR=1;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184772;STB=0.6492;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=0.0378073;OID=.;OPOS=33964233;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:39:37:30:30:4:4:0.108108:1:3:18:12:1:3:18:12 chr16 33964238 . T G 124.79 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00114586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.621;QD=14.681;RBI=0.0156514;REFB=-0.023995;REVB=-0.0156094;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189188;STB=0.61093;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0366727;OID=.;OPOS=33964238;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:34:34:19:19:11:11:0.323529:4:7:15:4:4:7:15:4 chr16 33964276 . A G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0368693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9779;QD=5.78778;RBI=0.0465574;REFB=-0.0141568;REVB=-0.0284297;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159419;STB=0.603481;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0405155;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:13:10:4:3:13:10 chr16 33964293 . G A 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00736748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4687;QD=5.57521;RBI=0.0106903;REFB=0.00697139;REVB=-0.00774617;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181028;STB=0.617852;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0373095;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:14:10:4:3:14:10 chr16 33965449 . G C 131.82 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0133611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1536;QD=6.13112;RBI=0.0207186;REFB=-0.00771321;REVB=0.0158349;RO=66;SAF=13;SAR=7;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184597;STB=0.51141;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0253934;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:66:66:20:20:0.232558:7:13:42:24:7:13:42:24 chr16 33965456 . T C 308.32 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.0159377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1845;QD=14.6818;RBI=0.0339319;REFB=-7.92186e-05;REVB=0.0299561;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154993;STB=0.587141;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000342627;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:15:20:35:14:15:20:35:14 chr16 33965459 . C T 138.83 PASS AF=0.244186;AO=20;DP=85;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0186568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9156;QD=6.45721;RBI=0.0223001;REFB=-5.9719e-05;REVB=-0.0122154;RO=64;SAF=13;SAR=7;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126785;STB=0.517225;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00147145;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:64:65:20:21:0.244186:7:13:41:23:7:14:42:23 chr16 33965460 . G A 58.37 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.00147886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9943;QD=2.62329;RBI=0.0141779;REFB=-0.00233554;REVB=-0.0141006;RO=76;SAF=5;SAR=7;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29396;STB=0.703467;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0238498;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:89:76:77:12:12:0.134831:7:5:50:26:7:5:51:26 chr16 33965505 . C T 37.0 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.00785719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.631;QD=1.6444;RBI=0.043531;REFB=-0.000407448;REVB=-0.0428161;RO=81;SAF=3;SAR=6;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349024;STB=0.758113;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00490546;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:81:81:9:9:0.1:6:3:52:29:6:3:52:29 chr16 33965507 . G C 395.42 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00211971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.23;QD=17.5741;RBI=0.0351743;REFB=-0.0221307;REVB=-0.0351104;RO=47;SAF=27;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10742;STB=0.550995;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0357202;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:49:41:41:0.455556:14:27:26:21:14:27:28:21 chr16 33965533 . A C 467.71 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0119008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6471;QD=22.8153;RBI=0.022915;REFB=-0.027169;REVB=-0.0195823;RO=37;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325491;STB=0.517898;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00870148;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:20:25:22:15:20:25:22:15 chr16 33965537 . CA CG,TG 429.97 PASS AF=0.358025,0.197531;AO=28,15;DP=75;FAO=29,16;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=14,11;FSAR=15,5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0310736,0.0291389;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=112.1,127.693;QD=21.233;RBI=0.0636666,0.050391;REFB=-0.0342711,-0.0192934;REVB=-0.0555686,-0.0411118;RO=29;SAF=14,10;SAR=14,5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172826,-0.0291261;STB=0.555518,0.578845;STBP=0.444,0.496;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00348609,0.0114198;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:29:36:28,15:29,16:0.358025,0.197531:14,5:14,10:20:9:15,5:14,11:21:15 chr16 33965539 . G GC 100.97 PASS AF=0.361111;AO=24;DP=81;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0260027;FXX=0.111097;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5122;QD=5.60954;RBI=0.0471682;REFB=-0.0886349;REVB=0.0393535;RO=56;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144173;STB=0.517228;STBP=0.823;TYPE=ins;VARB=0.0874625;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:24:81:26:72:46:14:12:26:20:99:56:14:10:32:24 chr16 33965554 . A G 368.91 PASS AF=0.324324;AO=16;DP=75;FAO=24;FDP=74;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.00374822;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.908;QD=19.9412;RBI=0.0189695;REFB=-0.00657619;REVB=-0.0185955;RO=25;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491456;STB=0.606661;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0525111;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:25:26:16:24:0.324324:13:3:4:21:15:9:5:21 chr16 33965560 . TT AC,AT 428.73 PASS AF=0.383562,0.205479;AO=28,15;DP=74;FAO=28,15;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=14,8;FSAR=14,7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0148084,-0.00217417;FXX=0.0135117;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=244.305,268.981;QD=23.4919;RBI=0.0148307,0.00317531;REFB=-0.0134351,-0.0113475;REVB=0.000812311,0.00231421;RO=30;SAF=14,8;SAR=14,7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0307161,3.39047e-08;STB=0.517229,0.5;STBP=0.794,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.004191,0.0101505;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:30:28,15:28,15:0.383562,0.205479:14,7:14,8:16:14:14,7:14,8:16:14 chr16 33965570 . G A 40.54 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0377028;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.427;QD=1.9777;RBI=0.0430322;REFB=-0.00516788;REVB=-0.0207429;RO=73;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744869;STB=0.555435;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0450796;OID=.;OPOS=33965570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:82:82:73:73:9:9:0.109756:5:4:28:45:5:4:28:45 chr16 34970274 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0477365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1367;QD=12.7387;RBI=0.0928501;REFB=-0.0410985;REVB=-0.0796389;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0386388;OID=.;OPOS=34970274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr16 46509742 . G T 77.66 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.000488103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.495;QD=3.83514;RBI=0.0543368;REFB=-0.0024323;REVB=-0.0543346;RO=67;SAF=7;SAR=7;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009348;STB=0.506164;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0147673;OID=.;OPOS=46509742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:7:7:33:34:7:7:33:34 chr16 46565019 . T G 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00607088;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.852;QD=60.1591;RBI=0.0129043;REFB=-0.0836668;REVB=0.011387;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000306973;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:21:23:0:0:21:23:1:0 chr16 46590024 . T C 772.56 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5409;QD=61.8049;RBI=0.0810905;REFB=-0.0528866;REVB=-0.038518;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.507933;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00197884;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:31:18:0:1:31:18:0:1 chr16 46655210 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.497;QD=58.5878;RBI=0.0262438;REFB=0;REVB=0.0257457;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35376e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr16 46696284 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.102;QD=63.2857;RBI=0.023451;REFB=0;REVB=-0.00866404;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23328e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr16 46723079 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0840796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.375;QD=14.9786;RBI=0.0840937;REFB=-0.019885;REVB=0.00153687;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340897;STB=0.6894;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0187474;OID=.;OPOS=46723079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:0:11:9:1:0:11 chr16 46766268 . G A 333.1 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000682541;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.43;QD=16.0531;RBI=0.0166183;REFB=-0.00488856;REVB=-0.0166043;RO=45;SAF=12;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183381;STB=0.593167;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00810098;OID=.;OPOS=46766268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:47:36:36:0.433735:24:12:23:22:24:12:23:24 chr16 46773999 . C A 287.66 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0117965;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.4532;QD=23.4824;RBI=0.0118494;REFB=0.00533423;REVB=0.00111877;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506998;STB=0.52828;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.000846291;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:14:12:12:11:14:12:12:11 chr16 48122582 . G A 1158.04 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8082;QD=59.3866;RBI=0.038634;REFB=-0.0585757;REVB=-0.0108539;RO=1;SAF=26;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178459;STB=0.50877;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00459186;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:78:1:1:74:77:0.987179:48:26:1:0:49:28:1:0 chr16 48201432 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0342896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0135;QD=18.489;RBI=0.0535434;REFB=-0.0263137;REVB=-0.0411233;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1344;STB=0.5764;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0276715;OID=.;OPOS=48201432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:13:13:8:14:13:13 chr16 48227862 . G A 121.67 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0144663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4909;QD=15.6996;RBI=0.0146787;REFB=-0.00132363;REVB=0.00248816;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00357552;OID=.;OPOS=48227862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:10:7:6:8:10:7 chr16 48234327 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000451697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.488;QD=22.534;RBI=0.00091968;REFB=-0.0227277;REVB=0.000801112;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365105;STB=0.520483;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0244444;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:8:7:8:11:8:7 chr16 48248918 . T C 237.59 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0158623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.581;QD=13.7733;RBI=0.03934;REFB=-0.0119988;REVB=-0.0360004;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899385;STB=0.551385;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0176878;OID=.;OPOS=48248918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:18:10:18:23:18:10:18:23 chr16 48256602 . T C 209.29 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000588347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8343;QD=11.6269;RBI=0.0107764;REFB=0.00171129;REVB=0.0107603;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854634;STB=0.541635;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00405618;OID=.;OPOS=48256602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:46:26:26:0.361111:13:13:26:19:13:13:26:20 chr16 48258198 . C T 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0501902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.846;QD=12.0225;RBI=0.0506663;REFB=-0.00726577;REVB=-0.00692982;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328087;STB=0.693562;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0179294;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:7:13:4:8:7:13 chr16 48265777 . C T 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0105579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.029;QD=21.4744;RBI=0.0114424;REFB=-0.00469222;REVB=-0.00441123;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10962;STB=0.560763;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00461861;OID=.;OPOS=48265777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:13:12:19:12:13:12 chr16 48396190 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00662344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.633;QD=11.0198;RBI=0.0400927;REFB=0.031128;REVB=-0.0395418;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0162962;OID=.;OPOS=48396190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:3:5:4:2:3:5 chr16 49671177 . T C 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0322747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.682;QD=16.8723;RBI=0.037199;REFB=0.0209671;REVB=0.0184962;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199898;STB=0.615261;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0191165;OID=.;OPOS=49671177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:11:15:15:5:11:15 chr16 49671218 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0100519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.121;QD=7.83702;RBI=0.0235111;REFB=0.00307781;REVB=-0.021254;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.657425;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00853015;OID=.;OPOS=49671218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:5:2:8:7:5:2:8:8 chr16 49672520 . A G 582.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2691;QD=59.7455;RBI=0.062936;REFB=0;REVB=-0.0559057;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925766;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr16 50059279 . C A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.288;QD=41.8681;RBI=0.0141417;REFB=-0.112763;REVB=-0.000631843;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523778;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00103205;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:10:5:0:0:10:5:0:1 chr16 50069312 . C G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00378857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.031;QD=18.6424;RBI=0.00388969;REFB=-0.00568448;REVB=0.000881147;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777475;STB=0.551677;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0133641;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:7:14:17:6:7:14:18:6 chr16 50069772 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.331;QD=58.5995;RBI=0.0339674;REFB=0;REVB=-0.0337679;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58452e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG,G 288.11 PASS AF=0.676471,0.0882353;AO=21,2;DP=33;FAO=23,3;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=5,0;FSAR=18,3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00920477,-0.00249786;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=262.322,87.8363;QD=33.8948;RBI=0.0147672,0.0116936;REFB=-0.00744347,-0.0108117;REVB=-0.0115474,0.0114237;RO=9;SAF=4,0;SAR=17,2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.379023,-0.694553;STB=0.664273,0.996971;STBP=0.012,0.044;TYPE=ins,snp;VARB=0.00205554,0.0412689;OID=.,.;OPOS=50071012,50071011;OREF=-,C;OALT=TTTAG,G;OMAPALT=CTTTAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:33:34:9:8:21,2:23,3:0.676471,0.0882353:17,2:4,0:7:2:18,3:5,0:6:2 chr16 50106594 . T C 500.98 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.026669;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9615;QD=23.0335;RBI=0.0267055;REFB=-0.00378095;REVB=-0.00139627;RO=39;SAF=19;SAR=29;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766328;STB=0.529638;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00372334;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:39:39:48:48:0.551724:29:19:12:27:29:19:13:26 chr16 50186938 . GC G 36.95 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.151312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2956;QD=8.69418;RBI=0.152862;REFB=-0.128303;REVB=0.0217142;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0.457143;SSEP=0;SSSB=-0.447606;STB=0.705454;STBP=0.218;TYPE=del;VARB=0.17192;OID=.;OPOS=50186939;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:7:17:8:17:9:4:4:8:1:36:10:3:4:9:1 chr16 50263762 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.131;QD=47.8224;RBI=0.044447;REFB=0;REVB=0.0442502;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028329;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 50265818 . C T 100.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0167143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3231;QD=11.212;RBI=0.0455169;REFB=-0.0293018;REVB=-0.042337;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156862;STB=0.59079;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0613155;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:5:17:9:5:5:17 chr16 50326661 . A G 1581.95 PASS AF=0.990654;AO=99;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.444;QD=59.1382;RBI=0.0394877;REFB=0;REVB=0.00994836;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45032e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:107:0:0:99:106:0.990654:49:50:0:0:54:52:0:0 chr16 50346051 . C T 423.81 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00831805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.071;QD=33.9048;RBI=0.0123446;REFB=-0.00595523;REVB=0.00912134;RO=16;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140086;STB=0.576017;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00485122;OID=.;OPOS=50346051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:14:20:13:3:14:20:13:3 chr16 50359744 . A T 274.56 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.020556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.124;QD=19.9683;RBI=0.0236541;REFB=-0.0165904;REVB=-0.0117033;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798218;STB=0.5444;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0223874;OID=.;OPOS=50359744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:11:15:14:15:11:15 chr16 50368663 . G A 98.76 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0206602;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.083;QD=13.1685;RBI=0.0255997;REFB=-0.017613;REVB=0.0151163;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0216265;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:18:18:12:12:0.4:7:5:10:8:7:5:10:8 chr16 50642201 . G C 692.92 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7103;QD=54.3469;RBI=0.0335738;REFB=-0.103179;REVB=0.0203672;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00229655;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:1:0:30:20:1:0 chr16 50703016 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0792908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.193;QD=18.8283;RBI=0.0793025;REFB=-0.0248299;REVB=-0.00135962;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046355;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0278946;OID=.;OPOS=50703016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:11:11:9:11:11:11 chr16 50711334 . G A 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.000844537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.995;QD=21.8975;RBI=0.0152723;REFB=-0.00275651;REVB=0.0152489;RO=25;SAF=26;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318407;STB=0.53606;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00223754;OID=.;OPOS=50711334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:26:33:33:0.559322:7:26:19:6:7:26:19:7 chr16 50731371 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTC 51.47 PASS AF=0.297872,0;AO=15,2;DP=46;FAO=14,0;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=12,0;FSAR=2,0;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.117017,-0.0452226;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.5797,21.1489;QD=4.3803;RBI=0.143811,0.0655782;REFB=-0.0213674,-0.00729617;REVB=0.0835972,-0.0474913;RO=25;SAF=15,0;SAR=0,2;SRF=19;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.771806,-0.627714;STB=0.646816,0.5;STBP=0.281,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0315042,0;OID=.,.;OPOS=50731372,50731378;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872,0:15,2:46:14,0:47:33:12,0:2,0:24:9:52:25:15,0:0,2:19:6 chr16 50745583 . T G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00329436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.824;QD=22.6;RBI=0.0214914;REFB=-0.0141132;REVB=0.0212374;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183616;STB=0.602324;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0131742;OID=.;OPOS=50745583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:14:6:12:11:14:6 chr16 51171175 . C T 1270.36 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8088;QD=61.222;RBI=0.0315793;REFB=0;REVB=-0.020399;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722093;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr16 51173559 . G A 479.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7862;QD=58.0635;RBI=0.0705461;REFB=0;REVB=0.0678539;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048657;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:12:21:0:0 chr16 51705448 . C T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00575389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.471;QD=43.682;RBI=0.0109845;REFB=-0.00529489;REVB=-0.00935696;RO=2;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11466;STB=0.562436;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=7.45807e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:13:7:2:0:13:7:2:0 chr16 53256556 . C T 186.93 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.00975274;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2432;QD=7.1212;RBI=0.0413009;REFB=-4.44375e-05;REVB=-0.0401329;RO=77;SAF=12;SAR=15;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20201;STB=0.624911;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00310102;OID=.;OPOS=53256556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:77:78:27:27:0.257143:15:12:47:30:15:12:48:30 chr16 53341748 . T G 348.23 PASS AF=0.486842;AO=27;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.085475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1453;QD=18.3279;RBI=0.0856605;REFB=-0.0253054;REVB=0.00563527;RO=34;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165123;STB=0.547187;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0306338;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:38:27:37:0.486842:21:6:12:22:21:16:13:25 chr16 53358799 . G A 66.45 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0196122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.041;QD=5.21163;RBI=0.0202806;REFB=0.00094328;REVB=-0.00516377;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101609;STB=0.509784;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00374524;OID=.;OPOS=53358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:36:41:10:10:0.196078:5:5:21:15:5:5:21:20 chr16 53395863 . C T 129.05 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.054068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5883;QD=12.9051;RBI=0.0586882;REFB=-0.0154046;REVB=-0.0228244;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880615;STB=0.516756;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0125532;OID=.;OPOS=53395863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:8:7:11:13:8:7:11:14 chr16 53396356 . T C 1271.04 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00212146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4741;QD=59.8135;RBI=0.118273;REFB=-0.0152816;REVB=0.118254;RO=3;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154;STB=0.506665;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000826911;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:3:1:82:84:0.988235:36:46:1:2:37:47:0:1 chr16 53404203 . C A 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0055;QD=57.2329;RBI=0.0786296;REFB=0;REVB=-0.0638782;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123236;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr16 53503934 . G A 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8553;QD=58.7787;RBI=0.0355701;REFB=0;REVB=0.00944917;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432386;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr16 53504721 . T C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00875368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.437;QD=55.6044;RBI=0.0143375;REFB=0.0685622;REVB=0.011355;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000832615;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr16 53513055 . T C 364.67 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3924;QD=52.0954;RBI=0.0994274;REFB=-0.155575;REVB=0.0868347;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00751332;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:1:0:15:12:1:0 chr16 53639438 . C T 455.31 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0921834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2511;QD=20.2358;RBI=0.0943305;REFB=-0.0104471;REVB=-0.0200116;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03171;STB=0.522245;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00564014;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:43:45:44:45:0.5:23:21:19:24:23:22:20:25 chr16 53671754 . C T 71.67 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0239513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1235;QD=19.1109;RBI=0.0498565;REFB=-0.0202435;REVB=-0.0437265;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187655;STB=0.636032;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0177365;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:4:6:9:9:0.6:7:2:2:2:7:2:3:3 chr16 53682949 . C T 585.48 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0568626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0211;QD=18.0149;RBI=0.0840161;REFB=0.00338068;REVB=-0.0618494;RO=69;SAF=31;SAR=30;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840053;STB=0.546584;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00628238;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:61:61:0.469231:30:31:29:40:30:31:29:40 chr16 54279662 . C T 308.3 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00515271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5831;QD=28.0273;RBI=0.00585856;REFB=-0.0163738;REVB=-0.00278788;RO=16;SAF=21;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135932;STB=0.567514;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0142209;OID=.;OPOS=54279662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:6:21:10:6:6:21:11:6 chr16 54319073 . CGT GTC 52.68 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.019294;FXX=0.0666445;HRUN=6;LEN=3;MLLD=62.81;QD=7.52555;RBI=0.0310452;REFB=-0.00638583;REVB=0.0243216;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485258;STB=0.794592;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.0765496;OID=.;OPOS=54319073;OREF=CGT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:28:16:20:8:8:0.285714:1:7:8:8:1:7:11:9 chr16 54967096 . C A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0253085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.378;QD=26.3061;RBI=0.0258123;REFB=-0.00673047;REVB=0.00507502;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267081;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805256;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:5:8:13:8:5:8 chr16 55325436 . C G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0242195;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=190.097;QD=12.6377;RBI=0.024276;REFB=0.000279316;REVB=0.00165419;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402264;STB=0.735576;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000604209;OID=.;OPOS=55325436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:2:18:7:6:2:19 chr16 55325460 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0336854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.395;QD=15.1663;RBI=0.0459855;REFB=-0.00215407;REVB=-0.0313043;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341771;STB=0.692104;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00181493;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:2:18:9:6:2:18 chr16 55523705 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.635;QD=61.3362;RBI=0.0484157;REFB=0;REVB=0.0480822;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039162;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr16 55601388 . A G 186.18 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00180312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.949;QD=12.412;RBI=0.0246194;REFB=-0.0264583;REVB=-0.0245532;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953083;STB=0.554866;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0383865;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:21:16:12:11:21:16 chr16 55731835 . G A 177.33 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0171515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.5534;QD=12.2296;RBI=0.020374;REFB=0.010239;REVB=-0.0109967;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13726;STB=0.586131;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0333138;OID=.;OPOS=55731835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:11:11:22:13:11:11:23:13 chr16 55880480 . A C 199.42 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0272008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.7866;QD=15.6411;RBI=0.0272465;REFB=-0.00979535;REVB=-0.00157765;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905762;STB=0.562105;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0151399;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:9:13:14:14:9:13:14:15 chr16 55880534 . G C 192.9 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0196228;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.402;QD=15.7465;RBI=0.0206339;REFB=-0.0224376;REVB=-0.00638006;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224634;STB=0.628905;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0278877;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:11:18:8:12:11:18 chr16 55883618 . T C 463.01 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00362206;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4168;QD=21.5354;RBI=0.0334063;REFB=-0.0171322;REVB=0.0332094;RO=42;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388471;STB=0.51851;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0141403;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:41:44:45:0.523256:27:17:18:24:28:17:17:24 chr16 55897289 . C T 366.58 PASS AF=0.230159;AO=25;DP=126;FAO=29;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0576748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3845;QD=11.6373;RBI=0.0609554;REFB=0.0116505;REVB=0.0197277;RO=75;SAF=9;SAR=16;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230588;STB=0.575112;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0471375;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:76:25:29:0.230159:16:9:41:34:16:13:42:34 chr16 55905636 . A G 850.29 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4114;QD=57.6468;RBI=0.0111898;REFB=0;REVB=-0.00631494;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108223;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr16 55907811 . C T 162.36 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0661196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.719;QD=12.9888;RBI=0.0671446;REFB=-0.00859042;REVB=-0.0116871;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369366;STB=0.504499;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.042551;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:17:18:0.36:9:8:14:18:10:8:14:18 chr16 56228066 . A G 809.97 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436811;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.685;QD=56.8397;RBI=0.0449652;REFB=0;REVB=0.010669;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370229;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr16 56368689 . C T 208.28 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000777363;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.603;QD=17.3569;RBI=0.011853;REFB=-0.000963684;REVB=0.0118275;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00231706;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr16 56379451 . G C 70.44 PASS AF=0.25;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0219325;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.986;QD=10.0623;RBI=0.0400764;REFB=-0.0233721;REVB=0.0335422;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703916;STB=0.529329;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0158845;OID=.;OPOS=56379451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:28:16:18:6:7:0.25:3:3:9:7:3:4:11:7 chr16 56379496 . G A 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0495966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.557;QD=22.6311;RBI=0.0531437;REFB=0.0153742;REVB=0.0190902;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15565;STB=0.587034;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00491419;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:7:1:4:9:7:1 chr16 56395610 . G A 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00470694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.495;QD=19.9045;RBI=0.0156364;REFB=-0.014347;REVB=0.0149112;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780386;STB=0.543331;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0110088;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:17:11:15:16:17:11 chr16 56396430 . C A 144.19 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00130344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.469;QD=24.0312;RBI=0.00279654;REFB=-0.0192545;REVB=0.0024742;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00827375;OID=.;OPOS=56396430;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:5:10:5:3:5:10:6:3 chr16 56401352 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00255797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.254;QD=14.7986;RBI=0.0177012;REFB=-0.0372233;REVB=0.0175154;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0342044;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:7:6:4:7:7:6 chr16 56500132 . C T 757.11 PASS AF=0.536765;AO=72;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00303749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8883;QD=22.268;RBI=0.00305574;REFB=-0.0131499;REVB=-0.000333482;RO=63;SAF=42;SAR=30;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174312;STB=0.513241;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0121393;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:63:63:72:73:0.536765:30:42:38:25:31:42:38:25 chr16 56500176 . T A 643.32 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0253033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6412;QD=21.0924;RBI=0.0253869;REFB=-0.000111278;REVB=0.00205843;RO=58;SAF=37;SAR=27;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535672;STB=0.529403;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00033465;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:27:37:37:21:27:37:37:21 chr16 56510299 . A C 191.42 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0207256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1746;QD=22.52;RBI=0.0263198;REFB=-0.00386192;REVB=0.0162227;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111614;STB=0.562436;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00340084;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:10:5:9:10:10:5 chr16 56545175 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00868833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.066;QD=16.6272;RBI=0.0141446;REFB=0.00513791;REVB=0.0111617;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103812;STB=0.559354;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0142945;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:3:11:9:4:3:11 chr16 56548501 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.733;QD=54.5174;RBI=0.0622078;REFB=0;REVB=0.0465539;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528369;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr16 56601720 . A G 803.34 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0445682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.213;QD=54.4634;RBI=0.0497811;REFB=-0.110489;REVB=0.0221775;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304049;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000409837;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:2:1:57:58:0.983051:30:27:0:2:31:27:0:1 chr16 56601722 . T C 838.3 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254837;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1683;QD=57.8137;RBI=0.0437941;REFB=0;REVB=0.035616;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11216e-05;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr16 56651456 . C A 233.5 PASS AF=0.435484;AO=25;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.000999621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.682;QD=15.0647;RBI=0.00211814;REFB=-0.0311114;REVB=-0.00186742;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376289;STB=0.548793;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0317163;OID=.;OPOS=56651456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:35:25:27:0.435484:8:17:22:12:8:19:22:13 chr16 56667282 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.326;QD=53.9112;RBI=0.0467802;REFB=0;REVB=0.0467452;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178623;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr16 56673227 . C A 116.11 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00811725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1987;QD=35.7264;RBI=0.00924265;REFB=-0.1445;REVB=-0.00442006;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0208451;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:2:9:0:1:3:9:0:1 chr16 56673249 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.253;QD=40.7629;RBI=0.109537;REFB=0;REVB=0.106731;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00767004;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr16 56686470 . C T 186.26 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=41;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0166906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.8;QD=16.5562;RBI=0.024811;REFB=-0.0063231;REVB=0.0183578;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194534;STB=0.560915;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.133127;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:25:25:16:20:0.444444:6:10:11:14:9:11:11:14 chr16 56686471 . G T 258.18 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0042421;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.684;QD=22.9497;RBI=0.00436144;REFB=-0.00230799;REVB=0.00101332;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547387;STB=0.530587;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0256598;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:11:10:13:11:11:10 chr16 56692992 . C T 272.79 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00198282;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.995;QD=23.2164;RBI=0.0185844;REFB=-0.0247169;REVB=0.0184783;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152352;STB=0.572824;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0202254;OID=.;OPOS=56692992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:13:12:14:7:13:12:14:8 chr16 56693004 . C T 197.99 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0194949;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.4971;QD=14.6656;RBI=0.0855064;REFB=-0.000434227;REVB=-0.0832544;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220843;STB=0.617688;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-8.84096e-05;OID=.;OPOS=56693004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:8:15:13:17:8:15:14:17 chr16 56855496 . C G 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.573;QD=60.2208;RBI=0.0514525;REFB=0;REVB=0.0500628;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367833;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr16 56868700 . A G 157.62 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0116595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.756;QD=16.5916;RBI=0.017523;REFB=-0.0186737;REVB=-0.013081;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0231804;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:9:12:9:8:9:12 chr16 56873495 . C T 379.3 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.000407179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1714;QD=16.6725;RBI=0.00570459;REFB=-0.0196208;REVB=0.00569004;RO=48;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217878;STB=0.510199;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0191296;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:51:40:40:0.43956:25:15:17:31:25:15:20:31 chr16 56904587 . C G 655.37 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6386;QD=59.5791;RBI=0.0230671;REFB=-0.0077715;REVB=0.00306061;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00170935;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:19:23:0:0:20:23:1:0 chr16 56920969 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.695;QD=57.6807;RBI=0.0653918;REFB=0;REVB=0.0538931;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333134;OID=.;OPOS=56920969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr16 56928519 . C T 954.9 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5523;QD=58.7629;RBI=0.0518881;REFB=0;REVB=0.0452088;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649056;OID=.;OPOS=56928519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr16 56966011 . G A 901.76 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0238302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.648;QD=53.8364;RBI=0.0642821;REFB=-0.122931;REVB=0.0597018;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.524583;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00116152;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:1:3:64:64:0.955224:29:35:0:1:29:35:0:3 chr16 56966071 . T G 127.03 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0226631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.57;QD=14.9444;RBI=0.035843;REFB=-0.0146224;REVB=-0.0277688;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454429;STB=0.763328;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0196993;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:5:9:3:16:5:10:3:16 chr16 57016092 . G A 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0266573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1973;QD=17.6712;RBI=0.0430099;REFB=-0.0168493;REVB=0.0337526;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028787;STB=0.516118;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0325982;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:15:17:15:15:15:17 chr16 57059427 . C T 139.55 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0101891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.813;QD=12.4041;RBI=0.0129858;REFB=-0.0186168;REVB=-0.00805075;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261522;STB=0.622079;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0209518;OID=.;OPOS=57059427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:16:16:0.355556:8:8:7:20:8:8:9:20 chr16 57060340 . T C 46.74 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0203699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0679;QD=10.3864;RBI=0.0205182;REFB=0.0313063;REVB=0.00246282;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0484036;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:8:3:4:3:8:3 chr16 57060353 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0311129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.053;QD=11.9197;RBI=0.0359633;REFB=-0.0239131;REVB=0.0180373;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318742;STB=0.689164;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0271302;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:7:2:4:3:7:2 chr16 57067595 . A T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0131283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.508;QD=20.8709;RBI=0.0242263;REFB=-0.0153704;REVB=-0.0203608;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31464;STB=0.675521;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0275097;OID=.;OPOS=57067595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:16:4:12:9:16:4 chr16 57068106 . AC GT 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.015915;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.748;QD=25.3158;RBI=0.0215379;REFB=0.00446105;REVB=-0.0145119;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236441;STB=0.63212;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=-0.00340492;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:8:5:14:6:8:5 chr16 57071113 . TA CG,TG 681.16 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=15,35;DP=51;FAO=14,35;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=9,23;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192349,-0.0275456;FXX=0.039208;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=115.961,95.2904;QD=55.6052;RBI=0.0325977,0.0327393;REFB=0,0;REVB=-0.0263179,-0.0176947;RO=0;SAF=10,23;SAR=5,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0146407,0.0033128;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:49:0:0:15,35:14,35:0.285714,0.714286:5,12:10,23:0:0:5,12:9,23:0:0 chr16 57073683 . G C 1250.57 PASS AF=1;AO=44;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161295;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.989;QD=61.7568;RBI=0.0891138;REFB=0;REVB=-0.087642;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150554;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:44:81:1:20:24:0:0:23:58:0:0 chr16 57085535 . T C 126.63 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0823106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7563;QD=11.5117;RBI=0.0832054;REFB=-0.00650816;REVB=0.0121694;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135344;STB=0.580534;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0165183;OID=.;OPOS=57085535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:16:13:5:10:16:13 chr16 57238734 . G T 96.28 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0229137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.891;QD=3.81315;RBI=0.0232057;REFB=-0.00561161;REVB=-0.00367008;RO=84;SAF=8;SAR=9;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970421;STB=0.563731;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0258774;OID=.;OPOS=57238734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:84:84:17:17:0.168317:9:8:46:38:9:8:46:38 chr16 57392733 . A C 264.57 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626231;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1505;QD=52.9141;RBI=0.0648073;REFB=0;REVB=-0.0166834;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248127;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr16 57496931 . G C 854.31 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.00590384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7465;QD=18.9846;RBI=0.0110129;REFB=-0.00924031;REVB=0.00929665;RO=92;SAF=57;SAR=30;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470995;STB=0.523804;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0103898;OID=.;OPOS=57496931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:93:87:87:0.483333:30:57:56:36:30:57:57:36 chr16 57499902 . T C 253.07 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0201769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2137;QD=15.1088;RBI=0.0506948;REFB=-0.0075529;REVB=0.0465065;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276586;STB=0.515647;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.010347;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:16:13:16:22:16:13:16:22 chr16 57689385 . C G 358.12 PASS AF=0.469136;AO=34;DP=78;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0150696;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.589;QD=17.685;RBI=0.0180451;REFB=-0.0130329;REVB=0.00992645;RO=42;SAF=6;SAR=28;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364629;STB=0.704101;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0163933;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:42:43:34:38:0.469136:28:6:20:22:32:6:19:24 chr16 57689883 . T C 217.73 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0940449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3029;QD=16.7481;RBI=0.100129;REFB=0.00347443;REVB=-0.0343701;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590111;STB=0.533306;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00902851;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:10:18:14:10:10:18 chr16 57698931 . A G 53.39 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0216072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2057;QD=7.62778;RBI=0.0232824;REFB=-0.0146416;REVB=-0.00867185;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494369;STB=0.818242;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0339522;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:1:7:10:10:1:7:10:10 chr16 57735900 . G C 254.07 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000798042;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.277;QD=14.518;RBI=0.00771169;REFB=-0.00480046;REVB=-0.00767028;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162495;STB=0.56577;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00690391;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:28:29:0.414286:12:16:17:24:13:16:18:23 chr16 57760056 . C T 62.99 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00218665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.256;QD=8.39891;RBI=0.00243546;REFB=-0.00386135;REVB=0.00107239;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168149;STB=0.604412;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0271046;OID=.;OPOS=57760056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:11:10:3:6:11:10 chr16 57760824 . C T 119.33 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0391065;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.383;QD=12.5614;RBI=0.0410692;REFB=-0.0112589;REVB=0.0125442;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157235;STB=0.592888;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0275168;OID=.;OPOS=57760824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:12:12:9:5:12:12 chr16 57762401 . T C 430.46 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00370592;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.732;QD=16.7168;RBI=0.00535976;REFB=-0.0156929;REVB=-0.0038721;RO=55;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150647;STB=0.579174;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0141013;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:55:56:47:47:0.456311:20:27:23:32:20:27:24:32 chr16 57778309 . C A 138.86 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=93;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.000713902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.841;QD=5.97264;RBI=0.00667227;REFB=-0.0138141;REVB=0.00663397;RO=71;SAF=7;SAR=14;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347739;STB=0.708143;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0380945;OID=.;OPOS=57778309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:72:21:21:0.225806:14:7:44:27:14:7:44:28 chr16 57786517 . C T 281.36 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0309314;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.98;QD=27.45;RBI=0.0322488;REFB=-0.00961982;REVB=0.00912318;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261938;STB=0.645447;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00489481;OID=.;OPOS=57786517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:16:25:25:0.609756:18:7:10:6:18:7:10:6 chr16 57786711 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.036192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.268;QD=22.1438;RBI=0.0363614;REFB=-0.0069889;REVB=0.00350554;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124999;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00631194;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:9:4:5:12:9:4 chr16 57787027 . C T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0488708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8785;QD=9.49029;RBI=0.0596805;REFB=0.0166946;REVB=-0.0342551;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620281;STB=0.537732;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.018207;OID=.;OPOS=57787027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:7:11:5:4:7:11 chr16 57787906 . C T 754.35 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0137063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.442;QD=24.5317;RBI=0.0173924;REFB=-0.0221532;REVB=0.0107067;RO=51;SAF=44;SAR=27;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630561;STB=0.506701;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.013861;OID=.;OPOS=57787906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:51:52:71:71:0.577236:27:44:32:19:27:44:33:19 chr16 57795394 . G A 96.71 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0118525;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5693;QD=11.7226;RBI=0.0221463;REFB=-0.0461784;REVB=0.0187077;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058873;STB=0.534827;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.030433;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:15:6:4:8:15:6 chr16 57805176 . A G 1359.53 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00562332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.201;QD=61.1027;RBI=0.0678442;REFB=0.0807093;REVB=0.0676108;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000243169;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:43:44:1:0:43:45:1:0 chr16 57808942 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00394162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.515;QD=15.643;RBI=0.0104423;REFB=-0.0240841;REVB=-0.00966984;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532089;STB=0.530582;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.034612;OID=.;OPOS=57808942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:13:16:10:10:13:16 chr16 57819479 . T C 491.35 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0259903;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.144;QD=19.0815;RBI=0.029169;REFB=-0.0177356;REVB=-0.0132414;RO=51;SAF=34;SAR=17;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185143;STB=0.614949;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0189602;OID=.;OPOS=57819479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:51:51:51:52:0.504854:17:34:24:27:17:35:23:28 chr16 57850192 . T C 463.74 PASS AF=0.46789;AO=49;DP=106;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00780884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.902;QD=17.0181;RBI=0.0141412;REFB=-0.011529;REVB=0.0117896;RO=57;SAF=22;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240106;STB=0.506491;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0126236;OID=.;OPOS=57850192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:57:58:49:51:0.46789:27:22:27:30:27:24:28:30 chr16 57850605 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00403283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.619;QD=20.8979;RBI=0.00432954;REFB=-0.0662864;REVB=0.00157519;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0353279;OID=.;OPOS=57850605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:2:2:4:4:2:2 chr16 57937856 . G C 964.01 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=78;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.095296;FXX=0.0640943;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2869;QD=52.8223;RBI=0.0956018;REFB=-0.205524;REVB=0.00764089;RO=6;SAF=29;SAR=39;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883069;STB=0.539671;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0112884;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:78:73:6:5:68:68:0.931507:39:29:6:0:39:29:5:0 chr16 57950057 . G A 1104.26 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0779;QD=58.1189;RBI=0.0318269;REFB=-0.079076;REVB=0.00807312;RO=2;SAF=51;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429255;STB=0.510635;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00149495;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:76:2:1:72:75:0.986842:21:51:0:2:23:52:0:1 chr16 58019396 . G A 868.99 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.275;QD=56.0639;RBI=0.0699142;REFB=-0.0759099;REVB=0.0166099;RO=1;SAF=3;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133858;STB=0.571402;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000383863;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:59:61:0.983871:56:3:1:0:58:3:1:0 chr16 58030595 . C T 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0290439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.791;QD=14.6949;RBI=0.0313211;REFB=-0.0216819;REVB=0.0117245;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1295;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0395852;OID=.;OPOS=58030595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:10:13:7:9:10:13 chr16 58030634 . C T 671.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.073;QD=62.424;RBI=0.0797441;REFB=0;REVB=0.0230456;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154841;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:27:14:0:0:27:16:0:0 chr16 58030906 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0148748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.158;QD=18.7441;RBI=0.0848955;REFB=-0.00897488;REVB=-0.0835822;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219787;STB=0.62471;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=3.16079e-06;OID=.;OPOS=58030906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:4:0:1:6:4:0 chr16 58075570 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0799023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5857;QD=13.631;RBI=0.0840585;REFB=-0.0110015;REVB=0.0261046;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291009;STB=0.517199;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0196224;OID=.;OPOS=58075570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:1:8:7:1:1:8 chr16 58080009 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0852055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8789;QD=12.7816;RBI=0.105313;REFB=0.00518518;REVB=0.0618944;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604657;STB=0.864565;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00157034;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:9:1:9:5:9:1:9:5 chr16 58150803 . A G 71.86 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000868411;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.56;QD=6.68452;RBI=0.0182148;REFB=-0.00474823;REVB=0.0181941;RO=31;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402268;STB=0.759449;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0277165;OID=.;OPOS=58150803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:44:43:31:33:10:10:0.232558:8:2:16:15:8:2:17:16 chr16 58191966 . C T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8808;QD=59.0152;RBI=0.0466635;REFB=0;REVB=0.0457981;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763466;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr16 58233709 . T C 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0104749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.285;QD=13.4567;RBI=0.0105528;REFB=-0.00415041;REVB=-0.00128009;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.585202;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00683859;OID=.;OPOS=58233709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:12:15:11:11:0.423077:3:8:6:6:3:8:9:6 chr16 58314433 . T C 341.78 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0087432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5205;QD=18.7279;RBI=0.0292356;REFB=-0.0312738;REVB=0.0278976;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110788;STB=0.56161;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.029802;OID=.;OPOS=58314433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:18:18:23:14:18:18:23:14 chr16 58314504 . GCC GC,GCG 371.94 PASS AF=0.88,0.08;AO=13,4;DP=46;FAO=44,4;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=25,0;FSAR=19,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.872077,0.0778972;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=12.267,182.455;QD=29.7556;RBI=0.879111,0.0894783;REFB=-0.0151714,0.0226898;REVB=0.110991,-0.0440273;RO=26;SAF=2,0;SAR=11,4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0.272727,0;SSEP=0.460204,0;SSSB=-0.662952,-0.756751;STB=0.524989,0.5;STBP=0.165,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0429907,0.129176;OID=.,.;OPOS=58314505,58314506;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.88,0.08:13,4:46:44,4:50:2:25,0:19,4:0:2:19:26:2,0:11,4:21:5 chr16 58314598 . C T 349.81 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.048855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.063;QD=23.3204;RBI=0.049841;REFB=-0.0458774;REVB=0.00986471;RO=25;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.569339;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0315756;OID=.;OPOS=58314598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:25:34:35:0.583333:17:17:8:17:18:17:8:17 chr16 58314631 . G A 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0179528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.095;QD=2.77406;RBI=0.0179896;REFB=-0.00426143;REVB=-0.00114993;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10078;STB=0.574226;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0241295;OID=.;OPOS=58314631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:3:3:17:24:3:3:17:24 chr16 58327646 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0796;QD=54.8223;RBI=0.0161334;REFB=-0.146417;REVB=0.000205246;RO=1;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136468;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00964691;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:16:34:1:0:16:34:1:0 chr16 58530833 . A G 268.64 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0346399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.635;QD=22.387;RBI=0.0346448;REFB=-0.0154785;REVB=-0.000585453;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388652;STB=0.521722;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0159644;OID=.;OPOS=58530833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:10:13:13:12:10:13 chr16 58538323 . C T 251.0 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0136836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.596;QD=19.6861;RBI=0.0139563;REFB=-0.0156624;REVB=-0.00274534;RO=25;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524178;STB=0.529389;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0166503;OID=.;OPOS=58538323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:8:18:16:9:8:18:16:9 chr16 58540531 . A G 1013.35 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.772;QD=58.7447;RBI=0.0213126;REFB=0;REVB=0.00259596;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09638e-06;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:67:69:1:26:41:0:0:27:42:0:0 chr16 58542901 . G A 1385.9 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.699;QD=61.5956;RBI=0.0966425;REFB=-0.070673;REVB=0.0836865;RO=0;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752633;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:88:90:0:0:87:90:1:31:56:0:0:32:58:0:0 chr16 58545426 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.895;QD=62.908;RBI=0.0304375;REFB=0;REVB=0.00146093;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94553e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr16 58552921 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.123;QD=56.937;RBI=0.0337618;REFB=0;REVB=0.0137542;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60352e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr16 58575489 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.672;QD=58.5878;RBI=0.0247863;REFB=0;REVB=0.00921541;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164688;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr16 58577421 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.973;QD=58.1411;RBI=0.0186164;REFB=0;REVB=0.0131631;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14444e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr16 58587737 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.742;QD=60.2297;RBI=0.0350988;REFB=0;REVB=0.0259484;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1554e-05;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr16 58743454 . A C 627.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.591;QD=59.7389;RBI=0.101515;REFB=0;REVB=0.0554849;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119559;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:19:20:0:0:21:21:0:0 chr16 58750604 . G A 246.5 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0349655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5316;QD=46.9527;RBI=0.0509798;REFB=-0.096132;REVB=-0.0370993;RO=1;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13066;STB=0.57135;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00738685;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:3:17:0:1:3:17:0:1 chr16 58752466 . C T 192.96 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0215608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6423;QD=13.7829;RBI=0.0248316;REFB=-0.00231636;REVB=0.0123182;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159712;STB=0.591469;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00252653;OID=.;OPOS=58752466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:18:15:14:9:18:15 chr16 58757668 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.052;QD=63.2865;RBI=0.0246221;REFB=0;REVB=0.0236012;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75496e-05;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr16 58757683 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=370.277;QD=57.1062;RBI=0.00469445;REFB=0;REVB=0.00423738;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62986e-06;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr16 58766287 . A C 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00355463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.105;QD=18.4133;RBI=0.0193491;REFB=-0.0107971;REVB=0.0190198;RO=34;SAF=6;SAR=27;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380634;STB=0.715085;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0114129;OID=.;OPOS=58766287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:27:6:18:16:27:6:18:16 chr16 58804449 . T C 223.14 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.07188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7465;QD=49.5859;RBI=0.0719865;REFB=0;REVB=0.00391573;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180449;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr16 64980818 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.951;QD=56.7065;RBI=0.0174853;REFB=0;REVB=0.000309295;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51231e-05;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr16 65016087 . A C 1324.25 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737566;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8748;QD=62.3175;RBI=0.0740692;REFB=0;REVB=0.00679819;RO=0;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659221;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:60:25:0:0:60:25:0:0 chr16 65022114 . C T 309.03 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0320728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.383;QD=16.0537;RBI=0.0428563;REFB=-0.028084;REVB=-0.0284254;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127085;STB=0.571387;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0346002;OID=.;OPOS=65022114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:17:17:16:27:17:17:16:27 chr16 65025718 . G A 397.24 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00321848;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2751;QD=20.3713;RBI=0.0211504;REFB=-0.0282923;REVB=-0.0209041;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243794;STB=0.513507;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0297531;OID=.;OPOS=65025718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:38:40:40:0.512821:21:19:17:21:21:19:17:21 chr16 66420885 . C T 1268.64 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4997;QD=60.4115;RBI=0.0263981;REFB=0.0773935;REVB=0.00533271;RO=1;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869117;STB=0.504586;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000413787;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:54:29:0:1:54:29:0:1 chr16 66432423 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.136;QD=51.184;RBI=0.0478786;REFB=0;REVB=0.0424271;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203896;OID=.;OPOS=66432423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 192.03 PASS AF=0.289216,0.0735294;AO=52,24;DP=207;FAO=59,15;FDP=204;FR=.;FRO=130;FSAF=33,0;FSAR=26,15;FSRF=77;FSRR=53;FWDB=0.0913749,-0.099001;FXX=0.0144921;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.91515,70.993;QD=3.76539;RBI=0.103619,0.100397;REFB=-0.161173,-0.0216527;REVB=0.048863,-0.016684;RO=93;SAF=29,1;SAR=23,23;SRF=68;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2047,-0.776424;STB=0.523131,0.999376;STBP=0.67,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.166361,0.12969;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289216,0.0735294:52,24:207:59,15:204:130:33,0:26,15:77:53:99:93:29,1:23,23:68:25 chr16 66519419 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00608262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.131;QD=12.7982;RBI=0.0103903;REFB=-0.0189446;REVB=0.0084238;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197848;STB=0.61896;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0355637;OID=.;OPOS=66519419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:14:12:26:14:14:12:27:14 chr16 66527192 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0059435;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.529;QD=15.2589;RBI=0.0386131;REFB=0.0134532;REVB=0.0381529;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293682;STB=0.666317;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0252635;OID=.;OPOS=66527192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:6:0:1:6:6:0 chr16 66584002 . T C 120.98 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.105754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5723;QD=8.20171;RBI=0.110885;REFB=-0.00130529;REVB=-0.0333413;RO=42;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187346;STB=0.612517;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000713438;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:7:10:18:24:7:10:18:24 chr16 66600479 . G A 133.19 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0985876;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.847;QD=19.0265;RBI=0.0986217;REFB=-0.00564955;REVB=-0.00259255;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347442;STB=0.704153;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0111772;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:14:15:0.535714:4:10:4:9:4:11:4:9 chr16 66613525 . G A 286.13 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00201276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.708;QD=18.1669;RBI=0.0621562;REFB=-0.0151682;REVB=-0.0621237;RO=30;SAF=24;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124427;STB=0.578259;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.01173;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:32:31:31:0.492063:7:24:20:10:7:24:21:11 chr16 66614008 . T C 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000380843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3717;QD=17.9556;RBI=0.000905201;REFB=-0.0399787;REVB=-0.000821186;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.547469;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0392851;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:7:9:7:9:7:9:8:9 chr16 66656102 . C T 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0244131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.218;QD=13.2127;RBI=0.0251082;REFB=0.00163434;REVB=-0.00586741;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635063;STB=0.869722;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00145046;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:5:17:2:12:5:17 chr16 66765067 . G A 266.57 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0141926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.246;QD=15.9145;RBI=0.0177758;REFB=-0.038274;REVB=-0.0107027;RO=36;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298801;STB=0.511104;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0431369;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:10:20:23:13:10:20:24:13 chr16 66792714 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0471267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4574;QD=11.3696;RBI=0.0751648;REFB=-0.0179481;REVB=-0.0585561;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22826;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0300881;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:8:11:4:7:8:11 chr16 66812797 . C T 328.58 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0921465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.992;QD=31.2932;RBI=0.0925501;REFB=-0.00521398;REVB=0.00863411;RO=14;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791562;STB=0.547911;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00374875;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:14:14:27:28:0.666667:12:15:6:8:12:16:6:8 chr16 66919929 . G C 150.82 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00442787;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.074;QD=17.7439;RBI=0.00647515;REFB=-0.00873895;REVB=-0.00472457;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135474;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00687553;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:18:16:16:0.470588:7:9:7:10:7:9:8:10 chr16 66920510 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0417148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1549;QD=18.8282;RBI=0.0546161;REFB=0.00699006;REVB=-0.0352532;RO=22;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375882;STB=0.717279;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0126645;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:17:3:10:12:17:3:10:12 chr16 66920949 . G A 190.37 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00111576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0801;QD=13.5979;RBI=0.0173381;REFB=0.00182513;REVB=0.0173022;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125988;STB=0.582618;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00183522;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:12:10:19:14:13:10:19:14 chr16 66946288 . C T 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0392972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.478;QD=2.92782;RBI=0.0412769;REFB=0.00298929;REVB=-0.0126299;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354505;STB=0.52536;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0239193;OID=.;OPOS=66946288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:4:4:27:24:4:4:27:24 chr16 66946748 . G C 236.64 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00551567;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.928;QD=21.5129;RBI=0.0122629;REFB=-0.0107917;REVB=-0.0109524;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10206;STB=0.541715;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0072371;OID=.;OPOS=66946748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:22:23:0.522727:8:14:11:10:9:14:11:10 chr16 66948130 . G A 176.66 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.000591388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.152;QD=13.3325;RBI=0.024858;REFB=-0.00613821;REVB=-0.024851;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150897;STB=0.593137;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0148858;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:21:21:0.396226:9:12:22:9:9:12:23:9 chr16 66956150 . G A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00644703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2749;QD=3.07308;RBI=0.0220319;REFB=-0.000123697;REVB=-0.0210675;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260024;STB=0.696332;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00196279;OID=.;OPOS=66956150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:4:2:20:16:4:2:21:16 chr16 67037054 . A C 144.81 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00513205;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.312;QD=14.8521;RBI=0.00593627;REFB=-0.0178086;REVB=-0.00298351;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155401;STB=0.589635;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0190976;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:15:8:8:8:15:8 chr16 67196965 . G A 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0150177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.389;QD=5.71549;RBI=0.0181087;REFB=-0.00406615;REVB=0.0101189;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367572;STB=0.749375;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0298813;OID=.;OPOS=67196965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:6:2:15:12:6:2:16:12 chr16 67229793 . ACAG A 30.66 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=17;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0291587;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=136.468;QD=8.75975;RBI=0.0686339;REFB=-0.106732;REVB=-0.062132;RO=11;SAF=3;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107868;STB=0.624553;STBP=0.581;TYPE=del;VARB=0.11899;OID=.;OPOS=67229794;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:4:17:5:14:9:3:2:7:2:30:11:3:1:9:2 chr16 67691668 . A G 295.82 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.11278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.724;QD=29.5823;RBI=0.113038;REFB=-0.0504551;REVB=-0.00763901;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755934;STB=0.501967;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0238641;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:14:25:26:0.65:11:14:8:6:11:15:8:6 chr16 67702481 . C G 292.16 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0501517;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.9327;QD=17.1861;RBI=0.050589;REFB=-0.004293;REVB=-0.00663683;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136535;STB=0.574908;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0057392;OID=.;OPOS=67702481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:36:32:32:0.470588:15:17:13:21:15:17:14:22 chr16 67759871 . ATTT ATTA,ATT,TATT 34.11 PASS AF=0.12,0.2,0.04;AO=2,7,2;DP=25;FAO=3,5,1;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3,1,1;FSAR=0,4,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0218258,-0.0030337,0.060598;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=186.12,9.41079,22.5495;QD=5.45699;RBI=0.0224801,0.118924,0.147447;REFB=-0.00435016,-0.136601,-0.0653745;REVB=-0.00538402,-0.118886,-0.134419;RO=13;SAF=2,1,1;SAR=0,6,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.637912,-0.260866,0.204413;STB=0.997547,0.55532,0.994159;STBP=0.014,0.864,0.142;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.126076,0.113896,-0.00324156;OID=.,.,.;OPOS=67759874,67759872,67759871;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATTA,ATT,TATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:25:25:13:16:2,7,2:3,5,1:0.12,0.2,0.04:0,6,1:2,1,1:4:9:0,4,0:3,1,1:4:12 chr16 67761782 . G A 63.45 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.0111575;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.339;QD=7.93101;RBI=0.0136924;REFB=-0.00117808;REVB=0.00793667;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680091;STB=0.898863;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00543913;OID=.;OPOS=67761782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:22:23:9:9:0.28125:7:2:20:2:7:2:21:2 chr16 67876697 . C T 99.4 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0185215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0386;QD=26.5077;RBI=0.081268;REFB=0.0332397;REVB=0.0791292;RO=4;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163533;STB=0.590764;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0075646;OID=.;OPOS=67876697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:9:2:0:4:9:2:0:4 chr16 67984330 . G A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.014074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.997;QD=12.3074;RBI=0.0161263;REFB=-0.0249146;REVB=0.00787269;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709222;STB=0.540772;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0490593;OID=.;OPOS=67984330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:12:13:24:17:12:13:24:17 chr16 67997396 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0452047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.85;QD=19.6681;RBI=0.0459803;REFB=-0.0420202;REVB=0.00840977;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210311;STB=0.63144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0213088;OID=.;OPOS=67997396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:7:12:7:11:7:12:7:12 chr16 68025801 . G C 554.6 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0218149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4846;QD=55.4598;RBI=0.0268278;REFB=0.0150307;REVB=0.0156154;RO=2;SAF=10;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281422;STB=0.515042;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00206241;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:28:10:1:1:28:10:1:1 chr16 68057096 . T C 670.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8288;QD=62.3359;RBI=0.0649072;REFB=0;REVB=0.0110314;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441237;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr16 68100461 . C T 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.000329925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8413;QD=16.0317;RBI=0.00968008;REFB=-0.0155893;REVB=0.00967446;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331904;STB=0.677252;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0123085;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:8:12:7:20:8:12:8:20 chr16 68344696 . C T 227.02 PASS AF=0.48;AO=21;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0183217;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.585;QD=18.1618;RBI=0.0247182;REFB=-0.0309017;REVB=-0.0165923;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191448;STB=0.521721;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.019107;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:26:21:24:0.48:11:10:11:12:13:11:13:13 chr16 68398924 . C T 208.99 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00229192;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.454;QD=16.3913;RBI=0.00312851;REFB=-0.0210083;REVB=-0.00212949;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203315;STB=0.612699;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0224669;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:23:23:0.45098:13:10:17:9:13:10:18:10 chr16 68405673 . G A 130.88 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0205009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4578;QD=14.9572;RBI=0.0482189;REFB=-0.0289244;REVB=0.0436437;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291325;STB=0.679009;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.05711;OID=.;OPOS=68405673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:5:9:7:13:5:10:7:13 chr16 68569440 . T G 469.07 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312511;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.19;QD=58.6339;RBI=0.0361977;REFB=0;REVB=-0.0182657;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176561;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr16 68569459 . T C 542.73 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794527;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.714;QD=60.3029;RBI=0.0118791;REFB=0;REVB=0.008831;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06873e-05;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr16 68598007 . A G 289.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3074;QD=52.5901;RBI=0.03735;REFB=0;REVB=0.0350614;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066888;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr16 68713730 . G A 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218802;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.686;QD=62.3661;RBI=0.0355464;REFB=0;REVB=0.0280143;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73604e-05;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr16 68713823 . C A 650.97 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0565914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6671;QD=54.248;RBI=0.060292;REFB=-0.0156933;REVB=-0.0207975;RO=4;SAF=21;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042573;STB=0.522717;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0126698;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:23:21:3:1:23:21:3:1 chr16 68721470 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.605;QD=51.1844;RBI=0.0189998;REFB=0;REVB=0.00337075;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186147;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 68721533 . G C 223.03 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.58;QD=49.5631;RBI=0.0449056;REFB=0;REVB=0.0123528;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506808;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr16 68725783 . G A 463.58 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.968;QD=57.9474;RBI=0.134495;REFB=0;REVB=0.119839;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348118;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:17:12:0:0:19:13:0:0 chr16 68729785 . C A 636.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.97978e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.464;QD=60.5779;RBI=0.0110142;REFB=0;REVB=-0.011014;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155854;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:24:18:0:0 chr16 68776416 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.255;QD=40.7628;RBI=0.0691993;REFB=0;REVB=0.0566361;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309918;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr16 68857441 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.73;QD=62.3508;RBI=0.0316339;REFB=0;REVB=0.0195214;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56589e-05;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr16 68868522 . T C 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0818879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4728;QD=11.8839;RBI=0.082688;REFB=-0.0200136;REVB=0.0114749;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123599;STB=0.568811;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0415646;OID=.;OPOS=68868522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:47:27:27:0.364865:15:12:22:17:15:12:26:21 chr16 68869449 . A G 213.57 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026797;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.318;QD=47.4591;RBI=0.039419;REFB=0;REVB=-0.0289099;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775898;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chr16 68893953 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.022715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.715;QD=19.976;RBI=0.0236927;REFB=0.00631079;REVB=-0.00673575;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224193;STB=0.626775;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00758448;OID=.;OPOS=68893953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:8:12:7:13:8:12 chr16 68919559 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00257283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.595;QD=16.408;RBI=0.0506398;REFB=-0.0190148;REVB=0.0505744;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158774;STB=0.590823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0247784;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:17:12:12:9:17:12 chr16 69143577 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.011777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0893;QD=9.13236;RBI=0.0209249;REFB=-0.0131794;REVB=-0.017296;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373879;STB=0.731889;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0285768;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:11:11:2:8:11:11 chr16 69493016 . A G 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0313841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.155;QD=20.8984;RBI=0.0835819;REFB=0.00556582;REVB=0.0774659;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=7.77039e-05;OID=.;OPOS=69493016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:2:2:3:5:2:2 chr16 69499731 . T C 182.51 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7691;QD=42.9431;RBI=0.0448521;REFB=-0.10648;REVB=-0.000746074;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0130793;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr16 69704122 . C CTG 309.56 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590096;FXX=0.079968;HRUN=5;LEN=2;MLLD=252.745;QD=53.8367;RBI=0.0669862;REFB=0;REVB=0.031702;RO=4;SAF=15;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000445719;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:25:23:23:0:18:5:0:0:4:4:15:5:3:1 chr16 69733460 . G A 753.16 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8281;QD=56.8424;RBI=0.0273285;REFB=0;REVB=0.021471;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273067;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr16 69735271 . T A 1523.7 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044564;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.012;QD=63.4875;RBI=0.0652938;REFB=0;REVB=0.0477213;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164133;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:51:43:0:0:52:44:0:0 chr16 69736846 . T TA 54.65 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0706577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.6564;QD=8.09579;RBI=0.0844472;REFB=0.0312253;REVB=-0.0462474;RO=23;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226378;STB=0.673162;STBP=0.133;TYPE=ins;VARB=-0.0850384;OID=.;OPOS=69736847;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:4:27:12:27:15:3:9:8:7:54:23:1:3:10:13 chr16 69736851 . G A 98.51 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0165053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5511;QD=14.0724;RBI=0.0256505;REFB=0.000314469;REVB=-0.0196347;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270626;STB=0.659715;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00309857;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:8:8:9:3:8:8 chr16 69737468 . C G 231.43 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0297091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.523;QD=16.5305;RBI=0.0338348;REFB=-0.0206443;REVB=0.0161914;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025974;STB=0.50276;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0218594;OID=.;OPOS=69737468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:11:14:16:14:12:14:16:14 chr16 69745145 . G A 174.84 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0091274;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.798;QD=18.902;RBI=0.00960136;REFB=-0.0381963;REVB=-0.00297939;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134812;STB=0.576835;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0307392;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:9:10:12:6:9:10 chr16 69782855 . C T 228.48 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.000168329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.009;QD=21.7596;RBI=0.0327249;REFB=-0.00819783;REVB=0.0327244;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143797;STB=0.588161;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00365725;OID=.;OPOS=69782855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:14:8:4:15:14:8:4:16 chr16 69782977 . TTCC T 53.94 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0247016;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=3;MLLD=292.232;QD=2.95539;RBI=0.0283473;REFB=-0.0126438;REVB=-0.013907;RO=54;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213548;STB=0.632259;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.0508486;OID=.;OPOS=69782978;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205479:15:73:15:73:58:9:6:25:33:53:54:9:6:23:31 chr16 69814950 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0291002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.273;QD=19.134;RBI=0.0291847;REFB=0.0340029;REVB=0.00221998;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0183756;OID=.;OPOS=69814950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr16 69814953 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0310902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.299;QD=19.134;RBI=0.0315554;REFB=0.00653709;REVB=-0.00539817;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00882577;OID=.;OPOS=69814953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr16 69905752 . C T 205.9 PASS AF=0.222222;AO=32;DP=144;FAO=32;FDP=144;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.00267388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.592;QD=5.71938;RBI=0.0161877;REFB=-0.008921;REVB=0.0159653;RO=112;SAF=19;SAR=13;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746315;STB=0.545948;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0380537;OID=.;OPOS=69905752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:112:112:32:32:0.222222:13:19:60:52:13:19:60:52 chr16 69922098 . C T 136.65 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0629312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.993;QD=18.2206;RBI=0.0637565;REFB=-0.0015366;REVB=-0.0102253;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00182359;OID=.;OPOS=69922098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:8:7:8:7:8:7 chr16 69963355 . G A 338.86 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.349;QD=54.2172;RBI=0.0398544;REFB=0;REVB=0.0154831;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175034;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:7:17:0:0:7:18:0:0 chr16 69964119 . GCACCACCACCT GCACCACCACC,GCACCACCT 55.31 PASS AF=0,0.166667;AO=9,9;DP=61;FAO=0,10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.366363,-0.0287661;FXX=0.0163908;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=18.8957,191.414;QD=3.68705;RBI=0.372679,0.0295336;REFB=-0.0324743,-0.0172109;REVB=0.0683232,0.0066892;RO=35;SAF=9,2;SAR=0,7;SRF=7;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.815825,0.0404622;STB=0.5,0.556701;STBP=1,0.723;TYPE=del,del;VARB=0,0.0837866;OID=.,.;OPOS=69964130,69964120;OREF=T,CAC;OALT=-,-;OMAPALT=GCACCACCACC,GCACCACCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.166667:9,9:61:0,10:60:50:0,3:0,7:18:32:55:35:9,2:0,7:7:28 chr16 69967897 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.954;QD=61.3346;RBI=0.0180744;REFB=0;REVB=-0.0180319;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144472;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr16 69970329 . A G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.239;QD=52.6094;RBI=0.0202045;REFB=0;REVB=0.0194149;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103275;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr16 69988373 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8523;QD=62.6667;RBI=0.0611376;REFB=0;REVB=0.0288497;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349731;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr16 69988472 . C T 123.77 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0714913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.867;QD=38.0821;RBI=0.071627;REFB=-0.0366823;REVB=0.00440701;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000713502;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr16 70010589 . T C 120.83 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0105958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.289;QD=5.49235;RBI=0.0582369;REFB=-0.00512612;REVB=0.0572649;RO=68;SAF=6;SAR=13;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318958;STB=0.515715;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0201955;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:69:19:19:0.215909:13:6:23:45:13:6:23:46 chr16 70010610 . C T 128.61 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0360295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.705;QD=5.5314;RBI=0.0377183;REFB=-0.00364752;REVB=-0.0111598;RO=71;SAF=6;SAR=14;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111975;STB=0.56198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0167071;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:71:73:20:20:0.215054:14:6:27:44:14:6:27:46 chr16 70016573 . G A 1752.89 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.009;QD=60.4445;RBI=0.0447747;REFB=0;REVB=0.0399795;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7142e-05;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:50:65:0:0:50:66:0:0 chr16 70154572 . T A 75.78 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0119795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.08;QD=5.82925;RBI=0.018374;REFB=-0.00766;REVB=-0.0139318;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100245;STB=0.564343;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.036138;OID=.;OPOS=70154572;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:19:22:5:6:19:22 chr16 70164334 . A G 205.87 PASS AF=0.290323;AO=26;DP=92;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00399791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.047;QD=8.8548;RBI=0.0187878;REFB=-0.0103183;REVB=-0.0183575;RO=66;SAF=13;SAR=13;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146613;STB=0.573323;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0252505;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:66:66:26:27:0.290323:13:13:41:25:13:14:41:25 chr16 70165914 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.060621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.511;QD=11.2566;RBI=0.060657;REFB=-0.0211092;REVB=0.00209132;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0521351;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:7:5:4:4:7:5 chr16 70170222 . G T 275.97 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0166877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.34;QD=9.19884;RBI=0.0180182;REFB=-0.0147969;REVB=0.00679519;RO=83;SAF=20;SAR=17;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154002;STB=0.589765;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0329771;OID=.;OPOS=70170222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:83:83:37:37:0.308333:17:20:34:49:17:20:34:49 chr16 70172890 . C T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00140232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7088;QD=4.30355;RBI=0.0320649;REFB=-0.0143899;REVB=-0.0320342;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390753;STB=0.749375;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0316486;OID=.;OPOS=70172890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:21:5:3:3:21:5 chr16 70180088 . A T 387.43 PASS AF=0.637931;AO=35;DP=56;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00388941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.636;QD=26.719;RBI=0.0173491;REFB=-0.0188747;REVB=0.0169075;RO=21;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480943;STB=0.517473;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0118209;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:21:21:35:37:0.637931:14:21:14:7:14:23:14:7 chr16 70191029 . T G 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0297889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.372;QD=12.8071;RBI=0.0407629;REFB=-0.0217128;REVB=-0.0278251;RO=47;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225368;STB=0.628486;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0398333;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:16:13:31:16:16:13:31:16 chr16 70191161 . C T 220.63 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0233071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8246;QD=10.262;RBI=0.0250246;REFB=-0.00791092;REVB=-0.00911084;RO=58;SAF=9;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136085;STB=0.579833;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0235826;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:19:9:25:33:19:9:25:33 chr16 70191333 . T C 138.43 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0211268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.087;QD=11.7816;RBI=0.0212408;REFB=-0.0313947;REVB=0.00219826;RO=31;SAF=1;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597968;STB=0.782799;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0442496;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:15:16:0.340426:14:1:14:17:14:2:14:17 chr16 70191566 . A G 110.25 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.00601771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7735;QD=6.12513;RBI=0.00655473;REFB=0.00133452;REVB=0.00259839;RO=54;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133981;STB=0.569755;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00980283;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:54:55:17:17:0.236111:11:6:14:40:11:6:15:40 chr16 70287177 . A G 374.99 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3483;QD=55.5544;RBI=0.0385521;REFB=0;REVB=0.0208001;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158178;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr16 70500084 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0197874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.386;QD=21.8721;RBI=0.027435;REFB=-0.0161452;REVB=0.0190036;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529508;STB=0.529391;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0131267;OID=.;OPOS=70500084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:13:10:14:14:13:10 chr16 70506907 . T C 281.07 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0160697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.081;QD=15.835;RBI=0.0167545;REFB=-0.0189005;REVB=-0.00474108;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11765;STB=0.566129;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0224539;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:17:15:23:16:17:15:23:16 chr16 70546234 . G A 574.6 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.372;QD=58.9333;RBI=0.0204926;REFB=0;REVB=0.0203286;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61097e-05;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr16 70548297 . G A 1012.9 PASS AF=1;AO=52;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6095;QD=57.0648;RBI=0.141723;REFB=0;REVB=0.140408;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235081;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:1:0:52:71:1:22:30:0:1:41:30:0:0 chr16 70569215 . A T 1141.93 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248245;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.668;QD=59.3212;RBI=0.0417846;REFB=-0.108503;REVB=-0.033611;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000428333;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:41:35:0:0:41:35:1:0 chr16 70595567 . ATTC A 88.71 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0195699;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=3;MLLD=212.344;QD=4.27516;RBI=0.0372238;REFB=-0.0134965;REVB=-0.0316643;RO=61;SAF=13;SAR=8;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161126;STB=0.50485;STBP=0.963;TYPE=del;VARB=0.0363972;OID=.;OPOS=70595568;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253012:21:85:21:83:62:13:8:38:24:88:61:13:8:37:24 chr16 70602221 . C T 1136.64 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1511;QD=59.8233;RBI=0.0582;REFB=0;REVB=-0.0147351;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278233;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:45:31:0:0 chr16 70690989 . G C 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0017872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.071;QD=12.4659;RBI=0.0148641;REFB=-0.0193033;REVB=-0.0147563;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633515;STB=0.543957;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0406505;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:12:8:11:21:12:8:11:22 chr16 70697414 . T G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0125465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.651;QD=27.1541;RBI=0.0348962;REFB=-0.0110229;REVB=0.0325627;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307691;STB=0.517216;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00468488;OID=.;OPOS=70697414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:4:10:4:2:4:10:4:2 chr16 70710858 . C T 219.78 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00775667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.269;QD=17.5826;RBI=0.00953323;REFB=-0.0174376;REVB=0.00554224;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248092;STB=0.639883;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0256799;OID=.;OPOS=70710858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:7:21:11:11:7:21 chr16 70796515 . G A 531.29 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00272935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.696;QD=19.6775;RBI=0.0082304;REFB=-0.0311843;REVB=-0.00776467;RO=53;SAF=31;SAR=24;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364782;STB=0.520117;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.028243;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:24:31:32:21:24:31:32:21 chr16 70815841 . T C 32.49 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00788202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.76;QD=1.5473;RBI=0.00922496;REFB=-0.00395947;REVB=-0.00479308;RO=75;SAF=1;SAR=7;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401341;STB=0.825473;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0275287;OID=.;OPOS=70815841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:84:75:76:8:8:0.0952381:7:1:33:42:7:1:33:43 chr16 70818759 . A G 399.17 PASS AF=0.461538;AO=38;DP=86;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0213496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.645;QD=17.546;RBI=0.0297279;REFB=-0.0246164;REVB=-0.0206868;RO=44;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05963;STB=0.546595;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.031431;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:44:49:38:42:0.461538:21:17:17:27:23:19:18:31 chr16 70884524 . C G 254.54 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00851871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8042;QD=10.9479;RBI=0.0350276;REFB=-0.0115704;REVB=-0.033976;RO=62;SAF=19;SAR=12;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193812;STB=0.511265;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0256171;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:12:19:37:25:12:19:37:25 chr16 70884534 . T A 227.94 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0205418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6143;QD=11.5413;RBI=0.0207337;REFB=-0.00780428;REVB=-0.00281427;RO=51;SAF=17;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667533;STB=0.538649;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0197602;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:11:17:28:23:11:17:28:23 chr16 70886630 . C T 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00993304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4418;QD=15.4081;RBI=0.0315335;REFB=-0.0119871;REVB=0.0299282;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924603;STB=0.552365;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0196063;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:11:16:17:17:11:16:17:17 chr16 70889147 . A G 1265.9 PASS AF=0.757576;AO=99;DP=131;FAO=100;FDP=132;FR=.;FRO=32;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0211042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.358;QD=38.3605;RBI=0.0231403;REFB=-0.0032537;REVB=0.00949132;RO=32;SAF=42;SAR=57;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619823;STB=0.501853;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00100721;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:32:32:99:100:0.757576:57:42:14:18:57:43:14:18 chr16 70894087 . T C 627.48 PASS AF=0.405714;AO=70;DP=174;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.00923421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.368;QD=14.3425;RBI=0.0201306;REFB=-0.00126541;REVB=0.0178877;RO=104;SAF=36;SAR=34;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151888;STB=0.504184;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00147162;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:104:104:70:71:0.405714:34:36:52:52:35:36:52:52 chr16 70896015 . GA CG,G 653.31 PASS AF=0.0264901,0.463576;AO=8,66;DP=152;FAO=4,70;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=4,45;FSAR=0,25;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0528054,-0.152306;FXX=0.00657851;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=51.3161,25.769;QD=17.3063;RBI=0.0536017,0.152408;REFB=0.00363729,-0.0142884;REVB=0.00920497,0.00555984;RO=76;SAF=8,41;SAR=0,25;SRF=38;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.612191,0.119977;STB=0.997357,0.574446;STBP=0.04,0.098;TYPE=mnp,del;VARB=0.147967,0.00283003;OID=.,.;OPOS=70896015,70896016;OREF=GA,A;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:152:151:76:77:8,66:4,70:0.0264901,0.463576:0,25:8,41:38:38:0,25:4,45:39:38 chr16 70896118 . A G 783.99 PASS AF=0.552239;AO=73;DP=134;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00494876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4359;QD=23.4027;RBI=0.00541273;REFB=-0.0105823;REVB=0.00219257;RO=59;SAF=41;SAR=32;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438679;STB=0.524354;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00803178;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:59:60:73:74:0.552239:32:41:30:29:33:41:30:30 chr16 70896122 . A C 706.6 PASS AF=0.544;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0171802;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7692;QD=22.6111;RBI=0.0189761;REFB=-0.0137956;REVB=0.0080581;RO=58;SAF=36;SAR=32;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102494;STB=0.517431;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0208392;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:125:58:57:68:68:0.544:32:36:30:28:32:36:28:29 chr16 70897039 . C G 528.54 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00822688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.285;QD=22.2543;RBI=0.0236372;REFB=-0.00934117;REVB=0.0221593;RO=45;SAF=29;SAR=21;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118428;STB=0.565039;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0096261;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:21:29:32:13:21:29:32:13 chr16 70902559 . C T 667.88 PASS AF=0.366972;AO=80;DP=219;FAO=80;FDP=218;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.00950824;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.118;QD=12.2546;RBI=0.0142603;REFB=-0.0160993;REVB=-0.0106277;RO=137;SAF=40;SAR=40;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203283;STB=0.509172;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.036925;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:137:138:80:80:0.366972:40:40:66:71:40:40:67:71 chr16 70902568 . C T 645.7 PASS AF=0.37561;AO=75;DP=203;FAO=77;FDP=205;FR=.;FRO=128;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=0.00261315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.014;QD=12.599;RBI=0.00422595;REFB=0.000557389;REVB=-0.00332116;RO=128;SAF=36;SAR=39;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487212;STB=0.510544;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00137601;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:128:128:75:77:0.37561:39:36:62:66:41:36:62:66 chr16 70902683 . G A 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.000124984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.782;QD=15.7825;RBI=0.00155047;REFB=-0.0057042;REVB=0.00154543;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.597015;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00450406;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:9:5:8:8:9:5:9:8 chr16 70908736 . A G 336.44 PASS AF=0.397959;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00363034;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.848;QD=13.7321;RBI=0.0077576;REFB=-0.00172066;REVB=-0.00685572;RO=55;SAF=28;SAR=10;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166523;STB=0.596398;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00436951;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:59:38:39:0.397959:10:28:33:22:11:28:34:25 chr16 70913386 . G A 529.17 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00459834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.667;QD=19.4189;RBI=0.0120936;REFB=-0.020828;REVB=0.0111852;RO=54;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241581;STB=0.513344;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.020572;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:31:24:25:29:31:24:25:29 chr16 70917855 . A G 338.56 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0290446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1971;QD=12.5391;RBI=0.0360865;REFB=-0.0241532;REVB=-0.0214161;RO=67;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545653;STB=0.53101;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0367366;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:25:16:23:44:25:16:23:44 chr16 70917931 . C G 392.55 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0415499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.553;QD=14.6749;RBI=0.0444156;REFB=-0.0035502;REVB=0.0156955;RO=61;SAF=15;SAR=29;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150496;STB=0.503495;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00550742;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:44:45:0.420561:29:15:20:41:30:15:21:41 chr16 70926334 . G C 288.16 PASS AF=0.221698;AO=47;DP=212;FAO=47;FDP=212;FR=.;FRO=165;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.00487448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.623;QD=5.43701;RBI=0.0119867;REFB=-0.00340445;REVB=0.0109509;RO=165;SAF=25;SAR=22;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599027;STB=0.536594;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0187764;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:165:165:47:47:0.221698:22:25:80:85:22:25:80:85 chr16 70934994 . C T 136.28 PASS AF=0.216495;AO=20;DP=96;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.0702336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3316;QD=5.61998;RBI=0.0710434;REFB=-0.00608022;REVB=-0.010696;RO=76;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960743;STB=0.544061;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0290479;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:76:76:20:21:0.216495:12:8:25:51:13:8:25:51 chr16 70942688 . A C 699.2 PASS AF=0.457317;AO=74;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00222052;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.705;QD=17.0536;RBI=0.0105929;REFB=-0.024732;REVB=-0.0103575;RO=89;SAF=32;SAR=42;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577041;STB=0.50099;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0269808;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:89:89:74:75:0.457317:42:32:39:50:42:33:39:50 chr16 70954513 . T C 295.37 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0536162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9992;QD=15.3437;RBI=0.0730038;REFB=-0.0346952;REVB=-0.0495465;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153808;STB=0.599781;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0479059;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:44:33:33:0.428571:13:20:19:23:13:20:19:25 chr16 70954571 . CT TA 301.79 PASS AF=0.414634;AO=31;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0082386;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.956;QD=14.7216;RBI=0.0082559;REFB=-0.0158565;REVB=-0.000534171;RO=47;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132668;STB=0.589232;STBP=0.189;TYPE=mnp;VARB=0.0147964;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:47:48:31:34:0.414634:12:19:23:24:12:22:24:24 chr16 70954606 . C T 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.016576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.283;QD=11.477;RBI=0.0177692;REFB=-0.0229614;REVB=-0.00640175;RO=49;SAF=19;SAR=8;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207156;STB=0.62056;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0414435;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:8:19:26:23:8:19:26:23 chr16 70954774 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0267411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.212;QD=9.49203;RBI=0.0716744;REFB=-0.0130133;REVB=-0.0664991;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243086;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:8:10:5:4:8:10 chr16 70954809 . C A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0123467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.936;QD=15.1603;RBI=0.0139644;REFB=-0.00942042;REVB=0.00652416;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241692;STB=0.64023;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0183594;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:5:11:10:12:5:11:10:12 chr16 70954915 . G T 883.05 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181714;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.568;QD=55.1906;RBI=0.0181847;REFB=-0.0536225;REVB=0.000694853;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000381677;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:1:1:61:63:0.984375:33:28:1:0:33:30:1:0 chr16 70954945 . T A 277.55 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00977632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.368;QD=20.5589;RBI=0.00977836;REFB=-0.00913537;REVB=0.000199407;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266087;STB=0.51479;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00839122;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:12:13:16:13:12:13 chr16 70972620 . G C 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.02606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.52;QD=19.6554;RBI=0.0287847;REFB=-0.00849637;REVB=-0.0122244;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180723;STB=0.599952;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0091729;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:20:20:12:28:20:20:12:28 chr16 70975565 . T C 138.52 PASS AF=0.173611;AO=25;DP=143;FAO=25;FDP=144;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.00704226;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.372;QD=3.84771;RBI=0.00828832;REFB=-0.00170575;REVB=0.00437068;RO=117;SAF=10;SAR=15;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123061;STB=0.579768;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0096913;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:117:119:25:25:0.173611:15:10:58:59:15:10:59:60 chr16 70975667 . T C 325.89 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0179661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.587;QD=12.0701;RBI=0.017992;REFB=-0.00754762;REVB=0.00096616;RO=67;SAF=23;SAR=17;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747507;STB=0.53837;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0117518;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:68:40:40:0.37037:17:23:34:33:17:23:35:33 chr16 70986480 . G A 901.52 PASS AF=0.502793;AO=90;DP=179;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0131407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2336;QD=20.1457;RBI=0.0181522;REFB=0.018151;REVB=-0.0125231;RO=89;SAF=39;SAR=51;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162514;STB=0.50893;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0179906;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:89:89:90:90:0.502793:51:39:37:52:51:39:37:52 chr16 70989299 . C T 416.07 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00429945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.756;QD=12.7044;RBI=0.0452811;REFB=-0.0118577;REVB=0.0450765;RO=80;SAF=24;SAR=25;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13993;STB=0.57015;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0214854;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:82:49:49:0.374046:25:24:29:51:25:24:31:51 chr16 70989335 . G A 474.45 PASS AF=0.380282;AO=54;DP=139;FAO=54;FDP=142;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.0060574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.287;QD=13.3647;RBI=0.0291175;REFB=-0.0192971;REVB=-0.0284805;RO=83;SAF=25;SAR=29;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124091;STB=0.562444;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0209271;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:83:88:54:54:0.380282:29:25:29:54:29:25:32:56 chr16 70993553 . A T 271.45 PASS AF=0.237288;AO=42;DP=177;FAO=42;FDP=177;FR=.;FRO=135;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=82;FSRR=53;FWDB=-0.016091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.897;QD=6.13439;RBI=0.0405614;REFB=-0.00536345;REVB=-0.0372332;RO=135;SAF=23;SAR=19;SRF=82;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076903;STB=0.546404;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0207031;OID=.;OPOS=70993553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:135:135:42:42:0.237288:19:23:82:53:19:23:82:53 chr16 70993566 . A G 3037.63 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.884;QD=63.6153;RBI=0.0157536;REFB=0;REVB=-0.0141301;RO=0;SAF=116;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14734e-05;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:75:116:0:0:75:116:0:0 chr16 71008169 . T C 607.78 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00903876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.764;QD=22.5105;RBI=0.020251;REFB=-0.00862744;REVB=0.018122;RO=48;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810349;STB=0.544348;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00698938;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:31:29:28:20:31:29:28:20 chr16 71012855 . T C 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00520237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.904;QD=19.8264;RBI=0.0153356;REFB=-0.0196805;REVB=0.0144263;RO=49;SAF=27;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258816;STB=0.519223;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0195666;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:52:52:0.509804:25:27:24:25:25:27:24:26 chr16 71015329 . G T 666.9 PASS AF=0.39267;AO=75;DP=191;FAO=75;FDP=191;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=-0.000206013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.016;QD=13.9664;RBI=0.000714507;REFB=-0.00245905;REVB=-0.000684163;RO=114;SAF=43;SAR=32;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345709;STB=0.508041;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00360714;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:114:116:75:75:0.39267:32:43:65:49:32:43:65:51 chr16 71025245 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0123302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.391;QD=13.0882;RBI=0.0125306;REFB=-0.0109878;REVB=-0.00223182;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049783;STB=0.545397;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0139929;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:15:16:0.372093:6:9:15:12:6:10:15:12 chr16 71026076 . C G 166.72 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.040862;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7786;QD=11.4977;RBI=0.0443962;REFB=-0.0118583;REVB=-0.0173584;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312684;STB=0.666513;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0191814;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:20:21:0.362069:13:7:23:13:13:8:24:13 chr16 71026098 . C T 96.03 PASS AF=0.3;AO=13;DP=43;FAO=12;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0520965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9357;QD=9.60252;RBI=0.05218;REFB=-0.00662805;REVB=-0.00295054;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24231;STB=0.651902;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00769763;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:43:40:23:27:13:12:0.3:11:2:7:16:9:3:12:15 chr16 71054178 . T C 515.69 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00527266;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.142;QD=20.0268;RBI=0.0100452;REFB=-0.00452679;REVB=0.00855014;RO=49;SAF=21;SAR=31;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335778;STB=0.518512;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00415336;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:50:52:53:0.514563:31:21:18:31:32:21:18:32 chr16 71061495 . A G 874.25 PASS AF=0.463542;AO=89;DP=192;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.00531832;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.331;QD=18.2136;RBI=0.0244968;REFB=-0.0341362;REVB=-0.0239125;RO=102;SAF=62;SAR=27;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166002;STB=0.590151;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0275753;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:102:103:89:89:0.463542:27:62:55:47:27:62:56:47 chr16 71094434 . G A 318.19 PASS AF=0.173789;AO=62;DP=352;FAO=61;FDP=351;FR=.;FRO=290;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=131;FSRR=159;FWDB=0.0180918;FXX=0.00566556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3594;QD=3.62604;RBI=0.0392622;REFB=-0.00411571;REVB=0.0348455;RO=284;SAF=22;SAR=40;SRF=129;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133113;STB=0.578004;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0216486;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:351:284:290:62:61:0.173789:40:22:129:155:39:22:131:159 chr16 71098649 . T C 603.51 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.000148169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7736;QD=17.243;RBI=0.0116845;REFB=-0.00552481;REVB=0.0116836;RO=77;SAF=41;SAR=22;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122918;STB=0.568605;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0117698;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:77:63:63:0.45:22:41:41:36:22:41:41:36 chr16 71101153 . CGGGGGC CGGGGCG,GGGGGGC 78.07 PASS AF=0,0.195652;AO=2,6;DP=45;FAO=0,9;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0131044,0.00756077;FXX=0.0212721;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=28.7708,162.192;QD=6.78878;RBI=0.217291,0.0416153;REFB=-0.0399977,-0.00250162;REVB=-0.216895,0.0409227;RO=23;SAF=1,3;SAR=1,3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.104423,-0.128769;STB=0.5,0.579934;STBP=1,0.603;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0188187;OID=.,.;OPOS=71101158,71101153;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGGGGCG,GGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:45:46:23:31:2,6:0,9:0,0.195652:1,3:1,3:14:9:0,4:0,5:14:17 chr16 71101200 . T C 167.05 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00599245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.454;QD=10.6062;RBI=0.0106498;REFB=4.83874e-06;REVB=-0.00880391;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169025;STB=0.598729;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000222628;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:14:8:21:20:14:8:21:20 chr16 71101270 . C T 228.22 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0213822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.687;QD=13.8312;RBI=0.0224455;REFB=-0.000270908;REVB=0.00682654;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590881;STB=0.503368;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000641818;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:14:13:19:20:14:13:19:20 chr16 71103269 . T C 766.86 PASS AF=0.408451;AO=87;DP=212;FAO=87;FDP=213;FR=.;FRO=126;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=0.0105155;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.151;QD=14.4011;RBI=0.0157873;REFB=-0.00970506;REVB=-0.0117755;RO=124;SAF=47;SAR=40;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042337;STB=0.523856;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0144087;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:124:126:87:87:0.408451:40:47:62:62:40:47:63:63 chr16 71109904 . C A 495.53 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0363344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.72;QD=23.3192;RBI=0.0364836;REFB=-0.0256018;REVB=0.00329663;RO=38;SAF=15;SAR=31;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108422;STB=0.55146;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.018325;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:46:47:0.552941:31:15:17:21:31:16:17:21 chr16 71113780 . C T 209.63 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0450008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.335;QD=18.6333;RBI=0.0483264;REFB=-0.00844838;REVB=-0.0176174;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165294;STB=0.603676;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0286923;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:9:14:9:12:9:15 chr16 71122408 . C T 176.74 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0233802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7651;QD=13.339;RBI=0.0717271;REFB=-0.00475739;REVB=-0.0678096;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426365;STB=0.524567;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00454627;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:17:15:9:12:17:15 chr16 71163579 . C T 472.95 PASS AF=0.528736;AO=44;DP=85;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0109582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.997;QD=21.7447;RBI=0.0403985;REFB=-0.0106632;REVB=0.0388839;RO=40;SAF=25;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165539;STB=0.583091;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00722506;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:40:41:44:46:0.528736:19:25:15:25:21:25:15:26 chr16 71163693 . A G 226.95 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0151429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.188;QD=13.5494;RBI=0.015378;REFB=-0.0401305;REVB=0.00267863;RO=40;SAF=9;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303483;STB=0.67314;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0413341;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:18:9:25:15:18:9:25:15 chr16 71237702 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.425;QD=57.2025;RBI=0.0471929;REFB=0;REVB=-0.0125462;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243016;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr16 71264523 . T A 583.3 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512247;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.468;QD=61.4005;RBI=0.0520351;REFB=0;REVB=0.00914807;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049869;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:28:10:0:0 chr16 71316812 . A G 712.32 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.598;QD=54.7937;RBI=0.0293802;REFB=-0.135233;REVB=0.0270055;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000463998;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:0:1:51:51:0.980769:29:22:0:0:29:22:1:0 chr16 71319646 . G A 899.78 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1162;QD=57.129;RBI=0.0242666;REFB=0;REVB=0.0228835;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176068;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:29:34:0:0 chr16 71509685 . C G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0303898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.104;QD=16.6272;RBI=0.0316695;REFB=-0.0104794;REVB=-0.00891168;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288924;STB=0.664572;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00903194;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:3:11:6:7:3:11 chr16 71509796 . C G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0274324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4068;QD=8.811;RBI=0.0317756;REFB=-0.0234835;REVB=-0.016036;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0444531;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:7:4:2:4:7:4 chr16 71660310 . G A 323.01 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7346;QD=53.8348;RBI=0.139174;REFB=0;REVB=0.102866;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00508005;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr16 71668634 . T G 313.41 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0088338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.248;QD=50.146;RBI=0.00995341;REFB=-0.017316;REVB=0.00458631;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=3.59111e-05;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:16:8:0:0:16:8:0:1 chr16 71674882 . C G 253.27 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1992;QD=50.6542;RBI=0.0839285;REFB=0;REVB=-0.0464409;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00259561;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 71678932 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.597;QD=60.2284;RBI=0.0209687;REFB=0;REVB=-0.0188023;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25358e-05;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr16 71679057 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.96;QD=46.8463;RBI=0.0260769;REFB=0;REVB=-0.0205714;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365962;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr16 71724461 . T G 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00376559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.97;QD=25.2451;RBI=0.00834921;REFB=-0.0141136;REVB=0.00745182;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284006;STB=0.515748;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00867857;OID=.;OPOS=71724461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:11:11:13:15:11:11 chr16 71800384 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.632;QD=60.2307;RBI=0.0280376;REFB=0;REVB=-0.00145774;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12268e-05;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr16 71886530 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.423;QD=51.1846;RBI=0.0307213;REFB=0;REVB=-0.0184299;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33427e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr16 71887103 . GT G 126.73 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0747463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.3837;QD=11.5213;RBI=0.0833514;REFB=0.0436706;REVB=0.0368842;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348872;STB=0.704162;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=-0.0437492;OID=.;OPOS=71887104;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:20:44:20:44:24:8:12:19:5:99:23:8:12:18:5 chr16 71889173 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.206;QD=58.4197;RBI=0.00880572;REFB=0;REVB=0.00337272;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07547e-06;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr16 71890489 . C G 1157.33 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714853;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.729;QD=60.9124;RBI=0.00947706;REFB=0;REVB=0.00622198;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48367e-05;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 725.87 PASS AF=0.875;AO=52;DP=66;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00875192;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=4;MLLD=289.465;QD=45.3671;RBI=0.0116558;REFB=-0.0346241;REVB=-0.00769809;RO=9;SAF=25;SAR=27;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040845;STB=0.524963;STBP=0.342;TYPE=ins;VARB=0.0053769;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:52:66:56:64:8:25:31:2:6:40:9:25:27:3:6 chr16 71983772 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.444;QD=56.938;RBI=0.0120086;REFB=0;REVB=0.0115257;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00832e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr16 71986946 . A G 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5134;QD=56.9268;RBI=0.0226861;REFB=0;REVB=0.00749464;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270724;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr16 71986995 . G A 501.7 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.496;QD=59.0238;RBI=0.0121769;REFB=0;REVB=0.00486404;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88666e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr16 71988106 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.051;QD=57.1058;RBI=0.0298947;REFB=0;REVB=0.0295888;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76311e-05;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:28:27:0:0 chr16 72001110 . G A 282.36 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0157868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.819;QD=22.5884;RBI=0.0160708;REFB=-0.0402439;REVB=-0.0030075;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139675;STB=0.577922;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0379341;OID=.;OPOS=72001110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:9:15:12:14:9:15 chr16 72003952 . G C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0166724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.753;QD=17.4231;RBI=0.0206379;REFB=-0.00598152;REVB=0.0121637;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726871;STB=0.540729;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.007106;OID=.;OPOS=72003952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:18:16:17:14:18:16 chr16 72007232 . G A 230.9 PASS AF=0.457627;AO=24;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0155707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.504;QD=15.6541;RBI=0.0166872;REFB=-0.00731658;REVB=-0.00600137;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223684;STB=0.594189;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00894357;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:24:27:0.457627:10:14:11:20:13:14:11:21 chr16 72011181 . G T 265.33 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00148603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9197;QD=17.9882;RBI=0.0127352;REFB=-0.016463;REVB=-0.0126482;RO=30;SAF=24;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448313;STB=0.753903;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161946;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:5:24:12:18:5:24:12:18 chr16 72011193 . A C 268.45 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0142606;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0387;QD=16.0267;RBI=0.0260576;REFB=-0.0263833;REVB=-0.021809;RO=32;SAF=23;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225139;STB=0.67558;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0216938;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:32:37:30:30:0.447761:7:23:18:14:7:23:18:19 chr16 72011261 . A G 226.86 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0426684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5098;QD=11.3431;RBI=0.0447724;REFB=-0.0224444;REVB=0.0135638;RO=52;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208835;STB=0.621406;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0401707;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:9:19:26:26:9:19:26:26 chr16 72013797 . G C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00938794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.044;QD=17.9566;RBI=0.0161651;REFB=-0.00019161;REVB=-0.0131597;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187276;STB=0.606611;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=6.50744e-05;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:11:6:9:7:11:6 chr16 72032231 . T A 197.61 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0102167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.557;QD=14.9137;RBI=0.0116346;REFB=-0.0157759;REVB=0.00556629;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242292;STB=0.654036;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0255729;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:30:21:23:0.433962:14:7:16:12:16:7:17:13 chr16 72033580 . T A 155.12 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.015226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4678;QD=8.99219;RBI=0.0205408;REFB=-0.00108847;REVB=0.0137875;RO=48;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153934;STB=0.591747;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00535183;OID=.;OPOS=72033580;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:14:7:22:26:14:7:22:26 chr16 72042682 . A C 253.53 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00718653;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.124;QD=19.1344;RBI=0.0172451;REFB=-0.0187034;REVB=-0.0156763;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140649;STB=0.546688;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0197373;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:23:26:27:27:0.509434:14:13:15:8:14:13:15:11 chr16 72057421 . C T 551.36 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0291445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.678;QD=19.5171;RBI=0.0291999;REFB=-0.0118454;REVB=-0.00179754;RO=56;SAF=28;SAR=29;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137096;STB=0.575496;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0143988;OID=.;OPOS=72057421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:29:28:19:37:29:28:19:37 chr16 72110541 . G A 253.47 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0154665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.337;QD=16.3528;RBI=0.0155394;REFB=-0.00963084;REVB=0.00150334;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940131;STB=0.51504;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0126475;OID=.;OPOS=72110541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:28:29:0.467742:13:15:18:15:14:15:18:15 chr16 72110781 . T C 144.64 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0549489;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7249;QD=11.1262;RBI=0.0591627;REFB=-0.00347001;REVB=0.0219281;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470398;STB=0.535171;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00670522;OID=.;OPOS=72110781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:34:18:18:0.346154:12:6:13:22:12:6:13:21 chr16 72110948 . C G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0684317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.028;QD=17.94;RBI=0.0711242;REFB=-0.0279776;REVB=0.0193845;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675074;STB=0.538421;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0251929;OID=.;OPOS=72110948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:12:10:10:9:12:10 chr16 72130125 . T C 560.35 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.029559;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.528;QD=23.1073;RBI=0.0297855;REFB=-0.0164017;REVB=0.00366661;RO=45;SAF=32;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109389;STB=0.560237;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0143908;OID=.;OPOS=72130125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:20:32:22:23:20:32:22:23 chr16 72130203 . C G 1227.35 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6278;QD=61.3673;RBI=0.0243277;REFB=0;REVB=-0.00655354;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1721e-05;OID=.;OPOS=72130203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:32:47:0:0:32:48:0:0 chr16 72130815 . C A 256.96 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.000354754;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.445;QD=15.8131;RBI=0.000357964;REFB=0.00433948;REVB=4.78315e-05;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125492;STB=0.583278;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00823996;OID=.;OPOS=72130815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:36:29:29:0.446154:15:14:12:22:15:14:12:24 chr16 72135014 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.005;QD=57.1773;RBI=0.00669616;REFB=0;REVB=0.00490393;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22238e-05;OID=.;OPOS=72135014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr16 72137561 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00742496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.105;QD=21.6127;RBI=0.048086;REFB=-0.00635331;REVB=0.0475093;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203563;STB=0.613941;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0112512;OID=.;OPOS=72137561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:15:8:14:10:15:8 chr16 72139184 . C A 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00749972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.008;QD=22.9244;RBI=0.00909996;REFB=-0.0326752;REVB=-0.00515399;RO=25;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130038;STB=0.571848;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0236166;OID=.;OPOS=72139184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:23:11:12:13:23:11:12:13 chr16 72156842 . T G 120.75 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0161385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.408;QD=21.9553;RBI=0.0435869;REFB=-0.0204913;REVB=-0.040489;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19275;STB=0.590783;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0192491;OID=.;OPOS=72156842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:22:8:8:13:14:0.636364:7:6:6:2:7:7:6:2 chr16 72184631 . A C 496.05 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0146267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.457;QD=17.8755;RBI=0.0188768;REFB=-0.00851426;REVB=-0.0119328;RO=57;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210103;STB=0.507594;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00783748;OID=.;OPOS=72184631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:23:30:31:26:23:30:32:26 chr16 72817194 . C G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.284;QD=12.0157;RBI=0.0255117;REFB=0.000131158;REVB=0.0255117;RO=7;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70472e-06;OID=.;OPOS=72817194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:6:0:0:7:6:0:0:7 chr16 72822296 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00660687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.558;QD=21.5108;RBI=0.0208914;REFB=-0.00789802;REVB=0.0198192;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221291;STB=0.624858;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00530413;OID=.;OPOS=72822296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:6:9:6:12:6:9 chr16 72827758 . T C 538.92 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.642;QD=59.8801;RBI=0.039719;REFB=0;REVB=0.0358562;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263346;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:19:13:0:0:22:14:0:0 chr16 72829426 . C T 395.8 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0235564;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.589;QD=21.1091;RBI=0.0238049;REFB=-0.0242019;REVB=0.00343084;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284101;STB=0.516121;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0180545;OID=.;OPOS=72829426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:39:40:0.533333:24:15:12:22:25:15:12:23 chr16 72832135 . T A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.343;QD=64.1537;RBI=0.011862;REFB=0;REVB=0.00942313;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17476e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr16 72991660 . C G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.647;QD=64.4134;RBI=0.0435723;REFB=0;REVB=0.0345581;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248639;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr16 72991715 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5735;QD=37.4885;RBI=0.0502538;REFB=0;REVB=0.0401982;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572285;OID=.;OPOS=72991715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr16 72992667 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0172497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2082;QD=14.6498;RBI=0.188068;REFB=-0.00913211;REVB=0.187275;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0395688;OID=.;OPOS=72992667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr16 73143402 . C A,CAGA 410.12 PASS AF=0.025,0.775;AO=2,27;DP=40;FAO=1,31;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=1,25;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.000937118,-0.0399023;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=136.19,156.039;QD=41.0116;RBI=0.00296737,0.0407462;REFB=0.00979529,-0.0196046;REVB=-0.00281551,0.0082496;RO=8;SAF=1,23;SAR=1,4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.438176,0.407948;STB=0.995544,0.675549;STBP=0.101,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000948353,-0.000699089;OID=.,.;OPOS=73143402,73143403;OREF=C,-;OALT=A,AGA;OMAPALT=A,CAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:40:40:8:8:2,27:1,31:0.025,0.775:1,4:1,23:1:7:0,6:1,25:1:7 chr16 73512206 . C A 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00567123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5209;QD=10.6676;RBI=0.0504506;REFB=-0.00684744;REVB=-0.0501308;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179247;STB=0.606938;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0131874;OID=.;OPOS=73512206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:6:12:5:5:6:12 chr16 74366531 . A C 115.6 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.035505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.277;QD=14.45;RBI=0.0355562;REFB=-0.00725856;REVB=0.001908;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.531206;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0123996;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:18:18:12:14:0.4375:7:5:10:8:7:7:10:8 chr16 74394671 . T C 75.82 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0483605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.956;QD=5.83269;RBI=0.0484409;REFB=-0.0167314;REVB=0.00278946;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248757;STB=0.657269;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.03441;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:14:27:5:6:14:27 chr16 74425314 . G A 76.24 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0384699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.256;QD=4.48449;RBI=0.0888641;REFB=-0.0147856;REVB=0.0801055;RO=54;SAF=7;SAR=6;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215702;STB=0.626271;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0711593;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:68:54:55:13:13:0.191176:6:7:38:16:6:7:38:17 chr16 74425358 . G A 413.78 PASS AF=0.446602;AO=43;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00632234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.211;QD=16.069;RBI=0.0316006;REFB=-0.00238398;REVB=-0.0309617;RO=57;SAF=29;SAR=14;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113575;STB=0.519765;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00328315;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:57:43:46:0.446602:14:29:39:18:16:30:39:18 chr16 74425548 . A G 1466.76 PASS AF=0.915254;AO=102;DP=116;FAO=108;FDP=118;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0425261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3247;QD=49.7206;RBI=0.0582239;REFB=-0.105097;REVB=0.0397688;RO=12;SAF=49;SAR=53;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293253;STB=0.515416;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00826979;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:118:12:10:102:108:0.915254:53:49:4:8:56:52:3:7 chr16 74425569 . C T 289.31 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0181568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.736;QD=10.7153;RBI=0.0346778;REFB=-0.031683;REVB=-0.0295445;RO=71;SAF=18;SAR=19;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737245;STB=0.504254;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0624322;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:71:37:37:0.342593:19:18:35:36:19:18:35:36 chr16 74425702 . GG AA 216.73 PASS AF=0.198113;AO=27;DP=198;FAO=42;FDP=212;FR=.;FRO=170;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=99;FWDB=-0.00149105;FXX=0.0139528;HRUN=2;LEN=2;MLLD=155.852;QD=4.08928;RBI=0.0144771;REFB=-0.011655;REVB=0.0144001;RO=165;SAF=21;SAR=6;SRF=69;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44564;STB=0.603063;STBP=0.138;TYPE=mnp;VARB=0.0329785;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:212:165:170:27:42:0.198113:6:21:69:96:19:23:71:99 chr16 74425732 . G T 363.07 PASS AF=0.257143;AO=53;DP=210;FAO=54;FDP=210;FR=.,HEALED;FRO=156;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=92;FWDB=0.000106153;FXX=0.00473911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.109;QD=6.91554;RBI=0.0693313;REFB=-0.0201526;REVB=-0.0693313;RO=122;SAF=29;SAR=24;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467848;STB=0.606656;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0550504;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:122:156:53:54:0.257143:24:29:62:60:24:30:64:92 chr16 74425769 . C T 351.55 PASS AF=0.262887;AO=51;DP=196;FAO=51;FDP=194;FR=.;FRO=143;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=-0.00201481;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3213;QD=7.2484;RBI=0.0340972;REFB=-0.0197933;REVB=-0.0340376;RO=142;SAF=28;SAR=23;SRF=67;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954845;STB=0.554098;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.064148;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:142:143:51:51:0.262887:23:28:67:75:23:28:68:75 chr16 74425787 . G T 304.58 PASS AF=0.277027;AO=41;DP=149;FAO=41;FDP=148;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0152727;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.226;QD=8.23196;RBI=0.01528;REFB=-0.00811721;REVB=-0.000471726;RO=106;SAF=23;SAR=18;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108772;STB=0.560946;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0166067;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:106:107:41:41:0.277027:18:23:50:56:18:23:51:56 chr16 74425793 . T C 287.55 PASS AF=0.286765;AO=40;DP=136;FAO=39;FDP=136;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.00316641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.22;QD=8.4573;RBI=0.0141528;REFB=-0.0187272;REVB=-0.0137941;RO=94;SAF=22;SAR=18;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599813;STB=0.556828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0295618;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:94:97:40:39:0.286765:18:22:47:47:17:22:47:50 chr16 74425795 . G A 280.1 PASS AF=0.292308;AO=38;DP=130;FAO=38;FDP=130;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0136821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3996;QD=8.61858;RBI=0.0439347;REFB=-0.0556038;REVB=-0.0417499;RO=90;SAF=21;SAR=17;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896196;STB=0.544988;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0206759;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:90:92:38:38:0.292308:17:21:43:47:17:21:45:47 chr16 74425826 . G A 203.27 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0133225;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.296;QD=12.1353;RBI=0.0136321;REFB=-0.012949;REVB=-0.00288872;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235111;STB=0.635188;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0285939;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:42:25:25:0.373134:10:15:16:26:10:15:16:26 chr16 74537591 . C T 499.61 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0220538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.74;QD=54.012;RBI=0.0224463;REFB=-0.0173981;REVB=0.00417887;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000828205;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:2:0:15:20:2:0 chr16 74664743 . T C 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8088;QD=60.5437;RBI=0.0114945;REFB=0;REVB=0.00365487;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63302e-05;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr16 74664810 . A T 973.35 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171962;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0358;QD=57.2558;RBI=0.172516;REFB=0;REVB=0.0138105;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345843;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:62:68:1:31:31:0:0:32:36:0:0 chr16 74670458 . C T 487.54 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552173;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.451;QD=59.0953;RBI=0.0233375;REFB=0;REVB=-0.0226749;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1134e-05;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr16 74695079 . G T 798.13 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2143;QD=63.8502;RBI=0.0393285;REFB=0;REVB=-0.000475799;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250412;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr16 74747024 . G C 443.97 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0173123;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8242;QD=20.6496;RBI=0.0457442;REFB=-0.0440458;REVB=0.0423417;RO=35;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398065;STB=0.525477;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0417035;OID=.;OPOS=74747024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:35:42:43:44:0.511628:18:25:22:13:19:25:26:16 chr16 74750405 . G A 501.73 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000360288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.009;QD=59.0273;RBI=0.0112159;REFB=0;REVB=0.0112101;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79881e-05;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr16 75238103 . C T 820.25 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059956;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.173;QD=57.5612;RBI=0.0657944;REFB=0;REVB=-0.0270958;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284314;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr16 75269267 . A G 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.057;QD=60.2264;RBI=0.0386263;REFB=0;REVB=0.006192;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182305;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr16 75269534 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4099;QD=53.2748;RBI=0.0477355;REFB=0;REVB=0.0242383;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999976;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 75281964 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.385;QD=47.8219;RBI=0.0428983;REFB=0;REVB=0.0328459;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319608;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 75327916 . A G 689.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3443;QD=62.6573;RBI=0.0324505;REFB=0;REVB=1.88965e-05;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228928;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr16 75563330 . G A 146.41 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.12815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0261;QD=26.6194;RBI=0.142713;REFB=0.0153538;REVB=0.0628048;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19495;STB=0.620553;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000349938;OID=.;OPOS=75563330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:11:4:0:6:11:4:0:7 chr16 75563746 . T G 38.05 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00448828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.879;QD=10.1466;RBI=0.0480975;REFB=-0.0298086;REVB=0.0478876;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216847;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.031355;OID=.;OPOS=75563746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:8:9:5:6:0.4:3:2:5:3:4:2:6:3 chr16 75564287 . T C 182.42 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00283854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9007;QD=17.3735;RBI=0.00317662;REFB=-0.0363993;REVB=-0.00142605;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22258;STB=0.565285;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0235251;OID=.;OPOS=75564287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:23:18:19:0.452381:12:6:3:18:13:6:5:18 chr16 75565420 . A G 151.05 PASS AF=0.516129;AO=12;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00437767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.169;QD=19.4909;RBI=0.0637043;REFB=-0.0235254;REVB=-0.0635537;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125598;STB=0.5465;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0205338;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:10:15:12:16:0.516129:4:8:8:2:7:9:7:8 chr16 75590113 . C G 695.5 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0230821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.311;QD=28.6803;RBI=0.0275768;REFB=-0.0237199;REVB=0.0150896;RO=37;SAF=20;SAR=40;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141476;STB=0.50769;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0134894;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:37:60:60:0.618557:40:20:13:24:40:20:13:24 chr16 75652522 . A T 187.22 PASS AF=0.475;AO=15;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0427715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.068;QD=18.7219;RBI=0.055898;REFB=-0.0300791;REVB=0.0359887;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110952;STB=0.55155;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0288795;OID=.;OPOS=75652522;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:15:19:0.475:13:2:4:17:14:5:4:17 chr16 76311602 . G GT 314.77 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.7212;QD=44.9673;RBI=0.103982;REFB=0;REVB=0.102167;RO=2;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00563297;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:29:28:28:0:16:12:0:0:6:2:16:11:1:1 chr16 76321560 . G A 571.06 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0144579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.107;QD=20.7658;RBI=0.0261248;REFB=-0.0173185;REVB=0.0217595;RO=52;SAF=35;SAR=23;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.515486;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0129235;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:23:35:33:19:23:35:33:19 chr16 76528874 . G A 444.23 PASS AF=0.374101;AO=51;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0239815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.196;QD=12.7835;RBI=0.0240887;REFB=-0.00822113;REVB=-0.00227079;RO=83;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147972;STB=0.593044;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0190043;OID=.;OPOS=76528874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:87:51:52:0.374101:27:24:28:55:27:25:29:58 chr16 76532583 . A G 893.8 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.234;QD=57.6647;RBI=0.0143802;REFB=0;REVB=0.00174663;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89271e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:35:24:0:0:37:25:0:0 chr16 76587202 . T G 438.13 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.011985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0654;QD=19.049;RBI=0.0581025;REFB=-0.0100447;REVB=-0.056853;RO=47;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737092;STB=0.546698;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0103263;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:19:25:23:24:19:25:23:25 chr16 76587331 . T C 524.13 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0514855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.617;QD=15.7632;RBI=0.0516041;REFB=-0.00746374;REVB=0.00349744;RO=76;SAF=19;SAR=38;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137987;STB=0.577512;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00773804;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:76:57:57:0.428571:38:19:35:41:38:19:35:41 chr16 76902847 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0228749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.328;QD=14.6506;RBI=0.0265834;REFB=-0.0154161;REVB=0.0135431;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268977;STB=0.515334;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.026189;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:14:17:12:11:14:17 chr16 76902850 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0528607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.824;QD=14.6505;RBI=0.0528956;REFB=-0.0279032;REVB=-0.00192187;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268977;STB=0.515334;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.040133;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:14:17:12:11:14:17 chr16 77228629 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8628;QD=53.9066;RBI=0.0395954;REFB=0;REVB=0.0175963;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045379;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr16 77228866 . T C 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0672064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.268;QD=10.8097;RBI=0.0681305;REFB=-0.0134265;REVB=0.0111831;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121951;STB=0.571354;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0305796;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:15:21:9:10:15:21 chr16 77233338 . C T 1584.76 PASS AF=0.462396;AO=166;DP=360;FAO=166;FDP=359;FR=.;FRO=193;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=90;FSRR=103;FWDB=0.00402854;FXX=0.00828706;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.968;QD=17.6575;RBI=0.00759402;REFB=-0.012721;REVB=0.0064374;RO=191;SAF=86;SAR=80;SRF=89;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505289;STB=0.527799;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0173777;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:359:191:193:166:166:0.462396:80:86:89:102:80:86:90:103 chr16 77233394 . A G 4874.84 PASS AF=1;AO=306;DP=309;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.694;QD=62.699;RBI=0.0597415;REFB=0;REVB=0.0516152;RO=0;SAF=117;SAR=189;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24003e-05;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:309:311:0:0:306:311:1:189:117:0:0:193:118:0:0 chr16 77246517 . C A 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00284713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.792;QD=19.587;RBI=0.00580259;REFB=-0.0161333;REVB=-0.00505608;RO=34;SAF=32;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179148;STB=0.650477;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0171811;OID=.;OPOS=77246517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:46:44:44:0.488889:12:32:18:16:12:32:21:25 chr16 77246795 . C G 202.26 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0699595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1138;QD=21.2909;RBI=0.074477;REFB=-0.0294001;REVB=-0.0255438;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688096;STB=0.548338;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0193648;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:8:11:9:9:8:12:9:9 chr16 77316023 . T C 490.99 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0237517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5673;QD=19.2547;RBI=0.0496241;REFB=-0.0110428;REVB=0.0435708;RO=49;SAF=27;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135606;STB=0.568286;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0283586;OID=.;OPOS=77316023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:51:50:51:0.5:23:27:19:30:24:27:20:31 chr16 77317304 . T C 225.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.000834855;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.627;QD=19.64;RBI=0.0190614;REFB=-0.0144007;REVB=0.0190431;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750266;STB=0.542216;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0137533;OID=.;OPOS=77317304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:6:18:15:7:6:18 chr16 77325325 . G T 283.71 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0132464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1728;QD=23.1601;RBI=0.0168291;REFB=-0.0279379;REVB=-0.0103804;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224666;STB=0.625502;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0259461;OID=.;OPOS=77325325;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:9:17:9:14:9:17:9:14 chr16 77326976 . G A 57.48 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0281161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2952;QD=4.50854;RBI=0.0287787;REFB=-0.004477;REVB=0.00614012;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1833;STB=0.622055;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0234522;OID=.;OPOS=77326976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:5:4:25:17:5:4:25:17 chr16 77353973 . G T 315.57 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0142779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9399;QD=20.0361;RBI=0.0174627;REFB=-0.0390738;REVB=0.0100543;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870193;STB=0.55467;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0296729;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:16:16:12:18:16:17:12:18 chr16 77359919 . A T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0092373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.288;QD=17.1564;RBI=0.0224887;REFB=-0.00748538;REVB=0.020504;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114925;STB=0.506571;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00737452;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:8:12:10:7:8:12 chr16 77389956 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.166;QD=57.1752;RBI=0.0365621;REFB=0;REVB=-0.00196811;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33668e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr16 77401545 . A G 663.75 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0178348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.743;QD=20.5813;RBI=0.0230484;REFB=-0.00882091;REVB=-0.0145995;RO=61;SAF=41;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101885;STB=0.564882;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00659081;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:61:63:66:66:0.511628:25:41:31:30:25:41:31:32 chr16 77769369 . C T 2181.36 PASS AF=0.986014;AO=139;DP=144;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.06618;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.243;QD=61.0171;RBI=0.0673946;REFB=-0.0564537;REVB=0.0127374;RO=2;SAF=55;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293912;STB=0.501389;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00033355;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:143:2:2:139:141:0.986014:84:55:1:1:84:57:1:1 chr16 77769834 . G A 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00317646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.966;QD=16.1647;RBI=0.0151857;REFB=-0.00816039;REVB=-0.0148497;RO=40;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217464;STB=0.629549;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0133361;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:11:22:18:22:11:22:18:23 chr16 78013123 . C T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.477;QD=56.9338;RBI=0.0151478;REFB=0;REVB=-0.00766518;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09317e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr16 78063000 . T C 242.93 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0312608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.583;QD=22.5984;RBI=0.0312823;REFB=-0.0373222;REVB=-0.00116025;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02356;STB=0.513173;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0400987;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:9:11:12:11:9:11 chr16 78063064 . G T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0357177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8102;QD=22.6321;RBI=0.0367435;REFB=-0.0142971;REVB=-0.00862143;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163432;STB=0.592449;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00707646;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:5:3:8:5:5:3 chr16 78064351 . C G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00105887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.944;QD=7.46506;RBI=0.0114794;REFB=-0.00523201;REVB=-0.0114305;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0179747;OID=.;OPOS=78064351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:10:7:3:4:10:7 chr16 78065139 . A G 710.33 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00100097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.779;QD=54.6407;RBI=0.0259534;REFB=-0.0236491;REVB=0.0259341;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=7.94491e-05;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:30:21:0:0:30:21:0:1 chr16 78065972 . A G 395.74 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00475398;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8813;QD=15.6728;RBI=0.0278772;REFB=0.0262553;REVB=0.0274689;RO=56;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129284;STB=0.56698;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.017915;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:57:44:44:0.435644:21:23:22:34:21:23:23:34 chr16 78066018 . A C 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0120361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.7;QD=18.2367;RBI=0.0171037;REFB=-0.0104033;REVB=-0.0121518;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104993;STB=0.558578;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0125619;OID=.;OPOS=78066018;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:19:23:21:27:19:23:21:27 chr16 78312497 . C A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00407941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.128;QD=13.6997;RBI=0.0155205;REFB=-8.28399e-05;REVB=0.0149748;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494346;STB=0.528814;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000153658;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:17:13:7:11:17:13 chr16 78420775 . G A 265.3 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0111932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5674;QD=27.2106;RBI=0.0131758;REFB=0.00576163;REVB=-0.00695082;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883466;STB=0.548767;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00566778;OID=.;OPOS=78420775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:10:5:11:13:10:5 chr16 78586531 . T C 1400.2 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8915;QD=61.5471;RBI=0.0416585;REFB=-0.095512;REVB=0.0135896;RO=1;SAF=38;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012308;STB=0.506328;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00118559;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:51:38:1:0:51:39:1:0 chr16 79630802 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0202358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.579;QD=18.2511;RBI=0.0299988;REFB=0.00781418;REVB=0.0221459;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146131;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0173761;OID=.;OPOS=79630802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:9:6:8:6:9:6:9:6 chr16 79630983 . A G 573.84 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0164149;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.317;QD=20.8668;RBI=0.0228921;REFB=-0.00284936;REVB=0.0159561;RO=51;SAF=36;SAR=22;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011572;STB=0.502659;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00326485;OID=.;OPOS=79630983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:52:58:58:0.527273:22:36:31:20:22:36:32:20 chr16 79633805 . TGCC T 89.7 PASS AF=1;AO=5;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131179;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=201.061;QD=39.8664;RBI=0.134946;REFB=0;REVB=0.0316606;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0016623;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:10:9:9:0:4:5:0:0:4:0:2:3:0:0 chr16 79634579 . A C 377.92 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0308033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4915;QD=21.5954;RBI=0.0507085;REFB=-0.0142317;REVB=0.0402804;RO=32;SAF=26;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553092;STB=0.530596;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0134478;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:12:26:20:12:12:26:20:12 chr16 81050965 . A T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.532;QD=57.6804;RBI=0.0212293;REFB=0;REVB=0.0178345;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06963e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr16 81058392 . GTGTT G 179.68 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000590915;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.372;QD=16.3342;RBI=0.00844509;REFB=-0.0145149;REVB=-0.00842439;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182645;STB=0.615997;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=0.0199267;OID=.;OPOS=81058393;OREF=TGTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:18:46:19:44:25:10:9:8:17:99:25:9:9:8:17 chr16 81061827 . G A 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8042;QD=57.2274;RBI=0.0476131;REFB=0;REVB=-0.0397404;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728017;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr16 81062171 . C T 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.688;QD=62.6613;RBI=0.0321809;REFB=0;REVB=0.0265442;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65955e-06;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr16 81077915 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.085;QD=40.763;RBI=0.0375018;REFB=0;REVB=0.0308619;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625538;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr16 81080030 . TA T 60.07 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0265296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2144;QD=11.4415;RBI=0.0348104;REFB=-0.0729658;REVB=-0.0225376;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578494;STB=0.846249;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0748788;OID=.;OPOS=81080031;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:21:10:21:11:9:1:4:7:58:11:9:1:4:7 chr16 81095363 . C T 354.02 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.232;QD=50.5739;RBI=0.0307459;REFB=-0.0364886;REVB=-0.0277691;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169435;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:26:28:1:8:18:0:0:8:20:0:0 chr16 81145807 . C G 1624.36 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4175;QD=60.1616;RBI=0.015952;REFB=0;REVB=-0.00417207;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101161;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr16 81151122 . A C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.491;QD=57.1756;RBI=0.0290128;REFB=0;REVB=0.0121531;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129062;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr16 81157324 . G A 428.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0925;QD=57.1561;RBI=0.0587444;REFB=0;REVB=0.0461743;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176742;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr16 81173136 . T C 868.54 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.116;QD=57.9023;RBI=0.0127641;REFB=0;REVB=0.0017046;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74962e-05;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:34:26:0:0 chr16 81173193 . C T 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0199273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.092;QD=13.1197;RBI=0.0290191;REFB=-0.00766888;REVB=0.0210952;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193857;STB=0.599924;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0136953;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:13:12:11:26:13:12:12:26 chr16 81181821 . T C 219.68 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.000402273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0069;QD=17.5747;RBI=0.0129144;REFB=0.00286692;REVB=0.0129081;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831127;STB=0.555506;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00622139;OID=.;OPOS=81181821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:10:12:17:10:10:12:18:10 chr16 81185416 . A G 393.33 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0473946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2821;QD=46.2737;RBI=0.0657936;REFB=-0.152812;REVB=0.045635;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562459;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0162887;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:34:0:4:29:30:0.882353:13:16:0:0:14:16:0:4 chr16 81190598 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00829468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.357;QD=15.6509;RBI=0.0181743;REFB=-0.0117856;REVB=0.0161711;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102765;STB=0.559365;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0105467;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:11:10:6:10:11:10 chr16 81190601 . T C 563.9 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00535463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3886;QD=57.8364;RBI=0.0235134;REFB=-0.134407;REVB=0.0228956;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00269998;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:0:1:15:23:0:1 chr16 81190613 . A G 575.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3063;QD=60.5834;RBI=0.0490081;REFB=0;REVB=-0.0287777;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112258;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr16 81194382 . T C 437.86 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00422268;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.936;QD=21.3589;RBI=0.00498271;REFB=-0.00886482;REVB=0.00264507;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106931;STB=0.559046;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00970275;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:39:39:43:43:0.52439:23:20:23:16:23:20:23:16 chr16 81199520 . T C 622.12 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7999;QD=60.695;RBI=0.0657369;REFB=0;REVB=0.0463916;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00606483;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr16 81199538 . T C 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0489;QD=57.8238;RBI=0.0352249;REFB=-0.0368555;REVB=0.000286858;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00149421;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:0:1 chr16 81199544 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.351;QD=60.6101;RBI=0.0424385;REFB=0;REVB=0.0321457;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261249;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr16 81199554 . CA TG 359.12 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131745;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.845;QD=55.2495;RBI=0.133697;REFB=0;REVB=-0.0227639;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000761303;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:17:7:0:0:17:9:0:0 chr16 81201661 . T C 201.0 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00166265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.235;QD=13.6271;RBI=0.0275793;REFB=-0.0168983;REVB=-0.0275291;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187753;STB=0.577404;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00858835;OID=.;OPOS=81201661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:35:24:24:0.40678:15:9:7:26:15:9:9:26 chr16 81209207 . T C 454.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.51;QD=56.8667;RBI=0.0293134;REFB=0;REVB=0.00929065;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587469;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr16 81209234 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.977;QD=58.5878;RBI=0.0208507;REFB=0;REVB=0.0201733;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18082e-05;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr16 81211496 . C A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0266526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.746;QD=19.8495;RBI=0.0280573;REFB=-0.0141392;REVB=-0.00876646;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046223;STB=0.52628;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0146422;OID=.;OPOS=81211496;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:8:5:5:10:8:5 chr16 81211548 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.031331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.76;QD=20.4855;RBI=0.0349239;REFB=0.00670145;REVB=0.0154287;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132182;STB=0.541344;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0102474;OID=.;OPOS=81211548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:5:9:8:2:5:9:8:3 chr16 81213378 . A G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=22;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00932755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.673;QD=22.1876;RBI=0.0561822;REFB=-0.031381;REVB=0.0554025;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163159;STB=0.583862;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0309321;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:18:22:21:0.538462:13:9:10:6:12:9:11:7 chr16 81219187 . C T 239.5 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0889566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.991;QD=18.0758;RBI=0.0932651;REFB=-0.00544294;REVB=0.0280197;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740284;STB=0.527929;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0073398;OID=.;OPOS=81219187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:16:10:8:18:16:10:9:18 chr16 81232275 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.013658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.326;QD=22.6322;RBI=0.0158705;REFB=-0.0257284;REVB=-0.00808282;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466193;STB=0.526276;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0153354;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:6:2:4:9:6:2 chr16 81232564 . T G 582.36 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0267507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.178;QD=17.5144;RBI=0.0332673;REFB=-0.0269725;REVB=-0.0197766;RO=72;SAF=30;SAR=31;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100516;STB=0.555812;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0183147;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:31:30:28:44:31:30:28:44 chr16 81241098 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.564;QD=62.0213;RBI=0.027051;REFB=0;REVB=0.00866269;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138603;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr16 81241100 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.656;QD=62.022;RBI=0.0181391;REFB=0;REVB=0.0158496;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76222e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr16 81242102 . G A 578.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.528;QD=59.3579;RBI=0.0246095;REFB=0;REVB=-0.0217088;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382513;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:11:26:0:0:13:26:0:0 chr16 81242194 . T C 784.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.223;QD=64.031;RBI=0.0576846;REFB=0;REVB=0.0341532;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123409;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:20:27:0:0:21:28:0:0 chr16 81248716 . C T 621.13 PASS AF=0.40113;AO=69;DP=175;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=76;FSRR=30;FWDB=-0.0177799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.091;QD=14.0369;RBI=0.0228277;REFB=-0.0090095;REVB=-0.0143172;RO=106;SAF=40;SAR=29;SRF=76;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156626;STB=0.595733;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0181504;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:106:106:69:71:0.40113:29:40:76:30:31:40:76:30 chr16 81248745 . A G 918.12 PASS AF=0.572414;AO=82;DP=145;FAO=83;FDP=145;FR=.;FRO=62;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00670686;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.479;QD=25.3273;RBI=0.0094296;REFB=-0.0256191;REVB=-0.00662838;RO=55;SAF=56;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167028;STB=0.579711;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0234262;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:55:62:82:83:0.572414:26:56:26:29:26:57:32:30 chr16 81249954 . T A 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0114322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.851;QD=16.8726;RBI=0.0150165;REFB=-0.0174305;REVB=-0.00973654;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984044;STB=0.506572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0163714;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:11:9:11:14:11:9:12:14 chr16 81253745 . C G 508.85 PASS AF=0.556818;AO=45;DP=85;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00143547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.313;QD=23.1294;RBI=0.0113796;REFB=-0.0291881;REVB=-0.0112887;RO=38;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848679;STB=0.517041;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.026237;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:38:39:45:49:0.556818:27:18:19:19:27:22:19:20 chr16 81253759 . A G 408.33 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00140814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2248;QD=20.4164;RBI=0.0118807;REFB=-0.0142094;REVB=0.0117969;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105984;STB=0.500305;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136559;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:21:20:19:19:21:20:19:20 chr16 81253917 . A G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0229042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.951;QD=14.3349;RBI=0.0241596;REFB=-0.00719791;REVB=0.00768673;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732477;STB=0.552425;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0108716;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:8:9:15:10:8:9:16:10 chr16 81279120 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.000906446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.662;QD=16.1721;RBI=0.0211565;REFB=0.00437489;REVB=0.0211371;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617758;STB=0.535668;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00500415;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:4:12:14:6:4:12:14:6 chr16 81295902 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0103197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.293;QD=14.1389;RBI=0.0113554;REFB=-0.00419989;REVB=-0.00473793;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726024;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00961524;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:10:10:6:8:10:10 chr16 81314496 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8066;QD=58.9623;RBI=0.043112;REFB=0;REVB=-0.0422539;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248922;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr16 81413523 . T G 1752.12 PASS AF=0.954545;AO=47;DP=135;FAO=126;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00304402;FXX=0.0149243;HRUN=12;LEN=1;MLLD=264.939;QD=53.0947;RBI=0.0321066;REFB=0.00662501;REVB=-0.031962;RO=4;SAF=21;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081541;STB=0.513786;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00220809;OID=.;OPOS=81413523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:135:132:4:6:47:126:0.954545:26:21:4:0:59:67:5:1 chr16 81497952 . A G 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00973324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.222;QD=24.1568;RBI=0.0109015;REFB=-0.00837889;REVB=-0.00490976;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426827;STB=0.523544;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00559031;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:16:14:11:10:16:14:11:10 chr16 81679151 . A G 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.034353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.936;QD=17.0694;RBI=0.0386018;REFB=-0.0241788;REVB=-0.0176061;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19071;STB=0.607366;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0185146;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:21:10:18:17:21:10:18:17 chr16 81819768 . T C 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.12;QD=56.9971;RBI=0.0306139;REFB=0;REVB=0.0265787;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63879e-05;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr16 81892708 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.628;QD=58.1421;RBI=0.0421793;REFB=0;REVB=0.0334602;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117613;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr16 81902079 . T C 792.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3711;QD=63.3646;RBI=0.0778045;REFB=0;REVB=0.077439;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275993;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:45:50:1:20:25:0:0:24:26:0:0 chr16 81902283 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.282;QD=51.1843;RBI=0.0511539;REFB=0;REVB=0.0129165;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380923;OID=.;OPOS=81902283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr16 81914583 . C T 254.24 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0223296;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.333;QD=27.485;RBI=0.0235116;REFB=-0.0325375;REVB=-0.00736095;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032152;STB=0.541512;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0146756;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:14:23:23:0.621622:16:7:4:11:16:7:3:11 chr16 81929488 . C T 491.9 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0114114;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.036;QD=15.7409;RBI=0.0162642;REFB=-0.0191089;REVB=-0.0115889;RO=71;SAF=24;SAR=30;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120323;STB=0.567351;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0225462;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:71:71:54:54:0.432:30:24:40:31:30:24:40:31 chr16 81941319 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.032;QD=58.1422;RBI=0.0180238;REFB=0;REVB=0.012546;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00632e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr16 81971403 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.385;QD=58.1394;RBI=0.0446785;REFB=0;REVB=0.039234;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248635;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr16 81995543 . G T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.033909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.156;QD=28.141;RBI=0.0353118;REFB=-0.0262025;REVB=-0.00985383;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854928;STB=0.547428;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.025897;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:5:2:7:9:5:2 chr16 82033098 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0210313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.123;QD=21.7447;RBI=0.0255798;REFB=-0.0329888;REVB=-0.0145606;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33059;STB=0.695458;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0195755;OID=.;OPOS=82033098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:7:12:3:12:7:12:3:13 chr16 82203705 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.662;QD=52.6132;RBI=0.0218723;REFB=0;REVB=0.00187023;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108011;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 82203711 . G T 271.5 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9711;QD=49.363;RBI=0.170391;REFB=0;REVB=0.106363;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00982811;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr16 82203742 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9107;QD=52.6124;RBI=0.0216817;REFB=0;REVB=-0.0181127;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101769;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr16 82203758 . C T 229.88 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.100778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.483;QD=45.9767;RBI=0.101064;REFB=-0.118295;REVB=0.00760323;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00381558;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:0:1:14:5:0:1 chr16 82203768 . G T 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4822;QD=50.4056;RBI=0.0704544;REFB=0;REVB=-0.0120192;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136219;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr16 82673047 . C T 849.62 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00121034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.488;QD=53.1013;RBI=0.0199569;REFB=-0.0124495;REVB=0.0199202;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336837;STB=0.526307;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=9.21864e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:34:27:2:0:34:27:3:0 chr16 82903030 . A C 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9507;QD=50.3954;RBI=0.10398;REFB=0;REVB=-9.5779e-05;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355378;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 83065664 . G A 559.15 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0237438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.834;QD=20.5192;RBI=0.0326068;REFB=-0.0296468;REVB=0.0223481;RO=51;SAF=29;SAR=28;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345844;STB=0.51417;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.030727;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:57:57:0.522936:28:29:28:23:28:29:28:24 chr16 83214480 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0167538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.011;QD=17.2298;RBI=0.0181265;REFB=0.00712165;REVB=-0.0069195;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00299573;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:3:3:2:6:3:3 chr16 83817019 . A G 151.63 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0210188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.055;QD=26.3699;RBI=0.0244714;REFB=-0.00450333;REVB=-0.0125323;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22118;STB=0.507028;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00639651;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:26:23:9:7:10:10:0.434783:7:3:5:4:7:3:2:5 chr16 83941865 . G C 257.75 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0313728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7847;QD=23.4321;RBI=0.0386818;REFB=-0.0162531;REVB=-0.022628;RO=20;SAF=2;SAR=22;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365461;STB=0.709456;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0157877;OID=.;OPOS=83941865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:22:2:6:14:22:2:6:14 chr16 83949765 . C T 259.65 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0227774;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8804;QD=16.4856;RBI=0.0676947;REFB=-0.00273683;REVB=-0.0637476;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113621;STB=0.570437;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00267071;OID=.;OPOS=83949765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:12:21:15:14:12:22 chr16 83983071 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.098;QD=60.61;RBI=0.0952152;REFB=0;REVB=0.086609;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555837;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr16 83984776 . A C 911.38 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0599571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.818;QD=55.2352;RBI=0.0625504;REFB=-0.00672268;REVB=-0.0178241;RO=2;SAF=8;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104423;STB=0.555537;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00158296;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:56:8:2:0:56:8:2:0 chr16 83984844 . A C 868.85 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.74;QD=57.9233;RBI=0.0219635;REFB=0;REVB=0.0204162;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93394e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:37:23:0:0 chr16 83984850 . C G 837.13 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00971824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.435;QD=55.8086;RBI=0.0151744;REFB=-0.117986;REVB=0.0116541;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=2.43523e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:35:24:0:0:35:24:0:1 chr16 84028014 . C G 307.81 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00147384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.464;QD=21.6004;RBI=0.00731135;REFB=-0.0103445;REVB=-0.00716126;RO=25;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231778;STB=0.632099;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00861811;OID=.;OPOS=84028014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:21:10:15:10:22:10:15:10 chr16 84031884 . G C 174.33 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0478941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8705;QD=11.622;RBI=0.0479183;REFB=-0.0189211;REVB=0.00152059;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2026;STB=0.616566;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0319639;OID=.;OPOS=84031884;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:26:12:11:11:26:12 chr16 84035446 . C G 765.86 PASS AF=0.513889;AO=65;DP=145;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0259115;FXX=0.00689608;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.402;QD=21.2738;RBI=0.0272854;REFB=-0.00437486;REVB=0.00854937;RO=53;SAF=43;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193707;STB=0.598059;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00731513;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:53:70:65:74:0.513889:22:43:23:30:24:50:34:36 chr16 84035514 . G A 514.12 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.0519938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.089;QD=17.4279;RBI=0.0554019;REFB=-0.0108177;REVB=0.0191317;RO=63;SAF=27;SAR=28;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184045;STB=0.60193;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00811151;OID=.;OPOS=84035514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:28:27:43:20:28:27:43:20 chr16 84035919 . T C 416.11 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0236942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.77;QD=16.9839;RBI=0.0335596;REFB=-0.01291;REVB=0.0237662;RO=55;SAF=15;SAR=28;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165998;STB=0.593351;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.017108;OID=.;OPOS=84035919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:28:15:28:27:28:15:28:27 chr16 84067004 . C T 91.77 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.010783;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.725;QD=12.2354;RBI=0.0134796;REFB=-0.0143986;REVB=0.00808872;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382247;STB=0.752104;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.022211;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:33:30:19:19:10:11:0.366667:9:1:6:13:10:1:6:13 chr16 84100173 . C T 182.71 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00376299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.507;QD=17.8253;RBI=0.00492876;REFB=-0.0204112;REVB=-0.00318316;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345864;STB=0.664621;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0187305;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:4:14:10:12:5:14:10:12 chr16 84115483 . G A 1325.32 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0362775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.994;QD=60.9343;RBI=0.039564;REFB=0.0061783;REVB=0.0157879;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938213;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000183664;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:50:36:0:1:50:36:0:1 chr16 84203612 . A G 129.15 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0230866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0564;QD=12.9149;RBI=0.0562403;REFB=-0.000719431;REVB=-0.0512834;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438595;STB=0.525739;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00106039;OID=.;OPOS=84203612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:14:11:6:9:14:11 chr16 84203939 . C T 40.55 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0099587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7165;QD=14.7437;RBI=0.0824069;REFB=0.0152557;REVB=0.081803;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00721631;OID=.;OPOS=84203939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr16 84208335 . G T 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0150146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6777;QD=20.7503;RBI=0.0153889;REFB=0.0169632;REVB=-0.00337369;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562831;STB=0.531138;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0146522;OID=.;OPOS=84208335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:20:21:17:21:20:21:17:21 chr16 84209634 . C G 163.02 PASS AF=0.404255;AO=17;DP=45;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0153379;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.841;QD=13.8736;RBI=0.0160236;REFB=-0.0101893;REVB=0.00463739;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455323;STB=0.515497;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0289522;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:27:28:17:19:0.404255:7:10:17:10:7:12:17:11 chr16 84209738 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0173725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6011;QD=6.92919;RBI=0.0174089;REFB=0.00107646;REVB=-0.00112522;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873336;STB=0.555379;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00139896;OID=.;OPOS=84209738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:4:11:4:2:4:11 chr16 84212571 . C A 59.86 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0194651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.435;QD=8.55198;RBI=0.0213208;REFB=-0.012145;REVB=0.0086997;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792354;STB=0.552731;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0671895;OID=.;OPOS=84212571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:27:28:19:19:8:9:0.321429:5:3:7:12:5:4:7:12 chr16 84213114 . C T 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0119588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.355;QD=18.117;RBI=0.0139537;REFB=-0.0185877;REVB=-0.00718981;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179615;STB=0.519978;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0166151;OID=.;OPOS=84213114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:13:6:6:12:14:6 chr16 84213434 . A T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00245853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.858;QD=15.9167;RBI=0.011418;REFB=-0.0283721;REVB=-0.0111502;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334352;STB=0.721594;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0275152;OID=.;OPOS=84213434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:13:13:0.464286:4:9:4:9:4:9:4:11 chr16 84215390 . T C 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.000105996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.633;QD=28.9922;RBI=0.0393012;REFB=0.00344553;REVB=0.0393011;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223488;STB=0.622315;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.000605297;OID=.;OPOS=84215390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:12:13:12:2:12:13:12:2 chr16 84217062 . C T 461.54 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4906;QD=55.9436;RBI=0.056597;REFB=0;REVB=0.0565654;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156069;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:16:17:0:0 chr16 84218565 . T C 74.14 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0221078;FXX=0.153787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.76;QD=13.4806;RBI=0.0228366;REFB=-0.0279333;REVB=0.00572309;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.536003;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0395146;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:5:8:5:4:5:8 chr16 84225184 . C T 456.36 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00793193;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.906;QD=20.0599;RBI=0.0115207;REFB=-0.0296129;REVB=0.00835532;RO=46;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169089;STB=0.593739;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0240386;OID=.;OPOS=84225184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:19:26:18:28:19:26:18:28 chr16 84227713 . C T 233.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0159589;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.449;QD=18.3257;RBI=0.0194336;REFB=-0.0181863;REVB=0.0110896;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264921;STB=0.627806;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0107801;OID=.;OPOS=84227713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:26:25:25:0.490196:15:10:17:7:15:10:17:9 chr16 84228199 . G T 177.13 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00950374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.13;QD=13.3684;RBI=0.0101397;REFB=-0.012949;REVB=0.00353442;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109455;STB=0.573458;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0394559;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:8:13:16:15:8:13:16:16 chr16 84228237 . A C 330.75 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.351;QD=50.8853;RBI=0.0296748;REFB=-0.110667;REVB=0.0149033;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00122376;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:0:1:25:25:0.961538:14:11:0:0:15:10:1:0 chr16 84228770 . G C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00507558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.299;QD=15.1604;RBI=0.0139516;REFB=-0.00169504;REVB=0.0129956;RO=22;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18321;STB=0.607328;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00251833;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:13:3:7:15:13:3:7:15 chr16 84229559 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.769;QD=47.8223;RBI=0.0519485;REFB=0;REVB=0.00524366;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010411;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 84230376 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.429;QD=59.0157;RBI=0.145608;REFB=0;REVB=0.00712345;RO=0;SAF=2;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349994;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:31:2:0:0:32:2:0:0 chr16 84230500 . A C 535.32 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00502246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.65;QD=20.9928;RBI=0.0118027;REFB=-0.0179461;REVB=-0.0106807;RO=47;SAF=20;SAR=33;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941523;STB=0.549163;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0129424;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:48:53:54:0.529412:33:20:13:34:33:21:14:34 chr16 84360533 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0383466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7659;QD=6.78766;RBI=0.0385613;REFB=-0.00982937;REVB=-0.00406364;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372017;STB=0.737102;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0311508;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:13:10:6:2:13:10 chr16 84438512 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.406;QD=59.0186;RBI=0.0175942;REFB=0;REVB=-0.0116374;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43023e-05;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr16 84444349 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.116;QD=58.6006;RBI=0.0172388;REFB=0;REVB=0.0141179;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28694e-06;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:32:30:0:0:34:30:0:0 chr16 84449161 . C T 125.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0238174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.34;QD=18.6484;RBI=0.0302226;REFB=-0.0469816;REVB=-0.0186046;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.046471;OID=.;OPOS=84449161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:7:6:6:8:7:6 chr16 84476200 . A T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0543846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.825;QD=20.4561;RBI=0.0566192;REFB=-0.0176344;REVB=0.0157497;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179883;STB=0.599899;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00780571;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:14:3:1:14:14:3:1:14 chr16 84485573 . C A 806.02 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346292;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3806;QD=57.573;RBI=0.0472864;REFB=0;REVB=0.0321996;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413947;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:25:29:0:0:27:29:0:0 chr16 84493144 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.209;QD=59.0187;RBI=0.0387346;REFB=0;REVB=0.0383911;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144322;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr16 84494020 . G T 444.29 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00221939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.372;QD=50.7756;RBI=0.0332858;REFB=-0.086236;REVB=0.0332117;RO=3;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386216;STB=0.513177;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00115707;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:35:35:3:2:32:33:0.942857:22:10:1:2:23:10:1:1 chr16 84494275 . C T 368.05 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00665547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.848;QD=29.4443;RBI=0.0329394;REFB=-0.0037802;REVB=0.03226;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133842;STB=0.57327;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00340745;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:17:14:5:14:17:14:5:14 chr16 84516309 . G A 244.04 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0314254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8429;QD=18.077;RBI=0.050654;REFB=0.0230481;REVB=0.0397275;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267287;STB=0.632811;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00938207;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:18:8:16:11:18:9:16:11 chr16 84520325 . T C 56.33 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0104737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.6066;QD=10.7286;RBI=0.107801;REFB=-0.0149031;REVB=0.107291;RO=11;SAF=3;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107868;STB=0.615148;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.100183;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:11:12:4:9:0.428571:1:3:9:2:4:5:9:3 chr16 84520396 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.645;QD=62.9821;RBI=0.0485984;REFB=0;REVB=-0.0388003;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73527e-05;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr16 84520537 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.915;QD=63.8718;RBI=0.0251363;REFB=0;REVB=0.00444521;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76777e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr16 84522897 . G C 118.83 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00538963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3767;QD=13.2036;RBI=0.0100008;REFB=-0.0183538;REVB=-0.0084242;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193581;STB=0.624826;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0413773;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:8:6:13:8:8:6:14:8 chr16 84691014 . G A 398.64 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0401925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2147;QD=22.4584;RBI=0.10619;REFB=-0.0372448;REVB=0.0982902;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426173;STB=0.535194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.037645;OID=.;OPOS=84691014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:39:40:0.56338:19:20:17:13:20:20:18:13 chr16 84778690 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.27;QD=50.134;RBI=0.0209782;REFB=-0.0413008;REVB=0.00843576;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000355071;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:11:13:0:0:11:13:1:0 chr16 84778694 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.586;QD=54.5175;RBI=0.0468621;REFB=0;REVB=0.0194347;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414045;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 84778697 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.153;QD=53.91;RBI=0.041529;REFB=0;REVB=-0.0351954;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024953;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr16 84808824 . C G 655.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458672;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.232;QD=62.3858;RBI=0.021292;REFB=0;REVB=-0.0207921;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356889;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr16 84879464 . A G 486.39 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0174414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.177;QD=18.8888;RBI=0.0196714;REFB=-0.0161954;REVB=-0.00909718;RO=50;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04426;STB=0.534233;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0185338;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:52:51:51:0.495146:24:27:24:26:24:27:24:28 chr16 84883102 . C T 207.39 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0163928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.961;QD=19.2922;RBI=0.0226079;REFB=-0.0181498;REVB=-0.015569;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286905;STB=0.659444;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0103811;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:19:3:9:12:19:3 chr16 84922859 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.669;QD=64.4136;RBI=0.0529487;REFB=0;REVB=0.0354798;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335959;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr16 85009463 . T C 307.54 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0135004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.494;QD=34.1712;RBI=0.0143539;REFB=-0.0358647;REVB=-0.00487569;RO=10;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460009;STB=0.525095;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0109911;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:10:16:7:3:10:16:7:3 chr16 85009970 . A G 455.81 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00312982;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.787;QD=20.0356;RBI=0.0144233;REFB=0.00677908;REVB=-0.0140797;RO=46;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797486;STB=0.504423;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00763849;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:17:28:29:17:17:28:29:17 chr16 85112002 . T G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4455;QD=60.6085;RBI=0.109222;REFB=0;REVB=-0.0923826;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576493;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr16 85706047 . A C 744.84 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00778863;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0674;QD=53.2027;RBI=0.0112855;REFB=-0.0632837;REVB=0.00816693;RO=1;SAF=12;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.538447;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00124035;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:1:2:54:54:0.964286:42:12:1:0:42:12:2:0 chr16 85711860 . C T 609.74 PASS AF=0.604396;AO=50;DP=85;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00665773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.545;QD=26.8018;RBI=0.00931115;REFB=-0.0341716;REVB=0.00650938;RO=34;SAF=26;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583565;STB=0.518393;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0240261;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:91:34:36:50:55:0.604396:24:26:15:19:28:27:16:20 chr16 85813231 . A C 656.3 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00182138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3167;QD=59.6634;RBI=0.0464123;REFB=0.0902139;REVB=-0.0463765;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0110222;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:0:1:24:19:0:1 chr16 85814899 . T TAGTC 495.82 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0122562;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=4;MLLD=269.061;QD=47.2211;RBI=0.012414;REFB=-0.0183545;REVB=0.00197284;RO=6;SAF=24;SAR=12;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050812;STB=0.527258;STBP=0.481;TYPE=ins;VARB=0.00270611;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:36:42:36:42:6:24:12:5:1:33:6:24:12:5:1 chr16 85838653 . T C 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.241;QD=62.7613;RBI=0.043665;REFB=0;REVB=0.043645;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5169e-05;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr16 85839211 . G C 1093.19 PASS AF=1;AO=58;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659462;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.941;QD=60.733;RBI=0.157917;REFB=0;REVB=0.15778;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032561;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:58:72:1:31:27:0:0:45:27:0:0 chr16 85948098 . G A 202.43 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0085183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.354;QD=13.9606;RBI=0.0401485;REFB=-0.0167847;REVB=0.0392345;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716874;STB=0.510136;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0272096;OID=.;OPOS=85948098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:34:24:24:0.413793:13:11:12:19:13:11:15:19 chr16 85948113 . C T 187.91 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0120194;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.09;QD=14.1817;RBI=0.0293674;REFB=-0.0109589;REVB=0.0267951;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629699;STB=0.53605;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0219585;OID=.;OPOS=85948113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:16:15:12:10:16:15 chr16 85954801 . G A 667.47 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0199857;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.737;QD=17.565;RBI=0.0287539;REFB=-0.0128433;REVB=0.0206726;RO=74;SAF=28;SAR=43;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112132;STB=0.586595;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.012688;OID=.;OPOS=85954801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:74:81:71:71:0.467105:43:28:38:36:43:28:45:36 chr16 86069722 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6526;QD=55.6548;RBI=0.0533785;REFB=0;REVB=0.00228721;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988238;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 86069738 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.14;QD=55.0986;RBI=0.0274969;REFB=0;REVB=0.0153625;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39161e-05;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr16 86069788 . GT TG 506.2 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.014;QD=56.2442;RBI=0.0533372;REFB=-0.113134;REVB=-0.0369135;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.257;TYPE=mnp;VARB=0.00103161;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:34:35:0.972222:11:23:0:1:11:24:0:1 chr16 86069827 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.479;QD=60.6103;RBI=0.0336519;REFB=0;REVB=0.0312798;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135102;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr16 86547496 . C T 940.77 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.267;QD=57.0161;RBI=0.0247266;REFB=0.000146468;REVB=-0.00926493;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129424;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000130522;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:29:36:1:0:28:37:0:1 chr16 86547838 . T C 439.81 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.013616;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.85;QD=24.0992;RBI=0.0450352;REFB=0.00172626;REVB=0.0429275;RO=30;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482671;STB=0.520474;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000153131;OID=.;OPOS=86547838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:31:42:42:0.575342:17:25:16:14:17:25:17:14 chr16 86564671 . G T 517.77 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8244;QD=59.1734;RBI=0.0217463;REFB=0;REVB=0.0208309;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369766;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr16 86564721 . T C 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00916569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1972;QD=20.2086;RBI=0.0109249;REFB=0.00659901;REVB=0.00594512;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.571322;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00579044;OID=.;OPOS=86564721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:3:7:7:6:3:7 chr16 86565826 . C G 682.53 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0299546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.524;QD=52.5025;RBI=0.046425;REFB=-0.140417;REVB=-0.0354683;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503998;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00194305;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:0:2:50:50:0.961538:20:30:0:0:20:30:1:1 chr16 86566039 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.221;QD=62.3502;RBI=0.0687353;REFB=0;REVB=0.00499724;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291659;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr16 86566042 . G A,C 645.77 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197652,-0.0435783;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=184.075,11.7352;QD=60.0712;RBI=0.0550004,0.0438728;REFB=0,0;REVB=0.0549648,-0.00507513;RO=0;SAF=17,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.2194e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000674569,0.131947;OID=.,.;OPOS=86566042,86566042;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:24,2:17,0:0:0:24,2:17,0:0:0 chr16 86575737 . C T 282.11 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367959;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1322;QD=49.0625;RBI=0.0446405;REFB=-0.130575;REVB=0.0252752;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00654231;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:7:15:1:0:7:15:1:0 chr16 86614583 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0130516;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.088;QD=12.8604;RBI=0.0141695;REFB=-0.0176219;REVB=-0.00551633;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0144372;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:3:4:4:3:3:5 chr16 87350773 . C A 949.96 PASS AF=0.986667;AO=65;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.206622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.288;QD=50.6646;RBI=0.215576;REFB=-0.129108;REVB=0.0614855;RO=5;SAF=31;SAR=34;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00915367;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:5:1:65:74:0.986667:34:31:5:0:34:40:1:0 chr16 87417621 . G A 892.09 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391875;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.156;QD=57.5542;RBI=0.00917984;REFB=0;REVB=0.00830137;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15424e-05;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:23:38:0:0:24:38:0:0 chr16 87436720 . G T 243.59 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519265;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.021;QD=51.2824;RBI=0.0310895;REFB=0;REVB=-0.0306528;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427547;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 87436764 . A G 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.896;QD=57.6733;RBI=0.0199134;REFB=0;REVB=-0.016439;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6683e-06;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr16 87445270 . T C 221.82 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0249413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.189;QD=19.7171;RBI=0.0310465;REFB=-0.018444;REVB=-0.0184882;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092644;STB=0.536049;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0356132;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:8:13:12:11:9:13:12:11 chr16 87445839 . C T 162.76 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00844674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.129;QD=14.4676;RBI=0.00854865;REFB=-0.00477993;REVB=0.00131607;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265073;STB=0.652015;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0039033;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:8:19:8:10:8:19 chr16 87446053 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.017273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.922;QD=21.1726;RBI=0.0185281;REFB=-0.0215658;REVB=0.00670319;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0215673;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:5:3:5:7:5:3 chr16 87493737 . T C 399.31 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0250455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.287;QD=23.8394;RBI=0.0360122;REFB=-0.00910789;REVB=0.0258767;RO=28;SAF=27;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061489;STB=0.523797;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0057182;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:28:38:39:0.58209:11:27:18:10:12:27:18:10 chr16 87678144 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.341;QD=52.6102;RBI=0.0461355;REFB=0;REVB=0.0274915;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483587;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr16 87678165 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0112076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.774;QD=21.3531;RBI=0.045828;REFB=-0.0267598;REVB=-0.0444365;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109623;STB=0.5624;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0243699;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:5:4:4:9:5:4 chr16 87723838 . T C 508.42 PASS AF=0.438462;AO=50;DP=122;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.00216402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.381;QD=15.6438;RBI=0.0140077;REFB=-0.0140313;REVB=-0.0138395;RO=71;SAF=32;SAR=18;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894554;STB=0.503251;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0232097;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:130:71:73:50:57:0.438462:18:32:46:25:20:37:47:26 chr16 87729333 . T TCA 199.47 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947478;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=256.943;QD=46.9354;RBI=0.106324;REFB=0;REVB=0.0482466;RO=16;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00038758;OID=.;OPOS=87729334;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:17:17:0:8:9:0:0:4:16:2:0:7:9 chr16 87729334 . C CA 149.93 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139968;FXX=0.062461;HRUN=0;LEN=1;MLLD=274.216;QD=39.9813;RBI=0.0601277;REFB=-0.10429;REVB=0.0584759;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128461;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=ins;VARB=0.00740474;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:14:18:14:15:1:6:8:1:0:8:4:6:8:3:1 chr16 87729699 . C T 218.97 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0245042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2223;QD=23.6726;RBI=0.0256017;REFB=-0.010979;REVB=0.00741552;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182745;STB=0.510194;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.010038;OID=.;OPOS=87729699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:5:11:14:7:5:11 chr16 87735527 . G A 349.11 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.013233;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.937;QD=19.9489;RBI=0.0197776;REFB=-0.0256908;REVB=-0.0146984;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759293;STB=0.555802;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.013971;OID=.;OPOS=87735527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:34:35:36:0.514286:13:22:18:15:13:23:18:16 chr16 87735740 . G GA 170.84 PASS AF=0.555556;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.169397;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5963;QD=15.1859;RBI=0.208205;REFB=-0.058672;REVB=0.121054;RO=22;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210058;STB=0.612806;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.0633229;OID=.;OPOS=87735741;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:23:46:25:45:20:6:19:9:11:97:22:5:18:9:13 chr16 87736244 . GAAAAAAAC GAAAAAA,GAAAAAAC 83.07 PASS AF=0,0.560976;AO=7,13;DP=42;FAO=0,23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=0,16;FSAR=0,7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.170822,0.0472402;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=12.9177,8.37753;QD=8.10437;RBI=0.203853,0.142629;REFB=-0.0376081,-0.0967212;REVB=0.111246,0.134579;RO=14;SAF=7,8;SAR=0,5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.781228,0.230409;STB=0.5,0.641298;STBP=1,0.056;TYPE=del,del;VARB=0,0.123982;OID=.,.;OPOS=87736251,87736245;OREF=AC,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.560976:7,13:42:0,23:41:18:0,16:0,7:7:11:46:14:7,8:0,5:5:9 chr16 87737628 . C G 102.52 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0111176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.508;QD=17.8292;RBI=0.011122;REFB=-0.0111692;REVB=-0.000315825;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208162;STB=0.622399;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00979565;OID=.;OPOS=87737628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:2:9:11:1:2:9 chr16 87738853 . T C 292.07 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0870688;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.179;QD=25.9613;RBI=0.0878126;REFB=0.00822319;REVB=-0.0114044;RO=19;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100292;STB=0.555513;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00939032;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:13:13:7:12:13:13:7:12 chr16 87741662 . C A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0803536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.664;QD=10.0334;RBI=0.0818598;REFB=-0.0219597;REVB=-0.0156307;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0437428;OID=.;OPOS=87741662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr16 87788864 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.729;QD=62.6146;RBI=0.0271442;REFB=0;REVB=0.0268132;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25887e-05;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr16 87866138 . G C 197.57 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.000558532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2408;QD=26.3424;RBI=0.0237556;REFB=-0.0488632;REVB=-0.023749;RO=11;SAF=2;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228971;STB=0.629469;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0223924;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:17:2:3:8:17:2:3:8 chr16 87921846 . T A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00466768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.044;QD=13.9179;RBI=0.00802412;REFB=-0.00284095;REVB=-0.00652681;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1536;STB=0.587236;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00468741;OID=.;OPOS=87921846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:13:24:13:13:13:24 chr16 87938398 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0150671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.5;QD=16.1192;RBI=0.0150821;REFB=-0.019727;REVB=-0.00067328;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0339155;OID=.;OPOS=87938398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:8:5:8:4:8:5 chr16 88052161 . C A 1079.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.618;QD=59.9666;RBI=0.0298602;REFB=0;REVB=-0.0291638;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45683e-05;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:27:44:0:0:28:44:0:0 chr16 88105053 . T A 1126.13 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.055;QD=60.0604;RBI=0.0331074;REFB=0;REVB=0.0102675;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06275e-05;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:34:39:0:0:35:40:0:0 chr16 88105461 . C G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0370902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5505;QD=16.3862;RBI=0.0405064;REFB=-0.0423997;REVB=-0.0162816;RO=8;SAF=0;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.770117;STB=0.710535;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.038501;OID=.;OPOS=88105461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:8:0:3:5:8:1:3:5 chr16 88123598 . C G 955.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9862;QD=58.7717;RBI=0.0313263;REFB=0;REVB=-0.000903774;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157159;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr16 88123697 . C A 530.19 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3349;QD=58.9103;RBI=0.116367;REFB=0;REVB=0.113369;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219511;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr16 88124525 . A G 114.22 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9606;QD=41.534;RBI=0.048182;REFB=0;REVB=-0.04603;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137256;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr16 88134285 . A G 763.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11316;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1353;QD=56.546;RBI=0.113828;REFB=0;REVB=-0.0123163;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000775446;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr16 88494824 . G A 460.89 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00571059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5174;QD=23.9423;RBI=0.0625162;REFB=-0.0271195;REVB=0.0622549;RO=32;SAF=13;SAR=31;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123276;STB=0.576708;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0272963;OID=.;OPOS=88494824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:31:13:14:18:31:13:15:18 chr16 88494947 . T C 644.2 PASS AF=0.892857;AO=51;DP=55;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.001151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8981;QD=46.0142;RBI=0.0368622;REFB=-0.00158912;REVB=-0.0368442;RO=4;SAF=26;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671141;STB=0.555534;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00193562;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:56:4:6:51:50:0.892857:25:26:4:0:26:24:6:0 chr16 88494976 . A C 928.97 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.948;QD=57.1672;RBI=0.0515487;REFB=0;REVB=0.0385458;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29244e-05;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:33:29:0:0:34:31:0:0 chr16 88495654 . A G 306.06 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7499;QD=53.2283;RBI=0.0436373;REFB=0;REVB=-0.0346531;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159885;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr16 88496001 . C T 158.98 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0445584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.624;QD=8.36732;RBI=0.0450711;REFB=-0.0183883;REVB=-0.00677894;RO=53;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087392;STB=0.545413;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0393102;OID=.;OPOS=88496001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:10:12:25:28:10:12:26:28 chr16 88496008 . T C 135.51 PASS AF=0.149254;AO=11;DP=69;FAO=10;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0027436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.361;QD=8.09001;RBI=0.0187665;REFB=-0.0238181;REVB=-0.0185649;RO=48;SAF=1;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533294;STB=0.858105;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0327994;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:69:67:48:47:11:10:0.149254:10:1:22:26:9:1:22:25 chr16 88497400 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.947;QD=33.4285;RBI=0.122978;REFB=0;REVB=0.118611;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00722621;OID=.;OPOS=88497400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr16 88497446 . A G 149.4 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156609;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.044;QD=45.968;RBI=0.0158911;REFB=0;REVB=0.00269536;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162317;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:1:11:0:0:1:12:0:0 chr16 88498297 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.794;QD=52.6132;RBI=0.0715335;REFB=0;REVB=-0.0213731;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360424;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr16 88500430 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.817;QD=56.7063;RBI=0.0259865;REFB=0;REVB=0.0212375;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241967;OID=.;OPOS=88500430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr16 88501386 . C A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.564;QD=50.4074;RBI=0.0714448;REFB=0;REVB=-0.0358997;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278906;OID=.;OPOS=88501386;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr16 88502505 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2002;QD=54.5163;RBI=0.0327863;REFB=0;REVB=-0.0271182;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159826;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr16 88504868 . A G 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.223;QD=59.923;RBI=0.0382264;REFB=0;REVB=-0.0143779;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23076e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr16 88505274 . AGGGGC AGGG,AGGGC 34.75 PASS AF=0.242424,0.030303;AO=9,6;DP=35;FAO=8,1;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0;FSAR=4,1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.147582,-0.202068;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.283,12.7454;QD=4.21207;RBI=0.222265,0.28118;REFB=-0.0788627,-0.109553;REVB=-0.166196,-0.195527;RO=18;SAF=5,2;SAR=4,4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0.625,0.625;SSEP=0,0;SSSB=-4.52951e-08,-0.254478;STB=0.531172,0.990558;STBP=0.873,0.282;TYPE=del,del;VARB=0.161485,0.118561;OID=.,.;OPOS=88505278,88505275;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424,0.030303:9,6:35:8,1:33:24:4,0:4,1:13:11:30:18:5,2:4,4:10:8 chr16 88505635 . A C,G 313.21 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,22;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192985,0.0421799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.88,51.6304;QD=52.2018;RBI=0.0256046,0.083462;REFB=0,0;REVB=-0.0255317,0.0720192;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15493,0.00178756;OID=.,.;OPOS=88505635,88505635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:2,22:2,22:0.0833333,0.916667:2,9:0,13:0:0:2,9:0,13:0:0 chr16 88505733 . CC CT,TT 153.36 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=11,2;DP=13;FAO=12,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296815,-0.0414574;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=149.772,178.579;QD=43.8159;RBI=0.0349509,0.0454408;REFB=0,0;REVB=0.0184546,0.0186049;RO=0;SAF=2,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0010051,-0.0041736;OID=.,.;OPOS=88505734,88505733;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:14:0:0:11,2:12,2:0.857143,0.142857:9,2:2,0:0:0:9,2:3,0:0:0 chr16 88535341 . G A 612.13 PASS AF=0.57732;AO=55;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00724621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.007;QD=25.2423;RBI=0.0075765;REFB=-0.00764807;REVB=-0.00221262;RO=41;SAF=26;SAR=29;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877691;STB=0.551047;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0046076;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:55:56:0.57732:29:26:24:17:30:26:24:17 chr16 88535407 . C G 307.33 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0356755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.622;QD=20.8362;RBI=0.0378254;REFB=-0.0499628;REVB=-0.0125708;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201724;STB=0.511175;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0407343;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:15:17:15:12:15:17:15:12 chr16 88594567 . C T 227.19 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0962867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0451;QD=21.6372;RBI=0.103026;REFB=-0.0144215;REVB=0.03665;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163059;STB=0.599914;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00975971;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:12:9:5:15:12:10:5:15 chr16 88599023 . A G 336.65 PASS AF=0.330769;AO=41;DP=128;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=60;FWDB=-0.00842626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.154;QD=10.3585;RBI=0.0108531;REFB=-0.0113095;REVB=-0.0068401;RO=82;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126964;STB=0.560986;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0230355;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:82:87:41:43:0.330769:26:15:22:60:26:17:27:60 chr16 88644005 . A G 523.84 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4508;QD=58.2045;RBI=0.0468212;REFB=0;REVB=0.0265133;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829249;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr16 88706405 . TG T 40.6 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.265846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.3033;QD=3.96141;RBI=0.281452;REFB=0.00697477;REVB=0.0924173;RO=30;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0.555556;SSEP=0;SSSB=0.594094;STB=0.774937;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=-0.0148329;OID=.;OPOS=88706406;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:10:41:10:41:31:8:2:14:17:40:30:9:1:13:17 chr16 88713236 . A G 868.13 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.503;QD=57.8756;RBI=0.00474594;REFB=0;REVB=-0.00300497;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39284e-06;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr16 88713501 . A G 1141.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.059;QD=60.0638;RBI=0.0307052;REFB=0;REVB=0.00772672;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420894;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:69:76:1:24:45:0:0:26:50:0:0 chr16 88717386 . T C 726.8 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00525173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.137;QD=52.858;RBI=0.0236836;REFB=-0.0668824;REVB=0.023094;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336247;STB=0.51785;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00809408;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:26:27:2:0:26:27:2:0 chr16 88724347 . G T 575.35 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.311;QD=59.0106;RBI=0.0466787;REFB=0;REVB=0.0405643;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816156;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:10:27:0:0:12:27:0:0 chr16 88778615 . G A 362.57 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00237589;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.772;QD=20.4263;RBI=0.0117516;REFB=-0.0304038;REVB=0.0115089;RO=34;SAF=23;SAR=14;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511244;STB=0.528287;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0327178;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:14:23:23:11:14:23:23:11 chr16 88779739 . A G 556.94 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0119671;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.408;QD=22.5026;RBI=0.0192617;REFB=-0.0167268;REVB=-0.0150931;RO=43;SAF=33;SAR=19;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105665;STB=0.581466;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0135239;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:43:47:52:52:0.525253:19:33:22:21:19:33:22:25 chr16 88780634 . AGGTGTG A 83.82 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0181164;FXX=0.0882094;HRUN=2;LEN=6;MLLD=212.499;QD=10.8155;RBI=0.0217866;REFB=-0.0195673;REVB=0.0121018;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414557;STB=0.67767;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.0293537;OID=.;OPOS=88780635;OREF=GGTGTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:12:30:13:31:18:3:10:9:9:83:15:2:10:8:7 chr16 88781040 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0210784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.941;QD=11.9167;RBI=0.031387;REFB=-0.00376767;REVB=-0.0232561;RO=37;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520192;STB=0.802264;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0131958;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:4:18:13:24:4:18:13:24 chr16 88781316 . CG TA 35.86 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00240752;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.259;QD=5.12279;RBI=0.0223525;REFB=-0.00720923;REVB=-0.0222225;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239764;STB=0.666032;STBP=0.454;TYPE=mnp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=88781316;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:7:15:5:1:7:15 chr16 88782676 . A G 372.26 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.00178092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.264;QD=16.5448;RBI=0.0110882;REFB=-0.00947212;REVB=0.0109443;RO=46;SAF=18;SAR=21;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307028;STB=0.668036;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00778675;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:50:39:40:0.444444:21:18:36:10:22:18:38:12 chr16 88783449 . C G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0147226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3319;QD=10.973;RBI=0.025385;REFB=-0.00820192;REVB=0.0206796;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29801;STB=0.678763;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0162623;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:11:4:16:15:11:4:16:15 chr16 88783521 . T C 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0387981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.652;QD=6.90592;RBI=0.042885;REFB=-0.000253423;REVB=-0.018271;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31169;STB=0.694321;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00241229;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:7:4:22:13:7:4:22:13 chr16 88786904 . G A 209.51 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.122917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9214;QD=18.6231;RBI=0.124827;REFB=-0.00225663;REVB=-0.0217518;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139377;STB=0.578873;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00673894;OID=.;OPOS=88786904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:15:9:11:10:15:9 chr16 88787704 . G C 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.043649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.63;QD=18.3087;RBI=0.0441044;REFB=-0.0231867;REVB=0.00632166;RO=40;SAF=25;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150013;STB=0.583977;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0209917;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:12:25:21:19:12:25:21:19 chr16 88792047 . A G 266.29 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0487087;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7511;QD=16.9072;RBI=0.0959245;REFB=-0.00148146;REVB=-0.0826377;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471945;STB=0.511271;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00190364;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:30:33:29:30:0.47619:16:13:15:15:17:13:15:18 chr16 88792097 . A G 285.71 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0110949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.395;QD=21.9777;RBI=0.011946;REFB=-0.0115757;REVB=0.00442819;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.51336;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0105688;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:28:29:0.557692:15:13:11:12:16:13:11:12 chr16 88799116 . G A 306.32 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0582961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.462;QD=27.2287;RBI=0.058517;REFB=-0.028271;REVB=0.00507916;RO=18;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205011;OID=.;OPOS=88799116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:18:8:6:12:18:9:6:12 chr16 88803124 . T C 1179.72 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.954;QD=60.4983;RBI=0.0192259;REFB=0;REVB=0.0182591;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062991;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:75:78:1:31:44:0:0:34:44:0:0 chr16 88803982 . C G 446.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9223;QD=57.6554;RBI=0.0974911;REFB=0;REVB=0.0529182;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212166;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr16 88804734 . A G 669.59 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8532;QD=62.2874;RBI=0.0475486;REFB=0;REVB=0.00513449;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463079;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr16 88804924 . TC T 224.1 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.0781;QD=42.6857;RBI=0.142925;REFB=0;REVB=0.072587;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0123821;OID=.;OPOS=88804925;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:21:21:21:0:12:9:0:0:4:1:11:9:1:0 chr16 88805183 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5543;QD=39.2067;RBI=0.0364835;REFB=0;REVB=-0.033901;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013134;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr16 88805231 . G A 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9947;QD=33.4116;RBI=0.039422;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414388;OID=.;OPOS=88805231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr16 88808743 . A G 330.39 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.519;QD=50.8293;RBI=0.0255787;REFB=-0.0888026;REVB=0.016852;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00161671;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:1:0:15:10:1:0 chr16 88809773 . G C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.142;QD=59.5012;RBI=0.0539351;REFB=0;REVB=0.0376744;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90908e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr16 88872145 . T C 990.35 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0869;QD=59.1254;RBI=0.00165327;REFB=0;REVB=-0.00083238;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21941e-05;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr16 88872511 . T C 177.72 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0242147;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.411;QD=12.2563;RBI=0.0255326;REFB=-0.00874272;REVB=0.0080972;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243112;STB=0.639876;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0252346;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:9:13:13:23:9:13:13:23 chr16 88921634 . C G 239.77 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0198637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.771;QD=19.5729;RBI=0.0334837;REFB=-0.0129298;REVB=0.0269554;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154286;STB=0.59183;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.017122;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:25:22:24:0.489796:11:11:16:8:13:11:16:9 chr16 89167140 . G C 663.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.847;QD=61.6918;RBI=0.168025;REFB=0;REVB=0.129915;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967083;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:20:20:0:0:23:20:0:0 chr16 89167386 . C T 301.75 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.035731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3857;QD=19.4679;RBI=0.0363422;REFB=-0.02839;REVB=-0.00663736;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147463;STB=0.516119;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0328653;OID=.;OPOS=89167386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:16:16:15:14:16:16:16:14 chr16 89180765 . A T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0530393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.23;QD=10.7924;RBI=0.0531292;REFB=-0.00500636;REVB=-0.00308876;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141657;STB=0.583242;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00783694;OID=.;OPOS=89180765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:20:15:10:8:20:15 chr16 89180883 . G A 257.5 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00962287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.906;QD=23.4089;RBI=0.0135252;REFB=-0.00440011;REVB=-0.00950423;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188764;STB=0.605176;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00505238;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:7:13:10:14:7:13 chr16 89211662 . C G 174.87 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.00491502;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.588;QD=11.6579;RBI=0.00753853;REFB=-0.0212518;REVB=0.00571595;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313889;STB=0.678096;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0272866;OID=.;OPOS=89211662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:7:31:12:10:7:31 chr16 89217507 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0111528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.843;QD=17.5418;RBI=0.0144081;REFB=-0.00268759;REVB=-0.00912182;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348757;STB=0.519973;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00493217;OID=.;OPOS=89217507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:7:9:9:6:7:9 chr16 89234723 . A G 613.54 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00330847;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.103;QD=19.9524;RBI=0.0134447;REFB=-0.0167198;REVB=-0.0130312;RO=61;SAF=26;SAR=36;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363542;STB=0.520058;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0135061;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:61:61:62:62:0.504065:36:26:28:33:36:26:28:33 chr16 89234760 . A G 669.05 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.011116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.03;QD=19.678;RBI=0.0118711;REFB=-0.0147988;REVB=0.00416641;RO=69;SAF=28;SAR=39;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109446;STB=0.560451;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0134714;OID=.;OPOS=89234760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:39:28:37:32:39:28:37:32 chr16 89234948 . C A 211.4 PASS AF=0.395833;AO=16;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00828185;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.006;QD=17.6166;RBI=0.064827;REFB=-0.000612361;REVB=0.0642958;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186193;STB=0.54605;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.005953;OID=.;OPOS=89234948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:26:16:19:0.395833:5:11:13:12:8:11:13:13 chr16 89235258 . C A 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00422623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.263;QD=26.9542;RBI=0.00535062;REFB=-0.0266559;REVB=0.00328147;RO=19;SAF=19;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904484;STB=0.54947;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0106;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:15:19:8:11:15:19:8:11 chr16 89238228 . G A 312.89 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00689807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.442;QD=16.9129;RBI=0.0253043;REFB=-0.0354249;REVB=0.024346;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595119;STB=0.533314;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0543335;OID=.;OPOS=89238228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:13:21:27:13:13:21:27:13 chr16 89246670 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.75;QD=59.4354;RBI=0.0506625;REFB=0;REVB=-0.0364271;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167526;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr16 89251776 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0202854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.374;QD=23.6741;RBI=0.021613;REFB=-0.0189878;REVB=0.00745831;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573739;STB=0.510194;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0150116;OID=.;OPOS=89251776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:16:21:21:0.567568:14:7:4:11:14:7:5:11 chr16 89251798 . C T 208.82 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00527951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.225;QD=22.5749;RBI=0.00729083;REFB=-0.0318589;REVB=0.00502822;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175953;STB=0.519213;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0284385;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:15:6:4:11:15:6:4:12 chr16 89251851 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0663;QD=55.0971;RBI=0.0579741;REFB=0;REVB=-0.0196612;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017073;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr16 89259993 . A G 1302.05 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7938;QD=62.0025;RBI=0.0258444;REFB=0;REVB=-0.024866;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015305;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr16 89262644 . C CA 119.91 PASS AF=0.529412;AO=4;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0397955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5562;QD=14.1067;RBI=0.0930777;REFB=-0.00628001;REVB=0.0841414;RO=31;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647995;STB=0.612781;STBP=0.159;TYPE=ins;VARB=-0.000318393;OID=.;OPOS=89262645;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:4:35:18:34:16:10:8:5:11:89:31:4:0:12:19 chr16 89262646 . G A 120.48 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0569262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2417;QD=14.1737;RBI=0.0644965;REFB=-0.0406814;REVB=0.0303186;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045221;STB=0.512802;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0526702;OID=.;OPOS=89262646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:9:10:8:6:9:11 chr16 89262657 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0183198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.438;QD=14.0966;RBI=0.0183333;REFB=-0.0062373;REVB=0.000703694;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484979;STB=0.794777;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00607765;OID=.;OPOS=89262657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:10:1:6:8:10:1:6:8 chr16 89265087 . A G 278.86 PASS AF=0.4;AO=30;DP=78;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0711418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5736;QD=13.9429;RBI=0.101484;REFB=-0.0274476;REVB=-0.0723731;RO=48;SAF=11;SAR=19;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294988;STB=0.641019;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0396503;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:48:48:30:32:0.4:19:11:31:17:19:13:31:17 chr16 89265101 . C T 220.21 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0147633;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.265;QD=11.7444;RBI=0.0150427;REFB=-0.00604517;REVB=-0.00288594;RO=47;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787981;STB=0.551686;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00794469;OID=.;OPOS=89265101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:14:13:26:21:14:13:27:21 chr16 89265466 . AC CG,GC 407.49 PASS AF=0.0967742,0.870968;AO=3,27;DP=31;FAO=3,27;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=3,8;FSAR=0,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0790577,0.0612713;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.472,82.4418;QD=52.579;RBI=0.0792311,0.0629818;REFB=-0.24608,-0.159707;REVB=-0.00523979,-0.0145789;RO=1;SAF=3,8;SAR=0,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0545937;STB=0.5,0.52939;STBP=1,0.188;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00636906,0.0268923;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:31:31:1:1:3,27:3,27:0.0967742,0.870968:0,19:3,8:1:0:0,19:3,8:1:0 chr16 89289624 . G A 367.65 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00760409;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.062;QD=18.854;RBI=0.0143629;REFB=-0.00578868;REVB=0.0121848;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218876;STB=0.512189;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00733146;OID=.;OPOS=89289624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:40:38:38:0.487179:20:18:18:22:20:18:18:22 chr16 89291210 . G GGTGA 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00179718;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=289.132;QD=14.6657;RBI=0.00856542;REFB=-0.014905;REVB=-0.00837476;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594022;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=ins;VARB=0.0188132;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:15:37:15:36:21:8:7:12:9:99:22:8:7:13:9 chr16 89291951 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00981981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.61;QD=17.0334;RBI=0.00983074;REFB=-0.00622536;REVB=-0.00046337;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186942;STB=0.596381;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00416578;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:6:12:10:11:6:12:11:11 chr16 89293271 . A C 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00234675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.556;QD=13.5604;RBI=0.00435494;REFB=-0.0109044;REVB=-0.00366854;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782694;STB=0.502031;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0169603;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:15:19:30:23:15:19:30:24 chr16 89293614 . A G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00108867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.846;QD=13.0149;RBI=0.00515308;REFB=-0.00598185;REVB=-0.00503677;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533249;STB=0.530857;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00956127;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:16:16:11:9:16:16 chr16 89294184 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0160717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.454;QD=17.3998;RBI=0.0379543;REFB=-0.0289524;REVB=-0.0343836;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212182;STB=0.622446;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0304109;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:7:6:9:4:7:6 chr16 89294511 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0168569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.03;QD=15.5714;RBI=0.0331006;REFB=-0.00782065;REVB=-0.0284867;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225542;STB=0.64024;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00600207;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:3:8:10:1:3:8:11:1 chr16 89294697 . C T 120.74 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0177058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6107;QD=14.6353;RBI=0.0511744;REFB=-0.02215;REVB=0.0480138;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0393844;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:7:7:9:8:7:7:10:9 chr16 89299200 . C A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00300718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.112;QD=16.4544;RBI=0.00534182;REFB=-0.0681021;REVB=-0.00441497;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0389101;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr16 89299227 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0737075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.241;QD=16.4546;RBI=0.0824961;REFB=-0.0212397;REVB=0.0370515;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0101479;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr16 89299280 . T A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0165223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.253;QD=19.1096;RBI=0.0254798;REFB=-0.0027196;REVB=-0.0193968;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00132869;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:4:2:4:5:4:2 chr16 89299899 . A G 39.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0369468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8425;QD=13.2092;RBI=0.14896;REFB=-0.144929;REVB=0.144305;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0689116;OID=.;OPOS=89299899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr16 89300015 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.843;QD=32.8229;RBI=0.0491079;REFB=-0.0273766;REVB=0.0231122;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00369313;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:1:0:2:7:1:0 chr16 89300147 . A G 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00287498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2923;QD=34.6625;RBI=0.01373;REFB=-0.103044;REVB=0.0134256;RO=1;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00802587;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:1:9:1:0:1:9:1:0 chr16 89348038 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.452;QD=48.7373;RBI=0.0115303;REFB=0;REVB=0.00999312;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146012;OID=.;OPOS=89348038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr16 89351299 . A G 82.58 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0232692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9522;QD=5.50549;RBI=0.0257412;REFB=-0.00653791;REVB=0.0110071;RO=46;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206398;STB=0.521817;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0404163;OID=.;OPOS=89351299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:46:47:13:13:0.216667:6:7:24:22:6:7:24:23 chr16 89590168 . T C,TATCTC 965.28 PASS AF=0.128205,0.794872;AO=10,60;DP=80;FAO=10,62;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=6,25;FSAR=4,37;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00375606,-0.0120791;FXX=0.0126566;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=77.7473,237.699;QD=49.5014;RBI=0.010917,0.0125204;REFB=-0.021494,-0.0721156;REVB=-0.0102505,0.00329469;RO=8;SAF=6,24;SAR=4,36;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.23572,-0.10677;STB=0.666388,0.553554;STBP=0.164,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0.0171391,0.000994578;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:80:78:8:6:10,60:10,62:0.128205,0.794872:4,36:6,24:7:1:4,37:6,25:6:0 chr16 89590243 . G A 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.016;QD=57.7066;RBI=0.0264738;REFB=0;REVB=0.00831214;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23931e-05;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr16 89651174 . CT C,CTC 104.72 PASS AF=0,0.466667;AO=3,10;DP=30;FAO=0,14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=0,6;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0171962,-0.0878909;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=308.769,22.8668;QD=13.9631;RBI=0.0551879,0.0886574;REFB=0.0055471,0.0408856;REVB=-0.0524404,-0.0116328;RO=16;SAF=3,2;SAR=0,8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.715613,-0.0754431;STB=0.5,0.599867;STBP=1,0.356;TYPE=del,ins;VARB=0,-0.0553574;OID=.,.;OPOS=89651175,89651176;OREF=T,-;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.466667:3,10:30:0,14:30:16:0,6:0,8:4:12:99:16:3,2:0,8:4:12 chr16 89652191 . C T 31.31 PASS AF=0.116279;AO=4;DP=45;FAO=5;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0147973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.015;QD=2.91213;RBI=0.014882;REFB=-0.00316038;REVB=-0.00158569;RO=31;SAF=2;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539157;STB=0.599601;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0276717;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:45:43:31:37:4:5:0.116279:2:2:17:14:3:2:19:18 chr16 89653943 . C T 138.36 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00386838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.094;QD=11.7757;RBI=0.022103;REFB=-0.0125709;REVB=0.0217619;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576865;STB=0.534018;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0248127;OID=.;OPOS=89653943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:19:12:7:9:19:12 chr16 89653999 . TTGAG T,TTGAA 279.01 PASS AF=0.566038,0;AO=27,2;DP=56;FAO=30,0;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=21,0;FSAR=9,0;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0303708,-0.0362823;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=225.026,73.1253;QD=21.0576;RBI=0.0307179,0.0362854;REFB=-0.0433928,-0.0436004;REVB=0.00460442,0.000473007;RO=24;SAF=18,0;SAR=9,2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.570887;STB=0.524213,0.5;STBP=0.738,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0386757,0;OID=.,.;OPOS=89654000,89654003;OREF=TGAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TTGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566038,0:27,2:56:30,0:53:23:21,0:9,0:15:8:99:24:18,0:9,2:16:8 chr16 89661807 . C T 538.2 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0179674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4226;QD=21.3149;RBI=0.0425409;REFB=-0.0583123;REVB=-0.0385604;RO=47;SAF=25;SAR=29;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404196;STB=0.522226;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0441547;OID=.;OPOS=89661807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:29:25:24:23:29:25:24:23 chr16 89662319 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0573193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3917;QD=19.8487;RBI=0.0603006;REFB=-0.0207817;REVB=0.0187259;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148635;STB=0.585459;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0218914;OID=.;OPOS=89662319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:2:13:10:3:2:13:10:3 chr16 89662990 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0952752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0139;QD=56.9355;RBI=0.0952978;REFB=0;REVB=-0.00207377;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011742;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr16 89704365 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.264;QD=51.1836;RBI=0.0203084;REFB=0;REVB=-0.011263;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5274e-05;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr16 89764549 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.286;QD=44.6897;RBI=0.0379784;REFB=0;REVB=0.0240538;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257116;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr16 89777761 . C T 239.95 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00277717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.589;QD=14.3252;RBI=0.00344346;REFB=-0.0209115;REVB=-0.00203588;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189545;STB=0.607519;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0368167;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:12:16:15:24:12:16:15:24 chr16 89782984 . T TG 32.83 PASS AF=0.229167;AO=5;DP=49;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.176631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1914;QD=2.73621;RBI=0.245429;REFB=0.0161845;REVB=-0.170401;RO=42;SAF=5;SAR=0;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563835;STB=0.512173;STBP=0.94;TYPE=ins;VARB=-0.100089;OID=.;OPOS=89782985;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:5:49:11:48:37:7:4:23:14:32:42:5:0:26:16 chr16 89782989 . A G 120.91 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.05973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6831;QD=10.0762;RBI=0.0702291;REFB=-0.0280584;REVB=-0.0369386;RO=34;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316616;STB=0.526281;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0616432;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:33:14:15:0.3125:5:9:21:13:6:9:21:12 chr16 89783187 . C T 1005.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5563;QD=59.1476;RBI=0.053488;REFB=0;REVB=0.0386081;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441879;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr16 89785603 . A C 320.57 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0361905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7347;QD=27.2826;RBI=0.0362479;REFB=-0.0497719;REVB=0.00203812;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683779;STB=0.533728;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0199941;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:27:28:0.595745:16:11:9:9:17:11:9:10 chr16 89789898 . T C 380.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0226347;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0956;QD=16.3649;RBI=0.0240735;REFB=-0.0170416;REVB=-0.00819783;RO=51;SAF=29;SAR=11;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235482;STB=0.62471;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0235441;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:51:53:40:40:0.430108:11:29:26:25:11:29:28:25 chr16 89790048 . G C 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0463605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.003;QD=15.1928;RBI=0.0468045;REFB=-0.00488063;REVB=0.00643129;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0040539;OID=.;OPOS=89790048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:7:11:10:4:7:11 chr16 89799950 . C T 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0585138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2898;QD=21.8353;RBI=0.0662237;REFB=-0.0298185;REVB=-0.0310114;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931162;STB=0.552303;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0296765;OID=.;OPOS=89799950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:17:8:10:14:17:8:10:14 chr16 89805914 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0722381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4808;QD=14.697;RBI=0.0769863;REFB=-0.0243891;REVB=-0.0266185;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205561;STB=0.5118;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0238933;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:12:18:13:8:12:18 chr16 89806343 . C A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0127861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.911;QD=20.8117;RBI=0.0134894;REFB=-0.00761398;REVB=-0.00429862;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212546;STB=0.607385;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00812273;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:13:10:15:7:13:10:15:8 chr16 89806347 . A T 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.373;QD=62.6697;RBI=0.0253627;REFB=0;REVB=-0.00312372;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82205e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr16 89807233 . C G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0144062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.805;QD=11.4252;RBI=0.0188329;REFB=-0.0155016;REVB=-0.0121301;RO=37;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840419;STB=0.549085;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0186409;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:6:15:24:13:6:15:24:13 chr16 89809319 . T C 219.82 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00363462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9558;QD=24.4247;RBI=0.0337147;REFB=0.0132038;REVB=-0.0335182;RO=12;SAF=19;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228908;STB=0.654994;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00533219;OID=.;OPOS=89809319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:15:21:21:0.583333:2:19:9:3:2:19:11:4 chr16 89825065 . G A 161.07 PASS AF=0.395349;AO=14;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0263635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6213;QD=14.9836;RBI=0.0474138;REFB=-0.0116879;REVB=0.0394086;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266846;STB=0.554189;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0732625;OID=.;OPOS=89825065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:23:14:17:0.395349:5:9:8:13:8:9:10:13 chr16 89828437 . A G 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0255715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.924;QD=29.4448;RBI=0.0274548;REFB=-0.0575427;REVB=0.00999308;RO=19;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101961;STB=0.555949;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0301118;OID=.;OPOS=89828437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:16:15:12:7:16:15:12:7 chr16 89836323 . C T 538.15 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.883;QD=59.7946;RBI=0.0674202;REFB=0;REVB=0.0651683;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309545;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr16 89839766 . G C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00309433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.991;QD=22.5856;RBI=0.00377009;REFB=-0.0152451;REVB=-0.00215377;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204503;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0077689;OID=.;OPOS=89839766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:2:4:7:4:2:4 chr16 89845194 . A G 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.273;QD=54.8824;RBI=0.0446094;REFB=-0.0378204;REVB=-0.0201755;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000718724;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr16 89849480 . C T 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0758;QD=53.9354;RBI=0.0181315;REFB=-0.122774;REVB=0.000585214;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00292318;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:10:20:0:1:10:20:0:1 chr16 89857935 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.028412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.799;QD=20.6008;RBI=0.0391611;REFB=-0.00582369;REVB=-0.026951;RO=19;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175954;STB=0.599893;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00300868;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:15:5:8:11:15:5:8:11 chr16 89858417 . C A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0300355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.038;QD=9.7602;RBI=0.0301147;REFB=-0.00464705;REVB=0.0021832;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270151;STB=0.676997;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0111059;OID=.;OPOS=89858417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:9:2:3:4:10:2 chr16 89866043 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5166;QD=58.1418;RBI=0.0444117;REFB=0;REVB=0.0362326;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192507;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr16 89916879 . C CGAG 229.78 PASS AF=0.594595;AO=18;DP=51;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00747572;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.233;QD=24.841;RBI=0.00795525;REFB=-0.0116543;REVB=0.00272021;RO=31;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199534;STB=0.557322;STBP=0.511;TYPE=ins;VARB=0.00881742;OID=.;OPOS=89916880;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594595:18:51:22:37:15:5:17:5:10:99:31:3:15:9:22 chr16 89920957 . A G 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0524138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3094;QD=18.3426;RBI=0.0582235;REFB=-0.040194;REVB=-0.0253528;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074462;STB=0.542324;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0368095;OID=.;OPOS=89920957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:7:11:9:8:7:11 chr16 89954138 . G C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0281399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8929;QD=9.47548;RBI=0.0281545;REFB=-0.0179891;REVB=-0.000906288;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0383312;OID=.;OPOS=89954138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:11:10:5:5:11:10 chr16 89965055 . G A 206.2 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0394835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.282;QD=23.5655;RBI=0.0584037;REFB=-0.0282234;REVB=0.0430353;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133499;STB=0.582006;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0142614;OID=.;OPOS=89965055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:12:7:8:7:13:7:8:7 chr16 89985940 . G A 369.29 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00940297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.339;QD=25.0365;RBI=0.0160918;REFB=-0.0070961;REVB=-0.0130587;RO=23;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186138;STB=0.510198;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0064163;OID=.;OPOS=89985940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:21:15:9:14:21:15:9:14 chr16 89986154 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0875772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4655;QD=9.10965;RBI=0.146179;REFB=-0.00963318;REVB=0.11704;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238253;STB=0.64255;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.034023;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:13:3:3:5:13:3 chr16 89986608 . A G 427.98 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00162689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.624;QD=19.4537;RBI=0.00521301;REFB=-0.0155621;REVB=0.00495264;RO=45;SAF=12;SAR=31;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272227;STB=0.652001;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0171904;OID=.;OPOS=89986608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:31:12:25:20:31:12:25:20 chr16 89986760 . A G 386.64 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.0198185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4958;QD=18.4112;RBI=0.0360463;REFB=0.0436392;REVB=-0.0301091;RO=42;SAF=6;SAR=33;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619839;STB=0.55192;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0422946;OID=.;OPOS=89986760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:44:39:40:0.47619:33:6:8:34:34:6:9:35 chr16 89987201 . A G 246.84 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0893443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6831;QD=17.9518;RBI=0.0924393;REFB=-0.0127296;REVB=0.0237195;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32679;STB=0.688519;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00958292;OID=.;OPOS=89987201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:19:7:17:11:20:7:17:11 chr16 90025640 . G C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00902718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.409;QD=8.30814;RBI=0.0546567;REFB=-0.0156226;REVB=0.0539061;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741896;STB=0.531173;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0423727;OID=.;OPOS=90025640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:16:18:8:8:0.307692:5:3:5:11:5:3:6:12 chr16 90037828 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0325778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8716;QD=23.0939;RBI=0.0328472;REFB=-0.0033758;REVB=-0.00419823;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218894;STB=0.604716;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.002244;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:10:7:8:3:10:7:8:4 chr16 90038369 . A G 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.068003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9301;QD=15.2287;RBI=0.0680088;REFB=-0.0146293;REVB=-0.000886961;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453538;STB=0.526168;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0238982;OID=.;OPOS=90038369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:13:15:11:8:13:15 chr16 90038647 . A G 421.24 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0106573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.145;QD=23.4022;RBI=0.0113966;REFB=-0.0162635;REVB=0.004038;RO=31;SAF=12;SAR=29;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113211;STB=0.56242;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0140148;OID=.;OPOS=90038647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:29:12:13:18:29:12:13:18 chr16 90038786 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.851;QD=62.6705;RBI=0.0255198;REFB=0;REVB=0.00754691;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39927e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr16 90048327 . G A 441.37 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.068677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.117;QD=25.2211;RBI=0.0717829;REFB=-0.0283407;REVB=0.0208868;RO=28;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537781;STB=0.529398;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0140539;OID=.;OPOS=90048327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:18:24:18:10:18:24:18:10 chr16 90075226 . C T 668.1 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.000924319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.648;QD=22.8408;RBI=0.00666245;REFB=-0.0245712;REVB=0.00659802;RO=52;SAF=36;SAR=29;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440098;STB=0.524079;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0211901;OID=.;OPOS=90075226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:52:65:65:0.555556:29:36:26:26:29:36:26:26 chr16 90095484 . C T 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00932054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.449;QD=17.0949;RBI=0.0117385;REFB=-0.0158645;REVB=-0.00713589;RO=41;SAF=25;SAR=10;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362262;STB=0.703305;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0187225;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:10:25:14:27:10:25:14:27 chr16 90095949 . C T 134.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0048104;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.739;QD=15.3501;RBI=0.0244594;REFB=-0.00995161;REVB=-0.0239817;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.646841;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0128061;OID=.;OPOS=90095949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:20:15:15:0.428571:12:3:7:12:12:3:8:12 chr16 90096052 . CCTT C 268.89 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=71;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0465019;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=3;MLLD=220.908;QD=15.5881;RBI=0.0465025;REFB=-0.0347759;REVB=-0.000223912;RO=30;SAF=6;SAR=28;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31962;STB=0.667239;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0271386;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536232:34:71:37:69:32:7:30:15:17:99:30:6:28:14:16 chr16 90097748 . C T 37.43 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0410999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.99;QD=8.80783;RBI=0.0412314;REFB=-0.00575291;REVB=0.0032906;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238861;STB=0.646611;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0152886;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:3:8:3:3:3:8 chr16 90103087 . C T 159.82 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0122396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.835;QD=11.6231;RBI=0.0221398;REFB=-0.0122318;REVB=-0.0184489;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271857;STB=0.658071;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0176662;OID=.;OPOS=90103087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:14:21:7:13:14:21 chr16 90103117 . G A 229.02 PASS AF=0.48;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.020952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3343;QD=18.3212;RBI=0.0229351;REFB=-0.0297445;REVB=-0.0093292;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224612;STB=0.64041;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0257941;OID=.;OPOS=90103117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:22:24:0.48:10:12:8:18:10:14:8:18 chr16 90103659 . G A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00230849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.071;QD=12.0846;RBI=0.0284825;REFB=-0.0276162;REVB=-0.0283888;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154548;STB=0.591983;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0456401;OID=.;OPOS=90103659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:4:12:19:11:4:12:19:11 chr16 90106746 . C T 357.94 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0221997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.033;QD=19.6132;RBI=0.0276382;REFB=-0.0206556;REVB=0.0164634;RO=34;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158358;STB=0.588807;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0200123;OID=.;OPOS=90106746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:36:37:37:0.506849:23:14:19:15:23:14:20:16 chr16 90109711 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5991;QD=48.7349;RBI=0.153907;REFB=0;REVB=-0.0975172;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00822972;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr16 90110027 . G A 276.62 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806127;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.637;QD=52.6887;RBI=0.0493165;REFB=0;REVB=0.0486531;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4857e-05;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr16 90110279 . C T 163.68 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0840756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.809;QD=20.4597;RBI=0.0841053;REFB=-0.00601584;REVB=-0.00223495;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100263;STB=0.556893;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0259245;OID=.;OPOS=90110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:6:9:12:5:6:9 chr16 90110284 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0168051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.282;QD=13.5055;RBI=0.0230859;REFB=-0.0281533;REVB=-0.0158287;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565028;STB=0.533276;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0331029;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:5:12:9:3:5:12 chr16 90110289 . C A 374.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.811;QD=55.5063;RBI=0.0686617;REFB=0;REVB=0.0533695;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033693;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:19:6:0:0:21:6:0:0 chr16 90110681 . T C 83.15 PASS AF=0.282051;AO=9;DP=42;FAO=11;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00371253;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.359;QD=8.52799;RBI=0.00830333;REFB=-0.011861;REVB=-0.00742715;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584169;STB=0.861301;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0300752;OID=.;OPOS=90110681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:42:39:22:28:9:11:0.282051:8:1:13:9:10:1:14:14 chr16 90124871 . G T 152.28 PASS AF=0.287671;AO=20;DP=77;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0153475;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.409;QD=8.34411;RBI=0.021981;REFB=-0.00134617;REVB=0.0157359;RO=57;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256709;STB=0.650694;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0030352;OID=.;OPOS=90124871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:73:57:52:20:21:0.287671:7:13:25:32:8:13:21:31 chr16 90130136 . C T 743.65 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.656;QD=63.2896;RBI=0.00623296;REFB=0;REVB=0.00382688;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72697e-05;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr16 90160238 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.333;QD=43.4855;RBI=0.0624626;REFB=0;REVB=0.0563493;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184332;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 90160246 . G A 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192728;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.982;QD=44.8759;RBI=0.0463552;REFB=0;REVB=0.0421587;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247262;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 90160481 . G C 78.04 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0186454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.538;QD=3.90184;RBI=0.0190054;REFB=-0.00732652;REVB=-0.00368155;RO=65;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551645;STB=0.54615;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0346526;OID=.;OPOS=90160481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:65:66:14:14:0.175:10:4:21:44:10:4:22:44 chr16 90160793 . G C 147.5 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0853235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8482;QD=36.8754;RBI=0.0902027;REFB=-0.0911854;REVB=-0.0292647;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150537;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00988575;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:9:5:2:0:9:5:2:0 chr16 90160953 . T C 207.83 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.469;QD=48.9007;RBI=0.0683642;REFB=0;REVB=0.0664851;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656933;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:6:8:0:0:9:8:0:0 chr16 90161034 . C A 252.97 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0117201;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.539;QD=20.6507;RBI=0.0295716;REFB=-0.00752505;REVB=0.0271499;RO=26;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367384;STB=0.668582;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00602058;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:25:22:24:0.489796:4:18:13:13:5:19:13:12 chr16 90161065 . A T 211.84 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0113841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6724;QD=16.6152;RBI=0.0667653;REFB=-0.00733422;REVB=-0.0657876;RO=24;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224541;STB=0.681103;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0148221;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:24:28:23:23:0.45098:5:18:14:10:5:18:14:14 chr16 90161231 . T C 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0203447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.218;QD=19.522;RBI=0.0470029;REFB=0.000110228;REVB=-0.0423718;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288404;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:6:6:7:7:6:6 chr16 90161578 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0155437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.749;QD=5.5393;RBI=0.0260376;REFB=-0.016722;REVB=0.020889;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276525;STB=0.675291;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0259108;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:21:8:4:4:21:8 chr16 90161585 . C A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0131424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.773;QD=5.53971;RBI=0.0348632;REFB=-0.0141532;REVB=-0.0322912;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276525;STB=0.675291;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0408788;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:21:8:4:4:21:8 chr16 90232872 . C T 62.59 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0334944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.123;QD=4.55182;RBI=0.0370001;REFB=-0.00925631;REVB=0.0157204;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150897;STB=0.608479;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0339209;OID=.;OPOS=90232872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:6:4:23:21:6:4:24:21 chr16 90233312 . C T 306.57 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0679109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5179;QD=22.7086;RBI=0.0842037;REFB=-0.0393325;REVB=0.0497833;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433031;STB=0.502391;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0393584;OID=.;OPOS=90233312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:12:11:15:16:12:11 chr17 6115 . G C 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0126287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.365;QD=14.9479;RBI=0.0126365;REFB=-0.0133754;REVB=0.000443958;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542851;STB=0.530786;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0228601;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:11:20:25:17:11:20:25:17 chr17 6157 . A G 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0153586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.677;QD=14.1965;RBI=0.0156454;REFB=-0.0119575;REVB=0.00298185;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129683;STB=0.573709;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0144636;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:22:10:10:13:22:10 chr17 181474 . T C 1952.09 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.461;QD=61.971;RBI=0.0306256;REFB=0;REVB=-0.000413175;RO=0;SAF=48;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6726e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:78:48:0:0:78:48:0:0 chr17 181479 . C A 513.26 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0161905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.343;QD=15.7927;RBI=0.0170218;REFB=-0.0151054;REVB=0.00525461;RO=72;SAF=25;SAR=31;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117067;STB=0.55538;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0226343;OID=.;OPOS=181479;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:74:56:56:0.430769:31:25:24:48:31:25:26:48 chr17 182894 . T G 53.38 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.114223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9754;QD=3.33614;RBI=0.118285;REFB=-0.0632579;REVB=-0.0307337;RO=46;SAF=6;SAR=5;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165365;STB=0.613843;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.227609;OID=.;OPOS=182894;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:58:64:46:53:11:11:0.171875:5:6:31:15:5:6:36:17 chr17 465775 . G A 420.84 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0124342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5656;QD=20.529;RBI=0.0187537;REFB=-0.0143147;REVB=0.014039;RO=40;SAF=29;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112884;STB=0.562712;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0281317;OID=.;OPOS=465775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:13:29:23:17:13:29:23:17 chr17 505129 . A C 284.78 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.063808;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.511;QD=14.7935;RBI=0.0638138;REFB=-0.0104762;REVB=0.000861879;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043671;STB=0.524761;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0155628;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:45:45:32:32:0.415584:17:15:23:22:17:15:23:22 chr17 600735 . A G 452.06 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0668756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7584;QD=21.5265;RBI=0.0676133;REFB=0.0119518;REVB=0.00996021;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169644;STB=0.603808;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00976473;OID=.;OPOS=600735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:40:44:44:0.52381:24:20:25:13:24:20:27:13 chr17 648186 . G A 753.76 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00758826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.336;QD=61.5318;RBI=0.0580932;REFB=-0.119893;REVB=0.0575955;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.512815;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00145643;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:49:1:1:47:48:0.979592:18:29:0:1:19:29:0:1 chr17 648498 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.641;QD=58.1417;RBI=0.0296726;REFB=0;REVB=0.0218497;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340811;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr17 649232 . C T 179.29 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00393916;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.358;QD=14.636;RBI=0.00928208;REFB=-0.00685985;REVB=-0.00840476;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299476;STB=0.504306;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00973208;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:30:19:19:0.387755:10:9:12:15:10:9:14:16 chr17 649547 . G C 242.71 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0200509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0882;QD=42.2101;RBI=0.0711085;REFB=-0.195002;REVB=0.068223;RO=3;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13106;STB=0.545411;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0337201;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:23:3:2:20:21:0.913043:9:11:0:3:10:11:0:2 chr17 649935 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7239;QD=46.8477;RBI=0.0638268;REFB=0;REVB=0.0638048;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156652;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 650206 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.366;QD=43.4857;RBI=0.073009;REFB=0;REVB=-0.0270812;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011519;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr17 685640 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2888;QD=50.4125;RBI=0.114677;REFB=0;REVB=0.108743;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341707;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:9:8:0:0:10:9:0:0 chr17 704016 . C CG 92.51 PASS AF=1;AO=3;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713499;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=14.2982;QD=21.767;RBI=0.080402;REFB=0.0794158;REVB=0.0370631;RO=15;SAF=3;SAR=0;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0167188;OID=.;OPOS=704017;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:18:17:17:0:15:2:0:0:4:15:3:0:13:2 chr17 704017 . A G 186.72 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0352346;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4785;QD=43.9348;RBI=0.0364867;REFB=-0.121472;REVB=-0.00947667;RO=1;SAF=14;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031564;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00952637;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:2:14:1:0:2:14:1:0 chr17 908529 . A G 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.03;QD=55.6449;RBI=0.0172184;REFB=0;REVB=0.0111917;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226186;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr17 925764 . A G 444.28 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0155283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.247;QD=19.109;RBI=0.0157875;REFB=1.41104e-05;REVB=-0.00284934;RO=48;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345659;STB=0.514013;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=4.46133e-05;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:48:44:45:0.483871:25:19:19:29:26:19:19:29 chr17 970413 . C T 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.367;QD=40.7581;RBI=0.0136892;REFB=0;REVB=0.00142123;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77475e-05;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 1183354 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9985;QD=45.8064;RBI=0.119947;REFB=0;REVB=-0.0647735;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00728229;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr17 1183464 . A G 946.08 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00363049;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.063;QD=57.3379;RBI=0.00656709;REFB=-0.0646378;REVB=-0.00547231;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000412324;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:37:28:0:0:37:28:0:1 chr17 1201721 . C T 435.86 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127501;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.322;QD=54.482;RBI=0.0305785;REFB=-0.0850378;REVB=0.0277935;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000479008;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:1:0:17:14:1:0 chr17 1209700 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606816;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=161.291;QD=35.5759;RBI=0.00612388;REFB=0;REVB=0.000824242;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14466e-05;OID=.;OPOS=1209700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 1209747 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.966;QD=49.5991;RBI=0.0953558;REFB=0;REVB=0.0932223;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133177;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr17 1359363 . T G 121.33 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0107083;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.084;QD=12.4442;RBI=0.0107226;REFB=-0.00957931;REVB=0.000553236;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229769;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0169566;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:25:14:14:0.358974:7:7:12:11:7:7:12:13 chr17 1370637 . TG T 33.93 PASS AF=0.37931;AO=13;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.161085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.675;QD=4.67943;RBI=0.165338;REFB=-0.0724478;REVB=-0.0372606;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.423729;SSSB=-0.429378;STB=0.702709;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.0692817;OID=.;OPOS=1370638;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:13:29:11:29:18:2:9:8:10:33:15:2:11:8:7 chr17 1371123 . T C 121.74 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00478839;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.573;QD=13.5271;RBI=0.00873911;REFB=-0.000606644;REVB=0.0073105;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198983;STB=0.616766;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000741803;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:12:10:9:5:12:10 chr17 1371393 . C T 45.61 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0181582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.229;QD=8.68798;RBI=0.0245948;REFB=-0.0134243;REVB=-0.0165887;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345387;STB=0.70542;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0412432;OID=.;OPOS=1371393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:2:12:4:3:2:12 chr17 1373518 . T C 121.33 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0190115;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.692;QD=11.2866;RBI=0.0384835;REFB=-0.0210729;REVB=-0.0334596;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186027;STB=0.596092;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0283792;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:28:14:15:0.348837:6:8:19:7:7:8:19:9 chr17 1377943 . A G 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.116069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9975;QD=18.047;RBI=0.126902;REFB=-0.0237681;REVB=0.0513044;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368125;STB=0.719451;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0254949;OID=.;OPOS=1377943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:1:9:5:3:1:9:5:3 chr17 1381176 . A C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0519881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3202;QD=5.95777;RBI=0.0739895;REFB=-0.00440699;REVB=-0.0526469;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254478;STB=0.666112;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00179448;OID=.;OPOS=1381176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:10:8:4:2:10:8 chr17 1383893 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.094102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.21;QD=15.1567;RBI=0.0994577;REFB=-0.027599;REVB=0.0321971;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187926;STB=0.607054;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0248501;OID=.;OPOS=1383893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:17:8:16:16:17:8:16:16 chr17 1384066 . A G 405.65 PASS AF=1;AO=22;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.053;QD=55.9522;RBI=0.0894444;REFB=0;REVB=-0.0864857;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350328;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:22:29:1:6:16:0:0:6:23:0:0 chr17 1388271 . CA AC 32.91 PASS AF=0.12;AO=5;DP=61;FAO=6;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.0280147;FXX=0.166639;HRUN=4;LEN=2;MLLD=71.0417;QD=2.63252;RBI=0.0797971;REFB=-0.00839188;REVB=-0.0747178;RO=39;SAF=5;SAR=0;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502383;STB=0.512155;STBP=0.998;TYPE=mnp;VARB=0.156504;OID=.;OPOS=1388271;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:61:50:39:44:5:6:0.12:0:5:34:5:1:5:37:7 chr17 1424948 . A G 186.01 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0143353;FXX=0.0172384;HRUN=7;LEN=1;MLLD=260.337;QD=13.0535;RBI=0.0143773;REFB=-0.0100973;REVB=-0.00109796;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372839;STB=0.712157;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0101387;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:22:35:20:22:0.385965:8:12:4:18:9:13:8:27 chr17 1489088 . C G 619.5 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.194;QD=60.4388;RBI=0.029241;REFB=0;REVB=0.00248818;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456812;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:38:41:1:14:24:0:0:16:25:0:0 chr17 1516480 . T C 748.34 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621532;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.649;QD=56.4781;RBI=0.0676107;REFB=0;REVB=0.0266116;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058336;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:50:53:1:28:22:0:0:29:24:0:0 chr17 1531068 . C T 74.95 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.140402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7923;QD=4.54248;RBI=0.141183;REFB=-0.0296327;REVB=-0.0148317;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045571;STB=0.643461;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.100759;OID=.;OPOS=1531068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:66:66:38:53:13:13:0.19697:8:5:16:22:8:5:30:23 chr17 1538546 . C T 2323.5 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136959;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.104;QD=62.3759;RBI=0.0467802;REFB=-0.0204233;REVB=0.0447304;RO=2;SAF=89;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105669;STB=0.505555;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000512459;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:149:2:2:147:147:0.986577:58:89:2:0:58:89:2:0 chr17 1538628 . C G 1679.26 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.707;QD=59.443;RBI=0.037707;REFB=-0.0222457;REVB=-0.0014238;RO=0;SAF=72;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64229e-08;STB=0.503448;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000115762;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:40:72:0:0:40:72:1:0 chr17 1542153 . G A 474.59 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0289449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7875;QD=51.3069;RBI=0.0386077;REFB=-0.0209756;REVB=0.0255489;RO=2;SAF=11;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776698;STB=0.559964;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00597431;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:2:3:34:34:0.918919:23:11:2:0:23:11:3:0 chr17 1542190 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.169;QD=57.2022;RBI=0.0568501;REFB=0;REVB=0.0308905;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295111;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr17 1629426 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0125764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.226;QD=5.37712;RBI=0.0298835;REFB=-0.0124024;REVB=0.0271083;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168956;STB=0.630675;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0259877;OID=.;OPOS=1629426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:2:5:14:10:2:5:14:11 chr17 1629969 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.004482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.534;QD=13.4559;RBI=0.00774643;REFB=-0.016765;REVB=-0.00631813;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270504;STB=0.657268;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0186616;OID=.;OPOS=1629969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:11:4:6:5:11:4 chr17 1629975 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.000394258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.094;QD=13.4559;RBI=0.00941084;REFB=-0.0166082;REVB=-0.00940258;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270504;STB=0.657268;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.027084;OID=.;OPOS=1629975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:11:4:6:5:11:4 chr17 1630208 . C T 267.05 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0167337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.757;QD=20.1546;RBI=0.0193836;REFB=-0.0289698;REVB=0.0097831;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144755;STB=0.580588;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0292816;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:10:15:12:16:10:15 chr17 1630395 . T C 189.02 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0640225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6253;QD=21.0025;RBI=0.0643188;REFB=-0.0212086;REVB=0.00616646;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198665;STB=0.612668;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00727226;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:14:5:8:9:14:5:8:9 chr17 1630584 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00783483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.849;QD=16.417;RBI=0.0544762;REFB=-0.0202428;REVB=-0.0539098;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0149914;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr17 1636934 . A G 239.22 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00231121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.893;QD=14.2818;RBI=0.0138313;REFB=-0.0344198;REVB=-0.0136369;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247662;STB=0.630826;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0413165;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:13:15:11:27:13:15:12:27 chr17 1637074 . A G 556.63 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000506198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2664;QD=60.1758;RBI=0.0662401;REFB=0;REVB=-0.0662381;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074596;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr17 1637302 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00951313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5325;QD=61.8143;RBI=0.0160654;REFB=-0.103542;REVB=0.012946;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=1.57293e-05;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:18:31:0:1:18:31:0:1 chr17 1639458 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6398;QD=59.8371;RBI=0.0275658;REFB=0;REVB=0.0258167;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120966;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr17 1640709 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0139808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.041;QD=21.3533;RBI=0.0321238;REFB=-0.0155419;REVB=-0.0289218;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345162;STB=0.697348;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00443701;OID=.;OPOS=1640709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:3:6:3:10:3:6 chr17 1648294 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0793217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.214;QD=9.56957;RBI=0.079376;REFB=0.00180481;REVB=0.00293422;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00527368;OID=.;OPOS=1648294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:6:9:5:3:6:9 chr17 1673276 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8983;QD=64.1518;RBI=0.0666827;REFB=0;REVB=0.0502114;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110357;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:37:12:0:0:37:12:0:0 chr17 1680002 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000553579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.851;QD=54.517;RBI=0.0250407;REFB=0;REVB=-0.0250346;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158556;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 1686410 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.7;QD=53.2765;RBI=0.0450428;REFB=0;REVB=0.00303823;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576487;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr17 1704296 . C A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5139;QD=50.4077;RBI=0.0634073;REFB=0;REVB=0.0493669;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307843;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr17 1731268 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.953;QD=59.8394;RBI=0.0315074;REFB=0;REVB=0.0307463;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02334e-05;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr17 1733399 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0799777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5477;QD=33.4272;RBI=0.0805084;REFB=0;REVB=0.00922864;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00498563;OID=.;OPOS=1733399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 1801144 . C T 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.495;QD=57.4357;RBI=0.0113249;REFB=0.0127047;REVB=-0.00343925;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=5.53446e-06;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr17 1839674 . G C 1157.4 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0590442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7256;QD=59.3537;RBI=0.0668671;REFB=-0.0436694;REVB=-0.0313846;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0024103;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:1:0:40:37:1:0 chr17 1840357 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0237629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.315;QD=17.9407;RBI=0.0266464;REFB=0.00292634;REVB=-0.0120563;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844457;STB=0.556761;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00325443;OID=.;OPOS=1840357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:12:7:6:15:12:7:6:16 chr17 1840468 . C T 1491.8 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0152416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.417;QD=57.3769;RBI=0.0383248;REFB=-0.0647481;REVB=0.0351637;RO=2;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220538;STB=0.511626;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00160307;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:42:60:0:2:42:60:0:2 chr17 1943888 . T C 439.12 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.97;QD=56.6601;RBI=0.0486085;REFB=0;REVB=0.0485441;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385549;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr17 1962394 . C T 207.45 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0086504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.5765;QD=17.6553;RBI=0.0454206;REFB=-0.0286464;REVB=0.0445893;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184189;STB=0.61668;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.015719;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:7:13:21:5:8:13:21:5 chr17 2091765 . C T 222.69 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00961718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.16;QD=12.5459;RBI=0.00961975;REFB=-0.00106895;REVB=0.000222405;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110114;STB=0.506324;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00210371;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:20:24:15:12:20:24 chr17 2186100 . C T 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=5.20454e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.41;QD=13.7477;RBI=0.0106641;REFB=-0.0139077;REVB=0.010664;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22015;STB=0.624896;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00951631;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:8:24:12:10:8:24 chr17 2202943 . T C 145.45 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0123582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.45;QD=16.1616;RBI=0.0138841;REFB=-0.0379816;REVB=-0.00632798;RO=20;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599197;STB=0.848015;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0231621;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:14:2:14:6:14:2:14:6 chr17 2203167 . T G 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0326315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.508;QD=20.155;RBI=0.032841;REFB=-0.00146733;REVB=-0.00370319;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638486;STB=0.53542;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00112091;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:16:19:15:17:16:19:15:17 chr17 2203348 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.94;QD=37.4878;RBI=0.0354887;REFB=0;REVB=-0.0208667;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391528;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr17 2203453 . A G 126.5 PASS AF=0.764706;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00415455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.665;QD=29.764;RBI=0.0142806;REFB=-0.093833;REVB=-0.013663;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0351198;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:17:4:4:12:13:0.764706:6:6:2:2:6:7:2:2 chr17 2236404 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.010205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8102;QD=9.57067;RBI=0.0118899;REFB=0.00382322;REVB=-0.00610143;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311237;STB=0.68318;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0081573;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:2:13:5:3:2:13 chr17 2265513 . T C 147.69 PASS AF=0.180556;AO=25;DP=144;FAO=26;FDP=144;FR=.;FRO=118;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.0205272;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.861;QD=4.10251;RBI=0.0272933;REFB=-0.00239444;REVB=-0.0179878;RO=117;SAF=16;SAR=9;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165066;STB=0.615041;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.012613;OID=.;OPOS=2265513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:117:118:25:26:0.180556:9:16:60:57:9:17:61:57 chr17 2266799 . G A 309.52 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0537004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.439;QD=16.0787;RBI=0.110963;REFB=-0.00729148;REVB=0.097103;RO=43;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452641;STB=0.52552;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0117004;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:22:12:17:26:22:12:17:26 chr17 2266812 . T C 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.120902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.469;QD=15.9463;RBI=0.122121;REFB=-0.0355551;REVB=-0.0172105;RO=46;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633002;STB=0.543835;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0414182;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:24:12:18:28:24:12:19:28 chr17 2268311 . G A 352.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0210019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.957;QD=15.8605;RBI=0.0241953;REFB=-0.0117117;REVB=0.0120138;RO=49;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042713;STB=0.524675;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0139628;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:51:38:38:0.426966:17:21:25:24:17:21:26:25 chr17 2588722 . TAA T 51.12 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0218452;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.771;QD=9.29364;RBI=0.0227805;REFB=-0.0011616;REVB=0.00646055;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198042;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.00232925;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:24:8:22:14:4:4:9:5:51:13:4:4:9:4 chr17 2595964 . G A 145.81 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0119052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.144;QD=25.3575;RBI=0.049777;REFB=-0.0119949;REVB=0.0483324;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136952;STB=0.576372;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00367831;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:2:6:8:7:2:6 chr17 2600186 . G A 839.65 PASS AF=0.542484;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=153;FR=.;FRO=70;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=0.0485312;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3119;QD=21.9517;RBI=0.0630385;REFB=-0.0190485;REVB=0.0402315;RO=70;SAF=47;SAR=36;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208523;STB=0.613779;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0164201;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:70:70:83:83:0.542484:36:47:22:48:36:47:22:48 chr17 2601836 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0261122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4192;QD=21.9439;RBI=0.0280684;REFB=-0.0053859;REVB=-0.010295;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288851;STB=0.660204;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00318825;OID=.;OPOS=2601836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:1:11:9:7:1:11 chr17 2604679 . G A 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00318562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.849;QD=15.1957;RBI=0.00707056;REFB=-0.000664209;REVB=0.00631226;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238469;STB=0.636223;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00130265;OID=.;OPOS=2604679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:7:19:9:9:7:19 chr17 2606715 . G A 805.9 PASS AF=0.572519;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0191088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.176;QD=24.6077;RBI=0.0407248;REFB=-0.0294684;REVB=0.0359634;RO=56;SAF=39;SAR=36;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168294;STB=0.500917;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.016801;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:56:75:75:0.572519:36:39:29:27:36:39:29:27 chr17 2868935 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.723;QD=59.8391;RBI=0.029971;REFB=0;REVB=0.00412849;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100782;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 2883588 . C A 236.23 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.014078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.653;QD=16.2918;RBI=0.0271284;REFB=-0.00322739;REVB=-0.0231896;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14335;STB=0.579992;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0029946;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:31:26:27:0.465517:10:16:14:16:10:17:15:16 chr17 2884545 . A G 415.07 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00785606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.034;QD=24.7802;RBI=0.0143632;REFB=0.00398925;REVB=0.0120243;RO=27;SAF=22;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170876;STB=0.59669;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000944668;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:27:39:40:0.597015:17:22:9:18:17:23:9:18 chr17 2929392 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00114017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.527;QD=14.9794;RBI=0.0170603;REFB=-0.0219676;REVB=0.0170221;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122307;STB=0.571288;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0224969;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:7:4:5:5:7:4 chr17 2929674 . T C 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0287669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.17;QD=17.5867;RBI=0.0288691;REFB=0.00273279;REVB=-0.00242751;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245854;STB=0.628917;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00527123;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:9:18:9:13:10:18 chr17 2930339 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0198815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.219;QD=12.9747;RBI=0.0201154;REFB=0.00218617;REVB=0.00305887;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279999;STB=0.66637;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0078755;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:9:9:9:3:9:9 chr17 2940759 . A G 405.82 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0166401;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.637;QD=22.2366;RBI=0.0200362;REFB=-0.0214265;REVB=-0.0111606;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031283;STB=0.517233;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0121792;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:33:40:40:0.547945:24:16:12:21:24:16:12:21 chr17 3057392 . G A,GCAA 200.87 PASS AF=0,0.75;AO=4,16;DP=29;FAO=0,18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=0,13;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00177443,0.0119135;FXX=0.142806;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=138.676,119.472;QD=33.4775;RBI=0.0418695,0.0332168;REFB=-0.0019349,-0.0354785;REVB=-0.0418319,0.0310068;RO=8;SAF=4,11;SAR=0,5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.633251,-0.138943;STB=0.5,0.535676;STBP=1,0.636;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0102676;OID=.,.;OPOS=3057392,3057393;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:29:24:8:6:4,16:0,18:0,0.75:0,5:4,11:7:1:0,5:0,13:5:1 chr17 3057511 . G T 406.49 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00589713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9045;QD=38.7137;RBI=0.0562209;REFB=-0.0397784;REVB=0.0559108;RO=10;SAF=21;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163425;STB=0.588728;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0248294;OID=.;OPOS=3057511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:11:21:3:7:11:21:3:7 chr17 3100827 . T C 159.35 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0203159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.665;QD=13.5613;RBI=0.0226673;REFB=-0.00669134;REVB=0.0100532;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186854;STB=0.621042;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00738752;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:7:10:12:17:7:11:12:17 chr17 3100900 . AT A 83.35 PASS AF=0.455882;AO=21;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0315345;FXX=0.0285673;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.00112;QD=4.90279;RBI=0.285175;REFB=-0.0509908;REVB=0.283427;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144325;STB=0.570138;STBP=0.331;TYPE=del;VARB=0.114553;OID=.;OPOS=3100901;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:21:69:31:68:37:19:12:18:19:83:33:13:8:16:17 chr17 3101076 . G C 803.67 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00591333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.528;QD=55.4257;RBI=0.0199591;REFB=-0.118938;REVB=0.019063;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000262499;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:1:0:26:31:1:0 chr17 3101578 . G T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0231008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.811;QD=20.3167;RBI=0.026068;REFB=-0.055588;REVB=-0.0120786;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704129;STB=0.539731;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0528207;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:8:10:9:10:8:10 chr17 3101691 . G T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0238436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.155;QD=17.4015;RBI=0.0238556;REFB=-0.0155043;REVB=-0.000755175;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149761;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:7:6:6:7:7:6 chr17 3119008 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7747;QD=63.2834;RBI=0.0356749;REFB=0;REVB=-0.034731;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387671;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr17 3195503 . C T 803.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.465;QD=64.3114;RBI=0.0292077;REFB=0;REVB=0.0063047;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00353e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr17 3300934 . A T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0377406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.438;QD=17.7532;RBI=0.0394755;REFB=-0.0204033;REVB=0.0115741;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33252;STB=0.687743;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0167624;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:18:7:17:10:18:7:17:10 chr17 3324810 . A G 71.57 PASS AF=0.346154;AO=7;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0262122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2687;QD=11.0107;RBI=0.0533985;REFB=-0.0238502;REVB=-0.0465223;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310646;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0928668;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:16:16:7:9:0.346154:5:2:9:7:5:4:9:7 chr17 3343519 . T C 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00504778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4929;QD=22.1838;RBI=0.018601;REFB=-0.00588988;REVB=-0.017903;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107562;STB=0.559946;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00907788;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:14:4:7:14:14:4 chr17 3352294 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.01449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.054;QD=19.6922;RBI=0.0169211;REFB=-0.0198157;REVB=-0.00873874;RO=23;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370507;STB=0.713592;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0179536;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:25:26:26:0.509804:21:5:13:10:21:5:14:11 chr17 3352331 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0703113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8232;QD=18.4897;RBI=0.0741197;REFB=0.000744488;REVB=-0.0234534;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298275;STB=0.670884;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0027352;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:17:5:13:13:17:5:13:13 chr17 3416555 . C A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3348;QD=57.6789;RBI=0.0288839;REFB=0;REVB=-0.0268717;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000758193;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr17 3422032 . G A 1068.25 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.312;QD=58.5341;RBI=0.0304516;REFB=-0.14535;REVB=0.0281547;RO=1;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155031;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00056053;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:30:42:0:1:30:42:0:1 chr17 3422077 . G A 901.57 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3361;QD=58.1657;RBI=0.0545392;REFB=0;REVB=0.0540311;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357263;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr17 3445901 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.279;QD=57.5448;RBI=0.0335242;REFB=0;REVB=0.030337;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173008;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr17 3446885 . T C 142.01 PASS AF=0.435897;AO=13;DP=35;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0149533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.807;QD=14.5647;RBI=0.0155068;REFB=-0.0153967;REVB=-0.00410617;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409598;STB=0.550399;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0198488;OID=.;OPOS=3446885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:39:22:22:13:17:0.435897:7:6:11:11:7:10:11:11 chr17 3447914 . C T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0799139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8193;QD=47.8179;RBI=0.0909208;REFB=0;REVB=0.0433631;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143089;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 3458072 . T C 280.21 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.372;QD=50.9469;RBI=0.0311744;REFB=0;REVB=-0.00619167;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181805;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr17 3486702 . G A,T 375.41 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=24,2;DP=26;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248481,-0.000934097;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.599,183.027;QD=53.6302;RBI=0.0408646,0.0292158;REFB=0,0;REVB=0.040789,0.0292008;RO=0;SAF=13,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00283929,0.0242191;OID=.,.;OPOS=3486702,3486702;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:28:0:0:24,2:26,2:0.928571,0.0714286:11,0:13,2:0:0:13,0:13,2:0:0 chr17 3494310 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00676686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.154;QD=16.5042;RBI=0.0531837;REFB=-0.00140198;REVB=-0.0527514;RO=30;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262094;STB=0.649226;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00145314;OID=.;OPOS=3494310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:6:20:16:14:6:20:16:14 chr17 3514028 . G C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.55;QD=56.7028;RBI=0.0547107;REFB=0;REVB=-0.0291349;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131748;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr17 3553526 . A G 63.0 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0424674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1552;QD=8.40009;RBI=0.0641034;REFB=-0.0075093;REVB=-0.0480183;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116649;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014309;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:21:21:8:9:0.3:2:6:14:7:3:6:14:7 chr17 3561396 . C T 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.004688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.456;QD=17.6605;RBI=0.00485939;REFB=-0.0143809;REVB=0.00127921;RO=52;SAF=19;SAR=24;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186868;STB=0.604311;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0199012;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:24:19:33:19:24:19:33:19 chr17 3563963 . C G 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0192527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.873;QD=18.7092;RBI=0.0383889;REFB=-0.0243937;REVB=-0.0332121;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314421;STB=0.678375;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0372149;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:6:13:6:12:6:13 chr17 3564400 . TT AG,TG 767.45 PASS AF=0.44,0.56;AO=22,27;DP=49;FAO=22,28;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=8,17;FSAR=14,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283172,0.00534942;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=92.7805,103.063;QD=61.3958;RBI=0.0398262,0.0354963;REFB=0,0;REVB=0.0397254,0.0350909;RO=0;SAF=8,17;SAR=14,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0161234,0.011414;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:50:0:0:22,27:22,28:0.44,0.56:14,10:8,17:0:0:14,11:8,17:0:0 chr17 3568012 . A G 206.41 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0216834;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.715;QD=22.3142;RBI=0.0221566;REFB=-0.0163458;REVB=-0.00455466;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217926;STB=0.621507;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0129676;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:4:13:10:10:4:13 chr17 3572796 . TTA T,TAA 106.69 PASS AF=0.416667,0;AO=11,3;DP=42;FAO=15,0;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0731364,-0.101654;FXX=0.0769034;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=20.6142,13.3231;QD=11.8546;RBI=0.220479,0.269938;REFB=-0.00753638,0.0101204;REVB=-0.207995,0.250066;RO=23;SAF=8,3;SAR=3,0;SRF=19;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153464,0.475631;STB=0.59988,0.5;STBP=0.401,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00920526,0;OID=.,.;OPOS=3572797,3572797;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0:11,3:42:15,0:36:21:10,0:5,0:17:4:99:23:8,3:3,0:19:4 chr17 3582954 . C T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00149725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.653;QD=16.4058;RBI=0.0115819;REFB=-0.0396883;REVB=-0.0114847;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807533;STB=0.565174;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0434239;OID=.;OPOS=3582954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:37:31:31:0.455882:21:10:14:21:21:10:16:21 chr17 3594276 . TG T 445.42 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.6086;QD=44.5416;RBI=0.119243;REFB=0;REVB=-0.116821;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00357392;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:40:40:40:0:8:32:0:0:8:0:8:31:0:0 chr17 3775848 . T C 1101.71 PASS AF=1;AO=65;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.629;QD=60.3676;RBI=0.044153;REFB=0;REVB=0.0272889;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187018;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:65:73:1:34:31:0:0:37:36:0:0 chr17 3775916 . T C 1019.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2224;QD=58.2527;RBI=0.053021;REFB=0;REVB=0.0442409;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291097;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:31:36:0:0:34:36:0:0 chr17 3787726 . G A 47.14 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00521989;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.571;QD=8.57141;RBI=0.11933;REFB=-0.0187397;REVB=-0.119216;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502138;STB=0.832323;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0225261;OID=.;OPOS=3787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:22:14:15:7:7:0.318182:1:6:6:8:1:6:6:9 chr17 3818788 . G A 365.08 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0561729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.932;QD=52.1539;RBI=0.057879;REFB=-0.0789196;REVB=0.0139492;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00075336;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr17 3818830 . A G 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0317611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.845;QD=48.6269;RBI=0.0332165;REFB=-0.0771784;REVB=0.00972481;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00128735;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr17 3819002 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000657543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.482;QD=55.0969;RBI=0.0219758;REFB=0;REVB=0.0219659;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36586e-05;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:20:26:1:6:14:0:0:12:14:0:0 chr17 3828655 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0310353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0815;QD=28.7633;RBI=0.0533091;REFB=-0.0546111;REVB=0.0433436;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111661;STB=0.561733;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0199017;OID=.;OPOS=3828655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:3:6:9:10:3:6 chr17 4067315 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00155311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.491;QD=12.8681;RBI=0.0254493;REFB=-0.0357887;REVB=-0.0254019;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771943;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0498948;OID=.;OPOS=4067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:15:16:11:11:0.407407:6:5:8:7:6:5:8:8 chr17 4088291 . C T 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.432;QD=62.0136;RBI=0.0864087;REFB=0;REVB=0.019307;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397459;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr17 4352636 . G A 264.53 PASS AF=0.462687;AO=23;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.154822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8186;QD=15.7927;RBI=0.155916;REFB=-0.0636395;REVB=-0.0184396;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695428;STB=0.543831;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0639104;OID=.;OPOS=4352636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:23:31:0.462687:13:10:18:18:13:18:18:18 chr17 4391132 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000692959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.832;QD=18.2508;RBI=0.00322781;REFB=-0.0181271;REVB=0.00315255;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137254;STB=0.578836;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.030479;OID=.;OPOS=4391132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:6:9:11:4:6:9 chr17 4391153 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00012461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.365;QD=19.8489;RBI=0.00570932;REFB=-0.013835;REVB=-0.00570796;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114985;STB=0.565622;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0155805;OID=.;OPOS=4391153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:5:8:11:4:5:8 chr17 4440907 . A G 411.0 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.01664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.005;QD=23.8259;RBI=0.0468439;REFB=-0.0109824;REVB=-0.0437888;RO=29;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181614;STB=0.509973;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00552559;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:23:17:13:16:23:17:13:16 chr17 4455500 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.294;QD=64.4142;RBI=0.0356061;REFB=0;REVB=0.0113169;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133938;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr17 4461748 . G A 30.54 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0174302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.87;QD=11.1039;RBI=0.0266565;REFB=-0.0416037;REVB=-0.0201682;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.826352;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0972185;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:6:5:5:0.454545:4:1:4:1:4:1:5:1 chr17 4463023 . G A 1605.27 PASS AF=0.918699;AO=113;DP=123;FAO=113;FDP=123;FR=.;FRO=10;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0285705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.73;QD=52.2041;RBI=0.0453474;REFB=-0.0837355;REVB=0.0352153;RO=9;SAF=57;SAR=56;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692942;STB=0.532176;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000927308;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:123:123:9:10:113:113:0.918699:56:57:9:0:56:57:9:1 chr17 4495740 . G A,GA 525.97 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=31,4;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445978,0.033552;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=189.799,174.952;QD=58.4416;RBI=0.152082,0.210838;REFB=0,0;REVB=0.145395,0.208151;RO=1;SAF=16,4;SAR=15,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0300873,0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.000313915,0.0173252;OID=.,.;OPOS=4495740,4495741;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:36:36:1:0:31,4:35,1:0.972222,0.0277778:15,0:16,4:0:1:15,1:20,0:0:0 chr17 4497160 . T C 256.32 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210074;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.626;QD=51.2643;RBI=0.0871875;REFB=0;REVB=0.0846189;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174107;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr17 4545580 . G GT 158.23 PASS AF=1;AO=3;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182466;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.3377;QD=42.195;RBI=0.182481;REFB=0;REVB=-0.00233157;RO=12;SAF=3;SAR=0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00418494;OID=.;OPOS=4545581;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:15:15:15:0:11:4:0:0:4:12:3:0:8:4 chr17 4545581 . C T 115.54 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.111653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0591;QD=30.8102;RBI=0.111877;REFB=-0.0847101;REVB=-0.00708595;RO=3;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142306;STB=0.578825;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00938986;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:3:3:12:12:0.8:4:8:3:0:4:8:3:0 chr17 4575283 . A G 480.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.29;QD=58.2965;RBI=0.0382793;REFB=0;REVB=-0.0256615;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33462e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:8:24:0:0:8:25:0:0 chr17 4620497 . C T 754.49 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0455601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1016;QD=52.9466;RBI=0.0463243;REFB=-0.093619;REVB=0.00837927;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.517235;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00894382;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:28:27:0:1:28:27:0:2 chr17 4622638 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.189;QD=50.4132;RBI=0.0251175;REFB=0;REVB=0.0194209;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236128;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr17 4637886 . G A 94.09 PASS AF=0.375;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00416996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.675;QD=11.7614;RBI=0.0142356;REFB=-0.017018;REVB=0.0136112;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.521241;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0348577;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:32:20:20:10:12:0.375:5:5:9:11:7:5:9:11 chr17 4638484 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000368155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.681;QD=21.5108;RBI=0.0291454;REFB=-0.0264785;REVB=0.0291431;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695042;STB=0.520525;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0228006;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:8:10:9:5:8:10:9:6 chr17 4638563 . G A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.000942807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.801;QD=12.6185;RBI=0.00718218;REFB=0.00982071;REVB=-0.00712003;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940135;STB=0.554301;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0135648;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:7:17:24:14:7:17:24:14 chr17 4638737 . A G 146.38 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00391493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.448;QD=16.7296;RBI=0.00647751;REFB=-0.0181896;REVB=-0.00516056;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194019;STB=0.61137;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0242487;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:11:8:10:6:11:8 chr17 4641755 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0161747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.941;QD=14.6688;RBI=0.0175783;REFB=-0.0069622;REVB=0.00688296;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146274;STB=0.583264;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00837004;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:18:14:14:10:18:14 chr17 4645324 . T C 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.485;QD=58.5964;RBI=0.0300093;REFB=0;REVB=-0.00514782;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105789;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr17 4686414 . A C 472.17 PASS AF=0.489362;AO=43;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0156662;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.259;QD=20.0921;RBI=0.0158052;REFB=-0.0252208;REVB=0.0020913;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155102;STB=0.553993;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0230637;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:48:43:46:0.489362:25:18:29:21:25:21:27:21 chr17 4686463 . A ACGCCTACCTGGCT 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0498121;FXX=0;HRUN=1;LEN=13;MLLD=357.041;QD=3.23059;RBI=0.0498952;REFB=-0.00980541;REVB=-0.00287924;RO=52;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508934;STB=0.863125;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0449288;OID=.;OPOS=4686464;OREF=-;OALT=CGCCTACCTGGCT;OMAPALT=ACGCCTACCTGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147541:9:61:9:61:52:1:8:26:26:49:52:1:8:26:26 chr17 4692559 . G T 112.11 PASS AF=0.52;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0109164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.984;QD=17.9373;RBI=0.0242531;REFB=-0.0179596;REVB=-0.0216575;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0184964;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:10:12:11:13:0.52:7:4:4:6:7:6:6:6 chr17 4693054 . G A 72.57 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0141722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.045;QD=8.53776;RBI=0.0393173;REFB=-0.0185332;REVB=-0.0366742;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252049;STB=0.656368;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0600826;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:34:9:24:10:10:0.294118:8:2:4:5:8:2:9:15 chr17 4693170 . T C 85.92 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.832;QD=38.1883;RBI=0.117234;REFB=0;REVB=-0.0114608;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00621828;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:7:2:0:0 chr17 4701019 . C T 240.04 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0210388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4135;QD=16.5541;RBI=0.0371252;REFB=0.00189989;REVB=-0.0305884;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16427;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00793017;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:13:18:11:16:13:18 chr17 4712617 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0180495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.931;QD=19.8494;RBI=0.0236524;REFB=-0.0158535;REVB=-0.0152857;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121067;STB=0.56863;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0168913;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:5:8:7:8:5:8 chr17 4718776 . G A 651.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4573;QD=62.0146;RBI=0.137854;REFB=0;REVB=0.136027;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171784;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr17 4722785 . G A 116.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00302467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.703;QD=11.3305;RBI=0.0130491;REFB=-0.0213603;REVB=0.0126938;RO=27;SAF=12;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420732;STB=0.75633;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0316435;OID=.;OPOS=4722785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:2:12:15:12:2:12:15:12 chr17 4726143 . T G 282.57 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0134936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.938;QD=17.389;RBI=0.0324117;REFB=0.00874148;REVB=-0.0294694;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328599;STB=0.683988;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0112006;OID=.;OPOS=4726143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:21:10:23:11:21:10:23:11 chr17 4796274 . T C 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6982;QD=57.1021;RBI=0.0149762;REFB=0;REVB=0.0048551;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61001e-05;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr17 4796286 . C T 735.48 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412394;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.337;QD=53.4895;RBI=0.0518164;REFB=-0.164054;REVB=0.0313728;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269653;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000873395;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:2:1:52:54:0.981818:24:28:1:1:26:28:1:0 chr17 4797305 . G A 135.97 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0464175;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3147;QD=16.4816;RBI=0.0478459;REFB=-0.0153465;REVB=-0.0116034;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240435;STB=0.637277;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0173289;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:13:5:8:7:13:5 chr17 4801163 . C A 298.74 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.415;QD=51.9547;RBI=0.0026348;REFB=0;REVB=-0.0026348;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127013;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:18:0:0:0:23:0:0:0 chr17 4801286 . C T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00380417;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=322.21;QD=44.6064;RBI=0.00712934;REFB=-0.0203977;REVB=0.00602958;RO=2;SAF=2;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159697;STB=0.587534;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000554535;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:19:2:1:1:19:2:1:1 chr17 4802329 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0192779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.032;QD=20.8929;RBI=0.0192911;REFB=-0.039194;REVB=-0.000713589;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0532745;OID=.;OPOS=4802329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:4:2:6:4:4:2 chr17 4803711 . G A 350.69 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00981104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0607;QD=15.4149;RBI=0.0881244;REFB=-0.02021;REVB=0.0875765;RO=52;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726849;STB=0.509844;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0329859;OID=.;OPOS=4803711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:18:20:27:25:18:20:27:26 chr17 4836381 . C T 169.31 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.133526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.737;QD=16.5178;RBI=0.133614;REFB=-0.0121894;REVB=0.00485065;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192488;STB=0.60964;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0167575;OID=.;OPOS=4836381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:7:16:9:9:7:16 chr17 4856376 . A G 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1018;QD=64.406;RBI=0.0528667;REFB=0;REVB=0.0134451;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060784;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr17 4856580 . T C 51.69 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00247308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8323;QD=6.08149;RBI=0.0226142;REFB=-0.0117556;REVB=0.0224786;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21683;STB=0.651801;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0531571;OID=.;OPOS=4856580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:5:3:14:11:5:3:15:11 chr17 4863410 . A G 350.8 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1444;QD=53.9688;RBI=0.0436084;REFB=0;REVB=-0.00952734;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106673;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr17 4875566 . T C 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0356943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.463;QD=26.5706;RBI=0.0550499;REFB=-0.0461349;REVB=0.0419095;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680141;STB=0.53839;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0163576;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:2:2:4:7:2:2 chr17 4924097 . C G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00561454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.086;QD=14.6657;RBI=0.0112948;REFB=-0.0102379;REVB=-0.00980043;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197969;STB=0.615227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0132073;OID=.;OPOS=4924097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:10:11:5:10:10:11 chr17 4926882 . A G 325.5 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00767784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.096;QD=12.7649;RBI=0.00911765;REFB=-0.0315139;REVB=0.00491754;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291661;STB=0.516608;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0373035;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:20:19:29:34:20:19:29:34 chr17 4936971 . GG AA,GA 455.48 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00020513,-0.000490336;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=106.788,156.177;QD=56.9344;RBI=0.00382549,0.00618188;REFB=0,0;REVB=0.00381999,0.00616241;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0553418,-0.00149188;OID=.,.;OPOS=4936971,4936972;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:0,14:2,16:0:0:0,14:2,16:0:0 chr17 4937351 . G T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0171168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.201;QD=14.7981;RBI=0.0376671;REFB=-0.0201266;REVB=-0.0335533;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229475;STB=0.631371;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0193757;OID=.;OPOS=4937351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:11:2:4:7:11:2 chr17 4937575 . T C 239.41 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9626;QD=50.4013;RBI=0.0422809;REFB=0;REVB=-0.0013356;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000823855;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:5:14:0:0 chr17 4996838 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00830918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.66;QD=13.6609;RBI=0.00952305;REFB=-0.00372009;REVB=0.00465252;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354186;STB=0.709353;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00453587;OID=.;OPOS=4996838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:3:11:10:11:3:11:10:11 chr17 4996915 . AC A 130.37 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.668;QD=43.456;RBI=0.0301527;REFB=0;REVB=-0.00874377;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00024394;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:9:3:0:0:4:0:9:3:0:0 chr17 4997039 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1391;QD=56.1907;RBI=0.066686;REFB=0;REVB=0.0224643;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000806804;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 4997176 . C T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0150486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.509;QD=27.2347;RBI=0.0390481;REFB=-0.0227378;REVB=0.0360318;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110099;STB=0.561043;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0212541;OID=.;OPOS=4997176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:15:8:7:7:15:8:7:7 chr17 4997715 . A G 38.16 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0185332;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.527;QD=7.63137;RBI=0.0197276;REFB=-0.0152691;REVB=0.00676017;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157893;STB=0.59968;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0291886;OID=.;OPOS=4997715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:9:5:3:3:9:5 chr17 4997787 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.877;QD=52.6115;RBI=0.0253338;REFB=0;REVB=0.0216464;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08736e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr17 4998030 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.858;QD=40.7629;RBI=0.0276536;REFB=0;REVB=-0.0275838;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010579;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr17 4998228 . G C 400.85 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0167021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2506;QD=24.294;RBI=0.061015;REFB=0.0473869;REVB=0.0586844;RO=26;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667285;STB=0.52977;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.040512;OID=.;OPOS=4998228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:27:39:39:0.590909:23:16:13:13:23:16:13:14 chr17 4998586 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.047;QD=48.7373;RBI=0.0683467;REFB=0;REVB=0.0192679;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799581;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr17 4998852 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.903;QD=56.1913;RBI=0.0341749;REFB=0;REVB=-0.024336;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54359e-07;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 5036274 . C A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0035656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.91;QD=6.39476;RBI=0.016173;REFB=-0.00482087;REVB=-0.015775;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315976;STB=0.717431;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0198102;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:2:7:15:13:2:7:15:14 chr17 5036281 . G C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00441117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.746;QD=7.04918;RBI=0.0154933;REFB=-0.00216154;REVB=0.0148521;RO=30;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386265;STB=0.746722;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00480468;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:2:8:15:15:2:8:15:15 chr17 5042422 . G A 87.49 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0187253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.977;QD=9.72094;RBI=0.0554732;REFB=-0.0124076;REVB=-0.0522172;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202481;STB=0.567442;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0277774;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:21:24:11:11:0.305556:4:7:13:8:4:7:13:11 chr17 5042894 . T C 1800.25 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.294;QD=60.5127;RBI=0.02405;REFB=0;REVB=0.0224884;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81088e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:117:119:1:63:54:0:0:64:55:0:0 chr17 5058808 . G A 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.00866604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.224;QD=18.6165;RBI=0.0121118;REFB=0.000109779;REVB=-0.00846136;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168938;STB=0.593596;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000123619;OID=.;OPOS=5058808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:23:18:12:33:23:18:12:33 chr17 5072316 . C T 53.37 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.111873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4485;QD=7.62475;RBI=0.117214;REFB=-0.0203162;REVB=0.0349784;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305347;STB=0.689207;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0661294;OID=.;OPOS=5072316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:7:13:3:5:7:13 chr17 5084763 . G A 544.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121201;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8822;QD=60.4844;RBI=0.0259077;REFB=0;REVB=-0.0228979;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183633;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr17 5085893 . C T 186.0 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.000954177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3728;QD=10.4791;RBI=0.00163222;REFB=-0.00952288;REVB=0.00132427;RO=47;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154879;STB=0.590147;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0233187;OID=.;OPOS=5085893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:11:13:19:28:11:13:19:28 chr17 5126674 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0151954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.168;QD=12.782;RBI=0.021219;REFB=-0.0145573;REVB=0.0148103;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.624765;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0278169;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:4:10:5:5:4:10 chr17 5126689 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0135296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4908;QD=12.782;RBI=0.02248;REFB=-0.0125414;REVB=-0.0179527;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.624765;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00558433;OID=.;OPOS=5126689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:4:10:5:5:4:10 chr17 5276611 . G A 359.41 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0126929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5903;QD=19.9672;RBI=0.0164825;REFB=-0.036891;REVB=-0.0105148;RO=34;SAF=26;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559363;STB=0.541644;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0313704;OID=.;OPOS=5276611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:35:37:37:0.513889:11:26:22:12:11:26:22:13 chr17 5280440 . T C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00467615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2919;QD=19.0005;RBI=0.0543641;REFB=0.0107817;REVB=0.0541626;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131328;STB=0.575127;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00385223;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:11:6:4:13:11:6 chr17 5284698 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.655;QD=52.6131;RBI=0.0309712;REFB=0;REVB=0.0288001;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167892;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr17 5284719 . T C 310.05 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000942837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.724;QD=51.6742;RBI=0.186446;REFB=0;REVB=0.186444;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141197;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:8:16:0:0 chr17 5284770 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.436;QD=55.6561;RBI=0.0356565;REFB=0;REVB=-0.00292362;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91143e-05;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr17 5287297 . AG A 474.81 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109717;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7952;QD=45.2198;RBI=0.174109;REFB=0;REVB=-0.135189;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00741673;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:43:42:42:0:18:24:0:0:9:0:18:22:0:0 chr17 5288760 . A G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0251322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.98;QD=5.21555;RBI=0.0251353;REFB=-0.0235789;REVB=-0.000398525;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658431;STB=0.908099;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0373762;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:1:5:4:17:1:5:4:17 chr17 5288769 . CA C 34.93 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.014975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.224;QD=5.17475;RBI=0.0253726;REFB=0.000643211;REVB=0.0204821;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649568;STB=0.908099;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=-0.00584966;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:6:27:6:27:21:5:1:4:17:34:20:5:1:4:16 chr17 5288794 . G C 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0738975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1438;QD=4.62933;RBI=0.0961952;REFB=-0.00856184;REVB=-0.0615847;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511624;STB=0.82273;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0187613;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:5:19:2:4:5:19 chr17 5289580 . A G 574.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.19;QD=60.4818;RBI=0.0240368;REFB=0;REVB=0.0198661;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165019;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr17 5290033 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0737711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4091;QD=59.8323;RBI=0.0783772;REFB=0;REVB=-0.0264726;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169415;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr17 5290703 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.3;QD=60.5462;RBI=0.012358;REFB=0;REVB=-0.00115325;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38801e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr17 5294976 . T A 742.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023484;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.15;QD=57.1056;RBI=0.0241315;REFB=0;REVB=-0.00555277;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137647;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr17 5326089 . C T 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00853103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.284;QD=14.5581;RBI=0.0409829;REFB=-0.0167154;REVB=-0.0400851;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639505;STB=0.53637;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0264304;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:17:18:15:11:17:18 chr17 5326145 . C G 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0667638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.04;QD=11.1105;RBI=0.0670376;REFB=0.000676728;REVB=-0.00605194;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101413;STB=0.558775;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00158804;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:18:26:12:12:18:26 chr17 5326162 . G A 824.24 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0439631;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.038;QD=55.8804;RBI=0.0467555;REFB=-0.0556189;REVB=0.0159163;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000553223;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:1:0:34:24:1:0 chr17 5356913 . C T 103.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0135052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.838;QD=10.1384;RBI=0.0148456;REFB=-0.00936957;REVB=-0.00616462;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296368;STB=0.680551;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0216277;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:13:15:10:3:13:15 chr17 5393019 . T TGTTCCTTA 240.1 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00140321;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=8;MLLD=320.125;QD=16.2779;RBI=0.0136624;REFB=-0.0187154;REVB=-0.0135902;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726809;STB=0.540954;STBP=0.581;TYPE=ins;VARB=0.0227103;OID=.;OPOS=5393020;OREF=-;OALT=GTTCCTTA;OMAPALT=TGTTCCTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:27:61:27:59:32:14:13:19:13:99:32:14:13:19:13 chr17 5393089 . C T 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00216985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.626;QD=28.9922;RBI=0.0414593;REFB=0.0198721;REVB=-0.0414025;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177229;STB=0.597484;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0104843;OID=.;OPOS=5393089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:4:10:11:14:4:10 chr17 5393431 . G A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.017838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.656;QD=19.1823;RBI=0.0329051;REFB=-0.0155972;REVB=-0.0276505;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242799;STB=0.513507;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0230737;OID=.;OPOS=5393431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:18:23:23:20:18:23:23:20 chr17 5393461 . T C 1315.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3789;QD=61.9233;RBI=0.0899639;REFB=0;REVB=0.0302541;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877089;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr17 5393603 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0386273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.734;QD=20.4853;RBI=0.038699;REFB=-0.036314;REVB=0.00235387;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798372;STB=0.545388;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0212743;OID=.;OPOS=5393603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:5:6:9:5:5:6 chr17 5393784 . T TTTAA 110.99 PASS AF=0.52;AO=10;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0311618;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=243.331;QD=17.758;RBI=0.0384401;REFB=-0.0245964;REVB=-0.0225074;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.526276;STBP=0.84;TYPE=ins;VARB=0.0222559;OID=.;OPOS=5393785;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:10:26:13:25:12:8:5:8:4:99:14:7:3:9:5 chr17 5404011 . T C 191.12 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0108261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.147;QD=13.4122;RBI=0.0144495;REFB=-0.0132206;REVB=0.00956982;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284342;STB=0.505613;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0235524;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:13:20:14:9:13:21 chr17 5418107 . G A 116.92 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0314699;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.688;QD=10.8762;RBI=0.0321171;REFB=-0.00881691;REVB=0.00641513;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178774;STB=0.53686;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.024893;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:29:14:14:0.325581:6:8:15:12:6:8:15:14 chr17 5418799 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0111651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.862;QD=17.4015;RBI=0.0423002;REFB=-0.0254175;REVB=-0.0408001;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692208;STB=0.539815;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0226449;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:7:6:5:8:7:6 chr17 5424886 . G A 349.85 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.054343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5462;QD=27.9882;RBI=0.0875803;REFB=0.0191974;REVB=0.0686815;RO=20;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829995;STB=0.54584;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0105326;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:21:9:8:12:21:9:8:12 chr17 5425077 . T C 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00200156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.884;QD=32.9586;RBI=0.00239566;REFB=0.0149744;REVB=-0.00131642;RO=14;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383318;STB=0.520954;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00783599;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:19:11:6:8:19:11:6:8 chr17 5440197 . T C 214.25 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00946114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.052;QD=12.7909;RBI=0.00947573;REFB=-0.0123221;REVB=-0.000525774;RO=40;SAF=7;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358677;STB=0.700198;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0209522;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:41:26:26:0.38806:19:7:24:16:19:7:24:17 chr17 5487164 . C G 672.49 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.029712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7711;QD=16.6048;RBI=0.0701401;REFB=0.00315173;REVB=0.0635361;RO=88;SAF=44;SAR=29;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466174;STB=0.523253;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00375799;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:88:89:73:73:0.450617:29:44:49:39:29:44:50:39 chr17 5991344 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.001;QD=62.671;RBI=0.0453088;REFB=0;REVB=0.0388062;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229888;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr17 6014176 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.945;QD=63.5824;RBI=0.0562222;REFB=0;REVB=0.0453643;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385935;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr17 6330068 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.262;QD=49.5991;RBI=0.0614816;REFB=0;REVB=0.0453068;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685669;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr17 6331803 . T C 161.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00236921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3939;QD=18.9976;RBI=0.0196434;REFB=-0.0113246;REVB=0.0195;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121695;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:7:10:10:7:7:10 chr17 6353679 . A C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0120515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.708;QD=14.1389;RBI=0.0238652;REFB=-0.0264744;REVB=-0.0205987;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40921;STB=0.737375;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0262945;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:6:14:4:10:6:14 chr17 6364753 . A G 533.24 PASS AF=0.537634;AO=40;DP=94;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0293605;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.322;QD=22.9352;RBI=0.0459442;REFB=-0.0279147;REVB=-0.0353389;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079891;STB=0.564177;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0204074;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:39:43:40:50:0.537634:20:20:16:23:21:29:19:24 chr17 6381357 . C T 353.6 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0649531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9915;QD=18.6104;RBI=0.0684037;REFB=-0.0202656;REVB=0.0214513;RO=39;SAF=10;SAR=27;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412004;STB=0.729605;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110459;OID=.;OPOS=6381357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:27:10:28:11:27:10:28:11 chr17 6381939 . G A 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0164044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.805;QD=16.0633;RBI=0.0199805;REFB=-0.0252109;REVB=-0.011407;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620941;STB=0.526286;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0319494;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:6:12:14:9:6:12:15:9 chr17 6483046 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.537;QD=57.8822;RBI=0.0230813;REFB=0;REVB=-0.0229217;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66676e-05;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr17 6493198 . T C 2230.95 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9597;QD=63.2894;RBI=0.00585567;REFB=0;REVB=0.000911277;RO=0;SAF=69;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67912e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:139:141:1:70:69:0:0:70:71:0:0 chr17 6511781 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.821;QD=64.4154;RBI=0.019879;REFB=0;REVB=0.0107442;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04532e-05;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr17 6513329 . G A 330.05 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0241216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.982;QD=18.3359;RBI=0.0281287;REFB=-0.0126227;REVB=-0.0144696;RO=37;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357835;STB=0.519988;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.011671;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:12:23:23:14:12:23:23:14 chr17 6515387 . A G 769.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.518;QD=57.0235;RBI=0.0548078;REFB=0;REVB=0.00979336;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91484e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr17 6515454 . C T 351.2 PASS AF=1;AO=18;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022873;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.599;QD=54.0306;RBI=0.0233563;REFB=0;REVB=0.00472678;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155685;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:18:26:1:7:11:0:0:15:11:0:0 chr17 6524298 . T A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0204827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.649;QD=20.2743;RBI=0.0219207;REFB=-0.00100747;REVB=0.00780889;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170108;STB=0.595507;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000996909;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:8:16:11:12:8:16 chr17 6531648 . A G 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.022;QD=61.8755;RBI=0.0427153;REFB=0;REVB=0.0289581;RO=0;SAF=78;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0308e-06;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:47:78:0:0:47:78:0:0 chr17 6545083 . C A 185.71 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0472866;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1904;QD=13.7563;RBI=0.0709425;REFB=-0.0367705;REVB=-0.0528849;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20718;STB=0.618938;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.063311;OID=.;OPOS=6545083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:18:14:14:8:18:14 chr17 6546259 . T C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.000363256;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.048;QD=16.993;RBI=0.00506351;REFB=-0.000604217;REVB=-0.00505046;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149368;STB=0.584031;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000470144;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:13:17:11:16:13:17 chr17 6555546 . C CG 402.46 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1089;QD=43.5088;RBI=0.288488;REFB=0;REVB=0.17507;RO=6;SAF=14;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0156612;OID=.;OPOS=6555547;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:39:37:37:0:17:20:0:0:8:6:14:17:3:3 chr17 6556022 . A G 373.2 PASS AF=0.527778;AO=36;DP=70;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0263246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.196;QD=20.7334;RBI=0.0263304;REFB=-0.00701858;REVB=-0.000549389;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532475;STB=0.529396;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00819211;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:34:36:38:0.527778:17:19:20:14:18:20:20:14 chr17 6556194 . T TAGAAG 224.51 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00529174;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=5;MLLD=296.076;QD=14.7217;RBI=0.00553828;REFB=-0.00615346;REVB=0.001634;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109435;STB=0.513913;STBP=0.886;TYPE=ins;VARB=0.00662361;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:26:62:26:61:35:14:12:18:17:99:36:14:12:19:17 chr17 6556326 . G A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0104004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.744;QD=9.62225;RBI=0.0127227;REFB=-0.00762126;REVB=-0.00732788;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147427;STB=0.587097;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0107214;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:8:11:18:22:8:11:18:22 chr17 6556538 . G C 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9096;QD=56.9309;RBI=0.0503906;REFB=0;REVB=0.0500293;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043893;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr17 6556541 . A T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.199;QD=56.9383;RBI=0.0266749;REFB=0;REVB=0.0116252;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45182e-05;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr17 6558768 . C T 162.0 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0645934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9659;QD=38.1179;RBI=0.0654914;REFB=-0.0356226;REVB=-0.0108085;RO=2;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0277315;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:5:10:2:0:5:10:2:0 chr17 6663894 . GC AG,GG 623.35 PASS AF=0.380952,0.619048;AO=16,26;DP=42;FAO=16,26;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8,8;FSAR=8,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364238,0.00197431;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=114.221,152.157;QD=59.3671;RBI=0.0405733,0.0225083;REFB=0,0;REVB=0.0404095,0.0224216;RO=0;SAF=8,8;SAR=8,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.28381e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0155718,0.0109361;OID=.,.;OPOS=6663894,6663895;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:42:0:0:16,26:16,26:0.380952,0.619048:8,18:8,8:0:0:8,18:8,8:0:0 chr17 6683215 . C T 128.99 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0101931;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.4859;QD=19.8448;RBI=0.0217567;REFB=-0.0107673;REVB=-0.0192212;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203831;STB=0.615228;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00974659;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:9:3:7:7:9:3 chr17 6690161 . C T 353.75 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0295059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8271;QD=18.6186;RBI=0.034575;REFB=-0.0209204;REVB=-0.0180231;RO=37;SAF=25;SAR=12;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294003;STB=0.663945;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0165309;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:39:37:37:0.486842:12:25:13:24:12:25:14:25 chr17 6716242 . G A 325.27 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0154514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.669;QD=22.4325;RBI=0.0413996;REFB=-0.0611229;REVB=0.0384081;RO=25;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16197;STB=0.589419;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0332124;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:13:20:10:15:13:20:10:15 chr17 6904934 . A G 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.03676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.82;QD=52.696;RBI=0.0494246;REFB=-0.0550479;REVB=0.0330378;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361667;STB=0.519223;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00110201;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:24:25:2:0:24:25:2:0 chr17 6913652 . G A 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00293576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.943;QD=22.794;RBI=0.0357723;REFB=-0.0199507;REVB=0.0356516;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147688;STB=0.582165;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00845022;OID=.;OPOS=6913652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:6:15:13:11:6:15 chr17 6919093 . T C 294.42 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.91;QD=51.2036;RBI=0.058845;REFB=0;REVB=0.051301;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192896;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:21:23:1:8:13:0:0:9:14:0:0 chr17 6928019 . C CCAG 61.26 PASS AF=0.875;AO=5;DP=14;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0881481;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=3;MLLD=175.205;QD=30.629;RBI=0.249702;REFB=-0.138107;REVB=0.233626;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.0245911;OID=.;OPOS=6928020;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:5:14:7:8:1:4:3:1:0:7:7:4:1:3:4 chr17 6929924 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.893;QD=58.0607;RBI=0.0335157;REFB=0;REVB=-0.0159207;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103687;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr17 6931174 . GCT G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0130713;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.956;QD=7.95467;RBI=0.0151732;REFB=-0.0153049;REVB=-0.007705;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144365;STB=0.607206;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=0.0429067;OID=.;OPOS=6931175;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:8:28:8:27:19:3:5:10:9:53:20:3:5:10:10 chr17 6943266 . G A 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.170763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.84;QD=20.5989;RBI=0.170809;REFB=0.00674957;REVB=0.00392915;RO=19;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194841;STB=0.610989;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00651701;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:16:4:7:12:16:4:7:12 chr17 7011129 . C T 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0253144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.14;QD=8.30616;RBI=0.0484611;REFB=-0.0147402;REVB=-0.0413239;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425351;STB=0.526252;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0406857;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:14:4:2:6:14:4 chr17 7011144 . G A 204.52 PASS AF=0.703704;AO=16;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0380402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6829;QD=30.2999;RBI=0.187105;REFB=-0.0627658;REVB=0.183197;RO=7;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02563;STB=0.541018;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0335894;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:7:8:16:19:0.703704:4:12:5:2:5:14:5:3 chr17 7099811 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00263585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.964;QD=13.9114;RBI=0.0236271;REFB=-0.0225861;REVB=0.0234796;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207878;STB=0.618767;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0453897;OID=.;OPOS=7099811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:21:10:11:10:21:10 chr17 7120419 . C T 85.16 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.044126;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=48.3369;QD=11.7457;RBI=0.0783933;REFB=-0.0108424;REVB=-0.0647951;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973866;STB=0.583781;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0555139;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:17:18:11:11:0.37931:8:3:6:11:8:3:7:11 chr17 7123240 . T TGGGCGTGCAGGACGC 34.18 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0363208;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=15;MLLD=325.583;QD=3.25519;RBI=0.0397697;REFB=-0.00465879;REVB=-0.0161997;RO=34;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275795;STB=0.713471;STBP=0.366;TYPE=ins;VARB=0.0333729;OID=.;OPOS=7123241;OREF=-;OALT=GGGCGTGCAGGACGC;OMAPALT=TGGGCGTGCAGGACGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:6:44:6:42:36:5:1:23:13:34:34:5:1:22:12 chr17 7127718 . T C 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00606329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.986;QD=21.0633;RBI=0.00848093;REFB=-0.0194336;REVB=-0.00592981;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113498;STB=0.563553;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0136034;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:8:16:13:11:8:16 chr17 7128727 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00688167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.361;QD=14.1389;RBI=0.00690642;REFB=-0.00611397;REVB=-0.000584154;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504553;STB=0.52937;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00849946;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:9:11:7:7:9:11 chr17 7129840 . T C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.023541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.585;QD=11.439;RBI=0.0277894;REFB=-0.00737729;REVB=-0.0147673;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.554337;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0130183;OID=.;OPOS=7129840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:5:9:5:4:5:9 chr17 7132556 . C T 741.47 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.386;QD=57.0362;RBI=0.0377843;REFB=0;REVB=0.0022454;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5861e-05;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:26:23:0:0:26:26:0:0 chr17 7133162 . G A 856.79 PASS AF=0.51497;AO=86;DP=168;FAO=86;FDP=167;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.011543;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.948;QD=20.522;RBI=0.0119956;REFB=-0.00599485;REVB=0.00326403;RO=81;SAF=50;SAR=36;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564664;STB=0.531004;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0090693;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:81:81:86:86:0.51497:36:50:42:39:36:50:42:39 chr17 7134129 . A G 650.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6372;QD=61.9993;RBI=0.0536469;REFB=0;REVB=0.0349417;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13729e-05;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr17 7154534 . G A 629.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.472;QD=61.3942;RBI=0.00924467;REFB=0;REVB=0.00806382;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29427e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr17 7163723 . A C 286.02 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00619226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4462;QD=20.4302;RBI=0.0184658;REFB=-0.00308021;REVB=-0.0173966;RO=26;SAF=6;SAR=24;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366661;STB=0.705731;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00346105;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:24:6:15:11:24:6:15:11 chr17 7163739 . A G 784.98 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.32;QD=57.0892;RBI=0.0110877;REFB=0;REVB=0.00728535;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67129e-05;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr17 7185788 . T C 609.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.75;QD=60.9667;RBI=0.0230721;REFB=0;REVB=0.0116088;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87448e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:26:12:0:0:27:13:0:0 chr17 7187123 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.772;QD=57.2013;RBI=0.0591703;REFB=0;REVB=0.0370271;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714242;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr17 7190438 . T G 32.45 PASS AF=0.571429;AO=2;DP=7;FAO=4;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00474961;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=166.031;QD=18.5427;RBI=0.0159107;REFB=0.00414479;REVB=-0.0151852;RO=2;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.727176;STB=0.748744;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00599872;OID=.;OPOS=7190438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:7:7:2:2:2:4:0.571429:2:0:2:0:3:1:2:0 chr17 7192091 . C T 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00135071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.605;QD=18.2082;RBI=0.00783708;REFB=-0.0163649;REVB=0.0077198;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210098;STB=0.617056;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0195916;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:26:19:34:19:26:19:34:19 chr17 7213560 . C G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0355234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.549;QD=6.81336;RBI=0.0581798;REFB=-0.00571563;REVB=-0.0460758;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520582;STB=0.533238;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0169336;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:10:9:3:4:10:9 chr17 7213694 . C A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00179471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.367;QD=18.9486;RBI=0.0028884;REFB=-0.010929;REVB=0.00226316;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675974;STB=0.546616;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00921405;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:27:28:0.509091:15:12:10:17:15:13:10:17 chr17 7213773 . GGT G 122.83 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00751856;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=2;MLLD=291.89;QD=15.3537;RBI=0.0179936;REFB=-0.0129819;REVB=0.0163476;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235508;STB=0.587681;STBP=0.328;TYPE=del;VARB=0.0163802;OID=.;OPOS=7213774;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:15:33:17:32:15:6:11:8:7:99:13:5:10:8:5 chr17 7216540 . G A 54.7 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00913584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.166;QD=12.1549;RBI=0.0169934;REFB=-0.0141326;REVB=-0.0143287;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310426;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.021524;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:17:18:10:10:7:8:0.444444:2:5:4:6:2:6:4:6 chr17 7217463 . T C 185.12 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0321379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.925;QD=18.5117;RBI=0.0358085;REFB=-0.00643023;REVB=-0.0157926;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444278;STB=0.753909;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0141262;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:15:4:14:7:15:4:14:7 chr17 7219230 . A G 340.98 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6788;QD=54.5568;RBI=0.0899979;REFB=0;REVB=-0.0336767;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106386;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr17 7221385 . G A 563.81 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.637;QD=57.8266;RBI=0.0520503;REFB=-0.160396;REVB=0.0510208;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0012281;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:1:0:15:23:1:0 chr17 7286326 . T A 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403833;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.808;QD=60.6301;RBI=0.0614551;REFB=0;REVB=0.0613223;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237478;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr17 7292107 . G A 370.38 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00605471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.959;QD=25.5435;RBI=0.0445027;REFB=-0.0317315;REVB=0.0440889;RO=22;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132453;STB=0.572479;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0222178;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:20:16:14:8:20:16:14:8 chr17 7293310 . C T 36.42 PASS AF=0.25;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0242424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.696;QD=6.06976;RBI=0.0259596;REFB=-0.00927752;REVB=-0.00928472;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324286;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0507717;OID=.;OPOS=7293310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:13:18:5:6:0.25:1:4:7:6:1:5:10:8 chr17 7293715 . C T 146.63 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0203296;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.731;QD=10.8618;RBI=0.0239689;REFB=-0.00949525;REVB=-0.012697;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526288;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0195682;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:18:19:0.351852:9:9:17:17:9:10:17:18 chr17 7297452 . A G 132.78 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0251203;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.677;QD=9.15688;RBI=0.0269382;REFB=-0.0165851;REVB=-0.00972809;RO=41;SAF=13;SAR=5;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875646;STB=0.558756;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0347779;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:41:40:18:18:0.310345:5:13:27:14:5:13:26:14 chr17 7307018 . AAAG A 65.18 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0195322;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=340.149;QD=5.11243;RBI=0.0287769;REFB=-0.00692669;REVB=-0.0211329;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.33858;SSSB=-0.127993;STB=0.576808;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.0194741;OID=.;OPOS=7307019;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:14:50:14:51:37:4:10:14:23:65:34:4:10:13:21 chr17 7318396 . C T 143.24 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0567743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9077;QD=14.691;RBI=0.0649335;REFB=-0.0159281;REVB=-0.0315124;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238533;STB=0.636211;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0247765;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:18:5:7:9:18:5 chr17 7322245 . A G 93.34 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00299983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.761;QD=19.6506;RBI=0.00310378;REFB=-0.0406092;REVB=0.000796564;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272834;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:3:5:7:4:3:5 chr17 7322741 . AT A 81.77 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0523044;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6466;QD=8.38618;RBI=0.103986;REFB=-0.0480361;REVB=0.0898746;RO=20;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.527778;SSSB=0.449926;STB=0.782538;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0546542;OID=.;OPOS=7322742;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:17:40:17:39:22:14:3:8:14:81:20:14:3:8:12 chr17 7322828 . TC T 96.0 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.117816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.4851;QD=8.34761;RBI=0.117819;REFB=0.0166646;REVB=0.000804998;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0.416667;SSEP=0;SSSB=-0.246214;STB=0.663058;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=-0.0115362;OID=.;OPOS=7322829;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:18:46:18:46:28:3:15:10:18:95:27:3:15:9:18 chr17 7324788 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.044;QD=57.4361;RBI=0.0280403;REFB=-0.0153409;REVB=0.0244155;RO=1;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108646;STB=0.505745;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000286839;OID=.;OPOS=7324788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:43:24:0:1:43:24:0:1 chr17 7324852 . C G 629.26 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0448634;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.938;QD=57.2058;RBI=0.0449451;REFB=-0.11658;REVB=0.00270845;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505718;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000647947;OID=.;OPOS=7324852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:26:16:0:0:26:16:1:1 chr17 7363088 . T C 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00120272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.627;QD=53.9308;RBI=0.0230403;REFB=0.0460519;REVB=0.0230089;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-4.82453e-05;OID=.;OPOS=7363088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr17 7366651 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.383;QD=43.4853;RBI=0.0871623;REFB=0;REVB=0.0107823;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161166;OID=.;OPOS=7366651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 7385454 . G A 500.56 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.122;QD=58.8891;RBI=0.0500181;REFB=0;REVB=0.0276585;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126534;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:18:16:0:0 chr17 7386055 . C T 1709.92 PASS AF=0.966942;AO=116;DP=122;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0172184;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.046;QD=56.5263;RBI=0.0253389;REFB=-0.174565;REVB=0.01859;RO=1;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747895;STB=0.501279;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.000817506;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:122:121:1:4:116:117:0.966942:63:53:0:1:63:54:2:2 chr17 7386279 . TG CA 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173822;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.124;QD=55.0448;RBI=0.0337854;REFB=-0.00207446;REVB=0.0289709;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=mnp;VARB=9.80396e-05;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr17 7399318 . GCCCCA GCCC,GCCCA 30.1 PASS AF=0.130435,0.26087;AO=4,6;DP=25;FAO=3,6;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=3,2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.231368,-0.185247;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=27.6502,14.678;QD=5.23413;RBI=0.24755,0.185257;REFB=-0.0713835,-0.129577;REVB=-0.0880329,-0.00196125;RO=14;SAF=0,5;SAR=4,1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.675955,0.41176;STB=0.996095,0.620278;STBP=0.071,0.483;TYPE=del,del;VARB=0.133069,0.157777;OID=.,.;OPOS=7399322,7399319;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.130435,0.26087:4,6:25:3,6:23:14:0,4:3,2:7:7:14:14:0,5:4,1:7:7 chr17 7400137 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.421;QD=55.6557;RBI=0.0250465;REFB=0;REVB=0.0247862;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196849;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr17 7402600 . T C 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.212;QD=55.6415;RBI=0.0167111;REFB=0;REVB=0.00992698;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92469e-05;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr17 7404107 . T C 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5547;QD=59.6738;RBI=0.00660252;REFB=0;REVB=0.00190198;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10351e-05;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr17 7404991 . T C 1016.6 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325229;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5041;QD=59.7998;RBI=0.0336333;REFB=0;REVB=-0.00857074;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602557;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr17 7405937 . C T 542.6 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229013;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.169;QD=60.2883;RBI=0.0376641;REFB=0;REVB=0.0299018;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219014;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 7416683 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.904;QD=40.7629;RBI=0.110624;REFB=0;REVB=0.0969139;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328476;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr17 7460193 . G T 144.67 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0523022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.561;QD=10.1523;RBI=0.0525448;REFB=0.00801;REVB=-0.00504322;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118764;STB=0.56978;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0201459;OID=.;OPOS=7460193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:9:10:16:22:9:10:16:22 chr17 7460559 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.956;QD=50.4133;RBI=0.0515408;REFB=0;REVB=0.0451888;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475692;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr17 7462555 . G A 1271.77 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0388618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.687;QD=59.152;RBI=0.0464615;REFB=-0.176765;REVB=0.0254643;RO=1;SAF=25;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809714;STB=0.505602;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000519677;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:83:84:0.976744:58:25:0:1:59:25:1:1 chr17 7462969 . A G 954.27 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5248;QD=58.7244;RBI=0.0236118;REFB=0;REVB=0.0146666;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89973e-05;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr17 7463683 . T C 56.77 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0959649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8575;QD=4.36666;RBI=0.0959651;REFB=-0.00680422;REVB=-0.000187268;RO=43;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526991;STB=0.862974;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0321701;OID=.;OPOS=7463683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:1:8:21:22:1:8:21:22 chr17 7470285 . CA C 1155.07 PASS AF=1;AO=86;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408038;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.7503;QD=47.6317;RBI=0.0469052;REFB=0;REVB=-0.0231333;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000310325;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:94:97:97:0:47:50:0:0:21:0:46:40:0:0 chr17 7475159 . A T 386.49 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00869082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.525;QD=21.4716;RBI=0.0121555;REFB=-0.00798018;REVB=-0.0084986;RO=33;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767638;STB=0.536894;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0108895;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:33:38:39:0.541667:22:16:11:22:23:16:11:22 chr17 7477938 . G C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.021;QD=62.0197;RBI=0.0712854;REFB=0;REVB=0.0712764;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270718;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr17 7479892 . C T 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00566332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9452;QD=18.1913;RBI=0.0101054;REFB=-0.018118;REVB=0.00836928;RO=45;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401205;STB=0.522404;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0104999;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:17:23:24:21:17:23:24:21 chr17 7482125 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0489483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0514;QD=16.7277;RBI=0.0499544;REFB=-0.0201502;REVB=-0.00997555;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0276047;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:9:10:9:7:9:10 chr17 7530271 . C T 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00351502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.679;QD=13.626;RBI=0.0152651;REFB=0.0220749;REVB=-0.0148549;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0063535;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr17 7557419 . A G 269.48 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0325359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.082;QD=18.9108;RBI=0.0330771;REFB=-0.0177819;REVB=-0.00595902;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453435;STB=0.525322;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0250621;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:13:15:17:12:13:15 chr17 7560835 . T C,G 558.47 PASS AF=0.025641,0.948718;AO=2,35;DP=37;FAO=1,37;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=0,13;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.097152,0.107056;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.06228,148.36;QD=57.2793;RBI=0.0974236,0.114175;REFB=-0.0981727,-0.244189;REVB=0.00726948,0.0396859;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.510199;STBP=1,0.512;TYPE=snp,snp;VARB=0.131785,0.00226688;OID=.,.;OPOS=7560835,7560835;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:39:0:1:2,35:1,37:0.025641,0.948718:1,24:1,11:0:0:1,24:0,13:0:1 chr17 7577252 . C T 76.39 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0190253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1456;QD=25.4645;RBI=0.0209243;REFB=-0.0892589;REVB=0.00871008;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.011545;OID=.;OPOS=7577252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:3:0:6:3:3:0 chr17 7577407 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.749;QD=33.4285;RBI=0.0842695;REFB=0;REVB=0.014871;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149843;OID=.;OPOS=7577407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 7577427 . G A 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.685;QD=37.477;RBI=0.0300404;REFB=0;REVB=0.0266084;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422105;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr17 7578115 . T C 252.45 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.64;QD=50.491;RBI=0.065071;REFB=0;REVB=-0.0650455;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567626;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:11:9:0:0 chr17 7578159 . C G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0188217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.004;QD=13.4423;RBI=0.0190589;REFB=-0.00731169;REVB=0.00299801;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177933;STB=0.603583;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0094499;OID=.;OPOS=7578159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:3:10:6:4:3:10 chr17 7589902 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0108487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.323;QD=5.37764;RBI=0.0257446;REFB=-0.00454124;REVB=-0.0233471;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240748;STB=0.659901;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0205682;OID=.;OPOS=7589902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:13:12:2:5:13:12 chr17 7592168 . C G 233.32 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3804;QD=49.1196;RBI=0.109797;REFB=0;REVB=0.100733;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171098;OID=.;OPOS=7592168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:11:3:0:0:15:4:0:0 chr17 7592560 . C T 745.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.181;QD=63.4108;RBI=0.0501719;REFB=0;REVB=0.0290824;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85857e-05;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:28:16:0:0:30:17:0:0 chr17 7606721 . GC G,GG 374.72 PASS AF=0.296296,0.703704;AO=10,16;DP=26;FAO=8,19;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5;FSAR=5,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103658,0.107874;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.839,263.967;QD=55.5135;RBI=0.104585,0.108627;REFB=0,0;REVB=0.0138929,0.0127646;RO=0;SAF=3,4;SAR=7,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.07465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00246512,0.00615074;OID=.,.;OPOS=7606722,7606722;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.296296,0.703704:10,16:26:8,19:27:0:3,5:5,14:0:0:17:0:3,4:7,12:0:0 chr17 7614601 . G A 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00583431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.526;QD=8.90116;RBI=0.026255;REFB=-0.0128638;REVB=-0.0255986;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280047;STB=0.665878;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0484118;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:7:11:15:26:7:11:15:26 chr17 7673928 . C G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.5;QD=58.5991;RBI=0.0268691;REFB=0;REVB=0.019379;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133345;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr17 7681412 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9763;QD=62.3507;RBI=0.0440016;REFB=0;REVB=0.024089;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827134;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr17 7722365 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.456;QD=59.8551;RBI=0.0305694;REFB=0;REVB=0.0241833;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67836e-05;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr17 7735063 . T G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0467797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1602;QD=14.6972;RBI=0.0740529;REFB=-0.00696028;REVB=0.0574063;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158106;STB=0.590822;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0101936;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:14:16:8:13:14:16 chr17 7735934 . G A 595.73 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0201199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.012;QD=19.3734;RBI=0.0234494;REFB=-0.00676686;REVB=0.0120443;RO=62;SAF=36;SAR=25;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624195;STB=0.503447;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00660794;OID=.;OPOS=7735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:25:36:37:25:25:36:37:25 chr17 7750232 . T C 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.021023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0684;QD=18.74;RBI=0.0719242;REFB=0.0164155;REVB=0.0687831;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.000525411;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:2:2:4:3:2:2 chr17 7751778 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0231805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.161;QD=16.1983;RBI=0.0384216;REFB=-0.0549438;REVB=0.0306412;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0126088;OID=.;OPOS=7751778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:0:3:2:3:0:3 chr17 7760397 . G A 589.56 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0308861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5845;QD=20.1559;RBI=0.0421432;REFB=-0.0123343;REVB=0.0286722;RO=57;SAF=35;SAR=25;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398484;STB=0.502195;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0173324;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:25:35:33:24:25:35:33:24 chr17 7760704 . A G 389.76 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=0.0233725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.596;QD=16.4107;RBI=0.0236089;REFB=-0.000631685;REVB=-0.00333217;RO=52;SAF=21;SAR=20;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281094;STB=0.674973;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00129733;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:54:41:41:0.431579:20:21:12:40:19:22:12:42 chr17 7761512 . C A 172.61 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00177468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.929;QD=15.3432;RBI=0.0537335;REFB=-0.0123839;REVB=0.0537042;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176086;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0198851;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:26:17:19:0.422222:6:11:12:13:8:11:12:14 chr17 7761926 . C T 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00895496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4469;QD=19.0577;RBI=0.0107368;REFB=0.0242802;REVB=0.00592346;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3223;STB=0.683705;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0270264;OID=.;OPOS=7761926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:12:8:14:5:12:8 chr17 7797852 . C T 68.62 PASS AF=0.135922;AO=12;DP=102;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0274067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.617;QD=2.66503;RBI=0.0371199;REFB=-0.00588377;REVB=-0.0250351;RO=87;SAF=6;SAR=6;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915075;STB=0.563018;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0427768;OID=.;OPOS=7797852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:102:103:87:89:12:14:0.135922:6:6:37:50:7:7:38:51 chr17 7802454 . A C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00518265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.803;QD=19.3432;RBI=0.00797158;REFB=-0.0264775;REVB=0.00605692;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.527747;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0300919;OID=.;OPOS=7802454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:10:8:9:9:10:8 chr17 7843053 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.013;QD=49.5949;RBI=0.132232;REFB=0;REVB=0.0125236;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209796;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr17 7847955 . C A 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5042;QD=46.9555;RBI=0.00563812;REFB=-0.0308367;REVB=0.00563812;RO=1;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145399;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:20:0:0:1:20:0:0:1 chr17 7849087 . C G 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9651;QD=59.8512;RBI=0.0481626;REFB=0;REVB=-0.00973955;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032996;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr17 7907189 . C T 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0104322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.745;QD=16.9915;RBI=0.0261529;REFB=-0.0213247;REVB=0.0239822;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732782;STB=0.541034;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0228096;OID=.;OPOS=7907189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:19:8:7:23:19:8:7:23 chr17 7915912 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0169658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0059;QD=16.6261;RBI=0.073954;REFB=0.00921564;REVB=0.0719817;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246548;STB=0.64263;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0054437;OID=.;OPOS=7915912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:6:8:4:9:6:8 chr17 7948175 . C T 138.8 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0319459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9209;QD=19.828;RBI=0.0323645;REFB=-0.0357781;REVB=0.00518863;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265188;STB=0.648603;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0162371;OID=.;OPOS=7948175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:2:11:8:7:2:11 chr17 7950377 . C T 451.03 PASS AF=0.511364;AO=42;DP=86;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00614149;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.594;QD=20.5015;RBI=0.00614249;REFB=-0.0150392;REVB=-0.000110535;RO=43;SAF=26;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16344;STB=0.589001;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0135528;OID=.;OPOS=7950377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:43:43:42:45:0.511364:16:26:19:24:18:27:18:25 chr17 7950952 . C A 211.65 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00997601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.96;QD=19.6885;RBI=0.020568;REFB=-0.0245226;REVB=0.0179868;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326098;STB=0.684751;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0283142;OID=.;OPOS=7950952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:14:8:15:6:14:8 chr17 7951819 . A G 578.73 PASS AF=0.616279;AO=49;DP=82;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00917706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.874;QD=26.9176;RBI=0.023677;REFB=-0.0200844;REVB=-0.0218261;RO=31;SAF=33;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167384;STB=0.592348;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0108106;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:31:33:49:53:0.616279:16:33:14:17:17:36:15:18 chr17 7960625 . C T 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0390923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.862;QD=15.6178;RBI=0.0442054;REFB=-0.00505659;REVB=-0.0206376;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605675;STB=0.534845;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00572914;OID=.;OPOS=7960625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:11:14:9:9:11:14 chr17 7983799 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00172432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.795;QD=17.9526;RBI=0.0198113;REFB=-0.0193972;REVB=-0.0197361;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888254;STB=0.549892;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.019573;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:10:17:15:13:10:17:15:13 chr17 7983969 . G C 423.84 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0221976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.471;QD=21.1922;RBI=0.0239615;REFB=-0.0224817;REVB=-0.00902345;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022609;STB=0.512494;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0161482;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:21:21:20:18:21:21:20:18 chr17 8023057 . A C 385.98 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0820677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.023;QD=49.8034;RBI=0.0904295;REFB=-0.195594;REVB=0.0379786;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0118435;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:0:1:29:30:0.967742:13:16:0:0:14:16:0:1 chr17 8023059 . A C 445.87 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.749;QD=57.531;RBI=0.0116084;REFB=0;REVB=0.00369649;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10934e-05;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 8023061 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0160524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.836;QD=28.4028;RBI=0.0223485;REFB=-0.00929574;REVB=0.0155491;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073241;STB=0.540502;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0055134;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:9:12:5:6:9:12:5:6 chr17 8023143 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5662;QD=61.3341;RBI=0.0322041;REFB=0;REVB=0.00260887;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147957;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr17 8024237 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8838;QD=57.3855;RBI=0.0693608;REFB=0;REVB=-0.0516749;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777813;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr17 8045707 . GC G 228.74 PASS AF=0.965517;AO=21;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.251738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6986;QD=31.5504;RBI=0.292371;REFB=0.0345381;REVB=0.14869;RO=7;SAF=16;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111369;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=del;VARB=0.0207487;OID=.;OPOS=8045708;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.965517:21:29:28:29:1:19:9:1:0:3:7:16:5:4:3 chr17 8063057 . G C,GC 32.13 PASS AF=0,0.225806;AO=2,7;DP=31;FAO=0,7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0592221,-0.0104962;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=30.2671,17.6219;QD=4.14563;RBI=0.113762,0.0173587;REFB=-0.0222149,-0.0748987;REVB=-0.0971315,-0.0138259;RO=22;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.498236,-0.259708;STB=0.5,0.811518;STBP=1,0.084;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.164104;OID=.,.;OPOS=8063057,8063058;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:31:31:22:24:2,7:0,7:0,0.225806:2,5:0,2:11:11:0,6:0,1:12:12 chr17 8135061 . T C 340.52 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7277;QD=54.4823;RBI=0.051731;REFB=0;REVB=0.0277384;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191895;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 8141707 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.897;QD=57.1773;RBI=0.0203762;REFB=0;REVB=-0.00873244;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151038;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr17 8215534 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389669;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.789;QD=33.4235;RBI=0.0419755;REFB=0;REVB=0.0156054;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289139;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 8216468 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.992;QD=55.6561;RBI=0.00787223;REFB=0;REVB=0.00363676;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29591e-05;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 8219398 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0225572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.927;QD=5.95843;RBI=0.0233744;REFB=0.00135654;REVB=0.00612634;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346032;STB=0.736115;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.006927;OID=.;OPOS=8219398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:11:6:4:2:12:6 chr17 8248664 . C T 664.17 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00581882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.931;QD=27.9648;RBI=0.00624673;REFB=-0.0170389;REVB=-0.00227221;RO=37;SAF=36;SAR=22;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106638;STB=0.557826;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0121439;OID=.;OPOS=8248664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:22:36:28:9:22:36:28:9 chr17 8249116 . C T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0268871;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.622;QD=15.5756;RBI=0.0295632;REFB=0.000902492;REVB=0.0122908;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074716;STB=0.55334;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000793701;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:16:9:13:17:16:9:14:17 chr17 8273384 . G A 75.56 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0141457;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0261;QD=10.4225;RBI=0.0290832;REFB=-0.0164757;REVB=-0.0254112;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254339;STB=0.654357;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0172493;OID=.;OPOS=8273384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:10:9:7:3:10:9 chr17 8339283 . C G,T 545.64 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195752,0.0676997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.6306,151.333;QD=58.9876;RBI=0.0198467,0.0777707;REFB=0,0;REVB=-0.00327171,0.0382758;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.140419,-0.000722049;OID=.,.;OPOS=8339283,8339283;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:2,17:0,18:0:0:2,17:0,18:0:0 chr17 8339307 . G A 492.5 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0374511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2434;QD=51.8421;RBI=0.0788865;REFB=-0.107661;REVB=0.0694297;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.540517;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00321956;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:1:3:35:35:0.921053:18:17:1:0:18:17:3:0 chr17 8378932 . A G 1080.25 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0005763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7969;QD=60.014;RBI=0.0465577;REFB=0;REVB=0.0465541;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126041;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr17 8383894 . A G 593.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0803;QD=60.833;RBI=0.061971;REFB=0;REVB=0.0191016;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080169;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr17 8416901 . C T 632.78 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1483;QD=61.7344;RBI=0.135025;REFB=0;REVB=0.0771917;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287434;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr17 8424270 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.933;QD=62.0218;RBI=0.0238002;REFB=0;REVB=0.0208201;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159524;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr17 8450357 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.039;QD=57.1773;RBI=0.0246364;REFB=0;REVB=0.0231538;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47955e-05;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr17 8644854 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.748;QD=56.1915;RBI=0.0444687;REFB=0;REVB=0.0104052;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122912;OID=.;OPOS=8644854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 8647931 . G C 239.27 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.299;QD=50.3727;RBI=0.0535619;REFB=0;REVB=0.00390324;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000688213;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr17 8700778 . G A 617.43 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215292;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.556;QD=61.7429;RBI=0.028791;REFB=0;REVB=0.0191158;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183154;OID=.;OPOS=8700778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr17 8700982 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.374;QD=47.821;RBI=0.099649;REFB=0;REVB=-0.00989107;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329338;OID=.;OPOS=8700982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 8725214 . A AG 322.53 PASS AF=1;AO=28;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9377;QD=35.8366;RBI=0.186949;REFB=0;REVB=-0.0443401;RO=6;SAF=12;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00498882;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:35:36:36:0:16:20:0:0:6:6:12:16:4:2 chr17 8740124 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00533692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.014;QD=15.2295;RBI=0.0162766;REFB=-0.00345496;REVB=-0.0153767;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137298;STB=0.578983;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00472624;OID=.;OPOS=8740124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:11:17:9:10:11:17 chr17 9066254 . T C 417.78 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0739221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.068;QD=22.5827;RBI=0.0739382;REFB=-0.0123597;REVB=-0.00154316;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501241;STB=0.527628;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00796944;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:26:15:14:19:26:15:14:19 chr17 9086712 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0942636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.131;QD=19.1801;RBI=0.0959527;REFB=-0.00876033;REVB=-0.017925;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155247;STB=0.588105;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0101123;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:3:8:7:6:3:8 chr17 9395231 . G A 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.738;QD=55.0939;RBI=0.0508062;REFB=0;REVB=-0.00449375;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252209;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr17 9471711 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.081;QD=53.9108;RBI=0.0472795;REFB=0;REVB=-0.00347852;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103467;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr17 9479098 . C A 499.85 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0331292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.532;QD=54.0377;RBI=0.0652798;REFB=-0.120817;REVB=0.0562486;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.527762;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00105788;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:17:18:0:1:17:18:0:2 chr17 9515777 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7111;QD=59.4308;RBI=0.0293475;REFB=0;REVB=0.0192075;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689658;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr17 9586165 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00661204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.832;QD=25.2766;RBI=0.0127176;REFB=-0.0224666;REVB=0.0108636;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196737;STB=0.609988;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0136178;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:5:7:6:13:5:7 chr17 9632247 . A G 548.03 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00230585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.145;QD=23.5711;RBI=0.00919808;REFB=-0.0195131;REVB=-0.00890436;RO=42;SAF=25;SAR=26;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129621;STB=0.571039;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0152011;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:26:25:14:28:26:25:14:28 chr17 9712255 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00633836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.553;QD=19.6682;RBI=0.00674632;REFB=-0.00784385;REVB=0.0023104;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117976;STB=0.552431;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00837016;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:9:10:7:11:9:10:8:11 chr17 9764531 . A G 294.17 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00909323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.617;QD=12.7898;RBI=0.0106228;REFB=0.00545354;REVB=-0.00549163;RO=58;SAF=11;SAR=23;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390074;STB=0.722166;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00942265;OID=.;OPOS=9764531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:23:11:40:18:23:11:40:18 chr17 9769199 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.116057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0065;QD=15.1961;RBI=0.133397;REFB=0.0323005;REVB=0.0657698;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989897;STB=0.557312;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0487647;OID=.;OPOS=9769199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:11:15:12:6:11:15 chr17 10216067 . G GT 33.9 PASS AF=0.327869;AO=21;DP=64;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.197005;FXX=0.031741;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.94292;QD=2.22323;RBI=0.19787;REFB=-0.0931311;REVB=-0.0184831;RO=35;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146977;STB=0.607026;STBP=0.324;TYPE=ins;VARB=0.00582674;OID=.;OPOS=10216068;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327869:21:64:20:61:41:4:16:13:28:33:35:4:17:10:25 chr17 10216510 . G A 1998.64 PASS AF=0.992308;AO=126;DP=127;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492734;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.266;QD=61.4966;RBI=0.0765479;REFB=-0.0953322;REVB=0.0585808;RO=0;SAF=85;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000212509;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:130:0:1:126:129:0.992308:41:85:0:0:42:87:0:1 chr17 10223714 . T C 285.11 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301925;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.096;QD=51.8389;RBI=0.148244;REFB=0;REVB=0.145137;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185692;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr17 10231417 . C T 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0138241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6328;QD=18.639;RBI=0.0152534;REFB=-0.0183902;REVB=0.00644674;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974455;STB=0.555501;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0180662;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:9:15:15:6:9:15 chr17 10243717 . G A 689.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5143;QD=62.6498;RBI=0.0466141;REFB=0;REVB=-0.0437194;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380046;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr17 10318635 . CA C,CG 1486.61 PASS AF=0.105769,0.894231;AO=11,89;DP=100;FAO=11,93;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=11,38;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543697,0.0551435;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.273,127.779;QD=57.1774;RBI=0.0664664,0.0630671;REFB=0,0;REVB=0.0382325,0.0306048;RO=0;SAF=11,38;SAR=0,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0177675,-0.00012709;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105769,0.894231:11,89:100:11,93:104:0:11,38:0,55:0:0:40:0:11,38:0,51:0:0 chr17 10346781 . T C 386.71 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0373646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.66;QD=20.9032;RBI=0.042051;REFB=0.000418476;REVB=0.0192918;RO=34;SAF=12;SAR=27;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138329;STB=0.56263;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000343063;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:27:12:6:28:27:12:7:28 chr17 10348354 . T C 246.17 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0173095;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.567;QD=15.6297;RBI=0.0246177;REFB=0.0016324;REVB=-0.0175046;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777995;STB=0.527789;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0030104;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:28:28:0.444444:13:15:15:18:13:15:17:18 chr17 10355371 . C T 173.01 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0243406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7231;QD=11.3452;RBI=0.0596569;REFB=-0.0131681;REVB=0.0544655;RO=39;SAF=17;SAR=4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274778;STB=0.670413;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0252893;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:39:21:22:0.360656:4:17:24:15:4:18:24:15 chr17 10355763 . T C 391.84 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.020927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.807;QD=13.5119;RBI=0.0341601;REFB=-0.00637947;REVB=0.0269995;RO=69;SAF=22;SAR=24;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307556;STB=0.52173;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0152002;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:70:46:46:0.396552:24:22:35:34:24:22:36:34 chr17 10357896 . AT A,TA 45.57 PASS AF=0.266667,0.0666667;AO=6,3;DP=31;FAO=8,2;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=7,2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0591045,0.00665958;FXX=0.0322477;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=18.8009,67.1172;QD=6.07604;RBI=0.0873084,0.0615477;REFB=-0.0375193,-0.00412679;REVB=-0.0642605,-0.0611863;RO=20;SAF=1,0;SAR=5,3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540763,-0.655715;STB=0.874063,0.995931;STBP=0.016,0.09;TYPE=del,mnp;VARB=0.0989932,0.0484777;OID=.,.;OPOS=10357897,10357896;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:30:20:20:6,3:8,2:0.266667,0.0666667:5,3:1,0:13:7:7,2:1,0:13:7 chr17 10363410 . A G 910.77 PASS AF=0.457547;AO=97;DP=214;FAO=97;FDP=212;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=36;FSRR=79;FWDB=0.00523095;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.506;QD=17.1844;RBI=0.00523445;REFB=-0.0190668;REVB=-0.000191309;RO=114;SAF=41;SAR=56;SRF=35;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118388;STB=0.562088;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0173715;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:114:115:97:97:0.457547:56:41:35:79:56:41:36:79 chr17 10409375 . G A 648.68 PASS AF=0.403315;AO=73;DP=181;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=69;FWDB=0.0433705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.05;QD=14.3354;RBI=0.0433729;REFB=-0.00959052;REVB=-0.000454135;RO=106;SAF=34;SAR=39;SRF=37;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125274;STB=0.56326;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0175418;OID=.;OPOS=10409375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:106:108:73:73:0.403315:39:34:37:69:39:34:39:69 chr17 10415840 . A G 296.0 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0340028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.379;QD=45.5377;RBI=0.042006;REFB=-0.0423714;REVB=0.0246641;RO=3;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162133;STB=0.555508;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000947105;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:3:2:23:24:0.923077:16:7:3:0:16:8:2:0 chr17 10417364 . TC T 74.93 PASS AF=0.23;AO=23;DP=101;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0775279;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.1347;QD=2.99716;RBI=0.103191;REFB=0.0228131;REVB=0.0681013;RO=73;SAF=14;SAR=9;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.359133;SSSB=0.0428958;STB=0.539875;STBP=0.67;TYPE=del;VARB=-0.0573328;OID=.;OPOS=10417365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23:23:101:23:100:77:14:9:43:34:74:73:14:9:42:31 chr17 10427924 . G A 138.46 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0169644;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.696;QD=8.79123;RBI=0.0169763;REFB=-0.0156189;REVB=-0.000633004;RO=41;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197869;STB=0.647983;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0436014;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:44:19:19:0.301587:14:5:17:24:14:5:20:24 chr17 10448769 . A T 345.17 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00358651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.204;QD=12.3273;RBI=0.0242263;REFB=0.000857141;REVB=-0.0239593;RO=70;SAF=16;SAR=26;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544304;STB=0.531069;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00181575;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:26:16:30:40:26:16:30:40 chr17 10450816 . T C 565.76 PASS AF=0.479675;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00048321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.528;QD=18.3988;RBI=0.0104583;REFB=-0.0151373;REVB=-0.0104471;RO=63;SAF=23;SAR=35;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000268508;STB=0.508734;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0162428;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:63:64:58:59:0.479675:35:23:25:38:35:24:25:39 chr17 10541741 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3596;QD=35.5757;RBI=0.0640857;REFB=0;REVB=-0.00691451;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00610729;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 10614442 . A G 601.11 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00230669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9891;QD=58.6451;RBI=0.018236;REFB=0.00769711;REVB=-0.0180896;RO=1;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164593;STB=0.508768;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00115853;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:28:12:0:1:28:12:0:1 chr17 10617803 . G T 597.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2138;QD=59.6995;RBI=0.0550375;REFB=0;REVB=-0.0169746;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462188;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:22:15:0:0:22:18:0:0 chr17 11523082 . A G 871.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200399;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.674;QD=58.0829;RBI=0.0208013;REFB=0;REVB=-0.00557634;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85987e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:33:27:0:0 chr17 11583089 . T C 770.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216219;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.134;QD=64.1767;RBI=0.0456413;REFB=0;REVB=0.0401948;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122429;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr17 11593743 . A G 242.35 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00484177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.733;QD=10.4235;RBI=0.00891302;REFB=-0.0116926;REVB=-0.00748326;RO=62;SAF=17;SAR=13;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114311;STB=0.561337;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0251988;OID=.;OPOS=11593743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:63:30:30:0.322581:13:17:29:33:13:17:30:33 chr17 11648332 . C T 817.7 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5632;QD=57.3823;RBI=0.0525507;REFB=0;REVB=0.0324732;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377419;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:34:22:0:0:34:23:0:0 chr17 11650958 . G A 734.63 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6864;QD=53.4274;RBI=0.128049;REFB=-0.15464;REVB=0.124962;RO=2;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269038;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00727255;OID=.;OPOS=11650958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:2:1:52:54:0.981818:34:18:0:2:36:18:0:1 chr17 11757556 . C G 294.37 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00529975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.8361;QD=28.0353;RBI=0.0218885;REFB=0.0180973;REVB=-0.0212372;RO=15;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156487;STB=0.568914;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00825136;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:26:26:0.619048:11:15:12:3:11:15:12:4 chr17 11865462 . G A 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00131166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.011;QD=15.738;RBI=0.0195692;REFB=-0.0147305;REVB=-0.0195252;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984594;STB=0.555518;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0158013;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:15:21:14:15:15:21 chr17 12820632 . A C 295.29 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.029556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.122;QD=20.3649;RBI=0.0295611;REFB=-0.00727353;REVB=-0.000548345;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788707;STB=0.550467;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00480306;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:15:15:16:11:16:15:16:11 chr17 12820646 . G C 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0319612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2089;QD=15.5751;RBI=0.0537742;REFB=-0.00870232;REVB=-0.0432451;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07463;STB=0.54229;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0103228;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:15:16:11:14:15:16 chr17 12852459 . A G 225.24 PASS AF=0.440678;AO=19;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00945308;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.417;QD=15.2706;RBI=0.0438244;REFB=-0.0205798;REVB=0.0427927;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249487;STB=0.750472;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0660052;OID=.;OPOS=12852459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:33:19:26:0.440678:13:6:14:11:20:6:22:11 chr17 12888105 . C T 137.26 PASS AF=0.195122;AO=24;DP=123;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.019038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7206;QD=4.46361;RBI=0.069806;REFB=-0.0122347;REVB=-0.0671598;RO=98;SAF=15;SAR=9;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968133;STB=0.557846;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0482418;OID=.;OPOS=12888105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:98:99:24:24:0.195122:9:15:54:44:9:15:55:44 chr17 12894832 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0501855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7544;QD=12.7815;RBI=0.0876247;REFB=-0.0129452;REVB=-0.0718296;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.014014;OID=.;OPOS=12894832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:9:5:3:7:9:5 chr17 12903519 . G A 52.79 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00258737;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.439;QD=2.51392;RBI=0.00642547;REFB=-0.0014071;REVB=0.00588152;RO=73;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261592;STB=0.687429;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0189891;OID=.;OPOS=12903519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:8:3:35:38:8:3:35:38 chr17 13399616 . A T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.707;QD=54.5174;RBI=0.0624503;REFB=0;REVB=-0.0323189;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143975;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 14095309 . A G 370.02 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.01418;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.858;QD=16.6299;RBI=0.0272849;REFB=-0.0139275;REVB=-0.0233107;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634735;STB=0.536255;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0159331;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:50:39:39:0.438202:17:22:24:24:17:22:25:25 chr17 14140103 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.902;QD=57.1771;RBI=0.0241653;REFB=0;REVB=0.01371;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170872;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr17 14248423 . T C 65.98 PASS AF=0.27027;AO=8;DP=35;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.010407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.632;QD=7.13252;RBI=0.0140035;REFB=-0.0256775;REVB=-0.00936986;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853525;STB=0.613797;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0386573;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:35:37:27:27:8:10:0.27027:3:5:15:12:3:7:15:12 chr17 14249167 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00209844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.948;QD=19.0006;RBI=0.00305118;REFB=-0.0177489;REVB=0.002215;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104463;STB=0.55937;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0171946;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:8:9:7:10:8:9 chr17 14673567 . C CA 33.83 PASS AF=0.272727;AO=16;DP=57;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0299704;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.79033;QD=2.46062;RBI=0.0337508;REFB=-0.024613;REVB=0.0155206;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642918;STB=0.524239;STBP=0.823;TYPE=ins;VARB=-0.0181674;OID=.;OPOS=14673568;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:16:57:15:55:40:7:8:20:20:33:36:8:8:16:20 chr17 15154966 . T A 223.6 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00437117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.849;QD=12.7773;RBI=0.00562291;REFB=-0.0147997;REVB=-0.00353694;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592813;STB=0.527136;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0175942;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:43:27:27:0.385714:15:12:21:21:15:12:21:22 chr17 15207364 . T G 308.33 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.000820355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.618;QD=28.0296;RBI=0.0206167;REFB=-0.0175382;REVB=0.0206003;RO=17;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216447;STB=0.62006;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0102052;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:20:7:9:8:20:7:9:8 chr17 15215660 . T C 240.77 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.011885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.109;QD=16.6051;RBI=0.0185204;REFB=-0.0382712;REVB=0.014204;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010536;STB=0.513609;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0319983;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:27:27:0.465517:12:15:17:13:12:15:18:13 chr17 15311975 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3654;QD=48.7373;RBI=0.0553715;REFB=0;REVB=-0.0517959;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242994;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr17 15341183 . A C 373.58 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0105515;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0765;QD=17.5801;RBI=0.0304325;REFB=-0.011466;REVB=0.0285448;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207216;STB=0.624939;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0136116;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:46:38:39:0.458824:18:20:14:31:18:21:14:32 chr17 15343524 . C CCTT 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=173.444;QD=50.4135;RBI=0.00179176;REFB=0;REVB=0.00179176;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.16782e-05;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:0:19:0:0:4:0:0:19:0:0 chr17 15443734 . A G 110.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.423;QD=40.3056;RBI=0.0249898;REFB=0;REVB=0.00921377;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331473;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr17 15443742 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.329;QD=51.1845;RBI=0.036331;REFB=0;REVB=0.0349245;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360102;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr17 15457054 . A G 691.19 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0560815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1683;QD=27.9267;RBI=0.0619853;REFB=-0.0163952;REVB=-0.0264015;RO=39;SAF=30;SAR=30;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649832;STB=0.535342;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0108277;OID=.;OPOS=15457054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:39:60:60:0.606061:30:30:23:16:30:30:23:16 chr17 15477417 . A G 85.13 PASS AF=0.407407;AO=8;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0109388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.788;QD=12.6118;RBI=0.0483239;REFB=-0.0251869;REVB=0.0470696;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677072;STB=0.546014;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0375262;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:16:16:8:11:0.407407:4:4:7:9:7:4:7:9 chr17 15496730 . A G 308.1 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0248908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2822;QD=20.8879;RBI=0.0312904;REFB=-0.00332725;REVB=-0.0189616;RO=27;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797511;STB=0.566886;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00332831;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:31:32:0.542373:11:20:15:12:11:21:14:13 chr17 15510888 . G A 362.36 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0016646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.629;QD=13.2976;RBI=0.0100011;REFB=-0.0190307;REVB=-0.00986157;RO=66;SAF=19;SAR=24;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019125;STB=0.510836;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0306363;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:43:43:0.394495:24:19:28:38:24:19:28:38 chr17 15510988 . T C 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.054526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.907;QD=15.7905;RBI=0.0559902;REFB=-0.0125256;REVB=0.0127207;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021716;STB=0.519913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0179264;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:17:14:18:20:17:14:19:20 chr17 15554561 . C A 120.81 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00682981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.599;QD=14.6437;RBI=0.0113439;REFB=-0.00359939;REVB=0.00905741;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761006;STB=0.504418;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00561195;OID=.;OPOS=15554561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:11:8:6:8:11:8 chr17 15611495 . T C 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000628826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.181;QD=13.6198;RBI=0.00634818;REFB=-0.0173915;REVB=-0.00631696;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148342;STB=0.508468;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0249911;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:17:21:14:12:17:21 chr17 15620647 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.505;QD=46.848;RBI=0.0178875;REFB=0;REVB=0.0115291;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28151e-05;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 15690793 . T C 501.81 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0289932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.405;QD=18.5855;RBI=0.0350076;REFB=-0.00190058;REVB=0.0196196;RO=55;SAF=13;SAR=40;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258277;STB=0.644064;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00136601;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:40:13:27:28:40:13:27:28 chr17 15690863 . T A 410.45 PASS AF=0.461538;AO=33;DP=82;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00186706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.732;QD=18.0418;RBI=0.0448183;REFB=-0.0471633;REVB=0.0447794;RO=48;SAF=10;SAR=23;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259329;STB=0.67676;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0466174;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:91:48:49:33:42:0.461538:23:10:26:22:32:10:26:23 chr17 15938249 . CAAAC CAAC,CAACA,TCAAC 225.36 PASS AF=0.513514,0,0;AO=17,17,4;DP=74;FAO=38,0,0;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=26,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.118825,-0.22215,0.0818866;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,2;MLLD=12.2941,80.9392,22.8616;QD=12.1816;RBI=0.147483,0.224776,0.0957093;REFB=-0.158361,-0.014445,-0.0572437;REVB=-0.0873604,-0.0342569,-0.0495464;RO=34;SAF=3,17,4;SAR=14,0,0;SRF=6;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.858122,0.751282;STB=0.739719,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.180708,0,0;OID=.,.,.;OPOS=15938250,15938252,15938249;OREF=A,AC,CA;OALT=-,CA,TC;OMAPALT=CAAC,CAACA,TCAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:36:17,17,4:38,0,0:0.513514,0,0:14,0,0:3,17,4:6:28:12,0,0:26,0,0:6:30 chr17 16068287 . A T 30.57 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00461284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.599;QD=1.34384;RBI=0.0117144;REFB=-8.66613e-05;REVB=-0.0107679;RO=80;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569517;STB=0.538366;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00124027;OID=.;OPOS=16068287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:80:83:8:8:0.0879121:4:4:36:44:4:4:38:45 chr17 16068340 . C T 419.73 PASS AF=0.314286;AO=49;DP=170;FAO=55;FDP=175;FR=.;FRO=120;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.000320744;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.473;QD=9.59373;RBI=0.00553898;REFB=-0.0141244;REVB=-0.00552969;RO=118;SAF=22;SAR=27;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208121;STB=0.546712;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0281416;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:175:118:120:49:55:0.314286:27:22:55:63:33:22:56:64 chr17 16068343 . G A 419.02 PASS AF=0.3125;AO=55;DP=176;FAO=55;FDP=176;FR=.;FRO=121;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=-0.00344948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6902;QD=9.52327;RBI=0.0290567;REFB=-0.0289498;REVB=-0.0288512;RO=121;SAF=22;SAR=33;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760558;STB=0.54417;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0389101;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:121:121:55:55:0.3125:33:22:56:65:33:22:56:65 chr17 16068362 . C T 460.72 PASS AF=0.31383;AO=59;DP=190;FAO=59;FDP=188;FR=.;FRO=129;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.00303243;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.682;QD=9.80244;RBI=0.0202242;REFB=-0.00876243;REVB=-0.0199956;RO=131;SAF=24;SAR=35;SRF=56;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253332;STB=0.519281;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0166562;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:131:129:59:59:0.31383:35:24:56:75:35:24:56:73 chr17 16068377 . C G 526.77 PASS AF=0.340426;AO=64;DP=191;FAO=64;FDP=188;FR=.;FRO=124;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=0.000352865;FXX=0.015706;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.172;QD=11.2078;RBI=0.00794065;REFB=0.0027398;REVB=-0.00793281;RO=121;SAF=24;SAR=40;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750587;STB=0.541654;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00579962;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:188:121:124:64:64:0.340426:40:24:53:68:40:24:54:70 chr17 16068383 . G A 577.09 PASS AF=0.359375;AO=66;DP=190;FAO=69;FDP=192;FR=.;FRO=123;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=-0.0176255;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.742;QD=12.0226;RBI=0.0177527;REFB=-0.00629882;REVB=-0.00212214;RO=124;SAF=27;SAR=39;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215337;STB=0.516561;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0113324;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:124:123:66:69:0.359375:39:27:53:71:41:28:53:70 chr17 16068396 . G A 716.8 PASS AF=0.409326;AO=78;DP=192;FAO=79;FDP=193;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.018786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.893;QD=14.8559;RBI=0.0208974;REFB=0.00125297;REVB=0.0091537;RO=108;SAF=30;SAR=48;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741888;STB=0.522941;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00295576;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:108:114:78:79:0.409326:48:30:49:59:48:31:49:65 chr17 16068463 . C T 59.98 PASS AF=0.0977011;AO=17;DP=174;FAO=17;FDP=174;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=98;FWDB=-0.0211136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.911;QD=1.37877;RBI=0.0256366;REFB=-0.00473823;REVB=-0.0145413;RO=156;SAF=8;SAR=9;SRF=58;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121365;STB=0.586605;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0407591;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:174:174:156:157:17:17:0.0977011:9:8:58:98:9:8:59:98 chr17 16735618 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.21;QD=58.1402;RBI=0.0343965;REFB=0;REVB=0.0342182;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200116;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr17 16746358 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.212;QD=59.4326;RBI=0.0373512;REFB=0;REVB=0.0153082;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126036;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr17 16828713 . A T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7587;QD=61.0488;RBI=0.0399343;REFB=0;REVB=0.0135004;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175405;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr17 16828790 . TG CA 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966222;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.524;QD=62.9829;RBI=0.0448067;REFB=0;REVB=0.0437525;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000187309;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr17 16836425 . G A 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.073;QD=59.8503;RBI=0.0325731;REFB=0;REVB=0.0324971;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51391e-05;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr17 16842912 . A G 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.617;QD=58.2349;RBI=0.0377534;REFB=0;REVB=0.0373848;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196197;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr17 16842991 . G A 1336.55 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00584967;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.14;QD=58.7493;RBI=0.0058806;REFB=-0.000327205;REVB=-0.000602362;RO=4;SAF=37;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149512;STB=0.501905;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-5.16335e-05;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:4:2:87:89:0.978022:50:37:1:3:52:37:1:1 chr17 16855878 . C T 340.49 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00812926;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.7543;QD=48.6407;RBI=0.0196173;REFB=-0.0997804;REVB=0.0178536;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245964;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:13:13:1:0:13:13:1:1 chr17 16892265 . G A 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0612602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2408;QD=21.8914;RBI=0.0623157;REFB=-0.00562297;REVB=0.0114209;RO=28;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524061;STB=0.528909;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00359817;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:16:19:17:11:16:19:17:11 chr17 16946210 . C T 369.36 PASS AF=0.368;AO=43;DP=122;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.00374114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.913;QD=11.8194;RBI=0.00984704;REFB=0.00596795;REVB=0.00910868;RO=79;SAF=25;SAR=18;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169613;STB=0.584738;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0113933;OID=.;OPOS=16946210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:79:79:43:46:0.368:18:25:34:45:20:26:34:45 chr17 16960978 . G A 178.81 PASS AF=0.5625;AO=16;DP=30;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00962447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.426;QD=22.3516;RBI=0.00965439;REFB=-0.0277641;REVB=0.000759464;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110236;STB=0.531215;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.034668;OID=.;OPOS=16960978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:14:16:18:0.5625:9:7:8:6:9:9:8:6 chr17 17000077 . T C 425.5 PASS AF=0.585714;AO=40;DP=69;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0223819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.895;QD=24.3144;RBI=0.0243306;REFB=-0.0173642;REVB=0.00954097;RO=29;SAF=14;SAR=26;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107455;STB=0.550742;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0144679;OID=.;OPOS=17000077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:29:29:40:41:0.585714:26:14:14:15:26:15:14:15 chr17 17039561 . CCAGCAG C,CCAG 210.91 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=3,5;DP=18;FAO=6,12;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127747,0.00424183;FXX=0.09995;HRUN=2,1;LEN=6,3;MLLD=121.039,75.0786;QD=46.8697;RBI=0.0785763,0.0760854;REFB=0,0;REVB=-0.0775309,0.075967;RO=0;SAF=3,2;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.250253,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.047668,0.0115613;OID=.,.;OPOS=17039562,17039562;OREF=CAGCAG,CAG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:3,5:18:6,12:18:0:5,3:1,9:0:0:38:0:3,2:0,3:0:0 chr17 17046024 . C A 275.56 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0916304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.413;QD=32.4186;RBI=0.113773;REFB=0.0162078;REVB=-0.0674395;RO=10;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022448;STB=0.512305;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00599736;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:13:11:5:5:13:11:5:5 chr17 17062241 . C G 1129.5 PASS AF=0.47012;AO=118;DP=252;FAO=118;FDP=251;FR=.;FRO=133;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=-0.0173624;FXX=0.0039681;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.61;QD=18.0001;RBI=0.0247243;REFB=-0.0150962;REVB=-0.0176023;RO=132;SAF=48;SAR=70;SRF=77;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168991;STB=0.591281;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0180995;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:132:133:118:118:0.47012:70:48:77:55:70:48:77:56 chr17 17069105 . G A 270.6 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.033128;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.293;QD=29.2539;RBI=0.0337049;REFB=-0.0267399;REVB=0.00620946;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148257;STB=0.581588;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0198443;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:13:24:24:0.648649:11:13:4:9:11:13:4:9 chr17 17080575 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00780958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.128;QD=21.0156;RBI=0.0349322;REFB=-0.014713;REVB=0.034048;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41803;STB=0.736541;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0113507;OID=.;OPOS=17080575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:10:3:12:4:10:3 chr17 17168164 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000890344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.142;QD=19.3436;RBI=0.0179356;REFB=-0.0190482;REVB=-0.0179134;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0186167;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:9:9:8:10:9:9 chr17 17179481 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0151867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.875;QD=12.0203;RBI=0.0153938;REFB=-0.0258425;REVB=-0.00251653;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0364338;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:7:7:12:12:7:7:13:12 chr17 17183974 . A C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0231715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.608;QD=10.4293;RBI=0.0246913;REFB=-0.0236634;REVB=0.008529;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333863;STB=0.519972;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0521629;OID=.;OPOS=17183974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:12:18:8:6:12:18 chr17 17250159 . C T 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00566459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.618;QD=15.2609;RBI=0.0067842;REFB=-0.0167808;REVB=0.00373334;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441132;STB=0.756355;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.023728;OID=.;OPOS=17250159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:5:11:3:10:5:11 chr17 17363784 . A C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0257786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.418;QD=14.6539;RBI=0.0261301;REFB=-0.0111868;REVB=0.00427151;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00936987;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:4:4:5:3:4:4 chr17 17394611 . G A 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0182184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.924;QD=16.0712;RBI=0.0257693;REFB=-0.0149676;REVB=0.0182249;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582233;STB=0.532808;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0186626;OID=.;OPOS=17394611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:19:16:15:14:19:16 chr17 17397818 . G C 244.4 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0456535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9048;QD=17.4574;RBI=0.0488493;REFB=-0.0333791;REVB=-0.0173786;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238207;STB=0.634045;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0354815;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:12:17:9:18:12:17 chr17 17397982 . T C 1458.19 PASS AF=0.936364;AO=103;DP=111;FAO=103;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0636061;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.421;QD=53.0252;RBI=0.0637007;REFB=-0.0210863;REVB=0.00346986;RO=6;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473683;STB=0.51963;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000336623;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:111:110:6:7:103:103:0.936364:57:46:0:6:57:46:1:6 chr17 17682484 . G A 296.41 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0342043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.833;QD=49.4013;RBI=0.0351833;REFB=-0.098105;REVB=-0.00824188;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000495036;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:1:0 chr17 17696531 . G C 410.38 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1684;QD=56.6046;RBI=0.0492094;REFB=0;REVB=0.0481361;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890082;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 17696755 . C A 1025.24 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0436099;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.052;QD=57.7598;RBI=0.0506135;REFB=-0.0334981;REVB=-0.0256885;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.506492;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000158116;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:38:31:0:1:38:32:0:1 chr17 17715101 . G A 471.82 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000210778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.317;QD=55.5077;RBI=0.0106775;REFB=-0.109103;REVB=0.0106754;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00127088;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:20:13:0:0:20:13:0:1 chr17 17896089 . TC T,TT 514.5 PASS AF=0.95,0.05;AO=31,4;DP=37;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132983,0.100298;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.8909,7.00266;QD=51.4496;RBI=0.145648,0.305647;REFB=0,0;REVB=0.0594039,-0.288722;RO=0;SAF=31,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00962136,0.106931;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95,0.05:31,4:37:38,2:40:0:36,2:2,0:0:0:8:0:31,2:0,2:0:0 chr17 17896205 . C T 963.85 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490772;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.783;QD=59.314;RBI=0.0564093;REFB=0;REVB=0.0278107;RO=0;SAF=12;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330744;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:53:12:0:0:53:12:0:0 chr17 17957485 . CA C 34.69 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0701245;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.3291;QD=4.62485;RBI=0.0943625;REFB=-0.0226923;REVB=-0.0631414;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0.566667;SSEP=0;SSSB=-0.191462;STB=0.650867;STBP=0.348;TYPE=del;VARB=0.0618956;OID=.;OPOS=17957486;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:9:31:9:30:21:5:4:16:5:34:18:5:4:13:5 chr17 18003671 . T G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.004;QD=58.1299;RBI=0.03736;REFB=0;REVB=0.0222737;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131019;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 18041507 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0353532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1673;QD=19.1094;RBI=0.0606047;REFB=0.00625653;REVB=0.0492249;RO=25;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629144;STB=0.527757;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0075548;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:9:18:15:10:9:18:16:10 chr17 18046898 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0225749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6549;QD=18.744;RBI=0.0225749;REFB=0.00888658;REVB=0;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00770512;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:0:7:4:0:0:7:4:0 chr17 18047189 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00264135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.036;QD=17.2887;RBI=0.0346507;REFB=-0.0193709;REVB=0.0345499;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200941;STB=0.511271;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0213544;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:18:15:13:17:18:15 chr17 18052867 . T C 632.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0292;QD=61.6665;RBI=0.147489;REFB=0;REVB=0.107431;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17219e-05;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:8:33:0:0:8:33:0:0 chr17 18060366 . G C 63.7 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0312154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.668;QD=9.80038;RBI=0.0348331;REFB=-0.0204572;REVB=-0.0154578;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228754;STB=0.649122;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0395825;OID=.;OPOS=18060366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:26:16:17:8:9:0.346154:2:6:9:7:2:7:10:7 chr17 18137141 . A G 1804.09 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.358;QD=61.1555;RBI=0.0386878;REFB=0;REVB=0.0139923;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20434e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:58:59:0:0:58:60:0:0 chr17 18167505 . T C 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0238152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3492;QD=13.7517;RBI=0.035317;REFB=-0.0147235;REVB=-0.0260791;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196948;STB=0.615836;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0198457;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:13:10:4:11:13:10 chr17 18193941 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0210172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.41;QD=11.8306;RBI=0.021162;REFB=0.0248619;REVB=-0.00247109;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405501;STB=0.74031;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0151185;OID=.;OPOS=18193941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:12:6:8:3:12:6 chr17 18220770 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0158276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1488;QD=17.2296;RBI=0.0608695;REFB=-0.0405645;REVB=-0.0587757;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0249309;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr17 18221134 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00147668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.646;QD=20.8718;RBI=0.0036359;REFB=-0.0322394;REVB=-0.00332253;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0440756;OID=.;OPOS=18221134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr17 18226177 . G T 64.41 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0116254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.381;QD=23.4217;RBI=0.0358439;REFB=-0.0267224;REVB=0.0339063;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168825;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0145453;OID=.;OPOS=18226177;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:6:1:1:2:6:2:1:2 chr17 18230380 . T C 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.03258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.893;QD=15.7804;RBI=0.0373992;REFB=-0.0213781;REVB=0.0183642;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899296;STB=0.559948;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0258894;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:12:16:11:12:12:17 chr17 18232096 . G A 390.29 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00582335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.515;QD=14.4551;RBI=0.0121517;REFB=-0.0160233;REVB=-0.0106654;RO=62;SAF=24;SAR=21;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659779;STB=0.531742;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0226011;OID=.;OPOS=18232096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:63:45:45:0.416667:21:24:37:25:21:24:37:26 chr17 18284262 . G A 189.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0186292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.668;QD=21.0029;RBI=0.0280493;REFB=-0.00342093;REVB=0.0209695;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592254;STB=0.533299;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00271901;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:11:6:8:11:11:6 chr17 18291544 . A G 310.45 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00972862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.224;QD=11.9405;RBI=0.0144368;REFB=-0.0179837;REVB=-0.0106665;RO=63;SAF=27;SAR=11;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168597;STB=0.595536;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0368045;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:63:66:38:38:0.365385:11:27:36:27:11:27:38:28 chr17 18291559 . T C 297.05 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00185033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.297;QD=10.7045;RBI=0.0114535;REFB=-0.0453155;REVB=0.011303;RO=72;SAF=27;SAR=11;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192509;STB=0.608112;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0507235;OID=.;OPOS=18291559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:72:73:38:38:0.342342:11:27:40:32:11:27:41:32 chr17 18380154 . A G 236.62 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.00298967;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.643;QD=11.1349;RBI=0.0283;REFB=-0.0091462;REVB=-0.0281416;RO=56;SAF=19;SAR=10;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766369;STB=0.558101;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0176217;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:56:56:29:29:0.341176:10:19:40:16:10:19:41:15 chr17 18528623 . A G 1087.79 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0218292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4025;QD=55.0778;RBI=0.0267503;REFB=-0.0372306;REVB=-0.0154617;RO=4;SAF=48;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108081;STB=0.505419;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.016088;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:4:4:74:75:0.949367:26:48:3:1:26:49:3:1 chr17 18542519 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.197;QD=44.6893;RBI=0.0548598;REFB=0;REVB=0.0494636;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108336;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 18653145 . C G 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0183566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.516;QD=3.29628;RBI=0.0208022;REFB=-0.0023458;REVB=-0.00978598;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300657;STB=0.721914;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.011314;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:41:42:7:7:0.142857:2:5:19:22:2:5:19:23 chr17 18684642 . G T 104.46 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0589747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9144;QD=19.8965;RBI=0.0704798;REFB=-0.0325644;REVB=0.0385926;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282836;STB=0.516103;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0328598;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:7:2:3:9:7:2 chr17 18694277 . G A 101.78 PASS AF=0.25;AO=15;DP=65;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.01105;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.142;QD=6.3614;RBI=0.013678;REFB=-0.0168013;REVB=0.00806129;RO=48;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385474;STB=0.700524;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0472645;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:48:48:15:16:0.25:4:11:20:28:5:11:20:28 chr17 18702220 . T C 603.2 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0249979;FXX=0.015266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5172;QD=18.7037;RBI=0.0363838;REFB=-0.00693864;REVB=0.0264365;RO=68;SAF=25;SAR=37;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368942;STB=0.515874;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0117091;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:68:67:62:62:0.48062:37:25:30:38:37:25:29:38 chr17 18775900 . A G 223.47 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00194616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0996;QD=16.5535;RBI=0.00803485;REFB=-0.0126434;REVB=-0.0077956;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188567;STB=0.593447;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0188526;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:13:11:19:10:13:12:19:10 chr17 18855611 . T C 113.91 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.038119;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.729;QD=26.8015;RBI=0.0381361;REFB=-0.0139009;REVB=0.00114159;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236461;STB=0.631383;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00613796;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:18:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:0:5:7:5:0:5 chr17 18874685 . C CGGT 80.38 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00877168;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=282.259;QD=8.24418;RBI=0.0199192;REFB=-0.00312597;REVB=-0.0178838;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928416;STB=0.522347;STBP=0.864;TYPE=ins;VARB=0.00731978;OID=.;OPOS=18874686;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:10:39:11:39:28:7:4:17:11:80:27:7:3:17:10 chr17 18874720 . C G 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0556371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.122;QD=15.6248;RBI=0.0579972;REFB=-0.00504271;REVB=0.0163768;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143955;STB=0.575259;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00384017;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:5:14:16:10:5:14:17:10 chr17 18880268 . C A 253.87 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0234928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.696;QD=21.6059;RBI=0.0604389;REFB=-0.0465169;REVB=0.0556861;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167399;STB=0.533186;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0385379;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:23:23:24:0.510638:10:13:14:10:11:13:14:9 chr17 18907029 . A G 604.48 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6773;QD=60.4475;RBI=0.0429438;REFB=0;REVB=-0.0428495;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323733;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:37:40:1:21:16:0:0:21:19:0:0 chr17 18918396 . G C 97.3 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0265385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0897;QD=13.421;RBI=0.0829935;REFB=-0.0226766;REVB=0.078636;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293607;STB=0.517213;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0348523;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:8:9:6:6:8:9 chr17 18923180 . C T 603.92 PASS AF=0.55;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0144271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.013;QD=24.1567;RBI=0.0144954;REFB=-0.0277648;REVB=-0.001406;RO=44;SAF=28;SAR=26;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172881;STB=0.583703;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0244677;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:44:45:54:55:0.55:26:28:32:12:26:29:32:13 chr17 19216917 . T C 58.32 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.237249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8175;QD=13.7229;RBI=0.237271;REFB=-0.0155271;REVB=0.00325666;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339569;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0403964;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:9:9:5:8:0.470588:4:1:2:7:4:4:2:7 chr17 19232078 . T C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0158924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5961;QD=13.0315;RBI=0.0489112;REFB=-0.0104917;REVB=-0.0462573;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232698;STB=0.633562;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0127845;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:9:18:19:23:9:18:19:23 chr17 19238310 . G A 266.44 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000957126;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.535;QD=15.6731;RBI=0.00480458;REFB=0.00810912;REVB=0.00470828;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260339;STB=0.514696;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0106159;OID=.;OPOS=19238310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:38:30:30:0.441176:15:15:20:18:15:15:20:18 chr17 19355571 . G A 150.41 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647889;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.908;QD=46.2813;RBI=0.0650957;REFB=0;REVB=0.00631254;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209888;OID=.;OPOS=19355571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr17 19454725 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.813;QD=57.6807;RBI=0.0364835;REFB=0;REVB=0.00273691;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030422;OID=.;OPOS=19454725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr17 19454733 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.169;QD=58.5871;RBI=0.0340647;REFB=0;REVB=0.0233882;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105429;OID=.;OPOS=19454733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr17 19460972 . G A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00225105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.943;QD=11.9923;RBI=0.00288462;REFB=-0.00538737;REVB=-0.00180383;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836898;STB=0.548966;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.011657;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:14:19:9:9:14:19 chr17 19578873 . A T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.313;QD=59.1432;RBI=0.0256895;REFB=0;REVB=-0.025669;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35905e-05;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr17 19608773 . G A 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0339441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.768;QD=23.483;RBI=0.0432959;REFB=-0.0508897;REVB=0.0268763;RO=32;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884443;STB=0.554303;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0339872;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:43:43:0.565789:21:22:20:12:21:22:21:12 chr17 19618108 . G A 32.83 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0204247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.52;QD=5.96876;RBI=0.0253604;REFB=-0.0058567;REVB=0.0150328;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633002;STB=0.871056;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0605835;OID=.;OPOS=19618108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:15:1:4:2:15:1 chr17 19618447 . C T 505.53 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0764131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.339;QD=20.2212;RBI=0.0787093;REFB=-0.00607751;REVB=0.018873;RO=51;SAF=19;SAR=30;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966767;STB=0.553669;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00589397;OID=.;OPOS=19618447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:30:19:25:26:30:19:25:26 chr17 19641744 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0184242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.65;QD=9.83026;RBI=0.0378058;REFB=0.00475574;REVB=0.0330126;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373322;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00958593;OID=.;OPOS=19641744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:10:2:11:14:10:2:11:15 chr17 19643672 . C T 149.65 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0139138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.289;QD=11.9721;RBI=0.0146126;REFB=-0.00921534;REVB=-0.00446469;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395229;STB=0.734357;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0227395;OID=.;OPOS=19643672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:13:4:19:14:13:4:19:14 chr17 19645938 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.514;QD=62.671;RBI=0.0341892;REFB=0;REVB=-0.0223213;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03739e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr17 19645986 . C A 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.110112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9826;QD=14.0922;RBI=0.110647;REFB=0.0418582;REVB=0.0108641;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240656;STB=0.63887;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0448575;OID=.;OPOS=19645986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:11:3:5:6:11:3 chr17 19646005 . A G 89.52 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0123843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.98;QD=15.5688;RBI=0.032712;REFB=-0.0255173;REVB=0.0302771;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655979;STB=0.51721;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0410707;OID=.;OPOS=19646005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:4:6:8:4:4:7:8:4 chr17 19646136 . C T 60.53 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0114452;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.646;QD=10.5278;RBI=0.0141467;REFB=0.00456096;REVB=0.00831488;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10912;STB=0.56739;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00321193;OID=.;OPOS=19646136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:10:5:2:6:10:5 chr17 19646521 . T C 627.68 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0465006;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.712;QD=16.9643;RBI=0.046692;REFB=-0.00402202;REVB=0.00422387;RO=81;SAF=32;SAR=33;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506509;STB=0.536534;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00846273;OID=.;OPOS=19646521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:83:65:65:0.439189:33:32:44:37:34:31:45:38 chr17 19646531 . A T 148.75 PASS AF=0.185714;AO=26;DP=140;FAO=26;FDP=140;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0283741;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.697;QD=4.24989;RBI=0.033442;REFB=-0.00403274;REVB=-0.0176997;RO=110;SAF=10;SAR=16;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17071;STB=0.615296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0223468;OID=.;OPOS=19646531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:110:114:26:26:0.185714:16:10:57:53:16:10:60:54 chr17 19651611 . C T 222.07 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0225045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.258;QD=14.5619;RBI=0.0231938;REFB=-0.0266008;REVB=-0.00561233;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286569;STB=0.670817;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0222154;OID=.;OPOS=19651611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:18:8:20:14:18:8:21:14 chr17 19678475 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00413508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.595;QD=17.5419;RBI=0.0319602;REFB=-0.00291626;REVB=-0.0316916;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141648;STB=0.580682;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00174596;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:11:5:7:8:11:5 chr17 19679067 . T C 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0307863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.07;QD=12.8589;RBI=0.0316234;REFB=-0.0196919;REVB=-0.00722791;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0214722;OID=.;OPOS=19679067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr17 19713740 . C T 471.82 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.078014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1497;QD=20.97;RBI=0.0780144;REFB=-0.00872883;REVB=-0.000238402;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586065;STB=0.532416;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00713755;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:21:25:21:23:21:25:21:23 chr17 19750168 . A G 141.0 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.041425;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.751;QD=20.1428;RBI=0.0416726;REFB=-0.0249078;REVB=-0.00453597;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294963;STB=0.666455;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0149601;OID=.;OPOS=19750168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:10:3:9:6:10:3 chr17 20107773 . T C 658.24 PASS AF=0.93617;AO=45;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0419927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9974;QD=56.0206;RBI=0.0463943;REFB=-0.0114052;REVB=-0.019724;RO=2;SAF=26;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.528289;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00308824;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:2:3:45:44:0.93617:19:26:2:0:19:25:3:0 chr17 20108239 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.763;QD=48.7373;RBI=0.0394183;REFB=0;REVB=0.0387388;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128305;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 20109189 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.438;QD=59.8393;RBI=0.0256473;REFB=0;REVB=0.020497;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58657e-05;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr17 20163528 . CA C,CG 357.71 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=7,21;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192964,-0.0596885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.857,132.228;QD=51.1013;RBI=0.0122101,0.076967;REFB=0,0;REVB=0.0120566,-0.0485922;RO=0;SAF=7,6;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.001478,-0.00213144;OID=.,.;OPOS=20163529,20163529;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.928571,0.0714286:7,21:28:26,2:28:0:13,0:13,2:0:0:11:0:7,6:0,15:0:0 chr17 20244264 . G C 139.33 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.158;QD=42.8718;RBI=0.0634978;REFB=0;REVB=0.0625708;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156154;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr17 20370735 . T C 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.869;QD=43.4734;RBI=0.0963453;REFB=0;REVB=-0.0963291;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00238776;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 20370767 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.511;QD=39.2068;RBI=0.0226901;REFB=0;REVB=-0.00371535;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165083;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr17 20370806 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2719;QD=35.5758;RBI=0.0719048;REFB=0;REVB=0.0719048;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00555711;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr17 20769862 . T A 115.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0132132;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.088;QD=10.0714;RBI=0.0429304;REFB=-0.0086995;REVB=-0.0408464;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108006;STB=0.515901;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0278315;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:31:32:14:14:0.304348:6:8:18:13:6:8:19:13 chr17 20769866 . G A 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0309484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5459;QD=7.30314;RBI=0.0310049;REFB=0.010193;REVB=0.00187093;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481098;STB=0.529986;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0711274;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:23:14:5:7:23:14 chr17 20769896 . G T 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00661358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.102;QD=7.54464;RBI=0.039901;REFB=-0.0110598;REVB=-0.0393491;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063291;STB=0.545395;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0258132;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:40:41:15:15:0.267857:6:9:26:14:6:9:27:14 chr17 20769899 . G T 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0148378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.16;QD=8.2405;RBI=0.0180762;REFB=-0.00498758;REVB=0.0103242;RO=40;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318701;STB=0.519207;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0135226;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:6:10:26:14:6:10:26:14 chr17 20769904 . G A 107.16 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00683209;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6861;QD=7.79383;RBI=0.0135362;REFB=-0.004011;REVB=0.0116856;RO=40;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221199;STB=0.513495;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0109176;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:5:10:26:14:5:10:26:14 chr17 20769954 . T G 115.53 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0369959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.169;QD=8.88712;RBI=0.0430408;REFB=-0.00520833;REVB=-0.0219957;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953606;STB=0.557303;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0140108;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:6:9:25:12:6:9:25:12 chr17 20769964 . C A 111.91 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.040676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5765;QD=8.95276;RBI=0.0471432;REFB=-0.0041894;REVB=-0.0238316;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118012;STB=0.571331;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.011501;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:6:8:24:12:6:8:24:12 chr17 20769968 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0402569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.105;QD=8.0673;RBI=0.047804;REFB=-0.00679623;REVB=-0.0257798;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18617;STB=0.622031;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00728602;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:32:33:12:12:0.266667:6:6:21:11:6:6:22:11 chr17 20769995 . CC TA,TC 67.47 PASS AF=0.0882353,0.205882;AO=3,7;DP=34;FAO=3,7;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2,3;FSAR=1,4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0796612,0.119309;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=90.6933,57.5454;QD=7.93724;RBI=0.0825333,0.119986;REFB=-0.00117944,0.00550545;REVB=-0.0215835,-0.0127262;RO=24;SAF=2,3;SAR=1,4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0521402,-0.326205;STB=0.542582,0.707442;STBP=0.938,0.29;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00487513,-0.00523235;OID=.,.;OPOS=20769995,20769995;OREF=CC,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:34:34:24:24:3,7:3,7:0.0882353,0.205882:1,4:2,3:17:7:1,4:2,3:17:7 chr17 20770002 . CC AG 53.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0126216;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.892;QD=6.91549;RBI=0.0137548;REFB=-0.00453458;REVB=0.0054672;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151108;STB=0.594377;STBP=0.582;TYPE=mnp;VARB=0.0201569;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:17:6:3:5:17:6 chr17 20796694 . A G 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0194138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.314;QD=7.4712;RBI=0.0202294;REFB=-0.00997839;REVB=-0.00568606;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393006;STB=0.733015;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0228935;OID=.;OPOS=20796694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:5:27:6:5:5:27 chr17 20798992 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0178434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.012;QD=11.6172;RBI=0.0190914;REFB=-0.00901397;REVB=0.00678949;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189649;STB=0.610125;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0156238;OID=.;OPOS=20798992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:9:10:12:22:9:10:12:22 chr17 20799119 . A G 237.1 PASS AF=0.358025;AO=26;DP=78;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00450645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.822;QD=11.7087;RBI=0.00470246;REFB=-0.0255016;REVB=-0.00134353;RO=52;SAF=11;SAR=15;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174596;STB=0.582008;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0449374;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:52:52:26:29:0.358025:15:11:30:22:16:13:30:22 chr17 20903068 . C A 224.9 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00278562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.051;QD=14.0565;RBI=0.00915535;REFB=-0.000194174;REVB=0.00872128;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175412;STB=0.592524;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00010665;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:36:37:26:27:0.421875:10:16:16:20:11:16:16:21 chr17 20903080 . C A 243.73 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00805511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.861;QD=15.2331;RBI=0.00883882;REFB=-0.00901429;REVB=0.00363867;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126498;STB=0.571378;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0217181;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:36:28:28:0.4375:12:16:15:19:12:16:16:20 chr17 20924523 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0340573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.276;QD=16.884;RBI=0.0348538;REFB=-0.0195085;REVB=0.00740851;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174033;STB=0.56423;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0197559;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:7:8:5:10:7:8:7:10 chr17 21117589 . C A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0583235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0816;QD=14.7986;RBI=0.059531;REFB=0.021404;REVB=0.0119295;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140078;STB=0.581253;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0149994;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:4:9:6:5:4:9 chr17 21132915 . C T 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00081323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3022;QD=17.225;RBI=0.024173;REFB=-0.0234872;REVB=0.0241593;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21129;STB=0.624664;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0201924;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:3:3:6:2:3:3 chr17 21144074 . G A 209.67 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00699713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.396;QD=9.63975;RBI=0.00944445;REFB=-0.0018587;REVB=0.00634333;RO=60;SAF=17;SAR=10;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135755;STB=0.579992;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00466059;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:10:17:31:29:10:17:31:29 chr17 21144155 . C G 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0178251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.412;QD=17.3736;RBI=0.0314763;REFB=-0.0111206;REVB=-0.0259427;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932099;STB=0.588087;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0178725;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:8:10:11:11:0.52381:7:4:2:6:7:4:2:8 chr17 21144352 . G A 85.78 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0294926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.109;QD=12.7084;RBI=0.0296431;REFB=-0.0197353;REVB=0.00298334;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.518488;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0188373;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:24:27:14:15:10:12:0.444444:4:6:7:7:6:6:7:8 chr17 21194769 . C T 67.36 PASS AF=0.2;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0469875;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.953;QD=5.38911;RBI=0.0471437;REFB=-0.010137;REVB=-0.00383454;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930913;STB=0.560853;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0405549;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:52:50:40:40:10:10:0.2:4:6:21:19:4:6:21:19 chr17 21194771 . A T 67.79 PASS AF=0.2;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0115517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3231;QD=5.42281;RBI=0.038435;REFB=-0.00624571;REVB=-0.036658;RO=39;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765987;STB=0.560853;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0200317;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:50:39:40:10:10:0.2:4:6:21:18:4:6:21:19 chr17 21194785 . T C 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00254255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.754;QD=5.42446;RBI=0.0198106;REFB=0.0072978;REVB=-0.0196468;RO=39;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107658;STB=0.560853;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.042004;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:39:40:10:10:0.2:4:6:20:19:4:6:21:19 chr17 21194820 . G A 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0124092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.647;QD=6.24816;RBI=0.0331421;REFB=-0.0116663;REVB=-0.0307313;RO=45;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137912;STB=0.58634;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0293752;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:5:9:24:21:5:9:24:21 chr17 21194843 . T C 103.94 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.032991;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.824;QD=7.2939;RBI=0.0351288;REFB=-0.0185241;REVB=-0.0120677;RO=42;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017277;STB=0.510574;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0804842;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:42:42:15:15:0.263158:7:8:23:19:7:8:23:19 chr17 21194852 . G A 123.79 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0131635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.856;QD=8.68721;RBI=0.01725;REFB=-0.00504896;REVB=-0.0111482;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149641;STB=0.514506;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00831609;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:40:40:16:17:0.298246:7:9:22:18:8:9:22:18 chr17 21194859 . G A 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0516346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2655;QD=8.6868;RBI=0.0642037;REFB=0.00892594;REVB=0.0381574;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242246;STB=0.514506;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0179013;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:8:9:22:18:8:9:22:18 chr17 21199022 . A T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0215728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.577;QD=10.6681;RBI=0.0407931;REFB=0.000684211;REVB=-0.0346221;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059334;STB=0.535643;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00125765;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:10:8:5:5:10:8 chr17 21199037 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.101473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6239;QD=11.9535;RBI=0.101909;REFB=-0.0103659;REVB=0.00942249;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00992331;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:7:4:4:4:7:4 chr17 21199083 . T A 32.42 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.109024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6855;QD=16.2107;RBI=0.135597;REFB=-0.0132107;REVB=0.0806248;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00433654;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:1:3:5:5:0.625:1:4:1:0:1:4:3:0 chr17 21199390 . C T 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0167164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6159;QD=11.1568;RBI=0.0291989;REFB=0.00282021;REVB=-0.0239403;RO=46;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136426;STB=0.579374;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0062527;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:9:16:24:22:9:16:24:22 chr17 21199403 . C T 218.03 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00601447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.446;QD=11.4753;RBI=0.0578802;REFB=-0.00806168;REVB=-0.0575668;RO=49;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115499;STB=0.566879;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0118848;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:11:16:24:25:11:16:24:25 chr17 21201719 . T C 417.36 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0790358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7258;QD=17.5732;RBI=0.0793231;REFB=-0.0247063;REVB=-0.0067457;RO=52;SAF=27;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718591;STB=0.540258;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0643395;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:16:27:29:23:16:27:29:23 chr17 21202191 . C A 211.49 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.05007;FXX=0.0240935;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.2635;QD=10.4437;RBI=0.0744691;REFB=-0.0184749;REVB=0.0551239;RO=51;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552039;STB=0.537787;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.038418;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:51:54:26:27:0.333333:16:10:22:29:16:11:25:29 chr17 21202237 . G C 218.8 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0139319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9447;QD=11.6693;RBI=0.0139375;REFB=-0.018486;REVB=-0.000393536;RO=48;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14676;STB=0.584956;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0273988;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:17:10:24:24:17:10:24:24 chr17 21203893 . T C 291.38 PASS AF=0.516667;AO=27;DP=56;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00943937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.985;QD=19.4254;RBI=0.0234482;REFB=-0.0155363;REVB=0.0214643;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613203;STB=0.550724;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0176393;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:29:29:27:31:0.516667:15:12:11:18:16:15:11:18 chr17 21203934 . G A 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0194082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.075;QD=17.7537;RBI=0.0251175;REFB=-0.0166657;REVB=0.0159439;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269287;STB=0.51514;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0142996;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:16:9:9:18:16:9:9:18 chr17 21203949 . C T 233.31 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=41;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0290107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.8759;QD=21.7032;RBI=0.069636;REFB=-0.0729904;REVB=0.0633053;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228237;STB=0.51275;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0759118;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:19:22:24:0.55814:15:7:6:13:17:7:6:13 chr17 21204187 . G T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0258971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.423;QD=16.0289;RBI=0.0266491;REFB=-0.00236769;REVB=0.00628595;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179413;STB=0.601078;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00328613;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:13:12:20:10:13:12:20:10 chr17 21204192 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.019586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.629;QD=14.7663;RBI=0.031775;REFB=0.0107184;REVB=-0.0250208;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211437;STB=0.610268;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0180698;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:14:11:21:11:14:11:21:12 chr17 21204210 . C T 277.4 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0388807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1797;QD=16.0813;RBI=0.0466377;REFB=0.0189571;REVB=0.0257559;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155635;STB=0.58763;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0203774;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:22:16:18:13:22:16 chr17 21204257 . G A 324.06 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.014657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.223;QD=14.4028;RBI=0.0283024;REFB=-0.0221551;REVB=0.0242115;RO=53;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390746;STB=0.516678;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0265926;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:19:17:27:26:19:17:27:27 chr17 21204266 . T C 325.47 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00716124;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.802;QD=14.6279;RBI=0.00716377;REFB=-0.0138317;REVB=-0.000190686;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119282;STB=0.549972;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0207912;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:48:53:36:36:0.404494:20:16:27:21:20:16:28:25 chr17 21204308 . G T 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0195287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.242;QD=11.9334;RBI=0.0229724;REFB=0.00669057;REVB=0.012098;RO=56;SAF=14;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541589;STB=0.53123;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.011265;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:17:14:28:28:17:14:28:28 chr17 21205460 . C T 267.61 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00331621;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.341;QD=21.4086;RBI=0.0135938;REFB=-0.0655517;REVB=0.0131831;RO=18;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119272;STB=0.57138;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0568608;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:18:23:27:27:0.54:8:19:15:3:8:19:19:4 chr17 21206556 . C T 301.39 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=35;FWDB=0.00503483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.079;QD=16.744;RBI=0.0476154;REFB=-0.0248387;REVB=0.0473485;RO=38;SAF=9;SAR=24;SRF=3;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27017;STB=0.629827;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0146545;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:24:9:3:35:24:9:4:35 chr17 21207813 . T G 131.19 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0376244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0613;QD=4.40958;RBI=0.0452669;REFB=-0.00106878;REVB=-0.0251693;RO=95;SAF=9;SAR=14;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796981;STB=0.55534;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00149985;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:95:96:23:23:0.193277:14:9:43:52:14:9:44:52 chr17 21207835 . G A 151.67 PASS AF=0.215517;AO=25;DP=116;FAO=25;FDP=116;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0310834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0271;QD=5.22983;RBI=0.0326427;REFB=-0.0049244;REVB=-0.00996826;RO=90;SAF=11;SAR=14;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228342;STB=0.509109;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0243244;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:90:91:25:25:0.215517:14:11:38:52:14:11:39:52 chr17 21207844 . C T 386.79 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0110188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.956;QD=14.0651;RBI=0.0168196;REFB=-0.0179211;REVB=-0.0127077;RO=63;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106731;STB=0.567538;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0223647;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:65:45:45:0.409091:24:21:23:40:24:21:23:42 chr17 21208413 . C T 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00315216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.128;QD=8.90114;RBI=0.0114647;REFB=-0.00619051;REVB=-0.0110229;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289586;STB=0.508465;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0113886;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:9:9:19:21:9:9:20:21 chr17 21208449 . G T 142.19 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00125371;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.49;QD=13.2272;RBI=0.0313214;REFB=-0.00113567;REVB=-0.0312963;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14369;STB=0.656951;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000762213;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:27:15:16:0.372093:5:10:10:9:6:10:10:17 chr17 21215483 . C T 740.25 PASS AF=0.5;AO=71;DP=143;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0118512;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.881;QD=20.5624;RBI=0.0143319;REFB=-0.0158427;REVB=0.0080593;RO=71;SAF=41;SAR=30;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646922;STB=0.542242;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0148732;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:71:72:71:72:0.5:30:41:36:35:30:42:36:36 chr17 21215537 . C A 568.84 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00829249;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.85;QD=17.2376;RBI=0.00951643;REFB=-0.0161725;REVB=0.00466874;RO=71;SAF=33;SAR=27;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145252;STB=0.504586;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0148529;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:72:60:60:0.454545:27:33:38:33:27:33:39:33 chr17 21215552 . C T 603.6 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0061445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.839;QD=19.0109;RBI=0.013499;REFB=-0.00647793;REVB=0.0120195;RO=63;SAF=32;SAR=30;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506224;STB=0.535157;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00613872;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:65:62:62:0.488189:30:32:36:27:30:32:38:27 chr17 21215557 . G A 587.64 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00176477;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.307;QD=19.267;RBI=0.010795;REFB=-0.00891195;REVB=0.0106497;RO=59;SAF=32;SAR=28;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234987;STB=0.50769;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0119299;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:59:62:60:60:0.491803:28:32:33:26:28:32:34:28 chr17 21216788 . C T 106.87 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00187867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.312;QD=12.2133;RBI=0.0334605;REFB=-0.00987507;REVB=0.0334077;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.609603;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0199324;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:16:5:5:8:17:5 chr17 21216846 . G C 74.6 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.109597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.278;QD=10.6573;RBI=0.137068;REFB=-0.00776824;REVB=0.0823179;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302984;STB=0.67826;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.024838;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:14:4:5:5:14:4 chr17 21217513 . G A 261.16 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0119077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8962;QD=12.2901;RBI=0.0119654;REFB=0.0101868;REVB=0.00117393;RO=54;SAF=9;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226563;STB=0.631059;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0207314;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:22:9:26:28:22:9:26:28 chr17 21217547 . T C 253.61 PASS AF=0.375;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00866165;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.598;QD=12.6804;RBI=0.0108419;REFB=-0.00226755;REVB=-0.00652089;RO=49;SAF=7;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378536;STB=0.692175;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.010779;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:49:50:29:30:0.375:22:7:28:21:22:8:28:22 chr17 21217586 . G T 213.61 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00475451;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.853;QD=10.9543;RBI=0.00694129;REFB=-0.00859375;REVB=-0.00505729;RO=50;SAF=7;SAR=19;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396541;STB=0.703553;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0146882;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:51:26:27:0.346154:19:7:31:19:19:8:31:20 chr17 21217596 . C G 156.03 PASS AF=0.305556;AO=17;DP=68;FAO=22;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00806215;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.182;QD=8.66806;RBI=0.0105218;REFB=-0.033933;REVB=0.00676093;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354191;STB=0.68064;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0845282;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:34:49:17:22:0.305556:13:4:18:16:14:8:31:18 chr17 21217660 . C T 172.01 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00156319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.35;QD=9.29787;RBI=0.0132568;REFB=-0.0112751;REVB=0.0131643;RO=51;SAF=13;SAR=10;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990537;STB=0.558203;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0265465;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:10:13:33:18:10:13:33:18 chr17 21217690 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0280928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6594;QD=11.3238;RBI=0.0537577;REFB=-0.0229036;REVB=0.0458332;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209228;STB=0.62026;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0420138;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:29:12:11:12:29:12 chr17 21217727 . T C 148.59 PASS AF=0.352941;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0231378;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.845;QD=11.6544;RBI=0.0288243;REFB=-0.0106366;REVB=0.0171896;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.729768;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0137975;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:33:16:18:0.352941:12:4:8:12:13:5:21:12 chr17 21217749 . G C 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0430587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7548;QD=12.2115;RBI=0.0445164;REFB=-0.00567667;REVB=0.0112987;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358935;STB=0.713936;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00847476;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:12:10:10:3:12:10 chr17 21318663 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0106599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.138;QD=14.0974;RBI=0.0133548;REFB=-0.0375996;REVB=-0.00804471;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188529;STB=0.60898;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0643923;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:5:13:7:6:5:13 chr17 21318698 . C T 158.9 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00829024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5615;QD=17.1785;RBI=0.0288999;REFB=-0.00646409;REVB=0.0276853;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249699;STB=0.622504;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0136085;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:7:9:6:14:8:9:6:14 chr17 21318770 . G A 177.76 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00604162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.335;QD=12.2592;RBI=0.0153208;REFB=-0.0196216;REVB=-0.0140793;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636557;STB=0.545413;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0295574;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:10:12:17:18:10:12:17:19 chr17 21318773 . G A 175.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00165832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.366;QD=11.9148;RBI=0.00316327;REFB=-0.0263493;REVB=-0.00269374;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489413;STB=0.537003;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0265125;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:10:12:18:18:10:12:18:19 chr17 21318782 . G A 96.96 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0111619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1119;QD=6.15603;RBI=0.0264816;REFB=-0.0116856;REVB=0.0240143;RO=48;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173034;STB=0.607452;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0502739;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:63:63:48:48:15:15:0.238095:9:6:26:22:9:6:26:22 chr17 21318867 . G A 185.02 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0199499;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0495;QD=8.22301;RBI=0.0204997;REFB=0.0101986;REVB=-0.00471587;RO=65;SAF=13;SAR=12;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154757;STB=0.591858;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0293841;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:65:65:25:25:0.277778:12:13:42:23:12:13:42:23 chr17 21318897 . G C 225.53 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0238301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.974;QD=9.02129;RBI=0.0436429;REFB=-0.0122193;REVB=-0.0365626;RO=71;SAF=19;SAR=10;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133008;STB=0.579044;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0270196;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:71:71:29:29:0.29:10:19:39:32:10:19:39:32 chr17 21318912 . C A 196.37 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0313311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2802;QD=7.55282;RBI=0.041334;REFB=-0.00380103;REVB=0.0269604;RO=74;SAF=15;SAR=13;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557324;STB=0.531878;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.013496;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:74:76:28:28:0.269231:13:15:43:31:13:15:44:32 chr17 21318918 . G A 187.97 PASS AF=0.256881;AO=28;DP=109;FAO=28;FDP=109;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0288074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.833;QD=6.89803;RBI=0.036288;REFB=-0.000116098;REVB=0.0220671;RO=81;SAF=15;SAR=13;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555136;STB=0.533398;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00155185;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:81:81:28:28:0.256881:13:15:47:34:13:15:47:34 chr17 21318948 . C T 157.47 PASS AF=0.239583;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0294415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1776;QD=6.56136;RBI=0.0331245;REFB=-0.0159647;REVB=-0.01518;RO=72;SAF=9;SAR=14;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119182;STB=0.578443;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0548258;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:72:73:23:23:0.239583:14:9:35:37:14:9:36:37 chr17 21318951 . CA CG,TG 480.18 PASS AF=0.287234,0.234043;AO=27,23;DP=95;FAO=27,22;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=14,9;FSAR=13,13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0419912,-0.0539447;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=81.6655,174.702;QD=20.433;RBI=0.0445207,0.0547202;REFB=-0.032715,-0.0132326;REVB=-0.0147929,-0.00917999;RO=44;SAF=14,9;SAR=13,14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0199792,-0.124117;STB=0.518505,0.554283;STBP=0.837,0.542;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0172499,0.0170341;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:44:45:27,23:27,22:0.287234,0.234043:13,14:14,9:22:22:13,13:14,9:22:23 chr17 21318969 . C T 184.26 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00753816;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4207;QD=8.09937;RBI=0.0437479;REFB=-0.00644777;REVB=-0.0430936;RO=66;SAF=9;SAR=16;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172808;STB=0.593053;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0263754;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:66:66:25:25:0.274725:16:9:33:33:16:9:32:34 chr17 21318981 . C T 141.41 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0185743;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9049;QD=6.35534;RBI=0.0364148;REFB=-0.0121997;REVB=-0.0313214;RO=67;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035402;STB=0.526856;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0399136;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:67:68:21:21:0.235955:11:10:30:37:11:10:30:38 chr17 21319007 . GG AC,GC 558.43 PASS AF=0.325843,0.269663;AO=29,23;DP=91;FAO=29,24;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=10,7;FSAR=19,17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000427309,-0.00365283;FXX=0.0219756;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=220.024,212.575;QD=25.0981;RBI=0.0336637,0.0335749;REFB=-0.00270152,-0.00912113;REVB=0.0336609,0.0333756;RO=36;SAF=10,7;SAR=19,16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185125,-0.247221;STB=0.604756,0.64987;STBP=0.161,0.075;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0129561,-0.0049985;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:36:36:29,23:29,24:0.325843,0.269663:19,16:10,7:19:17:19,17:10,7:19:17 chr17 21319069 . G A 287.72 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0164574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5159;QD=10.5585;RBI=0.0211247;REFB=-0.016756;REVB=0.013244;RO=72;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063018;STB=0.536385;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0424224;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:72:37:37:0.33945:18:19:33:39:18:19:33:39 chr17 21319079 . C A 285.61 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0136574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9907;QD=10.3859;RBI=0.0176324;REFB=-0.0269561;REVB=0.0111524;RO=72;SAF=19;SAR=18;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163254;STB=0.50467;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.051778;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:72:73:37:37:0.336364:18:19:38:34:18:19:38:35 chr17 21319087 . G A 310.51 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0125287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.404;QD=11.2914;RBI=0.0156536;REFB=0.00248256;REVB=0.00938427;RO=71;SAF=19;SAR=20;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539271;STB=0.530958;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00439973;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:20:19:38:33:20:19:38:33 chr17 21319110 . G A 297.27 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0444388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0473;QD=10.7123;RBI=0.0445133;REFB=-0.010323;REVB=0.0025733;RO=73;SAF=19;SAR=19;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859743;STB=0.549524;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0139685;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:73:73:38:38:0.342342:19:19:42:31:19:19:42:31 chr17 21319121 . C T 311.92 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0193538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8242;QD=11.4465;RBI=0.0263012;REFB=0.00356229;REVB=-0.0178096;RO=68;SAF=20;SAR=19;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347953;STB=0.510122;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00832075;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:70:39:39:0.357798:19:20:37:31:19:20:37:33 chr17 21319171 . G A 308.64 PASS AF=0.344828;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.031776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.564;QD=10.6428;RBI=0.043864;REFB=-0.0155933;REVB=0.0302381;RO=74;SAF=18;SAR=21;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10485;STB=0.566977;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0310922;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:74:76:39:40:0.344828:21:18:41:33:22:18:42:34 chr17 21319208 . C T 249.11 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00307045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.894;QD=11.8622;RBI=0.00910105;REFB=-0.0212601;REVB=0.00856747;RO=54;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334128;STB=0.51928;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0171102;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:17:13:25:29:17:13:25:29 chr17 21319230 . G C 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0395892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.764;QD=11.1565;RBI=0.0405178;REFB=-0.0204473;REVB=-0.00862508;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025846;STB=0.520694;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0390505;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:15:10:17:28:15:10:17:29 chr17 21319251 . C T 122.67 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0116787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.62;QD=7.32364;RBI=0.0118152;REFB=-0.00502684;REVB=-0.00179055;RO=48;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159823;STB=0.607351;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.013921;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:13:5:19:29:13:5:20:29 chr17 21319272 . C T 82.61 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0172917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.399;QD=4.654;RBI=0.0285544;REFB=-0.00177777;REVB=-0.0227234;RO=54;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04217;STB=0.524802;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0137224;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:54:57:14:14:0.197183:9:5:21:33:9:5:22:35 chr17 21319285 . C T 54.65 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0273218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.038;QD=2.80245;RBI=0.0326992;REFB=-0.00452545;REVB=0.0179655;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458597;STB=0.531857;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0340283;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:6:5:28:39:6:5:28:39 chr17 21319302 . T C 469.79 PASS AF=0.541176;AO=36;DP=86;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0276769;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2254;QD=22.1077;RBI=0.0286186;REFB=-0.0297802;REVB=0.00728071;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036397;STB=0.521267;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0323601;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:37:39:36:46:0.541176:19:17:16:21:28:18:17:22 chr17 21319311 . C T 98.83 PASS AF=0.177083;AO=16;DP=96;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0123067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.332;QD=4.11793;RBI=0.0208659;REFB=-0.00150234;REVB=-0.0168502;RO=77;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518684;STB=0.526285;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.012387;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:96:96:77:79:16:17:0.177083:9:7:34:43:10:7:35:44 chr17 21319369 . G A 98.14 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.00727377;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.064;QD=3.2989;RBI=0.00774495;REFB=-0.00659994;REVB=0.00266016;RO=101;SAF=7;SAR=12;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100719;STB=0.57083;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.049695;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:120:119:101:100:19:19:0.159664:12:7:45:56:12:7:45:55 chr17 21319392 . G A 80.85 PASS AF=0.141667;AO=17;DP=120;FAO=17;FDP=120;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.0403537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.006;QD=2.69497;RBI=0.0403752;REFB=-0.00554157;REVB=0.00131606;RO=103;SAF=6;SAR=11;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109484;STB=0.575294;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0508921;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:120:120:103:103:17:17:0.141667:11:6:45:58:11:6:45:58 chr17 21319399 . A G 350.39 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0112787;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.451;QD=11.583;RBI=0.015951;REFB=-0.0063626;REVB=-0.0112795;RO=77;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347745;STB=0.502957;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00741764;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:78:43:43:0.355372:25:18:32:45:25:18:33:45 chr17 21319407 . C T 80.85 PASS AF=0.141667;AO=17;DP=120;FAO=17;FDP=120;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.0313428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3432;QD=2.69497;RBI=0.0580176;REFB=0.000605121;REVB=-0.0488228;RO=103;SAF=6;SAR=11;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109484;STB=0.575294;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00209757;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:120:120:103:103:17:17:0.141667:11:6:45:58:11:6:45:58 chr17 21319436 . G A 66.56 PASS AF=0.130841;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.00310609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.497;QD=2.48814;RBI=0.0138504;REFB=-0.00306425;REVB=-0.0134976;RO=90;SAF=4;SAR=10;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168593;STB=0.626632;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0187922;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:107:107:90:93:14:14:0.130841:10:4:37:53:10:4:39:54 chr17 21319439 . T G 59.8 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0109912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.109;QD=2.25678;RBI=0.0120666;REFB=-0.00138702;REVB=0.00497973;RO=92;SAF=4;SAR=9;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151314;STB=0.605465;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00584621;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:106:92:93:13:13:0.122642:9:4:39:53:9:4:39:54 chr17 21319452 . G A 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0190916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8845;QD=2.03579;RBI=0.0195126;REFB=-0.00308663;REVB=-0.00403163;RO=83;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04335;STB=0.534074;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0215134;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:83:85:11:11:0.114583:7:4:33:50:7:4:34:51 chr17 21319465 . T C 49.23 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0116476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7948;QD=2.14036;RBI=0.0206005;REFB=0.000604273;REVB=-0.0169916;RO=78;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271889;STB=0.540635;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00538268;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:89:92:78:81:11:11:0.119565:7:4:30:48:7:4:33:48 chr17 21319470 . T C 43.88 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00895614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2362;QD=1.97229;RBI=0.0136659;REFB=0.000175412;REVB=-0.010322;RO=78;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127261;STB=0.516246;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.000931992;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:78:79:10:10:0.11236:6:4:32:46:6:4:33:46 chr17 21319473 . G A 258.49 PASS AF=0.356322;AO=29;DP=86;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0159903;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.339;QD=11.8848;RBI=0.0165443;REFB=-0.0107013;REVB=0.00424556;RO=56;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582916;STB=0.505717;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0169973;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:56:29:31:0.356322:18:11:24:32:18:13:23:33 chr17 21319488 . C T 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00202883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.746;QD=1.97301;RBI=0.0124401;REFB=-0.000455233;REVB=-0.0122735;RO=78;SAF=3;SAR=7;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171445;STB=0.634565;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00519964;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:89:78:79:10:10:0.11236:7:3:34:44:7:3:35:44 chr17 21319519 . G C 122.63 PASS AF=0.194444;AO=20;DP=107;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.0292019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.388;QD=4.54177;RBI=0.0296594;REFB=-0.00990067;REVB=0.00518932;RO=87;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617051;STB=0.559944;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0423866;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:87:87:20:21:0.194444:11:9:35:52:11:10:35:52 chr17 21319523 . C T 101.66 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.00040825;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.095;QD=3.6307;RBI=0.0171749;REFB=-0.00298681;REVB=-0.0171701;RO=93;SAF=10;SAR=9;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149009;STB=0.596916;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0215066;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:93:93:19:19:0.169643:9:10:38:55:9:10:38:55 chr17 21319527 . C T 93.64 PASS AF=0.160714;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0146688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.121;QD=3.34431;RBI=0.0150575;REFB=-0.00134235;REVB=-0.00339941;RO=94;SAF=10;SAR=8;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110266;STB=0.573042;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00787849;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:112:94:94:18:18:0.160714:8:10:44:50:8:10:44:50 chr17 21319543 . G A 173.15 PASS AF=0.21875;AO=28;DP=128;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.00753263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.998;QD=5.41082;RBI=0.018308;REFB=-0.00598007;REVB=-0.0166866;RO=99;SAF=18;SAR=10;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176999;STB=0.613554;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0278742;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:99:100:28:28:0.21875:10:18:50:49:10:18:50:50 chr17 21319560 . G T 201.0 PASS AF=0.231343;AO=31;DP=134;FAO=31;FDP=134;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0228081;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7521;QD=6.00004;RBI=0.0590759;REFB=0.00826404;REVB=0.0544954;RO=103;SAF=19;SAR=12;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113472;STB=0.576835;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0282932;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:103:103:31:31:0.231343:12:19:54:49:12:19:53:50 chr17 21319650 . CGAG C 293.55 PASS AF=0.263804;AO=42;DP=163;FAO=43;FDP=163;FR=.;FRO=120;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=-0.00414044;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.061;QD=7.20377;RBI=0.00463545;REFB=-0.0118333;REVB=0.00208427;RO=117;SAF=25;SAR=17;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185348;STB=0.619168;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=0.0290733;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263804:42:163:43:163:120:26:17:53:67:99:117:25:17:52:65 chr17 21319682 . C T 295.14 PASS AF=0.267081;AO=43;DP=163;FAO=43;FDP=161;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.00383397;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6512;QD=7.33278;RBI=0.0236081;REFB=-0.00703307;REVB=-0.0232947;RO=120;SAF=24;SAR=19;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092512;STB=0.561173;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0149043;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:120:118:43:43:0.267081:19:24:58:62:19:24:56:62 chr17 21319716 . G A 209.38 PASS AF=0.244444;AO=31;DP=135;FAO=33;FDP=135;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.00510192;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.145;QD=6.20388;RBI=0.022216;REFB=0.000478469;REVB=0.0216222;RO=96;SAF=15;SAR=16;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03193;STB=0.526229;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00069182;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:96:102:31:33:0.244444:16:15:44:52:16:17:49:53 chr17 21319728 . T C 235.08 PASS AF=0.263566;AO=33;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0861271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.52;QD=7.28925;RBI=0.0863582;REFB=-0.0240643;REVB=-0.00631292;RO=95;SAF=17;SAR=16;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038228;STB=0.511621;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0485017;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:95:95:33:34:0.263566:16:17:46:49:17:17:46:49 chr17 21319743 . A G 215.01 PASS AF=0.274336;AO=31;DP=113;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.014078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.522;QD=7.61091;RBI=0.03326;REFB=-0.0177902;REVB=-0.0301337;RO=82;SAF=15;SAR=16;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479406;STB=0.502855;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0325623;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:82:82:31:31:0.274336:16:15:40:42:16:15:40:42 chr17 21319767 . C T 360.35 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0452554;FXX=0.310649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.298;QD=20.3012;RBI=0.0452971;REFB=-0.0159481;REVB=-0.00194284;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126658;STB=0.507038;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0115233;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:71:35:35:36:36:0.507042:18:18:17:18:18:18:17:18 chr17 21319785 . C T 264.94 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0142391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.43;QD=10.289;RBI=0.0345289;REFB=-0.0159351;REVB=-0.0314562;RO=69;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092086;STB=0.553367;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0304242;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:69:34:34:0.330097:17:17:29:40:17:17:29:40 chr17 21319786 . G A 264.91 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0300891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.378;QD=10.2878;RBI=0.0317301;REFB=0.00442295;REVB=0.0100719;RO=69;SAF=14;SAR=20;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610698;STB=0.535485;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0100294;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:69:34:34:0.330097:20:14:32:37:20:14:32:37 chr17 21319845 . C T 161.26 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.010487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.458;QD=8.83622;RBI=0.0156081;REFB=-0.022127;REVB=0.0115601;RO=50;SAF=6;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260643;STB=0.650262;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0318947;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:51:22:22:0.30137:16:6:24:26:16:6:24:27 chr17 21319860 . C A,T 513.37 PASS AF=0.318182,0.393939;AO=23,24;DP=66;FAO=21,26;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=9,11;FSAR=12,15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00356722,0.0263356;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.184,75.0972;QD=31.1131;RBI=0.0210365,0.0449119;REFB=-0.0344591,-0.0155116;REVB=-0.0207318,0.0363801;RO=19;SAF=9,11;SAR=14,13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0195499,0.0723735;STB=0.529384,0.523791;STBP=0.705,0.728;TYPE=snp,snp;VARB=0.0423146,0.0116979;OID=.,.;OPOS=21319860,21319860;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:66:19:19:23,24:21,26:0.318182,0.393939:14,13:9,11:7:12:12,15:9,11:7:12 chr17 21319868 . G T 149.57 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00781496;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.069;QD=9.34824;RBI=0.0109206;REFB=-0.0177852;REVB=0.00762803;RO=42;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027578;STB=0.512646;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0382767;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:42:44:20:20:0.3125:11:9:19:23:11:9:19:25 chr17 21319908 . C T 150.93 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0546053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.039;QD=11.1802;RBI=0.0550482;REFB=-0.00721705;REVB=0.00696882;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340845;STB=0.519979;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0152586;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:12:23:13:6:12:23 chr17 21319943 . A G 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0399459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.996;QD=5.85754;RBI=0.0399564;REFB=-0.0030463;REVB=-0.000913091;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3445;STB=0.683842;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0149428;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:30:32:9:9:0.219512:4:5:8:22:4:5:10:22 chr17 21319955 . G A 92.06 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00799236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.073;QD=11.8789;RBI=0.0165508;REFB=-0.0308055;REVB=0.0144931;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284072;STB=0.622014;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0331805;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:31:19:19:11:12:0.387097:8:3:10:9:8:4:10:9 chr17 21319977 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00152152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.967;QD=12.1824;RBI=0.00809805;REFB=-0.0082446;REVB=0.00795383;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00931702;OID=.;OPOS=21319977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:7:8:7:3:7:8 chr17 21319989 . C A 42.74 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00358193;FXX=0.190386;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.742;QD=10.0557;RBI=0.0180791;REFB=-0.000843365;REVB=-0.0177207;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00140354;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:21:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr17 21319993 . T C 89.97 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0315035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.006;QD=17.1363;RBI=0.0317982;REFB=-0.0158088;REVB=0.00431864;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103689;STB=0.533274;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0142973;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:7:10:10:11:0.52381:7:3:3:4:7:4:3:7 chr17 21320012 . C T 37.72 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0891597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.506;QD=8.38331;RBI=0.0903524;REFB=-0.0329108;REVB=0.0146322;RO=11;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408699;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0412415;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:11:12:4:6:0.333333:1:3:4:7:3:3:4:8 chr17 21320041 . G A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0282022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.436;QD=9.491;RBI=0.0407538;REFB=0.00132517;REVB=-0.0294195;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.615148;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00361943;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:5:13:5:4:5:13 chr17 21320102 . C A 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00220519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.824;QD=5.25878;RBI=0.00708571;REFB=-0.0107097;REVB=-0.00673383;RO=34;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645979;STB=0.548277;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.032994;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:34:36:9:9:0.2:6:3:13:21:6:3:14:22 chr17 21320114 . T G 51.92 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0280221;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2343;QD=4.61498;RBI=0.0910943;REFB=0.00424597;REVB=-0.0866772;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465833;STB=0.502951;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0132941;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:42:45:34:37:8:8:0.177778:5:3:14:20:5:3:14:23 chr17 21320197 . G C 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00925701;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.298;QD=12.2289;RBI=0.00933047;REFB=-0.000390743;REVB=0.00116847;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782586;STB=0.545412;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000675482;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:12:24:16:6:12:24 chr17 21320210 . C T 206.34 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0250068;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.349;QD=12.6977;RBI=0.028656;REFB=-0.00598866;REVB=-0.0139937;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211691;STB=0.61634;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00511536;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:39:40:25:25:0.384615:18:7:18:21:18:7:18:22 chr17 21320212 . A G 413.33 PASS AF=0.597015;AO=38;DP=65;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00832673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.855;QD=24.6764;RBI=0.00836739;REFB=-0.00760293;REVB=0.000823923;RO=27;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112221;STB=0.568386;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00627789;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:27:27:38:40:0.597015:25:13:13:14:27:13:13:14 chr17 21320252 . G T 296.51 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00417226;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.594;QD=12.8916;RBI=0.0215624;REFB=-0.0130546;REVB=0.0211548;RO=56;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149516;STB=0.575673;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0244059;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:56:58:34:34:0.369565:21:13:29:27:21:13:29:29 chr17 21320263 . T C 191.25 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00531099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.2;QD=7.80594;RBI=0.0431542;REFB=-0.012435;REVB=-0.0428261;RO=72;SAF=14;SAR=12;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.578723;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0315433;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:72:26:26:0.265306:12:14:31:41:12:14:31:41 chr17 21320279 . C T 311.51 PASS AF=0.367925;AO=38;DP=105;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00759447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8848;QD=11.7552;RBI=0.0508111;REFB=0.00484164;REVB=-0.0502404;RO=67;SAF=16;SAR=22;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145776;STB=0.589698;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0168517;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:67:67:38:39:0.367925:22:16:37:30:23:16:37:30 chr17 21320350 . G A 221.8 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.015589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.072;QD=10.1978;RBI=0.0189962;REFB=0.00185627;REVB=0.0108553;RO=59;SAF=12;SAR=16;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170088;STB=0.599278;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00443654;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:16:12:34:25:16:12:34:25 chr17 21320365 . T C 202.54 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0448777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7507;QD=10.127;RBI=0.0516529;REFB=0.00212711;REVB=-0.0255736;RO=53;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145141;STB=0.579195;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0083622;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:54:26:26:0.325:10:16:26:27:10:16:27:27 chr17 21320787 . G A 363.07 PASS AF=0.306667;AO=46;DP=150;FAO=46;FDP=150;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=87;FWDB=-0.0158977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.358;QD=9.68177;RBI=0.0214033;REFB=-0.00900717;REVB=-0.0143306;RO=103;SAF=13;SAR=33;SRF=17;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192024;STB=0.611723;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0177972;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:103:104:46:46:0.306667:33:13:17:86:33:13:17:87 chr17 21320796 . C T 809.29 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=9;FSRR=63;FWDB=0.00624954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.668;QD=21.7259;RBI=0.010719;REFB=-0.00551392;REVB=-0.00870867;RO=72;SAF=21;SAR=56;SRF=9;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18029;STB=0.597968;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00580464;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:72:72:77:77:0.516779:56:21:9:63:56:21:9:63 chr17 21320798 . G C 66.09 PASS AF=0.0533333;AO=77;DP=148;FAO=4;FDP=75;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=62;FWDB=-0.0255865;FXX=0.496611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.342;QD=3.52504;RBI=0.0296476;REFB=-1.68729e-05;REVB=-0.014977;RO=70;SAF=20;SAR=57;SRF=9;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162078;STB=0.939415;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.150193;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:148:75:70:71:77:4:0.0533333:57:20:9:61:1:3:9:62 chr17 21320980 . C G 792.42 PASS AF=0.593496;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=123;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00943911;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.333;QD=25.7696;RBI=0.0149378;REFB=-0.0337133;REVB=-0.0115776;RO=49;SAF=29;SAR=44;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702123;STB=0.534608;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.028265;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:49:50:73:73:0.593496:44:29:24:25:44:29:24:26 chr17 21320991 . C T 210.18 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0118449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.11;QD=7.7844;RBI=0.0138645;REFB=-0.0118418;REVB=-0.00720571;RO=78;SAF=11;SAR=19;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718022;STB=0.542828;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0330218;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:78:30:30:0.277778:19:11:33:45:19:11:33:45 chr17 21320993 . G T 661.26 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0188924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.439;QD=24.9532;RBI=0.0206673;REFB=-0.0336768;REVB=0.00837944;RO=43;SAF=23;SAR=40;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960924;STB=0.5524;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0275018;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:43:63:63:0.59434:40:23:21:22:40:23:21:22 chr17 21321005 . C A 169.73 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0408766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8449;QD=7.30007;RBI=0.0574753;REFB=-0.0123969;REVB=0.0404044;RO=69;SAF=8;SAR=16;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131823;STB=0.580084;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0235135;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:69:24:24:0.258065:16:8:30:39:16:8:30:39 chr17 21321016 . T C 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.051464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.927;QD=25.4135;RBI=0.0514983;REFB=-0.0318366;REVB=0.00187759;RO=24;SAF=7;SAR=31;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155189;STB=0.585593;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0175007;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:31:7:8:16:31:7:8:16 chr17 21321028 . CC TG 266.75 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00939732;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=221.558;QD=22.2289;RBI=0.0111878;REFB=-0.0131956;REVB=0.00607106;RO=21;SAF=2;SAR=15;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144907;STB=0.576823;STBP=0.581;TYPE=mnp;VARB=0.0163155;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:17:17:0.354167:15:2:4:17:15:2:4:18 chr17 21322972 . GT CC 168.92 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0185638;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.989;QD=24.1307;RBI=0.0195073;REFB=-0.0094724;REVB=0.00599328;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15749;STB=0.588131;STBP=0.268;TYPE=mnp;VARB=0.00438986;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:4:7:7:10:4:7 chr17 21322975 . G A 110.62 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0070546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.653;QD=15.2579;RBI=0.0117357;REFB=-0.0135454;REVB=0.00937867;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0418762;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr17 21323001 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=16;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.027709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.667;QD=24.2038;RBI=0.0292518;REFB=-0.018254;REVB=-0.00937434;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185052;STB=0.555494;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0211458;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:8:12:16:18:0.6:7:9:2:6:8:10:5:7 chr17 21323049 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0310577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.318;QD=11.7415;RBI=0.0342191;REFB=-0.00269947;REVB=-0.0143654;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651976;STB=0.537779;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0095204;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:15:21:11:10:15:21 chr17 21323056 . G T 36.87 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00135126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.138;QD=2.58734;RBI=0.0431608;REFB=-0.0109119;REVB=-0.0431396;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191929;STB=0.646659;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0625548;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:49:50:7:7:0.122807:3:4:20:29:3:4:20:30 chr17 21323074 . T C 41.92 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00314259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.317;QD=2.74857;RBI=0.0148679;REFB=-0.00152664;REVB=0.014532;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591667;STB=0.540882;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0101544;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:59:61:51:53:8:8:0.131148:4:4:23:28:4:4:24:29 chr17 21323096 . G A 265.18 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0259485;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.695;QD=17.3886;RBI=0.0261698;REFB=-0.0210508;REVB=-0.00339636;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604034;STB=0.541732;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0174005;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:14:15:14:17:14:15:14:18 chr17 21323107 . A G 103.13 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0112457;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.043;QD=7.93294;RBI=0.0116553;REFB=-0.00584519;REVB=0.00306278;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133952;STB=0.590036;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0177407;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:38:14:14:0.269231:6:8:16:19:6:8:17:21 chr17 21323119 . T C 31.16 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.019385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.647;QD=2.35181;RBI=0.0198491;REFB=-0.015999;REVB=0.00426711;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147108;STB=0.622957;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0599657;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:6:6:0.113208:4:2:21:25:4:2:22:25 chr17 21323136 . G A 40.45 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0214335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.737;QD=3.3706;RBI=0.024739;REFB=-0.00272288;REVB=-0.0123541;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713233;STB=0.550752;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0262175;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:4:3:20:21:4:3:20:21 chr17 21730703 . G A 220.77 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00705758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.32;QD=18.0224;RBI=0.00738993;REFB=-0.0100483;REVB=-0.00219126;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262375;STB=0.514912;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0175166;OID=.;OPOS=21730703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:13:14:12:10:13:14 chr17 21731041 . G A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=12;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00954041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5342;QD=12.4662;RBI=0.0590566;REFB=-0.00693605;REVB=-0.0582809;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.587337;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0126942;OID=.;OPOS=21731041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:33:12:20:0.377358:5:7:11:10:7:13:17:16 chr17 21825506 . G A 116.83 PASS AF=0.145251;AO=24;DP=177;FAO=26;FDP=179;FR=.;FRO=153;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=83;FSRR=70;FWDB=-0.00388395;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.838;QD=2.61064;RBI=0.0278738;REFB=-0.00543841;REVB=0.0276019;RO=149;SAF=13;SAR=11;SRF=82;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110608;STB=0.536285;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0282495;OID=.;OPOS=21825506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:149:153:24:26:0.145251:11:13:82:67:13:13:83:70 chr17 21825565 . G T 445.82 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00623453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.95;QD=13.9317;RBI=0.00843778;REFB=-0.0140611;REVB=0.00568567;RO=76;SAF=30;SAR=21;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149496;STB=0.588201;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0188497;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:76:77:51:51:0.398438:21:30:34:42:21:30:34:43 chr17 21826256 . A G 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00433464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.223;QD=20.4044;RBI=0.010281;REFB=-0.0131213;REVB=-0.0093225;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562914;STB=0.53123;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00975775;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:13:15:15:17:13:15 chr17 22023528 . G C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00421947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.171;QD=15.643;RBI=0.00423206;REFB=0.011383;REVB=0.000326303;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208926;STB=0.619603;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0140143;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:19:10:11:9:19:10 chr17 22023591 . T C 263.75 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00164499;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.434;QD=19.5368;RBI=0.00515316;REFB=-0.00311289;REVB=-0.00488355;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129812;STB=0.590488;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0031097;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:10:16:13:15:9:17 chr17 22026431 . C T 54.67 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0634552;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.627;QD=15.6206;RBI=0.0697832;REFB=-0.00863567;REVB=-0.0290366;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247397;OID=.;OPOS=22026431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:14:6:7:7:7:0.5:4:3:3:3:4:3:3:4 chr17 22029018 . A G 350.86 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0269557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8254;QD=20.6387;RBI=0.0314057;REFB=0.00266563;REVB=0.0161155;RO=32;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122738;STB=0.568104;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00166038;OID=.;OPOS=22029018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:13:23:16:16:13:23:16:16 chr17 25628820 . T C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0157613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.752;QD=13.8495;RBI=0.0157627;REFB=0.00718072;REVB=0.000214996;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104817;STB=0.560901;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0133784;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:10:15:8:8:10:15 chr17 25972311 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0149268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.483;QD=21.613;RBI=0.0394407;REFB=-0.0150179;REVB=0.036507;RO=20;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128834;STB=0.59315;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0168718;OID=.;OPOS=25972311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:23:24:24:0.510638:8:16:16:4:8:16:19:4 chr17 26089867 . T C 1471.43 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.826;QD=63.2871;RBI=0.0366196;REFB=0;REVB=-0.036282;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47406e-05;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr17 26092631 . A G 1472.18 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.632;QD=63.3198;RBI=0.0479407;REFB=0;REVB=-0.0276358;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68754e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:46:45:0:0:47:46:0:0 chr17 26096597 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.010568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.307;QD=21.2676;RBI=0.0692647;REFB=-0.00923045;REVB=-0.0684538;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235435;STB=0.602384;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.010334;OID=.;OPOS=26096597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:12:4:7:7:12:5:7:7 chr17 26105932 . G A 660.04 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00329347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.462;QD=23.3644;RBI=0.0293534;REFB=-0.00707063;REVB=0.029168;RO=49;SAF=37;SAR=27;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870816;STB=0.547597;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00510637;OID=.;OPOS=26105932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:27:37:23:26:27:37:23:26 chr17 26654991 . A C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0281577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.938;QD=11.667;RBI=0.0348437;REFB=-0.0100765;REVB=-0.0205238;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283258;STB=0.663922;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0192562;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:21:5:6:8:21:5 chr17 26671945 . A AG,G 1037.91 PASS AF=1,0;AO=62,3;DP=78;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.244451,0.123482;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.6398,5.75539;QD=53.9172;RBI=0.296844,0.123604;REFB=0,0;REVB=0.168404,0.005487;RO=12;SAF=42,1;SAR=20,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0602008,-0.184075;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00702131,0;OID=.,.;OPOS=26671946,26671945;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:77:12:0:62,3:77,0:1,0:20,2:42,1:6:6:29,0:48,0:0:0 chr17 26672360 . G GC 206.04 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0909635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.8783;QD=48.4805;RBI=0.09653;REFB=0;REVB=0.0323062;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00377043;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:17:17:0:6:11:0:0:4:1:6:11:1:0 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 51.68 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00411277;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=373.976;QD=5.90628;RBI=0.0222687;REFB=-0.00592475;REVB=-0.0218856;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136355;STB=0.578739;STBP=0.674;TYPE=del;VARB=0.0185182;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571:8:35:8:35:27:2:6:9:18:51:26:2:6:9:17 chr17 26674151 . CTG C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00215915;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.131;QD=8.62766;RBI=0.0237795;REFB=-0.00579911;REVB=-0.0236813;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144873;STB=0.588082;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.00973731;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:38:11:38:27:5:6:9:18:81:27:5:6:9:18 chr17 26676135 . C T 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0232258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9653;QD=14.3241;RBI=0.0403948;REFB=-0.0107593;REVB=-0.03305;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247867;STB=0.639254;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0099659;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:13:15:30:9:13:15:30:9 chr17 26684394 . T G 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7836;QD=33.414;RBI=0.0310479;REFB=0;REVB=0.026293;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428718;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 26684740 . GC G,GG 83.28 PASS AF=0.204545,0.113636;AO=12,5;DP=44;FAO=9,5;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8,1;FSAR=1,4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.219505,-0.148213;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.5574,27.9861;QD=7.57062;RBI=0.228096,0.14941;REFB=-0.0830267,-0.0368602;REVB=-0.0620102,-0.0188743;RO=23;SAF=9,1;SAR=3,4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.3983,-0.260842;STB=0.871852,0.726284;STBP=0.023,0.362;TYPE=del,snp;VARB=0.0484654,0.11677;OID=.,.;OPOS=26684741,26684741;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545,0.113636:12,5:44:9,5:44:30:8,1:1,4:13:17:50:23:9,1:3,4:9:14 chr17 26684849 . A G 211.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00511958;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.644;QD=15.9616;RBI=0.00992446;REFB=-0.0129697;REVB=0.00850205;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126246;STB=0.547904;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0158366;OID=.;OPOS=26684849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:29:24:24:0.45283:8:16:14:12:8:16:17:12 chr17 26686416 . G A 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0115611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.43;QD=13.1805;RBI=0.0136141;REFB=-0.00522071;REVB=-0.00718918;RO=56;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514125;STB=0.529395;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0116579;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:18:16:29:27:18:16:29:27 chr17 26694483 . A G 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00364829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.267;QD=18.9387;RBI=0.0163695;REFB=-0.0073771;REVB=-0.0159578;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.558581;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00708057;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:18:12:15:14:18:12:15:14 chr17 26694861 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0254031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0655;QD=13.6997;RBI=0.0341234;REFB=-0.00999912;REVB=0.0227836;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200646;STB=0.616313;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0370209;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:19:11:10:8:19:11 chr17 26708300 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.374;QD=61.8519;RBI=0.0284356;REFB=0;REVB=0.0213747;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51396e-06;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr17 26708302 . G T 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.316;QD=60.2416;RBI=0.0397364;REFB=0.0206947;REVB=0.0208938;RO=1;SAF=32;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145681;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=1.83899e-05;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:50:32:1:0:50:32:1:0 chr17 26727721 . GA G,GG 738.16 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=42,3;DP=47;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=23,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654946,-0.0584088;FXX=0.039992;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.6458,8.49424;QD=61.5129;RBI=0.0658567,0.0630025;REFB=0,0;REVB=0.00689638,-0.0236163;RO=0;SAF=21,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00693617,0.0479115;OID=.,.;OPOS=26727722,26727722;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9375,0.0625:42,3:47:45,3:48:0:22,0:23,3:0:0:13:0:21,0:21,3:0:0 chr17 26824156 . A G 90.24 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00840402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.104;QD=16.4081;RBI=0.0181312;REFB=-0.00281643;REVB=-0.0160659;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38778;STB=0.719663;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00321648;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:10:1:6:5:10:1 chr17 26960592 . G A 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0082422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.899;QD=2.14546;RBI=0.0452421;REFB=-0.00410132;REVB=0.044485;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0403925;OID=.;OPOS=26960592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:3:3:25:25:3:3:25:25 chr17 26961753 . C T 514.25 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00718095;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.607;QD=21.4272;RBI=0.0201374;REFB=-0.000170609;REVB=-0.0188135;RO=46;SAF=24;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674609;STB=0.531503;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-9.10933e-05;OID=.;OPOS=26961753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:46:47:49:49:0.510417:25:24:19:27:25:24:20:27 chr17 27009749 . C T 940.94 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00376441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.259;QD=57.0266;RBI=0.00519321;REFB=-0.0472234;REVB=0.00357752;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00147571;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:34:31:1:0:34:31:1:0 chr17 27041500 . C A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0271719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.302;QD=12.0148;RBI=0.0573455;REFB=-0.0190866;REVB=-0.0504994;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493715;STB=0.787585;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0241203;OID=.;OPOS=27041500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:4:16:12:22:4:16:12:22 chr17 27068005 . TGAG T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.014584;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=313.019;QD=26.3721;RBI=0.0359238;REFB=-0.0150906;REVB=0.0328303;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968221;STB=0.541632;STBP=0.52;TYPE=del;VARB=0.0080346;OID=.;OPOS=27068006;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:24:41:24:40:16:13:11:7:9:99:17:13:11:7:10 chr17 27185827 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.672;QD=62.0211;RBI=0.00932812;REFB=0;REVB=0.000917304;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30559e-05;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr17 27207453 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.911;QD=59.4352;RBI=0.0154566;REFB=0;REVB=0.0123973;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93895e-05;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr17 27286851 . T C 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0305867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5733;QD=12.4663;RBI=0.0370743;REFB=-0.0303527;REVB=0.0209512;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492397;STB=0.502854;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0469929;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:18:15:9:11:18:15 chr17 27422053 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.89;QD=58.5866;RBI=0.157793;REFB=0;REVB=-0.0159635;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637881;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr17 27424316 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.616;QD=53.9106;RBI=0.0316467;REFB=0;REVB=-0.00608096;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110539;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr17 27438469 . G A 502.43 PASS AF=0.902439;AO=36;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0168519;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.3059;QD=49.0172;RBI=0.0380416;REFB=-0.08921;REVB=0.0341054;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406473;STB=0.519277;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0019192;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:41:41:1:4:36:37:0.902439:11:25:0:1:12:25:2:2 chr17 27441077 . C G 410.24 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.217;QD=56.585;RBI=0.140878;REFB=0;REVB=0.0501602;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028493;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:15:8:0:0:18:11:0:0 chr17 27588806 . C A 306.16 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.1778;QD=53.2451;RBI=0.0965712;REFB=0;REVB=-0.00846839;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00284532;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 27588980 . CAG C 115.82 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428155;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.66;QD=42.115;RBI=0.0433267;REFB=0;REVB=-0.00663576;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000185783;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:4:7:0:0:4:0:4:6:0:0 chr17 27889578 . T C 1309.46 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164934;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.118;QD=60.9052;RBI=0.04534;REFB=0.0805301;REVB=0.0422337;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885539;STB=0.504672;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000762414;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:32:53:1:0:32:53:1:0 chr17 27889986 . T C 821.23 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905567;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.935;QD=57.6301;RBI=0.0619676;REFB=0;REVB=0.0613023;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226668;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr17 27901975 . A G 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.912;QD=63.8657;RBI=0.116362;REFB=0;REVB=-0.116352;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421258;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr17 27904711 . G A 262.56 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0235639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.187;QD=25.6155;RBI=0.0672138;REFB=-0.0199085;REVB=0.0629478;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111355;STB=0.553148;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00899931;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:10:13:12:5:10:14:12:5 chr17 27958231 . G A 63.31 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0370348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.649;QD=2.58401;RBI=0.0508225;REFB=-0.00454126;REVB=-0.0348045;RO=84;SAF=9;SAR=4;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143985;STB=0.607935;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0250788;OID=.;OPOS=27958231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:98:84:85:13:13:0.132653:4:9:49:35:4:9:49:36 chr17 28268800 . A C 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00787146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7587;QD=16.8209;RBI=0.0510932;REFB=0.0110731;REVB=0.0504833;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111726;STB=0.563578;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0123832;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:19:9:9:12:19:9 chr17 28320248 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.854;QD=58.0611;RBI=0.0262893;REFB=0;REVB=0.00857175;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80421e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr17 28381141 . C G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00907326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.244;QD=15.1972;RBI=0.0453839;REFB=0.0130984;REVB=-0.0444677;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434626;STB=0.514685;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0172312;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:5:9:11:6:5:9:12:6 chr17 28407876 . T G 412.32 PASS AF=0.532468;AO=36;DP=72;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00227399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7289;QD=21.4191;RBI=0.0841072;REFB=-0.0237111;REVB=0.0840764;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317974;STB=0.630076;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0211981;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:36:36:36:41:0.532468:13:23:10:26:18:23:10:26 chr17 28444183 . A C 313.26 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0628546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9929;QD=50.1213;RBI=0.0969001;REFB=-0.0422788;REVB=-0.073749;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.545415;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.000876969;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:19:5:1:0:19:5:1:0 chr17 28511978 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.65;QD=48.7373;RBI=0.0722924;REFB=0;REVB=0.0718758;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681293;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr17 28671550 . T A 88.24 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0246943;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.068;QD=11.7652;RBI=0.0279536;REFB=-0.00203032;REVB=0.0130994;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257359;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00355447;OID=.;OPOS=28671550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:31:30:21:19:10:11:0.366667:7:3:11:10:7:4:9:10 chr17 28712037 . C T 373.16 PASS AF=0.42;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.016182;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.751;QD=14.9265;RBI=0.0185322;REFB=-0.0127434;REVB=-0.00903233;RO=58;SAF=15;SAR=27;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151832;STB=0.585757;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0218384;OID=.;OPOS=28712037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:58:58:42:42:0.42:27:15:29:29:27:15:29:29 chr17 28794020 . A G 391.71 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0172528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3013;QD=19.3435;RBI=0.0172561;REFB=-0.0200784;REVB=0.000341298;RO=40;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115942;STB=0.559075;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0267192;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:15:25:20:20:15:25:21:20 chr17 28853530 . A C 109.49 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0132442;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.474;QD=13.2712;RBI=0.0169077;REFB=-0.0147076;REVB=-0.01051;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188234;STB=0.623565;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0242528;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:21:20:13:13:0.393939:9:4:10:11:9:4:10:10 chr17 28900708 . G T 234.16 PASS AF=0.95;AO=20;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136846;FXX=0.0475964;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.532;QD=46.832;RBI=0.0186774;REFB=-0.0875139;REVB=0.0127113;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000800252;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:0:1:20:19:0.95:9:11:0:0:8:11:0:1 chr17 29486152 . G A 784.91 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.508;QD=57.0843;RBI=0.0103802;REFB=0;REVB=0.00831623;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94835e-05;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr17 29496819 . C T 262.42 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.38;QD=47.7134;RBI=0.0169056;REFB=0.0325127;REVB=-0.0102836;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297929;STB=0.516114;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00154307;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:6:15:1:0:6:15:1:0 chr17 29508775 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.064;QD=57.0007;RBI=0.00991773;REFB=0;REVB=-0.00609788;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07967e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr17 29849423 . G A 226.95 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0203513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0721;QD=15.6515;RBI=0.0374015;REFB=0.00192198;REVB=0.0313799;RO=32;SAF=21;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328528;STB=0.688363;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00120696;OID=.;OPOS=29849423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:5:21:17:15:5:21:17:15 chr17 29859146 . C T 141.34 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00537721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.165;QD=13.4612;RBI=0.0216832;REFB=-0.00842577;REVB=-0.0210059;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173892;STB=0.60228;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.010126;OID=.;OPOS=29859146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:6:10:11:13:6:10:12:14 chr17 29859464 . G A 223.32 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0238171;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.296;QD=31.9032;RBI=0.0266635;REFB=-0.0152031;REVB=0.0119869;RO=7;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337054;STB=0.531969;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00596268;OID=.;OPOS=29859464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:28:7:8:20:20:0.714286:7:13:5:2:7:13:6:2 chr17 29859506 . G T 42.27 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0158844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7635;QD=4.6968;RBI=0.0754666;REFB=-0.012864;REVB=0.073776;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352063;STB=0.52374;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0283792;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:2:5:20:9:2:5:20:9 chr17 29890808 . C T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0443724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.043;QD=13.8489;RBI=0.0465055;REFB=0.00178;REVB=-0.0139232;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110099;STB=0.563682;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00302558;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:7:18:10:6:7:18 chr17 29890870 . C G 275.83 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0221638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.447;QD=25.6583;RBI=0.0424737;REFB=0.0189895;REVB=-0.0362323;RO=17;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155182;STB=0.607501;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0138737;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:25:25:0.581395:20:5:6:11:20:5:7:11 chr17 30183857 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.343;QD=55.6559;RBI=0.03915;REFB=0;REVB=0.0226519;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44674e-05;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 30222002 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0393789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.311;QD=51.5086;RBI=0.0396495;REFB=0.0268674;REVB=0.00462407;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000849787;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:18:8:0:1:18:8:0:1 chr17 30470028 . G GC,GCC 132.68 PASS AF=0.571429,0;AO=14,4;DP=35;FAO=20,0;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=16,0;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.200208,0.110027;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=19.1737,20.1619;QD=15.1635;RBI=0.231411,0.125304;REFB=0.0389245,0.0211003;REVB=-0.116051,-0.0599598;RO=16;SAF=3,0;SAR=11,4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122806,-0.615368;STB=0.542328,0.5;STBP=0.652,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0590876,0.105202;OID=.,.;OPOS=30470029,30470029;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0:14,4:35:20,0:35:15:4,0:16,0:4:11:77:16:3,0:11,4:5:11 chr17 30533970 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0362825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.858;QD=16.417;RBI=0.0370281;REFB=-0.0227527;REVB=-0.00739308;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293412;STB=0.666455;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0285171;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:3:13:7:7:3:13 chr17 30625205 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.248;QD=61.6952;RBI=0.0437775;REFB=0;REVB=0.0351718;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75371e-05;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr17 31268378 . C T 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0326056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.176;QD=10.8322;RBI=0.0354543;REFB=-0.00459567;REVB=-0.0139242;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120085;STB=0.584451;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00866473;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:10:12:17:22:10:12:17:24 chr17 31318933 . A ACTG 69.67 PASS AF=0.375;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0142357;FXX=0.142806;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.029;QD=11.6117;RBI=0.0230353;REFB=-0.0252812;REVB=0.01811;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52951e-08;STB=0.571275;STBP=0.632;TYPE=ins;VARB=0.0491235;OID=.;OPOS=31318934;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:28:9:24:15:5:4:10:5:69:18:5:4:10:8 chr17 31618732 . A G 62.16 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1346;QD=35.5219;RBI=0.110201;REFB=0;REVB=-0.107038;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288537;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr17 32483237 . A G 356.07 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.012863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.042;QD=21.9121;RBI=0.0199533;REFB=-0.00407984;REVB=-0.0152538;RO=29;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781618;STB=0.543186;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00227675;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:22:14:14:15:22:14:14:15 chr17 32483270 . C G 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.075921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7425;QD=17.0698;RBI=0.0774765;REFB=-0.0115217;REVB=0.0154471;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14366;STB=0.580593;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0106847;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:13:18:15:20:13:18:15:20 chr17 32583269 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00344771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.108;QD=13.9479;RBI=0.0227283;REFB=-0.0238942;REVB=-0.0224652;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101589;STB=0.559251;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0342859;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:15:12:6:11:15:12 chr17 32583911 . C T 355.2 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00721571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1917;QD=19.7336;RBI=0.0238659;REFB=-0.0432904;REVB=-0.022749;RO=32;SAF=22;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183621;STB=0.581088;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0197288;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:35:37:37:0.513889:15:22:12:20:15:22:15:20 chr17 32647831 . A C 221.42 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0556561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1495;QD=25.305;RBI=0.056298;REFB=-0.0562074;REVB=0.00847738;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20325;STB=0.612798;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0400801;OID=.;OPOS=32647831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:10:4:12:9:10:4 chr17 32904586 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2051;QD=61.3346;RBI=0.0398194;REFB=0;REVB=-0.0358002;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000858027;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr17 32906008 . C G 323.32 PASS AF=0.478873;AO=30;DP=73;FAO=34;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.117594;FXX=0.0273935;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0854;QD=18.2152;RBI=0.119613;REFB=-0.00395374;REVB=-0.0218833;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511513;STB=0.549267;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00596463;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:23:37:30:34:0.478873:15:15:13:10:17:17:22:15 chr17 32953258 . G A 178.65 PASS AF=0.62069;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0114948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0795;QD=24.6418;RBI=0.136621;REFB=0.00197765;REVB=0.136137;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27115;STB=0.659005;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00503277;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:29:11:11:16:18:0.62069:9:7:9:2:11:7:9:2 chr17 33255117 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.000693176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.312;QD=17.827;RBI=0.00537929;REFB=0.0168021;REVB=0.00533444;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.533279;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0185143;OID=.;OPOS=33255117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:8:4:3:7:8:4:3:8 chr17 33269648 . C G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0125644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.436;QD=20.601;RBI=0.0168732;REFB=-0.0193075;REVB=-0.0112624;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422861;STB=0.511616;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0180951;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:20:20:0.512821:9:11:9:9:9:11:10:9 chr17 33288363 . C T 1134.72 PASS AF=0.540816;AO=106;DP=196;FAO=106;FDP=196;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=74;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00594424;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.228;QD=23.1575;RBI=0.00812256;REFB=-0.010223;REVB=-0.00553552;RO=88;SAF=32;SAR=74;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111012;STB=0.562298;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00664389;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:88:90:106:106:0.540816:74:32:37:51:74:32:38:52 chr17 33288882 . T G 937.26 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531938;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.639;QD=56.8037;RBI=0.0565511;REFB=0;REVB=0.0191949;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475937;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:59:66:1:37:22:0:0:38:28:0:0 chr17 33289937 . A T 132.49 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0089634;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.102;QD=10.599;RBI=0.0166381;REFB=-0.0099281;REVB=0.0140173;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272579;STB=0.661568;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0287105;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:34:16:16:0.32:6:10:13:21:6:10:13:21 chr17 33307586 . G A 165.24 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0530256;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5903;QD=20.6546;RBI=0.060456;REFB=-0.0208922;REVB=-0.029038;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681317;STB=0.538417;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0239402;OID=.;OPOS=33307586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:5:10:10:7:5:10 chr17 33332629 . G A 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0104854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8377;QD=13.4951;RBI=0.0428181;REFB=-0.0103666;REVB=-0.0415144;RO=44;SAF=19;SAR=10;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315139;STB=0.517958;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0125557;OID=.;OPOS=33332629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:10:19:30:14:10:19:30:14 chr17 33333074 . TAA AAT,TA 35.38 PASS AF=0.0285714,0.257143;AO=2,4;DP=35;FAO=1,9;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=0,2;FSAR=1,7;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.100242,0.225779;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=33.0935,9.09831;QD=4.04383;RBI=0.109266,0.258869;REFB=0.00396153,0.0194843;REVB=-0.0434804,-0.126637;RO=17;SAF=0,0;SAR=2,4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0.324022;SSEP=0,0;SSSB=-0.439097,-0.590222;STB=0.985018,0.518477;STBP=0.508,0.986;TYPE=mnp,del;VARB=0.0271536,-0.0858931;OID=.,.;OPOS=33333074,33333075;OREF=TAA,A;OALT=AAT,-;OMAPALT=AAT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:35:35:17:25:2,4:1,9:0.0285714,0.257143:2,4:0,0:4:13:1,7:0,2:6:19 chr17 33448818 . T C 725.54 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8747;QD=56.9049;RBI=0.0427863;REFB=0;REVB=-0.0419487;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286801;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:34:17:0:0 chr17 33454415 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.973;QD=47.8224;RBI=0.0176365;REFB=0;REVB=0.0127546;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112651;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr17 33464864 . C T 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4712;QD=60.9728;RBI=0.0475776;REFB=0;REVB=0.0419016;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303132;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr17 33469279 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3633;QD=40.7624;RBI=0.0717528;REFB=0;REVB=-0.0391782;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00598871;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 33680807 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.303;QD=37.4885;RBI=0.0503205;REFB=0;REVB=0.00644827;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152434;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr17 33680840 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8061;QD=47.8222;RBI=0.0261142;REFB=0;REVB=0.0238194;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133671;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr17 33689926 . T C 1690.77 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.163;QD=59.8504;RBI=0.0478673;REFB=0;REVB=-0.0328177;RO=0;SAF=88;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55724e-05;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:25:88:0:0:25:88:0:0 chr17 33690466 . C A 297.16 PASS AF=0.757576;AO=24;DP=32;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0186668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.792;QD=36.0189;RBI=0.0206938;REFB=-0.0218404;REVB=0.00893205;RO=8;SAF=5;SAR=19;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283223;STB=0.518503;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00812033;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:33:8:8:24:25:0.757576:19:5:2:6:20:5:2:6 chr17 33768199 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.317;QD=63.1948;RBI=0.011282;REFB=0;REVB=0.00413591;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88498e-06;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr17 33768354 . C T 768.58 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0584011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2685;QD=61.4865;RBI=0.0929878;REFB=-0.0250192;REVB=0.0723605;RO=2;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999722;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000934308;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:2:1:48:49:0.98:30:18:1:1:30:19:0:1 chr17 33769034 . G A 314.05 PASS AF=0.56;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0225037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.32;QD=25.1239;RBI=0.0268058;REFB=0.0177139;REVB=0.0145647;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589591;STB=0.545421;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0132527;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:22:28:28:0.56:10:18:12:9:10:18:12:10 chr17 33769038 . C A 244.27 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00791565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.099;QD=18.7898;RBI=0.0384775;REFB=-0.0179372;REVB=0.0376544;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217795;STB=0.622544;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0134763;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:8:18:12:14:8:18:12:14 chr17 33772658 . G T 545.16 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0275838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4385;QD=25.6547;RBI=0.0282107;REFB=-0.0147283;REVB=0.00591405;RO=35;SAF=20;SAR=30;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222975;STB=0.51219;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0102293;OID=.;OPOS=33772658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:30:20:15:20:30:20:15:20 chr17 33805150 . T C 227.44 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00253129;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9543;QD=13.3785;RBI=0.0436106;REFB=-0.0264769;REVB=0.0435371;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212614;STB=0.526177;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0328419;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:26:27:0.397059:16:10:15:26:16:11:15:26 chr17 33814758 . T C 273.33 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00783816;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.157;QD=23.7682;RBI=0.00840428;REFB=-0.0154352;REVB=-0.00303237;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152352;STB=0.584709;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00926947;OID=.;OPOS=33814758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:14:7:13:12:14:7 chr17 33880003 . C G 88.58 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000521465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.972;QD=27.2561;RBI=0.0154296;REFB=-0.0114665;REVB=-0.0154208;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178335;STB=0.599815;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00681792;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:3:0:4:6:3:0 chr17 33881631 . T C 619.11 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0164815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.379;QD=23.8118;RBI=0.0165342;REFB=0.000728815;REVB=0.00131872;RO=43;SAF=26;SAR=34;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1038;STB=0.560325;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.000666028;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:44:60:60:0.576923:34:26:13:30:34:26:13:31 chr17 33881718 . G A 597.69 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0500493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2474;QD=31.049;RBI=0.0547724;REFB=-0.00840324;REVB=-0.0222506;RO=24;SAF=17;SAR=35;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581403;STB=0.540525;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0043277;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:24:25:52:52:0.675325:35:17:10:14:35:17:11:14 chr17 33884804 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=25;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00551157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.038;QD=17.6173;RBI=0.0117623;REFB=-0.00236502;REVB=0.0103911;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156036;STB=0.515038;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00308963;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:25:24:0.470588:11:14:15:11:10:14:15:12 chr17 33901965 . C G 228.23 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00150726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.709;QD=22.8226;RBI=0.0164985;REFB=-0.0236932;REVB=0.0164295;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925453;STB=0.562445;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0296072;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:8:13:13:5:9:13:13:5 chr17 33954527 . C G 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00200284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9428;QD=10.591;RBI=0.0211491;REFB=-0.0126034;REVB=-0.0210541;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190089;STB=0.611179;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0236064;OID=.;OPOS=33954527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:13:8:22:18:13:8:22:18 chr17 34070283 . G A 221.74 PASS AF=0.369863;AO=28;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.00724248;FXX=0.0135117;HRUN=7;LEN=1;MLLD=273.715;QD=12.1499;RBI=0.0343427;REFB=-0.0103745;REVB=-0.0335704;RO=45;SAF=19;SAR=9;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993057;STB=0.569844;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0158216;OID=.;OPOS=34070283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:46:28:27:0.369863:9:19:34:11:9:18:35:11 chr17 34070284 . G A 35.84 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.00877219;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=183.296;QD=1.93751;RBI=0.0266098;REFB=-0.00358286;REVB=-0.0251223;RO=65;SAF=6;SAR=2;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404879;STB=0.526249;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0182769;OID=.;OPOS=34070284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:65:66:8:8:0.108108:2:6:47:18:2:6:48:18 chr17 34077232 . G A 137.93 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.034126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8029;QD=19.0253;RBI=0.0521392;REFB=-0.0249266;REVB=0.0394197;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222825;STB=0.636204;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0185386;OID=.;OPOS=34077232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:9:6:2:11:9:6:2:12 chr17 34091078 . C G 1068.27 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0342073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.265;QD=54.783;RBI=0.0342615;REFB=-0.0154501;REVB=0.00192731;RO=4;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429431;STB=0.522721;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00348197;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:78:4:4:73:74:0.948718:42:31:0:4:42:32:0:4 chr17 34100350 . G C,GC,GGC 588.08 PASS AF=0,0.97619,0;AO=5,32,5;DP=46;FAO=0,41,0;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19,0;FSAR=0,22,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416158,0.00754751,-0.028754;FXX=0.0232504;HRUN=2,0,2;LEN=1,1,2;MLLD=146.223,165.16,149.4;QD=56.0071;RBI=0.0509672,0.0403958,0.0531938;REFB=-0.230095,-0.216516,-0.162376;REVB=0.0294242,0.0396845,0.0447525;RO=4;SAF=5,11,4;SAR=0,21,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.142759,-0.28673;STB=0.5,0.512814,0.5;STBP=1,0.312,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0.00440193,0.0395597;OID=.,.,.;OPOS=34100350,34100351,34100351;OREF=G,-,-;OALT=C,C,GC;OMAPALT=C,GC,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:46:42:4:1:5,32,5:0,41,0:0,0.97619,0:0,21,1:5,11,4:4:0:0,22,0:0,19,0:1:0 chr17 34182341 . G A 286.35 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00757301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.329;QD=24.3703;RBI=0.0239323;REFB=-0.0109169;REVB=0.0227025;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675504;STB=0.530364;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0100606;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:9:16:15:6:9:17:15:6 chr17 34215825 . T C 267.56 PASS AF=0.362637;AO=31;DP=89;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0257349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.808;QD=11.761;RBI=0.0330223;REFB=-0.00777042;REVB=-0.0206928;RO=56;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584407;STB=0.504422;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0150299;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:56:58:31:33:0.362637:14:17:31:25:14:19:33:25 chr17 34252537 . A C 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00640999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8916;QD=25.7522;RBI=0.00666307;REFB=0.00164303;REVB=-0.00181897;RO=26;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00616228;STB=0.503369;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.000958326;OID=.;OPOS=34252537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:17:24:15:11:17:24:15:11 chr17 34261831 . A G 523.87 PASS AF=0.515464;AO=47;DP=94;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0640693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.349;QD=21.6027;RBI=0.0684052;REFB=-0.0120204;REVB=0.0239665;RO=47;SAF=30;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139051;STB=0.565044;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0121809;OID=.;OPOS=34261831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:47:47:47:50:0.515464:17:30:23:24:19:31:23:24 chr17 34264862 . T C 414.07 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00711907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.92;QD=19.0376;RBI=0.00883804;REFB=0.00509532;REVB=-0.00523734;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459579;STB=0.502557;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00698756;OID=.;OPOS=34264862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:25:17:18:27:25:17:18:27 chr17 34303693 . T C 48.26 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00456727;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=109.484;QD=4.28997;RBI=0.123476;REFB=0.00012109;REVB=-0.123392;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172542;STB=0.511083;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00121981;OID=.;OPOS=34303693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:36:45:28:37:8:8:0.177778:4:4:18:10:4:4:19:18 chr17 34311432 . G A 337.85 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00570133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.928;QD=17.5508;RBI=0.0070787;REFB=0.000754244;REVB=-0.00419556;RO=41;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114743;STB=0.564234;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000796959;OID=.;OPOS=34311432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:21:15:22:19:21:15:22:19 chr17 34313612 . G A 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.052241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9627;QD=22.187;RBI=0.0562912;REFB=0.00326485;REVB=-0.020966;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706889;STB=0.539649;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0022247;OID=.;OPOS=34313612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:8:16:13:9:8:16:13:9 chr17 34313674 . G A 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00851586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.718;QD=14.8505;RBI=0.0140566;REFB=-0.0257096;REVB=0.0111834;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193357;STB=0.611854;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0416312;OID=.;OPOS=34313674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:13:16:7:12:13:16 chr17 34328461 . A G 177.45 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.030343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.84;QD=14.4856;RBI=0.0344849;REFB=-0.00428593;REVB=-0.0163863;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118945;STB=0.568893;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00488114;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:14:16:8:11:14:16 chr17 34340284 . C T 521.11 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=2.5597e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.482;QD=26.0553;RBI=0.00746754;REFB=-0.0240356;REVB=-0.00746754;RO=30;SAF=22;SAR=26;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997233;STB=0.541649;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0157962;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:32:48:48:0.6:26:22:18:12:26:22:18:14 chr17 34341398 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0328684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.757;QD=9.49164;RBI=0.0562304;REFB=-0.00294929;REVB=-0.0456238;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383826;STB=0.736288;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0140613;OID=.;OPOS=34341398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:8:10:2:7:8:10 chr17 34416537 . G A 346.99 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00972429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.233;QD=17.5688;RBI=0.0615007;REFB=-0.011309;REVB=0.0607271;RO=41;SAF=8;SAR=29;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988515;STB=0.551302;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0132877;OID=.;OPOS=34416537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:42:37:37:0.468354:29:8:12:29:29:8:12:30 chr17 34431287 . G T 1069.57 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.143;QD=59.4204;RBI=0.00900098;REFB=0;REVB=0.00493602;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195249;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:40:28:0:0:41:31:0:0 chr17 34431961 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.884;QD=40.7629;RBI=0.0655901;REFB=0;REVB=0.0508897;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777943;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 34432663 . AT GA 458.78 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00983897;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.471;QD=23.527;RBI=0.0106652;REFB=0.00149339;REVB=-0.00411587;RO=34;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927451;STB=0.550997;STBP=0.348;TYPE=mnp;VARB=-0.00109534;OID=.;OPOS=34432663;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:27:17:17:17:27:17:17:17 chr17 34437572 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0176254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.124;QD=13.4559;RBI=0.0367997;REFB=-0.0124098;REVB=-0.0323042;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0153723;OID=.;OPOS=34437572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:7:8:4:7:7:8 chr17 34539815 . G C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9225;QD=56.1844;RBI=0.0596929;REFB=0;REVB=-0.0156515;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171697;OID=.;OPOS=34539815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 35478362 . T C 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.548;QD=56.9514;RBI=0.0163517;REFB=0;REVB=-0.00969781;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43812e-05;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr17 35609866 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.299;QD=59.0187;RBI=0.0300921;REFB=0;REVB=0.0109677;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34417e-05;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:7:27:0:0:7:27:0:0 chr17 35696804 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.704;QD=44.6898;RBI=0.0209662;REFB=0;REVB=0.0121131;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35709e-05;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr17 35873324 . T C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.103;QD=58.8007;RBI=0.0183677;REFB=-0.0393404;REVB=0.0067627;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000958261;OID=.;OPOS=35873324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:32:42:1:0:32:42:1:0 chr17 35873399 . TA T 1159.14 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.3447;QD=48.2975;RBI=0.0460793;REFB=0;REVB=-0.0456372;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00057275;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:96:96:96:0:60:36:0:0:21:0:58:35:0:0 chr17 35902225 . C G 774.54 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.837;QD=56.3299;RBI=0.0769392;REFB=0;REVB=-0.00779741;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247002;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:55:0:0:48:55:1:25:23:0:0:26:29:0:0 chr17 35937637 . T C 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296565;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.055;QD=57.0097;RBI=0.030119;REFB=0;REVB=-0.00525795;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21059e-05;OID=.;OPOS=35937637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr17 36358847 . T A 1067.51 PASS AF=0.706349;AO=89;DP=126;FAO=89;FDP=126;FR=.;FRO=37;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00414647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6524;QD=33.8893;RBI=0.0496677;REFB=-0.00422414;REVB=0.0494943;RO=37;SAF=58;SAR=31;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047815;STB=0.525628;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00142373;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:37:37:89:89:0.706349:31:58:27:10:31:58:27:10 chr17 36387082 . C T 84.68 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0970516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7123;QD=10.9266;RBI=0.101682;REFB=-0.0594328;REVB=-0.030336;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.590194;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0796138;OID=.;OPOS=36387082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:18:20:11:11:0.354839:4:7:8:10:4:7:10:10 chr17 36474601 . A G 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0244695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.46;QD=12.6366;RBI=0.0252072;REFB=-0.0318511;REVB=0.00605334;RO=20;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470363;STB=0.772499;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.035727;OID=.;OPOS=36474601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:2:11:9:11:2:11:10:11 chr17 36478388 . G T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0286601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.787;QD=24.0732;RBI=0.0294289;REFB=-0.040017;REVB=0.00668272;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4086;STB=0.731334;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0450947;OID=.;OPOS=36478388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:3:10:1:6:3:10:1:6 chr17 36485753 . G C 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00317979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.813;QD=16.7269;RBI=0.00807605;REFB=-0.0204257;REVB=0.00742372;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118788;STB=0.555485;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0229286;OID=.;OPOS=36485753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:9:9:6:10:10:9 chr17 36617210 . A G 542.52 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00669098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.898;QD=21.4858;RBI=0.0310019;REFB=-0.028188;REVB=-0.0302713;RO=47;SAF=30;SAR=24;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202454;STB=0.501113;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0185181;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:24:30:26:21:24:30:26:21 chr17 36635721 . C T 747.03 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.832;QD=63.5772;RBI=0.0336131;REFB=0;REVB=0.0316442;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122137;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:14:32:0:0:15:32:0:0 chr17 36646386 . A G 2474.85 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.993;QD=61.487;RBI=0.0462045;REFB=0;REVB=0.0450032;RO=0;SAF=74;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24768e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:87:74:0:0:87:74:0:0 chr17 36861983 . T C 230.21 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9664;QD=46.0414;RBI=0.0992694;REFB=-0.089591;REVB=0.0983798;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00912264;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:0:1:13:6:0:1 chr17 36890949 . T C 43.09 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0532811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.789;QD=5.06901;RBI=0.0535218;REFB=-0.010431;REVB=0.00506954;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203368;STB=0.607154;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0347991;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:34:34:20:27:7:7:0.205882:5:2:9:11:5:2:11:16 chr17 36894839 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0521077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.293;QD=10.9408;RBI=0.0529171;REFB=-0.0107004;REVB=0.00921991;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441876;STB=0.776061;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0168361;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:10:1:7:13:10:1:7:13 chr17 36906480 . G A 248.82 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.105104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.5917;QD=33.1758;RBI=0.145728;REFB=-0.0348186;REVB=0.100944;RO=6;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102244;STB=0.524822;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0418504;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:30:6:8:22:22:0.733333:9:13:2:4:9:13:4:4 chr17 36909061 . A G 572.65 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.303;QD=60.2788;RBI=0.109116;REFB=0;REVB=-0.00323451;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388534;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:20:18:0:0 chr17 36922196 . A G 335.81 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0311447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.547;QD=22.3874;RBI=0.0333513;REFB=-0.0100992;REVB=0.0119298;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766648;STB=0.542298;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00683155;OID=.;OPOS=36922196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:15:19:12:14:15:19:12:14 chr17 36922839 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00680229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.648;QD=17.4275;RBI=0.0193983;REFB=-0.00863928;REVB=-0.0181665;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972164;STB=0.555497;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0111714;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:12:11:11:8:12:11 chr17 36926731 . T G 281.24 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0179825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1092;QD=21.2253;RBI=0.0274817;REFB=0.00543517;REVB=-0.0207815;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273512;STB=0.657118;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00485673;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:14:15:4:19:14:15:4:20 chr17 36926767 . G A 292.46 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0324382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.843;QD=27.853;RBI=0.0352544;REFB=-0.00641309;REVB=-0.013807;RO=16;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159463;STB=0.576864;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00659502;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:25:26:0.619048:10:15:6:10:11:15:6:10 chr17 37017969 . T G 255.35 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.018639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2118;QD=17.9195;RBI=0.0547458;REFB=0.0135286;REVB=0.0514751;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332356;STB=0.686045;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0126851;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:20:9:19:9:20:9 chr17 37023896 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00914819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.487;QD=16.6272;RBI=0.0169866;REFB=0.00886633;REVB=0.0143127;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263617;STB=0.66642;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00730105;OID=.;OPOS=37023896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:5:8:4:9:5:8:4:10 chr17 37070658 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3261;QD=53.2771;RBI=0.0780247;REFB=0;REVB=-0.0704795;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00270514;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr17 37074932 . C T 183.84 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0158979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.605;QD=18.8549;RBI=0.0160911;REFB=-0.00022215;REVB=0.00248585;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405354;STB=0.695961;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000205754;OID=.;OPOS=37074932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:20:20:17:19:0.487179:8:9:2:18:10:9:2:18 chr17 37076331 . G A 290.76 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322546;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.605;QD=52.8658;RBI=0.0401273;REFB=0;REVB=0.0238713;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783484;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr17 37101380 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=48;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176029;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.857;QD=57.2359;RBI=0.0322967;REFB=0;REVB=0.0270779;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97347e-05;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:48:56:1:26:22:0:0:32:24:0:0 chr17 37213317 . C A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0213051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1095;QD=10.8238;RBI=0.0894185;REFB=0.0122951;REVB=0.0868433;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85412e-08;STB=0.545376;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0124184;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:22:23:11:12:0.342857:8:3:6:16:9:3:7:16 chr17 37224211 . C T 92.95 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0329767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.699;QD=9.53296;RBI=0.034235;REFB=-0.0125273;REVB=-0.00919617;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550851;STB=0.533279;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0270069;OID=.;OPOS=37224211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:10:17:7:5:10:17 chr17 37228765 . A G 593.88 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8469;QD=60.9106;RBI=0.0245088;REFB=0;REVB=-0.0244687;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193997;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr17 37349710 . C G 726.6 PASS AF=0.496855;AO=76;DP=152;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0217779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.691;QD=18.2792;RBI=0.0412294;REFB=-0.0256725;REVB=0.0350084;RO=74;SAF=20;SAR=56;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150688;STB=0.593574;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0497808;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:159:74:80:76:79:0.496855:56:20:30:44:58:21:34:46 chr17 37410892 . C G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.173;QD=64.1509;RBI=0.0421364;REFB=0;REVB=0.00132447;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13772e-05;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 37657651 . G A 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0374721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4231;QD=5.20288;RBI=0.0384024;REFB=-0.00398692;REVB=-0.00840179;RO=51;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213275;STB=0.504418;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0124905;OID=.;OPOS=37657651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:66:51:52:14:14:0.212121:8:6:21:30:8:6:22:30 chr17 37814080 . G A 787.51 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0630773;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.932;QD=54.3108;RBI=0.084249;REFB=-0.127059;REVB=0.0558493;RO=1;SAF=41;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113612;STB=0.505745;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00173777;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:55:57:0.982759:14:41:1:0:14:43:1:0 chr17 37822311 . A C 406.82 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.421;QD=56.1131;RBI=0.0357632;REFB=0;REVB=0.0309964;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245384;OID=.;OPOS=37822311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:7:21:0:0:7:22:0:0 chr17 37828496 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.617;QD=56.1916;RBI=0.0227542;REFB=0;REVB=0.0222618;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16227e-05;OID=.;OPOS=37828496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 37828745 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.702;QD=35.5759;RBI=0.0907812;REFB=0;REVB=-0.0906916;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00313333;OID=.;OPOS=37828745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 37828787 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.071;QD=42.1826;RBI=0.0451237;REFB=0;REVB=0.026832;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32165e-05;OID=.;OPOS=37828787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr17 37829129 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3658;QD=35.5757;RBI=0.208776;REFB=0;REVB=-0.201433;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0132012;OID=.;OPOS=37829129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 37830900 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000444766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.904;QD=60.6096;RBI=0.0297294;REFB=0;REVB=0.0297261;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96173e-05;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr17 37884037 . C G 723.02 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8448;QD=59.0218;RBI=0.106537;REFB=0.0917689;REVB=0.0302343;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412433;STB=0.502194;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00280365;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:26:21:1:1:26:21:1:1 chr17 37898543 . T C 432.77 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074444;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.957;QD=57.7021;RBI=0.102049;REFB=0;REVB=0.0698;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07588e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 38121993 . G A 1814.48 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000621587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6635;QD=60.991;RBI=0.0133972;REFB=0;REVB=0.0133828;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41072e-05;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:54:64:0:0:54:65:0:0 chr17 38122680 . G T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0101732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.403;QD=7.46475;RBI=0.0106316;REFB=-0.011703;REVB=-0.00308803;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523944;STB=0.834432;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0370423;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:1:6:7:10:1:6:7:10 chr17 38122686 . G A 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0419318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4134;QD=5.95739;RBI=0.096028;REFB=-0.00365303;REVB=0.0863892;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489794;STB=0.807742;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0268959;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:1:5:7:10:1:5:8:10 chr17 38131187 . C A 253.89 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0396847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.943;QD=21.6073;RBI=0.0506292;REFB=-0.0114608;REVB=0.0314394;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575258;STB=0.532331;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0108543;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:8:15:17:7:8:15 chr17 38137364 . G A 121.3 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.133317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5656;QD=15.1629;RBI=0.133858;REFB=0.00288723;REVB=-0.0120194;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205028;STB=0.601626;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00125389;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:6:8:6:11:6:8:7:11 chr17 38154038 . G C 223.88 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00321076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.258;QD=19.4675;RBI=0.0104544;REFB=-0.00796031;REVB=-0.0099491;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244042;STB=0.608601;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00917854;OID=.;OPOS=38154038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:11:11:17:5:11:11:17:7 chr17 38173143 . G A 131.12 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.000433575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.785;QD=13.8025;RBI=0.0169413;REFB=0.00436752;REVB=0.0169357;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365795;STB=0.71974;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0030173;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:6:8:5:18:6:9:5:18 chr17 38176256 . A T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.040426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.946;QD=10.0339;RBI=0.0419084;REFB=-0.0069046;REVB=0.0110477;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00763394;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:5:1:2:3:5:2 chr17 38179492 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00561819;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.869;QD=18.9979;RBI=0.0089041;REFB=-0.00184418;REVB=0.00690789;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755844;STB=0.542226;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00186845;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:21:10:12:18:21:10:12:18 chr17 38184150 . G T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0322263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.904;QD=6.81338;RBI=0.0331305;REFB=-0.00951155;REVB=0.00768729;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520582;STB=0.533238;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0265316;OID=.;OPOS=38184150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:9:10:4:3:9:10 chr17 38246286 . A G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0327671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.677;QD=10.9409;RBI=0.0357926;REFB=-0.0235152;REVB=0.0144023;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314474;STB=0.518763;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0386351;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:5:15:8:3:5:15 chr17 38273561 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.019239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.633;QD=12.329;RBI=0.0196456;REFB=-0.00773431;REVB=-0.00397648;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0138017;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:8:9:6:5:8:9 chr17 38350583 . G A 66.22 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00155168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.004;QD=12.0399;RBI=0.0142893;REFB=-0.0325959;REVB=-0.0142048;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286527;STB=0.680515;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0624119;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:5:4:2:10:5:4:2:11 chr17 38437120 . GT G,GTT 34.5 PASS AF=0.346939,0;AO=17,5;DP=49;FAO=17,0;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9,0;FSAR=8,0;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0329465,0.0461146;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.17426,8.16058;QD=2.81613;RBI=0.122401,0.115693;REFB=-0.065118,0.062453;REVB=0.117884,-0.106105;RO=26;SAF=10,1;SAR=7,4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171346,-0.292305;STB=0.57986,0.5;STBP=0.423,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0735795,0;OID=.,.;OPOS=38437121,38437121;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346939,0:17,5:49:17,0:49:32:9,0:8,0:13:19:36:26:10,1:7,4:11:15 chr17 38457151 . G A 282.64 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0135875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.2;QD=19.162;RBI=0.0162254;REFB=-0.0203118;REVB=0.0088681;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074843;STB=0.556732;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0205954;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:28:30:31:0.525424:14:16:13:16:14:17:12:16 chr17 38565626 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAA 74.16 PASS AF=0,0.692308,0.192308,0;AO=3,8,5,3;DP=28;FAO=0,18,5,0;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=0,8,5,0;FSAR=0,10,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.219928,-0.220856,-0.105107,-0.10395;FXX=0.0714031;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,1,1,2;MLLD=4.3768,4.08174,19.8263,7.69749;QD=11.4097;RBI=0.348399,0.337607,0.201428,0.177247;REFB=0.034626,-0.0503033,-0.0158083,-0.0108195;REVB=-0.27021,0.255345,0.171831,0.143565;RO=6;SAF=2,5,5,2;SAR=1,3,0,1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.46422,0.326506,0.791225,0.46422;STB=0.5,0.57886,0.5,0.5;STBP=1,0.113,1,1;TYPE=ins,del,snp,del;VARB=0.0122584,0.0737771,0.00879732,0.0188225;OID=.,.,.,.;OPOS=38565627,38565627,38565637,38565627;OREF=-,A,A,AA;OALT=A,-,T,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.692308,0.192308,0:3,8,5,3:28:0,18,5,0:26:3:0,8,5,0:0,10,0,0:3:0:33:6:2,5,5,2:1,3,0,1:1:5 chr17 38600092 . G A 75.06 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1261;QD=37.5321;RBI=0.0903626;REFB=0;REVB=0.0830384;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344168;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr17 38784927 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0149296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.987;QD=10.1734;RBI=0.0149296;REFB=0.00130229;REVB=0;RO=9;SAF=6;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293222;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:0:6:9:0:0:6:9:0 chr17 38798729 . G A 73.34 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00605956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.982;QD=3.18874;RBI=0.0268123;REFB=-0.00487295;REVB=-0.0261186;RO=78;SAF=6;SAR=8;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136797;STB=0.592461;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0262301;OID=.;OPOS=38798729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:78:78:14:14:0.152174:8:6:42:36:8:6:42:36 chr17 38855772 . T C 724.3 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.681;QD=54.6639;RBI=0.0636681;REFB=-0.106655;REVB=0.0628043;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00154104;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:25:27:0:0:25:27:0:1 chr17 38857446 . C A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.178;QD=58.7812;RBI=0.0243814;REFB=0;REVB=0.00619907;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71663e-05;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr17 38858134 . CA C 608.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.785;QD=60.8029;RBI=0.0790467;REFB=0;REVB=-0.00701431;RO=0;SAF=3;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000125595;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:40:40:40:0:3:37:0:0:4:0:3:37:0:0 chr17 38911212 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0357299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.114;QD=13.9117;RBI=0.0400396;REFB=0.00364008;REVB=-0.0180706;RO=31;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52869;STB=0.801115;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0111493;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:5:16:7:24:5:16:7:24 chr17 38911363 . G A 143.88 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.013991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6371;QD=15.1453;RBI=0.0172253;REFB=-0.0156205;REVB=0.010048;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153522;STB=0.58917;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0248859;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:5:11:12:10:5:11:12:10 chr17 38933576 . A G 327.59 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0830275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2514;QD=17.9499;RBI=0.0842638;REFB=-0.016437;REVB=0.014381;RO=37;SAF=9;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106399;STB=0.554768;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0215007;OID=.;OPOS=38933576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:26:9:13:24:26:9:13:25 chr17 38935812 . A G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0195994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1202;QD=10.9404;RBI=0.0499464;REFB=0.000265262;REVB=-0.0459403;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485978;STB=0.786412;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0017297;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:5:15:3:8:5:15 chr17 38935876 . C T 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0628809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5986;QD=22.1426;RBI=0.0748757;REFB=-0.0109465;REVB=-0.0406492;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264293;STB=0.514876;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0141386;OID=.;OPOS=38935876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:5:8:11:6:5:8 chr17 38936659 . C T 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0314476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.97;QD=20.4356;RBI=0.0321514;REFB=0.00488761;REVB=-0.00669048;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238972;STB=0.513276;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00447113;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:12:14:17:13:12:14 chr17 38950272 . T C 885.91 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.675;QD=58.0923;RBI=0.0410145;REFB=0;REVB=0.0129223;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94688e-05;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:35:26:0:0 chr17 38955173 . G A 289.86 PASS AF=0.55102;AO=25;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0224799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.26;QD=23.6623;RBI=0.0378984;REFB=-0.0171091;REVB=0.0305113;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167715;STB=0.508315;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0142864;OID=.;OPOS=38955173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:25:27:0.55102:13:12:11:11:14:13:11:11 chr17 38955961 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0109777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.478;QD=24.4131;RBI=0.0109965;REFB=-0.00239386;REVB=-0.000642761;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.666388;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00204299;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:0:5:5:6:0:5 chr17 38978536 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.203;QD=45.8068;RBI=0.0719465;REFB=0;REVB=0.00278018;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296113;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr17 38990833 . TG T,TC 731.24 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=6,47;DP=53;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323553,0.0323766;FXX=0.0370302;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.302,256.262;QD=56.2492;RBI=0.0414918,0.0508532;REFB=0,0;REVB=0.025975,0.0392148;RO=0;SAF=4,29;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0443219,0.0009541;OID=.,.;OPOS=38990834,38990834;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:6,47:53:2,50:52:0:1,31:1,19:0:0:7:0:4,29:2,18:0:0 chr17 38991003 . T C 380.95 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00611513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.833;QD=14.3754;RBI=0.0106454;REFB=-0.00772431;REVB=0.00871375;RO=61;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200182;STB=0.606762;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0114509;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:62:44:44:0.415094:21:23:20:41:21:23:21:41 chr17 38991032 . T A 1662.93 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04951;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9925;QD=60.47;RBI=0.0806811;REFB=0;REVB=0.063704;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478596;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:65:44:0:0:66:44:0:0 chr17 39081713 . A G 446.85 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.0495842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.75;QD=14.0739;RBI=0.0498066;REFB=-0.0082553;REVB=-0.0047014;RO=76;SAF=21;SAR=30;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627079;STB=0.53532;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0164482;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:76:51:51:0.401575:30:21:27:49:30:21:27:49 chr17 39084504 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0338475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.342;QD=13.9482;RBI=0.0474935;REFB=-0.00580762;REVB=0.0333164;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173678;STB=0.601645;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00839419;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:12:15:12:5:12:15 chr17 39116644 . C T 450.61 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-7.13609e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.154;QD=21.7161;RBI=0.00147743;REFB=-0.0179392;REVB=-0.0014757;RO=38;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279735;STB=0.510583;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0128703;OID=.;OPOS=39116644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:16:28:23:15:16:28:24:15 chr17 39134455 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0300192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.229;QD=8.81179;RBI=0.0398568;REFB=-0.0111803;REVB=0.0262185;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0115469;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:5:6:4:2:5:6 chr17 39135205 . A G 804.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.656;QD=64.3788;RBI=0.0331765;REFB=0;REVB=0.010145;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132587;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr17 39135207 . A G 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0121409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.852;QD=26.6163;RBI=0.0167757;REFB=-0.0206074;REVB=-0.0115768;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278468;STB=0.654229;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00593789;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:9:20:7:14:9:20:7:14 chr17 39137297 . C T 160.28 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.443;QD=45.7952;RBI=0.0399362;REFB=0;REVB=0.00918524;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109311;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr17 39139348 . A G 604.36 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00557709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.425;QD=20.4869;RBI=0.0393702;REFB=-0.0235339;REVB=-0.0389732;RO=56;SAF=29;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723295;STB=0.534924;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0191658;OID=.;OPOS=39139348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:57:61:61:0.516949:32:29:22:34:32:29:23:34 chr17 39140272 . A G 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0291384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4972;QD=23.8999;RBI=0.0296207;REFB=0.0132507;REVB=-0.00532391;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809004;STB=0.504501;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.01165;OID=.;OPOS=39140272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:12:15:13:10:12:15:13:10 chr17 39150284 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.622;QD=59.0125;RBI=0.0370204;REFB=0;REVB=-0.0365884;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196601;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 39150357 . A G 575.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.653;QD=60.5791;RBI=0.0209653;REFB=0;REVB=0.0172257;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011471;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr17 39155881 . C T 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00403131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.913;QD=11.5949;RBI=0.0200313;REFB=-0.01378;REVB=-0.0196214;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164807;STB=0.597828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0172871;OID=.;OPOS=39155881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:12:9:7:5:12:9 chr17 39156027 . G A 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00311883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.731;QD=16.5267;RBI=0.00685637;REFB=-0.0189069;REVB=0.00610596;RO=29;SAF=3;SAR=22;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217268;STB=0.624884;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0404094;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:22:3:7:22:22:3:7:22 chr17 39156067 . A G 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.00354252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.223;QD=13.1189;RBI=0.014532;REFB=-0.0138369;REVB=-0.0140936;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192569;STB=0.624911;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0238959;OID=.;OPOS=39156067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:35:38:25:25:0.396825:15:10:8:27:15:10:8:30 chr17 39156084 . T C 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.00440776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.402;QD=14.92;RBI=0.011921;REFB=-0.0176904;REVB=-0.0110762;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196758;STB=0.610302;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0280978;OID=.;OPOS=39156084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:8:29:17:11:8:29 chr17 39183254 . T C 81.29 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0175662;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.713;QD=16.2579;RBI=0.0471332;REFB=-0.0013161;REVB=-0.0437375;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26049;STB=0.649727;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00255967;OID=.;OPOS=39183254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:10:10:10:10:0.5:5:5:8:2:5:5:8:2 chr17 39183304 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00602924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.594;QD=9.56951;RBI=0.0249703;REFB=-0.0311797;REVB=-0.0242315;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0504613;OID=.;OPOS=39183304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr17 39185966 . T C 167.68 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0223534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.544;QD=15.5979;RBI=0.0468647;REFB=-0.00340622;REVB=0.0411901;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874601;STB=0.55021;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00302707;OID=.;OPOS=39185966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:16:9:8:10:16:9 chr17 39186031 . C T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00392073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.507;QD=14.0469;RBI=0.00639968;REFB=-0.00760185;REVB=0.00505805;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428487;STB=0.755984;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0224531;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:15:3:14:13:15:3:15:14 chr17 39186052 . G A 270.06 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0148932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.354;QD=22.9838;RBI=0.0196168;REFB=-0.00843759;REVB=0.0127677;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201312;STB=0.597863;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00626866;OID=.;OPOS=39186052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:13:12:5:16:13:12:6:16 chr17 39186168 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.597;QD=58.1413;RBI=0.0309613;REFB=0;REVB=-0.029382;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385624;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr17 39186195 . CA TG 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0101987;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.413;QD=12.9748;RBI=0.014136;REFB=-0.0194616;REVB=-0.00978846;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.624812;STBP=0.353;TYPE=mnp;VARB=0.0310387;OID=.;OPOS=39186195;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:4:14:7:5:4:14 chr17 39186220 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0154227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.41;QD=19.3692;RBI=0.0395617;REFB=-0.00275433;REVB=0.0364317;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21392;STB=0.622477;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00464093;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:7:8:12:4:7:8 chr17 39186302 . C T 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000488663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.91;QD=17.3234;RBI=0.0448556;REFB=-0.0322835;REVB=0.0448529;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176008;STB=0.599904;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0307558;OID=.;OPOS=39186302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:8:17:10:10:8:17 chr17 39190758 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0130842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.811;QD=11.6338;RBI=0.0479538;REFB=0.0116094;REVB=-0.0461342;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194738;STB=0.615166;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0109892;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:5:11:5:5:5:11 chr17 39190830 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00992407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.883;QD=24.0732;RBI=0.010575;REFB=0.000538224;REVB=-0.00365301;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118466;STB=0.566825;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.000176216;OID=.;OPOS=39190830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:4:3:8:5:4:3 chr17 39190953 . GG CA 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0347504;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.074;QD=11.0198;RBI=0.0348196;REFB=-0.034256;REVB=-0.00219467;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.726563;STBP=0.194;TYPE=mnp;VARB=0.048262;OID=.;OPOS=39190953;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:2:6:2:4:2:6 chr17 39190973 . C G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0380396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.165;QD=12.7297;RBI=0.04257;REFB=-0.0137271;REVB=0.0191101;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.624732;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0233391;OID=.;OPOS=39190973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:4:8:4:5:4:8 chr17 39197176 . G A 104.61 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0262614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.845;QD=19.9264;RBI=0.0372144;REFB=-0.0202848;REVB=0.0263676;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977979;STB=0.555467;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0161407;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:2:7:8:4:2:7 chr17 39197605 . G T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.060454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7256;QD=12.0157;RBI=0.0604542;REFB=-0.0197528;REVB=-0.000142881;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0168417;OID=.;OPOS=39197605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr17 39197609 . C A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0252009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.082;QD=12.0157;RBI=0.0406381;REFB=-0.0169127;REVB=-0.0318806;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0232308;OID=.;OPOS=39197609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr17 39197614 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0109895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.357;QD=12.0157;RBI=0.0179605;REFB=-0.0221571;REVB=0.014206;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0257502;OID=.;OPOS=39197614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:2:5:5:1:2:5 chr17 39197638 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0576371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4957;QD=18.8847;RBI=0.0771083;REFB=0.00110247;REVB=-0.0512216;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251651;STB=0.666323;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00123204;OID=.;OPOS=39197638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:5:3:0:4:5:3:0:5 chr17 39203455 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0191953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.289;QD=12.3961;RBI=0.0493002;REFB=-0.0365743;REVB=-0.0454098;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0367711;OID=.;OPOS=39203455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr17 39203490 . G C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.256;QD=54.5135;RBI=0.0871912;REFB=0;REVB=0.0820137;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107127;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 255.76 PASS AF=1;AO=16;DP=28;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240778;FXX=0.357015;HRUN=1;LEN=13;MLLD=350.815;QD=56.8362;RBI=0.0606235;REFB=0;REVB=0.0556369;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000224921;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:16:28:18:18:0:13:5:0:0:3:0:13:3:0:0 chr17 39203553 . G T 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00335875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4758;QD=17.1549;RBI=0.0046449;REFB=-0.0154225;REVB=0.00320841;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181555;STB=0.593524;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0187879;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:12:5:9:10:12:5:9:11 chr17 39216302 . T TG 71.86 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.108073;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0705;QD=8.71063;RBI=0.155475;REFB=0.0108461;REVB=-0.111772;RO=24;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485077;STB=0.684578;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=-0.0390027;OID=.;OPOS=39216303;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:10:35:12:33:21:10:2:13:8:71:24:9:1:14:10 chr17 39240504 . A G 78.61 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00519274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.608;QD=14.974;RBI=0.0229253;REFB=0.00388497;REVB=-0.0223294;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00709104;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr17 39240511 . A T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0216744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2241;QD=14.1699;RBI=0.026453;REFB=-0.00454424;REVB=-0.0151652;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316368;STB=0.683866;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00593158;OID=.;OPOS=39240511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:9:3:6:4:9:3 chr17 39305636 . G A 48.88 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0185416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.957;QD=13.9655;RBI=0.0193674;REFB=-0.0459299;REVB=0.00559494;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0564804;OID=.;OPOS=39305636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr17 39334456 . G A 526.6 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.133285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0091;QD=56.9295;RBI=0.149817;REFB=0.0758455;REVB=0.0684135;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000242128;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr17 39340707 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.857;QD=59.4356;RBI=0.0664981;REFB=0;REVB=0.0035752;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278822;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 39340910 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.032815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.755;QD=23.2183;RBI=0.0330014;REFB=0.00839124;REVB=0.00350227;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0241985;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr17 39341158 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1124;QD=56.1888;RBI=0.016512;REFB=0;REVB=0.0163426;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134515;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr17 39341266 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.126;QD=50.4132;RBI=0.00405826;REFB=0;REVB=-0.00115484;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47991e-05;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 39341294 . T A 175.36 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.047;QD=46.7617;RBI=0.0358009;REFB=0;REVB=0.0090671;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421411;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:9:4:0:0:9:6:0:0 chr17 39341473 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3707;QD=56.1912;RBI=0.0237434;REFB=0;REVB=-0.00385073;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030246;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 39346518 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.276;QD=39.2068;RBI=0.0949395;REFB=0;REVB=0.0613213;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195038;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr17 39383335 . C G 186.61 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.068559;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.365;QD=43.9079;RBI=0.0690308;REFB=-0.150078;REVB=0.00805725;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00396249;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:1:0:10:6:1:0 chr17 39388852 . T C 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5618;QD=35.5582;RBI=0.0193314;REFB=0;REVB=0.0193314;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016232;OID=.;OPOS=39388852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr17 39394674 . A G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00262432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.994;QD=10.2709;RBI=0.00717759;REFB=-0.00983395;REVB=0.00668062;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164125;STB=0.509792;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.023119;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:17:18:8:8:17:18 chr17 39406409 . C A 460.65 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0140422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5111;QD=17.2205;RBI=0.0633079;REFB=-0.0299511;REVB=0.0617309;RO=57;SAF=25;SAR=25;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419742;STB=0.523355;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0386103;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:25:25:31:26:25:25:31:26 chr17 39406447 . A G 653.51 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0207013;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.043;QD=19.0806;RBI=0.0215166;REFB=-0.0143556;REVB=-0.00586679;RO=71;SAF=27;SAR=39;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170679;STB=0.594405;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0148815;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:71:71:66:66:0.481752:39:27:42:29:39:27:42:29 chr17 39406567 . C A 517.47 PASS AF=0.394737;AO=60;DP=152;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0212674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.201;QD=13.6177;RBI=0.0223219;REFB=-0.00998362;REVB=0.00677957;RO=92;SAF=25;SAR=35;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902914;STB=0.550981;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0169105;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:92:92:60:60:0.394737:35:25:46:46:35:25:46:46 chr17 39406589 . A G 2302.52 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.057;QD=60.5927;RBI=0.0290779;REFB=0;REVB=0.0186019;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119517;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:72:79:0:0:72:80:0:0 chr17 39406673 . T G 836.23 PASS AF=0.545455;AO=77;DP=141;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0280846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.383;QD=23.3911;RBI=0.0311964;REFB=-0.0158576;REVB=-0.013582;RO=64;SAF=36;SAR=41;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399654;STB=0.522147;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0146627;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:64:65:77:78:0.545455:41:36:33:31:41:37:34:31 chr17 39412372 . G C 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00592467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.366;QD=11.4255;RBI=0.0190012;REFB=-0.00702372;REVB=-0.0180539;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203895;STB=0.618931;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00555883;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:18:19:7:14:18:19 chr17 39422677 . C T 746.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.331;QD=63.5503;RBI=0.0552319;REFB=0;REVB=-0.0217776;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137758;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr17 39432562 . A T 51.25 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0180233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.157;QD=5.54006;RBI=0.0190162;REFB=-0.0114673;REVB=0.00606423;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539804;STB=0.868026;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0332386;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:27:29:8:8:0.216216:1:7:12:15:1:7:12:17 chr17 39458476 . A T 253.17 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0138939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.332;QD=10.6599;RBI=0.0492215;REFB=-0.000230595;REVB=-0.0472199;RO=64;SAF=24;SAR=7;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363335;STB=0.713607;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000163272;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:7:24:31:33:7:24:31:33 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 298.32 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0034489;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=13;MLLD=369.383;QD=15.7012;RBI=0.0112811;REFB=-0.00806765;REVB=-0.0107409;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340547;STB=0.519219;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=0.0101663;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434211:33:78:33:76:43:15:18:21:22:99:43:15:18:21:22 chr17 39458765 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0146821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.807;QD=16.8984;RBI=0.0443162;REFB=-0.023028;REVB=0.0418134;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00755043;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:6:3:5:5:6:3 chr17 39458893 . G A 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0284447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.81;QD=13.7848;RBI=0.0320983;REFB=-0.0100021;REVB=-0.0148727;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257888;STB=0.648165;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.021659;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:18:15:16:7:18:15 chr17 39464046 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0151165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.073;QD=18.8866;RBI=0.0672597;REFB=-0.0220119;REVB=0.065539;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293689;STB=0.666323;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0170428;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:5:0:3:5:5:0 chr17 39464487 . G C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0103172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.531;QD=29.9649;RBI=0.0720042;REFB=0.0147121;REVB=0.0712612;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886948;STB=0.553444;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00674823;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:24:25:0.657895:16:8:6:7:17:8:6:7 chr17 39464736 . C G 80.59 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0394187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.1306;QD=13.4317;RBI=0.0647252;REFB=-0.0150314;REVB=-0.0513373;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154027;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0134541;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:24:24:13:13:10:11:0.458333:4:6:8:5:5:6:8:5 chr17 39465094 . C T 56.84 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00706023;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.504;QD=10.3348;RBI=0.0156064;REFB=-0.0238706;REVB=0.013918;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235288;STB=0.588045;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0427465;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:22:14:14:6:8:0.363636:1:5:13:1:1:7:13:1 chr17 39465389 . T A 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0152442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.358;QD=24.029;RBI=0.0190865;REFB=-0.0335308;REVB=-0.0114852;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468954;STB=0.526281;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0255898;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:6:3:6:9:6:3 chr17 39503163 . G A 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0235161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2791;QD=15.7807;RBI=0.0407105;REFB=-0.0166564;REVB=-0.0332316;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355609;STB=0.710172;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0197506;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:2:12:10:7:2:12:10:7 chr17 39535859 . A G 714.86 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00605619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.839;QD=20.8718;RBI=0.00819591;REFB=-0.0134619;REVB=-0.00552228;RO=65;SAF=36;SAR=34;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461803;STB=0.525212;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0122226;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:67:70:70:0.510949:34:36:30:35:34:36:31:36 chr17 39578424 . G T 147.9 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0228318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.159;QD=17.9275;RBI=0.0238469;REFB=-0.0249202;REVB=0.00688326;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058016;STB=0.515133;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0317877;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:7:8:8:9:8:8:8:9 chr17 39580559 . T A 347.83 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0120949;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.238;QD=22.0843;RBI=0.0202384;REFB=-0.00833355;REVB=0.0162267;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172662;STB=0.509531;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00801857;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:15:13:17:18:15:13 chr17 39580562 . T C 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00211254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.111;QD=21.4751;RBI=0.0298589;REFB=-0.00100113;REVB=0.029784;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00458338;STB=0.502532;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00144124;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:17:19:16:14:17:19:16:14 chr17 39580660 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0141133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.863;QD=26.8483;RBI=0.0617969;REFB=-0.0118944;REVB=-0.0601637;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308961;STB=0.517219;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00861876;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:5:10:5:2:5:10:5:2 chr17 39593768 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.215;QD=61.6833;RBI=0.0530853;REFB=0;REVB=-0.0415493;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06566e-05;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr17 39594539 . A G 130.62 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0244648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2491;QD=14.1209;RBI=0.0268129;REFB=-0.0163844;REVB=-0.0109729;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301784;STB=0.676676;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0224579;OID=.;OPOS=39594539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:12:10:11:4:12:10 chr17 39595484 . G A 39.23 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0116677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8767;QD=2.37756;RBI=0.052207;REFB=0.000546439;REVB=0.0508865;RO=57;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139882;STB=0.595911;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00279077;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:57:58:8:8:0.121212:3:5:29:28:3:5:30:28 chr17 39616430 . G T 115.22 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00438939;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8106;QD=18.4348;RBI=0.0149707;REFB=-0.0464444;REVB=-0.0143127;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798371;STB=0.545388;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0354494;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:10:2:3:10:10:2 chr17 39619093 . GT AC 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.000275318;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.444;QD=11.6673;RBI=0.0158787;REFB=-0.0161925;REVB=0.0158763;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243323;STB=0.643161;STBP=0.221;TYPE=mnp;VARB=0.0184651;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:9:17:6:8:9:17 chr17 39619193 . C T 410.69 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00363982;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.324;QD=23.4681;RBI=0.00778981;REFB=-0.0076883;REVB=0.00688715;RO=30;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779964;STB=0.542836;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00542143;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:30:40:40:0.571429:20:20:18:12:20:20:18:12 chr17 39619219 . G A 215.2 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00875049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.18;QD=13.0422;RBI=0.00907477;REFB=-0.0100389;REVB=-0.00240426;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208193;STB=0.501192;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0135049;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:17:23:15:11:17:23 chr17 39622068 . G T 1439.67 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0039556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.326;QD=61.9212;RBI=0.0333743;REFB=-0.126481;REVB=-0.033139;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000781968;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:93:0:1:92:92:0.989247:42:50:0:0:42:50:0:1 chr17 39623363 . T C 115.61 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0211184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.955;QD=11.0104;RBI=0.021196;REFB=-0.0170327;REVB=0.00181272;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347731;STB=0.725512;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0585212;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:27:28:13:14:0.333333:5:8:8:19:5:9:8:20 chr17 39624240 . G C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00684253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.45;QD=19.992;RBI=0.0181831;REFB=0.0119447;REVB=-0.0168465;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103146;STB=0.558229;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00620095;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:11:12:9:13:11:12 chr17 39624326 . G C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00462071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.535;QD=11.2612;RBI=0.0124141;REFB=-0.0102723;REVB=0.0115221;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756906;STB=0.544851;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0224445;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:8:7:12:18:8:7:12:18 chr17 39633317 . A G 369.28 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1355;QD=54.7081;RBI=0.0179126;REFB=0;REVB=-0.0132289;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184386;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:11:16:0:0 chr17 39633349 . G C 127.39 PASS AF=0.451613;AO=17;DP=34;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0285981;FXX=0.0882094;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.76;QD=16.4378;RBI=0.0286037;REFB=-0.018757;REVB=0.000566049;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765883;STB=0.516106;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.020498;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:31:16:17:17:14:0.451613:10:7:8:8:7:7:8:9 chr17 39633354 . C T 118.16 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00291272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.171;QD=13.1289;RBI=0.0693328;REFB=-0.00892454;REVB=-0.0692716;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269149;STB=0.650958;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0124925;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:22:13:14:0.388889:5:8:7:13:6:8:7:15 chr17 39634625 . A G 246.77 PASS AF=0.621622;AO=21;DP=35;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0201653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.169;QD=26.6776;RBI=0.0220325;REFB=-0.0583961;REVB=0.00887637;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191618;STB=0.600867;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0368135;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:14:14:21:23:0.621622:11:10:3:11:12:11:3:11 chr17 39636926 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00170916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.829;QD=20.7383;RBI=0.00193033;REFB=-0.0120344;REVB=0.00089719;RO=16;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990444;STB=0.555497;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00959891;OID=.;OPOS=39636926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:5:13:13:3:5:13:13:3 chr17 39637244 . A G 691.85 PASS AF=0.625;AO=57;DP=93;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00750477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.606;QD=28.8271;RBI=0.0452907;REFB=-0.0526754;REVB=0.0446646;RO=36;SAF=29;SAR=28;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852115;STB=0.535528;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0305124;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:36:36:57:60:0.625:28:29:14:22:31:29:14:22 chr17 39643646 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0216285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.783;QD=16.417;RBI=0.0224111;REFB=-0.0186195;REVB=0.00587077;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183448;STB=0.604261;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0246115;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:3:13:9:5:3:13 chr17 39646021 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.212;QD=53.277;RBI=0.0554035;REFB=0;REVB=0.0322452;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032609;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 39646112 . GC G 49.79 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.111407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.1881;QD=11.7154;RBI=0.157184;REFB=-0.134283;REVB=-0.110884;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0.439744;SSEP=0;SSSB=-0.531713;STB=0.74025;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=0.160539;OID=.;OPOS=39646113;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:8:17:9:17:8:3:6:7:1:37:9:2:6:8:1 chr17 39659194 . T C 768.0 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.945;QD=56.8891;RBI=0.0228619;REFB=0;REVB=-0.00343778;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63366e-05;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr17 39659913 . G A,C 793.43 PASS AF=0.98,0.02;AO=48,2;DP=50;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358631,0.0236865;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.2482,163.703;QD=63.4744;RBI=0.0503329,0.0238081;REFB=0,0;REVB=0.0353162,-0.00240333;RO=0;SAF=24,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00100887,0.0504382;OID=.,.;OPOS=39659913,39659913;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:50:0:0:48,2:49,1:0.98,0.02:24,1:24,1:0:0:25,0:24,1:0:0 chr17 39661689 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00984966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.05;QD=25.4672;RBI=0.01184;REFB=-0.041484;REVB=0.0065704;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0010796;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:3:0:3:6:3:0 chr17 39670912 . G C 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5677;QD=61.3278;RBI=0.0474406;REFB=0;REVB=-0.00748329;RO=0;SAF=4;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000823477;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:36:4:0:0:36:4:0:0 chr17 39674641 . T C 600.18 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0149119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.979;QD=26.0949;RBI=0.0183116;REFB=-0.00504356;REVB=-0.0106278;RO=38;SAF=28;SAR=26;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339027;STB=0.518512;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00345449;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:26:28:18:20:26:28:18:20 chr17 39681475 . A G 187.95 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0495589;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9736;QD=12.7423;RBI=0.0512252;REFB=-0.00888999;REVB=-0.0129594;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208716;STB=0.628629;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.014122;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:36:23:23:0.389831:15:8:19:16:15:8:20:16 chr17 39723990 . T A 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7698;QD=42.1671;RBI=0.00305108;REFB=0;REVB=-0.00195425;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184223;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 39727816 . T G 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3495;QD=54.5067;RBI=0.0689506;REFB=0;REVB=-0.00388793;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102959;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr17 39728050 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4404;QD=26.0263;RBI=0.0306626;REFB=0.00869173;REVB=-0.0306626;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00495694;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:6:0:0:0:6:0:0:1 chr17 39742718 . A G 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.209;QD=63.2752;RBI=0.0131447;REFB=0;REVB=-0.0128967;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00598e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr17 39742894 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.152;QD=37.4884;RBI=0.0170493;REFB=0;REVB=0.00231433;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.71531e-05;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 39742898 . GC AT 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576292;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.794;QD=37.4885;RBI=0.0933707;REFB=0;REVB=0.0931927;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00211492;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 39743081 . G A 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.07;QD=63.5749;RBI=0.061765;REFB=0;REVB=0.0520761;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273224;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr17 39766504 . A G 104.12 PASS AF=0.916667;AO=8;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0456909;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.1514;QD=34.708;RBI=0.0481795;REFB=-0.171637;REVB=-0.0152842;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0658519;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:8:11:0.916667:2:6:0:0:2:9:1:0 chr17 39767744 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.685;QD=44.6898;RBI=0.0194767;REFB=0;REVB=-0.0189559;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345274;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 39871700 . G A 639.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.521;QD=59.5153;RBI=0.0597338;REFB=-0.0636696;REVB=0.042275;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0019593;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:0:1:42:42:0.976744:14:28:0:0:14:28:1:0 chr17 39874267 . T A 1008.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.135;QD=59.3157;RBI=0.0125194;REFB=0;REVB=0.0108256;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71462e-05;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr17 39874283 . T A 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.27;QD=58.0577;RBI=0.0395743;REFB=0;REVB=-0.00403245;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449393;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGC 335.8 PASS AF=0.92,0.08;AO=19,3;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484466,-0.0909545;FXX=0.0384468;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=235.55,49.5502;QD=53.7278;RBI=0.0102948,0.0921851;REFB=0,0;REVB=-0.00908358,-0.0150125;RO=0;SAF=15,0;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.00629e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00194808,-0.0960612;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:19,3:25:23,2:25:0:15,0:8,2:0:0:10:0:15,0:4,3:0:0 chr17 39880340 . A C 207.0 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.501;QD=48.7052;RBI=0.0217643;REFB=0;REVB=-0.0158324;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76212e-06;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr17 39880545 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.772;QD=57.7115;RBI=0.0353362;REFB=0;REVB=0.012499;RO=0;SAF=9;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73867e-05;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:50:9:0:0:50:9:0:0 chr17 39880573 . G A 661.76 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163021;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.817;QD=61.5592;RBI=0.0189718;REFB=0;REVB=0.00970411;RO=0;SAF=2;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683401;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:40:2:0:0:41:2:0:0 chr17 39881289 . G C 610.7 PASS AF=0.933333;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0471373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.55;QD=54.2848;RBI=0.0554843;REFB=-0.25709;REVB=0.0292674;RO=3;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719708;STB=0.538443;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00545927;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:45:3:3:40:42:0.933333:18:22:0:3:18:24:0:3 chr17 39883350 . G A 439.15 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0104032;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.3;QD=24.063;RBI=0.0132414;REFB=-0.0118672;REVB=-0.00819191;RO=31;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946602;STB=0.551881;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00850954;OID=.;OPOS=39883350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:31:42:42:0.575342:20:22:20:11:20:22:20:11 chr17 39883595 . T C 65.45 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00762616;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.217;QD=11.3828;RBI=0.0299941;REFB=-0.00875436;REVB=-0.0290085;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102163;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00963356;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:23:12:14:7:8:0.347826:4:3:4:8:4:4:6:8 chr17 39883672 . G A 125.87 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0352133;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.48;QD=16.2417;RBI=0.0422326;REFB=-0.0408253;REVB=0.0233156;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.64335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0541201;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:9:8:10:4:9:8 chr17 39884065 . C A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.762;QD=47.8162;RBI=0.00920064;REFB=0;REVB=0.0091167;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82097e-05;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr17 39884091 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=356.951;QD=56.7062;RBI=0.0155987;REFB=0;REVB=0.00391469;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31988e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr17 39884583 . G A 696.32 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5733;QD=60.5494;RBI=0.0923766;REFB=-0.153557;REVB=0.0821918;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00553712;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:22:23:0:0:22:23:0:1 chr17 39890715 . A T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.45;QD=64.4135;RBI=0.0252785;REFB=0;REVB=0.0131197;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63128e-05;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr17 39912145 . T A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.010695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5639;QD=12.3961;RBI=0.107398;REFB=0.00302704;REVB=0.106865;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425125;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00255084;OID=.;OPOS=39912145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:1:4:1:3:1:4:2:3 chr17 39925925 . A G 676.77 PASS AF=0.977778;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.893;QD=60.1569;RBI=0.0576159;REFB=0.0248704;REVB=0.0227222;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.00621e-05;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:45:44:0.977778:23:22:0:0:22:22:0:1 chr17 39927903 . G T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0162949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.739;QD=7.04784;RBI=0.0168574;REFB=2.57048e-05;REVB=0.00431817;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460837;STB=0.801207;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000520103;OID=.;OPOS=39927903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:1:7:12:10:1:7:12:10 chr17 39959189 . C G 594.87 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.045;QD=61.0118;RBI=0.0290316;REFB=0;REVB=0.0287146;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47829e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:20:19:0:0 chr17 39983808 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0998;QD=62.021;RBI=0.025683;REFB=0;REVB=-0.0180306;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000423415;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr17 39983820 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000271896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.708;QD=59.8393;RBI=0.0332933;REFB=0;REVB=0.0332922;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209076;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr17 39983849 . G C 432.89 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283483;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.02;QD=57.7191;RBI=0.0297038;REFB=0;REVB=0.00887083;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431301;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 39987130 . T C 538.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6099;QD=59.8214;RBI=0.0455143;REFB=0;REVB=0.0361181;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822291;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr17 39991867 . A ATATC,C 703.12 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=41,2;DP=50;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119901,-0.0662836;FXX=0.062487;HRUN=0,2;LEN=4,1;MLLD=316.346,54.9405;QD=62.4991;RBI=0.0129192,0.066305;REFB=0,0;REVB=-0.00481076,0.0016868;RO=3;SAF=18,2;SAR=23,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0293823,0.599865;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000623339,0.0285318;OID=.,.;OPOS=39991868,39991867;OREF=-,A;OALT=TATC,C;OMAPALT=ATATC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:45:3:0:41,2:43,2:0.955556,0.0444444:23,0:18,2:2:1:23,0:20,2:0:0 chr17 39998141 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.555;QD=62.671;RBI=0.0443068;REFB=0;REVB=0.00487043;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168806;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr17 40010979 . G A 729.4 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.413;QD=60.7836;RBI=0.0134129;REFB=-0.0225009;REVB=0.00528481;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000230064;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:48:1:1:44:47:0.979167:19:25:1:0:22:25:1:0 chr17 40024108 . C T 261.76 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0181212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2547;QD=17.1647;RBI=0.0266237;REFB=-0.0094115;REVB=-0.019505;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121582;STB=0.559778;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00686721;OID=.;OPOS=40024108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:13:16:13:18:13:16:14:18 chr17 40048613 . A G 728.58 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.92;QD=57.1438;RBI=0.0316741;REFB=0;REVB=0.0240577;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8727e-06;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr17 40066489 . C T 70.64 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00406514;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.593;QD=5.23237;RBI=0.0145369;REFB=-0.00836891;REVB=-0.013957;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315666;STB=0.543914;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0352484;OID=.;OPOS=40066489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:54:40:43:10:10:0.185185:4:6:23:17:4:6:28:15 chr17 40125864 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0436551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.414;QD=7.79805;RBI=0.0443092;REFB=-0.00327936;REVB=0.00758567;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207737;STB=0.637407;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0115268;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:6:16:5:4:6:17 chr17 40142302 . T C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.000781208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.528;QD=18.0082;RBI=0.00815287;REFB=-0.001191;REVB=0.00811536;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699983;STB=0.539079;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00128485;OID=.;OPOS=40142302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:23:18:19:18:23:18 chr17 40146970 . G A 47.65 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.033667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.658;QD=11.9129;RBI=0.0489536;REFB=-0.0205373;REVB=-0.0355386;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0219978;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr17 40173851 . A C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.018819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.953;QD=20.2097;RBI=0.0198567;REFB=-0.0228915;REVB=0.00633535;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206183;STB=0.616272;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0121647;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:2:8:7:6:2:8 chr17 40257163 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0169642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.941;QD=23.8208;RBI=0.0174605;REFB=0.000108788;REVB=-0.0041334;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772157;STB=0.542899;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-5.0135e-05;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:15:7:4:13:15:7:4:13 chr17 40274891 . T C 100.89 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0218506;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.098;QD=14.9472;RBI=0.0263925;REFB=-0.0107665;REVB=-0.0148025;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518488;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0106134;OID=.;OPOS=40274891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:16:15:12:12:0.444444:6:6:8:8:6:6:8:7 chr17 40282473 . C T 613.42 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00655648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2641;QD=26.1029;RBI=0.0325943;REFB=0.00105949;REVB=0.031928;RO=39;SAF=22;SAR=33;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183079;STB=0.599964;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000329561;OID=.;OPOS=40282473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:33:22:25:14:33:22:25:14 chr17 40316200 . G A 56.4 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0481386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4058;QD=7.0505;RBI=0.0483526;REFB=-0.0262767;REVB=0.00454407;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189669;STB=0.545351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0657547;OID=.;OPOS=40316200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:32:32:23:23:8:9:0.28125:6:2:9:14:6:3:9:14 chr17 40344455 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0196;QD=56.7044;RBI=0.095676;REFB=0;REVB=0.0625594;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295453;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr17 40646827 . C A 42.57 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00281715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6656;QD=2.46766;RBI=0.0288151;REFB=-0.00434204;REVB=-0.0286771;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455914;STB=0.836351;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0846966;OID=.;OPOS=40646827;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:68:69:59:60:9:9:0.130435:8:1:26:33:8:1:26:34 chr17 40689455 . T C 869.3 PASS AF=0.96875;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0091467;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3778;QD=54.3312;RBI=0.00917386;REFB=0.18813;REVB=0.000705408;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000524089;STB=0.501012;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00398023;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:64:2:2:59:62:0.96875:29:30:1:1:29:33:1:1 chr17 40696233 . C G 368.18 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.164802;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.685;QD=47.5073;RBI=0.17953;REFB=-0.146615;REVB=0.0712143;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.559957;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0178302;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:31:31:1:3:28:28:0.903226:17:11:1:0:17:11:3:0 chr17 40699291 . G A 376.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.974;QD=55.7169;RBI=0.167518;REFB=0;REVB=0.166935;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131872;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr17 40699332 . T C,G 434.86 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978253,-0.00258437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.219,125.265;QD=56.1107;RBI=0.0566859,0.00731636;REFB=0,0;REVB=0.0558355,0.00684472;RO=0;SAF=15,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00138202,0.167424;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:14,2:15,0:0:0:14,2:15,0:0:0 chr17 40705100 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0129379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.528;QD=13.5764;RBI=0.0206115;REFB=-0.0150765;REVB=-0.0160452;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228943;STB=0.635611;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0240025;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:8:11:10:3:8:11 chr17 40706906 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.066;QD=28.5375;RBI=0.0410566;REFB=0.00312596;REVB=-0.00251346;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000118306;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr17 40714804 . C A 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0729195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.696;QD=17.2253;RBI=0.0972284;REFB=-0.0470314;REVB=0.0643126;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426988;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0170086;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:5:1:6:2:5:1 chr17 40716235 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.113253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0682;QD=18.7667;RBI=0.124768;REFB=-0.000755408;REVB=-0.0523534;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0106322;OID=.;OPOS=40716235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chr17 40716520 . A G 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=40;FWDB=-0.00132183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.286;QD=10.2904;RBI=0.0219216;REFB=-0.0142876;REVB=-0.0218817;RO=48;SAF=4;SAR=20;SRF=8;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214021;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:20:4:8:40:20:4:8:40 chr17 40722029 . A G 105.27 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0109666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.839;QD=11.0806;RBI=0.0109667;REFB=-0.00828795;REVB=-3.0557e-05;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150854;STB=0.590024;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0151012;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:13:12:8:5:13:12 chr17 40731597 . T A 416.71 PASS AF=0.545455;AO=40;DP=75;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0158957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.664;QD=21.6475;RBI=0.0211003;REFB=-0.0185458;REVB=-0.0138762;RO=33;SAF=17;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077995;STB=0.526705;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0231439;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:33:35:40:42:0.545455:23:17:11:22:24:18:13:22 chr17 40811919 . A G 34.55 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0954213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3715;QD=4.45842;RBI=0.0993542;REFB=-0.00061904;REVB=-0.027677;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104477;STB=0.590598;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00759567;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:4:2:10:14:4:2:11:14 chr17 40818451 . G A 85.0 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0338143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.069;QD=22.6661;RBI=0.0338394;REFB=-0.0474281;REVB=-0.00130274;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0544799;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:2:3:5:5:2:3 chr17 40818699 . A G 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00612148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.082;QD=17.4539;RBI=0.00768268;REFB=-0.00363252;REVB=-0.00464231;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880688;STB=0.504947;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00404662;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:10:17:18:11:10:17:18:11 chr17 40822678 . C T 477.77 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.000764509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.333;QD=22.222;RBI=0.0334307;REFB=0.000232448;REVB=0.033422;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239201;STB=0.513179;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.000133563;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:22:24:22:18:22:24:22:18 chr17 40835922 . A C 598.04 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0762492;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9979;QD=17.9861;RBI=0.102746;REFB=-0.0377615;REVB=-0.0688685;RO=68;SAF=32;SAR=30;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429629;STB=0.512369;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0458584;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:71:62:62:0.466165:30:32:32:36:30:32:35:36 chr17 40854534 . G GT 464.8 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647598;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2745;QD=48.9265;RBI=0.139679;REFB=0;REVB=0.123759;RO=9;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00709084;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:39:38:38:0:15:23:0:0:8:9:13:16:2:7 chr17 40926695 . A T 711.03 PASS AF=0.530303;AO=66;DP=129;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.00172454;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.048;QD=21.5463;RBI=0.0363103;REFB=-0.00732651;REVB=0.0362693;RO=63;SAF=32;SAR=34;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146893;STB=0.588539;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00791387;OID=.;OPOS=40926695;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:63:62:66:70:0.530303:34:32:41:22:37:33:41:21 chr17 40947916 . GC G 101.75 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150644;FXX=0.062461;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.29617;QD=27.132;RBI=0.246474;REFB=-0.0365485;REVB=0.195079;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0365723;OID=.;OPOS=40947917;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:11:16:15:15:0:6:9:0:0:3:3:5:6:1:2 chr17 41116234 . G A 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4217;QD=57.6742;RBI=0.0376465;REFB=0;REVB=-0.023795;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102406;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 41121208 . GGGC G,GGG,GGGG 310.3 PASS AF=0.541667,0.125,0.333333;AO=10,4,7;DP=23;FAO=13,3,8;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2,5;FSAR=6,1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139771,0.0170075,0.0181464;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=254.667,257.093,256.022;QD=51.716;RBI=0.0450503,0.0416226,0.0392614;REFB=0,0,0;REVB=0.0428272,0.0379893,0.0348162;RO=0;SAF=6,3,4;SAR=4,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00824037,-0.0136881,0.0237807;OID=.,.,.;OPOS=41121209,41121211,41121211;OREF=GGC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GGG,GGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.541667,0.125,0.333333:10,4,7:23:13,3,8:24:0:7,2,5:6,1,3:0:0:38:0:6,3,4:4,1,3:0:0 chr17 41121217 . GG AG,GA 137.56 PASS AF=0.4,0.35;AO=7,6;DP=20;FAO=8,7;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=4,4;FSAR=4,3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00801881,0.0904206;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=238.92,15.3022;QD=27.5127;RBI=0.0101395,0.108189;REFB=-0.0145439,-0.000675676;REVB=0.00620557,0.059406;RO=0;SAF=3,4;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.615111,0.599732;STBP=0.345,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=0.00605116,-0.0539199;OID=.,.;OPOS=41121217,41121218;OREF=G,G;OALT=A,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:53:20:20:0:5:7,6:8,7:0.4,0.35:4,2:3,4:0:0:4,3:4,4:4:1 chr17 41133071 . T C 186.65 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067247;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.523;QD=46.6621;RBI=0.0121195;REFB=0;REVB=-0.0100827;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117366;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr17 41154761 . G A 277.52 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00341964;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.402;QD=15.8584;RBI=0.0561434;REFB=-0.0235701;REVB=0.0560391;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167125;STB=0.509428;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0200199;OID=.;OPOS=41154761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:13:18:22:17:13:18:22:17 chr17 41165493 . A G 448.97 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003737;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.833;QD=57.9312;RBI=0.00428492;REFB=0;REVB=-0.00209652;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360773;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr17 41165878 . C T 504.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2513;QD=57.6655;RBI=0.0606475;REFB=0;REVB=0.059247;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018708;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr17 41174025 . A C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0644045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.518;QD=14.1696;RBI=0.0799905;REFB=-0.0356289;REVB=-0.04744;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.642579;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0226199;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:12:10:10:0.454545:6:4:6:4:6:4:8:4 chr17 41196408 . G A 129.09 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00363251;FXX=0.0937207;HRUN=7;LEN=1;MLLD=136.503;QD=17.8059;RBI=0.0245738;REFB=-0.00246688;REVB=0.0243039;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413564;STB=0.523775;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00999234;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:9:6:5:9:9:6 chr17 41223094 . T C 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0113481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.623;QD=14.9479;RBI=0.0135131;REFB=-0.0186727;REVB=-0.00733645;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104203;STB=0.559141;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0226455;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:19:23:20:11:19:23 chr17 41234470 . A G 279.07 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00677792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4143;QD=14.4969;RBI=0.0518974;REFB=-0.0181204;REVB=-0.0514529;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108948;STB=0.5537;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0326108;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:17:15:16:28:17:15:17:28 chr17 41244000 . T C 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.016164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.104;QD=32.2106;RBI=0.0343003;REFB=-0.0247049;REVB=0.0302529;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990273;STB=0.554062;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.010207;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:4:10:16:13:4:10 chr17 41244435 . T C 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0551184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.383;QD=14.3344;RBI=0.0670418;REFB=-0.00917269;REVB=0.0381649;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260364;STB=0.679772;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0161504;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:13:4:11:13:13:4:13:13 chr17 41244936 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0387878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.282;QD=10.2396;RBI=0.0390368;REFB=-0.00557756;REVB=-0.00440247;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0123114;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:9:10:5:5:9:10 chr17 41245237 . A G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0575247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4518;QD=20.8708;RBI=0.0764106;REFB=0.00113228;REVB=0.0502941;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468431;STB=0.537348;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00130751;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:11:10:8:11:11:10:8:12 chr17 41245466 . G A 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00901295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6731;QD=14.4898;RBI=0.039842;REFB=0.00850658;REVB=-0.0388092;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660177;STB=0.511266;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0109353;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:6:13:20:9:6:13:21:9 chr17 41291953 . C G 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0231757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0281;QD=28.0796;RBI=0.0626035;REFB=-0.0042581;REVB=-0.0581557;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108661;STB=0.559952;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00162985;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:14:11:9:6:14:11:9:6 chr17 41330024 . T C 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0029912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.135;QD=14.8512;RBI=0.0195542;REFB=0.00685748;REVB=-0.0193241;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842517;STB=0.557463;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00806659;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:9:10:17:11:9:10:18:11 chr17 41332804 . T C 240.2 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.054245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7689;QD=43.6718;RBI=0.0731834;REFB=-0.160608;REVB=-0.0491251;RO=2;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0191592;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:19:20:0.909091:12:7:0:2:13:7:1:1 chr17 41361960 . A G 82.75 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00336744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.123;QD=9.19474;RBI=0.0228411;REFB=-0.00382937;REVB=-0.0225915;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116071;STB=0.571292;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00604743;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:3:8:16:9:3:8:16:9 chr17 41362272 . C G 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00134514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.874;QD=25.6497;RBI=0.0305194;REFB=-0.00730184;REVB=0.0304897;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653582;STB=0.554413;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00688728;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:18:25:25:0.581395:15:10:5:11:15:10:5:13 chr17 41365085 . G T 71.19 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0106422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.256;QD=7.11862;RBI=0.0282321;REFB=-0.011715;REVB=-0.0261495;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0307357;OID=.;OPOS=41365085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:26:30:10:10:0.25:5:5:14:12:5:5:15:15 chr17 41478004 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAT 76.99 PASS AF=0.448276,0;AO=8,3;DP=30;FAO=13,0;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0892437,0.0555395;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.7652,12.1076;QD=10.6197;RBI=0.123883,0.147751;REFB=-0.0345407,-0.0756364;REVB=-0.0859211,-0.136915;RO=13;SAF=6,2;SAR=2,1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0743475,-0.0321514;STB=0.503101,0.5;STBP=0.979,1;TYPE=del,del;VARB=0.0389728,0.0339569;OID=.,.;OPOS=41478009,41478005;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276,0:8,3:30:13,0:29:16:9,0:4,0:11:5:76:13:6,2:2,1:9:4 chr17 41597540 . G A 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.013255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.622;QD=2.34409;RBI=0.044328;REFB=-0.00566562;REVB=-0.0422998;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946959;STB=0.568471;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0331096;OID=.;OPOS=41597540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:59:64:9:9:0.123288:6:3:24:35:6:3:26:38 chr17 41843979 . C G 772.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.525;QD=56.1465;RBI=0.0295728;REFB=0;REVB=-0.0270771;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173434;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:30:25:0:0 chr17 41846508 . A G 830.69 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.926;QD=57.2888;RBI=0.114937;REFB=0;REVB=0.114881;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274914;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:29:29:0:0 chr17 41959808 . T C 3718.3 PASS AF=0.950758;AO=251;DP=264;FAO=251;FDP=264;FR=.;FRO=13;FSAF=112;FSAR=139;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.017323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.162;QD=56.3378;RBI=0.0243472;REFB=-0.0643643;REVB=-0.0171085;RO=13;SAF=112;SAR=139;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377457;STB=0.519838;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00406149;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:264:264:13:13:251:251:0.950758:139:112:11:2:139:112:11:2 chr17 41960343 . T C 482.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256313;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.726;QD=58.5319;RBI=0.0247683;REFB=0;REVB=0.0246354;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369003;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1627.72 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179693;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.724;QD=59.1896;RBI=0.0238984;REFB=-0.115548;REVB=0.0157555;RO=1;SAF=67;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703302;STB=0.503703;STBP=0.503;TYPE=mnp;VARB=0.000501786;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:110:1:1:109:109:0.990909:42:67:1:0:42:67:1:0 chr17 41961451 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.81;QD=50.134;RBI=0.0269221;REFB=-0.0647173;REVB=-0.00715973;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00348875;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:11:13:0:0:11:13:0:1 chr17 42030531 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.404;QD=51.1845;RBI=0.00747718;REFB=0;REVB=-0.00434383;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80721e-06;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr17 42030743 . G C 711.39 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.029228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7009;QD=52.6958;RBI=0.196236;REFB=0.0477276;REVB=0.194047;RO=1;SAF=41;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113527;STB=0.51219;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0110963;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:54:1:2:52:52:0.962963:11:41:1:0:12:40:2:0 chr17 42085972 . C T 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3501;QD=59.0005;RBI=0.123943;REFB=0;REVB=0.0592643;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288738;OID=.;OPOS=42085972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr17 42154470 . A G 465.5 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.752;QD=58.1873;RBI=0.0639817;REFB=0;REVB=0.0638497;RO=1;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155758;OID=.;OPOS=42154470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:1:0:28:32:1:5:23:0:1:9:23:0:0 chr17 42155403 . CGGGGG CGGGGA,CGGG,CGGGG 430.54 PASS AF=0.690476,0.119048,0.0714286;AO=25,5,7;DP=43;FAO=29,5,3;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=14,0,0;FSAR=15,5,3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00411362,-0.0873304,-0.168832;FXX=0.0232504;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=235.853,14.4547,5.98643;QD=41.0038;RBI=0.0108618,0.0899739,0.174246;REFB=-0.0639467,-0.180027,-0.297504;REVB=-0.0100527,-0.0216495,-0.043099;RO=1;SAF=10,0,4;SAR=15,5,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0.611111,0.611111;SSEP=0,0.408163,0.408163;SSSB=-0.044143,-0.767767,-0.0971198;STB=0.575706,0.997996,0.997492;STBP=0.06,0,0.003;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0140941,0.0861286,-0.0124065;OID=.,.,.;OPOS=42155408,42155404,42155404;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=CGGGGA,CGGG,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.690476,0.119048,0.0714286:25,5,7:43:29,5,3:42:5:14,0,0:15,5,3:5:0:23:1:10,0,4:15,5,3:1:0 chr17 42164885 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.892;QD=51.1835;RBI=0.0173266;REFB=0;REVB=-0.00194084;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197457;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr17 42213347 . G A 363.88 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0156233;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.084;QD=33.0798;RBI=0.024621;REFB=-0.010142;REVB=0.019029;RO=14;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182962;STB=0.588797;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00701491;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:18:12:10:4:17:13:10:4 chr17 42225547 . A C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00810841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.628;QD=12.8607;RBI=0.00840573;REFB=-0.0201743;REVB=0.00221585;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0213456;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr17 42248346 . A T 357.9 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1813;QD=55.0617;RBI=0.0146109;REFB=0;REVB=-0.0145026;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243116;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr17 42254527 . T G 55.52 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00409296;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.07;QD=8.5423;RBI=0.046306;REFB=-8.88279e-07;REVB=-0.0461248;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.57124;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00163929;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:26:17:18:8:8:0.307692:6:2:6:11:6:2:6:12 chr17 42255097 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0125957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.176;QD=14.6657;RBI=0.0170135;REFB=-0.0149433;REVB=-0.0114371;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180257;STB=0.605906;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0196283;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:7:14:12:3:7:14 chr17 42270291 . A G 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00836891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.156;QD=20.9001;RBI=0.0377908;REFB=-0.0116022;REVB=0.0368525;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257992;STB=0.643143;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00713797;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:7:17:11:17:7:17 chr17 42287519 . C T 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0454768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6655;QD=18.5768;RBI=0.0647304;REFB=0.00419013;REVB=-0.0460639;RO=28;SAF=21;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24974;STB=0.648465;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00757252;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:31:31:31:0.5:10:21:11:17:10:21:12:19 chr17 42295537 . T TG 48.84 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0206608;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.2691;QD=5.92023;RBI=0.0317495;REFB=-0.00693735;REVB=-0.0241074;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530812;STB=0.904826;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.155045;OID=.;OPOS=42295538;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:9:34:9:33:24:1:8:17:7:48:24:2:7:17:7 chr17 42338998 . T G 523.22 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0259645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0339;QD=23.7827;RBI=0.0259673;REFB=0.00600486;REVB=0.000378447;RO=39;SAF=26;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480873;STB=0.526379;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00551173;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:23:26:23:16:23:26:23:16 chr17 42392622 . T C 1933.6 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.825;QD=61.8752;RBI=0.024316;REFB=0;REVB=0.0198028;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09772e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr17 42398052 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.065;QD=50.4134;RBI=0.0572181;REFB=0;REVB=0.0166859;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270308;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr17 42398757 . C A 149.67 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228897;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.632;QD=46.0521;RBI=0.0487053;REFB=0;REVB=0.0429915;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140168;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr17 42449789 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0118167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.085;QD=12.1823;RBI=0.0148438;REFB=0.00207563;REVB=0.00898348;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20027;STB=0.618812;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00285805;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:6:9:4:6:6:9 chr17 42453065 . A C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0190592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.9;QD=14.1385;RBI=0.0230481;REFB=-0.0110041;REVB=-0.0129601;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452819;STB=0.526279;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0129349;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:15:5:4:10:15:5 chr17 42454463 . G C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0203549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8027;QD=10.5422;RBI=0.0579286;REFB=-0.000385439;REVB=0.0542347;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333904;STB=0.701378;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00239335;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:9:12:3:8:9:12 chr17 42475983 . G C 260.62 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00333959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.878;QD=24.8214;RBI=0.00759715;REFB=-0.00882327;REVB=-0.00682376;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297043;STB=0.651042;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00599651;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:10:14:3:14:10:14:4:14 chr17 42636397 . C T 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.000325685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0878;QD=4.67741;RBI=0.0465495;REFB=-0.0107035;REVB=0.0465483;RO=53;SAF=6;SAR=7;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1061;STB=0.568341;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0307429;OID=.;OPOS=42636397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:7:6:29:24:7:6:29:24 chr17 42636593 . C T 54.36 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0048601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2063;QD=2.13172;RBI=0.00505746;REFB=-0.00679469;REVB=0.00139902;RO=89;SAF=8;SAR=4;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132887;STB=0.602564;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0683768;OID=.;OPOS=42636593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:89:90:12:12:0.117647:4:8:50:39:4:8:50:40 chr17 42744238 . A C 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00777464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.272;QD=23.0915;RBI=0.0077922;REFB=-0.0204367;REVB=-0.000522782;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127109;STB=0.571344;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0155212;OID=.;OPOS=42744238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:5:7:7:10:5:7 chr17 42744383 . C T 48.05 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0198094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.426;QD=11.3065;RBI=0.0608022;REFB=-0.00655445;REVB=-0.0574847;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45597;STB=0.765078;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0295593;OID=.;OPOS=42744383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:9:10:7:7:0.411765:6:1:5:4:6:1:5:5 chr17 42744726 . A C 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00911672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1164;QD=31.0667;RBI=0.047611;REFB=-0.0415005;REVB=0.04673;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384898;STB=0.521252;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0166594;OID=.;OPOS=42744726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:10:7:2:4:10:7:2:4 chr17 42786213 . G C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.01097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.843;QD=7.95466;RBI=0.0150194;REFB=-0.0118934;REVB=-0.0102587;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113905;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0225192;OID=.;OPOS=42786213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:9:10:5:3:9:10 chr17 42851729 . C T 80.24 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.01592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.379;QD=16.8933;RBI=0.0288198;REFB=-0.0217843;REVB=-0.0240236;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136379;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0268713;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:3:6:5:5:3:6 chr17 42852604 . G T 146.31 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0565754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8929;QD=16.7208;RBI=0.0618772;REFB=-0.0332598;REVB=-0.0250602;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124711;STB=0.571341;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0352748;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:7:12:8:8:7:12 chr17 42852610 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.837;QD=60.6064;RBI=0.00414439;REFB=0;REVB=-0.00291881;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96225e-07;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr17 42854610 . T C 168.25 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0128098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5613;QD=15.6514;RBI=0.0348825;REFB=0.00616941;REVB=0.0324453;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212035;STB=0.621973;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.013221;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:15:10:11:7:15:10 chr17 42855554 . T C 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0285743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1034;QD=15.1005;RBI=0.0435076;REFB=-0.0411694;REVB=0.0328088;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202175;STB=0.604113;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0418273;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:13:11:20:10:13:11:20:11 chr17 42857430 . G A 533.83 PASS AF=0.648649;AO=47;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00218477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6451;QD=28.8554;RBI=0.0301161;REFB=-0.0150704;REVB=0.0300368;RO=24;SAF=23;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584692;STB=0.534294;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0174988;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:24:26:47:48:0.648649:24:23:14:10:25:23:15:11 chr17 42857517 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0251127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.771;QD=21.0067;RBI=0.0277882;REFB=-0.0452727;REVB=0.0118968;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124993;STB=0.569963;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0442659;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:7:12:13:4:7:12:13:4 chr17 42857945 . T C 597.52 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.010625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2293;QD=18.1066;RBI=0.0164883;REFB=-0.0221595;REVB=0.0126084;RO=70;SAF=26;SAR=36;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915524;STB=0.550823;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0385499;OID=.;OPOS=42857945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:36:26:36:34:36:26:36:34 chr17 42880753 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0188348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.701;QD=15.3789;RBI=0.038979;REFB=-0.018264;REVB=-0.0341265;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113119;STB=0.506568;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0188655;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:8:6:5:7:8:6 chr17 42925559 . C T 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00263152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.407;QD=5.37245;RBI=0.0328555;REFB=-0.00848805;REVB=-0.0327499;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34752;STB=0.729142;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0416784;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:6:2:16:14:6:2:16:14 chr17 42964107 . A G 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0119892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.736;QD=3.93887;RBI=0.0234602;REFB=0.000489916;REVB=-0.0201654;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415777;STB=0.785436;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00256508;OID=.;OPOS=42964107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:34:35:7:7:0.166667:2:5:12:22:2:5:12:23 chr17 43003484 . T C 273.71 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0268768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6183;QD=20.6576;RBI=0.0283052;REFB=-0.0282894;REVB=0.0088781;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243703;STB=0.625412;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0325913;OID=.;OPOS=43003484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:28:29:0.54717:14:14:19:5:14:15:19:5 chr17 43010064 . G A 282.91 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0251207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.704;QD=12.4358;RBI=0.0353917;REFB=-0.00569466;REVB=0.0249303;RO=57;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457093;STB=0.520627;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00911959;OID=.;OPOS=43010064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:17:16:30:27:17:16:30:28 chr17 43111558 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00890699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.093;QD=11.1041;RBI=0.0189826;REFB=-0.00924204;REVB=0.0167632;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.648156;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0108872;OID=.;OPOS=43111558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:3:7:6:1:3:7 chr17 43159060 . ACAAAAA ACAAAA,ACAAAAG,CAAAAGA 38.87 PASS AF=0.195122,0.0731707,0;AO=7,2,2;DP=42;FAO=8,3,0;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=1,3,0;FSAR=7,0,0;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.188644,-0.149088,-0.166857;FXX=0.0238039;HRUN=7,7,3;LEN=1,1,6;MLLD=11.7246,161.341,154.061;QD=3.79179;RBI=0.190102,0.149145,0.166991;REFB=-0.281028,-0.0276634,-0.0353219;REVB=0.0234982,-0.00411381,-0.00666653;RO=22;SAF=0,2,2;SAR=7,0,0;SRF=0;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.865839,0.865839;STB=0.514668,0.998585,0.5;STBP=0.999,0,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.19253,0.113253,0.13518;OID=.,.,.;OPOS=43159062,43159066,43159060;OREF=A,A,ACAAAA;OALT=-,G,CAAAAG;OMAPALT=ACAAAA,ACAAAAG,CAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:41:22:30:7,2,2:8,3,0:0.195122,0.0731707,0:7,0,0:0,2,2:0:22:7,0,0:1,3,0:4:26 chr17 43181287 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.169;QD=60.6103;RBI=0.0295064;REFB=0;REVB=0.0291797;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71267e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 43192821 . A G 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0263204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.526;QD=16.894;RBI=0.0264999;REFB=-0.0031916;REVB=-0.00307918;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.628944;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00104606;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:7:3:4:4:7:3:5:4 chr17 43221551 . C T 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00467217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.018;QD=3.67434;RBI=0.00887138;REFB=-0.0142997;REVB=-0.00754137;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393569;STB=0.771045;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0619591;OID=.;OPOS=43221551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:2:7:22:26:2:7:22:26 chr17 43227766 . T TTTGG 494.43 PASS AF=0.971429;AO=31;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00780075;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=4;MLLD=314.598;QD=56.5058;RBI=0.0104472;REFB=-0.0379945;REVB=-0.00694929;RO=2;SAF=17;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517742;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.000918351;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.971429:31:35:34:35:1:18:16:1:0:5:2:17:14:2:0 chr17 43228098 . A G 171.95 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00148972;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1603;QD=17.1954;RBI=0.0106606;REFB=-0.0332366;REVB=-0.010556;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224476;STB=0.524972;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0210802;OID=.;OPOS=43228098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:22:18:18:0.45:9:9:10:11:9:9:10:12 chr17 43229299 . A C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0100297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.783;QD=10.0339;RBI=0.0175235;REFB=-0.0183321;REVB=0.0143694;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0329601;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr17 43318778 . GC CG 306.3 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00565818;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=247.847;QD=47.1233;RBI=0.0243954;REFB=-0.158368;REVB=0.0237302;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711626;STB=0.53843;STBP=0.227;TYPE=mnp;VARB=0.0019142;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:12:12:0:2:12:12:0:2 chr17 43319770 . C T 268.27 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0033918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.304;QD=16.7671;RBI=0.0203939;REFB=-0.0146813;REVB=-0.0201098;RO=34;SAF=2;SAR=27;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281002;STB=0.666527;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0130119;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:27:2:6:28:28:2:6:28 chr17 43331880 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0121263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.9;QD=14.0792;RBI=0.013405;REFB=-0.0268562;REVB=0.00571381;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526271;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0281421;OID=.;OPOS=43331880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:10:5:4:8:10:6 chr17 43333125 . C T 238.05 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0108693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.675;QD=20.2594;RBI=0.0543746;REFB=-0.00701276;REVB=-0.0532772;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560942;STB=0.531571;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0109503;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:10:14:12:11:10:14 chr17 43333785 . AAGAC A 85.04 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0134901;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=4;MLLD=226.838;QD=7.08635;RBI=0.0320064;REFB=-0.0247438;REVB=-0.0290246;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637434;STB=0.522444;STBP=0.887;TYPE=del;VARB=0.0443068;OID=.;OPOS=43333786;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:16:49:16:48:32:10:6:21:11:85:31:10:6:21:10 chr17 43340734 . C T 318.77 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0235013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.775;QD=20.9027;RBI=0.0254634;REFB=-0.017315;REVB=-0.00980175;RO=27;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188571;STB=0.59764;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00777267;OID=.;OPOS=43340734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:11:22:12:15:11:22:13:15 chr17 43340936 . G A 68.43 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.026927;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.985;QD=14.4072;RBI=0.0597984;REFB=-0.0178528;REVB=0.0533928;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.022804;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:18:19:8:10:7:9:0.473684:4:3:5:3:5:4:6:4 chr17 43342141 . G C 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0135501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.363;QD=15.7729;RBI=0.0231619;REFB=-0.00519462;REVB=0.0187847;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262751;STB=0.51484;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00644309;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:15:18:14:13:15:18 chr17 43364293 . C CG 310.86 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.0097;QD=44.4091;RBI=0.055212;REFB=0;REVB=-0.0458371;RO=2;SAF=16;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00632162;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:28:28:0:16:12:0:0:6:2:16:11:2:0 chr17 43483413 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00770969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.781;QD=24.0735;RBI=0.0238326;REFB=-0.0435311;REVB=-0.0225511;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155171;STB=0.58809;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0233016;OID=.;OPOS=43483413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:10:3:3:4:10:3:3:4 chr17 43531116 . T C 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0319373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6206;QD=14.6491;RBI=0.0344585;REFB=-0.0123262;REVB=-0.0129382;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116789;STB=0.567475;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0210956;OID=.;OPOS=43531116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:13:6:6:8:13:6 chr17 43923180 . G A 240.94 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0330856;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.596;QD=27.5357;RBI=0.0331697;REFB=0.000991981;REVB=-0.00236151;RO=13;SAF=19;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514438;STB=0.788835;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000225558;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:13:22:22:0.628571:3:19:3:10:3:19:3:10 chr17 43923898 . A G 144.59 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2965;QD=44.4887;RBI=0.0132681;REFB=0;REVB=0.00668942;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648345;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr17 43924412 . T C 421.57 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0254018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.401;QD=23.4205;RBI=0.0303922;REFB=-0.0100041;REVB=0.0166864;RO=31;SAF=15;SAR=26;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178258;STB=0.509799;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00845273;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:26:15:12:19:26:15:12:19 chr17 44067382 . T C 110.68 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.157881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1556;QD=26.0424;RBI=0.168734;REFB=-0.052374;REVB=-0.0595382;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0126782;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr17 44077044 . T C 143.12 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.836;QD=44.0375;RBI=0.096186;REFB=0;REVB=0.0735629;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502695;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr17 44116501 . G A 225.87 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0543586;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4028;QD=7.99537;RBI=0.0618444;REFB=-0.0250302;REVB=0.0294936;RO=80;SAF=14;SAR=18;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456068;STB=0.531753;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0662111;OID=.;OPOS=44116501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:80:81:32:32:0.283186:18:14:38:42:18:14:39:42 chr17 44117135 . C T 227.94 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0080491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.63;QD=11.5413;RBI=0.0864343;REFB=-0.0068464;REVB=-0.0860587;RO=47;SAF=24;SAR=4;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315661;STB=0.711163;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0100849;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:47:51:28:28:0.35443:4:24:31:16:4:24:32:19 chr17 44144993 . C G 465.86 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.07;QD=58.2325;RBI=0.0715227;REFB=0;REVB=0.063716;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320926;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:28:32:1:16:12:0:0:19:13:0:0 chr17 44248499 . G C 240.52 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0328592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.426;QD=21.3795;RBI=0.0346628;REFB=0.0123321;REVB=-0.0110354;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174177;STB=0.597617;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00841269;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:14:8:13:10:14:8 chr17 44998563 . G A 563.38 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00984765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2081;QD=22.995;RBI=0.0330459;REFB=-0.0405711;REVB=-0.0315445;RO=45;SAF=31;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626927;STB=0.53447;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.034263;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:22:31:23:22:22:31:23:22 chr17 45000529 . G C 268.62 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.021215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.799;QD=16.5305;RBI=0.0299749;REFB=-0.0289406;REVB=0.0211759;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170228;STB=0.611555;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0246707;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:35:30:30:0.461538:11:19:15:18:11:19:15:20 chr17 45000547 . G C 1000.13 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5164;QD=57.9786;RBI=0.0689954;REFB=0;REVB=0.0624967;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359421;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:67:69:1:32:35:0:0:34:35:0:0 chr17 45214523 . A C 45.37 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0283394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6535;QD=8.64124;RBI=0.0283735;REFB=-0.0139037;REVB=0.00139182;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0380601;OID=.;OPOS=45214523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:8:5:3:4:8:6 chr17 45214527 . T C 55.03 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00261937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.002;QD=10.0061;RBI=0.00704993;REFB=-0.0290061;REVB=-0.00654526;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0339711;OID=.;OPOS=45214527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:8:6:3:5:8:6 chr17 45214544 . T C 59.39 PASS AF=0.36;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0287406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.139;QD=9.50258;RBI=0.0499309;REFB=-0.0277193;REVB=-0.0408299;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0672963;OID=.;OPOS=45214544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:25:16:16:7:9:0.36:4:3:9:7:4:5:9:7 chr17 45214582 . A G 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0133116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.31;QD=7.32751;RBI=0.013709;REFB=-0.000396003;REVB=0.00327683;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114205;STB=0.551596;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00371002;OID=.;OPOS=45214582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:12:8:4:4:12:9 chr17 45214592 . T G 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00379275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.813;QD=5.0055;RBI=0.00430918;REFB=-0.000180777;REVB=-0.0020455;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533155;STB=0.535596;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00143367;OID=.;OPOS=45214592;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:12:10:3:3:12:10 chr17 45214600 . A G 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0349252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.003;QD=5.00477;RBI=0.0431495;REFB=-0.00547534;REVB=-0.0253399;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835743;STB=0.535596;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0298614;OID=.;OPOS=45214600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:3:3:12:9:3:3:12:10 chr17 45214604 . AT AC,TC 36.76 PASS AF=0.230769,0;AO=6,2;DP=28;FAO=6,0;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000592588,-0.00642242;FXX=0.0714031;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.618,161.569;QD=5.655;RBI=0.00195587,0.0192047;REFB=-0.000200365,-0.00627663;REVB=-0.00186394,-0.0180989;RO=19;SAF=3,2;SAR=3,0;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0303651,0.526746;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00214233,0;OID=.,.;OPOS=45214605,45214604;OREF=T,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:28:26:19:20:6,2:6,0:0.230769,0:3,0:3,2:9:10:3,0:3,0:10:10 chr17 45214673 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0430276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2369;QD=6.57362;RBI=0.0703912;REFB=0.00911956;REVB=0.0557095;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.014657;OID=.;OPOS=45214673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:7:9:2:4:7:9 chr17 45214682 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0152664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.869;QD=7.76205;RBI=0.0152667;REFB=-0.0204571;REVB=0.000106004;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602659;STB=0.871919;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0198418;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:3:10:1:5:3:10 chr17 45214699 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00130243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.777;QD=6.92898;RBI=0.020903;REFB=0.000144743;REVB=0.0208624;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.599657;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-3.36922e-05;OID=.;OPOS=45214699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:8:7:2:4:8:7 chr17 45234343 . T G 123.85 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00508586;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.546;QD=15.9811;RBI=0.0100372;REFB=-0.0179922;REVB=-0.00865326;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0167035;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:7:10:7:7:7:10 chr17 45234360 . A C 109.04 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00679522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.166;QD=13.6297;RBI=0.00997486;REFB=-0.0400699;REVB=0.00730225;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732572;STB=0.556013;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0148461;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:7:6:7:11:7:6:7:12 chr17 45234403 . TT GG 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0086717;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.689;QD=8.30758;RBI=0.0146842;REFB=-0.00604943;REVB=-0.0118502;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.787;TYPE=mnp;VARB=0.0131078;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:8:10:5:3:8:10 chr17 45234420 . T G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.010298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.514;QD=9.19942;RBI=0.0187439;REFB=-0.00670093;REVB=0.0156615;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527602;STB=0.829762;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0229077;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:5:8:1:6:5:8 chr17 45266522 . T C 262.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0283777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1912;QD=26.9133;RBI=0.0572709;REFB=-0.0961042;REVB=-0.049746;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190175;STB=0.604237;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0592278;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:15:9:2:13:15:9:2:13 chr17 45266535 . T C 388.83 PASS AF=0.695652;AO=31;DP=45;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0433161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5321;QD=33.8114;RBI=0.0636849;REFB=-0.00371054;REVB=-0.0466849;RO=13;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237493;STB=0.608631;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00245537;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:13:14:31:32:0.695652:15:16:1:12:16:16:2:12 chr17 45266571 . T A 393.15 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00714543;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.512;QD=32.7623;RBI=0.0474623;REFB=-0.0107431;REVB=0.0469213;RO=15;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23085;STB=0.613334;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00413688;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:15:16:32:32:0.666667:15:17:2:13:15:17:3:13 chr17 45368337 . A C 296.77 PASS AF=0.434211;AO=31;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0267739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.303;QD=15.6193;RBI=0.026781;REFB=-0.00894676;REVB=0.00061755;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586284;STB=0.55081;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0129834;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:43:31:33:0.434211:17:14:17:26:17:16:17:26 chr17 45369777 . A G 200.83 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00118725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.052;QD=20.598;RBI=0.0164713;REFB=-0.00743499;REVB=-0.0164285;RO=18;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285937;STB=0.545407;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0304277;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:16:4:4:14:16:4:5:14 chr17 45369789 . G A 160.55 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00520069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.675;QD=18.3482;RBI=0.00648546;REFB=-0.00961646;REVB=0.0038748;RO=18;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261169;STB=0.651962;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00904084;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:15:2:5:13:15:2:5:13 chr17 45388586 . T A 1109.53 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0242729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3957;QD=57.6378;RBI=0.102219;REFB=-0.108126;REVB=0.0992955;RO=2;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337584;STB=0.517852;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00239916;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:27:48:0:2:27:48:0:2 chr17 45438886 . CAGTG C 157.49 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0208147;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=4;MLLD=264.331;QD=14.3171;RBI=0.0226227;REFB=-0.0177177;REVB=-0.008862;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474575;STB=0.502759;STBP=0.991;TYPE=del;VARB=0.0302362;OID=.;OPOS=45438887;OREF=AGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:17:47:17:44:27:10:7:16:11:99:27:10:7:16:11 chr17 45447832 . A G 320.47 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0388246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2643;QD=27.2743;RBI=0.0395704;REFB=-0.0177693;REVB=0.00764631;RO=19;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333391;STB=0.518382;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0253428;OID=.;OPOS=45447832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:18:10:6:13:18:10:6:13 chr17 45451894 . G A 1767.52 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.812;QD=60.9488;RBI=0.100372;REFB=0;REVB=-0.00763086;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305812;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:72:44:0:0:72:44:0:0 chr17 45468842 . A T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00528546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.14;QD=19.0006;RBI=0.00860635;REFB=0.00328289;REVB=-0.00679214;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00372594;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:10:7:8:9:10:7 chr17 45490251 . C T 168.7 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=51;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0459862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9809;QD=12.7317;RBI=0.0680043;REFB=-0.0145059;REVB=-0.0500984;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162554;STB=0.589203;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0184072;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:32:32:19:21:0.396226:10:9:20:12:11:10:20:12 chr17 45567593 . ATC A 121.68 PASS AF=0.518519;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0352161;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.442;QD=18.0264;RBI=0.0399437;REFB=-0.0505428;REVB=-0.0188501;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244233;STB=0.629457;STBP=0.189;TYPE=del;VARB=0.0363383;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:12:26:14:27:13:7:7:3:10:99:13:6:6:3:10 chr17 45569815 . A G 224.45 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.922;QD=49.8771;RBI=0.0627386;REFB=0;REVB=0.0250777;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780968;OID=.;OPOS=45569815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:11:18:1:6:5:0:0:7:11:0:0 chr17 45663702 . C A 135.74 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00332798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.263;QD=19.3916;RBI=0.0550923;REFB=-0.0387037;REVB=0.0549917;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460702;STB=0.513496;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0196363;OID=.;OPOS=45663702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:12:13:14:15:0.535714:4:10:8:4:5:10:9:4 chr17 45700384 . C A,CCTA 139.91 PASS AF=0,0.333333;AO=2,18;DP=56;FAO=0,18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0534764,-0.00312107;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=81.5892,215.034;QD=10.3637;RBI=0.0566853,0.010354;REFB=-0.015171,-0.0204012;REVB=-0.0188014,-0.00987243;RO=36;SAF=2,10;SAR=0,8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.442867,0.0940995;STB=0.5,0.555494;STBP=1,0.594;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0423824;OID=.,.;OPOS=45700384,45700385;OREF=C,-;OALT=A,CTA;OMAPALT=A,CCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:54:36:36:2,18:0,18:0,0.333333:0,8:2,10:17:19:0,8:0,10:17:19 chr17 45735975 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00097567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.725;QD=14.0974;RBI=0.0461034;REFB=-0.00828177;REVB=-0.0460931;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171216;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00639898;OID=.;OPOS=45735975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:8:10:7:6:8:10 chr17 45750468 . T C 407.81 PASS AF=0.619048;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00373083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.048;QD=25.8927;RBI=0.00373888;REFB=-0.00655573;REVB=0.000245181;RO=24;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154108;STB=0.587334;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0043138;OID=.;OPOS=45750468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:24:24:38:39:0.619048:21:17:16:8:22:17:16:8 chr17 45759767 . C T 510.77 PASS AF=0.520833;AO=48;DP=94;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00455613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.943;QD=21.2823;RBI=0.0378768;REFB=0.0149978;REVB=-0.0376017;RO=46;SAF=26;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151443;STB=0.581094;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0131677;OID=.;OPOS=45759767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:46:46:48:50:0.520833:22:26:17:29:23:27:17:29 chr17 45760349 . T C 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324836;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.329;QD=62.6861;RBI=0.0328121;REFB=0;REVB=0.00463119;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6127e-05;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr17 45760429 . T C 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0196337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.4;QD=45.4844;RBI=0.0264878;REFB=0.0780396;REVB=0.0177798;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00111852;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:8:14:2:0:8:14:2:0 chr17 45760433 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.19;QD=53.2772;RBI=0.04586;REFB=0;REVB=0.0458476;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172793;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr17 45760958 . TA T 31.95 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0254283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.0634;QD=7.10015;RBI=0.0270892;REFB=-0.0471296;REVB=0.00933934;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243254;STB=0.657294;STBP=0.452;TYPE=del;VARB=0.10074;OID=.;OPOS=45760959;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:18:6:18:12:1:5:4:8:31:12:1:5:4:8 chr17 45885687 . A G 1154.61 PASS AF=1;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023879;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.587;QD=60.7691;RBI=0.0252824;REFB=0;REVB=0.00830625;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41283e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:76:0:0:75:76:1:37:38:0:0:37:39:0:0 chr17 45915788 . T C 360.78 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.099705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.547;QD=53.4492;RBI=0.123058;REFB=0;REVB=0.0721268;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76274e-05;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:16:11:0:0 chr17 45918150 . CG CC,C 41.25 PASS AF=0.097561,0.219512;AO=4,8;DP=40;FAO=4,9;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=2,3;FSAR=2,6;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0827376,0.122512;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=25.3325,11.5599;QD=4.0245;RBI=0.127887,0.151942;REFB=-0.0716456,-0.0828037;REVB=0.0975173,0.0898729;RO=27;SAF=2,3;SAR=2,5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.239995,0.104389;STB=0.686696,0.541577;STBP=0.503,0.81;TYPE=snp,del;VARB=0.149755,0.118937;OID=.,.;OPOS=45918151,45918151;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.097561,0.219512:4,8:40:4,9:41:28:2,3:2,6:8:20:27:27:2,3:2,5:8:19 chr17 45925160 . G T 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0136659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6719;QD=14.1649;RBI=0.0143801;REFB=0.00559909;REVB=-0.00447564;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375933;STB=0.726911;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0113306;OID=.;OPOS=45925160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:1:10:5:5:1:11 chr17 45959620 . T C 252.19 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0123711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.576;QD=14.835;RBI=0.0137918;REFB=0.000392549;REVB=0.00609687;RO=38;SAF=19;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628853;STB=0.523902;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00053959;OID=.;OPOS=45959620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:10:19:27:11:10:19:27:12 chr17 45994044 . C T 207.52 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0169821;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9935;QD=11.0676;RBI=0.0170334;REFB=-0.00757513;REVB=-0.00132042;RO=48;SAF=22;SAR=4;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3362;STB=0.695228;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0109585;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:49:26:26:0.346667:4:22:30:18:4:22:31:18 chr17 45994094 . T C 300.81 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.0223588;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4294;QD=10.7433;RBI=0.0442868;REFB=-0.00248823;REVB=-0.0382283;RO=73;SAF=29;SAR=10;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825972;STB=0.547771;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00501788;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:73:73:39:39:0.348214:10:29:50:23:10:29:50:23 chr17 45994154 . G A 109.14 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0883894;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4102;QD=5.89959;RBI=0.116078;REFB=-0.0216411;REVB=-0.0752422;RO=56;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688189;STB=0.531878;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0810409;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:56:57:17:17:0.22973:11:6:17:39:11:6:18:39 chr17 46002744 . G T 91.49 PASS AF=0.233333;AO=13;DP=59;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0132855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.752;QD=6.09953;RBI=0.0246449;REFB=-0.00769342;REVB=-0.0207573;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364655;STB=0.545388;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0284362;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:60:46:46:13:14:0.233333:8:5:19:27:9:5:19:27 chr17 46005792 . A ACT 361.96 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0193647;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.688;QD=20.392;RBI=0.0194606;REFB=-0.0232617;REVB=-0.00192976;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501587;STB=0.520537;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.0218691;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521127:37:71:37:71:34:19:18:16:18:99:33:19:18:15:18 chr17 46020698 . C T 333.06 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.000599489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.781;QD=14.0235;RBI=0.0103913;REFB=-0.00195097;REVB=0.010374;RO=58;SAF=23;SAR=14;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398764;STB=0.522715;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00592414;OID=.;OPOS=46020698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:14:23:34:24:14:23:34:24 chr17 46026156 . A G 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00199803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.076;QD=50.8387;RBI=0.0378086;REFB=-0.111596;REVB=-0.0377558;RO=1;SAF=20;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226465;STB=0.512185;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000869502;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:5:20:1:0:5:20:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A 137.45 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0225179;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=4;MLLD=299.064;QD=9.99614;RBI=0.023517;REFB=-0.0193064;REVB=-0.00678201;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940995;STB=0.546507;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=0.0323113;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:18:57:18:55:37:10:8:18:19:99:36:10:8:17:19 chr17 46059071 . T C 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0154712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.089;QD=29.0929;RBI=0.0376161;REFB=-0.0308262;REVB=0.0342872;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268616;STB=0.647459;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00992757;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:10:14:2:11:10:14:2:11 chr17 46147945 . G A 65.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0112596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.001;QD=11.4418;RBI=0.0186056;REFB=0.00414587;REVB=0.0148119;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00564129;OID=.;OPOS=46147945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:5:9:6:3:5:9 chr17 46233806 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0235357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.633;QD=19.3693;RBI=0.0255487;REFB=-0.00235896;REVB=-0.00994008;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354578;STB=0.704147;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00202262;OID=.;OPOS=46233806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:3:13:7:8:3:13:7:8 chr17 46262171 . C T 1160.88 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00222423;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.032;QD=59.5323;RBI=0.0215176;REFB=-0.0944213;REVB=0.0214024;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-5.48821e-06;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:0:1:40:37:0:1 chr17 46607021 . T C 2099.75 PASS AF=0.971631;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0509981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1179;QD=59.5673;RBI=0.0556169;REFB=-0.048317;REVB=0.022191;RO=2;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135789;STB=0.506989;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00999775;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:141:2:4:137:137:0.971631:69:68:0:2:69:68:1:3 chr17 46607817 . C T 340.46 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00757072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4123;QD=14.1857;RBI=0.00979178;REFB=-0.00759678;REVB=0.00620993;RO=58;SAF=13;SAR=24;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269609;STB=0.657812;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00449979;OID=.;OPOS=46607817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:58:58:37:38:0.395833:24:13:35:23:25:13:35:23 chr17 46607958 . T A 229.23 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0529972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.261;QD=29.5775;RBI=0.0601325;REFB=-0.0256954;REVB=-0.0284117;RO=10;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130822;STB=0.572257;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0134772;OID=.;OPOS=46607958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:8:13:4:6:8:13:4:6 chr17 46608030 . G A 76.41 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.014155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.005;QD=25.469;RBI=0.0201545;REFB=-0.0735938;REVB=-0.0143472;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236511;STB=0.636032;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0248221;OID=.;OPOS=46608030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:1:2:2:7:1:2 chr17 46608184 . G GGGGCGCTGT 171.26 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0169923;FXX=0.0447694;HRUN=4;LEN=9;MLLD=337.302;QD=10.7035;RBI=0.0235376;REFB=-0.0112346;REVB=-0.0162874;RO=41;SAF=17;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360552;STB=0.699172;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.0201782;OID=.;OPOS=46608185;OREF=-;OALT=GGGCGCTGT;OMAPALT=GGGGCGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:21:64:22:64:42:17:5:21:21:99:41:17:4:22:19 chr17 46620095 . G T 539.41 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.028753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9293;QD=22.0167;RBI=0.0346373;REFB=-0.0114423;REVB=-0.0193134;RO=46;SAF=18;SAR=32;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883176;STB=0.537349;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00559;OID=.;OPOS=46620095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:47:50:51:0.520408:32:18:21:25:32:19:21:26 chr17 46620111 . T C 390.27 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0611035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.385;QD=19.0374;RBI=0.0611449;REFB=-0.0108483;REVB=-0.00224964;RO=42;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770947;STB=0.531913;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0129795;OID=.;OPOS=46620111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:39:40:0.487805:27:12:16:26:27:13:16:26 chr17 46626811 . G GGACA 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=430.01;QD=24.3281;RBI=0.019808;REFB=-0.0206423;REVB=0.019808;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00598744;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:7:10:7:9:2:0:7:0:2:10:2:0:7:0:2 chr17 46629593 . G T 401.51 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.093162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.396;QD=21.7032;RBI=0.0932225;REFB=-0.0138685;REVB=0.00335727;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303832;STB=0.502032;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0153078;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:34:40:40:0.540541:21:19:14:18:21:19:16:18 chr17 46670520 . T C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0067043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.432;QD=56.0122;RBI=0.00729594;REFB=0.0228371;REVB=0.00287804;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-8.49994e-05;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:0:1:13:21:0:1 chr17 46688256 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8569;QD=60.2269;RBI=0.0465336;REFB=0;REVB=0.0104426;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928159;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 46842983 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.492;QD=60.227;RBI=0.0280143;REFB=0;REVB=0.00682641;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249701;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr17 46863669 . GT G 57.22 PASS AF=0.4;AO=14;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.0843641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8356;QD=5.08604;RBI=0.091147;REFB=-0.0845992;REVB=-0.0345032;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405572;STB=0.71777;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.129095;OID=.;OPOS=46863670;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:14:44:18:45:27:7:11:2:25:57:27:5:9:2:25 chr17 46881748 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.649;QD=60.6102;RBI=0.0226021;REFB=0;REVB=0.022251;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03704e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 46923384 . G A 1201.17 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.547;QD=59.3168;RBI=0.0119698;REFB=-0.0486793;REVB=-0.00376681;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.507461;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000728891;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:32:47:0:0:33:47:0:1 chr17 46926615 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5705;QD=54.5166;RBI=0.102286;REFB=0;REVB=0.0928197;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311246;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr17 46934007 . A C 364.83 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403284;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.149;QD=56.1275;RBI=0.0460019;REFB=0;REVB=0.0221312;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301815;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr17 46970836 . A G 728.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.253;QD=57.1558;RBI=0.0460795;REFB=0;REVB=0.0441085;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79921e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:29:22:0:0 chr17 46971140 . G A 323.57 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.185;QD=53.928;RBI=0.0778154;REFB=0;REVB=0.012014;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255875;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:10:12:0:0:10:14:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 445.96 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515845;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.796;QD=57.5437;RBI=0.0592645;REFB=0;REVB=0.0291774;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000241678;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:31:31:0:4:27:0:0:4:0:4:26:0:0 chr17 47000251 . C T 1062.57 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.741;QD=57.4363;RBI=0.0380371;REFB=-0.0788661;REVB=-0.00477221;RO=2;SAF=27;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679972;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000686331;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:2:1:72:73:0.986486:45:27:1:1:45:28:0:1 chr17 47007888 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0110083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.497;QD=18.2512;RBI=0.0172336;REFB=-0.00319006;REVB=0.0132596;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00323861;OID=.;OPOS=47007888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:8:7:9:6:8:7 chr17 47014675 . C T 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.437;QD=57.1977;RBI=0.025042;REFB=0;REVB=0.0240123;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244323;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr17 47026836 . G C 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0017658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.572;QD=48.6085;RBI=0.00327167;REFB=-0.0215579;REVB=-0.00275423;RO=2;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294963;STB=0.515911;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00303648;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:8:18:1:1:8:18:1:1 chr17 47039132 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.279;QD=56.7064;RBI=0.021338;REFB=0;REVB=-0.00604152;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03011e-05;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 47076549 . TCGG CTTG,TCTG,TCTGG,TGCT 228.03 PASS AF=0,0.7,0.3,0;AO=2,5,3,2;DP=22;FAO=0,14,6,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,5,0;FSAR=0,1,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0976341,-0.0847761,-0.0724641,-0.0629508;FXX=0.0475964;HRUN=4,8,0,1;LEN=3,1,1,3;MLLD=15.9726,29.8846,26.4821,46.7999;QD=45.6051;RBI=0.130608,0.129871,0.0740631,0.0998766;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0867533,-0.0983842,-0.0153065,-0.0775405;RO=0;SAF=2,4,2,2;SAR=0,1,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins,mnp;VARB=0,-0.15815,0.061332,0.0510583;OID=.,.,.,.;OPOS=47076549,47076551,47076551,47076550;OREF=TCG,G,-,CGG;OALT=CTT,T,T,GCT;OMAPALT=CTTG,TCTG,TCTGG,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:18:22:20:0:0:2,5,3,2:0,14,6,0:0,0.7,0.3,0:0,1,1,0:2,4,2,2:0:0:0,1,1,0:0,13,5,0:0:0 chr17 47128516 . GA AT,TA 102.82 PASS AF=0.210526,0.421053;AO=4,7;DP=18;FAO=4,8;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3,5;FSAR=1,3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0168325,0.0173049;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=103.45,107.783;QD=21.6452;RBI=0.0488797,0.051;REFB=-0.00668467,-0.00901204;REVB=0.04589,0.0479743;RO=6;SAF=3,5;SAR=1,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.388047,0.304739;STB=0.781267,0.655356;STBP=0.214,0.251;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0184171,0.0114626;OID=.,.;OPOS=47128516,47128516;OREF=GA,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:18:19:6:7:4,7:4,8:0.210526,0.421053:1,2:3,5:2:4:1,3:3,5:2:5 chr17 47210429 . A G 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00578649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8005;QD=58.6437;RBI=0.0962012;REFB=0.0549834;REVB=-0.096027;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0227393;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:23:17:0:0:23:17:1:0 chr17 47241604 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.768;QD=59.4354;RBI=0.0156553;REFB=0;REVB=-0.00129653;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31378e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr17 47297297 . T C 1125.3 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0302322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.176;QD=53.5857;RBI=0.0303391;REFB=-0.0453415;REVB=-0.00254381;RO=6;SAF=52;SAR=26;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255274;STB=0.51351;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000374358;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:84:84:6:6:78:78:0.928571:26:52:5:1:26:52:5:1 chr17 47587819 . C T 407.57 PASS AF=0.561644;AO=37;DP=70;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0368272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.723;QD=22.3328;RBI=0.0375558;REFB=-0.00312079;REVB=-0.00736182;RO=33;SAF=7;SAR=30;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141311;STB=0.507182;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00261622;OID=.;OPOS=47587819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:33:32:37:41:0.561644:30:7:10:23:30:11:9:23 chr17 47676982 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0412299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6962;QD=14.6535;RBI=0.0823698;REFB=-0.00121939;REVB=-0.0713083;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00622391;OID=.;OPOS=47676982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:3:5:3:5:3:5 chr17 47888852 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.414;QD=54.5143;RBI=0.160795;REFB=0;REVB=0.155567;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201754;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr17 47903381 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0131435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.899;QD=18.7122;RBI=0.0133154;REFB=-0.00809217;REVB=0.00213308;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302987;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00692097;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:8:11:11:7:8:11 chr17 48067439 . G A 348.7 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7512;QD=49.8135;RBI=0.0724586;REFB=-0.203831;REVB=0.0639945;RO=2;SAF=6;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486934;STB=0.512186;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0274856;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:2:1:26:27:0.964286:20:6:1:1:20:7:0:1 chr17 48067953 . T C 1041.7 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.314;QD=59.526;RBI=0.0600213;REFB=0;REVB=0.0549625;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108028;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:27:42:0:1:28:42:0:0 chr17 48154013 . C T 148.26 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.129562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3496;QD=14.464;RBI=0.129612;REFB=-0.0165405;REVB=0.00357777;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209193;STB=0.565638;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0267756;OID=.;OPOS=48154013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:24:15:17:0.414634:7:8:6:13:8:9:10:14 chr17 48165699 . AG AC,A 44.71 PASS AF=0.027027,0.378378;AO=2,14;DP=37;FAO=1,14;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=1,12;FSAR=0,2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0259318,-0.10176;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=65.4155,9.04997;QD=4.83339;RBI=0.0281928,0.105851;REFB=-0.0391914,-0.165115;REVB=0.0110625,0.0291435;RO=19;SAF=2,12;SAR=0,2;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0.376812;SSSB=0.710029,0.6564;STB=0.994817,0.869722;STBP=0.135,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.0202153,0.168663;OID=.,.;OPOS=48165700,48165700;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.027027,0.378378:2,14:37:1,14:37:22:1,12:0,2:5:17:39:19:2,12:0,2:3:16 chr17 48193184 . C A 271.99 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.518;QD=51.8068;RBI=0.0611586;REFB=0;REVB=0.0296599;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240142;OID=.;OPOS=48193184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr17 48258140 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.688;QD=55.0987;RBI=0.0261573;REFB=0;REVB=0.0255628;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40974e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 48258321 . C T 588.37 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.819;QD=58.8368;RBI=0.0341733;REFB=-0.0937286;REVB=0.0338171;RO=1;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109696;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:12:27:0:1:13:27:0:0 chr17 48262775 . A G 159.7 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.478;QD=45.6277;RBI=0.0274823;REFB=0;REVB=0.0195829;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125498;OID=.;OPOS=48262775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:8:6:0:0 chr17 48265495 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.002;QD=46.8475;RBI=0.0138418;REFB=0;REVB=0.0067274;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59473e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr17 48268223 . A G 544.25 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217643;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.717;QD=60.4726;RBI=0.0225293;REFB=0;REVB=0.00582117;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332521;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr17 48269903 . A G 1041.23 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0133413;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.916;QD=57.0534;RBI=0.0217289;REFB=-0.00737206;REVB=0.0171509;RO=2;SAF=40;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230558;STB=0.512192;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000710939;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:2:2:71:71:0.972603:31:40:2:0:31:40:2:0 chr17 48276971 . G C 1171.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.742;QD=60.8578;RBI=0.0150841;REFB=0;REVB=0.000506181;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33125e-05;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:46:30:0:0:46:31:0:0 chr17 48356260 . G A 168.01 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0189166;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.864;QD=14.2988;RBI=0.0189278;REFB=-0.0214242;REVB=0.000650815;RO=25;SAF=17;SAR=1;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488438;STB=0.838053;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0226163;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:29:18:18:0.382979:1:17:18:7:1:17:19:10 chr17 48539035 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0096537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.615;QD=9.56962;RBI=0.0202812;REFB=-0.00963428;REVB=0.0178362;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169958;STB=0.604132;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0142617;OID=.;OPOS=48539035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:7:8:3:5:7:8 chr17 48539602 . G A 127.76 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0229438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.353;QD=8.2426;RBI=0.0445968;REFB=-0.00556216;REVB=0.0382421;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19848;STB=0.626195;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0243064;OID=.;OPOS=48539602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:11:7:24:19:11:7:25:19 chr17 48545995 . G A 109.31 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00282261;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.702;QD=12.8596;RBI=0.0348597;REFB=0.00309387;REVB=0.0347452;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858113;STB=0.550382;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00287375;OID=.;OPOS=48545995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:8:13:7:6:8:13 chr17 48557326 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0615962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.201;QD=18.8205;RBI=0.0632048;REFB=0.0035398;REVB=0.0141687;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360738;STB=0.705552;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00486488;OID=.;OPOS=48557326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:8:2:8:4:8:2 chr17 48557348 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0183823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.447;QD=18.4438;RBI=0.0212238;REFB=-0.0122328;REVB=0.0106085;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393937;STB=0.723766;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0129684;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:8:1:7:4:8:1 chr17 48559559 . A G 43.43 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0135198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.524;QD=6.43382;RBI=0.0650448;REFB=-0.0370249;REVB=-0.0636242;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186904;STB=0.533241;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0348351;OID=.;OPOS=48559559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:27:18:20:7:7:0.259259:2:5:15:3:2:5:15:5 chr17 48585922 . CGGGGC CGGGC,CGGGCG 41.03 PASS AF=0.5,0;AO=6,2;DP=16;FAO=8,0;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0128676,-0.052106;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.4108,52.935;QD=10.2586;RBI=0.01299,0.109001;REFB=-0.131183,-0.0113186;REVB=-0.00177909,-0.0957398;RO=8;SAF=1,1;SAR=5,1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.46433,-0.128706;STB=0.699474,0.5;STBP=0.159,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.137219,0;OID=.,.;OPOS=48585923,48585926;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGC,CGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:6,2:16:8,0:16:8:2,0:6,0:5:3:40:8:1,1:5,1:5:3 chr17 48598785 . G A 895.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.265;QD=56.8591;RBI=0.0443667;REFB=-0.059687;REVB=0.0058584;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.955e-05;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:39:24:0:0 chr17 48599450 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.046;QD=56.1911;RBI=0.0245345;REFB=0;REVB=-0.0159515;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60812e-05;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr17 48603503 . C T 336.01 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194202;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.08;QD=51.6936;RBI=0.0258884;REFB=-0.164034;REVB=0.0171192;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00314629;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:16:9:0:0:16:9:1:0 chr17 48606537 . C G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.423;QD=59.8306;RBI=0.0270451;REFB=0;REVB=-0.0216224;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000643639;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr17 48607614 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.79;QD=45.8068;RBI=0.114771;REFB=0;REVB=0.0168806;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448594;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr17 48608717 . T C 1269.2 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019089;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.201;QD=61.9122;RBI=0.00925944;REFB=0;REVB=0.00906054;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63747e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:31:50:0:0:32:50:0:0 chr17 48610272 . G C 867.33 PASS AF=1;AO=61;DP=70;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122439;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.424;QD=57.8222;RBI=0.0750363;REFB=0;REVB=0.0740306;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15972e-05;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:60:0:0:61:60:1:21:40:0:0:24:36:0:0 chr17 48613837 . A G 1212.51 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0572073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.219;QD=59.8771;RBI=0.057241;REFB=-0.132319;REVB=-0.00196569;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.506171;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00111824;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:40:40:1:0:40:40:1:0 chr17 48629458 . A G 1256.53 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0105351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4441;QD=59.1307;RBI=0.0108015;REFB=0.102152;REVB=0.00238437;RO=2;SAF=47;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197263;STB=0.510414;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00311117;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:36:47:2:0:36:47:2:0 chr17 48653354 . C A 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.256;QD=57.3944;RBI=0.0274098;REFB=-0.109992;REVB=0.0222141;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00075318;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:1:0 chr17 48701800 . C T 194.71 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0313671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2875;QD=17.3075;RBI=0.0742078;REFB=-0.0215073;REVB=0.0672525;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13024;STB=0.57396;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0295384;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:8:17:11:9:8:17 chr17 48703752 . T C 523.76 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.023322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5144;QD=19.9529;RBI=0.0275247;REFB=-0.0275141;REVB=0.0146183;RO=49;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424156;STB=0.532757;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0339897;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:51:54:54:0.514286:26:28:23:26:26:28:23:28 chr17 48704043 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0122407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.883;QD=24.2921;RBI=0.0445413;REFB=-0.0323955;REVB=0.0428264;RO=13;SAF=1;SAR=18;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262709;STB=0.650404;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0103459;OID=.;OPOS=48704043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:18:1:2:11:18:1:2:11 chr17 48712705 . G A 230.38 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00974402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6466;QD=22.4756;RBI=0.0153967;REFB=-0.0605989;REVB=0.0119212;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24884;STB=0.630416;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0308763;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:16:6:10:8:16:6:10:9 chr17 48712711 . C G 676.93 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00848372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4345;QD=60.1711;RBI=0.0501832;REFB=-0.151479;REVB=0.0494609;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0026647;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:0:1 chr17 48916934 . CG CA,GA 339.53 PASS AF=0.591837,0;AO=21,2;DP=49;FAO=29,0;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=15,0;FSAR=14,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0180789,-0.0178429;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=75.1586,56.2685;QD=27.7164;RBI=0.142837,0.0828559;REFB=-0.00453533,0.010241;REVB=0.141688,-0.0809119;RO=19;SAF=15,0;SAR=6,2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.263513,-0.485011;STB=0.54772,0.5;STBP=0.423,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00513539,0;OID=.,.;OPOS=48916935,48916934;OREF=G,CG;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:21,2:29,0:0.591837,0:6,2:15,0:8:11:14,0:15,0:8:12 chr17 48917333 . C T 234.73 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00159006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.932;QD=18.7783;RBI=0.00216255;REFB=-0.00015227;REVB=-0.00146572;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974748;STB=0.545415;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=8.4324e-05;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:13:10:14:12:13:10:14:13 chr17 48917513 . G T 34.56 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0699159;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.564;QD=4.06552;RBI=0.069967;REFB=-0.00181756;REVB=0.00267207;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393441;STB=0.762867;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00777826;OID=.;OPOS=48917513;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:9:19:2:4:9:19 chr17 48917609 . C T 68.87 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00855805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.617;QD=15.3051;RBI=0.010072;REFB=-0.0217638;REVB=-0.00531087;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187606;STB=0.609518;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0172485;OID=.;OPOS=48917609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:3:6:4:5:3:6 chr17 48917645 . A C 101.15 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0661472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.593;QD=17.5912;RBI=0.0662759;REFB=-0.0111558;REVB=0.00412814;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00998005;OID=.;OPOS=48917645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:6:5:4:7:7:5:4:7 chr17 48940422 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000926265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.085;QD=57.6802;RBI=0.0594153;REFB=0;REVB=0.0594081;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313413;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 49350802 . A C 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0213375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.18;QD=9.21735;RBI=0.026634;REFB=-0.00817031;REVB=0.0159399;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885852;STB=0.553125;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0205452;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:9:7:19:18:9:7:19:18 chr17 49713300 . G A 710.8 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0215089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.747;QD=23.6932;RBI=0.0255476;REFB=-0.0268943;REVB=0.0137856;RO=48;SAF=25;SAR=43;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560761;STB=0.551267;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0150058;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:48:52:68:68:0.566667:43:25:21:27:43:25:25:27 chr17 51063068 . A G 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.022123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9201;QD=10.5414;RBI=0.0267888;REFB=0.00589562;REVB=0.0151067;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177334;STB=0.606739;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0115056;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:11:10:7:4:11:10 chr17 51900565 . G A 67.97 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00917483;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.661;QD=3.99805;RBI=0.0234036;REFB=-0.00672005;REVB=-0.0215303;RO=56;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311917;STB=0.704433;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0458914;OID=.;OPOS=51900565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:4:8:23:33:4:8:23:33 chr17 51901084 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00918548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.866;QD=10.0752;RBI=0.0161092;REFB=0.00457271;REVB=0.0132338;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274278;STB=0.672562;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0223869;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:4:10:7:1:4:10 chr17 51901385 . C T 212.87 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0097828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.957;QD=14.4315;RBI=0.0146793;REFB=-0.00290235;REVB=0.0109443;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23827;STB=0.642753;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00292888;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:13:11:8:26:13:12:8:26 chr17 51901643 . C T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00568601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.153;QD=11.6207;RBI=0.00610766;REFB=-0.00996923;REVB=-0.00222998;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254668;STB=0.514836;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0100132;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:13:7:13:22:13:7:13:22 chr17 51901703 . C G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0142323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.264;QD=16.1188;RBI=0.0159626;REFB=-0.00816697;REVB=0.00722824;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122788;STB=0.571306;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0103644;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:6:7:8:4:6:7 chr17 51902252 . C T 247.71 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0110115;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.973;QD=11.3887;RBI=0.0511696;REFB=-0.00558352;REVB=-0.0499707;RO=57;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460954;STB=0.526706;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0156663;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:57:30:30:0.344828:13:17:30:27:13:17:30:27 chr17 53076799 . G A 731.36 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610669;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.843;QD=63.5966;RBI=0.00862255;REFB=0;REVB=-0.00608741;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87815e-06;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr17 53076986 . G A 218.26 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3503;QD=48.5027;RBI=0.0172925;REFB=0;REVB=0.0127085;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443528;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr17 53121020 . A G 314.31 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0144004;FXX=0.0487745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3933;QD=16.1185;RBI=0.0380448;REFB=-0.012725;REVB=-0.0352141;RO=39;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304748;OID=.;OPOS=53121020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:78:39:44:34:34:0.435897:17:17:18:21:17:17:22:22 chr17 53158492 . G A 336.18 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0197606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.834;QD=28.0154;RBI=0.0201265;REFB=-0.0134453;REVB=0.00382041;RO=19;SAF=6;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243207;STB=0.635256;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00486369;OID=.;OPOS=53158492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:23:6:9:10:23:6:9:10 chr17 53237959 . T C 201.2 PASS AF=0.313953;AO=25;DP=84;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0120823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.396;QD=9.35831;RBI=0.0378639;REFB=-0.0143659;REVB=-0.0358845;RO=58;SAF=15;SAR=10;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584897;STB=0.550322;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0566406;OID=.;OPOS=53237959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:58:59:25:27:0.313953:10:15:32:26:10:17:33:26 chr17 53238728 . G A 633.1 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.0293689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6296;QD=15.8275;RBI=0.0924689;REFB=-0.020213;REVB=0.087681;RO=88;SAF=33;SAR=37;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085911;STB=0.546817;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0259828;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:88:90:70:70:0.4375:37:33:34:54:37:33:35:55 chr17 53400110 . T C 669.81 PASS AF=0.492647;AO=66;DP=135;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00898634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.385;QD=19.7002;RBI=0.025246;REFB=-0.0203078;REVB=0.0235925;RO=69;SAF=37;SAR=29;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142608;STB=0.573935;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0187214;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:69:69:66:67:0.492647:29:37:28:41:30:37:28:41 chr17 53400918 . GT G 219.9 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0320606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4047;QD=14.4198;RBI=0.154282;REFB=-0.0529423;REVB=-0.150915;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333794;STB=0.698303;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0402283;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52459:31:61:32:61:29:9:23:20:9:99:26:10:21:19:7 chr17 53471105 . T G 1363.19 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.788;QD=61.2669;RBI=0.0247996;REFB=-0.135409;REVB=0.0203355;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111493;STB=0.505881;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000265794;OID=.;OPOS=53471105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:46:42:1:0:46:42:1:0 chr17 53485186 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.578;QD=40.7629;RBI=0.02769;REFB=0;REVB=0.00710514;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00072686;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr17 53851228 . C T 1549.13 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2247;QD=63.2297;RBI=0.0570311;REFB=0;REVB=0.025831;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386316;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:56:41:0:0:56:42:0:0 chr17 54450038 . C A 322.67 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000531892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.552;QD=53.7781;RBI=0.0158642;REFB=0;REVB=0.0158553;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76959e-05;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr17 54450134 . G A 563.76 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0613384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.301;QD=57.8214;RBI=0.0622313;REFB=-0.00898826;REVB=0.010504;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000733179;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:0:1 chr17 54534634 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000685544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.273;QD=53.3623;RBI=0.0824767;REFB=-0.128007;REVB=-0.0824738;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000799905;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:0:1 chr17 54921494 . A C 801.32 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.6;QD=57.2372;RBI=0.0150067;REFB=0;REVB=0.00475414;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63442e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr17 54978794 . G A 742.46 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.05;QD=56.0347;RBI=0.0414944;REFB=0;REVB=0.0392304;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14377e-05;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:20:32:0:1:21:32:0:0 chr17 55027850 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7268;QD=62.3466;RBI=0.0275331;REFB=0;REVB=0.0246182;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105616;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr17 55182811 . CT C 166.79 PASS AF=0.574468;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0640037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4049;QD=14.1945;RBI=0.0647579;REFB=-0.0526691;REVB=0.00985455;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215853;STB=0.595828;STBP=0.154;TYPE=del;VARB=0.0614858;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574468:25:47:27:47:20:7:20:9:11:97:19:6:19:9:10 chr17 55183203 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0399673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.37;QD=14.9785;RBI=0.0400467;REFB=-0.0288828;REVB=0.00252054;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483868;STB=0.75628;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0294081;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:9:1:7:3:9:2 chr17 55183716 . T C 227.2 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0152485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5886;QD=28.4002;RBI=0.0241942;REFB=-0.036939;REVB=0.0187841;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127881;STB=0.570505;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00397625;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:10:11:8:3:10:11:8:3 chr17 55478804 . T C 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0136628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9872;QD=2.85573;RBI=0.0150227;REFB=-0.0025241;REVB=0.00624562;RO=61;SAF=4;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210408;STB=0.646125;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00836283;OID=.;OPOS=55478804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:6:4:35:26:6:4:35:26 chr17 55822171 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.595;QD=62.3496;RBI=0.0277534;REFB=0;REVB=0.0142728;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16446e-05;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr17 55822214 . T A 784.88 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122906;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5635;QD=56.0625;RBI=0.00317141;REFB=0;REVB=0.00292357;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350363;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:25:29:0:0:25:31:0:0 chr17 55822467 . G A 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0251;QD=62.3122;RBI=0.0264237;REFB=0;REVB=0.00671318;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114979;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr17 55866835 . C T 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00635159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.281;QD=15.1963;RBI=0.0258434;REFB=-0.0148186;REVB=0.0250508;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0185668;OID=.;OPOS=55866835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr17 55866892 . G A 197.71 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0275751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.909;QD=18.8292;RBI=0.0370016;REFB=-0.00218206;REVB=0.0246726;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259733;STB=0.648489;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0014815;OID=.;OPOS=55866892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:11:11:15:5:11:11 chr17 55866898 . A C 206.67 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0179872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.385;QD=19.6823;RBI=0.0197014;REFB=-0.01731;REVB=0.00803785;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344731;STB=0.663045;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0150918;OID=.;OPOS=55866898;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:16:4:11:10:16:5:11:10 chr17 55866907 . C T 184.01 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.009439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8242;QD=17.952;RBI=0.0525839;REFB=-0.0135345;REVB=0.0517298;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439608;STB=0.754412;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0147546;OID=.;OPOS=55866907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:16:3:12:10:16:3:12:10 chr17 55867040 . A C 150.77 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0656272;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.486;QD=18.275;RBI=0.065907;REFB=-0.0375472;REVB=0.00606701;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619456;STB=0.556889;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0385808;OID=.;OPOS=55867040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:11:5:6:10:11:5:7:10 chr17 56066881 . A T 46.52 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0260549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.954;QD=2.2975;RBI=0.0261425;REFB=-0.00220606;REVB=0.0021379;RO=71;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025571;STB=0.518482;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0113956;OID=.;OPOS=56066881;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:5:5:34:37:5:5:34:37 chr17 56166568 . C A 472.44 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.011339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.778;QD=21.2332;RBI=0.0288415;REFB=-0.0206573;REVB=-0.0265191;RO=42;SAF=22;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638806;STB=0.540258;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0153646;OID=.;OPOS=56166568;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:24:22:17:25:24:22:17:26 chr17 56270438 . G A 295.76 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00891171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.199;QD=22.3216;RBI=0.050687;REFB=-0.0305992;REVB=0.0498975;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164199;STB=0.590848;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0262092;OID=.;OPOS=56270438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:18:12:14:9:18:12:14:9 chr17 56274354 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00121413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.048;QD=5.78783;RBI=0.0104085;REFB=-0.000992641;REVB=0.0103375;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116335;STB=0.599733;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00256488;OID=.;OPOS=56274354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:21:23:7:7:0.233333:4:3:7:14:4:3:7:16 chr17 56345373 . G C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0243602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.225;QD=23.5284;RBI=0.0282915;REFB=-0.0342004;REVB=0.0143871;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219561;STB=0.63675;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0154843;OID=.;OPOS=56345373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:7:13:5:9:7:13:5:10 chr17 56435885 . G T 275.09 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0112463;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.263;QD=30.5652;RBI=0.119761;REFB=-0.0335298;REVB=0.119231;RO=12;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100496;STB=0.543441;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0247398;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:12:12:23:24:0.666667:8:15:6:6:9:15:6:6 chr17 56448297 . C T 273.72 PASS AF=0.517241;AO=22;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0391447;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7583;QD=18.8775;RBI=0.0965583;REFB=-0.012766;REVB=-0.0882677;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723099;STB=0.603382;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0103915;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:28:22:30:0.517241:8:14:19:8:15:15:20:8 chr17 56492800 . T C 333.1 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0165665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6606;QD=21.8424;RBI=0.0411217;REFB=-0.00117287;REVB=0.037637;RO=27;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198771;STB=0.609809;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0011166;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:13:21:10:17:13:21:10:17 chr17 56544280 . T G 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0106;QD=55.0083;RBI=0.0270335;REFB=-0.0379102;REVB=0.0256462;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0012582;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:21:11:0:1:21:11:0:1 chr17 56584205 . A C 158.64 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.015457;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.019;QD=16.2708;RBI=0.0171214;REFB=-0.0184761;REVB=0.0073635;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155405;STB=0.599877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0224556;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:22:17:17:0.435897:5:12:13:10:5:12:12:10 chr17 56584508 . T C 234.06 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0162619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.281;QD=15.3481;RBI=0.0312598;REFB=1.55657e-05;REVB=-0.0266969;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115237;STB=0.572547;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00021833;OID=.;OPOS=56584508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:26:27:0.442623:8:18:20:14:8:19:20:14 chr17 56585872 . G C 269.27 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00286237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.2;QD=16.5706;RBI=0.030729;REFB=-0.00675871;REVB=-0.0305954;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117457;STB=0.565673;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00741037;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:19:11:9:26:19:11:9:26 chr17 56598439 . T C 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0247306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.543;QD=13.4154;RBI=0.0265791;REFB=-0.00502942;REVB=0.00973881;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09529;STB=0.554334;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00734138;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:14:11:13:24:14:11:13:24 chr17 56618030 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0319289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.136;QD=12.0515;RBI=0.0508208;REFB=-0.0286385;REVB=0.0395386;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346427;STB=0.705442;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0460351;OID=.;OPOS=56618030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:9:4:6:3:9:4 chr17 56621286 . G T 615.34 PASS AF=0.819672;AO=49;DP=61;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0624415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5925;QD=40.35;RBI=0.0671927;REFB=-0.13277;REVB=0.0248178;RO=6;SAF=30;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481838;STB=0.54165;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.024285;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:61:61:6:11:49:50:0.819672:19:30:5:1:20:30:9:2 chr17 56621359 . T C,G 766.41 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=47,5;DP=52;FAO=50,5;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28,4;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703266,0.00359591;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.193,122.583;QD=55.7389;RBI=0.0927137,0.123271;REFB=0,0;REVB=0.0924466,0.123218;RO=0;SAF=28,4;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=7.19995e-05,0.0351604;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:52:55:0:0:47,5:50,5:0.909091,0.0909091:19,1:28,4:0:0:22,1:28,4:0:0 chr17 56636854 . T C 600.55 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.733;QD=58.5901;RBI=0.0190002;REFB=-0.163299;REVB=0.0143086;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000502196;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr17 56636908 . T C 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.112056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1613;QD=14.6474;RBI=0.114957;REFB=0.00211649;REVB=-0.0256613;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300736;STB=0.675417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00135035;OID=.;OPOS=56636908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:8:11:4:10:8:11 chr17 56659018 . C T 306.92 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00924221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.354;QD=20.4611;RBI=0.0182065;REFB=-0.00683385;REVB=-0.0156863;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448687;STB=0.514605;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00451854;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:26:28:31:32:0.533333:16:15:14:12:17:15:14:14 chr17 56690848 . T C 218.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00616897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.059;QD=15.5735;RBI=0.0138604;REFB=-0.0116968;REVB=-0.0124118;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431906;STB=0.524476;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0140468;OID=.;OPOS=56690848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:15:16:14:11:15:16 chr17 56709107 . T C 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0242079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.525;QD=5.68822;RBI=0.0385148;REFB=0.00524501;REVB=-0.0299562;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48555;STB=0.820818;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0157076;OID=.;OPOS=56709107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:11:8:5:1:11:8 chr17 56709117 . T C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.034738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.449;QD=5.68926;RBI=0.0416903;REFB=-0.00754159;REVB=-0.0230511;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48555;STB=0.820818;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0168992;OID=.;OPOS=56709117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:11:8:5:1:11:8 chr17 56709169 . A G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0398704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.491;QD=6.25117;RBI=0.0429188;REFB=0.000496662;REVB=-0.0158863;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443236;STB=0.792598;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00126001;OID=.;OPOS=56709169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:9:8:5:1:9:8 chr17 56709172 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0097642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.64;QD=6.5736;RBI=0.0199249;REFB=7.42679e-05;REVB=-0.0173684;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.805374;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.000671647;OID=.;OPOS=56709172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:5:1:8:7:5:1:9:7 chr17 56738919 . G A 89.47 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0420336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0024;QD=15.5595;RBI=0.0425113;REFB=-0.044643;REVB=-0.00635504;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188581;STB=0.609182;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0457998;OID=.;OPOS=56738919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:4:8:5:6:4:8 chr17 56743948 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00501738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7562;QD=20.3167;RBI=0.00656813;REFB=-0.0162384;REVB=-0.00423867;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130094;STB=0.573061;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0118818;OID=.;OPOS=56743948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:13:5:8:11:13:5 chr17 56755092 . TA GT,T 152.89 PASS AF=0,0.391304;AO=2,16;DP=46;FAO=0,18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=0,7;FSAR=0,11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0300263,-0.121119;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=33.4079,26.2282;QD=13.2951;RBI=0.0580389,0.138788;REFB=-0.0168666,-0.0287933;REVB=-0.0496682,-0.067766;RO=28;SAF=0,7;SAR=2,9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.46666,-0.0680712;STB=0.5,0.568888;STBP=1,0.487;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0339104;OID=.,.;OPOS=56755092,56755093;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:28:28:2,16:0,18:0,0.391304:2,9:0,7:14:14:0,11:0,7:14:14 chr17 56756977 . A G 334.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0270091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2828;QD=27.3075;RBI=0.0441386;REFB=-0.00394649;REVB=0.0349102;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138096;STB=0.576218;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00475513;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:12:8:17:12:12:8 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 587.05 PASS AF=1,0;AO=32,7;DP=41;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067814,-0.0412733;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=27.2565,15.1729;QD=57.2728;RBI=0.0975392,0.185603;REFB=0,0;REVB=-0.0701081,-0.180955;RO=0;SAF=25,0;SAR=7,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00413922,0;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,7:41:41,0:41:0:25,0:16,0:0:0:4:0:25,0:7,7:0:0 chr17 57287454 . A G 1012.2 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.811;QD=57.8398;RBI=0.0315226;REFB=-0.0797684;REVB=-0.0177577;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000346715;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:35:34:0:0:35:34:0:1 chr17 57288427 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0107747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.669;QD=15.6507;RBI=0.013552;REFB=-0.0159285;REVB=-0.00821965;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149081;STB=0.586098;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0257521;OID=.;OPOS=57288427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:10:11:6:10:10:11 chr17 57290383 . G A 644.53 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.576;QD=58.5935;RBI=0.0661729;REFB=-0.0143167;REVB=-0.0421139;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000330709;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:1:0:22:21:1:0 chr17 57477235 . T G 494.75 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.619;QD=58.206;RBI=0.0393284;REFB=0;REVB=0.00867369;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162872;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:11:21:0:0:12:22:0:0 chr17 57477616 . G A 851.05 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.573;QD=57.6981;RBI=0.0259087;REFB=0;REVB=0.0240405;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81597e-05;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr17 57478276 . T A 1190.11 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.093;QD=61.0311;RBI=0.0341961;REFB=0;REVB=0.0251304;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96822e-05;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr17 57951973 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0963415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.852;QD=55.6558;RBI=0.0968652;REFB=0;REVB=0.0100591;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193529;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr17 57963537 . A G 752.31 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292158;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6702;QD=64.0262;RBI=0.0292353;REFB=0;REVB=0.00107015;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001014;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr17 58024275 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.717;QD=51.9164;RBI=0.0397603;REFB=0;REVB=0.0026373;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166257;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 58024324 . A G 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00162655;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=290.325;QD=29.581;RBI=0.0384221;REFB=0.0198047;REVB=0.0383876;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578245;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00652956;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:0:10:21:21:0.677419:6:15:0:0:6:15:9:1 chr17 58031412 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.278;QD=49.5992;RBI=0.0229887;REFB=0;REVB=0.0044603;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125642;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr17 58355629 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3772;QD=62.0205;RBI=0.0900709;REFB=0;REVB=-0.0849653;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518383;OID=.;OPOS=58355629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr17 58786625 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9131;QD=60.2039;RBI=0.0270041;REFB=0;REVB=0.0269666;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240763;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr17 58824567 . T C,G 527.66 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221818,0.00163221;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.6202,188.404;QD=58.6289;RBI=0.0485209,0.0144518;REFB=0,0;REVB=0.0431538,-0.0143594;RO=0;SAF=21,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00578983,0.00914817;OID=.,.;OPOS=58824567,58824567;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:13,0:21,2:0:0:13,0:21,2:0:0 chr17 58969056 . T C 1156.53 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195493;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.869;QD=60.8701;RBI=0.0206774;REFB=0;REVB=-0.00673643;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40441e-05;OID=.;OPOS=58969056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr17 58977482 . A T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.521;QD=49.5968;RBI=0.0294205;REFB=0;REVB=0.0168543;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503142;OID=.;OPOS=58977482;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 59477903 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00671962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.59;QD=11.0198;RBI=0.0169008;REFB=-0.0202342;REVB=0.0155076;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116777;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0266417;OID=.;OPOS=59477903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:3:5:3:3:3:5 chr17 59482169 . C G 134.09 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0314704;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.259;QD=18.4957;RBI=0.0332138;REFB=-0.0238981;REVB=0.0106192;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364097;STB=0.6738;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.037187;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:2:13:8:6:2:13:9:5 chr17 59482173 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0231958;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.249;QD=12.3949;RBI=0.0472957;REFB=-0.0125122;REVB=-0.041217;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439651;STB=0.756854;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00934198;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:2:12:12:11:2:12:13:11 chr17 59482300 . G C 654.76 PASS AF=0.472222;AO=67;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.00758678;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.649;QD=18.1878;RBI=0.039689;REFB=-0.00560894;REVB=-0.0389572;RO=77;SAF=42;SAR=25;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233253;STB=0.515239;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00662795;OID=.;OPOS=59482300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:76:67:68:0.472222:25:42:50:27:26:42:49:27 chr17 59485555 . C T 102.03 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0189119;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.2;QD=15.6969;RBI=0.0189879;REFB=-0.0176345;REVB=-0.00169765;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345468;STB=0.699677;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0197429;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:10:4:8:4:10:4 chr17 59485663 . C A 83.51 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.045699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3226;QD=9.54359;RBI=0.0464231;REFB=0.00476249;REVB=0.00816737;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217976;STB=0.508365;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00428946;OID=.;OPOS=59485663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:16:24:10:11:0.314286:3:7:8:8:4:7:15:9 chr17 59490235 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0199516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.896;QD=14.0438;RBI=0.0493273;REFB=-0.0356034;REVB=0.0451123;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0289657;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr17 59760174 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.577;QD=51.1818;RBI=0.026035;REFB=0;REVB=-0.0126098;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77124e-05;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr17 59760996 . A G 191.11 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.592;QD=47.7762;RBI=0.0551562;REFB=0;REVB=0.00684275;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735836;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 59763114 . A T 75.91 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0529005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2166;QD=11.6786;RBI=0.0541656;REFB=-0.013365;REVB=0.0116381;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145075;STB=0.615166;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0232499;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:16:16:9:10:0.384615:5:4:5:11:5:5:5:11 chr17 59763347 . A G 839.64 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.232;QD=55.9759;RBI=0.0316884;REFB=-0.101129;REVB=0.0127036;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000268036;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:60:0:1:57:59:0.983333:27:30:0:0:28:31:1:0 chr17 59763465 . T C 595.62 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00198978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.332;QD=52.9435;RBI=0.0281316;REFB=-0.066933;REVB=0.0280611;RO=3;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367397;STB=0.510199;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00222348;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:45:45:3:4:41:41:0.911111:16:25:1:2:16:25:2:2 chr17 59955426 . T G 669.97 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.684;QD=60.9065;RBI=0.0267872;REFB=0;REVB=0.0266365;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147161;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr17 59968953 . G A 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0375486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0533;QD=3.43659;RBI=0.0712754;REFB=-0.0124538;REVB=-0.0605828;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772668;STB=0.555366;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0460829;OID=.;OPOS=59968953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:20:13:2:4:20:13 chr17 59969000 . T C 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0419567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0409;QD=12.4805;RBI=0.0428589;REFB=-0.00277387;REVB=0.00874768;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258606;STB=0.65427;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00701261;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:10:9:3:9:10:9 chr17 60020136 . AAAAG A,AA,AAA,AAAAA 104.0 PASS AF=0,0.578947,0,0.0526316;AO=3,6,2,2;DP=20;FAO=0,11,0,1;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5,0,0;FSAR=0,6,0,1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0409406,-0.039208,-0.0362122,-0.0278594;FXX=0;HRUN=5,5,5,1;LEN=4,3,2,1;MLLD=260.307,269.546,266.392,259.204;QD=21.8949;RBI=0.0478136,0.0492424,0.0483488,0.0421322;REFB=-0.000644621,-0.00429207,-0.00674966,-0.00898341;REVB=0.0246982,0.0297917,0.0320357,0.0316067;RO=7;SAF=1,2,2,0;SAR=2,4,0,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.371415,-0.32987,0.539624,-0.67228;STB=0.5,0.599822,0.5,0.992551;STBP=1,0.322,1,0.268;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0259058,0.00352723,0,-0.000158767;OID=.,.,.,.;OPOS=60020137,60020138,60020139,60020140;OREF=AAAG,AAG,AG,G;OALT=-,-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA,AAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.578947,0,0.0526316:3,6,2,2:20:0,11,0,1:19:7:0,5,0,0:0,6,0,1:5:2:48:7:1,2,2,0:2,4,0,2:5:2 chr17 60023751 . A C 133.54 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0258238;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.714;QD=14.8377;RBI=0.04411;REFB=-0.0376774;REVB=0.0357606;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286975;STB=0.666444;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0360982;OID=.;OPOS=60023751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:8:13:5:10:8:13 chr17 60043884 . G A 820.68 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826059;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.601;QD=57.5918;RBI=0.00850336;REFB=0;REVB=0.00201734;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10542e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr17 60493386 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00202531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.968;QD=14.7986;RBI=0.0180013;REFB=-0.010087;REVB=-0.017887;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00778266;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr17 60503892 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.043;QD=39.2066;RBI=0.141171;REFB=0;REVB=0.134126;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272771;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr17 60683503 . A G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.032;QD=57.5382;RBI=0.053854;REFB=0;REVB=0.0457691;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57936e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr17 60753904 . A C 587.35 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331641;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.912;QD=60.241;RBI=0.0128288;REFB=0;REVB=-0.0123927;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447639;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:28:10:0:0:28:11:0:0 chr17 60758273 . G C 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0361152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5669;QD=54.6348;RBI=0.0593845;REFB=0.0551495;REVB=-0.0471403;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00510437;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr17 60766224 . A G 1320.8 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7392;QD=62.1555;RBI=0.02866;REFB=0;REVB=-0.0159056;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127538;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr17 60767015 . G A 490.67 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299882;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.661;QD=59.4747;RBI=0.0923589;REFB=0;REVB=0.0873549;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497589;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 60769803 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.243;QD=59.4348;RBI=0.0125789;REFB=0;REVB=0.00432133;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67529e-05;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr17 60814023 . C T 395.93 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00617539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.134;QD=20.3042;RBI=0.0129237;REFB=0.00187456;REVB=0.0113528;RO=38;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21336;STB=0.618723;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00159512;OID=.;OPOS=60814023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:28:12:20:18:28:12:20:18 chr17 61499679 . TTA T,TAA,TTT 32.44 PASS AF=0.275862,0,0;AO=6,2,2;DP=35;FAO=8,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0726434,0.00979321,-0.0176314;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=19.8354,17.2527,18.0935;QD=4.47503;RBI=0.224372,0.0102304,0.0176669;REFB=-0.0666782,-0.0262498,0.0215635;REVB=-0.212287,-0.00295882,0.00112078;RO=23;SAF=3,2,0;SAR=3,0,2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0.456311,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0255635,0.483597,-0.502119;STB=0.849528,0.5,0.5;STBP=0.036,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.154778,0,0;OID=.,.,.;OPOS=61499680,61499680,61499681;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0,0:6,2,2:35:8,0,0:29:21:7,0,0:1,0,0:9:12:33:23:3,2,0:3,0,2:12:11 chr17 61559923 . C T 177.84 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0485391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.325;QD=18.2403;RBI=0.0511908;REFB=-0.0179841;REVB=0.0162621;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155953;STB=0.640069;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0200812;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:20:17:19:0.487179:10:7:9:6:11:8:14:6 chr17 61562309 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0277849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.119;QD=9.56964;RBI=0.0292914;REFB=-0.0105565;REVB=0.00927284;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481223;STB=0.529339;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0154879;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:10:5:3:5:10:5 chr17 61562774 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00845132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.732;QD=8.30757;RBI=0.0100824;REFB=-0.0153454;REVB=-0.00549821;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0313786;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr17 61564052 . A G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0203502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.688;QD=14.3344;RBI=0.0348955;REFB=-0.0257885;REVB=-0.0283472;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189915;STB=0.609632;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0214772;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:9:17:8:9:9:17 chr17 61566031 . G A 365.18 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00317521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.495;QD=26.5584;RBI=0.0167012;REFB=-0.000330654;REVB=0.0163966;RO=20;SAF=28;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500772;STB=0.527456;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00030338;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:7:28:15:5:7:28:15:5 chr17 61573761 . T C 53.59 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0400344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7017;QD=8.93161;RBI=0.0631403;REFB=-0.0277502;REVB=-0.0488256;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741896;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0495839;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:5:11:5:3:5:11 chr17 61902513 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.012633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.798;QD=21.839;RBI=0.0126337;REFB=-0.0148043;REVB=-0.000130562;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105904;STB=0.570191;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0132271;OID=.;OPOS=61902513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:10:15:11:12:10:15:11:13 chr17 61910167 . G A 632.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.38;QD=61.7285;RBI=0.0457194;REFB=0;REVB=0.031054;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5758e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr17 61957856 . CGGGGGC CGGGGC,CGGGGCG 123.17 PASS AF=0.251613,0;AO=40,6;DP=158;FAO=39,0;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=17,0;FSAR=22,0;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.138574,-0.226845;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.3926,159.774;QD=3.17852;RBI=0.142938,0.226845;REFB=-0.0115456,-0.000908377;REVB=0.0350488,0.000404865;RO=90;SAF=21,6;SAR=19,0;SRF=40;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0952877,0.547489;STB=0.567238,0.5;STBP=0.333,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0232656,0;OID=.,.;OPOS=61957857,61957861;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGC,CGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.251613,0:40,6:158:39,0:155:116:17,0:22,0:61:55:99:90:21,6:19,0:40:50 chr17 61986988 . A G 754.0 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5297;QD=54.8366;RBI=0.0474858;REFB=0.169592;REVB=-0.00476652;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00603771;OID=.;OPOS=61986988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:26:28:1:0:26:28:1:0 chr17 61987570 . G T 834.92 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.42;QD=57.581;RBI=0.0233501;REFB=0;REVB=0.0135494;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141807;OID=.;OPOS=61987570;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:35:23:0:0 chr17 61987576 . G A 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0276;QD=58.0563;RBI=0.0111098;REFB=0;REVB=0.00637798;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98544e-05;OID=.;OPOS=61987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr17 61988014 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5106;QD=64.1528;RBI=0.0120619;REFB=0;REVB=0.00537695;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65179e-05;OID=.;OPOS=61988014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr17 61988103 . ACCC A 213.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00150736;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=3;MLLD=268.106;QD=14.9848;RBI=0.0092458;REFB=-0.00448775;REVB=-0.00912209;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728466;STB=0.547497;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.00358641;OID=.;OPOS=61988104;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508772:29:58:29:57:28:17:12:19:9:99:27:17:12:18:9 chr17 61996140 . A C 767.65 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=134;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00417895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.057;QD=22.915;RBI=0.00677033;REFB=-0.0225789;REVB=-0.0053267;RO=61;SAF=35;SAR=38;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647471;STB=0.53542;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0149053;OID=.;OPOS=61996140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:61:61:73:73:0.544776:38:35:34:27:38:35:34:27 chr17 62007498 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.654;QD=59.0182;RBI=0.0157814;REFB=0;REVB=0.0123553;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172049;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:9:24:0:0:9:25:0:0 chr17 62018773 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.44;QD=63.6149;RBI=0.0169432;REFB=0;REVB=0.00782527;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81519e-05;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:46:48:0:0:46:49:0:0 chr17 62020348 . T C 886.83 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.42;QD=56.3066;RBI=0.0413909;REFB=-0.0559145;REVB=-0.00470987;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00176266;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:1:0:32:30:1:0 chr17 62026057 . G C 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0155777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8701;QD=10.1687;RBI=0.0594912;REFB=-0.010311;REVB=-0.0574155;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355427;STB=0.714688;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0103391;OID=.;OPOS=62026057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:13:9:8:3:13:9 chr17 62038714 . C T 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00260266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.17;QD=6.31952;RBI=0.0179744;REFB=-0.00255074;REVB=-0.0177849;RO=50;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100988;STB=0.562422;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00642003;OID=.;OPOS=62038714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:9:7:26:24:9:7:26:24 chr17 62041068 . T C 1584.96 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.664;QD=64.0386;RBI=0.0523745;REFB=0;REVB=0.0492455;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188954;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:1:0:96:99:1:58:38:0:1:60:39:0:0 chr17 62079334 . A G 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.125455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3046;QD=26.954;RBI=0.125481;REFB=-0.0157401;REVB=-0.00253352;RO=19;SAF=22;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119331;STB=0.565381;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00919864;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:12:22:9:10:12:22:9:10 chr17 62125272 . A G 1159.81 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.139;QD=60.2499;RBI=0.0278584;REFB=0;REVB=0.0278216;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596229;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:38:39:0:0 chr17 62141455 . A G 1272.92 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.023845;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9561;QD=60.6153;RBI=0.0249058;REFB=0.128265;REVB=0.00719104;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133394;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00266533;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:35:48:0:1:35:48:0:1 chr17 62776173 . C A 850.86 PASS AF=0.438679;AO=91;DP=211;FAO=93;FDP=212;FR=.;FRO=119;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.044236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.63;QD=16.0539;RBI=0.0516281;REFB=-0.0259143;REVB=0.0266203;RO=115;SAF=43;SAR=48;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577235;STB=0.504638;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0397617;OID=.;OPOS=62776173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:115:119:91:93:0.438679:48:43:55:60:50:43:56:63 chr17 62782689 . T C 1125.59 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00333267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7148;QD=57.7228;RBI=0.0449572;REFB=-0.131705;REVB=0.0448335;RO=2;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181957;STB=0.509613;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00448061;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:51:25:0:2:51:25:0:2 chr17 62796759 . A C 190.7 PASS AF=0.4;AO=21;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0345665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.042;QD=15.256;RBI=0.0360444;REFB=-0.0195448;REVB=-0.0102154;RO=28;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275009;STB=0.641347;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0240074;OID=.;OPOS=62796759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:21:20:0.4:18:3:9:19:17:3:9:21 chr17 62820746 . G T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.007615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.961;QD=12.724;RBI=0.0098109;REFB=-0.00825383;REVB=0.00618592;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817891;STB=0.547018;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.012898;OID=.;OPOS=62820746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:20:16:12:11:20:16 chr17 62820820 . TC AA 428.08 PASS AF=0.525;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0171019;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=2;MLLD=158.523;QD=21.4038;RBI=0.0200191;REFB=9.63971e-05;REVB=0.0104063;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153041;STB=0.584476;STBP=0.118;TYPE=mnp;VARB=4.33291e-05;OID=.;OPOS=62820820;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:38:42:42:0.525:19:23:14:24:19:23:14:24 chr17 62820880 . G A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00511483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.885;QD=19.1772;RBI=0.0135632;REFB=-0.0158682;REVB=0.0125618;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152009;STB=0.584337;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0205059;OID=.;OPOS=62820880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:21:22:16:30:21:22:16:30 chr17 62845873 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00221343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4151;QD=24.5996;RBI=0.0124837;REFB=-0.024105;REVB=-0.0122859;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704467;STB=0.50724;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.045911;OID=.;OPOS=62845873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:9:12:9:7:10:12:9:7 chr17 62854942 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0215641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.887;QD=18.9999;RBI=0.0273276;REFB=-0.0373272;REVB=-0.0167866;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160346;STB=0.591288;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0315909;OID=.;OPOS=62854942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:9:8:11:6:9:8 chr17 62856621 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0443915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1859;QD=20.8912;RBI=0.0537087;REFB=0.000464137;REVB=0.0302328;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27786;STB=0.658231;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0011372;OID=.;OPOS=62856621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:5:1:6:4:5:1 chr17 63532515 . C CA 273.53 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714552;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9933;QD=40.5231;RBI=0.0877527;REFB=-0.054849;REVB=0.0509382;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0118282;OID=.;OPOS=63532516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:27:27:0:22:5:0:0:4:24:2:1:20:4 chr17 63532517 . G A 308.93 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0698411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1922;QD=44.1333;RBI=0.0699221;REFB=-0.183589;REVB=0.00336626;RO=3;SAF=20;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587342;STB=0.532967;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.026304;OID=.;OPOS=63532517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:28:3:3:24:25:0.892857:4:20:2:1:4:21:2:1 chr17 63533789 . T C 295.75 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.595;QD=51.435;RBI=0.0286261;REFB=0;REVB=0.0230644;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728218;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:14:9:0:0 chr17 63534250 . T C 483.38 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.034;QD=58.5913;RBI=0.0587719;REFB=0;REVB=0.0555115;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327487;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:10:23:0:0 chr17 63822357 . T C 35.14 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0310902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.8;QD=5.85666;RBI=0.0721246;REFB=-0.0196763;REVB=-0.0650796;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0633412;OID=.;OPOS=63822357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:9:9:3:3:9:9 chr17 63957694 . G C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0998785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4748;QD=7.95461;RBI=0.113209;REFB=-0.00818174;REVB=-0.0532972;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00532041;OID=.;OPOS=63957694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:11:8:4:4:11:8 chr17 64023642 . A G 1365.28 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403828;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.071;QD=62.7717;RBI=0.0427761;REFB=0;REVB=0.0141077;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73642e-05;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr17 64208230 . G A 1250.56 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160035;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.425;QD=61.7559;RBI=0.0165357;REFB=0;REVB=0.00416139;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92063e-06;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:27:54:0:0:27:54:0:0 chr17 64210757 . C A 464.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9835;QD=58.1074;RBI=0.0187617;REFB=0;REVB=-0.0179543;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139451;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr17 64783081 . G A 1119.82 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6771;QD=59.7238;RBI=0.0335671;REFB=0;REVB=-0.0206039;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149956;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:47:26:0:0:47:28:0:0 chr17 64801021 . A G 392.93 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.317;QD=56.1332;RBI=0.0821496;REFB=0;REVB=0.0277765;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123523;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr17 64881075 . A G 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0115062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4888;QD=17.2873;RBI=0.0256104;REFB=-0.018369;REVB=-0.0228801;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890763;STB=0.548247;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0213771;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:33:30:30:0.47619:19:11:10:18:19:11:15:18 chr17 65027740 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.046;QD=48.7373;RBI=0.0221845;REFB=0;REVB=0.0108567;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108918;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr17 65052304 . G A 232.98 PASS AF=0.41791;AO=26;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00291215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.558;QD=13.9092;RBI=0.0112825;REFB=-0.00748974;REVB=0.0109002;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225571;STB=0.642083;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.01924;OID=.;OPOS=65052304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:26:28:0.41791:11:15:14:25:11:17:14:25 chr17 65066879 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.922;QD=63.5827;RBI=0.0100156;REFB=0;REVB=0.0044283;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25772e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr17 65104666 . T G 1026.4 PASS AF=1;AO=59;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.12;QD=59.5015;RBI=0.034005;REFB=0;REVB=0.0199269;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113114;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:59:69:1:34:25:0:0:37:32:0:0 chr17 65104743 . G A 789.86 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417346;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.435;QD=57.4443;RBI=0.0544729;REFB=0;REVB=0.0350074;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174155;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:56:55:1:34:22:0:0:33:22:0:0 chr17 65110436 . A G 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0138953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.238;QD=13.2874;RBI=0.0339531;REFB=-0.00917888;REVB=-0.0309796;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111538;STB=0.563829;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00935958;OID=.;OPOS=65110436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:21:20:16:11:21:20 chr17 65212042 . C T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00228152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.648;QD=19.6451;RBI=0.0403932;REFB=0.00434751;REVB=-0.0403288;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00346239;OID=.;OPOS=65212042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:4:4:5:6:4:4 chr17 65404916 . AAG A 59.36 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0609883;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=37.4159;QD=7.4196;RBI=0.0999854;REFB=-0.0376906;REVB=-0.0792308;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278876;STB=0.701714;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0756943;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:11:32:11:32:21:2:9:9:12:59:18:2:9:7:11 chr17 65453288 . C T 348.62 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0236114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7177;QD=17.4309;RBI=0.0247117;REFB=0.010186;REVB=0.0072919;RO=42;SAF=24;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782418;STB=0.551696;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0126506;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:13:24:24:18:13:24:24:19 chr17 65574283 . A G 303.31 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00288959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.059;QD=25.8138;RBI=0.0316884;REFB=-0.00790149;REVB=0.0315564;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23162;STB=0.627816;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00620806;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:12:15:5:15:12:15:5:15 chr17 65717525 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.948;QD=56.1916;RBI=0.0508361;REFB=0;REVB=0.0393925;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023862;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 65978851 . T G 727.54 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7469;QD=63.2644;RBI=0.079705;REFB=0;REVB=0.0652461;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081477;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr17 65989048 . T C 347.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0692222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4876;QD=51.4944;RBI=0.136456;REFB=-0.0975843;REVB=-0.117594;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000887476;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:0:1:10:16:0:1 chr17 65989084 . GCCCG CGCCC,GCC,GCCG 74.76 PASS AF=0,0.47619,0;AO=2,5,2;DP=19;FAO=0,10,0;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1,0;FSAR=0,9,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0560931,-0.123484,-0.248751;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=5,2,1;MLLD=93.4058,27.5225,13.7515;QD=14.2392;RBI=0.152383,0.205092,0.36838;REFB=-0.00502738,-0.11236,-0.124726;REVB=-0.141683,0.163751,0.271712;RO=9;SAF=0,1,2;SAR=2,4,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.602534,-0.386659,0.565098;STB=0.5,0.846249,0.5;STBP=1,0.01,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.119363,0.0523221;OID=.,.,.;OPOS=65989084,65989087,65989085;OREF=GCCCG,CG,C;OALT=CGCCC,-,-;OMAPALT=CGCCC,GCC,GCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:19:21:9:11:2,5,2:0,10,0:0,0.47619,0:2,4,0:0,1,2:5:4:0,9,0:0,1,0:7:4 chr17 66016006 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000645214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.836;QD=63.2868;RBI=0.00254123;REFB=0;REVB=-0.00245795;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73138e-06;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr17 66016096 . C T 627.36 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5064;QD=58.3594;RBI=0.182617;REFB=-0.0527577;REVB=0.00255747;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157059;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:43:2:0:37:43:1:21:16:2:0:21:22:0:0 chr17 66195838 . A T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00793791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.584;QD=15.1969;RBI=0.0191932;REFB=-0.0131268;REVB=-0.0174748;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143297;STB=0.583212;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.014912;OID=.;OPOS=66195838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:9:9:5:9:9:9 chr17 66246416 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000972371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.02;QD=18.1541;RBI=0.0175712;REFB=-0.0176621;REVB=-0.0175442;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677659;STB=0.538426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0190554;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:16:9:9:12:16:9 chr17 66264542 . A T 362.27 PASS AF=0.338346;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=133;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0189269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1229;QD=10.8954;RBI=0.0487285;REFB=-0.0046804;REVB=0.0449025;RO=88;SAF=28;SAR=17;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06468;STB=0.537318;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0106528;OID=.;OPOS=66264542;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:88:88:45:45:0.338346:17:28:50:38:17:28:50:38 chr17 66264567 . TTA T 174.74 PASS AF=0.379747;AO=27;DP=57;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.059585;FXX=0.261658;HRUN=2;LEN=2;MLLD=102.539;QD=8.84738;RBI=0.0610083;REFB=-0.0523136;REVB=0.0131014;RO=15;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531219;STB=0.535295;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.139757;OID=.;OPOS=66264568;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379747:27:57:30:79:49:13:17:24:25:99:15:13:14:6:9 chr17 66267691 . A T 152.79 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.041814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.716;QD=11.9839;RBI=0.0484607;REFB=-0.0125041;REVB=-0.0244954;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295695;STB=0.659409;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0261889;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:8:10:9:23:8:10:10:23 chr17 66390978 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00737063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.426;QD=15.3563;RBI=0.01443;REFB=-0.00835404;REVB=-0.0124056;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543224;STB=0.530707;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0158262;OID=.;OPOS=66390978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:21:23:19:14:21:23 chr17 66449122 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0115931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.739;QD=18.1751;RBI=0.01538;REFB=-0.00633422;REVB=0.0101067;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168673;STB=0.509428;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00460034;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:18:13:14:18:18:13:14:18 chr17 66533655 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.016732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.872;QD=16.5039;RBI=0.0443039;REFB=-0.027656;REVB=-0.0410228;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271517;STB=0.654066;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0248572;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:7:19:14:16:7:19:14:16 chr17 66537003 . G A 420.4 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000357458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.225;QD=23.3557;RBI=0.028449;REFB=-0.0142373;REVB=0.0284468;RO=31;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14443;STB=0.58295;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00633335;OID=.;OPOS=66537003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:31:40:41:0.569444:24:16:18:13:25:16:18:13 chr17 66538239 . G T 238.93 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0749912;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4654;QD=19.9111;RBI=0.0998013;REFB=-0.0210209;REVB=0.065853;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175538;STB=0.599515;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0257426;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:16:7:12:13:16:7:12:13 chr17 66539847 . C T 170.27 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00845107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1853;QD=17.0267;RBI=0.0363773;REFB=-0.0136077;REVB=0.035382;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219509;STB=0.624151;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0196529;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:5:17:10:8:5:17 chr17 66596463 . C T 500.89 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.00489275;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.507;QD=19.4521;RBI=0.0480895;REFB=-0.0109012;REVB=0.0478399;RO=51;SAF=28;SAR=24;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135134;STB=0.57444;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00748169;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:51:51:52:52:0.504854:24:28:35:16:24:28:35:16 chr17 66872802 . G C 1415.16 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1063;QD=62.8962;RBI=0.00785551;REFB=0;REVB=0.00273139;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51947e-05;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr17 66985992 . T G 552.36 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0174034;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=234.292;QD=50.2149;RBI=0.0255689;REFB=-0.10213;REVB=0.0187321;RO=4;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849488;STB=0.532694;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000767783;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:4:5:38:39:0.886364:20:18:0:4:20:19:1:4 chr17 67028260 . T C 236.56 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0696248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2131;QD=15.7705;RBI=0.0714857;REFB=-0.00799934;REVB=-0.0162047;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155015;STB=0.588166;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.007485;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:20:7:13:20:20:7:13:20 chr17 67031457 . C T 751.27 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237558;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4924;QD=63.9378;RBI=0.0418419;REFB=0;REVB=-0.0344442;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000504307;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chr17 67081830 . T C 953.01 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0127399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.387;QD=54.4578;RBI=0.0152032;REFB=0.0239244;REVB=0.00829653;RO=2;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205397;STB=0.508777;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00189641;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:36:31:1:1:36:31:2:1 chr17 67101718 . C T 923.14 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246265;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.295;QD=58.6119;RBI=0.0254308;REFB=0;REVB=-0.00634527;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105244;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr17 67125840 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.726;QD=43.4862;RBI=0.0276524;REFB=0;REVB=0.027362;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309813;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr17 67178316 . A G 926.6 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385436;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.307;QD=57.0218;RBI=0.043232;REFB=-0.043334;REVB=0.0195805;RO=1;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111145;STB=0.505881;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000702806;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:42:22:0:1:42:22:0:1 chr17 67210992 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.967;QD=43.4861;RBI=0.0323087;REFB=0;REVB=-0.00954558;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028762;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 67212031 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.34;QD=61.6828;RBI=0.0964722;REFB=0;REVB=0.0473465;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574402;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 67212423 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.232;QD=64.4154;RBI=0.0208716;REFB=0;REVB=0.0194498;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51797e-05;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr17 67215712 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.76;QD=57.1771;RBI=0.0163136;REFB=0;REVB=-0.00683486;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29503e-05;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr17 67260926 . A G 349.27 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0238267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7831;QD=17.6843;RBI=0.0529133;REFB=-0.0267368;REVB=0.0472452;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115791;STB=0.570222;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0232629;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:18:19:16:25:18:19:16:26 chr17 67267317 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0236159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.425;QD=25.2541;RBI=0.032032;REFB=-0.00691178;REVB=0.0216411;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152038;STB=0.585261;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00538156;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:5:5:5:12:5:5 chr17 67273882 . C A 1164.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.993;QD=60.4878;RBI=0.0190546;REFB=0;REVB=0.015098;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152888;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:33:44:0:0 chr17 67982157 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.903;QD=61.684;RBI=0.0145809;REFB=0;REVB=0.0140238;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77435e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr17 68131048 . T G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0281459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4946;QD=12.7382;RBI=0.0488204;REFB=0.0122923;REVB=0.0398904;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00998138;OID=.;OPOS=68131048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:5:5:3:5:5:5 chr17 68131526 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.102448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0816;QD=21.0069;RBI=0.123456;REFB=-0.00752961;REVB=-0.0688896;RO=17;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300365;STB=0.67206;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00213785;OID=.;OPOS=68131526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:16:3:7:10:16:3:7:10 chr17 68173731 . A G 375.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.055;QD=55.6324;RBI=0.049492;REFB=0;REVB=0.0393061;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337715;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 70943990 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.255;QD=55.6528;RBI=0.0368834;REFB=0;REVB=0.00595514;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223003;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr17 71232687 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0149395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.591;QD=14.9787;RBI=0.018912;REFB=-0.00616526;REVB=-0.0115963;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00651729;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:5:6:5:5:5:6 chr17 71232804 . C A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4504;QD=62.0208;RBI=0.0133621;REFB=0;REVB=-0.0130044;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165896;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr17 71232807 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0064998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.165;QD=18.4833;RBI=0.0240591;REFB=0.00965008;REVB=-0.0231644;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845838;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00955157;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:7:11:11:10:8:11:11:10 chr17 71232881 . G C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0357528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2677;QD=21.871;RBI=0.0415481;REFB=-0.0258399;REVB=0.0211654;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762207;STB=0.542342;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0267124;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:11:12:12:16:11:12 chr17 71233130 . A G 45.03 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0410777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7744;QD=7.83215;RBI=0.0424711;REFB=0.00346491;REVB=0.0107898;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421483;STB=0.526243;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00635392;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:2:14:6:1:2:14 chr17 71238433 . G A 638.27 PASS AF=0.563636;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0165728;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0888;QD=23.2099;RBI=0.0229745;REFB=0.00292285;REVB=0.0159113;RO=48;SAF=29;SAR=32;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984557;STB=0.550073;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00195904;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:48:48:61:62:0.563636:32:29:17:31:33:29:17:31 chr17 71239215 . AA TT 88.9 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00722967;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.646;QD=14.8164;RBI=0.0573231;REFB=-0.00925431;REVB=-0.0568654;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657668;STB=0.571292;STBP=0.609;TYPE=mnp;VARB=0.00990305;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:3:8:8:4:3:8:8:5 chr17 71244630 . C T 294.01 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0331882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.594;QD=23.5204;RBI=0.0332035;REFB=-0.05059;REVB=0.00100992;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598111;STB=0.533308;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0379047;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:12:11:11:16:12:11 chr17 71365314 . A G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0214929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.305;QD=14.5589;RBI=0.0226413;REFB=-0.0130742;REVB=-0.00711943;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926565;STB=0.552691;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0191753;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:18:17:15:11:18:17 chr17 71384016 . C T 311.47 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0307056;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.697;QD=18.8768;RBI=0.0314912;REFB=-0.018344;REVB=-0.00699034;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109393;STB=0.560849;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0207093;OID=.;OPOS=71384016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:12:21:17:16:12:21 chr17 71390366 . C A 62.42 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0242362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.652;QD=7.8023;RBI=0.0264464;REFB=-0.0193878;REVB=-0.0105839;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145403;STB=0.608448;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.055001;OID=.;OPOS=71390366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:6:3:10:12:6:3:11:12 chr17 71398170 . G C 204.29 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0386705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9347;QD=12.5717;RBI=0.136833;REFB=0.00514024;REVB=0.131255;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164145;STB=0.612306;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00596594;OID=.;OPOS=71398170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:40:24:25:0.384615:11:13:16:25:11:14:15:25 chr17 71410891 . C T 181.58 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0120438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.495;QD=24.2103;RBI=0.0130046;REFB=-0.0477878;REVB=-0.00490567;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157894;STB=0.588138;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0386914;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:8:4:10:8:8:4 chr17 71426656 . G T 94.5 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0603474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5378;QD=21.0003;RBI=0.147823;REFB=0.0171822;REVB=0.134944;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.000611813;OID=.;OPOS=71426656;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:4:3:4:7:4:3 chr17 71426670 . G A 85.1 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00812364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.222;QD=22.6936;RBI=0.0103593;REFB=-0.072604;REVB=0.00642817;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.533267;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.042642;OID=.;OPOS=71426670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:15:6:5:7:10:0.666667:5:2:4:2:5:5:3:2 chr17 71503636 . T C 335.63 PASS AF=0.537313;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0226231;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.709;QD=20.0377;RBI=0.0274225;REFB=-0.003593;REVB=0.015498;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900059;STB=0.55948;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0155016;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:31:34:36:0.537313:13:21:16:15:13:23:16:15 chr17 71746427 . G A 188.73 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0500465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.104;QD=16.4114;RBI=0.0569475;REFB=0.0165569;REVB=0.0271729;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164133;STB=0.613623;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00811004;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:19:20:0.434783:9:10:9:16:9:11:9:17 chr17 71746435 . C T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0539151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.067;QD=16.0335;RBI=0.0698791;REFB=-0.0280372;REVB=-0.044455;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214925;STB=0.631022;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0410287;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:9:18:9:11:9:19 chr17 71746479 . C G 222.7 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0261883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0342;QD=12.5466;RBI=0.0634528;REFB=-0.0112681;REVB=-0.0577965;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222314;STB=0.610314;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0173888;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:44:26:27:0.380282:14:12:11:31:15:12:12:32 chr17 71746508 . T C 299.76 PASS AF=0.452055;AO=30;DP=70;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.000169952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.557;QD=16.425;RBI=0.00837719;REFB=-0.0112293;REVB=-0.00837546;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254633;STB=0.629743;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0174218;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:40:40:30:33:0.452055:15:15:10:30:17:16:10:30 chr17 71746796 . A G 303.45 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0224441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0324;QD=22.0693;RBI=0.0429835;REFB=0.00740298;REVB=-0.0366585;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711463;STB=0.53934;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00703671;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:17:14:13:11:17:14:13:11 chr17 71747278 . G C 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00387565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.036;QD=13.368;RBI=0.00495228;REFB=-0.0157709;REVB=0.00308292;RO=55;SAF=22;SAR=12;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751131;STB=0.542993;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0178111;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:12:22:32:23:12:22:32:23 chr17 71747323 . T C 171.83 PASS AF=0.377049;AO=20;DP=59;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0286849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.956;QD=11.2673;RBI=0.0477707;REFB=-0.012419;REVB=-0.0381997;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375975;STB=0.56888;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0308245;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:38:20:23:0.377049:9:11:17:16:9:14:19:19 chr17 71747336 . G A 188.62 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0479575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8907;QD=14.2355;RBI=0.0480097;REFB=-0.00781521;REVB=-0.00223668;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108233;STB=0.572886;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0166253;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:8:14:16:14:8:14:16:15 chr17 71747394 . C T 197.48 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.021249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9582;QD=13.1651;RBI=0.0265739;REFB=-0.0189696;REVB=0.0159579;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233441;STB=0.623189;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0138449;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:11:13:11:24:11:13:12:24 chr17 71747397 . G A 210.76 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0462398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8788;QD=14.0506;RBI=0.0490917;REFB=0.00444113;REVB=0.0164885;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233441;STB=0.640416;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00743529;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:11:13:11:24:11:14:11:24 chr17 71752500 . C CT 1174.44 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210522;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=214.926;QD=60.2277;RBI=0.047611;REFB=0;REVB=0.0427038;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.82371e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:78:78:78:0:47:31:0:0:6:0:47:30:0:0 chr17 71819962 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0372376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5691;QD=17.4903;RBI=0.0411252;REFB=-0.068429;REVB=-0.0174541;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462645;STB=0.533558;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0557195;OID=.;OPOS=71819962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:13:15:17:12:13:15:18:12 chr17 72209858 . A G 800.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.707;QD=57.2053;RBI=0.0726361;REFB=0;REVB=-0.0153336;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317032;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:43:13:0:0:43:13:0:0 chr17 72233559 . G A 245.25 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0183222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1827;QD=13.2568;RBI=0.0319451;REFB=0.00118564;REVB=-0.0261684;RO=45;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233352;STB=0.633242;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00253357;OID=.;OPOS=72233559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:11:18:18:27:11:18:18:27 chr17 72240168 . G A 139.2 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=0;FWDB=0.0631515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8446;QD=12.3736;RBI=0.0699379;REFB=-0.0227079;REVB=0.0300534;RO=28;SAF=15;SAR=1;SRF=28;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441214;STB=0.745596;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0282127;OID=.;OPOS=72240168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:1:15:28:0:1:15:29:0 chr17 72240177 . T G 556.55 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.674;QD=60.1672;RBI=0.038868;REFB=0;REVB=0.0382204;RO=0;SAF=36;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159556;OID=.;OPOS=72240177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:1:36:0:0:1:36:0:0 chr17 72246101 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8508;QD=43.4857;RBI=0.0918805;REFB=0;REVB=-0.0917615;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00410852;OID=.;OPOS=72246101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 72246466 . C T 685.86 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0567868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.402;QD=58.3706;RBI=0.0580349;REFB=-0.0923671;REVB=-0.0119711;RO=2;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267472;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00521127;OID=.;OPOS=72246466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:21:24:1:1:21:24:1:1 chr17 72248483 . A G 742.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.075;QD=63.2037;RBI=0.023855;REFB=0;REVB=0.0131885;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244906;OID=.;OPOS=72248483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:14:31:0:0:15:32:0:0 chr17 72248512 . C T 261.77 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0188216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.183;QD=24.9308;RBI=0.0205821;REFB=-0.0437721;REVB=0.00832874;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992179;STB=0.572311;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0318945;OID=.;OPOS=72248512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:18:24:24:0.571429:9:15:12:4:9:15:14:4 chr17 72249229 . C A 387.25 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0121495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.125;QD=23.8306;RBI=0.0385041;REFB=-0.0437595;REVB=-0.036537;RO=27;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389416;STB=0.521399;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0276734;OID=.;OPOS=72249229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:15:23:15:12:15:23:15:12 chr17 72249282 . C T 83.02 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0931636;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.704;QD=4.61244;RBI=0.0932043;REFB=-0.0138618;REVB=0.00275125;RO=53;SAF=9;SAR=5;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181954;STB=0.548249;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0636531;OID=.;OPOS=72249282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:72:72:53:58:14:14:0.194444:5:9:34:19:5:9:34:24 chr17 72257713 . C T 266.54 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00528278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.798;QD=15.9127;RBI=0.014736;REFB=-0.00518739;REVB=0.0137565;RO=37;SAF=5;SAR=25;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36567;STB=0.709517;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0104607;OID=.;OPOS=72257713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:25:5:17:20:25:5:17:20 chr17 72257932 . T C 239.02 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0173569;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.315;QD=19.5121;RBI=0.0179848;REFB=0.000404646;REVB=0.00471071;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139724;STB=0.579067;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00013242;OID=.;OPOS=72257932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:14:12:14:9:14:12 chr17 72295966 . C T 684.87 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0243448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.566;QD=20.1431;RBI=0.0256642;REFB=-0.0457078;REVB=0.00812296;RO=68;SAF=25;SAR=43;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973541;STB=0.553757;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0456526;OID=.;OPOS=72295966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:68:68:0.5:43:25:32:36:43:25:32:36 chr17 72301432 . A G 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0333517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.08;QD=27.2322;RBI=0.0333638;REFB=-0.0122844;REVB=0.000895563;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118499;STB=0.565479;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0081051;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:7:10:11:15:7:10 chr17 72303449 . G A 541.06 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00517527;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.921;QD=16.2724;RBI=0.0214668;REFB=-0.0189055;REVB=0.0208336;RO=74;SAF=29;SAR=29;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271193;STB=0.511274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0236905;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:75:58:58:0.43609:29:29:35:39:29:29:36:39 chr17 72305534 . C T 404.24 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00594723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.694;QD=15.5476;RBI=0.00602462;REFB=-0.0275855;REVB=0.000962545;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171878;STB=0.596208;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0355607;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:19:27:24:34:19:27:24:34 chr17 72308319 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7983;QD=58.4179;RBI=0.0208609;REFB=0;REVB=0.0181849;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184325;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr17 72324649 . G GC 178.77 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7703;QD=44.6917;RBI=0.0252686;REFB=0;REVB=0.0246298;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00172409;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:16:16:16:0:10:6:0:0:4:2:8:5:1:1 chr17 72346855 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.16;QD=61.3343;RBI=0.0232781;REFB=0;REVB=0.0140574;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98244e-05;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr17 72349067 . C T 489.8 PASS AF=0.945946;AO=33;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0690154;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2608;QD=52.9511;RBI=0.100028;REFB=-0.19791;REVB=0.0724051;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156293;STB=0.521727;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00858284;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:2:2:33:35:0.945946:21:12:1:1:22:13:0:2 chr17 72350412 . G A 436.04 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.079;QD=54.5048;RBI=0.0248484;REFB=-0.0998213;REVB=0.0164534;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00223285;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:10:21:0:0:10:21:1:0 chr17 72351406 . C T 342.05 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0253884;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6509;QD=15.7266;RBI=0.0254547;REFB=-0.01903;REVB=0.00183646;RO=42;SAF=8;SAR=28;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240944;STB=0.632576;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0469508;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:50:36:37:0.425287:28:8:18:24:28:9:22:28 chr17 72351761 . A G 1151.75 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.96;QD=60.6183;RBI=0.0205574;REFB=0;REVB=0.00998314;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63687e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:30:43:0:0:31:45:0:0 chr17 72366695 . C A 378.61 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00490089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7514;QD=50.4811;RBI=0.0482046;REFB=-0.198609;REVB=0.0479548;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0175962;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:1:1:28:29:0.966667:14:14:0:1:15:14:1:0 chr17 72368550 . T C 215.93 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00714231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.101;QD=15.1532;RBI=0.0228688;REFB=0.0087282;REVB=0.0217249;RO=32;SAF=2;SAR=23;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51788;STB=0.803882;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0130881;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:23:2:13:19:23:2:13:19 chr17 72439700 . T G 174.65 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.328;QD=46.5731;RBI=0.0519495;REFB=0;REVB=0.0466933;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226492;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:11:15:1:4:7:0:0:6:9:0:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGT 1250.45 PASS AF=0.988095,0.0119048;AO=80,3;DP=85;FAO=83,1;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123737,-0.0419436;FXX=0.0117633;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.0306,14.7774;QD=59.5451;RBI=0.124848,0.04312;REFB=0,0;REVB=-0.0166231,0.0100035;RO=0;SAF=36,3;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.28538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00645645,0.119438;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988095,0.0119048:80,3:85:83,1:84:0:39,1:44,0:0:0:3:0:36,3:44,0:0:0 chr17 72469958 . A G 501.96 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0358603;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.168;QD=14.1397;RBI=0.0413407;REFB=-0.0131701;REVB=-0.0205693;RO=86;SAF=21;SAR=35;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149392;STB=0.584502;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0160876;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:86:86:56:56:0.394366:35:21:44:42:35:21:44:42 chr17 72519798 . C T 268.33 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0365223;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1897;QD=18.5055;RBI=0.0365695;REFB=-0.0231727;REVB=-0.00185753;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031563;STB=0.517649;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0188624;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:17:12:13:16:17:12:13:16 chr17 72521897 . G A 301.04 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0111982;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.997;QD=30.1035;RBI=0.0581018;REFB=-0.011914;REVB=-0.0570125;RO=13;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700593;STB=0.524981;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00577066;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:14:26:26:0.65:13:13:8:5:13:13:8:6 chr17 72537878 . G A 101.48 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0961671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.397;QD=20.2956;RBI=0.110455;REFB=0.00831082;REVB=0.0543345;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214898;STB=0.630934;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00232558;OID=.;OPOS=72537878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:8:8:11:12:0.6:6:5:6:2:7:5:6:2 chr17 72584764 . C T 149.79 PASS AF=0.322581;AO=21;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0615182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5965;QD=9.66399;RBI=0.0638171;REFB=-0.0144149;REVB=-0.0169745;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120099;STB=0.536387;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.027363;OID=.;OPOS=72584764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:21:20:0.322581:12:9:18:23:12:8:19:23 chr17 72588326 . A C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000959794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.955;QD=59.8394;RBI=0.0432213;REFB=0;REVB=0.0432106;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87042e-05;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr17 72588778 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0128739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.97;QD=10.6681;RBI=0.0129717;REFB=0.000624263;REVB=-0.00158971;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104859;STB=0.562383;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00116493;OID=.;OPOS=72588778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:14:4:3:7:14:4 chr17 72589114 . C G 247.0 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0117138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.779;QD=24.7003;RBI=0.0255963;REFB=-0.00323374;REVB=0.0227587;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289448;STB=0.65842;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00364161;OID=.;OPOS=72589114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:16:1:9:14:16:1 chr17 72589196 . T C 85.51 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0447263;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.416;QD=10.689;RBI=0.0448071;REFB=-0.00427496;REVB=-0.00269018;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075548;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00917948;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:10:11:5:6:10:11 chr17 72589264 . G T 75.5 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0113592;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.666;QD=12.0797;RBI=0.029237;REFB=-0.00190597;REVB=-0.0269402;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00278671;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:16:15:9:10:0.4:4:5:5:11:4:6:5:10 chr17 72589435 . T C 255.63 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.020387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.045;QD=24.3459;RBI=0.0216793;REFB=-0.0287516;REVB=-0.00737306;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118729;STB=0.555508;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0214373;OID=.;OPOS=72589435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:9:15:8:9:9:15:9:9 chr17 72590267 . T C 484.45 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.876;QD=56.9937;RBI=0.0176327;REFB=0;REVB=0.0138061;RO=2;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688909;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:2:0:32:34:1:26:6:0:2:28:6:0:0 chr17 72608834 . G A 288.87 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0150251;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.837;QD=18.6369;RBI=0.0207449;REFB=-0.0172439;REVB=0.0143038;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170632;OID=.;OPOS=72608834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:31:30:31:0.5:12:18:18:14:13:18:18:13 chr17 72610089 . C T 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0101715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.648;QD=13.7835;RBI=0.0157625;REFB=-0.00698268;REVB=0.0120415;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129113;STB=0.566443;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00835367;OID=.;OPOS=72610089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:15:8:15:17:15:8:15:18 chr17 72613589 . T G 126.06 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0486405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.944;QD=18.6755;RBI=0.0488475;REFB=-0.00117105;REVB=-0.00449267;RO=11;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651752;STB=0.898716;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00101069;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:11:13:14:14:0.518519:13:1:8:3:13:1:10:3 chr17 72615293 . C T 93.78 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000552081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9533;QD=10.1379;RBI=0.017326;REFB=-0.00444677;REVB=-0.0173172;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331058;STB=0.519966;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00671885;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:9:16:8:4:9:16 chr17 72691928 . T C 851.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.4108;QD=57.7021;RBI=0.038101;REFB=0;REVB=-0.00888163;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365652;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr17 72700943 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.184;QD=53.9112;RBI=0.0285422;REFB=0;REVB=0.0112983;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019157;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr17 72838649 . C A 1250.01 PASS AF=0.595745;AO=112;DP=188;FAO=112;FDP=188;FR=.;FRO=76;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00850564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.157;QD=26.596;RBI=0.0104577;REFB=-0.0223927;REVB=0.00608421;RO=75;SAF=50;SAR=62;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044881;STB=0.521802;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0145739;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:75:76:112:112:0.595745:62:50:38:37:62:50:38:38 chr17 72851133 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.489;QD=44.6854;RBI=0.0184779;REFB=0;REVB=-0.00526766;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257613;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr17 72863018 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0420166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.929;QD=18.2511;RBI=0.0422569;REFB=-0.00268561;REVB=0.00449975;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00790408;OID=.;OPOS=72863018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:5:10:10:5:5:10 chr17 72877212 . C T 225.89 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0229318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.79;QD=20.5358;RBI=0.0247401;REFB=-0.00338584;REVB=-0.00928474;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807409;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00307449;OID=.;OPOS=72877212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:13:9:11:11:13:9 chr17 72889685 . G A 602.27 PASS AF=0.534483;AO=37;DP=115;FAO=62;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=51;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=53;FWDB=0.0663395;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.858;QD=20.7679;RBI=0.0749799;REFB=-0.0312721;REVB=-0.0349436;RO=61;SAF=26;SAR=11;SRF=10;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540957;STB=0.850781;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0179187;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:61:54:37:62:0.534483:11:26:10:51:11:51:1:53 chr17 72889696 . A G 434.92 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=48;FWDB=-0.0204602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1349;QD=18.3126;RBI=0.0274175;REFB=-0.0194683;REVB=-0.0182509;RO=49;SAF=39;SAR=7;SRF=1;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700454;STB=0.884389;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0516986;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:7:39:1:48:7:39:1:48 chr17 72927123 . G T 207.83 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0598505;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.73;QD=17.3187;RBI=0.0606923;REFB=-0.0144823;REVB=0.0100735;RO=25;SAF=2;SAR=19;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493417;STB=0.778846;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0214395;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:19:2:11:14:19:2:11:16 chr17 72937605 . G A 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.029855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.884;QD=20.5422;RBI=0.030233;REFB=-0.0203543;REVB=-0.00476571;RO=25;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273483;STB=0.655034;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0226466;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:18:6:13:12:18:6:13:12 chr17 72938100 . T C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.236;QD=60.2308;RBI=0.0177737;REFB=0;REVB=0.0156009;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38603e-05;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr17 72948369 . A G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0190433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8901;QD=12.9729;RBI=0.0482192;REFB=-0.0276262;REVB=-0.0442995;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.035097;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:6:12:8:4:6:12 chr17 72949167 . T C 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0222489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.956;QD=14.171;RBI=0.0400299;REFB=-0.0566341;REVB=-0.0332772;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327406;STB=0.695219;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0225221;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:6:6:2:8:6:6 chr17 72949649 . C T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00744371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.093;QD=16.4527;RBI=0.0407186;REFB=-0.0260625;REVB=0.0400324;RO=39;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181677;STB=0.502511;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0317858;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:15:18:22:17:15:18:22:18 chr17 72952017 . A G 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0197859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.157;QD=13.3412;RBI=0.0252966;REFB=-0.0147973;REVB=-0.0157619;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176501;STB=0.602307;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0183977;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:15:6:14:18:15:6:14:18 chr17 72999773 . C T 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.011641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.402;QD=10.7514;RBI=0.0238398;REFB=-0.0066006;REVB=0.0208044;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223049;STB=0.631394;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0177665;OID=.;OPOS=72999773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:19:7:6:7:19:7 chr17 73000061 . A G 907.72 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155121;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.219;QD=58.5624;RBI=0.0155899;REFB=0;REVB=0.00155523;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652356;OID=.;OPOS=73000061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr17 73000351 . C T 313.06 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0378569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.852;QD=16.9221;RBI=0.0401843;REFB=-0.0206069;REVB=0.013477;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14254;STB=0.579665;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0193085;OID=.;OPOS=73000351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:13:27:18:16:13:27 chr17 73000359 . C G 329.81 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0217566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.455;QD=18.3228;RBI=0.0239183;REFB=-0.0217667;REVB=0.00993672;RO=37;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114024;STB=0.563783;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0201503;OID=.;OPOS=73000359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:23:12:17:20:23:12:17:20 chr17 73008804 . G T 30.63 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0257104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6603;QD=11.1371;RBI=0.0729567;REFB=-0.089388;REVB=0.0682763;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370384;STB=0.713717;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0184297;OID=.;OPOS=73008804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:0:6:4:1:0:6 chr17 73016621 . C T 207.76 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.005622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.023;QD=24.4427;RBI=0.0172506;REFB=-0.0192641;REVB=0.0163088;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739392;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0138404;OID=.;OPOS=73016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:10:9:8:6:11:9:8:6 chr17 73037868 . C G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00869224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.987;QD=16.931;RBI=0.00974489;REFB=-0.0282775;REVB=-0.00440542;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0427424;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:4:8:9:3:4:8 chr17 73038000 . C T 133.54 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.010188;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.216;QD=14.8375;RBI=0.0201616;REFB=-0.0094421;REVB=0.0173982;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247256;STB=0.642158;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0106783;OID=.;OPOS=73038000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:6:15:7:8:6:15 chr17 73038746 . T C 237.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00274048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.521;QD=15.8398;RBI=0.00970911;REFB=-0.00311468;REVB=-0.00931433;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120022;STB=0.576341;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00402085;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:16:11:17:15:16:11:18:15 chr17 73059820 . C G 433.91 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.00460275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.28;QD=20.6621;RBI=0.0249834;REFB=-0.0132046;REVB=0.0245557;RO=41;SAF=14;SAR=29;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389589;STB=0.714802;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.013084;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:29:14:32:9:29:14:32:9 chr17 73059836 . G A 451.68 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.00225772;FXX=0.0374953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.636;QD=23.4638;RBI=0.0022592;REFB=-0.0451422;REVB=-8.18196e-05;RO=29;SAF=15;SAR=28;SRF=27;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410457;STB=0.691272;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0113704;OID=.;OPOS=73059836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:29:34:43:43:0.558442:28:15:27:2:28:15:27:7 chr17 73089852 . T C 89.39 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0448549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2434;QD=15.5464;RBI=0.0456156;REFB=-0.0309538;REVB=-0.00829567;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114818;STB=0.566257;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0441358;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:3:9:7:4:3:9 chr17 73110279 . C T 588.54 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0281915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.6;QD=23.3086;RBI=0.0284581;REFB=-0.026272;REVB=0.00388617;RO=43;SAF=31;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254683;STB=0.509259;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0182711;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:44:57:57:0.564356:26:31:22:21:26:31:23:21 chr17 73127217 . G C 108.69 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0145052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6985;QD=24.153;RBI=0.060464;REFB=0.0657495;REVB=0.0586984;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0157075;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:2:4:8:4:2:4 chr17 73221439 . C T 770.56 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.741;QD=55.0401;RBI=0.0262436;REFB=0.00110294;REVB=0.00912082;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=6.25939e-05;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:1:0:25:30:1:0 chr17 73222847 . C T 628.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.304;QD=61.2853;RBI=0.0315274;REFB=0;REVB=0.0213232;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59631e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr17 73222865 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.203;QD=56.0119;RBI=0.0269824;REFB=-0.0454891;REVB=0.0180243;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000456015;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:1:0:21:13:1:0 chr17 73230856 . C T 1531.89 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.881;QD=62.5261;RBI=0.0354698;REFB=-0.120097;REVB=0.0162729;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938984;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000691942;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:98:1:1:95:97:0.989796:50:45:0:1:50:47:0:1 chr17 73238509 . C G 271.75 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0494794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.062;QD=19.4107;RBI=0.0531339;REFB=0.00159554;REVB=-0.019365;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587761;STB=0.532796;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00146636;OID=.;OPOS=73238509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:12:15:18:11:12:15 chr17 73257986 . C T 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.947;QD=39.199;RBI=0.0417456;REFB=0;REVB=0.0356944;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353522;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr17 73258479 . C T 531.34 PASS AF=0.947368;AO=40;DP=42;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00957227;FXX=0.0952154;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.579;QD=55.9303;RBI=0.0363527;REFB=-0.0957897;REVB=0.0350698;RO=2;SAF=16;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927352;STB=0.509798;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000926466;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:42:38:2:2:40:36:0.947368:24:16:1:1:24:12:1:1 chr17 73269530 . A G 768.8 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5417;QD=56.9478;RBI=0.124076;REFB=0;REVB=-0.122109;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075035;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr17 73269676 . C T 654.75 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325541;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.77;QD=62.3568;RBI=0.0418771;REFB=0;REVB=-0.0263424;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44003e-05;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr17 73279624 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541087;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.574;QD=56.685;RBI=0.0584194;REFB=0;REVB=-0.0220242;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189537;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr17 73315368 . C T 327.8 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0358515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.934;QD=30.4929;RBI=0.0383602;REFB=-0.00182367;REVB=0.0136447;RO=14;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671388;STB=0.526659;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00117965;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:15:28:28:0.651163:11:17:7:7:11:17:8:7 chr17 73488794 . C T 763.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.887;QD=63.6436;RBI=0.0881399;REFB=0;REVB=0.00584522;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310276;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr17 73495692 . C G 973.18 PASS AF=1;AO=41;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.244069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6893;QD=58.9804;RBI=0.245608;REFB=0;REVB=0.0274451;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302167;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:41:66:1:32:9:0:0:36:30:0:0 chr17 73498483 . T C 130.62 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.579;QD=43.5382;RBI=0.109174;REFB=0;REVB=0.0126807;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410583;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:10:1:0:0:10:2:0:0 chr17 73498623 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.586;QD=55.5191;RBI=0.131502;REFB=-0.0814212;REVB=-0.125219;RO=1;SAF=27;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716363;STB=0.538437;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000698219;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:6:27:0:1:6:27:0:1 chr17 73518203 . G C 741.38 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.971;QD=63.0959;RBI=0.0364915;REFB=0;REVB=0.0350258;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3926e-05;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr17 73518284 . G C 272.94 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3401;QD=45.4894;RBI=0.0729313;REFB=-0.0828501;REVB=0.0702769;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659543;STB=0.535682;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0160256;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:9:13:2:0:9:13:2:0 chr17 73519413 . C T 632.75 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8391;QD=61.7313;RBI=0.11717;REFB=0;REVB=0.0987707;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176591;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:26:15:0:0 chr17 73520536 . GGACT G 74.86 PASS AF=0.301887;AO=13;DP=58;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00798344;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=4;MLLD=268.922;QD=5.65009;RBI=0.00963302;REFB=-0.00507643;REVB=-0.00539072;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.551402;SSSB=-0.170968;STB=0.662444;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.00577532;OID=.;OPOS=73520537;OREF=GACT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301887:13:58:16:53:37:5:11:20:17:74:38:5:8:20:18 chr17 73565171 . T C 126.71 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0730149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0114;QD=20.2732;RBI=0.0780927;REFB=-0.0332486;REVB=-0.0277002;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181889;STB=0.588119;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0227697;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:11:11:13:14:0.56:5:8:9:2:5:9:9:2 chr17 73566561 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00222309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4497;QD=20.8953;RBI=0.0910131;REFB=0.0534069;REVB=0.0909859;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0230605;OID=.;OPOS=73566561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:2:6:2:2:2:6:2:2 chr17 73567846 . C T 778.74 PASS AF=0.510204;AO=74;DP=146;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0317438;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.349;QD=21.1902;RBI=0.0365134;REFB=-0.0384769;REVB=-0.0180434;RO=70;SAF=32;SAR=42;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347959;STB=0.502207;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0306996;OID=.;OPOS=73567846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:70:72:74:75:0.510204:42:32:30:40:42:33:32:40 chr17 73568055 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0341421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.504;QD=19.3858;RBI=0.0380191;REFB=-0.000340554;REVB=-0.0167264;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238541;STB=0.5135;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000652058;OID=.;OPOS=73568055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:11:10:9:11:11:10 chr17 73570751 . TGGGGG TGGGG,TGGGGT 77.55 PASS AF=0.384615,0.461538;AO=4,6;DP=13;FAO=5,6;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=1,2;FSAR=4,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360847,0.0387661;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.5541,79.0524;QD=23.8606;RBI=0.0573926,0.045273;REFB=-0.0745334,-0.0482089;REVB=0.0446297,0.0233844;RO=3;SAF=1,2;SAR=3,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.305979,-0.194334;STB=0.748924,0.666109;STBP=0.099,0.205;TYPE=del,snp;VARB=0.133216,0.021941;OID=.,.;OPOS=73570752,73570756;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGGG,TGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.384615,0.461538:4,6:13:5,6:13:2:1,2:4,4:2:0:28:3:1,2:3,4:2:1 chr17 73571030 . A G 85.17 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0279155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.816;QD=12.1678;RBI=0.0329605;REFB=-0.0063803;REVB=-0.0175247;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522142;STB=0.530977;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0233472;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:10:7:4:7:10:7 chr17 73586233 . C G 522.35 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0115595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4182;QD=17.7069;RBI=0.0412122;REFB=-0.0367443;REVB=-0.0395579;RO=59;SAF=41;SAR=15;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167198;STB=0.610415;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0284415;OID=.;OPOS=73586233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:62:56:56:0.474576:15:41:34:25:15:41:34:28 chr17 73587784 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.693;QD=57.8849;RBI=0.00826417;REFB=0;REVB=0.00199074;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68467e-06;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr17 73588067 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0494255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1066;QD=55.4102;RBI=0.0544854;REFB=-0.0628274;REVB=-0.0229297;RO=1;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241716;STB=0.512816;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000774116;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:19:38:0:1:19:38:0:1 chr17 73590830 . T G 310.44 PASS AF=0.5;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0262918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.875;QD=18.8145;RBI=0.0278422;REFB=-0.0225325;REVB=-0.00916148;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109536;STB=0.545427;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0215192;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:31:33:33:33:0.5:18:15:18:13:18:15:18:15 chr17 73602081 . G A 108.79 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.110095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1194;QD=24.1756;RBI=0.131063;REFB=-0.0319281;REVB=0.0711097;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172885;STB=0.649783;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0255253;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:7:6:11:12:0.666667:7:4:1:6:7:5:0:6 chr17 73608905 . G A 125.2 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0154709;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.368;QD=8.94306;RBI=0.0178659;REFB=-0.00913064;REVB=0.00893527;RO=39;SAF=2;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591;STB=0.85767;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0142701;OID=.;OPOS=73608905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:39:17:17:0.303571:15:2:23:16:15:2:23:16 chr17 73609139 . C T 156.89 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000867553;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.064;QD=22.4133;RBI=0.0477651;REFB=-0.0228893;REVB=0.0477572;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243896;STB=0.624832;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0156047;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:11:12:16:16:0.571429:12:4:6:5:12:4:6:6 chr17 73609409 . C T 176.08 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0332125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2466;QD=20.7158;RBI=0.0338688;REFB=-0.0703907;REVB=-0.00663545;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983768;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0227465;OID=.;OPOS=73609409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:7:9:8:10:7:9 chr17 73611823 . T C 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0820751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.289;QD=15.5558;RBI=0.0821819;REFB=-0.0352596;REVB=0.00418821;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682381;STB=0.544278;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0676858;OID=.;OPOS=73611823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:17:17:19:25:17:17:19:26 chr17 73611908 . C T 132.11 PASS AF=0.394737;AO=16;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0188362;FXX=0.0256345;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.107;QD=13.9064;RBI=0.0204364;REFB=-0.0157455;REVB=-0.00792748;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151826;STB=0.574368;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0258037;OID=.;OPOS=73611908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:16:15:0.394737:6:10:11:12:6:9:11:12 chr17 73612642 . A AT 211.05 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.5542;QD=40.1992;RBI=0.222326;REFB=0;REVB=0.221366;RO=2;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0150924;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:21:21:21:0:13:8:0:0:4:2:12:6:0:2 chr17 73615962 . T C 142.39 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0613792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.359;QD=15.8212;RBI=0.0988363;REFB=-0.00708011;REVB=-0.0774674;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147222;STB=0.543423;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00307603;OID=.;OPOS=73615962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:20:15:16:0.444444:9:6:9:7:10:6:9:11 chr17 73615983 . G A 132.62 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.117429;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7557;QD=14.3373;RBI=0.124549;REFB=0.01734;REVB=0.0415082;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594022;STB=0.5345;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0116894;OID=.;OPOS=73615983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:9:13:8:7:9:13 chr17 73616088 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0123763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.139;QD=17.4275;RBI=0.0343264;REFB=-0.00343209;REVB=-0.0320176;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230401;STB=0.63144;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0042473;OID=.;OPOS=73616088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:9:14:7:12:9:14 chr17 73616853 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0188832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.134;QD=18.8866;RBI=0.0195728;REFB=-0.0156672;REVB=-0.00514978;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0144786;OID=.;OPOS=73616853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr17 73616864 . C A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0266296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.712;QD=13.6304;RBI=0.0439719;REFB=0.003211;REVB=0.0349914;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.596769;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00126077;OID=.;OPOS=73616864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:4:5:3:5:4:5 chr17 73616920 . A G 124.4 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0136063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.03;QD=19.1378;RBI=0.0289791;REFB=-0.016751;REVB=-0.0255862;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245037;STB=0.609591;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0293425;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:12:14:0.538462:3:9:6:6:4:10:6:6 chr17 73617104 . A C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.537;QD=48.6252;RBI=0.0235957;REFB=-0.0561572;REVB=-0.000475921;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00361924;OID=.;OPOS=73617104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr17 73625286 . G A 437.59 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00570334;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.093;QD=16.6701;RBI=0.0257331;REFB=-0.0329148;REVB=0.0250931;RO=55;SAF=29;SAR=19;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222615;STB=0.504346;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0308691;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:55:57:48:48:0.457143:19:29:32:23:19:29:34:23 chr17 73625478 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.99;QD=58.6004;RBI=0.0318291;REFB=0;REVB=0.0010814;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38404e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr17 73627565 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.583;QD=64.1515;RBI=0.0242664;REFB=0;REVB=0.0234904;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07531e-05;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 73636368 . C T 261.18 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.015694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0639;QD=16.5826;RBI=0.037273;REFB=0.00565527;REVB=0.0338079;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200882;STB=0.613108;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00534452;OID=.;OPOS=73636368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:20:14:18:11:20:14 chr17 73687495 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=-0.00668711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.61;QD=14.3247;RBI=0.0147338;REFB=-0.0464963;REVB=-0.0131289;RO=39;SAF=25;SAR=3;SRF=33;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111113;STB=0.56386;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0474682;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:3:25:33:6:3:25:33:6 chr17 73698557 . C T 701.4 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3413;QD=60.9913;RBI=0.0100855;REFB=-0.0766621;REVB=0.00878208;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644746;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:46:1:0:43:46:1:30:13:1:0:31:15:0:0 chr17 73750859 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0585044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.348;QD=16.454;RBI=0.109528;REFB=-0.0092688;REVB=-0.0925944;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329036;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr17 73753503 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.364;QD=53.9111;RBI=0.0205535;REFB=0;REVB=-0.0166945;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75748e-05;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr17 73773735 . ACC AC,ACA 249.1 PASS AF=0.471698,0.0566038;AO=24,3;DP=53;FAO=25,3;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15,1;FSAR=10,2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0299758,0.00790139;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1658,27.8003;QD=18.7998;RBI=0.0394766,0.050239;REFB=-0.0140814,-0.00876868;REVB=-0.0256876,-0.0496137;RO=25;SAF=15,1;SAR=9,2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0239863,-0.277399;STB=0.5,0.725862;STBP=1,0.496;TYPE=del,snp;VARB=0.00721715,-0.0270637;OID=.,.;OPOS=73773736,73773737;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698,0.0566038:24,3:53:25,3:53:25:15,1:10,2:15:10:99:25:15,1:9,2:15:10 chr17 73812909 . A G 3114.83 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399587;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3254;QD=63.2453;RBI=0.10001;REFB=0;REVB=0.0916806;RO=0;SAF=78;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185999;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:181:197:0:0:180:197:1:102:78:0:0:116:81:0:0 chr17 73816026 . A G 124.66 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.263;QD=41.5542;RBI=0.0367158;REFB=0;REVB=-0.0154806;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120839;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr17 73949540 . G C 483.74 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000704833;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1826;QD=58.6355;RBI=0.0767072;REFB=0;REVB=-0.0767039;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209085;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:23:33:1:15:8:0:0:15:18:0:0 chr17 73997474 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.688;QD=44.6898;RBI=0.0119065;REFB=0;REVB=-0.00180147;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100682;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 74014228 . G A 348.25 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00124823;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.026;QD=22.4679;RBI=0.0181968;REFB=-0.0168474;REVB=0.0181539;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550855;STB=0.530369;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0124174;OID=.;OPOS=74014228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:27:35:35:0.564516:17:18:12:15:17:18:12:15 chr17 74014628 . G A 1006.57 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4937;QD=59.2099;RBI=0.0442427;REFB=0;REVB=0.0321923;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77488e-05;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr17 74014668 . T C 763.32 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000459643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6351;QD=63.6096;RBI=0.0473019;REFB=0;REVB=0.0472997;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335754;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:16:30:0:0:18:30:0:0 chr17 74015697 . G A 306.5 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0073076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.763;QD=27.244;RBI=0.0276768;REFB=-0.0169153;REVB=-0.0266946;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127627;STB=0.559955;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0107941;OID=.;OPOS=74015697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:11:16:7:10:11:16:8:10 chr17 74017554 . G T 143.03 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0248552;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.891;QD=11.4426;RBI=0.0431674;REFB=0.00228781;REVB=0.0352937;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166646;STB=0.607351;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00347702;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:33:17:17:0.34:10:7:18:14:10:7:19:14 chr17 74017573 . C G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0203332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.485;QD=11.2962;RBI=0.021618;REFB=-0.0179959;REVB=0.00734156;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157482;STB=0.592569;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.037109;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:11:7:18:16:11:7:18:16 chr17 74017594 . A G 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0379915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6887;QD=8.96059;RBI=0.0533489;REFB=-0.00268221;REVB=-0.0374533;RO=39;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273249;STB=0.663012;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00300377;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:11:6:23:16:11:6:23:16 chr17 74019680 . C T 192.16 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0849314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9766;QD=23.2916;RBI=0.0850306;REFB=-0.0373112;REVB=-0.00410621;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089129;STB=0.549788;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0317477;OID=.;OPOS=74019680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:9:5:9:10:9:5 chr17 74056413 . C T 109.4 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0193376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.507;QD=14.5861;RBI=0.0335981;REFB=-0.00763085;REVB=0.0274752;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167528;STB=0.596717;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0133723;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:5:12:7:6:5:12 chr17 74066447 . T A 212.68 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00458557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.271;QD=20.2553;RBI=0.0222765;REFB=-0.0176955;REVB=0.0217994;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453469;STB=0.525523;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0143975;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:14:7:8:13:14:7 chr17 74072851 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0158081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.608;QD=17.1;RBI=0.0162407;REFB=-0.0219641;REVB=-0.00372345;RO=15;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454742;STB=0.771763;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.038777;OID=.;OPOS=74072851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:1:13:10:5:1:13:10:5 chr17 74077797 . C T 210.75 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0382277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.33;QD=19.1587;RBI=0.0387424;REFB=0.00265298;REVB=-0.00629371;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652453;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00436239;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:9:12:11:11:9:12:12:11 chr17 74080443 . C T 301.81 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0191383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.076;QD=25.6857;RBI=0.0235428;REFB=-0.0175899;REVB=-0.0137109;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291155;STB=0.531226;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0315171;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:18:9:7:12:18:9:8:12 chr17 74093941 . G T 368.81 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00783676;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.716;QD=17.9908;RBI=0.0656155;REFB=-0.0296146;REVB=-0.0651459;RO=22;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12401;STB=0.605444;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.027776;OID=.;OPOS=74093941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:22:40:36:36:0.439024:12:24:18:4:12:24:19:21 chr17 74152366 . A G 256.37 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0347328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8347;QD=22.7883;RBI=0.0349657;REFB=-0.0325992;REVB=0.00402885;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116308;STB=0.552636;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0202814;OID=.;OPOS=74152366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:10:13:9:12:11:13:9:12 chr17 74169873 . T C 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=39;FWDB=0.00875733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3291;QD=4.07768;RBI=0.0178458;REFB=-0.00563725;REVB=0.0155493;RO=45;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541127;STB=0.829669;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0150857;OID=.;OPOS=74169873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:4:5:6:39:4:5:6:39 chr17 74275160 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0272309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.984;QD=22.9083;RBI=0.0274985;REFB=0.00358733;REVB=0.00382758;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00199783;OID=.;OPOS=74275160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:9:8:11:10:9:8 chr17 74286082 . C T 110.68 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0166393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.411;QD=15.2664;RBI=0.0166482;REFB=-0.0272838;REVB=0.000545111;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109071;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0328008;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:8:4:7:9:8:5:7:9 chr17 74286106 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0221497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4128;QD=13.5766;RBI=0.042482;REFB=-0.00189978;REVB=0.0362507;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174255;STB=0.510188;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00189294;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:7:12:8:5:7:12 chr17 74287204 . C G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0411506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4464;QD=16.065;RBI=0.0412705;REFB=-0.00302432;REVB=-0.00314357;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.571351;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00515644;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:15:9:9:9:15:9 chr17 74287389 . T C 188.94 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.044818;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.439;QD=19.888;RBI=0.0485494;REFB=-0.0114254;REVB=0.0186651;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467664;STB=0.526435;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0138064;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:10:9:8:11:10:9:8:11 chr17 74287594 . G A 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0178218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1145;QD=26.1399;RBI=0.0203531;REFB=0.00472074;REVB=0.0098301;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120866;STB=0.566122;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00148254;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:18:16:13:7:18:16:13:7 chr17 74289500 . G A 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0121667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.525;QD=13.4408;RBI=0.0523059;REFB=-0.0192345;REVB=0.0508712;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.620451;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0202087;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:8:5:6:4:8:5 chr17 74289839 . G A 108.56 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000356404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.131;QD=13.5704;RBI=0.0320463;REFB=-0.0089337;REVB=0.0320443;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247318;STB=0.644331;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00712829;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:7:12:5:8:7:12 chr17 74289875 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0443847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.063;QD=18.8273;RBI=0.0655171;REFB=0.00893158;REVB=0.0481922;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839961;STB=0.547572;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00716343;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:9:13:10:10:9:13 chr17 74289908 . A G 222.78 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00619196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.303;QD=18.5654;RBI=0.0166359;REFB=0.00202497;REVB=-0.0154406;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137902;STB=0.503813;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00539374;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:12:10:11:14:12:10:12:14 chr17 74290097 . T A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00979649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.104;QD=17.4015;RBI=0.0246016;REFB=-0.0115693;REVB=0.022567;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0120438;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr17 74383475 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00546024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.965;QD=17.3212;RBI=0.0291511;REFB=-0.0116258;REVB=0.0286351;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513688;STB=0.529375;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0184737;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:8:10:8:8:8:10 chr17 74467017 . G C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00717728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.691;QD=12.394;RBI=0.00888406;REFB=-0.0078115;REVB=-0.00523577;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592718;STB=0.534835;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0102075;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:15:9:6:8:15:9 chr17 74475024 . G A 246.56 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.667;QD=46.9639;RBI=0.110084;REFB=-0.141144;REVB=0.109338;RO=1;SAF=18;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249352;STB=0.5135;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0023138;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:2:18:1:0:2:18:1:0 chr17 74475975 . C A 825.97 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.973;QD=56.9634;RBI=0.120525;REFB=0;REVB=0.103013;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308283;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:28:27:0:0:29:29:0:0 chr17 74540917 . A C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00575019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.74;QD=14.0789;RBI=0.00761417;REFB=-0.00817775;REVB=-0.00499108;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339813;STB=0.702737;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0142784;OID=.;OPOS=74540917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:7:9:10:2:7:9 chr17 74541137 . C T 34.98 PASS AF=0.25;AO=3;DP=14;FAO=3;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00561916;FXX=0.142755;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.877;QD=11.6605;RBI=0.108469;REFB=-0.0030146;REVB=0.108323;RO=7;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535261;STB=0.798912;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0242186;OID=.;OPOS=74541137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:12:7:6:3:3:0.25:1:2:7:0:1:2:6:0 chr17 74541171 . T C 108.49 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00256928;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.358;QD=16.6904;RBI=0.0177182;REFB=-0.0171012;REVB=0.0175309;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989856;STB=0.571303;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0339906;OID=.;OPOS=74541171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:15:14:12:12:0.461538:3:9:10:5:3:9:9:5 chr17 74555106 . T C 177.42 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.031659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3406;QD=14.4836;RBI=0.057647;REFB=-0.0142327;REVB=0.0481756;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971105;STB=0.555997;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0180328;OID=.;OPOS=74555106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:10:20:11:8:10:20 chr17 74622774 . T C 335.61 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00310403;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6289;QD=19.4555;RBI=0.0261716;REFB=-0.00424496;REVB=-0.0259869;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065741;STB=0.536524;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00278632;OID=.;OPOS=74622774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:20:14:17:18:20:14 chr17 74625686 . A G 425.89 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00892319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.89;QD=22.7144;RBI=0.114505;REFB=-0.0324667;REVB=-0.114157;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120951;STB=0.571396;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0172115;OID=.;OPOS=74625686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:24:18:9:23:24:18:9:24 chr17 74625715 . T C 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0270072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.301;QD=20.9037;RBI=0.0270099;REFB=-0.0231928;REVB=-0.000384662;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110119;STB=0.565579;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.025989;OID=.;OPOS=74625715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:24:15:9:25:24:15:9:26 chr17 74652491 . T C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00250134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.019;QD=16.9415;RBI=0.00295051;REFB=-0.00781506;REVB=0.00156487;RO=24;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00322473;STB=0.501843;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0116057;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:15:4:5:19:15:4:5:19 chr17 74652501 . AT TA 153.97 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0408341;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.538;QD=19.8669;RBI=0.06003;REFB=-0.061552;REVB=0.044002;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109589;STB=0.570643;STBP=0.451;TYPE=mnp;VARB=0.0505791;OID=.;OPOS=74652501;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:12:4:5:9:13:4:5:9 chr17 74732507 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5534;QD=58.5856;RBI=0.0320938;REFB=0;REVB=-0.00784264;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263549;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 74733099 . G A 3020.9 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=192;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.151;QD=62.9355;RBI=0.0702944;REFB=-0.127627;REVB=0.0578059;RO=1;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488403;STB=0.502564;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000125619;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:192:1:1:190:191:0.994792:97:93:0:1:97:94:0:1 chr17 74878259 . G A 441.65 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0057317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.116;QD=18.9957;RBI=0.0345272;REFB=-0.0145345;REVB=0.0340482;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166576;STB=0.584378;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0136844;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:48:44:45:0.483871:17:27:21:27:18:27:21:27 chr17 74922706 . C T 607.36 PASS AF=0.515152;AO=49;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0671841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9944;QD=24.5398;RBI=0.083235;REFB=0.0835819;REVB=0.0491361;RO=34;SAF=26;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888736;STB=0.537725;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0311601;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:34:37:49:51:0.515152:23:26:14:20:23:28:17:20 chr17 74928758 . C T 141.93 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.019822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.105;QD=13.8464;RBI=0.0315645;REFB=-0.0138951;REVB=-0.0245642;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265318;STB=0.654974;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.017141;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:11:5:14:11:11:5:14:11 chr17 74936576 . G A 280.27 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0357063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9949;QD=24.3711;RBI=0.0474236;REFB=-0.0139487;REVB=0.0312099;RO=20;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113423;STB=0.548349;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0173834;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:17:8:9:11:17:9:9:11 chr17 74942478 . C T 400.72 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0166315;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.502;QD=21.0907;RBI=0.0189425;REFB=-0.0174573;REVB=-0.00906714;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151634;STB=0.565757;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0230507;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:36:40:40:0.526316:20:20:10:22:20:20:13:23 chr17 74946408 . CTT CTC,CT,TCT 264.88 PASS AF=0.0816327,0.632653,0.265306;AO=2,23,3;DP=48;FAO=4,31,13;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0,11;FSAR=1,31,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0885949,-1.26913,-0.0234775;FXX=0.039208;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=194.912,6.516,19.6756;QD=21.6225;RBI=0.0903009,1.27237,0.0235205;REFB=0.0153696,-0.118811,-0.061823;REVB=-0.0174701,0.0907872,0.00142255;RO=8;SAF=1,2,0;SAR=1,21,3;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.662376,0.147881,0;STB=0.665771,0.5,0.599828;STBP=0.288,1,0.113;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.100487,0.0459227,0.0486896;OID=.,.,.;OPOS=74946410,74946409,74946408;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=CTC,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:52:48:49:8:1:2,23,3:4,31,13:0.0816327,0.632653,0.265306:1,21,3:1,2,0:0:8:1,31,2:3,0,11:0:1 chr17 75158213 . T G 470.28 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00166375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.719;QD=20.6717;RBI=0.0125462;REFB=-0.0205954;REVB=-0.0124354;RO=45;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287423;STB=0.515917;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0245903;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:19:27:25:20:19:27:25:20 chr17 75158261 . C G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.202;QD=57.7111;RBI=0.0496714;REFB=0;REVB=-0.0491177;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169618;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:14:45:0:0:14:45:0:0 chr17 75190846 . A C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.499;QD=60.6015;RBI=0.0218717;REFB=0;REVB=0.0184166;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001154;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr17 75190962 . C T 271.12 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0798419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4776;QD=23.5758;RBI=0.0823991;REFB=-0.0048699;REVB=0.0203689;RO=20;SAF=5;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334248;STB=0.700853;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00268191;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:20:5:11:9:20:5:12:9 chr17 75303298 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.465;QD=59.0187;RBI=0.0457517;REFB=0;REVB=0.0182612;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012908;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr17 75426092 . ACCCCA ACCCA,ACCCAC 33.79 PASS AF=0.212766,0.0212766;AO=9,3;DP=47;FAO=10,1;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6,1;FSAR=4,0;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.296955,-0.109971;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.1272,100.866;QD=2.87601;RBI=0.298426,0.112741;REFB=-0.107166,-0.0183038;REVB=0.0295925,-0.0248373;RO=26;SAF=6,3;SAR=3,0;SRF=6;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0.282759,0;SSSB=0.48231,0.697524;STB=0.680334,0.992532;STBP=0.208,0.258;TYPE=del,mnp;VARB=0.126844,0.153967;OID=.,.;OPOS=75426093,75426096;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCCA,ACCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766,0.0212766:9,3:47:10,1:47:36:6,1:4,0:13:23:29:26:6,3:3,0:6:20 chr17 75478481 . C T 708.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.619;QD=55.5567;RBI=0.0273894;REFB=0;REVB=0.00242573;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89224e-05;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:33:18:0:0 chr17 75494705 . A G 793.39 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.443;QD=63.4713;RBI=0.0615714;REFB=0;REVB=0.0555317;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494922;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:26:22:0:0:28:22:0:0 chr17 75495065 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.804;QD=44.6889;RBI=0.0505321;REFB=0;REVB=0.0399553;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592184;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr17 75495397 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.511;QD=48.7367;RBI=0.0225489;REFB=0;REVB=0.00257867;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003311;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr17 75496342 . T C 174.89 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7302;QD=46.6371;RBI=0.0242236;REFB=0;REVB=-0.00528408;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774922;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 75496361 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000593448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.93;QD=46.848;RBI=0.0493655;REFB=0;REVB=-0.0493619;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000872198;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 75548687 . G A 307.58 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0425058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7236;QD=23.2139;RBI=0.0484361;REFB=0.0175992;REVB=-0.023223;RO=22;SAF=22;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139615;STB=0.577296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0225002;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:9:22:12:10:9:22:12:10 chr17 75559019 . C T 487.32 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000563203;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.115;QD=59.0691;RBI=0.00665695;REFB=0;REVB=-0.00663309;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70979e-05;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr17 76060866 . C G 460.85 PASS AF=0.469388;AO=47;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00593377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6955;QD=18.8101;RBI=0.0440008;REFB=-0.0194091;REVB=-0.0435989;RO=49;SAF=20;SAR=27;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971905;STB=0.545029;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0217007;OID=.;OPOS=76060866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:52:47:46:0.469388:27:20:26:23:26:20:27:25 chr17 76060954 . A C 475.69 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0164887;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.779;QD=21.6222;RBI=0.0176474;REFB=-0.00739341;REVB=0.00628918;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110957;STB=0.511359;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0104109;OID=.;OPOS=76060954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:42:45:46:0.522727:22:23:22:20:23:23:22:20 chr17 76063047 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0101212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.71;QD=18.8201;RBI=0.0830284;REFB=-0.00965338;REVB=0.0824092;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0096909;OID=.;OPOS=76063047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:6:4:6:6:6:4 chr17 76093866 . T C 210.63 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0872041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5218;QD=18.7229;RBI=0.0877955;REFB=-0.00215314;REVB=0.0101734;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112276;STB=0.579631;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00369807;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:15:6:9:14:15:6:10:14 chr17 76105731 . C T 408.31 PASS AF=0.457447;AO=41;DP=95;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00436471;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.782;QD=17.3748;RBI=0.00574315;REFB=-0.0104343;REVB=-0.0037327;RO=51;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604569;STB=0.520308;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0172088;OID=.;OPOS=76105731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:51:51:41:43:0.457447:20:21:23:28:22:21:23:28 chr17 76105754 . G A 519.36 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0380009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.306;QD=18.2232;RBI=0.039163;REFB=-0.0161474;REVB=0.00946978;RO=58;SAF=26;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252986;STB=0.509744;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0205902;OID=.;OPOS=76105754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:59:55:55:0.482456:29:26:29:29:29:26:29:30 chr17 76130575 . A T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00601018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.67;QD=22.6001;RBI=0.0112265;REFB=-0.027762;REVB=0.00948225;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546664;STB=0.530586;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0226553;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:10:10:13:10:10:10 chr17 76131070 . G A 112.44 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.03245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7074;QD=7.75417;RBI=0.0565557;REFB=0.0110778;REVB=0.04632;RO=42;SAF=4;SAR=11;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392315;STB=0.749688;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0150314;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:42:42:15:16:0.275862:11:4:25:17:12:4:25:17 chr17 76134828 . C A 214.1 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0457856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.081;QD=28.5464;RBI=0.0480889;REFB=-0.0508975;REVB=-0.0147047;RO=10;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195553;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:14:6:3:7:14:6:3:7 chr17 76142461 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0299015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.79;QD=28.4028;RBI=0.0315108;REFB=-0.026877;REVB=0.00994138;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127881;STB=0.570505;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0134928;OID=.;OPOS=76142461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:10:11:8:3:10:11:8:3 chr17 76143009 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0304084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.165;QD=20.7547;RBI=0.052384;REFB=-0.00152971;REVB=0.0426546;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759351;STB=0.542802;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00228577;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:3:9:10:5:3:9 chr17 76157266 . T C 212.82 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0175479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.282;QD=17.0253;RBI=0.0311632;REFB=-0.0116213;REVB=-0.025753;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040354;STB=0.503933;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0192717;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:21:22:0.44:7:14:17:10:8:14:18:10 chr17 76167047 . C T 446.9 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.105471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.789;QD=18.4287;RBI=0.105552;REFB=-0.0111991;REVB=-0.00411474;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136627;STB=0.569053;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.017072;OID=.;OPOS=76167047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:44:45:0.463918:24:20:31:21:24:21:31:21 chr17 76187108 . G C 71.43 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0153656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.786;QD=7.93673;RBI=0.0371962;REFB=-0.00704045;REVB=0.0338741;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370656;STB=0.722392;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0230171;OID=.;OPOS=76187108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:22:26:10:10:0.277778:7:3:14:8:7:3:16:10 chr17 76188753 . C A 173.03 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00840033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.502;QD=18.7056;RBI=0.00946311;REFB=-0.00481873;REVB=0.00435715;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702603;STB=0.539834;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00781153;OID=.;OPOS=76188753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:12:7:8:10:12:7 chr17 76210367 . G C 185.48 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00806226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0632;QD=13.7392;RBI=0.0285526;REFB=-0.000648702;REVB=-0.0273907;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216342;STB=0.510195;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-5.83179e-05;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:32:22:22:0.407407:10:12:17:13:10:12:18:14 chr17 76219591 . G A 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0037;QD=59.013;RBI=0.0204213;REFB=0;REVB=0.0184019;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366822;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr17 76267843 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0472198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9907;QD=13.6305;RBI=0.0486482;REFB=-0.00867017;REVB=0.0117023;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186888;STB=0.608461;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00456797;OID=.;OPOS=76267843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:8:1:2:6:8:1 chr17 76367106 . G A 271.66 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00933056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7511;QD=20.8965;RBI=0.0132201;REFB=-0.00937032;REVB=0.00936541;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237873;STB=0.633231;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0150538;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:21:7:12:12:21:7:12:12 chr17 76395430 . C T 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6055;QD=56.9303;RBI=0.00947264;REFB=0;REVB=-0.00903763;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49023e-05;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr17 76396845 . G A 216.15 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0162762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.766;QD=29.8139;RBI=0.0182256;REFB=-0.0184076;REVB=-0.00820109;RO=9;SAF=16;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186217;STB=0.60366;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00728653;OID=.;OPOS=76396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:4:16:5:4:4:16:5:4 chr17 76421443 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.013483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2652;QD=18.1535;RBI=0.0271284;REFB=-0.00822047;REVB=-0.0235406;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273522;STB=0.654406;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0061714;OID=.;OPOS=76421443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:7:18:9:12:7:18 chr17 76423097 . G A 464.39 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00993547;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.306;QD=18.9545;RBI=0.01008;REFB=-0.0095373;REVB=-0.00170081;RO=52;SAF=29;SAR=17;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216807;STB=0.620821;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00735403;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:52:52:46:46:0.469388:17:29:21:31:17:29:21:31 chr17 76423151 . C T 383.74 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.021193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.066;QD=20.197;RBI=0.0249474;REFB=-0.0172317;REVB=0.0131617;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189006;STB=0.604381;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0147462;OID=.;OPOS=76423151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:20:19:26:11:20:19:26:11 chr17 76433898 . TG CA,CG 346.67 PASS AF=0.346154,0.653846;AO=9,17;DP=26;FAO=9,17;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8;FSAR=5,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299193,0.0234756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=119.54,138.192;QD=53.3336;RBI=0.0364483,0.0346521;REFB=0,0;REVB=0.0208162,0.0254885;RO=0;SAF=4,8;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0277247,0.00194099;OID=.,.;OPOS=76433898,76433898;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:64:26:26:0:0:9,17:9,17:0.346154,0.653846:5,9:4,8:0:0:5,9:4,8:0:0 chr17 76451921 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.863;QD=60.0308;RBI=0.0207243;REFB=0;REVB=-0.0122276;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70799e-06;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:49:23:0:0:49:23:0:0 chr17 76455218 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.775;QD=62.6711;RBI=0.0404867;REFB=0;REVB=0.0174179;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010676;OID=.;OPOS=76455218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr17 76462770 . G A 323.6 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00275391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.944;QD=16.8105;RBI=0.00460416;REFB=-0.0232493;REVB=-0.00368975;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0098749;STB=0.505544;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0231117;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:26:16:13:22:26:16 chr17 76468817 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0353064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4778;QD=12.1819;RBI=0.0715594;REFB=-0.0367555;REVB=0.0622432;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0484172;OID=.;OPOS=76468817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:6:4:4:10:6:4:5:10 chr17 76472768 . G A 364.42 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000507171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.195;QD=21.1258;RBI=0.00635741;REFB=-0.00626056;REVB=-0.00633715;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832901;STB=0.546074;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00452946;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:16:21:15:17:16:21:15:17 chr17 76480966 . T C 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0608777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7728;QD=24.1903;RBI=0.0923742;REFB=0.0075987;REVB=-0.0694759;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500226;STB=0.528254;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00481695;OID=.;OPOS=76480966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:3:3:7:5:3:3 chr17 76481693 . C G 416.1 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0269397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6745;QD=22.1919;RBI=0.0493239;REFB=0.0258185;REVB=0.041317;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469364;STB=0.525884;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0198273;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:24:17:16:18:24:17:16:18 chr17 76482432 . A G 610.39 PASS AF=0.953488;AO=42;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1236;QD=56.7806;RBI=0.0249173;REFB=0.0201125;REVB=-0.0173318;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.504082;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00760137;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:42:41:0.953488:17:25:0:1:17:24:1:1 chr17 76491127 . TG CC 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334113;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.266;QD=57.7124;RBI=0.00806776;REFB=0;REVB=-0.0073434;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.45569e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr17 76496492 . A G 1613.12 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181024;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.358;QD=59.7453;RBI=0.0488556;REFB=0;REVB=0.0453781;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00009e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:108:0:0:96:108:1:61:35:0:0:69:39:0:0 chr17 76497920 . C A 207.61 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0669957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2926;QD=15.0988;RBI=0.0810558;REFB=0.0270275;REVB=0.0456247;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675675;STB=0.538429;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0311622;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:16:15:10:14:16:15 chr17 76498346 . CCTT C,CGTC 228.97 PASS AF=0.5,0.0434783;AO=19,2;DP=49;FAO=23,2;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10,2;FSAR=13,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00901083,0.00160758;FXX=0.09802;HRUN=2,2;LEN=3,3;MLLD=211.295,101.572;QD=19.9107;RBI=0.015178,0.00700499;REFB=-0.0083544,-0.0116723;REVB=0.0122138,-0.00681803;RO=21;SAF=7,2;SAR=12,0;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.058524,0.535809;STB=0.526293,0.995678;STBP=0.723,0.097;TYPE=del,mnp;VARB=0.0111586,0.000252357;OID=.,.;OPOS=76498347,76498347;OREF=CTT,CTT;OALT=-,GTC;OMAPALT=C,CGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0434783:19,2:49:23,2:46:21:10,2:13,0:8:13:99:21:7,2:12,0:9:12 chr17 76498393 . A G 134.49 PASS AF=0.355556;AO=7;DP=47;FAO=16;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00767739;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.76;QD=11.955;RBI=0.0276179;REFB=-0.00778229;REVB=-0.0265293;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.533292;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0294986;OID=.;OPOS=76498393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:12:29:7:16:0.355556:3:4:7:5:8:8:13:16 chr17 76498406 . A G 139.44 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0477524;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9655;QD=10.3286;RBI=0.0635081;REFB=0.00939135;REVB=0.0418688;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15766;STB=0.573994;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0161576;OID=.;OPOS=76498406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:9:9:13:23:9:9:14:22 chr17 76498692 . C T 805.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.324;QD=64.4017;RBI=0.0656681;REFB=0;REVB=0.00148418;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131956;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:24:22:0:0:24:26:0:0 chr17 76503593 . T C 449.84 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00516501;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4878;QD=23.6757;RBI=0.00599625;REFB=-0.00915603;REVB=0.00304594;RO=33;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278577;STB=0.50153;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0127169;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:33:33:43:43:0.565789:22:21:16:17:22:21:16:17 chr17 76503624 . C T 243.37 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00344205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.559;QD=12.9799;RBI=0.00961828;REFB=-0.0191207;REVB=-0.00898129;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101164;STB=0.545089;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.029534;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:46:28:29:0.386667:12:16:22:24:13:16:22:24 chr17 76503678 . C A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000866706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.386;QD=14.904;RBI=0.00437018;REFB=-0.0210129;REVB=-0.00428338;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188192;STB=0.607059;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0155008;OID=.;OPOS=76503678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:16:18:9:17:16:18 chr17 76525565 . A G 52.07 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00807176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4991;QD=6.31151;RBI=0.00837727;REFB=0.0189465;REVB=0.00224172;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30493;STB=0.692976;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0574468;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:16:9:5:3:16:9 chr17 76528591 . C T 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00912824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.258;QD=18.1545;RBI=0.0130712;REFB=-0.0174116;REVB=0.00935576;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135467;STB=0.577093;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.02258;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:13:12:13:8:13:12 chr17 76528790 . A G 194.47 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0077349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.854;QD=12.3476;RBI=0.0180942;REFB=-0.0141949;REVB=-0.0163576;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413201;STB=0.52379;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0165273;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:21:18:12:12:21:18 chr17 76529053 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0217053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.702;QD=14.6538;RBI=0.0601716;REFB=-0.00926328;REVB=-0.0561204;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213273;STB=0.624707;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0254939;OID=.;OPOS=76529053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:6:2:4:4:6:2 chr17 76533456 . G A 236.07 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00376733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.035;QD=19.2707;RBI=0.0294697;REFB=-0.0268074;REVB=0.0292279;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482631;STB=0.527249;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.039061;OID=.;OPOS=76533456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:10:16:13:10:10:16 chr17 76535948 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0192901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.053;QD=16.6269;RBI=0.0203742;REFB=-0.0188364;REVB=0.0065572;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298971;STB=0.517215;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0367066;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:8:6:6:7:8:6 chr17 76557862 . T C 1399.68 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011646;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.368;QD=62.9071;RBI=0.0277192;REFB=0;REVB=0.025154;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90353e-05;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr17 76567707 . T C 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7468;QD=51.9099;RBI=0.0680193;REFB=0;REVB=-0.066114;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217815;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 76670233 . C G 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00583204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.155;QD=17.4259;RBI=0.00821528;REFB=-0.000313876;REVB=-0.00578603;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15049;STB=0.586026;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0003674;OID=.;OPOS=76670233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:11:12:7:12:11:12 chr17 76798548 . TTTTTTC T 73.86 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0026239;FXX=0.133289;HRUN=7;LEN=6;MLLD=171.96;QD=11.3625;RBI=0.015544;REFB=-0.0114262;REVB=0.0153209;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38493;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=del;VARB=0.0187761;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:10:25:12:26:14:5:7:9:5:73:9:4:6:8:1 chr17 76799795 . G A 500.91 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=104;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.00380274;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.386;QD=19.4529;RBI=0.00481608;REFB=-0.0384119;REVB=0.00295529;RO=50;SAF=26;SAR=26;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196096;STB=0.610909;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0499802;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:50:52:53:0.514563:26:26:36:14:27:26:36:14 chr17 76799860 . T C 343.76 PASS AF=0.465753;AO=24;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-2.31487e-05;FXX=0.0874891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.103;QD=18.8364;RBI=0.0268104;REFB=-0.0217805;REVB=-0.0268104;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168354;STB=0.567017;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000144205;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:21:33:24:34:0.465753:14:10:13:8:21:13:17:16 chr17 76799898 . A G 341.89 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00741136;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.799;QD=18.2342;RBI=0.0194528;REFB=-0.00974508;REVB=-0.0179856;RO=40;SAF=10;SAR=26;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295756;STB=0.659178;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0110999;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:39:36:36:0.48:26:10:23:17:26:10:22:17 chr17 76814782 . G A 408.25 PASS AF=0.433962;AO=44;DP=104;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.024931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.708;QD=15.4057;RBI=0.0368879;REFB=-0.0128321;REVB=0.0271876;RO=60;SAF=11;SAR=33;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862536;STB=0.52328;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00880089;OID=.;OPOS=76814782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:60:60:44:46:0.433962:33:11:19:41:33:13:19:41 chr17 76817090 . C T 76.62 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00634326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.202;QD=12.7698;RBI=0.0433926;REFB=-0.00534855;REVB=-0.0429265;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33729;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0147148;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:9:5:7:3:9:5 chr17 76867017 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000861902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.253;QD=57.6802;RBI=0.0232346;REFB=0;REVB=0.0232186;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206224;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 76970879 . A G 1020.74 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7838;QD=59.1733;RBI=0.0435795;REFB=0;REVB=0.00928858;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020896;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr17 76988785 . G A 282.22 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0297319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.151;QD=22.5777;RBI=0.0319398;REFB=-0.0102869;REVB=0.0116688;RO=23;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824327;STB=0.564464;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0107263;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:6:20:16:7:6:20:16:8 chr17 76989782 . G A 371.43 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0417337;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.058;QD=25.1817;RBI=0.0441189;REFB=0.00510134;REVB=-0.01431;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242629;STB=0.513301;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00300319;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:16:20:12:11:16:20:12:11 chr17 76993546 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0274196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.661;QD=17.8274;RBI=0.040631;REFB=-0.0233189;REVB=0.0299841;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301131;STB=0.516102;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0352916;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:4:8:7:3:4:8:7:4 chr17 77039835 . G A 138.36 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00802141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.62;QD=11.7753;RBI=0.0762154;REFB=-0.0137694;REVB=0.0757921;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241252;STB=0.646897;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0380427;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:9:7:7:23:9:7:7:24 chr17 77039852 . G A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00637489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.252;QD=11.6207;RBI=0.017908;REFB=-0.0173035;REVB=-0.0167349;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31587;STB=0.681252;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0337098;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:9:11:9:26:9:11:9:26 chr17 77042718 . C T 289.29 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0117892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.092;QD=25.7144;RBI=0.0173793;REFB=-0.00387475;REVB=-0.0127693;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404797;STB=0.531112;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00512314;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:16:10:6:12:16:10:6:13 chr17 77073566 . G A 536.68 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0119429;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.395;QD=20.2522;RBI=0.0122594;REFB=-0.00135022;REVB=0.00276764;RO=51;SAF=30;SAR=25;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654548;STB=0.536069;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00104475;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:51:51:55:55:0.518868:25:30:24:27:25:30:24:27 chr17 77075670 . C T 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0131773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.431;QD=10.3655;RBI=0.0132265;REFB=-0.0078633;REVB=0.00113915;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994615;STB=0.558317;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00964012;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:11:9:21:18:11:9:21:18 chr17 77075673 . A G 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0141668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.829;QD=9.88556;RBI=0.017818;REFB=0.00146985;REVB=-0.0108066;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121951;STB=0.543433;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00741305;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:39:19:19:0.327586:10:9:21:15:10:9:21:18 chr17 77076440 . G T 202.91 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.054568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.103;QD=14.2395;RBI=0.0551898;REFB=-0.0198196;REVB=0.00826107;RO=32;SAF=6;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40545;STB=0.740063;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0179408;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:32:23:25:0.438596:17:6:21:11:19:6:21:11 chr17 77078109 . A G 423.65 PASS AF=0.411765;AO=44;DP=114;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00241403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.723;QD=14.2403;RBI=0.00597414;REFB=-0.02719;REVB=0.00546469;RO=69;SAF=25;SAR=19;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127782;STB=0.551467;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0367134;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:69:70:44:49:0.411765:19:25:31:38:23:26:31:39 chr17 77087005 . C CA 324.45 PASS AF=0.53125;AO=30;DP=66;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.010213;FXX=0.0302984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=217.963;QD=20.2782;RBI=0.0204719;REFB=-0.00282752;REVB=0.0177424;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613718;STB=0.521976;STBP=0.73;TYPE=ins;VARB=0.00216914;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:30:66:34:64:30:14:20:11:19:99:30:13:17:11:19 chr17 77093768 . T C 188.08 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.117879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4402;QD=14.1945;RBI=0.146184;REFB=-0.00314688;REVB=-0.0864538;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128931;STB=0.528942;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00140371;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:28:31:22:22:0.415094:17:5:4:24:17:5:6:25 chr17 77758484 . G A 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0059979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.217;QD=18.6726;RBI=0.0110395;REFB=-0.0160099;REVB=0.00926805;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189629;STB=0.605518;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0184176;OID=.;OPOS=77758484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:23:13:20:15:23:13 chr17 77758691 . G A 414.41 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0215645;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8794;QD=21.5275;RBI=0.0218064;REFB=-0.00269064;REVB=0.00323952;RO=36;SAF=10;SAR=31;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250083;STB=0.639102;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00203273;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:31:10:18:18:31:10:18:18 chr17 77768654 . C A 588.77 PASS AF=0.541284;AO=44;DP=116;FAO=59;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=46;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00486183;FXX=0.0683702;HRUN=8;LEN=1;MLLD=300.524;QD=21.6062;RBI=0.00624256;REFB=-0.0114002;REVB=-0.00391564;RO=50;SAF=32;SAR=12;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991906;STB=0.584396;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0106318;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:109:50:50:44:59:0.541284:12:32:32:18:13:46:32:18 chr17 77772068 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.050336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.592;QD=10.5421;RBI=0.050336;REFB=-0.0104835;REVB=-6.69491e-05;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368974;STB=0.718553;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0402702;OID=.;OPOS=77772068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:6:15:4:7:6:15 chr17 77925376 . C T 70.03 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0793369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1356;QD=3.54594;RBI=0.0796562;REFB=-0.00539065;REVB=-0.00712512;RO=66;SAF=10;SAR=3;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453273;STB=0.798821;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0676875;OID=.;OPOS=77925376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:3:10:26:40:3:10:26:40 chr17 78013724 . G C 422.12 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244565;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.09;QD=54.4676;RBI=0.0518697;REFB=-0.0979104;REVB=0.0457422;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00134663;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:0:1:12:18:0:1 chr17 78022378 . C G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00362452;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.902;QD=10.6681;RBI=0.00780727;REFB=-0.00481779;REVB=0.00691493;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059334;STB=0.535643;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0090827;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:8:10:5:5:8:10 chr17 78055758 . T G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0241366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.246;QD=12.9748;RBI=0.0251506;REFB=0.00649134;REVB=-0.00706966;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141414;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0075651;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:8:10:5:7:8:10 chr17 78058557 . A G 57.39 PASS AF=0.18;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0713499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.4228;QD=4.59116;RBI=0.0714989;REFB=-0.00364147;REVB=-0.00461354;RO=37;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370541;STB=0.71749;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0290953;OID=.;OPOS=78058557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:46:50:37:41:9:9:0.18:3:6:13:24:3:6:16:25 chr17 78063957 . A G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.122198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.018;QD=12.0146;RBI=0.122649;REFB=-0.0296774;REVB=0.0105171;RO=34;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037934;STB=0.522066;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0471721;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:7:13:21:13:7:13:21:13 chr17 78063964 . A G 92.09 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0278535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7775;QD=8.77;RBI=0.0396383;REFB=-0.0266484;REVB=-0.0282024;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840597;STB=0.551636;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0668593;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:30:30:12:12:0.285714:4:8:18:12:4:8:18:12 chr17 78063966 . A G 91.83 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0202931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.461;QD=8.74544;RBI=0.049297;REFB=-0.0236465;REVB=-0.0449264;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840597;STB=0.551636;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0531425;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:4:8:18:12:4:8:18:12 chr17 78071052 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0967;QD=61.6815;RBI=0.0194283;REFB=0;REVB=0.0193279;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016028;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr17 78073355 . A G 159.71 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0270257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8744;QD=11.6152;RBI=0.105955;REFB=-0.0196806;REVB=-0.10245;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184;STB=0.607367;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0350301;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:17:18:7:13:17:18 chr17 78073562 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0375894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.79;QD=8.40193;RBI=0.0443566;REFB=-0.000827954;REVB=-0.0235488;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.604412;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00149365;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:17:21:9:9:0.3:6:3:8:9:6:3:10:11 chr17 78078709 . T C 1194.34 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.552;QD=59.717;RBI=0.0192352;REFB=-0.0289861;REVB=0.0157207;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000130161;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:0:1:38:41:0:1 chr17 78079597 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0974;QD=64.4137;RBI=0.0460605;REFB=0;REVB=-0.0324668;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788914;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr17 78079669 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.435;QD=58.1375;RBI=0.0739192;REFB=0;REVB=0.0720559;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600505;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 78082504 . G A 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.121;QD=62.6136;RBI=0.0126137;REFB=0;REVB=0.0112453;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57764e-06;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr17 78084769 . G A 245.22 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0336749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.618;QD=18.507;RBI=0.0545722;REFB=-0.0499591;REVB=-0.0429433;RO=20;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16582;STB=0.541369;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0402576;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:26:26:26:0.490566:9:17:9:11:9:17:15:11 chr17 78091405 . G A 982.02 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.651;QD=58.628;RBI=0.0300796;REFB=0;REVB=0.0281101;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32242e-05;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:28:37:0:0:29:38:0:0 chr17 78092063 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.527;QD=60.6103;RBI=0.0479296;REFB=0;REVB=0.0307596;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39487e-05;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr17 78092473 . G C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00536938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.048;QD=18.8286;RBI=0.0240121;REFB=0.000844961;REVB=0.0234041;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264302;STB=0.64985;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.000611519;OID=.;OPOS=78092473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:7:13:8:14:7:13:8:14 chr17 78113832 . G A 108.63 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0346179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.774;QD=13.5784;RBI=0.0347309;REFB=-0.0203751;REVB=0.00279937;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462086;STB=0.766446;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.015087;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:15:4:9:4:15:4 chr17 78162170 . G A 187.42 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00794158;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4577;QD=11.8998;RBI=0.0280856;REFB=-0.0365527;REVB=0.0269394;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310715;STB=0.51799;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0460724;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:22:18:11:12:22:18 chr17 78171944 . G C 270.95 PASS AF=0.609756;AO=15;DP=39;FAO=25;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0419489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5152;QD=26.4339;RBI=0.135333;REFB=-0.0421098;REVB=0.128667;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348757;STB=0.532198;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0423111;OID=.;OPOS=78171944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:16:16:15:25:0.609756:9:6:7:9:16:9:7:9 chr17 78178893 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.060078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4385;QD=10.7534;RBI=0.0629226;REFB=0.000504088;REVB=0.0187052;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252295;STB=0.654488;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00133982;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:8:18:11:2:8:18 chr17 78184393 . C T 692.45 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0335454;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2392;QD=19.3693;RBI=0.0343969;REFB=-0.00112718;REVB=0.00760608;RO=73;SAF=40;SAR=29;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558765;STB=0.534749;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0015681;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:73:74:69:69:0.482517:29:40:38:35:29:40:38:36 chr17 78187954 . A G 91.41 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0578056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.325;QD=17.4119;RBI=0.0585755;REFB=-0.0137985;REVB=0.00946576;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312786;STB=0.660746;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00720316;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:21:10:10:9:11:0.52381:5:4:8:2:6:5:8:2 chr17 78219065 . C A 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0245056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.46;QD=15.1954;RBI=0.0426181;REFB=-0.00156042;REVB=0.034868;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253924;STB=0.514685;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00236224;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:6:12:9:5:6:12 chr17 78263596 . CA C 31.71 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0930989;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.93627;QD=7.92823;RBI=0.202554;REFB=-0.0281407;REVB=0.179891;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332419;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.0503079;OID=.;OPOS=78263597;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:16:7:16:9:3:4:4:5:30:8:1:4:4:4 chr17 78293189 . A T 321.79 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0100809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.469;QD=23.8364;RBI=0.0184907;REFB=-0.0211701;REVB=-0.015501;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170193;STB=0.593691;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.02188;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:13:19:8:14:13:19:8:14 chr17 78298938 . A G 651.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.973;QD=61.9999;RBI=0.0477142;REFB=0;REVB=-0.0278912;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032804;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr17 78302157 . C A 164.1 PASS AF=0.360656;AO=17;DP=56;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00135861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.601;QD=10.7605;RBI=0.0047114;REFB=-0.00463824;REVB=-0.00451126;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709504;STB=0.557326;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00929604;OID=.;OPOS=78302157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:39:39:17:22:0.360656:9:8:16:23:11:11:16:23 chr17 78306280 . A G 30.33 PASS AF=0.4;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0159828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0527;QD=8.08816;RBI=0.0680487;REFB=-0.0162005;REVB=0.0661451;RO=9;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436484;STB=0.881272;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0481165;OID=.;OPOS=78306280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:15:9:9:4:6:0.4:2:2:1:8:1:5:1:8 chr17 78311508 . G A 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00237662;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.684;QD=24.5878;RBI=0.0373405;REFB=-0.0243204;REVB=0.0372648;RO=21;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861261;STB=0.547389;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0153746;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:21:32:32:0.603774:19:13:11:10:19:13:11:10 chr17 78319136 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00777048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.657;QD=19.108;RBI=0.0250258;REFB=-0.0101506;REVB=0.0237889;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409156;STB=0.743518;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0143805;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:3:3:1:8:3:3 chr17 78319380 . G C 332.52 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0501788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0776;QD=17.2739;RBI=0.0617345;REFB=0.0350345;REVB=0.0359617;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530617;STB=0.536212;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0330263;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:16:19:20:21:16:20:20:21 chr17 78327358 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0220208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.554;QD=15.7383;RBI=0.0490418;REFB=-0.0307747;REVB=-0.0438199;RO=36;SAF=21;SAR=8;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234787;STB=0.501325;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.039252;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:8:21:26:10:8:21:26:10 chr17 78354661 . C T 60.5 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.01744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.975;QD=6.20526;RBI=0.0744327;REFB=-0.0124717;REVB=-0.0723607;RO=29;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135032;STB=0.57876;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0251584;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:2:7:20:9:2:7:21:9 chr17 78401588 . G T 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.051112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4339;QD=30.3237;RBI=0.0512599;REFB=0.0164124;REVB=0.00389086;RO=11;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139706;STB=0.507686;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00462056;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:12:11:5:6:12:11:5:6 chr17 78444658 . T G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8727;QD=59.0173;RBI=0.0591458;REFB=0;REVB=0.048647;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011099;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr17 78445702 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.512;QD=57.1773;RBI=0.0247155;REFB=0;REVB=-0.012596;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16072e-05;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr17 78820329 . C T 288.46 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00781292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.811;QD=13.7363;RBI=0.0107428;REFB=-0.0084389;REVB=-0.00737334;RO=51;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993394;STB=0.556488;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0204145;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:17:16:20:31:17:16:20:31 chr17 78854223 . A G 236.74 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00136425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2758;QD=26.3041;RBI=0.0790199;REFB=0.0258327;REVB=-0.0790081;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236363;STB=0.631456;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0208486;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:7:15:5:9:7:15:5:9 chr17 78896529 . C T 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0368215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.754;QD=12.4658;RBI=0.0373801;REFB=-0.00433954;REVB=-0.00643811;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694126;STB=0.547123;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00982931;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:33:20:20:0.377358:10:10:13:17:10:10:14:19 chr17 78919558 . C T 341.71 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.026367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6912;QD=18.4709;RBI=0.0291981;REFB=0.00193764;REVB=0.0125423;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110972;STB=0.567975;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00283996;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:17:19:15:22:17:19:15:23 chr17 78921117 . C T 549.24 PASS AF=0.547368;AO=50;DP=93;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0170792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.752;QD=23.126;RBI=0.0372956;REFB=-0.0458791;REVB=-0.0331551;RO=43;SAF=28;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158542;STB=0.508969;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0439465;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:43:43:50:52:0.547368:22:28:24:19:24:28:24:19 chr17 78935197 . C T 309.04 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0504584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.191;QD=16.0542;RBI=0.0597639;REFB=-0.0115037;REVB=-0.0320261;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930196;STB=0.552379;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0187309;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:15:19:20:23:15:19:20:23 chr17 79004893 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0298176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2032;QD=17.07;RBI=0.0319078;REFB=0.00615542;REVB=-0.0113587;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772378;STB=0.543256;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00584952;OID=.;OPOS=79004893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:14:17:22:13:14:17:22:13 chr17 79006850 . T C 298.16 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00564515;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.191;QD=20.9236;RBI=0.0198614;REFB=-0.0102459;REVB=0.0190423;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689677;STB=0.533311;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00899425;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:26:30:31:0.54386:10:20:16:11:11:20:15:11 chr17 79006900 . G A 488.59 PASS AF=0.522222;AO=45;DP=88;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0331228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.027;QD=21.7152;RBI=0.0465269;REFB=-0.0182955;REVB=0.0326746;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109506;STB=0.542162;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0153779;OID=.;OPOS=79006900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:40:43:45:47:0.522222:26:19:22:18:26:21:23:20 chr17 79089590 . A G 246.5 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0166512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.723;QD=24.6497;RBI=0.0297933;REFB=-0.0135408;REVB=0.0247058;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642457;STB=0.535684;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00962094;OID=.;OPOS=79089590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:6:11:13:10:6:11 chr17 79091103 . G T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00489622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.128;QD=8.69805;RBI=0.0113303;REFB=-0.00744861;REVB=-0.0102178;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0129848;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:11:3:2:5:11:3 chr17 79095144 . G A 547.61 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0366031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0249;QD=53.4253;RBI=0.058863;REFB=-0.0178897;REVB=0.0460985;RO=2;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932598;STB=0.571389;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00311966;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:41:2:3:37:38:0.926829:9:28:0:2:9:29:0:3 chr17 79139473 . C G 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0144581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.613;QD=29.0287;RBI=0.0392796;REFB=-0.00882576;REVB=0.0365219;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829872;STB=0.545822;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00412127;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:11:7:2:6:11:7:2:6 chr17 79140505 . C G 247.64 PASS AF=0.545455;AO=15;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.011401;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=133.497;QD=22.5129;RBI=0.117173;REFB=-0.00537421;REVB=-0.116617;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198362;STB=0.604511;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0029335;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:20:15:24:0.545455:4:11:8:7:7:17:10:10 chr17 79152798 . G A 568.6 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0182473;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.943;QD=29.9264;RBI=0.019548;REFB=-0.0233859;REVB=0.00701164;RO=28;SAF=20;SAR=30;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183982;STB=0.587266;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00900558;OID=.;OPOS=79152798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:28:26:50:50:0.657895:30:20:19:9:30:20:17:9 chr17 79163649 . G A 497.15 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0157587;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.487;QD=20.501;RBI=0.0178254;REFB=-0.0275304;REVB=0.00833111;RO=49;SAF=23;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893024;STB=0.504948;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0309567;OID=.;OPOS=79163649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:49:49:48:48:0.494845:25:23:23:26:25:23:23:26 chr17 79170576 . C T 294.9 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0720834;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.425;QD=27.4329;RBI=0.0785052;REFB=-0.0300163;REVB=0.0310974;RO=17;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213239;STB=0.618226;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0257781;OID=.;OPOS=79170576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:17:26:26:0.604651:18:8:10:7:18:8:10:7 chr17 79171967 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.695;QD=57.6764;RBI=0.168557;REFB=0;REVB=-0.168263;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100433;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 79172711 . G A 191.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00991815;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.311;QD=15.2882;RBI=0.0192532;REFB=-0.000249137;REVB=-0.016502;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33995;STB=0.715231;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000770952;OID=.;OPOS=79172711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:29:21:21:0.42:5:16:12:15:5:16:12:17 chr17 79173184 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6792;QD=53.9112;RBI=0.0218541;REFB=0;REVB=-0.00803158;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319118;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr17 79173224 . T C,G 434.29 PASS AF=0.870968,0.129032;AO=27,4;DP=31;FAO=27,4;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=5,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142807,-0.0260307;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.0297,198.677;QD=56.0376;RBI=0.0231131,0.0320125;REFB=0,0;REVB=0.0181736,-0.0186334;RO=0;SAF=22,0;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00513285,0.137247;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:31:31:0:0:27,4:27,4:0.870968,0.129032:5,4:22,0:0:0:5,4:22,0:0:0 chr17 79174221 . T C 1700.29 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281107;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.122;QD=59.6593;RBI=0.0358174;REFB=-0.101014;REVB=0.0221963;RO=1;SAF=28;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555415;STB=0.502923;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00127666;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:85:28:0:1:85:28:0:1 chr17 79182778 . T C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0214348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6201;QD=22.3964;RBI=0.023628;REFB=0.0106965;REVB=-0.00994131;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453611;STB=0.502536;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0106981;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:11:14:13:10:11:14:13:10 chr17 79205736 . G A 293.67 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.039297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5508;QD=13.502;RBI=0.0842961;REFB=-0.0385152;REVB=0.074576;RO=52;SAF=24;SAR=9;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459797;STB=0.528301;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0642677;OID=.;OPOS=79205736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:33:34:0.390805:9:24:36:16:9:25:37:16 chr17 79206137 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00293653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.43;QD=12.8607;RBI=0.0078043;REFB=-0.00720454;REVB=-0.00723076;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.685728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00647535;OID=.;OPOS=79206137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:2:5:3:4:2:5:3:5 chr17 79220016 . T C 454.34 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0101591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.914;QD=17.4747;RBI=0.0465032;REFB=-0.0157088;REVB=-0.0453799;RO=55;SAF=30;SAR=19;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201689;STB=0.612199;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0183724;OID=.;OPOS=79220016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:19:30:22:33:19:30:22:33 chr17 79220400 . C T 237.16 PASS AF=0.227545;AO=38;DP=167;FAO=38;FDP=167;FR=.;FRO=129;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=0.00601672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.225;QD=5.68054;RBI=0.0134033;REFB=-0.00922214;REVB=0.011977;RO=128;SAF=14;SAR=24;SRF=75;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27097;STB=0.666993;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0346433;OID=.;OPOS=79220400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:128:129:38:38:0.227545:24:14:75:53:24:14:76:53 chr17 79223847 . A G 120.73 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0124471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.528;QD=14.6338;RBI=0.015761;REFB=-0.0232579;REVB=0.00966843;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22794;STB=0.615223;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0187847;OID=.;OPOS=79223847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:6:12:6:8:7:12 chr17 79226362 . G A 327.52 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0241237;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9279;QD=20.1551;RBI=0.029812;REFB=-0.00397009;REVB=0.0175156;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035064;STB=0.519469;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00411067;OID=.;OPOS=79226362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:20:14:14:17:20:14:14:17 chr17 79244802 . T C 520.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.029;QD=59.4376;RBI=0.025466;REFB=0;REVB=0.0131515;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55059e-05;OID=.;OPOS=79244802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:15:18:0:0:15:20:0:0 chr17 79255998 . G A 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0405421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2084;QD=16.412;RBI=0.0474763;REFB=-0.00300091;REVB=0.024705;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00636575;OID=.;OPOS=79255998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:9:7:5:9:9:7 chr17 79279017 . C G 65.65 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0396649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1199;QD=11.4171;RBI=0.0554215;REFB=-0.0186207;REVB=0.0387072;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0283077;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:7:7:4:5:7:7 chr17 79386952 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0194176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.702;QD=15.7004;RBI=0.0223462;REFB=-0.0157199;REVB=-0.0110594;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511096;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0193951;OID=.;OPOS=79386952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:10:5:6:12:10:5:6:13 chr17 79409309 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.186;QD=35.5759;RBI=0.0265878;REFB=0;REVB=-0.0254025;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240597;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 79414307 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.187;QD=52.6128;RBI=0.0275011;REFB=0;REVB=0.027139;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116119;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr17 79418770 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7228;QD=56.0112;RBI=0.026881;REFB=-0.0959036;REVB=0.016593;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000332155;OID=.;OPOS=79418770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:0:1:20:14:0:1 chr17 79424516 . A G 323.07 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.185;QD=53.8442;RBI=0.0250221;REFB=0;REVB=0.00141046;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106357;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr17 79429852 . C T 904.81 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00741244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.631;QD=56.5504;RBI=0.0243276;REFB=0.0898839;REVB=0.0231708;RO=0;SAF=49;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76558e-08;STB=0.505049;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00133557;OID=.;OPOS=79429852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:14:49:0:0:14:49:1:0 chr17 79507108 . G C 33.66 PASS AF=0.380952;AO=5;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.051808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1124;QD=6.4117;RBI=0.0558601;REFB=-0.125891;REVB=0.0208876;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441171;STB=0.713848;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.26527;OID=.;OPOS=79507108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:21:21:15:13:5:8:0.380952:3:2:12:3:4:4:11:2 chr17 79507170 . T C,G 396.0 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=24,3;DP=27;FAO=26,3;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000348456,0.0140063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.799,87.9788;QD=54.6208;RBI=0.0458089,0.0406485;REFB=0,0;REVB=0.0458076,0.0381592;RO=0;SAF=14,2;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00235479,0.234639;OID=.,.;OPOS=79507170,79507170;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:27:29:0:0:24,3:26,3:0.896552,0.103448:10,1:14,2:0:0:13,0:13,3:0:0 chr17 79508400 . T C 732.13 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305321;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.476;QD=63.663;RBI=0.0324933;REFB=0;REVB=0.0111176;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43761e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr17 79511135 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.588;QD=63.8716;RBI=0.00959035;REFB=0;REVB=0.00324699;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18755e-05;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr17 79514832 . G A 174.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0167681;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.419;QD=18.9074;RBI=0.0366386;REFB=-0.00182735;REVB=0.0325764;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227404;STB=0.629483;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0013458;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:8:11:6:12:8:11 chr17 79514849 . C T 191.16 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0216832;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.845;QD=22.4899;RBI=0.0241997;REFB=-0.00904169;REVB=-0.0107455;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309741;STB=0.684499;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.051574;OID=.;OPOS=79514849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:12:7:11:3:12:7:12:3 chr17 79525118 . T G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0362325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.952;QD=16.7272;RBI=0.0362868;REFB=-0.00143995;REVB=-0.0019847;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395422;STB=0.738827;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00120468;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:12:4:12:6:12:4:13:6 chr17 79526402 . G C 329.39 PASS AF=0.651163;AO=26;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0262648;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.373;QD=30.6411;RBI=0.0262651;REFB=-0.0199902;REVB=-0.000134817;RO=15;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856406;STB=0.540606;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00947989;OID=.;OPOS=79526402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:15:26:28:0.651163:17:9:7:8:18:10:7:8 chr17 79540598 . T C 798.66 PASS AF=1;AO=50;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4547;QD=57.0473;RBI=0.054117;REFB=0;REVB=0.00587861;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014767;OID=.;OPOS=79540598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:50:56:1:30:20:0:0:31:25:0:0 chr17 79571637 . C G 575.97 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00334869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0766;QD=23.9986;RBI=0.0298409;REFB=-0.0060583;REVB=-0.0296524;RO=42;SAF=26;SAR=27;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088651;STB=0.553172;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00411746;OID=.;OPOS=79571637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:43:53:53:0.552083:27:26:16:26:27:26:16:27 chr17 79580416 . A G 44.05 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0185439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.27;QD=2.51729;RBI=0.0515873;REFB=-0.00477519;REVB=-0.0481391;RO=61;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177568;STB=0.512792;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0410923;OID=.;OPOS=79580416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:61:61:9:9:0.128571:4:5:33:28:4:5:33:28 chr17 79589242 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.484;QD=59.5018;RBI=0.0339251;REFB=0;REVB=0.0247351;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8479e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr17 79596811 . C T 689.45 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00380811;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.495;QD=58.6763;RBI=0.00817007;REFB=0.00161609;REVB=0.0072283;RO=2;SAF=17;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521232;STB=0.527765;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-6.34623e-06;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:28:17:2:0:28:17:2:0 chr17 79609410 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.494;QD=55.6559;RBI=0.0643746;REFB=0;REVB=0.0156737;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126337;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr17 79612161 . C T 1229.01 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000594848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.629;QD=57.8359;RBI=0.0280823;REFB=-0.052039;REVB=0.028076;RO=2;SAF=51;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583545;STB=0.501679;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000558617;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:85:85:2:3:82:82:0.964706:31:51:1:1:31:51:2:1 chr17 79612333 . G A 151.87 PASS AF=0.933333;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00543399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.37;QD=40.4995;RBI=0.0767731;REFB=-0.128924;REVB=0.0765805;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00140587;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:11:14:0.933333:5:6:1:0:5:9:1:0 chr17 79612382 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7993;QD=39.2062;RBI=0.0542393;REFB=0;REVB=0.0309681;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000673529;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr17 79612397 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.13;QD=44.6897;RBI=0.0258195;REFB=0;REVB=-0.0239942;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429722;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 79612413 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.695;QD=45.8066;RBI=0.0498913;REFB=0;REVB=0.00619894;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120261;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 79612442 . CT C,CC 438.49 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=5,25;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275061,0.0255256;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.201,181.694;QD=56.5799;RBI=0.0376701,0.0282535;REFB=0,0;REVB=0.0257381,0.012112;RO=0;SAF=2,16;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0503781,0.000334758;OID=.,.;OPOS=79612443,79612443;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:5,25:31:1,30:31:0:0,18:1,12:0:0:4:0:2,16:3,9:0:0 chr17 79614481 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.355;QD=44.6897;RBI=0.0280188;REFB=0;REVB=-0.0144421;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5316e-05;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 280.8 PASS AF=0.870968;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00335701;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=4;MLLD=289.241;QD=36.2318;RBI=0.0219699;REFB=-0.0225989;REVB=-0.0217119;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517753;STBP=0.65;TYPE=del;VARB=0.00381559;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870968:25:28:27:31:4:10:17:2:2:14:0:9:16:0:0 chr17 79637349 . T C 1570.81 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422357;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.617;QD=59.8405;RBI=0.0427441;REFB=0;REVB=0.00657262;RO=0;SAF=33;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196172;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:71:33:0:0:71:34:0:0 chr17 79770740 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0826003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.334;QD=7.7622;RBI=0.0829919;REFB=0.00550204;REVB=0.00805266;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590332;STB=0.847705;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0091325;OID=.;OPOS=79770740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:1:12:2:4:1:12 chr17 79784105 . A G 97.79 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0130129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.859;QD=18.6265;RBI=0.0152057;REFB=-0.0704517;REVB=-0.00786628;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.545376;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0693477;OID=.;OPOS=79784105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:9:9:11:12:0.571429:3:8:6:3:3:9:6:3 chr17 79803101 . A G 304.9 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0561053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1702;QD=26.5128;RBI=0.0636485;REFB=0.00429706;REVB=-0.0300555;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726478;STB=0.540163;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00446696;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:13:14:8:11:13:14:8:11 chr17 79805134 . G A 122.35 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0171334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.999;QD=9.23368;RBI=0.0210869;REFB=-0.00388845;REVB=0.0122925;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226069;STB=0.650977;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00866516;OID=.;OPOS=79805134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:37:15:16:0.301887:9:6:22:15:10:6:22:15 chr17 79818260 . G T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0288932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.354;QD=32.9748;RBI=0.0555897;REFB=-0.0306819;REVB=0.047491;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500611;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.010526;OID=.;OPOS=79818260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:7:10:3:2:7:10:3:2 chr17 79825897 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.823;QD=51.9167;RBI=0.0446538;REFB=0;REVB=-0.0365821;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84652e-05;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr17 79848698 . T TG 54.11 PASS AF=0.533333;AO=2;DP=17;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0337389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.3569;QD=14.429;RBI=0.0761262;REFB=-0.0450267;REVB=0.0682414;RO=15;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033478;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=ins;VARB=0.0543121;OID=.;OPOS=79848699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:2:17:8:15:7:4:4:4:3:44:15:1:1:8:7 chr17 79872241 . A G 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.24;QD=53.3639;RBI=0.0360833;REFB=-0.117977;REVB=0.0105298;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00063505;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:1:0:14:15:1:0 chr17 79880994 . CA AC 44.45 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0174196;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=46.7438;QD=3.951;RBI=0.0384408;REFB=-0.0213828;REVB=-0.0342674;RO=35;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204673;STB=0.64518;STBP=0.386;TYPE=mnp;VARB=0.213213;OID=.;OPOS=79880994;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:45:45:35:37:8:8:0.177778:2:6:21:14:2:6:22:15 chr17 79891147 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.925;QD=57.2365;RBI=0.0295358;REFB=0;REVB=0.0172026;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180954;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr17 79899272 . A G 579.18 PASS AF=1;AO=25;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235726;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.448;QD=60.966;RBI=0.110345;REFB=0;REVB=0.107797;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373753;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:25:38:1:9:16:0:0:18:20:0:0 chr17 79899283 . C T 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00817236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.761;QD=19.9919;RBI=0.00952345;REFB=-0.0135034;REVB=0.00488964;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355247;STB=0.693688;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00891123;OID=.;OPOS=79899283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:5:17:9:13:5:17:10:13 chr17 79899495 . G A 790.51 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0229853;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.651;QD=51.8368;RBI=0.0240838;REFB=-0.0472964;REVB=0.00719046;RO=3;SAF=30;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013264;STB=0.507359;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00177036;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:61:3:3:57:58:0.95082:27:30:2:1:28:30:2:1 chr17 79899698 . G A 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659678;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.457;QD=63.8846;RBI=0.036419;REFB=0;REVB=0.0358166;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205007;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr17 79954544 . T A,G 1372.74 PASS AF=0.923913,0.0652174;AO=79,6;DP=86;FAO=85,6;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=38,2;FSAR=47,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00876287,0.00603619;FXX=0.0416623;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.924,105.365;QD=59.6845;RBI=0.0504298,0.00603649;REFB=-0.064348,-0.023243;REVB=0.0496626,5.95797e-05;RO=0;SAF=34,2;SAR=45,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40017e-08,0;STB=0.505262,0.555378;STBP=0.515,0.627;TYPE=snp,snp;VARB=0.000486118,0.0237721;OID=.,.;OPOS=79954544,79954544;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:86:92:0:1:79,6:85,6:0.923913,0.0652174:45,4:34,2:0:0:47,4:38,2:0:1 chr17 79974731 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.769;QD=57.6785;RBI=0.0464777;REFB=0;REVB=0.0323772;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49578e-06;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr17 79976582 . G A 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3988;QD=56.9949;RBI=0.0601405;REFB=0;REVB=0.0590371;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833074;OID=.;OPOS=79976582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr17 79980756 . C A 223.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.307;QD=49.5757;RBI=0.103537;REFB=0;REVB=0.0904154;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015904;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr17 80006957 . A C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.61;QD=55.654;RBI=0.0204167;REFB=0;REVB=0.00814002;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113842;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 80007887 . A G 1388.75 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0304106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6573;QD=54.9999;RBI=0.0372566;REFB=-0.00805302;REVB=-0.0215232;RO=4;SAF=41;SAR=56;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133039;STB=0.50702;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00247356;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:4:4:97:97:0.960396:56:41:1:3:56:41:1:3 chr17 80008392 . G T 1294.75 PASS AF=0.988506;AO=80;DP=82;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0709926;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5833;QD=59.5288;RBI=0.0710964;REFB=-0.0224398;REVB=-0.00384047;RO=1;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956538;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00525035;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:87:1:1:80:86:0.988506:49:31:0:1:49:37:0:1 chr17 80009155 . GT GC,GG 288.36 PASS AF=0.608696,0.26087;AO=12,6;DP=24;FAO=14,6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12,6;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027105,0.00144298;FXX=0.0416493;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.8227,134.359;QD=50.1491;RBI=0.0702728,0.00399328;REFB=0,0;REVB=-0.0702205,0.00372345;RO=0;SAF=10,6;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0386209,0.0216631;OID=.,.;OPOS=80009156,80009156;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.608696,0.26087:12,6:24:14,6:23:0:12,6:2,0:0:0:41:0:10,6:2,0:0:0 chr17 80013235 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.068;QD=57.5451;RBI=0.0235193;REFB=0;REVB=0.00811156;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11671e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr17 80013662 . C T 521.15 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0132314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1155;QD=15.1059;RBI=0.0226867;REFB=-0.0250044;REVB=-0.0184286;RO=74;SAF=28;SAR=29;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06341;STB=0.516009;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0367236;OID=.;OPOS=80013662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:138:74:81:57:57:0.413043:29:28:41:33:29:28:42:39 chr17 80019183 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0019589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.306;QD=24.2461;RBI=0.0135529;REFB=-0.0158717;REVB=0.0134105;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159779;STB=0.50889;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.012259;OID=.;OPOS=80019183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:10:10:13:12:10:10 chr17 80039481 . G A 246.86 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0289284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8146;QD=17.9531;RBI=0.0296609;REFB=0.0167503;REVB=0.00655118;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291925;STB=0.66421;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0145265;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:17:11:19:8:17:11 chr17 80040034 . A G 129.03 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0456429;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7511;QD=19.1156;RBI=0.0456546;REFB=-0.02424;REVB=-0.0010343;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110077;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0694811;OID=.;OPOS=80040034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:10:13:14:14:0.518519:5:9:5:5:5:9:8:5 chr17 80044211 . G A 619.36 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00639886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7328;QD=27.2248;RBI=0.0356683;REFB=-0.0195779;REVB=0.0350896;RO=36;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670479;STB=0.536514;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0137633;OID=.;OPOS=80044211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:28:27:21:15:28:27:21:15 chr17 80051183 . A G 519.24 PASS AF=0.515464;AO=49;DP=96;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00182138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.089;QD=21.4119;RBI=0.0569696;REFB=-0.00227347;REVB=-0.0569405;RO=47;SAF=23;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115814;STB=0.505783;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00261494;OID=.;OPOS=80051183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:47:49:50:0.515464:26:23:22:25:26:24:22:25 chr17 80059596 . T C 75.39 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00912589;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.029;QD=9.42313;RBI=0.0139889;REFB=-0.00923465;REVB=-0.0106022;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710738;STB=0.604653;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0313366;OID=.;OPOS=80059596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:34:32:24:22:10:10:0.3125:3:7:18:6:3:7:18:4 chr17 80071244 . T C 97.67 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00308609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2975;QD=13.4724;RBI=0.0620826;REFB=-0.0215844;REVB=0.0620059;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664552;STB=0.538858;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0296219;OID=.;OPOS=80071244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:11:6:5:7:11:6 chr17 80071450 . G A 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0571809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.398;QD=13.0877;RBI=0.0572827;REFB=-0.0271586;REVB=-0.0034145;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208253;STB=0.631394;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0236292;OID=.;OPOS=80071450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:6:7:14:5:6:7:15:5 chr17 80085633 . A G 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00167819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.558;QD=13.2136;RBI=0.0356302;REFB=-0.00351108;REVB=-0.0355907;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219594;STB=0.631363;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00245409;OID=.;OPOS=80085633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:16:6:2:12:16:6 chr17 80085703 . G T 179.82 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0619058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.309;QD=15.9837;RBI=0.113407;REFB=-0.0111287;REVB=-0.0950202;RO=24;SAF=18;SAR=1;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252032;STB=0.734361;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0135263;OID=.;OPOS=80085703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:26:19:19:0.422222:1:18:21:3:1:18:21:5 chr17 80086386 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0325048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.603;QD=14.5584;RBI=0.0344556;REFB=-0.0285098;REVB=0.0114292;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175336;STB=0.599921;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0267824;OID=.;OPOS=80086386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:18:17:17:9:18:17 chr17 80086389 . C T 207.36 PASS AF=0.373134;AO=26;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0144791;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.067;QD=12.3795;RBI=0.0208656;REFB=-0.00661741;REVB=0.0150243;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226394;STB=0.607057;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0255233;OID=.;OPOS=80086389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:42:26:25:0.373134:16:10:24:16:15:10:24:18 chr17 80086395 . T C 321.91 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00875857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.224;QD=16.5082;RBI=0.0087885;REFB=-0.0193343;REVB=-0.00072466;RO=43;SAF=12;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21589;STB=0.621551;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.036005;OID=.;OPOS=80086395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:23:12:24:19:23:12:24:19 chr17 80099639 . C A 237.7 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0116294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9543;QD=18.643;RBI=0.0270843;REFB=0.0125061;REVB=-0.0244605;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092369;STB=0.551958;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0138446;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:13:13:10:15:13:13 chr17 80103737 . T C 207.78 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=-0.0170016;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.067;QD=11.2312;RBI=0.0204844;REFB=-0.0154159;REVB=-0.0114261;RO=48;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125215;STB=0.57178;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0296496;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:48:48:26:26:0.351351:19:7:9:39:19:7:9:39 chr17 80136418 . C T 212.12 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0505426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7131;QD=16.6365;RBI=0.0639844;REFB=-0.0129053;REVB=0.0392359;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616093;STB=0.52354;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0208167;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:10:12:17:11:10:13:17:11 chr17 80151881 . G A 707.26 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00879741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.479;QD=23.1889;RBI=0.008983;REFB=-0.0195672;REVB=0.0018166;RO=52;SAF=38;SAR=30;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167616;STB=0.590883;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0167634;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:54:68:68:0.557377:30:38:18:34:30:38:19:35 chr17 80159566 . T C 758.68 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.02986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.178;QD=53.2406;RBI=0.0712918;REFB=0.0159403;REVB=-0.0647371;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348843;STB=0.518512;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00872325;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:29:26:2:0:29:26:2:0 chr17 80159665 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0205569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.197;QD=8.81171;RBI=0.0280507;REFB=-0.011661;REVB=0.0190854;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406483;STB=0.52495;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0332673;OID=.;OPOS=80159665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:10:13:6:4:10:13 chr17 80195402 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0351962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.452;QD=5.19097;RBI=0.0414359;REFB=-0.0127967;REVB=0.0218668;RO=26;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278058;STB=0.691663;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0383732;OID=.;OPOS=80195402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:1:6:18:8:1:6:18:8 chr17 80195582 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.209;QD=53.362;RBI=0.0324518;REFB=0.0119064;REVB=0.0261216;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=8.42761e-05;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:0:1:16:13:0:1 chr17 80280865 . G A 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00275378;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.925;QD=10.7136;RBI=0.00438851;REFB=-0.0174762;REVB=-0.00341697;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339053;STB=0.705341;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.021698;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:3:11:15:14:3:11:15:14 chr17 80320561 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00221226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.817;QD=13.3134;RBI=0.00429527;REFB=-0.0319578;REVB=0.00368175;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192285;STB=0.610636;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0159668;OID=.;OPOS=80320561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:15:18:8:14:15:18 chr17 80320728 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00700962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.253;QD=8.402;RBI=0.0103128;REFB=-0.0109999;REVB=0.00756435;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31818;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0191674;OID=.;OPOS=80320728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:11:10:2:7:11:10 chr17 80350331 . G A 465.81 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0257176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.318;QD=15.2724;RBI=0.0433373;REFB=-0.00924619;REVB=0.0348816;RO=71;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696098;STB=0.530627;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0161571;OID=.;OPOS=80350331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:70:51:52:0.42623:29:22:26:45:30:22:26:44 chr17 80373452 . C T 106.15 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0580294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4907;QD=9.65035;RBI=0.0594929;REFB=-0.026799;REVB=-0.0131147;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191067;STB=0.615207;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0426509;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:29:31:13:13:0.295455:8:5:16:13:8:5:17:14 chr17 80377690 . T G 48.26 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00142117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8106;QD=12.8682;RBI=0.00531163;REFB=-0.0303029;REVB=0.00511798;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358511;STB=0.685728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0289228;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:2:5:2:5:2:5:3:5 chr17 80391684 . A G 288.67 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.104159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.618;QD=16.263;RBI=0.113916;REFB=-0.0183708;REVB=-0.0461258;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113127;STB=0.506362;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0291066;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:21:11:13:26:21:11:13:26 chr17 80394530 . G T 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0357481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.091;QD=30.4278;RBI=0.0964871;REFB=-0.04309;REVB=0.0896205;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216717;STB=0.620525;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0193684;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:10:5:4:1:10:5:4:1 chr17 80452592 . G C 48.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.114446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.483;QD=13.9538;RBI=0.115899;REFB=-0.0108902;REVB=0.0182978;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119821;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:4:3:2:4:4:3:3:4 chr17 80614933 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9799;QD=52.6125;RBI=0.0260789;REFB=0;REVB=0.0230225;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059165;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr17 80615040 . A C 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.942;QD=58.7765;RBI=0.0220163;REFB=0;REVB=-0.00360947;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44465e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr17 80615643 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00404857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.648;QD=20.1601;RBI=0.0566977;REFB=-0.0207428;REVB=0.056553;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260868;STB=0.64979;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0114999;OID=.;OPOS=80615643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:3:13:8:6:3:13:8:6 chr17 80674643 . C G 433.92 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187936;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.046;QD=57.8553;RBI=0.10436;REFB=0;REVB=-0.102654;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100218;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr17 80696410 . A C 469.31 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000712098;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.01;QD=58.6635;RBI=0.0197031;REFB=0;REVB=0.0196903;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117943;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr17 80700592 . T C 758.13 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333186;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.786;QD=57.2175;RBI=0.0338588;REFB=0;REVB=0.00602376;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47984e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr17 80706928 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0228638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6065;QD=15.293;RBI=0.0608584;REFB=0.00704814;REVB=0.0564003;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22915;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0058772;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:5:4:2:7:5:4 chr17 80788465 . T C 227.82 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0214829;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.106;QD=20.7106;RBI=0.0215608;REFB=-0.0065737;REVB=0.00183059;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297617;STB=0.696266;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00490359;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:22:23:22:0.5:13:10:16:4:13:9:18:4 chr17 80788492 . A G 303.31 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00715013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.897;QD=25.8139;RBI=0.00898327;REFB=0.00464251;REVB=0.00543828;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21977;STB=0.620935;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00231173;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:13:14:16:4:13:14:16:4 chr17 80863857 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.276;QD=60.9781;RBI=0.00934046;REFB=0;REVB=-0.0046451;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78838e-05;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr17 80887244 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0232133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.226;QD=9.91657;RBI=0.0299198;REFB=-0.00895931;REVB=-0.0188769;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0121485;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr17 80887451 . A G 286.23 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00160545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.065;QD=18.1736;RBI=0.0287462;REFB=-0.0283952;REVB=-0.0287013;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137254;STB=0.576872;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0225077;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:11:20:16:16:11:20:16:16 chr17 80895745 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.859;QD=58.6005;RBI=0.0385652;REFB=0;REVB=0.034652;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127695;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr17 80895769 . A G 868.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4502;QD=57.8779;RBI=0.0168266;REFB=0;REVB=-0.016697;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015337;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:26:34:0:0 chr17 80895933 . A G 62.38 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.552;QD=35.6464;RBI=0.104166;REFB=0;REVB=0.103973;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143279;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr17 80899281 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0152574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.221;QD=18.2489;RBI=0.0275174;REFB=-0.00520066;REVB=-0.0229002;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327611;STB=0.689341;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00532412;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:5:7:3:10:5:7 chr17 80904844 . C T 281.04 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00801942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.051;QD=21.2107;RBI=0.0151041;REFB=0.000368889;REVB=0.0127993;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424156;STB=0.523544;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.000202641;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:12:12:16:13:12:12 chr17 80992932 . A C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0240262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.546;QD=16.7848;RBI=0.0336196;REFB=-0.00345356;REVB=-0.0235164;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900336;STB=0.565366;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00466991;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:14:15:13:18:14:15:13:20 chr17 81006387 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0125522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.336;QD=15.6183;RBI=0.0245222;REFB=-0.0263719;REVB=-0.0210661;RO=25;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129588;STB=0.575253;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0228628;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:4:14:17:8:4:14:17:8 chr17 81006629 . C T 423.81 PASS AF=0.577465;AO=40;DP=69;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0135267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.828;QD=23.8768;RBI=0.0159963;REFB=-0.00652167;REVB=-0.00853875;RO=28;SAF=17;SAR=23;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274047;STB=0.508112;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0049151;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:28:30:40:41:0.577465:23:17:12:16:24:17:13:17 chr17 81009595 . C T 88.97 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0920297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0269;QD=27.3766;RBI=0.0996351;REFB=0.0068785;REVB=-0.0381796;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000843921;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:1:2:6:4:1:2 chr17 81043039 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.222;QD=21.5459;RBI=0.00156676;REFB=-0.0303761;REVB=0.00156676;RO=10;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240625;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:14:0:0:10:14:0:0:10 chr17 81050982 . G C 186.79 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0305297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.718;QD=19.6618;RBI=0.0305297;REFB=-0.0287206;REVB=-7.75e-06;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472314;STB=0.526732;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0399833;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:10:9:8:11:10:9 chr18 47492 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.561;QD=60.6103;RBI=0.0390661;REFB=0;REVB=0.0271224;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125841;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr18 48104 . T C 72.12 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00857212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.075;QD=4.72913;RBI=0.0708026;REFB=-0.0171486;REVB=0.0702818;RO=48;SAF=4;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280991;STB=0.687864;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0544159;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:8:4:27:21:8:4:28:21 chr18 49034 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.499;QD=53.2772;RBI=0.00718407;REFB=0;REVB=0.00252463;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73493e-05;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr18 49169 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.809;QD=51.9167;RBI=0.0167789;REFB=0;REVB=0.0152712;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132516;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr18 49546 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8308;QD=14.0445;RBI=0.00814187;REFB=0.0282518;REVB=0.00814187;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0541716;OID=.;OPOS=49546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:5:0:0:3:5:0:0:4 chr18 49548 . TT GC 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=246.984;QD=18.767;RBI=0.0189842;REFB=0.037935;REVB=-0.0189842;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0161198;OID=.;OPOS=49548;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr18 224131 . G A 199.7 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.000935246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.433;QD=9.50943;RBI=0.0126344;REFB=-0.0109028;REVB=-0.0125998;RO=58;SAF=10;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973208;STB=0.557394;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.02449;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:16:10:27:31:16:10:27:31 chr18 252559 . G A 806.1 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.702;QD=64.4882;RBI=0.0411189;REFB=0;REVB=0.0170155;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161527;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:18:32:0:0 chr18 319446 . C A 876.79 PASS AF=0.486486;AO=88;DP=178;FAO=90;FDP=185;FR=.;FRO=95;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.0030255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6907;QD=18.9576;RBI=0.00302589;REFB=-0.0146032;REVB=-4.86003e-05;RO=90;SAF=53;SAR=35;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175907;STB=0.580996;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0153036;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:185:90:95:88:90:0.486486:35:53:37:53:37:53:41:54 chr18 319512 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA 802.13 PASS AF=0.0827068,0.112782,0.12782,0.180451,0.458647;AO=15,5,16,20,27;DP=135;FAO=11,15,17,24,61;FDP=133;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0,5,9,23;FSAR=10,15,12,15,38;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.38247,-0.0589062,-0.195959,-0.131593,-0.0938262;FXX=0.0633758;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=1,1,2,3,4;MLLD=3.83197,15.9159,7.25321,10.1208,12.1831;QD=24.1241;RBI=0.383145,0.0666761,0.196035,0.131727,0.0941616;REFB=0.136303,0.0704158,0.0846707,0.0573014,0.0316849;REVB=-0.0227243,-0.0312371,-0.00545857,-0.00594021,-0.00793967;RO=9;SAF=0,0,4,6,11;SAR=15,5,12,14,16;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.808005,-0.663036,0.12882,0.134781,0.145522;STB=0.599847,0.5,0.586115,0.571372,0.530854;STBP=0.686,1,0.235,0.149,0.102;TYPE=del,snp,del,del,del;VARB=0.256376,-0.206849,0.181531,0.0498921,0.0594024;OID=.,.,.,.,.;OPOS=319513,319525,319513,319513,319513;OREF=A,A,AA,AAA,AAAA;OALT=-,G,-,-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/5:0.0827068,0.112782,0.12782,0.180451,0.458647:15,5,16,20,27:135:11,15,17,24,61:133:5:1,0,5,9,23:10,15,12,15,38:0:5:46:9:0,0,4,6,11:15,5,12,14,16:1:8 chr18 334742 . C T 786.04 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0277875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.169;QD=27.1048;RBI=0.032172;REFB=-0.016005;REVB=0.0162139;RO=44;SAF=27;SAR=45;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106891;STB=0.558019;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00866776;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:72:72:0.62069:45:27:23:21:45:27:23:21 chr18 334758 . T C 1797.71 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007587;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.886;QD=60.9392;RBI=0.0560666;REFB=0;REVB=0.0555509;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57743e-05;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:67:49:0:0:68:50:0:0 chr18 334994 . A G 586.2 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.00165121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.196;QD=23.448;RBI=0.0143655;REFB=-0.0275981;REVB=-0.0142703;RO=42;SAF=41;SAR=13;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289435;STB=0.525631;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0232529;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:46:54:54:0.54:13:41:32:10:13:41:33:13 chr18 346821 . C T 420.44 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00800515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1923;QD=16.4876;RBI=0.020318;REFB=-0.00765541;REVB=-0.0186746;RO=56;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738361;STB=0.541259;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00905092;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:24:22:31:25:24:22:31:25 chr18 580623 . T C 236.88 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0312145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.317;QD=20.1595;RBI=0.0323335;REFB=-0.00424943;REVB=-0.00843264;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573131;STB=0.532197;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0101489;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:8:15:17:7:8:15:17:7 chr18 581201 . T A 1026.64 PASS AF=0.492958;AO=104;DP=212;FAO=105;FDP=213;FR=.;FRO=108;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=0.0530266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9618;QD=19.2796;RBI=0.0591147;REFB=0.01553;REVB=0.0261289;RO=108;SAF=42;SAR=62;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141402;STB=0.57953;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0130535;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:108:108:104:105:0.492958:62:42:60:48:63:42:60:48 chr18 581203 . TT GA 1001.83 PASS AF=0.490476;AO=103;DP=210;FAO=103;FDP=210;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=0.0176435;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.662;QD=19.0825;RBI=0.0204786;REFB=-0.00615431;REVB=0.0103961;RO=107;SAF=42;SAR=61;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133861;STB=0.573689;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.00543779;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:107:107:103:103:0.490476:61:42:59:48:61:42:59:48 chr18 586736 . C T 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00515238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.589;QD=17.5533;RBI=0.0296393;REFB=-0.000914295;REVB=-0.029188;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13354;STB=0.574671;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000670964;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:20:16:24:17:20:16:24:17 chr18 658064 . G C 566.68 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.000630135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.934;QD=18.5796;RBI=0.0195859;REFB=-0.0182324;REVB=-0.0195758;RO=63;SAF=35;SAR=23;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157787;STB=0.503162;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0166114;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:63:63:58:59:0.483607:23:35:37:26:24:35:37:26 chr18 674320 . A G 251.84 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0193867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.036;QD=14.8139;RBI=0.0202993;REFB=-0.00640593;REVB=-0.00601825;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117926;STB=0.566183;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0159073;OID=.;OPOS=674320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:13:16:16:21:13:16:17:22 chr18 712568 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0596001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7694;QD=21.8419;RBI=0.0958839;REFB=0.0218793;REVB=0.0751103;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00448429;OID=.;OPOS=712568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr18 722355 . T G 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0157448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.483;QD=28.0294;RBI=0.016033;REFB=-0.0126973;REVB=-0.00302634;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453608;STB=0.525024;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00598505;OID=.;OPOS=722355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:16:11:8:9:16:11:8:9 chr18 722366 . T G,TG 240.59 PASS AF=0,0.522727;AO=3,22;DP=47;FAO=0,23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=0,9;FSAR=0,14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0186783,0.00497683;FXX=0.0638162;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=107.594,177.962;QD=21.8718;RBI=0.0224964,0.0235343;REFB=-0.0262221,-0.0263468;REVB=0.0125384,0.023002;RO=22;SAF=0,9;SAR=3,13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.602032,-0.121921;STB=0.5,0.564459;STBP=1,0.402;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0312321;OID=.,.;OPOS=722366,722367;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:44:22:21:3,22:0,23:0,0.522727:3,13:0,9:12:10:0,14:0,9:11:10 chr18 724612 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4244;QD=57.2002;RBI=0.132836;REFB=0;REVB=0.0576431;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359633;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr18 904766 . G C 251.67 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.877;QD=50.3343;RBI=0.0492752;REFB=0;REVB=0.0396629;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180435;OID=.;OPOS=904766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr18 907675 . G A 1046.7 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.124;QD=58.969;RBI=0.0686723;REFB=0;REVB=0.0466171;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039437;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:48:22:0:0:48:23:0:0 chr18 2538644 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.071275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0831;QD=12.782;RBI=0.118369;REFB=0.00640155;REVB=-0.0945042;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0193367;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr18 2539016 . C G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.541;QD=57.1758;RBI=0.0356873;REFB=0;REVB=0.0339099;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581924;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr18 2547500 . G T 329.02 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00672332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.4;QD=18.0284;RBI=0.0270593;REFB=0.00340239;REVB=0.0262107;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186391;STB=0.609114;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00354869;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:21:13:22:16:22:13:22:16 chr18 2616457 . G C 590.7 PASS AF=0.397661;AO=66;DP=169;FAO=68;FDP=171;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.000933706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.373;QD=13.8174;RBI=0.0389302;REFB=-0.0121367;REVB=0.038919;RO=103;SAF=29;SAR=37;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605705;STB=0.541748;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0198578;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:103:103:66:68:0.397661:37:29:51:52:39:29:51:52 chr18 2656248 . G C 124.1 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0844231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.002;QD=27.577;RBI=0.0879229;REFB=-0.040147;REVB=0.0245594;RO=5;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553229;STB=0.821279;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00607161;OID=.;OPOS=2656248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:18:5:5:12:13:0.722222:11:1:4:1:12:1:4:1 chr18 2705700 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6111;QD=53.276;RBI=0.028397;REFB=0;REVB=-0.012461;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579307;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr18 2707619 . G A 1585.39 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.214;QD=59.8262;RBI=0.0427571;REFB=0;REVB=-0.0059514;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8893e-05;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:104:106:1:52:52:0:0:52:54:0:0 chr18 2740714 . A G 689.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.053;QD=62.7062;RBI=0.0888359;REFB=0;REVB=0.085945;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438176;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:13:30:0:0:13:31:0:0 chr18 2750477 . A G 638.91 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0581227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1641;QD=59.4334;RBI=0.0596763;REFB=-0.123935;REVB=0.0135283;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00259495;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:1:0:25:17:1:0 chr18 2774946 . C T 443.62 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0404837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9651;QD=28.6204;RBI=0.0420295;REFB=-0.00774143;REVB=-0.011294;RO=21;SAF=22;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376774;STB=0.520495;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0023389;OID=.;OPOS=2774946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:19:22:10:11:19:22:10:11 chr18 2778979 . G T 1443.14 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0879449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.759;QD=61.4103;RBI=0.0988786;REFB=0.0818422;REVB=0.0451959;RO=1;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111534;STB=0.505746;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00823352;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:42:50:0:1:43:50:0:1 chr18 2891847 . C T 147.14 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0134551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.879;QD=17.311;RBI=0.0140135;REFB=-0.00794978;REVB=-0.0039165;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459956;STB=0.526283;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00989465;OID=.;OPOS=2891847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:11:7:7:9:11:7 chr18 2913431 . T C 1065.05 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00084094;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7179;QD=60.0026;RBI=0.0134234;REFB=0;REVB=0.013397;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111472;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:35:36:0:0 chr18 2914073 . TA T 59.28 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0600031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1576;QD=11.8552;RBI=0.106357;REFB=0.0835613;REVB=0.0878142;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400842;STB=0.698535;STBP=0.147;TYPE=del;VARB=-0.0560868;OID=.;OPOS=2914074;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:9:20:9:20:11:5:4:2:9:59:10:5:4:1:9 chr18 2920288 . G A 218.67 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0151887;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.141;QD=11.3597;RBI=0.0156652;REFB=-0.0202614;REVB=-0.00383444;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881768;STB=0.556172;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0350441;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:27:27:0.350649:12:15:31:18:12:15:32:18 chr18 2946291 . C T 2413.38 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.03815;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5846;QD=60.3344;RBI=0.0537344;REFB=-0.0818339;REVB=-0.0378413;RO=1;SAF=62;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761205;STB=0.504;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00183341;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:161:160:1:1:159:159:0.99375:97:62:1:0:97:62:1:0 chr18 3025464 . A G 404.99 PASS AF=0.342657;AO=49;DP=144;FAO=49;FDP=143;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.127073;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.698;QD=11.3285;RBI=0.127148;REFB=-0.00427161;REVB=-0.00437564;RO=93;SAF=22;SAR=27;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113114;STB=0.568232;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00724166;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:93:94:49:49:0.342657:27:22:51:42:27:22:52:42 chr18 3067278 . A G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00947001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.095;QD=13.2306;RBI=0.0476431;REFB=-0.0143292;REVB=-0.0466924;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0284251;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:9:8:16:12:9:8:17:12 chr18 3075503 . C CAAA 1246.8 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=93;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108753;FXX=0.129018;HRUN=0;LEN=3;MLLD=232.195;QD=61.5706;RBI=0.0223827;REFB=-0.0628904;REVB=0.0195631;RO=11;SAF=24;SAR=55;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00848456;STB=0.504424;STBP=0.61;TYPE=ins;VARB=0.000464235;OID=.;OPOS=3075504;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987654:79:93:80:81:1:24:56:0:1:3:11:24:55:3:8 chr18 3075712 . C A 214.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0191531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9168;QD=12.7977;RBI=0.0346496;REFB=-0.00184943;REVB=-0.0288747;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528949;STB=0.537285;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00167519;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:41:26:26:0.38806:13:13:22:18:13:13:23:18 chr18 3089522 . G T 482.7 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.024771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.858;QD=23.2626;RBI=0.026799;REFB=-0.0101647;REVB=-0.0102267;RO=37;SAF=24;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152858;STB=0.5084;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00751365;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:22:24:20:17:22:24:20:17 chr18 3126811 . A G 400.41 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00460224;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.877;QD=18.4098;RBI=0.00460896;REFB=-0.0197417;REVB=-0.000248851;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239486;STB=0.519383;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0231424;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:46:40:41:0.471264:21:19:23:23:22:19:23:23 chr18 3126888 . T C 322.52 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0277049;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.71;QD=19.2547;RBI=0.0545553;REFB=-0.0447097;REVB=0.046997;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013399;STB=0.507458;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0128256;OID=.;OPOS=3126888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:33:34:0.507463:16:17:16:16:17:17:17:16 chr18 3168816 . G A 299.58 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00725669;FXX=0.086192;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.774;QD=22.6096;RBI=0.00818611;REFB=-0.0164257;REVB=-0.00378853;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143689;STB=0.571382;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.017442;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:29:30:0.566038:14:15:16:7:14:16:16:7 chr18 3173964 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00953774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.699;QD=17.2888;RBI=0.0116798;REFB=0.000924323;REVB=0.00674158;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187889;STB=0.605167;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00178796;OID=.;OPOS=3173964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:12:21:13:17:12:21 chr18 3176040 . C G 1139.18 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0040373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.161;QD=59.178;RBI=0.0154871;REFB=-0.159785;REVB=0.0149516;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104009;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000396201;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:45:31:0:1:45:31:0:1 chr18 3176063 . C T 434.6 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0246512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3986;QD=20.9446;RBI=0.0438004;REFB=-0.0255023;REVB=0.0362049;RO=40;SAF=12;SAR=31;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275662;STB=0.653146;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0239859;OID=.;OPOS=3176063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:31:12:23:17:31:12:23:17 chr18 3188976 . A G 2498.31 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.887;QD=61.3082;RBI=0.0273597;REFB=0;REVB=0.0160754;RO=0;SAF=47;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207383;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:159:163:1:112:47:0:0:116:47:0:0 chr18 3256112 . A G 100.96 PASS AF=0.295455;AO=10;DP=42;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0281677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.466;QD=9.17825;RBI=0.0310963;REFB=-0.00849398;REVB=-0.0131743;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139321;STB=0.515765;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0236753;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:31:31:10:13:0.295455:6:4:16:15:6:7:16:15 chr18 3571217 . T C 687.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.536;QD=61.1516;RBI=0.115392;REFB=0;REVB=0.10918;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219852;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr18 3597403 . GTTTTAA GTTTAA,GTTTAAG,GTTTA,GTTTTA,TGTTTTA 198.87 PASS AF=0.2,0.08,0,0.64,0.04;AO=3,2,3,10,2;DP=24;FAO=5,2,0,16,1;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5,2,0,1,0;FSAR=0,0,0,15,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0296673,-0.0312372,0.0370695,0.0937827,0.0568282;FXX=0;HRUN=4,4,4,2,1;LEN=1,3,2,1,6;MLLD=12.9892,30.504,9.51078,16.6139,16.6383;QD=31.8192;RBI=0.255415,0.0959731,0.0688617,0.181992,0.0634625;REFB=-0.0375104,-0.0396694,0.00814743,0.0497767,0.0241713;REVB=-0.253686,-0.0907473,-0.0580326,0.155967,-0.0282496;RO=1;SAF=3,2,0,0,0;SAR=0,0,3,10,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-0.727144,-0.819712,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5,0.666403,0.989913;STBP=1,1,1,0.038,0.496;TYPE=del,mnp,del,del,mnp;VARB=-0.0105848,0.0688917,0.0265625,0.0754878,-0.0847306;OID=.,.,.,.,.;OPOS=3597404,3597407,3597407,3597408,3597403;OREF=T,TAA,TA,A,GTTTTA;OALT=-,AAG,-,-,TGTTTT;OMAPALT=GTTTAA,GTTTAAG,GTTTA,GTTTTA,TGTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:22:24:25:1:1:3,2,3,10,2:5,2,0,16,1:0.2,0.08,0,0.64,0.04:0,0,3,10,2:3,2,0,0,0:1:0:0,0,0,15,1:5,2,0,1,0:1:0 chr18 3597864 . A G 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0196727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.619;QD=11.5707;RBI=0.0207453;REFB=-0.00438991;REVB=-0.00658421;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978871;STB=0.556628;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0111613;OID=.;OPOS=3597864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:11:13:19:23:11:13:19:23 chr18 5292030 . A G 1194.27 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00600333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2723;QD=59.7133;RBI=0.0185978;REFB=-0.0362117;REVB=-0.0176023;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.50769;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000295756;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:32:47:0:0:32:47:0:1 chr18 5410574 . A G 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.032752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.47;QD=12.5472;RBI=0.0390304;REFB=-0.0162727;REVB=-0.0212291;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933423;STB=0.553551;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0277217;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:13:14:19:25:13:14:19:25 chr18 5416160 . T C 516.41 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=76;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00417456;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1266;QD=27.5417;RBI=0.0603356;REFB=-0.0506704;REVB=0.060191;RO=28;SAF=20;SAR=26;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457196;STB=0.519991;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0322634;OID=.;OPOS=5416160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:28:28:46:47:0.626667:26:20:14:14:26:21:14:14 chr18 5630531 . G A 1825.25 PASS AF=0.976378;AO=121;DP=128;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0284369;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.31;QD=57.4883;RBI=0.0398127;REFB=-0.0750858;REVB=0.0278638;RO=2;SAF=68;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194377;STB=0.502822;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000591394;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:128:127:2:3:121:124:0.976378:53:68:1:1:56:68:2:1 chr18 5955911 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.714;QD=57.2012;RBI=0.0216662;REFB=0;REVB=0.00965327;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50714e-05;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr18 5955932 . G A 370.72 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0889;QD=54.9215;RBI=0.120456;REFB=0;REVB=0.12045;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278161;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:10:16:0:1:11:16:0:0 chr18 5956145 . T C 783.55 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.768;QD=55.9679;RBI=0.0329582;REFB=0;REVB=0.00813301;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199513;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:23:31:0:0:23:33:0:0 chr18 5956238 . C T 1240.81 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156479;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.737;QD=59.0863;RBI=0.0157388;REFB=-0.13518;REVB=-0.001689;RO=0;SAF=57;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519226;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0013311;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:0:2:82:82:0.97619:25:57:0:0:25:57:0:2 chr18 5960076 . AT AA,TA 79.83 PASS AF=0.118644,0.118644;AO=8,8;DP=60;FAO=7,7;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6,1;FSAR=1,6;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0654809,-0.0154319;FXX=0.0166639;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=21.4007,131.229;QD=5.41243;RBI=0.0806458,0.0376696;REFB=-0.0519177,-0.00551214;REVB=-0.0470743,-0.0343636;RO=31;SAF=7,1;SAR=1,7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.371153,-0.600919;STB=0.699329,0.906382;STBP=0.373,0.074;TYPE=snp,mnp;VARB=0.183939,0.00633451;OID=.,.;OPOS=5960077,5960076;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:60:59:31:43:8,8:7,7:0.118644,0.118644:1,7:7,1:20:11:1,6:6,1:30:13 chr18 5960165 . G A 2027.76 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.345;QD=62.3927;RBI=0.0202632;REFB=0;REVB=-0.00710594;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59094e-06;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:63:66:0:0:64:66:0:0 chr18 6046717 . T C 381.54 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00582735;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8757;QD=13.2711;RBI=0.0311742;REFB=0.00735171;REVB=0.0306247;RO=68;SAF=27;SAR=18;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199175;STB=0.60412;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0107537;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:68:70:45:45:0.391304:18:27:28:40:18:27:30:40 chr18 6455000 . C T 1363.29 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174591;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.561;QD=62.6798;RBI=0.0192225;REFB=0;REVB=0.00804249;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180194;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:44:41:0:0:45:42:0:0 chr18 6455037 . T C 1341.99 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000631535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.91;QD=61.7008;RBI=0.027002;REFB=0;REVB=0.0269946;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09743e-05;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:47:40:0:0 chr18 6588865 . T C 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00856524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.658;QD=18.1183;RBI=0.0198329;REFB=-0.000300223;REVB=0.017888;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188164;STB=0.60682;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000383314;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:13:7:10:8:13:7 chr18 6851058 . C G 462.3 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0091897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6067;QD=17.7806;RBI=0.011847;REFB=-0.0185875;REVB=-0.00747672;RO=53;SAF=21;SAR=29;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118424;STB=0.561121;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0124493;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:54:50:50:0.480769:29:21:29:24:29:21:29:25 chr18 6889973 . A G 376.87 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00739123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.654;QD=16.2095;RBI=0.0165232;REFB=-0.0160954;REVB=-0.0147779;RO=50;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108672;STB=0.544649;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0144638;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:50:53:40:40:0.430108:18:22:22:28:18:22:25:28 chr18 6890434 . A G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0188349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.947;QD=20.9024;RBI=0.0188365;REFB=-0.00860427;REVB=-0.000246499;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217468;STB=0.512041;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00975772;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:12:16:18:15:12:16 chr18 6898573 . G T 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0466322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.852;QD=3.07317;RBI=0.051802;REFB=-0.00805248;REVB=-0.0225584;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235749;STB=0.517183;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0646586;OID=.;OPOS=6898573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:13:24:4:2:13:24 chr18 6912143 . A C 438.47 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3077;QD=53.1479;RBI=0.0476893;REFB=-0.108465;REVB=-0.0385944;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133849;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00646035;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:19:12:1:1:19:13:0:1 chr18 6928179 . C CT 201.85 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214286;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.2716;QD=42.4951;RBI=0.0479406;REFB=0;REVB=-0.0428849;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000826548;OID=.;OPOS=6928180;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:14:5:0:0:4:17:2:0:12:5 chr18 6928180 . G T 202.56 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209518;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.036;QD=45.0136;RBI=0.0519575;REFB=-0.198864;REVB=-0.0475458;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00431809;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:18:1:1:17:17:0.944444:5:12:1:0:5:12:1:0 chr18 6949217 . G A 72.51 PASS AF=0.137615;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0208204;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5793;QD=2.66106;RBI=0.0283683;REFB=-0.00598418;REVB=0.0192684;RO=93;SAF=8;SAR=7;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188963;STB=0.517219;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0400433;OID=.;OPOS=6949217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:110:109:93:94:15:15:0.137615:7:8:51:42:7:8:52:42 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 97.06 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0203832;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=12;MLLD=297.332;QD=7.6129;RBI=0.0206235;REFB=-0.00435842;REVB=0.00313846;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114204;STB=0.507924;STBP=0.994;TYPE=del;VARB=0.0107494;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:12:40:13:51:38:8:5:23:15:97:19:7:5:9:10 chr18 6980523 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.332;QD=58.9616;RBI=0.0253582;REFB=0;REVB=0.0188364;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4223e-05;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr18 6985631 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.616;QD=55.0984;RBI=0.0232143;REFB=0;REVB=0.0143056;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028142;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr18 6999628 . T C 213.48 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00406552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4042;QD=16.1117;RBI=0.0106428;REFB=-0.0114348;REVB=-0.00983573;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570018;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0160386;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:13:11:13:15:13:11:14:15 chr18 7002376 . G A 151.88 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00142542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.338;QD=8.55685;RBI=0.00885082;REFB=-0.0164797;REVB=0.00873529;RO=50;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909361;STB=0.554003;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0464259;OID=.;OPOS=7002376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:11:10:20:30:11:10:20:30 chr18 7567803 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.533;QD=40.7629;RBI=0.0812177;REFB=0;REVB=0.0782515;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682829;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr18 8069868 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.776;QD=59.4341;RBI=0.0870139;REFB=0;REVB=0.0765879;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170754;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr18 8387195 . G A 1540.52 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.098;QD=59.826;RBI=0.0506286;REFB=0;REVB=0.045065;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127611;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr18 8387219 . G C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.42;QD=59.6769;RBI=0.0617627;REFB=0;REVB=0.0278764;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239546;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr18 8471976 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0160211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1624;QD=9.93167;RBI=0.0177686;REFB=0.00423903;REVB=-0.00768423;RO=35;SAF=2;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461032;STB=0.784794;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00935226;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:13:2:16:19:13:2:16:19 chr18 8545736 . A G 267.6 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00479616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.518;QD=21.8447;RBI=0.0254791;REFB=-0.0217677;REVB=0.0250236;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275039;STB=0.667139;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0267782;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:19:6:12:11:19:6:13:11 chr18 8545785 . A G 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0410622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.289;QD=18.3443;RBI=0.0512751;REFB=-0.0221775;REVB=-0.0307088;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237188;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0121081;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:8:10:9:8:8:10 chr18 8545823 . T C 187.85 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00249634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1706;QD=20.3085;RBI=0.00823217;REFB=-0.0450897;REVB=-0.00784455;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116263;STB=0.565645;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0456502;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:10:8:11:8:10:8 chr18 8545859 . A G 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00206001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6596;QD=18.4823;RBI=0.0310071;REFB=-0.00649661;REVB=-0.0309386;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710901;STB=0.504039;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00542292;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:12:9:8:11:12:9 chr18 8720092 . G T 140.31 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0128034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4262;QD=7.79513;RBI=0.0643601;REFB=0.00345029;REVB=-0.0630738;RO=49;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239381;STB=0.662373;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0108846;OID=.;OPOS=8720092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:52:20:20:0.277778:7:13:22:27:7:13:22:30 chr18 8720368 . C T 653.44 PASS AF=0.714286;AO=55;DP=77;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0697537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.036;QD=33.9447;RBI=0.0709664;REFB=-0.0290563;REVB=0.0130633;RO=22;SAF=29;SAR=26;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144827;STB=0.507806;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0111152;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:22:22:55:55:0.714286:26:29:11:11:26:29:11:11 chr18 8783835 . T C 312.45 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0127763;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.321;QD=29.0652;RBI=0.0136131;REFB=-0.0153729;REVB=-0.00469936;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395016;STB=0.511537;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0198406;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:16:27:27:0.627907:16:11:7:8:16:11:7:9 chr18 8784370 . A G 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00320115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.023;QD=59.0188;RBI=0.0212372;REFB=-0.00729786;REVB=-0.0209946;RO=1;SAF=57;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825505;STB=0.504347;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=4.24232e-05;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:51:57:1:0:51:57:1:0 chr18 8786354 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0133481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.022;QD=15.2589;RBI=0.0181542;REFB=-0.00759322;REVB=0.0123046;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00922712;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:3:3:5:2:3:3 chr18 8809445 . G C 1582.34 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135689;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2933;QD=59.7108;RBI=0.0859163;REFB=0;REVB=0.084838;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881795;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:49:56:0:0:49:57:0:0 chr18 8826083 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.218;QD=62.022;RBI=0.0250633;REFB=0;REVB=0.0245042;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5414e-05;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr18 9117867 . T C 1352.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884445;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.671;QD=62.187;RBI=0.0272591;REFB=0;REVB=0.0257843;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184535;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr18 9255982 . A G 802.02 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4856;QD=64.1612;RBI=0.020639;REFB=0;REVB=0.00706336;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230426;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:44:50:1:22:22:0:0:27:23:0:0 chr18 9258111 . G T 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0767915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.289;QD=4.15687;RBI=0.0772252;REFB=0.000443239;REVB=-0.00817305;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200546;STB=0.624574;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00986232;OID=.;OPOS=9258111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:33:26:27:6:6:0.181818:4:2:13:13:4:2:13:14 chr18 9258756 . G T 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0268806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.463;QD=7.27374;RBI=0.0356539;REFB=-0.0132343;REVB=-0.0234229;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128798;STB=0.593048;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0486948;OID=.;OPOS=9258756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:7:4:15:17:7:4:16:17 chr18 9402174 . A G 72.45 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0438962;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.57;QD=5.36662;RBI=0.0450819;REFB=-0.00737358;REVB=-0.0102713;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125655;STB=0.564792;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0284138;OID=.;OPOS=9402174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:55:54:41:43:11:11:0.203704:7:4:19:22:7:4:19:24 chr18 9516896 . CCTT C 48.68 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0139582;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=3;MLLD=211.847;QD=6.71465;RBI=0.0226869;REFB=-0.00849488;REVB=-0.0178847;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385455;STB=0.739278;STBP=0.109;TYPE=del;VARB=0.0119633;OID=.;OPOS=9516897;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:9:30:9:29:20:2:7:11:9:48:20:2:7:11:9 chr18 9518126 . G A 668.52 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00948918;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7244;QD=19.3772;RBI=0.0342315;REFB=-0.014513;REVB=0.03289;RO=71;SAF=34;SAR=33;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134974;STB=0.50746;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0179062;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:33:34:35:36:33:34:35:36 chr18 9562042 . C T 294.45 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.016267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.261;QD=28.0427;RBI=0.0300271;REFB=-0.0246109;REVB=0.0252391;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167165;STB=0.509218;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0132546;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:14:12:7:9:14:12:7:9 chr18 9618005 . A G 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1105;QD=60.5988;RBI=0.048143;REFB=0;REVB=0.0403777;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106702;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr18 9618049 . C T 526.65 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.568;QD=56.9348;RBI=0.0329359;REFB=-0.0238613;REVB=-0.0112349;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000285367;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:0:1:22:14:0:1 chr18 9886988 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00469061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.219;QD=13.4417;RBI=0.0125673;REFB=-0.0374937;REVB=-0.0116592;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0497092;OID=.;OPOS=9886988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:5:8:5:5:5:8 chr18 9887149 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0349433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.292;QD=18.7441;RBI=0.0351853;REFB=-0.0326555;REVB=0.0041199;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219787;STB=0.62471;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0142958;OID=.;OPOS=9887149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:0:4:6:1:0:4 chr18 9887497 . G A 122.97 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0268823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.111;QD=37.8376;RBI=0.188009;REFB=-0.0101594;REVB=0.186077;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.015631;OID=.;OPOS=9887497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr18 9888027 . C T 385.85 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00202098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.908;QD=14.8405;RBI=0.00593745;REFB=-0.0125917;REVB=-0.00558291;RO=60;SAF=16;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927045;STB=0.552269;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0242048;OID=.;OPOS=9888027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:28:16:27:33:28:16:27:33 chr18 9955960 . A G 1268.18 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0776928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.825;QD=59.6789;RBI=0.0776995;REFB=-0.140432;REVB=0.00102189;RO=2;SAF=36;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300365;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000966955;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:2:1:83:84:0.988235:47:36:1:1:48:36:1:0 chr18 10389918 . C T 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00315413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.526;QD=3.54655;RBI=0.0197273;REFB=0.00607347;REVB=-0.0194736;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382575;STB=0.764003;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0237841;OID=.;OPOS=10389918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:15:24:2:5:15:24 chr18 10454960 . C G 298.39 PASS AF=0.96;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0912834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.569;QD=47.7417;RBI=0.0915864;REFB=-0.00700703;REVB=0.00744371;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00429256;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:25:1:1:22:24:0.96:11:11:0:1:11:13:0:1 chr18 10487918 . C T 439.46 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0385666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1876;QD=21.9731;RBI=0.0402519;REFB=0.0127214;REVB=0.0115254;RO=37;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829517;STB=0.545751;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00936677;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:19:24:17:20:19:24:17:20 chr18 10741011 . G A 1054.59 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00253897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.436;QD=57.0049;RBI=0.0146874;REFB=-0.147742;REVB=0.0144663;RO=2;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214341;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000359495;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:39:33:1:1:39:33:1:1 chr18 10748603 . A T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00552751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.583;QD=5.68915;RBI=0.0107753;REFB=-0.00525078;REVB=-0.00924954;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0325245;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:9:10:3:3:9:10 chr18 10752666 . C T 146.96 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0150944;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.888;QD=15.4698;RBI=0.0185936;REFB=-0.00715244;REVB=0.0108572;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218426;STB=0.605137;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0121505;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:15:16:0.421053:7:8:7:15:8:8:7:15 chr18 10758023 . G A 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.511;QD=64.1527;RBI=0.00352622;REFB=0;REVB=0.00155737;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31703e-06;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr18 10762962 . G A 1151.69 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0407264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3744;QD=56.8736;RBI=0.051234;REFB=-0.0432354;REVB=0.0310851;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230769;STB=0.518068;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0172026;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:2:3:78:78:0.962963:40:38:0:2:40:38:0:3 chr18 10763007 . T C 1084.02 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796349;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.726;QD=60.2232;RBI=0.0160216;REFB=0;REVB=0.0139023;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265478;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr18 10787047 . G A 779.82 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.546;QD=56.7144;RBI=0.0460465;REFB=0;REVB=0.00769074;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63362e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:38:16:0:0:38:17:0:0 chr18 11609727 . C A 71.64 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0412502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.461;QD=7.54146;RBI=0.0426121;REFB=-0.0267134;REVB=0.0106867;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0665026;OID=.;OPOS=11609727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:9:10:0.263158:5:4:14:14:5:5:14:14 chr18 11609754 . G A 348.77 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0132485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.373;QD=39.8595;RBI=0.0168405;REFB=0.0141985;REVB=0.0103962;RO=7;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395811;STB=0.521457;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00224547;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:15:13:4:3:15:13:4:3 chr18 11609863 . G A 857.45 PASS AF=0.822785;AO=65;DP=82;FAO=65;FDP=79;FR=.;FRO=14;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00779464;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.827;QD=43.4154;RBI=0.0146482;REFB=-0.0254356;REVB=0.0124022;RO=11;SAF=40;SAR=25;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120616;STB=0.572542;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00145323;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:82:79:11:14:65:65:0.822785:25:40:2:9:25:40:3:11 chr18 11609903 . CA GG 1309.27 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232725;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.349;QD=62.3463;RBI=0.0234264;REFB=0;REVB=0.00268054;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000148765;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:43:41:0:0 chr18 11609978 . C T 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0023152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7455;QD=8.25112;RBI=0.00719067;REFB=-0.00807997;REVB=0.00680776;RO=58;SAF=4;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468128;STB=0.783009;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0102779;OID=.;OPOS=11609978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:19:4:31:27:19:4:31:27 chr18 11609981 . T C 148.53 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0144233;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.816;QD=7.61666;RBI=0.0145496;REFB=-0.0116058;REVB=-0.00191281;RO=56;SAF=3;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533956;STB=0.829704;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0262196;OID=.;OPOS=11609981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:56:57:21:21:0.269231:18:3:31:25:18:3:32:25 chr18 11609994 . C T 149.52 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.025538;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.411;QD=9.64619;RBI=0.0255943;REFB=-0.00440518;REVB=0.00169707;RO=43;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298405;STB=0.669462;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.017095;OID=.;OPOS=11609994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:43:42:20:20:0.322581:15:5:21:22:15:5:20:22 chr18 11610001 . A G 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00814157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.566;QD=10.8534;RBI=0.0187598;REFB=-0.0163682;REVB=0.016901;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331887;STB=0.695454;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0124261;OID=.;OPOS=11610001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:16:5:20:19:16:5:20:19 chr18 11610024 . A G 192.86 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0269997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.427;QD=14.835;RBI=0.0351858;REFB=-0.0408184;REVB=-0.0225622;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737932;STB=0.542333;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0320604;OID=.;OPOS=11610024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:16:6:10:20:16:6:10:20 chr18 11610042 . G A 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0206874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.61;QD=16.0273;RBI=0.0208419;REFB=-0.0102166;REVB=-0.00253324;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492855;STB=0.512637;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0116538;OID=.;OPOS=11610042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:17:8:8:21:17:8:9:21 chr18 11610052 . T C 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0152271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.437;QD=22.3898;RBI=0.0192927;REFB=-0.0283029;REVB=-0.0118466;RO=26;SAF=9;SAR=25;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785219;STB=0.543452;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0187489;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:25:9:9:17:25:9:9:17 chr18 11610073 . G A 592.57 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00506381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.054;QD=30.0034;RBI=0.0134632;REFB=0.0160637;REVB=0.0124746;RO=27;SAF=23;SAR=29;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462445;STB=0.525052;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00753932;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:27:52:52:0.658228:29:23:10:17:29:23:10:17 chr18 11610121 . G A 105.38 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0328425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5305;QD=5.33581;RBI=0.115601;REFB=-0.00405672;REVB=0.110838;RO=62;SAF=8;SAR=9;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767867;STB=0.548235;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0231244;OID=.;OPOS=11610121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:62:62:17:17:0.21519:9:8:33:29:9:8:33:29 chr18 11610149 . G A 80.41 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00213298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.33;QD=4.28835;RBI=0.00928668;REFB=-0.00160129;REVB=0.00903841;RO=61;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229173;STB=0.648745;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0116116;OID=.;OPOS=11610149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:9:5:33:28:9:5:33:28 chr18 11610162 . GG AT,GC 947.09 PASS AF=0.164179,0.835821;AO=11,54;DP=67;FAO=11,56;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=4,30;FSAR=7,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836259,-0.0299765;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=219.885,44.4678;QD=56.5429;RBI=0.0222986,0.0362127;REFB=0,0;REVB=0.0206711,0.0203167;RO=0;SAF=4,29;SAR=7,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0032473,-0.00741336;OID=.,.;OPOS=11610162,11610163;OREF=GG,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:67:67:0:0:11,54:11,56:0.164179,0.835821:7,25:4,29:0:0:7,26:4,30:0:0 chr18 11610349 . G A 816.66 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4669;QD=57.3092;RBI=0.13694;REFB=0;REVB=0.0869421;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284131;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:47:57:1:27:20:0:0:35:22:0:0 chr18 11610362 . G C 291.74 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00571462;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.234;QD=22.8814;RBI=0.0200779;REFB=-0.01349;REVB=-0.0192474;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258503;STB=0.522457;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00945057;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:22:29:29:0.568627:17:12:8:13:17:12:8:14 chr18 11610382 . C A 400.17 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5259;QD=53.3554;RBI=0.105893;REFB=0.0621573;REVB=0.0317333;RO=1;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01983;STB=0.510631;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000271281;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:23:6:0:1:23:6:0:1 chr18 11619552 . C T 114.36 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.102;QD=41.5838;RBI=0.0427384;REFB=0;REVB=0.0387015;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137089;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:8:3:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 908.68 PASS AF=0.969697;AO=57;DP=70;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0190965;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.468;QD=55.0713;RBI=0.054726;REFB=-0.0794165;REVB=0.0512861;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294565;STB=0.514281;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.00302136;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969697:57:70:64:66:2:30:34:0:2:6:2:26:31:0:2 chr18 11625886 . T C 1438.86 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6517;QD=62.5589;RBI=0.00940965;REFB=0;REVB=-0.0042473;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31588e-05;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr18 11639356 . G C 795.06 PASS AF=0.513514;AO=75;DP=148;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00307849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.322;QD=21.488;RBI=0.0213436;REFB=-0.0248186;REVB=0.0211204;RO=72;SAF=38;SAR=37;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188104;STB=0.507118;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0258358;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:72:75:76:0.513514:37:38:38:34:37:39:38:34 chr18 11853053 . A G 790.25 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.176;QD=63.2197;RBI=0.0422877;REFB=0;REVB=0.0299478;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002337;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:18:29:0:0:20:30:0:0 chr18 11853731 . A G 1402.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169331;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.399;QD=63.022;RBI=0.00976075;REFB=0;REVB=0.00961275;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168446;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr18 12008391 . C T 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0436599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.609;QD=26.3129;RBI=0.0437153;REFB=-0.0104058;REVB=0.00220002;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880355;STB=0.563717;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00848493;OID=.;OPOS=12008391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:9:13:6:7:9:13:6:8 chr18 12094031 . G T 339.92 PASS AF=0.928571;AO=23;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0460639;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.6758;QD=48.5597;RBI=0.0570279;REFB=-0.0525473;REVB=0.0336199;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.56245;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0208495;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:23:26:0.928571:16:7:0:0:19:7:2:0 chr18 12254956 . G A 501.97 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0350501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0337;QD=24.7885;RBI=0.0479462;REFB=-0.0425346;REVB=0.0327159;RO=32;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310234;STB=0.504465;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0235547;OID=.;OPOS=12254956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:34:47:47:0.580247:24:23:17:15:24:23:17:17 chr18 12348285 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.287;QD=60.6093;RBI=0.0323972;REFB=0;REVB=0.0133601;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100587;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr18 12351342 . C T 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.164;QD=64.2843;RBI=0.0352811;REFB=0;REVB=0.0133266;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63698e-05;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr18 12448203 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0146633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.992;QD=12.4132;RBI=0.0217006;REFB=-0.0212774;REVB=-0.015997;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103988;STB=0.515405;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0272011;OID=.;OPOS=12448203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:23:23:0.383333:10:13:20:16:10:13:20:17 chr18 12760740 . T A 171.17 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0303252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3896;QD=17.5556;RBI=0.110163;REFB=-0.0110807;REVB=-0.105906;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05159;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00997299;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:10:8:10:10:10:8:10:11 chr18 12830961 . C T 162.04 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00317473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6103;QD=20.9089;RBI=0.00322525;REFB=-0.0351242;REVB=-0.000568628;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233972;STB=0.632027;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.028218;OID=.;OPOS=12830961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:5:9:6:11:5:9 chr18 12984144 . C A 221.24 PASS AF=0.6;AO=19;DP=33;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0409061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1707;QD=25.2848;RBI=0.0416716;REFB=-0.00902309;REVB=-0.00795023;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481957;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0124121;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:14:19:21:0.6:12:7:6:8:12:9:6:8 chr18 13001512 . G C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0187969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.285;QD=16.4059;RBI=0.0189021;REFB=-0.0200722;REVB=-0.00199178;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657879;STB=0.537031;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.022548;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:13:18:19:18:13:18:19:18 chr18 13038431 . A G 476.81 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00311977;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.197;QD=21.673;RBI=0.0604558;REFB=-0.00219588;REVB=0.0603752;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200382;STB=0.610305;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00244276;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:21:25:13:29:21:25:13:29 chr18 13068132 . T C 637.24 PASS AF=0.538462;AO=60;DP=114;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0307092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.995;QD=21.7861;RBI=0.0307568;REFB=-0.023635;REVB=0.00171148;RO=54;SAF=41;SAR=19;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696981;STB=0.54606;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0265019;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:54:54:60:63:0.538462:19:41:33:21:19:44:33:21 chr18 13069782 . C T 107.95 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00643183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.382;QD=13.0847;RBI=0.0246968;REFB=-0.00689326;REVB=-0.0238445;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.583207;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0191045;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:8:12:6:7:8:12 chr18 13092424 . G A 457.94 PASS AF=0.623188;AO=41;DP=67;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0301381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.873;QD=26.5471;RBI=0.0304789;REFB=-0.0163474;REVB=0.00454559;RO=26;SAF=24;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340449;STB=0.52579;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00907876;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:26:26:41:43:0.623188:17:24:14:12:17:26:14:12 chr18 13095609 . T C 536.42 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.026009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.091;QD=23.841;RBI=0.0264018;REFB=-0.0245895;REVB=0.00453739;RO=40;SAF=20;SAR=30;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062328;STB=0.534233;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0200494;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:30:20:19:21:30:20:19:21 chr18 13100451 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000171966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.367;QD=23.8208;RBI=0.000175003;REFB=-0.00220104;REVB=3.24623e-05;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04913;STB=0.527421;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00168127;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:8:9:13:9:8:9 chr18 13116432 . G T 986.44 PASS AF=0.536723;AO=95;DP=178;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0182447;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.361;QD=22.2925;RBI=0.0183725;REFB=-0.000146273;REVB=0.00216283;RO=82;SAF=38;SAR=57;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117385;STB=0.564207;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000114994;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:82:82:95:95:0.536723:57:38:44:38:57:38:44:38 chr18 13646107 . A C 208.56 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0107815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.357;QD=9.48009;RBI=0.029943;REFB=-0.00620692;REVB=0.0279346;RO=61;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36172;STB=0.710467;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.014907;OID=.;OPOS=13646107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:10:17:19:42:10:17:19:42 chr18 13826232 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00701923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.866;QD=10.1733;RBI=0.0105773;REFB=-0.0403506;REVB=-0.00791261;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0326044;OID=.;OPOS=13826232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:3:6:1:5:3:6 chr18 13885141 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0750359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8716;QD=12.7388;RBI=0.0809124;REFB=-0.0232354;REVB=0.0302728;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627031;STB=0.874062;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0277574;OID=.;OPOS=13885141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:8:2:7:1:8:2 chr18 14105016 . C A 505.92 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117702;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.673;QD=59.5195;RBI=0.0367097;REFB=0;REVB=-0.0347716;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643093;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr18 14105853 . C A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7963;QD=57.5442;RBI=0.00652849;REFB=0;REVB=0.00274395;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09629e-05;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr18 14105923 . T C 698.06 PASS AF=0.962264;AO=52;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013933;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=284.185;QD=52.6839;RBI=0.0139652;REFB=-0.141905;REVB=-0.0009471;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.520825;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000345078;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:1:2:52:51:0.962264:29:23:1:0:28:23:2:0 chr18 14186497 . G C 393.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.965;QD=56.2195;RBI=0.0192711;REFB=0;REVB=-0.0181521;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84763e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr18 14187273 . C G 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00817896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.886;QD=5.71701;RBI=0.00872358;REFB=-0.00536769;REVB=-0.00303403;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109243;STB=0.571247;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0302551;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:3:5:15:13:3:5:15:13 chr18 14187304 . G A 50.95 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.02607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.132;QD=5.36312;RBI=0.0260968;REFB=-0.00351432;REVB=0.00118257;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112662;STB=0.574136;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0257969;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:16:14:3:5:16:14 chr18 14524966 . T C 151.69 PASS AF=0.215517;AO=25;DP=116;FAO=25;FDP=116;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0103419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.596;QD=5.23081;RBI=0.0453649;REFB=0.00102003;REVB=0.0441703;RO=91;SAF=12;SAR=13;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598473;STB=0.53716;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00174941;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:91:91:25:25:0.215517:13:12:48:43:13:12:48:43 chr18 14533105 . G C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0104866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.311;QD=12.8974;RBI=0.0159357;REFB=-0.00446703;REVB=-0.0119991;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459238;STB=0.526994;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00878372;OID=.;OPOS=14533105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:4:13:22:8:4:13:22:8 chr18 14537949 . A G 242.36 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0107411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.355;QD=14.9146;RBI=0.0110591;REFB=-0.0109053;REVB=-0.00263274;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857841;STB=0.553808;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.016207;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:37:28:28:0.430769:14:14:20:14:14:14:22:15 chr18 14542648 . C A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0140625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.305;QD=21.0081;RBI=0.034517;REFB=0.00399202;REVB=0.0315225;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891855;STB=0.549264;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00130823;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:20:10:6:19:20:10:6:19 chr18 14542890 . G C 40.3 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.088029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.16;QD=14.6546;RBI=0.0931656;REFB=-0.0117846;REVB=-0.0305077;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0283256;OID=.;OPOS=14542890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:1:4:3:2:2:4:3:2 chr18 14543057 . T G 516.49 PASS AF=0.543478;AO=46;DP=90;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00312365;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.847;QD=22.4559;RBI=0.00553248;REFB=-0.032926;REVB=0.00456631;RO=43;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087298;STB=0.547872;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0240304;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:43:42:46:50:0.543478:27:19:22:21:29:21:22:20 chr18 14543098 . C T 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00864391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.639;QD=21.4826;RBI=0.014321;REFB=-0.0134325;REVB=-0.0114181;RO=41;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028197;STB=0.501557;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0109421;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:24:21:19:22:24:21:19:22 chr18 14543139 . T C 1093.53 PASS AF=1;AO=64;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1574;QD=59.9197;RBI=0.0819247;REFB=0;REVB=-0.032223;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101334;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:64:73:1:38:26:0:0:39:34:0:0 chr18 14752957 . G A 1037.17 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2228;QD=59.2666;RBI=0.015943;REFB=0;REVB=0.00725426;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72656e-05;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr18 14759244 . G C 967.77 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00631228;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.649;QD=56.1026;RBI=0.00631452;REFB=-0.0663687;REVB=-0.000168317;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205397;STB=0.501087;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000236351;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:69:2:2:67:67:0.971014:31:36:1:1:31:36:1:1 chr18 14848820 . C T 979.48 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00337419;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.818;QD=57.6164;RBI=0.0210888;REFB=0.00980351;REVB=0.0208171;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000415358;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:33:33:1:0:34:33:1:0 chr18 19079853 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.434;QD=62.3145;RBI=0.0417572;REFB=0;REVB=0.0174607;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61337e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:54:32:0:0:54:32:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 396.17 PASS AF=0.57971;AO=34;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0270401;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.199;QD=22.9662;RBI=0.0270436;REFB=-0.0506041;REVB=0.000436101;RO=29;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330365;STB=0.69378;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0415703;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57971:34:69:40:69:29:12:28:22:7:99:29:12:22:22:7 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 248.27 PASS AF=0.418605,0.162791;AO=11,8;DP=45;FAO=18,7;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=7,7;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.146579,0.00259805;FXX=0.0444346;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=57.1703,62.7446;QD=23.0952;RBI=0.147865,0.0211697;REFB=-0.128919,-0.0808727;REVB=0.0194616,0.0210096;RO=18;SAF=4,8;SAR=7,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0281499,0.780109;STB=0.556898,0.998173;STBP=0.473,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.144221,0.0994377;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605,0.162791:11,8:45:18,7:43:18:7,7:11,0:9:9:99:18:4,8:7,0:7:11 chr18 19153494 . C T 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.00224173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1623;QD=21.5314;RBI=0.00225035;REFB=-0.000134432;REVB=-0.000196789;RO=31;SAF=27;SAR=10;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41569;STB=0.729605;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000133085;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:10:27:7:24:10:27:7:24 chr18 19154143 . G A 574.93 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.253;QD=60.5185;RBI=0.0236601;REFB=0;REVB=-0.0111143;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18623e-05;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr18 19231208 . T A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0119627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.632;QD=10.1421;RBI=0.0370835;REFB=0.0040517;REVB=-0.035101;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396744;STB=0.739321;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0060282;OID=.;OPOS=19231208;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:3:9:10:15:3:9:10:15 chr18 19373962 . T TATG 752.6 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0057574;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=224.767;QD=61.4365;RBI=0.00658541;REFB=-0.0695469;REVB=0.00319688;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=ins;VARB=0.00141756;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979592:47:49:48:49:1:21:27:1:0:5:1:20:27:1:0 chr18 19373993 . G A 163.73 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0117885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.932;QD=13.3658;RBI=0.0118323;REFB=-0.00539564;REVB=-0.0010171;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249236;STB=0.644292;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0124189;OID=.;OPOS=19373993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:10:21:8:10:10:21 chr18 19444661 . A C 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0234216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3021;QD=13.7243;RBI=0.0245615;REFB=-0.00303432;REVB=-0.00739554;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174095;STB=0.599054;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00689301;OID=.;OPOS=19444661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:17:13:27:18:17:13:27:18 chr18 19450386 . T C 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00601075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.657;QD=29.0498;RBI=0.0162073;REFB=-0.0625859;REVB=-0.0150515;RO=5;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168208;STB=0.592476;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0148426;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:11:3:0:5:11:3:0:5 chr18 19508949 . G A 310.25 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489557;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.627;QD=53.9572;RBI=0.0492593;REFB=0;REVB=0.00546087;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381066;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr18 19840623 . A G 920.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4331;QD=58.4571;RBI=0.102945;REFB=0;REVB=0.0356845;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079661;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:36:25:0:0:37:26:0:0 chr18 19995729 . T C 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00468538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.12;QD=9.6005;RBI=0.0114215;REFB=-0.0103143;REVB=-0.0104162;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400364;STB=0.523782;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0162706;OID=.;OPOS=19995729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:7:10:23:14:7:10:23:14 chr18 19995753 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.277;QD=57.1052;RBI=0.0258015;REFB=0;REVB=-0.0155201;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26808e-05;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr18 19996011 . G A 680.21 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2543;QD=60.4628;RBI=0.048865;REFB=-0.152082;REVB=0.0431869;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523646;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:1:0:44:45:1:22:22:1:0:22:23:0:0 chr18 20953720 . G A 158.54 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0487495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6459;QD=17.1398;RBI=0.076143;REFB=-0.0164767;REVB=0.0584914;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134977;STB=0.595486;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0236805;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:11:5:4:16:11:6:4:16 chr18 21017836 . T C 735.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979249;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292;QD=56.6147;RBI=0.0134987;REFB=0;REVB=0.009291;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24677e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr18 21100240 . C T 1452.82 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0342078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.226;QD=57.5374;RBI=0.0424852;REFB=-0.196484;REVB=0.0251957;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903516;STB=0.509432;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0016262;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:2:99:99:0.980198:47:52:1:0:47:52:2:0 chr18 21109250 . T C 561.11 PASS AF=1;AO=18;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897042;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.546;QD=60.6607;RBI=0.0909284;REFB=0;REVB=0.0148705;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196064;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:18:37:1:15:3:0:0:27:10:0:0 chr18 21112206 . C T 440.69 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000199846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.382;QD=19.5864;RBI=0.0133489;REFB=-0.0024629;REVB=-0.0133474;RO=46;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727345;STB=0.545434;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00297851;OID=.;OPOS=21112206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:43:44:0.488889:20:23:21:25:20:24:21:25 chr18 21119777 . G A 741.24 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.66;QD=55.9429;RBI=0.0228741;REFB=0;REVB=0.0215092;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04048e-05;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr18 21120444 . T C 404.47 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.173;QD=55.7886;RBI=0.0407469;REFB=0;REVB=0.00978806;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295834;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr18 21124945 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.099;QD=62.9825;RBI=0.0404977;REFB=0;REVB=-0.0103884;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310993;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr18 21140432 . T C 38.12 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0289488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.999;QD=10.1652;RBI=0.0375608;REFB=0.00571921;REVB=0.0239327;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00362055;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr18 21141343 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000253921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.002;QD=15.7727;RBI=0.00298749;REFB=0.00143474;REVB=0.00297667;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469799;STB=0.526562;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00252228;OID=.;OPOS=21141343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:18:15:11:16:18:15 chr18 21413869 . T C 1614.05 PASS AF=1;AO=95;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.855;QD=60.3381;RBI=0.077019;REFB=0;REVB=0.076338;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152941;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:95:107:1:51:44:0:0:62:45:0:0 chr18 21511089 . A G 1712.62 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.789;QD=60.6236;RBI=0.0344425;REFB=0;REVB=-0.0157164;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88748e-05;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:60:52:0:0:60:53:0:0 chr18 21710321 . C T 1765.87 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.396;QD=60.8919;RBI=0.0194276;REFB=0;REVB=-0.0190124;RO=0;SAF=39;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01944e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:75:39:0:0:75:41:0:0 chr18 21712554 . C T 186.12 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0216411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.189;QD=12.4079;RBI=0.0308636;REFB=-0.0260977;REVB=0.0220051;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210619;STB=0.62059;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0438444;OID=.;OPOS=21712554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:12:25:11:12:12:25 chr18 21736933 . T G 1113.62 PASS AF=1;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832621;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.068;QD=61.0203;RBI=0.00907381;REFB=0;REVB=0.00360669;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01128e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr18 21759055 . G C 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0511477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.562;QD=16.7306;RBI=0.0517075;REFB=-0.0182987;REVB=-0.00758781;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104336;STB=0.558643;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0164979;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:19:17:18:13:19:17 chr18 21759190 . G C 94.85 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0236329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.7756;QD=22.3166;RBI=0.0265112;REFB=-0.0642087;REVB=0.0120137;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141139;STB=0.538385;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0543719;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:17:17:3:3:8:10:0.588235:3:5:1:2:5:5:1:2 chr18 22009559 . CTTAA C 689.88 PASS AF=1;AO=54;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163272;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.995;QD=47.5781;RBI=0.0203526;REFB=0;REVB=0.0121511;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.69632e-05;OID=.;OPOS=22009560;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:59:58:58:0:20:38:0:0:12:1:20:34:0:1 chr18 22020543 . C G 854.15 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371325;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.852;QD=57.9083;RBI=0.037176;REFB=0;REVB=0.00179667;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02485e-05;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:35:24:0:0 chr18 23597811 . T C 508.25 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00858166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.137;QD=56.4721;RBI=0.0273676;REFB=0.0120927;REVB=0.0259873;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=1.73647e-05;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:11:24:0:0:11:24:1:0 chr18 23866185 . G C 490.74 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0294431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.927;QD=22.3062;RBI=0.0420165;REFB=-0.0165734;REVB=-0.0299748;RO=41;SAF=28;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302993;STB=0.516701;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0131525;OID=.;OPOS=23866185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:19:28:23:18:19:28:23:18 chr18 23873463 . T C 2463.36 PASS AF=0.993827;AO=140;DP=164;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208284;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.926;QD=60.8237;RBI=0.0535114;REFB=-0.102884;REVB=0.0492915;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.502762;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000168367;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:162:0:1:140:161:0.993827:75:65:0:0:90:71:0:1 chr18 23879134 . T C 79.79 PASS AF=0.4;AO=12;DP=27;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00305818;FXX=0.0740466;HRUN=10;LEN=1;MLLD=225.314;QD=12.7666;RBI=0.00365783;REFB=0.00200415;REVB=-0.0020068;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165053;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:25:12:15:12:10:0.4:8:4:6:6:6:4:6:9 chr18 23879142 . T A,TA 149.6 PASS AF=0.137931,0.482759;AO=8,7;DP=29;FAO=4,14;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=3,4;FSAR=1,10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.130715,0.0329946;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=22.5926,20.2752;QD=20.6339;RBI=0.132395,0.0638721;REFB=0.0752567,-0.00483053;REVB=-0.0210208,0.05469;RO=14;SAF=5,1;SAR=3,6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.343095,-0.237013;STB=0.816794,0.507032;STBP=0.22,0.984;TYPE=snp,ins;VARB=0.0473055,0.00819545;OID=.,.;OPOS=23879142,23879143;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:29:29:14:11:8,7:4,14:0.137931,0.482759:3,6:5,1:4:10:1,10:3,4:3:8 chr18 24035399 . A G 409.7 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0373;QD=56.5098;RBI=0.0522473;REFB=0;REVB=-0.0517609;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128704;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr18 24127313 . C T 276.84 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=107;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0676436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.07;QD=10.2532;RBI=0.0676636;REFB=-0.00394097;REVB=-0.00164499;RO=72;SAF=17;SAR=18;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115277;OID=.;OPOS=24127313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:72:72:35:36:0.333333:18:17:34:38:19:17:34:38 chr18 24269386 . G A 553.06 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.00644047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.051;QD=24.5803;RBI=0.0277008;REFB=-0.0244367;REVB=-0.0269417;RO=39;SAF=15;SAR=36;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03655;STB=0.519992;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0128668;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:36:15:10:29:36:15:10:29 chr18 25531125 . CTTTTT CTTTCC,CTTTCT,CT 221.13 PASS AF=0.0416667,0.458333,0.5;AO=3,2,3;DP=22;FAO=1,11,12;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,2;FSAR=1,11,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023903,0.0230173,0.112877;FXX=0.142806;HRUN=15,15,15;LEN=2,1,4;MLLD=115.72,120.425,12.5505;QD=36.8547;RBI=0.103394,0.114972,0.198921;REFB=-0.133683,-0.13436,-0.22057;REVB=-0.100593,-0.112644,-0.163794;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=3,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.125271,-0.0376628,0.0367572;OID=.,.,.;OPOS=25531129,25531129,25531126;OREF=TT,T,TTTT;OALT=CC,C,-;OMAPALT=CTTTCC,CTTTCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0416667,0.458333,0.5:3,2,3:22:1,11,12:24:0:0,0,2:1,11,10:0:0:61:0:0,0,0:3,2,3:0:0 chr18 25543387 . G A 576.27 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.028124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.472;QD=22.3794;RBI=0.0282153;REFB=-0.0118561;REVB=0.00226796;RO=46;SAF=28;SAR=29;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994565;STB=0.554437;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00973617;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:46:57:57:0.553398:29:28:17:29:29:28:17:29 chr18 25565082 . A G 2043.99 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.262;QD=61.4734;RBI=0.0288444;REFB=0.0663536;REVB=0.0184116;RO=1;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066477;STB=0.503496;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00022618;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:71:61:0:1:71:61:0:1 chr18 25565613 . G T 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0344554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5368;QD=3.15222;RBI=0.0904875;REFB=0.00958741;REVB=-0.0836709;RO=55;SAF=2;SAR=8;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303301;STB=0.716765;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0552473;OID=.;OPOS=25565613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:65:67:55:57:10:10:0.149254:8:2:23:32:8:2:24:33 chr18 25570228 . G C 1941.9 PASS AF=0.948905;AO=130;DP=137;FAO=130;FDP=137;FR=.;FRO=7;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000350719;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.592;QD=56.6977;RBI=0.0271097;REFB=-0.104807;REVB=0.0271074;RO=6;SAF=63;SAR=67;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128925;STB=0.504438;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00043071;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:137:137:6:7:130:130:0.948905:67:63:3:3:67:63:4:3 chr18 28570025 . G T 1047.85 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158639;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8276;QD=58.2137;RBI=0.0195213;REFB=0.00697321;REVB=0.0113761;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000704832;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:33:38:0:0:34:37:1:0 chr18 28574472 . G A 141.45 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00753843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.986;QD=16.1652;RBI=0.0193708;REFB=-0.0114544;REVB=-0.0178437;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.598397;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.014138;OID=.;OPOS=28574472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:19:14:16:0.457143:9:5:5:13:9:7:5:14 chr18 28586964 . A G 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.16;QD=63.3352;RBI=0.0083882;REFB=0;REVB=0.00734481;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10349e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr18 28611139 . A C 1451.18 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0131399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.767;QD=58.0473;RBI=0.0223259;REFB=-0.196846;REVB=0.0180496;RO=3;SAF=45;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305628;STB=0.51633;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00332705;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:100:3:5:95:95:0.95:50:45:3:0:50:45:4:1 chr18 28673565 . T C 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0217596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.02;QD=16.8236;RBI=0.0218191;REFB=-0.0106303;REVB=0.0016097;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142358;STB=0.581318;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0145295;OID=.;OPOS=28673565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:12:16:9:12:12:16 chr18 28722039 . G A 276.1 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0697318;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7331;QD=13.1477;RBI=0.0734465;REFB=0.00312673;REVB=0.0230622;RO=52;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178724;STB=0.602345;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00630176;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:52:32:32:0.380952:20:12:28:24:20:12:28:24 chr18 28722103 . T C 252.88 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00594374;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.207;QD=11.762;RBI=0.0256952;REFB=-0.0116031;REVB=0.0249983;RO=53;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183375;STB=0.626778;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.032285;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:56:30:30:0.348837:21:9:24:29:21:9:27:29 chr18 28734749 . A G 538.81 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.015493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.693;QD=21.7702;RBI=0.0196814;REFB=-0.0065165;REVB=0.0121378;RO=47;SAF=27;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717411;STB=0.544467;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00417612;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:48:51:51:0.515152:24:27:21:26:24:27:21:27 chr18 28968371 . G A 2341.6 PASS AF=0.979866;AO=130;DP=149;FAO=146;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5321;QD=62.8617;RBI=0.16258;REFB=0;REVB=0.155174;RO=0;SAF=89;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884061;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:149:149:0:0:130:146:0.979866:41:89:0:0:57:89:0:0 chr18 28968959 . C T 1058.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6932;QD=59.6212;RBI=0.04242;REFB=0;REVB=0.0276247;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50393e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:37:34:0:0 chr18 28986333 . A C 717.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314673;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.265;QD=57.3606;RBI=0.0335845;REFB=0;REVB=0.0117359;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269492;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr18 28993183 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0151492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4725;QD=12.5694;RBI=0.0278147;REFB=-0.00492044;REVB=0.0233272;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109202;STB=0.56427;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0068827;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:13:13:6:9:13:13 chr18 28993501 . C A 130.13 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040444;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.318;QD=43.3751;RBI=0.0408721;REFB=0;REVB=0.00590007;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181645;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr18 29055957 . A G 1696.37 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069828;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0724;QD=60.5846;RBI=0.0269533;REFB=0;REVB=0.026033;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49104e-05;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr18 29104698 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.329;QD=58.5875;RBI=0.0594968;REFB=0;REVB=0.0321611;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38188e-05;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr18 29122799 . G A 156.63 PASS AF=0.472222;AO=12;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0135006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.604;QD=17.4033;RBI=0.0539322;REFB=-0.0145455;REVB=0.0522151;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886344;STB=0.560984;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0255037;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:12:17:0.472222:5:7:10:10:10:7:10:9 chr18 29125854 . A G 269.89 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00345238;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.478;QD=27.681;RBI=0.0120358;REFB=-0.036904;REVB=0.0115301;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125094;STB=0.588166;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.021492;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:13:15:24:24:0.615385:14:10:3:10:14:10:3:12 chr18 29126670 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.038;QD=59.0187;RBI=0.0266496;REFB=0;REVB=0.0241321;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101348;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr18 29178554 . C T 547.19 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00142954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.752;QD=26.0564;RBI=0.00144837;REFB=-0.0160507;REVB=0.000232781;RO=33;SAF=15;SAR=35;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784806;STB=0.551609;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0102096;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:34:50:50:0.595238:35:15:13:20:35:15:14:20 chr18 29178640 . GGACTTCTCC G 73.15 PASS AF=0.4;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.044792;FXX=0;HRUN=3;LEN=9;MLLD=377.166;QD=9.75347;RBI=0.0466148;REFB=-0.0027293;REVB=0.0129078;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.231618;SSSB=0.249809;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=del;VARB=0.00496892;OID=.;OPOS=29178641;OREF=GACTTCTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:12:34:12:30:18:6:6:6:12:73:22:6:6:6:16 chr18 29339910 . G T 290.86 PASS AF=0.8;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00556012;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.576;QD=38.7816;RBI=0.0142411;REFB=-0.067488;REVB=-0.0131108;RO=5;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170574;STB=0.607056;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00761784;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:31:30:5:6:24:24:0.8:13:11:5:0:13:11:6:0 chr18 29432624 . T C 65.65 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0043526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8205;QD=11.4178;RBI=0.0519413;REFB=-0.0175192;REVB=0.0517586;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.033536;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:8:5:6:3:8:6 chr18 29497573 . A G 1102.47 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.493;QD=58.7983;RBI=0.0308202;REFB=-0.134363;REVB=0.0213046;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106316;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000740353;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:30:44:1:0:30:44:1:0 chr18 29617198 . C G 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.013266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0312;QD=6.6615;RBI=0.0481111;REFB=-0.00311295;REVB=-0.046246;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575053;STB=0.854087;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00679047;OID=.;OPOS=29617198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:8:2:23:9:8:2:23:9 chr18 29710880 . A AAG 223.99 PASS AF=0.35;AO=27;DP=85;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00540567;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=2;MLLD=339.512;QD=11.1994;RBI=0.00543933;REFB=-0.00569734;REVB=-0.000604268;RO=55;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136308;STB=0.58357;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=0.0111522;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:27:85:28:80:52:16:12:23:29:99:55:15:12:24:31 chr18 29795076 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.947;QD=59.3229;RBI=0.00654913;REFB=0;REVB=-0.00519912;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46302e-06;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:26:41:0:0:26:42:0:0 chr18 29795101 . T C 976.45 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00288968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.283;QD=57.4384;RBI=0.0711549;REFB=0.0489953;REVB=0.0710962;RO=1;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200902;STB=0.509431;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-4.5138e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:68:1:1:64:67:0.985294:23:41:0:1:26:41:0:1 chr18 30253010 . TA CA,T,TCA 226.39 PASS AF=0,0.234043,0.340426;AO=3,8,13;DP=45;FAO=0,11,16;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=0,0,3;FSAR=0,11,13;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.0176019,0.0864396,0.0377043;FXX=0;HRUN=4,2,0;LEN=1,1,1;MLLD=97.3585,20.8486,93.4156;QD=19.2669;RBI=0.0210395,0.0901341,0.0377153;REFB=0.012463,0.0206513,0.0121479;REVB=-0.0115254,0.0255413,-0.000909907;RO=19;SAF=2,0,1;SAR=1,8,12;SRF=19;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.72059,-0.870875,-0.798461;STB=0.5,0.999296,0.871563;STBP=1,0,0.006;TYPE=snp,del,ins;VARB=0,0.100483,0.0128287;OID=.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011;OREF=T,A,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=CA,T,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:45:47:19:20:3,8,13:0,11,16:0,0.234043,0.340426:1,8,12:2,0,1:19:0:0,11,13:0,0,3:19:1 chr18 30349691 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0139524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.121;QD=16.5041;RBI=0.0178898;REFB=-0.0105152;REVB=-0.0111971;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:30:26:26:0.464286:13:13:15:13:13:13:15:15 chr18 30563247 . GA G 59.96 PASS AF=0.372093;AO=12;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0910946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9062;QD=5.57765;RBI=0.219282;REFB=-0.00175213;REVB=-0.199465;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0.36;SSEP=0;SSSB=-0.462866;STB=0.805313;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=-0.0521735;OID=.;OPOS=30563248;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:12:43:16:43:27:2:14:14:13:59:26:2:10:14:12 chr18 30804756 . C T 1098.97 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425092;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4195;QD=60.2173;RBI=0.0809756;REFB=0;REVB=-0.0689204;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000727655;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr18 30846895 . A T 1166.64 PASS AF=1;AO=69;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321457;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.519;QD=60.6047;RBI=0.0369386;REFB=0;REVB=-0.0181967;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904147;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:69:77:1:30:39:0:0:32:45:0:0 chr18 30908046 . GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G,GTTTT,GTTTTT 114.02 PASS AF=1,0,0;AO=3,2,2;DP=13;FAO=10,0,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233509,-0.0340566,-0.0365578;FXX=0.230592;HRUN=1,1,1;LEN=28,24,23;MLLD=127.063,119.705,117.441;QD=45.608;RBI=0.0234988,0.0341978,0.0367019;REFB=0,0,0;REVB=0.00263277,0.00310391,0.00324917;RO=0;SAF=0,2,2;SAR=3,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.000505535,0.0542731,0.0136712;OID=.,.,.;OPOS=30908047,30908047,30908047;OREF=ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GTTTT,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:3,2,2:13:10,0,0:10:0:6,0,0:4,0,0:0:0:3:0:0,2,2:3,0,0:0:0 chr18 31320229 . A G 867.66 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0729;QD=57.8439;RBI=0.0522871;REFB=0;REVB=0.0415077;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498114;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:23:37:0:0 chr18 31324934 . A G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.932;QD=57.675;RBI=0.0828326;REFB=0;REVB=0.0752123;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494079;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr18 31325357 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0127411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.477;QD=14.7662;RBI=0.0158164;REFB=0.00227823;REVB=-0.00937136;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262334;STB=0.648533;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00271551;OID=.;OPOS=31325357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:11:22:10:15:11:22 chr18 32468610 . C T 78.25 PASS AF=0.122449;AO=18;DP=146;FAO=18;FDP=147;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=-0.01415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.52;QD=2.12914;RBI=0.0415209;REFB=-0.00309298;REVB=0.0390354;RO=126;SAF=13;SAR=5;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246085;STB=0.667008;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0278818;OID=.;OPOS=32468610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:146:147:126:129:18:18:0.122449:5:13:67:59:5:13:70:59 chr18 32470291 . G A 382.06 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.00245535;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.919;QD=16.9804;RBI=0.0233932;REFB=0.00140017;REVB=-0.023264;RO=51;SAF=27;SAR=13;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012889;STB=0.515997;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00148184;OID=.;OPOS=32470291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:51:50:40:40:0.444444:13:27:35:16:13:27:35:15 chr18 32720752 . C T 369.26 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=127;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0192836;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0976;QD=11.7224;RBI=0.0494746;REFB=0.00401722;REVB=-0.0455619;RO=80;SAF=19;SAR=26;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737852;STB=0.54647;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00880114;OID=.;OPOS=32720752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:80:81:45:45:0.357143:26:19:39:41:26:19:40:41 chr18 32721136 . C G 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=37;FWDB=0.0124772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.966;QD=12.8361;RBI=0.0186715;REFB=0.00246811;REVB=-0.0138904;RO=38;SAF=4;SAR=21;SRF=2;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259006;STB=0.647954;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00371782;OID=.;OPOS=32721136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:21:4:2:36:21:4:2:37 chr18 32833263 . A C 270.1 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0286428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.462;QD=12.0044;RBI=0.0300193;REFB=0.0105832;REVB=0.00898593;RO=58;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349727;STB=0.520154;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0224469;OID=.;OPOS=32833263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:15:17:29:29:15:17:29:29 chr18 32916162 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0300723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.109;QD=16.6272;RBI=0.030276;REFB=-0.000107007;REVB=-0.00350543;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336616;STB=0.698058;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-3.68778e-06;OID=.;OPOS=32916162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:11:2:6:8:11:2:6:8 chr18 32947616 . A ATTTTAT,T 143.81 PASS AF=0.421053,0;AO=14,2;DP=39;FAO=16,0;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11,0;FSAR=5,0;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00791906,0.0282354;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=6,1;MLLD=254.748,44.4464;QD=15.138;RBI=0.0347713,0.0778383;REFB=0.00412401,-0.0237064;REVB=-0.0338575,-0.0725366;RO=22;SAF=10,1;SAR=4,1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0404825,-0.182516;STB=0.533539,0.5;STBP=0.777,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00532085,0;OID=.,.;OPOS=32947617,32947616;OREF=-,A;OALT=TTTTAT,T;OMAPALT=ATTTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:14,2:16,0:0.421053,0:4,1:10,1:15:7:5,0:11,0:14:8 chr18 33058319 . A G 592.31 PASS AF=0.968254;AO=3;DP=45;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118256;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=106.446;QD=37.6068;RBI=0.172865;REFB=-0.170562;REVB=0.17246;RO=1;SAF=1;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266641;STB=0.503537;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00190555;OID=.;OPOS=33058319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:63:1:2:3:61:0.968254:2:1:1:0:24:37:1:1 chr18 33647254 . A C 630.82 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.022;QD=61.5437;RBI=0.0592982;REFB=0;REVB=-0.0431131;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41756e-06;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr18 33691056 . G A 33.06 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0425292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.81;QD=2.03432;RBI=0.0436795;REFB=-0.00120715;REVB=-0.00995852;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133588;STB=0.608391;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0183897;OID=.;OPOS=33691056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:65:57:58:7:7:0.107692:3:4:26:31:3:4:26:32 chr18 33702162 . G A 209.83 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0102966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7978;QD=13.7593;RBI=0.0103576;REFB=-0.00502878;REVB=-0.00112215;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203737;STB=0.632305;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00566639;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:36:25:25:0.409836:16:9:19:15:16:9:21:15 chr18 33706614 . C G 1589.78 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.793;QD=59.9916;RBI=0.0409588;REFB=0;REVB=0.0406753;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87789e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:47:57:0:0:49:57:0:0 chr18 33721325 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0340837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.567;QD=21.0155;RBI=0.0487296;REFB=-0.0117227;REVB=-0.0348264;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.612628;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0276345;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:4:9:7:9:4:9 chr18 33721376 . G C 89.91 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00943148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.172;QD=29.9706;RBI=0.021389;REFB=0.0151475;REVB=0.0191973;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175673;STB=0.599759;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00204558;OID=.;OPOS=33721376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:12:12:2:2:8:8:0.666667:4:4:0:2:4:4:0:2 chr18 33754507 . A G 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0279387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2888;QD=10.6969;RBI=0.0300398;REFB=0.0147296;REVB=0.011037;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798792;STB=0.547762;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.031054;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:17:15:6:9:17:15 chr18 33779821 . C A 1124.02 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150744;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.981;QD=60.7576;RBI=0.0153697;REFB=0;REVB=-0.00299836;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5769e-05;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr18 33779855 . C T 909.81 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00595917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.129;QD=52.7426;RBI=0.0427811;REFB=-0.0900588;REVB=0.042364;RO=4;SAF=32;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281636;STB=0.514931;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00108387;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:65:65:0.942029:33:32:3:1:33:32:3:1 chr18 33779896 . A G 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.132;QD=58.4147;RBI=0.03936;REFB=0;REVB=0.00277209;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03097e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr18 33780020 . A G 799.01 PASS AF=1;AO=45;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8387;QD=56.071;RBI=0.0378001;REFB=0;REVB=-0.0313451;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039354;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:45:57:1:26:19:0:0:33:24:0:0 chr18 33780021 . C G 77.16 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0671092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.8805;QD=5.41476;RBI=0.0718204;REFB=-0.109169;REVB=0.0255838;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702151;STB=0.504497;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0477036;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:7:5:19:26:7:5:19:26 chr18 33785093 . G A 1312.48 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.607;QD=61.7639;RBI=0.0232474;REFB=0;REVB=0.0198982;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8295e-05;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:42:40:0:0:45:40:0:0 chr18 33785185 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.724;QD=58.4173;RBI=0.0369098;REFB=0;REVB=-0.0360415;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77463e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr18 34156497 . A G 273.64 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0119139;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.828;QD=12.5812;RBI=0.0208256;REFB=-0.00671086;REVB=0.0170811;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139731;STB=0.502522;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0108383;OID=.;OPOS=34156497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:55:32:32:0.367816:17:15:26:28:17:15:26:29 chr18 34205551 . C T 948.36 PASS AF=0.594595;AO=88;DP=151;FAO=88;FDP=148;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0439509;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.603;QD=25.6312;RBI=0.0442528;REFB=-0.0299766;REVB=0.00516052;RO=59;SAF=31;SAR=57;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959118;STB=0.556265;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0126919;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:59:60:88:88:0.594595:57:31:28:31:57:31:29:31 chr18 34310668 . C T 625.46 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00181151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.76;QD=25.792;RBI=0.0494189;REFB=0.0116138;REVB=-0.0493857;RO=41;SAF=30;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196677;STB=0.510745;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00964593;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:26:30:23:18:26:30:23:18 chr18 34324091 . G A 417.39 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0136718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.625;QD=22.5617;RBI=0.0162115;REFB=-0.046899;REVB=0.00871163;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722333;STB=0.503977;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0365343;OID=.;OPOS=34324091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:22:19:15:18:22:19:15:18 chr18 34398883 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0171823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.116;QD=11.2669;RBI=0.0180683;REFB=-0.00954502;REVB=0.00558877;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28876;STB=0.668944;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0104022;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:14:6:20:16:14:6:20:16 chr18 34850846 . G A 185.2 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0303035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.125;QD=21.7881;RBI=0.0332545;REFB=-0.037272;REVB=0.0136953;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807503;STB=0.555497;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0283102;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:9:9:6:9:9:10:6:9 chr18 39761310 . A G 390.75 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0429143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.987;QD=32.5623;RBI=0.0443666;REFB=0.00685039;REVB=0.0112589;RO=16;SAF=17;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950852;STB=0.551916;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00109258;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:15:17:6:10:15:17:6:10 chr18 40323497 . G T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0243916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.018;QD=10.0339;RBI=0.0243944;REFB=-0.0072899;REVB=0.000372693;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463402;STB=0.768534;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00449663;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:7:0:2:3:7:0 chr18 42456653 . G A 1095.7 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115459;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.791;QD=60.0381;RBI=0.116273;REFB=0;REVB=0.0137351;RO=0;SAF=10;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280353;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:69:73:1:59:10:0:0:59:14:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 982.53 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=53,12;DP=71;FAO=56,12;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=47,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335468,0.00254454;FXX=0.0422476;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=255.381,45.444;QD=57.7959;RBI=0.0374329,0.00288601;REFB=0,0;REVB=0.0166082,0.00136175;RO=3;SAF=9,3;SAR=44,9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0310506,0.128918;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00889347,-0.00409122;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:71:68:3:0:53,12:56,12:0.823529,0.176471:44,9:9,3:0:3:47,9:9,3:0:0 chr18 42532693 . C A 397.63 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0133457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.129;QD=35.3449;RBI=0.0201362;REFB=-0.0123974;REVB=0.0150785;RO=13;SAF=9;SAR=23;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111641;STB=0.560936;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.008911;OID=.;OPOS=42532693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:23:9:6:7:23:9:6:7 chr18 42533130 . A G 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.928;QD=57.3838;RBI=0.0194223;REFB=0;REVB=0.0171605;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57808e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr18 43206985 . A G 2016.57 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.608;QD=62.0483;RBI=0.00678942;REFB=0;REVB=-0.0066765;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08511e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:69:60:0:0:69:61:0:0 chr18 43247001 . C G 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0210595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.76;QD=28.0216;RBI=0.0211783;REFB=-0.0129835;REVB=0.00224041;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444457;STB=0.524479;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0204681;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:8:11:15:14:8:11 chr18 43262359 . G A 780.94 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558095;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8615;QD=56.7959;RBI=0.0597778;REFB=0;REVB=0.0214169;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430263;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:37:17:0:0:37:18:0:0 chr18 43299836 . C A 342.87 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00215802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0985;QD=21.7694;RBI=0.0200895;REFB=-0.00608841;REVB=0.0199733;RO=28;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374955;STB=0.50701;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0043784;OID=.;OPOS=43299836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:22:12:10:18:23:12:10:18 chr18 43310411 . GAAAG AGAAG,GAAAA 129.29 PASS AF=0,0.326531;AO=3,10;DP=50;FAO=0,16;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=0,11;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.024783,0.0261757;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=51.1001,180.883;QD=10.5545;RBI=0.267234,0.0585933;REFB=-0.0416728,-0.0418149;REVB=-0.266082,-0.0524215;RO=17;SAF=0,9;SAR=3,1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562485,0.62129;STB=0.5,0.805181;STBP=1,0.015;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0986105;OID=.,.;OPOS=43310411,43310415;OREF=GA,G;OALT=AG,A;OMAPALT=AGAAG,GAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:49:17:33:3,10:0,16:0,0.326531:3,1:0,9:6:11:0,5:0,11:6:27 chr18 43316538 . A G 254.14 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0095277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.586;QD=13.7371;RBI=0.0155698;REFB=-0.00388705;REVB=0.0123143;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109714;STB=0.562085;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00548168;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:19:11:12:32:19:11:12:32 chr18 43416974 . T A 72.33 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0443248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.717;QD=8.50946;RBI=0.0458705;REFB=-0.00375088;REVB=-0.0118072;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406483;STB=0.542084;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00887983;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:23:24:10:10:0.294118:4:6:13:10:4:6:13:11 chr18 43420177 . G A 156.29 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00752844;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.546;QD=14.208;RBI=0.0117953;REFB=-0.0196069;REVB=-0.00908027;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505211;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0323067;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:13:14:8:9:13:14 chr18 43427677 . T G 376.9 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00598129;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.905;QD=17.9474;RBI=0.00704401;REFB=-0.00840941;REVB=0.00372053;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526672;STB=0.522924;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00760144;OID=.;OPOS=43427677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:20:19:19:25:20:19:20:25 chr18 43435617 . A T 75.16 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=87;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00762274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.404;QD=3.45565;RBI=0.0176872;REFB=-0.00439175;REVB=-0.0159603;RO=70;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230105;STB=0.642891;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0198797;OID=.;OPOS=43435617;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:87:87:70:73:14:14:0.16092:6:8:27:43:6:8:29:44 chr18 43481075 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.024637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.891;QD=8.6914;RBI=0.0317791;REFB=-0.0177928;REVB=0.0200732;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.605793;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.039167;OID=.;OPOS=43481075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:9:8:5:3:9:8 chr18 43490602 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0065521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.174;QD=15.7729;RBI=0.0123733;REFB=0.00140569;REVB=0.0104961;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551947;STB=0.531227;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00216222;OID=.;OPOS=43490602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:17:10:14:19:17:10:14:19 chr18 43547127 . TGG TCG,T,TG 483.64 PASS AF=0,0,1;AO=2,4,32;DP=39;FAO=0,0,38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,21;FSAR=0,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0965656,-0.045688,-0.087388;FXX=0.0256345;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=8.77741,7.97866,18.4502;QD=50.9091;RBI=0.248761,0.136736,0.253122;REFB=0,0,0;REVB=-0.229253,-0.128877,-0.237558;RO=0;SAF=0,0,21;SAR=2,4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.47619,0.47619;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,-0.00979468;OID=.,.,.;OPOS=43547128,43547128,43547128;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=TCG,T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:2,4,32:39:0,0,38:38:0:0,0,21:0,0,17:0:0:4:0:0,0,21:2,4,11:0:0 chr18 43563677 . T C 734.23 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225015;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1795;QD=56.479;RBI=0.0268335;REFB=0;REVB=-0.0146191;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939621;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:51:52:1:14:37:0:0:14:38:0:0 chr18 43565380 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.215;QD=60.0307;RBI=0.0216791;REFB=0;REVB=0.0084603;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56094e-05;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr18 43565399 . C A 982.54 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00279868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.582;QD=56.145;RBI=0.00284439;REFB=0.0100316;REVB=-0.000507891;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.514282;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000288594;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:68:68:0.971429:34:34:1:0:34:34:2:0 chr18 43568717 . T C 368.68 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00202493;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.047;QD=52.669;RBI=0.0773769;REFB=0.0204976;REVB=0.0773504;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000139251;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:28:0:1:27:27:0.964286:10:17:0:0:10:17:1:0 chr18 43701587 . G A 194.56 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0137317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.257;QD=24.3196;RBI=0.0314458;REFB=-0.0169727;REVB=-0.0282892;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632488;STB=0.547896;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0118988;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:8:11:8:4:8:11:9:4 chr18 43833701 . T TCTG 328.71 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0193314;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.519;QD=17.7678;RBI=0.0212763;REFB=-0.00508687;REVB=0.00888699;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138103;STB=0.500772;STBP=0.988;TYPE=ins;VARB=0.00541246;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472973:35:75:35:74:39:18:17:20:19:99:39:18:17:20:19 chr18 43843736 . T G 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0383;QD=53.898;RBI=0.148364;REFB=0;REVB=0.147201;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447778;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr18 44063598 . G A 2428.15 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0193201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8524;QD=59.2233;RBI=0.0644738;REFB=-0.135968;REVB=0.061511;RO=3;SAF=84;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00505397;STB=0.502656;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00373213;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:3:3:161:161:0.981707:77:84:2:1:77:84:2:1 chr18 44126909 . T C 1313.22 PASS AF=1;AO=71;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.809;QD=61.7984;RBI=0.0539012;REFB=0;REVB=0.0430411;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570826;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:71:85:1:33:38:0:0:46:39:0:0 chr18 44135143 . T C 1955.45 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314972;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.975;QD=62.0777;RBI=0.0337353;REFB=0;REVB=0.0120829;RO=0;SAF=53;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3441e-05;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:72:53:0:0:72:54:0:0 chr18 44149474 . G A 427.1 PASS AF=0.343949;AO=54;DP=157;FAO=54;FDP=157;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.0814471;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8876;QD=10.8814;RBI=0.0819346;REFB=-0.00699573;REVB=-0.00892505;RO=103;SAF=28;SAR=26;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931995;STB=0.553392;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0122808;OID=.;OPOS=44149474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:103:103:54:54:0.343949:26:28:45:58:26:28:45:58 chr18 44229205 . T TC 39.01 PASS AF=0.275;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0278878;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2787;QD=3.90133;RBI=0.167553;REFB=0.0100551;REVB=-0.165216;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130574;STB=0.600869;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=-0.0826427;OID=.;OPOS=44229206;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:11:43:11:40:29:4:7:7:22:39:30:4:7:8:22 chr18 44560300 . C T 400.15 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.1006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1156;QD=53.3538;RBI=0.1015;REFB=-0.0142879;REVB=0.0134859;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00276833;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:0:1:13:16:0:1 chr18 44560429 . C A 743.16 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970865;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.791;QD=57.1663;RBI=0.0631812;REFB=0;REVB=0.0624309;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028029;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr18 44560778 . C A 509.45 PASS AF=0.482143;AO=47;DP=114;FAO=54;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0100779;FXX=0.0175423;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.2006;QD=18.1948;RBI=0.01112;REFB=-0.0744615;REVB=-0.00470006;RO=42;SAF=18;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617416;STB=0.524881;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0520597;OID=.;OPOS=44560778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:42:57:47:54:0.482143:29:18:19:23:31:23:27:30 chr18 44560875 . C A 1540.23 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.995;QD=59.8147;RBI=0.0250691;REFB=0;REVB=0.0153972;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72537e-05;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:55:48:0:0 chr18 44561100 . C G 391.34 PASS AF=0.935484;AO=31;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0732487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7702;QD=50.4959;RBI=0.0745051;REFB=-0.0547961;REVB=-0.0136248;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.545422;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0170305;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:31:31:0:2:31:29:0.935484:12:19:0:0:10:19:0:2 chr18 44561795 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.448;QD=55.656;RBI=0.0952775;REFB=0;REVB=-0.0858659;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319114;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr18 44585955 . G A 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00181072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.631;QD=11.1969;RBI=0.00985728;REFB=0.00489104;REVB=-0.00968954;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492868;STB=0.529363;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00711401;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:10:12:6:6:10:12 chr18 44593458 . T G 525.59 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0113429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9375;QD=21.674;RBI=0.0138673;REFB=0.0273762;REVB=-0.00797755;RO=47;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511566;STB=0.528211;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.026179;OID=.;OPOS=44593458;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:22:28:29:18:22:28:29:18 chr18 44610718 . T C 400.57 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0025038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.167;QD=18.8505;RBI=0.00466082;REFB=-0.0124393;REVB=-0.00393118;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163939;STB=0.509129;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0133954;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:17:24:25:19:17:24:25:19 chr18 44626630 . T G 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.012676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.767;QD=27.309;RBI=0.0139982;REFB=-0.0199822;REVB=-0.00593858;RO=20;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108242;STB=0.559957;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0116973;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:21:8:8:12:21:8:8:12 chr18 44662729 . C T 204.73 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00480786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.877;QD=17.061;RBI=0.00486085;REFB=-0.0139622;REVB=-0.000715786;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968653;STB=0.555501;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0233801;OID=.;OPOS=44662729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:6:15:17:10:6:15:17:10 chr18 45555829 . T C 192.18 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0367672;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.757;QD=19.7104;RBI=0.0646473;REFB=-0.0401947;REVB=-0.0531738;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721724;STB=0.54094;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0393036;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:10:10:8:11:10:10 chr18 45566276 . G A 183.93 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00977899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.861;QD=17.9439;RBI=0.0136234;REFB=-0.00837651;REVB=0.00948523;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301757;STB=0.514124;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00958043;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:18:19:0.463415:8:10:11:10:9:10:11:11 chr18 45696158 . G A 106.68 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0330868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.752;QD=13.3353;RBI=0.0331184;REFB=-0.0149712;REVB=-0.00144645;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.524235;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0231853;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:12:13:0.40625:7:5:7:11:7:6:8:11 chr18 45696204 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.011353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.337;QD=14.262;RBI=0.0114716;REFB=-0.0212363;REVB=-0.00164547;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430056;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0393456;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:11:13:8:8:11:13 chr18 45696256 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0110238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.167;QD=17.3212;RBI=0.0208723;REFB=-0.00339943;REVB=0.0177237;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513688;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00467199;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:10:8:8:8:10:8 chr18 46001932 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.203;QD=56.9548;RBI=0.0251877;REFB=0;REVB=-0.024996;RO=0;SAF=41;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26357e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:11:41:0:0:11:41:0:0 chr18 46284587 . T C 272.78 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0371658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3825;QD=14.9466;RBI=0.0432364;REFB=-0.0168805;REVB=-0.0220929;RO=42;SAF=25;SAR=6;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297987;STB=0.671018;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.025925;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:6:25:24:18:6:25:24:18 chr18 46385948 . A G 521.81 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.51;QD=59.6359;RBI=0.100579;REFB=0;REVB=0.0282378;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605598;OID=.;OPOS=46385948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:23:6:0:0:24:11:0:0 chr18 46474746 . C T 138.04 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0286066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.714;QD=11.5029;RBI=0.0306387;REFB=-0.0232699;REVB=-0.0109722;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158317;STB=0.576834;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0349004;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:15:16:0.333333:5:10:25:7:5:11:25:7 chr18 46545924 . A G 1492.33 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.804;QD=58.5226;RBI=0.0443462;REFB=0.0539192;REVB=-0.00532562;RO=1;SAF=7;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502136;STB=0.502645;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=4.41628e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:94:7:0:1:94:7:0:1 chr18 46545979 . A C 580.28 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=60;FWDB=-0.0779607;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.295;QD=18.7187;RBI=0.0781741;REFB=-0.0480227;REVB=0.00577201;RO=62;SAF=1;SAR=59;SRF=4;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376328;STB=0.712461;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0473011;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:62:64:60:60:0.483871:59:1:4:58:59:1:4:60 chr18 47369758 . C T 462.78 PASS AF=0.5;AO=40;DP=88;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0408325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.886;QD=19.2825;RBI=0.0408328;REFB=-0.0131443;REVB=-0.00016913;RO=48;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125072;STB=0.510421;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00982727;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:96:48:48:40:48:0.5:25:15:24:24:25:23:24:24 chr18 47383243 . C T 381.09 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0301581;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0721;QD=22.0922;RBI=0.0333797;REFB=-0.00624904;REVB=-0.0143072;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318208;STB=0.545431;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00609478;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:28:31:37:38:0.550725:17:20:14:14:17:21:14:17 chr18 47397996 . T C 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00321264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.738;QD=11.3359;RBI=0.0073955;REFB=-0.0113223;REVB=-0.00666126;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160883;STB=0.593019;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0204428;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:26:17:13:11:26:17 chr18 47398549 . G A 421.27 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0142318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.423;QD=14.7812;RBI=0.0142519;REFB=-0.0208146;REVB=-0.000756733;RO=66;SAF=27;SAR=21;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126474;STB=0.571086;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0226609;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:21:27:29:37:21:27:29:37 chr18 47405425 . T TGAG 386.87 PASS AF=0.420561;AO=40;DP=110;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0184795;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.339;QD=14.4624;RBI=0.0258639;REFB=-0.00587524;REVB=0.0180956;RO=61;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170713;STB=0.512261;STBP=0.808;TYPE=ins;VARB=0.0100519;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420561:40:110:45:107:62:23:22:33:29:99:61:21:19:33:28 chr18 47429022 . C T 450.69 PASS AF=0.293839;AO=61;DP=210;FAO=62;FDP=211;FR=.;FRO=149;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=-0.00485715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.775;QD=8.54388;RBI=0.0214422;REFB=-0.00984384;REVB=-0.0208848;RO=149;SAF=28;SAR=33;SRF=72;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294675;STB=0.522427;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0252311;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:149:149:61:62:0.293839:33:28:72:77:34:28:72:77 chr18 47563299 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1637;QD=56.9991;RBI=0.050985;REFB=0;REVB=0.0306512;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73508e-05;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr18 47777937 . G A 924.22 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0883014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.425;QD=56.8751;RBI=0.0911037;REFB=-0.0362907;REVB=0.0224221;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000773757;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:30:34:0:0:30:34:0:1 chr18 47795629 . C A 1535.38 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000175122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0097;QD=61.4152;RBI=0.00753405;REFB=-0.0958584;REVB=-0.00753201;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106569;STB=0.509257;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00544737;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:97:98:0.98:44:53:0:1:45:53:2:0 chr18 47799103 . C T 42.53 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0208783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.144;QD=4.72559;RBI=0.0374064;REFB=-0.00228484;REVB=0.0310377;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491032;STB=0.81486;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0259452;OID=.;OPOS=47799103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:2:5:8:21:2:5:8:21 chr18 47803354 . C T 1419.34 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260618;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.76;QD=63.0817;RBI=0.00603446;REFB=0;REVB=0.00544266;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003124;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr18 47810251 . C G 1213.43 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000129861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.893;QD=59.9225;RBI=0.0444839;REFB=-0.127532;REVB=0.0444838;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000384242;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:1:0:43:37:1:0 chr18 47810351 . A G 1059.63 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.012;QD=59.6976;RBI=0.03585;REFB=0;REVB=0.0346872;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09803e-05;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:65:71:1:21:44:0:0:25:46:0:0 chr18 47908556 . G A 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249554;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.067;QD=57.9085;RBI=0.0282591;REFB=0;REVB=-0.0132591;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20904e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:41:18:0:0:41:18:0:0 chr18 48190440 . G A 1191.28 PASS AF=0.567708;AO=109;DP=193;FAO=109;FDP=192;FR=.;FRO=83;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.00867834;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3174;QD=24.8184;RBI=0.0615165;REFB=-0.0298115;REVB=0.0609013;RO=82;SAF=53;SAR=56;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685894;STB=0.539739;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.022474;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:82:83:109:109:0.567708:56:53:47:35:56:53:48:35 chr18 48190514 . G A 690.42 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00562247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.21;QD=20.9217;RBI=0.00648281;REFB=-0.0402737;REVB=0.00322718;RO=64;SAF=29;SAR=39;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106561;STB=0.558622;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0420345;OID=.;OPOS=48190514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:64:68:68:0.515152:39:29:35:29:39:29:35:29 chr18 48327815 . G A 282.87 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.00799872;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.904;QD=17.4073;RBI=0.0104297;REFB=-0.00198331;REVB=-0.00669318;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251939;STB=0.645582;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00322984;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:31:31:0.476923:15:16:8:25:15:16:8:26 chr18 48333203 . C G 298.02 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0470367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.687;QD=20.9135;RBI=0.0506765;REFB=-0.024021;REVB=0.018859;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071528;STB=0.539657;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0169195;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:14:12:17:14:14:12 chr18 48346024 . G T 729.66 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0307089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2473;QD=22.9814;RBI=0.0609063;REFB=-0.0358854;REVB=0.0525979;RO=56;SAF=35;SAR=35;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290353;STB=0.511808;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0238127;OID=.;OPOS=48346024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:56:57:70:70:0.551181:35:35:26:30:35:35:27:30 chr18 48458717 . T A 172.8 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00682856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.381;QD=9.46843;RBI=0.00895143;REFB=3.65093e-05;REVB=-0.00578782;RO=50;SAF=6;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254108;STB=0.651115;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000160591;OID=.;OPOS=48458717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:17:6:23:27:17:6:23:27 chr18 48577782 . G C 456.11 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.185;QD=57.0136;RBI=0.10073;REFB=0;REVB=0.100647;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291901;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:27:32:1:12:15:0:0:17:15:0:0 chr18 48610367 . T C 97.6 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.013458;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5893;QD=9.76002;RBI=0.0491325;REFB=-0.0329114;REVB=0.0472534;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277332;STB=0.671375;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0781192;OID=.;OPOS=48610367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:39:40:26:27:10:11:0.275:4:6:21:5:5:6:21:6 chr18 48633216 . G T 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.007;QD=60.8526;RBI=0.0154246;REFB=0.0648154;REVB=0.00164389;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028473;STB=0.515145;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=1.62375e-05;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:16:30:0:1:16:30:0:1 chr18 48723217 . C T 334.78 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249514;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.995;QD=51.5046;RBI=0.0445708;REFB=0.0758914;REVB=0.0369322;RO=1;SAF=20;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226465;STB=0.512185;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000243649;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:5:20:1:0:5:20:1:0 chr18 49088752 . A G 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00266463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.355;QD=19.8242;RBI=0.0217124;REFB=-0.00152953;REVB=-0.0215482;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261276;STB=0.651519;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00120457;OID=.;OPOS=49088752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:13:14:5:19:13:14:5:20 chr18 49867224 . T C 3174.92 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337455;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.095;QD=61.3511;RBI=0.0339129;REFB=0;REVB=0.00336556;RO=1;SAF=87;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0039863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104492;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:207:207:1:0:206:207:1:119:87:0:1:120:87:0:0 chr18 50432602 . C G 148.65 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0310297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4904;QD=9.59049;RBI=0.0321504;REFB=-0.0117605;REVB=0.00841491;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142259;STB=0.564453;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0248684;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:42:20:20:0.322581:10:10:15:25:10:10:17:25 chr18 51681244 . T C 469.66 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00351395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.49;QD=28.9018;RBI=0.0823116;REFB=-0.0301275;REVB=0.0822365;RO=22;SAF=16;SAR=27;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111731;STB=0.560802;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0202669;OID=.;OPOS=51681244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:27:16:12:10:27:16:12:10 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA,GCGGCGAC 739.15 PASS AF=0.978723,0,0.0212766;AO=31,10,3;DP=51;FAO=46,0,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,0;FSAR=22,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284392,-0.0157675,0.0138336;FXX=0.040808;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=159.771,164.491,60.5241;QD=62.9065;RBI=0.0643356,0.0287141,0.0481337;REFB=0,0,0;REVB=0.0577087,0.0239976,0.046103;RO=0;SAF=22,0,0;SAR=9,10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.15349e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00104223,0,-0.0261894;OID=.,.,.;OPOS=51795958,51795961,51795960;OREF=CGA,CGAC,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCGAC,GCGA,GCGGCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.978723,0,0.0212766:31,10,3:51:46,0,1:47:0:24,0,0:22,0,1:0:0:5:0:22,0,0:9,10,3:0:0 chr18 51795990 . C G 292.67 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0253477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5031;QD=27.225;RBI=0.0348754;REFB=0.0205928;REVB=-0.0239539;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210343;STB=0.511619;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0173836;OID=.;OPOS=51795990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:8:9:13:13:8:9 chr18 51820805 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.251;QD=51.9154;RBI=0.051008;REFB=0;REVB=0.0347361;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664619;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr18 51855721 . C T 274.1 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0785256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1056;QD=24.9177;RBI=0.079264;REFB=0.00081149;REVB=0.0107943;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179897;STB=0.59992;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00174111;OID=.;OPOS=51855721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:7:12:10:15:7:12 chr18 51887123 . C T 304.06 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.022856;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.597;QD=16.8924;RBI=0.0312364;REFB=-0.00703525;REVB=-0.0212911;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291206;STB=0.538438;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0117209;OID=.;OPOS=51887123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:40:39:33:33:0.458333:18:15:17:23:18:15:15:24 chr18 51887171 . G A 155.44 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0348052;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.39;QD=14.4592;RBI=0.034929;REFB=-0.000526096;REVB=-0.00293775;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107046;STB=0.562424;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-4.63418e-05;OID=.;OPOS=51887171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:10:16:12:5:10:16 chr18 51888169 . G C 528.49 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00420304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.143;QD=22.2521;RBI=0.0276376;REFB=-0.0233863;REVB=0.0273161;RO=44;SAF=24;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605538;STB=0.527462;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.019389;OID=.;OPOS=51888169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:50:50:0.526316:26:24:18:26:26:24:19:26 chr18 52265308 . A C 738.92 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9632;QD=54.7346;RBI=0.0226775;REFB=0.00504922;REVB=0.0147192;RO=1;SAF=17;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269038;STB=0.51428;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000248188;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:36:17:1:0:36:17:1:0 chr18 52570281 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.55;QD=53.9104;RBI=0.0480448;REFB=0;REVB=0.0479671;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107917;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr18 52570345 . C A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0300789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.464;QD=18.8207;RBI=0.0310868;REFB=-0.0157905;REVB=-0.00785179;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159197;STB=0.590762;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0127051;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:7:3:6:6:7:3 chr18 52605188 . C T 192.44 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00106281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3941;QD=23.3255;RBI=0.012557;REFB=-0.0421074;REVB=-0.012512;RO=14;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20463;STB=0.615255;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0276191;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:5:14:7:7:5:14:7:7 chr18 52889967 . T C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0130584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.423;QD=18.4948;RBI=0.0140358;REFB=0.0131332;REVB=-0.00514595;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00886775;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:11:19:19:11:11:19:19:11 chr18 52895531 . T C 372.23 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0185963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.871;QD=31.019;RBI=0.0188434;REFB=-0.00581853;REVB=0.00304141;RO=17;SAF=12;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234068;STB=0.512812;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0029638;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:19:12:6:11:19:12:6:11 chr18 53177774 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0771;QD=56.1915;RBI=0.0151529;REFB=0;REVB=0.00942514;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481107;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr18 53303101 . C G 1631.59 PASS AF=1;AO=52;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541404;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.529;QD=61.5693;RBI=0.152888;REFB=0;REVB=0.152792;RO=0;SAF=46;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024144;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:52:106:1:6:46:0:0:60:46:0:0 chr18 54339818 . C G 1199.54 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0485322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1222;QD=58.5143;RBI=0.0550089;REFB=-0.0300314;REVB=0.0258962;RO=2;SAF=45;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205762;STB=0.510867;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00735478;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:35:45:2:0:35:45:2:0 chr18 54448778 . G A 426.33 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0124121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.589;QD=21.8633;RBI=0.0436401;REFB=-0.020469;REVB=0.0418377;RO=36;SAF=30;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174439;STB=0.596659;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0169008;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:12:30:19:17:12:30:19:17 chr18 54814841 . G A 690.32 PASS AF=0.625;AO=63;DP=103;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00666156;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.696;QD=26.5506;RBI=0.0478752;REFB=-0.0239699;REVB=0.0474094;RO=40;SAF=32;SAR=31;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838375;STB=0.550074;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0160396;OID=.;OPOS=54814841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:40:39:63:65:0.625:31:32:25:15:32:33:25:14 chr18 54815025 . G T 315.44 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0366276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8227;QD=22.5312;RBI=0.0396471;REFB=-0.0151197;REVB=-0.0151761;RO=24;SAF=9;SAR=23;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304765;STB=0.516796;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00698311;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:23:9:6:18:23:9:6:18 chr18 55020000 . C T 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0208092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2469;QD=15.1938;RBI=0.0503612;REFB=-0.0205588;REVB=0.045861;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246564;STB=0.643997;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0395527;OID=.;OPOS=55020000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:4:14:15:11:4:14:15:11 chr18 55021725 . A C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0194765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.108;QD=20.8719;RBI=0.0248032;REFB=-0.0149227;REVB=0.0153579;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253785;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0129972;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:8:12:12:9:8:12 chr18 55027334 . G T 303.63 PASS AF=0.627907;AO=24;DP=40;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0166271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4579;QD=28.2447;RBI=0.0346486;REFB=-0.0100234;REVB=0.0303984;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116021;STB=0.563212;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0295974;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:15:16:24:27:0.627907:12:12:10:5:13:14:11:5 chr18 55103512 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0128953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.501;QD=22.6315;RBI=0.0324231;REFB=-0.00982665;REVB=0.0297485;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0110611;OID=.;OPOS=55103512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:4:4:8:5:4:4 chr18 55104016 . T C 306.03 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0186006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.143;QD=20.4017;RBI=0.0186015;REFB=-0.0129339;REVB=0.000183007;RO=28;SAF=9;SAR=23;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462962;STB=0.502569;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00965413;OID=.;OPOS=55104016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:23:9:8:20:23:9:8:20 chr18 55124087 . A G 624.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000640136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.469;QD=60.9002;RBI=0.0618419;REFB=0;REVB=0.0618386;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141203;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr18 55143766 . C T 1014.95 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058569;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.751;QD=59.7032;RBI=0.0664535;REFB=0;REVB=0.0313965;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425263;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:68:0:0:64:68:1:23:41:0:0:24:44:0:0 chr18 55144035 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.538;QD=60.6102;RBI=0.0309051;REFB=0;REVB=-0.0275657;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179873;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr18 55144045 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.078;QD=61.3358;RBI=0.0323988;REFB=0;REVB=-0.0321009;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160827;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr18 55144748 . G A 1502.23 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.836;QD=59.4941;RBI=0.0236518;REFB=0;REVB=0.0208766;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79575e-05;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:61:39:0:0:61:40:0:0 chr18 55145575 . C G 868.04 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6746;QD=57.8691;RBI=0.0489619;REFB=0;REVB=0.0437154;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674152;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr18 55145765 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.745;QD=51.1846;RBI=0.0282047;REFB=0;REVB=0.0163049;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212872;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr18 55145906 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8918;QD=60.6071;RBI=0.0231779;REFB=0;REVB=-0.00510295;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234492;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr18 55146261 . G A 1175.92 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.095;QD=59.5404;RBI=0.027252;REFB=-0.00388545;REVB=0.00591202;RO=1;SAF=50;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937386;STB=0.504949;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=3.39284e-05;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:28:50:1:0:28:50:1:0 chr18 55150271 . A C 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6908;QD=60.9652;RBI=0.082337;REFB=0;REVB=0.0621401;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091151;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr18 55151334 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.614;QD=51.9104;RBI=0.0355895;REFB=0;REVB=-0.0200709;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125417;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr18 55153371 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.774;QD=56.1916;RBI=0.0132569;REFB=0;REVB=-0.0118024;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64269e-05;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr18 55155489 . A G 1380.84 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408917;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.585;QD=62.7653;RBI=0.041117;REFB=0;REVB=0.00429858;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71942e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr18 55155711 . C G 651.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.338;QD=62.007;RBI=0.0171225;REFB=0;REVB=0.012974;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26225e-05;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr18 55155870 . G A 990.8 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4337;QD=59.1522;RBI=0.0414514;REFB=0;REVB=0.0181835;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496307;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 525.15 PASS AF=0.8;AO=38;DP=57;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00546252;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=7;MLLD=279.31;QD=38.1927;RBI=0.0176105;REFB=-0.0158977;REVB=0.0167419;RO=13;SAF=16;SAR=22;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561635;STB=0.541197;STBP=0.228;TYPE=ins;VARB=0.00450711;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:38:57:44:55:11:19:25:7:4:70:13:16:22:7:6 chr18 55221648 . T C 461.56 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=159;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.00999214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.829;QD=11.6116;RBI=0.00999219;REFB=-0.00211443;REVB=-3.03906e-05;RO=101;SAF=20;SAR=37;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230573;STB=0.634615;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0060074;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:101:102:57:57:0.358491:37:20:56:45:37:20:57:45 chr18 55226383 . G C 270.58 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=-0.0355971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0717;QD=14.431;RBI=0.0482971;REFB=-0.01498;REVB=0.0326413;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152432;STB=0.585748;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0234906;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:11:20:34:10:11:20:34:10 chr18 55247336 . C A 672.02 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0240275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.423;QD=23.3746;RBI=0.0268495;REFB=-0.0149137;REVB=-0.0119824;RO=50;SAF=31;SAR=34;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776543;STB=0.542383;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.014293;OID=.;OPOS=55247336;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:34:31:19:31:34:31:19:31 chr18 55313704 . AT A 105.36 PASS AF=0.707317;AO=21;DP=42;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0240805;FXX=0.0238039;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.48594;QD=10.2786;RBI=0.0250417;REFB=0.0792638;REVB=0.00687159;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235789;STB=0.536816;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=0.0163957;OID=.;OPOS=55313705;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.707317:21:42:29:41:12:11:18:6:6:25:11:6:15:7:4 chr18 55314820 . C A 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0155909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.603;QD=22.884;RBI=0.0204052;REFB=-0.0253355;REVB=0.0131643;RO=29;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100359;STB=0.55506;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0212413;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:15:23:21:8:15:23:21:8 chr18 55317676 . C T 613.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.489;QD=61.3183;RBI=0.0660209;REFB=0;REVB=-0.0657061;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115177;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr18 55346232 . A G 123.16 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0621273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5607;QD=37.8952;RBI=0.0770166;REFB=-0.15847;REVB=0.0455165;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529364;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0263508;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:8:4:0:0:8:4:0:1 chr18 55362532 . T G 1080.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.314;QD=60.0037;RBI=0.0531111;REFB=0;REVB=0.0388118;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40545e-05;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:37:35:0:0 chr18 55364852 . A G 1377.33 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.404;QD=62.6057;RBI=0.031439;REFB=0;REVB=0.0257643;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05373e-05;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr18 56148796 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.014;QD=53.9109;RBI=0.0320828;REFB=0;REVB=0.00621708;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171847;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr18 56149099 . T C 1547.15 PASS AF=0.931624;AO=109;DP=118;FAO=109;FDP=117;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0228995;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.541;QD=52.894;RBI=0.0324115;REFB=-0.130147;REVB=0.0229373;RO=7;SAF=39;SAR=70;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779274;STB=0.537645;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00326008;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:118:117:7:8:109:109:0.931624:70:39:7:0:70:39:7:1 chr18 56202418 . T C 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.039;QD=53.2648;RBI=0.0391285;REFB=0;REVB=0.0377291;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128859;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr18 56202982 . A T 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0147564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.495;QD=26.3047;RBI=0.0147595;REFB=-0.0240345;REVB=0.000300915;RO=21;SAF=16;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109926;STB=0.559968;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0174196;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:20:16:6:15:20:16:6:15 chr18 56203411 . G C 137.84 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00314638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.547;QD=29.0183;RBI=0.0310239;REFB=-0.0785082;REVB=0.0308639;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814507;STB=0.545389;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0153708;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:8:6:3:2:8:6:3:2 chr18 56203447 . A G 209.36 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0337028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0845;QD=26.1701;RBI=0.0348335;REFB=-0.0360109;REVB=-0.00880318;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691191;STB=0.538423;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0264052;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:6:6:8:12:6:6 chr18 56203891 . G T 310.55 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00710935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.22;QD=23.4379;RBI=0.0239104;REFB=-0.0206886;REVB=0.022829;RO=22;SAF=8;SAR=23;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209602;STB=0.616281;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0234491;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:23:8:11:11:23:8:11:11 chr18 56203898 . T G 302.1 PASS AF=0.584906;AO=27;DP=49;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00252944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.203;QD=22.7999;RBI=0.0039932;REFB=-0.00826579;REVB=-0.00308992;RO=22;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257436;STB=0.615921;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00800967;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:22:22:27:31:0.584906:20:7:12:10:22:9:12:10 chr18 56204250 . A C 476.92 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0228566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3829;QD=27.6476;RBI=0.0249612;REFB=0.00364608;REVB=0.0100318;RO=25;SAF=22;SAR=22;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931873;STB=0.550702;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00223282;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:22:22:9:16:22:22:9:16 chr18 56204644 . T G 267.55 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00400667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.239;QD=16.4645;RBI=0.0155523;REFB=-0.0246648;REVB=-0.0150273;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171864;STB=0.596793;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0392748;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:11:19:16:19:11:19:16:19 chr18 56204747 . G A 606.51 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00430921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.562;QD=19.2542;RBI=0.0254779;REFB=-0.00846561;REVB=-0.0251108;RO=62;SAF=32;SAR=30;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146163;STB=0.508194;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00647509;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:62:64:62:62:0.492063:30:32:31:31:30:32:32:32 chr18 56279025 . T G 700.14 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.885;QD=59.586;RBI=0.0488945;REFB=-0.0461495;REVB=0.0320064;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000400782;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:44:46:0.978723:23:21:0:0:24:22:1:0 chr18 56593521 . T G 86.92 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00899175;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1432;QD=11.2161;RBI=0.0472316;REFB=-0.0272708;REVB=0.0463678;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388745;STB=0.764184;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.041281;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:19:20:10:11:0.354839:8:2:10:9:9:2:11:9 chr18 56887507 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.409;QD=53.9101;RBI=0.0737681;REFB=0;REVB=0.0517363;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102707;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr18 57567699 . G A 572.25 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0435639;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3041;QD=17.4733;RBI=0.0443409;REFB=0.00382656;REVB=-0.00826464;RO=72;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385491;STB=0.532603;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00408024;OID=.;OPOS=57567699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:72:71:60:60:0.458015:34:26:34:38:34:26:35:36 chr18 57640352 . C CAA 706.68 PASS AF=1;AO=49;DP=65;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429164;FXX=0.0499917;HRUN=4;LEN=2;MLLD=31.6529;QD=49.5918;RBI=0.0522791;REFB=0;REVB=0.0298544;RO=8;SAF=26;SAR=23;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.00107e-05;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:65:57:57:0:30:27:0:0:12:8:26:23:5:3 chr18 59166541 . C T 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4367;QD=54.6339;RBI=0.0335988;REFB=-0.036065;REVB=0.0101444;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000600906;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:30:21:0:1:30:21:0:1 chr18 59170304 . C G 1175.86 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159649;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.87;QD=61.0839;RBI=0.0240344;REFB=0;REVB=0.017966;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99357e-05;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr18 59221792 . C T 42.89 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000706172;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.377;QD=4.39849;RBI=0.00226047;REFB=-0.00713301;REVB=-0.00214734;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167243;STB=0.634517;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0277293;OID=.;OPOS=59221792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:39:29:32:7:7:0.179487:2:5:17:12:2:5:18:14 chr18 59482283 . A G 125.26 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0192929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6734;QD=8.94701;RBI=0.134168;REFB=-0.0197467;REVB=0.132774;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129454;STB=0.576751;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0832526;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:7:10:27:12:7:10:27:12 chr18 59483514 . A G 145.25 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00768197;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.016;QD=11.8569;RBI=0.014294;REFB=-0.0171279;REVB=-0.0120542;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228978;STB=0.655563;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0381762;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:34:32:17:17:0.346939:7:10:13:21:7:10:11:21 chr18 59805532 . T C 1339.36 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9357;QD=62.296;RBI=0.0470263;REFB=0;REVB=0.0428629;RO=0;SAF=27;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112571;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:59:27:0:0:59:27:0:0 chr18 59807635 . T C 33.84 PASS AF=0.25;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0202127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0768;QD=5.64065;RBI=0.0988727;REFB=-0.00435659;REVB=0.0967846;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194673;STB=0.672417;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0641221;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:24:24:18:18:5:6:0.25:4:1:6:12:5:1:6:12 chr18 59814268 . G A 232.17 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00158924;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.663;QD=12.2197;RBI=0.00213735;REFB=-0.00905729;REVB=-0.00142918;RO=48;SAF=9;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277856;STB=0.642755;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0209517;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:48:27:28:0.368421:18:9:28:20:18:10:28:20 chr18 59814324 . G C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.824;QD=58.4191;RBI=0.0189291;REFB=0;REVB=-0.00251301;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46915e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr18 60027241 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.314;QD=57.1775;RBI=0.0255429;REFB=0;REVB=0.0137331;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95837e-05;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr18 60036083 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.485;QD=58.1415;RBI=0.0169376;REFB=0;REVB=-0.00925607;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193224;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr18 60111488 . G A 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4716;QD=60.2252;RBI=0.0229769;REFB=0;REVB=-0.0137083;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558133;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr18 60191428 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9272;QD=42.1786;RBI=0.0990776;REFB=0;REVB=0.0984264;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579205;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr18 60217584 . C T 59.05 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0447952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.199;QD=2.71512;RBI=0.0546662;REFB=0.00344365;REVB=-0.0313333;RO=74;SAF=9;SAR=3;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30297;STB=0.708728;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0274653;OID=.;OPOS=60217584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:74:75:12:12:0.137931:3:9:38:36:3:9:39:36 chr18 60237388 . A G 828.81 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0278;QD=57.1591;RBI=0.0186784;REFB=0;REVB=0.016044;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016385;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr18 60241732 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.129;QD=59.0184;RBI=0.0460315;REFB=0;REVB=0.0168165;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146016;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:7:27:0:0:7:27:0:0 chr18 60244856 . A G 2308.24 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.657;QD=61.1453;RBI=0.0315804;REFB=0;REVB=0.0283656;RO=0;SAF=68;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91188e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:82:68:0:0:83:68:0:0 chr18 60562298 . A T 525.66 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0307597;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.172;QD=29.6147;RBI=0.0326088;REFB=-0.0358064;REVB=-0.010825;RO=23;SAF=34;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524442;STB=0.52345;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0190173;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:23:24:47:47:0.661972:13:34:15:8:13:34:16:8 chr18 60608965 . A G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0185401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.511;QD=15.2557;RBI=0.0242777;REFB=-0.00762738;REVB=-0.015674;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433586;STB=0.747858;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0177734;OID=.;OPOS=60608965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:6:14:8:22:6:14:8:22 chr18 60985773 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0882934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.99;QD=10.0341;RBI=0.0883576;REFB=-0.0186738;REVB=-0.00336672;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569741;STB=0.847251;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0623659;OID=.;OPOS=60985773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:1:6:1:4:1:6 chr18 61057244 . AG A 78.21 PASS AF=0.433333;AO=14;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0374928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5507;QD=10.4285;RBI=0.0919757;REFB=-0.0180407;REVB=-0.083987;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247787;STB=0.615207;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.00823353;OID=.;OPOS=61057245;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:14:30:13:30:17:5:8:10:7:78:16:5:9:10:6 chr18 61151697 . C T 644.6 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00962525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.769;QD=26.8584;RBI=0.0111324;REFB=-0.0437138;REVB=-0.00559335;RO=38;SAF=28;SAR=29;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450483;STB=0.529573;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0250756;OID=.;OPOS=61151697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:39:57:57:0.59375:29:28:21:17:29:28:22:17 chr18 61156606 . G C 972.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8464;QD=58.9397;RBI=0.0423468;REFB=0;REVB=0.0407434;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398345;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr18 61160287 . T C 1093.52 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3838;QD=59.9188;RBI=0.0450963;REFB=0;REVB=-0.0349162;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049578;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr18 61160320 . G C 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00258206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8329;QD=18.0546;RBI=0.0130103;REFB=-0.0174087;REVB=0.0127515;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836012;STB=0.546734;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0154344;OID=.;OPOS=61160320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:14:19:17:18:14:19:17:18 chr18 61160385 . T C 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00747925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.11;QD=28.022;RBI=0.0458088;REFB=-0.0267815;REVB=0.0451941;RO=18;SAF=20;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144288;STB=0.571378;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0067169;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:19:29:29:0.604167:9:20:9:9:9:20:10:9 chr18 61170721 . T C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00470946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4639;QD=25.7315;RBI=0.00722399;REFB=-0.0173115;REVB=0.00547788;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273682;STB=0.650974;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0167618;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:4:15:11:15:4:15 chr18 61170782 . A G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0152583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.907;QD=22.7941;RBI=0.015915;REFB=-0.0199444;REVB=0.00452456;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204705;STB=0.614429;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.027014;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:9:15:8:13:9:15:8:13 chr18 61170925 . T C 1090.37 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0067633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.926;QD=57.3877;RBI=0.0106342;REFB=-0.0409057;REVB=0.00820637;RO=2;SAF=43;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214946;STB=0.511361;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000489382;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:31:43:2:0:31:43:2:0 chr18 61233907 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00521691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6495;QD=12.8599;RBI=0.0106705;REFB=0.0136579;REVB=0.00930825;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300057;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0147927;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:5:3:1:6:5:3 chr18 61234004 . G C 361.6 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0178787;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.941;QD=22.9588;RBI=0.094569;REFB=-0.00830003;REVB=0.0928636;RO=28;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11348;STB=0.555525;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0102524;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:27:36:36:0.571429:18:18:18:10:18:18:17:10 chr18 61264298 . G A 1902.85 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193529;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.786;QD=61.8812;RBI=0.0213252;REFB=0;REVB=0.0212372;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3955e-05;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:64:59:0:0:64:59:0:0 chr18 61264468 . C T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.244;QD=60.0296;RBI=0.0255261;REFB=0;REVB=-0.00239732;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76108e-05;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr18 61326597 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.761;QD=60.9783;RBI=0.0723088;REFB=0;REVB=0.0346683;RO=0;SAF=37;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381111;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:2:37:0:0:2:37:0:0 chr18 61326609 . T G 762.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.226;QD=63.5316;RBI=0.215183;REFB=0;REVB=0.214736;RO=0;SAF=46;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863901;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:1:46:0:0:2:46:0:0 chr18 61471523 . G A 1566.03 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.875;QD=63.9195;RBI=0.00361586;REFB=0;REVB=0.000110563;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62832e-06;OID=.;OPOS=61471523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:60:37:0:0:60:38:0:0 chr18 61471670 . G A 218.93 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00432437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.32;QD=9.62312;RBI=0.0112681;REFB=-0.00188763;REVB=-0.0104053;RO=62;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192048;STB=0.616677;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00361238;OID=.;OPOS=61471670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:63:28:28:0.307692:13:15:23:39:13:15:23:40 chr18 61564393 . GA G,GG 1013.7 PASS AF=0.0140845,0.985915;AO=10,54;DP=73;FAO=1,70;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541421,-0.00781484;FXX=0.0273935;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.9144,35.3852;QD=57.1101;RBI=0.020086,0.180197;REFB=0,0;REVB=0.0193426,0.180027;RO=0;SAF=1,28;SAR=9,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,-3.52846e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0658615,0.00541374;OID=.,.;OPOS=61564394,61564394;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0140845,0.985915:10,54:73:1,70:71:0:1,28:0,42:0:0:3:0:1,28:9,26:0:0 chr18 61570470 . T G 1559.8 PASS AF=0.92437;AO=110;DP=119;FAO=110;FDP=119;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000138864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.4521;QD=52.4303;RBI=0.0249469;REFB=-0.182111;REVB=0.0249465;RO=9;SAF=43;SAR=67;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803166;STB=0.504243;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00689221;OID=.;OPOS=61570470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:119:119:9:9:110:110:0.92437:67:43:4:5:67:43:4:5 chr18 61570503 . C G,T 1471.71 PASS AF=0.926316,0.0736842;AO=88,7;DP=96;FAO=88,7;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=27,7;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435385,0.00433135;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.9121,130.225;QD=61.9667;RBI=0.0443262,0.0203316;REFB=0,0;REVB=-0.00831916,-0.0198649;RO=0;SAF=27,7;SAR=61,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.16754e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0055543,0.0638467;OID=.,.;OPOS=61570503,61570503;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:96:95:0:0:88,7:88,7:0.926316,0.0736842:61,0:27,7:0:0:61,0:27,7:0:0 chr18 61570529 . C G,T 882.71 PASS AF=0.953125,0.03125;AO=60,3;DP=64;FAO=61,2;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17,2;FSAR=44,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268788,-0.0564068;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=115.757,11.3962;QD=55.1694;RBI=0.0302125,0.0570448;REFB=-0.110958,-0.132141;REVB=-0.0137957,-0.00850747;RO=0;SAF=16,3;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.6631e-08,0;STB=0.514281,0.5;STBP=0.147,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000876936,0.0461277;OID=.,.;OPOS=61570529,61570529;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:64:64:0:1:60,3:61,2:0.953125,0.03125:44,0:16,3:0:0:44,0:17,2:1:0 chr18 61575232 . A G 3152.31 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.783;QD=64.0064;RBI=0.0459949;REFB=0;REVB=0.0146617;RO=0;SAF=104;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05548e-05;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:93:104:0:0:93:104:0:0 chr18 61582751 . T G 1030.93 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.254;QD=58.0808;RBI=0.0625003;REFB=-0.131052;REVB=0.0586987;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116744;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00131553;OID=.;OPOS=61582751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:30:40:1:0:30:40:1:0 chr18 61582867 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.802;QD=62.4652;RBI=0.021239;REFB=0;REVB=0.021031;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45596e-05;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr18 61585260 . T C 715.78 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0908555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.58;QD=54.0211;RBI=0.0995449;REFB=-0.0977775;REVB=0.0406753;RO=1;SAF=16;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285;STB=0.513508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000721501;OID=.;OPOS=61585260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:53:1:1:49:52:0.981132:33:16:1:0:34:18:1:0 chr18 61587067 . C T 726.91 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00589514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.038;QD=52.8664;RBI=0.00616021;REFB=-0.11243;REVB=-0.00178761;RO=2;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00847738;STB=0.503936;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000874167;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:52:53:0.963636:20:32:1:1:21:32:1:1 chr18 61600384 . C T 712.14 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137717;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.825;QD=63.3013;RBI=0.0256908;REFB=0;REVB=-0.0216877;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27038e-05;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr18 61620766 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.959;QD=60.608;RBI=0.0253576;REFB=0;REVB=0.00661022;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81118e-05;OID=.;OPOS=61620766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr18 61650865 . G A 512.13 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0237071;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.307;QD=26.6043;RBI=0.031102;REFB=-0.0162062;REVB=0.0201323;RO=30;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759569;STB=0.504144;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00966405;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:23:24:15:15:23:24:15:15 chr18 61654463 . A G 766.36 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6971;QD=62.5604;RBI=0.0350623;REFB=0;REVB=0.0026527;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232315;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr18 62036875 . G A 1623.6 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833653;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.893;QD=60.1334;RBI=0.00956112;REFB=0;REVB=0.00468159;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437526;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:53:54:0:0:53:55:0:0 chr18 63489378 . C T 519.27 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00151897;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1588;QD=22.8252;RBI=0.00317724;REFB=-0.0168207;REVB=0.00279063;RO=39;SAF=23;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143995;STB=0.523671;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0141604;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:39:42:49:49:0.538462:26:23:19:20:27:22:21:21 chr18 63530016 . A G 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0059806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.335;QD=18.9036;RBI=0.0350727;REFB=-0.0193337;REVB=-0.034559;RO=41;SAF=16;SAR=23;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11479;STB=0.563654;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0223569;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:23:16:12:29:23:16:12:29 chr18 64239250 . G A 52.67 PASS AF=0.108333;AO=13;DP=120;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.0267548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.349;QD=1.75571;RBI=0.0304054;REFB=-0.00654717;REVB=-0.0144455;RO=107;SAF=8;SAR=5;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056217;STB=0.541768;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0618679;OID=.;OPOS=64239250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:120:107:107:13:13:0.108333:5:8:61:46:5:8:61:46 chr18 65178103 . G GCA 71.84 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=42;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0535823;FXX=0.102538;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.288;QD=8.21068;RBI=0.0667763;REFB=-0.0290031;REVB=0.0398499;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354932;STB=0.756281;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.113207;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:9:42:10:35:25:3:7:17:8:71:33:3:6:21:12 chr18 65179829 . G A 398.91 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00238304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.546;QD=20.9953;RBI=0.0233148;REFB=-0.0240381;REVB=-0.0231927;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157722;STB=0.587258;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0159145;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:16:24:15:21:16:24:15:21 chr18 66504093 . A C 1699.68 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.295;QD=60.1658;RBI=0.0355648;REFB=0;REVB=0.0257465;RO=0;SAF=67;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49754e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:113:0:0:107:113:1:40:67:0:0:42:71:0:0 chr18 66504459 . A T 660.14 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00419215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.914;QD=49.822;RBI=0.00776632;REFB=-0.144381;REVB=0.0065377;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.518127;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000884659;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:0:3:48:48:0.90566:18:30:0:0:18:30:1:2 chr18 66513615 . A G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0150852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6288;QD=12.4818;RBI=0.0225689;REFB=0.0121726;REVB=0.0167866;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337861;STB=0.703835;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0180008;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:10:2:8:11:10:2:8:11 chr18 66513662 . T C 227.95 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.0065459;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.492;QD=19.4004;RBI=0.0290564;REFB=0.0184343;REVB=0.0283095;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191278;STB=0.612815;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0100295;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:25:22:22:0.468085:16:6:3:21:16:6:3:22 chr18 66526176 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.744;QD=51.9166;RBI=0.0274742;REFB=0;REVB=0.02713;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343561;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr18 67345034 . T C 1561.58 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.647;QD=59.4887;RBI=0.0497695;REFB=0;REVB=0.0451531;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287867;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:101:105:1:55:46:0:0:57:48:0:0 chr18 67365668 . A G 286.58 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000719525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.248;QD=17.3684;RBI=0.00608842;REFB=-0.0290366;REVB=-0.00604575;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134961;STB=0.581344;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0217454;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:31:32:0.484848:12:19:16:18:12:20:16:18 chr18 67531642 . T C 306.94 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0149618;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.621;QD=20.1271;RBI=0.0495735;REFB=-0.0376052;REVB=0.0472618;RO=29;SAF=9;SAR=23;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571634;STB=0.503175;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0320765;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:23:9:8:21:23:9:8:21 chr18 67687860 . T C 334.25 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0152015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.426;QD=12.8557;RBI=0.0155861;REFB=-0.0150365;REVB=0.00344146;RO=61;SAF=21;SAR=19;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346237;STB=0.503855;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0291027;OID=.;OPOS=67687860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:64:40:40:0.384615:19:21:34:27:19:21:34:30 chr18 67718688 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.074;QD=63.3368;RBI=0.0243869;REFB=0;REVB=0.0218315;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38039e-05;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr18 67801786 . T C 86.06 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0234193;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.34;QD=14.9669;RBI=0.0398621;REFB=-0.0147524;REVB=-0.0322571;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569313;STB=0.515124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.090282;OID=.;OPOS=67801786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:23:23:12:12:10:11:0.478261:7:3:3:9:8:3:3:9 chr18 67843909 . A G 69.25 PASS AF=0.160494;AO=12;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.00240678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.868;QD=3.41993;RBI=0.0193589;REFB=-0.0010245;REVB=0.0192087;RO=68;SAF=8;SAR=4;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269461;STB=0.528412;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00710102;OID=.;OPOS=67843909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:12:13:0.160494:4:8:44:24:5:8:44:24 chr18 67860578 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0168193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.861;QD=2.49552;RBI=0.0471135;REFB=-0.00445882;REVB=0.044009;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447889;STB=0.837598;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0185228;OID=.;OPOS=67860578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:1:5:20:25:1:5:20:25 chr18 67863850 . T TCTC 451.51 PASS AF=0.85;AO=32;DP=43;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0178458;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.258;QD=45.1506;RBI=0.0190089;REFB=-0.0395764;REVB=0.00654703;RO=10;SAF=11;SAR=21;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163425;STB=0.59994;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.00560495;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.85:32:43:34:40:6:12:22:6:0:33:10:11:21:7:3 chr18 67871343 . A C 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8333;QD=58.419;RBI=0.0508285;REFB=0;REVB=0.0350588;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528262;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:33:30:0:0 chr18 67994632 . A AATT 317.35 PASS AF=0.473684;AO=28;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00650103;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=310.766;QD=16.7025;RBI=0.010046;REFB=-0.0145662;REVB=-0.00765885;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140187;STB=0.507712;STBP=0.902;TYPE=ins;VARB=0.0156968;OID=.;OPOS=67994633;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:28:77:36:76:40:22:14:25:15:99:41:14:14:26:15 chr18 68180082 . G A 229.81 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0425831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.843;QD=16.4147;RBI=0.0473539;REFB=-0.00198347;REVB=-0.0207141;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128786;STB=0.517843;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00239103;OID=.;OPOS=68180082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:13:12:14:16:13:13:14:16 chr18 70417396 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.648;QD=57.3853;RBI=0.0357909;REFB=0;REVB=0.00855494;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09045e-05;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr18 70532840 . T G 725.23 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=121;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0115706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.337;QD=23.9747;RBI=0.0129655;REFB=-0.0151503;REVB=0.00585026;RO=52;SAF=34;SAR=35;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965155;STB=0.552616;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0136183;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:52:52:69:69:0.570248:35:34:32:20:35:34:32:20 chr18 71826115 . C T 126.2 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.013299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4341;QD=19.4155;RBI=0.0323238;REFB=0.00451447;REVB=0.0294612;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.000477241;OID=.;OPOS=71826115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:7:5:7:7:7:5 chr18 71894984 . A G 36.6 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-8.74919e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.29;QD=7.31927;RBI=0.0469382;REFB=-0.0131091;REVB=0.0469382;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.699439;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0268045;OID=.;OPOS=71894984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:12:14:6:6:0.3:3:3:3:9:3:3:3:11 chr18 72021717 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5485;QD=56.1886;RBI=0.0636571;REFB=0;REVB=0.00666646;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127922;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr18 72103782 . T C 1952.2 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5627;QD=61.9745;RBI=0.0101618;REFB=0;REVB=0.00996197;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23989e-05;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:63:63:0:0:63:63:0:0 chr18 72114455 . C T 856.89 PASS AF=1;AO=44;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.791;QD=57.126;RBI=0.103258;REFB=0;REVB=0.0843053;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522743;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:44:60:1:14:30:0:0:25:35:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 579.64 PASS AF=0.839286;AO=43;DP=57;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0600504;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.128;QD=41.4029;RBI=0.093045;REFB=-0.130052;REVB=0.0710726;RO=13;SAF=25;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189308;STB=0.521796;STBP=0.469;TYPE=ins;VARB=0.0215911;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.839286:43:57:47:56:9:25:22:6:3:51:13:25:18:7:6 chr18 72228124 . A G 1713.2 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3686;QD=60.6441;RBI=0.0324492;REFB=0;REVB=0.00136028;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64111e-05;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:45:67:0:0:46:67:0:0 chr18 72244208 . G A 495.78 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0134556;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.26;QD=25.1029;RBI=0.0257873;REFB=-0.0433557;REVB=0.0219984;RO=33;SAF=12;SAR=34;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22089;STB=0.621633;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0294568;OID=.;OPOS=72244208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:33:33:46:46:0.582278:34:12:17:16:34:12:17:16 chr18 72343008 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.64;QD=60.6092;RBI=0.0400159;REFB=0;REVB=0.0298213;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282064;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr18 72343181 . A G 118.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0101873;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4329;QD=20.5536;RBI=0.0254634;REFB=-0.0456574;REVB=0.0233367;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795218;STB=0.545383;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0566409;OID=.;OPOS=72343181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:6:4:4:9:6:4 chr18 72344223 . T C 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0130269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.568;QD=20.0987;RBI=0.0131838;REFB=-0.00719865;REVB=-0.0020275;RO=50;SAF=22;SAR=26;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129718;STB=0.571882;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00675121;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:26:22:30:20:26:22:30:20 chr18 72345890 . A C 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0521664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.4595;QD=23.1612;RBI=0.0546436;REFB=0.00996153;REVB=0.0162661;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471213;STB=0.526295;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00925698;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:15:11:11:12:15:11:11:12 chr18 72347482 . T C 435.93 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0121695;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.927;QD=26.8266;RBI=0.0161585;REFB=-0.0248896;REVB=0.0106303;RO=24;SAF=14;SAR=27;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170755;STB=0.59336;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0113696;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:27:14:14:10:27:14:14:10 chr18 72776121 . G A 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.013627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.156;QD=11.3453;RBI=0.0403689;REFB=0.00213142;REVB=0.0379994;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141023;STB=0.508189;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00320649;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:19:20:11:11:19:20 chr18 72914280 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.396;QD=46.8466;RBI=0.0230788;REFB=0;REVB=-0.00614025;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354145;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr18 72998004 . T C 830.57 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664168;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.625;QD=57.2805;RBI=0.021011;REFB=0;REVB=0.0199337;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14123e-05;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr18 72998268 . T C 731.21 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226052;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3083;QD=63.5835;RBI=0.0386242;REFB=0;REVB=0.0313182;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409983;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr18 72998526 . G A 329.71 PASS AF=0.771429;AO=26;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0224221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.089;QD=37.6808;RBI=0.0262172;REFB=-0.0170249;REVB=-0.0135864;RO=8;SAF=18;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296374;STB=0.512811;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00442553;OID=.;OPOS=72998526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:8:8:26:27:0.771429:8:18:6:2:8:19:6:2 chr18 72998886 . T C 1752.18 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119707;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.255;QD=60.9453;RBI=0.0250895;REFB=0;REVB=0.0220496;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72447e-05;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:57:57:0:0:58:57:0:0 chr18 72999359 . T C 292.06 PASS AF=0.377778;AO=31;DP=88;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0173711;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.502;QD=12.9806;RBI=0.0177422;REFB=-0.0193607;REVB=-0.00360994;RO=51;SAF=28;SAR=3;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423469;STB=0.665555;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0298343;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:51:56:31:34:0.377778:3:28:34:17:5:29:38:18 chr18 73001041 . AG A,AA 78.83 PASS AF=0.434783,0;AO=6,2;DP=23;FAO=10,0;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0248309,-0.0243493;FXX=0.079968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=281.941,283.033;QD=13.7098;RBI=0.0277081,0.0268191;REFB=-0.0112925,-0.0116127;REVB=0.012295,0.0112416;RO=12;SAF=1,1;SAR=5,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.243254,0.175485;STB=0.548295,0.5;STBP=0.77,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0159421,0.00270431;OID=.,.;OPOS=73001042,73001042;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783,0:6,2:23:10,0:23:13:3,0:7,0:3:10:63:12:1,1:5,1:4:8 chr18 74611127 . A G 1171.74 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.818;QD=60.8694;RBI=0.084434;REFB=0;REVB=0.0206937;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350346;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr18 74671768 . T C 1141.96 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540835;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.249;QD=60.9043;RBI=0.016628;REFB=0;REVB=-0.0157239;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.79849e-05;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:42:33:0:0 chr18 74680208 . C T 720.6 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300152;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.714;QD=56.5178;RBI=0.0317253;REFB=0;REVB=0.0102753;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225414;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr18 74680259 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.02;QD=63.583;RBI=0.0340725;REFB=0;REVB=-0.00694052;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112077;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr18 74682214 . C T 1624.34 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0676;QD=60.1606;RBI=0.0679024;REFB=0;REVB=-0.0677808;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363277;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:64:44:0:0:64:44:0:0 chr18 74702864 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5172;QD=56.9376;RBI=0.0387007;REFB=0;REVB=0.0332892;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326681;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr18 74728823 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00195513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.49;QD=14.335;RBI=0.0367918;REFB=-0.00914054;REVB=-0.0367399;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322092;STB=0.679772;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0123703;OID=.;OPOS=74728823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:4:13:12:13:4:13:13:13 chr18 74962645 . T C 523.79 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0140197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.46;QD=19.9539;RBI=0.0260623;REFB=-0.0228516;REVB=-0.0219702;RO=51;SAF=29;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413199;STB=0.522791;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0244915;OID=.;OPOS=74962645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:25:29:25:26:25:29:25:26 chr18 74980809 . G A 357.25 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.787;QD=54.9614;RBI=0.0546097;REFB=0;REVB=0.0491884;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171124;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr18 76754466 . C T 676.74 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00648761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.694;QD=60.1545;RBI=0.0398538;REFB=-0.0532882;REVB=0.0393222;RO=1;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132374;STB=0.507039;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.000761738;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:35:9:0:1:35:9:0:1 chr18 76873288 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0717044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6124;QD=24.0729;RBI=0.0836463;REFB=0.0162283;REVB=-0.0430717;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155171;STB=0.58809;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0057309;OID=.;OPOS=76873288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:10:3:3:4:10:3:3:4 chr18 77067000 . T G 216.07 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0233662;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.237;QD=16.621;RBI=0.0425625;REFB=-0.0363324;REVB=-0.0355751;RO=29;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447116;STB=0.749792;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0175038;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:28:23:24:0.461538:6:17:8:21:6:18:8:20 chr18 77171061 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.573;QD=46.8474;RBI=0.0395827;REFB=0;REVB=0.035572;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123332;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr18 77211764 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000113114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.921;QD=58.7817;RBI=0.0134421;REFB=0;REVB=-0.0134416;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26281e-05;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr18 77227476 . A G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.242;QD=58.5956;RBI=0.0198801;REFB=0;REVB=0.0194102;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28189e-05;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr18 77246406 . T G 248.4 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0369515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.334;QD=11.6894;RBI=0.0386099;REFB=-0.0202025;REVB=-0.0111942;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639699;STB=0.519734;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0331123;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:55:30:30:0.352941:16:14:20:29:16:14:24:31 chr18 77420703 . C G 1055.66 PASS AF=0.939024;AO=73;DP=81;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00588558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6398;QD=51.4955;RBI=0.00848678;REFB=-0.0160854;REVB=0.00611435;RO=8;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101852;STB=0.532459;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000499926;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:81:82:8:5:73:77:0.939024:33:40:0:8:36:41:0:5 chr18 77439532 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.726;QD=43.4862;RBI=0.0375397;REFB=0;REVB=0.0337502;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237426;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr18 77513721 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.042;QD=59.9375;RBI=0.0255491;REFB=0;REVB=0.00292447;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68166e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr18 77728135 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.92;QD=58.5876;RBI=0.00340897;REFB=0;REVB=0.00276706;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83086e-06;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr18 77736735 . T C 650.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7438;QD=61.9905;RBI=0.0196025;REFB=0;REVB=0.016132;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279763;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr18 77773006 . A G 167.73 PASS AF=0.283951;AO=22;DP=80;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0260844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.78;QD=8.28283;RBI=0.0347313;REFB=-0.00638688;REVB=-0.0229318;RO=58;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231343;STB=0.618947;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0205753;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:58:58:22:23:0.283951:9:13:23:35:10:13:23:35 chr18 77773035 . G A 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.000472491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.931;QD=10.4167;RBI=0.00527773;REFB=-0.0107188;REVB=0.00525654;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991147;STB=0.550662;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0160581;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:23:23:0.338235:10:13:21:23:10:13:22:23 chr18 77805856 . A C 75.1 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00735842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1767;QD=11.1258;RBI=0.0659803;REFB=-0.00268196;REVB=-0.0655687;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3708;STB=0.717922;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00383847;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:13:4:6:4:13:4 chr18 77805949 . A C 235.73 PASS AF=0.459016;AO=22;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00155112;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.849;QD=15.4575;RBI=0.0113292;REFB=-0.0335289;REVB=-0.0112225;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304633;STB=0.514129;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0359914;OID=.;OPOS=77805949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:21:33:22:28:0.459016:13:9:2:19:18:10:11:22 chr18 77891039 . T A 229.55 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00398278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.412;QD=9.87311;RBI=0.0829927;REFB=-0.00539823;REVB=0.0828971;RO=64;SAF=14;SAR=15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385287;STB=0.522594;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0118659;OID=.;OPOS=77891039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:15:14:33:31:15:14:33:31 chr18 77893683 . A G 324.69 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0203136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0551;QD=17.0892;RBI=0.0215227;REFB=0.0121214;REVB=0.00711227;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723135;STB=0.540517;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0134744;OID=.;OPOS=77893683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:23:18:18:17:23:18 chr18 77894844 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00922991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.246;QD=15.2589;RBI=0.0463727;REFB=-0.0110991;REVB=0.0454449;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.013042;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:5:1:1:6:5:1 chr18 77895192 . G A 290.49 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0533859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0992;QD=17.6052;RBI=0.10531;REFB=-0.00620955;REVB=0.0907749;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304237;STB=0.656152;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00860078;OID=.;OPOS=77895192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:10:21:12:22:11:21:12:22 chr18 77897478 . C G 426.47 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0166868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5437;QD=16.4027;RBI=0.0314857;REFB=-0.0125251;REVB=-0.0267003;RO=56;SAF=28;SAR=19;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854731;STB=0.5513;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0196715;OID=.;OPOS=77897478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:19:28:38:18:19:28:39:18 chr18 77915113 . C T 185.1 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.017507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.753;QD=10.2833;RBI=0.0856814;REFB=-0.0163851;REVB=-0.0838737;RO=46;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214382;STB=0.624896;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0279162;OID=.;OPOS=77915113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:48:24:24:0.333333:9:15:20:26:9:15:21:27 chr18 77915906 . T C 213.19 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0256325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.829;QD=10.3994;RBI=0.0256374;REFB=-0.00563991;REVB=-0.000501749;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150138;STB=0.59192;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.013568;OID=.;OPOS=77915906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:14:13:19:35:14:13:19:36 chr18 77918073 . C T 34.04 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0189698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8503;QD=1.72341;RBI=0.0695058;REFB=3.40451e-05;REVB=-0.0668671;RO=70;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047588;STB=0.544442;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00425773;OID=.;OPOS=77918073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:70:71:8:8:0.101266:5:3:29:41:5:3:30:41 chr19 372661 . C A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000948937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7463;QD=14.0957;RBI=0.00119806;REFB=-0.0072793;REVB=-0.000731343;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00843603;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:6:8:7:4:6:8 chr19 453160 . A G 1043.91 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.694;QD=59.6521;RBI=0.0464999;REFB=0;REVB=0.00710822;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22171e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr19 463528 . G A 1973.49 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9552;QD=61.6714;RBI=0.0622842;REFB=0;REVB=0.0405827;RO=1;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393729;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:1:0:127:128:1:68:59:0:1:69:59:0:0 chr19 496532 . G A 153.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0240273;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.3699;QD=19.1373;RBI=0.0257381;REFB=-0.032935;REVB=-0.00922713;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269615;STB=0.672184;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0311131;OID=.;OPOS=496532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:16:16:16:0.5:12:4:8:7:12:4:9:7 chr19 498524 . A G 532.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383483;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.289;QD=59.1572;RBI=0.0384185;REFB=0;REVB=-0.00232249;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213296;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:20:14:0:0:21:15:0:0 chr19 501701 . G A 80.76 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.027245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.67;QD=11.9651;RBI=0.0286879;REFB=-0.0370967;REVB=0.00898355;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.546014;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0313841;OID=.;OPOS=501701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:26:27:16:16:10:11:0.407407:7:3:7:9:7:4:7:9 chr19 501719 . T C 62.71 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0966503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.326;QD=20.9017;RBI=0.100678;REFB=-0.026128;REVB=-0.0281932;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220925;STB=0.624737;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0100054;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:0:4:6:2:0:4 chr19 501725 . G A 51.73 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0557398;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4845;QD=15.9166;RBI=0.0680386;REFB=-0.041907;REVB=-0.0390169;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161108;STB=0.571239;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.042425;OID=.;OPOS=501725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:7:6:7:7:0.538462:5:2:1:6:5:2:1:5 chr19 504830 . C G 285.97 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00256384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0945;QD=15.8872;RBI=0.0178543;REFB=-0.0516039;REVB=0.0176693;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117071;STB=0.580229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0567188;OID=.;OPOS=504830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:40:32:32:0.444444:19:13:20:18:19:13:22:18 chr19 549678 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.872;QD=59.4354;RBI=0.0180315;REFB=0;REVB=-0.0147746;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79484e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr19 579010 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.786;QD=48.7355;RBI=0.036195;REFB=0;REVB=0.016129;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158605;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 579035 . C T 335.04 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.12;QD=53.6065;RBI=0.0549353;REFB=0;REVB=0.0515396;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00657683;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:9:13:0:0:12:13:0:0 chr19 580389 . G C 231.77 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0328251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.338;QD=14.7157;RBI=0.0329312;REFB=-0.0151728;REVB=-0.00264087;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134031;STB=0.576214;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0160821;OID=.;OPOS=580389;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:18:18:10:17:18:18 chr19 580665 . T C 954.7 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.892;QD=58.7506;RBI=0.0419521;REFB=0;REVB=0.00942707;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135359;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr19 582505 . G A 168.31 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089681;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8293;QD=48.0882;RBI=0.0310746;REFB=0;REVB=0.0297524;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152426;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 582775 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.289;QD=46.8462;RBI=0.0334452;REFB=0;REVB=0.0322367;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105158;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 582927 . T A 801.99 PASS AF=0.926471;AO=57;DP=62;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00887051;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=232.371;QD=47.1758;RBI=0.0106278;REFB=-0.00154857;REVB=0.00585355;RO=5;SAF=28;SAR=29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138435;STB=0.50331;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.000256545;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:62:68:5:5:57:63:0.926471:29:28:2:3:35:28:2:3 chr19 605171 . T C 2636.91 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5872;QD=62.045;RBI=0.0876246;REFB=0;REVB=0.0169636;RO=0;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06912e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152593;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:170:0:0:166:170:1:86:80:0:0:87:83:0:0 chr19 613898 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.508;QD=64.4149;RBI=0.0420672;REFB=0;REVB=0.0415895;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144547;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr19 617641 . C T 60.94 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00081857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.936;QD=6.58821;RBI=0.0295484;REFB=-0.00234448;REVB=-0.029537;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149962;STB=0.59503;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00735495;OID=.;OPOS=617641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:12:16:4:5:12:16 chr19 652238 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.181;QD=59.0183;RBI=0.0286867;REFB=0;REVB=-0.00100018;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07499e-05;OID=.;OPOS=652238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr19 691909 . T C 1070.27 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141119;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.387;QD=58.6451;RBI=0.0358642;REFB=-0.0078566;REVB=0.0329712;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103952;STB=0.505493;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000261676;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:45:27:0:1:45:27:0:1 chr19 804396 . C T 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0.0313462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.939;QD=21.2915;RBI=0.0314932;REFB=-0.0125266;REVB=-0.00303983;RO=25;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325118;STB=0.67596;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00830917;OID=.;OPOS=804396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:23:2:0:25:23:2:0:25 chr19 804642 . C T 152.74 PASS AF=0.377778;AO=6;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0086089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.996;QD=13.5771;RBI=0.0225541;REFB=-0.0236713;REVB=-0.0208464;RO=26;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.716298;STB=0.562427;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0348892;OID=.;OPOS=804642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:6:17:0.377778:0:6:11:15:8:9:12:16 chr19 805184 . T C 74.54 PASS AF=0.692308;AO=3;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.222522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3424;QD=22.934;RBI=0.247369;REFB=0.00820606;REVB=0.108054;RO=4;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541115;STB=0.832477;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0196327;OID=.;OPOS=805184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:3:9:0.692308:1:2:0:4:1:8:0:4 chr19 810594 . C T 46.54 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00251575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6971;QD=3.44765;RBI=0.00583344;REFB=-0.00106538;REVB=0.00526309;RO=46;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177713;STB=0.624688;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0122972;OID=.;OPOS=810594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:3:5:22:24:3:5:22:24 chr19 811420 . G A 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.711;QD=55.6469;RBI=0.0199993;REFB=0;REVB=-0.0135344;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08865e-05;OID=.;OPOS=811420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 815086 . A G 631.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.793;QD=61.6422;RBI=0.0249647;REFB=0;REVB=-0.0118842;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53585e-05;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr19 829568 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00795252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.237;QD=17.3212;RBI=0.0155898;REFB=-0.0182721;REVB=-0.0134089;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172224;STB=0.518496;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0216945;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:18:16:16:0.470588:13:3:3:12:13:3:3:15 chr19 830854 . T C 363.5 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0435705;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.875;QD=17.9504;RBI=0.0436007;REFB=-0.0163926;REVB=-0.00162285;RO=40;SAF=26;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247179;STB=0.622368;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0250762;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:43:38:38:0.469136:12:26:17:23:12:26:20:23 chr19 880066 . G A 386.72 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00400187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.252;QD=36.8302;RBI=0.0111229;REFB=-0.0106977;REVB=-0.010378;RO=11;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589929;STB=0.531999;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00420406;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:12:19:8:3:12:19:8:3 chr19 885818 . A G 234.71 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.11745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0107;QD=18.777;RBI=0.119194;REFB=-0.0078711;REVB=-0.020314;RO=27;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320965;STB=0.518203;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00604661;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:7:16:18:9:7:16:18:9 chr19 900951 . A G 308.06 PASS AF=0.38;AO=31;DP=95;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0515955;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.373;QD=12.3225;RBI=0.0516275;REFB=-0.0257988;REVB=-0.00181775;RO=61;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072899;STB=0.579505;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0430509;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:61:62:31:38:0.38:19:12:20:41:21:17:20:42 chr19 901507 . A G 272.9 PASS AF=0.54386;AO=28;DP=53;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0272944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.348;QD=19.1508;RBI=0.0278257;REFB=-0.0302057;REVB=0.00541112;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132722;STB=0.591412;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0241754;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:24:26:28:31:0.54386:13:15:9:15:14:17:9:17 chr19 965043 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.406;QD=49.5984;RBI=0.0275273;REFB=0;REVB=-0.00114257;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231958;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 966693 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0449551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.236;QD=19.3435;RBI=0.0471413;REFB=-0.00219325;REVB=0.0141895;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197011;STB=0.610994;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00246861;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:5:13:9:9:5:13 chr19 971933 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0328105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.973;QD=17.2298;RBI=0.0361958;REFB=-0.0138817;REVB=0.0152842;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.010663;OID=.;OPOS=971933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:6:2:2:3:6:2:2:4 chr19 971949 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.130948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.794;QD=18.7669;RBI=0.131023;REFB=0.00982993;REVB=-0.00444125;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00515824;OID=.;OPOS=971949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr19 984533 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.933;QD=56.706;RBI=0.0178998;REFB=0;REVB=-0.000865652;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45171e-05;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr19 984554 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.412;QD=44.688;RBI=0.0242628;REFB=0;REVB=0.0116916;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286423;OID=.;OPOS=984554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 990281 . G A 379.56 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298223;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.564;QD=56.231;RBI=0.0524591;REFB=0;REVB=0.0431577;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211347;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 990318 . GC G,GG 285.8 PASS AF=0.657143,0.342857;AO=10,13;DP=32;FAO=23,12;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,5;FSAR=7,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.333408,0.186355;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.8716,11.187;QD=32.6633;RBI=0.471357,0.277757;REFB=0,0;REVB=0.333191,0.205962;RO=8;SAF=8,5;SAR=2,8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.555556,0;SSSB=0.0573375,-0.243638;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0717951,-0.0897126;OID=.,.;OPOS=990319,990319;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.657143,0.342857:10,13:32:23,12:35:0:16,5:7,7:0:0:60:8:8,5:2,8:6:2 chr19 1003172 . C T 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.284;QD=62.9072;RBI=0.0270279;REFB=0;REVB=0.0175937;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44116e-05;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr19 1004632 . CG C,GC 43.64 PASS AF=0.5,0;AO=7,2;DP=18;FAO=9,0;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.102303,-0.0544875;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=9.9376,40.6446;QD=9.69749;RBI=0.119126,0.0973422;REFB=-0.207729,-0.00646421;REVB=0.061033,-0.0806636;RO=8;SAF=4,0;SAR=3,2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280299,-0.519945;STB=0.559863,0.5;STBP=0.649,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.180686,0.054202;OID=.,.;OPOS=1004633,1004632;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:8:9:7,2:9,0:0.5,0:3,2:4,0:2:6:6,0:3,0:4:5 chr19 1036552 . T C 1719.37 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436648;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8485;QD=60.8628;RBI=0.043846;REFB=0;REVB=-0.00398167;RO=0;SAF=89;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91282e-05;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:24:89:0:0:24:89:0:0 chr19 1038995 . A C 2662.49 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822377;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.969;QD=62.2804;RBI=0.00826586;REFB=0;REVB=-0.000833169;RO=0;SAF=63;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91309e-07;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:107:63:0:0:106:65:0:0 chr19 1041352 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00721868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.225;QD=17.4271;RBI=0.0350805;REFB=-0.0274169;REVB=-0.0343297;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131851;STB=0.555497;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0352062;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:7:11:11:12:8:11:11:12 chr19 1042809 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0161106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.751;QD=11.6672;RBI=0.0161115;REFB=-0.0153527;REVB=0.000172722;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169652;STB=0.599863;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0233044;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:9:17:7:7:9:17 chr19 1044589 . T C 307.16 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00818114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.72;QD=17.8062;RBI=0.0148459;REFB=-0.0196355;REVB=-0.0123883;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838654;STB=0.5526;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0176338;OID=.;OPOS=1044589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:32:36:32:33:0.478261:15:17:14:18:15:18:16:20 chr19 1047002 . A G 428.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7822;QD=57.1831;RBI=0.0356991;REFB=0;REVB=-0.0237211;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48423e-05;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr19 1047161 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.214;QD=59.3223;RBI=0.0208555;REFB=0;REVB=-0.0138409;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67522e-06;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:39:29:0:0 chr19 1049269 . G A 734.4 PASS AF=0.405797;AO=84;DP=207;FAO=84;FDP=207;FR=.;FRO=123;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=81;FSRR=42;FWDB=-0.0170595;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.226;QD=14.1913;RBI=0.017901;REFB=-0.0233174;REVB=-0.00542376;RO=123;SAF=55;SAR=29;SRF=81;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443017;STB=0.502484;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0387433;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:123:123:84:84:0.405797:29:55:81:42:29:55:81:42 chr19 1049305 . C A 1687.19 PASS AF=0.587121;AO=154;DP=265;FAO=155;FDP=264;FR=.;FRO=109;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.028642;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7167;QD=25.5635;RBI=0.0947461;REFB=-0.0294604;REVB=0.0903131;RO=104;SAF=93;SAR=61;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028313;STB=0.505511;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0234592;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:104:109:154:155:0.587121:61:93:59:45:62:93:64:45 chr19 1052005 . C T 359.6 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0153194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.679;QD=17.3299;RBI=0.0241683;REFB=-0.0331386;REVB=-0.0186929;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107521;STB=0.506021;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0357879;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:19:19:23:22:19:19:23:22 chr19 1054060 . A G 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0360256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.143;QD=23.0081;RBI=0.0362908;REFB=-0.0373826;REVB=0.0043793;RO=24;SAF=23;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063128;STB=0.534862;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0261995;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:10:23:15:9:10:23:15:9 chr19 1055191 . G A 124.82 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0555311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.181;QD=17.8311;RBI=0.0586;REFB=-0.0246172;REVB=0.018715;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249239;STB=0.642653;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0377704;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:5:9:5:9:5:9 chr19 1059004 . A G 206.48 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0262909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6047;QD=24.2921;RBI=0.0407671;REFB=0.0165986;REVB=-0.0311568;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10307;STB=0.56921;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00718413;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:11:9:4:9:11:9:4:10 chr19 1064193 . G A 514.82 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00330133;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.21;QD=18.7207;RBI=0.00343335;REFB=-0.0133023;REVB=-0.000942921;RO=56;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284709;STB=0.5102;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0176913;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:56:53:54:0.490909:23:30:30:26:24:30:30:26 chr19 1068734 . T C 507.32 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0107986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.721;QD=17.9583;RBI=0.0156868;REFB=-0.0286759;REVB=-0.0113783;RO=58;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494559;STB=0.53175;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0285498;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:59:54:54:0.477876:26:28:27:31:26:28:27:32 chr19 1068738 . G A 496.13 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0358041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.937;QD=17.8784;RBI=0.061042;REFB=-0.0206563;REVB=0.0494387;RO=57;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497483;STB=0.522927;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0133218;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:26:27:26:31:26:27:27:31 chr19 1074000 . A T 337.96 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00543326;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.927;QD=14.8552;RBI=0.0164925;REFB=-0.0296371;REVB=-0.0155718;RO=54;SAF=25;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135191;STB=0.57688;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0366839;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:12:25:30:24:12:25:30:24 chr19 1077985 . A G 76.0 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00372915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.081;QD=11.6927;RBI=0.0271887;REFB=-0.0330593;REVB=-0.0269318;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353734;STB=0.643818;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0310874;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:26:15:16:9:10:0.384615:4:5:13:2:4:6:13:3 chr19 1080311 . G C 46.08 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0824811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3115;QD=9.21554;RBI=0.0866641;REFB=0.00342919;REVB=-0.0265996;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166663;STB=0.599758;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00812147;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:12:1:1:6:12:1 chr19 1081617 . A G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0643314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.775;QD=18.7663;RBI=0.0643721;REFB=0.00926359;REVB=0.00228974;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354507;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00143006;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:1:2:1:5:1:2 chr19 1094004 . G A 988.16 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.118;QD=58.9945;RBI=0.028277;REFB=0;REVB=0.00706393;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93069e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:27:40:0:0 chr19 1109213 . A G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0158145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.408;QD=17.6434;RBI=0.0650394;REFB=0.00849695;REVB=-0.0630875;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193732;STB=0.613759;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0574274;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:3:4:7:2:3:4 chr19 1113701 . G A 210.19 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0028533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.237;QD=15.5695;RBI=0.00368182;REFB=-0.0106706;REVB=0.00232691;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118673;STB=0.533952;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0131789;OID=.;OPOS=1113701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:30:23:24:0.444444:15:8:13:15:15:9:13:17 chr19 1119019 . C T 154.68 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.000239904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.266;QD=14.7318;RBI=0.0136801;REFB=-0.0197302;REVB=0.013678;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836578;STB=0.557457;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0336273;OID=.;OPOS=1119019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:7:10:16:8:7:10:17:8 chr19 1119963 . A G 367.78 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0364075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.076;QD=21.9567;RBI=0.0468063;REFB=0.00518076;REVB=-0.0294164;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432152;STB=0.523835;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00592482;OID=.;OPOS=1119963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:18:19:17:13:18:19:17:13 chr19 1122147 . G A 210.99 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0230738;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.802;QD=25.5744;RBI=0.0587165;REFB=-0.0142539;REVB=0.0539928;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531482;STB=0.553214;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0060647;OID=.;OPOS=1122147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:13:20:20:0.606061:7:13:10:4:7:13:10:3 chr19 1222012 . G C 162.46 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0400697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8254;QD=19.6923;RBI=0.0601789;REFB=0.00713961;REVB=0.0448989;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191794;STB=0.60924;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00481498;OID=.;OPOS=1222012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:8:8:12:5:8:8 chr19 1223125 . C G 503.73 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0145874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.177;QD=17.5212;RBI=0.0225098;REFB=-0.0231742;REVB=0.0171436;RO=60;SAF=29;SAR=25;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123635;STB=0.502105;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0250816;OID=.;OPOS=1223125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:25:29:33:27:25:29:33:28 chr19 1231142 . T C 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841727;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.386;QD=58.6142;RBI=0.0748901;REFB=0;REVB=0.0744156;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352412;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:4:28:0:0:4:28:0:0 chr19 1256998 . C T 348.11 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.028186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.544;QD=13.7864;RBI=0.0282529;REFB=-0.00722599;REVB=0.00194403;RO=60;SAF=15;SAR=25;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302352;STB=0.665779;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00851437;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:61:40:40:0.39604:25:15:40:20:25:15:40:21 chr19 1272040 . T C 2354.34 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198485;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.645;QD=64.0637;RBI=0.026672;REFB=0;REVB=0.0178167;RO=0;SAF=74;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3228e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:73:74:0:0:73:74:0:0 chr19 1277275 . G C 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7747;QD=59.0133;RBI=0.0304242;REFB=0;REVB=0.0297193;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433211;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr19 1495634 . G A 244.01 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.021585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.497;QD=15.4927;RBI=0.0219856;REFB=-0.028493;REVB=-0.00417764;RO=35;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260734;STB=0.648535;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0351921;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:7:21:18:17:7:21:18:17 chr19 1510661 . A G 115.76 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0455;QD=42.094;RBI=0.0064827;REFB=0;REVB=0.00633409;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014863;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 1533972 . C G 401.57 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0121618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.565;QD=27.2252;RBI=0.018989;REFB=-0.0278575;REVB=0.0145833;RO=19;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512141;STB=0.505142;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0181997;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:21:38:38:0.644068:15:23:13:6:15:23:13:8 chr19 1534042 . T C 255.33 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0159072;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4099;QD=26.8766;RBI=0.0387939;REFB=-0.0149387;REVB=-0.0353826;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045027;STB=0.539136;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00849359;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:14:15:23:23:0.605263:13:10:7:7:13:10:8:7 chr19 1535084 . G A 592.19 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00354962;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.629;QD=21.9328;RBI=0.00452891;REFB=-0.0201815;REVB=0.0028127;RO=49;SAF=26;SAR=33;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914597;STB=0.550156;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0187808;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:49:49:59:59:0.546296:33:26:27:22:33:26:27:22 chr19 1535179 . G A 401.32 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0359733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.85;QD=16.3802;RBI=0.0382981;REFB=-0.0178353;REVB=0.0131402;RO=56;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316023;STB=0.517758;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0206013;OID=.;OPOS=1535179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:25:17:21:35:25:17:21:35 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 417.14 PASS AF=0.469136,0.0617284;AO=37,6;DP=81;FAO=38,5;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=11,3;FSAR=27,2;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00835036,-0.029385;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=47.0852,233.482;QD=20.5996;RBI=0.0263813,0.030752;REFB=-0.0116797,-0.0135186;REVB=0.0250249,0.00906677;RO=34;SAF=10,4;SAR=27,2;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0862019,0.359373;STB=0.546091,0.695709;STBP=0.455,0.413;TYPE=del,snp;VARB=0.00726804,0.0743286;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469136,0.0617284:37,6:81:38,5:81:38:11,3:27,2:14:24:99:34:10,4:27,2:12:22 chr19 1535205 . G C 377.98 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0103535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1713;QD=19.6353;RBI=0.0710911;REFB=-0.0263679;REVB=-0.0703331;RO=38;SAF=12;SAR=27;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353077;STB=0.51962;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0250779;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:27:12:13:25:27:12:13:25 chr19 1609267 . A G 483.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000179191;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.336;QD=58.5717;RBI=0.00725762;REFB=0;REVB=-0.00725541;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30687e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr19 1624007 . A G 3641.39 PASS AF=0.983193;AO=235;DP=238;FAO=234;FDP=238;FR=.;FRO=4;FSAF=126;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0163871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1224;QD=61.1998;RBI=0.0272178;REFB=-0.00397241;REVB=-0.0217318;RO=3;SAF=126;SAR=109;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01121;STB=0.503578;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00014438;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:238:238:3:4:235:234:0.983193:109:126:3:0:108:126:3:1 chr19 1782798 . A G 323.76 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0280211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.411;QD=35.0007;RBI=0.0299849;REFB=-0.0264333;REVB=0.010673;RO=10;SAF=6;SAR=21;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230744;STB=0.626763;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00284397;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:37:10:10:27:27:0.72973:21:6:6:4:21:6:6:4 chr19 1789556 . C T 188.55 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00594239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8362;QD=14.2299;RBI=0.0184332;REFB=-0.00370998;REVB=-0.0174491;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222561;STB=0.62747;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0135449;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:8:14:13:18:8:14:13:18 chr19 1796166 . C T 712.38 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667328;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.58;QD=63.3224;RBI=0.0260359;REFB=0;REVB=0.0251661;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127315;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 1810605 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.02;QD=47.8137;RBI=0.0347962;REFB=0;REVB=0.0299769;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212377;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 1811547 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.381;QD=60.6082;RBI=0.0684157;REFB=0;REVB=0.0678026;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011405;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr19 1811603 . C T 156.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0181716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.818;QD=15.2672;RBI=0.0361009;REFB=-0.0297782;REVB=-0.0311941;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242255;STB=0.514002;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.055326;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:15:9:6:11:15:9 chr19 1817740 . G A 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0273691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.438;QD=3.76496;RBI=0.0311306;REFB=-0.00879613;REVB=0.014834;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420857;STB=0.816215;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0461992;OID=.;OPOS=1817740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:28:30:6:6:0.166667:5:1:14:14:5:1:16:14 chr19 1819125 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0395046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.221;QD=13.6997;RBI=0.0404479;REFB=-0.00493449;REVB=-0.00868441;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286012;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00919351;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:18:12:12:6:18:12 chr19 1821637 . A G 238.84 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8548;QD=50.2826;RBI=0.130913;REFB=0;REVB=0.0170461;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119938;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:13:6:0:0 chr19 1825927 . TCTC T 353.49 PASS AF=0.571429;AO=34;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0143054;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.312;QD=22.4436;RBI=0.014877;REFB=-0.0131899;REVB=0.00408436;RO=28;SAF=7;SAR=27;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16679;STB=0.609688;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.00893998;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:34:64:36:63:27:6:30:9:18:99:28:7:27:10:18 chr19 1827565 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0310572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1188;QD=24.0268;RBI=0.0791496;REFB=-0.000904211;REVB=-0.0728019;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808139;STB=0.54539;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00268233;OID=.;OPOS=1827565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:5:3:7:7:5:3 chr19 1828005 . GCCCCG GCCCC,GCCC,GCCCG 48.34 PASS AF=0,0.5,0;AO=2,6,3;DP=16;FAO=0,8,0;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0,7,0;FSAR=0,1,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0477255,-0.147638,-0.246813;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=11.1947,22.9629,11.7379;QD=12.0838;RBI=0.274977,0.158496,0.287027;REFB=-0.169414,-0.162892,-0.1355;REVB=-0.270804,-0.0576539,0.146518;RO=2;SAF=0,6,3;SAR=2,0,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.639851,0.767694,0.692188;STB=0.5,0.699398,0.5;STBP=1,0.201,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.145424,0;OID=.,.,.;OPOS=1828010,1828009,1828006;OREF=G,CG,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5,0:2,6,3:16:0,8,0:16:8:0,7,0:0,1,0:5:3:45:2:0,6,3:2,0,0:1:1 chr19 1880950 . T C 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325759;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.76;QD=64.1657;RBI=0.0366623;REFB=0;REVB=0.0168207;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160648;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr19 1912934 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0247886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.275;QD=7.12518;RBI=0.026558;REFB=-0.00522132;REVB=-0.00953177;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309661;STB=0.697101;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0160637;OID=.;OPOS=1912934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:10:8:5:2:10:8 chr19 1925970 . T C 441.73 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135497;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.982;QD=53.5426;RBI=0.0141502;REFB=-0.150204;REVB=-0.00407838;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490584;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000722586;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:2:1:31:32:0.969697:18:13:0:2:19:13:0:1 chr19 1986520 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0122822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.303;QD=15.1009;RBI=0.0123538;REFB=-0.00524232;REVB=0.00132827;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159846;STB=0.509083;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00504831;OID=.;OPOS=1986520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:15:16:12:12:15:16 chr19 1997363 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1426;QD=57.0005;RBI=0.0261255;REFB=0;REVB=-0.0123181;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06435e-05;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr19 2041032 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.199;QD=57.2021;RBI=0.0815564;REFB=0;REVB=-0.0782861;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135594;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr19 2230007 . T TTA 41.36 PASS AF=0.173077;AO=8;DP=51;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.262744;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=21.5913;QD=3.18117;RBI=0.270831;REFB=-0.0244772;REVB=-0.065689;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204248;STB=0.594378;STBP=0.535;TYPE=ins;VARB=0.120784;OID=.;OPOS=2230008;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173077:8:51:9:52:43:3:6:19:24:41:40:2:6:16:24 chr19 2249477 . G T 230.4 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0121993;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.702;QD=14.1784;RBI=0.0520364;REFB=-0.0130015;REVB=0.0505862;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109752;STB=0.5626;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0239809;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:18:20:17:10:18:20 chr19 2250469 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.011093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.383;QD=16.425;RBI=0.0117758;REFB=-0.0438534;REVB=0.00395159;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.025215;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:4:7:6:5:4:7 chr19 2251817 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000798721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.145;QD=46.847;RBI=0.00322775;REFB=0;REVB=-0.00312737;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18683e-05;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr19 2252990 . C G 782.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.62;QD=63.8862;RBI=0.0417508;REFB=0;REVB=0.0417004;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13821e-05;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr19 2337468 . G A 325.79 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0178712;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.412;QD=14.0126;RBI=0.018044;REFB=-0.016874;REVB=-0.00249086;RO=55;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966161;STB=0.518874;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0295921;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:56:36:37:0.397849:18:18:27:28:18:19:27:29 chr19 2339949 . T C 73.91 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0111958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.238;QD=13.4381;RBI=0.139112;REFB=-0.0337159;REVB=-0.138661;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312786;STB=0.669755;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0284911;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:22:10:12:9:9:0.409091:4:5:2:8:4:5:3:9 chr19 2339958 . T C 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.349;QD=50.4065;RBI=0.0219029;REFB=0;REVB=0.0216154;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124204;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 2340154 . G GC 778.91 PASS AF=1;AO=68;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16303;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.648;QD=31.7923;RBI=0.296608;REFB=0;REVB=0.247785;RO=27;SAF=29;SAR=39;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.014599;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:100:98:98:0:42:56:0:0:17:27:29:39:12:15 chr19 2341047 . C T 69.44 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.149032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2729;QD=16.3395;RBI=0.149197;REFB=-0.00583088;REVB=0.00702561;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00743776;OID=.;OPOS=2341047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:5:3:6:3:5:3 chr19 2341059 . GT AC,GC 217.37 PASS AF=0.5,0.5;AO=9,9;DP=18;FAO=9,9;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,5;FSAR=4,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469284,0.0442686;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=130.527,107.308;QD=48.3051;RBI=0.0475687,0.0451181;REFB=0,0;REVB=0.00777848,-0.00871415;RO=0;SAF=5,5;SAR=4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0132954,-0.00602605;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:18:18:0:0:9,9:9,9:0.5,0.5:4,4:5,5:0:0:4,4:5,5:0:0 chr19 2341577 . G A 72.71 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0301073;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.872;QD=8.07862;RBI=0.0301876;REFB=-0.0105359;REVB=0.0022008;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548922;STB=0.850539;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0290785;OID=.;OPOS=2341577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:26:26:10:10:0.277778:9:1:13:13:9:1:13:13 chr19 2353150 . C A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0287609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.532;QD=7.83716;RBI=0.0304499;REFB=-0.0205953;REVB=-0.0100003;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275096;STB=0.678645;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0460782;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:5:11:6:1:5:11 chr19 2353368 . G A 86.73 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.105435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.62;QD=24.7792;RBI=0.108034;REFB=-0.0390329;REVB=0.0235572;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244374;STB=0.689234;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00583868;OID=.;OPOS=2353368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:3:4:10:10:0.714286:8:2:2:1:8:2:3:1 chr19 2353372 . T C 102.09 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0513089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.389;QD=29.1693;RBI=0.0517765;REFB=-0.0217138;REVB=0.00694314;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.596828;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00184656;OID=.;OPOS=2353372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:8:3:2:1:8:3:2:1 chr19 2389872 . G C 267.55 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0134946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.202;QD=21.8409;RBI=0.01452;REFB=-0.0132163;REVB=0.00535957;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281481;STB=0.658404;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0129134;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:18:7:14:10:18:7:14:10 chr19 2398849 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00897908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.841;QD=21.2931;RBI=0.0190895;REFB=-0.00128137;REVB=-0.0168459;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271851;STB=0.658112;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00135536;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:12:13:5:19:12:13:5:20 chr19 2408486 . T C 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0924637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6418;QD=19.3793;RBI=0.107238;REFB=0.00956694;REVB=-0.0543188;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169303;STB=0.594814;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0145133;OID=.;OPOS=2408486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:4:17:13:7:4:17 chr19 2408495 . T G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0042757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2076;QD=19.3861;RBI=0.00536924;REFB=-0.0138596;REVB=-0.00324763;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169303;STB=0.594814;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.013565;OID=.;OPOS=2408495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:4:17:13:7:4:17 chr19 2408530 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00574608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.606;QD=21.0155;RBI=0.00739627;REFB=-0.01382;REVB=-0.00465697;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579797;STB=0.53267;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0126342;OID=.;OPOS=2408530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:4:9:10:6:4:9 chr19 2410332 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0114466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7571;QD=15.5711;RBI=0.0196641;REFB=-0.0146828;REVB=0.0159891;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.016333;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr19 2413961 . G C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00448978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8663;QD=16.6259;RBI=0.0169417;REFB=0.0119921;REVB=-0.016336;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0117402;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:5:9:6:7:5:9 chr19 2415801 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0248828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.928;QD=22.5856;RBI=0.0293807;REFB=-0.0135675;REVB=-0.0156228;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00925393;OID=.;OPOS=2415801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr19 2418031 . C T 67.38 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0490622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9778;QD=13.4757;RBI=0.0646577;REFB=0.00015607;REVB=0.0421132;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356162;STB=0.709231;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00568295;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:3:8:3:6:3:8 chr19 2422177 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0021652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.368;QD=11.1041;RBI=0.0118457;REFB=-0.0110775;REVB=-0.0116461;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00971649;OID=.;OPOS=2422177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr19 2427266 . G A 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0058606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.813;QD=13.4949;RBI=0.0104663;REFB=-0.0127871;REVB=-0.00867166;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518691;STB=0.502922;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0225417;OID=.;OPOS=2427266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:17:12:18:25:17:12:18:26 chr19 2433890 . A G 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0106911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.217;QD=29.0928;RBI=0.0311772;REFB=-0.0417386;REVB=-0.0292868;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122736;STB=0.567512;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0214573;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:12:12:4:9:12:12:4:9 chr19 2714720 . A G 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0225643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.349;QD=26.8481;RBI=0.0287545;REFB=-0.0134461;REVB=0.0178234;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128708;STB=0.571339;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00780084;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:1:6:10:5:1:6 chr19 2714771 . T C 456.4 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4975;QD=57.0502;RBI=0.0169791;REFB=0;REVB=0.0156187;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511769;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:29:32:1:16:13:0:0:18:14:0:0 chr19 2717256 . C G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0110926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.606;QD=12.2128;RBI=0.0189253;REFB=-0.0388281;REVB=0.0153336;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171926;STB=0.601612;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0231876;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:10:12:5:8:10:12 chr19 2732986 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.588;QD=45.8068;RBI=0.0200372;REFB=0;REVB=0.0128479;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221358;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 2762585 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.178;QD=47.8224;RBI=0.0853078;REFB=0;REVB=0.0835078;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906781;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 2767192 . G T 228.89 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000560546;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.419;QD=18.6852;RBI=0.00547866;REFB=-0.0280521;REVB=-0.00544991;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879897;STB=0.558932;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0251861;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:13:9:13:13:14:9:13:13 chr19 2833802 . A G 164.42 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00303024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.176;QD=22.6781;RBI=0.0556889;REFB=-0.00373773;REVB=0.0556064;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182627;STB=0.508918;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00253432;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:12:12:16:17:0.586207:5:11:8:4:6:11:8:4 chr19 2833864 . G A 338.38 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=41;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0316455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8765;QD=31.4771;RBI=0.0429194;REFB=-0.0482127;REVB=-0.0289938;RO=11;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834339;STB=0.519122;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0141308;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:11:14:28:29:0.674419:12:16:8:3:12:17:9:5 chr19 2834808 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0431334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.191;QD=20.2096;RBI=0.0432962;REFB=-0.0156662;REVB=-0.00375142;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.009935;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr19 2853566 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.209;QD=53.2724;RBI=0.0440671;REFB=0;REVB=-0.0312886;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83337e-06;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 2896818 . C T 191.18 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0146064;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7651;QD=13.1849;RBI=0.0155028;REFB=-0.00525762;REVB=0.00519528;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838162;STB=0.548151;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0201217;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:18:17:13:10:18:17 chr19 2896948 . T C 353.73 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0316992;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.012;QD=18.1398;RBI=0.0372885;REFB=-0.00271804;REVB=0.0196366;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072546;STB=0.540519;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00790544;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:19:22:17:20:19:22 chr19 2896953 . A G 405.53 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00218634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.41;QD=19.7818;RBI=0.00220026;REFB=-0.00113202;REVB=-0.000247102;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109804;STB=0.560946;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00105543;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:18:23:18:23:18:23:18:23 chr19 2915738 . T A 289.73 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.016691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6554;QD=18.9986;RBI=0.0274466;REFB=-0.0158834;REVB=0.0217881;RO=30;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103007;STB=0.505743;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0228248;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:22:9:9:21:22:9:9:21 chr19 2916982 . C T 65.39 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0183412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1472;QD=10.4622;RBI=0.0470689;REFB=0.00132885;REVB=0.0433484;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25384;STB=0.651856;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00181761;OID=.;OPOS=2916982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:11:5:5:4:11:5 chr19 2917186 . T C 190.71 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.02814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.427;QD=16.5836;RBI=0.0298803;REFB=-0.000472081;REVB=0.0100485;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218916;STB=0.634487;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000473447;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:19:20:0.434783:9:10:8:18:9:11:8:18 chr19 2917287 . C A 130.4 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0121289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7394;QD=13.7268;RBI=0.0526902;REFB=0.0040324;REVB=-0.0512752;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264628;STB=0.661871;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.014454;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:15:15:0.394737:7:8:6:16:7:8:6:17 chr19 2917612 . T C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00245092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.341;QD=26.3419;RBI=0.022276;REFB=-0.00746993;REVB=0.0221408;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163744;STB=0.507035;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00237706;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:19:19:0.633333:9:10:5:5:9:10:6:5 chr19 2993427 . T C 666.02 PASS AF=0.546218;AO=63;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0124348;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.917;QD=22.3871;RBI=0.0196164;REFB=-0.0239171;REVB=0.0151716;RO=54;SAF=36;SAR=27;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182312;STB=0.509302;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.016272;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:54:63:65:0.546218:27:36:32:22:29:36:31:23 chr19 2994903 . T C 734.73 PASS AF=0.5;AO=68;DP=146;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.030828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.126;QD=19.0839;RBI=0.0308864;REFB=-0.0312315;REVB=-0.0018976;RO=76;SAF=15;SAR=53;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151333;STB=0.538451;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0276116;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:154:76:77:68:77:0.5:53:15:26:50:55:22:27:50 chr19 2994921 . G A 812.85 PASS AF=0.474576;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0400278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.986;QD=18.3694;RBI=0.0538262;REFB=-0.0125813;REVB=0.0359866;RO=91;SAF=23;SAR=61;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145067;STB=0.582387;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0176976;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:91:93:84:84:0.474576:61:23:37:54:61:23:38:55 chr19 2997897 . G A 87.62 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0177885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.883;QD=9.22322;RBI=0.0178546;REFB=-0.0039567;REVB=-0.00153514;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364267;STB=0.732973;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00835742;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:37:38:26:26:11:12:0.315789:4:7:8:18:4:8:8:18 chr19 3014639 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000735667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.656;QD=9.1;RBI=0.0092294;REFB=-0.0130171;REVB=-0.00920004;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204999;STB=0.624732;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0226852;OID=.;OPOS=3014639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:7:12:4:5:7:12 chr19 3028871 . G C 141.82 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00922735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.485;QD=23.6364;RBI=0.00929064;REFB=-0.0209379;REVB=-0.00108261;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.622468;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0157795;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:14:15:0.625:10:4:5:4:11:4:5:4 chr19 3150238 . A G 556.65 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.283;QD=60.1779;RBI=0.0741284;REFB=0;REVB=0.00047541;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242929;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr19 3155902 . G A 1022.45 PASS AF=0.986111;AO=66;DP=68;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.003;QD=56.8027;RBI=0.0196744;REFB=-0.0859626;REVB=-0.0102353;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00179359;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:72:1:1:66:71:0.986111:31:35:0:1:31:40:0:1 chr19 3207422 . T C 288.49 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1945;QD=52.4526;RBI=0.118133;REFB=0;REVB=0.115151;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151457;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:16:4:0:0:18:4:0:0 chr19 3207646 . A G 101.69 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8573;QD=40.6744;RBI=0.134576;REFB=0;REVB=-0.0158673;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066971;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 3281298 . G A 586.19 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0228272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.66;QD=23.9261;RBI=0.0265963;REFB=-0.00800876;REVB=-0.0136485;RO=44;SAF=25;SAR=29;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256824;STB=0.514085;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00558981;OID=.;OPOS=3281298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:29:25:19:25:29:25:19:25 chr19 3534842 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00691002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.33;QD=27.592;RBI=0.00722444;REFB=-0.0111759;REVB=0.00210812;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109637;STB=0.561697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00243958;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:10:3:2:3:10:3:2:3 chr19 3543397 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00899236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.838;QD=11.9537;RBI=0.0118471;REFB=-0.00628039;REVB=-0.00771305;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930819;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00434033;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:6:4:4:4:7:4 chr19 3574543 . C A 174.91 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0183699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.785;QD=9.99489;RBI=0.0200947;REFB=-0.0118669;REVB=0.00814519;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654515;STB=0.538428;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0262582;OID=.;OPOS=3574543;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:14:9:21:26:14:9:21:26 chr19 3576314 . CCTT C 663.76 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00783351;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.482;QD=42.8235;RBI=0.0154242;REFB=0.00464553;REVB=-0.0132869;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.521732;STBP=0.174;TYPE=del;VARB=-0.00026015;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.951613:59:61:59:62:3:26:33:0:3:3:0:26:33:0:0 chr19 3586543 . G A 392.03 PASS AF=0.62069;AO=28;DP=59;FAO=36;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0340289;FXX=0.0169463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=104.897;QD=27.0366;RBI=0.0340372;REFB=0.00523704;REVB=-0.000747993;RO=8;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368271;STB=0.534394;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0114084;OID=.;OPOS=3586543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:8:20:28:36:0.62069:15:13:3:5:16:20:13:7 chr19 3591590 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0145272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.843;QD=14.1699;RBI=0.0253224;REFB=-0.013674;REVB=-0.0207409;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655979;STB=0.538386;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0214571;OID=.;OPOS=3591590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:8:4:4:6:8:4 chr19 3592133 . A G 231.16 PASS AF=0.7;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0503274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4726;QD=30.8207;RBI=0.0813783;REFB=0.0400488;REVB=0.0639498;RO=9;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335067;STB=0.686092;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0153893;OID=.;OPOS=3592133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:9:9:20:21:0.7:14:6:8:1:15:6:8:1 chr19 3592171 . T C 233.21 PASS AF=0.75;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00597373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1235;QD=33.3156;RBI=0.0164671;REFB=-0.110192;REVB=-0.0153453;RO=5;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15004;STB=0.618934;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0184891;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:28:5:7:21:21:0.75:13:8:4:1:13:8:6:1 chr19 3592734 . C T 56.2 PASS AF=0.243243;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00396285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.029;QD=6.07538;RBI=0.0171687;REFB=-0.00785257;REVB=-0.016705;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167222;STB=0.626559;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0204464;OID=.;OPOS=3592734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:35:37:27:28:8:9:0.243243:6:2:10:17:7:2:10:18 chr19 3595923 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00309286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.701;QD=22.5858;RBI=0.0366336;REFB=-0.0440932;REVB=0.0365028;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765456;STB=0.5434;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0246066;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:4:2:5:6:4:2 chr19 3611765 . A G 91.68 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.016738;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.143;QD=15.9441;RBI=0.0227746;REFB=-0.00244137;REVB=0.0154442;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306446;STB=0.709289;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00439879;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:23:23:13:12:10:11:0.478261:3:7:5:8:3:8:4:8 chr19 3614403 . T C 314.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.046;QD=52.3904;RBI=0.057915;REFB=0;REVB=0.0578955;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889366;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr19 3614538 . C T 170.92 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00656542;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.043;QD=16.6748;RBI=0.0108628;REFB=-0.0301966;REVB=0.00865423;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201114;STB=0.614849;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0199833;OID=.;OPOS=3614538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:15:8:10:8:15:8 chr19 3618928 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0142056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.499;QD=17.7318;RBI=0.0163712;REFB=-0.00771199;REVB=0.00813743;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301849;STB=0.671827;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0084338;OID=.;OPOS=3618928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:6:13:6:11:6:13 chr19 3653525 . C T 296.78 PASS AF=0.735294;AO=19;DP=33;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0148955;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.372;QD=34.9153;RBI=0.0165735;REFB=-0.00764483;REVB=0.0072667;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117106;STB=0.519984;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0032084;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:34:7:9:19:25:0.735294:9:10:2:5:12:13:4:5 chr19 3728609 . G A,C 720.25 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=44,3;DP=47;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375537,0.0334725;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.805,217.501;QD=62.6304;RBI=0.0610275,0.0339469;REFB=0,0;REVB=0.0481049,-0.00565584;RO=0;SAF=20,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00870023,0.048464;OID=.,.;OPOS=3728609,3728609;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:47:46:0:0:44,3:43,3:0.934783,0.0652174:24,0:20,3:0:0:24,0:19,3:0:0 chr19 3730041 . C T 557.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1943;QD=60.2165;RBI=0.0401642;REFB=0;REVB=0.0371545;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326428;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr19 3738649 . A C 390.98 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4064;QD=55.854;RBI=0.0309676;REFB=0;REVB=0.0288424;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563954;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr19 3738971 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4554;QD=59.839;RBI=0.0531845;REFB=0;REVB=-0.0523233;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106949;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 3740658 . T G 1215.85 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00271183;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.801;QD=60.0418;RBI=0.0204084;REFB=0.00866073;REVB=0.0202275;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000128575;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:43:37:0:0:43:37:1:0 chr19 3746087 . G A 271.9 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.01769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.163;QD=19.4212;RBI=0.0185093;REFB=-0.0115665;REVB=0.00544583;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250911;STB=0.653745;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0156157;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:25:27:29:29:0.517857:12:17:7:18:12:17:7:20 chr19 3750205 . T TGG 131.55 PASS AF=0.47619;AO=15;DP=48;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0809722;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=30.0692;QD=12.5284;RBI=0.0823682;REFB=0.018656;REVB=-0.0151004;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597155;STB=0.671495;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=-0.0242993;OID=.;OPOS=3750206;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:15:48:20:42:22:9:11:3:19:99:29:4:11:9:20 chr19 3750615 . T C 229.24 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0113309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.119;QD=29.5797;RBI=0.0123015;REFB=-0.0459991;REVB=0.00478926;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378763;STB=0.708143;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00147621;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:10:0:14:7:10:0 chr19 3750622 . A C 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0197325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.61;QD=28.5595;RBI=0.0413068;REFB=0.0298936;REVB=0.0362889;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378377;STB=0.708136;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00506221;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:10:0:13:7:10:0 chr19 3752874 . A G 147.62 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00669258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.298;QD=17.3671;RBI=0.00803819;REFB=-0.0336923;REVB=-0.00445218;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121036;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0448456;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:6:9:8:9:7:9:8:10 chr19 3753769 . C T 149.6 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00438423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.483;QD=11.9682;RBI=0.00604077;REFB=-0.016883;REVB=-0.00415565;RO=33;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258522;STB=0.653278;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0324512;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:5:12:16:17:5:12:16:17 chr19 3762698 . C T 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.041023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.652;QD=18.496;RBI=0.0423261;REFB=-0.021743;REVB=0.0104215;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167385;STB=0.593295;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0213805;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:19:8:13:14:19:8 chr19 3767265 . C T 128.31 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0242012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.665;QD=12.22;RBI=0.0291817;REFB=-0.0329289;REVB=0.0163057;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333547;STB=0.710801;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0304792;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:27:14:15:0.357143:11:3:13:14:12:3:13:14 chr19 3767319 . G A 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.003632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.323;QD=8.02193;RBI=0.0266019;REFB=-0.0231044;REVB=-0.0263528;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157531;STB=0.603623;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0676132;OID=.;OPOS=3767319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:37:13:13:0.26:7:6:12:24:7:6:12:25 chr19 3778241 . TGGGG TGGGA,TGGG 44.35 PASS AF=0,0.333333;AO=2,7;DP=25;FAO=0,8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.041551,-0.011869;FXX=0.039984;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=22.1465,14.8177;QD=7.39184;RBI=0.0737128,0.173731;REFB=-0.0189005,-0.0511432;REVB=-0.0608859,-0.173325;RO=15;SAF=2,2;SAR=0,5;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.410714;SSSB=0.411459,-0.633205;STB=0.5,0.832777;STBP=1,0.09;TYPE=snp,del;VARB=0.13076,0.0682382;OID=.,.;OPOS=3778245,3778242;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGA,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:2,7:25:0,8:24:16:0,3:0,5:15:1:40:15:2,2:0,5:14:1 chr19 3783977 . G C 58.21 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0514931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7849;QD=4.95364;RBI=0.0520738;REFB=-0.00841353;REVB=-0.00775542;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469424;STB=0.531179;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0521207;OID=.;OPOS=3783977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:6:3:14:24:6:3:14:24 chr19 3977486 . A G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.934;QD=53.9029;RBI=0.0432506;REFB=0;REVB=0.0374927;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519472;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr19 3979408 . A G 392.91 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.072;QD=56.1304;RBI=0.0309761;REFB=0;REVB=0.0219544;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47002e-06;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr19 4028783 . C T 613.92 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0423678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.846;QD=53.3839;RBI=0.0434183;REFB=-0.0672685;REVB=0.0094934;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084084;STB=0.530771;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00153382;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:2:4:42:42:0.913043:25:17:1:1:25:17:3:1 chr19 4033462 . T C 2320.0 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801832;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.539;QD=61.0527;RBI=0.0815408;REFB=0;REVB=-0.014817;RO=0;SAF=84;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132502;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:68:84:0:0:68:84:0:0 chr19 4042858 . G A 602.32 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00461529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.826;QD=54.7559;RBI=0.0106362;REFB=0.0331412;REVB=0.00958266;RO=3;SAF=24;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551181;STB=0.529398;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.000442521;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:17:24:3:0:17:24:3:0 chr19 4042923 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5193;QD=56.9379;RBI=0.0528993;REFB=0;REVB=-0.0374241;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544897;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr19 4043024 . T C 937.85 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.215;QD=58.6156;RBI=0.0497977;REFB=0;REVB=0.00110254;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74966e-05;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:27:35:0:0:27:37:0:0 chr19 4046430 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTG CTCGCTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC 195.96 PASS AF=0.0625,0.59375,0.125,0.1875;AO=2,5,6,2;DP=32;FAO=2,19,4,6;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=2,13,2,6;FSAR=0,6,2,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103293,-0.045704,-0.0607922,-0.0122339;FXX=0.0588062;HRUN=17,17,17,17;LEN=3,4,3,3;MLLD=182.448,8.48236,6.76658,147.775;QD=24.4955;RBI=0.765415,0.767354,1.01443,0.117304;REFB=0.132064,0.415945,0.532027,-0.0359278;REVB=-0.765345,-0.765992,-1.0126,-0.116664;RO=1;SAF=2,4,6,2;SAR=0,1,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.0951258,0,0;STB=0.5,0.518499,0.599516,0.5;STBP=1,0.612,0.533,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.0149003,0.0708659,0.0415274,-0.0643262;OID=.,.,.,.;OPOS=4046432,4046431,4046431,4046446;OREF=TTT,TTTT,TTT,TTG;OALT=CGC,-,-,GTC;OMAPALT=CTCGCTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0625,0.59375,0.125,0.1875:2,5,6,2:32:2,19,4,6:32:1:2,13,2,6:0,6,2,0:1:0:42:1:2,4,6,2:0,1,0,0:1:0 chr19 4101062 . G T 224.53 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0727361;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.496;QD=19.1094;RBI=0.0727412;REFB=-0.0240833;REVB=-0.000862485;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587971;STB=0.525141;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0274375;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:15:7:9:15:15:7:9:16 chr19 4168437 . C A 129.47 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00870353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3875;QD=21.5782;RBI=0.0306478;REFB=0.0174801;REVB=-0.0293859;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110077;STB=0.562409;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0290917;OID=.;OPOS=4168437;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:5:5:9:5:5:5 chr19 4180836 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0124872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.609;QD=17.8005;RBI=0.0406293;REFB=-0.00566703;REVB=0.0386628;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819599;STB=0.546827;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00544539;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:15:9:6:14:15:9 chr19 4186395 . T G 209.82 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0074868;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.466;QD=13.7584;RBI=0.0141761;REFB=-0.00739492;REVB=0.0120379;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530807;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0106305;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:24:25:0.409836:10:14:21:15:11:14:22:14 chr19 4200156 . G A 108.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.01747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.06;QD=13.5729;RBI=0.0307067;REFB=-0.0421784;REVB=0.0252527;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.574349;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0672722;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:19:13:13:0.40625:9:4:8:9:9:4:8:11 chr19 4207940 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0105394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.034;QD=21.1302;RBI=0.0158889;REFB=-0.0266384;REVB=0.0118903;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155955;STB=0.588151;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0239567;OID=.;OPOS=4207940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:16:6:9:12:16:6:9:12 chr19 4210356 . G A 263.22 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.746;QD=47.8583;RBI=0.0379071;REFB=-0.177917;REVB=0.00835997;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0028412;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:1:0 chr19 4217207 . T G 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187346;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.278;QD=58.6146;RBI=0.020883;REFB=0;REVB=0.00922568;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84931e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr19 4229629 . T TG 37.22 PASS AF=0.297872;AO=6;DP=53;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0995228;FXX=0.145428;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.26839;QD=3.16802;RBI=0.114094;REFB=-0.0657441;REVB=0.0557913;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228585;STB=0.730545;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.0559448;OID=.;OPOS=4229630;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:6:53:14:47:33:11:3:16:17:37:47:4:2:22:25 chr19 4236996 . G A 441.97 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0268578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.666;QD=19.8639;RBI=0.0271052;REFB=-0.00831661;REVB=-0.00365352;RO=45;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708786;STB=0.539308;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0083208;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:22:22:26:19:22:22:26:19 chr19 4237067 . A G 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0351902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.188;QD=17.426;RBI=0.0387896;REFB=-0.0273824;REVB=-0.016318;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280577;STB=0.666508;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0507345;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:10:9:17:5:10:9:18:5 chr19 4251069 . T C 235.69 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0481729;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5663;QD=15.4549;RBI=0.0525567;REFB=-0.00687156;REVB=-0.0210139;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133746;STB=0.575519;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00945121;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:13:21:13:14:13:21 chr19 4254375 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0224276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.156;QD=19.5231;RBI=0.04253;REFB=-0.0208602;REVB=0.0361359;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129875;STB=0.574513;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0147853;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:8:4:3:11:8:4 chr19 4280186 . C T 267.92 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000914603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0259;QD=16.4872;RBI=0.00568923;REFB=-0.0140781;REVB=0.00561523;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139311;STB=0.559056;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00930889;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:29:30:0.461538:12:17:15:19:13:17:16:19 chr19 4283059 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00961018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.857;QD=25.5725;RBI=0.0108021;REFB=0.00574695;REVB=-0.0049325;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297043;STB=0.663903;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00339075;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:14:3:14:10:14:3 chr19 4292597 . C T 124.1 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00236837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.858;QD=17.1167;RBI=0.0637672;REFB=-0.00505181;REVB=0.0637232;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.62119;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00711003;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:15:13:14:0.482759:8:5:10:4:8:6:10:5 chr19 4306311 . T C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.11144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8297;QD=10.3898;RBI=0.112101;REFB=-0.0128525;REVB=0.0121604;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381916;STB=0.726721;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0166311;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:9:2:4:3:9:2 chr19 4325433 . G A 85.87 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0209857;FXX=0.142789;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.501;QD=19.0815;RBI=0.0229352;REFB=0.00119587;REVB=0.0092533;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545363;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.000498613;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:20:18:8:8:8:10:0.555556:4:4:4:4:6:4:4:4 chr19 4333711 . C T 427.38 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00826706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8993;QD=19.4265;RBI=0.0376833;REFB=-0.0328547;REVB=0.0367653;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932851;STB=0.556708;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0340077;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:45:43:43:0.488636:21:22:27:17:21:22:28:17 chr19 4352959 . A G 145.06 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.945;QD=44.6346;RBI=0.0147075;REFB=0;REVB=0.0116797;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201683;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 4357555 . A G 1116.31 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4706;QD=60.3412;RBI=0.034409;REFB=0;REVB=0.000376602;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029513;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr19 4359199 . G A 188.68 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0121611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2226;QD=14.2401;RBI=0.0340408;REFB=-0.0120494;REVB=0.0317944;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206935;STB=0.599909;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0187533;OID=.;OPOS=4359199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:8:13:13:18:9:13:13:18 chr19 4362691 . G C 496.95 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0226211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.951;QD=15.0592;RBI=0.0267793;REFB=-0.00906562;REVB=-0.0143324;RO=77;SAF=39;SAR=16;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239362;STB=0.635128;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0238533;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:16:39:38:39:16:39:38:39 chr19 4442336 . C T 469.05 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0207194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.546;QD=39.0875;RBI=0.0210905;REFB=-0.0564251;REVB=0.00393874;RO=11;SAF=12;SAR=24;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577178;STB=0.523064;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0193133;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:11:12:36:36:0.75:24:12:5:6:24:12:5:7 chr19 4442999 . T G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0178436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.878;QD=19.7623;RBI=0.0283675;REFB=-0.00505053;REVB=-0.0220527;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489109;STB=0.50276;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00742508;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:11:14:13:10:11:14 chr19 4443046 . T C 238.71 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0100504;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.986;QD=13.8384;RBI=0.013333;REFB=-0.00934415;REVB=-0.00876119;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805641;STB=0.505614;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0237386;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:41:28:28:0.405797:18:10:14:26:18:10:15:26 chr19 4457650 . C T 181.61 PASS AF=0.6;AO=15;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0634898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.786;QD=24.2141;RBI=0.0662166;REFB=-0.0191273;REVB=-0.0188066;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.511615;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.010985;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:11:12:15:18:0.6:10:5:5:6:11:7:5:7 chr19 4493708 . A G 517.02 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0218616;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.79;QD=17.6758;RBI=0.0253322;REFB=-0.026982;REVB=0.0127981;RO=59;SAF=28;SAR=27;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142642;STB=0.563704;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0237648;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:62:55:55:0.470085:27:28:39:20:27:28:39:23 chr19 4504602 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0191148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7086;QD=20.8379;RBI=0.0416864;REFB=0.0139499;REVB=0.0370457;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.666348;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00177337;OID=.;OPOS=4504602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:7:9:0.642857:5:2:0:4:5:4:0:5 chr19 4508945 . A G 649.98 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.179;QD=61.9027;RBI=0.0451937;REFB=0;REVB=0.0441337;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6805e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:20:15:0:0:22:20:0:0 chr19 4510560 . C T 433.1 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00828723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.615;QD=26.2486;RBI=0.0100681;REFB=-0.00971446;REVB=-0.00571735;RO=25;SAF=16;SAR=25;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147252;STB=0.580485;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00852995;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:25:16:15:10:25:16:15:10 chr19 4511140 . C G 87.03 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0125975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.884;QD=13.3897;RBI=0.0126026;REFB=-0.00891026;REVB=-0.000360135;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105065;STB=0.561929;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0112325;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:8:7:4:7:8:7 chr19 4511278 . C T 191.47 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0185285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0881;QD=15.6302;RBI=0.0300861;REFB=-0.00318102;REVB=-0.0237038;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.599902;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0058629;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:18:11:11:9:18:11 chr19 4511281 . G A 151.0 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0071296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9551;QD=12.5833;RBI=0.0269982;REFB=-0.0176048;REVB=0.0260398;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176455;STB=0.591136;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00923676;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:17:17:0.354167:9:8:19:11:9:8:19:12 chr19 4511283 . CA TG 166.94 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00246987;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.984;QD=14.2074;RBI=0.00500157;REFB=-0.00876737;REVB=-0.00434919;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169465;STB=0.60736;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=0.0124089;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:10:8:17:11:10:8:18:11 chr19 4511341 . T C 51.2 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0735871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8531;QD=5.53495;RBI=0.082996;REFB=-0.0109936;REVB=0.0383833;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258351;STB=0.671185;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0353435;OID=.;OPOS=4511341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:6:2:13:16:6:2:13:16 chr19 4511350 . T A 463.37 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00602205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.873;QD=52.9569;RBI=0.00728254;REFB=-0.00742777;REVB=0.00409517;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156293;STB=0.508375;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00126005;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:21:12:1:1:21:12:1:1 chr19 4511453 . G A 589.33 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8775;QD=60.4436;RBI=0.172836;REFB=0;REVB=0.16084;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033244;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:12:26:1:0:12:27:0:0 chr19 4511479 . A T 30.29 PASS AF=0.217391;AO=5;DP=23;FAO=5;FDP=23;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0205286;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.504;QD=5.26866;RBI=0.0275434;REFB=-0.00240262;REVB=-0.0183634;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367462;STB=0.753632;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00267195;OID=.;OPOS=4511479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:23:23:18:18:5:5:0.217391:4:1:9:9:4:1:9:9 chr19 4511525 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8456;QD=53.9056;RBI=0.0754463;REFB=0;REVB=0.0129828;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102252;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr19 4511647 . C G 418.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3009;QD=55.8234;RBI=0.0605405;REFB=0;REVB=0.042668;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305538;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:22:8:0:0 chr19 4511677 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.042011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.472;QD=9.13237;RBI=0.0438331;REFB=-0.00546882;REVB=-0.0125065;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15664;STB=0.594419;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00794255;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:6:16:6:4:6:16 chr19 4511725 . T C 367.47 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0164281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3974;QD=44.5421;RBI=0.0267957;REFB=0.00700783;REVB=0.021169;RO=4;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026415;STB=0.514275;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0341993;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:33:33:4:4:26:26:0.787879:17:9:1:3:17:9:1:3 chr19 4511730 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.994;QD=60.2303;RBI=0.0102404;REFB=0;REVB=-0.00345169;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93147e-06;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 4511737 . T C 117.38 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0139283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9929;QD=11.4516;RBI=0.02443;REFB=-0.0123292;REVB=-0.0200705;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28395;STB=0.675444;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0202393;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:14:14:0.341463:6:8:8:18:6:8:8:19 chr19 4511746 . A T 165.8 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0176705;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.45;QD=14.1109;RBI=0.0198642;REFB=-0.00382213;REVB=0.00907396;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961007;STB=0.528936;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00816266;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:17:18:0.382979:11:6:10:19:11:7:10:19 chr19 4511791 . A C 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0226398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.913;QD=10.6436;RBI=0.0232619;REFB=-0.0139521;REVB=-0.00534397;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127107;STB=0.567204;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0195806;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:38:20:20:0.344828:13:7:17:20:13:7:17:21 chr19 4511830 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00687448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.325;QD=14.6684;RBI=0.0191608;REFB=-0.00675401;REVB=-0.0178852;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419086;STB=0.523861;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0192003;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:16:16:11:13:16:16 chr19 4511908 . C T 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0183703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.68;QD=5.88672;RBI=0.0207048;REFB=-0.00400409;REVB=-0.00955093;RO=50;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342299;STB=0.714593;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0187949;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:4:11:23:27:4:11:23:27 chr19 4511920 . T C 54.14 PASS AF=0.153846;AO=9;DP=64;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0127515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.763;QD=3.33185;RBI=0.0220939;REFB=-0.00940895;REVB=-0.0180427;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034624;STB=0.523031;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0420037;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:65:55:55:9:10:0.153846:4:5:29:26:5:5:29:26 chr19 4511927 . G A 151.84 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0115616;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1455;QD=10.1225;RBI=0.018865;REFB=-0.0227931;REVB=-0.014907;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156355;STB=0.583808;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.039901;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:8:12:18:21:8:12:19:21 chr19 4511929 . A G 137.51 PASS AF=0.310345;AO=19;DP=57;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0489421;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0966;QD=9.48322;RBI=0.0613727;REFB=-0.00272344;REVB=-0.0370308;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148522;STB=0.555494;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.011929;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:40:19:18:0.310345:8:11:17:21:8:10:19:21 chr19 4511955 . T C 987.67 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.329;QD=58.9652;RBI=0.0472869;REFB=0;REVB=-0.0365913;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96252e-05;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr19 4512669 . T C 375.36 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0306311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1603;QD=15.8046;RBI=0.030696;REFB=-0.0165463;REVB=-0.00199569;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138273;STB=0.582377;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.023189;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:21:19:33:21:21:19:34:21 chr19 4513143 . CA TG 94.58 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0363005;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.412;QD=29.1011;RBI=0.142702;REFB=-0.153662;REVB=-0.138007;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240503;STB=0.636096;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=0.00898929;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:13:3:3:9:10:0.769231:4:5:0:3:4:6:0:3 chr19 4513559 . A G 560.68 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186174;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2669;QD=60.6141;RBI=0.0200045;REFB=0;REVB=0.00731944;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163868;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr19 4525046 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.837;QD=42.1824;RBI=0.0602977;REFB=0;REVB=0.0243487;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066674;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 4538599 . G A 2157.78 PASS AF=0.959184;AO=141;DP=147;FAO=141;FDP=147;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0276375;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.752;QD=58.715;RBI=0.0297595;REFB=0.0307251;REVB=0.011036;RO=6;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351762;STB=0.518516;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-8.63684e-05;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:147:147:6:6:141:141:0.959184:78:63:0:6:78:63:0:6 chr19 4652822 . C G 511.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.39;QD=58.443;RBI=0.0137316;REFB=0;REVB=0.0133862;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228962;OID=.;OPOS=4652822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:35:0:0:31:35:1:20:11:0:0:21:14:0:0 chr19 4653315 . CA C,GC 44.17 PASS AF=0.466667,0;AO=12,2;DP=31;FAO=14,0;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3,0;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.247751,0.0181983;FXX=0.0322477;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.66639,143.539;QD=5.88966;RBI=0.269625,0.149599;REFB=-0.0898402,-0.00502794;REVB=-0.10638,-0.148488;RO=10;SAF=3,0;SAR=9,2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.435938,-0.703678;STB=0.736753,0.5;STBP=0.024,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0865786,0;OID=.,.;OPOS=4653316,4653315;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:30:10:16:12,2:14,0:0.466667,0:9,2:3,0:8:2:11,0:3,0:10:6 chr19 4653328 . G T 43.64 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0015461;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.535;QD=5.28913;RBI=0.015627;REFB=-0.00330655;REVB=-0.0155503;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546871;STB=0.832324;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0146374;OID=.;OPOS=4653328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:33:23:26:7:7:0.212121:6:1:14:9:6:1:14:12 chr19 4653351 . C G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00154519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.787;QD=8.6278;RBI=0.0050063;REFB=-0.0119674;REVB=0.00476187;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356989;STB=0.723682;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0169051;OID=.;OPOS=4653351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:9:2:12:15:9:2:12:15 chr19 4653370 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000912269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7151;QD=59.0187;RBI=0.0558907;REFB=0;REVB=-0.0558833;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000858467;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr19 4653420 . A G 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.415;QD=52.6075;RBI=0.0715696;REFB=0;REVB=-0.0715584;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0020265;OID=.;OPOS=4653420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 4654163 . A C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0456681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0468;QD=20.8115;RBI=0.046386;REFB=0.0259678;REVB=0.00812966;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122044;STB=0.568801;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0272446;OID=.;OPOS=4654163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:11:12:15:8:11:12 chr19 4654757 . G A 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0242908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.689;QD=12.0819;RBI=0.0330293;REFB=-0.0116178;REVB=0.0223806;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116792;STB=0.56404;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0222247;OID=.;OPOS=4654757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:35:21:21:0.375:14:7:14:18:14:7:15:20 chr19 4655166 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.844;QD=49.5985;RBI=0.070559;REFB=0;REVB=-0.0468162;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36315e-05;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr19 4655540 . G A 246.69 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0610919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4047;QD=24.6691;RBI=0.0897788;REFB=0.00342412;REVB=-0.0657876;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144898;STB=0.580794;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00602158;OID=.;OPOS=4655540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:15:8:9:8:15:8:9:8 chr19 4670236 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1425;QD=35.5758;RBI=0.105159;REFB=0;REVB=-0.0626153;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0115825;OID=.;OPOS=4670236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr19 4670313 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.903;QD=23.2183;RBI=0.0615407;REFB=-0.0175081;REVB=0.034507;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.030569;OID=.;OPOS=4670313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr19 4685276 . A C 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0714333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6937;QD=56.9506;RBI=0.0773482;REFB=0;REVB=0.0296652;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500043;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr19 4769740 . C A 917.34 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.371;QD=58.244;RBI=0.0579398;REFB=0;REVB=0.0237153;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349032;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr19 4794257 . T G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0520836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.152;QD=57.3934;RBI=0.0536712;REFB=0.0260967;REVB=-0.0129579;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-6.70712e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:1:0:18:19:1:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749368;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=353.547;QD=39.2068;RBI=0.0339203;REFB=0;REVB=0.0330821;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000280396;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:12:9:9:0:7:2:0:0:4:3:7:2:3:0 chr19 4816719 . G A 121.82 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0263875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.281;QD=15.2269;RBI=0.0418907;REFB=-0.01055;REVB=0.0325351;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0118468;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr19 4818378 . T C 198.48 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00753799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.823;QD=20.357;RBI=0.0216205;REFB=-0.0263654;REVB=-0.0202639;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093917;STB=0.564039;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0329293;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:10:9:7:12:10:10:7:12 chr19 4847713 . A G 572.42 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.251;QD=60.2543;RBI=0.0343617;REFB=0;REVB=0.0098702;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015701;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr19 4847874 . A G 668.75 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.609;QD=60.7957;RBI=0.0761817;REFB=0;REVB=0.0162623;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918588;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:23:18:0:0:25:19:0:0 chr19 4852106 . A C,G 872.55 PASS AF=0.0327869,0.967213;AO=3,58;DP=61;FAO=2,59;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793624,0.0319831;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.5722,137.477;QD=57.2162;RBI=0.0934048,0.0321574;REFB=0,0;REVB=-0.0492551,0.0033442;RO=0;SAF=1,37;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.3149e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175966,0.000390403;OID=.,.;OPOS=4852106,4852106;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:61:61:0:0:3,58:2,59:0.0327869,0.967213:2,21:1,37:0:0:2,21:0,38:0:0 chr19 4852137 . C T 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0166865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.212;QD=20.4951;RBI=0.0174634;REFB=-0.0243439;REVB=-0.00515076;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274436;STB=0.508716;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.02455;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:13:21:17:12:13:21:18:12 chr19 4910889 . G T 133.67 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00299488;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4341;QD=9.72112;RBI=0.0429804;REFB=-0.0257384;REVB=0.0428759;RO=36;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556102;STB=0.841673;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0417;OID=.;OPOS=4910889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:37:18:18:0.327273:2:16:17:19:2:16:17:20 chr19 4910924 . C T 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00941491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3456;QD=13.06;RBI=0.0104417;REFB=-0.0208328;REVB=0.00451534;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263111;STB=0.665741;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0383724;OID=.;OPOS=4910924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:40:26:26:0.393939:8:18:17:21:8:18:17:23 chr19 4945974 . T C 290.22 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1234;QD=52.7668;RBI=0.129601;REFB=0;REVB=0.129478;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176647;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:9:10:0:0:12:10:0:0 chr19 4950770 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-1.76456e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.301;QD=16.4804;RBI=0.0335198;REFB=-0.0118727;REVB=0.0335198;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0131851;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:11:14:11:8:11:14 chr19 4954454 . C T 353.55 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0167231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.305;QD=23.9695;RBI=0.0236421;REFB=-0.0213764;REVB=0.0167119;RO=24;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728746;STB=0.539978;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.012685;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:15:20:16:8:15:20:16:8 chr19 4954679 . G GC 260.27 PASS AF=1;AO=15;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.7127;QD=38.5579;RBI=0.0259967;REFB=0;REVB=0.0254305;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00295155;OID=.;OPOS=4954680;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:27:27:27:0:11:16:0:0:5:10:11:4:0:10 chr19 5041178 . T C 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0248;QD=59.1362;RBI=0.0786148;REFB=0;REVB=0.0783269;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003967;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr19 5110794 . A G 532.12 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3439;QD=59.1244;RBI=0.0420434;REFB=0;REVB=-0.0034534;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305606;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr19 5111865 . C T 284.93 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0421635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.705;QD=23.7443;RBI=0.0437962;REFB=-0.036871;REVB=0.0118469;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451556;STB=0.506574;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0225165;OID=.;OPOS=5111865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:15:11:9:12:15:11:9:13 chr19 5135392 . A G 971.14 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.498;QD=55.4938;RBI=0.0346557;REFB=-0.0256777;REVB=0.0211567;RO=2;SAF=48;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144786;STB=0.50704;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000197207;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:67:68:0.971429:19:48:1:1:20:48:1:1 chr19 5206775 . A G 239.73 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0679737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8052;QD=22.8313;RBI=0.0733154;REFB=-0.0200428;REVB=0.0274722;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164559;STB=0.600405;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0153323;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:7:15:16:3:8:15:16:3 chr19 5212380 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0258133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.886;QD=18.345;RBI=0.0287147;REFB=-0.00527644;REVB=-0.0125781;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130349;STB=0.574236;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00806351;OID=.;OPOS=5212380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:8:10:7:10:8:10 chr19 5214697 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.791;QD=63.8714;RBI=0.0378834;REFB=0;REVB=-0.0376402;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128862;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr19 5273571 . T G 175.41 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0106501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.915;QD=16.7056;RBI=0.0120382;REFB=-0.0136192;REVB=-0.00561186;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389249;STB=0.531773;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0243461;OID=.;OPOS=5273571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:23:18:19:0.452381:11:7:9:12:11:8:11:12 chr19 5696146 . G A 217.72 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.020244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.719;QD=22.9176;RBI=0.0396507;REFB=-0.0165278;REVB=0.0340934;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165624;STB=0.593127;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00715133;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:9:8:6:15:9:8 chr19 5707159 . CGA C 38.62 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0255463;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.717;QD=4.82749;RBI=0.0268446;REFB=-0.0125788;REVB=0.00824725;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404966;STB=0.803157;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.0546569;OID=.;OPOS=5707160;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:6:33:7:32:25:1:6:12:13:38:25:1:5:12:13 chr19 5766090 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.827;QD=51.9159;RBI=0.0270991;REFB=0;REVB=0.026095;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221044;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr19 5772950 . G A 196.38 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0111698;FXX=0.040808;HRUN=6;LEN=1;MLLD=130.413;QD=16.7129;RBI=0.0138299;REFB=0.000236942;REVB=-0.00815487;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249256;STB=0.507035;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.000387895;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:27:20:20:0.425532:15:5:7:19:15:5:7:20 chr19 5783614 . T A 61.34 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0280292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6465;QD=18.8734;RBI=0.0316538;REFB=0.0031989;REVB=0.014708;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428999;STB=0.755986;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00215241;OID=.;OPOS=5783614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:2:3:1:7:2:3 chr19 5783634 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0127634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.061;QD=14.0438;RBI=0.0443246;REFB=-0.00223475;REVB=-0.0424472;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425125;STB=0.760793;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00054835;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:1:3:1:4:1:3 chr19 5784370 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0423574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.547;QD=13.4863;RBI=0.0436084;REFB=-0.022369;REVB=0.0103705;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0137184;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr19 5789565 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0152765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.067;QD=9.84393;RBI=0.0242849;REFB=-0.0141205;REVB=-0.0188781;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42424;STB=0.749583;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0244778;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:4:16:4:6:4:16 chr19 5831672 . G C 138.69 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0338193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4681;QD=19.8127;RBI=0.0372298;REFB=-0.0235958;REVB=0.0155665;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802345;STB=0.545395;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.020786;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:9:4:6:9:9:4 chr19 5831724 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0311476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4161;QD=20.8377;RBI=0.199569;REFB=-0.0799521;REVB=-0.197123;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338781;STB=0.691926;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0190884;OID=.;OPOS=5831724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:5:0:5:4:5:0 chr19 5832209 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00682586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.225;QD=15.219;RBI=0.0164716;REFB=-0.0169262;REVB=-0.0149907;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101991;STB=0.557604;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0255858;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:24:17:16:15:24:17 chr19 5844537 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.237;QD=60.9783;RBI=0.0212305;REFB=0;REVB=0.0157702;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26148e-05;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr19 5844649 . G A 191.23 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.949;QD=47.8082;RBI=0.0673258;REFB=0;REVB=0.0390776;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104399;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr19 5866654 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.365;QD=56.1912;RBI=0.020357;REFB=0;REVB=0.0145411;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143638;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr19 5866724 . G A 74.95 PASS AF=0.75;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0112068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.236;QD=24.9818;RBI=0.08543;REFB=-0.0357913;REVB=0.0846917;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379258;STB=0.72665;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0106553;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:8:9:0.75:7:1:2:1:8:1:2:1 chr19 5866736 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.917;QD=39.2015;RBI=0.0218507;REFB=0;REVB=0.0216044;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929933;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr19 5867748 . G T 69.47 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0407877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.689;QD=30.8777;RBI=0.0771323;REFB=-0.140034;REVB=0.0654657;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00462606;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:4:4:0:0:4:4:0:1 chr19 5892954 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0419433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.692;QD=15.9169;RBI=0.0473559;REFB=-0.0180683;REVB=-0.0219851;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0114778;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:9:6:7:6:9:6 chr19 5997077 . C T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00280959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.135;QD=4.16606;RBI=0.00423359;REFB=-0.0101149;REVB=-0.00316693;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316367;STB=0.521677;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0465516;OID=.;OPOS=5997077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:18:15:3:4:18:15 chr19 5997091 . G A 59.51 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0129689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.412;QD=5.06496;RBI=0.0538873;REFB=-0.00280064;REVB=0.0523035;RO=37;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222015;STB=0.63737;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0143441;OID=.;OPOS=5997091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:47:37:38:9:9:0.191489:3:6:18:19:3:6:19:19 chr19 6156483 . T C 726.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.239;QD=57.0029;RBI=0.169828;REFB=0;REVB=0.168458;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622391;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:21:25:0:0:26:25:0:0 chr19 6333476 . G A 546.41 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00431869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.133;QD=23.2517;RBI=0.00703893;REFB=-0.0354698;REVB=0.00555837;RO=43;SAF=29;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865919;STB=0.54761;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.025078;OID=.;OPOS=6333476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:22:29:20:23:22:29:20:23 chr19 6411830 . C G 653.72 PASS AF=0.597938;AO=57;DP=96;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.000338851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.698;QD=26.9574;RBI=0.0103853;REFB=-0.031393;REVB=0.0103798;RO=39;SAF=30;SAR=27;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668353;STB=0.539601;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0142919;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:39:39:57:58:0.597938:27:30:24:15:28:30:24:15 chr19 6415443 . T C 327.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248452;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1372;QD=54.5604;RBI=0.130652;REFB=0;REVB=0.130628;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301797;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 6432112 . G A 33.25 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0179509;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.397;QD=1.98511;RBI=0.0180752;REFB=0.00218657;REVB=0.00211626;RO=51;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137738;STB=0.541733;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0206319;OID=.;OPOS=6432112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:69:67:51:60:7:7:0.104478:2:5:31:20:3:4:37:23 chr19 6477255 . GG GT,TC 622.12 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=37,2;DP=43;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696497,0.00396047;FXX=0.0465008;HRUN=9,9;LEN=1,2;MLLD=246.336,210.773;QD=60.6949;RBI=0.0100306,0.0104408;REFB=0,0;REVB=0.00721825,0.00966048;RO=0;SAF=25,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00216472,0.0341252;OID=.,.;OPOS=6477256,6477255;OREF=G,GG;OALT=T,TC;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:41:0:0:37,2:39,2:0.95122,0.0487805:12,1:25,1:0:0:13,1:26,1:0:0 chr19 6495736 . A G 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5521;QD=39.1915;RBI=0.146234;REFB=0;REVB=-0.0920327;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0137499;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 6535080 . T C 813.55 PASS AF=0.430622;AO=90;DP=209;FAO=90;FDP=209;FR=.;FRO=119;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=70;FSRR=49;FWDB=-0.0041302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.479;QD=15.5702;RBI=0.0290478;REFB=-0.00527081;REVB=-0.0287527;RO=117;SAF=61;SAR=29;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107127;STB=0.556023;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00656903;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:117:119:90:90:0.430622:29:61:68:49:29:61:70:49 chr19 6665020 . T C 871.03 PASS AF=0.983871;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0603061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9968;QD=56.1958;RBI=0.0668452;REFB=0.0968831;REVB=-0.0288349;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0373302;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:62:61:0.983871:25:37:0:0:25:36:1:0 chr19 6669934 . G A 191.01 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00862799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.017;QD=15.2807;RBI=0.00888964;REFB=-0.024902;REVB=-0.00214088;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180969;STB=0.628072;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0317799;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:30:20:20:0.4:14:6:13:15:14:6:15:15 chr19 6677989 . G A 294.18 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00699825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.842;QD=17.5631;RBI=0.0177796;REFB=-0.0213169;REVB=0.0163444;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846987;STB=0.504741;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0229018;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:14:18:20:15:14:18:20:15 chr19 6679511 . C T 122.23 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0551887;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5985;QD=11.9249;RBI=0.0590037;REFB=-0.042745;REVB=-0.0208721;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366241;STB=0.510623;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0385101;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:8:6:12:14:8:6:12:15 chr19 6690742 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00172481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.015;QD=14.9042;RBI=0.023042;REFB=-0.00732778;REVB=-0.0229774;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481196;STB=0.527323;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0100984;OID=.;OPOS=6690742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:18:16:11:15:18:16 chr19 6696597 . G A 37.83 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00644362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.219;QD=12.6115;RBI=0.0567452;REFB=-0.0295075;REVB=-0.0563781;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.050861;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:11:12:6:6:5:6:0.5:4:1:2:4:4:2:2:4 chr19 6697406 . A G 1471.51 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.887;QD=63.2907;RBI=0.0227364;REFB=0;REVB=-0.0109094;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55587e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:90:93:1:36:54:0:0:36:57:0:0 chr19 6702157 . C G 317.95 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00687825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3824;QD=20.8491;RBI=0.0748927;REFB=0.00374709;REVB=0.0745762;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162569;STB=0.582279;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00217937;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:20:13:16:11:20:13:16:12 chr19 6709704 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.015161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.928;QD=20.1601;RBI=0.0245636;REFB=-0.032307;REVB=-0.0193266;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110236;STB=0.562422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0383565;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:8:6:9:7:8:6 chr19 6709848 . C T 140.49 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0828492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7581;QD=13.0686;RBI=0.0828585;REFB=-0.00787971;REVB=0.00123742;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146985;STB=0.573821;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00556011;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:9:7:15:11:9:7:15:12 chr19 6713291 . C T 142.5 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0590656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2665;QD=14.2502;RBI=0.0866326;REFB=0.00880727;REVB=0.0633755;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149715;STB=0.586849;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0085143;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:10:14:7:9:10:14 chr19 6718387 . G C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00458941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.129;QD=9.84396;RBI=0.00709822;REFB=-0.0078851;REVB=-0.00541499;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475763;STB=0.777202;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00861442;OID=.;OPOS=6718387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:2:8:7:12:2:8:8:12 chr19 6731057 . T C 162.5 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0513493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6639;QD=19.6969;RBI=0.0527958;REFB=-0.0267186;REVB=0.0122736;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769282;STB=0.543674;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0242779;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:7:9:11:6:7:9 chr19 6737481 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.45;QD=46.8478;RBI=0.0236965;REFB=0;REVB=0.0140893;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234738;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr19 6737509 . G A 238.57 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.999;QD=50.2261;RBI=0.0702682;REFB=0;REVB=0.000903319;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614967;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:4:14:0:0:4:15:0:0 chr19 6755007 . T C 54.33 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0136678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.086;QD=8.69249;RBI=0.0142283;REFB=0.000996442;REVB=-0.0039544;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377676;STB=0.734096;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00257684;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:10:7:6:2:10:7 chr19 6833777 . A G 1102.54 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7402;QD=58.8021;RBI=0.0264885;REFB=-0.0626703;REVB=0.0135813;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000645152;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:43:31:0:0:43:31:0:1 chr19 6833989 . G T 366.91 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000353833;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.362;QD=48.9218;RBI=0.0243125;REFB=-0.0172933;REVB=0.0243099;RO=2;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926354;STB=0.549963;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0123956;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:30:2:2:27:28:0.933333:18:9:2:0:19:9:2:0 chr19 6897464 . C G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.622;QD=59.8394;RBI=0.0512956;REFB=0;REVB=0.0146404;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194789;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 6913811 . A G 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0439343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8108;QD=8.96018;RBI=0.0439991;REFB=0.00221029;REVB=-0.00238743;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264727;STB=0.66079;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00245015;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:9:5:21:15:9:5:21:15 chr19 6919624 . A C 259.98 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0475855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8648;QD=16.7726;RBI=0.0629385;REFB=0.000513265;REVB=-0.0411932;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204591;STB=0.59728;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00264974;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:33:28:29:0.467742:13:15:11:23:14:15:11:22 chr19 6919753 . A G 111.68 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0466382;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.515;QD=12.7637;RBI=0.0470608;REFB=0.00382149;REVB=-0.00629278;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503523;STB=0.845484;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00314763;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:12:13:0.371429:11:1:8:12:12:1:10:12 chr19 6926560 . G C 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.018363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.193;QD=6.39529;RBI=0.0186685;REFB=-0.00260951;REVB=0.00336386;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180469;STB=0.617363;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00889048;OID=.;OPOS=6926560;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:7:2:10:19:7:2:10:19 chr19 6972357 . C T 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0890975;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.75;QD=16.9236;RBI=0.0897936;REFB=-0.00763787;REVB=-0.0111585;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13644;STB=0.578843;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00739247;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:7:12:12:4:7:12 chr19 6974556 . C A 87.48 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0136847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.463;QD=10.2916;RBI=0.0142107;REFB=-0.0136394;REVB=0.00383054;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.602992;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0200997;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:34:13:23:10:11:0.323529:5:5:6:7:6:5:14:9 chr19 6974564 . C T 262.79 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00701826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.308;QD=29.1987;RBI=0.00730767;REFB=-0.0198481;REVB=0.00203619;RO=11;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928435;STB=0.571368;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0194746;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:36:11:12:23:24:0.666667:9:14:5:6:9:15:5:7 chr19 7005905 . T A 244.18 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103408;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5936;QD=51.407;RBI=0.0226392;REFB=0;REVB=0.0201395;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189504;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:14:19:1:9:5:0:0:13:6:0:0 chr19 7006048 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0325928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.283;QD=15.1969;RBI=0.0341482;REFB=-0.00574765;REVB=0.0101887;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323285;STB=0.687798;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00523355;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:11:7:10:4:11:7 chr19 7076418 . C A 304.05 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0118244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5212;QD=17.3744;RBI=0.0293008;REFB=-0.00846065;REVB=-0.0268089;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239919;STB=0.513435;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0104454;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:20:17:16:17:20:17 chr19 7125297 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00121709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4731;QD=11.1029;RBI=0.00744853;REFB=-0.010132;REVB=-0.00734843;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0155699;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:5:2:3:6:5:2:3:7 chr19 7504982 . C T 123.14 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00564904;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.539;QD=15.3925;RBI=0.00647418;REFB=-0.0567322;REVB=0.00316282;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0473308;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:10:8:6:8:10:8 chr19 7528734 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00028335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2839;QD=55.656;RBI=0.0395272;REFB=0;REVB=-0.0395262;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570485;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 7533767 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.085;QD=55.0987;RBI=0.041063;REFB=0;REVB=0.0407236;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122255;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr19 7533850 . A G 505.59 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000647648;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9967;QD=59.4812;RBI=0.0241064;REFB=0;REVB=0.0240977;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47824e-05;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 7538039 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.878;QD=61.5358;RBI=0.0329766;REFB=0;REVB=0.000274197;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22574e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr19 7538117 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1117;QD=58.9618;RBI=0.0241478;REFB=0;REVB=0.0117629;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93871e-05;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr19 7570978 . T C 95.29 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0643655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7345;QD=12.2955;RBI=0.0732136;REFB=-0.0242111;REVB=0.0348901;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344259;STB=0.593049;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0426086;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:31:19:19:11:12:0.387097:10:1:5:14:10:2:5:14 chr19 7570990 . A G 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0844355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2774;QD=12.3262;RBI=0.0849414;REFB=-0.0250548;REVB=-0.0092575;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852384;STB=0.550922;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0336271;OID=.;OPOS=7570990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:4:13:9:2:4:13 chr19 7573098 . T A 377.91 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00422733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5272;QD=24.3812;RBI=0.017281;REFB=-0.0209838;REVB=0.0167559;RO=25;SAF=27;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901477;STB=0.504948;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0170074;OID=.;OPOS=7573098;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:10:27:18:7:10:27:18:7 chr19 7573287 . C T 101.81 PASS AF=0.254237;AO=11;DP=58;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0184617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.097;QD=6.90267;RBI=0.0187138;REFB=-0.00993099;REVB=0.00306143;RO=34;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36049;STB=0.575241;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.024192;OID=.;OPOS=7573287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:44:11:15:0.254237:9:2:15:19:9:6:22:22 chr19 7573297 . T C 58.73 PASS AF=0.218182;AO=7;DP=50;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0358986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.734;QD=4.27119;RBI=0.0624519;REFB=-0.0109752;REVB=-0.0511031;RO=42;SAF=0;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654017;STB=0.52009;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0257516;OID=.;OPOS=7573297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:55:42:43:7:12:0.218182:7:0:19:23:7:5:19:24 chr19 7573301 . C T 71.41 PASS AF=0.2;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0561223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9051;QD=5.19381;RBI=0.0634312;REFB=-0.018513;REVB=-0.0295603;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959717;STB=0.575203;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0633399;OID=.;OPOS=7573301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:52:55:41:44:11:11:0.2:7:4:18:23:7:4:20:24 chr19 7591720 . G A 99.3 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=0.0305529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9418;QD=3.74713;RBI=0.0410187;REFB=-0.0129928;REVB=0.0273688;RO=88;SAF=8;SAR=10;SRF=61;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313387;STB=0.699602;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0618693;OID=.;OPOS=7591720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:88:88:18:18:0.169811:10:8:61:27:10:8:61:27 chr19 7675771 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00770687;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.662;QD=21.8421;RBI=0.0594315;REFB=0.0247408;REVB=0.0589297;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0170114;OID=.;OPOS=7675771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:2:0:4:2:2:0 chr19 7685843 . G A 195.07 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0306293;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.022;QD=23.6452;RBI=0.0412478;REFB=-0.0044765;REVB=0.0276265;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102746;STB=0.571354;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00176123;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:10:9:8:5:10:9:9:5 chr19 7706656 . C T 311.46 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.158757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3632;QD=27.6851;RBI=0.158977;REFB=-0.0452419;REVB=0.00835717;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746571;STB=0.546718;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0344763;OID=.;OPOS=7706656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:27:28:0.622222:13:14:7:10:13:15:7:10 chr19 7712277 . A G 462.77 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.00177386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.858;QD=14.8087;RBI=0.029282;REFB=-0.0256215;REVB=-0.0292282;RO=71;SAF=29;SAR=23;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233423;STB=0.521866;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0295028;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:73:52:52:0.416:23:29:38:33:23:29:38:35 chr19 7755056 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00204989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8215;QD=12.8689;RBI=0.0271657;REFB=-0.0127411;REVB=-0.0270882;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426492;STB=0.755216;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.015346;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:2:9:7:9:2:9:7:9 chr19 7755153 . T TG 31.52 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=29;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.102585;FXX=0.0714031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7706;QD=4.84873;RBI=0.136101;REFB=-0.0193565;REVB=-0.0894409;RO=24;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328085;STB=0.825746;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=-0.0759023;OID=.;OPOS=7755154;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:5:29:10:26:16:9:1:8:8:31:24:4:1:13:11 chr19 7761667 . A G 74.66 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0900274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9817;QD=10.6652;RBI=0.0929363;REFB=-0.0309082;REVB=0.0230699;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0244164;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:10:8:4:6:10:8 chr19 7763248 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0116292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.077;QD=12.2159;RBI=0.0149932;REFB=-0.0111829;REVB=-0.00946347;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.562619;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0270374;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:10:17:8:7:10:17 chr19 7828177 . G A 184.89 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0238491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.184;QD=18.4893;RBI=0.0349099;REFB=-0.0402028;REVB=-0.0254936;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231388;STB=0.63144;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0302191;OID=.;OPOS=7828177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:13:8:12:7:13:8 chr19 7831628 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00468426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.545;QD=13.0539;RBI=0.0307164;REFB=-0.0188448;REVB=0.0303571;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539318;STB=0.530987;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0307405;OID=.;OPOS=7831628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:17:18:13:10:17:18 chr19 7913974 . T C 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0498728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.479;QD=17.2218;RBI=0.0498821;REFB=0.00449552;REVB=-0.000963164;RO=36;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325806;STB=0.682199;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00224795;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:21:11:25:11:21:11:25:11 chr19 7916620 . A G 141.62 PASS AF=0.6;AO=13;DP=23;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00818953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.966;QD=22.6589;RBI=0.00822259;REFB=-0.0366235;REVB=-0.000736657;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159391;STB=0.540928;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0250523;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:25:10:10:13:15:0.6:4:9:5:5:6:9:5:5 chr19 7928462 . T C 670.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.033;QD=62.336;RBI=0.0394335;REFB=0;REVB=0.0341479;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139324;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr19 7928788 . A C 410.76 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.94;QD=56.6564;RBI=0.0312056;REFB=0;REVB=-0.00141127;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176122;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr19 7936208 . A G 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0108382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.614;QD=25.7098;RBI=0.0209607;REFB=-0.0124412;REVB=-0.0179411;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671703;STB=0.537756;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00719914;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:3:3:5:8:3:3 chr19 7937743 . GCCCCA GCCCA,GCCCAC,TGCCCA 67.12 PASS AF=0.357143,0,0;AO=17,6,2;DP=56;FAO=20,0,0;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=18,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.137063,-0.255722,-0.0603505;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,2,2;MLLD=10.3858,88.3947,23.9693;QD=4.79431;RBI=0.146252,0.25747,0.0639588;REFB=-0.17035,-0.0228454,-0.091931;REVB=-0.0510228,-0.0299473,0.0211788;RO=28;SAF=16,6,0;SAR=1,0,2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.70855,0.732338,-0.411757;STB=0.853041,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.198289,0,0;OID=.,.,.;OPOS=7937744,7937747,7937743;OREF=C,CA,GC;OALT=-,AC,TG;OMAPALT=GCCCA,GCCCAC,TGCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:28:36:17,6,2:20,0,0:0.357143,0,0:1,0,2:16,6,0:10:18:2,0,0:18,0,0:16:20 chr19 7938306 . A AG 563.5 PASS AF=1;AO=56;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.6166;QD=36.3546;RBI=0.0664612;REFB=0;REVB=-0.00460752;RO=3;SAF=47;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000812892;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:61:62:62:0:50:12:0:0:12:3:47:9:0:3 chr19 7944348 . TCC TC,TCA 435.56 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=28,4;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758995,0.0662295;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.4721,10.4537;QD=52.7952;RBI=0.0988751,0.0725484;REFB=0,0;REVB=0.0633685,0.0296128;RO=1;SAF=17,2;SAR=11,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0265944,-0.166656;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00912099,0.0288116;OID=.,.;OPOS=7944349,7944350;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=TC,TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939394,0.0606061:28,4:33:31,2:33:0:19,1:12,1:0:0:12:1:17,2:11,2:1:0 chr19 7963914 . A C 344.57 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215006;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.285;QD=55.1312;RBI=0.0339572;REFB=0;REVB=-0.0262834;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448857;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 7963949 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0245223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7705;QD=14.6538;RBI=0.032437;REFB=-0.00523614;REVB=0.0212323;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00861569;OID=.;OPOS=7963949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:5:3:5:3:5:3 chr19 7963976 . T C 71.05 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0839764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.921;QD=18.946;RBI=0.100146;REFB=-0.0262288;REVB=0.0545633;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2967;STB=0.743518;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00391459;OID=.;OPOS=7963976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:5:6:8:9:0.6:7:1:2:3:8:1:3:3 chr19 7964727 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0359917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.583;QD=9.19982;RBI=0.0360188;REFB=-0.014579;REVB=0.00139667;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453553;STB=0.752737;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0224234;OID=.;OPOS=7964727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:5:2:9:3:5:2:9:4 chr19 7965339 . C T 554.58 PASS AF=0.52;AO=51;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.000806238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.601;QD=22.183;RBI=0.0148159;REFB=-0.0116;REVB=0.0147939;RO=48;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120048;STB=0.561122;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0141196;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:48:51:52:0.52:25:26:31:17:25:27:31:17 chr19 7968168 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00135374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.975;QD=17.8272;RBI=0.0398825;REFB=-0.0109632;REVB=0.0398596;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.572403;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0161806;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:8:3:5:7:8:3 chr19 7976127 . C G 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0157445;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=208.354;QD=26.4939;RBI=0.0229605;REFB=-0.0182955;REVB=-0.0167122;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011361;STB=0.506322;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.008652;OID=.;OPOS=7976127;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:4:13:7:2:4:13:7:2 chr19 7986638 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.018;QD=58.5878;RBI=0.0341999;REFB=0;REVB=0.0064842;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31895e-05;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 8046004 . G A 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0256341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.295;QD=4.3679;RBI=0.0261387;REFB=0.00152936;REVB=0.0051116;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197391;STB=0.521691;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00531704;OID=.;OPOS=8046004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:5:4:18:24:5:4:18:25 chr19 8122737 . G A 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6456;QD=60.9705;RBI=0.0739113;REFB=0;REVB=-0.0714985;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151158;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr19 8122767 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.399;QD=61.3331;RBI=0.038749;REFB=0;REVB=0.0353262;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148122;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr19 8145921 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00343578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.724;QD=19.646;RBI=0.0131828;REFB=-0.0106933;REVB=0.0127271;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00561155;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:4:4:7:4:4:4 chr19 8152725 . A G 291.06 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0175449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.072;QD=26.4598;RBI=0.0221457;REFB=0.0375039;REVB=-0.0135133;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0126271;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:8:10:15:11:8:10 chr19 8159362 . G T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00577304;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.094;QD=16.1192;RBI=0.0271813;REFB=-0.00248221;REVB=0.0265612;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14609;STB=0.585215;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00215189;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:8:5:3:9:8:5 chr19 8159409 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.034;QD=53.9112;RBI=0.0388002;REFB=0;REVB=0.0363017;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020784;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr19 8160897 . G C 152.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00503335;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.975;QD=14.5518;RBI=0.0240726;REFB=0.0100863;REVB=-0.0235405;RO=25;SAF=15;SAR=2;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233196;STB=0.638107;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00905447;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:2:15:19:6:2:15:19:6 chr19 8161450 . C T 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0219414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.949;QD=25.6504;RBI=0.0293933;REFB=0.00931162;REVB=0.0195587;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150997;STB=0.508373;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00676691;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:9:9:12:13:9:9 chr19 8168545 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0163945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.071;QD=14.0975;RBI=0.0164388;REFB=-0.00678031;REVB=0.00120641;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594337;STB=0.853836;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00729283;OID=.;OPOS=8168545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:11:2:13:4:11:2:14:4 chr19 8176009 . C T 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0386287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.275;QD=21.7451;RBI=0.0408919;REFB=-0.0124296;REVB=-0.0134154;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356034;STB=0.519982;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0125146;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:13:9:9:11:13:9:9:11 chr19 8176569 . G A 110.94 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00830397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.542;QD=15.8479;RBI=0.0681242;REFB=-0.0231914;REVB=0.0676162;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173698;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0403901;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:12:13:0.464286:7:5:9:6:8:5:9:6 chr19 8176640 . C T 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0015884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0749;QD=18.3434;RBI=0.00420293;REFB=-0.00457505;REVB=0.00389122;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179119;STB=0.601887;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00361863;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:11:7:10:7:11:7 chr19 8176919 . C T 120.24 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00438564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.488;QD=17.1766;RBI=0.0172034;REFB=0.00159823;REVB=0.016635;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327611;STB=0.703172;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00116106;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:14:13:14:0.5:10:3:7:5:11:3:8:6 chr19 8191238 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7578;QD=53.276;RBI=0.0312216;REFB=0;REVB=0.0191588;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750435;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 8191248 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.067;QD=53.9112;RBI=0.00747677;REFB=0;REVB=0.000615316;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43336e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 8191401 . G A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0444431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.596;QD=16.8974;RBI=0.115017;REFB=-0.00512541;REVB=0.106083;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300918;STB=0.673141;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00951482;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:2:7:4:6:2:7 chr19 8196444 . C T 521.23 PASS AF=1;AO=27;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107819;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.116;QD=59.5691;RBI=0.0739796;REFB=0;REVB=0.0731896;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530782;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:27:35:1:14:13:0:0:19:16:0:0 chr19 8196508 . G C 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0348255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8951;QD=12.4561;RBI=0.0388523;REFB=0.00452482;REVB=-0.0172246;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158558;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0071054;OID=.;OPOS=8196508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:13:8:13:21:13:8:13:21 chr19 8197865 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0297128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.133;QD=8.30764;RBI=0.0374583;REFB=-0.0262159;REVB=-0.0228095;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097172;STB=0.538366;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0587285;OID=.;OPOS=8197865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:17:18:8:8:0.307692:4:4:10:7:4:4:10:8 chr19 8203328 . G A 760.05 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334208;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.949;QD=57.3624;RBI=0.0347006;REFB=0;REVB=-0.00933686;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324655;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:14:39:0:0:14:39:0:0 chr19 8321182 . A T 225.61 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0157684;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0205;QD=19.6183;RBI=0.0302594;REFB=-0.0105625;REVB=-0.0258261;RO=23;SAF=5;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227373;STB=0.621831;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0074123;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:24:22:22:0.478261:17:5:10:13:17:5:10:14 chr19 8321562 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00656905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.164;QD=14.6657;RBI=0.00656909;REFB=-0.0226448;REVB=-2.33769e-05;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872643;STB=0.550496;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0318174;OID=.;OPOS=8321562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:13:8:7:8:13:8 chr19 8321916 . C T 150.8 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0109343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.023;QD=12.5662;RBI=0.0115836;REFB=-0.0128843;REVB=0.00382375;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409754;STB=0.739066;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0346519;OID=.;OPOS=8321916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:21:10:12:5:21:10 chr19 8321946 . T C 133.15 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.041189;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.426;QD=14.0158;RBI=0.0412868;REFB=-0.00760372;REVB=-0.00283997;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416264;STB=0.733022;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0135182;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:23:15:15:0.394737:11:4:16:8:11:4:15:8 chr19 8326904 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.774;QD=57.6764;RBI=0.0944164;REFB=0;REVB=0.0896725;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081833;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 8367033 . T C 94.88 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00276773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2158;QD=11.5;RBI=0.0117584;REFB=-0.015315;REVB=-0.011428;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272843;STB=0.545379;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0348537;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:33:19:21:12:12:0.363636:6:6:9:10:6:6:9:12 chr19 8387207 . G A 306.57 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00226602;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.484;QD=20.4381;RBI=0.00276578;REFB=-0.00614556;REVB=0.00158579;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258555;STB=0.642772;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00602663;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:28:32:32:0.533333:18:14:21:7:18:14:21:7 chr19 8387215 . CT C 42.72 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=49;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.109607;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=9.70128;QD=3.28611;RBI=0.151124;REFB=-0.048821;REVB=-0.104041;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323217;STB=0.63449;STBP=0.14;TYPE=del;VARB=0.058131;OID=.;OPOS=8387216;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:17:49:20:52:32:10:10:23:9:42:27:8:9:21:6 chr19 8389520 . C T 184.77 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00090704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.686;QD=26.3961;RBI=0.0070492;REFB=-0.00774144;REVB=0.0069906;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997564;STB=0.555494;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00290721;OID=.;OPOS=8389520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:6:4:10:8:6:4 chr19 8468337 . C T 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.116329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.829;QD=25.3662;RBI=0.116943;REFB=-0.0295325;REVB=0.0119642;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15345;STB=0.585285;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0182938;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:9:5:12:9:9:5 chr19 8495556 . G A 46.67 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0633943;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.615;QD=3.39425;RBI=0.0638026;REFB=-0.0120102;REVB=-0.00720631;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109715;STB=0.633152;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0474796;OID=.;OPOS=8495556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:51:55:41:47:8:8:0.145455:5:3:19:22:5:3:25:22 chr19 8503864 . AC A,CA 204.24 PASS AF=0.522727,0;AO=17,2;DP=38;FAO=23,0;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0;FSAR=16,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.239138,-0.180134;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=20.9518,19.4939;QD=18.5673;RBI=0.242837,0.185305;REFB=-0.0216749,-0.0151015;REVB=0.0422231,0.0434699;RO=19;SAF=1,2;SAR=16,0;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.308176,0;SSSB=-0.606332,0.526746;STB=0.612664,0.5;STBP=0.144,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00122907,0;OID=.,.;OPOS=8503865,8503864;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:44:19:21:17,2:23,0:0.522727,0:16,0:1,2:9:10:16,0:7,0:11:10 chr19 8553630 . C T 988.71 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320711;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.5;QD=59.0277;RBI=0.0351767;REFB=0;REVB=0.0144513;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45588e-05;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr19 8578035 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.873;QD=60.6102;RBI=0.0246313;REFB=0;REVB=0.0220958;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125066;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr19 8645786 . A C 645.69 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.746;QD=61.4939;RBI=0.0430511;REFB=0;REVB=0.0415269;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492841;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:26:9:0:0:27:15:0:0 chr19 8651562 . A G 111.06 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00326807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.563;QD=15.3192;RBI=0.00351185;REFB=-0.0226174;REVB=-0.00128562;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0283915;OID=.;OPOS=8651562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:9:7:7:6:9:7 chr19 8654399 . G A 203.51 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.100038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.123;QD=23.258;RBI=0.100154;REFB=-0.00367308;REVB=-0.00481846;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334886;STB=0.684029;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0598866;OID=.;OPOS=8654399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:14:14:0.4:12:2:0:14:12:2:0:14 chr19 8669931 . G C 1153.52 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.198;QD=60.7114;RBI=0.0552706;REFB=0;REVB=0.0166983;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77185e-05;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr19 8808373 . G T 280.52 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0530298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3446;QD=16.7472;RBI=0.0974793;REFB=-0.0161599;REVB=0.0817927;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279512;STB=0.661235;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0214213;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:12:18:11:25:12:19:11:25 chr19 8841558 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.127;QD=57.8839;RBI=0.0403879;REFB=0;REVB=-0.00778824;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80992e-05;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr19 8953801 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.166;QD=58.1417;RBI=0.0372816;REFB=0;REVB=0.0219668;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614143;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr19 8953922 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.985;QD=54.5161;RBI=0.043472;REFB=0;REVB=-0.00479659;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488271;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr19 8961981 . C G 1520.98 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2181;QD=59.6461;RBI=0.0323713;REFB=0;REVB=0.0303118;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124659;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:47:55:0:0 chr19 8987218 . G T 617.51 PASS AF=0.597826;AO=54;DP=91;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0190066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.007;QD=26.8483;RBI=0.0492469;REFB=-0.0357973;REVB=0.0454314;RO=36;SAF=19;SAR=35;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114487;STB=0.560348;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0254377;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:36:37:54:55:0.597826:35:19:18:18:36:19:18:19 chr19 8996019 . A T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.02278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.228;QD=23.3998;RBI=0.0235803;REFB=-0.000559559;REVB=0.00609124;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290717;STB=0.666261;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000710429;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:0:3:3:5:0:3 chr19 8999429 . G T 39.41 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0126174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.2681;QD=1.92223;RBI=0.0156601;REFB=-0.000472723;REVB=-0.00927576;RO=70;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083062;STB=0.567418;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0105201;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:70:73:9:9:0.109756:5:4:36:34:5:4:38:35 chr19 8999438 . A T 38.45 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00513066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6951;QD=1.80933;RBI=0.010326;REFB=-0.00497559;REVB=-0.00896118;RO=76;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11151;STB=0.58423;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0740321;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:76:76:9:9:0.105882:5:4:41:35:5:4:41:35 chr19 8999449 . G T 38.79 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0484321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1197;QD=1.8469;RBI=0.057297;REFB=-0.000615528;REVB=-0.0306151;RO=73;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899511;STB=0.578773;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.000659116;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:82:84:73:75:9:9:0.107143:5:4:38:35:5:4:40:35 chr19 8999453 . C T 890.34 PASS AF=0.809524;AO=68;DP=83;FAO=68;FDP=84;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0215352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.987;QD=42.397;RBI=0.0218666;REFB=-0.0224066;REVB=0.00379226;RO=13;SAF=38;SAR=30;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295889;STB=0.523298;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00865476;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:83:84:13:16:68:68:0.809524:30:38:6:7:30:38:7:9 chr19 9001822 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.254;QD=42.1826;RBI=0.0354987;REFB=0;REVB=0.0266615;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692397;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 9001833 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.589;QD=43.4861;RBI=0.0164462;REFB=0;REVB=0.00719934;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172985;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 9001835 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.607;QD=44.6898;RBI=0.00728846;REFB=0;REVB=-0.00595667;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02017e-05;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 9002504 . T C 48.06 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0358713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9879;QD=1.94162;RBI=0.0486031;REFB=0.00194164;REVB=-0.032795;RO=87;SAF=3;SAR=8;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342759;STB=0.754003;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0102485;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:87:88:11:11:0.111111:8:3:49:38:8:3:50:38 chr19 9002519 . G C 41.3 PASS AF=0.103774;AO=9;DP=104;FAO=11;FDP=106;FR=.;FRO=95;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.032854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.07;QD=1.5584;RBI=0.0889951;REFB=-0.00362561;REVB=0.0827088;RO=85;SAF=1;SAR=8;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488686;STB=0.755772;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0633659;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:104:106:85:95:9:11:0.103774:8:1:45:40:8:3:54:41 chr19 9003618 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.786;QD=59.8331;RBI=0.00827846;REFB=0;REVB=-0.00606956;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63659e-07;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr19 9003645 . G A 350.54 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0314687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0335;QD=15.5795;RBI=0.0324747;REFB=-0.00781488;REVB=0.00802026;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138167;STB=0.577738;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0153525;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:19:19:33:19:19:19:33:19 chr19 9005719 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.758;QD=52.6112;RBI=0.0526314;REFB=0;REVB=-0.00681622;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000674006;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 9006370 . A G 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.031618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.446;QD=6.22499;RBI=0.0318241;REFB=-0.0165011;REVB=-0.00361644;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137809;STB=0.508657;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0743761;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:8:5:17:26:8:5:17:26 chr19 9006415 . TT CA,TA 93.36 PASS AF=0.208333,0.0625;AO=10,3;DP=48;FAO=10,3;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=3,2;FSAR=7,1;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0184411,0.0196068;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=194.08,100.918;QD=7.77968;RBI=0.0185869,0.0205219;REFB=-0.00730181,-0.018009;REVB=-0.00232324,-0.00605979;RO=35;SAF=3,2;SAR=7,1;SRF=11;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0203436,0.348934;STB=0.513063,0.792062;STBP=0.978,0.445;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0344506,0.0151172;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:48:48:35:35:10,3:10,3:0.208333,0.0625:7,1:3,2:11:24:7,1:3,2:11:24 chr19 9006418 . G A 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.010563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.961;QD=8.22842;RBI=0.0154604;REFB=-0.0144991;REVB=-0.0112892;RO=36;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103302;STB=0.563047;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0386274;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:8:5:11:25:8:5:11:25 chr19 9012840 . G A 31.83 PASS AF=0.0666667;AO=13;DP=195;FAO=13;FDP=195;FR=.;FRO=182;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=114;FWDB=-0.00926654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.946;QD=0.652953;RBI=0.0114308;REFB=-0.000101689;REVB=0.00669289;RO=182;SAF=6;SAR=7;SRF=68;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975063;STB=0.583478;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00273061;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:195:195:182:182:13:13:0.0666667:7:6:68:114:7:6:68:114 chr19 9018452 . C T 491.81 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.017072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.527;QD=18.5588;RBI=0.0181018;REFB=-0.0316963;REVB=-0.00601851;RO=53;SAF=27;SAR=24;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157856;STB=0.585191;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0325145;OID=.;OPOS=9018452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:54:51:52:0.490566:24:27:37:16:25:27:37:17 chr19 9019605 . C G 2570.82 PASS AF=0.988235;AO=169;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0149272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.542;QD=60.4899;RBI=0.0274604;REFB=-0.111834;REVB=0.0230489;RO=1;SAF=84;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556645;STB=0.505882;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0024088;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:1:2:169:168:0.988235:85:84:0:1:84:84:0:2 chr19 9020154 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.797;QD=64.4154;RBI=0.0127068;REFB=0;REVB=0.00229679;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63152e-05;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr19 9027513 . G A 49.99 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0159776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1288;QD=2.17366;RBI=0.0436422;REFB=0.00381362;REVB=0.0406123;RO=81;SAF=6;SAR=5;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177676;STB=0.512899;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0242282;OID=.;OPOS=9027513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:92:92:81:81:11:11:0.119565:5:6:43:38:5:6:43:38 chr19 9070194 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.738;QD=64.4131;RBI=0.0162203;REFB=0;REVB=0.0120815;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8883e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr19 9083791 . G A 336.81 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.561;QD=51.8161;RBI=0.0623542;REFB=-0.0369617;REVB=0.0594028;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322253;OID=.;OPOS=9083791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr19 9084372 . A G 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0263861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.881;QD=23.0012;RBI=0.0370189;REFB=-0.00447915;REVB=0.0259648;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758472;STB=0.541976;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00304318;OID=.;OPOS=9084372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:10:12:13:16:10:12 chr19 9085958 . A G 1415.93 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.63;QD=62.9301;RBI=0.0329571;REFB=0;REVB=0.0280123;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37543e-06;OID=.;OPOS=9085958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:47:41:0:0:49:41:0:0 chr19 9086145 . G C 433.42 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255693;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.544;QD=57.7892;RBI=0.0575493;REFB=0;REVB=0.0515571;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006474;OID=.;OPOS=9086145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr19 9087615 . T A 663.82 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5272;QD=59.0058;RBI=0.0745868;REFB=-0.192116;REVB=0.0728642;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0115948;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:45:1:1:42:44:0.977778:19:23:1:0:21:23:1:0 chr19 9088017 . T G 526.54 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0444773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9386;QD=56.9232;RBI=0.0895186;REFB=-0.0761539;REVB=0.0776875;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176666;STB=0.509429;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0025998;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:26:10:0:1:26:10:0:1 chr19 9090182 . T C 379.69 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027936;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.986;QD=56.2511;RBI=0.0289319;REFB=0;REVB=0.00752554;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017537;OID=.;OPOS=9090182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr19 9090296 . T C 43.38 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00235229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.328;QD=6.94059;RBI=0.020673;REFB=-0.010368;REVB=-0.0205388;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195321;STB=0.662168;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.027004;OID=.;OPOS=9090296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:25:18:18:6:7:0.28:2:4:9:9:2:5:9:9 chr19 9090784 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.724;QD=48.7373;RBI=0.0147291;REFB=0;REVB=-0.00740119;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3596e-05;OID=.;OPOS=9090784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr19 9204307 . A G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0158155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.959;QD=12.0843;RBI=0.0278254;REFB=-0.00219309;REVB=-0.0228938;RO=30;SAF=3;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451335;STB=0.768871;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00422705;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:13:3:17:13:13:3:17:13 chr19 9225685 . T C 67.54 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0163033;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.202;QD=11.7454;RBI=0.0358399;REFB=-0.0119376;REVB=0.031917;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0296634;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:6:8:5:4:6:8 chr19 9226017 . C G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00107105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.55;QD=17.56;RBI=0.0011134;REFB=-0.0253282;REVB=-0.000304169;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969551;STB=0.555492;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0303581;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:9:12:12:6:9:12 chr19 9226192 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0126367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0369;QD=20.836;RBI=0.0297463;REFB=-0.0221766;REVB=-0.0269287;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289354;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00808194;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:4:1:6:3:4:1 chr19 9236698 . G GATGGT 91.36 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00782595;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=5;MLLD=314.133;QD=15.8881;RBI=0.0271046;REFB=-0.0233411;REVB=0.0259502;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115026;STB=0.566808;STBP=0.566;TYPE=ins;VARB=0.0251244;OID=.;OPOS=9236699;OREF=-;OALT=ATGGT;OMAPALT=GATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:11:24:11:23:12:5:6:7:5:91:12:5:6:7:5 chr19 9236886 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.012703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.619;QD=16.4154;RBI=0.0133192;REFB=-0.0113557;REVB=0.00400436;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.012678;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr19 9237435 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0265346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.456;QD=20.893;RBI=0.0391729;REFB=-0.0148716;REVB=-0.0288173;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00803852;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:2:4:4:6:2:4 chr19 9297874 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0245376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.25;QD=19.0005;RBI=0.0409951;REFB=-0.0132128;REVB=-0.0328406;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154517;STB=0.587528;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.01351;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:11:6:9:8:11:6 chr19 9298364 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0261889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5492;QD=14.0445;RBI=0.0395182;REFB=-0.0145611;REVB=-0.0295944;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00544213;OID=.;OPOS=9298364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr19 9346427 . T C 580.36 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864226;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.178;QD=59.524;RBI=0.104242;REFB=0;REVB=0.0582881;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068411;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:29:8:0:0:29:10:0:0 chr19 9346599 . C G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8896;QD=59.8377;RBI=0.0135473;REFB=0;REVB=-0.00883666;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28575e-05;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr19 9362343 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-6.31594e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.995;QD=48.6263;RBI=0.0341075;REFB=-0.0121639;REVB=0.0341074;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000342777;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:1:0:9:13:1:0 chr19 9362443 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00750835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.735;QD=53.3627;RBI=0.0147983;REFB=-0.0812148;REVB=0.012752;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.51162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000356589;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:8:21:0:0:8:21:1:0 chr19 9362799 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.228;QD=60.6103;RBI=0.0296722;REFB=0;REVB=0.00356737;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68133e-05;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 9453187 . G C 67.28 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00916498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9408;QD=11.2137;RBI=0.00954159;REFB=-0.0290774;REVB=-0.00265428;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0369121;OID=.;OPOS=9453187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:24:14:15:9:9:0.375:4:5:5:9:4:5:6:9 chr19 9720978 . T C 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00694648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.66;QD=19.9049;RBI=0.0252769;REFB=-0.0230162;REVB=0.0243037;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310967;STB=0.673354;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0176342;OID=.;OPOS=9720978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:22:9:18:10:22:9:18:10 chr19 9801440 . TCTCTC T 294.28 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=66;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00204957;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=5;MLLD=339.888;QD=18.6844;RBI=0.00573975;REFB=-0.00341018;REVB=0.00536135;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523878;STB=0.539658;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.00307815;OID=.;OPOS=9801441;OREF=CTCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507937:30:66:32:63:31:16:16:18:13:99:34:16:14:20:14 chr19 9804424 . T G 270.31 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0143952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.263;QD=23.0054;RBI=0.0146067;REFB=0.00858953;REVB=0.00247682;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816009;STB=0.554751;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0106995;OID=.;OPOS=9804424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:13:12:8:13:13:12:8:14 chr19 9868278 . T C 200.92 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00973574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5701;QD=20.6067;RBI=0.0359955;REFB=-0.00220458;REVB=0.0346539;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472505;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0026083;OID=.;OPOS=9868278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:20:20:0.512821:11:9:8:10:11:9:9:10 chr19 10070500 . G A 210.37 PASS AF=0.947368;AO=12;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328332;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.266;QD=44.2882;RBI=0.0333815;REFB=-0.000474002;REVB=-0.00602553;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00523626;OID=.;OPOS=10070500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:12:18:0.947368:3:9:0:0:7:11:1:0 chr19 10071063 . T C 180.51 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0858872;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.21;QD=48.1348;RBI=0.0882873;REFB=0;REVB=0.0204459;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312791;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr19 10080253 . C T 206.61 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00590397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2846;QD=13.1184;RBI=0.0190507;REFB=4.75697e-05;REVB=0.0181127;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160173;STB=0.598664;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=6.22124e-05;OID=.;OPOS=10080253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:11:14:15:22:11:14:15:23 chr19 10100061 . C A 300.59 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.0107808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.888;QD=23.1226;RBI=0.0110252;REFB=-0.0172375;REVB=0.00230837;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352918;STB=0.692198;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00697489;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:15:15:1:21:15:15:1:21 chr19 10104322 . A C 159.09 PASS AF=0.515152;AO=14;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0127945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.652;QD=19.2836;RBI=0.0175188;REFB=-0.0163672;REVB=0.0119671;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123893;STB=0.544432;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0361314;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:14:17:0.515152:6:8:7:9:8:9:7:9 chr19 10106936 . G C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3854;QD=54.5151;RBI=0.0913592;REFB=0;REVB=0.089369;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129113;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr19 10108714 . G A 798.22 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0783352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2856;QD=55.0493;RBI=0.0800063;REFB=-0.0349555;REVB=0.0162666;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00915246;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:58:0:1:55:57:0.982759:23:32:0:0:25:32:0:1 chr19 10112346 . T C 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0157297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.852;QD=23.0084;RBI=0.0204331;REFB=-0.0300767;REVB=0.0130418;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433677;STB=0.523896;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0195733;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:17:16:13:11:17:16:13:11 chr19 10116375 . G T 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00859571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6741;QD=16.9277;RBI=0.0300324;REFB=-0.0295466;REVB=0.028776;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.624765;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0373813;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:4:8:10:2:4:8 chr19 10129552 . C G 232.4 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0463291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2303;QD=10.5637;RBI=0.046874;REFB=-0.0243656;REVB=-0.00712671;RO=56;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785982;STB=0.529955;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0458069;OID=.;OPOS=10129552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:59:29:29:0.329545:17:12:27:29:17:12:27:32 chr19 10131999 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.256;QD=61.683;RBI=0.0141091;REFB=0;REVB=0.0117983;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14082e-05;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:8:33:0:0:8:33:0:0 chr19 10132859 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.209;QD=42.1826;RBI=0.049099;REFB=0;REVB=-0.0143014;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140148;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr19 10149018 . C T 184.17 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0169773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5842;QD=26.3094;RBI=0.0651424;REFB=-0.0564057;REVB=0.0628912;RO=10;SAF=14;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344874;STB=0.69346;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0311593;OID=.;OPOS=10149018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:4:14:3:7:4:14:3:7 chr19 10172516 . T C 229.37 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00569077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.467;QD=14.1149;RBI=0.026971;REFB=-0.00561396;REVB=0.0263638;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547792;STB=0.531227;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00661949;OID=.;OPOS=10172516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:22:16:10:17:22:16 chr19 10218332 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0209825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.618;QD=21.9441;RBI=0.035779;REFB=-0.0120784;REVB=-0.0289805;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257456;STB=0.642704;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00618125;OID=.;OPOS=10218332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:1:11:10:6:1:11 chr19 10218408 . G A 170.25 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00475147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.85;QD=17.4614;RBI=0.00950484;REFB=-0.0232491;REVB=-0.00823198;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492501;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0283962;OID=.;OPOS=10218408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:18:21:18:18:0.461538:10:8:9:9:10:8:10:11 chr19 10226393 . G A 165.6 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00670301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.172;QD=14.4004;RBI=0.0418391;REFB=-0.0127264;REVB=-0.0412986;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227155;STB=0.631434;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0345417;OID=.;OPOS=10226393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:11:17:7:11:11:17 chr19 10265312 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.684;QD=51.1837;RBI=0.0121711;REFB=0;REVB=0.00593994;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54404e-05;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 10267077 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.124;QD=62.021;RBI=0.0499341;REFB=0;REVB=0.0468445;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014738;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr19 10271034 . C G 118.26 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0379909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7591;QD=12.785;RBI=0.0473928;REFB=-0.0291645;REVB=-0.0283331;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669221;STB=0.503931;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0625795;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:10:13:8:6:10:13 chr19 10273372 . T C 82.59 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00123101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2839;QD=9.17626;RBI=0.00254161;REFB=0.00526786;REVB=0.0022236;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548521;STB=0.533274;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0222286;OID=.;OPOS=10273372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:8:17:7:4:8:17 chr19 10291181 . T C 238.25 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0124767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.282;QD=16.1526;RBI=0.0170071;REFB=-0.0191771;REVB=0.0115575;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985619;STB=0.547135;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0372259;OID=.;OPOS=10291181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:12:15:14:17:12:15:15:17 chr19 10370444 . A C 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.121;QD=52.6023;RBI=0.00845014;REFB=0;REVB=0.00845014;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26486e-05;OID=.;OPOS=10370444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:22:0:0:0:22:0:0:0 chr19 10426422 . A C 74.49 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0114981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.741;QD=22.9187;RBI=0.0153717;REFB=-0.00439411;REVB=-0.0102021;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00234534;OID=.;OPOS=10426422;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr19 10426628 . T C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6035;QD=40.7528;RBI=0.104248;REFB=0;REVB=-0.075673;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66379e-05;OID=.;OPOS=10426628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr19 10427493 . AG A 47.4 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0912321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5491;QD=11.8496;RBI=0.141535;REFB=-0.124377;REVB=0.108207;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.315927;SSSB=-0.128818;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=del;VARB=0.149912;OID=.;OPOS=10427494;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:16:8:16:8:2:6:3:5:39:8:2:6:3:5 chr19 10449392 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00272461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.985;QD=19.1804;RBI=0.0114915;REFB=-0.0260872;REVB=0.0111638;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.019678;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr19 10469919 . G A 178.18 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00566231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.121;QD=14.8487;RBI=0.0191613;REFB=-0.0094641;REVB=-0.0183055;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136499;STB=0.578864;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.018092;OID=.;OPOS=10469919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:13:16:8:11:13:16 chr19 10475652 . C A 226.66 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0759554;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.619;QD=20.1475;RBI=0.0775426;REFB=-0.0202256;REVB=0.0156086;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118061;STB=0.584404;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0165469;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:23:22:22:0.488889:14:8:6:18:14:8:5:18 chr19 10579866 . T C 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0823662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3975;QD=11.0988;RBI=0.0823699;REFB=0.00676461;REVB=0.000782436;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0570754;OID=.;OPOS=10579866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:9:10:7:7:0.411765:5:2:3:6:5:2:4:6 chr19 10610564 . T C 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0582396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.333;QD=5.717;RBI=0.0613568;REFB=-0.0128185;REVB=-0.0193081;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855259;STB=0.555418;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0452892;OID=.;OPOS=10610564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:4:4:16:12:4:4:16:12 chr19 10659659 . C T 372.34 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0226406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.048;QD=15.1975;RBI=0.0266074;REFB=-0.015678;REVB=-0.013977;RO=58;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036075;STB=0.520398;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0443607;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:20:20:27:31:20:20:27:31 chr19 10665951 . GC CT 42.34 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00359768;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.219;QD=11.2904;RBI=0.00583407;REFB=-0.00666039;REVB=-0.00459272;RO=8;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633251;STB=0.578664;STBP=0.814;TYPE=mnp;VARB=0.065618;OID=.;OPOS=10665951;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:8:8:4:5:0.333333:4:0:1:7:4:1:1:7 chr19 10668383 . T C 55.75 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0407094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.241;QD=8.57745;RBI=0.0560625;REFB=-0.0135944;REVB=-0.0385454;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.726764;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0319538;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:14:18:8:8:0.307692:5:3:9:5:5:3:13:5 chr19 10668452 . A G 152.41 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2939;QD=43.5459;RBI=0.0464312;REFB=0;REVB=-0.039532;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00643508;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr19 10670184 . C G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0301643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.526;QD=14.6971;RBI=0.0342628;REFB=-0.0161155;REVB=-0.0162497;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584954;STB=0.53355;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0254991;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:14:16:10:11:14:16 chr19 10670992 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0222964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.341;QD=22.5808;RBI=0.0228488;REFB=0.00713953;REVB=-0.00499371;RO=7;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124658;STB=0.571299;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00545192;OID=.;OPOS=10670992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:2:10:5:2:2:10:5:2 chr19 10676423 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00793545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.315;QD=17.9561;RBI=0.0380854;REFB=-0.00382321;REVB=0.0372496;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194683;STB=0.511097;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00343406;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:12:5:5:11:12:5 chr19 10683477 . A G 865.47 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.196;QD=57.6983;RBI=0.0259554;REFB=0;REVB=0.0160152;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46461e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:34:21:0:0:37:23:0:0 chr19 10692000 . T C 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00773777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.732;QD=23.6163;RBI=0.0238784;REFB=-0.0140038;REVB=-0.0225899;RO=23;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122477;STB=0.567526;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00668225;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:21:12:12:11:21:12:12:11 chr19 10736346 . G A 181.16 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00231479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.695;QD=16.4691;RBI=0.0236559;REFB=-0.00651624;REVB=0.0235424;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743284;STB=0.542668;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0175618;OID=.;OPOS=10736346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:14:11:7:12:14:11 chr19 10738639 . C T 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1572;QD=59.0067;RBI=0.033005;REFB=0;REVB=-0.0283111;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592498;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr19 10742170 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6512;QD=57.6772;RBI=0.0455004;REFB=0;REVB=-0.0381196;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000910708;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr19 10794630 . G T 1767.54 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.152;QD=60.9498;RBI=0.032797;REFB=0;REVB=0.0141751;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28944e-05;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:55:61:0:0:55:61:0:0 chr19 10939792 . T C 618.84 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=46;FWDB=-0.00352768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.767;QD=22.5031;RBI=0.00683144;REFB=-0.0107515;REVB=-0.00585014;RO=49;SAF=14;SAR=47;SRF=3;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221772;STB=0.619672;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00906797;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:47:14:3:46:47:14:3:46 chr19 10943338 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00321133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.771;QD=11.8306;RBI=0.00533165;REFB=-0.0137228;REVB=0.00425604;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256069;STB=0.6519;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0179726;OID=.;OPOS=10943338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:7:11:4:7:7:11 chr19 10961219 . G C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00768045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.324;QD=21.1302;RBI=0.0078575;REFB=-0.0154727;REVB=-0.00165859;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229077;STB=0.627798;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00892008;OID=.;OPOS=10961219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:5:16:11:11:5:16 chr19 11015679 . C T 66.8 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00967145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6474;QD=12.724;RBI=0.0549683;REFB=-0.009952;REVB=0.0541108;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0153036;OID=.;OPOS=11015679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:6:6:6:3:6:6 chr19 11031127 . G A 271.0 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0485519;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.095;QD=19.0172;RBI=0.0486415;REFB=-0.0352281;REVB=0.00295103;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263434;STB=0.6471;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0289289;OID=.;OPOS=11031127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:10:19:10:18:10:19:10:18 chr19 11034846 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0927528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.199;QD=9.75993;RBI=0.0948265;REFB=-0.00666968;REVB=-0.0197224;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00308652;OID=.;OPOS=11034846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:7:5:2:5:7:5 chr19 11105608 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0673446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.881;QD=12.3289;RBI=0.0695893;REFB=-0.00637902;REVB=0.0175323;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136212;STB=0.5805;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0134464;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:7:10:5:6:7:10 chr19 11224265 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0144128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.809;QD=11.8145;RBI=0.0158394;REFB=-0.0176341;REVB=0.00656941;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147588;STB=0.561308;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0291411;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:8:5:11:10:8:5:11:12 chr19 11226800 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00755128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.59;QD=14.1699;RBI=0.0190208;REFB=-0.0140423;REVB=0.0174577;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0156601;OID=.;OPOS=11226800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:6:6:6:4:6:6 chr19 11233941 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.683;QD=45.8068;RBI=0.0468637;REFB=0;REVB=-0.0298773;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64448e-05;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 11242044 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.257;QD=61.3362;RBI=0.0266996;REFB=0;REVB=0.0240608;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213605;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr19 11242765 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3291;QD=46.847;RBI=0.0638293;REFB=0;REVB=-0.0208868;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00325623;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:8:4:0:0:9:6:0:0 chr19 11303422 . G A 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00219613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.946;QD=9.84296;RBI=0.0139292;REFB=-0.0125384;REVB=-0.0137549;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799994;STB=0.548916;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0266808;OID=.;OPOS=11303422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:15:5:2:8:15:5 chr19 11303469 . C CA,G 176.53 PASS AF=0.294118,0.647059;AO=2,2;DP=17;FAO=5,11;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=1,7;FSAR=4,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.040238,-0.0220578;FXX=0;HRUN=2,12;LEN=1,1;MLLD=177.031,157.298;QD=41.5366;RBI=0.0421523,0.0252968;REFB=0.0316989,0.149418;REVB=0.0125587,0.0123847;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.66592,0.533274;STBP=0.243,0.64;TYPE=ins,snp;VARB=0.0111636,-0.00589725;OID=.,.;OPOS=11303470,11303469;OREF=-,C;OALT=A,G;OMAPALT=CA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:17:17:0:1:2,2:5,11:0.294118,0.647059:2,1:0,1:0:0:4,4:1,7:1:0 chr19 11303554 . A G 193.22 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0204694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7213;QD=13.8016;RBI=0.0730393;REFB=0.000622224;REVB=-0.0701124;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309859;STB=0.65844;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0037896;OID=.;OPOS=11303554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:14:8:22:11:14:9:22:11 chr19 11303943 . A G 176.2 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000344766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5708;QD=20.7295;RBI=0.00302405;REFB=-0.0154128;REVB=0.00300433;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196754;STB=0.610988;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0125188;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:6:10:7:11:6:10 chr19 11304404 . C T 188.14 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0149129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6648;QD=22.1336;RBI=0.104828;REFB=0.00371981;REVB=0.103761;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168412;STB=0.603178;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000346666;OID=.;OPOS=11304404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:18:19:0.558824:7:11:12:3:8:11:12:3 chr19 11304498 . C T 241.18 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0480581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4406;QD=21.9258;RBI=0.0829336;REFB=0.00625981;REVB=0.06759;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469798;STB=0.526293;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00251804;OID=.;OPOS=11304498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:13:8:10:13:13:8 chr19 11305161 . A G 189.68 PASS AF=0.396552;AO=20;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0030905;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.25;QD=13.0815;RBI=0.00770361;REFB=-0.0162842;REVB=0.00705652;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199623;STB=0.548151;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0257888;OID=.;OPOS=11305161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:35:20:23:0.396552:7:13:17:19:10:13:17:18 chr19 11314748 . C T 91.95 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00131289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.726;QD=17.5145;RBI=0.00209585;REFB=-0.0101229;REVB=0.00163368;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263859;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0188502;OID=.;OPOS=11314748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:21:21:8:9:9:9:0.428571:2:7:4:4:2:7:5:4 chr19 11314807 . CTGGGGATGAGGAG C 48.32 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0156769;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=13;MLLD=304.333;QD=9.20411;RBI=0.0173177;REFB=-0.0198022;REVB=0.00735798;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34828;STB=0.749167;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=0.0782573;OID=.;OPOS=11314808;OREF=TGGGGATGAGGAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:24:7:21:14:6:1:8:6:48:14:5:1:8:6 chr19 11319491 . G A 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0668072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8616;QD=11.2549;RBI=0.0685484;REFB=-0.00382457;REVB=0.0153517;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242422;STB=0.64255;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0189138;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:2:10:5:3:2:10 chr19 11326119 . A G 164.6 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000231813;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.58;QD=19.9518;RBI=0.0226392;REFB=-0.0221321;REVB=0.022638;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181454;STB=0.602717;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0184743;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:10:6:10:7:10:6 chr19 11326125 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0282315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.599;QD=20.0176;RBI=0.0299297;REFB=-0.0221724;REVB=0.00993821;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123057;STB=0.569543;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.020203;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:10:7:10:8:10:7 chr19 11327608 . T C 345.24 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715349;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.733;QD=55.239;RBI=0.0158674;REFB=0;REVB=0.0141634;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814042;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr19 11327626 . A G 464.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8022;QD=58.1193;RBI=0.0155618;REFB=0;REVB=-0.000408975;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143059;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr19 11332570 . T A 770.99 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.377;QD=64.2494;RBI=0.107068;REFB=0;REVB=0.105654;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327823;OID=.;OPOS=11332570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:17:25:0:0:23:25:0:0 chr19 11347493 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00184678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.027;QD=17.8275;RBI=0.00289623;REFB=-0.00323507;REVB=-0.00223105;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10822;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00334999;OID=.;OPOS=11347493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:5:6:8:4:5:6 chr19 11348911 . A G 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0943154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.503;QD=36.3441;RBI=0.101026;REFB=0.0147654;REVB=-0.0362067;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000240028;OID=.;OPOS=11348911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr19 11350340 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.843;QD=57.6802;RBI=0.0575767;REFB=0;REVB=0.00985947;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233925;OID=.;OPOS=11350340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr19 11350488 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00874774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.104;QD=15.6504;RBI=0.0231136;REFB=-0.0420102;REVB=-0.0213943;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570481;STB=0.532831;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0398058;OID=.;OPOS=11350488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:13:8:7:9:13:8 chr19 11362874 . C A 233.09 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0111236;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.332;QD=23.3092;RBI=0.0122296;REFB=-0.0303404;REVB=0.00508205;RO=18;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324924;STB=0.684021;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0308868;OID=.;OPOS=11362874;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:4:18:9:9:4:18:9:9 chr19 11411868 . C A 453.49 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0132359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2747;QD=19.7168;RBI=0.0263944;REFB=-0.0132645;REVB=-0.0228358;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404958;STB=0.522486;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0138788;OID=.;OPOS=11411868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:24:21:24:23:24:21:24:23 chr19 11465316 . G C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.346;QD=58.1383;RBI=0.0531594;REFB=0;REVB=-0.0443904;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119904;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 11508177 . G A 243.43 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0120229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.023;QD=15.456;RBI=0.0356577;REFB=-0.0344257;REVB=0.0335697;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260061;STB=0.634831;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0295306;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:13:14:9:26:14:14:9:26 chr19 11526759 . G A 828.42 PASS AF=0.954545;AO=60;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0170813;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.77;QD=50.207;RBI=0.114354;REFB=-0.235669;REVB=0.113071;RO=6;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855308;STB=0.521732;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0201241;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:66:6:3:60:63:0.954545:30:30:0:6:33:30:0:3 chr19 11526765 . G T 270.76 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0182906;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.692;QD=16.9225;RBI=0.0225506;REFB=-0.0031386;REVB=0.0131903;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236051;STB=0.629545;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00386025;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:29:30:0.46875:12:17:11:22:12:18:12:22 chr19 11569316 . G A 191.41 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0451974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4486;QD=22.5182;RBI=0.0894796;REFB=-0.0742763;REVB=0.0772256;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0513831;OID=.;OPOS=11569316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:7:8:9:10:7:8 chr19 11598483 . T C 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0246512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.194;QD=16.8946;RBI=0.0250157;REFB=-0.0105675;REVB=0.00425489;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257576;STB=0.514463;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0122226;OID=.;OPOS=11598483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:13:19:21:16:13:19:21:16 chr19 11660538 . G T 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.00967904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.01;QD=14.0942;RBI=0.0307811;REFB=-0.0357551;REVB=0.0292197;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320425;STB=0.681594;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0353007;OID=.;OPOS=11660538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:2:16:8:5:2:16 chr19 11664068 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.769;QD=49.5992;RBI=0.0717351;REFB=0;REVB=0.0663076;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409252;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr19 11708464 . G C 321.47 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0418731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.293;QD=23.8125;RBI=0.0658039;REFB=0.0204757;REVB=0.0507621;RO=21;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210983;STB=0.624922;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0127133;OID=.;OPOS=11708464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:20:12:14:7:20:12:15:7 chr19 11891003 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.939;QD=55.0986;RBI=0.0473662;REFB=0;REVB=0.0464103;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320312;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr19 11943697 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.598;QD=50.4134;RBI=0.0149685;REFB=0;REVB=0.00931721;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104417;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 11979254 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0255399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.28;QD=15.8391;RBI=0.0255813;REFB=0.00538644;REVB=-0.00145399;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363249;STB=0.705493;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00712161;OID=.;OPOS=11979254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:0:7:5:3:0:7 chr19 12128726 . T C 168.97 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0275365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.235;QD=14.3805;RBI=0.0280604;REFB=-0.00700763;REVB=-0.00539655;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150511;STB=0.570064;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0191014;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:18:19:0.404255:9:9:18:10:9:10:18:10 chr19 12187020 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0119222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.721;QD=19.6972;RBI=0.0199459;REFB=-0.0241208;REVB=-0.0159906;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146473;STB=0.582703;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0220479;OID=.;OPOS=12187020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:9:13:9:12:9:13 chr19 12222381 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.906;QD=58.5878;RBI=0.0375607;REFB=0;REVB=0.0374725;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5288e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 12256358 . T G 378.48 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379071;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.746;QD=54.0685;RBI=0.038009;REFB=0;REVB=0.0027808;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535299;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:28:1:0:27:28:1:13:14:1:0:13:15:0:0 chr19 12541214 . G T 601.7 PASS AF=0.931818;AO=43;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0183346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9194;QD=54.6996;RBI=0.113276;REFB=-0.031702;REVB=-0.111782;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.538443;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00138221;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:1:3:43:41:0.931818:23:20:1:0:23:18:3:0 chr19 12541532 . C A 820.09 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.376;QD=56.5577;RBI=0.017483;REFB=0;REVB=-0.010304;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011495;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:23:35:0:0 chr19 12541542 . C T 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.008;QD=56.9298;RBI=0.0306406;REFB=0;REVB=0.0183418;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92077e-06;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr19 12541544 . A C 710.77 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145042;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.407;QD=54.6746;RBI=0.0316096;REFB=-0.23333;REVB=0.0280856;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218935;STB=0.511623;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00215976;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:21:30:0:1:21:30:0:1 chr19 12541795 . C A 726.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121405;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.614;QD=57.0076;RBI=0.0135754;REFB=0;REVB=-0.00607448;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80216e-05;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr19 12542355 . A G 708.05 PASS AF=0.9;AO=54;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00734084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.638;QD=47.2034;RBI=0.0376274;REFB=-0.0418408;REVB=0.0369044;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050898;STB=0.541132;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000559998;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:60:2:6:54:54:0.9:23:31:1:1:23:31:1:5 chr19 12542653 . TT GA 838.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342604;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=2;MLLD=270.939;QD=57.8161;RBI=0.0376497;REFB=0;REVB=0.0156117;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.63798e-05;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr19 12551715 . A C 444.83 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.619;QD=57.3977;RBI=0.119755;REFB=0;REVB=0.0270215;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658746;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27:31:1:13:14:0:0:13:18:0:0 chr19 12692001 . G A 154.72 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00534244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.068;QD=14.7352;RBI=0.00608668;REFB=-0.00183494;REVB=-0.0029165;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231386;STB=0.633456;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00298378;OID=.;OPOS=12692001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:9:16:7:10:9:16 chr19 13008607 . G T 2833.19 PASS AF=1;AO=153;DP=184;FAO=181;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016789;FXX=0.0163035;HRUN=7;LEN=1;MLLD=318.001;QD=62.612;RBI=0.0169042;REFB=0;REVB=-0.00197042;RO=1;SAF=74;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427637;OID=.;OPOS=13008607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:181:1:0:153:181:1:79:74:0:1:97:84:0:0 chr19 13010520 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.253;QD=56.9383;RBI=0.020847;REFB=0;REVB=0.00288888;RO=0;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15555e-05;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:41:12:0:0:41:12:0:0 chr19 13387904 . A G 76.19 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0118887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.849;QD=12.1903;RBI=0.0126981;REFB=-0.00999559;REVB=0.00446107;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302009;STB=0.691952;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00774217;OID=.;OPOS=13387904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:14:15:10:10:0.4:4:6:4:10:4:6:4:11 chr19 13414594 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00707436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.601;QD=10.542;RBI=0.0199992;REFB=-0.0094426;REVB=-0.0187062;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239904;STB=0.649023;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0294515;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:1:10:17:4:1:10:17:4 chr19 13445208 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.496;QD=61.6806;RBI=0.0394675;REFB=0;REVB=0.0327473;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203425;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr19 13868669 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1519;QD=62.0197;RBI=0.0157374;REFB=0;REVB=0.00758501;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133945;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr19 13885309 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00758773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.248;QD=15.1718;RBI=0.0363766;REFB=-0.00567713;REVB=0.0355764;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230205;STB=0.631437;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0172684;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:18:6:8:9:18:6 chr19 13885484 . A G 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00395852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7748;QD=23.2617;RBI=0.0214408;REFB=0.0055097;REVB=0.0210722;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.565161;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00414353;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:8:11:10:13:8:11 chr19 13900981 . G A 266.66 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.030658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8422;QD=13.5015;RBI=0.034356;REFB=0.00337254;REVB=0.0155056;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116795;STB=0.56646;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0078359;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:15:16:30:18:15:16:30:18 chr19 13936385 . C T 235.81 PASS AF=0.52;AO=23;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0758756;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.866;QD=18.8648;RBI=0.0813689;REFB=-0.0143108;REVB=0.0293903;RO=21;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224011;STB=0.536813;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0255893;OID=.;OPOS=13936385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:21:24:23:26:0.52:5:18:12:9:8:18:15:9 chr19 13941597 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00257586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.4;QD=26.6015;RBI=0.0358635;REFB=-0.00924246;REVB=0.0357709;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12621;STB=0.571264;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00591557;OID=.;OPOS=13941597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:0:2:6:2:0:2 chr19 13942221 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9885;QD=48.7372;RBI=0.0779375;REFB=0;REVB=-0.0664049;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00387514;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr19 13947292 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.958;QD=52.6131;RBI=0.034157;REFB=0;REVB=0.0133866;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101768;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 13988416 . A G 251.13 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.038097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6974;QD=19.6964;RBI=0.0763088;REFB=-0.0680399;REVB=-0.0661185;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941937;STB=0.552551;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0615473;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:8:17:15:11:8:17 chr19 14000170 . T C 206.15 PASS AF=0.376812;AO=23;DP=66;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.012615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3231;QD=11.9509;RBI=0.0203536;REFB=-0.00947751;REVB=0.0159728;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422462;STB=0.713227;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0144585;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:43:43:23:26:0.376812:15:8:32:11:16:10:32:11 chr19 14000400 . A G 298.07 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00968538;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.603;QD=15.6877;RBI=0.0180109;REFB=-0.0105692;REVB=-0.0151851;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501118;STB=0.515142;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0171396;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:43:33:33:0.434211:16:17:20:23:16:17:21:22 chr19 14000870 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0192763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.043;QD=14.27;RBI=0.0198541;REFB=-0.0193728;REVB=0.00475494;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333165;STB=0.6895;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0283125;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:22:11:16:8:22:11 chr19 14015711 . C A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.117381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0122;QD=10.5415;RBI=0.117396;REFB=0.000801285;REVB=-0.00183318;RO=21;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279205;STB=0.671289;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000796171;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:2:9:13:8:2:9:13:8 chr19 14030689 . T C 143.2 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00523519;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9317;QD=20.4571;RBI=0.054686;REFB=-0.00441282;REVB=0.0544348;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759351;STB=0.555485;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00857338;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:13:15:15:0.535714:5:10:9:3:5:10:10:3 chr19 14073264 . GC CG 31.53 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0542923;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=2;MLLD=108.745;QD=2.8668;RBI=0.0585447;REFB=-0.00455313;REVB=-0.0219051;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282973;STB=0.706282;STBP=0.349;TYPE=mnp;VARB=0.192349;OID=.;OPOS=14073264;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:45:44:36:37:6:6:0.136364:1:5:23:13:1:5:24:13 chr19 14083761 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5234;QD=39.2067;RBI=0.103715;REFB=0;REVB=0.0961156;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385013;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 14141076 . A G 38.56 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=0.0354404;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.453;QD=2.2355;RBI=0.036752;REFB=-0.0121103;REVB=0.00973077;RO=61;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266069;STB=0.711228;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0565662;OID=.;OPOS=14141076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:69:61:61:8:8:0.115942:7:1:17:44:7:1:17:44 chr19 14185226 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.036;QD=49.5991;RBI=0.0194466;REFB=0;REVB=0.015959;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48686e-05;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 14199911 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0173542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.407;QD=19.4209;RBI=0.0233948;REFB=-0.0308248;REVB=0.0156891;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390184;STB=0.521724;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0314982;OID=.;OPOS=14199911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:12:17:17:10:12:17:17:10 chr19 14200109 . T C 34.53 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00227719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0167;QD=6.00557;RBI=0.0243031;REFB=-0.0277162;REVB=-0.0241962;RO=16;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472426;STB=0.721525;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0726971;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:22:23:16:17:5:6:0.26087:4:1:10:6:4:2:11:6 chr19 14231325 . C G 351.08 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0246252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8295;QD=18.0043;RBI=0.0462017;REFB=-0.0552052;REVB=-0.0390921;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793384;STB=0.524217;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0409525;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:37:40:37:38:0.487179:23:14:11:26:24:14:13:27 chr19 14231330 . A G 334.25 PASS AF=0.45;AO=37;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0191962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4036;QD=16.7125;RBI=0.0386621;REFB=-0.0144186;REVB=-0.0335599;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710797;STB=0.55536;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0164044;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:37:36:0.45:23:14:13:29:22:14:13:31 chr19 14259846 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.119159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3594;QD=14.6507;RBI=0.121521;REFB=0.00921161;REVB=-0.023845;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333798;STB=0.691819;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000877675;OID=.;OPOS=14259846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:0:5:4:2:0:5 chr19 14268799 . G A 466.42 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.024964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2457;QD=22.4782;RBI=0.0365874;REFB=-0.0212064;REVB=-0.0267476;RO=38;SAF=25;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900198;STB=0.549576;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0118182;OID=.;OPOS=14268799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:20:25:17:21:20:25:17:21 chr19 14273641 . A G 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0129224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.426;QD=23.8545;RBI=0.0132281;REFB=-0.0257887;REVB=0.00282704;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353157;STB=0.519411;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0193737;OID=.;OPOS=14273641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:23:14:11:15:23:14:11:15 chr19 14512488 . C CA 74.37 PASS AF=0.555556;AO=2;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.041952;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.7535;QD=16.5266;RBI=0.0427972;REFB=-0.00902594;REVB=0.0084635;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417587;STB=0.666417;STBP=0.34;TYPE=ins;VARB=0.0418583;OID=.;OPOS=14512489;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:2:18:10:18:8:2:8:0:8:55:16:0:2:2:14 chr19 14512489 . G A 56.91 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0858424;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=79.6232;QD=12.6474;RBI=0.0882907;REFB=-0.00626519;REVB=0.0206478;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403398;STB=0.726902;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0194336;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:0:10:6:2:0:10 chr19 14561722 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0405;QD=33.4285;RBI=0.112342;REFB=0;REVB=0.029123;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00798217;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 14581651 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000599249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.555;QD=18.1185;RBI=0.0213284;REFB=-0.00412037;REVB=0.02132;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351087;STB=0.700371;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00629091;OID=.;OPOS=14581651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:13:5:13:7:13:5:13:7 chr19 14582468 . G A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0143093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.607;QD=16.4527;RBI=0.0320419;REFB=-0.0502781;REVB=0.0286693;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0377792;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr19 14589378 . C T 220.57 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0133619;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.827;QD=16.0414;RBI=0.0164072;REFB=-0.0167257;REVB=0.00952134;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257986;STB=0.641384;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0242201;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:30:25:25:0.454545:20:5:12:17:20:5:12:18 chr19 14590236 . C T 374.82 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0211123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8571;QD=26.303;RBI=0.0333695;REFB=-0.0220993;REVB=0.0258417;RO=20;SAF=19;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180542;STB=0.60574;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0172692;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:21:36:36:0.631579:17:19:5:15:17:19:5:16 chr19 14600305 . C T 409.78 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0445739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8262;QD=51.2226;RBI=0.0588929;REFB=-0.00090274;REVB=-0.0384908;RO=2;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00172613;OID=.;OPOS=14600305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:20:10:0:2:20:10:0:2 chr19 14600563 . T C 207.03 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062058;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.878;QD=48.7131;RBI=0.00647256;REFB=0;REVB=0.00183903;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80728e-05;OID=.;OPOS=14600563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr19 14626567 . C G 265.84 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0095288;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.388;QD=13.46;RBI=0.00953283;REFB=-0.0244512;REVB=0.000277061;RO=47;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258586;STB=0.625449;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0219832;OID=.;OPOS=14626567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:47:48:30:31:0.392405:21:9:25:22:21:10:25:23 chr19 14626911 . A G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0140747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.037;QD=13.7471;RBI=0.0180275;REFB=-0.0187463;REVB=-0.0112648;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303562;STB=0.501741;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0218615;OID=.;OPOS=14626911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:13:9:13:19:13:9:13:19 chr19 14640399 . G C 77.31 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0171442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.545;QD=13.4445;RBI=0.0173531;REFB=-0.00663724;REVB=0.00268488;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411634;STB=0.737298;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00647889;OID=.;OPOS=14640399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:2:11:4:6:2:11 chr19 14640435 . T C 153.12 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0065891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2079;QD=13.6104;RBI=0.0117076;REFB=-0.0198137;REVB=-0.00967733;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44846;STB=0.740503;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0389662;OID=.;OPOS=14640435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:16:17:0.377778:6:10:5:22:7:10:5:23 chr19 14682804 . G C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00640168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.883;QD=18.0352;RBI=0.00862676;REFB=-0.0148529;REVB=0.00578268;RO=27;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386939;STB=0.722987;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0254141;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:18:4:14:13:18:4:14:13 chr19 14698416 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0158343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.711;QD=11.103;RBI=0.197763;REFB=-0.00181612;REVB=-0.197128;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00987498;OID=.;OPOS=14698416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:5:5:3:4:5:5 chr19 14699452 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00741677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.006;QD=20.5465;RBI=0.00744975;REFB=-0.0181696;REVB=-0.000700189;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202845;STB=0.613538;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0108203;OID=.;OPOS=14699452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:6:16:11:11:6:16 chr19 14705509 . T C 212.59 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0192471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.533;QD=14.4128;RBI=0.034187;REFB=-0.00938008;REVB=-0.0282542;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149201;STB=0.584838;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0154265;OID=.;OPOS=14705509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:20:14:14:11:20:14 chr19 14752325 . C T 253.69 PASS AF=0.375;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0180658;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.321;QD=12.6844;RBI=0.0269655;REFB=-0.0133721;REVB=-0.0200191;RO=46;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246945;STB=0.656143;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0266511;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:50:30:30:0.375:9:21:22:24:9:21:23:27 chr19 14758168 . G A 71.92 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0211934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6783;QD=19.179;RBI=0.0256766;REFB=-0.093343;REVB=0.0144958;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0182444;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:15:5:6:9:9:0.6:3:6:2:3:3:6:3:3 chr19 14769339 . C G 2574.33 PASS AF=0.982558;AO=167;DP=170;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=133;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0689109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.615;QD=59.8682;RBI=0.0746444;REFB=-0.170939;REVB=0.0286892;RO=1;SAF=131;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361949;STB=0.503118;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00150025;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:170:172:1:3:167:169:0.982558:36:131:1:0:36:133:2:1 chr19 14817548 . T A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9193;QD=62.3506;RBI=0.0184752;REFB=0;REVB=0.0177377;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331663;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 14829749 . C T 257.93 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0191524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.089;QD=18.4235;RBI=0.0437978;REFB=-0.0233192;REVB=-0.0393883;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638041;STB=0.535689;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0187296;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:13:15:13:15:13:15 chr19 14862430 . C G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0432;QD=62.02;RBI=0.0450133;REFB=0;REVB=0.0263649;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403214;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr19 14877043 . C T 800.5 PASS AF=0.509434;AO=81;DP=162;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0575027;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.672;QD=20.1385;RBI=0.0575041;REFB=0.00187063;REVB=0.000402342;RO=80;SAF=51;SAR=30;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753323;STB=0.546772;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00172194;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:159:80:78:81:81:0.509434:30:51:44:36:30:51:42:36 chr19 14910210 . C G 235.39 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0141459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.438;QD=13.2611;RBI=0.0443836;REFB=-0.0262658;REVB=-0.0420689;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628846;STB=0.500505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0351747;OID=.;OPOS=14910210;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:43:28:28:0.394366:13:15:18:20:13:15:23:20 chr19 14910321 . A G 251.33 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0378063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5077;QD=20.5165;RBI=0.10482;REFB=-0.0362131;REVB=-0.0977644;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127161;STB=0.57137;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0350896;OID=.;OPOS=14910321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:9:16:12:12:9:16 chr19 14910438 . C T 531.4 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.793;QD=59.044;RBI=0.0227916;REFB=0;REVB=0.0226169;RO=0;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56722e-05;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:30:3:0:0:32:4:0:0 chr19 14910573 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.03;QD=53.2771;RBI=0.0430199;REFB=0;REVB=0.0157658;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192471;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 14938616 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.835;QD=55.0911;RBI=0.0324871;REFB=0;REVB=-0.0312742;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135259;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr19 14951898 . G T 98.39 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0817357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.219;QD=14.055;RBI=0.0822877;REFB=-0.0112976;REVB=0.00951481;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256532;STB=0.666349;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0190859;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:11:12:0.428571:9:2:6:10:10:2:6:10 chr19 14974930 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.57;QD=62.9816;RBI=0.023547;REFB=0;REVB=0.00991047;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26074e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr19 14975040 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0122031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.946;QD=6.01599;RBI=0.0123057;REFB=-0.00169214;REVB=0.00158573;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187877;STB=0.621021;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00607734;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:9:13:3:4:9:13 chr19 14991643 . G A 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00618927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.879;QD=28.7636;RBI=0.0146177;REFB=-0.00665874;REVB=0.0132427;RO=9;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195052;STB=0.608574;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00349808;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:14:5:5:4:14:5:5:4 chr19 15052983 . T TATC 549.78 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0115013;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.021;QD=48.8692;RBI=0.0146229;REFB=-0.034291;REVB=0.00903059;RO=8;SAF=14;SAR=25;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889244;STB=0.543456;STBP=0.179;TYPE=ins;VARB=0.00465201;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:39:47:39:45:6:14:25:4:2:33:8:14:25:5:3 chr19 15083692 . GC G,GA 335.59 PASS AF=0.08,0.92;AO=6,18;DP=24;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202979,0.0238468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.697,254.328;QD=53.6949;RBI=0.0331422,0.0571372;REFB=0,0;REVB=0.0261992,0.0519229;RO=0;SAF=0,7;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0262798,0.00174341;OID=.,.;OPOS=15083693,15083693;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.08,0.92:6,18:24:2,23:25:0:1,7:1,16:0:0:10:0:0,7:6,11:0:0 chr19 15122045 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.107;QD=33.4285;RBI=0.108253;REFB=0;REVB=0.0994487;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509585;OID=.;OPOS=15122045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 15131330 . G A 82.48 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00771167;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1496;QD=17.3633;RBI=0.0428947;REFB=-0.00474027;REVB=-0.0421958;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00580125;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr19 15133762 . G C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5163;QD=58.5999;RBI=0.0632112;REFB=0;REVB=-0.0395852;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471875;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr19 15133787 . C A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0150606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.303;QD=17.2469;RBI=0.0322569;REFB=-0.00784909;REVB=0.0285252;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021365;STB=0.528758;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0148891;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:13:8:9:16:13:8:9:18 chr19 15198263 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.269;QD=48.7372;RBI=0.0193523;REFB=0;REVB=0.0176012;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299602;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 15233581 . C A 188.85 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00303375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.48;QD=20.9831;RBI=0.00312339;REFB=-0.0291307;REVB=-0.000742908;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126496;STB=0.581311;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0290919;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:9:9:6:11:9:10:6:11 chr19 15256078 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0235283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.274;QD=16.1191;RBI=0.0262978;REFB=-0.00566045;REVB=0.0117472;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122788;STB=0.571306;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0102558;OID=.;OPOS=15256078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:7:6:4:8:7:6 chr19 15271135 . T G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.585;QD=23.2184;RBI=0.105459;REFB=-0.0953414;REVB=0.00770393;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00129682;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr19 15278057 . A G 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0056758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.551;QD=55.8048;RBI=0.032977;REFB=-0.0158324;REVB=-0.0324849;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=1.90609e-05;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:1:0:27:32:1:0 chr19 15285052 . T C 137.59 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.527;QD=39.3117;RBI=0.0532231;REFB=-0.0274448;REVB=0.0504356;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00871487;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:4:9:0:0:4:9:1:0 chr19 15292436 . CT C,CC 553.34 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,32;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067489,0.0784242;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.88,123.326;QD=59.8208;RBI=0.0682489,0.0784289;REFB=0,0;REVB=-0.0101562,-0.000854293;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0317503,0.00153199;OID=.,.;OPOS=15292437,15292437;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:4,32:37:1,36:37:0:0,23:1,13:0:0:5:0:4,19:0,13:0:0 chr19 15295134 . G A 221.98 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00946312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8108;QD=14.5558;RBI=0.014414;REFB=-0.0110174;REVB=-0.0108725;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639505;STB=0.53637;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0131172;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:17:18:15:11:17:18 chr19 15302844 . T C 243.9 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225921;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.079;QD=51.3478;RBI=0.02745;REFB=0;REVB=0.0155917;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001882;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr19 15303225 . G A 196.48 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0261057;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.374;QD=17.465;RBI=0.0301204;REFB=-0.0341832;REVB=0.0150243;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188157;STB=0.597601;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0276873;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:7:13:11:13:7:13:12:13 chr19 15350594 . G A 34.98 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.9769;QD=23.3227;RBI=0.113201;REFB=-0.115518;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0394967;OID=.;OPOS=15350594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:0:5:0:0:0:5:1:0 chr19 15508362 . G C 1358.53 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000317055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.088;QD=62.4612;RBI=0.00489;REFB=0;REVB=-0.00487971;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79775e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr19 15533821 . A G 154.84 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0020092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9221;QD=22.939;RBI=0.00780678;REFB=-0.0316367;REVB=-0.0075438;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02165;STB=0.51218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.030174;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:3:8:12:4:3:8 chr19 15540462 . C CG,G 206.73 PASS AF=0.366071,0;AO=40,4;DP=113;FAO=41,0;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=13,0;FSAR=28,0;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0277339,-0.0305917;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=43.411,193.585;QD=7.38325;RBI=0.0346793,0.0372888;REFB=-0.013337,-0.0028273;REVB=-0.0208203,-0.0213214;RO=67;SAF=12,4;SAR=28,0;SRF=34;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.239892,0.480935;STB=0.608922,0.5;STBP=0.1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.185704,0;OID=.,.;OPOS=15540463,15540462;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:67:71:40,4:41,0:0.366071,0:28,0:12,4:34:33:28,0:13,0:34:37 chr19 15549939 . C T 289.62 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.091537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4864;QD=46.3391;RBI=0.108539;REFB=-0.0613175;REVB=0.0583237;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.535684;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00531204;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:13:10:0:1:13:10:0:2 chr19 15574858 . C T 346.21 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00057211;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.354;QD=21.9819;RBI=0.0108062;REFB=-0.0102353;REVB=0.010791;RO=28;SAF=24;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189853;STB=0.605175;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00729816;OID=.;OPOS=15574858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:11:24:13:15:11:24:13:15 chr19 15586672 . A T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0637551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.661;QD=10.1721;RBI=0.0665797;REFB=-0.0312632;REVB=0.0191873;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0345707;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr19 15587185 . C T 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.025752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.672;QD=11.971;RBI=0.0291603;REFB=-0.00614756;REVB=-0.0136807;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988031;STB=0.548868;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0115231;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:10:7:16:16:10:7:16:17 chr19 15587345 . T C 138.97 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00114107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.492;QD=16.3499;RBI=0.0154793;REFB=-0.0152689;REVB=0.0154372;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124769;STB=0.556384;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0153249;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:9:6:5:13:10:6:5:13 chr19 15726487 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0217112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.319;QD=18.767;RBI=0.0397032;REFB=-0.00243661;REVB=0.033241;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00227147;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr19 15729056 . C G 227.79 PASS AF=0.458333;AO=19;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00443407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.0685;QD=18.9829;RBI=0.0135104;REFB=-0.0419448;REVB=-0.0127621;RO=19;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317193;STB=0.519982;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0492075;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:25:19:22:0.458333:18:1:0:19:18:4:4:21 chr19 15730498 . G GC 1237.7 PASS AF=1;AO=76;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564381;FXX=0.0232531;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.1348;QD=58.9382;RBI=0.0633614;REFB=0;REVB=-0.0287993;RO=9;SAF=38;SAR=38;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000459585;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:87:84:84:0:42:42:0:0:7:9:38:38:4:5 chr19 15739597 . A C 500.39 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000122606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.365;QD=58.8688;RBI=0.007958;REFB=0;REVB=0.00795705;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16472e-05;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr19 15757927 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.948;QD=59.5015;RBI=0.0163291;REFB=0;REVB=-0.00682511;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74573e-05;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr19 15763721 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.031;QD=55.6054;RBI=0.0383171;REFB=0.150241;REVB=0.00234204;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000629476;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:0:1:34:24:0:1 chr19 15769379 . G C 385.34 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.281;QD=55.0492;RBI=0.0499149;REFB=0;REVB=0.00833996;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147803;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:15:13:0:0 chr19 15769529 . GC TT 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242043;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.332;QD=62.3509;RBI=0.0346827;REFB=0;REVB=0.0248403;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.51399e-05;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr19 15769625 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0534286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.391;QD=54.823;RBI=0.0535416;REFB=-0.11718;REVB=0.00347633;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000753414;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:1:0:25:25:1:0 chr19 15784061 . C A 471.49 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523967;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5386;QD=58.936;RBI=0.0525;REFB=0;REVB=-0.00329134;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389732;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:22:10:0:0 chr19 15784377 . C T 186.86 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0135775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.064;QD=19.6698;RBI=0.0153703;REFB=-0.0267786;REVB=0.00720383;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277714;STB=0.655587;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0153963;OID=.;OPOS=15784377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:4:15:9:10:4:15 chr19 15784386 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.547;QD=60.9773;RBI=0.0287147;REFB=0;REVB=0.0233597;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195386;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr19 15789098 . A G 932.57 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8633;QD=58.2856;RBI=0.0993506;REFB=0;REVB=0.0345887;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134059;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:23:40:0:0:23:41:0:0 chr19 15789140 . A G 1231.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109138;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.019;QD=61.5702;RBI=0.0161873;REFB=0;REVB=0.0119547;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22674e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr19 15791180 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.254;QD=64.1518;RBI=0.0294343;REFB=0;REVB=0.0292091;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98498e-05;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr19 15793235 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.807;QD=61.3754;RBI=0.028465;REFB=0;REVB=0.0272442;RO=0;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43203e-05;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:56:24:0:0:56:24:0:0 chr19 15807305 . T C 275.16 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00235231;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.561;QD=17.4703;RBI=0.0188018;REFB=0.0125;REVB=-0.018654;RO=33;SAF=21;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12946;STB=0.572903;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00980962;OID=.;OPOS=15807305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:9:21:19:14:9:21:19:14 chr19 15807830 . T C 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00836141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.004;QD=27.2319;RBI=0.0185269;REFB=-0.0187479;REVB=0.0165328;RO=17;SAF=17;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21955;STB=0.621477;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0143223;OID=.;OPOS=15807830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:9:17:6:11:9:17:6:11 chr19 15807884 . A G 526.61 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.058;QD=56.9312;RBI=0.070212;REFB=-0.0886467;REVB=-0.0545535;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00932072;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr19 15838972 . T A 342.76 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00947863;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.137;QD=16.5187;RBI=0.0175686;REFB=-0.0239708;REVB=-0.0147923;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156454;STB=0.555526;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.027416;OID=.;OPOS=15838972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:46:36:37:0.445783:19:17:25:14:19:18:27:19 chr19 15839081 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00415744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.81;QD=20.2682;RBI=0.00417994;REFB=-0.0269586;REVB=0.000433139;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0257238;OID=.;OPOS=15839081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:11:10:9:12:11:10 chr19 15839365 . C T 101.67 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00359335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9069;QD=16.9453;RBI=0.0437678;REFB=-0.0173021;REVB=0.04362;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402998;STB=0.6997;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0193026;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:23:24:12:12:11:12:0.5:4:7:2:10:5:7:2:10 chr19 15852223 . A C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0187813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1283;QD=12.1823;RBI=0.0570649;REFB=0.0332086;REVB=-0.0538857;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0520976;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:7:8:6:4:7:8 chr19 15852242 . C A 200.16 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0478443;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.268;QD=26.6881;RBI=0.0481945;REFB=-0.0210642;REVB=0.00579965;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.512532;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0128031;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:5:6:11:8:5:6 chr19 15852363 . G A 175.57 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0347369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.045;QD=14.9421;RBI=0.0355268;REFB=-0.0206881;REVB=0.00744984;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136183;STB=0.568467;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0277797;OID=.;OPOS=15852363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:18:19:0.404255:7:11:13:14:8:11:13:15 chr19 15852544 . C T 181.92 PASS AF=0.4;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.127035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2671;QD=13.2307;RBI=0.12724;REFB=0.000334935;REVB=-0.0072171;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057938;STB=0.53688;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00232831;OID=.;OPOS=15852544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:33:21:22:0.4:12:9:12:20:12:10:13:20 chr19 15853150 . C T 152.09 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00284929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0778;QD=30.4188;RBI=0.101971;REFB=-0.000507755;REVB=0.101931;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430914;OID=.;OPOS=15853150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:2:3:9:6:2:3 chr19 15881953 . A G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0014461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.993;QD=19.0786;RBI=0.00263948;REFB=-0.0254307;REVB=0.00220809;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985575;STB=0.554862;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0261673;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:18:13:17:15:18:13 chr19 15905002 . T C 207.03 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0401435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.904;QD=13.3565;RBI=0.044577;REFB=-0.0101734;REVB=-0.0193805;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142685;STB=0.519984;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0148232;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:12:12:18:19:12:13:18:19 chr19 15905431 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0136326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.997;QD=10.3653;RBI=0.0136638;REFB=-0.023921;REVB=0.000923081;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159607;STB=0.59313;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0389423;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:10:10:14:25:10:10:14:25 chr19 15905529 . C A 157.78 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0224349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6163;QD=16.6088;RBI=0.0407744;REFB=-0.0166257;REVB=0.0340474;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0281724;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:9:12:9:8:9:12 chr19 15989730 . T C 43.79 PASS AF=0.130435;AO=8;DP=67;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0437235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3697;QD=2.53844;RBI=0.0495778;REFB=-0.00327724;REVB=-0.0233712;RO=58;SAF=7;SAR=1;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371053;STB=0.678672;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0233463;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:67:69:58:60:8:9:0.130435:1:7:36:22:2:7:36:24 chr19 15990431 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.031522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5905;QD=22.3222;RBI=0.0344169;REFB=0.0090644;REVB=0.0138162;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852991;STB=0.547139;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00603951;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:14:9:15:15:14:9 chr19 16006413 . G A 168.1 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00712092;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.881;QD=14.6172;RBI=0.00714424;REFB=-0.00724086;REVB=-0.000576862;RO=26;SAF=1;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618402;STB=0.809717;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00934567;OID=.;OPOS=16006413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:17:18:0.391304:16:1:12:14:16:2:14:14 chr19 16008257 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.719;QD=11.0859;RBI=0.021258;REFB=-0.00230779;REVB=-0.0205501;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238875;STB=0.639788;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00894708;OID=.;OPOS=16008257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:25:13:13:0.342105:5:8:9:14:5:8:10:15 chr19 16008388 . A C 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0272597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.986;QD=4.80908;RBI=0.0375069;REFB=-0.0022896;REVB=-0.0257619;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350455;STB=0.723541;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00833035;OID=.;OPOS=16008388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:5:18:3:3:5:18 chr19 16024662 . G C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.012323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.762;QD=10.6295;RBI=0.0181559;REFB=-0.0129625;REVB=-0.0133334;RO=44;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124313;STB=0.572476;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0255735;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:13:10:24:20:13:10:24:20 chr19 16034714 . A G 1014.92 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6912;QD=57.9955;RBI=0.0352807;REFB=-0.104763;REVB=0.00617805;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128889;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:70:1:0:66:70:1:32:34:1:0:34:36:0:0 chr19 16045140 . CT C,CC 596.74 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=11,27;DP=38;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125307,0.121333;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=223.407,238.168;QD=61.2037;RBI=0.129989,0.12543;REFB=0,0;REVB=0.0345733,0.0317984;RO=0;SAF=7,7;SAR=4,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0262715,0.00293025;OID=.,.;OPOS=16045141,16045141;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:11,27:38:1,38:39:0:1,14:0,24:0:0:5:0:7,7:4,20:0:0 chr19 16060021 . C T 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0196528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.727;QD=26.6164;RBI=0.0214859;REFB=-0.0308964;REVB=0.00868378;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648239;STB=0.546821;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0231362;OID=.;OPOS=16060021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:12:17:10:10:12:17:10:11 chr19 16060117 . C A 137.78 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.139871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5004;QD=16.7002;RBI=0.181611;REFB=-0.0664305;REVB=0.115839;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960359;STB=0.547469;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0813781;OID=.;OPOS=16060117;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:17:17:14:16:0.484848:8:6:9:8:9:7:9:8 chr19 16060248 . A G 315.58 PASS AF=0.52381;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0963623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8441;QD=20.037;RBI=0.102669;REFB=-0.0401922;REVB=-0.035429;RO=22;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171912;STB=0.633162;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0187796;OID=.;OPOS=16060248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:30:31:33:0.52381:17:14:15:7:17:16:23:7 chr19 16060658 . A G 304.12 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0235781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.757;QD=14.8351;RBI=0.0442077;REFB=-0.0256391;REVB=0.0373951;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000678942;STB=0.504564;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0460093;OID=.;OPOS=16060658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:48:34:34:0.414634:13:21:29:18:13:21:30:18 chr19 16136528 . G GCAGCACCTGGC 632.83 PASS AF=0.512;AO=57;DP=132;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=-0.0205614;FXX=0.0384586;HRUN=1;LEN=11;MLLD=305.411;QD=20.2506;RBI=0.0255774;REFB=-0.0303872;REVB=0.015213;RO=62;SAF=15;SAR=42;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468483;STB=0.73741;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0180919;OID=.;OPOS=16136529;OREF=-;OALT=CAGCACCTGGC;OMAPALT=GCAGCACCTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512:57:132:64:125:61:17:47:46:15:99:62:15:42:48:14 chr19 16136923 . T C 422.76 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00711323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.281;QD=52.8455;RBI=0.0156725;REFB=-0.029844;REVB=0.0139653;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0028338;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:28:31:0.96875:15:13:1:0:17:14:1:0 chr19 16146400 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.468;QD=62.6146;RBI=0.0190332;REFB=0;REVB=-0.0183331;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14195e-05;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:32:56:0:0:32:56:0:0 chr19 16244326 . G C 938.21 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.324;QD=58.638;RBI=0.013056;REFB=0;REVB=0.0123587;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42046e-05;OID=.;OPOS=16244326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr19 16268207 . TAA TA,T 258.91 PASS AF=1,0;AO=22,3;DP=26;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.229611,-0.127254;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=18.092,9.6849;QD=39.8324;RBI=0.23263,0.128769;REFB=0,0;REVB=-0.0373532,-0.0196924;RO=0;SAF=4,2;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0116602,0;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,3:26:26,0:26:0:7,0:19,0:0:0:5:0:4,2:18,1:0:0 chr19 16275655 . C T 258.32 PASS AF=0.5;AO=19;DP=48;FAO=23;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00283802;FXX=0.041658;HRUN=8;LEN=1;MLLD=153.16;QD=22.4625;RBI=0.0233628;REFB=-0.0551441;REVB=0.0231897;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297125;STB=0.686964;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0190568;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:48:46:9:18:19:23:0.5:7:12:1:8:9:14:3:15 chr19 16301312 . A G 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0577667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.394;QD=14.797;RBI=0.0641909;REFB=-0.00339502;REVB=0.0279906;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00351521;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr19 16339715 . C T 373.0 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0348502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5424;QD=20.4386;RBI=0.0359233;REFB=-0.0125624;REVB=0.00871504;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597978;STB=0.533124;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0140597;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:18:20:16:19:18:20:16:19 chr19 16591464 . G A 771.31 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185711;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.367;QD=64.2758;RBI=0.0223286;REFB=0;REVB=0.0123968;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196791;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:41:7:0:0:41:7:0:0 chr19 16601194 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8715;QD=59.3225;RBI=0.0273419;REFB=0;REVB=0.00775193;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254396;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr19 16628081 . A T 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0170972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.911;QD=4.116;RBI=0.0172924;REFB=-0.0149755;REVB=-0.00259091;RO=49;SAF=3;SAR=8;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232876;STB=0.657926;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0611168;OID=.;OPOS=16628081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:49:51:11:11:0.177419:8:3:22:27:8:3:23:28 chr19 16666101 . G C 648.06 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0123416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.238;QD=57.6054;RBI=0.0137103;REFB=-0.0267055;REVB=0.00597153;RO=2;SAF=12;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226323;STB=0.512065;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000526826;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:31:12:1:1:31:12:1:1 chr19 16855265 . A G 673.43 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014606;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.694;QD=62.6444;RBI=0.0202784;REFB=0;REVB=0.0140669;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9456e-06;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr19 16860105 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.901;QD=60.9786;RBI=0.0198106;REFB=0;REVB=0.0167012;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69901e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr19 16899838 . A T 1368.07 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256633;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.412;QD=62.185;RBI=0.0363006;REFB=-0.038373;REVB=-0.0256735;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91247e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr19 16976286 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4486;QD=58.0608;RBI=0.00466968;REFB=0;REVB=-0.00218893;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22238e-05;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr19 17004049 . T C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0158149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.876;QD=23.2362;RBI=0.0215051;REFB=-0.0207989;REVB=0.0145725;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239703;STB=0.63366;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0226124;OID=.;OPOS=17004049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:10:3:10:8:10:3 chr19 17006697 . C A 327.41 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0274627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.978;QD=15.2282;RBI=0.0277366;REFB=-0.0339767;REVB=-0.00388882;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747203;STB=0.532449;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0315748;OID=.;OPOS=17006697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:35:36:0.418605:15:20:25:25:16:20:25:25 chr19 17006700 . G T 384.03 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0158578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1519;QD=17.6564;RBI=0.0203866;REFB=-0.0493787;REVB=0.0128118;RO=46;SAF=24;SAR=16;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158765;STB=0.594423;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0395103;OID=.;OPOS=17006700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:16:24:20:26:16:24:20:27 chr19 17006714 . GCACACACACACACACACACACACA ACACACACACACACACACGCGCGCG,GCACACACACACACACACACACA,GCACACACACACACACACACACACG 303.35 PASS AF=0.0909091,0.454545,0.136364;AO=4,11,10;DP=51;FAO=4,20,6;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=3,9,0;FSAR=1,11,6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0135446,0.0217942,0.0245544;FXX=0.137228;HRUN=1,1,1;LEN=25,2,1;MLLD=266.364,50.1726,50.6166;QD=27.5768;RBI=0.033459,0.0335233,0.04748;REFB=-0.0441005,-0.189912,-0.111378;REVB=-0.0305949,0.0254721,-0.0406379;RO=11;SAF=3,2,4;SAR=1,9,6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.328321,-0.300456,-0.0501495;STB=0.655416,0.54995,0.998002;STBP=0.53,0.502,0.003;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0636424,0.204465,0.0797688;OID=.,.,.;OPOS=17006714,17006715,17006738;OREF=GCACACACACACACACACACACACA,CA,A;OALT=ACACACACACACACACACGCGCGCG,-,G;OMAPALT=ACACACACACACACACACGCGCGCG,GCACACACACACACACACACACA,GCACACACACACACACACACACACG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:44:11:14:4,11,10:4,20,6:0.0909091,0.454545,0.136364:1,9,6:3,2,4:5:6:1,11,6:3,9,0:8:6 chr19 17006787 . G A 163.28 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0346247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.161;QD=13.607;RBI=0.0358837;REFB=-0.0189112;REVB=-0.00942183;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169465;STB=0.616313;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0382505;OID=.;OPOS=17006787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:30:18:18:0.375:8:10:11:17:8:10:11:19 chr19 17025292 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0105373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.467;QD=18.4437;RBI=0.0108498;REFB=-0.0270514;REVB=-0.0025856;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0199695;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr19 17088299 . T C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00401666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.22;QD=26.3415;RBI=0.0118253;REFB=-0.0204987;REVB=0.0111222;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221435;STB=0.623482;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0157889;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:6:13:4:7:6:13:4:7 chr19 17088319 . G T 147.87 PASS AF=0.625;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00415021;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7448;QD=24.6443;RBI=0.0367171;REFB=-0.0484971;REVB=0.0364818;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310905;STB=0.666419;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0586513;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:25:24:8:9:14:15:0.625:3:11:3:5:3:12:4:5 chr19 17091368 . T G 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0120675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.374;QD=22.1267;RBI=0.0150834;REFB=-0.0241822;REVB=0.00904907;RO=33;SAF=8;SAR=32;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522847;STB=0.528911;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0189754;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:32:8:8:25:32:8:8:25 chr19 17100552 . A G 234.19 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0033254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.11;QD=19.931;RBI=0.00365348;REFB=-0.0190728;REVB=0.00151316;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139664;STB=0.537815;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0222168;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:24:21:23:0.489362:6:15:14:10:8:15:14:10 chr19 17108053 . C T 84.95 PASS AF=0.36;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00271017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.256;QD=13.5925;RBI=0.0154411;REFB=-0.0240862;REVB=0.0152014;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.015636;OID=.;OPOS=17108053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:14:14:8:9:0.36:3:5:6:8:3:6:6:8 chr19 17108135 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00582186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.902;QD=15.5715;RBI=0.0262683;REFB=-0.0213759;REVB=-0.0256151;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0237366;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:7:5:5:6:7:5 chr19 17111297 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9949;QD=61.681;RBI=0.0536556;REFB=0;REVB=-0.0201458;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273077;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 17113147 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0916918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4416;QD=25.2545;RBI=0.0991179;REFB=-0.0280558;REVB=-0.0376428;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389577;STB=0.521714;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0123934;OID=.;OPOS=17113147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:3:7:11:6:3:7 chr19 17273893 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.186;QD=54.5176;RBI=0.0400714;REFB=0;REVB=0.0398088;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193973;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 17303774 . T G 1134.63 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.413;QD=60.5137;RBI=0.0202639;REFB=0;REVB=0.0106946;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82678e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr19 17305440 . T C 538.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1457;QD=59.8217;RBI=0.0672657;REFB=0;REVB=0.0479376;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69458e-06;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr19 17306031 . T C 144.89 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.432;QD=44.5802;RBI=0.0592869;REFB=0;REVB=0.0581998;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100197;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:9:13:1:5:4:0:0:7:6:0:0 chr19 17312992 . C T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.04;QD=63.8684;RBI=0.0449537;REFB=0;REVB=0.0441483;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366498;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr19 17316782 . T C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.166;QD=58.2429;RBI=0.0364963;REFB=0.00989851;REVB=0.0192637;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-7.95252e-05;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:0:1:15:24:0:1 chr19 17317955 . A G 1748.83 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2257;QD=60.8288;RBI=0.115638;REFB=0;REVB=0.0239243;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651561;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:59:56:0:0 chr19 17323426 . A C 386.88 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0530196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3704;QD=14.0682;RBI=0.0542561;REFB=0.00250212;REVB=-0.011517;RO=65;SAF=19;SAR=26;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215771;STB=0.621461;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00503134;OID=.;OPOS=17323426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:26:19:41:24:26:19:41:24 chr19 17330060 . T C 888.52 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678807;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3101;QD=58.2636;RBI=0.0701163;REFB=0;REVB=-0.0175643;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769872;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr19 17337882 . C G 79.86 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0212725;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.551;QD=13.8887;RBI=0.0263359;REFB=-0.0183177;REVB=0.0155262;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065766;STB=0.538389;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0286956;OID=.;OPOS=17337882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:1:12:9:1:1:12 chr19 17338099 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00347685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.639;QD=19.1804;RBI=0.0186786;REFB=-0.0177001;REVB=0.0183521;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575094;STB=0.532662;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0195088;OID=.;OPOS=17338099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:2:9:10:3:2:9 chr19 17339112 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0116545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.532;QD=18.6371;RBI=0.0183671;REFB=-0.0256895;REVB=0.0141959;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0264892;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:13:3:3:13:13:3 chr19 17366278 . T C 520.2 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.505;QD=59.451;RBI=0.0298442;REFB=0;REVB=0.000124342;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56376e-05;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:22:11:0:0:22:13:0:0 chr19 17392572 . G C 36.8 PASS AF=0.102041;AO=11;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.00255228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6918;QD=1.50189;RBI=0.0151269;REFB=-0.00208684;REVB=-0.01491;RO=86;SAF=8;SAR=3;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361831;STB=0.830153;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0744059;OID=.;OPOS=17392572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:98:98:86:88:11:10:0.102041:3:8:36:50:2:8:36:52 chr19 17392894 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00262303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8465;QD=22.9152;RBI=0.02518;REFB=-0.0409689;REVB=0.025043;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228994;STB=0.63128;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0337391;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:3:1:6:3:3:1 chr19 17394124 . T G 345.86 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0799786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3976;QD=11.2474;RBI=0.080834;REFB=-0.00430568;REVB=-0.0117286;RO=71;SAF=25;SAR=18;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434365;STB=0.512567;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0100263;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:80:43:43:0.349593:18:25:44:27:18:25:45:35 chr19 17394504 . A C 83.43 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0295799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8341;QD=11.1245;RBI=0.0373719;REFB=0.00204;REVB=-0.0228405;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.512173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.01678;OID=.;OPOS=17394504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:30:18:19:11:11:0.366667:5:6:9:9:5:6:10:9 chr19 17395003 . A G 181.01 PASS AF=0.311688;AO=23;DP=75;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0122211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.428;QD=9.40312;RBI=0.0135629;REFB=-0.0135498;REVB=-0.00588199;RO=51;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16197;STB=0.606468;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0398835;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:51:53:23:24:0.311688:9:14:24:27:9:15:25:28 chr19 17395055 . C G 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0185202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.334;QD=10.1986;RBI=0.0251085;REFB=-0.0178007;REVB=-0.0169541;RO=51;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192509;STB=0.612476;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0372212;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:10:15:22:29:10:15:22:29 chr19 17396549 . T C 309.44 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0383334;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.815;QD=18.4738;RBI=0.0383729;REFB=-0.0350376;REVB=-0.00174062;RO=33;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856111;STB=0.541522;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0371992;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:34:33:33:0.492537:12:21:18:15:12:21:19:15 chr19 17438642 . A G 394.95 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0166968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2114;QD=19.9977;RBI=0.0346614;REFB=-0.0312184;REVB=-0.0303749;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13907;STB=0.582238;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0396953;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:40:40:0.506329:20:20:25:13:20:20:26:13 chr19 17448961 . A C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00601298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.863;QD=11.6341;RBI=0.0369476;REFB=-0.0297145;REVB=-0.0364551;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246387;STB=0.643818;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0468413;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:3:13:6:4:3:13 chr19 17450016 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0485819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8301;QD=12.1823;RBI=0.0643467;REFB=-0.00625922;REVB=-0.0421936;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420733;STB=0.747625;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00306124;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:11:4:7:3:11:4 chr19 17547292 . A G 197.22 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00330473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.48;QD=12.9326;RBI=0.0257167;REFB=-0.00700598;REVB=-0.0255035;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187641;STB=0.611597;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00975625;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:37:24:24:0.393443:17:7:16:19:17:7:17:20 chr19 17616171 . G A 508.15 PASS AF=0.505155;AO=37;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0622376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9311;QD=20.9548;RBI=0.071612;REFB=-0.0418889;REVB=0.0354224;RO=37;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271904;STB=0.650537;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0412847;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:48:37:49:0.505155:12:25:14:23:13:36:22:26 chr19 17628587 . A G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00784063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.941;QD=10.9363;RBI=0.009423;REFB=-0.0037662;REVB=0.00522661;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177728;STB=0.605927;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0111053;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:18:16:10:6:18:16 chr19 17648350 . T C 106.13 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337429;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.499;QD=42.451;RBI=0.0408738;REFB=0;REVB=0.023067;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437066;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 17651370 . A G 289.76 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.163;QD=52.6834;RBI=0.0369471;REFB=0;REVB=0.0267291;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205261;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr19 17654181 . C T 182.14 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00544742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2996;QD=16.9432;RBI=0.0409178;REFB=-0.0266503;REVB=-0.0405536;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173408;STB=0.599888;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.048318;OID=.;OPOS=17654181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:10:14:14:5:10:14 chr19 17660300 . G A 111.09 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0079751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.493;QD=15.8696;RBI=0.0688035;REFB=0.00937219;REVB=0.0683398;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.571326;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00560016;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:12:3:4:9:12:3 chr19 17692324 . T G 287.12 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.807;QD=52.2028;RBI=0.0395612;REFB=0;REVB=0.00383908;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189731;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:13:9:0:0 chr19 17712711 . C T 139.29 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0210479;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.074;QD=11.3706;RBI=0.0401294;REFB=-0.00994333;REVB=-0.0341666;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152516;STB=0.576181;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0182943;OID=.;OPOS=17712711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:33:16:16:0.326531:6:10:21:7:6:10:24:9 chr19 17741047 . A G 55.57 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0316573;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.881;QD=8.89042;RBI=0.0320329;REFB=-0.0151546;REVB=-0.00489102;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377676;STB=0.734096;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0167589;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:17:17:8:8:0.32:6:2:10:7:6:2:10:7 chr19 17746947 . A G 1472.24 PASS AF=1;AO=60;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513254;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.854;QD=60.0916;RBI=0.0514697;REFB=0;REVB=0.00385135;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156886;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:60:98:1:44:16:0:0:47:51:0:0 chr19 17760353 . G A 56.23 PASS AF=0.125;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00471922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.927;QD=2.34286;RBI=0.0299301;REFB=0.000598236;REVB=0.0295557;RO=83;SAF=7;SAR=5;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804497;STB=0.562832;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00334069;OID=.;OPOS=17760353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:96:83:84:12:12:0.125:5:7:43:40:5:7:43:41 chr19 17777508 . C G 191.19 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00479686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.868;QD=16.2715;RBI=0.0819654;REFB=-0.00141705;REVB=-0.0818249;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832917;STB=0.560449;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0013752;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:10:9:15:12:11:9:15:12 chr19 17838966 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0246075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4377;QD=19.3436;RBI=0.0246076;REFB=0.00469771;REVB=6.00861e-05;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106267;STB=0.559936;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00232275;OID=.;OPOS=17838966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:13:5:7:11:13:5 chr19 17883490 . A G 83.04 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0123103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.732;QD=9.22712;RBI=0.0125585;REFB=-0.0124615;REVB=-0.00248461;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332306;STB=0.68595;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0384658;OID=.;OPOS=17883490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:24:25:11:11:0.305556:7:4:16:8:7:4:16:9 chr19 17885270 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.999;QD=56.1894;RBI=0.0558884;REFB=0;REVB=0.0483604;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019697;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr19 17886940 . G A 365.09 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.792;QD=52.1563;RBI=0.0470115;REFB=-0.0976965;REVB=0.0381277;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000946921;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr19 17887024 . T C 682.92 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0297753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.507;QD=52.5319;RBI=0.0660481;REFB=-0.0517207;REVB=0.0589557;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303527;STB=0.516123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00211384;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:30:20:0:2:30:20:0:2 chr19 17892591 . A G 252.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.282;QD=50.4748;RBI=0.062382;REFB=0;REVB=0.0376332;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081936;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:15:5:0:0 chr19 17932138 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2672;QD=42.1797;RBI=0.012504;REFB=0;REVB=0.0124457;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444996;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 17948828 . GCCCCG GCCC,GCCCG,GCCCGG 153.37 PASS AF=0,0.904762,0;AO=3,9,3;DP=21;FAO=0,19,0;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=0,8,0;FSAR=0,11,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0825266,0.158832,0.246546;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=9.82033,15.4465,6.68176;QD=29.2126;RBI=0.0897833,0.163122,0.257651;REFB=0.0669339,-0.0327041,-0.106289;REVB=0.035361,-0.037162,-0.0748256;RO=5;SAF=3,1,1;SAR=0,8,2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0.533333,0.533333,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.622974,-0.536388,-0.414454;STB=0.5,0.555497,0.5;STBP=1,0.141,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0316084,0;OID=.,.,.;OPOS=17948832,17948829,17948832;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.904762,0:3,9,3:21:0,19,0:21:2:0,8,0:0,11,0:2:0:8:5:3,1,1:0,8,2:4:1 chr19 18170384 . G A 284.04 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00624579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.552;QD=15.5639;RBI=0.0140707;REFB=-0.0190585;REVB=-0.0126086;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00154049;STB=0.500869;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0311662;OID=.;OPOS=18170384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:14:18:23:18:14:18:23:18 chr19 18180413 . C G 344.27 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0116427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8399;QD=18.8643;RBI=0.0324624;REFB=-0.0166795;REVB=0.0303027;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138073;STB=0.588765;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.016181;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:37:36:36:0.493151:19:17:22:13:19:17:24:13 chr19 18180451 . A G 364.23 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0530331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.286;QD=21.1147;RBI=0.0545838;REFB=-0.0279084;REVB=0.0129182;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120411;STB=0.566448;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0136876;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:21:11:18:19:21:11 chr19 18186575 . G A 172.32 PASS AF=0.456522;AO=16;DP=52;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000443879;FXX=0.115362;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.413;QD=14.9845;RBI=0.00151066;REFB=-0.0251011;REVB=0.00144398;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187268;STB=0.528275;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0441861;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:46:22:25:16:21:0.456522:12:4:9:13:12:9:12:13 chr19 18186618 . T C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.010694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.374;QD=22.5825;RBI=0.0251347;REFB=-0.012685;REVB=-0.0227463;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137598;STB=0.576864;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0100059;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:14:10:15:11:14:10 chr19 18197635 . G A 435.93 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0198067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.166;QD=26.8265;RBI=0.0200874;REFB=-0.00446014;REVB=0.00334607;RO=24;SAF=17;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587933;STB=0.532094;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00248254;OID=.;OPOS=18197635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:24:17:12:12:24:17:12:12 chr19 18197744 . T A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.033651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.869;QD=15.8397;RBI=0.0336736;REFB=0.000916933;REVB=0.00123505;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313286;STB=0.518471;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57806e-05;OID=.;OPOS=18197744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:1:6:7:1:1:6 chr19 18233507 . C T 133.66 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00317834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.595;QD=16.2017;RBI=0.0382189;REFB=-0.00823942;REVB=-0.0380865;RO=18;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489537;STB=0.787434;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0222499;OID=.;OPOS=18233507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:2:13:8:10:2:13:8:10 chr19 18234441 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=61.6827;RBI=0.0626744;REFB=0;REVB=0.0461331;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04788e-05;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr19 18245512 . C T 361.86 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.655;QD=53.6093;RBI=0.0352701;REFB=0;REVB=0.0269476;RO=1;SAF=20;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836105;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:1:0:25:27:1:5:20:1:0:5:22:0:0 chr19 18248146 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.369;QD=59.8394;RBI=0.0371344;REFB=0;REVB=0.0121996;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172402;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr19 18255358 . C CA 619.07 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149976;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.1234;QD=52.6867;RBI=0.154286;REFB=0;REVB=0.0362104;RO=42;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00355023;OID=.;OPOS=18255359;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:47:47:47:0:15:32:0:0:4:42:4:1:11:31 chr19 18255359 . G A 625.81 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00520605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.906;QD=52.1508;RBI=0.0384534;REFB=-0.0442512;REVB=0.0380994;RO=5;SAF=12;SAR=31;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118703;STB=0.563605;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00169606;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:31:12:4:1:31:12:4:1 chr19 18257750 . C T 1029.85 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0724861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.493;QD=58.0197;RBI=0.072497;REFB=-0.0316613;REVB=0.00125647;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000237771;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:33:37:1:0:33:37:1:0 chr19 18273047 . T C 323.89 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.032;QD=53.9818;RBI=0.0336671;REFB=0;REVB=0.0107206;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106891;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr19 18279638 . T C 1320.81 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0666;QD=62.156;RBI=0.0246323;REFB=0;REVB=-0.0219286;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37679e-05;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr19 18322634 . G A 209.09 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0224503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.218;QD=13.7107;RBI=0.0337871;REFB=-0.013929;REVB=0.0252498;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908028;STB=0.551864;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0232096;OID=.;OPOS=18322634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:19:17:14:11:19:17 chr19 18331748 . C T 372.22 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.101272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.114;QD=31.0182;RBI=0.10128;REFB=-0.0297423;REVB=0.00125755;RO=17;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181939;STB=0.599933;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00980757;OID=.;OPOS=18331748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:21:10:10:7:21:10:10:7 chr19 18368167 . G A 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00454365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.897;QD=2.6721;RBI=0.0195493;REFB=-0.00782092;REVB=-0.019014;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331969;STB=0.741906;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0349606;OID=.;OPOS=18368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:5:2:28:21:5:2:28:21 chr19 18368572 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00232541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.883;QD=17.2298;RBI=0.0102211;REFB=-0.0135521;REVB=0.00995304;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00337449;OID=.;OPOS=18368572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:2:4:3:5:2:4 chr19 18368810 . G T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0167294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.438;QD=18.1596;RBI=0.018913;REFB=-0.00884025;REVB=0.00882206;RO=39;SAF=25;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273715;STB=0.653256;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0114842;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:11:25:16:23:11:25:16:23 chr19 18369120 . G A 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0032261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7558;QD=14.0435;RBI=0.00323583;REFB=-0.0149065;REVB=-0.00025072;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241571;STB=0.636554;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.025074;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:28:12:15:13:28:12 chr19 18369644 . G A 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00136909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.532;QD=19.8456;RBI=0.0611053;REFB=-0.0021979;REVB=-0.06109;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126934;STB=0.571341;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00195244;OID=.;OPOS=18369644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:11:2:4:11:11:2 chr19 18370063 . A AG 212.82 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.739;QD=38.6946;RBI=0.0797573;REFB=0;REVB=-0.0788213;RO=6;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00348926;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:24:22:22:0:8:14:0:0:4:6:4:14:6:0 chr19 18375608 . G A 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=0.0020811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.975;QD=16.3816;RBI=0.0310753;REFB=-0.010901;REVB=0.0310055;RO=47;SAF=31;SAR=6;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118541;STB=0.567237;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0128756;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:6:31:36:11:6:31:36:11 chr19 18375815 . G A 294.17 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00512786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.112;QD=17.5621;RBI=0.0317198;REFB=-0.0147759;REVB=0.0313026;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666523;STB=0.53729;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0110754;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:20:15:16:16:20:15 chr19 18375846 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00895636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.691;QD=20.2742;RBI=0.0124703;REFB=-0.0371276;REVB=0.00867709;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10065;STB=0.556768;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0379202;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:12:12:9:14:12:12 chr19 18375882 . G C 118.63 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0154791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3964;QD=16.3625;RBI=0.10254;REFB=-0.00435168;REVB=-0.101365;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508418;STB=0.56808;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000536535;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:15:13:14:0.482759:4:9:9:5:4:10:9:6 chr19 18376407 . T A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0553372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.875;QD=16.8984;RBI=0.0554438;REFB=-0.028886;REVB=0.00343505;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20428;STB=0.616236;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0233521;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:1:8:7:3:1:8 chr19 18376517 . C T 166.85 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0124762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.572;QD=23.0132;RBI=0.0144659;REFB=-0.0120695;REVB=0.00732167;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221621;STB=0.604716;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00439724;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:6:10:4:8:7:10:4:8 chr19 18376522 . T G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0174037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.947;QD=26.3129;RBI=0.0188315;REFB=-0.0121671;REVB=0.00719268;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145747;STB=0.562438;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0065457;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:20:20:0.625:10:10:3:8:10:10:4:8 chr19 18377496 . C G 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0203459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5051;QD=18.495;RBI=0.0325874;REFB=-0.0331309;REVB=-0.0254555;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205382;STB=0.615297;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0325758;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:18:9:15:12:18:9:15:12 chr19 18377761 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00221053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.416;QD=12.3288;RBI=0.0266019;REFB=0.00235798;REVB=-0.0265099;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304135;STB=0.666349;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00615445;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:3:8:7:9:3:8:8:9 chr19 18378219 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0266369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.926;QD=22.1886;RBI=0.0307118;REFB=-0.0199482;REVB=-0.015287;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652267;STB=0.536551;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0109988;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:8:10:10:11:8:10 chr19 18444360 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1062;QD=45.8043;RBI=0.0725945;REFB=0;REVB=-0.065102;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115564;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 18497024 . G C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00701839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.209;QD=15.2906;RBI=0.0263212;REFB=-0.00827386;REVB=-0.0253683;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.007067;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:6:3:4:5:6:3 chr19 18502835 . G A 389.86 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000319038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.396;QD=21.6589;RBI=0.000680503;REFB=-0.0134617;REVB=0.000601081;RO=33;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085828;STB=0.547437;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.011226;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:15:24:17:16:15:24:17:16 chr19 18538742 . A C 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0332718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.027;QD=18.6367;RBI=0.0383552;REFB=-0.00387368;REVB=-0.0190817;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00580824;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:7:9:7:9:7:9 chr19 18545786 . G T 453.55 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0182733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3379;QD=22.3977;RBI=0.0182806;REFB=-0.00185058;REVB=-0.000517478;RO=37;SAF=15;SAR=29;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341127;STB=0.518807;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00177682;OID=.;OPOS=18545786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:29:15:14:23:29:15:14:23 chr19 18546678 . T C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0142233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.183;QD=9.4157;RBI=0.0145794;REFB=0.00354523;REVB=-0.0032023;RO=39;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788647;STB=0.546823;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00466607;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:8:10:19:20:8:10:19:20 chr19 18547305 . T A 93.23 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0276251;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7917;QD=9.09522;RBI=0.0276315;REFB=-0.0269105;REVB=0.000594623;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131094;STB=0.536525;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0338657;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:26:29:12:12:0.292683:6:6:10:16:6:6:13:16 chr19 18553580 . CAGAT C 97.66 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00195325;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.976;QD=12.6013;RBI=0.0145378;REFB=-0.0217948;REVB=0.014406;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151945;STB=0.612725;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=0.0302665;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:11:32:12:31:19:6:6:6:13:97:19:5:6:6:13 chr19 18679379 . C G 120.46 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0128352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4794;QD=14.1714;RBI=0.0394502;REFB=-0.0332522;REVB=0.0373039;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453628;STB=0.537331;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0461285;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:9:5:6:13:9:5:6:14 chr19 18684563 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0104915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.306;QD=13.2053;RBI=0.0567175;REFB=-0.00502295;REVB=-0.0557387;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461373;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr19 18778612 . C G 200.87 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0330998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.282;QD=20.6017;RBI=0.0353094;REFB=-0.0154376;REVB=-0.0122946;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660691;STB=0.537238;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0180635;OID=.;OPOS=18778612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:10:9:11:9:10:9 chr19 18888162 . C T 690.82 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0358471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.862;QD=19.4598;RBI=0.0468419;REFB=-0.0116158;REVB=0.0301521;RO=72;SAF=21;SAR=48;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156108;STB=0.590973;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0201911;OID=.;OPOS=18888162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:73:69:69:0.485915:48:21:33:39:48:21:34:39 chr19 19040312 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3121;QD=33.4285;RBI=0.00731257;REFB=0;REVB=-0.00401908;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207152;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 19136541 . C T 772.38 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.028;QD=61.7906;RBI=0.0345468;REFB=-0.155397;REVB=0.0276605;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00117953;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:22:27:0:0:22:27:0:1 chr19 19230868 . A G 1699.42 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.734;QD=59.6286;RBI=0.0371904;REFB=0;REVB=0.0312442;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26078e-05;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:114:0:0:106:114:1:55:51:0:0:62:52:0:0 chr19 19329924 . C A 499.6 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=73;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00172065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.647;QD=27.0052;RBI=0.0133221;REFB=-0.0252882;REVB=0.0132105;RO=27;SAF=26;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824043;STB=0.538445;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0172812;OID=.;OPOS=19329924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:27:28:46:46:0.621622:20:26:12:15:20:26:13:15 chr19 19446936 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7971;QD=63.2856;RBI=0.0286325;REFB=0;REVB=-0.00410716;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292599;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr19 19449686 . G T 1197.71 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237077;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.661;QD=59.8855;RBI=0.0255177;REFB=-0.114024;REVB=0.00943908;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000328439;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:41:38:1:0:41:38:1:0 chr19 19467085 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.634;QD=52.6132;RBI=0.0349148;REFB=0;REVB=0.00606265;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176121;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 19467937 . T C 252.52 PASS AF=0.84;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00939266;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.663;QD=40.4037;RBI=0.0143035;REFB=0.0961211;REVB=0.0107873;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599904;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0197176;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:25:0:4:21:21:0.84:8:13:0:0:8:13:0:4 chr19 19468710 . C G 605.49 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.916;QD=60.5489;RBI=0.0827765;REFB=0;REVB=0.0191505;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348595;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:23:14:0:0:24:16:0:0 chr19 19468734 . G A 429.59 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.704;QD=57.2792;RBI=0.0183464;REFB=0;REVB=0.00191843;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55591e-05;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:22:8:0:0 chr19 19606634 . G A 113.37 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0238029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4104;QD=9.64874;RBI=0.0404111;REFB=-0.00533386;REVB=0.0326571;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43152;STB=0.743281;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0303395;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:9:5:24:8:9:5:24:9 chr19 19612072 . G A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0168682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.06;QD=6.8062;RBI=0.0230117;REFB=-0.00935158;REVB=0.0156526;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262625;STB=0.666296;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0301695;OID=.;OPOS=19612072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:12:15:3:6:12:15 chr19 19619542 . A G 252.57 PASS AF=0.392405;AO=28;DP=77;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00793361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.816;QD=12.7885;RBI=0.00794875;REFB=-0.000938065;REVB=-0.000490365;RO=47;SAF=27;SAR=1;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.766665;STB=0.875537;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00207272;OID=.;OPOS=19619542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:47:48:28:31:0.392405:1:27:17:30:3:28:17:31 chr19 19625547 . A G 232.92 PASS AF=0.479167;AO=20;DP=44;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0277744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.586;QD=19.4099;RBI=0.0329864;REFB=-0.0261727;REVB=-0.0177957;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374184;STB=0.669136;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0362323;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:24:25:20:23:0.479167:4:16:11:13:6:17:11:14 chr19 19625685 . C G 30.85 PASS AF=0.0869565;AO=7;DP=93;FAO=8;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0811452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0159;QD=1.34136;RBI=0.0822549;REFB=-0.00325541;REVB=-0.0134654;RO=75;SAF=2;SAR=5;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246883;STB=0.741149;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0981464;OID=.;OPOS=19625685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:93:92:75:84:7:8:0.0869565:5:2:38:37:6:2:43:41 chr19 19735257 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.31;QD=59.0187;RBI=0.0431263;REFB=0;REVB=0.0214537;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128155;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr19 19737686 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.017459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.988;QD=21.5095;RBI=0.0453312;REFB=-0.018703;REVB=-0.0418342;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723453;STB=0.526291;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0149677;OID=.;OPOS=19737686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:10:11:11:7:10:11:11:8 chr19 19789528 . A G 151.68 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000234099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.985;QD=16.8537;RBI=0.0083041;REFB=-0.000606881;REVB=-0.0083008;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109111;STB=0.556937;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00194466;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:7:9:8:10:8:9:8:11 chr19 19790159 . A C 255.74 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00314625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.415;QD=18.2674;RBI=0.0325536;REFB=0.0150186;REVB=0.0324012;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638041;STB=0.535689;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0200416;OID=.;OPOS=19790159;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:13:15:13:15:13:15 chr19 19855748 . A G 41.26 PASS AF=0.172414;AO=4;DP=29;FAO=5;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0626432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5575;QD=5.69035;RBI=0.066396;REFB=-0.0121243;REVB=-0.0220059;RO=22;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399771;STB=0.699377;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.111946;OID=.;OPOS=19855748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:22:22:4:5:0.172414:2:2:4:18:3:2:4:18 chr19 19910250 . T C 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0533968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3614;QD=20.9359;RBI=0.057403;REFB=-0.0041827;REVB=0.0210687;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076586;STB=0.542348;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00230784;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:18:16:11:18:18:16:11:18 chr19 20003109 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00887746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9761;QD=18.82;RBI=0.0520828;REFB=-0.0372999;REVB=0.0513207;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144193;STB=0.583186;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0433015;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:6:4:3:9:6:4 chr19 20044041 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0395643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2632;QD=11.0922;RBI=0.0631136;REFB=0.00968942;REVB=-0.049173;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0421532;OID=.;OPOS=20044041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr19 20150175 . G C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00601787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.824;QD=5.95781;RBI=0.020017;REFB=0.000353558;REVB=-0.019091;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185376;STB=0.624531;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00117891;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:5:13:5:1:5:13 chr19 20228941 . A G 51.49 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0280352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.847;QD=18.7233;RBI=0.029826;REFB=-0.0142589;REVB=0.0101791;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.66626;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00895601;OID=.;OPOS=20228941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:0:4:4:3:0:4 chr19 20229486 . G A 141.22 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00149914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.862;QD=21.726;RBI=0.00915312;REFB=-0.0188199;REVB=0.00902952;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058982;STB=0.533289;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0141586;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:6:5:8:7:6:5 chr19 20369503 . C G 506.89 PASS AF=0.5;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0097495;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1836;QD=19.1281;RBI=0.0366167;REFB=-0.0106022;REVB=-0.035295;RO=53;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170692;STB=0.509437;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00946599;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:53:53:53:53:0.5:27:26:25:28:27:26:25:28 chr19 20808149 . A G 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00264604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.141;QD=8.11425;RBI=0.0175253;REFB=0.000746129;REVB=0.0173244;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608618;STB=0.549347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00108953;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:5:9:22:15:5:9:22:16 chr19 21299774 . T TATA 41.93 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000901656;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.777;QD=16.7714;RBI=0.0116765;REFB=0.00594796;REVB=-0.0116416;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=-0.0067254;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:6:11:6:10:4:4:2:2:2:25:5:4:2:2:3 chr19 21300462 . A G 240.27 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00392348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.135;QD=43.6845;RBI=0.029198;REFB=-0.0196314;REVB=0.0289332;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030225;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:10:10:1:0:10:10:1:1 chr19 21477431 . T C 696.5 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.84;QD=52.5661;RBI=0.0162001;REFB=-0.0869007;REVB=0.00849434;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136506;STB=0.507039;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000375606;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:34:17:0:1:34:17:1:1 chr19 21492062 . G A 384.17 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.553;QD=54.8813;RBI=0.102992;REFB=0;REVB=0.0972991;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309932;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:11:15:0:0:13:15:0:0 chr19 21544571 . G A 727.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.867;QD=57.0863;RBI=0.0457193;REFB=0;REVB=0.0307064;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145759;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:18:30:0:0:18:33:0:0 chr19 21606429 . G T 527.16 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.572;QD=56.9899;RBI=0.0424828;REFB=-0.082299;REVB=0.000967208;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000147472;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:28:8:0:0:28:8:0:1 chr19 21609614 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0116146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.287;QD=11.9197;RBI=0.0169221;REFB=0.0050338;REVB=-0.0123069;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00631955;OID=.;OPOS=21609614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:3:6:3:4:3:6 chr19 21609742 . C CA 154.93 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122935;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=125.15;QD=41.315;RBI=0.128668;REFB=0;REVB=0.0379792;RO=13;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000439487;OID=.;OPOS=21609743;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:15:15:15:0:10:5:0:0:4:13:1:1:9:4 chr19 21609743 . G A 143.33 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=7.97174e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.25;QD=38.2225;RBI=0.0324535;REFB=0.0067853;REVB=0.0324535;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=8.39e-05;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:13:14:0.933333:4:9:0:1:4:10:0:1 chr19 21688602 . C G 607.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0840433;FXX=0.0476077;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.156;QD=60.7014;RBI=0.086683;REFB=-0.0961781;REVB=0.021229;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011482;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr19 21719401 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.132;QD=44.6898;RBI=0.0228417;REFB=0;REVB=0.00908793;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146244;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 21909948 . G A 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0393385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7791;QD=12.1808;RBI=0.0422233;REFB=-0.0277973;REVB=-0.0153393;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0381822;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:14:15:10:10:0.4:6:4:6:8:6:4:6:9 chr19 22115982 . A G 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2731;QD=40.7528;RBI=0.0774312;REFB=0;REVB=0.0497437;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283431;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr19 22153495 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0137215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2656;QD=15.2624;RBI=0.0811035;REFB=0.00628265;REVB=-0.0799344;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0192728;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr19 22154732 . T C 95.16 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0651991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.247;QD=10.2871;RBI=0.0714305;REFB=-0.0224769;REVB=-0.0291787;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234851;STB=0.654286;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0581982;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:37:24:25:12:12:0.324324:4:8:11:13:4:8:11:14 chr19 22154954 . C T 74.0 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00909923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.227;QD=10.2063;RBI=0.0105521;REFB=-0.00071761;REVB=-0.00534319;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336027;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00174421;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:15:19:10:10:0.344828:5:5:7:8:5:5:11:8 chr19 22156482 . G T 110.79 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0989469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5421;QD=15.2812;RBI=0.0992906;REFB=-0.0322642;REVB=0.00825377;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740872;STB=0.542793;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0425617;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:11:5:5:8:11:5 chr19 22156585 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.146;QD=39.2061;RBI=0.12115;REFB=0;REVB=-0.0354153;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00313222;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr19 22156992 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0218196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.332;QD=16.4544;RBI=0.0439118;REFB=0.0127424;REVB=0.0381072;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365022;STB=0.749247;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00732733;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:4:2:3:0:4:2:4:0 chr19 22157302 . G A 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0013683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.814;QD=17.6622;RBI=0.00986748;REFB=-0.00107668;REVB=-0.00977215;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136641;STB=0.576292;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00110621;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:19:21:18:29:19:21:18:29 chr19 22363493 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0122719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4172;QD=10.3885;RBI=0.0137922;REFB=-0.00286121;REVB=-0.00629494;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00291037;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:6:4:4:3:6:5 chr19 22363508 . G A 46.5 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00908278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0696;QD=10.3336;RBI=0.0123826;REFB=-6.56788e-05;REVB=0.00841621;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000215271;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:6:7:0.388889:4:2:6:5:4:3:6:5 chr19 22375868 . C T 280.65 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0373305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8118;QD=14.3922;RBI=0.0430447;REFB=0.00153419;REVB=0.021431;RO=46;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176975;STB=0.600586;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00236363;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:12:20:21:25:12:20:21:25 chr19 23316947 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00698413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.712;QD=17.8274;RBI=0.0189021;REFB=0.00829809;REVB=0.0175645;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325459;STB=0.68503;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0108807;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:9:2:7:5:9:2 chr19 23328940 . G A 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00375164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.299;QD=57.3916;RBI=0.00992063;REFB=-0.0329966;REVB=0.00918391;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183679;STB=0.509799;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000671207;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:0:1:25:12:0:1 chr19 23542290 . AG GC 523.77 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002286;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.13;QD=59.8592;RBI=0.0113064;REFB=0;REVB=0.0110729;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.77056e-05;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 23543095 . T C 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0178914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.384;QD=20.2461;RBI=0.0318173;REFB=-0.014568;REVB=0.0263104;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416184;STB=0.523064;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0125997;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:17:19:19:14:17:19:19:14 chr19 23543834 . C T 43.72 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0760725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.184;QD=21.8607;RBI=0.0881909;REFB=-0.0293156;REVB=0.0446162;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583085;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0122825;OID=.;OPOS=23543834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:8:1:2:5:6:0.75:5:0:0:1:5:1:0:2 chr19 23545004 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.791;QD=45.8068;RBI=0.0287086;REFB=0;REVB=-0.00620524;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107681;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 23545447 . A G 152.28 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.123526;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.941;QD=27.6873;RBI=0.124133;REFB=-0.0124037;REVB=0.0122569;RO=6;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100199;STB=0.517219;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0059003;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:10:5:1:5:10:5:2:5 chr19 23837195 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.064;QD=62.6705;RBI=0.0255222;REFB=0;REVB=-0.00545216;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80418e-05;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 23837365 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.09591e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1037;QD=48.7372;RBI=0.0523983;REFB=0;REVB=-0.0523983;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188584;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 23869823 . T G 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0806732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5975;QD=58.6435;RBI=0.0820569;REFB=-0.224163;REVB=0.015006;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00261749;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr19 23927345 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0507956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.835;QD=21.8422;RBI=0.0650756;REFB=-0.0470885;REVB=0.0406773;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00409183;OID=.;OPOS=23927345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr19 23927468 . A G 353.19 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.479;QD=54.3368;RBI=0.0330078;REFB=0;REVB=0.0317797;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148338;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr19 24010928 . A G 45.78 PASS AF=0.225806;AO=10;DP=34;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00485148;FXX=0.0882094;HRUN=20;LEN=1;MLLD=133.092;QD=5.90759;RBI=0.00487584;REFB=-0.00527577;REVB=-0.000486772;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20027;STB=0.797582;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00679103;OID=.;OPOS=24010928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:34:31:15:24:10:7:0.225806:4:6:6:9:2:5:7:17 chr19 24183515 . G T 733.66 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00491346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.494;QD=61.1384;RBI=0.0534902;REFB=0.0364634;REVB=0.0532641;RO=1;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032403;STB=0.517234;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-8.48793e-05;OID=.;OPOS=24183515;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:14:33:0:1:14:33:0:1 chr19 24183696 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0187873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.782;QD=7.83719;RBI=0.0623196;REFB=0.00356706;REVB=-0.0594202;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546603;STB=0.845135;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0104105;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:6:10:1:6:6:10 chr19 24183714 . T C 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0404347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1974;QD=7.76091;RBI=0.0468685;REFB=0.00484617;REVB=0.0236999;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439476;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0123142;OID=.;OPOS=24183714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:6:7:1:5:6:7 chr19 24183845 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00274019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.94;QD=17.8275;RBI=0.0371793;REFB=0.0107803;REVB=-0.0370782;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22735;STB=0.615179;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00574828;OID=.;OPOS=24183845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:3:9:5:5:3:9:6:5 chr19 24184295 . C T 1824.79 PASS AF=0.983871;AO=120;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0203056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.143;QD=58.8641;RBI=0.0358835;REFB=-0.0105404;REVB=-0.0295856;RO=2;SAF=55;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130627;STB=0.500801;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000332135;OID=.;OPOS=24184295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:120:122:0.983871:65:55:1:1:67:55:1:1 chr19 24186114 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7484;QD=54.5172;RBI=0.0487899;REFB=0;REVB=0.0487649;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011089;OID=.;OPOS=24186114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 24186163 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.175;QD=33.4285;RBI=0.0427758;REFB=0;REVB=0.0363978;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407471;OID=.;OPOS=24186163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 24310032 . A T 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00226562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9366;QD=50.8379;RBI=0.00624282;REFB=-0.172869;REVB=-0.00581719;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00797242;OID=.;OPOS=24310032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chr19 29698495 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00214189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.338;QD=20.7547;RBI=0.0264734;REFB=-0.0104051;REVB=0.0263866;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228296;STB=0.651978;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0142098;OID=.;OPOS=29698495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:11:12:14:15:0.555556:8:6:8:3:9:6:9:3 chr19 29724086 . A C 726.07 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.855;QD=63.1364;RBI=0.0534453;REFB=0;REVB=-0.0296731;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404839;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr19 29724111 . T G 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0608154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4875;QD=53.4654;RBI=0.0802886;REFB=-0.183576;REVB=-0.0524189;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351986;STB=0.501867;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00520337;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:31:25:1:1:31:25:1:1 chr19 30097268 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.484;QD=33.4285;RBI=0.0155529;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212408;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 30101339 . G A 331.73 PASS AF=0.493151;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00297107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9299;QD=18.1768;RBI=0.0520106;REFB=-0.0451993;REVB=0.0519257;RO=37;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164266;STB=0.588993;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0482862;OID=.;OPOS=30101339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:37:34:36:0.493151:17:17:12:25:18:18:12:25 chr19 30102856 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.742;QD=62.9802;RBI=0.0224285;REFB=0;REVB=0.00525018;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134186;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr19 30165639 . C T 203.42 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0211356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.621;QD=21.9914;RBI=0.0212731;REFB=-0.0308681;REVB=0.0024152;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372362;STB=0.73276;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0167369;OID=.;OPOS=30165639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:11:17:18:20:0.540541:5:13:2:9:6:14:3:14 chr19 30193721 . G A 491.79 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00940286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.994;QD=18.558;RBI=0.00943546;REFB=-0.018512;REVB=-0.000783654;RO=54;SAF=40;SAR=12;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217806;STB=0.621619;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0233156;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:12:40:31:23:12:40:31:23 chr19 30314666 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0654425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.399;QD=17.9562;RBI=0.0656829;REFB=-0.0194867;REVB=0.00561472;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236638;STB=0.513497;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0347086;OID=.;OPOS=30314666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:10:7:7:9:10:7 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1012.69 PASS AF=0.855072,0.144928;AO=50,8;DP=75;FAO=59,10;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27,3;FSAR=32,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166845,-0.00314492;FXX=0.0799893;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=113.842,92.1381;QD=58.7067;RBI=0.0507228,0.00730367;REFB=0,0;REVB=0.0479002,-0.00659189;RO=0;SAF=21,3;SAR=29,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.20481e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00784067,0.0455924;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.855072,0.144928:50,8:75:59,10:69:0:27,3:32,7:0:0:54:0:21,3:29,5:0:0 chr19 30935778 . G A 388.96 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00976735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2106;QD=21.3127;RBI=0.0187893;REFB=-0.016276;REVB=0.016051;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285179;STB=0.660468;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0198195;OID=.;OPOS=30935778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:34:38:39:0.534247:25:13:23:11:26:13:23:11 chr19 31025844 . C T 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00284675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.227;QD=2.7074;RBI=0.0101512;REFB=-0.00306297;REVB=-0.00974385;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142944;STB=0.520764;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0292686;OID=.;OPOS=31025844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:41:42:6:6:0.125:3:3:20:21:3:3:20:22 chr19 31038995 . T C 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00819135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.252;QD=31.6788;RBI=0.0088408;REFB=-0.0397227;REVB=0.00332589;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205582;STB=0.61361;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0189721;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:6:13:2:5:6:13:2:5 chr19 31039663 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0630616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.931;QD=12.0156;RBI=0.071363;REFB=-0.00276268;REVB=0.0334053;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360263;STB=0.705426;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0127257;OID=.;OPOS=31039663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:0:7:5:1:0:7 chr19 31769763 . G A 479.52 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.451;QD=56.4138;RBI=0.0852799;REFB=-0.061948;REVB=0.0832308;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775748;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:0:0:33:34:1:8:25:0:0:8:26:0:0 chr19 32083696 . T C 1287.35 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00968241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.922;QD=60.5813;RBI=0.0133984;REFB=-0.0148844;REVB=0.00926113;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976682;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000208881;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:48:36:0:1:48:36:0:1 chr19 32873698 . A G 337.22 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.691;QD=53.9545;RBI=0.0483658;REFB=0;REVB=0.0455076;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199779;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr19 32930069 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3554;QD=53.2769;RBI=0.0243089;REFB=0;REVB=0.0234789;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479517;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 33076729 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00792016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.276;QD=18.6446;RBI=0.0127042;REFB=0.00788932;REVB=-0.00993314;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.65946;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0146613;OID=.;OPOS=33076729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:9:4:9:5:9:4 chr19 33088126 . TAG T 84.71 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0090401;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.501;QD=19.9324;RBI=0.0194634;REFB=-0.076252;REVB=0.0172367;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353742;STB=0.681477;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=0.0146901;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:10:19:10:17:7:6:4:1:6:48:8:6:4:1:7 chr19 33096786 . G A 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0138113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7236;QD=29.7235;RBI=0.0492721;REFB=-0.0187752;REVB=0.0472968;RO=15;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1998;STB=0.610649;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0170933;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:21:6:7:8:21:6:7:8 chr19 33099277 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0207265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7383;QD=10.3793;RBI=0.0457384;REFB=-8.50266e-05;REVB=-0.0407727;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.575055;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00220356;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:7:8:4:5:7:9 chr19 33099305 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00444423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.83;QD=13.0911;RBI=0.00501918;REFB=-0.00303797;REVB=-0.0023326;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193058;STB=0.612735;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00599002;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:7:13:6:7:7:13 chr19 33099336 . A G 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0228546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.11;QD=14.1381;RBI=0.0274497;REFB=0.0076064;REVB=-0.0152038;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151967;STB=0.588113;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00831947;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:7:13:7:7:7:13 chr19 33117666 . T C 349.95 PASS AF=0.57377;AO=32;DP=58;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00125758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.927;QD=22.9472;RBI=0.00174199;REFB=-0.0138488;REVB=0.00120541;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108351;STB=0.559965;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00972848;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:26:26:32:35:0.57377:13:19:12:14:14:21:12:14 chr19 33167837 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0353004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5402;QD=15.293;RBI=0.0968066;REFB=-0.0532121;REVB=-0.090141;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400241;STB=0.736288;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0502989;OID=.;OPOS=33167837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:3:6:2:7:3:6 chr19 33168412 . C T 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0128161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.544;QD=25.6505;RBI=0.0205467;REFB=-0.0156311;REVB=-0.0160598;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118889;STB=0.565984;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0143064;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:10:8:15:10:10:8 chr19 33211008 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00502215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.796;QD=7.76285;RBI=0.00740573;REFB=-0.00143992;REVB=-0.00544268;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403885;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00173095;OID=.;OPOS=33211008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:5:1:6:6:5:1:7:6 chr19 33239450 . C G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.237;QD=55.0958;RBI=0.00418608;REFB=0;REVB=0.00340798;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83821e-06;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr19 33281924 . A G 1153.4 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0473;QD=60.7054;RBI=0.020824;REFB=0;REVB=0.019258;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232437;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:25:51:0:0:25:51:0:0 chr19 33309051 . AG A,CA 37.17 PASS AF=0.3,0;AO=9,2;DP=32;FAO=9,0;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.137873,0.08545;FXX=0.0624805;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=10.8069,32.1847;QD=4.95571;RBI=0.157009,0.0879178;REFB=-0.0929379,-0.0422096;REVB=-0.0751177,0.0206841;RO=18;SAF=3,2;SAR=6,0;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.30003,0.479986;STB=0.604412,0.5;STBP=0.497,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.144895,0;OID=.,.;OPOS=33309052,33309051;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:32:30:18:21:9,2:9,0:0.3,0:6,0:3,2:11:7:3,0:6,0:11:10 chr19 33333155 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0143169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.864;QD=16.0719;RBI=0.0275469;REFB=-0.000422197;REVB=0.0235341;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125492;STB=0.561172;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00060589;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:29:29:0.453125:14:15:22:12:14:15:22:13 chr19 33353041 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.052502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.768;QD=22.9154;RBI=0.0549038;REFB=-0.00353035;REVB=0.0160613;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197751;STB=0.6109;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00225595;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:0:4:7:2:0:4 chr19 33353061 . G T 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0144779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.307;QD=25.7092;RBI=0.0150488;REFB=-0.0479135;REVB=0.00410565;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167666;STB=0.509419;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0198104;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:2:4:9:4:2:4 chr19 33353464 . G A 214.95 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00880215;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5131;QD=15.3533;RBI=0.0181724;REFB=-0.0455133;REVB=0.0158984;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136837;STB=0.577463;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0509848;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:18:13:14:11:18:13 chr19 33353854 . T C 117.14 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00433547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.136;QD=12.0145;RBI=0.00460041;REFB=-0.0080558;REVB=0.00153866;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226397;STB=0.634719;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0143014;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:13:12:4:10:13:12 chr19 33355055 . A G 110.75 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0184797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.904;QD=18.458;RBI=0.0821015;REFB=-0.0182541;REVB=0.0799947;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382088;STB=0.655514;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0211498;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:9:10:10:12:0.5:4:6:9:0:5:7:9:1 chr19 33355081 . G A 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0186064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.685;QD=15.1608;RBI=0.020028;REFB=-0.0294123;REVB=0.0074111;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851303;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0665119;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:7:9:10:11:7:9:10:12 chr19 33355111 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00130279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.471;QD=16.0426;RBI=0.0145715;REFB=-0.0133144;REVB=-0.0145131;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122546;STB=0.507035;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0170165;OID=.;OPOS=33355111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:12:14:10:9:12:14 chr19 33370070 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0059452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.632;QD=10.3789;RBI=0.0282587;REFB=-0.00383451;REVB=-0.0276262;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147874;STB=0.621926;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00461106;OID=.;OPOS=33370070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:2:7:10:5:2:7:10:6 chr19 33370084 . T A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00288965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.761;QD=12.4824;RBI=0.00542428;REFB=-0.000554661;REVB=-0.00459051;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857274;STB=0.550932;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0014725;OID=.;OPOS=33370084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:13:6:3:9:13:6 chr19 33370161 . A C 70.52 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0356567;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0514;QD=6.56015;RBI=0.0614783;REFB=0.0127244;REVB=-0.0500818;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231699;STB=0.648473;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0419873;OID=.;OPOS=33370161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:43:33:33:10:10:0.232558:3:7:17:16:3:7:17:16 chr19 33390796 . G A 1316.68 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157779;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0156;QD=61.9615;RBI=0.0347413;REFB=0;REVB=-0.0309519;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433181;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:50:34:0:0:51:34:0:0 chr19 33414420 . A G 265.1 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0778582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.679;QD=23.0522;RBI=0.0778632;REFB=0.00155207;REVB=0.000881931;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25068;STB=0.643843;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.000285964;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:13:11:16:5:14:11:16:5 chr19 33430746 . A T 293.01 PASS AF=0.292683;AO=48;DP=141;FAO=48;FDP=164;FR=.;FRO=116;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=74;FWDB=0.0102137;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=19.4889;QD=7.14666;RBI=0.0599045;REFB=-0.0479598;REVB=-0.0590274;RO=92;SAF=15;SAR=33;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998984;STB=0.5098;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0967606;OID=.;OPOS=33430746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:164:92:116:48:48:0.292683:33:15:36:56:30:18:42:74 chr19 33444556 . T C 338.89 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0133486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7349;QD=17.8362;RBI=0.0201414;REFB=-0.00301378;REVB=-0.0150829;RO=40;SAF=33;SAR=2;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.756308;STB=0.928543;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00356525;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:2:33:9:31:2:34:9:31 chr19 33444576 . C T 252.63 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0230581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.209;QD=12.6312;RBI=0.0236706;REFB=-0.00832276;REVB=-0.00534987;RO=46;SAF=28;SAR=2;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698103;STB=0.915582;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00887447;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:50:30:30:0.375:2:28:17:29:2:28:17:33 chr19 33444588 . T G 254.65 PASS AF=0.375;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00398674;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.089;QD=12.7325;RBI=0.0129833;REFB=-0.0029933;REVB=0.012356;RO=44;SAF=28;SAR=2;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666647;STB=0.907351;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.005438;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:50:30:30:0.375:2:28:19:25:2:28:19:31 chr19 33465097 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00247377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.546;QD=19.3435;RBI=0.0131391;REFB=-0.0217723;REVB=-0.0129042;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195856;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0247071;OID=.;OPOS=33465097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:7:11:7:11:7:11 chr19 33467515 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0358239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.492;QD=18.6416;RBI=0.0358689;REFB=-0.00860301;REVB=-0.00179582;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168346;STB=0.509545;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.011835;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:11:13:11:10:11:13 chr19 33470806 . G C 228.21 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00791528;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.617;QD=19.8447;RBI=0.0248834;REFB=-0.0211864;REVB=0.0235909;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19324;STB=0.608601;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0149047;OID=.;OPOS=33470806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:17:7:11:11:17:7 chr19 33470874 . A G 254.51 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.00277807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.53;QD=18.1792;RBI=0.00693415;REFB=-0.00644478;REVB=-0.00635332;RO=27;SAF=19;SAR=7;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102687;STB=0.56949;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00805624;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:27:28:26:28:0.5:7:19:22:5:8:20:23:5 chr19 33487071 . G C 92.26 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.111969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.342;QD=9.46226;RBI=0.112131;REFB=-0.0245901;REVB=0.00602226;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286964;STB=0.675744;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0389361;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:9:3:13:14:9:3:13:14 chr19 33490566 . T C 103.06 PASS AF=0.204819;AO=16;DP=80;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00580723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.195;QD=4.96662;RBI=0.0424015;REFB=-0.00182691;REVB=-0.042002;RO=62;SAF=6;SAR=10;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138326;STB=0.55867;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00617674;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:62:66:16:17:0.204819:10:6:30:32:10:7:32:34 chr19 33490585 . G A 94.86 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0154209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.588;QD=4.62733;RBI=0.0186964;REFB=0.00353192;REVB=0.0105713;RO=66;SAF=7;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785847;STB=0.550396;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0152038;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:66:66:16:16:0.195122:9:7:33:33:9:7:33:33 chr19 33498978 . A G 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1088;QD=58.6473;RBI=0.0327016;REFB=-0.0237901;REVB=-0.0291107;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000470377;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:0:1:23:17:0:1 chr19 33499071 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0222569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.297;QD=15.643;RBI=0.0296247;REFB=-0.00593012;REVB=0.0195513;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585766;STB=0.503367;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.007316;OID=.;OPOS=33499071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:10:19:13:7:10:19 chr19 33572089 . G C 141.1 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0525767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7219;QD=15.2535;RBI=0.21429;REFB=-0.0014278;REVB=0.20774;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131025;STB=0.569539;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.016878;OID=.;OPOS=33572089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:20:20:15:17:0.459459:7:8:8:12:8:9:8:12 chr19 33579128 . T C 335.93 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0333745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0186;QD=27.9943;RBI=0.0584155;REFB=-0.02021;REVB=0.0479428;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198057;STB=0.510909;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0265462;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:13:16:11:8:13:16:11:8 chr19 33586739 . G C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0421166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8585;QD=23.9645;RBI=0.0422867;REFB=-0.0391467;REVB=-0.00378908;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181085;STB=0.600754;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0217237;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:6:12:10:13:6:12 chr19 33600764 . T C 217.03 PASS AF=0.525;AO=22;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0157426;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.839;QD=21.7031;RBI=0.0258585;REFB=-0.0319205;REVB=-0.0205142;RO=19;SAF=18;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216222;STB=0.586118;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0274384;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:19:22:21:0.525:4:18:12:7:4:17:13:6 chr19 33602757 . C T 315.81 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0799671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.142;QD=17.7919;RBI=0.0815484;REFB=-0.0272317;REVB=-0.0159816;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106363;STB=0.550384;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0341837;OID=.;OPOS=33602757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:37:33:34:0.478873:18:15:21:16:18:16:21:16 chr19 33605300 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.086351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.114;QD=17.401;RBI=0.0872679;REFB=-0.0348891;REVB=-0.0126172;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0419454;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chr19 33605312 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.523;QD=54.517;RBI=0.057934;REFB=0;REVB=-0.0547838;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264462;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 33608733 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.372;QD=61.3362;RBI=0.0207652;REFB=0;REVB=0.0191318;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07458e-05;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr19 33635761 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.24;QD=57.2373;RBI=0.0231636;REFB=0;REVB=0.0230481;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36882e-05;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr19 33638539 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.644;QD=50.4128;RBI=0.02965;REFB=0;REVB=0.0293669;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528253;OID=.;OPOS=33638539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 33651392 . T C 32.95 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00345259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.045;QD=1.91002;RBI=0.00402022;REFB=-0.00283467;REVB=0.00205957;RO=62;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347336;STB=0.764003;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0199631;OID=.;OPOS=33651392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:69:69:62:62:7:7:0.101449:2:5:25:37:2:5:25:37 chr19 33668046 . G A 186.61 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0428202;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.175;QD=18.6614;RBI=0.0469994;REFB=-0.00424822;REVB=0.0193746;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131875;STB=0.574511;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00325624;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:11:8:6:15:11:8:6:15 chr19 33698291 . T C 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0231816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.54;QD=6.59505;RBI=0.0813417;REFB=-0.00298048;REVB=-0.0779685;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500043;STB=0.82878;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0142466;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:1:8:15:13:1:8:15:13 chr19 33698448 . G A 143.46 PASS AF=0.339623;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0406669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9494;QD=10.8271;RBI=0.0615429;REFB=-0.0285952;REVB=0.0461924;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299921;STB=0.507684;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0692066;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:34:35:16:18:0.339623:9:7:14:20:11:7:14:21 chr19 33702245 . A G 118.85 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.021378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3935;QD=16.978;RBI=0.0394423;REFB=-0.0638705;REVB=-0.0331463;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0601315;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:7:7:8:6:7:7 chr19 33791942 . G A 211.64 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00639923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.097;QD=16.5995;RBI=0.0370266;REFB=-0.015957;REVB=-0.0364694;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252346;STB=0.631381;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0197109;OID=.;OPOS=33791942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:10:13:8:19:10:13:9:19 chr19 33873414 . CA C 424.99 PASS AF=0.659091;AO=52;DP=88;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.073248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2965;QD=19.3176;RBI=0.103115;REFB=0.0508066;REVB=-0.0725776;RO=28;SAF=35;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967742;STB=0.537777;STBP=0.329;TYPE=del;VARB=-0.0328476;OID=.;OPOS=33873415;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.659091:52:88:58:88:30:37:21:16:14:99:28:35:17:15:13 chr19 33882222 . G A 398.18 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0042205;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4331;QD=14.2207;RBI=0.0171691;REFB=-0.0172053;REVB=-0.0166423;RO=66;SAF=18;SAR=28;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146748;STB=0.582839;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0280929;OID=.;OPOS=33882222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:28:18:35:31:28:18:35:31 chr19 34264354 . G A 205.05 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0115829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.906;QD=16.4039;RBI=0.0142618;REFB=-0.00636807;REVB=-0.00832084;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508764;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0119774;OID=.;OPOS=34264354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:12:9:12:16:12:9:12:17 chr19 34304260 . A AT 144.28 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0730875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5522;QD=10.1248;RBI=0.0845721;REFB=-0.0598477;REVB=0.0425518;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640739;STB=0.506489;STBP=0.92;TYPE=ins;VARB=0.0592916;OID=.;OPOS=34304261;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:27:57:28:57:29:9:19:9:20:99:28:8:19:10:18 chr19 34583700 . C T 337.74 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00280309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.618;QD=22.8975;RBI=0.013002;REFB=-0.0274699;REVB=0.0126963;RO=21;SAF=20;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127543;STB=0.546531;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0368616;OID=.;OPOS=34583700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:25:33:34:0.576271:13:20:9:12:14:20:12:13 chr19 34583716 . T G 355.51 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0282028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8794;QD=24.5176;RBI=0.028514;REFB=-0.028073;REVB=0.00420121;RO=23;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573695;STB=0.531478;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0194182;OID=.;OPOS=34583716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:17:18:10:13:17:18:10:13 chr19 34842488 . T C 733.67 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201861;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.639;QD=63.7975;RBI=0.0053288;REFB=0;REVB=0.00493167;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312415;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr19 34872382 . G A 705.34 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337563;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.98;QD=61.3337;RBI=0.0401561;REFB=-0.064146;REVB=0.0217491;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328295;OID=.;OPOS=34872382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:1:0:45:46:1:25:20:0:1:26:20:0:0 chr19 35420841 . A G 514.09 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0137252;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9889;QD=21.6459;RBI=0.0152307;REFB=-0.0110148;REVB=-0.00660266;RO=46;SAF=15;SAR=34;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202346;STB=0.612141;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00688851;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:46:46:49:49:0.515789:34:15:24:22:34:15:24:22 chr19 35422808 . C T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0310412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9454;QD=17.4898;RBI=0.0357887;REFB=0.00689445;REVB=0.0178121;RO=30;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204645;STB=0.6152;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00623514;OID=.;OPOS=35422808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:19:9:16:14:19:9:16:14 chr19 35434238 . A G 247.63 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0161126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.113;QD=24.763;RBI=0.0168767;REFB=0.00129102;REVB=-0.00502065;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185057;STB=0.589556;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00117486;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:13:9:11:6:13:10:11:6 chr19 35434512 . T C 164.52 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0279221;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.709;QD=20.5645;RBI=0.0320932;REFB=-0.00779777;REVB=-0.0158218;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388825;STB=0.730919;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00268859;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:15:17:17:0.53125:12:5:11:3:12:5:12:3 chr19 35435006 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0124667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.997;QD=25.2554;RBI=0.0125139;REFB=-0.00729804;REVB=-0.0010864;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138246;STB=0.57768;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00476469;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:4:6:13:4:4:6 chr19 35449409 . G A 142.59 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0501066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.83;QD=22.8137;RBI=0.0502139;REFB=-0.00590531;REVB=0.00328176;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.57133;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00992409;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:5:5:10:5:5:5 chr19 35449760 . G C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0126116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0452;QD=16.042;RBI=0.0382401;REFB=0.0248333;REVB=0.0361005;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205789;STB=0.616803;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0318396;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:6:20:11:8:6:20 chr19 35450229 . C T 448.74 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00574221;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.399;QD=32.0528;RBI=0.0145084;REFB=-0.0210111;REVB=-0.0133236;RO=16;SAF=19;SAR=21;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198477;STB=0.510747;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00826075;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:16:16:40:40:0.714286:21:19:7:9:21:19:7:9 chr19 35530996 . GC G,GG 81.5 PASS AF=0.473684,0.157895;AO=7,3;DP=19;FAO=9,3;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8,2;FSAR=1,1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.220381,0.0877089;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.2278,21.4463;QD=17.1579;RBI=0.22042,0.0897041;REFB=-0.0657191,-0.0532644;REVB=-0.00415121,-0.0188145;RO=8;SAF=6,2;SAR=1,1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404365,0.177018;STB=0.783546,0.665556;STBP=0.034,0.642;TYPE=del,snp;VARB=0.049951,0.0699859;OID=.,.;OPOS=35530997,35530997;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684,0.157895:7,3:19:9,3:19:7:8,2:1,1:3:4:43:8:6,2:1,1:4:4 chr19 35577870 . G A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0328231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9324;QD=16.6184;RBI=0.0333349;REFB=-0.0398344;REVB=-0.00581888;RO=28;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288279;STB=0.664653;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0348107;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:17:6:15:13:17:6:15:13 chr19 35590180 . T A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.792;QD=56.7066;RBI=0.0387884;REFB=0;REVB=0.0352876;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196075;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 35597352 . T C 286.12 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.368;QD=52.0214;RBI=0.0339577;REFB=0;REVB=0.0292197;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771561;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:19:22:1:17:2:0:0:19:3:0:0 chr19 35610245 . A G 459.93 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8785;QD=57.4909;RBI=0.0398872;REFB=0;REVB=0.0396672;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145151;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:6:25:0:0:7:25:0:0 chr19 35612167 . C CA 137.06 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=215.344;QD=42.1728;RBI=0.0124748;REFB=0;REVB=0.0124748;RO=11;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.16287e-05;OID=.;OPOS=35612168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:13:13:0:0:13:0:0:4:11:0:2:0:11 chr19 35612168 . T A 95.31 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.917;QD=31.7712;RBI=0.0139949;REFB=0.0250354;REVB=0.0139949;RO=2;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180016;OID=.;OPOS=35612168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:12:2:2:10:10:0.833333:10:0:0:2:10:0:0:2 chr19 35614336 . T C 576.66 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0162921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2461;QD=52.4233;RBI=0.0167496;REFB=-0.00689778;REVB=0.00388811;RO=4;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305868;STB=0.516347;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0100997;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:23:17:1:3:23:17:1:3 chr19 35614533 . TA T,TT 432.59 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=11,17;DP=28;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089035,0.028844;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.7013,31.6835;QD=55.8177;RBI=0.0920092,0.186329;REFB=0,0;REVB=0.0232048,0.184083;RO=0;SAF=3,12;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0113267,0.0278066;OID=.,.;OPOS=35614534,35614534;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0967742,0.903226:11,17:28:3,28:31:0:2,14:1,14:0:0:11:0:3,12:8,5:0:0 chr19 35616315 . GC AT 186.51 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148122;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.718;QD=46.6269;RBI=0.046651;REFB=0;REVB=0.044237;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000543835;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr19 35616663 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.969;QD=61.3342;RBI=0.0740216;REFB=0;REVB=0.0466436;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296594;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr19 35616692 . C T 598.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543733;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.033;QD=61.3455;RBI=0.0558188;REFB=0;REVB=0.0126207;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409373;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 35617122 . A G 417.43 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7275;QD=53.8625;RBI=0.0387098;REFB=-0.0311494;REVB=-0.0323405;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00574698;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:0:1:19:11:0:1 chr19 35617270 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.501;QD=42.1823;RBI=0.0735933;REFB=0;REVB=0.0654152;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217104;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 35622695 . A G 556.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6267;QD=60.2032;RBI=0.0727587;REFB=0;REVB=0.0120415;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817509;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr19 35648365 . T G 252.27 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0230937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.451;QD=21.0221;RBI=0.0354615;REFB=-0.0278807;REVB=0.0269109;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164663;STB=0.592942;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0287976;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:7:17:13:11:7:17:13:11 chr19 35649281 . A G 151.07 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0196213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7815;QD=22.3803;RBI=0.0320053;REFB=-0.019592;REVB=-0.0252853;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27115;STB=0.651405;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.018938;OID=.;OPOS=35649281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:2:9:7:9:2:9 chr19 35649324 . C G 323.75 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.653;QD=53.9588;RBI=0.0344027;REFB=0;REVB=-0.0084394;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12387e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr19 35655151 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.362;QD=47.8223;RBI=0.0554344;REFB=0;REVB=0.0069307;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452039;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 35660508 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2228;QD=53.3619;RBI=0.0161419;REFB=-0.0264726;REVB=0.00735367;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000833218;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:1:0:13:16:1:0 chr19 35715804 . G A 103.27 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0149725;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.809;QD=6.07488;RBI=0.0166352;REFB=-0.00956115;REVB=0.00724931;RO=52;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201047;STB=0.624844;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0555821;OID=.;OPOS=35715804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:52:52:16:16:0.235294:10:6:28:24:10:6:28:24 chr19 35719020 . C T 573.15 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.249;QD=60.3313;RBI=0.0508018;REFB=0;REVB=0.031973;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731046;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr19 35719106 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5862;QD=59.8334;RBI=0.00987032;REFB=0;REVB=0.00772344;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82065e-05;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr19 35757427 . G A 725.93 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00969559;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.264;QD=54.7868;RBI=0.0431416;REFB=-0.113663;REVB=0.042038;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000912153;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr19 35758274 . TG GA,TGGGA 1231.0 PASS AF=0.0555556,0.888889;AO=5,76;DP=92;FAO=5,80;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=4,41;FSAR=1,39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.018479,0.0113991;FXX=0.0217368;HRUN=1,3;LEN=2,3;MLLD=117.952,120.072;QD=54.7109;RBI=0.0186535,0.0120018;REFB=-0.00859675,-0.0640494;REVB=0.00254527,0.00375539;RO=7;SAF=4,41;SAR=1,35;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.260267,-0.0051177;STB=0.5,0.516932;STBP=1,0.225;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0533822,0.00463358;OID=.,.;OPOS=35758274,35758276;OREF=TG,-;OALT=GA,GGA;OMAPALT=GA,TGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:92:90:7:5:5,76:5,80:0.0555556,0.888889:1,35:4,41:4:3:1,39:4,41:4:1 chr19 35786868 . C T 688.18 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0157203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.765;QD=23.9369;RBI=0.0158633;REFB=-0.0144239;REVB=-0.00212482;RO=49;SAF=26;SAR=40;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388026;STB=0.521152;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00817111;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:49:49:66:66:0.573913:40:26:17:32:40:26:17:32 chr19 35790503 . G A 290.0 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0340767;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.397;QD=24.6804;RBI=0.092972;REFB=-0.0112477;REVB=0.0865018;RO=23;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720601;STB=0.560296;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0114314;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:23:21:25:26:0.553191:6:19:16:7:6:20:14:7 chr19 35820708 . C A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0336952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8881;QD=11.1303;RBI=0.0371276;REFB=-0.00942798;REVB=0.0155913;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282984;STB=0.66637;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0317487;OID=.;OPOS=35820708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:4:13:5:5:4:13 chr19 35843086 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7018;QD=46.8451;RBI=0.194335;REFB=0;REVB=0.192756;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00737073;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr19 35849883 . C G 267.43 PASS AF=0.382716;AO=29;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.133147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.526;QD=13.2064;RBI=0.134322;REFB=-0.017396;REVB=-0.0177315;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104615;STB=0.597942;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.027531;OID=.;OPOS=35849883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:49:29:31:0.382716:10:19:17:14:11:20:24:25 chr19 35849926 . G A 318.77 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0106909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.681;QD=12.1436;RBI=0.0137726;REFB=-0.0088542;REVB=0.00868268;RO=66;SAF=14;SAR=25;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254455;STB=0.645323;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0218695;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:25:14:39:27:25:14:39:27 chr19 35863226 . G T 101.97 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.133734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9951;QD=15.1062;RBI=0.187753;REFB=-0.0288462;REVB=0.131782;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202806;STB=0.631394;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0442893;OID=.;OPOS=35863226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:7:5:3:11:7:6:3:11 chr19 35863707 . G A 57.78 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0230579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.173;QD=19.2587;RBI=0.0255418;REFB=-0.0681137;REVB=-0.0109871;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.624737;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0251979;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:12:4:4:7:8:0.666667:5:2:0:4:6:2:0:4 chr19 35898796 . T TC 90.51 PASS AF=0.34;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0257793;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.061;QD=7.2404;RBI=0.115251;REFB=0.0148458;REVB=-0.112331;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118302;STB=0.575975;STBP=0.492;TYPE=ins;VARB=-0.0316543;OID=.;OPOS=35898797;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:17:55:17:50:33:10:7:23:10:90:38:10:7:26:12 chr19 35898899 . A G 92.19 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0248694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3516;QD=8.78003;RBI=0.0534521;REFB=-0.00579136;REVB=-0.0473142;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582856;STB=0.551636;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00651754;OID=.;OPOS=35898899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:29:30:12:12:0.285714:4:8:18:11:4:8:18:12 chr19 35899969 . GC G 182.94 PASS AF=0.460317;AO=26;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00746725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.6891;QD=11.6153;RBI=0.11372;REFB=0.0107573;REVB=-0.113474;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0.347542;SSEP=0;SSSB=0.144084;STB=0.603102;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=-0.0159099;OID=.;OPOS=35899970;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460317:26:63:29:63:34:19:10:16:18:99:29:18:8:16:13 chr19 35978299 . C T 109.64 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00939959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.22;QD=14.1475;RBI=0.0162806;REFB=-0.0110394;REVB=0.0132931;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176841;STB=0.568421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0167264;OID=.;OPOS=35978299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:4:8:9:9:5:8:9:9 chr19 35979696 . C T 433.52 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00126267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.008;QD=26.2737;RBI=0.00410717;REFB=-0.0189593;REVB=-0.00390827;RO=24;SAF=14;SAR=27;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851444;STB=0.556232;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0127982;OID=.;OPOS=35979696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:25:41:41:0.621212:27:14:11:13:27:14:12:13 chr19 35991373 . C T 743.57 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.030714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.581;QD=59.4859;RBI=0.0308759;REFB=-0.108138;REVB=0.00315771;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000762345;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:1:2:47:48:0.96:24:23:0:1:25:23:1:1 chr19 35991442 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.592;QD=64.415;RBI=0.0613757;REFB=0;REVB=-0.0184262;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157231;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr19 35997457 . G T 194.15 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0789793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.741;QD=24.2692;RBI=0.0813884;REFB=-0.0257893;REVB=0.0196556;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300096;STB=0.516761;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0226645;OID=.;OPOS=35997457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:6:7:11:8:6:7 chr19 35998362 . T G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0352186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.601;QD=6.81346;RBI=0.0367963;REFB=0.012075;REVB=0.0106592;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.64662;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0260803;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:10:9:2:5:10:9 chr19 36002393 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0608604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.537;QD=12.8602;RBI=0.0904878;REFB=-0.00964028;REVB=0.066963;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437863;STB=0.749497;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0201671;OID=.;OPOS=36002393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:8:0:3:4:8:0 chr19 36004106 . A G 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.926;QD=60.2197;RBI=0.0139562;REFB=0;REVB=-0.0120729;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98013e-05;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr19 36017928 . G C 220.87 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.235798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.444;QD=49.0815;RBI=0.236077;REFB=0;REVB=0.0114735;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169612;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:11:18:1:11:0:0:0:13:5:0:0 chr19 36018130 . G A 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7583;QD=33.4097;RBI=0.156728;REFB=0;REVB=0.152883;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173986;OID=.;OPOS=36018130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 36048741 . G T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0605244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.73;QD=14.6525;RBI=0.0605245;REFB=0.00480405;REVB=0.000103094;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333798;STB=0.691819;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00183858;OID=.;OPOS=36048741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:0:5:4:2:0:5 chr19 36050969 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0257589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.641;QD=21.3521;RBI=0.0386026;REFB=-0.0330278;REVB=-0.0287514;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278387;STB=0.657299;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0169524;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:2:7:5:8:2:7 chr19 36066570 . A G 3711.16 PASS AF=0.90493;AO=257;DP=284;FAO=257;FDP=284;FR=.;FRO=27;FSAF=83;FSAR=174;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.011702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.25;QD=52.2699;RBI=0.0119653;REFB=-9.01329e-05;REVB=0.00249649;RO=27;SAF=83;SAR=174;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173101;STB=0.50912;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=3.08669e-06;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:284:284:27:27:257:257:0.90493:174:83:11:16:174:83:11:16 chr19 36066577 . A G 3549.47 PASS AF=0.901818;AO=247;DP=275;FAO=248;FDP=275;FR=.;FRO=27;FSAF=83;FSAR=165;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00446432;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.402;QD=51.6286;RBI=0.0154786;REFB=0.00259579;REVB=0.0148208;RO=27;SAF=83;SAR=164;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148771;STB=0.507974;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.000194832;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:275:275:27:27:247:248:0.901818:164:83:11:16:165:83:11:16 chr19 36066634 . A G 2797.45 PASS AF=0.895928;AO=198;DP=221;FAO=198;FDP=221;FR=.;FRO=23;FSAF=78;FSAR=120;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0249336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4594;QD=50.6326;RBI=0.0254831;REFB=-0.0255296;REVB=-0.00526324;RO=22;SAF=78;SAR=120;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120008;STB=0.504442;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00564758;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:221:221:22:23:198:198:0.895928:120:78:10:12:120:78:10:13 chr19 36066642 . A G 2519.05 PASS AF=0.887805;AO=181;DP=204;FAO=182;FDP=205;FR=.;FRO=23;FSAF=75;FSAR=107;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0162283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.63;QD=49.1521;RBI=0.0163628;REFB=0.0137847;REVB=0.00209392;RO=23;SAF=75;SAR=106;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235212;STB=0.512637;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00175434;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:204:205:23:23:181:182:0.887805:106:75:12:11:107:75:12:11 chr19 36066645 . A G 2473.73 PASS AF=0.878173;AO=170;DP=195;FAO=173;FDP=197;FR=.;FRO=24;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00906394;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.907;QD=50.2281;RBI=0.0120436;REFB=-0.0444662;REVB=0.00793047;RO=23;SAF=74;SAR=96;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197792;STB=0.514115;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00664531;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:23:24:170:173:0.878173:96:74:12:11:99:74:13:11 chr19 36066661 . A G 1669.94 PASS AF=0.818792;AO=122;DP=150;FAO=122;FDP=149;FR=.;FRO=27;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0361346;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.157;QD=44.8307;RBI=0.0364975;REFB=0.00716641;REVB=-0.00513355;RO=27;SAF=63;SAR=59;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133829;STB=0.507106;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00168849;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:27:27:122:122:0.818792:59:63:15:12:59:63:15:12 chr19 36066667 . A G 1238.89 PASS AF=0.765625;AO=97;DP=127;FAO=98;FDP=128;FR=.;FRO=30;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00868156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.828;QD=38.7154;RBI=0.0138996;REFB=-0.00851937;REVB=-0.0108549;RO=30;SAF=61;SAR=36;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292242;STB=0.513811;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00232943;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:30:30:97:98:0.765625:36:61:17:13:37:61:17:13 chr19 36066744 . C T 74.58 PASS AF=0.19403;AO=12;DP=66;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0112674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.889;QD=4.45283;RBI=0.0125076;REFB=-0.00839755;REVB=-0.00543007;RO=52;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173795;STB=0.575228;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0492414;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:66:67:52:54:12:13:0.19403:5:7:23:29:6:7:24:30 chr19 36066754 . A G 34.39 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0021183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.255;QD=2.21859;RBI=0.0351244;REFB=-0.00717324;REVB=-0.0350604;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350822;STB=0.627757;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0413136;OID=.;OPOS=36066754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:62:36:55:7:7:0.112903:5:2:21:15:5:2:23:32 chr19 36142187 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0199854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.538;QD=14.1699;RBI=0.0204095;REFB=-0.00668582;REVB=-0.00413914;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316368;STB=0.683866;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0118288;OID=.;OPOS=36142187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:9:3:6:4:9:3 chr19 36168914 . T C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0295644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1749;QD=17.6435;RBI=0.0322035;REFB=0.00087473;REVB=-0.0127676;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00307933;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr19 36214632 . A AG 839.12 PASS AF=1;AO=68;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139403;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.356;QD=46.618;RBI=0.144876;REFB=0;REVB=-0.0394439;RO=6;SAF=16;SAR=52;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00116099;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:75:72:72:0:16:56:0:0:15:6:16:52:0:6 chr19 36218478 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0611906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.113;QD=12.7389;RBI=0.0626134;REFB=-0.023219;REVB=0.0132722;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0242569;OID=.;OPOS=36218478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:4:6:6:2:4:6 chr19 36224705 . A G 178.2 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00572497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.002;QD=14.8502;RBI=0.00791735;REFB=-0.0206857;REVB=-0.00546892;RO=28;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900914;STB=0.581997;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0299358;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:18:19:0.395833:14:4:8:20:15:4:9:20 chr19 36233470 . G A 292.85 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0454611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.907;QD=17.2262;RBI=0.0527639;REFB=-0.00736505;REVB=0.0267829;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.591184;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00724809;OID=.;OPOS=36233470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:36:32:32:0.470588:14:18:14:20:14:18:14:22 chr19 36236871 . C T 508.03 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0191908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.621;QD=20.7358;RBI=0.0194885;REFB=0.00592001;REVB=-0.00339364;RO=49;SAF=21;SAR=28;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559082;STB=0.530961;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00632071;OID=.;OPOS=36236871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:28:21:24:25:28:21:24:25 chr19 36243089 . T C 581.07 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107497;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.105;QD=61.1649;RBI=0.0385653;REFB=0;REVB=-0.0370368;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922651;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr19 36243813 . G A 1678.1 PASS AF=0.95082;AO=115;DP=122;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00039861;FXX=0.0161277;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.894;QD=55.0196;RBI=0.00405081;REFB=-0.0228806;REVB=0.00403115;RO=6;SAF=53;SAR=62;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120765;STB=0.506537;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000283235;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:122:122:6:6:115:116:0.95082:62:53:2:4:62:54:2:4 chr19 36255796 . G A 472.33 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.019856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7422;QD=16.1481;RBI=0.0212114;REFB=0.00204407;REVB=-0.00746074;RO=64;SAF=34;SAR=18;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311067;STB=0.514033;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00231786;OID=.;OPOS=36255796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:65:52:52:0.444444:18:34:40:24:18:34:41:24 chr19 36258937 . AG A 459.15 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.2799;QD=43.7281;RBI=0.201328;REFB=0;REVB=-0.11858;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00836448;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:38:42:42:0:21:21:0:0:9:0:19:18:0:0 chr19 36273534 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.335;QD=55.6548;RBI=0.096445;REFB=0;REVB=0.0421659;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586738;OID=.;OPOS=36273534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr19 36275074 . G A 314.58 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0466973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.436;QD=50.3333;RBI=0.0764666;REFB=-0.196681;REVB=0.0605516;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.533305;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00141371;OID=.;OPOS=36275074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:25:0:1:23:24:0.96:17:6:0:0:17:7:1:0 chr19 36302921 . T C 2650.86 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.872;QD=61.648;RBI=0.0424699;REFB=0;REVB=-0.0285324;RO=0;SAF=79;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82687e-06;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:172:0:0:170:172:1:91:79:0:0:92:80:0:0 chr19 36322270 . C T 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0436389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.835;QD=52.6958;RBI=0.044306;REFB=-0.0902298;REVB=0.00765949;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.517234;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00231046;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:28:21:0:1:28:21:0:2 chr19 36342212 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.124;QD=55.0971;RBI=0.050513;REFB=0;REVB=0.0169641;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402106;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr19 36355595 . A G 341.9 PASS AF=0.964286;AO=24;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3633;QD=48.8432;RBI=0.0368739;REFB=0.0709151;REVB=0.0318206;RO=2;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770585;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000360723;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:28:2:1:24:27:0.964286:13:11:2:0:14:13:1:0 chr19 36430465 . A C 95.54 PASS AF=0.48;AO=7;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.015249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.548;QD=15.2861;RBI=0.0194276;REFB=-0.0135595;REVB=-0.0120374;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115383;STB=0.519967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0218906;OID=.;OPOS=36430465;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:13:7:12:0.48:4:3:7:6:6:6:7:6 chr19 36430798 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00320246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.81;QD=11.8817;RBI=0.063076;REFB=-0.0100412;REVB=-0.0629946;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18797;STB=0.610964;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0140215;OID=.;OPOS=36430798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:12:16:6:9:12:16 chr19 36435564 . G A 95.31 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00816636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1551;QD=34.6568;RBI=0.00971371;REFB=-0.136775;REVB=0.00525992;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0087467;OID=.;OPOS=36435564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr19 36486445 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.8;QD=55.0987;RBI=0.0911725;REFB=0;REVB=0.055439;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038676;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr19 36530892 . C T 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000255192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.003;QD=16.9925;RBI=0.000361284;REFB=-0.0240751;REVB=-0.000255739;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155674;STB=0.5877;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0214887;OID=.;OPOS=36530892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:10:17:14:16:10:17:14:16 chr19 36549690 . C T 213.64 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00836872;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7412;QD=19.873;RBI=0.0837244;REFB=-0.00810162;REVB=-0.0833051;RO=22;SAF=17;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444439;STB=0.753433;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00604665;OID=.;OPOS=36549690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:4:17:8:14:4:17:8:14 chr19 36575645 . G A 44.61 PASS AF=0.28;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.02722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.333;QD=7.1376;RBI=0.0378014;REFB=-0.012241;REVB=-0.0262301;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156386;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0406448;OID=.;OPOS=36575645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:17:18:7:7:0.28:5:2:7:10:5:2:7:11 chr19 36590329 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0184612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.238;QD=17.3789;RBI=0.0262259;REFB=-0.0249441;REVB=-0.0186274;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.666349;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0130279;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:4:6:3:8:4:6 chr19 36595436 . A C 199.23 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00374407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.399;QD=15.6258;RBI=0.0709038;REFB=-0.019772;REVB=-0.0708049;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147169;STB=0.530275;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0244155;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:29:29:20:22:0.431373:12:8:12:17:14:8:12:17 chr19 36605552 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0671759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7345;QD=16.4541;RBI=0.0688504;REFB=-0.0334556;REVB=-0.0150922;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0196948;OID=.;OPOS=36605552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr19 36642884 . T C 83.95 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0103202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.485;QD=11.5788;RBI=0.0212145;REFB=-0.0202565;REVB=0.0185351;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196337;STB=0.620033;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0237407;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:29:17:18:10:11:0.37931:6:4:10:7:7:4:10:8 chr19 36674305 . A G 94.68 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0103202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.221;QD=10.8211;RBI=0.0204117;REFB=-0.00676929;REVB=-0.0176105;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218669;STB=0.633551;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.026473;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:2:10:16:7:2:10:16:7 chr19 36885067 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.228;QD=42.1826;RBI=0.0178758;REFB=0;REVB=0.0115147;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190063;OID=.;OPOS=36885067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 36940760 . G T 81.86 PASS AF=0.275;AO=12;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0345639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9356;QD=8.18617;RBI=0.0371747;REFB=-0.00420048;REVB=-0.0136856;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116635;STB=0.520511;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0103181;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:27:29:12:11:0.275:5:7:13:14:5:6:15:14 chr19 37004938 . T C 124.69 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.025931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5065;QD=17.8127;RBI=0.0540376;REFB=-0.0518605;REVB=0.0474093;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662356;STB=0.537988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0147443;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:6:8:9:5:6:8 chr19 37038416 . TC CC,CT 243.91 PASS AF=0.547619,0;AO=23,2;DP=42;FAO=23,0;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14,0;FSAR=9,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0207862,0.0203517;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=74.2639,40.2995;QD=23.2294;RBI=0.0210166,0.0229326;REFB=0.00252355,-0.0153735;REVB=0.00310369,-0.0105693;RO=17;SAF=14,0;SAR=9,2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237891,-0.456158;STB=0.653015,0.5;STBP=0.049,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00249868,0;OID=.,.;OPOS=37038416,37038416;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:19:23,2:23,0:0.547619,0:9,2:14,0:5:12:9,0:14,0:5:14 chr19 37039069 . A C 175.95 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00406299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.254;QD=20.7;RBI=0.00559626;REFB=-0.028173;REVB=-0.00384841;RO=16;SAF=3;SAR=15;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523264;STB=0.797518;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0364217;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:15:3:12:4:15:3:12:4 chr19 37065732 . A C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0236213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.869;QD=22.5345;RBI=0.0237264;REFB=0.0113049;REVB=0.00223132;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129356;STB=0.572802;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00719735;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:7:8:13:6:7:8 chr19 37068081 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.304;QD=44.6898;RBI=0.0229252;REFB=0;REVB=-0.0154398;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66173e-05;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 37117302 . A G 465.07 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.084;QD=58.1342;RBI=0.0634702;REFB=0;REVB=-0.0027114;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105951;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:29:32:1:18:11:0:0:16:16:0:0 chr19 37134737 . T C 449.04 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.0204702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0541;QD=12.9219;RBI=0.0225656;REFB=-0.0186323;REVB=-0.009496;RO=87;SAF=32;SAR=20;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724985;STB=0.541268;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0311845;OID=.;OPOS=37134737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:87:52:52:0.374101:20:32:48:39:20:32:48:39 chr19 37210529 . A G 36.11 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.015077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5848;QD=6.56514;RBI=0.019874;REFB=-0.00679955;REVB=-0.0129484;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416902;STB=0.774851;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0167668;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:8:8:5:1:8:8 chr19 37210805 . C T 433.52 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244727;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6222;QD=57.8027;RBI=0.0428878;REFB=0;REVB=-0.03522;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146371;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr19 37241141 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000767273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.948;QD=16.2712;RBI=0.0177919;REFB=-0.0201095;REVB=-0.0177753;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109898;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0262952;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:11:7:6:9:11:7 chr19 37441111 . C T 173.64 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0124582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.751;QD=22.4045;RBI=0.0295634;REFB=-0.0115742;REVB=-0.0268102;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.575126;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00635811;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:16:16:0.516129:6:10:6:7:6:10:6:7 chr19 37441365 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.013864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.974;QD=22.9179;RBI=0.0559994;REFB=-0.132512;REVB=0.0542561;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0399028;OID=.;OPOS=37441365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:3:1:3:6:3:1 chr19 37441980 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0523441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.683;QD=8.69782;RBI=0.0558519;REFB=-0.00473734;REVB=0.0194816;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448782;STB=0.785954;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0213533;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:7:7:6:1:7:7 chr19 37482151 . A G 271.02 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0660038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.035;QD=14.6495;RBI=0.0660313;REFB=-0.00281929;REVB=0.00190523;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136959;STB=0.565252;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00474066;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:43:30:31:0.418919:15:15:26:15:15:16:27:16 chr19 37487723 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00936101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.221;QD=16.0426;RBI=0.0153408;REFB=0.00987399;REVB=-0.0121536;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122546;STB=0.507035;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0146911;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:12:14:10:9:12:14 chr19 37487866 . A T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-7.21497e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.638;QD=16.0652;RBI=0.0369353;REFB=-0.0237151;REVB=-0.0369352;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829087;STB=0.547567;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0261476;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:10:14:9:9:10:14 chr19 37487873 . C A 118.93 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0316631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.969;QD=13.2141;RBI=0.0316958;REFB=-0.00155623;REVB=0.00144022;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700618;STB=0.540926;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00595076;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:8:14:8:6:8:14 chr19 37487975 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0132675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.898;QD=13.5042;RBI=0.0138001;REFB=-3.16036e-05;REVB=0.0037969;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256974;STB=0.650908;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=3.76258e-05;OID=.;OPOS=37487975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:7:10:4:8:7:10 chr19 37488197 . G A 236.18 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.059958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2013;QD=15.7453;RBI=0.0811524;REFB=-0.0302926;REVB=0.0546878;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13489;STB=0.56517;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0344444;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:13:13:21:12:13:14:21:12 chr19 37488299 . A G 133.4 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=35;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0360537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3494;QD=14.0422;RBI=0.0792601;REFB=-0.0393906;REVB=0.0705853;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389154;STB=0.740023;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0568566;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:21:22:14:16:0.421053:12:2:9:12:14:2:9:13 chr19 37690375 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0132578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.095;QD=11.9196;RBI=0.0278724;REFB=-0.0199275;REVB=-0.0245173;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0325483;OID=.;OPOS=37690375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:3:6:4:3:3:6 chr19 37690420 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.028;QD=55.6561;RBI=0.0344312;REFB=0;REVB=0.0302544;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114784;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 37854580 . C T 61.34 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0144423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6658;QD=18.8735;RBI=0.0182558;REFB=0.0202379;REVB=0.0111668;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.011499;OID=.;OPOS=37854580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr19 37880775 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0340778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7645;QD=25.2436;RBI=0.0341271;REFB=0.000231066;REVB=-0.00183462;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931879;STB=0.551687;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.000775996;OID=.;OPOS=37880775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:12:10:16:12:12:10 chr19 38028055 . G A 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0149132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.387;QD=2.42252;RBI=0.015157;REFB=-0.0013661;REVB=-0.00270737;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207404;STB=0.666112;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.014167;OID=.;OPOS=38028055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:52:45:46:6:6:0.115385:2:4:22:23:2:4:22:24 chr19 38030265 . G A 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.018736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.115;QD=17.7514;RBI=0.0241922;REFB=-0.0179446;REVB=-0.0153044;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726928;STB=0.540925;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0185652;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:14:13:14:11:14:13 chr19 38046946 . C A 221.99 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0159028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2935;QD=25.3697;RBI=0.0433978;REFB=0.0282372;REVB=-0.040379;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608956;STB=0.533947;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0195838;OID=.;OPOS=38046946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:6:15:9:5:6:15:9:5 chr19 38161070 . A T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0432537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.467;QD=20.1601;RBI=0.0432582;REFB=-0.017868;REVB=-0.000620019;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0172526;OID=.;OPOS=38161070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:8:6:6:10:8:6 chr19 38189440 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.547;QD=61.3362;RBI=0.0192714;REFB=0;REVB=0.0158371;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19342e-06;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr19 38189616 . T C 296.27 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00281549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.042;QD=49.3784;RBI=0.0525662;REFB=-0.0302934;REVB=-0.0524908;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00651568;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:0:1:11:12:0:1 chr19 38202515 . GA AC,GC 255.2 PASS AF=0.318182,0.636364;AO=7,14;DP=22;FAO=7,14;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=3,7;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.14613,-0.00226922;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=31.1569,148.8;QD=46.3993;RBI=0.159554,0.140122;REFB=-0.0140983,-0.157388;REVB=0.0640565,0.140104;RO=0;SAF=3,7;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5554,0.533286;STBP=0.526,0.509;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0323329,0.0133292;OID=.,.;OPOS=38202515,38202516;OREF=GA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:22:22:0:1:7,14:7,14:0.318182,0.636364:4,7:3,7:0:0:4,7:3,7:0:1 chr19 38229824 . T C 130.11 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6292;QD=43.371;RBI=0.0567998;REFB=0;REVB=0.0182235;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207151;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr19 38230720 . C G 172.65 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00509693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.255;QD=16.8443;RBI=0.0207275;REFB=-0.00869787;REVB=0.0200911;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142722;STB=0.580917;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00990764;OID=.;OPOS=38230720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:18:19:0.463415:12:6:10:11:13:6:10:12 chr19 38315089 . G A 241.41 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0308722;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.08;QD=20.5458;RBI=0.0320733;REFB=-0.0252795;REVB=0.0086952;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965742;STB=0.533553;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0280894;OID=.;OPOS=38315089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:24:23:23:0.489362:10:13:10:12:10:13:12:12 chr19 38375666 . C T 156.44 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00978138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.766;QD=24.0668;RBI=0.0155042;REFB=-0.0220041;REVB=0.0120293;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698094;STB=0.552263;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00972882;OID=.;OPOS=38375666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:5:11:7:2:5:11:8:2 chr19 38376485 . T A 163.9 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0243509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.951;QD=15.9902;RBI=0.0246996;REFB=-0.0283517;REVB=0.00413571;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319444;STB=0.691657;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.014201;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:12:5:14:9:13:5:14:9 chr19 38377564 . T C 76.06 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0241004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7991;QD=12.169;RBI=0.0254571;REFB=-0.0475557;REVB=0.00819946;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.523317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0647451;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:5:10:7:3:5:10 chr19 38378539 . G C 148.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00948154;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.077;QD=16.9533;RBI=0.043801;REFB=-0.000532603;REVB=-0.0427625;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158905;STB=0.599886;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00107759;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:14:4:6:10:15:4 chr19 38379446 . C T 90.43 PASS AF=0.26087;AO=13;DP=45;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0175731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.171;QD=7.86317;RBI=0.0209264;REFB=-0.00278156;REVB=-0.0113622;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343006;STB=0.685031;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0393134;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:32:34:13:12:0.26087:5:8:10:22:5:7:11:23 chr19 38382328 . C T 451.45 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00534201;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.754;QD=23.4519;RBI=0.0342;REFB=0.000430621;REVB=-0.0337802;RO=33;SAF=26;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236008;STB=0.631889;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000327344;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:33:33:43:44:0.571429:17:26:10:23:17:27:10:23 chr19 38383456 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0319573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.746;QD=10.0752;RBI=0.0597505;REFB=-0.0309305;REVB=-0.0504861;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226511;STB=0.636048;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0538289;OID=.;OPOS=38383456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:4:10:4:4:4:10 chr19 38652993 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167227;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=324.152;QD=33.4285;RBI=0.114672;REFB=0;REVB=0.11466;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069487;OID=.;OPOS=38652993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 38673298 . C G 127.98 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.120934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.973;QD=20.4766;RBI=0.12337;REFB=0.0160297;REVB=0.0243976;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150655;STB=0.585674;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00652033;OID=.;OPOS=38673298;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:5:6:5:9:5:6 chr19 38684261 . G C 46.19 PASS AF=0.368421;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.13135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.296;QD=9.72485;RBI=0.132934;REFB=-0.0098558;REVB=-0.0204579;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255761;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0161374;OID=.;OPOS=38684261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:8:12:5:7:0.368421:3:2:3:5:4:3:6:6 chr19 38696774 . C T 107.7 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00445842;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.364;QD=20.5149;RBI=0.0438514;REFB=-0.0492558;REVB=0.0436242;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213307;STB=0.512175;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0430173;OID=.;OPOS=38696774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:4:5:7:5:4:5 chr19 38698997 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9561;QD=33.4285;RBI=0.0276044;REFB=0;REVB=0.0276044;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264748;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 38702777 . C T 150.68 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.104067;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.413;QD=16.742;RBI=0.105048;REFB=-0.0230863;REVB=-0.0143173;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389529;STB=0.714067;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0447748;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:19:15:16:0.444444:7:8:1:13:8:8:2:17 chr19 38706989 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00825294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.288;QD=10.0752;RBI=0.00828658;REFB=-0.0229666;REVB=-0.00074589;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0362187;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:6:8:5:3:6:8 chr19 38709568 . C T 188.29 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0576854;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3358;QD=39.6398;RBI=0.0842818;REFB=0.0536321;REVB=0.0614477;RO=2;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963741;STB=0.624835;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00068678;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:19:2:2:16:17:0.894737:3:13:1:1:3:14:0:2 chr19 38861333 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.984;QD=63.8712;RBI=0.0829707;REFB=0;REVB=0.0816718;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191091;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr19 38935280 . A G 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7298;QD=57.8823;RBI=0.0238077;REFB=0;REVB=-0.0110891;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12482e-05;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr19 38939408 . T C 541.6 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00445956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7838;QD=57.0109;RBI=0.00665636;REFB=-0.0352573;REVB=0.0049416;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000807219;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:0:1:36:37:0.973684:17:19:0:0:17:20:1:0 chr19 38946182 . G A 820.07 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.783;QD=55.5979;RBI=0.0515121;REFB=-0.141472;REVB=0.048765;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00140112;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:1:0 chr19 38949904 . C T 538.01 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.9223;QD=59.7784;RBI=0.0990029;REFB=0;REVB=-0.0919731;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408518;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:23:8:0:0:23:13:0:0 chr19 38956803 . G A 1573.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.628;QD=59.9456;RBI=0.0611178;REFB=0;REVB=0.0530627;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129622;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:51:52:0:0:51:54:0:0 chr19 38990456 . C T 138.17 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9827;QD=42.5133;RBI=0.101109;REFB=0;REVB=0.0461474;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213387;OID=.;OPOS=38990456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:4:9:0:0 chr19 39108015 . G A 50.26 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.000338146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.782;QD=4.78713;RBI=0.0172638;REFB=-0.00150091;REVB=-0.0172605;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254149;STB=0.668197;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0125709;OID=.;OPOS=39108015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:20:14:5:3:20:14 chr19 39196745 . C T 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00831203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.425;QD=12.6387;RBI=0.00876244;REFB=0.0109445;REVB=-0.0027732;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652316;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0184991;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:11:10:7:6:11:10 chr19 39224413 . A G 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00274127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.89;QD=15.3797;RBI=0.053509;REFB=-0.00975922;REVB=-0.0534388;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.613434;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00950211;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:3:9:7:6:3:9:8:6 chr19 39233146 . A G 649.71 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00507239;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4698;QD=21.839;RBI=0.0127692;REFB=-0.0240402;REVB=0.0117185;RO=56;SAF=18;SAR=46;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231829;STB=0.51569;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0265072;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:56:55:64:64:0.537815:46:18:17:39:46:18:17:38 chr19 39279824 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0255078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.188;QD=11.0924;RBI=0.0255078;REFB=-0.000640333;REVB=0;RO=6;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495227;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:0:5:6:0:0:5:6:0 chr19 39307103 . C T 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.000554304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.936;QD=19.3412;RBI=0.000714905;REFB=-0.0177418;REVB=-0.000451483;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.666481;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.018093;OID=.;OPOS=39307103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:12:6:12:6:12:6 chr19 39367111 . T C 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0656141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9082;QD=59.4233;RBI=0.0835944;REFB=0.00515394;REVB=-0.0517959;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.51851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00246373;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:29:13:1:0:29:13:1:0 chr19 39385531 . CT C,CC 422.14 PASS AF=0.967742,0;AO=13,17;DP=31;FAO=30,0;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15,0;FSAR=15,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390865,0.0191932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.521,147.718;QD=54.4694;RBI=0.121711,0.117733;REFB=-0.0643169,-0.0519687;REVB=-0.115264,-0.116158;RO=1;SAF=12,3;SAR=1,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0363094,-0.129916;STB=0.516118,0.5;STBP=0.53,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00201417,0.0419521;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.967742,0:13,17:31:30,0:31:1:15,0:15,0:1:0:5:1:12,3:1,14:1:0 chr19 39402455 . C G 212.78 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0726393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.986;QD=20.265;RBI=0.0770345;REFB=-0.0384543;REVB=-0.0256486;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0393505;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:11:10:10:11:11:10 chr19 39416887 . C T 674.99 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0119492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2495;QD=18.8809;RBI=0.0278128;REFB=-0.00811333;REVB=0.0251151;RO=74;SAF=36;SAR=32;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404486;STB=0.525918;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00869556;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:75:68:68:0.475524:32:36:36:38:32:36:36:39 chr19 39432783 . T C 1212.78 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.727;QD=59.8902;RBI=0.033027;REFB=-0.0320595;REVB=0.0305353;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000265946;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:38:42:1:0:38:42:1:0 chr19 39433299 . A G 556.02 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.005;QD=58.5289;RBI=0.0461148;REFB=0;REVB=0.0202195;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209372;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:12:24:0:0:14:24:0:0 chr19 39589189 . C T 760.69 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=155;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0206414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.605;QD=19.6306;RBI=0.021949;REFB=-0.0311097;REVB=-0.00746259;RO=77;SAF=48;SAR=30;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475567;STB=0.502617;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.027171;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:77:77:78:78:0.503226:30:48:47:30:30:48:47:30 chr19 39590955 . G A 36.74 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0124915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.101;QD=7.34724;RBI=0.0292037;REFB=0.0149839;REVB=-0.0263973;RO=14;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130656;STB=0.538337;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0227147;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:5:6:0.3:1:4:10:4:2:4:10:4 chr19 39688901 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.226;QD=51.9162;RBI=0.137691;REFB=0;REVB=0.0804308;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322587;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr19 39735106 . T C 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0393608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2865;QD=12.7807;RBI=0.0485438;REFB=-0.00505892;REVB=0.0284118;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400953;STB=0.74022;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00988529;OID=.;OPOS=39735106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:6:8:2:8:6:8 chr19 39760191 . A G 154.86 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.022284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.628;QD=21.3594;RBI=0.0245471;REFB=-0.0100315;REVB=-0.0102949;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25565;STB=0.654997;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00447648;OID=.;OPOS=39760191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:16:16:0.551724:8:8:2:10:8:8:2:11 chr19 39789115 . A G 136.29 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0188137;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.062;QD=17.0358;RBI=0.034403;REFB=-0.00118544;REVB=-0.0288029;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128581;STB=0.593102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00048539;OID=.;OPOS=39789115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:17:15:15:0.46875:7:8:12:6:7:8:12:5 chr19 39826138 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0164342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.456;QD=20.1601;RBI=0.016878;REFB=-0.0267394;REVB=-0.00384518;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167883;STB=0.594924;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0202526;OID=.;OPOS=39826138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:5:9:7:9:5:9 chr19 39826597 . A G 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0220393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3877;QD=11.9169;RBI=0.0277898;REFB=0.020905;REVB=-0.0169276;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0262301;OID=.;OPOS=39826597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr19 39879663 . A G 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00332163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6034;QD=14.9476;RBI=0.0610921;REFB=0.000633974;REVB=-0.0610017;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646774;STB=0.536605;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00195471;OID=.;OPOS=39879663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:23:19:16:15:23:19 chr19 39888449 . C T 692.81 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262415;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.719;QD=62.9831;RBI=0.0271979;REFB=0;REVB=0.00714886;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225359;OID=.;OPOS=39888449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr19 39898568 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA 59.88 PASS AF=0,0.733333;AO=7,3;DP=15;FAO=0,11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=0,6;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0643727,-0.0739266;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=213.69,10.9924;QD=15.9671;RBI=0.0804645,0.178802;REFB=-0.0162236,0.00156465;REVB=0.0482772,0.162804;RO=4;SAF=3,3;SAR=4,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115856,0.729277;STB=0.5,0.578172;STBP=1,0.37;TYPE=del,del;VARB=0,0.0867194;OID=.,.;OPOS=39898573,39898569;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.733333:7,3:15:0,11:15:4:0,6:0,5:1:3:16:4:3,3:4,0:1:3 chr19 39899916 . CTT C 2073.43 PASS AF=1;AO=160;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431324;FXX=0.0210515;HRUN=7;LEN=2;MLLD=21.5305;QD=44.5898;RBI=0.0520767;REFB=0;REVB=0.0291819;RO=0;SAF=70;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00131874;OID=.;OPOS=39899917;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:160:186:186:186:0:82:104:0:0:34:0:70:90:0:0 chr19 39905903 . A G 306.76 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0195797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.185;QD=22.7231;RBI=0.0472851;REFB=-0.0170783;REVB=-0.0430409;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542452;STB=0.529957;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00890096;OID=.;OPOS=39905903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:14:17:11:12:14:17:11:12 chr19 39906985 . T C 143.06 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0109687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.709;QD=22.8895;RBI=0.0170395;REFB=-0.0289899;REVB=0.0130396;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189223;STB=0.60721;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0141052;OID=.;OPOS=39906985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:5:5:11:4:5:5 chr19 39907036 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0128795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.782;QD=16.3859;RBI=0.0173954;REFB=-0.0367982;REVB=0.0116926;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.583142;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.016595;OID=.;OPOS=39907036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:4:4:6:3:4:4 chr19 39908574 . C T 50.93 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0130921;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.007;QD=14.55;RBI=0.0228056;REFB=-0.0199305;REVB=0.0186733;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0144802;OID=.;OPOS=39908574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:7:7:7:7:0.5:5:2:5:2:5:2:5:2 chr19 39911451 . C G 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00454719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.051;QD=12.8699;RBI=0.00936412;REFB=-0.00627805;REVB=0.00818595;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00818545;OID=.;OPOS=39911451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:9:7:5:6:9:7 chr19 39913634 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0432861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.431;QD=12.182;RBI=0.0440341;REFB=-0.00959394;REVB=0.00808163;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.523317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0135074;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:5:10:7:3:5:10 chr19 39914002 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0100262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2951;QD=12.3947;RBI=0.0143001;REFB=0.00178808;REVB=0.0101965;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113102;STB=0.566831;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00124129;OID=.;OPOS=39914002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:13:11:5:9:13:11 chr19 39914748 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0201815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.094;QD=11.1041;RBI=0.0204378;REFB=-0.00501681;REVB=-0.00322648;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341391;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.008125;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:4:6:6:1:4:6 chr19 39914986 . C T 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00935229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.568;QD=19.519;RBI=0.0130369;REFB=-0.0280013;REVB=0.00908263;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639916;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0262755;OID=.;OPOS=39914986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:12:14:13:15:12:14 chr19 39915758 . C G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0425571;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.672;QD=9.44489;RBI=0.0432753;REFB=-0.023992;REVB=-0.00785171;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0386061;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chr19 39916110 . GGGA G 119.17 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00829333;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=3;MLLD=157.588;QD=13.2409;RBI=0.00865989;REFB=-0.0140061;REVB=-0.00249287;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0.0839727;STB=0.582688;STBP=0.381;TYPE=del;VARB=0.017731;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:15:35:17:36:19:8:9:6:13:99:16:6:9:5:11 chr19 39926307 . A C 162.53 PASS AF=0.372549;AO=15;DP=47;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=7.90713e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.576;QD=12.7472;RBI=0.0177583;REFB=-0.0216483;REVB=0.0177581;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132271;STB=0.584655;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0271275;OID=.;OPOS=39926307;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:31:32:15:19:0.372549:6:9:15:16:7:12:16:16 chr19 39926509 . A C 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00851444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.224;QD=18.7761;RBI=0.0185027;REFB=-0.0289236;REVB=-0.0164273;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140192;STB=0.578255;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0309264;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:8:18:14:12:8:18 chr19 39926521 . G A 243.31 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0458918;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.2831;QD=20.7068;RBI=0.0474299;REFB=-0.010893;REVB=-0.0119807;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170108;STB=0.595507;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0119694;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:8:16:11:12:8:16 chr19 39932023 . T C 286.73 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00319162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.811;QD=11.3558;RBI=0.0259023;REFB=-0.00260634;REVB=0.0257049;RO=65;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119175;STB=0.572378;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00451109;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:65:66:35:35:0.346535:19:16:23:42:19:16:23:43 chr19 39932066 . T C 197.68 PASS AF=0.346667;AO=24;DP=72;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0117583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.371;QD=10.5427;RBI=0.011793;REFB=-0.0177085;REVB=-0.00090407;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191314;STB=0.623391;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0291765;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:48:49:24:26:0.346667:12:12:16:32:12:14:17:32 chr19 39944082 . C T 239.51 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0175168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.98;QD=35.4832;RBI=0.0225485;REFB=-0.0337035;REVB=0.0141985;RO=6;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738901;STB=0.540501;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0181118;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:14:7:3:3:14:7:3:3 chr19 39967318 . T C 179.02 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0102328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1257;QD=21.0612;RBI=0.0350332;REFB=-0.0767563;REVB=0.0335054;RO=12;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261681;STB=0.65945;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.141728;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:12:15:18:19:0.558824:15:3:0:12:16:3:0:15 chr19 39967320 . T C 199.12 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0106639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.988;QD=23.4263;RBI=0.0648789;REFB=-0.0748323;REVB=0.0639965;RO=12;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25023;STB=0.645722;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0199844;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:12:14:19:20:0.588235:16:3:0:12:17:3:0:14 chr19 39967322 . T C 197.07 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=-0.0103535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6838;QD=21.3045;RBI=0.0284539;REFB=-0.0794593;REVB=0.0265034;RO=15;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292688;STB=0.666546;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0993211;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:15:17:19:20:0.540541:16:3:0:15:17:3:0:17 chr19 39994711 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0366785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0315;QD=20.5468;RBI=0.0368741;REFB=-0.0187885;REVB=0.00379262;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.545413;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00545486;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:12:10:12:10:12:10 chr19 40023308 . A G 113.17 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.215;QD=41.1546;RBI=0.0583562;REFB=0;REVB=0.0432554;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169487;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr19 40149297 . T A 825.55 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0566055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9349;QD=54.1342;RBI=0.0769952;REFB=-0.167421;REVB=0.0521927;RO=2;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261996;STB=0.513884;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00451247;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:35:24:0:2:35:24:0:2 chr19 40174236 . G A 732.88 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0461698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.531;QD=61.0736;RBI=0.0546065;REFB=0.0330277;REVB=-0.0291585;RO=1;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136345;STB=0.507243;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00197781;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:34:13:0:1:34:13:0:1 chr19 40197924 . T C 1363.48 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.063913;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7029;QD=61.28;RBI=0.0830529;REFB=-0.138698;REVB=0.0530368;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00254696;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:0:1:88:88:0.988764:39:49:0:0:39:49:1:0 chr19 40199914 . C G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.402;QD=61.679;RBI=0.0737266;REFB=0;REVB=0.0192807;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544909;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr19 40224986 . A G 1048.12 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053284;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9206;QD=59.8926;RBI=0.0105124;REFB=0;REVB=0.00906193;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195811;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr19 40225646 . G A 689.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.031;QD=62.6488;RBI=0.0332183;REFB=0;REVB=0.0229345;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225518;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 40316080 . AG A 36.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0660269;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.49524;QD=6.69154;RBI=0.222616;REFB=-0.0608826;REVB=-0.212599;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322799;STB=0.689226;STBP=0.251;TYPE=del;VARB=0.0113331;OID=.;OPOS=40316081;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:22:11:22:11:1:10:3:8:36:9:1:8:3:6 chr19 40329762 . C T 810.02 PASS AF=0.590551;AO=70;DP=125;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00746967;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.65;QD=25.5123;RBI=0.0239035;REFB=-0.0224323;REVB=-0.0227064;RO=52;SAF=42;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109916;STB=0.549826;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0147462;OID=.;OPOS=40329762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:52:52:70:75:0.590551:28:42:24:28:30:45:25:27 chr19 40357683 . T G 315.09 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0188727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7435;QD=24.7132;RBI=0.0502766;REFB=-0.0259989;REVB=-0.0466;RO=19;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055637;STB=0.5259;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0141868;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:20:30:31:0.607843:15:15:11:8:16:15:11:9 chr19 40363020 . G A 268.04 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00481837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.928;QD=31.5342;RBI=0.0498391;REFB=-0.0564557;REVB=0.0496056;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895187;STB=0.538429;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0260109;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:10:10:23:24:0.705882:15:8:5:5:15:9:5:5 chr19 40363916 . C T 255.67 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0249122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.343;QD=29.2199;RBI=0.0251214;REFB=-0.0200078;REVB=-0.00323565;RO=12;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996308;STB=0.50549;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0100986;OID=.;OPOS=40363916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:15:8:4:8:15:8:4:8 chr19 40363926 . C G 103.53 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00446497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.053;QD=9.86031;RBI=0.0497776;REFB=-0.0184365;REVB=-0.0495769;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925852;STB=0.555473;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.039906;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:9:20:8:5:9:20 chr19 40366240 . G A 31.82 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0376503;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.935;QD=10.6071;RBI=0.0397516;REFB=-0.0119537;REVB=-0.0127533;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492993;STB=0.768534;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0224569;OID=.;OPOS=40366240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:8:7:5:5:0.416667:3:2:0:8:3:2:0:7 chr19 40366362 . G C 793.47 PASS AF=1;AO=44;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.974;QD=55.6819;RBI=0.0652291;REFB=0;REVB=0.0418421;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00521246;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:44:57:1:27:17:0:0:27:30:0:0 chr19 40368395 . C T 981.11 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00228039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.218;QD=53.7593;RBI=0.0102784;REFB=-0.0277836;REVB=0.0100222;RO=3;SAF=34;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136838;STB=0.514089;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000398035;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:73:3:4:69:69:0.945205:35:34:2:1:35:34:3:1 chr19 40368498 . AA CC 277.9 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831755;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=184.617;QD=50.528;RBI=0.0124985;REFB=0;REVB=0.00932908;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00199416;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:16:4:0:0:17:5:0:0 chr19 40368520 . G C 63.82 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.1936;QD=31.9081;RBI=0.200151;REFB=-0.0509667;REVB=0.0502464;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260068;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:1:0:7:8:1:4:3:1:0:4:4:0:0 chr19 40376880 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0701;QD=42.1814;RBI=0.062179;REFB=0;REVB=0.0310355;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272876;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 40392482 . A G 507.23 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0119556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1819;QD=41.4066;RBI=0.0168341;REFB=0.0101923;REVB=-0.0118512;RO=11;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180094;STB=0.596965;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00225617;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:11:11:38:38:0.77551:20:18:10:1:20:18:10:1 chr19 40406029 . C T 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.011986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.701;QD=20.9025;RBI=0.0195852;REFB=-0.0350267;REVB=0.0154893;RO=26;SAF=21;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173785;STB=0.581488;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0268522;OID=.;OPOS=40406029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:28:33:33:0.540984:12:21:11:15:12:21:13:15 chr19 40430637 . C CG 34.14 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0290127;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.7285;QD=7.18632;RBI=0.0302374;REFB=-0.00185276;REVB=-0.00851854;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602659;STB=0.871919;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=0.0380975;OID=.;OPOS=40430638;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:6:19:6:19:13:5:1:3:10:34:13:5:1:3:10 chr19 40433042 . G A 78.77 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0217172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.656;QD=6.56387;RBI=0.0264773;REFB=-0.00991921;REVB=-0.0151465;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275677;STB=0.673767;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0253023;OID=.;OPOS=40433042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:22:15:7:4:22:15 chr19 40480501 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000527136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.697;QD=10.4387;RBI=0.00510012;REFB=0.000618762;REVB=0.00507281;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253517;STB=0.661413;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00151064;OID=.;OPOS=40480501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:5:8:10:16:5:8:10:17 chr19 40519905 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0248814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.165;QD=11.9193;RBI=0.0341665;REFB=-0.0121257;REVB=0.0234151;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887268;STB=0.58039;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0174716;OID=.;OPOS=40519905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:6:7:0.4375:1:5:7:2:1:6:7:2 chr19 40519935 . C T 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00415328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.806;QD=15.8383;RBI=0.00443956;REFB=-0.0130528;REVB=0.00156843;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0235203;OID=.;OPOS=40519935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr19 40541039 . C T 246.26 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0393596;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5257;QD=30.782;RBI=0.0569876;REFB=-0.00142819;REVB=-0.0412118;RO=11;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390491;STB=0.670884;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000355878;OID=.;OPOS=40541039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:32:11:10:21:22:0.6875:17:4:8:3:17:5:7:3 chr19 40719076 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.549;QD=44.6876;RBI=0.0270307;REFB=0;REVB=0.0212766;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96963e-05;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 40739513 . A G 340.19 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.763;QD=54.4308;RBI=0.0510467;REFB=0;REVB=0.0477205;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285794;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr19 40886993 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.02074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.101;QD=12.3948;RBI=0.0295357;REFB=-0.0177467;REVB=0.0210287;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405333;STB=0.507681;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0238467;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:9:14:8:6:10:14 chr19 40900865 . C T 1102.99 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.684;QD=58.8259;RBI=0.0441197;REFB=-0.106318;REVB=0.0258088;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000339026;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:31:43:1:0:31:43:1:0 chr19 40902029 . CG C 40.21 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.051298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.1019;QD=7.65845;RBI=0.189782;REFB=-0.0132671;REVB=0.182718;RO=15;SAF=5;SAR=0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0.345238;SSEP=0;SSSB=0.697662;STB=0.749167;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=0.0421035;OID=.;OPOS=40902030;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:21:7:21:14:6:1:8:6:40:15:5:0:8:7 chr19 41008367 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0181011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.35;QD=10.0339;RBI=0.0283148;REFB=-0.0141039;REVB=-0.0217734;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00950852;OID=.;OPOS=41008367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:5:2:1:4:5:2 chr19 41094563 . C G 117.71 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0248213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.024;QD=12.3905;RBI=0.0272782;REFB=-0.00205342;REVB=0.0113138;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864895;STB=0.566831;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00191054;OID=.;OPOS=41094563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:9:5:10:13:9:5:11:13 chr19 41096189 . A G 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0148984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.015;QD=24.8183;RBI=0.017867;REFB=-0.0225716;REVB=-0.00986251;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107798;STB=0.55995;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0247341;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:10:8:14:10:10:8 chr19 41097276 . C G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0214418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.811;QD=13.7531;RBI=0.0376851;REFB=-0.0050528;REVB=-0.0309905;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241174;STB=0.641823;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00402127;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:11:12:11:4:11:12 chr19 41111069 . G A 116.56 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0389281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6911;QD=11.6562;RBI=0.0450228;REFB=-0.0277608;REVB=0.0226198;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169652;STB=0.599863;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0510702;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:9:17:7:7:9:17 chr19 41117869 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0348751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6562;QD=15.9175;RBI=0.0412424;REFB=-0.0389975;REVB=-0.022015;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057665;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0299978;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:9:6:6:7:9:6 chr19 41118056 . A G 110.69 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0461145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.638;QD=26.044;RBI=0.0540252;REFB=-0.0481592;REVB=0.0281455;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166212;STB=0.517212;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00331231;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:9:2:1:4:10:2:1:4 chr19 41123093 . A AG 209.73 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.7015;QD=33.5562;RBI=0.253058;REFB=0;REVB=-0.197494;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0145302;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:28:25:25:0:10:15:0:0:4:8:10:9:3:5 chr19 41129842 . C T 66.23 PASS AF=0.315789;AO=7;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0184507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.314;QD=13.9426;RBI=0.0370928;REFB=-0.00802416;REVB=-0.0321784;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0397133;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:19:10:10:7:6:0.315789:3:4:4:6:2:4:4:6 chr19 41211056 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.191;QD=45.8067;RBI=0.0575759;REFB=0;REVB=-0.0119285;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125875;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 41255500 . C G 48.2 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0576466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6466;QD=12.8534;RBI=0.0585166;REFB=-0.0267753;REVB=0.0100528;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.03525;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr19 41316355 . T C 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0154596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.727;QD=17.8379;RBI=0.0206419;REFB=-0.00469524;REVB=0.013678;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380779;STB=0.53679;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00709223;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:8:6:5:8:8:6:5:9 chr19 41316370 . T C 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0319487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.919;QD=12.7391;RBI=0.0417841;REFB=-0.0122818;REVB=-0.0269294;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0097779;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:3:7:3:5:3:7 chr19 41350664 . A T 959.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133347;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.511;QD=59.0206;RBI=0.133348;REFB=0;REVB=0.000501497;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248831;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr19 41354606 . G T 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00510782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.705;QD=5.6002;RBI=0.00647298;REFB=-0.0111271;REVB=0.00397613;RO=42;SAF=10;SAR=1;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516203;STB=0.847457;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0343448;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:1:10:24:18:1:10:24:18 chr19 41354661 . T C 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0161501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.058;QD=5.54337;RBI=0.0167832;REFB=-0.00445266;REVB=-0.00456619;RO=34;SAF=8;SAR=1;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456186;STB=0.809991;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0160801;OID=.;OPOS=41354661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:1:8:20:14:1:8:20:14 chr19 41356214 . A G 271.82 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0475776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9861;QD=19.4155;RBI=0.0672827;REFB=0.00022833;REVB=-0.0475745;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218663;STB=0.622081;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00118507;OID=.;OPOS=41356214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:11:16:10:19:11:16 chr19 41356281 . T C 1226.84 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4891;QD=61.3422;RBI=0.0351668;REFB=0;REVB=0.0144143;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57463e-05;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr19 41381638 . G C 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0123373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.934;QD=11.8202;RBI=0.0125151;REFB=-0.00530904;REVB=0.00210197;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157279;STB=0.590176;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0117224;OID=.;OPOS=41381638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:14:11:13:30:14:11:13:30 chr19 41381646 . GA G,GC 56.82 PASS AF=0.109589,0.0547945;AO=9,3;DP=73;FAO=8,4;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=1,3;FSAR=7,1;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.00769364,0.0116774;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.308,73.281;QD=3.1136;RBI=0.0913675,0.0313837;REFB=-0.00156783,0.00170418;REVB=-0.091043,-0.0291304;RO=61;SAF=1,3;SAR=8,0;SRF=20;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.356044,0.529238;STB=0.753087,0.844262;STBP=0.203,0.329;TYPE=del,snp;VARB=0.0695577,-0.0212772;OID=.,.;OPOS=41381647,41381647;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109589,0.0547945:9,3:73:8,4:73:61:1,3:7,1:20:41:31:61:1,3:8,0:20:41 chr19 41383153 . A G 339.96 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000996867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.476;QD=29.562;RBI=0.0242796;REFB=0.00173019;REVB=-0.0242591;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819392;STB=0.504501;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000482565;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:14:15:9:8:14:15:9:8 chr19 41383799 . G A 420.8 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0120295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5675;QD=20.5268;RBI=0.0553599;REFB=-0.019262;REVB=0.0540371;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693501;STB=0.538353;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0300421;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:23:19:15:25:23:19:15:25 chr19 41384675 . T C 499.33 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=48;FWDB=0.0326351;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8079;QD=16.7843;RBI=0.0359585;REFB=-0.0279169;REVB=0.0150986;RO=64;SAF=27;SAR=27;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229662;STB=0.630207;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0315422;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:64:65:54:54:0.453782:27:27:17:47:27:27:17:48 chr19 41386136 . A C 64.56 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0270401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.179;QD=10.3298;RBI=0.0307435;REFB=-0.00163369;REVB=-0.0146286;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410717;STB=0.524943;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00997561;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:12:4:2:7:12:4 chr19 41386420 . A C 306.4 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0112462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3587;QD=21.5016;RBI=0.0369317;REFB=-0.0132342;REVB=-0.0351778;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141243;STB=0.571386;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0103915;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:31:32:0.561404:18:13:6:18:18:14:7:18 chr19 41386486 . CA AG 172.2 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0109882;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.992;QD=17.2197;RBI=0.0473072;REFB=-0.0208597;REVB=-0.0460134;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235764;STB=0.599893;STBP=0.251;TYPE=mnp;VARB=0.022241;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:22:17:18:0.45:8:9:7:7:9:9:7:15 chr19 41386494 . A C 171.23 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.044294;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.277;QD=16.7054;RBI=0.0443363;REFB=-0.00496847;REVB=0.00193794;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113674;STB=0.580919;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00846708;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:10:7:7:16:10:8:7:16 chr19 41386527 . G A 145.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.000574695;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.08;QD=15.3245;RBI=0.0136061;REFB=-0.0113389;REVB=-0.0135939;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659381;STB=0.503812;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0281506;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:7:15:11:5:7:15 chr19 41387620 . A G 94.01 PASS AF=0.25;AO=12;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0103275;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1197;QD=7.23122;RBI=0.0515572;REFB=-0.0289092;REVB=-0.0505122;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209877;STB=0.55847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0383303;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:52:52:40:39:12:13:0.25:5:7:24:16:6:7:24:15 chr19 41387647 . A G 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0368059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3917;QD=7.01186;RBI=0.0452754;REFB=0.00401858;REVB=-0.0263664;RO=40;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075728;STB=0.546988;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0152152;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:6:7:24:16:6:7:24:16 chr19 41387656 . A T 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.000632724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.293;QD=7.34899;RBI=0.0144876;REFB=-0.00164208;REVB=-0.0144737;RO=39;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946196;STB=0.55847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00725672;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:6:7:24:15:6:7:24:15 chr19 41404196 . A G 368.43 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=63;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00914786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.407;QD=22.6723;RBI=0.00935298;REFB=-0.00838918;REVB=0.00194807;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722172;STB=0.50582;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00763446;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:27:28:36:37:0.569231:19:17:13:14:19:18:14:14 chr19 41405962 . T G 158.32 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0281429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.565;QD=16.6654;RBI=0.0281443;REFB=-0.0342386;REVB=0.000283625;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754966;STB=0.516759;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0506995;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:11:5:8:13:11:6:8:13 chr19 41414425 . GC G 60.04 PASS AF=0.244444;AO=12;DP=85;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0597578;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1032;QD=2.66839;RBI=0.135178;REFB=-0.0133582;REVB=-0.121252;RO=65;SAF=1;SAR=11;SRF=35;SRR=30;SSEN=0.411765;SSEP=0;SSSB=-0.589568;STB=0.828534;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0224079;OID=.;OPOS=41414426;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244444:12:85:22:90:68:3:19:36:32:60:65:1:11:35:30 chr19 41414481 . G A 1772.89 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0110304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.295;QD=59.0964;RBI=0.0213124;REFB=-0.05063;REVB=0.0182359;RO=2;SAF=56;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166583;STB=0.50877;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00120602;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:62:56:2:0:62:56:2:0 chr19 41512841 . G T 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0240837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7156;QD=15.6524;RBI=0.0438043;REFB=-0.0542653;REVB=0.0365895;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536108;STB=0.530363;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0638222;OID=.;OPOS=41512841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:10:16:18:14:10:16:18:14 chr19 41531522 . G T 489.27 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0394585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3825;QD=18.2905;RBI=0.0429862;REFB=-0.0367354;REVB=0.0170539;RO=55;SAF=26;SAR=26;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143599;STB=0.579409;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.036689;OID=.;OPOS=41531522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:26:26:19:36:26:26:19:36 chr19 41531597 . C G 478.37 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0190709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.722;QD=16.9336;RBI=0.0191169;REFB=-0.00762342;REVB=0.00132542;RO=61;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135016;STB=0.507521;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00857059;OID=.;OPOS=41531597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:28:24:29:32:28:24:29:32 chr19 41531656 . A C 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000137313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.824;QD=22.0082;RBI=0.00479092;REFB=-0.0215629;REVB=0.00478895;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710468;STB=0.53915;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0169094;OID=.;OPOS=41531656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:19:12:18:20:19:12 chr19 41531705 . G A 374.34 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.011073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.306;QD=31.859;RBI=0.0216652;REFB=-0.0249234;REVB=0.0186217;RO=16;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203909;STB=0.611118;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00487755;OID=.;OPOS=41531705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:16:15:13:3:16:15:13:3 chr19 41532005 . G A 439.29 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00347489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.007;QD=24.7488;RBI=0.00977688;REFB=-0.041061;REVB=-0.00913852;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381328;STB=0.502687;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0290014;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:41:42:0.591549:21:20:14:15:22:20:14:15 chr19 41700493 . G C 707.36 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=43;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0824025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.862;QD=60.2005;RBI=0.0878579;REFB=-0.0178075;REVB=0.0304768;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00025768;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:47:1:1:42:46:0.978723:23:19:1:0:23:23:1:0 chr19 41743861 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.518;QD=54.5176;RBI=0.0103918;REFB=0;REVB=-0.00257407;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59757e-05;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 41812842 . T C 79.5 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0232726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.259;QD=10.2583;RBI=0.0237788;REFB=-0.0149221;REVB=-0.00488054;RO=20;SAF=0;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.760863;STB=0.802879;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0296866;OID=.;OPOS=41812842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:30:31:20:20:10:11:0.354839:10:0:8:12:10:1:8:12 chr19 41858921 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.724;QD=42.1826;RBI=0.0327843;REFB=0;REVB=0.0290377;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901813;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 41869392 . T C 756.8 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.599;QD=63.0665;RBI=0.0219969;REFB=0;REVB=0.0148658;RO=0;SAF=39;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.15207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145122;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:43:48:1:4:39:0:0:5:43:0:0 chr19 41889748 . T C 1589.61 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5981;QD=59.9855;RBI=0.0514585;REFB=0;REVB=0.0163886;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133289;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:44:62:0:0:44:62:0:0 chr19 41903220 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.297;QD=55.6561;RBI=0.0395782;REFB=0;REVB=0.0355726;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286291;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 41928652 . C T 175.92 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481585;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1319;QD=46.9107;RBI=0.0492764;REFB=0;REVB=-0.0104366;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230145;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:1:0:15:15:1:9:6:1:0:9:6:0:0 chr19 41930396 . A G 709.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.63;QD=63.048;RBI=0.011012;REFB=0;REVB=0.00409819;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01826e-05;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:33:11:0:0:33:12:0:0 chr19 41932084 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.236;QD=47.8218;RBI=0.0315235;REFB=0;REVB=-0.0265034;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124566;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr19 41932120 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.394;QD=40.7627;RBI=0.0266711;REFB=0;REVB=0.0256087;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405284;OID=.;OPOS=41932120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr19 41932275 . T C 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6363;QD=48.7301;RBI=0.0425177;REFB=0;REVB=0.0296195;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85266e-05;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr19 42070360 . C T 199.51 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0367694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.242;QD=19.9509;RBI=0.0763215;REFB=-0.0260571;REVB=0.0668804;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0534806;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:14:6:6:14:14:6 chr19 42070528 . G C 371.57 PASS AF=0.68;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0211767;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.542;QD=29.7257;RBI=0.0222083;REFB=-0.00982626;REVB=0.00668977;RO=15;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22102;STB=0.605077;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00780833;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:50:15:16:34:34:0.68:19:15:1:14:19:15:2:14 chr19 42071167 . T G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0120427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.687;QD=20.1601;RBI=0.0140562;REFB=-0.0135092;REVB=-0.00724914;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0140382;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:5:9:6:10:5:9 chr19 42071289 . T C 1485.03 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00503543;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7906;QD=61.2385;RBI=0.0147446;REFB=-0.00371206;REVB=0.0138581;RO=2;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270728;STB=0.514283;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=5.92413e-05;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:2:2:95:95:0.979381:34:61:0:2:34:61:0:2 chr19 42083673 . T C 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.014139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.107;QD=20.1536;RBI=0.0220777;REFB=-0.0116108;REVB=0.0169563;RO=44;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10337;STB=0.557207;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0102149;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:21:23:28:16:21:23:28:16 chr19 42083739 . A AGAC 350.16 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00456616;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.817;QD=17.292;RBI=0.00465782;REFB=-0.0147944;REVB=-0.000919497;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130966;STB=0.507339;STBP=0.888;TYPE=ins;VARB=0.0157708;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45679:37:83:37:81:44:18:19:22:22:99:44:18:19:22:22 chr19 42083820 . C G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0206577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.652;QD=14.9042;RBI=0.0231775;REFB=-0.022015;REVB=0.0105099;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188192;STB=0.607059;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0230058;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:16:18:9:17:16:18 chr19 42083849 . C A 313.84 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.01451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4964;QD=25.6199;RBI=0.0215756;REFB=-0.0746274;REVB=-0.0159677;RO=20;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286436;STB=0.632812;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0599764;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:20:21:27:28:0.571429:20:7:12:8:20:8:12:9 chr19 42085873 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.676;QD=61.3363;RBI=0.0238951;REFB=0;REVB=0.0127612;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97283e-05;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr19 42132273 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.79;QD=44.6898;RBI=0.0482662;REFB=0;REVB=0.033128;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459217;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 42132314 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.612;QD=42.1801;RBI=0.0757771;REFB=0;REVB=0.0659106;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160587;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 42190859 . A T 714.11 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9454;QD=60.775;RBI=0.0657;REFB=-0.098488;REVB=0.053591;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0164935;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:1:0:26:20:1:0 chr19 42213944 . A C 588.58 PASS AF=0.580645;AO=53;DP=92;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0167249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.852;QD=25.3153;RBI=0.0175525;REFB=0.00510362;REVB=-0.0053261;RO=39;SAF=26;SAR=27;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203139;STB=0.606072;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00450894;OID=.;OPOS=42213944;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:39:39:53:54:0.580645:27:26:9:30:28:26:9:30 chr19 42221607 . A G 765.53 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304566;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.521;QD=54.681;RBI=0.0373966;REFB=-0.110711;REVB=-0.0217002;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00595379;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:22:31:1:0:23:32:1:0 chr19 42265889 . G T 181.2 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0487195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6785;QD=16.4731;RBI=0.0655472;REFB=0.00120824;REVB=-0.0438502;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955612;STB=0.510991;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00622835;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:25:19:19:0.431818:8:11:10:11:8:11:14:11 chr19 42315281 . G T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00100777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.993;QD=14.3349;RBI=0.0133781;REFB=-0.0123193;REVB=0.0133401;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526477;STB=0.530453;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0130909;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:18:8:6:11:18:8 chr19 42354629 . T C 185.1 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0034062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.336;QD=15.1102;RBI=0.0201931;REFB=-0.00288651;REVB=-0.0199038;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454997;STB=0.510194;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00510798;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:9:10:14:15:10:10:14:15 chr19 42463447 . C T 447.16 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.954;QD=57.6979;RBI=0.0724769;REFB=0;REVB=0.0583546;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031498;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr19 42489516 . A C 1194.36 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.701;QD=59.7178;RBI=0.0398095;REFB=-0.125897;REVB=0.0278087;RO=1;SAF=31;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015025;STB=0.507934;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000273695;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:48:31:1:0:48:31:1:0 chr19 42572987 . C T 196.31 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00974691;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.142;QD=12.6654;RBI=0.0242523;REFB=-0.0181588;REVB=-0.0222075;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838594;STB=0.546179;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0280266;OID=.;OPOS=42572987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:38:24:24:0.387097:15:9:15:18:15:9:17:21 chr19 42734778 . AG AC,A 39.28 PASS AF=0.0357143,0.166667;AO=5,14;DP=84;FAO=3,14;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=3,10;FSAR=0,4;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0472822,-0.0278559;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=196.164,16.2604;QD=1.8706;RBI=0.055317,0.113606;REFB=-0.00249069,-0.0644034;REVB=-0.0287118,0.110138;RO=60;SAF=5,11;SAR=0,3;SRF=18;SRR=42;SSEN=0,0.424483;SSEP=0,0;SSSB=0.652751,0.559604;STB=0.997533,0.78395;STBP=0.023,0.03;TYPE=snp,del;VARB=0.207685,0.112708;OID=.,.;OPOS=42734779,42734779;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0357143,0.166667:5,14:84:3,14:84:67:3,10:0,4:23:44:29:60:5,11:0,3:18:42 chr19 42736267 . A G 955.18 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.112;QD=58.7801;RBI=0.0299098;REFB=0;REVB=0.0195776;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5698e-06;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr19 42795230 . TGGGG TGGG,TGGGC 66.07 PASS AF=0.223684,0.0263158;AO=17,3;DP=77;FAO=17,2;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=12,2;FSAR=5,0;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=-0.0893271,0.0183656;FXX=0.0256377;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.3881,21.6879;QD=3.47736;RBI=0.274863,0.205098;REFB=-0.0626148,-0.0150698;REVB=-0.259943,-0.204274;RO=45;SAF=12,2;SAR=5,1;SRF=34;SRR=11;SSEN=0.395939,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0748072,-0.105628;STB=0.546667,0.992476;STBP=0.739,0.338;TYPE=del,snp;VARB=0.117081,-0.182973;OID=.,.;OPOS=42795231,42795234;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223684,0.0263158:17,3:77:17,2:76:57:12,2:5,0:43:14:57:45:12,2:5,1:34:11 chr19 42797746 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0499554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.894;QD=11.9545;RBI=0.049978;REFB=-0.00771184;REVB=-0.00150226;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600034;STB=0.862071;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0341242;OID=.;OPOS=42797746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:3:8:1:7:3:8 chr19 42813804 . G A 91.88 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.00958729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.023;QD=4.12936;RBI=0.0143107;REFB=-0.00565789;REVB=-0.0106245;RO=73;SAF=5;SAR=11;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400237;STB=0.755322;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0356779;OID=.;OPOS=42813804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:89:73:73:16:16:0.179775:11:5:47:26:11:5:47:26 chr19 42882829 . TA T 73.22 PASS AF=0.4;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.128184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.287;QD=11.7158;RBI=0.132059;REFB=-0.000720377;REVB=-0.0317565;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577081;STB=0.825655;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0042547;OID=.;OPOS=42882830;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:24:10:25:15:6:4:0:15:73:15:4:4:0:15 chr19 43243217 . AA GG 766.05 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0241158;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.66;QD=22.6978;RBI=0.0269734;REFB=-0.00624226;REVB=0.0120827;RO=62;SAF=29;SAR=44;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608204;STB=0.533324;STBP=0.419;TYPE=mnp;VARB=0.00480205;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:62:73:73:0.540741:44:29:29:33:44:29:29:33 chr19 43243238 . A G 620.73 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00456212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.813;QD=21.2214;RBI=0.00827895;REFB=-0.00317074;REVB=-0.00690856;RO=55;SAF=25;SAR=37;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609282;STB=0.533492;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00309046;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:37:25:26:29:37:25:26:29 chr19 43372386 . T C 825.47 PASS AF=0.450262;AO=86;DP=191;FAO=86;FDP=191;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.0285349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.086;QD=17.2873;RBI=0.0288897;REFB=0.00764601;REVB=-0.00451358;RO=105;SAF=34;SAR=52;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146231;STB=0.50812;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00998739;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:105:105:86:86:0.450262:52:34:43:62:52:34:43:62 chr19 43372941 . T C 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.00894525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.684;QD=19.7632;RBI=0.0633451;REFB=-0.0183293;REVB=-0.0627103;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215648;STB=0.618181;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0183681;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:11:24:29:4:11:24:29:4 chr19 43382368 . T G 767.52 PASS AF=0.417062;AO=86;DP=210;FAO=88;FDP=211;FR=.;FRO=123;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0100709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0884;QD=14.5501;RBI=0.0115569;REFB=-0.00160802;REVB=0.00566923;RO=122;SAF=52;SAR=34;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145363;STB=0.581639;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00366294;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:122:123:86:88:0.417062:34:52:57:65:35:53:57:66 chr19 43382374 . C G 819.47 PASS AF=0.43128;AO=90;DP=210;FAO=91;FDP=211;FR=.;FRO=120;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=0.00528975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.026;QD=15.5349;RBI=0.0186839;REFB=-0.0124173;REVB=-0.0179195;RO=118;SAF=53;SAR=37;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125834;STB=0.577281;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.020613;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:118:120:90:91:0.43128:37:53:55:63:37:54:55:65 chr19 43383680 . G T 542.47 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00261463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3536;QD=21.4841;RBI=0.0324354;REFB=-0.0123766;REVB=-0.0323298;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964889;STB=0.553016;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.015635;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:26:28:19:28:26:28:19:28 chr19 43420451 . G C 1044.7 PASS AF=0.55;AO=99;DP=180;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=25;FWDB=-0.000326177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.251;QD=23.2156;RBI=0.00260285;REFB=-0.0169346;REVB=0.00258233;RO=81;SAF=48;SAR=51;SRF=56;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169979;STB=0.592475;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0143656;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:81:81:99:99:0.55:51:48:56:25:51:48:56:25 chr19 43433805 . A G 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.00864897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.872;QD=20.2462;RBI=0.00932093;REFB=-0.0118999;REVB=-0.0034749;RO=31;SAF=6;SAR=30;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814338;STB=0.513267;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00905554;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:33:36:36:0.521739:30:6:5:26:30:6:5:28 chr19 43439793 . G A 1614.25 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00932689;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.79;QD=58.1712;RBI=0.0112309;REFB=-0.0207722;REVB=0.00625646;RO=2;SAF=83;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113012;STB=0.505951;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000132704;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:26:83:2:0:26:83:2:0 chr19 43519362 . C T 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.301;QD=63.8872;RBI=0.00883801;REFB=0;REVB=0.00818396;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1329e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:73:73:0:0:73:73:0:0 chr19 43519442 . T C 1533.77 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.19;QD=57.8779;RBI=0.0471518;REFB=0.0719514;REVB=0.0391387;RO=2;SAF=53;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00034436;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=1.12972e-06;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:106:2:1:104:105:0.990566:51:53:1:1:52:53:1:0 chr19 43529026 . CA TG 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817533;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.606;QD=63.7519;RBI=0.0110389;REFB=0;REVB=0.00741768;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.2168e-05;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:44:52:0:0 chr19 43679410 . A G 1777.67 PASS AF=0.991597;AO=114;DP=115;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0035918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.757;QD=59.7535;RBI=0.0594849;REFB=0.0252088;REVB=0.0593764;RO=1;SAF=56;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840417;STB=0.504424;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000259252;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:119:1:1:114:118:0.991597:58:56:1:0:62:56:1:0 chr19 43680051 . C T 1460.48 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0407464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.416;QD=56.1722;RBI=0.0520372;REFB=-0.178013;REVB=0.0323667;RO=3;SAF=76;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183581;STB=0.509676;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00182463;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:25:76:3:0:25:76:3:0 chr19 43680147 . C T 318.33 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0339187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.639;QD=13.2637;RBI=0.0436887;REFB=-0.0353311;REVB=0.0275359;RO=60;SAF=19;SAR=17;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19253;STB=0.609226;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0473629;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:17:19:42:18:17:19:42:18 chr19 43687589 . G A 119.98 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00626021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3155;QD=14.1151;RBI=0.0380742;REFB=-0.0276219;REVB=0.037556;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203328;STB=0.617488;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0406742;OID=.;OPOS=43687589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:14:6:7:7:14:6 chr19 43687613 . T C 156.9 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00205124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.796;QD=17.4337;RBI=0.0740097;REFB=-0.00403642;REVB=0.0739813;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609174;STB=0.553204;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00630551;OID=.;OPOS=43687613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:16:17:0.472222:6:10:13:6:7:10:13:6 chr19 43689004 . G A 286.35 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00105778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0537;QD=10.4129;RBI=0.00332546;REFB=-0.00501758;REVB=0.00315274;RO=71;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359326;STB=0.503815;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0132891;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:73:37:37:0.336364:22:15:29:42:22:15:30:43 chr19 43690506 . G C 884.7 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000198136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.956;QD=58.0128;RBI=0.046791;REFB=0;REVB=0.0467906;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4578e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:26:35:0:0 chr19 43699278 . A G 546.3 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00631585;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.321;QD=18.5187;RBI=0.0184136;REFB=0.00263491;REVB=-0.0172965;RO=60;SAF=41;SAR=16;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237923;STB=0.637255;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00246951;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:60:61:57:57:0.483051:16:41:29:31:16:41:29:32 chr19 43699336 . T C 1614.49 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.753;QD=59.7959;RBI=0.0638997;REFB=0;REVB=0.0619212;RO=1;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138757;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:55:52:0:1:56:52:0:0 chr19 43699417 . A G 1609.07 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353531;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1571;QD=60.152;RBI=0.0731777;REFB=0;REVB=0.0640714;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104393;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:104:107:1:55:49:0:0:58:49:0:0 chr19 43702342 . C T 1437.92 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220497;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.344;QD=63.2052;RBI=0.0224957;REFB=0;REVB=0.00445724;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304282;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr19 43708100 . T A 1053.57 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540798;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8952;QD=58.5315;RBI=0.0858118;REFB=-0.0774742;REVB=0.0666262;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189;OID=.;OPOS=43708100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:72:1:0:71:72:1:30:41:1:0:30:42:0:0 chr19 43708926 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.793;QD=39.2068;RBI=0.0215406;REFB=0;REVB=-0.0160907;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427531;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 43708968 . T C 115.23 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.356;QD=41.9021;RBI=0.0525046;REFB=0;REVB=0.0323489;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277003;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 129.26 PASS AF=0.166667,0.833333,0;AO=2,7,3;DP=12;FAO=2,10,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5,0;FSAR=1,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017055,-0.019254,-0.0208517;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=278.024,282.691,277.205;QD=43.0872;RBI=0.0194747,0.0195018,0.0209414;REFB=0,0,0;REVB=0.00940151,0.00309841,-0.00193687;RO=0;SAF=1,3,2;SAR=1,4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00112508,-7.36144e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333,0:2,7,3:12:2,10,0:12:0:1,5,0:1,5,0:0:0:7:0:1,3,2:1,4,1:0:0 chr19 43709619 . C T 330.33 PASS AF=0.961538;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6955;QD=50.82;RBI=0.0508407;REFB=0.0281349;REVB=0.0451357;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00128661;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:26:25:0.961538:13:13:0:0:13:12:1:0 chr19 43709647 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4153;QD=58.5863;RBI=0.106358;REFB=0;REVB=0.106339;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205702;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr19 43709654 . C A 483.73 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.833;QD=58.6333;RBI=0.0693935;REFB=0;REVB=0.0690994;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515364;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:17:16:0:0 chr19 43709656 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.801;QD=58.5878;RBI=0.0342323;REFB=0;REVB=0.0109628;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08532e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr19 43766104 . C T 464.33 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0676228;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.196;QD=27.3134;RBI=0.0676373;REFB=-0.0466503;REVB=0.00140118;RO=25;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799071;STB=0.543562;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0236883;OID=.;OPOS=43766104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:24:19:14:11:24:19:14:11 chr19 43772154 . T TC 61.51 PASS AF=0.21875;AO=31;DP=129;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=-0.176167;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.142;QD=1.92205;RBI=0.176226;REFB=0.00122123;REVB=-0.00458678;RO=93;SAF=20;SAR=11;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042985;STB=0.518855;STBP=0.847;TYPE=ins;VARB=-0.05214;OID=.;OPOS=43772155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:31:129:28:128:100:17:11:63:37:61:93:20:11:57:36 chr19 43772270 . G T 424.74 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0239691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9748;QD=18.8772;RBI=0.0722876;REFB=0.00612772;REVB=0.0681981;RO=47;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700793;STB=0.539057;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00672408;OID=.;OPOS=43772270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:17:26:25:22:17:26:25:22 chr19 43772302 . C T 237.22 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0243703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.235;QD=11.4323;RBI=0.0366263;REFB=-0.0138829;REVB=-0.0273418;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170063;STB=0.601992;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0254108;OID=.;OPOS=43772302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:16:13:16:37:16:13:16:38 chr19 43773532 . G C 177.86 PASS AF=0.38;AO=11;DP=53;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0112623;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.017;QD=14.229;RBI=0.0303925;REFB=-0.0243872;REVB=0.0282287;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551349;STB=0.64974;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.088771;OID=.;OPOS=43773532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:25:28:11:19:0.38:9:2:17:8:11:8:19:9 chr19 43773572 . G A 182.76 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0820682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0975;QD=11.791;RBI=0.0939445;REFB=-0.0244543;REVB=0.0457208;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258503;STB=0.668346;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0472282;OID=.;OPOS=43773572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:39:23:23:0.370968:14:9:23:13:14:9:26:13 chr19 43773599 . T C 1102.66 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9952;QD=58.8083;RBI=0.0271906;REFB=-0.127847;REVB=0.00994115;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00156036;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:0:1 chr19 43857873 . G C 417.25 PASS AF=0.456311;AO=37;DP=93;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0396243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.112;QD=16.2039;RBI=0.0414747;REFB=-0.0199448;REVB=-0.0122503;RO=56;SAF=21;SAR=16;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150729;STB=0.561617;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0237485;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:103:56:56:37:47:0.456311:16:21:31:25:16:31:31:25 chr19 43864426 . C T 382.71 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0113904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7362;QD=25.5139;RBI=0.0445449;REFB=-0.00815556;REVB=-0.043064;RO=23;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630489;STB=0.534527;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0110985;OID=.;OPOS=43864426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:21:16:12:11:21:16:12:11 chr19 43865692 . G A 471.06 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.287;QD=57.0977;RBI=0.247909;REFB=0;REVB=0.235546;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00632399;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:11:16:0:0:17:16:0:0 chr19 43883273 . G C 313.37 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0105887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.042;QD=36.8675;RBI=0.0229049;REFB=-0.00904925;REVB=0.0203105;RO=6;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133438;STB=0.520532;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00266219;OID=.;OPOS=43883273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:6:8:26:26:0.764706:12:14:3:3:12:14:5:3 chr19 43910764 . A G 505.55 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000830018;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.318;QD=59.4769;RBI=0.0039111;REFB=0;REVB=-0.00382201;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131881;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr19 43912131 . A C 501.33 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0175361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.455;QD=15.6667;RBI=0.0175651;REFB=-0.00809311;REVB=0.00100961;RO=73;SAF=29;SAR=26;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347591;STB=0.51947;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.012568;OID=.;OPOS=43912131;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:26:29:36:37:26:29:36:37 chr19 43912140 . A AAGTT 70.74 PASS AF=0.128;AO=15;DP=127;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.00888496;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=4;MLLD=233.712;QD=2.26365;RBI=0.0119557;REFB=-0.00855717;REVB=-0.0079997;RO=111;SAF=11;SAR=4;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315546;STB=0.690689;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.052747;OID=.;OPOS=43912141;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=AAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128:15:127:16:125:109:11:5:51:58:70:111:11:4:53:58 chr19 43998863 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.01421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.784;QD=19.134;RBI=0.130595;REFB=-0.0323769;REVB=0.12982;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.013653;OID=.;OPOS=43998863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr19 44047550 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0056;QD=51.1832;RBI=0.0785355;REFB=0;REVB=0.0729862;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789476;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 44047826 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.26;QD=56.1916;RBI=0.0530567;REFB=0;REVB=0.0124948;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279366;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr19 44055726 . T C 169.28 PASS AF=0.431818;AO=13;DP=38;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0290396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.582;QD=15.3893;RBI=0.0415471;REFB=-0.0514158;REVB=-0.029713;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768092;STB=0.610052;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.076526;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:44:23:25:13:19:0.431818:7:6:9:14:7:12:11:14 chr19 44057574 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0182616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.16;QD=19.9756;RBI=0.0222832;REFB=-0.0119273;REVB=0.0127692;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234192;STB=0.63284;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0113803;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:11:9:14:6:11:9 chr19 44081288 . A G 598.25 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143048;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7638;QD=61.3584;RBI=0.0145742;REFB=0;REVB=-0.00278927;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201349;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr19 44082791 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0329611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.771;QD=15.9168;RBI=0.0674797;REFB=-0.0204908;REVB=0.0588819;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045606;STB=0.526276;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0170923;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:11:4:4:9:11:4 chr19 44082945 . T C,G 241.56 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=16,2;DP=18;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000153885,0.00491684;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.429,88.4719;QD=50.8537;RBI=0.00943913,0.051596;REFB=0,0;REVB=-0.00943787,-0.0513612;RO=0;SAF=5,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00922528,0.0369041;OID=.,.;OPOS=44082945,44082945;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:18:19:0:0:16,2:17,2:0.894737,0.105263:11,0:5,2:0:0:12,0:5,2:0:0 chr19 44098963 . C G 967.37 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.482;QD=55.2784;RBI=0.0427605;REFB=-0.117402;REVB=0.0373795;RO=2;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277783;STB=0.514282;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00388583;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:67:68:0.971429:33:34:0:2:34:34:0:2 chr19 44102989 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGG 327.96 PASS AF=0.983607,0.0163934;AO=29,7;DP=62;FAO=60,1;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.282772,-0.233028;FXX=0.0161264;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=9.19693,9.17876;QD=21.5054;RBI=0.287501,0.235529;REFB=-0.0212713,0.115381;REVB=0.0519303,0.0342334;RO=8;SAF=15,7;SAR=14,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.347962;SSSB=-0.0430747,0.755079;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0269721,-0.0474115;OID=.,.;OPOS=44102990,44102995;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983607,0.0163934:29,7:62:60,1:61:0:38,1:22,0:0:0:7:8:15,7:14,0:5:3 chr19 44126738 . G A 198.17 PASS AF=0.317073;AO=25;DP=81;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.00273576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.241;QD=9.66661;RBI=0.00762738;REFB=-0.0103533;REVB=-0.00711987;RO=50;SAF=15;SAR=10;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285086;STB=0.601588;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0249608;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:56:25:26:0.317073:10:15:41:9:10:16:42:14 chr19 44303066 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.664;QD=49.5992;RBI=0.0741191;REFB=0;REVB=0.0493131;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650303;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr19 44377357 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.645;QD=50.4132;RBI=0.040921;REFB=0;REVB=0.0161946;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158404;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr19 44377669 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.803;QD=63.8717;RBI=0.0218424;REFB=0;REVB=-0.00378647;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83565e-05;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr19 44417575 . A G 669.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3617;QD=62.3207;RBI=0.0482917;REFB=0;REVB=-0.047544;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000565272;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 44418077 . C T 707.87 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6595;QD=62.9218;RBI=0.090325;REFB=0;REVB=0.0893339;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148559;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr19 44418343 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.843;QD=62.6711;RBI=0.0289368;REFB=0;REVB=0.0246098;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46807e-05;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr19 44418544 . A G 565.55 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5269;QD=58.0052;RBI=0.106008;REFB=-0.138137;REVB=-0.00803151;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00476076;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr19 44418680 . G C 443.56 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0627;QD=53.7646;RBI=0.0273987;REFB=-0.0572422;REVB=0.0179856;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00955472;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:11:20:0:1:11:21:0:1 chr19 44418693 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.814;QD=59.8387;RBI=0.0133135;REFB=0;REVB=-0.0103415;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09726e-06;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr19 44418824 . C T 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9934;QD=59.8482;RBI=0.0430134;REFB=0;REVB=-0.0410735;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482786;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr19 44419030 . A G 523.77 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386437;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.993;QD=59.859;RBI=0.0402173;REFB=0;REVB=-0.0111401;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2279e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr19 44470189 . T A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.085;QD=61.6834;RBI=0.0348477;REFB=0;REVB=9.65004e-05;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173649;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 44470420 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1842;QD=57.2012;RBI=0.0283328;REFB=0;REVB=0.0271031;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561934;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr19 44470548 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3848;QD=54.5159;RBI=0.0680865;REFB=0;REVB=0.0631613;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234641;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr19 44470663 . G C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.187;QD=56.9478;RBI=0.0169837;REFB=-0.0182777;REVB=0.00459054;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000764704;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:22:13:1:0:22:14:1:0 chr19 44471209 . T A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.665;QD=60.9773;RBI=0.00608874;REFB=0;REVB=0.000674783;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75932e-05;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr19 44471323 . G A 626.39 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0526208;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.921;QD=58.2689;RBI=0.070772;REFB=-0.0382427;REVB=0.0473258;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000596118;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:17:24:1:0:18:24:1:0 chr19 44494215 . T C 557.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3847;QD=60.2582;RBI=0.0859077;REFB=0;REVB=0.0688449;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215509;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr19 44496070 . A G 1012.63 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.363;QD=57.8644;RBI=0.0365669;REFB=-0.148761;REVB=0.0258371;RO=1;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113879;STB=0.506022;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000302158;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:70:1:1:67:69:0.985714:26:41:1:0:28:41:1:0 chr19 44500478 . A T 744.84 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.151;QD=63.3908;RBI=0.0343394;REFB=0;REVB=0.029981;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141534;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr19 44500761 . G A 313.42 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.111;QD=50.1465;RBI=0.0147623;REFB=-0.152699;REVB=-0.00350111;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538428;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00168685;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:6:18:0:0:6:18:0:1 chr19 44501116 . A G 504.7 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0278642;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.124;QD=54.5625;RBI=0.0337255;REFB=-0.230364;REVB=0.0189999;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.533314;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00141909;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:37:1:2:35:35:0.945946:21:14:1:0:21:14:2:0 chr19 44501227 . A G 708.39 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9557;QD=62.9675;RBI=0.0177622;REFB=0;REVB=0.00853205;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101075;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr19 44501518 . G A 1208.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0969;QD=61.2059;RBI=0.00680684;REFB=0;REVB=0.00433644;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15957e-06;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr19 44511223 . T G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000384826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8245;QD=56.9363;RBI=0.00751366;REFB=0;REVB=-0.0075038;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17163e-05;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr19 44515352 . T G 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0138718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.229;QD=32.5644;RBI=0.0139612;REFB=-0.00202205;REVB=0.00157729;RO=15;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562389;STB=0.521964;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000908895;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:16:32:32:0.666667:20:12:7:8:20:12:7:9 chr19 44515514 . C A 404.14 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0439464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0645;QD=19.4766;RBI=0.0478098;REFB=0.00395967;REVB=-0.0188279;RO=42;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570538;STB=0.531721;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00496211;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:24:17:20:22:24:17:20:22 chr19 44564981 . G A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00603816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.525;QD=23.4121;RBI=0.0101557;REFB=-0.0214105;REVB=-0.00816565;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561911;STB=0.530905;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.014937;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:18:17:14:11:18:17:14:11 chr19 44570551 . G A 227.25 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0141452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3838;QD=28.4067;RBI=0.014276;REFB=-0.0548678;REVB=-0.00192787;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164281;STB=0.509082;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0355734;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:11:11:21:21:0.65625:12:9:5:6:12:9:5:6 chr19 44589999 . TCTC T 151.14 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00379555;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=268.054;QD=19.5022;RBI=0.0178444;REFB=-0.0115352;REVB=-0.0174361;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193237;STB=0.609428;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.0104062;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:16:32:16:31:15:9:7:5:10:99:15:9:7:5:10 chr19 44590558 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00155748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3839;QD=15.8392;RBI=0.0411857;REFB=-0.0439722;REVB=-0.0411562;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379034;STB=0.72356;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0328665;OID=.;OPOS=44590558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:2:5:2:6:2:5 chr19 44591360 . G A 638.92 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00492593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.304;QD=59.4342;RBI=0.0154381;REFB=-0.145527;REVB=0.0146312;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00084392;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:16:26:0:0:16:26:0:1 chr19 44610665 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.225;QD=59.4326;RBI=0.0285399;REFB=0;REVB=0.00909137;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24367e-05;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr19 44610798 . A T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.014;QD=57.6768;RBI=0.051146;REFB=0;REVB=0.0101839;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406335;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr19 44611066 . T C 445.67 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4068;QD=54.0207;RBI=0.06978;REFB=-0.0745393;REVB=0.0680463;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00296158;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:19:12:0:1:20:12:0:1 chr19 44611420 . A G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.893;QD=60.2308;RBI=0.014419;REFB=0;REVB=0.00351176;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30662e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr19 44612005 . A G 233.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.184;QD=49.0786;RBI=0.0237698;REFB=0;REVB=-0.0075102;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76419e-05;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr19 44612014 . A T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.471;QD=52.6127;RBI=0.0288817;REFB=0;REVB=-0.00351607;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100837;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 44612231 . A G 410.18 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0137755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0821;QD=51.2726;RBI=0.0401524;REFB=-0.254464;REVB=0.0377154;RO=2;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774095;STB=0.538436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0074858;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:32:2:2:29:30:0.9375:11:18:0:2:12:18:0:2 chr19 44652954 . G A 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.105;QD=62.1621;RBI=0.0767867;REFB=0;REVB=0.074742;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137652;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr19 44654606 . GGAA G,GGA 156.23 PASS AF=0.459459,0.216216;AO=10,5;DP=37;FAO=17,8;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=1,4;FSAR=16,4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.134371,0.310302;FXX=0.0263089;HRUN=2,7;LEN=3,1;MLLD=22.3158,6.51137;QD=16.8898;RBI=0.165559,0.33453;REFB=-0.132799,-0.248622;REVB=0.0967173,0.124993;RO=13;SAF=0,2;SAR=10,3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.830034,-0.396358;STB=0.893278,0.649658;STBP=0,0.326;TYPE=del,del;VARB=0.0963646,0.10593;OID=.,.;OPOS=44654607,44654608;OREF=GAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459,0.216216:10,5:37:17,8:37:12:1,4:16,4:9:3:45:13:0,2:10,3:10:3 chr19 44660967 . A G 70.66 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0691532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8073;QD=15.7031;RBI=0.0781022;REFB=-0.0216892;REVB=-0.0363014;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0116658;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:17:18:8:9:9:9:0.5:6:3:2:6:6:3:2:7 chr19 44721699 . C T 198.29 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00573063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.383;QD=13.4437;RBI=0.0335346;REFB=-0.0256962;REVB=0.0330413;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29989;STB=0.640903;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.021397;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:23:24:0.40678:6:17:16:18:7:17:17:18 chr19 44764064 . A G 1008.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9373;QD=59.3134;RBI=0.016647;REFB=0;REVB=-0.00502433;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60976e-05;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr19 44778405 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.499;QD=47.8224;RBI=0.0810123;REFB=0;REVB=0.0601038;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574003;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr19 44778797 . T A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00593751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.247;QD=9.82134;RBI=0.0134763;REFB=-0.00833225;REVB=-0.0120978;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223153;STB=0.513489;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0366267;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:10:13:6:5:10:13 chr19 44778799 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0881384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1993;QD=9.82082;RBI=0.0890941;REFB=-0.0136822;REVB=-0.0130151;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223153;STB=0.513489;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0232218;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:10:13:6:5:10:13 chr19 44792701 . T G 189.66 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0650213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2486;QD=21.6749;RBI=0.0652972;REFB=0.00641371;REVB=0.00599538;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110883;STB=0.562433;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00313194;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:8:8:12:7:8:8 chr19 44792969 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1665;QD=48.7332;RBI=0.0722611;REFB=0;REVB=-0.0550675;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274527;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr19 44832684 . T G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.925;QD=63.8707;RBI=0.0105873;REFB=0;REVB=0.00763411;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83074e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr19 44832875 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.703;QD=62.0214;RBI=0.0202072;REFB=0;REVB=0.00742492;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72274e-05;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr19 44832992 . C G 602.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0233;QD=60.2802;RBI=0.0103956;REFB=0;REVB=0.0103061;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245732;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr19 44833506 . C T 629.03 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0106148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4438;QD=57.1842;RBI=0.0157666;REFB=-0.00566203;REVB=0.0116581;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468749;STB=0.524988;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000333104;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:19:23:0:2:19:23:0:2 chr19 44833851 . G C 845.05 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262237;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.829;QD=58.2792;RBI=0.0631093;REFB=0;REVB=0.0630548;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963029;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:17:40:0:0:18:40:0:0 chr19 44840789 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.404;QD=58.2396;RBI=0.0544501;REFB=0;REVB=0.0488759;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49528e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr19 44891784 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0140955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.897;QD=13.661;RBI=0.014205;REFB=-0.00734932;REVB=-0.00176007;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578865;STB=0.533931;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0050123;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:14:7:4:10:14:7 chr19 44930880 . G A 1918.76 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121197;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4437;QD=61.8954;RBI=0.0184926;REFB=0;REVB=-0.0139675;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378766;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr19 44932972 . C T 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0251751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.037;QD=13.3136;RBI=0.0281965;REFB=-0.00216154;REVB=-0.0126987;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173422;STB=0.59958;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00279984;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:14:19:9:13:14:19 chr19 44933504 . G A 184.93 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0112955;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.349;QD=10.2738;RBI=0.0432416;REFB=-0.0268819;REVB=0.0417403;RO=48;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339781;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0541816;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:23:24:0.333333:8:15:30:18:9:15:30:18 chr19 44933706 . C T 286.33 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0196888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7513;QD=15.6894;RBI=0.0197869;REFB=-0.037146;REVB=-0.0019674;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15386;STB=0.586395;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.031225;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:17:15:13:28:17:15:13:28 chr19 44933947 . G A 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0188474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2485;QD=14.1672;RBI=0.0190753;REFB=0.0219576;REVB=-0.00293976;RO=48;SAF=23;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259329;STB=0.654016;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0155784;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:10:23:22:26:10:23:22:27 chr19 44934489 . G A 974.89 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8157;QD=56.515;RBI=0.0998474;REFB=-0.0856726;REVB=0.0831504;RO=2;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229004;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:2:0:67:69:1:35:32:0:2:37:32:0:0 chr19 44981318 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0284476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.723;QD=10.3896;RBI=0.0309506;REFB=0.00841635;REVB=0.0121933;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472354;STB=0.775523;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00651238;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:10:1:4:3:10:1 chr19 44981525 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0570291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2166;QD=17.8274;RBI=0.0578857;REFB=0.0188872;REVB=0.00992139;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389112;STB=0.721873;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.022644;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:9:2:8:4:9:2 chr19 44981883 . C G 227.47 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00162438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.766;QD=15.6874;RBI=0.00809913;REFB=-0.0146423;REVB=0.00793456;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143001;STB=0.588573;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0207853;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:16:9:16:16:17:9:16:16 chr19 44983567 . C G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00332437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.479;QD=15.8121;RBI=0.00598401;REFB=0.00354819;REVB=-0.00497564;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437463;STB=0.524677;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00438405;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:14:20:24:20:14:20:24:20 chr19 45001346 . G A 336.48 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0133016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1481;QD=14.4721;RBI=0.0297369;REFB=-0.00595969;REVB=-0.0265961;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277359;STB=0.650609;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0162654;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:52:56:37:37:0.397849:20:17:38:14:20:17:40:16 chr19 45016990 . CT C 1316.23 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.474;QD=45.782;RBI=0.114636;REFB=0;REVB=0.114398;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00124904;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:114:115:115:0:63:52:0:0:25:0:60:51:0:0 chr19 45021210 . G A 81.24 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0255394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3578;QD=8.55198;RBI=0.0657325;REFB=-0.0171542;REVB=0.0605682;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208174;STB=0.62397;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0453761;OID=.;OPOS=45021210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:4:23:8:3:4:23 chr19 45029208 . G A 163.99 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.01093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1691;QD=14.5772;RBI=0.0117878;REFB=-0.0213768;REVB=0.00441448;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118338;STB=0.577693;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0328811;OID=.;OPOS=45029208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:9:9:10:16:9:9:10:17 chr19 45050747 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00707826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7993;QD=12.8688;RBI=0.00783756;REFB=-0.0158913;REVB=-0.00336534;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207001;STB=0.619962;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0262796;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:3:13:7:4:3:13 chr19 45050756 . T C 155.0 PASS AF=0.592593;AO=14;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00517274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.689;QD=22.9626;RBI=0.00532387;REFB=0.000932649;REVB=-0.00125949;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112725;STB=0.602508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000914742;OID=.;OPOS=45050756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:9:11:14:16:0.592593:11:3:3:6:13:3:4:7 chr19 45121424 . G A 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0440595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.843;QD=12.0585;RBI=0.04406;REFB=-0.0241567;REVB=0.000206627;RO=42;SAF=19;SAR=6;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460456;STB=0.765192;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0425488;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:6:19:14:28:6:19:14:28 chr19 45162038 . A G 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.596;QD=57.3812;RBI=0.0344288;REFB=0;REVB=-0.00536138;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378145;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr19 45206632 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0281557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.51;QD=16.0341;RBI=0.0295854;REFB=-0.009698;REVB=-0.00908571;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28114;STB=0.665075;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.011353;OID=.;OPOS=45206632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:11:9:5:22:11:9:5:23 chr19 45284266 . A C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0179629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.127;QD=17.3782;RBI=0.0393884;REFB=0.00269166;REVB=-0.035054;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176469;STB=0.545376;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00271548;OID=.;OPOS=45284266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:8:3:1:8:8:3:2:8 chr19 45316804 . C T 156.21 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.120899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4601;QD=15.6206;RBI=0.123072;REFB=-0.013069;REVB=0.0230211;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408023;STB=0.523439;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0190669;OID=.;OPOS=45316804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:17:6:5:12:17:6 chr19 45316807 . C T 155.38 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00388618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.097;QD=15.1594;RBI=0.0464939;REFB=-0.0148132;REVB=0.0463312;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055429;STB=0.531878;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0272635;OID=.;OPOS=45316807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:18:6:5:12:18:6 chr19 45389224 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.79;QD=51.9166;RBI=0.0252046;REFB=0;REVB=-0.00178281;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141864;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr19 45392254 . C T 213.98 PASS AF=0.512195;AO=14;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0131802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7872;QD=20.8759;RBI=0.219034;REFB=-0.0333918;REVB=0.218637;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372459;STB=0.535929;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0386358;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:14:21:0.512195:3:11:9:11:10:11:9:11 chr19 45395714 . T C 222.29 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0231072;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.937;QD=18.1458;RBI=0.034586;REFB=0.0417782;REVB=-0.0257342;RO=28;SAF=16;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286257;STB=0.5362;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0523591;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:27:22:22:0.44898:6:16:21:7:6:16:21:6 chr19 45397307 . C T 191.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0167729;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.254;QD=21.2253;RBI=0.0204603;REFB=-0.00113225;REVB=0.0117172;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193596;STB=0.608585;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00107105;OID=.;OPOS=45397307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:5:12:9:10:5:12 chr19 45409167 . C G 212.44 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0113574;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.395;QD=11.9685;RBI=0.0122539;REFB=-0.0170589;REVB=-0.00460095;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110696;STB=0.559278;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0213408;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:45:26:26:0.366197:15:11:14:29:15:11:15:30 chr19 45448036 . T C 370.16 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00024586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.262;QD=54.838;RBI=0.0118185;REFB=0;REVB=-0.0118159;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0867e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:7:18:0:0:8:19:0:0 chr19 45448465 . T G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0348704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.143;QD=12.8607;RBI=0.0545191;REFB=0.00444113;REVB=0.0419093;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280299;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00442949;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:6:2:4:3:6:2 chr19 45452694 . G GT 204.37 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00158332;FXX=0.0465008;HRUN=0;LEN=1;MLLD=248.135;QD=19.9382;RBI=0.00225396;REFB=-0.0161988;REVB=0.0016042;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134659;STB=0.5111;STBP=0.89;TYPE=ins;VARB=0.0180545;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:19:43:20:41:21:11:9:12:9:99:23:11:8:13:10 chr19 45476422 . T C 1060.17 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.49;QD=59.7281;RBI=0.0301058;REFB=0;REVB=0.000807171;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173109;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:27:39:0:0:27:44:0:0 chr19 45488567 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.225;QD=43.4861;RBI=0.00759975;REFB=0;REVB=0.00334743;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11833e-05;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 45490570 . A G 234.8 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0406979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8274;QD=18.7844;RBI=0.0480181;REFB=-0.0103905;REVB=-0.0254837;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449428;STB=0.525461;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0176309;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:14:13:10:13:14:13 chr19 45490636 . T C 144.84 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0150948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.499;QD=15.6587;RBI=0.0632018;REFB=-0.0210352;REVB=0.0613728;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151227;STB=0.586366;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0257744;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:16:5:6:10:16:5 chr19 45561063 . A G 937.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7707;QD=58.5832;RBI=0.0353485;REFB=0;REVB=-0.0267449;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467459;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr19 45594170 . A G 111.46 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00015093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.033;QD=10.8739;RBI=0.00561629;REFB=-0.0191894;REVB=0.00561427;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.024103;OID=.;OPOS=45594170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:26:27:13:14:0.341463:7:6:12:14:8:6:13:14 chr19 45594504 . C G 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00870433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.58;QD=24.4921;RBI=0.0189534;REFB=-0.0153054;REVB=-0.0168364;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923117;STB=0.551402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0146941;OID=.;OPOS=45594504;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:6:9:10:11:6:9 chr19 45596635 . A G 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00671329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.585;QD=14.3336;RBI=0.0223616;REFB=-0.000328837;REVB=0.0213301;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000581413;OID=.;OPOS=45596635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr19 45683448 . T A 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.019801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.088;QD=32.9593;RBI=0.0220725;REFB=-0.0117718;REVB=0.00975276;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194624;STB=0.510631;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00491279;OID=.;OPOS=45683448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:14:16:7:7:14:16:7:7 chr19 45790001 . T A 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7109;QD=50.4037;RBI=0.0550203;REFB=0;REVB=0.0477485;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124455;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr19 45806609 . A G 499.42 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0288466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.618;QD=53.991;RBI=0.0498782;REFB=-0.00779819;REVB=0.0406903;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199081;STB=0.509364;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00896382;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:1:2:35:35:0.945946:23:12:0:1:23:12:1:1 chr19 45810035 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0398527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3293;QD=50.1322;RBI=0.03987;REFB=-0.0252973;REVB=0.00117288;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00844291;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr19 45818835 . A G 766.0 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.798;QD=63.8331;RBI=0.034971;REFB=0;REVB=-0.0213724;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115227;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr19 45849909 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.495;QD=60.6102;RBI=0.022948;REFB=0;REVB=0.0120298;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67411e-05;OID=.;OPOS=45849909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 45854919 . T G 542.08 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297145;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.821;QD=60.2314;RBI=0.0346838;REFB=0;REVB=0.0178889;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41085e-05;OID=.;OPOS=45854919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:30:6:0:0:30:6:0:0 chr19 45855524 . G A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0611657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.721;QD=55.0447;RBI=0.0683083;REFB=-0.0969336;REVB=0.0304101;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000950057;OID=.;OPOS=45855524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:0:1:34:21:0:1 chr19 45865002 . C A 158.96 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7481;QD=45.4161;RBI=0.0250765;REFB=0;REVB=0.0207567;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202993;OID=.;OPOS=45865002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:8:2:0:0:10:4:0:0 chr19 45868309 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.438;QD=54.5173;RBI=0.0293716;REFB=0;REVB=0.0225658;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281572;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 45899503 . C T 87.11 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.112869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.178;QD=6.22205;RBI=0.113375;REFB=-0.0114052;REVB=-0.0107031;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171931;STB=0.606587;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0417058;OID=.;OPOS=45899503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:7:6:14:29:7:6:14:29 chr19 45978375 . A G 266.88 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0265348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9997;QD=20.1416;RBI=0.0420055;REFB=-0.044899;REVB=-0.0325633;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0293222;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:14:14:12:12:14:14:12:13 chr19 45998346 . C A 167.35 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00855549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.571;QD=23.0821;RBI=0.00860622;REFB=-0.00530414;REVB=-0.000933102;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303364;STB=0.669104;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00317086;OID=.;OPOS=45998346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:2:10:7:10:2:10 chr19 46002766 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0108261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.614;QD=19.1339;RBI=0.0842011;REFB=0.0375857;REVB=0.0835022;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00156817;OID=.;OPOS=46002766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr19 46026970 . T A 148.62 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00935555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6798;QD=10.8084;RBI=0.0527825;REFB=0.0131942;REVB=0.0519467;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182203;STB=0.605204;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.025899;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:36:19:19:0.345455:8:11:14:20:8:11:15:21 chr19 46029981 . T C 543.17 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=0.000468995;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.867;QD=12.9326;RBI=0.0161679;REFB=0.00742578;REVB=0.0161611;RO=103;SAF=30;SAR=34;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779216;STB=0.540528;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00739686;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:103:104:64:64:0.380952:34:30:41:62:34:30:42:62 chr19 46057081 . A G 291.48 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0222244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.496;QD=33.3121;RBI=0.0471633;REFB=-0.0306927;REVB=-0.0415987;RO=10;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945892;STB=0.551683;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00563083;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:13:12:3:7:13:12:3:7 chr19 46095651 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0123984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.977;QD=22.5856;RBI=0.076207;REFB=0.0140131;REVB=-0.0751916;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23253;STB=0.63135;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0141627;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:5:1:6:5:5:1 chr19 46129999 . C A 96.17 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0597129;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.6048;QD=13.739;RBI=0.0602149;REFB=0.00363411;REVB=0.00775867;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288925;STB=0.524651;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0174613;OID=.;OPOS=46129999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:28:13:16:9:12:0.428571:6:3:4:9:7:5:6:10 chr19 46154806 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.071887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.388;QD=17.3781;RBI=0.0743198;REFB=-0.0308611;REVB=0.0188597;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310257;STB=0.675404;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0108333;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:1:9:6:5:1:9 chr19 46154820 . G A 117.52 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.013278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2065;QD=20.438;RBI=0.0362763;REFB=-0.0796741;REVB=-0.0337589;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223167;STB=0.638912;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0345253;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:23:9:10:13:13:0.565217:8:5:1:8:8:5:1:9 chr19 46154902 . G GC 154.81 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00164045;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.809;QD=14.4011;RBI=0.00188879;REFB=-0.032966;REVB=-0.000936182;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300532;STB=0.651038;STBP=0.063;TYPE=ins;VARB=0.0049471;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628:22:43:22:43:21:11:11:4:17:99:20:11:11:3:17 chr19 46154906 . C CT 142.22 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00826348;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=349.348;QD=13.2293;RBI=0.01127;REFB=-0.00127297;REVB=-0.00766336;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202773;STB=0.6291;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.00134575;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:21:44:21:43:22:10:11:5:17:99:23:10:11:6:17 chr19 46155049 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0200199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4837;QD=15.8821;RBI=0.0207702;REFB=0.00120026;REVB=-0.00553225;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166393;STB=0.553088;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.000589562;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:11:10:9:10:0.5:5:4:3:8:6:4:3:7 chr19 46216642 . G T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0150588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.098;QD=23.3999;RBI=0.0328923;REFB=-0.0354085;REVB=-0.0292428;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790568;STB=0.545342;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0161287;OID=.;OPOS=46216642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:1:2:4:4:1:2 chr19 46248558 . G A 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00228367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.3897;QD=14.1394;RBI=0.0417658;REFB=0.0112208;REVB=0.0417034;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.599859;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00659198;OID=.;OPOS=46248558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:12:8:8:6:12:8 chr19 46269076 . G A 445.57 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0323938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.295;QD=52.4201;RBI=0.0475057;REFB=-0.12584;REVB=0.0347481;RO=2;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716363;STB=0.538437;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00103756;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:20:12:2:0:20:12:2:0 chr19 46269313 . G C 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3941;QD=39.1884;RBI=0.0547942;REFB=0;REVB=-0.00428813;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119031;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 46275976 . G C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.557;QD=57.2016;RBI=0.0457229;REFB=0;REVB=0.0391735;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150995;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 46282503 . A C 358.71 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.51;QD=55.1862;RBI=0.0257719;REFB=0;REVB=0.00553662;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30833e-05;OID=.;OPOS=46282503;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:16:8:0:0:17:9:0:0 chr19 46287200 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.831;QD=53.9112;RBI=0.0481867;REFB=0;REVB=0.0453676;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610769;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 46289392 . G C 357.15 PASS AF=0.9;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0195828;FXX=0.0322477;HRUN=8;LEN=1;MLLD=224.559;QD=47.6199;RBI=0.0214062;REFB=-0.131095;REVB=0.00864521;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176938;STB=0.503976;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000987586;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:31:30:2:3:27:27:0.9:10:17:1:1:10:17:2:1 chr19 46318907 . T C 380.22 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00111108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.299;QD=24.9323;RBI=0.00822267;REFB=-0.0107501;REVB=-0.00814726;RO=24;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390472;STB=0.52141;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0101843;OID=.;OPOS=46318907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:22:15:11:13:22:15:11:13 chr19 46341824 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.792;QD=57.1762;RBI=0.0244746;REFB=0;REVB=0.0232361;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03185e-05;OID=.;OPOS=46341824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr19 46352122 . A G 791.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3492;QD=63.3595;RBI=0.0351727;REFB=0;REVB=-0.0344467;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256704;OID=.;OPOS=46352122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:25:25:0:0 chr19 46404579 . A G 536.94 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.739;QD=59.6596;RBI=0.0405151;REFB=0;REVB=0.0207176;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532845;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:30:36:1:17:13:0:0:20:16:0:0 chr19 46443885 . GC G,GA 204.91 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,15;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460429,0.0490253;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.018,235.993;QD=48.2139;RBI=0.0536532,0.061867;REFB=0,0;REVB=0.0275448,0.0377365;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0699559,0.00250485;OID=.,.;OPOS=46443886,46443886;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:2,15:17:1,16:17:0:0,15:1,1:0:0:4:0:1,14:1,1:0:0 chr19 46457160 . A G 376.63 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0295699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6507;QD=16.5549;RBI=0.0411156;REFB=-0.0157141;REVB=-0.0285677;RO=50;SAF=13;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134738;STB=0.5982;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0264146;OID=.;OPOS=46457160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:51:39:40:0.43956:26:13:23:27:27:13:25:26 chr19 46498353 . C G 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00228139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.683;QD=20.0308;RBI=0.0276127;REFB=-0.0206182;REVB=0.0275183;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118604;STB=0.566954;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0189848;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:9:15:13:13:9:15:13:13 chr19 46511548 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1981;QD=43.4846;RBI=0.0255577;REFB=0;REVB=0.0218822;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094975;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 46520025 . CA C,CG 1143.75 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=11,64;DP=78;FAO=13,65;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=4,32;FSAR=9,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004324,0.00323148;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.312,247.385;QD=58.6536;RBI=0.00522451,0.0040514;REFB=0,0;REVB=-0.00293231,-0.00244363;RO=0;SAF=3,31;SAR=8,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00162083,-0.000568251;OID=.,.;OPOS=46520026,46520026;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:11,64:78:13,65:78:0:4,32:9,33:0:0:59:0:3,31:8,33:0:0 chr19 46520028 . C G 77.1 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0519161;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7267;QD=3.90399;RBI=0.0536273;REFB=-0.0299126;REVB=-0.0134391;RO=65;SAF=4;SAR=10;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266898;STB=0.676432;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.162174;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:79:79:65:65:14:14:0.177215:10:4:32:33:10:4:32:33 chr19 46627592 . G A 176.38 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0272333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5027;QD=14.3983;RBI=0.0273728;REFB=-0.00585625;REVB=0.00275991;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190523;STB=0.608398;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0212768;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:30:19:19:0.387755:11:8:17:11:11:8:18:12 chr19 46811984 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.089;QD=45.8068;RBI=0.0367462;REFB=0;REVB=0.00177356;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560094;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 46815499 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.077;QD=44.6898;RBI=0.0187537;REFB=0;REVB=0.0176201;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167391;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 46815705 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6111;QD=55.0982;RBI=0.0380517;REFB=0;REVB=0.0315679;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231847;OID=.;OPOS=46815705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr19 46857015 . C T 453.51 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=0.0168148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.135;QD=19.7177;RBI=0.0171998;REFB=-0.010773;REVB=0.00361912;RO=46;SAF=20;SAR=25;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26025;STB=0.646407;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0135521;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:25:20:8:38:25:20:8:39 chr19 46893810 . G A 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0668813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5128;QD=15.8385;RBI=0.0668978;REFB=-0.0178453;REVB=0.00148456;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.592984;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0388322;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:3:4:3:5:3:4 chr19 46914808 . TGGGG TGG,TGGG,TGGGC 78.53 PASS AF=0.0294118,0.323529,0.0294118;AO=4,8,2;DP=34;FAO=1,11,1;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=0,1,0;FSAR=1,10,1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0342736,-0.0617411,-0.0229971;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=24.1108,16.6404,23.2937;QD=9.23908;RBI=0.0612606,0.117238,0.0712619;REFB=0.00293453,0.00523362,0.0151521;REVB=-0.0507758,-0.0996638,-0.0674492;RO=19;SAF=0,2,0;SAR=4,6,2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0.397849,0.397849,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.661408,-0.326369,-0.526746;STB=0.991047,0.871711,0.991047;STBP=0.26,0.008,0.26;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0855821,-0.0570793,0.109047;OID=.,.,.;OPOS=46914809,46914809,46914812;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0294118,0.323529,0.0294118:4,8,2:34:1,11,1:34:21:0,1,0:1,10,1:12:9:59:19:0,2,0:4,6,2:10:9 chr19 46914921 . G A 60.08 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0753995;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.087;QD=15.0212;RBI=0.0754026;REFB=-0.0182018;REVB=-0.000686486;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0373217;OID=.;OPOS=46914921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:16:7:8:8:8:0.5:5:3:2:5:5:3:3:5 chr19 46973981 . G A 157.88 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00104994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.355;QD=12.1446;RBI=0.00811383;REFB=-0.00331291;REVB=-0.00804561;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700588;STB=0.54094;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00463458;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:31:33:18:19:0.365385:7:11:17:14:8:11:17:16 chr19 46974233 . G A 115.47 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00358233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.729;QD=10.9969;RBI=0.00542238;REFB=-0.0195678;REVB=0.00407051;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188841;STB=0.629435;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0547598;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:28:28:13:14:0.333333:4:9:15:13:4:10:15:13 chr19 47177913 . A G 617.0 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398758;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.057;QD=61.7;RBI=0.0533312;REFB=0;REVB=-0.0354138;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08829e-05;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr19 47184991 . C T 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.012133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.839;QD=26.4922;RBI=0.0141616;REFB=0.00759843;REVB=-0.00730355;RO=9;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235576;STB=0.632264;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00375525;OID=.;OPOS=47184991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:13:4:5:4:13:4:5:4 chr19 47223543 . T C 432.35 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00527239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.142;QD=17.8289;RBI=0.107139;REFB=-0.0249121;REVB=-0.107009;RO=52;SAF=37;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362932;STB=0.712753;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0169939;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:7:37:29:23:7:37:29:24 chr19 47543774 . G A 692.46 PASS AF=0.482517;AO=68;DP=143;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0397019;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6243;QD=19.3697;RBI=0.0656711;REFB=-0.00598634;REVB=0.0523111;RO=75;SAF=32;SAR=36;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291328;STB=0.523803;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00883771;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:74:68:69:0.482517:36:32:33:42:36:33:32:42 chr19 47570790 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00266074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.288;QD=16.1192;RBI=0.00348107;REFB=-0.0197519;REVB=-0.00224462;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341381;STB=0.701369;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0157773;OID=.;OPOS=47570790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:7:6:2:10:7:6 chr19 47570906 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0177621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.991;QD=14.4199;RBI=0.046943;REFB=-0.00273664;REVB=-0.0434529;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916825;STB=0.546727;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.002888;OID=.;OPOS=47570906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:20:7:12:24:20:7:12:25 chr19 47585517 . G C 233.44 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0131566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7781;QD=16.9774;RBI=0.0149493;REFB=-0.00551916;REVB=-0.00709817;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245637;STB=0.637758;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00810768;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:9:20:11:15:9:20 chr19 47588325 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000215911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1015;QD=16.9409;RBI=0.0022813;REFB=0.00943052;REVB=0.00227106;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.531986;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0116854;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:10:14:10:9:10:14 chr19 47593449 . G A 309.52 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0406553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.691;QD=23.3603;RBI=0.0523882;REFB=-0.0388491;REVB=0.0330404;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16376;STB=0.581766;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0493207;OID=.;OPOS=47593449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:22:30:31:0.584906:16:14:15:7:16:15:15:7 chr19 47761646 . G C 160.54 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.278;QD=45.8696;RBI=0.090685;REFB=0;REVB=0.087836;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482598;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr19 47768128 . G C 145.05 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5022;QD=44.6296;RBI=0.0860484;REFB=0;REVB=0.0148111;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438101;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr19 47770015 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.056;QD=58.5869;RBI=0.0200358;REFB=0;REVB=0.0196898;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001627;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 47773647 . C T 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.576;QD=55.6071;RBI=0.0372976;REFB=-0.0686633;REVB=0.0218468;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000153047;OID=.;OPOS=47773647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:30:28:0:0:30:28:1:0 chr19 47774447 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.917;QD=44.6877;RBI=0.0778383;REFB=0;REVB=-0.0112318;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598792;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 47774572 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.827;QD=51.184;RBI=0.0748634;REFB=0;REVB=0.0548441;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742431;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 47774665 . TGAG T 486.71 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355595;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=184.905;QD=57.2604;RBI=0.0458936;REFB=0;REVB=0.0290128;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000209484;OID=.;OPOS=47774666;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:35:34:34:0:15:19:0:0:4:0:15:19:0:0 chr19 47774772 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.105;QD=44.6898;RBI=0.0497325;REFB=0;REVB=0.0113366;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243101;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 47813165 . G A 195.63 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0105361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1484;QD=25.2419;RBI=0.0403532;REFB=-0.0324685;REVB=0.0389534;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262914;STB=0.646312;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0179108;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:9:3:12:7:9:3 chr19 47823038 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2039;QD=48.7315;RBI=0.0961913;REFB=0;REVB=0.0933849;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261024;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 47823484 . T C,G 634.55 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568864,-0.0159696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.8517,45.8745;QD=60.4334;RBI=0.00857282,0.0283106;REFB=0,0;REVB=0.00641348,-0.0233765;RO=0;SAF=20,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=1.76113e-05,0.176816;OID=.,.;OPOS=47823484,47823484;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:20,0:20,2:0:0:20,0:20,2:0:0 chr19 47823871 . G T 741.63 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120378;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6655;QD=57.0486;RBI=0.016056;REFB=0;REVB=-0.0106248;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620556;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr19 47883157 . TGGAGGA T 57.25 PASS AF=0.4;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00353731;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=280.548;QD=11.4498;RBI=0.0132722;REFB=-0.00859886;REVB=-0.0127922;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436085;STB=0.755272;STBP=0.109;TYPE=del;VARB=0.0115792;OID=.;OPOS=47883158;OREF=GGAGGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:16:8:20:12:5:3:2:10:57:6:5:3:0:6 chr19 47935352 . T C 78.9 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0317671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.376;QD=28.6913;RBI=0.0372171;REFB=-0.0953357;REVB=0.0193898;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.533258;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00377544;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:0:2:8:9:0.818182:2:6:0:0:3:6:1:1 chr19 47978671 . G A 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0308348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.786;QD=31.8549;RBI=0.042299;REFB=-0.00405679;REVB=0.0289556;RO=12;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212216;STB=0.615914;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00340902;OID=.;OPOS=47978671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:14:12:10:2:14:12:10:2 chr19 47980153 . G A 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0182528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.973;QD=19.9663;RBI=0.027377;REFB=-0.00355269;REVB=0.0204043;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441436;STB=0.524573;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00320835;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:13:16:13:13:13:16:13:13 chr19 47991588 . C T 128.09 PASS AF=0.160256;AO=25;DP=157;FAO=25;FDP=156;FR=.;FRO=131;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=100;FSRR=31;FWDB=-0.0149045;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3054;QD=3.28446;RBI=0.0340655;REFB=-0.0142177;REVB=-0.0306319;RO=130;SAF=22;SAR=3;SRF=99;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251904;STB=0.671291;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0870995;OID=.;OPOS=47991588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:130:131:25:25:0.160256:3:22:99:31:3:22:100:31 chr19 47996010 . C T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0293143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.098;QD=6.73499;RBI=0.030033;REFB=-0.0157098;REVB=0.00653089;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354634;STB=0.720221;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0440577;OID=.;OPOS=47996010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:7:4:24:12:7:4:24:12 chr19 48000071 . CCTT C 170.31 PASS AF=0.451613;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0252375;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=3;MLLD=269.406;QD=10.9879;RBI=0.0265172;REFB=-0.0129192;REVB=0.00813805;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115237;STB=0.578888;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.0159152;OID=.;OPOS=48000072;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:26:65:28:62:34:8:20:14:20:99:34:8:18:14:20 chr19 48042976 . C T 87.95 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000543845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0207;QD=14.0713;RBI=0.0657084;REFB=-0.025987;REVB=-0.0657062;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443837;STB=0.778985;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0290648;OID=.;OPOS=48042976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:13:14:11:11:0.44:2:9:5:8:2:9:5:9 chr19 48047821 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0105287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.729;QD=20.1601;RBI=0.01881;REFB=-0.0131201;REVB=0.0155872;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376214;STB=0.689303;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00867034;OID=.;OPOS=48047821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:9:7:12:1:9:7:12:2 chr19 48182946 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2018;QD=19.134;RBI=0.0596654;REFB=-0.0410704;REVB=-0.0596654;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123676;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr19 48244194 . A G 73.51 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00895878;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.761;QD=8.40119;RBI=0.0775861;REFB=-0.00434121;REVB=-0.0770671;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279405;STB=0.517207;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00858502;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:18:7:3:7:18:7 chr19 48244569 . G A 67.76 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.140392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1223;QD=13.5517;RBI=0.147052;REFB=0.00350829;REVB=0.0437534;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488136;STB=0.787349;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00916539;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:11:11:8:9:0.45:3:5:1:10:3:6:1:10 chr19 48255804 . A G 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0147775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.801;QD=16.2701;RBI=0.0675871;REFB=-0.00711524;REVB=-0.0659518;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0334735;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:9:9:9:6:9:9 chr19 48259797 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0248648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.839;QD=11.9194;RBI=0.0271643;REFB=0.00933729;REVB=-0.0109379;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.633826;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0343622;OID=.;OPOS=48259797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:8:1:2:5:8:1 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 37.99 PASS AF=0.24;AO=5;DP=33;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0250389;FXX=0.242351;HRUN=0;LEN=7;MLLD=260.402;QD=6.078;RBI=0.0252348;REFB=-0.00134859;REVB=0.00313803;RO=27;SAF=0;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677837;STB=0.86309;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.00437809;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:5:33:6:25:19:1:5:13:6:37:27:0:5:15:12 chr19 48282078 . C G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0181015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.731;QD=6.10495;RBI=0.0282159;REFB=-0.00435197;REVB=-0.0216442;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349909;STB=0.72669;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0151229;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:14:12:6:2:14:12 chr19 48389425 . A G 1438.54 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179571;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.324;QD=63.2325;RBI=0.0384757;REFB=0;REVB=0.0340282;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197394;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr19 48495304 . G A 195.6 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0251392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8564;QD=17.7815;RBI=0.0281451;REFB=0.00899754;REVB=-0.0126556;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420163;STB=0.514836;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0120269;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:13:7:9:14:13:7:9:15 chr19 48495306 . C T 187.33 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0163519;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.367;QD=17.8408;RBI=0.0169954;REFB=-0.00193614;REVB=0.00463221;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213728;STB=0.512182;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00352312;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:8:15:12:7:8:15 chr19 48525507 . G A 269.12 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00847596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.812;QD=18.8857;RBI=0.0102682;REFB=-0.0165695;REVB=-0.00579595;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480101;STB=0.509085;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0134595;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:28:29:29:0.508772:15:14:13:11:15:14:13:15 chr19 48543862 . G A 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.023;QD=59.7968;RBI=0.0371406;REFB=0.0632174;REVB=0.033848;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170778;STB=0.509087;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000214995;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:16:27:1:0:16:27:1:0 chr19 48598823 . A G 463.83 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.191;QD=54.5682;RBI=0.0307619;REFB=-0.00532649;REVB=0.0281699;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000320131;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:34:0:1:32:33:0.970588:13:19:0:0:15:18:1:0 chr19 48601454 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.667;QD=56.937;RBI=0.0479471;REFB=0;REVB=0.0378629;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86498e-05;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr19 48602948 . T C 306.23 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140213;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.948;QD=53.2577;RBI=0.0247037;REFB=0;REVB=0.020339;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511684;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr19 48608598 . C G 61.32 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0785932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7005;QD=10.6646;RBI=0.101849;REFB=-0.0571582;REVB=0.0647797;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0863331;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:20:23:11:14:9:9:0.391304:4:5:4:7:4:5:7:7 chr19 48613788 . T G 33.38 PASS AF=0.0714286;AO=12;DP=175;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=106;FSRR=50;FWDB=-0.0235703;FXX=0.0399977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.411;QD=0.794699;RBI=0.0237419;REFB=-0.00455349;REVB=0.00284945;RO=153;SAF=2;SAR=10;SRF=111;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56176;STB=0.899486;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0597908;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:175:168:153:156:12:12:0.0714286:10:2:111:42:10:2:106:50 chr19 48622375 . C T 905.13 PASS AF=0.508475;AO=90;DP=177;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.00462052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.266;QD=20.4548;RBI=0.00849129;REFB=-0.0291631;REVB=-0.00712411;RO=86;SAF=46;SAR=44;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409215;STB=0.519574;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0294484;OID=.;OPOS=48622375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:86:87:90:90:0.508475:44:46:40:46:44:46:41:46 chr19 48622427 . A G 914.98 PASS AF=0.464115;AO=96;DP=208;FAO=97;FDP=209;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=0.0216746;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.759;QD=17.5116;RBI=0.0246157;REFB=-0.0264866;REVB=-0.011668;RO=111;SAF=43;SAR=53;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777733;STB=0.547727;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0332065;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:111:112:96:97:0.464115:53:43:41:70:53:44:41:71 chr19 48654553 . G T 241.45 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0350933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0434;QD=20.9954;RBI=0.0379284;REFB=0.0177735;REVB=0.0143882;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222485;STB=0.616527;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.021154;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:7:16:10:12:7:16:11:12 chr19 48657221 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00583903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.414;QD=7.96581;RBI=0.0284198;REFB=-0.0184489;REVB=-0.0278135;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187387;STB=0.511605;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0326268;OID=.;OPOS=48657221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:10:16:6:4:10:16 chr19 48668830 . G A 388.55 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0046365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.358;QD=31.7184;RBI=0.0259861;REFB=-0.00727641;REVB=0.0255691;RO=17;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112684;STB=0.561588;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00249609;OID=.;OPOS=48668830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:17:15:11:6:17:15:11:6 chr19 48685877 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0069473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.824;QD=16.6272;RBI=0.00865558;REFB=-0.0198549;REVB=-0.00516275;RO=14;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336616;STB=0.698058;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0163781;OID=.;OPOS=48685877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:2:11:8:6:2:11:8:6 chr19 48697961 . C T 237.65 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0192021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1089;QD=16.112;RBI=0.0235228;REFB=-0.035988;REVB=0.0135867;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235683;STB=0.513298;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0528408;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:15:17:15:12:15:17 chr19 48715153 . T C 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2867;QD=15.2587;RBI=0.0369724;REFB=-0.00725421;REVB=0.0270539;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27196;STB=0.656028;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00925242;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:4:12:6:7:4:12 chr19 48737706 . A T 142.7 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00665128;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.579;QD=13.5905;RBI=0.0164713;REFB=0.00119305;REVB=-0.0150686;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135342;STB=0.579168;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00427986;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:13:13:6:10:13:13 chr19 48823545 . G A 587.64 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=74;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00574236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.084;QD=31.7642;RBI=0.00746114;REFB=-0.0165734;REVB=-0.00476381;RO=22;SAF=30;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245006;STB=0.507362;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00772208;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:22:23:51:51:0.689189:21:30:12:10:21:30:13:10 chr19 48835668 . G C 251.55 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00208131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.559;QD=17.0541;RBI=0.0234745;REFB=-0.0205541;REVB=0.0233821;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506694;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0227908;OID=.;OPOS=48835668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:31:28:28:0.474576:13:15:15:13:13:15:17:14 chr19 48836673 . G T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0319909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.288;QD=19.3683;RBI=0.0371128;REFB=0.00553971;REVB=-0.0188134;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222514;STB=0.627655;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00249723;OID=.;OPOS=48836673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:2:5:4:6:2:5 chr19 48866687 . CG CC,C 107.6 PASS AF=0.178571,0.392857;AO=5,10;DP=29;FAO=5,11;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=1,8;FSAR=4,3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.138055,-0.285502;FXX=0.0344709;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=26.1328,13.9819;QD=15.372;RBI=0.138322,0.285788;REFB=-0.0219925,-0.0626821;REVB=-0.00859467,-0.0127669;RO=11;SAF=1,7;SAR=4,3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218963,0.305863;STB=0.684891,0.671941;STBP=0.375,0.149;TYPE=snp,del;VARB=0.0321281,0.00942484;OID=.,.;OPOS=48866688,48866688;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.178571,0.392857:5,10:29:5,11:28:12:1,8:4,3:5:7:66:11:1,7:4,3:4:7 chr19 48918157 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.71;QD=42.1825;RBI=0.0191229;REFB=0;REVB=0.0179039;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431115;OID=.;OPOS=48918157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 48945559 . T G 129.99 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0260039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.519;QD=13.3318;RBI=0.0578313;REFB=-0.0195238;REVB=0.0516551;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343242;STB=0.713972;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0235585;OID=.;OPOS=48945559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:14:15:0.384615:3:11:12:12:3:12:12:12 chr19 48949286 . G T 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.000896631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9053;QD=13.0896;RBI=0.00681842;REFB=-0.0455645;REVB=-0.00675921;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281525;STB=0.661168;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0519563;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:17:3:5:8:17:3 chr19 48972740 . T C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00554624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.867;QD=18.2477;RBI=0.0100202;REFB=-0.026967;REVB=-0.00834526;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262554;STB=0.65192;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0212218;OID=.;OPOS=48972740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:6:6:3:10:6:6 chr19 48975688 . A G 82.69 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0307419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.364;QD=6.24078;RBI=0.0308176;REFB=-0.00288117;REVB=-0.00215825;RO=41;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33311;STB=0.712502;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0207381;OID=.;OPOS=48975688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:53:53:41:41:12:12:0.226415:3:9:20:21:3:9:20:21 chr19 48975746 . C T 176.28 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0108736;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.748;QD=29.3793;RBI=0.0186224;REFB=-0.0230088;REVB=0.0151181;RO=6;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115794;STB=0.551117;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00484729;OID=.;OPOS=48975746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:6:7:17:17:0.708333:14:3:2:4:14:3:2:5 chr19 48975807 . C T 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00631802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.28;QD=27.2513;RBI=0.00693146;REFB=-0.0148809;REVB=0.00285093;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188462;STB=0.581757;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0075485;OID=.;OPOS=48975807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:16:11:11:5:16:11:11:7 chr19 48977479 . C T 183.08 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0250529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.991;QD=25.2522;RBI=0.0436705;REFB=-0.0252024;REVB=-0.0357696;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262489;STB=0.647131;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00753859;OID=.;OPOS=48977479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:5:13:4:7:5:13:4:7 chr19 48979664 . T TA,TAAAATA 78.61 PASS AF=0,0.297297;AO=4,8;DP=37;FAO=0,11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=0,8;FSAR=0,3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.246358,-0.0157871;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,6;MLLD=14.9795,265.726;QD=8.49852;RBI=0.24948,0.0176005;REFB=-0.0434791,-0.00800656;REVB=-0.0393439,-0.00778093;RO=22;SAF=4,6;SAR=0,2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.596482,0.155554;STB=0.5,0.530064;STBP=1,0.865;TYPE=ins,ins;VARB=0.036928,0.0191649;OID=.,.;OPOS=48979665,48979665;OREF=-,-;OALT=A,AAAATA;OMAPALT=TA,TAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.297297:4,8:37:0,11:37:26:0,8:0,3:18:8:77:22:4,6:0,2:14:8 chr19 48985178 . TA T 414.04 PASS AF=0.471429;AO=64;DP=143;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0322503;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.834;QD=11.8296;RBI=0.102886;REFB=-0.0196298;REVB=-0.0977009;RO=73;SAF=23;SAR=41;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108931;STB=0.500701;STBP=0.994;TYPE=del;VARB=0.0223028;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471429:64:143:66:140:74:24:42:27:47:99:73:23:41:27:46 chr19 48994757 . CGGGGGGGG CGGGGGGG,CGGGGGGGC,CGGGGGGGGG 77.38 PASS AF=0.285714,0.2,0;AO=8,7,4;DP=37;FAO=10,7,0;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4,7,0;FSAR=6,0,0;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.18198,0.166021,-0.186101;FXX=0.0540395;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=9.25823,20.6077,6.43086;QD=8.84339;RBI=0.261825,0.168868,0.265286;REFB=-0.0108142,-0.0231485,0.00260104;REVB=-0.188243,-0.0308754,0.189057;RO=13;SAF=3,7,4;SAR=5,0,0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.242792,0.736829,0.650925;STB=0.666349,0.997829,0.5;STBP=0.205,0.035,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=-0.0382215,0.0389282,0.00476765;OID=.,.,.;OPOS=48994758,48994765,48994758;OREF=G,G,-;OALT=-,C,G;OMAPALT=CGGGGGGG,CGGGGGGGC,CGGGGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.2,0:8,7,4:37:10,7,0:35:18:4,7,0:6,0,0:12:6:30:13:3,7,4:5,0,0:8:5 chr19 49102399 . C T 890.17 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.00152985;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.064;QD=18.8397;RBI=0.00799084;REFB=-0.0155464;REVB=-0.00784302;RO=98;SAF=57;SAR=33;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130119;STB=0.574901;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0210441;OID=.;OPOS=49102399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:98:99:90:90:0.47619:33:57:49:49:33:57:49:50 chr19 49106995 . G A 131.38 PASS AF=0.636364;AO=12;DP=20;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0607098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9969;QD=23.8864;RBI=0.0929243;REFB=-0.0520828;REVB=0.0703509;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12387;STB=0.590783;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0365275;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:22:8:8:12:14:0.636364:5:7:6:2:7:7:6:2 chr19 49116359 . T C 123.91 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0136208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1684;QD=17.091;RBI=0.147968;REFB=-0.0531478;REVB=-0.14734;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220441;STB=0.626683;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0511394;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:6:9:5:9:6:9 chr19 49116438 . A G 244.09 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0150382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5059;QD=16.0057;RBI=0.0151264;REFB=-0.0201411;REVB=-0.00163174;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145752;STB=0.571888;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0225448;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:14:13:11:22:15:13:11:22 chr19 49116555 . A G 625.66 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624807;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2866;QD=61.0401;RBI=0.108642;REFB=0;REVB=-0.0888782;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109994;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr19 49183284 . G A 74.98 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.011949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.313;QD=11.1082;RBI=0.012543;REFB=-0.0184686;REVB=0.00381407;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.571292;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0310299;OID=.;OPOS=49183284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:5:12:6:4:5:12 chr19 49183705 . G A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0363848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2032;QD=29.0494;RBI=0.0383436;REFB=0.00847012;REVB=0.0120987;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228263;STB=0.62837;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00485249;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:3:11:2:3:3:11:2:3 chr19 49206603 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0372;QD=60.6095;RBI=0.0831075;REFB=0;REVB=0.0140755;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133076;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:15:19:0:0:18:20:0:0 chr19 49217261 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3037;QD=58.1368;RBI=0.0930204;REFB=0;REVB=-0.0718902;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107927;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 49217305 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.288;QD=58.1416;RBI=0.0273444;REFB=0;REVB=0.0248456;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143539;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 49244219 . CG AA 832.02 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926499;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.166;QD=57.3805;RBI=0.0273157;REFB=0;REVB=0.0256964;RO=0;SAF=46;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000629215;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:11:46:0:0:11:47:0:0 chr19 49247786 . G A 649.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.16;QD=61.8758;RBI=0.0571759;REFB=0;REVB=0.0402693;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214144;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:23:19:0:0 chr19 49254211 . C T 143.66 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0230949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5331;QD=14.734;RBI=0.0231138;REFB=-0.0204411;REVB=-0.000933657;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25398;STB=0.666481;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0302892;OID=.;OPOS=49254211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:23:15:16:0.410256:7:8:17:5:8:8:18:5 chr19 49259529 . A G 1148.3 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.827;QD=60.4368;RBI=0.020898;REFB=0;REVB=0.00993277;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36945e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:24:51:0:0:24:52:0:0 chr19 49261368 . T C 191.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.854;QD=47.8959;RBI=0.162295;REFB=0;REVB=-0.0185778;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272314;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:15:0:0:0:15:1:0:0 chr19 49416456 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.251;QD=48.7373;RBI=0.00683365;REFB=0;REVB=0.0040251;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48688e-05;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 49421966 . T C 631.82 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.951;QD=61.641;RBI=0.048057;REFB=0;REVB=0.0447917;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119474;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:12:29:0:0 chr19 49438363 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0115883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.064;QD=17.9405;RBI=0.0185904;REFB=-0.0246982;REVB=0.0145366;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152597;STB=0.586645;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0285341;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:8:14:9:10:8:14 chr19 49442933 . T C 888.68 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139055;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.87;QD=58.2741;RBI=0.0293895;REFB=0;REVB=0.0258917;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93796e-05;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr19 49445817 . T C 505.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01018;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.085;QD=59.4624;RBI=0.0471674;REFB=0;REVB=0.0460557;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266538;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr19 49481253 . G C 73.74 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00268281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8895;QD=9.8326;RBI=0.035147;REFB=-0.0173334;REVB=-0.0350444;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181817;STB=0.608497;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0306447;OID=.;OPOS=49481253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:15:5:4:6:15:5 chr19 49485548 . G A 269.94 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00529135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0144;QD=22.9732;RBI=0.0530089;REFB=0.00833707;REVB=0.0527441;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213863;STB=0.511936;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0100552;OID=.;OPOS=49485548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:10:12:13:12:10:12 chr19 49513349 . C G 483.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.7781;QD=58.5662;RBI=0.0274458;REFB=0;REVB=0.0138534;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8157e-05;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr19 49547446 . G C 280.21 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00783738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.2;QD=16.7288;RBI=0.0127883;REFB=-0.00113226;REVB=-0.0101053;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218841;STB=0.613997;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00210258;OID=.;OPOS=49547446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:17:14:24:11:17:14:24:12 chr19 49557572 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.697;QD=51.1846;RBI=0.00889872;REFB=0;REVB=-0.00225206;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12282e-05;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 49558216 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7925;QD=37.4873;RBI=0.071955;REFB=0;REVB=-0.029999;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288986;OID=.;OPOS=49558216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr19 49559518 . C G 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0222269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3757;QD=19.3679;RBI=0.0284937;REFB=0.00210364;REVB=-0.0178286;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222514;STB=0.627655;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00381423;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:5:2:6:4:5:2 chr19 49559693 . T C 80.51 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00757672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.775;QD=16.9502;RBI=0.0233985;REFB=0.00223164;REVB=-0.0221378;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092312;STB=0.545367;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00439059;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:19:7:9:9:10:0.526316:2:7:6:1:3:7:7:2 chr19 49560461 . G A 658.79 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.646;QD=59.8902;RBI=0.167585;REFB=-0.0973852;REVB=0.162215;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00633893;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:44:1:1:41:43:0.977273:23:18:0:1:24:19:0:1 chr19 49573438 . A G 225.98 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0282412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.438;QD=20.5438;RBI=0.0345997;REFB=-0.0472639;REVB=0.0199893;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253197;STB=0.640911;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0266797;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:4:18:12:10:4:18 chr19 49574125 . G C 259.96 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0300615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6817;QD=31.5107;RBI=0.0514269;REFB=-0.00431282;REVB=-0.0417257;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275707;STB=0.651035;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00146899;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:9:1:14:9:9:1 chr19 49621592 . G C 246.17 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0075622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.756;QD=24.6167;RBI=0.0134162;REFB=-0.0163525;REVB=0.0110818;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26269;STB=0.645044;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00267554;OID=.;OPOS=49621592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:3:14:11:12:3:14 chr19 49621964 . T C 708.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.406;QD=62.9408;RBI=0.0888827;REFB=0;REVB=0.0875716;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314051;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr19 49637925 . G A 71.6 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.01484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.197;QD=9.54701;RBI=0.0397769;REFB=-0.00889999;REVB=0.036905;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979636;STB=0.555452;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0221948;OID=.;OPOS=49637925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:29:30:20:20:9:10:0.333333:1:8:17:3:2:8:17:3 chr19 49640002 . G T 342.34 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0013073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.357;QD=14.5677;RBI=0.00648134;REFB=-0.0156219;REVB=-0.00634812;RO=54;SAF=24;SAR=14;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396395;STB=0.530547;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0245611;OID=.;OPOS=49640002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:56:38:38:0.404255:14:24:36:18:14:24:38:18 chr19 49658209 . A C 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0112761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.741;QD=11.6211;RBI=0.0151681;REFB=-0.0169073;REVB=-0.0101449;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15661;STB=0.573455;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0185681;OID=.;OPOS=49658209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:35:20:20:0.363636:12:8:18:15:12:8:18:17 chr19 49685972 . G A 64.99 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00128581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6381;QD=6.34052;RBI=0.0153663;REFB=0.000397237;REVB=-0.0153124;RO=31;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297214;STB=0.698109;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0197299;OID=.;OPOS=49685972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:41:41:31:31:8:8:0.195122:2:6:16:15:2:6:16:15 chr19 49705306 . C A 554.92 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.00391783;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.616;QD=18.3446;RBI=0.0134699;REFB=-0.0145968;REVB=0.0128875;RO=62;SAF=24;SAR=34;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893885;STB=0.543813;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0138077;OID=.;OPOS=49705306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:62:63:58:58:0.479339:34:24:20:42:34:24:21:42 chr19 49839015 . T C 152.37 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00779254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.084;QD=38.0926;RBI=0.0295525;REFB=-0.0329699;REVB=0.0285066;RO=2;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576353;STB=0.555478;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00240166;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:16:16:2:1:14:15:0.9375:10:4:1:1:11:4:1:0 chr19 49869051 . T G 222.16 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00717037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.597;QD=19.7473;RBI=0.0381795;REFB=-0.0323936;REVB=-0.0375001;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151158;STB=0.583256;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0387688;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:21:22:0.488889:8:13:10:12:8:14:11:12 chr19 49878085 . C T 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0436619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0929;QD=3.32314;RBI=0.0445461;REFB=0.00204012;REVB=-0.00883147;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906147;STB=0.562374;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00382583;OID=.;OPOS=49878085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:55:55:10:10:0.153846:4:6:29:26:4:6:29:26 chr19 49878115 . G A 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0104464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.318;QD=18.9977;RBI=0.0237151;REFB=-0.00627976;REVB=0.0212903;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106686;STB=0.559636;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00664064;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:10:21:17:13:10:21:17:13 chr19 49878196 . G A 236.36 PASS AF=0.435484;AO=18;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00144689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.206;QD=15.249;RBI=0.07401;REFB=-0.0338833;REVB=0.0739959;RO=35;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468783;STB=0.555514;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0398846;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:18:27:0.435484:3:15:16:19:12:15:16:19 chr19 49894152 . C T 369.49 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0134721;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.391;QD=22.0593;RBI=0.0162562;REFB=-0.0213233;REVB=-0.00909773;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032998;STB=0.518209;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.020271;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:15:15:20:17:15:15 chr19 49901318 . T C 199.91 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.012787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.407;QD=23.5187;RBI=0.0169711;REFB=-0.0554439;REVB=0.0111584;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137918;STB=0.577689;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0310465;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:18:18:0.529412:12:6:7:7:12:6:7:7 chr19 49930721 . T C 318.9 PASS AF=0.460526;AO=32;DP=73;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00722685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1603;QD=16.7842;RBI=0.00836176;REFB=-0.0104864;REVB=0.00420614;RO=41;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137374;STB=0.57374;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0231062;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:41:41:32:35:0.460526:22:10:18:23:24:11:18:23 chr19 49930786 . C A 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00916009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.392;QD=29.4447;RBI=0.0155617;REFB=-0.0394638;REVB=-0.0125802;RO=19;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113908;STB=0.562723;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0213158;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:21:10:9:10:21:10:9:10 chr19 49932762 . G T 234.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0427368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3245;QD=15.6379;RBI=0.0484533;REFB=-0.0183289;REVB=-0.0228318;RO=31;SAF=23;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356009;STB=0.726925;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0442088;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:4:23:18:13:4:23:18:15 chr19 49950298 . C T 504.98 PASS AF=0.521277;AO=47;DP=92;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0166583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1901;QD=21.4883;RBI=0.0173807;REFB=0.00229405;REVB=0.00495884;RO=45;SAF=29;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258465;STB=0.516345;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.000477735;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:45:45:47:49:0.521277:18:29:29:16:19:30:29:16 chr19 49950356 . C G 387.02 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=67;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0203842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2175;QD=21.8041;RBI=0.0226352;REFB=-0.04485;REVB=0.00984066;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487931;STB=0.52242;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0429975;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:30:32:37:39:0.549296:17:20:18:12:19:20:18:14 chr19 49954803 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.000191747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.105;QD=16.4202;RBI=0.00261614;REFB=-0.0241965;REVB=0.0026091;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105776;STB=0.559522;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0291163;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:15:19:13:16:15:19 chr19 49954807 . T G 246.7 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0100116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.628;QD=15.9161;RBI=0.0179301;REFB=0.00443759;REVB=0.0148747;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916369;STB=0.551687;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0094525;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:15:19:13:15:15:19 chr19 49964977 . C G 255.24 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0362513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.717;QD=22.1949;RBI=0.0369453;REFB=-0.0224306;REVB=-0.00712727;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148776;STB=0.583264;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.024956;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:9:13:10:14:9:13 chr19 49965173 . A T 141.97 PASS AF=0.6;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00284384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2021;QD=22.7152;RBI=0.0545766;REFB=0.00959603;REVB=-0.0545025;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.526846;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00955202;OID=.;OPOS=49965173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:14:15:0.6:7:7:4:6:8:7:4:6 chr19 49967680 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0889161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6671;QD=11.597;RBI=0.0890487;REFB=-0.0164318;REVB=-0.00485705;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0226214;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:9:12:6:6:9:12 chr19 49973615 . C T 146.98 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.102521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0404;QD=9.18643;RBI=0.104769;REFB=-0.00861594;REVB=-0.0215844;RO=43;SAF=3;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416942;STB=0.747714;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.020671;OID=.;OPOS=49973615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:17:3:19:24:17:3:19:25 chr19 50028163 . A G 348.64 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0178702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0251;QD=17.432;RBI=0.11442;REFB=-0.024801;REVB=-0.113016;RO=42;SAF=25;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154098;STB=0.58135;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0257076;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:12:25:22:20:12:25:23:20 chr19 50038013 . AGGGC AGG,AGGC,AGGGT 154.41 PASS AF=0,0.478261,0.391304;AO=5,6,6;DP=23;FAO=0,11,9;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=0,11,3;FSAR=0,0,6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00580759,0.0856467,-0.00804642;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,1;MLLD=136.389,12.112,157.39;QD=26.8542;RBI=0.0145836,0.103736,0.0169898;REFB=-0.0501995,-0.115606,-0.0495273;REVB=-0.0133773,-0.0585302,0.0149635;RO=4;SAF=4,6,3;SAR=1,0,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.516854,0.516854,0;SSEP=0.392523,0.392523,0;SSSB=0.425125,0.787851,0.168827;STB=0.5,0.998565,0.599799;STBP=1,0.002,0.326;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.14047,0.0540161;OID=.,.,.;OPOS=50038016,50038014,50038017;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=AGG,AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.478261,0.391304:5,6,6:23:0,11,9:23:3:0,11,3:0,0,6:0:3:71:4:4,6,3:1,0,3:1:3 chr19 50086806 . C T 234.59 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0480031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4843;QD=16.7561;RBI=0.104442;REFB=0.0107235;REVB=0.0927571;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210431;STB=0.587561;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00943297;OID=.;OPOS=50086806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:29:26:27:0.482143:7:19:16:14:8:19:16:13 chr19 50091798 . G T 289.06 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00366593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.943;QD=25.694;RBI=0.0509962;REFB=-0.0286493;REVB=-0.0508643;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460959;STB=0.516117;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0180712;OID=.;OPOS=50091798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:10:16:10:8:10:16:11:8 chr19 50097784 . T C 904.05 PASS AF=0.55;AO=88;DP=160;FAO=88;FDP=160;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.015412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.798;QD=22.6013;RBI=0.0428431;REFB=-0.0118255;REVB=-0.039975;RO=69;SAF=26;SAR=62;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223971;STB=0.527345;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00897885;OID=.;OPOS=50097784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:69:72:88:88:0.55:62:26:22:47:62:26:25:47 chr19 50098423 . G A 134.61 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9535;QD=44.8709;RBI=0.0678808;REFB=0;REVB=0.0678808;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320896;OID=.;OPOS=50098423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr19 50099422 . C T 322.9 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00431128;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6153;QD=26.9087;RBI=0.00728485;REFB=-0.0136423;REVB=-0.00587213;RO=19;SAF=5;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288262;STB=0.676328;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0134067;OID=.;OPOS=50099422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:19:20:28:28:0.583333:23:5:9:10:23:5:10:10 chr19 50100295 . A G 101.14 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0106432;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.165;QD=13.9506;RBI=0.0289537;REFB=0.000776968;REVB=-0.0269265;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293607;STB=0.517213;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00190568;OID=.;OPOS=50100295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:8:9:6:6:8:9 chr19 50140092 . G A 152.43 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.93;QD=40.6479;RBI=0.0230957;REFB=-0.0932877;REVB=0.0201947;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00129234;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:9:5:0:0:9:5:0:1 chr19 50156896 . T C 310.42 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961561;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.826;QD=53.9858;RBI=0.0343762;REFB=0;REVB=0.033004;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172747;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr19 50162909 . C G 209.0 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00103771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.349;QD=9.50011;RBI=0.0479537;REFB=-0.0181441;REVB=-0.0479425;RO=61;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113367;STB=0.566701;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0232055;OID=.;OPOS=50162909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:12:15:28:33:12:15:28:33 chr19 50183446 . C G 297.89 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00938346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.323;QD=23.8313;RBI=0.0102354;REFB=-0.0357279;REVB=-0.00408827;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958142;STB=0.541636;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0240266;OID=.;OPOS=50183446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:13:14:14:8:13:14:14:9 chr19 50193435 . G A 379.05 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00341636;FXX=0.0357111;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.591;QD=14.0387;RBI=0.0101517;REFB=-0.0240183;REVB=0.00955954;RO=63;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611617;STB=0.528997;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.038403;OID=.;OPOS=50193435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:63:64:44:44:0.407407:24:20:25:38:24:20:26:38 chr19 50213828 . C T 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0100448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.167;QD=21.9427;RBI=0.0104552;REFB=-0.0176861;REVB=0.00290065;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190956;STB=0.607015;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0175721;OID=.;OPOS=50213828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:3:9:8:8:3:9 chr19 50321858 . G A 54.75 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0251156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.832;QD=9.12531;RBI=0.0432463;REFB=-0.00549403;REVB=-0.0352058;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135949;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0158843;OID=.;OPOS=50321858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:10:6:4:4:10:6 chr19 50354211 . C T 684.05 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.274165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.572;QD=62.1861;RBI=0.275674;REFB=0;REVB=0.0288017;RO=0;SAF=4;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824191;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:37:4:0:0:39:5:0:0 chr19 50360989 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0355754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.276;QD=15.1661;RBI=0.0476933;REFB=0.00559332;REVB=-0.0317654;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433118;STB=0.52468;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00726666;OID=.;OPOS=50360989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:9:14:17:13:9:14:17:13 chr19 50361353 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00417295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.873;QD=10.1724;RBI=0.04503;REFB=-0.00212446;REVB=0.0448363;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00196349;OID=.;OPOS=50361353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:3:6:2:4:3:6 chr19 50383591 . A G 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.547;QD=61.6938;RBI=0.0127701;REFB=0;REVB=-0.0126021;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29306e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr19 50383636 . T C 1097.99 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.018;QD=60.1639;RBI=0.0203521;REFB=0;REVB=0.0200113;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12786e-05;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:42:30:0:0:43:30:0:0 chr19 50392036 . T C 104.1 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=36;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.000664525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.35;QD=10.6773;RBI=0.00967285;REFB=-0.0116719;REVB=-0.00965;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611891;STB=0.680993;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0284135;OID=.;OPOS=50392036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:25:26:10:13:0.333333:1:9:10:15:4:9:11:15 chr19 50393269 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00244991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.776;QD=13.9591;RBI=0.0311401;REFB=-0.0228209;REVB=-0.0310436;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161108;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0159921;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:1:6:5:2:1:6 chr19 50399384 . G GC 837.16 PASS AF=1;AO=52;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102608;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2472;QD=36.7982;RBI=0.288389;REFB=0;REVB=0.269517;RO=36;SAF=23;SAR=29;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00595855;OID=.;OPOS=50399385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:92:91:91:0:47:44:0:0:16:36:23:29:21:15 chr19 50404939 . T G 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0125355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7443;QD=18.1531;RBI=0.02493;REFB=0.0187799;REVB=0.0215491;RO=24;SAF=2;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394509;STB=0.748805;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0363801;OID=.;OPOS=50404939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:19:2:8:16:19:2:9:16 chr19 50411742 . A G 758.99 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.151;QD=56.2217;RBI=0.0121802;REFB=0;REVB=0.00352239;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138731;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr19 50412217 . C G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0135747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.545;QD=7.62852;RBI=0.0200489;REFB=-0.0308841;REVB=-0.0147541;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273982;STB=0.659573;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0607223;OID=.;OPOS=50412217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:19:20:8:8:0.285714:2:6:10:9:2:6:11:9 chr19 50412417 . G A 314.07 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.733;QD=50.2517;RBI=0.0223493;REFB=-0.0369379;REVB=0.0130064;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000915528;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr19 50455180 . C T 30.58 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.114459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5452;QD=13.5892;RBI=0.119969;REFB=-0.00105687;REVB=-0.0359391;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0145446;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:4:5:0.555556:3:1:1:3:4:1:1:3 chr19 50463670 . T G 71.02 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0281886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.762;QD=7.47626;RBI=0.0402742;REFB=-0.0049603;REVB=-0.0287649;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282447;STB=0.677058;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0232275;OID=.;OPOS=50463670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:7:3:15:13:7:3:15:13 chr19 50463982 . T G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00209927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.042;QD=7.48173;RBI=0.00233935;REFB=-0.0101512;REVB=-0.00103228;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834687;STB=0.533268;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0297448;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:6:4:9:18:6:4:10:18 chr19 50464023 . C G 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0226798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0888;QD=7.63014;RBI=0.0395828;REFB=-0.00219602;REVB=0.032441;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234284;STB=0.642551;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00262367;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:4:16:5:3:4:16 chr19 50475114 . G C 542.22 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856596;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8902;QD=60.2471;RBI=0.0241527;REFB=0;REVB=0.0225827;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445366;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr19 50475174 . A C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0288428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.313;QD=20.4561;RBI=0.032334;REFB=-0.0159089;REVB=-0.0146144;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266006;STB=0.650978;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0171381;OID=.;OPOS=50475174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:6:9:5:12:6:9 chr19 50475208 . C T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00847018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.411;QD=17.9556;RBI=0.0149601;REFB=-0.00247653;REVB=0.0123313;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154133;STB=0.588363;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00102018;OID=.;OPOS=50475208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:9:8:5:11:9:8 chr19 50475211 . T G 129.83 PASS AF=0.441176;AO=16;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0280844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.862;QD=15.2742;RBI=0.0284941;REFB=-0.0352299;REVB=0.00481427;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383022;STB=0.553119;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0388047;OID=.;OPOS=50475211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:19:16:15:0.441176:6:10:10:5:5:10:11:8 chr19 50475215 . G A,GA 187.67 PASS AF=0.0526316,0.5;AO=13,6;DP=39;FAO=2,19;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=2,11;FSAR=0,8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0383594,0.0376445;FXX=0.0256345;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=34.8591,28.5158;QD=19.7551;RBI=0.128757,0.105664;REFB=-0.00248356,0.0067946;REVB=0.122911,0.0987305;RO=19;SAF=9,4;SAR=4,2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126383,0.107663;STB=0.993223,0.533299;STBP=0.301,0.705;TYPE=snp,ins;VARB=0.0910917,0.00479575;OID=.,.;OPOS=50475215,50475216;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:39:38:19:17:13,6:2,19:0.0526316,0.5:4,2:9,4:11:8:0,8:2,11:11:6 chr19 50475259 . G C 162.24 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0097556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.373;QD=12.0179;RBI=0.0103171;REFB=-0.0191813;REVB=0.00335713;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701609;STB=0.597601;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0254736;OID=.;OPOS=50475259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:34:20:20:0.37037:7:13:17:12:7:13:17:17 chr19 50479999 . A G 163.0 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0165778;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.222;QD=19.177;RBI=0.0223924;REFB=-0.0072738;REVB=0.0150532;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127899;STB=0.593992;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00898516;OID=.;OPOS=50479999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:10:7:4:11:10:7:4:13 chr19 50485454 . A G 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0875474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4458;QD=20.5996;RBI=0.088706;REFB=0.0062308;REVB=0.0142902;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205806;STB=0.615275;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00165515;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:14:5:10:10:14:5 chr19 50510989 . ACAG ACCC 188.22 PASS AF=0.229167;AO=21;DP=96;FAO=22;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=18;FWDB=-0.0152841;FXX=0.0857061;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.896;QD=7.8426;RBI=0.0168694;REFB=-0.00626268;REVB=-0.0071395;RO=62;SAF=13;SAR=8;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146458;STB=0.584404;STBP=0.452;TYPE=mnp;VARB=0.0165228;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167:21:96:22:96:68:14:8:50:18:99:62:13:8:45:17 chr19 50510998 . CTT CAC 71.61 PASS AF=0.141414;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=21;FWDB=-0.0137248;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.39;QD=2.89326;RBI=0.022112;REFB=-0.00883019;REVB=-0.017337;RO=64;SAF=8;SAR=6;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133196;STB=0.666465;STBP=0.235;TYPE=mnp;VARB=0.0317928;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141414:14:96:14:99:85:8:6:64:21:71:64:8:6:43:21 chr19 50562372 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.561;QD=60.2298;RBI=0.0340865;REFB=0;REVB=0.0255311;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77888e-05;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr19 50562459 . T G 856.7 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0778;QD=57.1132;RBI=0.0474194;REFB=0;REVB=0.0433953;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555175;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:31:28:1:0:31:29:0:0 chr19 50726570 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=8.5409e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.252;QD=22.1439;RBI=0.00911094;REFB=-0.0172067;REVB=0.00911054;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260481;STB=0.647123;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0243195;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:5:8:5:12:5:8 chr19 50760716 . C G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0112619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.047;QD=24.1065;RBI=0.0176551;REFB=-0.0183112;REVB=0.0135968;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218775;STB=0.621318;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0131561;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:14:5:13:11:14:5 chr19 50762418 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0454;QD=55.0956;RBI=0.0575789;REFB=0;REVB=-0.05317;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010156;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr19 50763889 . C T 132.31 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00500747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.877;QD=24.056;RBI=0.0181567;REFB=-0.0273858;REVB=0.0174526;RO=8;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253752;STB=0.642653;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00788107;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:8:8:14:14:0.636364:9:5:6:2:9:5:6:2 chr19 50771609 . G A 64.26 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00521305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.71;QD=9.88549;RBI=0.00924429;REFB=-0.0386417;REVB=0.0076342;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153571;STB=0.593016;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0449958;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:10:7:5:4:10:7 chr19 50796905 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.477;QD=63.5823;RBI=0.0602096;REFB=0;REVB=0.0119489;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254098;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr19 50863023 . A G 262.65 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00446744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.543;QD=15.0086;RBI=0.019435;REFB=-0.0190616;REVB=-0.0189146;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254633;STB=0.64277;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.022921;OID=.;OPOS=50863023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:15:15:10:30:15:15:10:30 chr19 50865490 . T A 117.98 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.024535;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.496;QD=11.7976;RBI=0.0263316;REFB=-0.00615871;REVB=0.0095596;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240837;STB=0.642653;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0217658;OID=.;OPOS=50865490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:9:5:15:11:9:5:15:11 chr19 50865535 . A G 129.64 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0393033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.578;QD=14.404;RBI=0.0398139;REFB=-0.00799145;REVB=0.00635627;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19746;STB=0.641318;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.014839;OID=.;OPOS=50865535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:14:15:0.416667:9:5:11:9:10:5:12:9 chr19 50881822 . A ACAG 73.69 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00977242;FXX=0.2997;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.022;QD=42.1063;RBI=0.069085;REFB=0;REVB=0.0683903;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000556894;OID=.;OPOS=50881823;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:10:7:7:0:2:5:0:0:3:3:2:5:3:0 chr19 50881906 . C T 181.47 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00840908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.428;QD=24.1955;RBI=0.0101952;REFB=-0.0285964;REVB=-0.00576456;RO=12;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211857;OID=.;OPOS=50881906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:15:3:2:10:15:3:2:10 chr19 50886181 . C G 56.72 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0640637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0935;QD=11.9406;RBI=0.0871959;REFB=0.0544915;REVB=0.059152;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815412;STB=0.548274;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0716387;OID=.;OPOS=50886181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:1:10:7:1:1:10 chr19 50905042 . G A 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00278239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.195;QD=21.2775;RBI=0.0337525;REFB=-0.02587;REVB=0.0336376;RO=34;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456112;STB=0.525239;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0228041;OID=.;OPOS=50905042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:13:26:21:13:13:26:21:13 chr19 50905074 . G A 188.17 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0102824;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3714;QD=12.5447;RBI=0.0920338;REFB=-0.0333741;REVB=0.0914576;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250728;STB=0.652042;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0430176;OID=.;OPOS=50905074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:36:37:23:23:0.383333:15:8:21:15:15:8:22:15 chr19 50918758 . C T 717.01 PASS AF=0.552;AO=68;DP=124;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0400719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6991;QD=22.9443;RBI=0.045882;REFB=-0.0170775;REVB=0.0223472;RO=56;SAF=43;SAR=25;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835345;STB=0.548105;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.019469;OID=.;OPOS=50918758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:56:56:68:69:0.552:25:43:30:26:25:44:30:26 chr19 50926264 . TG CC,CG 861.94 PASS AF=0.484375,0.515625;AO=30,30;DP=65;FAO=31,33;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=10,15;FSAR=21,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266151,0.0258457;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=146.812,76.8496;QD=53.8714;RBI=0.0676035,0.0375652;REFB=0,0;REVB=0.062144,0.0272606;RO=0;SAF=10,15;SAR=20,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0452465,-0.018694;OID=.,.;OPOS=50926264,50926264;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:64:0:0:30,30:31,33:0.484375,0.515625:20,15:10,15:0:0:21,18:10,15:0:0 chr19 50954584 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0442895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.504;QD=24.2037;RBI=0.0457268;REFB=-0.0202593;REVB=0.0113746;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652509;STB=0.536544;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0205051;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:7:5:6:12:7:5 chr19 50957397 . G A 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000258402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.776;QD=21.8822;RBI=0.00562717;REFB=0.00517596;REVB=0.00562124;RO=27;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051889;STB=0.528684;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00625494;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:21:13:12:15:21:13:12:15 chr19 50965272 . T C 182.85 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0727939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2711;QD=25.2208;RBI=0.0735459;REFB=-0.0478308;REVB=-0.0104905;RO=11;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274985;STB=0.65554;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0147133;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:15:3:5:6:15:3:5:6 chr19 50983930 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.035067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.374;QD=14.7028;RBI=0.0419855;REFB=-0.0243434;REVB=-0.0230887;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282836;STB=0.558038;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0312868;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:9:15:12:12:0.444444:3:9:7:2:3:9:10:5 chr19 51015404 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0189891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.931;QD=10.0339;RBI=0.0388034;REFB=-0.0155572;REVB=-0.0338395;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.018531;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr19 51020903 . A G 103.1 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.00254207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.759;QD=9.59023;RBI=0.0591394;REFB=-0.0132617;REVB=-0.0590848;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355206;STB=0.713494;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0181029;OID=.;OPOS=51020903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:7:6:5:24:7:6:5:25 chr19 51128661 . T C 135.85 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0316333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.796;QD=27.1693;RBI=0.0325166;REFB=-0.0416375;REVB=0.00752722;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127659;STB=0.571326;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00881938;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:6:8:2:4:6:8:2:4 chr19 51133356 . C G 57.82 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.053471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7817;QD=14.4561;RBI=0.0551143;REFB=-0.039034;REVB=-0.0133581;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0424653;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr19 51159571 . T G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00478424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.7;QD=13.0912;RBI=0.053172;REFB=-0.0211707;REVB=-0.0529563;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149999;STB=0.591565;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0364314;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:20:13:13:0.393939:3:10:11:6:3:10:13:7 chr19 51170839 . G A 62.6 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0470062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9576;QD=20.8653;RBI=0.060037;REFB=-0.0745629;REVB=0.0373477;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0433647;OID=.;OPOS=51170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:2:2:6:2:2:2 chr19 51217550 . G A 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0259657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.385;QD=9.10854;RBI=0.0326451;REFB=-0.0164334;REVB=0.019786;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378979;STB=0.741696;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0160573;OID=.;OPOS=51217550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:7:1:6:10:7:1:6:10 chr19 51297825 . GC AA 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00519376;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.911;QD=16.8919;RBI=0.00651528;REFB=-0.00018683;REVB=-0.00393367;RO=45;SAF=28;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272321;STB=0.654017;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.0003604;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:9:28:23:22:9:28:23:22 chr19 51301395 . C T 527.17 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00048851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.971;QD=19.1697;RBI=0.0251496;REFB=-0.0143101;REVB=0.0251449;RO=54;SAF=35;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093361;STB=0.547808;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0145767;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:55:55:55:0.5:20:35:29:25:20:35:30:25 chr19 51301456 . G A 281.58 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00809054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.632;QD=17.0655;RBI=0.0101946;REFB=-0.0108214;REVB=0.00620264;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287321;STB=0.516119;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0155469;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:18:17:16:15:18:17 chr19 51302066 . A G 125.19 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00459061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.434;QD=21.7723;RBI=0.014103;REFB=0.00697689;REVB=0.0133349;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474144;STB=0.770304;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00461141;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:23:9:9:13:14:0.608696:10:3:8:1:11:3:8:1 chr19 51302154 . G A 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.018337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.831;QD=21.7407;RBI=0.0870334;REFB=-0.00377488;REVB=0.0850798;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43111;STB=0.74541;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.010692;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:8:3:12:3:8:3 chr19 51302202 . T A 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.207717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.285;QD=22.5789;RBI=0.210171;REFB=-0.0284514;REVB=0.0320242;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274816;STB=0.697296;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00675637;OID=.;OPOS=51302202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:6:7:12:12:0.631579:10:2:3:3:10:2:4:3 chr19 51321813 . A G 268.69 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00942998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.296;QD=22.3908;RBI=0.0138393;REFB=-0.00933955;REVB=-0.0101293;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307934;STB=0.517228;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00537239;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:13:10:10:15:13:10 chr19 51321961 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0312327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.227;QD=6.52528;RBI=0.0315173;REFB=0.00447222;REVB=0.00422587;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323888;STB=0.715691;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0176684;OID=.;OPOS=51321961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:7:13:6:1:7:13 chr19 51323232 . T C 224.53 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0212692;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=108.874;QD=19.1094;RBI=0.0227498;REFB=-0.00862131;REVB=-0.00807307;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116405;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00636805;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:25:22:22:0.468085:12:10:15:11:12:10:14:11 chr19 51323473 . C G 54.95 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0606468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.393;QD=9.55625;RBI=0.0609788;REFB=-0.00769399;REVB=-0.00635368;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185755;STB=0.615076;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0227452;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:9:6:2:6:9:6 chr19 51323501 . A G 93.79 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00462675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.062;QD=10.1393;RBI=0.0127727;REFB=-0.011761;REVB=0.0119052;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250332;STB=0.648423;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.031185;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:18:7:6:6:18:7 chr19 51359497 . T C 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0262632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5302;QD=7.27373;RBI=0.104268;REFB=0.000796551;REVB=-0.100906;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438884;STB=0.761542;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00884932;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:27:6:6:5:27:6 chr19 51359503 . A G 101.43 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0025789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.157;QD=8.63233;RBI=0.0026319;REFB=-0.0033702;REVB=-0.000525506;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433416;STB=0.773076;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0169521;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:34:13:13:0.276596:8:5:24:7:8:5:27:7 chr19 51379893 . C T 242.14 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0197464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7513;QD=13.0888;RBI=0.0391278;REFB=-0.0137244;REVB=0.0337797;RO=44;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108818;STB=0.541193;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0220842;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:44:45:28:29:0.391892:10:18:24:20:11:18:25:20 chr19 51381777 . C T 613.75 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00774653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.34;QD=26.1171;RBI=0.010443;REFB=0.0030387;REVB=-0.00700334;RO=39;SAF=24;SAR=31;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193811;STB=0.510584;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0021046;OID=.;OPOS=51381777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:31:24:18:21:31:24:18:21 chr19 51411636 . G T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.469;QD=62.0198;RBI=0.0254842;REFB=0;REVB=0.0251847;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17386e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 51411714 . C T 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0778009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.482;QD=2.43158;RBI=0.0806478;REFB=-0.00437377;REVB=0.021239;RO=52;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603087;STB=0.91476;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0466079;OID=.;OPOS=51411714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:1:6:15:37:1:6:15:37 chr19 51452250 . T C 993.77 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100551;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.778;QD=59.3293;RBI=0.0143046;REFB=0;REVB=-0.0101743;RO=0;SAF=53;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54552e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:14:53:0:0:14:53:0:0 chr19 51485622 . A G 2814.65 PASS AF=0.989071;AO=181;DP=183;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.009553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7273;QD=61.5224;RBI=0.0424751;REFB=-0.0567657;REVB=-0.0413869;RO=2;SAF=82;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000985736;STB=0.500518;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000483577;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:183:2:2:181:181:0.989071:99:82:1:1:99:82:1:1 chr19 51487175 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.304;QD=51.916;RBI=0.053677;REFB=0;REVB=-0.0201062;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112433;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:15:6:0:0 chr19 51517731 . A G 554.99 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.245;QD=59.9986;RBI=0.0312216;REFB=0;REVB=0.0310434;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66615e-05;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:12:25:0:0 chr19 51519236 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.011;QD=53.911;RBI=0.0617143;REFB=0;REVB=0.0596839;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220014;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:17:24:1:3:14:0:0:4:20:0:0 chr19 51519259 . C T 520.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.866;QD=59.4651;RBI=0.0451814;REFB=0;REVB=0.0174479;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292952;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:9:25:0:0:10:25:0:0 chr19 51519364 . T G 566.15 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289218;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8099;QD=61.2048;RBI=0.0290893;REFB=0;REVB=-0.00311732;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306286;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr19 51520487 . A C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3579;QD=56.9981;RBI=0.0250313;REFB=0;REVB=0.0129341;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105195;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr19 51530693 . G A 1131.85 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.758;QD=60.3655;RBI=0.0709793;REFB=0;REVB=0.0361543;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199148;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:36:36:0:0:37:38:0:0 chr19 51535130 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.52;QD=53.9106;RBI=0.0577035;REFB=0;REVB=-0.0304298;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791407;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr19 51537682 . C A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00545986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2178;QD=19.1084;RBI=0.0407183;REFB=0.00939234;REVB=0.0403506;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331835;STB=0.687155;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00237845;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:6:0:4:5:6:0 chr19 51584916 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.914;QD=52.6132;RBI=0.0634244;REFB=0;REVB=0.0581267;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347454;OID=.;OPOS=51584916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr19 51584951 . T C 255.53 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.619;QD=51.1053;RBI=0.0658572;REFB=0;REVB=0.00829568;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090957;OID=.;OPOS=51584951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr19 51628529 . A G 208.13 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0304962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.314;QD=13.4276;RBI=0.0330611;REFB=-0.0148501;REVB=0.012768;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228594;STB=0.630471;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0248587;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:23:14:15:10:23:14 chr19 51628631 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.967;QD=36.3484;RBI=0.033368;REFB=0.0276057;REVB=0.0126845;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00299024;OID=.;OPOS=51628631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:1:0:9:2:1:0 chr19 51630482 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.022;QD=60.9786;RBI=0.037996;REFB=0;REVB=0.0175319;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012411;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr19 51630485 . C A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00402994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.358;QD=23.8209;RBI=0.00642758;REFB=-0.0321807;REVB=-0.00500733;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338162;STB=0.518851;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0192193;OID=.;OPOS=51630485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:10:7:10:12:10:7 chr19 51631682 . G C 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-2.94849e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.46;QD=19.2738;RBI=0.00490393;REFB=-0.00386717;REVB=0.00490384;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255077;STB=0.633025;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00963631;OID=.;OPOS=51631682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:20:17:27:9:20:17:27:10 chr19 51656454 . A T 465.14 PASS AF=1;AO=22;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.859;QD=58.1419;RBI=0.0455625;REFB=0;REVB=0.000730724;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223343;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:22:32:1:17:5:0:0:17:15:0:0 chr19 51835892 . T TG 278.56 PASS AF=1;AO=19;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.4782;QD=37.1406;RBI=0.062687;REFB=0;REVB=-0.0261016;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00384084;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:32:30:30:0:12:18:0:0:6:11:9:10:3:8 chr19 51841417 . C T 121.84 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0420469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.049;QD=25.6513;RBI=0.0490958;REFB=-0.0331039;REVB=0.0253467;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216875;STB=0.512176;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0213139;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:3:3:6:7:3:3 chr19 51843808 . C T 186.24 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.162192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3521;QD=27.5914;RBI=0.163057;REFB=-0.0324132;REVB=0.0167703;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077407;STB=0.542811;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0429286;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:2:7:12:6:2:7 chr19 51844978 . G T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00174353;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.487;QD=23.9649;RBI=0.0150879;REFB=-0.0281609;REVB=-0.0149868;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104337;STB=0.558089;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0302518;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:7:11:11:12:7:11 chr19 51845371 . T G 349.09 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0211045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9827;QD=22.8913;RBI=0.0220366;REFB=0.00776864;REVB=-0.00634124;RO=26;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914965;STB=0.510198;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0159729;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:14:20:15:11:14:21:15:11 chr19 51850290 . G A 132.57 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0237964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.67;QD=15.151;RBI=0.0238503;REFB=-0.0124528;REVB=0.00160324;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888851;STB=0.542314;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0354736;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:12:3:5:14:12:3:5:15 chr19 51918195 . C T 52.64 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0138665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7873;QD=6.7924;RBI=0.0144301;REFB=0.00215037;REVB=-0.00399357;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351349;STB=0.737102;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0219685;OID=.;OPOS=51918195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:22:23:8:8:0.258065:6:2:12:10:6:2:13:10 chr19 51919240 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00512425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.196;QD=3.54007;RBI=0.0216292;REFB=-0.00504159;REVB=-0.0210134;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229245;STB=0.657421;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0272301;OID=.;OPOS=51919240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:10:22:3:3:10:22 chr19 51920613 . C T 163.53 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0508867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6685;QD=20.4411;RBI=0.051218;REFB=-0.0459739;REVB=0.00581594;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383504;STB=0.521713;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0734879;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:5:10:12:5:5:10 chr19 51981753 . G C 527.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0187471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.837;QD=19.1694;RBI=0.025645;REFB=-0.0251315;REVB=0.0174989;RO=55;SAF=17;SAR=38;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378324;STB=0.520937;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0257691;OID=.;OPOS=51981753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:38:17:19:36:38:17:19:36 chr19 51981879 . G A 444.65 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0129038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3709;QD=15.2017;RBI=0.074481;REFB=0.0026955;REVB=0.0733547;RO=67;SAF=17;SAR=33;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192423;STB=0.608251;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00319939;OID=.;OPOS=51981879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:33:17:35:32:33:17:35:32 chr19 51984725 . T A 1756.84 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000391681;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.239;QD=61.1076;RBI=0.0426239;REFB=0;REVB=0.0426221;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022795;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:55:60:0:0:55:60:0:0 chr19 51984727 . A G 605.21 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0145346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.746;QD=20.691;RBI=0.0269902;REFB=-0.00770812;REVB=-0.0227424;RO=56;SAF=22;SAR=39;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274764;STB=0.651036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132246;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:39:22:38:18:39:22:38:18 chr19 52000624 . T G 370.81 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0214154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.847;QD=18.5406;RBI=0.0304013;REFB=-0.0175178;REVB=-0.0215782;RO=41;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773837;STB=0.547801;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0214043;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:41:38:39:0.4875:26:12:16:25:27:12:16:25 chr19 52000672 . G A 465.42 PASS AF=0.523256;AO=46;DP=88;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0265741;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.227;QD=21.6476;RBI=0.0266659;REFB=-0.0224935;REVB=0.00221019;RO=41;SAF=13;SAR=33;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151974;STB=0.595623;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0321923;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:41:41:46:45:0.523256:33:13:18:23:33:12:18:23 chr19 52002488 . C A 177.62 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0128181;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.175;QD=12.4643;RBI=0.0320157;REFB=-0.00363559;REVB=-0.0293377;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342825;STB=0.689211;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00823582;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:15:7:22:12:15:7:22:13 chr19 52003331 . G C 591.48 PASS AF=0.446667;AO=56;DP=138;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0402818;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.148;QD=15.7727;RBI=0.0432431;REFB=-0.022874;REVB=0.015727;RO=82;SAF=15;SAR=41;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22962;STB=0.564708;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0286893;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:150:82:83:56:67:0.446667:41:15:38:44:43:24:39:44 chr19 52004747 . G T 273.94 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0127124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.357;QD=17.6734;RBI=0.0354652;REFB=-0.0263029;REVB=-0.0331086;RO=31;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198444;STB=0.504616;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0281906;OID=.;OPOS=52004747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:19:11:12:19:19:11:12:20 chr19 52076960 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.993;QD=47.8224;RBI=0.024414;REFB=0;REVB=0.00669722;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138465;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr19 52076974 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.91;QD=51.1835;RBI=0.0332922;REFB=0;REVB=0.0254294;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226751;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 239.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138982;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=256.99;QD=45.6039;RBI=0.0198284;REFB=0;REVB=-0.0141423;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.87014e-07;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:7:14:0:0:4:0:7:14:0:0 chr19 52077069 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000199948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.966;QD=56.1892;RBI=0.0298341;REFB=0;REVB=0.0298334;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77885e-05;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr19 52096033 . GATAAA G 82.7 PASS AF=1;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474493;FXX=0.27248;HRUN=1;LEN=5;MLLD=241.857;QD=41.3511;RBI=0.0641093;REFB=0;REVB=0.0639335;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000857404;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:11:8:8:0:7:1:0:0:3:0:5:1:0:0 chr19 52096053 . T A 145.74 PASS AF=1;AO=8;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151314;FXX=0.0666222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.2321;QD=41.64;RBI=0.23759;REFB=0;REVB=0.183175;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00750167;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:14:0:0:8:14:1:1:7:0:0:5:9:0:0 chr19 52096270 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.155;QD=37.4884;RBI=0.0542381;REFB=0;REVB=0.0539468;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120239;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 52097461 . A C 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.045;QD=59.4984;RBI=0.0442295;REFB=0;REVB=-0.00213237;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29405e-05;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr19 52115645 . G C 683.25 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00484168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.801;QD=52.5578;RBI=0.0169899;REFB=-0.106655;REVB=0.0162855;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046999;STB=0.52499;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0023945;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:31:19:2:0:31:19:2:0 chr19 52130488 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2263;QD=45.8064;RBI=0.0669289;REFB=0;REVB=0.0465464;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33724e-05;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 52132325 . A T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0263874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3999;QD=16.4432;RBI=0.0723218;REFB=0.00210886;REVB=-0.0673361;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156462;STB=0.589653;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00345385;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:12:15:8:12:12:15 chr19 52217193 . G A 198.27 PASS AF=0.224638;AO=31;DP=138;FAO=31;FDP=138;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00949641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.794;QD=5.7469;RBI=0.0135073;REFB=-0.00593776;REVB=-0.0096055;RO=107;SAF=21;SAR=10;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234971;STB=0.644818;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0343861;OID=.;OPOS=52217193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:107:107:31:31:0.224638:10:21:53:54:10:21:53:54 chr19 52222552 . G A 1305.37 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508439;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.473;QD=62.1604;RBI=0.0522329;REFB=0;REVB=0.0119654;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72844e-05;OID=.;OPOS=52222552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr19 52223121 . A G 712.83 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.985;QD=54.8327;RBI=0.0723329;REFB=-0.133952;REVB=0.0708065;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357404;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:21:31:0:0 chr19 52227137 . TACACACACACACACACACACACACAC T 355.19 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0231291;FXX=0.124961;HRUN=1;LEN=26;MLLD=605.307;QD=50.7412;RBI=0.0335381;REFB=-0.0437151;REVB=0.0242867;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.524981;STBP=0.556;TYPE=del;VARB=0.000642536;OID=.;OPOS=52227138;OREF=ACACACACACACACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:26:30:26:28:2:19:7:2:0:10:0:19:7:0:0 chr19 52249211 . T G 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00454871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.086;QD=8.56751;RBI=0.0303281;REFB=-0.00131608;REVB=-0.0299851;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28844;STB=0.673683;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00283294;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:6:8:12:25:6:8:12:25 chr19 52249702 . G T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0157444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.712;QD=14.6525;RBI=0.0305057;REFB=0.00232974;REVB=0.0261288;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00154371;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr19 52249947 . C G 139.38 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0209575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4552;QD=19.2242;RBI=0.0276929;REFB=-0.0159301;REVB=0.018102;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114631;STB=0.583221;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0279556;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:15:15:0.517241:9:6:7:6:9:6:8:6 chr19 52250216 . A G 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7865;QD=60.5384;RBI=0.0444351;REFB=0;REVB=0.00682407;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214702;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr19 52519561 . A G 72.76 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0296169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.433;QD=4.77114;RBI=0.039017;REFB=0.00198431;REVB=0.0254002;RO=49;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219623;STB=0.644601;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00982449;OID=.;OPOS=52519561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:3:9:29:20:3:9:29:20 chr19 52658510 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0357351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.145;QD=19.6462;RBI=0.0588201;REFB=-0.0199803;REVB=0.0467205;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214898;STB=0.622427;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0139082;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:6:2:6:5:6:2 chr19 52659991 . A G 245.42 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.027892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4393;QD=22.8301;RBI=0.0279456;REFB=-0.0248392;REVB=-0.00172949;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896243;STB=0.558092;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.015539;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:12:11:7:12:12:12:7:12 chr19 52660279 . C T 244.33 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0284183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8365;QD=18.7949;RBI=0.0286735;REFB=-0.0315726;REVB=0.003817;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170353;STB=0.595236;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0115435;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:9:17:12:14:9:17 chr19 52803669 . CTG C 608.95 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763991;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.666;QD=60.8945;RBI=0.0501535;REFB=0;REVB=0.0495682;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000152266;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:40:40:40:0:15:25:0:0:4:0:15:24:0:0 chr19 52825032 . C T 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0170782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.566;QD=25.4295;RBI=0.018439;REFB=-0.0136508;REVB=-0.00695219;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140595;STB=0.577821;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00818608;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:12:10:4:11:12:10:4:11 chr19 52825235 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0390378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.941;QD=11.0924;RBI=0.0391833;REFB=0.0019656;REVB=-0.00337301;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429493;STB=0.7681;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00288844;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:2:4:1:4:2:4 chr19 52856955 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0123965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.329;QD=12.9747;RBI=0.0384545;REFB=0.00295758;REVB=-0.0364016;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347825;STB=0.69972;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00260552;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:3:15:6:6:3:15 chr19 52869022 . G T 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00252787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0599;QD=22.7941;RBI=0.0150943;REFB=0.00965595;REVB=-0.0148811;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105204;STB=0.571368;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0152846;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:15:9:10:10:15:9:11:10 chr19 52869278 . G C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0803839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.014;QD=8.30756;RBI=0.0810578;REFB=-0.00927331;REVB=0.0104304;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251967;STB=0.653498;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0163199;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:5:13:4:4:5:13 chr19 52869534 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00249541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.367;QD=13.2053;RBI=0.0218307;REFB=-0.0141632;REVB=-0.0216876;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145035;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0134587;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:3:3:2:4:3:3 chr19 52887145 . TA T 61.39 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0074571;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3196;QD=7.2218;RBI=0.106256;REFB=0.0199514;REVB=-0.105994;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=-0.0171216;STB=0.512802;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=-0.035168;OID=.;OPOS=52887146;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:13:35:14:34:20:8:6:11:9:61:18:7:6:10:8 chr19 52887246 . T A,TCAA 143.05 PASS AF=0.0625,0.4375;AO=2,14;DP=32;FAO=2,14;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=2,8;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0452862,0.00169615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=135.934,226.672;QD=17.8813;RBI=0.0465343,0.0207501;REFB=-0.0105262,-0.00987608;REVB=0.0107055,0.0206807;RO=15;SAF=2,8;SAR=0,6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.504245,-0.0263751;STB=0.993941,0.504847;STBP=0.19,0.976;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00529428,0.0135866;OID=.,.;OPOS=52887246,52887247;OREF=T,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:32:32:15:16:2,14:2,14:0.0625,0.4375:0,6:2,8:9:6:0,6:2,8:9:7 chr19 52887282 . A G 145.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0552928;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.236;QD=15.3238;RBI=0.0564179;REFB=-0.0044326;REVB=-0.0112109;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384175;STB=0.509987;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00654029;OID=.;OPOS=52887282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:22:16:16:0.421053:9:7:10:11:9:7:10:12 chr19 52887427 . A C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0291456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.102;QD=12.2129;RBI=0.0303826;REFB=-0.0110123;REVB=0.00858121;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0112177;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:12:10:6:7:12:10 chr19 52887437 . A C 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0519164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4314;QD=10.5419;RBI=0.088855;REFB=0.0117237;REVB=0.0721103;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075548;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0219615;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:11:10:6:5:11:10 chr19 52887904 . T C 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0063189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3673;QD=12.0496;RBI=0.0383531;REFB=-0.0189954;REVB=0.0378289;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61306;STB=0.868688;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.034052;OID=.;OPOS=52887904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:11:13:9:9:0.409091:1:8:3:8:1:8:4:9 chr19 52888048 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.034304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.537;QD=19.1086;RBI=0.0376457;REFB=0.00158213;REVB=-0.0155059;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.615147;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00756908;OID=.;OPOS=52888048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:8:9:0.6:3:5:5:1:4:5:5:1 chr19 52888210 . T C 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00847406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.539;QD=17.6405;RBI=0.0282604;REFB=-0.0187723;REVB=0.02696;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0116403;OID=.;OPOS=52888210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr19 52888245 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0340063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.503;QD=13.9587;RBI=0.0386432;REFB=0.00303298;REVB=-0.018354;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00182296;OID=.;OPOS=52888245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr19 52937100 . G T 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00324184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9494;QD=18.7924;RBI=0.00612659;REFB=0.0255788;REVB=-0.00519861;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168347;STB=0.595583;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0264034;OID=.;OPOS=52937100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:14:13:15:8:14:13 chr19 52937339 . G A 341.16 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7585;QD=54.5863;RBI=0.107251;REFB=0;REVB=0.079192;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382156;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr19 52938361 . C A 1252.43 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4131;QD=61.0942;RBI=0.0334476;REFB=0;REVB=-0.0326215;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267151;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:43:39:0:0 chr19 52938417 . A G 932.35 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0428007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.943;QD=51.0874;RBI=0.0446808;REFB=-0.215051;REVB=0.0128249;RO=1;SAF=21;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021968;STB=0.562481;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00459615;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:73:73:1:6:67:67:0.917808:46:21:1:0:46:21:6:0 chr19 52938459 . A G 1010.34 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848765;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9303;QD=59.4317;RBI=0.0261934;REFB=0;REVB=0.0247801;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011901;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr19 52941171 . T C 539.65 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00381721;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.7917;QD=51.3953;RBI=0.0186305;REFB=-0.146834;REVB=-0.0182352;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.538238;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0151472;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:42:0:4:38:38:0.904762:24:14:0:0:24:14:3:1 chr19 52941540 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.79;QD=45.8068;RBI=0.0175015;REFB=0;REVB=0.0159582;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137234;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 52941618 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.698;QD=39.2068;RBI=0.0773692;REFB=0;REVB=0.0388029;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027713;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 52941847 . A T 272.42 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0043;QD=51.889;RBI=0.0260788;REFB=0;REVB=0.0224062;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677764;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:15:6:0:0 chr19 52942495 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.514;QD=33.4283;RBI=0.149129;REFB=0;REVB=0.0816323;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00399882;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 52954507 . T C 2217.18 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241579;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.667;QD=63.3479;RBI=0.00940465;REFB=0;REVB=0.00908908;RO=0;SAF=75;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08956e-05;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:137:140:1:62:75:0:0:64:76:0:0 chr19 53014346 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00332361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.252;QD=16.2714;RBI=0.00523267;REFB=-0.00912534;REVB=0.00404159;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292343;STB=0.669327;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00350458;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:4:11:8:10:4:11:8:10 chr19 53015384 . A G 82.52 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0240562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.077;QD=19.4165;RBI=0.0308223;REFB=-0.0375809;REVB=0.0192694;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256073;STB=0.559875;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0296482;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:6:7:10:10:0.588235:7:3:2:4:7:3:3:4 chr19 53015864 . T G 50.45 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0394406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1441;QD=16.8152;RBI=0.0405239;REFB=-0.0269073;REVB=0.00930723;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0170582;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr19 53117531 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0526074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.218;QD=24.3901;RBI=0.0547456;REFB=-0.0450603;REVB=0.0151506;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218355;STB=0.512183;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0293416;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:8:6:8:12:8:6 chr19 53117809 . C A 189.88 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00325711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6535;QD=15.1903;RBI=0.0462926;REFB=-0.00659661;REVB=0.0461778;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175547;STB=0.510111;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00977905;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:17:13:9:11:17:13 chr19 53122211 . A G 97.95 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.022364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.192;QD=7.12348;RBI=0.023403;REFB=-0.0063207;REVB=0.00689563;RO=40;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300597;STB=0.509078;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0369852;OID=.;OPOS=53122211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:40:41:14:14:0.254545:7:7:19:21:7:7:20:21 chr19 53122219 . A G 83.63 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00625357;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.161;QD=6.31152;RBI=0.0174051;REFB=-0.00795726;REVB=-0.0162428;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11692;STB=0.574009;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0310702;OID=.;OPOS=53122219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:54:53:41:41:12:12:0.226415:5:7:20:21:5:7:20:21 chr19 53122226 . A G 84.5 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0164962;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.709;QD=6.50024;RBI=0.0175799;REFB=-0.00216352;REVB=0.00607696;RO=40;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102016;STB=0.564408;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00566168;OID=.;OPOS=53122226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:53:52:40:40:12:12:0.230769:7:5:20:20:7:5:20:20 chr19 53122229 . T C 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00382602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.86;QD=5.42447;RBI=0.00512541;REFB=-0.00796243;REVB=0.00341049;RO=40;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306154;STB=0.51996;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0391838;OID=.;OPOS=53122229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:5:5:19:21:5:5:19:21 chr19 53269614 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00303471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.515;QD=15.6506;RBI=0.0145183;REFB=-0.000457411;REVB=0.0141976;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967593;STB=0.555489;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000844439;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:15:6:6:10:15:6 chr19 53270384 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00703372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.884;QD=15.1663;RBI=0.030367;REFB=-0.0194362;REVB=-0.0295411;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0177949;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:9:11:8:7:9:11 chr19 53303527 . A G 310.61 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287116;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139;QD=54.0195;RBI=0.028717;REFB=0;REVB=0.000555875;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151598;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 53303890 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0382725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1511;QD=16.1985;RBI=0.0506413;REFB=0.0102333;REVB=-0.0331626;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00618934;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr19 53304563 . T C 781.7 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00174288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6162;QD=52.1134;RBI=0.0597402;REFB=-0.0839748;REVB=0.0597148;RO=3;SAF=34;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687429;STB=0.503648;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00419431;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:23:34:2:1:23:34:2:1 chr19 53321171 . G A 271.51 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.000583656;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.38;QD=29.3527;RBI=0.00941361;REFB=-0.0344874;REVB=-0.0093955;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684638;STB=0.526174;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0173971;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:13:24:24:0.648649:11:13:9:5:11:13:8:5 chr19 53345321 . T G 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0354333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2621;QD=16.5599;RBI=0.0430758;REFB=-0.0377635;REVB=0.024495;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901007;STB=0.550669;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0553604;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:19:12:13:14:19:12 chr19 53384690 . GCT GC,TGC 61.84 PASS AF=0.678571,0;AO=9,3;DP=28;FAO=19,0;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=12,0;FSAR=7,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0753969,0.0221664;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=7.60225,22.3298;QD=8.83419;RBI=0.0756902,0.089739;REFB=-0.131234,-0.0874825;REVB=0.00665624,0.0869583;RO=11;SAF=8,0;SAR=1,3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.510886,-0.630413;STB=0.562433,0.5;STBP=0.406,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.161586,0;OID=.,.;OPOS=53384692,53384690;OREF=T,GCT;OALT=-,TGC;OMAPALT=GC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:28:28:11:9:9,3:19,0:0.678571,0:1,3:8,0:5:6:7,0:12,0:4:5 chr19 53391402 . A G 177.83 PASS AF=0.247706;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=-0.00246356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.034;QD=6.52592;RBI=0.00739809;REFB=-0.00695585;REVB=-0.00697586;RO=81;SAF=18;SAR=9;SRF=56;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349605;STB=0.513879;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0276643;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:81:82:27:27:0.247706:9:18:56:25:9:18:56:26 chr19 53453777 . C T 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.000450449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.856;QD=28.7636;RBI=0.0166985;REFB=-0.0254489;REVB=0.0166925;RO=9;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169612;STB=0.59313;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00900226;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:12:7:1:8:12:7:1:8 chr19 53454475 . C CACT,T 159.97 PASS AF=0.363636,0.0454545;AO=16,2;DP=47;FAO=16,2;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0;FSAR=9,2;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00482944,-0.0103426;FXX=0.0222173;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=216.349,112.367;QD=14.5428;RBI=0.0198402,0.0398479;REFB=-0.00667729,-0.00489966;REVB=-0.0192435,-0.0384823;RO=28;SAF=7,0;SAR=9,2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.182275,-0.518511;STB=0.585692,0.99539;STBP=0.405,0.115;TYPE=ins,snp;VARB=0.00740997,0.00905647;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:28:26:16,2:16,2:0.363636,0.0454545:9,2:7,0:17:11:9,2:7,0:15:11 chr19 53454543 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000173271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1754;QD=18.1534;RBI=0.0405771;REFB=-0.00180834;REVB=0.0405768;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.502073;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00380873;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:10:11:12:12:10:11:13:12 chr19 53454789 . A T 183.2 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00411452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3955;QD=17.8727;RBI=0.0381631;REFB=-0.0331186;REVB=-0.0379406;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248086;STB=0.514124;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0523164;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:11:11:9:10:11:11 chr19 53553125 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.658;QD=37.4885;RBI=0.0295622;REFB=0;REVB=0.0120564;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274181;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 53553686 . G A 522.53 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154207;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.809;QD=59.7177;RBI=0.0410991;REFB=0;REVB=0.0380965;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45972e-05;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr19 53576589 . C G 654.72 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315432;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.146;QD=62.3546;RBI=0.031905;REFB=0;REVB=-0.00479111;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542098;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr19 53577419 . G C 700.1 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0377372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8718;QD=54.9097;RBI=0.0820898;REFB=-0.074038;REVB=-0.0729016;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00333255;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:1:1:49:50:0.980392:19:30:1:0:19:31:1:0 chr19 53612311 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.059;QD=55.0961;RBI=0.0316921;REFB=0;REVB=0.0247748;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232658;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 53612720 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0292096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3559;QD=9.11019;RBI=0.0683632;REFB=-0.0128843;REVB=0.0618088;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0611378;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:9:7:3:5:9:7 chr19 53612745 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.379;QD=50.4104;RBI=0.030546;REFB=0;REVB=0.0231589;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019491;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 53612757 . T G 279.53 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.096;QD=48.6138;RBI=0.0338625;REFB=-0.0719332;REVB=0.021396;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00142822;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:1:0:10:12:1:0 chr19 53612989 . A G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00416638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.396;QD=14.6976;RBI=0.022511;REFB=-0.00734997;REVB=-0.022122;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635182;STB=0.536866;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00817555;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:10:13:10:6:10:13 chr19 53645291 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.988;QD=58.1403;RBI=0.041362;REFB=0;REVB=0.0334267;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324439;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 53667804 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6878;QD=56.9379;RBI=0.0431429;REFB=0;REVB=-0.0280914;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360595;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr19 53667913 . A G 480.0 PASS AF=0.875;AO=34;DP=39;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0284273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.103;QD=47.9999;RBI=0.0288501;REFB=-0.00502911;REVB=-0.00492113;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.580598;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000947085;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:40:0:5:34:35:0.875:12:22:0:0:13:22:0:5 chr19 53667940 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000322864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.672;QD=62.3508;RBI=0.0155655;REFB=0;REVB=0.0155621;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61839e-05;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr19 53668478 . C A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00574797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.6;QD=8.81108;RBI=0.00574838;REFB=-0.0135083;REVB=6.83754e-05;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141704;STB=0.58795;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.03134;OID=.;OPOS=53668478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:4:7:3:3:4:7 chr19 53669273 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.763;QD=56.7058;RBI=0.0425844;REFB=0;REVB=0.0087333;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104575;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr19 53669492 . A G 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093275;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.119;QD=59.4603;RBI=0.0257108;REFB=0;REVB=0.0239592;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100283;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr19 53727097 . G A 66.62 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00174859;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.366;QD=11.1037;RBI=0.00615731;REFB=-0.00537346;REVB=-0.0059038;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147874;STB=0.590145;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0041869;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:15:15:9:9:0.375:2:7:10:5:2:7:10:5 chr19 53740822 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0200625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.247;QD=16.4543;RBI=0.0355577;REFB=-0.0145058;REVB=-0.0293572;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0207682;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr19 53741068 . C T 92.58 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0321324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1523;QD=10.5807;RBI=0.0467979;REFB=-0.0323606;REVB=-0.0340228;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266107;STB=0.540994;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0599221;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:34:35:23:23:11:12:0.342857:5:6:12:11:5:7:12:11 chr19 53741188 . C T 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0184881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.965;QD=14.3843;RBI=0.0205689;REFB=0.00331275;REVB=-0.00901506;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207108;STB=0.617578;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00958076;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:13:21:21:29:13:21:21:29 chr19 53793042 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0577067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.515;QD=13.4558;RBI=0.0602213;REFB=0.00318466;REVB=0.0172203;RO=15;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467914;STB=0.785857;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0101473;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:1:10:9:6:1:10:9:6 chr19 53793574 . A G 271.61 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00159271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.962;QD=20.8931;RBI=0.0274746;REFB=-0.0188855;REVB=-0.0274284;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641804;STB=0.535689;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0212124;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:11:13:13:15:11:13 chr19 53793995 . C T 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00362632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.816;QD=9.10095;RBI=0.0162181;REFB=-0.00281781;REVB=0.0158075;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273865;STB=0.697248;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00634518;OID=.;OPOS=53793995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:3:6:7:10:3:6:7:12 chr19 53794579 . T A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0114186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7463;QD=15.1968;RBI=0.0563375;REFB=0.00497743;REVB=0.0551682;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499046;STB=0.78476;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0167366;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:15:3:10:4:15:3 chr19 53794858 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00480835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.642;QD=16.9926;RBI=0.0335858;REFB=-0.039619;REVB=-0.0332398;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451952;STB=0.525405;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0458614;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:17:13:13:14:17:13 chr19 53854397 . G C 305.88 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9785;QD=53.1972;RBI=0.0615789;REFB=0;REVB=0.0487326;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691667;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr19 53879561 . GACA G 1507.1 PASS AF=1;AO=92;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814645;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.324;QD=64.132;RBI=0.0220113;REFB=0;REVB=0.0204483;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.77144e-06;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:97:94:94:0:43:51:0:0:8:0:43:49:0:0 chr19 53884412 . G A 272.26 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5516;QD=51.8598;RBI=0.0522004;REFB=0;REVB=0.0178701;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102652;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 53911660 . T C 58.33 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0311402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.468;QD=14.5837;RBI=0.0320102;REFB=-0.0752105;REVB=0.00741236;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0813868;OID=.;OPOS=53911660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chr19 53911973 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.516;QD=43.4858;RBI=0.0379537;REFB=0;REVB=-0.00643123;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467127;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 53912242 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5424;QD=45.8015;RBI=0.0284493;REFB=0;REVB=0.0073884;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014838;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr19 53926318 . T A 56.89 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00720323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.252;QD=11.9767;RBI=0.00871033;REFB=-0.00204435;REVB=0.00489728;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313604;STB=0.683812;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00240023;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:9:2:4:4:9:2 chr19 53926320 . T G 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0157741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.411;QD=12.7363;RBI=0.0198285;REFB=-0.0246987;REVB=0.0120144;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250633;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00857558;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:10:8:8:0.444444:4:4:7:2:4:4:8:2 chr19 53952885 . TC T 319.88 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.2624;QD=44.1212;RBI=0.187763;REFB=0;REVB=-0.166387;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.0371368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00359825;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:29:29:0:13:16:0:0:6:1:12:14:1:0 chr19 53958126 . T G 90.94 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0273128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.777;QD=17.3215;RBI=0.0492753;REFB=-0.0341473;REVB=0.041013;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0445735;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr19 53958263 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0570386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.194;QD=21.7444;RBI=0.0574053;REFB=-0.0460807;REVB=-0.00647778;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0200304;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:7:4:9:6:7:4 chr19 53989945 . G A 283.53 PASS AF=0.304;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.00828073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.894;QD=9.07286;RBI=0.0111599;REFB=-0.00427295;REVB=0.00748153;RO=87;SAF=29;SAR=9;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367594;STB=0.716734;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00807355;OID=.;OPOS=53989945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:87:87:38:38:0.304:9:29:41:46:9:29:41:46 chr19 53990002 . G A 319.91 PASS AF=0.293706;AO=42;DP=143;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.00412208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.581;QD=8.94844;RBI=0.00621832;REFB=-0.00448532;REVB=0.00465575;RO=100;SAF=28;SAR=14;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262263;STB=0.650871;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0130308;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:100:101:42:42:0.293706:14:28:45:55:14:28:46:55 chr19 53993923 . C T 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00156961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.901;QD=16.9224;RBI=0.0241593;REFB=-0.0219387;REVB=-0.0241083;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123787;STB=0.569573;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0322682;OID=.;OPOS=53993923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:16:18:12:18:16:18 chr19 54080144 . A G 222.48 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.618;QD=49.4391;RBI=0.0176213;REFB=0;REVB=0.00579547;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182849;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr19 54132976 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0132681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.109;QD=18.4438;RBI=0.0520828;REFB=-0.0286659;REVB=-0.0503644;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236841;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0182799;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:3:6:4:7:3:6 chr19 54307322 . G A 306.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.209;QD=53.2671;RBI=0.0409206;REFB=0;REVB=0.0391352;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419047;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:6:17:0:0 chr19 54308554 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.022;QD=35.5757;RBI=0.0512646;REFB=0;REVB=-0.0310157;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022748;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 54378627 . T A 2582.34 PASS AF=0.994253;AO=167;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=116;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00355501;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.566;QD=59.364;RBI=0.00483684;REFB=-0.0525046;REVB=0.00327978;RO=1;SAF=115;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906337;STB=0.504347;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000486245;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:167:173:0.994253:52:115:0:1:57:116:0:1 chr19 54378789 . C G 2360.81 PASS AF=0.987654;AO=150;DP=157;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0198391;FXX=0.0635801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3922;QD=58.2916;RBI=0.0222565;REFB=-0.0870865;REVB=0.0100877;RO=2;SAF=70;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00083794;STB=0.500309;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00347;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:157:162:2:2:150:160:0.987654:80:70:1:1:84:76:1:1 chr19 54378807 . A G 31.94 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=62;FWDB=-0.0174353;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=203.685;QD=1.4858;RBI=0.0174357;REFB=-0.000761665;REVB=-0.00011889;RO=78;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376397;STB=0.766965;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00766104;OID=.;OPOS=54378807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:4:4:16:62:4:4:16:62 chr19 54379573 . C T 347.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0808146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3502;QD=51.4956;RBI=0.105373;REFB=0.00271327;REVB=-0.0676203;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00570532;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:1:0 chr19 54385820 . C T 2286.9 PASS AF=0.980769;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0146815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.062;QD=58.6384;RBI=0.0283169;REFB=-0.00441725;REVB=0.0242136;RO=2;SAF=60;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271926;STB=0.505362;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=4.00012e-05;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:2:3:152:153:0.980769:92:60:1:1:92:61:2:1 chr19 54394965 . T C 250.45 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00481162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.027;QD=14.5185;RBI=0.0161703;REFB=0.00531499;REVB=-0.0154378;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175824;STB=0.607767;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00750598;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:10:19:19:20:10:19:19:21 chr19 54409996 . C T 392.51 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0187462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.831;QD=28.5461;RBI=0.0217903;REFB=-0.0167414;REVB=0.0111083;RO=18;SAF=22;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582104;STB=0.531705;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00644188;OID=.;OPOS=54409996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:15:22:9:9:15:22:9:9 chr19 54545186 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00275529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.524;QD=10.3903;RBI=0.0124571;REFB=0.00315886;REVB=-0.0121486;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00972666;OID=.;OPOS=54545186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:7:4:3:4:7:4 chr19 54545390 . A AC 34.4 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306129;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.521;QD=22.9353;RBI=0.0371301;REFB=-0.0221527;REVB=0.0210117;RO=1;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166656;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=ins;VARB=0.00209237;OID=.;OPOS=54545391;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:4:6:5:6:1:3:2:1:0:6:1:2:2:1:0 chr19 54545531 . T C 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0105406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.947;QD=16.2775;RBI=0.0106616;REFB=-0.0102534;REVB=-0.00160189;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192849;STB=0.608268;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0150024;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:22:11:15:13:22:11 chr19 54606209 . T G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0196784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.097;QD=11.9533;RBI=0.0573702;REFB=-0.0168919;REVB=-0.0538897;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.599747;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0218227;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:5:6:3:5:5:6 chr19 54649670 . CT C,CC 157.75 PASS AF=0.357143,0.642857;AO=6,8;DP=14;FAO=5,9;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5,5;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445539,0.0344499;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.813,251.808;QD=45.0711;RBI=0.0519756,0.0427205;REFB=0,0;REVB=-0.026766,-0.0252636;RO=0;SAF=6,4;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0174283,0.00707166;OID=.,.;OPOS=54649671,54649671;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.357143,0.642857:6,8:14:5,9:14:0:5,5:0,4:0:0:21:0:6,4:0,4:0:0 chr19 54657069 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0338146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.934;QD=12.3289;RBI=0.0362974;REFB=-0.0121377;REVB=-0.0131939;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447622;STB=0.753097;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0298974;OID=.;OPOS=54657069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:1:16:6:5:1:16 chr19 54664209 . G C 352.05 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0734005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0132;QD=21.6647;RBI=0.0990358;REFB=-0.0571269;REVB=0.0664866;RO=28;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918425;STB=0.563105;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0416873;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:35:36:0.553846:19:16:16:12:20:16:17:12 chr19 54664752 . A C 206.68 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00448461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.321;QD=20.6684;RBI=0.00627294;REFB=-0.00529706;REVB=0.00438611;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472314;STB=0.526732;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00472301;OID=.;OPOS=54664752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:19:19:0.475:11:8:9:10:11:8:9:10 chr19 54665970 . C T 209.26 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0155507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.743;QD=18.6007;RBI=0.0161751;REFB=-0.00763545;REVB=0.00445052;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.565152;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0342226;OID=.;OPOS=54665970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:16:4:8:16:16:5:8:16 chr19 54674742 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.000963053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.942;QD=10.4723;RBI=0.0154759;REFB=-0.00967605;REVB=-0.0154459;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359446;STB=0.713946;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0205212;OID=.;OPOS=54674742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:16:8:8:4:16:8 chr19 54676763 . C T 289.33 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.000768264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.905;QD=11.6902;RBI=0.00672841;REFB=-0.00969823;REVB=-0.0066844;RO=65;SAF=18;SAR=16;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111703;STB=0.564459;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0185738;OID=.;OPOS=54676763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:16:18:28:37:16:18:28:37 chr19 54676814 . G GC 129.56 PASS AF=0.369048;AO=26;DP=92;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0625625;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.3544;QD=6.1697;RBI=0.0922011;REFB=-0.0137637;REVB=0.0677271;RO=62;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185857;STB=0.587101;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.0102225;OID=.;OPOS=54676815;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369048:26:92:31:84:53:16:15:20:33:99:62:15:11:26:36 chr19 54677189 . C T 499.73 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0471538;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.724;QD=21.0411;RBI=0.049286;REFB=-0.0256999;REVB=-0.0143397;RO=46;SAF=29;SAR=19;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865569;STB=0.54031;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0237207;OID=.;OPOS=54677189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:46:47:48:48:0.505263:19:29:32:14:19:29:32:15 chr19 54677759 . T C 663.84 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.864;QD=61.7527;RBI=0.0132084;REFB=0;REVB=0.0131185;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0835e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr19 54721090 . A G 242.19 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=58;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.014471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.464;QD=15.3774;RBI=0.0209294;REFB=-0.00777726;REVB=-0.0151205;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373966;STB=0.574919;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0129986;OID=.;OPOS=54721090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:35:35:23:28:0.444444:13:10:14:21:13:15:14:21 chr19 54722275 . G A 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0103126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.75;QD=21.7457;RBI=0.0175516;REFB=-0.00546899;REVB=0.0142024;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032955;STB=0.518502;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00474676;OID=.;OPOS=54722275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:12:8:8:14:12:8 chr19 54723355 . A G 91.77 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0769268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1737;QD=8.74007;RBI=0.0931016;REFB=-0.00822534;REVB=-0.0524421;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373364;STB=0.512175;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0168158;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:29:30:12:12:0.285714:5:7:16:13:5:7:17:13 chr19 54723738 . G C 544.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130589;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.569;QD=60.4915;RBI=0.0155342;REFB=0;REVB=0.00841279;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137749;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr19 54724006 . C A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0942223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.682;QD=14.7986;RBI=0.100486;REFB=0.00674035;REVB=-0.0349213;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.624791;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00407114;OID=.;OPOS=54724006;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:3:10:6:5:3:10 chr19 54725930 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.706;QD=47.8222;RBI=0.0169982;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610706;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:0:16:0:0:0:16:0:0 chr19 54725995 . G A 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0391185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5795;QD=42.7087;RBI=0.0494205;REFB=-0.053513;REVB=0.0302014;RO=2;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300596;STB=0.666454;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0253066;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:2:17:0:2:2:17:0:2 chr19 54726226 . T C 151.45 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.721;QD=40.3866;RBI=0.038074;REFB=-0.0124241;REVB=-0.000387471;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00110561;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:15:0:1:13:14:0.933333:8:5:0:0:8:6:0:1 chr19 54726816 . A T 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0416694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.529;QD=21.7448;RBI=0.0521925;REFB=-0.015804;REVB=-0.031428;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949244;STB=0.580576;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0127695;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:17:20:22:22:0.52381:13:9:5:12:13:9:5:15 chr19 54726833 . T C 231.37 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0912621;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2553;QD=21.5229;RBI=0.0920105;REFB=-0.0644902;REVB=-0.0117112;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264806;STB=0.589089;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0496206;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:18:21:22:22:0.511628:13:9:2:16:13:9:5:16 chr19 54726839 . C T 245.8 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0143838;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0236;QD=22.3452;RBI=0.0150533;REFB=-0.0558525;REVB=-0.00443965;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248533;STB=0.579334;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0116994;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:21:23:23:0.522727:14:9:2:16:14:9:5:16 chr19 54726843 . C G 255.2 PASS AF=0.521739;AO=25;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00227833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.539;QD=22.1913;RBI=0.0149985;REFB=-0.0237673;REVB=-0.0148245;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112634;STB=0.578252;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0153397;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:25:24:0.521739:16:9:5:16:15:9:5:17 chr19 54726861 . C T 223.44 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00350453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.827;QD=19.4299;RBI=0.0285655;REFB=-0.00744061;REVB=-0.0283497;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220363;STB=0.588532;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0380445;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:13:9:4:18:13:9:6:18 chr19 54726872 . C G 142.6 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00154681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.86;QD=14.6256;RBI=0.0116269;REFB=-0.0284003;REVB=-0.0115235;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20977;STB=0.636211;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0621538;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:9:6:5:18:9:7:5:18 chr19 54743758 . C A 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.263765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.917;QD=22.717;RBI=0.263799;REFB=0.000536405;REVB=-0.00419183;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235791;STB=0.63141;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00180602;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:1:8:8:6:1:8 chr19 54744104 . T G 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00786985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2092;QD=7.27132;RBI=0.0813193;REFB=-0.0129136;REVB=-0.0809376;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27261;STB=0.668445;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0238884;OID=.;OPOS=54744104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:8:17:4:5:8:17 chr19 54744209 . TA CG 219.73 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0181006;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.663;QD=9.76595;RBI=0.0322681;REFB=-0.0107025;REVB=-0.0267133;RO=62;SAF=10;SAR=18;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312417;STB=0.682536;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.0215141;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:18:10:39:23:18:10:39:23 chr19 54744361 . A C 311.75 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00357741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8873;QD=10.6582;RBI=0.0134989;REFB=-0.0107708;REVB=-0.0130162;RO=72;SAF=16;SAR=24;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825778;STB=0.570898;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0295433;OID=.;OPOS=54744361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:77:40:40:0.34188:24:16:34:38:24:16:39:38 chr19 54744387 . C T 338.3 PASS AF=0.4;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0046146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.299;QD=14.2443;RBI=0.00544901;REFB=-0.00514601;REVB=0.00289778;RO=57;SAF=14;SAR=23;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160004;STB=0.57979;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00671024;OID=.;OPOS=54744387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:37:38:0.4:23:14:30:27:23:15:30:27 chr19 54744794 . G A 52.6 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00711351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.263;QD=3.1402;RBI=0.0357305;REFB=-0.00246913;REVB=-0.0350153;RO=57;SAF=2;SAR=8;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456931;STB=0.813344;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0529988;OID=.;OPOS=54744794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:8:2:33:24:8:2:33:24 chr19 54744799 . G C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0018966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.645;QD=13.3344;RBI=0.00746919;REFB=-0.0211071;REVB=-0.00722439;RO=39;SAF=9;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305447;STB=0.674314;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.03121;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:17:9:25:14:17:9:25:14 chr19 54746051 . A C 746.65 PASS AF=0.481481;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=26;FWDB=-0.0369293;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.972;QD=18.4357;RBI=0.0438824;REFB=0.00466975;REVB=-0.0237042;RO=81;SAF=45;SAR=33;SRF=57;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122866;STB=0.561432;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00732963;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:81:84:78:78:0.481481:33:45:57:24:33:45:58:26 chr19 54754752 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.885;QD=60.6058;RBI=0.0447037;REFB=0;REVB=0.0387661;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259824;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 54755911 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.029259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.309;QD=20.7549;RBI=0.0292933;REFB=-0.0117972;REVB=-0.00141674;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138827;STB=0.578839;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0119862;OID=.;OPOS=54755911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:6:6:5:10:6:6 chr19 54755922 . CA TG 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0114117;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.864;QD=20.7548;RBI=0.0533712;REFB=-0.0146154;REVB=-0.0521369;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138827;STB=0.578839;STBP=0.387;TYPE=mnp;VARB=0.010252;OID=.;OPOS=54755922;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:6:6:5:10:6:6 chr19 54759361 . T C 294.47 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.058785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.048;QD=28.0449;RBI=0.058876;REFB=-0.0140272;REVB=-0.00327166;RO=15;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477493;STB=0.514695;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0046436;OID=.;OPOS=54759361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:16:26:26:0.619048:12:14:7:8:12:14:8:8 chr19 54767879 . T C 833.07 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00088301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.586;QD=57.453;RBI=0.0145922;REFB=0;REVB=0.0145655;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80186e-05;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chr19 54782919 . C T 298.19 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=3;FWDB=0.000156908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6164;QD=15.9034;RBI=0.0427616;REFB=-0.00405512;REVB=0.0427613;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=39;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392502;STB=0.715319;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00135032;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:14:19:39:3:14:19:39:3 chr19 54783375 . T A 754.25 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.019971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.182;QD=24.5286;RBI=0.0210091;REFB=-0.0127972;REVB=-0.00652241;RO=52;SAF=48;SAR=23;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131473;STB=0.571833;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0126833;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:52:71:71:0.577236:23:48:27:25:23:48:27:25 chr19 54783923 . A G 499.18 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9771;QD=58.7272;RBI=0.00949586;REFB=0;REVB=0.00794657;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68819e-05;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr19 54784130 . T C 203.01 PASS AF=0.357143;AO=18;DP=63;FAO=25;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.088465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0562;QD=11.6005;RBI=0.0887597;REFB=0.00526818;REVB=-0.00722603;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393769;STB=0.642668;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0108015;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:70:30:45:18:25:0.357143:4:14:13:17:11:14:15:30 chr19 54802540 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.599;QD=48.7369;RBI=0.0295045;REFB=0;REVB=0.0293167;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231391;OID=.;OPOS=54802540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr19 54848684 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00588549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.136;QD=22.9153;RBI=0.0292878;REFB=0.00690093;REVB=-0.0286903;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251651;STB=0.624758;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00487139;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:13:4:4:8:9:0.692308:3:5:4:0:3:6:4:0 chr19 54849942 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.589;QD=45.8068;RBI=0.0488766;REFB=0;REVB=0.0150516;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121804;OID=.;OPOS=54849942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr19 54946784 . A G 214.5 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0197073;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.905;QD=20.4286;RBI=0.0330762;REFB=-0.0414598;REVB=-0.0265642;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143476;STB=0.581314;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0374461;OID=.;OPOS=54946784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:6:15:12:9:6:15:12:9 chr19 54962579 . C T 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0142124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8122;QD=15.2383;RBI=0.0246252;REFB=-0.0149309;REVB=0.0201098;RO=35;SAF=23;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461459;STB=0.75868;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0251387;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:5:23:14:21:5:23:15:21 chr19 54965860 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.341;QD=54.5177;RBI=0.0482202;REFB=0;REVB=0.0301497;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171624;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 54966557 . G C 198.03 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0709128;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.2589;QD=18.8595;RBI=0.119809;REFB=-0.039956;REVB=0.0965686;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193321;STB=0.618935;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0455326;OID=.;OPOS=54966557;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:10:9:6:16:10:10:6:16 chr19 54966579 . C G 785.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8881;QD=64.1452;RBI=0.044123;REFB=0;REVB=-0.0368564;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678395;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr19 54973280 . C G 900.36 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.381;QD=58.0876;RBI=0.0350487;REFB=0;REVB=-0.001843;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21615e-05;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:43:16:0:0:43:19:0:0 chr19 54973988 . GCCT G 79.24 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00261415;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=260.493;QD=9.60519;RBI=0.0281934;REFB=-0.0335164;REVB=-0.0280719;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.600783;STBP=0.364;TYPE=del;VARB=0.0479681;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:13:33:13:33:20:5:8:11:9:79:17:5:8:9:8 chr19 55014124 . G A 117.17 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0286136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.333;QD=16.7392;RBI=0.0338292;REFB=-0.0271803;REVB=0.0180465;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146024;STB=0.581274;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0234511;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:13:14:0.5:4:9:7:6:4:10:8:6 chr19 55019261 . C T 448.09 PASS AF=0.564103;AO=42;DP=76;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00319048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5779;QD=22.9789;RBI=0.0192877;REFB=-0.0300209;REVB=-0.019022;RO=34;SAF=22;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908319;STB=0.538444;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0296204;OID=.;OPOS=55019261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:34:34:42:44:0.564103:20:22:14:20:22:22:14:20 chr19 55019371 . C G 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0665406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.538;QD=24.5982;RBI=0.0666493;REFB=-0.0378378;REVB=0.00380486;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345072;STB=0.519213;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0292205;OID=.;OPOS=55019371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:8:8:10:12:8:8 chr19 55019402 . A G 260.04 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.115976;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.501;QD=45.225;RBI=0.115998;REFB=0.00868905;REVB=0.00223567;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709089;STB=0.538425;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000885505;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:23:2:2:21:21:0.913043:9:12:2:0:9:12:2:0 chr19 55045042 . G A 227.97 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00693064;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.054;QD=11.2579;RBI=0.0248213;REFB=-0.0332217;REVB=-0.0238341;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108108;STB=0.555516;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0554221;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:52:53:28:28:0.345679:14:14:21:31:14:14:22:31 chr19 55086244 . G A 276.81 PASS AF=0.34375;AO=31;DP=94;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.00712916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.723;QD=11.5337;RBI=0.0207569;REFB=-0.00785218;REVB=0.0194942;RO=63;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.600069;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00384767;OID=.;OPOS=55086244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:63:63:31:33:0.34375:17:14:21:42:17:16:21:42 chr19 55086249 . T C 702.17 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0155753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.87;QD=25.7678;RBI=0.0156725;REFB=-0.0173383;REVB=-0.0017427;RO=43;SAF=23;SAR=43;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902564;STB=0.549138;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0159917;OID=.;OPOS=55086249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:43:66:66:0.605505:43:23:20:23:43:23:20:23 chr19 55086775 . C T 1015.92 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00296506;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.259;QD=58.0526;RBI=0.00760181;REFB=-0.0953925;REVB=0.0069997;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000136652;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:40:29:0:1:40:29:0:1 chr19 55142101 . G A 340.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1098;QD=54.4937;RBI=0.0212388;REFB=0;REVB=-0.0177303;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127758;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr19 55142739 . A C 556.08 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662496;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.227;QD=60.1166;RBI=0.00891896;REFB=0;REVB=-0.00597141;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30916e-05;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:32:37:1:12:20:0:0:13:24:0:0 chr19 55143083 . T C 1491.24 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151216;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.816;QD=63.4572;RBI=0.020468;REFB=0;REVB=0.013794;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49981e-05;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr19 55143156 . TG CA 501.07 PASS AF=0.51;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00778306;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.231;QD=20.0429;RBI=0.0109538;REFB=-0.0131348;REVB=-0.00770777;RO=49;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170732;STB=0.50943;STBP=0.871;TYPE=mnp;VARB=0.0110827;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:49:49:51:51:0.51:27:24:24:25:27:24:24:25 chr19 55143452 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.847;QD=59.1431;RBI=0.0229012;REFB=0;REVB=0.0224478;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82911e-05;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr19 55143491 . G T 1523.11 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.561;QD=58.5811;RBI=0.0338;REFB=-0.0459799;REVB=0.0302657;RO=0;SAF=28;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000244918;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:75:28:0:0:75:28:1:0 chr19 55148242 . C T 208.99 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0195405;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.21;QD=23.8849;RBI=0.0434383;REFB=-0.0166308;REVB=0.0387951;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335435;STB=0.687671;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.015142;OID=.;OPOS=55148242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:11:4:14:6:11:4 chr19 55148249 . G A 247.9 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00159336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0312;QD=25.4256;RBI=0.0253076;REFB=-0.0319607;REVB=0.0252574;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333939;STB=0.686291;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0249453;OID=.;OPOS=55148249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:17:6:11:5:17:6:11:5 chr19 55175009 . G T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00705182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.288;QD=16.279;RBI=0.025897;REFB=-0.0135803;REVB=-0.0249184;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940131;STB=0.505297;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0212381;OID=.;OPOS=55175009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:15:18:15:13:15:18 chr19 55175740 . C T 656.93 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.705;QD=59.721;RBI=0.0531141;REFB=-0.108866;REVB=0.0488898;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0181693;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:22:20:0:0:23:20:1:0 chr19 55176262 . A G 341.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.536;QD=54.6223;RBI=0.0318076;REFB=0;REVB=0.0292896;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84242e-05;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr19 55176534 . GC G,GT 709.95 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=7,41;DP=52;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200937,0.00245368;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.0029,85.5663;QD=55.6825;RBI=0.0638449,0.0193244;REFB=0,0;REVB=0.0606005,0.019168;RO=2;SAF=0,27;SAR=7,14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782089,0.0152821;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.102446,-0.000608339;OID=.,.;OPOS=55176535,55176535;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0196078,0.980392:7,41:52:1,50:51:0:0,28:1,22:0:0:5:2:0,27:7,14:1:1 chr19 55178162 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0189781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0524;QD=18.6416;RBI=0.107655;REFB=0.0155686;REVB=-0.105969;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126906;STB=0.571371;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0192345;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:12:14:10:15:12:14 chr19 55179364 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.019;QD=56.9547;RBI=0.0131509;REFB=0;REVB=-0.00403741;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5204e-05;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr19 55237554 . G A 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0481774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9859;QD=2.03403;RBI=0.0529738;REFB=0.0006941;REVB=0.0220263;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830652;STB=0.563694;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00758035;OID=.;OPOS=55237554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:4:3:29:29:4:3:29:29 chr19 55237584 . A G 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0190313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2355;QD=1.77331;RBI=0.0280651;REFB=-0.00721737;REVB=-0.0206266;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730224;STB=0.557213;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0195652;OID=.;OPOS=55237584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:4:3:31:32:4:3:31:32 chr19 55237616 . C T 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00870519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.184;QD=21.9987;RBI=0.00872236;REFB=0.00527139;REVB=-0.000546964;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146245;STB=0.581337;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00404022;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:20:9:11:12:20:9:11:12 chr19 55237677 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.003602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.388;QD=20.7383;RBI=0.0325083;REFB=-0.0132597;REVB=0.0323082;RO=16;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24913;STB=0.642677;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0114073;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:15:3:6:10:15:3:6:10 chr19 55237697 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00994973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4674;QD=15.7841;RBI=0.0100737;REFB=-0.0114633;REVB=0.00157572;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201882;STB=0.614827;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0114995;OID=.;OPOS=55237697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:3:14:9:5:3:14 chr19 55239223 . G A 393.89 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0112533;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.387;QD=19.4511;RBI=0.0445826;REFB=-0.0192277;REVB=0.043139;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180837;STB=0.604888;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0200239;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:39:40:0.493827:19:20:29:12:20:20:29:12 chr19 55246731 . C T 1275.38 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.163;QD=61.464;RBI=0.0574885;REFB=0;REVB=-0.0533419;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12505e-06;OID=.;OPOS=55246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:41:42:0:0 chr19 55246741 . T C 1287.22 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00237469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.649;QD=60.5749;RBI=0.0445838;REFB=-0.0444725;REVB=0.0445205;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108888;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=8.1646e-05;OID=.;OPOS=55246741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:41:43:1:0:41:43:1:0 chr19 55247353 . C A 755.86 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143953;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.657;QD=57.0459;RBI=0.0602933;REFB=0;REVB=0.0585497;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136718;OID=.;OPOS=55247353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr19 55250036 . T C 379.53 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122901;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0049;QD=56.2261;RBI=0.046821;REFB=0;REVB=0.0451792;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260161;OID=.;OPOS=55250036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr19 55250061 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.359;QD=51.1843;RBI=0.0689032;REFB=0;REVB=0.0658682;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685094;OID=.;OPOS=55250061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr19 55250928 . G C 319.77 PASS AF=0.13587;AO=75;DP=550;FAO=75;FDP=552;FR=.;FRO=477;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=240;FSRR=237;FWDB=-0.0127823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.945;QD=2.31714;RBI=0.013987;REFB=-0.00327564;REVB=0.00567889;RO=475;SAF=40;SAR=35;SRF=239;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388017;STB=0.526105;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0259471;OID=.;OPOS=55250928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:552:475:477:75:75:0.13587:35:40:239:236:35:40:240:237 chr19 55250939 . A G 185.46 PASS AF=0.101201;AO=59;DP=581;FAO=59;FDP=583;FR=.;FRO=524;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=273;FSRR=251;FWDB=-0.00722146;FXX=0.0017123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.28;QD=1.27244;RBI=0.0247255;REFB=-0.0033593;REVB=-0.0236474;RO=516;SAF=23;SAR=36;SRF=273;SRR=243;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170808;STB=0.617449;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0341073;OID=.;OPOS=55250939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:583:516:524:59:59:0.101201:36:23:273:243:36:23:273:251 chr19 55250962 . T G 165.67 PASS AF=0.0934891;AO=56;DP=599;FAO=56;FDP=599;FR=.;FRO=543;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=269;FSRR=274;FWDB=0.013912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8895;QD=1.10634;RBI=0.0296167;REFB=0.0049751;REVB=0.0261458;RO=539;SAF=23;SAR=33;SRF=266;SRR=273;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100525;STB=0.577082;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.044989;OID=.;OPOS=55250962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:599:539:543:56:56:0.0934891:33:23:266:273:33:23:269:274 chr19 55250979 . C A 1420.26 PASS AF=0.311448;AO=183;DP=588;FAO=185;FDP=594;FR=.;FRO=409;FSAF=98;FSAR=87;FSRF=190;FSRR=219;FWDB=0.0323432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8444;QD=9.56404;RBI=0.0399536;REFB=-0.0142237;REVB=-0.0234566;RO=405;SAF=96;SAR=87;SRF=189;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692694;STB=0.544796;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0342878;OID=.;OPOS=55250979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:588:594:405:409:183:185:0.311448:87:96:189:216:87:98:190:219 chr19 55250991 . G A 196.61 PASS AF=0.103627;AO=60;DP=578;FAO=60;FDP=579;FR=.;FRO=519;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=253;FSRR=266;FWDB=0.0352095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.881;QD=1.35826;RBI=0.0358141;REFB=-0.000336718;REVB=-0.00655273;RO=513;SAF=21;SAR=39;SRF=252;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176507;STB=0.625199;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00228802;OID=.;OPOS=55250991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:578:579:513:519:60:60:0.103627:39:21:252:261:39:21:253:266 chr19 55251010 . CG AA,AG 266.65 PASS AF=0.086444,0.0550098;AO=44,27;DP=500;FAO=44,28;FDP=509;FR=.;FRO=437;FSAF=15,11;FSAR=29,17;FSRF=200;FSRR=237;FWDB=-0.0415228,-0.0494982;FXX=0.0192675;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=186.031,163.53;QD=2.09547;RBI=0.0415246,0.0494984;REFB=-0.00250437,-0.00388046;REVB=0.000382424,0.000166538;RO=420;SAF=15,10;SAR=29,17;SRF=186;SRR=234;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127579,-0.078319;STB=0.609729,0.562093;STBP=0.121,0.536;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0142691,0.0255705;OID=.,.;OPOS=55251010,55251010;OREF=CG,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:509:420:437:44,27:44,28:0.086444,0.0550098:29,17:15,10:186:234:29,17:15,11:200:237 chr19 55251013 . G T 777.78 PASS AF=0.240777;AO=126;DP=516;FAO=124;FDP=515;FR=.;FRO=391;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=184;FSRR=207;FWDB=-0.0319386;FXX=0.00193795;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1276;QD=6.041;RBI=0.0330878;REFB=-0.0101005;REVB=0.00864443;RO=382;SAF=51;SAR=75;SRF=178;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787292;STB=0.558422;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0321699;OID=.;OPOS=55251013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:515:382:391:126:124:0.240777:75:51:178:204:75:49:184:207 chr19 55253465 . C G 430.2 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.014703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.083;QD=33.0926;RBI=0.0167619;REFB=-0.0231755;REVB=0.00804886;RO=14;SAF=14;SAR=24;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068818;STB=0.537293;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00622485;OID=.;OPOS=55253465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:38:38:0.730769:24:14:7:7:24:14:7:7 chr19 55253521 . C G 1896.91 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.598;QD=61.6882;RBI=0.0450493;REFB=0;REVB=0.040901;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78626e-05;OID=.;OPOS=55253521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:55:67:0:0:55:68:0:0 chr19 55253544 . A G 636.1 PASS AF=0.442953;AO=67;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00706633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9353;QD=17.0764;RBI=0.0789987;REFB=-0.0161987;REVB=-0.0786821;RO=78;SAF=39;SAR=28;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680617;STB=0.539272;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0251668;OID=.;OPOS=55253544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:78:83:67:66:0.442953:28:39:40:38:28:38:42:41 chr19 55253552 . T A 705.0 PASS AF=0.46875;AO=75;DP=160;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00568036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=355.778;QD=17.625;RBI=0.00761474;REFB=0.00418734;REVB=0.00507127;RO=85;SAF=43;SAR=32;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.542461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.003973;OID=.;OPOS=55253552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:85:75:75:0.46875:32:43:42:43:32:43:42:43 chr19 55253601 . G A 742.19 PASS AF=0.470238;AO=75;DP=162;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0354257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7298;QD=17.6711;RBI=0.0606812;REFB=-0.0457702;REVB=0.0492669;RO=87;SAF=31;SAR=44;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123624;STB=0.557893;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0534012;OID=.;OPOS=55253601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:168:87:89:75:79:0.470238:44:31:47:40:45:34:48:41 chr19 55255377 . C T 498.52 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000300791;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.126;QD=29.3247;RBI=0.0288217;REFB=-0.0390614;REVB=0.0288201;RO=23;SAF=16;SAR=29;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136085;STB=0.574028;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0149931;OID=.;OPOS=55255377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:23:23:45:45:0.661765:29:16:13:10:29:16:13:10 chr19 55255490 . A C 564.6 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=73;FWDB=0.00452145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.817;QD=12.2739;RBI=0.00526269;REFB=-0.00563359;REVB=-0.00269301;RO=117;SAF=30;SAR=37;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820389;STB=0.546525;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00783629;OID=.;OPOS=55255490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:117:117:67:67:0.36413:37:30:44:73:37:30:44:73 chr19 55255493 . C T 601.17 PASS AF=0.37234;AO=70;DP=188;FAO=70;FDP=188;FR=.;FRO=118;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=0.0157913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.975;QD=12.7908;RBI=0.017838;REFB=-0.00738325;REVB=0.00829638;RO=118;SAF=33;SAR=37;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10094;STB=0.557074;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00825067;OID=.;OPOS=55255493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:118:118:70:70:0.37234:37:33:45:73:37:33:45:73 chr19 55255534 . C T 458.2 PASS AF=0.315508;AO=59;DP=187;FAO=59;FDP=187;FR=.;FRO=128;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.0325423;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.722;QD=9.8011;RBI=0.0460307;REFB=-0.00937821;REVB=-0.0325549;RO=128;SAF=20;SAR=39;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13279;STB=0.57714;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.015176;OID=.;OPOS=55255534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:128:128:59:59:0.315508:39:20:57:71:39:20:57:71 chr19 55258778 . G A 811.45 PASS AF=0.849315;AO=60;DP=73;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00120161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.168;QD=44.463;RBI=0.014357;REFB=-0.0201703;REVB=-0.0143066;RO=10;SAF=31;SAR=29;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312562;STB=0.522961;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00331555;OID=.;OPOS=55258778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:73:73:10:11:60:62:0.849315:29:31:4:6:30:32:4:7 chr19 55258830 . CG TA 1212.53 PASS AF=0.851852;AO=92;DP=111;FAO=92;FDP=108;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0042607;FXX=0.0357111;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.647;QD=44.9085;RBI=0.0165914;REFB=0.0106841;REVB=0.016035;RO=16;SAF=35;SAR=57;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531073;STB=0.528216;STBP=0.166;TYPE=mnp;VARB=-0.00119227;OID=.;OPOS=55258830;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:111:108:16:16:92:92:0.851852:57:35:9:7:57:35:9:7 chr19 55266447 . A G 351.5 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106503;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.369;QD=54.0768;RBI=0.113707;REFB=0;REVB=-0.113207;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136633;OID=.;OPOS=55266447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:4:21:0:0:4:22:0:0 chr19 55267541 . C G 221.37 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.00252326;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.995;QD=16.3976;RBI=0.00683133;REFB=-0.0104275;REVB=-0.00634825;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280446;STB=0.655632;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0136861;OID=.;OPOS=55267541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:4:25:15:10:4:25 chr19 55267623 . A C 755.13 PASS AF=0.949153;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0464726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.664;QD=51.1955;RBI=0.0474839;REFB=-0.0182529;REVB=0.00974782;RO=3;SAF=19;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334053;STB=0.514497;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00168827;OID=.;OPOS=55267623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:59:3:3:53:56:0.949153:34:19:2:1:34:22:2:1 chr19 55275334 . A G 312.97 PASS AF=0.207031;AO=53;DP=254;FAO=53;FDP=256;FR=.;FRO=203;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=112;FSRR=91;FWDB=0.00469615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.529;QD=4.89007;RBI=0.00631449;REFB=-0.0107026;REVB=-0.00422124;RO=201;SAF=27;SAR=26;SRF=110;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486612;STB=0.533577;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.038631;OID=.;OPOS=55275334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:256:201:203:53:53:0.207031:26:27:110:91:26:27:112:91 chr19 55275336 . G A 711.03 PASS AF=0.343629;AO=89;DP=259;FAO=89;FDP=259;FR=.;FRO=170;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=92;FSRR=78;FWDB=-0.0326176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.571;QD=10.9811;RBI=0.0354226;REFB=-0.0138254;REVB=-0.0138149;RO=167;SAF=49;SAR=40;SRF=91;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652963;STB=0.506215;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0289053;OID=.;OPOS=55275336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:167:170:89:89:0.343629:40:49:91:76:40:49:92:78 chr19 55275387 . A G 477.75 PASS AF=0.25;AO=70;DP=281;FAO=71;FDP=284;FR=.;FRO=213;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=114;FSRR=99;FWDB=-0.00830399;FXX=0.0104526;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4136;QD=6.72886;RBI=0.012385;REFB=-0.00182435;REVB=-0.00918862;RO=211;SAF=42;SAR=28;SRF=114;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766644;STB=0.543018;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00564734;OID=.;OPOS=55275387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:284:211:213:70:71:0.25:28:42:114:97:29:42:114:99 chr19 55281352 . C G 92.57 PASS AF=0.6;AO=10;DP=18;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.036068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.762;QD=18.5149;RBI=0.0401824;REFB=-0.0800394;REVB=0.0177123;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283851;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0740229;OID=.;OPOS=55281352;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:20:8:8:10:12:0.6:2:8:4:4:4:8:4:4 chr19 55281368 . T C 153.35 PASS AF=0.73913;AO=15;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0221883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.001;QD=26.6691;RBI=0.0227905;REFB=-0.0884749;REVB=0.00520448;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527419;STB=0.507683;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0372542;OID=.;OPOS=55281368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:23:23:6:6:15:17:0.73913:6:9:3:3:8:9:3:3 chr19 55282351 . C A 4139.23 PASS AF=1;AO=223;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=123;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.220257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2747;QD=62.7156;RBI=0.222761;REFB=0;REVB=0.0333031;RO=0;SAF=82;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066197;OID=.;OPOS=55282351;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:264:0:0:223:264:1:141:82:0:0:141:123:0:0 chr19 55284858 . G A 1190.2 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.908;QD=61.0361;RBI=0.0310203;REFB=0;REVB=-0.0308863;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012265;OID=.;OPOS=55284858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr19 55284908 . T C 67.75 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0175844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.051;QD=2.31627;RBI=0.0324678;REFB=-0.000728029;REVB=-0.0272937;RO=101;SAF=9;SAR=6;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942668;STB=0.570839;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0109547;OID=.;OPOS=55284908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:101:102:15:15:0.128205:6:9:53:48:6:9:53:49 chr19 55284939 . A G 64.47 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.016161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.323;QD=2.07979;RBI=0.0164143;REFB=-4.94335e-05;REVB=-0.00287208;RO=109;SAF=9;SAR=6;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128877;STB=0.59211;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000338853;OID=.;OPOS=55284939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:124:124:109:109:15:15:0.120968:6:9:54:55:6:9:54:55 chr19 55284943 . CA AT 64.48 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.0221364;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=53.9575;QD=2.08009;RBI=0.0322116;REFB=-0.00216264;REVB=-0.0234002;RO=104;SAF=10;SAR=5;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241059;STB=0.673566;STBP=0.188;TYPE=mnp;VARB=0.0150825;OID=.;OPOS=55284943;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:124:124:104:109:15:15:0.120968:5:10:49:55:5:10:51:58 chr19 55284976 . A G 90.6 PASS AF=0.142857;AO=18;DP=132;FAO=19;FDP=133;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.0235712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.229;QD=2.7247;RBI=0.0248443;REFB=-0.00387919;REVB=0.00785099;RO=114;SAF=11;SAR=7;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224355;STB=0.625748;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0257726;OID=.;OPOS=55284976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:132:133:114:114:18:19:0.142857:7:11:49:65:8:11:49:65 chr19 55284986 . C A 665.05 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00940167;FXX=0.097737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.576;QD=22.1684;RBI=0.0135996;REFB=-0.0117663;REVB=-0.00982642;RO=56;SAF=27;SAR=37;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067251;STB=0.536928;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0214236;OID=.;OPOS=55284986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:120:56:56:64:64:0.533333:37:27:28:28:37:27:28:28 chr19 55285027 . A C 51.14 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.00633656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.706;QD=1.87678;RBI=0.0092525;REFB=-0.00333416;REVB=0.00674216;RO=97;SAF=6;SAR=6;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185933;STB=0.513739;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0126809;OID=.;OPOS=55285027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:97:97:12:12:0.110092:6:6:47:50:6:6:47:50 chr19 55285045 . G T 573.55 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0507488;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7623;QD=26.0705;RBI=0.0528045;REFB=-0.0571997;REVB=0.0145904;RO=35;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130618;STB=0.576893;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.04306;OID=.;OPOS=55285045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:35:36:52:52:0.590909:30:22:21:14:30:22:22:14 chr19 55285047 . G T 48.99 PASS AF=0.125;AO=10;DP=87;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0339843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.793;QD=2.22693;RBI=0.0340296;REFB=0.000631945;REVB=0.00175535;RO=76;SAF=5;SAR=5;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534099;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00320469;OID=.;OPOS=55285047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:87:88:76:77:10:11:0.125:5:5:38:38:5:6:39:38 chr19 55285082 . T C 56.04 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0344146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.333;QD=3.61578;RBI=0.0422649;REFB=-0.0035737;REVB=0.0245349;RO=52;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146831;STB=0.5998;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0232898;OID=.;OPOS=55285082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:4:6:25:27:4:6:25:27 chr19 55286650 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.653;QD=60.9785;RBI=0.0197227;REFB=0;REVB=0.0143219;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24919e-06;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr19 55286769 . C A 1617.34 PASS AF=0.836879;AO=86;DP=142;FAO=118;FDP=141;FR=.;FRO=23;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0228439;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.305;QD=45.8821;RBI=0.04167;REFB=-0.0337671;REVB=0.0348503;RO=19;SAF=51;SAR=35;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494978;STB=0.521968;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00585698;OID=.;OPOS=55286769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:19:23:86:118:0.836879:35:51:11:8:67:51:13:10 chr19 55286781 . G A 195.14 PASS AF=0.197674;AO=34;DP=171;FAO=34;FDP=172;FR=.;FRO=138;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=76;FWDB=-0.0117689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.552;QD=4.53816;RBI=0.0127524;REFB=-0.00750102;REVB=-0.00491087;RO=137;SAF=15;SAR=19;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528596;STB=0.506575;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0202312;OID=.;OPOS=55286781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:137:138:34:34:0.197674:19:15:61:76:19:15:62:76 chr19 55286795 . TG CA,CG 2765.29 PASS AF=0.765027,0.234973;AO=139,43;DP=182;FAO=140,43;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=65,21;FSAR=75,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381286,-0.0160563;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=252.898,147.246;QD=60.4436;RBI=0.0123581,0.0223581;REFB=0,0;REVB=0.0117552,0.0155589;RO=0;SAF=64,21;SAR=75,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.38759e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00163218,0.00111323;OID=.,.;OPOS=55286795,55286795;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:182:183:0:0:139,43:140,43:0.765027,0.234973:75,22:64,21:0:0:75,22:65,21:0:0 chr19 55286809 . G A 222.18 PASS AF=0.193878;AO=38;DP=196;FAO=38;FDP=196;FR=.;FRO=158;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.0184437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.682;QD=4.53426;RBI=0.0185821;REFB=-0.0015331;REVB=-0.00226312;RO=158;SAF=18;SAR=20;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150264;STB=0.509429;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0166708;OID=.;OPOS=55286809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:158:158:38:38:0.193878:20:18:73:85:20:18:73:85 chr19 55286822 . C T 2026.35 PASS AF=0.769608;AO=157;DP=232;FAO=157;FDP=204;FR=.;FRO=47;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00380584;FXX=0.120684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.827;QD=39.7324;RBI=0.0112856;REFB=-0.00880518;REVB=0.0106246;RO=47;SAF=74;SAR=83;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782537;STB=0.504164;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00273398;OID=.;OPOS=55286822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:204:47:47:157:157:0.769608:83:74:23:24:83:74:23:24 chr19 55286828 . G A 103.7 PASS AF=0.112971;AO=27;DP=239;FAO=27;FDP=239;FR=.;FRO=212;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=98;FSRR=114;FWDB=-0.0502484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1333;QD=1.73562;RBI=0.0765704;REFB=-0.00489832;REVB=0.0577766;RO=211;SAF=15;SAR=12;SRF=97;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118331;STB=0.582195;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0396519;OID=.;OPOS=55286828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:211:212:27:27:0.112971:12:15:97:114:12:15:98:114 chr19 55286854 . A G 2806.06 PASS AF=0.830709;AO=211;DP=255;FAO=211;FDP=254;FR=.;FRO=43;FSAF=105;FSAR=106;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0014833;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.253;QD=44.1899;RBI=0.0119239;REFB=-0.0180391;REVB=0.0118313;RO=43;SAF=105;SAR=106;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178397;STB=0.509441;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00439231;OID=.;OPOS=55286854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:43:43:211:211:0.830709:106:105:19:24:106:105:19:24 chr19 55286864 . A C 222.35 PASS AF=0.170543;AO=40;DP=254;FAO=44;FDP=258;FR=.;FRO=214;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=103;FSRR=111;FWDB=-0.000916604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.917;QD=3.44724;RBI=0.00737299;REFB=-0.0059319;REVB=-0.0073158;RO=212;SAF=17;SAR=23;SRF=102;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727842;STB=0.541337;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0262644;OID=.;OPOS=55286864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:258:212:214:40:44:0.170543:23:17:102:110:25:19:103:111 chr19 55290108 . A G 361.03 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111373;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.9637;QD=49.7975;RBI=0.0149122;REFB=0.0567841;REVB=0.00991638;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010414;STB=0.506591;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0010869;OID=.;OPOS=55290108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:2:2:26:27:0.931034:11:15:1:1:11:16:1:1 chr19 55294454 . C T 161.22 PASS AF=0.235849;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0383245;FXX=0.0535666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.46;QD=6.08391;RBI=0.0405047;REFB=-0.012994;REVB=-0.0131097;RO=87;SAF=7;SAR=18;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254296;STB=0.627799;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0404876;OID=.;OPOS=55294454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:106:87:81:25:25:0.235849:18:7:41:46:18:7:35:46 chr19 55294927 . A G,T 2192.3 PASS AF=0.951049,0.041958;AO=136,5;DP=142;FAO=136,6;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=64,6;FSAR=72,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00851669,0.00731824;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.498,142.997;QD=61.3231;RBI=0.0354449,0.0352723;REFB=-0.0323196,-0.0349067;REVB=0.0344065,0.0345048;RO=1;SAF=64,5;SAR=72,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00737013,0;STB=0.503875,0.5;STBP=0.324,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00169852,0.0907615;OID=.,.;OPOS=55294927,55294927;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:142:143:1:1:136,5:136,6:0.951049,0.041958:72,0:64,5:1:0:72,0:64,6:1:0 chr19 55294931 . T C 1110.08 PASS AF=0.661972;AO=93;DP=141;FAO=94;FDP=142;FR=.;FRO=48;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0117785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3858;QD=31.2699;RBI=0.0296777;REFB=-0.00851428;REVB=0.0272403;RO=47;SAF=54;SAR=39;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162648;STB=0.581322;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00463406;OID=.;OPOS=55294931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:47:48:93:94:0.661972:39:54:15:32:40:54:16:32 chr19 55294969 . A G 1047.39 PASS AF=0.619355;AO=96;DP=155;FAO=96;FDP=155;FR=.;FRO=59;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00735163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8223;QD=27.0294;RBI=0.0220061;REFB=-0.00294406;REVB=-0.0207418;RO=59;SAF=54;SAR=42;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133133;STB=0.571988;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00162172;OID=.;OPOS=55294969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:59:59:96:96:0.619355:42:54:22:37:42:54:22:37 chr19 55295215 . A G 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0167731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.056;QD=10.4728;RBI=0.0335953;REFB=-0.0026751;REVB=0.0291086;RO=36;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311918;STB=0.692858;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00793764;OID=.;OPOS=55295215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:14:5:19:17:14:5:20:17 chr19 55297784 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00414786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7882;QD=8.40074;RBI=0.0239509;REFB=2.28821e-05;REVB=0.023589;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897431;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00119147;OID=.;OPOS=55297784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:10:11:4:5:10:11 chr19 55297955 . T C 653.46 PASS AF=0.828125;AO=51;DP=63;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0290242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.813;QD=40.8412;RBI=0.047006;REFB=-0.0357046;REVB=0.0369751;RO=11;SAF=17;SAR=34;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767851;STB=0.542934;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00665585;OID=.;OPOS=55297955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:64:11:11:51:53:0.828125:34:17:6:5:36:17:6:5 chr19 55315326 . A C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.627;QD=58.06;RBI=0.039152;REFB=0;REVB=0.0380272;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77258e-05;OID=.;OPOS=55315326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr19 55316329 . A G,T 1169.99 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=74,4;DP=78;FAO=76,2;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259375,-0.00581258;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.086,102.101;QD=59.9994;RBI=0.0274247,0.016083;REFB=0,0;REVB=0.00890859,-0.0149959;RO=0;SAF=45,0;SAR=29,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97903e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00119926,0.0317397;OID=.,.;OPOS=55316329,55316329;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:78:78:0:0:74,4:76,2:0.974359,0.025641:29,4:45,0:0:0:31,2:45,0:0:0 chr19 55320279 . G A 1674.61 PASS AF=0.99115;AO=109;DP=111;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0020514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7251;QD=59.2782;RBI=0.0397303;REFB=-0.0538008;REVB=0.0396773;RO=1;SAF=48;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978674;STB=0.50505;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000449476;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:113:1:1:109:112:0.99115:61:48:1:0:63:49:1:0 chr19 55324635 . T C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.48;QD=62.9764;RBI=0.0280354;REFB=0;REVB=0.00863194;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113703;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr19 55325123 . T C 619.18 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0214487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7465;QD=51.5985;RBI=0.0319076;REFB=-0.194974;REVB=0.0236231;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044666;STB=0.55553;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0188292;OID=.;OPOS=55325123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:48:48:2:5:43:43:0.895833:20:23:0:2:20:23:0:5 chr19 55327960 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.198;QD=45.1035;RBI=0.044013;REFB=0.0832294;REVB=0.0357648;RO=1;SAF=14;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00189099;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:4:14:1:0:4:14:1:0 chr19 55328959 . G T 1116.81 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.753;QD=60.368;RBI=0.0283525;REFB=0;REVB=0.0273435;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14721e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr19 55329783 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.813;QD=62.6709;RBI=0.0962596;REFB=0;REVB=-0.0961452;RO=0;SAF=36;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244653;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:8:36:0:0:8:36:0:0 chr19 55329822 . A C 682.16 PASS AF=0.961538;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0224694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2946;QD=52.4739;RBI=0.0243086;REFB=0.0123821;REVB=0.00927548;RO=2;SAF=29;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313445;STB=0.515619;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00150095;OID=.;OPOS=55329822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:48:50:0.961538:19:29:2:0:19:31:2:0 chr19 55329901 . A G 690.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.444;QD=62.7296;RBI=0.0671467;REFB=0;REVB=0.0232937;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416836;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr19 55329934 . A G 503.67 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.225;QD=59.2558;RBI=0.0379515;REFB=0;REVB=0.0059899;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178353;OID=.;OPOS=55329934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:16:14:0:0:16:18:0:0 chr19 55331287 . G T 744.96 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0209468;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.542;QD=53.2114;RBI=0.040176;REFB=-0.0410645;REVB=0.0342832;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303841;STB=0.516123;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000288851;OID=.;OPOS=55331287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:24:30:2:0:24:30:2:0 chr19 55331361 . TC T,TT 854.21 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=12,47;DP=61;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430856,0.0158986;FXX=0.0163908;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.6836,47.5377;QD=56.9476;RBI=0.0432073,0.213135;REFB=0,0;REVB=-0.0032403,0.212541;RO=0;SAF=0,30;SAR=12,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.129615,0.00127467;OID=.,.;OPOS=55331362,55331362;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:12,47:61:1,59:60:0:1,30:0,29:0:0:3:0:0,30:12,17:0:0 chr19 55331372 . T G 923.56 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00948607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6186;QD=56.8345;RBI=0.0304473;REFB=-0.0180587;REVB=-0.0289318;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000151118;OID=.;OPOS=55331372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:1:0:30:34:1:0 chr19 55333023 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.916;QD=45.8068;RBI=0.0233556;REFB=0;REVB=0.0200378;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136371;OID=.;OPOS=55333023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 55336525 . C T 141.28 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0618849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.48;QD=23.5464;RBI=0.0863484;REFB=-0.0130198;REVB=0.0602189;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011206;STB=0.517218;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0141838;OID=.;OPOS=55336525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:9:9:14:15:0.625:6:8:5:4:6:9:5:4 chr19 55344191 . C T 423.99 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0346923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.228;QD=39.441;RBI=0.0347017;REFB=-0.0310711;REVB=0.000810948;RO=10;SAF=23;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536669;STB=0.528993;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00695401;OID=.;OPOS=55344191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:10:10:33:33:0.767442:10:23:8:2:10:23:8:2 chr19 55344208 . A T 221.81 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00575757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.271;QD=18.4839;RBI=0.0568835;REFB=-0.0137603;REVB=-0.0565913;RO=26;SAF=19;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308003;STB=0.67838;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0105115;OID=.;OPOS=55344208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:3:19:17:9:3:19:17:9 chr19 55344215 . G C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00398674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.829;QD=19.7623;RBI=0.0438556;REFB=-0.0180881;REVB=-0.043674;RO=25;SAF=20;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32868;STB=0.689459;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0184815;OID=.;OPOS=55344215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:3:20:16:9:3:20:16:9 chr19 55344239 . T G 732.14 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172843;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2928;QD=63.6639;RBI=0.0208119;REFB=0;REVB=-0.0115926;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133893;OID=.;OPOS=55344239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr19 55344246 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0236571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.961;QD=20.2743;RBI=0.0548184;REFB=-0.0256608;REVB=0.049451;RO=24;SAF=20;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29676;STB=0.670556;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0124963;OID=.;OPOS=55344246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:3:20:16:8:3:20:16:8 chr19 55344267 . G A 48.49 PASS AF=0.177778;AO=7;DP=44;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.083329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5213;QD=4.30998;RBI=0.104509;REFB=-0.0238729;REVB=0.0630741;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227435;STB=0.693114;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.131661;OID=.;OPOS=55344267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:44:45:37:37:7:8:0.177778:1:6:27:10:1:7:27:10 chr19 55344285 . C T 35.67 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00577099;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5552;QD=3.75464;RBI=0.0384953;REFB=-0.0069426;REVB=-0.0380603;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982495;STB=0.571171;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.104503;OID=.;OPOS=55344285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:41:38:32:32:6:6:0.157895:1:5:25:7:1:5:25:7 chr19 55346520 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.571;QD=28.537;RBI=0.0779745;REFB=-0.0670727;REVB=0.0757178;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0051869;OID=.;OPOS=55346520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr19 55346543 . T G 69.52 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0110961;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8104;QD=13.9044;RBI=0.0459163;REFB=-0.00670034;REVB=0.0445554;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303064;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00155937;OID=.;OPOS=55346543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:12:11:9:9:0.45:2:7:6:6:2:7:6:5 chr19 55346565 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.736;QD=55.0979;RBI=0.00268333;REFB=0;REVB=0.00180201;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06374e-07;OID=.;OPOS=55346565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 55346592 . G A 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9669;QD=55.0815;RBI=0.0492847;REFB=0;REVB=-0.0472346;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139261;OID=.;OPOS=55346592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 55358645 . C T 349.42 PASS AF=0.206294;AO=59;DP=286;FAO=59;FDP=286;FR=.;FRO=227;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=132;FSRR=95;FWDB=-0.0262039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.973;QD=4.88692;RBI=0.0292082;REFB=-0.00310274;REVB=-0.0129025;RO=227;SAF=27;SAR=32;SRF=132;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158472;STB=0.597361;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0154392;OID=.;OPOS=55358645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:227:227:59:59:0.206294:32:27:132:95:32:27:132:95 chr19 55358655 . A G 1331.45 PASS AF=0.456667;AO=137;DP=300;FAO=137;FDP=300;FR=.;FRO=163;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=104;FSRR=59;FWDB=-0.0167997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.205;QD=17.7527;RBI=0.0169806;REFB=-0.0162765;REVB=0.00247204;RO=162;SAF=61;SAR=76;SRF=103;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185211;STB=0.603595;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0302938;OID=.;OPOS=55358655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:162:163:137:137:0.456667:76:61:103:59:76:61:104:59 chr19 55358658 . TG CA,CG 1419.01 PASS AF=0.207921,0.29703;AO=61,90;DP=301;FAO=63,90;FDP=303;FR=.;FRO=150;FSAF=30,58;FSAR=33,32;FSRF=80;FSRR=70;FWDB=-0.0535159,0.0077282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.643,130.377;QD=18.7328;RBI=0.0536122,0.0099785;REFB=-0.00303374,-0.0163337;REVB=0.00321166,0.00631231;RO=149;SAF=29,58;SAR=32,32;SRF=79;SRR=70;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0663875,0.131319;STB=0.540166,0.572574;STBP=0.449,0.097;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0182012,0.0198672;OID=.,.;OPOS=55358658,55358658;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:301:303:149:150:61,90:63,90:0.207921,0.29703:32,32:29,58:79:70:33,32:30,58:80:70 chr19 55358686 . A C 665.95 PASS AF=0.295302;AO=87;DP=298;FAO=88;FDP=298;FR=.;FRO=210;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=105;FSRR=105;FWDB=-0.0301693;FXX=0.00334437;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.927;QD=8.93894;RBI=0.030296;REFB=-0.0051515;REVB=-0.0027684;RO=208;SAF=54;SAR=33;SRF=105;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142874;STB=0.581301;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0217235;OID=.;OPOS=55358686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:208:210:87:88:0.295302:33:54:105:103:34:54:105:105 chr19 55358734 . G A 1848.92 PASS AF=0.693333;AO=153;DP=222;FAO=156;FDP=225;FR=.;FRO=69;FSAF=65;FSAR=91;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0229816;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8459;QD=32.8697;RBI=0.0239042;REFB=-0.0255106;REVB=0.0065768;RO=69;SAF=63;SAR=90;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309524;STB=0.514782;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0037364;OID=.;OPOS=55358734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:69:69:153:156:0.693333:90:63:32:37:91:65:32:37 chr19 55359227 . A G 133.02 PASS AF=0.107042;AO=36;DP=354;FAO=38;FDP=355;FR=.;FRO=317;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=165;FSRR=152;FWDB=-0.0282597;FXX=0.00280891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.457;QD=1.49882;RBI=0.0283732;REFB=-0.00511283;REVB=-0.00253511;RO=317;SAF=16;SAR=20;SRF=166;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966819;STB=0.588484;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0406891;OID=.;OPOS=55359227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:355:317:317:36:38:0.107042:20:16:166:151:22:16:165:152 chr19 55359234 . A G 173.22 PASS AF=0.121212;AO=44;DP=366;FAO=44;FDP=363;FR=.;FRO=319;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=166;FSRR=153;FWDB=-0.0114698;FXX=0.0081965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.735;QD=1.90874;RBI=0.0254274;REFB=-0.00549468;REVB=-0.0226935;RO=301;SAF=18;SAR=26;SRF=160;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1548;STB=0.597508;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0349448;OID=.;OPOS=55359234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:363:301:319:44:44:0.121212:26:18:160:141:26:18:166:153 chr19 55359243 . AAC A 282.95 PASS AF=0.233146;AO=78;DP=352;FAO=83;FDP=356;FR=.;FRO=273;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=128;FSRR=145;FWDB=0.00422867;FXX=0.00280104;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.603;QD=3.17919;RBI=0.0114204;REFB=-0.00592341;REVB=-0.0106087;RO=272;SAF=45;SAR=33;SRF=127;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140491;STB=0.565278;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.0204026;OID=.;OPOS=55359244;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233146:78:352:83:356:273:46:37:128:145:99:272:45:33:127:145 chr19 55359255 . C G 216.69 PASS AF=0.13881;AO=49;DP=355;FAO=49;FDP=353;FR=.;FRO=304;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=155;FSRR=149;FWDB=-0.0156109;FXX=0.00563364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.398;QD=2.45538;RBI=0.0677845;REFB=-0.00757902;REVB=-0.0659624;RO=302;SAF=17;SAR=32;SRF=155;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214183;STB=0.641359;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0545514;OID=.;OPOS=55359255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:353:302:304:49:49:0.13881:32:17:155:147:32:17:155:149 chr19 55359272 . C G 4870.96 PASS AF=0.963855;AO=320;DP=332;FAO=320;FDP=332;FR=.;FRO=12;FSAF=142;FSAR=178;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0507546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6993;QD=58.6863;RBI=0.0519885;REFB=-0.0949162;REVB=0.0112595;RO=9;SAF=142;SAR=178;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234399;STB=0.514215;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00953198;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:332:332:9:12:320:320:0.963855:178:142:8:1:178:142:10:2 chr19 55359371 . A G 456.0 PASS AF=0.307292;AO=60;DP=193;FAO=59;FDP=192;FR=.;FRO=133;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=0.00493344;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0055;QD=9.49995;RBI=0.0316895;REFB=0.00161168;REVB=0.0313031;RO=131;SAF=19;SAR=41;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204202;STB=0.615801;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00352244;OID=.;OPOS=55359371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:131:133:60:59:0.307292:41:19:63:68:40:19:64:69 chr19 55359404 . T A 258.97 PASS AF=0.283465;AO=36;DP=127;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.00448955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.811;QD=8.15662;RBI=0.0201704;REFB=-0.00272775;REVB=-0.0196644;RO=88;SAF=14;SAR=22;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111537;STB=0.503224;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00921142;OID=.;OPOS=55359404;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:88:91:36:36:0.283465:22:14:35:53:22:14:35:56 chr19 55359426 . A G 184.65 PASS AF=0.25;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=112;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.00522137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.7;QD=6.5946;RBI=0.0145104;REFB=-0.00502479;REVB=-0.0135385;RO=84;SAF=10;SAR=18;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929157;STB=0.55641;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0150101;OID=.;OPOS=55359426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:84:84:28:28:0.25:18:10:36:48:18:10:36:48 chr19 55361942 . G T 653.02 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.03221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.377;QD=51.2176;RBI=0.0467206;REFB=-0.165574;REVB=0.0338427;RO=3;SAF=35;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538248;STB=0.5102;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0073218;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:51:51:3:2:48:49:0.960784:13:35:1:2:14:35:1:1 chr19 55362719 . G T 1922.93 PASS AF=1;AO=121;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.307;QD=60.5648;RBI=0.0337028;REFB=0;REVB=0.0215513;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548209;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:121:127:1:57:64:0:0:59:68:0:0 chr19 55363704 . G A 36.67 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.011102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.86;QD=8.62789;RBI=0.0541672;REFB=-0.0248488;REVB=0.0530173;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347085;STB=0.704974;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.052925;OID=.;OPOS=55363704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:17:10:11:5:5:0.294118:1:4:5:5:1:4:6:5 chr19 55365302 . C T 322.86 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0138783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0746;QD=19.2751;RBI=0.0139548;REFB=-0.0108413;REVB=-0.00145903;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661965;STB=0.53682;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00524227;OID=.;OPOS=55365302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:15:18:16:18:15:18 chr19 55365320 . G T 290.41 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00067102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.081;QD=14.1663;RBI=0.016131;REFB=0.00641955;REVB=0.016117;RO=49;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112136;STB=0.563759;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0101744;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:19:14:26:23:19:14:26:23 chr19 55367311 . G A 299.04 PASS AF=0.44;AO=34;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00967944;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.04;QD=15.9487;RBI=0.0109239;REFB=-0.00996836;REVB=0.00506365;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743055;STB=0.530594;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0166261;OID=.;OPOS=55367311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:34:33:0.44:22:12:12:30:22:11:12:30 chr19 55396900 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.251;QD=59.0187;RBI=0.0195477;REFB=0;REVB=0.0187433;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48619e-05;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr19 55418054 . A C 289.09 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00454304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1177;QD=16.0604;RBI=0.0202844;REFB=-0.0166695;REVB=-0.0197691;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129929;STB=0.566625;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0209455;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:32:32:0.444444:19:13:21:18:19:13:21:19 chr19 55420801 . C A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.318;QD=63.5805;RBI=0.0592486;REFB=0;REVB=0.0212121;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172968;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr19 55423530 . C T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0163667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.347;QD=18.9136;RBI=0.0293031;REFB=-0.010164;REVB=0.0243064;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778884;STB=0.543448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00914553;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:15:14:16:12:15:14:16:12 chr19 55441902 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0131056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.545;QD=12.3288;RBI=0.0293993;REFB=-0.0133467;REVB=0.0263165;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.5805;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0235825;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:6:5:9:7:6:5:10:7 chr19 55441995 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0239006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.86;QD=14.1387;RBI=0.0239787;REFB=-0.0326755;REVB=-0.00193427;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504553;STB=0.52937;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0341928;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:11:9:7:7:11:9 chr19 55451050 . C T 30.08 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.183502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2694;QD=10.0269;RBI=0.185599;REFB=-0.0106842;REVB=0.0278248;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0365842;OID=.;OPOS=55451050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr19 55451232 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00614682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.105;QD=24.293;RBI=0.0346249;REFB=-0.048152;REVB=0.0340749;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355744;STB=0.507035;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0243516;OID=.;OPOS=55451232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:7:12:7:5:7:12:8:5 chr19 55451797 . C T 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0197534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.633;QD=18.8187;RBI=0.0221265;REFB=-0.0321147;REVB=-0.00996923;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217336;STB=0.624787;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0255914;OID=.;OPOS=55451797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:6:4:8:4:6:4 chr19 55458816 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0343797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3761;QD=15.7004;RBI=0.0652802;REFB=-0.00163225;REVB=-0.0554936;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.000988184;OID=.;OPOS=55458816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr19 55458890 . TAAAAA TAAAA,TGAAAG 39.26 PASS AF=0.3,0.0666667;AO=11,2;DP=31;FAO=9,2;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5,0;FSAR=4,2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.110536,0.00793182;FXX=0.0322477;HRUN=5,5;LEN=1,5;MLLD=10.7744,136.509;QD=5.23528;RBI=0.180006,0.0485902;REFB=-0.132545,-0.0254175;REVB=-0.142069,-0.0479385;RO=14;SAF=5,0;SAR=6,2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.311828,0;SSSB=-0.312947,-0.685297;STB=0.62784,0.996677;STBP=0.4,0.051;TYPE=del,mnp;VARB=0.177981,-0.0369222;OID=.,.;OPOS=55458891,55458891;OREF=A,AAAAA;OALT=-,GAAAG;OMAPALT=TAAAA,TGAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.0666667:11,2:31:9,2:30:19:5,0:4,2:14:5:29:14:5,0:6,2:11:3 chr19 55485899 . G A 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0113864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.038;QD=21.0137;RBI=0.0196673;REFB=-0.00927208;REVB=0.016036;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633569;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00565059;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:8:8:7:5:8:8:8:5 chr19 55493651 . C T 237.52 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0269777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.755;QD=21.1126;RBI=0.0280554;REFB=-0.000738268;REVB=-0.00770111;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2866;STB=0.641899;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00109667;OID=.;OPOS=55493651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:7:15:8:14:8:15:8:14 chr19 55493672 . C T 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0163333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.538;QD=16.475;RBI=0.0256986;REFB=-0.00843941;REVB=-0.0198403;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266345;STB=0.652324;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0226104;OID=.;OPOS=55493672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:16:9:12:7:16:9 chr19 55494157 . G A 109.53 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0660408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9412;QD=11.5291;RBI=0.128683;REFB=0.0179226;REVB=0.110444;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373424;STB=0.730292;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0209757;OID=.;OPOS=55494157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:38:38:24:24:9:9:0.236842:3:6:8:16:3:6:8:16 chr19 55494632 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.010651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1245;QD=19.7625;RBI=0.0330954;REFB=0.000408255;REVB=-0.0313347;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211788;STB=0.620046;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00157357;OID=.;OPOS=55494632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:7:16:12:13:7:16:12:13 chr19 55494740 . T C 182.61 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0443379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.633;QD=13.2805;RBI=0.0464733;REFB=-0.022113;REVB=0.0139256;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177837;STB=0.518378;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0146649;OID=.;OPOS=55494740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:12:10:14:18:12:10:14:19 chr19 55497572 . G A 220.09 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00544853;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.568;QD=13.9738;RBI=0.0212674;REFB=-0.0303799;REVB=0.0205576;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50793;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0426987;OID=.;OPOS=55497572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:37:26:26:0.412698:13:13:19:19:13:13:19:18 chr19 55512137 . C A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.769;QD=59.4264;RBI=0.0334684;REFB=0;REVB=0.0298504;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29089e-05;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr19 55525894 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2299;QD=55.0982;RBI=0.0606247;REFB=0;REVB=0.0606151;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905659;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr19 55526345 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.556;QD=46.848;RBI=0.0321141;REFB=0;REVB=-0.00221989;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21807e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr19 55526359 . A T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.874;QD=46.8442;RBI=0.0897593;REFB=0;REVB=0.0705461;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160634;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 55527081 . C T 872.01 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065642;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.265;QD=58.134;RBI=0.0164303;REFB=0;REVB=0.0150621;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94169e-05;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr19 55530035 . C T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1383;QD=57.1752;RBI=0.0436411;REFB=0;REVB=0.00380597;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485805;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr19 55536595 . G A 566.01 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0160709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.303;QD=53.9059;RBI=0.0225579;REFB=-0.173779;REVB=0.0158299;RO=2;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353302;STB=0.514698;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00180768;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:2:3:39:39:0.928571:21:18:1:1:21:18:2:1 chr19 55538980 . T C 842.77 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203209;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.836;QD=58.1219;RBI=0.0367189;REFB=0;REVB=0.0305833;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28744e-05;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr19 55539061 . A G 1115.29 PASS AF=0.987013;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0771822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0078;QD=57.937;RBI=0.0860565;REFB=0.0140404;REVB=0.0380609;RO=1;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192957;STB=0.509801;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-8.74412e-05;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:77:1:1:72:76:0.987013:24:48:0:1:25:51:0:1 chr19 55539072 . T G 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.166;QD=60.713;RBI=0.0274804;REFB=0;REVB=-0.000929529;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33236e-05;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:25:51:0:0:25:51:0:0 chr19 55559715 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0275108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.938;QD=14.1699;RBI=0.0283922;REFB=-0.00716307;REVB=0.00701945;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00959206;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:8:4:5:5:8:4 chr19 55568084 . CG TT 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00361474;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.443;QD=7.01224;RBI=0.00433198;REFB=-0.006045;REVB=0.0023874;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190693;STB=0.603294;STBP=0.45;TYPE=mnp;VARB=0.0169334;OID=.;OPOS=55568084;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:37:40:13:13:0.245283:7:6:23:14:7:6:24:16 chr19 55570574 . A G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.216;QD=60.8825;RBI=0.0382068;REFB=0;REVB=0.0307874;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64966e-05;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr19 55614923 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1944;QD=39.2046;RBI=0.0724304;REFB=0;REVB=-0.0616949;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00704071;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 55644325 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0873292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1512;QD=50.4127;RBI=0.08975;REFB=0;REVB=0.0207043;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000881234;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 55658397 . C T 64.33 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0216273;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.586;QD=7.56784;RBI=0.0216692;REFB=-0.0102257;REVB=0.00134751;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264784;STB=0.666296;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.020113;OID=.;OPOS=55658397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:11:14:3:6:11:14 chr19 55660537 . T C 323.27 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4049;QD=53.8785;RBI=0.0262488;REFB=0;REVB=-0.0207621;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000894014;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 55668509 . A T 1011.07 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253392;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.518;QD=58.6126;RBI=0.0262736;REFB=0;REVB=0.00694432;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8245e-05;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:63:69:1:34:29:0:0:36:33:0:0 chr19 55670989 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0173078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.672;QD=16.3866;RBI=0.0409688;REFB=-0.0269229;REVB=0.0371333;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0241429;OID=.;OPOS=55670989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr19 55671337 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8258;QD=49.5982;RBI=0.0634648;REFB=0;REVB=0.0440644;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304737;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 55672055 . A G 249.81 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0143158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.654;QD=18.8534;RBI=0.0196538;REFB=-0.0275205;REVB=-0.0134658;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966341;STB=0.567516;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0331421;OID=.;OPOS=55672055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:26:25:27:0.509434:16:9:12:14:18:9:12:14 chr19 55673145 . C T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0474561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.187;QD=13.5806;RBI=0.0558598;REFB=-0.0258913;REVB=0.0294659;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457745;STB=0.526729;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0326868;OID=.;OPOS=55673145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:17:11:6:11:17:11 chr19 55673164 . T C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0377065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7957;QD=16.94;RBI=0.100182;REFB=-0.0337291;REVB=-0.0928153;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17182;STB=0.598399;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0205349;OID=.;OPOS=55673164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:11:13:7:12:11:13 chr19 55673654 . T C 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0394657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5926;QD=14.3996;RBI=0.0404099;REFB=0.0209061;REVB=-0.00868401;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042925;STB=0.524456;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.030024;OID=.;OPOS=55673654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:19:15:10:15:19:15 chr19 55686705 . G T 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0106447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.2529;QD=16.0715;RBI=0.0127756;REFB=-0.00157986;REVB=0.00706444;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337205;STB=0.702737;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00421958;OID=.;OPOS=55686705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:35:29:29:0.453125:9:20:11:22:9:20:11:24 chr19 55690424 . G A 466.22 PASS AF=0.47619;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00653217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.568;QD=17.7608;RBI=0.010496;REFB=-0.00669296;REVB=0.00821565;RO=55;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162126;STB=0.593819;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0119423;OID=.;OPOS=55690424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:55:55:49:50:0.47619:28:21:33:22:29:21:33:22 chr19 55693123 . T C 194.32 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.018026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7109;QD=12.3377;RBI=0.0227202;REFB=7.07001e-05;REVB=-0.01383;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06037;STB=0.534854;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000525859;OID=.;OPOS=55693123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:8:16:24:15:8:16:24:15 chr19 55693244 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.812;QD=56.9568;RBI=0.0337346;REFB=0;REVB=-0.0326235;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63372e-05;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr19 55699454 . T C 940.87 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4402;QD=57.0223;RBI=0.034635;REFB=0.003968;REVB=-0.0324837;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000161992;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:26:39:0:0:26:39:1:0 chr19 55702910 . C A 273.1 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0325856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3074;QD=15.8316;RBI=0.0408563;REFB=-0.00627169;REVB=0.0246458;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106351;STB=0.568582;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.01059;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:11:20:20:17:11:20:20:18 chr19 55703237 . C CG 108.07 PASS AF=0.425;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0198883;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.692;QD=10.8072;RBI=0.034125;REFB=0.0188715;REVB=0.0277304;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110759;STB=0.545941;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=-0.0237054;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:16:41:17:40:23:9:8:14:9:99:23:8:8:14:9 chr19 55708557 . A G 1090.65 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106851;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.795;QD=58.9542;RBI=0.0131405;REFB=0.00215275;REVB=-0.00764872;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-3.21656e-05;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:74:1:1:73:73:0.986486:32:41:1:0:32:41:1:0 chr19 55710021 . A G 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00574099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.973;QD=22.1888;RBI=0.0420158;REFB=-0.0248671;REVB=-0.0416217;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721459;STB=0.540407;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.013713;OID=.;OPOS=55710021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:11:11:10:14:11:11 chr19 55713535 . G A 1587.72 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.82;QD=64.1504;RBI=0.0322935;REFB=0;REVB=0.0250701;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119281;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:41:58:0:0:41:58:0:0 chr19 55715319 . C G 1320.79 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.982;QD=62.155;RBI=0.0211466;REFB=0;REVB=0.0210867;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55686e-05;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr19 55716800 . A G 1572.84 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.862;QD=59.9177;RBI=0.0102198;REFB=0;REVB=0.00477538;RO=0;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72787e-05;OID=.;OPOS=55716800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:42:63:0:0:42:63:0:0 chr19 55738634 . T C 747.99 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0309159;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0037;QD=61.06;RBI=0.098057;REFB=-0.0431366;REVB=0.0930558;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268575;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00203383;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:17:30:0:1:18:30:0:1 chr19 55738746 . G A 276.51 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00446983;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.499;QD=24.5784;RBI=0.0299362;REFB=-0.0250384;REVB=0.0296006;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128834;STB=0.580583;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0229158;OID=.;OPOS=55738746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:12:13:13:6:12:13:14:6 chr19 55739605 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0361293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.109;QD=22.1885;RBI=0.0445839;REFB=-0.0450288;REVB=0.0261227;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721459;STB=0.540407;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0554522;OID=.;OPOS=55739605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:11:11:10:14:11:11 chr19 55739689 . G A 409.89 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00412559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.207;QD=20.7541;RBI=0.0726434;REFB=-0.0513984;REVB=-0.0725262;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191276;STB=0.639546;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0592206;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:32:38:41:41:0.518987:17:24:11:21:17:24:11:27 chr19 55739813 . G A 230.33 PASS AF=0.337209;AO=31;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0612659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5183;QD=10.7131;RBI=0.110467;REFB=-0.0181021;REVB=0.0919208;RO=51;SAF=11;SAR=20;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172633;STB=0.55266;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0432861;OID=.;OPOS=55739813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:57:31:29:0.337209:20:11:26:25:18:11:26:31 chr19 55791091 . C G,T 413.98 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,27;DP=29;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089426,0.0301766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.8732,169.004;QD=55.1972;RBI=0.103692,0.0411043;REFB=0,0;REVB=-0.0524885,0.0279094;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.158418,-4.44262e-05;OID=.,.;OPOS=55791091,55791091;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:30:0:0:2,27:2,28:0.0666667,0.933333:2,15:0,12:0:0:2,15:0,13:0:0 chr19 55815159 . C A 376.44 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0139521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.792;QD=16.0186;RBI=0.0141726;REFB=-0.010165;REVB=-0.00249044;RO=54;SAF=14;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628217;STB=0.535451;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0117277;OID=.;OPOS=55815159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:26:14:22:32:26:14:22:32 chr19 55824332 . T G 157.75 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00357489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.477;QD=11.2681;RBI=0.0155015;REFB=-0.0123844;REVB=-0.0150836;RO=36;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212;STB=0.624866;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0242464;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:5:15:21:15:5:15:21:15 chr19 55856083 . T C 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.444;QD=64.4042;RBI=0.0242861;REFB=0;REVB=-0.0235422;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170712;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr19 55856211 . C T 314.99 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00802294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.79;QD=19.9991;RBI=0.00805938;REFB=-0.00910292;REVB=-0.000765549;RO=30;SAF=6;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308003;STB=0.676571;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00858505;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:26:6:14:16:27:6:14:16 chr19 55859439 . C A 727.22 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102221;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.598;QD=57.037;RBI=0.0102813;REFB=0;REVB=0.00110172;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98647e-05;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr19 55870104 . G C 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.567;QD=59.4987;RBI=0.00996964;REFB=0;REVB=0.00633309;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3596e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr19 55870289 . C T 598.14 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432596;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5103;QD=61.3473;RBI=0.103358;REFB=0;REVB=0.0938692;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102509;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr19 55870351 . T C,G 421.56 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=28,2;DP=30;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224643,-0.0734136;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=175.865,20.0671;QD=56.2082;RBI=0.0228365,0.0780727;REFB=0,0;REVB=-0.00410636,-0.0265667;RO=0;SAF=14,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000728474,0.195719;OID=.,.;OPOS=55870351,55870351;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:30:0:0:28,2:29,1:0.966667,0.0333333:14,1:14,1:0:0:14,1:15,0:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 337.99 PASS AF=0.04,0.96;AO=4,20;DP=24;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139442,-0.0767827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.867,171.487;QD=54.0783;RBI=0.0426891,0.0992645;REFB=0,0;REVB=0.0403475,0.0629116;RO=0;SAF=0,13;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.025236,-0.00131487;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:4,20:24:1,24:25:0:0,13:1,11:0:0:4:0:0,13:4,7:0:0 chr19 55871019 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8115;QD=42.1825;RBI=0.00455825;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235428;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr19 55872397 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.249;QD=51.1846;RBI=0.0461036;REFB=0;REVB=-0.0415437;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265106;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 55872531 . C G 94.81 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0191919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0466;QD=12.641;RBI=0.0200604;REFB=-9.48188e-05;REVB=0.00583898;RO=18;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600501;STB=0.86356;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00131818;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:30:18:18:12:12:0.4:1:11:8:10:1:11:8:10 chr19 55872566 . A G 321.61 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9346;QD=53.6016;RBI=0.0903932;REFB=0;REVB=-0.0685325;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023547;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr19 55873642 . C T 837.81 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329337;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.955;QD=57.78;RBI=0.0423628;REFB=0;REVB=0.0266454;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145481;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:19:37:0:0:19:39:0:0 chr19 55879872 . C T 318.97 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00891531;FXX=0.0312451;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.054;QD=20.5786;RBI=0.00940439;REFB=-0.0158691;REVB=0.00299329;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110118;STB=0.559885;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.020031;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:32:33:0.532258:19:13:15:13:19:14:16:13 chr19 55914444 . T C 385.33 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0965057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.339;QD=28.5426;RBI=0.0965063;REFB=-0.0175129;REVB=-0.000336276;RO=18;SAF=14;SAR=22;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07018;STB=0.538276;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0085815;OID=.;OPOS=55914444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:22:14:9:9:22:14:9:9 chr19 55994746 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.503;QD=16.1192;RBI=0.0155831;REFB=-0.0156491;REVB=-0.0155831;RO=13;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155158;OID=.;OPOS=55994746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:12:0:0:13:12:0:0:13 chr19 55999993 . A G 382.65 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00840727;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.219;QD=18.4411;RBI=0.0186552;REFB=-0.00811904;REVB=-0.0166533;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646358;STB=0.542148;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00731321;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:43:43:39:40:0.481928:19:20:25:18:20:20:25:18 chr19 56000797 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000271342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.902;QD=9.44483;RBI=0.00339554;REFB=0.0156449;REVB=0.00338468;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0436663;OID=.;OPOS=56000797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:6:4:4:2:6:4 chr19 56024519 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.34;QD=49.5991;RBI=0.0315135;REFB=0;REVB=0.0302886;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016189;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr19 56030009 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0045514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.247;QD=9.44621;RBI=0.0146658;REFB=0.00812742;REVB=0.0139417;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.719306;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0201854;OID=.;OPOS=56030009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:4:2:7:2:4:2:7:3 chr19 56041255 . C G 56.51 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369414;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.063;QD=37.6716;RBI=0.0964525;REFB=0;REVB=0.0890978;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00852784;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:6:0:0:9:6:1:4:5:0:0:3:3:0:0 chr19 56047448 . A G 402.81 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00151332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.458;QD=19.1815;RBI=0.0433322;REFB=-0.0155618;REVB=-0.0433058;RO=43;SAF=11;SAR=30;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896388;STB=0.550045;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0271966;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:30:11:15:28:30:11:15:28 chr19 56052337 . A AC,C 145.72 PASS AF=1,0;AO=10,2;DP=18;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253313,-0.0018008;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=15.8742,5.57075;QD=36.4291;RBI=0.103043,0.0611199;REFB=-0.0515819,-0.0738163;REVB=-0.0998813,-0.0610934;RO=5;SAF=4,1;SAR=6,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.11821,-0.0967026;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00499154,0.0683071;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:18:16:5:0:10,2:16,0:1,0:6,1:4,1:3:2:10,0:6,0:0:0 chr19 56052770 . C T 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0165959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.54;QD=31.0671;RBI=0.0194703;REFB=-0.0265005;REVB=-0.0101818;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652751;STB=0.53604;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0113304;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:8:9:4:2:8:9:4:2 chr19 56056184 . A G 325.6 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0241659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1421;QD=14.8001;RBI=0.136498;REFB=0.00391357;REVB=-0.134341;RO=52;SAF=15;SAR=21;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262626;STB=0.648069;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00926133;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:21:15:35:17:21:15:35:17 chr19 56089353 . C T 537.41 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0105142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4602;QD=51.1821;RBI=0.0171048;REFB=-0.0517636;REVB=0.0134917;RO=2;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848708;STB=0.583287;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0109422;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:2:4:38:38:0.904762:10:28:0:2:10:28:0:4 chr19 56114237 . G A 981.53 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0746723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3894;QD=56.0874;RBI=0.147321;REFB=-0.0998876;REVB=0.126995;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295115;STB=0.515147;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.032069;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:67:68:0.971429:31:36:0:2:32:36:0:2 chr19 56154518 . GTTT G 140.19 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0188328;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=74.9267;QD=18.692;RBI=0.0202037;REFB=-0.0198808;REVB=-0.00731544;RO=12;SAF=1;SAR=17;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385824;STB=0.723073;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0216459;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:18:30:18:30:12:1:17:3:9:73:12:1:17:3:9 chr19 56154545 . A C 140.72 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0223191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.529;QD=13.09;RBI=0.0276796;REFB=0.00647443;REVB=-0.0163712;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292587;STB=0.667514;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00847732;OID=.;OPOS=56154545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:5:22:9:7:5:22 chr19 56154718 . G A 121.53 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0491699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.436;QD=15.1918;RBI=0.0494299;REFB=-0.0151185;REVB=0.00506269;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279744;STB=0.660653;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0206235;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:5:13:6:8:5:13 chr19 56156447 . A G 154.05 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0318451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6643;QD=14.3305;RBI=0.0423906;REFB=-0.0242113;REVB=-0.0279795;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209896;STB=0.621481;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0148203;OID=.;OPOS=56156447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:10:16:7:10:10:16 chr19 56160399 . T C 579.45 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515012;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5405;QD=60.9946;RBI=0.0263801;REFB=0;REVB=-0.0258725;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431782;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr19 56162776 . C T 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.222359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.798;QD=59.0373;RBI=0.222737;REFB=-0.0992783;REVB=-0.0129832;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0031243;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:25:16:0:0:25:16:0:1 chr19 56180968 . C T 1052.04 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752159;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.893;QD=60.1164;RBI=0.0812523;REFB=0;REVB=0.0307327;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018316;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr19 56241265 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.384;QD=56.9382;RBI=0.00421054;REFB=0;REVB=0.00401763;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42617e-06;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr19 56249615 . G C 201.64 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00522055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.729;QD=21.2254;RBI=0.0154313;REFB=0.0010507;REVB=0.0145214;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354885;STB=0.51998;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.000937372;OID=.;OPOS=56249615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:7:11:13:7:7:11 chr19 56274086 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00870923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.538;QD=12.1823;RBI=0.0236422;REFB=-0.000678224;REVB=0.0219796;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430131;STB=0.758071;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00188302;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:6:9:2:8:6:9 chr19 56274424 . C A 149.9 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0340537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.669;QD=6.51716;RBI=0.035295;REFB=-0.0108224;REVB=0.00927792;RO=69;SAF=3;SAR=19;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588648;STB=0.863306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0170378;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:70:22:22:0.23913:19:3:42:27:19:3:43:27 chr19 56274453 . G A 138.92 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0072113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1157;QD=7.50935;RBI=0.0457845;REFB=0.00289268;REVB=0.0452131;RO=54;SAF=3;SAR=17;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579223;STB=0.84965;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00582795;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:54:20:20:0.27027:17:3:34:20:17:3:34:20 chr19 56284090 . G A 734.87 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0161836;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.857;QD=48.9914;RBI=0.0982799;REFB=-0.0440074;REVB=0.0969383;RO=5;SAF=26;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199685;STB=0.510621;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00290964;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:60:5:5:55:55:0.916667:29:26:3:2:29:26:3:2 chr19 56284428 . C A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0108936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.146;QD=10.6342;RBI=0.021185;REFB=0.00734708;REVB=-0.0181696;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453288;STB=0.761428;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0180453;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:1:12:4:4:1:12 chr19 56284457 . G A 80.33 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.00420701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1033;QD=7.47229;RBI=0.0131446;REFB=-0.0125805;REVB=0.0124532;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204014;STB=0.624191;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0268836;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:7:25:7:4:7:25 chr19 56284507 . T G 126.78 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00399287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.291;QD=8.04979;RBI=0.0068115;REFB=-7.06976e-05;REVB=-0.00551847;RO=44;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025617;STB=0.509793;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000352361;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:13:5:13:31:13:5:13:32 chr19 56284511 . C G 126.72 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0655273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.482;QD=8.04593;RBI=0.0665996;REFB=-0.00608891;REVB=-0.0119032;RO=45;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162663;STB=0.509793;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0196575;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:13:5:13:32:13:5:13:32 chr19 56284529 . C A 71.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0691643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6531;QD=5.17467;RBI=0.073316;REFB=-0.00181624;REVB=-0.0243214;RO=44;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343878;STB=0.522407;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0184737;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:8:3:13:31:8:3:13:31 chr19 56284535 . A G 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0163547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.489;QD=3.67731;RBI=0.0178575;REFB=-0.00123426;REVB=-0.00717046;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691142;STB=0.548654;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00779081;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:6:2:13:31:6:2:13:31 chr19 56307583 . A G 236.16 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0273348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.551;QD=17.4931;RBI=0.0297146;REFB=-0.00393137;REVB=-0.0116519;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123257;STB=0.569565;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00601855;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:16:12:8:18:16:12 chr19 56320200 . C T 277.9 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=0.0445556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0945;QD=13.7235;RBI=0.0755555;REFB=-0.00680804;REVB=-0.0610199;RO=49;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207445;STB=0.61666;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0102395;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:20:12:10:39:20:12:10:39 chr19 56321414 . C A 564.33 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.562;QD=59.4027;RBI=0.10801;REFB=0;REVB=0.107311;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052343;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:31:38:1:12:19:0:0:19:19:0:0 chr19 56369189 . G A 140.64 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00178099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.914;QD=14.0635;RBI=0.00485979;REFB=-0.00851048;REVB=-0.00452169;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787323;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0137105;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:8:7:13:11:9:7:13:11 chr19 56369215 . C T 131.63 PASS AF=0.384615;AO=12;DP=36;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0205858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0646;QD=13.5002;RBI=0.0558073;REFB=-0.0606055;REVB=0.0518717;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119645;STB=0.612096;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.073784;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:23:24:12:15:0.384615:6:6:14:9:9:6:14:10 chr19 56369314 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0500146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4607;QD=22.7196;RBI=0.0756783;REFB=-0.00460557;REVB=-0.0567956;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.549928;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.000229632;OID=.;OPOS=56369314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:6:8:3:5:6:8:4:5 chr19 56369593 . T C 160.4 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0683717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.247;QD=18.8707;RBI=0.0683787;REFB=-0.0267033;REVB=0.000981238;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831558;STB=0.55937;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0270811;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:7:9:8:9:7:10:8:9 chr19 56373462 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.322;QD=61.332;RBI=0.0386076;REFB=0;REVB=0.0318479;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80894e-05;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 56392920 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.634;QD=63.583;RBI=0.0111841;REFB=0;REVB=-0.00647731;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.243e-06;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr19 56410222 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00629419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.777;QD=17.5597;RBI=0.0113707;REFB=-0.00022419;REVB=0.00946979;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215916;STB=0.623093;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000309938;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:13:8:11:7:13:8 chr19 56419263 . T C 252.56 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0211941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.839;QD=12.6278;RBI=0.0237122;REFB=-0.00825114;REVB=0.0106337;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580645;STB=0.533311;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0226474;OID=.;OPOS=56419263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:14:16:24:26:14:16:24:26 chr19 56423074 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0263586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.939;QD=12.7387;RBI=0.0361403;REFB=-0.0237619;REVB=0.0247254;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0285331;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:5:5:4:4:5:5 chr19 56423254 . G A 154.03 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00971727;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9803;QD=13.6915;RBI=0.0157944;REFB=-0.00277808;REVB=-0.0124514;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122911;STB=0.571347;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00841453;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:18:10:8:9:18:10 chr19 56423668 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8001;QD=43.4858;RBI=0.0491615;REFB=0;REVB=-0.0362676;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00247616;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 56423692 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.567;QD=44.6877;RBI=0.0166845;REFB=0;REVB=-0.010453;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177368;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 56423728 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.687;QD=47.8223;RBI=0.0326366;REFB=0;REVB=-0.0074534;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369682;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr19 56423893 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.193;QD=58.5872;RBI=0.0261141;REFB=0;REVB=-0.0145872;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12927e-05;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr19 56424443 . T C 160.34 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.043;QD=45.8108;RBI=0.0277959;REFB=0;REVB=-0.0027214;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158342;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr19 56424532 . G A 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0103515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.953;QD=15.7802;RBI=0.0103606;REFB=-0.0327276;REVB=0.000434689;RO=17;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406953;STB=0.740338;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0552327;OID=.;OPOS=56424532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:12:2:8:9:12:2:8:9 chr19 56459342 . C T 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0141808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.608;QD=15.8387;RBI=0.0763435;REFB=-0.0134293;REVB=0.0750149;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0165169;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr19 56459614 . G C 166.89 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0419731;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0909;QD=16.6893;RBI=0.0422497;REFB=-0.0313638;REVB=-0.00482643;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0757551;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:12:10:7:11:12:10 chr19 56473460 . T C 298.79 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00491999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.459;QD=11.8333;RBI=0.0100372;REFB=-0.00165545;REVB=0.00874861;RO=65;SAF=23;SAR=13;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282179;STB=0.516234;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0030314;OID=.;OPOS=56473460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:13:23:40:25:13:23:40:25 chr19 56477687 . A G 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0490229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2489;QD=50.8306;RBI=0.0570725;REFB=0.00251041;REVB=0.0292237;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00164982;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:9:16:0:0:9:16:1:0 chr19 56477710 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0186176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.434;QD=11.1312;RBI=0.039437;REFB=-0.0229424;REVB=-0.0347658;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383311;STB=0.732826;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0844333;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:2:8:8:9:2:8:8:9 chr19 56487603 . A G 300.56 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00763042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.988;QD=15.819;RBI=0.0247462;REFB=-0.0514099;REVB=-0.0235405;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857417;STB=0.573729;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0569914;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:42:34:34:0.447368:20:14:12:25:20:14:12:30 chr19 56490778 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00189542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9447;QD=12.0238;RBI=0.0219433;REFB=0.00935915;REVB=0.0218613;RO=20;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573752;STB=0.851397;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0139878;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:1:11:10:10:1:11:10:10 chr19 56499279 . G C 196.31 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.169494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.324;QD=25.3305;RBI=0.170288;REFB=-0.0409688;REVB=-0.0164271;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114061;STB=0.543679;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0135292;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:31:10:12:19:19:0.612903:13:6:3:7:13:6:5:7 chr19 56511082 . C G 501.91 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.846;QD=59.0485;RBI=0.0254898;REFB=0;REVB=0.0182613;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9981e-05;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr19 56539240 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.642;QD=57.0007;RBI=0.00258414;REFB=0;REVB=0.00170355;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18515e-06;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr19 56552456 . G T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0319476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4632;QD=8.69127;RBI=0.0342113;REFB=-0.0030086;REVB=0.0122378;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292508;STB=0.679182;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0110313;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:11:6:5:3:11:6 chr19 56565164 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.062;QD=48.7371;RBI=0.073733;REFB=0;REVB=0.0448806;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193021;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr19 56694505 . C T 361.01 PASS AF=0.521127;AO=34;DP=72;FAO=37;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0117985;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.909;QD=20.3385;RBI=0.0170528;REFB=-0.015562;REVB=-0.0123123;RO=17;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361433;STB=0.592601;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0191007;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:17:34:34:37:0.521127:16:18:10:7:19:18:10:24 chr19 56703248 . G A 152.63 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0482193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.965;QD=13.8753;RBI=0.0483434;REFB=-0.0136687;REVB=0.00346156;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101589;STB=0.559251;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0244821;OID=.;OPOS=56703248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:15:12:6:11:15:12 chr19 56704101 . G A 227.2 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00515228;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.383;QD=23.9154;RBI=0.0188957;REFB=-0.0122906;REVB=0.0181797;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290608;STB=0.647761;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0133736;OID=.;OPOS=56704101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:21:22:0.578947:10:11:2:13:10:12:3:13 chr19 56718608 . G A 283.18 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00909455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.852;QD=17.4264;RBI=0.00915792;REFB=-0.0199074;REVB=0.00107548;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124125;STB=0.506954;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0218184;OID=.;OPOS=56718608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:16:18:16:15:16:18 chr19 56827938 . C A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0421463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2259;QD=17.7306;RBI=0.0445935;REFB=-0.0077067;REVB=-0.0145694;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386616;STB=0.721948;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.007031;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:12:7:13:4:12:7 chr19 56888450 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0184705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.589;QD=23.3816;RBI=0.0215574;REFB=-0.0326446;REVB=-0.0111158;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131062;STB=0.572881;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0199596;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:11:3:7:12:11:3 chr19 56888454 . A C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0133596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4164;QD=14.6494;RBI=0.0227646;REFB=0.0128642;REVB=0.0184322;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194471;STB=0.614347;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0202863;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:3:11:12:7:3:11:12:7 chr19 56888526 . A T 47.49 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0553702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.784;QD=11.1738;RBI=0.0591124;REFB=-0.00511265;REVB=-0.0206982;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00775586;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:10:10:6:7:0.411765:2:4:6:4:2:5:6:4 chr19 56895496 . C T 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.099341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4495;QD=11.0886;RBI=0.113439;REFB=-0.0241464;REVB=-0.0547694;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00481685;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr19 56953272 . G A 289.21 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0279186;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.691;QD=18.659;RBI=0.0303192;REFB=-0.010491;REVB=0.0118239;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175384;STB=0.597424;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00754989;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:15:16:22:9:15:16:22:9 chr19 56953863 . T C 801.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3158;QD=57.2229;RBI=0.0232129;REFB=0;REVB=0.00419239;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186272;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr19 56953963 . G A 285.84 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00669857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0219;QD=13.1422;RBI=0.0337348;REFB=0.0124218;REVB=0.0330631;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101169;STB=0.510723;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0197505;OID=.;OPOS=56953963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:33:33:0.37931:19:14:22:31:19:14:22:32 chr19 56954103 . C A 97.74 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0230968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.8076;QD=13.4821;RBI=0.0315223;REFB=-0.00626056;REVB=-0.0214521;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116087;STB=0.567462;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0130436;OID=.;OPOS=56954103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:4:13:8:4:4:13 chr19 57036653 . G A 123.2 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0087714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.348;QD=37.9064;RBI=0.0102951;REFB=-0.155843;REVB=-0.00539004;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00206381;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:3:9:0:0:3:9:1:0 chr19 57050515 . C G 609.47 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.120335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.906;QD=56.6946;RBI=0.13343;REFB=-0.062235;REVB=-0.0576442;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.511528;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00683928;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:12:29:1:0:12:29:1:1 chr19 57062073 . T C 732.4 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00055121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.297;QD=62.3317;RBI=0.01777;REFB=0;REVB=-0.0177615;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90102e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:19:27:1:0:19:28:0:0 chr19 57088850 . T C 546.27 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00808417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.004;QD=56.0277;RBI=0.0146387;REFB=-0.0488059;REVB=0.012204;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000396348;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:22:15:1:0:23:15:1:0 chr19 57089050 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.295;QD=62.0209;RBI=0.0588191;REFB=0;REVB=0.0190814;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390985;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr19 57132968 . G A 266.95 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00794164;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.559;QD=28.0998;RBI=0.0248323;REFB=-0.00256674;REVB=0.0235282;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227414;STB=0.607394;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00608508;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:15:14:23:24:0.631579:13:10:2:13:14:10:2:12 chr19 57135023 . T C 529.07 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.377;QD=58.7854;RBI=0.0183699;REFB=0;REVB=0.0180468;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187579;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr19 57175484 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0227391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8778;QD=10.1731;RBI=0.172658;REFB=-0.0126101;REVB=-0.171154;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00170571;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:6:3:4:2:6:3 chr19 57175578 . C T 72.9 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0169359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4249;QD=20.8293;RBI=0.0418238;REFB=-0.0302842;REVB=-0.0382414;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970608;STB=0.555438;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0274052;OID=.;OPOS=57175578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:4:1:3:6:4:1 chr19 57176198 . T G 218.07 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0115991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.901;QD=15.5764;RBI=0.0364838;REFB=-0.00990451;REVB=0.0345909;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232342;STB=0.623277;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00889202;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:9:16:12:18:9:16:13:18 chr19 57176304 . T G 194.73 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00570229;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.973;QD=16.2278;RBI=0.0479975;REFB=-0.0250024;REVB=-0.0476576;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929154;STB=0.562438;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0369952;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:10:10:11:16:10:10:11:17 chr19 57176482 . C T 248.23 PASS AF=0.322917;AO=29;DP=94;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.0388888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7252;QD=10.343;RBI=0.0798331;REFB=-0.0174667;REVB=0.0697208;RO=65;SAF=17;SAR=12;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133104;STB=0.579569;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0407351;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:65:65:29:31:0.322917:12:17:45:20:13:18:45:20 chr19 57176820 . C A 257.61 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0556366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.14;QD=18.4009;RBI=0.0557295;REFB=-0.00305096;REVB=-0.00321588;RO=28;SAF=22;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439289;STB=0.747097;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00645608;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:6:22:9:19:6:22:9:19 chr19 57176838 . C G 188.2 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0378543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.547;QD=14.761;RBI=0.0395603;REFB=0.00281989;REVB=0.0114922;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344309;STB=0.672345;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00759428;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:30:21:21:0.411765:6:15:10:17:6:15:13:17 chr19 57293394 . A C,G 719.8 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,49;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490161,-0.0152407;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.24011,112.084;QD=56.4552;RBI=0.059628,0.0281081;REFB=0,0;REVB=0.0339547,0.0236175;RO=0;SAF=1,27;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.03799,0.000309372;OID=.,.;OPOS=57293394,57293394;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:51:0:0:2,49:1,50:0.0196078,0.980392:1,22:1,27:0:0:0,23:1,27:0:0 chr19 57293831 . G A 510.93 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7289;QD=58.3914;RBI=0.0603703;REFB=0;REVB=-0.00739651;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632677;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr19 57325083 . C T 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.715;QD=53.2703;RBI=0.0547215;REFB=0;REVB=-0.0404888;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74691e-05;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 57335799 . C T 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0121125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.773;QD=14.896;RBI=0.0141592;REFB=-0.00689332;REVB=0.00733282;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434759;STB=0.518111;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00973689;OID=.;OPOS=57335799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:15:17:21:22:15:17:22:22 chr19 57433619 . C T 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00580002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.786;QD=58.2402;RBI=0.0130858;REFB=-0.0291774;REVB=-0.0117302;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000244623;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:1:0:17:22:1:0 chr19 57433712 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.741;QD=56.7063;RBI=0.0879341;REFB=0;REVB=0.0344138;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785913;OID=.;OPOS=57433712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 57641146 . A G 399.95 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158298;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.79;QD=57.135;RBI=0.0390153;REFB=0;REVB=0.0356597;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323633;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr19 57642782 . C A 469.75 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115418;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.163;QD=58.7192;RBI=0.0131445;REFB=0;REVB=-0.00629011;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164983;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr19 57643051 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.408;QD=58.4191;RBI=0.0230448;REFB=0;REVB=0.00857485;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02461e-05;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:45:18:0:0:45:18:0:0 chr19 57643099 . G A 291.01 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0254658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4609;QD=26.4555;RBI=0.0258518;REFB=0.00644317;REVB=-0.00445055;RO=18;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582326;STB=0.532302;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00426711;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:19:7:6:12:19:7:6:12 chr19 57647015 . A G 149.21 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0255823;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.176;QD=14.5566;RBI=0.0275819;REFB=-0.0170629;REVB=0.0103105;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.560901;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0467282;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:41:24:25:16:16:0.390244:8:8:15:9:8:8:15:10 chr19 57647236 . T C 620.13 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.505;QD=59.0602;RBI=0.0213303;REFB=-0.115026;REVB=0.0107949;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000516793;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:20:21:0:0:20:21:0:1 chr19 57649901 . G A 244.88 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.014389;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.886;QD=22.7799;RBI=0.0291742;REFB=-0.0128075;REVB=0.0253789;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256472;STB=0.643938;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0110842;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:16:7:12:8:16:7:12:8 chr19 57649940 . A T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0215294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.138;QD=23.8208;RBI=0.0226991;REFB=-0.0152025;REVB=-0.00719255;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176194;STB=0.598835;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0069833;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:16:6:8:9:16:6:8:9 chr19 57649962 . C T 122.65 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.018472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.734;QD=15.8257;RBI=0.0193522;REFB=-0.00426687;REVB=0.00577014;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235954;STB=0.61275;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00405548;OID=.;OPOS=57649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:6:7:5:12:7:7:5:12 chr19 57742472 . G C 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2353;QD=62.6702;RBI=0.103182;REFB=0;REVB=0.0724652;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126612;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr19 57742489 . C T 651.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.96;QD=62.0667;RBI=0.0263439;REFB=0;REVB=0.0128281;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147088;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 356.53 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129691;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=14;MLLD=404.582;QD=47.5379;RBI=0.0246585;REFB=0;REVB=0.0209725;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.377e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:30:30:0:12:18:0:0:6:0:12:18:0:0 chr19 57773447 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.354;QD=37.4885;RBI=0.0443671;REFB=0;REVB=-0.0148603;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291455;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 57832257 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0126247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.603;QD=17.4015;RBI=0.0136078;REFB=-0.00693205;REVB=0.0050782;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115263;STB=0.566898;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00627791;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:3:10:11:2:3:10 chr19 57868336 . A G 349.17 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.194;QD=53.7178;RBI=0.0294714;REFB=0;REVB=-0.0283879;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262156;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr19 57909872 . G A,C 799.93 PASS AF=0.929825,0.0701754;AO=52,4;DP=57;FAO=53,4;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27,4;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185845,-0.0122231;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.464,30.8591;QD=56.1352;RBI=0.0232236,0.01223;REFB=0,0;REVB=0.0139266,-0.00041075;RO=0;SAF=27,4;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000633117,0.180106;OID=.,.;OPOS=57909872,57909872;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:57:57:0:0:52,4:53,4:0.929825,0.0701754:25,0:27,4:0:0:26,0:27,4:0:0 chr19 57955244 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.499;QD=56.7059;RBI=0.0154966;REFB=0;REVB=0.00979905;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136184;OID=.;OPOS=57955244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 57967049 . G T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.025617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4285;QD=21.63;RBI=0.0262701;REFB=-0.00312552;REVB=-0.00582158;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120286;STB=0.566622;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00305629;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:10:14:13:17:10:14 chr19 57967133 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0211345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6853;QD=20.3164;RBI=0.0536431;REFB=-0.0309348;REVB=-0.0493043;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704129;STB=0.539731;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0266281;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:10:8:10:9:10:8 chr19 57984426 . C A 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00479502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.99;QD=28.806;RBI=0.014421;REFB=-0.00221294;REVB=-0.0136005;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326628;STB=0.678835;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00160798;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:11:17:2:15:11:17:2:15 chr19 57984918 . A G 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00514107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.362;QD=19.6673;RBI=0.0263951;REFB=-0.0133265;REVB=0.0258896;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.552431;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0130971;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:11:8:10:9:11:8 chr19 57985460 . T A 752.1 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0629382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2497;QD=61.3957;RBI=0.0907407;REFB=-0.0246079;REVB=-0.0653656;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000997196;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:48:48:0.979592:25:23:0:0:25:23:1:0 chr19 57985566 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.803;QD=64.1539;RBI=0.0172508;REFB=0;REVB=0.0164331;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36129e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr19 57987895 . C T 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00432729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.845;QD=18.0082;RBI=0.0157077;REFB=-0.0188748;REVB=-0.0150999;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705375;STB=0.503524;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0210755;OID=.;OPOS=57987895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:16:21:23:17:16:21:23:18 chr19 57987905 . G A 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00203877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.246;QD=19.8558;RBI=0.010867;REFB=-0.0212327;REVB=0.0106741;RO=38;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839872;STB=0.546535;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0193036;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:18:21:24:14:18:21:24:14 chr19 58001512 . T A 432.26 PASS AF=0.544304;AO=40;DP=76;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00832299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.955;QD=21.8867;RBI=0.0139907;REFB=-0.0233877;REVB=0.0112458;RO=35;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018317;STB=0.511664;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0197726;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:35:36:40:43:0.544304:18:22:20:15:19:24:21:15 chr19 58002964 . G C 346.74 PASS AF=0.314286;AO=44;DP=137;FAO=44;FDP=140;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0316475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1252;QD=9.90677;RBI=0.0420383;REFB=-0.00530185;REVB=-0.0276705;RO=93;SAF=30;SAR=14;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191131;STB=0.623239;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00856671;OID=.;OPOS=58002964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:93:96:44:44:0.314286:14:30:49:44:14:30:49:47 chr19 58003140 . C CG 119.25 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106487;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.0422;QD=39.7486;RBI=0.0280615;REFB=0;REVB=0.0259625;RO=11;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000888577;OID=.;OPOS=58003141;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:12:12:0:3:9:0:0:4:11:0:2:5:6 chr19 58003141 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0529921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2576;QD=20.898;RBI=0.0531539;REFB=-0.0413964;REVB=0.0041443;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251651;STB=0.642549;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0109116;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:0:4:5:3:0:4 chr19 58003488 . A G 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.027236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.96;QD=23.1586;RBI=0.0565638;REFB=0.00475392;REVB=0.0495748;RO=23;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141879;STB=0.578393;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00176663;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:11:21:11:12:11:21:11:12 chr19 58003580 . A G 1377.42 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.925;QD=62.6101;RBI=0.00682778;REFB=0;REVB=0.00502982;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80187e-07;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr19 58003613 . C T 1190.7 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.799;QD=61.0613;RBI=0.0390142;REFB=0;REVB=-0.00209523;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103474;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:38:37:0:0:38:40:0:0 chr19 58004346 . G C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0054;QD=58.4158;RBI=0.0350461;REFB=0;REVB=-0.00590634;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272999;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr19 58004931 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.961;QD=35.5759;RBI=0.0482966;REFB=0;REVB=-0.0171589;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542571;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 58038964 . T A 945.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.303;QD=58.1966;RBI=0.072835;REFB=0;REVB=0.0664294;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939678;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:24:38:0:0:24:41:0:0 chr19 58058536 . A G 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00169023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0859;QD=17.5364;RBI=0.0761874;REFB=-0.0162478;REVB=-0.0761687;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993407;STB=0.555523;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0158991;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:17:17:15:23:17:17:15:23 chr19 58058739 . T C 310.58 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0340337;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0301;QD=23.4398;RBI=0.0505801;REFB=-0.0206605;REVB=-0.0374173;RO=22;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087447;STB=0.548275;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0116288;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:19:12:11:11:19:12:11:11 chr19 58063768 . G T 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0124687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.32;QD=2.75144;RBI=0.0370236;REFB=-0.00317575;REVB=-0.0348609;RO=50;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12168;STB=0.57359;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0186546;OID=.;OPOS=58063768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:50:53:8:8:0.131148:4:4:30:20:4:4:31:22 chr19 58084930 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0190382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.725;QD=12.7914;RBI=0.0192088;REFB=0.0077804;REVB=0.00255436;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987965;STB=0.558056;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0136881;OID=.;OPOS=58084930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:12:11:8:6:12:11 chr19 58117223 . T A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0306532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.544;QD=21.5458;RBI=0.0316867;REFB=-0.0283389;REVB=-0.0080266;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0177743;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:6:4:6:8:6:4 chr19 58200097 . A AC 330.46 PASS AF=1;AO=4;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344428;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.9229;QD=45.5805;RBI=0.0552733;REFB=0;REVB=-0.04323;RO=26;SAF=2;SAR=2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000341764;OID=.;OPOS=58200098;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:30:29:29:0:18:11:0:0:6:26:2:2:17:9 chr19 58200099 . T C 319.81 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0305185;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.3833;QD=42.6412;RBI=0.0312093;REFB=-0.129089;REVB=-0.00653015;RO=4;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381866;STB=0.522329;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0144288;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:29:30:4:4:25:26:0.866667:9:16:2:2:9:17:2:2 chr19 58200628 . G T 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6789;QD=61.6796;RBI=0.0269694;REFB=0;REVB=-0.0027433;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292833;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 58201360 . C T 527.61 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00573939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8679;QD=55.5382;RBI=0.0351499;REFB=0.0117114;REVB=-0.0346781;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549407;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00036987;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:2:1:35:37:0.973684:19:16:2:0:19:18:1:0 chr19 58201740 . TACACACACACACACACACACACACACACACG TACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACG 94.56 PASS AF=0,1;AO=2,5;DP=11;FAO=0,9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838867,0.091951;FXX=0.181653;HRUN=1,1;LEN=9,8;MLLD=138.666,164.082;QD=42.0272;RBI=0.0850944,0.106383;REFB=0,0;REVB=-0.0142855,0.0535005;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00295438;OID=.,.;OPOS=58201763,58201741;OREF=ACACACACG,ACACACAC;OALT=-,-;OMAPALT=TACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,5:11:0,9:9:0:0,5:0,4:0:0:3:0:2,3:0,2:0:0 chr19 58202016 . ATTCAT A 227.63 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014644;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=5;MLLD=295.074;QD=50.5834;RBI=0.0514583;REFB=0;REVB=0.0493306;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000163061;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:18:18:0:9:9:0:0:3:0:9:9:0:0 chr19 58213969 . T G 862.27 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3404;QD=54.7472;RBI=0.0329487;REFB=-0.164554;REVB=0.0304951;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119514;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00648471;OID=.;OPOS=58213969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:1:1:61:62:0.984127:22:39:1:0:23:39:1:0 chr19 58352522 . G A 770.39 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.485;QD=61.6311;RBI=0.0487417;REFB=-0.0974229;REVB=0.0244502;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00636165;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:0:1:28:21:0:1 chr19 58371136 . G C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.71;QD=56.703;RBI=0.037668;REFB=0;REVB=0.0376286;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037441;OID=.;OPOS=58371136;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 58371274 . G T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.293;QD=60.8518;RBI=0.0398152;REFB=0.00666799;REVB=-0.00660788;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=2.62666e-05;OID=.;OPOS=58371274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:0:1 chr19 58371593 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.716;QD=42.1814;RBI=0.0903119;REFB=0;REVB=0.0881167;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00562581;OID=.;OPOS=58371593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 58386038 . C T 601.0 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=9.27703e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.362;QD=58.6342;RBI=0.010806;REFB=0.0230165;REVB=0.0108056;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00210758;OID=.;OPOS=58386038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr19 58420152 . C A 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00712307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.281;QD=57.995;RBI=0.0197643;REFB=-0.043073;REVB=0.0184361;RO=2;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551593;STB=0.529398;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000272797;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:16:28:0:2:16:28:0:2 chr19 58420162 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.834;QD=60.6099;RBI=0.0546426;REFB=0;REVB=0.0504085;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192432;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr19 58420167 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.58;QD=60.9784;RBI=0.0348991;REFB=0;REVB=-0.0316176;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9082e-05;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 58420699 . C A 488.08 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.295;QD=59.1611;RBI=0.0854667;REFB=0;REVB=0.0435848;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688093;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:24:33:1:18:6:0:0:18:15:0:0 chr19 58421141 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00899183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9396;QD=22.9152;RBI=0.0236826;REFB=-0.0110314;REVB=-0.0219092;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0144727;OID=.;OPOS=58421141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:2:2:3:6:2:2 chr19 58438116 . C T 266.51 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00761917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.234;QD=20.1137;RBI=0.0152397;REFB=0.0387517;REVB=-0.0131984;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247965;STB=0.513802;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0361207;OID=.;OPOS=58438116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:15:10:12:16:15:10 chr19 58453342 . T C 490.13 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.951;QD=56.0151;RBI=0.0516447;REFB=-0.128905;REVB=0.0474728;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.523795;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000917975;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:24:10:1:0:24:10:1:0 chr19 58455381 . C T 713.14 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.27;QD=63.3906;RBI=0.102567;REFB=0;REVB=0.0137426;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271134;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:37:45:1:21:16:0:0:21:24:0:0 chr19 58549593 . C G 74.82 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0161513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8598;QD=11.0837;RBI=0.0181632;REFB=-0.0103623;REVB=0.00830897;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336027;STB=0.555446;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0088008;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:15:17:10:10:0.37037:5:5:7:8:5:5:7:10 chr19 58572959 . G A 336.18 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00462369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.713;QD=21.011;RBI=0.0266568;REFB=0.00111774;REVB=0.0262527;RO=29;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113135;STB=0.550319;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.000461181;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:34:35:0.546875:10:24:17:12:11:24:17:12 chr19 58572976 . TGGG TGGA,TGG 556.21 PASS AF=0.546875,0.296875;AO=34,19;DP=65;FAO=35,19;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=24,18;FSAR=11,1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00881872,1.23195e-05;FXX=0.0153822;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=54.2162,16.5236;QD=34.7631;RBI=0.00905235,0.00976065;REFB=-0.0538421,-0.166205;REVB=0.00204335,-0.00976064;RO=9;SAF=23,18;SAR=11,1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.375;SSSB=0.22785,0.69409;STB=0.635682,0.903989;STBP=0.003,0;TYPE=snp,del;VARB=0.00294723,0.154;OID=.,.;OPOS=58572979,58572977;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGA,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.546875,0.296875:34,19:65:35,19:64:10:24,18:11,1:1:9:99:9:23,18:11,1:1:8 chr19 58600044 . TGGGCAC TGGCAC,TGGGTAC,TGGTACG 109.93 PASS AF=0.285714,0.714286,0;AO=2,3,2;DP=14;FAO=4,10,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=4,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.174323,-0.0450597,-0.0872292;FXX=0;HRUN=3,1,3;LEN=1,1,4;MLLD=6.88695,201.82,189.498;QD=31.4097;RBI=0.205028,0.100321,0.107237;REFB=-0.0995241,0.0181725,-0.126419;REVB=0.107926,0.0896324,0.0623759;RO=1;SAF=0,2,0;SAR=2,1,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.266641,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.263405,0.0193613,0;OID=.,.,.;OPOS=58600045,58600048,58600047;OREF=G,C,GCAC;OALT=-,T,TACG;OMAPALT=TGGCAC,TGGGTAC,TGGTACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.714286,0:2,3,2:14:4,10,0:14:0:0,2,0:4,8,0:0:0:15:1:0,2,0:2,1,2:0:1 chr19 58718360 . A AG 288.04 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.1221;QD=44.3139;RBI=0.130476;REFB=0;REVB=-0.111896;RO=4;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00206633;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:27:26:26:0:14:12:0:0:5:4:11:12:4:0 chr19 58774071 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.132;QD=53.9112;RBI=0.0433975;REFB=0;REVB=-0.0357557;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96662e-05;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr19 58790675 . T C 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248507;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.659;QD=58.6149;RBI=0.0172276;REFB=0;REVB=-0.0170475;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80707e-05;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr19 58790713 . G C 269.3 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9704;QD=51.2957;RBI=0.0648651;REFB=0;REVB=-0.00306214;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00627284;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:16:21:1:11:5:0:0:13:8:0:0 chr19 58806083 . T C 376.61 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0369734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.181;QD=32.7486;RBI=0.0435453;REFB=0.0032793;REVB=-0.0230034;RO=15;SAF=18;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108492;STB=0.559284;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00298459;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:13:18:6:9:13:18:6:9 chr19 58864479 . T C 705.02 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7704;QD=61.3064;RBI=0.0378102;REFB=0;REVB=0.0204497;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450441;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:30:16:0:0 chr19 58870087 . TG T 710.48 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.734;QD=45.1101;RBI=0.0867274;REFB=-0.0460962;REVB=-0.0499875;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0.014981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00492165;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:63:63:0:30:33:0:0:10:1:29:31:0:1 chr19 58898193 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.144;QD=47.8223;RBI=0.0557077;REFB=0;REVB=0.0280633;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123411;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr19 58928302 . T C 1009.22 PASS AF=1;AO=47;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239081;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7338;QD=59.3656;RBI=0.166424;REFB=0;REVB=0.164697;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646946;OID=.;OPOS=58928302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:47:68:1:16:31:0:0:37:31:0:0 chr19 58928786 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.135;QD=58.2393;RBI=0.0562284;REFB=0;REVB=0.012741;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125936;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr19 58929052 . G A 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6867;QD=43.4778;RBI=0.0927916;REFB=0;REVB=-0.0484558;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150318;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 58929136 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4473;QD=35.5757;RBI=0.115009;REFB=0;REVB=-0.0588603;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325341;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 58945962 . C T 753.71 PASS AF=1;AO=31;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.512;QD=62.8092;RBI=0.0913629;REFB=0;REVB=0.0900263;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153561;OID=.;OPOS=58945962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:31:48:1:10:21:0:0:27:21:0:0 chr19 58946056 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.818;QD=37.4885;RBI=0.0308134;REFB=0;REVB=-0.000576583;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308415;OID=.;OPOS=58946056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 58951123 . T C 1070.77 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.88;QD=58.6722;RBI=0.030114;REFB=-0.0721487;REVB=0.0300481;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341206;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:73:1:0:71:73:1:28:43:0:1:29:44:0:0 chr19 58966644 . A T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0492615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.348;QD=16.5617;RBI=0.0492684;REFB=-0.0161127;REVB=-0.000821967;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184377;STB=0.603103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00963384;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:8:23:15:12:8:23 chr19 58969179 . C A 130.94 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0196032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0241;QD=18.061;RBI=0.0217536;REFB=0.0359353;REVB=0.00943048;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.648456;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0166915;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:14:13:15:0.517241:8:5:10:4:9:6:10:4 chr19 58982384 . A G 734.31 PASS AF=1;AO=37;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.279;QD=62.4942;RBI=0.0735868;REFB=0;REVB=0.0238744;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129866;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:37:47:1:23:14:0:0:23:24:0:0 chr19 58989495 . A C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0107593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.103;QD=18.3452;RBI=0.0253188;REFB=-0.00625551;REVB=0.0229189;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237188;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0084006;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:8:10:9:8:8:10 chr19 58991059 . C T 119.6 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0159921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8173;QD=7.9737;RBI=0.0169528;REFB=-0.0130303;REVB=-0.00562586;RO=43;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304932;STB=0.68162;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.032823;OID=.;OPOS=58991059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:10:7:29:14:10:7:29:14 chr19 58991900 . G A 615.62 PASS AF=0.4;AO=71;DP=177;FAO=70;FDP=175;FR=.;FRO=105;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0131866;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.282;QD=14.0714;RBI=0.0180108;REFB=-0.0201047;REVB=-0.0122679;RO=105;SAF=39;SAR=32;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027227;STB=0.520165;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0304075;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:105:105:71:70:0.4:32:39:55:50:31:39:55:50 chr19 59082605 . C T 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00939314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.075;QD=17.7993;RBI=0.0101768;REFB=-0.00848575;REVB=0.00391624;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877436;STB=0.54995;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0100032;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:13:11:11:9:13:11 chr20 76962 . T C 250.37 PASS AF=0.43662;AO=25;DP=65;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0623084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.213;QD=14.1054;RBI=0.0627664;REFB=-0.0785247;REVB=-0.00756842;RO=40;SAF=19;SAR=6;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223302;STB=0.50065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0783458;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:40:40:25:31:0.43662:6:19:31:9:7:24:31:9 chr20 126310 . ACC A 953.24 PASS AF=1;AO=71;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340208;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=31.5968;QD=48.8843;RBI=0.0859985;REFB=0;REVB=0.0859312;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000700663;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:78:78:78:0:33:45:0:0:17:0:33:38:0:0 chr20 139456 . G A 400.18 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0525171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7192;QD=53.3574;RBI=0.0689226;REFB=0.0456517;REVB=0.044635;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0158625;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:0:1:17:12:0:1 chr20 139575 . TC T,TA 803.21 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=8,49;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059278,-0.0259715;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.692,105.014;QD=56.3655;RBI=0.0730801,0.029814;REFB=0,0;REVB=-0.0427412,0.014641;RO=0;SAF=8,16;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0212549,-0.000411008;OID=.,.;OPOS=139576,139576;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0175439,0.982456:8,49:57:1,56:57:0:1,23:0,33:0:0:4:0:8,16:0,33:0:0 chr20 170198 . T C 195.16 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000440101;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.217;QD=12.3911;RBI=0.0354177;REFB=-0.00556168;REVB=0.035415;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346506;STB=0.501996;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00926978;OID=.;OPOS=170198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:24:24:0.380952:13:11:18:21:13:11:18:21 chr20 210061 . G A 267.92 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0107192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.241;QD=16.2377;RBI=0.0107469;REFB=-0.000440282;REVB=-0.000770529;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010932;STB=0.506156;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.000830073;OID=.;OPOS=210061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:20:16:13:17:20:16 chr20 210306 . C G 49.55 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.07614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.156;QD=15.2474;RBI=0.0761487;REFB=-0.0308837;REVB=-0.00114896;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.040401;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr20 238435 . CTGGTCT C,CTGCTCC 424.54 PASS AF=0.9,0.1;AO=27,3;DP=31;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027538,0.0106888;FXX=0.0322477;HRUN=1,2;LEN=6,4;MLLD=282.664,177.761;QD=56.6055;RBI=0.0359485,0.0225417;REFB=0,0;REVB=0.0231074,0.0198463;RO=0;SAF=10,3;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00507029,0.0438429;OID=.,.;OPOS=238436,238438;OREF=TGGTCT,GTCT;OALT=-,CTCC;OMAPALT=C,CTGCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:27,3:31:27,3:30:0:10,3:17,0:0:0:18:0:10,3:17,0:0:0 chr20 256727 . T A 727.11 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3129;QD=63.2266;RBI=0.0572926;REFB=0;REVB=0.0567853;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374494;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:21:25:0:0 chr20 257733 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.956;QD=56.7059;RBI=0.0254311;REFB=0;REVB=0.0217026;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179098;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr20 259969 . G C 2044.47 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.827;QD=61.9536;RBI=0.0269908;REFB=0;REVB=0.019661;RO=0;SAF=48;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81334e-05;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:130:132:1:82:48:0:0:84:48:0:0 chr20 271225 . T A 92.03 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.262739;FXX=0;HRUN=21;LEN=1;MLLD=21.7869;QD=36.8115;RBI=0.269955;REFB=0;REVB=0.0619993;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.032613;OID=.;OPOS=271225;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:0:0:8:10:1:5:3:0:0:5:5:0:0 chr20 278806 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00421443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.258;QD=19.6965;RBI=0.0150127;REFB=-0.0158101;REVB=-0.014409;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104038;STB=0.558567;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0269284;OID=.;OPOS=278806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:15:7:9:12:15:7 chr20 279483 . T C 163.92 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00378817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.072;QD=20.4898;RBI=0.0335806;REFB=-0.0196048;REVB=-0.0333662;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157568;STB=0.538417;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.011639;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:16:17:0.53125:10:6:5:9:10:7:5:10 chr20 279774 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.61;QD=35.5759;RBI=0.0140681;REFB=0;REVB=0.0126713;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03686e-05;OID=.;OPOS=279774;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr20 368783 . GCCCCCCT GCCCCCTC 75.13 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0394335;FXX=0.0144907;HRUN=6;LEN=2;MLLD=62.4184;QD=4.41942;RBI=0.0651045;REFB=-0.0289485;REVB=-0.0518035;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453214;STB=0.760873;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.223258;OID=.;OPOS=368789;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:12:68:16:68:50:12:4:20:30:68:34:8:4:9:25 chr20 371972 . T C 1561.43 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2528;QD=63.732;RBI=0.029165;REFB=0;REVB=0.0287535;RO=0;SAF=68;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53815e-05;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:30:68:0:0:30:68:0:0 chr20 376857 . G A 171.68 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0109387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.14;QD=11.0762;RBI=0.0471239;REFB=-0.0046033;REVB=0.0458367;RO=40;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181635;STB=0.605872;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00595726;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:8:14:19:21:8:14:19:21 chr20 377225 . CC CT,TT 471.91 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=30,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044161,0.00113991;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=175.328,100.86;QD=57.2007;RBI=0.0307109,0.0336973;REFB=0,0;REVB=0.0303917,0.033678;RO=0;SAF=20,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00119145,-0.0569632;OID=.,.;OPOS=377226,377225;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:30,2:31,2:0.939394,0.0606061:10,0:20,2:0:0:10,0:21,2:0:0 chr20 397940 . C T 205.99 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00335964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.11;QD=16.8154;RBI=0.0394796;REFB=-0.0151327;REVB=-0.0393364;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160802;STB=0.601061;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.014372;OID=.;OPOS=397940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:21:21:0.428571:9:12:11:16:9:12:11:17 chr20 642325 . G A 172.98 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0102091;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.611;QD=20.3508;RBI=0.0278021;REFB=-0.0368283;REVB=0.0258598;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126496;STB=0.558759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0487586;OID=.;OPOS=642325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:16:18:18:0.529412:9:9:6:11:9:9:6:10 chr20 741847 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.033;QD=62.6709;RBI=0.0293684;REFB=0;REVB=0.00487846;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201281;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr20 744570 . G A 1867.39 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.197;QD=59.7563;RBI=0.047348;REFB=-0.0755442;REVB=0.0445047;RO=2;SAF=51;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267126;STB=0.501406;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000194602;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:2:2:123:123:0.984:72:51:1:1:72:51:1:1 chr20 825678 . T C 446.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.166;QD=57.6521;RBI=0.0863286;REFB=0;REVB=-0.0795793;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000929386;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr20 826513 . C G 244.96 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00599229;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.588;QD=17.4969;RBI=0.0339809;REFB=0.0082913;REVB=-0.0334484;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613203;STB=0.534388;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0211292;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:11:18:15:12:11:18 chr20 826666 . G T 93.91 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0413458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.942;QD=10.1529;RBI=0.0415964;REFB=-0.0107843;REVB=0.00455918;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45341e-08;STB=0.526271;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0182821;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:9:3:6:18:9:3:7:18 chr20 853433 . GTTG GGTG,GT,GTG,GTGG 547.37 PASS AF=0,0,0.974359,0.025641;AO=2,11,7,14;DP=39;FAO=0,0,38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15,0;FSAR=0,0,23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767147,0.471098,-0.0470531,-0.524055;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=4.66536,12.7495,21.3852,14.9215;QD=56.1404;RBI=0.166526,0.581962,0.0903926,0.589428;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.147803,-0.341683,-0.0771805,0.2698;RO=0;SAF=0,0,1,13;SAR=2,11,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0,-0.00437906,-0.0551281;OID=.,.,.,.;OPOS=853434,853435,853434,853435;OREF=T,TG,T,T;OALT=G,-,-,G;OMAPALT=GGTG,GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.974359,0.025641:2,11,7,14:39:0,0,38,1:39:0:0,0,15,0:0,0,23,1:0:0:5:0:0,0,1,13:2,11,6,1:0:0 chr20 854940 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00135099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6787;QD=9.11024;RBI=0.0377405;REFB=0.0112458;REVB=-0.0377163;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0244308;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:9:7:3:5:9:7 chr20 1099523 . T G 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.993;QD=52.696;RBI=0.0255281;REFB=-0.021464;REVB=0.00892423;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000794789;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:29:20:0:1:29:20:1:1 chr20 1285933 . G A 837.14 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.987;QD=55.8092;RBI=0.0409108;REFB=-0.166091;REVB=0.0385097;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000564554;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:33:26:0:0:33:26:1:0 chr20 1293247 . C T 902.66 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5684;QD=58.2364;RBI=0.0557176;REFB=0;REVB=0.0146805;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040176;OID=.;OPOS=1293247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr20 1294002 . C T 121.46 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.49;QD=34.7014;RBI=0.168464;REFB=-0.194834;REVB=0.168464;RO=3;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254302;OID=.;OPOS=1294002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:14:3:2:11:12:0.857143:11:0:0:3:12:0:0:2 chr20 1298794 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9726;QD=58.5862;RBI=0.0501105;REFB=0;REVB=0.0405702;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104362;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr20 1350709 . T C 282.85 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0123769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.929;QD=22.6281;RBI=0.0132106;REFB=-0.0241864;REVB=-0.00461871;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141537;STB=0.51514;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0121549;OID=.;OPOS=1350709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:9:16:15:9:9:17:15:9 chr20 1424303 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4823;QD=59.434;RBI=0.0281168;REFB=0;REVB=0.0160504;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32294e-05;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr20 1426393 . C T 1882.98 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635777;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.772;QD=61.737;RBI=0.0635795;REFB=0;REVB=0.000473507;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138758;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:59:63:0:0:59:63:0:0 chr20 1457910 . C A 466.47 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0190998;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.435;QD=19.4364;RBI=0.02111;REFB=-0.0125614;REVB=-0.00899056;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427867;STB=0.523799;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00979549;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:26:20:24:26:26:20:24:26 chr20 1459060 . T G 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9865;QD=57.7116;RBI=0.0327878;REFB=0;REVB=0.0326615;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011555;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr20 1517872 . G A 80.23 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0194529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2173;QD=7.4635;RBI=0.0851884;REFB=-0.0231133;REVB=0.0829376;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147869;STB=0.608511;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0708023;OID=.;OPOS=1517872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:30:32:11:11:0.255814:6:5:10:20:6:5:10:22 chr20 1532595 . T C 1070.34 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000592787;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.448;QD=60.3009;RBI=0.018037;REFB=0;REVB=0.0180272;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51734e-05;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr20 1546911 . C G 515.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.043;QD=57.2847;RBI=0.0519083;REFB=0;REVB=0.0489008;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985602;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:12:22:0:0:13:23:0:0 chr20 1551485 . C T 446.43 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7081;QD=57.6035;RBI=0.0276586;REFB=0;REVB=0.00739742;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681955;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr20 1552430 . T C 3648.34 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.114;QD=63.1748;RBI=0.0334608;REFB=0;REVB=0.033141;RO=0;SAF=99;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89992e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:230:231:1:131:99:0:0:131:100:0:0 chr20 1559101 . T G 3870.33 PASS AF=1;AO=243;DP=246;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448834;FXX=0.0161937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.28;QD=63.7092;RBI=0.0268349;REFB=-0.0560625;REVB=0.0264569;RO=0;SAF=121;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634781;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:246:243:0:0:243:243:1:122:121:0:0:122:121:0:0 chr20 1592175 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.037;QD=39.2068;RBI=0.0256408;REFB=0;REVB=0.0253752;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34232e-05;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr20 1592193 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.197;QD=39.2068;RBI=0.0323176;REFB=0;REVB=0.0296841;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113092;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr20 1592215 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0535;QD=40.7606;RBI=0.06293;REFB=0;REVB=0.058949;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00484324;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr20 1592265 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3029;QD=42.1825;RBI=0.069883;REFB=0;REVB=-0.0341199;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144152;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr20 1592284 . G A 115.56 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7723;QD=42.0219;RBI=0.0923901;REFB=0;REVB=0.0556435;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393859;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr20 1592312 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.925;QD=33.4285;RBI=0.0638966;REFB=0;REVB=0.0591837;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168611;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr20 1610894 . G A 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.603;QD=55.6462;RBI=0.0151947;REFB=0;REVB=0.0121955;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54902e-05;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr20 1610939 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.507;QD=51.1846;RBI=0.0145515;REFB=0;REVB=-0.00391873;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14105e-05;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr20 1615959 . T C 1135.23 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.567;QD=60.5455;RBI=0.0273855;REFB=0;REVB=0.0131156;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08065e-05;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:26:48:0:0:26:49:0:0 chr20 1616137 . G A 2508.01 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2225;QD=61.5463;RBI=0.0711465;REFB=0;REVB=-0.0505766;RO=0;SAF=97;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1116e-06;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:65:97:0:0:65:98:0:0 chr20 1616206 . A G 1947.48 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845387;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.106;QD=61.3378;RBI=0.0168409;REFB=0;REVB=-0.0145653;RO=0;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167525;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:124:127:1:52:72:0:0:54:73:0:0 chr20 1616892 . A G 2338.3 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175696;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.512;QD=63.1973;RBI=0.0176705;REFB=-0.000681709;REVB=-0.00188565;RO=1;SAF=70;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674565;STB=0.503546;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-3.4027e-05;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:1:1:146:147:0.993243:76:70:1:0:77:70:1:0 chr20 1895889 . G C 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2661;QD=35.5587;RBI=0.0876674;REFB=0;REVB=-0.00250974;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0069699;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345846;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=251.76;QD=51.9167;RBI=0.0399735;REFB=0;REVB=0.0200446;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000216213;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr20 1895963 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.479;QD=59.8394;RBI=0.0135318;REFB=0;REVB=0.0122109;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81378e-05;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr20 1895965 . C A 553.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.377;QD=58.2251;RBI=0.169954;REFB=0;REVB=0.125387;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00936785;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr20 1895984 . C A 734.28 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.246;QD=61.1903;RBI=0.0257694;REFB=-0.103644;REVB=-0.0188749;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00104404;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:0:1 chr20 1895990 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.581;QD=56.9569;RBI=0.0109306;REFB=0;REVB=-0.00394914;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.214e-05;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr20 1896051 . CCGA C 618.83 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079398;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=3;MLLD=293.017;QD=48.5359;RBI=0.023498;REFB=0;REVB=0.0221159;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.78747e-05;OID=.;OPOS=1896052;OREF=CGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:49:51:51:0:27:24:0:0:11:0:26:22:0:0 chr20 1896059 . GT AC 715.3 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100513;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.588;QD=57.2238;RBI=0.0199816;REFB=0;REVB=0.0172694;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000114043;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr20 1896100 . C T 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508542;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.911;QD=57.4155;RBI=0.064753;REFB=0;REVB=0.064553;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285164;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr20 1959939 . G A 1418.77 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715184;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.779;QD=63.0563;RBI=0.00921308;REFB=0;REVB=0.00580793;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76e-05;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:37:53:0:0:37:53:0:0 chr20 2082767 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.133;QD=33.4281;RBI=0.0788468;REFB=0;REVB=-0.0561192;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70708e-05;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr20 2097688 . T C 690.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.798;QD=62.7925;RBI=0.0719061;REFB=0;REVB=0.0674657;RO=0;SAF=35;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138232;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:5:35:0:0:7:37:0:0 chr20 2127684 . C T 2215.53 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1131;QD=63.3007;RBI=0.0322108;REFB=0;REVB=0.0112821;RO=0;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117752;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:71:68:0:0:71:69:0:0 chr20 2127930 . C T 578.76 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379144;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9728;QD=60.9215;RBI=0.109093;REFB=0;REVB=0.102293;RO=1;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243566;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:37:38:1:32:5:0:1:33:5:0:0 chr20 2290333 . C A 121.83 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.020963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.518;QD=15.7201;RBI=0.0237942;REFB=-0.0300704;REVB=-0.011257;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330187;STB=0.657311;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.056889;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:4:9:6:11:5:9:6:11 chr20 2321105 . G C 1589.17 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0163897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.428;QD=57.2674;RBI=0.0214204;REFB=0.0244716;REVB=-0.0137917;RO=2;SAF=59;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161106;STB=0.500918;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000152008;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:111:2:2:108:109:0.981982:49:59:1:1:49:60:1:1 chr20 2375262 . A G 429.49 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0143875;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.172;QD=19.5221;RBI=0.0300094;REFB=-0.00781555;REVB=-0.0263355;RO=46;SAF=29;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171563;STB=0.600399;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00848445;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:45:43:43:0.488636:14:29:23:23:14:29:22:23 chr20 2380323 . G A 204.3 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0598082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.1123;QD=16.0233;RBI=0.0818145;REFB=-0.0356097;REVB=-0.0558264;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287599;STB=0.659199;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0314347;OID=.;OPOS=2380323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:25:27:22:24:0.470588:16:6:14:11:18:6:14:13 chr20 2398017 . G A 791.95 PASS AF=0.631579;AO=70;DP=112;FAO=72;FDP=114;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00910444;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.081;QD=27.7877;RBI=0.0272877;REFB=-0.0359271;REVB=0.025724;RO=38;SAF=26;SAR=44;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172341;STB=0.608377;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.01365;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:38:42:70:72:0.631579:44:26:24:14:45:27:28:14 chr20 2443752 . C T 160.27 PASS AF=0.141129;AO=32;DP=244;FAO=35;FDP=248;FR=.;FRO=213;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=126;FSRR=87;FWDB=0.0571176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1982;QD=2.58502;RBI=0.0618252;REFB=-0.00207273;REVB=0.023663;RO=210;SAF=15;SAR=17;SRF=124;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154148;STB=0.566629;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0141543;OID=.;OPOS=2443752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:248:210:213:32:35:0.141129:17:15:124:86:17:18:126:87 chr20 2539387 . G A 398.43 PASS AF=1;AO=18;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0437;QD=56.9186;RBI=0.239194;REFB=0;REVB=0.227572;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00753639;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:18:28:1:6:12:0:0:16:12:0:0 chr20 2618140 . T C 753.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.429;QD=56.9037;RBI=0.0230156;REFB=0;REVB=0.0204459;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70929e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:23:28:0:0:23:30:0:0 chr20 2621998 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.352;QD=56.19;RBI=0.0325667;REFB=0;REVB=0.00888768;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14472e-05;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr20 2633936 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00910409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.079;QD=12.5627;RBI=0.0233099;REFB=-0.0103631;REVB=-0.0214585;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158268;STB=0.59168;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0261345;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:15:7:16:19:15:7:16:19 chr20 2636326 . A G 289.99 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0553179;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.03;QD=25.2163;RBI=0.0557551;REFB=0.00116026;REVB=-0.00696871;RO=19;SAF=8;SAR=18;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905692;STB=0.557335;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-9.00484e-05;OID=.;OPOS=2636326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:20:26:26:0.565217:18:8:4:15:18:8:4:16 chr20 2644407 . C G 289.62 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0191871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5753;QD=25.7437;RBI=0.104624;REFB=-0.0208169;REVB=-0.10285;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694597;STB=0.54945;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0122504;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:19:26:26:0.577778:12:14:8:10:12:14:8:11 chr20 2739583 . T C 303.6 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0250067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9509;QD=19.9085;RBI=0.0302156;REFB=-0.00657949;REVB=-0.0169603;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103358;STB=0.557342;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00691018;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:11:18:16:16:11:18 chr20 2797015 . G A 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00328701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.938;QD=7.96465;RBI=0.00740034;REFB=-0.0252095;REVB=0.00663028;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162206;STB=0.5998;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0554244;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:24:26:10:10:0.277778:6:4:13:11:6:4:14:12 chr20 2840773 . C T 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0229645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.97;QD=19.0161;RBI=0.0229727;REFB=-0.0015335;REVB=0.000612407;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159277;STB=0.591269;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00116804;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:6:8:11:4:6:8 chr20 2840929 . G A 332.76 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00801148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6195;QD=19.0148;RBI=0.0581791;REFB=0.000493632;REVB=0.0576249;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910074;STB=0.556971;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.000708028;OID=.;OPOS=2840929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:17:17:21:14:18:17:21:14 chr20 2844911 . C T 262.1 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0471099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3388;QD=25.5705;RBI=0.0590333;REFB=-0.0277929;REVB=-0.0355751;RO=17;SAF=19;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444559;STB=0.748139;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.048007;OID=.;OPOS=2844911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:5:19:4:13:5:19:4:13 chr20 2996497 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00627962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.667;QD=18.6423;RBI=0.00894397;REFB=-0.0152994;REVB=-0.00636875;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115994;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0144426;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:20:21:0.466667:12:8:12:11:12:9:13:11 chr20 3005207 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00251826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.493;QD=11.4398;RBI=0.00676273;REFB=-0.00295837;REVB=-0.00627638;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613988;STB=0.844176;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00295036;OID=.;OPOS=3005207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:13:14:8:9:0.391304:2:6:1:12:2:7:2:12 chr20 3008448 . C T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0498231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.247;QD=20.8712;RBI=0.0528034;REFB=-0.0123578;REVB=-0.0174889;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00736666;OID=.;OPOS=3008448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr20 3018782 . G A 271.75 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0127441;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.378;QD=14.4932;RBI=0.0217005;REFB=-0.000436895;REVB=-0.0175641;RO=44;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605472;STB=0.534253;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000312054;OID=.;OPOS=3018782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:44:31:31:0.413333:21:10:12:32:21:10:12:32 chr20 3018839 . T A 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.018788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.921;QD=18.6757;RBI=0.0255297;REFB=-0.0135494;REVB=-0.0172852;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564203;STB=0.531476;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0134418;OID=.;OPOS=3018839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:18:14:16:16:18:14:16:16 chr20 3025107 . C T 751.96 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8697;QD=61.3843;RBI=0.029779;REFB=-0.156885;REVB=0.0036811;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00363794;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:49:1:1:47:48:0.979592:29:18:1:0:29:19:1:0 chr20 3172246 . A C 247.09 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00437259;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.61;QD=24.7086;RBI=0.0178829;REFB=0.017983;REVB=0.0173401;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115028;STB=0.571367;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0119773;OID=.;OPOS=3172246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:11:11:6:11:11:12:6:11 chr20 3193842 . C A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0234032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.48;QD=20.8108;RBI=0.0251008;REFB=0.00376943;REVB=-0.00907414;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00602409;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:11:12:12:11:11:12 chr20 3193978 . G A 464.88 PASS AF=0.651515;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0248048;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.2394;QD=28.1744;RBI=0.0913873;REFB=0.014427;REVB=0.0879566;RO=21;SAF=20;SAR=22;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177846;STB=0.594858;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00407894;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:21:23:42:43:0.651515:22:20:4:17:22:21:5:18 chr20 3204084 . G A 769.46 PASS AF=0.55303;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0302476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.188;QD=23.3169;RBI=0.0314738;REFB=-0.0343926;REVB=0.00869952;RO=58;SAF=42;SAR=31;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185476;STB=0.597376;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0239091;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:58:59:73:73:0.55303:31:42:20:38:31:42:21:38 chr20 3214581 . C T 285.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7281;QD=24.2971;RBI=0.0337045;REFB=-0.0246898;REVB=0.0270551;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157012;STB=0.574412;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0333763;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:13:13:14:6:13:13:14:7 chr20 3285140 . T C 358.48 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3072;QD=55.151;RBI=0.0862834;REFB=0;REVB=0.0536465;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267574;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr20 3364976 . T C 40.1 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00166929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.833;QD=2.00485;RBI=0.00169447;REFB=-0.00193573;REVB=0.000291011;RO=70;SAF=6;SAR=3;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494362;STB=0.545351;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0147852;OID=.;OPOS=3364976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:70:71:9:9:0.1125:3:6:44:26:3:6:44:27 chr20 3564672 . C T 739.33 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.165;QD=62.9221;RBI=0.0168504;REFB=0;REVB=0.0109272;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07743e-05;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:26:20:1:0:26:21:0:0 chr20 3624830 . G A 353.51 PASS AF=0.486842;AO=35;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00916405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5009;QD=18.6056;RBI=0.00922563;REFB=-0.000347494;REVB=0.00106412;RO=38;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323561;STB=0.525508;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.000279673;OID=.;OPOS=3624830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:39:35:37:0.486842:15:20:23:15:17:20:23:16 chr20 3627840 . C CA 74.44 PASS AF=0.560976;AO=18;DP=43;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0177238;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.53164;QD=7.26239;RBI=0.0256568;REFB=0.0284233;REVB=0.018551;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097203;STB=0.594912;STBP=0.212;TYPE=ins;VARB=-0.0280809;OID=.;OPOS=3627841;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:18:43:23:41:18:17:6:10:8:57:22:13:5:14:8 chr20 3628917 . AT AC,GC 735.79 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=43,2;DP=49;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754165,0.0151707;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=197.601,153.094;QD=62.6206;RBI=0.0075701,0.0151723;REFB=0,0;REVB=0.000655673,-0.000215763;RO=0;SAF=21,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000469542,0.0109203;OID=.,.;OPOS=3628918,3628917;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:47:0:0:43,2:45,2:0.957447,0.0425532:22,1:21,1:0:0:24,1:21,1:0:0 chr20 3630107 . G A 297.04 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0123867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.546;QD=18.2797;RBI=0.0272018;REFB=-0.00427827;REVB=-0.024218;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872801;STB=0.542142;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00781368;OID=.;OPOS=3630107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:20:12:15:17:20:12:15:18 chr20 3650205 . G A 95.81 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00157743;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.95;QD=22.5436;RBI=0.0114014;REFB=-0.0201239;REVB=0.0112917;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00627694;OID=.;OPOS=3650205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:18:17:4:4:9:9:0.529412:5:4:2:2:5:4:2:2 chr20 3650234 . A G 153.58 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00443892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.881;QD=21.9393;RBI=0.0160077;REFB=-0.0276467;REVB=0.01538;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135688;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0178093;OID=.;OPOS=3650234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:15:16:0.571429:6:9:7:5:6:10:7:5 chr20 3651742 . C G 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0245354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.991;QD=21.2933;RBI=0.0308026;REFB=-0.0133194;REVB=-0.018623;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248815;STB=0.638565;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0126833;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:19:6:13:12:19:6 chr20 3675333 . G A 645.86 PASS AF=0.960784;AO=47;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0288072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8257;QD=50.6555;RBI=0.0646316;REFB=-0.154454;REVB=0.0578566;RO=3;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803571;STB=0.526305;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00500846;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:3:2:47:49:0.960784:16:31:0:3:18:31:0:2 chr20 3675498 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.752;QD=47.8224;RBI=0.0127229;REFB=0;REVB=-0.0124018;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58148e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr20 3677357 . T C 770.69 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.741;QD=55.0493;RBI=0.040486;REFB=-0.0202476;REVB=-0.0245715;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000263486;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:1:0:21:34:1:0 chr20 3677736 . T G 403.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.354;QD=55.5985;RBI=0.0192416;REFB=0;REVB=0.00300984;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961653;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr20 3682011 . G A 1534.77 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00645866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.204;QD=62.6437;RBI=0.0383484;REFB=-0.0583725;REVB=0.0378006;RO=1;SAF=39;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012004;STB=0.506328;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00168336;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:57:39:1:0:58:39:1:0 chr20 3682275 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.599;QD=53.9112;RBI=0.0339539;REFB=0;REVB=0.0129597;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54072e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr20 3684022 . A G 382.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.478;QD=54.6949;RBI=0.00794662;REFB=0;REVB=-0.00780449;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311962;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:21:7:0:0 chr20 3684729 . T C 240.01 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0389179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2177;QD=43.6386;RBI=0.0456982;REFB=0.000842333;REVB=-0.0239525;RO=2;SAF=2;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301147;STB=0.666464;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0046223;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:18:2:2:0:18:2:2:0 chr20 3686436 . C T 2117.08 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460259;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.97;QD=62.267;RBI=0.0194715;REFB=-0.0981603;REVB=0.0189197;RO=1;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670499;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:138:136:1:0:135:136:1:64:71:0:1:65:71:0:0 chr20 3721499 . C T 78.56 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0123134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2981;QD=6.41345;RBI=0.0160736;REFB=-0.00321508;REVB=-0.0103315;RO=37;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262933;STB=0.664686;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00679096;OID=.;OPOS=3721499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:9:2:13:24:9:2:13:25 chr20 3732225 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00813627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8117;QD=21.5452;RBI=0.0845472;REFB=-0.0163066;REVB=0.0841548;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465572;STB=0.526279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0147845;OID=.;OPOS=3732225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:3:7:9:5:3:7 chr20 3784110 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00208415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.203;QD=16.1155;RBI=0.00672973;REFB=-0.00582479;REVB=-0.00639888;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172815;STB=0.598003;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00478563;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:16:13:15:9:16:13 chr20 3838441 . C G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0631963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9765;QD=19.9989;RBI=0.0638055;REFB=0.00277438;REVB=-0.00879604;RO=29;SAF=8;SAR=25;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129856;STB=0.576229;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00255546;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:25:8:4:25:25:8:4:26 chr20 3842983 . A AT 212.8 PASS AF=0.638889;AO=5;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.105;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.0483;QD=23.6442;RBI=0.113229;REFB=-0.0281295;REVB=-0.0423754;RO=29;SAF=1;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409277;STB=0.506048;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.00905526;OID=.;OPOS=3842984;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.638889:5:36:23:36:13:12:11:7:6:74:29:1:4:16:13 chr20 3842984 . C T 173.69 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0500381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3193;QD=19.299;RBI=0.0570905;REFB=-0.0274165;REVB=-0.0274866;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148563;STB=0.58428;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0100307;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:8:10:7:11:8:10 chr20 4053254 . A G 1605.38 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.377;QD=60.0143;RBI=0.0229192;REFB=0;REVB=0.00963637;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91156e-05;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACAC 118.98 PASS AF=0.642857,0.285714;AO=9,3;DP=18;FAO=9,4;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4,2;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318688,-0.097065;FXX=0.222099;HRUN=1,1;LEN=16,6;MLLD=461.147,77.6866;QD=33.9937;RBI=0.0366029,0.0970723;REFB=-0.0275485,-0.0299368;REVB=-0.0180042,-0.00119233;RO=0;SAF=4,1;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.545355,0.599516;STBP=0.528,0.523;TYPE=del,del;VARB=-0.00296836,0.0795889;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,ACACAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.642857,0.285714:9,3:18:9,4:14:1:4,2:5,2:0:1:20:0:4,1:5,2:0:0 chr20 4158164 . C A 148.04 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0798937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4574;QD=17.9439;RBI=0.0832491;REFB=-0.0429046;REVB=-0.0233968;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236638;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0497202;OID=.;OPOS=4158164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:7:10:9:7:7:10 chr20 4163019 . A T 134.89 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000790098;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.628;QD=18.6052;RBI=0.0323832;REFB=0.0143605;REVB=0.0323736;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278084;STB=0.626763;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00703823;OID=.;OPOS=4163019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:13:15:0.517241:3:10:7:7:4:11:7:7 chr20 4163302 . A G 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.942;QD=58.573;RBI=0.0743216;REFB=0;REVB=0.0236826;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339226;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr20 4164283 . A G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.096;QD=57.8833;RBI=0.030243;REFB=0;REVB=0.0236848;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21671e-05;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr20 4705718 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0842019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.981;QD=18.767;RBI=0.0924149;REFB=0.0141161;REVB=-0.0380862;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0145787;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:3:3:1:1:3:3:1:2 chr20 4705756 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0021986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.884;QD=14.0435;RBI=0.0210853;REFB=-0.012291;REVB=-0.0209703;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00424845;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr20 4705865 . T C 332.68 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.000670816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.267;QD=19.0105;RBI=0.00552893;REFB=-0.0261146;REVB=-0.00548809;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910074;STB=0.542973;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0221252;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:17:17:21:14:17:18:21:14 chr20 4705924 . G A 548.61 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00121599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.598;QD=20.5086;RBI=0.043155;REFB=-0.0280871;REVB=0.0431379;RO=50;SAF=27;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666666;STB=0.531833;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0152873;OID=.;OPOS=4705924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:51:56:56:0.523364:29:27:28:22:29:27:28:23 chr20 4706310 . T C 253.31 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0087703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0321;QD=21.558;RBI=0.0496307;REFB=-0.0229189;REVB=0.0488496;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150974;STB=0.508467;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0384711;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:14:9:9:15:14:9 chr20 4707066 . G C 112.01 PASS AF=0.28;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00457582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.772;QD=8.96036;RBI=0.00479279;REFB=-0.00226904;REVB=-0.00142572;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414103;STB=0.52937;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00452655;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:36:14:14:0.28:8:6:13:20:8:6:14:22 chr20 4707388 . G T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0128767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.109;QD=6.78771;RBI=0.0153818;REFB=-0.0225919;REVB=-0.00841366;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172077;STB=0.60948;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.065023;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:12:11:5:3:12:11 chr20 4708130 . T C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0147;QD=53.2689;RBI=0.0800849;REFB=0;REVB=0.0539449;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140981;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr20 4708778 . T C 66.18 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.866;QD=12.0333;RBI=0.010249;REFB=-0.0271112;REVB=-0.010249;RO=13;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.03971;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:9:0:0:13:9:0:0:13 chr20 4708979 . T C 161.35 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0107098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.7269;QD=18.9822;RBI=0.116225;REFB=0.0058515;REVB=0.11573;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173319;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:10:7:7:8:10:7:7:10 chr20 4713176 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0067691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.402;QD=21.9718;RBI=0.0388604;REFB=-0.0398001;REVB=0.0382663;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348923;STB=0.695482;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0244438;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:16:7:15:6:16:7:15:6 chr20 4762577 . C G 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00998754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.294;QD=13.0229;RBI=0.015696;REFB=-0.00809061;REVB=0.0121084;RO=44;SAF=19;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151952;STB=0.587355;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0166066;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:9:19:24:20:9:19:24:20 chr20 4762869 . G A 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.364;QD=64.285;RBI=0.0277735;REFB=0;REVB=0.0202059;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91757e-06;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr20 4764682 . T C 687.79 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.728;QD=61.1372;RBI=0.18081;REFB=0;REVB=0.00660146;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453293;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:39:45:1:31:8:0:0:34:11:0:0 chr20 4768846 . GT G 91.49 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00924384;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.352;QD=15.9118;RBI=0.0320633;REFB=-0.0331691;REVB=0.0307019;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296512;STB=0.51721;STBP=0.868;TYPE=del;VARB=0.0403557;OID=.;OPOS=4768847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:11:24:11:23:12:7:4:8:4:91:12:7:4:8:4 chr20 4880308 . G A 1044.78 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.706;QD=59.7017;RBI=0.0550246;REFB=0;REVB=0.0473822;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67612e-05;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:45:24:0:0:46:24:0:0 chr20 5169799 . C T 431.91 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0108679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.763;QD=20.325;RBI=0.010892;REFB=-0.00731843;REVB=0.000723927;RO=42;SAF=15;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203108;STB=0.612741;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00524628;OID=.;OPOS=5169799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:28:15:24:18:28:15:24:18 chr20 5527291 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.916;QD=43.4862;RBI=0.017096;REFB=0;REVB=0.0164364;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115681;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr20 5753579 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0169876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4889;QD=17.0325;RBI=0.0296603;REFB=-0.00602852;REVB=-0.0243137;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00514105;OID=.;OPOS=5753579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:11:11:9:9:11:11 chr20 5903067 . T A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0907;QD=60.229;RBI=0.0461613;REFB=0;REVB=0.0170858;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267491;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr20 5903323 . G A 91.52 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0759;QD=30.5057;RBI=0.0401638;REFB=-0.135873;REVB=0.0373865;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.555452;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00935429;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:8:2:0:1:8:2:0:2 chr20 5903517 . A G 772.6 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.735;QD=61.8078;RBI=0.0339518;REFB=-0.118941;REVB=0.0247289;RO=1;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116232;STB=0.50617;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00232015;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:40:9:0:1:40:9:0:1 chr20 5903848 . C G 457.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1106;QD=57.2225;RBI=0.0106962;REFB=0;REVB=0.00846857;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130767;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr20 5903894 . A G 393.18 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5016;QD=56.1683;RBI=0.0715762;REFB=0;REVB=-0.0184295;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191286;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr20 5904040 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4342;QD=56.1903;RBI=0.0329533;REFB=0;REVB=0.0268056;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675378;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr20 5974228 . A G 273.49 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0143012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0076;QD=15.1937;RBI=0.0263501;REFB=-0.00497386;REVB=0.0221315;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244876;STB=0.636875;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00747626;OID=.;OPOS=5974228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:9:32:17:14:9:32 chr20 6021740 . G A 65.49 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0396775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.891;QD=4.36577;RBI=0.0409182;REFB=-0.00699734;REVB=0.00999949;RO=49;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133858;STB=0.588621;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.064759;OID=.;OPOS=6021740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:7:4:23:26:7:4:23:26 chr20 6022813 . C T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0122957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.193;QD=13.8492;RBI=0.012325;REFB=-0.01642;REVB=-0.000849375;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351816;STB=0.707102;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0207884;OID=.;OPOS=6022813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:8:8:4:20:8:8:4:21 chr20 6064710 . A G 402.62 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=103;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00667806;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.024;QD=15.338;RBI=0.0154282;REFB=-0.00525625;REVB=0.013908;RO=60;SAF=31;SAR=12;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1614;STB=0.582616;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0184677;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:60:60:43:45:0.428571:12:31:35:25:13:32:35:25 chr20 6065729 . C T 160.78 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0243074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.416;QD=14.6161;RBI=0.047697;REFB=-0.0294887;REVB=0.0410384;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705438;STB=0.532677;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0648258;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:24:20:20:0.454545:8:12:11:10:8:12:13:11 chr20 6065731 . T C 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00210274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.23;QD=12.0853;RBI=0.0177908;REFB=-0.0135583;REVB=-0.0176661;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158041;STB=0.583228;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0153817;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:6:10:14:15:6:10:15:15 chr20 6751034 . A G 295.51 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0154765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.218;QD=20.3802;RBI=0.0309484;REFB=-0.0166807;REVB=0.0268008;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072985;STB=0.546651;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.015061;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:17:13:14:13:18:13:14:13 chr20 6759115 . A T 389.18 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00369321;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5825;QD=18.5324;RBI=0.0523396;REFB=-0.00161913;REVB=0.0522092;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389953;STB=0.521728;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00295603;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:44:40:40:0.47619:22:18:18:26:22:18:18:26 chr20 6760277 . TG T 114.06 PASS AF=0.35;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=-0.101934;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.175;QD=7.60393;RBI=0.117077;REFB=0.0010937;REVB=0.0575889;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330307;STB=0.69216;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=-0.00566769;OID=.;OPOS=6760278;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:21:62:21:60:39:9:12:6:33:99:38:9:12:6:32 chr20 7963041 . C T 183.69 PASS AF=0.4;AO=16;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0775936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9502;QD=16.3283;RBI=0.091436;REFB=-0.0156676;REVB=0.0483713;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0431657;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:16:18:0.4:5:11:16:7:6:12:16:8 chr20 7980390 . C T 229.91 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00271821;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.47;QD=13.9341;RBI=0.00700578;REFB=-0.0104762;REVB=0.00645696;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142139;STB=0.578714;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0164907;OID=.;OPOS=7980390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:39:27:27:0.409091:14:13:23:14:14:13:24:15 chr20 7999642 . G A 321.06 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00665739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9627;QD=13.8088;RBI=0.00666587;REFB=-0.00496131;REVB=0.000336134;RO=57;SAF=17;SAR=19;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769223;STB=0.543804;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00866423;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:19:17:31:26:19:17:31:26 chr20 8755243 . T C 233.2 PASS AF=0.55;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00703859;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.461;QD=23.3202;RBI=0.0350866;REFB=-0.0175014;REVB=0.0343734;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227307;STB=0.520529;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0158195;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:18:20:22:0.55:10:10:10:9:12:10:9:9 chr20 8769180 . C T 214.16 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.117803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8312;QD=45.087;RBI=0.118396;REFB=-0.159133;REVB=0.0118316;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0154175;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr20 9424810 . A C 113.33 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0495754;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.428;QD=13.7369;RBI=0.0501388;REFB=-0.00033086;REVB=0.00749535;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179374;STB=0.641996;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00858982;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:20:13:13:0.393939:6:7:6:11:6:7:6:14 chr20 9424904 . C A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0273299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.234;QD=10.0752;RBI=0.0278687;REFB=-0.000593175;REVB=0.00545363;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000806486;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:7:7:5:3:7:7 chr20 9543622 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0231316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2321;QD=15.9166;RBI=0.0390277;REFB=0.00369192;REVB=-0.0314339;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00336302;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:7:8:8:5:7:8 chr20 9547018 . C G 306.09 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0322098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.442;QD=20.4059;RBI=0.0326142;REFB=-0.0218542;REVB=0.00512011;RO=27;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120694;STB=0.560936;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.015515;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:23:9:11:16:23:9:11:17 chr20 10006682 . T A 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8881;QD=57.2299;RBI=0.0327029;REFB=0;REVB=0.032668;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353203;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr20 10019093 . A G 326.78 PASS AF=0.530303;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0649367;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0428;QD=19.8048;RBI=0.0649573;REFB=-0.0246131;REVB=0.00163499;RO=30;SAF=22;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260928;STB=0.614245;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0361556;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:33:35:0.530303:11:22:11:19:13:22:12:19 chr20 10633237 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00983047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.637;QD=17.4015;RBI=0.00984553;REFB=-0.00268433;REVB=0.000544375;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237804;STB=0.638067;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.003044;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:7:6:3:10:7:6 chr20 11790885 . C CTT 152.06 PASS AF=0.512195;AO=18;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0251748;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.7948;QD=14.835;RBI=0.0992093;REFB=0.00673119;REVB=0.095962;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206746;STB=0.638959;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=-0.00506918;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:18:41:21:41:20:15:6:9:11:99:20:12:6:9:11 chr20 11791008 . C T 988.64 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7005;QD=59.0232;RBI=0.0953378;REFB=0;REVB=0.0295439;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677914;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr20 11799583 . G C 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000112678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.656;QD=21.7465;RBI=0.00494404;REFB=-0.00684616;REVB=0.00494276;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447114;STB=0.547576;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00651899;OID=.;OPOS=11799583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:20:22:22:0.52381:11:11:8:10:11:11:8:12 chr20 11903654 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0604149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.198;QD=13.3358;RBI=0.0605605;REFB=-0.0165817;REVB=-0.00419773;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191266;STB=0.621466;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0309559;OID=.;OPOS=11903654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:8:7:15:8:8:7:16:8 chr20 11907058 . C T 801.17 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.878;QD=64.0933;RBI=0.0131637;REFB=0;REVB=0.00671971;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9264e-05;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr20 13029764 . A C 758.78 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0128933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.931;QD=53.2478;RBI=0.0141014;REFB=-0.0720991;REVB=-0.00571078;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.535701;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000376328;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:42:13:0:0:42:13:2:0 chr20 13029790 . C T 211.65 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0324155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.934;QD=19.6887;RBI=0.0516109;REFB=-0.00594487;REVB=-0.0401612;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187548;STB=0.605286;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00840472;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:6:16:11:10:6:16 chr20 13029862 . C T 654.5 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8203;QD=60.8833;RBI=0.0634207;REFB=0;REVB=0.0393446;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368405;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:18:22:0:0:19:24:0:0 chr20 13029920 . C G 798.94 PASS AF=0.983051;AO=54;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00571956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.681;QD=54.1653;RBI=0.0421334;REFB=-0.0117031;REVB=0.0417433;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000172817;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:54:58:0.983051:27:27:0:0:31:27:0:1 chr20 13053018 . T G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0185812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.097;QD=14.6975;RBI=0.031584;REFB=-0.0205283;REVB=-0.02554;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906091;STB=0.552073;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0289323;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:16:14:8:13:16:14 chr20 13053035 . A G 205.11 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0148417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.168;QD=16.4084;RBI=0.0171478;REFB=-0.0103824;REVB=-0.00858913;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554376;STB=0.531761;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0155964;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:15:14:9:12:15:14 chr20 13134768 . T C 301.35 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0423887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7946;QD=19.442;RBI=0.0644787;REFB=-0.0296006;REVB=0.0485871;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145278;STB=0.580596;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0182001;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:20:10:16:16:20:10 chr20 13269248 . C T 369.6 PASS AF=0.40367;AO=43;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00125559;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.818;QD=13.5633;RBI=0.00385506;REFB=-0.0242563;REVB=-0.00364485;RO=64;SAF=27;SAR=16;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553092;STB=0.542234;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0356528;OID=.;OPOS=13269248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:65:43:44:0.40367:16:27:37:27:16:28:37:28 chr20 13273108 . T C 44.12 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0682277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.153;QD=2.52135;RBI=0.0735829;REFB=-0.00661421;REVB=-0.0275575;RO=61;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633519;STB=0.545355;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0353419;OID=.;OPOS=13273108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:61:61:9:9:0.128571:5:4:24:37:5:4:24:37 chr20 13743519 . T G 38.13 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00328046;FXX=0.0384468;HRUN=24;LEN=1;MLLD=145.795;QD=6.10148;RBI=0.0264214;REFB=-0.00457556;REVB=-0.026217;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39826;STB=0.768238;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0168823;OID=.;OPOS=13743519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:26:25:19:19:6:6:0.24:1:5:10:9:1:5:10:9 chr20 13747441 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0228673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.884;QD=11.9168;RBI=0.0605781;REFB=-0.0150822;REVB=0.0560962;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265868;STB=0.652439;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.024606;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:26:11:12:10:26:11 chr20 13830137 . A C 425.86 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0196207;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3473;QD=23.9923;RBI=0.0696876;REFB=-0.0161916;REVB=0.0668685;RO=30;SAF=9;SAR=32;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2075;STB=0.614786;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0151595;OID=.;OPOS=13830137;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:32:9:13:17:32:9:13:17 chr20 13847420 . A G 755.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948608;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.461;QD=57.0404;RBI=0.0486337;REFB=0;REVB=0.0476996;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147674;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr20 13954028 . A G 176.6 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0300152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4644;QD=14.128;RBI=0.0763055;REFB=-0.0283401;REVB=0.0701543;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235862;STB=0.636225;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0455295;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:11:20:8:11:11:20 chr20 14203735 . T C 982.11 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.204;QD=58.6335;RBI=0.188461;REFB=0;REVB=0.187542;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151689;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:22:43:0:0:24:43:0:0 chr20 14305775 . A AT,ATT 41.74 PASS AF=0.411765,0;AO=3,3;DP=17;FAO=7,0;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0492462,0.0266381;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.7997,18.6568;QD=9.82081;RBI=0.142234,0.0796365;REFB=-0.0201504,-0.0112878;REVB=-0.133437,-0.0750492;RO=11;SAF=2,0;SAR=1,3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0359791,-0.686823;STB=0.737044,0.5;STBP=0.131,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0148353,0;OID=.,.;OPOS=14305776,14305776;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0:3,3:17:7,0:17:10:2,0:5,0:7:3:41:11:2,0:1,3:7:4 chr20 14306953 . G T 1418.54 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.050574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.847;QD=61.6755;RBI=0.0577202;REFB=-0.00169143;REVB=-0.0278189;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108962;STB=0.505746;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000318762;OID=.;OPOS=14306953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:48:43:1:0:48:43:1:0 chr20 15874325 . A C,G 608.32 PASS AF=0.025,0.975;AO=2,37;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458514,0.00525987;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.751,169.451;QD=60.8319;RBI=0.031684,0.070352;REFB=0,0;REVB=0.0313505,0.0701551;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0624254,0.000191109;OID=.,.;OPOS=15874325,15874325;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:40:40:0:0:2,37:1,39:0.025,0.975:1,14:1,23:0:0:0,15:1,24:0:0 chr20 15874488 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.859;QD=55.0984;RBI=0.019426;REFB=0;REVB=0.00751317;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204732;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr20 15967719 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.02436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.866;QD=13.3359;RBI=0.0260506;REFB=-0.0113201;REVB=0.00923162;RO=24;SAF=1;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413961;STB=0.753397;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.017466;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:14:1:6:18:14:1:6:18 chr20 16240344 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.759;QD=33.4285;RBI=0.0232728;REFB=0;REVB=0.0108258;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210095;OID=.;OPOS=16240344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr20 16359567 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.362;QD=58.5875;RBI=0.0286928;REFB=0;REVB=0.0175658;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016173;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr20 16486698 . G A 353.18 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.012017;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.661;QD=13.2029;RBI=0.0150892;REFB=0.00611489;REVB=-0.00912553;RO=65;SAF=12;SAR=30;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20604;STB=0.617588;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00566336;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:65:65:42:42:0.392523:30:12:30:35:30:12:30:35 chr20 16493533 . T C 88.21 PASS AF=0.37931;AO=12;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0101216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.505;QD=12.1675;RBI=0.0102019;REFB=-0.00912705;REVB=0.00127747;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882068;STB=0.506318;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0370703;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:17:18:12:11:0.37931:6:6:10:7:5:6:10:8 chr20 16963522 . G C 613.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7487;QD=61.3168;RBI=0.058247;REFB=0;REVB=-0.0503147;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000855411;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr20 16963542 . A G 159.85 PASS AF=0.439024;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00289503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.283;QD=15.5947;RBI=0.0430121;REFB=-0.0172373;REVB=0.0429146;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041821;STB=0.512182;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0240952;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:23:16:18:0.439024:7:9:12:11:9:9:12:11 chr20 17470035 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.157;QD=56.7066;RBI=0.0286316;REFB=0;REVB=0.021764;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010087;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr20 17474968 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.985;QD=60.5473;RBI=0.0235227;REFB=0;REVB=-0.0214384;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40236e-05;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr20 17475217 . C T 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.416;QD=64.1513;RBI=0.0242856;REFB=0;REVB=0.0226173;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016381;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr20 17477592 . C T 508.26 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.926;QD=56.4734;RBI=0.0449259;REFB=-0.130246;REVB=-0.0132683;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00165579;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr20 17594714 . GC G 1281.62 PASS AF=0.697987;AO=104;DP=150;FAO=104;FDP=149;FR=.;FRO=45;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00943158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.342;QD=34.406;RBI=0.0177421;REFB=-0.0125563;REVB=-0.0150275;RO=46;SAF=63;SAR=41;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197071;STB=0.608949;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0104421;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.697987:104:150:104:149:45:63:41:11:34:99:46:63:41:12:34 chr20 17594729 . G A 352.1 PASS AF=0.304636;AO=46;DP=151;FAO=46;FDP=151;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=-0.00870685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.204;QD=9.32715;RBI=0.013442;REFB=0.000676635;REVB=-0.010241;RO=105;SAF=10;SAR=36;SRF=64;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471892;STB=0.775651;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00132096;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:105:105:46:46:0.304636:36:10:64:41:36:10:64:41 chr20 17596155 . C A 521.58 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0178729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.756;QD=23.4419;RBI=0.0247768;REFB=-0.0239611;REVB=0.0171595;RO=39;SAF=23;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143995;STB=0.513781;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0183112;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:40:49:49:0.550562:26:23:19:20:26:23:20:20 chr20 17600357 . G A 490.62 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0119393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.268;QD=22.301;RBI=0.0121311;REFB=-0.0126731;REVB=-0.00214896;RO=41;SAF=29;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192637;STB=0.606177;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0247215;OID=.;OPOS=17600357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:18:29:16:25:18:29:16:25 chr20 17605240 . A T 657.84 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0225958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.27;QD=59.804;RBI=0.0459704;REFB=-0.156358;REVB=0.0400338;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00105979;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:18:25:0:0:18:25:0:1 chr20 17705677 . A G 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.737;QD=59.1379;RBI=0.071975;REFB=0;REVB=-0.0719447;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277523;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr20 17716416 . C G 385.14 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0147764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5843;QD=20.5409;RBI=0.0160093;REFB=-0.0235036;REVB=-0.00616078;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591918;STB=0.53277;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0233244;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:20:16:20:19:20:16 chr20 17932210 . C T 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.000228758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.714;QD=14.9204;RBI=0.0118155;REFB=-0.00766989;REVB=-0.0118133;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162587;STB=0.599708;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00943731;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:17:11:20:16:17:11:21:16 chr20 17968923 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0143574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0108;QD=16.1723;RBI=0.023695;REFB=0.0309049;REVB=0.0188499;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145276;STB=0.583232;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.038662;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:7:13:8:8:7:13 chr20 18131563 . T C 189.25 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0133986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.411;QD=13.0517;RBI=0.0198078;REFB=-0.016819;REVB=0.0145887;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164363;STB=0.593673;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0246649;OID=.;OPOS=18131563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:10:25:13:10:10:25 chr20 18143117 . T G 421.77 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4047;QD=56.2359;RBI=0.0269247;REFB=0;REVB=0.00498711;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039116;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:17:13:0:0 chr20 18143355 . C T 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00799625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.006;QD=18.8072;RBI=0.00885346;REFB=-0.0133941;REVB=0.00380049;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130022;STB=0.507242;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0142537;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:19:18:17:19:19:18 chr20 18167977 . T C 944.85 PASS AF=0.970588;AO=67;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0271055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.822;QD=55.5792;RBI=0.028055;REFB=-0.083161;REVB=-0.00723734;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519225;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00065319;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:0:2:67:66:0.970588:41:26:0:0:41:25:2:0 chr20 18296072 . T A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00988656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.601;QD=49.5965;RBI=0.0111563;REFB=0;REVB=0.00516909;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127955;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr20 18309650 . GT G 655.55 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.4305;QD=47.6762;RBI=0.0772585;REFB=0;REVB=0.0769786;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00194441;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:55:55:0:31:24:0:0:12:0:31:22:0:0 chr20 18327570 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00451504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.729;QD=18.8286;RBI=0.00705302;REFB=0.00369282;REVB=0.00541845;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231994;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00430662;OID=.;OPOS=18327570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:19:20:0.47619:9:10:11:10:9:11:11:11 chr20 18393312 . C G 252.56 PASS AF=0.375;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0235274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8869;QD=12.6278;RBI=0.0762213;REFB=-0.0253649;REVB=-0.0724993;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672261;STB=0.549967;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0279233;OID=.;OPOS=18393312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:50:30:30:0.375:15:15:21:27:15:15:21:29 chr20 18393499 . C T 414.93 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0298821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.827;QD=36.0805;RBI=0.0301538;REFB=-0.00493111;REVB=-0.00403849;RO=13;SAF=19;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13933;STB=0.575712;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00299851;OID=.;OPOS=18393499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:14:19:4:9:14:19:4:9 chr20 18396061 . C T 75.79 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.068209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.195;QD=5.22681;RBI=0.0682512;REFB=-0.00617896;REVB=-0.00239887;RO=46;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246523;STB=0.654939;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0285298;OID=.;OPOS=18396061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:6:6:14:32:6:6:14:32 chr20 18414356 . A G 178.07 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0445322;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.723;QD=15.4847;RBI=0.0719076;REFB=-0.0391997;REVB=-0.0564588;RO=26;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274702;STB=0.658367;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0450538;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:5:15:13:13:5:15:13:13 chr20 18445963 . A G 183.08 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0167985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.167;QD=25.2523;RBI=0.0182895;REFB=-0.0216936;REVB=0.0072329;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169342;STB=0.594489;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0123805;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:7:4:11:7:7:4 chr20 18462421 . A G 246.87 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0313332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.863;QD=14.7383;RBI=0.0313407;REFB=-0.0244296;REVB=0.000688039;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190337;STB=0.602782;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0210768;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:38:27:29:0.432836:12:15:14:24:13:16:14:24 chr20 18523002 . C G 94.33 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.112377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8151;QD=20.9626;RBI=0.114679;REFB=-0.0344089;REVB=-0.0228598;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283481;OID=.;OPOS=18523002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:2:5:8:3:2:5 chr20 18573108 . T G 114.7 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0041495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.143;QD=10.4269;RBI=0.00514302;REFB=-0.00771037;REVB=-0.00303848;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318687;STB=0.717056;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0163679;OID=.;OPOS=18573108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:30:14:14:0.318182:3:11:15:13:3:11:15:15 chr20 18724744 . C T 35.49 PASS AF=0.15;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0328615;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.746;QD=3.54871;RBI=0.0329518;REFB=-0.0110673;REVB=0.00243788;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376799;STB=0.749064;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0240156;OID=.;OPOS=18724744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:44:40:37:34:6:6:0.15:1:5:20:17:1:5:20:14 chr20 18794714 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00269485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.38;QD=23.0884;RBI=0.00500352;REFB=-0.022016;REVB=0.0042158;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243875;STB=0.636665;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0163492;OID=.;OPOS=18794714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:11:7:15:7:11:7 chr20 18794754 . C T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00973224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.714;QD=18.7117;RBI=0.0108044;REFB=-0.00440918;REVB=-0.00469239;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181892;STB=0.603655;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00526403;OID=.;OPOS=18794754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:10:9:12:6:10:9 chr20 18810705 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0053689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.172;QD=11.845;RBI=0.00865869;REFB=-0.012873;REVB=-0.00679321;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239399;STB=0.637517;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0195816;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:11:15:16:29:11:15:16:29 chr20 19261623 . G A 469.19 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00334069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6702;QD=18.5816;RBI=0.0223099;REFB=-0.0103882;REVB=0.0220584;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451139;STB=0.52503;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00934013;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:24:25:24:28:24:25:24:28 chr20 19560664 . G A 359.34 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0142351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.774;QD=19.9633;RBI=0.0331761;REFB=-0.0121713;REVB=0.0299669;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647479;STB=0.528202;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0108839;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:19:18:14:20:19:18:15:20 chr20 19634732 . G A 432.24 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=115;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.017341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.675;QD=14.9047;RBI=0.0192017;REFB=-0.001524;REVB=-0.00824582;RO=67;SAF=22;SAR=26;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453479;STB=0.503885;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00194861;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:67:67:48:49:0.422414:26:22:31:36:26:23:31:36 chr20 19634747 . T C 390.29 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00329432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.394;QD=14.4551;RBI=0.0117949;REFB=-0.0108131;REVB=-0.0113255;RO=63;SAF=20;SAR=25;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331213;STB=0.518664;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0162273;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:25:20:30:33:25:20:30:33 chr20 19702049 . G A 1019.26 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.838;QD=57.4234;RBI=0.00400145;REFB=0;REVB=-0.000236194;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208548;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:68:71:1:21:47:0:0:23:48:0:0 chr20 19951534 . T A 376.74 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0180491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5351;QD=18.6045;RBI=0.0194378;REFB=0.0133531;REVB=-0.00721505;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986948;STB=0.554886;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0148984;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:18:21:27:15:18:21:27:15 chr20 19970705 . C T 460.4 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0297765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4522;QD=21.1676;RBI=0.0298041;REFB=-0.013016;REVB=0.001284;RO=42;SAF=14;SAR=31;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197924;STB=0.609785;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0037662;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:31:14:22:20:31:14:22:20 chr20 19983022 . AT A 163.62 PASS AF=0.695652;AO=26;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0431802;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.8106;QD=14.2277;RBI=0.192426;REFB=0.015001;REVB=0.187519;RO=14;SAF=5;SAR=21;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.0526114;STB=0.522922;STBP=0.755;TYPE=del;VARB=0.0324784;OID=.;OPOS=19983023;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:26:46:32:46:14:6:26:2:12:40:14:5:21:2:12 chr20 20032998 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.659;QD=45.8066;RBI=0.0837925;REFB=0;REVB=0.0122302;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193502;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr20 20033137 . T A 958.39 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583636;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.892;QD=58.978;RBI=0.00613281;REFB=0;REVB=0.00188367;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03773e-05;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr20 20033242 . A T 769.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4404;QD=56.9865;RBI=0.0381515;REFB=0;REVB=0.00968787;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322983;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr20 20033319 . A G 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00415481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.953;QD=52.1511;RBI=0.0043202;REFB=-0.0334789;REVB=-0.00118393;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00330943;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:0:1 chr20 20033380 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2186;QD=54.5176;RBI=0.00185867;REFB=0;REVB=0.00128597;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33899e-06;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr20 20050397 . G A 718.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.345;QD=61.1683;RBI=0.0449929;REFB=0;REVB=0.0200053;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206696;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr20 20152462 . A C 142.99 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00764075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.147;QD=10.7916;RBI=0.0222614;REFB=-0.00324946;REVB=0.020909;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941475;STB=0.547891;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00491177;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:12:6:14:20:12:6:14:21 chr20 20341333 . G C 1552.71 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187669;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.124;QD=64.0294;RBI=0.0352061;REFB=0;REVB=0.0351561;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89818e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr20 20350516 . T G 477.18 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287038;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.15;QD=57.8397;RBI=0.0533351;REFB=0;REVB=0.0449525;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120646;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr20 20373813 . C T 478.44 PASS AF=0.49505;AO=47;DP=100;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00219293;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.057;QD=18.9482;RBI=0.0119078;REFB=-0.0254184;REVB=0.0117041;RO=50;SAF=33;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184378;STB=0.570136;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0326378;OID=.;OPOS=20373813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:51:47:50:0.49505:14:33:26:24:17:33:27:24 chr20 20475781 . C T 224.58 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0059595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6984;QD=17.6141;RBI=0.0386291;REFB=-0.0148382;REVB=-0.0381666;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909835;STB=0.551344;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0155683;OID=.;OPOS=20475781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:15:12:13:11:15:12 chr20 21142523 . C G 318.2 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0171852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.164;QD=26.5169;RBI=0.0186232;REFB=-0.00412561;REVB=-0.00717565;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544233;STB=0.530099;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00190641;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:12:16:10:10:12:16:10:10 chr20 21142813 . T C 162.3 PASS AF=0.472222;AO=14;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0307556;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.43;QD=18.0332;RBI=0.057603;REFB=0.00181208;REVB=0.0487052;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326879;STB=0.666481;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000988892;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:19:14:17:0.472222:8:6:12:3:10:7:14:5 chr20 21346079 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00837133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.321;QD=3.83365;RBI=0.0352055;REFB=-0.00313694;REVB=0.0341957;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12097;STB=0.582546;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.057838;OID=.;OPOS=21346079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:34:36:7:7:0.162791:3:4:16:18:3:4:17:19 chr20 21362703 . TA T 1208.4 PASS AF=0.990826;AO=104;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.4025;QD=44.3451;RBI=0.090097;REFB=-0.0262618;REVB=-0.0764134;RO=4;SAF=46;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0218343;STB=0.50505;STBP=0.305;TYPE=del;VARB=0.00157404;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990826:104:108:108:109:1:49:59:1:0:16:4:46:58:3:1 chr20 22562674 . T C 392.93 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109198;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.526;QD=56.1325;RBI=0.0152948;REFB=0;REVB=0.0107093;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80453e-05;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr20 23016970 . T G 1438.13 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00115859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.664;QD=61.8549;RBI=0.00160606;REFB=0.0107022;REVB=-0.00111226;RO=1;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.06541e-08;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:48:44:0:1:48:44:0:1 chr20 23017017 . T C 1572.9 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.45;QD=59.9199;RBI=0.0324236;REFB=0;REVB=0.0102968;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88238e-05;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:60:45:0:0:60:45:0:0 chr20 23017044 . C T 1581.94 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.019592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.961;QD=58.0528;RBI=0.0199006;REFB=-0.110722;REVB=-0.00349085;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978547;STB=0.504201;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000164054;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:109:1:1:107:108:0.990826:59:48:1:0:59:49:0:1 chr20 23017082 . T C 1666.53 PASS AF=0.957983;AO=114;DP=119;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0636234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8681;QD=56.0177;RBI=0.0643399;REFB=0.0524385;REVB=-0.00957536;RO=5;SAF=54;SAR=60;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419566;STB=0.52212;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0125958;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:119:5:5:114:114:0.957983:60:54:5:0:60:54:5:0 chr20 23028724 . G A 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00124293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.677;QD=18.8159;RBI=0.0108051;REFB=-0.0142564;REVB=-0.0107333;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184616;STB=0.604677;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0256303;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:8:2:5:7:8:2 chr20 23063580 . CT C 67.5 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0702946;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.8538;QD=4.42614;RBI=0.075122;REFB=-0.00321344;REVB=-0.0264949;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202849;STB=0.580176;STBP=0.433;TYPE=del;VARB=0.00461935;OID=.;OPOS=23063581;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278689:17:61:17:61:44:7:10:23:21:67:41:8:9:20:21 chr20 23065209 . G A 846.55 PASS AF=0.467742;AO=87;DP=186;FAO=87;FDP=186;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.0108892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.235;QD=18.2053;RBI=0.0273629;REFB=-0.0140841;REVB=0.0251029;RO=95;SAF=41;SAR=46;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321736;STB=0.512627;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0170217;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:95:99:87:87:0.467742:46:41:48:47:46:41:49:50 chr20 23065342 . A G 1415.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=62.9029;RBI=0.0722187;REFB=0;REVB=-0.0584063;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61285e-05;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr20 23065517 . AGGGGGC AGGG,AGGGG,AGGGGC 40.75 PASS AF=0,0.35,0;AO=2,2,4;DP=20;FAO=0,7,0;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2,0;FSAR=0,5,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.10508,0.146603,0.188821;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=27.0362,21.5553,9.09226;QD=8.14931;RBI=0.150404,0.153722,0.457403;REFB=-0.0201776,-0.0212043,-0.0484221;REVB=-0.107609,-0.0462369,-0.41661;RO=8;SAF=0,1,0;SAR=2,1,4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.684179,-0.269415,-0.75998;STB=0.5,0.517191,0.5;STBP=1,0.973,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0498268,0;OID=.,.,.;OPOS=23065521,23065522,23065518;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.35,0:2,2,4:20:0,7,0:20:13:0,2,0:0,5,0:4:9:37:8:0,1,0:2,1,4:6:2 chr20 23065548 . C A 59.53 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00822635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4562;QD=9.922;RBI=0.140266;REFB=0.0237586;REVB=0.140025;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232378;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0260288;OID=.;OPOS=23065548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:24:15:15:8:9:0.375:6:2:4:11:7:2:4:11 chr20 23345844 . A C 526.5 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.967;QD=56.919;RBI=0.046396;REFB=-0.130221;REVB=0.0260929;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00205149;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr20 23352480 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.925;QD=56.189;RBI=0.0367869;REFB=0;REVB=-0.0266737;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116622;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr20 23352685 . C A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6049;QD=58.7802;RBI=0.0092815;REFB=0;REVB=-0.0071862;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010995;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr20 23355454 . ATAC A,ATGC 112.13 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=8,2;DP=10;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249666,-0.000617591;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=284.16,70.1217;QD=40.7751;RBI=0.00296265,0.027154;REFB=0,0;REVB=0.00159499,0.0271469;RO=0;SAF=3,1;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00281204,0.101574;OID=.,.;OPOS=23355455,23355456;OREF=TAC,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,ATGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:8,2:10:9,2:11:0:3,1:6,1:0:0:9:0:3,1:5,1:0:0 chr20 23361613 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.19;QD=62.0192;RBI=0.0352634;REFB=0;REVB=0.0245118;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83136e-06;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr20 23472391 . A G 2160.81 PASS AF=1;AO=142;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201041;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.35;QD=57.6216;RBI=0.0262739;REFB=-0.132285;REVB=0.0169158;RO=1;SAF=67;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104828;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:146:150:1:0:142:150:1:75:67:1:0:78:72:0:0 chr20 23472397 . G A 803.91 PASS AF=0.527778;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0173599;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.09;QD=22.3309;RBI=0.0173621;REFB=0.000527266;REVB=0.000274383;RO=67;SAF=34;SAR=42;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770412;STB=0.538846;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000380502;OID=.;OPOS=23472397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:67:68:76:76:0.527778:42:34:36:31:42:34:36:32 chr20 23546639 . T G 339.8 PASS AF=0.368421;AO=39;DP=113;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.000226311;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.113;QD=11.9228;RBI=0.00499343;REFB=-0.00568808;REVB=0.0049883;RO=71;SAF=17;SAR=22;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158143;STB=0.590678;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00966324;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:71:72:39:42:0.368421:22:17:41:30:23:19:43:29 chr20 23548913 . T C 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00514222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7187;QD=1.55644;RBI=0.0103649;REFB=-0.00428007;REVB=-0.00899935;RO=83;SAF=1;SAR=8;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500276;STB=0.890135;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0605068;OID=.;OPOS=23548913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:83:84:9:9:0.0967742:8:1:45:38:8:1:46:38 chr20 23586360 . G A 289.49 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.105917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4609;QD=13.9515;RBI=0.106663;REFB=-0.0287843;REVB=0.0125948;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809821;STB=0.539171;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0486302;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:50:33:33:0.39759:17:16:20:29:17:16:21:29 chr20 23618395 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.628;QD=59.5018;RBI=0.00894736;REFB=0;REVB=0.00799254;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71672e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr20 23729722 . G T 3346.74 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630216;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9606;QD=61.9767;RBI=0.0277003;REFB=-0.00846193;REVB=-0.0269739;RO=1;SAF=114;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99932e-05;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:216:1:0:216:216:1:102:114:1:0:102:114:0:0 chr20 23731494 . A G 349.56 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0348769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.136;QD=27.9651;RBI=0.0416109;REFB=-0.00276392;REVB=0.0226951;RO=20;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037463;STB=0.520647;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000716758;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:18:12:9:11:18:12:9:11 chr20 23860178 . A G 317.19 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00937795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7625;QD=25.8931;RBI=0.00949019;REFB=-0.0266765;REVB=-0.00145529;RO=21;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199181;STB=0.511033;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0152019;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:18:10:8:13:18:10:8:13 chr20 23967075 . G C 297.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0124789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.117;QD=23.2943;RBI=0.0125295;REFB=0.00317184;REVB=-0.00112533;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103272;STB=0.556974;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00359586;OID=.;OPOS=23967075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:13:17:9:12:13:17:9:12 chr20 24939590 . G C 646.42 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.030483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.676;QD=50.7;RBI=0.0318427;REFB=-0.0241834;REVB=0.00920576;RO=3;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574962;STB=0.530599;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00254964;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:23:25:0:3:23:25:0:3 chr20 24954887 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.624;QD=47.8222;RBI=0.0846644;REFB=0;REVB=0.0784879;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876342;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr20 25027526 . G A 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00497081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.972;QD=23.5965;RBI=0.00757919;REFB=-0.0353045;REVB=-0.00572147;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172574;STB=0.595596;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0226708;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:5:16:14:11:5:16 chr20 25059442 . C T 806.05 PASS AF=0.435897;AO=85;DP=195;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=0.0103858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.866;QD=16.5343;RBI=0.0254042;REFB=-0.00563181;REVB=-0.0231842;RO=109;SAF=42;SAR=43;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119502;STB=0.568581;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00882738;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:109:110:85:85:0.435897:43:42:41:68:43:42:41:69 chr20 25195387 . A AT 356.99 PASS AF=1;AO=11;DP=73;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251553;FXX=0.0972087;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.82301;QD=21.9689;RBI=0.150227;REFB=-0.0263576;REVB=-0.148106;RO=59;SAF=5;SAR=6;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0113779;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:73:65:65:0:31:34:0:0:6:59:5:6:26:33 chr20 25195394 . C T 1067.48 PASS AF=1;AO=64;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0978971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.674;QD=58.4918;RBI=0.0988872;REFB=0;REVB=0.0139583;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136657;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:64:73:1:38:26:0:0:42:31:0:0 chr20 25195509 . AA GA,GG 816.49 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=54,4;DP=58;FAO=54,4;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=28,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761031,-0.00662015;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=288.057,238.313;QD=56.3099;RBI=0.00940287,0.00870159;REFB=0,0;REVB=0.00552242,0.00564724;RO=0;SAF=26,0;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52846e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000153242,0.00124412;OID=.,.;OPOS=25195509,25195509;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:58:58:0:0:54,4:54,4:0.931034,0.0689655:28,4:26,0:0:0:28,4:26,0:0:0 chr20 25207074 . T C 1264.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.877;QD=61.7024;RBI=0.0129876;REFB=0;REVB=0.0127758;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88704e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:50:32:0:0 chr20 25259006 . G T 355.14 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00283309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.258;QD=16.3283;RBI=0.00980289;REFB=-0.0129037;REVB=-0.00938457;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431368;STB=0.502426;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0197451;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:20:18:23:26:20:18:23:26 chr20 25260931 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.54;QD=56.9556;RBI=0.0300524;REFB=0;REVB=0.00950534;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185727;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr20 25260976 . C G 275.5 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0669089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0146;QD=18.0659;RBI=0.0717307;REFB=0.0118932;REVB=-0.0258552;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181926;STB=0.610114;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0142001;OID=.;OPOS=25260976;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:11:19:13:17:11:19:13:18 chr20 25262769 . G A 341.87 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0010033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.589;QD=30.3885;RBI=0.0170538;REFB=0.0116317;REVB=0.0170243;RO=15;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170879;STB=0.600619;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0053619;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:15:16:29:29:0.644444:18:11:2:13:18:11:2:14 chr20 25264814 . T C 765.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7651;QD=63.8288;RBI=0.0260762;REFB=0;REVB=0.0227834;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281438;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr20 25268920 . T C 788.22 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846356;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0774;QD=64.3444;RBI=0.0872386;REFB=0;REVB=0.0868271;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147375;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr20 25276297 . G A 743.88 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.289;QD=56.1417;RBI=0.0234643;REFB=0;REVB=0.0107496;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188917;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:38:14:0:0:39:14:0:0 chr20 25282944 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.751;QD=56.938;RBI=0.0330696;REFB=0;REVB=-0.00969706;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84867e-05;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr20 25397831 . G A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0153015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.782;QD=4.16605;RBI=0.0162874;REFB=-0.00577091;REVB=-0.00558062;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139864;STB=0.595474;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0279655;OID=.;OPOS=25397831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:18:15:4:3:18:15 chr20 25456888 . A G 1501.34 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5748;QD=59.4592;RBI=0.05803;REFB=0;REVB=-0.0510443;RO=0;SAF=28;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457937;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:72:28:0:0:72:29:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 522.5 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391621;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=6;MLLD=247.945;QD=59.7145;RBI=0.00685398;REFB=0;REVB=0.00562498;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.46845e-05;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:35:35:0:13:22:0:0:4:0:13:20:0:0 chr20 25520665 . GT G 44.69 PASS AF=0.36;AO=6;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.135904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0842;QD=7.15031;RBI=0.152502;REFB=-0.0305144;REVB=-0.0691884;RO=17;SAF=0;SAR=6;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.826431;STB=0.860897;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0546969;OID=.;OPOS=25520666;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:6:25:9:25:16:2:7:14:2:44:17:0:6:15:2 chr20 25591864 . A T 241.67 PASS AF=0.84;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0439746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.954;QD=38.6669;RBI=0.0473299;REFB=-0.042286;REVB=0.0175028;RO=4;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715858;STB=0.536364;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00730878;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:25:4:4:19:21:0.84:10:9:1:3:11:10:1:3 chr20 25595829 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0139545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.934;QD=19.4668;RBI=0.0139554;REFB=0.00670066;REVB=0.000165884;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115193;STB=0.564797;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00713647;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:17:7:9:13:17:7 chr20 25595868 . G A 240.1 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0259861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9621;QD=16.5583;RBI=0.0356203;REFB=-0.00252353;REVB=0.0243625;RO=31;SAF=19;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981795;STB=0.555513;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00401856;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:8:19:19:12:8:19:19:12 chr20 25657029 . G A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0345079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.935;QD=5.12594;RBI=0.0391829;REFB=-0.0065278;REVB=-0.0185608;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015567;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0303815;OID=.;OPOS=25657029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:35:37:9:9:0.195652:4:5:19:16:4:5:19:18 chr20 25657518 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00951667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.513;QD=14.6579;RBI=0.0102318;REFB=-0.0241497;REVB=0.00375799;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328858;STB=0.519097;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0346264;OID=.;OPOS=25657518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:6:11:8:5:6:11 chr20 25755672 . G T 147.64 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00912182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.637;QD=7.66973;RBI=0.0116301;REFB=-0.00470936;REVB=-0.0072147;RO=55;SAF=14;SAR=7;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082354;STB=0.509795;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0117786;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:56:21:21:0.272727:7:14:37:18:7:14:38:18 chr20 26061803 . C A 32.52 PASS AF=0.2;AO=5;DP=26;FAO=5;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0135657;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3627;QD=5.20375;RBI=0.0160817;REFB=-0.0181537;REVB=0.00863674;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1089e-08;STB=0.580321;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0192324;OID=.;OPOS=26061803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:26:25:15:20:5:5:0.2:2:3:9:6:2:3:10:10 chr20 26063560 . G A,T 443.92 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288062,-0.00797522;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.745,184.87;QD=57.2806;RBI=0.0288366,0.00916169;REFB=0,0;REVB=-0.00132294,-0.00450915;RO=0;SAF=20,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00449564,-0.0349259;OID=.,.;OPOS=26063560,26063560;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:9,0:20,2:0:0:9,0:20,2:0:0 chr20 26084111 . A G 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0276122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0765;QD=1.87101;RBI=0.0506219;REFB=-0.00654077;REVB=0.0424281;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543477;STB=0.542251;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.037758;OID=.;OPOS=26084111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:4:3:29:32:4:3:29:32 chr20 26094564 . T G 2033.19 PASS AF=0.508997;AO=197;DP=389;FAO=198;FDP=389;FR=.;FRO=191;FSAF=106;FSAR=92;FSRF=97;FSRR=94;FWDB=-0.0241063;FXX=0.00256404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1899;QD=20.9068;RBI=0.041616;REFB=-0.0100502;REVB=-0.033923;RO=184;SAF=105;SAR=92;SRF=91;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340504;STB=0.513543;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0157589;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:389:184:191:197:198:0.508997:92:105:91:93:92:106:97:94 chr20 26094567 . T C 2416.99 PASS AF=0.574026;AO=219;DP=383;FAO=221;FDP=385;FR=.;FRO=164;FSAF=119;FSAR=102;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=0.00740435;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.262;QD=25.1116;RBI=0.0132074;REFB=-0.00921055;REVB=0.0109367;RO=158;SAF=119;SAR=100;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435545;STB=0.513837;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00773797;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:385:158:164:219:221:0.574026:100:119:77:81:102:119:83:81 chr20 26094605 . G A 1437.94 PASS AF=0.471519;AO=149;DP=317;FAO=149;FDP=316;FR=.;FRO=167;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=80;FSRR=87;FWDB=-0.00895843;FXX=0.00315447;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.685;QD=18.2018;RBI=0.022224;REFB=-0.0252924;REVB=-0.0203385;RO=167;SAF=78;SAR=71;SRF=80;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426347;STB=0.523487;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0256202;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:167:167:149:149:0.471519:71:78:80:87:71:78:80:87 chr20 26094609 . C A 1373.16 PASS AF=0.466019;AO=144;DP=309;FAO=144;FDP=309;FR=.;FRO=165;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.0354758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7664;QD=17.7755;RBI=0.0376232;REFB=0.0073235;REVB=-0.0125289;RO=165;SAF=74;SAR=70;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281094;STB=0.515503;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00861939;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:165:165:144:144:0.466019:70:74:80:85:70:74:80:85 chr20 29623210 . C T 32.21 PASS AF=0.0693642;AO=12;DP=173;FAO=12;FDP=173;FR=.;FRO=161;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=96;FWDB=-0.00350943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.619;QD=0.744734;RBI=0.0181654;REFB=-0.00115569;REVB=-0.0178232;RO=160;SAF=4;SAR=8;SRF=65;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834489;STB=0.570128;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0166863;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:173:173:160:161:12:12:0.0693642:8:4:65:95:8:4:65:96 chr20 29623223 . T C 639.74 PASS AF=0.427711;AO=70;DP=165;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=0.00498504;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.049;QD=15.4153;RBI=0.0057435;REFB=-0.0105822;REVB=-0.00285257;RO=93;SAF=28;SAR=42;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486269;STB=0.53026;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0121272;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:93:95:70:71:0.427711:42:28:33:60:42:29:34:61 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 697.7 PASS AF=0.0785714,0.45;AO=8,60;DP=150;FAO=11,63;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=4,24;FSAR=7,39;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0268216,0.00767929;FXX=0.0789422;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=29.6258,233.913;QD=19.9343;RBI=0.070019,0.0319501;REFB=0.0531905,-0.00121652;REVB=0.0646782,0.0310135;RO=53;SAF=3,24;SAR=5,36;SRF=27;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161924,-0.0951606;STB=0.554355,0.523212;STBP=0.717,0.63;TYPE=snp,del;VARB=-0.0160932,0.00939429;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0785714,0.45:8,60:150:11,63:140:66:4,24:7,39:28:38:99:53:3,24:5,36:27:26 chr20 29623263 . C T 31.78 PASS AF=0.0718954;AO=11;DP=153;FAO=11;FDP=153;FR=.;FRO=142;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=89;FWDB=-0.015737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.617;QD=0.830927;RBI=0.0212915;REFB=-0.00125085;REVB=-0.0143414;RO=141;SAF=4;SAR=7;SRF=53;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142915;STB=0.509561;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0204798;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:153:153:141:142:11:11:0.0718954:7:4:53:88:7:4:53:89 chr20 29624070 . G A 919.75 PASS AF=0.61194;AO=82;DP=134;FAO=82;FDP=134;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.000188218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.565;QD=27.4553;RBI=0.00101325;REFB=-0.021159;REVB=0.000995614;RO=51;SAF=40;SAR=42;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294405;STB=0.519646;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00984178;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:51:52:82:82:0.61194:42:40:27:24:42:40:28:24 chr20 29625876 . C T 143.45 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00972768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.044;QD=6.83112;RBI=0.0384472;REFB=-0.00178489;REVB=-0.0371963;RO=59;SAF=17;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42104;STB=0.769616;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00962953;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:63:21:21:0.25:4:17:29:30:4:17:30:33 chr20 29625877 . G A 127.64 PASS AF=0.247059;AO=18;DP=82;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0132011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.417;QD=6.00645;RBI=0.052191;REFB=-0.000406786;REVB=-0.0504939;RO=62;SAF=10;SAR=8;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112995;STB=0.576294;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00120221;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:62:64:18:21:0.247059:8:10:35:27:11:10:37:27 chr20 29625895 . G A 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0120833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.57;QD=1.8181;RBI=0.0183915;REFB=-0.00315737;REVB=-0.013865;RO=91;SAF=4;SAR=7;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182389;STB=0.64059;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0254353;OID=.;OPOS=29625895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:91:92:11:11:0.106796:7:4:47:44:7:4:48:44 chr20 29625925 . C CTTG 192.66 PASS AF=0.276596;AO=25;DP=96;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00732182;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.51;QD=8.19846;RBI=0.0189204;REFB=-0.00907728;REVB=-0.0174463;RO=67;SAF=8;SAR=17;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233995;STB=0.614196;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=0.0221985;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:25:96:26:94:68:9:17:34:34:99:67:8:17:34:33 chr20 29625934 . CA CG,TG 113.55 PASS AF=0.136842,0.0736842;AO=13,7;DP=96;FAO=13,7;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=5,3;FSAR=8,4;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00168739,-0.011442;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=119.338,190.178;QD=4.78109;RBI=0.0219746,0.0241255;REFB=-0.011332,-0.00342539;REVB=-0.0219097,-0.0212396;RO=74;SAF=5,3;SAR=8,4;SRF=31;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0443502,0.0110092;STB=0.537147,0.501774;STBP=0.79,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0417859,0.0242901;OID=.,.;OPOS=29625935,29625934;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:96:95:74:75:13,7:13,7:0.136842,0.0736842:8,4:5,3:31:43:8,4:5,3:32:43 chr20 29625946 . A G 32.54 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00761887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.75;QD=1.21628;RBI=0.0110605;REFB=-0.00275906;REVB=-0.00801797;RO=98;SAF=3;SAR=6;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1117;STB=0.591895;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0542721;OID=.;OPOS=29625946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:98:98:9:9:0.0841121:6:3:42:56:6:3:42:56 chr20 29625950 . G A 33.0 PASS AF=0.0857143;AO=9;DP=105;FAO=9;FDP=105;FR=.;FRO=96;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0573896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0461;QD=1.25716;RBI=0.0796118;REFB=-0.00885881;REVB=-0.0551768;RO=96;SAF=3;SAR=6;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989531;STB=0.580896;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0929443;OID=.;OPOS=29625950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:105:105:96:96:9:9:0.0857143:6:3:40:56:6:3:40:56 chr20 29625965 . G A 53.56 PASS AF=0.110169;AO=13;DP=117;FAO=13;FDP=118;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.00392614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.436;QD=1.81568;RBI=0.0399211;REFB=-0.00045304;REVB=-0.0397275;RO=104;SAF=3;SAR=10;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232693;STB=0.680174;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00475851;OID=.;OPOS=29625965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:118:104:105:13:13:0.110169:10:3:42:62:10:3:43:62 chr20 29625979 . C A 44.2 PASS AF=0.0952381;AO=13;DP=127;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.00714064;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.534;QD=1.40333;RBI=0.0186348;REFB=-0.000628915;REVB=-0.0172124;RO=111;SAF=2;SAR=11;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354864;STB=0.877865;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.024747;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:127:126:111:114:13:12:0.0952381:11:2:46:65:11:1:49:65 chr20 29625984 . TG CC,TA 218.16 PASS AF=0.137097,0.137097;AO=17,17;DP=125;FAO=17,17;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=7,5;FSAR=10,12;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.0115767,-0.0739048;FXX=0.00799936;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=263.253,62.1211;QD=7.03752;RBI=0.012312,0.0772737;REFB=0.00188486,-0.00654462;REVB=0.00419107,-0.0225678;RO=90;SAF=7,5;SAR=10,12;SRF=36;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0153848,-0.146064;STB=0.510239,0.598419;STBP=0.953,0.369;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0115764,0.0250337;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:125:124:90:90:17,17:17,17:0.137097,0.137097:10,12:7,5:36:54:10,12:7,5:36:54 chr20 29628236 . G C 48.03 PASS AF=0.0862069;AO=15;DP=174;FAO=15;FDP=174;FR=.;FRO=159;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=79;FWDB=0.0105181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5442;QD=1.10422;RBI=0.0185307;REFB=0.0059553;REVB=0.0152563;RO=158;SAF=9;SAR=6;SRF=80;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108806;STB=0.588796;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0721279;OID=.;OPOS=29628236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:174:174:158:159:15:15:0.0862069:6:9:80:78:6:9:80:79 chr20 29628237 . C A 72.8 PASS AF=0.109195;AO=19;DP=174;FAO=19;FDP=174;FR=.;FRO=155;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=78;FWDB=-0.0263781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.267;QD=1.67367;RBI=0.0275057;REFB=-0.00212891;REVB=-0.00779499;RO=149;SAF=12;SAR=7;SRF=76;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150578;STB=0.620688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0215606;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:174:174:149:155:19:19:0.109195:7:12:76:73:7:12:77:78 chr20 29628254 . A G 58.02 PASS AF=0.0944444;AO=17;DP=180;FAO=17;FDP=180;FR=.;FRO=163;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=88;FSRR=75;FWDB=0.000816261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.744;QD=1.28934;RBI=0.00715409;REFB=0.00108286;REVB=-0.00710737;RO=163;SAF=3;SAR=14;SRF=88;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428346;STB=0.826355;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.011474;OID=.;OPOS=29628254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:180:180:163:163:17:17:0.0944444:14:3:88:75:14:3:88:75 chr20 29628271 . C T 1034.33 PASS AF=0.547486;AO=98;DP=179;FAO=98;FDP=179;FR=.;FRO=81;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00663919;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.637;QD=23.1136;RBI=0.0267881;REFB=-0.0244075;REVB=-0.0259523;RO=79;SAF=53;SAR=45;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110816;STB=0.565673;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0167314;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:79:81:98:98:0.547486:45:53:32:47:45:53:32:49 chr20 29628328 . C G 89.86 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0521948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7208;QD=3.35922;RBI=0.0645996;REFB=-0.00737896;REVB=-0.0380631;RO=88;SAF=9;SAR=8;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195021;STB=0.616843;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0245841;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:106:107:88:90:17:17:0.158879:8:9:33:55:8:9:35:55 chr20 29628361 . A C 197.87 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0156648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.45;QD=14.6574;RBI=0.016279;REFB=-0.0247763;REVB=0.00442933;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444756;STB=0.502536;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0295207;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:12:19:14:9:12:19 chr20 29628431 . C T 147.15 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0113813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.7;QD=17.3119;RBI=0.0222333;REFB=-0.00888248;REVB=-0.0190994;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198855;STB=0.624844;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0441172;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:6:9:7:11:6:10:7:11 chr20 29630666 . T C 244.05 PASS AF=0.290598;AO=34;DP=117;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00229651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1346;QD=8.34365;RBI=0.0169741;REFB=-0.0297435;REVB=0.016818;RO=83;SAF=25;SAR=9;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211589;STB=0.625988;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0170525;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:83:83:34:34:0.290598:9:25:48:35:9:25:48:35 chr20 29630674 . A T 332.56 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0131974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.251;QD=10.7276;RBI=0.0147965;REFB=-0.010208;REVB=-0.00669058;RO=81;SAF=30;SAR=12;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198899;STB=0.612189;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0113339;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:82:42:42:0.33871:12:30:45:36:12:30:46:36 chr20 29630681 . G A 282.85 PASS AF=0.294574;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=129;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.00202703;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.095;QD=8.77063;RBI=0.00928181;REFB=-0.00569244;REVB=0.00905776;RO=85;SAF=29;SAR=9;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212486;STB=0.656205;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00888387;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:85:91:38:38:0.294574:9:29:52:33:9:29:52:39 chr20 29630695 . C A 98.89 PASS AF=0.143836;AO=21;DP=147;FAO=21;FDP=146;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.00763634;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.317;QD=2.70925;RBI=0.0319891;REFB=-0.00497835;REVB=-0.0310642;RO=125;SAF=14;SAR=7;SRF=72;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120886;STB=0.575536;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0323794;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:147:146:125:125:21:21:0.143836:7:14:72:53:7:14:73:52 chr20 29630697 . A G 376.76 PASS AF=0.317568;AO=47;DP=148;FAO=47;FDP=148;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.0143462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3705;QD=10.1826;RBI=0.0498837;REFB=-0.0159701;REVB=0.0477762;RO=100;SAF=31;SAR=16;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123661;STB=0.575964;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0327001;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:100:101:47:47:0.317568:16:31:56:44:16:31:56:45 chr20 29630725 . T C 392.56 PASS AF=0.33557;AO=48;DP=147;FAO=50;FDP=149;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0251541;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.221;QD=10.5386;RBI=0.0341165;REFB=-0.0114748;REVB=-0.0230479;RO=98;SAF=28;SAR=20;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740672;STB=0.557354;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0216793;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:98:99:48:50:0.33557:20:28:51:47:20:30:51:48 chr20 29631613 . TG CA 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00385335;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.26;QD=7.03219;RBI=0.0155674;REFB=-0.0037495;REVB=-0.0150829;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202753;STB=0.512792;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=0.00624187;OID=.;OPOS=29631613;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:14:12:4:5:14:12 chr20 29632635 . C G 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00510691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.961;QD=2.39316;RBI=0.0326194;REFB=-0.00484465;REVB=-0.0322172;RO=69;SAF=5;SAR=5;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115239;STB=0.582119;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0238271;OID=.;OPOS=29632635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:5:5:41:28:5:5:41:28 chr20 29632638 . C A 145.2 PASS AF=0.271605;AO=17;DP=78;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0217335;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.616;QD=7.17017;RBI=0.0221294;REFB=-0.0117194;REVB=-0.00416712;RO=56;SAF=7;SAR=10;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174128;STB=0.535276;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0333507;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:56:59:17:22:0.271605:10:7:31:25:10:12:35:24 chr20 29632643 . T C 66.23 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00902117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1411;QD=2.94356;RBI=0.00907104;REFB=0.00222488;REVB=-0.000949856;RO=75;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102844;STB=0.506015;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0217712;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:90:75:77:13:13:0.144444:6:7:41:34:6:7:42:35 chr20 29632662 . G C 218.67 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00719856;FXX=0.153831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.074;QD=9.93937;RBI=0.0102907;REFB=-0.00570682;REVB=-0.00735383;RO=59;SAF=13;SAR=15;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12929;STB=0.569418;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0121936;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:88:59:60:28:28:0.318182:15:13:34:25:15:13:34:26 chr20 29632674 . T TA 30.13 PASS AF=0.184211;AO=23;DP=115;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.282367;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6763;QD=1.0573;RBI=0.285742;REFB=-0.0338449;REVB=0.0437931;RO=84;SAF=12;SAR=11;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261263;STB=0.511305;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=-0.0221645;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:23:115:21:114:93:11:10:50:43:30:84:12:11:44:40 chr20 29632707 . G A 88.52 PASS AF=0.15;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.00494796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.478;QD=2.95082;RBI=0.0121194;REFB=-0.00234124;REVB=-0.0110633;RO=102;SAF=10;SAR=8;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057863;STB=0.53899;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0127238;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:120:120:102:102:18:18:0.15:8:10:52:50:8:10:52:50 chr20 29632709 . C T 40.13 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0297895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.7;QD=1.33757;RBI=0.0320592;REFB=-0.00527641;REVB=-0.0118482;RO=108;SAF=8;SAR=3;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266898;STB=0.713452;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0381199;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:120:108:109:11:11:0.0916667:3:8:54:54:3:8:54:55 chr20 29632714 . CT AG 41.25 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0157068;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.593;QD=1.41022;RBI=0.0169648;REFB=-0.00319752;REVB=0.00641104;RO=104;SAF=8;SAR=3;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278774;STB=0.716583;STBP=0.16;TYPE=mnp;VARB=0.0303751;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:118:117:104:106:11:11:0.0940171:3:8:51:53:3:8:52:54 chr20 29633861 . A T 36.67 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=157;FAO=12;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=144;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=0.00292379;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.529;QD=0.940303;RBI=0.0556271;REFB=-0.00329228;REVB=-0.0555503;RO=127;SAF=7;SAR=5;SRF=78;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368874;STB=0.53898;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0327197;OID=.;OPOS=29633861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:157:156:127:144:12:12:0.0769231:5:7:78:49:5:7:78:66 chr20 29633887 . G A 67.43 PASS AF=0.105263;AO=18;DP=171;FAO=18;FDP=171;FR=.;FRO=153;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=72;FWDB=-0.061717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.987;QD=1.57737;RBI=0.0675618;REFB=-0.00252695;REVB=-0.0274882;RO=146;SAF=5;SAR=13;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290005;STB=0.724314;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0344542;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:171:171:146:153:18:18:0.105263:13:5:75:71:13:5:81:72 chr20 29633900 . A G 108.31 PASS AF=0.138728;AO=22;DP=172;FAO=24;FDP=173;FR=.;FRO=149;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.0685945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1854;QD=2.50418;RBI=0.0970187;REFB=-0.00250707;REVB=0.0686106;RO=148;SAF=9;SAR=13;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556387;STB=0.534741;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0155518;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:148:149:22:24:0.138728:13:9:67:81:14:10:68:81 chr20 29633915 . C T 54.52 PASS AF=0.0930233;AO=16;DP=172;FAO=16;FDP=172;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=86;FWDB=-0.018798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.534;QD=1.26794;RBI=0.0442047;REFB=-0.00234406;REVB=-0.0400086;RO=146;SAF=8;SAR=8;SRF=60;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107129;STB=0.546454;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0410356;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:172:172:146:156:16:16:0.0930233:8:8:60:86:8:8:70:86 chr20 29633916 . G A,T 1221.94 PASS AF=0.325444,0.337278;AO=54,57;DP=168;FAO=55,57;FDP=169;FR=.;FRO=57;FSAF=21,25;FSAR=34,32;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0182247,0.0225057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.2946,111.853;QD=28.9216;RBI=0.0196764,0.0369802;REFB=-0.0071077,0.0154402;REVB=-0.00741744,-0.0293433;RO=51;SAF=20,25;SAR=34,32;SRF=24;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.091953,-0.0277667;STB=0.575097,0.544034;STBP=0.131,0.389;TYPE=snp,snp;VARB=0.0302831,0.0186885;OID=.,.;OPOS=29633916,29633916;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:168:169:51:57:54,57:55,57:0.325444,0.337278:34,32:20,25:24:27:34,32:21,25:30:27 chr20 29633929 . A G 453.53 PASS AF=0.343373;AO=57;DP=166;FAO=57;FDP=166;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00613987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.4;QD=10.9284;RBI=0.00838326;REFB=-0.00658761;REVB=0.00570798;RO=108;SAF=27;SAR=30;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054942;STB=0.53413;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00584826;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:108:109:57:57:0.343373:30:27:46:62:30:27:46:63 chr20 29633938 . A G 314.48 PASS AF=0.276074;AO=45;DP=163;FAO=45;FDP=163;FR=.;FRO=118;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.0102713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6359;QD=7.71724;RBI=0.0135545;REFB=0.00521647;REVB=-0.00884449;RO=118;SAF=16;SAR=29;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109072;STB=0.56469;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0266011;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:118:118:45:45:0.276074:29:16:52:66:29:16:52:66 chr20 29633952 . C T 385.44 PASS AF=0.324675;AO=50;DP=154;FAO=50;FDP=154;FR=.;FRO=104;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=64;FWDB=-0.0042425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.101;QD=10.0115;RBI=0.00982697;REFB=-0.0183155;REVB=-0.008864;RO=103;SAF=22;SAR=28;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617005;STB=0.538283;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0253289;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:103:104:50:50:0.324675:28:22:40:63:28:22:40:64 chr20 29652157 . G A 52.41 PASS AF=0.0841584;AO=17;DP=202;FAO=17;FDP=202;FR=.;FRO=185;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=130;FWDB=-0.0363515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.478;QD=1.03783;RBI=0.0365963;REFB=-0.000330803;REVB=-0.00422633;RO=185;SAF=6;SAR=11;SRF=55;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738814;STB=0.557615;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00377527;OID=.;OPOS=29652157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:202:202:185:185:17:17:0.0841584:11:6:55:130:11:6:55:130 chr20 29652164 . GC AC,TT 90.52 PASS AF=0.0810811,0.0486486;AO=15,9;DP=189;FAO=15,9;FDP=185;FR=.;FRO=161;FSAF=4,2;FSAR=11,7;FSRF=41;FSRR=120;FWDB=-0.0372219,-0.0046601;FXX=0.0211629;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=158.767,84.0183;QD=1.95718;RBI=0.0372614,0.05644;REFB=-0.00106869,-0.0044397;REVB=0.00171615,-0.0562473;RO=159;SAF=4,2;SAR=11,7;SRF=41;SRR=118;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0131802,-0.0467052;STB=0.514211,0.542245;STBP=0.917,0.815;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0200751,0.0544684;OID=.,.;OPOS=29652164,29652164;OREF=G,GC;OALT=A,TT;OMAPALT=AC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:189:185:159:161:15,9:15,9:0.0810811,0.0486486:11,7:4,2:41:118:11,7:4,2:41:120 chr20 29652166 . G A 104.31 PASS AF=0.130435;AO=24;DP=184;FAO=24;FDP=184;FR=.;FRO=160;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=120;FWDB=-0.0237902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6907;QD=2.26768;RBI=0.0241976;REFB=-0.0030115;REVB=0.00442126;RO=159;SAF=6;SAR=18;SRF=39;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0382729;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:159:160:24:24:0.130435:18:6:39:120:18:6:40:120 chr20 29652172 . TG CA,CG 1817.84 PASS AF=0.33526,0.49711;AO=58,85;DP=173;FAO=58,86;FDP=173;FR=.;FRO=29;FSAF=13,18;FSAR=45,68;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.015661,-0.027096;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.815,99.937;QD=42.031;RBI=0.0200957,0.0375024;REFB=0.00500044,-0.000826566;REVB=0.0125924,-0.0259276;RO=29;SAF=13,17;SAR=45,68;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0151218,-0.0300957;STB=0.508185,0.512045;STBP=0.869,0.732;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00196653,0.00765591;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:173:173:29:29:58,85:58,86:0.33526,0.49711:45,68:13,17:7:22:45,68:13,18:7:22 chr20 29652183 . G A 195.57 PASS AF=0.19883;AO=34;DP=171;FAO=34;FDP=171;FR=.;FRO=137;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=111;FWDB=-0.0592526;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.687;QD=4.57463;RBI=0.0599993;REFB=-0.0100356;REVB=0.00943645;RO=136;SAF=5;SAR=29;SRF=25;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853318;STB=0.562187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0290371;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:136:137:34:34:0.19883:29:5:25:111:29:5:26:111 chr20 29652191 . C T 1651.93 PASS AF=0.770588;AO=130;DP=168;FAO=131;FDP=170;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=108;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0545077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6457;QD=38.8689;RBI=0.0545118;REFB=-0.0263548;REVB=0.000670316;RO=37;SAF=23;SAR=107;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106287;STB=0.501548;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0123055;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:37:39:130:131:0.770588:107:23:6:31:108:23:7:32 chr20 29652194 . C T 99.67 PASS AF=0.138554;AO=21;DP=164;FAO=23;FDP=166;FR=.;FRO=143;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=118;FWDB=-0.00227988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.772;QD=2.40179;RBI=0.014302;REFB=-0.00253878;REVB=0.0141191;RO=142;SAF=5;SAR=16;SRF=24;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134972;STB=0.557331;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0479955;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:142:143:21:23:0.138554:16:5:24:118:18:5:25:118 chr20 29652196 . T C 163.88 PASS AF=0.182927;AO=30;DP=164;FAO=30;FDP=164;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=111;FWDB=-0.0229459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6606;QD=3.99718;RBI=0.0293191;REFB=-0.0144425;REVB=0.0182509;RO=134;SAF=6;SAR=24;SRF=23;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599705;STB=0.537825;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.047145;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:134:134:30:30:0.182927:24:6:23:111:24:6:23:111 chr20 29652235 . CG CC,GC 1241.69 PASS AF=0.789474,0.0526316;AO=88,6;DP=125;FAO=90,6;FDP=114;FR=.;FRO=18;FSAF=13,1;FSAR=77,5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0242143,-0.0247339;FXX=0.102354;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.644,175.344;QD=43.5681;RBI=0.0256578,0.0255717;REFB=-0.0102327,-0.0131217;REVB=0.00848473,0.0064919;RO=16;SAF=11,1;SAR=77,5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0399595,-0.0403691;STB=0.525275,0.567936;STBP=0.404,0.765;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00325626,-0.0119024;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:125:114:16:18:88,6:90,6:0.789474,0.0526316:77,5:11,1:3:13:77,5:13,1:4:14 chr20 29652254 . G A 282.69 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=63;FWDB=-0.00946204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.433;QD=10.0066;RBI=0.0274108;REFB=-0.00217714;REVB=0.0257259;RO=75;SAF=4;SAR=33;SRF=13;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162876;STB=0.593594;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00338827;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:76:37:37:0.327434:33:4:13:62:33:4:13:63 chr20 29652267 . C G 37.0 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=66;FWDB=-0.0251867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.686;QD=1.64437;RBI=0.0253769;REFB=-0.000358089;REVB=-0.00310108;RO=81;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163166;STB=0.633316;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00412922;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:81:81:9:9:0.1:8:1:15:66:8:1:15:66 chr20 29964935 . A G 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0331411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.726;QD=21.007;RBI=0.0344366;REFB=-0.0229036;REVB=-0.00935659;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140036;STB=0.578864;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00918274;OID=.;OPOS=29964935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:7:10:8:11:7:10 chr20 29965014 . T C 300.46 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0139174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8451;QD=19.0766;RBI=0.0213041;REFB=-0.0178788;REVB=-0.0161297;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075051;STB=0.541726;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0192228;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:20:11:14:18:20:11 chr20 29978216 . T C 273.93 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0169445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.766;QD=17.6727;RBI=0.0181412;REFB=-0.00999724;REVB=-0.00647985;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219098;STB=0.612693;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0222428;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:30:30:0.483871:16:14:22:9:16:14:22:10 chr20 30064331 . A G 34.19 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0440183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9051;QD=7.59732;RBI=0.0503451;REFB=-0.0137764;REVB=0.024434;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783381;STB=0.587912;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0144139;OID=.;OPOS=30064331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:12:12:5:6:0.333333:4:1:3:9:5:1:3:9 chr20 30070239 . C A 346.8 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0480798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.417;QD=22.3741;RBI=0.0480865;REFB=-0.0268751;REVB=-0.000801524;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110543;STB=0.501844;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0382235;OID=.;OPOS=30070239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:27:35:35:0.564516:17:18:13:13:17:18:14:13 chr20 30452782 . C T 250.11 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0185787;FXX=0.0652032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.825;QD=23.2663;RBI=0.0253339;REFB=-0.0227282;REVB=0.0172232;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139244;STB=0.550711;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0254171;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:19:20:22:23:0.534884:15:7:9:10:15:8:9:11 chr20 30489131 . G A 323.5 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00886374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3274;QD=16.8051;RBI=0.00996549;REFB=0.0122255;REVB=0.00455468;RO=42;SAF=11;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214119;STB=0.620618;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0145033;OID=.;OPOS=30489131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:24:11:22:20:24:11:22:20 chr20 30619079 . AG A 34.74 PASS AF=0.411765;AO=4;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0950743;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2027;QD=8.17419;RBI=0.105336;REFB=-0.10593;REVB=0.0453498;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398812;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.164098;OID=.;OPOS=30619080;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:4:17:7:17:10:3:4:3:7:34:9:1:3:2:7 chr20 30676401 . AG A 165.67 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0443694;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2535;QD=30.1216;RBI=0.176276;REFB=-0.10199;REVB=0.170601;RO=4;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.177125;STB=0.553134;STBP=0.253;TYPE=del;VARB=0.0455957;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.863636:18:23:19:22:3:13:6:1:2:8:4:13:5:1:3 chr20 30746248 . T C 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5965;QD=64.0205;RBI=0.05408;REFB=0;REVB=0.0418435;RO=0;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400187;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:36:62:0:0:36:62:0:0 chr20 30777336 . G T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00495825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.79;QD=11.2146;RBI=0.013358;REFB=-0.00204432;REVB=-0.0124037;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226466;STB=0.634351;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00400931;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:10:6:19:14:10:6:19:14 chr20 30777800 . T C 777.67 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.36;QD=63.4831;RBI=0.0359312;REFB=0;REVB=0.0327715;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473515;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:29:20:0:0 chr20 30777860 . A G 480.61 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3369;QD=58.2559;RBI=0.0351958;REFB=0;REVB=-0.0339035;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389228;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr20 30795819 . T C 814.36 PASS AF=1;AO=43;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.376;QD=57.1482;RBI=0.0733096;REFB=0;REVB=0.0125013;RO=0;SAF=39;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.15207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107999;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:43:57:1:4:39:0:0:4:53:0:0 chr20 30825596 . C T 66.05 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0105796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3889;QD=12.5801;RBI=0.0108021;REFB=-0.0182676;REVB=0.00218125;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.624732;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0260871;OID=.;OPOS=30825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:4:8:4:5:4:8 chr20 30915461 . T C 435.37 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.0148028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.604;QD=13.932;RBI=0.0175097;REFB=-0.0127609;REVB=0.0093523;RO=75;SAF=20;SAR=30;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277764;STB=0.65619;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0127085;OID=.;OPOS=30915461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:30:20:50:25:30:20:50:25 chr20 30922398 . C T 179.21 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.01072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.682;QD=18.8644;RBI=0.0304075;REFB=-0.0143873;REVB=-0.0284552;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.023755;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:17:17:0.447368:9:8:10:9:9:8:10:9 chr20 31016032 . T G 45.18 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0038679;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.873;QD=2.6574;RBI=0.0114945;REFB=-0.00555887;REVB=-0.0108242;RO=61;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363051;STB=0.537549;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0325376;OID=.;OPOS=31016032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:70:68:61:59:9:9:0.132353:6:3:22:39:6:3:22:37 chr20 31022959 . T C 655.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206586;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.621;QD=60.9475;RBI=0.0233766;REFB=0;REVB=0.0109402;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147869;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:22:21:0:0 chr20 31024274 . T C 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0125177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.623;QD=20.1582;RBI=0.0168647;REFB=-0.00252203;REVB=0.0113016;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305895;STB=0.655547;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00155821;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:10:3:10:6:10:4 chr20 31025163 . A G 113.81 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00602211;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.423;QD=15.6984;RBI=0.0124639;REFB=-0.0134464;REVB=0.0109126;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00257053;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:8:8:7:6:8:8 chr20 31025535 . A G 208.0 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00441688;FXX=0.0874891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.73;QD=11.3971;RBI=0.0260364;REFB=-0.00246434;REVB=-0.025659;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901651;STB=0.569321;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00538181;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:48:25:25:0.342466:8:17:21:14:8:17:28:20 chr20 31035129 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00722695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.642;QD=17.8403;RBI=0.0122183;REFB=-0.0126319;REVB=-0.00985181;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282102;STB=0.536031;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.012453;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:8:6:6:7:8:6:7:7 chr20 31386347 . T C 437.06 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0297002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.15;QD=54.633;RBI=0.0308349;REFB=-0.183468;REVB=-0.00828821;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00399434;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:0:1:11:20:0:1 chr20 31386449 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.395;QD=39.2049;RBI=0.0281651;REFB=0;REVB=0.01274;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498398;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr20 31388636 . T C 695.69 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.663;QD=60.4944;RBI=0.0628156;REFB=-0.0557904;REVB=0.0371351;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00168487;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:0:1:29:16:0:1 chr20 31436747 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.586;QD=53.277;RBI=0.0128847;REFB=0;REVB=-0.0087812;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86829e-05;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr20 31584178 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.196;QD=57.2376;RBI=0.0178956;REFB=0;REVB=0.00971156;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32096e-05;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr20 31587752 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.194;QD=56.1916;RBI=0.0450194;REFB=0;REVB=0.0446929;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184217;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr20 31587793 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3698;QD=59.8339;RBI=0.0534713;REFB=0;REVB=0.0382905;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868817;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr20 31622083 . G A 638.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.004;QD=59.4201;RBI=0.0117429;REFB=-0.0827208;REVB=0.00336825;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00190365;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr20 31627291 . A G 899.98 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.824;QD=58.0634;RBI=0.0391879;REFB=0;REVB=0.0240768;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6304e-05;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:28:29:0:0:31:31:0:0 chr20 31652292 . G A 1344.12 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818768;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.322;QD=62.5172;RBI=0.0906213;REFB=0;REVB=0.0388382;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947512;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:82:86:1:50:32:0:0:51:35:0:0 chr20 31656632 . C G 1959.34 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.705;QD=60.2874;RBI=0.0398688;REFB=-0.0533829;REVB=0.0305192;RO=2;SAF=64;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904752;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:64:64:1:1:64:64:1:1 chr20 31673846 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.469;QD=63.2863;RBI=0.0511351;REFB=0;REVB=-0.0199196;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206459;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr20 31676804 . A C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8205;QD=60.6084;RBI=0.0546073;REFB=0;REVB=-0.0510731;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515023;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr20 31812923 . G A 361.02 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0292056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.767;QD=20.3393;RBI=0.0297986;REFB=-0.000819338;REVB=-0.00591529;RO=31;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111233;STB=0.583621;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000637749;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:31:34:36:37:0.521127:15:21:22:9:16:21:25:9 chr20 31876681 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.056518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.471;QD=21.0075;RBI=0.0588156;REFB=-0.00804894;REVB=-0.0162787;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00625423;OID=.;OPOS=31876681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:7:10:9:10:7:10 chr20 31897554 . G C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0538299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.682;QD=18.4431;RBI=0.0565787;REFB=0.0087062;REVB=-0.017421;RO=9;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234231;STB=0.637996;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0279434;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:1:10:7:2:1:10:7:2 chr20 31981849 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.253;QD=52.6127;RBI=0.03245;REFB=0;REVB=0.00177461;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370028;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr20 32000218 . GC G,GT 220.9 PASS AF=0.323232,0.141414;AO=39,15;DP=101;FAO=32,14;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=13,8;FSAR=19,6;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0492827,-0.0093956;FXX=0.0198;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.2808,123.155;QD=8.92541;RBI=0.162705,0.0280653;REFB=-0.143977,-0.0104978;REVB=-0.155062,-0.0264459;RO=39;SAF=16,9;SAR=23,6;SRF=30;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.307692,0;SSSB=-0.314824,-0.225253;STB=0.654609,0.573233;STBP=0.033,0.565;TYPE=del,snp;VARB=0.152241,0.0195403;OID=.,.;OPOS=32000219,32000219;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323232,0.141414:39,15:101:32,14:99:53:13,8:19,6:35:18:99:39:16,9:23,6:30:9 chr20 32212690 . C T 308.09 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00497863;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.221;QD=20.5393;RBI=0.00642256;REFB=-0.0179626;REVB=-0.00405741;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600484;STB=0.526299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0132443;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:27:28:32:32:0.533333:20:12:12:15:20:12:12:16 chr20 32232389 . G A 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0937999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.899;QD=22.584;RBI=0.0995545;REFB=-0.00983825;REVB=0.0333567;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00993138;OID=.;OPOS=32232389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr20 32295541 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0111801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.294;QD=11.0198;RBI=0.0282226;REFB=-0.0112632;REVB=-0.0259137;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0167221;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:3:5:4:2:3:5 chr20 32295716 . C G 48.86 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.026581;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0872;QD=12.2162;RBI=0.0353072;REFB=-0.0299907;REVB=-0.023239;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0200028;OID=.;OPOS=32295716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:5:4:2:5:5:4 chr20 32379263 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.041;QD=55.0985;RBI=0.0110408;REFB=0;REVB=-0.00804935;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08404e-07;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 30.65 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=37;FAO=4;FDP=9;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0270345;FXX=0.356888;HRUN=2;LEN=3;MLLD=210.676;QD=13.6215;RBI=0.0356619;REFB=-0.0190804;REVB=0.0232573;RO=33;SAF=1;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323237;STB=0.599465;STBP=0.677;TYPE=ins;VARB=0.0300166;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:4:37:4:9:5:1:3:2:3:30:33:1:3:18:15 chr20 32664866 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0158877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.937;QD=10.4724;RBI=0.0265905;REFB=-0.0150346;REVB=0.0213222;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.583194;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0242749;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:11:13:5:7:11:13 chr20 32880254 . A G 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00430983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.998;QD=3.1995;RBI=0.00452919;REFB=-0.000857794;REVB=-0.00139246;RO=61;SAF=3;SAR=8;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224074;STB=0.65544;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00415151;OID=.;OPOS=32880254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:8:3:27:34:8:3:27:34 chr20 32972053 . TGCA T 143.51 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407623;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.42;QD=44.1554;RBI=0.039818;REFB=0;REVB=0.0396088;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000277912;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:13:13:13:0:8:5:0:0:4:0:7:5:0:0 chr20 33104592 . G C 168.44 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0108736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9848;QD=10.3652;RBI=0.138903;REFB=0.0023315;REVB=0.138477;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287225;STB=0.661302;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000731923;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:7:15:18:24:7:15:19:24 chr20 33147165 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0367055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.652;QD=12.7824;RBI=0.0477232;REFB=-0.00823168;REVB=0.0304993;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306446;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00816657;OID=.;OPOS=33147165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:3:7:5:8:3:7:5:9 chr20 33328253 . T A 232.09 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0417406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4074;QD=23.8042;RBI=0.0458576;REFB=-0.00137308;REVB=-0.0189906;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338162;STB=0.518851;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0017974;OID=.;OPOS=33328253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:10:7:10:12:10:7 chr20 33337751 . T C 274.5 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0309011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3233;QD=19.9639;RBI=0.0365971;REFB=-0.022129;REVB=0.0196078;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322623;STB=0.678714;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00919066;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:20:6:18:11:20:6 chr20 33433030 . TG TC,T 31.63 PASS AF=0.0588235,0.470588;AO=2,5;DP=17;FAO=1,8;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1;FSAR=1,7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.010514,0.046777;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=207.645,14.7042;QD=7.44256;RBI=0.119742,0.0507301;REFB=-0.00423218,-0.104006;REVB=-0.119279,-0.0196332;RO=8;SAF=0,0;SAR=2,5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.409639;SSSB=-0.742825,-0.804526;STB=0.995544,0.874061;STBP=0.096,0.009;TYPE=snp,del;VARB=0.00372404,0.142639;OID=.,.;OPOS=33433031,33433031;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.470588:2,5:17:1,8:17:8:0,1:1,7:7:1:27:8:0,0:2,5:7:1 chr20 33462951 . G T 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0119104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.752;QD=13.4408;RBI=0.0511337;REFB=-0.00542226;REVB=-0.0497273;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367135;STB=0.719518;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00496718;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:7:6:8:2:7:6 chr20 33470694 . C T 366.75 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0132303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.692;QD=24.4497;RBI=0.0162007;REFB=0.00016534;REVB=0.00935006;RO=24;SAF=8;SAR=28;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145695;STB=0.58044;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-7.39138e-05;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:28:8:9:15:28:8:9:15 chr20 33568407 . C T 242.8 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0130459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5576;QD=22.5859;RBI=0.033733;REFB=-0.0329017;REVB=0.0311081;RO=19;SAF=18;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442312;STB=0.757662;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0186218;OID=.;OPOS=33568407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:5:18:5:14:5:18:5:15 chr20 33572941 . A G 312.18 PASS AF=0.9;AO=23;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0098747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2429;QD=41.6242;RBI=0.0278758;REFB=-0.0451732;REVB=0.0260682;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.531227;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00693884;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:30:30:0:3:23:27:0.9:14:9:0:0:17:10:2:1 chr20 33574765 . T C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00131158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.651;QD=16.9411;RBI=0.0115002;REFB=-0.0113034;REVB=-0.0114251;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12981;STB=0.574697;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0122366;OID=.;OPOS=33574765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:9:15:14:5:9:15 chr20 33578251 . A G 277.42 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00963718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7613;QD=26.4207;RBI=0.0247657;REFB=-0.0224179;REVB=-0.0228137;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219344;STB=0.512132;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0110568;OID=.;OPOS=33578251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:17:8:5:12:17:8:5:12 chr20 33578899 . T C 940.91 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100827;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.319;QD=58.8069;RBI=0.0117346;REFB=0;REVB=-0.00600335;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23539e-05;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr20 33581955 . G A 244.82 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0306857;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.075;QD=17.487;RBI=0.0664112;REFB=-0.0213732;REVB=0.0588968;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355784;STB=0.519985;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0199107;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:15:14:12:15:15:14 chr20 33583331 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7291;QD=47.8224;RBI=0.028677;REFB=0;REVB=0.00328899;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000937939;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr20 33584289 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0202742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.403;QD=25.4947;RBI=0.0475045;REFB=-0.0451293;REVB=0.0429609;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424322;STB=0.523776;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0176644;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:3:4:7:7:3:4 chr20 33589107 . G A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0408936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6488;QD=11.0945;RBI=0.110421;REFB=-0.0226152;REVB=0.102569;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510241;STB=0.799123;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0399461;OID=.;OPOS=33589107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:6:0:3:2:6:0 chr20 33657126 . G A 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9908;QD=57.2344;RBI=0.00359845;REFB=0;REVB=0.00335786;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31901e-05;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr20 33703607 . C T 236.42 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0416153;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.007;QD=24.248;RBI=0.043811;REFB=-0.0397664;REVB=-0.0136957;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400618;STB=0.522367;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0273796;OID=.;OPOS=33703607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:7:10:14:8:7:10 chr20 33783173 . G A 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0319032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7899;QD=15.1609;RBI=0.0455527;REFB=0.0141416;REVB=-0.0325151;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910968;STB=0.552566;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0233551;OID=.;OPOS=33783173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:9:13:8:8:9:13 chr20 33867924 . G A 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00349712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.594;QD=24.5993;RBI=0.0105761;REFB=-0.0175136;REVB=-0.00998117;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128295;STB=0.571364;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0157822;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:10:6:12:10:10:6 chr20 33874720 . C T 107.47 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.060792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.522;QD=12.6435;RBI=0.0613436;REFB=-0.0245337;REVB=0.00820772;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.520516;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0325596;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:9:11:7:6:9:12 chr20 33894674 . G A 80.16 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0136077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8244;QD=16.8751;RBI=0.0387885;REFB=-0.0313146;REVB=-0.0363233;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101784;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0254271;OID=.;OPOS=33894674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:3:6:5:4:3:7:5:4 chr20 34022196 . C T 241.95 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0287555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8794;QD=14.8894;RBI=0.0311925;REFB=-0.00502304;REVB=-0.0120871;RO=37;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245156;STB=0.639706;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.012259;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:20:8:19:18:20:8:19:18 chr20 34022672 . C A 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00482822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.668;QD=14.1376;RBI=0.0199794;REFB=-0.0213422;REVB=0.0193872;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726024;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0319606;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:10:10:6:8:10:10 chr20 34025304 . T G 84.65 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0696699;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.9007;QD=16.1245;RBI=0.0744323;REFB=-0.0649076;REVB=0.0261968;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550714;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0458477;OID=.;OPOS=34025304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:22:21:6:8:6:6:0.285714:1:5:1:5:1:5:2:6 chr20 34062642 . C T 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00267786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.742;QD=15.6987;RBI=0.0460994;REFB=0.00111746;REVB=-0.0460216;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279505;STB=0.677217;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00113813;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:19:15:15:0.441176:8:7:3:14:8:7:3:16 chr20 34089718 . G T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0061752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.674;QD=13.0368;RBI=0.0233547;REFB=-0.00741573;REVB=0.0225236;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195617;STB=0.613912;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0126869;OID=.;OPOS=34089718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:20:12:10:8:20:12 chr20 34116307 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0418978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5889;QD=21.5452;RBI=0.0665324;REFB=-0.03597;REVB=0.0516831;RO=10;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17755;STB=0.601405;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0298159;OID=.;OPOS=34116307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:3:11:6:4:3:11:6:4 chr20 34144107 . T C 651.08 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0269734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.397;QD=54.2563;RBI=0.0270993;REFB=-0.0869887;REVB=-0.00260872;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.512043;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00087101;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:0:4:44:44:0.916667:27:17:0:0:27:17:1:3 chr20 34144746 . A G 548.29 PASS AF=0.504348;AO=56;DP=112;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0372606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.858;QD=19.071;RBI=0.0372775;REFB=-0.00287646;REVB=0.0011235;RO=56;SAF=25;SAR=31;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659582;STB=0.549279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00369716;OID=.;OPOS=34144746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:56:57:56:58:0.504348:31:25:21:35:32:26:20:37 chr20 34146779 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0116636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.84;QD=13.5806;RBI=0.0198128;REFB=-0.000898149;REVB=0.0160158;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570636;STB=0.533294;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00142299;OID=.;OPOS=34146779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:13:15:10:7:13:15 chr20 34147998 . A G 401.64 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0121496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.378;QD=18.9006;RBI=0.0238423;REFB=-0.0202953;REVB=-0.0205145;RO=41;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176547;STB=0.592783;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0207668;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:44:41:41:0.482353:16:25:17:24:16:25:19:25 chr20 34148001 . C T 366.12 PASS AF=0.458824;AO=37;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0366608;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.146;QD=17.229;RBI=0.0373735;REFB=-0.028338;REVB=-0.00726379;RO=46;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18576;STB=0.583995;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0357229;OID=.;OPOS=34148001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:46:37:39:0.458824:14:23:20:26:16:23:20:26 chr20 34148322 . T G 99.63 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0668647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5063;QD=26.5679;RBI=0.0736268;REFB=-0.0290253;REVB=-0.0308223;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136379;STB=0.507678;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0157246;OID=.;OPOS=34148322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:8:3:1:3:8:3:1:3 chr20 34150714 . C G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0143485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.368;QD=12.3289;RBI=0.0161647;REFB=-0.00906445;REVB=0.0074444;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.017942;OID=.;OPOS=34150714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:5:12:6:5:5:12 chr20 34152684 . C T 101.34 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00748981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.505;QD=13.9784;RBI=0.0110867;REFB=-0.0106996;REVB=-0.00817416;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822464;STB=0.565116;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0100237;OID=.;OPOS=34152684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:7:5:8:8:8:5:8:8 chr20 34164422 . T C 1044.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2345;QD=59.6722;RBI=0.0212429;REFB=0;REVB=-0.0208218;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226308;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr20 34169971 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0185468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.314;QD=12.7823;RBI=0.0237781;REFB=-0.0182047;REVB=0.0148799;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14276;STB=0.621953;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0203032;OID=.;OPOS=34169971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:8:2:4:9:8:2:5:9 chr20 34170035 . C G 379.38 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0336014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.418;QD=45.9858;RBI=0.0415066;REFB=-0.130421;REVB=0.0243669;RO=4;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159516;STB=0.508594;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00299064;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:20:9:1:3:20:9:1:3 chr20 34170316 . C A 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.873;QD=51.1712;RBI=0.0252796;REFB=0;REVB=0.024585;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76871e-05;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr20 34173046 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0292575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.763;QD=13.0886;RBI=0.0411561;REFB=-0.0315275;REVB=-0.0289451;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755148;STB=0.504419;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0804737;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:12:15:9:7:12:15 chr20 34173178 . A G 394.17 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.857;QD=56.3097;RBI=0.0505048;REFB=0;REVB=-0.0145327;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134452;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:18:7:0:0:18:10:0:0 chr20 34179907 . C T 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9056;QD=59.3167;RBI=0.042097;REFB=0;REVB=-0.0342212;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546331;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr20 34183479 . C T 175.32 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00292276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.677;QD=13.7504;RBI=0.12426;REFB=-0.0293472;REVB=-0.124226;RO=20;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21247;STB=0.770575;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0485737;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:31:20:20:0.392157:3:17:14:6:3:17:15:16 chr20 34186953 . T C 224.03 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.102501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7003;QD=17.5711;RBI=0.10256;REFB=-0.0308458;REVB=0.0034985;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131253;STB=0.507407;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0208351;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:12:15:13:11:12:15 chr20 34187697 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0267622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.608;QD=15.2591;RBI=0.0835942;REFB=0.0183351;REVB=-0.0791945;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0147716;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr20 34187728 . T G 47.15 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0252822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.149;QD=11.7873;RBI=0.0310431;REFB=-0.00479285;REVB=-0.0180134;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00709992;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:6:7:0.4375:2:4:5:3:2:5:5:4 chr20 34194054 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0196977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2179;QD=22.5809;RBI=0.0310478;REFB=-0.0287801;REVB=-0.0239992;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101303;STB=0.557426;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0148469;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:3:4:5:7:3:4 chr20 34194243 . A G 188.54 PASS AF=0.542857;AO=8;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.12838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8246;QD=21.5468;RBI=0.137414;REFB=-0.0554674;REVB=0.0489999;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.734908;STB=0.55994;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0617945;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:8:19:0.542857:8:0:4:10:12:7:4:12 chr20 34214173 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00579525;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.358;QD=15.6194;RBI=0.0085384;REFB=-0.000512225;REVB=0.00627051;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101062;STB=0.558076;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000518101;OID=.;OPOS=34214173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:10:15:9:9:10:15 chr20 34219496 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0270607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.029;QD=18.6369;RBI=0.0286574;REFB=-0.0144669;REVB=0.00943195;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0141176;OID=.;OPOS=34219496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:10:6:7:9:10:6 chr20 34220755 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.013643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.704;QD=24.0273;RBI=0.0311343;REFB=-0.00559093;REVB=0.0279859;RO=8;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15589;STB=0.588103;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00377575;OID=.;OPOS=34220755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:4:10:4:4:4:10:4:4 chr20 34242660 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00198679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.849;QD=13.631;RBI=0.0225204;REFB=-0.017506;REVB=-0.0224326;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0280317;OID=.;OPOS=34242660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr20 34243017 . C T 183.85 PASS AF=0.4;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0434623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.554;QD=13.3709;RBI=0.0451046;REFB=-0.00988429;REVB=0.0120604;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269112;STB=0.694378;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0159045;OID=.;OPOS=34243017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:26:33:20:22:0.4:10:10:6:20:10:12:7:26 chr20 34596371 . C T 204.75 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0258184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.765;QD=12.5999;RBI=0.0293311;REFB=-0.0127046;REVB=0.0139183;RO=40;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106651;STB=0.570412;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0182108;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:24:25:0.384615:8:16:23:17:8:17:23:17 chr20 34743164 . G C 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.010068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.976;QD=11.5765;RBI=0.0102986;REFB=-0.0229991;REVB=-0.00216712;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982224;STB=0.545014;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0279427;OID=.;OPOS=34743164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:14:9:12:27:14:9:13:27 chr20 34827838 . T C 59.44 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0102823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6892;QD=4.09921;RBI=0.045458;REFB=0.000335762;REVB=-0.0442798;RO=47;SAF=9;SAR=1;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344906;STB=0.757782;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00613231;OID=.;OPOS=34827838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:57:58:47:48:10:10:0.172414:1:9:34:13:1:9:34:14 chr20 34827871 . C A 59.09 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00984206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5877;QD=3.47591;RBI=0.0314306;REFB=0.00109674;REVB=-0.0298499;RO=57;SAF=10;SAR=1;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440428;STB=0.816405;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00594172;OID=.;OPOS=34827871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:1:10:37:20:1:10:37:20 chr20 35155640 . A AAAATC,AAATC,AATC 162.38 PASS AF=0,0.5,0.03125;AO=4,9,4;DP=39;FAO=0,16,1;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=0,6,1;FSAR=0,10,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00271408,-0.00052147,-0.0038161;FXX=0.0588062;HRUN=8,8,8;LEN=5,4,3;MLLD=248.153,248.699,247.262;QD=20.2976;RBI=0.00495083,0.00406221,0.0055924;REFB=-0.0128511,-0.0158292,-0.0190017;REVB=-0.00414059,-0.0040286,-0.00408807;RO=22;SAF=1,5,1;SAR=3,4,3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.335891,0.0116534,-0.335891;STB=0.5,0.578413,0.988956;STBP=1,0.387,0.482;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.0125462,0.00770682,0.00299972;OID=.,.,.;OPOS=35155641,35155641,35155641;OREF=-,-,-;OALT=AAATC,AATC,ATC;OMAPALT=AAAATC,AAATC,AATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5,0.03125:4,9,4:39:0,16,1:32:15:0,6,1:0,10,0:8:7:88:22:1,5,1:3,4,3:12:10 chr20 35532618 . C T 248.55 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0211802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7747;QD=16.8508;RBI=0.0219801;REFB=-0.00997185;REVB=-0.00587578;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138825;STB=0.506694;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00722397;OID=.;OPOS=35532618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:31:27:28:0.474576:13:14:16:14:13:15:17:14 chr20 35740794 . T C 827.37 PASS AF=0.924242;AO=60;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0115821;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5008;QD=50.1434;RBI=0.0312959;REFB=0.00459221;REVB=0.0290738;RO=5;SAF=25;SAR=35;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027163;STB=0.5134;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00138456;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:66:5:5:60:61:0.924242:35:25:3:2:35:26:3:2 chr20 35769592 . T C 347.45 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121662;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=75.9685;QD=51.4735;RBI=0.0247858;REFB=-0.103633;REVB=0.0215944;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00263848;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:1:0 chr20 35769647 . G T 374.87 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117484;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.8058;QD=55.5365;RBI=0.152143;REFB=0;REVB=0.0966697;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683368;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:15:9:0:0:17:10:0:0 chr20 35783494 . T C 820.09 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9386;QD=55.5992;RBI=0.08173;REFB=0.00487849;REVB=0.0785556;RO=1;SAF=40;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116494;STB=0.506171;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000416454;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:18:40:1:0:18:40:1:0 chr20 35807786 . CGTGGC CGTGCT,CGTGGCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,GCACTC 130.42 PASS AF=0.0714286,0.428571,0.0714286;AO=2,6,2;DP=34;FAO=2,12,2;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=0,7,2;FSAR=2,5,0;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0110927,-0.0285338,-0.00666599;FXX=0.176419;HRUN=2,3,1;LEN=2,29,5;MLLD=33.974,671.282,409.155;QD=18.6308;RBI=0.0859237,0.028611,0.0254865;REFB=0.0284404,-0.0181995,-0.0150886;REVB=0.0852046,0.00210096,-0.0245993;RO=15;SAF=0,4,2;SAR=2,2,0;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.61514,0,0.482498;STB=0.996437,0.588097,0.992206;STBP=0.047,0.466,0.345;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.202698,0.00986512,0.00673376;OID=.,.,.;OPOS=35807790,35807791,35807786;OREF=GC,-,CGTGG;OALT=CT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCACT;OMAPALT=CGTGCT,CGTGGCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,GCACTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:34:28:15:12:2,6,2:2,12,2:0.0714286,0.428571,0.0714286:2,2,0:0,4,2:10:5:2,5,0:0,7,2:9:3 chr20 35865054 . C T 638.31 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0100738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0396;QD=55.5054;RBI=0.0193127;REFB=-0.0237346;REVB=-0.0164772;RO=3;SAF=15;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850856;STB=0.545433;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0153672;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:28:15:3:0:28:15:3:0 chr20 35945238 . C G 804.5 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723472;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1367;QD=57.4646;RBI=0.0894078;REFB=0;REVB=0.0525323;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31767e-05;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr20 36030939 . G C 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.319;QD=64.1416;RBI=0.0967701;REFB=0;REVB=0.0887999;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172796;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr20 36032893 . C T 377.83 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00677991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.504;QD=21.5904;RBI=0.0355206;REFB=-0.0207636;REVB=0.0348676;RO=32;SAF=14;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164056;STB=0.590721;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0220907;OID=.;OPOS=36032893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:24:14:18:14:24:14:18:14 chr20 36146148 . T C 1027.56 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.289;QD=59.5686;RBI=0.0187659;REFB=0;REVB=0.0185671;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0922e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:34:32:0:0:37:32:0:0 chr20 36146380 . TACACACACACACACAG TACACACACACACACA,TACACACACACACAG 56.65 PASS AF=0.115385,0.307692;AO=6,7;DP=28;FAO=3,8;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1,5;FSAR=2,3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.297387,-0.0579524;FXX=0.0714031;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=14.5504,148.733;QD=8.71572;RBI=0.327639,0.0773176;REFB=-0.131703,-0.0444182;REVB=-0.137508,-0.0511814;RO=10;SAF=4,4;SAR=2,3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.482659,0;SSEP=0,0;SSSB=0.267756,0.164676;STB=0.665559,0.561641;STBP=0.65,0.777;TYPE=del,del;VARB=0.12245,0.103782;OID=.,.;OPOS=36146396,36146381;OREF=G,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACACACACACACACA,TACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.307692:6,7:28:3,8:26:15:1,5:2,3:8:7:50:10:4,4:2,3:4:6 chr20 36603611 . A C 220.56 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0326166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.12;QD=14.2295;RBI=0.0446159;REFB=-0.0158525;REVB=-0.0304423;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383295;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:18:18:13:13:18:18 chr20 36603780 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0112712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.69;QD=16.4167;RBI=0.0200069;REFB=-0.0193987;REVB=-0.0165299;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0242509;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:9:7:6:8:9:7 chr20 36603807 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.307;QD=53.2772;RBI=0.0830678;REFB=0;REVB=-0.00557359;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318456;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr20 36841756 . T C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.038172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.831;QD=28.2256;RBI=0.0393166;REFB=-0.00966041;REVB=0.00941743;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425066;STB=0.52377;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00922204;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:8:4:1:3:8:4:1:3 chr20 36841914 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0377911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.101;QD=24.0303;RBI=0.038027;REFB=-0.00965175;REVB=0.00422915;RO=9;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567641;STB=0.822308;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00352925;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:13:2:8:1:13:2:8:1 chr20 36845738 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0101309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.734;QD=13.7734;RBI=0.0190858;REFB=-0.016303;REVB=-0.0161751;RO=31;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41921;STB=0.742329;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0170944;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:5:15:11:20:5:15:11:20 chr20 36850940 . G C 281.11 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0010411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3876;QD=19.3866;RBI=0.111256;REFB=0.010266;REVB=-0.111251;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788707;STB=0.55169;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0118457;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:28:30:30:0.517241:15:15:11:16:15:15:11:17 chr20 36851071 . C T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.000912274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.946;QD=15.3796;RBI=0.0220666;REFB=-0.00133523;REVB=0.0220477;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842475;STB=0.514262;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00104435;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:14:12:12:0.461538:8:4:3:9:8:4:5:9 chr20 36854106 . G T 117.34 PASS AF=0.565217;AO=10;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00231603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.177;QD=20.4076;RBI=0.0165981;REFB=-0.0188418;REVB=0.0164357;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266665;STB=0.559908;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.013251;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:10:13:0.565217:3:7:4:6:6:7:4:6 chr20 36856616 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0269874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4072;QD=19.3696;RBI=0.0366148;REFB=0.000275149;REVB=0.0247452;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382512;STB=0.550954;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000236197;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:12:4:4:10:12:4:5:10 chr20 36859627 . C G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0202021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2219;QD=16.4434;RBI=0.0503703;REFB=-0.047051;REVB=-0.0461415;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929154;STB=0.553139;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0237144;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:16:11:10:10:16:11 chr20 36946848 . G A 631.13 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5368;QD=61.5735;RBI=0.0488596;REFB=0;REVB=0.0165398;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038417;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:23:15:0:0:23:18:0:0 chr20 36989381 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00268382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.95;QD=12.8974;RBI=0.088792;REFB=-0.00872678;REVB=-0.0887514;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16479;STB=0.596783;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0120888;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:15:15:6:11:15:15 chr20 36989391 . G A 332.65 PASS AF=0.58;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0080736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.571;QD=26.6119;RBI=0.00885727;REFB=-0.0213608;REVB=0.00364254;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127541;STB=0.502761;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00924522;OID=.;OPOS=36989391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:21:29:29:0.58:14:15:10:10:14:15:11:10 chr20 37005536 . T C 528.56 PASS AF=0.555556;AO=48;DP=87;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0139568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.15;QD=23.4916;RBI=0.0168789;REFB=-0.0136339;REVB=-0.00949235;RO=38;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508893;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0113784;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:38:40:48:50:0.555556:24:24:19:19:24:26:20:20 chr20 37062583 . T C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.000391401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.951;QD=16.9796;RBI=0.0188498;REFB=-0.00972901;REVB=-0.0188457;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214724;STB=0.620599;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0123567;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:10:19:11:15:10:19 chr20 37203813 . C T 771.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203276;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3015;QD=64.2732;RBI=0.0285455;REFB=0;REVB=0.0200408;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196819;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr20 37277271 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00789733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.578;QD=15.6509;RBI=0.0127475;REFB=-0.00150258;REVB=-0.0100065;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282658;STB=0.675546;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00247856;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:8:12:5:11:8:13 chr20 37383640 . T C 195.9 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00847136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.016;QD=25.2773;RBI=0.017173;REFB=0.0194551;REVB=0.0149382;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.57135;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0131382;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:5:14:7:5:5:14:7:5 chr20 37390255 . G GTC 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0244703;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=310.854;QD=18.4984;RBI=0.024798;REFB=-0.0189769;REVB=0.00401816;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146059;STB=0.592021;STBP=0.214;TYPE=ins;VARB=0.0177555;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:27:55:27:54:27:14:13:9:18:99:28:14:13:10:18 chr20 37396120 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00490677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.014;QD=12.5694;RBI=0.0101737;REFB=-0.00735631;REVB=-0.00891219;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0114341;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:15:11:7:8:15:11 chr20 37501507 . T C,G 675.69 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153545,0.00192311;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.029,119.272;QD=61.4268;RBI=0.0206688,0.0483396;REFB=0,0;REVB=-0.0138362,-0.0483013;RO=0;SAF=23,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000579436,0.123877;OID=.,.;OPOS=37501507,37501507;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:19,1:23,1:0:0:19,1:23,1:0:0 chr20 37534665 . C T 293.98 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00705303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.684;QD=17.5508;RBI=0.0398316;REFB=-0.0116349;REVB=-0.0392022;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933667;STB=0.552207;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.015922;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:21:14:16:16:21:14 chr20 37547374 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00688734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.66;QD=18.6373;RBI=0.0276224;REFB=-0.0156378;REVB=0.02675;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253096;STB=0.630978;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00874372;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:5:11:6:9:5:11:7:9 chr20 37555116 . G C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0447689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.197;QD=37.892;RBI=0.0453633;REFB=-0.0934847;REVB=0.00731947;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0207258;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:0:1:8:4:0:1 chr20 37570725 . C T 224.79 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0160685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.426;QD=15.24;RBI=0.0168884;REFB=-0.00998781;REVB=-0.00519815;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394162;STB=0.512456;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0137814;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:9:16:21:12:10:16:21:12 chr20 37581437 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0153914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7419;QD=15.1718;RBI=0.0371137;REFB=-0.0142775;REVB=-0.0337718;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155702;STB=0.58964;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0135195;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:15:9:9:8:15:9 chr20 37977945 . T C 643.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000106232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.413;QD=61.3239;RBI=0.00100929;REFB=0;REVB=-0.00100369;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21604e-05;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr20 39609426 . C T 314.24 PASS AF=0.344828;AO=40;DP=116;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=21;FWDB=0.0134437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.59;QD=10.836;RBI=0.0448651;REFB=-0.0122216;REVB=-0.0428035;RO=75;SAF=22;SAR=18;SRF=54;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200994;STB=0.617593;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0238268;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:75:76:40:40:0.344828:18:22:54:21:18:22:55:21 chr20 39811813 . ATGTGTGTGTG ATGTGTGTG,ATGTGTGTGTA 132.23 PASS AF=0.171717,0.0505051;AO=14,7;DP=101;FAO=17,5;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=11,5;FSAR=6,0;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0805353,-0.0850403;FXX=0.0198;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=108.09,65.8049;QD=5.34246;RBI=0.109082,0.134492;REFB=-0.0292276,-0.00450982;REVB=-0.0735727,-0.104194;RO=74;SAF=8,7;SAR=6,0;SRF=46;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0652695,0.543648;STB=0.53222,0.997473;STBP=0.792,0.041;TYPE=del,snp;VARB=0.123938,0.059343;OID=.,.;OPOS=39811814,39811823;OREF=TG,G;OALT=-,A;OMAPALT=ATGTGTGTG,ATGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171717,0.0505051:14,7:101:17,5:99:77:11,5:6,0:47:30:90:74:8,7:6,0:46:28 chr20 40045231 . G C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0041659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.912;QD=19.8251;RBI=0.0449302;REFB=-0.0115337;REVB=0.0447367;RO=25;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629144;STB=0.535185;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00810491;OID=.;OPOS=40045231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:9:18:15:10:9:18:15:10 chr20 40049586 . T C 102.84 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.069682;FXX=0.0930016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.696;QD=10.5472;RBI=0.0697932;REFB=-0.0270924;REVB=-0.00393692;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13969;STB=0.559905;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0375195;OID=.;OPOS=40049586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:27:12:12:0.307692:4:8:20:6:4:8:20:7 chr20 40049873 . T C 292.63 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.002189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.575;QD=21.6759;RBI=0.0332076;REFB=-0.0126033;REVB=-0.0331354;RO=23;SAF=24;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481864;STB=0.775003;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00240211;OID=.;OPOS=40049873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:24:30:30:0.555556:6:24:5:18:6:24:5:19 chr20 40050314 . G A 157.73 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0428196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6843;QD=16.6033;RBI=0.051341;REFB=-0.0332961;REVB=-0.0283263;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108793;STB=0.562426;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0375074;OID=.;OPOS=40050314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:10:11:7:10:10:11 chr20 40162062 . G C 66.24 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0142212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.697;QD=12.0442;RBI=0.0180098;REFB=0.0055012;REVB=0.0110503;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464536;STB=0.77716;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00431493;OID=.;OPOS=40162062;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:4:9:2:7:4:9 chr20 40179920 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.028437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.635;QD=12.7388;RBI=0.0418988;REFB=-0.0221617;REVB=-0.0307709;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185846;STB=0.609128;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.014239;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:2:8:5:3:2:8 chr20 40701456 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.188;QD=61.684;RBI=0.0157724;REFB=0;REVB=0.0134111;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75578e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr20 40702071 . G A 76.35 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.010673;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.004;QD=10.18;RBI=0.0107903;REFB=-0.0170016;REVB=0.00158653;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366969;STB=0.731977;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.038442;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:30:20:20:10:10:0.333333:9:1:6:14:9:1:6:14 chr20 40713341 . G A 35.79 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00456105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3174;QD=1.93473;RBI=0.0474221;REFB=0.00142539;REVB=-0.0472023;RO=66;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777173;STB=0.55929;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0191593;OID=.;OPOS=40713341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:3:5:37:29:3:5:37:29 chr20 40714479 . G A 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00411789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.292;QD=18.6402;RBI=0.004121;REFB=-0.0117843;REVB=-0.000159893;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529666;STB=0.529757;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.017351;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:12:14:12:13:12:14 chr20 42089511 . T C 482.3 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.673;QD=58.461;RBI=0.0296937;REFB=0;REVB=0.0227721;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11243e-05;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:18:15:0:0 chr20 42164791 . A C 513.78 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.00700013;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.703;QD=17.2698;RBI=0.00910169;REFB=-0.00941971;REVB=-0.00581712;RO=65;SAF=38;SAR=17;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015805;STB=0.511871;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0117999;OID=.;OPOS=42164791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:65:64:55:55:0.462185:17:38:44:21:17:38:43:21 chr20 42169613 . C G 301.03 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0222341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0756;QD=17.2015;RBI=0.0228107;REFB=-0.00825539;REVB=0.00509649;RO=37;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177891;STB=0.599938;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0069732;OID=.;OPOS=42169613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:22:11:19:18:22:11:19:18 chr20 42225114 . G A 630.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.975;QD=61.4689;RBI=0.0242537;REFB=0;REVB=0.0232259;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21288e-05;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:19:22:0:0 chr20 42310509 . T C 287.83 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.587;QD=52.3329;RBI=0.0531395;REFB=0;REVB=0.0194154;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351053;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:18:3:0:0:18:4:0:0 chr20 42328639 . T C 783.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.47;QD=56.9609;RBI=0.0374529;REFB=0;REVB=0.0313852;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236745;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:28:27:0:0 chr20 42425127 . G A 467.36 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136927;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.406;QD=58.42;RBI=0.024613;REFB=0;REVB=-0.0204527;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19328e-05;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr20 42425178 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.304;QD=54.5176;RBI=0.071198;REFB=0;REVB=-0.0375494;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001995;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr20 42743454 . A G 209.89 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00698272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3757;QD=18.6572;RBI=0.0298367;REFB=-0.0464485;REVB=-0.0290081;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626175;STB=0.556908;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0265743;OID=.;OPOS=42743454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:24:21:21:0.466667:11:10:12:10:11:10:14:10 chr20 42747247 . C T 378.79 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00261976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.704;QD=21.6453;RBI=0.0158762;REFB=-0.0209942;REVB=-0.0156585;RO=26;SAF=20;SAR=18;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189283;STB=0.624937;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0253744;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:26:32:38:38:0.542857:18:20:7:19:18:20:8:24 chr20 42747254 . G A 262.89 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00305523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.269;QD=14.8106;RBI=0.0232031;REFB=-0.0191656;REVB=0.0230011;RO=40;SAF=7;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303529;STB=0.668339;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0191815;OID=.;OPOS=42747254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:23:7:20:20:23:7:20:21 chr20 42815190 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.287;QD=54.516;RBI=0.0546626;REFB=0;REVB=0.0389846;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3624e-06;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr20 42939750 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4074;QD=45.796;RBI=0.058397;REFB=0;REVB=0.00631778;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130126;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr20 43059211 . A T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00820297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.05;QD=9.91686;RBI=0.0252859;REFB=-0.0149135;REVB=-0.0239183;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480808;STB=0.832479;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.033907;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:1:8:8:7:1:8:8:9 chr20 43089819 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0520878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2393;QD=10.074;RBI=0.0521636;REFB=-0.0163791;REVB=-0.00281077;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.666263;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0288687;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:5:9:3:5:5:9 chr20 43248953 . A G 55.73 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0148191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9256;QD=10.6159;RBI=0.0397905;REFB=-0.0108229;REVB=0.036928;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0180717;OID=.;OPOS=43248953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:5:8:5:3:5:8 chr20 43264927 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.048;QD=46.0581;RBI=0.0173304;REFB=-0.00469949;REVB=0.00659032;RO=1;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000207738;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:7:12:0:1:7:12:0:1 chr20 43348735 . C A 137.8 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.357;QD=39.3707;RBI=0.0212538;REFB=-0.014864;REVB=0.0157884;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00690799;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:6:6:1:0:7:6:1:0 chr20 43378770 . A G 301.05 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00396623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.745;QD=16.7251;RBI=0.016006;REFB=-0.0183138;REVB=-0.0155068;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114673;STB=0.540516;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0162337;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:33:33:0.458333:16:17:15:23:17:16:16:23 chr20 43382443 . C T 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.000710099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.02;QD=15.0661;RBI=0.0285647;REFB=-0.00877534;REVB=0.0285559;RO=47;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675585;STB=0.538314;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0114547;OID=.;OPOS=43382443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:23:11:18:29:23:11:18:29 chr20 43530234 . A C 196.04 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00185244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8573;QD=25.2952;RBI=0.112457;REFB=-0.0334558;REVB=0.112441;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215988;STB=0.625289;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0270054;OID=.;OPOS=43530234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:10:8:9:3:11:8:9:3 chr20 43708297 . T G 1507.68 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.991;QD=58.5509;RBI=0.0143;REFB=-0.142771;REVB=-0.00402814;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-1.60476e-05;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:54:48:0:0:54:48:1:0 chr20 43723627 . T C 250.22 PASS AF=0.519231;AO=25;DP=49;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0207341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.273;QD=19.2479;RBI=0.024399;REFB=-0.0207815;REVB=-0.012861;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811175;STB=0.539313;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0366561;OID=.;OPOS=43723627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:23:25:25:27:0.519231:14:11:8:15:14:13:10:15 chr20 43727155 . C T 119.98 PASS AF=0.8;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.163363;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1736;QD=31.9957;RBI=0.165977;REFB=-0.0416484;REVB=0.0293423;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206702;STB=0.615195;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0351652;OID=.;OPOS=43727155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:15:3:3:12:12:0.8:5:7:0:3:5:7:0:3 chr20 43933021 . G T 323.25 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.42;QD=47.889;RBI=0.0656062;REFB=-0.127303;REVB=0.0555605;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.511173;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00450227;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:16:9:0:1:16:9:1:1 chr20 43933163 . T C 1144.61 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123359;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4738;QD=59.4601;RBI=0.0237987;REFB=-0.0858777;REVB=0.020352;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000134699;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:77:1:1:76:76:0.987013:31:45:0:1:31:45:0:1 chr20 43942676 . T C 219.23 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00691351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.666;QD=13.9195;RBI=0.0236916;REFB=-0.0289816;REVB=-0.0226605;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144122;STB=0.523791;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0605098;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:37:26:26:0.412698:13:13:17:18:13:13:17:20 chr20 43951032 . C T 224.73 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0231413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9482;QD=10.8301;RBI=0.0237523;REFB=0.00646204;REVB=0.00535274;RO=55;SAF=21;SAR=7;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220139;STB=0.629272;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00715947;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:7:21:32:23:7:21:32:23 chr20 43995880 . T G 180.07 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0021238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.183;QD=11.0813;RBI=0.0339564;REFB=-0.0184501;REVB=-0.0338899;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178708;STB=0.510377;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.036301;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:15:8:14:28:15:8:14:28 chr20 43996012 . G T 60.95 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0195519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9423;QD=6.58897;RBI=0.0221668;REFB=-0.0185111;REVB=-0.0104447;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168881;STB=0.596072;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0564283;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:26:28:9:9:0.243243:4:5:18:8:4:5:19:9 chr20 43996132 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0081742;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.227;QD=12.5695;RBI=0.0150195;REFB=-0.00725779;REVB=0.0126003;RO=26;SAF=2;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537531;STB=0.821085;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0147325;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:13:2:15:11:13:2:15:11 chr20 43996466 . C T 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0113386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.588;QD=16.8714;RBI=0.0125467;REFB=-0.0014211;REVB=-0.00537172;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584098;STB=0.543435;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00203426;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:10:10:11:14:10:10:11:15 chr20 44003785 . G A 466.06 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00183347;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.124;QD=24.8568;RBI=0.00545561;REFB=-0.00258418;REVB=-0.00513829;RO=31;SAF=25;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160168;STB=0.587664;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00198573;OID=.;OPOS=44003785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:19:25:11:20:19:25:11:20 chr20 44052992 . G A 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00488501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.629;QD=16.0894;RBI=0.00918558;REFB=-0.00160464;REVB=0.00777892;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106911;STB=0.559969;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00202626;OID=.;OPOS=44052992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:16:22:34:16:16:22:34:16 chr20 44054349 . T C 565.03 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0015042;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.094;QD=18.081;RBI=0.00663791;REFB=-0.0195003;REVB=0.00646524;RO=66;SAF=28;SAR=31;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242125;STB=0.513436;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0190134;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:31:28:33:33:31:28:33:33 chr20 44141331 . A G 113.36 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00742029;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.582;QD=9.64763;RBI=0.028928;REFB=-0.0084065;REVB=-0.0279601;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037906;STB=0.553116;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0232265;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:30:33:14:14:0.297872:7:7:16:14:7:7:19:14 chr20 44174423 . G A 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00985767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.465;QD=16.7025;RBI=0.0106406;REFB=-0.0041499;REVB=-0.00400595;RO=58;SAF=30;SAR=19;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25655;STB=0.6428;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00434292;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:19:30:20:38:19:30:20:38 chr20 44184498 . A G 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.021473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2227;QD=28.7486;RBI=0.073657;REFB=-0.0167054;REVB=0.0704575;RO=19;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042076;STB=0.523145;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0114788;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:14:16:9:10:14:16:9:10 chr20 44188489 . A C 134.28 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0155425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.35;QD=16.2762;RBI=0.0186996;REFB=-0.00349441;REVB=0.0103975;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29008;STB=0.679762;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00741202;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:18:15:15:0.454545:5:10:6:11:5:10:6:12 chr20 44238741 . T G 184.57 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00239856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1262;QD=12.1032;RBI=0.0234415;REFB=-0.00690107;REVB=-0.0233185;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126845;STB=0.573194;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0118185;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:17:21:10:13:17:21 chr20 44314609 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6039;QD=59.8382;RBI=0.0487695;REFB=0;REVB=-0.0476365;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010335;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr20 44352620 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.076;QD=62.0078;RBI=0.0149319;REFB=0;REVB=0.00976512;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84628e-06;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr20 44515339 . C T 197.66 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0112887;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.842;QD=14.6415;RBI=0.0113144;REFB=-0.0168486;REVB=0.000763114;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240635;STB=0.636537;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00627471;OID=.;OPOS=44515339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:21:10:13:10:21:10 chr20 44581348 . G A 526.97 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.707;QD=56.9699;RBI=0.041769;REFB=-0.134762;REVB=0.0180428;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00110001;OID=.;OPOS=44581348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:1:0 chr20 44637624 . C T 379.22 PASS AF=0.416667;AO=42;DP=98;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00151812;FXX=0.0181802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.1502;QD=14.0453;RBI=0.0760809;REFB=-0.0200913;REVB=-0.0760657;RO=56;SAF=25;SAR=17;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316023;STB=0.515247;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.042561;OID=.;OPOS=44637624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:108:56:63:42:45:0.416667:17:25:35:21:19:26:38:25 chr20 44640225 . A G 279.32 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.014814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.285;QD=22.8018;RBI=0.0148335;REFB=-0.0132846;REVB=0.000761361;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105324;STB=0.558058;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0141419;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:25:26:0.530612:11:14:15:7:11:15:16:7 chr20 44642406 . G C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1998;QD=63.5806;RBI=0.0239615;REFB=0;REVB=-0.00662813;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384987;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr20 44642833 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.338;QD=54.5176;RBI=0.0758163;REFB=0;REVB=0.0276065;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247775;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr20 44678348 . G A 919.23 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.016859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.461;QD=51.7878;RBI=0.0257934;REFB=-0.0292034;REVB=0.0195211;RO=5;SAF=32;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152909;STB=0.50811;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000326883;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:71:5:5:66:66:0.929577:34:32:3:2:34:32:3:2 chr20 44680412 . C T 414.56 PASS AF=0.435185;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.00326857;FXX=0.0357111;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.7;QD=15.3542;RBI=0.00836596;REFB=-0.00173885;REVB=-0.00770102;RO=55;SAF=17;SAR=29;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254236;STB=0.54358;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00178277;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:108:55:61:46:47:0.435185:29:17:19:36:29:18:19:42 chr20 44688665 . G A 433.24 PASS AF=0.369565;AO=48;DP=135;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00548043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8271;QD=12.5575;RBI=0.0188826;REFB=-0.0093291;REVB=0.0180698;RO=87;SAF=26;SAR=22;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792192;STB=0.549;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0237198;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:87:87:48:51:0.369565:22:26:41:46:23:28:41:46 chr20 44688730 . G A 1601.41 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1072;QD=64.0564;RBI=0.0449726;REFB=0;REVB=0.0365986;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64554e-05;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:52:47:0:0:52:48:0:0 chr20 44746982 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0061894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.621;QD=17.1001;RBI=0.0352379;REFB=-0.0199118;REVB=0.03469;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0201883;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:8:7:6:8:8:7 chr20 44996182 . A G 391.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.77;QD=55.9542;RBI=0.157341;REFB=0;REVB=0.0248363;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613264;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:21:7:0:0 chr20 45179157 . C T 140.81 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00823532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.994;QD=13.0987;RBI=0.0196319;REFB=-0.0145886;REVB=-0.0178211;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289846;STB=0.677753;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0237886;OID=.;OPOS=45179157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:10:6:17:9:10:6:18:9 chr20 45204266 . G A 670.78 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6324;QD=60.9798;RBI=0.101195;REFB=0;REVB=0.0732331;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329717;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:13:29:0:0:15:29:0:0 chr20 45216795 . C T 56.52 PASS AF=0.18;AO=8;DP=49;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0152358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.765;QD=4.52163;RBI=0.0197288;REFB=-0.0136698;REVB=-0.0125338;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134533;STB=0.545355;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0414671;OID=.;OPOS=45216795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:49:50:41:41:8:9:0.18:4:4:16:25:5:4:16:25 chr20 45242269 . G C 421.49 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00581941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.098;QD=18.1284;RBI=0.00770141;REFB=-0.0208904;REVB=-0.00504441;RO=48;SAF=28;SAR=15;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129454;STB=0.563231;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0352864;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:50:43:43:0.462366:15:28:25:23:15:28:27:23 chr20 45717954 . C T 234.99 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000953158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.163;QD=18.7993;RBI=0.011773;REFB=-0.0160591;REVB=-0.0117344;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323443;STB=0.518309;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0155879;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:12:15:12:11:12:15 chr20 45817255 . A C 425.32 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00756107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.768;QD=21.5352;RBI=0.015624;REFB=0.015719;REVB=0.0136726;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117792;STB=0.506326;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0156565;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:37:42:42:0.531646:21:21:18:17:21:21:18:19 chr20 45853037 . A G 357.97 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.268;QD=55.0721;RBI=0.0394189;REFB=0;REVB=-0.0249166;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17486e-05;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr20 46268394 . C T 272.36 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0309238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6299;QD=17.2927;RBI=0.0432619;REFB=-0.00558848;REVB=-0.0302541;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141446;STB=0.507931;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.006747;OID=.;OPOS=46268394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:17:16:15:15:17:16 chr20 46268493 . A G 184.13 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0255316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.929;QD=12.9213;RBI=0.0274222;REFB=0.00560117;REVB=0.0100057;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346934;STB=0.503873;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00843055;OID=.;OPOS=46268493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:13:9:15:19:13:10:15:19 chr20 46279827 . G A 55.0 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00395984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.762;QD=9.56458;RBI=0.0223255;REFB=-0.0438824;REVB=0.0219715;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0888679;OID=.;OPOS=46279827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:9:6:4:4:9:6 chr20 46279866 . A G 158.57 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.050237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8712;QD=17.1427;RBI=0.0530077;REFB=-0.0514107;REVB=-0.0169133;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844149;STB=0.54833;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0636467;OID=.;OPOS=46279866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:10:10:10:7:10:10 chr20 46365571 . A G 425.28 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0142783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.342;QD=21.5331;RBI=0.0171432;REFB=-0.0306937;REVB=0.00948792;RO=37;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122934;STB=0.567795;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0207055;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:22:20:23:14:22:20:23:14 chr20 47253150 . T C 961.77 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0529025;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6372;QD=57.419;RBI=0.0567451;REFB=-0.0351109;REVB=0.0205265;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=5.40137e-05;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:38:28:0:0:38:28:1:0 chr20 47630449 . C T 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.339;QD=57.6763;RBI=0.0470569;REFB=0;REVB=0.0415192;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010356;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr20 47712930 . G T 251.38 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00339828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.659;QD=20.5206;RBI=0.0271396;REFB=-0.00188122;REVB=-0.026926;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752953;STB=0.550908;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00236327;OID=.;OPOS=47712930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:9:15:13:11:9:16 chr20 47874063 . T C 412.91 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0575074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.55;QD=24.2891;RBI=0.0669902;REFB=-0.0307639;REVB=-0.0343596;RO=28;SAF=24;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033776;STB=0.518509;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0210478;OID=.;OPOS=47874063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:16:24:18:10:16:24:18:10 chr20 48250747 . C A 52.98 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195521;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.153;QD=35.3224;RBI=0.0241087;REFB=0;REVB=0.0141048;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166704;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:5:1:0:0 chr20 48257149 . C T 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5797;QD=57.6752;RBI=0.0717185;REFB=0;REVB=-0.00450473;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158802;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr20 48259034 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6254;QD=53.9079;RBI=0.0303546;REFB=0;REVB=-0.0149333;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291623;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr20 48429508 . GG CC 223.64 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210785;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=258.589;QD=49.6981;RBI=0.211396;REFB=0;REVB=0.0160664;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000400647;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr20 48466166 . G A 309.12 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0202204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.951;QD=16.058;RBI=0.0532206;REFB=-0.0135702;REVB=0.0492298;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551917;STB=0.509948;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0180494;OID=.;OPOS=48466166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:16:18:22:20:16:18:22:21 chr20 48491258 . T G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00338738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.276;QD=20.5431;RBI=0.00514707;REFB=-0.0169039;REVB=-0.0038753;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390642;STB=0.513502;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.015359;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:15:9:10:14:15:9:10:15 chr20 48600809 . G A 421.85 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.021698;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4805;QD=20.33;RBI=0.0238653;REFB=-0.0123776;REVB=0.00993719;RO=40;SAF=28;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828264;STB=0.504502;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0118812;OID=.;OPOS=48600809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:40:41:42:42:0.506024:14:28:27:13:14:28:27:14 chr20 48713049 . G A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0018746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.593;QD=50.1342;RBI=0.00858404;REFB=-0.00427462;REVB=-0.00837685;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.60158e-06;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr20 48729677 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.163;QD=39.2068;RBI=0.0636963;REFB=0;REVB=0.0254326;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119786;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr20 48746189 . C T 298.82 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0198306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.205;QD=18.676;RBI=0.0241491;REFB=-0.0200328;REVB=-0.0137814;RO=32;SAF=5;SAR=27;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180481;STB=0.60184;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0173251;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:27:5:9:23:27:5:9:23 chr20 48894756 . C T 691.86 PASS AF=0.92;AO=47;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0365695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.567;QD=55.3491;RBI=0.0978288;REFB=-0.218152;REVB=0.0907367;RO=2;SAF=15;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158556;STB=0.518211;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0185486;OID=.;OPOS=48894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:2:4:47:46:0.92:32:15:1:1:32:14:2:2 chr20 49367076 . T G 383.64 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0115066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.794;QD=20.1915;RBI=0.0618917;REFB=-0.0138133;REVB=0.0608127;RO=37;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116399;STB=0.564483;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0195327;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:21:18:22:15:21:18:22:15 chr20 49369006 . A G 562.9 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0290482;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1462;QD=23.7012;RBI=0.0329706;REFB=-0.00704172;REVB=0.0155969;RO=42;SAF=33;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171416;STB=0.589495;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00642907;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:42:43:52:52:0.547368:19:33:18:24:19:33:19:24 chr20 49369584 . TAAAAAT TAAAAT,TAAAATA,TAAAATT 43.41 PASS AF=0.214286,0.0357143,0.107143;AO=6,2,3;DP=29;FAO=6,1,3;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4,1,0;FSAR=2,0,3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0615796,-0.0363565,-0.0169141;FXX=0.0344709;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=13.1775,20.6911,24.4122;QD=6.20165;RBI=0.0693981,0.0390941,0.116909;REFB=-0.0755193,-0.0419301,-0.0698037;REVB=-0.0320009,-0.014372,-0.115679;RO=15;SAF=5,1,0;SAR=1,1,3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.493865,0.10165,-0.589173;STB=0.70205,0.991691,0.99558;STBP=0.279,0.25,0.138;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0623574,0.189965,0.104155;OID=.,.,.;OPOS=49369585,49369589,49369589;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAT,TAAAATA,TAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0.0357143,0.107143:6,2,3:29:6,1,3:28:18:4,1,0:2,0,3:7:11:27:15:5,1,0:1,1,3:6:9 chr20 49369612 . CTTTT CTCTC,CTCTT,CTTT 246.27 PASS AF=0.179487,0.333333,0.461538;AO=2,7,7;DP=44;FAO=7,13,18;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=5,3,3;FSAR=2,10,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00677329,-0.00641878,0.0184576;FXX=0.113611;HRUN=11,11,11;LEN=3,1,1;MLLD=140.877,150.371,4.3289;QD=25.258;RBI=0.05905,0.0433179,0.318776;REFB=0.00152362,-0.0153276,-0.154021;REVB=0.0586602,0.0428397,0.318242;RO=6;SAF=2,1,2;SAR=0,6,5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.794076,0.293682,0.329175;STB=0.54533,0.571311,0.571342;STBP=0.646,0.155,0.108;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.00589514,0.0322225,-0.184003;OID=.,.,.;OPOS=49369614,49369614,49369613;OREF=TTT,T,T;OALT=CTC,C,-;OMAPALT=CTCTC,CTCTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.179487,0.333333,0.461538:2,7,7:44:7,13,18:39:1:5,3,3:2,10,15:1:0:94:6:2,1,2:0,6,5:0:6 chr20 49620783 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.134;QD=62.9822;RBI=0.086404;REFB=0;REVB=0.00464879;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480422;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr20 50092027 . T G 476.52 PASS AF=0.464286;AO=50;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0519364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.477;QD=17.0185;RBI=0.0521919;REFB=-0.00890313;REVB=-0.00515811;RO=60;SAF=19;SAR=31;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314033;STB=0.508925;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0107971;OID=.;OPOS=50092027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:60:50:52:0.464286:31:19:21:39:33:19:21:39 chr20 50092151 . A G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0113357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.132;QD=15.6454;RBI=0.0162092;REFB=-0.00430054;REVB=-0.0115862;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301614;STB=0.517226;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00605414;OID=.;OPOS=50092151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:15:7:10:19:15:7:10:19 chr20 50140429 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0204727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.839;QD=7.03215;RBI=0.0308126;REFB=-0.00342301;REVB=0.0230279;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654726;STB=0.541309;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00914454;OID=.;OPOS=50140429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:13:13:5:4:13:13 chr20 50217620 . A G 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0149705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0847;QD=16.0407;RBI=0.0262294;REFB=-0.0102552;REVB=0.0215376;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256938;STB=0.515206;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0103664;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:9:10:12:12:9:10:13:13 chr20 50287736 . C T 824.75 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.797;QD=54.9835;RBI=0.0844733;REFB=0;REVB=0.0805882;RO=3;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217305;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:60:3:0:54:60:1:22:32:0:3:26:34:0:0 chr20 50287790 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9018;QD=63.286;RBI=0.0237348;REFB=0;REVB=0.0169397;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58007e-06;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr20 50407162 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.652;QD=48.7373;RBI=0.0203883;REFB=0;REVB=0.00300326;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248591;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr20 50407502 . A C 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.717;QD=60.9703;RBI=0.0081052;REFB=0;REVB=-0.00589572;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26003e-07;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr20 50408482 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.425;QD=62.9825;RBI=0.00409853;REFB=0;REVB=-0.00220972;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05056e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr20 50769549 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0283196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.374;QD=14.6579;RBI=0.0283266;REFB=-0.000288762;REVB=-0.000632217;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379309;STB=0.719671;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=4.30063e-05;OID=.;OPOS=50769549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:12:5:9:4:12:5 chr20 50808117 . GAAAAG GAAAG,GAAAGC 39.61 PASS AF=0.211538,0;AO=14,2;DP=51;FAO=11,0;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.193381,-0.103298;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.1615,26.0451;QD=3.04717;RBI=0.256035,0.2045;REFB=-0.0296112,-0.023556;REVB=-0.167803,-0.176493;RO=34;SAF=10,0;SAR=4,2;SRF=28;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173823,-0.649993;STB=0.52936,0.5;STBP=0.881,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0122327,0;OID=.,.;OPOS=50808118,50808121;OREF=A,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=GAAAG,GAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211538,0:14,2:51:11,0:52:41:8,0:3,0:31:10:40:34:10,0:4,2:28:6 chr20 51218359 . C T 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00650684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.302;QD=12.005;RBI=0.0212055;REFB=-0.00192171;REVB=0.0201825;RO=58;SAF=13;SAR=19;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162597;STB=0.593691;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00363561;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:19:13:32:26:19:13:32:26 chr20 51870579 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0132517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.461;QD=22.7239;RBI=0.015043;REFB=-0.0358894;REVB=-0.00711921;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100231;STB=0.505612;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0223867;OID=.;OPOS=51870579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:9:7:9:11:9:7 chr20 51870849 . T C 1401.68 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0341514;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.872;QD=54.968;RBI=0.0439568;REFB=-0.0417025;REVB=0.0276747;RO=4;SAF=43;SAR=55;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420959;STB=0.522218;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.001394;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:102:4:4:98:98:0.960784:55:43:4:0:55:43:4:0 chr20 52105972 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4954;QD=60.6071;RBI=0.0253855;REFB=0;REVB=-0.0252558;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300307;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr20 52184384 . TTTTTTC AATTTTC,ATTTTTC,TTTTTCT 158.6 PASS AF=0,0.757576,0;AO=2,12,2;DP=30;FAO=0,25,0;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=0,13,0;FSAR=0,12,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0393475,0.0759318,-0.260695;FXX=0.0294031;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=15.33,13.1106,14.2395;QD=19.2239;RBI=0.0451338,0.0885183,0.265772;REFB=-0.0482404,-0.09243,-0.0355423;REVB=0.0221095,0.0454956,-0.0516995;RO=9;SAF=1,2,2;SAR=1,10,0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.174857,-0.189337,0.64528;STB=0.5,0.565166,0.5;STBP=1,0.216,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0,0.0772403,0;OID=.,.,.;OPOS=52184384,52184384,52184389;OREF=TT,T,TC;OALT=AA,A,CT;OMAPALT=AATTTTC,ATTTTTC,TTTTTCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:30:33:9:8:2,12,2:0,25,0:0,0.757576,0:1,10,0:1,2,2:3:6:0,12,0:0,13,0:2:6 chr20 52192408 . C T 440.47 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.081176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.245;QD=19.5765;RBI=0.0818764;REFB=-0.0342594;REVB=-0.0106864;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018367;STB=0.510199;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0412889;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:24:20:20:26:24:20:20:26 chr20 52193368 . C T 237.23 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0425203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.434;QD=11.4326;RBI=0.0438335;REFB=-0.00428615;REVB=-0.0106488;RO=53;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231173;STB=0.508107;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00895253;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:17:12:23:30:17:12:23:31 chr20 52193660 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0174721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.451;QD=17.423;RBI=0.0203319;REFB=-0.00399144;REVB=-0.0103976;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124587;STB=0.569689;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00545813;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:13:21:15:16:13:21 chr20 52193698 . G A 283.2 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0107248;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.675;QD=19.5312;RBI=0.0146335;REFB=-0.0040113;REVB=-0.00995586;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239887;STB=0.633097;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00396755;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:28:28:30:30:0.517241:13:17:8:20:13:17:8:20 chr20 52198340 . T A 289.73 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.000969438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.115;QD=18.9986;RBI=0.00490031;REFB=-0.0112827;REVB=0.00480346;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151978;STB=0.508469;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0087697;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:16:14:15:16:16:14 chr20 52561469 . A G 535.05 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=26;FWDB=0.0113236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.032;QD=14.1734;RBI=0.0113675;REFB=-0.00622085;REVB=0.000997937;RO=88;SAF=23;SAR=38;SRF=62;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334464;STB=0.691862;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113041;OID=.;OPOS=52561469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:88:90:61:61:0.403974:38:23:62:26:38:23:64:26 chr20 52573971 . T G 375.72 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.048735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.77;QD=23.8553;RBI=0.0487361;REFB=-0.00538891;REVB=-0.000322646;RO=26;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512707;STB=0.528172;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00280421;OID=.;OPOS=52573971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:21:16:13:13:21:16:13:13 chr20 52674615 . A G 162.9 PASS AF=0.36;AO=16;DP=48;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0167718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.163;QD=13.0323;RBI=0.0192065;REFB=-0.0211648;REVB=0.00935929;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31101;STB=0.701921;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0290342;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:32:32:16:18:0.36:9:7:23:9:11:7:23:9 chr20 52675188 . G T 87.24 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00904477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4414;QD=13.4214;RBI=0.0387499;REFB=0.0128705;REVB=-0.0376795;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0194063;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:7:8:7:4:7:8 chr20 52775528 . C T 722.31 PASS AF=0.645833;AO=61;DP=95;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0037096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.232;QD=30.0963;RBI=0.0465971;REFB=-0.0123713;REVB=-0.0464492;RO=34;SAF=28;SAR=33;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161951;STB=0.589305;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0100643;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:34:34:61:62:0.645833:33:28:24:10:34:28:24:10 chr20 54944791 . C G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0226016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.549;QD=24.2682;RBI=0.0227933;REFB=0.00474284;REVB=-0.00294956;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220777;STB=0.512134;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00336782;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:17:16:10:12:17:16:10:12 chr20 54961463 . T C 839.53 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.572;QD=55.9685;RBI=0.0299101;REFB=-0.130178;REVB=0.0267568;RO=1;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209618;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000594529;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:22:37:0:1:22:37:0:1 chr20 54961541 . A T 728.65 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2697;QD=57.1488;RBI=0.0660659;REFB=0;REVB=0.0658351;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900407;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr20 55033476 . C G 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0112718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8256;QD=19.9751;RBI=0.0121043;REFB=-0.0264332;REVB=0.00441127;RO=20;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272599;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:4:16:16:4:4:16:16:4 chr20 55070268 . A T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00934599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.938;QD=8.69138;RBI=0.0320864;REFB=-0.000509158;REVB=-0.0306951;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171013;STB=0.605793;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00014423;OID=.;OPOS=55070268;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:8:9:3:5:8:9 chr20 55072472 . A G 545.56 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.358;QD=58.9795;RBI=0.227206;REFB=0;REVB=0.0732327;RO=0;SAF=1;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517042;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:33:37:1:32:1:0:0:36:1:0:0 chr20 55088404 . A G 805.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.704;QD=64.402;RBI=0.0147397;REFB=0;REVB=0.00591682;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98084e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr20 55108617 . C A 348.27 PASS AF=0.417582;AO=36;DP=89;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0139974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.053;QD=15.3084;RBI=0.0147801;REFB=-0.0267746;REVB=-0.00474595;RO=53;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586968;STB=0.529949;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0334071;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:53:53:36:38:0.417582:21:15:25:28:22:16:25:28 chr20 55111371 . G A 198.88 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0142408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.41;QD=15.5987;RBI=0.0148321;REFB=-0.0123092;REVB=-0.00414594;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056272;STB=0.548975;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0162401;OID=.;OPOS=55111371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:29:20:22:0.431373:9:11:15:12:11:11:17:12 chr20 55263662 . T G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0366473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7149;QD=10.0752;RBI=0.0441758;REFB=0.00722301;REVB=-0.0246673;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.666263;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0159973;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:5:9:3:5:5:9 chr20 56090807 . A G 176.52 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0135048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.743;QD=14.1217;RBI=0.013786;REFB=-0.0124182;REVB=-0.00277009;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270416;STB=0.666489;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0254037;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:13:6:17:13:13:6:18:13 chr20 56098733 . T C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0843;QD=53.272;RBI=0.0262159;REFB=0;REVB=0.0205226;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593008;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr20 56099114 . C G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00414647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.686;QD=13.4549;RBI=0.00839847;REFB=-0.00693254;REVB=-0.00730351;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121912;STB=0.571303;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0106458;OID=.;OPOS=56099114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:10:5:5:6:10:5 chr20 56131216 . A G 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0731229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0568;QD=22.956;RBI=0.127895;REFB=-0.0288231;REVB=-0.10493;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180541;STB=0.601858;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0139612;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:6:5:11:5:6:5 chr20 56136536 . A G 351.95 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00796118;FXX=0.0609682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.266;QD=18.283;RBI=0.0251112;REFB=-0.0099673;REVB=-0.0238158;RO=38;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137459;STB=0.599943;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0137984;OID=.;OPOS=56136536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:41:36:36:0.467532:24:12:18:20:24:12:21:20 chr20 56137895 . G C 358.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0274;QD=55.0794;RBI=0.104704;REFB=0;REVB=0.0851155;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366023;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr20 56139403 . T C 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2207;QD=61.0468;RBI=0.0307503;REFB=0;REVB=0.026807;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233646;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr20 56182183 . G C 138.35 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0303668;FXX=0.132051;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.838;QD=12.03;RBI=0.0469739;REFB=-0.0129176;REVB=-0.0358386;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533805;STB=0.51722;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.038554;OID=.;OPOS=56182183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:46:26:30:16:16:0.347826:6:10:15:11:6:10:18:12 chr20 56182296 . A C 410.18 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0687441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.928;QD=26.4633;RBI=0.0700143;REFB=-0.0402291;REVB=0.013276;RO=23;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139047;STB=0.57572;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0183046;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:18:21:17:6:18:21:17:6 chr20 56186884 . T C 739.08 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5546;QD=56.8526;RBI=0.101142;REFB=0;REVB=0.071398;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842515;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:34:17:0:0:34:18:0:0 chr20 56189985 . C G 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00417049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.476;QD=16.9851;RBI=0.0075433;REFB=-0.0113075;REVB=0.00628557;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112801;STB=0.506326;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.013942;OID=.;OPOS=56189985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:18:18:21:22:18:18:21:22 chr20 56190634 . C T 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.911;QD=52.6032;RBI=0.00891512;REFB=0;REVB=-0.00472779;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42505e-05;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr20 56285540 . T C 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0220375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.986;QD=22.0649;RBI=0.0248127;REFB=-0.0196044;REVB=0.0114027;RO=31;SAF=25;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787636;STB=0.537615;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0139644;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:14:25:17:14:14:25:18:14 chr20 56470456 . C T 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=0.0119269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.682;QD=11.3699;RBI=0.0121934;REFB=0.0045101;REVB=-0.00253535;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208663;STB=0.618963;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00804329;OID=.;OPOS=56470456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:9:16:36:9:9:16:36:9 chr20 56793706 . G A 268.02 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.012738;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7371;QD=21.4418;RBI=0.0144244;REFB=-0.016213;REVB=-0.00676798;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117851;STB=0.550217;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0182405;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:23:27:27:0.54:19:8:9:12:19:8:9:14 chr20 56793764 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0146619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.858;QD=23.2631;RBI=0.0150417;REFB=-0.0229356;REVB=0.00335879;RO=18;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351596;STB=0.510195;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0332626;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:15:8:7:11:15:8:7:12 chr20 56796528 . A T 277.79 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0343437;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2295;QD=25.8407;RBI=0.0343764;REFB=-0.00679063;REVB=-0.0014994;RO=18;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103092;STB=0.55733;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00662023;OID=.;OPOS=56796528;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:18:25:25:0.581395:8:17:10:8:8:17:10:8 chr20 56814892 . G T 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0208126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.489;QD=14.0438;RBI=0.0328967;REFB=0.0227709;REVB=0.0254761;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174048;STB=0.598434;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0320211;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:12:28:15:13:12:28 chr20 56820880 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.012427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.494;QD=20.2097;RBI=0.0237953;REFB=-0.0165711;REVB=0.0202926;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162192;STB=0.593066;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0141794;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:4:6:10:3:4:6 chr20 56821127 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0119013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1781;QD=16.7845;RBI=0.0174569;REFB=-0.00904252;REVB=-0.0127712;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120299;STB=0.567581;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00936393;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:13:16:14:19:13:16:14:19 chr20 56822536 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0165682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1707;QD=14.0781;RBI=0.016869;REFB=-0.0235177;REVB=0.00317136;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174839;STB=0.601109;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0365282;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:4:12:7:5:4:12 chr20 56942591 . G T 141.12 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0292411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.609;QD=16.6021;RBI=0.0305624;REFB=-0.00948659;REVB=-0.00888936;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457182;STB=0.735637;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0234699;OID=.;OPOS=56942591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:18:18:14:16:0.470588:4:10:4:14:5:11:4:14 chr20 57020556 . G C 401.65 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.038597;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.443;QD=15.5979;RBI=0.0386225;REFB=-0.00430625;REVB=-0.00140468;RO=58;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457394;STB=0.525646;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00638111;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:58:45:45:0.436893:23:22:31:27:23:22:31:27 chr20 57020573 . A G 359.69 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0656476;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8249;QD=16.9267;RBI=0.0889243;REFB=-0.0234208;REVB=0.0599827;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576889;STB=0.543858;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0132472;OID=.;OPOS=57020573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:47:38:38:0.447059:20:18:24:21:20:18:26:21 chr20 57045667 . T C 1823.99 PASS AF=0.99187;AO=113;DP=116;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150549;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.6;QD=59.3168;RBI=0.0655055;REFB=-0.00411643;REVB=0.0637521;RO=0;SAF=44;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91148e-08;STB=0.505494;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000829463;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:123:0:1:113:122:0.99187:69:44:0:0:77:45:1:0 chr20 57045765 . A G 867.85 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.586;QD=57.8566;RBI=0.0298414;REFB=0;REVB=0.00882503;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135599;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:42:18:0:0:42:18:0:0 chr20 57564070 . C T 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00293297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.308;QD=27.859;RBI=0.00828727;REFB=-0.0139993;REVB=0.00775091;RO=8;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133354;STB=0.574377;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00635542;OID=.;OPOS=57564070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:5:12:4:4:5:12:4:4 chr20 57572675 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000626548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.919;QD=62.7621;RBI=0.00635154;REFB=0;REVB=0.00632056;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38453e-06;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr20 57597970 . AG CC 186.21 PASS AF=0.475;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00803585;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.338;QD=18.6206;RBI=0.00909105;REFB=-0.0121979;REVB=-0.00425116;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257126;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=mnp;VARB=0.0132011;OID=.;OPOS=57597970;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:21:18:19:0.475:11:7:8:14:11:8:8:13 chr20 57599016 . T G 523.4 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987776;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5658;QD=59.8168;RBI=0.0103678;REFB=0;REVB=0.00314977;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111448;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr20 57599402 . G A 135.76 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0181107;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7287;QD=16.4551;RBI=0.0335154;REFB=-0.0129711;REVB=-0.0282008;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155927;STB=0.610954;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0153477;OID=.;OPOS=57599402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:4:11:10:7:4:11:10:8 chr20 57610059 . C A 173.03 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0184297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.491;QD=18.7061;RBI=0.0191094;REFB=-0.0172491;REVB=0.0050513;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998626;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0186057;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:17:18:0.486486:8:9:8:11:9:9:8:11 chr20 57612390 . C G 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00261426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7274;QD=26.4132;RBI=0.00977383;REFB=-0.0271702;REVB=0.00941772;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324895;STB=0.679856;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0117783;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:17:8:13:4:17:8:13:4 chr20 57766360 . C G 214.04 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0127626;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.761;QD=15.8549;RBI=0.0204869;REFB=-0.024388;REVB=-0.0160259;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163745;STB=0.629858;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0227181;OID=.;OPOS=57766360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:29:24:25:0.462963:12:12:10:20:12:13:8:21 chr20 57767043 . G C 412.85 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7897;QD=56.9445;RBI=0.174426;REFB=0;REVB=0.170039;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469091;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:10:15:0:0:14:15:0:0 chr20 57767049 . G T 140.39 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=24;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0188016;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.513;QD=20.7979;RBI=0.0217948;REFB=-0.0740273;REVB=0.0110232;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225037;STB=0.682686;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0405222;OID=.;OPOS=57767049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:27:8:12:13:15:0.555556:4:9:3:5:5:10:3:9 chr20 57768399 . T C 716.5 PASS AF=0.981132;AO=47;DP=48;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.625;QD=54.0755;RBI=0.0229478;REFB=-0.0769945;REVB=0.00663556;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000174834;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:53:1:1:47:52:0.981132:25:22:1:0:26:26:1:0 chr20 57768657 . T C 191.17 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8417;QD=47.7924;RBI=0.0114389;REFB=0;REVB=-0.00987768;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158601;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:5:11:0:0 chr20 57768743 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.528;QD=39.2067;RBI=0.106324;REFB=0;REVB=-0.0690506;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464492;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr20 57769140 . G C 349.03 PASS AF=1;AO=16;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486387;FXX=0.0370233;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.3052;QD=53.697;RBI=0.0606372;REFB=0;REVB=-0.0604418;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464884;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:16:26:1:7:9:0:0:13:13:0:0 chr20 57829301 . T C 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.358;QD=53.2661;RBI=0.0123576;REFB=0;REVB=-0.0122744;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106507;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr20 57833518 . G A 630.82 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.572;QD=61.5432;RBI=0.0251119;REFB=0;REVB=-0.00224142;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52281e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr20 57833740 . T C 689.78 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0627974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1405;QD=59.9806;RBI=0.0657869;REFB=-0.0298376;REVB=-0.0196061;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0001436;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:0:1:22:23:0:1 chr20 57834150 . A T 535.28 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.146025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8369;QD=54.9008;RBI=0.1462;REFB=-0.0319246;REVB=-0.00714928;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.508316;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00415803;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:24:13:1:0:24:13:1:1 chr20 58467393 . A G 298.52 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0162162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4212;QD=24.3687;RBI=0.0163423;REFB=-0.0121382;REVB=0.00202672;RO=22;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14444;STB=0.580699;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0166116;OID=.;OPOS=58467393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:20:7:9:13:20:7:9:13 chr20 58520788 . T G 54.98 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.145652;FXX=0.0789266;HRUN=10;LEN=1;MLLD=19.2226;QD=6.28311;RBI=0.182016;REFB=0.0289226;REVB=0.109158;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210359;STB=0.713702;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0486676;OID=.;OPOS=58520788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:38:35:13:22:6:6:0.171429:3:3:9:4:3:3:17:5 chr20 58558000 . G A 181.93 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.0323552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9802;QD=11.0261;RBI=0.0442556;REFB=-0.0301033;REVB=-0.0301944;RO=42;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20043;STB=0.604574;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0589294;OID=.;OPOS=58558000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:23:24:0.363636:16:7:7:35:17:7:7:35 chr20 60293919 . C A 1203.08 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0663803;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7521;QD=58.6871;RBI=0.0663823;REFB=-0.00709382;REVB=-0.000522898;RO=2;SAF=50;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614456;STB=0.503246;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000549226;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:30:50:1:1:30:50:1:1 chr20 60485627 . C T 272.6 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0116574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.172;QD=14.9368;RBI=0.0190072;REFB=-0.0238059;REVB=0.0150126;RO=39;SAF=8;SAR=23;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021353;STB=0.520349;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.033008;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:39:42:31:31:0.424658:23:8:10:29:23:8:12:30 chr20 60503350 . A G 824.9 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00512074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7412;QD=21.426;RBI=0.00972728;REFB=-0.0397013;REVB=0.0082703;RO=72;SAF=44;SAR=38;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194477;STB=0.510649;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.045379;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:72:82:82:0.532468:38:44:37:35:38:44:37:35 chr20 60509209 . C T 294.5 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0538734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5561;QD=15.1025;RBI=0.0567091;REFB=-0.00655483;REVB=-0.017708;RO=45;SAF=8;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215898;STB=0.623188;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0142398;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:25:8:19:26:25:8:19:26 chr20 60511860 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00487457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.196;QD=21.065;RBI=0.0121033;REFB=-0.0068565;REVB=0.0110783;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148268;STB=0.583264;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0113869;OID=.;OPOS=60511860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:14:10:14:10:14:10 chr20 60572663 . C A 872.79 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.075014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2731;QD=56.3091;RBI=0.0790491;REFB=-0.133235;REVB=0.024933;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00223198;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:1:0:34:27:1:0 chr20 60709311 . G A 544.1 PASS AF=0.387879;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=165;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=0.0074905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.699;QD=13.1904;RBI=0.0219327;REFB=-0.00807135;REVB=-0.0206139;RO=101;SAF=29;SAR=35;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193916;STB=0.609175;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0129613;OID=.;OPOS=60709311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:101:101:64:64:0.387879:35:29:64:37:35:29:64:37 chr20 60712511 . A G 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0218802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.556;QD=29.4446;RBI=0.024555;REFB=-0.0255784;REVB=0.0111448;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802217;STB=0.544013;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0125841;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:15:16:12:7:15:16:12:7 chr20 60713311 . G A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.005861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2776;QD=10.1681;RBI=0.0131817;REFB=-0.0097275;REVB=-0.011807;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207689;STB=0.627647;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0184761;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:2:9:15:7:2:9:15:7 chr20 60713332 . A G 54.56 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0855064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2648;QD=8.72896;RBI=0.0858957;REFB=-0.00870495;REVB=0.00816792;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433736;STB=0.796601;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.023602;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:17:17:7:8:0.32:1:6:9:8:1:7:9:8 chr20 60768497 . C T 291.65 PASS AF=0.568627;AO=19;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0105818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.426;QD=22.8745;RBI=0.0231939;REFB=-0.0134968;REVB=0.0206393;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104821;STB=0.522457;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0257428;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:19:29:0.568627:9:10:14:8:12:17:14:8 chr20 60791404 . C T 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00960354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.658;QD=16.1545;RBI=0.00962644;REFB=-0.0222054;REVB=0.000663611;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467927;STB=0.532444;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0342937;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:18:9:9:22:18:9:9:23 chr20 60808026 . C T 1117.92 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00480948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.01;QD=58.0737;RBI=0.0143167;REFB=-0.136156;REVB=0.0134847;RO=1;SAF=28;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165969;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000505754;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:47:28:1:0:48:28:1:0 chr20 60831300 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.453;QD=48.7366;RBI=0.0206232;REFB=0;REVB=0.0130499;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90109e-05;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr20 60881330 . G A 1310.67 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.3;QD=59.5757;RBI=0.0672629;REFB=-0.105556;REVB=0.0663122;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678004;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:0:85:88:1:34:51:0:0:37:51:0:0 chr20 60881780 . T C 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9254;QD=57.7073;RBI=0.0136603;REFB=0;REVB=0.0116756;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25389e-05;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr20 60887581 . G A 471.57 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0747828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8593;QD=55.4786;RBI=0.0837437;REFB=-0.163615;REVB=0.0376899;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00501676;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:1:0 chr20 60892526 . A G 1048.7 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.642;QD=58.2612;RBI=0.021302;REFB=-0.0218882;REVB=0.0085866;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=1.85572e-05;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:34:36:1:0:34:37:1:0 chr20 60893570 . G A 417.09 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0297937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.728;QD=15.4478;RBI=0.0514593;REFB=-0.0269799;REVB=0.0419571;RO=61;SAF=20;SAR=27;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196987;STB=0.610242;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0266057;OID=.;OPOS=60893570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:27:20:38:23:27:20:38:23 chr20 60893639 . G C 259.5 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00567064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.673;QD=14.2193;RBI=0.00956712;REFB=-0.0148582;REVB=-0.00770544;RO=42;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176238;STB=0.501628;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0219776;OID=.;OPOS=60893639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:21:9:12:30:21:9:13:30 chr20 60897487 . C T 683.37 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0549227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5;QD=52.5666;RBI=0.0568714;REFB=-0.146668;REVB=0.0147599;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303527;STB=0.516123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00484979;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:2:2:50:50:0.961538:30:20:0:2:30:20:0:2 chr20 60897721 . C T 348.99 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0381144;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5119;QD=32.4642;RBI=0.0419283;REFB=-0.0725776;REVB=0.017472;RO=14;SAF=24;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316506;STB=0.675187;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0526972;OID=.;OPOS=60897721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:5:24:6:8:5:24:6:8 chr20 60899206 . C T 814.4 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0535968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2854;QD=53.4033;RBI=0.0565348;REFB=-0.0838029;REVB=0.017988;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.501399;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00367426;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:0:2:58:59:0.967213:31:27:0:0:32:27:1:1 chr20 60900481 . A G 1748.67 PASS AF=0.991379;AO=99;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5853;QD=60.2989;RBI=0.109739;REFB=0;REVB=0.0741015;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206495;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:0:99:115:0.991379:65:34:0:0:78:37:0:0 chr20 60900579 . C A 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2272;QD=59.3155;RBI=0.0630688;REFB=0;REVB=0.0236007;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453426;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:48:20:0:0:48:20:0:0 chr20 60904853 . T C 448.39 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=-0.000927697;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.916;QD=26.3758;RBI=0.0218379;REFB=-0.00429279;REVB=0.0218182;RO=26;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337882;STB=0.682682;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00441118;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:22:20:25:1:22:20:25:1 chr20 60904854 . G C 210.05 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0201679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9685;QD=12.0026;RBI=0.0569327;REFB=-0.0772983;REVB=-0.0532409;RO=44;SAF=25;SAR=1;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717828;STB=0.928374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.112981;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:1:25:21:23:1:25:21:23 chr20 60905878 . A G 115.92 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.738;QD=42.1518;RBI=0.0537124;REFB=0;REVB=0.0521341;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661162;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr20 60907446 . T C 993.9 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224658;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.923;QD=59.3373;RBI=0.0562364;REFB=0;REVB=0.0515541;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111287;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr20 60907675 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.137;QD=59.0152;RBI=0.0345026;REFB=0;REVB=0.00868312;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15941e-05;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr20 60908964 . G A 175.1 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3826;QD=46.692;RBI=0.180392;REFB=0;REVB=0.176608;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00601454;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:3:11:0:1:4:11:0:0 chr20 60908969 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7436;QD=46.8479;RBI=0.0699552;REFB=0;REVB=0.0697319;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140931;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr20 60909060 . A G 786.64 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.207;QD=64.2151;RBI=0.0510751;REFB=0;REVB=-0.0467939;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19509e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:26:23:0:0 chr20 60911958 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.183;QD=44.6898;RBI=0.0278897;REFB=0;REVB=0.0112405;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603369;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr20 60912683 . T C 560.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239355;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4185;QD=60.6476;RBI=0.153973;REFB=0;REVB=-0.152101;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026715;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr20 60920624 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.579;QD=46.8462;RBI=0.0801604;REFB=0;REVB=0.0799148;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742712;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr20 60920887 . G A 670.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.453;QD=60.9857;RBI=0.0485606;REFB=0;REVB=-0.0482852;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232437;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr20 60921643 . T C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.628;QD=52.6046;RBI=0.0831297;REFB=0;REVB=0.0820748;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070508;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr20 60927349 . C T 754.7 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.215;QD=54.887;RBI=0.0256507;REFB=-0.114357;REVB=0.0233687;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000759797;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:18:36:0:1:18:36:0:1 chr20 60927412 . G A 609.87 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0673795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4992;QD=56.7319;RBI=0.0947841;REFB=-0.101719;REVB=0.0666635;RO=2;SAF=25;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360683;STB=0.519221;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00538391;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:16:25:2:0:16:25:2:0 chr20 60937597 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8878;QD=53.9109;RBI=0.0234404;REFB=0;REVB=0.00122944;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533234;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr20 60963494 . C T 1047.96 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9514;QD=58.2201;RBI=0.0781961;REFB=0.0119867;REVB=-0.0705219;RO=1;SAF=23;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020113;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00700999;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:48:23:1:0:48:23:1:0 chr20 60966318 . G T 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.227;QD=59.4253;RBI=0.150592;REFB=0;REVB=0.0801064;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168968;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr20 60989365 . C T 211.04 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0425079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4478;QD=21.1039;RBI=0.0441378;REFB=0.00364685;REVB=0.0118839;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253371;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00116431;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:11:9:8:11:11:10:8:11 chr20 60994713 . TG TC,T 60.11 PASS AF=0,0.419355;AO=2,12;DP=31;FAO=0,13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=0,12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0400537,0.0585001;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=114.765,14.0854;QD=7.75647;RBI=0.057473,0.0604872;REFB=0.00636086,-0.13076;REVB=-0.0412172,0.0153764;RO=16;SAF=0,0;SAR=2,12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.656611,-0.83673;STB=0.5,0.895863;STBP=1,0.001;TYPE=snp,del;VARB=0.0286686,0.170967;OID=.,.;OPOS=60994714,60994714;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.419355:2,12:31:0,13:31:18:0,1:0,12:12:6:57:16:0,0:2,12:12:4 chr20 61039958 . T C 1453.98 PASS AF=0.971154;AO=100;DP=106;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0433243;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.517;QD=55.9224;RBI=0.0434704;REFB=-0.0507376;REVB=-0.00356047;RO=3;SAF=54;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704384;STB=0.503552;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00344081;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:104:3:3:100:101:0.971154:46:54:2:1:46:55:2:1 chr20 61040453 . C G 382.7 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0101297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1937;QD=25.513;RBI=0.0339712;REFB=-0.0139496;REVB=0.0324258;RO=23;SAF=30;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176531;STB=0.509653;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00613011;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:7:30:19:4:7:30:19:4 chr20 61040951 . C T 253.98 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0554881;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7897;QD=12.8597;RBI=0.0555882;REFB=-0.0277202;REVB=-0.003335;RO=50;SAF=9;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188284;STB=0.61362;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0334734;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:49:30:30:0.379747:21:9:23:27:21:9:23:26 chr20 61048549 . G A 1269.3 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239938;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.475;QD=61.9171;RBI=0.0313797;REFB=0;REVB=0.0202233;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197646;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr20 61143487 . T C 390.78 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.000722021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.784;QD=19.0624;RBI=0.00959784;REFB=-0.00114624;REVB=0.00957064;RO=42;SAF=11;SAR=28;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107168;STB=0.547462;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00102568;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:39:40:0.487805:28:11:16:26:28:12:16:26 chr20 61303264 . C T 563.49 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0213349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.506;QD=29.2722;RBI=0.025902;REFB=-0.0261586;REVB=0.0146879;RO=26;SAF=16;SAR=34;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123753;STB=0.562118;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00892136;OID=.;OPOS=61303264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:27:50:50:0.649351:34:16:13:13:34:16:13:14 chr20 61326380 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.474;QD=62.9805;RBI=0.0416207;REFB=0;REVB=0.040863;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144951;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr20 61431531 . C T 315.57 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0286643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.917;QD=15.027;RBI=0.0364254;REFB=-0.0355197;REVB=0.0224759;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122886;STB=0.569339;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0501552;OID=.;OPOS=61431531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:18:17:18:31:18:17:18:31 chr20 61444584 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0477275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.416;QD=8.51178;RBI=0.0479149;REFB=-0.0266537;REVB=-0.00423298;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147162;STB=0.509072;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0799514;OID=.;OPOS=61444584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:8:2:5:19:8:2:5:19 chr20 61460107 . T C 132.01 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00505039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.389;QD=14.6673;RBI=0.029472;REFB=-0.0100316;REVB=-0.029036;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219017;STB=0.602284;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00415726;OID=.;OPOS=61460107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:9:6:4:16:9:6:5:16 chr20 61460124 . G A 251.9 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0331161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9385;QD=27.2326;RBI=0.0459338;REFB=-0.00373399;REVB=-0.0318315;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417642;STB=0.52314;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00266439;OID=.;OPOS=61460124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:16:7:5:9:16:7:5:9 chr20 61461912 . A G 95.24 PASS AF=0.186047;AO=17;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00852483;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4906;QD=4.42995;RBI=0.019611;REFB=-0.00547022;REVB=-0.0176612;RO=68;SAF=5;SAR=12;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282421;STB=0.722604;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0347054;OID=.;OPOS=61461912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:86:86:68:70:17:16:0.186047:12:5:35:33:12:4:36:34 chr20 61463501 . T C 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0165624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.193;QD=9.4948;RBI=0.0215138;REFB=-0.00167058;REVB=0.0137306;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144506;STB=0.587472;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00467827;OID=.;OPOS=61463501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:14:10:6:5:14:10 chr20 61463522 . C A 106.93 PASS AF=0.393939;AO=9;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0119072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.578;QD=12.9613;RBI=0.0279273;REFB=-0.0160806;REVB=0.0252617;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10924;STB=0.657299;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.02684;OID=.;OPOS=61463522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:9:13:0.393939:4:5:13:7:8:5:13:7 chr20 61464440 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00376788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.867;QD=12.5626;RBI=0.0166343;REFB=0.0023961;REVB=-0.0162019;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142731;STB=0.582325;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00485205;OID=.;OPOS=61464440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:9:13:16:19:9:13:16:19 chr20 61467800 . A G 405.11 PASS AF=0.966667;AO=25;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00592973;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7598;QD=54.015;RBI=0.013873;REFB=-0.0650757;REVB=0.0125419;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0019254;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:25:29:0.966667:17:8:0:0:18:11:1:0 chr20 61468571 . T C 1353.98 PASS AF=0.53719;AO=118;DP=230;FAO=130;FDP=242;FR=.;FRO=112;FSAF=78;FSAR=52;FSRF=72;FSRR=40;FWDB=0.00919065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.34;QD=22.3798;RBI=0.0101136;REFB=-0.012715;REVB=0.0042211;RO=111;SAF=67;SAR=51;SRF=71;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654993;STB=0.52083;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0104709;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:242:111:112:118:130:0.53719:51:67:71:40:52:78:72:40 chr20 61512606 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.775;QD=52.6126;RBI=0.0208294;REFB=0;REVB=0.0184255;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272826;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr20 61528074 . T C 1607.0 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.255;QD=64.2802;RBI=0.065616;REFB=0;REVB=0.0570386;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127081;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr20 61528271 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.645;QD=39.2068;RBI=0.0687631;REFB=0;REVB=0.0163189;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000723723;OID=.;OPOS=61528271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr20 61576777 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.754;QD=53.911;RBI=0.052621;REFB=0;REVB=-0.00699737;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413646;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr20 61577275 . T C 784.65 PASS AF=1;AO=41;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.922;QD=62.7718;RBI=0.0494866;REFB=0;REVB=0.0345761;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446914;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:41:50:1:21:20:0:0:20:30:0:0 chr20 61588159 . A G 1071.52 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2086;QD=59.5292;RBI=0.048662;REFB=0;REVB=0.0357086;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91253e-05;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:41:31:0:0 chr20 61594679 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.543;QD=62.9821;RBI=0.0344035;REFB=0;REVB=0.0339166;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66142e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 856.9 PASS AF=1,0;AO=57,6;DP=66;FAO=67,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419503,-0.0863146;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.9411,10.8205;QD=51.1579;RBI=0.0419574,0.0890159;REFB=0,0;REVB=0.000772257,-0.021763;RO=1;SAF=24,6;SAR=33,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0192443,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00123966,-0.021013;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:57,6:66:67,0:67:0:34,0:33,0:0:0:5:1:24,6:33,0:1:0 chr20 61834695 . G A 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0374613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6599;QD=16.4414;RBI=0.0381453;REFB=-0.0189659;REVB=-0.00719124;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333602;STB=0.693663;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0265681;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:4:16:14:13:4:16:14:13 chr20 61869607 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.56;QD=33.4285;RBI=0.0366087;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044242;OID=.;OPOS=61869607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr20 61869826 . C T 352.06 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.023495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7077;QD=18.289;RBI=0.0242455;REFB=-0.00999126;REVB=0.00598598;RO=38;SAF=25;SAR=12;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652955;STB=0.529829;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0104051;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:40:37:37:0.480519:12:25:28:10:12:25:29:11 chr20 61870727 . G C 112.34 PASS AF=0.75;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00966209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.123;QD=28.0843;RBI=0.0414986;REFB=-0.0632592;REVB=0.0403581;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19919;STB=0.599849;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0234147;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:16:4:4:11:12:0.75:4:7:4:0:4:8:4:0 chr20 61880169 . T G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0399577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.951;QD=24.0668;RBI=0.0418949;REFB=0.000648245;REVB=0.0125922;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676326;STB=0.537995;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=1.17482e-06;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:4:6:11:5:4:6 chr20 61881296 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00051226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.479;QD=59.5013;RBI=0.0142983;REFB=0;REVB=0.0142891;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29386e-05;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr20 61912715 . T C 92.25 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0045713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.06;QD=13.1782;RBI=0.0237413;REFB=-0.0134928;REVB=-0.0232971;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0177046;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:28:12:16:11:11:0.392857:6:5:6:6:6:5:9:7 chr20 61918164 . C G 101.7 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.153;QD=40.6779;RBI=0.0932925;REFB=0;REVB=0.0924473;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018251;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr20 61941747 . A G 304.51 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3567;QD=52.9576;RBI=0.0586429;REFB=0;REVB=-0.0485471;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79168e-05;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:23:0:0:20:23:1:12:8:0:0:12:11:0:0 chr20 61951489 . G C 50.08 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.771;QD=33.3833;RBI=0.0451005;REFB=0;REVB=-0.00190872;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0040419;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr20 61956782 . T C 563.37 PASS AF=0.869565;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0473091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7191;QD=48.9889;RBI=0.0547279;REFB=-0.0422294;REVB=-0.0275134;RO=6;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967504;STB=0.551699;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0203163;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:6:6:40:40:0.869565:26:14:0:6:26:14:0:6 chr20 61981104 . C T 208.79 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0400751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.353;QD=25.3075;RBI=0.0413541;REFB=-0.0252068;REVB=-0.0102053;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192542;STB=0.607367;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0112582;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:8:5:13:7:8:5 chr20 61981134 . G A 233.86 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00379592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.931;QD=32.2567;RBI=0.0719773;REFB=0.0120997;REVB=0.0718771;RO=8;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989936;STB=0.554403;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00288142;OID=.;OPOS=61981134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:12:9:5:3:12:9:5:3 chr20 61981536 . A G 323.39 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5686;QD=53.8982;RBI=0.0355213;REFB=0;REVB=0.0160392;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783783;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr20 61981554 . C A 189.8 PASS AF=0.59375;AO=9;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0200463;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.979;QD=23.7254;RBI=0.0349478;REFB=-0.066219;REVB=0.0286269;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820699;STB=0.638569;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0233865;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:9:19:0.59375:2:7:10:2:11:8:10:3 chr20 61982085 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.382;QD=60.0298;RBI=0.0415638;REFB=0;REVB=-0.011012;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119466;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr20 61982124 . A G 346.12 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.01551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.954;QD=19.4995;RBI=0.0188084;REFB=-0.0209742;REVB=-0.0106393;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670877;STB=0.50847;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0262286;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:35:36:36:0.507042:15:21:19:14:15:21:21:14 chr20 61986863 . C G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0278455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.894;QD=15.6194;RBI=0.0278687;REFB=-0.017302;REVB=0.00113582;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309372;STB=0.517789;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0220111;OID=.;OPOS=61986863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:16:9:7:11:16:9 chr20 61986949 . T C 159.14 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0211335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.345;QD=19.8929;RBI=0.0241569;REFB=-0.0275724;REVB=0.0117017;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19337;STB=0.571903;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00881223;OID=.;OPOS=61986949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:16:17:0.53125:7:9:11:3:7:10:11:4 chr20 61990939 . G A 261.72 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00156238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.858;QD=22.7586;RBI=0.0512609;REFB=-0.047002;REVB=0.051237;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834341;STB=0.527509;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0384653;OID=.;OPOS=61990939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:21:23:25:0.543478:11:12:13:8:11:14:13:8 chr20 62038277 . T G 476.0 PASS AF=0.274074;AO=32;DP=132;FAO=37;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0106402;FXX=0.0357117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5156;QD=14.1038;RBI=0.010746;REFB=-0.0419375;REVB=-0.0015043;RO=63;SAF=29;SAR=3;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61783;STB=0.743518;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0747076;OID=.;OPOS=62038277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:63:72:32:37:0.274074:3:29:28:35:7:30:35:37 chr20 62044847 . G A 445.56 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00578066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.269;QD=26.2095;RBI=0.00898809;REFB=-0.00798768;REVB=-0.00688257;RO=26;SAF=29;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892728;STB=0.548872;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00453448;OID=.;OPOS=62044847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:13:29:15:11:13:29:15:11 chr20 62126185 . A G 219.44 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0134914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7039;QD=19.0818;RBI=0.0647551;REFB=0.0092772;REVB=-0.0633341;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125413;STB=0.579324;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0108709;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:21:22:0.478261:7:14:13:11:7:15:13:11 chr20 62172219 . G A 919.82 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=61;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00810484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.752;QD=56.6046;RBI=0.116148;REFB=-0.0601498;REVB=0.115864;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000323502;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:65:1:1:60:64:0.984615:30:30:0:1:34:30:0:1 chr20 62173562 . G T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.556;QD=63.8693;RBI=0.0380871;REFB=0;REVB=0.00610364;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246415;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr20 62174724 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5155;QD=61.3282;RBI=0.142111;REFB=0;REVB=0.141902;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140494;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr20 62187187 . T C 142.18 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.386;QD=43.7478;RBI=0.0367687;REFB=0;REVB=0.0350894;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181581;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:3:10:0:0 chr20 62187439 . T C 130.04 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4824;QD=43.3461;RBI=0.0934331;REFB=0;REVB=0.0654997;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58749e-05;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr20 62191321 . A G 316.83 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.987;QD=52.8043;RBI=0.0145764;REFB=0;REVB=-0.00666884;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180588;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr20 62191937 . G A 83.48 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0337399;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.691;QD=18.5511;RBI=0.0342405;REFB=-0.000680124;REVB=0.00583326;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292536;STB=0.66637;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00108705;OID=.;OPOS=62191937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:1:7:5:5:1:7 chr20 62193019 . C T 88.81 PASS AF=0.44;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00788296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.031;QD=14.2101;RBI=0.0234265;REFB=-0.02352;REVB=-0.0220604;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259257;STB=0.63887;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.034138;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:25:11:14:9:11:0.44:4:5:3:8:6:5:3:11 chr20 62193445 . G A 267.96 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0116467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.171;QD=22.3299;RBI=0.03541;REFB=-0.0278822;REVB=0.0334399;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110138;STB=0.53843;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.022714;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:24:25:0.520833:15:9:11:11:15:10:11:12 chr20 62194030 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.419;QD=60.0309;RBI=0.035142;REFB=0;REVB=0.00567041;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23384e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr20 62194103 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.515;QD=62.6703;RBI=0.0237244;REFB=0;REVB=0.0137622;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07987e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr20 62194128 . G A 238.16 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0237264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7479;QD=20.2693;RBI=0.0435508;REFB=0.00147675;REVB=0.0365203;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970598;STB=0.554683;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00260341;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:13:11:13:10:13:11 chr20 62194298 . G A 219.16 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.00312121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.605;QD=11.6883;RBI=0.0133;REFB=-0.0173211;REVB=-0.0129286;RO=47;SAF=17;SAR=10;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170873;STB=0.601938;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0345443;OID=.;OPOS=62194298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:48:27:27:0.36:10:17:36:11:10:17:37:11 chr20 62195220 . C T 91.27 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0211886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.4463;QD=17.3848;RBI=0.0500905;REFB=-0.0492116;REVB=-0.0453884;RO=5;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166212;STB=0.691913;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0235012;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:21:5:10:11:11:0.52381:2:9:4:1:2:9:5:5 chr20 62195672 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0615636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7449;QD=21.744;RBI=0.0691891;REFB=-0.0186291;REVB=0.0315761;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110469;STB=0.562416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0171968;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:6:5:9:6:6:5 chr20 62196033 . C T 191.41 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0182863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0932;QD=22.5185;RBI=0.0184179;REFB=-0.00894229;REVB=-0.00219815;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553291;STB=0.503102;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00774428;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:7:8:10:9:7:8 chr20 62196182 . G C 53.36 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0174059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3921;QD=7.62248;RBI=0.0184406;REFB=-0.00206506;REVB=-0.00609021;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362117;STB=0.73613;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00904901;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:1:7:13:7:1:7:13:7 chr20 62196807 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.505;QD=59.8386;RBI=0.047632;REFB=0;REVB=0.0444551;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186551;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr20 62196884 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.723;QD=57.2372;RBI=0.0372415;REFB=0;REVB=-0.0359731;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91755e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr20 62198236 . G A 88.18 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0523697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.446;QD=14.1083;RBI=0.0532323;REFB=-0.0593295;REVB=-0.00954417;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236675;STB=0.639731;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0385675;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:7:7:3:8:7:7 chr20 62198348 . C T 954.59 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.805;QD=58.744;RBI=0.04072;REFB=0;REVB=0.0185012;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51565e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:44:19:0:0:46:19:0:0 chr20 62198662 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.492;QD=51.9161;RBI=0.0474451;REFB=0;REVB=0.035014;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62391e-05;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr20 62200017 . G A 125.4 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0115261;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.132;QD=17.297;RBI=0.0347433;REFB=-0.0276442;REVB=0.0327757;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103377;STB=0.559499;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0289336;OID=.;OPOS=62200017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:7:8:9:5:7:8 chr20 62200575 . TG CA,CG 379.23 PASS AF=0.5,0.5;AO=14,14;DP=28;FAO=14,14;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9,6;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337981,-0.0746432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.6986,54.5694;QD=54.1753;RBI=0.158769,0.176942;REFB=0,0;REVB=0.15513,0.160427;RO=0;SAF=9,6;SAR=5,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000532141,0.0103028;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:28:28:0:0:14,14:14,14:0.5,0.5:5,8:9,6:0:0:5,8:9,6:0:0 chr20 62200860 . A G 756.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.058;QD=63.0585;RBI=0.0632425;REFB=0;REVB=0.046366;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269298;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr20 62221610 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.338;QD=57.0007;RBI=0.0328834;REFB=0;REVB=0.00289381;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8125e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr20 62227081 . A G 472.1 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.936;QD=57.2242;RBI=0.0435777;REFB=0;REVB=0.0341503;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228534;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:10:22:0:0:11:22:0:0 chr20 62309554 . C T 888.5 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.272;QD=56.4124;RBI=0.0431138;REFB=0.0229907;REVB=0.0417603;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-3.04451e-05;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:33:29:0:1:33:29:0:1 chr20 62319464 . T C 593.94 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5418;QD=60.9167;RBI=0.0962185;REFB=0;REVB=0.0680057;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15087e-06;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr20 62319561 . C G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000926146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.094;QD=16.1562;RBI=0.011689;REFB=-0.00826962;REVB=-0.0116523;RO=32;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281647;STB=0.658972;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00985046;OID=.;OPOS=62319561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:9:18:12:20:9:18:12:20 chr20 62320968 . T C 487.16 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552913;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.749;QD=59.0494;RBI=0.0251486;REFB=0;REVB=0.0245332;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50887e-05;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr20 62321655 . G A 530.41 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00329279;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.379;QD=57.3413;RBI=0.0608274;REFB=-0.103142;REVB=0.0607382;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000927;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr20 62322288 . T C 725.03 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481406;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.342;QD=63.0459;RBI=0.0509831;REFB=0;REVB=0.0167856;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100719;OID=.;OPOS=62322288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:46:0:0:41:46:1:26:15:0:0:25:21:0:0 chr20 62324289 . C T 532.39 PASS AF=0.574713;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0122658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8137;QD=24.4777;RBI=0.0169631;REFB=0.00300138;REVB=0.0117173;RO=37;SAF=31;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135635;STB=0.513004;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.000803454;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:49:50:0.574713:18:31:24:13:19:31:24:13 chr20 62326110 . A C 362.54 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0363921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0038;QD=20.7168;RBI=0.0671099;REFB=-0.0173789;REVB=-0.0563857;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188823;STB=0.608852;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0219049;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:16:21:25:7:16:21:26:7 chr20 62326159 . G A 412.7 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0325615;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0033;QD=23.9244;RBI=0.0397094;REFB=-0.0528588;REVB=0.0227285;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137067;STB=0.575001;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0464774;OID=.;OPOS=62326159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:29:29:40:40:0.57971:18:22:21:8:18:22:21:8 chr20 62328375 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.13;QD=53.9112;RBI=0.00951789;REFB=0;REVB=-0.00622317;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43295e-06;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr20 62332638 . A AC 662.75 PASS AF=1;AO=65;DP=81;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246155;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.941;QD=35.3464;RBI=0.152382;REFB=0;REVB=-0.15038;RO=11;SAF=34;SAR=31;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00141143;OID=.;OPOS=62332639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:81:75:75:0:38:37:0:0:14:11:34:31:6:5 chr20 62340115 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.271;QD=53.9111;RBI=0.0398076;REFB=0;REVB=0.0396851;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216665;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr20 62372813 . G A 657.3 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0242908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.385;QD=55.9402;RBI=0.0246675;REFB=-0.0577243;REVB=0.00429471;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.520652;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000790933;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:1:3:44:44:0.93617:28:16:0:1:28:16:2:1 chr20 62373707 . G T 743.12 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.324;QD=55.0459;RBI=0.0468384;REFB=-0.0685024;REVB=0.0190469;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514071;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:1:0:53:54:1:20:33:0:1:21:33:0:0 chr20 62378349 . C T 536.1 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0270547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1506;QD=54.985;RBI=0.0817361;REFB=0.0388426;REVB=0.0771287;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00232202;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:17:20:1:0:17:20:1:1 chr20 62378364 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.111;QD=62.9829;RBI=0.0243872;REFB=0;REVB=-0.00708597;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02721e-05;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr20 62421622 . A G 511.2 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0270722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.427;QD=17.04;RBI=0.032345;REFB=-0.0187503;REVB=-0.0177001;RO=65;SAF=28;SAR=27;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285934;STB=0.515918;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0231803;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:27:28:35:30:27:28:35:30 chr20 62422080 . T C 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00602104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.148;QD=7.95303;RBI=0.0278987;REFB=-0.0114117;REVB=0.0272412;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113905;STB=0.571247;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0194942;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:10:9:3:5:10:9 chr20 62522466 . A G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.013;QD=62.348;RBI=0.0360902;REFB=0;REVB=0.0357268;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112744;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr20 62540460 . A G 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9134;QD=59.4224;RBI=0.0255957;REFB=0;REVB=-0.0129308;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646028;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr20 62576030 . GC G 481.69 PASS AF=1;AO=52;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192887;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.58;QD=24.3894;RBI=0.261613;REFB=-0.0851743;REVB=0.176736;RO=21;SAF=26;SAR=26;SRF=6;SRR=15;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=0.114355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0441975;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:77:79:79:0:35:44:0:0:4:21:26:26:6:15 chr20 62576991 . G A 770.77 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00527688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.784;QD=55.0551;RBI=0.0221707;REFB=-0.122826;REVB=0.0215336;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00030355;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:0:1:26:29:0:1 chr20 62630425 . G A 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0028574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.594;QD=5.88647;RBI=0.0435764;REFB=-0.00184708;REVB=0.0434827;RO=50;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655605;STB=0.540929;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00593806;OID=.;OPOS=62630425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:7:8:24:26:7:8:24:26 chr20 62679647 . GCCC GCC,GCCG 552.43 PASS AF=0.886792,0.113208;AO=27,7;DP=54;FAO=47,6;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22,6;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.352322,0.230372;FXX=0.0185151;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.0729,8.06062;QD=41.6927;RBI=0.529575,0.25841;REFB=-0.0313518,-0.0261422;REVB=0.395371,0.117065;RO=11;SAF=12,5;SAR=15,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0.320755,0;SSEP=0.309544,0;SSSB=-0.10164,0.090156;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0304299,-0.0762092;OID=.,.;OPOS=62679648,62679650;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.886792,0.113208:27,7:54:47,6:53:0:22,6:25,0:0:0:22:11:12,5:15,2:7:4 chr20 62703490 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0152077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.35;QD=21.3767;RBI=0.0462756;REFB=-0.005736;REVB=0.0437054;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022833;STB=0.512809;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00534343;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:13:9:10:13:13:9 chr20 62714783 . C G 848.87 PASS AF=0.548387;AO=81;DP=151;FAO=85;FDP=155;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0428697;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.035;QD=21.9064;RBI=0.0429911;REFB=-0.0341254;REVB=-0.00322873;RO=70;SAF=31;SAR=50;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230664;STB=0.52032;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0332578;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:155:70:70:81:85:0.548387:50:31:25:45:51:34:25:45 chr20 62729225 . C T 410.88 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00347798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1626;QD=29.3482;RBI=0.0320778;REFB=0.0132651;REVB=0.0318887;RO=17;SAF=29;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.563072;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00937503;OID=.;OPOS=62729225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:18:38:38:0.678571:9:29:10:7:9:29:11:7 chr20 62737537 . C A 348.83 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0040415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.803;QD=17.6625;RBI=0.0287284;REFB=-0.000118555;REVB=-0.0284427;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053663;STB=0.521608;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000294398;OID=.;OPOS=62737537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:42:36:37:0.468354:16:20:21:21:17:20:21:21 chr20 62737568 . T C 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0194283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.566;QD=17.5745;RBI=0.0198142;REFB=-0.0193536;REVB=-0.00389147;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109365;STB=0.538945;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0217418;OID=.;OPOS=62737568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:49:41:41:0.455556:23:18:25:20:23:18:25:24 chr20 62737952 . G A 283.68 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0117964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.969;QD=23.1579;RBI=0.0119036;REFB=-0.0191019;REVB=0.00159422;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171175;STB=0.58592;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0186537;OID=.;OPOS=62737952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:10:16:9:13:10:16:10:13 chr21 9907271 . A G 933.01 PASS AF=0.656;AO=80;DP=124;FAO=82;FDP=125;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0146541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8939;QD=29.8563;RBI=0.0885398;REFB=-0.0312956;REVB=-0.0873187;RO=41;SAF=38;SAR=42;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053548;STB=0.527744;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0198895;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:41:43:80:82:0.656:42:38:16:25:43:39:17:26 chr21 9907302 . C T 248.55 PASS AF=0.248276;AO=36;DP=145;FAO=36;FDP=145;FR=.;FRO=109;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=-0.00233971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.413;QD=6.85652;RBI=0.0181918;REFB=-0.0041936;REVB=-0.0180407;RO=108;SAF=20;SAR=16;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205596;STB=0.625875;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0126348;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:108:109:36:36:0.248276:16:20:42:66:16:20:42:67 chr21 9907309 . G A 44.4 PASS AF=0.0896552;AO=13;DP=145;FAO=13;FDP=145;FR=.;FRO=132;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=0.0616192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.904;QD=1.22477;RBI=0.062232;REFB=-0.00249002;REVB=0.0087123;RO=132;SAF=3;SAR=10;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265997;STB=0.713116;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0233732;OID=.;OPOS=9907309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:145:145:132:132:13:13:0.0896552:10:3:59:73:10:3:59:73 chr21 9907322 . G T 249.16 PASS AF=0.251748;AO=36;DP=143;FAO=36;FDP=143;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=0.0369641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7589;QD=6.96947;RBI=0.0487467;REFB=0.00323575;REVB=0.0317787;RO=107;SAF=20;SAR=16;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212288;STB=0.626843;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0122489;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:107:107:36:36:0.251748:16:20:41:66:16:20:41:66 chr21 9907328 . G C 38.33 PASS AF=0.0810811;AO=12;DP=148;FAO=12;FDP=148;FR=.;FRO=136;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=0.0279144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.66;QD=1.036;RBI=0.0355933;REFB=0.000551567;REVB=0.0220832;RO=135;SAF=2;SAR=10;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33253;STB=0.777554;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00847852;OID=.;OPOS=9907328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:148:148:135:136:12:12:0.0810811:10:2:59:76:10:2:59:77 chr21 9907340 . A G 735.27 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0333467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.11;QD=20.2833;RBI=0.0345155;REFB=-0.0170118;REVB=-0.008906;RO=71;SAF=28;SAR=44;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447287;STB=0.51878;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0141602;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:71:73:72:72:0.496552:44:28:31:40:44:28:31:42 chr21 9907345 . C T 119.76 PASS AF=0.160839;AO=23;DP=143;FAO=23;FDP=143;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=0.00159132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.068;QD=3.34995;RBI=0.0333546;REFB=-0.00773277;REVB=-0.0333166;RO=120;SAF=11;SAR=12;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122913;STB=0.580301;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0424536;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:120:120:23:23:0.160839:12:11:46:74:12:11:46:74 chr21 9907375 . T C 757.72 PASS AF=0.619469;AO=70;DP=114;FAO=70;FDP=113;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.013869;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1835;QD=26.8218;RBI=0.0170559;REFB=-0.0109382;REVB=-0.00992753;RO=43;SAF=27;SAR=43;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101086;STB=0.505481;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00732024;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:43:43:70:70:0.619469:43:27:16:27:43:27:16:27 chr21 9907384 . GC AA,AC 682.04 PASS AF=0.0366972,0.568807;AO=4,61;DP=110;FAO=4,62;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=1,25;FSAR=3,37;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.018909,0.00734721;FXX=0.00909008;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.451,147.865;QD=25.0288;RBI=0.022767,0.0073501;REFB=-0.0106517,-0.0321265;REVB=-0.0126802,0.000206357;RO=42;SAF=1,24;SAR=3,37;SRF=16;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.155082,0.00981345;STB=0.628938,0.51331;STBP=0.724,0.777;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0708495,0.015922;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:110:109:42:43:4,61:4,62:0.0366972,0.568807:3,37:1,24:16:26:3,37:1,25:16:27 chr21 9907397 . C T 581.21 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0211403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5011;QD=22.7924;RBI=0.0215406;REFB=-0.00655662;REVB=-0.00413359;RO=45;SAF=20;SAR=37;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235822;STB=0.512922;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00642907;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:37:20:17:28:37:20:17:28 chr21 9907416 . C T 70.11 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0436222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.28;QD=3.55001;RBI=0.0502224;REFB=-0.0108503;REVB=-0.0248876;RO=66;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485875;STB=0.53231;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0358724;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:8:5:23:43:8:5:23:43 chr21 9907419 . A G 128.49 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.0114218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.733;QD=6.94553;RBI=0.0167031;REFB=-0.0227879;REVB=-0.0121875;RO=55;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105853;STB=0.563917;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0455465;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:12:7:16:39:12:7:16:39 chr21 9907422 . G A 130.37 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.00438903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7651;QD=7.34464;RBI=0.0524407;REFB=-0.00203784;REVB=0.0522567;RO=52;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164123;STB=0.597896;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00369449;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:12:7:13:39:12:7:13:39 chr21 9907434 . T A 42.09 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.121274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.196;QD=2.80567;RBI=0.121455;REFB=-0.00021058;REVB=0.00661767;RO=51;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313882;STB=0.749251;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.000430386;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:59:60:51:52:8:8:0.133333:7:1:16:35:7:1:17:35 chr21 9907438 . A T 38.89 PASS AF=0.122807;AO=6;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0375297;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.019;QD=2.72924;RBI=0.0468008;REFB=-0.0044619;REVB=-0.0279613;RO=51;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218523;STB=0.717578;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0224317;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:57:57:51:50:6:7:0.122807:5:1:16:35:6:1:16:34 chr21 9908330 . AC GC,GG 1807.5 PASS AF=0.204918,0.795082;AO=24,97;DP=122;FAO=25,97;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=9,43;FSAR=16,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031941,0.00901157;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=165.215,114.57;QD=59.2624;RBI=0.0258222,0.0287615;REFB=0,0;REVB=-0.0256239,-0.0273133;RO=0;SAF=9,43;SAR=15,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.50386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0187117,0.00408821;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:122:122:0:0:24,97:25,97:0.204918,0.795082:15,54:9,43:0:0:16,54:9,43:0:0 chr21 9908380 . G A 43.95 PASS AF=0.0793651;AO=15;DP=189;FAO=15;FDP=189;FR=.;FRO=174;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=99;FWDB=0.00180001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2497;QD=0.93016;RBI=0.0326293;REFB=-0.00300649;REVB=0.0325797;RO=169;SAF=9;SAR=6;SRF=74;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183183;STB=0.651978;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0593683;OID=.;OPOS=9908380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:189:189:169:174:15:15:0.0793651:6:9:74:95:6:9:75:99 chr21 9909078 . G A 850.61 PASS AF=0.451282;AO=88;DP=195;FAO=88;FDP=195;FR=.;FRO=107;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.00181869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.43;QD=17.4484;RBI=0.0293004;REFB=-0.0213245;REVB=0.0292439;RO=107;SAF=47;SAR=41;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291523;STB=0.516178;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0274285;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:107:107:88:88:0.451282:41:47:54:53:41:47:54:53 chr21 9909079 . C T 79.11 PASS AF=0.107143;AO=21;DP=196;FAO=21;FDP=196;FR=.;FRO=175;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=93;FSRR=82;FWDB=0.00420856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.099;QD=1.6145;RBI=0.0489006;REFB=-0.0123615;REVB=-0.0487191;RO=175;SAF=9;SAR=12;SRF=93;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125093;STB=0.591218;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0886038;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:196:196:175:175:21:21:0.107143:12:9:93:82:12:9:93:82 chr21 9909080 . G A 427.56 PASS AF=0.286432;AO=57;DP=199;FAO=57;FDP=199;FR=.;FRO=142;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=75;FSRR=67;FWDB=-0.00806647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.44;QD=8.59419;RBI=0.016142;REFB=-0.0206395;REVB=0.013982;RO=140;SAF=29;SAR=28;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240463;STB=0.513847;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0507078;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:140:142:57:57:0.286432:28:29:74:66:28:29:75:67 chr21 9909089 . T C 82.47 PASS AF=0.104072;AO=23;DP=218;FAO=23;FDP=221;FR=.;FRO=198;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=106;FSRR=92;FWDB=-0.016415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.32;QD=1.4926;RBI=0.0476898;REFB=-0.00589627;REVB=-0.0447758;RO=195;SAF=10;SAR=13;SRF=105;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125986;STB=0.589446;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0463966;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:218:221:195:198:23:23:0.104072:13:10:105:90:13:10:106:92 chr21 9909103 . G A 274.88 PASS AF=0.202586;AO=47;DP=232;FAO=47;FDP=232;FR=.;FRO=185;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=90;FSRR=95;FWDB=-0.00119632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5321;QD=4.73931;RBI=0.0432018;REFB=-0.0145822;REVB=0.0431852;RO=180;SAF=30;SAR=17;SRF=86;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206837;STB=0.62217;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0270654;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:180:185:47:47:0.202586:17:30:86:94:17:30:90:95 chr21 9909121 . C T 299.96 PASS AF=0.210084;AO=50;DP=238;FAO=50;FDP=238;FR=.;FRO=188;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=96;FSRR=92;FWDB=0.0155815;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.86;QD=5.04141;RBI=0.0173327;REFB=-0.00581364;REVB=0.00759191;RO=182;SAF=25;SAR=25;SRF=93;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140489;STB=0.5084;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0269076;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:182:188:50:50:0.210084:25:25:93:89:25:25:96:92 chr21 9909124 . C T 162.79 PASS AF=0.144628;AO=35;DP=242;FAO=35;FDP=242;FR=.;FRO=207;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=109;FSRR=98;FWDB=0.0161402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.231;QD=2.69082;RBI=0.0164422;REFB=-0.000550384;REVB=-0.003137;RO=207;SAF=15;SAR=20;SRF=109;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125014;STB=0.583482;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00398796;OID=.;OPOS=9909124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:207:207:35:35:0.144628:20:15:109:98:20:15:109:98 chr21 9909149 . G A 55.92 PASS AF=0.0793651;AO=20;DP=251;FAO=20;FDP=252;FR=.;FRO=232;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=112;FSRR=120;FWDB=9.47824e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.365;QD=0.887689;RBI=0.0085032;REFB=-0.00153927;REVB=0.00850267;RO=231;SAF=10;SAR=10;SRF=111;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222616;STB=0.515857;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0185251;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:251:252:231:232:20:20:0.0793651:10:10:111:120:10:10:112:120 chr21 9909159 . C A 99.76 PASS AF=0.10757;AO=27;DP=252;FAO=27;FDP=251;FR=.;FRO=224;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=111;FSRR=113;FWDB=0.00104353;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.307;QD=1.58987;RBI=0.0364291;REFB=-0.00322554;REVB=0.0364141;RO=224;SAF=12;SAR=15;SRF=111;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628662;STB=0.545663;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0177239;OID=.;OPOS=9909159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:224:224:27:27:0.10757:15:12:111:113:15:12:111:113 chr21 9909163 . G A 93.0 PASS AF=0.104418;AO=26;DP=250;FAO=26;FDP=249;FR=.;FRO=223;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=112;FSRR=111;FWDB=0.0211718;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3872;QD=1.49398;RBI=0.063507;REFB=-0.00719944;REVB=0.059874;RO=224;SAF=11;SAR=15;SRF=113;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993936;STB=0.570976;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0675039;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:250:249:224:223:26:26:0.104418:15:11:113:111:15:11:112:111 chr21 9909176 . C A 1665.7 PASS AF=0.604938;AO=147;DP=243;FAO=147;FDP=243;FR=.;FRO=96;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0718716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4138;QD=27.419;RBI=0.071979;REFB=0.0123374;REVB=-0.00392982;RO=94;SAF=70;SAR=77;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952934;STB=0.501178;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00775979;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:94:96:147:147:0.604938:77:70:46:48:77:70:46:50 chr21 9909179 . C A 97.83 PASS AF=0.109244;AO=26;DP=237;FAO=26;FDP=238;FR=.;FRO=212;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=104;FSRR=108;FWDB=-0.012699;FXX=0.0165282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.638;QD=1.64426;RBI=0.0127083;REFB=-0.00290578;REVB=-0.000486887;RO=208;SAF=7;SAR=19;SRF=102;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27943;STB=0.703308;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0323463;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:237:238:208:212:26:26:0.109244:19:7:102:106:19:7:104:108 chr21 9909204 . C T 86.93 PASS AF=0.109005;AO=23;DP=211;FAO=23;FDP=211;FR=.;FRO=188;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=93;FSRR=95;FWDB=0.0408924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.393;QD=1.648;RBI=0.0428902;REFB=-0.00364312;REVB=-0.0129377;RO=187;SAF=11;SAR=12;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234139;STB=0.514626;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0408899;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:211:211:187:188:23:23:0.109005:12:11:93:94:12:11:93:95 chr21 9909208 . C T 112.51 PASS AF=0.133005;AO=25;DP=204;FAO=27;FDP=203;FR=.;FRO=176;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=86;FSRR=90;FWDB=0.0150687;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.608;QD=2.21699;RBI=0.0255285;REFB=-0.00560293;REVB=-0.0206068;RO=178;SAF=9;SAR=16;SRF=88;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169708;STB=0.570955;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0435266;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:178:176:25:27:0.133005:16:9:88:90:16:11:86:90 chr21 9909217 . C A 76.17 PASS AF=0.115152;AO=19;DP=165;FAO=19;FDP=165;FR=.;FRO=146;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=0.00708149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.11;QD=1.84666;RBI=0.00708595;REFB=-0.00281491;REVB=0.000251392;RO=143;SAF=8;SAR=11;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848639;STB=0.552068;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0180795;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:165:165:143:146:19:19:0.115152:11:8:70:73:11:8:70:76 chr21 9909218 . GT AA,AC,GC 228.84 PASS AF=0.0802469,0.0555556,0.117284;AO=13,9,19;DP=162;FAO=13,9,19;FDP=162;FR=.;FRO=121;FSAF=3,7,8;FSAR=10,2,11;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.00214547,-0.0375276,-0.117264;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=179.678,139.26,73.7038;QD=5.65031;RBI=0.00513957,0.0387729,0.117358;REFB=-0.00417206,-0.00318729,-0.00593627;REVB=0.00467034,0.00974791,-0.00469199;RO=120;SAF=3,7,8;SAR=10,2,11;SRF=58;SRR=62;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.308024,0.315243,-0.0786898;STB=0.735449,0.777162,0.550781;STBP=0.083,0.097,0.691;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0292751,0.0599122,0.0628305;OID=.,.,.;OPOS=9909218,9909218,9909219;OREF=GT,GT,T;OALT=AA,AC,C;OMAPALT=AA,AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:87:162:162:120:121:13,9,19:13,9,19:0.0802469,0.0555556,0.117284:10,2,11:3,7,8:58:62:10,2,11:3,7,8:58:63 chr21 9909273 . C T 31.36 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.0343527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.783;QD=1.42547;RBI=0.0420806;REFB=-0.00762426;REVB=-0.0243036;RO=79;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124241;STB=0.59069;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0696519;OID=.;OPOS=9909273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:79:80:8:8:0.0909091:4:4:31:48:4:4:32:48 chr21 10181174 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00535208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.574;QD=12.213;RBI=0.0137326;REFB=-0.0200579;REVB=-0.0126468;RO=22;SAF=1;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591738;STB=0.861591;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0292634;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:12:1:11:11:12:1:11:11 chr21 10181184 . T C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00132255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.468;QD=20.8721;RBI=0.0131996;REFB=-0.027724;REVB=0.0131332;RO=19;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383914;STB=0.735586;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0137147;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:18:3:9:10:18:3:10:10 chr21 10181261 . G A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00390151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.074;QD=2.8438;RBI=0.0259694;REFB=-0.00249029;REVB=0.0256747;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712142;STB=0.533225;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0240859;OID=.;OPOS=10181261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:39:40:6:6:0.130435:4:2:11:28:4:2:12:28 chr21 10862599 . C T 188.11 PASS AF=0.217391;AO=30;DP=138;FAO=30;FDP=138;FR=.;FRO=108;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.00436626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.235;QD=5.45235;RBI=0.00731468;REFB=-0.00668704;REVB=0.00586858;RO=108;SAF=17;SAR=13;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846829;STB=0.552341;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0219866;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:108:108:30:30:0.217391:13:17:54:54:13:17:54:54 chr21 10862618 . T C 1589.16 PASS AF=0.805195;AO=124;DP=155;FAO=124;FDP=154;FR=.;FRO=30;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0160519;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.578;QD=41.2768;RBI=0.0266545;REFB=-0.0406386;REVB=0.0212791;RO=30;SAF=64;SAR=60;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181356;STB=0.509638;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0084508;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:30:30:124:124:0.805195:60:64:14:16:60:64:14:16 chr21 10862846 . A T 1383.87 PASS AF=0.769784;AO=104;DP=136;FAO=107;FDP=139;FR=.;FRO=32;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0297846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.208;QD=39.8235;RBI=0.030441;REFB=0.000747674;REVB=-0.00628713;RO=31;SAF=38;SAR=66;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049019;STB=0.509642;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000174062;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:31:32:104:107:0.769784:66:38:11:20:66:41:11:21 chr21 10862874 . A G 206.07 PASS AF=0.225352;AO=32;DP=142;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.0150589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4808;QD=5.80474;RBI=0.0709836;REFB=-0.0175076;REVB=-0.0693678;RO=110;SAF=11;SAR=21;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168045;STB=0.603492;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0728486;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:110:110:32:32:0.225352:21:11:52:58:21:11:52:58 chr21 10862947 . G A 163.63 PASS AF=0.209302;AO=27;DP=131;FAO=27;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.00504233;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.775;QD=5.0739;RBI=0.019523;REFB=0.00112807;REVB=-0.0188606;RO=103;SAF=10;SAR=17;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242299;STB=0.647419;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00543628;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:103:102:27:27:0.209302:17:10:58:45:17:10:57:45 chr21 10906989 . C T 443.36 PASS AF=0.42735;AO=51;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00294007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9334;QD=15.1576;RBI=0.025006;REFB=0.0196839;REVB=-0.0248326;RO=66;SAF=29;SAR=22;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144967;STB=0.592404;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0350644;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:67:51:50:0.42735:22:29:28:38:21:29:28:39 chr21 10909652 . G A 55.06 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00944913;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.828;QD=2.82357;RBI=0.0401382;REFB=-0.00591631;REVB=-0.0390101;RO=66;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305859;STB=0.737226;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0463073;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:78:78:66:67:11:11:0.141026:9:2:26:40:9:2:28:39 chr21 10910311 . T G 597.1 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00436125;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.011;QD=39.1539;RBI=0.0290258;REFB=-0.0102857;REVB=0.0286963;RO=12;SAF=23;SAR=26;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081251;STB=0.543534;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00148216;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:62:61:12:12:49:49:0.803279:26:23:3:9:26:23:3:9 chr21 10910347 . A G 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5937;QD=58.4161;RBI=0.0188581;REFB=0;REVB=-0.013733;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88219e-06;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr21 10920098 . T C 1411.44 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0137591;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.114;QD=58.8101;RBI=0.03558;REFB=-0.105685;REVB=0.0328119;RO=4;SAF=54;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706485;STB=0.502762;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000395608;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:4:3:92:93:0.96875:38:54:2:2:39:54:2:1 chr21 10942756 . G A 204.65 PASS AF=0.163934;AO=40;DP=244;FAO=40;FDP=244;FR=.;FRO=204;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=96;FSRR=108;FWDB=0.00155562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6726;QD=3.35499;RBI=0.0252035;REFB=-0.000231578;REVB=-0.0251555;RO=204;SAF=17;SAR=23;SRF=96;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593182;STB=0.538522;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00220138;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:204:204:40:40:0.163934:23:17:96:108:23:17:96:108 chr21 10942924 . CCTT C 67.01 PASS AF=0.164557;AO=24;DP=157;FAO=26;FDP=158;FR=.;FRO=132;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=82;FWDB=0.000303433;FXX=0.030673;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.003;QD=1.69633;RBI=0.00556906;REFB=-0.00112459;REVB=0.00556079;RO=128;SAF=2;SAR=22;SRF=50;SRR=78;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=-0.50411;STB=0.854456;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.00431957;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164557:24:157:26:158:132:2:24:50:82:67:128:2:22:50:78 chr21 10942981 . C A 89.05 PASS AF=0.138686;AO=19;DP=137;FAO=19;FDP=137;FR=.;FRO=118;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=0.00587659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.612;QD=2.60008;RBI=0.00645485;REFB=-0.00295961;REVB=-0.00267036;RO=118;SAF=1;SAR=18;SRF=46;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551458;STB=0.903314;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0151224;OID=.;OPOS=10942981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:137:137:118:118:19:19:0.138686:18:1:46:72:18:1:46:72 chr21 10943003 . C T 78.91 PASS AF=0.137097;AO=17;DP=124;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=0.000281973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0452;QD=2.54563;RBI=0.0152673;REFB=-0.00289455;REVB=-0.0152647;RO=105;SAF=2;SAR=15;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437721;STB=0.815171;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0106014;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:124:124:105:107:17:17:0.137097:15:2:43:62:15:2:44:63 chr21 10951387 . T G 88.6 PASS AF=0.0930233;AO=28;DP=301;FAO=28;FDP=301;FR=.;FRO=273;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=168;FSRR=105;FWDB=0.00304429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.382;QD=1.17744;RBI=0.0128546;REFB=-0.00552803;REVB=-0.0124889;RO=271;SAF=9;SAR=19;SRF=167;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342156;STB=0.750674;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0357722;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:301:301:271:273:28:28:0.0930233:19:9:167:104:19:9:168:105 chr21 10951426 . G T 104.44 PASS AF=0.109375;AO=28;DP=256;FAO=28;FDP=256;FR=.;FRO=228;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=140;FSRR=88;FWDB=-0.0129139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0681;QD=1.63182;RBI=0.0524298;REFB=-0.00476036;REVB=-0.0508145;RO=226;SAF=9;SAR=19;SRF=138;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346097;STB=0.746016;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0433706;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:226:228:28:28:0.109375:19:9:138:88:19:9:140:88 chr21 10959806 . G T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00322327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.607;QD=16.2717;RBI=0.0104605;REFB=-0.00219091;REVB=-0.00995146;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188278;STB=0.607861;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00255252;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:6:12:7:8:6:12 chr21 10970003 . G A 352.24 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0105312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.35;QD=13.5478;RBI=0.0115231;REFB=-0.0101231;REVB=0.00467709;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152884;STB=0.59611;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0207139;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:62:41:42:0.403846:21:20:21:40:21:21:21:41 chr21 10970017 . C T 379.11 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0112965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.021;QD=14.1722;RBI=0.0160803;REFB=-0.0137253;REVB=0.0114439;RO=63;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153958;STB=0.579404;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0366662;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:63:63:43:44:0.411215:21:22:23:40:22:22:23:40 chr21 11029616 . G T 307.25 PASS AF=0.288732;AO=39;DP=142;FAO=41;FDP=142;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0274855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4093;QD=8.65503;RBI=0.030631;REFB=0.00541909;REVB=-0.0135204;RO=100;SAF=19;SAR=20;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343256;STB=0.505152;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0172961;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:100:101:39:41:0.288732:20:19:49:51:21:20:50:51 chr21 11029624 . C T 138.15 PASS AF=0.176056;AO=25;DP=142;FAO=25;FDP=142;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.00137712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.947;QD=3.89166;RBI=0.0696602;REFB=-0.000275066;REVB=-0.0696466;RO=117;SAF=12;SAR=13;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091751;STB=0.505917;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000330295;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:117:117:25:25:0.176056:13:12:57:60:13:12:57:60 chr21 11029630 . GC G 120.27 PASS AF=0.164286;AO=22;DP=140;FAO=23;FDP=140;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.00691949;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.999;QD=3.43614;RBI=0.0209191;REFB=0.00364975;REVB=0.0197416;RO=117;SAF=12;SAR=10;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740453;STB=0.528839;STBP=0.784;TYPE=del;VARB=-0.0225838;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164286:22:140:23:140:117:12:11:57:60:99:117:12:10:57:60 chr21 11029653 . C T 68.57 PASS AF=0.11039;AO=17;DP=154;FAO=17;FDP=154;FR=.;FRO=137;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=0.00148193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.751;QD=1.78103;RBI=0.00416181;REFB=-8.69513e-05;REVB=-0.00388903;RO=137;SAF=8;SAR=9;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042031;STB=0.503064;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000540308;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:154:154:137:137:17:17:0.11039:9:8:64:73:9:8:64:73 chr21 11029679 . C G 267.54 PASS AF=0.253333;AO=38;DP=150;FAO=38;FDP=150;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.0102249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.688;QD=7.1345;RBI=0.0313017;REFB=-0.00997604;REVB=-0.0295846;RO=109;SAF=16;SAR=22;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221913;STB=0.507932;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.023955;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:109:112:38:38:0.253333:22:16:44:65:22:16:46:66 chr21 11038796 . T C 170.83 PASS AF=0.136842;AO=39;DP=285;FAO=39;FDP=285;FR=.;FRO=246;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=138;FSRR=108;FWDB=-0.0186034;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.545;QD=2.39765;RBI=0.0306794;REFB=-0.00263451;REVB=-0.0243955;RO=244;SAF=20;SAR=19;SRF=138;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677273;STB=0.54166;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0163958;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:244:246:39:39:0.136842:19:20:138:106:19:20:138:108 chr21 11038802 . G A 134.45 PASS AF=0.121864;AO=33;DP=279;FAO=34;FDP=279;FR=.;FRO=245;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=132;FSRR=113;FWDB=0.0281928;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1408;QD=1.92764;RBI=0.0290611;REFB=-0.00264209;REVB=-0.00705089;RO=245;SAF=21;SAR=12;SRF=132;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124988;STB=0.598027;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0240726;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:245:245:33:34:0.121864:12:21:132:113:12:22:132:113 chr21 11038843 . G C 1672.48 PASS AF=0.663594;AO=144;DP=217;FAO=144;FDP=217;FR=.;FRO=73;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0567529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2758;QD=30.8291;RBI=0.0749462;REFB=-0.0316216;REVB=0.0489493;RO=73;SAF=81;SAR=63;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000544753;STB=0.500293;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0214852;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:73:73:144:144:0.663594:63:81:41:32:63:81:41:32 chr21 11049584 . C T 42.67 PASS AF=0.0916031;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=131;FR=.;FRO=119;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=-0.00804128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.615;QD=1.30298;RBI=0.00931768;REFB=-0.00142271;REVB=-0.00470712;RO=115;SAF=7;SAR=5;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182434;STB=0.630577;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0127841;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:129:131:115:119:12:12:0.0916031:5:7:49:66:5:7:52:67 chr21 11049592 . C T 49.62 PASS AF=0.0927152;AO=14;DP=151;FAO=14;FDP=151;FR=.;FRO=137;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=0.0673851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.26;QD=1.31456;RBI=0.0673877;REFB=0.000611328;REVB=-0.000587858;RO=136;SAF=6;SAR=8;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150342;STB=0.508658;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00750198;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:151:151:136:137:14:14:0.0927152:8:6:60:76:8:6:60:77 chr21 11049596 . C T 87.27 PASS AF=0.125786;AO=20;DP=159;FAO=20;FDP=159;FR=.;FRO=139;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.00460591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.218;QD=2.19559;RBI=0.0121011;REFB=-0.00316674;REVB=0.0111903;RO=138;SAF=8;SAR=12;SRF=62;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627389;STB=0.541196;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.028288;OID=.;OPOS=11049596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:159:159:138:139:20:20:0.125786:12:8:62:76:12:8:62:77 chr21 11049617 . C G 47.74 PASS AF=0.0857143;AO=15;DP=175;FAO=15;FDP=175;FR=.;FRO=160;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=88;FWDB=-0.00515776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.982;QD=1.09117;RBI=0.00689524;REFB=0.00107047;REVB=-0.00457623;RO=156;SAF=9;SAR=6;SRF=68;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188677;STB=0.634959;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.012535;OID=.;OPOS=11049617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:175:175:156:160:15:15:0.0857143:6:9:68:88:6:9:72:88 chr21 11049621 . G A 78.42 PASS AF=0.112994;AO=20;DP=178;FAO=20;FDP=177;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=-0.0620624;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.841;QD=1.77227;RBI=0.0686372;REFB=0.000923529;REVB=-0.0293142;RO=156;SAF=8;SAR=12;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100259;STB=0.575267;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.02471;OID=.;OPOS=11049621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:178:177:156:157:20:20:0.112994:12:8:75:81:12:8:76:81 chr21 11049623 . T C 84.91 PASS AF=0.118644;AO=21;DP=178;FAO=21;FDP=177;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.0173041;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.596;QD=1.91897;RBI=0.0199795;REFB=-0.00184545;REVB=-0.00998737;RO=151;SAF=9;SAR=12;SRF=75;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849627;STB=0.546297;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0173697;OID=.;OPOS=11049623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:178:177:151:156:21:21:0.118644:12:9:75:76:12:9:75:81 chr21 11057855 . A T 568.45 PASS AF=0.720588;AO=49;DP=68;FAO=49;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0197458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.418;QD=33.4383;RBI=0.0212895;REFB=-0.0247784;REVB=0.0079589;RO=19;SAF=24;SAR=25;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189051;STB=0.5102;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00736515;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:19:49:49:0.720588:25:24:10:9:25:24:10:9 chr21 11057866 . C T 56.71 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0291471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1576;QD=3.06548;RBI=0.037899;REFB=0.000759839;REVB=-0.0242235;RO=62;SAF=3;SAR=8;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304983;STB=0.71602;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00716278;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:62:63:11:11:0.148649:8:3:32:30:8:3:33:30 chr21 11057888 . T A 189.95 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0306193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.868;QD=9.38015;RBI=0.0431998;REFB=-0.0189169;REVB=-0.0304743;RO=53;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122414;STB=0.501482;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0245361;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:53:56:25:25:0.308642:12:13:27:26:12:13:29:27 chr21 11057929 . TG CA,CG 63.92 PASS AF=0.0379747,0.126582;AO=3,10;DP=79;FAO=3,10;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=2,3;FSAR=1,7;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.014083,-0.0159341;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.727,104.298;QD=3.2366;RBI=0.0229602,0.0176269;REFB=1.29393e-05,0.00111123;REVB=-0.0181339,0.00753738;RO=65;SAF=2,3;SAR=1,7;SRF=33;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.132851,-0.256241;STB=0.646072,0.688449;STBP=0.675,0.24;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0190097,-0.0191457;OID=.,.;OPOS=11057929,11057929;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:79:79:65:66:3,10:3,10:0.0379747,0.126582:1,7:2,3:33:32:1,7:2,3:34:32 chr21 11057931 . C A 55.23 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0138784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.631;QD=2.83237;RBI=0.0162073;REFB=-0.00531121;REVB=-0.00837065;RO=67;SAF=4;SAR=7;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1954;STB=0.636116;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0299796;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:78:78:67:67:11:11:0.141026:7:4:35:32:7:4:35:32 chr21 11058226 . G C 458.94 PASS AF=0.35625;AO=57;DP=160;FAO=57;FDP=160;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.00695366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.855;QD=11.4734;RBI=0.007103;REFB=-0.00469575;REVB=0.00144889;RO=103;SAF=40;SAR=17;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170993;STB=0.598131;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0098269;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:103:103:57:57:0.35625:17:40:58:45:17:40:58:45 chr21 11098674 . T C 471.9 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574337;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.653;QD=58.9876;RBI=0.069461;REFB=0;REVB=0.0390667;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394569;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:8:24:0:0 chr21 11098723 . TG CA,CG 473.12 PASS AF=0.222222,0.555556;AO=12,30;DP=54;FAO=12,30;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=4,5;FSAR=8,25;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0401305,-0.0377377;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=146.938,112.072;QD=35.0462;RBI=0.0488435,0.0377954;REFB=-0.0425346,-0.0433965;REVB=-0.0278429,-0.00208673;RO=11;SAF=4,5;SAR=8,25;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.255115,-0.316281;STB=0.666389,0.691343;STBP=0.133,0.003;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0422233,0.0202109;OID=.,.;OPOS=11098723,11098723;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:54:54:11:12:12,30:12,30:0.222222,0.555556:8,25:4,5:7:4:8,25:4,5:8:4 chr21 11098732 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0040953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.336;QD=19.967;RBI=0.0203205;REFB=-0.0306523;REVB=0.0199035;RO=26;SAF=7;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150518;STB=0.584313;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.023099;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:22:7:10:16:22:7:10:16 chr21 11098756 . C A 292.31 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00731275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.23;QD=21.6524;RBI=0.0238262;REFB=-0.0167271;REVB=0.0226762;RO=24;SAF=8;SAR=21;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267817;STB=0.509548;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0135073;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:21:8:6:18:22:8:6:18 chr21 11098763 . C T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0244601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.911;QD=21.0076;RBI=0.0254258;REFB=-0.0335666;REVB=0.00694069;RO=24;SAF=7;SAR=23;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285377;STB=0.504213;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0236222;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:23:7:5:19:23:7:6:19 chr21 14419915 . A G 192.17 PASS AF=0.17561;AO=36;DP=208;FAO=36;FDP=205;FR=.;FRO=169;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=83;FSRR=86;FWDB=-0.0186787;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.827;QD=3.74971;RBI=0.0325755;REFB=-0.00433727;REVB=0.0266884;RO=171;SAF=17;SAR=19;SRF=82;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942672;STB=0.515595;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0235968;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:205:171:169:36:36:0.17561:19:17:82:89:19:17:83:86 chr21 14420005 . A G 2373.67 PASS AF=0.678201;AO=195;DP=291;FAO=196;FDP=289;FR=.;FRO=93;FSAF=85;FSAR=111;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00125365;FXX=0.0170062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.576;QD=32.8535;RBI=0.0151406;REFB=-0.0198108;REVB=-0.0150886;RO=93;SAF=85;SAR=110;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304034;STB=0.502352;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00970848;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:289:93:93:195:196:0.678201:110:85:41:52:111:85:41:52 chr21 14778721 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7139;QD=50.413;RBI=0.00597645;REFB=0;REVB=0.00571422;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65447e-05;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr21 14982886 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0480229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7027;QD=11.9535;RBI=0.0490532;REFB=-0.0263022;REVB=0.0100007;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.599747;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.044251;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:5:6:3:5:5:6 chr21 15013735 . A G 536.1 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.000815911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.219;QD=23.8266;RBI=0.0288296;REFB=-0.0179033;REVB=0.0288181;RO=40;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109288;STB=0.559976;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0165882;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:28:22:23:17:28:22:23:17 chr21 15457003 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7433;QD=62.6705;RBI=0.0593116;REFB=0;REVB=0.0527206;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997558;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr21 15457034 . A T 854.17 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.227;QD=56.0113;RBI=0.0227264;REFB=-0.122673;REVB=-0.00297065;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.512816;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000309877;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:41:19:0:0:41:19:1:0 chr21 15457086 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9196;QD=57.7123;RBI=0.0648619;REFB=0;REVB=-0.0152063;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464618;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr21 15457293 . T G 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0142254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.909;QD=4.85438;RBI=0.0392503;REFB=-0.00534144;REVB=-0.0365818;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166402;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:12:16:4:3:12:16 chr21 15457297 . C G 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.066683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.013;QD=7.71651;RBI=0.0889867;REFB=0.0177443;REVB=-0.0589238;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181305;STB=0.612679;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0477454;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:12:15:4:6:12:15 chr21 15457318 . T G 237.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0529708;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8913;QD=19.3554;RBI=0.0539492;REFB=0.0120921;REVB=-0.0102284;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974748;STB=0.555112;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00444426;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:12:14:10:13:12:14 chr21 15457339 . T G 311.02 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0121309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.79;QD=19.7471;RBI=0.0188917;REFB=-0.0150302;REVB=0.0144823;RO=30;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234296;STB=0.630354;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0443887;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:11:22:12:18:11:22:12:18 chr21 15457350 . TA CG 281.37 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0153256;FXX=0.0757461;HRUN=3;LEN=2;MLLD=300.279;QD=18.4504;RBI=0.0223013;REFB=-0.00325791;REVB=-0.0162011;RO=30;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243553;STB=0.629125;STBP=0.056;TYPE=mnp;VARB=0.00239758;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:61:30:31:30:30:0.491803:10:20:12:18:10:20:13:18 chr21 15457374 . G C 341.06 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.016294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.957;QD=20.9884;RBI=0.0196743;REFB=-0.0202041;REVB=0.0110266;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192665;STB=0.606853;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0223345;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:12:23:13:17:12:23:13:17 chr21 15457399 . G C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00239405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.832;QD=17.2231;RBI=0.024735;REFB=-0.00981718;REVB=-0.0246188;RO=36;SAF=23;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345637;STB=0.694215;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00968683;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:9:23:13:23:9:23:13:23 chr21 15457410 . C G 232.63 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00727655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9186;QD=15.0083;RBI=0.0164066;REFB=-0.0150945;REVB=0.0147047;RO=35;SAF=22;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476469;STB=0.772216;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0353159;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:5:22:13:22:5:22:13:22 chr21 15457434 . G A 69.0 PASS AF=0.25;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0686222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.293;QD=6.9;RBI=0.0695703;REFB=-0.00697888;REVB=-0.0114464;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500043;STB=0.726777;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0376288;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:38:40:28:30:9:10:0.25:1:8:15:13:2:8:16:14 chr21 15457439 . G A 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0193029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.368;QD=9.53545;RBI=0.0451695;REFB=-0.0109419;REVB=-0.0408372;RO=27;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596684;STB=0.872287;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0115818;OID=.;OPOS=15457439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:1:11:13:14:1:11:13:14 chr21 15457463 . CACACACAGT C 270.77 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226815;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=339.917;QD=51.5754;RBI=0.0239806;REFB=0;REVB=0.00778566;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.01925e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:21:21:21:0:10:11:0:0:4:0:10:10:0:0 chr21 15516976 . T A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1608;QD=61.6805;RBI=0.0445594;REFB=0;REVB=0.0442953;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504721;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr21 15558346 . G A 430.66 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00228499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.249;QD=20.0309;RBI=0.0022878;REFB=-0.0147076;REVB=0.000113453;RO=42;SAF=29;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549024;STB=0.538628;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0156051;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:14:29:26:16:14:29:26:17 chr21 15596772 . T G 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0747842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5917;QD=11.7415;RBI=0.0837388;REFB=0.0147257;REVB=-0.0376763;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259128;STB=0.515036;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0342981;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:18:18:11:10:18:18 chr21 15600210 . A T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0131145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.136;QD=13.224;RBI=0.0160823;REFB=-0.00955536;REVB=-0.0093085;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058125;STB=0.543441;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0141686;OID=.;OPOS=15600210;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:15:9:15:20:15:9:16:20 chr21 15646397 . A G 2317.56 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.588;QD=60.5899;RBI=0.0574392;REFB=0;REVB=0.0564472;RO=0;SAF=81;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43338e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:153:0:0:148:153:1:67:81:0:0:72:81:0:0 chr21 15926544 . G A 434.15 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0103091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.101;QD=17.0256;RBI=0.0105187;REFB=0.00545555;REVB=-0.00208916;RO=55;SAF=17;SAR=30;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181218;STB=0.601236;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00686027;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:30:17:30:25:30:17:30:25 chr21 15964920 . C G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00167319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.28;QD=15.6261;RBI=0.0700867;REFB=-0.0165019;REVB=-0.0700667;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143041;STB=0.508227;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0230336;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:16:11:8:11:16:11 chr21 15974409 . T C 754.79 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.423;QD=54.8937;RBI=0.0361254;REFB=-0.168933;REVB=0.0122182;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000417398;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:0:1:33:21:0:1 chr21 15984982 . C A 155.38 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0576719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6343;QD=15.1594;RBI=0.0601083;REFB=-0.0187901;REVB=-0.0169399;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.023969;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:12:12:8:9:12:12 chr21 16335260 . C T 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00983387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.858;QD=21.7451;RBI=0.0199939;REFB=-0.0101572;REVB=-0.0174083;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809674;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.013738;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:11:9:12:10:11:9 chr21 16339570 . T A 462.29 PASS AF=0.443478;AO=48;DP=113;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.0417178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0387;QD=16.0797;RBI=0.0418138;REFB=-0.0323295;REVB=0.00283153;RO=64;SAF=30;SAR=18;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693523;STB=0.53639;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0332574;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:64:64:48:51:0.443478:18:30:44:20:19:32:44:20 chr21 16340289 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00548505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.262;QD=9.49513;RBI=0.0354619;REFB=-0.00336159;REVB=-0.0350352;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513794;STB=0.531193;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0010242;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:12:12:6:5:12:12 chr21 16424607 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0134508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.01;QD=11.257;RBI=0.0187645;REFB=-0.00148983;REVB=0.0130836;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00230826;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:5:7:4:4:5:7 chr21 16986637 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.513;QD=58.587;RBI=0.0660638;REFB=0;REVB=0.0184671;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225297;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr21 18827106 . C T 196.69 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0125163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.833;QD=18.2969;RBI=0.0153821;REFB=-0.0173804;REVB=-0.0089416;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148439;STB=0.584212;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0202284;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:14:9:11:9:14:9 chr21 19163707 . C T 655.48 PASS AF=0.617021;AO=56;DP=92;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00547213;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.621;QD=27.8927;RBI=0.0239706;REFB=-0.0173188;REVB=-0.0233376;RO=32;SAF=29;SAR=27;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299778;STB=0.510635;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0110467;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:32:36:56:58:0.617021:27:29:18:14:29:29:19:17 chr21 19165259 . ACT A 407.11 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0165414;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.491;QD=22.3073;RBI=0.0238714;REFB=-0.024362;REVB=-0.0172112;RO=33;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13689;STB=0.575306;STBP=0.186;TYPE=del;VARB=0.0186469;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547945:40:75:40:73:33:20:20:11:22:99:33:20:20:11:22 chr21 19169218 . G C 187.43 PASS AF=0.324324;AO=15;DP=79;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00929662;FXX=0.0632831;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.963;QD=10.1311;RBI=0.00931681;REFB=-0.00306933;REVB=-0.000613041;RO=40;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293328;STB=0.514694;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00570676;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:74:40:50:15:24:0.324324:4:11:20:20:13:11:24:26 chr21 19670118 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0126159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.2;QD=12.0207;RBI=0.0168643;REFB=-0.00643608;REVB=-0.0111912;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993992;STB=0.558739;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0106853;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:13:12:8:6:13:12 chr21 19713821 . C T 737.58 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.012118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.558;QD=16.5749;RBI=0.0122618;REFB=-0.00950817;REVB=-0.00187218;RO=99;SAF=40;SAR=39;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882181;STB=0.504907;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00818488;OID=.;OPOS=19713821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:99:99:79:79:0.44382:39:40:51:48:39:40:51:48 chr21 21728991 . C A 955.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3238;QD=58.7797;RBI=0.0204088;REFB=0;REVB=-0.00416464;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126886;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:35:30:0:0 chr21 22881255 . G A 129.14 PASS AF=0.169014;AO=24;DP=142;FAO=24;FDP=142;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=-0.0119567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.117;QD=3.63761;RBI=0.0145783;REFB=0.00198919;REVB=0.00834048;RO=117;SAF=8;SAR=16;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11568;STB=0.579931;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00855436;OID=.;OPOS=22881255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:117:118:24:24:0.169014:16:8:49:68:16:8:50:68 chr21 24804558 . T C 576.51 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0496039;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.74;QD=53.6286;RBI=0.049731;REFB=-0.0214801;REVB=0.00355341;RO=3;SAF=14;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903975;STB=0.548362;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000354746;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:44:43:3:3:39:40:0.930233:25:14:3:0:26:14:3:0 chr21 26965148 . G A 504.19 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0247586;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.766;QD=21.2289;RBI=0.105446;REFB=-7.67071e-05;REVB=-0.102498;RO=37;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161261;STB=0.590128;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-1.85713e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:37:46:48:49:0.515789:24:24:26:11:24:25:32:14 chr21 26965205 . T C 425.86 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0131743;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.869;QD=16.3791;RBI=0.0329352;REFB=-0.00107137;REVB=0.0301855;RO=56;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520394;STB=0.534086;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00134147;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:21:26:28:28:21:26:28:29 chr21 26969703 . T C 225.51 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.012241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9083;QD=20.5009;RBI=0.0126478;REFB=0.000644305;REVB=0.00318192;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404908;STB=0.522801;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.000948943;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:11:11:10:12:11:11 chr21 26976250 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0274487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.267;QD=8.69138;RBI=0.0278502;REFB=0.000160801;REVB=-0.00471182;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590533;STB=0.840157;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=6.15118e-05;OID=.;OPOS=26976250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:1:16:3:5:1:16 chr21 26978950 . A G 222.3 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.183;QD=49.4005;RBI=0.169719;REFB=0;REVB=-0.038031;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153418;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr21 27121358 . A G 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00305086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.687;QD=22.7214;RBI=0.0259676;REFB=0.000171575;REVB=0.0257878;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816014;STB=0.544984;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-6.80412e-05;OID=.;OPOS=27121358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:14:17:15:8:14:17:15:8 chr21 27563105 . G A 880.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.149;QD=57.7191;RBI=0.00817721;REFB=0;REVB=-0.00766774;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10949e-05;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr21 27852724 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00400735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.603;QD=20.4562;RBI=0.00968015;REFB=-0.0166759;REVB=-0.00881172;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352672;STB=0.519976;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0125059;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:4:11:13:4:4:11 chr21 28215826 . C CACA 171.19 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0117825;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.267;QD=13.4268;RBI=0.0290974;REFB=-0.0320557;REVB=-0.0266051;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085668;STB=0.559627;STBP=0.504;TYPE=ins;VARB=0.048911;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:20:56:20:51:31:11:9:14:17:99:36:11:9:17:19 chr21 28215836 . GC G,GG 196.16 PASS AF=0.423077,0.0192308;AO=21,2;DP=52;FAO=22,1;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11,0;FSAR=11,1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0304674,0.024625;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6265,31.0747;QD=15.089;RBI=0.151182,0.0973871;REFB=0.0124482,-0.0094604;REVB=-0.14808,-0.0942224;RO=29;SAF=11,0;SAR=10,2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0763318,-0.440237;STB=0.529385,0.988895;STBP=0.707,0.459;TYPE=del,snp;VARB=-0.0272505,0.0437133;OID=.,.;OPOS=28215837,28215837;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077,0.0192308:21,2:52:22,1:52:29:11,0:11,1:13:16:99:29:11,0:10,2:13:16 chr21 28216038 . C A 236.13 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00978053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.692;QD=19.2762;RBI=0.0225715;REFB=-0.00898047;REVB=-0.0203424;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489109;STB=0.506324;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00846969;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:13:10:11:14:13:10:11:15 chr21 28216059 . A G 263.97 PASS AF=0.5;AO=21;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0864772;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.052;QD=21.9977;RBI=0.0869764;REFB=-0.0321823;REVB=0.00930541;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587138;STB=0.51281;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0265268;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:21:24:0.5:14:7:9:14:14:10:9:14 chr21 28216066 . C T 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00455063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.904;QD=20.5621;RBI=0.0166329;REFB=-0.0129796;REVB=-0.0159983;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697044;STB=0.503873;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0162151;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:11:14:16:13:11:14 chr21 28216595 . C G 687.2 PASS AF=0.49635;AO=66;DP=136;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0915205;FXX=0.021427;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.223;QD=20.0641;RBI=0.0939275;REFB=-0.0169778;REVB=-0.0211276;RO=67;SAF=20;SAR=46;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131692;STB=0.553547;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0169332;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:67:69:66:68:0.49635:46:20:29:38:46:22:29:40 chr21 28216674 . G C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00575563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.467;QD=19.6972;RBI=0.0169837;REFB=-0.0404888;REVB=0.0159787;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0273472;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:12:9:9:12:12:9:10:12 chr21 28216692 . G T 87.78 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0339258;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9659;QD=12.54;RBI=0.0339886;REFB=-0.00131883;REVB=-0.00206524;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136212;STB=0.5805;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00317518;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:7:10:5:6:7:10 chr21 28295339 . T C 560.49 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.025715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.149;QD=14.4642;RBI=0.0381089;REFB=-0.0120786;REVB=0.0281252;RO=90;SAF=30;SAR=34;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037149;STB=0.523744;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0140063;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:90:91:64:64:0.412903:34:30:39:51:34:30:39:52 chr21 28296324 . A G 255.37 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0108575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.103;QD=17.9206;RBI=0.0384602;REFB=-0.00335476;REVB=0.0368958;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115465;STB=0.570089;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00426179;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:29:28:28:0.491228:9:19:22:6:9:19:23:6 chr21 28302355 . A G 190.33 PASS AF=0.298851;AO=25;DP=86;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0142207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.517;QD=8.75081;RBI=0.0152226;REFB=-0.00830947;REVB=-0.00543145;RO=60;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227282;STB=0.611805;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0183098;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:60:61:25:26:0.298851:11:14:22:38:12:14:23:38 chr21 28326276 . G A 1400.47 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.469;QD=61.5589;RBI=0.0203618;REFB=-0.105748;REVB=0.00536348;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101917;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000107925;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:46:43:0:1:46:44:0:1 chr21 30250555 . T C 847.3 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.243;QD=54.6647;RBI=0.0153455;REFB=-0.0333114;REVB=0.00926036;RO=1;SAF=40;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116542;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000149954;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:1:1:60:61:0.983871:20:40:1:0:21:40:1:0 chr21 30250615 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372256;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.188;QD=57.2376;RBI=0.010331;REFB=0;REVB=0.009637;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55952e-05;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr21 30257560 . C G 579.45 PASS AF=0.39645;AO=67;DP=169;FAO=67;FDP=169;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0239112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8026;QD=13.7147;RBI=0.064531;REFB=-0.0146109;REVB=0.0599375;RO=100;SAF=17;SAR=50;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194262;STB=0.611997;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0179748;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:100:102:67:67:0.39645:50:17:41:59:50:17:42:60 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 2387.9 PASS AF=0.208589,0.791411;AO=33,128;DP=165;FAO=34,129;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=3,53;FSAR=31,76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151862,-0.0705124;FXX=0.0121205;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.7202,44.5304;QD=58.5987;RBI=0.173362,0.0824791;REFB=0,0;REVB=-0.0836199,-0.0427879;RO=0;SAF=3,52;SAR=30,76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.32173e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0358958,-0.00905423;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.208589,0.791411:33,128:165:34,129:163:0:3,53:31,76:0:0:99:0:3,52:30,76:0:0 chr21 30257570 . A C 140.93 PASS AF=0.201183;AO=35;DP=170;FAO=34;FDP=169;FR=.;FRO=135;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=79;FWDB=-0.00744719;FXX=0.00588201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.3894;QD=3.33559;RBI=0.0599725;REFB=-0.0506923;REVB=-0.0595083;RO=134;SAF=3;SAR=32;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553994;STB=0.765953;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.207096;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:134:135:35:34:0.201183:32:3:58:76:29:5:56:79 chr21 30341891 . A G 191.62 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00687544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.176;QD=22.5432;RBI=0.0112904;REFB=-0.00889008;REVB=0.00895551;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144517;STB=0.592383;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00743538;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:15:19:19:0.558824:9:10:10:4:9:10:11:4 chr21 30342933 . C A 145.97 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0169566;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.465;QD=10.4263;RBI=0.055341;REFB=-0.0314029;REVB=-0.0526792;RO=36;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34559;STB=0.707916;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0381602;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:18:19:0.339286:4:14:18:18:4:15:19:18 chr21 30343017 . T C 164.02 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00686982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5307;QD=12.8642;RBI=0.0116494;REFB=0.00239311;REVB=0.00940814;RO=32;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322183;STB=0.689853;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00327466;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:4:15:17:15:4:15:17:15 chr21 30511691 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0601514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.411;QD=19.0579;RBI=0.0602384;REFB=-0.0191692;REVB=0.00323779;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159688;STB=0.590073;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0221236;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:6:14:10:9:6:14 chr21 30552839 . A G 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0313165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.045;QD=17.9515;RBI=0.0373879;REFB=-0.00231158;REVB=-0.0204239;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146113;STB=0.508191;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00307422;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:12:16:15:12:12:16 chr21 30552877 . T C 300.21 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0075138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.504;QD=16.45;RBI=0.0200681;REFB=0.000709353;REVB=0.0186084;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739703;STB=0.532869;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00127382;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:32:33:0.452055:16:16:17:23:17:16:17:23 chr21 30714776 . T C 740.73 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493743;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3812;QD=56.9792;RBI=0.0469084;REFB=0;REVB=0.0466479;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462368;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr21 30716954 . TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA 193.14 PASS AF=0.352941,0.470588,0.176471;AO=4,6,2;DP=23;FAO=6,8,3;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6,3;FSAR=5,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513226,0.0773195,0.150324;FXX=0.346021;HRUN=3,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=55.3449,84.0283,43.3524;QD=45.4458;RBI=0.0657444,0.08616,0.156777;REFB=0,0,0;REVB=0.0655438,0.0380162,-0.0445177;RO=0;SAF=0,6,2;SAR=4,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0420446,0.072043,0.0536137;OID=.,.,.;OPOS=30716955,30716956,30716987;OREF=TTG,TGTG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.352941,0.470588,0.176471:4,6,2:23:6,8,3:17:0:1,6,3:5,2,0:0:0:49:0:0,6,2:4,0,0:0:0 chr21 30717151 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.535;QD=58.2396;RBI=0.0683892;REFB=0;REVB=-0.0679476;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119416;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr21 30718201 . G A 533.08 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.867;QD=59.2315;RBI=0.0441105;REFB=0;REVB=0.0388438;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140546;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:17:19:0:0 chr21 30830393 . T G 644.28 PASS AF=0.411429;AO=72;DP=174;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0173934;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3598;QD=14.7265;RBI=0.0464145;REFB=-0.00142787;REVB=0.0430323;RO=102;SAF=30;SAR=42;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366326;STB=0.523803;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.000112293;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:102:103:72:72:0.411429:42:30:46:56:42:30:47:56 chr21 30969901 . T C 767.11 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536173;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9516;QD=63.9254;RBI=0.0181537;REFB=0;REVB=-0.0173438;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00402487;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:22:26:0:0 chr21 31062070 . T G 515.4 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0539017;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6377;QD=21.9319;RBI=0.0543288;REFB=0.0155831;REVB=0.00679907;RO=44;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672079;STB=0.542047;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0120839;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:49:49:0.521277:24:25:19:25:24:25:19:26 chr21 31655212 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000968393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.07;QD=61.6953;RBI=0.00912193;REFB=0;REVB=0.00907039;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08646e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr21 31661691 . A G 544.9 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2443;QD=58.9079;RBI=0.152072;REFB=0;REVB=0.151714;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889131;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:24:13:0:0 chr21 31802768 . G A 787.29 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475042;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2649;QD=57.2572;RBI=0.0483232;REFB=0;REVB=-0.0088589;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313125;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr21 31803159 . T C 137.63 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.109705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.9641;QD=39.324;RBI=0.119565;REFB=-0.0836767;REVB=-0.0475456;RO=1;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17901;STB=0.599828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000810239;OID=.;OPOS=31803159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:11:2:1:0:11:2:1:0 chr21 31812737 . C T 378.88 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0149838;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.46;QD=32.9461;RBI=0.0155493;REFB=-0.0251139;REVB=-0.00415539;RO=15;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14848;STB=0.580954;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0122096;OID=.;OPOS=31812737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:15:31:31:0.673913:15:16:4:11:15:16:4:11 chr21 31812772 . C A 769.65 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.781;QD=64.1374;RBI=0.0596527;REFB=0;REVB=0.0532575;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266298;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:43:48:1:27:16:0:0:32:16:0:0 chr21 31859677 . G A 1354.67 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.333;QD=62.2838;RBI=0.0233713;REFB=0;REVB=0.00996919;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31916e-05;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:46:39:0:0:48:39:0:0 chr21 31869286 . T C 1208.86 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.666;QD=61.2079;RBI=0.0227061;REFB=0;REVB=0.021799;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52633e-05;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:30:48:0:0:30:49:0:0 chr21 31913980 . TAG ATA,TA,TTA 732.02 PASS AF=0,1,0;AO=3,41,2;DP=51;FAO=0,52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0;FSAR=0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014154,0.0356033,0.036124;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,2;MLLD=92.9039,275.001,248.277;QD=56.3091;RBI=0.0156601,0.035886,0.0366669;REFB=0,0,0;REVB=-0.00670109,-0.00449563,-0.00628643;RO=0;SAF=0,23,0;SAR=3,18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.000334159,0;OID=.,.,.;OPOS=31913980,31913982,31913981;OREF=TAG,G,AG;OALT=ATA,-,TA;OMAPALT=ATA,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:51:52:0:0:3,41,2:0,52,0:0,1,0:3,18,2:0,23,0:0:0:0,25,0:0,27,0:0:0 chr21 31914000 . T A 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348982;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.205;QD=57.2703;RBI=0.0188831;REFB=0;REVB=0.0185579;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61952e-05;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr21 31964916 . A C 260.03 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373727;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.48;QD=52.0056;RBI=0.0376927;REFB=0;REVB=-0.00490133;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135768;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr21 31973516 . T A 1250.89 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179548;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.265;QD=60.2841;RBI=0.044109;REFB=-0.0474455;REVB=0.0402893;RO=1;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137227;STB=0.507041;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000279523;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:81:82:0.987952:34:47:0:1:35:47:0:1 chr21 32201969 . GA G 1264.74 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5829;QD=48.1805;RBI=0.0356744;REFB=0;REVB=-0.0111831;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000506625;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:105:105:105:0:38:67:0:0:23:0:37:66:0:0 chr21 32253629 . C G,T 742.25 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=3,50;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187479,0.00380086;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.4934,184.132;QD=56.0187;RBI=0.02366,0.0150779;REFB=0,0;REVB=-0.0144329,0.014591;RO=0;SAF=0,18;SAR=3,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0336691,0.0034457;OID=.,.;OPOS=32253629,32253629;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:53:53:0:0:3,50:1,52:0.0188679,0.981132:3,32:0,18:0:0:1,34:0,18:0:0 chr21 32491425 . T A 30.1 PASS AF=0.139535;AO=7;DP=32;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0140858;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.0978;QD=2.79992;RBI=0.0172436;REFB=-0.00657606;REVB=-0.00994642;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554657;STB=0.557949;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0362134;OID=.;OPOS=32491425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:32:43:12:37:7:6:0.139535:6:1:8:4:3:3:21:16 chr21 32493031 . A G 1095.89 PASS AF=0.587209;AO=101;DP=172;FAO=101;FDP=172;FR=.;FRO=71;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0121446;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1446;QD=25.4859;RBI=0.104009;REFB=-0.0345598;REVB=-0.103298;RO=70;SAF=62;SAR=39;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163204;STB=0.591557;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0200984;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:70:71:101:101:0.587209:39:62:28:42:39:62:28:43 chr21 32499473 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0390395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.295;QD=22.7236;RBI=0.0398517;REFB=-0.00997563;REVB=-0.00800467;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605442;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0086786;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:10:6:9:11:10:6 chr21 32638549 . CC AT 294.25 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216847;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=277.567;QD=49.0413;RBI=0.0261553;REFB=-0.0397802;REVB=0.0146245;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=mnp;VARB=0.000632388;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:22:23:0.958333:6:16:0:0:6:17:1:0 chr21 33068535 . CTA ACT,CAT,CT 132.83 PASS AF=0,0.18,0.38;AO=2,8,15;DP=50;FAO=0,9,19;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=0,0,5;FSAR=0,9,14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00623511,0.00112573,0.146442;FXX=0.019604;HRUN=1,1,7;LEN=3,2,1;MLLD=17.5241,173.156,9.55891;QD=10.6267;RBI=0.0858701,0.0691237,0.252826;REFB=-0.0193734,-0.00393615,-0.0334312;REVB=-0.0856434,-0.0691146,-0.206097;RO=19;SAF=0,0,4;SAR=2,8,11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.485011,-0.739567,-0.171752;STB=0.5,0.998424,0.592042;STBP=1,0.006,0.311;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.164371,0.000773159;OID=.,.,.;OPOS=33068535,33068536,33068537;OREF=CTA,TA,A;OALT=ACT,AT,-;OMAPALT=ACT,CAT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:88:50:50:19:22:2,8,15:0,9,19:0,0.18,0.38:2,8,11:0,0,4:8:11:0,9,14:0,0,5:9:13 chr21 33368188 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0360957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.828;QD=21.9722;RBI=0.037562;REFB=0.000330005;REVB=-0.0103923;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383458;STB=0.71438;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000751257;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:16:7:16:5:16:7:16:5 chr21 33370900 . T C 267.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00588749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1008;QD=22.7267;RBI=0.00641572;REFB=-0.0392141;REVB=0.00254932;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299271;STB=0.506891;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0347639;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:11:14:11:10:11:14:12:10 chr21 33372749 . T C 810.08 PASS AF=0.475138;AO=74;DP=174;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0329035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.694;QD=17.9022;RBI=0.0333066;REFB=-0.013087;REVB=0.00516604;RO=91;SAF=39;SAR=35;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043157;STB=0.508865;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0179716;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:181:91:95:74:86:0.475138:35:39:44:47:42:44:47:48 chr21 33374318 . C T 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00881424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.094;QD=18.0726;RBI=0.01358;REFB=0.00154741;REVB=0.0103309;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122438;STB=0.506845;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00248699;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:12:19:18:12:12:19 chr21 33694224 . C G 196.15 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0928237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6278;QD=12.8623;RBI=0.0932991;REFB=-0.0153451;REVB=0.0094063;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063106;STB=0.533306;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0564701;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:37:23:24:0.393443:8:15:24:10:9:15:25:12 chr21 33697576 . G A 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00171878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.567;QD=19.6912;RBI=0.0271262;REFB=-0.00321561;REVB=0.0270717;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860871;STB=0.548156;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00250233;OID=.;OPOS=33697576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:11:14:12:14:11:14 chr21 33714962 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.965;QD=35.5759;RBI=0.00295156;REFB=0;REVB=-0.00295156;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27866e-05;OID=.;OPOS=33714962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 33714966 . AG GA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.339;QD=35.5759;RBI=0.00554407;REFB=0;REVB=0.00554407;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000122029;OID=.;OPOS=33714966;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 33714976 . T TA 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156871;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=279.93;QD=37.4854;RBI=0.01999;REFB=0;REVB=-0.01239;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000209096;OID=.;OPOS=33714977;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:1:7:0:0:4:0:1:7:0:0 chr21 33714978 . T TGTG 52.51 PASS AF=1;AO=2;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203823;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.983;QD=30.0029;RBI=0.00715762;REFB=0;REVB=-0.00686128;RO=6;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0038456;OID=.;OPOS=33714979;OREF=-;OALT=GTG;OMAPALT=TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:8:7:7:0:1:6:0:0:4:6:0:2:1:5 chr21 33719695 . C T 132.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0043501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3955;QD=15.1208;RBI=0.00954146;REFB=-0.0108652;REVB=-0.00849213;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203824;STB=0.618879;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0412519;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:4:11:11:9:4:11:11:9 chr21 33726326 . G A 102.58 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0191983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5984;QD=9.32512;RBI=0.0193783;REFB=-0.0161685;REVB=-0.00263501;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178226;STB=0.608848;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0388339;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:17:14:4:9:17:14 chr21 33749533 . A C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00585519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.252;QD=16.2791;RBI=0.0140532;REFB=-0.00952978;REVB=0.0127753;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39243;STB=0.718437;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0101937;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:17:11:27:6:17:11:27:6 chr21 33755763 . G A 252.52 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00132199;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4358;QD=19.0581;RBI=0.0224297;REFB=-0.0195602;REVB=-0.0223907;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130195;STB=0.546184;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0182758;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:29:26:27:27:0.509434:15:12:17:12:15:12:14:12 chr21 33840208 . A G 402.81 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00518756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.926;QD=19.1816;RBI=0.00666752;REFB=-0.00627021;REVB=-0.00418869;RO=43;SAF=8;SAR=32;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211985;STB=0.600998;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00648079;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:32:8:16:27:32:9:16:27 chr21 33887131 . G A 658.13 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.652;QD=58.5002;RBI=0.0781479;REFB=0;REVB=0.0381112;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107327;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:25:20:0:0 chr21 33951068 . T C 762.6 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=128;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0155961;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.547;QD=23.6466;RBI=0.0179468;REFB=-0.00730854;REVB=0.00887972;RO=56;SAF=35;SAR=37;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05401;STB=0.525493;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00567299;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:56:57:72:72:0.55814:37:35:31:25:37:35:31:26 chr21 33956579 . T C 272.74 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0386794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5575;QD=14.9445;RBI=0.0497074;REFB=-0.0155578;REVB=-0.0312206;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286594;STB=0.516242;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0263216;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:16:26:20:11:16:26 chr21 34003926 . CAA ATT,CAAAGTATT 385.15 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=30;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187554,0.0149628;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,6;MLLD=128.328,270.096;QD=55.0214;RBI=0.0187691,0.0151141;REFB=0,0;REVB=0.000717086,0.00213373;RO=2;SAF=2,11;SAR=0,15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0772126;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0271773,0.00167318;OID=.,.;OPOS=34003926,34003929;OREF=CAA,-;OALT=ATT,AGTATT;OMAPALT=ATT,CAAAGTATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:28:2:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,15:2,11:2:0:0,15:2,11:0:0 chr21 34014192 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00875783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.037;QD=9.60036;RBI=0.00915021;REFB=-0.00363592;REVB=-0.00265079;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245765;STB=0.514524;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0110891;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:37:16:17:0.314815:7:9:21:15:7:10:21:16 chr21 34014283 . C A 132.08 PASS AF=0.315789;AO=16;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00908044;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.146;QD=9.26861;RBI=0.0128393;REFB=-0.00385833;REVB=-0.00907713;RO=41;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250182;STB=0.671025;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0088021;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:41:39:16:18:0.315789:4:12:23:18:4:14:22:17 chr21 34059352 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.014752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.765;QD=16.4079;RBI=0.0169555;REFB=-0.0114036;REVB=0.00835862;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0160518;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:13:16:11:10:13:16 chr21 34163742 . A G 359.93 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00699281;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.112;QD=15.821;RBI=0.0170891;REFB=-0.0193916;REVB=0.0155929;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132486;STB=0.507459;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0422288;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:52:39:39:0.428571:22:17:22:30:22:17:22:30 chr21 34166190 . A T 1085.89 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6367;QD=58.6967;RBI=0.0178466;REFB=0;REVB=0.0140668;RO=1;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723495;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:1:0:72:74:1:27:45:0:1:29:45:0:0 chr21 34166343 . C T 278.87 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0186225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.048;QD=16.6488;RBI=0.0218566;REFB=-0.0191031;REVB=-0.0114416;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568635;STB=0.531979;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0406904;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:12:19:20:16:12:19:20:16 chr21 34169317 . C CT 41.69 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.009508;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=227.718;QD=5.95631;RBI=0.0307309;REFB=-0.0128578;REVB=-0.029223;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477268;STB=0.794592;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0196041;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:29:8:28:20:7:1:11:9:41:21:7:1:11:10 chr21 34444674 . T C 380.88 PASS AF=0.493151;AO=31;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0229526;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.8488;QD=20.8702;RBI=0.0478797;REFB=-0.0901441;REVB=-0.0420196;RO=22;SAF=9;SAR=22;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175052;STB=0.537865;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0297083;OID=.;OPOS=34444674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:22:27:31:36:0.493151:22:9:11:11:23:13:12:15 chr21 34614255 . T G 157.44 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0145254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.919;QD=16.5721;RBI=0.023593;REFB=-0.024325;REVB=-0.0185915;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412697;STB=0.525517;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0425209;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:20:21:16:17:0.447368:5:11:13:7:5:12:14:7 chr21 34666376 . A G 154.8 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.050004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3171;QD=22.9333;RBI=0.0519154;REFB=-0.00981944;REVB=-0.0139577;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422496;STB=0.523779;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00406873;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:7:4:5:11:7:4 chr21 34668747 . A G 86.79 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0474329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7967;QD=24.7971;RBI=0.0600268;REFB=-0.0203436;REVB=0.0367877;RO=3;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244374;STB=0.61513;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0154276;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:3:4:10:10:0.714286:2:8:1:2:2:8:2:2 chr21 34822150 . T A 219.67 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0510391;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0588;QD=23.123;RBI=0.0518545;REFB=0.0105182;REVB=-0.00915952;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593836;STB=0.519066;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00744273;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:17:21:21:0.552632:12:9:9:9:12:9:8:9 chr21 34822452 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.992;QD=52.6098;RBI=0.0308237;REFB=0;REVB=0.0124114;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474665;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr21 34860749 . CAATTA C 231.55 PASS AF=0.534483;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00997082;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=5;MLLD=248.621;QD=15.969;RBI=0.0217276;REFB=0.00274565;REVB=0.0193047;RO=23;SAF=21;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146321;STB=0.597092;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=-0.00228362;OID=.;OPOS=34860750;OREF=AATTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534483:29:58:31:58:27:21:10:13:14:99:23:21:8:13:10 chr21 34870990 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0564914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.129;QD=14.9039;RBI=0.0573875;REFB=-0.0101853;REVB=-0.0101017;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270916;STB=0.653728;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0195542;OID=.;OPOS=34870990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:13:21:9:17:13:21 chr21 34883618 . T C 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00496919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.997;QD=16.2707;RBI=0.0369816;REFB=-0.0116139;REVB=0.0366463;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133398;STB=0.507682;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0135263;OID=.;OPOS=34883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:5:13:11:4:5:13 chr21 34897113 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.339;QD=58.4197;RBI=0.0122096;REFB=0;REVB=0.0115929;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83661e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr21 34924243 . T C 870.97 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011092;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.454;QD=58.0646;RBI=0.0304811;REFB=0;REVB=0.0283913;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3743e-05;OID=.;OPOS=34924243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr21 34925142 . C T 745.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.905;QD=63.4677;RBI=0.0511895;REFB=0;REVB=0.00310615;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267121;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr21 34925689 . G A 1073.01 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.052;QD=57.2274;RBI=0.0316965;REFB=-0.02425;REVB=0.0274503;RO=1;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178409;STB=0.518513;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000158498;OID=.;OPOS=34925689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:1:2:72:73:0.973333:26:46:0:1:26:47:0:2 chr21 34926260 . C T 937.48 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.861;QD=58.5928;RBI=0.00343766;REFB=0;REVB=-0.00175138;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35629e-05;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:32:32:0:0 chr21 34939589 . TTAAAAAAAA TAAAAAAAAT,TAAAAAAA,TAAAAAA,TTAAAAAAA,TTTAAAAAAA 68.97 PASS AF=0.181818,0.272727,0.0454545,0,0;AO=2,4,3,4,4;DP=29;FAO=4,6,1,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4,2,0,0,0;FSAR=0,4,1,0,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0835775,-0.131558,-0.111775,-0.234776,-0.0835019;FXX=0.153787;HRUN=6,6,6,8,8;LEN=9,2,3,1,1;MLLD=22.4129,17.9791,24.0994,8.60364,10.5432;QD=12.5397;RBI=0.0874167,0.140131,0.113039,0.234792,0.0964743;REFB=0.0144304,0.0220015,0.0240012,0.0715105,0.050924;REVB=0.0256221,0.0482635,0.0168606,-0.00279739,-0.048319;RO=7;SAF=2,1,1,1,0;SAR=0,3,2,3,4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.621371,-0.198753,-0.102358,-0.198753,-0.694548;STB=0.997337,0.521666,0.986937,0.5,0.5;STBP=0.023,0.971,0.531,1,1;TYPE=mnp,del,del,del,snp;VARB=-0.0260084,-0.0222935,0.0216507,0.0255589,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=34939590,34939590,34939590,34939591,34939591;OREF=TAAAAAAAA,TA,TAA,A,A;OALT=AAAAAAAAT,-,-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAAA,TAAAAAA,TTAAAAAAA,TTTAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.181818,0.272727,0.0454545,0,0:2,4,3,4,4:29:4,6,1,0,0:22:11:4,2,0,0,0:0,4,1,0,0:4:7:34:7:2,1,1,1,0:0,3,2,3,4:3:4 chr21 34948684 . G GA 669.42 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3832;QD=47.8156;RBI=0.164034;REFB=0;REVB=0.0840013;RO=3;SAF=31;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00480285;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:56:56:56:0:33:23:0:0:12:3:31:21:2:1 chr21 34948696 . GA G 766.82 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.098;QD=56.8017;RBI=0.0416377;REFB=0;REVB=0.0143164;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.17066e-05;OID=.;OPOS=34948697;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:54:54:54:0:31:23:0:0:4:0:31:23:0:0 chr21 35237608 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.954;QD=62.9818;RBI=0.0767863;REFB=0;REVB=0.00887108;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356829;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr21 35260481 . T C 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00735406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.834;QD=15.912;RBI=0.0261496;REFB=0.0180903;REVB=0.0250942;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947997;STB=0.553554;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0159953;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:11:19:20:17:11:19:20:17 chr21 35275955 . G A 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9416;QD=56.1784;RBI=0.0189144;REFB=0;REVB=0.0126014;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40597e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr21 35281393 . A G 348.14 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0055162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.834;QD=19.8937;RBI=0.00985411;REFB=-0.0138499;REVB=-0.00816548;RO=33;SAF=27;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150643;STB=0.578901;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0162546;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:9:27:20:13:9:27:21:13 chr21 35467645 . A G 2391.34 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279913;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.309;QD=60.5403;RBI=0.0317052;REFB=-0.0168543;REVB=-0.0148899;RO=1;SAF=93;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508863;STB=0.502673;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=8.51327e-05;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:158:1:1:157:157:0.993671:64:93:1:0:64:93:1:0 chr21 35469193 . C A 181.97 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0585987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9232;QD=42.8162;RBI=0.0920485;REFB=0.00985469;REVB=-0.0709868;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0114364;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr21 35469708 . G GA 385.98 PASS AF=1;AO=44;DP=61;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104083;FXX=0.0499917;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.59472;QD=27.086;RBI=0.193637;REFB=0.0917582;REVB=-0.163285;RO=10;SAF=28;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000206128;OID=.;OPOS=35469709;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:61:57:57:0:35:22:0:0:6:10:28:16:5:5 chr21 35469726 . G GT 716.63 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020222;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.2763;QD=46.992;RBI=0.0268672;REFB=0;REVB=-0.0176894;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000618892;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:61:61:0:35:26:0:0:13:1:35:25:0:1 chr21 35469852 . C A 666.45 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0192055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7602;QD=54.4037;RBI=0.0204254;REFB=-0.0466686;REVB=0.00695332;RO=4;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721289;STB=0.538445;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0138121;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:24:21:0:4:24:21:0:4 chr21 35470042 . G T 540.85 PASS AF=1;AO=16;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.115;QD=58.47;RBI=0.0437131;REFB=0;REVB=0.0200919;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121901;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:16:37:1:5:11:0:0:18:19:0:0 chr21 35470210 . T G 343.99 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000650869;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.448;QD=55.0379;RBI=0.00711272;REFB=0;REVB=0.00708288;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404355;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr21 35470213 . C A 330.28 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0379937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0828;QD=50.8117;RBI=0.0798723;REFB=-0.011282;REVB=-0.0702571;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026521;STB=0.514274;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00219933;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:8:17:1:0:8:17:1:0 chr21 35471815 . T C 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0184625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.131;QD=23.8368;RBI=0.0201136;REFB=-0.0141172;REVB=0.00798069;RO=22;SAF=8;SAR=24;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105086;STB=0.558101;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0104337;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:24:8:8:14:24:8:8:14 chr21 35474410 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0268161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.509;QD=21.2649;RBI=0.0273029;REFB=-0.0108597;REVB=0.00513301;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853248;STB=0.548143;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00470614;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:7:11:14:6:7:11 chr21 35772734 . A T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0136081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.437;QD=12.1819;RBI=0.0262766;REFB=-0.00970452;REVB=0.0224784;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00887483;OID=.;OPOS=35772734;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:5:5:8:6:5:5:8:7 chr21 35773137 . C T 401.09 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.013548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1547;QD=24.3082;RBI=0.0292785;REFB=0.00409537;REVB=0.0259554;RO=27;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319131;STB=0.517501;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0025472;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:19:20:15:12:19:20:15:12 chr21 35821821 . T C,G 316.94 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=22,2;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915289,0.00693117;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.962,115.245;QD=52.8226;RBI=0.0169172,0.0223469;REFB=0,0;REVB=0.0142273,0.0212449;RO=0;SAF=9,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00334824,-0.0134853;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:24:24:0:0:22,2:22,2:0.916667,0.0833333:13,0:9,2:0:0:13,0:9,2:0:0 chr21 35890409 . C T 1400.41 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.747;QD=61.5566;RBI=0.0352157;REFB=-0.0231102;REVB=0.0276148;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137353;STB=0.507245;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000409852;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:56:34:1:0:56:34:1:0 chr21 35893737 . T C 758.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1476;QD=63.1967;RBI=0.0150336;REFB=0;REVB=0.0121171;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276392;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:25:20:0:0:27:21:0:0 chr21 36042203 . G C 145.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9578;QD=44.6531;RBI=0.0242214;REFB=0;REVB=0.0119054;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430709;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr21 37420650 . G A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0277126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.228;QD=18.6422;RBI=0.027717;REFB=0.00282083;REVB=-0.000491636;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930091;STB=0.552583;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00262939;OID=.;OPOS=37420650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:8:16:12:9:8:16 chr21 37429679 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1157;QD=39.2056;RBI=0.051532;REFB=0;REVB=-0.0320681;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00308319;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr21 37442632 . G C 155.51 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00790863;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.835;QD=14.4663;RBI=0.0202683;REFB=-0.0295937;REVB=0.0186616;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158046;STB=0.591957;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.023582;OID=.;OPOS=37442632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:13:13:6:11:13:13 chr21 37443480 . T G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=21;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0148635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.205;QD=24.1067;RBI=0.0214553;REFB=-0.0278132;REVB=0.0154727;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285352;STB=0.616334;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0197293;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:19:21:24:0.55814:16:5:9:7:18:6:9:10 chr21 37444120 . C T 341.89 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0143897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.375;QD=23.5788;RBI=0.0283803;REFB=-0.0312782;REVB=0.0244618;RO=24;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084196;STB=0.546408;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0129854;OID=.;OPOS=37444120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:22:12:11:13:22:12:11:13 chr21 37444696 . C T 199.58 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00266564;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.874;QD=13.3054;RBI=0.0250237;REFB=-0.0170047;REVB=-0.0248813;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662977;STB=0.559274;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0239842;OID=.;OPOS=37444696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:36:24:24:0.4:11:13:20:13:11:13:23:13 chr21 37444973 . C T 222.41 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00170725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.621;QD=12.5301;RBI=0.0230782;REFB=-0.00991017;REVB=-0.023015;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315695;STB=0.670616;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.024125;OID=.;OPOS=37444973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:15:12:32:11:15:12:32:12 chr21 37507745 . C T 573.57 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0153376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.206;QD=26.0712;RBI=0.0173649;REFB=0.00590744;REVB=-0.00814232;RO=36;SAF=18;SAR=34;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349057;STB=0.519077;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00465597;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:34:18:14:22:34:18:14:22 chr21 37518706 . G A 151.89 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00294952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8224;QD=13.2079;RBI=0.00319822;REFB=-0.0308506;REVB=0.0012365;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176086;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0460273;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:28:17:18:0.391304:11:6:13:12:11:7:16:12 chr21 37609571 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2535;QD=64.1499;RBI=0.0101927;REFB=0;REVB=0.00614054;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36363e-05;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:40:9:0:0:40:9:0:0 chr21 37617524 . C T 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0299925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3168;QD=18.675;RBI=0.0299953;REFB=-0.0313709;REVB=0.000407217;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111659;STB=0.562218;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.036291;OID=.;OPOS=37617524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:17:15:19:13:17:15:19:13 chr21 37617630 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.106;QD=52.6132;RBI=0.0399141;REFB=0;REVB=0.0358162;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20165e-05;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr21 37692542 . T C 204.11 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00121448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.858;QD=18.143;RBI=0.00905229;REFB=-0.0104217;REVB=-0.00897046;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119924;STB=0.578873;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0104958;OID=.;OPOS=37692542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:10:10:15:9:11:10:15:9 chr21 37781046 . C T 178.52 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0664294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5269;QD=10.9861;RBI=0.0875573;REFB=-0.033704;REVB=0.0570387;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117886;STB=0.579552;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0660938;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:11:12:17:24:11:13:17:24 chr21 38081562 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000218241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7785;QD=39.2065;RBI=0.0087068;REFB=0;REVB=0.00870406;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134519;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr21 38081577 . C G 75.46 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.299;QD=37.7277;RBI=0.165223;REFB=0;REVB=0.10284;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274211;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:4:8:1:1:3:0:0:4:4:0:0 chr21 38444863 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.91;QD=60.0306;RBI=0.0446554;REFB=0;REVB=0.00201287;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141103;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr21 38495269 . GA AT,GAT 655.83 PASS AF=0.08,0.92;AO=4,43;DP=51;FAO=4,46;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=4,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114537,-0.104639;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=86.3116,25.9521;QD=52.4665;RBI=0.124943,0.104691;REFB=0,0;REVB=-0.0499218,0.00330204;RO=3;SAF=0,9;SAR=4,34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74182,-0.0800207;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0829759,-0.00882987;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:51:50:3:0:4,43:4,46:0.08,0.92:4,34:0,9:2:1:4,35:0,11:0:0 chr21 38512956 . A G 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000752197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.231;QD=59.4463;RBI=0.00672333;REFB=-0.024143;REVB=-0.00668112;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.52173;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00203958;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:26:22:0:0:26:22:2:0 chr21 38525356 . T A,C 1385.15 PASS AF=0.0659341,0.934066;AO=5,84;DP=91;FAO=6,85;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=6,41;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128739,0.035531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.225,89.7755;QD=60.8856;RBI=0.0168207,0.0367112;REFB=0,0;REVB=-0.0108258,0.00923331;RO=0;SAF=5,40;SAR=0,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.21502,-0.00295921;OID=.,.;OPOS=38525356,38525356;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:91:91:0:0:5,84:6,85:0.0659341,0.934066:0,44:5,40:0:0:0,44:6,41:0:0 chr21 38532058 . TG T 624.92 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0122;QD=47.1634;RBI=0.0309261;REFB=0;REVB=-0.0138135;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00097038;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:53:53:53:0:22:31:0:0:11:0:22:29:0:0 chr21 38532068 . G GA 507.31 PASS AF=1;AO=45;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.637;QD=41.4129;RBI=0.247326;REFB=0;REVB=0.184321;RO=5;SAF=19;SAR=26;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00921862;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:51:49:49:0:19:30:0:0:10:5:19:26:2:3 chr21 38539844 . G A 391.87 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.461;QD=55.981;RBI=0.0145514;REFB=0;REVB=0.00724324;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05629e-06;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:11:17:0:0 chr21 38563725 . G A 989.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2608;QD=59.0808;RBI=0.0279108;REFB=0;REVB=-0.00598023;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250223;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr21 38568009 . G C 937.56 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.536;QD=58.5974;RBI=0.0168883;REFB=0;REVB=0.0117246;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132425;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:26:37:0:0:26:38:0:0 chr21 38568308 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8725;QD=48.7339;RBI=0.0832278;REFB=0;REVB=-0.0423942;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00296543;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:12:4:0:0:13:4:0:0 chr21 38587916 . A G 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5703;QD=63.8591;RBI=0.0226151;REFB=0;REVB=0.0224855;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159469;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr21 38997701 . G A 579.11 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0225921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.212;QD=21.6491;RBI=0.0226334;REFB=-9.46346e-05;REVB=0.00136681;RO=49;SAF=28;SAR=30;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738782;STB=0.540527;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=3.86812e-05;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:30:28:28:21:30:28:28:21 chr21 39086965 . T C 88.04 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00236323;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.486;QD=12.5775;RBI=0.02289;REFB=0.00775066;REVB=-0.0227677;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201167;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0229793;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:9:7:7:4:10:7 chr21 39213020 . G A 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.841;QD=64.4104;RBI=0.0162035;REFB=0;REVB=0.0111855;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58101e-05;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr21 39671476 . G A 483.42 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0167981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.913;QD=20.7921;RBI=0.0238742;REFB=-0.0214452;REVB=0.0169647;RO=46;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117861;STB=0.559406;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0197538;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:46:47:0.505376:23:23:29:17:23:24:29:17 chr21 39672624 . C G 790.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.398;QD=56.462;RBI=0.0202738;REFB=0;REVB=-0.000498966;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32186e-05;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr21 39673299 . C T 366.78 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00636007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.602;QD=24.4519;RBI=0.00644458;REFB=-0.032179;REVB=0.00104026;RO=24;SAF=23;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432387;STB=0.523749;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0160129;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:13:23:14:10:13:23:14:10 chr21 40191431 . T G 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9719;QD=60.2017;RBI=0.0385351;REFB=0;REVB=0.0297872;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282964;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr21 40191638 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.111;QD=64.0947;RBI=0.0216351;REFB=0;REVB=-0.00987373;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26174e-05;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr21 40195277 . T A 588.54 PASS AF=0.393064;AO=68;DP=173;FAO=68;FDP=173;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.0303889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2064;QD=13.6077;RBI=0.030568;REFB=0.0113443;REVB=0.00330496;RO=105;SAF=17;SAR=51;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319505;STB=0.681331;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0171795;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:105:105:68:68:0.393064:51:17:55:50:51:17:55:50 chr21 40571182 . T C 97.01 PASS AF=0.159664;AO=18;DP=119;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.0396148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.058;QD=3.26074;RBI=0.0461305;REFB=-0.0028769;REVB=-0.0236366;RO=100;SAF=8;SAR=10;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827213;STB=0.574766;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.016469;OID=.;OPOS=40571182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:119:119:100:100:18:19:0.159664:10:8:51:49:11:8:51:49 chr21 40720494 . C T 123.76 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0843192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1873;QD=19.0398;RBI=0.0854919;REFB=-0.0254713;REVB=-0.0141113;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304683;STB=0.681551;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0201461;OID=.;OPOS=40720494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:9:4:8:4:10:4:8:4 chr21 40823981 . G A 1338.65 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.915;QD=62.2627;RBI=0.0382685;REFB=0;REVB=0.0380614;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72168e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:47:36:0:0:48:38:0:0 chr21 40871810 . T C 171.0 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0169739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9912;QD=12.4362;RBI=0.031273;REFB=-0.020288;REVB=0.0262658;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584954;STB=0.568901;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0298228;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:34:21:21:0.381818:10:11:14:16:10:11:14:20 chr21 40883671 . G GAGA 141.12 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0103985;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.347;QD=14.1119;RBI=0.0321641;REFB=-0.0472417;REVB=-0.0304368;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787323;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=ins;VARB=0.0628211;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:15:40:16:40:24:7:9:13:11:99:24:7:8:13:11 chr21 40969826 . G C 752.74 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.298;QD=56.8105;RBI=0.0400028;REFB=0;REVB=0.0305186;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94354e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr21 41137507 . G C 213.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00927631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6976;QD=16.112;RBI=0.0302687;REFB=0.00125552;REVB=-0.0288122;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253997;STB=0.642855;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00189909;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:8:21:11:13:8:21 chr21 41142932 . C T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000454096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.046;QD=16.5331;RBI=0.0110979;REFB=-0.00604577;REVB=-0.0110886;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025411;STB=0.514278;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00813842;OID=.;OPOS=41142932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:17:18:21:22:17:18:21:22 chr21 41173549 . T G 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0664166;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.604;QD=18.0462;RBI=0.0686135;REFB=0.014003;REVB=-0.0172236;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0152301;OID=.;OPOS=41173549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr21 41297992 . C T 283.16 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0576617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1407;QD=12.0491;RBI=0.0717271;REFB=-0.0062367;REVB=0.0426604;RO=61;SAF=9;SAR=24;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378631;STB=0.696853;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0218774;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:60:33:34:0.361702:24:9:37:24:24:10:36:24 chr21 41423939 . C G 64.23 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0276826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.561;QD=2.70441;RBI=0.049418;REFB=-0.00369211;REVB=-0.0409367;RO=82;SAF=3;SAR=10;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343585;STB=0.741605;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0286399;OID=.;OPOS=41423939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:82:82:13:13:0.136842:10:3:41:41:10:3:41:41 chr21 41434841 . T C 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0121395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.242;QD=26.14;RBI=0.0160605;REFB=0.00817489;REVB=0.0105153;RO=20;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604362;STB=0.503309;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00736728;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:19:15:9:11:19:15:9:11 chr21 41465748 . G A 202.67 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00727435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.671;QD=10.1332;RBI=0.0341785;REFB=-0.0109608;REVB=-0.0333954;RO=51;SAF=19;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228057;STB=0.655731;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0184725;OID=.;OPOS=41465748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:54:26:26:0.325:7:19:28:23:7:19:28:26 chr21 41684090 . C T 422.11 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.0135238;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.182;QD=20.3428;RBI=0.0412868;REFB=-0.0273577;REVB=-0.039009;RO=41;SAF=28;SAR=14;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147081;STB=0.580917;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.042971;OID=.;OPOS=41684090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:41:41:42:42:0.506024:14:28:33:8:14:28:33:8 chr21 41725630 . G C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00329228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.016;QD=17.9557;RBI=0.0164937;REFB=-0.0123393;REVB=0.0161618;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.666465;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0161519;OID=.;OPOS=41725630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:12:5:10:6:12:5 chr21 41885146 . C A 93.23 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00412002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.8494;QD=16.2143;RBI=0.00550426;REFB=-0.117;REVB=0.00364998;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.10892;OID=.;OPOS=41885146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:21:23:10:11:11:12:0.521739:5:6:5:5:5:7:6:5 chr21 42615410 . C A 96.84 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0422519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.702;QD=3.87363;RBI=0.042663;REFB=0.00048167;REVB=-0.00590836;RO=83;SAF=7;SAR=10;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237295;STB=0.654246;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00289009;OID=.;OPOS=42615410;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:83:83:17:17:0.17:10:7:50:33:10:7:50:33 chr21 42622786 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.396;QD=57.5441;RBI=0.0132291;REFB=0;REVB=0.0112307;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8679e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr21 42717662 . T C 771.11 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277933;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.746;QD=57.1195;RBI=0.0393116;REFB=0;REVB=0.0278017;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58779e-05;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr21 42775555 . A G 68.99 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.059833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9372;QD=30.6629;RBI=0.0637799;REFB=-0.0408903;REVB=-0.0220884;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0101476;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:1:1:7:8:0.888889:2:5:0:1:2:6:0:1 chr21 42821113 . T C 739.52 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.473;QD=62.9379;RBI=0.0312809;REFB=0;REVB=0.024014;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211258;OID=.;OPOS=42821113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr21 42848560 . CAG C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111913;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.725;QD=46.848;RBI=0.021167;REFB=0;REVB=0.0179666;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.52856e-05;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:15:15:0:7:8:0:0:4:0:7:8:0:0 chr21 42866296 . T C 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00681905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.246;QD=12.2119;RBI=0.0213233;REFB=0.000298964;REVB=-0.0202036;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10609;STB=0.562406;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000646403;OID=.;OPOS=42866296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:14:8:6:7:14:8 chr21 43133145 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.389;QD=57.0008;RBI=0.0165453;REFB=0;REVB=0.0142494;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2917e-06;OID=.;OPOS=43133145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr21 43133829 . A G 563.68 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0879639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.052;QD=59.335;RBI=0.0902416;REFB=0;REVB=0.0201472;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.36989e-05;OID=.;OPOS=43133829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr21 43161022 . C T 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0126666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.096;QD=19.5171;RBI=0.0508503;REFB=-0.0142863;REVB=0.0492474;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176873;STB=0.576816;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00825966;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:7:7:8:3:7:7:8:4 chr21 43161357 . T C 324.04 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.321;QD=54.0074;RBI=0.0658982;REFB=0;REVB=0.048867;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54354e-05;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:8:14:0:0:10:14:0:0 chr21 43161805 . G A 207.5 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0100728;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.221;QD=15.0907;RBI=0.0280856;REFB=-0.0170389;REVB=0.0262172;RO=31;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19685;STB=0.612803;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0152417;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:6:18:18:13:6:18:18:13 chr21 43161877 . C T 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0580211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.413;QD=13.3414;RBI=0.0617311;REFB=-0.00995517;REVB=-0.0210779;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209543;STB=0.621905;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0193071;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:5:16:19:13:5:16:19:13 chr21 43162150 . G A 328.78 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00912824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.066;QD=15.4722;RBI=0.0260247;REFB=-0.00443423;REVB=0.0243713;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517637;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00723126;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:49:36:36:0.423529:18:18:22:22:18:18:23:26 chr21 43164232 . C A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000964195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.006;QD=12.8691;RBI=0.0011439;REFB=-0.0201443;REVB=-0.000615504;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0272412;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr21 43218520 . G A 1000.23 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00467422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.198;QD=56.3509;RBI=0.00892007;REFB=-0.125082;REVB=0.00759733;RO=2;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277869;STB=0.514702;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00048308;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:33:36:0:2:33:36:0:2 chr21 43218806 . ACG ATG,CAT 725.38 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=45,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702476,0.0467652;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=66.9979,35.3675;QD=55.7982;RBI=0.0932474,0.046868;REFB=0,0;REVB=0.0613216,0.00310283;RO=0;SAF=30,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000315006,0.11313;OID=.,.;OPOS=43218807,43218806;OREF=C,ACG;OALT=T,CAT;OMAPALT=ATG,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:52:0:0:45,2:50,2:0.961538,0.0384615:15,2:30,0:0:0:19,2:31,0:0:0 chr21 43219728 . A T 1042.69 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.727;QD=59.5825;RBI=0.0205443;REFB=0;REVB=-0.00798695;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80248e-05;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:27:42:0:0:27:43:0:0 chr21 43220380 . C A,T 719.1 PASS AF=0.927273,0.0363636;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00542965,-0.00408948;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.119,169.378;QD=52.2984;RBI=0.018229,0.0318053;REFB=-0.158356,-0.158629;REVB=0.0174016,0.0315413;RO=0;SAF=30,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.522718,0.994977;STBP=0.148,0.131;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00142731,0.0259836;OID=.,.;OPOS=43220380,43220380;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:55:0:2:51,2:51,2:0.927273,0.0363636:21,0:30,2:0:0:21,0:30,2:0:2 chr21 43221483 . A G 305.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.587;QD=53.089;RBI=0.0221269;REFB=0;REVB=-0.00452764;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8634e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr21 43221826 . T C 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0859188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.154;QD=50.8352;RBI=0.0907271;REFB=-0.0564254;REVB=-0.0291438;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711625;STB=0.53843;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00172614;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:19:6:1:0:19:6:1:0 chr21 43236176 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0512097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.938;QD=14.6982;RBI=0.0516836;REFB=-0.0123974;REVB=0.00698321;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259816;STB=0.65197;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0139918;OID=.;OPOS=43236176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:11:12:12:4:11:12 chr21 43239972 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000663933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.573;QD=19.0175;RBI=0.00325466;REFB=-0.0179696;REVB=0.00318622;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058655;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0160398;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:8:7:7:6:8:7:7:7 chr21 43305618 . C CT 171.39 PASS AF=1;AO=6;DP=50;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190607;FXX=0.4999;HRUN=0;LEN=1;MLLD=176.155;QD=27.4226;RBI=0.0523875;REFB=0;REVB=-0.0487969;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00149181;OID=.;OPOS=43305619;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:50:25:25:0:22:3:0:0:4:41:1:5:23:18 chr21 43305619 . C G,T 793.32 PASS AF=0.02,0.98;AO=6,44;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250029,0.0315464;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=38.5034,197.499;QD=63.4655;RBI=0.0301269,0.0885201;REFB=0,0;REVB=0.0168073,0.0827082;RO=0;SAF=1,26;SAR=5,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.104768,7.87568e-05;OID=.,.;OPOS=43305619,43305619;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:50:0:0:6,44:1,49:0.02,0.98:5,18:1,26:0:0:0,23:1,26:0:0 chr21 43315057 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.747;QD=35.5759;RBI=0.0413688;REFB=0;REVB=0.0138331;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997815;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr21 43327117 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0173228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.544;QD=18.637;RBI=0.0246665;REFB=-0.0110222;REVB=-0.0175601;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163462;STB=0.592908;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0154663;OID=.;OPOS=43327117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:10:6:9:7:10:6 chr21 43327856 . A G 306.77 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00507417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.276;QD=18.0451;RBI=0.0204887;REFB=0.00235717;REVB=-0.0198504;RO=35;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219216;STB=0.622567;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00163739;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:21:12:21:14:21:12:21:14 chr21 43408317 . T TAAAGA 383.42 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400396;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=5;MLLD=238.432;QD=56.8029;RBI=0.0119331;REFB=0;REVB=0.0112413;RO=3;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.18963e-05;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:31:27:27:0:8:19:0:0:4:3:6:17:1:2 chr21 43413731 . C T 1268.08 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227447;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.43;QD=61.8575;RBI=0.0229785;REFB=0;REVB=0.00326938;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49853e-05;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr21 43442372 . C T 1048.71 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.77;QD=58.2615;RBI=0.0129441;REFB=-0.156762;REVB=-0.00476199;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.507934;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00106663;OID=.;OPOS=43442372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:40:31:0:0:40:31:1:0 chr21 43504228 . T C 306.71 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0126291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.434;QD=22.7196;RBI=0.0189052;REFB=-0.00610521;REVB=-0.0140681;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148591;STB=0.571383;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00225235;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:31:31:0.574074:15:16:7:15:15:16:8:15 chr21 43510427 . T C 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0393872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.647;QD=13.3351;RBI=0.0406633;REFB=-0.00639516;REVB=-0.0101071;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.571334;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0182296;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:14:10:8:7:14:10 chr21 43510437 . A C 119.44 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.010327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7615;QD=13.6497;RBI=0.013564;REFB=-0.00348998;REVB=0.00879405;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122488;STB=0.571329;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00560176;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:13:8:7:7:13:8 chr21 43513989 . C T 195.6 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0427531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8744;QD=17.7817;RBI=0.0476227;REFB=-0.0171539;REVB=0.0209785;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973723;STB=0.555499;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0214885;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:12:12:8:12:12:12 chr21 43522349 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.319;QD=49.5988;RBI=0.0384411;REFB=0;REVB=0.0261323;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96054e-05;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr21 43523941 . C A 588.69 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0217421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.017;QD=19.9556;RBI=0.0310316;REFB=-0.01098;REVB=0.0221414;RO=58;SAF=25;SAR=34;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847135;STB=0.549983;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00969959;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:58:58:59:60:0.508475:34:25:30:28:35:25:30:28 chr21 43523972 . G C 761.33 PASS AF=0.544776;AO=71;DP=130;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0281703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.494;QD=22.7264;RBI=0.0288751;REFB=-0.0380964;REVB=-0.00634079;RO=59;SAF=38;SAR=33;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106195;STB=0.562674;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0378083;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:59:61:71:73:0.544776:33:38:24:35:33:40:25:36 chr21 43531008 . T C 1292.0 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.09;QD=61.5237;RBI=0.0435548;REFB=0;REVB=0.0254239;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.004375;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:0:81:83:0.988095:35:46:0:0:37:46:0:0 chr21 43531553 . A C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00212434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.418;QD=13.3139;RBI=0.015386;REFB=-0.0141455;REVB=-0.0152386;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700725;STB=0.54011;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.023129;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:10:23:14:8:10:23 chr21 43531632 . T C 1227.32 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.177;QD=61.3658;RBI=0.0402942;REFB=0;REVB=-0.0366426;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130288;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:39:41:0:0 chr21 43539293 . G A 554.79 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0775991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8538;QD=19.9925;RBI=0.0795298;REFB=-0.0378149;REVB=0.0174175;RO=54;SAF=21;SAR=36;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336196;STB=0.518512;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0386439;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:36:21:18:36:36:21:18:36 chr21 43547788 . T C 914.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.61;QD=57.131;RBI=0.0200289;REFB=0;REVB=-0.0115895;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153776;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:32:32:0:0 chr21 43547873 . G A 531.52 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00453288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.652;QD=19.6859;RBI=0.00459638;REFB=0.0106563;REVB=0.000761378;RO=52;SAF=20;SAR=35;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107682;STB=0.564888;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00860336;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:53:55:55:0.509259:35:20:25:27:35:20:26:27 chr21 43557559 . T A 1175.14 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225721;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.057;QD=61.0463;RBI=0.0511423;REFB=0;REVB=0.0510924;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392116;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr21 43557698 . A C 727.9 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2446;QD=63.2959;RBI=0.0600961;REFB=0;REVB=-0.0310427;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279158;OID=.;OPOS=43557698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:1:0:44:46:1:18:26:1:0:18:28:0:0 chr21 43641347 . G A 324.78 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0153886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.808;QD=17.0939;RBI=0.0154211;REFB=-0.010129;REVB=0.00100092;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200823;STB=0.612502;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00870352;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:21:14:25:16:21:14:25:16 chr21 43676586 . A T 302.11 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00505104;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.971;QD=24.6624;RBI=0.0273272;REFB=-0.0126854;REVB=-0.0268563;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667044;STB=0.53701;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00913921;OID=.;OPOS=43676586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:8:14:15:12:8:14 chr21 43679438 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.016257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.054;QD=13.4559;RBI=0.0331411;REFB=-0.000907708;REVB=0.0288798;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385972;STB=0.726859;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0029171;OID=.;OPOS=43679438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:5:10:3:8:5:10 chr21 43679513 . C T 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0167382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5088;QD=12.3925;RBI=0.0424295;REFB=0.000584111;REVB=-0.0389884;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219817;STB=0.644944;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00517672;OID=.;OPOS=43679513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:14:14:0.368421:4:10:12:11:4:10:12:12 chr21 43679554 . C T 114.05 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0464035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.476;QD=11.4046;RBI=0.0486706;REFB=0.00438256;REVB=0.0146814;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240837;STB=0.642653;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0115412;OID=.;OPOS=43679554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:11:15:5:9:11:15 chr21 43732346 . CG C 75.59 PASS AF=0.5625;AO=19;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0774796;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.96589;QD=6.29922;RBI=0.0995928;REFB=-0.1206;REVB=-0.062575;RO=19;SAF=1;SAR=18;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39351;STB=0.531892;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=0.135036;OID=.;OPOS=43732347;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:19:47:27:48:21:5:22:3:18:67:19:1:18:4:15 chr21 43786512 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.046111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.547;QD=15.7003;RBI=0.0494664;REFB=-0.00963726;REVB=-0.0179081;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.01409;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr21 43855067 . A C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000502703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.282;QD=14.4903;RBI=0.00528615;REFB=-0.0144197;REVB=-0.00526219;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167688;STB=0.597881;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0285586;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:5:14:18:12:5:14:18:12 chr21 43863521 . A G 228.91 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0141225;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6208;QD=21.2941;RBI=0.0240224;REFB=-0.0382947;REVB=0.0194327;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594698;STB=0.533447;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0432216;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:10:11:13:9:10:11 chr21 43896143 . C T 251.85 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0171306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.36;QD=17.0745;RBI=0.0188922;REFB=-0.0373361;REVB=0.00796623;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.586403;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0286192;OID=.;OPOS=43896143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:31:28:28:0.474576:18:10:13:14:18:10:16:15 chr21 43905887 . C T 367.84 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0118454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.421;QD=13.8808;RBI=0.013882;REFB=-0.0134878;REVB=0.00723865;RO=63;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152037;STB=0.585837;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0201287;OID=.;OPOS=43905887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:19:24:26:37:19:24:26:37 chr21 43974226 . T C 225.12 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0434098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3799;QD=20.4653;RBI=0.0436238;REFB=0.0116936;REVB=0.00431571;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040868;STB=0.522992;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0106274;OID=.;OPOS=43974226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:13:9:10:12:13:9 chr21 43979127 . C T 242.11 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0498118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.059;QD=16.9904;RBI=0.0642213;REFB=-0.0470567;REVB=0.040536;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075151;STB=0.534858;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0505211;OID=.;OPOS=43979127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:17:10:13:16:17:10:13:17 chr21 43985955 . G A 184.85 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0238499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.803;QD=18.9586;RBI=0.0249314;REFB=-0.0109557;REVB=0.00726359;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0127968;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:11:9:7:12:11:9 chr21 44189166 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.143;QD=56.9994;RBI=0.00592379;REFB=0;REVB=0.00241355;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65583e-06;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:24:28:0:0:25:29:0:0 chr21 44189172 . A C 785.02 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.689;QD=57.0921;RBI=0.0497446;REFB=0;REVB=0.049537;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60819e-05;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:25:27:0:0:28:27:0:0 chr21 44279794 . CCG C 31.66 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0637602;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=31.1241;QD=7.44933;RBI=0.179971;REFB=-0.0398948;REVB=0.168298;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61712;STB=0.865916;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=0.0822846;OID=.;OPOS=44279795;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:17:6:17:11:2:4:11:0:31:10:2:4:10:0 chr21 44371114 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.338;QD=48.7373;RBI=0.0049715;REFB=0;REVB=0.00484347;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00938e-05;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr21 44430325 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.454;QD=53.9109;RBI=0.017581;REFB=0;REVB=0.00386052;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48007e-05;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr21 44437142 . A G 413.22 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344389;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7009;QD=56.9962;RBI=0.0528104;REFB=0;REVB=0.0400363;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00654304;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:27:29:1:18:9:0:0:18:11:0:0 chr21 44438277 . T C 54.29 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=63;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0049353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.353;QD=3.34117;RBI=0.00495743;REFB=-0.00262571;REVB=0.000467831;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28844;STB=0.773623;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.023606;OID=.;OPOS=44438277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:63:65:52:55:8:10:0.153846:6:2:25:27:8:2:28:27 chr21 44450404 . C T 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0153823;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.836;QD=11.1306;RBI=0.0377476;REFB=0.000631271;REVB=-0.0344712;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510522;STB=0.804666;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000418484;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:4:11:2:7:4:11 chr21 44480616 . G A 417.83 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604642;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9871;QD=53.914;RBI=0.0678198;REFB=0;REVB=0.0307183;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150383;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:13:15:0:0:13:18:0:0 chr21 44589215 . C T 221.74 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.000209137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.742;QD=12.3186;RBI=0.0113823;REFB=-0.0222783;REVB=0.0113804;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124693;STB=0.571378;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0423294;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:12:15:30:15:12:15:30:15 chr21 44592483 . T G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00424488;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.83;QD=15.6262;RBI=0.00481714;REFB=-0.00990664;REVB=0.00227724;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416628;STB=0.737756;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0182278;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:20:7:13:6:20:7 chr21 44748660 . G A 957.81 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00233292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4144;QD=56.3415;RBI=0.0675023;REFB=-0.0245761;REVB=0.067462;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.512817;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00170507;OID=.;OPOS=44748660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:0:1:65:67:0.985294:18:47:0:0:19:48:0:1 chr21 44748707 . T G 557.04 PASS AF=0.518182;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0034289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.448;QD=20.256;RBI=0.0105452;REFB=-0.0250065;REVB=0.00997217;RO=52;SAF=30;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533367;STB=0.528383;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0256777;OID=.;OPOS=44748707;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:52:53:56:57:0.518182:26:30:31:21:27:30:31:22 chr21 44835508 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0250366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.68;QD=13.4859;RBI=0.0319927;REFB=-0.0011924;REVB=-0.0199174;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468746;STB=0.77716;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00194342;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:8:3:7:2:8:3 chr21 44837550 . CGGGGG CAGGGA 256.48 PASS AF=0.575;AO=20;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0123219;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=267.024;QD=25.6477;RBI=0.0190827;REFB=-0.0385325;REVB=0.0145712;RO=12;SAF=16;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.545149;STBP=0.48;TYPE=mnp;VARB=0.0244707;OID=.;OPOS=44837551;OREF=GGGGG;OALT=AGGGA;OMAPALT=CAGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575:20:40:23:40:14:17:6:9:5:99:12:16:4:8:4 chr21 45107518 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.13;QD=56.9377;RBI=0.0221892;REFB=0;REVB=0.00683135;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84387e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr21 45157488 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0137869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.909;QD=20.7383;RBI=0.0202192;REFB=-0.0452079;REVB=-0.0147897;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808369;STB=0.545406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0397566;OID=.;OPOS=45157488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:4:12:12:6:4:12 chr21 45168884 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00987121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.793;QD=15.6509;RBI=0.0204806;REFB=-0.0204265;REVB=0.0179448;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462537;STB=0.76311;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.027227;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:17:4:11:5:17:4 chr21 45175571 . C A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00747574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.177;QD=22.5339;RBI=0.00747774;REFB=-0.0195098;REVB=-0.000172786;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184629;STB=0.603663;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0125562;OID=.;OPOS=45175571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:7:12:6:9:7:12:6:9 chr21 45181189 . C G 483.44 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-8.64303e-05;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.617;QD=20.5719;RBI=0.0045201;REFB=-0.0163381;REVB=-0.00451928;RO=47;SAF=27;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016488;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:47:47:47:0.5:20:27:27:20:20:27:27:20 chr21 45181311 . G A 263.44 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00591434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.585;QD=19.514;RBI=0.00675591;REFB=-0.0269224;REVB=0.0032654;RO=26;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069222;STB=0.538435;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0262676;OID=.;OPOS=45181311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:7:21:21:5:7:21:21:5 chr21 45181492 . T C 547.85 PASS AF=0.464;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00785299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.5315;QD=17.5313;RBI=0.0183393;REFB=-0.00734968;REVB=-0.0165729;RO=66;SAF=39;SAR=19;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130702;STB=0.57775;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00904615;OID=.;OPOS=45181492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:66:67:58:58:0.464:19:39:36:30:19:39:36:31 chr21 45215055 . C G 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.000445954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.978;QD=17.0703;RBI=0.0172234;REFB=-0.0038605;REVB=-0.0172176;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104185;STB=0.558246;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00326887;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:13:18:24:11:13:18:24:11 chr21 45217559 . T C 198.28 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0190687;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.034;QD=18.4444;RBI=0.0332667;REFB=-0.0152067;REVB=-0.0272591;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423519;STB=0.740932;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0313057;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:5:15:7:16:5:15:7:16 chr21 45217929 . T C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0262379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.406;QD=13.9955;RBI=0.0303096;REFB=-0.0153702;REVB=0.0151739;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176432;STB=0.600519;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0184841;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:18:11:23:19:18:11:23:19 chr21 45219524 . T C 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0314139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2146;QD=18.9947;RBI=0.0349208;REFB=-0.0266207;REVB=0.0152523;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0270003;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:7:10:7:10:7:10 chr21 45220483 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00857114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.161;QD=12.7371;RBI=0.0110549;REFB=-0.00503764;REVB=0.00698183;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049575;STB=0.529034;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00773459;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:9:7:11:17:9:7:11:17 chr21 45220787 . A G 893.76 PASS AF=1;AO=58;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000890906;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.928;QD=57.6622;RBI=0.0146969;REFB=0;REVB=0.0146699;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00568472;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:58:62:1:22:36:0:0:26:36:0:0 chr21 45379560 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0118178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2191;QD=10.1731;RBI=0.0635987;REFB=-0.0101107;REVB=0.062491;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0088736;OID=.;OPOS=45379560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr21 45402820 . G A 652.29 PASS AF=0.515873;AO=64;DP=125;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0115451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.981;QD=20.7075;RBI=0.0183008;REFB=-0.0403649;REVB=0.0141996;RO=59;SAF=34;SAR=30;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064175;STB=0.530553;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0414502;OID=.;OPOS=45402820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:59:61:64:65:0.515873:30:34:27:32:30:35:29:32 chr21 45404974 . C A 173.54 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00968845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.519;QD=19.8328;RBI=0.026995;REFB=-0.011369;REVB=0.0251965;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177501;STB=0.599893;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0204979;OID=.;OPOS=45404974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:5:12:9:9:5:12 chr21 45479055 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0170264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.331;QD=14.8164;RBI=0.0246996;REFB=0.0018539;REVB=-0.0178934;RO=39;SAF=7;SAR=22;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415441;STB=0.736234;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00419855;OID=.;OPOS=45479055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:22:7:25:14:22:7:25:14 chr21 45502844 . T G 478.29 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0128544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0688;QD=16.9307;RBI=0.0146667;REFB=0.0178016;REVB=-0.00706246;RO=59;SAF=31;SAR=21;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362351;STB=0.512482;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0227116;OID=.;OPOS=45502844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:61:52:52:0.460177:21:31:33:26:21:31:35:26 chr21 45503121 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0466576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.673;QD=22.5856;RBI=0.0492886;REFB=-0.00255047;REVB=-0.0158882;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765456;STB=0.5434;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00130152;OID=.;OPOS=45503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:2:4:6:5:2:4 chr21 45506819 . T C 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0253436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.081;QD=21.4752;RBI=0.0257723;REFB=-0.00946674;REVB=-0.00468116;RO=30;SAF=7;SAR=29;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433161;STB=0.741331;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00699145;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:29:7:20:10:29:7:20:10 chr21 45523260 . G A 148.08 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00962543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.377;QD=17.9494;RBI=0.0201889;REFB=-0.0119272;REVB=0.0177466;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132974;STB=0.575665;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0165469;OID=.;OPOS=45523260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:11:6:8:8:11:6 chr21 45528919 . G A 419.77 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00983188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.997;QD=16.4616;RBI=0.0529686;REFB=-0.00918392;REVB=0.0520481;RO=55;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121107;STB=0.565567;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00962285;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:55:56:45:46:0.45098:24:21:19:36:25:21:19:37 chr21 45533681 . G A 78.43 PASS AF=0.175;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0267276;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.261;QD=3.92162;RBI=0.0269284;REFB=-0.00125119;REVB=0.00328241;RO=66;SAF=4;SAR=10;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241134;STB=0.660139;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0080687;OID=.;OPOS=45533681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:81:80:66:66:14:14:0.175:10:4:31:35:10:4:31:35 chr21 45538647 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.013918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.741;QD=18.1185;RBI=0.0206013;REFB=-0.0163704;REVB=-0.0151889;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672545;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0218828;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:8:9:12:8:8:10:12:8 chr21 45538725 . C A 152.04 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00340074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.476;QD=13.2209;RBI=0.00665219;REFB=-0.00668309;REVB=-0.00571722;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502867;STB=0.529377;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0141652;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:14:15:8:9:14:15 chr21 45540919 . A G 362.54 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0170777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.873;QD=15.4271;RBI=0.0198681;REFB=-0.010489;REVB=-0.0101535;RO=54;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729254;STB=0.536835;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0126238;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:25:14:23:31:25:14:23:32 chr21 45544594 . T C 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00157049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.331;QD=20.1938;RBI=0.00159115;REFB=-0.0109017;REVB=0.000255578;RO=37;SAF=26;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189704;STB=0.605449;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0107557;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:13:26:17:20:13:26:17:20 chr21 45553596 . T C 220.66 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.02929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7093;QD=16.3456;RBI=0.0876741;REFB=-0.0425246;REVB=0.0826368;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499484;STB=0.517074;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0482953;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:12:12:13:16:13:12:13:16 chr21 45560135 . C T 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00613928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.362;QD=23.0411;RBI=0.0083754;REFB=-0.00399225;REVB=-0.00569707;RO=39;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313727;STB=0.522718;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00363709;OID=.;OPOS=45560135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:40:48:48:0.545455:24:24:21:18:24:24:22:18 chr21 45565473 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.00475963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.809;QD=11.257;RBI=0.0149196;REFB=-0.00395938;REVB=-0.01414;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444437;STB=0.749621;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00575817;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:0:12:6:2:0:12 chr21 45708277 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0148537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.956;QD=9.11039;RBI=0.0274964;REFB=-0.00904513;REVB=-0.0231391;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312772;STB=0.699399;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0201911;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:7:1:5:11:7:1:5:11 chr21 45712977 . T C 380.36 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0203317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.262;QD=20.0187;RBI=0.0235188;REFB=-0.0255093;REVB=0.0118218;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129722;STB=0.500337;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199182;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:19:20:19:17:19:20:19:18 chr21 45717550 . T C 2117.38 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.417;QD=61.8212;RBI=0.05079;REFB=-0.00745906;REVB=0.0488578;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231167;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:136:137:0:0:135:137:1:65:70:0:0:66:71:0:0 chr21 45725715 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.764;QD=57.6806;RBI=0.0251516;REFB=0;REVB=-0.0215102;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03998e-05;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr21 45750168 . A G 133.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00470442;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.638;QD=13.6407;RBI=0.00557374;REFB=-0.0408424;REVB=-0.00298916;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274957;STB=0.659795;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0361388;OID=.;OPOS=45750168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:16:8:9:6:16:8 chr21 45754107 . C T 695.03 PASS AF=0.469799;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.0880686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3676;QD=18.6586;RBI=0.0882173;REFB=0.00953689;REVB=0.00512086;RO=79;SAF=25;SAR=45;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218071;STB=0.620956;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00979401;OID=.;OPOS=45754107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:79:70:70:0.469799:45:25:46:33:45:25:46:33 chr21 45798885 . C T 190.23 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0170317;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7285;QD=15.2184;RBI=0.0764878;REFB=-0.0202655;REVB=0.0745675;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121671;STB=0.560726;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0586461;OID=.;OPOS=45798885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:8:13:14:14:8:13:15:14 chr21 45817713 . G A 211.18 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0120784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.733;QD=14.0787;RBI=0.0173473;REFB=-0.0198746;REVB=0.0124516;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153335;STB=0.597503;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0339624;OID=.;OPOS=45817713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:11:13:24:11:12:13:24:11 chr21 45821582 . T G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0390363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.93;QD=23.3988;RBI=0.0407111;REFB=-0.00659397;REVB=0.0115567;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239249;STB=0.636047;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00304915;OID=.;OPOS=45821582;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:3:0:4:4:3:0 chr21 45844751 . A G 754.64 PASS AF=0.430851;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=188;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.0106027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.372;QD=16.0561;RBI=0.0433612;REFB=-0.0276435;REVB=-0.042045;RO=104;SAF=32;SAR=49;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293591;STB=0.515082;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0389835;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:188:104:107:81:81:0.430851:49:32:44:60:49:32:45:62 chr21 45876620 . C T 287.92 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0280397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2985;QD=18.5756;RBI=0.0287118;REFB=0.00669147;REVB=0.0061764;RO=31;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246684;STB=0.6383;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00435999;OID=.;OPOS=45876620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:9:22:14:17:9:22:14:17 chr21 45876684 . C T 40.49 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.075016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6399;QD=3.37432;RBI=0.0755953;REFB=0.00246636;REVB=-0.00934056;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419892;STB=0.533647;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.015113;OID=.;OPOS=45876684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:38:41:7:7:0.145833:3:4:23:15:3:4:25:16 chr21 45878480 . C T 86.8 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0079029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.954;QD=12.8593;RBI=0.00914297;REFB=0.00485324;REVB=-0.00459762;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128876;STB=0.619962;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00939705;OID=.;OPOS=45878480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:15:16:10:11:0.407407:7:3:3:12:7:4:3:13 chr21 45959195 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.57;QD=39.2068;RBI=0.0408392;REFB=0;REVB=0.0372581;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116907;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr21 45959386 . G A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.048402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.484;QD=32.8219;RBI=0.0702848;REFB=-0.022402;REVB=0.0509628;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00395306;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr21 45959557 . ATC TGA 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00473923;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=177.229;QD=21.8443;RBI=0.0454814;REFB=-0.164725;REVB=-0.0452338;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=mnp;VARB=0.0475071;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr21 45959733 . C T 102.08 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.31;QD=40.8311;RBI=0.122736;REFB=0;REVB=0.073053;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212696;OID=.;OPOS=45959733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr21 45959918 . G A 167.73 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.702;QD=44.728;RBI=0.103859;REFB=0;REVB=0.103846;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127627;OID=.;OPOS=45959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:13:15:1:3:10:0:0:5:10:0:0 chr21 45970718 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00307379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.048;QD=10.1734;RBI=0.00379028;REFB=-0.0417831;REVB=0.00221767;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.03621;OID=.;OPOS=45970718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr21 45970993 . C G 62.36 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.102916;FXX=0.0832639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.4219;QD=22.6761;RBI=0.105481;REFB=-0.00528885;REVB=-0.0231207;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.713728;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0132586;OID=.;OPOS=45970993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:12:11:4:3:7:8:0.727273:2:5:1:3:2:6:0:3 chr21 45978090 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.087;QD=37.4885;RBI=0.0900158;REFB=0;REVB=0.0694949;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339935;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr21 45978499 . T G 88.2 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.213;QD=39.2015;RBI=0.132954;REFB=0;REVB=0.132571;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225378;OID=.;OPOS=45978499;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:2:5:0:0:4:5:0:0 chr21 45978591 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00166159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.176;QD=26.6001;RBI=0.0702441;REFB=-0.0402747;REVB=0.0702245;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175673;STB=0.599759;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00999095;OID=.;OPOS=45978591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:2:0:4:4:2:0 chr21 45993727 . A C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00277272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.247;QD=19.1085;RBI=0.0343236;REFB=-0.00772288;REVB=0.0342114;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267143;STB=0.649737;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00320704;OID=.;OPOS=45993727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:0:6:7:2:0:6 chr21 46000398 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0677005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5986;QD=14.6522;RBI=0.0680657;REFB=-0.0203162;REVB=-0.00704173;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.021106;OID=.;OPOS=46000398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr21 46012181 . CG TA 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0441344;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.427;QD=21.1692;RBI=0.0583843;REFB=-0.010931;REVB=0.0382215;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288883;STB=0.666221;STBP=0.198;TYPE=mnp;VARB=0.00804041;OID=.;OPOS=46012181;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:3:0:4:3:3:0 chr21 46012240 . A G 77.88 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0467279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4924;QD=18.3242;RBI=0.0758971;REFB=-0.0402844;REVB=-0.0598069;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20145;STB=0.571275;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0194198;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:6:7:9:9:0.529412:4:5:5:1:4:5:5:2 chr21 46020527 . C T 133.55 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0294148;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.111;QD=14.8385;RBI=0.0314928;REFB=-0.0340987;REVB=-0.0112501;RO=21;SAF=14;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567162;STB=0.842776;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0331863;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:1:14:12:9:1:14:12:9 chr21 46021607 . A G 47.22 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0184137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8802;QD=11.111;RBI=0.0244826;REFB=-0.0145728;REVB=-0.0161348;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0345956;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:9:10:7:7:0.411765:2:5:5:4:2:5:6:4 chr21 46021759 . A G 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0226652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.095;QD=16.0771;RBI=0.0259171;REFB=-0.0176137;REVB=-0.0125692;RO=43;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184919;STB=0.604333;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0133394;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:22:12:23:20:22:12:23:20 chr21 46021934 . C T 209.79 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00177104;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.737;QD=17.8548;RBI=0.0113904;REFB=-0.0135978;REVB=0.0112519;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122761;STB=0.569556;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.023927;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:8:18:12:9:8:18 chr21 46021946 . C G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00872929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.243;QD=18.7949;RBI=0.023748;REFB=-0.00739457;REVB=-0.0220854;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13982;STB=0.578881;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00921476;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:9:18:12:11:9:18 chr21 46021954 . CTG C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00131362;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.626;QD=19.9929;RBI=0.0236719;REFB=-0.018369;REVB=-0.0236354;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985473;STB=0.555506;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=0.0170279;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:22:45:22:45:23:11:11:9:14:99:23:11:11:9:14 chr21 46032094 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0177027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.329;QD=19.18;RBI=0.0269851;REFB=-0.00110501;REVB=0.0203669;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271432;STB=0.655383;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000942736;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:7:4:9:4:7:4 chr21 46047633 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0333934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4041;QD=15.2591;RBI=0.0981601;REFB=-0.112454;REVB=-0.0923054;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.666317;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0384563;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:1:6:5:0:1:6:6:0 chr21 46057393 . T A 106.0 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0396022;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3638;QD=19.2726;RBI=0.0430675;REFB=0.00462578;REVB=-0.0169255;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00365339;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:10:10:11:12:0.545455:5:6:5:5:5:7:5:5 chr21 46057548 . A C 142.06 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00531164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3142;QD=22.7288;RBI=0.110299;REFB=-0.0131161;REVB=-0.110171;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753894;STB=0.542318;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00446452;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:7:3:6:9:7:3 chr21 46057579 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0324489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.272;QD=8.69739;RBI=0.0407895;REFB=-0.0166036;REVB=0.0247154;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885977;STB=0.555391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.047532;OID=.;OPOS=46057579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:9:5:2:5:9:5 chr21 46057806 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.090346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0128;QD=19.1331;RBI=0.105339;REFB=-0.0304062;REVB=0.0541658;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0322358;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:0:2:1:4:0:2 chr21 46058060 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0113333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.554;QD=10.1728;RBI=0.0328622;REFB=-0.0287366;REVB=0.0308461;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0736365;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr21 46067180 . C T 49.39 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0459817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4463;QD=15.197;RBI=0.054017;REFB=-0.0769212;REVB=-0.0283463;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0328724;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr21 46077946 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0110248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4789;QD=19.0178;RBI=0.0115249;REFB=-0.00278859;REVB=-0.00335808;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00281911;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:6:8:7:8:6:8 chr21 46086377 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0147973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.507;QD=17.2298;RBI=0.0149086;REFB=-0.0320405;REVB=-0.00181843;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0188302;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr21 46086718 . GA CG 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0184274;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.133;QD=15.8391;RBI=0.0214329;REFB=-0.00998153;REVB=-0.0109453;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330584;STB=0.622369;STBP=0.442;TYPE=mnp;VARB=0.015111;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:0:6:5:3:1:6 chr21 46086757 . GC AT 52.97 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0525075;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.343;QD=21.1873;RBI=0.0793809;REFB=-0.0240139;REVB=0.059534;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=mnp;VARB=0.007272;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:6:7:0.7:3:3:2:1:4:3:2:1 chr21 46233836 . C A 357.07 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.818;QD=54.9338;RBI=0.0783326;REFB=0;REVB=0.0290704;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781207;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr21 46311813 . A G 888.95 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0906969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3049;QD=56.4413;RBI=0.0970288;REFB=0.107488;REVB=-0.0344769;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00160797;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:29:32:1:0:29:33:1:0 chr21 46314907 . T A 782.91 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162918;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.701;QD=56.9389;RBI=0.0175715;REFB=0;REVB=0.00658289;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077145;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr21 46328099 . T C 1589.69 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.719;QD=63.5877;RBI=0.0313429;REFB=0;REVB=0.0139846;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21216e-05;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:95:100:1:56:39:0:0:58:42:0:0 chr21 46330628 . C T 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0164541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.408;QD=16.2789;RBI=0.0164909;REFB=-0.0175162;REVB=0.00110193;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903669;STB=0.550984;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0163465;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:17:11:16:17:17:11:16:17 chr21 46353637 . T C 920.73 PASS AF=0.511236;AO=90;DP=178;FAO=91;FDP=178;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.00909626;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.616;QD=20.6907;RBI=0.012556;REFB=-0.00716255;REVB=0.00865512;RO=87;SAF=41;SAR=49;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587951;STB=0.534957;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00610924;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:87:87:90:91:0.511236:49:41:34:53:49:42:34:53 chr21 46353678 . G A 662.94 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0442901;FXX=0.0416632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1361;QD=23.0587;RBI=0.0597037;REFB=-0.0219405;REVB=0.0400365;RO=50;SAF=24;SAR=40;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712188;STB=0.544204;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0158209;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:51:64:64:0.556522:40:24:23:27:40:24:24:27 chr21 46353949 . C G 183.56 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0324281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.97;QD=11.8426;RBI=0.0355144;REFB=-0.0235587;REVB=-0.0144808;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909538;STB=0.56155;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0249031;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:39:23:23:0.370968:9:14:20:18:9:14:20:19 chr21 46353985 . A G 193.07 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00228308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3459;QD=12.0671;RBI=0.00847393;REFB=-0.0111046;REVB=-0.00816058;RO=39;SAF=18;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281515;STB=0.672261;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0206597;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:6:18:20:19:6:18:20:20 chr21 46354055 . A G 948.62 PASS AF=1;AO=55;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4843;QD=58.3769;RBI=0.09834;REFB=0;REVB=-0.0978098;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000750089;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:55:65:1:22:33:0:0:25:40:0:0 chr21 46354056 . C G 32.25 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00421419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3198;QD=1.9254;RBI=0.0835845;REFB=-0.054558;REVB=-0.0834782;RO=60;SAF=4;SAR=3;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543613;STB=0.541733;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0721884;OID=.;OPOS=46354056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:3:4:37:23:3:4:37:23 chr21 46355710 . A G 388.59 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0314556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.184;QD=14.2602;RBI=0.0314611;REFB=-0.0260249;REVB=-0.00058677;RO=63;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197153;STB=0.515688;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0309205;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:64:45:45:0.412844:23:22:32:31:23:22:33:31 chr21 46572572 . A G 804.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471339;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.611;QD=57.4518;RBI=0.047142;REFB=0;REVB=-0.000871401;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1962e-05;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr21 46641968 . G A 489.47 PASS AF=0.414815;AO=50;DP=128;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0104847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.536;QD=14.5028;RBI=0.0105063;REFB=-0.0300712;REVB=-0.000673938;RO=76;SAF=21;SAR=29;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209471;STB=0.58043;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0320922;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:135:76:79:50:56:0.414815:29:21:47:29:29:27:49:30 chr21 46705345 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00725977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.141;QD=12.5794;RBI=0.0118614;REFB=-0.0119686;REVB=-0.00938028;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218566;STB=0.627872;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0206953;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:19:12:10:7:19:12 chr21 46705621 . G A 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0068331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.432;QD=8.68789;RBI=0.00704044;REFB=-0.00535136;REVB=0.00169603;RO=39;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217866;STB=0.63884;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0208616;OID=.;OPOS=46705621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:17:17:0.298246:11:6:21:18:11:6:22:18 chr21 46875564 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.215;QD=59.3222;RBI=0.0510522;REFB=0;REVB=0.0112034;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28296e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr21 46876083 . A G 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0420247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.183;QD=12.0192;RBI=0.0427261;REFB=-0.0238231;REVB=-0.00771016;RO=24;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523685;STB=0.822082;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0378119;OID=.;OPOS=46876083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:14:14:0.358974:12:2:14:10:12:2:15:10 chr21 46876580 . C T 41.35 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.163903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0158;QD=16.5403;RBI=0.194449;REFB=-0.0361378;REVB=0.104625;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0402203;OID=.;OPOS=46876580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr21 46896303 . C G 258.03 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00793022;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.4586;QD=16.3828;RBI=0.0390615;REFB=-0.0173033;REVB=0.038248;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195847;STB=0.609046;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0280801;OID=.;OPOS=46896303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:34:29:29:0.460317:17:12:20:12:17:12:21:13 chr21 46896312 . G T 280.21 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00495449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.998;QD=16.729;RBI=0.0245284;REFB=-0.0317826;REVB=0.0240228;RO=36;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230584;STB=0.629914;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0424347;OID=.;OPOS=46896312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:21:10:20:16:21:10:20:16 chr21 46902273 . A G 183.81 PASS AF=0.463415;AO=13;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0194217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.335;QD=17.9328;RBI=0.0214359;REFB=-0.0195425;REVB=-0.00907163;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158812;STB=0.660191;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0406781;OID=.;OPOS=46902273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:13:19:0.463415:4:9:11:9:4:15:12:10 chr21 46912658 . G GCCCGCCACTGCCCT 36.4 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0161202;FXX=0;HRUN=3;LEN=14;MLLD=314.647;QD=7.28037;RBI=0.0246006;REFB=-0.0195323;REVB=-0.0185831;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505846;STB=0.59968;STBP=0.589;TYPE=ins;VARB=0.0361166;OID=.;OPOS=46912659;OREF=-;OALT=CCCGCCACTGCCCT;OMAPALT=GCCCGCCACTGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:5:20:6:20:14:3:3:5:9:36:14:2:3:5:9 chr21 46924383 . C T 149.55 PASS AF=0.6;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0191822;FXX=0.107105;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7217;QD=23.9279;RBI=0.0191828;REFB=-0.00119331;REVB=-0.000149996;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287518;STB=0.57133;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000558497;OID=.;OPOS=46924383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:25:8:10:15:15:0.6:10:5:3:5:10:5:5:5 chr21 46951556 . A G 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0667979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.029;QD=24.7076;RBI=0.068626;REFB=-0.0179762;REVB=-0.0157342;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901722;STB=0.580794;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0181724;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:17:23:23:0.575:8:15:8:7:8:15:8:9 chr21 46957794 . T C 248.24 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0326413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.527;QD=9.4569;RBI=0.0326431;REFB=-0.0210744;REVB=-0.000345317;RO=71;SAF=20;SAR=13;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101201;STB=0.564334;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0459776;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:72:33:33:0.314286:13:20:37:34:13:20:37:35 chr21 47329352 . T C 1255.33 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.98;QD=61.2356;RBI=0.0217485;REFB=0;REVB=-0.00400769;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190709;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:32:49:0:0:33:49:0:0 chr21 47409503 . A G 416.27 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000582982;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.279;QD=57.4163;RBI=0.00840204;REFB=0;REVB=-0.0083818;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117561;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr21 47417415 . C A 646.74 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.115623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6818;QD=57.4883;RBI=0.116;REFB=-0.0883512;REVB=-0.00934913;RO=2;SAF=5;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729226;STB=0.538988;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00354173;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:38:5:1:1:38:5:1:1 chr21 47420725 . TC T,TG 766.68 PASS AF=1,0;AO=8,41;DP=54;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649368,-0.555353;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.893,29.6527;QD=52.8743;RBI=0.0799142,0.555869;REFB=-0.0417834,-0.0349749;REVB=0.0465778,0.0239414;RO=0;SAF=1,34;SAR=7,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,5.33091e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00125929,0.0514592;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,41:54:58,0:58:0:40,0:18,0:0:0:3:0:1,34:7,7:0:0 chr21 47536546 . C T 361.01 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00184603;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.396;QD=17.398;RBI=0.0232084;REFB=-0.0202295;REVB=-0.0231348;RO=44;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137023;STB=0.570399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0213684;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:45:38:38:0.457831:17:21:18:26:17:21:19:26 chr21 47538960 . G A 192.83 PASS AF=0.9;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0480868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.43;QD=38.5654;RBI=0.054548;REFB=-0.0895437;REVB=0.0257516;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113838;STB=0.549945;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0373018;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:20:2:2:16:18:0.9:7:9:0:2:9:9:0:2 chr21 47540421 . T C 92.15 PASS AF=0.55;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0322188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9671;QD=18.4293;RBI=0.0533883;REFB=0.0405231;REVB=-0.0425706;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241623;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0360866;OID=.;OPOS=47540421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:9:9:11:0.55:6:3:6:4:6:5:4:5 chr21 47542861 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4968;QD=57.2021;RBI=0.0186094;REFB=0;REVB=-0.0169988;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417634;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr21 47544838 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.00871732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.592;QD=11.6669;RBI=0.045443;REFB=0.00939062;REVB=0.0445991;RO=26;SAF=1;SAR=13;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317438;STB=0.69607;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0226183;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:13:1:5:21:13:1:5:21 chr21 47545155 . A G 959.88 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0126;QD=58.1745;RBI=0.0595588;REFB=0;REVB=-0.0579887;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473709;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:42:22:0:0:43:23:0:0 chr21 47545346 . C T 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0196561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.897;QD=13.4436;RBI=0.0254498;REFB=-0.0107772;REVB=0.0161657;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.016425;OID=.;OPOS=47545346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:11:13:10:10:0.434783:6:4:8:3:6:4:9:4 chr21 47545768 . G A 119.22 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000117596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.836;QD=10.3672;RBI=0.0479849;REFB=-0.00555901;REVB=-0.0479848;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554657;STB=0.55484;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0104464;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:14:15:0.326087:7:7:17:14:8:7:17:14 chr21 47545823 . G A 243.72 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0124273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.067;QD=12.9984;RBI=0.028779;REFB=-0.00607376;REVB=0.0259576;RO=46;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891611;STB=0.505103;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00719517;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:16:13:21:25:16:13:21:25 chr21 47545826 . C T 233.07 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00790421;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4748;QD=12.5985;RBI=0.0146098;REFB=-0.00916237;REVB=-0.0122869;RO=45;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257103;STB=0.504851;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0347501;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:15:13:21:24:15:13:21:25 chr21 47545913 . G A 431.73 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0081322;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.517;QD=20.0804;RBI=0.00815977;REFB=-0.0209685;REVB=-0.000670159;RO=43;SAF=15;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0191461;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:28:15:15:28:28:15:15:28 chr21 47556792 . AC A,AT 192.26 PASS AF=0.259259,0.518519;AO=6,14;DP=29;FAO=7,14;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=7,13;FSAR=0,1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0622061,0.00334426;FXX=0.0689417;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.0584,130.016;QD=28.4834;RBI=0.0895062,0.0143204;REFB=-0.0567575,-0.01834;REVB=0.0643566,-0.0139245;RO=6;SAF=6,13;SAR=0,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.8,0;SSSB=0.780801,0.540536;STB=0.998018,0.811912;STBP=0.009,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0666515,0.0157899;OID=.,.;OPOS=47556793,47556793;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.259259,0.518519:6,14:29:7,14:27:6:7,13:0,1:2:4:46:6:6,13:0,1:2:4 chr21 47556809 . C T 115.33 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0742069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.707;QD=15.9078;RBI=0.0936047;REFB=-0.062373;REVB=0.0570542;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332617;STB=0.657355;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0226614;OID=.;OPOS=47556809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:15:15:12:14:0.482759:4:8:14:1:4:10:14:1 chr21 47557222 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0337159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.356;QD=12.8688;RBI=0.0400232;REFB=-0.00211779;REVB=0.0215662;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.654229;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00200038;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:9:2:6:9:9:2:6:10 chr21 47571845 . C T 756.49 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=131;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0251145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.869;QD=23.0989;RBI=0.0353494;REFB=-0.0221874;REVB=0.0248766;RO=58;SAF=42;SAR=30;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012032;STB=0.503267;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0149141;OID=.;OPOS=47571845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:59:72:72:0.549618:30:42:33:25:30:42:34:25 chr21 47572887 . C T 448.39 PASS AF=0.47;AO=43;DP=91;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=12;FWDB=-0.0050945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.217;QD=17.9358;RBI=0.00698209;REFB=-0.0507141;REVB=-0.00477448;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202084;STB=0.621145;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0635762;OID=.;OPOS=47572887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:100:47:53:43:47:0.47:20:23:35:12:21:26:41:12 chr21 47608580 . G A 658.14 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.21;QD=59.8305;RBI=0.0601034;REFB=-0.188161;REVB=0.0483473;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00190243;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:0:1 chr21 47609676 . T TG 355.65 PASS AF=1;AO=5;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839962;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.7402;QD=45.8898;RBI=0.159933;REFB=0;REVB=-0.1361;RO=26;SAF=2;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000326856;OID=.;OPOS=47609677;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:32:31:31:0:19:12:0:0:4:26:2:3:16:10 chr21 47609677 . A G 416.29 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00873566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6178;QD=53.7144;RBI=0.0389322;REFB=-0.0853561;REVB=-0.0379395;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0176214;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:12:17:1:0:12:18:1:0 chr21 47610066 . T C 372.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.388;QD=55.1489;RBI=0.0409001;REFB=0;REVB=0.024706;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174485;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr21 47612466 . A G 591.76 PASS AF=0.877193;AO=45;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.119539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.246;QD=41.527;RBI=0.125162;REFB=-0.0774609;REVB=0.0370958;RO=10;SAF=25;SAR=20;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152756;STB=0.52173;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0154476;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:57:57:10:7:45:50:0.877193:20:25:6:4:20:30:3:4 chr21 47612471 . T C 561.48 PASS AF=0.87037;AO=42;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.161214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2523;QD=41.591;RBI=0.163042;REFB=-0.0651661;REVB=0.0243452;RO=8;SAF=23;SAR=19;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143078;STB=0.541045;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0168934;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:54:54:8:7:42:47:0.87037:19:23:4:4:19:28:2:5 chr21 47612512 . C CTG,G 379.88 PASS AF=0.965517,0;AO=25,2;DP=36;FAO=28,0;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0437996,0.0294463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=183.397,48.224;QD=52.3968;RBI=0.0576878,0.0300056;REFB=-0.0059987,-0.0101019;REVB=0.037543,-0.00576639;RO=9;SAF=10,0;SAR=15,2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130584,-0.64528;STB=0.521723,0.5;STBP=0.277,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000770455,0;OID=.,.;OPOS=47612513,47612512;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:29:9:1:25,2:28,0:0.965517,0:15,2:10,0:6:3:17,0:11,0:1:0 chr21 47613004 . T C 206.02 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0737014;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.411;QD=37.4574;RBI=0.0933243;REFB=-0.081508;REVB=0.0572497;RO=4;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25902;STB=0.64269;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00758208;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:22:22:4:4:18:18:0.818182:13:5:4:0:13:5:4:0 chr21 47613161 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.532;QD=39.2067;RBI=0.0308115;REFB=0;REVB=0.0308115;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104183;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr21 47613623 . C T 44.67 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00235396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3498;QD=3.24901;RBI=0.0812544;REFB=-0.026497;REVB=-0.0812203;RO=45;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318749;STB=0.507228;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.164528;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:55:55:45:47:8:8:0.145455:5:3:18:27:5:3:18:29 chr21 47613639 . C T 34.04 PASS AF=0.125;AO=7;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0458774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7942;QD=2.83683;RBI=0.116813;REFB=-0.0126136;REVB=-0.107427;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108289;STB=0.522999;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0714406;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:48:48:41:42:7:6:0.125:5:2:15:26:4:2:15:27 chr21 47614443 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1138;QD=57.7088;RBI=0.0584118;REFB=0;REVB=-0.0319235;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737603;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr21 47614469 . A C 892.23 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0153056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.655;QD=52.484;RBI=0.0168741;REFB=-0.00743415;REVB=0.00710448;RO=4;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211865;STB=0.511232;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000270296;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:4:4:64:64:0.941176:36:28:1:3:36:28:1:3 chr21 47769636 . A G 351.34 PASS AF=0.4;AO=41;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0040264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.524;QD=13.3843;RBI=0.0136859;REFB=0.00391057;REVB=0.0130802;RO=63;SAF=24;SAR=17;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497005;STB=0.519328;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00432835;OID=.;OPOS=47769636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:41:42:0.4:17:24:34:29:18:24:34:29 chr21 47773103 . C A 435.9 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00310021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.94;QD=54.488;RBI=0.0228386;REFB=-0.124514;REVB=0.0226272;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0010031;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:10:21:0:0:10:21:1:0 chr21 47777063 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.205;QD=56.1916;RBI=0.0288696;REFB=0;REVB=0.0234181;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39534e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr21 47783796 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.426;QD=60.9782;RBI=0.0171006;REFB=0;REVB=-0.0167384;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166821;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr21 47786817 . C G 772.81 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000905923;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2611;QD=57.245;RBI=0.0482368;REFB=0;REVB=0.0482283;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074575;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr21 47787002 . T C 544.07 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454267;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.544;QD=60.4518;RBI=0.00499558;REFB=0;REVB=-0.00207847;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018778;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr21 47811272 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.334;QD=45.8049;RBI=0.115321;REFB=0;REVB=0.0529097;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109681;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr21 47836652 . CCG CTG,GCT 782.2 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=44,5;DP=56;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159586,0.00134297;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=61.9246,36.8879;QD=55.8714;RBI=0.0290608,0.0101663;REFB=0,0;REVB=0.029017,-0.0100773;RO=0;SAF=29,0;SAR=15,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000830609,0.0514181;OID=.,.;OPOS=47836653,47836652;OREF=C,CCG;OALT=T,GCT;OMAPALT=CTG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:0:44,5:53,3:0.946429,0.0535714:15,5:29,0:0:0:22,3:31,0:0:0 chr21 47850484 . G C 792.01 PASS AF=0.851351;AO=58;DP=69;FAO=63;FDP=74;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0311836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.109;QD=42.8114;RBI=0.0311922;REFB=-0.170523;REVB=-0.000735858;RO=7;SAF=25;SAR=33;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11532;STB=0.536617;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00380155;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:69:74:7:11:58:63:0.851351:33:25:7:0:38:25:7:4 chr21 47851753 . A G 604.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279183;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.154;QD=61.999;RBI=0.0293654;REFB=0;REVB=-0.00910472;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284047;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr21 47863757 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.538;QD=56.9567;RBI=0.00845433;REFB=0;REVB=0.00360109;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10527e-05;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr21 47910523 . A G 579.55 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151897;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.065;QD=61.0048;RBI=0.0441538;REFB=0;REVB=0.0414588;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037803;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr21 47945533 . GCTC G 379.63 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868182;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.255;QD=56.2416;RBI=0.0114102;REFB=0;REVB=-0.00740397;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.16099e-06;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:27:27:0:18:9:0:0:4:0:19:8:0:0 chr21 47959692 . G A 573.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000818269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.492;QD=58.8528;RBI=0.0346665;REFB=0;REVB=0.0346568;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029399;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:17:22:0:0 chr21 47959698 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.961;QD=62.3509;RBI=0.054879;REFB=0;REVB=0.0498888;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257677;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr21 47961711 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1313;QD=62.4652;RBI=0.0276075;REFB=0;REVB=0.0204055;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06281e-05;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr21 47978321 . G GC 1264.79 PASS AF=1;AO=98;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9359;QD=47.2817;RBI=0.153701;REFB=0;REVB=0.153025;RO=7;SAF=30;SAR=68;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00194733;OID=.;OPOS=47978322;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:109:107:107:0:33:74:0:0:23:7:30:68:5:2 chr21 47985655 . C T 534.02 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0167555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.488;QD=49.676;RBI=0.0171337;REFB=-0.0133762;REVB=0.00357964;RO=5;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133135;STB=0.571391;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000737178;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:15:23:0:5:15:23:0:5 chr21 48063476 . C G 902.47 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6245;QD=58.2238;RBI=0.0287451;REFB=0;REVB=0.0142679;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72681e-05;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr21 48084820 . C G 335.4 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0397262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.186;QD=16.9822;RBI=0.0408697;REFB=-0.0155158;REVB=-0.00960011;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0148962;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:43:36:36:0.455696:24:12:14:28:24:12:15:28 chr22 16449050 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.565;QD=33.4285;RBI=0.0510663;REFB=0;REVB=-0.0496838;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154458;OID=.;OPOS=16449050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr22 17072483 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.572;QD=60.9772;RBI=0.0310488;REFB=0;REVB=-0.0307612;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141933;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr22 17073065 . CA C,CG 234.74 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615674,0.0683493;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.652,147.146;QD=49.4196;RBI=0.0782874,0.0858439;REFB=0,0;REVB=0.0483568,0.0519379;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0213866,-0.0049032;OID=.,.;OPOS=17073066,17073066;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:2,17:19:2,17:19:0:0,9:2,8:0:0:9:0:0,9:2,8:0:0 chr22 17073225 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00973946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.836;QD=23.5282;RBI=0.00978745;REFB=-0.0120088;REVB=-0.000968029;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141557;STB=0.564039;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00927762;OID=.;OPOS=17073225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:9:11:5:9:9:11:6:9 chr22 17073475 . C T 129.96 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00622206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.399;QD=13.3289;RBI=0.0296548;REFB=0.00848482;REVB=0.0289948;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546656;STB=0.780298;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00541393;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:14:15:0.384615:3:11:6:18:4:11:6:18 chr22 17446991 . C T 510.21 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0435234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4046;QD=56.6899;RBI=0.0436399;REFB=-0.131631;REVB=-0.00318562;RO=1;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406249;STB=0.521726;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00439059;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:1:35:35:0.972222:11:24:0:1:11:24:0:1 chr22 17582877 . G T 253.23 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0152249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.092;QD=19.1118;RBI=0.02051;REFB=-0.0151042;REVB=0.0137427;RO=25;SAF=22;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167692;STB=0.588406;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.017076;OID=.;OPOS=17582877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:5:22:17:8:5:22:18:8 chr22 17586471 . C T 1321.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.615;QD=62.1763;RBI=0.0637664;REFB=0;REVB=0.0162729;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56368e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:48:35:0:0:48:37:0:0 chr22 17590599 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0139228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.593;QD=17.5881;RBI=0.0230307;REFB=-0.0293695;REVB=0.0183458;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16847;STB=0.584761;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.030355;OID=.;OPOS=17590599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:10:12:10:17:10:12:11:17 chr22 17602839 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.219;QD=61.6839;RBI=0.0237875;REFB=0;REVB=-0.0231132;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147791;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr22 17603477 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.723;QD=56.9557;RBI=0.0430926;REFB=0;REVB=-0.00404048;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102447;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr22 17630486 . C A 545.66 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.556;QD=57.4384;RBI=0.0416193;REFB=-0.161681;REVB=0.039721;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170335;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000619558;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:1:0:10:27:1:0 chr22 17690430 . C G 491.71 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00149133;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=125.496;QD=51.7591;RBI=0.0144751;REFB=-0.113855;REVB=0.0143981;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.546531;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00115348;OID=.;OPOS=17690430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:0:3:35:35:0.921053:27:8:0:0:27:8:2:1 chr22 17990852 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.372;QD=54.5177;RBI=0.0142991;REFB=0;REVB=-0.00119576;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63842e-05;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr22 18003267 . G T 59.8 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0115178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.464;QD=5.69516;RBI=0.0157116;REFB=-0.00759667;REVB=0.0106861;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275848;STB=0.682485;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0392655;OID=.;OPOS=18003267;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:7:2:14:19:7:2:14:19 chr22 18209612 . CA C,CG 216.71 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=11,5;DP=17;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391763,-0.0666632;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.707,91.2097;QD=48.1574;RBI=0.0521817,0.115417;REFB=0,0;REVB=0.0344695,-0.0942186;RO=0;SAF=11,2;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00215447,-0.0374693;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:11,5:17:15,3:18:0:14,0:1,3:0:0:16:0:11,2:0,3:0:0 chr22 18324564 . C T 376.52 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0553707;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9989;QD=26.8942;RBI=0.0736271;REFB=-0.0739768;REVB=0.0485288;RO=11;SAF=30;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1711;STB=0.549971;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0591853;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:11:20:35:36:0.642857:5:30:7:4:6:30:15:5 chr22 18354766 . C T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0119405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.769;QD=15.6181;RBI=0.0127513;REFB=-0.00078425;REVB=0.00447417;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299582;STB=0.674487;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00121164;OID=.;OPOS=18354766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:14:4:12:13:14:4:12:13 chr22 18364030 . CT C,GC 333.05 PASS AF=0.651852,0;AO=41,7;DP=136;FAO=88,0;FDP=135;FR=.;FRO=47;FSAF=44,0;FSAR=44,0;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.169091,0.0081193;FXX=0.0217376;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=7.91913,44.3772;QD=9.86811;RBI=0.181297,0.0849495;REFB=-0.133423,-0.00811085;REVB=0.065397,-0.0845606;RO=58;SAF=22,1;SAR=19,6;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0338808,-0.48474;STB=0.52592,0.5;STBP=0.417,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.183817,0;OID=.,.;OPOS=18364031,18364030;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:58:47:41,7:88,0:0.651852,0:19,6:22,1:33:25:44,0:44,0:20:27 chr22 18571828 . T C 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00912511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.217;QD=59.0423;RBI=0.0106637;REFB=-0.111237;REVB=-0.00551792;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.507243;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-2.08577e-05;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:34:7:0:0:34:7:0:1 chr22 18609642 . C T 351.46 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513648;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7165;QD=54.0714;RBI=0.0669167;REFB=0;REVB=0.0428895;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232316;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:14:11:1:0:14:12:0:0 chr22 18628436 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.355;QD=60.9781;RBI=0.0702849;REFB=0;REVB=-0.0699133;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336461;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr22 18628499 . G T 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000337429;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.248;QD=62.32;RBI=0.00314352;REFB=0;REVB=0.00312536;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89818e-06;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr22 18628632 . C T 1611.65 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1426;QD=59.6909;RBI=0.0094976;REFB=0;REVB=-0.00931281;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965321;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:53:54:0:0:54:54:0:0 chr22 18628715 . C T 723.9 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00349171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.965;QD=54.6337;RBI=0.0116223;REFB=-0.00562689;REVB=-0.0110854;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000259987;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:0:1:28:24:0:1 chr22 18898489 . G A 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0341734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.23;QD=3.72517;RBI=0.0477037;REFB=-0.00557372;REVB=-0.033284;RO=51;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10931;STB=0.573626;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0266895;OID=.;OPOS=18898489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:5:5:21:30:5:5:21:30 chr22 18899103 . G C 376.51 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0341902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.022;QD=16.1938;RBI=0.0344998;REFB=-0.03357;REVB=0.00461123;RO=52;SAF=18;SAR=21;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174385;STB=0.583604;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.034642;OID=.;OPOS=18899103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:39:40:0.430108:21:18:33:19:21:19:33:20 chr22 18900750 . G A 519.97 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.874;QD=59.4245;RBI=0.0387377;REFB=0;REVB=0.00247292;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208264;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:15:20:0:0 chr22 18901004 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.488;QD=49.5992;RBI=0.0547521;REFB=0;REVB=0.00291091;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493218;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr22 18904414 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8167;QD=57.6795;RBI=0.0581009;REFB=0;REVB=-0.0496654;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174072;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr22 18905977 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0417719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.339;QD=27.3906;RBI=0.0419111;REFB=-0.0175451;REVB=0.00341312;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020981;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0126052;OID=.;OPOS=18905977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:6:14:8:3:6:14:8:3 chr22 18907124 . G A 360.19 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00467404;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.243;QD=22.869;RBI=0.00582949;REFB=-0.0140723;REVB=0.00348372;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504782;STB=0.535663;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0126376;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:19:17:14:12:19:17:15:12 chr22 18908875 . A G 258.33 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.0957419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5542;QD=18.1281;RBI=0.106529;REFB=0.00179681;REVB=-0.0467104;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323424;STB=0.684097;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00240104;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:14:14:24:4:14:14:25:4 chr22 18910355 . G T 286.86 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0426357;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8678;QD=23.905;RBI=0.0961205;REFB=0.0199584;REVB=0.0861472;RO=24;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288159;STB=0.519069;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0139471;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:22:25:26:0.541667:8:17:17:7:8:18:16:6 chr22 18912678 . A G 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4822;QD=61.8499;RBI=0.0257996;REFB=0;REVB=-0.0242652;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75669e-05;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr22 19026613 . A G 238.12 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0248481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.358;QD=20.2653;RBI=0.0294648;REFB=-0.00502591;REVB=-0.015835;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970598;STB=0.554683;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00524719;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:13:11:13:10:13:11 chr22 19034240 . A G 341.14 PASS AF=0.392157;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0213676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2566;QD=13.3779;RBI=0.0226793;REFB=-0.027546;REVB=0.00760111;RO=62;SAF=18;SAR=21;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127913;STB=0.563933;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0428334;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:62:62:39:40:0.392157:21:18:36:26:21:19:36:26 chr22 19048413 . A G 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0310117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.093;QD=11.7339;RBI=0.0310573;REFB=-0.00895344;REVB=-0.00168238;RO=49;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237134;STB=0.630902;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.017776;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:10:18:21:28:10:18:22:28 chr22 19118992 . A G 285.14 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.000518358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.905;QD=23.7618;RBI=0.0152981;REFB=-0.00540884;REVB=0.0152894;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106116;STB=0.55906;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00541297;OID=.;OPOS=19118992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:13:9:14:12:13:9 chr22 19119400 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000440528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.127;QD=19.646;RBI=0.0248348;REFB=-0.0173237;REVB=0.0248309;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00943736;OID=.;OPOS=19119400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr22 19119938 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00036052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.335;QD=18.0506;RBI=0.0264859;REFB=-0.0176105;REVB=-0.0264834;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461553;STB=0.775174;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0116877;OID=.;OPOS=19119938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:1:9:4:4:1:9:4:4 chr22 19132061 . C T 451.09 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0958585;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6132;QD=14.9119;RBI=0.100263;REFB=-0.0230479;REVB=-0.0293901;RO=70;SAF=37;SAR=14;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224029;STB=0.626614;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0486793;OID=.;OPOS=19132061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:70:51:51:0.421488:14:37:37:33:14:37:37:33 chr22 19163577 . C CAT 1045.33 PASS AF=1;AO=66;DP=74;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333954;FXX=0.0799893;HRUN=0;LEN=2;MLLD=280.918;QD=60.5989;RBI=0.0494723;REFB=0;REVB=0.0365;RO=4;SAF=29;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662323;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.37325e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:74:69:69:0:29:40:0:0:6:4:29:37:2:2 chr22 19167385 . C A 353.75 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.029797;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4054;QD=20.8085;RBI=0.0676059;REFB=-0.0122562;REVB=-0.0606853;RO=32;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450916;STB=0.524986;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0109529;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:21:15:15:17:21:15:15:17 chr22 19167409 . T C 905.95 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00757368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6664;QD=56.6221;RBI=0.00915427;REFB=0.00855883;REVB=0.00514198;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000188197;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:1:0:32:31:1:0 chr22 19172006 . T C 1551.73 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.02745e-05;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.346;QD=63.989;RBI=0.0100869;REFB=0;REVB=-0.0100869;RO=0;SAF=65;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2398e-05;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:32:65:0:0:32:65:0:0 chr22 19184095 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0413015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.225;QD=14.794;RBI=0.0418399;REFB=-0.00744859;REVB=0.0066902;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252392;STB=0.644297;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0169813;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:7:20:9:9:7:20 chr22 19189003 . A AC,C 205.46 PASS AF=1,0;AO=10,6;DP=18;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05108,-0.239505;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=29.2438,4.54388;QD=48.3445;RBI=0.0558263,0.240437;REFB=0,0;REVB=0.0225258,-0.0211495;RO=2;SAF=0,6;SAR=10,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.794076;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0053766,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:2:0:10,6:17,0:1,0:10,0:0,6:0:2:11,0:6,0:0:0 chr22 19196502 . G A 204.3 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0314077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.214;QD=12.5726;RBI=0.03453;REFB=-0.0159098;REVB=-0.0143484;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645466;STB=0.548981;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0246795;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:38:40:25:25:0.384615:10:15:25:13:10:15:27:13 chr22 19197896 . T C 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.334;QD=61.3247;RBI=0.0419587;REFB=0;REVB=0.0376855;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112447;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr22 19458224 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0018927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.81;QD=25.4946;RBI=0.0149435;REFB=-0.00663267;REVB=-0.0148231;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132373;STB=0.574359;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00282539;OID=.;OPOS=19458224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:3:4:5:9:3:4 chr22 19492985 . C T 63.88 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0135486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.795;QD=3.40673;RBI=0.0221969;REFB=0.0020592;REVB=-0.0175823;RO=62;SAF=1;SAR=11;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568304;STB=0.890413;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0161818;OID=.;OPOS=19492985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:62:63:12:12:0.16:11:1:31:31:11:1:31:32 chr22 19511925 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.436;QD=51.1844;RBI=0.0433471;REFB=0;REVB=0.0415319;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336362;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr22 19704812 . C T 512.6 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.012324;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.272;QD=21.3583;RBI=0.0483068;REFB=-0.0147272;REVB=-0.0467083;RO=47;SAF=32;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347693;STB=0.519232;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0154928;OID=.;OPOS=19704812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:47:49:49:0.510417:17:32:29:18:17:32:29:18 chr22 19750773 . T C 953.47 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7961;QD=57.786;RBI=0.138475;REFB=0;REVB=-0.13795;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111187;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:33:32:1:0:33:33:0:0 chr22 19776406 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00557989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.637;QD=25.4983;RBI=0.0205282;REFB=-0.0275456;REVB=0.0197553;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118554;STB=0.565979;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0202502;OID=.;OPOS=19776406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:15:8:8:8:15:8:8:8 chr22 19789541 . A C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00396214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.622;QD=12.3389;RBI=0.00784024;REFB=-0.0146293;REVB=-0.00676541;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709231;STB=0.504084;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0245219;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:10:14:23:16:10:14:23:16 chr22 19868218 . A G 464.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9506;QD=58.1225;RBI=0.0584038;REFB=0;REVB=0.0427591;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88953e-05;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:7:24:0:0:8:24:0:0 chr22 19907099 . C A 886.98 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0307707;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7206;QD=53.7566;RBI=0.072125;REFB=0.00191533;REVB=0.0652317;RO=2;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00731473;STB=0.502296;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000337268;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:66:2:3:63:63:0.954545:39:24:1:1:39:24:1:2 chr22 19907118 . G A,C 806.46 PASS AF=0.901639,0.0655738;AO=55,4;DP=61;FAO=55,4;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=17,4;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0260293,0.0128988;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=206.121,110.588;QD=52.8826;RBI=0.0414631,0.0185894;REFB=-0.102178,-0.205384;REVB=0.0322748,0.013386;RO=2;SAF=17,4;SAR=38,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0241662,0.767801;STB=0.512816,0.996649;STBP=0.427,0.028;TYPE=snp,snp;VARB=0.000846148,0.121343;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:61:61:2:2:55,4:55,4:0.901639,0.0655738:38,0:17,4:0:2:38,0:17,4:0:2 chr22 19920949 . G A 193.86 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00180963;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8856;QD=16.1553;RBI=0.0242843;REFB=-0.0134858;REVB=0.0242168;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667315;STB=0.538422;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0230438;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:18:10:6:14:18:10 chr22 19921003 . T C 517.14 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0403818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5986;QD=54.4362;RBI=0.0485145;REFB=-0.0223186;REVB=-0.026888;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00227726;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:16:20:0:1:16:20:1:1 chr22 19959481 . C T 74.66 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0537278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.525;QD=4.26639;RBI=0.0538148;REFB=-0.00194791;REVB=-0.00305863;RO=56;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566843;STB=0.545384;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00819322;OID=.;OPOS=19959481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:56:57:13:13:0.185714:8:5:24:32:8:5:25:32 chr22 20098359 . T G 367.44 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00769783;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.067;QD=26.7228;RBI=0.00919253;REFB=-0.0057294;REVB=0.00502455;RO=20;SAF=17;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124245;STB=0.567812;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00271445;OID=.;OPOS=20098359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:20:20:35:35:0.636364:18:17:6:14:18:17:6:14 chr22 20103189 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0313812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.078;QD=12.8689;RBI=0.0420967;REFB=-0.0161566;REVB=0.0280598;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426492;STB=0.755216;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0250467;OID=.;OPOS=20103189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:9:7:9:2:9:7 chr22 20117046 . T C 167.74 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0264013;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6884;QD=11.7715;RBI=0.0352106;REFB=-0.00367401;REVB=-0.0232972;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171336;STB=0.611;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00654526;OID=.;OPOS=20117046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:15:6:15:20:15:6:16:20 chr22 20126741 . G T 332.79 PASS AF=0.445783;AO=34;DP=80;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0157095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.796;QD=16.0383;RBI=0.0172786;REFB=-0.0151903;REVB=0.00719465;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181118;STB=0.611842;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0146481;OID=.;OPOS=20126741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:45:46:34:37:0.445783:15:19:17:28:15:22:18:28 chr22 20131116 . G A 199.36 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0905745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.544;QD=24.1645;RBI=0.113626;REFB=-0.0397518;REVB=0.068608;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123544;STB=0.553141;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0222893;OID=.;OPOS=20131116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:18:20:0.606061:13:5:2:11:15:5:2:11 chr22 20134739 . C T 143.06 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00669629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9235;QD=14.6724;RBI=0.0172183;REFB=-0.0116248;REVB=-0.0158629;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357947;STB=0.705283;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0502852;OID=.;OPOS=20134739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:17:6:10:6:17:6 chr22 20136379 . C A 462.34 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0218187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.644;QD=27.1967;RBI=0.0714393;REFB=-0.0176733;REVB=0.0680259;RO=25;SAF=32;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234211;STB=0.628373;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0103318;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:11:32:11:14:11:32:11:14 chr22 20137723 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=3.77237e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.927;QD=15.8821;RBI=0.00502904;REFB=-0.00472584;REVB=0.0050289;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0117987;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr22 20138105 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.251;QD=56.7056;RBI=0.0558534;REFB=0;REVB=0.0555821;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136462;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr22 20307256 . G A 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0221148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5527;QD=16.6149;RBI=0.024448;REFB=-0.0109246;REVB=-0.0104232;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968596;STB=0.555491;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.018674;OID=.;OPOS=20307256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:12:9:9:8:12:9 chr22 20458029 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.776;QD=40.7629;RBI=0.0418014;REFB=0;REVB=0.0315485;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010277;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr22 20714750 . G T 41.1 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0577365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.481;QD=16.4394;RBI=0.0579229;REFB=-0.0511322;REVB=-0.00464236;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0104814;OID=.;OPOS=20714750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr22 20760029 . C T 33.93 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00971258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0184;QD=3.87798;RBI=0.00971439;REFB=-0.0067882;REVB=-0.000187578;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204699;STB=0.514238;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0820846;OID=.;OPOS=20760029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:14:15:3:3:14:15 chr22 20771144 . A T 715.05 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.665;QD=60.8549;RBI=0.0184647;REFB=-0.149373;REVB=0.00752824;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00185006;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr22 20784050 . T A 168.62 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00560693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3587;QD=16.0588;RBI=0.00563782;REFB=-0.0247299;REVB=0.000589329;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896612;STB=0.551665;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0573262;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:14:10:6:12:14:10 chr22 20800835 . A G 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0337871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.689;QD=12.304;RBI=0.0338019;REFB=-0.0340195;REVB=0.000999449;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243964;STB=0.647143;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0285643;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:17:9:24:18:17:9:25:18 chr22 20847472 . A T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00573622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3333;QD=8.73735;RBI=0.0123971;REFB=-0.00106896;REVB=0.0109902;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378144;STB=0.734864;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00103945;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:4:5:4:15:4:5:4:16 chr22 20862646 . T G 265.39 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00297024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.536;QD=17.9926;RBI=0.0251836;REFB=-0.0103163;REVB=-0.0250078;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137374;STB=0.507687;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0104153;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:17:13:13:16:17:13 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 36.86 PASS AF=0.285714,0;AO=5,6;DP=21;FAO=6,0;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0105389,-0.0697524;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=232.542,17.7299;QD=7.02135;RBI=0.0179618,0.304186;REFB=-0.0162189,-0.146433;REVB=0.014545,-0.29608;RO=9;SAF=2,0;SAR=3,6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157037,-0.760258;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0401658,0;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0:5,6:21:6,0:21:15:2,0:4,0:5:10:36:9:2,0:3,6:5:4 chr22 21066789 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.387;QD=59.4356;RBI=0.0131309;REFB=0;REVB=0.00306998;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08655e-05;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr22 21066897 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7594;QD=33.4285;RBI=0.067967;REFB=0;REVB=-0.0202064;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396673;OID=.;OPOS=21066897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr22 21079785 . G T 276.98 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0378221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.512;QD=26.3787;RBI=0.0579886;REFB=0.0194452;REVB=0.0439564;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209862;STB=0.599924;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0113614;OID=.;OPOS=21079785;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:17:25:25:0.595238:12:13:13:3:12:13:13:4 chr22 21079909 . A G 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.178;QD=51.9078;RBI=0.0309433;REFB=0;REVB=0.0290572;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173089;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr22 21141300 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.687;QD=57.385;RBI=0.0262212;REFB=0;REVB=0.018976;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88443e-06;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr22 21167787 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.853;QD=64.0973;RBI=0.0558643;REFB=0;REVB=0.053446;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42553e-05;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr22 21301005 . T C 520.95 PASS AF=1;AO=21;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.612;QD=59.5369;RBI=0.0904495;REFB=0;REVB=0.021902;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076045;OID=.;OPOS=21301005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:21:35:1:21:0:0:0:25:10:0:0 chr22 21304408 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.886;QD=58.5872;RBI=0.0499614;REFB=0;REVB=0.0429446;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160866;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr22 21306743 . A G 426.86 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4761;QD=51.7401;RBI=0.0661049;REFB=-0.116698;REVB=0.0587852;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465815;STB=0.524984;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00687831;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:30:31:0.939394:19:11:0:2:19:12:0:2 chr22 21307711 . AAAAC AA,A 128.63 PASS AF=0.764706,0;AO=10,2;DP=16;FAO=13,0;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0279678,0.0105565;FXX=0.0555247;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=147.1,137.802;QD=30.2655;RBI=0.0330145,0.0162972;REFB=-0.0290995,-0.0298388;REVB=0.0175431,0.0124161;RO=0;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0.325513;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.550939,0.5;STBP=0.464,1;TYPE=del,del;VARB=0.0213994,-0.0631369;OID=.,.;OPOS=21307713,21307712;OREF=AAC,AAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706,0:10,2:16:13,0:17:4:9,0:4,0:2:2:21:0:7,1:3,1:0:0 chr22 21327589 . C T 194.81 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00564688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.077;QD=17.3162;RBI=0.00928132;REFB=-0.0300066;REVB=-0.00736584;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961387;STB=0.523341;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0300855;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:23:25:20:20:0.444444:8:12:16:7:8:12:16:9 chr22 21331043 . A T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.298;QD=56.7042;RBI=0.0469129;REFB=0;REVB=0.0387171;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285879;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr22 21335606 . C T 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1686;QD=52.1519;RBI=0.03767;REFB=0.0710883;REVB=0.0138229;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00268149;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:0:1:16:11:0:1 chr22 21335611 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.375;QD=56.1916;RBI=0.0209857;REFB=0;REVB=0.00671708;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101926;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr22 21337325 . G A 465.62 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.673;QD=58.2022;RBI=0.0816385;REFB=0;REVB=0.0481288;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582594;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:9:23:0:0 chr22 21349676 . TC AT 131.89 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00413532;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.021;QD=13.8834;RBI=0.00679722;REFB=-0.0069807;REVB=0.00539457;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263109;STB=0.666433;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=0.0098228;OID=.;OPOS=21349676;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:14:15:0.394737:4:10:11:12:4:11:11:12 chr22 21354970 . C G 395.11 PASS AF=0.476744;AO=35;DP=80;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0029271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.838;QD=18.377;RBI=0.0395049;REFB=-0.016053;REVB=0.0393963;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129324;STB=0.606231;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0226026;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:42:45:35:41:0.476744:18:17:26:16:23:18:29:16 chr22 21377301 . C A 482.53 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.00111536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.7597;QD=16.0844;RBI=0.0314784;REFB=0.00664194;REVB=-0.0314586;RO=67;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811241;STB=0.545263;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0101699;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:29:24:25:42:29:24:25:42 chr22 21384578 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0669951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3372;QD=18.7669;RBI=0.0679804;REFB=0.0432636;REVB=-0.0115318;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0167136;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr22 21385277 . C T 416.08 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0330935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5809;QD=22.1908;RBI=0.0332354;REFB=-0.00657506;REVB=0.00306824;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746513;STB=0.541156;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00454289;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:18:23:16:18:18:23:16:18 chr22 21385843 . G A 176.04 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0734964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1655;QD=21.338;RBI=0.0762841;REFB=-0.0131307;REVB=-0.0204337;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299453;STB=0.656857;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0106919;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:5:13:5:9:5:13:6:9 chr22 21570296 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.323;QD=24.3281;RBI=0.00175224;REFB=0.0286066;REVB=0.00175224;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0130229;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chr22 21570340 . G A 75.52 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00826115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.759;QD=11.6183;RBI=0.0260779;REFB=-0.00429942;REVB=0.0247348;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54637;STB=0.825746;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0337325;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:9:1:8:7:9:1:8:8 chr22 21797094 . C G 95.44 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11745;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=21.7782;QD=31.8142;RBI=0.125631;REFB=-0.156444;REVB=0.0445938;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132238;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:12:12:2:0:10:12:1:4:6:1:1:5:7:0:0 chr22 21800444 . T C 982.46 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402545;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.855;QD=59.5429;RBI=0.0537742;REFB=0;REVB=0.0356544;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295919;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr22 21801588 . T A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.533;QD=54.5172;RBI=0.0194266;REFB=0;REVB=0.0165963;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52658e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr22 21822725 . T C 612.61 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3656;QD=61.2606;RBI=0.0550536;REFB=0;REVB=0.0224009;RO=0;SAF=3;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106516;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:37:3:0:0:37:3:0:0 chr22 21984205 . A G 211.29 PASS AF=0.304348;AO=27;DP=91;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=-0.011575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2148;QD=9.18665;RBI=0.0141445;REFB=-0.00140989;REVB=-0.00812939;RO=63;SAF=13;SAR=14;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257706;STB=0.663003;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00476682;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:63:64:27:28:0.304348:14:13:44:19:15:13:45:19 chr22 22049783 . C T 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0159994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.599;QD=18.3093;RBI=0.0173469;REFB=-0.0119193;REVB=-0.00670326;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104335;STB=0.558109;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0135793;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:19:18:15:25:19:18:15:25 chr22 22318370 . G A 343.81 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00452164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.968;QD=23.711;RBI=0.00799465;REFB=-0.00929026;REVB=0.00659311;RO=23;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187266;STB=0.606253;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00659692;OID=.;OPOS=22318370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:23:34:35:0.603448:23:11:13:10:24:11:13:10 chr22 22330082 . T C 219.31 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0042891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.765;QD=22.4937;RBI=0.0982924;REFB=-0.0374348;REVB=-0.0981988;RO=9;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112637;STB=0.508712;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0172982;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:9:18:19:20:0.512821:12:7:5:4:13:7:6:12 chr22 22385610 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00798057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.571;QD=11.9536;RBI=0.00800865;REFB=-0.0299441;REVB=0.000669984;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0308441;OID=.;OPOS=22385610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:5:5:4:4:5:6 chr22 22453513 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00876521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.428;QD=15.1662;RBI=0.0222398;REFB=-0.0121075;REVB=-0.0204397;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120646;STB=0.574608;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0193196;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:15:8:7:22:15:8:7:23 chr22 22516998 . C T 190.3 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0257751;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.419;QD=13.1243;RBI=0.0258384;REFB=-0.0135103;REVB=0.00180817;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236802;STB=0.652042;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0200271;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:35:23:23:0.396552:15:8:19:14:15:8:21:14 chr22 22517026 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.69;QD=60.5101;RBI=0.032562;REFB=-0.0284385;REVB=0.00405369;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=8.5494e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:1:0:24:21:1:0 chr22 22550401 . C G 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0437987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.731;QD=13.6613;RBI=0.0444123;REFB=-0.0181035;REVB=-0.00735728;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733535;STB=0.542796;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0276464;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:9:12:7:7:9:12 chr22 22550450 . C G 205.25 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0610989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2495;QD=17.8481;RBI=0.0621503;REFB=-0.00169322;REVB=-0.0113838;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164593;STB=0.605957;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00108001;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:14:7:12:12:14:7:13:12 chr22 22550510 . T C,G 804.54 PASS AF=0.0819672,0.885246;AO=5,54;DP=61;FAO=5,54;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=2,25;FSAR=3,29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0241965,0.0105807;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.7691,174.621;QD=52.7565;RBI=0.0245055,0.0202599;REFB=-0.0491122,-0.00327259;REVB=0.00387931,0.0172775;RO=2;SAF=2,25;SAR=3,29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281149,-0.0362146;STB=0.666029,0.519224;STBP=0.302,0.155;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0120492,0.00309724;OID=.,.;OPOS=22550510,22550510;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:61:61:2:2:5,54:5,54:0.0819672,0.885246:3,29:2,25:2:0:3,29:2,25:2:0 chr22 22569448 . T A 631.71 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2064;QD=61.6303;RBI=0.0813895;REFB=0;REVB=-0.0442841;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385759;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr22 22569554 . C A 195.7 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0301543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.702;QD=17.7905;RBI=0.0350287;REFB=-0.0224118;REVB=0.017825;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323679;STB=0.518415;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0327118;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:14:10:9:11:14:10 chr22 22681721 . T C 174.43 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0284708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3024;QD=14.8451;RBI=0.0290172;REFB=-0.028523;REVB=-0.00560467;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740487;STB=0.542889;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0451915;OID=.;OPOS=22681721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:14:5:9:19:14:5:9:19 chr22 22681765 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0622519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.924;QD=15.172;RBI=0.0622906;REFB=-0.00598273;REVB=-0.00219618;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466278;STB=0.526995;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00515207;OID=.;OPOS=22681765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:8:16:12:5:8:16 chr22 22698027 . A G 499.42 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0474375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3838;QD=53.9915;RBI=0.0536012;REFB=-0.0471081;REVB=-0.0249554;RO=2;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10344;STB=0.555522;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0123809;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:8:27:0:2:8:27:0:2 chr22 22707275 . C A 306.91 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0104092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.414;QD=18.0535;RBI=0.0136296;REFB=-0.0217174;REVB=-0.00879852;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173878;STB=0.602777;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0174457;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:16:17:11:23:16:17:11:24 chr22 22712467 . T G 744.04 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.647;QD=54.1123;RBI=0.0540402;REFB=0;REVB=0.0512902;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122449;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:50:55:1:12:38:0:0:15:40:0:0 chr22 22724341 . A C 510.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.00384856;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.721;QD=22.9353;RBI=0.0234685;REFB=-0.00173853;REVB=-0.0231508;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157979;STB=0.595467;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00136208;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:44:41:48:48:0.539326:24:24:30:14:24:24:29:12 chr22 22724394 . T C 1827.43 PASS AF=0.98374;AO=119;DP=125;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00689251;FXX=0.0159987;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.039;QD=59.4285;RBI=0.0118549;REFB=-0.124074;REVB=0.00964528;RO=1;SAF=64;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736426;STB=0.500608;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000137206;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:123:1:2:119:121:0.98374:55:64:1:0:56:65:1:1 chr22 22730634 . G A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0290718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.876;QD=16.9786;RBI=0.0373426;REFB=-0.00162657;REVB=-0.0234371;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759229;STB=0.553272;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00595895;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:16:10:13:15:16:10:14:15 chr22 22730635 . C T 258.26 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0369936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.832;QD=18.7826;RBI=0.0469123;REFB=-0.0138164;REVB=0.0288484;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504529;STB=0.528158;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0177391;OID=.;OPOS=22730635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:11:16:15:13:11:16 chr22 22842206 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.053;QD=58.5876;RBI=0.035672;REFB=0;REVB=0.0260499;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438104;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr22 22842722 . C T 71.84 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00973189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.516;QD=8.70755;RBI=0.026522;REFB=-0.0130228;REVB=-0.024672;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116534;STB=0.515121;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0314263;OID=.;OPOS=22842722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:33:22:23:9:10:0.30303:5:4:10:12:5:5:11:12 chr22 22842957 . T G 1163.44 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0255881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.244;QD=56.753;RBI=0.0258283;REFB=0.0304271;REVB=-0.00351409;RO=3;SAF=34;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016631;STB=0.508792;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.000118291;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:45:34:2:1:45:34:2:1 chr22 22843118 . C T 734.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00218008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.635;QD=61.1845;RBI=0.00840008;REFB=-0.0448624;REVB=0.00811225;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.001008;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr22 22868413 . G A 405.66 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00546879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.697;QD=17.262;RBI=0.0114737;REFB=-0.0182816;REVB=-0.0100865;RO=50;SAF=17;SAR=25;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207605;STB=0.625567;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0172383;OID=.;OPOS=22868413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:52:42:42:0.446809:25:17:31:19:25:17:33:19 chr22 22899234 . A G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253882;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.469;QD=59.8615;RBI=0.0335588;REFB=0;REVB=-0.0219462;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74982e-05;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr22 22989256 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0211342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.604;QD=16.4266;RBI=0.0383764;REFB=-0.000406717;REVB=-0.0320327;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307182;STB=0.677107;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=2.96593e-05;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:8:3:7:4:8:3 chr22 23029263 . T C 294.15 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.159747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3834;QD=17.561;RBI=0.173038;REFB=-0.00702108;REVB=-0.0665047;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134089;STB=0.567861;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00308821;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:33:35:32:32:0.477612:20:12:8:25:20:12:9:26 chr22 23029526 . G C 361.65 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0197134;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.927;QD=20.0915;RBI=0.0211891;REFB=-0.0165037;REVB=-0.00776911;RO=35;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981174;STB=0.554551;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0156172;OID=.;OPOS=23029526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:35:37:37:0.513889:24:13:16:19:24:13:16:19 chr22 23029698 . T C 649.47 PASS AF=0.85;AO=51;DP=63;FAO=51;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0542199;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.251;QD=43.2978;RBI=0.0567568;REFB=-0.0283587;REVB=0.0167789;RO=9;SAF=12;SAR=39;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373626;STB=0.519992;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00440614;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:63:60:9:9:51:51:0.85:39:12:3:6:39:12:3:6 chr22 23040807 . C G 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.010027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.748;QD=23.8243;RBI=0.0406845;REFB=-0.0125922;REVB=0.0394295;RO=28;SAF=19;SAR=20;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210055;STB=0.614736;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0173595;OID=.;OPOS=23040807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:20:19:6:22:20:19:6:22 chr22 23055421 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.767;QD=61.3349;RBI=0.0192301;REFB=0;REVB=0.00947047;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55074e-05;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr22 23055440 . C A 670.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.976;QD=62.4144;RBI=0.0504238;REFB=0;REVB=0.00975692;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219101;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr22 23055533 . G A 1557.07 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.871;QD=58.7574;RBI=0.0461088;REFB=-0.0833628;REVB=0.0417432;RO=1;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939623;STB=0.504853;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000537061;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:50:54:0:1:51:54:0:1 chr22 23055539 . G T 1626.44 PASS AF=0.990909;AO=106;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3201;QD=59.1432;RBI=0.0563469;REFB=0.0577853;REVB=0.0469973;RO=1;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921514;STB=0.504761;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000387742;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:1:1:106:109:0.990909:51:55:0:1:52:57:0:1 chr22 23077555 . T C 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.401;QD=57.7046;RBI=0.0471455;REFB=0;REVB=0.0462616;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85282e-05;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr22 23089941 . ACT A 466.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723472;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.406;QD=58.3508;RBI=0.0736643;REFB=0;REVB=0.0138677;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000226772;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:32:32:32:0:15:17:0:0:4:0:14:17:0:0 chr22 23090324 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0440371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.884;QD=10.1851;RBI=0.0570622;REFB=-0.0166437;REVB=-0.0362881;RO=34;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294158;STB=0.679734;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0355324;OID=.;OPOS=23090324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:12:3:14:20:12:3:14:20 chr22 23090331 . A G 114.01 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0205506;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.382;QD=9.5011;RBI=0.0212876;REFB=-0.0011519;REVB=-0.00555284;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250842;STB=0.667594;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00220726;OID=.;OPOS=23090331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:11:3:13:20:11:3:14:20 chr22 23101216 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.478;QD=35.5759;RBI=0.0992619;REFB=0;REVB=0.0976581;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113373;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr22 23101247 . GC AT 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120111;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.701;QD=44.6898;RBI=0.0545328;REFB=0;REVB=0.0531936;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000651267;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 23101280 . C T 227.26 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101731;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.499;QD=50.5027;RBI=0.0400232;REFB=0;REVB=0.0400102;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265928;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr22 23101301 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.984;QD=53.9112;RBI=0.0191045;REFB=0;REVB=0.0175113;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49805e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr22 23101523 . G A 1387.94 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00988479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.171;QD=60.3453;RBI=0.0278344;REFB=-0.111145;REVB=0.0260201;RO=2;SAF=33;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278532;STB=0.514703;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00166925;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:2:2:89:90:0.978261:56:33:2:0:57:33:2:0 chr22 23101559 . G T 1243.68 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.951;QD=61.4163;RBI=0.0239147;REFB=0;REVB=-0.00952334;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94493e-05;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:52:28:0:0:53:28:0:0 chr22 23114327 . T C 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.108;QD=53.2682;RBI=0.0662321;REFB=0;REVB=0.0472078;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948808;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr22 23114350 . A G 299.86 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4302;QD=52.1502;RBI=0.100078;REFB=0;REVB=0.00270066;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304166;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr22 23114993 . G A 1486.16 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928222;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=63.2407;RBI=0.0273754;REFB=0;REVB=0.0257537;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134149;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:48:46:0:0 chr22 23223278 . A T 80.95 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0113082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.559;QD=9.81174;RBI=0.013602;REFB=-0.00807275;REVB=-0.00755899;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176709;OID=.;OPOS=23223278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:31:33:21:22:9:11:0.333333:4:5:10:11:6:5:10:12 chr22 23241705 . G A 113.18 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0359991;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3561;QD=16.1684;RBI=0.0381654;REFB=-0.0200493;REVB=0.0126753;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.801595;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0256218;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:0:15:13:13:0.464286:9:4:0:0:9:4:14:1 chr22 23241751 . GCT CTA,GCTA,GTA 532.85 PASS AF=0,1,0;AO=2,22,5;DP=39;FAO=0,39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557693,0.00594484,0.000641676;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=3,1,2;MLLD=67.2155,83.3206,77.1478;QD=54.6514;RBI=0.0608926,0.112979,0.0692729;REFB=0,0,0;REVB=0.0606366,0.112822,-0.0692699;RO=7;SAF=0,17,0;SAR=2,5,5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.50628,0.317387,-0.683376;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0,0.00039374,0;OID=.,.,.;OPOS=23241751,23241754,23241752;OREF=GCT,-,CT;OALT=CTA,A,TA;OMAPALT=CTA,GCTA,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:39:39:7:0:2,22,5:0,39,0:0,1,0:2,5,5:0,17,0:1:6:0,20,0:0,19,0:0:0 chr22 23247082 . C G 786.53 PASS AF=0.657407;AO=69;DP=106;FAO=71;FDP=108;FR=.;FRO=37;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.000357232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6978;QD=29.1307;RBI=0.00953547;REFB=-0.000388891;REVB=0.00952877;RO=37;SAF=46;SAR=23;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177176;STB=0.598475;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000134394;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:37:37:69:71:0.657407:23:46:15:22:23:48:15:22 chr22 23248758 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0090684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.138;QD=19.3688;RBI=0.00971234;REFB=-0.0440157;REVB=0.00347758;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153826;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0272606;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:5:2:5:5:5:2 chr22 23256464 . G C 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7746;QD=61.6944;RBI=0.0309816;REFB=0;REVB=-0.0105207;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120073;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr22 23263602 . C T 1363.0 PASS AF=0.990654;AO=60;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144968;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.417;QD=50.9533;RBI=0.0946841;REFB=0.0468139;REVB=0.0935677;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0035916;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:107:0:1:60:106:0.990654:26:34:0:0:71:35:0:1 chr22 23264785 . C A 173.88 PASS AF=0.5;AO=11;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.10092;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.75;QD=20.4564;RBI=0.101054;REFB=-0.00522154;REVB=0.0052028;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00128652;OID=.;OPOS=23264785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:15:11:17:0.5:8:3:6:8:9:8:6:9 chr22 23401674 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0050226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.135;QD=17.5017;RBI=0.068467;REFB=-0.0285944;REVB=0.0682825;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422806;STB=0.523791;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0280163;OID=.;OPOS=23401674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:16:12:10:16:16:12 chr22 23503170 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.936;QD=56.7016;RBI=0.0247791;REFB=0;REVB=-0.0015237;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012331;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr22 23503205 . G C 256.68 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.061715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.723;QD=44.6392;RBI=0.0716186;REFB=-0.107406;REVB=0.0363385;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.533302;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00143129;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:7:14:1:0:7:14:2:0 chr22 23503756 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.6;QD=44.6898;RBI=0.073475;REFB=0;REVB=0.0174723;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415552;OID=.;OPOS=23503756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr22 23504862 . C T 263.43 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0713159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.136;QD=47.8957;RBI=0.0877424;REFB=-0.179333;REVB=0.0511153;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00100278;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:13:8:0:0:13:8:1:0 chr22 23504916 . G A,T 469.62 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=29,3;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203081,-0.0215801;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.3493,138.6;QD=56.924;RBI=0.025705,0.0337685;REFB=0,0;REVB=0.0256247,-0.0259733;RO=0;SAF=10,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0017554,0.0867989;OID=.,.;OPOS=23504916,23504916;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:33:33:0:0:29,3:30,3:0.909091,0.0909091:19,0:10,3:0:0:19,0:11,3:0:0 chr22 23504959 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.317;QD=54.5176;RBI=0.0778305;REFB=0;REVB=0.0523066;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453039;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr22 23513128 . C G 1512.95 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000312364;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.068;QD=59.9189;RBI=0.00803136;REFB=0;REVB=0.00802528;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296358;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr22 23513523 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4824;QD=40.7628;RBI=0.0233926;REFB=0;REVB=-0.0211172;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276049;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr22 23585132 . A G 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0200249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.904;QD=20.7369;RBI=0.021788;REFB=-0.0242329;REVB=0.00858624;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247442;STB=0.639842;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0181638;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:10:6:12:6:10:6 chr22 23627369 . A G 499.58 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0266383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.931;QD=27.0045;RBI=0.0571465;REFB=-0.0356781;REVB=0.0505581;RO=28;SAF=18;SAR=28;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113052;STB=0.500616;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0183138;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:28:18:11:17:28:18:11:17 chr22 23630313 . T C 306.6 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0253942;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5943;QD=17.7739;RBI=0.0506508;REFB=-0.0218655;REVB=0.0438251;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1321;STB=0.565635;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0230114;OID=.;OPOS=23630313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:36:33:33:0.478261:16:17:13:22:16:17:14:22 chr22 23658372 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000648912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.218;QD=33.4285;RBI=0.00214707;REFB=0;REVB=-0.00204666;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42861e-05;OID=.;OPOS=23658372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr22 23915652 . G A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.021595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.938;QD=20.9023;RBI=0.0257332;REFB=-0.00355216;REVB=0.0139948;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20623;STB=0.613433;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00263902;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:6:22:18:15:6:22 chr22 23962744 . T TTTC 119.97 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=33;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0292247;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=287.809;QD=15.4797;RBI=0.0292437;REFB=0.00191867;REVB=0.00105502;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520805;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=ins;VARB=-0.00253884;OID=.;OPOS=23962745;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:12:33:14:31:17:6:8:7:10:99:19:5:7:7:12 chr22 23964279 . TGGGCAT TGG,TGGCAT,TGGG 106.67 PASS AF=0,0,0.481481;AO=5,7,5;DP=30;FAO=0,0,13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0524793,-0.692015,0.0231396;FXX=0.0357015;HRUN=3,3,1;LEN=4,1,3;MLLD=184.485,18.1718,186.505;QD=15.8032;RBI=0.0576472,0.69292,0.0320353;REFB=-0.0267859,0.021237,-0.028846;REVB=-0.0238561,-0.0354131,-0.0221545;RO=8;SAF=5,7,2;SAR=0,0,3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0.401631,0.401631,0;SSSB=0.804526,0.822211,0.313619;STB=0.5,0.5,0.519969;STBP=1,1,0.796;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.0566932;OID=.,.,.;OPOS=23964282,23964280,23964283;OREF=GCAT,G,CAT;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGG,TGGCAT,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.481481:5,7,5:30:0,0,13:27:14:0,0,7:0,0,6:7:7:99:8:5,7,2:0,0,3:1:7 chr22 23974200 . A G 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0148565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.879;QD=16.6247;RBI=0.0149812;REFB=-0.0388874;REVB=0.00192864;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561386;STB=0.814296;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.022959;OID=.;OPOS=23974200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:11:2:10:3:11:2:10:4 chr22 24034288 . A G 899.01 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.7;QD=58.0007;RBI=0.0517053;REFB=0;REVB=0.0467838;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54124e-05;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:22:35:0:0:26:36:0:0 chr22 24035970 . C T 786.79 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.774;QD=55.2132;RBI=0.0369249;REFB=-0.133288;REVB=0.000924119;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219211;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00297421;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:21:35:0:1:21:35:0:1 chr22 24036563 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1797;QD=58.1394;RBI=0.0318015;REFB=0;REVB=0.0231398;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56984e-05;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr22 24038847 . T C 287.88 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4541;QD=52.3413;RBI=0.167797;REFB=0;REVB=0.162062;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746167;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:7:11:0:0:9:13:0:0 chr22 24086107 . A G 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00721827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.057;QD=58.0315;RBI=0.0446433;REFB=0.00536525;REVB=-0.0440559;RO=1;SAF=44;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106256;STB=0.505616;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000212013;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:26:44:1:0:26:44:1:0 chr22 24087319 . A C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0196888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.211;QD=17.4231;RBI=0.019774;REFB=-0.00749515;REVB=-0.0018329;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272535;STB=0.509994;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00809905;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:31:31:0.476923:17:14:15:18:17:14:16:18 chr22 24108412 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.129;QD=43.486;RBI=0.054047;REFB=0;REVB=0.0233725;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115386;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr22 24143502 . C G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0874595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.539;QD=50.134;RBI=0.0886087;REFB=0.0119665;REVB=0.0142246;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-3.21829e-05;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr22 24158895 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0139325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.874;QD=10.3903;RBI=0.0162478;REFB=-0.0111427;REVB=0.00835919;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528175;STB=0.826582;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.017733;OID=.;OPOS=24158895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:4:7:1:6:4:7 chr22 24167513 . G A 499.29 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0168884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.479;QD=21.4746;RBI=0.0294207;REFB=-0.0146679;REVB=0.0240906;RO=45;SAF=27;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454186;STB=0.525091;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.021521;OID=.;OPOS=24167513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:21:27:23:22:21:27:23:22 chr22 24167657 . G A,GA,GAA 136.64 PASS AF=0,0.0454545,0.340909;AO=3,5,8;DP=49;FAO=0,2,15;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=0,2,8;FSAR=0,0,7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0273055,0.173015,0.0913225;FXX=0.0638162;HRUN=1,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=260.273,16.0126,27.8783;QD=12.4221;RBI=0.028995,0.229172,0.118878;REFB=-0.0024243,-0.0285208,-0.0146479;REVB=-0.00975319,0.150284,0.0761065;RO=32;SAF=3,4,2;SAR=0,1,6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.537605,0.359854,-0.31426;STB=0.5,0.994531,0.509541;STBP=1,0.182,0.958;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0351247,0.0748342;OID=.,.,.;OPOS=24167657,24167658,24167658;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:49:44:32:27:3,5,8:0,2,15:0,0.0454545,0.340909:0,1,6:3,4,2:16:16:0,0,7:0,2,8:14:13 chr22 24176287 . G A 933.53 PASS AF=0.559006;AO=90;DP=161;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.0513276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6519;QD=23.1933;RBI=0.0939331;REFB=-0.043814;REVB=0.0786696;RO=69;SAF=40;SAR=50;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907658;STB=0.548012;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0348952;OID=.;OPOS=24176287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:69:71:90:90:0.559006:50:40:23:46:50:40:24:47 chr22 24179132 . G A 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.000114246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.798;QD=15.8365;RBI=0.170966;REFB=-0.014378;REVB=0.170966;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771948;STB=0.521684;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0179517;OID=.;OPOS=24179132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:2:6:4:2:2:6:5:2 chr22 24180449 . C T 667.97 PASS AF=0.507692;AO=67;DP=132;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00977243;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.213;QD=20.553;RBI=0.0102676;REFB=-0.0116167;REVB=-0.00315026;RO=65;SAF=33;SAR=34;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829262;STB=0.53881;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0107209;OID=.;OPOS=24180449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:65:64:67:66:0.507692:34:33:26:39:34:32:26:38 chr22 24237463 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.684;QD=62.3498;RBI=0.0365011;REFB=0;REVB=0.0350608;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74389e-05;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr22 24238079 . T A 267.85 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0074122;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.171;QD=48.7003;RBI=0.048154;REFB=-0.0592494;REVB=0.0475801;RO=1;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279913;STB=0.515137;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000707766;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:22:1:1:21:21:0.954545:16:5:0:1:16:5:0:1 chr22 24300580 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.967;QD=33.4285;RBI=0.0476175;REFB=0;REVB=0.0158726;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267069;OID=.;OPOS=24300580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr22 24459438 . T C 1362.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5495;QD=61.9092;RBI=0.0550498;REFB=0;REVB=0.0387998;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068971;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:43:41:0:0:44:44:0:0 chr22 24479228 . G A 89.23 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0322933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9999;QD=4.75913;RBI=0.0329155;REFB=-0.00473081;REVB=-0.00636962;RO=60;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288522;STB=0.683969;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.017387;OID=.;OPOS=24479228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:5:10:26:34:5:10:26:34 chr22 24530442 . GCG CAT,GCA 62.45 PASS AF=0,0.166667;AO=5,8;DP=73;FAO=0,12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=0,4;FSAR=0,8;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.00341724,0.000637703;FXX=0.0136968;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=123.381,67.6824;QD=3.46953;RBI=0.015574,0.00376295;REFB=-0.000278767,-0.00796542;REVB=-0.0151944,-0.00370852;RO=51;SAF=0,4;SAR=5,4;SRF=14;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499055,0.284698;STB=0.5,0.565115;STBP=1,0.667;TYPE=mnp,snp;VARB=0.106112,0.0382552;OID=.,.;OPOS=24530442,24530444;OREF=GCG,G;OALT=CAT,A;OMAPALT=CAT,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:73:72:51:60:5,8:0,12:0,0.166667:5,4:0,4:14:37:0,8:0,4:16:44 chr22 24579049 . G A 97.61 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0263828;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.03;QD=6.19757;RBI=0.0281904;REFB=-0.000793838;REVB=0.00993224;RO=47;SAF=9;SAR=6;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135818;STB=0.58893;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0020021;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:64:63:47:48:15:15:0.238095:6:9:33:14:6:9:34:14 chr22 24579157 . GA TC 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=16;FWDB=-0.0129494;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=266.621;QD=2.55254;RBI=0.0312565;REFB=-0.00803402;REVB=-0.0284478;RO=71;SAF=6;SAR=5;SRF=55;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312545;STB=0.710706;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0519798;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:71:72:11:11:0.13253:5:6:55:16:5:6:56:16 chr22 24622648 . T C 311.94 PASS AF=0.492754;AO=31;DP=66;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0473748;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2507;QD=18.0835;RBI=0.0807188;REFB=-0.0256218;REVB=0.065354;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147764;STB=0.596842;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0450862;OID=.;OPOS=24622648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:33:35:31:34:0.492754:19:12:18:15:21:13:20:15 chr22 24672718 . A G 195.26 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00221325;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.816;QD=23.6678;RBI=0.0189927;REFB=-0.0273454;REVB=-0.0188633;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238807;STB=0.631461;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0164149;OID=.;OPOS=24672718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:6:13:13:1:6:13:13:1 chr22 24717850 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.677;QD=54.5174;RBI=0.0355774;REFB=0;REVB=0.0186734;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305719;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr22 24761467 . G A 464.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.66;QD=58.1209;RBI=0.0459371;REFB=0;REVB=0.0455955;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112996;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr22 24811667 . G A 150.13 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0108085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.032;QD=19.3712;RBI=0.0214676;REFB=-0.00391659;REVB=0.0185482;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354502;STB=0.700947;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00518792;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:11:4:11:5:11:4 chr22 24813165 . G T 538.98 PASS AF=0.513761;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0289021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.087;QD=19.779;RBI=0.0295637;REFB=-0.0131053;REVB=-0.00621944;RO=50;SAF=15;SAR=40;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.674418;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00705079;OID=.;OPOS=24813165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:50:53:55:56:0.513761:40:15:30:20:41:15:32:21 chr22 24898310 . C T 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0225906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2234;QD=19.5188;RBI=0.023196;REFB=0.00496973;REVB=0.00526513;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259905;STB=0.645274;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00591712;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:9:19:10:16:9:19:10:16 chr22 25003922 . G A 340.79 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0403497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3482;QD=13.3643;RBI=0.0419711;REFB=-0.0314739;REVB=0.0115529;RO=61;SAF=12;SAR=28;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200827;STB=0.610581;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0216028;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:62:40:40:0.392157:28:12:29:32:28:12:29:33 chr22 25003934 . G A 663.05 PASS AF=0.59;AO=53;DP=94;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00995723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.374;QD=26.5222;RBI=0.0103358;REFB=-0.0316431;REVB=0.00277182;RO=39;SAF=24;SAR=29;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115084;STB=0.541653;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0211017;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:39:41:53:59:0.59:29:24:12:27:33:26:14:27 chr22 25011027 . C T 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00970833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4868;QD=5.21533;RBI=0.0290958;REFB=-0.00302803;REVB=0.0274283;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140062;STB=0.592295;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.012719;OID=.;OPOS=25011027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:13:8:3:3:13:8 chr22 25024076 . G A 195.49 PASS AF=0.454545;AO=16;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0250214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.744;QD=17.7721;RBI=0.029176;REFB=-0.00898455;REVB=0.0150056;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358526;STB=0.658948;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00767062;OID=.;OPOS=25024076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:24:16:20:0.454545:9:7:17:4:10:10:19:5 chr22 25045855 . G A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0148962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.579;QD=16.8736;RBI=0.0181615;REFB=-0.00182407;REVB=0.0103896;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623481;STB=0.535678;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00342229;OID=.;OPOS=25045855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:12:14:12:8:12:14 chr22 25145453 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.522;QD=57.6804;RBI=0.0262918;REFB=0;REVB=0.025397;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86324e-05;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr22 25145471 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.808;QD=57.2025;RBI=0.0452343;REFB=0;REVB=-0.00586598;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128053;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr22 25294253 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0137318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4934;QD=17.4013;RBI=0.0821601;REFB=-0.0155533;REVB=0.0810045;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2801;STB=0.658322;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0187537;OID=.;OPOS=25294253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:2:11:7:6:2:11 chr22 25294369 . G A 166.61 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00587916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5439;QD=15.1461;RBI=0.0501439;REFB=-0.0142656;REVB=0.049798;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176619;STB=0.510193;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.022791;OID=.;OPOS=25294369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:12:14:10:8:12:14 chr22 25294376 . C T 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0098281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8384;QD=18.9654;RBI=0.0338755;REFB=-0.0296286;REVB=-0.0324185;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678115;STB=0.538426;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0294825;OID=.;OPOS=25294376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:12:13:13:9:12:13 chr22 25425181 . C G 56.38 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.000668538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.883;QD=11.869;RBI=0.0656695;REFB=-0.000999152;REVB=-0.0656661;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306568;STB=0.691933;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00193348;OID=.;OPOS=25425181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:3:5:9:1:3:5:10:1 chr22 25436904 . T C 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0115601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.645;QD=18.7114;RBI=0.011587;REFB=-0.00526057;REVB=-0.000789258;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00829016;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:11:8:9:9:11:8 chr22 25577688 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4046;QD=58.1408;RBI=0.129328;REFB=0;REVB=0.114562;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348364;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr22 25577733 . T C 558.02 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.831;QD=57.233;RBI=0.0453044;REFB=-0.0807509;REVB=0.0302365;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00420652;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:39:0:1:36:38:0.974359:21:15:0:0:21:17:1:0 chr22 25601196 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4648;QD=63.2862;RBI=0.0132454;REFB=0;REVB=0.0129149;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171513;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr22 25627604 . G A 570.22 PASS AF=0.619048;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0180456;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.783;QD=27.1534;RBI=0.0275744;REFB=-0.014627;REVB=0.0208496;RO=32;SAF=32;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219367;STB=0.508925;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00875657;OID=.;OPOS=25627604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:32:32:51:52:0.619048:19:32:21:11:19:33:21:11 chr22 25715923 . G A 676.08 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.38;QD=62.8912;RBI=0.0528528;REFB=0;REVB=0.00758018;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265453;OID=.;OPOS=25715923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:35:43:1:16:19:0:0:16:27:0:0 chr22 25715931 . A G 707.27 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2926;QD=62.8685;RBI=0.0659506;REFB=0;REVB=0.0655532;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649696;OID=.;OPOS=25715931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr22 26159289 . G A 141.66 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00321505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.429;QD=14.1655;RBI=0.00430029;REFB=-0.00405975;REVB=-0.00285587;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233392;STB=0.666444;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00656221;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:4:12:12:10:4:12:12:12 chr22 26164079 . C T 110.61 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00648809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.34;QD=15.2566;RBI=0.0237234;REFB=-0.0449723;REVB=-0.022819;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0407719;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr22 26164406 . GCCCCCCC GCCCCCC,GCCCCCCT 164.94 PASS AF=0.3,0.433333;AO=5,12;DP=32;FAO=9,13;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=5,7;FSAR=4,6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0330106,0.109251;FXX=0.0624805;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.15803,23.6652;QD=21.9923;RBI=0.180582,0.140857;REFB=-0.107813,-0.048865;REVB=0.177539,0.0889094;RO=9;SAF=3,7;SAR=2,5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.480172,0.34462;STB=0.695816,0.654455;STBP=0.134,0.094;TYPE=del,snp;VARB=0.127862,-0.0170812;OID=.,.;OPOS=26164407,26164413;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.433333:5,12:32:9,13:30:8:5,7:4,6:1:7:52:9:3,7:2,5:1:8 chr22 26166900 . G C 429.21 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.243;QD=55.382;RBI=0.0334884;REFB=0;REVB=0.0191702;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333919;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:8:22:0:0:8:23:0:0 chr22 26173661 . T C 227.25 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136698;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.913;QD=50.5008;RBI=0.0220829;REFB=0;REVB=0.0173433;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45844e-06;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr22 26193982 . C G 319.85 PASS AF=0.589286;AO=25;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0565237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.5151;QD=22.8462;RBI=0.0697266;REFB=-0.0396668;REVB=0.0408273;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112634;STB=0.506169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0383479;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:23:25:33:0.589286:16:9:5:16:24:9:6:17 chr22 26194045 . T C 199.03 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0177265;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.965;QD=18.0936;RBI=0.0282066;REFB=-0.00955531;REVB=-0.0219405;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550698;STB=0.53122;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.028407;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:5:19:15:5:5:19 chr22 26222454 . C T 250.17 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0050237;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.12;QD=14.0943;RBI=0.00808894;REFB=-0.00926465;REVB=-0.00633982;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029198;STB=0.516623;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0159635;OID=.;OPOS=26222454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:16:13:20:22:16:13:20:22 chr22 26849247 . G A 164.01 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.011934;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.993;QD=12.3783;RBI=0.0162568;REFB=-0.0175415;REVB=-0.0110391;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32947;STB=0.695472;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0312205;OID=.;OPOS=26849247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:8:12:9:23:8:12:9:24 chr22 26853905 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.171;QD=60.9786;RBI=0.0256994;REFB=0;REVB=0.0122106;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54051e-05;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr22 26854441 . G A 650.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.453;QD=61.9563;RBI=0.0397173;REFB=0;REVB=0.0391825;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256839;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr22 26859942 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.119;QD=55.6553;RBI=0.0325824;REFB=0;REVB=0.0322038;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010065;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr22 26860269 . G C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00666797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5554;QD=22.1891;RBI=0.0293834;REFB=-0.0100707;REVB=0.0286168;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2338;STB=0.630944;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00698369;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:6:12:8:13:6:12 chr22 26862041 . G A 164.85 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0171963;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5605;QD=11.1763;RBI=0.0277409;REFB=-0.031528;REVB=-0.0217679;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21801;STB=0.626889;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0253571;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:13:8:22:16:13:8:22:16 chr22 26862212 . T C 666.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.536;QD=61.9538;RBI=0.0484322;REFB=0;REVB=0.0379005;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112291;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr22 26879967 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.155;QD=33.4285;RBI=0.0273451;REFB=0;REVB=0.0228694;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206991;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr22 26884039 . G A 734.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000345684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.984;QD=61.1843;RBI=0.00459232;REFB=0.100373;REVB=-0.00457929;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-1.28876e-05;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:0:1:22:25:0:1 chr22 26895337 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.668;QD=63.583;RBI=0.0177883;REFB=0;REVB=0.0153361;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46163e-05;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr22 26932150 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00911048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7254;QD=16.504;RBI=0.0388735;REFB=0.00926959;REVB=-0.0377909;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258443;STB=0.645054;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0108962;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:21:9:15:11:21:9 chr22 26937327 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.588;QD=54.5177;RBI=0.0419905;REFB=0;REVB=0.0282555;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134872;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr22 27012203 . TGGGGC TGG,TGGG,TGGGC,TGGGCC 282.57 PASS AF=0,0.961538,0,0;AO=5,6,9,5;DP=50;FAO=0,25,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8,0,0;FSAR=0,17,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174823,-0.168917,0.394522,0.434976;FXX=0.187441;HRUN=4,4,4,4;LEN=3,2,1,1;MLLD=10.0876,17.5289,8.35124,5.62643;QD=43.4717;RBI=0.019341,0.21929,0.503812,0.631866;REFB=0.0316703,-0.0208567,0.11294,0.179381;REVB=-0.00827301,0.13984,-0.313336,-0.458312;RO=23;SAF=0,3,0,5;SAR=5,3,9,0;SRF=20;SRR=3;SSEN=0.594203,0.594203,0.594203,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.810271,-0.476868,-0.842897,0.577445;STB=0.5,0.514274,0.5,0.5;STBP=1,0.599,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.031605,-0.0449799,0.0188687,0;OID=.,.,.,.;OPOS=27012206,27012207,27012204,27012207;OREF=GGC,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGC,TGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.961538,0,0:5,6,9,5:50:0,25,0,0:26:1:0,8,0,0:0,17,0,0:0:1:6:23:0,3,0,5:5,3,9,0:20:3 chr22 27021457 . T C,G 451.22 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816779,-0.0997568;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=180.008,13.3115;QD=56.4027;RBI=0.0406732,0.125079;REFB=0,0;REVB=0.0398447,-0.0754536;RO=0;SAF=17,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00114284,0.233113;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:13,2:17,0:0:0:13,2:17,0:0:0 chr22 28316591 . T TG 490.42 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5049;QD=42.6452;RBI=0.135573;REFB=0;REVB=-0.127932;RO=3;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00461501;OID=.;OPOS=28316592;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:49:46:46:0:17:29:0:0:9:3:17:24:0:3 chr22 28378472 . A G 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.026867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.779;QD=8.81181;RBI=0.027997;REFB=-0.00375834;REVB=-0.00787384;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265878;STB=0.666296;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00792986;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:8:2:9:14:8:2:9:14 chr22 29182500 . C A 1073.21 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243217;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.913;QD=59.6227;RBI=0.0263173;REFB=0;REVB=-0.0100528;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37027e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:37:35:0:0 chr22 29446611 . A C 1191.26 PASS AF=1;AO=62;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.558;QD=61.0901;RBI=0.0885262;REFB=0;REVB=0.0612767;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626391;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:62:78:1:19:43:0:0:24:54:0:0 chr22 29450923 . A G 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.639;QD=58.1287;RBI=0.0634833;REFB=0;REVB=0.0268808;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668882;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr22 29453027 . A G 557.01 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.248;QD=60.2173;RBI=0.0110071;REFB=0;REVB=0.0101907;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83372e-05;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr22 29453193 . G C 820.42 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160426;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.802;QD=57.5734;RBI=0.0235743;REFB=0;REVB=0.0172737;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147547;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr22 29456733 . T C 1626.37 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00288319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1126;QD=59.1406;RBI=0.0497616;REFB=-0.0875648;REVB=0.049678;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.503875;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00154615;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:64:45:0:0:64:45:0:1 chr22 29517463 . G T 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.04879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5533;QD=12.7832;RBI=0.0505023;REFB=-0.0148865;REVB=-0.0130388;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396837;STB=0.733421;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0154346;OID=.;OPOS=29517463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:4:10:3:7:4:10 chr22 29540198 . T G 290.75 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0103212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.631;QD=26.4317;RBI=0.0213891;REFB=-0.020366;REVB=0.0187342;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410526;STB=0.52271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0117938;OID=.;OPOS=29540198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:13:13:10:8:13:13:10:8 chr22 29542182 . AT A 203.2 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0704566;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.9838;QD=11.1344;RBI=0.0715091;REFB=-0.0288953;REVB=-0.0122237;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651994;STB=0.513297;STBP=0.855;TYPE=del;VARB=0.0415122;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:32:74:34:73:39:13:21:14:25:99:38:13:19:13:25 chr22 29542748 . C A 1471.22 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734499;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7964;QD=58.8488;RBI=0.00933511;REFB=0;REVB=0.00576155;RO=0;SAF=32;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155431;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:95:100:1:63:32:0:0:65:35:0:0 chr22 29659960 . C T 86.13 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0940947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5655;QD=12.3046;RBI=0.107004;REFB=-0.0301606;REVB=-0.0509515;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.596829;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0645052;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:3:8:10:6:3:8:10:7 chr22 29704125 . C T 516.71 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0197258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.611;QD=27.9304;RBI=0.0288631;REFB=-0.0247469;REVB=0.0210706;RO=27;SAF=19;SAR=28;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237034;STB=0.512892;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0120628;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:27:47:47:0.635135:28:19:10:17:28:19:10:17 chr22 29727866 . C T 173.05 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0598523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2997;QD=18.7079;RBI=0.0616252;REFB=-0.0349559;REVB=0.0146753;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179615;STB=0.510193;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0237024;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:6:13:12:6:6:13 chr22 29727886 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3531;QD=44.6874;RBI=0.00621481;REFB=0;REVB=-0.00257372;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146148;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:9:13:1:6:3:0:0:10:3:0:0 chr22 29730334 . G A 177.91 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00283323;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.715;QD=16.5497;RBI=0.0129928;REFB=-0.0321792;REVB=0.0126801;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161894;STB=0.575676;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0396244;OID=.;OPOS=29730334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:24:18:19:0.44186:12:6:10:10:12:7:12:12 chr22 29755888 . T C 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0150028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.523;QD=21.9187;RBI=0.0180724;REFB=0.00160267;REVB=0.0100761;RO=29;SAF=10;SAR=26;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157562;STB=0.587375;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00150972;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:26:10:13:16:26:10:13:16 chr22 29837537 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00569918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.677;QD=21.9718;RBI=0.0207851;REFB=-0.0119552;REVB=0.0199885;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743672;STB=0.541715;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00882414;OID=.;OPOS=29837537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:11:10:9:14:11:10 chr22 29837566 . TTCC T 223.15 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00456947;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.481;QD=14.6329;RBI=0.012208;REFB=-0.0161297;REVB=-0.0113206;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443868;STB=0.506662;STBP=0.961;TYPE=del;VARB=0.0117876;OID=.;OPOS=29837567;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508197:31:60:31:61:30:19:12:18:12:99:25:19:12:14:11 chr22 29885861 . T C 223.36 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.069;QD=49.636;RBI=0.0763295;REFB=0;REVB=0.075865;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421391;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr22 29886413 . A G 124.28 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1683;QD=41.4263;RBI=0.119348;REFB=0;REVB=0.0170373;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466373;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr22 29886893 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.808;QD=58.5878;RBI=0.0415326;REFB=0;REVB=-0.0196682;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46754e-05;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr22 29904354 . G A 252.94 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00640217;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.061;QD=14.454;RBI=0.00742378;REFB=-0.0172939;REVB=0.00375828;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146926;STB=0.564061;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0256383;OID=.;OPOS=29904354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:29:30:0.428571:16:13:12:27:17:13:13:27 chr22 29913272 . C T 176.91 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0159184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.111;QD=15.7251;RBI=0.01802;REFB=-0.0166632;REVB=0.00844539;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.556037;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0411752;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:11:7:12:14:12:7:12:14 chr22 29960335 . A G 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00861526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.2;QD=21.0068;RBI=0.013922;REFB=-0.0312111;REVB=0.0109361;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059952;STB=0.533311;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0266471;OID=.;OPOS=29960335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:20:10:10:15:20:10:10:15 chr22 30198025 . C T 435.13 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0118822;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.992;QD=17.2329;RBI=0.0133012;REFB=-0.0126692;REVB=-0.00597802;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860335;STB=0.541685;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0179417;OID=.;OPOS=30198025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:53:54:47:47:0.465347:26:21:19:34:26:21:20:34 chr22 30221201 . G A 212.38 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0111716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2743;QD=17.3367;RBI=0.0326139;REFB=-0.032112;REVB=0.0306408;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114389;STB=0.550974;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0637405;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:10:11:11:16:11:11:11:16 chr22 30367014 . A T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0406857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0451;QD=11.6341;RBI=0.0666752;REFB=0.0138959;REVB=-0.052823;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472845;STB=0.768847;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0220768;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:1:15:5:5:1:15 chr22 30403996 . C T 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00206815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.996;QD=24.5162;RBI=0.00686263;REFB=-0.00843223;REVB=-0.00654358;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09012;STB=0.542341;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00760568;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:22:27:27:0.55102:11:16:9:10:11:16:11:11 chr22 30423744 . G A 122.89 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0236544;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.176;QD=13.6542;RBI=0.0241562;REFB=-0.000974351;REVB=0.00489801;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10623;STB=0.562409;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00207962;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:10:12:9:5:10:12 chr22 30662817 . C T 43.14 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0616646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.645;QD=13.2748;RBI=0.0651171;REFB=-0.0254782;REVB=-0.0209218;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0613606;OID=.;OPOS=30662817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:6:6:0.461538:5:1:0:5:5:1:1:5 chr22 30681257 . C G 255.94 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.16;QD=51.1875;RBI=0.0869726;REFB=0;REVB=0.082862;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166294;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:6:10:0:0:9:11:0:0 chr22 30714683 . CA C,CC 335.13 PASS AF=0.44,0.56;AO=11,14;DP=26;FAO=11,14;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106123,-0.00321152;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.456,181.103;QD=53.6204;RBI=0.0198067,0.00839845;REFB=0,0;REVB=0.0167238,0.00776016;RO=0;SAF=1,11;SAR=10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.018743,0.0186937;OID=.,.;OPOS=30714684,30714684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.44,0.56:11,14:26:11,14:25:0:1,11:10,3:0:0:43:0:1,11:10,3:0:0 chr22 30766509 . C G 99.93 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0273246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.41;QD=15.3742;RBI=0.0302637;REFB=-0.00359474;REVB=-0.01301;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0030377;OID=.;OPOS=30766509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:8:6:6:6:8:6 chr22 30770603 . T A 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.36;QD=58.0318;RBI=0.0269797;REFB=-0.0360159;REVB=0.0011065;RO=1;SAF=45;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103923;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=5.33718e-05;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:25:45:1:0:25:45:1:0 chr22 30771554 . T G 867.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.948;QD=57.8657;RBI=0.0695935;REFB=0;REVB=-0.0618077;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47797e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr22 30772686 . C T 403.3 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0812696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.881;QD=48.8843;RBI=0.0844556;REFB=-0.0741234;REVB=0.0229784;RO=3;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202746;STB=0.509272;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00381095;OID=.;OPOS=30772686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:33:3:3:29:30:0.909091:13:16:2:1:13:17:2:1 chr22 30782089 . A G 640.84 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4761;QD=61.0325;RBI=0.0783558;REFB=0;REVB=-0.0608822;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138655;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr22 30793137 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0113314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6057;QD=7.76129;RBI=0.0542209;REFB=-0.0155368;REVB=0.0530236;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602659;STB=0.871919;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0396706;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:3:10:1:5:3:10 chr22 30794719 . C T 262.67 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00387019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8446;QD=15.0095;RBI=0.0363071;REFB=-0.0349799;REVB=0.0361003;RO=40;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304901;STB=0.51723;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0484026;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:21:9:11:29:21:9:11:29 chr22 30819758 . G A 304.34 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0156534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2636;QD=11.9351;RBI=0.0160759;REFB=0.0104321;REVB=-0.00366148;RO=65;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112481;STB=0.564613;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0218419;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:23:14:31:34:23:14:31:34 chr22 30820707 . A G 63.68 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0301879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.219;QD=9.09734;RBI=0.0309917;REFB=-0.0176741;REVB=0.00701241;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905072;STB=0.555432;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0242649;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:9:10:4:5:9:10 chr22 30823113 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.849;QD=55.0987;RBI=0.00876584;REFB=0;REVB=0.00857241;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81788e-05;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr22 30823196 . T C 597.8 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434808;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.352;QD=61.3132;RBI=0.0477368;REFB=0;REVB=-0.0197032;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127441;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr22 30857373 . A C,G 625.18 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=39,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402216,-0.0158576;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.6121,47.7357;QD=60.9933;RBI=0.0422903,0.0290835;REFB=0,0;REVB=0.0130651,-0.0243801;RO=0;SAF=23,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43889e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000903762,0.108833;OID=.,.;OPOS=30857373,30857373;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:41:41:0:0:39,2:40,1:0.97561,0.0243902:16,2:23,0:0:0:17,1:23,0:0:0 chr22 30857448 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.747;QD=57.1993;RBI=0.0860283;REFB=0;REVB=0.033329;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523237;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr22 30862400 . T A 660.32 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.69;QD=61.4247;RBI=0.0308918;REFB=0;REVB=0.0303067;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612343;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:22:21:0:0 chr22 30864610 . A G 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3288;QD=60.2019;RBI=0.053409;REFB=0;REVB=-0.0228391;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05604e-05;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr22 30864792 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0726;QD=39.2059;RBI=0.0678876;REFB=0;REVB=0.0448042;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213213;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr22 30927975 . C T 152.47 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0147;QD=40.6581;RBI=0.0736655;REFB=-0.0908547;REVB=0.0719551;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0106707;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:9:5:0:0:9:5:1:0 chr22 31090229 . GC G 149.66 PASS AF=0.88;AO=17;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0495873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.3254;QD=23.9454;RBI=0.116983;REFB=-0.0865071;REVB=0.105953;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0.228763;SSEP=0;SSSB=-0.0425578;STB=0.578874;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=0.0227858;OID=.;OPOS=31090230;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88:17:25:22:25:3:8:14:3:0:12:6:7:10:3:3 chr22 31266546 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.735;QD=58.1409;RBI=0.0499835;REFB=0;REVB=0.0331616;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446656;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr22 31302125 . C G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00308622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.114;QD=12.051;RBI=0.0758483;REFB=0.00188192;REVB=0.0757855;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958989;STB=0.557999;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0118615;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:11:2:1:8:11:2 chr22 31302233 . T C 201.84 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00408865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.278;QD=21.2458;RBI=0.0158718;REFB=-0.0313193;REVB=0.0153361;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148563;STB=0.600441;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0257663;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:18:18:20:0.526316:7:11:8:10:7:13:8:10 chr22 31303619 . TAAA TAA,T,TATA 949.8 PASS AF=0,0.836066,0.163934;AO=26,27,19;DP=135;FAO=0,102,20;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53,12;FSAR=0,49,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681108,0.0212843,0.00194026;FXX=0.109481;HRUN=11,11,11;LEN=1,3,1;MLLD=4.33106,11.3132,154.79;QD=31.141;RBI=1.66703,0.579504,0.0850433;REFB=0,0,0;REVB=1.66564,0.579113,0.0850212;RO=13;SAF=9,23,9;SAR=17,4,10;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.255191,0.559924,0.358966;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0283034,0.0564515,-0.0132684;OID=.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303621;OREF=A,AAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.836066,0.163934:26,27,19:135:0,102,20:122:0:0,53,12:0,49,8:0:0:99:13:9,23,9:17,4,10:0:13 chr22 31333631 . T C 262.53 PASS AF=0.442857;AO=28;DP=68;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00679067;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.417;QD=15.0017;RBI=0.0323184;REFB=-0.00678587;REVB=-0.0315969;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722787;STB=0.523928;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00776745;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:39:39:28:31:0.442857:11:17:21:18:13:18:21:18 chr22 31342376 . G C 415.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00668113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.529;QD=19.0833;RBI=0.0303119;REFB=-0.0177056;REVB=0.0295664;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636568;STB=0.540964;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0175114;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:20:22:20:24:20:22:20:25 chr22 31354653 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0154306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=359.877;QD=16.2717;RBI=0.0154313;REFB=-0.00669264;REVB=0.000144148;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148075;STB=0.585251;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00708257;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:8:10:6:9:8:10 chr22 31456006 . C T 280.15 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.015233;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.952;QD=16.4792;RBI=0.0177552;REFB=-0.0280019;REVB=0.00912163;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859701;STB=0.548356;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0391207;OID=.;OPOS=31456006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:17:14:20:17:17:14:20:17 chr22 31491295 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0134608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.719;QD=10.2399;RBI=0.0154054;REFB=-0.011153;REVB=-0.00749235;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231853;STB=0.64254;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.025317;OID=.;OPOS=31491295;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:12:7:2:8:12:7 chr22 31521850 . A C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00291185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.111;QD=22.9154;RBI=0.00761533;REFB=-0.0392936;REVB=-0.00703664;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0170425;OID=.;OPOS=31521850;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:2:2:6:3:2:2 chr22 31529463 . C A 269.55 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.051389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.468;QD=14.187;RBI=0.0535536;REFB=-0.00900782;REVB=-0.0150717;RO=45;SAF=7;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372799;STB=0.713607;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0147479;OID=.;OPOS=31529463;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:24:7:25:20:24:7:25:20 chr22 31533967 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0345785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.616;QD=19.1085;RBI=0.0382749;REFB=-0.0282535;REVB=0.0164103;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339215;STB=0.695228;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0184335;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:1:5:3:6:1:5 chr22 31535872 . G C 92.89 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0662811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8764;QD=9.527;RBI=0.066943;REFB=-0.0221906;REVB=-0.00939015;RO=27;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3445;STB=0.713878;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0327325;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:10:2:11:16:10:2:11:16 chr22 31536133 . A C 617.0 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185051;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5525;QD=61.7002;RBI=0.0216324;REFB=0;REVB=0.0112037;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21791e-05;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr22 31556103 . A G 559.7 PASS AF=0.343284;AO=69;DP=201;FAO=69;FDP=201;FR=.;FRO=132;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=-0.00630388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.116;QD=11.1384;RBI=0.0181465;REFB=-0.00657287;REVB=0.0170164;RO=132;SAF=31;SAR=38;SRF=79;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170033;STB=0.59703;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0121557;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:132:132:69:69:0.343284:38:31:79:53:38:31:79:53 chr22 31663842 . C G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.838;QD=57.2346;RBI=0.0146905;REFB=0;REVB=0.00806561;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73593e-05;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr22 31679110 . G C 484.29 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.578;QD=58.7014;RBI=0.222118;REFB=0;REVB=0.220762;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875907;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:1:0:29:33:1:13:16:1:0:15:18:0:0 chr22 31838085 . G A 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0142275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.972;QD=17.4753;RBI=0.0142763;REFB=-0.00768481;REVB=0.00117894;RO=54;SAF=20;SAR=29;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172652;STB=0.50547;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00839033;OID=.;OPOS=31838085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:49:49:0.471154:29:20:23:31:29:20:23:32 chr22 31859859 . A G 245.2 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0231351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.252;QD=22.809;RBI=0.0283783;REFB=-0.0152169;REVB=-0.0164347;RO=18;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122749;STB=0.599029;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00771684;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:18:20:23:23:0.534884:7:16:10:8:7:16:10:10 chr22 31971258 . T C 362.48 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7436;QD=51.7826;RBI=0.211305;REFB=0;REVB=0.210006;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418488;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:26:28:1:6:20:0:0:8:20:0:0 chr22 31998612 . G A 222.25 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.002478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1377;QD=25.3997;RBI=0.0808244;REFB=-0.0497395;REVB=0.0807864;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111381;STB=0.549248;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.037329;OID=.;OPOS=31998612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:21:21:0.6:8:13:6:7:8:13:7:7 chr22 32377135 . T C 223.13 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.51;QD=49.584;RBI=0.105237;REFB=0;REVB=0.103217;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182377;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr22 32586854 . C T 44.29 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0130444;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.17;QD=5.90546;RBI=0.0241506;REFB=-0.00362588;REVB=-0.0203247;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132954;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00937999;OID=.;OPOS=32586854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:24:23:7:7:0.233333:3:4:11:13:3:4:11:12 chr22 32586875 . G A 42.84 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0297071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1826;QD=5.19259;RBI=0.0310111;REFB=-0.01323;REVB=-0.00889819;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132954;STB=0.615062;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.02245;OID=.;OPOS=32586875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:24:26:7:7:0.212121:3:4:11:13:3:4:11:15 chr22 32586878 . A G 34.44 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0321873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.846;QD=4.30479;RBI=0.0346914;REFB=0.00201948;REVB=0.0129412;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270373;STB=0.719308;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0112366;OID=.;OPOS=32586878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:23:26:6:6:0.1875:2:4:10:13:2:4:10:16 chr22 32587023 . C G 338.18 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0342351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5039;QD=12.525;RBI=0.0698647;REFB=-0.00668505;REVB=-0.0609018;RO=66;SAF=16;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121001;STB=0.573885;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0109472;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:67:41:41:0.37963:25:16:33:33:25:16:34:33 chr22 32587027 . G C 366.81 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00105608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.023;QD=12.7585;RBI=0.0111334;REFB=-0.0140331;REVB=-0.0110832;RO=71;SAF=18;SAR=26;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122519;STB=0.569689;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0249752;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:26:18:37:34:26:18:37:34 chr22 32589023 . C T 444.68 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0178146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4342;QD=15.3339;RBI=0.0225495;REFB=-0.00364324;REVB=0.0138246;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00775838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439067;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:66:50:50:0.431034:25:25:32:33:25:25:33:33 chr22 32589034 . T C 412.42 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0144944;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.477;QD=14.862;RBI=0.0149315;REFB=-0.0184415;REVB=-0.00358665;RO=64;SAF=24;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109099;STB=0.506132;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0261203;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:23:24:32:32:23:24:32:32 chr22 32589090 . C T 352.93 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0175818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0875;QD=13.1937;RBI=0.0292889;REFB=0.00770458;REVB=0.0234248;RO=65;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665768;STB=0.53776;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00923057;OID=.;OPOS=32589090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:20:22:30:35:20:22:30:35 chr22 32590449 . G A 386.57 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0352118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.124;QD=15.0125;RBI=0.0372094;REFB=-0.00544441;REVB=0.0120279;RO=59;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965095;STB=0.546874;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0103683;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:43:44:0.427184:20:23:26:33:21:23:26:33 chr22 32650200 . C T 165.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00635636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.576;QD=9.73885;RBI=0.0273123;REFB=-0.0117031;REVB=-0.0265623;RO=44;SAF=8;SAR=14;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37356;STB=0.701627;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0299763;OID=.;OPOS=32650200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:44:46:22:22:0.323529:14:8:31:13:14:8:31:15 chr22 32651306 . G A 261.03 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00860754;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.211;QD=20.4726;RBI=0.0149738;REFB=-0.00823759;REVB=0.0122525;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155851;STB=0.586643;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00835469;OID=.;OPOS=32651306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:8:16:13:14:8:16 chr22 32756684 . C A 39.06 PASS AF=0.0943396;AO=11;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00024476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7997;QD=1.47404;RBI=0.0188801;REFB=-0.00268823;REVB=-0.0188785;RO=94;SAF=5;SAR=6;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665754;STB=0.5998;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0252719;OID=.;OPOS=32756684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:94:96:11:10:0.0943396:6:5:48:46:6:4:49:47 chr22 32756703 . C T 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0480041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3223;QD=2.20807;RBI=0.0624513;REFB=3.79917e-05;REVB=0.0399472;RO=73;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161215;STB=0.616993;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000579956;OID=.;OPOS=32756703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:73:73:10:10:0.120482:6:4:39:34:6:4:39:34 chr22 32756744 . A G 707.75 PASS AF=0.9;AO=54;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0558001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0052;QD=47.1836;RBI=0.0589994;REFB=0.0498526;REVB=0.0191644;RO=6;SAF=26;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348078;STB=0.501853;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0117938;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:60:6:6:54:54:0.9:28:26:3:3:28:26:3:3 chr22 32759025 . G C 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0332678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.569;QD=22.7217;RBI=0.0395446;REFB=-0.0297467;REVB=0.0213782;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113075;STB=0.562459;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0209594;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:18:13:13:10:18:13:13:10 chr22 32811952 . A G 260.53 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0999033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7189;QD=24.8128;RBI=0.10049;REFB=-0.021949;REVB=0.0108387;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117313;STB=0.565163;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0101738;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:11:7:13:11:11:7 chr22 32891535 . T G 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0147351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9166;QD=15.2292;RBI=0.0245131;REFB=0.00585144;REVB=0.01959;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129062;STB=0.573698;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00743493;OID=.;OPOS=32891535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:6:22:13:6:6:22 chr22 32909251 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.789;QD=51.1843;RBI=0.0294706;REFB=0;REVB=0.00718721;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203368;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr22 33253280 . T C 315.79 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.01216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6822;QD=22.5567;RBI=0.0156015;REFB=0.0105634;REVB=-0.0097745;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407078;STB=0.522458;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0054598;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:17:15:10:14:17:15:10:14 chr22 33253290 . TCC TC,TCT 559.37 PASS AF=0.315789,0.578947;AO=12,30;DP=54;FAO=18,33;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=2,17;FSAR=16,16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0866415,0.0385991;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.3529,169.455;QD=39.2543;RBI=0.147385,0.0435546;REFB=0.0331313,-0.0113891;REVB=-0.119229,-0.020177;RO=7;SAF=0,14;SAR=12,16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.834234,-0.0864283;STB=0.726962,0.52335;STBP=0.008,0.515;TYPE=del,snp;VARB=-0.0899004,0.0444664;OID=.,.;OPOS=33253291,33253292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.315789,0.578947:12,30:54:18,33:57:6:2,17:16,16:4:2:99:7:0,14:12,16:5:2 chr22 34022284 . G A 132.96 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0136644;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7377;QD=14.3738;RBI=0.0188029;REFB=0.0266763;REVB=0.0129164;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498973;STB=0.790814;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0321308;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:7:15:3:12:7:15 chr22 35463162 . A G 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0306586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.117;QD=15.8126;RBI=0.0327531;REFB=-0.0193554;REVB=-0.0115245;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576609;STB=0.525626;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0216014;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:17:17:19:24:17:17:20:24 chr22 35463179 . T C 346.26 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00770869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2636;QD=16.8905;RBI=0.0330212;REFB=0.0192683;REVB=-0.0321088;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194058;STB=0.510885;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0230257;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:19:18:21:24:19:18:21:24 chr22 35658379 . C T 176.66 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00247098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.146;QD=13.333;RBI=0.0126483;REFB=-0.025713;REVB=0.0124046;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998132;STB=0.542455;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0201589;OID=.;OPOS=35658379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:20:21:0.396226:10:10:13:19:11:10:13:19 chr22 35660875 . G T 201.58 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0227811;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3077;QD=20.1584;RBI=0.0257006;REFB=-0.0282952;REVB=-0.0118972;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449437;STB=0.525356;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0121953;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:9:11:12:8:9:11:12:8 chr22 35679951 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00953854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.074;QD=17.2887;RBI=0.0126801;REFB=-0.00661901;REVB=0.00835469;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258312;STB=0.645063;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00745874;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:20:10:20:13:20:10:20:13 chr22 35742925 . T G 810.18 PASS AF=1;AO=47;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.008;QD=55.8745;RBI=0.0808662;REFB=0;REVB=0.0299498;RO=0;SAF=6;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37275e-05;OID=.;OPOS=35742925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:47:58:1:41:6:0:0:49:9:0:0 chr22 35743124 . G C 238.78 PASS AF=0.645161;AO=13;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.126022;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.3114;QD=30.8105;RBI=0.126481;REFB=0.017889;REVB=0.0107576;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299345;STB=0.63623;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00416554;OID=.;OPOS=35743124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:31:31:6:6:13:20:0.645161:7:6:6:0:12:8:6:0 chr22 36007045 . G A 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.013579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.918;QD=20.1544;RBI=0.0613525;REFB=-0.0121818;REVB=0.0598309;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244309;STB=0.625356;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00764843;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:17:18:7:24:17:18:8:24 chr22 36007075 . C T 391.89 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0111736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.016;QD=22.3935;RBI=0.0251645;REFB=-0.00602186;REVB=-0.0225478;RO=31;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167096;STB=0.591953;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00618725;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:17:22:11:20:17:22:11:20 chr22 36122517 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0112668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.931;QD=12.4819;RBI=0.0644755;REFB=-0.0057748;REVB=-0.0634834;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167492;STB=0.598767;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00607059;OID=.;OPOS=36122517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:8:11:5:7:8:11 chr22 36122930 . C T 335.59 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00176222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.493;QD=14.5907;RBI=0.0145869;REFB=-0.00942465;REVB=-0.01448;RO=54;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904869;STB=0.546074;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0156949;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:37:37:0.402174:16:21:26:28:16:21:27:28 chr22 36124860 . C G 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0133338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.418;QD=32.2102;RBI=0.0336393;REFB=0.0086707;REVB=0.0308839;RO=14;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102633;STB=0.505614;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00351378;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:14:15:7:7:14:15:7:7 chr22 36537500 . A T 241.71 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0160827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.668;QD=21.9736;RBI=0.0236978;REFB=-0.0305167;REVB=-0.017405;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124682;STB=0.569662;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0320741;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:14:7:11:12:14:7 chr22 36537893 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.104744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.979;QD=17.2297;RBI=0.104765;REFB=-0.0159552;REVB=0.00210857;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426988;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0137943;OID=.;OPOS=36537893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:1:5:2:6:1:5 chr22 36545137 . A T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.508;QD=64.4152;RBI=0.00887967;REFB=0;REVB=0.00218475;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90819e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr22 36556823 . G T 743.06 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0163119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.923;QD=59.4446;RBI=0.0368675;REFB=-0.048561;REVB=0.0330626;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375989;STB=0.519992;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00450739;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:24:24:2:0:24:24:2:0 chr22 36573945 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8479;QD=60.6085;RBI=0.0474003;REFB=0;REVB=0.0440156;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244716;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr22 36575664 . G A 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.129;QD=63.1936;RBI=0.00729171;REFB=0;REVB=-0.00383496;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43932e-05;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr22 36587202 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.441;QD=49.5989;RBI=0.0954549;REFB=0;REVB=0.0949974;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688259;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr22 36587223 . G T 173.34 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.22;QD=46.2248;RBI=0.0397171;REFB=0;REVB=0.0386847;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327664;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:12:15:1:5:7:0:0:7:8:0:0 chr22 36587279 . A G 688.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4424;QD=62.5634;RBI=0.0828241;REFB=0;REVB=-0.0211835;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118797;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr22 36587486 . A G 669.06 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.028537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4303;QD=45.3598;RBI=0.0321012;REFB=-0.0173671;REVB=0.0147012;RO=7;SAF=27;SAR=25;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116315;STB=0.506203;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00283863;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:7:7:52:52:0.881356:25:27:4:3:25:27:4:3 chr22 36587511 . C T 804.9 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.854;QD=64.3918;RBI=0.0253049;REFB=0;REVB=-0.0179799;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362655;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr22 36587627 . C T 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00749823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6671;QD=17.9522;RBI=0.0111462;REFB=-0.0118801;REVB=0.00824704;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112984;STB=0.551116;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0217558;OID=.;OPOS=36587627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:10:6:8:8:10:6:8:9 chr22 36587845 . A ACT 193.37 PASS AF=0.72;AO=16;DP=28;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00128576;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.984;QD=30.9385;RBI=0.00814069;REFB=-0.0382209;REVB=0.00803851;RO=8;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152268;STB=0.575138;STBP=0.257;TYPE=ins;VARB=0.0111841;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:16:28:18:25:7:10:8:2:5:46:8:10:6:3:5 chr22 36587952 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3987;QD=49.5981;RBI=0.0390526;REFB=0;REVB=0.00601518;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121336;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr22 36591380 . A G 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00325231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.136;QD=60.1567;RBI=0.0515796;REFB=0.0603178;REVB=0.051477;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000183877;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr22 36598049 . C G 650.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8358;QD=61.9885;RBI=0.0591104;REFB=0;REVB=0.0590996;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502723;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr22 36598058 . T C 656.44 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.684;QD=58.3503;RBI=0.0673247;REFB=0;REVB=-0.00893623;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254109;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:36:45:1:23:13:0:0:28:17:0:0 chr22 36623731 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.372;QD=58.2393;RBI=0.0112336;REFB=0;REVB=0.00782246;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89898e-07;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr22 36661330 . G A 785.07 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.064;QD=64.0871;RBI=0.0304569;REFB=0;REVB=-0.00240163;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1205e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr22 36661536 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.788;QD=48.7372;RBI=0.0556641;REFB=0;REVB=-0.0551753;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159116;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr22 36661566 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.282;QD=53.2772;RBI=0.0193957;REFB=0;REVB=0.00179216;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107569;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr22 36661646 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8778;QD=57.1971;RBI=0.0763412;REFB=0;REVB=0.0740662;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197599;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr22 36661842 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.509;QD=43.4858;RBI=0.0719148;REFB=0;REVB=0.0488013;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620368;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr22 36677400 . G A 767.31 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.362;QD=63.9426;RBI=0.0575363;REFB=0;REVB=0.0573312;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173858;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr22 36678314 . CG C 41.9 PASS AF=0.342857;AO=16;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0415148;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7051;QD=4.78854;RBI=0.211275;REFB=-0.0700346;REVB=-0.207156;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.322581;SSSB=0.079858;STB=0.685447;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.0729014;OID=.;OPOS=36678315;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:16:36:12:35:23:6:6:5:18:41:17:6:10:5:12 chr22 36678453 . C G 462.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.461;QD=57.8555;RBI=0.0858854;REFB=0;REVB=0.00541134;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412248;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr22 36678476 . C A 312.01 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0378461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.782;QD=46.2238;RBI=0.0521683;REFB=-0.0481818;REVB=0.0359055;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545418;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000945434;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:27:2:2:24:25:0.925926:14:10:2:0:15:10:2:0 chr22 36684354 . T C 497.96 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4348;QD=55.3293;RBI=0.0290125;REFB=0.0187167;REVB=-0.0262092;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000732589;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:33:35:0.972222:15:18:0:0:16:19:0:1 chr22 36684358 . C A 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.878;QD=60.2223;RBI=0.0562967;REFB=0;REVB=0.0451492;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574095;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr22 36690179 . GCT GCG,G 86.48 PASS AF=0.0363636,0.2;AO=4,9;DP=57;FAO=2,11;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=0,5;FSAR=2,6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00910564,0.0013762;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=70.5323,181.683;QD=6.28938;RBI=0.112229,0.0620702;REFB=-0.00767512,-0.0169449;REVB=-0.111859,-0.0620549;RO=38;SAF=1,3;SAR=3,6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.24961,-0.17639;STB=0.99482,0.536017;STBP=0.169,0.834;TYPE=snp,del;VARB=0.00771652,0.080457;OID=.,.;OPOS=36690181,36690180;OREF=T,CT;OALT=G,-;OMAPALT=GCG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0363636,0.2:4,9:57:2,11:55:42:0,5:2,6:21:21:74:38:1,3:3,6:18:20 chr22 36691607 . A C 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0223319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.776;QD=55.4627;RBI=0.0223716;REFB=-0.00318348;REVB=0.00133276;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000100971;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:16:22:2:0:16:22:2:0 chr22 36900271 . T C 555.05 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00945443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.625;QD=18.5017;RBI=0.0105157;REFB=-0.0172155;REVB=-0.00460364;RO=62;SAF=25;SAR=33;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648799;STB=0.53595;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.022664;OID=.;OPOS=36900271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:33:25:31:31:33:25:31:31 chr22 36900806 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0278305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7934;QD=13.4859;RBI=0.0344972;REFB=-0.0284474;REVB=-0.0203842;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0324387;OID=.;OPOS=36900806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:5:6:3:6:5:6 chr22 37163329 . C T 553.24 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0207966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6009;QD=55.3242;RBI=0.0227624;REFB=-0.173464;REVB=0.00925356;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.510568;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0103862;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:38:38:0.95:12:26:0:0:12:26:1:1 chr22 37196970 . AC A,AA 177.52 PASS AF=0.5625,0;AO=9,9;DP=32;FAO=18,0;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=12,0;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0558325,-0.0564568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.955,198.312;QD=22.1894;RBI=0.0625869,0.0652884;REFB=0.00505032,0.0120303;REVB=-0.0282818,-0.0327903;RO=13;SAF=1,5;SAR=8,4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0958989,0.392213;STB=0.560911,0.5;STBP=0.502,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00606784,0.0807564;OID=.,.;OPOS=37196971,37196971;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625,0:9,9:32:18,0:32:14:6,0:12,0:3:11:99:13:1,5:8,4:2:11 chr22 37267767 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.441;QD=54.5173;RBI=0.0138444;REFB=0;REVB=-0.0103333;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16734e-06;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr22 37268257 . C T 499.64 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0509946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.934;QD=54.015;RBI=0.0519372;REFB=-0.115981;REVB=-0.00985009;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.535694;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000960463;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:13:22:0:1:13:22:0:2 chr22 37271882 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.536;QD=58.1421;RBI=0.021024;REFB=0;REVB=-0.0094956;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47931e-05;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr22 37333721 . G T 53.61 PASS AF=0.296296;AO=5;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0172105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.481;QD=7.94284;RBI=0.0517615;REFB=-0.00518016;REVB=-0.0488165;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13333;STB=0.777297;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0133492;OID=.;OPOS=37333721;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:15:19:5:8:0.296296:4:1:2:13:4:4:2:17 chr22 37333794 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.542;QD=50.4134;RBI=0.0097711;REFB=0;REVB=0.00413601;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92663e-05;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr22 37453378 . C T 180.45 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0149339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.478;QD=16.0402;RBI=0.091871;REFB=-0.0189294;REVB=-0.0906491;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149948;STB=0.568049;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00772506;OID=.;OPOS=37453378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:26:19:19:0.422222:6:13:13:11:6:13:15:11 chr22 37453452 . C T 705.83 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0758429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.562;QD=58.8194;RBI=0.0759343;REFB=-0.154813;REVB=0.00372501;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.50373;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00159505;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:48:1:2:46:46:0.958333:19:27:1:0:19:27:1:1 chr22 37480181 . A G 338.02 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00966728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.997;QD=28.7678;RBI=0.0285144;REFB=-0.0141843;REVB=-0.0268256;RO=14;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246295;STB=0.504883;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00801076;OID=.;OPOS=37480181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:14:18:28:29:0.617021:9:19:9:5:10:19:12:6 chr22 37480269 . A G 247.73 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00505374;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.556;QD=24.1692;RBI=0.00943282;REFB=-0.0342454;REVB=-0.00796479;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107644;STB=0.573211;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0210657;OID=.;OPOS=37480269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:9:14:8:9:9:14:8:10 chr22 37578579 . C T 210.86 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0151652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5581;QD=19.1692;RBI=0.0156747;REFB=-0.0207604;REVB=-0.00396406;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353336;STB=0.519981;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0226596;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:9:14:12:9:9:14 chr22 37578807 . G A 289.1 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0103898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.629;QD=16.2874;RBI=0.0257644;REFB=-0.010127;REVB=0.0235766;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143627;STB=0.588613;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0145372;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:13:18:28:11:14:18:28:11 chr22 37581485 . C A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0144798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.824;QD=25.2443;RBI=0.0145517;REFB=-0.0189053;REVB=0.00144419;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370585;STB=0.703168;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0143639;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:12:16:2:20:12:16:2:20 chr22 37602583 . G GC 173.45 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0901123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5141;QD=40.8119;RBI=0.0911816;REFB=0;REVB=-0.0139233;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00622876;OID=.;OPOS=37602584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:17:17:0:7:10:0:0:4:0:6:10:0:0 chr22 37603021 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0182035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.718;QD=11.9197;RBI=0.0186605;REFB=-0.0301463;REVB=-0.00410436;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300057;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0291679;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:6:1:3:5:6:1:3:6 chr22 37603051 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0362455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.411;QD=18.767;RBI=0.0515964;REFB=0.0203826;REVB=0.0367213;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365022;STB=0.713603;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00103193;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:3:0:4:2:3:0 chr22 37603744 . C T 137.93 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0709929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.498;QD=29.0373;RBI=0.0732651;REFB=-0.0538724;REVB=0.0181047;RO=5;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471926;STB=0.526278;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0114235;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:7:7:3:2:7:7:3:2 chr22 37622815 . A G 361.02 PASS AF=0.536232;AO=32;DP=63;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0427338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.7;QD=20.9284;RBI=0.0429015;REFB=-0.0315893;REVB=0.00378952;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112293;STB=0.537293;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0294457;OID=.;OPOS=37622815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:69:30:32:32:37:0.536232:14:18:13:17:19:18:13:19 chr22 37637653 . G C 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0141317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.496;QD=11.1563;RBI=0.0141337;REFB=-0.00860983;REVB=-0.000234954;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019438;STB=0.501128;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0183845;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:24:22:12:13:24:22 chr22 37678551 . A G 785.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.21;QD=64.1465;RBI=0.041393;REFB=0;REVB=-0.00739396;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100652;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr22 37678565 . G A 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0140416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.606;QD=21.9528;RBI=0.0172802;REFB=-0.0270379;REVB=0.0100717;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208561;STB=0.615484;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0174956;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:11:21:10:15:11:21:10:15 chr22 37693612 . A G 227.65 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00173697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.954;QD=15.4336;RBI=0.00250403;REFB=-0.00847278;REVB=-0.00180364;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632571;STB=0.516766;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0108574;OID=.;OPOS=37693612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:15:10:13:20:15:11:13:20 chr22 37699377 . T C 193.1 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0064263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.1466;QD=12.0685;RBI=0.00674269;REFB=0.00411814;REVB=-0.00204122;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072169;STB=0.541632;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00726617;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:11:13:19:21:11:13:19:21 chr22 37768971 . C T 34.44 PASS AF=0.09;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0682751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.298;QD=1.37742;RBI=0.0835033;REFB=-0.00283111;REVB=-0.048076;RO=91;SAF=5;SAR=4;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119421;STB=0.594507;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0562064;OID=.;OPOS=37768971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:100:91:91:9:9:0.09:4:5:41:50:4:5:41:50 chr22 37770066 . G T 279.26 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00435997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.348;QD=11.7582;RBI=0.0139972;REFB=-0.00221353;REVB=0.0133008;RO=62;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376458;STB=0.521726;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00341969;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:17:16:28:34:17:16:28:34 chr22 37770357 . A G 291.14 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0149699;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7937;QD=19.0912;RBI=0.037999;REFB=0.00278222;REVB=-0.034926;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133907;STB=0.574421;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00408156;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:20:10:15:16:20:10 chr22 37771158 . G A 189.24 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0468734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0917;QD=21.0263;RBI=0.083813;REFB=-0.0116048;REVB=0.0694802;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226446;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139881;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:8:10:9:8:9:10:9:8 chr22 37771985 . A G 354.03 PASS AF=0.625;AO=23;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000662794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.932;QD=29.5021;RBI=0.0252058;REFB=-0.0302015;REVB=-0.0251971;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219302;STB=0.555517;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0315197;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:18:23:30:0.625:15:8:6:10:22:8:7:11 chr22 37900771 . A G 75.16 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0161903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5207;QD=10.3673;RBI=0.141504;REFB=-0.0126314;REVB=-0.140575;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106424;STB=0.551075;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0140902;OID=.;OPOS=37900771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:29:18:19:10:10:0.344828:3:7:11:7:3:7:12:7 chr22 37906262 . C T 356.62 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0177019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0837;QD=12.6237;RBI=0.0195195;REFB=-0.00328865;REVB=0.00822534;RO=70;SAF=16;SAR=27;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483767;STB=0.52756;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00468554;OID=.;OPOS=37906262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:27:16:29:41:27:16:29:41 chr22 37964299 . C G 180.73 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00490893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.163;QD=13.9025;RBI=0.00802192;REFB=-0.0264597;REVB=0.00634458;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255701;STB=0.514692;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0313343;OID=.;OPOS=37964299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:14:17:11:10:14:17 chr22 38043438 . TCCCCCC TCCCCCA,TCCCCC 112.83 PASS AF=0.434783,0.347826;AO=4,4;DP=23;FAO=10,8;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=6,2;FSAR=4,6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0360453,-0.0719135;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=281.082,10.971;QD=19.6228;RBI=0.0364226,0.106118;REFB=-0.0391076,-0.163437;REVB=0.00522879,-0.0780352;RO=7;SAF=4,0;SAR=0,4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.694548,-0.722124;STB=0.567431,0.57124;STBP=0.524,0.638;TYPE=snp,del;VARB=0.0238479,0.13017;OID=.,.;OPOS=38043444,38043439;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TCCCCCA,TCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.434783,0.347826:4,4:23:10,8:23:5:6,2:4,6:2:3:42:7:4,0:0,4:4:3 chr22 38051999 . C T 665.56 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00374344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.2;QD=28.3217;RBI=0.0298109;REFB=-0.0292062;REVB=-0.0295749;RO=35;SAF=38;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144077;STB=0.573947;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0230859;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:36:58:58:0.617021:20:38:16:19:20:38:17:19 chr22 38062112 . C G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0170273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.55;QD=11.6171;RBI=0.0170278;REFB=-0.0169614;REVB=-0.000142113;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225486;STB=0.513171;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0305014;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:11:8:15:19:11:8:15:19 chr22 38065655 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00379952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.229;QD=7.3277;RBI=0.0210827;REFB=-0.00783072;REVB=0.0207375;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223667;STB=0.645725;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0165442;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:1:7:16:5:1:7:16:5 chr22 38074343 . C T 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0211103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.666;QD=15.4177;RBI=0.0213397;REFB=-0.0118469;REVB=0.0031208;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168747;STB=0.607405;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0182137;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:37:29:29:0.439394:14:15:12:23:14:15:12:25 chr22 38074434 . G A 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0203915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.576;QD=14.1722;RBI=0.031886;REFB=-0.0139387;REVB=0.0245134;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235711;STB=0.632834;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0214263;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:13:34:16:16:13:34 chr22 38119213 . G A 393.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.019;QD=56.2242;RBI=0.0543325;REFB=0;REVB=0.00501701;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146077;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr22 38119754 . TCAA T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496278;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=320.388;QD=47.8224;RBI=0.0524068;REFB=0;REVB=-0.0168391;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00015922;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:16:16:16:0:6:10:0:0:4:0:6:10:0:0 chr22 38121152 . C A 538.44 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2308;QD=59.8269;RBI=0.0991287;REFB=0;REVB=-0.0784482;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289109;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr22 38121942 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0210588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.064;QD=13.2053;RBI=0.0473192;REFB=0.00137123;REVB=-0.042375;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195017;OID=.;OPOS=38121942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr22 38122122 . T C 972.34 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6299;QD=58.9294;RBI=0.0788775;REFB=0;REVB=-0.0442038;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999567;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr22 38122448 . C T 187.53 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2918;QD=46.8812;RBI=0.128448;REFB=0;REVB=0.0758019;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493348;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:12:16:1:9:3:0:0:11:5:0:0 chr22 38122462 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.699;QD=43.4862;RBI=0.0662833;REFB=0;REVB=-0.0647139;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164167;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 38129332 . G A 1500.41 PASS AF=0.946429;AO=104;DP=111;FAO=106;FDP=112;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.034587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9973;QD=53.5861;RBI=0.122248;REFB=-0.0536958;REVB=0.117253;RO=7;SAF=57;SAR=47;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315137;STB=0.510993;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0118786;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:111:112:7:6:104:106:0.946429:47:57:2:5:49:57:2:4 chr22 38130472 . T C 427.58 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00477958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.733;QD=51.8282;RBI=0.0559468;REFB=0.0398229;REVB=-0.0557422;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.52776;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0059253;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:17:14:0:1:17:14:0:2 chr22 38151170 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0814456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.105;QD=17.1001;RBI=0.0817841;REFB=0.00412732;REVB=0.00743237;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263751;STB=0.51513;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00773505;OID=.;OPOS=38151170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:9:6:6:8:9:6 chr22 38170295 . G A 129.25 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.04882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9236;QD=21.5411;RBI=0.141298;REFB=-0.0407643;REVB=0.132596;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0382253;OID=.;OPOS=38170295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:6:4:6:8:6:4 chr22 38202552 . T C 576.16 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858513;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6697;QD=60.6483;RBI=0.086291;REFB=0;REVB=0.00870063;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146105;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr22 38202642 . G T 240.27 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000787936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.817;QD=43.6849;RBI=0.0179173;REFB=0.0102026;REVB=-0.0179;RO=2;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130869;STB=0.571354;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000117155;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:14:6:2:0:14:6:2:0 chr22 38202734 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.98;QD=48.7373;RBI=0.00598224;REFB=0;REVB=-0.000491742;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07849e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr22 38204089 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.926;QD=59.0187;RBI=0.0399691;REFB=0;REVB=0.0139441;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235175;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr22 38273749 . T C 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0668945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.781;QD=26.047;RBI=0.0679089;REFB=-0.00030908;REVB=0.0116935;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.554364;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00144976;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:2:3:5:7:2:3 chr22 38341134 . T C 892.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.817;QD=57.5552;RBI=0.0577571;REFB=0;REVB=0.0143652;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223336;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:30:29:0:0:30:32:0:0 chr22 38369976 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.318;QD=44.6898;RBI=0.0337468;REFB=0;REVB=0.0315512;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315866;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr22 38474696 . A G 432.93 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278114;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.948;QD=57.7242;RBI=0.0282452;REFB=0;REVB=-0.00493175;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92631e-05;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr22 38477930 . G A 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8361;QD=58.1228;RBI=0.108141;REFB=0;REVB=0.0796456;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303102;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr22 38503847 . C T 224.57 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0397917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.153;QD=42.7759;RBI=0.0404636;REFB=-0.190397;REVB=0.00734301;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114481;STB=0.562433;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00323601;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:7:12:0:2:7:12:0:2 chr22 38506509 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.695;QD=45.8068;RBI=0.0100977;REFB=0;REVB=0.00859774;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27127e-05;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr22 38565347 . C T 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0354286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.473;QD=18.3163;RBI=0.0437178;REFB=0.000448096;REVB=0.0256136;RO=43;SAF=9;SAR=30;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21439;STB=0.620623;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000183797;OID=.;OPOS=38565347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:30:9:18:25:30:9:18:25 chr22 38611080 . C G 1077.01 PASS AF=0.53;AO=103;DP=198;FAO=106;FDP=200;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.041681;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.92;QD=21.5403;RBI=0.0424908;REFB=-0.0261904;REVB=-0.00825624;RO=90;SAF=35;SAR=68;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236231;STB=0.637558;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0270082;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:90:94:103:106:0.53:68:35:55:35:70:36:59:35 chr22 38612372 . A C 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0808244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.0453;QD=26.0483;RBI=0.0829621;REFB=-0.0122875;REVB=0.0187117;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147448;STB=0.58319;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0026683;OID=.;OPOS=38612372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:3:2:8:4:3:2 chr22 38622871 . G A 180.77 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0147454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4138;QD=13.9053;RBI=0.0251038;REFB=-0.00567355;REVB=-0.0203169;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176262;STB=0.516618;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00657807;OID=.;OPOS=38622871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:31:21:21:0.403846:13:8:11:18:13:8:11:20 chr22 38823136 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1652;QD=59.0154;RBI=0.0498383;REFB=0;REVB=-0.0491072;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404679;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr22 38933595 . A G 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0240214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.713;QD=5.1911;RBI=0.0722361;REFB=-0.0168821;REVB=-0.0681251;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220979;STB=0.647706;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0579833;OID=.;OPOS=38933595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:5:2:12:14:5:2:12:14 chr22 39034786 . C T 726.87 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2648;QD=63.2064;RBI=0.17986;REFB=0;REVB=0.162375;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291917;OID=.;OPOS=39034786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:38:46:1:6:32:0:0:14:32:0:0 chr22 39095987 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.387;QD=62.3507;RBI=0.0328022;REFB=0;REVB=0.0300215;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137181;OID=.;OPOS=39095987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr22 39122038 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.076;QD=56.7066;RBI=0.0165621;REFB=0;REVB=-0.0157325;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37858e-05;OID=.;OPOS=39122038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr22 39125529 . G A 1355.82 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3451;QD=62.3366;RBI=0.0310108;REFB=0;REVB=0.025199;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247008;OID=.;OPOS=39125529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr22 39130843 . C G 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00782122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.582;QD=45.1081;RBI=0.0209461;REFB=-0.0937556;REVB=0.0194311;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000940905;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:0:1:8:10:0:1 chr22 39134713 . CCT CCC,CC,C 366.78 PASS AF=0.0689655,0.931034,0;AO=16,6,7;DP=29;FAO=2,27,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=2,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.509835,-0.0832381,0.420372;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=10.4067,18.3153,4.13261;QD=50.5905;RBI=0.557055,0.0833478,0.474456;REFB=0,0,0;REVB=0.224451,0.00427416,-0.21999;RO=0;SAF=14,0,0;SAR=2,6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.132103,0.00055744,0;OID=.,.,.;OPOS=39134715,39134715,39134714;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.931034,0:16,6,7:29:2,27,0:29:0:0,14,0:2,13,0:0:0:11:0:14,0,0:2,6,7:0:0 chr22 39138332 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0212593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0686;QD=22.3964;RBI=0.0313091;REFB=0.00536546;REVB=0.0229847;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680617;STB=0.538144;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00530298;OID=.;OPOS=39138332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:9:14:17:8:9:14 chr22 39178701 . A G 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00875506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3319;QD=24.1555;RBI=0.00877388;REFB=-0.0273542;REVB=0.000574439;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156507;STB=0.595268;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0203104;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:17:13:13:7:17:13:14:7 chr22 39222652 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.463;QD=60.2043;RBI=0.0166576;REFB=0;REVB=0.0130226;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71501e-06;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr22 39357581 . C T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0128682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.352;QD=3.33865;RBI=0.0339711;REFB=-0.000456978;REVB=0.0314395;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60581;STB=0.90176;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00602604;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:5:1:25:9:5:1:25:9 chr22 39381826 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.02;QD=62.0216;RBI=0.0211959;REFB=0;REVB=0.0209502;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41745e-05;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr22 39381999 . T C 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.884;QD=57.0975;RBI=0.0393357;REFB=0;REVB=-0.039163;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021337;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr22 39382079 . C A 801.45 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.905;QD=57.2467;RBI=0.0484514;REFB=0;REVB=0.0285807;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155021;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:35:21:0:0 chr22 39387558 . C T 954.27 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0123993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3214;QD=54.5299;RBI=0.0126567;REFB=-0.0328346;REVB=-0.00253974;RO=3;SAF=29;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192093;STB=0.510175;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00401125;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:38:29:2:1:38:29:2:1 chr22 39440149 . C T 59.14 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.051078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9882;QD=15.7718;RBI=0.0567233;REFB=-0.0105511;REVB=0.0246692;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0177262;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:2:5:4:3:2:6:4:3 chr22 39441096 . G T 340.68 PASS AF=0.298013;AO=45;DP=151;FAO=45;FDP=151;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.0140956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.577;QD=9.0245;RBI=0.0168438;REFB=-0.0160233;REVB=-0.00922104;RO=106;SAF=17;SAR=28;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192646;STB=0.612786;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0267333;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:106:106:45:45:0.298013:28:17:57:49:28:17:57:49 chr22 39441203 . C T 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0282209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.817;QD=19.5185;RBI=0.0296852;REFB=-0.00394294;REVB=-0.00920821;RO=26;SAF=4;SAR=24;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347823;STB=0.697508;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00276436;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:24:4:11:15:24:4:11:15 chr22 39445554 . G A 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0621572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.287;QD=13.9475;RBI=0.0641375;REFB=0.000884751;REVB=-0.0158144;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205747;STB=0.618914;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0013319;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:9:18:8:9:9:18 chr22 39477566 . A G 298.07 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00200564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.652;QD=20.9172;RBI=0.00421257;REFB=-0.0169948;REVB=-0.00370448;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129905;STB=0.572031;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0180374;OID=.;OPOS=39477566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:13:18:11:15:13:18:11:15 chr22 39496322 . TAAC T 186.39 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00848099;FXX=0.0571374;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.776;QD=7.53103;RBI=0.00854101;REFB=-0.00382004;REVB=-0.0010108;RO=61;SAF=18;SAR=16;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087072;STB=0.533314;STBP=0.629;TYPE=del;VARB=0.00536792;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353535:34:98:35:99:64:19:16:38:26:99:61:18:16:37:24 chr22 39496336 . G T 282.23 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00785245;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7648;QD=11.1773;RBI=0.0180458;REFB=-0.0350828;REVB=-0.0162478;RO=65;SAF=18;SAR=17;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796812;STB=0.550227;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0288503;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:65:66:35:35:0.346535:17:18:38:27:17:18:39:27 chr22 39496412 . G C 193.23 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0280523;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.507;QD=9.90912;RBI=0.0288504;REFB=-0.0190523;REVB=-0.00673898;RO=53;SAF=15;SAR=10;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405131;STB=0.536812;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.032937;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:53:53:25:25:0.320513:10:15:30:23:10:15:29:24 chr22 39497404 . G C 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0221879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.701;QD=13.0229;RBI=0.0326891;REFB=-0.0163949;REVB=-0.0240057;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739264;STB=0.534044;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0256384;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:13:15:26:17:13:15:26:18 chr22 39497452 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0390291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4949;QD=12.791;RBI=0.0421695;REFB=0.00462079;REVB=-0.0159686;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534155;STB=0.811385;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00903895;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:17:6:11:3:17:6 chr22 39497453 . A AC 51.58 PASS AF=0.28125;AO=5;DP=37;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.193608;FXX=0.0856898;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.7054;QD=6.44799;RBI=0.194049;REFB=-0.0414575;REVB=-0.0130729;RO=29;SAF=5;SAR=0;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657538;STB=0.768713;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=0.0126124;OID=.;OPOS=39497454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:5:37:9:32:23:3:6:17:6:51:29:5:0:14:15 chr22 39497454 . G C 99.03 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0332633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.6153;QD=11.3176;RBI=0.035793;REFB=-0.0345186;REVB=-0.0132172;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462086;STB=0.749643;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0133306;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:19:22:13:13:0.371429:9:4:15:4:9:4:16:6 chr22 39497509 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9211;QD=47.8218;RBI=0.0451626;REFB=0;REVB=0.00706095;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149574;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr22 39498038 . G C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0170093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.941;QD=15.5715;RBI=0.0271795;REFB=-0.000937919;REVB=0.0211993;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00130824;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr22 39499653 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.031358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.885;QD=14.3343;RBI=0.0339103;REFB=-0.00901884;REVB=0.0129069;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025779;STB=0.515118;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0249663;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:1:9:8:1:1:9 chr22 39712981 . A G 399.52 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517214;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.089;QD=57.0739;RBI=0.0524564;REFB=0;REVB=0.00875021;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97834e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr22 39714490 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00646972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.324;QD=14.7985;RBI=0.0114372;REFB=0.0060152;REVB=-0.00943148;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140078;STB=0.581253;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.012804;OID=.;OPOS=39714490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:4:9:6:5:4:9 chr22 39770597 . A G 375.02 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.971;QD=55.5588;RBI=0.0128891;REFB=0;REVB=-0.00759183;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12295e-05;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 557.68 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449688;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=281.844;QD=60.2895;RBI=0.0450451;REFB=0;REVB=0.00262058;RO=3;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.48026e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:40:37:37:0:19:18:0:0:4:3:18:18:3:0 chr22 39781585 . C T 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8757;QD=58.0567;RBI=0.0409989;REFB=0;REVB=0.0393227;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386344;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr22 39886217 . C G 54.19 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0186289;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.154;QD=7.47423;RBI=0.0216184;REFB=-0.00409554;REVB=-0.0109689;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513459;STB=0.83076;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00617686;OID=.;OPOS=39886217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:21:21:8:8:0.275862:1:7:10:11:1:7:10:11 chr22 39887686 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000754948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.424;QD=59.4247;RBI=0.00542322;REFB=0.0195033;REVB=-0.00537042;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00196494;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:0:1:16:26:0:1 chr22 39910324 . C T 110.09 PASS AF=0.182692;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00821177;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.697;QD=4.23423;RBI=0.0158844;REFB=-0.00366743;REVB=-0.0135971;RO=82;SAF=8;SAR=11;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13049;STB=0.56947;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0230062;OID=.;OPOS=39910324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:82:85:19:19:0.182692:11:8:43:39:11:8:43:42 chr22 39913557 . G A 851.58 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7125;QD=57.7345;RBI=0.148309;REFB=0;REVB=0.148299;RO=1;SAF=44;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150471;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:1:0:57:59:1:13:44:0:1:15:44:0:0 chr22 39917515 . A C,G 523.6 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=30,3;DP=33;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013279,0.00016393;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.044,231.208;QD=58.1778;RBI=0.0184874,0.00472151;REFB=0,0;REVB=0.0128629,-0.00471866;RO=0;SAF=20,2;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00118851,0.0303951;OID=.,.;OPOS=39917515,39917515;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:36:0:0:30,3:33,3:0.916667,0.0833333:10,1:20,2:0:0:10,1:23,2:0:0 chr22 40054948 . T C 85.06 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.038709;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6839;QD=22.6819;RBI=0.0615852;REFB=0.00313768;REVB=0.0478993;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176021;STB=0.599808;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000927808;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:4:1:5:5:4:1 chr22 40057273 . T C 558.66 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0208135;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.984;QD=18.9375;RBI=0.0217693;REFB=-0.0193366;REVB=0.0063795;RO=58;SAF=37;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821922;STB=0.538377;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0202443;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:60:58:58:0.491525:21:37:32:26:21:37:34:26 chr22 40059828 . G C 222.7 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0809402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0541;QD=18.9532;RBI=0.0811198;REFB=-0.0284777;REVB=-0.00539567;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162594;STB=0.592428;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0269158;OID=.;OPOS=40059828;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:13:12:7:15:13:12 chr22 40161491 . T A 165.97 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0177295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.098;QD=14.4318;RBI=0.0189668;REFB=-0.012872;REVB=0.00673833;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391007;STB=0.531985;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0193052;OID=.;OPOS=40161491;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:10:8:11:16:10:8:11:17 chr22 40417571 . G A 188.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0194118;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.313;QD=19.875;RBI=0.0204649;REFB=-0.00893751;REVB=-0.00648037;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44269;STB=0.751933;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0183132;OID=.;OPOS=40417571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:4:15:6:13:4:15:6:13 chr22 40417780 . C T 447.57 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00818931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.964;QD=21.0621;RBI=0.0103854;REFB=-0.0344866;REVB=-0.00638691;RO=39;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353569;STB=0.515457;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0384768;OID=.;OPOS=40417780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:41:44:44:0.517647:19:25:22:17:19:25:22:19 chr22 40417820 . A G 223.22 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=51;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00436278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.432;QD=16.2343;RBI=0.00963256;REFB=-0.020384;REVB=-0.00858792;RO=27;SAF=20;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445983;STB=0.672933;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0341581;OID=.;OPOS=40417820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:27:29:23:26:0.472727:3:20:14:13:6:20:14:15 chr22 40574170 . T A 219.57 PASS AF=0.952381;AO=12;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.267181;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=26.7959;QD=41.8228;RBI=0.272333;REFB=-0.0307056;REVB=0.05272;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00252655;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:0:1:12:20:0.952381:11:1:0:0:12:8:1:0 chr22 40673999 . C T 247.16 PASS AF=0.466667;AO=24;DP=55;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0119565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1398;QD=16.4772;RBI=0.0257378;REFB=-0.0078598;REVB=0.022792;RO=31;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260604;STB=0.608384;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00972117;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:31:32:24:28:0.466667:6:18:16:15:8:20:17:15 chr22 40697176 . TGCA T 227.5 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=46;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0095605;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=3;MLLD=174.766;QD=21.1626;RBI=0.0151911;REFB=-0.100345;REVB=0.0118054;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158713;STB=0.560291;STBP=0.453;TYPE=del;VARB=0.0967509;OID=.;OPOS=40697177;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628:19:46:22:43:21:10:12:7:14:99:20:10:9:7:13 chr22 40720704 . A G 416.76 PASS AF=0.342466;AO=50;DP=146;FAO=50;FDP=146;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=34;FWDB=-0.0349031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4068;QD=11.418;RBI=0.0351069;REFB=0.00280496;REVB=-0.00377654;RO=95;SAF=24;SAR=26;SRF=61;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184606;STB=0.608228;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00745414;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:95:96:50:50:0.342466:26:24:61:34:26:24:62:34 chr22 40721062 . G A 182.15 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00454442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.834;QD=16.9442;RBI=0.0191401;REFB=0.0115444;REVB=0.0185928;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363609;STB=0.708634;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0147923;OID=.;OPOS=40721062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:5:14:9:15:5:14:9:15 chr22 40722745 . A G 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00277288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.505;QD=29.5045;RBI=0.00642364;REFB=-0.0248156;REVB=-0.00579433;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770854;STB=0.504234;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0193535;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:17:13:8:10:17:13:8:10 chr22 40726749 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.536;QD=56.9569;RBI=0.0332474;REFB=0;REVB=0.00788554;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01795e-05;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr22 40726762 . A G 734.12 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0645226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3385;QD=61.1769;RBI=0.0674009;REFB=-0.0762963;REVB=-0.0194863;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159432;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0127392;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:0:1:29:18:0:1 chr22 40728545 . ATTCTTC ATTC,ATTCTTG 163.15 PASS AF=0.306122,0.0816327;AO=15,3;DP=49;FAO=15,4;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11,3;FSAR=4,1;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0302594,-0.019456;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=134.096,140.746;QD=13.3179;RBI=0.0305112,0.0197203;REFB=0.00262836,-0.00885137;REVB=0.00391177,-0.00321833;RO=29;SAF=11,3;SAR=4,0;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.361664,0.588601;STB=0.706139,0.770119;STBP=0.06,0.352;TYPE=del,snp;VARB=-0.013527,0.0139869;OID=.,.;OPOS=40728546,40728551;OREF=TTC,C;OALT=-,G;OMAPALT=ATTC,ATTCTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122,0.0816327:15,3:49:15,4:49:30:11,3:4,1:13:17:99:29:11,3:4,0:12:17 chr22 40803186 . G T 462.36 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7686;QD=56.0441;RBI=0.102281;REFB=0;REVB=0.0120349;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442403;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:12:20:1:0:12:21:0:0 chr22 40814500 . T C 382.16 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000821828;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.884;QD=56.6156;RBI=0.0520934;REFB=0;REVB=0.052087;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52042e-05;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr22 40814950 . C T 337.3 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0876086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1557;QD=20.1375;RBI=0.0902346;REFB=-0.0120858;REVB=-0.0216108;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218975;STB=0.621506;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.023111;OID=.;OPOS=40814950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:13:22:12:20:13:22:12:20 chr22 41075695 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0510477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.68;QD=10.3788;RBI=0.0602238;REFB=-0.0184447;REVB=-0.0319537;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0313564;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:10:6:4:5:10:6 chr22 41610024 . G A 280.1 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0476064;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.9;QD=16.4765;RBI=0.0484705;REFB=-0.00401293;REVB=0.00911148;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183865;STB=0.60245;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00506331;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:8:29:19:12:8:29 chr22 41617318 . G C 369.66 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00910442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.315;QD=22.4036;RBI=0.0227194;REFB=-0.0384433;REVB=0.0208154;RO=29;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793721;STB=0.543721;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0267045;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:18:19:12:17:18:19:12:17 chr22 41645757 . C G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0127171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.207;QD=24.8032;RBI=0.0146311;REFB=-0.0395751;REVB=-0.00723499;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175933;STB=0.5998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0218538;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:1:3:4:6:1:3 chr22 41652733 . G A 45.89 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00311746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.261;QD=9.17864;RBI=0.0245198;REFB=-0.0144907;REVB=0.0243208;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0286182;OID=.;OPOS=41652733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:2:5:7:5:2:5:7:6 chr22 41829794 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.079;QD=48.7373;RBI=0.0186046;REFB=0;REVB=0.000114775;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80605e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr22 41833116 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.275;QD=45.8064;RBI=0.104782;REFB=0;REVB=0.0137674;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192813;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr22 41911525 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0174741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.353;QD=11.9536;RBI=0.017756;REFB=-0.00623208;REVB=-0.00315127;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00399438;OID=.;OPOS=41911525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:6:5:6:2:6:5 chr22 42078341 . G GC 131.63 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0351943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.0248;QD=9.40245;RBI=0.0359646;REFB=0.0213541;REVB=0.00740364;RO=34;SAF=20;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433506;STB=0.759226;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=-0.033102;OID=.;OPOS=42078342;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:23:57:23:56:33:20:3:18:15:99:34:20:3:19:15 chr22 42089623 . T C 519.93 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.118;QD=59.4205;RBI=0.0472322;REFB=0;REVB=0.0471426;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151145;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr22 42159229 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7032;QD=56.1913;RBI=0.0210497;REFB=0;REVB=0.00206175;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470615;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr22 42298997 . CCTG C 59.17 PASS AF=0.145078;AO=28;DP=198;FAO=28;FDP=193;FR=.;FRO=165;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=78;FWDB=-0.000672879;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=3;MLLD=275.464;QD=1.22638;RBI=0.0156534;REFB=-0.00478332;REVB=-0.0156389;RO=170;SAF=17;SAR=11;SRF=88;SRR=82;SSEN=0.234043;SSEP=0;SSSB=0.114995;STB=0.569389;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.0264078;OID=.;OPOS=42298998;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145078:28:198:28:193:165:17:11:87:78:59:170:17:11:88:82 chr22 42341308 . A G 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00683065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.155;QD=25.2762;RBI=0.0156333;REFB=0.0029242;REVB=-0.014062;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031244;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201112;OID=.;OPOS=42341308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:5:7:11:8:5:7 chr22 42343091 . G A 239.29 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0342367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9454;QD=20.8074;RBI=0.0556991;REFB=0.0012834;REVB=0.0439345;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266171;STB=0.649224;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00120876;OID=.;OPOS=42343091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:7:16:9:14:7:16 chr22 42354389 . A C 378.46 PASS AF=0.567164;AO=36;DP=65;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0225105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.509;QD=22.5945;RBI=0.0227913;REFB=-0.036662;REVB=0.00356629;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143212;STB=0.566739;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.024427;OID=.;OPOS=42354389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:28:29:36:38:0.567164:13:23:13:15:14:24:14:15 chr22 42423110 . G C 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0106271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.708;QD=24.6001;RBI=0.0276317;REFB=-0.00412236;REVB=-0.0255064;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022094;STB=0.512304;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00309461;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:7:9:13:9:7:9 chr22 42463814 . C T 110.6 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00103718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.995;QD=15.2546;RBI=0.0432794;REFB=-0.0120606;REVB=0.043267;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372597;STB=0.721365;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0431702;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:13:2:7:6:14:2 chr22 42474138 . C G 178.9 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000716966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.038;QD=18.832;RBI=0.0102132;REFB=0.0015883;REVB=0.010188;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287827;STB=0.670469;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00144561;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:18:19:0.5:13:5:11:8:14:5:11:8 chr22 42474676 . A ATTCTGC,C 89.04 PASS AF=0.25641,0.0512821;AO=10,2;DP=38;FAO=10,2;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=2,1;FSAR=8,1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0280343,0.00167346;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=281.345,89.9062;QD=9.13233;RBI=0.0280586,0.0212305;REFB=-0.00653517,-0.0225353;REVB=-0.00116834,0.0211645;RO=26;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.199615,0.0353747;STB=0.731203,0.517071;STBP=0.096,0.872;TYPE=ins,snp;VARB=0.00987913,0.0503167;OID=.,.;OPOS=42474677,42474676;OREF=-,A;OALT=TTCTGC,C;OMAPALT=ATTCTGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:39:26:27:10,2:10,2:0.25641,0.0512821:7,1:3,1:12:14:8,1:2,1:13:14 chr22 42486723 . G A 267.17 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0239791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.201;QD=18.4252;RBI=0.0277168;REFB=-0.0189653;REVB=0.0139005;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330632;STB=0.518459;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0252831;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:18:11:10:19:18:11:10:19 chr22 42523636 . C A 53.98 PASS AF=0.110169;AO=13;DP=117;FAO=13;FDP=118;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=65;FWDB=-0.0016289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.214;QD=1.82985;RBI=0.0211222;REFB=-0.00155225;REVB=-0.0210593;RO=104;SAF=3;SAR=10;SRF=40;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211052;STB=0.656228;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0172987;OID=.;OPOS=42523636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:118:104:105:13:13:0.110169:10:3:40:64:10:3:40:65 chr22 42523943 . A G 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0287229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.324;QD=19.9745;RBI=0.0465682;REFB=-0.0157456;REVB=-0.0366551;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660691;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0236738;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:11:9:10:9:11:9:10:10 chr22 42525756 . G A 141.71 PASS AF=0.339286;AO=17;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00426527;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.591;QD=10.1219;RBI=0.0415458;REFB=-0.0188992;REVB=0.0413263;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155474;STB=0.562433;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0312356;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:37:17:19:0.339286:6:11:18:17:7:12:20:17 chr22 42526694 . G A 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.0243465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.109;QD=16.507;RBI=0.0250711;REFB=-0.00917205;REVB=0.00598395;RO=49;SAF=16;SAR=23;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176769;STB=0.59;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.011972;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:23:16:12:37:23:16:13:37 chr22 42536313 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.000400553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.266;QD=21.9446;RBI=0.0209761;REFB=-0.0133449;REVB=0.0209723;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126935;STB=0.571341;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00793553;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:4:8:8:8:4:8 chr22 42537252 . G A 49.58 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00834685;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.954;QD=3.25105;RBI=0.010134;REFB=-0.004171;REVB=0.00574701;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312263;STB=0.721697;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0202238;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:62:61:52:52:9:9:0.147541:7:2:24:28:7:2:24:28 chr22 42537271 . T C 541.04 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0393565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.668;QD=33.2945;RBI=0.0477307;REFB=-0.00459714;REVB=0.0270053;RO=18;SAF=24;SAR=23;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545745;STB=0.502946;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00190839;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:18:18:47:47:0.723077:23:24:9:9:23:24:9:9 chr22 42537404 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.213;QD=60.9785;RBI=0.0429762;REFB=0;REVB=0.00249437;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332071;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr22 42537628 . T C 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0416563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.075;QD=17.5005;RBI=0.0462767;REFB=-0.0158594;REVB=-0.0201565;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115151;STB=0.564903;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0155204;OID=.;OPOS=42537628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:17:9:13:15:17:9:13:15 chr22 42537630 . C G 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0299432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.702;QD=18.0863;RBI=0.0315555;REFB=-0.0213763;REVB=-0.00995767;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129152;STB=0.572684;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0378076;OID=.;OPOS=42537630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:17:9:13:14:17:9:13:14 chr22 42538029 . A G 225.0 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0131774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.264;QD=21.4285;RBI=0.0149291;REFB=-0.0295529;REVB=0.00701686;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105504;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0169683;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:9:12:9:11:10:12:9:11 chr22 42538508 . AG GA 243.48 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308514;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.64;QD=51.2597;RBI=0.0337725;REFB=0;REVB=-0.0137396;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.44491e-05;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr22 42538514 . T TC 206.9 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4157;QD=41.3802;RBI=0.0315298;REFB=0;REVB=0.0273268;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0042931;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:9:11:0:0:4:0:8:11:0:0 chr22 42538670 . G T 127.75 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0602175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.131;QD=20.4404;RBI=0.0672847;REFB=-0.0174631;REVB=0.0300181;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197756;STB=0.629034;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0239852;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:6:8:3:7:6:8:3:8 chr22 42538876 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.362;QD=50.4133;RBI=0.0326355;REFB=0;REVB=0.029634;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307629;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr22 42606257 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00933398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.674;QD=10.24;RBI=0.00947111;REFB=-0.00346661;REVB=0.00160586;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00908053;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:11:8:4:6:11:8 chr22 42610099 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0232271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.254;QD=22.6001;RBI=0.0306546;REFB=-0.00870748;REVB=0.0200052;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904745;STB=0.550711;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00734986;OID=.;OPOS=42610099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:11:9:8:15:11:9 chr22 42783070 . G A 107.07 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0392905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.694;QD=12.5966;RBI=0.0411278;REFB=-0.0234911;REVB=0.0121556;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377954;STB=0.724274;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0537972;OID=.;OPOS=42783070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:10:3:12:9:10:3:12:9 chr22 42793873 . A G 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00691492;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.427;QD=16.7896;RBI=0.00692381;REFB=-0.0161092;REVB=0.000350734;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0216934;OID=.;OPOS=42793873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:11:10:6:11:11:10 chr22 42912106 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.89;QD=47.8223;RBI=0.0263587;REFB=0;REVB=0.017948;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16293e-06;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr22 42961277 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.742;QD=50.4134;RBI=0.0545105;REFB=0;REVB=-0.000300091;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446379;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr22 42965167 . C CA 275.85 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.0912;QD=44.1356;RBI=0.0509617;REFB=0;REVB=0.043703;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000942233;OID=.;OPOS=42965168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:25:25:25:0:12:13:0:0:5:1:12:12:0:1 chr22 42970032 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0825079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.43;QD=35.5754;RBI=0.0892175;REFB=0;REVB=0.0339443;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103474;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr22 42993781 . G A 83.29 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0228993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1637;QD=15.8653;RBI=0.0715039;REFB=-0.0398112;REVB=0.067738;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916023;STB=0.575089;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0426744;OID=.;OPOS=42993781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:4:6:7:3:5:6:7:3 chr22 43036245 . G A 359.6 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00368818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.873;QD=17.3302;RBI=0.0124736;REFB=-0.00595548;REVB=0.0119158;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100483;STB=0.556228;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00643978;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:20:18:26:19:20:18:26:19 chr22 43088971 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0531229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.662;QD=17.3782;RBI=0.0539052;REFB=-0.026156;REVB=-0.0091505;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.575089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0143409;OID=.;OPOS=43088971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:3:7:6:5:3:7 chr22 43089055 . G C 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0519376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4683;QD=24.3256;RBI=0.0537078;REFB=0.026062;REVB=-0.0136751;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00578583;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr22 43089849 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0150134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6262;QD=18.0502;RBI=0.0160245;REFB=-0.010351;REVB=0.00560207;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394745;STB=0.721864;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00938306;OID=.;OPOS=43089849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:8:0:5:5:8:0 chr22 43195109 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.019464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.408;QD=14.8515;RBI=0.0389641;REFB=-0.00225409;REVB=-0.0337543;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652617;STB=0.537738;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00246213;OID=.;OPOS=43195109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:14:15:11:8:14:15 chr22 43435812 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0473616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.18;QD=12.0517;RBI=0.0474095;REFB=-0.0113796;REVB=0.00213132;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464536;STB=0.77716;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0317204;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:4:9:2:7:4:9 chr22 43455432 . G A 406.93 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00711701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.377;QD=22.9257;RBI=0.0246536;REFB=-0.00273165;REVB=-0.023604;RO=31;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163252;STB=0.589998;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00253709;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:26:14:17:14:26:14:17:14 chr22 43529314 . G C 1512.16 PASS AF=0.990291;AO=98;DP=99;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0588055;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.609;QD=58.7245;RBI=0.0719863;REFB=-0.0255582;REVB=0.0415203;RO=1;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126458;STB=0.506492;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000324907;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:103:1:1:98:102:0.990291:37:61:0:1:38:64:0:1 chr22 43558926 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.081;QD=62.9814;RBI=0.0327395;REFB=0;REVB=0.00521934;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389849;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr22 43558972 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0220246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.884;QD=19.8256;RBI=0.0625651;REFB=-0.00771934;REVB=0.0585603;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16577;STB=0.592524;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0060887;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:15:10:16:11:15:10 chr22 43565703 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00457791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.27;QD=12.6193;RBI=0.0109373;REFB=-0.00190006;REVB=0.00993312;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280329;STB=0.516116;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00249101;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:18:20:12:12:18:20 chr22 43565855 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0104942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.185;QD=18.2512;RBI=0.0149639;REFB=0.00745464;REVB=-0.0106673;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348065;STB=0.695425;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00361551;OID=.;OPOS=43565855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:13:2:8:7:13:2 chr22 43568512 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.020159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.799;QD=17.07;RBI=0.0264452;REFB=-0.00329176;REVB=-0.0171162;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277277;STB=0.655075;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00764684;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:12:19:11:24:12:19:11:24 chr22 43576904 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0279937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.69;QD=26.6016;RBI=0.0567813;REFB=-0.035059;REVB=0.0494011;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0161518;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:1:1:3:5:1:1 chr22 43594624 . T C 42.56 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0135909;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.47;QD=4.25649;RBI=0.0153998;REFB=-0.0167325;REVB=0.00724159;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815598;STB=0.555401;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0532708;OID=.;OPOS=43594624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:12:21:4:3:12:21 chr22 43594636 . G C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0405582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.474;QD=22.5346;RBI=0.043422;REFB=-0.0221464;REVB=-0.0155083;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456183;STB=0.525521;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.017825;OID=.;OPOS=43594636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:4:11:13:6:4:11 chr22 43606143 . C T 1249.73 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404175;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1843;QD=61.715;RBI=0.0552175;REFB=0;REVB=0.0376217;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128264;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr22 43610207 . A G 475.52 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0291307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.858;QD=19.2129;RBI=0.032579;REFB=-0.00525512;REVB=-0.0145875;RO=51;SAF=29;SAR=18;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157495;STB=0.592827;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00611847;OID=.;OPOS=43610207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:18:29:23:28:18:29:23:29 chr22 43614316 . C G 134.87 PASS AF=0.32;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.01198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.155;QD=10.7896;RBI=0.0133674;REFB=-0.0305271;REVB=-0.00593023;RO=33;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202593;STB=0.57408;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0557588;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:33:34:15:16:0.32:11:4:14:19:11:5:14:20 chr22 43830996 . C T 396.62 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0133372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.661;QD=17.8254;RBI=0.0667026;REFB=-0.0111272;REVB=0.0653556;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373926;STB=0.500834;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0154495;OID=.;OPOS=43830996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:48:41:41:0.460674:23:18:18:27:23:18:21:27 chr22 43831056 . C T 288.11 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0526065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3662;QD=16.0063;RBI=0.076789;REFB=-0.0298043;REVB=-0.0559385;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784954;STB=0.518105;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0232079;OID=.;OPOS=43831056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:40:31:32:0.444444:19:12:15:23:19:13:15:25 chr22 43894121 . C T 143.65 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00763337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0278;QD=23.9413;RBI=0.0194492;REFB=0.0282893;REVB=0.0178886;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387764;STB=0.521711;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0162996;OID=.;OPOS=43894121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:11:4:2:7:11:4:2:7 chr22 43976396 . G A 198.88 PASS AF=0.357143;AO=24;DP=69;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00688518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.448;QD=11.3645;RBI=0.00720182;REFB=-0.00522129;REVB=-0.00211198;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124487;STB=0.519984;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00984262;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:45:24:25:0.357143:12:12:22:23:12:13:22:23 chr22 44083442 . T C 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0729668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5954;QD=8.43561;RBI=0.0738085;REFB=-0.0044581;REVB=0.0111149;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106021;STB=0.563562;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0272659;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:8:9:18:23:8:9:18:23 chr22 44112845 . C T 1171.12 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769894;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.341;QD=60.8376;RBI=0.0782359;REFB=0;REVB=0.0139103;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160104;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr22 44178103 . T C 562.95 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0198907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.495;QD=18.0144;RBI=0.0241905;REFB=-0.0122958;REVB=0.0137673;RO=63;SAF=32;SAR=27;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764996;STB=0.538386;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0101747;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:66:59:59:0.472:27:32:29:34:27:32:31:35 chr22 44221565 . C CAATA 568.71 PASS AF=0.911111;AO=35;DP=46;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0141485;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=4;MLLD=246.609;QD=50.5515;RBI=0.0147789;REFB=-0.00426085;REVB=-0.00427034;RO=8;SAF=18;SAR=17;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816556;STB=0.541647;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=0.000529735;OID=.;OPOS=44221566;OREF=-;OALT=AATA;OMAPALT=CAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911111:35:46:41:45:4:22:19:4:0:20:8:18:17:6:2 chr22 44280119 . G A 82.06 PASS AF=0.175;AO=13;DP=79;FAO=14;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0146123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.465;QD=4.10291;RBI=0.015011;REFB=0.0213229;REVB=0.00343654;RO=51;SAF=9;SAR=4;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807005;STB=0.617354;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0100852;OID=.;OPOS=44280119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:79:80:51:65:13:14:0.175:4:9:38:13:4:10:38:27 chr22 44282276 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.492;QD=56.7064;RBI=0.0488552;REFB=0;REVB=0.0469949;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176105;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr22 44282307 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0447;QD=53.277;RBI=0.0692687;REFB=0;REVB=0.0399016;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232535;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr22 44285765 . A G 601.49 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.007;QD=58.6821;RBI=0.0316703;REFB=0.00189006;REVB=0.0099198;RO=1;SAF=11;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407263;STB=0.521728;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=3.06584e-05;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:29:11:1:0:29:11:1:0 chr22 44286950 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.558;QD=50.4133;RBI=0.0447845;REFB=0;REVB=-0.00245294;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205274;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr22 44322970 . G T 304.38 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0120361;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.213;QD=17.1482;RBI=0.0159949;REFB=0.0010433;REVB=0.0105342;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636583;STB=0.543833;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00140005;OID=.;OPOS=44322970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:20:13:17:20:20:13:18:20 chr22 44324727 . C G 250.75 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0111774;FXX=0.0384541;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.829;QD=20.06;RBI=0.0129435;REFB=-0.0203807;REVB=-0.00652692;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137598;STB=0.576864;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0148657;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:26:26:0.52:11:15:10:14:11:15:10:14 chr22 44324730 . C T 298.31 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0492472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2186;QD=23.8644;RBI=0.0494148;REFB=-0.0246776;REVB=0.00406667;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191123;STB=0.611683;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0177842;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:23:26:27:0.54:11:15:8:15:11:16:8:15 chr22 44342116 . A G 766.22 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.358;QD=63.8518;RBI=0.0176324;REFB=0;REVB=0.0171342;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55953e-05;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr22 44368204 . A G 336.11 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.028979;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.414;QD=22.0401;RBI=0.0502704;REFB=0.0110689;REVB=-0.0410771;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121078;STB=0.566852;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0089833;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:15:19:11:16:15:19:11:16 chr22 44379822 . T C,G 620.33 PASS AF=0.909091,0.0454545;AO=37,5;DP=44;FAO=40,2;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=14,2;FSAR=26,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000799949,0.0105742;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=155.112,56.9025;QD=56.3935;RBI=0.0203215,0.0308681;REFB=-0.0191084,-0.0270522;REVB=0.0203057,-0.0290004;RO=1;SAF=14,2;SAR=23,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0322723,-0.169284;STB=0.507809,0.992443;STBP=0.793,0.312;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00250919,0.017137;OID=.,.;OPOS=44379822,44379822;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:1:2:37,5:40,2:0.909091,0.0454545:23,3:14,2:1:0:26,0:14,2:1:1 chr22 44379838 . A G 645.66 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.069;QD=58.6966;RBI=0.0268675;REFB=0;REVB=-0.00820611;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268523;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:27:14:0:0:27:17:0:0 chr22 44386281 . C T 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00704941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.779;QD=10.2121;RBI=0.0124138;REFB=0.000165691;REVB=0.010218;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999425;STB=0.558326;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000240302;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:12:11:18:28:12:11:18:28 chr22 44395451 . T C 112.81 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00661057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.296;QD=17.355;RBI=0.0439181;REFB=-0.0159334;REVB=0.0434177;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.026007;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:7:6:5:7:7:6:5:8 chr22 44489868 . T C 688.42 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3227;QD=62.5837;RBI=0.0429203;REFB=0;REVB=-0.0292018;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462198;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr22 44489896 . T C 108.55 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0486237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.522;QD=13.5681;RBI=0.0493572;REFB=-0.00786595;REVB=-0.00847765;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224007;STB=0.630141;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0121174;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:6:13:6:7:6:13 chr22 44582499 . T C 359.72 PASS AF=0.928571;AO=23;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.919;QD=51.3889;RBI=0.0185448;REFB=-0.0154943;REVB=9.22854e-05;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000654289;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:28:1:1:23:26:0.928571:12:11:1:0:12:14:1:0 chr22 44594584 . C G 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.00328301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.555;QD=18.0727;RBI=0.0164495;REFB=-0.00147765;REVB=-0.0161186;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33128;STB=0.683487;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00197131;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:6:25:13:17:6:25 chr22 44602229 . A C 1018.5 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000125527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.337;QD=57.3805;RBI=0.0253129;REFB=-0.126265;REVB=0.0253126;RO=0;SAF=59;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0023216;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:69:70:0.985915:10:59:0:0:11:59:1:0 chr22 44681612 . A G 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0106378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4635;QD=19.0549;RBI=0.0602725;REFB=-0.0311652;REVB=-0.0593263;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248159;STB=0.640069;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0285621;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:6:14:8:11:6:14 chr22 44891370 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.408;QD=56.1916;RBI=0.0158293;REFB=0;REVB=0.0148328;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75172e-05;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr22 44893563 . A G 273.33 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.000903868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5992;QD=31.2378;RBI=0.0374565;REFB=-0.0584271;REVB=-0.0374456;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20281;STB=0.611417;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0119144;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:11:11:24:24:0.685714:15:9:8:3:15:9:8:3 chr22 44965320 . G A 173.66 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0280724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2836;QD=12.8637;RBI=0.0305334;REFB=-0.0135769;REVB=0.0120096;RO=33;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274956;STB=0.661155;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0239557;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:17:4:13:20:17:4:13:20 chr22 45075738 . T C 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0126095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.312;QD=14.0455;RBI=0.0156849;REFB=0.0075728;REVB=0.00932832;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993532;STB=0.557216;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00726598;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:6:23:13:5:6:23 chr22 45198009 . A G 199.96 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0568621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7391;QD=25.8017;RBI=0.105821;REFB=-0.0192075;REVB=-0.0892461;RO=9;SAF=12;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45548;STB=0.76429;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0413769;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:31:31:9:9:14:15:0.483871:2:12:3:6:2:13:3:6 chr22 45258324 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.708;QD=57.1772;RBI=0.0225709;REFB=0;REVB=0.00577439;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49836e-05;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr22 45278187 . A T 147.41 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00421641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.752;QD=17.3429;RBI=0.0109896;REFB=-0.015544;REVB=-0.0101486;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11279;STB=0.538413;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0170362;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:5:10:10:8:6:10:10:8 chr22 45404497 . G A 238.11 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.120726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1425;QD=16.143;RBI=0.130517;REFB=-0.0164931;REVB=0.0495994;RO=31;SAF=3;SAR=24;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412859;STB=0.556476;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0258472;OID=.;OPOS=45404497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:24:3:4:27:24:3:5:27 chr22 45566843 . A G 706.28 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.037;QD=61.4155;RBI=0.0147116;REFB=0;REVB=0.0146066;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256561;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:24:18:0:0:28:18:0:0 chr22 45566912 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000912114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.402;QD=57.177;RBI=0.00965088;REFB=0;REVB=-0.00960768;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02936e-05;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr22 45577231 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6024;QD=47.8222;RBI=0.0447744;REFB=0;REVB=0.0181006;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013321;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr22 45583898 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.015;QD=48.7365;RBI=0.0251983;REFB=0;REVB=0.0250945;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011474;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr22 45593055 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0465166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.094;QD=16.8982;RBI=0.0514628;REFB=-0.0328182;REVB=-0.0220142;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0310215;OID=.;OPOS=45593055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr22 45603631 . C G 686.98 PASS AF=0.445783;AO=73;DP=160;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0133788;FXX=0.0459744;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.299;QD=16.5537;RBI=0.013395;REFB=-0.0159902;REVB=-0.000657807;RO=87;SAF=31;SAR=42;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000630859;STB=0.507446;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0229583;OID=.;OPOS=45603631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:166:87:92:73:74:0.445783:42:31:37:50:42:32:41:51 chr22 45683304 . G C 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00987557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.982;QD=32.7572;RBI=0.0100145;REFB=0.0125385;REVB=0.0016624;RO=7;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697621;STB=0.538422;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00442526;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:14:6:3:4:14:6:3:4 chr22 45685002 . A G 313.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000571147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.341;QD=52.2457;RBI=0.0140765;REFB=0;REVB=-0.0140649;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194413;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr22 45691521 . C T 286.07 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0208834;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4502;QD=16.8276;RBI=0.0302159;REFB=-0.006029;REVB=-0.0218377;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952966;STB=0.573484;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0149298;OID=.;OPOS=45691521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:36:31:32:0.470588:15:16:21:13:16:16:23:13 chr22 45691594 . A G 975.37 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9427;QD=57.3746;RBI=0.0316105;REFB=-0.104871;REVB=-0.0162691;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0068913;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:0:1:34:33:0:1 chr22 45718041 . A G 1460.29 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183373;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.477;QD=63.4908;RBI=0.023708;REFB=0;REVB=0.0150271;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5465e-05;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr22 45723807 . G C 804.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8495;QD=64.3721;RBI=0.0856337;REFB=0;REVB=-0.0825192;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000743952;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr22 45723842 . G A 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.791;QD=59.0425;RBI=0.0285779;REFB=-0.0516412;REVB=0.00810852;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00028808;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr22 45723947 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9452;QD=37.4883;RBI=0.048213;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00416841;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr22 45728370 . G A 799.35 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.053485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.187;QD=54.193;RBI=0.0604731;REFB=-0.133703;REVB=0.0282195;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00322825;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:55:58:0.983051:29:26:0:0:32:26:1:0 chr22 45736485 . C T 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0124182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.628;QD=18.7515;RBI=0.0386917;REFB=-0.0106711;REVB=-0.0366447;RO=43;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118649;STB=0.565925;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0102878;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:21:19:15:28:21:19:15:28 chr22 45737787 . A G 305.03 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0331035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2693;QD=15.0633;RBI=0.0401397;REFB=0.00881366;REVB=-0.0227014;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367588;STB=0.706589;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.013905;OID=.;OPOS=45737787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:22:12:34:13:22:12:34:13 chr22 45741364 . G A 230.61 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0360405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.874;QD=10.0265;RBI=0.0363399;REFB=-0.0122855;REVB=-0.00465485;RO=62;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150841;STB=0.513668;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0323055;OID=.;OPOS=45741364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:63:29:29:0.315217:13:16:35:27:13:16:36:27 chr22 45767391 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00293394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.653;QD=13.4589;RBI=0.0279994;REFB=-0.00957203;REVB=-0.0278453;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521998;STB=0.797163;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0187742;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:3:13:8:17:3:13:9:17 chr22 45767455 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.489;QD=57.6793;RBI=0.0772415;REFB=0;REVB=0.0105225;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575386;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr22 45782903 . T C 1116.43 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.09;QD=60.3475;RBI=0.0565639;REFB=0;REVB=-0.0140492;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83664e-05;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr22 45789642 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4321;QD=51.9166;RBI=0.0894413;REFB=0;REVB=0.053523;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521848;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr22 45813687 . G A 291.99 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00307525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0031;QD=21.6286;RBI=0.00395211;REFB=0.0114109;REVB=-0.00248234;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729967;STB=0.540513;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0127425;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:20:10:10:14:20:10:10:14 chr22 45821887 . G A 469.9 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.978;QD=55.282;RBI=0.0196234;REFB=-0.0947135;REVB=0.0141174;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000117491;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:16:16:1:0:17:16:1:0 chr22 45821909 . C T 192.86 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0317543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.911;QD=23.3763;RBI=0.0317815;REFB=-0.0643682;REVB=0.00131375;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157268;STB=0.588141;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0365415;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:8:6:12:7:8:6 chr22 45821935 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0232713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0976;QD=24.2922;RBI=0.0687441;REFB=-0.0266735;REVB=0.0646854;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470885;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0199697;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:7:6:10:9:7:6 chr22 45821956 . C G 56.88 PASS AF=0.296296;AO=5;DP=29;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0635205;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.832;QD=8.42673;RBI=0.0638378;REFB=-0.00546012;REVB=-0.00635762;RO=19;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.682683;STB=0.571247;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0225898;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:27:19:19:5:8:0.296296:0:5:10:9:3:5:10:9 chr22 45826880 . G A 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.254;QD=58.2412;RBI=0.0488459;REFB=-0.10092;REVB=0.0241168;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00176476;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:1:0:17:22:1:0 chr22 45898117 . T C 189.8 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0104088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.165;QD=11.3313;RBI=0.0104195;REFB=-0.0106956;REVB=-0.000472205;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182841;STB=0.604852;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0109378;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:41:43:24:24:0.358209:14:10:24:17:14:10:25:18 chr22 45898130 . A T 192.25 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00676777;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3232;QD=11.6518;RBI=0.00683872;REFB=-0.0115682;REVB=-0.000982538;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194578;STB=0.612408;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0169287;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:42:42:24:24:0.363636:14:10:25:17:14:10:25:17 chr22 45913547 . G A 366.03 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00477019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.658;QD=21.5313;RBI=0.0178706;REFB=-0.00339486;REVB=0.0172222;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636252;STB=0.540519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00302394;OID=.;OPOS=45913547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:36:37:0.544118:17:19:14:17:17:20:14:17 chr22 45923827 . A G 2064.9 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.93;QD=62.5727;RBI=0.00931333;REFB=0;REVB=0.00513357;RO=0;SAF=76;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58591e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:56:76:0:0:56:76:0:0 chr22 45937149 . C T 328.78 PASS AF=0.389474;AO=34;DP=92;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=0.0543793;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.454;QD=13.8434;RBI=0.0547232;REFB=-0.0218398;REVB=-0.0061261;RO=54;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132156;STB=0.560186;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.036177;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:54:58:34:37:0.389474:23:11:12:42:25:12:14:44 chr22 46318285 . A G 215.88 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0230598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6857;QD=22.1417;RBI=0.0232121;REFB=-0.0128162;REVB=0.00265413;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17346;STB=0.608594;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0149799;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:9:12:6:11:9:12:6:12 chr22 46402715 . G T 1378.74 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239594;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.017;QD=62.6701;RBI=0.0247108;REFB=0;REVB=-0.00604727;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.655e-05;OID=.;OPOS=46402715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:40:47:0:0:40:48:0:0 chr22 46403039 . G A 2235.93 PASS AF=0.980769;AO=146;DP=151;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0188681;FXX=0.0126574;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.591;QD=57.3315;RBI=0.0401061;REFB=-0.0481639;REVB=0.0353906;RO=1;SAF=83;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748901;STB=0.511449;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00130829;OID=.;OPOS=46403039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:151:156:1:3:146:153:0.980769:63:83:0:1:64:89:0:3 chr22 46493852 . C T 365.52 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0380451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.041;QD=25.6507;RBI=0.0399521;REFB=-0.0111416;REVB=0.0121959;RO=21;SAF=18;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911451;STB=0.526301;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00941494;OID=.;OPOS=46493852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:35:36:0.631579:17:18:8:13:18:18:9:12 chr22 46638628 . GCA G 32.08 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0719195;FXX=0.173837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=85.7799;QD=6.75451;RBI=0.148345;REFB=-0.107264;REVB=-0.129745;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347138;STB=0.533202;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.226229;OID=.;OPOS=46638629;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:5:22:5:19:14:2:3:5:9:32:9:2:3:1:8 chr22 46677607 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8986;QD=54.5119;RBI=0.0675944;REFB=0;REVB=0.0632262;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219008;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr22 46722400 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.758;QD=60.2306;RBI=0.0138088;REFB=0;REVB=-0.00243291;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27609e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr22 46787681 . G A 331.05 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.034986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4337;QD=15.9541;RBI=0.0581297;REFB=0.0042479;REVB=0.0464224;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818675;STB=0.546181;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00392471;OID=.;OPOS=46787681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:14:22:25:22:14:22:25:22 chr22 46929692 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000425582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.932;QD=58.9625;RBI=0.00796216;REFB=0;REVB=-0.00795077;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84e-05;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr22 46930794 . G A 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.000715018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.19;QD=24.7084;RBI=0.0334429;REFB=-0.0257896;REVB=0.0334353;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129571;STB=0.571705;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.013575;OID=.;OPOS=46930794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:13:4:9:14:13:4 chr22 46931077 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.391;QD=51.1845;RBI=0.0065548;REFB=0;REVB=-0.00588816;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56553e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr22 46931793 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.893;QD=56.1916;RBI=0.0367233;REFB=0;REVB=0.0160297;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97897e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr22 46931838 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.137;QD=52.6131;RBI=0.0282258;REFB=0;REVB=-0.0281427;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354654;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr22 47058992 . T C 2003.32 PASS AF=1;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138904;FXX=0.0303007;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3958;QD=62.6037;RBI=0.0358562;REFB=0;REVB=-0.0330564;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133438;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:128:0:0:128:128:1:61:67:0:0:61:67:0:0 chr22 47075462 . C T 889.02 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250176;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.348;QD=58.2964;RBI=0.0525645;REFB=0;REVB=-0.0462292;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43962e-05;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr22 47185265 . G T 88.03 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0086996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.24;QD=18.5321;RBI=0.053959;REFB=0.00430325;REVB=-0.053253;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449228;STB=0.765433;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00592724;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:8:8:10:11:0.578947:2:8:2:6:2:9:2:6 chr22 47311404 . A T 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.234;QD=57.5452;RBI=0.0219355;REFB=0;REVB=0.0200134;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135118;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr22 47569571 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.353;QD=46.8474;RBI=0.146307;REFB=0;REVB=0.0430235;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017317;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr22 48023241 . G T 789.2 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305159;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.063;QD=64.4241;RBI=0.0305352;REFB=0;REVB=0.00108544;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90016e-05;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr22 48940553 . T C,G 789.66 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300187,0.0350456;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.706,181.638;QD=63.1726;RBI=0.03069,0.0353265;REFB=0,0;REVB=0.0063838,0.00444663;RO=0;SAF=28,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000404327,0.154631;OID=.,.;OPOS=48940553,48940553;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:20,0:28,2:0:0:20,0:28,2:0:0 chr22 48940644 . C T 329.95 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0280787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5737;QD=18.3304;RBI=0.02859;REFB=-0.00573806;REVB=-0.00538268;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271354;STB=0.515143;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00683602;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:18:19:19:16:18:19 chr22 48940714 . T TC 228.42 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.113865;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=122.677;QD=16.6125;RBI=0.114486;REFB=0.00304321;REVB=0.0119066;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115024;STB=0.552596;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=-0.00296943;OID=.;OPOS=48940715;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:30:57:30:55:25:10:20:11:14:99:26:10:20:12:14 chr22 49246723 . A C 609.76 PASS AF=0.484375;AO=63;DP=134;FAO=62;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.121465;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0404;QD=19.0549;RBI=0.124394;REFB=-0.0433231;REVB=-0.0268337;RO=54;SAF=23;SAR=40;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991662;STB=0.510635;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0205586;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:128:54:64:63:62:0.484375:40:23:14:40:39:23:25:39 chr22 50277835 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.112;QD=49.5991;RBI=0.0141277;REFB=0;REVB=0.00872159;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41496e-05;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr22 50277883 . A G 302.49 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.267;QD=52.6073;RBI=0.0985889;REFB=0;REVB=0.051816;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356148;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr22 50278438 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.427;QD=56.9378;RBI=0.0315105;REFB=0;REVB=-0.0126975;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56054e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr22 50278568 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.432;QD=55.6558;RBI=0.0127467;REFB=0;REVB=0.0125049;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24408e-05;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr22 50278642 . C T 400.12 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0894194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1511;QD=53.3487;RBI=0.0902927;REFB=-0.050797;REVB=-0.0125279;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546874;STB=0.529391;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00310787;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:1:0:21:8:1:0 chr22 50279740 . C T 422.26 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00135644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.738;QD=20.8525;RBI=0.00392385;REFB=-0.0118045;REVB=-0.00368194;RO=39;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954954;STB=0.552874;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0213616;OID=.;OPOS=50279740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:25:17:20:19:25:17:20:19 chr22 50280136 . T C 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.032;QD=63.2799;RBI=0.0414563;REFB=0;REVB=-0.00241674;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43429e-05;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr22 50281917 . A G 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00939602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.799;QD=61.7127;RBI=0.011374;REFB=0.0531001;REVB=-0.0064095;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-5.25992e-05;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:46:45:0:0:46:45:0:1 chr22 50356693 . T C 278.66 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0044118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7277;QD=23.2213;RBI=0.026733;REFB=-0.022523;REVB=0.0263664;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835506;STB=0.55304;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0193558;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:9:16:12:10:9:17:12:10 chr22 50435480 . A G 277.49 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0333263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5345;QD=13.8745;RBI=0.0349009;REFB=-0.0280189;REVB=-0.0103651;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145886;STB=0.531476;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0171604;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:48:32:32:0.4:15:17:24:20:15:17:28:20 chr22 50439194 . C T 164.54 PASS AF=0.485714;AO=11;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0200264;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=156.845;QD=18.8041;RBI=0.0348813;REFB=-0.0472775;REVB=0.0285596;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129418;STB=0.60057;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0249752;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:18:11:17:0.485714:3:8:10:2:8:9:13:5 chr22 50468907 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00904972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.383;QD=10.9409;RBI=0.0101503;REFB=-0.0171467;REVB=-0.00459697;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202063;STB=0.621079;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0330044;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:9:11:4:7:9:11 chr22 50468933 . G T 107.38 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0137555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.736;QD=12.6326;RBI=0.0231348;REFB=-0.00435058;REVB=-0.0186013;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188234;STB=0.611472;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00268205;OID=.;OPOS=50468933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:11:10:4:9:11:10 chr22 50470516 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.024617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.104;QD=15.5728;RBI=0.0248439;REFB=-0.00327613;REVB=-0.00335048;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272125;STB=0.655489;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00177796;OID=.;OPOS=50470516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:10:2:5:6:10:2 chr22 50480108 . C T 287.22 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0763915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3346;QD=18.2362;RBI=0.101688;REFB=-0.0033484;REVB=0.0671177;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110572;STB=0.574508;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00595703;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:32:29:31:0.492063:12:17:15:17:12:19:15:17 chr22 50547247 . A G 1049.83 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120179;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.208;QD=59.9903;RBI=0.0163818;REFB=0;REVB=0.0111325;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565874;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:29:41:0:0 chr22 50555619 . C T 1492.15 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.314;QD=63.4959;RBI=0.0300394;REFB=0;REVB=0.0202891;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58157e-05;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:51:43:0:0 chr22 50555686 . A C 1352.98 PASS AF=0.932692;AO=97;DP=104;FAO=97;FDP=104;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0238944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.604;QD=52.0379;RBI=0.0335965;REFB=0.00177209;REVB=0.0236175;RO=7;SAF=40;SAR=57;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760812;STB=0.540222;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-4.58054e-05;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:104:104:7:7:97:97:0.932692:57:40:7:0:57:40:7:0 chr22 50582626 . A G 1530.07 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.313;QD=63.7531;RBI=0.0298661;REFB=0;REVB=-0.0121406;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06979e-05;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:44:51:0:0:44:52:0:0 chr22 50589196 . C A 643.83 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0269131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0801;QD=50.4968;RBI=0.0318541;REFB=-0.179629;REVB=-0.0170402;RO=3;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599159;STB=0.530599;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00962674;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:51:3:3:47:48:0.941176:22:25:0:3:23:25:0:3 chr22 50596637 . T C 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0243887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.903;QD=1.88399;RBI=0.0311117;REFB=-0.00412419;REVB=-0.0193166;RO=74;SAF=8;SAR=1;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48161;STB=0.870185;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0209734;OID=.;OPOS=50596637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:1:8:37:37:1:8:37:37 chr22 50615388 . AC A 36.31 PASS AF=0.188406;AO=14;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=-0.0750184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2707;QD=2.10474;RBI=0.0758702;REFB=0.00304038;REVB=-0.0113369;RO=52;SAF=1;SAR=13;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384833;STB=0.73538;STBP=0.168;TYPE=del;VARB=-0.028027;OID=.;OPOS=50615389;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188406:14:69:13:69:56:1:12:12:44:36:52:1:13:12:40 chr22 50618738 . G A 171.58 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288401;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.54;QD=45.7549;RBI=0.033719;REFB=0;REVB=0.0174704;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129048;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr22 50637597 . G C 1079.64 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.629;QD=59.9802;RBI=0.00296799;REFB=0;REVB=0.00199348;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30454e-06;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr22 50646936 . G C 628.81 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0391705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8857;QD=57.1646;RBI=0.0873844;REFB=-0.0830882;REVB=0.0781135;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50331;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00599772;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:18:24:0:0:18:24:1:1 chr22 50657010 . C G 746.08 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9143;QD=56.3081;RBI=0.135587;REFB=0;REVB=0.038137;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012492;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr22 50658165 . G A 232.05 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.000434573;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.381;QD=12.0544;RBI=0.018544;REFB=-0.0237327;REVB=0.0185389;RO=48;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242961;STB=0.643739;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0327359;OID=.;OPOS=50658165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:48:49:28:28:0.363636:13:15:15:33:13:15:15:34 chr22 50658698 . T A 542.97 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378192;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2475;QD=60.3301;RBI=0.0380624;REFB=0;REVB=0.00429573;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679757;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr22 50664612 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0425;QD=57.1035;RBI=0.0590778;REFB=0;REVB=0.046683;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3358e-05;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr22 50688348 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.681;QD=56.9568;RBI=0.034083;REFB=0;REVB=-0.006423;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025396;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr22 50693521 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0826653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8125;QD=28.5372;RBI=0.0988908;REFB=-0.0648752;REVB=0.0542755;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0249117;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr22 50693534 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.431;QD=39.2068;RBI=0.0162093;REFB=0;REVB=-0.0157878;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245143;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr22 50693538 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.577;QD=40.7629;RBI=0.0474317;REFB=0;REVB=0.0473309;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216044;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr22 50693554 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.619;QD=45.8068;RBI=0.0271646;REFB=0;REVB=0.0132222;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118715;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr22 50694297 . A G 368.98 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.397;QD=54.6638;RBI=0.0240726;REFB=0;REVB=0.0068184;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35899e-05;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr22 50699668 . A G 574.92 PASS AF=0.976744;AO=39;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.151835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5332;QD=53.4807;RBI=0.152214;REFB=-0.147181;REVB=-0.0107303;RO=4;SAF=13;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12433;STB=0.515144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0190379;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:4:1:39:42:0.976744:26:13:4:0:26:16:1:0 chr22 50704661 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.472;QD=64.4153;RBI=0.0286564;REFB=0;REVB=-0.0255454;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187127;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr22 50705059 . A G 433.86 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0601;QD=55.9817;RBI=0.0284166;REFB=0;REVB=-0.0207026;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921355;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:27:31:1:16:11:0:0:18:13:0:0 chr22 50705304 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00759757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.604;QD=9.76019;RBI=0.0164274;REFB=0.00345253;REVB=0.0145649;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00713768;OID=.;OPOS=50705304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr22 50705466 . A G 272.87 PASS AF=0.958333;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00666661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.7291;QD=45.4776;RBI=0.0264805;REFB=-0.101942;REVB=0.0256276;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00467827;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:24:0:1:19:23:0.958333:12:7:0:0:14:9:1:0 chr22 50713866 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.849;QD=48.7372;RBI=0.0484245;REFB=0;REVB=-0.0417479;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237258;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr22 50716167 . G A 90.66 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00497005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.765;QD=9.06584;RBI=0.0053666;REFB=-0.0104579;REVB=0.00202461;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176844;STB=0.607261;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0288499;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:40:40:28:28:12:12:0.3:5:7:12:16:5:7:12:16 chr22 50719251 . A G 162.08 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0160908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.39;QD=9.97428;RBI=0.041159;REFB=-0.00511155;REVB=-0.0378834;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326983;STB=0.697823;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0169758;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:43:21:22:0.338462:12:9:31:12:13:9:31:12 chr22 50720622 . C T 780.14 PASS AF=0.548148;AO=72;DP=134;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0224161;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8132;QD=23.1151;RBI=0.0632784;REFB=-0.0173496;REVB=0.0591749;RO=61;SAF=43;SAR=29;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899225;STB=0.533446;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0118711;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:61:61:72:74:0.548148:29:43:30:31:31:43:31:30 chr22 50728062 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.279;QD=60.6102;RBI=0.0444881;REFB=0;REVB=0.0213252;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42525e-05;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr22 50751528 . G GC 377.63 PASS AF=0.72549;AO=6;DP=54;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0490714;FXX=0.0192271;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.659;QD=29.6177;RBI=0.202175;REFB=-0.0255292;REVB=-0.196129;RO=48;SAF=6;SAR=0;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587182;STB=0.57504;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=0.0136825;OID=.;OPOS=50751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72549:6:54:37:51:14:19:18:11:3:99:48:6:0:29:19 chr22 50751529 . G C 269.33 PASS AF=0.5;AO=31;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000965893;FXX=0.0333278;HRUN=7;LEN=1;MLLD=158.006;QD=18.5744;RBI=0.016666;REFB=-0.00126588;REVB=0.016638;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183866;STB=0.602284;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000980526;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:29:31:29:0.5:16:15:19:8:16:13:19:10 chr22 50752150 . C T 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0312004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4088;QD=16.6609;RBI=0.0330662;REFB=-0.0434919;REVB=0.01095;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226069;STB=0.627312;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0286605;OID=.;OPOS=50752150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:10:18:13:19:10:18:13:19 chr22 50753334 . G A 100.86 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0141298;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.87;QD=13.4485;RBI=0.0214521;REFB=-0.0272744;REVB=-0.0161414;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225979;STB=0.634375;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0269241;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:18:18:12:12:0.4:3:9:10:8:3:9:10:8 chr22 50754466 . C T 135.23 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0337447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7694;QD=16.9038;RBI=0.033802;REFB=-0.0181765;REVB=0.00196766;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19662;STB=0.593102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0286952;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:7:7:12:5:7:8:12:5 chr22 50754648 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=11;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0216673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.011;QD=26.8481;RBI=0.0221521;REFB=-0.0173165;REVB=-0.00460905;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124286;STB=0.512179;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0197916;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:11:15:0.681818:8:3:3:4:8:7:3:4 chr22 50757470 . T C 327.37 PASS AF=0.53125;AO=32;DP=62;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.035033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.54;QD=20.4609;RBI=0.0360366;REFB=-0.0291873;REVB=0.00844537;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171112;STB=0.604485;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0286182;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:30:32:34:0.53125:15:17:10:20:15:19:10:20 chr22 50877166 . G C 258.43 PASS AF=1;AO=6;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790764;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.215;QD=51.6861;RBI=0.112624;REFB=0;REVB=0.080194;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410411;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:20:0:0:6:20:1:0:6:0:0:6:14:0:0 chr22 50898026 . G A 1806.5 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.179;QD=60.2168;RBI=0.0567623;REFB=-0.135912;REVB=0.0468183;RO=1;SAF=57;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082599;STB=0.504347;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00138638;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:118:119:0.991667:61:57:1:0:62:57:1:0 chr22 50901009 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.529;QD=56.7058;RBI=0.0359922;REFB=0;REVB=0.0289274;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014933;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr22 50923042 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9072;QD=40.7628;RBI=0.0549802;REFB=0;REVB=0.0290687;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435782;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr22 50923217 . T C 713.34 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385669;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.387;QD=63.4077;RBI=0.0425798;REFB=0;REVB=0.0180454;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430868;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr22 50923282 . C A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA 126.15 PASS AF=0.1875,0.625;AO=3,9;DP=21;FAO=3,10;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0;FSAR=3,10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,22;MLLD=56.3345,382.287;QD=31.5379;RBI=0.00390215,0.00921343;REFB=0.00613644,0.00578742;REVB=0.00390215,-0.00921343;RO=8;SAF=0,0;SAR=3,9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.694555,-0.80753;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0509969,0.000537453;OID=.,.;OPOS=50923282,50923283;OREF=C,-;OALT=A,CCACCCCCACCTTCCCCAGCAA;OMAPALT=A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:21:16:8:3:3,9:3,10:0.1875,0.625:3,9:0,0:5:3:3,10:0,0:0:3 chr22 50941985 . T C 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0688993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6809;QD=27.3141;RBI=0.0688994;REFB=0.0147203;REVB=0.000125485;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224982;STB=0.624878;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00354582;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:14:7:8:4:14:7:8:4 chr22 50944128 . G A 270.52 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215063;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.249;QD=51.5277;RBI=0.0995732;REFB=0;REVB=0.097223;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475323;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr22 50944163 . G A 180.86 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0442349;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.959;QD=22.6076;RBI=0.0520395;REFB=-0.0292519;REVB=0.0274113;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114146;STB=0.580895;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.017914;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:11:7:7:6:11:7:8:6 chr22 50959434 . AGGGGGC AGGC,AGGG,AGGGC,AGGGGC 204.05 PASS AF=0,0.0416667,0.791667,0.166667;AO=5,3,7,6;DP=25;FAO=0,1,19,4;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,8,4;FSAR=0,0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133806,0.142701,0.196556,0.368477;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,3,2,1;MLLD=19.1435,17.1106,24.5847,12.9362;QD=34.0083;RBI=0.181714,0.185583,0.2682,0.497604;REFB=-0.123038,-0.118377,-0.147478,-0.141474;REVB=-0.122948,-0.11865,-0.182475,-0.334417;RO=3;SAF=0,3,2,6;SAR=5,0,5,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.794084,0,-0.367917,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0540211,-0.106501,-0.00182216,0.0888836;OID=.,.,.,.;OPOS=50959435,50959438,50959435,50959435;OREF=GGG,GGC,GG,G;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=AGGC,AGGG,AGGGC,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0.0416667,0.791667,0.166667:5,3,7,6:25:0,1,19,4:24:0:0,1,8,4:0,0,11,0:0:0:10:3:0,3,2,6:5,0,5,0:3:0 chr22 50959478 . G A 56.3 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0108329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.456;QD=11.259;RBI=0.0108352;REFB=-0.0105621;REVB=-0.000224185;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57458;STB=0.850411;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0103695;OID=.;OPOS=50959478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:8:4:7:1:8:4 chr22 50960682 . C T 973.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5424;QD=58.971;RBI=0.0170193;REFB=0;REVB=0.0149458;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14721e-05;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:31:35:0:0 chr22 50961169 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.678;QD=39.2068;RBI=0.0233424;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144157;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr22 50964236 . G A 328.95 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0031528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.959;QD=50.6069;RBI=0.0306984;REFB=-0.10765;REVB=0.0305361;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00111209;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:0:1:25:25:0.961538:19:6:0:0:19:6:0:1 chr22 50988695 . T C 238.97 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.455;QD=50.3102;RBI=0.0468793;REFB=0;REVB=-0.0185502;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141464;OID=.;OPOS=50988695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr22 51011376 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.111;QD=61.6839;RBI=0.0650174;REFB=0;REVB=0.0121494;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33146e-05;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:33:8:0:0:33:8:0:0 chr22 51012311 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.278;QD=63.8719;RBI=0.0581443;REFB=0;REVB=0.0421831;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011314;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr22 51015838 . T C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3343;QD=53.269;RBI=0.0687028;REFB=0;REVB=-0.0597156;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218502;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr22 51043278 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000978966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.722;QD=47.8223;RBI=0.0317118;REFB=0;REVB=0.0316967;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290424;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr22 51045190 . C T 141.94 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.295;QD=43.6739;RBI=0.0847563;REFB=0;REVB=0.00195993;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104523;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr22 51045433 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.889;QD=42.1824;RBI=0.0505511;REFB=0;REVB=0.0234396;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184732;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr22 51048721 . G A 155.27 PASS AF=0.789474;AO=8;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0852794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.382;QD=32.6884;RBI=0.102403;REFB=-0.0302928;REVB=0.0566912;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790568;STB=0.507033;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0111009;OID=.;OPOS=51048721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:3:4:8:15:0.789474:4:4:1:2:7:8:2:2 chr22 51117580 . T C 315.72 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00243311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.119;QD=15.0344;RBI=0.0198916;REFB=-0.0122636;REVB=-0.0197423;RO=48;SAF=12;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103169;STB=0.553579;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0274129;OID=.;OPOS=51117580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:23:12:21:27:23:12:21:28 chr22 51183255 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0942;QD=45.8068;RBI=0.0627052;REFB=0;REVB=-0.0116416;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011711;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chrX 200860 . T C 1327.78 PASS AF=1;AO=70;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828029;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.461;QD=61.7574;RBI=0.0679463;REFB=0;REVB=0.0674398;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412814;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:70:86:1:30:40:0:0:46:40:0:0 chrX 207362 . C T 1556.42 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.781;QD=59.8623;RBI=0.0358866;REFB=0;REVB=0.0177271;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35172e-05;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:66:38:0:0:66:38:0:0 chrX 228879 . G C 168.2 PASS AF=0.238532;AO=26;DP=109;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0261336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.046;QD=6.17258;RBI=0.0265403;REFB=-0.0276174;REVB=0.00462834;RO=82;SAF=2;SAR=24;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.667781;STB=0.913098;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0633305;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:82:83:26:26:0.238532:24:2:48:34:24:2:49:34 chrX 228892 . C A 262.76 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0101869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.235;QD=26.9501;RBI=0.0130409;REFB=-0.0876164;REVB=0.00814207;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261787;STB=0.644236;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0482937;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:14:10:12:3:14:10:12:3 chrX 228898 . C T 42.84 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0698214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.964;QD=5.19212;RBI=0.071604;REFB=-0.0196767;REVB=0.0158778;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700194;STB=0.931617;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0307754;OID=.;OPOS=228898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:24:26:7:7:0.212121:6:1:20:4:6:1:22:4 chrX 228934 . A G 297.38 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0177046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7361;QD=45.7502;RBI=0.023281;REFB=0.0413928;REVB=0.0151179;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660323;STB=0.535685;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00151856;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:2:2:23:24:0.923077:10:13:2:0:11:13:2:0 chrX 228940 . A G 256.0 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0209452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0267;QD=44.521;RBI=0.0575258;REFB=-0.0492882;REVB=-0.0535772;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545411;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0255821;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:20:21:0.913043:10:10:1:1:11:10:2:0 chrX 228976 . G C 277.27 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=-0.0460751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.329;QD=13.5253;RBI=0.0878234;REFB=-0.0258042;REVB=0.0747665;RO=47;SAF=8;SAR=24;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225787;STB=0.524985;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0123966;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:50:32:32:0.390244:24:8:11:36:24:8:11:39 chrX 229137 . A G 725.45 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.51;QD=54.7511;RBI=0.0934132;REFB=-0.00468532;REVB=0.0852575;RO=0;SAF=44;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64328e-08;STB=0.505745;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00104585;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:53:0:1:52:52:0.981132:8:44:0:0:9:43:1:0 chrX 295132 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2221;QD=37.4883;RBI=0.0267918;REFB=0;REVB=0.0243583;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627586;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chrX 295231 . A G 366.42 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.922;QD=54.2845;RBI=0.0267008;REFB=0;REVB=0.0152455;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000958921;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chrX 299362 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.588;QD=57.2022;RBI=0.0251159;REFB=0;REVB=0.0131908;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111295;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrX 299591 . A G 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.204;QD=59.1395;RBI=0.0157148;REFB=0;REVB=-0.0078231;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03932e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chrX 306152 . T G 270.37 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.793;QD=51.4987;RBI=0.0776529;REFB=0;REVB=0.0776419;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160269;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:15:21:1:9:6:0:0:15:6:0:0 chrX 322161 . A G 2293.02 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268936;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.714;QD=61.1472;RBI=0.0273953;REFB=0;REVB=-0.027263;RO=0;SAF=92;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115843;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:150:0:0:150:150:1:58:92:0:0:58:92:0:0 chrX 322193 . C T 3218.51 PASS AF=0.986047;AO=210;DP=216;FAO=212;FDP=215;FR=.;FRO=3;FSAF=124;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0181859;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.924;QD=59.8793;RBI=0.0219404;REFB=-0.0979775;REVB=0.0122741;RO=3;SAF=124;SAR=86;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163242;STB=0.508379;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00104812;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:216:215:3:3:210:212:0.986047:86:124:0:3:88:124:0:3 chrX 606325 . G A 636.2 PASS AF=0.370558;AO=73;DP=199;FAO=73;FDP=197;FR=.;FRO=124;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.0101713;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.599;QD=12.9177;RBI=0.0338739;REFB=-0.00369129;REVB=-0.0323107;RO=123;SAF=40;SAR=33;SRF=51;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146845;STB=0.580409;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00654323;OID=.;OPOS=606325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:123:124:73:73:0.370558:33:40:51:72:33:40:52:72 chrX 610715 . C G 843.72 PASS AF=0.426606;AO=93;DP=219;FAO=93;FDP=218;FR=.;FRO=125;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=-0.0144575;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.481;QD=15.481;RBI=0.0146275;REFB=-0.0132113;REVB=-0.00222383;RO=124;SAF=41;SAR=52;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140025;STB=0.505158;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0169721;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:124:125:93:93:0.426606:52:41:53:71:52:41:54:71 chrX 1321286 . C T 44.12 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0164554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.42;QD=2.52134;RBI=0.0171112;REFB=-0.00230598;REVB=-0.00469177;RO=61;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223859;STB=0.516093;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0253539;OID=.;OPOS=1321286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:61:61:9:9:0.128571:4:5:35:26:4:5:35:26 chrX 1422868 . G A 952.49 PASS AF=0.43038;AO=102;DP=240;FAO=102;FDP=237;FR=.;FRO=135;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=80;FSRR=55;FWDB=-0.000726491;FXX=0.0124995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.378;QD=16.0757;RBI=0.0232945;REFB=0.0011122;REVB=0.0232832;RO=135;SAF=61;SAR=41;SRF=80;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578646;STB=0.503222;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00130915;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:237:135:135:102:102:0.43038:41:61:80:55:41:61:80:55 chrX 1428421 . G T 217.35 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0137154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.868;QD=11.2907;RBI=0.0457396;REFB=-0.00852229;REVB=-0.0436348;RO=46;SAF=19;SAR=8;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141969;STB=0.589236;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0119401;OID=.;OPOS=1428421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:46:50:27:27:0.350649:8:19:27:19:8:19:29:21 chrX 1460740 . A G 727.35 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00203874;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.768;QD=52.898;RBI=0.00944503;REFB=-0.113524;REVB=0.00922237;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154473;STB=0.516123;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000263547;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:23:30:1:0:23:30:2:0 chrX 1508324 . G A 210.4 PASS AF=0.412698;AO=22;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0209985;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.911;QD=13.3585;RBI=0.0461202;REFB=-0.0104201;REVB=0.0410626;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115183;STB=0.571375;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0233617;OID=.;OPOS=1508324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:38:37:22:26:0.412698:11:11:23:15:13:13:23:14 chrX 1508583 . T C 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00656578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.677;QD=22.9824;RBI=0.00902772;REFB=-0.00247294;REVB=-0.00619598;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082682;STB=0.546276;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00185846;OID=.;OPOS=1508583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:8:17:13:9:8:17:13:9 chrX 1537002 . C G 1692.41 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0342856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.282;QD=59.3826;RBI=0.0390584;REFB=-0.057571;REVB=0.0187098;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772026;STB=0.503999;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000931981;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:1:1:112:113:0.991228:61:51:0:1:62:51:0:1 chrX 1537881 . C T 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.464;QD=60.0266;RBI=0.0234159;REFB=0;REVB=0.0152663;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77669e-05;OID=.;OPOS=1537881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chrX 1546792 . G A 517.44 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.406;QD=59.1355;RBI=0.0534113;REFB=0;REVB=0.0531235;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38522e-05;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:16:14:0:0:19:16:0:0 chrX 1546876 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.882;QD=63.58;RBI=0.0645199;REFB=0;REVB=-0.0634826;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168054;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chrX 1554649 . T C 747.59 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0155967;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.414;QD=21.5135;RBI=0.0168076;REFB=-0.0031466;REVB=-0.00626408;RO=66;SAF=29;SAR=43;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032888;STB=0.522333;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00245569;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:67:72:72:0.517986:43:29:29:37:43:29:30:37 chrX 1554655 . T C 729.04 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00689713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1041;QD=21.1317;RBI=0.0103638;REFB=-0.0155071;REVB=0.00773554;RO=63;SAF=29;SAR=42;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593057;STB=0.5196;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00935548;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:67:71:71:0.514493:42:29:30:33:42:29:30:37 chrX 1713021 . C T 2293.0 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463404;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6091;QD=61.1467;RBI=0.0482128;REFB=0;REVB=-0.0133056;RO=0;SAF=61;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355211;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:89:61:0:0:89:61:0:0 chrX 1718360 . G A 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00316332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.258;QD=17.2314;RBI=0.131215;REFB=-0.00968641;REVB=0.131177;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258785;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0189656;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:2:6:2:3:2:6:3:3 chrX 1718400 . G A 96.17 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0133393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2664;QD=12.0218;RBI=0.0440293;REFB=-0.00202673;REVB=0.04196;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467161;STB=0.510735;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00480875;OID=.;OPOS=1718400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:5:7:11:8:5:7:12:8 chrX 1719897 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.022397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.356;QD=18.4438;RBI=0.02985;REFB=-0.00329774;REVB=-0.019733;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529408;STB=0.799519;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0018126;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:0:9:3:8:0:9 chrX 1720027 . C T 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0121513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.389;QD=16.5722;RBI=0.0121959;REFB=-0.0254091;REVB=-0.00104165;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158674;STB=0.589136;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0369754;OID=.;OPOS=1720027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:17:13:21:14:17:13:21:14 chrX 2139186 . C T 1935.96 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106042;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.666;QD=61.9507;RBI=0.0161747;REFB=0;REVB=0.0122136;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150137;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:58:67:0:0:58:67:0:0 chrX 2139200 . T C 1878.66 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144682;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.186;QD=61.5955;RBI=0.0166304;REFB=0;REVB=0.00820007;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75398e-06;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:59:62:0:0:60:62:0:0 chrX 2609983 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0294872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5729;QD=12.7295;RBI=0.0318324;REFB=-0.000758531;REVB=-0.0119921;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225785;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000430002;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:5:7:7:2:5:7 chrX 2632482 . C T 2830.08 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.046;QD=62.1996;RBI=0.0533286;REFB=-0.101381;REVB=0.0254435;RO=1;SAF=72;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434801;STB=0.502283;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000133674;OID=.;OPOS=2632482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:109:72:0:1:109:72:0:1 chrX 2645366 . G C 4138.89 PASS AF=1;AO=265;DP=267;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187237;FXX=0.00746241;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.161;QD=62.2389;RBI=0.0289031;REFB=-0.0601078;REVB=-0.0220184;RO=1;SAF=130;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40046e-05;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:267:266:1:0:265:266:1:135:130:0:1:135:131:0:0 chrX 2724760 . T C 411.8 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.021;QD=56.8006;RBI=0.0899667;REFB=0;REVB=0.0838934;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583731;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:15:11:0:0:18:11:0:0 chrX 2748252 . TG T,TC 1197.48 PASS AF=0.075,0.925;AO=10,71;DP=81;FAO=6,74;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=5,45;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642643,0.0552114;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.226,202.278;QD=59.8739;RBI=0.0719847,0.06857;REFB=0,0;REVB=0.0324329,0.0406637;RO=0;SAF=9,41;SAR=1,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,-4.21646e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.02599,-0.00174285;OID=.,.;OPOS=2748253,2748253;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.075,0.925:10,71:81:6,74:80:0:5,45:1,29:0:0:19:0:9,41:1,30:0:0 chrX 2777985 . C T 1512.68 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365654;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6186;QD=63.6917;RBI=0.0389716;REFB=0;REVB=0.0134817;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55646e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chrX 2779570 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7281;QD=62.1609;RBI=0.0254468;REFB=0;REVB=-0.0237452;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30574e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chrX 2832668 . A G 74.22 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.00668805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.853;QD=10.2377;RBI=0.0675965;REFB=-0.00836055;REVB=0.0672649;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186615;STB=0.609571;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0294406;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:17:2:2:8:17:2 chrX 2832696 . T C 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0149364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.494;QD=16.2695;RBI=0.0159746;REFB=-0.0184449;REVB=0.00566492;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29689;STB=0.667855;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0257677;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:15:3:7:8:15:3 chrX 2832708 . G T 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0131627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.199;QD=17.3197;RBI=0.0351915;REFB=-0.016424;REVB=-0.0326372;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351555;STB=0.676277;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0251361;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:15:2:8:8:15:3 chrX 2832715 . T C 133.5 PASS AF=0.416667;AO=16;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00136745;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0628;QD=14.833;RBI=0.0643461;REFB=0.01783;REVB=0.0643316;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342941;STB=0.726052;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0129501;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:21:16:15:0.416667:9:7:16:4:9:6:17:4 chrX 2832739 . C T 256.4 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0142416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.031;QD=22.791;RBI=0.0390436;REFB=-0.0133391;REVB=-0.0363535;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248524;STB=0.639482;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00908879;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:9:12:7:17:9:12 chrX 2832742 . G C 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7244;QD=62.962;RBI=0.0286688;REFB=0;REVB=0.0221968;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591579;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chrX 2832771 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0141808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.806;QD=17.7531;RBI=0.0241761;REFB=-0.0057596;REVB=-0.0195802;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106526;STB=0.559952;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00689237;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:15:12:14:11:15:12 chrX 2832787 . A G 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0116896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.186;QD=18.6407;RBI=0.0162535;REFB=-0.0111065;REVB=0.0112929;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.550274;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0105047;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:14:12:14:11:14:12 chrX 2833605 . C T 117.21 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0413571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.391;QD=12.0211;RBI=0.0456466;REFB=-0.00642307;REVB=-0.0193186;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518275;STB=0.799631;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0107994;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:20:5:10:4:20:5 chrX 2833628 . A C 126.68 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00654697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.175;QD=11.5164;RBI=0.00782596;REFB=-0.00476665;REVB=-0.00428752;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560473;STB=0.777463;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0107176;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:29:13:15:0.340909:9:4:23:4:10:5:23:6 chrX 2833631 . A G 127.18 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0137991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.819;QD=11.5614;RBI=0.0138889;REFB=-0.0191061;REVB=-0.00157617;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479743;STB=0.777463;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00295116;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:23:6:10:5:23:6 chrX 2833638 . C T 139.3 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00143836;FXX=0.155521;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1366;QD=14.6626;RBI=0.0329791;REFB=-0.00704588;REVB=-0.0329477;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348076;STB=0.711594;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00949306;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:38:22:23:15:15:0.394737:10:5:15:7:10:5:16:7 chrX 2833643 . C A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0320857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.3;QD=10.973;RBI=0.0321425;REFB=-0.000670212;REVB=-0.00191027;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438556;STB=0.756453;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00102097;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:10:5:23:8:10:5:23:8 chrX 2835863 . G T 279.2 PASS AF=0.290076;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=131;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00687514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.983;QD=8.52514;RBI=0.0110686;REFB=-0.00562913;REVB=-0.00867446;RO=93;SAF=16;SAR=22;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243567;STB=0.514348;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0098729;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:93:93:38:38:0.290076:22:16:41:52:22:16:41:52 chrX 2835964 . G A 275.05 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00967424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4767;QD=14.1051;RBI=0.0198166;REFB=-0.0148336;REVB=0.0172947;RO=45;SAF=18;SAR=13;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692144;STB=0.522599;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.033074;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:46:31:32:0.410256:13:18:29:16:13:19:29:17 chrX 2835985 . GAAAA AAAAC 208.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0221914;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=5;MLLD=249.093;QD=13.4796;RBI=0.0225892;REFB=-0.010762;REVB=-0.00422034;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192871;STB=0.544712;STBP=0.606;TYPE=mnp;VARB=0.0143971;OID=.;OPOS=2835985;OREF=GAAAA;OALT=AAAAC;OMAPALT=AAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:37:25:25:0.403226:12:13:15:15:12:13:22:15 chrX 2835993 . G A 202.61 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000482277;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3973;QD=13.286;RBI=0.0065344;REFB=-1.95548e-05;REVB=0.00651658;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100046;STB=0.53752;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00139258;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:36:24:25:0.409836:12:12:22:15:12:13:21:15 chrX 2835995 . C A 144.69 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0553888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.859;QD=9.48752;RBI=0.0564358;REFB=-0.0203637;REVB=0.0108204;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872913;STB=0.53752;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0470801;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:12:12:21:15:12:13:21:15 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C,CCCATGCCGG 175.32 PASS AF=0.45,0;AO=17,4;DP=43;FAO=18,0;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9,0;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0423408,0.0233918;FXX=0.0243843;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=252.769,128.474;QD=17.5316;RBI=0.0424373,0.0233948;REFB=0.0070938,0.00472771;REVB=0.00286037,-0.000374229;RO=21;SAF=8,4;SAR=9,0;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142368,0.606674;STB=0.549945,0.5;STBP=0.622,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00956821,0;OID=.,.;OPOS=2835999,2836002;OREF=CCACGCCGG,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CCCATGCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45,0:17,4:43:18,0:40:22:9,0:9,0:13:9:99:21:8,4:9,0:13:8 chrX 2836041 . A T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00908901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.721;QD=26.372;RBI=0.0147415;REFB=-0.0163125;REVB=-0.0116061;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150327;STB=0.583264;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00976925;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:10:6:14:10:10:6 chrX 2836047 . C T 251.47 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.011953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.492;QD=27.1854;RBI=0.0138441;REFB=-0.0226313;REVB=-0.00698469;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936859;STB=0.551841;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0169645;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:13:10:8:6:13:10:8:6 chrX 2836060 . G A 214.21 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0228307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.237;QD=28.5608;RBI=0.0351714;REFB=-0.0288121;REVB=0.0267542;RO=10;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030303;STB=0.516762;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0136051;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:11:9:5:5:11:9:5:5 chrX 2836084 . C G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00774672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.932;QD=19.9286;RBI=0.00782127;REFB=-0.00135738;REVB=-0.00107727;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902331;STB=0.551636;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00122636;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:4:5:8:4:4:5 chrX 2836138 . G A 125.02 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0046075;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.612;QD=16.6694;RBI=0.0229736;REFB=-0.0100557;REVB=0.0225068;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0104518;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:8:6:7:8:8:6:8:8 chrX 2836181 . A T 92.16 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0262971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.985;QD=8.99135;RBI=0.0473291;REFB=-0.00827864;REVB=-0.0393511;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743733;STB=0.561298;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0446247;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:17:11:4:8:17:12 chrX 2836184 . C T 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.048392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.445;QD=8.99419;RBI=0.0642799;REFB=-0.0112447;REVB=-0.0423098;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116751;STB=0.561298;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0318182;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:16:12:4:8:17:12 chrX 2836211 . A T 73.94 PASS AF=0.238095;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00383721;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.462;QD=7.04177;RBI=0.0634466;REFB=-0.00062358;REVB=-0.0633305;RO=26;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129911;STB=0.538383;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00348865;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:43:42:26:32:9:10:0.238095:2:7:18:8:3:7:21:11 chrX 2836238 . G A 59.12 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0523788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.628;QD=5.49928;RBI=0.0615851;REFB=-0.0123478;REVB=0.0323912;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404031;STB=0.526258;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0530435;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:20:14:4:5:20:14 chrX 2852951 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.857;QD=62.67;RBI=0.0699964;REFB=0;REVB=0.0157579;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303665;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chrX 2856155 . C T 761.41 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278932;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.654;QD=53.432;RBI=0.042054;REFB=0.0149185;REVB=-0.0314723;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.500959;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.000449502;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:1:2:55:55:0.964912:29:26:1:0:29:26:1:1 chrX 2942109 . T C 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2094;QD=57.0972;RBI=0.0162491;REFB=0;REVB=-0.00525175;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224349;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chrX 3002687 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0291;QD=39.2049;RBI=0.0892999;REFB=0;REVB=-0.0646465;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207882;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chrX 3228411 . G A 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.768;QD=47.812;RBI=0.0337296;REFB=0.0813259;REVB=-0.01285;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00152309;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:0:1:9:12:0:1 chrX 3228891 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.886;QD=58.2396;RBI=0.00786111;REFB=0;REVB=-0.000724995;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51913e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chrX 3235724 . C T 1914.75 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.06;QD=61.7662;RBI=0.0262447;REFB=0;REVB=0.0257289;RO=0;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16725e-06;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:49:75:0:0:49:75:0:0 chrX 3238167 . T G 1339.53 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.732;QD=62.3037;RBI=0.0366984;REFB=0;REVB=0.0366954;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37998e-05;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:49:36:0:0:50:36:0:0 chrX 3238733 . G A 851.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5191;QD=57.7007;RBI=0.0792324;REFB=0;REVB=0.0162022;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101925;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chrX 3239545 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1213;QD=60.6097;RBI=0.0648104;REFB=0;REVB=-0.058349;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406891;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chrX 3240343 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.589;QD=63.2866;RBI=0.0524822;REFB=0;REVB=0.021074;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396776;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chrX 3241050 . G A 393.01 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.013;QD=56.1437;RBI=0.0224801;REFB=0;REVB=0.0174892;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182561;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chrX 3241256 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8361;QD=55.6554;RBI=0.0400106;REFB=0;REVB=0.0307642;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123928;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chrX 3241284 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.77;QD=56.7061;RBI=0.0132746;REFB=0;REVB=-0.012953;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73674e-05;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chrX 3241317 . T C,G 549.99 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=33,3;DP=36;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013108,-0.0224621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.901,54.9023;QD=56.4096;RBI=0.0264786,0.032281;REFB=0,0;REVB=-0.0230065,0.0231844;RO=0;SAF=18,2;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00710162,0.0848222;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:36:39:0:0:33,3:38,1:0.974359,0.025641:15,1:18,2:0:0:15,1:23,0:0:0 chrX 3241791 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.299;QD=59.0186;RBI=0.0342765;REFB=0;REVB=-0.0225812;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419004;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chrX 3261847 . G C 41.2 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00471392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.109;QD=4.01922;RBI=0.0215009;REFB=0.00344068;REVB=-0.0209778;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12957;STB=0.59028;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0877559;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:5:2:13:21:5:2:13:21 chrX 3261850 . C G 35.44 PASS AF=0.15;AO=7;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0476159;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.0212;QD=3.54368;RBI=0.0476488;REFB=-0.0294323;REVB=-0.00176953;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216323;STB=0.749064;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.118059;OID=.;OPOS=3261850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:24:34:7:6:0.15:5:2:11:13:5:1:14:20 chrX 3592725 . G A 938.24 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.28;QD=56.8631;RBI=0.0279987;REFB=0.0289422;REVB=0.0202467;RO=1;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200938;STB=0.510635;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-3.12454e-05;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:23:42:0:1:23:42:0:1 chrX 5810090 . A G 252.04 PASS AF=0.846154;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0187463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.205;QD=38.7749;RBI=0.065785;REFB=-0.0917287;REVB=0.0630574;RO=3;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553188;STB=0.545413;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.017007;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:3:4:21:22:0.846154:9:12:1:2:10:12:1:3 chrX 6451842 . G C 238.44 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.153942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5744;QD=12.8886;RBI=0.154369;REFB=-0.0294736;REVB=-0.0114785;RO=42;SAF=21;SAR=8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25199;STB=0.628389;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0521157;OID=.;OPOS=6451842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:42:45:29:29:0.391892:8:21:21:21:8:21:24:21 chrX 6451856 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0124064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.885;QD=17.9404;RBI=0.0133685;REFB=-0.0267006;REVB=0.00497987;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343283;STB=0.707222;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0252114;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:14:5:13:8:14:5:14:8 chrX 6451872 . C G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0734404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.32;QD=39.3179;RBI=0.0842505;REFB=-0.054348;REVB=0.0412873;RO=1;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394551;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00353774;OID=.;OPOS=6451872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:11:2:0:1:11:2:0:1 chrX 6975782 . C G 379.55 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224384;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.192;QD=56.2293;RBI=0.0400947;REFB=0;REVB=-0.033228;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014228;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:18:9:0:0 chrX 6995315 . C T 808.96 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0028057;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.928;QD=55.7903;RBI=0.00798407;REFB=-0.0941024;REVB=0.00747485;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000187741;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:0:1:25:32:0:1 chrX 6995417 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.711;QD=56.9554;RBI=0.0419867;REFB=0;REVB=0.0312381;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160533;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chrX 6995438 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.743;QD=62.9815;RBI=0.042319;REFB=0;REVB=0.0422725;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142716;OID=.;OPOS=6995438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chrX 7023678 . G A 728.06 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562884;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.8;QD=57.103;RBI=0.0406158;REFB=0;REVB=0.0402238;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113649;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chrX 7066051 . A C 115.42 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.069;QD=41.9712;RBI=0.0919537;REFB=0;REVB=0.0456138;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906509;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:7:11:1:3:4:0:0:4:7:0:0 chrX 7812017 . C T 69.32 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0908577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.698;QD=30.8068;RBI=0.0913273;REFB=-0.130834;REVB=0.00924994;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00533718;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chrX 7812052 . G A 79.02 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0326579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9736;QD=28.7361;RBI=0.0419783;REFB=0.00841748;REVB=-0.0263751;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429214;STB=0.749315;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00644355;OID=.;OPOS=7812052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:8:1:2:0:8:1:2:0 chrX 8138080 . G C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1704;QD=57.6762;RBI=0.057798;REFB=0;REVB=0.0568527;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749229;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chrX 8138160 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0734;QD=53.2759;RBI=0.0924377;REFB=0;REVB=0.09235;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237305;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chrX 8138165 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.623;QD=51.9165;RBI=0.0600425;REFB=0;REVB=0.037839;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751012;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chrX 8138170 . CT GC 213.72 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111825;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.997;QD=44.9945;RBI=0.189783;REFB=0;REVB=0.153339;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0134721;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 8138181 . CA C,CG 236.13 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,13;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221099,0.0223672;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.526,210.553;QD=49.7109;RBI=0.0368271,0.0440108;REFB=0,0;REVB=-0.0294514,-0.0379033;RO=0;SAF=3,5;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0302314,0.0113898;OID=.,.;OPOS=8138182,8138182;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:4,13:19:1,18:19:0:1,7:0,11:0:0:6:0:3,5:1,8:0:0 chrX 8497510 . C T 2331.38 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236878;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.307;QD=60.9511;RBI=0.025736;REFB=0;REVB=0.0100611;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91227e-05;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:90:61:0:0:92:61:0:0 chrX 8503641 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9597;QD=47.8217;RBI=0.0156692;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558541;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:0:16:0:0:0:16:0:0 chrX 8504833 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4118;QD=61.3353;RBI=0.0642434;REFB=0;REVB=-0.00612397;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528091;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chrX 9842669 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.108;QD=55.6559;RBI=0.00298503;REFB=0;REVB=0.000879898;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86779e-05;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:11:16:0:0 chrX 9859098 . A G 2073.66 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102601;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.949;QD=62.8382;RBI=0.0254354;REFB=0;REVB=-0.0232742;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532815;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:61:71:0:0:61:71:0:0 chrX 9863112 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.665;QD=56.1897;RBI=0.0420533;REFB=0;REVB=-0.00304801;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51766e-05;OID=.;OPOS=9863112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chrX 9863374 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.701;QD=62.022;RBI=0.0250094;REFB=0;REVB=0.0175816;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41631e-05;OID=.;OPOS=9863374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chrX 9935526 . G T 834.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0173;QD=57.5334;RBI=0.0476875;REFB=0;REVB=-0.00836386;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383437;OID=.;OPOS=9935526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chrX 9935844 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.156;QD=44.6898;RBI=0.0651541;REFB=0;REVB=0.0614714;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130736;OID=.;OPOS=9935844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chrX 10062312 . C A 460.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.431;QD=57.6197;RBI=0.110411;REFB=0;REVB=0.0174914;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158722;OID=.;OPOS=10062312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:18:11:0:0:18:14:0:0 chrX 10085674 . T C 44.69 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.339;QD=25.5368;RBI=0.0156743;REFB=-0.00934648;REVB=-0.00548159;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=3.02762e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:2:3:1:0:3:3:1:0 chrX 10202343 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.822;QD=51.1844;RBI=0.0584405;REFB=0;REVB=0.0179452;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830687;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chrX 10204812 . A G 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8963;QD=51.908;RBI=0.0640507;REFB=0;REVB=-0.0455077;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15665e-05;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 12725701 . C G 1371.7 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000776209;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.287;QD=60.2943;RBI=0.0285088;REFB=-0.147285;REVB=0.0284982;RO=2;SAF=34;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270585;STB=0.514283;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00145629;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:2:2:89:89:0.978022:55:34:2:0:55:34:2:0 chrX 12924826 . A G 666.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0035462;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.464;QD=51.2308;RBI=0.00394867;REFB=-0.150492;REVB=0.0017368;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.519992;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000798591;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:0:2:50:50:0.961538:24:26:0:0:24:26:0:2 chrX 12937513 . C T 327.78 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021975;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.102;QD=54.6303;RBI=0.0231721;REFB=0;REVB=0.00735176;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681232;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chrX 12937804 . C T 1573.11 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3133;QD=59.9279;RBI=0.0118791;REFB=0;REVB=0.0118073;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3395e-05;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:46:58:0:0:46:59:0:0 chrX 12939112 . G C 724.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5426;QD=56.8388;RBI=0.0555268;REFB=0;REVB=0.0519821;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705829;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chrX 12939412 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.563;QD=45.8066;RBI=0.0217251;REFB=0;REVB=-0.0109285;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63515e-05;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chrX 12939928 . T C 160.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.053;QD=45.784;RBI=0.0174363;REFB=0;REVB=0.0112826;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20941e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:4:10:0:0 chrX 12994399 . A G 91.39 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0569431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5105;QD=8.70356;RBI=0.0575558;REFB=-0.0167668;REVB=-0.00837603;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914955;STB=0.555467;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0358489;OID=.;OPOS=12994399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:4:8:22:8:4:8:22:8 chrX 13337059 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.446;QD=57.0001;RBI=0.0345636;REFB=0;REVB=-0.00133199;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133221;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chrX 13337115 . C T 923.35 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.608;QD=56.8217;RBI=0.0281701;REFB=-0.0613471;REVB=-0.0039589;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00168033;OID=.;OPOS=13337115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:41:23:0:0:41:23:1:0 chrX 13624615 . G A 720.88 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3322;QD=56.5395;RBI=0.111335;REFB=0;REVB=-0.0294062;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944083;OID=.;OPOS=13624615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:17:34:0:0 chrX 13681115 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.849;QD=59.0179;RBI=0.0346931;REFB=0;REVB=-0.0226758;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3018e-05;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chrX 13681638 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.111;QD=59.8376;RBI=0.0348334;REFB=0;REVB=0.0126591;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25964e-05;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chrX 13681679 . G T 435.87 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1904;QD=54.4842;RBI=0.0202556;REFB=-0.14146;REVB=-0.0113989;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00595889;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chrX 13681968 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00178293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.413;QD=16.417;RBI=0.00495286;REFB=-0.0118084;REVB=-0.00462082;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215384;STB=0.624812;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0131354;OID=.;OPOS=13681968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:8:8:10:4:8:8 chrX 13682066 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.755;QD=48.7373;RBI=0.106813;REFB=0;REVB=-0.0224609;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248012;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chrX 13682577 . G A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0812332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.591;QD=52.1522;RBI=0.0825474;REFB=-0.0430384;REVB=0.0146706;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000171481;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chrX 13682715 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5189;QD=35.5759;RBI=0.114157;REFB=0;REVB=-0.113277;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00805829;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 13683170 . G A 2335.68 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.963;QD=61.0636;RBI=0.0126114;REFB=0;REVB=0.0122342;RO=0;SAF=61;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37525e-06;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:92:61:0:0:92:61:0:0 chrX 13684432 . T A 2275.2 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00627481;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.549;QD=60.6719;RBI=0.0157788;REFB=-0.181514;REVB=0.0144775;RO=1;SAF=88;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537406;STB=0.504106;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000562656;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:150:1:4:146:146:0.973333:58:88:1:0:58:88:3:1 chrX 13764917 . AC A 49.29 PASS AF=0.260417;AO=32;DP=97;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00962841;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.8387;QD=2.05377;RBI=0.287441;REFB=-0.0736534;REVB=-0.287279;RO=60;SAF=0;SAR=32;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.845208;STB=0.886886;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0793349;OID=.;OPOS=13764918;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260417:32:97:25:96:71:2:23:37:34:49:60:0:32:38:22 chrX 14039571 . T A,TA 31.19 PASS AF=0,0.285714;AO=3,6;DP=34;FAO=0,10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=0,7;FSAR=0,3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00402754,-0.0466694;FXX=0.0277701;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=217.197,10.0952;QD=3.56444;RBI=0.0110786,0.127216;REFB=0.00801116,-0.141162;REVB=0.0103206,0.118346;RO=25;SAF=2,6;SAR=1,0;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158188,0.690903;STB=0.5,0.579452;STBP=1,0.617;TYPE=snp,ins;VARB=0.0895485,0.187101;OID=.,.;OPOS=14039571,14039572;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:34:35:25:25:3,6:0,10:0,0.285714:1,0:2,6:13:12:0,3:0,7:15:10 chrX 15415583 . C T 1470.48 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00596765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8653;QD=60.0197;RBI=0.0380074;REFB=0.0300651;REVB=0.037536;RO=3;SAF=64;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000462839;STB=0.500244;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.000925745;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:31:64:2:1:31:64:2:1 chrX 15800751 . G A 1173.79 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.222;QD=60.1942;RBI=0.0736133;REFB=0;REVB=0.0726709;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46657e-05;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:38:37:0:0:41:37:0:0 chrX 16168467 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000640255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.189;QD=57.6807;RBI=0.00804908;REFB=0;REVB=0.00802357;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19251e-05;OID=.;OPOS=16168467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chrX 16168677 . T C 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6475;QD=58.58;RBI=0.0563599;REFB=0;REVB=0.0537341;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007283;OID=.;OPOS=16168677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chrX 16859628 . G A 902.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.146;QD=58.2449;RBI=0.0421028;REFB=0;REVB=0.0419464;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96112e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chrX 16860134 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6399;QD=35.5758;RBI=0.0522629;REFB=0;REVB=0.0478182;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210168;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 17166219 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.716;QD=57.177;RBI=0.0444997;REFB=0;REVB=0.00698073;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163878;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chrX 17705850 . C CT,T 1438.67 PASS AF=1,0;AO=87,5;DP=100;FAO=98,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403178,0.0126906;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.4335,244.859;QD=58.7211;RBI=0.0528013,0.0137481;REFB=0,0;REVB=0.0340946,0.0052877;RO=7;SAF=53,0;SAR=34,5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00557288,-0.748008;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000873587,0;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:7:0:87,5:98,0:1,0:34,5:53,0:4:3:43,0:55,0:0:0 chrX 17746244 . T C 2562.38 PASS AF=0.976879;AO=169;DP=173;FAO=169;FDP=173;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0334668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4121;QD=59.2458;RBI=0.0345773;REFB=-0.0661872;REVB=0.00869238;RO=4;SAF=73;SAR=96;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142225;STB=0.507476;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00129276;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:173:173:4:4:169:169:0.976879:96:73:3:1:96:73:3:1 chrX 18230715 . A C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.787;QD=54.4807;RBI=0.0117825;REFB=-0.0325921;REVB=0.0024815;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000144302;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:1:0:13:18:1:0 chrX 18342034 . G A 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.046;QD=61.5332;RBI=0.0136521;REFB=0;REVB=0.000502893;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49202e-05;OID=.;OPOS=18342034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chrX 19416381 . G A 103.3 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0573661;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2634;QD=9.18212;RBI=0.0665917;REFB=-0.0142807;REVB=0.0338168;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427926;STB=0.760839;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0392287;OID=.;OPOS=19416381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:32:32:13:13:0.288889:10:3:19:13:10:3:19:13 chrX 19482476 . C T 115.95 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0746;QD=42.1628;RBI=0.139675;REFB=0;REVB=0.0265675;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589337;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chrX 22291606 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.523;QD=46.848;RBI=0.0184123;REFB=0;REVB=-0.00311158;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129628;OID=.;OPOS=22291606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chrX 22291732 . C T 1028.8 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4525;QD=57.9604;RBI=0.0963249;REFB=-0.0931994;REVB=0.0911377;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00434691;OID=.;OPOS=22291732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:71:1:0:68:71:1:27:41:0:1:28:43:0:0 chrX 22546002 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7073;QD=47.8214;RBI=0.0432723;REFB=0;REVB=0.019951;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546579;OID=.;OPOS=22546002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chrX 23019773 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.964;QD=55.6559;RBI=0.00968759;REFB=0;REVB=0.00866051;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149243;OID=.;OPOS=23019773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chrX 23398214 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7412;QD=58.1388;RBI=0.0255543;REFB=0;REVB=0.025527;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338402;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chrX 23858452 . G A 727.57 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4121;QD=63.2671;RBI=0.0525725;REFB=0;REVB=-0.0351582;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5773e-05;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chrX 23925834 . A T 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777165;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.657;QD=61.355;RBI=0.0792644;REFB=0;REVB=0.0155882;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522358;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chrX 24006602 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.863;QD=62.3138;RBI=0.0421326;REFB=0;REVB=0.0186784;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74293e-05;OID=.;OPOS=24006602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chrX 24751958 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.927;QD=58.7817;RBI=0.0361202;REFB=0;REVB=0.0360812;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91387e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chrX 27479339 . A G 429.49 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0831169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.396;QD=53.686;RBI=0.0890837;REFB=-0.106374;REVB=0.0320544;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198449;STB=0.510198;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00238311;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:23:7:0:1:24:7:0:1 chrX 30236878 . G A 2457.62 PASS AF=0.993827;AO=159;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6721;QD=60.6821;RBI=0.0154708;REFB=-0.0157815;REVB=0.00223929;RO=2;SAF=78;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000223056;STB=0.503067;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000698687;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:2:1:159:161:0.993827:81:78:1:1:81:80:0:1 chrX 30254361 . G A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5763;QD=60.6056;RBI=0.0751898;REFB=0;REVB=0.0532018;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21705e-07;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chrX 30254376 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.308;QD=57.6807;RBI=0.0379535;REFB=0;REVB=0.0366875;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148515;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chrX 30254530 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0489;QD=48.7343;RBI=0.0261072;REFB=0;REVB=0.02225;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029877;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chrX 30255519 . GC G,GT 1206.45 PASS AF=0.0617284,0.938272;AO=10,70;DP=83;FAO=5,76;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=4,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384369,0.00778308;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.711,194.915;QD=59.5776;RBI=0.0234171,0.0300275;REFB=0,0;REVB=0.0230995,0.0290013;RO=0;SAF=5,30;SAR=5,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0266491,0.000329669;OID=.,.;OPOS=30255520,30255520;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0617284,0.938272:10,70:83:5,76:81:0:1,34:4,42:0:0:8:0:5,30:5,40:0:0 chrX 30261002 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.662;QD=61.3363;RBI=0.0230375;REFB=0;REVB=0.020457;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7249e-05;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chrX 30261158 . G C 283.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.783;QD=51.5744;RBI=0.0455191;REFB=0;REVB=0.042964;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132891;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chrX 30269887 . T A 1047.44 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00681675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.374;QD=58.1912;RBI=0.0122345;REFB=0.0183869;REVB=0.0101594;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108712;STB=0.505746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-5.48208e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:43:28:0:1:43:28:0:1 chrX 30323948 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.959;QD=55.6561;RBI=0.0407223;REFB=0;REVB=-0.0023342;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022476;OID=.;OPOS=30323948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chrX 30327367 . G A 175.76 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.646;QD=46.8697;RBI=0.116099;REFB=0;REVB=0.000887711;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467398;OID=.;OPOS=30327367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:12:2:0:0:13:2:0:0 chrX 30577846 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.944;QD=61.6839;RBI=0.0243511;REFB=0;REVB=0.0192167;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53076e-05;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chrX 30715827 . C T 1030.66 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.225;QD=58.0655;RBI=0.0439744;REFB=0.00986101;REVB=0.0416325;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.506492;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-4.10983e-05;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:37:32:0:1:38:32:0:1 chrX 30872602 . A G 575.13 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.512;QD=60.5396;RBI=0.0215102;REFB=0;REVB=0.015772;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77775e-06;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chrX 30872853 . T C 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0131973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0816;QD=15.6532;RBI=0.0562297;REFB=0.00498332;REVB=0.054659;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107035;STB=0.560782;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00563715;OID=.;OPOS=30872853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:18:8:13:19:18:8:13:19 chrX 31132807 . G A,GA,GGA 666.38 PASS AF=0,0.957447,0;AO=11,18,8;DP=56;FAO=0,45,0;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=0,45,0;FSAR=0,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173989,0.0207178,0.0256878;FXX=0;HRUN=15,0,15;LEN=1,1,2;MLLD=278.24,289.938,286.388;QD=56.7133;RBI=0.0173989,0.0207178,0.0256878;REFB=-0.0784352,-0.0256579,-0.0242025;REVB=0,0,0;RO=17;SAF=10,18,8;SAR=1,0,0;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.204998,0.805514,0.70446;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0114496,0.000825031,0.0291937;OID=.,.,.;OPOS=31132807,31132808,31132808;OREF=G,-,-;OALT=A,A,GA;OMAPALT=A,GA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:56:47:17:2:11,18,8:0,45,0:0,0.957447,0:1,0,0:10,18,8:14:3:0,0,0:0,45,0:2:0 chrX 31132808 . G A 71.18 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=2;FWDB=-0.037163;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=97.4058;QD=5.17663;RBI=0.0406573;REFB=-0.00655336;REVB=0.0164903;RO=44;SAF=9;SAR=2;SRF=42;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406202;STB=0.738872;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00259319;OID=.;OPOS=31132808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:2:9:42:2:2:9:42:2 chrX 31284983 . T G 39.18 PASS AF=0.225806;AO=5;DP=29;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0175557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.794;QD=5.05603;RBI=0.029321;REFB=-0.0230336;REVB=-0.0234844;RO=23;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649756;STB=0.678103;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0848054;OID=.;OPOS=31284983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:29:31:23:24:5:7:0.225806:3:2:8:15:3:4:8:16 chrX 32380996 . C T 1453.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2789;QD=63.1932;RBI=0.0407678;REFB=0;REVB=0.0341368;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68221e-05;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:48:44:0:0 chrX 32503193 . AT A,AC 573.47 PASS AF=0.025,0.975;AO=12,28;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914905,0.0121372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.5913,80.5319;QD=57.3465;RBI=0.0197593,0.126243;REFB=0,0;REVB=0.0175135,0.125658;RO=0;SAF=1,15;SAR=11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-9.80796e-05,0.020812;OID=.,.;OPOS=32503194,32503194;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:12,28:40:1,39:40:0:1,15:0,24:0:0:4:0:1,15:11,13:0:0 chrX 34648280 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3738;QD=62.6705;RBI=0.0305561;REFB=0;REVB=-0.0302909;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324009;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chrX 34674970 . C G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.975;QD=57.5418;RBI=0.0233191;REFB=0;REVB=0.00296591;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4294e-05;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chrX 34962909 . A C 579.59 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846006;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.99;QD=61.0092;RBI=0.0854801;REFB=0;REVB=-0.0122307;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506828;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chrX 37315947 . G A 1322.74 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01269;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.576;QD=62.2468;RBI=0.0297991;REFB=0;REVB=0.026962;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0718e-05;OID=.;OPOS=37315947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:41:41:0:0:44:41:0:0 chrX 37365036 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.677;QD=57.1775;RBI=0.0353515;REFB=0;REVB=0.0135325;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09702e-05;OID=.;OPOS=37365036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chrX 37518806 . C T 1120.29 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210696;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.278;QD=60.556;RBI=0.022754;REFB=0;REVB=-0.00859163;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134328;OID=.;OPOS=37518806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chrX 37527659 . T C 1199.2 PASS AF=1;AO=60;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831111;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.155;QD=61.4974;RBI=0.0971224;REFB=0;REVB=0.0502523;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406349;OID=.;OPOS=37527659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:60:78:1:37:23:0:0:38:40:0:0 chrX 37701048 . G A 742.85 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0191412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7488;QD=59.4278;RBI=0.0196765;REFB=0.00346323;REVB=-0.00455857;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.503423;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00191249;OID=.;OPOS=37701048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:20:28:1:0:20:28:1:1 chrX 37883200 . A G 514.32 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.661;QD=58.7794;RBI=0.0688537;REFB=0;REVB=0.0167805;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166598;OID=.;OPOS=37883200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chrX 37932886 . A G 1111.44 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.97;QD=59.2766;RBI=0.0328189;REFB=0;REVB=0.0167812;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641064;OID=.;OPOS=37932886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:26:47:0:0:28:47:0:0 chrX 37967868 . T C 972.76 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.01;QD=58.9553;RBI=0.0179979;REFB=0;REVB=0.000160925;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60345e-05;OID=.;OPOS=37967868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chrX 38146601 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.169;QD=35.5758;RBI=0.0478452;REFB=0;REVB=-0.00472368;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859013;OID=.;OPOS=38146601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chrX 38147170 . C T 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.657;QD=60.1583;RBI=0.0188213;REFB=0.0580878;REVB=-0.00248615;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=1.81838e-05;OID=.;OPOS=38147170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chrX 38150201 . T C 2333.66 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0301773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6363;QD=60.2235;RBI=0.0308;REFB=-0.14761;REVB=-0.00616192;RO=1;SAF=74;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590956;STB=0.503105;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00408679;OID=.;OPOS=38150201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:80:74:0:1:80:74:0:1 chrX 38156660 . T C 1571.38 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6473;QD=57.6654;RBI=0.0340941;REFB=-0.00494029;REVB=-0.0148627;RO=2;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169435;STB=0.508927;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000130554;OID=.;OPOS=38156660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:2:2:106:107:0.981651:55:51:0:2:55:52:0:2 chrX 38156677 . C T 1470.4 PASS AF=0.969388;AO=97;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0274855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0733;QD=60.0165;RBI=0.0280473;REFB=-0.0438053;REVB=0.00558521;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117088;STB=0.508075;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00701696;OID=.;OPOS=38156677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:1:3:97:95:0.969388:57:40:1:0:56:39:2:1 chrX 38157623 . C A 605.8 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143383;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.846;QD=59.1024;RBI=0.0453465;REFB=-0.104749;REVB=0.04302;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00125248;OID=.;OPOS=38157623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:1:0 chrX 38182130 . T C 1098.54 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.987;QD=60.194;RBI=0.0723789;REFB=0;REVB=0.0663107;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369126;OID=.;OPOS=38182130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chrX 38182776 . A T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4823;QD=59.8331;RBI=0.0349906;REFB=0;REVB=-0.0161148;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254797;OID=.;OPOS=38182776;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chrX 38422214 . T A 246.59 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.3259;QD=44.8339;RBI=0.105041;REFB=-0.12668;REVB=0.103696;RO=2;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742452;STB=0.555499;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0146982;OID=.;OPOS=38422214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:2:1:20:21:0.954545:16:4:1:1:17:4:1:0 chrX 38425551 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2065;QD=55.0967;RBI=0.0204052;REFB=0;REVB=0.0168322;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509073;OID=.;OPOS=38425551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chrX 38547862 . G A 724.51 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.715;QD=54.6799;RBI=0.0432579;REFB=-0.016693;REVB=-0.00192277;RO=1;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113497;STB=0.50588;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000252466;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:41:10:0:1:42:10:0:1 chrX 39661306 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.053;QD=59.0187;RBI=0.031553;REFB=0;REVB=0.02496;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150617;OID=.;OPOS=39661306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chrX 39933339 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.793;QD=59.8393;RBI=0.0204068;REFB=0;REVB=0.020346;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76312e-05;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chrX 40513660 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0244172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.46;QD=11.845;RBI=0.0282736;REFB=-0.000563874;REVB=0.0142546;RO=44;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124316;STB=0.580142;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000938564;OID=.;OPOS=40513660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:9:17:24:20:9:17:24:21 chrX 40573157 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9112;QD=57.1769;RBI=0.011224;REFB=0;REVB=0.009331;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70394e-05;OID=.;OPOS=40573157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chrX 41030903 . T A 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116675;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.976;QD=49.6932;RBI=0.0695483;REFB=0;REVB=0.0685626;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137724;OID=.;OPOS=41030903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chrX 41060439 . T C 183.01 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00145854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7943;QD=13.3099;RBI=0.0226551;REFB=-0.00788805;REVB=-0.0226081;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142791;STB=0.581746;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0220069;OID=.;OPOS=41060439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:12:21:11:11:12:21 chrX 41198279 . AT A 113.63 PASS AF=0.506849;AO=34;DP=75;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0834216;FXX=0.0874891;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.85691;QD=6.22623;RBI=0.216463;REFB=-0.0619909;REVB=-0.199743;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284282;STB=0.627027;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.088834;OID=.;OPOS=41198280;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506849:34:75:37:73:36:16:21:25:11:99:34:14:20:25:9 chrX 41203676 . T G 74.49 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00840909;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=198.328;QD=22.9189;RBI=0.0414747;REFB=0.00891978;REVB=-0.0406133;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29369;STB=0.666324;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00144961;OID=.;OPOS=41203676;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:0:4:4:5:0:4 chrX 41556195 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.757;QD=48.7372;RBI=0.0170372;REFB=0;REVB=0.0148878;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0111e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chrX 41587218 . T C 1277.81 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102743;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.488;QD=60.8481;RBI=0.0147818;REFB=-0.106816;REVB=0.0106274;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.506328;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=9.91282e-05;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:81:83:0.988095:43:38:1:0:44:39:1:0 chrX 41587569 . C A,G 527.74 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,33;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174011,0.00740913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.202,77.8728;QD=58.6374;RBI=0.0245437,0.0198953;REFB=0,0;REVB=-0.0173088,0.0184642;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0957649,-0.00579646;OID=.,.;OPOS=41587569,41587569;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:36:0:0:2,33:2,34:0.0555556,0.944444:0,15:2,18:0:0:0,16:2,18:0:0 chrX 41588169 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.837;QD=57.0008;RBI=0.032433;REFB=0;REVB=0.0321033;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30576e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chrX 42033560 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6628;QD=57.6772;RBI=0.0155544;REFB=0;REVB=0.015116;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230522;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:14:17:0:0 chrX 43591036 . G T 1138.58 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387017;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.025;QD=60.7243;RBI=0.0390252;REFB=0;REVB=-0.00501449;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71858e-05;OID=.;OPOS=43591036;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chrX 43603391 . T C 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.768;QD=53.2638;RBI=0.0216017;REFB=0;REVB=-0.00921842;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95356e-05;OID=.;OPOS=43603391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chrX 44202890 . G GC 672.83 PASS AF=1;AO=55;DP=65;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132899;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6237;QD=44.8551;RBI=0.0685411;REFB=0;REVB=0.0672403;RO=9;SAF=18;SAR=37;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00384684;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:65:60:60:0:18:42:0:0:13:9:18:37:4:5 chrX 44938563 . G A 411.5 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.788;QD=56.7582;RBI=0.0298764;REFB=0;REVB=0.0214444;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032021;OID=.;OPOS=44938563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chrX 45051110 . TC T,TT 866.9 PASS AF=0.0163934,0.983607;AO=7,54;DP=61;FAO=1,60;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133359,-0.000759261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.408,227.499;QD=56.8457;RBI=0.0660241,0.0646888;REFB=0,0;REVB=0.0660106,0.0646844;RO=0;SAF=2,36;SAR=5,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0230406,0.00293285;OID=.,.;OPOS=45051111,45051111;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0163934,0.983607:7,54:61:1,60:61:0:1,37:0,23:0:0:3:0:2,36:5,18:0:0 chrX 46472826 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.83;QD=53.2767;RBI=0.0321963;REFB=0;REVB=0.0276241;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150216;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chrX 46618321 . C G 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0174;QD=58.1291;RBI=0.107271;REFB=0;REVB=0.00408076;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179009;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chrX 46740032 . G A 734.95 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.413;QD=61.2458;RBI=0.0331024;REFB=-0.0392904;REVB=-0.024733;RO=1;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136301;STB=0.507039;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000153134;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:34:12:0:1:35:12:0:1 chrX 46920599 . C A 624.32 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00255905;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.651;QD=55.4949;RBI=0.0044026;REFB=0.00177391;REVB=0.00358247;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203384;STB=0.512706;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-5.74125e-06;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:45:2:3:42:42:0.933333:22:20:1:1:22:20:2:1 chrX 47057647 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.164;QD=60.2298;RBI=0.0353226;REFB=0;REVB=0.0340054;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73043e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chrX 47487912 . T G,TG 313.6 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,21;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552148,0.0870192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.6602,23.1127;QD=50.1759;RBI=0.0608352,0.0904893;REFB=0,0;REVB=0.0255392,0.0248188;RO=2;SAF=1,8;SAR=1,13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.390188,0.0658702;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.074359,0.00285011;OID=.,.;OPOS=47487912,47487913;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:25:25:2:0:2,21:1,24:0.04,0.96:1,13:1,8:0:2:1,15:0,9:0:0 chrX 47695946 . A AC,C 30.37 PASS AF=0.15,0;AO=8,3;DP=62;FAO=9,0;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=47;FWDB=0.0821848,-0.00830052;FXX=0.0322529;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.386,286.409;QD=2.02461;RBI=0.0859664,0.00965417;REFB=-0.029456,0.00029473;REVB=0.0252168,-0.00492994;RO=50;SAF=0,0;SAR=8,3;SRF=4;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.5555,-0.335862;STB=0.578795,0.5;STBP=0.839,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.15396,0;OID=.,.;OPOS=47695947,47695946;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:62:60:50:51:8,3:9,0:0.15,0:8,3:0,0:4:46:8,0:1,0:4:47 chrX 47705684 . C T 754.52 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00691754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.375;QD=54.8745;RBI=0.0526763;REFB=0.0305169;REVB=0.0522201;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-4.28988e-05;OID=.;OPOS=47705684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:32:22:1:0:32:22:1:0 chrX 48049666 . C T 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0401;QD=54.5028;RBI=0.082249;REFB=0;REVB=-0.0103637;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142235;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chrX 48054740 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.366;QD=56.1915;RBI=0.0519825;REFB=0;REVB=0.0501296;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177046;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chrX 48125798 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1301;QD=61.6814;RBI=0.0330262;REFB=0;REVB=0.0265558;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344368;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chrX 48156264 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.115;QD=51.1846;RBI=0.0640506;REFB=0;REVB=0.0639429;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010373;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chrX 48161189 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.683;QD=54.5168;RBI=0.0632835;REFB=0;REVB=-0.0509582;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222333;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chrX 48163105 . A G 711.81 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0757801;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.606;QD=63.2722;RBI=0.0873136;REFB=0;REVB=0.0433709;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154643;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chrX 48163717 . C T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.566;QD=62.6682;RBI=0.0361385;REFB=0;REVB=0.0270217;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83598e-05;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chrX 48382174 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.105;QD=53.911;RBI=0.0146732;REFB=0;REVB=-0.0145044;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07578e-05;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chrX 48418126 . A G 1143.26 PASS AF=0.963855;AO=78;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0280143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.223;QD=55.0969;RBI=0.0374422;REFB=-0.0505515;REVB=0.024842;RO=3;SAF=33;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644535;STB=0.503392;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0021452;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:83:83:3:3:78:80:0.963855:45:33:1:2:46:34:1:2 chrX 48418659 . G A 837.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491693;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.324;QD=57.7333;RBI=0.069013;REFB=0;REVB=0.048427;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046089;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chrX 48435928 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.206;QD=53.2771;RBI=0.0314047;REFB=0;REVB=0.0210534;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47337e-05;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chrX 48459102 . C G 366.66 PASS AF=0.903226;AO=30;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0422605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1711;QD=47.3106;RBI=0.0497685;REFB=0.00333094;REVB=0.0262859;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.519616;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00738486;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:1:3:30:28:0.903226:15:15:1:0:13:15:1:2 chrX 48460314 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.317;QD=64.4148;RBI=0.0477787;REFB=0;REVB=-0.041443;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108867;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chrX 48649712 . G A 298.42 PASS AF=0.294118;AO=40;DP=136;FAO=40;FDP=136;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.00734143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.149;QD=8.7771;RBI=0.0383481;REFB=-0.0136565;REVB=0.0376388;RO=96;SAF=15;SAR=25;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780902;STB=0.545954;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0251534;OID=.;OPOS=48649712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:96:96:40:40:0.294118:25:15:42:54:25:15:42:54 chrX 48688160 . GCCCA GCCA,GCCAG 66.17 PASS AF=0.454545,0.0454545;AO=5,6;DP=22;FAO=10,1;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9,1;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.117756,-0.0399711;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.8698,121.66;QD=12.0301;RBI=0.14199,0.0717437;REFB=-0.107685,0.00679823;REVB=-0.0793384,-0.0595775;RO=10;SAF=4,6;SAR=1,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.276576,0;SSSB=0.429227,0.765611;STB=0.81741,0.990149;STBP=0.014,0.524;TYPE=del,mnp;VARB=0.132633,-0.00300353;OID=.,.;OPOS=48688161,48688163;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=GCCA,GCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0.0454545:5,6:22:10,1:22:11:9,1:1,0:5:6:56:10:4,6:1,0:4:6 chrX 48751471 . A G 255.75 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7068;QD=51.1508;RBI=0.0667017;REFB=0;REVB=0.0664961;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187605;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chrX 48759204 . C T 400.58 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0082391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6143;QD=53.41;RBI=0.027894;REFB=-0.112242;REVB=0.0266494;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00188203;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:0:1 chrX 49021256 . A G 1437.78 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193514;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.753;QD=63.1992;RBI=0.0193514;REFB=0;REVB=3.71331e-06;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8316e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chrX 49021537 . G C 1008.32 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9626;QD=59.3129;RBI=0.00818783;REFB=0;REVB=0.00439832;RO=0;SAF=11;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13024e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30495e-05;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:57:11:0:0:57:11:0:0 chrX 49022700 . T C 465.81 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.792;QD=58.2265;RBI=0.020625;REFB=0;REVB=0.013366;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202556;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:12:18:0:0:14:18:0:0 chrX 49071964 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.075;QD=48.7373;RBI=0.0418099;REFB=0;REVB=0.0309688;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257015;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chrX 49081291 . G A 383.01 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2004;QD=52.8283;RBI=0.0952855;REFB=-0.141487;REVB=0.0942995;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00705701;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:0:1 chrX 49103224 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.096;QD=55.6561;RBI=0.0270537;REFB=0;REVB=0.0204814;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118632;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chrX 49767832 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409033;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.393;QD=54.5177;RBI=0.040904;REFB=0;REVB=-0.000243085;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143421;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chrX 49767835 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022946;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.528;QD=54.5177;RBI=0.0232538;REFB=0;REVB=0.0037708;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111503;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chrX 49862768 . CT C,CTT 36.83 PASS AF=0.631579,0;AO=10,2;DP=19;FAO=12,0;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0797635,-0.0726545;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.68594,6.46331;QD=7.75438;RBI=0.181775,0.203279;REFB=0.0108117,-0.0162662;REVB=0.16334,-0.189852;RO=6;SAF=4,0;SAR=6,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.066985,-0.606693;STB=0.538396,0.5;STBP=0.718,1;TYPE=del,ins;VARB=0.101561,0;OID=.,.;OPOS=49862769,49862769;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579,0:10,2:19:12,0:19:7:4,0:8,0:3:4:20:6:4,0:6,2:3:3 chrX 50051666 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.714;QD=58.5871;RBI=0.0170662;REFB=0;REVB=0.00848618;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152552;OID=.;OPOS=50051666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chrX 50121146 . A AG 568.39 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152846;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0073;QD=46.3995;RBI=0.155337;REFB=0;REVB=0.02771;RO=4;SAF=20;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00513913;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:52:49:49:0:22:27:0:0:10:4:20:26:3:1 chrX 50659210 . C CTCT 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0358268;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.21;QD=40.4236;RBI=0.0363711;REFB=-0.0101236;REVB=0.0062684;RO=4;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264197;STB=0.514375;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.00195708;OID=.;OPOS=50659211;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:22:26:22:26:4:9:13:2:2:20:4:9:13:2:2 chrX 50659280 . C T 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.864;QD=47.1173;RBI=0.0154564;REFB=-0.0567283;REVB=0.00354272;RO=2;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923632;STB=0.549958;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00335959;OID=.;OPOS=50659280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:15:9:2:0:15:9:2:0 chrX 51075841 . A G 88.25 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00977471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.466;QD=5.60297;RBI=0.0319323;REFB=-0.0112015;REVB=-0.0303995;RO=48;SAF=12;SAR=2;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369563;STB=0.749584;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.032408;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:48:49:14:14:0.222222:2:12:30:18:2:12:30:19 chrX 51075901 . G A 77.17 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00893704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.249;QD=3.7642;RBI=0.0313832;REFB=-0.00341482;REVB=-0.0300838;RO=68;SAF=12;SAR=2;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416085;STB=0.784347;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0290971;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:68:68:14:14:0.170732:2:12:39:29:2:12:39:29 chrX 52825546 . C G 676.34 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00281077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4286;QD=60.1187;RBI=0.0160501;REFB=-0.0723331;REVB=-0.0158021;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00112775;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chrX 52891619 . GT G 138.33 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0251545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0393;QD=9.88058;RBI=0.151866;REFB=0.0490913;REVB=0.149768;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209853;STB=0.612042;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=-0.0444647;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446429:24:56:25:56:31:14:11:11:20:99:30:14:10:11:19 chrX 52891645 . A G 219.77 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00992148;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1276;QD=13.7358;RBI=0.0113564;REFB=-0.013263;REVB=0.00552566;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968724;STB=0.584661;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0175703;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:38:26:26:0.40625:12:14:15:19:12:14:15:23 chrX 52891653 . C T 238.59 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00899703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0499;QD=14.0349;RBI=0.0172608;REFB=-0.0163076;REVB=0.0147305;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165043;STB=0.593684;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0161561;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:15:25:13:15:15:25 chrX 53563589 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.892;QD=44.6893;RBI=0.0623763;REFB=0;REVB=-0.0437072;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09553e-05;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chrX 53652846 . G T 341.19 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00622508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.14;QD=42.6486;RBI=0.0456179;REFB=-0.0480236;REVB=0.0451912;RO=5;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140229;STB=0.575703;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00169276;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:14:13:0:5:14:13:0:5 chrX 53652852 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.107;QD=64.1539;RBI=0.0261919;REFB=0;REVB=0.0260284;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58999e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chrX 54224406 . CGGGGGA CGGGGA,CGGGGAG 64.3 PASS AF=0.322581,0.0967742;AO=9,2;DP=31;FAO=10,3;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3,3;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.2034,-0.0511817;FXX=0.0312402;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.6553,30.4022;QD=8.29684;RBI=0.218967,0.104697;REFB=-0.0496232,0.0094284;REVB=-0.0810856,-0.0913339;RO=15;SAF=2,1;SAR=7,1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0.521739,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.147874,0.173623;STB=0.524949,0.997151;STBP=0.87,0.038;TYPE=del,mnp;VARB=0.0761994,-0.0740474;OID=.,.;OPOS=54224407,54224411;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=CGGGGA,CGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581,0.0967742:9,2:31:10,3:31:18:3,3:7,0:6:12:42:15:2,1:7,1:5:10 chrX 54275428 . C CT,T 36.69 PASS AF=0.310345,0;AO=6,2;DP=29;FAO=9,0;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00976655,-0.0108672;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=13.0277,232.893;QD=5.06117;RBI=0.0105083,0.0116381;REFB=-0.0734236,-0.00473452;REVB=0.00387789,-0.00416531;RO=20;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.251436,0.531429;STB=0.538376,0.5;STBP=0.808,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.117837,0;OID=.,.;OPOS=54275429,54275428;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:29:29:20:20:6,2:9,0:0.310345,0:2,0:4,2:9:11:4,0:5,0:10:10 chrX 54836361 . AT GC,GT 757.02 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,45;DP=48;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.98557e-05,0.0121031;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=102.911,117.582;QD=61.7978;RBI=0.0107778,0.0328684;REFB=0,0;REVB=0.0107778,0.0305589;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.029441,0.00396307;OID=.,.;OPOS=54836361,54836361;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:49:0:0:2,45:2,47:0.0408163,0.959184:1,29:1,16:0:0:1,31:1,16:0:0 chrX 54836505 . A G 399.43 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.489;QD=53.2575;RBI=0.02439;REFB=-0.0872868;REVB=0.00768152;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000587791;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:0:1:11:18:0:1 chrX 54837340 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.18;QD=64.1539;RBI=0.0310193;REFB=0;REVB=-0.0223105;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64246e-07;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chrX 54838077 . C T 538.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1703;QD=59.8079;RBI=0.0433451;REFB=0;REVB=0.0373287;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831654;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chrX 54955969 . TC T,TG 37.9 PASS AF=0.458333,0;AO=5,5;DP=24;FAO=11,0;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0322617,-0.0279431;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.6021,132.278;QD=6.31743;RBI=0.0887052,0.0767703;REFB=-0.195756,-0.0194812;REVB=0.0826304,-0.0715042;RO=10;SAF=0,0;SAR=5,5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.745952,-0.745952;STB=0.832592,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,snp;VARB=0.111288,0;OID=.,.;OPOS=54955970,54955970;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333,0:5,5:24:11,0:24:13:1,0:10,0:7:6:38:10:0,0:5,5:6:4 chrX 55116466 . C G 545.09 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1047;QD=58.9288;RBI=0.0438156;REFB=0;REVB=0.0392056;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381559;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chrX 55172521 . G T 57.1 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00264174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.106;QD=2.45596;RBI=0.0298403;REFB=-0.000181567;REVB=0.0297231;RO=80;SAF=11;SAR=1;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572772;STB=0.907358;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00135347;OID=.;OPOS=55172521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:93:80:81:12:12:0.129032:1:11:37:43:1:11:38:43 chrX 55172537 . G A 1286.27 PASS AF=0.858407;AO=97;DP=113;FAO=97;FDP=113;FR=.;FRO=16;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0100475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.738;QD=45.5317;RBI=0.0124004;REFB=-0.0311459;REVB=-0.00726757;RO=15;SAF=53;SAR=44;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307316;STB=0.511248;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00514411;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:113:113:15:16:97:97:0.858407:44:53:10:5:44:53:10:6 chrX 55172572 . G A 237.83 PASS AF=0.241379;AO=35;DP=146;FAO=35;FDP=145;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.0214384;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.847;QD=6.56069;RBI=0.0257122;REFB=-0.0100995;REVB=0.0141956;RO=110;SAF=12;SAR=23;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305899;STB=0.684474;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0238773;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:110:110:35:35:0.241379:23:12:65:45:23:12:65:45 chrX 55172606 . G A 289.66 PASS AF=0.241758;AO=44;DP=182;FAO=44;FDP=182;FR=.;FRO=138;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=92;FSRR=46;FWDB=-0.0219266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5271;QD=6.36611;RBI=0.0275057;REFB=-0.0112747;REVB=-0.0166068;RO=138;SAF=20;SAR=24;SRF=92;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26441;STB=0.657468;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0373002;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:138:138:44:44:0.241758:24:20:92:46:24:20:92:46 chrX 55172630 . G A 359.13 PASS AF=0.260204;AO=51;DP=196;FAO=51;FDP=196;FR=.;FRO=145;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=99;FSRR=46;FWDB=-0.0022338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.5078;QD=7.32909;RBI=0.0665963;REFB=0.00386459;REVB=0.0665589;RO=145;SAF=29;SAR=22;SRF=99;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149328;STB=0.588104;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0109843;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:145:145:51:51:0.260204:22:29:99:46:22:29:99:46 chrX 55172645 . C T 2130.92 PASS AF=0.80203;AO=158;DP=197;FAO=158;FDP=197;FR=.;FRO=39;FSAF=104;FSAR=54;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0189289;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5851;QD=43.2674;RBI=0.0243842;REFB=-0.0268131;REVB=-0.0153716;RO=38;SAF=104;SAR=54;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000135221;STB=0.501859;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00733617;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:38:39:158:158:0.80203:54:104:25:13:54:104:26:13 chrX 55172680 . G C 421.76 PASS AF=0.285714;AO=58;DP=201;FAO=58;FDP=203;FR=.;FRO=145;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=103;FSRR=42;FWDB=-0.0331408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0802;QD=8.31057;RBI=0.0341122;REFB=-0.0147104;REVB=-0.00808267;RO=143;SAF=40;SAR=18;SRF=101;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238918;STB=0.517485;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0210747;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:143:145:58:58:0.285714:18:40:101:42:18:40:103:42 chrX 55172686 . CT CC,TC 1939.4 PASS AF=0.497409,0.300518;AO=96,58;DP=193;FAO=96,58;FDP=193;FR=.;FRO=39;FSAF=74,41;FSAR=22,17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0151624,-0.00631603;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=43.3515,208.991;QD=40.1949;RBI=0.0166734,0.0119939;REFB=-0.0100183,-0.0322896;REVB=-0.00693572,0.0101961;RO=39;SAF=74,41;SAR=22,17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0757213,0.0351984;STB=0.540701,0.5192;STBP=0.166,0.7;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0150551,0.0268414;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:193:193:39:39:96,58:96,58:0.497409,0.300518:22,17:74,41:26:13:22,17:74,41:26:13 chrX 55172708 . T G 1769.71 PASS AF=0.787356;AO=137;DP=175;FAO=137;FDP=174;FR=.;FRO=37;FSAF=115;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0367735;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.897;QD=40.683;RBI=0.0398975;REFB=0.0041175;REVB=-0.0154766;RO=37;SAF=115;SAR=22;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127724;STB=0.568251;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00119238;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:37:37:137:137:0.787356:22:115:24:13:22:115:24:13 chrX 55185568 . A G 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0076677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.602;QD=13.4975;RBI=0.0188017;REFB=0.00496279;REVB=-0.0171672;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00501253;STB=0.50286;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00453105;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:16:15:23:25:16:15:23:25 chrX 55215274 . C G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.555;QD=57.105;RBI=0.0243761;REFB=0;REVB=-0.0242035;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02816e-05;OID=.;OPOS=55215274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chrX 55247030 . C G 1406.63 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00446497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.894;QD=60.5003;RBI=0.00997914;REFB=-0.121628;REVB=-0.00892453;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513155;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000337614;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:0:2:91:91:0.978495:54:37:0:0:54:37:2:0 chrX 55287031 . T G 3124.54 PASS AF=1;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062116;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5782;QD=63.7661;RBI=0.0750273;REFB=-0.0993681;REVB=0.0420797;RO=1;SAF=105;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050659;OID=.;OPOS=55287031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:199:196:1:0:196:196:1:91:105:0:1:91:105:0:0 chrX 55289774 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.952;QD=60.23;RBI=0.025585;REFB=0;REVB=0.02538;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151965;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chrX 55479299 . G A 824.84 PASS AF=0.873239;AO=62;DP=72;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0325177;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.2039;QD=46.4698;RBI=0.032604;REFB=-0.10745;REVB=-0.00236998;RO=3;SAF=26;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514105;STB=0.51762;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00587341;OID=.;OPOS=55479299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:71:3:9:62:62:0.873239:36:26:3:0:36:26:5:4 chrX 55651001 . T C 574.71 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7933;QD=60.4961;RBI=0.0285347;REFB=0;REVB=0.0252698;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420118;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:15:21:0:0:17:21:0:0 chrX 57313357 . T C 1114.62 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8537;QD=60.2496;RBI=0.0179338;REFB=0;REVB=0.00292199;RO=0;SAF=17;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221076;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:55:17:0:0:57:17:0:0 chrX 57405163 . T C 493.67 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388661;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.195;QD=56.4198;RBI=0.0388938;REFB=-0.00510088;REVB=0.00146851;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000251822;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chrX 57619648 . G T 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225669;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.1;QD=57.5729;RBI=0.027741;REFB=0;REVB=0.0161337;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03188e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chrX 57619795 . T C 35.35 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00978875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8018;QD=5.43846;RBI=0.127823;REFB=0.0161187;REVB=0.127448;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19752;STB=0.631132;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0420474;OID=.;OPOS=57619795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:10:10:2:4:10:10 chrX 57622607 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.976;QD=61.3362;RBI=0.0319945;REFB=0;REVB=0.0319493;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20847e-05;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chrX 57935946 . G T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00457953;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.799;QD=8.1147;RBI=0.00492571;REFB=-0.00732989;REVB=0.00181397;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547822;STB=0.533289;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.018205;OID=.;OPOS=57935946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:20:19:8:7:20:19 chrX 57936947 . A G 404.08 PASS AF=0.427481;AO=34;DP=128;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.000690137;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=49.0447;QD=12.3382;RBI=0.0729574;REFB=-0.0243006;REVB=0.0729542;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359044;STB=0.622096;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0120222;OID=.;OPOS=57936947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:47:75:34:56:0.427481:13:21:12:35:23:33:28:47 chrX 65382685 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0275;QD=62.349;RBI=0.00995155;REFB=0;REVB=0.00268217;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179946;OID=.;OPOS=65382685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chrX 65393487 . CCG CC,C 40.29 PASS AF=0,0.171171;AO=14,17;DP=115;FAO=0,19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=0,9;FSAR=0,10;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.1266,-0.0598446;FXX=0.0176975;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=11.9957,22.8213;QD=1.4519;RBI=0.160847,0.0615023;REFB=-0.0198981,-0.033095;REVB=-0.0992171,-0.0141831;RO=73;SAF=5,8;SAR=9,9;SRF=40;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0.54717,0;SSSB=-0.237229,-0.0972088;STB=0.5,0.530773;STBP=1,0.756;TYPE=del,del;VARB=0,0.179864;OID=.,.;OPOS=65393489,65393488;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.171171:14,17:115:0,19:111:92:0,9:0,10:47:45:38:73:5,8:9,9:40:33 chrX 65822607 . T C 1320.63 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.195;QD=62.1473;RBI=0.0345911;REFB=0;REVB=-0.0228227;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020624;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chrX 65824986 . C T 1226.83 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.289;QD=61.3415;RBI=0.0254791;REFB=0;REVB=0.0167766;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06965e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:47:32:0:0:48:32:0:0 chrX 67321920 . C T 544.28 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000999806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8228;QD=57.2922;RBI=0.0140069;REFB=-0.109818;REVB=0.0139711;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170335;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00558572;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:1:0:10:27:1:0 chrX 69282482 . C T 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0296808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.996;QD=11.37;RBI=0.0312104;REFB=-0.0091858;REVB=0.00965104;RO=44;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134423;STB=0.588161;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0126452;OID=.;OPOS=69282482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:18:7:17:27:18:7:18:27 chrX 69341839 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.317;QD=57.6784;RBI=0.0695053;REFB=0;REVB=0.0612044;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240122;OID=.;OPOS=69341839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chrX 69510335 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.85;QD=63.8716;RBI=0.0352903;REFB=0;REVB=0.0213284;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120872;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chrX 69652762 . A G 804.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.281;QD=64.3848;RBI=0.042741;REFB=0;REVB=0.0426366;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394782;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chrX 69774517 . A T 685.78 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00325012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.821;QD=58.3641;RBI=0.0239452;REFB=-0.00434255;REVB=-0.0237236;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.503387;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000299002;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:0:2:45:45:0.957447:19:26:0:0:19:26:1:1 chrX 70146398 . A G 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.553;QD=58.0309;RBI=0.0323479;REFB=-0.0835901;REVB=0.0135072;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00118198;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:36:34:0:0:36:34:1:0 chrX 70323237 . C T 49.58 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3331;QD=28.3297;RBI=0.0330292;REFB=-0.131519;REVB=0.0330292;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161348;OID=.;OPOS=70323237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:7:7:0:0:6:7:1:6:0:0:0:7:0:0:0 chrX 70343521 . T A 954.2 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0309882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.917;QD=54.5255;RBI=0.0390889;REFB=-0.0206004;REVB=-0.0238259;RO=3;SAF=29;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464069;STB=0.524583;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000197269;OID=.;OPOS=70343521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:38:29:3:0:38:29:3:0 chrX 70443856 . A G 34.48 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0276414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5757;QD=4.59745;RBI=0.0556146;REFB=-0.0209702;REVB=0.0482591;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316493;STB=0.722705;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.124895;OID=.;OPOS=70443856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:23:24:6:6:0.2:4:2:14:9:4:2:15:9 chrX 70445350 . T C 74.82 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.024;QD=37.4109;RBI=0.0452435;REFB=0;REVB=-0.0161435;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315604;OID=.;OPOS=70445350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chrX 71363415 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.03;QD=52.6132;RBI=0.0163473;REFB=0;REVB=0.00638359;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43434e-05;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chrX 71379881 . G A 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.977;QD=57.1902;RBI=0.0192816;REFB=0;REVB=0.0184445;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134138;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chrX 71406301 . T C 1018.4 PASS AF=0.972222;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00463233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3342;QD=56.5776;RBI=0.100661;REFB=-0.0580144;REVB=0.100554;RO=2;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374279;STB=0.501199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00723943;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:72:2:2:67:70:0.972222:29:38:1:1:32:38:1:1 chrX 71416721 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.013;QD=62.4653;RBI=0.0360434;REFB=0;REVB=0.00533144;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64041e-05;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chrX 71418669 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.482;QD=43.4862;RBI=0.0344565;REFB=0;REVB=0.033453;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015651;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chrX 71791912 . C T 670.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.042;QD=62.3396;RBI=0.0469778;REFB=0;REVB=0.0440494;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196542;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chrX 71819691 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.474;QD=59.0187;RBI=0.0300355;REFB=0;REVB=0.0297581;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48158e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chrX 71904407 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.164;QD=47.8224;RBI=0.032163;REFB=0;REVB=0.030972;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313862;OID=.;OPOS=71904407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chrX 72347908 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0265955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.952;QD=10.3658;RBI=0.0301805;REFB=-0.0204892;REVB=0.0142669;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906788;STB=0.553024;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0409992;OID=.;OPOS=72347908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:23:20:12:10:23:20 chrX 73043817 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.532;QD=56.1915;RBI=0.042566;REFB=0;REVB=0.0392212;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180225;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chrX 73066439 . T C 751.74 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00155208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.393;QD=61.3666;RBI=0.034315;REFB=-0.0493121;REVB=0.0342799;RO=1;SAF=34;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136387;STB=0.507243;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00121966;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:14:34:1:0:14:34:1:0 chrX 73069266 . C T 218.62 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00702053;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.031;QD=15.8998;RBI=0.0357888;REFB=-0.00578074;REVB=-0.0350934;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130802;STB=0.583148;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0115771;OID=.;OPOS=73069266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:24:25:0.454545:12:12:19:11:13:12:19:11 chrX 73071068 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0163084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.251;QD=8.8111;RBI=0.0165093;REFB=0.000166763;REVB=0.00256808;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-1.37088e-05;OID=.;OPOS=73071068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:6:5:2:4:6:5 chrX 73462520 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.775;QD=63.5811;RBI=0.0984892;REFB=0;REVB=0.098146;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165292;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chrX 74494470 . T G 440.38 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.877;QD=56.8234;RBI=0.0612867;REFB=0;REVB=0.0100645;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587686;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:21:10:0:0 chrX 74511202 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3368;QD=63.2864;RBI=0.0566488;REFB=0;REVB=0.0451105;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100503;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chrX 77298857 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.222;QD=54.5177;RBI=0.051812;REFB=0;REVB=0.0486067;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125118;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chrX 77528317 . G A 556.83 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.345;QD=60.1979;RBI=0.0200415;REFB=0;REVB=0.0175124;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117724;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:22:15:0:0 chrX 77913569 . G A 169.56 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.095;QD=45.2147;RBI=0.0449437;REFB=0;REVB=0.0429835;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564518;OID=.;OPOS=77913569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:5:9:1:0:5:10:0:0 chrX 78011737 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8451;QD=62.6698;RBI=0.0572546;REFB=0;REVB=0.0355358;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94986e-05;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chrX 78216621 . G T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0348613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.997;QD=12.0517;RBI=0.048271;REFB=0.00762119;REVB=0.0333884;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.749317;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0103418;OID=.;OPOS=78216621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:5:8:8:1:5:8 chrX 78426988 . T C 850.55 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.941;QD=57.6643;RBI=0.0202557;REFB=0;REVB=0.00325568;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64068e-05;OID=.;OPOS=78426988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:37:22:0:0 chrX 79699998 . T A 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.399;QD=57.2339;RBI=0.0441615;REFB=0;REVB=-0.00357054;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150084;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 160.2 PASS AF=1,0;AO=11,4;DP=15;FAO=14,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081177,0.0718477;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=173.215,96.5415;QD=45.7709;RBI=0.098,0.0810108;REFB=0,0;REVB=0.0549026,-0.0374253;RO=0;SAF=3,3;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00203815,0;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:11,4:15:14,0:14:0:6,0:8,0:0:0:4:0:3,3:8,1:0:0 chrX 79943569 . T C 1761.25 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0902818;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3136;QD=59.2018;RBI=0.103773;REFB=-0.0834604;REVB=0.0511665;RO=1;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887625;STB=0.504586;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00126754;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:116:118:0.991597:53:63:0:1:54:64:0:1 chrX 79989018 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.072;QD=63.5827;RBI=0.0189331;REFB=0;REVB=-0.00883954;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11469e-05;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chrX 81816730 . G A 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.283;QD=62.3133;RBI=0.0477826;REFB=0;REVB=-0.042973;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53123e-05;OID=.;OPOS=81816730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chrX 81816758 . A AAT 514.69 PASS AF=0.808511;AO=35;DP=61;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00063535;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.577;QD=43.8032;RBI=0.073332;REFB=-0.0815831;REVB=0.0733292;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244011;STB=0.621557;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0123676;OID=.;OPOS=81816759;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.808511:35:61:38:47:9:14:24:9:0:51:26:12:23:17:9 chrX 81816771 . G A,T 601.03 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000148935,0.0307178;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=35.0132,85.0815;QD=60.103;RBI=0.0293579,0.0425648;REFB=0,0;REVB=0.0293575,0.0294649;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0359513,0.00120418;OID=.,.;OPOS=81816771,81816771;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,38:2,38:0.05,0.95:0,23:2,15:0:0:0,23:2,15:0:0 chrX 81816778 . T C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.901;QD=60.2211;RBI=0.0872448;REFB=0;REVB=0.0304585;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120453;OID=.;OPOS=81816778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chrX 84350010 . A G 205.65 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4151;QD=48.3891;RBI=0.127861;REFB=0;REVB=-0.00605447;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272537;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chrX 84358864 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.982;QD=57.2377;RBI=0.0146885;REFB=0;REVB=0.00965671;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33833e-06;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chrX 84363140 . A G 997.31 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141076;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3438;QD=57.8153;RBI=0.0201281;REFB=-0.0316264;REVB=0.0143568;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000388086;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:40:28:0:1:40:28:0:1 chrX 84534383 . A C 726.33 PASS AF=1;AO=23;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406305;FXX=0.040808;HRUN=10;LEN=1;MLLD=132.314;QD=61.8153;RBI=0.152053;REFB=0;REVB=0.146524;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515095;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:23:47:1:14:9:0:0:22:25:0:0 chrX 84563135 . T A 1757.7 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.094;QD=60.6104;RBI=0.0343994;REFB=0;REVB=0.0319581;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35023e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:116:0:0:111:116:1:46:65:0:0:49:67:0:0 chrX 86869025 . C T 158.57 PASS AF=0.285714;AO=21;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.00996722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.257;QD=8.23756;RBI=0.0396687;REFB=-0.00140258;REVB=-0.0383961;RO=55;SAF=9;SAR=12;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331041;STB=0.677274;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00378356;OID=.;OPOS=86869025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:21:22:0.285714:12:9:39:16:12:10:39:16 chrX 86877348 . G T 919.5 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0380368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7962;QD=56.5843;RBI=0.0394536;REFB=-0.104544;REVB=0.0104782;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.506171;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00197409;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:24:40:0:0:24:40:1:0 chrX 86887244 . C T 682.99 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0135175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.413;QD=52.5376;RBI=0.0377838;REFB=0.0273977;REVB=0.0352831;RO=2;SAF=31;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294058;STB=0.515619;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000956469;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:19:31:2:0:19:31:2:0 chrX 88008423 . A C 708.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5941;QD=62.9633;RBI=0.0441306;REFB=0;REVB=0.0290572;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736989;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chrX 88009322 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.337;QD=59.8546;RBI=0.0173558;REFB=0;REVB=-0.0107307;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84722e-06;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chrX 89177673 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.712;QD=51.9167;RBI=0.0322724;REFB=0;REVB=-0.00681222;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222959;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 90691468 . C T 157.15 PASS AF=0.571429;AO=17;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0194861;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2703;QD=22.4501;RBI=0.0496481;REFB=-0.00390092;REVB=0.0456643;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010909;OID=.;OPOS=90691468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:12:17:16:0.571429:5:12:9:3:4:12:9:3 chrX 91133300 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000246316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.6;QD=12.7823;RBI=0.0142167;REFB=-0.0176482;REVB=-0.0142145;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0507154;OID=.;OPOS=91133300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:7:7:6:4:7:7 chrX 91585410 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.78;QD=42.1827;RBI=0.0418459;REFB=0;REVB=0.0382434;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120468;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chrX 91874939 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.708;QD=39.2068;RBI=0.0339569;REFB=0;REVB=0.00654515;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379416;OID=.;OPOS=91874939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chrX 96139406 . G A 765.13 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.065;QD=63.761;RBI=0.0244777;REFB=0;REVB=-0.0182166;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.419e-06;OID=.;OPOS=96139406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chrX 96139459 . T C 708.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.216;QD=62.9605;RBI=0.0253115;REFB=0;REVB=0.0225924;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168781;OID=.;OPOS=96139459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chrX 99355146 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.104;QD=48.626;RBI=0.033247;REFB=0.00691774;REVB=0.00842613;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00033742;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chrX 99849017 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.984;QD=51.1846;RBI=0.0575396;REFB=0;REVB=-0.0122305;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000564611;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:9:11:0:0 chrX 99941705 . T C 340.57 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2642;QD=54.4913;RBI=0.0872436;REFB=0;REVB=0.0872225;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185871;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chrX 100243459 . G T 790.63 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.672;QD=56.4732;RBI=0.0256273;REFB=0;REVB=0.0158465;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132126;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:33:23:0:0 chrX 100245606 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.178;QD=46.848;RBI=0.0322453;REFB=0;REVB=0.0322196;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629496;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chrX 100375370 . TA T 64.69 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.244;QD=32.3472;RBI=0.0572194;REFB=0;REVB=0.0506473;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000265687;OID=.;OPOS=100375371;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:8:8:0:5:3:0:0:4:0:3:3:0:0 chrX 100395663 . G T 393.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.503;QD=56.1593;RBI=0.0807447;REFB=0;REVB=0.0655864;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105163;OID=.;OPOS=100395663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chrX 100517135 . T C 803.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00626798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.478;QD=55.4081;RBI=0.0402501;REFB=-0.0128301;REVB=0.0397591;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000248999;OID=.;OPOS=100517135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chrX 100518165 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.279;QD=57.543;RBI=0.0439022;REFB=0;REVB=0.0436351;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81308e-05;OID=.;OPOS=100518165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chrX 100532621 . T C 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.448;QD=62.0145;RBI=0.0414585;REFB=0;REVB=0.0257168;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265006;OID=.;OPOS=100532621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chrX 100547933 . A G 922.59 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.969;QD=56.775;RBI=0.0167019;REFB=-0.100501;REVB=-0.0114537;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00157221;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:35:29:0:0:35:29:1:0 chrX 100608191 . G A 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.224;QD=57.1735;RBI=0.018867;REFB=0;REVB=-0.0083097;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61144e-05;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chrX 100743037 . C T 613.64 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.17;QD=61.3642;RBI=0.0303975;REFB=0;REVB=0.0207525;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61259e-05;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chrX 100743826 . A G 353.31 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.257;QD=54.3549;RBI=0.0413321;REFB=0;REVB=0.0407195;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150912;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chrX 100745824 . CT C,CC 157.96 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,7;DP=13;FAO=1,13;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024572,-0.00546999;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=277.639,293.356;QD=45.1304;RBI=0.00911171,0.00810843;REFB=0,0;REVB=-0.00877413,-0.00598548;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00774986,0.00137392;OID=.,.;OPOS=100745825,100745825;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:2,7:13:1,13:14:0:0,10:1,3:0:0:7:0:1,4:1,3:0:0 chrX 100748078 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1985;QD=49.5992;RBI=0.0348051;REFB=0;REVB=-0.0311344;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295583;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chrX 100749127 . A G 109.83 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.644;QD=39.9374;RBI=0.0159315;REFB=0;REVB=0.015297;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109244;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:2:9:0:0 chrX 100749585 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9681;QD=33.4285;RBI=0.0329929;REFB=0;REVB=0.0328085;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188921;OID=.;OPOS=100749585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chrX 100911066 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.769;QD=53.2764;RBI=0.0449311;REFB=0;REVB=-0.0380342;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756176;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chrX 101138792 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.886;QD=53.2769;RBI=0.0448263;REFB=0;REVB=0.0437694;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257013;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chrX 101395780 . T G,TG 295.48 PASS AF=0,1;AO=2,22;DP=35;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188628,0.200342;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=14.7147,14.9477;QD=39.3973;RBI=0.034775,0.202791;REFB=0.014344,-0.0655307;REVB=0.0292147,0.0314224;RO=10;SAF=0,8;SAR=2,14;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.759974,-0.299762;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0286499;OID=.,.;OPOS=101395780,101395781;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:35:30:10:0:2,22:0,30:0,1:2,14:0,8:9:1:0,17:0,13:0:0 chrX 101912118 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.181;QD=54.5177;RBI=0.0313969;REFB=0;REVB=0.0309373;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142042;OID=.;OPOS=101912118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chrX 101972439 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.572;QD=55.0987;RBI=0.0444542;REFB=0;REVB=0.0281455;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201917;OID=.;OPOS=101972439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chrX 102005119 . G A 141.69 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0157787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.573;QD=9.60634;RBI=0.0248487;REFB=-0.0114921;REVB=-0.0191961;RO=40;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235829;STB=0.639286;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0134079;OID=.;OPOS=102005119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:7:12:17:23:7:12:17:23 chrX 102006495 . TG T 30.82 PASS AF=0.380952;AO=9;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.218996;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.7703;QD=5.86994;RBI=0.221731;REFB=-0.0448515;REVB=-0.0347138;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=0.0618552;OID=.;OPOS=102006496;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:9:21:8:21:13:5:3:9:4:30:9:5:4:6:3 chrX 102192528 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.192;QD=49.5992;RBI=0.0665297;REFB=0;REVB=0.0633522;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328068;OID=.;OPOS=102192528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chrX 102471531 . G T 682.94 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00510676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.078;QD=52.5339;RBI=0.00729409;REFB=0.0174139;REVB=-0.00520815;RO=2;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587068;STB=0.531237;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-1.03486e-07;OID=.;OPOS=102471531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:15:35:0:2:15:35:0:2 chrX 102564583 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.077;QD=64.4154;RBI=0.0104049;REFB=0;REVB=0.00740698;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76147e-05;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chrX 102757176 . GAAA GAA,GAAG 274.61 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=20,6;DP=61;FAO=58,6;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=19,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.398288,0.0264028;FXX=0.0447694;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=6.01888,253.426;QD=17.1632;RBI=0.490126,0.0738853;REFB=0.0158344,0.00673669;REVB=-0.28564,-0.0690068;RO=20;SAF=15,0;SAR=5,6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.061276,-0.799646;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0367649,0.0887315;OID=.,.;OPOS=102757177,102757179;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90625,0.09375:20,6:61:58,6:64:0:39,0:19,6:0:0:31:20:15,0:5,6:16:4 chrX 102931988 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3648;QD=37.4885;RBI=0.0301878;REFB=0;REVB=-0.0182708;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220347;OID=.;OPOS=102931988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chrX 102979486 . T C 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.074;QD=59.0041;RBI=0.0252304;REFB=0;REVB=0.0251975;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173763;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chrX 103042882 . T C 980.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.378;QD=58.5464;RBI=0.0257166;REFB=0;REVB=0.0153056;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96452e-05;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chrX 103046526 . TGGGGGTA TGGGGTA,TGGGGTAG 257.59 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=22,2;DP=29;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421999,0.000310282;FXX=0.0344709;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=12.5301,80.6717;QD=36.7991;RBI=0.0661041,0.0141084;REFB=0,0;REVB=-0.0508814,-0.014105;RO=1;SAF=4,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0250044,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00621059,-0.0762132;OID=.,.;OPOS=103046527,103046531;OREF=G,GTA;OALT=-,TAG;OMAPALT=TGGGGTA,TGGGGTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964286,0.0357143:22,2:29:27,1:28:0:4,0:23,1:0:0:4:1:4,0:18,2:0:1 chrX 103347406 . C G 239.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.899;QD=50.3761;RBI=0.0432077;REFB=0;REVB=-0.0119441;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287;OID=.;OPOS=103347406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chrX 103434536 . AAT A,AAA 54.03 PASS AF=0.26087,0;AO=8,4;DP=49;FAO=12,0;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.11534,-0.0427583;FXX=0.041658;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=24.3939,21.3413;QD=4.69806;RBI=0.115595,0.0560418;REFB=-0.0428154,0.00163595;REVB=0.00767118,0.0362272;RO=34;SAF=1,1;SAR=7,3;SRF=14;SRR=20;SSEN=0.32381,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423691,-0.193516;STB=0.865015,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0953888,0;OID=.,.;OPOS=103434537,103434538;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087,0:8,4:49:12,0:46:34:1,0:11,0:16:18:55:34:1,1:7,3:14:20 chrX 105150508 . TAA TA,TAT 38.7 PASS AF=0.14,0.08;AO=8,4;DP=51;FAO=7,4;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4,0;FSAR=3,4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0461226,0.00901196;FXX=0.019604;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.02101,230.578;QD=3.09579;RBI=0.27778,0.0375023;REFB=-0.0557489,-0.00619854;REVB=-0.273924,-0.0364034;RO=32;SAF=6,0;SAR=2,4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.33042,0;SSSB=0.093117,-0.679734;STB=0.561121,0.997913;STBP=0.755,0.009;TYPE=del,snp;VARB=-0.119456,0.0414902;OID=.,.;OPOS=105150509,105150510;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14,0.08:8,4:51:7,4:50:39:4,0:3,4:25:14:17:32:6,0:2,4:22:10 chrX 105153001 . A G 444.76 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0708473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9578;QD=52.3243;RBI=0.0711388;REFB=-0.104495;REVB=0.00643346;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.515685;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0086406;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:23:9:1:0:23:9:1:1 chrX 105201278 . T A 169.33 PASS AF=0.325301;AO=13;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.182674;FXX=0.0119033;HRUN=12;LEN=1;MLLD=10.7088;QD=8.16068;RBI=0.27276;REFB=-0.0681048;REVB=-0.202554;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448006;STB=0.525405;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0155653;OID=.;OPOS=105201278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:83:83:18:30:13:27:0.325301:5:8:11:7:13:14:17:13 chrX 106200202 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.052;QD=60.7147;RBI=0.00982193;REFB=0;REVB=-0.000750836;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23156e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chrX 107224660 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3397;QD=42.1781;RBI=0.135496;REFB=0;REVB=0.0518984;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0090924;OID=.;OPOS=107224660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chrX 107417730 . G A,C 1481.08 PASS AF=0.895833,0.104167;AO=86,10;DP=96;FAO=86,10;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52,7;FSAR=34,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115496,0.00489083;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.212,155.501;QD=61.7118;RBI=0.0372273,0.0241831;REFB=0,0;REVB=0.0353904,0.0236833;RO=0;SAF=52,7;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000872006,0.0773175;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:96:96:0:0:86,10:86,10:0.895833,0.104167:34,3:52,7:0:0:34,3:52,7:0:0 chrX 107418906 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000584573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.968;QD=58.058;RBI=0.0423807;REFB=0;REVB=0.0423767;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168455;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:33:28:0:0 chrX 107430495 . C A 261.55 PASS AF=0.315315;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0381471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.135;QD=9.42537;RBI=0.0386774;REFB=-0.000284354;REVB=0.00638255;RO=76;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674395;STB=0.503935;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000712029;OID=.;OPOS=107430495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:76:35:35:0.315315:20:15:33:43:20:15:33:43 chrX 107976940 . G C 542.22 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781108;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2175;QD=60.2464;RBI=0.0470841;REFB=0;REVB=0.0464316;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645661;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chrX 107979512 . C T 774.69 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.047;QD=55.3348;RBI=0.0949854;REFB=0;REVB=0.0728059;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106559;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:24:29:0:0:27:29:0:0 chrX 107979515 . C T 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.315;QD=57.1019;RBI=0.0423788;REFB=0;REVB=0.0415487;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283189;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chrX 108297375 . T C 5657.56 PASS AF=0.986523;AO=363;DP=370;FAO=366;FDP=371;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=292;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0171077;FXX=0.0026881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3047;QD=60.9979;RBI=0.0191014;REFB=-0.0652953;REVB=-0.00849652;RO=5;SAF=73;SAR=290;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815478;STB=0.504244;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000654463;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:370:371:5:5:363:366:0.986523:290:73:0:5:292:74:0:5 chrX 108297445 . A G 8150.41 PASS AF=1;AO=509;DP=513;FAO=518;FDP=518;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=350;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000863612;FXX=0.00766269;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.326;QD=62.9375;RBI=0.00230874;REFB=0.00352551;REVB=-0.00214114;RO=2;SAF=164;SAR=345;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35035e-06;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:513:518:2:0:509:518:1:345:164:0:2:350:168:0:0 chrX 108297500 . G C 6190.76 PASS AF=0.985258;AO=399;DP=405;FAO=401;FDP=407;FR=.;FRO=6;FSAF=136;FSAR=265;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0140949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.813;QD=60.8428;RBI=0.0242657;REFB=-0.0424161;REVB=0.0197524;RO=5;SAF=136;SAR=263;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679403;STB=0.505367;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000744328;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:405:407:5:6:399:401:0.985258:263:136:3:2:265:136:4:2 chrX 108297570 . C CG 479.74 PASS AF=0.953125;AO=15;DP=144;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0115304;FXX=0.264337;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.0219;QD=29.9839;RBI=0.28804;REFB=0.158078;REVB=-0.28781;RO=129;SAF=1;SAR=14;SRF=55;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505865;STB=0.563084;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=-0.0239595;OID=.;OPOS=108297571;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.953125:15:144:61:64:3:3:58:1:2:3:129:1:14:55:74 chrX 108297573 . A G 1251.12 PASS AF=0.965517;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0142337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.76;QD=57.5228;RBI=0.0487393;REFB=0.039848;REVB=-0.0466146;RO=3;SAF=20;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805928;STB=0.503816;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000543271;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:87:3:3:82:84:0.965517:62:20:1:2:63:21:1:2 chrX 108297602 . T C 983.88 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0169132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.744;QD=54.6602;RBI=0.0182374;REFB=0.0171913;REVB=-0.00682248;RO=3;SAF=9;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339319;STB=0.515484;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.000412494;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:72:3:3:68:69:0.958333:59:9:1:2:59:10:1:2 chrX 108297641 . G A 1025.57 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0996859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2732;QD=55.4363;RBI=0.104437;REFB=-0.0223705;REVB=0.0311432;RO=3;SAF=9;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346966;STB=0.518389;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00270917;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:62:9:1:2:62:9:1:2 chrX 108297699 . T C,G 734.8 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=44,2;DP=46;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=39,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948737,0.0161293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.403,129.918;QD=61.2331;RBI=0.0105071,0.0179541;REFB=0,0;REVB=-0.00451539,-0.00788624;RO=0;SAF=8,0;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.42054e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0021396,0.0369361;OID=.,.;OPOS=108297699,108297699;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:46:48:0:0:44,2:47,1:0.979167,0.0208333:36,2:8,0:0:0:39,1:8,0:0:0 chrX 108297702 . A C,G 668.51 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,41;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042107,0.0408265;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.273,194.716;QD=60.7734;RBI=0.0422378,0.040929;REFB=0,0;REVB=-0.00332147,-0.00289453;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.8059e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0354274,-0.00112416;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:44:44:0:0:2,41:1,43:0.0227273,0.977273:2,33:0,8:0:0:1,35:0,8:0:0 chrX 108297713 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.108;QD=50.4134;RBI=0.0236419;REFB=0;REVB=0.00790927;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38261e-05;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chrX 108297794 . T C 50.28 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.801;QD=33.5207;RBI=0.104024;REFB=0;REVB=0.0915375;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137539;OID=.;OPOS=108297794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:0:4:0:0:1:5:0:0 chrX 108708516 . C T 582.02 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.28;QD=58.2019;RBI=0.0222542;REFB=0.0065418;REVB=-0.0158232;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000343662;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:1:0:22:17:1:0 chrX 110537079 . C T 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9996;QD=57.1825;RBI=0.0192118;REFB=0;REVB=0.0189463;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448909;OID=.;OPOS=110537079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chrX 113193211 . A T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.083;QD=44.0935;RBI=0.0270663;REFB=-0.127397;REVB=-0.00976285;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555487;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00161859;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:4:13:0:0:4:13:0:1 chrX 113219823 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.027;QD=53.9112;RBI=0.0215401;REFB=0;REVB=-0.0178331;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45523e-05;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chrX 114425196 . G A 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.090165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.398;QD=21.171;RBI=0.0910141;REFB=-0.0295526;REVB=0.012403;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0168806;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chrX 114425400 . G A 162.49 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0243203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.424;QD=38.232;RBI=0.0251506;REFB=-0.21682;REVB=-0.00640897;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221381;STB=0.512179;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0350473;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:1:1:9:6:1:1 chrX 114426171 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.093458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.872;QD=23.2158;RBI=0.0935288;REFB=-0.0704059;REVB=-0.00363721;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0333969;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chrX 114426917 . C T 330.26 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.059057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.739;QD=50.8088;RBI=0.0922354;REFB=-0.113715;REVB=0.0708494;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00896761;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chrX 115305728 . G C 618.29 PASS AF=0.962963;AO=42;DP=49;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0460384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8435;QD=45.7994;RBI=0.0948943;REFB=-0.0430576;REVB=0.0829783;RO=6;SAF=16;SAR=26;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147312;STB=0.518511;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00533397;OID=.;OPOS=115305728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:54:6:2:42:52:0.962963:26:16:6:0:26:26:2:0 chrX 115590299 . C G,T 877.55 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=58,3;DP=61;FAO=59,3;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155513,-0.0604642;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.2308,17.9399;QD=56.6164;RBI=0.060493,0.0621234;REFB=0,0;REVB=0.0584599,-0.0142616;RO=0;SAF=33,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00555977,0.238041;OID=.,.;OPOS=115590299,115590299;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:61:62:0:0:58,3:59,3:0.951613,0.0483871:25,3:33,0:0:0:25,3:34,0:0:0 chrX 118148229 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.935;QD=56.1915;RBI=0.047613;REFB=0;REVB=0.0412174;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486732;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chrX 118281538 . C A 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5621;QD=58.582;RBI=0.0721624;REFB=0;REVB=0.0610619;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196529;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chrX 118587003 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.57;QD=51.5087;RBI=0.0293961;REFB=-0.023173;REVB=-0.00843287;RO=1;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206365;STB=0.511103;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00188396;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:22:3:0:1:22:4:0:1 chrX 118587321 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1879;QD=46.8467;RBI=0.089214;REFB=0;REVB=0.0686639;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00496635;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chrX 118603706 . A AG 32.02 PASS AF=0.259259;AO=9;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.052098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.9746;QD=4.74381;RBI=0.243294;REFB=-0.0317263;REVB=-0.23765;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476868;STB=0.728523;STBP=0.219;TYPE=ins;VARB=0.0603641;OID=.;OPOS=118603707;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:9:27:7:27:20:2:5:12:8:32:18:2:7:12:6 chrX 118603713 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0376085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2087;QD=7.62911;RBI=0.0377146;REFB=-0.00176904;REVB=-0.00282743;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423404;STB=0.749375;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00110802;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:6:2:12:7:6:2:12:8 chrX 118603729 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0397348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.416;QD=7.62906;RBI=0.0423901;REFB=0.00696574;REVB=0.0147669;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302804;STB=0.691801;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0147119;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:10:10:6:2:10:10 chrX 118603742 . A C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0223221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.495;QD=6.31766;RBI=0.0297535;REFB=-0.00604132;REVB=-0.0196721;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246785;STB=0.660587;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0431716;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:11:14:6:2:11:14 chrX 118603747 . A T 53.3 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0243997;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.338;QD=6.66277;RBI=0.0349399;REFB=0.00403474;REVB=0.025009;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265732;STB=0.671955;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0133652;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:32:24:24:8:8:0.25:6:2:11:13:6:2:11:13 chrX 118603773 . T C 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.035354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.904;QD=3.43667;RBI=0.0416363;REFB=-0.00607717;REVB=-0.0219927;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772668;STB=0.555366;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0426397;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:4:2:13:20:4:2:13:20 chrX 118603844 . T G 599.11 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0121711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.559;QD=46.989;RBI=0.023952;REFB=-0.00704834;REVB=-0.0206291;RO=4;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223688;STB=0.500894;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00127523;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:4:5:46:46:0.901961:28:18:1:3:28:18:2:3 chrX 118604436 . T C 560.1 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209464;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.666;QD=60.5513;RBI=0.0211742;REFB=0;REVB=0.00309809;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140972;OID=.;OPOS=118604436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chrX 118678364 . G A 748.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.665;QD=56.517;RBI=0.00856742;REFB=0;REVB=0.00686884;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29983e-06;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:23:28:0:0:23:30:0:0 chrX 118699320 . A G 886.4 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9604;QD=57.1872;RBI=0.0208703;REFB=0;REVB=0.0133477;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344069;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:27:32:0:0:29:33:0:0 chrX 118829479 . G A 2670.27 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379349;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.016;QD=61.7403;RBI=0.0196918;REFB=0;REVB=0.0193229;RO=0;SAF=95;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347703;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:173:0:0:170:173:1:75:95:0:0:76:97:0:0 chrX 118893413 . T C 305.74 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.785;QD=53.1724;RBI=0.0429692;REFB=0;REVB=0.00707021;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297303;OID=.;OPOS=118893413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chrX 119005705 . C G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.687;QD=60.2308;RBI=0.0300886;REFB=0;REVB=-0.0006666;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0504e-05;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chrX 119065893 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.476;QD=53.9111;RBI=0.0605705;REFB=0;REVB=0.00629633;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534957;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chrX 119500459 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.387;QD=53.9079;RBI=0.0171266;REFB=0;REVB=0.0170433;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77152e-05;OID=.;OPOS=119500459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chrX 119513629 . A C 1135.1 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4134;QD=60.5387;RBI=0.0138833;REFB=0;REVB=0.00956708;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104686;OID=.;OPOS=119513629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chrX 120008979 . T C 210.91 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399024;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.727;QD=49.6253;RBI=0.0546012;REFB=0;REVB=-0.0372705;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185117;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:15:17:1:2:13:0:0:2:15:0:0 chrX 120009062 . GCC GCA,G,GC 718.02 PASS AF=0.0793651,0.904762,0;AO=2,18,14;DP=57;FAO=5,57,0;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=5,35,0;FSAR=0,22,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297624,0.211926,0.418115;FXX=0.0156226;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=151.818,15.6674,8.59291;QD=45.5884;RBI=0.0710788,0.783991,1.48532;REFB=-0.0124662,-0.0726615,-0.0644899;REVB=0.0645476,0.754804,1.42525;RO=17;SAF=2,18,14;SAR=0,0,0;SRF=1;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.594203,0.594203;SSSB=0.796505,0.874623,0.868531;STB=0.5,0.50704,0.5;STBP=1,0.53,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.110798,0.0067867,0.140528;OID=.,.,.;OPOS=120009064,120009063,120009063;OREF=C,CC,C;OALT=A,-,-;OMAPALT=GCA,G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0793651,0.904762,0:2,18,14:57:5,57,0:63:1:5,35,0:0,22,0:1:0:23:17:2,18,14:0,0,0:1:16 chrX 122250996 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.645;QD=57.1775;RBI=0.0407332;REFB=0;REVB=-0.00405727;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35745e-05;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chrX 122318386 . A AG 1518.84 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388713;FXX=0.010203;HRUN=0;LEN=1;MLLD=292.784;QD=62.6327;RBI=0.0397308;REFB=-0.144523;REVB=-0.0082197;RO=2;SAF=53;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203694;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=ins;VARB=0.000526459;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989691:96:98:96:97:1:53:43:1:0:4:2:53:43:1:1 chrX 122336600 . T TG 509.69 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2197;QD=39.976;RBI=0.00594187;REFB=0;REVB=-0.00255173;RO=3;SAF=15;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000451974;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:52:51:51:0:15:36:0:0:10:3:15:32:1:2 chrX 122537277 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7753;QD=60.6067;RBI=0.0349063;REFB=0;REVB=0.0313852;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011298;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chrX 125298690 . G A 1414.43 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.372;QD=62.8635;RBI=0.123789;REFB=0;REVB=0.12137;RO=1;SAF=60;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183246;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:29:60:0:1:30:60:0:0 chrX 125299188 . T G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.804;QD=57.2018;RBI=0.0282659;REFB=0;REVB=0.0221725;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34928e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chrX 125299467 . G T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0252;QD=56.9356;RBI=0.0522419;REFB=0;REVB=0.0195239;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789931;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chrX 127185086 . C A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0389943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.031;QD=13.6609;RBI=0.0440994;REFB=-0.0188885;REVB=0.0205961;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578865;STB=0.533931;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0214475;OID=.;OPOS=127185086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:7:14:10:4:7:14 chrX 128780176 . A AAGC,AGC 114.97 PASS AF=1,0;AO=6,3;DP=14;FAO=11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117439,0.0942955;FXX=0.214133;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=197.67,177.703;QD=41.8086;RBI=0.184456,0.171265;REFB=-0.0825819,-0.0654636;REVB=0.14224,0.142969;RO=4;SAF=5,0;SAR=1,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.297985,-0.683038;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00295428,0;OID=.,.;OPOS=128780177,128780177;OREF=-,-;OALT=AGC,GC;OMAPALT=AAGC,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:6,3:14:11,0:11:0:6,0:5,0:0:0:3:4:5,0:1,3:2:2 chrX 128781864 . C A 416.97 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0212212;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.96;QD=52.1206;RBI=0.023023;REFB=0.0227167;REVB=0.00892843;RO=2;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016613;STB=0.508923;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00365198;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:32:2:2:30:30:0.9375:11:19:1:1:11:19:1:1 chrX 128880614 . T C 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.034;QD=58.9549;RBI=0.0373644;REFB=0;REVB=-0.00105538;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47872e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chrX 128888541 . G A 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.925;QD=55.0921;RBI=0.0230915;REFB=0;REVB=0.0223159;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214722;OID=.;OPOS=128888541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chrX 129058882 . T C 372.75 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.692;QD=55.2216;RBI=0.0698908;REFB=0;REVB=0.0475338;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210672;OID=.;OPOS=129058882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chrX 129147079 . T C 693.36 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9185;QD=60.2921;RBI=0.0657752;REFB=-0.156344;REVB=0.0587158;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014922;STB=0.507933;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.013409;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:14:31:1:0:14:31:1:0 chrX 129480581 . G A 138.5 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0368029;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.843;QD=10.0729;RBI=0.0368186;REFB=-0.00681924;REVB=-0.00107289;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942777;STB=0.563567;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.01405;OID=.;OPOS=129480581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:37:18:18:0.327273:9:9:15:21:9:9:15:22 chrX 129484648 . T TG 65.71 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0152794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8189;QD=8.47912;RBI=0.0282209;REFB=0.0165105;REVB=-0.0237268;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=-0.035734;OID=.;OPOS=129484649;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:12:31:13:31:18:5:8:10:8:65:17:5:7:10:7 chrX 130408745 . G A 741.83 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0320559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7863;QD=52.9877;RBI=0.0421485;REFB=-0.0741858;REVB=0.0273662;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376599;STB=0.519993;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0109491;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:24:30:0:2:24:30:0:2 chrX 130415818 . T C 464.91 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8151;QD=58.1135;RBI=0.0511492;REFB=0;REVB=0.0482135;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403202;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chrX 130416523 . T G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2524;QD=64.1522;RBI=0.0671545;REFB=0;REVB=-0.0658678;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100673;OID=.;OPOS=130416523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chrX 130416958 . C T 850.32 PASS AF=0.925373;AO=60;DP=65;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.105739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1048;QD=50.7651;RBI=0.106011;REFB=-0.0667847;REVB=0.00759;RO=4;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940015;STB=0.560955;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00774681;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:65:67:4:5:60:62:0.925373:18:42:0:4:18:44:0:5 chrX 130420006 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.694;QD=64.1538;RBI=0.0187379;REFB=0;REVB=0.00462539;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34348e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chrX 130420415 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.521;QD=55.654;RBI=0.0941124;REFB=0;REVB=0.039921;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318668;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chrX 130678467 . A C,G 731.32 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=2,50;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295576,-0.0921247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.208,94.7247;QD=56.2555;RBI=0.032292,0.0934006;REFB=0,0;REVB=0.0130045,0.0153854;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.030005,0.0021731;OID=.,.;OPOS=130678467,130678467;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:52:52:0:0:2,50:1,51:0.0192308,0.980769:2,34:0,16:0:0:1,35:0,16:0:0 chrX 130678844 . A C 207.3 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.002;QD=48.7772;RBI=0.19345;REFB=0;REVB=-0.00320947;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102386;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:14:2:0:0:14:3:0:0 chrX 131209464 . TA T 32.4 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.11164;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.3828;QD=6.82116;RBI=0.142238;REFB=0.0149424;REVB=0.0881368;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=-0.0302738;OID=.;OPOS=131209465;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:9:19:9:19:10:4:5:4:6:32:9:4:5:4:5 chrX 132161673 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8723;QD=59.4345;RBI=0.057252;REFB=0;REVB=0.0257728;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376629;OID=.;OPOS=132161673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chrX 132437337 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.516;QD=58.5875;RBI=0.0182711;REFB=0;REVB=0.010909;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78581e-05;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chrX 132438872 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9981;QD=50.4133;RBI=0.082742;REFB=0;REVB=0.0205329;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320863;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 133379551 . C T 537.48 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.111;QD=59.7205;RBI=0.0308925;REFB=0;REVB=0.0281293;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51686e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chrX 133380034 . AGTGT A,AGT 476.17 PASS AF=0.470588,0.529412;AO=14,10;DP=34;FAO=16,18;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10,14;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144795,0.0348262;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=117.691,110.735;QD=56.0203;RBI=0.085838,0.163649;REFB=0,0;REVB=0.0846079,0.1599;RO=0;SAF=9,8;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.056853,-0.00628845;OID=.,.;OPOS=133380035,133380035;OREF=GTGT,GT;OALT=-,-;OMAPALT=A,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.470588,0.529412:14,10:34:16,18:34:0:10,14:6,4:0:0:99:0:9,8:5,2:0:0 chrX 133527913 . AT A 45.65 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.10984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1386;QD=5.07195;RBI=0.125567;REFB=0.0260826;REVB=0.0608468;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38184;STB=0.863428;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=-0.0448886;OID=.;OPOS=133527914;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:11:36:11:36:25:10:1:12:13:45:23:9:2:12:11 chrX 134125475 . C G 715.32 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0208563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.53;QD=57.2252;RBI=0.0299958;REFB=-0.0444016;REVB=0.0215584;RO=3;SAF=13;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968838;STB=0.551701;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00041947;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:3:3:47:47:0.94:34:13:3:0:34:13:3:0 chrX 134126394 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.035;QD=46.8476;RBI=0.0290234;REFB=0;REVB=-0.00549296;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017565;OID=.;OPOS=134126394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chrX 134156121 . G C 123.03 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0583127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9644;QD=37.8556;RBI=0.0586265;REFB=-0.0086748;REVB=-0.00605792;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00821103;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:8:4:0:0:8:4:1:0 chrX 134185997 . T A 1587.65 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.076;QD=64.1476;RBI=0.0310679;REFB=0;REVB=0.0247566;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63651e-05;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chrX 134421305 . T C 83.25 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0204435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1977;QD=5.64398;RBI=0.0261833;REFB=-0.023806;REVB=0.0163593;RO=46;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172622;STB=0.607844;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0724904;OID=.;OPOS=134421305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:7:6:15:31:7:6:15:31 chrX 134483151 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.29;QD=57.1775;RBI=0.0383426;REFB=0;REVB=0.022712;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30787e-05;OID=.;OPOS=134483151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chrX 134711183 . G T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0240216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.275;QD=5.26475;RBI=0.0243842;REFB=-0.002799;REVB=-0.00418951;RO=55;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463887;STB=0.529372;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0143302;OID=.;OPOS=134711183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:9:6:24:31:9:6:24:31 chrX 134713913 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00685073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.359;QD=6.25108;RBI=0.0187733;REFB=0.00649213;REVB=0.0174787;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0242191;OID=.;OPOS=134713913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:9:8:3:3:9:8 chrX 134807372 . A G 1643.22 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0612351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4968;QD=59.2152;RBI=0.0648561;REFB=0.0322979;REVB=0.0213676;RO=1;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010666;STB=0.505617;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=9.04812e-05;OID=.;OPOS=134807372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:109:110:0.990991:44:65:0:1:44:66:0:1 chrX 134807391 . A G 566.34 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0013164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.017;QD=21.3713;RBI=0.0013167;REFB=-0.00631742;REVB=2.79189e-05;RO=49;SAF=31;SAR=26;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075938;STB=0.541652;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00707818;OID=.;OPOS=134807391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:26:31:31:18:26:31:31:18 chrX 134807868 . A T 392.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.7463;QD=56.0421;RBI=0.0304655;REFB=0;REVB=0.010852;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157135;OID=.;OPOS=134807868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chrX 134807875 . T C 347.54 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.359;QD=51.4879;RBI=0.0302793;REFB=-0.127209;REVB=-0.02654;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0028358;OID=.;OPOS=134807875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:15:11:0:0:15:11:0:1 chrX 134978425 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2906;QD=54.5165;RBI=0.0245901;REFB=0;REVB=-0.0232483;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226677;OID=.;OPOS=134978425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chrX 134986700 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.926;QD=51.1845;RBI=0.0102381;REFB=0;REVB=0.00705347;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01126e-06;OID=.;OPOS=134986700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chrX 134991078 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.343;QD=57.3932;RBI=0.0262837;REFB=-0.0343236;REVB=0.0046929;RO=1;SAF=25;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183679;STB=0.509799;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000141256;OID=.;OPOS=134991078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:12:25:1:0:12:25:1:0 chrX 134994005 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.227;QD=51.1845;RBI=0.0324391;REFB=0;REVB=0.0300333;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53857e-05;OID=.;OPOS=134994005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chrX 134994054 . G A 271.23 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.985;QD=51.6632;RBI=0.0681826;REFB=0;REVB=0.0623881;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213987;OID=.;OPOS=134994054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:16:21:1:10:6:0:0:14:7:0:0 chrX 135426693 . A G 447.11 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0848123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2288;QD=52.6016;RBI=0.0927471;REFB=-0.121444;REVB=0.0375355;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695581;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00668683;OID=.;OPOS=135426693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:2:2:32:32:0.941176:14:18:1:1:14:18:1:1 chrX 135426968 . C A 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.656;QD=62.3415;RBI=0.0201846;REFB=0;REVB=0.0190012;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20381e-05;OID=.;OPOS=135426968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chrX 135429503 . C A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2389;QD=50.4087;RBI=0.0871655;REFB=0;REVB=-0.0377426;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139755;OID=.;OPOS=135429503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chrX 135430044 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.765;QD=64.4149;RBI=0.00506295;REFB=0;REVB=0.00189067;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95867e-06;OID=.;OPOS=135430044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chrX 135430483 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7904;QD=53.9105;RBI=0.0197356;REFB=0;REVB=0.0103719;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162795;OID=.;OPOS=135430483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chrX 135431236 . T C 123.11 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.058229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4034;QD=37.8806;RBI=0.0598838;REFB=-0.100896;REVB=0.0139806;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0114987;OID=.;OPOS=135431236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chrX 135431358 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.876;QD=61.332;RBI=0.0384131;REFB=0;REVB=0.0380309;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575829;OID=.;OPOS=135431358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chrX 135474420 . C A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.176;QD=64.153;RBI=0.0159812;REFB=0;REVB=0.00989955;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5272e-06;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017753;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.43;QD=63.2868;RBI=0.0237738;REFB=0;REVB=0.0158121;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.58863e-06;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:46:46:46:0:22:24:0:0:4:0:22:24:0:0 chrX 135480126 . T C 357.31 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506432;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.8025;QD=54.9699;RBI=0.100665;REFB=0;REVB=-0.0869978;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00333121;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chrX 135496398 . G A 942.07 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797106;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.295;QD=58.8796;RBI=0.0388006;REFB=0;REVB=-0.037973;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91365e-05;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chrX 135814336 . GA G 42.89 PASS AF=0.338028;AO=26;DP=74;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.196648;FXX=0.0405351;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.00929;QD=2.41654;RBI=0.254203;REFB=-0.0872787;REVB=-0.161086;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107744;STB=0.562595;STBP=0.446;TYPE=del;VARB=0.0449708;OID=.;OPOS=135814337;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338028:26:74:24:71:47:10:14:24:23:42:38:11:15:20:18 chrX 135956342 . C G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00667774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.36;QD=6.59516;RBI=0.0109271;REFB=-0.00470682;REVB=-0.00864925;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661456;STB=0.542075;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0185659;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:5:4:14:14:5:4:14:14 chrX 135956370 . G A 112.96 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0105949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5741;QD=9.41315;RBI=0.0345136;REFB=-0.000425232;REVB=0.0328471;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343684;STB=0.520804;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00169582;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:16:18:7:7:16:18 chrX 135956391 . A G 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0175081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.048;QD=10.3431;RBI=0.0205072;REFB=-0.0094929;REVB=-0.0106776;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398299;STB=0.523342;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0179258;OID=.;OPOS=135956391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:9:12:22:19:9:12:22:19 chrX 135956408 . A G 152.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00629563;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.22;QD=10.1709;RBI=0.00679169;REFB=-0.0054173;REVB=-0.00254796;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406994;STB=0.516762;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00848677;OID=.;OPOS=135956408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:37:40:20:20:0.333333:9:11:19:18:9:11:21:19 chrX 135956462 . G C 196.45 PASS AF=0.387097;AO=25;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0158771;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.805;QD=12.6741;RBI=0.015946;REFB=0.00314147;REVB=-0.00148164;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103893;STB=0.573469;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00270727;OID=.;OPOS=135956462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:25:24:0.387097:13:12:22:16:13:11:22:16 chrX 135956467 . C T 190.41 PASS AF=0.369231;AO=25;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00988453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.531;QD=11.7172;RBI=0.0231461;REFB=0.00611966;REVB=0.0209293;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101449;STB=0.579552;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00916915;OID=.;OPOS=135956467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:25:24:0.369231:13:12:23:17:13:11:24:17 chrX 135956506 . C G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0120939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.754;QD=13.7843;RBI=0.0123928;REFB=0.00592544;REVB=0.00270569;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379565;STB=0.52172;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00409767;OID=.;OPOS=135956506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:17:16:12:11:17:16 chrX 138067202 . A G 715.15 PASS AF=0.94;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0560832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.673;QD=57.2122;RBI=0.0560838;REFB=0.0560582;REVB=-0.00025054;RO=2;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058354;STB=0.505665;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0435007;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:50:2:3:47:47:0.94:20:27:1:1:20:27:2:1 chrX 138774209 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.721;QD=62.1623;RBI=0.0178865;REFB=0;REVB=0.0150009;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4514e-05;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:33:52:0:0:33:52:0:0 chrX 138811003 . G A 715.79 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387034;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9204;QD=57.2631;RBI=0.083465;REFB=0;REVB=0.073949;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025761;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chrX 138897130 . A C 800.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8631;QD=57.159;RBI=0.0245349;REFB=0;REVB=0.0186217;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98563e-05;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:30:22:0:0:30:26:0:0 chrX 139099828 . T A 541.64 PASS AF=0.87234;AO=38;DP=46;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00761642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4775;QD=46.0969;RBI=0.0191812;REFB=7.88497e-05;REVB=0.0176042;RO=6;SAF=20;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358361;STB=0.513735;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=9.43721e-05;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:46:47:6:6:38:41:0.87234:18:20:4:2:18:23:4:2 chrX 140270418 . T C,G 218.81 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=16,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305346,-0.00411198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.367,135.396;QD=48.6253;RBI=0.0183293,0.0334905;REFB=0,0;REVB=-0.0180731,-0.0332371;RO=0;SAF=6,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0224464,0.113708;OID=.,.;OPOS=140270418,140270418;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:18:18:0:0:16,2:16,2:0.888889,0.111111:10,0:6,2:0:0:10,0:6,2:0:0 chrX 140714231 . A G 280.02 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.03;QD=48.6994;RBI=0.0284007;REFB=-0.188811;REVB=0.0209354;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00466039;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chrX 140714251 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1122;QD=51.9151;RBI=0.0704384;REFB=0;REVB=0.014213;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245017;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chrX 140967165 . T C 742.87 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0155709;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1288;QD=50.3639;RBI=0.0203108;REFB=-0.0118298;REVB=-0.0130412;RO=4;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437951;STB=0.523248;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00181143;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:59:59:4:4:54:55:0.932203:41:13:0:4:41:14:0:4 chrX 140967195 . T A 650.71 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.481;QD=61.9726;RBI=0.0330514;REFB=0;REVB=0.0126094;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67723e-05;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chrX 140969379 . CT C 55.12 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.258274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.19549;QD=8.16545;RBI=0.258468;REFB=-0.0834991;REVB=-0.010006;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551328;STB=0.732918;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.136461;OID=.;OPOS=140969380;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:12:27:13:27:14:2:11:7:7:46:11:1:11:6:5 chrX 140983064 . G A 2378.64 PASS AF=0.981595;AO=158;DP=162;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0724401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3754;QD=58.3715;RBI=0.0945292;REFB=-0.160612;REVB=0.0607305;RO=4;SAF=84;SAR=74;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103008;STB=0.502391;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00340299;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:163:4:3:158:160:0.981595:74:84:3:1:74:86:2:1 chrX 140983127 . G A 3123.66 PASS AF=0.995192;AO=197;DP=202;FAO=207;FDP=208;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250828;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.24;QD=60.0704;RBI=0.0259596;REFB=-0.0488611;REVB=0.00668975;RO=3;SAF=100;SAR=97;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140708;STB=0.502512;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000232452;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:208:3:1:197:207:0.995192:97:100:3:0:99:108:0:1 chrX 140993852 . C G 175.1 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0284918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1283;QD=20.0111;RBI=0.0420195;REFB=-0.0186834;REVB=0.0308845;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387458;STB=0.722609;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0288056;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:15:3:9:8:15:3:9:8 chrX 140993859 . T A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0129875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.71;QD=19.3697;RBI=0.0424292;REFB=-0.0270944;REVB=0.0403926;RO=15;SAF=2;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506484;STB=0.793384;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0280954;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:14:2:9:6:14:2:9:6 chrX 140994037 . C A 53.44 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00843697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.898;QD=17.8121;RBI=0.0460086;REFB=-0.0176601;REVB=0.0452284;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502096;STB=0.699532;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0388567;OID=.;OPOS=140994037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:12:3:4:6:8:0.666667:5:1:3:0:5:3:4:0 chrX 140994123 . C G 65.7 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0589039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.427;QD=11.4255;RBI=0.0741589;REFB=-0.0501473;REVB=0.0450541;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198262;STB=0.650796;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0458632;OID=.;OPOS=140994123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:7:2:5:8:7:2:6:8 chrX 140994135 . A AC 47.2 PASS AF=0.473684;AO=3;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0118116;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.0282;QD=9.93636;RBI=0.0810793;REFB=-0.015412;REVB=0.0802144;RO=15;SAF=0;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61006;STB=0.717431;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=0.0966673;OID=.;OPOS=140994136;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:3:19:9:19:10:2:7:6:4:47:15:0:3:7:8 chrX 140994171 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.451;QD=50.4134;RBI=0.0149418;REFB=0;REVB=-0.0118275;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208837;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chrX 140994407 . C G 289.36 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.108426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.876;QD=46.2977;RBI=0.122602;REFB=-0.134703;REVB=0.0572271;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.541631;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0257663;OID=.;OPOS=140994407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:2:0:12:11:2:0 chrX 140994419 . T C 246.32 PASS AF=0.846154;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0487224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.69;QD=37.8956;RBI=0.0971364;REFB=-0.0711033;REVB=0.0840334;RO=4;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801959;STB=0.538427;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0178353;OID=.;OPOS=140994419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:26:26:4:4:21:22:0.846154:11:10:3:1:11:11:3:1 chrX 140994517 . C G 143.85 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00783491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.377;QD=33.8481;RBI=0.078788;REFB=-0.068219;REVB=0.0783974;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100822;STB=0.57884;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0116079;OID=.;OPOS=140994517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:2:3:14:14:0.823529:6:8:2:0:6:8:3:0 chrX 140995315 . C T 1512.95 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.912;QD=59.919;RBI=0.041767;REFB=0;REVB=0.020965;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30119e-05;OID=.;OPOS=140995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chrX 140996672 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.662;QD=51.9154;RBI=0.0274941;REFB=0;REVB=-0.0123915;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05502e-05;OID=.;OPOS=140996672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chrX 141290865 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5028;QD=57.5442;RBI=0.0396612;REFB=0;REVB=-0.0200349;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78286e-05;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chrX 142285253 . C T 1068.48 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016532;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.38;QD=60.1962;RBI=0.0451246;REFB=0;REVB=0.0419872;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81454e-05;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:40:29:0:0:41:30:0:0 chrX 142795225 . G A 45.8 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0275256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.098;QD=8.72437;RBI=0.0333436;REFB=-0.0288692;REVB=0.0188185;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413404;STB=0.732681;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0631969;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:5:2:9:4:5:2:9:5 chrX 144904882 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.776;QD=33.4285;RBI=0.0182229;REFB=0;REVB=-0.00663982;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.842e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 144905438 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000877591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.99;QD=53.9111;RBI=0.0136946;REFB=0;REVB=0.0136664;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64224e-05;OID=.;OPOS=144905438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chrX 144905744 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0082;QD=59.4289;RBI=0.0513977;REFB=0;REVB=0.046907;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059555;OID=.;OPOS=144905744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chrX 144909301 . T G 1312.62 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241752;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.098;QD=62.5058;RBI=0.0633192;REFB=0;REVB=0.0585225;RO=0;SAF=22;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238325;OID=.;OPOS=144909301;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:61:22:0:0:62:22:0:0 chrX 144910936 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.025;QD=57.6807;RBI=0.0118049;REFB=0;REVB=0.00472387;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90477e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chrX 147014960 . C T 1689.83 PASS AF=0.966667;AO=115;DP=121;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0184155;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9896;QD=56.3275;RBI=0.023166;REFB=-0.0563688;REVB=-0.0140547;RO=5;SAF=63;SAR=52;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416301;STB=0.506955;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00195837;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:120:5:4:115:116:0.966667:52:63:3:2:53:63:3:1 chrX 147088249 . C A,T 695.04 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,42;DP=45;FAO=3,42;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190454,0.0150208;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.265,259.551;QD=61.7814;RBI=0.00776357,0.0161288;REFB=0,0;REVB=-0.00752634,-0.00587479;RO=0;SAF=2,20;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00388115,0.000309649;OID=.,.;OPOS=147088249,147088249;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:45:45:0:0:3,42:3,42:0.0666667,0.933333:1,22:2,20:0:0:1,22:2,20:0:0 chrX 147903704 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.855;QD=61.3751;RBI=0.0385889;REFB=0;REVB=-0.0251988;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197844;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:30:50:0:0:30:50:0:0 chrX 147903926 . AC AT,GT 333.68 PASS AF=0.92,0.08;AO=23,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465501,0.0864334;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=136.485,88.1582;QD=53.3889;RBI=0.0465991,0.0865223;REFB=0,0;REVB=0.00213713,0.0039204;RO=0;SAF=6,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.9951e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00487467,-0.0532444;OID=.,.;OPOS=147903927,147903926;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:23,2:23,2:0.92,0.08:17,0:6,2:0:0:17,0:6,2:0:0 chrX 148628490 . A T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6817;QD=44.6873;RBI=0.0500363;REFB=0;REVB=0.0193451;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331339;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chrX 149013727 . A G 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.579;QD=57.6492;RBI=0.0215971;REFB=0;REVB=0.00398024;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181304;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chrX 149931106 . C T 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.763;QD=60.1578;RBI=0.0437084;REFB=-0.00354884;REVB=0.00958812;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000199992;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:26:18:1:0:26:18:1:0 chrX 149933341 . T C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.138;QD=61.8147;RBI=0.0513725;REFB=0.0692171;REVB=0.0415399;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00018218;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:27:22:0:0:27:22:1:0 chrX 150573543 . CT C 115.36 PASS AF=0.369369;AO=35;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.107614;FXX=0.0176975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2605;QD=4.15709;RBI=0.155996;REFB=-0.0321638;REVB=0.112934;RO=63;SAF=26;SAR=9;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490429;STB=0.755644;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0123699;OID=.;OPOS=150573544;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369369:35:111:41:111:70:30:11:22:48:99:63:26:9:18:45 chrX 150840185 . T C 696.89 PASS AF=0.980392;AO=51;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00717318;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.759;QD=54.6576;RBI=0.0276839;REFB=-0.111626;REVB=0.0267384;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000411999;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:1:1:51:50:0.980392:29:22:1:0:28:22:1:0 chrX 150868724 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4299;QD=45.8009;RBI=0.108133;REFB=0;REVB=-0.107086;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00537911;OID=.;OPOS=150868724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chrX 150869267 . A G 1254.81 PASS AF=0.965517;AO=80;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0163034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.896;QD=57.6925;RBI=0.0500116;REFB=-0.0467308;REVB=0.0472796;RO=2;SAF=55;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100298;STB=0.500454;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00214291;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:80:84:0.965517:25:55:1:1:29:55:2:1 chrX 150884620 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.937;QD=57.1984;RBI=0.0570064;REFB=0;REVB=0.0402718;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298741;OID=.;OPOS=150884620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chrX 151092220 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4742;QD=62.9812;RBI=0.0336082;REFB=0;REVB=-0.0228875;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052551;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chrX 151092653 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.121;QD=58.138;RBI=0.0166588;REFB=0;REVB=-0.00935091;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10992e-05;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chrX 151138179 . A C 1080.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2463;QD=60.0159;RBI=0.0233964;REFB=0;REVB=0.0230435;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166692;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chrX 151303393 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.352;QD=51.1846;RBI=0.0117198;REFB=0;REVB=0.0115528;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84755e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chrX 151899913 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.7;QD=56.9565;RBI=0.0265205;REFB=0;REVB=0.0108804;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95563e-05;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chrX 151904488 . C A 1007.58 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00980492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.362;QD=55.2099;RBI=0.01171;REFB=0.0510697;REVB=-0.00640217;RO=2;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295251;STB=0.52307;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-8.87778e-07;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:31:39:0:2:31:39:0:3 chrX 152018831 . GT G,GG 423.52 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=3,27;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120975,-0.0140935;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=299.216,314.167;QD=56.4695;RBI=0.0536459,0.0481398;REFB=0,0;REVB=0.0522641,0.0460306;RO=0;SAF=2,21;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0200198,0.00190031;OID=.,.;OPOS=152018832,152018832;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:3,27:30:1,29:30:0:1,22:0,7:0:0:4:0:2,21:1,6:0:0 chrX 152226542 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.381;QD=61.3361;RBI=0.0614886;REFB=0;REVB=0.0296928;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304581;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chrX 152227132 . C T 977.42 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051672;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.327;QD=59.2373;RBI=0.020494;REFB=0;REVB=0.0198319;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16785e-05;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chrX 152482198 . G A 764.41 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.131;QD=62.4006;RBI=0.04407;REFB=0;REVB=0.0182237;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329226;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:22:27:0:0 chrX 152482917 . T C 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.855;QD=55.0748;RBI=0.0171247;REFB=0;REVB=0.00519485;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99242e-05;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chrX 152609668 . T C 1375.92 PASS AF=0.988889;AO=83;DP=84;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.766;QD=61.1522;RBI=0.0599938;REFB=0.00645339;REVB=0.0588543;RO=1;SAF=56;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083837;STB=0.504424;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=8.79541e-05;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:90:1:1:83:89:0.988889:27:56:1:0:33:56:1:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137508;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=403.818;QD=49.5992;RBI=0.015579;REFB=0;REVB=0.00732262;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.98477e-05;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:18:18:18:0:6:12:0:0:4:0:6:12:0:0 chrX 152613112 . C T 347.61 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.114969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.364;QD=51.4972;RBI=0.118446;REFB=-0.145819;REVB=0.0284901;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712358;STB=0.538431;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00473581;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:1:0:20:6:1:0 chrX 152613702 . A G 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.003226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.492;QD=61.8671;RBI=0.00647518;REFB=-0.0217228;REVB=0.00561434;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00029948;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:1:0:44:48:1:0 chrX 152613826 . G A 725.58 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.039;QD=56.908;RBI=0.0196746;REFB=0;REVB=-0.0192837;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15549e-05;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:35:16:0:0 chrX 152616741 . A T 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.468;QD=56.6966;RBI=0.0157027;REFB=0;REVB=-0.00642803;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187855;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chrX 152616952 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.052;QD=57.1765;RBI=0.0188035;REFB=0;REVB=0.0141789;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15042e-05;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chrX 152616983 . G C 677.54 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165697;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.639;QD=63.0274;RBI=0.0346229;REFB=0;REVB=-0.0304005;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436284;OID=.;OPOS=152616983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chrX 152770230 . G A 2285.11 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.028926;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.795;QD=62.1798;RBI=0.04241;REFB=-0.0221364;REVB=0.0310144;RO=2;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012678;STB=0.506666;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000102921;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:74:71:0:2:74:71:0:2 chrX 152813393 . CAAAAA CAAAA,CAAAAG 209.26 PASS AF=0.90625,0.03125;AO=18,2;DP=31;FAO=29,1;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=8,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00549014,0.0511906;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.76416,14.8389;QD=26.157;RBI=0.233504,0.106536;REFB=-0.0582079,-0.0322329;REVB=0.233439,0.0934318;RO=9;SAF=1,0;SAR=17,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.571702,-0.602534;STB=0.522712,0.5;STBP=0.434,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0295865,-0.0261478;OID=.,.;OPOS=152813394,152813398;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAA,CAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90625,0.03125:18,2:31:29,1:32:2:8,0:21,1:0:2:7:9:1,0:17,2:5:4 chrX 152815089 . A G 324.04 PASS AF=1;AO=17;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.053;QD=54.0074;RBI=0.0706566;REFB=0;REVB=0.0143873;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872736;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:17:24:1:11:6:0:0:11:13:0:0 chrX 152823728 . G C 564.53 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8663;QD=59.4246;RBI=0.058027;REFB=0;REVB=0.0333646;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00503945;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chrX 152936886 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.452;QD=57.5452;RBI=0.0498259;REFB=0;REVB=0.0292175;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152428;OID=.;OPOS=152936886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chrX 153035798 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.087;QD=59.8388;RBI=0.0461212;REFB=0;REVB=0.0458332;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181728;OID=.;OPOS=153035798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chrX 153037397 . G T 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00554817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.758;QD=9.826;RBI=0.00753553;REFB=-0.00474077;REVB=-0.00509922;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172489;STB=0.604755;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0192889;OID=.;OPOS=153037397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:14:9:12:35:14:9:12:36 chrX 153038181 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.82;QD=58.1402;RBI=0.0306897;REFB=0;REVB=0.019788;RO=0;SAF=31;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364367;OID=.;OPOS=153038181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:1:31:0:0:1:31:0:0 chrX 153039502 . G C 240.7 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0119346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.6701;QD=43.7631;RBI=0.0507989;REFB=0.00728949;REVB=0.0493771;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708106;STB=0.538424;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000122197;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:12:8:0:2:12:8:0:2 chrX 153041544 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.281;QD=49.5992;RBI=0.0548462;REFB=0;REVB=0.0312503;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872999;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chrX 153042419 . G A 1820.02 PASS AF=0.953488;AO=123;DP=129;FAO=123;FDP=129;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00687577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3791;QD=56.4346;RBI=0.0464205;REFB=-0.011937;REVB=0.0459085;RO=4;SAF=57;SAR=66;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321729;STB=0.517252;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00342836;OID=.;OPOS=153042419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:129:129:4:6:123:123:0.953488:66:57:4:0:66:57:5:1 chrX 153048657 . A C 105.28 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.241;QD=42.1121;RBI=0.0461546;REFB=0;REVB=0.0461546;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65111e-05;OID=.;OPOS=153048657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chrX 153055661 . C A 292.95 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0145944;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.357;QD=10.9513;RBI=0.0348044;REFB=-0.00836447;REVB=0.0315967;RO=67;SAF=14;SAR=23;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114194;STB=0.581183;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0211118;OID=.;OPOS=153055661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:70:37:37:0.345794:23:14:32:35:23:14:35:35 chrX 153149708 . G GC 750.39 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182816;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=213.537;QD=47.6436;RBI=0.032592;REFB=0;REVB=0.0269819;RO=3;SAF=29;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.25086e-05;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:65:63:63:0:30:33:0:0:14:3:29:29:3:0 chrX 153149715 . C G 887.51 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00578309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.53;QD=56.3498;RBI=0.00873131;REFB=-0.0730996;REVB=0.00654153;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000478723;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:0:1:32:30:0:1 chrX 153176498 . GCC GC,G 184.79 PASS AF=0.305556,0.222222;AO=22,12;DP=74;FAO=22,16;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=21,16;FSAR=1,0;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.113825,-0.0571559;FXX=0.0399947;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.9145,20.3914;QD=10.2663;RBI=0.171741,0.0884342;REFB=-0.0508255,-0.0259172;REVB=0.128603,0.067482;RO=27;SAF=21,12;SAR=1,0;SRF=15;SRR=12;SSEN=0.453271,0.453271;SSEP=0,0;SSSB=0.646184,0.771806;STB=0.893138,0.999125;STBP=0,0;TYPE=del,del;VARB=0.0358445,-0.0263766;OID=.,.;OPOS=153176499,153176499;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556,0.222222:22,12:74:22,16:72:34:21,16:1,0:19:15:74:27:21,12:1,0:15:12 chrX 153178459 . G GC 558.1 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.779;QD=42.1209;RBI=0.170091;REFB=0;REVB=0.16871;RO=3;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00502967;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:53:53:0:29:24:0:0:10:3:27:22:1:2 chrX 153218365 . C A 594.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5966;QD=60.9512;RBI=0.058025;REFB=0;REVB=0.0498372;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893717;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chrX 153219665 . C T 287.89 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8001;QD=47.9815;RBI=0.0175468;REFB=-0.0803568;REVB=-0.0103518;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369221;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0208655;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:21:22:0.916667:9:12:1:0:9:13:1:0 chrX 153221657 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.001297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.15;QD=43.016;RBI=0.0581783;REFB=-0.0743602;REVB=-0.0581639;RO=1;SAF=14;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031564;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00120295;OID=.;OPOS=153221657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:2:14:1:0:2:14:1:0 chrX 153222835 . G C 436.67 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.737;QD=54.5833;RBI=0.0601337;REFB=-0.146722;REVB=0.040321;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00163461;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chrX 153247720 . G GT 169.11 PASS AF=1;AO=7;DP=33;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818171;FXX=0.121175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.40987;QD=23.3257;RBI=0.0988993;REFB=0;REVB=0.0555611;RO=26;SAF=7;SAR=0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.737547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0102956;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:33:29:29:0:18:11:0:0:4:26:7:0:11:15 chrX 153247722 . C G,T 441.18 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=7,25;DP=32;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0843413,0.165195;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.1631,56.0452;QD=53.476;RBI=0.088684,0.171212;REFB=0,0;REVB=0.0274115,0.0449902;RO=0;SAF=7,10;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.100949,0.0177069;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:32:33:0:0:7,25:2,31:0.0606061,0.939394:0,15:7,10:0:0:0,15:2,16:0:0 chrX 153247745 . A G 480.14 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.428;QD=58.1991;RBI=0.0564705;REFB=0;REVB=-0.054712;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158011;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:10:18:0:0:14:19:0:0 chrX 153247954 . C T 646.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000251358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.633;QD=61.6089;RBI=0.0378918;REFB=0;REVB=0.0378909;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191966;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chrX 153248248 . G A 2884.62 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.853;QD=63.0518;RBI=0.0831365;REFB=0;REVB=0.0825615;RO=0;SAF=117;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011017;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:182:183:1:65:117:0:0:65:118:0:0 chrX 153279548 . TGGCCCA T 97.41 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0180473;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=6;MLLD=252.153;QD=13.9156;RBI=0.0344409;REFB=-0.0233511;REVB=-0.0293338;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398568;STB=0.68394;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=0.0148213;OID=.;OPOS=153279549;OREF=GGCCCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:26:14:28:14:10:4:5:9:94:11:9:4:2:9 chrX 153609616 . GC CT 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132951;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.159;QD=55.6561;RBI=0.0205452;REFB=0;REVB=0.0156635;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00017033;OID=.;OPOS=153609616;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chrX 153629155 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.635;QD=53.932;RBI=0.0423974;REFB=-0.0344219;REVB=-0.0124694;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00471903;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chrX 153633359 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339759;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.036;QD=57.1775;RBI=0.0353583;REFB=0;REVB=0.00979009;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80034e-05;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chrX 153657083 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.999;QD=37.4881;RBI=0.123972;REFB=0;REVB=-0.115391;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217725;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chrX 153693811 . C T 994.52 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392999;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.707;QD=59.3744;RBI=0.0335875;REFB=0;REVB=0.0333568;RO=0;SAF=50;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00407e-05;OID=.;OPOS=153693811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:16:50:0:0:17:50:0:0 chrX 153694334 . C G 300.12 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423836;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.074;QD=52.1951;RBI=0.0423927;REFB=0;REVB=-0.000878997;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822321;OID=.;OPOS=153694334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:17:6:0:0 chrX 153695908 . G T 1419.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.638;QD=61.712;RBI=0.0213812;REFB=-0.0470294;REVB=0.00882877;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00104951;OID=.;OPOS=153695908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:42:49:0:1:42:49:0:1 chrX 153696247 . G C 632.9 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1702;QD=61.7466;RBI=0.111327;REFB=0;REVB=0.109877;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133727;OID=.;OPOS=153696247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chrX 153713787 . C T 638.75 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.963;QD=59.4188;RBI=0.0414032;REFB=-0.0342869;REVB=0.0246255;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.51999;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00169574;OID=.;OPOS=153713787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:30:12:0:0:30:12:1:0 chrX 153724351 . G A 45.45 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1578;QD=25.9717;RBI=0.113913;REFB=-0.0255639;REVB=0.103436;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.060985;OID=.;OPOS=153724351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chrX 153760654 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.208;QD=47.8222;RBI=0.0319193;REFB=0;REVB=0.0166462;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492458;OID=.;OPOS=153760654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chrX 153880830 . A C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.927;QD=57.2019;RBI=0.0589953;REFB=0;REVB=-0.0104161;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179736;OID=.;OPOS=153880830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chrX 153881525 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.566;QD=43.4857;RBI=0.133355;REFB=0;REVB=-0.114985;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00244846;OID=.;OPOS=153881525;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chrX 153994596 . G T 784.87 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.255;QD=57.0813;RBI=0.014747;REFB=0;REVB=-0.0117865;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98264e-06;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chrX 154005148 . G A 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0258743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.438;QD=39.4349;RBI=0.0265304;REFB=-0.0773117;REVB=0.00586351;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113838;STB=0.562422;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00955641;OID=.;OPOS=154005148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:7:9:0:2:7:9:0:2 chrX 154159119 . AT A 68.21 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0182974;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.005;QD=2.96548;RBI=0.069041;REFB=-0.0289391;REVB=-0.0665723;RO=52;SAF=8;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0.56;SSEP=0;SSSB=-0.173696;STB=0.605191;STBP=0.155;TYPE=del;VARB=-0.0260429;OID=.;OPOS=154159120;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336957:30:92:31:92:61:8:23:24:37:68:52:8:22:21:31 chrX 154456747 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.203;QD=57.202;RBI=0.044302;REFB=0;REVB=0.00955027;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194176;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chrX 155004437 . G T 33.65 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0116799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1365;QD=3.54169;RBI=0.0181472;REFB=-0.00472659;REVB=-0.0138888;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313816;STB=0.721379;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0317285;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:31:32:6:6:0.157895:5:1:12:19:5:1:12:20 chrX 155005254 . C T 1388.69 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6764;QD=62.4132;RBI=0.0786286;REFB=0;REVB=0.0733788;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503308;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:34:53:0:0:36:53:0:0 chrX 155006050 . C T 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3662;QD=51.176;RBI=0.0910518;REFB=0;REVB=-0.090304;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00310326;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chrX 155006982 . A T 471.62 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2492;QD=57.1664;RBI=0.0167614;REFB=0;REVB=0.0142802;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705787;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chrX 155008583 . G A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.706;QD=53.2734;RBI=0.0616538;REFB=0;REVB=0.0146163;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572988;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chrX 155008671 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.584;QD=64.1537;RBI=0.0211774;REFB=0;REVB=0.0203225;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65594e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chrX 155009102 . G A 926.95 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.856;QD=57.9345;RBI=0.109751;REFB=0;REVB=0.0109302;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372041;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:39:23:0:0:39:25:0:0 chrX 155009225 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.613;QD=53.2766;RBI=0.018963;REFB=0;REVB=-0.00532114;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189231;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chrX 155009829 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.553;QD=56.957;RBI=0.00232469;REFB=0;REVB=-0.00178202;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70253e-06;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chrX 155010062 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.692;QD=62.3491;RBI=0.0330524;REFB=0;REVB=0.0180093;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89931e-05;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chrX 155010077 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.925;QD=60.2307;RBI=0.0347822;REFB=0;REVB=0.0300383;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72748e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chrX 155010230 . A C 177.21 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0175078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6228;QD=21.4798;RBI=0.0420863;REFB=-0.0274345;REVB=0.0382718;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364952;STB=0.520525;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.053421;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:6:9:10:8:6:9 chrX 155010308 . G A 766.56 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316801;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2779;QD=62.5766;RBI=0.0209023;REFB=0;REVB=-0.0206608;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6445e-05;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:33:15:0:0:33:16:0:0 chrX 155011216 . T A 150.86 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285507;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.272;QD=46.4176;RBI=0.0416475;REFB=0;REVB=-0.0303212;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639238;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chrX 155011276 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.821;QD=45.8068;RBI=0.058471;REFB=0;REVB=-0.012906;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171344;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chrX 155011472 . T A 492.4 PASS AF=0.923077;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00247455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.792;QD=50.5029;RBI=0.0176332;REFB=-0.197302;REVB=0.0174587;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.53844;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00314304;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:38:39:1:3:34:36:0.923077:17:17:0:1:18:18:0:3 chrX 155254962 . G A 1255.16 PASS AF=0.602151;AO=112;DP=187;FAO=112;FDP=186;FR=.;FRO=74;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.000243669;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4061;QD=26.9928;RBI=0.00946654;REFB=-0.0326361;REVB=0.0094634;RO=73;SAF=62;SAR=50;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841423;STB=0.54291;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0224562;OID=.;OPOS=155254962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:73:74:112:112:0.602151:50:62:32:41:50:62:33:41 chrY 2734854 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.776;QD=62.6693;RBI=0.00238825;REFB=0;REVB=-0.00107848;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51197e-06;OID=.;OPOS=2734854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chrY 4043027 . C T 125.77 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00724339;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.89;QD=16.769;RBI=0.0662511;REFB=0.00654181;REVB=-0.0658539;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946828;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00891623;OID=.;OPOS=4043027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:16:14:14:0.466667:6:8:7:8:6:8:7:9 chrY 6932146 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.915;QD=52.613;RBI=0.0287487;REFB=0;REVB=-0.0152372;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91065e-05;OID=.;OPOS=6932146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chrY 10035664 . C G 428.37 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8958;QD=57.1156;RBI=0.0515327;REFB=0;REVB=0.043473;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678588;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chrY 10036057 . GT AC 607.29 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00724705;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=164.344;QD=53.9814;RBI=0.0370883;REFB=0.0320475;REVB=-0.0363734;RO=3;SAF=28;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615179;STB=0.532926;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=-0.000554991;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:45:3:3:39:39:0.866667:11:28:1:2:11:28:1:2 chrY 10036088 . A G 4176.41 PASS AF=0.964789;AO=274;DP=283;FAO=274;FDP=284;FR=.;FRO=10;FSAF=169;FSAR=105;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0111179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.885;QD=58.8227;RBI=0.0156794;REFB=-0.0137534;REVB=-0.0110561;RO=9;SAF=169;SAR=105;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110117;STB=0.50434;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000421411;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:283:284:9:10:274:274:0.964789:105:169:4:5:105:169:5:5 chrY 10036105 . T C 5209.21 PASS AF=0.958678;AO=347;DP=364;FAO=348;FDP=363;FR=.;FRO=15;FSAF=245;FSAR=103;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0161416;FXX=0.00274718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.392;QD=57.4017;RBI=0.0446175;REFB=-0.045622;REVB=0.0415953;RO=13;SAF=245;SAR=102;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263275;STB=0.518105;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000552629;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:364:363:13:15:347:348:0.958678:102:245:5:8:103:245:5:10 chrY 10036107 . T C 5341.16 PASS AF=0.969613;AO=351;DP=368;FAO=351;FDP=362;FR=.;FRO=11;FSAF=246;FSAR=105;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0198394;FXX=0.021621;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.663;QD=59.0184;RBI=0.0469498;REFB=-0.00903369;REVB=0.0425521;RO=11;SAF=246;SAR=105;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230546;STB=0.512099;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-2.38768e-05;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:368:362:11:11:351:351:0.969613:105:246:4:7:105:246:4:7 chrY 10036132 . T C 6125.99 PASS AF=0.966427;AO=402;DP=416;FAO=403;FDP=417;FR=.;FRO=14;FSAF=288;FSAR=115;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0145885;FXX=0.00239229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9233;QD=58.7625;RBI=0.0237317;REFB=0.0417034;REVB=0.0187182;RO=14;SAF=287;SAR=115;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331086;STB=0.517389;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00117702;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:416:417:14:14:402:403:0.966427:115:287:4:10:115:288:4:10 chrY 10036156 . G C 5950.19 PASS AF=0.963325;AO=393;DP=411;FAO=394;FDP=409;FR=.;FRO=15;FSAF=286;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00534202;FXX=0.00486606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.62;QD=58.1926;RBI=0.0180626;REFB=-0.0332029;REVB=0.0172546;RO=15;SAF=285;SAR=108;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451409;STB=0.523712;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00123329;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:411:409:15:15:393:394:0.963325:108:285:3:12:108:286:3:12 chrY 10036164 . T C 6011.87 PASS AF=0.965937;AO=397;DP=411;FAO=397;FDP=411;FR=.;FRO=14;FSAF=286;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00288323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.211;QD=58.5097;RBI=0.0246047;REFB=-0.0199109;REVB=0.0244352;RO=14;SAF=286;SAR=111;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400043;STB=0.521001;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000184533;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:411:411:14:14:397:397:0.965937:111:286:3:11:111:286:3:11 chrY 10036171 . A G 5978.21 PASS AF=0.96577;AO=394;DP=409;FAO=395;FDP=409;FR=.;FRO=14;FSAF=284;FSAR=111;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.03546;FXX=0.00243896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.378;QD=58.4666;RBI=0.035866;REFB=-0.0415507;REVB=-0.00538142;RO=14;SAF=283;SAR=111;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343819;STB=0.51806;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000876739;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:409:409:14:14:394:395:0.96577:111:283:4:10:111:284:4:10 chrY 10036189 . C CCGTT 5825.0 PASS AF=0.969925;AO=377;DP=406;FAO=387;FDP=399;FR=.;FRO=12;FSAF=279;FSAR=108;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0123047;FXX=0.0148144;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.318;QD=58.396;RBI=0.0123422;REFB=-0.018244;REVB=-0.000961543;RO=16;SAF=271;SAR=106;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324805;STB=0.514301;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=3.6955e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969925:377:406:387:399:12:279:108:4:8:8:16:271:106:6:10 chrY 10036204 . T C 5759.18 PASS AF=0.964103;AO=376;DP=390;FAO=376;FDP=390;FR=.;FRO=14;FSAF=284;FSAR=92;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.019938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1247;QD=59.0685;RBI=0.0463937;REFB=-0.0358901;REVB=0.041891;RO=14;SAF=284;SAR=92;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424316;STB=0.522283;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00147114;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:390:390:14:14:376:376:0.964103:92:284:4:10:92:284:4:10 chrY 10036229 . T C 4300.39 PASS AF=0.956954;AO=289;DP=302;FAO=289;FDP=302;FR=.;FRO=13;FSAF=230;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00396361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.563;QD=56.9588;RBI=0.0135774;REFB=-0.0127456;REVB=0.012986;RO=13;SAF=230;SAR=59;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592012;STB=0.531139;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000436983;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:302:302:13:13:289:289:0.956954:59:230:4:9:59:230:4:9 chrY 10036233 . G C 3902.83 PASS AF=0.939286;AO=263;DP=280;FAO=263;FDP=280;FR=.;FRO=17;FSAF=216;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0231717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.434;QD=55.7546;RBI=0.032874;REFB=-0.0214988;REVB=-0.0233189;RO=17;SAF=216;SAR=47;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657775;STB=0.534651;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00118365;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:280:280:17:17:263:263:0.939286:47:216:8:9:47:216:8:9 chrY 10036269 . A G 578.21 PASS AF=0.813559;AO=47;DP=59;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0232919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.393;QD=39.2008;RBI=0.0258095;REFB=0.00363916;REVB=-0.0111184;RO=12;SAF=38;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166677;STB=0.596286;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00114659;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:12:11:47:48:0.813559:9:38:6:6:9:39:5:6 chrY 10036277 . A G 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0146192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.372;QD=35.4631;RBI=0.0159803;REFB=-0.0218035;REVB=-0.00645337;RO=8;SAF=17;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127088;STB=0.586139;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00356776;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:8:9:26:26:0.742857:9:17:3:5:9:17:3:6 chrY 10036280 . A G 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0111668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.484;QD=35.4631;RBI=0.0116131;REFB=0.00883634;REVB=0.00318849;RO=9;SAF=17;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157649;STB=0.586139;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00191233;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:9:17:3:6:9:17:3:6 chrY 10036383 . G C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.013832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.44;QD=5.21553;RBI=0.0151397;REFB=0.00701574;REVB=0.00615518;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442528;STB=0.798935;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0211163;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:11:10:5:1:11:10 chrY 10036422 . C T 52.59 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0243193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.497;QD=6.78629;RBI=0.0295507;REFB=-0.00179107;REVB=-0.0167873;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723403;STB=0.546101;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00976176;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:10:13:5:3:10:13 chrY 10036438 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00564334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.832;QD=4.85439;RBI=0.0274805;REFB=-0.00400801;REVB=-0.0268948;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211172;STB=0.639616;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0128552;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:3:4:11:17:3:4:11:17 chrY 10036453 . T G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00596496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.346;QD=3.76495;RBI=0.00632662;REFB=0.00123917;REVB=0.00210841;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447513;STB=0.816215;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00860779;OID=.;OPOS=10036453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:5:1:16:14:5:1:16:14 chrY 10036483 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00412238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.815;QD=14.2617;RBI=0.00771679;REFB=-0.00444003;REVB=0.00652341;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648571;STB=0.537688;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00362715;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:12:12:9:7:12:12 chrY 10036486 . C G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0176847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.974;QD=13.7529;RBI=0.0251491;REFB=-0.0186841;REVB=0.0178809;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120601;STB=0.507033;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0202908;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:11:12:8:7:11:12 chrY 10036503 . T C 34.12 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00802162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6297;QD=4.01456;RBI=0.0159517;REFB=-0.0109712;REVB=-0.013788;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313968;STB=0.75486;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0868238;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:26:28:6:6:0.176471:1:5:16:10:1:5:16:12 chrY 10036518 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0185935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.261;QD=8.62704;RBI=0.0221732;REFB=0.00628626;REVB=-0.0120802;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144873;STB=0.588082;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0181763;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:18:9:5:6:18:9 chrY 10036519 . G GTTGA 42.84 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00795695;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=4;MLLD=300.395;QD=4.63087;RBI=0.0206736;REFB=0.000635996;REVB=0.0190811;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406709;STB=0.784121;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=-0.0015768;OID=.;OPOS=10036520;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=GTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189:7:38:7:37:30:6:1:17:13:42:30:6:1:17:13 chrY 10036545 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00596177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.095;QD=21.972;RBI=0.0119474;REFB=-0.00732328;REVB=-0.0103536;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106008;STB=0.541723;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0105989;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:21:23:23:0.522727:7:16:11:8:7:16:13:8 chrY 10036549 . A C 103.39 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00512688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.489;QD=9.84629;RBI=0.0307594;REFB=-0.006811;REVB=-0.0303291;RO=29;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161962;STB=0.598914;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0102503;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:3:10:19:10:3:10:19:10 chrY 10036552 . C T 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0207027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4449;QD=7.47105;RBI=0.034456;REFB=-0.0167427;REVB=0.0275429;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676989;STB=0.541982;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0230739;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:22:10:4:7:22:10 chrY 10036561 . T C 104.37 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0037963;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.631;QD=9.70843;RBI=0.00975859;REFB=-0.0054798;REVB=0.00898989;RO=30;SAF=10;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148237;STB=0.590759;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00842396;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:30:13:13:0.302326:3:10:20:10:3:10:20:10 chrY 10036586 . T C 153.91 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0113501;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1724;QD=17.5899;RBI=0.026642;REFB=-0.00728633;REVB=-0.0241034;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231906;STB=0.657361;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-5.39438e-05;OID=.;OPOS=10036586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:18:14:14:0.4:3:11:10:7:3:11:10:8 chrY 10036600 . C CG 38.8 PASS AF=0.28;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0826045;FXX=0.0740466;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.8058;QD=6.20796;RBI=0.105517;REFB=0.0106091;REVB=0.0656528;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210547;STB=0.662168;STBP=0.308;TYPE=ins;VARB=-0.0285871;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:30:7:25:18:5:2:9:9:38:22:5:2:12:10 chrY 10036606 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0153354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.556;QD=6.52647;RBI=0.0246203;REFB=-0.0182074;REVB=0.019261;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.666173;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0273592;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:2:5:10:9:2:5:10:10 chrY 10036613 . T G 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.022283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.744;QD=6.81237;RBI=0.0355764;REFB=-0.00438172;REVB=-0.0277334;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.64662;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0684094;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:10:9:2:5:10:9 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 81.42 PASS AF=0.0833333,0.0833333,0.291667;AO=2,2,7;DP=24;FAO=2,2,7;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1,1,6;FSAR=1,1,1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0193162,-0.0468234,-0.0915331;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=100.28,60.3247,47.5912;QD=13.5704;RBI=0.0196466,0.0589997,0.111471;REFB=-0.019729,-0.0293675,-0.0218428;REVB=0.00358784,0.0358961,0.0636191;RO=13;SAF=1,1,6;SAR=1,1,1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.118967,0.118967,0.527602;STB=0.599045,0.599045,0.829762;STBP=0.786,0.786,0.039;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.087838,-0.00864379,0.0325021;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:50:24:24:13:13:2,2,7:2,2,7:0.0833333,0.0833333,0.291667:1,1,1:1,1,6:5:8:1,1,1:1,1,6:5:8 chrY 10036627 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00513058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.577;QD=5.95783;RBI=0.0086406;REFB=-0.015412;REVB=0.00695249;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46586;STB=0.807742;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0195595;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:8:10:1:5:8:10 chrY 10037768 . T C 2326.07 PASS AF=0.847716;AO=167;DP=197;FAO=167;FDP=197;FR=.;FRO=30;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00350756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.916;QD=47.2299;RBI=0.0245382;REFB=-0.0167259;REVB=0.0242862;RO=30;SAF=86;SAR=81;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148956;STB=0.507882;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0022927;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:30:30:167:167:0.847716:81:86:17:13:81:86:17:13 chrY 10037786 . G A 35.73 PASS AF=0.063745;AO=16;DP=249;FAO=16;FDP=251;FR=.;FRO=235;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=134;FSRR=101;FWDB=-0.0096131;FXX=0.0118106;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.693;QD=0.569354;RBI=0.0207124;REFB=-0.000161939;REVB=-0.0183464;RO=232;SAF=7;SAR=9;SRF=134;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149024;STB=0.622216;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00245911;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:249:251:232:235:16:16:0.063745:9:7:134:98:9:7:134:101 chrY 10037791 . C G 3020.93 PASS AF=0.863281;AO=221;DP=257;FAO=221;FDP=256;FR=.;FRO=35;FSAF=125;FSAR=96;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0056362;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.796;QD=47.202;RBI=0.0220049;REFB=-0.0444629;REVB=0.0212708;RO=34;SAF=125;SAR=96;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174324;STB=0.500809;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00571677;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:34:35:221:221:0.863281:96:125:19:15:96:125:20:15 chrY 10037797 . T C 3065.91 PASS AF=0.855513;AO=222;DP=263;FAO=225;FDP=263;FR=.;FRO=38;FSAF=131;FSAR=94;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00833508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.555;QD=46.6299;RBI=0.0407841;REFB=-0.0252467;REVB=0.0399232;RO=37;SAF=129;SAR=93;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026144;STB=0.51216;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00319096;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:37:38:222:225:0.855513:93:129:18:19:94:131:19:19 chrY 10037807 . T C 3388.07 PASS AF=0.882784;AO=237;DP=271;FAO=241;FDP=273;FR=.;FRO=32;FSAF=138;FSAR=103;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0316991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.459;QD=49.642;RBI=0.0422668;REFB=-0.0155115;REVB=0.0279581;RO=32;SAF=134;SAR=103;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221039;STB=0.512391;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00215817;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:32:32:237:241:0.882784:103:134:15:17:103:138:15:17 chrY 10037819 . T C 3501.98 PASS AF=0.874126;AO=249;DP=290;FAO=250;FDP=286;FR=.;FRO=36;FSAF=146;FSAR=104;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0123854;FXX=0.0171815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4706;QD=48.9787;RBI=0.0965146;REFB=-0.109331;REVB=0.0957166;RO=35;SAF=145;SAR=104;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231008;STB=0.51084;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0166194;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:286:35:36:249:250:0.874126:104:145:17:18:104:146:18:18 chrY 10037877 . G GC 1920.97 PASS AF=0.928889;AO=191;DP=250;FAO=209;FDP=225;FR=.;FRO=16;FSAF=129;FSAR=80;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00505169;FXX=0.0217382;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6973;QD=34.1505;RBI=0.150785;REFB=-0.0225682;REVB=0.1507;RO=52;SAF=121;SAR=70;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488632;STB=0.500585;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=0.0119189;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928889:191:250:209:225:16:129:80:10:6:5:52:121:70:27:25 chrY 10037892 . A G 2515.85 PASS AF=0.928962;AO=86;DP=194;FAO=170;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=111;FSAR=59;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0645655;FXX=0.0468726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.961;QD=54.9912;RBI=0.0711705;REFB=-0.113899;REVB=-0.0299422;RO=19;SAF=33;SAR=53;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688906;STB=0.514862;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00897717;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:194:183:19:13:86:170:0.928962:53:33:11:8:59:111:6:7 chrY 10037899 . T C 2046.7 PASS AF=0.871345;AO=149;DP=171;FAO=149;FDP=171;FR=.;FRO=22;FSAF=105;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00970826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1131;QD=47.8761;RBI=0.0120926;REFB=-0.0754317;REVB=-0.0072098;RO=22;SAF=105;SAR=44;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066667;STB=0.503526;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0146273;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:171:171:22:22:149:149:0.871345:44:105:15:7:44:105:15:7 chrY 10037912 . T G 681.6 PASS AF=0.797101;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00328243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.516;QD=39.5129;RBI=0.00393209;REFB=-0.0197399;REVB=0.00216493;RO=14;SAF=37;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100873;STB=0.554127;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.013744;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:14:14:55:55:0.797101:18:37:6:8:18:37:6:8 chrY 10037914 . T C 657.92 PASS AF=0.815385;AO=52;DP=64;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00444652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.458;QD=40.4872;RBI=0.00448724;REFB=-0.010597;REVB=0.000603175;RO=12;SAF=37;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118617;STB=0.558743;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00759508;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:65:12:12:52:53:0.815385:15:37:5:7:16:37:5:7 chrY 13262908 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.159;QD=47.8223;RBI=0.027968;REFB=0;REVB=-0.0266552;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236801;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:1:14:0:0:1:15:0:0 chrY 13262943 . AC A 270.41 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0889371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.8221;QD=27.7344;RBI=0.103344;REFB=-0.0908037;REVB=0.0526317;RO=10;SAF=26;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=-0.00439761;STB=0.502391;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0295895;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.74359:29:39:29:39:10:26:3:9:1:40:10:26:3:9:1 chrY 13262996 . C G 97.32 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0163748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.61;QD=5.05559;RBI=0.0293479;REFB=-0.0175947;REVB=0.0243551;RO=60;SAF=14;SAR=2;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432932;STB=0.790369;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0503562;OID=.;OPOS=13262996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:60:61:16:16:0.207792:2:14:36:24:2:14:36:25 chrY 13263010 . G A 114.36 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.000297323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.12;QD=5.6476;RBI=0.00656501;REFB=-0.0105025;REVB=0.00655828;RO=63;SAF=16;SAR=2;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461772;STB=0.7996;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0425212;OID=.;OPOS=13263010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:63:18:18:0.222222:2:16:38:25:2:16:38:25 chrY 13263067 . A T 531.59 PASS AF=0.76;AO=69;DP=95;FAO=76;FDP=100;FR=.;FRO=24;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.047083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.489;QD=21.2636;RBI=0.0902885;REFB=-0.0945826;REVB=0.0770403;RO=23;SAF=36;SAR=33;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407091;STB=0.504288;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0506743;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:23:24:69:76:0.76:33:36:14:9:33:43:14:10 chrY 13263091 . G A 838.78 PASS AF=0.728261;AO=67;DP=93;FAO=67;FDP=92;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00465672;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.753;QD=36.4688;RBI=0.0661361;REFB=-0.0304674;REVB=0.065972;RO=24;SAF=34;SAR=33;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168101;STB=0.503407;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00927503;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:24:25:67:67:0.728261:33:34:13:11:33:34:13:12 chrY 13263103 . C A 125.42 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.024672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.898;QD=6.35016;RBI=0.0341765;REFB=-0.0109793;REVB=-0.0236501;RO=58;SAF=9;SAR=10;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534636;STB=0.519979;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0682374;OID=.;OPOS=13263103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:60:19:19:0.240506:10:9:30:28:10:9:30:30 chrY 13263115 . C T 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.000226944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.128;QD=7.68765;RBI=0.000798247;REFB=-0.0123315;REVB=0.000765307;RO=47;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154618;STB=0.593118;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0256642;OID=.;OPOS=13263115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:10:8:27:20:10:8:27:20 chrY 13263118 . G A 126.77 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0573667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.534;QD=8.04885;RBI=0.0591985;REFB=-0.00857228;REVB=-0.0146126;RO=44;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1718;STB=0.609637;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0172559;OID=.;OPOS=13263118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:10:8:26:18:10:8:27:18 chrY 13263170 . A T 123.63 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0282834;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.479;QD=23.5483;RBI=0.0295071;REFB=-0.00871685;REVB=0.00840928;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19275;STB=0.608533;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0107322;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:23:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:6:2:7:6:6:2 chrY 13263175 . A G 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0133962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.478;QD=25.4947;RBI=0.0263672;REFB=-0.0229898;REVB=0.0227106;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168706;STB=0.59446;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0292438;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:5:2:8:6:5:2 chrY 13263194 . T A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00888732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.471;QD=11.0932;RBI=0.00929109;REFB=-0.0298389;REVB=-0.00270925;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0187027;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chrY 14832620 . G T 563.83 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000511715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2411;QD=57.8292;RBI=0.0522129;REFB=-0.073917;REVB=0.0522104;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00205723;OID=.;OPOS=14832620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:18:20:0:0:18:20:0:1 chrY 21152662 . CAA C 174.52 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0435225;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=39.439;QD=17.4516;RBI=0.0435237;REFB=0.0124505;REVB=0.000331598;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29885;STB=0.702944;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=-0.00782998;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:21:39:22:40:18:7:15:14:4:99:15:7:14:11:4 chrY 21152701 . G T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00838765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.889;QD=20.3166;RBI=0.0123784;REFB=-0.0016856;REVB=0.00910341;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337803;STB=0.70392;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00350323;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:14:5:11:6:14:5:12:6 chrY 21152719 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0124222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.137;QD=22.5346;RBI=0.0134331;REFB=-0.0172147;REVB=0.00511237;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281315;STB=0.658058;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.011977;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:10:5:13:6:10:5 chrY 21153609 . T C 404.03 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0123975;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8099;QD=22.1385;RBI=0.0270779;REFB=-0.0227669;REVB=0.0240731;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140347;STB=0.514419;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0226167;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:39:40:0.547945:23:16:13:20:23:17:13:20 chrY 21154466 . T A 668.26 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=101;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0171918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.952;QD=26.4658;RBI=0.0175274;REFB=-0.0144354;REVB=-0.00341332;RO=39;SAF=28;SAR=34;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085701;STB=0.546504;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00725632;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:39:39:62:62:0.613861:34:28:13:26:34:28:13:26 chrY 21750231 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.673;QD=60.2036;RBI=0.0109825;REFB=0;REVB=0.00469;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49025e-05;OID=.;OPOS=21750231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0